KR20180124142A - 핵산-폴리펩타이드 조성물 및 이의 용도 - Google Patents

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데이빗 사이호 추
마이클 캐러미언 코크런
레이첼 엘리자베스 존스
팔라니 발루
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Abstract

폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 조성물 및 약학적 제제가 본원에 개시된다. 또한 본원에 기재된 것은 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 조성물 또는 약학적 제제를 이용하는 암을 치료하는 방법을 포함한다.

Description

핵산-폴리펩타이드 조성물 및 이의 용도
상호 참조
본 출원은 2016년 4월 1일에 출원된 미국 가출원 제62/316,919호를 우선권으로 주장하며, 상기 가출원은 본원에 참고로 인용되어 있다.
서열 목록
본 출원은 ASCII 형식으로 전자적으로 제출된 서열 목록을 포함하며, 이는 그 전체가 참고로 본원에 포함되어 있다. 2017년 3월 28일에 생성된 상기 ASCII 사본은 45532-707_601_SL.txt로 명명되고 615,666 바이트 크기이다.
RNA 유도 유전자 침묵에 의한 유전자 억제는 전사 불활성화, 작은 간섭 RNA(siRNA) 유도 mRNA 분해, 및 siRNA 유도 전사 감쇠와 같은 몇 가지 제어 수준을 제공한다. 일부 경우, RNA 간섭(RNAi)은 다수의 세포 분열 동안 오래 지속되는 효과를 제공한다. 이와 같이, RNAi는 약물 표적 검증, 유전자 기능 분석, 경로 분석, 및 질환 치료학에 유용한 실행가능한 방법이다.
특정 구현예에서, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 조성물 및 약학적 제제가 본원에 개시된다. 일부 구현예에서, 또한 본원에 기재된 것은 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 조성물 또는 약학적 제제를 이용하는 질환 또는 병태(예컨대, 암)를 치료하는 방법을 포함한다.
특정 구현예에서, 하기 식 (I)의 분자가 본원에 개시된다:
A-X-B-Y-C
<식 I>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
X는 결합 또는 제1 링커이며; 및
Y는 결합 또는 제2 링커이고;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다.
일부 구현예에서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 구현예에서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 잠금 핵산(locked nucleic acid: LNA) 또는 에틸렌 핵산(ethylene nucleic acid: ENA)을 포함한다. 일부 구현예에서, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합은 포스포로티오에이트 결합 또는 포스포로디티오에이트 결합을 포함한다. 일부 구현예에서, 1 이상의 역위된 무염기 모이어티는 적어도 한 말단에 있다.
일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 단일 가닥을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 2개 이상의 가닥을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제1 폴리뉴클레오타이드에 혼성화된 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함하여, 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성한다. 일부 구현예에서, 제2 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 변형을 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 RNA 분자이다. 일부 구현예에서, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 siRNA 분자이다.
일부 구현예에서, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117에 대해 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117로부터 선택된 서열로 구성된다.
일부 구현예에서, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117에 대해 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117로부터 선택된 서열로 구성된다.
일부 구현예에서, X 및 Y는 독립적으로 결합 또는 비중합체성 링커 기이다. 일부 구현예에서, X는 결합이다. 일부 구현예에서, X는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 구현예에서, Y는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 구현예에서, X는 C1-C6 알킬 기에 임의로 접합된, 동종이작용성 링커(homobifuctional linker) 또는 이종이작용성 링커(heterobifunctional linker)이다. 일부 구현예에서, Y는 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 구현예에서, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일-사슬 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일-도메인 항체(sdAb), 또는 낙타과 항체(camelid antibody) 또는 그의 결합 단편을 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 그의 결합 단편은 항-EGFR 항체 또는 그의 결합 단편이다.
일부 구현예에서, C는 폴리에틸렌 글리콜이다. 일부 구현예에서, C는 약 5000 Da의 분자량을 갖는다.
일부 구현예에서, A-X는 B의 5' 말단에 접합되고 Y-C는 B의 3' 말단에 접합된다. 일부 구현예에서, Y-C는 B의 5' 말단에 접합되고 A-X는 B의 3' 말단에 접합된다. 일부 구현예에서, A-X, Y-C 또는 이의 조합은 뉴클레오타이드간 결합 기에 접합된다.
일부 구현예에서, 분자는 D를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, D는 C 또는 A에 접합된다.
일부 구현예에서, D는 하기 식 (II)에 따라 식 (I)의 분자에 접합된다:
(A-X-B-Y-Cn)-L-D
<식 II>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
X는 결합 또는 제1 링커이며;
Y는 결합 또는 제2 링커이고;
L은 결합 또는 제3 링커이며;
D는 엔도솜 분해성 모이어티이고;
n은 0 내지 1의 정수이며;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함하고; D는 A, B, 또는 C 상의 임의의 위치에 접합된다.
일부 구현예에서, D는 INF7 또는 멜리틴이다.
일부 구현예에서, D는 엔도솜 분해성 중합체이다.
일부 구현예에서, L은 C1-C6 알킬 기이다. 일부 구현예에서, L은 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다.
일부 구현예에서, 분자는 적어도 제2 결합 모이어티 A를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 적어도 제2 결합 모이어티 A는 A, B, 또는 C에 접합된다. 일부 구현예에서, 적어도 제2 결합 모이어티 A는 콜레스테롤이다.
일부 구현예에서, 분자는 적어도 추가의 폴리뉴클레오타이드 B를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 적어도 추가의 폴리뉴클레오타이드 B는 A, B, 또는 C에 접합된다.
일부 구현예에서, 분자는 적어도 추가의 중합체 C를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 적어도 추가의 중합체 C는 A, B, 또는 C에 접합된다.
특정 구현예에서, 식 (I)의 분자가 본원에 개시된다: A-X-B-Y-C(식 I), 상기 식에서, A는 항체 또는 그의 결합 단편이고; B는 폴리뉴클레오타이드이며; C는 중합체이고; X는 결합 또는 제1 비중합체성 링커이며; Y는 결합 또는 제2 링커이고; 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함하며; A 및 C는 B의 동일한 말단에 부착되지 않는다. 일부 구현예에서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 구현예에서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 잠금 핵산(LNA) 또는 에틸렌 핵산(ENA)을 포함한다. 일부 구현예에서, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합은 포스포로티오에이트 결합 또는 포스포로디티오에이트 결합을 포함한다. 일부 구현예에서, 1 이상의 역위된 무염기 모이어티는 적어도 한 말단에 있다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 단일 가닥을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제1 폴리뉴클레오타이드에 혼성화된 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함하여, 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성한다. 일부 구현예에서, 제2 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 RNA 분자이다. 일부 구현예에서, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, Y는 비중합체성 링커 기이다. 일부 구현예에서, X는 결합이다. 일부 구현예에서, X는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 구현예에서, Y는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 구현예에서, X는 임의로 C1-C6 알킬 기에 접합된, 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 구현예에서, Y는 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 구현예에서, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일-사슬 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일-도메인 항체(sdAb), 또는 낙타과 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다. 일부 구현예에서, C는 폴리에틸렌 글리콜이다. 일부 구현예에서, C는 약 1000 Da, 2000 Da, 또는 5000 Da의 분자량을 갖는다. 일부 구현예에서, A-X는 B의 5' 말단에 접합되고 Y-C는 B의 3' 말단에 접합된다. 일부 구현예에서, Y-C는 B의 5' 말단에 접합되고 A-X는 B의 3' 말단에 접합된다. 일부 구현예에서, 분자는 D를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, D는 C 또는 A에 접합된다. 일부 구현예에서, D는 식 (II)에 따라 식 (I)의 분자에 접합된다: (A-X-B-Y-Cc)-L-D(식 II), 상기 식에서, A는 항체 또는 그의 결합 단편이고; B는 폴리뉴클레오타이드이며; C는 중합체이고; X는 결합 또는 제1 비중합체성 링커이며; Y는 결합 또는 제2 링커이고; L은 결합 또는 제3 링커이며; D는 엔도솜 분해성 모이어티이고; c는 0 내지 1의 정수이며; 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함하고; A 및 C는 B의 동일한 말단에 부착되지 않으며; D는 A 또는 C 상의 임의의 위치에 또는 B의 말단에 접합된다. 일부 구현예에서, D는 INF7 또는 멜리틴이다. 일부 구현예에서, D는 엔도솜 분해성 중합체이다. 일부 구현예에서, L은 C1-C6 알킬 기이다. 일부 구현예에서, L은 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 구현예에서, 분자는 적어도 제2 결합 모이어티를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 적어도 제2 결합 모이어티는 A, B, 또는 C에 접합된다. 일부 구현예에서, 적어도 제2 결합 모이어티는 콜레스테롤이다. 일부 구현예에서, 분자는 적어도 추가의 폴리뉴클레오타이드 B를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 적어도 추가의 폴리뉴클레오타이드 B는 A, B, 또는 C에 접합된다. 일부 구현예에서, 분자는 적어도 추가의 중합체 C를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 적어도 추가의 중합체 C는 A, B, 또는 C에 접합된다.
특정 구현예에서, 상기 기재된 분자, 및 약학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약학적 조성물이 본원에 개시된다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 나노입자 제제로서 제제화된다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 비경구, 경구, 비강내, 협측, 직장, 또는 경피 투여용으로 제제화된다.
특정 구현예에서, 상기 기재된 분자를 포함하는 조성물을 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 환자에서 질환 또는 장애를 치료하는 방법이 본원에 개시된다. 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 암이다. 일부 구현예에서, 암은 고형 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 혈액암(hematologic malignancy)이다. 일부 구현예에서, 암은 KRAS 관련 암, EGFR 관련 암, AR 관련 암, β-카테닌 관련 암, PIK3C 관련 암, 또는 MYC 관련 암을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 방광암, 유방암, 결장직장암, 자궁내막암, 식도암, 다형성 교아종, 두경부암, 신장암, 폐암, 난소암, 췌장암, 전립선암, 또는 갑상선암을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 급성 골수성 백혈병, CLL, DLBCL, 또는 다발성 골수종을 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 면역 항암 요법이다.
특정 구현예에서, 상기 기재된 분자를 일차 세포에 투여하는 단계를 포함하는, 환자의 일차 세포에서 표적 유전자의 발현을 억제하는 방법이 본원에 개시된다. 일부 구현예에서, 방법은 생체내 방법이다. 일부 구현예에서, 환자는 인간이다.
특정 구현예에서, 이를 필요로 하는 환자에서 질환 또는 장애의 치료를 위한 상기 기재된 분자를 포함하는 면역 항암 요법이 본원에 개시된다.
특정 구현예에서, 상기 기재된 분자를 포함하는 키트가 본원에 개시된다.
본 발명의 다양한 양태는 첨부된 청구범위에서 상세히 제시되어 있다. 본 발명의 특징 및 이점은 본 발명의 원리가 이용되는 예시적인 구현예를 제시하는 하기 상세한 설명, 및 다음의 첨부된 도면을 참조하여 더 잘 이해될 것이다:
도 1A-도 1C는 본원에 기재된 분자의 그림 표현을 도시한다.
도 2는 콜레스테롤 접합체 패신저 가닥의 구조를 도시한다.
도 3은 본원에 기재된 INF7 펩타이드 서열(서열 번호 2055)을 나타낸다.
도 4는 본원에 기재된 멜리틴 펩타이드 서열(서열 번호 2060)을 나타낸다.
도 5는 EGFR 항체-PEG20kDa-EGFR의 분취용 HPLC을 도시한다.
도 6은 EGFR 항체-PEG20kDa-EGFR 접합체의 SDS-PAGE 분석을 도시한다.
도 7은 EGFR 항체-PEG10kDa-EGFR siRNA의 분석 크로마토그램을 도시한다.
도 8은 EGFR 항체-PEG5kDa-EGFR siRNA의 분석 크로마토그램을 나타낸다.
도 9는 EGFR 항체-PEG10kDa-EGFR siRNA 및 EGFR 항체-PEG5kDa-EGFR siRNA 접합체의 SDS PAGE 분석을 나타낸다.
도 10은 1, 2 및 3의 siRNA 로딩을 갖는 EGFR 항체-PEG1kDa-EGFR siRNA 접합체의 오버레이를 도시한다.
도 11은 EGFR 항체-KRAS-PEG5kDa의 HPLC 크로마토그램을 나타낸다.
도 12는 파니투무맙-KRAS-PEG5kDa의 HPLC 크로마토그램을 나타낸다.
도 13은 EGFR 항체-S-S-siRNA-PEG5kDa(DAR = 1)의 HPLC 크로마토그램을 나타낸다.
