KR20200141481A - Ezh2 발현의 조절제 - Google Patents

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KR20200141481A
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KR1020207032150A
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민지 조
영수 김
로버트 맥클라우드
수잔 엠. 프라이어
Original Assignee
아이오니스 파마수티컬즈, 인코포레이티드
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Abstract

본 구현예는, EZH2와 연관된 암의 치료, 예방, 또는 개선에 유용할 수 있는, EZH2 발현의 억제에 유용한 방법, 화합물, 및 조성물을 제공한다.

Description

EZH2 발현의 조절제
서열 목록
본원은 전자 형태의 서열 목록과 함께 출원 중이다. 서열 목록은, 크기가 426 kb인 2019년 4월 8일 창작된 파일명 BIOL0334WOSEQ_ST25.txt로서 제공된다. 서열 목록의 전자 형태의 정보는 본 명세서에 참고로 전체적으로 편입된다.
분야
본 구현예는, EZH2와 연관된 암의 치료, 예방, 또는 개선에 유용할 수 있는, EZH2 발현의 억제에 유용한 방법, 화합물, 및 조성물을 제공한다.
제스트 인핸서 상동체 2 (Enhancer of Zeste Homologue 2; EZH2)는 몇몇 인간 암에서 돌연변이에 의해 과발현되는 또는 활성화되는 유전자 발현의 후성적 조절자이다. EZH2는, H3의 K27의 모노- 내지 트리메틸화 (H3K27me3)를 촉매화시키고 특이적 유전자의 전사를 억제시키는, 히스톤 메틸기전달효소로서 기능하는 폴리콤 억제 복합체 2 (Polycomb Repressive Complex 2; PRC2)의 촉매적 서브유닛이다. 증가된 EZH2 발현 또는 활성은 다중 고형 종양 (전립선, 난소, 유방, 간 및 횡문근육종의 암) 뿐만 아니라 혈액학상 악성종양에서 불량한 예후와 상관관계가 있다. 다중 기전을 통한 EZH2의 이상 발현은 종양형성을 구동시킨다.
본 명세서에 제공된 특정 구현예는, EZH2와 연관된 암의 치료, 예방, 개선, 또는 진행 저속화에 유용할 수 있는, EZH2 발현 억제에 유용한 강력한 및 내성있는 화합물 및 조성물에 관한 것이다.
상술한 일반적인 설명 및 하기 상세한 설명 모두가 단지 예시적이고 설명적이며, 청구된 대로, 구현예를 제한하지 않는다는 것을 이해해야 한다. 본 명세서에서, 단수의 사용은 달리 구체적으로 언급되지 않는 한 복수를 포함한다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, "또는"의 사용은 달리 언급되지 않는 한 "및/또는"을 의미한다. 게다가, 용어 "포함하는" 뿐만 아니라 다른 형태, 예컨대 "포함한다" 및 "포함된"의 사용은 비제한적이다.
본 명세서에 사용된 섹션 제목은 단지 조직상의 목적이고 기재된 요지 제한으로서 해석되지 않아야 한다. 비제한적으로, 특허, 특허 출원, 기사, 서적, 논문, 및 유전자은행 및 NCBI 참조 서열 기록을 포함하는, 본원에서 인용된, 모든 문서, 또는 문서의 부분들은 본 명세서에 논의된 문서의 부분으로, 뿐만 아니라 전체적으로 참고로 이로써 명시적으로 편입된다.
본 명세서에 함유된 실시예에서 각 서열번호에서 제시된 서열이 당 모이어티, 인터뉴클레오사이드 연결기, 또는 핵염기에 대한 임의의 변형과 독립적임을 이해해야 한다. 이와 같이, 서열번호에 의해 정의된 화합물은, 독립적으로, 당 모이어티, 인터뉴클레오사이드 연결기, 또는 핵염기에 대한 하나 이상의 변형을 포함할 수 있다. ION 번호에 의해 기재된 화합물은 핵염기 서열, 화학적 변형, 및 모티프의 조합을 나타낸다.
달리 나타내지 않는 한, 하기 용어들은 하기 의미를 갖는다:
"2'-데옥시뉴클레오사이드"는, 자연 발생 데옥시리보핵산 (DNA)에서 발견된 대로, 2'-H(H) 푸라노실 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다. 특정 구현예에서, 2'-데옥시뉴클레오사이드는 변형된 핵염기를 포함할 수 있거나 RNA 핵염기 (우라실)을 포함할 수 있다.
"2'-O-메톡시에틸" (또한 2'-MOE 및 2'-0(CH2)2-0CH3)은 푸라노실 고리의 2' 위치에서 O-메톡시-에틸 변형을 지칭한다. 2'-O-메톡시에틸 변형된 당은 변형된 당이다.
"2'-MOE 뉴클레오사이드" (또한 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드)는 2'-MOE 변형된 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다.
"2'-치환된 뉴클레오사이드" 또는 "2-변형된 뉴클레오사이드"는 2'-치환된 또는 2'-변형된 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, 당 모이어티와 관련하여 "2'-치환된" 또는 "2-변형된"은 H 또는 OH 이외 적어도 하나의 2'-치환기를 포함하는 당 모이어티를 의미한다.
"3' 표적 부위"는 특정 화합물의 3'-최말단 뉴클레오타이드에 상보성인 표적 핵산의 뉴클레오타이드를 지칭한다.
"5' 표적 부위"는 특정 화합물의 5'-최말단 뉴클레오타이드에 상보성인 표적 핵산의 뉴클레오타이드를 지칭한다.
"5-메틸시토신"은 5번 위치에 부착된 메틸기를 가진 시토신을 의미한다.
"약"은 값의 ±10% 이내를 의미한다. 예를 들어, "화합물이 EZH2의 약 70% 억제에 영향을 작용하였다"는 것이 언급되면, EZH2 수준이 60% 내지 80%의 범위 내에서 억제되는 것이 암시된다.
"투여" 또는 "투여하는"은 그것의 의도된 기능을 수행하기 위해 개체에게 본 명세서에 제공된 화합물 또는 조성물 도입의 경로를 지칭한다. 사용될 수 있는 투여의 경로의 일례는, 비제한적으로, 비경구 투여, 예컨대 피하, 정맥내, 또는 근육내 주사 또는 주입을 포함한다.
"수반되어 투여된" 또는 "공-투여"는 둘 모두의 약리적 효과가 환자에게서 나타나는 임의의 방식으로 2개 이상의 화합물의 투여를 의미한다. 수반되는 투여는 두 화합물이 단일 약제학적 조성물에서, 동일한 투약 형태로, 투여의 동일한 경로에 의해, 또는 동시에 투여되어야 하는 것을 요구하지 않는다. 두 화합물의 효과는 자체를 동시에 나타낼 필요는 없다. 효과는 일정 기간 동안 단지 중첩될 필요가 있고 동일한 시(공)간에 걸칠 필요는 없다. 수반되는 투여 또는 공-투여는 병렬적으로 또는 순차적으로 투여를 포괄한다.
"개선"은 연관된 질환, 장애, 또는 병태의 적어도 하나의 지표, 징후, 또는 증상의 개선 또는 약화를 지칭한다. 특정 구현예에서, 개선은 병태 또는 질환의 하나 이상의 지표의 진행 또는 중증도에서 지연 또는 저속화를 포함한다. 지표의 진행 또는 중증도는, 당해 분야의 숙련가에 의해 알려진, 주관적 또는 객관적 조치에 의해 결정될 수 있다.
"동물"은, 비제한적으로, 마우스, 랫트, 토끼, 개, 고양이, 돼지를 포함하는, 인간 또는 비-인간 동물, 그리고 비제한적으로, 원숭이 및 침팬지를 포함하는, 비-인간 영장류를 지칭한다.
"안티센스 활성"은 그것의 표적 핵산에 대한 안티센스 화합물의 하이브리드화에 기인하는 임의의 검출가능한 및/또는 측정가능한 활성을 의미한다. 특정 구현예에서, 안티센스 활성은 표적에 대한 안티센스 화합물의 부재 하에서 표적 핵산 수준 또는 표적 단백질 수준에 비교된 그와 같은 표적 핵산에 의해 인코딩된 표적 핵산 또는 단백질의 양 또는 발현에서 감소이다.
"안티센스 화합물"은 올리고뉴클레오타이드 및 선택적으로 하나 이상의 추가의 특징, 예컨대 컨쥬게이트 그룹 또는 말단기를 포함하는 화합물을 의미한다. 안티센스 화합물의 예는 단일가닥 및 이중가닥 화합물, 예컨대, 올리고뉴클레오타이드, 리보자임, siRNAs, shRNAs, ssRNAs, 및 점유-기반 화합물을 포함한다.
"안티센스 억제"는 안티센스 화합물의 부재 하에서 표적 핵산 수준에 비교된 표적 핵산에 상보성인 안티센스 화합물의 존재 하에서 표적 핵산 수준의 감소를 의미한다.
"안티센스 기전"은 화합물의 표적 핵산과의 하이브리드화에 연루하는 모든 기전이고, 여기서 하이브리드화의 결과 또는 효과는, 예를 들어, 전사 또는 스플라이싱에 연루하는 세포 기구의 수반되는 스톨링을 가진 표적 점유 또는 표적 열화 어느 한쪽이다.
"안티센스 올리고뉴클레오타이드"는 표적 핵산 또는 이의 영역 또는 단편에 상보성인 핵염기 서열을 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 특정 구현예에서, 안티센스 올리고뉴클레오타이드는 표적 핵산 또는 이의 영역 또는 단편에 특이적으로 하이브리드화가능하다.
"이환형 뉴클레오사이드" 또는 "BNA"는 이환형 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다. "이환형 당" 또는 "이환형 당 모이어티"는 2개의 고리를 포함하는 변형된 당 모이어티를 의미하고, 여기서 제2 고리는 제1 고리에서 원자들 중 2개를 연결하는 브릿지를 통해 형성되어 그것에 의해 이환형 구조를 형성한다. 특정 구현예에서, 이환형 당 모이어티의 제1 고리는 푸라노실 모이어티이다. 특정 구현예에서, 이환형 당 모이어티는 푸라노실 모이어티를 포함하지 않는다.
"분지화 그룹"은 적어도 3개의 그룹에 공유 연결기를 형성할 수 있는 적어도 3개의 위치를 가지고 있는 원자의 그룹을 의미한다. 특정 구현예에서, 분지화 그룹은 컨쥬게이트 링커 및/또는 절단가능한 모이어티를 통해 올리고뉴클레오타이드에 테더 리간드 연결을 위한 복수의 반응적 부위를 제공한다.
"세포-표적화 모이어티"는 특정 세포 유형 또는 특정 세포 유형들에 결합할 수 있는 컨쥬게이트 그룹 또는 컨쥬게이트 그룹의 부분을 의미한다.
"cEt" 또는 "구속된 에틸"은 4'-탄소 및 2'-탄소를 연결하는 브릿지를 포함하는 이환형 푸라노실 당 모이어티를 의미하고, 상기 브릿지는 하기 식을 갖는다: 4'-CH(CH3)-O-2'.
"cEt 뉴클레오사이드"는 cEt 변형된 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다.
화합물에서 "화학적 변형"은 그와 같은 유닛의 최초 상태에 비하여 화합물에서 임의의 유닛의, 화학 반응을 통한 치환 또는 변화를 기재한다. "변형된 뉴클레오사이드"는, 독립적으로, 변형된 당 모이어티 및/또는 변형된 핵염기를 가지고 있는 뉴클레오사이드를 의미한다. "변형된 올리고뉴클레오타이드"는 적어도 하나의 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기, 변형된 당, 및/또는 변형된 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다.
"화학적으로 뚜렷한 영역"은 동일한 화합물의 또 다른 영역보다 어떤 점에서 화학적으로 상이한 화합물의 영역을 지칭한다. 예를 들어, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오타이드를 가지고 있는 영역은 2'-O-메톡시에틸 변형 없이 뉴클레오타이드를 가지고 있는 영역으로부터 화학적으로 구별된다.
"키메라 안티센스 화합물"은, 각 위치가 복수의 서브유닛을 가지고 있는, 적어도 2개의 화학적으로 뚜렷한 영역을 가지고 있는 안티센스 화합물을 의미한다.
"키랄 풍부한 모집단"은 동일한 분자식의 복수의 분자를 의미하고, 여기서 특정 키랄 중심에 특정 입체화학적 배치형태를 함유하는 모집단 내에서 분자의 수 또는 백분율은 특정 키랄 중심이 스테레오랜덤이면 모집단 내에서 동일한 특정 키랄 중심에 동일한 특정 입체화학적 배치형태를 함유할 것으로 기대된 분자의 수 또는 백분율 초과이다. 각 분자 내에서 다중 키랄 중심을 가지고 있는 분자의 키랄 풍부한 모집단은 하나 이상의 스테로랜덤 키랄 중심을 함유할 수 있다. 특정 구현예에서, 분자는 변형된 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 구현예에서, 분자는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물이다.
"절단가능한 결합"은 분할될 수 있는 임의의 화학 결합을 의미한다. 특정 구현예에서, 절단가능한 결합은 하기중으로부터 선택된다: 아미드, 폴리아미드, 에스테르, 에테르, 포스포디에스테르의 한쪽 또는 양쪽 에스테르, 포스페이트 에스테르, 카바메이트, 디-설파이드, 또는 펩타이드.
"절단가능한 모이어티"는, 예를 들어, 세포, 동물, 또는 인간 내에서 생리적 병태 하에 절단되는 원자의 그룹 또는 결합을 의미한다.
올리고뉴클레오타이드와 관련하여 "상보성"은 2개의 핵염기 서열이 대향하는 방향으로 정렬되는 경우 그와 같은 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 하나 이상의 영역의 핵염기 서열이 또 다른 올리고뉴클레오타이드 또는 핵산 또는 이의 하나 이상의 영역의 핵염기 서열을 매치하는 것을 의미한다. 핵염기 매치 또는 상보성 핵염기는, 본 명세서에 기재된 바와 같이, 달리 명시되지 않는 한 하기 쌍: 아데닌 (A) 및 티민 (T), 아데닌 (A) 및 우라실 (U), 시토신 (C) 및 구아닌 (G), 및 5-메틸 시토신 (mC) 및 구아닌 (G)로 제한된다. 상보성 올리고뉴클레오타이드 및/또는 핵산은 각 뉴클레오사이드에 핵염기 상보성을 가질 필요가 없고 하나 이상의 핵염기 미스매치를 포함할 수 있다. 반대로, 올리고뉴클레오타이드와 관련하여 "완전하게 상보성" 또는 "100% 상보성"은 그와 같은 올리고뉴클레오타이드가 임의의 핵염기 미스매치 없이 각 뉴클레오사이드에 핵염기 매치를 갖는 것을 의미한다.
"컨쥬게이트 그룹"은 올리고뉴클레오타이드에 부착되는 원자의 그룹을 의미한다. 컨쥬게이트 그룹은 올리고뉴클레오타이드에 컨쥬게이트 모이어티를 부착시키는 컨쥬게이트 링커 및 컨쥬게이트 모이어티를 포함한다.
"컨쥬게이트 링커"는 올리고뉴클레오타이드에 컨쥬게이트 모이어티를 연결시키는 적어도 하나의 결합을 포함하는 원자의 그룹을 의미한다.
"컨쥬게이트 모이어티"는 컨쥬게이트 링커를 통해 올리고뉴클레오타이드에 부착되는 원자의 그룹을 의미한다.
올리고뉴클레오타이드의 맥락에서 "연속적"은 서로에 바로 인접한 뉴클레오사이드, 핵염기, 당 모이어티, 또는 인터뉴클레오사이드 연결기를 지칭한다. 예를 들어, "연속적 핵염기"는 서열에서 서로에 바로 인접한 핵염기를 의미한다.
"설계하는" 또는 "에 설계된"은 선택된 핵산 분자와 특이적으로 하이브리드화하는 화합물의 설계 공정을 지칭한다.
"희석제"는 약리적 활성이 부족하지만, 약제학적으로 필요한 또는 바람직한 조성물에서 성분을 의미한다. 예를 들어, 주입된 조성물에서 희석제는 액체, 예를 들면 염수 용액일 수 있다.
"상이하게 변형된"은, 변형의 부재를 포함하는, 서로 상이한 화학적 변형 또는 화학적 치환체를 의미한다. 따라서, 예를 들어, MOE 뉴클레오사이드 및 미변형된 DNA 뉴클레오사이드는, DNA 뉴클레오사이드가 미변형되어도, "상이하게 변형된"다. 마찬가지로, DNA 및 RNA는, 둘 모두가 자연 발생 미변형된 뉴클레오사이드이어도, "상이하게 변형된"다. 상이한 핵염기를 포함하는 것을 제외하고 동일한 뉴클레오사이드는 상이하게 변형되지 않는다. 예를 들어, 2'-OMe 변형된 당 및 미변형된 아데닌 핵염기를 포함하는 뉴클레오사이드 그리고 2'-OMe 변형된 당 및 미변형된 티민 핵염기를 포함하는 뉴클레오사이드는 상이하게 변형되지 않는다.
"용량"은 단일 투여에서, 또는 특정된 시간 기간에서 제공된 화합물 또는 약제학적 제제의 특정된 양을 의미한다. 특정 구현예에서, 용량은 2개 이상의 볼러스, 정제, 또는 주사에서 투여될 수 있다. 예를 들어, 특정 구현예에서, 피하 투여가 요구되는 경우, 원하는 용량은 단일 주사에 의해 쉽게 수용되지 않는 용적을 요구할 수 있다. 상기 구현예에서, 2개 이상의 주사는 원하는 용량을 달성하는데 사용될 수 있다. 특정 구현예에서, 용량은 개체에서 주사 부위 반응을 최소화하기 위해 2개 이상의 주사에서 투여될 수 있다. 다른 구현예에서, 화합물 또는 약제학적 제제는 주입에 의해 연장된 기간에 걸쳐 또는 계속해서 투여된다. 용량은 시간, 일, 주 또는 개월당 약제학적 제제의 양으로서 언급될 수 있다.
"투약 레지멘"은 하나 이상의 원하는 효과를 달성하기 위해 설계된 용량의 조합이다.
"이중가닥 안티센스 화합물"은 서로에 상보성이고 듀플렉스를 형성하는 2개의 올리고머성 화합물을 포함하는 안티센스 화합물을 의미하고, 여기서 2개의 상기 올리고머성 화합물 중 하나는 올리고뉴클레오타이드를 포함한다.
"유효량"은 화합물을 필요로 하는 개체에서 원하는 생리적 결과를 유발하기에 충분한 화합물의 양을 의미한다. 유효량은 치료받아야 되는 개체의 건강 및 신체 조건, 치료받아야 되는 개체의 분류학적 그룹, 조성물의 제형, 개체의 의료 병태의 평가, 및 다른 관련된 인자에 의존하여 개체 중에서 다양할 수 있다.
"효능"은 원하는 효과를 생산하기 위한 능력을 의미한다.
"발현"은 유전자의 코딩된 정보가 세포에서 존재하는 그리고 작동하는 구조로 전환되는 모든 기능을 포함한다. 그와 같은 구조는, 비제한적으로, 전사 및 번역의 생성물을 포함한다.
"갭머"는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 각각 가지고 있는 외부 영역 사이 위치한 RNase H 절단을 지원하는 복수의 뉴클레오사이드를 가지고 있는 내부 영역을 포함하는 올리고뉴클레오타이드를 의미하고, 여기서 내부 영역을 포함하는 뉴클레오사이드는 외부 영역을 포함하는 뉴클레오사이드 또는 뉴클레오사이드들과 화학적으로 구별된다. 내부 영역은 "갭"으로서 지칭될 수 있고 외부 영역은 "윙"으로서 지칭될 수 있다.
"하이브리드화"는 올리고뉴클레오타이드 및/또는 핵산의 어닐링을 의미한다. 특정 기전에 제한되지 않으면서, 하이브리드화의 가장 흔한 기전은, 상보성 핵염기 사이, 왓슨-크릭, 휴그스틴 또는 역전된 휴그스틴 수소 결합일 수 있는, 수소 결합을 포함한다. 특정 구현예에서, 상보성 핵산 분자는, 비제한적으로, 안티센스 화합물 및 핵산 표적을 포함한다. 특정 구현예에서, 상보성 핵산 분자는, 비제한적으로, 올리고뉴클레오타이드 및 핵산 표적을 포함한다.
"바로 인접한"은 동일한 종류의 바로 인접한 요소 사이 개재하는 요소가 없음 (예를 들면 바로 인접한 핵염기 사이 개재하는 핵염기 없음)을 의미한다.
"개체"는 치료 또는 요법을 위하여 선택된 인간 또는 비-인간 동물을 의미한다.
"발현 또는 활성 억제"는 미처리된 또는 대조군 샘플에서 활성의 발현에 비하여 발현 또는 활성의 감소 또는 봉쇄를 지칭하고 발현 또는 활성의 총 제거를 반드시 나타내지 않는다.
"인터뉴클레오사이드 연결기"는 올리고뉴클레오타이드에서 인접한 뉴클레오사이드 사이 공유 연결기를 형성하는 그룹 또는 결합을 의미한다. "변형된 인터뉴클레오사이드 연결기"는 자연 발생, 포스페이트 인터뉴클레오사이드 연결기 이외 임의의 인터뉴클레오사이드 연결기를 의미한다. 비-포스페이트 연결기는 본 명세서에서 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기로서 지칭된다.
"늘어난 올리고뉴클레오타이드"는 본 명세서에 개시된 올리고뉴클레오타이드, 예를 들면 모 올리고뉴클레오타이드에 비하여 하나 이상의 추가의 뉴클레오사이드를 가지고 있는 것이다.
"연결된 뉴클레오사이드"는 인터뉴클레오사이드 연결기에 의해 함께 연결된 인접한 뉴클레오사이드를 의미한다.
"링커-뉴클레오사이드"는 올리고뉴클레오타이드를 컨쥬게이트 모이어티에 연결시키는 뉴클레오사이드를 의미한다. 링커-뉴클레오사이드는 화합물의 컨쥬게이트 링커 내에서 위치한다. 링커-뉴클레오사이드는 이들이 올리고뉴클레오타이드로 연속적일지라도 화합물의 올리고뉴클레오타이드 부분의 일부로 간주되지 않는다.
"미스매치" 또는 "비-상보성"은 제1 및 제2 올리고머성 화합물이 정렬되는 경우 제2 올리고뉴클레오타이드 또는 표적 핵산의 상응하는 핵염기에 상보성이지 않은 제1 올리고뉴클레오타이드의 핵염기를 의미한다. 예를 들어, 비제한적으로 보편적인 핵염기, 이노신, 및 하이포잔틴을 포함하는 핵염기는 적어도 하나의 핵염기와 하이브리드화할 수 있지만 하이브리드화되는 핵염기에 대하여 여전히 미스매치되거나 비-상보성이다. 또 다른 예로서, 제1 및 제2 올리고뉴클레오타이드가 정렬되는 경우 제2 올리고뉴클레오타이드 또는 표적 핵산의 상응하는 핵염기에 하이브리드화할 수 없는 제1 올리고뉴클레오타이드의 핵염기는 미스매치 또는 비-상보성 핵염기이다.
"조절하는"은 세포, 조직, 장기 또는 유기체에서 특징 변화 또는 조정을 지칭한다. 예를 들어, EZH2 RNA 조절은 세포, 조직, 장기 또는 유기체에서 EZH2 RNA 및/또는 EZH2 단백질의 수준을 증가 또는 감소시키는 것을 의미할 수 있다. "조절제"는 세포, 조직, 장기 또는 유기체에서 변화를 유효화시킨다. 예를 들어, EZH2 화합물은 세포, 조직, 장기 또는 유기체에서 EZH2 RNA 및/또는 EZH2 단백질의 양을 감소시키는 조절제일 수 있다.
"MOE"는 메톡시메틸을 의미한다.
"모노머"는 올리고머의 단일 유닛을 지칭한다. 모노머는, 비제한적으로, 뉴클레오사이드 및 뉴클레오타이드를 포함한다.
"모티프"는 올리고뉴클레오타이드에서 미변형된 및/또는 변형된 당 모이어티, 핵염기, 및/또는 인터뉴클레오사이드 연결기의 패턴을 의미한다.
"천연" 또는 "자연 발생"은 자연에서 발견되는 것을 의미한다.
"비-이환형 변형된 당" 또는 "비-이환형 변형된 당 모이어티"는 제2 고리를 형성하기 위해 당의 2개의 원자 사이 브릿지를 형성하지 않는 변형, 예컨대 치환체를 포함하는 변형된 당 모이어티를 의미한다.
"핵산"은 모노머성 뉴클레오타이드로 구성된 분자를 지칭한다. 핵산은, 비제한적으로, 리보핵산 (RNA), 데옥시리보핵산 (DNA), 단일가닥 핵산, 및 이중가닥 핵산을 포함한다.
"핵염기"는 또 다른 핵산의 염기와 짝짓기할 수 있는 복소환형 모이어티를 의미한다. 본 명세서에 사용된 바와 같이 "자연 발생 핵염기"는 아데닌 (A), 티민 (T), 시토신 (C), 우라실 (U), 및 구아닌 (G)이다. "변형된 핵염기"는 화학적으로 변형되는 자연 발생 핵염기이다. "보편적인 염기" 또는 "보편적인 핵염기"는 자연 발생 핵염기 및 변형된 핵염기 이외 핵염기이고, 임의의 핵염기와 짝짓기할 수 있다.
"핵염기 서열"은 임의의 당 또는 인터뉴클레오사이드 연결기와 독립적인 핵산 또는 올리고뉴클레오타이드에서 연속적 핵염기의 순서를 의미한다.
"뉴클레오사이드"는 핵염기 및 당 모이어티를 포함하는 화합물을 의미한다. 핵염기 및 당 모이어티 각각은, 독립적으로, 미변형되거나 변형된다. "변형된 뉴클레오사이드"는 변형된 핵염기 및/또는 변형된 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드를 의미한다. 변형된 뉴클레오사이드는, 핵염기가 부족한, 무염기성 뉴클레오사이드를 포함한다.
"올리고머성 화합물"은 단일 올리고뉴클레오타이드 및 선택적으로 하나 이상의 추가의 특징, 예컨대 컨쥬게이트 그룹 또는 말단기를 포함하는 화합물을 의미한다.
"올리고뉴클레오타이드"는, 또 다른 것과 독립적인, 변형될 수 있거나 미변형될 수 있는 각 연결된 뉴클레오사이드의 폴리머를 의미한다. 달리 나타내지 않는 한, 올리고뉴클레오타이드는 8-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. "변형된 올리고뉴클레오타이드"는 올리고뉴클레오타이드를 의미하고, 여기서 적어도 하나의 당, 핵염기, 또는 인터뉴클레오사이드 연결기는 변형된다. "미변형된 올리고뉴클레오타이드"는 임의의 당, 핵염기, 또는 인터뉴클레오사이드 변형을 포함하지 않는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다.
"모 올리고뉴클레오타이드"는 이의 서열이 유사한 서열의 그러나 상이한 길이, 모티프, 및/또는 화학을 가지고 있는 더 많은 올리고뉴클레오타이드용 설계의 기초로서 사용되는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 새로 설계된 올리고뉴클레오타이드는 모 올리고뉴클레오타이드와 동일한 또는 중첩 서열을 가질 수 있다.
"비경구 투여"는 주사 또는 주입을 통한 투여를 의미한다. 비경구 투여는 피하 투여, 정맥내 투여, 근육내 투여, 동맥내 투여, 복강내 투여, 또는 두개내 투여, 예를 들면 척추강내 또는 뇌심실내 투여를 포함한다.
"약제학적으로 허용가능한 담체 또는 희석제"는 개체에게 투여하기에서 사용에 적당한 임의의 서브스턴스를 의미한다. 예를 들어, 약제학적으로 허용가능한 담체는 멸균 수용액, 예컨대 PBS 또는 주사용수일 수 있다.
"약제학적으로 허용가능한 염"은 화합물, 예컨대 올리고머성 화합물 또는 올리고뉴클레오타이드의 생리적으로 및 약제학적으로 허용가능한 염, 즉, 모 화합물의 원하는 생물학적 활성을 유지하고 거기에 원하지 않는 독물학적 효과를 부여하지 않는 염을 의미한다.
"약제학적 제제"는 개체에게 투여된 경우 치료적 이점을 제공하는 화합물을 의미한다.
