RU2014101951A - Способы обнаружения модификации нуклеотидов - Google Patents

Способы обнаружения модификации нуклеотидов Download PDF

Info

Publication number
RU2014101951A
RU2014101951A RU2014101951/10A RU2014101951A RU2014101951A RU 2014101951 A RU2014101951 A RU 2014101951A RU 2014101951/10 A RU2014101951/10 A RU 2014101951/10A RU 2014101951 A RU2014101951 A RU 2014101951A RU 2014101951 A RU2014101951 A RU 2014101951A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleotide sequence
population
cytosine
polynucleotides
residue
Prior art date
Application number
RU2014101951/10A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2612902C2 (ru
Inventor
Майкл Джон БУС
Шанкар БАЛАСУБРАМАНИАН
Original Assignee
Кембридж Эпидженетикс Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Кембридж Эпидженетикс Лимитед filed Critical Кембридж Эпидженетикс Лимитед
Publication of RU2014101951A publication Critical patent/RU2014101951A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2612902C2 publication Critical patent/RU2612902C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C01—INORGANIC CHEMISTRY
    • C01G—COMPOUNDS CONTAINING METALS NOT COVERED BY SUBCLASSES C01D OR C01F
    • C01G55/00—Compounds of ruthenium, rhodium, palladium, osmium, iridium, or platinum
    • C01G55/002—Compounds containing, besides ruthenium, rhodium, palladium, osmium, iridium, or platinum, two or more other elements, with the exception of oxygen or hydrogen
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/154—Methylation markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Inorganic Chemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Способ идентификации модифицированного остатка цитозина в образце нуклеотидной последовательности, включающий:(i) обеспечение популяции полинуклеотидов, содержащих исследуемую нуклеотидную последовательность,(ii) окисление или восстановление первой части указанной популяции,(iii) обработку окисленной или восстановленной первой части указанной популяции и второй части указанной популяции бисульфитом,(iv) секвенирование полинуклеотидов в первой и второй частях популяции после этапов ii) и iii) с получением первой и второй нуклеотидных последовательностей, соответственно, и(v) идентификацию остатка в первой и второй нуклеотидных последовательностях, соответствующего остатку цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности.2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что остатки, идентифицированные в первой и второй нуклеотидных последовательностях, указывают на модифицированный цитозин в соответствующем положении исследуемой нуклеотидной последовательности.3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что модифицированный цитозин представляет собой 5-метилцитозин (5mС), 5-гидроксиметилцитозин (5hmC) или 5-формилцитозин (5fC).4. Способ по пункту 1, отличающийся тем, что первую часть указанной популяции окисляют на этапе ii).5. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанное окисление обеспечивает селективное окисление остатков 5-гидроксиметилцитозина.6. Способ по п. 4, отличающийся тем, что этап ii) включает множественные этапы окисления и очистки первой части полинуклеотидов.7. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанную первую часть окисляют с использованием химического окислителя.8. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанную

Claims (32)