도 14는 EGFR 항체-PEG24-멜리틴(로딩 =~1)의 HPLC 크로마토그램을 나타낸다.
도 15는 EGFR 항체-멜리틴(n=~1)의 HPLC 크로마토그램을 도시한다.
도 16은 EGFR 항체-멜리틴(n=1)의 질량 스펙트럼을 도시한다.
도 17은 EGFR 항체-PEG1kDa-INF7(펩타이드 로딩 = ~1)의 HIC 크로마토그램을 나타낸다.
도 18은 EGFR 항체-INF7(펩타이드 로딩 = ~1)의 HPLC 크로마토그램을 나타낸다.
도 19는 INF7-PEG1kDa-(EGFR 항체-KRAS-PEG5kDa)를 나타낸다.
도 20은 멜리틴-PEG1kDa-(EGFR 항체-KRAS-PEG5kDa)를 도시한다.
도 21은 주사된 용량의 퍼센트(%ID)로서 표현된 siRNA 농도로 투여 후 96시간까지의 혈장 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 22는 주사된 용량의 퍼센트(%ID)로서 표현된 siRNA 농도로 투여 후 96시간까지의 혈장 농도-시간 프로파일을 나타낸다.
도 23은 주사된 용량의 퍼센트(%ID)로서 표현된 siRNA 농도로 투여 후 96시간까지의 혈장 농도-시간 프로파일을 나타낸다.
도 24는 주사된 용량의 퍼센트(%ID)로서 표현된 siRNA 농도로 투여 후 96시간까지의 혈장 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 25는 주사된 용량의 퍼센트(%ID)로서 표현된 siRNA 농도로 투여 후 24시간까지의 혈장 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 26A 및 도 26B는 마우스의 종양 또는 정상 간에서의 조직 농도-시간 프로파일을 도시한다. 도 26A는 마우스 모델에서 피하 옆구리 H358 종양에서 측정된 투여 후 168시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 나타낸다. 도 26B는 마우스의 정상 간에서 측정된 투여 후 168시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 나타낸다.
도 27은 마우스의 피하 옆구리 H358 종양 및 정상 간에서 측정된 투여 후 168시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 나타낸다.
도 28은 마우스의 피하 옆구리 H358 종양 및 정상 간에서 측정된 투여 후 168시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 29는 마우스의 피하 옆구리 H358 종양 및 정상 간에서 측정된 투여 후 168시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 30은 마우스의 피하 옆구리 H358 종양 및 정상 간에서 측정된 투여 후 168시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 나타낸다.
도 31A 및 도 31B는 인간 피하 옆구리 H358 종양에서 인간 KRAS(도 31A) 또는 정상 마우스 간에서 마우스 KRAS(도 31B)의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 도시한다.
도 32는 인간 피하 옆구리 H358 종양에서 인간 EGFR의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 도시한다.
도 33은 인간 피하 옆구리 H358 종양에서 인간 KRAS의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 도시한다.
도 34는 인간 피하 옆구리 H358 종양에서 인간 EGFR의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 도시한다.
도 35는 마우스 간에서 마우스 KRAS의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 나타낸다.
도 36은 주사된 용량의 퍼센트(%ID)로서 표현된 siRNA 농도로 투여 후 96시간까지의 혈장 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 37은 야생형 CD-1 마우스의 간, 신장, 및 폐에서 측정된 투여 후 144시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 38A 및 도 38B는 chol-INF7 펩타이드(도 38A) 또는 chol-멜리틴 펩타이드(도 38B)와 혼합된 chol-KRAS에 대해 인간 피하 옆구리 H358 종양에서 측정된 투여 후 144시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 39A 및 도 39B는 chol-INF7 펩타이드(도 39A) 또는 chol-멜리틴 펩타이드(도 39B)와 혼합된 chol-KRAS에 대해 마우스 간에서 측정된 투여 후 144시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 40A 및 도 40B는 chol-INF7 펩타이드(도 40A) 또는 chol-멜리틴 펩타이드(도 40B)와 혼합된 chol-KRAS에 대해 마우스 신장에서 측정된 투여 후 144시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 41A 및 도 41B는 chol-INF7 펩타이드(도 41A) 또는 chol-멜리틴 펩타이드(도 41B)와 혼합된 chol-KRAS에 대해 마우스 폐에서 측정된 투여 후 144시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 42는 마우스 간에서 마우스 KRAS의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 도시한다.
도 43A 및 도 43B는 인간 피하 옆구리 H358 종양(도 43A) 또는 마우스 간(도 43B)에서 측정된 투여 후 96시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 도시한다.
도 44A 및 도 44B는 마우스 신장(도 44A) 또는 마우스 폐(도 44B)에서 측정된 투여 후 96시간까지의 조직 농도-시간 프로파일을 나타낸다.
도 45는 인간 피하 옆구리 H358 종양에서 마우스 KRAS의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 나타낸다.
도 46은 인간 피하 옆구리 H358 종양 및 마우스 간, 신장, 및 폐에서 측정된 투여 후 96시간에 siRNA의 조직 농도를 나타낸다.
도 47A 및 도 47B는 EGFR(도 47A) 또는 KRAS(도 47B)의 인간 피하 옆구리 H358 종양에서 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 나타낸다.
도 48은 Hep3B 동소(orthotopic) 간 종양에서 인간 CTNNB1의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 나타낸다.
도 49는 Hep3B 동소 간 종양을 가진 마우스의 혈청 내의 인간 알파-태아단백질을 나타낸다.
도 50A는 LNCaP 종양에서 인간 EGFR의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 나타낸다.
도 50B는 투여 후 96시간에 종양 또는 간 조직에서의 siRNA 농도를 나타낸다.
도 51A는 96시간에 LNCaP 종양에서 인간 EGFR의 siRNA 매개 mRNA 넉다운을 도시한다.
도 51B는 투여 후 96시간에 종양 또는 간 조직에서의 siRNA 농도를 나타낸다.
도 52는 본원에 기재된 예시적인 분자의 혈장 siRNA 농도를 나타낸다.
도 53A는 HCC827 종양 또는 간 조직에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 53B는 본원에 기재된 예시적인 분자의 EGFR EGFR mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 54는 식 (I)에 의해 포함된 분자를 생성하는 예시적인 A 및 B를 도시한다.
도 55는 본원에 기재된 예시적인 분자의 EGFR mRNA 발현 수준을 도시한다.
도 56A는 HCC827 종양 또는 간 조직에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 56B는 본원에 기재된 예시적인 분자의 EGFR mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 57A-도 57B는 간(도 57A) 및 종양(도 57B)에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 57C는 본원에 기재된 예시적인 분자의 KRAS mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 58A는 본원에 기재된 예시적인 분자의 혈장 siRNA 농도를 도시한다.
도 58B는 본원에 기재된 예시적인 분자의 혈장 항체 농도를 나타낸다.
도 59A는 종양 또는 간 조직에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 59B는 Hep3B 종양에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 60은 간에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 CTNNB1 mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 61은 간에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 KRAS mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 62는 본원에 기재된 예시적인 분자의 혈장 siRNA 또는 단클론 항체(mAb) 농도를 도시한다.
도 63A는 종양 또는 간 조직에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 63B는 LNCaP 종양에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 EGFR mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 64A-도 64E는 본원에 기재된 예시적인 분자의 심장에서의 HPRT mRNA 발현 수준(도 64A), 위장관 조직에서의 HPRT mRNA 발현 수준(도 64B), 간에서의 HPRT mRNA 발현 수준(도 64C), 폐에서의 HPRT mRNA 발현 수준(도 64D), 및 조직에서의 siRNA 농도(도 64E)를 도시한다.
도 65A-도 65E는 본원에 기재된 예시적인 분자의 심장에서의 mRNA 발현 수준(도 65A), 위장관 조직에서의 mRNA 발현 수준(도 65B), 간에서의 mRNA 발현 수준(도 65C), 폐에서의 mRNA 발현 수준(도 65D), 및 조직에서의 siRNA 농도(도 65E)를 도시한다.
도 66A-도 66D는 심장에서의 siRNA 농도(도 66A), 심장에서의 mRNA 발현 수준(도 66B), 위장관 조직에서의 mRNA 발현 수준(도 66C), 및 근육에서의 siRNA 농도(도 66D)를 도시한다.
도 67A는 본원에 기재된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 도시한다.
도 67B는 종양 또는 간 조직에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 나타낸다.
도 68A-도 68B는 일차 마우스 B 세포를 활성화시키는 항-B 세포 항체-siRNA 접합체를 도시한다. 도 68A는 항-B 세포 Fab-siRNA 접합체를 도시한다. 도 68B는 항-B 세포 단클론 항체-siRNA 접합체를 나타낸다.
도 69A는 본원에 기재된 예시적인 분자의 혈장 siRNA 농도를 도시한다.
도 69B는 5 mg/kg 용량에서 혈장에서의 본원에 기재된 예시적인 분자의 항체 잘루투무맙 농도를 나타낸다.
도 70A는 본원에 기재된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 70B는 종양 또는 간 조직에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 나타낸다.
도 70C는 본원에 기재된 예시적인 분자의 혈장 siRNA 농도를 나타낸다.
도 71A는 LNCaP 종양에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 71B-도 71C는 LNCaP 종양에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 도시한다.
도 72A는 조직에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 72B는 처리 후 96시간에 HCC827 종양에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 73A는 0.5 mg/kg 용량에서 혈장에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 73B는 5 mg/kg 용량에서 혈장에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 항체 잘루투무맙 농도를 나타낸다.
도 74는 상이한 링커를 함유하는 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 혈장 제거율을 도시한다.
도 75A는 0.5 mg/kg 용량에서 HCC827 종양에서 본원에 기재된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 도시한다.
도 75B-도 75D는 종양(도 75B), 간(도 75C), 및 혈장(도 75D)에서 siRNA 농도를 도시한다.
도 76A-도 76D는 HPRT를 표적화하는 본원에 기재된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 도시한다. 도 76A는 심장에서 mRNA 발현 수준을 나타낸다. 도 76B는 근육에서 mRNA 발현 수준을 나타낸다. 도 76C는 간에서 mRNA 발현 수준을 나타낸다. 도 76D는 폐에서 mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 77A-도 77D는 근육(도 77A), 심장(도 77B), 간(도 77C), 및 폐(도 77D)에서 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 78A-도 78D는 처리 후 96시간에 심장(도 78A), 위장관 조직(도 78B), 간(도 78C), 및 폐(도 78D)에서 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 도시한다.
도 79는 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 혈장 siRNA 농도를 도시한다.
도 80A는 처리 후 96시간에 LNCaP 종양에서 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 80B는 LNCaP 종양, 간, 신장, 폐, 및 비장 조직 샘플에서 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 나타낸다.
도 81A는 처리 후 96시간에 HCC827 종양에서 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 나타낸다.
도 81B는 종양, 간, 신장, 폐, 및 비장 조직 샘플에서 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 siRNA 농도를 도시한다.
도 82는 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 혈장 siRNA 농도를 도시한다.
도 83은 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 혈장 siRNA 농도를 도시한다.
도 84는 처리 후 96시간에 HCC827 종양에서 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 mRNA 발현 수준을 도시한다.
도 85는 투여 후 96시간에 HCC827 종양 또는 간 조직에서 siRNA 농도를 도시한다.
도 86은 처리 후 48시간에 마우스 비장 B 세포에서 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자의 상대적 mRNA 발현 수준을 도시한다. 각각의 예시적인 분자는 또한 번호로 표시되어 있다.
도 87은 마우스 혈장에서 식 (I)에 의해 포함된 예시적인 분자(또는 ASC)의 안정성을 도시한다.
핵산(예컨대, RNAi) 요법은 높은 선택성 및 특이성을 갖는 표적화 요법이다. 그러나, 일부 경우, 핵산 요법은 또한 불량한 세포내 흡수, 제한된 혈액 안정성 및 비특이적 면역 자극에 의해 방해를 받는다. 이러한 문제를 해결하기 위해, 예를 들어, 우수한 안정화 및/또는 더 낮은 독성을 위한 신규한 링커, 증가된 표적 특이성 및/또는 표적 전달을 위한 결합 모이어티의 최적화, 및 증가된 안정성 및/또는 감소된 오프-표적 효과를 위한 핵산 중합체 변형과 같은, 핵산 조성물의 다양한 변형이 개발되고 있다.
