RU2011132045A - Праймеры и зонды для детектирования вируса гепатита с - Google Patents
Праймеры и зонды для детектирования вируса гепатита с Download PDFInfo
- Publication number
- RU2011132045A RU2011132045A RU2011132045/10A RU2011132045A RU2011132045A RU 2011132045 A RU2011132045 A RU 2011132045A RU 2011132045/10 A RU2011132045/10 A RU 2011132045/10A RU 2011132045 A RU2011132045 A RU 2011132045A RU 2011132045 A RU2011132045 A RU 2011132045A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- seq
- probe
- test sample
- complements
- sequence
- Prior art date
Links
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims abstract 37
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 title claims abstract 13
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract 14
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract 10
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract 10
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 7
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims 5
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims 5
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 2
- 238000012340 reverse transcriptase PCR Methods 0.000 claims 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
- C12Q1/707—Specific hybridization probes for hepatitis non-A, non-B Hepatitis, excluding hepatitis D
Abstract
1. Праймер для амплификации вируса гепатита С в тестируемом образце, где праймер имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6 и их комплементов.2. Зонд для детектирования вируса гепатита С в тестируемом образце, где зонд имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, и их комплементов.3. Набор праймеров для амплификации вируса гепатита С в тестируемом образце, где набор праймеров содержит:(a) по меньшей мере, один прямой праймер, имеющий последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, их комплементов и любых их комбинаций; и(b) по меньшей мере, один обратный праймер, имеющий последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, их комплементов и любых их комбинаций.4. Набор праймеров и зондов для детектирования вируса гепатита С в тестируемом образце, содержащий:(a) два прямых праймера, имеющих последовательность: SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:2, или их комплементы, и четыре обратных праймера, имеющих последовательность: SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6 или их комплементы; и(b) два зонда, имеющих последовательность: SEQ ID NO: 7 и SEQ ID NO: 8 или их комплементы.5. Способ детектирования вируса гепатита С в тестируемом образце, причем способ включает стадии:(a) приведения тестируемого образца в контакт по меньшей мере с одним прямым праймером, имеющим последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:2 или их комплементов, и, по меньшей мере, с одним обратным праймером, имеющим последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6 или их комплементов, в условиях амплификации
Claims (17)
1. Праймер для амплификации вируса гепатита С в тестируемом образце, где праймер имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6 и их комплементов.
2. Зонд для детектирования вируса гепатита С в тестируемом образце, где зонд имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, и их комплементов.
3. Набор праймеров для амплификации вируса гепатита С в тестируемом образце, где набор праймеров содержит:
(a) по меньшей мере, один прямой праймер, имеющий последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, их комплементов и любых их комбинаций; и
(b) по меньшей мере, один обратный праймер, имеющий последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, их комплементов и любых их комбинаций.
4. Набор праймеров и зондов для детектирования вируса гепатита С в тестируемом образце, содержащий:
(a) два прямых праймера, имеющих последовательность: SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:2, или их комплементы, и четыре обратных праймера, имеющих последовательность: SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6 или их комплементы; и
(b) два зонда, имеющих последовательность: SEQ ID NO: 7 и SEQ ID NO: 8 или их комплементы.
5. Способ детектирования вируса гепатита С в тестируемом образце, причем способ включает стадии:
(a) приведения тестируемого образца в контакт по меньшей мере с одним прямым праймером, имеющим последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:2 или их комплементов, и, по меньшей мере, с одним обратным праймером, имеющим последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6 или их комплементов, в условиях амплификации с получением первой целевой последовательности; и
(b) детектирования гибридизации между первой целевой последовательностью и, по меньшей мере, одним зондом в качестве показателя присутствия вируса гепатита С в тестируемом образце, где, по меньшей мере, один зонд имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO: 7 или SEQ ID NO:8 или их комплементов.
6. Способ по п.5, где условия амплификации включают подвергание тестируемого образца реакции амплификации, проводимой в присутствии подходящих реагентов амплификации.
7. Способ по п.6, где реакция амплификации включает, по меньшей мере, одну из:
a) ПЦР;
b) ПЦР в реальном времени или
c) ПЦР с обратной транскриптазой (ОТ-ПЦР).
