RU2011125332A - Определение множественной пцр в реальном времени на твердых поверхностях с использованием красителей со специфичностью к двухцепочечным нуклеиновым кислотам - Google Patents
Определение множественной пцр в реальном времени на твердых поверхностях с использованием красителей со специфичностью к двухцепочечным нуклеиновым кислотам Download PDFInfo
- Publication number
- RU2011125332A RU2011125332A RU2011125332/10A RU2011125332A RU2011125332A RU 2011125332 A RU2011125332 A RU 2011125332A RU 2011125332/10 A RU2011125332/10 A RU 2011125332/10A RU 2011125332 A RU2011125332 A RU 2011125332A RU 2011125332 A RU2011125332 A RU 2011125332A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleic acids
- target nucleic
- nucleic acid
- capture probes
- determination
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
Abstract
1. Способ мониторинга амплификации одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот, включающий следующие стадии:а. получение подложки, содержащей иммобилизованное на ее поверхности множество зондов захвата нуклеиновой кислоты, каждый из которых комплементарен целевой нуклеиновой кислоте, причем зонды захвата нуклеиновой кислоты с различной идентичностью пространственно отделены друг от друга;b. добавление к указанной подложке образца одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот и дополнительных реактивов, необходимых для амплификации нуклеиновой кислоты в полимеразной цепной реакции, включающих прямой и обратный праймеры и по меньшей мере один краситель, который способен специфически взаимодействовать с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами;с. амплификация одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот посредством процесса, включающего термоциклирование, которая включает стадии:i. денатурация одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот;ii. отжиг прямого и обратного праймеров с соответствующими цепями денатурированных цепей одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот;iii. элонгация прямого и обратного праймеров, подвергшихся отжигу;d. определение концентрации амплифицированных целевых нуклеиновых кислот в образце;е. гибридизация денатурированных одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот со стадии c.i. с зондами захвата нуклеиновых кислот необязательно параллельно со стадией элонгации c.ii.;f. определение гибридизации указанной одной или нескольких амплифицированных целевых нуклеиновых кислот со стадии d. с указанными зондами захвата посредством определения сигнала, генери
Claims (13)
1. Способ мониторинга амплификации одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот, включающий следующие стадии:
а. получение подложки, содержащей иммобилизованное на ее поверхности множество зондов захвата нуклеиновой кислоты, каждый из которых комплементарен целевой нуклеиновой кислоте, причем зонды захвата нуклеиновой кислоты с различной идентичностью пространственно отделены друг от друга;
b. добавление к указанной подложке образца одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот и дополнительных реактивов, необходимых для амплификации нуклеиновой кислоты в полимеразной цепной реакции, включающих прямой и обратный праймеры и по меньшей мере один краситель, который способен специфически взаимодействовать с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами;
с. амплификация одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот посредством процесса, включающего термоциклирование, которая включает стадии:
i. денатурация одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот;
ii. отжиг прямого и обратного праймеров с соответствующими цепями денатурированных цепей одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот;
iii. элонгация прямого и обратного праймеров, подвергшихся отжигу;
d. определение концентрации амплифицированных целевых нуклеиновых кислот в образце;
е. гибридизация денатурированных одной или нескольких целевых нуклеиновых кислот со стадии c.i. с зондами захвата нуклеиновых кислот необязательно параллельно со стадией элонгации c.ii.;
f. определение гибридизации указанной одной или нескольких амплифицированных целевых нуклеиновых кислот со стадии d. с указанными зондами захвата посредством определения сигнала, генерируемого по меньшей мере одним красителем, который способен специфически взаимодействовать с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами,
где определение гибридизации выполняют, если определение концентрации амплифицированных последовательностей целевых нуклеиновых кислот в образце показало, что концентрация амплифицированных целевых нуклеиновых кислот превышает порог обнаружения для определения гибридизации.
