WO2022055316A1 - 양성 종양 또는 결절로부터 암을 구분하기 위한 바이오마커 - Google Patents

양성 종양 또는 결절로부터 암을 구분하기 위한 바이오마커 Download PDF

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WO2022055316A1
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cancer
expression level
lncrna
thyroid
measuring
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PCT/KR2021/012405
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김다함
남기현
윤정현
이은직
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연세대학교 산학협력단
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer

Definitions

  • the present invention relates to a biomarker, a composition, a kit for differentiating cancer from a benign tumor or nodule, and a method for providing information for differentiating cancer from a benign tumor or nodule using the composition.
  • the present invention relates to a method of correcting the expression level of a gene in order to increase the accuracy of cancer diagnosis.
  • Cancer is one of the incurable diseases that civilization needs to solve, and huge capital is being invested in development to cure it worldwide. Diagnosed and more than 60,000 people have died.
  • Carcinogens that cause cancer include smoking, ultraviolet rays, chemicals, food, and other environmental factors.
  • thyroid cancer is a cancer that occurs more in women than in men, and when looking at the cancer incidence rate of the National Cancer Information Center, it accounts for 7.4% of all cancers in women as of 2002. According to the data recently reported to the Korean Society of Thyroid Disease, it ranks fourth in the incidence of cancer in Korea, and in the case of women, it ranks first.
  • thyroid cancers are the most common malignant tumors of the endocrine system, and include papillary carcinoma, follicular carcinoma, hurthle cell neoplasm, anaplastic carcinoma, and medullary carcinoma. (Medullary thyroid carcinoma), and the like.
  • thyroid cancer The cause of thyroid cancer is known to be radiation exposure and sex hormones, but the exact cause has not yet been identified. Thyroid cancer has a higher incidence than other cancers, but if it can be operated early, the survival rate is high.
  • Molecular marker tests developed so far include gene mutation test, mRNA expression test, and miRNA expression test, but gene mutation alone cannot explain thyroid cancer. It occupies only a few spots, showing limitations as a diagnostic marker.
  • long non-coding RNA is a relatively long RNA having a size of 200 nucleotides or more among non-coding RNA molecules that are not translated into proteins. there is.
  • One object of the present invention is to provide a biomarker for distinguishing cancer from benign tumors or nodules.
  • Another object of the present invention is to provide a composition capable of distinguishing cancer from benign tumors or nodules.
  • Another object of the present invention is to provide a kit capable of distinguishing cancer from benign tumors or nodules.
  • Another object of the present invention is to provide a method for distinguishing cancer from benign tumors or nodules.
  • Another object of the present invention is to provide a method of correcting the expression level of a biomarker gene in order to increase the accuracy of diagnosis of thyroid cancer among cancers.
  • Another object of the present invention is to provide a method of providing information for diagnosing thyroid cancer among cancers using the correction method provided by the present invention.
  • antisense RNA 1 of 52 protein containing leucine rich repeats (LRRC52-AS1), long intergenic non-protein coding RNA 2082 (LINC02082), Unc-5 netrin receptor B antisense RNA 1 (UNC5B) -AS1), metallophosphoesterase domain-containing antisense RNA 1 (MPPED2-AS1), LncRNA adjacent enhancer of FOXA2 (LNCNEF), and at least one selected from the group consisting of LOC100129129, cancer with benign tumors or nodules It relates to a biomarker for distinguishing.
  • Leucine-rich repeat-containing protein 52 Antisense RNA 1 is a long non-coding RNA present in chromosome 1, may be, but is not limited thereto.
  • long intergenic non-protein coding RNA 2082 (Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2082; LINC02082) is a long non-coding RNA present in chromosome 3, and may be one represented by SEQ ID NO: 2, but this It is not limited.
  • Unc-5 Netrin Receptor B Antisense RNA 1 (Unc-5 Netrin Receptor B Antisense RNA 1; UNC5B-AS1) is a long non-coding RNA present on chromosome 10, and is represented by SEQ ID NO: 3
  • the present invention is not limited thereto.
  • metallophosphoesterase domain-containing antisense RNA 1 (Metallophosphoesterase Domain Containing 2 Antisense RNA 1; MPPED2-AS1) is a long non-coding RNA present in chromosome 11, which is represented by SEQ ID NO: 4
  • the present invention is not limited thereto.
  • the LncRNA Neighboring Enhancer Of FOXA2 (LNCNEF) of FOXA2 is also called Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 1384 (LINC01384), and is present in chromosome 20. It is a long non-coding RNA, and may be one represented by SEQ ID NO: 5, but is not limited thereto.
  • LOC100129129 is a long non-coding RNA present on chromosome 8, and may be represented by SEQ ID NO: 6, but is not limited thereto.
  • tumor refers to the development of cells in the body irrespective of the totality of the individual, and the growth of the tumor is always due to the division and proliferation of the tumor cells themselves.
  • the type of growth of the tumor is either expansive or compact growth mainly seen in benign tumors or infiltrative growth mainly seen in malignant tumors.
  • the "malignant tumor”, “malignant nodule” or “cancer” is a disease in which the cell cycle is not regulated and continues cell division, and depending on the site of occurrence, carcinoma ( Carcinoma) and sarcoma.
  • Carcinoma refers to a malignant tumor that arises from epithelial cells such as mucous membranes and skin
  • sarcoma refers to a malignant tumor that arises from non-epithelial cells such as muscle, connective tissue, bone, cartilage, and blood vessels.
  • the malignant tumor has a higher degree of malignancy such as proliferation rate, invasion, recurrence, and metastasis than a benign tumor.
  • the cancer is breast cancer, ovarian cancer, colorectal cancer, stomach cancer, liver cancer, pancreatic cancer, cervical cancer, thyroid cancer, parathyroid cancer, lung cancer, non-small cell lung cancer, prostate cancer, gallbladder cancer, biliary tract cancer, non-Hodgkin's lymphoma, Hodgkin's lymphoma , blood cancer, bladder cancer, kidney cancer, melanoma, colon cancer, bone cancer, skin cancer, head cancer, uterine cancer, rectal cancer, brain tumor, perianal cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, vaginal cancer, vulvar carcinoma, esophageal cancer, small intestine cancer, endocrine adenocarcinoma , adrenal cancer, soft tissue sarcoma, urethral cancer, penile cancer, ureter cancer, renal cell carcinoma, renal pelvic carcinoma, central nervous system (CNS) tumor, primary CNS lymphoma, spinal cord tumor, brainstem glioma or pit
  • CNS
  • the "benign tumor” or “benign nodule” refers to excessively proliferating cells to form a lump, and is characterized by a slow growth rate and does not grow beyond a certain size.
  • the benign tumor does not metastasize to other tissues like cancer and can be easily cured.
  • the benign tumor is almost harmless to the human body, but it can be a problem when pressure is applied to major organs.
  • the benign tumor or nodule may be generated in the ovary, breast, lung, prostate, colon, kidney, skin, thyroid, brain, heart, liver, stomach, nerve, blood vessel, bone, upper digestive tract or pancreas region. and may preferably occur in the thyroid region, but is not limited thereto.
  • the terms "marker” to "bio-marker” are also referred to as “biomarkers”, and are indicators that can objectively measure and evaluate biological conditions, including cancer, stroke, dementia, and other incurable diseases. It can be diagnosed and reflected in the new drug development process.
  • the biological state may include, without limitation, a normal state, a pathological state, and a degree of response to a drug.
  • Examples of the indicator include, but are not limited to, proteins, DNA, RNA, metabolites, and the like.
  • the biomarker of the present invention can also be used for diagnosis of cancer.
  • the term "diagnosis” refers to determining the susceptibility of a subject to a specific disease or disorder, determining whether the subject currently has a specific disease or disorder, or having a specific disease or disorder Determining a subject's prognosis (e.g., identifying a pre-metastatic or metastatic cancer state, staging the cancer, or determining the responsiveness of a cancer to treatment), or therametrics (e.g., for treatment efficacy); monitoring the state of an object to provide information).
  • prognosis e.g., identifying a pre-metastatic or metastatic cancer state, staging the cancer, or determining the responsiveness of a cancer to treatment
  • therametrics e.g., for treatment efficacy
  • antisense RNA 1 of 52 protein containing leucine rich repeats (LRRC52-AS1), long intergenic non-protein coding RNA 2082 (LINC02082), Unc-5 netrin receptor B antisense RNA 1 (UNC5B) -AS1), metallophosphoesterase domain-containing antisense RNA 1 (MPPED2-AS1), LncRNA adjacent enhancer of FOXA2 (LNCNEF), and LOC100129129 Including an agent for measuring the expression level of one or more genes selected from the group consisting of to a composition for differentiating cancer from benign tumors or nodules.
  • the term “expression” or “expressing” refers to a production process involving transcription of a gene.
  • An increase in the expression level or amount can be, for example, an increase in the number of non-coding RNAs or genes encoding them, an increase in the transcription of the gene (eg, by placing the gene under the control of a constitutive promoter), a competing gene may be by a number of methods, including knockout of or a combination of these and/or other methods, wherein a decrease in the expression level or amount of expression is a decrease in the number of genes, a decrease in the transcription of a gene, expression of a competing gene etc. may be followed.
  • the agent for measuring the expression level of the LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 genes is selected from the group consisting of primers, probes and antisense nucleotides that specifically bind to the genes It may include one or more types.
  • the "primer” is a fragment recognizing a target gene sequence, including a pair of forward and reverse primers, but preferably, a primer pair that provides analysis results having specificity and sensitivity.
  • the nucleic acid sequence of the primer is a sequence that is inconsistent with a non-target sequence present in the sample, and thus amplifies only the target gene sequence containing the complementary primer binding site and does not cause non-specific amplification, high specificity can be conferred. .
  • the "probe” refers to a substance capable of specifically binding to a target substance to be detected in a sample, and refers to a substance capable of specifically confirming the presence of a target substance in a sample through the binding.
  • the type of probe is not limited as a material commonly used in the art, but preferably PNA (peptide nucleic acid), LNA (locked nucleic acid), peptide, polypeptide, protein, RNA or DNA, and most preferably is PNA.
  • the probe is a biomaterial derived from or similar thereto, or manufactured in vitro, and includes, for example, enzymes, proteins, antibodies, microorganisms, animal and plant cells and organs, neurons, DNA, and It may be RNA, DNA includes cDNA, genomic DNA, and oligonucleotides, RNA includes genomic RNA, mRNA, and oligonucleotides, and examples of proteins include antibodies, antigens, enzymes, peptides, and the like.
  • PNA Peptide Nucleic Acid
  • DNA has a phosphate-ribose sugar backbone
  • PNA has a repeated N-(2-aminoethyl)-glycine backbone linked by peptide bonds, which greatly increases binding strength and stability to DNA or RNA, resulting in molecular biology , diagnostic assays and antisense therapy.
  • PNA is described in Nielsen PE, Egholm M, Berg RH, Buchardt O (December 1991). "Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide". Science 254(5037): 1497-1500.
  • LNA Locked nucleic acids
  • LNA nucleosides include common nucleic acid bases in DNA and RNA, and can form base pairs according to Watson-Crick base pairing rules. However, due to the 'locking' of the molecule due to the methylene bridge, the LNA does not form the ideal shape in the Watson-Crick bond.
  • LNA When LNA is incorporated into DNA or RNA oligonucleotides, LNA can pair with complementary nucleotide chains more rapidly, increasing the stability of the double helix.
  • the "antisense” means that an antisense oligomer is hybridized with a target sequence in RNA by Watson-Crick base pairing, and typically mRNA and RNA in the target sequence: A sequence of nucleotide bases allowing the formation of an oligomeric heteroduplex and oligomers having an inter-subunit backbone.
  • An oligomer may have exact sequence complementarity or approximate complementarity to a target sequence.
  • the "antibody” refers to a substance that specifically binds to an antigen and causes an antigen-antibody reaction.
  • Antibodies of the present invention include polyclonal antibodies, monoclonal antibodies and recombinant antibodies.
  • the antibody can be readily prepared using techniques well known in the art.
  • the polyclonal antibody can be produced by a method well known in the art, including the process of injecting an antigen of the protein into an animal and collecting blood from the animal to obtain a serum containing the antibody.
  • Such polyclonal antibodies can be prepared from any animal such as goat, rabbit, sheep, monkey, horse, pig, cow, dog, and the like.
  • monoclonal antibodies can be prepared using the hybridoma method well known in the art (see Kohler and Milstein (1976) European Journal of Immunology 6:511-519), or the phage antibody library technology (Clackson et al, Nature, 352). :624-628, 1991; Marks et al, J. Mol. Biol., 222:58, 1-597, 1991).
  • the antibody prepared by the above method may be separated and purified using methods such as gel electrophoresis, dialysis, salt precipitation, ion exchange chromatography, and affinity chromatography.
  • the antibodies of the present invention include functional fragments of antibody molecules as well as complete forms having two full-length light chains and two full-length heavy chains.
  • a functional fragment of an antibody molecule means a fragment having at least an antigen-binding function, and includes Fab, F(ab'), F(ab')2 and Fv.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LRRC52-AS1 and an agent for measuring the expression level of MPPED2-AS1.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LINC02082 and an agent for measuring the expression level of MPPED2-AS1.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of UNC5B-AS1 and an agent for measuring the expression level of MPPED2-AS1.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LRRC52-AS1 and an agent for measuring the expression level of LNCNEF.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LINC02082 and an agent for measuring the expression level of LNCNEF.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of UNC5B-AS1 and an agent for measuring the expression level of LNCNEF.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LRRC52-AS1 and an agent for measuring the expression level of LOC100129129.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LINC02082 and an agent for measuring the expression level of LOC100129129.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of UNC5B-AS1 and an agent for measuring the expression level of LOC100129129.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LRRC52-AS1 and an agent for measuring the expression level of LINC02082.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LRRC52-AS1 and an agent for measuring the expression level of UNC5B-AS1.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LINC02082 and an agent for measuring the expression level of UNC5B-AS1.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of MPPED2-AS1 and an agent for measuring the expression level of LNCNEF.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of MPPED2-AS1 and an agent for measuring the expression level of LOC100129129.
  • the composition may include an agent for measuring the expression level of LNCNEF and an agent for measuring the expression level of LOC100129129.
  • Cancers to be diagnosed in the present invention include breast cancer, ovarian cancer, colorectal cancer, stomach cancer, liver cancer, pancreatic cancer, cervical cancer, thyroid cancer, parathyroid cancer, lung cancer, non-small cell lung cancer, prostate cancer, gallbladder cancer, biliary tract cancer, and non-Hodgkin's lymphoma.
  • Hodgkin's lymphoma Hodgkin's lymphoma, blood cancer, bladder cancer, kidney cancer, melanoma, colon cancer, bone cancer, skin cancer, head cancer, uterine cancer, rectal cancer, brain tumor, perianal cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, vaginal cancer, vulvar carcinoma, esophageal cancer, small intestine Cancer, endocrine adenocarcinoma, adrenal cancer, soft tissue sarcoma, urethral cancer, penile cancer, ureter cancer, renal cell carcinoma, renal pelvic carcinoma, central nervous system (CNS) tumor, primary CNS lymphoma, spinal cord tumor, brainstem glioma Or it may be a pituitary adenoma, preferably thyroid cancer.
  • CNS central nervous system
  • the benign tumor or nodule may be one that occurred in the ovary, breast, lung, prostate, colon, kidney, skin, thyroid, brain, heart, liver, stomach, nerve, blood vessel, bone, upper digestive tract or pancreas region. , It may preferably occur in the thyroid region, but is not limited thereto.
  • composition of the present invention when used, it can also be used for diagnosis of cancer.
  • kits for distinguishing cancer comprising a composition according to the present invention from benign tumors or nodules.
  • the kit may be an RT-PCR kit or a DNA chip kit, but is not limited thereto.
  • the cancer diagnostic kit of the present invention may further include one or more other component compositions, solutions, or devices suitable for the analysis method.
  • the diagnostic kit for cancer may further include essential elements necessary for performing a reverse transcription polymerase reaction.
  • the reverse transcription polymerase reaction kit includes a primer pair specific for the LncRNA or a gene transcribed therefor.
  • the primer is a nucleotide having a sequence specific to the nucleic acid sequence of the gene, and may have a length of about 7 bp to 50 bp, more preferably about 10 bp to 30 bp. It may also include a primer specific for the nucleic acid sequence of the control gene.
  • reverse transcription polymerase reaction kits include test tubes or other suitable containers, reaction buffers (with varying pH and magnesium concentrations), deoxynucleotides (dNTPs), enzymes such as Taq-polymerase and reverse transcriptase, DNase, RNase inhibitor DEPC -Water (DEPC-water), sterile water, etc. may be included.
  • the diagnostic kit of the present invention may include essential elements necessary for performing a DNA chip.
  • the DNA chip kit may include a substrate to which cDNA or oligonucleotide corresponding to a gene or fragment thereof is attached, and reagents, agents, enzymes, etc. for preparing a fluorescently-labeled probe.
  • the substrate may also contain cDNA or oligonucleotides corresponding to control genes or fragments thereof.
  • kit of the present invention When the kit of the present invention is used, it can also be used for diagnosis of cancer.
  • antisense RNA 1 of 52 protein containing leucine-rich repeats (LRRC52-AS1), long intergenic non-protein coding RNA 2082 (LINC02082), Unc- 5 Netrin receptor B antisense RNA 1 (UNC5B-AS1), antisense RNA 1 containing metallophosphoesterase domain (MPPED2-AS1), LncRNA adjacent enhancer of FOXA2 (LNCNEF), and at least one selected from the group consisting of LOC100129129 It relates to a method for distinguishing cancer from benign tumors or nodules, or a method for providing information therefor, comprising measuring the expression level of a gene.
  • the "target individual” to “individual” refers to an individual who is uncertain whether or not the onset of the cancer has a high probability of onset.
  • the tumor or nodule may refer to an individual in which it is uncertain whether the tumor or nodule is a benign tumor or cancer.
  • the "biological sample” refers to any material, biological fluid, tissue or cell obtained from or derived from an individual, for example, whole blood, leukocytes, peripheral blood mononuclear peripheral blood mononuclear cells, buffy coat, plasma, serum, sputum, tears, mucus, nasal washes, nasal aspirate (nasal aspirate), breath, urine, semen, saliva, peritoneal washings, ascites, cystic fluid, meningeal fluid , amniotic fluid, glandular fluid, pancreatic fluid, lymph fluid, pleural fluid, nipple aspirate, bronchial aspirate, synovial fluid), joint aspirate, organ secretions, cells, cell extract or cerebrospinal fluid, but preferably a tissue sample, More preferably, it may be a tissue sample obtained from or derived from the tumor or nodular tissue of the subject, but is not limited thereto.
