JP2009044967A - 二本鎖核酸の形成に係る情報を得る方法 - Google Patents
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Abstract
蛍光を検出することによって二本鎖核酸の形成に係る情報を得る方法であって、簡便で様々な反応系に適用することができ、かつ、バックグラウンドシグナルを減少させた高検出感度の方法を提供する。
【解決手段】
二本鎖核酸の形成に係る情報を得る方法であって、一の核酸鎖に標識された標識蛍光色素と、二本鎖核酸の塩基対間に結合又は挿入して、前記蛍光色素との間でエネルギー移動をし得るインターカレーターとからなる検出子の蛍光に係る情報を検出することを特徴とする方法。
【選択図】図1
Description
この方法は、サザンブロッティング、ノザンブロッティング、DNAマイクロアレイなどにおいて用いられている。
この方法は、リアルタイムPCRなどにおいて用いられている。
すなわち、前記第一の技術は、ハイブリダイゼーションの後に、蛍光標識されたターゲット核酸鎖を洗浄除去しなければならないため、プローブ核酸鎖が所定の反応場に固定化されている必要があり、溶液中におけるハイブリダイゼーション等に用いることはできなかった。
また、前記第二の技術は、インターカレーターの洗浄除去を必要としないため、溶液中におけるハイブリダイゼーション等の検出にも用いることができるものの、溶液中に遊離するインターカレーターや、副生した二本鎖核酸の塩基対に挿入したインターカレーターの蛍光などが検出されることによるバックグラウンドシグナルが大きく、必ずしも感度が高くないという欠点があった。
さらに、前記第三の技術は、二種類のプローブが隣り合わせでハイブリダイズするように検出対象に特異的なプローブを設計する必要があるため、設計が困難であり、高コストとなるという欠点があった。
本発明に係る方法の検出子は、少なくとも、光吸収により得た励起エネルギーを他の蛍光色素に与える励起対象蛍光色素と、他の蛍光色素から励起エネルギーを受け取って発光する検出対象蛍光色素とを有する、複数の蛍光色素群からなるものとすることができる。
また、本発明に係るインターカレーターは、前記蛍光色素を消光するクエンチャーとすることができる。前記インターカレーターをクエンチャーとすることにより、二本鎖核酸の形成を、蛍光の消光によって検出することができる。
さらに、本発明に係る方法は、反応系を特に限定しないが、例えば、前記第1核酸鎖の末端を、反応場表面に固定することができる。
本発明では、蛍光色素が標識された第1核酸鎖と、該第1核酸鎖と相補的な塩基配列を有する第2核酸鎖とのハイブリダイゼーションを進行させようとする工程と、二本鎖核酸の塩基対間に結合又は挿入して、前記蛍光色素とエネルギー移動し得るインターカレーターを添加する工程と、前記蛍光色素と前記インターカレーターとの蛍光に係る情報を検出する工程と、を少なくとも行う、ハイブリダイゼーションに係る情報を得る方法を提供する。
そして、本発明では、プローブ核酸鎖に標識された標識蛍光色素と、二本鎖核酸の塩基対間に結合又は挿入して、前記蛍光色素との間でエネルギー移動をし得るインターカレーターと、からなる検出子の蛍光に係る情報を検出することによって、前記プローブ核酸鎖と相補的な塩基配列を有する核酸鎖の量に関する情報を得る方法を提供する。
本発明に係る「検出子」は、本実施形態において、標識蛍光色素X1とインターカレーターX2とからなる。
その結果、検出子を構成する前記インターカレーターX2と前記第1核酸鎖N1に標識された前記標識蛍光色素X1とは、蛍光共鳴エネルギー移動ETが充分に起こりうる距離に近接する(図1(3)(b)参照)。
なお、図中のX3は本実施形態に係るインターカレーターであり、本発明に係る「検出子」は、本実施形態において、標識蛍光色素X1とインターカレーターX3とからなる。
その結果、検出子を構成する前記インターカレーターX3と前記第1核酸鎖N1に標識された前記標識蛍光色素X1とは、蛍光共鳴エネルギー移動ETが充分に起こりうる距離に近接する(図3(b)参照)。
なお、図中のX4は本実施形態に係るインターカレーターであり、本発明に係る「検出子」は、本実施形態において、標識蛍光色素X1とインターカレーターX4とからなる。
その結果、前記二本鎖核酸の塩基対間に結合又は挿入した前記インターカレーターX4と前記第1核酸鎖N1に標識された前記標識蛍光色素X1とは、蛍光共鳴エネルギー移動ETが充分に起こりうる距離に近接する(図5(b)参照)。