2. Способ по п.1, который включает следующую дополнительную стадию между стадиями b. и с.:
добавление к указанному образцу двухцепочечной нуклеиновой кислоты с известной идентичностью и дополнительных реактивов, необходимых для амплификации нуклеиновой кислоты в полимеразной цепной реакции, включающих прямой и обратный праймеры и контрольный зонд, который делает возможным флуоресцентное определение при длинах волн, отличающихся от таковых для красителя, который способен специфически взаимодействовать с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами, причем праймеры и контрольный зонд специфичны к указанной двухцепочечной нуклеиновой кислоте с известной идентичностью.
3. Способ по п.1 или 2, в котором определение концентрации амплифицированных последовательностей целевых нуклеиновых кислот в образце включает регистрацию калибровочной кривой, которую получают в результате проведения способов по п.2 или 3 с известной целевой последовательностью нуклеиновой кислоты в определенной концентрации.
4. Способ по п.1, в котором определение гибридизации выполняют, если определение концентраций амплифицированных последовательностей целевых нуклеиновых кислот в образцах показывает, что концентрация амплифицированных целевых нуклеиновых кислот превышает по меньшей мере 50 пМ.
5. Способ по любому из пп.2-4, в котором контрольный зонд содержит по меньшей мере две различных флуоресцентных метки.
6. Способ по п.5, в котором флуоресцентные метки контрольного зонда по меньшей мере с двумя различными флуоресцентными метками выбирают так, что их можно определить посредством резонансного переноса энергии флуоресценции.
7. Способ по п.6, в котором контрольный зонд по меньшей мере с двумя различными флуоресцентными метками выбирают так, что он расщепляется полимеразой, которую используют в полимеразной цепной реакции.
8. Способ по п.7, в котором указанный контрольный зонд представляет собой зонд Taqman.
9. Способ по любому из пп.2-4, в котором контрольный зонд содержит по меньшей мере одну флуоресцентную метку и одну метку гашения.
10. Способ по п.9, в котором указанный контрольный зонд выбран из группы, содержащей праймер Scorpion, праймер Lux, молекулярный маяк или зонд Taqman.
11. Способ по любому из пп.1-10, в котором указанная подложка представляет собой чип зондов захвата нуклеиновой кислоты.
12. Способ по любому из пп.1-11, в котором определение концентрации целевых нуклеиновых кислот, подлежащих гибридизации с зондами захвата, выполняют с использованием конфокального лазерного микроскопа, подхода с затухающими волнами.
13. Способ по любому из пп.1 или 2, в котором зонды захвата метят флуоресцентной меткой так, что эта метка может подвергаться FRET с красителем, способным специфически связываться с двухцепочечными нуклеиновыми кислотами после связывания красителя с гибридом целевой нуклеиновой кислоты и зонда захвата.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP08169667 | 2008-11-21 | ||
| EP08169667.6 | 2008-11-21 | ||
| PCT/IB2009/055119 WO2010058342A1 (en) | 2008-11-21 | 2009-11-17 | Real time multiplex pcr detection on solid surfaces using double stranded nucleic acid specific dyes |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2011125332A true RU2011125332A (ru) | 2012-12-27 |
Family
ID=42061908
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2011125332/10A RU2011125332A (ru) | 2008-11-21 | 2009-11-17 | Определение множественной пцр в реальном времени на твердых поверхностях с использованием красителей со специфичностью к двухцепочечным нуклеиновым кислотам |
Country Status (7)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20120040853A1 (ru) |
| EP (1) | EP2358900A1 (ru) |
| JP (1) | JP2012509078A (ru) |
| CN (1) | CN102224257A (ru) |
| BR (1) | BRPI0916143A2 (ru) |
| RU (1) | RU2011125332A (ru) |
