KR20220035793A

KR20220035793A - 암 진단의 정확도를 높이기 위한 유전자 발현 수준의 보정 방법

Info

Publication number: KR20220035793A
Application number: KR1020200117962A
Authority: KR
Inventors: 김다함; 남기현; 윤정현; 이은직
Original assignee: 연세대학교 산학협력단
Priority date: 2020-09-14
Filing date: 2020-09-14
Publication date: 2022-03-22
Also published as: KR102426397B1

Abstract

본 발명은 암 진단의 정확도를 높이기 위한 방법에 관한 것이다. 특히 본 발명의 보정된 발현 수준 값을 대조군과 비교하여 암을 진단하는 경우, 단일 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 것에 비하여 암 진단의 정확도를 높일 수 있다.

Description

암 진단의 정확도를 높이기 위한 유전자 발현 수준의 보정 방법 {Method for correcting the expression level of gene to increase the accuracy of cancer diagnosis}

본 발명은 암 진단의 정확도를 높이기 위하여 유전자의 발현 수준을 보정하는 방법에 관한 것이다.

암은 인류가 해결해야 할 난치병 중의 하나로, 전 세계적으로 이를 치유하기 위한 개발에 막대한 자본이 투자되고 있는 실정이며, 우리나라의 경우, 질병 사망원인 중 제1위의 질병으로서 연간 약 10만 명 이상이 진단되고, 약 6만 명 이상이 사망하고 있다.

이러한 암의 유발 인자인 발암물질로는 흡연, 자외선, 화학물질, 음식물, 기타 환경인자들이 있으나, 그 유발 원인이 다양하여 더욱 발전된 진단 방법 및 치료제의 개발이 절실히 필요하다.

그중에, 갑상선암은 남성보다는 특히 여성에게 많이 발병되는 암으로써 국가 암 정보센터의 암 발병률을 살펴보면 2002년 기준 여성 전체 암의 7.4%를 차지하고 있다. 최근 대한 갑상선 질병학회에 보고된 자료에 의하면 국내 암 발병률의 4위를 차지하고 있으며 여성의 경우는 1위를 차지하고 있다.

이러한 갑상선암은 내분비계의 가장 흔한 악성종양으로 유두암(Papillary carcinoma), 여포암(Follicular carcinoma), 허들세포암(여포 선암종, Hurthle cell neoplasm,), 역형성암(저분화 갑상선암, Anaplastic carcinoma), 수질암(Medullary thyroid carcinoma) 등이 포함된다.

갑상선암의 원인으로는 방사선 노출, 성호르몬 등으로 알려져 있으나 아직 정확한 원인에 대한 규명은 이루어지지 않고 있다. 갑상선암은 다른 암에 비해 발병률이 높기는 하지만 조기에 수술을 할 수 있다면 생존률이 높은 편에 속하므로, 조기 발견이 중요하여 갑상선암을 조기에 탐지하기 위한 시도가 다양하게 이루어지고 있다.

반면, 갑상선의 양성 종양의 경우 간혹 아주 커졌을 때 주위 조직을 압박하여 음식물을 삼키기가 어렵거나 호흡곤란을 느낄 수 있으나 이런 경우는 드물고, 미용상 문제가 될 뿐 몸에 해가 없다. 따라서, 갑상선 종양이 악성인 갑상선암인지 양성 종양인지 여부를 구별하는 것이 중요하다. 갑상선암과 갑상선의 양성 종양을 감별진단 하기 위해서는 세침흡인세포검사(Fine needle aspiration; FNA)가 이용되는데, 이는 세포 형태가 병리학적으로 판별 불가한 비진단적 또는 비정형인 경우가 존재하므로, 갑상선암을 양성 종양과 정확하게 구별하기 위해 분자표지가 검사가 이용될 수 있다.

정확도를 높이기 위한 검사를 위하여 지금까지 개발된 분자표지자 검사는 유전자 돌연변이 검사, mRNA발현검사, miRNA발현검사 등이 있으나, 유전자 돌연변이만으로 갑상선암을 설명할 수 없으며 mRNA의 경우 mRNA가 단백질 발현과 항상 일치하는 것은 아니며 전체 유전체의 2%만을 차지하여 진단 마커로서의 한계를 보인다.

반면 긴 비-코딩 RNA(Long non-coding RNA; lncRNA)는 단백질로 번역되지 않는 비암호화 RNA 분자 중 상대적으로 길이가 긴 200 뉴클레오티드 이상의 크기를 가지는 RNA로, 최근 세포의 암화 과정에서 중요한 것으로 주목받고 있다. 이에 따라 암 진단을 위한 RNA 발현 수준을 측정할 때 각 샘플에서 양을 보정하기 위해서는 GAPDH와 같은 양이 잘 변하지 않는 하우스 키핑 유전자 컨트롤이 필요한데 lncRNA는 대부분 발현양이 적고, GAPDH와 같은 대부분의 하우스 키핑 유전자들은 발현양이 상대적으로 높아 lncRNA 정량 결과를 분석하기에 부적합하며 lncRNA 중에서 하우스 키핑 유전자로 알려진 lncRNA는 아직까지 없다.

본 발명의 일 목적은 암 중에서도 특히 갑상선암의 진단의 정확도를 높이기 위하여 바이오마커 유전자의 발현 수준을 보정하는 방법을 제공하고자 한다.

본 발명의 또 다른 일 목적은 본 발명에서 제공하는 보정 방법을 이용하여 암 중에서도 특히 갑상선암을 진단하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하고자 한다.

그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당 업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.

이하, 본원에 기재된 다양한 구현예가 도면을 참조로 기재된다. 하기 설명에서, 본 발명의 완전한 이해를 위해서, 다양한 특이적 상세사항, 예컨대, 특이적 형태, 조성물 및 공정 등이 기재되어 있다. 그러나, 특정의 구현예는 이들 특이적 상세 사항 중 하나 이상 없이, 또는 다른 공지된 방법 및 형태와 함께 실행될 수 있다. 다른 예에서, 공지된 공정 및 제조 기술은 본 발명을 불필요하게 모호하게 하지 않게 하기 위해서, 특정의 상세사항으로 기재되지 않는다. "한 가지 구현예" 또는 "구현예"에 대한 본 명세서 전체를 통한 참조는 구현예와 결부되어 기재된 특별한 특징, 형태, 조성 또는 특성이 본 발명의 하나 이상의 구현예에 포함됨을 의미한다. 따라서, 본 명세서 전체에 걸친 다양한 위치에서 표현된 "한 가지 구현예에서" 또는 "구현예"의 상황은 반드시 본 발명의 동일한 구현예를 나타내지는 않는다. 추가로, 특별한 특징, 형태, 조성, 또는 특성은 하나 이상의 구현예에서 어떠한 적합한 방법으로 조합될 수 있다.

본 발명 내 특별한 정의가 없으면 본 명세서에 사용된 모든 과학적 및 기술적인 용어는 본 발명이 속하는 기술분야에서 당업자에 의하여 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다.

본 발명의 일 구현 예에 따르면, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서, 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계; 및 측정된 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 하기 식 1에 대입하는 단계를 포함하고, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA는 각각 독립적으로 암에서 발현되는 lncRNA인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법에 관한 것이다:

[식 1]

보정된 발현 수준 값 = 제1 lncRNA의 발현 수준/제2 lncRNA의 발현 수준

본 발명에서 상기 "목적하는 개체" 내지 "개체"란, 상기 암의 발병 여부가 불확실한 개체로, 발병 가능성이 높은 개체를 의미하거나, 종양 또는 결절이 발생한 개체로 상기 종양 또는 결절이 양성 종양인지 암인지의 여부가 불확실한 개체를 의미할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.

본 발명에서 상기 "생물학적 시료"는 개체로부터 얻어지거나 개체로부터 유래된 임의의 물질, 생물학적 체액, 조직 또는 세포를 의미하는 것으로, 예를 들면, 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)을 포함할 수 있고, 바람직하게는 발병 가능성이 높은 환자의 피부를 절개하지 않고 중공침 등을 생체 내 기관에 자입하여 병리조직학적 검사용으로 채취한 샘플(예를 들면, 환자의 조직, 세포, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 객담 또는 복수(ascites) 등)일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서 상기 제1 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 증가하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 증가한 lncRNA일 수 있다. 여기서 상기 양성 종양에서 상기 제1 lncRNA의 발현 수준은 정상 대조군 대비 증가된 것일 수 있다.

