RU2011125332A - Определение множественной пцр в реальном времени на твердых поверхностях с использованием красителей со специфичностью к двухцепочечным нуклеиновым кислотам - Google Patents
Определение множественной пцр в реальном времени на твердых поверхностях с использованием красителей со специфичностью к двухцепочечным нуклеиновым кислотам Download PDFInfo
- Publication number
- RU2011125332A RU2011125332A RU2011125332/10A RU2011125332A RU2011125332A RU 2011125332 A RU2011125332 A RU 2011125332A RU 2011125332/10 A RU2011125332/10 A RU 2011125332/10A RU 2011125332 A RU2011125332 A RU 2011125332A RU 2011125332 A RU2011125332 A RU 2011125332A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleic acids
- target nucleic
- nucleic acid
- capture probes
- determination
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ мониторинга амплификации одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот, включающий следующие стадии:а. получение подложки, содержащей иммобилизованное на ее поверхности множество зондов захвата нуклеиновой кислоты, каждый из которых комплементарен целевой нуклеиновой кислоте, причем зонды захвата нуклеиновой кислоты с различной идентичностью пространственно отделены друг от друга;b. добавление к указанной подложке образца одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот и дополнительных реактивов, необходимых для амплификации нуклеиновой кислоты в полимеразной цепной реакции, включающих прямой и обратный праймеры и по меньшей мере один краситель, который способен специфически взаимодействовать с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами;с. амплификация одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот посредством процесса, включающего термоциклирование, которая включает стадии:i. денатурация одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот;ii. отжиг прямого и обратного праймеров с соответствующими цепями денатурированных цепей одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот;iii. элонгация прямого и обратного праймеров, подвергшихся отжигу;d. определение концентрации амплифицированных целевых нуклеиновых кислот в образце;е. гибридизация денатурированных одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот со стадии c.i. с зондами захвата нуклеиновых кислот необязательно параллельно со стадией элонгации c.ii.;f. определение гибридизации указанной одной или нескольких амплифицированных целевых нуклеиновых кислот со стадии d. с указанными зондами захвата посредством определения сигнала, генери
Claims (13)
1. Способ мониторинга амплификации одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот, включающий следующие стадии:
а. получение подложки, содержащей иммобилизованное на ее поверхности множество зондов захвата нуклеиновой кислоты, каждый из которых комплементарен целевой нуклеиновой кислоте, причем зонды захвата нуклеиновой кислоты с различной идентичностью пространственно отделены друг от друга;
b. добавление к указанной подложке образца одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот и дополнительных реактивов, необходимых для амплификации нуклеиновой кислоты в полимеразной цепной реакции, включающих прямой и обратный праймеры и по меньшей мере один краситель, который способен специфически взаимодействовать с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами;
с. амплификация одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот посредством процесса, включающего термоциклирование, которая включает стадии:
i. денатурация одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот;
ii. отжиг прямого и обратного праймеров с соответствующими цепями денатурированных цепей одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот;
iii. элонгация прямого и обратного праймеров, подвергшихся отжигу;
d. определение концентрации амплифицированных целевых нуклеиновых кислот в образце;
е. гибридизация денатурированных одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот со стадии c.i. с зондами захвата нуклеиновых кислот необязательно параллельно со стадией элонгации c.ii.;
f. определение гибридизации указанной одной или нескольких амплифицированных целевых нуклеиновых кислот со стадии d. с указанными зондами захвата посредством определения сигнала, генерируемого по меньшей мере одним красителем, который способен специфически взаимодействовать с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами,
где определение гибридизации выполняют, если определение концентрации амплифицированных последовательностей целевых нуклеиновых кислот в образце показало, что концентрация амплифицированных целевых нуклеиновых кислот превышает порог обнаружения для определения гибридизации.