| WO (1) | WO2010058342A1 (ru) |
Families Citing this family (23)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101871499B (zh) | 2002-09-24 | 2013-10-02 | 贝尔直升机泰克斯特龙公司 | 压电液体惯性隔振器 |
| US11001881B2 (en) | 2006-08-24 | 2021-05-11 | California Institute Of Technology | Methods for detecting analytes |
| US8637436B2 (en) | 2006-08-24 | 2014-01-28 | California Institute Of Technology | Integrated semiconductor bioarray |
| WO2008014485A2 (en) | 2006-07-28 | 2008-01-31 | California Institute Of Technology | Multiplex q-pcr arrays |
| US11525156B2 (en) | 2006-07-28 | 2022-12-13 | California Institute Of Technology | Multiplex Q-PCR arrays |
| US11560588B2 (en) | 2006-08-24 | 2023-01-24 | California Institute Of Technology | Multiplex Q-PCR arrays |
| FI20096013A (fi) * | 2009-10-02 | 2011-04-03 | Finnzymes Oy | Menetelmä reaktioseoksen valmistelemiseksi ja tähän liittyvät tuotteet |
| US20140186827A1 (en) * | 2010-05-14 | 2014-07-03 | Fluidigm, Inc. | Assays for the detection of genotype, mutations, and/or aneuploidy |
| US8703653B2 (en) | 2011-02-18 | 2014-04-22 | NVS Technologies, Inc. | Quantitative, highly multiplexed detection of nucleic acids |
| MX338076B (es) * | 2011-11-17 | 2016-04-01 | Nvs Technologies Inc | Deteccion cuantitativa, altamente multiplexada de acidos nucleicos. |
| US10391467B2 (en) | 2013-12-05 | 2019-08-27 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Fabrication of patterned arrays |
| EP3077430A4 (en) * | 2013-12-05 | 2017-08-16 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Modified surfaces |
| CN107002117B (zh) | 2013-12-05 | 2021-12-10 | 生捷科技控股公司 | 核酸测序方法 |
| US10537889B2 (en) * | 2013-12-31 | 2020-01-21 | Illumina, Inc. | Addressable flow cell using patterned electrodes |
| US11060139B2 (en) | 2014-03-28 | 2021-07-13 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Methods for sequencing nucleic acids |
| KR101696259B1 (ko) * | 2014-07-23 | 2017-01-13 | 나노바이오시스 주식회사 | 멀티플렉스 ｐｃｒ 칩 및 이를 포함하는 멀티플렉스 ｐｃｒ 장치 |
| US9708647B2 (en) | 2015-03-23 | 2017-07-18 | Insilixa, Inc. | Multiplexed analysis of nucleic acid hybridization thermodynamics using integrated arrays |
| CN104893972B (zh) * | 2015-07-01 | 2016-05-11 | 西安交通大学 | 一种高通量基因测序动态调度控制方法及系统装置 |
| US9499861B1 (en) * | 2015-09-10 | 2016-11-22 | Insilixa, Inc. | Methods and systems for multiplex quantitative nucleic acid amplification |
| WO2017155858A1 (en) | 2016-03-07 | 2017-09-14 | Insilixa, Inc. | Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension |
| CN110016500A (zh) * | 2018-01-10 | 2019-07-16 | 深圳闪量科技有限公司 | 表面探针定量pcr方法 |
| WO2020045984A1 (ko) * | 2018-08-28 | 2020-03-05 | 주식회사 제이엘메디랩스 | 타겟 물질 검출을 위한 방법 및 키트 |
| JP2022525322A (ja) | 2019-03-14 | 2022-05-12 | インシリクサ， インコーポレイテッド | 時間ゲート蛍光ベースの検出のための方法およびシステム |
Family Cites Families (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AU2004257918B2 (en) * | 2003-07-15 | 2008-07-03 | Daniel Henry Densham | Measurement of a polynucleotide amplification reaction |
| GB0316555D0 (en) * | 2003-07-15 | 2003-08-20 | Densham Daniel | Method |
| US20050053950A1 (en) * | 2003-09-08 | 2005-03-10 | Enrique Zudaire Ubani | Protocol and software for multiplex real-time PCR quantification based on the different melting temperatures of amplicons |
| WO2006131892A2 (en) * | 2005-06-09 | 2006-12-14 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Amplification of nucleic acids with magnetic detection |
| WO2007010428A2 (en) | 2005-07-18 | 2007-01-25 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Luminescence sensor using multi-layer substrate structure |
| EP1788097A1 (en) * | 2005-11-18 | 2007-05-23 | Eppendorf Array Technologies SA | Identification and quantification of a plurality of nucleic acids in an homogeneous assay combining real-time PCR and hybridisation to an array |
