RU2004120771A - Праймер, регулирующий отжиг, и его применения - Google Patents

Праймер, регулирующий отжиг, и его применения Download PDF

Info

Publication number
RU2004120771A
RU2004120771A RU2004120771/13A RU2004120771A RU2004120771A RU 2004120771 A RU2004120771 A RU 2004120771A RU 2004120771/13 A RU2004120771/13 A RU 2004120771/13A RU 2004120771 A RU2004120771 A RU 2004120771A RU 2004120771 A RU2004120771 A RU 2004120771A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
primer
annealing
nucleic acid
primers
amplification
Prior art date
Application number
RU2004120771/13A
Other languages
English (en)
Inventor
Дзонг-Йоон ЧУН (KR)
Дзонг-Йоон ЧУН
Original Assignee
Сиджин, Инк. (Kr)
Сиджин, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from PCT/KR2001/002133 external-priority patent/WO2003050304A1/en
Priority claimed from PCT/KR2002/000816 external-priority patent/WO2003093509A1/en
Application filed by Сиджин, Инк. (Kr), Сиджин, Инк. filed Critical Сиджин, Инк. (Kr)
Publication of RU2004120771A publication Critical patent/RU2004120771A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/101—Modifications characterised by incorporating non-naturally occurring nucleotides, e.g. inosine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/155—Modifications characterised by incorporating/generating a new priming site
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/161—Modifications characterised by incorporating target specific and non-target specific sites
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2539/00—Reactions characterised by analysis of gene expression or genome comparison
    • C12Q2539/10—The purpose being sequence identification by analysis of gene expression or genome comparison characterised by
    • C12Q2539/113—Differential Display Analysis [DDA]

Claims (51)