본 발명에서, 상기 제1 lncRNA는 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2471(LINC02471) 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2408(LINC02408)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.

본 발명에서, 류신 풍부 반복 함유 52 단백질 안티센스 RNA 1(Leucine-rich repeat-containing protein 52 Antisense RNA 1; LRRC52-AS1)은 1번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 1로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2082; LINC02082)은 3번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 2로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(Unc-5 Netrin Receptor B Antisense RNA 1; UNC5B-AS1)는 10번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 3으로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2471(Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2471; LINC02471)은 12번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 4로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2408(Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2408; LINC02408)은 12번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 5로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서 상기 제2 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 감소하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 감소한 lncRNA일 수 있다. 여기서 상기 양성 종양에서 상기 제2 lncRNA의 발현 수준은 정상 대조군 대비 감소된 것일 수 있다.

본 발명에서, 상기 제2 lncRNA는 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LNCNEF), LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.

본 발명에서, 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(Metallophosphoesterase Domain Containing 2 Antisense RNA 1; MPPED2-AS1)은 11번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 6으로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LncRNA Neighboring Enhancer Of FOXA2; LNCNEF)는, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1384(Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 1384; LINC01384)라고도 하며, 20번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 7로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, LOC100129129은 8번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 8로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, LOC642484는 18번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 9로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에 사용되는 용어 "발현" 또는 "발현하는"은 유전자의 전사를 포함하는 생성 과정을 지칭한다. 발현 수준 또는 발현량의 증가는 예를 들어, 비-코딩 RNA 내지 이를 코딩하는 유전자의 수의 증가, 유전자의 전사의 증가(예를 들어, 구성성 프로모터의 제어 하에 유전자를 배치함으로써), 경쟁 유전자의 낙아웃(knockout) 또는 이들 및/또는 다른 방법의 조합을 포함하는 다수의 방법에 의할 수 있고, 발현 수준 또는 발현량의 감소는 유전자 수의 감소, 유전자의 전사의 감소, 경쟁 유전자의 발현 등에 의할 수 있다.

본 발명에서 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA 각각에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.

본 발명에서 상기 "프라이머"는 표적 유전자 서열을 인지하는 단편으로서, 정방향 및 역방향의 프라이머 쌍을 포함하나, 바람직하게는, 특이성 및 민감성을 가지는 분석 결과를 제공하는 프라이머 쌍이다. 프라이머의 핵산 서열이 시료 내 존재하는 비-표적 서열과 불일치하는 서열이어서, 상보적인 프라이머 결합 부위를 함유하는 표적 유전자 서열만 증폭하고 비특이적 증폭을 유발하지 않는 프라이머일 때, 높은 특이성이 부여될 수 있다.

본 발명에서 상기 "프로브"란 시료 내의 검출하고자 하는 표적 물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질을 의미하며, 상기 결합을 통하여 특이적으로 시료 내의 표적 물질의 존재를 확인할 수 있는 물질을 의미한다. 프로브의 종류는 당업계에서 통상적으로 사용되는 물질로서 제한은 없으나, 바람직하게는 PNA(peptide nucleic acid), LNA(locked nucleic acid), 펩티드, 폴리펩티드, 단백질, RNA 또는 DNA일 수 있으며, 가장 바람직하게는 PNA이다. 보다 구체적으로, 상기 프로브는 바이오 물질로서 생물에서 유래되거나 이와 유사한 것 또는 생체 외에서 제조된 것을 포함하는 것으로, 예를 들어, 효소, 단백질, 항체, 미생물, 동식물 세포 및 기관, 신경세포, DNA, 및 RNA일 수 있으며, DNA는 cDNA, 게놈 DNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, RNA는 게놈 RNA, mRNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 단백질의 예로는 항체, 항원, 효소, 펩티드 등을 포함할 수 있다.

본 발명에 상기 "PNA(Peptide Nucleic Acid)"는 인공적으로 합성된, DNA 또는 RNA와 비슷한 중합체를 가리키며, 1991년 덴마크 코펜하겐 대학교의 Nielsen, Egholm, Berg와 Buchardt 교수에 의해 처음으로 소개되었다. DNA는 인산-리보스당 골격을 갖는데 반해, PNA는 펩티드 결합에 의해 연결된 반복된 N-(2-아미노에틸)-글리신 골격을 가지며, 이로 인해 DNA 또는 RNA에 대한 결합력과 안정성이 크게 증가되어 분자 생물학, 진단 분석 및 안티센스 치료법에 사용되고 있다. PNA는 문헌[Nielsen PE, Egholm M, Berg RH, Buchardt O (December 1991). "Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide". Science 254(5037): 1497-1500]에 상세하게 개시되어 있다.

본 발명에서 상기 "LNA(Locked nucleic acids)"란, 2'-O, 4'-C 메틸렌 브릿지를 포함하는 핵산 아날로그를 의미한다 [J Weiler, J Hunziker and J Hall Gene Therapy (2006) 13, 496.502]. LNA 뉴클레오사이드는 DNA와 RNA의 일반적 핵산 염기를 포함하며, Watson-Crick 염기 쌍 규칙에 따라 염기 쌍을 형성할 수 있다. 하지만, 메틸렌 브릿지로 인한 분자의 'locking'으로 인해, LNA는 Watson-Crick 결합에서 이상적 형상을 형성하지 못하게 된다. LNA가 DNA 또는 RNA 올리고뉴클레오티드에 포함되면, LNA는 보다 빠르게 상보적 뉴클레오티드 사슬과 쌍을 이루어 이중 나선의 안정성을 높일 수 있다. 본 발명에서 상기 "안티센스"는 안티센스 올리고머가 왓슨-크릭 염기쌍 형성에 의해 RNA 내의 표적 서열과 혼성화되어, 표적서열 내에서 전형적으로 mRNA와 RNA:올리고머 헤테로이중체의 형성을 허용하는, 뉴클레오티드 염기의 서열 및 서브유닛간 백본을 갖는 올리고머를 의미한다. 올리고머는 표적 서열에 대한 정확한 서열 상보성 또는 근사 상보성을 가질 수 있다.

본 발명의 일 예시에서, 상기 제1 lncRNA 또는 제2 lncRNA에 해당하는 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, LINC02471, LINC02408, MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484 lncRNA 서열 정보는 이미 알려져 있으므로, 당업자라면 이를 바탕으로 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오티드를 용이하게 디자인할 수 있을 것이다.

본 발명에서, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의해 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 "진단"은 특정 질병 또는 질환에 대한 대상(subject)의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 대상이 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 대상의 예후(prognosis)(예컨대, 전-전이성 또는 전이성 암 상태의 동정, 암의 단계 결정 또는 치료에 대한 암의 반응성 결정)를 판정하는 것, 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링하는 것) 또는 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 용어 "종양(tumor)"은 체내의 세포가 개체의 전체성과는 관계없이 발육하는 것으로서, 상기 종양의 발육은 항상 종양 세포 자체의 분열 및 증식에 의한다. 상기 종양의 발육 형식은 주로 양성 종양에서 볼 수 있는 팽창성 또는 압배성 발육 또는 주로 악성 종양에서 볼 수 있는 침윤성 발육이 있다.

본 발명에서, 상기 "악성 종양(malignant tumor)", "악성 결절(malignant nodule)" 또는 "암(cancer)"은 세포 주기가 조절되지 않아 세포 분열을 계속하는 질병으로서, 발생 부위에 따라 암종(Carcinoma)과 육종(Sarcoma)으로 나뉜다. 암종(Carcinoma)은 점막, 피부 같은 상피성 세포에서 발생한 악성 종양을 뜻하고, 육종(Sarcoma)은 근육, 결합 조직, 뼈, 연골, 혈관 등의 비상피성 세포에서 발생한 악성 종양을 뜻한다. 상기 악성 종양은 양성 종양에 비하여 증식 속도, 침윤, 재발 및 전이 등의 악성도가 높다.

본 발명에서 진단의 대상이 되는 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 바람직하게는 갑상선암일 수 있다.