  • the biological sample is a sample collected for histopathological examination by inserting a hollow needle or the like into an in vivo organ without cutting the skin of a patient with a high risk of disease (eg, a patient's tissue, cell, blood, serum, plasma, saliva, sputum or ascites, etc.), but is not limited thereto.
  • a high risk of disease eg, a patient's tissue, cell, blood, serum, plasma, saliva, sputum or ascites, etc.
  • the method may include measuring the expression level of one or more genes selected from the group consisting of LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 in the biological sample isolated as described above. .
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LRRC52-AS1 and the expression level of MPPED2-AS1.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LINC02082 and the expression level of MPPED2-AS1.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of UNC5B-AS1 and the expression level of MPPED2-AS1.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LRRC52-AS1 and the expression level of LNCNEF.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LINC02082 and the expression level of LNCNEF.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of UNC5B-AS1 and the expression level of LNCNEF.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LRRC52-AS1 and the expression level of LOC100129129.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LINC02082 and the expression level of LOC100129129.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of UNC5B-AS1 and the expression level of LOC100129129.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LRRC52-AS1 and the expression level of LINC02082.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LRRC52-AS1 and the expression level of UNC5B-AS1.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LINC02082 and the expression level of UNC5B-AS1.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of MPPED2-AS1 and the expression level of LNCNEF.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of MPPED2-AS1 and the expression level of LOC100129129.
  • the step of measuring the expression level may be performed while measuring the expression level of LNCNEF and the expression level of LOC100129129.
  • the step of measuring the expression level of the LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 genes is one selected from the group consisting of primers, probes and antisense nucleotides that specifically bind to the genes It can be carried out using formulations containing more than one species.
  • the LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 gene is a process for determining the presence and expression level of the gene.
  • As an analysis method for measuring the amount of RNA the reverse transcription polymerase reaction (RT -PCR), Competitive RT-PCR, Real-time RT-PCR, RNase protection assay (RPA), Northern blotting or DNA Chip, etc., but is not limited thereto.
  • the expression level of one or more genes selected from the group consisting of LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF, and LOC100129129 measured with respect to the biological sample of the subject of interest increases compared to the control group, or If it is decreased, it can be predicted that the likelihood of developing the cancer is high, that is, the tumor or nodule occurring in the subject is highly likely to be cancer.
  • the control may be, but is not limited to, the expression level of LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF or LOC100129129 in normal tissue, or a benign tumor or nodule, and an average or median value thereof.
  • the control when the expression level of one or more selected from the group consisting of the measured LRRC52-AS1, LINC02082 and UNC5B-AS1 genes increases compared to the control group, the likelihood of the cancer is high, that is, the occurrence of the individual It can be predicted that the tumor or nodule is highly likely to be cancer.
  • the control may be the expression level of the LRRC52-AS1, LINC02082, or UNC5B-AS1 gene in normal tissue, or a benign tumor or nodule, its mean value or median value, but is not limited thereto.
  • the expression level of one or more selected from the group consisting of MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 measured above is decreased compared to the control group, the likelihood of the cancer is high, that is, the tumor generated in the individual Or, it can be predicted that the nodule is highly likely to be cancerous.
  • the control may be the expression level of the MPPED2-AS1, LNCNEF or LOC100129129 gene in normal tissue, or a benign tumor or nodule, its average value or median value, but is not limited thereto.
  • the expression level of one or more selected from the group consisting of the measured LRRC52-AS1, LINC02082 and UNC5B-AS1 genes is increased compared to the control, and the measured MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 When the expression level of one or more selected from the group consisting of decreases compared to the control group; It can be predicted that the cancer is highly likely to develop, that is, the tumor or nodule generated in the individual is highly likely to be cancer.
  • control may be the expression level of the LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF or LOC100129129 gene in normal tissue, or a benign tumor or nodule, its mean value or median value, but is not limited thereto. .
  • the expression level of two or more selected from the group consisting of the measured LRRC52-AS1, LINC02082 and UNC5B-AS1 genes increases compared to the control group, the likelihood of developing the cancer is high, i.e. It can be predicted that the tumor or nodule that occurs in an individual is highly likely to be cancer.
  • the control may be the expression level of the LRRC52-AS1, LINC02082, or UNC5B-AS1 gene in normal tissue, or a benign tumor or nodule, its mean value or median value, but is not limited thereto.
  • the control when the expression level of two or more selected from the group consisting of MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 measured above is decreased compared to the control group, the likelihood of developing the cancer is high, that is, generated in the individual It can be predicted that the tumor or nodule is highly likely to be cancerous.
  • the control may be the expression level of the MPPED2-AS1, LNCNEF or LOC100129129 gene in normal tissue, or a benign tumor or nodule, its average value or median value, but is not limited thereto.
  • the expression level of one or more selected from the group consisting of the measured LRRC52-AS1, LINC02082 and UNC5B-AS1 genes is reduced compared to the control, and the measured MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 When the expression level of one or more selected from the group consisting of increased compared to the control group; It can be predicted that the probability of developing the cancer is low, that is, the tumor or nodule generated in the subject is highly likely to be a benign tumor.
  • control may be the expression level of the LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF or LOC100129129 gene in normal tissue, or a benign tumor or nodule, its mean value or median value, but is not limited thereto. .
  • the cancer is breast cancer, ovarian cancer, colorectal cancer, stomach cancer, liver cancer, pancreatic cancer, cervical cancer, thyroid cancer, parathyroid cancer, lung cancer, non-small cell lung cancer, prostate cancer, gallbladder cancer, biliary tract cancer, non-Hodgkin's lymphoma, Hodgkin's lymphoma , blood cancer, bladder cancer, kidney cancer, melanoma, colon cancer, bone cancer, skin cancer, head cancer, uterine cancer, rectal cancer, brain tumor, perianal cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, vaginal cancer, vulvar carcinoma, esophageal cancer, small intestine cancer, endocrine adenocarcinoma , adrenal cancer, soft tissue sarcoma, urethral cancer, penile cancer, ureter cancer, renal cell carcinoma, renal pelvic carcinoma, central nervous system (CNS) tumor, primary CNS lymphoma, spinal cord tumor, brainstem glioma or pit
  • CNS
  • the benign tumor or nodule may be one that occurred in the ovary, breast, lung, prostate, colon, kidney, skin, thyroid, brain, heart, liver, stomach, nerve, blood vessel, bone, upper digestive tract or pancreas region. , It may preferably occur in the thyroid region, but is not limited thereto.
  • the information providing method of the present invention can also be used for diagnosis of cancer.
  • the present invention in a biological sample isolated from a subject of interest, measuring the expression levels of the first lncRNA and the second lncRNA; and substituting the measured expression levels of the first lncRNA and the second lncRNA into Equation 1 below, wherein the first lncRNA and the second lncRNA are lncRNAs independently expressed in cancer, increasing the accuracy of cancer diagnosis It relates to a calibration method for:
  • Corrected expression level value expression level of first lncRNA/expression level of second lncRNA
  • the "target individual” or “individual” refers to an individual whose onset of the cancer is uncertain, meaning an individual with a high probability of developing, or an individual with a tumor or nodule, whether the tumor or nodule is a benign tumor. It may mean an individual whose cognition is uncertain, but is not limited thereto.
  • the "biological sample” refers to any material, biological fluid, tissue or cell obtained from or derived from an individual, for example, whole blood, leukocytes, peripheral blood mononuclear peripheral blood mononuclear cells, buffy coat, plasma, serum, sputum, tears, mucus, nasal washes, nasal aspirate (nasal aspirate), breath, urine, semen, saliva, peritoneal washings, ascites, cystic fluid, meningeal fluid , amniotic fluid, glandular fluid, pancreatic fluid, lymph fluid, pleural fluid, nipple aspirate, bronchial aspirate, synovial fluid), joint aspirate, organ secretions, cells, cell extract, or cerebrospinal fluid, preferably in patients with a high probability of developing disease.
  • Samples collected for histopathological examination by inserting a hollow needle into an in vivo organ without incision of the skin e.g., patient's tissue, cells, blood, serum, plasma, saliva, sputum, or ascites
  • a hollow needle into an in vivo organ without incision of the skin (e.g., patient's tissue, cells, blood, serum, plasma, saliva, sputum, or ascites) ), but is not limited thereto.
  • the first lncRNA may be an lncRNA having an increased expression level in cancer compared to a normal control or an increased expression level in cancer compared to a benign tumor.
  • the expression level of the first lncRNA in the benign tumor may be increased compared to the normal control.
  • the first lncRNA is antisense RNA 1 of 52 protein containing leucine rich repeats (LRRC52-AS1), long intergenic non-protein coding RNA 2082 (LINC02082), Unc-5 netrin receptor B antisense RNA 1 (UNC5B) -AS1), long intergenic non-protein coding RNA 2471 (LINC02471), and long intergenic non-protein coding RNA 2408 (LINC02408) may be at least one selected from the group consisting of, but is not limited thereto.
  • Leucine-rich repeat-containing protein 52 Antisense RNA 1 is a long non-coding RNA present in chromosome 1, may be, but is not limited thereto.
  • long intergenic non-protein coding RNA 2082 (Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2082; LINC02082) is a long non-coding RNA present in chromosome 3, and may be one represented by SEQ ID NO: 2, but this It is not limited.
  • Unc-5 Netrin Receptor B Antisense RNA 1 (Unc-5 Netrin Receptor B Antisense RNA 1; UNC5B-AS1) is a long non-coding RNA present on chromosome 10, and is represented by SEQ ID NO: 3
  • the present invention is not limited thereto.
  • long intergenic non-protein coding RNA 2471 (Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2471; LINC02471) is a long non-coding RNA present in chromosome 12, and may be one represented by SEQ ID NO: 7, but this It is not limited.
  • long intergenic non-protein coding RNA 2408 (Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2408; LINC02408) is a long non-coding RNA present in chromosome 12, and may be one represented by SEQ ID NO: 8, but this It is not limited.
  • the second lncRNA may be a lncRNA having a reduced expression level in cancer compared to a normal control or a reduced expression level in cancer compared to a benign tumor.
  • the expression level of the second lncRNA in the benign tumor may be decreased compared to the normal control.
  • the second lncRNA may be one or more selected from the group consisting of metallophosphoesterase domain-containing antisense RNA 1 (MPPED2-AS1), LncRNA adjacent enhancer of FOXA2 (LNCNEF), LOC100129129 and LOC642484,
  • MPPED2-AS1 metallophosphoesterase domain-containing antisense RNA 1
  • LNCNEF LncRNA adjacent enhancer of FOXA2
  • LOC100129129 LOC642484
  • metallophosphoesterase domain-containing antisense RNA 1 (Metallophosphoesterase Domain Containing 2 Antisense RNA 1; MPPED2-AS1) is a long non-coding RNA present in chromosome 11, which is represented by SEQ ID NO: 4
  • the present invention is not limited thereto.
  • the LncRNA Neighboring Enhancer Of FOXA2 (LNCNEF) of FOXA2 is also called Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 1384 (LINC01384), and is present in chromosome 20. It is a long non-coding RNA, and may be one represented by SEQ ID NO: 5, but is not limited thereto.
  • LOC100129129 is a long non-coding RNA present on chromosome 8, and may be represented by SEQ ID NO: 8, but is not limited thereto.
  • LOC642484 is a long non-coding RNA present on chromosome 18, and may be represented by SEQ ID NO: 9, but is not limited thereto.
  • the term “expression” or “expressing” refers to a production process involving transcription of a gene.
  • An increase in the expression level or amount can be, for example, an increase in the number of non-coding RNAs or genes encoding them, an increase in the transcription of the gene (eg, by placing the gene under the control of a constitutive promoter), a competing gene may be by a number of methods, including knockout of or a combination of these and/or other methods, wherein a decrease in the expression level or amount of expression is a decrease in the number of genes, a decrease in the transcription of a gene, expression of a competing gene etc. may be followed.
  • the step of measuring the expression level of the first lncRNA and the second lncRNA includes at least one selected from the group consisting of primers, probes and antisense nucleotides that specifically bind to each of the first and second lncRNAs. It may be carried out using a formulation that is, but is not limited thereto.
  • the "primer” is a fragment recognizing a target gene sequence, including a pair of forward and reverse primers, but preferably, a primer pair that provides analysis results having specificity and sensitivity.
  • the nucleic acid sequence of the primer is a sequence that is inconsistent with a non-target sequence present in the sample, and thus amplifies only the target gene sequence containing the complementary primer binding site and does not cause non-specific amplification, high specificity can be conferred. .
  • the "probe” refers to a substance capable of specifically binding to a target substance to be detected in a sample, and refers to a substance capable of specifically confirming the presence of a target substance in a sample through the binding.
  • the type of probe is not limited as a material commonly used in the art, but preferably PNA (peptide nucleic acid), LNA (locked nucleic acid), peptide, polypeptide, protein, RNA or DNA, and most preferably is PNA.
  • the probe is a biomaterial derived from or similar thereto, or manufactured in vitro, and includes, for example, enzymes, proteins, antibodies, microorganisms, animal and plant cells and organs, neurons, DNA, and It may be RNA, DNA includes cDNA, genomic DNA, and oligonucleotides, RNA includes genomic RNA, mRNA, and oligonucleotides, and examples of proteins include antibodies, antigens, enzymes, peptides, and the like.
  • PNA Peptide Nucleic Acid
  • DNA has a phosphate-ribose sugar backbone
  • PNA has a repeated N-(2-aminoethyl)-glycine backbone linked by peptide bonds, which greatly increases binding strength and stability to DNA or RNA, resulting in molecular biology , diagnostic assays and antisense therapy.
  • PNA is described in Nielsen PE, Egholm M, Berg RH, Buchardt O (December 1991). "Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide". Science 254(5037): 1497-1500.
  • LNA Locked nucleic acids
  • LNA nucleosides contain common nucleic acid bases in DNA and RNA, and can form base pairs according to Watson-Crick base pairing rules. However, due to the 'locking' of the molecule due to the methylene bridge, the LNA does not form the ideal shape in the Watson-Crick bond.
  • LNAs When LNAs are incorporated into DNA or RNA oligonucleotides, LNAs can more rapidly pair with complementary nucleotide chains, increasing the stability of the double helix.
  • the "antisense” means that the antisense oligomer is hybridized with a target sequence in RNA by Watson-Crick base pairing, and typically mRNA and RNA in the target sequence: A sequence of nucleotide bases allowing the formation of an oligomeric heteroduplex and oligomers having an inter-subunit backbone.
  • An oligomer may have exact sequence complementarity or approximate complementarity to a target sequence.
  • the LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, LINC02471, LINC02408, MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 and LOC642484 lncRNA sequence information corresponding to the first lncRNA or the second lncRNA is already known, Those skilled in the art will be able to easily design primers, probes or antisense nucleotides that specifically bind to the gene based on this.
  • the measurement of the expression level of the first lncRNA and the second lncRNA is reverse transcription polymerase reaction (RT-PCR), competitive reverse transcription polymerase reaction (Competitive RT-PCR), real-time reverse transcription polymerase reaction (Real-time RT) -PCR), RNase protection assay (RPA; RNase protection assay), Northern blotting or a DNA chip may be performed, but is not limited thereto.
  • RT-PCR reverse transcription polymerase reaction
  • Competitive RT-PCR competitive reverse transcription polymerase reaction
  • Real-time RT real-time reverse transcription polymerase reaction
  • RNase protection assay RNase protection assay
  • Northern blotting or a DNA chip
  • the "diagnosis” means determining the susceptibility of a subject to a specific disease or disorder, determining whether the subject currently has a specific disease or disorder, Determining the prognosis of an affected subject (e.g., identifying a pre-metastatic or metastatic cancer state, staging the cancer, or determining the responsiveness of a cancer to treatment), therametrics (e.g., for efficacy of treatment) monitoring the condition of the subject to provide information) or distinguishing cancer from benign tumors or nodules, but is not limited thereto.
  • tumor refers to the development of cells in the body irrespective of the totality of the individual, and the growth of the tumor is always due to the division and proliferation of the tumor cells themselves.
  • the type of growth of the tumor is either expansive or compact growth mainly seen in benign tumors or infiltrative growth mainly seen in malignant tumors.
  • the "malignant tumor”, “malignant nodule” or “cancer” is a disease in which the cell cycle is not regulated and continues cell division, and depending on the site of occurrence, carcinoma ( Carcinoma) and sarcoma.
  • Carcinoma refers to a malignant tumor that arises from epithelial cells such as mucous membranes and skin
  • sarcoma refers to a malignant tumor that arises from non-epithelial cells such as muscle, connective tissue, bone, cartilage, and blood vessels.
  • the malignant tumor has a higher degree of malignancy such as proliferation rate, invasion, recurrence, and metastasis than a benign tumor.
  • Cancers to be diagnosed in the present invention include breast cancer, ovarian cancer, colorectal cancer, stomach cancer, liver cancer, pancreatic cancer, cervical cancer, thyroid cancer, parathyroid cancer, lung cancer, non-small cell lung cancer, prostate cancer, gallbladder cancer, biliary tract cancer, and non-Hodgkin's lymphoma.
  • Hodgkin's lymphoma Hodgkin's lymphoma, blood cancer, bladder cancer, kidney cancer, melanoma, colon cancer, bone cancer, skin cancer, head cancer, uterine cancer, rectal cancer, brain tumor, perianal cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, vaginal cancer, vulvar carcinoma, esophageal cancer, small intestine Cancer, endocrine adenocarcinoma, adrenal cancer, soft tissue sarcoma, urethral cancer, penile cancer, ureter cancer, renal cell carcinoma, renal pelvic carcinoma, central nervous system (CNS) tumor, primary CNS lymphoma, spinal cord tumor, brainstem glioma Or it may be a pituitary adenoma, preferably thyroid cancer.
  • CNS central nervous system
  • the benign tumor or nodule may be one that occurred in the ovary, breast, lung, prostate, colon, kidney, skin, thyroid, brain, heart, liver, stomach, nerve, blood vessel, bone, upper digestive tract or pancreas region. , preferably occurring in the thyroid region.
  • a housekeeping gene such as GAPDH is controlled to correct the expression level in each sample.
  • lncRNA is expressed at a very low level in each tissue, and there is no lncRNA known as a housekeeping gene among lncRNAs, and conventionally used housekeeping genes such as GAPDH are expressed at a very high level compared to the expression level of lncRNA. Therefore, it is not suitable for analyzing lncRNA quantitative results.