1. Регулирующий отжиг, праймер для повышения специфичности отжига при амплификации нуклеиновой кислоты, предусматривающий (а) 3'-концевой участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность в основном комплементарную сайту в матричной нуклеиновой кислоте для гибридизации с ней; (b) 5'-концевой участок, содержащий заранее выбранную произвольную нуклеотидную последовательность, и (с) регуляторный участок, расположенный между 3'-концевым участком и 5'-концевым участком, содержащим по меньшей мере два универсальных основания или неотличающихся аналогов основания, посредством чего указанной регуляторный участок способен регулировать отжигающийся участок указанного праймера в зависимости от температуры отжига.
2. Регулирующий отжиг, праймер по п.1, где указанная заранее выбранная произвольная нуклеотидная последовательность указанного 5'-концевого участка является в основном некомплементарной любому сайту в указанной матричной нуклеиновой кислоте.
3. Регулирующий отжиг, праймер по п.1, где указанная нуклеиновая кислота-мишень представляет гДНК, кДНК или мРНК.
4. Регулирующий отжиг, праймер по п.3, где указанная гДНК или кДНК является одноцепочечной или двухцепочечной ДНК.
5. Регулирующий отжиг, праймер по п.1, где амплификацию указанной нуклеиновой кислоты проводят при первой и второй температурах отжига.
6. Регулирующий отжиг праймер по п.5, где указанная первая температура отжига при указанной амплификации нуклеиновой кислоты аналогична или ниже указанной второй температуры отжига.
7. Регулирующий отжиг, праймер по п.5, где 3'-концевой участок принимает участие в отжиге при указанной первой температуре отжига, и указанный 5'-концевой участок служит в качестве сайта праймирования при указанной второй температуре отжига.
8. Регулирующий отжиг, праймер по п.5, где указанный регуляторный участок способен ограничивать указанный участок отжига указанного праймера указанным 3'-концевым участком при указанной первой температуре отжига.
9. Регулирующий отжиг, праймер по п.5, где указанная первая температура отжига находится в пределах примерно от 30 до 68°С.
10. Регулирующий отжиг, праймер по п.5, где указанная вторая температура отжига находится в пределах примерно от 50 до 72°С.
11. Регулирующий отжиг, праймер по п.1, где указанный регулирующий отжиг праймер содержит общую формулу 5'-Хр-Yq-Zr-3', где Хр представляет 5'-концевой участок, содержащий заранее выбранную произвольную нуклеотидную последовательность, в основном не комплементарную любому сайту в матричной нуклеиновой кислоте; Yq представляет регуляторный участок, включающий по меньшей мере два универсальных основания или неотличающихся аналога основания; Zr представляет 3'-концевой участок, содержащий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, в основном комплементарную сайту в матричной нуклеиновой кислоте для гибридизации с ней, где р, q и r представляют число нуклеотидов; и где X, Y и Z являются дезоксирибонуклеотидом или рибонуклеотидом.
12. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где указанное универсальное основание или неотличающийся аналог основания способны спариваться с каждым природным основанием ДНК/РНК с небольшим различием между указанными природными основаниями ДНК/РНК.
13. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где указанное универсальное основание или неотличающийся аналог основания выбраны из группы, состоящей из дезоксиинозина, инозина, 7-деаза-2'-дезоксиинозина, 2-аза-2'-дезоксиинозина, 2'-ОМе-инозина, 2'-F-инозина, дезокси-3-нитропиррола, 3-нитропиррола, 2'-ОМе-3-нитропиррола, 2'-F-3-нитропиррола, 1-(2'-дезокси-бета-D-рибофуранозил)-3-нитропиррола, дезокси-5-нитроиндола, 5-нитроиндола, 2'-ОМе-5-нитроиндола, 2'-F-5-нитроиндола, дезокси-4-нитробензимидазола, 4-нитробензимидазола, дезокси-4-аминобензимидазола, 4-аминобензимидазола, дезоксинебуларина, 2'-F-небуларина, 2'-F-4-нитробензимидазола, PNA-5-интроиндола, PNA-небуларина, PNA-инозина, PNA-4-нитробензимидазола, PNA-3-нитропиррола, морфолино-5-нитроиндола, морфолинонебуларина, морфолиноинозина, морфолино-4-нитробензимидазола, морфолино-3-ниропиррола, фосфорамидат-5-нитроиндола, фосфорамидатнебуларина, фосфорамидатинозина, фосфорамидат-4-нитробензимидазола, фосфорамидатинозина, фосфорамидат-4-нитробензимидазола, фосфорамидат-3-нитропиррола, 2'-О-метоксиэтилинозина, 2'-метоксиэтилнебуларина, 2'-О-метоксиэтил-5-нитроиндола, 2'-О-метоксиэтил-4-нитробензимидазола, 2'-О-метоксиэтил-3-нитропиррола и их комбинаций.
14. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где указанное универсальное основание или неотличающийся аналог основания представляют дезоксиинозин, 1-(2'-дезокси-бета-D-рибофуранозил)-3-нитропиррол или 5-нитроиндол.
15. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где указанный регуляторный участок содержит смежные нуклеотиды, имеющие универсальное основание или неотличающийся аналог основания.
16. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где указанный дезоксирибонуклеотид представляет природный dNMP, модифицированный нуклеотид или неприродный нуклеотид.
17. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где р представляет целое число в пределах от 15 до 60.
18. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где q равно по меньшей мере 3.
19. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где q равно по меньшей мере 4.
20. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где q представляет целое число в пределах от 2 до 15.
21. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где r представляет целое число в пределах от 6 до 50.
22. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где р представляет целое число в пределах от 15 до 60, q представляет целое число от 2 до 15, и r представляет целое число от 6 до 30.
23. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Xр содержит последовательность универсального праймера.
24. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Хр содержит последовательность или последовательности, узнаваемые рестриктазой или рестриктазами.
25. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Хр содержит по меньшей мере один нуклеотид с меткой для детектирования или выделения.
26. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Zr представляет нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с полиаденозином поли(А)-хвостом мРНК.
27. Регулирующий отжиг, праймер по п.26, где Zr содержит по меньшей мере 10 смежных нуклеотидов дезокситимидина.
28. Регулирующий отжиг, праймер по п.26, где Zr содержит по меньшей мере 10 смежных нуклеотидов дезокситимидина, имеющих 3'-V на их конце; где V выбран из группы, состоящей из дезоксиаденозина, дезоксицитидина и дезоксигуанозина.
29. Регулирующий отжиг, праймер по п.26, где Zr содержит по меньшей мере 10 смежных нуклеотидов дезокситимидина, имеющих 3'-NV на их 3'-конце; где V выбран из группы, состоящей из дезоксиаденозина, дезоксицитидина и дезоксигуанозина, и N выбран из группы, состоящей из дезоксиаденозина, дезокситимидина, дезоксицитидина и дезоксигуанозина.
30. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Zr представляет нуклеотидную последовательность, в основном комплементарную последовательности-мишени в матричной нуклеиновой кислоте.
31. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Zr представляет случайную нуклеотидную последовательность.
32. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Zr представляет нуклеотидную последовательность, в основном комплементарную согласованной последовательности, обнаруженной в семействе генов.
33. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Zr представляет вырожденную нуклеотидную последовательность, выбранную из множества комбинаций нуклеотидов, кодирующих заранее определенную аминокислотную последовательность.
34. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Zr содержит по меньшей мере один рибонуклеотид.
35. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Zr содержит по меньшей мере один нуклеотид, комплементарный аллельному сайту.
36. Регулирующий отжиг, праймер по п.11, где Zr содержит по меньшей мере одно ошибочное спаривание нуклеотидов с нуклеиновой кислотой-мишенью для мутагенеза.
37. Набор, содержащий праймер или группу праймеров по одному из пп.1-36.
38. Набор по п.37, где набор дополнительно содержит праймер или пару праймеров, имеющих нуклеотидную последовательность, соответствующую указанному 5'-концевому участку праймера, регулирующего отжиг, по одному из пп.1-36.
39. Способ амплификации нуклеиновокислотной последовательности нуклеиновой кислоты из ДНК или смеси нуклеиновых кислот, где указанный способ предусматривает проведение реакции амплификации с использованием праймеров, отличающийся тем, что по меньшей мере один праймер содержит такую же структуру, как праймер из любого одного по пп.1-25.
40. Способ по п.39, где указанный способ проводят с использованием двухстадийных амплификаций, который содержит
(а) проведение первой стадии амплификации указанной последовательности нуклеиновой кислоты при первой температуре отжига, предусматривающей по меньшей мере два цикла отжига праймера, наращивания праймера и денатурации, с использованием пары праймеров из любого одного по пп.1-25, каждый содержащий в его 3'-концевом участке гибридизующуюся последовательность, в основном комплементарной области указанной нуклеиновокислотной последовательности для гибридизации с ней, в условиях, при которых праймер отжигается с областью нуклеиновокислотной последовательности, посредством чего образуется продукт амплификации указанной нуклеиновокислотной последовательности; и
(b) проведение второй стадии амплификации указанного продукта амплификации, полученного на стадии (а), при второй температуре отжига, которая представляет условия высокой жесткости, предусматривающей по меньшей мере один цикл отжига праймера, наращивания праймера и денатурации, с использованием тех же праймеров, что использовались на стадии (а), или пары праймеров, каждый включающий заранее выбранную произвольную нуклеотидную последовательность, соответствующую каждому 5'-концевому участку праймеров, использованных на стадии (а), в условиях, при которых каждый праймер отжигается соответственно с 3'- и 5'-концами указанного продукта амплификации, посредством чего продукт амплификации амплифицируется повторно.
41. Способ избирательной амплификации нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот, где указанный способ предусматривает проведение реакции амплификации с использованием праймеров, отличающийся тем, что по меньшей мере один праймер содержит такую же структуру, как праймер из любого одного по пп.1-25.
42. Способ по п.41, где данный способ проводят с использованием двухстадийных амплификаций, который предусматривает
(а) проведение первой стадии амплификации указанной нуклеиновокислотной последовательности-мишени при первой температуре отжига, предусматривающей, по меньшей мере, два цикла отжига праймера, наращивания праймера и денатурации, с использованием пары праймеров любого одного по пп.1-25, каждый содержащий в его 3'-концевом участке гибридизующуюся последовательность, в основном комплементарную области указанной нуклеиновокислотной последовательности для гибридизации с ней, в условиях, при которых праймер отжигается с нуклеотидной последовательностью-мишенью посредством чего образуется продукт амплификации указанной нуклеотидной последовательности-мишени; и