2. Способ по п.1, который включает следующую дополнительную стадию между стадиями b. и с.:
добавление к указанному образцу двухцепочечной нуклеиновой кислоты с известной идентичностью и дополнительных реактивов, необходимых для амплификации нуклеиновой кислоты в полимеразной цепной реакции, включающих прямой и обратный праймеры и контрольный зонд, который делает возможным флуоресцентное определение при длинах волн, отличающихся от таковых для красителя, который способен специфически взаимодействовать с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами, причем праймеры и контрольный зонд специфичны к указанной двухцепочечной нуклеиновой кислоте с известной идентичностью.
3. Способ по п.1 или 2, в котором определение концентрации амплифицированных последовательностей целевых нуклеиновых кислот в образце включает регистрацию калибровочной кривой, которую получают в результате проведения способов по п.2 или 3 с известной целевой последовательностью нуклеиновой кислоты в определенной концентрации.
4. Способ по п.1, в котором определение гибридизации выполняют, если определение концентраций амплифицированных последовательностей целевых нуклеиновых кислот в образцах показывает, что концентрация амплифицированных целевых нуклеиновых кислот превышает по меньшей мере 50 пМ.
5. Способ по любому из пп.2-4, в котором контрольный зонд содержит по меньшей мере две различных флуоресцентных метки.
6. Способ по п.5, в котором флуоресцентные метки контрольного зонда по меньшей мере с двумя различными флуоресцентными метками выбирают так, что их можно определить посредством резонансного переноса энергии флуоресценции.
7. Способ по п.6, в котором контрольный зонд по меньшей мере с двумя различными флуоресцентными метками выбирают так, что он расщепляется полимеразой, которую используют в полимеразной цепной реакции.
8. Способ по п.7, в котором указанный контрольный зонд представляет собой зонд Taqman.
9. Способ по любому из пп.2-4, в котором контрольный зонд содержит по меньшей мере одну флуоресцентную метку и одну метку гашения.
10. Способ по п.9, в котором указанный контрольный зонд выбран из группы, содержащей праймер Scorpion, праймер Lux, молекулярный маяк или зонд Taqman.
11. Способ по любому из пп.1-10, в котором указанная подложка представляет собой чип зондов захвата нуклеиновой кислоты.
12. Способ по любому из пп.1-11, в котором определение концентрации целевых нуклеиновых кислот, подлежащих гибридизации с зондами захвата, выполняют с использованием конфокального лазерного микроскопа, подхода с затухающими волнами.
13. Способ по любому из пп.1 или 2, в котором зонды захвата метят флуоресцентной меткой так, что эта метка может подвергаться FRET с красителем, способным специфически связываться с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами после связывания красителя с гибридом целевой нуклеиновой кислоты и зонда захвата.
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP08169667 | 2008-11-21 | ||
EP08169667.6 | 2008-11-21 | ||
PCT/IB2009/055119 WO2010058342A1 (en) | 2008-11-21 | 2009-11-17 | Real time multiplex pcr detection on solid surfaces using double stranded nucleic acid specific dyes |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2011125332A true RU2011125332A (ru) | 2012-12-27 |
Family
ID=42061908
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2011125332/10A RU2011125332A (ru) | 2008-11-21 | 2009-11-17 | Определение множественной пцр в реальном времени на твердых поверхностях с использованием красителей со специфичностью к двухцепочечным нуклеиновым кислотам |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20120040853A1 (ru) |
EP (1) | EP2358900A1 (ru) |
JP (1) | JP2012509078A (ru) |