  • the difference in expression level of the lncRNA biomarker according to the present invention is maximized for each tissue of normal tissue, benign tumor or nodular tissue, and cancer tissue without control using a housekeeping gene.
  • the accuracy can be significantly improved in diagnosing
  • Corrected expression level value expression level of first lncRNA/expression level of second lncRNA
  • the "biological sample” refers to any material, biological fluid, tissue or cell obtained from or derived from an individual, for example, whole blood, leukocytes, peripheral blood mononuclear peripheral blood mononuclear cells, buffy coat, plasma, serum, sputum, tears, mucus, nasal washes, nasal aspirate (nasal aspirate), breath, urine, semen, saliva, peritoneal washings, ascites, cystic fluid, meningeal fluid , amniotic fluid, glandular fluid, pancreatic fluid, lymph fluid, pleural fluid, nipple aspirate, bronchial aspirate, synovial fluid), joint aspirate, organ secretions, cells, cell extract, or cerebrospinal fluid, preferably in patients with a high probability of developing disease.
  • the second lncRNA may be a lncRNA having a reduced expression level in cancer compared to a normal control or a reduced expression level in cancer compared to a benign tumor.
  • the expression level of the second lncRNA in the benign tumor may be decreased compared to the normal control.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be LRRC52-AS1, and the second lncRNA may be MPPED2-AS1, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be LRRC52-AS1, and the second lncRNA may be LNCNEF, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be LRRC52-AS1, and the second lncRNA may be LOC100129129, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be LINC02082, and the second lncRNA may be MPPED2-AS1, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be UNC5B-AS1, and the second lncRNA may be MPPED2-AS1, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be UNC5B-AS1, and the second lncRNA may be LOC642484, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be LINC02471, and the second lncRNA may be MPPED2-AS1, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be LINC02471, and the second lncRNA may be LOC100129129, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be LINC02408, and the second lncRNA may be MPPED2-AS1, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be LINC02408, and the second lncRNA may be LNCNEF, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA in the step of measuring the expression level, may be LINC02408, and the second lncRNA may be LOC100129129, but is not limited thereto.
  • the measurement of the expression level of the first lncRNA and the second lncRNA includes at least one selected from the group consisting of primers, probes and antisense nucleotides that specifically bind to each of the first and second lncRNAs. It can be carried out using a formulation.
  • the measurement of the expression level of the first lncRNA and the second lncRNA is reverse transcription polymerase reaction (RT-PCR), competitive reverse transcription polymerase reaction (Competitive RT-PCR), real-time reverse transcription polymerase reaction (Real-time RT) -PCR), RNase protection assay (RPA; RNase protection assay), Northern blotting, or DNA chip, but is not limited thereto.
  • RT-PCR reverse transcription polymerase reaction
  • Competitive RT-PCR competitive reverse transcription polymerase reaction
  • Real-time RT real-time reverse transcription polymerase reaction
  • RNase protection assay RNase protection assay
  • Northern blotting or DNA chip
  • It may be the average value or median value of the expression level of the second lncRNA of dogs, or it may be the average value or the median value of the expression level of the plurality of second lncRNAs measured multiple times from a plurality of biological samples isolated from the subject of interest. It is not limited.
  • the first lncRNA is LINC02082
  • the second lncRNA is any one selected from the group consisting of MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 and LOC642484, and the corrected expression level value obtained
  • the control group is a corrected expression level value, or a mean or median value thereof, in an individual without cancer; Or a corrected expression level value in a benign tumor or nodule, or an average or median value thereof, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA is UNC5B-AS1
  • the second lncRNA is any one selected from the group consisting of MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 and LOC642484, and the corrected expression level obtained
  • the control group is a corrected expression level value, or a mean or median value thereof, in an individual without cancer; Or a corrected expression level value in a benign tumor or nodule, or an average or median value thereof, but is not limited thereto.
  • the first lncRNA is LINC02408, and the second lncRNA is any one selected from the group consisting of MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 and LOC642484, and the corrected expression level value obtained
  • the control group is a corrected expression level value, or a mean or median value thereof, in an individual without cancer; Or a corrected expression level value in a benign tumor or nodule, or an average or median value thereof, but is not limited thereto.
  • Cancers to be diagnosed in the present invention include breast cancer, ovarian cancer, colorectal cancer, stomach cancer, liver cancer, pancreatic cancer, cervical cancer, thyroid cancer, parathyroid cancer, lung cancer, non-small cell lung cancer, prostate cancer, gallbladder cancer, biliary tract cancer, and non-Hodgkin's lymphoma.
  • Hodgkin's lymphoma Hodgkin's lymphoma, blood cancer, bladder cancer, kidney cancer, melanoma, colon cancer, bone cancer, skin cancer, head cancer, uterine cancer, rectal cancer, brain tumor, perianal cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, vaginal cancer, vulvar carcinoma, esophageal cancer, small intestine Cancer, endocrine adenocarcinoma, adrenal cancer, soft tissue sarcoma, urethral cancer, penile cancer, ureter cancer, renal cell carcinoma, renal pelvic carcinoma, central nervous system (CNS) tumor, primary CNS lymphoma, spinal cord tumor, brainstem glioma Or it may be a pituitary adenoma, preferably thyroid cancer.
  • CNS central nervous system
  • the benign tumor or nodule may be one that occurred in the ovary, breast, lung, prostate, colon, kidney, skin, thyroid, brain, heart, liver, stomach, nerve, blood vessel, bone, upper digestive tract or pancreas region. , preferably occurring in the thyroid region.
  • the description of the diagnosis, the tumor, and the preparation analysis method for measuring the expression level are duplicated with those described above and detailed description thereof will be omitted in order to avoid excessive complexity of the specification.
  • cancer can be distinguished from benign tumors or nodules. .
  • the difference in expression level of the lncRNA biomarker according to the present invention is maximized for each tissue of normal tissue, benign tumor or nodular tissue, and cancer tissue without control using a housekeeping gene, thereby reducing cancer Accuracy can be significantly improved in diagnosis.
  • 3 shows the expression level of LINC02082 in thyroid cancer, benign nodular tissue and surrounding normal thyroid tissue.
  • FIG. 6 shows the expression level of LNCNEF in thyroid cancer, benign nodular tissue, and surrounding normal thyroid tissue.
  • FIG. 8 is a result of confirming the expression level of each lncRNA of LRRC52-AS1 (FIG. 8A), LINC02082 (FIG. 8B) and UNC5B-AS1 (FIG. 8C) in some samples collected from 51 patients who underwent fine needle aspiration cytology. .
  • Example 9 shows the results of analyzing the difference in the expression level of LINC02471 in thyroid cancer, benign nodular tissue, and surrounding normal thyroid tissue in Example 9.
  • Example 10 shows the results of analyzing the difference in the expression level of LINC02408 in thyroid cancer, benign nodular tissue and surrounding normal thyroid tissue in Example 2.
  • Example 11 shows the results of analyzing the difference in the expression level of LOC642484 in thyroid cancer, benign nodular tissue, and surrounding normal thyroid tissue in Example 2.
  • Example 13 shows the results of analyzing the difference in the corrected expression level values obtained after dividing the LRRC52-AS1 expression level in Example 3 by the LNCNEF expression level in thyroid cancer tissue, thyroid benign nodular tissue, and surrounding normal thyroid tissue.
  • 16 shows the results of analyzing the difference in the corrected expression level values obtained after dividing the LINC02082 expression level in Example 11 by the MPPED2-AS1 expression level in the thyroid cancer tissue, the thyroid benign nodular tissue, and the surrounding normal thyroid tissue.
  • 21 shows the results of analyzing the difference in the corrected expression level values obtained after dividing the UNC5B-AS1 expression level in Example 12 by the LNCNEF expression level in the thyroid cancer tissue, the thyroid benign nodular tissue, and the surrounding normal thyroid tissue.
  • Example 22 shows the results of analyzing the difference in the corrected expression level values obtained after dividing the expression level of UNC5B-AS1 in Example 12 by the expression level of LOC100129129 in thyroid cancer tissue, benign thyroid nodular tissue and surrounding normal thyroid tissue.
  • 26 shows the results of analyzing the difference in the corrected expression level values obtained after dividing the LINC02471 expression level in Example 13 by the LOC100129129 expression level in the thyroid cancer tissue, the thyroid benign nodular tissue, and the surrounding normal thyroid tissue.
  • FIG. 27 shows the results of analyzing the difference in the corrected expression level values obtained after dividing the LINC02471 expression level in Example 13 by the LOC642484 expression level in thyroid cancer tissue, thyroid benign nodular tissue, and surrounding normal thyroid tissue.
  • Example 31 shows the results of analyzing the difference in the corrected expression level values obtained after dividing the LINC02408 expression level in Example 14 by the LOC642484 expression level in the thyroid cancer tissue, the thyroid benign nodular tissue, and the surrounding normal thyroid tissue.
  • ncRNA data and ncRNA expression of thyroid cancer patients were compared and analyzed as shown in FIG. 1 .
  • the Atlas of ncRNA in Cancer (TANRIC) thyroid cancer data compared 12,727 ncRNAs from thyroid cancer tissues of 59 thyroid cancer patients and surrounding normal thyroid tissues to 901, which significantly increased more than twice in thyroid cancer tissues.
  • Dog ncRNAs and 1710 ncRNAs that were significantly reduced to 0.5-fold or less in thyroid cancer tissues were selected.
  • lncRNA annotated by the National Center for Biotechnology Information (NBCI) with a difference of 0.5 or more between thyroid cancer tissue and surrounding normal thyroid tissue was selected as a candidate.
  • NBCI National Center for Biotechnology Information
  • ncRNAs with significantly increased expression in thyroid cancer tissues LRRC52-AS1, LINC02082 and UNC5B-AS1, and ncRNAs with significantly reduced expression in thyroid cancer tissues, MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129, were used to diagnose thyroid cancer. was selected as the final candidate for
  • thyroid cancer thyroid malignant nodule
  • 5 benign nodular tissues obtained from 9 thyroid nodule patients who underwent surgery at the hospital.
  • the expression level of the lncRNA was confirmed in the thyroid tissue, and the results are shown in FIG. 2 .
  • thyroid cancer thyroid malignant nodule
  • 5 benign nodular tissues 5 benign nodular tissues
  • 9 surrounding normal thyroid tissues obtained from 9 thyroid nodule patients who underwent surgery at the hospital
  • the expression level of the lncRNA was confirmed in FIG. 3 .
  • the expression level of UNC5B-AS1 was significantly increased in thyroid cancer (thyroid malignant nodule) tissue compared to benign thyroid nodular tissue or surrounding normal thyroid tissue. Through this, it was confirmed that the UNC5B-AS1 is an effective marker for diagnosing whether a thyroid tumor or a nodular tissue is thyroid cancer (malignant).
  • thyroid cancer thyroid malignant nodule
  • 5 benign nodular tissues 9 surrounding normal tissues obtained from 9 thyroid nodule patients who underwent surgery at the hospital.
  • the expression level of the lncRNA was confirmed in the thyroid tissue, and the results are shown in FIG. 5 .
  • the expression level of MPPED2-AS1 was significantly decreased in thyroid cancer (thyroid malignant nodule) tissue compared to benign thyroid nodular tissue or surrounding normal thyroid tissue. Through this, it was confirmed that the MPPED2-AS1 is an effective marker for diagnosing whether a thyroid tumor or a nodular tissue is thyroid cancer (malignant).
  • the expression level of LNCNEF was significantly decreased in thyroid cancer (thyroid malignant nodule) tissue compared to benign thyroid nodular tissue or surrounding normal thyroid tissue. Through this, it was confirmed that the LNCNEF is an effective marker for diagnosing whether a thyroid tumor or a nodular tissue is thyroid cancer (malignant).
  • the expression level of LOC100129129 was significantly decreased in thyroid cancer (thyroid malignant nodule) tissue compared to benign thyroid nodular tissue or surrounding normal thyroid tissue. Through this, it was confirmed that the LOC100129129 is an effective marker for diagnosing whether a thyroid tumor or a nodular tissue is thyroid cancer (malignant).
  • LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B from thyroid cancer tissues obtained from 59 thyroid cancer patients and surrounding normal thyroid tissues -AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 were confirmed the expression level data of a specific combination of lncRNAs.
  • LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B from thyroid cancer tissues obtained from 59 thyroid cancer patients and surrounding normal thyroid tissues -AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 were confirmed the expression level data of a specific combination of lncRNAs.
  • the specificity and positive predictive value of the diagnosis is 96% to 96% when the thyroid nodule is diagnosed as thyroid cancer
  • the thyroid cancer exclusion (R/O) ability is further enhanced. improvement could be seen.
  • lncRNAs In order to confirm the screening test ability of lncRNA for thyroid cancer, a specific combination of lncRNAs from LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 in thyroid cancer tissues and surrounding normal thyroid tissues obtained from 59 thyroid cancer patients was tested. Expression level data were confirmed.
  • LINC02082 In order to confirm the diagnostic ability of LINC02082 for thyroid cancer and malignancy, the expression level of the lncRNA was confirmed in some samples collected from 51 patients who underwent fine needle aspiration cytology for thyroid nodules. As a result, it was confirmed that the expression level of LINC02082 was also significantly increased in Cat V and VI compared to the case classified as Cat II as a result of the fine needle aspiration cytology pathology (FIG. 8b). Through this, it was confirmed that LINC02082 can also be a reliable indicator for diagnosing whether a thyroid tumor or nodule is thyroid cancer (malignant).
  • ncRNA data and ncRNA expression of thyroid cancer patients were compared and analyzed as shown in FIG. 1 .
  • the Atlas of ncRNA in Cancer (TANRIC) thyroid cancer data compared 12,727 ncRNAs from thyroid cancer tissues of 59 thyroid cancer patients and surrounding normal thyroid tissues to 901, which significantly increased more than twice in thyroid cancer tissues. 1,710 ncRNAs that were significantly reduced by 0.5-fold or less in canine ncRNAs and thyroid cancer tissues were selected.
  • the top five lncRNAs each annotated by the National Center for Biotechnology Information (NBCI) with a value that differed by 0.5 or more between the thyroid cancer tissue and the surrounding normal thyroid tissue, were selected as candidates.
  • NBCI National Center for Biotechnology Information
  • LOC100129129 was selected as a final candidate for thyroid cancer diagnosis.
  • Example 1 In the thyroid cancer tissue (cancer tissue) and surrounding normal thyroid tissue (normal tissue) isolated from 59 thyroid cancer patients, the expression levels of five lncRNAs, which were finally selected in Example 1, significantly increased expression in the thyroid cancer tissue were measured Thus, the results are shown in Table 1 below.
  • 'T59' is the average expression level value of each lncRNA in the thyroid cancer tissue
  • 'N59' corresponds to the average expression level value of each lncRNA in the surrounding normal thyroid tissue.
  • Example 1 In the thyroid cancer tissue (cancer tissue) and surrounding normal thyroid tissue (normal tissue) isolated from 59 thyroid cancer patients, the expression levels of four lncRNAs whose expression was significantly reduced in the thyroid cancer tissue finally selected in Example 1 were measured Thus, the results are shown in Table 2 below.
  • Table 11 'T59' is the average expression level value of each lncRNA in the thyroid cancer tissue, and 'N59' corresponds to the average expression level value of each lncRNA in the surrounding normal thyroid tissue.
  • the lncRNAs MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC642484 and LOC100129129 which were confirmed to be significantly reduced in expression in the thyroid cancer tissue in Example 1, all had an average value of low expression in thyroid cancer compared to normal tissues. , was confirmed to be an effective marker for diagnosing thyroid cancer.
  • the thyroid cancer diagnosis ability of the other lncRNAs other than LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF and LOC100129129 was confirmed as follows.
  • thyroid cancer thyroid malignant nodule
  • 5 benign nodular tissues obtained from 9 thyroid nodule patients who underwent surgery at the hospital
  • 9 surrounding normal thyroid tissues obtained from 9 thyroid nodule patients who underwent surgery at the hospital
  • the expression level of the lncRNA was confirmed in FIG. 12 .
  • the expression level of LINC02471 was increased in thyroid cancer (thyroid malignant nodule) tissues compared to surrounding normal thyroid tissues. Through this, it was confirmed that the LINC02471 is an effective marker for diagnosing whether it is thyroid cancer.
  • thyroid cancer thyroid malignant nodule
  • 5 benign nodular tissues obtained from 9 thyroid nodule patients who underwent surgery at the hospital
  • 9 surrounding normal thyroid tissues obtained from 9 thyroid nodule patients who underwent surgery at the hospital
  • the expression level of the lncRNA was confirmed in FIG. 10 , and the results are shown in FIG.
  • the expression level of LINC02408 was increased in thyroid cancer (thyroid malignant nodule) tissue compared to surrounding normal thyroid tissue. Through this, it was confirmed that the LINC02408 is an effective marker for diagnosing whether it is thyroid cancer.
  • the correction method of dividing the expression level of LRRC52-AS1 by the expression level of MPPED2-AS1 was used, the screening test capability for thyroid cancer and malignancy was confirmed. After measuring the LRRC52-AS1 expression level and MPPED2-AS1 expression level in thyroid cancer tissue, thyroid benign nodular tissue, and surrounding normal thyroid tissue, respectively, the corrected expression level value obtained by dividing the LRRC52-AS1 expression level by the MPPED2-AS1 expression level is shown. 12 is shown.
  • the LRRC52-AS1 expression level was It was found that the sensitivity and negative predictive value of the diagnosis greatly increased when thyroid cancer was diagnosed using the expression level value corrected by dividing by the expression level. Through this, the difference in the expression level between thyroid cancer and benign thyroid nodule is maximized by correction by dividing the LRRC52-AS1 expression level by the MPPED2-AS1 expression level, thereby significantly improving the accuracy of diagnosing whether the thyroid nodule is thyroid cancer (malignant). knew it could be
  • the LRRC52-AS1 expression level was corrected by dividing the LOC100129129 expression level. It was found that the sensitivity and negative predictive value of thyroid cancer were greatly increased when thyroid cancer was diagnosed using the expression level value. Through this, by maximizing the difference in the expression level between thyroid cancer and benign thyroid nodule by correction dividing the LRRC52-AS1 expression level by the LOC100129129 expression level, the accuracy in diagnosing whether the thyroid nodule is thyroid cancer (malignant) will be significantly improved. knew it could be
  • the corrected value obtained by dividing the LRRC52-AS1 expression level by the LOC642484 expression level significantly increased in the thyroid cancer tissue compared to the thyroid benign nodular tissue or surrounding normal thyroid tissue. It was found that using the correction value divided by
  • the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02082 expression level by the MPPED2-AS1 expression level is greater than or equal to the reference value.
