RU2011107993A - Алгоритм обнаружения для пцр-анализа - Google Patents

Алгоритм обнаружения для пцр-анализа Download PDF

Info

Publication number
RU2011107993A
RU2011107993A RU2011107993/10A RU2011107993A RU2011107993A RU 2011107993 A RU2011107993 A RU 2011107993A RU 2011107993/10 A RU2011107993/10 A RU 2011107993/10A RU 2011107993 A RU2011107993 A RU 2011107993A RU 2011107993 A RU2011107993 A RU 2011107993A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
approximately
specified
target nucleic
nucleic acid
nucleotide probe
Prior art date
Application number
RU2011107993/10A
Other languages
English (en)
Inventor
Джон Роберт ЛИНК (US)
Джон Роберт ЛИНК
Бэрри Эдвард БОЙЕС (US)
Бэрри Эдвард БОЙЕС
Original Assignee
Смитс Детекшн Инк. (Us)
Смитс Детекшн Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Смитс Детекшн Инк. (Us), Смитс Детекшн Инк. filed Critical Смитс Детекшн Инк. (Us)
Publication of RU2011107993A publication Critical patent/RU2011107993A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
    • C12Q2527/107—Temperature of melting, i.e. Tm

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)

Abstract

1. Способ обнаружения гибридизации меченого нуклеотидного зонда с целевой нуклеиновой кислотой, включающий: ! (a) приведение образца, который предположительно содержит целевую нуклеиновую кислоту, во взаимодействие с меченым нуклеотидным зондом, который гибридизуется с указанной целевой нуклеиновой кислотой; ! (b) измерение интенсивности свечения указанной метки при первом значении температуры и при втором значении температуры, при этом указанное первое значение температуры меньше, чем указанное второе значение температуры; ! (c) вычисление соотношения (i) интенсивности свечения указанной метки при указанном первом значении температуры к (ii) интенсивности свечения указанной метки при указанном втором значении температуры, при этом отношение, составляющее, по меньшей мере, 0,8, указывает на присутствие указанной целевой нуклеиновой кислоты. ! 2. Способ по п.1, отличающийся тем, что на присутствие указанной целевой нуклеиновой кислоты указывает соотношение, составляющее, по меньшей мере, 0,9. ! 3. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанное первое значение температуры меньше, чем температура плавления указанного меченого нуклеотидного зонда, а указанная вторая температура выше, чем температура плавления указанного меченого нуклеотидного зонда. ! 4. Способ по п.3, отличающийся тем, что указанное второе значение температуры составляет приблизительно 85°С, приблизительно 86°С, приблизительно 87°С, приблизительно 88°С, приблизительно 89°С, приблизительно 90°С, приблизительно 91°С, приблизительно 92°С, приблизительно 93°С, приблизительно 94°С, или приблизительно 95°С. ! 5. Способ по п.3, отличающийся тем, что указанное первое з�

Claims (31)