蛍光色素LightCyclerRed640(ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社製)で蛍光標識した塩基数18merの核酸鎖N1を含む溶液に、N1と相補的な塩基配列を有する核酸鎖N2を含む溶液及びSYBR(登録商標)Green Iを加えて混合した。これを95℃、1分間加熱し、20℃にて5分間インキュベートした後に、SYBR(登録商標)GreenIの励起波長である498nmを励起波長とし、分光蛍光光度計により蛍光スペクトルを測定した。測定中の反応液は、20℃に保たれるようにした。
実験条件を表2に示す
蛍光標識されていない核酸鎖N1を用いて、実施例1と同様の実験を行った。
比較例1の蛍光スペクトルにおいて確認されるSYBR(登録商標)GreenI由来の蛍光(520nm)は、実施例1の蛍光スペクトルではほとんど検出されず、その代わりに核酸鎖N1に標識されたLightCyclerRed640の蛍光(640nm)が現われている。
蛍光標識されていない核酸鎖N1を含む溶液に、N1と二本鎖核酸を形成しない核酸鎖N3(塩基配列:TGCCCACTATTAAGGAAGG)を含む溶液及びSYBR(登録商標)GreenIを添加し、蛍光スペクトルを測定した。溶液組成などの実験条件は、実施例1と同様に行った。
二本鎖核酸が形成されないにも関わらず、SYBR(登録商標)GreenIの蛍光波長(520nm)において発光が認められ、バックグラウンドシグナルが観測されていることがわかる。前記バックグラウンドシグナルは520nmを極大として波長のシフトに伴い減少することから、本発明に係る方法において、検出対象蛍光色素を選択することにより、バックグラウンドシグナルを低減させることができると考えられる。
各実施例の条件を表1に示す。
図8乃至図11の蛍光スペクトルを比較すると、実施例3、実施例4、実施例5、実施例6の順に、検出対象蛍光色素の発光強度が大きい。各実施例に用いられた検出対象蛍光色素を比較すると、用いられた検出対象蛍光色素の励起波長がSYBR(登録商標)GreenIの発光波長と近いものほど、蛍光強度が大きいことがわかる。
N2 第2核酸鎖
X1 標識蛍光色素
X2,X3,X4 インターカレーター
P1,P2,P3 励起光
F1,F2,F2’,F3 蛍光
ET 蛍光共鳴エネルギー移動
Claims (6)
- 第1核酸鎖に標識された標識蛍光色素と、二本鎖核酸の塩基対間に結合又は挿入して、前記蛍光色素との間でエネルギー移動をし得るインターカレーターと、からなる検出子の蛍光に係る情報を検出することによって、前記第1核酸鎖と該第1核酸鎖と相補的な塩基配列を有する第2核酸鎖との間の二本鎖核酸の形成に係る情報を得る方法。
- 前記検出子は、少なくとも、光吸収により得た励起エネルギーを他の蛍光色素に与える励起対象蛍光色素と、他の蛍光色素から励起エネルギーを受け取って発光する検出対象蛍光色素と、を有する複数の蛍光色素群からなることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記インターカレーターは、前記標識蛍光色素を消光するクエンチャーであることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記第1核酸鎖の末端が、反応場表面に固定されていることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 蛍光色素が標識された第1核酸鎖と、該第1核酸鎖と相補的な塩基配列を有する第2核酸鎖とのハイブリダイゼーションを進行させようとする工程と、
二本鎖核酸の塩基対間に結合又は挿入して、前記蛍光色素とエネルギー移動し得るインターカレーターを添加する工程と、
前記蛍光色素と前記インターカレーターとの蛍光に係る情報を検出する工程と、
を少なくとも行う、ハイブリダイゼーションに係る情報を得る方法。 - プローブ核酸鎖に標識された標識蛍光色素と、二本鎖核酸の塩基対間に結合又は挿入して、前記蛍光色素との間でエネルギー移動をし得るインターカレーターと、からなる検出子の蛍光に係る情報を検出することによって、前記プローブ核酸鎖と相補的な塩基配列を有する核酸鎖の量に関する情報を得る方法。
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