  • the specificity and positive predictive value (PPV) of the diagnosis were checked, and the results are shown in Table 15 below.
  • the expression level corrected by dividing the LINC02082 expression level by the MPPED2-AS1 expression level compared to the case of diagnosing thyroid cancer using a single LINC02082 expression level value or a single MPPED2-AS1 expression level value.
  • the specificity of the diagnosis and the positive predictive value reached 100%.
  • the exclusion diagnosis (R/O) whether the thyroid nodule is thyroid cancer (malignant) it was found that the accuracy could be significantly improved.
  • the correction method of dividing the LINC02082 expression level by the LNCNEF expression level was used, the rule out (R/O) ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed.
  • the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02082 expression level by the LNCNEF expression level is shown in FIG. 17 .
  • the specificity and positive predictive value of the diagnosis greatly increased.
  • the exclusion diagnosis (R/O) whether the thyroid nodule is thyroid cancer (malignant) It was found that the accuracy could be significantly improved.
  • the diagnostic ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed when the correction method obtained by dividing the LINC02082 expression level by the LOC100129129 expression level was used. After measuring the LINC02082 expression level and the LOC100129129 expression level in the thyroid cancer tissue, the thyroid benign nodular tissue and the surrounding normal thyroid tissue, respectively, the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02082 expression level by the LOC100129129 expression level is shown in FIG. 18 .
  • the difference in the expression level between the thyroid cancer tissue and the thyroid benign nodular tissue or surrounding normal thyroid tissue can be significantly increased.
  • the thyroid tumor or nodule is thyroid cancer (malignant) by maximizing the difference in expression level between each group of thyroid cancer tissue and thyroid benign tumor tissue or surrounding normal thyroid tissue by the correction method according to the present invention without using a keeping gene It can improve the accuracy of diagnosis.
  • the test ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed.
  • the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02082 expression level by the LOC642484 expression level is shown in FIG. 19 .
  • the difference in expression level between each group of thyroid cancer tissue and thyroid benign tumor tissue or surrounding normal thyroid tissue is maximized without using a housekeeping gene.
  • the accuracy could be significantly improved in diagnosing whether a thyroid tumor or nodule is thyroid cancer (malignant).
  • the corrected expression level value obtained by dividing the expression level of UNC5B-AS1 by the expression level of MPPED2-AS1 is greater than or equal to the reference value.
  • NPV negative predictive value
  • the expression level of UNC5B-AS1 was compared to the case of diagnosing thyroid cancer using only the value of the expression level of a single UNC5B-AS1 or the value of the expression level of a single MPPED2-AS1 MPPED2-AS1 expression level
  • the expression level value corrected by dividing by Through this, by maximizing the difference in the expression level between the thyroid cancer tissue and the thyroid benign nodular tissue by correction by dividing the UNC5B-AS1 expression level by the MPPED2-AS1 expression level, it is possible to diagnose whether a thyroid tumor or nodule is thyroid cancer (malignant). It was found that the accuracy could be significantly improved.
  • the correction method of dividing the expression level of UNC5B-AS1 by the expression level of LNCNEF was used, the screening test capability for thyroid cancer and malignancy was confirmed. After measuring the UNC5B-AS1 expression level and the LNCNEF expression level in the thyroid cancer tissue, the thyroid benign nodular tissue and the surrounding normal thyroid tissue, respectively, the corrected expression level value obtained by dividing the UNC5B-AS1 expression level by the LNCNEF expression level is shown in FIG. 21 . .
  • the expression level corrected by dividing the UNC5B-AS1 expression level by the LNCNEF expression level compared to the case of diagnosing thyroid cancer using a single UNC5B-AS1 expression level value or a single LNCNEF expression level value
  • the specificity and negative predictive value of the diagnosis reached 92%.
  • the correction method of dividing the expression level of UNC5B-AS1 by the expression level of LOC100129129 was used, the screening test ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed. After measuring the expression level of UNC5B-AS1 and the expression level of LOC100129129 in thyroid cancer tissue, benign thyroid nodular tissue, and surrounding normal thyroid tissue, respectively, the corrected expression level value obtained by dividing the expression level of UNC5B-AS1 by the expression level of LOC100129129 is shown in FIG. 22 . .
  • the expression level corrected by dividing the UNC5B-AS1 expression level by the LOC100129129 expression level In the case of diagnosing thyroid cancer using the value, the specificity and negative predictive value of the diagnosis reached 90%.
  • the accuracy in diagnosing whether the thyroid tumor or nodule is thyroid cancer (malignant) was found to be significantly improved.
  • the test ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed.
  • the corrected expression level value obtained by dividing the expression level of UNC5B-AS1 by the LOC642484 expression level is shown in FIG. 23 . .
  • the test ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed.
  • the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02471 expression level by the MPPED2-AS1 expression level is shown in FIG. 24 .
  • the difference in expression level between each group of thyroid cancer tissue and thyroid benign tumor tissue or surrounding normal thyroid tissue was evaluated without using a housekeeping gene. By maximizing it, it was found that the accuracy can be significantly improved in diagnosing whether a thyroid tumor or nodule is thyroid cancer (malignant).
  • the test ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed.
  • the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02471 expression level by the LNCNEF expression level is shown in FIG. 25 .
  • the difference in expression level between each group of thyroid cancer tissue and benign thyroid nodular tissue or surrounding normal thyroid tissue is maximized without using a housekeeping gene.
  • the accuracy could be significantly improved in diagnosing whether a thyroid tumor or nodule is thyroid cancer (malignant).
  • the test ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed.
  • the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02471 expression level by the LOC100129129 expression level is shown in FIG. 26 .
  • the test ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed.
  • the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02471 expression level by the LOC642484 expression level is shown in FIG. 27 .
  • the test ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed.
  • the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02408 expression level by the MPPED2-AS1 expression level is shown in FIG. 28 .
  • the test ability for thyroid cancer and malignancy was confirmed.
  • the corrected expression level value obtained by dividing the LINC02408 expression level by the LOC642484 expression level is shown in FIG. 31 .
  • the difference in expression level between each group of thyroid cancer tissue and thyroid benign nodular tissue or surrounding normal thyroid tissue is maximized without using a housekeeping gene.
  • the accuracy could be significantly improved in diagnosing whether a thyroid tumor or nodule is thyroid cancer (malignant).
  • the housekeeping gene control for correcting the amount can be omitted.
  • thyroid cancer, benign tumor or nodule, and the difference between the expression level values in each group of normal tissues could increase the diagnosis accuracy.

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Abstract

본 발명은 양성 종양 또는 결절로부터 암을 구분하기 위한 바이오마커, 조성물, 진단용 키트 및 상기 조성물을 이용하여 양성 종양 또는 결절로부터 암을 구분하기 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한 암 진단의 정확도를 높이기 위한 방법을 제공한다. 특히 본 발명의 보정된 발현 수준 값을 대조군과 비교하여 암을 진단하는 경우, 단일 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 것에 비하여 암 진단의 정확도를 높일 수 있다.

Description

양성 종양 또는 결절로부터 암을 구분하기 위한 바이오마커
본 발명은 양성 종양 또는 결절로부터 암을 구분하기 위한 바이오마커, 조성물, 키트 및 상기 조성물을 이용하여 양성 종양 또는 결절로부터 암을 구분하기 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다. 아울러, 본 발명은 암 진단의 정확도를 높이기 위하여 유전자의 발현 수준을 보정하는 방법에 관한 것이다.
암은 인류가 해결해야 할 난치병 중의 하나로, 전 세계적으로 이를 치유하기 위한 개발에 막대한 자본이 투자되고 있는 실정이며, 우리나라의 경우, 질병 사망원인 중 제1위의 질병으로서 연간 약 10만 명 이상이 진단되고, 약 6만 명 이상이 사망하고 있다.
이러한 암의 유발 인자인 발암물질로는 흡연, 자외선, 화학물질, 음식물, 기타 환경인자들이 있으나, 그 유발 원인이 다양하여 더욱 발전된 진단 방법 및 치료제의 개발이 절실히 필요하다.
그중에, 갑상선암은 남성보다는 특히 여성에게 많이 발병되는 암으로써 국가 암 정보센터의 암 발병률을 살펴보면 2002년 기준 여성 전체 암의 7.4%를 차지하고 있다. 최근 대한 갑상선 질병학회에 보고된 자료에 의하면 국내 암 발병률의 4위를 차지하고 있으며 여성의 경우는 1위를 차지하고 있다.
이러한 갑상선암은 내분비계의 가장 흔한 악성종양으로 유두암(Papillary carcinoma), 여포암(Follicular carcinoma), 허들세포암(여포 선암종, Hurthle cell neoplasm), 역형성암(저분화 갑상선암, Anaplastic carcinoma), 수질암(Medullary thyroid carcinoma) 등이 포함된다.
갑상선암의 원인으로는 방사선 노출, 성호르몬 등으로 알려져 있으나 아직 정확한 원인에 대한 규명은 이루어지지 않고 있다. 갑상선암은 다른 암에 비해 발병률이 높기는 하지만 조기에 수술을 할 수 있다면 생존률이 높은 편에 속하므로, 조기 발견이 중요하여 갑상선암을 조기에 탐지하기 위한 시도가 다양하게 이루어지고 있다.
반면, 갑상선의 양성 종양의 경우 간혹 아주 커졌을 때 주위 조직을 압박하여 음식물을 삼키기가 어렵거나 호흡곤란을 느낄 수 있으나 이런 경우는 드물고, 미용상 문제가 될 뿐 몸에 해가 없다. 따라서, 갑상선 종양이 악성인 갑상선암인지 양성 종양인지 여부를 구별하는 것이 중요하다. 갑상선암과 갑상선의 양성 종양을 감별진단 하기 위해서는 세침흡인세포검사(Fine needle aspiration; FNA)가 이용되는데, 이는 세포 형태가 병리학적으로 판별 불가한 비진단적 또는 비정형인 경우가 존재하므로, 갑상선암을 양성 종양과 정확하게 구별하기 위해 분자표지자 검사가 이용될 수 있다.
지금까지 개발된 분자표지자 검사는 유전자 돌연변이 검사, mRNA발현검사, miRNA발현검사 등이 있으나, 유전자 돌연변이만으로 갑상선암을 설명할 수 없으며 mRNA의 경우 mRNA가 단백질 발현과 항상 일치하는 것은 아니며 전체 유전체의 2%만을 차지하여 진단 마커로서의 한계를 보인다.
반면 긴 비-코딩 RNA(Long non-coding RNA; lncRNA)는 단백질로 번역되지 않는 비암호화 RNA 분자 중 상대적으로 길이가 긴 200 뉴클레오티드 이상의 크기를 가지는 RNA로, 최근 세포의 암화 과정에서 중요한 것으로 주목받고 있다.
본 발명의 일 목적은 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 바이오마커를 제공하고자 한다.
본 발명의 다른 목적은 암을 양성 종양 또는 결절과 구별할 수 있는 조성물을 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 목적은 암을 양성 종양 또는 결절과 구별할 수 있는 키트를 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 목적은 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하는 방법을 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 일 목적은 암 중에서도 특히 갑상선암의 진단의 정확도를 높이기 위하여 바이오마커 유전자의 발현 수준을 보정하는 방법을 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 일 목적은 본 발명에서 제공하는 보정 방법을 이용하여 암 중에서도 특히 갑상선암을 진단하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하고자 한다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당 업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
이하, 본원에 기재된 다양한 구현예가 도면을 참조로 기재된다. 하기 설명에서, 본 발명의 완전한 이해를 위해서, 다양한 특이적 상세사항, 예컨대, 특이적 형태, 조성물 및 공정 등이 기재되어 있다. 그러나, 특정의 구현예는 이들 특이적 상세 사항 중 하나 이상 없이, 또는 다른 공지된 방법 및 형태와 함께 실행될 수 있다. 다른 예에서, 공지된 공정 및 제조 기술은 본 발명을 불필요하게 모호하게 하지 않게 하기 위해서, 특정의 상세사항으로 기재되지 않는다. "한 가지 구현예" 또는 "구현예"에 대한 본 명세서 전체를 통한 참조는 구현예와 결부되어 기재된 특별한 특징, 형태, 조성 또는 특성이 본 발명의 하나 이상의 구현예에 포함됨을 의미한다. 따라서, 본 명세서 전체에 걸친 다양한 위치에서 표현된 "한 가지 구현예에서" 또는 "구현예"의 상황은 반드시 본 발명의 동일한 구현예를 나타내지는 않는다. 추가로, 특별한 특징, 형태, 조성, 또는 특성은 하나 이상의 구현예에서 어떠한 적합한 방법으로 조합될 수 있다.
본 발명 내 특별한 정의가 없으면 본 명세서에 사용된 모든 과학적 및 기술적인 용어는 본 발명이 속하는 기술분야에서 당업자에 의하여 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LNCNEF) 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상으로 이루어진, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 바이오마커에 관한 것이다.
본 발명에서, 류신 풍부 반복 함유 52 단백질 안티센스 RNA 1(Leucine-rich repeat-containing protein 52 Antisense RNA 1; LRRC52-AS1)은 1번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 1로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2082; LINC02082)은 3번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 2로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(Unc-5 Netrin Receptor B Antisense RNA 1; UNC5B-AS1)는 10번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 3으로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(Metallophosphoesterase Domain Containing 2 Antisense RNA 1; MPPED2-AS1)은 11번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 4로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LncRNA Neighboring Enhancer Of FOXA2; LNCNEF)는, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1384 (Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 1384; LINC01384)라고도 하며, 20번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 5으로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, LOC100129129은 8번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 6으로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 용어 "종양(tumor)"은 체내의 세포가 개체의 전체성과는 관계없이 발육하는 것으로서, 상기 종양의 발육은 항상 종양 세포 자체의 분열 및 증식에 의한다. 상기 종양의 발육 형식은 주로 양성 종양에서 볼 수 있는 팽창성 또는 압배성 발육 또는 주로 악성 종양에서 볼 수 있는 침윤성 발육이 있다.
본 발명에서, 상기 "악성 종양(malignant tumor)", "악성 결절(malignant nodule)" 또는 "암(cancer)"은 세포 주기가 조절되지 않아 세포 분열을 계속하는 질병으로서, 발생 부위에 따라 암종(Carcinoma)과 육종(Sarcoma)으로 나뉜다. 암종(Carcinoma)은 점막, 피부 같은 상피성 세포에서 발생한 악성 종양을 뜻하고, 육종(Sarcoma)은 근육, 결합 조직, 뼈, 연골, 혈관 등의 비상피성 세포에서 발생한 악성 종양을 뜻한다. 상기 악성 종양은 양성 종양에 비하여 증식 속도, 침윤, 재발 및 전이 등의 악성도가 높다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 바람직하게는 갑상선암일 수 있다.
본 발명에서, 상기 "양성 종양(benign tumor)" 내지 "양성 결절(benign nodule)"은 세포가 과도하게 증식해 덩어리가 된 것으로, 커지는 속도가 느릴 뿐 더러 일정한 크기 이상 자라지 않는다는 특징이 있다. 또한 상기 양성 종양은 암처럼 다른 조직에 전이되지 않으며, 쉽게 치유될 수 있다. 상기 양성 종양은 인체에 해는 거의 없으나, 주요 기관에 압박을 가할 경우에는 문제가 될 수 있다.
본 발명에서, 상기 양성 종양 또는 결절은 난소, 유방, 폐, 전립선, 결장, 신장, 피부, 갑상선, 뇌, 심장, 간, 위, 신경, 혈관, 뼈, 상부 소화관 또는 췌장의 부위에서 발생한 것일 수 있고, 바람직하게는 갑상선 부위에서 발생한 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 용어 "마커" 내지 "바이오마커(bio-marker) "는 "생체표지자"라고도 하며, 생물학적인 상태를 객관적으로 측정 및 평가할 수 있는 지표로, 암을 비롯해 뇌졸중, 치매 등 각종 난치병을 진단하고 신약개발과정에도 반영할 수 있다. 상기 생물학적인 상태는 정상 상태, 병리 상태 및 약물에 대한 반응 정도를 제한없이 포함할 수 있다. 상기 지표의 예시로는 단백질, DNA, RNA, 대사 물질 등이 있으나 제한되지 않는다.
본 발명의 바이오마커는 암의 진단을 위해서도 사용될 수 있다.
본 발명에서 용어 "진단"은 특정 질병 또는 질환에 대한 대상(subject)의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 대상이 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 대상의 예후(prognosis)(예컨대, 전-전이성 또는 전이성 암 상태의 동정, 암의 단계 결정 또는 치료에 대한 암의 반응성 결정)를 판정하는 것, 또는 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링하는 것)을 포함한다.
본 발명의 다른 구현 예에 따르면, 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LNCNEF) 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 조성물에 관한 것이다.
본 발명에 사용되는 용어 "발현" 또는 "발현하는"은 유전자의 전사를 포함하는 생성 과정을 지칭한다. 발현 수준 또는 발현량의 증가는 예를 들어, 비-코딩 RNA 내지 이를 코딩하는 유전자의 수의 증가, 유전자의 전사의 증가(예를 들어, 구성성 프로모터의 제어 하에 유전자를 배치함으로써), 경쟁 유전자의 낙아웃(knockout) 또는 이들 및/또는 다른 방법의 조합을 포함하는 다수의 방법에 의할 수 있고, 발현 수준 또는 발현량의 감소는 유전자 수의 감소, 유전자의 전사의 감소, 경쟁 유전자의 발현 등에 의할 수 있다.
본 발명에서, 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 "프라이머"는 표적 유전자 서열을 인지하는 단편으로서, 정방향 및 역방향의 프라이머 쌍을 포함하나, 바람직하게는, 특이성 및 민감성을 가지는 분석 결과를 제공하는 프라이머 쌍이다. 프라이머의 핵산 서열이 시료 내 존재하는 비-표적 서열과 불일치하는 서열이어서, 상보적인 프라이머 결합 부위를 함유하는 표적 유전자 서열만 증폭하고 비특이적 증폭을 유발하지 않는 프라이머일 때, 높은 특이성이 부여될 수 있다.