"약제학적 조성물"은 개체에게 투여하기에 적당한 서브스턴스의 혼합물을 의미한다. 예를 들어, 약제학적 조성물은 하나 이상의 화합물 또는 이의 염 및 멸균 수용액을 포함할 수 있다.
"포스포로티오에이트 연결기"는 비-브릿징 산소 원자 중 하나가 황 원자로 대체되는 변형된 포스페이트 연결기를 의미한다. 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기는 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기이다.
"인 모이어티"는 인 원자를 포함하는 원자의 그룹을 의미한다. 특정 구현예에서, 인 모이어티는 모노-, 디-, 또는 트리-포스페이트, 또는 포스포로티오에이트를 포함한다.
"부분"은 핵산의 연속적 (즉, 연결된) 핵염기의 정의된 수를 의미한다. 특정 구현예에서, 부분은 표적 핵산의 연속적 핵염기의 정의된 수이다. 특정 구현예에서, 부분은 올리고머성 화합물의 연속적 핵염기의 정의된 수이다.
"예방한다"는 몇분부터 무한대까지 기간 동안 질환, 장애, 또는 병태의 개시, 발달 또는 진행의 지연 또는 기선제압을 지칭한다.
"전구약물"은, 개체에게 투여된 경우, 바디 또는 이의 세포 내에서 또 다른 형태로 대사작용되는 바디 외부에서의 형태로 화합물을 의미한다. 특정 구현예에서, 대사작용된 형태는 화합물 (예를 들면, 약물)의 활성, 또는 더욱 활성 형태이다. 전형적으로 바디 내에서 전구약물의 전환은 세포 또는 조직에서 존재하는 효소(들) (예를 들면, 내인성 또는 바이러스 효소) 또는 화학물질(들)의 작용에 의해, 및/또는 생리적 조건에 의해 촉진된다.
"감소한다"는 더 작은 정도, 크기, 양, 또는 수로 저하되는 것을 의미한다.
"RefSeq No."는 서열이 특정 표적 전사체 (예를 들면, 표적 유전자)용인 것을 나타내기 위해 서열에 배정된 문자 및 숫자의 독특한 조합이다. 표적 유전자에 대한 그와 같은 서열 및 정보 (집합적으로, 유전자 기록)은 유전적 서열 데이터베이스에서 발견될 수 있다. 유전적 서열 데이터베이스는 NCBI 참고 서열 데이터베이스, 유전자은행, 유럽 뉴클레오타이드 아카이브, 일본의 DNA 데이터 은행 (후자 3개는 국제 뉴클레오타이드 서열 데이터베이스 공동작업 또는 INSDC를 형성한다)을 포함한다.
"영역"은 적어도 하나의 확인가능한 구조, 기능, 또는 특징을 가지고 있는 표적 핵산의 일 부분으로서 정의된다.
"RNAi 화합물"은, 표적 핵산에 의해 인코딩된 단백질 및/또는 표적 핵산을 조절하기 위해, 적어도 부분적으로, RNase H가 아닌, RISC 또는 Ago2를 통해 작용하는 안티센스 화합물을 의미한다. RNAi 화합물은, 비제한적으로 이중가닥 siRNA, 단일가닥 RNA (ssRNA), 및 마이크로RNA 모방체를 포함하는 마이크로RNA를 포함한다.
"단편"은 핵산 내에서 영역의 더 작은 또는 하위-부분으로서 정의된다.
"부작용"은 원하는 효과 이외 치료에 기인하는 생리적 질환 및/또는 병태를 의미한다. 특정 구현예에서, 부작용은 주사 부위 반응, 간 기능 테스트 이상, 신장 기능 이상, 간 독성, 신장 독성, 중추 신경계 이상, 근병증, 및 권태감을 포함한다. 예를 들어, 혈청내 증가된 아미노기전달효소 수준은 간 독성 또는 간 기능 이상을 나타낼 수 있다. 예를 들어, 증가된 빌리루빈은 간 독성 또는 간 기능 이상을 나타낼 수 있다.
화합물과 관련하여 "단일가닥"은 화합물이 단 하나의 올리고뉴클레오타이드를 가지고 있는 것을 의미한다. "자기-상보성"은 자체에 적어도 부분적으로 하이브리드화하는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 화합물의 올리고뉴클레오타이드가 자기-상보성인, 하나의 올리고뉴클레오타이드로 이루어지는 화합물은 단일가닥 화합물이다. 단일가닥 화합물은 상보성 화합물에 결합하여 듀플렉스를 형성할 수 있다.
"부위"는 표적 핵산 내에서 독특한 핵염기 위치로서 정의된다.
"특이적으로 하이브리드화가능한"은, 비-표적 핵산 상에서 최소 또는 무 효과를 나타내면서, 원하는 효과를 유도하기 위해 올리고뉴클레오타이드와 표적 핵산 사이 충분한 정도의 상보성을 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드를 지칭한다. 특정 구현예에서, 특이적 하이브리드화는 생리적 병태 하에서 발생한다.
표적 핵산과 관련하여 "특이적으로 억제한다"는 비-표적 핵산 상에서 더 적은, 최소, 또는 무 효과를 나타내면서 표적 핵산의 발현을 감소 또는 차단시키는 것을 의미한다. 감소는 표적 핵산의 발현의 총 제거를 반드시 나타내지 않는다.
"표준 세포 검정"은 실시예 및 이의 합리적인 변동에서 기재된 검정(들)을 의미한다.
"표준 생체내 실험"은 실시예(들) 및 이의 합리적인 변동에서 기재된 절차(들)을 의미한다.
동일한 분자식의 분자의 모집단의 맥락에서 "스테레오랜덤 키랄 중심"은 랜덤 입체화학적 배치형태를 가지고 있는 키랄 중심을 의미한다. 예를 들어, 스테레오랜덤 키랄 중심을 포함하는 분자의 모집단에서, 스테레오랜덤 키랄 중심의 (S) 배치형태를 가지고 있는 분자의 수는 스테레오랜덤 키랄 중심의 (R) 배치형태를 가지고 있는 분자의 수일 수 있지만 반드시 동일하지 않다. 키랄 중심의 입체화학적 배치형태는 입체화학적 배치형태를 제어하기 위해 설계되지 않은 합성 방법의 결과인 경우 랜덤으로 간주된다.. 특정 구현예에서, 스테레오랜덤 키랄 중심은 스테레오랜덤 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이다.
"당 모이어티"는 미변형된 당 모이어티 또는 변형된 당 모이어티를 의미한다. "미변형된 당 모이어티" 또는 "미변형된 당"은, RNA에서 발견된 대로, 2'-OH(H) 푸라노실 모이어티 ("미변형된 RNA 당 모이어티"), 또는 DNA에서 발견된 대로, 2'-H(H) 모이어티 ("미변형된 DNA 당 모이어티")를 의미한다. 미변형된 당 모이어티는 1', 3', 및 4' 위치의 각각에서 1개의 수소, 3' 위치에서 산소, 및 5' 위치에서 2개의 수소를 갖는다. "변형된 당 모이어티" 또는 "변형된 당"은 변형된 푸라노실 당 모이어티 또는 당 대리물을 의미한다. "변형된 푸라노실 당 모이어티"는 미변형된 당 모이어티의 적어도 하나의 수소 대신에 비-수소 치환체를 포함하는 푸라노실 당을 의미한다. 특정 구현예에서, 변형된 푸라노실 당 모이어티는 2'-치환된 당 모이어티이다. 그와 같은 변형된 푸라노실 당 모이어티는 이환형 당 및 비-이환형 당을 포함한다.
"당 대리물"은 올리고뉴클레오타이드에서 핵염기를 또 다른 그룹, 예컨대 인터뉴클레오사이드 연결기, 컨쥬게이트 그룹, 또는 말단기에 결합시킬 수 있는 푸라노실 모이어티 이외를 가지고 있는 변형된 당 모이어티를 의미한다. 당 대리물을 포함하는 변형된 뉴클레오사이드는 올리고뉴클레오타이드 내에서 하나 이상의 위치 속에 편입될 수 있고 그와 같은 올리고뉴클레오타이드는 상보성 화합물 또는 핵산에 하이브리드화할 수 있다.
"동반상승효과" 또는 "동반상승한다"는 동일한 용량에서 각 성분 단독의 효과의 첨가제보다 더 큰 조합의 효과를 지칭한다.
"EZH2"는 EZH2의 임의의 핵산 또는 단백질을 의미한다. "EZH2 핵산"은 EZH2를 인코딩하는 임의의 핵산을 의미한다. 예를 들어, 특정 구현예에서, EZH2 핵산은 EZH2를 인코딩하는 DNA 서열, (인트론 및 엑손을 포함하는 게놈 DNA를 포함하는) EZH2를 인코딩하는 DNA로부터 전사된 RNA 서열, 및 EZH2를 인코딩하는 mRNA 서열을 포함한다. "EZH2 mRNA"는 EZH2 단백질을 인코딩하는 mRNA를 의미한다. 표적은 어느 한쪽 대문자 또는 소문자로 지칭될 수 있다.
"EZH2 특이적 억제제"는 분자 수준에서 EZH2 RNA 및/또는 EZH2 단백질 발현 또는 활성을 특이적으로 억제시킬 수 있는 임의의 제제를 지칭한다. 예를 들어, EZH2 특이적 억제제는 핵산 (안티센스 화합물 포함), 펩타이드, 항체, 작은 분자, 및 EZH2 RNA 및/또는 EZH2 단백질의 발현을 억제시킬 수 있는 다른 제제를 포함한다.
"표적 유전자"는 표적을 인코딩하는 유전자를 지칭한다.
"표적화"는 원하는 효과를 유도하기 위해 표적 핵산에 화합물의 특이적 하이브리드화를 의미한다.
"표적 핵산", "표적 RNA", "RNA 전사체" 및 "핵산 표적" 모두는 본 명세서에 기재된 화합물에 의해 표적화될 수 있는 핵산을 의미한다.
"표적 영역"은 하나 이상의 화합물이 표적화되는 표적 핵산의 일 부분을 의미한다.
"표적 단편"은 화합물이 표적화되는 표적 핵산의 뉴클레오타이드의 서열을 의미한다. "5' 표적 부위"는 표적 단편의 5'-최말단 뉴클레오타이드를 지칭한다. "3' 표적 부위"는 표적 단편의 3'-최말단 뉴클레오타이드를 지칭한다.
"말단기"는 올리고뉴클레오타이드의 말단에 공유적으로 연결되는 원자의 그룹 또는 화학기를 의미한다.
"치료적 유효량"은 개체에게 치료적 이점을 제공하는 화합물, 약제학적 제제, 또는 조성물의 양을 의미한다.
"치료한다"는 동물에 있어서 질환, 장애, 또는 병태의 변경 또는 개선을 유효화하기 위해 동물에게 화합물 또는 약제학적 조성물 투여를 지칭한다.
특정 구현예
특정 구현예는 EZH2 발현 억제용 방법, 화합물 및 조성물을 제공한다.
특정 구현예는 EZH2 핵산에 표적화된 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, EZH2 핵산은, 이들 각각이 그 전체가 참고로 편입되는, RefSeq 또는 유전자은행 기탁 번호 NM_001203248.1 (서열번호: 1), NC_000007.14_TRUNC_148804001_148888000_ COMP (서열번호: 2), 또는 NM_004456.4 (서열번호: 3)에서 제시된 서열을 갖는다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 단일가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다.
특정 구현예는 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 단일가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예는 9 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 9개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 단일가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예는 10 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 10개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 단일가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예는 11 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 11개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 단일가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 11 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예는 12 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 12개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 단일가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예는 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 단일가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예는 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 단일가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다.
특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 1의 뉴클레오타이드 700-715, 964-979, 1074-1089, 또는 2509-2524 내에서 동일 길이 부분에 상보성인 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 또는 16개의 연속적 핵염기 부분을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 2의 뉴클레오타이드 6589-6604, 59170-59185, 61438-61453, 68329-68344, 또는 80457-80472 내에서 동일 길이 부분에 상보성인 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 또는 16개의 연속적 핵염기 부분을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하고 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 서열번호: 1의 뉴클레오타이드 700-715, 964-979, 1074-1089, 또는 2509-2524 내에서 상보성이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하고 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 서열번호: 2의 뉴클레오타이드 6589-6604, 59170-59185, 61438-61453, 68329-68344, 또는 80457-80472 내에서 상보성이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열의 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 또는 16개의 연속적 핵염기 부분을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다.
특정 구현예에서, EZH2에 표적화된 화합물은 ION 633365이다. 아래 실시예 섹션에서 기재된 바와 같이 선별된 2,800개 이상의 화합물 중에서, ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175는 최고 선도 화합물로서 부각되었다. 특히, ION 633365는 2,800개 이상의 화합물 중에서 효력 및 내성 관점에서 최상의 특성 조합을 나타냈다.
특정 구현예에서, 임의의 상술한 변형된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기, 적어도 하나의 변형된 당, 및/또는 적어도 하나의 변형된 핵염기를 갖는다.
특정 구현예에서, 임의의 상술한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 당은 2'-O-메톡시에틸 기를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 당은 이환형 당, 예컨대 4'-CH(CH3)-O-2' 기, 4'-CH2-O-2' 기, 또는 4'-(CH2)2-O-2'기이다.
특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 인터뉴클레오사이드 연결기는 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기, 예컨대 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이다.
특정 구현예에서, 임의의 상술한 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 핵염기는 변형된 핵염기, 예컨대 5-메틸시토신이다.
특정 구현예에서, 임의의 상술한 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 갖는다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 갖는다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나에서 열거된 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 갖는다.
특정 구현예에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어지고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어지고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 252, 387, 또는 998 중 어느 하나에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어지고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 252에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어지고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 1038에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어지고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
1개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
5개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편은 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편은 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, 및 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 252에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어지고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
2개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
4개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편은 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 및 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어지고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
9개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
2개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
5개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편은 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, 및 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
특정 구현예에서, 화합물은, 하기 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
Figure pct00001
.
특정 구현예에서, 화합물은, 하기 구조를 갖는다:
Figure pct00002
.
임의의 상술한 구현예에서, 화합물 또는 올리고뉴클레오타이드는 EZH2를 인코딩하는 핵산에 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 상보성일 수 있다.
임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 데옥시리보뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이고 리보뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다.
임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 8 내지 80, 10 내지 30, 12 내지 50, 13 내지 30, 13 내지 50, 14 내지 30, 14 내지 50, 15 내지 30, 15 내지 50, 16 내지 30, 16 내지 50, 17 내지 30, 17 내지 50, 18 내지 22, 18 내지 24, 18 내지 30, 18 내지 50, 19 내지 22, 19 내지 30, 19 내지 50, 또는 20 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물 또는 조성물은 변형된 올리고뉴클레오타이드의 염을 포함한다. 특정 구현예에서, 염은 나트륨 염이다. 특정 구현예에서, 염은 칼륨 염이다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 바와 같은 화합물 또는 조성물은 염수 처리된 동물보다 4 배, 3 배, 또는 2 배 이하의 알라닌 아미노전이효소 (ALT) 또는 아스파르테이트 아미노전이효소 (AST) 값 증가 또는 대조군 처리된 동물에 비교된 30%, 20%, 15%, 12%, 10%, 5%, 또는 2% 이하의 간, 비장, 또는 신장 중량에서의 증가 중 적어도 하나를 가짐으로써 실증된 바와 같이 고도로 내성이다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 바와 같은 화합물 또는 조성물은 대조군 처리된 동물보다 ALT 또는 AST의 증가를 갖지 않음으로써 실증된 바와 같이 고도로 내성이다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 바와 같은 화합물 또는 조성물은 대조군 동물보다 간, 비장, 또는 신장 중량에서 증가를 갖지 않음으로써 실증된 바와 같이 고도로 내성이다.
특정 구현예는 임의의 상기 언급된 구현예의 화합물 또는 이의 염 및 적어도 하나의 약제학적으로 허용가능한 담체 또는 희석제를 포함하는 조성물을 제공한다. 특정 구현예에서, 조성물은 약 40 센티푸아즈 (cP) 미만, 약 30 센티포즈 (cP) 미만, 약 20 센티포즈 (cP) 미만, 약 15 센티포즈 (cP) 미만, 또는 약 10 센티포즈 (cP) 미만의 점도를 갖는다. 특정 구현예에서, 임의의 상기 언급된 점도를 가지고 있는 조성물은 약 100 mg/mL, 약 125 mg/mL, 약 150 mg/mL, 약 175 mg/mL, 약 200 mg/mL, 약 225 mg/mL, 약 250 mg/mL, 약 275 mg/mL, 또는 약 300 mg/mL의 농도에서 본 명세서에 제공된 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 임의의 상기 언급된 점도 및/또는 화합물 농도를 가지고 있는 조성물은 실온 또는 약 20℃, 약 21℃, 약 22℃, 약 23℃, 약 24℃, 약 25℃, 약 26℃, 약 27℃, 약 28℃, 약 29℃, 또는 약 30℃의 온도를 갖는다.
비-제한 번호가 매겨진 구현예는 하기를 포함한다:
E1. 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E2. 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 9개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 9 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E3. 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 10개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 10 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E4. 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 11개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 11 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E5. 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 12개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 12 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E6. 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E7. 서열번호: 10-1592 중 어느 하나로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E8. 서열번호: 1의 뉴클레오타이드 700-715, 964-979, 1074-1089, 또는 2509-2524 내에서 또는 서열번호: 2의 뉴클레오타이드 6589-6604, 59170-59185, 61438-61453, 68329-68344, 또는 80457-80472 내에서 상보성인, 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E9. 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E10. 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E11. 제 1 항 내지 제 10 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 적어도 하나의 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기, 적어도 하나의 변형된 당, 또는 적어도 하나의 변형된 핵염기를 포함하는 화합물.
E12. 제 11 항에 있어서, 상기 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기인 화합물.
E13. 제 11 항 또는 제 12 항에 있어서, 상기 변형된 당이 이환형 당인 화합물.
E14. 제 13 항에 있어서, 상기 이환형 당이 하기로 이루어진 군으로부터 선택되는 화합물: 4'-(CH2)-O-2' (LNA); 4'-(CH2)2-O-2' (ENA); 및 4'-CH(CH3)-O-2' (cEt).
E15. 제 11 항 또는 제 12 항에 있어서, 상기 변형된 당이 2'-O-메톡시에틸인 화합물.
E16. 제 11 항 내지 제 15 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 변형된 핵염기가 5-메틸시토신인 화합물.
E17. 제 1 항 내지 제 16 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 포함하는 화합물로서:
연결된 데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 변형된 당을 포함하는 화합물.
E18. 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 포함하고:
연결된 데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 변형된 당을 포함하는 화합물.
E19. 서열번호: 252, 387, 또는 998 중 어느 하나에서 열거된 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 16-80개의 연결된 핵염기 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 포함하고:
10개의 연결된 데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고; 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 각 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 연결기이고; 각 시토신이 5-메틸시토신인 화합물.
E20. 서열번호: 1038에서 열거된 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 16-80개의 연결된 핵염기 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 포함하고:
10개의 연결된 데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
1개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
5개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편이 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편이 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, 및 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 각 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 연결기이고; 각 시토신이 5-메틸시토신인 화합물.
E21. 서열번호: 252에서 열거된 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 16-80개의 연결된 핵염기 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 포함하고:
10개의 연결된 데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
2개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
4개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편이 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 및 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드를 포함하고; 각 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 연결기이고; 각 시토신이 5-메틸시토신인 화합물.
E22. 서열번호: 102에서 열거된 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 16-80개의 연결된 핵염기 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 포함하고:
9개의 연결된 데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
2개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
5개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편이 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, 및 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 각 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 연결기이고; 각 시토신이 5-메틸시토신인 화합물.
E23. 제 1 항 내지 제 22 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오타이드가 서열번호: 1-3 중 임의의 것에 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 상보성인 화합물.
E24. 제 1 항 내지 제 23 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 단일가닥인 화합물.
E25. 제 1 항 내지 제 23 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 이중가닥인 화합물.
E26. 제 1 항 내지 제 25 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 리보뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E27. 제 1 항 내지 제 25 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 데옥시리보뉴클레오타이드를 포함하는 화합물.
E28. 제 1 항 내지 제 27 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 화합물.
E29. 제 28 항에 있어서, 상기 화합물이 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드로 이루어지는 화합물.
E30. 제 1 항 내지 제 29 항 중 어느 하나의 항에 따른 임의의 화합물의 약제학적으로 허용가능한 염으로 이루어진 화합물.
E31. 제 30 항에 있어서, 상기 약제학적으로 허용가능한 염이 나트륨 염인 화합물.
E32. 제 30 항에 있어서, 상기 약제학적으로 허용가능한 염이 칼륨 염인 화합물.
E33. 하기 식, 또는 이의 염을 가지고 있는 화합물:
Figure pct00003
.
E34. 하기 식을 가지고 있는 화합물:
Figure pct00004
.
E35. 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 및 약제학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물.
E36. 제 35 항에 따른 화합물 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 요법에서 사용하기 위한 조성물.
E37. EZH2를 억제시킬 수 있는 화합물을 개체에게 투여하는 단계, 그것에 의해 암을 치료 또는 개선하는 단계를 포함하는, 개체에서의 암의 치료 또는 개선 방법.
E38. 제 37 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인 방법.
E39. 제 37 항 또는 제 38 항에 있어서, 상기 암이 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC-DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병인 방법.
E40. 제 42 항 내지 제 44 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물 투여가 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시키는 방법.
E41. EZH2에 표적화된 화합물과 세포를 접촉시키는 단계, 그것에 의해 상기 세포에서 EZH2의 발현을 억제시키는 단계를 포함하는, 세포에서 EZH2의 발현의 억제 방법.
E42. 제 41 항에 있어서, 상기 세포가 암 세포인 방법.
E43. 제 42 항에 있어서, 상기 개체가 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 앓고 있는 방법.
E44. EZH2를 억제시킬 수 있는 화합물을 개체에게 투여하는 단계, 그것에 의해 상기 개체에서 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 감소 또는 억제시키는 단계를 포함하는, 암을 앓고 있는 개체에서의 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이의 감소 또는 억제 방법.
E45. 제 44 항에 있어서, 상기 개체가 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 앓고 있는 방법.
E46. 제 37 항 내지 제 45 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인 방법.
E47. 제 37 항 내지 제 46 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 제 35 항 또는 제 36 항에 따른 조성물인 방법.
E48. 제 37 항 내지 제 47 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 비경구로 투여되는 방법.
E49. EZH2에 표적화된 화합물의 EZH2와 연관된 암의 치료, 예방, 또는 개선을 위한 용도.
E50. 제 49 항에 있어서, 상기 암이 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병인 용도.
E51. 제 49 항 또는 제 50 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인 용도.
E52. 제 49 항 내지 제 51 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 제 35 항 또는 제 36 항에 따른 조성물인 용도.
E53. EZH2에 표적화된 화합물의 EZH2와 연관된 암의 치료 또는 개선을 위한 약제의 제조에서의 용도.
E54. 제 53 항에 있어서, 상기 암이 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병인 용도.
E55. 제 53 항 또는 제 54 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인 용도.
E56. 제 53 항 내지 제 55 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 제 35 항 또는 제 36 항에 따른 조성물인 용도.
E57. EZH2에 표적화된 화합물의 EZH2와 연관된 암의 치료 또는 개선을 위한 약제의 조제에서의 용도.
E58. 제 57 항에 있어서, 상기 암이 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병인 용도.
E59. 제 57 항 또는 제 58 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인 용도.
E60. 제 57 항 내지 제 59 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 제 35 항 또는 제 36 항에 따른 조성물인 용도.
특정 징후
본 명세서에 제공된 특정 구현예는, EZH2를 표적화하는 화합물의 투여에 의해, 상기 개체에서 EZH2와 연관된 암 치료, 예방, 또는 개선에 유용할 수 있는, EZH2 발현의 억제 방법에 관한 것이다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2 특이적 억제제일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물, 올리고머성 화합물, 또는 올리고뉴클레오타이드일 수 있다.
본 명세서에 제공된 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 예는 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병. 특정 구현예에서, B-세포 림프종은 비호지킨 B-세포 림프종이다. 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 특정 구현예의 비호지킨 B-세포 림프종의 예는, 비제한적으로, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 활성화된 B-세포 림프종 (ABC-DLBCL), 배아 중심 B-세포 림프종 (GCB DLBCL)(GC DLBCL), 소포성 림프종, 점막-연관된 림프 조직 림프종 (MALT), 소 세포 림프구 림프종, 만성 림프구성 백혈병, 외투 세포 림프종 (MCL), 버킷 림프종, 종격동 거대 B 세포 림프종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 결절 변연부 B 세포 림프종 (NMZL), 비장 변연부 림프종 (SMZL), 혈관내 거대 B-세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 및 림프종양 육아종증을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 T-세포 림프종은, 비제한적으로, 말초 T-세포 림프종, 성체 T 세포 백혈병/림프종 (ATLL), 및 역형성 대세포 림프종 (ALCL). 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 백혈병은, 비제한적으로, 급성 림프구성 백혈병 (ALL)을 포함한다. 본 명세서에 제공된 화합물 및 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 추가의 예는 비제한적으로 폐암 (예를 들어 비-소 세포 폐 암종 (NSCLC) 및 소-세포 폐 암종 (SCLC)), 위장암 (예를 들어 대장암, 소장암, 및 위암), 결장암, 결장직장암, 방광암, 간암, 식도암, 췌장암, 담도암, 유방암, 난소암, 자궁내막암, 자궁경부암, 전립선암, 중피종, 육종 (예를 들어 상피, 간상 및 윤활막), 척색종, 신장암, 신경혈종, 및 뇌종양 (예를 들어 교모세포종)을 포함한다 포함한다.
특정 구현예에서, 개체에서 EZH2와 연관된 암의 치료, 예방, 또는 개선 방법은 상기 개체에게 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물을 투여하는 단계, 그것에 의해 암을 치료, 예방, 또는 개선하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175이다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 개체에게 비경구로 투여된다. 특정 구현예에서, 화합물 투여는 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시킨다.
특정 구현예에서, 캐너의 치료 또는 개선 방법은 개체에게 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물을 투여하는 단계, 그것에 의해 암을 치료 또는 개선하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 암은 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병이다. 특정 구현예에서, B-세포 림프종은 비호지킨 B-세포 림프종이다. 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 특정 구현예의 비호지킨 B-세포 림프종의 예는, 비제한적으로, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 활성화된 B-세포 림프종 (ABC-DLBCL), 배아 중심 B-세포 림프종 (GCB DLBCL)(GC DLBCL), 소포성 림프종, 점막-연관된 림프 조직 림프종 (MALT), 소 세포 림프구 림프종, 만성 림프구성 백혈병, 외투 세포 림프종 (MCL), 버킷 림프종, 종격동 거대 B 세포 림프종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 결절 변연부 B 세포 림프종 (NMZL), 비장 변연부 림프종 (SMZL), 혈관내 거대 B-세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 및 림프종양 육아종증을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 T-세포 림프종은, 비제한적으로, 말초 T-세포 림프종, 성체 T 세포 백혈병/림프종 (ATLL), 및 역형성 대세포 림프종 (ALCL)를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 백혈병은, 비제한적으로, 급성 림프구성 백혈병 (ALL)을 포함한다. 본 명세서에 제공된 화합물 및 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 추가의 예는 비제한적으로 폐암 (예를 들어 비-소 세포 폐 암종 (NSCLC) 및 소-세포 폐 암종 (SCLC)), 위장암 (예를 들어 대장암, 소장암, 및 위암), 결장암, 결장직장암, 방광암, 간암, 식도암, 췌장암, 담도암, 유방암, 난소암, 자궁내막암, 자궁경부암, 전립선암, 중피종, 육종 (예를 들어 상피, 간상 및 윤활막), 척색종, 신장암, 신경혈종, 및 뇌종양 (예를 들어 교모세포종)을 포함한다 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175이다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 개체에게 비경구로 투여된다. 특정 구현예에서, 화합물 투여는 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시킨다. 특정 구현예에서, 개체는 EZH2와 연관된 암을 가진 것으로 또는 가질 위험에 처한 것으로 확인된다.