1. Способ идентификации модифицированного остатка цитозина в образце нуклеотидной последовательности, включающий:
(i) обеспечение популяции полинуклеотидов, содержащих исследуемую нуклеотидную последовательность,
(ii) окисление или восстановление первой части указанной популяции,
(iii) обработку окисленной или восстановленной первой части указанной популяции и второй части указанной популяции бисульфитом,
(iv) секвенирование полинуклеотидов в первой и второй частях популяции после этапов ii) и iii) с получением первой и второй нуклеотидных последовательностей, соответственно, и
(v) идентификацию остатка в первой и второй нуклеотидных последовательностях, соответствующего остатку цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что остатки, идентифицированные в первой и второй нуклеотидных последовательностях, указывают на модифицированный цитозин в соответствующем положении исследуемой нуклеотидной последовательности.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что модифицированный цитозин представляет собой 5-метилцитозин (5mС), 5-гидроксиметилцитозин (5hmC) или 5-формилцитозин (5fC).
4. Способ по пункту 1, отличающийся тем, что первую часть указанной популяции окисляют на этапе ii).
5. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанное окисление обеспечивает селективное окисление остатков 5-гидроксиметилцитозина.
6. Способ по п. 4, отличающийся тем, что этап ii) включает множественные этапы окисления и очистки первой части полинуклеотидов.
7. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанную первую часть окисляют с использованием химического окислителя.
8. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанную первую часть окисляют с использованием перрутенатного окислителя.
9. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанную первую часть окисляют с использованием KRuO4.
10. Способ по п. 4, отличающийся тем, что идентификация урацила в положении в первой нуклеотидной последовательности, соответствующем остатку цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности, и цитозина в том же положении во второй нуклеотидной последовательности указывает на то, что остаток цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности представляет собой 5-гидроксиметилцитозин (5hmC).
11. Способ по п. 4, отличающийся тем, что идентификация цитозина в положении в первой и во второй нуклеотидных последовательностях, соответствующем остатку цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности, указывает на то, что остаток цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности представляет собой 5-метилцитозин (5mС).
12. Способ по п. 4, отличающийся тем, что идентификация цитозина в положении в первой нуклеотидной последовательности, соответствующем остатку цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности, указывает на то, что остаток цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности представляет собой 5-метилцитозин (5mС).
13. Способ по п. 4, включающий:
vi) восстановление третьей части популяции полинуклеотидов, включающей исследуемую нуклеотидную последовательность,
vii) обработку восстановленной третьей части указанной популяции бисульфитом,
viii) секвенирование полинуклеотидов в третьей части после этапов vi) и vii) с получением третьей нуклеотидной последовательности, и
ix) идентификацию остатка в третьей нуклеотидной последовательности, соответствующего остатку цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности.
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что остатки, идентифицированные в первой, второй и третьей нуклеотидных последовательностях, указывают на модифицированный цитозин в соответствующем положении исследуемой нуклеотидной последовательности.
15. Способ по п. 13, отличающийся тем, что идентификация урацила в положении в первой и второй нуклеотидных последовательностях, соответствующем остатку цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности, и цитозина в указанном положении в третьей нуклеотидной последовательности указывает на то, что остаток цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности представляет собой 5-формилцитозин.
16. Способ по п. 1, отличающийся тем, что первую часть указанной популяции восстанавливают на этапе ii).
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что первую часть указанной популяции восстанавливают с использованием NaBH4.
18. Способ по п. 16, отличающийся тем, что идентификация цитозина в положении в первой нуклеотидной последовательности, соответствующем цитозину в исследуемой нуклеотидной последовательности, и урацила в том же положении во второй нуклеотидной последовательности указывает на то, что остаток цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности представляет собой 5-формилцитозин.
19. Способ по п. 16, отличающийся тем, что идентификация урацила в положении в первой и второй нуклеотидных последовательностях, соответствующем цитозину в исследуемой нуклеотидной последовательности, указывает на то, что остаток цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности представляет собой немодифицированный цитозин.
20. Способ по п. 1, включающий:
обеспечение четвертой части популяции полинуклеотидов, включающей исследуемую нуклеотидную последовательность; и
секвенирование полинуклеотидов в четвертой части популяции с получением исследуемой нуклеотидной последовательности.
21. Способ идентификации 5-метилцитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности, включающий:
(i) обеспечение популяции полинуклеотидов, содержащих исследуемую нуклеотидную последовательность,
(ii) окисление указанной популяции,
(iii) обработку окисленной популяции бисульфитом,
(iv) секвенирование полинуклеотидов в популяции после этапов ii) и iii) с получением обработанной нуклеотидной последовательности, и;
(v) идентификацию остатка в обработанной нуклеотидной последовательности, соответствующего остатку цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности,
причем присутствие цитозина в обработанной нуклеотидной последовательности указывает на то, что остаток цитозина в исследуемой нуклеотидной последовательности представляет собой 5-метилцитозин (5mС).
22. Способ по любому из пп. 1-21, отличающийся тем, что полинуклеотиды представляют собой геномную ДНК.
23. Способ по п. 22, отличающийся тем, что геномная ДНК является геномной ДНК млекопитающего.
24. Способ по любому из пп. 1-21, отличающийся тем, что полинуклеотиды представляют собой РНК.
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что РНК является геномной РНК, мРНК, тРНК, рРНК или некодирующей РНК.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что геномная РНК является геномной РНК млекопитающего, растения или вируса.
27. Способ по любому из пп. 1-21, отличающийся тем, что популяцию полинуклеотидов или одну или более из первой, второй, третьей и четвертой частей популяции иммобилизуют.
28. Способ по любому из пп. 1-21, отличающийся тем, что одну или более из первой, второй, третьей и четвертой частей популяции амплифицируют перед секвенированием.
29. Способ по п. 28, отличающийся тем, что одну или более из первой, второй, третьей частей популяции амплифицируют после обработки бисульфитом.
30. Набор для применения в способе идентификации модифицированного остатка цитозина по любому из пп. 1-21, включающий:
(i) окислитель и/или восстановитель и
(ii) бисульфитный реагент.
31. Набор по п. 30, отличающийся тем, что окислитель является перрутенатным окислителем.
32. Набор по п. 31, отличающийся тем, что окислитель является перрутенатом калия (KRuO4).
RU2014101951A 2011-07-29 2012-07-27 Способы обнаружения модификации нуклеотидов RU2612902C2 (ru)