1. Способ обнаружения гибридизации меченого нуклеотидного зонда с целевой нуклеиновой кислотой, включающий:
(a) приведение образца, который предположительно содержит целевую нуклеиновую кислоту, во взаимодействие с меченым нуклеотидным зондом, который гибридизуется с указанной целевой нуклеиновой кислотой;
(b) измерение интенсивности свечения указанной метки при первом значении температуры и при втором значении температуры, при этом указанное первое значение температуры меньше, чем указанное второе значение температуры;
(c) вычисление соотношения (i) интенсивности свечения указанной метки при указанном первом значении температуры к (ii) интенсивности свечения указанной метки при указанном втором значении температуры, при этом отношение, составляющее, по меньшей мере, 0,8, указывает на присутствие указанной целевой нуклеиновой кислоты.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что на присутствие указанной целевой нуклеиновой кислоты указывает соотношение, составляющее, по меньшей мере, 0,9.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанное первое значение температуры меньше, чем температура плавления указанного меченого нуклеотидного зонда, а указанная вторая температура выше, чем температура плавления указанного меченого нуклеотидного зонда.
4. Способ по п.3, отличающийся тем, что указанное второе значение температуры составляет приблизительно 85°С, приблизительно 86°С, приблизительно 87°С, приблизительно 88°С, приблизительно 89°С, приблизительно 90°С, приблизительно 91°С, приблизительно 92°С, приблизительно 93°С, приблизительно 94°С, или приблизительно 95°С.
5. Способ по п.3, отличающийся тем, что указанное первое значение температуры составляет приблизительно 40°С, приблизительно 41°С, приблизительно 42°С, приблизительно 43°С, приблизительно 44°С, приблизительно 45°С, приблизительно 46°С, приблизительно 47°С, приблизительно 48°С, приблизительно 49°С, приблизительно 50°С, приблизительно 51°С, приблизительно 52°С, приблизительно 53°С, приблизительно 54°С, приблизительно 55°С, приблизительно 56°С, приблизительно 57°С, приблизительно 58°С, приблизительно 59°С, приблизительно 60°С, приблизительно 61°С, приблизительно 62°С, приблизительно 63°С, приблизительно 64°С, приблизительно 65°С, приблизительно 66°С, приблизительно 67°С, приблизительно 68°С, приблизительно 69°С, приблизительно 70°С, приблизительно 71°С или приблизительно 72°С.
6. Способ по п.3, отличающийся тем, что указанное первое значение температуры составляет приблизительно 50°С, и указанное второе значение температуры составляет приблизительно 95°С.
7. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный меченый нуклеотидный зонд содержит флуоресцентную метку.
8. Способ по п.7, отличающийся тем, что указанный нуклеотидный зонд дополнительно содержит молекулу гасителя, которая поглощает излучение указанной флуоресцентной метки так, что, когда молекула указанного гасителя и флуоресцентная метка находятся в непосредственной близости, флуоресцентное излучение указанной флуоресцентной метки не обнаруживается или, по меньшей мере, обнаруживается в меньшей степени, чем, когда молекула указанного гасителя и флуоресцентная метка не находятся в непосредственной близости.
9. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный нуклеотидный зонд представляет собой молекулярный маяк или линейный зонд.
10. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанная целевая нуклеиновая кислота представляет собой ДНК.
11. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанная целевая нуклеиновая кислота представляет собой РНК.
12. Способ по п.1, отличающийся тем, что этапы (b) и (с) повторяют, по меньшей мере, дважды.
13. Способ по п.12, отличающийся тем, что среднее соотношение рассчитывают на основании многократных измерений.
14. Способ по п.13, отличающийся тем, что указанное измерение осуществляют после проведения реакции ПЦР.
15. Способ по п.13, отличающийся тем, что реакция ПЦР включает:
i) приведение образца, который предположительно содержит указанную целевую нуклеиновую кислоту, во взаимодействие с указанным меченым нуклеотидным зондом в растворе, содержащем подходящие праймеры, ферменты и субстраты, с получением реакционной смеси; и
ii) осуществление циклического воздействия на указанную реакционную смесь температур денатурации, отжига и удлинения цепи, подходящих для амплификации указанной целевой нуклеиновой кислоты.
16. Способ обнаружения гибридизации меченого нуклеотидного зонда с целевой нуклеиновой кислотой, включающий:
(a) приведение образца, который предположительно содержит целевую нуклеиновую кислоту, во взаимодействие с меченым нуклеотидным зондом, который гибридизуется с указанной целевой нуклеиновой кислотой;
(b) измерение интенсивности свечения указанной метки в, по меньшей мере, два различных момента времени; и
(c) вычисление углового коэффициента для изменения интенсивности свечения указанной метки как функции времени.
17. Способ по п.16, отличающийся тем, что положительный угловой коэффициент указывает на присутствие указанной целевой нуклеиновой кислоты, когда интенсивность сигнала, вырабатываемого указанным меченым нуклеотидным зондом больше, когда он связан с указанной целевой нуклеиновой кислотой, по сравнению с интенсивностью сигнала, вырабатываемого указанным меченым нуклеотидным зондом, когда он не связан с указанной целевой нуклеиновой кислотой.
18. Способ по п.16, отличающийся тем, что указанная целевая нуклеиновая кислота представляет собой ДНК.
19. Способ по п.16, отличающийся тем, что указанная целевая нуклеиновая кислота представляет собой РНК.
20. Способ по п.16, отличающийся тем, что указанный меченый нуклеотидный зонд представляет собой флуоресцентно-меченый нуклеотидный зонд.
21. Способ по п.20, отличающийся тем, что указанный нуклеотидный зонд представляет собой молекулярный маяк или линейный зонд.
22. Способ по п.16, отличающийся тем, что указанное измерение осуществляют при изотермических условиях.
23. Способ по п.16, отличающийся тем, что указанное измерение осуществляют после проведения указанной реакции ПЦР.
24. Способ по п.23, отличающийся тем, что указанное измерение завершают в интервал времени, равный от приблизительно 1 до приблизительно 10 мин после завершения указанной реакции ПЦР.
25. Способ по п.23, отличающийся тем, что указанная реакция ПЦР включает:
(i) приведение образца, который предположительно содержит указанную целевую нуклеиновую кислоту, во взаимодействие с указанным меченым нуклеотидным зондом в растворе, содержащем подходящие праймеры, ферменты, субстраты и буфер, с получением реакционной смеси; и
(ii) осуществление циклического воздействия на указанную реакционную смесь при температур денатурации, отжига и удлинения цепи, подходящих для амплификации указанной целевой нуклеиновой кислоты.
26. Способ по п.16, отличающийся тем, что указанный угловой коэффициент рассчитывают путем вычисления первой производной от интенсивности свечения метки как функции времени.
27. Способ по п.26, отличающийся тем, что интенсивность свечения указанной метки как функцию времени рассчитывают путем подбора методом наименьших квадратов кривой для измерений интенсивности свечения указанной метки как функции времени.
28. Способ по п.16, отличающийся тем, что указанный угловой коэффициент рассчитывают путем аппроксимации результатов измерений интенсивности свечения указанной метки как функции времени следующим уравнением:
у=mx+b,
в котором y представляет собой интенсивность свечения метки, х представляет собой время, и m представляет собой указанный угловой коэффициент.
29. Способ по п.16, отличающийся тем, что указанный угловой коэффициент кривой рассчитывают по формуле:
Figure 00000001
,
где m представляет собой указанный угловой коэффициент кривой, (x1, y1) и (x2, y2) представляют собой, по меньшей мере, два различных момента времени и x1≠х2.
30. Способ по п.16, дополнительно включающий вычисление кинетики гибридизации указанных меченого нуклеотидного зонда и целевой нуклеиновой кислоты на основании указанного углового коэффициента интенсивности свечения метки как функции времени.
31. Способ по п.16, отличающийся тем, что применяют, по меньшей мере, два меченых нуклеотидных зонда, каждый из которых гибридизуется с различными целевыми нуклеиновыми кислотами, при этом каждый зонд гибридизуется при температуре, отличной от температуры гибридизации другого зонда.
RU2011107993/10A 2008-08-08 2009-08-10 Алгоритм обнаружения для пцр-анализа RU2011107993A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US13604008P 2008-08-08 2008-08-08
US61/136,040 2008-08-08