본 발명에서, 상기 "양성 종양(benign tumor)" 내지 "양성 결절(benign nodule)"은 세포가 과도하게 증식해 덩어리가 된 것으로, 커지는 속도가 느릴 뿐 더러 일정한 크기 이상 자라지 않는다는 특징이 있다. 또한 암처럼 다른 조직에 전이되지 않으며, 쉽게 치유할 수 있다. 양성 종양은 인체에 해는 거의 없으나, 주요 기관에 압박을 가할 경우에는 문제가 될 수 있다.

본 발명에서 상기 양성 종양 또는 결절은 난소, 유방, 폐, 전립선, 결장, 신장, 피부, 갑상선, 뇌, 심장, 간, 위, 신경, 혈관, 뼈, 상부 소화관 또는 췌장의 부위에서 발생한 것일 수 있고, 바람직하게는 갑상선 부위에서 발생한 것일 수 있다.

일반적으로 암 등의 질환을 진단하기 위하여 특정 바이오마커의 발현 수준을 측정할 때, 각 시료에서 발현양을 보정하기 위해서는 GAPDH 등과 같은 하우스 키핑 유전자의 컨트롤을 수행하고 있다. 하지만, lncRNA는 각 조직에서 매우 낮은 수준으로 발현되고, lncRNA 중에서 하우스 키핑 유전자로 알려진 lncRNA는 아직까지 없으며, GAPDH와 같이 종래에 일반적으로 사용되던 하우스 키핑 유전자들은 lncRNA 발현양에 비하여 매우 높은 수준으로 발현되어 lncRNA 정량 결과를 분석하기에 부적합하다. 하지만, 본 발명의 보정 방법을 이용하는 경우, 하우스 키핑 유전자를 이용한 컨트롤 없이도 정상 조직, 양성 종양 또는 결절 조직, 및 암 조직의 각 조직 별 본 발명에 따르는 lncRNA 바이오마커의 발현 수준 차이를 극대화하여, 암을 진단함에 있어서 정확도를 현저히 높일 수 있다.

본 발명의 다른 구현 예에 따르면, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서, 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계; 및 측정된 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 하기 식 1에 대입하는 단계를 포함하고, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA는 각각 독립적으로 암에서 발현되는 lncRNA인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법에 관한 것이다:

[식 1]

본 발명의 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02082 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02082 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02082 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02082 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02408 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02408 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02408 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02408 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA 각각에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행될 수 있다.

본 발명에서, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의해 수행될 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 "진단"은 특정 질병 또는 질환에 대한 대상(subject)의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 대상이 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 대상의 예후(prognosis)(예컨대, 전-전이성 또는 전이성 암 상태의 동정, 암의 단계 결정 또는 치료에 대한 암의 반응성 결정)를 판정하는 것, 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링하는 것), 또는 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 식 1에서 상기 제1 lncRNA 발현 수준의 값은 목적하는 개체로부터 분리된 어느 일 생물학적 시료로부터 1회 측정된 제1 lncRNA의 발현 수준의 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 복수 개의 생물학적 시료로부터 각각 측정된 복수 개의 제1 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 어느 일 생물학적 시료로부터 복수 회 측정된 복수 개의 제1 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 복수 개의 생물학적 시료로부터 복수 회 측정된 복수 개의 제1 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 식 1에서 상기 제2 lncRNA 발현 수준의 값은 목적하는 개체로부터 분리된 어느 일 생물학적 시료로부터 1회 측정된 제2 lncRNA의 발현 수준의 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 복수 개의 생물학적 시료로부터 각각 측정된 복수 개의 제2 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 어느 일 생물학적 시료로부터 복수 회 측정된 복수 개의 제2 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 복수 개의 생물학적 시료로부터 복수 회 측정된 복수 개의 제2 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 얻어진 보정된 발현 수준 값이 대조군에 비하여 증가하거나 감소한 경우, 바람직하게는 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 LINC02082이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 LINC02408이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서 상기 진단, 종양, 발현 수준을 측정하는 제제 분석 방법에 관한 설명은 앞서 기재된 바와 중복되어 명세서의 과도한 복잡을 피하기 위하여 그 자세한 기재를 생략한다.

본 발명의 보정 방법을 이용하는 경우, 하우스 키핑 유전자를 이용한 컨트롤 없이도 정상 조직, 양성 종양 또는 결절 조직, 및 암 조직의 각 조직 별 본 발명에 따르는 lncRNA 바이오마커의 발현 수준 차이를 극대화하여, 암을 진단함에 있어서 정확도를 현저히 높일 수 있다.

도 1은 실시예 1에서 본 발명의 일 실시예에 따른 갑상선암 진단을 위한 lncRNA 후보 바이오마커를 선정하기 위한 분석 과정을 나타낸 것이다.
도 2는 실시예 2에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LRRC52-AS1의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 3은 실시예 2에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02082의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 4는 실시예 2에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 UNC5B-AS1의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 5는 실시예 2에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 6은 실시예 2에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 7은 실시예 2에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 MPPED2-AS1의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 8은 실시예 2에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LNCNEF의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 9는 실시예 2에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LOC100129129의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 10은 실시예 2에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LOC642484의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 11은 실시예 3에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 12는 실시예 3에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 13은 실시예 3에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 14는 실시예 3에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 15는 실시예 4에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 16은 실시예 4에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 17은 실시예 4에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02082 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 18은 실시예 4에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02082 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 19는 실시예 5에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 20은 실시예 5에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 21은 실시예 5에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 22는 실시예 5에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 23은 실시예 6에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 24는 실시예 6에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 25는 실시예 6에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 26은 실시예 6에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 27은 실시예 7에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 28은 실시예 7에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 29는 실시예 7에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 30은 실시예 7에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.

이하, 본 발명을 하기의 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.

실시예

[실시예 1] 갑상선암 진단을 위한 lncRNA 후보 선정

갑상선암 진단을 위한 lncRNA 후보를 선정하기 위하여, 도 1과 같이 ncRNA 데이터와 갑상선암 환자의 ncRNA 발현을 비교분석 하였다. 구체적으로는 암에서의 ncRNA 아틀라스(The Atlas of ncRNA in Cancer; TANRIC) 갑상선암 데이터에서 갑상선암 환자 59명의 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 12,727개의 ncRNA를 비교하여 갑상선암 조직에서 2배 이상으로 의미 있게 증가한 901개 ncRNA와 갑상선암 조직에서 0.5배 이하로 의미 있게 감소한 1,710개 ncRNA를 선별하였다. 그 중 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 0.5 이상 차이가 나는 값을 가지고 미국 국가생물공학센터(National Center for Biotechnology Information; NBCI)에 주석이 달린 각각 상위 5개의 lncRNA를 후보로 선정하였다.

그 중에서 도 1에 나타난 것처럼 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 증가한 ncRNA 중 LRRC52-AS1, LINC02471, LINC02082, UNC5B-AS1 및 LINC02408, 그리고 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 감소한 ncRNA 중 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC642484 및 LOC100129129를 갑상선암 진단을 위한 최종 후보로 선정하였다.

[실시예 2] lncRNA 후보에서 갑상선암 진단 능력 확인

[2-1] 갑상선암 조직에서 발현이 증가한 ncRNA 분석

갑상선암 환자 59명으로부터 분리한 갑상선암 조직(암 조직)과 주변 정상 갑상선 조직(정상 조직)에 있어서, 상기 실시예 1에서 최종 선정된, 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 증가한 5개의 lncRNA의 발현 수준을 측정하여 그 결과를 하기 표 1에 나타내었다. 표 1에서, 'T59'는 갑상선암 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값이고, 'N59'는 주변 정상 갑상선 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값에 해당한다.