Applications Claiming Priority (9)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201161513356P 2011-07-29 2011-07-29
US61/513,356 2011-07-29
US201261605702P 2012-03-01 2012-03-01
US61/605,702 2012-03-01
US201261623461P 2012-04-12 2012-04-12
US61/623,461 2012-04-12
US201261641134P 2012-05-01 2012-05-01
US61/641,134 2012-05-01
PCT/GB2012/051819 WO2013017853A2 (en) 2011-07-29 2012-07-27 Methods for detection of nucleotide modification

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2014101951A true RU2014101951A (ru) 2015-09-10
RU2612902C2 RU2612902C2 (ru) 2017-03-13

Family

ID=46763141

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2014101951A RU2612902C2 (ru) 2011-07-29 2012-07-27 Способы обнаружения модификации нуклеотидов

Country Status (15)

Country Link
US (3) US9290807B2 (ru)
EP (2) EP2737085B1 (ru)
JP (3) JP6138118B2 (ru)
CN (2) CN107254539A (ru)
AU (2) AU2012291873B2 (ru)
BR (1) BR112014002252A2 (ru)
CA (1) CA2843221A1 (ru)
DK (1) DK2737085T3 (ru)
ES (2) ES2609845T3 (ru)
GB (1) GB2507231B (ru)
HK (1) HK1198547A1 (ru)
IL (1) IL230610A0 (ru)
PL (1) PL2737085T3 (ru)
RU (1) RU2612902C2 (ru)
WO (1) WO2013017853A2 (ru)