일부 구현예에서, 핵산 조성물을 구성하는 상이한 성분의 배열 또는 순서가 세포내 흡수, 안정성, 독성, 효능, 및/또는 비특이적 면역 자극에 영향을 미친다. 예를 들어, 핵산 성분이 결합 모이어티, 중합체, 및 폴리핵산 분자(또는 폴리뉴클레오타이드)를 포함하는 경우, 결합 모이어티, 중합체, 및/또는 폴리핵산 분자(또는 폴리뉴클레오타이드)의 순서 또는 배열(예컨대, 결합 모이어티-폴리핵산 분자-중합체, 결합 모이어티-중합체-폴리핵산 분자, 또는 중합체-결합 모이어티-폴리핵산 분자)이 또한 세포내 흡수, 안정성, 독성, 효능, 및/또는 비특이적 면역 자극에 영향을 미친다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 것은 핵산 성분의 상기 배열이 세포내 흡수, 안정성, 독성, 효능, 및/또는 비특이적 면역 자극에 영향을 미치는 분자를 포함한다. 일부 경우, 분자는 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 분자는 식 (I): A-X-B-Y-C에 따른 분자를 포함하고; 상기 식에서, A는 결합 모이어티이고, B는 폴리뉴클레오타이드이며, C는 중합체이고, X는 결합 또는 제1 링커이며, Y는 결합 또는 제2 링커이다. 일부 경우, 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다. 일부 경우, 식 (I)의 분자는 엔도솜 분해성 모이어티인 D를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같이 배열된 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 분자는 세포내 흡수, 안정성, 및/또는 효능을 향상시킨다. 일부 경우, 본원에 기재된 바와 같이 배열된 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 분자는 독성 및/또는 비특이적 면역 자극을 감소시킨다. 일부 경우, 분자는 식 (I): A-X-B-Y-C에 따른 분자를 포함하고; 상기 식에서, A는 결합 모이어티이고, B는 폴리뉴클레오타이드이며, C는 중합체이고, X는 결합 또는 제1 링커이며, Y는 결합 또는 제2 링커이다. 일부 경우, 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다. 일부 경우, 식 (I)의 분자는 엔도솜 분해성 모이어티인 D를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자는 질환 또는 장애를 치료하기 위해 추가로 사용된다. 일부 경우, 질환 또는 장애의 치료를 위한 분자는 식 (I): A-X-B-Y-C에 따른 분자이고; 상기 식에서, A는 결합 모이어티이고, B는 폴리뉴클레오타이드이며, C는 중합체이고, X는 결합 또는 제1 링커이며, Y는 결합 또는 제2 링커이다. 일부 경우, 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다. 일부 경우, 식 (I)의 분자는 엔도솜 분해성 모이어티인 D를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자는 또한 이를 필요로 하는 환자의 일차 세포에서 표적 유전자의 발현을 억제하는데 사용된다. 그러한 경우, 그러한 용도를 위한 분자는 식 (I): A-X-B-Y-C에 따른 분자이고; 상기 식에서, A는 결합 모이어티이고, B는 폴리뉴클레오타이드이며, C는 중합체이고, X는 결합 또는 제1 링커이며, Y는 결합 또는 제2 링커이다. 일부 경우, 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다. 일부 경우, 식 (I)의 분자는 엔도솜 분해성 모이어티인 D를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자는 또한 질환 또는 장애의 치료를 위한 면역 항암 요법으로서 사용된다. 일부 경우, 분자는 식 (I): A-X-B-Y-C에 따른 분자이고; 상기 식에서, A는 결합 모이어티이고, B는 폴리뉴클레오타이드이며, C는 중합체이고, X는 결합 또는 제1 링커이며, Y는 결합 또는 제2 링커이다. 일부 경우, 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다. 일부 경우, 식 (I)의 분자는 엔도솜 분해성 모이어티인 D를 추가로 포함한다.
추가의 구현예에서, 본원에 기재된 것은 본원에 기재된 분자 중 하나 이상을 포함하는 키트를 포함한다.
치료용 분자 플랫폼
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 하기 식 (I)에 따른 분자를 포함한다:
A-X-B-Y-C
<식 I>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
X는 결합 또는 제1 링커이며;
Y는 결합 또는 제2 링커이고;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다.
일부 경우, 식 (I)의 분자는 엔도솜 분해성 모이어티인 D를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 적어도 하나의 A 및/또는 적어도 하나의 C는 B의 5' 말단에, B의 3' 말단에, B의 내부 부위에, 또는 이의 임의의 조합으로 접합된다. 일부 경우, 적어도 하나의 A는 B의 하나의 말단에서 접합되는 반면, 적어도 하나의 C는 B의 반대편 말단에서 접합된다. 일부 경우, A 중 적어도 하나는 B의 하나의 말단에서 접합되는 반면, C 중 적어도 하나는 B의 내부 부위에서 접합된다.
일부 경우, A 및 C는 접합되지 않거나 B의 동일한 말단에 접합된다. 일부 경우, A는 B의 제1 말단에서 B에 부착되거나 접합된다. 일부 경우, C는 B의 제2 말단에서 B에 부착되거나 접합되고, B의 제2 말단은 제1 말단과 상이하다. 일부 경우, A는 B의 5' 말단에서 B에 부착되거나 접합되고, C는 B의 3' 말단에서 B에 부착되거나 접합된다. 다른 경우, A는 B의 3' 말단에서 B에 부착되거나 접합되고, C는 B의 5' 말단에서 B에 부착되거나 접합된다.
일부 구현예에서, A는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, C는 중합체이다. 일부 경우, A 및 C는 B의 동일한 말단에 접합되거나 부착되지 않는다. 일부 경우, A는 B의 제1 말단에서 B에 부착되거나 접합된다. 일부 경우, C는 B의 제2 말단에서 B에 부착되거나 접합되고, B의 제2 말단은 제1 말단과 상이하다. 일부 경우, A는 B의 5' 말단에서 B에 부착되거나 접합되고, C는 B의 3' 말단에서 B에 부착되거나 접합된다. 다른 경우, A는 B의 3' 말단에서 B에 부착되거나 접합되고, C는 B의 5' 말단에서 B에 부착되거나 접합된다. 일부 경우, A를 B에 결합시키는 X는 결합 또는 비중합체성 링커이다. 일부 경우, X는 비펩타이드 링커(또는 아미노산 잔기를 포함하지 않는 링커)이다. 일부 경우, B를 C에 결합시키는 Y는 결합 또는 제2 링커이다. 일부 경우, X는 A를 B의 5' 말단에 결합시키고, Y는 C를 B의 3' 말단에 결합시킨다. 다른 경우, X는 A를 B의 3' 말단에 결합시키고, Y는 C를 B의 5' 말단에 결합시킨다.
일부 구현예에서, X-B는 A의 N-말단, C-말단, 불변 영역, 힌지 영역, 또는 Fc 영역에 접합되거나 부착된다. 일부 경우, X-B는 A의 N-말단에 접합되거나 부착된다. 일부 경우, X-B는 A의 C-말단에 접합되거나 부착된다. 일부 경우, X-B는 A의 힌지 영역에 접합되거나 부착된다. 일부 경우, X-B는 A의 불변 영역에 접합되거나 부착된다. 일부 경우, X-B는 A의 Fc 영역에 접합되거나 부착된다.
일부 경우, 적어도 하나의 B 및/또는 적어도 하나의 C, 및 임의로 적어도 하나의 D는 제1 A에 접합된다. 일부 경우, 적어도 하나의 B는 말단(예컨대, 5' 말단 또는 3' 말단)에서 제1 A에 접합되거나 내부 부위를 통해 제1 A에 접합된다. 일부 경우, 적어도 하나의 C는 제1 A에 직접적으로 또는 2개 이상의 B를 통해 간접적으로 접합된다. 2개 이상의 B를 통해 간접적으로 접합되는 경우, 2개 이상의 C는 B 상의 제1 A와 동일한 말단에서, 제1 A와 반대편 말단에서, 또는 독립적으로 내부 부위에서 접합된다. 일부 경우, 적어도 하나의 추가의 A가 제1 A, B, 또는 C에 추가로 접합된다. 추가의 경우, 적어도 하나의 D는 임의로 제1 A, 적어도 하나의 B, 또는 적어도 하나의 C에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다. 제1 A에 직접적으로 접합되는 경우, 적어도 하나의 D는 또한 임의로 적어도 하나의 B에 접합되어 A-D-B 접합체를 형성하거나 또는 임의로 적어도 하나의 B 및 적어도 하나의 C에 접합되어 A-D-B-C 접합체를 형성한다. 일부 경우, 적어도 하나의 추가의 A는 제1 A와 상이하다.
일부 경우, 2개 이상의 B 및/또는 2개 이상의 C가 제1 A에 접합된다. 일부 경우, 2개 이상의 B는 말단(예컨대, 5' 말단 또는 3' 말단)에서 제1 A에 접합되거나 내부 부위를 통해 제1 A에 접합된다. 일부 경우, 2개 이상의 C는 제1 A에 직접적으로 또는 2개 이상의 B를 통해 간접적으로 접합된다. 2개 이상의 B를 통해 간접적으로 접합되는 경우, 2개 이상의 C는 B 상의 제1 A 와 동일한 말단에서, 제1 A와 반대편 말단에서, 또는 독립적으로 내부 부위에서 접합된다. 일부 경우, 적어도 하나의 추가의 A가 제1 A, 2개 이상의 B, 또는 2개 이상의 C에 추가로 접합된다. 추가의 경우, 적어도 하나의 D는 임의로 제1 A, 2개 이상의 B, 또는 2개 이상의 C에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다. 제1 A에 간접적으로 접합되는 경우, 적어도 하나의 D는 2개 이상의 B를 통해, 2개 이상의 C를 통해, A-B-C-D 유형 접합체를 형성하는 B-C 배향을 통해, 또는 A-C-B-D 유형 접합체를 형성하는 C-B 배향을 통해, 제1 A에 접합된다. 일부 경우, 적어도 하나의 추가의 A는 제1 A와 상이하다. 일부 경우, 2개 이상의 B는 상이하다. 다른 경우, 2개 이상의 B는 동일하다. 일부 경우, 2개 이상의 C는 상이하다. 다른 경우, 2개 이상의 C는 동일하다. 추가적인 경우, 2개 이상의 D는 상이하다. 추가적인 경우, 2개 이상의 D는 동일하다.
다른 경우, 2개 이상의 B 및/또는 2개 이상의 D, 임의로 2개 이상의 C는 제1 A에 접합된다. 일부 경우, 2개 이상의 B는 말단(예컨대, 5' 말단 또는 3' 말단)에서 제1 A에 접합되거나 내부 부위를 통해 제1 A에 접합된다. 일부 경우, 2개 이상의 D는 제1 A에 직접적으로 또는 2개 이상의 B를 통해 간접적으로 접합된다. 2개 이상의 B를 통해 간접적으로 접합되는 경우, 2개 이상의 D는 B 상의 제1 A와 동일한 말단에서, 제1 A와 반대편 말단에서, 또는 독립적으로 내부 부위에서 접합된다. 일부 경우, 적어도 하나의 추가의 A가 제1 A에, 2개 이상의 B에, 또는 2개 이상의 D에 추가로 접합된다. 추가적인 경우, 2개 이상의 C는 임의로 제1 A에, 2개 이상의 B에, 또는2개 이상의 D에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다. 일부 경우, 적어도 하나의 추가의 A는 제1 A와 상이하다. 일부 경우, 2개 이상의 B는 상이하다. 다른 경우, 2개 이상의 B는 동일하다. 일부 경우, 2개 이상의 C는 상이하다. 다른 경우, 2개 이상의 C는 동일하다. 추가적인 경우, 2개 이상의 D는 상이하다. 추가적인 경우, 2개 이상의 D는 동일하다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 식 (II)에 따른 분자를 포함한다:
(A-X-B-Y-Cc)-L-D
<식 II>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
X는 결합 또는 제1 링커이며;
Y는 결합 또는 제2 링커이고;
L은 결합 또는 제3 링커이며;
D는 엔도솜 분해성 모이어티이고;
C는 0 내지 1의 정수이며;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함하고; D는 A, B, 또는 C 상의 임의의 위치에 접합된다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 식 (III)에 따른 분자를 포함한다:
Aa-X-Bb-Y-Cc-L-Dn
<식 III>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
D는 엔도솜 분해성 모이어티이며;
X는 결합 또는 제1 링커이고;
Y는 결합 또는 제2 링커이며;
L은 결합 또는 제3 링커이고;
a 및 b는 독립적으로 1-3의 정수이며;
c는 0 내지 3의 정수이고;
n은 0 내지 10의 정수이며;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함하고; A는 B, C, 또는 D 상의 임의의 위치에 접합되며; B는 A, C, 또는 D 상의 임의의 위치에 접합되고; C는 A, B, 또는 D 상의 임의의 위치에 접합되며; D는 A, B, 또는 C 상의 임의의 위치에 접합된다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 식 (IIIa): A-X-B-L-D-Y-C에 따른 분자를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 식 (IIIb): Aa-X-Bb-L-Dn에 따른 분자를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 식 (IV)에 따른 분자를 포함한다:
A-X-(Bb-Y-Cc-L-Dn)m
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
D는 엔도솜 분해성 모이어티이며;
X는 결합 또는 제1 링커이고;
Y는 결합 또는 제2 링커이며;
L은 결합 또는 제3 링커이고;
a 및 b는 독립적으로 1-3의 정수이며;
c는 0 내지 3의 정수이고;
n은 0 내지 10의 정수이며;
m은 1-3의 정수이고;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함하며; C는 B 또는 D 상의 임의의 위치에 접합되고; D는 B 또는 C 상의 임의의 위치에 접합된다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 식 (IVa): A-X-(Bb- L-Dn-Y-Cc)m에 따른 분자를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 도 1에 도시된 바와 같은 분자이다. 일부 경우, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 도 1A에 도시된 바와 같은 분자이다. 일부 경우, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 도 1B에 도시된 바와 같은 분자이다. 추가의 경우, 본원에 기재된 분자(예컨대, 치료용 분자)는 도 1C에 도시된 바와 같은 분자이다.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00001
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00002
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00003
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00004
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00005
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00006
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00007
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00008
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00009
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00010
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00011
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00012
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00013
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00014
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00015
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00016
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00017
.