명칭	유전자 ID	P 값	N59	T59	T59-N59	T59/N59
LRRC52-AS1	ENSG00000237463.1	9.5782E-10	0.016932	2.76254	2.745608	163.1579
LINC02471	ENSG00000223914.1	8.23157E-15	0.250378	10.0865	9.836122	40.28509
LINC02082	ENSG00000242268.2	1.31763E-05	0.016668	0.659175	0.642507	39.54662
UNC5B-AS1	ENSG00000237512.2	6.17203E-06	0.035556	1.38515	1.349594	38.95697
LINC02408	ENSG00000203585.3	2.10601E-06	0.020193	0.666412	0.646219	33.00213

상기 표 1에 나타낸 바와 같이, 실시예 1에서 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암 조직에서 발현 수준이 의미 있게 증가한 것으로 확인된 lncRNA인 LRRC52-AS1, LINC02471, LINC02082, UNC5B-AS1 및 LINC02408은 모두 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암 조직에서 발현 수준의 평균 값이 높게 발현되는 바, 갑상선암을 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-2] 갑상선암 조직에서 발현이 감소한 ncRNA 분석

갑상선암 환자 59명으로부터 분리한 갑상선암 조직(암 조직)과 주변 정상 갑상선 조직(정상 조직)에 있어서, 상기 실시예 1에서 최종 선정된, 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 감소한 4개의 lncRNA의 발현 수준을 측정하여 그 결과를 하기 표 2에 나타내었다. 표 2에서, 'T59'는 갑상선암 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값이고, 'N59'는 주변 정상 갑상선 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값에 해당한다.

명칭	유전자 ID	P 값	N59	T59	T59-N59	T59/N59
MPPED2-AS1	ENSG00000254489.1	1.24675E-21	1.42859	0.153562	-1.27503	0.107492
LNCNEF	ENSG00000237396.1	3.2035E-09	1.7388	0.201443	-1.53736	0.115852
LOC642484	ENSG00000206129.3	3.82645E-16	0.663489	0.11583	-0.54766	0.174577
LOC100129129	ENSG00000255020.1	6.71445E-13	4.23287	1.21616	-3.01671	0.287313

상기 표 2에 나타낸 바와 같이, 실시예 1에서 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 감소된 것으로 확인된 lncRNA인 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC642484 및 LOC100129129은 모두 정상 조직에 비하여 갑상선암에서 평균 값이 낮게 발현되는 바, 갑상선암을 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-3] LRRC52-AS1 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인

LRRC52-AS1의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 2에 나타내었다.

도 2에서 나타난 것처럼, LRRC52-AS1은 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 증가하였다. 이를 통하여 상기 LRRC52-AS1는 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-4] LINC02082 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02082의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 3에 나타내었다.

도 3에서 나타난 것처럼, LINC02082는 갑상선 양성 결절이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 증가하였다. 이를 통하여 상기 LINC02082는 갑상선 종양 또는 결절 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-5] UNC5B-AS1 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인

UNC5B-AS1의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 4에 나타내었다.

도 4에서 나타난 것처럼, UNC5B-AS1은 갑상선 양성 결절이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 증가하였다. 이를 통하여 상기 UNC5B-AS1은 갑상선 결절 또는 종양 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-6] LINC02471 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02471의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 5에 나타내었다.

도 5에서 나타난 것처럼, LINC02471는 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 증가하였다. 이를 통하여 상기 LINC02471은 갑상선암인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-7] LINC02408 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02408의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 6에 나타내었다.

도 6에서 나타난 것처럼 LINC02408은 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 증가하였다. 이를 통하여 상기 LINC02408은 갑상선암인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-8] MPPED2-AS1 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인

MPPED2-AS1의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 7에 나타내었다.

도 7에서 나타난 것처럼, MPPED2-AS1은 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 감소하였다. 이를 통하여 상기 MPPED2-AS1은 갑상선 종양 또는 결절 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-9] LNCNEF lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인

LNCNEF의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 8에 나타내었다.

도 8에서 나타난 것처럼, LNCNEF는 갑상선 양성 결절이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 감소하였다. 이를 통하여 상기 LNCNEF는 갑상선 종양 또는 결절 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-10] LOC100129129 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인

LOC100129129의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 9에 나타내었다.

도 9에서 나타난 것처럼, LOC100129129는 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 감소하였다. 이를 통하여 상기 LOC100129129는 갑상선 종양 또는 결절 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[2-11] LOC642484 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인

LOC642484의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 10에 나타내었다.

도 10에서 나타난 것처럼, LOC642484는 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 감소하였다. 이를 통하여 상기 LOC642484는 갑상선암인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.

[실시예 3] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(1)

[3-1] LRRC52-AS1/MPPED2-AS1의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인

LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우, 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 각각 측정한 후, LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 11에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 데이터에서, LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(Negative predictive value; NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 3에 나타내었다.

lncRNA	RPKM 컷오프 값	민감도	음성예측치
LRRC52-AS1	0.035766786	88%	89%
MPPED2-AS1	0.577267417	95%	95%
LRRC52-AS1/MPPED2-AS1	0.020621914	95%	94%

도 11 및 상기 표 3에 나타낸 바와 같이, 단일 LRRC52-AS1의 발현 수준의 값이나, 단일 MPPED2-AS1 발현 수준의 값만을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여, LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 민감도 및 음성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암과 갑상선 양성 결절 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[3-2] LRRC52-AS1/LNCNEF의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인

LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 각각 측정한 후, LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 12에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 측정한 데이터에서, LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 4에 나타내었다.

lncRNA	RPKM 컷오프 값	민감도	음성예측치
LRRC52-AS1	0.035766786	88%	89%
LNCNEF	0.2183943845	85%	87%
LRRC52-AS1/LNCNEF	0.039972309	93%	93%

도 12 및 상기 표 4에 나타낸 바와 같이, 단일 LRRC52-AS1 발현 수준의 값이나 단일 LNCNEF 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여, LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 민감도 및 음성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암과 갑상선 양성 결절 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[3-3] LRRC52-AS1/LOC100129129의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인

LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 각각 측정한 후, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 13에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 측정한 데이터에서, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 5에 나타내었다.

lncRNA	RPKM 컷오프 값	민감도	음성예측치
LRRC52-AS1	0.035766786	88%	89%
LOC100129129	1.9145184725	81%	84%
LRRC52-AS1/LOC100129129	0.0114036165	90%	90%

도 13 및 상기 표 5에 나타낸 바와 같이, 단일 LRRC52-AS1 발현 수준의 값이나 단일 LOC100129129 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 민감도 및 음성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암과 갑상선 양성 결절 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[3-4] LRRC52-AS1/LOC642484의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인

LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1 및 LOC642484의 발현 수준을 측정한 후, LRRC52-AS1의 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 14에 나타내었다.

도 14에 나타난 것처럼, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정 값은, 갑상선양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암 조직에서 의미 있게 증가하였는 바, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정 값을 이용해 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 유효하게 진단할 수 있음을 알 수 있었다.

[실시예 4] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(2)

[4-1] LINC02082/MPPED2-AS1의 갑상선암 제외진단 능력 확인

LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용하여, 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 제외진단(rule out; R/O) 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 각각 측정한 후, LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 15에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 데이터에서, LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 암으로 진단할 경우, 상기 진단의 특이도(Specificity)와 양성 예측치(Positive predictive value; PPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 6에 나타내었다.

lncRNA	RPKM 컷오프 값	특이도	양성 예측치
LINC02082	0.0662616705	95%	94%
MPPED2-AS1	0.577267417	92%	92%
LINC02082/MPPED2-AS1	0.2809314735	100%	100%

도 15 및 상기 표 6에 나타난 것처럼, 단일 LINC02082 발현 수준의 값이나 단일 MPPED2-AS1 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단한 경우에 비하여 LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우, 진단의 특이도 및 양성 예측치가 100%에 달하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 제외진단(R/O)함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[4-2] LINC02082/LNCNEF의 갑상선암 제외진단 능력 확인

LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 제외진단(rule out; R/O) 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 각각 측정한 후, LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 16에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 측정한 데이터에서, LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 암으로 진단할 경우, 상기 진단의 특이도(Specificity)와 양성 예측치(PPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 7에 나타내었다.

lncRNA	RPKM 컷오프 값	특이도	양성 예측치
LINC02082	0.0662616705	95%	94%
LNCNEF	0.2183943845	100%	100%
LINC02082/LNCNEF	0.2491690695	100%	100%

도 16 및 상기 표 7에 나타난 것처럼, 단일 LINC02082의 발현 수준의 값이나 단일 LNCNEF의 발현 수준의 값만을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여 LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 특이도 및 양성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 제외진단(R/O)함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[4-3] LINC02082/LOC100129129의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02082 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정 방법을 이용할 경우의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 각각 측정한 후, LINC02082 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 17에 나타내었다.

도 17에 나타난 것처럼, LINC02082 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써 갑상선암 조직과, 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직 사이에서의 발현 수준의 값의 차이를 현저히 증가시킬 수 있는 바, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 본 발명에 따르는 보정 방법에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는 정확도를 향상시킬 수 있다.