특정 구현예에서, EZH2와 연관된 암을 가진, 또는 가질 위험에 처한 개체에서 EZH2의 발현의 억제 방법은 상기 개체에게 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물을 투여하는 단계, 그것에 의해 상기 개체에서 EZH2의 발현을 억제시키는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물 투여는 골수, 림프 조직, 또는 림프절에서 EZH2의 발현을 억제시킨다. 특정 구현예에서, 개체는 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 갖거나, 가질 위험에 처해 있다. 특정 구현예에서, B-세포 림프종은 비호지킨 B-세포 림프종이다. 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 특정 구현예의 비호지킨 B-세포 림프종의 예는, 비제한적으로, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 활성화된 B-세포 림프종 (ABC-DLBCL), 배아 중심 B-세포 림프종 (GCB DLBCL)(GC DLBCL), 소포성 림프종, 점막-연관된 림프 조직 림프종 (MALT), 소 세포 림프구 림프종, 만성 림프구성 백혈병, 외투 세포 림프종 (MCL), 버킷 림프종, 종격동 거대 B 세포 림프종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 결절 변연부 B 세포 림프종 (NMZL), 비장 변연부 림프종 (SMZL), 혈관내 거대 B-세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 및 림프종양 육아종증을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 T-세포 림프종은, 비제한적으로, 말초 T-세포 림프종, 성체 T 세포 백혈병/림프종 (ATLL), 및 역형성 대세포 림프종 (ALCL)을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 백혈병은, 비제한적으로, 급성 림프구성 백혈병 (ALL)을 포함한다. 본 명세서에 제공된 화합물 및 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 추가의 예는 비제한적으로 폐암 (예를 들어 비-소 세포 폐 암종 (NSCLC) 및 소-세포 폐 암종 (SCLC)), 위장암 (예를 들어 대장암, 소장암, 및 위암), 결장암, 결장직장암, 방광암, 간암, 식도암, 췌장암, 담도암, 유방암, 난소암, 자궁내막암, 자궁경부암, 전립선암, 중피종, 육종 (예를 들어 상피, 간상 및 윤활막), 척색종, 신장암, 신경혈종, 및 뇌종양 (예를 들어 교모세포종)을 포함한다 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175이다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 개체에게 비경구로 투여된다. 특정 구현예에서, 화합물 투여는 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시킨다. 특정 구현예에서, 개체는 EZH2와 연관된 암을 가진 것으로 또는 가질 위험에 처한 것으로 확인된다.
특정 구현예에서, 세포에서 EZH2의 발현의 억제 방법은 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물과 세포를 접촉시키는 단계, 그것에 의해 세포에서 EZH2의 발현을 억제시키는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 세포는 암 세포이다. 특정 구현예에서, 세포는 골수, 림프 조직, 또는 림프절 세포이다. 특정 구현예에서, 세포는 골수, 림프 조직, 또는 림프절에 있다. 특정 구현예에서, 세포는 암, 예컨대 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 앓고 있는, 또는 가질 위험에 처한 개체의 골수, 림프 조직, 또는 림프절에 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175이다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다.
특정 구현예에서, EZH2와 연관된 암을 앓고 있는, 또는 가질 위험에 처한 개체의 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이의 감소 또는 억제 방법은 상기 개체에게 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물을 투여하는 단계, 그것에 의해 상기 개체에서 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 감소 또는 억제시키는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 개체는 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 갖거나, 가질 위험에 처해 있다. 본 명세서에 제공된 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 예는 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 포함한다. 특정 구현예에서, B-세포 림프종은 비호지킨 B-세포 림프종이다. 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 특정 구현예의 비호지킨 B-세포 림프종의 예는, 비제한적으로, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 활성화된 B-세포 림프종 (ABC-DLBCL), 배아 중심 B-세포 림프종 (GCB DLBCL)(GC DLBCL), 소포성 림프종, 점막-연관된 림프 조직 림프종 (MALT), 소 세포 림프구 림프종, 만성 림프구성 백혈병, 외투 세포 림프종 (MCL), 버킷 림프종, 종격동 거대 B 세포 림프종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 결절 변연부 B 세포 림프종 (NMZL), 비장 변연부 림프종 (SMZL), 혈관내 거대 B-세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 및 림프종양 육아종증을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 T-세포 림프종은, 비제한적으로, 말초 T-세포 림프종, 성체 T 세포 백혈병/림프종 (ATLL), 및 역형성 대세포 림프종 (ALCL)을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 백혈병은, 비제한적으로, 급성 림프구성 백혈병 (ALL)을 포함한다. 본 명세서에 제공된 화합물 및 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 추가의 예는 비제한적으로 폐암 (예를 들어 비-소 세포 폐 암종 (NSCLC) 및 소-세포 폐 암종 (SCLC)), 위장암 (예를 들어 대장암, 소장암, 및 위암), 결장암, 결장직장암, 방광암, 간암, 식도암, 췌장암, 담도암, 유방암, 난소암, 자궁내막암, 자궁경부암, 전립선암, 중피종, 육종 (예를 들어 상피, 간상 및 윤활막), 척색종, 신장암, 신경혈종, 및 뇌종양 (예를 들어 교모세포종)을 포함한다 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175이다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 개체에게 비경구로 투여된다. 특정 구현예에서, 화합물 투여는 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시킨다. 특정 구현예에서, 개체는 EZH2와 연관된 암을 가진 것으로 또는 가질 위험에 처한 것으로 확인된다.
특정 구현예는 암 치료에서 사용을 위한 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물로 그려진다. 특정 구현예에서, 암은 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병이다. 특정 구현예에서, B-세포 림프종은 비호지킨 B-세포 림프종이다. 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 특정 구현예의 비호지킨 B-세포 림프종의 예는, 비제한적으로, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 활성화된 B-세포 림프종 (ABC-DLBCL), 배아 중심 B-세포 림프종 (GCB DLBCL)(GC DLBCL), 소포성 림프종, 점막-연관된 림프 조직 림프종 (MALT), 소 세포 림프구 림프종, 만성 림프구성 백혈병, 외투 세포 림프종 (MCL), 버킷 림프종, 종격동 거대 B 세포 림프종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 결절 변연부 B 세포 림프종 (NMZL), 비장 변연부 림프종 (SMZL), 혈관내 거대 B-세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 및 림프종양 육아종증을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 T-세포 림프종은, 비제한적으로, 말초 T-세포 림프종, 성체 T 세포 백혈병/림프종 (ATLL), 및 역형성 대세포 림프종 (ALCL)을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 백혈병은, 비제한적으로, 급성 림프구성 백혈병 (ALL)을 포함한다. 본 명세서에 제공된 화합물 및 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 추가의 예는 비제한적으로 폐암 (예를 들어 비-소 세포 폐 암종 (NSCLC) 및 소-세포 폐 암종 (SCLC)), 위장암 (예를 들어 대장암, 소장암, 및 위암), 결장암, 결장직장암, 방광암, 간암, 식도암, 췌장암, 담도암, 유방암, 난소암, 자궁내막암, 자궁경부암, 전립선암, 중피종, 육종 (예를 들어 상피, 간상 및 윤활막), 척색종, 신장암, 신경혈종, 및 뇌종양 (예를 들어 교모세포종)을 포함한다 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175이다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 개체에게 비경구로 투여된다. 특정 구현예에서, 화합물 투여는 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시킨다. 특정 구현예에서, 개체는 EZH2와 연관된 암을 가진 것으로 또는 가질 위험에 처한 것으로 확인된다.
특정 구현예는 암을 앓고 있는 개체에서 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이의 감소 또는 억제에서 사용을 위한 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물로 그려진다. 특정 구현예에서, 암은 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병이다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175이다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다.
특정 구현예는 암 치료용 약제의 제조 또는 조제를 위한 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물의 용도로 그려진다. 특정 구현예는 EZH2와 연관된 암 치료용 약제의 조제를 위한 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물의 용도로 그려진다. 특정 구현예에서, 암은 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병이다. 특정 구현예에서, B-세포 림프종은 비호지킨 B-세포 림프종이다. 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 특정 구현예의 비호지킨 B-세포 림프종의 예는, 비제한적으로, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 활성화된 B-세포 림프종 (ABC-DLBCL), 배아 중심 B-세포 림프종 (GCB DLBCL)(GC DLBCL), 소포성 림프종, 점막-연관된 림프 조직 림프종 (MALT), 소 세포 림프구 림프종, 만성 림프구성 백혈병, 외투 세포 림프종 (MCL), 버킷 림프종, 종격동 거대 B 세포 림프종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 결절 변연부 B 세포 림프종 (NMZL), 비장 변연부 림프종 (SMZL), 혈관내 거대 B-세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 및 림프종양 육아종증을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 T-세포 림프종은, 비제한적으로, 말초 T-세포 림프종, 성체 T 세포 백혈병/림프종 (ATLL), 및 역형성 대세포 림프종 (ALCL)을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 백혈병은, 비제한적으로, 급성 림프구성 백혈병 (ALL)을 포함한다. 본 명세서에 제공된 화합물 및 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 추가의 예는 비제한적으로 폐암 (예를 들어 비-소 세포 폐 암종 (NSCLC) 및 소-세포 폐 암종 (SCLC)), 위장암 (예를 들어 대장암, 소장암, 및 위암), 결장암, 결장직장암, 방광암, 간암, 식도암, 췌장암, 담도암, 유방암, 난소암, 자궁내막암, 자궁경부암, 전립선암, 중피종, 육종 (예를 들어 상피, 간상 및 윤활막), 척색종, 신장암, 신경혈종, 및 뇌종양 (예를 들어 교모세포종)을 포함한다 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175이다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 개체에게 비경구로 투여된다. 특정 구현예에서, 화합물 투여는 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시킨다. 특정 구현예에서, 개체는 EZH2와 연관된 암을 가진 것으로 또는 가질 위험에 처한 것으로 확인된다.
특정 구현예는 암을 앓고 있는 개체에서 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이의 감소 또는 억제용 약제의 제조 또는 조제를 위한 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물의 용도로 그려진다. 특정 구현예에서, 암은 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병이다. 특정 구현예는 암을 앓고 있는 개체에서 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이의 감소 또는 억제용 약제의 조제를 위한 EZH2 특이적 억제제를 포함하는 화합물의 용도로 그려진다. 특정 구현예에서, 암은 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병이다. 특정 구현예에서, B-세포 림프종은 비호지킨 B-세포 림프종이다. 특정 구현예의 비호지킨 B-세포 림프종의 예는, 비제한적으로, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 활성화된 B-세포 림프종 (ABC-DLBCL), 배아 중심 B-세포 림프종 (GCB DLBCL)(GC DLBCL), 소포성 림프종, 점막-연관된 림프 조직 림프종 (MALT), 소 세포 림프구 림프종, 만성 림프구성 백혈병, 외투 세포 림프종 (MCL), 버킷 림프종, 종격동 거대 B 세포 림프종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 결절 변연부 B 세포 림프종 (NMZL), 비장 변연부 림프종 (SMZL), 혈관내 거대 B-세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 및 림프종양 육아종증을 포함한다. 특정 구현예에서, T-세포 림프종은, 비제한적으로, 말초 T-세포 림프종, 성체 T 세포 백혈병/림프종 (ATLL), 및 역형성 대세포 림프종 (ALCL)을 포함한다. 특정 구현예에서, 백혈병은, 비제한적으로, 급성 림프구성 백혈병 (ALL)을 포함한다. 본 명세서에 제공된 화합물 및 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 추가의 예는 비제한적으로 폐암 (예를 들어 비-소 세포 폐 암종 (NSCLC) 및 소-세포 폐 암종 (SCLC)), 위장암 (예를 들어 대장암, 소장암, 및 위암), 결장암, 결장직장암, 방광암, 간암, 식도암, 췌장암, 담도암, 유방암, 난소암, 자궁내막암, 자궁경부암, 전립선암, 중피종, 육종 (예를 들어 상피, 간상 및 윤활막), 척색종, 신장암, 신경혈종, 및 뇌종양 (예를 들어 교모세포종)을 포함한다 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 EZH2에 표적화된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175이다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있다. 임의의 상술한 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 개체에게 비경구로 투여된다. 특정 구현예에서, 화합물 투여는 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시킨다. 특정 구현예에서, 개체는 EZH2와 연관된 암을 가진 것으로 또는 가질 위험에 처한 것으로 확인된다.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 EZH2에 표적화될 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드, 예를 들어 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드, 10 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드, 12 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드, 또는 20개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 서열번호: 1-3에서 열거된 임의의 핵염기 서열에 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 상보성이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 인터뉴클레오사이드 연결기는 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기이고, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함하고/하거나 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 핵염기는 변형된 핵염기이다. 특정 구현예에서, 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고, 변형된 당은 이환형 당 또는 2'-O-메톡시에틸이고, 변형된 핵염기는 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편; 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편을 갖고, 상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 그리고 바로 인접하여 위치하고 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함한다.
임의의 상술한 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 12 내지 30, 15 내지 30, 15 내지 25, 15 내지 24, 16 내지 24, 17 내지 24, 18 내지 24, 19 내지 24, 20 내지 24, 19 내지 22, 20 내지 22, 16 내지 20, 또는 17 또는 20개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어질 수 있다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 서열번호: 1-3에서 열거된 임의의 핵염기 서열에 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 상보성이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 인터뉴클레오사이드 연결기는 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기이고, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함하고/하거나 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 핵염기는 변형된 핵염기이다. 특정 구현예에서, 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고, 변형된 당은 이환형 당 또는 2'-O-메톡시에틸이고, 변형된 핵염기는 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편; 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편을 갖고, 상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 그리고 바로 인접하여 위치하고 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함한다.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진 그리고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함할 수 있거나 상기로 이루어질 수 있고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진 그리고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함할 수 있거나 상기로 이루어질 수 있고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 변형된 당을 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진 그리고 서열번호: 252, 387, 또는 998 중 어느 하나에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함할 수 있거나 상기로 이루어질 수 있고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진 그리고 서열번호: 252에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함할 수 있거나 상기로 이루어질 수 있고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 여기서 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진 그리고 서열번호: 1038에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함할 수 있거나 상기로 이루어질 수 있고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
1개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
5개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편은 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편은 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, 및 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진 그리고 서열번호: 252에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함할 수 있거나 상기로 이루어질 수 있고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
2개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
4개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편은 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 및 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 16-80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진 그리고 서열번호: 102에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함할 수 있거나 상기로 이루어질 수 있고, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하기를 갖고:
9개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
2개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
5개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
상기 갭 단편은 5' 윙 단편과 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편의 각 뉴클레오사이드는 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편은 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, 및 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 여기서 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이고; 여기서 각 시토신은 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16-30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 16개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 하기 구조, 또는 이의 염을 가질 수 있다:
Figure pct00005
.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 하기 구조를 가질 수 있다:
Figure pct00006
.
임의의 상술한 방법 또는 용도에서, 화합물은 비경구로 투여될 수 있다. 예를 들어, 특정 구현예에서 화합물은 주사 또는 주입을 통해 투여될 수 있다. 비경구 투여는 피하 투여, 정맥내 투여, 근육내 투여, 동맥내 투여, 복강내 투여, 또는 두개내 투여, 예를 들면 척추강내 또는 뇌심실내 투여를 포함한다.
특정 조합 및 조합 요법
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물을 포함하는 제1 제제는 하나 이상의 2차 제제와 공-투여된다. 특정 구현예에서, 그와 같은 제2 제제는 본 명세서에 기재된 제1 제제와 동일한 질환, 장애, 또는 병태를 치료하도록 설계된다. 특정 구현예에서, 그와 같은 제2 제제는 본 명세서에 기재된 제1 제제와 상이한 질환, 장애, 또는 병태를 치료하도록 설계된다. 특정 구현예에서, 제1 제제는 제2 제제의 원하지 않는 부작용을 치료하도록 설계된다. 특정 구현예에서, 제2 제제는 제1 제제의 원하지 않는 효과를 치료하기 위해 제1 제제와 공-투여된다. 특정 구현예에서, 그와 같은 제2 제제는 본 명세서에 기재된 바와 같이 하나 이상의 약제학적 조성물의 원하지 않는 부작용을 치료하도록 설계된다. 특정 구현예에서, 제2 제제는 조합적 효과를 생산하기 위해 제1 제제와 공-투여된다. 특정 구현예에서, 제2 제제는 상승작용 효과를 생산하기 위해 제1 제제와 공-투여된다. 특정 구현예에서, 제1 및 제2 제제의 공-투여는 제제가 독립적 요법으로서 투여된 경우 치료적 또는 예방적 효과를 달성하도록 요구될 것보다 더 낮은 투약량을 사용하도록 한다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 하나 이상의 화합물 또는 조성물은 하나 이상의 2차 제제와 공-투여된다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 하나 이상의 화합물 또는 조성물 및 하나 이상의 2차 제제는 상이한 시간에 투여된다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 하나 이상의 화합물 또는 조성물 및 하나 이상의 2차 제제는 단일 제형으로 함께 제조된다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 하나 이상의 화합물 또는 조성물 및 하나 이상의 2차 제제는 별도로 제조된다. 특정 구현예에서, 2차 제제는 하기로부터 선택된다: 비제한적으로 보르테조밉, 카르필조밉, 및 익사조밉을 포함하는 프로테아좀 억제제; 비제한적으로 이브루티닙을 포함하는 BTK 억제제; 비제한적으로 탈리도마이드, 레날리도마이드, 및 포말리도마이드를 포함하는 IMiDs; 비제한적으로 베네토클락스를 포함하는 BCL2 억제제; 비제한적으로 파노비노스타트를 포함하는 HDAC 억제제; 비제한적으로 디나시클립을 포함하는 CDK 억제제 ; 비제한적으로 셀리넥소를 포함하는 XPO1 억제제; 비제한적으로 CPI-0610을 포함하는 BET 억제제; 비제한적으로 다라투무맙, 이사툭시맙, 및 MOR202를 포함하는 항-CD38 항체; 비제한적으로 엘로투주맙을 포함하는 항-CD319 또는 항-SLAMF7 항체; 덱사메타손, 시스플라틴, 독소루비신, 시클로포스파미드, 및 에토포시드. 특정 구현예에서, 제2 제제는 타제메토스탓, EPZ-6438, E7438, GSK2816126, CPI-1205, CPI-360, CPI-169, 및 CPI-1205로부터 선택된다.
특정 구현예는 2차 제제와 조합으로 본 명세서에 기재된 바와 같이 EZH2에 표적화된 화합물의 용도에 관한 것이다. 특정 구현예에서 그와 같은 용도는, 비제한적으로, 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 포함하는 암을 앓고 있는 환자의 치료 방법에 있다. 특정 구현예에서, 그와 같은 용도는, 비제한적으로, 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 포함하는 암 치료용 약제의 조제 또는 제조에 있다. 특정 구현예에서, B-세포 림프종은 비호지킨 B-세포 림프종이다. 본 명세서에 제공된 화합물로 치료될 수 있는 특정 구현예의 비호지킨 B-세포 림프종의 예는, 비제한적으로, 미만성 거대 B 세포 림프종 (DLBCL), 활성화된 B-세포 림프종 (ABC-DLBCL), 배아 중심 B-세포 림프종 (GCB DLBCL)(GC DLBCL), 소포성 림프종, 점막-연관된 림프 조직 림프종 (MALT), 소 세포 림프구 림프종, 만성 림프구성 백혈병, 외투 세포 림프종 (MCL), 버킷 림프종, 종격동 거대 B 세포 림프종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 결절 변연부 B 세포 림프종 (NMZL), 비장 변연부 림프종 (SMZL), 혈관내 거대 B-세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 및 림프종양 육아종증을 포함한다. 특정 구현예에서, T-세포 림프종은, 비제한적으로, 말초 T-세포 림프종, 성체 T 세포 백혈병/림프종 (ATLL), 및 역형성 대세포 림프종 (ALCL)을 포함한다. 특정 구현예에서, 백혈병은, 비제한적으로, 급성 림프구성 백혈병 (ALL)을 포함한다. 본 명세서에 제공된 화합물 및 방법으로 치료가능한, 예방가능한, 및/또는 개선가능한 EZH2와 연관된 암의 추가의 예는 비제한적으로 폐암 (예를 들어 비-소 세포 폐 암종 (NSCLC) 및 소-세포 폐 암종 (SCLC)), 위장암 (예를 들어 대장암, 소장암, 및 위암), 결장암, 결장직장암, 방광암, 간암, 식도암, 췌장암, 담도암, 유방암, 난소암, 자궁내막암, 자궁경부암, 전립선암, 중피종, 육종 (예를 들어 상피, 간상 및 윤활막), 척색종, 신장암, 신경혈종, 및 뇌종양 (예를 들어 교모세포종)을 포함한다 포함한다. 특정 구현예에서, 2차 제제는 하기로부터 선택된다: 비제한적으로 보르테조밉, 카르필조밉, 및 익사조밉을 포함하는 프로테아좀 억제제; 비제한적으로 이브루티닙을 포함하는 BTK 억제제; 비제한적으로 탈리도마이드, 레날리도마이드, 및 포말리도마이드를 포함하는 IMiDs; 비제한적으로 베네토클락스를 포함하는 BCL2 억제제; 비제한적으로 파노비노스타트를 포함하는 HDAC 억제제; 비제한적으로 디나시클립을 포함하는 CDK 억제제; 비제한적으로 셀리넥소를 포함하는 XPO1 억제제; 비제한적으로 CPI-0610을 포함하는 BET 억제제; 비제한적으로 다라투무맙, 이사툭시맙, 및 MOR202를 포함하는 항-CD38 항체; 비제한적으로 엘로투주맙을 포함하는 항-CD319 또는 항-SLAMF7 항체; 덱사메타손, 시스플라틴, 독소루비신, 시클로포스파미드, 및 에토포시드. 특정 구현예에서, 제2 제제는 타제메토스탓, EPZ-6438, E7438, GSK2816126, CPI-1205, CPI-360, CPI-169, 및 CPI-1205로부터 선택된다.
특정 구현예는 본 명세서에 기재된 바와 같이 EZH2에 표적화된 화합물 및 2차 제제, 예컨대 하기로부터 선택된 2차 제제의 조합으로 그려진다: 비제한적으로 보르테조밉, 카르필조밉, 및 익사조밉을 포함하는 프로테아좀 억제제; 비제한적으로 이브루티닙을 포함하는 BTK 억제제; 비제한적으로 탈리도마이드, 레날리도마이드, 및 포말리도마이드를 포함하는 IMiDs; 비제한적으로 베네토클락스를 포함하는 BCL2 억제제; 비제한적으로 파노비노스타트를 포함하는 HDAC 억제제; 비제한적으로 디나시클립을 포함하는 CDK 억제제; 비제한적으로 셀리넥소를 포함하는 XPO1 억제제; 비제한적으로 CPI-0610을 포함하는 BET 억제제; 덱사메타손, 탈리도마이드, 시스플라틴, 독소루비신, 시클로포스파미드, 및 에토포시드. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 바와 같이 EZH2에 표적화된 화합물 및 2차 제제, 예컨대 하기로부터 선택된 2차 제제의 그와 같은 조합: 비제한적으로 보르테조밉, 카르필조밉, 및 익사조밉을 포함하는 프로테아좀 억제제; 비제한적으로 이브루티닙을 포함하는 BTK 억제제; 비제한적으로 레날리도마이드를 포함하는 IMiDs; 비제한적으로 베네토클락스를 포함하는 BCL2 억제제; 비제한적으로 파노비노스타트를 포함하는 HDAC 억제제; 비제한적으로 디나시클립을 포함하는 CDK 억제제; 비제한적으로 셀리넥소를 포함하는 XPO1 억제제; 비제한적으로 CPI-0610을 포함하는 BET 억제제; 비제한적으로 다라투무맙, 이사툭시맙, 및 MOR202를 포함하는 항-CD38 항체; 비제한적으로 엘로투주맙을 포함하는 항-CD319 또는 항-SLAMF7 항체; 덱사메타손, 시스플라틴, 독소루비신, 시클로포스파미드, 및 에토포시드. 특정 구현예에서, 제2 제제는 타제메토스탓, EPZ-6438, E7438, GSK2816126, CPI-1205, CPI-360, CPI-169, 및 CPI-1205로부터 선택된다. 그와 같은 조합은, 비제한적으로, 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 포함하는 암의 치료 및/또는 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이의 감소 또는 억제에 유용할 수 있다.
특정 구현예에서 본 명세서에 기재된 바와 같이 EZH2에 표적화된 화합물 및 2차 제제는 2개의 제제를 동시에, 별도로 또는 순차적으로 투여함으로써 조합 치료에서 사용된다. 특정 구현예에서 2개의 제제는 고정된 용량 조합 생성물로서 제형화된다. 다른 구현예에서 2개의 제제는 어느 한쪽 동시에 또는 연속으로 (순차적으로) 취득될 수 있는 별도의 유닛으로서 환자에게 제공된다.
특정 화합물
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 안티센스 화합물일 수 있다. 특정 구현예에서, 안티센스 화합물은 올리고머성 화합물을 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 올리고머성 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 표적 핵산의 것에 상보성인 핵염기 서열을 갖는다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 표적 핵산의 것에 상보성인 핵염기 서열을 갖는다.
특정 구현예에서, 화합물 또는 안티센스 화합물은 단일가닥이다. 그와 같은 단일가닥 화합물 또는 안티센스 화합물은 올리고머성 화합물을 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 그와 같은 올리고머성 화합물은 올리고뉴클레오타이드 및 선택적으로 컨쥬게이트 그룹을 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 변형된다. 특정 구현예에서, 단일가닥 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물의 올리고뉴클레오타이드는 자기-상보성 핵염기 서열을 포함한다.
특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥이다. 그와 같은 이중가닥 화합물은 표적 핵산에 상보성인 영역을 가지고 있는 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드에 상보성인 영역을 가지고 있는 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 RNA 올리고뉴클레오타이드이다. 상기 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드에서 티민 핵염기는 우라실 핵염기에 의해 대체된다. 특정 구현예에서, 화합물은 컨쥬게이트 그룹을 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드 중 한쪽은 컨쥬게이션된다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드 양쪽은 컨쥬게이션된다. 특정 구현예에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 컨쥬게이션된다. 특정 구현예에서, 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 컨쥬게이션된다. 특정 구현예에서, 제1 변형된 올리고뉴클레오타이드는 12-30개의 연결된 뉴클레오사이드 길이이고 제2 변형된 올리고뉴클레오타이드는 12-30개의 연결된 뉴클레오사이드 길이이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 한쪽은 임의의 서열번호: 10-1592의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 갖는다.
특정 구현예에서, 안티센스 화합물은 이중가닥이다. 그와 같은 이중가닥 안티센스 화합물은 표적 핵산에 상보성인 영역을 가지고 있는 제1 올리고머성 화합물 및 제1 올리고머성 화합물에 상보성인 영역을 가지고 있는 제2 올리고머성 화합물을 포함한다. 그와 같은 이중가닥 안티센스 화합물의 제1 올리고머성 화합물은 전형적으로 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 선택적으로 컨쥬게이트 그룹을 포함하거나 상기로 이루어진다. 그와 같은 이중가닥 안티센스 화합물의 제2 올리고머성 화합물의 올리고뉴클레오타이드는 변형될 수 있거나 미변형될 수 있다. 이중가닥 안티센스 화합물의 어느 한쪽 또는 양쪽 올리고머성 화합물은 컨쥬게이트 그룹을 포함할 수 있다. 이중가닥 안티센스 화합물의 올리고머성 화합물은 비-상보성 돌출 뉴클레오사이드를 포함할 수 있다.
단일가닥 및 이중가닥 화합물의 예는 비제한적으로 올리고뉴클레오타이드, siRNAs, 마이크로RNA 표적화 올리고뉴클레오타이드, 및 단일가닥 RNAi 화합물, 예컨대 작은 헤어핀 RNAs (shRNAs), 단일가닥 siRNAs (ssRNAs), 및 마이크로RNA 모방체를 포함한다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은, 5'에서 3' 방향으로 기록된 경우, 표적화되는 표적 핵산의 표적 단편의 역 보체를 포함하는 핵염기 서열을 갖는다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 10 내지 30개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 12 내지 30개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 12 내지 22개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 14 내지 30개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 14 내지 20개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 15 내지 30개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 15 내지 20개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 16 내지 30개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 16 내지 20개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 17 내지 30개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 17 내지 20개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 18 내지 30개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 18 내지 21개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 18 내지 20개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 20 내지 30개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 환언하면, 그와 같은 올리고뉴클레오타이드는 12 내지 30개의 연결된 서브유닛, 14 내지 30개의 연결된 서브유닛, 14 내지 20 서브유닛, 15 내지 30 서브유닛, 15 내지 20 서브유닛, 16 내지 30 서브유닛, 16 내지 20 서브유닛, 17 내지 30 서브유닛, 17 내지 20 서브유닛, 18 내지 30 서브유닛, 18 내지 20 서브유닛, 18 내지 21 서브유닛, 20 내지 30 서브유닛, 또는 12 내지 22개의 연결된 서브유닛 길이, 각각이다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 14개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 16개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 17개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 18개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 19개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 20개의 연결된 서브유닛 길이의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 다른 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 8 내지 80, 12 내지 50, 13 내지 30, 13 내지 50, 14 내지 30, 14 내지 50, 15 내지 30, 15 내지 50, 16 내지 30, 16 내지 50, 17 내지 30, 17 내지 50, 18 내지 22, 18 내지 24, 18 내지 30, 18 내지 50, 19 내지 22, 19 내지 30, 19 내지 50, 또는 20 내지 30개의 연결된 서브유닛의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 상기 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 또는 80개의 연결된 서브유닛 길이의, 또는 상기 값들 중 어느 2개에 의해 정의된 범위의 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 구현예에서 연결된 서브유닛은 뉴클레오타이드, 뉴클레오사이드, 또는 핵염기이다.