Families Citing this family (36)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010037001A2 (en) 2008-09-26 2010-04-01 Immune Disease Institute, Inc. Selective oxidation of 5-methylcytosine by tet-family proteins
US9145580B2 (en) * 2011-04-02 2015-09-29 New England Biolabs, Inc. Methods and compositions for enriching either target polynucleotides or non-target polynucleotides from a mixture of target and non-target polynucleotides
EP2737085B1 (en) 2011-07-29 2016-10-12 Cambridge Epigenetix Limited Methods for detection of nucleotide modification
ES2669512T3 (es) 2012-11-30 2018-05-28 Cambridge Epigenetix Limited Agente oxidante para nucleótidos modificados
US10519184B2 (en) 2013-09-27 2019-12-31 Peking University 5-formylcytosine specific chemical labeling method and related applications
GB201403216D0 (en) 2014-02-24 2014-04-09 Cambridge Epigenetix Ltd Nucleic acid sample preparation
GB201413318D0 (en) * 2014-07-28 2014-09-10 Cambridge Epigenetix Ltd Nucleic acid sample preparation
GB201415761D0 (en) * 2014-09-05 2014-10-22 Cambridge Epigenetix Ltd Methods for detection of Nucleotide modification
WO2016164363A1 (en) * 2015-04-06 2016-10-13 The Regents Of The University Of California Methods for determing base locations in a polynucleotide
JPWO2017018408A1 (ja) * 2015-07-30 2018-06-07 国立大学法人 東京大学 酸化剤とその使用
CN105132409B (zh) * 2015-09-02 2018-02-06 中国科学院北京基因组研究所 RNA 5mC重亚硫酸盐测序的文库构建方法及其应用
WO2017035821A1 (zh) * 2015-09-02 2017-03-09 中国科学院北京基因组研究所 RNA 5mC重亚硫酸盐测序的文库构建方法及其应用
CN105891467B (zh) * 2016-03-30 2017-10-31 苏州大学 一种rna中5‑羟甲基胞嘧啶的检测方法及其试剂盒
CN109804086B (zh) 2016-08-10 2023-06-13 格里尔公司 制备双标签dna库用于亚硫酸盐转化定序的方法
US20180164280A1 (en) * 2016-11-07 2018-06-14 Ibis Biosciences, Inc. Modified nucleic acids for nanopore analysis
GB2559319B (en) * 2016-12-23 2019-01-16 Cs Genetics Ltd Reagents and methods for the analysis of linked nucleic acids
IL307602A (en) 2017-02-23 2023-12-01 Magic Leap Inc Variable focus virtual imagers based on polarization conversion
WO2018165459A1 (en) 2017-03-08 2018-09-13 The University Of Chicago Method for highly sensitive dna methylation analysis
WO2019136413A1 (en) 2018-01-08 2019-07-11 Ludwig Institute For Cancer Research Ltd Bisulfite-free, base-resolution identification of cytosine modifications
CN112105626A (zh) * 2018-02-14 2020-12-18 蓝星基因组股份有限公司 用于dna、特别是细胞游离dna的表观遗传学分析的方法
CA3094717A1 (en) 2018-04-02 2019-10-10 Grail, Inc. Methylation markers and targeted methylation probe panels
WO2019226990A1 (en) * 2018-05-25 2019-11-28 New York Institute Of Technology Direct nucleic acid sequencing method
US11530441B2 (en) 2018-07-27 2022-12-20 The University Of Chicago Methods for the amplification of bisulfite-treated DNA
CN113286881A (zh) 2018-09-27 2021-08-20 格里尔公司 甲基化标记和标靶甲基化探针板
CA3114606A1 (en) * 2018-10-04 2020-04-09 Bluestar Genomics, Inc. Simultaneous, sequencing-based analysis of proteins, nucleosomes, and cell-free nucleic acids from a single biological sample
MX2022000377A (es) 2019-07-08 2022-03-25 Ludwig Inst For Cancer Res Ltd Analisis de metilacion del genoma completo sin bisulfito.
AU2021319150A1 (en) 2020-07-30 2023-03-02 Cambridge Epigenetix Limited Compositions and methods for nucleic acid analysis
EP4211263A1 (en) 2020-09-14 2023-07-19 Ludwig Institute for Cancer Research Ltd Cytosine modification analysis
EP3971302A1 (en) 2020-09-16 2022-03-23 QIAGEN GmbH Method for detecting 5-hydroxymethylated cytosine
GB202017653D0 (en) 2020-11-09 2020-12-23 Cambridge Entpr Ltd Methods for detection of nucleotide modification
CN113096798B (zh) * 2021-04-19 2022-06-10 温州医科大学 一种基于5hmC修饰的lncRNA的肿瘤诊断设备
CA3225385A1 (en) * 2021-07-12 2023-01-19 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Modified adapters for enzymatic dna deamination and methods of use thereof for epigenetic sequencing of free and immobilized dna
EP4373967A1 (en) * 2021-07-20 2024-05-29 Freenome Holdings, Inc. Compositions and methods for improved 5-hydroxymethylated cytosine resolution in nucleic acid sequencing
KR20240046525A (ko) 2021-07-27 2024-04-09 더 챈슬러 마스터즈 앤드 스칼라스 오브 더 유니버시티 오브 옥스포드 세포-유리 dna에 대한 tet-보조 피리딘 보란 시퀀싱과 관련된 조성물 및 방법
AU2023234670A1 (en) * 2022-03-15 2024-01-18 Illumina, Inc. Concurrent sequencing of forward and reverse complement strands on separate polynucleotides for methylation detection
CN118308491A (zh) * 2023-01-06 2024-07-09 北京昌平实验室 单细胞dna甲基化检测方法