8. Способ по п.5, где, по меньшей мере, один зонд помечен с помощью детектируемой метки.
9. Способ по п.8, где детектируемая метка прямо присоединена, по меньшей мере, к одному зонду.
10. Способ по п.8, где детектируемая метка косвенно присоединена, по меньшей мере, к одному зонду.
11. Способ по п.8, где детектируемую метку можно детектировать непосредственно.
12. Способ по п.8, где детектируемую метку можно детектировать косвенно.
13. Способ по п.8, где детектируемая метка содержит флуоресцентный компонент, присоединенный к 5'-концу, по меньшей мере, одного зонда.
14. Способ по п.13, где, по меньшей мере, один зонд дополнительно содержит компонент гасителя, присоединенный к 3'-концу, по меньшей мере, одного зонда.
15. Способ по п.5, дополнительно включающий стадии:
(a) проведения тестируемого образца в контакт с прямым праймером, имеющим последовательность SEQ ID NO: 1 или ее комплемента, и с обратным праймером, имеющим последовательность SEQ ID NO: 3 или ее комплемента, в условиях амплификации с получением второй целевой последовательности; и
(b) детектирование гибридизации между второй целевой последовательностью и зондом, имеющим последовательность SEQ ID NO:7 или ее комплемента, в качестве показателя присутствия HCV в тестируемом образце.
16. Набор реагентов для детектирования вируса гепатита C в тестируемом образце, причем набор реагентов содержит:
(a) по меньшей мере один прямой праймер, имеющий последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, их комплементов и любых их комбинаций;
(b) по меньшей мере, один обратный праймер, имеющий последовательность, выбранную из группы, состоящей из: SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, их комплементов и любых их комбинаций; и
(c) реагентов амплификации.
17. Набор реагентов по п.16, дополнительно содержащий по меньшей мере один зонд, где по меньшей мере один зонд выбран из группы, состоящей из: SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8 и их комплементов.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US14185008P | 2008-12-31 | 2008-12-31 | |
| US61/141,850 | 2008-12-31 | ||
| PCT/US2009/069641 WO2010078291A1 (en) | 2008-12-31 | 2009-12-29 | Primers and probes for detecting hepatitis c virus |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2011132045A true RU2011132045A (ru) | 2013-02-10 |
Family
ID=42060657
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2011132045/10A RU2011132045A (ru) | 2008-12-31 | 2009-12-29 | Праймеры и зонды для детектирования вируса гепатита с |
Country Status (7)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20100261154A1 (ru) |
| EP (1) | EP2370601A1 (ru) |
| JP (1) | JP2012513757A (ru) |
| AU (1) | AU2009335156A1 (ru) |
| CA (1) | CA2741596A1 (ru) |
| RU (1) | RU2011132045A (ru) |
| WO (1) | WO2010078291A1 (ru) |
Families Citing this family (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20120052482A1 (en) * | 2010-08-27 | 2012-03-01 | Samsung Techwin Co., Ltd. | Kit for detecting hepatitis c virus and method of detecting hepatitis c virus using the same |
| EP2643461B1 (en) * | 2011-09-07 | 2016-06-15 | Grifols Therapeutics Inc. | Methods, compositions, and kits for determining hepatitis a virus |
| WO2017212023A1 (en) * | 2016-06-10 | 2017-12-14 | Roche Diagnostics Gmbh | Compositions and methods for detection of hepatitis c virus genotype 3 |
| US10443095B2 (en) | 2016-08-02 | 2019-10-15 | Roche Molecular Systems, Inc. | Helper oligonucleotide for improved efficiency of amplification and detection/quantitation of nucleic acids |
| EP3628060A1 (en) * | 2017-10-03 | 2020-04-01 | Abbott Molecular Inc. | Assay for detecting hepatitis c virus (hcv) |