(b) проведение второй стадии амплификации указанного продукта амплификации, полученного на стадии (а), при второй температуре отжига, которая представляет условия высокой жесткости, предусматривающей по меньшей мере один цикл отжига праймера, наращивания праймера и денатурации, с использованием тех же праймеров, что использовались на стадии (а), или пары праймеров, каждый включающий заранее выбранную произвольную нуклеотидную последовательность, соответствующую каждому 5'-концевому участку указанных праймеров, использованных на стадии (а), в условиях, при которых каждый праймер отжигается соответственно с 3'- и 5'-концами указанного продукта амплификации, посредством чего продукты амплификации амплифицируются повторно.
43. Способ избирательной амплификации нуклеиновокислотной последовательности-мишени из мРНК, где указанный способ предусматривает обратное транскрибирование указанной мРНК и проведение реакции амплификации с использованием праймеров, отличающийся тем, что по меньшей мере один праймер содержит такую же структуру, как праймер из любого одного по пп.1-25.
44. Способ по п.43, где способ проводят с использованием двухстадийных амплификаций, который предусматривает
(а) контактирование указанной мРНК с олигонуклеотидным dT-праймером, который гибридизуется с поли(А)-хвостом мРНК в условиях, достаточных для того, чтобы имел место направляемый матрицей ферментативный синтез дезоксирибонуклеиновой кислоты;
(b) обратное транскрибирование указанной мРНК, с которой гибридизуется олигонуклеотидный dT-праймер с получением первой цепи ДНК, которая комплементарна мРНК, с которой гибридизуется олигонуклеотидный dT-праймер;
(с) проведение первой стадии амплификации указанной нуклеиновокислотной последовательности-мишени из указанной первой цепи ДНК, полученной на стадии (b), при первой температуре отжига, предусматривающей по меньшей мере два цикла отжига праймера, наращивания праймера и денатурации, с использованием пары праймеров из любого одного по пп.1-25, каждый содержащий в его 3'-концевом участке гибридизующуюся последовательность, в основном комплементарную области указанной нуклеиновокислотной последовательности-мишени для гибридизации с ней, в условиях, при которых каждый праймер отжигается с его нуклеотидной последовательностью-мишенью, посредством чего образуется продукт амплификации указанной нуклеиновокислотной последовательности-мишени; и
(d) проведение второй стадии амплификации указанного продукта амплификации, полученного на стадии (с), при второй температуре отжига, которая представляет условия высокой жесткости, предусматривающей по меньшей мере один цикл отжига праймера, наращивания праймера и денатурации, с использованием тех же праймеров, что использовались на стадии (с), или пары праймеров, каждый включающий заранее выбранную произвольную нуклеотидную последовательность, соответствующую каждому 5'-концевому участку праймеров, использованных на стадии (с), в условиях, при которых каждый праймер отжигается соответственно с 3'- и 5'-концами указанного продукта амплификации, посредством чего указанный продукт амплификации амплифицируется повторно.
45. Способ детектирования ДНК, комплементарной дифференциально экспрессированной мРНК в двух или более пробах нуклеиновых кислот, где указанный способ предусматривает обратное транскрибирование указанной мРНК и проведение реакции амплификации с использованием праймеров, отличающийся тем, что по меньшей мере один праймер содержит такую же структуру, как праймер из любого одного по пп.1-25.
46. Способ по п.45, где указанный способ проводят с использованием двухстадийных амплификаций, который предусматривает
(а) обеспечение первой пробы нуклеиновых кислот, представляющих первую популяцию транскриптов мРНК, и второй пробы нуклеиновых кислот, представляющих вторую популяцию транскриптов мРНК;
(b) раздельное контактирование каждой указанной первой пробы нуклеиновых кислот и указанной второй пробы нуклеиновых кислот с первым праймером из любого одного по пп.1-29, в котором 3'-концевой участок указанного первого праймера содержит гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, в основном комплементарную первому сайту в указанной дифференциально экспрессированной мРНК для гибридизации с ней, в условиях, достаточных для того, чтобы имел место направляемый матрицей ферментативный синтез дезоксирибонуклеиновой кислоты;