Family Cites Families (43)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA1340248C (en) 1989-01-05 1998-12-15 Morton International, Inc. High yield sodium hydrosulfite generation
DE69211845T2 (de) 1991-04-09 1997-01-23 Abbott Lab Macrozyklische laktam-prokinetika
DE4207363A1 (de) * 1992-03-04 1993-09-09 Max Delbrueck Centrum Antivirale nucleosidanaloga, ihre herstellung und ihre pharmazeutische verwendung
EP0652321B1 (en) 1993-11-04 1998-01-21 Morton International, Inc. Chemical pulp bleaching
US20060134643A1 (en) 2000-06-19 2006-06-22 Kurt Berlin Bisulfite conversion of DNA
DE10038733A1 (de) 2000-08-02 2002-02-21 Epigenomics Ag Verfahren zur Altersbestimmung von Individuen
DK1423528T3 (da) * 2000-09-01 2008-05-13 Epigenomics Ag Fremgangsmåde til bestemmelse af methyleringsgraden af bestemte cytosiner i genomisk DNA i sekvenskonteksten 5-CPG-3
DE10112515B4 (de) * 2001-03-09 2004-02-12 Epigenomics Ag Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierungsmustern mit hoher Sensitivität
DE10131786A1 (de) * 2001-07-04 2003-01-16 Sungene Gmbh & Co Kgaa Rekombinationssysteme und Verfahren zum Entfernen von Nukleinsäuresequenzen aus dem Genom eukaryotischer Organismen
AU2003236461B2 (en) 2002-08-29 2009-05-28 Epigenomics Ag Improved method for bisulfite treatment
US20050271596A1 (en) * 2002-10-25 2005-12-08 Foamix Ltd. Vasoactive kit and composition and uses thereof
CA2540310A1 (en) 2003-10-09 2005-04-28 Epigenomics Ag Improved bisulfite conversion of dna
JP4765058B2 (ja) * 2004-12-13 2011-09-07 国立大学法人 岡山大学 核酸修飾前の検体の前処理方法
JP5167485B2 (ja) * 2005-06-08 2013-03-21 国立大学法人京都大学 メチルシトシンの簡便検出法
US20070037184A1 (en) * 2005-06-16 2007-02-15 Applera Corporation Methods and kits for evaluating dna methylation
CN101033487B (zh) * 2006-03-07 2011-04-06 中国医学科学院阜外心血管病医院 检测与原发性高血压相关的KLK1基因rs5517多态的方法
EP2053131A1 (en) * 2007-10-19 2009-04-29 Ludwig-Maximilians-Universität München Method for determining methylation at deoxycytosine residues
WO2010037001A2 (en) 2008-09-26 2010-04-01 Immune Disease Institute, Inc. Selective oxidation of 5-methylcytosine by tet-family proteins
AU2010282225A1 (en) * 2009-08-12 2012-04-05 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation Detection and analysis of methylation in nucleic acid sequences
WO2011127136A1 (en) 2010-04-06 2011-10-13 University Of Chicago Composition and methods related to modification of 5-hydroxymethylcytosine (5-hmc)
US9611510B2 (en) 2011-04-06 2017-04-04 The University Of Chicago Composition and methods related to modification of 5-methylcytosine (5-mC)