일부 구현예에서, 분자(예컨대, 치료용 분자)는 예시된 바와 같은 분자이다:
Figure pct00018
.
상기 도시된
Figure pct00019
는 단지 표현을 위한 것이며, 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일-사슬 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일-도메인 항체(sdAb), 또는 낙타과 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다.
폴리핵산 분자 표적
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 종양유전자 상의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자(또는 폴리뉴클레오타이드)이다. 일부 경우, 종양유전자는 몇 가지 카테고리로 더 분류된다: 성장 인자 또는 미토겐, 수용체 티로신 키나아제, 세포질 티로신 키나아제, 세포질 세린/트레오닌 키나아제, 조절성 GTPase, 및 전사 인자. 예시적인 성장 인자는 c-Sis를 포함한다. 예시적인 수용체 티로신 키나아제는 표피 성장 인자 수용체(EGFR), 혈소판 유래 성장 인자 수용체(PDGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 및 HER2/neu를 포함한다. 예시적인 세포질 티로신 키나아제는 Src-패밀리 티로신 키나아제, 티로신 키나아제의 Syk-ZAP-70 패밀리, 티로신 키나아제의 BTK 패밀리, 및 CML에서의 Abl 유전자를 포함한다. 예시적인 세포질 세린/트레오닌 키나아제는 Raf 키나아제 및 사이클린 의존적 키나아제를 포함한다. 예시적인 조절성 GTPase는 KRAS와 같은 단백질의 Ras 패밀리를 포함한다. 예시적인 전사 인자는 MYC 유전자를 포함한다. 일부 경우, 본원에 기재된 종양유전자는 성장 인자 또는 미토겐, 수용체 티로신 키나아제, 세포질 티로신 키나아제, 세포질 세린/트레오닌 키나아제, 조절성 GTPase, 또는 전사 인자로부터 선택된 종양유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 성장 인자 또는 미토겐, 수용체 티로신 키나아제, 세포질 티로신 키나아제, 세포질 세린/트레오닌 키나아제, 조절성 GTPase, 또는 전사 인자로부터 선택된 종양유전자의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 종양유전자는 Abl , AKT -2, ALK , AML1 (또는 RUNX1), AR, AXL , BCL -2, 3, 6, BRAF , c- MYC , EGFR , ErbB -2( Her2 , Neu ), Fms , FOS , GLI1 , HPRT1 , IL-3, INTS2 , JUN , KIT, KS3, K-sam, LBC ( AKAP13 ), LCK , LMO1 , LMO2, LYL1 , MAS1 , MDM2 , MET, MLL ( KMT2A ), MOS, MYB , MYH11 / CBFB , NOTCH1 ( TAN1 ), NTRK1(TRK), OST( SLC51B ), PAX5 , PIM1 , PRAD -1, RAF , RAR / PML , HRAS , KRAS , NRAS , REL/NRG, RET, ROS , SKI, SRC, TIAM1 , 또는 TSC2를 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 Abl , AKT -2, ALK , AML1 (또는 RUNX1 ), AR, AXL , BCL -2, 3, 6, BRAF , c-MYC, EGFR , ErbB -2( Her2 , Neu ), Fms , FOS , GLI1 , HPRT1 , IL-3, INTS2 , JUN , KIT, KS3, K-sam, LBC ( AKAP13 ), LCK , LMO1 , LMO2 , LYL1 , MAS1 , MDM2 , MET, MLL ( KMT2A ), MOS, MYB , MYH11 / CBFB , NOTCH1 ( TAN1 ), NTRK1 ( TRK ), OST( SLC51B ), PAX5 , PIM1 , PRAD-1, RAF , RAR / PML , HRAS , KRAS , NRAS , REL / NRG , RET, ROS , SKI, SRC, TIAM1 , 또는 TSC2의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 종양유전자는 KRAS, EGFR, AR, HPRT1 , CNNTB1(β-카테닌), 또는 β-카테닌 관련 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 KRAS, EGFR, AR, HPRT1 , CNNTB1(β-카테닌), 또는 β-카테닌 관련 유전자의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 KRAS의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 EGFR의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 AR의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 CNNTB1(β-카테닌)의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 CNNTB1(β-카테닌) 관련 유전자의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다. 일부 경우, β-카테닌 관련 유전자는 PIK3CA, PIK3CB, 및 Myc를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 B는 HPRT1의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다.
키르스텐 랫트 육종 바이러스 종양유전자 동족체( KRAS )를 표적화하는 폴리핵산 분자
키르스텐 랫트 육종 바이러스 종양유전자 동족체(GTPase KRas, V-Ki-ras2 키르스텐 랫트 육종 바이러스 종양유전자 동족체, 또는 KRAS로도 알려짐)는 세포 분열을 조절하는데 관여한다. K-Ras 단백질은 Ras 슈퍼패밀리에 속하는 GTPase이다. 일부 경우, K-Ras는 세포 주기 진행을 조절할뿐만 아니라 상이한 환경적 촉발자(예컨대, 세포 스트레스, 자외선, 열 충격, 또는 이온화 조사) 하에 성장 정지, 세포자멸사, 및 복제성 노화(replicative senescence)를 유도한다. 일부 경우, 야생형 KRAS 유전자는 상이한 유형의 암에서 종양 진행 동안 빈번하게 소실되는 것으로 나타난 반면, KRAS 유전자의 돌연변이는 암 발달과 관련되었다. 일부 경우, KRAS 증폭은 또한 암 발달과 연루되었다(예를 들어, Valtorta et al. "KRAS gene amplification in colorectal cancer and impact on response to EGFR-targeted therapy," Int . J. Cancer 133: 1259-1266 (2013) 참고). 그러한 경우, 암은 환자가 특정 억제제 또는 억제제의 부류에 대한 내성을 획득한 불응성(refractory) 암과 관련된다.
일부 구현예에서, KRAS 유전자는 야생형이거나 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, KRAS mRNA는 야생형이거나 돌연변이를 포함한다 일부 경우, 폴리핵산 분자는 야생형 KRAS DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 돌연변이(예컨대, 치환, 결실, 또는 부가)를 포함하는 KRAS DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다.
일부 구현예에서, KRAS DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, KRAS DNA 또는 RNA는 엑손 1 내의 코돈 12 또는 13에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, KRAS DNA 또는 RNA는 코돈 61, 63, 117, 119, 또는 146에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, KRAS DNA 또는 RNA는 KRAS 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 12, 13, 18, 19, 20, 22, 24, 26, 36, 59, 61, 63, 64, 68, 110, 116, 117, 119, 146, 147, 158, 164, 176, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, KRAS DNA 또는 RNA는 KRAS 폴리펩타이드의 G12V, G12D, G12C, G12A, G12S, G12F, G13C, G13D, G13V, A18D, L19F, T20R, Q22K, I24N, N26K, I36L, I36M, A59G, A59E, Q61K, Q61H, Q61L, Q61R, E63K, Y64D, Y64N, R68S, P110S, K117N, C118S, A146T, A146P, A146V, K147N, T158A, R164Q, K176Q, 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 KRAS DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 1 내의 코돈 12 또는 13에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 KRAS DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 코돈 61, 63, 117, 119, 또는 146에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 KRAS DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 KRAS 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 12, 13, 18, 19, 20, 22, 24, 26, 36, 59, 61, 63, 64, 68, 110, 116, 117, 119, 146, 147, 158, 164, 176, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 KRAS DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 KRAS 폴리펩타이드의 G12V, G12D, G12C, G12A, G12S, G12F, G13C, G13D, G13V, A18D, L19F, T20R, Q22K, I24N, N26K, I36L, I36M, A59G, A59E, Q61K, Q61H, Q61L, Q61R, E63K, Y64D, Y64N, R68S, P110S, K117N, C118S, A146T, A146P, A146V, K147N, T158A, R164Q, K176Q, 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기에 상응하는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 KRAS DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
표적 표피 성장 인자 수용체( EGFR )를 표적화하는 폴리핵산 분자
표피 성장 인자 수용체(EGFR, ErbB-1, 또는 HER1)는 막관통 티로신 키나아제 수용체이며, 또한 HER2/c-neu(ErbB-2), Her3(ErbB-3) 및 Her4(ErbB-4)를 포함하는 수용체의 ErbB 패밀리의 구성원이다. 일부 경우, EGFR 돌연변이는 RAS/RAF/MAPK, PI3K/AKT, 및/또는 JAK/STAT 경로의 하류 활성화를 유도하여, 유사분열, 세포 증식, 및 세포자멸사의 억제를 야기한다. 또한, 야생형 EGFR 유전자의 증폭은 교아종 및 비소 세포 폐암과 같은 암의 발달에 연루되었다(Talasila, et al., "EGFR Wild-type Amplification and Activation Promote Invasion and Development of Glioblastoma Independent of Angiogenesis," Acta Neuropathol. 125(5): 683-698 (2013); Bell et al., "Epidermal Growth Factor Receptor Mutations and Gene Amplification in Non-Small-Cell Lung Cancer: Molecular Analysis of the IDEAL/INTACT Gefitinib Trials," J. Clinical Oncology 23(31): 8081-8092 (2005)).
일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 야생형 EGFR 또는 돌연변이를 포함하는 EGFR이다. 일부 경우, EGFR은 야생형 EGFR이다. 일부 경우, EGFR DNA 또는 RNA는 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 야생형 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 돌연변이(예컨대, 치환, 결실, 또는 부가)를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
일부 경우, EGFR DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 하나 이상의 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, 하나 이상의 엑손은 엑손 18, 엑손 19, 엑손 20, 엑손 21 또는 엑손 22를 포함한다. 일부 경우, EGFR DNA 또는 RNA는 엑손 18, 엑손 19, 엑손 20, 엑손 21, 엑손 22 또는 이의 조합에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 경우, EGFR DNA 또는 RNA는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 34, 38, 45, 62, 63, 77, 78, 108, 114, 120, 140, 148, 149, 160, 177, 178, 189, 191, 198, 220, 222, 223, 229, 237, 240, 244, 252, 254, 255, 256, 263, 270, 273, 276, 282, 288, 289, 301, 303, 304, 309, 314, 326, 331, 354, 363, 373, 337, 380, 384, 393, 427, 428, 437, 441, 447, 465, 475, 515, 526, 527, 531, 536, 541, 546, 571, 588, 589, 596, 596, 598, 602, 614, 620, 628, 636, 641, 645, 651, 671, 689, 694, 700, 709, 712, 714, 715, 716, 719, 720, 721, 731, 733, 739-744, 742, 746-750, 746-752, 746, 747, 747-749, 747-751, 747-753, 751, 752, 754, 752-759, 750, 761-762, 761, 763, 765, 767-768, 767-769, 768, 769, 769-770, 770-771, 772, 773-774, 773, 774, 774-775, 776, 779, 783, 784, 786, 790, 792, 794, 798, 803, 805, 807, 810, 826, 827, 831, 832, 833, 835, 837, 838, 839, 842, 843, 847, 850, 851, 853, 854, 856, 858, 861, 863, 894, 917, 967, 1006, 1019, 1042, 1100, 1129, 1141, 1153, 1164, 1167, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 747, 761, 790, 854, 858, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 761, 790, 858, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 747에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 761에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 790에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 854에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 858에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함한다.