(с) обратное транскрибирование указанной дифференциально экспрессированной мРНК, с которой гибридизуется первый праймер с получением первой популяции первых цепей кДНК, которые комплементарны указанной дифференциально экспрессированной мРНК в указанной первой пробе нуклеиновой кислоты, с которой гибридизуется указанный первый праймер, и второй популяции первых цепей кДНК, которые комплементарны указанной дифференциально экспрессированной мРНК в указанной второй пробе нуклеиновой кислоты, с которой гибридизуется первый праймер;
(d) очистку и количественно определение указанной первой и второй популяций первых цепей кДНК;
(е) проведение первой стадии амплификации каждой указанной первой и второй популяций первых цепей кДНК, полученных на стадии (d), при первой температуре отжига, предусматривающей по меньшей мере один цикл отжига праймера, наращивания праймера и денатурации с использованием второго праймера из любого одного по пп.1-25, имеющего в его 3'-концевом участке гибридизующуюся последовательность, в основном комплементарную второму сайту в указанной первой и второй популяциях первых цепей кДНК, в условиях, при которых указанный второй праймер отжигается с указанным вторым сайтом в каждой популяции первых цепей кДНК, посредством чего образуется первая и вторая популяции вторых цепей кДНК;
(f) проведение второй стадии амплификации каждой второй цепи кДНК, полученной на стадии (е), при второй температуре отжига, которая является условиями высокой жесткости, предусматривающей по меньшей мере два цикла отжига праймера, наращивания праймера и денатурации с использованием тех же первого и второго праймеров, что использовались соответственно на стадиях (b) и (е), или пару праймеров, каждый включающий заранее выбранную произвольную нуклеотидную последовательность, соответствующую 5'-концевому участку указанных первого и второго праймеров, использованных соответственно на стадиях (b) и (е), в условиях, при которых каждый праймер отжигается соответственно с 3'- и 5'-концевыми последовательностями каждой второй цепи кДНК, посредством чего образуются продукты амплификации указанных вторых цепей кДНК и
(g) сравнение наличия или уровня дискретных продуктов амплификации в указанной первой и второй популяциях продуктов амплификации, полученных на стадии (f).
47. Способ по пп. 40, 42 или 44, где указанная пара праймеров, использованная в указанной амплификации первой стадии, представляет комбинацию праймера, регулирующего отжиг, выбранного из праймеров по пп.1-25, и обычного праймера.
48. Набор для амплификации нуклеиновой кислоты, который содержит регулирующий отжиг праймер или группу праймеров, регулирующих отжиг по пп.39 или 40.
49. Набор для избирательной амплификации нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК, который содержит регулирующий отжиг праймер или группу праймеров, регулирующих отжиг по пп.41 или 42.
50. Набор для избирательной амплификации нуклеиновокислотной последовательности-мишени из мРНК, который содержит регулирующий отжиг праймер или группу праймеров, регулирующих отжиг по пп.43 или 44.
51. Набор для детектирования ДНК, комплементарной дифференциально экспрессированным мРНК, который содержит регулирующий отжиг праймер или группу праймеров, регулирующих отжиг по одному из пп. 45 или 46.
RU2004120771/13A 2001-12-08 2002-09-19 Праймер, регулирующий отжиг, и его применения RU2004120771A (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KRPCT/KR01/02133 2001-12-08
PCT/KR2001/002133 WO2003050304A1 (en) 2001-12-08 2001-12-08 Annealing control primer system for regulating primer annealing specificity and its applications
PCT/KR2002/000816 WO2003093509A1 (en) 2002-05-01 2002-05-01 Methods and compositions for improving specificity of pcr amplication
KRPCT/KR02/00816 2002-05-01