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2011107993A true RU2011107993A (ru) 2012-09-20

Family

ID=41259286

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2011107993/10A RU2011107993A (ru) 2008-08-08 2009-08-10 Алгоритм обнаружения для пцр-анализа

Country Status (10)

Country Link
US (1) US20110151461A1 (ru)
EP (1) EP2315844A1 (ru)
JP (1) JP2011530296A (ru)
KR (1) KR20110052681A (ru)
CN (1) CN102112632A (ru)
AU (1) AU2009279457A1 (ru)
BR (1) BRPI0917434A2 (ru)
CA (1) CA2733186A1 (ru)
RU (1) RU2011107993A (ru)
WO (1) WO2010017543A1 (ru)

Families Citing this family (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102301007A (zh) * 2008-12-10 2011-12-28 史密斯探测公司 使用随温度而变的杂交对核酸序列进行鉴定与区分
US20130203057A1 (en) * 2012-01-20 2013-08-08 Biohelix Corporation Step-wise detection of multiple target sequences in isothermal nucleic acid amplification reactions
EP4361607A2 (en) 2012-02-03 2024-05-01 California Institute of Technology Signal encoding and decoding in multiplexed biochemical assays
WO2014022827A1 (en) * 2012-08-03 2014-02-06 California Institute Of Technology Multiplexing and quantification in pcr with reduced hardware and requirements
WO2015147370A1 (en) * 2014-03-28 2015-10-01 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences using different detection temperatures
WO2016093620A1 (en) 2014-12-09 2016-06-16 Seegene, Inc. Differentiation of signals for target nucleic acid sequences
EP3230474A4 (en) * 2014-12-09 2018-04-25 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences using different detection temperatures and reference values
KR102110999B1 (ko) * 2016-01-26 2020-05-14 주식회사 씨젠 타겟 핵산 서열에 대한 시그널을 제공하는 방법
KR20200115552A (ko) * 2018-01-22 2020-10-07 루미넥스 코포레이션 별개의 용융 분석을 위한 방법 및 조성물
WO2023068823A1 (ko) * 2021-10-21 2023-04-27 주식회사 씨젠 시료 내 표적 분석물질에 대한 양음성 판독 장치 및 방법