본 발명에서 상기 "프로브"란 시료 내의 검출하고자 하는 표적 물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질을 의미하며, 상기 결합을 통하여 특이적으로 시료 내의 표적 물질의 존재를 확인할 수 있는 물질을 의미한다. 프로브의 종류는 당업계에서 통상적으로 사용되는 물질로서 제한은 없으나, 바람직하게는 PNA(peptide nucleic acid), LNA(locked nucleic acid), 펩티드, 폴리펩티드, 단백질, RNA 또는 DNA일 수 있으며, 가장 바람직하게는 PNA이다. 보다 구체적으로, 상기 프로브는 바이오 물질로서 생물에서 유래되거나 이와 유사한 것 또는 생체 외에서 제조된 것을 포함하는 것으로, 예를 들어, 효소, 단백질, 항체, 미생물, 동식물 세포 및 기관, 신경세포, DNA, 및 RNA일 수 있으며, DNA는 cDNA, 게놈 DNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, RNA는 게놈 RNA, mRNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 단백질의 예로는 항체, 항원, 효소, 펩티드 등을 포함할 수 있다.
본 발명에 상기 "PNA(Peptide Nucleic Acid)"는 인공적으로 합성된, DNA 또는 RNA와 비슷한 중합체를 가리키며, 1991년 덴마크 코펜하겐 대학교의 Nielsen, Egholm, Berg와 Buchardt 교수에 의해 처음으로 소개되었다. DNA는 인산-리보스당 골격을 갖는데 반해, PNA는 펩티드 결합에 의해 연결된 반복된 N-(2-아미노에틸)-글리신 골격을 가지며, 이로 인해 DNA 또는 RNA에 대한 결합력과 안정성이 크게 증가되어 분자 생물학, 진단 분석 및 안티센스 치료법에 사용되고 있다. PNA는 문헌[Nielsen PE, Egholm M, Berg RH, Buchardt O (December 1991). "Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide". Science 254(5037): 1497-1500]에 상세하게 개시되어 있다.
본 발명에서 상기 "LNA(Locked nucleic acids)"란, 2'-O, 4'-C 메틸렌 브릿지를 포함하는 핵산 아날로그를 의미한다 [J Weiler, J Hunziker and J Hall Gene Therapy (2006) 13, 496.502]. LNA 뉴클레오사이드는 DNA와 RNA의 일반적 핵산 염기를 포함하며, Watson-Crick 염기 쌍 규칙에 따라 염기 쌍을 형성할 수 있다. 하지만, 메틸렌 브릿지로 인한 분자의 'locking'으로 인해, LNA는 Watson-Crick 결합에서 이상적 형상을 형성하지 못하게 된다. LNA가 DNA 또는 RNA 올리고뉴클레오티드에 포함되면, LNA는 보다 빠르게 상보적 뉴클레오티드 사슬과 쌍을 이루어 이중 나선의 안정성을 높일 수 있다. 본 발명에서 상기 "안티센스"는 안티센스 올리고머가 왓슨-크릭 염기쌍 형성에 의해 RNA 내의 표적 서열과 혼성화되어, 표적서열 내에서 전형적으로 mRNA와 RNA:올리고머 헤테로이중체의 형성을 허용하는, 뉴클레오티드 염기의 서열 및 서브유닛간 백본을 갖는 올리고머를 의미한다. 올리고머는 표적 서열에 대한 정확한 서열 상보성 또는 근사 상보성을 가질 수 있다.
본 발명에 상기 "항체"는 항원과 특이적으로 결합하여 항원-항체 반응을 일으키는 물질을 가리킨다. 본 발명의 항체는 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함한다. 상기 항체는 당업계에 널리 공지된 기술을 이용하여 용이하게 제조될 수 있다. 예를 들어, 다클론 항체는 상기 단백질의 항원을 동물에 주사하고 동물로부터 채혈하여 항체를 포함하는 혈청을 수득하는 과정을 포함하는 당업계에 널리 공지된 방법에 의해 생산될 수 있다. 이러한 다클론 항체는 염소, 토끼, 양, 원숭이, 말, 돼지, 소, 개 등의 임의의 동물로부터 제조될 수 있다. 또한, 단클론 항체는 당업계에 널리 공지된 하이브리도마 방법(hybridoma method; Kohler 및 Milstein (1976) European Journal of Immunology 6:511-519 참조), 또는 파지 항체 라이브러리 기술(Clackson et al, Nature, 352:624-628, 1991; Marks et al, J. Mol. Biol., 222:58, 1-597, 1991 참조)을 이용하여 제조될 수 있다. 상기 방법으로 제조된 항체는 겔 전기영동, 투석, 염 침전, 이온교환 크로마토그래피, 친화성 크로마토그래피 등의 방법을 이용하여 분리, 정제될 수 있다. 또한, 본 발명의 항체는 2개의 전장의 경쇄 및 2개의 전장의 중쇄를 갖는 완전한 형태뿐만 아니라, 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란, 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 의미하며, Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv 등이 있다.
본 발명에서, 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 lncRNA 서열은 알려져 있으므로, 당업자라면 이를 바탕으로 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오티드를 용이하게 디자인할 수 있을 것이다.
본 발명의 일 예시에서 상기 조성물은 LRRC52-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 다른 일 예시에서 상기 조성물은 LINC02082의 발현 수준을 측정하는 제제 및 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 LRRC52-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 LINC02082의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 LRRC52-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 LINC02082의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 LRRC52-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LINC02082의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 LRRC52-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 LINC02082의 발현 수준을 측정하는 제제 및 UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 조성물은 LNCNEF의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명에서 진단의 대상이 되는 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 바람직하게는 갑상선암일 수 있다.
본 발명에서 상기 양성 종양 또는 결절은 난소, 유방, 폐, 전립선, 결장, 신장, 피부, 갑상선, 뇌, 심장, 간, 위, 신경, 혈관, 뼈, 상부 소화관 또는 췌장의 부위에서 발생한 것일 수 있고, 바람직하게는 갑상선 부위에서 발생한 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 조성물을 이용하는 경우 암의 진단을 위해서도 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 본 발명에 따른 조성물을 포함하는 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 키트에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 키트는 RT-PCR 키트 또는 DNA 칩 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 상기 암의 진단용 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치를 더 포함할 수 있다.
예를 들면, 본 발명에서 상기 암의 진단용 키트는 역전사 중합효소반응을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 더 포함할 수 있다. 역전사 중합효소반응 키트는 상기 LncRNA 또는 이를 전사하는 유전자에 대해 특이적인 프라이머 쌍을 포함한다. 프라이머는 상기 유전자의 핵산서열에 특이적인 서열을 가지는 뉴클레오티드로서, 약 7 bp 내지 50 bp의 길이, 보다 바람직하게는 약 10 bp 내지 30 bp의 길이를 가질 수 있다. 또한 대조군 유전자의 핵산 서열에 특이적인 프라이머를 포함할 수 있다. 그 외 역전사 중합효소반응 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 용기, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNase 억제제 DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 진단용 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. DNA 칩 키트는 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)가 부착되어 있는 기판, 및 형광표지 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한 기판은 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
본 발명의 키트를 이용하는 경우 암의 진단을 위해서도 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LNCNEF) 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하는 방법 또는 이를 위한 정보 제공 방법에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 "목적하는 개체" 내지 "개체"란, 상기 암의 발병 여부가 불확실한 개체로, 발병 가능성이 높은 개체를 의미한다. 바람직하게는 종양 또는 결절이 발생한 개체로 상기 종양 또는 결절이 양성 종양인지 암인지의 여부가 불확실한 개체를 의미할 수 있다.
본 발명에서 상기 "생물학적 시료"는 개체로부터 얻어지거나 개체로부터 유래된 임의의 물질, 생물학적 체액, 조직 또는 세포를 의미하는 것으로, 예를 들면, 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)을 포함할 수 있으나, 바람직하게는 조직 시료일 수 있고, 더욱 바람직하게는 개체의 상기 종양 또는 결절 조직에서 얻어지거나 유래된 조직 시료일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한 본 발명에서, 상기 생물학적 시료는 발병 가능성이 높은 환자의 피부를 절개하지 않고 중공침 등을 생체 내 기관에 자입하여 병리조직학적 검사용으로 채취한 샘플(예를 들면, 환자의 조직, 세포, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 객담 또는 복수(ascites) 등)일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서는 상기와 같이 분리된 생물학적 시료에서 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명의 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LRRC52-AS1의 발현 수준 및 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LINC02082의 발현 수준 및 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 UNC5B-AS1의 발현 수준 및 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LRRC52-AS1의 발현 수준 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LINC02082의 발현 수준 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 UNC5B-AS1의 발현 수준 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LRRC52-AS1의 발현 수준 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LINC02082의 발현 수준 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 UNC5B-AS1의 발현 수준 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LRRC52-AS1의 발현 수준 및 LINC02082의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LRRC52-AS1의 발현 수준 및 UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LINC02082의 발현 수준 및 UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 MPPED2-AS1의 발현 수준 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 MPPED2-AS1의 발현 수준 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서 상기 발현 수준을 측정하는 단계는 LNCNEF의 발현 수준 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하며 수행될 수 있다.
본 발명에서 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행될 수 있다.
본 발명에서, 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 lncRNA 서열은 알려져 있으므로, 당업자라면 이를 바탕으로 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오티드를 용이하게 디자인할 수 있을 것이다.
본 발명에서, 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 유전자의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로 RNA의 양을 측정하는 분석 방법으로는 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩 등이 있으나 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준이 대조군에 비하여 증가하거나 감소한 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것, 즉 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 정상 조직, 또는 양성 종양 또는 결절에서의 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 또는 LOC100129129의 발현 수준, 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 일 예시에서, 상기 측정된 LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 수준이 대조군에 비하여 증가한 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것, 즉 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 정상 조직, 또는 양성 종양 또는 결절에서의 LRRC52-AS1, LINC02082 또는 UNC5B-AS1 유전자의 발현 수준, 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 다른 일 예시에서, 상기 측정된 MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 수준이 대조군에 비하여 감소한 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것, 즉 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 정상 조직, 또는 양성 종양 또는 결절에서의 MPPED2-AS1, LNCNEF 또는 LOC100129129 유전자의 발현 수준, 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 측정된 LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 수준이 대조군에 비하여 증가하고, 상기 측정된 MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 수준이 대조군에 비하여 감소하는 경우; 상기 암의 발병 가능성이 높은 것, 즉 개체에서 발생한 상기 종양 또는 결절을 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 정상 조직, 또는 양성 종양 또는 결절에서의 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 또는 LOC100129129 유전자의 발현 수준, 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 측정된 LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1 유전자로 이루어진 군에서 선택된 2종 이상의 발현 수준이 대조군에 비하여 증가하는 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것, 즉 개체에서 발생한 상기 종양 또는 결절을 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 정상 조직, 또는 양성 종양 또는 결절에서의 LRRC52-AS1, LINC02082 또는 UNC5B-AS1 유전자의 발현 수준, 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 측정된 MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 2종 이상의 발현 수준이 대조군에 비하여 감소하는 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것, 즉 개체에서 발생한 상기 종양 또는 결절을 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 정상 조직, 또는 양성 종양 또는 결절에서의 MPPED2-AS1, LNCNEF 또는 LOC100129129 유전자의 발현 수준, 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 측정된 LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1 유전자로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 수준이 대조군에 비하여 감소하고, 상기 측정된 MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 발현 수준이 대조군에 비하여 증가한 경우; 상기 암의 발병 가능성이 낮은 것, 즉 개체에서 발생한 상기 종양 또는 결절을 양성 종양일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 정상 조직, 또는 양성 종양 또는 결절에서의 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 또는 LOC100129129 유전자의 발현 수준, 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있고, 바람직하게는 갑상선암일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 양성 종양 또는 결절은 난소, 유방, 폐, 전립선, 결장, 신장, 피부, 갑상선, 뇌, 심장, 간, 위, 신경, 혈관, 뼈, 상부 소화관 또는 췌장의 부위에서 발생한 것일 수 있고, 바람직하게는 갑상선 부위에서 발생한 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 정보 제공 방법은 암의 진단을 위해서도 사용될 수 있다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서, 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계; 및 측정된 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 하기 식 1에 대입하는 단계를 포함하고, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA는 각각 독립적으로 암에서 발현되는 lncRNA인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법에 관한 것이다:
[식 1]
보정된 발현 수준 값 = 제1 lncRNA의 발현 수준/제2 lncRNA의 발현 수준
본 발명에서 상기 "목적하는 개체" 내지 "개체"란, 상기 암의 발병 여부가 불확실한 개체로, 발병 가능성이 높은 개체를 의미하거나, 종양 또는 결절이 발생한 개체로 상기 종양 또는 결절이 양성 종양인지 암인지의 여부가 불확실한 개체를 의미할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 발명에서 상기 "생물학적 시료"는 개체로부터 얻어지거나 개체로부터 유래된 임의의 물질, 생물학적 체액, 조직 또는 세포를 의미하는 것으로, 예를 들면, 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)을 포함할 수 있고, 바람직하게는 발병 가능성이 높은 환자의 피부를 절개하지 않고 중공침 등을 생체 내 기관에 자입하여 병리조직학적 검사용으로 채취한 샘플(예를 들면, 환자의 조직, 세포, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 객담 또는 복수(ascites) 등)일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 제1 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 증가하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 증가한 lncRNA일 수 있다. 여기서 상기 양성 종양에서 상기 제1 lncRNA의 발현 수준은 정상 대조군 대비 증가된 것일 수 있다.
본 발명에서, 상기 제1 lncRNA는 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2471(LINC02471) 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2408(LINC02408)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 발명에서, 류신 풍부 반복 함유 52 단백질 안티센스 RNA 1(Leucine-rich repeat-containing protein 52 Antisense RNA 1; LRRC52-AS1)은 1번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 1로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2082; LINC02082)은 3번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 2로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(Unc-5 Netrin Receptor B Antisense RNA 1; UNC5B-AS1)는 10번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 3으로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2471(Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2471; LINC02471)은 12번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 7로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2408(Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 2408; LINC02408)은 12번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 8로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 제2 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 감소하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 감소한 lncRNA일 수 있다. 여기서 상기 양성 종양에서 상기 제2 lncRNA의 발현 수준은 정상 대조군 대비 감소된 것일 수 있다.
본 발명에서, 상기 제2 lncRNA는 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LNCNEF), LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 발명에서, 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(Metallophosphoesterase Domain Containing 2 Antisense RNA 1; MPPED2-AS1)은 11번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 4로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LncRNA Neighboring Enhancer Of FOXA2; LNCNEF)는, 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 1384(Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 1384; LINC01384)라고도 하며, 20번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 5로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, LOC100129129은 8번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 8으로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, LOC642484는 18번 염색체에 존재하는 긴 비-코딩 RNA로, 서열번호 9로 표시되는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에 사용되는 용어 "발현" 또는 "발현하는"은 유전자의 전사를 포함하는 생성 과정을 지칭한다. 발현 수준 또는 발현량의 증가는 예를 들어, 비-코딩 RNA 내지 이를 코딩하는 유전자의 수의 증가, 유전자의 전사의 증가(예를 들어, 구성성 프로모터의 제어 하에 유전자를 배치함으로써), 경쟁 유전자의 낙아웃(knockout) 또는 이들 및/또는 다른 방법의 조합을 포함하는 다수의 방법에 의할 수 있고, 발현 수준 또는 발현량의 감소는 유전자 수의 감소, 유전자의 전사의 감소, 경쟁 유전자의 발현 등에 의할 수 있다.
본 발명에서 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA 각각에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 발명에서 상기 "프라이머"는 표적 유전자 서열을 인지하는 단편으로서, 정방향 및 역방향의 프라이머 쌍을 포함하나, 바람직하게는, 특이성 및 민감성을 가지는 분석 결과를 제공하는 프라이머 쌍이다. 프라이머의 핵산 서열이 시료 내 존재하는 비-표적 서열과 불일치하는 서열이어서, 상보적인 프라이머 결합 부위를 함유하는 표적 유전자 서열만 증폭하고 비특이적 증폭을 유발하지 않는 프라이머일 때, 높은 특이성이 부여될 수 있다.
본 발명에서 상기 "프로브"란 시료 내의 검출하고자 하는 표적 물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질을 의미하며, 상기 결합을 통하여 특이적으로 시료 내의 표적 물질의 존재를 확인할 수 있는 물질을 의미한다. 프로브의 종류는 당업계에서 통상적으로 사용되는 물질로서 제한은 없으나, 바람직하게는 PNA(peptide nucleic acid), LNA(locked nucleic acid), 펩티드, 폴리펩티드, 단백질, RNA 또는 DNA일 수 있으며, 가장 바람직하게는 PNA이다. 보다 구체적으로, 상기 프로브는 바이오 물질로서 생물에서 유래되거나 이와 유사한 것 또는 생체 외에서 제조된 것을 포함하는 것으로, 예를 들어, 효소, 단백질, 항체, 미생물, 동식물 세포 및 기관, 신경세포, DNA, 및 RNA일 수 있으며, DNA는 cDNA, 게놈 DNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, RNA는 게놈 RNA, mRNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 단백질의 예로는 항체, 항원, 효소, 펩티드 등을 포함할 수 있다.
본 발명에 상기 "PNA(Peptide Nucleic Acid)"는 인공적으로 합성된, DNA 또는 RNA와 비슷한 중합체를 가리키며, 1991년 덴마크 코펜하겐 대학교의 Nielsen, Egholm, Berg와 Buchardt 교수에 의해 처음으로 소개되었다. DNA는 인산-리보스당 골격을 갖는데 반해, PNA는 펩티드 결합에 의해 연결된 반복된 N-(2-아미노에틸)-글리신 골격을 가지며, 이로 인해 DNA 또는 RNA에 대한 결합력과 안정성이 크게 증가되어 분자 생물학, 진단 분석 및 안티센스 치료법에 사용되고 있다. PNA는 문헌[Nielsen PE, Egholm M, Berg RH, Buchardt O (December 1991). "Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide". Science 254(5037): 1497-1500]에 상세하게 개시되어 있다.
본 발명에서 상기 "LNA(Locked nucleic acids)"란, 2'-O, 4'-C 메틸렌 브릿지를 포함하는 핵산 아날로그를 의미한다 [J Weiler, J Hunziker and J Hall Gene Therapy (2006) 13, 496.502]. LNA 뉴클레오사이드는 DNA와 RNA의 일반적 핵산 염기를 포함하며, Watson-Crick 염기 쌍 규칙에 따라 염기 쌍을 형성할 수 있다. 하지만, 메틸렌 브릿지로 인한 분자의 'locking'으로 인해, LNA는 Watson-Crick 결합에서 이상적 형상을 형성하지 못하게 된다. LNA가 DNA 또는 RNA 올리고뉴클레오티드에 포함되면, LNA는 보다 빠르게 상보적 뉴클레오티드 사슬과 쌍을 이루어 이중 나선의 안정성을 높일 수 있다. 본 발명에서 상기 "안티센스"는 안티센스 올리고머가 왓슨-크릭 염기쌍 형성에 의해 RNA 내의 표적 서열과 혼성화되어, 표적서열 내에서 전형적으로 mRNA와 RNA:올리고머 헤테로이중체의 형성을 허용하는, 뉴클레오티드 염기의 서열 및 서브유닛간 백본을 갖는 올리고머를 의미한다. 올리고머는 표적 서열에 대한 정확한 서열 상보성 또는 근사 상보성을 가질 수 있다.