[4-4] LINC02082/LOC642484의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02082 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 및 LOC642484 발현 수준을 측정한 후, LINC02082 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 18에 나타내었다.

도 18에 나타난 것처럼, LINC02082 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[실시예 5] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(3)

[5-1] UNC5B-AS1/MPPED2-AS1의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인

UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 각각 측정한 후, UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 19에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 데이터에서, UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 8에 나타내었다.

lncRNA	RPKM 컷오프 값	민감도	음성 예측치
UNC5B-AS1	0.089951671	88%	89%
MPPED2-AS1	0.577267417	95%	95%
UNC5B-AS1/MPPED2-AS1	0.1133624365	95%	95%

도 19 및 상기 표 8에 나타난 것처럼, 단일 UNC5B-AS1의 발현 수준의 값이나 단일 MPPED2-AS1의 발현 수준의 값만을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여 UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 민감도 및 음성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[5-2] UNC5B-AS1/LNCNEF의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인

UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 각각 측정한 후, UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 20에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 측정한 데이터에서, UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 9에 나타내었다.

lncRNA	RPKM 컷오프 값	민감도	음성 예측치
UNC5B-AS1	0.089951671	88%	89%
LNCNEF	0.2183943845	85%	87%
UNC5B-AS1/LNCNEF	0.242830794	92%	92%

도 20 및 상기 표 9에 나타난 것처럼, 단일 UNC5B-AS1 발현 수준의 값이나 단일 LNCNEF 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단한 경우에 비하여 UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단한 경우가 진단의 특이도 및 음성 예측치가 92%에 달하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[5-3] UNC5B-AS1/LOC100129129의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인

UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 각각 측정한 후, UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 21에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 측정한 데이터에서, UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 10에 나타내었다.

lncRNA	RPKM 컷오프 값	민감도	음성 예측치
UNC5B-AS1	0.089951671	88%	89%
LOC100129129	1.9145184725	81%	84%
UNC5B-AS1/LOC100129129	0.0316275305	90%	90%

도 21 및 상기 표 10에 나타난 것처럼, 단일 UNC5B-AS1 발현 수준의 값이나 단일 LOC100129129 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 특이도 및 음성 예측치가 90%에 달하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[5-4] UNC5B-AS1/LOC642484의 갑상선암 진단 능력 확인

UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준 및 LOC64248의 발현 수준을 측정한 후, UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 22에 나타내었다.

도 22에 나타난 것처럼, 상기 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[실시예 6] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(4)

[6-1] LINC02471/MPPED2-AS1의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02471 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02471 발현 수준 및 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 후, LINC02471 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 23에 나타내었다.

도 23에 나타난 것처럼, LINC02471 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[6-2] LINC02471/LNCNEF의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02471 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02471 발현 수준 및 LNCNEF 발현 수준을 측정한 후, LINC02471 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 24에 나타내었다.

도 24에 나타난 것처럼, LINC02471 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[6-3] LINC02471/LOC100129129의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02471 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02471 발현 수준 및 LOC100129129 발현 수준을 측정한 후, LINC02471 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 25에 나타내었다.

도 25에 나타난 것처럼, LINC02471 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[6-4] LINC02471/LOC642484의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02471 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02471 및 LOC642484 발현 수준을 측정한 후, LINC02471 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 26에 나타내었다.

도 26에 나타난 것처럼, LINC02471 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[실시예 7] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(5)

[7-1] LINC02408/MPPED2-AS1의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02408 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02408 발현 수준 및 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 후, LINC02408 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 27에 나타내었다.

도 27에 나타난 것처럼, LINC02408 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[7-2] LINC02408/LNCNEF의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02408 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02408 발현 수준 및 LNCNEF 발현 수준을 측정한 후, LINC02408 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 28에 나타내었다.

도 28에 나타난 것처럼, LINC02408 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[7-3] LINC02408/LOC100129129의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02408 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02408 발현 수준 및 LOC100129129 발현 수준을 측정한 후, LINC02408 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 29에 나타내었다.

도 29에 나타난 것처럼, LINC02408 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 및 주변 정상 갑상선 조직 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

[7-4] LINC02408/LOC642484의 갑상선암 진단 능력 확인

LINC02408 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02408 및 LOC642484 발현 수준을 측정한 후, LINC02408 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 30에 나타내었다.

도 30에 나타난 것처럼, LINC02408 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.

이처럼 본 발명의 lncRNA 발현 수준을 보정한 값들을 이용하는 경우 높은 민감도와 특이도로 갑상선암 여부 내지 갑상선 종양 또는 결절의 악성 여부를 진단할 수 있고, 특히 양의 보정을 위한 하우스 키핑 유전자 컨트롤을 생략할 수 있으며, 갑상선암, 양성 종양 또는 결절, 및 정상 조직의 각 군에서의 발현 수준 값 간에 차이를 높여 진단의 정확도를 높일 수 있었다.