특정 구현예에서, 화합물은, 올리고뉴클레오타이드에 부착되는, 추가의 특징 또는 요소, 예컨대 컨쥬게이트 그룹을 추가로 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 그와 같은 화합물은 안티센스 화합물이다. 특정 구현예에서, 그와 같은 화합물은 올리고머성 화합물이다. 컨쥬게이트 그룹이 뉴클레오사이드 (즉 올리고뉴클레오타이드에 컨쥬게이트 그룹을 연결하는 뉴클레오사이드)를 포함하는 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹의 뉴클레오사이드는 올리고뉴클레오타이드의 길이에서 계수되지 않는다.
특정 구현예에서, 화합물은 단축 또는 절단될 수 있다. 예를 들어, 단일 서브유닛은 5' 말단 (5' 절단)으로부터, 또는 대안적으로 3' 말단 (3' 절단)으로부터 결실될 수 있다. EZH2 핵산에 표적화된 단축된 또는 절단된 화합물은 화합물의 5' 말단으로부터 결실된 2개의 서브유닛을 가질 수 있거나, 대안적으로 3' 말단으로부터 결실된 2개의 서브유닛을 가질 수 있다. 대안적으로, 결실된 뉴클레오사이드는 화합물 전반에 걸쳐 분산될 수 있다.
단일 추가의 서브유닛이 늘어난 화합물에서 존재하는 경우, 추가의 서브유닛은 화합물의 5' 또는 3' 말단에 위치할 수 있다. 2개 이상의 추가의 서브유닛이 존재하는 경우, 첨가된 서브유닛은, 예를 들어, 화합물의 5' 말단 (5' 첨가)에, 또는 대안적으로 3' 말단 (3' 첨가)에 첨가된 2개의 서브유닛을 가지고 있는 화합물에서 서로에 인접할 수 있다. 대안적으로, 첨가된 서브유닛은 화합물 전반에 걸쳐 분산될 수 있다.
화합물, 예컨대 올리고뉴클레오타이드의 길이를 증가 또는 감소시키는 것, 및/또는 활성 제거 없이 미스매치 염기를 도입하는 것이 가능하다 (Woolf 등. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89:7305-7309; Gautschi 등. J. Natl. Cancer Inst. March 2001, 93:463-471; Maher and Dolnick Nuc. Acid. Res. 1998, 16:3341-3358). 그러나, 올리고뉴클레오타이드 서열, 화학 및 모티프에서 외견상으로 작은 변화는 임상 개발에 필요한 하나 이상의 많은 특성에서 큰 차이를 만들 수 있다 (Seth 등. J. Med. Chem. 2009, 52, 10; Egli 등. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 16642).
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은, 이중가닥 RNA 화합물 (짧은-간섭 RNA 또는 siRNA로도 칭함) 및 단일가닥 RNAi 화합물 (또는 ssRNA)를 포함하는, 간섭 RNA 화합물 (RNAi)이다. 그와 같은 화합물은 RISC 경로를 통해 적어도 부분적으로 작용하여 표적 핵산을 분해 및/또는 격리시킨다 (따라서, 마이크로RNA/마이크로RNA-모방체 화합물을 포함한다). 본 명세서에 사용된 바와 같이, 용어 siRNA는 서열 특이적 RNAi, 예를 들어 짧은 간섭 RNA (siRNA), 이중가닥 RNA (dsRNA), 마이크로-RNA (miRNA), 짧은 헤어핀 RNA (shRNA), 짧은 간섭 올리고뉴클레오타이드, 짧은 간섭 핵산, 짧은 간섭 변형된 올리고뉴클레오타이드, 화학적으로 변형된 siRNA, 후기-전사적 유전자 사일런싱 RNA (ptgsRNA), 및 기타를 매개할 수 있는 핵산 분자를 기재하는데 사용된 다른 용어들과 동등해지기 위한 것이다. 또한, 본 명세서에 사용된 바와 같이, 용어 "RNAi"는 서열 특이적 RNA 간섭, 예컨대 후기 전사적 유전자 사일런싱, 번역 억제, 또는 후성유전학을 기재하는데 사용된 다른 용어들과 동등해지기 위한 것이다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 본 명세서에 기재된 EZH2에 표적화된 임의의 올리고뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 이중가닥일 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 연속적 핵염기 부분을 포함하는 제1 가닥 및 제2 가닥을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 제1 가닥 및 제2 가닥을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 제1 가닥이 서열번호: 10-1592 중 어느 하나에서 티민 (T) 대신에 우라실 (U)를 갖는 리보뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 임의의 서열번호: 10-1592가 표적화되는 EZH2 상의 부위에 상보성인 핵염기 서열을 포함하는 (i) 제1 가닥, 및 (ii) 제2 가닥을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 당에서의 2' 위치가 할로겐 (예컨대 불소 기; 2'-F)을 함유하거나 알콕시 기 (예컨대 메톡시 기; 2'-OMe)를 함유하는 하나 이상의 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 적어도 하나의 2'-F 당 변형 및 적어도 하나의 2'-OMe 당 변형을 포함한다. 특정 구현예에서, 적어도 하나의 2'-F 당 변형 및 적어도 하나의 2'-OMe 당 변형은 dsRNA 화합물의 가닥을 따라 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 연속적 핵염기에 대하여 교대 패턴으로 배열된다. 특정 구현예에서, 화합물은 자연 발생 포스포디에스테르 연결기 이외 인접한 뉴클레오타이드 사이 하나 이상의 연결기를 포함한다. 그와 같은 연결기의 예는 포스포르아미드, 포스포로티오에이트, 및 포스포로디티오에이트 연결기를 포함한다. 화합물은 또한 미국특허 번호 6,673,661에서 교시된 바와 같이 화학적으로 변형된 핵산 분자일 수 있다. 다른 구현예에서, 화합물은, 예를 들어, 2000년 4월 19일 출원된, WO 00/63364에 의해 개시된 바와 같이, 1개 또는 2개의 캡핑된 가닥을 함유한다.
특정 구현예에서, 화합물의 제1 가닥은 siRNA 가이드 가닥이고 화합물의 제2 가닥은 siRNA 패신저 가닥이다. 특정 구현예에서, 화합물의 제2 가닥은 제1 가닥에 상보성이다. 특정 구현예에서, 화합물의 각 가닥은 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 또는 23개의 연결된 뉴클레오사이드 길이이다. 특정 구현예에서, 화합물의 제1 또는 제2 가닥은 컨쥬게이트 그룹을 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 본 명세서에 기재된 EZH2에 표적화된 임의의 올리고뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 단일가닥이다. 특정 구현예에서, 그와 같은 화합물은 단일가닥 RNAi (ssRNAi) 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 연속적 핵염기 부분을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 우라실 (U)이 서열번호: 10-1592 중 어느 하나에서 티민 (T) 대신하는 리보뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 임의의 서열번호: 10-1592이 표적화되는 EZH2 상의 부위에 상보성인 핵염기 서열을 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 당에서의 2' 위치가 할로겐 (예컨대 불소 기; 2'-F)를 함유하거나 알콕시 기 (예컨대 메톡시 기; 2'-OMe)를 함유하는 하나 이상의 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 화합물은 적어도 하나의 2'-F 당 변형 및 적어도 하나의 2'-OMe 당 변형을 포함한다. 특정 구현예에서, 적어도 하나의 2'-F 당 변형 및 적어도 하나의 2'-OMe 당 변형은 화합물의 가닥을 따라 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 연속적 핵염기에 대하여 교대 패턴으로 배열된다. 특정 구현예에서, 화합물은 자연 발생 포스포디에스테르 연결기 이외 인접한 뉴클레오타이드 사이 하나 이상의 연결기를 포함한다. 그와 같은 연결기의 예는 포스포르아미드, 포스포로티오에이트, 및 포스포로디티오에이트 연결기를 포함한다. 화합물은 또한 미국특허 번호 6,673,661에서 교시된 바와 같이 화학적으로 변형된 핵산 분자일 수 있다. 다른 구현예에서, 화합물은, 예를 들어, 2000년 4월 19일 출원된, WO 00/63364에 의해 개시된 바와 같이, 캡핑된 가닥을 함유한다. 특정 구현예에서, 화합물은 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 또는 23개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 특정 구현예에서, 화합물은 컨쥬게이트 그룹을 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하나 이상의 비대칭 중심을 갖고 따라서, 절대적인 입체화학 관점에서, (R) 또는 (S)로서, 예컨대 당 아노머에 대하여 α 또는 β로서, 또는 예컨대 아미노산에 대하여 (D) 또는 (L)로서, 정의될 수 있는 거울상이성질체, 부분입체이성질체, 및 다른 입체이성질체 배치형태, 등을 야기시킨다. 달리 특정되지 않는 한, 그것의 라세미 및 광학적으로 순수한 형태를 포함하는, 모든 그와 같은 가능한 이성질체는 본 명세서에 제공된 변형된 올리고뉴클레오타이드에서 포함된다. 마찬가지로, 모든 시스- 및 트랜스-이성질체 및 호변이성질체 형태는 또한 포함된다.
본 명세서에 기재된 화합물은 하나 이상의 원자가 명시된 원소의 비-방사성 동위원소 또는 방사성 동위원소로 대체되는 변동을 포함한다. 예를 들어, 수소 원자를 포함하는 본 명세서에서의 화합물은 각각의 1H 수소 원자에 대하여 모든 가능한 중수소 치환을 포괄한다. 본 명세서에서의 화합물에 의해 포괄된 동위원소 치환은 하기를 비제한적으로 포함한다: 1H 대신에 2H 또는 3H, 12C 대신에 13C 또는 14C, 14N 대신에 15N, 16O 대신에 17O 또는 18O, 및 32S 대신에 33S, 34S, 35S, 또는 36S. 특정 구현예에서, 비-방사성 동위원소 치환은 치료 또는 연구 도구로서 사용에 유익한 올리고머성 화합물에 신규한 특성을 부여할 수 있다. 특정 구현예에서, 방사성 동위원소 치환은 연구 또는 진단 목적 예컨대 이미지형성에 적당한 화합물을 만들 수 있다.
특정 기전
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 안티센스 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 올리고머성 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 표적 핵산에 하이브리드화할 수 있어서, 적어도 하나의 안티센스 활성을 초래한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 하나 이상의 표적 핵산에 선택적으로 영향을 준다. 그와 같은 화합물은, 하나 이상의 원하는 안티센스 활성을 초래하는, 하나 이상의 표적 핵산에 하이브리드화하고 하나 이상의 비-표적 핵산에 하이브리드화하지 않거나 상당한 원하지 않는 안티센스 활성을 초래하는 방식으로 하나 이상의 비-표적 핵산에 하이브리드화하지 않는 핵염기 서열을 포함한다.
특정 안티센스 활성에서, 표적 핵산에 본 명세서에 기재된 화합물의 하이브리드화는 표적 핵산을 절단하는 단백질의 동원을 초래한다. 예를 들어, 본 명세서에 기재된 특정 화합물은 표적 핵산의 RNase H 매개된 절단을 초래한다. RNase H는 RNA:DNA 듀플렉스의 RNA 가닥을 절단하는 세포 엔도뉴클레아제이다. 그와 같은 RNA:DNA 듀플렉스내 DNA는 미변형된 DNA일 필요는 없다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 RNase H 활성을 유도하기 위해 충분히 "DNA-유사"하다. 또한, 특정 구현예에서, 갭머의 갭에서 하나 이상의 비-DNA-유사 뉴클레오사이드는 용인된다.
특정 안티센스 활성에서, 본 명세서에 기재된 화합물 또는 화합물의 일부분은 RNA-유도된 사일런싱 복합체 (RISC)에 장입되어, 궁극적으로 표적 핵산의 절단을 초래한다. 예를 들어, 본 명세서에 기재된 특정 화합물은 아르고노트에 의해 표적 핵산의 절단을 초래한다. RISC 속에 장입되는 화합물은 RNAi 화합물이다. RNAi 화합물은 이중가닥 (siRNA) 또는 단일가닥 (ssRNA)일 수 있다.
특정 구현예에서, 표적 핵산에 본 명세서에 기재된 화합물의 하이브리드화는 그 표적 핵산을 절단시키는 단백질의 동원을 초래하지 않는다. 특정 상기 구현예에서, 표적 핵산에 화합물의 하이브리드화는 표적 핵산의 스플라이싱의 변경을 초래한다. 특정 구현예에서, 표적 핵산에 화합물의 하이브리드화는 표적 핵산과 단백질 또는 다른 핵산 사이 결합 상호작용의 억제를 초래한다. 특정 상기 구현예에서, 표적 핵산에 화합물의 하이브리드화는 표적 핵산의 번역의 변경을 초래한다.
안티센스 활성은 직접적으로 또는 간접적으로 관측될 수 있다. 특정 구현예에서, 안티센스 활성의 관찰 또는 검출은 그와 같은 표적 핵산에 의해 인코딩된 표적 핵산 또는 단백질의 양에서의 변화, 핵산 또는 단백질의 스플라이스 변이체의 비에서의 변화, 및/또는 세포 또는 동물에서의 표현형 변화의 관찰 또는 검출을 포함한다.
표적 핵산, 표적 영역 및 뉴클레오타이드 서열
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 표적 핵산에 상보성인 영역을 포함하는 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 표적 핵산은 내인성 RNA 분자이다. 특정 구현예에서, 표적 핵산은 단백질을 인코딩한다. 특정 상기 구현예에서, 표적 핵산은 하기로부터 선택된다: 인트론, 엑손 및 미번역된 영역을 포함하는, mRNA 및 pre-mRNA. 특정 구현예에서, 표적 RNA는 mRNA이다. 특정 구현예에서, 표적 핵산은 pre-mRNA이다. 특정 상기 구현예에서, 표적 영역은 전적으로 인트론 안에 있다. 특정 구현예에서, 표적 영역은 인트론/엑손 접합을 미친다. 특정 구현예에서, 표적 영역은 인트론 안에서 적어도 50%이다.
EZH2를 인코딩하는 뉴클레오타이드는, 제한 없이, 하기를 포함한다: RefSEQ No. NM_001203248.1 (서열번호: 1), NC_000007.14_TRUNC_148804001_148888000_COMP (서열번호: 2), 또는 NM_004456.4 (서열번호: 3), 이들 각각은 그 전체가 참고로 편입됨.
하이브리드화
일부 구현예에서, 하이브리드화는 본 명세서에 개시된 화합물과 EZH2 핵산 사이 발생한다. 하이브리드화의 가장 흔한 기전은 핵산 분자의 상보성 핵염기 사이 수소 결합 (예를 들면, 왓슨-크릭, 휴그스틴 또는 역전된 휴그스틴 수소 결합)을 포함한다.
하이브리드화는 다양한 조건 하에서 일어날 수 있다. 하이브리드화 조건은 서열-의존적이고 하이브리드화되어야 하는 핵산 분자의 성질 및 조성에 의해 결정된다.
서열이 구체적으로 표적 핵산에 하이브리드화가능 여부의 결정 방법은 당해 기술에 공지되어 있다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물은 구체적으로 EZH2 핵산과 하이브리드화가능하다.
상보성
올리고뉴클레오타이드는 그와 같은 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 하나 이상의 영역의 핵염기 서열이 또 다른 올리고뉴클레오타이드의 핵염기 서열을 매치하는 경우 또 다른 핵산에 또는 2개의 핵염기 서열이 대향하는 방향으로 정렬되는 경우 핵산 또는 이의 하나 이상의 영역에 상보성인 것으로 언급된다. 핵염기 매치 또는 상보성 핵염기는, 본 명세서에 기재된 바와 같이, 하기 쌍으로 제한된다: 달리 명시되지 않는 한 아데닌 (A) 및 티민 (T), 아데닌 (A) 및 우라실 (U), 시토신 (C) 및 구아닌 (G), 및 5-메틸 시토신 (mC) 및 구아닌 (G). 상보성 올리고뉴클레오타이드 및/또는 핵산은 각 뉴클레오사이드에서 핵염기 상보성을 가질 필요가 없고 하나 이상의 핵염기 미스매치를 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오타이드는 그와 같은 올리고뉴클레오타이드가 임의의 핵염기 미스매치 없이 각 뉴클레오사이드에 핵염기 매치를 갖는 경우 완전하게 상보성 또는 100% 상보성이다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 안티센스 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 올리고머성 화합물을 포함한다. 화합물과 EZH2 핵산 사이 비-상보성 핵염기는 화합물이 구체적으로 표적 핵산에 하이브리드화할 수 있게 남아있다면 용인될 수 있다. 또한, 화합물은 개재하는 또는 인접한 단편이 하이브리드화 이벤트 (예를 들면, 루프 구조, 미스매치 또는 헤어핀 구조)에서 관여되지 않는 방식으로 EZH2 핵산의 하나 이상의 단편에 걸쳐 하이브리드화할 수 있다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물, 또는 이의 명시된 부분은 EZH2 핵산, 표적 영역, 표적 단편, 또는 이의 명시된 부분에 적어도, 또는 최대 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 상보성이다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 화합물, 또는 이의 명시된 부분은, EZH2 핵산, 표적 영역, 표적 단편, 또는 이의 명시된 부분에 상보성인, 70% 내지 75%, 75% 내지 80%, 80% 내지 85%, 85% 내지 90%, 90% 내지 95%, 95% 내지 100%, 또는 이들 범위 사이 임의의 수이다. 표적 핵산과 화합물의 퍼센트 상보성은 일상적인 방법을 사용하여 결정될 수 있다.
예를 들어, 화합물의 20개의 핵염기 중 18개가 표적 영역에 상보성이고, 따라서 구체적으로 하이브리드화할 화합물은 90 퍼센트 상보성을 나타낼 것이다. 이 실시예에서, 나머지 비-상보성 핵염기는 상보성 핵염기로 클러스터링 또는 산재될 수 있고 서로에 또는 상보성 핵염기에 연속적일 필요는 없다. 이와 같이, 표적 핵산과 완전한 상보성의 2개의 영역에 의해 측접되는 4개의 비-상보성 핵염기를 가지고 있는 18개의 핵염기 길이인 화합물은 표적 핵산과 77.8%의 전체적인 상보성을 가질 것이다. 표적 핵산의 영역과 화합물의 퍼센트 상보성은 BLAST 프로그램 (기초 국소 정렬 검색 도구) 및 당업계에서 알려진 PowerBLAST 프로그램 (Altschul 등, J. Mol. Biol., 1990, 215, 403 410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649 656)을 사용하여 일상적으로 결정될 수 있다. 퍼센트 상동성, 서열 동일성 또는 상보성은, 예를 들어, Smith and Waterman (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482 489)의 알고리즘을 사용하는, 디폴트 설정을 사용하여, Gap 프로그램 (Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison Wis.)에 의해 결정될 수 있다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물, 또는 이의 명시된 부분은 표적 핵산, 또는 이의 명시된 부분에 완전하게 상보성 (즉 100% 상보성)이다. 예를 들어, 화합물은 EZH2 핵산, 또는 이의 표적 영역, 또는 표적 단편 또는 표적 서열에 완전하게 상보성일 수 있다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, "완전하게 상보성"은 화합물의 각 핵염기가 표적 핵산의 상응하는 핵염기에 상보성인 것을 의미한다. 예를 들어, 20개의 핵염기 화합물은, 화합물에 완전하게 상보성인 표적 핵산의 상응하는 20개의 핵염기 부분이 있는 한, 400개의 핵염기 길이인 표적 서열에 완전하게 상보성이다. 완전하게 상보성은 또한 제1 및/또는 제2 핵산의 명시된 부분과 관련하여 사용될 수 있다. 예를 들어, 30개의 핵염기 화합물의 20개의 핵염기 부분은 400개의 핵염기 길이인 표적 서열에 "완전하게 상보성"일 수 있다. 30개의 핵염기 화합물의 20개의 핵염기 부분은 각 핵염기가 화합물의 20개의 핵염기 부분에 상보성인 상응하는 20개의 핵염기 부분을 상기 표적 서열이 갖는다면 상기 표적 서열에 완전하게 상보성이다. 동시에, 전체 30개의 핵염기 화합물은, 화합물의 나머지 10개의 핵염기가 또한 상기 표적 서열에 상보성 여부에 의존하여, 상기 표적 서열에 완전하게 상보성일 수 있거나 아닐 수 있다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 표적 핵산에 비해 하나 이상의 미스매치된 핵염기를 포함한다. 특정 상기 구현예에서, 상기 표적에 대한 안티센스 활성은 그와 같은 미스매치만큼 감소되지만, 비-표적에 대한 활성은 다량만큼 감소된다. 따라서, 특정 상기 구현예에서 화합물의 선택성은 개선된다. 특정 구현예에서, 미스매치는 구체적으로 갭머 모티프를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드 내에서 위치한다. 특정 상기 구현예에서, 미스매치는 갭 영역의 5'-말단으로부터 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8번 위치에 있다. 특정 상기 구현예에서, 미스매치는 갭 영역의 3'-말단으로부터 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1번 위치에 있다. 특정 상기 구현예에서, 미스매치는 윙 영역의 5'-말단으로부터 1, 2, 3, 또는 4번 위치에 있다. 특정 상기 구현예에서, 미스매치는 윙 영역의 3'-말단으로부터 4, 3, 2, 또는 1번 위치에 있다. 특정 구현예에서, 미스매치는 구체적으로 갭머 모티프를 가지고 있지 않은 올리고뉴클레오타이드 내에서 위치한다. 특정 상기 구현예에서, 미스매치는 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단으로부터 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12번 위치에 있다. 특정 상기 구현예에서, 미스매치는 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단으로부터 , 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12번 위치에 있다.
비-상보성 핵염기의 위치는 화합물의 5' 말단 또는 3' 말단에 있을 수 있다. 대안적으로, 비-상보성 핵염기 또는 핵염기들은 화합물의 내부 위치에 있을 수 있다. 2개 이상의 비-상보성 핵염기가 존재하는 경우, 이들은 연속적 (즉 연결된) 또는 비-연속적일 수 있다. 일 구현예에서, 비-상보성 핵염기는 갭머 올리고뉴클레오타이드의 윙 단편에서 위치한다.
특정 구현예에서, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 핵염기 길이이거나, 최대 상기인 본 명세서에 기재된 화합물은 표적 핵산, 예컨대 EZH2 핵산, 또는 이의 명시된 부분에 비해 4 이하, 3 이하, 2 이하, 또는 1개 이하 비-상보성 핵염기(들)을 포함한다.
특정 구현예에서, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개의 핵염기 길이이거나, 최대 상기인 본 명세서에 기재된 화합물은 표적 핵산, 예컨대 EZH2 핵산, 또는 이의 명시된 부분에 비해 6 이하, 5 이하, 4 이하, 3 이하, 2 이하, 또는 1개 이하 비-상보성 핵염기(들)을 포함한다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 또한 표적 핵산의 일 부분에 상보성인 것들을 포함한다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, "부분"은 표적 핵산의 영역 또는 단편 내에서 연속적 (즉 연결된) 핵염기의 정의된 수를 지칭한다. "부분"은 또한 화합물의 연속적 핵염기의 정의된 수를 지칭할 수 있다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단편의 적어도 8개의 핵염기 부분에 상보성이다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단편의 적어도 9개의 핵염기 부분에 상보성이다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단편의 적어도 10개의 핵염기 부분에 상보성이다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단편의 적어도 11개의 핵염기 부분에 상보성이다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단편의 적어도 12개의 핵염기 부분에 상보성이다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단편의 적어도 13개의 핵염기 부분에 상보성이다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단편의 적어도 14개의 핵염기 부분에 상보성이다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단편의 적어도 15개의 핵염기 부분에 상보성이다. 특정 구현예에서, 화합물은 표적 단편의 적어도 16개의 핵염기 부분에 상보성이다. 표적 단편의 적어도 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 초과의 핵염기 부분, 또는 이들 값들 중 임의의 2개에 의해 정의된 범위에 상보성인 화합물이 또한 고려된다.
동일성
본 명세서에 제공된 화합물은 또한 특정 뉴클레오타이드 서열, 서열번호, 또는 특이적 ION 번호, 또는 이의 부분에 의해 제시된 화합물에 정의된 퍼센트 동일성을 가질 수 있다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드이다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, 화합물은 동일 핵염기 짝짓기 능력을 갖는다면 본 명세서에 개시된 서열과 동일성이다. 예를 들어, 개시된 DNA 서열에서 티미딘 대신에 우라실을 함유하는 RNA는 우라실 및 티미딘 둘 모두가 아데닌과 짝짓기하기 때문에 DNA 서열에 동일성인 것으로 간주될 것이다. 본 명세서에 기재된 화합물 뿐만 아니라 본 명세서에 제공된 화합물에 비하여 비-동일성 염기를 가지고 있는 화합물의 단축된 및 늘어난 버전은 또한 고려된다. 비-동일성 염기는 화합물 전반에 걸쳐 분산될 수 있거나 서로 인접할 수 있다. 화합물의 퍼센트 동일성은 비교되고 있는 서열에 비하여 동일 염기 짝짓기를 가지고 있는 염기의 수에 따라 계산된다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물, 또는 이의 부분은 본 명세서에 개시된 화합물 또는 서열번호 중 하나 이상, 또는 이의 부분이거나, 상기에 적어도, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일성이다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은, 특정 뉴클레오타이드 서열, 서열번호, 또는 특이적 ION 번호, 또는 이의 부분에 의해 제시된 화합물에 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성, 또는 그와 같은 값들 사이 임의의 백분율이고, 여기에서 상기 화합물은 하나 이상의 미스매치된 핵염기를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 상기 구현예에서, 미스매치는 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단으로부터 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12번에 있다. 특정 상기 구현예에서, 미스매치는 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단으로부터 위치 , 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12번에 있다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 안티센스 화합물을 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 안티센스 화합물의 일 부분은 표적 핵산의 동일 길이 부분에 비교된다. 특정 구현예에서, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 핵염기 부분은 표적 핵산의 동일 길이 부분에 비교된다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드의 일 부분은 표적 핵산의 동일 길이 부분에 비교된다. 특정 구현예에서, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 핵염기 부분은 표적 핵산의 동일 길이 부분에 비교된다.
특정 변형된 화합물
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 올리고뉴클레오타이드는 미변형된 올리고뉴클레오타이드 (RNA 또는 DNA)일 수 있거나 변형된 올리고뉴클레오타이드일 수 있다. 변형된 올리고뉴클레오타이드는 미변형된 RNA 또는 DNA에 비해 적어도 하나의 변형을 포함한다 (즉, (변형된 당 모이어티 및/또는 변형된 핵염기를 포함하는) 적어도 하나의 변형된 뉴클레오사이드 및/또는 적어도 하나의 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함한다).
A. 변형된 뉴클레오사이드
변형된 뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티 또는 변형된 핵염기 또는 당 모이어티 및 변형된 핵염기 둘 모두를 포함한다.