일부 구현예에서, EGFR DNA 또는 RNA는 EGFR 폴리펩타이드의 T34M, L38V, E45Q, L62R, G63R, G63K, S77F, F78L, R108K, R108G, E114K, A120P, L140V, V148M, R149W, E160K, S177P, M178I, K189T, D191N, S198R, S220P, R222L, R222C, S223Y, S229C, A237Y, C240Y, R244G, R252C, R252P, F254I, R255(넌센스 돌연변이), D256Y, T263P, Y270C, T273A, Q276(넌센스), E282K, G288(프레임 시프트), A289D, A289V, A289T, A289N, A289D, V301(결실), D303H, H304Y, R309Q, D314N, C326R, G331R, T354M, T363I, P373Q, R337S, S380(프레임 시프트), T384S, D393Y, R427L, G428S, S437Y, V441I, S447Y, G465R, I475V, C515S, C526S, R527L, R531(넌센스), V536M, L541I, P546Q, C571S, G588S, P589L, P596L, P596S, P596R, P596L, G598V, G598A, E602G, G614D, C620Y, C620W, C628Y, C628F, C636Y, T638M, P641H, S645C, V651M, R671C, V689M, P694S, N700D, E709A, E709K, E709Q, E709K, F712L, K714N, I715S, K716R, G719A, G719C, G719D, G719S, S720C, S720F, G721V, W731Stop, P733L, K739-I744(삽입), V742I, V742A, E746-A750(결실), E746K, L747S, L747-E749(결실), L747-T751(결실), L747-P753(결실), G746-S752(결실), T751I, S752Y, K754(결실), S752-I759(결실), A750P, D761-E762(예컨대, 잔기 EAFQ 삽입(서열 번호 2110)), D761N, D761Y, A763V, V765A, A767-S768(예컨대, 잔기 TLA 삽입), A767-V769(예컨대, 잔기 ASV 삽입), S768I, S768T, V769L, V769M, V769-D770(예컨대, 잔기 Y 삽입), 770-771(예컨대, 잔기 GL 삽입), 770-771(예컨대, 잔기 G 삽입), 770-771(예컨대, 잔기 CV 삽입), 770-771(예컨대, 잔기 SVD 삽입), P772R, 773-774(예컨대, 잔기 NPH 삽입), H773R, H773L, V774M, 774-775(예컨대, 잔기 HV 삽입), R776H, R776C, G779F, T783A, T784F, T854A, V786L, T790M, L792P, P794H, L798F, R803W, H805R, D807H, G810S, N826S, Y827(넌센스), R831H, R832C, R832H, L833F, L833V, H835L, D837V, L838M, L838P, A839V, N842H, V843L, T847K, T847I, H850N, V851A, I853T, F856L, L858R, L858M, L861Q, L861R, G863D, Q894L, G917A, E967A, D1006Y, P1019L, S1042N, R1100S, H1129Y, T1141S, S1153I, Q1164R, L1167M, 또는 이의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 경우, 폴리핵산 분자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 18, 엑손 19, 엑손 20, 엑손 21, 엑손 22 또는 이의 조합 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 34, 38, 45, 62, 63, 77, 78, 108, 114, 120, 140, 148, 149, 160, 177, 178, 189, 191, 198, 220, 222, 223, 229, 237, 240, 244, 252, 254, 255, 256, 263, 270, 273, 276, 282, 288, 289, 301, 303, 304, 309, 314, 326, 331, 354, 363, 373, 337, 380, 384, 393, 427, 428, 437, 441, 447, 465, 475, 515, 526, 527, 531, 536, 541, 546, 571, 588, 589, 596, 596, 598, 602, 614, 620, 628, 636, 641, 645, 651, 671, 689, 694, 700, 709, 712, 714, 715, 716, 719, 720, 721, 731, 733, 739-744, 742, 746-750, 746-752, 746, 747, 747-749, 747-751, 747-753, 751, 752, 754, 752-759, 750, 761-762, 761, 763, 765, 767-768, 767-769, 768, 769, 769-770, 770-771, 772, 773-774, 773, 774, 774-775, 776, 779, 783, 784, 786, 790, 792, 794, 798, 803, 805, 807, 810, 826, 827, 831, 832, 833, 835, 837, 838, 839, 842, 843, 847, 850, 851, 853, 854, 856, 858, 861, 863, 894, 917, 967, 1006, 1019, 1042, 1100, 1129, 1141, 1153, 1164, 1167, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 747, 761, 790, 854, 858, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 761, 790, 858, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 747에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 761에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 790에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 854에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 858에 상응하는 위치에서 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 T34M, L38V, E45Q, L62R, G63R, G63K, S77F, F78L, R108K, R108G, E114K, A120P, L140V, V148M, R149W, E160K, S177P, M178I, K189T, D191N, S198R, S220P, R222L, R222C, S223Y, S229C, A237Y, C240Y, R244G, R252C, R252P, F254I, R255(넌센스 돌연변이), D256Y, T263P, Y270C, T273A, Q276(넌센스), E282K, G288(프레임 시프트), A289D, A289V, A289T, A289N, A289D, V301(결실), D303H, H304Y, R309Q, D314N, C326R, G331R, T354M, T363I, P373Q, R337S, S380(프레임 시프트), T384S, D393Y, R427L, G428S, S437Y, V441I, S447Y, G465R, I475V, C515S, C526S, R527L, R531(넌센스), V536M, L541I, P546Q, C571S, G588S, P589L, P596L, P596S, P596R, P596L, G598V, G598A, E602G, G614D, C620Y, C620W, C628Y, C628F, C636Y, T638M, P641H, S645C, V651M, R671C, V689M, P694S, N700D, E709A, E709K, E709Q, E709K, F712L, K714N, I715S, K716R, G719A, G719C, G719D, G719S, S720C, S720F, G721V, W731Stop, P733L, K739-I744(삽입), V742I, V742A, E746-A750(결실), E746K, L747S, L747-E749(결실), L747-T751(결실), L747-P753(결실), G746-S752(결실), T751I, S752Y, K754(결실), S752-I759(결실), A750P, D761-E762(예컨대, 잔기 EAFQ 삽입(서열 번호 2110)), D761N, D761Y, A763V, V765A, A767-S768(예컨대, 잔기 TLA 삽입), A767-V769(예컨대, 잔기 ASV 삽입), S768I, S768T, V769L, V769M, V769-D770(예컨대, 잔기 Y 삽입), 770-771(예컨대, 잔기 GL 삽입), 770-771(예컨대, 잔기 G 삽입), 770-771(예컨대, 잔기 CV 삽입), 770-771(예컨대, 잔기 SVD 삽입), P772R, 773-774(예컨대, 잔기 NPH 삽입), H773R, H773L, V774M, 774-775(예컨대, 잔기 HV 삽입), R776H, R776C, G779F, T783A, T784F, T854A, V786L, T790M, L792P, P794H, L798F, R803W, H805R, D807H, G810S, N826S, Y827(넌센스), R831H, R832C, R832H, L833F, L833V, H835L, D837V, L838M, L838P, A839V, N842H, V843L, T847K, T847I, H850N, V851A, I853T, F856L, L858R, L858M, L861Q, L861R, G863D, Q894L, G917A, E967A, D1006Y, P1019L, S1042N, R1100S, H1129Y, T1141S, S1153I, Q1164R, L1167M, 또는 이의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 L747S, D761Y, T790M, T854A, L858R, 또는 이의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 D761Y, T790M, L858R, 또는 이의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 돌연변이 L747S를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 돌연변이 D761Y를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 돌연변이 T790M을 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 돌연변이 T854A를 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 EGFR 폴리펩타이드의 돌연변이 L858R을 포함하는 EGFR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
안드로겐 수용체(AR)를 표적화하는 폴리핵산 분자
안드로겐 수용체(AR)(NR3C4, 핵 수용체 서브패밀리 3, 그룹 C, 유전자 4로도 알려짐)는 에스트로겐 수용체(ER), 글루코코르티코이드 수용체(GR), 프로게스테론 수용체(PR), 및 미네랄코르티코이드 수용체(MR)와 같은 관련된 구성원과 함께 핵 수용체 슈퍼패밀리의 스테로이드 호르몬 그룹에 속한다. 안드로겐, 또는 스테로이드 호르몬은 안드로겐 수용체를 통해 단백질 합성 및 조직 리모델링을 조절한다. AR 단백질은 표적 유전자 발현을 조절하는 리간드 유도성 아연 핑거 전사 인자이다. AR 유전자에서 돌연변이의 존재는 몇 가지 유형의 암(예컨대, 전립선암, 유방암, 방광암, 또는 식도암)에서 관찰되었고, 일부 경우, 전이성 진행과 관련되었다.
일부 구현예에서, AR DNA 또는 RNA는 야생형이거나 하나 이상의 돌연변이 및/또는 스플라이스 변이체를 포함한다. 일부 경우, AR DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, AR DNA 또는 RNA는 비제한적으로 AR1/2/2b, ARV2, ARV3, ARV4, AR1/2/3/2b, ARV5, ARV6, ARV7, ARV9, ARV10, ARV11, ARV12, ARV13, ARV14, ARV15, ARV16, 및 ARV(v567es)를 포함하는 AR 스플라이스 변이체로부터 선택된 하나 이상의 스플라이스 변이체를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 돌연변이(예컨대, 치환, 결실, 또는 부가) 또는 스플라이스 변이체를 포함하는 AR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
일부 구현예에서, AR DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, AR DNA 또는 RNA는 하나 이상의 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, 하나 이상의 엑손은 엑손 1, 엑손 2, 엑손 3, 엑손 4, 엑손 5, 엑손 6, 엑손 7, 또는 엑손 8을 포함한다. 