본 발명의 일 예시에서, 상기 제1 lncRNA 또는 제2 lncRNA에 해당하는 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, LINC02471, LINC02408, MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484 lncRNA 서열 정보는 이미 알려져 있으므로, 당업자라면 이를 바탕으로 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오티드를 용이하게 디자인할 수 있을 것이다.
본 발명에서, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의해 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 "진단"은 특정 질병 또는 질환에 대한 대상(subject)의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 대상이 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 대상의 예후(prognosis)(예컨대, 전-전이성 또는 전이성 암 상태의 동정, 암의 단계 결정 또는 치료에 대한 암의 반응성 결정)를 판정하는 것, 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링하는 것) 또는 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 용어 "종양(tumor)"은 체내의 세포가 개체의 전체성과는 관계없이 발육하는 것으로서, 상기 종양의 발육은 항상 종양 세포 자체의 분열 및 증식에 의한다. 상기 종양의 발육 형식은 주로 양성 종양에서 볼 수 있는 팽창성 또는 압배성 발육 또는 주로 악성 종양에서 볼 수 있는 침윤성 발육이 있다.
본 발명에서, 상기 "악성 종양(malignant tumor)", "악성 결절(malignant nodule)" 또는 "암(cancer)"은 세포 주기가 조절되지 않아 세포 분열을 계속하는 질병으로서, 발생 부위에 따라 암종(Carcinoma)과 육종(Sarcoma)으로 나뉜다. 암종(Carcinoma)은 점막, 피부 같은 상피성 세포에서 발생한 악성 종양을 뜻하고, 육종(Sarcoma)은 근육, 결합 조직, 뼈, 연골, 혈관 등의 비상피성 세포에서 발생한 악성 종양을 뜻한다. 상기 악성 종양은 양성 종양에 비하여 증식 속도, 침윤, 재발 및 전이 등의 악성도가 높다.
본 발명에서 진단의 대상이 되는 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 바람직하게는 갑상선암일 수 있다.
본 발명에서, 상기 "양성 종양(benign tumor)" 내지 "양성 결절(benign nodule)"은 세포가 과도하게 증식해 덩어리가 된 것으로, 커지는 속도가 느릴 뿐 더러 일정한 크기 이상 자라지 않는다는 특징이 있다. 또한 암처럼 다른 조직에 전이되지 않으며, 쉽게 치유할 수 있다. 양성 종양은 인체에 해는 거의 없으나, 주요 기관에 압박을 가할 경우에는 문제가 될 수 있다.
본 발명에서 상기 양성 종양 또는 결절은 난소, 유방, 폐, 전립선, 결장, 신장, 피부, 갑상선, 뇌, 심장, 간, 위, 신경, 혈관, 뼈, 상부 소화관 또는 췌장의 부위에서 발생한 것일 수 있고, 바람직하게는 갑상선 부위에서 발생한 것일 수 있다.
일반적으로 암 등의 질환을 진단하기 위하여 특정 바이오마커의 발현 수준을 측정할 때, 각 시료에서 발현양을 보정하기 위해서는 GAPDH 등과 같은 하우스 키핑 유전자의 컨트롤을 수행하고 있다. 하지만, lncRNA는 각 조직에서 매우 낮은 수준으로 발현되고, lncRNA 중에서 하우스 키핑 유전자로 알려진 lncRNA는 아직까지 없으며, GAPDH와 같이 종래에 일반적으로 사용되던 하우스 키핑 유전자들은 lncRNA 발현양에 비하여 매우 높은 수준으로 발현되어 lncRNA 정량 결과를 분석하기에 부적합하다. 하지만, 본 발명의 보정 방법을 이용하는 경우, 하우스 키핑 유전자를 이용한 컨트롤 없이도 정상 조직, 양성 종양 또는 결절 조직, 및 암 조직의 각 조직 별 본 발명에 따르는 lncRNA 바이오마커의 발현 수준 차이를 극대화하여, 암을 진단함에 있어서 정확도를 현저히 높일 수 있다.
본 발명의 다른 구현 예에 따르면, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서, 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계; 및 측정된 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 하기 식 1에 대입하는 단계를 포함하고, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA는 각각 독립적으로 암에서 발현되는 lncRNA인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법에 관한 것이다:
[식 1]
보정된 발현 수준 값 = 제1 lncRNA의 발현 수준/제2 lncRNA의 발현 수준
본 발명에서 상기 "목적하는 개체" 내지 "개체"란, 상기 암의 발병 여부가 불확실한 개체로, 발병 가능성이 높은 개체를 의미하거나, 종양 또는 결절이 발생한 개체로 상기 종양 또는 결절이 양성 종양인지 암인지의 여부가 불확실한 개체를 의미할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 발명에서 상기 "생물학적 시료"는 개체로부터 얻어지거나 개체로부터 유래된 임의의 물질, 생물학적 체액, 조직 또는 세포를 의미하는 것으로, 예를 들면, 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)을 포함할 수 있고, 바람직하게는 발병 가능성이 높은 환자의 피부를 절개하지 않고 중공침 등을 생체 내 기관에 자입하여 병리조직학적 검사용으로 채취한 샘플(예를 들면, 환자의 조직, 세포, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 객담 또는 복수(ascites) 등)일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 제1 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 증가하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 증가한 lncRNA일 수 있다. 여기서 상기 양성 종양에서 상기 제1 lncRNA의 발현 수준은 정상 대조군 대비 증가된 것일 수 있다.
본 발명에서, 상기 제1 lncRNA는 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2471(LINC02471) 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2408(LINC02408)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 발명에서 상기 제2 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 감소하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 감소한 lncRNA일 수 있다. 여기서 상기 양성 종양에서 상기 제2 lncRNA의 발현 수준은 정상 대조군 대비 감소된 것일 수 있다.
본 발명에서, 상기 제2 lncRNA는 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LNCNEF), LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 발명의 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02082 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02082 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02082 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02082 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02408 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02408 이고, 상기 제2 lncRNA는 LNCNEF 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02408 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC100129129 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 일 예시에서, 상기 발현 수준을 측정하는 단계 시, 상기 제1 lncRNA는 LINC02408 이고, 상기 제2 lncRNA는 LOC642484 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA 각각에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행될 수 있다.
본 발명의 일 예시에서, 상기 제1 lncRNA 또는 제2 lncRNA에 해당하는 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, LINC02471, LINC02408, MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484 lncRNA 서열 정보는 이미 알려져 있으므로, 당업자라면 이를 바탕으로 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오티드를 용이하게 디자인할 수 있을 것이다.
본 발명에서, 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의해 수행될 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 "진단"은 특정 질병 또는 질환에 대한 대상(subject)의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 대상이 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 대상의 예후(prognosis)(예컨대, 전-전이성 또는 전이성 암 상태의 동정, 암의 단계 결정 또는 치료에 대한 암의 반응성 결정)를 판정하는 것, 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링하는 것), 또는 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 식 1에서 상기 제1 lncRNA 발현 수준의 값은 목적하는 개체로부터 분리된 어느 일 생물학적 시료로부터 1회 측정된 제1 lncRNA의 발현 수준의 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 복수 개의 생물학적 시료로부터 각각 측정된 복수 개의 제1 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 어느 일 생물학적 시료로부터 복수 회 측정된 복수 개의 제1 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 복수 개의 생물학적 시료로부터 복수 회 측정된 복수 개의 제1 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 식 1에서 상기 제2 lncRNA 발현 수준의 값은 목적하는 개체로부터 분리된 어느 일 생물학적 시료로부터 1회 측정된 제2 lncRNA의 발현 수준의 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 복수 개의 생물학적 시료로부터 각각 측정된 복수 개의 제2 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 어느 일 생물학적 시료로부터 복수 회 측정된 복수 개의 제2 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있고, 혹은 목적하는 개체로부터 분리된 복수 개의 생물학적 시료로부터 복수 회 측정된 복수 개의 제2 lncRNA의 발현 수준의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 얻어진 보정된 발현 수준 값이 대조군에 비하여 증가하거나 감소한 경우, 바람직하게는 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 LRRC52-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 LINC02082이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 UNC5B-AS1 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 LINC02471 이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 식 1에 대입하는 단계 시 상기 제1 lncRNA는 LINC02408이고, 상기 제2 lncRNA는 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나이며, 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있고, 바람직하게는 개체에 발생한 상기 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다. 여기서 상기 대조군은 암이 발병하지 않은 개체에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값; 혹은 양성 종양 또는 결절에서의 보정된 발현 수준 값, 또는 이의 평균 값 또는 중앙 값일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 진단의 대상이 되는 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 바람직하게는 갑상선암일 수 있다.
본 발명에서 상기 양성 종양 또는 결절은 난소, 유방, 폐, 전립선, 결장, 신장, 피부, 갑상선, 뇌, 심장, 간, 위, 신경, 혈관, 뼈, 상부 소화관 또는 췌장의 부위에서 발생한 것일 수 있고, 바람직하게는 갑상선 부위에서 발생한 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 진단, 종양, 발현 수준을 측정하는 제제 분석 방법에 관한 설명은 앞서 기재된 바와 중복되어 명세서의 과도한 복잡을 피하기 위하여 그 자세한 기재를 생략한다.
본 발명의 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준이 대조군에 비하여 변화한 경우, 양성 종양 또는 결절로부터 암을 구분할 수 있다.
아울러, 본 발명의 보정 방법을 이용하는 경우 하우스 키핑 유전자를 이용한 컨트롤 없이도 정상 조직, 양성 종양 또는 결절 조직, 및 암 조직의 각 조직 별 본 발명에 따르는 lncRNA 바이오마커의 발현 수준 차이를 극대화하여, 암을 진단함에 있어서 정확도를 현저히 높일 수 있다.
도 1은 갑상선암 진단을 위한 lncRNA 후보를 선정하기 위한 분석 과정을 나타낸 것이다.
도 2는 LRRC52-AS1의 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 발현 수준을 확인한 것이다.
도 3은 LINC02082의 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 발현 수준을 확인한 것이다.
도 4는 UNC5B-AS1의 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 발현 수준을 확인한 것이다.
도 5는 MPPED2-AS1의 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 발현 수준을 확인한 것이다.
도 6은 LNCNEF의 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 발현 수준을 확인한 것이다.
도 7은 LOC100129129의 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 발현 수준을 확인한 것이다.
도 8은 세침흡인세포검사를 시행한 51명 환자로부터 수집한 검체 일부에서 LRRC52-AS1(도 8a), LINC02082(도 8b) 및 UNC5B-AS1(도 8c)의 각 lncRNA의 발현 수준을 확인한 결과이다.
도 9는 실시예 9에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 10은 실시예 2에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 11은 실시예 2에서 갑상선암, 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LOC642484의 발현 수준의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 12는 실시예 3에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 13은 실시예 3에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 14는 실시예 3에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 15는 실시예 3에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 16은 실시예 11에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 17은 실시예 11에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 18은 실시예 11에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02082 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 19는 실시예 11에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02082 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 20은 실시예 12에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 21은 실시예 12에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 22는 실시예 12에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 23은 실시예 12에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 24는 실시예 13에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 25는 실시예 13에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 26은 실시예 13에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 27은 실시예 13에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02471 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 28은 실시예 14에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 29는 실시예 14에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 30은 실시예 14에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
도 31은 실시예 14에서 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서의 LINC02408 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 후 얻어진 보정된 발현 수준의 값의 차이를 분석한 결과를 나타낸 것이다.
이하, 본 발명을 하기의 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.
실시예
[실시예 1] 갑상선암 진단을 위한 lncRNA 후보 선정
갑상선암 진단을 위한 lncRNA 후보를 선정하기 위하여, 도 1과 같이 ncRNA 데이터와 갑상선암 환자의 ncRNA 발현을 비교분석 하였다. 구체적으로는 암에서의 ncRNA 아틀라스(The Atlas of ncRNA in Cancer; TANRIC) 갑상선암 데이터에서 갑상선암 환자 59명의 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 12,727개의 ncRNA를 비교하여 갑상선암 조직에서 2배 이상으로 의미 있게 증가한 901개 ncRNA와 갑상선암 조직에서 0.5배 이하로 의미 있게 감소한 1710개 ncRNA를 선별하였다. 그중 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 0.5 이상 차이가 나는 값을 가지고 미국 국가생물공학센터(National Center for Biotechnology Information; NBCI)에 주석이 달린 lncRNA를 후보로 선정하였다.
그 중에서 도 1에 나타난 것처럼, 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 증가한 ncRNA인 LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1, 그리고 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 감소한 ncRNA인 MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129를 갑상선암 진단을 위한 최종 후보로 선정하였다.
[실시예 2] lncRNA 후보에서 갑상선암 진단 능력 확인
[2-1] 갑상선암 조직에서 발현이 증가한 ncRNA 분석
갑상선암 환자 59명으로부터 분리한 갑상선암 조직(암 조직)과 주변 정상 갑상선 조직(정상 조직)에 있어서, 상기 실시예 1에서 최종 선정된, 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 증가한 3개의 lncRNA의 발현 수준을 측정하여 그 결과를 하기 표 1에 나타내었다. 표 1에서, 'T59'는 갑상선암 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값이고, 'N59'는 주변 정상 갑상선 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값에 해당한다.
명칭 유전자 ID P 값 N59 T59 T59-N59 T59/N59
LRRC52-AS1 ENSG00000237463.1 9.5782E-10 0.016932 2.76254 2.745608 163.1579
LINC02082 ENSG00000242268.2 1.31763E-05 0.016668 0.659175 0.642507 39.54662
UNC5B-AS1 ENSG00000237512.2 6.17203E-06 0.035556 1.38515 1.349594 38.95697
상기 표 1에 나타낸 바와 같이, 실시예 1에서 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 증가한 것으로 확인된 lncRNA인 LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1은 모두 정상 조직에 비하여 갑상선암에서 평균 값이 높게 발현되는 바, 갑상선암을 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[2-2] 갑상선암 조직에서 발현이 감소한 ncRNA 분석
갑상선암 환자 59명으로부터 분리한 갑상선암 조직(암 조직)과 주변 정상 갑상선 조직(정상 조직)에 있어서, 상기 실시예 1에서 최종 선정된, 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 감소한 3개의 lncRNA의 발현 수준을 측정하여 그 결과를 하기 표 2에 나타내었다. 표 2에서, 'T59'는 갑상선암 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값이고, 'N59'는 주변 정상 갑상선 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값에 해당한다.
명칭 유전자 ID P 값 N59 T59 T59-N59 T59/N59
MPPED2-AS1 ENSG00000254489.1 1.24675E-21 1.42859 0.153562 -1.27503 0.107492
LNCNEF ENSG00000237396.1 3.2035E-09 1.7388 0.201443 -1.53736 0.115852
LOC100129129 ENSG00000255020.1 6.71445E-13 4.23287 1.21616 -3.01671 0.287313
상기 표 2에 나타낸 바와 같이, 실시예 1에서 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 감소된 것으로 확인된 lncRNA인 MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129은 모두 정상 조직에 비하여 갑상선암에서 평균 값이 낮게 발현되는 바, 갑상선암을 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[2-3] lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
갑상선암 환자 59명의 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA들의 발현 수준 데이터를 확인하여 (1) LRRC52-AS1 발현량이 기준치 이상일 때; (2) LINC02082 발현량이 기준치 이상일 때; (3) UNC5B-AS1 발현량이 기준치 이상일 때; (4) MPPED2-AS1 발현량이 기준치 이하일 때; (5) LNCNEF 발현량이 기준치 이하일 때; 또는 (6) LOC100129129 발현량이 기준치 이하일 때; 각각에서 갑상선암으로 진단할 경우 상기 진단의 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity), 음성 예측치(Negative predictive value; NPV) 및 양성 예측치(Positive predictive value; PPV)를 확인하여, 그 결과를 표 3에 나타내었다. 여기서 기준치는 최고 유덴 지수(the highest Youden's index)의 컷 오프값에 해당한다.
진단 마커 RPKM 컷 오프값 민감도 특이도 음성 예측치 양성 예측치
(1) LRRC52-AS1 0.035766786 88% 95% 89% 95%
(2) LINC02082 0.066261671 81% 95% 84% 94%
(3) UNC5B-AS1 0.089951671 88% 95% 89% 95%
(4) MPPED2-AS1 0.577267417 95% 92% 95% 92%
(5) LNCNEF 0.218394385 85% 100% 87% 100%
(6) LOC100129129 1.914518473 81% 95% 84% 94%
상기 표 3에서 나타낸 바와 같이, 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 또는 LOC100129129 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 갑상선암을 진단하는 경우, 진단의 민감도는 81% 내지 95%를 보였고, 특이도는 92% 내지 100%를 보였으며, 음성 예측치는 84% 내지 95%를 보였고, 양성 예측치가 92% 내지 100%를 보였다. 이를 통해, 상기 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129를 갑상선암 진단용 바이오마커로 사용할 수 있음을 알 수 있었다.
[2-4] LRRC52-AS1 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
LRRC52-AS1의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 2에 나타내었다.
도 2에서 나타난 것처럼, LRRC52-AS1은 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 증가하였다. 이를 통하여 상기 LRRC52-AS1는 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[2-5] LINC02082 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02082의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 3에 나타내었다.
도 3에서 나타난 것처럼, LINC02082는 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 증가하였다. 이를 통하여 상기 LINC02082는 갑상선 종양 또는 결절 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[2-6] UNC5B-AS1 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
UNC5B-AS1의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 4에 나타내었다.
도 4에서 나타난 것처럼, UNC5B-AS1은 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 증가하였다. 이를 통하여 상기 UNC5B-AS1은 갑상선 종양 또는 결절 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[2-7] MPPED2-AS1 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
MPPED2-AS1의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 5에 나타내었다.
도 5에서 나타난 것처럼, MPPED2-AS1은 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 감소하였다. 이를 통하여 상기 MPPED2-AS1은 갑상선 종양 또는 결절 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[2-8] LNCNEF lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
LNCNEF의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 6에 나타내었다.
도 6에서 나타난 것처럼, LNCNEF는 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 감소하였다. 이를 통하여 상기 LNCNEF는 갑상선 종양 또는 결절 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[2-9] LOC100129129 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
LOC100129129의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 7에 나타내었다.