1. 변형된 당 모이어티
특정 구현예에서, 당 모이어티는 비-이환형 변형된 당 모이어티이다. 특정 구현예에서, 변형된 당 모이어티는 이환형 또는 삼환형 당 모이어티이다. 특정 구현예에서, 변형된 당 모이어티는 당 대리물이다. 그와 같은 당 대리물은 변형된 당 모이어티의 다른 유형의 것에 상응하는 하나 이상의 치환을 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 변형된 당 모이어티는, 비제한적으로 2', 4', 및/또는 5' 위치에서 치환체를 포함하는, 하나 이상의 비환형 치환체를 가진 푸라노실 고리를 포함하는 비-이환형 변형된 당 모이어티이다. 특정 구현예에서 비-이환형 변형된 당 모이어티의 하나 이상의 비환형 치환체는 분지형이다. 비-이환형 변형된 당 모이어티에 적당한 2'-치환기의 예는 하기를 비제한적으로 포함한다: 2'-F, 2'-OCH3 ("OMe" 또는 "O-메틸"), 및 2'-O(CH2)2OCH3 ("MOE"). 특정 구현예에서, 2'-치환기는 하기중으로부터 선택된다: 할로, 알릴, 아미노, 아지도, SH, CN, OCN, CF3, OCF3, O-C1-C10 알콕시, O-C1-C10 치환된 알콕시, O-C1-C10 알킬, O-C1-C10 치환된 알킬, S-알킬, N(Rm)-알킬, O-알케닐, S-알케닐, N(Rm)-알케닐, O-알키닐, S-알키닐, N(Rm)-알키닐, O-알킬레닐-O-알킬, 알키닐, 알크아릴, 아르알킬, O-알크아릴, O-아르알킬, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn) 또는 OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn), 여기에서 각 Rm 및 Rn은, 독립적으로, Cook 등, U.S. 6,531,584; Cook 등, U.S. 5,859,221; 및 Cook 등, U.S. 6,005,087에서 기재된 H, 아미노 보호기, 또는 치환된 또는 미치환된 C1-C10 알킬, 및 2'-치환기임. 이들 2'-치환기의 특정 구현예는 독립적으로 하기중으로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 추가로 치환될 수 있다: 하이드록실, 아미노, 알콕시, 카복시, 벤질, 페닐, 니트로 (NO2), 티올, 티오알콕시, 티오알킬, 할로겐, 알킬, 아릴, 알케닐 및 알키닐. 선형으로 비-이환형 변형된 당 모이어티에 적당한 4'-치환기의 예는 비제한적으로 알콕시 (예를 들면, 메톡시), 알킬, 및 Manoharan 등, WO 2015/106128에서 기재된 것을 포함한다. 비-이환형 변형된 당 모이어티에 적당한 5'-치환기의 예는 하기를 비제한적으로 포함한다: 5'-메틸 (R 또는 S), 5'-비닐, 및 5'-메톡시. 특정 구현예에서, 비-이환형 변형된 당은 1개 초과 비-브릿징 당 치환체, 예를 들어, 2'-F-5'-메틸 당 모이어티 및 변형된 당 모이어티 그리고 Migawa 등, US2010/190837 및 Rajeev 등, US2013/0203836에서 기재된 변형된 뉴클레오사이드를 포함한다.
특정 구현예에서, 2'-치환된 뉴클레오사이드 또는 2'-비-이환형 변형된 뉴클레오사이드는 하기로부터 선택된 선형 2'-치환기를 포함하는 당 모이어티를 포함한다: F, NH2, N3, OCF3, OCH3, O(CH2)3NH2, CH2CH=CH2, OCH2CH=CH2, OCH2CH2OCH3, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn), O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, 및 N-치환된 아세트아미드 (OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn)), 여기에서 각 Rm 및 Rn은, 독립적으로, H, 아미노 보호기, 또는 치환된 또는 미치환된 C1-C10 알킬임.
특정 구현예에서, 2'-치환된 뉴클레오사이드 또는 2'-비-이환형 변형된 뉴클레오사이드는 하기로부터 선택된 선형 2'-치환기를 포함하는 당 모이어티를 포함한다: F, OCF3, OCH3, OCH2CH2OCH3, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(CH3)2, O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, 및 OCH2C(=O)-N(H)CH3 ("NMA").
특정 구현예에서, 2'-치환된 뉴클레오사이드 또는 2'-비-이환형 변형된 뉴클레오사이드는 하기로부터 선택된 선형 2'-치환기를 포함하는 당 모이어티를 포함한다: F, OCH3, 및 OCH2CH2OCH3.
변형된 당 모이어티, 예컨대 비-이환형 변형된 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드는 뉴클레오사이드의 당 모이어티 상에서 치환(들)의 위치(들)에 의해 지칭된다. 예를 들어, 2'-치환된 또는 2-변형된 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드는 2'-치환된 뉴클레오사이드 또는 2-변형된 뉴클레오사이드로 지칭된다.
특정 모디페드 당 모이어티는 이환형 당 모이어티를 초래하는 제2 고리를 형성하는 브릿징 당 치환체를 포함한다. 특정 상기 구현예에서, 이환형 당 모이어티는 4' 및 2' 푸라노스 고리 원자 사이 브릿지를 포함한다. 그와 같은 4' 내지 2' 브릿징 당 치환체의 예는 하기를 비제한적으로 포함한다: 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2' ("LNA"), 4'-CH2-S-2', 4'-(CH2)2-O-2' ("ENA"), 4'-CH(CH3)-O-2' (S 배치형태인 경우 "구속된 에틸" 또는 "cEt"로 칭함), 4'-CH2-O-CH2-2', 4'-CH2-N(R)-2', 4'-CH(CH2OCH3)-O-2' ("구속된 MOE" 또는 "cMOE") 및 이의 유사체 (참고, 예를 들면, Seth 등, U.S. 7,399,845, Bhat 등, U.S. 7,569,686, Swayze 등, U.S. 7,741,457, 및 Swayze 등, U.S. 8,022,193), 4'-C(CH3)(CH3)-O-2' 및 이의 유사체 (참고, 예를 들면, Seth 등, U.S. 8,278,283), 4'-CH2-N(OCH3)-2' 및 이의 유사체 (참고, 예를 들면, Prakash 등, U.S. 8,278,425), 4'-CH2-O-N(CH3)-2' (참고, 예를 들면, Allerson 등, U.S. 7,696,345 및 Allerson 등, U.S. 8,124,745), 4'-CH2-C(H)(CH3)-2' (참고, 예를 들면, Zhou, 등, J. Org.Chem., 2009, 74, 118-134), 4'-CH2-C(=CH2)-2' 및 이의 유사체 (참고 예를 들면, Seth 등, U.S. 8,278,426), 4'-C(RaRb)-N(R)-O-2', 4'-C(RaRb)-O-N(R)-2', 4'-CH2-O-N(R)-2', 및 4'-CH2-N(R)-O-2', 여기서 각 R, Ra, 및 Rb는, 독립적으로, H, 보호기, 또는 C1-C12 알킬임 (참고, 예를 들어 Imanishi 등, U.S. 7,427,672).
특정 구현예에서, 그와 같은 4' 내지 2' 브릿지는 독립적으로 하기로부터 독립적으로 선택된 1 내지 4개의 연결된 기를 포함한다: -[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O)x-, 및 -N(Ra)-;
여기서:
x는 0, 1, 또는 2이고;
n은 1, 2, 3, 또는 4이고;
각 Ra 및 Rb는, 독립적으로, H, 보호기, 하이드록실, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 복소환 라디칼, 치환된 복소환 라디칼, 헤테로아릴, 치환된 헤테로아릴, C5-C7 지환족 라디칼, 치환된 C5-C7 지환족 라디칼, 할로겐, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, 아실 (C(=O)-H), 치환된 아실, CN, 설포닐 (S(=O)2-J1), 또는 설폭실 (S(=O)-J1)이고; 각 J1 및 J2는, 독립적으로, H, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 아실 (C(=O)-H), 치환된 아실, 복소환 라디칼, 치환된 복소환 라디칼, C1-C12 아미노알킬, 치환된 C1-C12 아미노알킬, 또는 보호기임.
추가의 이환형 당 모이어티는 당해 기술에 공지되어 있다, 참고, 예를 들어: Freier 등, Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443, Albaek 등, J. Org. Chem ., 2006, 71, 7731-7740, Singh 등, Chem . Commun ., 1998, 4, 455-456; Koshkin 등, Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlesteldt 등, Proc . Natl . Acad. Sci. U.S.A., 2000, 97, 5633-5638; Kumar 등, Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh 등, J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava 등, J. Am. Chem. Soc., 20017, 129, 8362-8379; Elayadi 등, Curr. Opinion Invens. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch 등, Chem. Biol., 2001, 8, 1-7; Orum 등, Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239-243; Wengel 등, U.S. 7,053,207; Imanishi 등, U.S. 6,268,490; Imanishi 등. U.S. 6,770,748; Imanishi 등, U.S. RE44,779; Wengel 등, U.S. 6,794,499; Wengel 등, U.S. 6,670,461; Wengel 등, U.S. 7,034,133; Wengel 등, U.S. 8,080,644; Wengel 등, U.S. 8,034,909; Wengel 등, U.S. 8,153,365; Wengel 등, U.S. 7,572,582; 및 Ramasamy 등, U.S. 6,525,191, Torsten 등, WO 2004/106356; Wengel 등, WO 1999/014226; Seth 등, WO 2007/134181; Seth 등, U.S. 7,547,684; Seth 등, U.S. 7,666,854; Seth 등, U.S. 8,088,746; Seth 등, U.S. 7,750,131; Seth 등, U.S. 8,030,467; Seth 등, U.S. 8,268,980; Seth 등, U.S. 8,546,556; Seth 등, U.S. 8,530,640; Migawa 등, U.S. 9,012,421; Seth 등, U.S. 8,501,805; Allerson 등, US2008/0039618; 및 Migawa 등, US2015/0191727.
특정 구현예에서, 이환형 당 모이어티 그리고 그와 같은 이환형 당 모이어티를 편입시키는 뉴클레오사이드는 추가로 이성질체 배치형태에 의해 정의된다. 예를 들어, (본 명세서에 기재된) LNA 뉴클레오사이드는 α-L 배치형태 또는 β-D 배치형태일 수 있다.
Figure pct00007
Figure pct00008
LNA (β-D 배치형태) α-L-LNA (α-L 배치형태)
브릿지 = 4'-CH2-O-2' 브릿지 = 4'-CH2-O-2'
α-L-메틸렌옥시 (4'-CH2-O-2') 또는 α-L-LNA 이환형 뉴클레오사이드는 안티센스 활성을 보여주었던 안티센스 올리고뉴클레오타이드에 편입되어 왔다 (Frieden 등, Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372). 본 명세서에서, 이환형 뉴클레오사이드의 일반적인 설명은 두 이성질체 배치형태를 포함한다. 특이적 이환형 뉴클레오사이드 (예를 들면, LNA 또는 cEt)의 위치가 본 명세서에 예시된 구현예에서 확인되는 경우, 이들은, 달리 명시되지 않는 한, β-D 배치형태이다.
특정 구현예에서, 변형된 당 모이어티는 하나 이상의 비-브릿징 당 치환체 및 하나 이상의 브릿징 당 치환체 (예를 들면, 5'-치환된 및 4'-2' 브릿징된 당)을 포함한다.
특정 구현예에서, 변형된 당 모이어티는 당 대리물이다. 특정 상기 구현예에서, 당 모이어티의 산소 원자는, 예를 들면, 황, 탄소 또는 질소 원자로 대체된다. 특정 상기 구현예에서, 그와 같은 변형된 당 모이어티는 또한 본 명세서에 기재된 바와 같은 브릿징 및/또는 비-브릿징 치환체를 포함한다. 예를 들어, 특정 당 대리물은 2'-위치 (참고, 예를 들면, Bhat 등, U.S. 7,875,733 및 Bhat 등, U.S. 7,939,677) 및/또는 5' 위치에서 치환 및 4'-황 원자를 포함한다.
특정 구현예에서, 당 대리물은 5개 원자 이외를 가지고 있는 고리를 포함한다. 예를 들어, 특정 구현예에서, 당 대리물은 6-원 테트라하이드로피란 ("THP")를 포함한다. 그와 같은 테트라하이드로피란은 추가로 변형 또는 치환될 수 있다. 그와 같은 변형된 테트라하이드로피란을 포함하는 뉴클레오사이드는 비제한적으로 하기를 포함한다: 헥시톨 핵산 ("HNA"), 아니톨 핵산 ("ANA"), 만니톨 핵산 ("MNA") (참고, 예를 들면, Leumann, CJ. Bioorg. & Med. Chem. 2002, 10, 841-854), 플루오로 HNA:
Figure pct00009
F-HNA
("F-HNA", 참고 예를 들어 Swayze 등, U.S. 8,088,904; Swayze 등, U.S. 8,440,803; 및 Swayze 등, U.S. 9,005,906; F-HNA는 또한 F-THP 또는 3'-플루오로 테트라하이드로피란으로서 지칭될 수 있다), 및 하기 식을 가지고 있는 추가의 변형된 THP 화합물을 포함하는 뉴클레오사이드:
Figure pct00010
여기서, 독립적으로, 상기 변형된 THP 뉴클레오사이드의 각각에 대하여:
Bx는 핵염기 모이어티이고;
T3 및 T4 각각은, 독립적으로, 올리고뉴클레오타이드의 나머지에 변형된 THP 뉴클레오사이드를 결합시키는 인터뉴클레오사이드 결합기이거나 T3 및 T4 중 하나는 올리고뉴클레오타이드의 나머지에 변형된 THP 뉴클레오사이드를 결합시키는 인터뉴클레오사이드 결합기이고 T3 및 T4 중 다른 하나는 H, 하이드록실 보호기, 연결된 컨쥬게이트 그룹, 또는 5' 또는 3'-말단기이고; q1, q2, q3, q4, q5, q6 및 q7 각각은, 독립적으로, H, C1-C6 알킬, 치환된 C1-C6 알킬, C2-C6 알케닐, 치환된 C2-C6 알케닐, C2-C6 알키닐, 또는 치환된 C2-C6 알키닐이고; 각각의 R1 및 R2는 하기중으로부터 독립적으로 선택된다: 수소, 할로겐, 치환된 또는 미치환된 알콕시, NJ1J2, SJ1, N3, OC(=X)J1, OC(=X)NJ1J2, NJ3C(=X)NJ1J2, 및 CN, 여기서 X는 O, S 또는 NJ1이고, 각 J1, J2, 및 J3은, 독립적으로, H 또는 C1-C6 알킬임.
특정 구현예에서, q1, q2, q3, q4, q5, q6 및 q7 각각이 H인 변형된 THP 뉴클레오사이드는 제공된다. 특정 구현예에서, q1, q2, q3, q4, q5, q6 및 q7 중 적어도 하나는 H 이외이다. 특정 구현예에서, q1, q2, q3, q4, q5, q6 및 q7 중 적어도 하나는 메틸이다. 특정 구현예에서, R1 및 R2 중 하나가 F인 변형된 THP 뉴클레오사이드는 제공된다. 특정 구현예에서, R1은 F이고 R2는 H이고, 특정 구현예에서, R1은 메톡시이고 R2는 H이고, 특정 구현예에서, R1은 메톡시에톡시이고 R2는 H이다.
특정 구현예에서, 당 대리물은 5개 초과 원자 및 1개 초과 헤테로원자를 가지고 있는 고리를 포함한다. 예를 들어, 올리고뉴클레오타이드에서 모폴리노 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오사이드 및 이의 용도는 보고되어 왔다 (참고, 예를 들면, Braasch 등, Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510 및 Summerton 등, U.S. 5,698,685; Summerton 등, U.S. 5,166,315; Summerton 등, U.S. 5,185,444; 및 Summerton 등, U.S. 5,034,506). 여기에서 사용된 바와 같이, 용어 "모폴리노"는 하기 구조를 가지고 있는 당 대리물을 의미한다:
Figure pct00011
특정 구현예에서, 모폴리노는, 예를 들어 상기 모폴리노 구조로부터 다양한 치환기 첨가 또는 변경에 의해 변형될 수 있다. 그와 같은 당 대리물은 본 명세서에서 "변형된 모폴리노"로서 지칭된다.
특정 구현예에서, 당 대리물은 비환형 모이에이티를 포함한다. 그와 같은 비환형 당 대리물을 포함하는 뉴클레오사이드 및 올리고뉴클레오타이드의 예는 하기를 비제한적으로 포함한다: 펩타이드 핵산 ("PNA"), 비환형 부틸 핵산 (참고, 예를 들면, Kumar 등, Org. Biomol. Chem., 2013, 11, 5853-5865), 및 Manoharan 등, US2013/130378에서 기재된 뉴클레오사이드 및 올리고뉴클레오타이드.
많은 다른 이환형 및 삼환형 당 및 당 대리물 고리계는 변형된 뉴클레오사이드에서 사용될 수 있는 당해 기술에 공지되어 있다.
2. 변형된 핵염기
핵염기 (또는 염기) 변형 또는 치환은 자연 발생 또는 합성 미변형된 핵염기와 구조적으로 구별가능하고, 여전히 기능적으로 교환가능하다. 천연 및 변형된 핵염기 둘 모두는 수소 결합에 참여할 수 있다. 그와 같은 핵염기 변형은 뉴클레아제 안정성, 결합 친화도 또는 일부 다른 유익한 생물학적 특성을 안티센스 화합물에 부여할 수 있다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 미변형된 핵염기를 포함하는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형된 핵염기를 포함하는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는, 무염기성 뉴클레오사이드로서 지칭된, 핵염기를 포함하지 않는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 포함한다.
특정 구현예에서, 변형된 핵염기는 하기로부터 선택된다: 5-치환된 피리미딘, 6-아자피리미-딘, 알킬 또는 알키닐 치환된 피리미딘, 알킬 치환된 퓨린, 및 N-2, N-6 및 0-6 치환된 퓨린. 특정 구현예에서, 변형된 핵염기는 하기로부터 선택된다: 2-아미노프로필아데닌, 5-하이드록시메틸 시토신, 5-메틸시토신, 잔틴, 하이포잔틴, 2-아미노아데닌, 6-N-메틸구아닌, 6-N-메틸아데닌, 2-프로필아데닌 , 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오시토신, 5-프로피닐 (C≡C-CH3) 우라실, 5-프로피닐시토신, 6-아조우라실, 6-아조시토신, 6-아조티민, 5-리보실우라실 (슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-하이드록실, 8-아자 및 다른 8-치환된 퓨린, 5-할로, 특히 5-브로모, 5-트리플루오로메틸, 5-할로우라실, 및 5-할로시토신, 7-메틸구아닌, 7-메틸아데닌, 2-F-아데닌, 2-아미노아데닌, 7-데아자구아닌, 7-데아자아데닌, 3-데아자구아닌, 3-데아자아데닌, 6-N-벤조일아데닌, 2-N-이소부티릴구아닌, 4-N-벤조일시토신, 4-N-벤조일우라실, 5-메틸 4-N-벤조일시토신, 5-메틸 4-N-벤조일우라실, 보편적인 염기, 소수성 염기, 부정확한 염기, 크기-팽창된 염기, 및 플루오르화된 염기. 추가 변형된 핵염기는 삼환형 피리미딘, 예컨대 1,3-디아자펜옥사진-2-온, 1,3-디아자페노티아진-2-온 및 9-(2-아미노에톡시)-1,3-디아자펜옥사진-2-온 (G-클램프)를 포함한다. 변형된 핵염기는 또한 퓨린 또는 피리미딘 염기가 다른 헤테로사이클, 예를 들어 7-데아자-아데닌, 7-데아자구아노신, 2-아미노피리딘 및 2-피리돈으로 대체되는 것들을 포함할 수 있다. 추가 핵염기는 Merigan 등, U.S. 3,687,808에서 개시된 것, The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; Englisch 등, Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613; Sanghvi, Y.S., Chapter 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. and Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288에서 개시된 것; 및 Chapters 6 and 15, Antisense Drug Technology, Crooke S.T., Ed., CRC Press, 2008, 163-166 및 442-443에서 개시된 것을 포함한다.
특정 상기 언급된 변형된 핵염기 뿐만 아니라 다른 변형된 핵염기의 제조를 교시하는 공보는 제한 없이, 하기를 포함한다: Manohara 등, US2003/0158403; Manoharan 등, US2003/0175906; Dinh 등, U.S. 4,845,205; Spielvogel 등, U.S. 5,130,302; Rogers 등, U.S. 5,134,066; Bischofberger 등, U.S. 5,175,273; Urdea 등, U.S. 5,367,066; Benner 등, U.S. 5,432,272; Matteucci 등, U.S. 5,434,257; Gmeiner 등, U.S. 5,457,187; Cook 등, U.S. 5,459,255; Froehler 등, U.S. 5,484,908; Matteucci 등, U.S. 5,502,177; Hawkins 등, U.S. 5,525,711; Haralambidis 등, U.S. 5,552,540; Cook 등, U.S. 5,587,469; Froehler 등, U.S. 5,594,121; Switzer 등, U.S. 5,596,091; Cook 등, U.S. 5,614,617; Froehler 등, U.S. 5,645,985; Cook 등, U.S. 5,681,941; Cook 등, U.S. 5,811,534; Cook 등, U.S. 5,750,692; Cook 등, U.S. 5,948,903; Cook 등, U.S. 5,587,470; Cook 등, U.S. 5,457,191; Matteucci 등, U.S. 5,763,588; Froehler 등, U.S. 5,830,653; Cook 등, U.S. 5,808,027; Cook 등, U.S. 6,166,199; 및 Matteucci 등, U.S. 6,005,096.
특정 구현예에서, EZH2 핵산에 표적화된 화합물은 하나 이상의 변형된 핵염기를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 핵염기는 5-메틸시토신이다. 특정 구현예에서, 각 시토신은 5-메틸시토신이다.
3. 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기
RNA 및 DNA의 자연적으로 발생하는 인터뉴클레오사이드 연결기는 3' 내지 5' 포스포디에스테르 연결기이다 특정 구현예에서, 하나 이상의 변형된, 즉 비-자연 발생, 인터뉴클레오사이드 연결기를 가지고 있는 본 명세서에 기재된 화합물은 종종 바람직한 특성 예컨대, 예를 들어, 향상된 세포 흡수, 표적 핵산에 대한 향상된 친화도, 및 뉴클레아제의 존재 하에서 증가된 안정성 때문에 자연 발생 인터뉴클레오사이드 연결기를 가지고 있는 화합물보다 선택된다.
키랄 중심을 가지고 있는 대표적인 인터뉴클레오사이드 연결기는 비제한적으로 알킬포스포네이트 및 포스포로티오에이트를 포함한다. 키랄 중심을 가지고 있는 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는 스테레오랜덤 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 모집단으로서, 또는 특정 입체화학적 배치형태로 포스포로티오에이트 연결기를 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 모집단으로서 제조될 수 있다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 모집단은 모든 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 스테레오랜덤인 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함한다. 그와 같은 변형된 올리고뉴클레오타이드는 각 포스포로티오에이트 연결기의 입체화학적 배치형태의 랜덤 선택을 초래하는 합성 방법을 사용하여 생성된다. 그럼에도 불구하고, 당해 분야의 숙련가에 의해 잘 이해되는 바와 같이, 각 개별 올리고뉴클레오타이드 분자의 각 개별 포스포로티오에이트는 정의된 입체배치를 갖는다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 모집단은 특정, 독립적으로 선택된 입체화학적 배치형태에서 하나 이상의 특정 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 풍부하다. 특정 구현예에서, 특정 포스포로티오에이트 연결기의 특정 배치형태는 모집단에서 분자의 적어도 65%에서 존재한다. 특정 구현예에서, 특정 포스포로티오에이트 연결기의 특정 배치형태는 모집단에서 분자의 적어도 70%에서 존재한다. 특정 구현예에서, 특정 포스포로티오에이트 연결기의 특정 배치형태는 모집단에서 분자의 적어도 80%에서 존재한다. 특정 구현예에서, 특정 포스포로티오에이트 연결기의 특정 배치형태는 모집단에서 분자의 적어도 90%에서 존재한다. 특정 구현예에서, 특정 포스포로티오에이트 연결기의 특정 배치형태는 모집단에서 분자의 적어도 99%에서 존재한다. 변형된 올리고뉴클레오타이드의 그와 같이 키랄 풍부한 모집단은 당업계에서 알려진 합성 방법, 예를 들면, Oka 등, JACS 125, 8307 (2003), Wan 등. Nuc. Acid. Res. 42, 13456 (2014), 및 WO 2017/015555에서 기재된 방법을 사용하여 생성될 수 있다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 모집단은 (Sp) 배치형태에서 적어도 하나의 지시된 포스포로티오에이트를 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 풍부하다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 모집단은 (Rp) 배치형태에서 적어도 하나의 포스포로티오에이트를 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 풍부하다. 특정 구현예에서, (Rp) 및/또는 (Sp) 포스포로티오에이트를 포함하는 변형된 올리고뉴클레오타이드는, "B"가 핵염기를 나타내는, 하나 이상의 하기 식, 각각을 포함한다:
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달리 나타내지 않는 한, 본 명세서에 기재된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 키랄 인터뉴클레오사이드 연결기는 스테레오랜덤일 수 있거나 특정 입체화학적 배치형태일 수 있다.
특정 구현예에서, EZH2 핵산에 표적화된 화합물은 하나 이상의 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 연결기이다. 특정 구현예에서, 안티센스 화합물의 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드는 인 원자를 보유하는 인터뉴클레오사이드 연결기 뿐만 아니라 인 원자를 가지고 있지 않은 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함한다. 대표적인 인 함유 인터뉴클레오사이드 연결기는, 비제한적으로, 포스포디에스테르, 포스포트리에스테르, 메틸포스포네이트, 포스포르아미데이트, 및 포스포로티오에이트를 포함한다. 인-함유 및 비-인-함유 연결기의 제조 방법은 잘 알려진다.
특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오사이드는 임의의 인터뉴클레오사이드 연결기를 사용하여 함께 연결될 수 있다. 인터뉴클레오사이드 결합기의 2개의 주요 부류는 인 원자의 존재 또는 부재에 의해 정의된다. 대표적인 인-함유 인터뉴클레오사이드 연결기는 비제한적으로 포스페이트를 포함하고, 이는 (미변형된 또는 자연 발생 연결기로도 지칭된) 포스포디에스테르 결합 ("P=O"), 포스포트리에스테르, 메틸포스포네이트, 포스포르아미데이트, 및 포스포로티오에이트 ("P=S"), 그리고 포스포로디티오에이트 ("HS-P=S")를 함유한다. 대표적인 비-인 함유 인터뉴클레오사이드 결합기는 비제한적으로 메틸렌메틸이미노 (-CH2-N(CH3)-O-CH2-), 티오디에스테르, 티오노카바메이트 (-O-C(=0)(NH)-S-); 실록산 (-O-SiH2-O-); 및 N,N'-디메틸하이드라진 (-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)을 포함한다. 자연 발생 포스페이트 연결기에 비교된, 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기는 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레아제 내성을 변경, 전형적으로 증가시키는데 사용될 수 있다. 특정 구현예에서, 키랄 원자를 가지고 있는 인터뉴클레오사이드 연결기는 라세미 혼합물로서, 또는 별도의 거울상이성질체로서 제조될 수 있다. 대표적인 키랄 인터뉴클레오사이드 연결기는 비제한적으로 알킬포스포네이트 및 포스포로티오에이트를 포함한다. 인-함유 및 비-인-함유 인터뉴클레오사이드 연결기의 제조 방법은 당해 분야의 숙련가에 잘 알려진다.
중성 인터뉴클레오사이드 연결기는, 제한 없이, 포스포트리에스테르, 메틸포스포네이트, MMI (3'-CH2-N(CH3)-O-5'), 아미드-3 (3'-CH2-C(=O)-N(H)-5'), 아미드-4 (3'-CH2-N(H)-C(=O)-5'), 포름아세탈 (3'-O-CH2-O-5'), 메톡시프로필, 및 티오포름아세탈 (3'-S-CH2-O-5')를 포함한다. 추가 중성 인터뉴클레오사이드 연결기는 실록산 (디알킬실록산), 카복실레이트 에스테르, 카복사미드, 설파이드, 설포네이트 에스테르 및 아미드를 포함하는 비이온성 연결기를 포함한다 (참고 예를 들어: Carbohydrate Modifications in Antisense Research; Y.S. Sanghvi and P.D.Cook, Eds., ACS Symposium Series 580; Chapters 3 and 4, 40-65). 추가 중성 인터뉴클레오사이드 연결기는 혼합된 N, O, S 및 CH2 성분 측을 포함하는 비이온성 연결기를 포함한다.
특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 정의된 패턴으로 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 영역을 따라 배열된 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기 또는 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기 모티프를 포함한다. 특정 구현예에서, 인터뉴클레오사이드 연결기는 갭핑된 모티프로 배열된다. 상기 구현예에서, 2개 윙 영역의 각각에서 인터뉴클레오사이드 연결기는 갭 영역에서 인터뉴클레오사이드 연결기와 상이하다. 특정 구현예에서 윙에서의 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포디에스테르이고 갭에서의 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트이다. 뉴클레오사이드 모티프는 독립적으로 선택되어서, 갭핑된 인터뉴클레오사이드 연결기 모티프를 가지고 있는 그와 같은 올리고뉴클레오타이드는 갭핑된 뉴클레오사이드 모티프를 가질 수 있거나 아닐 수 있고 갭핑된 뉴클레오사이드 모티프를 갖지 않는다면, 윙 및 갭 길이는 동일할 수 있거나 아닐 수 있다.