Family Cites Families (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6153421A (en) * | 1997-07-18 | 2000-11-28 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services | Cloned genomes of infectious hepatitis C viruses and uses thereof |
| JP4709545B2 (ja) * | 2002-07-26 | 2011-06-22 | ノバルティス バクシンズ アンド ダイアグノスティックス，インコーポレーテッド | 修飾された低分子干渉ｒｎａ分子および使用方法 |
| JP2007518425A (ja) * | 2004-01-23 | 2007-07-12 | バイオメリュー・インコーポレイテッド | Ｈｃｖ３’非翻訳領域を効率的に増幅および検出するためのプライマーおよびプローブの設計 |
| WO2007130519A2 (en) * | 2006-05-02 | 2007-11-15 | Government Of The Usa, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Viral nucleic acid microarray and method of use |
-
2009
- 2009-12-29 RU RU2011132045/10A patent/RU2011132045A/ru not_active Application Discontinuation
- 2009-12-29 EP EP09795672A patent/EP2370601A1/en not_active Withdrawn
- 2009-12-29 CA CA2741596A patent/CA2741596A1/en not_active Abandoned
- 2009-12-29 JP JP2011543708A patent/JP2012513757A/ja not_active Withdrawn
- 2009-12-29 WO PCT/US2009/069641 patent/WO2010078291A1/en active Application Filing
- 2009-12-29 US US12/648,311 patent/US20100261154A1/en not_active Abandoned
- 2009-12-29 AU AU2009335156A patent/AU2009335156A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CA2741596A1 (en) | 2010-07-08 |
| AU2009335156A1 (en) | 2010-07-08 |
| JP2012513757A (ja) | 2012-06-21 |
| WO2010078291A1 (en) | 2010-07-08 |
| EP2370601A1 (en) | 2011-10-05 |
| US20100261154A1 (en) | 2010-10-14 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2011117297A (ru) | Праймеры и зонды для обнаружения вируса папилломы человека и последовательностей бета-глобина человека в исследуемых образцах | |
| Zaghloul et al. | Recombinase polymerase amplification as a promising tool in hepatitis C virus diagnosis | |
| EP1716257B8 (en) | New primers and probes for the detection of parvovirus b19 | |
| JP2012504414A5 (ru) | ||
| RU2007127447A (ru) | Способ детекции hpv, а также зонды, праймеры и наборы | |
| RU2011125332A (ru) | Определение множественной пцр в реальном времени на твердых поверхностях с использованием красителей со специфичностью к двухцепочечным нуклеиновым кислотам | |
| CA2321185A1 (en) | Method for detection of target nucleic acids using pcr | |
| RU2011132045A (ru) | Праймеры и зонды для детектирования вируса гепатита с | |
| RU2011107993A (ru) | Алгоритм обнаружения для пцр-анализа | |
| AU2020100696A4 (en) | LAMP-TaqMan ASSAY KIT FOR PIGEON NEWCASTLE DISEASE VIRUS | |
| CN103397105B (zh) | 一种检测gii型诺如病毒的试剂盒及其用途 | |
| CA2268753A1 (en) | Nucleic acid primers and probes for detecting oncogenic human papillomaviruses | |
| CN106086242A (zh) | 一种用于黄病毒属快速分型及病毒载量检测的试剂盒 | |
| JP4571857B2 (ja) | Ｂ型肝炎ウイルスの核酸の検出および定量のためのポリヌクレオチド | |
| RU2008123008A (ru) | Специфические олигонуклеотидные последовательности chlamydia trachomatis | |
| RU2012126088A (ru) | Детектирование aad-12-события 416 у сои | |
| CN113584224A (zh) | 基于lamp技术检测新型冠状病毒的引物探针组合、试剂盒及检测方法 | |
| KR20120020067A (ko) | 헤파티티스 ｃ 바이러스 검출용 키트 및 이를 이용한 헤파티티스 ｃ 바이러스의 검출 방법 | |
| Gong et al. | Advances in loop-mediated isothermal amplification: integrated with several point-of-care diagnostic methods | |
| CN103589782A (zh) | 大豆转基因检测试剂盒 | |
| ES2640570T3 (es) | Ensayo de doble sonda para la detección de VHC | |
| CN102212615A (zh) | 基于耐高温RNase HII的单核苷酸多态性检测方法 | |
| CN104328216A (zh) | 一种埃博拉病毒快速分型鉴别检测试剂盒 | |
| RU2012139221A (ru) | Система анализа для обнаружения близкородственных серотипов вируса папилломы человека (впч) | |
| CN102094079A (zh) | 原位qcm环介导恒温核酸扩增快速检测方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20140303 |