CN (1) | CN102224257A (ru) |
BR (1) | BRPI0916143A2 (ru) |
RU (1) | RU2011125332A (ru) |
WO (1) | WO2010058342A1 (ru) |
Families Citing this family (23)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU2003304209A1 (en) | 2002-09-24 | 2005-01-04 | Bell Helicopter Textron Inc. | Piezoelectric liquid inertia vibration eliminator |
US11001881B2 (en) | 2006-08-24 | 2021-05-11 | California Institute Of Technology | Methods for detecting analytes |
US8637436B2 (en) | 2006-08-24 | 2014-01-28 | California Institute Of Technology | Integrated semiconductor bioarray |
WO2008014485A2 (en) | 2006-07-28 | 2008-01-31 | California Institute Of Technology | Multiplex q-pcr arrays |
US11525156B2 (en) | 2006-07-28 | 2022-12-13 | California Institute Of Technology | Multiplex Q-PCR arrays |
US11560588B2 (en) | 2006-08-24 | 2023-01-24 | California Institute Of Technology | Multiplex Q-PCR arrays |
FI20096013A (fi) * | 2009-10-02 | 2011-04-03 | Finnzymes Oy | Menetelmä reaktioseoksen valmistelemiseksi ja tähän liittyvät tuotteet |
SG185543A1 (en) * | 2010-05-14 | 2012-12-28 | Fluidigm Corp | Assays for the detection of genotype, mutations, and/or aneuploidy |
US8703653B2 (en) | 2011-02-18 | 2014-04-22 | NVS Technologies, Inc. | Quantitative, highly multiplexed detection of nucleic acids |
CN104093857A (zh) * | 2011-11-17 | 2014-10-08 | Nvs技术股份有限公司 | 核酸的定量、高度多重检测 |
WO2015085268A1 (en) * | 2013-12-05 | 2015-06-11 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Modified surfaces |
CN111118121A (zh) | 2013-12-05 | 2020-05-08 | 生捷科技控股公司 | 图案化阵列的制备 |
US10597715B2 (en) | 2013-12-05 | 2020-03-24 | Centrillion Technology Holdings | Methods for sequencing nucleic acids |
US10537889B2 (en) * | 2013-12-31 | 2020-01-21 | Illumina, Inc. | Addressable flow cell using patterned electrodes |
US11060139B2 (en) | 2014-03-28 | 2021-07-13 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Methods for sequencing nucleic acids |
KR101696259B1 (ko) * | 2014-07-23 | 2017-01-13 | 나노바이오시스 주식회사 | 멀티플렉스 pcr 칩 및 이를 포함하는 멀티플렉스 pcr 장치 |
US9708647B2 (en) | 2015-03-23 | 2017-07-18 | Insilixa, Inc. | Multiplexed analysis of nucleic acid hybridization thermodynamics using integrated arrays |
CN104893972B (zh) * | 2015-07-01 | 2016-05-11 | 西安交通大学 | 一种高通量基因测序动态调度控制方法及系统装置 |
US9499861B1 (en) * | 2015-09-10 | 2016-11-22 | Insilixa, Inc. | Methods and systems for multiplex quantitative nucleic acid amplification |
WO2017155858A1 (en) | 2016-03-07 | 2017-09-14 | Insilixa, Inc. | Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension |
CN110016500A (zh) * | 2018-01-10 | 2019-07-16 | 深圳闪量科技有限公司 | 表面探针定量pcr方法 |
KR102195625B1 (ko) * | 2018-08-28 | 2020-12-28 | 주식회사 제이엘메디랩스 | 타겟 물질 검출을 위한 방법 및 키트 |
EP3937780A4 (en) | 2019-03-14 | 2022-12-07 | InSilixa, Inc. | METHODS AND SYSTEMS FOR TIMED FLUORESCENCE-BASED DETECTION |
Family Cites Families (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB0316555D0 (en) * | 2003-07-15 | 2003-08-20 | Densham Daniel | Method |
US20070122808A1 (en) * | 2003-07-15 | 2007-05-31 | Densham Daniel H | Measurement of a polynuleotide amplification reaction |
US20050053950A1 (en) * | 2003-09-08 | 2005-03-10 | Enrique Zudaire Ubani | Protocol and software for multiplex real-time PCR quantification based on the different melting temperatures of amplicons |
JP2008543279A (ja) * | 2005-06-09 | 2008-12-04 | コーニンクレッカ フィリップス エレクトロニクス エヌ ヴィ | 磁気検出を伴った核酸の増幅 |
CN101223425B (zh) | 2005-07-18 | 2011-03-30 | 皇家飞利浦电子股份有限公司 | 使用多层衬底结构的发光传感器 |
EP1788097A1 (en) * | 2005-11-18 | 2007-05-23 | Eppendorf Array Technologies SA | Identification and quantification of a plurality of nucleic acids in an homogeneous assay combining real-time PCR and hybridisation to an array |