JP5919602B2 (ja) 2011-04-15 2016-05-18 国立研究開発法人理化学研究所 核酸中の５−ヒドロキシメチルシトシンの検出方法及び検出キット
WO2012162139A1 (en) 2011-05-20 2012-11-29 The Regents Of The University Of California Method to estimate age of individual based on epigenetic markers in biological sample
EP2737085B1 (en) 2011-07-29 2016-10-12 Cambridge Epigenetix Limited Methods for detection of nucleotide modification
ES2872073T3 (es) 2011-12-13 2021-11-02 Univ Oslo Hf Procedimientos y kits de detección de estado de metilación
US20140030727A1 (en) 2012-01-20 2014-01-30 Gerd PFEIFER Loss of 5-hydroxymethylcytosine as a biomarker for cancer
WO2013163207A1 (en) 2012-04-24 2013-10-31 Pacific Biosciences Of California, Inc. Identification of 5-methyl-c in nucleic acid templates
US9297806B2 (en) 2012-08-01 2016-03-29 The Johns Hopkins University 5-hydroxymethylcytosine in human cancer
ES2669512T3 (es) 2012-11-30 2018-05-28 Cambridge Epigenetix Limited Agente oxidante para nucleótidos modificados
GB201222693D0 (en) 2012-12-17 2013-01-30 Babraham Inst Novel method
US20160222448A1 (en) 2013-09-27 2016-08-04 The Regents Of The University Of California Method to estimate the age of tissues and cell types based on epigenetic markers
US10519184B2 (en) 2013-09-27 2019-12-31 Peking University 5-formylcytosine specific chemical labeling method and related applications
GB201403216D0 (en) 2014-02-24 2014-04-09 Cambridge Epigenetix Ltd Nucleic acid sample preparation
GB201405226D0 (en) 2014-03-24 2014-05-07 Cambridge Entpr Ltd Nucleic acid preparation method
GB201413318D0 (en) 2014-07-28 2014-09-10 Cambridge Epigenetix Ltd Nucleic acid sample preparation
GB201415761D0 (en) 2014-09-05 2014-10-22 Cambridge Epigenetix Ltd Methods for detection of Nucleotide modification
GB201418621D0 (en) 2014-10-20 2014-12-03 Cambridge Epigenetix Ltd Improved nucleic acid sample preparation using concatenation
GB201418718D0 (en) 2014-10-21 2014-12-03 Cambridge Epigenetix Ltd Improved nucleic acid re-sequencing using a reduced number of identified bases
GB201420428D0 (en) 2014-11-18 2014-12-31 Cambridge Epigenetix Ltd Methods for nucleic acid isolation
GB201506669D0 (en) 2015-04-20 2015-06-03 Cambridge Epigenetix Ltd Nucleic acid sample enrichment
WO2016189288A1 (en) 2015-05-22 2016-12-01 Cambridge Epigenetix Ltd Nucleic acid sample enrichment
WO2017039002A1 (ja) 2015-09-04 2017-03-09 国立大学法人東京大学 ５－ヒドロキシメチルシトシン酸化剤及び５－ヒドロキシメチルシトシン解析方法
CN105648537B (zh) 2016-03-02 2018-06-29 上海易毕恩基因科技有限公司 Dna5-甲基胞嘧啶与5-羟甲基胞嘧啶基因图谱测序方法