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2004120771A true RU2004120771A (ru) 2006-01-10

Family

ID=26625778

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2004120771/13A RU2004120771A (ru) 2001-12-08 2002-09-19 Праймер, регулирующий отжиг, и его применения

Country Status (14)

Country Link
US (1) US20050164184A1 (ru)
EP (2) EP1448793B1 (ru)
KR (1) KR100557329B1 (ru)
CN (2) CN1578841B (ru)
AT (1) ATE407224T1 (ru)
AU (2) AU2002329104B2 (ru)
BR (2) BR0214741A (ru)
CA (1) CA2468754C (ru)
DE (1) DE60228750D1 (ru)
ES (1) ES2314093T3 (ru)
IL (1) IL162317A (ru)
NZ (1) NZ532531A (ru)
RU (1) RU2004120771A (ru)
WO (2) WO2003050305A1 (ru)

Families Citing this family (36)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20030175749A1 (en) 2001-12-08 2003-09-18 Jong-Yoon Chun Annealing control primer and its uses
US8680063B2 (en) 2003-09-12 2014-03-25 University Of Massachusetts RNA interference for the treatment of gain-of-function disorders
CN1860227B (zh) 2003-10-02 2012-05-16 饱和诱变-生物技术有限公司 用于序列饱和诱变(SeSaM)的方法
AU2003276765A1 (en) * 2003-11-10 2005-05-26 Seegene, Inc. Method for amplifying unknown dna sequence adjacent to known sequence
WO2005083121A1 (en) * 2004-02-27 2005-09-09 Seegene, Inc. Method for amplifying members of a gene family
US7524631B2 (en) * 2005-02-02 2009-04-28 Patterson Bruce K HPV E6, E7 mRNA assay and methods of use thereof
KR20100099333A (ko) * 2005-03-05 2010-09-10 주식회사 씨젠 이중 특이성 올리고뉴클레오타이드를 사용한 방법 및 이중 특이성 올리고뉴클레오타이드
WO2006095941A1 (en) 2005-03-05 2006-09-14 Seegene, Inc. Processes using dual specificity oligonucleotide and dual specificity oligonucleotide
US7892795B2 (en) * 2005-08-02 2011-02-22 Focus Diagnostics, Inc. Methods and compositions for detecting BK virus
AU2006279280A1 (en) 2005-08-18 2007-02-22 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for treating neurological disease
US8211899B2 (en) 2005-08-30 2012-07-03 Inter-University Research Institute Corporation National Institute Of Natural Sciences Artificial nucleic acid bases and their use in base pairing natural nucleic acid bases
KR20070052890A (ko) * 2005-11-18 2007-05-23 주식회사 씨젠 호흡기 바이러스 핵산 검출용 올리고뉴클레오타이드
KR100860619B1 (ko) * 2006-02-23 2008-09-29 주식회사 씨젠 성인성 질환 유발 병원체 핵산 검출용올리고뉴클레오타이드
EP2010670B1 (en) * 2006-05-04 2012-11-28 Seegene, Inc. Method for amplifying unknown dna sequence adjacent to known sequence
KR20080037128A (ko) * 2006-10-25 2008-04-30 주식회사 씨젠 뉴클레오타이드 변이 검출 방법
US7820389B2 (en) * 2007-01-10 2010-10-26 Geneohm Sciences, Inc. Inhibition of mismatch hybridization by a universal competitor DNA
KR100881924B1 (ko) * 2007-03-14 2009-02-04 주식회사 씨젠 레이블링된 프라이머를 이용한 뉴클레오타이드 변이 검출방법
WO2008143367A1 (en) * 2007-05-21 2008-11-27 Seegene, Inc. Haplotyping method by multiplex amplification
KR100987352B1 (ko) 2008-04-15 2010-10-12 주식회사 인트론바이오테크놀로지 비특이 증폭을 감소시킬 수 있는 ｐｃｒ용 프라이머 및이를 이용한 ｐｃｒ 방법
US9534255B2 (en) 2008-12-17 2017-01-03 Life Technologies Corporation Methods, compositions, and kits for detecting allelic variants
JP5805064B2 (ja) 2009-03-27 2015-11-04 ライフ テクノロジーズ コーポレーション 対立遺伝子変種を検出するための方法、組成物、およびキット
JP5687414B2 (ja) 2009-04-20 2015-03-18 オリンパス株式会社 多型の識別方法
EP3597657B1 (en) * 2009-05-21 2021-09-01 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Universal tags with non-natural nucleobases
KR20210056458A (ko) * 2011-05-04 2021-05-18 바이오셉트 인코포레이티드 핵산 서열 변이체를 검출하는 방법
US9644231B2 (en) 2011-05-09 2017-05-09 Fluidigm Corporation Nucleic acid detection using probes
SG194722A1 (en) 2011-05-09 2013-12-30 Fluidigm Corp Probe based nucleic acid detection
WO2013038534A1 (ja) * 2011-09-14 2013-03-21 日本碍子株式会社 標的核酸の検出方法
JP5503021B2 (ja) * 2011-09-14 2014-05-28 日本碍子株式会社 標的核酸の検出方法
CN103421777B (zh) * 2013-09-11 2015-05-13 北京市农林科学院林业果树研究所 无需pcr仪的侧翼核酸序列快速准确扩增方法及应用
US20190032122A1 (en) * 2014-12-19 2019-01-31 Geco Aps Indel detection by amplicon analysis
ES2740109T3 (es) * 2016-01-27 2020-02-05 Devyser Holding Ab Amplificación selectiva de las regiones de ácido nucleico deseadas en una secuencia diana
WO2017209575A1 (en) * 2016-06-03 2017-12-07 Seegene, Inc. Evaluation of specificity of oligonucleotides
CN110456034B (zh) * 2018-05-07 2022-07-22 上海市第十人民医院 一种循环肿瘤细胞的检测方法
CN109868309B (zh) * 2019-03-05 2022-11-11 苏州恩可医药科技有限公司 基于通用碱基替换插入的单链dna扩增方法
CN110592200B (zh) * 2019-09-25 2023-04-18 人和未来生物科技（长沙）有限公司 一种改善扩增特异性和均一性的多重pcr方法
CN111635930B (zh) * 2020-05-12 2023-10-24 中国农业科学院农业基因组研究所 一种高通量测序调取未知rna全长序列的方法