EP2077336A1 (en) * | 2007-12-19 | 2009-07-08 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Device and method for parallel quantitative analysis of multiple nucleic acids |
EP2107125A1 (en) * | 2008-03-31 | 2009-10-07 | Eppendorf Array Technologies SA (EAT) | Real-time PCR of targets on a micro-array |
-
2009
- 2009-11-17 US US13/131,333 patent/US20120040853A1/en not_active Abandoned
- 2009-11-17 RU RU2011125332/10A patent/RU2011125332A/ru not_active Application Discontinuation
- 2009-11-17 CN CN2009801464072A patent/CN102224257A/zh active Pending
- 2009-11-17 EP EP09761012A patent/EP2358900A1/en not_active Withdrawn
- 2009-11-17 WO PCT/IB2009/055119 patent/WO2010058342A1/en active Application Filing
- 2009-11-17 JP JP2011536980A patent/JP2012509078A/ja not_active Withdrawn
- 2009-11-17 BR BRPI0916143A patent/BRPI0916143A2/pt not_active IP Right Cessation
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN102224257A (zh) | 2011-10-19 |
WO2010058342A1 (en) | 2010-05-27 |
JP2012509078A (ja) | 2012-04-19 |
US20120040853A1 (en) | 2012-02-16 |
EP2358900A1 (en) | 2011-08-24 |
BRPI0916143A2 (pt) | 2015-11-03 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2011125332A (ru) | Определение множественной пцр в реальном времени на твердых поверхностях с использованием красителей со специфичностью к двухцепочечным нуклеиновым кислотам | |
US10851406B2 (en) | Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids | |
US8211644B2 (en) | Molecular beacon-based methods for detection of targets using abscription | |
EP1716257B8 (en) | New primers and probes for the detection of parvovirus b19 | |
RU2014133695A (ru) | Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида | |
US20070231808A1 (en) | Methods of nucleic acid analysis by single molecule detection | |
RU2007118545A (ru) | Способ анализа по меньшей мере одного продукта одноцепочечной амплификации, набор реагентов для осуществления способа, гибридизационный зонд (варианты), набор олигонуклеотидов с зондом и способ последовательной амплификации-пиросеквенирования | |
WO2009126678A3 (en) | Detection of target nucleic acid sequences using fluorescence resonance energy transfer | |
CA2692633A1 (en) | Method for the simultaneous detection of multiple nucleic acid sequences in a sample | |
US10787700B2 (en) | Methods for detecting multiple nucleic acids in a sample using reporter compounds and binding members thereof | |
US20120183965A1 (en) | Nucleic acid detection | |
JP2022534920A (ja) | 出現による配列決定 | |
US20160230224A1 (en) | Methods and apparatus to sequence a nucleic acid | |
RU2011141720A (ru) | Молекулярное обнаружение, основанное на абскрипции | |
WO2010060046A3 (en) | Dye probe fluorescence resonance energy transfer genotyping | |
WO2011114142A3 (en) | Sequence detection assay | |
RU2011132045A (ru) | Праймеры и зонды для детектирования вируса гепатита с | |
Alshehri | Identification of algae species using advanced molecular techniques | |
US20230101834A1 (en) | Padlock probe-based rolling circle amplification paired with nuclease protection for point-of-need nucleic acid detection | |
WO2015193483A1 (en) | Restriction mediated quantitative polymerase chain reactions | |
Singh et al. | Comparison of qPCR and miniaturized chip-based detection of enterotoxigenic Escherichia coli | |
JP2009044967A (ja) | 二本鎖核酸の形成に係る情報を得る方法 | |
Mariella Jr | LLNL Center for Microtechnology: capabilities, customers, case study--HANAA (Handheld Nucleic Acid Analyzer) | |
US9284599B2 (en) | Method for detecting the presence of specific micro-organisms and device for the same | |
WO2016077602A1 (en) | Next generation sequencing methods |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20140505 |