도 7에서 나타난 것처럼, LOC100129129는 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 의미 있게 감소하였다. 이를 통하여 상기 LOC100129129는 갑상선 종양 또는 결절 조직이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[실시예 3] 갑상선암 제외진단을 위한 lncRNA 진단 능력 확인(1)
lncRNA 검사 결과를 조합할 경우, 갑상선암을 제외진단(rule out; R/O)을 할 수 있는지를 확인하기 위하여, 갑상선암 환자 59명으로부터 얻어진 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 중 특정 조합의 lncRNA들의 발현 수준 데이터를 확인하였다. 구체적으로는, lncRNA의 발현량 데이터를 분석한 결과, (1) LRRC52-AS1 발현량이 기준치 이상이고, MPPED2-AS1 발현량이 기준치 이하인 것을 모두 만족시킬 때; (2) LINC02082 발현량이 기준치 이상이고, MPPED2-AS1 발현량이 기준치 이하인 것을 모두 만족시킬 때; (3) UNC5B-AS1 발현량이 기준치 이상이고, MPPED2-AS1 발현량이 기준치 이하인 것을 모두 만족시킬 때; (4) LRRC52-AS1 발현량이 기준치 이상이고, LNCNEF 발현량이 기준치 이하인 것을 모두 만족시킬 때; (5) LINC02082 발현량이 기준치 이상이고, LNCNEF 발현량이 기준치 이하인 것을 모두 만족시킬 때; (6) UNC5B-AS1 발현량이 기준치 이상이고, LNCNEF 발현량이 기준치 이하인 것을 모두 만족시킬 때; (7) LRRC52-AS1 발현량이 기준치 이상이고, LOC100129129 발현량이 기준치 이하인 것을 모두 만족시킬 때; (8) LINC02082 발현량이 기준치 이상이고, LOC100129129 발현량이 기준치 이하인 것을 모두 만족시킬 때; 또는 (9) UNC5B-AS1 발현량이 기준치 이상이고, LOC100129129 발현량이 기준치 이하인 것을 모두 만족시킬 때; 각각에서 상기 갑상선 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 진단의 특이도(Specificity)와 양성 예측치(Positive predictive value; PPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 4에 나타내었다. 여기서 기준치는 최고 유덴 지수(the highest Youden's index)의 컷 오프값에 해당한다.
진단 방법 특이도 양성 예측치
(1) LRRC52-AS1 및 MPPED2-AS1 100% 100%
(2) LINC02082 및 MPPED2-AS1 98% 98%
(3) UNC5B-AS1 및 MPPED2-AS1 98% 98%
(4) LRRC52-AS1 및 LNCNEF 100% 100%
(5) LINC02082 및 LNCNEF 100% 100%
(6) UNC5B-AS1 및 LNCNEF 100% 100%
(7) LRRC52-AS1 및 LOC100129129 100% 100%
(8) LINC02082 및 LOC100129129 100% 100%
(9) UNC5B-AS1 및 LOC100129129 98% 98%
상기 표 4에서 나타낸 바와 같이, 상기 (1) 내지 (9)의 두가지 lncRNA 각각의 발현량 조건이 모두 만족될 때 상기 갑상선 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 진단의 특이도 및 양성 예측치가 모두 98% 내지 100%에 달하는 바, LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 중 2가지 lncRNA 조합을 사용함으로써 갑상선암의 제외진단(R/O) 능력이 매우 뛰어난 것을 확인할 수 있었다.
[실시예 4] 갑상선암 제외진단을 위한 lncRNA 진단 능력 확인(2)
lncRNA 검사 결과를 조합할 경우, 갑상선암을 제외진단(rule out; R/O)을 할 수 있는지를 확인하기 위하여, 갑상선암 환자 59명으로부터 얻어진 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 중 특정 조합의 lncRNA들의 발현 수준 데이터를 확인하였다. 구체적으로는, lncRNA의 발현량 데이터를 분석한 결과, (1) LRRC52-AS1 및 LINC02082 발현량이 모두 기준치 이상일 때; (2) LRRC52-AS1 및 UNC5B-AS1 발현량이 모두 기준치 이상일 때; (3) LINC02082 및 UNC5B-AS1 발현량이 모두 기준치 이상일 때; (4) MPPED2-AS1 및 LNCNEF 발현량이 모두 기준치 이하일 때; (5) MPPED2-AS1 및 LOC100129129 발현량이 모두 기준치 이하일 때; 또는 (6) LNCNEF 및 LOC100129129 발현량이 모두 기준치 이하일 때; 각각에서 상기 갑상선 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 특이도(Specificity)와 양성 예측치(PPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 5에 나타내었다. 여기서 기준치는 최고 유덴 지수(the highest Youden's index)의 컷 오프값에 해당한다.
진단 방법 특이도 양성 예측치
(1) LRRC52-AS1 및 LINC02082 100% 100%
(2) LRRC52-AS1 및 UNC5B-AS1 100% 100%
(3) LINC02082 및 UNC5B-AS1 98% 98%
(4) MPPED2-AS1 및 LNCNEF 100% 100%
(5) MPPED2-AS1 및 LOC100129129 97% 96%
(6) LNCNEF 및 LOC100129129 100% 100%
상기 표 5에서 나타낸 바와 같이, 상기 (1) 내지 (6)의 두가지 lncRNA 각각의 발현량 조건이 모두 만족될 때 상기 갑상선 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 진단의 특이도 및 양성 예측치가 96% 내지 100%에 달하는 바, LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1 중 2가지 lncRNA 조합을 사용하거나 MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 중 2가지 lncRNA 조합을 사용함으로써 갑상선암의 제외진단(R/O) 능력이 더욱 향상되는 것을 확인할 수 있었다.
[실시예 5] 갑상선암 스크리닝 검사를 위한 lncRNA 진단 능력 확인(1)
갑상선암에 대한 lncRNA의 스크리닝 검사 능력을 확인하기 위하여, 갑상선암 환자 59명으로부터 얻어진 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 중 특정 조합의 lncRNA들의 발현 수준 데이터를 확인하였다. 구체적으로는, lncRNA의 발현량 데이터를 분석한 결과, (1) LRRC52-AS1 발현량이 기준치 이상 또는 MPPED2-AS1 발현량이 기준치 이하 중 적어도 한 가지를 만족할 때; (2) LINC02082 발현량이 기준치 이상 또는 MPPED2-AS1 발현량이 기준치 이하 중 적어도 한 가지를 만족할 때; (3) UNC5B-AS1 발현량이 기준치 이상 또는 MPPED2-AS1 발현량이 기준치 이하 중 적어도 한 가지를 만족할 때; (4) LRRC52-AS1 발현량이 기준치 이상 또는 LNCNEF 발현량이 기준치 이하 중 적어도 한 가지를 만족할 때; (5) LINC02082 발현량이 기준치 이상 또는 LNCNEF 발현량이 기준치 이하 중 적어도 한 가지를 만족할 때; (6) UNC5B-AS1 발현량이 기준치 이상 또는 LNCNEF 발현량이 기준치 이하 중 적어도 한 가지를 만족할 때; (7) LRRC52-AS1 발현량이 기준치 이상 또는 LOC100129129 발현량이 기준치 이하 중 적어도 한 가지를 만족할 때; (8) LINC02082 발현량이 기준치 이상 또는 LOC100129129 발현량이 기준치 이하 중 적어도 한 가지를 만족할 때; 및 (9) UNC5B-AS1 발현량이 기준치 이상 또는 LOC100129129 발현량이 기준치 이하 중 적어도 한 가지를 만족할 때; 각각에서 상기 갑상선 결절을 갑상선암으로 진단할 경우 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(Negative predictive value; NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 6에 나타내었다. 여기서 기준치는 최고 유덴 지수(the highest Youden's index)의 컷 오프값에 해당한다.
진단 방법 민감도 음성 예측치
(1) LRRC52-AS1 또는 MPPED2-AS1 97% 96%
(2) LINC02082 또는 MPPED2-AS1 95% 95%
(3) UNC5B-AS1 또는 MPPED2-AS1 98% 98%
(4) LRRC52-AS1 또는 LNCNEF 93% 93%
(5) LINC02082 또는 LNCNEF 90% 90%
(6) UNC5B-AS1 또는 LNCNEF 95% 95%
(7) LRRC52-AS1 또는 LOC100129129 90% 90%
(8) LINC02082 또는 LOC100129129 85% 85%
(9) UNC5B-AS1 또는 LOC100129129 92% 92%
상기 표 6에서 나타낸 바와 같이, 상기 (1) 내지 (9)의 두가지 lncRNA 각각의 발현량 조건이 적어도 한 가지를 만족할 때 상기 갑상선 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 진단의 민감도 및 음성 예측치가 85% 내지 98%에 달하는 바, LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 중 2가지 lncRNA 조합을 사용함으로써 갑상선암의 스크리닝 진단 능력이 매우 뛰어난 것을 확인할 수 있었다.
[실시예 6] 갑상선암 스크리닝 검사를 위한 lncRNA 진단 능력 확인(2)
갑상선암에 대한 lncRNA의 스크리닝 검사 능력을 확인하기 위하여, 갑상선암 환자 59명으로부터 얻어진 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA들의 발현 수준 데이터를 확인하였다. 구체적으로는, lncRNA의 발현량 데이터를 분석한 결과, (1) LRRC52-AS1 또는 LINC02082 발현량이 적어도 한 가지가 기준치 이상일 때; (2) LRRC52-AS1 또는 UNC5B-AS1 발현량이 적어도 한 가지가 기준치 이상일 때; (3) LINC02082 또는 UNC5B-AS1 발현량이 적어도 한 가지가 기준치 이상일 때; (4) MPPED2-AS1 또는 LNCNEF 발현량이 적어도 한 가지가 기준치 이하일 때; (5) MPPED2-AS1 또는 LOC100129129 발현량이 적어도 한 가지가 기준치 이하일 때; 또는 (6) LNCNEF 또는 LOC100129129 발현량이 적어도 한 가지가 기준치 이하일 때; 각각에서 상기 갑상선 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 7에 나타내었다. 여기서 기준치는 최고 유덴 지수(the highest Youden's index)의 컷 오프값에 해당한다.
진단 방법 민감도 음성 예측치
(1) LRRC52-AS1 또는 LINC02082 88% 88%
(2) LRRC52-AS1 또는 UNC5B-AS1 93% 93%
(3) LINC02082 또는 UNC5B-AS1 93% 93%
(4) MPPED2-AS1 또는 LNCNEF 97% 96%
(5) MPPED2-AS1 또는 LOC100129129 97% 96%
(6) LNCNEF 또는 LOC100129129 92% 92%
상기 표 7에서 나타난 것처럼, 상기 (1) 내지 (6)의 두가지 lncRNA 각각의 발현량 조건이 적어도 한 가지를 만족할 만족될 때 상기 갑상선 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도 및 음성 예측치가 88% 내지 97%에 달하는 바, LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1 중 2가지 lncRNA 조합을 사용하거나 MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 중 2가지 lncRNA 조합을 사용함으로써 갑상선암의 스크리닝 진단 능력이 매우 뛰어난 것을 확인할 수 있었다.
[실시예 7] 갑상선암 스크리닝 검사를 위한 lncRNA 진단 능력 확인(3)
LRRC52-AS1
LRRC52-AS1의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 갑상선 결절에 대해 세침흡인세포검사를 시행한 51명 환자로부터 수집한 검체 일부에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하였다. 그 결과, 세침흡인세포검사 병리 결과에 따라 Cat Ⅱ(양성), Cat Ⅲ(비정형), Cat V, VI(악성의심, 악성)으로 분류하였을 때 Cat Ⅱ에 비하여 Cat V, VI에서 LRRC52-AS1의 발현 수준이 유의하게 증가함을 확인하였다(도 8a). 이를 통하여 LRRC52-AS1는 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 알 수 있었다.
LINC02082
LINC02082의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 갑상선 결절에 대해 세침흡인세포검사를 시행한 51명 환자로부터 수집한 검체 일부에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하였다. 그 결과, 세침흡인세포검사 병리 결과 Cat Ⅱ로 분류된 경우에 비하여 Cat V, VI에서 LINC02082의 발현 수준이 역시 유의하게 증가함을 확인하였다(도 8b). 이를 통하여 LINC02082 또한 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 신뢰도 높은 지표가 될 수 있음을 확인하였다.
UNC5B-AS1
UNC5B-AS1의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 갑상선 결절에 대해 세침흡인세포검사를 시행한 51명 환자로부터 수집한 검체 일부에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하였다. 그 결과, 세침흡인세포검사 병리 결과 Cat Ⅱ로 분류된 경우에 비하여 Cat V, VI에서 UNC5B-AS1의 발현 수준 또한 현저히 증가함을 확인하였다(도 8c). 이를 통하여 UNC5B-AS1 역시 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는데 정확한 표지자가 될 수 있음을 확인하였다.
Cat Ⅱ, Cat V 또는 Cat VI
lncRNA (컷오프값) 민감도 특이도 NPV PPV
LRRC52-AS1 (4.5874) 83% 100% 88% 100%
LINC02082 (1.5193) 89% 91% 91% 89%
UNC5B-AS1 (2.5240) 89% 91% 91% 89%
하나 이상 100% 83% 100% 81%
둘 이상 89% 100% 92% 100%
셋 모두 72% 100% 82% 100%
Cat Ⅲ
환자 LRRC52-AS1 (4.5874) LINC02082 (1.5193) UNC5B-AS1 (2.5240) 합 Follow up
1 0 1 1 2 Cat V
2 0 0 0 0 Sono f/u
3 1 0 0 1 Cat II
4 0 0 1 1 Sono f/u
5 0 0 0 0 Cat II
6 1 1 1 3 Cat V
7 1 0 1 2 Not yet
8 1 0 0 1 Not yet
9 0 0 1 1 Not yet
10 0 0 0 0 Not yet
이처럼 본 발명의 lncRNA인 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129을 이용하는 경우 높은 정확도로 갑상선암 여부 및 갑상선 종양 또는 결절의 악성 여부를 진단할 수 있음을 알 수 있었다.
[실시예 8] 갑상선암 진단을 위한 lncRNA 후보 선정
갑상선암 진단을 위한 lncRNA 후보를 선정하기 위하여, 도 1과 같이 ncRNA 데이터와 갑상선암 환자의 ncRNA 발현을 비교분석 하였다. 구체적으로는 암에서의 ncRNA 아틀라스(The Atlas of ncRNA in Cancer; TANRIC) 갑상선암 데이터에서 갑상선암 환자 59명의 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 12,727개의 ncRNA를 비교하여 갑상선암 조직에서 2배 이상으로 의미 있게 증가한 901개 ncRNA와 갑상선암 조직에서 0.5배 이하로 의미 있게 감소한 1,710개 ncRNA를 선별하였다. 그 중 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 0.5 이상 차이가 나는 값을 가지고 미국 국가생물공학센터(National Center for Biotechnology Information; NBCI)에 주석이 달린 각각 상위 5개의 lncRNA를 후보로 선정하였다.
그 중에서 도 8에 나타난 것처럼 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 증가한 ncRNA 중 LRRC52-AS1, LINC02471, LINC02082, UNC5B-AS1 및 LINC02408, 그리고 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 감소한 ncRNA 중 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC642484 및 LOC100129129를 갑상선암 진단을 위한 최종 후보로 선정하였다.
[실시예 9] lncRNA 후보에서 갑상선암 진단 능력 확인
[9-1] 갑상선암 조직에서 발현이 증가한 ncRNA 분석
갑상선암 환자 59명으로부터 분리한 갑상선암 조직(암 조직)과 주변 정상 갑상선 조직(정상 조직)에 있어서, 상기 실시예 1에서 최종 선정된, 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 증가한 5개의 lncRNA의 발현 수준을 측정하여 그 결과를 하기 표 1에 나타내었다. 표 1에서, 'T59'는 갑상선암 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값이고, 'N59'는 주변 정상 갑상선 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값에 해당한다.
명칭 유전자 ID P 값 N59 T59 T59-N59 T59/N59
LRRC52-AS1 ENSG00000237463.1 9.5782E-10 0.016932 2.76254 2.745608 163.1579
LINC02471 ENSG00000223914.1 8.23157E-15 0.250378 10.0865 9.836122 40.28509
LINC02082 ENSG00000242268.2 1.31763E-05 0.016668 0.659175 0.642507 39.54662
UNC5B-AS1 ENSG00000237512.2 6.17203E-06 0.035556 1.38515 1.349594 38.95697
LINC02408 ENSG00000203585.3 2.10601E-06 0.020193 0.666412 0.646219 33.00213
상기 표 10에 나타낸 바와 같이, 실시예 8에서 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암 조직에서 발현 수준이 의미 있게 증가한 것으로 확인된 lncRNA인 LRRC52-AS1, LINC02471, LINC02082, UNC5B-AS1 및 LINC02408은 모두 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암 조직에서 발현 수준의 평균 값이 높게 발현되는 바, 갑상선암을 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[9-2] 갑상선암 조직에서 발현이 감소한 ncRNA 분석
갑상선암 환자 59명으로부터 분리한 갑상선암 조직(암 조직)과 주변 정상 갑상선 조직(정상 조직)에 있어서, 상기 실시예 1에서 최종 선정된, 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 감소한 4개의 lncRNA의 발현 수준을 측정하여 그 결과를 하기 표 2에 나타내었다. 표 11에서, 'T59'는 갑상선암 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값이고, 'N59'는 주변 정상 갑상선 조직에서 각 lncRNA의 평균 발현 수준 값에 해당한다.
명칭 유전자 ID P 값 N59 T59 T59-N59 T59/N59
MPPED2-AS1 ENSG00000254489.1 1.24675E-21 1.42859 0.153562 -1.27503 0.107492
LNCNEF ENSG00000237396.1 3.2035E-09 1.7388 0.201443 -1.53736 0.115852
LOC642484 ENSG00000206129.3 3.82645E-16 0.663489 0.11583 -0.54766 0.174577
LOC100129129 ENSG00000255020.1 6.71445E-13 4.23287 1.21616 -3.01671 0.287313
상기 표 11에 나타낸 바와 같이, 실시예 1에서 갑상선암 조직에서 발현이 의미 있게 감소된 것으로 확인된 lncRNA인 MPPED2-AS1, LNCNEF, LOC642484 및 LOC100129129은 모두 정상 조직에 비하여 갑상선암에서 평균 값이 낮게 발현되는 바, 갑상선암을 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
앞선 실시예에서 갑상선암 진단 능력이 확인된 LRRC52-AS1, LINC02082, UNC5B-AS1, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129 외 나머지 lncRNA의 갑상선암 진단 능력을 아래와 같이 확인하였다.