<110> Industry-Academic Cooperation Foundation, Yonsei University <120> Method for correcting the expression level of gene to increase the accuracy of thyroid cancer diagnosis <130> PDPB204079 <160> 9 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 1803 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 agcccgtcac cttgcaacgg atggtgtagg gcttgccgat cttgttcccc tagtaacctc 60 tgcgcatggg gacaatggag agctaggcca ggatgatggc cctgtggatg gcagtggcca 120 cctccttgga gcacttaaca cccagaccga cgtgaccgtt gtagcccgca atggccacaa 180 acgccttgaa cctggttcgc tggccggctc cggtctgctt ctgcaccggc ataatcttca 240 aaacctaggc ctcgagagag gccccccagg aaaaaatcaa tgatctcaga ttccgtgatg 300 ggcagggaga agagacagat ctcctccagg gaagtgatct tcatgtgctt gaccaggcag 360 cccagcttgc tgacgggcat ccactcctta tccttggcct tgcctccgcg agctccgtgg 420 cttcggcccc agcctggtcc acggcagtga ccccggcctc ggatgccact gccgaaacct 480 ccacggaagc caccatggtt ccccatccca gggccccggg gcctccggga ctccccccgc 540 aacccaatgc cggctgcgcc ggcgtcatcc gccatttggt gttttctcgg agaagaagct 600 acatgtggaa tatattaacg caacaaattg tgcgtacttg ctagacatta ggcatgatag 660 caagtgctag ggttacaaag tattgctttt tggggaaccc atggttgttg gggagaaacc 720 agaagatcag tcatcacagt gcggcaagat cagacttgtg gtttgttcag gttctgggag 780 ccgtcactgc agtgagaatg gaccccacaa tgtctcataa ggggatctgc aaggcagccc 840 taaattccaa gcaggacatg taactcctca atggacaaat ggacactgga ccctggttga 900 aggaacctgt tgttcttatg gtggagggca gaaacccaag agggctggag ccaatccata 960 actcaggcac gtggccacat ctaacagcaa gggagtctgg aaaacacagt tcagctgtgt 1020 gaaggatatt tataaacatt tagcaagatc caaaggaatg gaccatagca cagccctgtt 1080 ttctttagac gctgactcct gctgtctacc agatcctcgt ggtacaatga ctggtgtaga 1140 ctggcttgtt gaagtcactc tctggatctg agcaacgctg gctgagccgt gatgaagtat 1200 tcctatccat ccactatgct tcacagtggg aatctctcac tgttcatcac cgctgcccta 1260 gcagccgcag ggattcttca cccatggttg cttaggttta taagcaagga agctgaatga 1320 agtccctttc ctctctggat gagcccctgg gtttctggaa gagtcttaaa atcaccccta 1380 aatggcttcc aagcactgaa gcccgagatg ttagctggcc tgtgtgaggc cttgagacag 1440 aatgccacag ccacacccca aggatgctga aggggatttc cctcctctgt ggtttttctc 1500 ctttcttccc gcagcactcc tcctacgtgc taacatcttc tagtcaaaca actctccttt 1560 tcaaagggac caggcacagt ttctgcttat ccctgagtag cagtgttcag tttcctgcca 1620 gcctgtggag tttttcaaac aagccaatca cctcctcctg tgggaactga gaagcacccc 1680 accctctcga tactacaaag cccctgcttg ttccctagtg caactcccat gtggtcctgt 1740 ggagcatatg gtatcttcct cttctgggca gtgagcatat gtgactaata aactatctat 1800 ctc 1803 <210> 2 <211> 745 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 taccatcatg gctcactgca acctccgcct cccgggagaa ttgcttgaac cctggaggcg 60 gaggttgccg tgagctaaca ttgcgcccct acactccagc ctgccaacag agcaagactc 120 cgtctcaaaa ataaaaaaag gatctacttt tgagaatact gtcattggtt gataaaatac 180 agcagaaact tgtgaagaag ctattttcca tattcacctg gcatgtttgg agatgattgc 240 catcaacttt gtgactgtga aggagaaacc ttctgccacc caaaaactga aaaatgcctc 300 tgcccccgtg ggagaactgg agccagatgt gatgctggtt agtctcctgt attgggcgtt 360 cagcatggat gttgcctttt tctgacctca agacaactat ccaactttcc ctgtgtcctt 420 cacgatgcaa ccactaaagc tctactgaag tctctaattc tgagaaggca ccttaaaaat 480 ttgaatctaa taacttgctt ggatcatatg gctcctaagt ggagcagaac tcaggtttgc 540 ctcattccag aggccacgtt cttgactaca gcatgcatgc aattataaaa cactaccatc 600 gaggatgaaa atctataccc gtaaattttg gaaagtaata aaattttgat gaatccaagt 660 cagaatgagt tcatactcca gttgctaatc aagacacaca caggtagtca cattttcaac 720 cacctttatt tttgatgcat aaaaa 745 <210> 3 <211> 652 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 3 ccctcctcaa acacacatcc atcctccggc acacacccag tccatgcctc gcccccacac 60 acacctgaca ccccagtgca acaccacacc caccctcccc tccctgcaaa ctcccacctc 120 cgcccacctg cttaatacac attctcaccc cccacacact ccttaataca tactctcaca 180 cccacaagcc tgccttcttg gagaagtgag ccgagccgtg cagcgccgcg aagggcatcc 240 ccgaagaccg ggaggaacgc cgcggggacc tgtggcttag cgcgctccgc ccgggcttgt 300 ctgcccgcgg gggcgcagcg gctgaggcgg ctccgggccg gagttccaat caagcgccac 360 ccaactccca gtcgggggcc gaggccagcg ccgggatgcc agcttccccc aaaaagatcc 420 tgcctcaggg aaatgcatgg agccggcgga aaagcccgcg gcgcccccgg cggatcgcag 480 accctaaggg ggcgggaggt ggcgccccag tcccaacctc ttgagccaac ccagtgggtg 540 ggaagtgccc ttaccctagg ccttccgcaa agtgttctct ccttgtatta ttctaattac 600 ggtattttta atttccttaa aaaaataaga aacagaaaag cacagaaaaa aa 652 <210> 4 <211> 705 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 4 gggaagctgt ttgtcagtgt taacctggct aactttggac agctgcaaca acaacatcta 60 tcccttggca tatggtgtgt ttagatgcta aacactgcct catctcttac ctaaagttaa 120 catctgatga catgatcgca actccatatc ctgagttgat ttcaacctat gatgttggaa 180 ttttccacat ggagataaac actgggaagc agctaatcat tctctctgga tttataagga 240 acaaatggat aagtgaaact tgaaaacaat ggccaaagta ctaagaacta atgtttcttc 300 aacaaaacaa atacttttac tttaagaaca gaagataaaa ggccaaagtt gtaatataag 360 acaaattacg gaaatataca cttatacata taaaaccact cctcttttta aaaaatcatg 420 ctttttaaga agaatcttct catatcagtg agaaagaaag ttatcttaac aaacaaaaag 480 tattttgaaa aaaagcgttc acatgtataa gaaagaaaat gaacaaataa ataggaaaaa 540 agatctctgg ttcaaccata tcaaagcttc ttcatgtttg ttattttact ctaaaggaca 600 cctccctgat cttgaactga taatacagtt aaaagaatta acagaaagag agagggatag 660 aaatggtcac gtacagaatg aaaaataaag gaaatttttt tctta 705 <210> 5 <211> 1771 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 5 agcaggaaag gcaggggagg cagcggcggg aagccttcct tagctgtgtg atcctagatg 60 gctgttaact tagcatttga ggactgtctc agatagacac aattggacca gattttgtac 120 catagaaaaa aaggctttac ccactcaaac atccactgtt ttcagcagac agagtcctaa 180 gtggatgcct gattggctga tcctgggaca cgtgcctgct cactggatgt actgaggcta 240 tgagaagaag gatctggcaa aacaaacctc agggacctca tcaagaaggc agaggacctg 300 gactaaccat gacatccaaa ctgaacacaa ttttagagat aattcccaca gaagagacag 360 gatttctaga aaatggaaat agcccgctct tggaaaagaa tgggcattta ctgagatgca 420 actataagct ggtgaaatat aattttgttt aaaatcattt aattttattc cacatcattt 480 tcctttgaag atatttgaat tgccagggac attaatattg tcaaggagat ttgctgtttc 540 acccaaatat gagatgtcca ctttgggatt agatccctgc ctcattcaaa tttccttttc 600 ccttagtctt ttcttgagtt acggacattt gttcattttt ttcaacttat tcaacaagta 660 tttattgaac aactactatg tgccatatac tgtttttggt ttggtatgga aagcctgtag 720 gaatctctgt tgtaattttg ggaatttgcc caacctgctc tttaggtggt gctatgaact 780 gacttgtgtg ctcccaaaat ttatctgttg aagctctaag ctccaatgtg atgatatttg 840 gagatgggat ctttgggaat taattaaggt tagatgaggt catgaggatg aggcccttat 900 gatgggatta gtgcccttat aagaaaacac accagagtgc ctgcttgctc tctctctctg 960 ccatgtgaag acacagtatg aaggcagctt attgcaagcc taagagagaa cccttgccag 1020 aattggactt ccggtctcca gaaccatgaa aacataaact tctgttgttt aagccaccca 1080 gtctacggaa ttttgttcta gaagcccaag ctgactaata tggttggagt ccagtgcttt 1140 gcgtgaagaa ggtacatctc taaaactaaa cattttgctc attgaagctt gatctgaaat 1200 aattaagact ttggtcgtga aaatcttaga cagaatccat tcagtgacta cctttattct 1260 gaattggcag gcaggcagtt ctgatagatc tgagaagatt cttttgacaa caatttctcc 1320 aacttcagat atgttgaaaa acaaaataaa tatgttaata attaacatga tgtaatgaac 1380 ttcagtagta aattaagact agaagagatt aggggtacca ggaatcttgg ttgtaaagtg 1440 gcatatataa acatagttgc atcaaaactt gctaaagtgg ccaggtgcag tggctcatgc 1500 ctgtaatccc agcactttgg gaagccgaga caggtggatc acctgaggtc aggagtttga 1560 gattagcctg gccaacaggg tgaaaccctg tctctactga taatacaaaa attagccaga 1620 catggtggca cacgactgta atcccagcta cttaggaggc tgaggcagga gaatcgcttg 1680 aacctgggag gcagaggttg cagtgagccg ggatcgcacc attgcactcc agcctgggca 1740 acacgagcaa aactctgtct caaaacaaaa c 1771 <210> 6 <211> 4226 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 6 gtctccagca ctgcggacac ccgggtgaca cattctttcg gagagggagg gcaagacttt 60 tctccggagc ctctggcaac tcgtggagtc tatataagat cttcaaagaa agagatatcc 120 tttcgaggca acacaagaag ccaactacaa atgagaatat tattctcttg gtgcagggat 180 tgttgcatgt ggaccccatc agccttgaaa agtccatgca atggagtgaa acttgacaaa 240 gcagttgcag tcgttcacca gtgaagcaaa gtcttcttcc tagtcacgca ggaatttttt 300 tgggggagat aacttgatgc ctggagctgc tgctgcatct tatgtaaatg acaactaagg 360 ataaaaacca cacacattac ccaaggtgca gtaaaagaag atattttggg aggaagagag 420 aaagcaagag agagaaacca cattttcata acttttgtta cagtatattg ttataattgg 480 tctattttta ttattattgt tgttcatatt ttactttaat ttataaatta aacttcatta 540 taggtatgta caggaaaaaa tatggtatta tatatgattt ggtactatcc ttggtttcag 600 gcatccactg agggtcttgg aacatatcac cttggatagg ggagactact gacttcctta 660 ctgctctatg tgacaaatga agtttggtct tatttgcagc caggaaaatt ttattatcaa 720 gactttaata ttaatacaga aataggaact tccagggata gacaaaaatg aagagagcat 780 ctgttccagc ttctttattt taaagatttg aggctcagag aggagatata cttcttcaaa 840 atcaacagcc tattagttca caactgcgat tacaatttcg tctcctggct ctgggtttaa 900 taatattccc ccacatcata aaaccttgga actatcgaaa tgatagcttt gaggggaaaa 960 ataggcaaag aagtaatatg ttaaactttc cctgggatgc aggctttaat caggtttcaa 1020 attcttccaa cataatataa tttaatggtg agagctcttg acattaagag gtgaaattta 1080 tatttaaaag gctaagatcg tgacatatta aagcacttca aaaatgttgg caacaaatac 1140 caagagtaac tgatggttgt tattatacaa gaacaaagaa gttcatcctc tggaattaaa 1200 ggtgtgttag tgtcattgtt gctcatgggg aggagtaggc acctgacttt ctttttttcc 1260 ttacgacagc tttatccaaa taaagcacgg