일부 구현예에서, AR DNA 또는 RNA는 엑손 1, 엑손 2, 엑손 3, 엑손 4, 엑손 5, 엑손 6, 엑손 7, 엑손 8 또는 이의 조합 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, AR DNA 또는 RNA는 AR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 2, 14, 16, 29, 45, 54, 57, 64, 106, 112, 176, 180, 184, 194, 198, 204, 214, 221, 222, 233, 243, 252, 255, 266, 269, 287, 288, 334, 335, 340, 363, 368, 369, 390, 403, 443, 491, 505, 513, 524, 524, 528, 533, 547, 548, 564, 567, 568, 574, 547, 559, 568, 571, 573, 575, 576, 577, 578, 579, 580, 581, 582, 585, 586, 587, 596, 597, 599, 601, 604, 607, 608, 609, 610, 611, 615, 616, 617, 619, 622, 629, 630, 638, 645, 647, 653, 662, 664, 670, 671, 672, 674, 677, 681, 682, 683, 684, 687, 688, 689, 690, 695, 700, 701, 702, 703, 705, 706, 707, 708, 710, 711, 712, 715, 717, 720, 721, 722, 723, 724, 725, 726, 727, 728, 730, 732, 733, 737, 739, 741, 742, 743, 744, 745, 746, 748, 749, 750, 751, 752, 754, 755, 756, 757, 758, 759, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 771, 772, 774, 777, 779, 786, 795, 780, 782, 784, 787, 788, 790, 791, 793, 794, 798, 802, 803, 804, 806, 807, 812, 813, 814, 819, 820, 821, 824, 827, 828, 830, 831, 834, 840, 841, 842, 846, 854, 855, 856, 863, 864, 866, 869, 870, 871, 874, 875, 877, 879, 880, 881, 886, 888, 889, 891, 892, 895, 896, 897, 898, 902, 903, 904, 907, 909, 910, 911, 913, 916, 919, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, AR DNA 또는 RNA는 AR 폴리펩타이드의 E2K, P14Q, K16N, V29M, S45T, L54S, L57Q, Q64R, Y106C, Q112H, S176S, K180R, L184P, Q194R, E198G, G204S, G214R, K221N, N222D, D233K, S243L, A252V, L255P, M266T, P269S, A287D, E288K, S334P, S335T, P340L, Y363N, L368V, A369P, P390R, P390S, P390L, A403V, Q443R, G491S, G505D, P513S, G524D, G524S, D528G, P533S, L547F, P548S, D564Y, S567F, G568W, L574P, L547F, C559Y, G568W, G568V, Y571C, Y571H, A573D, T575A, C576R, C576F, G577R, S578T, C579Y, C579F, K580R, V581F, F582Y, F582S, R585K, A586V, A587S, A596T, A596S, S597G, S597I, N599Y, C601F, D604Y, R607Q, R608K, K609N, D610T, C611Y, R615H, R615P, R615G, R616C, L616R, L616P, R617P, C619Y, A622V, R629W, R629Q, K630T, L638M, A645D, S647N, E653K, S662(넌센스), I664N, Q670L, Q670R, P671H, I672T, L674P, L677P, E681L, P682T, G683A, V684I, V684A, A687V, G688Q, H689P, D690V, D695N, D695V, D695H, L700M, L701P, L701I, H701H, S702A, S703G, N705S, N705Y, E706(넌센스), L707R, G708A, R710T, Q711E, L712F, V715M, K717Q, K720E, A721T, L722F, P723S, G724S, G724D, G724N, F725L, R726L, N727K, L728S, L728I, V730M, D732N, D732Y, D732E, Q733H, I737T, Y739D, W741R, M742V, M742I, G743R, G743V, L744F, M745T, V746M, A748D, A748V, A748T, M749V, M749I, G750S, G750D, W751R, R752Q, F754V, F754L, T755A, N756S, N756D, V757A, N758T, S759F, S759P, L762F, Y763H, Y763C, F764L, A765T, A765V, P766A, P766S, D767E, L768P, L768M, N771H, E772G, E772A, R774H, R774C, K777T, R779W, R786Q, G795V, M780I, S782N, C784Y, M787V, R788S, L790F, S791P, E793D, F794S, Q798E, Q802R, G803L, F804L, C806Y, M807V, M807R, M807I, L812P, F813V, S814N, N819Q, G820A, L821V, Q824L, Q824R, F827L, F827V, D828H, L830V, L830P, R831Q, R831L, Y834C, R840C, R840H, I841S, I842T, R846G, R854K, R855C, R855H, F856L, L863R, D864N, D864E, D864G, V866L, V866M, V866E, I869M, A870G, A870V, R871G, H874Y, H874R, Q875K, T877S, T877A, D879T, D879G, L880Q, L881V, M886V, S888L, V889M, F891L, P892L, M895T, A896T, E897D, I898T, Q902R, V903M, P904S, P904H, L907F, G909R, G909E, K910R, V911L, P913S, F916L, Q919R, 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기의 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 AR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산은 하나 이상의 AR 스플라이스 변이체에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산은 비제한적으로 AR1/2/2b, ARV2, ARV3, ARV4, AR1/2/3/2b, ARV5, ARV6, ARV7, ARV9, ARV10, ARV11, ARV12, ARV13, ARV14, ARV15, ARV16, 및 ARV(v567es)를 포함하는 하나 이상의 AR 스플라이스 변이체를 포함하는 AR DNA 또는 RNA에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 1, 엑손 2, 엑손 3, 엑손 4, 엑손 5, 엑손 6, 엑손 7, 엑손 8 또는 이의 조합 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 AR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 AR 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 2, 14, 16, 29, 45, 54, 57, 64, 106, 112, 176, 180, 184, 194, 198, 204, 214, 221, 222, 233, 243, 252, 255, 266, 269, 287, 288, 334, 335, 340, 363, 368, 369, 390, 403, 443, 491, 505, 513, 524, 524, 528, 533, 547, 548, 564, 567, 568, 574, 547, 559, 568, 571, 573, 575, 576, 577, 578, 579, 580, 581, 582, 585, 586, 587, 596, 597, 599, 601, 604, 607, 608, 609, 610, 611, 615, 616, 617, 619, 622, 629, 630, 638, 645, 647, 653, 662, 664, 670, 671, 672, 674, 677, 681, 682, 683, 684, 687, 688, 689, 690, 695, 700, 701, 702, 703, 705, 706, 707, 708, 710, 711, 712, 715, 717, 720, 721, 722, 723, 724, 725, 726, 727, 728, 730, 732, 733, 737, 739, 741, 742, 743, 744, 745, 746, 748, 749, 750, 751, 752, 754, 755, 756, 757, 758, 759, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 771, 772, 774, 777, 779, 786, 795, 780, 782, 784, 787, 788, 790, 791, 793, 794, 798, 802, 803, 804, 806, 807, 812, 813, 814, 819, 820, 821, 824, 827, 828, 830, 831, 834, 840, 841, 842, 846, 854, 855, 856, 863, 864, 866, 869, 870, 871, 874, 875, 877, 879, 880, 881, 886, 888, 889, 891, 892, 895, 896, 897, 898, 902, 903, 904, 907, 909, 910, 911, 913, 916, 919, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 AR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 AR 폴리펩타이드의 E2K, P14Q, K16N, V29M, S45T, L54S, L57Q, Q64R, Y106C, Q112H, S176S, K180R, L184P, Q194R, E198G, G204S, G214R, K221N, N222D, D233K, S243L, A252V, L255P, M266T, P269S, A287D, E288K, S334P, S335T, P340L, Y363N, L368V, A369P, P390R, P390S, P390L, A403V, Q443R, G491S, G505D, P513S, G524D, G524S, D528G, P533S, L547F, P548S, D564Y, S567F, G568W, L574P, L547F, C559Y, G568W, G568V, Y571C, Y571H, A573D, T575A, C576R, C576F, G577R, S578T, C579Y, C579F, K580R, V581F, F582Y, F582S, R585K, A586V, A587S, A596T, A596S, S597G, S597I, N599Y, C601F, D604Y, R607Q, R608K, K609N, D610T, C611Y, R615H, R615P, R615G, R616C, L616R, L616P, R617P, C619Y, A622V, R629W, R629Q, K630T, L638M, A645D, S647N, E653K, S662(넌센스), I664N, Q670L, Q670R, P671H, I672T, L674P, L677P, E681L, P682T, G683A, V684I, V684A, A687V, G688Q, H689P, D690V, D695N, D695V, D695H, L700M, L701P, L701I, H701H, S702A, S703G, N705S, N705Y, E706(넌센스), L707R, G708A, R710T, Q711E, L712F, V715M, K717Q, K720E, A721T, L722F, P723S, G724S, G724D, G724N, F725L, R726L, N727K, L728S, L728I, V730M, D732N, D732Y, D732E, Q733H, I737T, Y739D, W741R, M742V, M742I, G743R, G743V, L744F, M745T, V746M, A748D, A748V, A748T, M749V, M749I, G750S, G750D, W751R, R752Q, F754V, F754L, T755A, N756S, N756D, V757A, N758T, S759F, S759P, L762F, Y763H, Y763C, F764L, A765T, A765V, P766A, P766S, D767E, L768P, L768M, N771H, E772G, E772A, R774H, R774C, K777T, R779W, R786Q, G795V, M780I, S782N, C784Y, M787V, R788S, L790F, S791P, E793D, F794S, Q798E, Q802R, G803L, F804L, C806Y, M807V, M807R, M807I, L812P, F813V, S814N, N819Q, G820A, L821V, Q824L, Q824R, F827L, F827V, D828H, L830V, L830P, R831Q, R831L, Y834C, R840C, R840H, I841S, I842T, R846G, R854K, R855C, R855H, F856L, L863R, D864N, D864E, D864G, V866L, V866M, V866E, I869M, A870G, A870V, R871G, H874Y, H874R, Q875K, T877S, T877A, D879T, D879G, L880Q, L881V, M886V, S888L, V889M, F891L, P892L, M895T, A896T, E897D, I898T, Q902R, V903M, P904S, P904H, L907F, G909R, G909E, K910R, V911L, P913S, F916L, Q919R, 또는 이의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 AR DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
β- 카테닌 및 β- 카테닌 관련 유전자를 표적화하는 폴리핵산 분자
카테닌 베타-1(CTNNB1, β-카테닌, 또는 베타-카테닌으로도 알려짐)은 카테닌 단백질 패밀리의 구성원이다. 인간에서, 그것은 CTNNB1 유전자에 의해 코딩되며, 그의 이중 기능인 세포-세포 부착 및 유전자 전사로 알려져 있다. 베타-카테닌은 카드헤린 기반 부착 결합(adherens junction)의 필수 구조적 성분이며, 세포 성장 및 세포간의 부착을 조절하고 액틴 세포골격에 고정된다. 일부 경우, 베타-카테닌은 상피 시트가 완성되면 세포가 분열하는 것을 정지시키는 접촉 억제 신호를 전달하는 것을 담당한다. 베타-카테닌은 또한 Wnt 신호전달 경로의 주요 핵 효과기이다. 일부 경우, 베타-카테닌의 구조적 특성 및 신호전달 특성의 불균형은 질병을 초래하고 암과 같은 악성 종양과 관련된 탈조절된 성장을 초래한다. 예를 들어, 베타-카테닌의 과발현은 위암과 같은 암과 관련되었다(Suriano, et al., "Beta-catenin (CTNNB1) gene amplification: a new mechanism of protein overexpression in cancer," Genes Chromosomes Cancer 42(3): 238-246 (2005)). 일부 경우, CTNNB1 유전자의 돌연변이는 암 발달(예컨대, 결장암, 흑색종, 간세포 암종, 난소암, 자궁내막암, 수모세포종(medulloblastoma), 모기질종(pilomatricoma), 또는 전립선암)과 관련되었고, 일부 경우, 전이성 진행과 관련되었다. 추가의 경우, CTNNB1 유전자의 돌연변이는 어떤 외부 자극 없이 베타-카테닌을 핵으로 전좌시키고 그의 표적 유전자의 전사를 지속적으로 유도한다. 일부 경우, 영향을 받은 세포의 이전 상피 표현형을 침습적인 간엽 유사 유형으로 변화시키는 베타-카테닌의 잠재성이 전이 형성에 기여한다.
일부 구현예에서, CTNNB1 유전자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 야생형 CTNNB1 또는 CTNNB1이다. 일부 경우, CTNNB1은 야생형 CTNNB1이다. 일부 경우, CTNNB1은 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 CTNNB1이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 야생형 CTNNB1의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 돌연변이(예컨대, 치환, 결실, 또는 부가)를 포함하는 CTNNB1의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다.