| EP2077336A1 (en) * | 2007-12-19 | 2009-07-08 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Device and method for parallel quantitative analysis of multiple nucleic acids |
| EP2107125A1 (en) * | 2008-03-31 | 2009-10-07 | Eppendorf Array Technologies SA (EAT) | Real-time PCR of targets on a micro-array |
-
2009
- 2009-11-17 WO PCT/IB2009/055119 patent/WO2010058342A1/en active Application Filing
- 2009-11-17 RU RU2011125332/10A patent/RU2011125332A/ru not_active Application Discontinuation
- 2009-11-17 EP EP09761012A patent/EP2358900A1/en not_active Withdrawn
- 2009-11-17 JP JP2011536980A patent/JP2012509078A/ja not_active Withdrawn
- 2009-11-17 CN CN2009801464072A patent/CN102224257A/zh active Pending
- 2009-11-17 BR BRPI0916143A patent/BRPI0916143A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2009-11-17 US US13/131,333 patent/US20120040853A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US20120040853A1 (en) | 2012-02-16 |
| CN102224257A (zh) | 2011-10-19 |
| WO2010058342A1 (en) | 2010-05-27 |
| JP2012509078A (ja) | 2012-04-19 |
| BRPI0916143A2 (pt) | 2015-11-03 |
| EP2358900A1 (en) | 2011-08-24 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2011125332A (ru) | Определение множественной пцр в реальном времени на твердых поверхностях с использованием красителей со специфичностью к двухцепочечным нуклеиновым кислотам | |
| US10851406B2 (en) | Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids | |
| US8211644B2 (en) | Molecular beacon-based methods for detection of targets using abscription | |
| EP1716257B8 (en) | New primers and probes for the detection of parvovirus b19 | |
| RU2014133695A (ru) | Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида | |
| US20070231808A1 (en) | Methods of nucleic acid analysis by single molecule detection | |
| RU2007118545A (ru) | Способ анализа по меньшей мере одного продукта одноцепочечной амплификации, набор реагентов для осуществления способа, гибридизационный зонд (варианты), набор олигонуклеотидов с зондом и способ последовательной амплификации-пиросеквенирования | |
| CA2692633A1 (en) | Method for the simultaneous detection of multiple nucleic acid sequences in a sample | |
| US10787700B2 (en) | Methods for detecting multiple nucleic acids in a sample using reporter compounds and binding members thereof | |
| US20120183965A1 (en) | Nucleic acid detection | |
| JP2022534920A (ja) | 出現による配列決定 | |
| EP3447150A1 (en) | Methods and apparatus to sequence a nucleic acid | |
| WO2010060046A3 (en) | Dye probe fluorescence resonance energy transfer genotyping | |
| WO2011114142A3 (en) | Sequence detection assay | |
| RU2011132045A (ru) | Праймеры и зонды для детектирования вируса гепатита с | |
| Alshehri | Identification of algae species using advanced molecular techniques | |
| US20230101834A1 (en) | Padlock probe-based rolling circle amplification paired with nuclease protection for point-of-need nucleic acid detection | |
| Singh et al. | Comparison of qPCR and miniaturized chip-based detection of enterotoxigenic Escherichia coli | |
| JP2009044967A (ja) | 二本鎖核酸の形成に係る情報を得る方法 | |
| WO2015193483A1 (en) | Restriction mediated quantitative polymerase chain reactions | |
| Mariella Jr | LLNL Center for Microtechnology: capabilities, customers, case study--HANAA (Handheld Nucleic Acid Analyzer) | |
| US9284599B2 (en) | Method for detecting the presence of specific micro-organisms and device for the same | |
| WO2016077602A1 (en) | Next generation sequencing methods | |
| AU2016296594A1 (en) | Methods and compositions for catalytic assays | |
| RU2013152434A (ru) | Определение целевых нуклеиновокислотных последовательностей путем расщепления зондирующего олигонуклеотида и гибридизации |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20140505 |