tgtgtttcat cacccataat ggaaagtgcc 1320 tgtcactcct tgaacaacat catatggttg gtggccggtg gataatggac cactgagtgt 1380 caaggtgact ggctttcaat gcacacaaaa ctaaaaatta tagacctgtc attccacagg 1440 caggccacaa ttagctgtct atgcaacttg aaatttccat tttgccagct gagtaatcat 1500 ttgactagag tttttcattt ggaagcattt ctaagccttt tgtgtgcaag tcttttaaaa 1560 tgtggatcct gaagtaaata aacagtgcac ttaatcagat gtattctttt tagaaacacc 1620 ccttcggaaa cacacaggca aaccccaaca ttgttgtaat agtaacaaca ataatgtgac 1680 aaaacaatat aagccttggg tattttattt agggatctta aaagttcaca gcgaaaggta 1740 agaatcattt cttaatacct cagagtgcag aatttagaaa aagaaactga gattttagca 1800 gtcagtaact agataaggtc accaaaggag aagtaaactc agagctaggg gtcaaaactt 1860 gggaatttca gtgtcagaaa cattcactga ttcaaaacta tccatttacc agttttctat 1920 ttacatttgg tttccaactc catatctgag ttctgtcatt tctctgattc tttgagggat 1980 agagaaaatg ataccaagtg gagtctgttg gaaaattgtg ttgtaatttc cattcagttg 2040 ctgtacgtga agtaaacttc aggattctac aatcccagat cagattctag actgtctaat 2100 tgaacctgaa tcttctttta ccctcttcct gccctgtccc tggtccacat tactctctct 2160 ccttctccct cggatgattt atatctacac ttaaattgcc gagccacaag gatacaagtg 2220 aagttgacaa tcaatatgaa ttaaggaaaa aatcagaagt ctgagatcag aagtgtttga 2280 gtgaaattct ccctacaagt cttggcaacc tcatgatttt gtttaatttt ccaacatgtt 2340 ttggattatt ggaaagagtt acatgggata aaaaggattt gcctggcaga gtaaaagaac 2400 tgaatttgga ttgtactgaa gtaggtccta actaggctgt tgatggtgaa atattgacga 2460 ttctattgtt ttgaatgaat gagtgtcata ttttactggg aattgatttc tgaacttcag 2520 tcaaggagtg actgaatttg caattagagt cactctgttt tgtaactcag attatgcaag 2580 gatcattctg aaacagcaac caagatataa gcccttgttg catggctttt ctttaatttc 2640 taattttgtg tgtctgtgtt cagtttttaa aggaccaaaa agtttttttt cccccatctc 2700 tctagaaaaa aaaggaacat accctaggat tacaaggggc ttgattatct gttttataag 2760 aatcttaacc caggaattgg ttaatattct ttctcccatt tagaaaaata gtaggctttg 2820 tcgttgattc ctaatgatta gcacaaaaag ggaaaggctt tttaaaacca agataaaatc 2880 actttaattc caaaagtgtc catttaagaa atataaactg tgaagataag caatggctat 2940 tttctctaaa ggaaagtatt ttcaaatgaa cagaacaggc aaatgtagac ttaattaggt 3000 ggagtcagat gggtattaat tattcacctt tccagggtga gaataatagc attgttgcta 3060 aagaaatgaa ataaggcatg acacttcttt cttcttcatt ctgtgaaagc tgctctgatc 3120 tgaacaggtt aaagatggga taacaggagg acagactgaa aatttgctct tcccttcaca 3180 attgagggta gatagtcttt cgagagtgta gtatcctcca ttgaaataaa atgttattga 3240 ctacctgctt ggagacataa aaaccttctc atgtttggaa tgtacatgta cttctctgtt 3300 ttgctctctt gaacattttc aaaatagcta aataaaattt gtcctcattc ttagagttct 3360 gtatattcta gacttgaaaa tagtggccaa cagtgagtag taattcacac tgatgataat 3420 cacaccagac taggtttgtt taattttgtt atagcctcta aaaagcattt gttaagcatc 3480 tgctctgtta cacaggtaag atctcatgat ggatgtggag tctacaaatg aaaaatactt 3540 aaacgcactg cagtaaaaga tcaacactta ctctaatata atttgttagt accgagtgtc 3600 aaaaagtggg gtttgaaaaa acctaagggt aagatttagc aggtgtgggg tctagtcctg 3660 acactgatgg tgactacttg ttgcctacct caattctggt cataagagct atgagtgtga 3720 atgtgtatgt taagtagtgt gaggttgtgt gactggaagg ggctggagga aatagaggca 3780 gagaaactca gcaaccctga gttgcagaga agctttttta gtgtccctga gaagtgaaat 3840 gactctgtta ttatgtctgc atgctaatta tacctctact ctacatactt ttaactttag 3900 gtaacctcat gttaactgcc tttttaagct gaggaaacca atacccatgg agataaaatg 3960 acttgaccca aatcggacag cttgtcaata gcaaagctgg aaccagactg taaagcttct 4020 gctttcttgt gtaagataca tttttcccct agatgacttc ttaaaccaag gggctctgaa 4080 aataaacaat cttttcaaag tagcactgta tccctgtagg ttgttgcaaa tagttcttca 4140 aaacttgaaa taattatatc atcttaaaaa gtcccttata aattccaatt cagtataaaa 4200 atatgattta ggtatatgtt aattaa 4226 <210> 7 <211> 675 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 7 atgaagaaac agagggatat actgccgtct taaaccaacc caaatgcctc tgccgcagtc 60 gcagttattt agggtggaga agcgggctct ggcaactaga gaaggtggcc gcagcatggg 120 gacacccgaa ttgaggagct gtttgggcaa taagctgatt tagagaatta agacctccac 180 agatgggagt ggaatccgca actgctcaat ccatccactg agaagtccca taaaagatgg 240 acaatccata actgaaaccc aaccttcggc acaacgatca aattctacat gcataaagca 300 agagatctgt gtgccagatc catcttaaag gcaccccacc cagaggacag agtctgtctc 360 cttcccctaa acaatatgca gaaaccaccc tggtatttca tgggttctca cttaggaaaa 420 ttgagttctg ttcaatgatg ccccttctgc actggttggt ttcatgtgac aaagagagct 480 ctagggagga cttttgctag gggaacgcag attgttccag caagatgaag gcctaggaga 540 cctggatggc ctgggtgttt tcttcccagg gagagcagag gaggcctgga tttgaactcg 600 agtcttatga ctttgccatt gaggcaacat ccaaaataaa aatagcatgc taaccccaaa 660 aaaaaaaaaa aaaaa 675 <210> 8 <211> 1113 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 8 cagtcagggc cccgggagag tccgcgcgca tcgcccggct ccgcggcgcc agccatggcg 60 tccgtgcgtg gccccgccag ggatggggcg acgcggtcag agccgcacgc gaccgaaatc 120 cgcactctgg agccgcagag cgcgcggtct tgctgtttag cggctccctg gcaagtgacg 180 tggggaagaa acgcagggcg caggagagac agctggaaag cgggctagcc aggccccgtt 240 ttcttcagct tctcccttga cttgatccct gaagatggct ctgcctctgg cgcccttgaa 300 atatgtcgac taggtcatga tcaccgtgca ttctgctcag cgtagtctcc ccgcctgaag 360 tgttattaat gcagtctaaa atgactacgg ttctgcggtc taccgaactg cccacggagg 420 taggggtttc agacttttgg catctcaaga gacttgagat taccgagacc acgatacccc 480 cagagacgtg acgagatggg atcaaggcca cgggggacca gaatgctgac ccaggcaacc 540 tgtccctgcc tcgctgccct ttgtaatact ccttatcata tcatgaggag ctattttccg 600 ttctccacaa acttggtggt ggatggaaga ggatatcaag ctcaccttga gtgggattga 660 ggtaggaggc ggggctcaga caccagacca gattgaggac aaactaaagc aaggtcaggg 720 ccaaagcagc tttccaacag ataggaccac cagggtgcca cgtcagttta ccgttgccat 780 gtcaatacca gggagttacc gcccctttcc gtggcagtaa cccaataatt accacccctt 840 ccctagaaat ttctgcataa accgcccctt aatctgtatg caattaaaag tgtgtgtgtg 900 tgagtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgta tgtgtgtgtg tgtgtgtata tatatatata 960 tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata taaaactgca aaactgccct 1020 gagctgctcc tctctgccta tgggggagcc ctgctctgca ggagcagtca cggagctgta 1080 accctgcctc ttcaataaag ctgttttctt cta 1113 <210> 9 <211> 2558 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 9 aattagcgtg ggaggaagag acagtgaagc agccccttaa aaatggtctt tcgggtggaa 60 acactttatt tgggaagcaa agtgcaagat tcagcaatag aaaccactca gtgtccttgg 120 tgaatgattt gatcctggcc atcagaacct ttacttcagc cagcaataaa ctcttagaaa 180 cagaagcttc gaggtatgta ctcctgttct gcacgaacaa gttttctggt tgaacatgct 240 gaacctctta aaaaattcag aacaagtttt ctcagagttt acaaagggat ttcaatcaca 300 tgaagagagg aaaacacact gagtcgtaac agtgacatca aaatactttt gaagttgact 360 gaaaatgtgg ttgcttttgt ttgagaatgg caaattaaag aattggatat tgggttctta 420 tctcagaaga aacaaaggag gagaccctga aaaactgaac atgaagagga agaagtggag 480 ttatgcaact cttcataaga aaatctccat ctgtttggag aagtactgcg tccttccgga 540 ttatcttcta cactatgcct tattgttatc tggctggttc caccaccggt cagaagaatg 600 aaaattgcag atacctattc tgtgtgtttc tctccagaat ggtggatgtt agagacccta 660 ctaaggattt gtggactcac taacgtagtc tctaaaaggt tggacatccc tacccaaggc 720 tcaaatggta acaggtccat gccttacttg tgtcagttct cttattgaaa gagcatctcc 780 taaccatcct accaataagg gtcttactct gttgccctgg ctggagtgca gtggcccaat 840 catagctcac tgcagccttg acttcccagc ctcagttgat cctcctacct taatctcccg 900 agtagctggg actgcaggtt tacttatact aagattttct tctgcctctg ccaaccctga 960 gacagcaaga ccaattcctc ctctcccctg tcctcctcct cgcctactcc acatgaagac 1020 aacgaggatg aagaccttca tgatgatcca tttccactta atgaacaaac ttcaggaaat 1080 tattcaagaa gagaggcatg gtggtatgct ggaaagtctg ctgagcttga aagtaggtaa 1140 cccaggctcc tgttcctgtt ctcattgatg agttccctga cttcaggtga gtcacagctt 1200 ctctggactt tcatgtcctt ttgcaaagtg agtctgatca tttctaggat cttttccagc 1260 cctgagattg tatgagctgc aatagctaag agatatggga aagtgggtca ttggaaagtt 1320 gttttcctaa ctccacaggc aacaatgtgc ctcattctta gtcatcaaag gcaaatacga 1380 agggatggga agcactctct tcactgtcca tttgcaagca gaatcactct tcacttgatt 1440 gtccagtgtc tgtatagtct ctcacagagc ccagcacatg tgggcattct gtaaatggcc 1500 attgagaact gccaggtctg tggctgctac agagcacaat gatgatgata atggtgttga 1560 tgatcatgat gatgatgggc tggtgtatcg aggcacagac ccaaggaagg ctaatgagaa 1620 tgtttctagg gaagcttcct gcatgtcact cttcttcctt ctacttcctc taggttcatc 1680 ttccctgact aacagggagc cagggctata ataacgggaa ggaagtcatc atgtgattct 1740 acctagaaac gcaggcatca acttgaaatg ttttctcttt ctcttgtaac tctggaatat 1800 ggctccttgg attggaggtg gcaaatacca cgggttaaac aatgtcattc tgagctcttt 1860 tagtactgaa taatgcaata tataccatat tctaccctct taaagaagga gtgtatcagc 1920 tatgtgcctg atatggtttg gctctatgtc cccacccaaa tctcatcttg tagcacccat 1980 aattcccagg ttttgtggga gggacccggt gggagatgat tgaatcatgg gggctggtct 2040 ttcctgtgct ggtcttctga tagtaaatgg gtctcacaag atctgatggt ttttgaaaac 2100 aggagtttct ctgcatgagc tctctctgcc tgctgccatc cacttaagat gtgacttgct 2160 cgtccatcgc cttctgccat gattgtgagg cctccccagc cacgtggaac ttagctcagg 2220 acagcaacca gacctgagat tcttttcaac ttatacgctg ttgatgaatg tggtttctgg 2280 atgaaaaact gagaacagac tgaccctctg gccacagcta ctcgcgtcag ggacgcatag 2340 ttgcaggtgc atgctgtctg gtttggtttg ccaagtcaaa atagttgtgt ttcccgctgt 2400 ggtgagagtt tccaacttca gacggggcaa gagaaattct aaacagtttg ccctttgcag 2460 atgtattgaa atagtactga aatttactga ttttccctca tgtttttttt ccgtgctttt 2520 atcactaccc tgaaaataaa caaggagaaa aggcaagc 2558