일부 구현예에서, CTNNB1 DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, CTNNB1 DNA 또는 RNA는 하나 이상의 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, 하나 이상의 엑손은 엑손 3을 포함한다. 일부 경우, CTNNB1 DNA 또는 RNA는 코돈 32, 33, 34, 37, 41, 45, 183, 245, 287 또는 이의 조합에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, CTNNB1 DNA 또는 RNA는 CTNNB1 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 25, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 41, 45, 140, 162, 170, 199, 213, 215, 257, 303, 322, 334, 354, 367, 373, 383, 387, 402, 426, 453, 474, 486, 515, 517, 535, 553, 555, 582, 587, 619, 623, 641, 646, 688, 703, 710, 712, 714, 724, 738, 777, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, CTNNB1 DNA 또는 RNA는 CTNNB1 폴리펩타이드의 W25(넌센스 돌연변이), L31M, D32A, D32N, D32Y, D32G, D32H, S33C, S33Y, S33F, S33P, G34R, G34E, G34V, I35S, H36Y, S37F, S37P, S37C, S37A, T41N, T41A, T41I, S45Y, S45F, S45C, I140T, D162E, K170M, V199I, C213F, A215T, T257I, I303M, Q322K, E334K, K354T, G367V, P373S, W383G, N387K, L402F, N426D, R453L, R453Q, R474(넌센스 돌연변이), R486C, R515Q, L517F, R535(넌센스 돌연변이), R535Q, M553V, G555A, R582Q, R587Q, C619Y, Q623E, T641(프레임 시프트), S646F, M688T, Q703H, R710H, D712N, P714R, Y724H, E738K, F777S, 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 CTNNB1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 3 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 CTNNB1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 코돈 32, 33, 34, 37, 41, 45, 183, 245, 287 또는 이의 조합에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 CTNNB1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 CTNNB1 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 25, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 41, 45, 140, 162, 170, 199, 213, 215, 257, 303, 322, 334, 354, 367, 373, 383, 387, 402, 426, 453, 474, 486, 515, 517, 535, 553, 555, 582, 587, 619, 623, 641, 646, 688, 703, 710, 712, 714, 724, 738, 777, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 CTNNB1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 CTNNB1 폴리펩타이드의 W25(넌센스 돌연변이), L31M, D32A, D32N, D32Y, D32G, D32H, S33C, S33Y, S33F, S33P, G34R, G34E, G34V, I35S, H36Y, S37F, S37P, S37C, S37A, T41N, T41A, T41I, S45Y, S45F, S45C, I140T, D162E, K170M, V199I, C213F, A215T, T257I, I303M, Q322K, E334K, K354T, G367V, P373S, W383G, N387K, L402F, N426D, R453L, R453Q, R474(넌센스 돌연변이), R486C, R515Q, L517F, R535(넌센스 돌연변이), R535Q, M553V, G555A, R582Q, R587Q, C619Y, Q623E, T641(프레임 시프트), S646F, M688T, Q703H, R710H, D712N, P714R, Y724H, E738K, F777S, 또는 이의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 CTNNB1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
일부 구현예에서, 베타-카테닌 관련 유전자는 PIK3CA, PIK3CB, 및 MYC를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 베타-카테닌 관련 유전자는 PIK3CA DNA 또는 RNA를 추가로 포함한다. PIK3CA(포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나아제, 촉매적 서브유닛 알파 또는 p110α 단백질)는 ATP를 사용하여 포스파티딜이노시톨을 인산화하는 부류 i PI 3-키나아제 촉매적 서브유닛이다. 일부 구현예에서, PIK3CA 유전자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 야생형 PIK3CA 또는 PIK3CA이다. 일부 경우, PIK3CA DNA 또는 RNA는 야생형 PIK3CA이다. 일부 경우, PIK3CA DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 야생형 PIK3CA DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 돌연변이(예컨대, 치환, 결실, 또는 부가)를 포함하는 PIK3CA DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
일부 구현예에서, PIK3CA DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PIK3CA DNA 또는 RNA는 하나 이상의 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, PIK3CA DNA 또는 RNA는 엑손 9 및/또는 20 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, PIK3CA DNA 또는 RNA는 PIK3CA 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 1, 4, 10-16, 11-18, 11, 12, 38, 39, 65, 72, 75, 79, 81, 83, 88, 90, 93, 102, 103, 103-104, 103-106, 104, 105-108, 106, 106-107, 106-108, 107, 108, 109-112, 110, 111, 113, 115, 137, 170, 258, 272, 279, 320, 328, 335, 342, 344, 345, 350, 357, 359, 363, 364, 365, 366, 378, 398, 401, 417, 420, 447-455, 449, 449-457, 451, 453, 454, 455, 455-460, 463-465, 471, 495, 522, 538, 539, 542, 545, 546, 547, 576, 604, 614, 617, 629, 643, 663, 682, 725, 726, 777, 791, 818, 866, 901, 909, 939, 951, 958, 970, 971, 975, 992, 1004, 1007, 1016, 1017, 1021, 1025, 1029, 1037, 1040, 1043, 1044, 1045, 1047, 1048, 1049, 1052, 1065, 1069, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PIK3CA DNA 또는 RNA는 PIK3CA 폴리펩타이드의 PIK3CA 폴리펩타이드의 M1V, R4(넌센스 돌연변이), L10-M16(결실), W11-P18(결실), W11L, G12D, R38L, R38H, R38C, R38S, E39K, E39G, E65K, S72G, Q75E, R79M, E81K, E81(결실), F83Y, R88Q, C90Y, C90G, R93Q, R93W, I102(결실), E103G, E103-P104(결실), E103-G106(결실), P104L, V105-R108(결실), G106V, G106-N107(결실), G106-R108(결실), G106R, N107S, R108L, R108H, E109-I112(결실), E110(결실), K111E, K111R, K111N, K111(결실), L113(결실), R115L, Q137L, N170S, D258N, Y272(넌센스 돌연변이), L279I, G320V, W328S, R335G, T342S, V344G, V344M, V344A, N345K, N345I, N345T, D350N, D350G, R357Q, G359R, G363A, G364R, E365K, E365V, P366R, C378R, C378Y, R398H, R401Q, E417K, C420R, C420G, P447-L455(결실), P449L, P449-N457(결실), G451R, G451V, E453K, E453Q, E453D, D454Y, L455(프레임 시프트 삽입), L455-G460(결실), G463-N465(결실), P471L, P471A, H495L, H495Y, E522A, D538N, P539R, E542K, E542V, E542G, E542Q, E542A, E545K, E545A, E545G, E545Q, E545D, Q546K, Q546R, Q546P, E547D, S576Y, C604R, F614I, A617W, S629C, Q643H, I663S, Q682(결실), D725N, W726K, R777M, E791Q, R818C, L866W, C901F, F909L, D939G, R951C, Q958R, E970K, C971R, R975S, R992P, M1004I, G1007R, F1016C, D1017H, Y1021H, Y1021C, T1025A, T1025S, D1029H, E1037K, M1040V, M1043V, M1043I, N1044K, N1044Y, D1045V, H1047R, H1047L, H1047Y, H1047Q, H1048R, G1049R, T1052K, H1065L, 1069W(비정지 돌연변이), 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 PIK3CA DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 PIK3CA DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 9 또는 엑손 20 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 PIK3CA DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 PIK3CA 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 1, 4, 10-16, 11-18, 11, 12, 38, 39, 65, 72, 75, 79, 81, 83, 88, 90, 93, 102, 103, 103-104, 103-106, 104, 105-108, 106, 106-107, 106-108, 107, 108, 109-112, 110, 111, 113, 115, 137, 170, 258, 272, 279, 320, 328, 335, 342, 344, 345, 350, 357, 359, 363, 364, 365, 366, 378, 398, 401, 417, 420, 447-455, 449, 449-457, 451, 453, 454, 455, 455-460, 463-465, 471, 495, 522, 538, 539, 542, 545, 546, 547, 576, 604, 614, 617, 629, 643, 663, 682, 725, 726, 777, 791, 818, 866, 901, 909, 939, 951, 958, 970, 971, 975, 992, 1004, 1007, 1016, 1017, 1021, 1025, 1029, 1037, 1040, 1043, 1044, 1045, 1047, 1048, 1049, 1052, 1065, 1069, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 PIK3CA DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 PIK3CB 폴리펩타이드의 M1V, R4(넌센스 돌연변이), L10-M16(결실), W11-P18(결실), W11L, G12D, R38L, R38H, R38C, R38S, E39K, E39G, E65K, S72G, Q75E, R79M, E81K, E81(결실), F83Y, R88Q, C90Y, C90G, R93Q, R93W, I102(결실), E103G, E103-P104(결실), E103-G106(결실), P104L, V105-R108(결실), G106V, G106-N107(결실), G106-R108(결실), G106R, N107S, R108L, R108H, E109-I112(결실), E110(결실), K111E, K111R, K111N, K111(결실), L113(결실), R115L, Q137L, N170S, D258N, Y272(넌센스 돌연변이), L279I, G320V, W328S, R335G, T342S, V344G, V344M, V344A, N345K, N345I, N345T, D350N, D350G, R357Q, G359R, G363A, G364R, E365K, E365V, P366R, C378R, C378Y, R398H, R401Q, E417K, C420R, C420G, P447-L455(결실), P449L, P449-N457(결실), G451R, G451V, E453K, E453Q, E453D, D454Y, L455(프레임 시프트 삽입), L455-G460(결실), G463-N465(결실), P471L, P471A, H495L, H495Y, E522A, D538N, P539R, E542K, E542V, E542G, E542Q, E542A, E545K, E545A, E545G, E545Q, E545D, Q546K, Q546R, Q546P, E547D, S576Y, C604R, F614I, A617W, S629C, Q643H, I663S, Q682(결실), D725N, W726K, R777M, E791Q, R818C, L866W, C901F, F909L, D939G, R951C, Q958R, E970K, C971R, R975S, R992P, M1004I, G1007R, F1016C, D1017H, Y1021H, Y1021C, T1025A, T1025S, D1029H, E1037K, M1040V, M1043V, M1043I, N1044K, N1044Y, D1045V, H1047R, H1047L, H1047Y, H1047Q, H1048R, G1049R, T1052K, H1065L, 1069W(비정지 돌연변이), 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 PIK3CA DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다.
일부 구현예에서, 베타-카테닌 관련 유전자는 PIK3CB를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, PIK3CB 유전자는 야생형이거나 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, PIK3CB DNA 또는 RNA는 야생형 PIK3CB DNA 또는 RNA이다. 일부 경우, PIK3CB DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 야생형 PIK3CB DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 돌연변이(예컨대, 치환, 결실, 또는 부가)를 포함하는 PIK3CB DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
일부 구현예에서, PIK3CB DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PIK3CB DNA 또는 RNA는 하나 이상의 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, PIK3CB DNA 또는 RNA는 PIK3CB 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 18, 19, 21, 28, 50, 61, 68, 103, 135, 140, 167, 252, 270, 290, 301, 304, 321, 369, 417, 442, 470, 497, 507, 512, 540, 551, 552, 554, 562, 567, 593, 595, 619, 628, 668, 768, 805, 824, 830, 887, 967, 992, 1005, 1020, 1036, 1046, 1047, 1048, 1049, 1051, 1055, 1067, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, PIK3CB DNA 또는 RNA는 PIK3CB 폴리펩타이드의 W18(넌센스 돌연변이), A19V, D21H, G28S, A50P, K61T, M68I, R103K, H135N, L140S, S167C, G252W, R270W, K290N, E301V, I304R, R321Q, V369I, T417M, N442K, E470K, E497D, P507S, I512M, E540(넌센스 돌연변이), C551R, E552K, E554K, R562(넌센스 돌연변이), E567D, A593V, L595P, V619A, R628(넌센스 돌연변이), R668W, L768F, K805E, D824E, A830T, E887(넌센스 돌연변이), V967A, I992T, A1005V, D1020H, E1036K, D1046N, E1047K, A1048V, L1049R, E1051K, T1055A, D1067V, D1067A, 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 PIK3CB DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 PIK3CB DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 PIK3CB 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 18, 19, 21, 28, 50, 61, 68, 103, 135, 140, 167, 252, 270, 290, 301, 304, 321, 369, 417, 442, 470, 497, 507, 512, 540, 551, 552, 554, 562, 567, 593, 595, 619, 628, 668, 768, 805, 824, 830, 887, 967, 992, 1005, 1020, 1036, 1046, 1047, 1048, 1049, 1051, 1055, 1067, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 PIK3CB DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 PIK3CB 폴리펩타이드의 W18(넌센스 돌연변이), A19V, D21H, G28S, A50P, K61T, M68I, R103K, H135N, L140S, S167C, G252W, R270W, K290N, E301V, I304R, R321Q, V369I, T417M, N442K, E470K, E497D, P507S, I512M, E540(넌센스 돌연변이), C551R, E552K, E554K, R562(넌센스 돌연변이), E567D, A593V, L595P, V619A, R628(넌센스 돌연변이), R668W, L768F, K805E, D824E, A830T, E887(넌센스 돌연변이), V967A, I992T, A1005V, D1020H, E1036K, D1046N, E1047K, A1048V, L1049R, E1051K, T1055A, D1067V, D1067A, 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 PIK3CB DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
일부 구현예에서, 베타-카테닌 관련 유전자는 MYC를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, MYC 유전자는 야생형 MYC 또는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 MYC이다. 일부 경우, MYC는 야생형 MYC DNA 또는 RNA이다. 일부 경우, MYC DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 야생형 MYC DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 돌연변이(예컨대, 치환, 결실, 또는 부가)를 포함하는 MYC DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화하는 폴리핵산 분자이다.
일부 구현예에서, MYC DNA 또는 RNA는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, MYC DNA 또는 RNA는 하나 이상의 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, MYC DNA 또는 RNA는 엑손 2 또는 엑손 3 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, MYC DNA 또는 RNA는 아미노산 잔기 2, 7, 17, 20, 32, 44, 58, 59, 76, 115, 138, 141, 145, 146, 169, 175, 188, 200, 202, 203, 248, 251, 298, 321, 340, 369, 373, 374, 389, 395, 404, 419, 431, 439, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, MYC DNA 또는 RNA는 MYC 폴리펩타이드의 P2L, F7L, D17N, Q20E, Y32N, A44V, A44T, T58I, P59L, A76V, F115L, F138S, A141S, V145I, S146L, S169C, S175N, C188F, N200S, S202N, S203T, T248S, D251E, S298Y, Q321E, V340D, V369D, T373K, H374R, F389L, Q395H, K404N, L419M, E431K, R439Q, 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 MYC DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 MYC DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 2 또는 엑손 3 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 MYC DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 MYC 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 2, 7, 17, 20, 32, 44, 58, 59, 76, 115, 138, 141, 145, 146, 169, 175, 188, 200, 202, 203, 248, 251, 298, 321, 340, 369, 373, 374, 389, 395, 404, 419, 431, 439, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 MYC DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 MYC 폴리펩타이드의 P2L, F7L, D17N, Q20E, Y32N, A44V, A44T, T58I, P59L, A76V, F115L, F138S, A141S, V145I, S146L, S169C, S175N, C188F, N200S, S202N, S203T, T248S, D251E, S298Y, Q321E, V340D, V369D, T373K, H374R, F389L, Q395H, K404N, L419M, E431K, R439Q, 또는 이의 조합으로부터 선택된 아미노산 잔기에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 MYC DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
하이포잔틴 포스포리보실트랜스퍼라아제 1( HPRT1 )을 표적화하는 폴리핵산 분자
하이포잔틴-구아닌 포스포리보실트랜스퍼라아제(HGPRT)는 하이포잔틴이 이노신 일인산염 및 구아닌이 구아노신 일인산염으로 전환되는 것을 촉매하는 전이효소이다. HGPRT는 하이포잔틴 포스포리보실트랜스퍼라아제 1(HPRT1) 유전자에 의해 코딩된다.