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2544292A (en) * 1991-09-11 1993-04-05 Medical Research Council Improvements in oligonucleotide primers and probes
US6197556B1 (en) * 1991-12-20 2001-03-06 The University Of Chicago Nucleic acid amplification using modular branched primers
WO1993014217A1 (en) * 1992-01-10 1993-07-22 Life Technologies, Inc. Use of predetermined nucleotides having altered base pairing characteristics in the amplification of nucleic acid molecules
US6077668A (en) * 1993-04-15 2000-06-20 University Of Rochester Highly sensitive multimeric nucleic acid probes
US20020042048A1 (en) * 1997-01-16 2002-04-11 Radoje Drmanac Methods and compositions for detection or quantification of nucleic acid species
US20020187470A1 (en) * 1998-06-24 2002-12-12 Casey Warren Michael Detection of single nucleotide polymorphisms
WO2001023618A2 (en) * 1999-09-30 2001-04-05 Qiagen Genomics, Inc. Compositions and methods for reducing oligonucleotide hybridization and priming specificity
CN1312274A (zh) * 2000-03-07 2001-09-12 上海博德基因开发有限公司 一种新的多肽——人bcr蛋白10和编码这种多肽的多核苷酸
US6562572B1 (en) * 2000-09-27 2003-05-13 Mayo Foundation For Medical Education And Research Methods for amplifying nucleic acid sequences

Also Published As

Publication number Publication date
ES2314093T3 (es) 2009-03-16
EP1448795A1 (en) 2004-08-25
AU2002348612A1 (en) 2003-06-23
BRPI0214741B1 (pt) 2015-05-12
CN1578841A (zh) 2005-02-09
US20050164184A1 (en) 2005-07-28
WO2003050306A1 (en) 2003-06-19
IL162317A (en) 2010-04-29
KR100557329B1 (ko) 2006-03-03
CN1578841B (zh) 2013-03-27
WO2003050305A1 (en) 2003-06-19
AU2002329104A1 (en) 2003-06-23
AU2002329104B2 (en) 2005-08-18
NZ532531A (en) 2007-01-26
ATE407224T1 (de) 2008-09-15
DE60228750D1 (de) 2008-10-16
EP1448793A1 (en) 2004-08-25
EP1448793B1 (en) 2008-09-03
KR20040070206A (ko) 2004-08-06
CA2468754A1 (en) 2003-06-19
BR0214741A (pt) 2004-11-23
CN1602361A (zh) 2005-03-30
CA2468754C (en) 2011-11-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2004120771A (ru) Праймер, регулирующий отжиг, и его применения
JP2020182453A5 (ru)
KR100189229B1 (ko) 핵산 증폭을 강화하는 방법
CA2532160A1 (en) Methods of genotyping using differences in melting temperature
JP2005511096A5 (ru)
RU2400538C2 (ru) Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется
US9255291B2 (en) Oligonucleotide ligation methods for improving data quality and throughput using massively parallel sequencing
US20070059700A1 (en) Methods and compositions for optimizing multiplex pcr primers
RU2010116772A (ru) Полинуклеотидные праймеры
CA2504234C (en) Process for amplifying nucleic acids
US20150072870A1 (en) Method for Reducing Adapter-Dimer Formation
EP2491146B1 (en) Amplification primers with non-standard bases for increased reaction specificity
CA2476564A1 (en) Polynomial amplification of nucleic acids
JP2022111117A5 (ru)
RU2004120769A (ru) Олигонуклеотид, контролирующий область гибридизации, и его применение
JP2013509871A5 (ru)
KR20110050327A (ko) Ｔｈｄ 프라이머 타겟 검출
KR20180027557A (ko) 프라이머-다이머 증폭 감소 방법
JP2009261392A5 (ru)
EP2653559A1 (en) Polynucleotide and use thereof
RU2005100511A (ru) Идентификация олигонуклеотидов для захвата, выявления и количественного определения нуклеиновой кислоты вируса гепатита а
US20100255546A1 (en) Nucleic acid amplification method
US7943347B2 (en) Nucleic acid amplification method
US7501254B2 (en) Methods and compositions for amplification and capture of nucleic acid sequences
KR101785687B1 (ko) 다중 증폭 이중 시그널 증폭에 의한 타겟 핵산 서열의 검출 방법

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20070220