Claims

목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서, 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
측정된 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 하기 식 1에 대입하는 단계를 포함하고,
상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA는 각각 독립적으로 암에서 발현되는 lncRNA인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법:
[식 1]
보정된 발현 수준 값 = 제1 lncRNA의 발현 수준/제2 lncRNA의 발현 수준.
제1항에 있어서,
상기 생물학적 시료는 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
제1항에 있어서,
상기 제1 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 증가하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 증가한 lncRNA인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
제3항에 있어서,
상기 제1 lncRNA는 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2471(LINC02471) 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2408(LINC02408)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
제1항에 있어서,
상기 제2 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 감소하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 감소한 lncRNA인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
제5항에 있어서,
상기 제2 lncRNA는 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), LncRNA 인접 증강제(LNCNEF), LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
제1항에 있어서,
상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA 각각에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행되는, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
제1항에 있어서,
상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의해 수행되는, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
제1항에 있어서,
상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서, 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
측정된 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 하기 식 1에 대입하는 단계를 포함하고,
상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA는 각각 독립적으로 암에서 발현되는 lncRNA인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법:
[식 1]
보정된 발현 수준 값 = 제1 lncRNA의 발현 수준/제2 lncRNA의 발현 수준.
제10항에 있어서,
상기 생물학적 시료는 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
제10항에 있어서,
상기 제1 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 증가하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 증가한 lncRNA인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
제12항에 있어서,
상기 제1 lncRNA는 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2471(LINC02471) 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2408(LINC02408)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
제10항에 있어서,
상기 제2 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 감소하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 감소한 lncRNA인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
제14항에 있어서,
상기 제2 lncRNA는 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), LncRNA 인접 증강제(LNCNEF), LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
제10항에 있어서,
상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA 각각에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행되는, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
제10항에 있어서,
상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의해 수행되는, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
제10항에 있어서,
상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
제10항에 있어서,
상기 보정된 발현 수준 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측하는, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.