특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 교대 인터뉴클레오사이드 연결기 모티프를 가지고 있는 영역을 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 균일하게 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기의 영역을 포함한다. 특정 상기 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기에 의해 균일하게 연결되는 영역을 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 포스포로티오에이트에 의해 균일하게 연결된다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드의 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드의 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트로부터 선택되고 적어도 하나의 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트이다.
특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 6개의 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 8개의 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 10개의 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 6개의 연속적 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기의 적어도 하나의 블록을 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 8개의 연속적 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기의 적어도 하나의 블록을 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 10개의 연속적 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기의 적어도 하나의 블록을 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 12개 연속적 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기의 적어도 블록을 포함한다. 특정 상기 구현예에서, 적어도 하나의 그와 같은 블록은 올리고뉴클레오타이드의 3' 말단에서 위치한다. 특정 상기 구현예에서, 적어도 하나의 그와 같은 블록은 올리고뉴클레오타이드의 3' 말단의 3개의 뉴클레오사이드 내에서 위치한다.
특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 하나 이상의 메틸포스포네이트 연결기를 포함한다. 특정 구현예에서, 갭머 뉴클레오사이드 모티프를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드는 1개 또는 2개 메틸포스포네이트 연결기를 제외하고 모든 포스포로티오에이트 연결기를 포함하는 연결기 모티프를 포함한다. 특정 구현예에서, 1개의 메틸포스포네이트 연결기는 갭머 뉴클레오사이드 모티프를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드의 중심 갭에 있다.
특정 구현예에서, 뉴클레아제 내성을 유지하기 위해 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기 및 포스포디에스테르 인터뉴클레오사이드 연결기의 수를 배열하는 것이 바람직하다. 특정 구현예에서, 뉴클레아제 내성을 유지하기 위해 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기의 수 및 위치 그리고 포스포디에스테르 인터뉴클레오사이드 연결기의 수 및 위치를 배열하는 것이 바람직하다. 특정 구현예에서, 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기의 수는 감소될 수 있고 포스포디에스테르 인터뉴클레오사이드 연결기의 수는 증가될 수 있다. 특정 구현예에서, 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기의 수는 감소될 수 있고 포스포디에스테르 인터뉴클레오사이드 연결기의 수는 뉴클레아제 내성을 여전히 유지하면서 증가될 수 있다. 특정 구현예에서 뉴클레아제 내성을 유지하면서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기의 수를 감소시키는 것이 바람직하다. 특정 구현예에서 뉴클레아제 내성을 유지하면서 포스포디에스테르 인터뉴클레오사이드 연결기의 수를 증가시키는 것이 바람직하다.
특정 모티프
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 올리고뉴클레오타이드는 모티프, 예를 들어 미변형된 및/또는 변형된 당 모이어티, 핵염기, 및/또는 인터뉴클레오사이드 연결기의 패턴을 가질 수 있다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형된 당을 포함하는 하나 이상의 변형된 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형된 핵염기를 포함하는 하나 이상의 변형된 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 하나 이상의 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함한다. 그와 같은 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 변형된, 미변형된, 및 상이하게 변형된 당 모이어티, 핵염기, 및/또는 인터뉴클레오사이드 연결기는 패턴 또는 모티프를 정의한다. 특정 구현예에서, 당 모이어티, 핵염기, 및 인터뉴클레오사이드 연결기의 패턴은 각각 서로 독립적이다. 따라서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 그것의 당 모티프, 핵염기 모티프 및/또는 인터뉴클레오사이드 연결기 모티프에 의해 기재될 수 있다 (본 명세서에 사용된 바와 같이, 핵염기 모티프는 핵염기의 서열에 독립적인 핵염기에 변형을 기재한다).
a. 특정 당 모티프
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 정의된 패턴 또는 당 모티프에서 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 영역을 따라 배열된 변형된 당 및/또는 미변형된 당 모이어티의 하나 이상의 유형을 포함한다. 특정 사례에서, 그와 같은 당 모티프는 비제한적으로 본 명세서에 논의된 임의의 당 변형을 포함한다.
특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는, 2개의 외부 영역 또는 "윙" 및 중심 또는 내부 영역 또는 "갭"을 포함하는, 갭머 모티프를 가지고 있는 영역을 포함하거나 상기로 이루어진다. 갭머 모티프의 3개의 영역 (5'-윙, 갭, 및 3'-윙)은 윙의 각각의 뉴클레오사이드의 당 모이어티의 적어도 일부가 갭의 뉴클레오사이드의 당 모이어티의 적어도 일부와 상이한 뉴클레오사이드의 연속적 서열을 형성한다. 구체적으로, 갭에 가장 인접한 각 윙의 뉴클레오사이드 (5'-윙의 3'-최말단 뉴클레오사이드 및 3'-윙의 5'-최말단 뉴클레오사이드)의 적어도 당 모이어티는 이웃하는 갭 뉴클레오사이드의 당 모이어티와 상이하고, 따라서 윙과 갭 사이 경계 (즉, 윙/갭 접합)을 정의한다. 특정 구현예에서, 갭 내에서 당 모이어티는 서로 동일하다. 특정 구현예에서, 갭은 갭의 하나 이상의 다른 뉴클레오사이드의 당 모이어티와 상이한 당 모이어티를 가지고 있는 하나 이상의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 2개 윙의 당 모티프는 서로 (대칭 갭머) 동일하다. 특정 구현예에서, 5'-윙의 당 모티프는 3'-윙 (비대칭 갭머)의 당 모티프와 상이하다.
특정 구현예에서, 갭머의 윙은 1-5개의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 갭머의 윙은 2-5개의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 갭머의 윙은 3-5개의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 갭머의 뉴클레오사이드 모두는 변형된 뉴클레오사이드이다.
특정 구현예에서, 갭머의 갭은 7-12개의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 갭머의 갭은 7-10개의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 갭머의 갭은 8-10개의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 갭머의 갭은 10개의 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 갭머의 갭의 각 뉴클레오사이드는 미변형된 2'-데옥시 뉴클레오사이드이다.
특정 구현예에서, 갭머는 데옥시 갭머이다. 상기 구현예에서, 각 윙/갭 접합의 갭 측에서 뉴클레오사이드는 미변형된 2'-데옥시 뉴클레오사이드이고 각 윙/갭 접합의 윙 측에서 뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다. 특정 상기 구현예에서, 갭의 각 뉴클레오사이드는 미변형된 2'-데옥시 뉴클레오사이드이다. 특정 상기 구현예에서, 각 윙의 각 뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다.
특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각 뉴클레오사이드가 변형된 당 모이어티를 포함하는 완전하게 변형된 당 모티프를 갖는다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 영역의 각 뉴클레오사이드가 변형된 당 모이어티를 포함하는 완전하게 변형된 당 모티프를 가지고 있는 영역을 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 완전하게 변형된 당 모티프를 가지고 있는 영역을 포함하거나 상기로 이루어지고, 여기서 완전하게 변형된 영역 내에서 각 뉴클레오사이드는, 본 명세서에서 균일하게 변형된 당 모티프로서 지칭된, 동일한 변형된 당 모이어티를 포함한다. 특정 구현예에서, 완전하게 변형된 올리고뉴클레오타이드는 균일하게 변형된 올리고뉴클레오타이드이다. 특정 구현예에서, 균일하게 변형된의 각 뉴클레오사이드는 동일한 2'-변형을 포함한다.
특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 Swayze 등, US2010/0197762; Freier 등, US2014/0107330; Freier 등, US2015/0184153; 및 Seth 등, US2015/0267195 (이들 각각은 참고로 전체적으로 본 명세서에 편입된다)에서 기재된 당 모티프를 포함할 수 있다.
본 명세서에 제공된 특정 구현예는, 그와 같은 표적 핵산과 연관된 질환의 치료, 예방, 개선, 또는 진행 저속화에 유용할 수 있는, 표적 핵산 발현 억제에 유용한 변형된 올리고머성 화합물에 관한 것이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고머성 화합물은 특정 당 모티프를 가지고 있는 갭머인 안티센스 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 갭머 당 모티프는 임의의 핵염기 서열 및 임의의 인터뉴클레오사이드 연결기 모티프와 조합되어 강력한 안티센스 올리고뉴클레오타이드를 형성할 수 있다.
특정 구현예에서, 방법은 세포를 접촉시키는 단계 또는 대상체에게 하기 모티프: ekk-d9-kkee (여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고,'k'는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 'e'는 2'-MOE 뉴클레오사이드를 나타낸다)를 가지고 있는 16개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 세포는 암 세포이다. 특정 구현예에서, 대상체는 암을 갖는다. 특정 구현예에서, 화합물을 대상체에게 투여하는 단계는 대상체의 암을 치료한다.
특정 구현예에서, 방법은 세포를 접촉시키는 단계 또는 대상체에게 하기 모티프: k-d9-kekeke (여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고, 'k'는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 'e'는 2'-MOE 뉴클레오사이드를 나타낸다)를 가지고 있는 16개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 세포는 암세포이다. 특정 구현예에서, 대상체는 암을 갖는다. 특정 구현예에서, 화합물을 대상체에게 투여하는 단계는 대상체의 암을 치료한다.
특정 구현예에서, 방법은 세포를 접촉시키는 단계 또는 대상체에게 하기 모티프: kkk-d8-kekek (여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고, 'k'는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 'e'는 2'-MOE 뉴클레오사이드를 나타낸다)를 가지고 있는 16개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 세포는 암세포이다. 특정 구현예에서, 대상체는 암을 갖는다. 특정 구현예에서, 화합물을 대상체에게 투여하는 단계는 대상체의 암을 치료한다.
특정 구현예에서, 방법은 세포를 접촉시키는 단계 또는 대상체에게 하기 모티프: kkk-d9-keke (여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고, 'k'는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 'e'는 2'-MOE 뉴클레오사이드를 나타낸다)를 가지고 있는 16개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 세포는 암세포이다. 특정 구현예에서, 대상체는 암을 갖는다. 특정 구현예에서, 화합물을 대상체에게 투여하는 단계는 대상체의 암을 치료한다.
특정 구현예에서, 방법은 세포를 접촉시키는 단계 또는 대상체에게 하기 모티프: kk-d9-kdkdk (여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고, 'k'는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 'e'는 2'-MOE 뉴클레오사이드를 나타낸다)를 가지고 있는 16개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 세포는 암세포이다. 특정 구현예에서, 대상체는 암을 갖는다. 특정 구현예에서, 화합물을 대상체에게 투여하는 단계는 대상체의 암을 치료한다.
특정 구현예에서, 화합물은 하기 모티프: kk-d9-eeekk (여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고, 'k'는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 'e'는 2'-MOE 뉴클레오사이드를 나타낸다)를 가지고 있는 16개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 방법은 세포를 접촉시키는 단계 또는 대상체에게 하기 모티프: kk-d9-eeekk (여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고, 'k'는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 'e'는 2'-MOE 뉴클레오사이드를 나타낸다)를 가지고 있는 16개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 세포는 암세포이다. 특정 구현예에서, 대상체는 암을 갖는다. 특정 구현예에서, 화합물을 대상체에게 투여하는 단계는 대상체의 암을 치료한다.
특정 구현예에서, 방법은 세포를 접촉시키는 단계 또는 대상체에게 하기 모티프: kk-d9-ekeke (여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고, 'k'는 cEt 뉴클레오사이드를 나타내고, 'e'는 2'-MOE 뉴클레오사이드를 나타낸다)를 가지고 있는 16개의 연결된 뉴클레오사이드 길이의 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 세포는 암세포이다. 특정 구현예에서, 대상체는 암을 갖는다. 특정 구현예에서, 화합물을 대상체에게 투여하는 단계는 대상체의 암을 치료한다.
b. 특정 핵염기 모티프
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 정의된 패턴 또는 모티프에서 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 영역을 따라 배열된 변형된 및/또는 미변형된 핵염기를 포함한다. 특정 구현예에서, 각 핵염기는 변형된다. 특정 구현예에서, 핵염기의 어느 것도 변형되지 않는다. 특정 구현예에서, 각 퓨린 또는 각 피리미딘은 변형된다. 특정 구현예에서, 각 아데닌은 변형된다. 특정 구현예에서, 각 구아닌은 변형된다. 특정 구현예에서, 각 티민은 변형된다. 특정 구현예에서, 각 우라실은 변형된다. 특정 구현예에서, 각 시토신은 변형된다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드에서 일부 또는 모든 시토신 핵염기는 5-메틸시토신이다.
특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 변형된 핵염기의 블록을 포함한다. 특정 상기 구현예에서, 블록은 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단에 있다. 특정 구현예에서 블록은 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단의 3개 뉴클레오사이드 내에 있다. 특정 구현예에서, 블록은 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단에 있다. 특정 구현예에서 블록은 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단의 3개 뉴클레오사이드 내에 있다.
특정 구현예에서, 갭머 모티프를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드는 변형된 핵염기를 포함하는 뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 상기 구현예에서, 변형된 핵염기를 포함하는 1개의 뉴클레오사이드는 갭머 모티프를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드의 중심 갭에 있다. 특정 상기 구현예에서, 상기 뉴클레오사이드의 당 모이어티는 2'-데옥시리보실 모이어티이다. 특정 구현예에서, 변형된 핵염기는 하기로부터 선택된다: 2-티오피리미딘 및 5-프로핀피리미딘.
c. 특정 인터뉴클레오사이드 연결기 모티프
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 정의된 패턴 또는 모티프에서 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 영역을 따라 배열된 변형된 및/또는 미변형된 인터뉴클레오사이드 연결기를 포함한다. 특정 구현예에서, 본질적으로 각 인터뉴클레오사이드 결합기는 포스페이트 인터뉴클레오사이드 연결기 (P=O)이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각 인터뉴클레오사이드 결합기는 포스포로티오에이트 (P=S)이다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 독립적으로 포스포로티오에이트 및 포스페이트 인터뉴클레오사이드 연결기로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드의 당 모티프는 갭머이고 갭 내에서 인터뉴클레오사이드 연결기 모두는 변형된다. 특정 상기 구현예에서, 윙에서 일부 또는 모든 인터뉴클레오사이드 연결기는 미변형된 포스페이트 연결기이다. 특정 구현예에서, 말단 인터뉴클레오사이드 연결기는 변형된다.
4. 특정 변형된 올리고뉴클레오타이드
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 변형 (당, 핵염기, 인터뉴클레오사이드 연결기)는 변형된 올리고뉴클레오타이드 속에 편입된다. 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 그것의 변형, 모티프, 및 전체적인 길이를 특징으로 한다. 특정 구현예에서, 그와 같은 파라미터 각각은 서로 독립적이다. 따라서, 달리 나타내지 않는 한, 갭머 당 모티프를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드의 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 변형 또는 미변형될 수 있고 당 변형의 갭머 변형 패턴을 따를 수 있거나 아닐 수 있다. 예를 들어, 당 갭머의 윙 영역 내에서 인터뉴클레오사이드 연결기는 서로 동일 또는 상이할 수 있고 당 모티프의 갭 영역의 인터뉴클레오사이드 연결기와 동일 또는 상이할 수 있다. 마찬가지로, 그와 같은 갭머 올리고뉴클레오타이드는 당 변형의 갭머 패턴에 독립적인 하나 이상의 변형된 핵염기를 포함할 수 있다. 게다가, 특정 사례에서, 올리고뉴클레오타이드는 전체적인 길이 또는 범위에 의해 그리고 2개 이상의 영역 (예를 들면, 명시된 당 변형을 가지고 있는 뉴클레오사이드의 영역)의 길이 또는 길이 범위에 의해 기재되고, 그와 같은 상황에서 명시된 범위 외부에 해당하는 전체적인 길이를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드를 초래하는 각 범위에 대한 수를 선택하는 것이 가능할 수 있다. 그와 같은 상황에서, 두 요소는 충족되어야 한다. 예를 들어, 특정 구현예에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 15-20개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 3개의 영역, A, B, 및 C로 이루어지는 당 모티프를 갖고, 여기서 영역 A는 명시된 당 모티프를 가지고 있는 2-6개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고, 영역 B는 명시된 당 모티프를 가지고 있는 6-10개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고, 영역 C는 명시된 당 모티프를 가지고 있는 2-6개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진다. 그와 같은 구현예는 A 및 C 각각이 6개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 B가 10개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하지 않는 것은 (뉴클레오사이드의 그들 수가 A, B, 및 C에 대한 요건 내에서 허용되어도) 그와 같은 올리고뉴클레오타이드의 전체적인 길이가 22이고, 이것이 변형된 올리고뉴클레오타이드의 전체적인 길이의 상한 (20)을 초과하기 때문이다. 본 명세서에, 올리고뉴클레오타이드의 설명이 하나 이상의 파라미터에 대해 침묵이면, 그와 같은 파라미터는 제한되지 않는다. 따라서, 추가 설명 없이 갭머 당 모티프를 갖는 것으로만 기재된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 임의의 길이, 인터뉴클레오사이드 연결기 모티프, 및 핵염기 모티프를 가질 수 있다. 달리 나타내지 않는 한, 모든 변형은 핵염기 서열에 독립적이다.
특정 컨쥬게이션된 화합물
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 화합물은 (변형된 또는 미변형된) 올리고뉴클레오타이드 및 선택적으로 하나 이상의 컨쥬게이트 그룹 및/또는 말단기를 포함하거나 상기로 이루어진다. 컨쥬게이트 그룹은 컨쥬게이트 모이어티를 올리고뉴클레오타이드에 결합시키는 컨쥬게이트 링커 및 하나 이상의 컨쥬게이트 모이어티로 이루어진다. 컨쥬게이트 그룹은 올리고뉴클레오타이드의 어느 한쪽 또는 양쪽 말단에 및/또는 임의의 내부 위치에 부착될 수 있다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹은 변형된 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오사이드의 2'-위치에 부착된다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드의 어느 한쪽 또는 양쪽 말단에 부착되는 컨쥬게이트 그룹은 말단기이다. 특정 상기 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹 또는 말단기는 올리고뉴클레오타이드의 3' 및/또는 5'-말단에 부착된다. 특정 상기 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹 (또는 말단기)는 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단에 부착된다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹은 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단 근처에 부착된다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹 (또는 말단기)는 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단에 부착된다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹은 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단 근처에 부착된다.
특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 변형된다. 특정 구현예에서, 화합물의 올리고뉴클레오타이드는 표적 핵산에 상보성인 핵염기 서열을 갖는다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 메신저 RNA (mRNA)에 상보성이다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 센스 전사체에 상보성이다.
말단기의 예는 비제한적으로 컨쥬게이트 그룹, 캡핑 그룹, 포스페이트 모이어티, 보호기, 변형된 또는 미변형된 뉴클레오사이드, 및 독립적으로 변형 또는 미변형되는 2개 이상의 뉴클레오사이드를 포함한다.
A. 특정 컨쥬게이트 그룹
특정 구현예에서, 올리고뉴클레오타이드는 하나 이상의 컨쥬게이트 그룹에 공유결합된다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹은, 비제한적으로 약력학, 약동학, 안정성, 결합, 흡수, 조직 분포, 세포 분포, 세포 흡수, 충전 및 청소능을 포함하는, 부착된 올리고뉴클레오타이드의 하나 이상의 특성을 변형시킨다 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹은 올리고뉴클레오타이드의 검출을 가능하게 하는 부착된 올리고뉴클레오타이드, 예를 들면, 형광단 또는 리포터 그룹에 신규한 특성을 부여한다.
특정 컨쥬게이트 그룹 및 컨쥬게이트 모이어티티, 예를 들어 하기는 이전에 기재되어 왔다: 콜레스테롤 모이어티 (Letsinger 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553-6556), 콜산 (Manoharan 등, Bioorg. Med. Chem.Lett., 1994, 4, 1053-1060), 티오에테르, 예를 들면, 헥실-S-트리틸티올 (Manoharan 등, Ann. N.Y. Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Manoharan 등, Bioorg. Med. Chem.Lett., 1993, 3, 2765-2770), 티오콜레스테롤 (Oberhauser 등, Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538), 지방족 사슬, 예를 들면, 도-데칸-디올 또는 운데실 잔기 (Saison-Behmoaras 등, EMBO J., 1991, 10, 1111-1118; Kabanov 등, FEBS Lett., 1990, 259, 327-330; Svinarchuk 등, Biochimie, 1993, 75, 49-54), 인지질, 예를 들면, 디-헥사데실-rac-글리세롤 또는 트리에틸-암모늄 1,2-디-O-헥사데실-rac-글리세로-3-H-포스포네이트 (Manoharan 등, Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654; Shea 등, Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), 폴리아민 또는 폴리에틸렌 글리콜 사슬 (Manoharan 등, Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), 또는 아다만탄 아세트산, 팔미틸 모이어티 (Mishra 등, Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229-237), 옥타데실아민 또는 헥실아미노-카보닐-옥시콜레스테롤 모이어티 (Crooke 등, J. Pharmacol.Exp. Ther., 1996, i, 923-937), 토코페롤 기 (Nishina 등, Molecular Therapy Nucleic Acids, 2015, 4, e220; doi:10.1038/mtna.2014.72 및 Nishina 등, Molecular Therapy, 2008, 16, 734-740), 또는 GalNAc 클러스터 (예를 들면, WO2014/179620).
1. 컨쥬게이트 모이어티
컨쥬게이트 모이어티는, 제한 없이, 삽입제, 리포터 분자, 폴리아민, 폴리아미드, 펩타이드, 탄수화물 (예를 들면, GalNAc), 비타민 모이어티, 폴리에틸렌 글리콜, 티오에테르, 폴리에테르, 콜레스테롤, 티오콜레스테롤, 콜산 모이어티, 폴레이트, 지질, 인지질, 바이오틴, 펜아진, 펜안트리딘, 안트라퀴논, 아다만탄, 아크리딘, 플루오레세인, 로다민, 쿠마린, 형광단, 및 염료를 포함한다.
특정 구현예에서, 컨쥬게이트 모이어티는 활성 원료 의약품, 예를 들어, 아스피린, 와파린, 페닐부타존, 이부프로펜, 수프로펜, 펜-부펜, 케토프로펜, (S)-(+)-프라노프로펜, 카프로펜, 단실사르코신, 2,3,5-트리아이오도벤조산, 핑골리모드, 플루페남산, 폴린산, 벤조티아디아자이드, 클로로티아자이드, 디아제핀, 인도-메티신, 바르비투레이트, 세팔로스포린, 설파 약물, 항당뇨병제, 항균제 또는 항생제를 포함한다.
2. 컨쥬게이트 링커
컨쥬게이트 모이어티는 컨쥬게이트 링커를 통해 올리고뉴클레오타이드에 부착된다. 특정 화합물에서, 컨쥬게이트 그룹은 단일 화학적 결합이다 (즉 컨쥬게이트 모이어티는 단일 결합을 거쳐 컨쥬게이트 링커를 통해 올리고뉴클레오타이드에 부착된다). 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 사슬 구조, 예컨대 하이드로카르빌 사슬, 또는 반복 유닛 예컨대 에틸렌 글리콜, 뉴클레오사이드, 또는 아미노산 유닛의 올리고머를 포함한다.
특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 알킬, 아미노, 옥소, 아미드, 디설파이드, 폴리에틸렌 글리콜, 에테르, 티오에테르, 및 하이드록실아미노로부터 선택된 하나 이상의 기를 포함한다. 특정 상기 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 알킬, 아미노, 옥소, 아미드 및 에테르 기로부터 선택된 기를 포함한다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 알킬 및 아미드 기로부터 선택된 기를 포함한다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 알킬 및 에테르 기로부터 선택된 기를 포함한다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 적어도 하나의 인 모이어티를 포함한다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 적어도 하나의 포스페이트 기를 포함한다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 적어도 하나의 중성 결합기를 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 기재된 컨쥬게이트 링커를 포함하는, 컨쥬게이트 링커는 모 화합물, 예컨대 본 명세서에 제공된 올리고뉴클레오타이드에 컨쥬게이트 그룹 부착에 유용해지기 위해 2관능성 결합 모이어티, 예를 들면, 당해 분야에서 알려진 것들이다. 일반적으로, 2관능성 결합 모이어티는 적어도 2개의 관능성 그룹을 포함한다. 관능성 그룹 중 하나는 화합물 상의 특정 부위에 결합하기 위해 선택되고 다른 것은 컨쥬게이트 그룹에 결합하기 위해 선택된다. 2관능성 결합 모이어티에서 사용된 관능성 그룹의 예는 비제한적으로 친핵성 기와 반응하기 위한 친전자체 그리고 친전자성 기와 반응하기 위한 친핵체를 포함한다. 특정 구현예에서, 2관능성 결합 모이어티는 아미노, 하이드록실, 카복실산, 티올, 알킬, 알케닐, 및 알키닐로부터 선택된 하나 이상의 기를 포함한다.
컨쥬게이트 링커의 예는 비제한적으로 파이롤리딘, 8-아미노-3,6-디옥사옥탄산 (ADO), 석신이미딜 4-(N-말레이미도메틸) 사이클로헥산-1-카복실레이트 (SMCC) 및 6-아미노헥산산 (AHEX 또는 AHA)를 포함한다. 다른 컨쥬게이트 링커는 비제한적으로 치환된 또는 미치환된 C1-C10 알킬, 치환된 또는 미치환된 C2-C10 알케닐 또는 치환된 또는 미치환된 C2-C10 알키닐을 포함하고, 여기서 바람직한 치환기의 비제한 목록은 하이드록실, 아미노, 알콕시, 카복시, 벤질, 페닐, 니트로, 티올, 티오알콕시, 할로겐, 알킬, 아릴, 알케닐 및 알키닐을 포함한다.
특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 1-10개의 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 그와 같은 링커-뉴클레오사이드는 변형된 뉴클레오사이드이다. 특정 구현예에서 그와 같은 링커-뉴클레오사이드는 변형된 당 모이어티를 포함한다. 특정 구현예에서, 링커-뉴클레오사이드는 미변형된다. 특정 구현예에서, 링커-뉴클레오사이드는 퓨린, 치환된 퓨린, 피리미딘 또는 치환된 피리미딘으로부터 선택된 선택적으로 보호된 복소환형 염기를 포함한다. 특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 우라실, 티민, 시토신, 4-N-벤조일시토신, 5-메틸시토신, 4-N-벤조일-5-메틸시토신, 아데닌, 6-N-벤조일아데닌, 구아닌 및 2-N-이소부티릴구아닌으로부터 선택된 뉴클레오사이드이다. 링커-뉴클레오사이드가 표적 조직에 도달한 후 화합물로부터 절단되는 것이 전형적으로 바람직하다. 따라서, 링커-뉴클레오사이드는 절단가능한 결합을 통해 화합물의 서로에 그리고 나머지에 전형적으로 연결된다. 특정 구현예에서, 그와 같은 절단가능한 결합은 포스포디에스테르 결합이다.
본 명세서에, 링커-뉴클레오사이드는 올리고뉴클레오타이드의 일부인 것으로 간주되지 않는다. 따라서, 화합물이 참고 핵산에 명시된 퍼센트 상보성 및/또는 연결된 뉴클레오사이드의 명시된 수 또는 범위로 이루어지는 올리고뉴클레오타이드를 포함하고 화합물이 또한 링커-뉴클레오사이드를 포함하는 컨쥬게이트 링커를 포함하는 컨쥬게이트 그룹을 포함하는 구현예에서, 그들 링커-뉴클레오사이드는 올리고뉴클레오타이드의 길이를 대해 계수되지 않고 참고 핵산에 대하여 올리고뉴클레오타이드의 퍼센트 상보성 결정에 사용되지 않는다. 예를 들어, 화합물은 (1) 8-30개의 뉴클레오사이드로 이루어지는 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 (2) 변형된 올리고뉴클레오타이드의 뉴클레오사이드로 연속인 1-10개의 링커-뉴클레오사이드를 포함하는 컨쥬게이트 그룹을 포함할 수 있다. 그와 같은 화합물에서 연속 연결된 뉴클레오사이드의 총 수는 30개 초과이다. 대안적으로, 화합물은 8-30개의 뉴클레오사이드로 이루어지고 컨쥬게이트 그룹이 없는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 그와 같은 화합물에서 연속 연결된 뉴클레오사이드의 총 수는 30개 이하이다. 달리 나타내지 않는 한 컨쥬게이트 링커는 10개 이하 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 5개 이하 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 3개 이하 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 2개 이하 링커-뉴클레오사이드를 포함한다. 특정 구현예에서, 컨쥬게이트 링커는 1개 이하 링커-뉴클레오사이드를 포함한다.