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) * 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US5475098A (en) * 1994-06-14 1995-12-12 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Distinctive DNA sequence of E. coli 0157:H7 and its use for the rapid, sensitive and specific detection of 0157:H7 and other enterohemorrhagic E. coli
EP1092047B1 (en) * 1998-07-02 2009-08-26 Gen-Probe Incorporated Molecular torches
US20050202470A1 (en) * 2000-11-16 2005-09-15 Caliper Life Sciences, Inc. Binding assays using molecular melt curves
US8900811B2 (en) * 2000-11-16 2014-12-02 Caliper Life Sciences, Inc. Method and apparatus for generating thermal melting curves in a microfluidic device
WO2003037514A2 (en) * 2001-10-30 2003-05-08 The Texas A & M University System Method and apparatus for temperature gradient microfluidics
US7831417B2 (en) * 2005-11-14 2010-11-09 Gen-Probe Incorporated Parametric calibration method

Also Published As

Publication number Publication date
CA2733186A1 (en) 2010-02-11
JP2011530296A (ja) 2011-12-22
EP2315844A1 (en) 2011-05-04
WO2010017543A1 (en) 2010-02-11
KR20110052681A (ko) 2011-05-18
CN102112632A (zh) 2011-06-29
AU2009279457A1 (en) 2010-02-11
BRPI0917434A2 (pt) 2015-12-01
US20110151461A1 (en) 2011-06-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2011107993A (ru) Алгоритм обнаружения для пцр-анализа
JP2011530296A5 (ru)
JP5725670B2 (ja) リアルタイム遺伝子発現プロフィール解析
JP6085564B2 (ja) 標的核酸の検出法
CN103069009B (zh) 环介导等温扩增(lamp)的序列特异性实时监测
HUP0101385A2 (hu) Eljárás nukleinsavak detektálására PCR-módszerrel
RU2011117297A (ru) Праймеры и зонды для обнаружения вируса папилломы человека и последовательностей бета-глобина человека в исследуемых образцах
JP2008516612A5 (ru)
CN108431235A (zh) 靶核酸的等温环介导扩增(lamp)的荧光检测的方法，寡核苷酸及其试剂盒
CA2784344A1 (en) Tsg primer target detection
KR20120042100A (ko) 이중표지 고정화 프로브를 이용한 고상에서의 타겟 핵산서열 검출
Cheng et al. Ligase chain reaction coupled with rolling circle amplification for high sensitivity detection of single nucleotide polymorphisms
RU2558236C2 (ru) Система анализа для обнаружения близкородственных серотипов вируса папилломы человека (впч)
RU2011132045A (ru) Праймеры и зонды для детектирования вируса гепатита с
JP6720161B2 (ja) 複数の標的核酸の検出キット及びそれを用いる検出方法
US20110015086A1 (en) Programmable oligonucleotme micro array
KR101190792B1 (ko) 변형 뉴클레오티드 및 이를 이용한 실시간 중합효소 반응
CN111793717A (zh) 用于检测新型冠状病毒的特异性引物对、探针及试剂盒
CA2549059A1 (en) Oligonucleotides for the detection of hepatitis b virus
WO2011025329A2 (en) Detecting methods of dna amplification using new intercalating agent
US20180087096A1 (en) Gene mutation detection method and fluorescence-labeled oligonucleotide used in same
EP3156501A1 (en) Method for detecting escherichia coli and carrier for detecting escherichia coli
JP2004313120A (ja) β３アドレナリン受容体変異遺伝子の検出法ならびにそのための核酸プローブおよびキット
ES2839874T3 (es) Método para detectar la presencia de una cepa de Clostridium difficile hipervirulenta
RU2675378C1 (ru) Способ детекции последовательностей нуклеотидов методом полимеразной цепной реакции в реальном времени с универсальным зондом

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20120813