[9-3] LINC02471 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02471의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 12에 나타내었다.
도 9에서 나타난 것처럼, LINC02471는 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 증가하였다. 이를 통하여 상기 LINC02471은 갑상선암인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[9-4] LINC02408 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02408의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 10에 나타내었다.
도 10에서 나타난 것처럼 LINC02408은 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 증가하였다. 이를 통하여 상기 LINC02408은 갑상선암인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[9-5] LOC642484 lncRNA의 갑상선암 진단 능력 확인
LOC642484의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하기 위하여, 병원에서 수술을 받은 9명의 갑상선 결절 환자에서 얻은 6개의 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직, 5개의 양성 결절 조직, 9개의 주변 정상 갑상선 조직에서 상기 lncRNA의 발현 수준을 확인하여 그 결과를 도 11에 나타내었다.
도 11에서 나타난 것처럼, LOC642484는 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암(갑상선 악성 결절) 조직에서 발현 수준이 감소하였다. 이를 통하여 상기 LOC642484는 갑상선암인지 여부를 진단하는데 유효한 마커임을 확인할 수 있었다.
[실시예 10] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(1)
[10-1] LRRC52-AS1/MPPED2-AS1의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인
LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우, 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 각각 측정한 후, LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 12에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 데이터에서, LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 얻어진 보정된 발현 수준의 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(Negative predictive value; NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 12에 나타내었다.
lncRNA RPKM 컷오프 값 민감도 음성예측치
LRRC52-AS1 0.035766786 88% 89%
MPPED2-AS1 0.577267417 95% 95%
LRRC52-AS1/MPPED2-AS1 0.020621914 95% 94%
도 12 및 상기 표 12에 나타낸 바와 같이, 단일 LRRC52-AS1의 발현 수준의 값이나, 단일 MPPED2-AS1 발현 수준의 값만을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여, LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 민감도 및 음성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LRRC52-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암과 갑상선 양성 결절 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[10-2] LRRC52-AS1/LNCNEF의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인
LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 각각 측정한 후, LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 13에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 측정한 데이터에서, LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 13에 나타내었다.
lncRNA RPKM 컷오프 값 민감도 음성예측치
LRRC52-AS1 0.035766786 88% 89%
LNCNEF 0.2183943845 85% 87%
LRRC52-AS1/LNCNEF 0.039972309 93% 93%
도 13 및 상기 표 13에 나타낸 바와 같이, 단일 LRRC52-AS1 발현 수준의 값이나 단일 LNCNEF 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여, LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 민감도 및 음성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LRRC52-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암과 갑상선 양성 결절 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[10-3] LRRC52-AS1/LOC100129129의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인
LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 각각 측정한 후, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 14에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 LRRC52-AS1 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 측정한 데이터에서, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 14에 나타내었다.
lncRNA RPKM 컷오프 값 민감도 음성예측치
LRRC52-AS1 0.035766786 88% 89%
LOC100129129 1.9145184725 81% 84%
LRRC52-AS1/LOC100129129 0.0114036165 90% 90%
도 14 및 상기 표 14에 나타낸 바와 같이, 단일 LRRC52-AS1 발현 수준의 값이나 단일 LOC100129129 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 민감도 및 음성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암과 갑상선 양성 결절 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[10-4] LRRC52-AS1/LOC642484의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인
LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LRRC52-AS1 및 LOC642484의 발현 수준을 측정한 후, LRRC52-AS1의 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 15에 나타내었다.
도 15에 나타난 것처럼, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정 값은, 갑상선양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직에 비하여 갑상선암 조직에서 의미 있게 증가하였는 바, LRRC52-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정 값을 이용해 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 유효하게 진단할 수 있음을 알 수 있었다.
[실시예 11] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(2)
[11-1] LINC02082/MPPED2-AS1의 갑상선암 제외진단 능력 확인
LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용하여, 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 제외진단(rule out; R/O) 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 각각 측정한 후, LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 16에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 데이터에서, LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 암으로 진단할 경우, 상기 진단의 특이도(Specificity)와 양성 예측치(Positive predictive value; PPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 15에 나타내었다.
lncRNA RPKM 컷오프 값 특이도 양성 예측치
LINC02082 0.0662616705 95% 94%
MPPED2-AS1 0.577267417 92% 92%
LINC02082/MPPED2-AS1 0.2809314735 100% 100%
도 16 및 상기 표 15에 나타난 것처럼, 단일 LINC02082 발현 수준의 값이나 단일 MPPED2-AS1 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단한 경우에 비하여 LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우, 진단의 특이도 및 양성 예측치가 100%에 달하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 제외진단(R/O)함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[11-2] LINC02082/LNCNEF의 갑상선암 제외진단 능력 확인
LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 제외진단(rule out; R/O) 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 각각 측정한 후, LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 17에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 측정한 데이터에서, LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 암으로 진단할 경우, 상기 진단의 특이도(Specificity)와 양성 예측치(PPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 16에 나타내었다.
lncRNA RPKM 컷오프 값 특이도 양성 예측치
LINC02082 0.0662616705 95% 94%
LNCNEF 0.2183943845 100% 100%
LINC02082/LNCNEF 0.2491690695 100% 100%
도 17 및 상기 표 16에 나타난 것처럼, 단일 LINC02082의 발현 수준의 값이나 단일 LNCNEF의 발현 수준의 값만을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여 LINC02082 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 특이도 및 양성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 LINC02082 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 제외진단(R/O)함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[11-3] LINC02082/LOC100129129의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02082 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정 방법을 이용할 경우의 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 진단 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 각각 측정한 후, LINC02082 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 18에 나타내었다.
도 18에 나타난 것처럼, LINC02082 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써 갑상선암 조직과, 갑상선 양성 결절 조직이나 주변 정상 갑상선 조직 사이에서의 발현 수준의 값의 차이를 현저히 증가시킬 수 있는 바, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 본 발명에 따르는 보정 방법에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단하는 정확도를 향상시킬 수 있다.
[11-4] LINC02082/LOC642484의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02082 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02082 및 LOC642484 발현 수준을 측정한 후, LINC02082 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 19에 나타내었다.
도 19에 나타난 것처럼, LINC02082 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[실시예 12] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(3)
[12-1] UNC5B-AS1/MPPED2-AS1의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인
UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 각각 측정한 후, UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 20에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 데이터에서, UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 17에 나타내었다.
lncRNA RPKM 컷오프 값 민감도 음성 예측치
UNC5B-AS1 0.089951671 88% 89%
MPPED2-AS1 0.577267417 95% 95%
UNC5B-AS1/MPPED2-AS1 0.1133624365 95% 95%
도 20 및 상기 표 17에 나타난 것처럼, 단일 UNC5B-AS1의 발현 수준의 값이나 단일 MPPED2-AS1의 발현 수준의 값만을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여 UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 민감도 및 음성 예측치가 매우 증가하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 UNC5B-AS1 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[12-2] UNC5B-AS1/LNCNEF의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인
UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 각각 측정한 후, UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 21에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 LNCNEF 발현 수준을 측정한 데이터에서, UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 18에 나타내었다.
lncRNA RPKM 컷오프 값 민감도 음성 예측치
UNC5B-AS1 0.089951671 88% 89%
LNCNEF 0.2183943845 85% 87%
UNC5B-AS1/LNCNEF 0.242830794 92% 92%
도 21 및 상기 표 18에 나타난 것처럼, 단일 UNC5B-AS1 발현 수준의 값이나 단일 LNCNEF 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단한 경우에 비하여 UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단한 경우가 진단의 특이도 및 음성 예측치가 92%에 달하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 UNC5B-AS1 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[12-3] UNC5B-AS1/LOC100129129의 갑상선암 스크리닝 검사 능력 확인
UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정 방법을 이용할 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 스크리닝 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 각각 측정한 후, UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 22에 나타내었다. 또한, 갑상선암 조직과 주변 정상 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준과 LOC100129129 발현 수준을 측정한 데이터에서, UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값이 기준치 이상일 때 상기 결절을 갑상선암으로 진단할 경우, 상기 진단의 민감도(Sensitivity)와 음성 예측치(NPV)를 확인하여, 그 결과를 하기 표 19에 나타내었다.
lncRNA RPKM 컷오프 값 민감도 음성 예측치
UNC5B-AS1 0.089951671 88% 89%
LOC100129129 1.9145184725 81% 84%
UNC5B-AS1/LOC100129129 0.0316275305 90% 90%
도 22 및 상기 표 19에 나타난 것처럼, 단일 UNC5B-AS1 발현 수준의 값이나 단일 LOC100129129 발현 수준의 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우에 비하여 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누어 보정된 발현 수준 값을 이용하여 갑상선암을 진단하는 경우가 진단의 특이도 및 음성 예측치가 90%에 달하는 것을 볼 수 있었다. 이를 통해 상기 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정에 의해 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 사이의 발현 수준의 차이를 극대화함으로써, 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[12-4] UNC5B-AS1/LOC642484의 갑상선암 진단 능력 확인
UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 UNC5B-AS1 발현 수준 및 LOC64248의 발현 수준을 측정한 후, UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 23에 나타내었다.
도 23에 나타난 것처럼, 상기 UNC5B-AS1 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[실시예 13] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(4)
[13-1] LINC02471/MPPED2-AS1의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02471 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02471 발현 수준 및 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 후, LINC02471 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 24에 나타내었다.
도 24에 나타난 것처럼, LINC02471 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[13-2] LINC02471/LNCNEF의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02471 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02471 발현 수준 및 LNCNEF 발현 수준을 측정한 후, LINC02471 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 25에 나타내었다.
도 25에 나타난 것처럼, LINC02471 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[13-3] LINC02471/LOC100129129의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02471 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02471 발현 수준 및 LOC100129129 발현 수준을 측정한 후, LINC02471 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 26에 나타내었다.
도 26에 나타난 것처럼, LINC02471 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[13-4] LINC02471/LOC642484의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02471 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02471 및 LOC642484 발현 수준을 측정한 후, LINC02471 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 27에 나타내었다.
도 27에 나타난 것처럼, LINC02471 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[실시예 14] lncRNA 발현 수준을 보정한 경우에서 갑상선암 진단 능력 확인(5)
[14-1] LINC02408/MPPED2-AS1의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02408 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02408 발현 수준 및 MPPED2-AS1 발현 수준을 측정한 후, LINC02408 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 28에 나타내었다.
도 28에 나타난 것처럼, LINC02408 발현 수준을 MPPED2-AS1 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[14-2] LINC02408/LNCNEF의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02408 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02408 발현 수준 및 LNCNEF 발현 수준을 측정한 후, LINC02408 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 29에 나타내었다.
도 29에 나타난 것처럼, LINC02408 발현 수준을 LNCNEF 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[14-3] LINC02408/LOC100129129의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02408 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02408 발현 수준 및 LOC100129129 발현 수준을 측정한 후, LINC02408 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 30에 나타내었다.
도 30에 나타난 것처럼, LINC02408 발현 수준을 LOC100129129 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 종양 조직 및 주변 정상 갑상선 조직 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
[14-4] LINC02408/LOC642484의 갑상선암 진단 능력 확인
LINC02408 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눔으로써 보정한 경우 갑상선암 여부 및 악성도에 대한 검사 능력을 확인하였다. 갑상선암 조직, 갑상선 양성 결절 조직 및 주변 정상 갑상선 조직에서 LINC02408 및 LOC642484 발현 수준을 측정한 후, LINC02408 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나눈 보정된 발현 수준 값을 도 31에 나타내었다.
도 31에 나타난 것처럼, LINC02408 발현 수준을 LOC642484 발현 수준으로 나누는 보정을 수행함으로써, 하우스 키핑 유전자를 사용하지 않고도 갑상선암 조직과 갑상선 양성 결절 조직 또는 주변 정상 갑상선 조직의 각 군 사이의 발현 수준의 차이를 극대화하여 갑상선 종양 또는 결절이 갑상선암(악성)인지 여부를 진단함에 있어 정확도를 현저히 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
이처럼 본 발명의 lncRNA 발현 수준을 보정한 값들을 이용하는 경우 높은 민감도와 특이도로 갑상선암 여부 내지 갑상선 종양 또는 결절의 악성 여부를 진단할 수 있고, 특히 양의 보정을 위한 하우스 키핑 유전자 컨트롤을 생략할 수 있으며, 갑상선암, 양성 종양 또는 결절, 및 정상 조직의 각 군에서의 발현 수준 값 간에 차이를 높여 진단의 정확도를 높일 수 있었다.

Claims (38)

  1. 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LNCNEF) 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 바이오마커.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종인, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 바이오마커.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 양성 종양 또는 결절은 난소, 유방, 폐, 전립선, 결장, 신장, 피부, 갑상선, 뇌, 심장, 간, 위, 신경, 혈관, 뼈, 상부 소화관 또는 췌장의 부위에서 발생한 것인, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 바이오마커.
  4. 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LNCNEF) 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 조성물.
  5. 제4항에 있어서,
    상기 조성물은, LRRC52-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제;
    LINC02082의 발현 수준을 측정하는 제제 및 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제;
    UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 MPPED2-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제;
    LRRC52-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하는 제제;
    LINC02082의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하는 제제;
    UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LNCNEF의 발현 수준을 측정하는 제제;
    LRRC52-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하는 제제;
    LINC02082의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하는 제제; 및
    UNC5B-AS1의 발현 수준을 측정하는 제제 및 LOC100129129의 발현 수준을 측정하는 제제로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상을 포함하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 조성물.
  6. 제4항에 있어서,
    상기 조성물은, LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1로 이루어진 군에서 선택된 2종 이상의 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 조성물.
  7. 제4항에 있어서,
    상기 조성물은, MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 2종 이상의 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 조성물.
  8. 제4항에 있어서,
    상기 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 조성물.
  9. 제4항에 있어서,
    상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종인, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 조성물.
  10. 제4항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 키트.
  11. 제10항에 있어서,
    상기 키트는 RT-PCR 키트 또는 DNA 칩 키트인, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 키트.
  12. 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서, 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), FOXA2의 LncRNA 인접 증강제(LNCNEF) 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 정보 제공 방법.
  13. 제12항에 있어서,
    상기 생물학적 시료는 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)인, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 정보 제공 방법.
  14. 제12항에 있어서,
    상기 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행되는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 정보 제공 방법.
  15. 제12항에 있어서,
    상기 유전자의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의해 수행되는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 정보 제공 방법.
  16. 제12항에 있어서,
    상기 목적하는 개체는 종양 또는 결절이 발생한 개체인, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 정보 제공 방법.
  17. 제16항에 있어서,
    상기 종양 또는 결절 조직에서 얻어지거나 유래된 조직 시료에 대하여 측정된 상기 LRRC52-AS1, LINC02082 및 UNC5B-AS1으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준이 대조군에 비하여 증가한 경우, 상기 개체에 발생한 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 정보 제공 방법.
  18. 제16항에 있어서,
    상기 종양 또는 결절 조직에서 얻어지거나 유래된 조직 시료에 대하여 측정된 상기 MPPED2-AS1, LNCNEF 및 LOC100129129로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준이 대조군에 비하여 감소한 경우, 상기 개체에 발생한 종양 또는 결절이 암일 가능성이 높은 것으로 예측하는, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 정보 제공 방법.
  19. 제12항에 있어서,
    상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종인, 암을 양성 종양 또는 결절과 구별하기 위한 정보 제공 방법.
  20. 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서, 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    측정된 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 하기 식 1에 대입하는 단계를 포함하고,
    상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA는 각각 독립적으로 암에서 발현되는 lncRNA인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법:
    [식 1]
    보정된 발현 수준 값 = 제1 lncRNA의 발현 수준/제2 lncRNA의 발현 수준.
  21. 제20항에 있어서,
    상기 생물학적 시료는 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
  22. 제20항에 있어서,
    상기 제1 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 증가하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 증가한 lncRNA인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
  23. 제22항에 있어서,
    상기 제1 lncRNA는 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2471(LINC02471) 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2408(LINC02408)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
  24. 제20항에 있어서,
    상기 제2 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 감소하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 감소한 lncRNA인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
  25. 제24항에 있어서,
    상기 제2 lncRNA는 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), LncRNA 인접 증강제(LNCNEF), LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
  26. 제20항에 있어서,
    상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계는 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA 각각에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행되는, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
  27. 제20항에 있어서,
    상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의해 수행되는, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
  28. 제20항에 있어서,
    상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종인, 암 진단의 정확도를 높이기 위한 보정 방법.
  29. 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서, 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    측정된 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준을 하기 식 1에 대입하는 단계를 포함하고,
    상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA는 각각 독립적으로 암에서 발현되는 lncRNA인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법:
    [식 1]
    보정된 발현 수준 값 = 제1 lncRNA의 발현 수준/제2 lncRNA의 발현 수준.
  30. 제29항에 있어서,
    상기 생물학적 시료는 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 또는 뇌척수액(cerebrospinal fluid)인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
  31. 제29항에 있어서,
    상기 제1 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 증가하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 증가한 lncRNA인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
  32. 제31항에 있어서,
    상기 제1 lncRNA는 류신 풍부 반복 함유 52 단백질의 안티센스 RNA 1(LRRC52-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2082(LINC02082), Unc-5 네트린 수용체 B 안티센스 RNA 1(UNC5B-AS1), 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2471(LINC02471) 및 긴 유전자간 비-단백질 코딩 RNA 2408(LINC02408)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
  33. 제29항에 있어서,
    상기 제2 lncRNA는 정상 대조군 대비 암에서 발현 수준이 감소하거나, 양성 종양 대비 암에서 발현 수준이 감소한 lncRNA인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
  34. 제33항에 있어서,
    상기 제2 lncRNA는 메탈로포스포에스터라아제 도메인 함유 안티센스 RNA 1(MPPED2-AS1), LncRNA 인접 증강제(LNCNEF), LOC100129129 및 LOC642484으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
  35. 제29항에 있어서,
    상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA 각각에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 제제를 이용하여 수행되는, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
  36. 제29항에 있어서,
    상기 제1 lncRNA 및 제2 lncRNA의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의해 수행되는, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
  37. 제29항에 있어서,
    상기 암은 유방암, 난소암, 대장암, 위암, 간암, 췌장암, 자궁경부암, 갑상선암, 부갑상선암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(central nervous system; CNS) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종인, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
  38. 제29항에 있어서,
    상기 보정된 발현 수준 값이 대조군에 비하여 증가한 경우, 상기 암의 발병 가능성이 높은 것으로 예측하는, 암 진단을 위한 정보 제공 방법.
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