특정 구현예에서, 컨쥬게이트 그룹이 올리고뉴클레오타이드로부터 절단되는 것이 바람직하다. 예를 들어, 특정 상황에서 특정 컨쥬게이트 모이어티를 포함하는 화합물은 특정 세포 유형에 의해 더 양호하게 차지되지만, 일단 화합물이 차지되면, 컨쥬게이트 그룹이 컨쥬게이션되지 않은 또는 모 올리고뉴클레오타이드를 방출시키기 위해 절단되는 것이 바람직하다. 따라서, 특정 컨쥬게이트는, 전형적으로 컨쥬게이트 링커 내에서 하나 이상의 절단가능한 모이어티를 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 절단가능한 결합이다. 특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 적어도 하나의 절단가능한 결합을 포함하는 원자의 그룹이다. 특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 1, 2, 3, 4, 또는 4개 초과 절단가능한 결합을 가지고 있는 원자의 그룹을 포함한다. 특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 세포 또는 세포하 구획, 예컨대 리소좀 내부에서 선택적으로 절단된다. 특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 내인성 효소, 예컨대 뉴클레아제에 의해 선택적으로 절단된다.
특정 구현예에서, 절단가능한 결합은 하기중으로부터 선택된다: 아미드, 에스테르, 에테르, 포스포디에스테르의 한쪽 또는 양쪽 에스테르, 포스페이트 에스테르, 카바메이트, 또는 디설파이드. 특정 구현예에서, 절단가능한 결합은 포스포디에스테르의 에스테르의 한쪽 또는 양쪽이다. 특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 포스페이트 또는 포스포디에스테르를 포함한다. 특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 올리고뉴클레오타이드와 컨쥬게이트 모이어티 또는 컨쥬게이트 그룹 사이 포스페이트 연결기이다.
특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 하나 이상의 링커-뉴클레오사이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 상기 구현예에서, 하나 이상의 링커-뉴클레오사이드는 절단가능한 결합을 통해 화합물의 서로에 및/또는 나머지에 연결된다. 특정 구현예에서, 그와 같은 절단가능한 결합은 미변형된 포스포디에스테르 결합이다. 특정 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 포스페이트 인터뉴클레오사이드 연결기에 의해 올리고뉴클레오타이드의 3' 또는 5'-말단 뉴클레오사이드 어느 한쪽에 부착되는 그리고 포스페이트 또는 포스포로티오에이트 연결기에 의해 컨쥬게이트 링커 또는 컨쥬게이트 모이어티의 나머지에 공유결합되는 2'-데옥시 뉴클레오사이드이다. 특정 상기 구현예에서, 절단가능한 모이어티는 2'-데옥시아데노신이다.
조성물 및 약제학적 조성물의 제형화 방법
본 명세서에 기재된 화합물은 약제학적 조성물 또는 제형의 조제를 위하여 약제학적으로 허용가능한 활성 또는 불활성 서브스턴스와 혼합될 수 있다. 조성물 및 약제학적 조성물의 제형화 방법은, 비제한적으로, 투여의 경로, 질환의 정도, 또는 투여되어야 하는 용량을 포함하여, 다수의 기준에 의존적이다.
특정 구현예는 하나 이상의 화합물 또는 이의 염을 포함하는 약제학적 조성물을 제공한다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 특정 상기 구현예에서, 약제학적 조성물은 적당한 약제학적으로 허용가능한 희석제 또는 담체를 포함한다. 특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 멸균 염수 용액 및 하나 이상의 화합물을 포함한다. 특정 구현예에서, 그와 같은 약제학적 조성물은 멸균 염수 용액 및 하나 이상의 화합물로 이루어진다. 특정 구현예에서, 멸균 염수는 약품 등급 염수이다. 특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 화합물 및 멸균수를 포함한다. 특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 하나의 화합물 및 멸균수로 이루어진다. 특정 구현예에서, 멸균수는 약품 등급 물이다. 특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 화합물 및 포스페이트-완충 식염수 (PBS)를 포함한다. 특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 화합물 및 멸균 PBS로 이루어진다. 특정 구현예에서, 멸균 PBS는 약품 등급 PBS이다. 조성물 및 약제학적 조성물의 제형화 방법은, 비제한적으로, 투여의 경로, 질환의 정도, 또는 투여되어야 하는 용량을 포함하여, 다수의 기준에 의존적이다.
EZH2 핵산에 표적화된 본 명세서에 기재된 화합물은 약제학적 조성물이 적당한 약제학적으로 허용가능한 희석제 또는 담체와 화합물을 배합시킴으로써 약제학적 조성물에서 이용될 수 있다. 특정 구현예에서, 약제학적으로 허용가능한 희석제는 물, 예컨대 주사에 적당한 멸균수이다. 따라서, 일 구현예에서, EZH2 핵산에 표적화된 화합물 및 약제학적으로 허용가능한 희석제를 포함하는 약제학적 조성물은 본 명세서에 기재된 방법에서 이용된다. 특정 구현예에서, 약제학적으로 허용가능한 희석제는 물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 본 명세서에 제공된 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다.
본 명세서에 제공된 화합물을 포함하는 약제학적 조성물은, 인간을 포함하는, 동물에 투여시, 생물학적 활성 대사물 또는 이의 잔기를 (직접적으로 또는 간접적으로) 제공할 수 있는 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 에스테르, 또는 그와 같은 에스테르의 염, 또는 임의의 다른 올리고뉴클레오타이드를 포괄한다. 특정 구현예에서, 화합물은 안티센스 화합물 또는 올리고머성 화합물이다. 특정 구현예에서, 화합물은 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하거나 상기로 이루어진다. 따라서, 예를 들어, 본 개시내용은 또한 화합물의 약제학적으로 허용가능한 염, 전구약물, 그와 같은 전구약물의 약제학적으로 허용가능한 염, 및 다른 생물동등물로 그려진다. 적당한 약제학적으로 허용가능한 염은, 비제한적으로, 나트륨 및 칼륨 염을 포함한다.
전구약물은, 활성 화합물을 형성하기 위해, 바디 내에서 내인성 뉴클레아제에 의해 절단되는 화합물의 한쪽 또는 양쪽 말단에서 추가의 뉴클레오사이드의 편입을 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 화합물 또는 조성물은 추가로 약제학적으로 허용가능한 담체 또는 희석제를 포함한다.
실시예
하기 실시예는 EZH2에 표적화된 선도 화합물을 확인하기 위한 스크리닝 공정을 기재한다. 선별된 2,800개 이상의 올리고뉴클레오타이드 중에서, ION 633365, 662368, 662950, 702334, 702366, 및 754175는 최고의 선도 화합물로서 부각되었다. 특히, ION 633365는 2,800개 이상의 올리고뉴클레오타이드 중에서 효력 및 내성의 관점에서 특성의 최상의 조합을 나타냈다.
비-제한 개시내용 및 참고에 의한 편입
본 출원에 첨부하는 서열 목록이 요구되는 바와 같이 어느 한쪽 "RNA" 또는 "DNA"로서 각 서열을 확인하여도, 실제로는, 그들 서열은 화학적 변형의 임의의 조합으로 변형될 수 있다. 당해 분야의 숙련가는 "RNA" 또는 "DNA"로서 그와 같은 지정이 임의의 특정 사례에서 변형된 올리고뉴클레오타이드를 기재한다는 것을 쉽게 인정할 것이다. 예를 들어, 2'-OH 당 모이어티 및 티민 염기를 포함하는 뉴클레오사이드를 포함하는 올리고뉴클레오타이드는 변형된 당 (DNA의 천연 2'-H에 대한 2'-OH)를 가지고 있는 DNA로서 또는 변형된 염기 (RNA의 천연 우라실에 대한 티민 (메틸화된 우라실))을 가지고 있는 RNA로서 기재될 수 있다.
따라서, 비제한적으로 서열 목록에서의 것들을 포함하는, 본 명세서에 제공된 핵산 서열은, 비제한적으로 변형된 핵염기를 가지고 있는 그와 같은 핵산을 포함하는, 천연 또는 변형된 RNA 및/또는 DNA의 임의의 조합을 함유하는 핵산을 포괄하기 위한 것이다. 추가 예로서 및 제한 없이, 핵염기 서열 "ATCGATCG"를 가지고 있는 올리고뉴클레오타이드는, 비제한적으로, RNA 염기를 포함하는 그와 같은 화합물, 예컨대 서열 "AUCGAUCG"를 가지고 있는 것 및 일부 DNA 염기 및 일부 RNA 염기 예컨대 "AUCGATCG"를 가지고 있는 것 및 다른 변형된 핵염기, 예컨대 "ATmCGAUCG" (여기서 mC는 5-위치에서 메틸 기를 포함하는 시토신 염기를 나타낸다)를 가지고 있는 화합물을 포함하여, 변형되든 또는 미변형되든, 그와 같은 핵염기 서열을 가지고 있는 임의의 올리고뉴클레오타이드를 포괄한다.
본 명세서에 기재된 특정 화합물, 조성물 및 방법이 특정 구현예에 따른 특이성으로 기재되어 오면서, 하기 실시예는 본 명세서에 기재된 화합물을 설명할 뿐이고 동일한 것을 한정하기 위한 것은 아니다. 본원에서 인용된 참고문헌의 각각은 본 명세서에 참고로 전체적으로 편입된다.
실시예 1: 인간 EZH2 시험관내 , 단일 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
인간 EZH2 핵산에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 시험관내 EZH2 mRNA 상에서 그것의 효과에 대하여 설계 및 시험되었다.
20,000 세포/웰의 밀도로 배양된 HepG2 세포는 미처리된 대조군에 대하여 2,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드 없이 전기천공을 사용하여 형질감염되었다. 대략 24 시간 후, RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. 인간 프라이머 프로브 세트 RTS1986 (정방향 서열 CCTCCTCCCCCCTCCTCT, 본 명세서에 서열번호: 4로서 지정됨; 역방향 서열 TGTTCTTTTTCTAAATTGCCCACA, 본 명세서에 서열번호: 5로서 지정됨; 프로브 서열 AAACAGCTGCCTTAGCTTCAGGAACCTCG, 본 명세서에 서열번호: 6으로서 지정됨)은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 (UTC) 세포에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다.
아래 표에서 변형된 올리고뉴클레오타이드는 3-10-3 cEt 갭머이다. 갭머는 16개의 핵염기 길이이고, 상기 중심 갭 단편은 3개의 cEt 뉴클레오사이드를 포함하는 5' 말단 및 3' 말단 둘 모두에서 윙 단편에 의해 측접되는 10개의 2'-데옥시뉴클레오사이드를 포함한다. 갭머용 당 모티프는 (5'부터 3'까지) 하기이고: kkkddddddddddkkk; 여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고 'k'는 cEt 변형된 당을 나타낸다. 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고 각 시토신 잔기는 5-메틸시토신이다. "개시 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 5'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다. "중단 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 3'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다.
아래 표에서 열거된 각 변형된 올리고뉴클레오타이드는 명시된 바와 같이 인간 EZH2 핵산 서열 서열번호: 1 (RefSEQ No. NM_001203248.1), 서열번호: 2 (RefSEQ No. NC_000007.14_TRUNC_148804001_148888000_COMP), 또는 서열번호: 3 (RefSEQ No. NM_004456.4)에 상보성이다. 'N/A'는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 100% 상보성을 가진 그 특정 핵산 서열에 상보성이지 않다는 것을 나타낸다. 아래 나타난 바와 같이, 인간 EZH2에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 인간 EZH2 mRNA의 양을 감소시켰다.
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실시예 2: 인간 EZH2 시험관내 , 단일 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머 및 혼합된 MOE 및 cEt 갭머의 효과
인간 EZH2 핵산에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 시험관내 EZH2 mRNA에서 그것의 효과에 대하여 설계 및 시험되었다.
20,000 세포/웰의 밀도로 배양된 HepG2 세포는 미처리된 대조군에 대하여 2,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드 없이 전기천공을 사용하여 형질감염되었다. 대략 24 시간 후, RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다.
아래 표에서 변형된 올리고뉴클레오타이드는 cEt 및/또는 MOE 함유 갭머이다. 갭머는 5' 말단 및 3' 말단 둘 모두에서 윙 단편에 의해 측접되는 2'-데옥시뉴클레오사이드를 포함하는 중심 갭 단편을 갖는다. 5' 윙 단편에서 적어도 하나의 뉴클레오사이드 및/또는 3' 윙 단편에서 하나의 뉴클레오사이드는 MOE 및/또는 cEt 당 변형을 갖는다. "화학" 칼럼은 각 뉴클레오타이드의 당 변형을 기재한다. "k"는 cEt 당 변형을 나타내고; "d"는 데옥시리보오스를 나타내고; "e"는 MOE 변형을 나타낸다. 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고 각 시토신 잔기는 5-메틸시토신이다. "개시 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 5'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다. "중단 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 3'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다.
아래 표에서 열거된 각 변형된 올리고뉴클레오타이드는 명시된 바와 같이 인간 EZH2 핵산 서열 서열번호: 1 또는 서열번호: 2에 상보성이다. 'N/A'는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 100% 상보성을 가진 그 특정 핵산 서열에 상보성이지 않다는 것을 나타낸다. 아래 나타난 바와 같이, 인간 EZH2에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 인간 EZH2 mRNA의 양을 감소시켰다.
Figure pct00022
Figure pct00023
실시예 3: 인간 EZH2 시험관내 , 단일 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
인간 EZH2 핵산에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 시험관내 EZH2 mRNA에서 그것의 효과에 대하여 설계 및 시험되었다.
20,000 세포/웰의 밀도로 배양된 HepG2 세포는 미처리된 대조군에 대하여 2,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드 없이 전기천공을 사용하여 형질감염되었다. 대략 24 시간 후, RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다.
아래 표에서 변형된 올리고뉴클레오타이드는 3-10-3 cEt 갭머이다. 갭머는 16개의 핵염기 길이이고, 상기 중심 갭 단편은 10개의 2'-데옥시뉴클레오사이드를 포함하고 3개의 cEt 뉴클레오사이드를 포함하는 5' 말단 및 3' 말단 둘 모두에서 윙 단편에 의해 측접된다. 갭머용 당 모티프는 (5'부터 3'까지) 하기이고: kkkddddddddddkkk; 여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고 'k'는 cEt 변형된 당을 나타낸다. 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고 각 시토신 잔기는 5-메틸시토신이다. "개시 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 5'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다. "중단 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 3'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다.
아래 표에서 열거된 각 변형된 올리고뉴클레오타이드는 명시된 바와 같이 인간 EZH2 핵산 서열 서열번호: 1 또는 서열번호: 2에 상보성이다. 'N/A'는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 100% 상보성을 가진 그 특정 핵산 서열에 상보성이지 않다는 것을 나타낸다. 아래 나타난 바와 같이, 인간 EZH2에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 인간 EZH2 mRNA의 양을 감소시켰다.
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실시예 4: 인간 EZH2 시험관내 , 단일 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
인간 EZH2 핵산에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 시험관내 EZH2 mRNA에서 그것의 효과에 대하여 설계 및 시험되었다.
20,000 세포/웰의 밀도로 배양된 HepG2 세포는 미처리된 대조군에 대하여 2,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드 없이 전기천공을 사용하여 형질감염되었다. 대략 24 시간 후, RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. 인간 프라이머 프로브 세트 RTS1985 (정방향 서열 CCCACCATTAATGTGCTGGAA, 본 명세서에 서열번호: 7로서 지정됨; 역방향 서열 TTGTTCTCTCCCCCCGTTT, 본 명세서에 서열번호: 8로서 지정됨; 프로브 서열 AGGATACAGACAGTGATAGGGAAGCAGGGACT, 본 명세서에 서열번호: 9로서 지정됨)은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다.
아래 표에서 변형된 올리고뉴클레오타이드는 3-10-3 cEt 갭머이다. 갭머는 16개의 핵염기 길이이고, 상기 중심 갭 단편은 10개의 2'-데옥시뉴클레오사이드를 포함하고 3개의 cEt 뉴클레오사이드를 포함하는 5' 말단 및 3' 말단 둘 모두에서 윙 단편에 의해 측접된다. 갭머용 당 모티프는 (5'부터 3'까지) 하기이고: kkkddddddddddkkk; 여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고 'k'는 cEt 변형된 당을 나타낸다. 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고 각 시토신 잔기는 5-메틸시토신이다. "개시 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 5'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다. "중단 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 3'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다.
아래 표에서 열거된 각 변형된 올리고뉴클레오타이드는 명시된 바와 같이 인간 EZH2 핵산 서열 서열번호: 1 또는 서열번호: 2에 상보성이다. 'N/A'는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 100% 상보성을 가진 그 특정 핵산 서열에 상보성이지 않다는 것을 나타낸다. 아래 나타난 바와 같이, 인간 EZH2에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 인간 EZH2 mRNA의 양을 감소시켰다.
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실시예 5: 인간 EZH2 시험관내 , 단일 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머 및 혼합된 MOE 및 cEt 갭머의 효과
인간 EZH2 핵산에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 시험관내 EZH2 mRNA에서 그것의 효과에 대하여 설계 및 시험되었다.
5,000 세포/웰의 밀도로 배양된 A431 세포는 미처리된 대조군에 대하여 1,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드 없이 자유 흡수를 통해 형질감염되었다. 대략 24 시간 후, RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다.
아래 표에서 변형된 올리고뉴클레오타이드는 cEt 및/또는 MOE 함유 갭머이다. 갭머는 5' 말단 및 3' 말단 둘 모두에서 윙 단편에 의해 측접되는 2'-데옥시뉴클레오사이드를 포함하는 중심 갭 단편을 갖는다. 5' 윙 단편에서 적어도 하나의 뉴클레오사이드 및/또는 3' 윙 단편에서 하나의 뉴클레오사이드는 MOE 및/또는 cEt 당 변형을 갖는다. "화학" 칼럼은 각 뉴클레오타이드의 당 변형을 기재한다. "k"는 cEt 당 변형을 나타내고; "d"는 데옥시리보오스를 나타내고; "e"는 MOE 변형을 나타낸다. 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고 각 시토신 잔기는 5-메틸시토신이다. "개시 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 5'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다. "중단 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 3'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다.
아래 표에서 열거된 각 변형된 올리고뉴클레오타이드는 명시된 바와 같이 인간 EZH2 핵산 서열 서열번호: 1 또는 서열번호: 2에 상보성이다. 'N/A'는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 100% 상보성을 가진 그 특정 핵산 서열에 상보성이지 않다는 것을 나타낸다. 아래 나타난 바와 같이, 인간 EZH2에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 인간 EZH2 mRNA의 양을 감소시켰다.
Figure pct00043
Figure pct00044
Figure pct00045
Figure pct00046
Figure pct00047
Figure pct00048
Figure pct00049
Figure pct00050
Figure pct00051
실시예 6: 인간 EZH2 시험관내 , 단일 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머 및 혼합된 MOE 및 cEt 갭머의 효과
인간 EZH2 핵산에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 시험관내 EZH2 mRNA에서 그것의 효과에 대하여 설계 및 시험되었다.
5,000 세포/웰의 밀도로 배양된 A431 세포는 미처리된 대조군에 대하여 1,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드 없이 자유 흡수를 통해 형질감염되었다. 대략 24 시간 후, RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다.
아래 표에서 변형된 올리고뉴클레오타이드는 cEt 및/또는 MOE 함유 갭머이다. 갭머는 5' 말단 및 3' 말단 둘 모두에서 윙 단편에 의해 측접되는 2'-데옥시뉴클레오사이드를 포함하는 중심 갭 단편을 갖는다. 5' 윙 단편에서 적어도 하나의 뉴클레오사이드 및/또는 3' 윙 단편에서 하나의 뉴클레오사이드는 MOE 및/또는 cEt 당 변형을 갖는다. "화학" 칼럼은 각 뉴클레오타이드의 당 변형을 기재한다. "k"는 cEt 당 변형을 나타내고; "d"는 데옥시리보오스를 나타내고; "e"는 MOE 변형을 나타낸다. 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고 각 시토신 잔기는 5-메틸시토신이다. "개시 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 5'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다. "중단 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 3'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다.
아래 표에서 열거된 각 변형된 올리고뉴클레오타이드는 명시된 바와 같이 인간 EZH2 핵산 서열 서열번호: 1 또는 서열번호: 2에 상보성이다. 'N/A'는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 100% 상보성을 가진 그 특정 핵산 서열에 상보성이지 않다는 것을 나타낸다. 아래 나타난 바와 같이, 인간 EZH2에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 인간 EZH2 mRNA의 양을 감소시켰다.
Figure pct00052
실시예 7: 인간 EZH2 시험관내 , 단일 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
인간 EZH2 핵산에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 시험관내 EZH2 mRNA에서 그것의 효과에 대하여 설계 및 시험되었다.
5,000 세포/웰의 밀도로 배양된 A431 세포는 미처리된 대조군에 대하여 1,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드 없이 자유 흡수를 통해 형질감염되었다. 대략 24 시간 후, RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다.
아래 표에서 변형된 올리고뉴클레오타이드는 3-10-3 cEt 갭머이다. 갭머는 16개의 핵염기 길이이고, 상기 중심 갭 단편은 10개의 2'-데옥시뉴클레오사이드를 포함하고 3개의 cEt 뉴클레오사이드를 포함하는 5' 말단 및 3' 말단 둘 모두에서 윙 단편에 의해 측접된다. 갭머용 당 모티프는 (5'부터 3'까지) 하기이고: kkkddddddddddkkk; 여기서 'd'는 2'-데옥시리보오스 당을 나타내고 'k'는 cEt 변형된 당을 나타낸다. 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고 각 시토신 잔기는 5-메틸시토신이다. "개시 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 5'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다. "중단 부위"는 갭머가 인간 핵산 서열에서 상보성인 3'-최말단 뉴클레오사이드를 나타낸다.
아래 표에서 열거된 각 변형된 올리고뉴클레오타이드는 명시된 바와 같이 인간 EZH2 핵산 서열 서열번호: 1 또는 서열번호: 2에 상보성이다. 'N/A'는 변형된 올리고뉴클레오타이드가 100% 상보성을 가진 그 특정 핵산 서열에 상보성이지 않다는 것을 나타낸다. 아래 나타난 바와 같이, 인간 EZH2에 상보성인 변형된 올리고뉴클레오타이드는 인간 EZH2 mRNA의 양을 감소시켰다.
Figure pct00053
Figure pct00054
Figure pct00055
Figure pct00056
Figure pct00057
Figure pct00058
Figure pct00059
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Figure pct00065
Figure pct00066
Figure pct00067
실시예 8: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 HepG2 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 20,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 222.2 nM, 666.6 nM, 2,000 nM, 및 6,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 전기천공을 사용하여 형질감염되었다. 대략 24 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
Figure pct00068
Figure pct00069
실시예 9: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 HepG2 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 20,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 62.5 nM, 250 nM, 1,000 nM, 및 4,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 전기천공을 사용하여 형질감염되었다. 대략 24 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
Figure pct00070
Figure pct00071
Figure pct00072
Figure pct00073
Figure pct00074
Figure pct00075
실시예 10: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 HepG2 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 20,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 62.5 nM, 250 nM, 1,000 nM, 및 4,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 전기천공을 사용하여 형질감염되었다. 대략 24 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 4에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1985는 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
Figure pct00076
실시예 11: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 A431 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 5,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 40 nM, 200 nM, 1,000 nM, 및 5,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 자유 흡수를 통해 형질감염되었다. 대략 24 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
Figure pct00077
Figure pct00078
Figure pct00079
Figure pct00080
Figure pct00081
실시예 12: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 A431 세포에서 다양한 용량으로 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 20,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 40 nM, 200 nM, 1,000 nM, 및 5,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 전기천공을 사용하여 형질감염되었다. 대략 24 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
Figure pct00082
Figure pct00083
Figure pct00084
Figure pct00085
Figure pct00086
실시예 13: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 A431 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 5,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 40 nM, 200 nM, 1,000 nM, 및 5,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 자유 흡수를 통해 형질감염되었다. 대략 24 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 4에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1985는 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
Figure pct00087
실시예 14: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머 및 혼합된 MOE 및 cEt 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 A431 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 5,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 24 nM, 120 nM, 600 nM, 및 3,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 자유 흡수를 통해 형질감염되었다. 대략 24 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
Figure pct00088
Figure pct00089
Figure pct00090
실시예 15: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 A431 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 5,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 111.1 nM, 333.3 nM, 1,000 nM, 및 3,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 자유 흡수를 통해 형질감염되었다. 대략 24 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
Figure pct00091
Figure pct00092
실시예 16: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머 및 혼합된 MOE 및 cEt 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 A431 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 12,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 19.5 nM, 78.1 nM, 312.5 nM, 1,250 nM, 및 5,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 자유 흡수를 통해 형질감염되었다. 대략 48 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다. ION 754175는 모티프 k-d10-kekek 및 핵염기 서열 TGTATTTGTGCAAGGC (서열번호: 1038) (여기서 "k"는 cEt 당 변형을 나타내고; "d"는 데옥시리보오스를 나타내고; "e"는 MOE 변형을 나타낸다)를 가지고 있는 cEt 및 MOE 함유 갭머이다. ION 754175의 각 인터뉴클레오사이드 연결기는 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기이고 각 시토신 잔기는 5-메틸 시토신이다.
Figure pct00093
실시예 17: 인간 EZH2 시험관내 , 다중 용량에서 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기가 있는 3-10-3 cEt 갭머 및 혼합된 MOE 및 cEt 갭머의 효과
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 SH-SY5Y 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는, 아래 표에서 특정된 바와 같이, 35,000 세포/웰의 밀도로 플레이팅되었고 19.5 nM, 78.1 nM, 312.5 nM, 1,250 nM, 및 5,000 nM 농도의 변형된 올리고뉴클레오타이드로 전기천공을 사용하여 형질감염되었다. 대략 20 시간의 처리 기간 후, 총 RNA는 세포로부터 단리되었고 EZH2 mRNA 수준은 정량적 실시간 PCR에 의해 측정되었다. (실시예 1에서 상기 기재된) 인간 EZH2 프라이머 프로브 세트 RTS1986은 mRNA 수준을 측정하는데 사용되었다. EZH2 mRNA 수준은, RiboGreen®에 의해 측정된 바와 같이, 총 RNA 함량에 따라 조정되었다. 결과는, 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여, EZH2 mRNA의 양의 퍼센트 대조군으로서 아래 표에서 제시된다. 아래 표에서 설명된 바와 같이, EZH2 mRNA 수준은 변형된 올리고뉴클레오타이드-처리된 세포에서 용량-의존적 방식으로 감소되었다.
Figure pct00094
실시예 18: 암 세포주에서 hEZH2를 표적화하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성
상기 실시예로부터 선택된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 상피 암종 A431, 신경아세포종 SHSY, 및 신경아세포종 켈리 세포주내 다양한 용량에서 시험되었다. 화합물은 다양한 농도로 세포로 인큐베이션되어 용량-반응 곡선을 결정하였다. A431 및 켈리 세포는 자유 흡수에 의해 형질감염되었고, 반면에 SHSY 세포는 전기천공에 의해 형질감염되었다. 세포는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 첨가 후 단리되었고, RNA는 추출되었고 RT-qPCR에 의해 분석되었다. (실시예 4에서 상기 기재된) 프라이머 프로브 세트 RTS1985는 hEZH2를 검출하는데 사용되었다.
Figure pct00095
실시예 19: KARPAS422 (Y641N) 세포에서 hEZH2를 표적화하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성
실험 조건
상기 기재된 변형된 올리고뉴클레오타이드 633365는 EZH2에서 Y641N 돌연변이를 가진 비호지킨 B-세포 림프종 KARPAS422내 다양한 용량에서 시험되었다. 대조군 올리고뉴클레오타이드 549148은 또한 시험되었다. 549148은 임의의 공지된 인간 유전자에 상보성이지 않은 서열 GGCTACTACGCCGTCA (서열번호:X)를 가진 완전 포스포로티오에이트 백본이 있는 3-10-3 cEt 갭머이다. 세포는 0.5 x 106 세포/웰로 플레이팅되었고 자유 흡수에 의해 명시된 농도에서 화합물로 처리되었다. 세포는 매 3일 분할되었고 0.5 x 106 세포/웰의 원래 세포 밀도에서 재플레이팅되었다.