Also Published As

Publication number Publication date
BR112014002252A2 (pt) 2018-04-24
JP2017148064A (ja) 2017-08-31
EP2737085A2 (en) 2014-06-04
JP6138118B2 (ja) 2017-05-31
JP2019193661A (ja) 2019-11-07
WO2013017853A3 (en) 2013-04-18
JP6679127B2 (ja) 2020-04-15
AU2012291873B2 (en) 2016-03-10
CN103827321A (zh) 2014-05-28
HK1198547A1 (en) 2015-05-15
US20200095633A1 (en) 2020-03-26
US20160258014A1 (en) 2016-09-08
ES2811260T3 (es) 2021-03-11
CN107254539A (zh) 2017-10-17
EP3141616A1 (en) 2017-03-15
CN103827321B (zh) 2017-08-25
WO2013017853A2 (en) 2013-02-07
AU2016202081A1 (en) 2016-05-19
ES2609845T3 (es) 2017-04-24
AU2012291873A1 (en) 2014-02-20
US20140178881A1 (en) 2014-06-26
GB2507231B (en) 2014-07-30
IL230610A0 (en) 2014-03-31
RU2612902C2 (ru) 2017-03-13
EP2737085B1 (en) 2016-10-12
AU2016202081B2 (en) 2018-05-31
US10428381B2 (en) 2019-10-01
CA2843221A1 (en) 2013-02-07
PL2737085T3 (pl) 2017-06-30
GB2507231A (en) 2014-04-23
DK2737085T3 (en) 2017-01-23
GB201402913D0 (en) 2014-04-02
JP2014521329A (ja) 2014-08-28
EP3141616B1 (en) 2020-05-13
US9290807B2 (en) 2016-03-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2014101951A (ru) Способы обнаружения модификации нуклеотидов
CN118291584A (zh) 基于核酸酶的rna耗尽
Bowden et al. A method for DNA and RNA co-extraction for use on forensic samples using the Promega DNA IQ™ system
DE602004030156D1 (de) Verfahren zur quantitativen bewertung einer umordnung oder einer gezielten genetischen rekombination bei einem individuum sowie verwendungen davon
CN104131072B (zh) 一种对未知检材进行个体识别和亲权鉴定的方法和系统
RU2013113407A (ru) Способы улавливания и секвенирования нуклеиновых кислот
Geng et al. Minimizing inhibition of PCR-STR typing using digital agarose droplet microfluidics
CN103060429A (zh) 一种天赋潜能评估的飞行质谱生物芯片及其检测方法
JP2021536255A (ja) Ｒｎａライブラリーの構築のための方法及びキット
Kubo et al. Rapid detection of blood and semen mRNA markers by reverse transcription-recombinase polymerase amplification
CN101845496A (zh) 一种免dna提取型荧光标记str复合扩增检测系统
BRPI0414283A (pt) métodos, composições e kits para a concentração e detecção de microorganismos
CN108130366B (zh) 一种构建人miRNA测序文库进行高通量测序的方法
Martel et al. A simple method for elimination of false positive results in RT-PCR
RU2015104459A (ru) Способ одновременной генодиагностики двух мутантных аллелей, вызывающих CVM и BLAD у крупного рогатого скота и тест-система для его осуществления
US20180282789A1 (en) Time Lapse Sequencing: A convertible-nucleoside approach to enrichment-free analysis of RNA dynamics
CN111172260A (zh) 检测人尿液或血液样本中的线粒体基因组的方法及试剂盒
CN108103173B (zh) 一种构建小鼠miRNA测序文库进行高通量测序的方法
KR20090111407A (ko) 인간 성염색체 짧은 연쇄반복 염기서열의 동시증폭 키트 및방법
CN108018341B (zh) 一种构建果蝇miRNA测序文库进行高通量测序的方法
CN210656930U (zh) 长链非编码rna的测序文库构建单元和对长链非编码rna进行测序的系统
CN105671186B (zh) 用于评估人数学能力的基因以及检测试剂盒和检测方法
CN107385026B (zh) 一组与乳腺癌相关的突变基因及其辅助诊断试剂盒
JP6606948B2 (ja) 識別対象の塩基が５−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法、核酸誘導体及びキット
DE50204689D1 (de) Verfahren zum nachweis von gram-positiven bakterien

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20180728