세포 생존능
세포 생존능은 변형된 올리고뉴클레오타이드의 첨가 후 명시된 날에 BD Vi-세포 계수기를 사용하여 계수되었다.
Figure pct00096
단백질 수준
변형된 올리고뉴클레오타이드의 첨가 후 2, 4, 7, 및 11 일째에, 웨스턴 블랏은 실시되어, EZH2 활성의 지표인, EZH2 및 H3K27me3의 단백질 수준을 평가하였다. 동일량의 단백질은 BCA 검정에 의해 결정된 바와 같이 각 레인에 첨가되었다. 633365에 의한 처리는 EZH2 및 H3K27me의 단백질 수준을 용량-의존적 방식으로 감소시켰다.
실시예 20: 미만성 거대 B-세포 림프종 (DLBCL) SU-DHL-6 세포에서 hEZH2를 표적화하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성
실험 조건
상기 기재된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 인간 B-세포 림프종 SU-DHL-6 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는 0.5 x 106 세포/웰로 플레이팅되었고 자유 흡수에 의해 명시된 농도에서 화합물로 처리되었다. 세포는 매 3일 분할되었고 0.5 x 106 세포/웰의 최초 세포 밀도에서 재플레이팅되었다. 변형된 올리고뉴클레오타이드는 실험 지속기간 동안 배지에서 주어진 농도로 유지되었다.
세포 생존능
세포 생존능은 변형된 올리고뉴클레오타이드의 첨가 후 명시된 날에 BD Vi-세포 계수기를 사용하여 계수되었다.
Figure pct00097
633365는 용량-의존적 방식으로 세포 증식 및 생존을 억제시켰다.
Figure pct00098
633365는 용량 의존적 방식으로 세포사멸을 유도하였다.
실시예 21: E7438과 조합으로 SU-DHL-6 세포내 hEZH2를 표적화하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성
실험 조건
상기 기재된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 EZH2 억제제 E7438과 조합으로 SU-DHL-6 세포내 다양한 용량에서 시험되었다. 세포는 0.5 x 106 세포/웰로 플레이팅되었고 자유 흡수에 의해 명시된 농도에서 변형된 올리고뉴클레오타이드로 처리되었다. 3 일째에, E7438은 조합 조건을 위한 명시된 농도로 첨가되었다. 세포는 4 일째 그리고 매 3일 분할되었고 0.5 x 106 세포/웰의 최초 세포 밀도에서 재플레이팅되었다. 변형된 올리고뉴클레오타이드 및 E7438은 실험 지속기간 동안 배지에서 주어진 농도로 유지되었다.
세포 생존능
세포 생존능은 변형된 올리고뉴클레오타이드의 첨가 후 명시된 날에 BD Vi-세포 계수기를 사용하여 계수되었다. 조합 지수는 CalcuSyn 소프트웨어를 사용하여 계산되었고, 여기에서 2개의 화합물 사이 조합은 그 값이 1.0 미만이면 상승작용성이다.
Figure pct00099
실시예 22: 간 암종 Hep2G 세포에서 hEZH2를 표적화하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성
실험 조건
상기 기재된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 간 암종 HepG2 세포내 명시된 용량에서 시험되었다. 세포는 100,000 세포/웰로 6 웰 플레이트에서 플레이팅되었고 RNAi MAX를 사용하여 24 시간 후에 변형된 올리고뉴클레오타이드로 형질감염되었다.
세포 증식
세포 증식은 6 일째에 클론원성 검정에 의해 측정되었다. 결과는 아래 표에서 미처리된 대조군 세포 (UTC)에 비하여 제시된다.
Figure pct00100
단백질 수준
변형된 올리고뉴클레오타이드의 첨가 후 3 일째에, 웨스턴 블랏은 실시되어 EZH2, H3, H3K27me3, 및 SUZ12의 단백질 수준을 평가하였다. 튜불린은 단백질 장입용 대조군으로서 포함되었다. 동일량의 단백질은 BCA 검정에 의해 결정된 바와 같이 각 레인에 첨가되었다. 633365는 EZH2, SUZ12, 및 H3K27me3을 용량-의존적 방식으로 감소시켰다.
mRNA 분석
RT-qPCR 분석은 변형된 올리고뉴클레오타이드 또는 소분자 억제제의 첨가 후 3 일째에 세포 상에서 수행되었다. (실시예 4에서 상기 기재된) 프라이머 프로브 세트 RTS1985는 hEZH2를 검출하는데 사용되었고, 미처리된 대조군에 비하여 EZH2 mRNA의 수준은 아래 표에서 나타난다.
Figure pct00101
실시예 23: 인간 B-세포 림프종 TMD8 이종이식 종양 모델에서 hEZH2를 표적화하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성
이종이식 종양 모델은 인간 EZH2에 표적화된 변형된 올리고뉴클레오타이드의 활성을 평가하는데 사용되었다. 4.5 x 106 ABC-DLBCL TMD8 세포는 NOD/SCID 마우스의 옆구리에 이식되었다. 종양이, 대략 2주 후기-이식으로, 100 mm3의 평균 용적에 도달한 경우, 8마리 마우스의 그룹은 2주 동안 변형된 올리고뉴클레오타이드가 있는 50mg/kg/일로 투여되었다. ION 792169는 대조군으로서 투여되었다. ION 792169는 완전 포스포로티오에이트 백본 및 서열 CGCCGATAAGGTACAC (서열번호: X)가 있는 3-10-3 cEt 갭머이고, 임의의 공지된 인간 유전자에 상보성이지 않다. 종양 용적은 아래 표에서 명시된 날에 측정되었다. 마우스는 PBS-처리된 마우스로부터 종양이 2,000 mm3에 도달한 경우 희생되었다. 종양 샘플은 RT-qPCR에 의한 EZH2 mRNA 수준의 측정을 위하여 수집되었고 PBS-처리된 동물에 비하여 제시되었다.
Figure pct00102
실시예 24: CD1 마우스에서 hEZH2를 표적화하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 내성
CD1® 마우스 (Charles River, MA)는 안전성 및 효능 시험을 위하여 빈번하게 이용된다. 마우스는 상기 기재된 연구로부터 선택된 안티센스 올리고뉴클레오타이드로 처리되었고 다양한 혈장 화학 마커의 수준에서 변화에 대하여 평가되었다.
처리
숫컷 CD1 마우스의 그룹은 50 mg/kg의 변형된 올리고뉴클레오타이드 (100 mg/kg/주 용량)으로 4주 동안 1주 2회 피하로 주입되었다. CD1 마우스의 하나의 그룹은 PBS로 4주 동안 1주 2회 피하로 주입되었다. 마우스는 마지막 용량 48 시간 후 안락사되었고, 장기 및 혈장은 추가 분석을 위하여 수집되었다.
혈장 화학 마커
간 및 신장 기능에서 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 아미노전이효소, 빌리루빈, 및 BUN의 혈장 수준은 자동화 임상 화학 분석기 (Hitachi Olympus AU400e, Melville, NY)을 사용하여 측정되었다. 결과는 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대하여 기대된 범위 밖에서 임의의 간 또는 신장 기능 마커의 수준에서 변화를 야기시켰던 변형된 올리고뉴클레오타이드는 추가 연구에서 배제되었다.
Figure pct00103
Figure pct00104
Figure pct00105
Figure pct00106
장기 중량
간, 신장, 및 비장 중량은 연구의 마지막에 측정되었고, 아래 표에서 제시된다. 변형된 올리고뉴클레오타이드에 대하여 기대된 범위 밖에서 장기 중량에서 임의의 변화를 야기시켰던 변형된 올리고뉴클레오타이드는 추가 연구에서 배제되었다.
Figure pct00107
Figure pct00108
Figure pct00109
Figure pct00110
상기 데이터는 633365가 CD1 마우스에서 내성이었음을 증명하였다.
실시예 25: 스프라그-돌리 랫트에서 hEZH2를 표적화하는 변형된 올리고뉴클레오타이드의 내성
스프라그-돌리 랫트는 안전성 및 효능 평가를 위하여 사용된 다목적 모델이다. 랫트는 상기 실시예에서 기재된 연구로부터 변형된 안티센스 올리고뉴클레오타이드로 처리되었고 다양한 혈장 화학 마커의 수준에서 변화에 대하여 평가되었다.
처리
숫컷 스프라그-돌리 랫트는 12-시간 명/암 사이클에서 유지되었고 Purina 정상 랫트 음식, 다이어트 5001로 임의로 공급되었다. 4스프라그-돌리 랫트의 그룹 각각은 50 mg/kg의 변형된 올리고뉴클레오타이드 (50 mg/kg 매주 용량)으로 6주 동안 1주 1회 피하로 주입되었다. 마지막 용량 48 시간 후, 랫트는 안락사되었고 장기 및 혈장은 추가 분석을 위하여 수확되었다.
간 및 신장 기능
간 기능에서 변형된 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 아미노전이효소의 혈장 수준은 자동화 임상 화학 분석기 (Hitachi Olympus AU400e, Melville, NY)을 사용하여 측정되었다. ALT (알라닌 아미노전이효소), AST (아스파르테이트 아미노전이효소), 혈액 요소 질소 (BUN), 및 T. 빌리루빈의 혈장 수준은 측정되었고 결과는 아래 표에서 제시된다. 빌리루빈의 혈장 수준은 동일한 임상 화학 분석기를 사용하여 또한 측정되었고 결과는 아래 표에서 또한 제시된다. 값들은 PBS-처리된 동물에 정규화된 % 변화를 나타낸다. 안티센스 올리고뉴클레오타이드에 대하여 기대된 범위 밖에서 간 기능의 임의의 마커의 수준에서 변화를 야기시켰던 변형된 올리고뉴클레오타이드는 추가 연구에서 배제되었다.
Figure pct00111
혈액학 검정
모든 랫트 그룹으로부터 수득된 혈액은 적혈구용적 (HCT), 혈액 세포, 예컨대 WBC, RBC, 및 총 헤모글로빈 함량에 대하여 측정되었다. 결과는 아래 표에서 제시된다. 안티센스 올리고뉴클레오타이드에 대하여 기대된 범위 밖에서 임의의 혈액학 마커의 수준에서 변화를 야기시켰던 변형된 올리고뉴클레오타이드는 추가 연구에서 배제되었다.
Figure pct00112
장기 중량
간, 심장, 비장 및 신장 중량은 연구의 마지막에 측정되었고, 아래 표에서 제시된다. 안티센스 올리고뉴클레오타이드에 대하여 기대된 범위 밖에서 장기 중량에서 임의의 변화를 야기시켰던 변형된 올리고뉴클레오타이드는 추가 연구에서 배제되었다.
Figure pct00113
상기 데이터는 63365가 스프라그 돌리 랫트에서 내성이었음을 증명하였다.
실시예 26: 비-인간 영장류 (NHP)에서 변형된 올리고뉴클레오타이드의 내성
상기 기재된 변형된 올리고뉴클레오타이드는 비-인간 영장류에서의 효력에 대하여 추가로 평가되었다.
처리
숫컷 사이노몰구스 원숭이는 4마리 동물 각각의 그룹으로 분할되었다. 그룹들은 1, 3, 5, 및 7 일째에 피하 주사로 변형된 올리고뉴클레오타이드의 40mg/kg의 용량, 및 그 다음 6주 동안 1회/주로 받았다. NHP의 1 그룹은 PBS의 용량을 받았다. PBS-주입된 그룹은 올리고뉴클레오타이드-처리된 그룹이 비교된 대조군 그룹으로서 기능하였다. 6주 후, NHP는 희생되었고 조직은 분석을 위하여 수집되었다.
내성
간 및 신장 기능에서 이들 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 혈액, 혈장, 혈청 및 소변의 샘플은 44 일째에 모든 연구 그룹으로부터 수집되었다. 혈액 샘플은, 투약 48 시간 후, 대퇴부 정맥천자를 통해 수집되었다. 원숭이는 채혈에 앞서 밤새 절식되었다. 대략 1.5 mL의 혈액은 혈청 분리용 항응고제 없이 튜브 속으로 각 동물로부터 수집되었다. 다양한 마커의 수준은 자동화 임상 화학 분석기 (Hitachi Olympus AU400e, Melville, NY)을 사용하여 측정되었다. 총 요 단백질 및 소변 크레아티닌 수준은 측정되었고, 총 요 단백질 대 크레아티닌의 비 (P/C 비)는 결정되었다.
간 기능에서 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 아미노전이효소 (ALT, AST), 알부민 (Alb) 및 총 빌리루빈 ("T. Bil")의 혈장 농도는 측정되었다. 신장 기능에서 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 효과를 평가하기 위해, 혈액 요소 질소 (BUN) 및 크레아티닌 (Cre)의 혈장 농도는 측정되었다. 알부민 (Alb), 크레아티닌 (Cre) 및 총 요 단백질 (마이크로 총 단백질 (MTP))의 소변 수준은 측정되었고, 총 요 단백질 대 크레아티닌의 비 (P/C 비)는 결정되었다.
사이노몰구스 원숭이에서 안티센스 올리고뉴클레오타이드의 임의의 염증성 효과를 평가하기 위해, 간에서 합성되는 그리고 염증의 마커로서 기능하는, C-반응성 단백질 (CRP)은 44 일째에 측정되었다. 이를 위하여, 혈액 샘플은 절식된 원숭이로부터 취득되었고, 튜브는 실온에서 최소 90 분 동안 유지되었고, 3,000 rpm으로 10 분 동안 실온에서 원심분리되어 혈청을 수득하였다. 결과는 아래 표에서 제시되고 인간 EZH2를 표적화하는 대부분의 안티센스 올리고뉴클레오타이드가 사이노몰구스 원숭이에서 양호하게 용인되었다는 것을 나타낸다.
Figure pct00114
RNA 분석
RNA는 이전의 실시예에서처럼 EZH2의 mRNA 발현의 실시간 PCR 분석을 위하여 다양한 조직으로부터 추출되었다. 결과는, NHP 사이클로필린 A로 정규화된, PBS 대조군에 비하여 mRNA의 수준으로서 제시된다. 아래 표에서 나타난 바와 같이, 변형된 올리고뉴클레오타이드에 의한 처리는 처리 그룹의 일부와 PBS 대조군에 비교된 간에서 EZH2 mRNA의 감소를 초래하였다. 633365는 EZH2 mRNA의 발현을 강력하게 감소시켰다.
Figure pct00115
상기 데이터는 633365가 비-인간 영장류에서 원숭이 EZH2에 대해 내성 및 활성이었음을 증명하였다.
SEQUENCE LISTING <110> Ionis Pharmaceuticals, Inc. <120> MODULATORS OF EZH2 EXPRESSION <130> BIOL0334WO <150> 62/656,244 <151> 2018-04-11 <160> 1592 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 2681 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 ggcggcgctt gattgggctg ggggggccaa ataaaagcga tggcgattgg gctgccgcgt 60 ttggcgctcg gtccggtcgc gtccgacacc cggtgggact cagaaggcag tggagccccg 120 gcggcggcgg cggcggcgcg cgggggcgac gcgcgggaac aacgcgagtc ggcgcgcggg 180 acgaagaata atcatgggcc agactgggaa gaaatctgag aagggaccag tttgttggcg 240 gaagcgtgta aaatcagagt acatgcgact gagacagctc aagaggttca gacgagctga 300 tgaagtaaag agtatgttta gttccaatcg tcagaaaatt ttggaaagaa cggaaatctt 360 aaaccaagaa tggaaacagc gaaggataca gcctgtgcac atcctgactt cttgttcggt 420 gaccagtgac ttggattttc caacacaagt catcccatta aagactctga atgcagttgc 480 ttcagtaccc ataatgtatt cttggtctcc cctacagcag aattttatgg tggaagatga 540 aactgtttta cataacattc cttatatggg agatgaagtt ttagatcagg atggtacttt 600 cattgaagaa ctaataaaaa attatgatgg gaaagtacac ggggatagag aatgtgggtt 660 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16 <210> 1539 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1539 caaagagatc atcaat 16 <210> 1540 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1540 ccttatattt ttgcaa 16 <210> 1541 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1541 accctctctc gccctt 16 <210> 1542 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1542 aagatctact accctc 16 <210> 1543 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1543 tttcagttaa aagatc 16 <210> 1544 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1544 caaaacagct tttcag 16 <210> 1545 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1545 tgaattataa caaaac 16 <210> 1546 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1546 aaagaactca tgaatt 16 <210> 1547 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1547 ttactccaat aaagaa 16 <210> 1548 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1548 ctacctcaat ttactc 16 <210> 1549 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1549 gctccaaaac ctacct 16 <210> 1550 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1550 ttcagtttta gctcca 16 <210> 1551 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1551 cgctacatcc ttcagt 16 <210> 1552 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1552 atccaattac actgtc 16 <210> 1553 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1553 ccaataaatg atccaa 16 <210> 1554 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1554 gaaaagcatc ccaata 16 <210> 1555 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1555 ctgtatttaa atcatt 16 <210> 1556 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1556 atttgctaat ctgtat 16 <210> 1557 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1557 gtatcactaa atttgc 16 <210> 1558 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1558 aacttttgag gtatca 16 <210> 1559 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1559 taccagctgt aacttt 16 <210> 1560 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1560 cttagaaatt taccag 16 <210> 1561 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1561 gtgcaactat cttaga 16 <210> 1562 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1562 atatggaatg gtgcaa 16 <210> 1563 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1563 cagtggcaag atatgg 16 <210> 1564 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1564 tttttatacc aagtag 16 <210> 1565 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1565 acaaatttgt catatt 16 <210> 1566 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1566 taatctaaac acaaat 16 <210> 1567 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1567 tgctaaccac ataatc 16 <210> 1568 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1568 caattattaa gaaact 16 <210> 1569 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1569 gaaaacaaga ccaatt 16 <210> 1570 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1570 attgttaatg gaaaac 16 <210> 1571 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1571 gttctgtctt gctatt 16 <210> 1572 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1572 ctatgatctt gttctg 16 <210> 1573 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1573 aatggtgtgc actggt 16 <210> 1574 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1574 aagtcaccac aatggt 16 <210> 1575 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1575 aagcaggatc ccatct 16 <210> 1576 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1576 atccctgtac tttaag 16 <210> 1577 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1577 aaaaagtatc tgggtc 16 <210> 1578 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1578 taaataaatt agccga 16 <210> 1579 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1579 tacttgagag gtgagg 16 <210> 1580 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1580 ataaaaatta tcggag 16 <210> 1581 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1581 gacgaggcag gtcaat 16 <210> 1582 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1582 acacagcagg gtgtgg 16 <210> 1583 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1583 aagtatccag gccagg 16 <210> 1584 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1584 tgacaacaag accctg 16 <210> 1585 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1585 caaaagctgg gtgcag 16 <210> 1586 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1586 ctgttggcag acacaa 16 <210> 1587 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1587 ctccttttat gttttc 16 <210> 1588 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1588 ttatgtctga attatt 16 <210> 1589 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1589 tattctccag ctccat 16 <210> 1590 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1590 tacaaaaggt tgtatc 16 <210> 1591 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1591 acctcatata aatgag 16 <210> 1592 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic oligonucleotide <400> 1592 attcacctct cccctc 16

Claims (68)

  1. 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 8개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  2. 9 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 9개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  3. 10 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 10개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  4. 11 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 11개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  5. 12 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592의 임의의 핵염기 서열의 적어도 12개의 연속적 핵염기를 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  6. 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  7. 서열번호: 10-1592 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  8. 서열번호: 1의 뉴클레오타이드 700-715, 964-979, 1074-1089, 또는 2509-2524 내에서 또는 서열번호: 2의 뉴클레오타이드 6589-6604, 59170-59185, 61438-61453, 68329-68344, 또는 80457-80472 내에서 상보성인, 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어진 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  9. 8 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  10. 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열로 이루어지는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  11. 제 1 항 내지 제 10 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 인터뉴클레오사이드 연결기가 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기이거나, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오사이드가 변형된 당을 포함하거나, 또는 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 핵염기가 변형된 핵염기인, 화합물.
  12. 제 11 항에 있어서, 상기 변형된 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 인터뉴클레오사이드 연결기인, 화합물.
  13. 제 11 항 또는 제 12 항에 있어서, 상기 변형된 당이 이환형 당인, 화합물.
  14. 제 13 항에 있어서, 상기 이환형 당이 하기로 이루어진 군으로부터 선택되는, 화합물: 4'-(CH2)-O-2' (LNA); 4'-(CH2)2-O-2' (ENA); 및 4'-CH(CH3)-O-2' (cEt).
  15. 제 11 항 또는 제 12 항에 있어서, 상기 변형된 당이 2'-O-메톡시에틸인, 화합물.
  16. 제 11 항 내지 제 15 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 변형된 핵염기가 5-메틸시토신인, 화합물.
  17. 제 1 항 내지 제 16 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 갖는 화합물로서:
    연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
    연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
    연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
    상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 변형된 당을 포함하는, 화합물.
  18. 16 내지 80개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지고 서열번호: 102, 252, 387, 998, 또는 1038 중 어느 하나의 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 갖고:
    연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
    연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
    연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
    상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 변형된 당을 포함하는, 화합물.
  19. 16-80개의 연결된 핵염기로 이루어지고 서열번호: 252, 387, 또는 998 중 어느 하나에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 갖고:
    10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
    3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
    3개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
    상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고; 각 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 각 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 연결기이고; 각 시토신이 5-메틸시토신인, 화합물.
  20. 16-80개의 연결된 핵염기로 이루어지고 서열번호: 1038에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 갖고:
    10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
    1개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
    5개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
    상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편이 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편이 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, 및 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 각 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 연결기이고; 각 시토신이 5-메틸시토신인, 화합물.
  21. 16-80개의 연결된 핵염기로 이루어지고 서열번호: 252에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 갖고:
    10개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
    2개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
    4개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
    상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편이 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 및 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드를 포함하고; 각 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 연결기이고; 각 시토신이 5-메틸시토신인, 화합물.
  22. 16-80개의 연결된 핵염기로 이루어지고 서열번호: 102에서 열거된 핵염기 서열을 포함하는 핵염기 서열을 가지고 있는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 화합물로서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 하기를 갖고:
    9개의 연결된 2'-데옥시뉴클레오사이드로 이루어지는 갭 단편;
    2개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 5' 윙 단편; 및
    5개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는 3' 윙 단편;
    상기 갭 단편이 상기 5' 윙 단편과 상기 3' 윙 단편 사이 위치하고; 상기 5' 윙 단편의 각 뉴클레오사이드가 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 상기 3' 윙 단편이 5'에서 3' 방향으로 cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, cEt 뉴클레오사이드, 2'-O-메톡시에틸 뉴클레오사이드, 및 cEt 뉴클레오사이드를 포함하고; 각 인터뉴클레오사이드 연결기가 포스포로티오에이트 연결기이고; 각 시토신이 5-메틸시토신인, 화합물.
  23. 제 1 항 내지 제 22 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오타이드가 서열번호: 1-3 중 임의의 것에 적어도 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 상보성인, 화합물.
  24. 제 1 항 내지 제 23 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 단일가닥인, 화합물.
  25. 제 1 항 내지 제 23 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 이중가닥인, 화합물.
  26. 제 1 항 내지 제 25 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 리보뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  27. 제 1 항 내지 제 25 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 데옥시리보뉴클레오타이드를 포함하는, 화합물.
  28. 제 1 항 내지 제 27 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드가 16 내지 30개의 연결된 뉴클레오사이드로 이루어지는, 화합물.
  29. 제 1 항 내지 제 28 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 상기 변형된 올리고뉴클레오타이드로 이루어지는, 화합물.
  30. 제 1 항 내지 제 29 항 중 어느 하나의 항에 따른 임의의 화합물의 약제학적으로 허용가능한 염으로 이루어진, 화합물.
  31. 제 30 항에 있어서, 상기 약제학적으로 허용가능한 염이 나트륨 염인, 화합물.
  32. 제 30 항에 있어서, 상기 약제학적으로 허용가능한 염이 칼륨 염인, 화합물.
  33. 하기 식을 가지고 있는 화합물, 또는 이의 염:
    Figure pct00116
    .
  34. 하기 식을 가지고 있는 화합물:
    Figure pct00117
    .
  35. 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 및 약제학적으로 허용가능한 담체를 포함하는, 조성물.
  36. 제 1 항 내지 제 35 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 변형된 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 요법에서 사용하기 위한 조성물.
  37. EZH2를 억제시킬 수 있는 화합물을 개체에게 투여하는 단계, 그것에 의해 암을 치료 또는 개선하는 단계를 포함하는, 개체에서의 암의 치료 또는 개선 방법.
  38. 제 37 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인, 방법.
  39. 제 37 항 또는 제 38 항에 있어서, 상기 암이 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC-DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병인, 방법.
  40. 제 42 항 내지 제 44 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물 투여가 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시키는, 방법.
  41. EZH2에 표적화된 화합물과 세포를 접촉시키는 단계, 그것에 의해 상기 세포에서 EZH2의 발현을 억제시키는 단계를 포함하는, 세포에서 EZH2의 발현의 억제 방법.
  42. 제 41 항에 있어서, 상기 세포가 암 세포인, 방법.
  43. 제 42 항에 있어서, 상기 개체가 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 앓고 있는, 방법.
  44. EZH2를 억제시킬 수 있는 화합물을 개체에게 투여하는 단계, 그것에 의해 상기 개체에서 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 감소 또는 억제시키는 단계를 포함하는, 암을 앓고 있는 개체에서의 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이의 감소 또는 억제 방법.
  45. 제 44 항에 있어서, 상기 개체가 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, T 세포 림프종, 또는 백혈병을 앓고 있는, 방법.
  46. 제 37 항 내지 제 45 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인, 방법.
  47. 제 37 항 내지 제 46 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 제 35 항 또는 제 36 항에 따른 조성물인, 방법.
  48. 제 37 항 내지 제 47 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 비경구로 투여되는, 방법.
  49. EZH2를 억제시킬 수 있는 화합물의 EZH2와 연관된 암의 치료, 예방, 또는 개선을 위한 용도.
  50. 제 49 항에 있어서, 상기 암이 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병인, 용도.
  51. 제 49 항 또는 제 50 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인, 용도.
  52. 제 49 항 내지 제 51 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 제 35 항 또는 제 36 항에 따른 조성물인, 용도.
  53. EZH2를 억제시킬 수 있는 화합물의 EZH2와 연관된 암의 치료 또는 개선을 위한 약제의 제조에서의 용도.
  54. 제 53 항에 있어서, 상기 암이 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병인, 용도.
  55. 제 53 항 또는 제 54 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인, 용도.
  56. 제 53 항 내지 제 55 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 제 35 항 또는 제 36 항에 따른 조성물인, 용도.
  57. EZH2를 억제시킬 수 있는 화합물의 EZH2와 연관된 암의 치료 또는 개선을 위한 약제의 조제에서의 용도.
  58. 제 57 항에 있어서, 상기 암이 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병인, 용도.
  59. 제 57 항 또는 제 58 항에 있어서, 상기 화합물이 EZH2에 표적화된 안티센스 화합물인, 용도.
  60. 제 57 항 내지 제 59 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 제 35 항 또는 제 36 항에 따른 조성물인, 용도.
  61. EZH2에 표적화된 화합물을 개체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  62. 제 61 항에 있어서, 상기 화합물이 안티센스 화합물인, 방법.
  63. 제 62 항에 있어서, 상기 안티센스 화합물이 EZH2에 상보성인 안티센스 올리고뉴클레오타이드를 포함하는, 방법.
  64. 제 61 항 내지 제 63 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 개체가 암을 앓고 있는, 방법.
  65. 제 64 항에 있어서, 상기 암이 혈액암, 골수종, 다발성 골수종 (MM), B 세포 악성종양, 림프종, B 세포 림프종, DLBCL, GC DLBCL, T 세포 림프종, 또는 백혈병인, 방법.
  66. 제 64 항 또는 제 65 항에 있어서, 상기 화합물을 투여하는 단계가 암 세포 증식, 종양 성장, 또는 전이를 억제 또는 감소시키는, 방법.
  67. 제 61 항 내지 제 66 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 제 1 항 내지 제 34 항 중 어느 하나의 항에 따른 화합물 또는 제 35 항 또는 제 36 항에 따른 조성물인, 방법.
  68. 제 61 항 내지 제 67 항 중 어느 하나의 항에 있어서, 상기 화합물이 비경구로 투여되는, 방법.
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