일부 구현예에서, HPRT1 DNA 또는 RNA는 야생형이거나 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, HPRT1 DNA 또는 RNA는 하나 이상의 엑손 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 경우, 하나 이상의 엑손은 엑손 2, 엑손 3, 엑손 4, 엑손 6, 엑손 8, 또는 엑손 9를 포함한다. 일부 경우, HPRT1 DNA 또는 RNA는 HPRT1 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 35, 48, 56, 74, 87, 129, 154, 162, 195, 200, 210, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 HPRT1 폴리펩타이드의 V35M, R48H, E56D, F74L, R87I, N129(스플라이스-부위 돌연변이), N154H, S162(스플라이스-부위 돌연변이), Y195C, Y195N, R200M, E210K, 또는 이의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 HPRT1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 HPRT1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 엑손 2, 엑손 3, 엑손 4, 엑손 6, 엑손 8, 또는 엑손 9 내에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 HPRT1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 HPRT1 폴리펩타이드의 아미노산 잔기 35, 48, 56, 74, 87, 129, 154, 162, 195, 200, 210, 또는 이의 조합에 상응하는 위치에서 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 HPRT1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 HPRT1 폴리펩타이드의 V35M, R48H, E56D, F74L, R87I, N129(스플라이스-부위 돌연변이), N154H, S162(스플라이스-부위 돌연변이), Y195C, Y195N, R200M, E210K, 또는 이의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 HPRT1 DNA 또는 RNA의 표적 영역에 혼성화한다.
폴리핵산 분자 서열
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 표 1, 4, 7, 8, 또는 10에 예시된 표적 서열에 혼성화하는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 B이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 B는 표 1에 예시된 표적 서열(KRAS 표적 서열)에 혼성화하는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 B는 표 4에 예시된 표적 서열(EGFR 표적 서열)에 혼성화하는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 B는 표 7에 예시된 표적 서열(AR 표적 서열)에 혼성화하는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 B는 표 8에 예시된 표적 서열(β-카테닌 표적 서열)에 혼성화하는 서열을 포함한다. 추가의 경우, 폴리핵산 분자 B는 표 10에 예시된 표적 서열(PIK3CA 및 PIK3CB 표적 서열)에 혼성화하는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 표 2 또는 표 3에 열거된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 50% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 60% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 70% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 75% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75로 구성된다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 서열 번호 16-75에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 표 5 또는 표 6에 열거된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 50% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 60% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 70% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 75% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955로 구성된다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 서열 번호 452-1955에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 표 7에 열거된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 50% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 60% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 70% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 75% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962로 구성된다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열에 상보적인 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제1 폴리뉴클레오타이드, 및 서열 번호 1956-1962에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열에 상보적인 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 표 9에 열거된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 50% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 60% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 70% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 75% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002로 구성된다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 서열 번호 1967-2002에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 표 11에 열거된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 50% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 60% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 70% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 75% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032로 구성된다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 서열 번호 2013-2032에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 표 12에 열거된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 50% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 60% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 70% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 75% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 80% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117로 구성된다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 B는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 서열 번호 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
폴리핵산 분자
일부 구현예에서, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 RNA 또는 DNA를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 RNA를 포함한다. 일부 경우, RNA는 짧은 간섭 RNA(siRNA), 짧은 헤어핀 RNA(shRNA), microRNA(miRNA), 이중 가닥의 RNA(dsRNA), 운반 RNA(tRNA), 리보솜 RNA(rRNA), 또는 이종 핵 RNA(hnRNA)를 포함한다. 일부 경우, RNA는 shRNA를 포함한다. 일부 경우, RNA는 miRNA를 포함한다. 일부 경우, RNA는 dsRNA를 포함한다. 일부 경우, RNA는 tRNA를 포함한다. 일부 경우, RNA는 rRNA를 포함한다. 일부 경우, RNA는 hnRNA를 포함한다. 일부 경우, RNA는 siRNA를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 siRNA를 포함한다. 일부 경우, B는 siRNA를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 약 10 내지 약 50 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 10 내지 약 30, 약 15 내지 약 30, 약 18 내지 약 25, 약 18 내지 약 24, 약 19 내지 약 23, 또는 약 20 내지 약 22 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 약 50 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 45 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 40 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 35 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 30 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 25 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 20 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 19 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 18 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 17 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 16 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 15 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 14 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 13 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 12 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 11 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 10 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 10 내지 약 50 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 10 내지 약 45 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 10 내지 약 40 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 10 내지 약 35 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 10 내지 약 30 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 10 내지 약 25 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 10 내지 약 20 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 15 내지 약 25 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 15 내지 약 30 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 12 내지 약 30 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 센스 가닥 또는 패신저 가닥이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 안티센스 가닥 또는 가이드 가닥이다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오타이드이다. 일부 구현예에서, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 50 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 30, 약 15 내지 약 30, 약 18 내지 약 25, 약 18 내지 약 24, 약 19 내지 약 23, 또는 약 20 내지 약 22 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 50 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 45 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 40 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 35 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 30 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 25 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 20 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 19 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 18 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 17 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 16 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 15 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 14 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 13 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 12 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 11 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 50 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 45 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 40 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 35 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 30 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 25 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 20 뉴클레오타이드 길이. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 15 내지 약 25 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 15 내지 약 30 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드는 약 12 내지 약 30 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 제2 폴리뉴클레오타이드이다. 일부 구현예에서, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 50 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 30, 약 15 내지 약 30, 약 18 내지 약 25, 약 18 내지 약 24, 약 19 내지 약 23, 또는 약 20 내지 약 22 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 50 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 45 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 40 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 35 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 30 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 25 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 20 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 19 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 18 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 17 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 16 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 15 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 14 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 13 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 12 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 11 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 50 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 45 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 40 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 35 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 30 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 25 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 10 내지 약 20 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 15 내지 약 25 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 15 내지 약 30 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 약 12 내지 약 30 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 평활 말단, 오버행, 또는 이의 조합을 추가로 포함한다. 일부 경우, 평활 말단은 5' 평활 말단, 3' 평활 말단, 또는 둘 모두이다. 일부 경우, 오버행은 5' 오버행, 3' 오버행, 또는 둘 모두이다. 일부 경우, 오버행은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 비염기쌍 형성 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 오버행은 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 비염기쌍 형성 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 오버행은 1, 2, 3, 또는 4개의 비염기쌍 형성 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 오버행은 1개의 비염기쌍 형성 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 오버행은 2개의 비염기쌍 형성 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 오버행은 3개의 비염기쌍 형성 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 오버행은 4개의 비염기쌍 형성 뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 적어도 40%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99%, 또는 99.5% 상보적이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 적어도 50% 상보적이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 적어도 60% 상보적이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 적어도 70% 상보적이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 적어도 80% 상보적이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 적어도 90% 상보적이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 적어도 95% 상보적이다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 적어도 99% 상보적이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 100% 상보적이다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 5개 이하의 미스매치를 갖는다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 4개 이하의 미스매치를 갖는다. 일부 경우, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 3개 이하의 미스매치를 가질 수 있다. 일부 경우, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 2개 이하의 미스매치를 가질 수 있다. 일부 경우, 폴리핵산 분자의 서열은 본원에 기재된 표적 서열에 대해 1개 이하의 미스매치를 가질 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 표적 서열에 혼성화하는 폴리핵산 분자의 특이성은 표적 서열에 대한 폴리핵산 분자의 95%, 98%, 99%, 99.5%, 또는 100% 서열 상보성이다. 일부 경우, 혼성화는 높은 엄격한 혼성화 조건이다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 8개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 9개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 10개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 11개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 12개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 13개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 14개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 15개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 16개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 17개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 18개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 19개의 인접한 염기에 혼성화한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 표적 서열의 적어도 20개의 인접한 염기에 혼성화한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 감소된 오프-표적(off-target) 효과를 갖는다. 일부 경우, "오프-표적" 또는 "오프-표적 효과"는 주어진 표적에 대한 폴리핵산 중합체가 또 다른 mRNA 서열, DNA 서열 또는 세포성 단백질 또는 다른 모이어티와 직접 또는 간접적으로 상호작용함으로써 의도하지 않은 효과를 야기하는 임의의 경우를 지칭한다. 일부 경우, "오프-표적 효과"는 다른 전사체 및 폴리핵산 분자의 센스 및/또는 안티센스 가닥 사이의 부분적 상동성 또는 상보성으로 인해 다른 전사체의 동시 분해가 존재할 때 일어난다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 천연, 합성, 또는 인공 뉴클레오타이드 유사체 또는 염기를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 DNA, RNA 및/또는 뉴클레오타이드 유사체의 조합을 포함한다. 일부 경우, 합성 또는 인공 뉴클레오타이드 유사체 또는 염기는 리보오스 모이어티, 인산염 모이어티, 뉴클레오사이드 모이어티, 또는 이의 조합 중 하나 이상에서 변형을 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 기재된 뉴클레오타이드 유사체 또는 인공 뉴클레오타이드 염기는 리보오스 모이어티의 2' 하이드록실 기에서 변형을 갖는 핵산을 포함한다. 일부 경우, 변형은 H, OR, R, 할로, SH, SR, NH2, NHR, NR2, 또는 CN을 포함하고, R은 알킬 모이어티이다. 예시적인 알킬 모이어티는, 비제한적으로, 할로겐, 황, 티올, 티오에테르, 티오에스테르, 아민(1차, 2차, 또는 3차), 아미드, 에테르, 에스테르, 알콜 및 산소를 포함한다. 일부 경우, 알킬 모이어티는 변형을 추가로 포함한다. 일부 경우, 변형은 아조 기, 케토 기, 알데하이드 기, 카르복실 기, 니트로 기, 니트로소 기, 니트릴 기, 헤테로사이클(예컨대, 이미다졸, 하이드라지노 또는 하이드록실아미노) 기, 이소시아네이트 또는 시아네이트 기, 또는 황 함유 기(예컨대, 설폭사이드, 설폰, 설파이드, 또는 디설파이드)을 포함한다. 일부 경우, 알킬 모이어티는 헤테로 치환을 추가로 포함한다. 일부 경우, 헤테로사이클릭 기의 탄소는 질소, 산소 또는 황에 의해 치환된다. 일부 경우, 헤테로사이클릭 치환은 비제한적으로, 모르폴리노, 이미다졸, 및 피롤리디노를 포함한다.
일부 경우, 2' 하이드록실 기에서의 변형은 2'-O-메틸 변형 또는 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE) 변형이다. 일부 경우, 2'-O-메틸 변형은 리보오스 모이어티의 2' 하이드록실 기에 메틸 기를 부가하는 반면, 2'O-메톡시에틸 변형은 리보오스 모이어티의 2' 하이드록실 기에 메톡시에틸 기를 부가한다. 아데노신 분자의 2'-O-메틸 변형 및 우리딘의 2'O-메톡시에틸 변형의 예시적인 화학적 구조가 하기에 도시되어 있다.
Figure pct00020
일부 경우, 2' 하이드록실 기에서의 변형은 프로필 링커를 포함하는 연장된 아민 기가 아민 기를 2' 산소에 결합시키는 2'-O-아미노프로필 변형이다. 일부 경우, 이 변형은 당마다 아민 기으로부터 하나의 양전하를 도입하여 올리고뉴클레오타이드 분자의 인산염 유래의 전체 음전하를 중화시켜 그의 양성이온 특성으로 인해 세포성 흡수 특성을 개선한다. 2'-O-아미노프로필 뉴클레오사이드 포스포라미다이트의 예시적인 화학적 구조가 하기에 도시되어 있다.
Figure pct00021
일부 경우, 2' 하이드록실 기에서의 변형은, 2' 탄소에 결합한 산소 분자가 메틸렌 기에 의해 4' 탄소에 결합되어 2'-C,4'-C-옥시-메틸렌-결합된 바이사이클릭 리보뉴클레오타이드 단량체를 형성하는 잠금 또는 가교 리보오스 변형(예컨대, 잠금 핵산 또는 LNA)이다. LNA의 화학적 구조의 예시적인 표현은 하기에 도시되어 있다. 좌측에 나타난 표현은 LNA 단량체의 화학적 결합성을 강조한다. 우측에 나타난 표현은 LNA 단량체의 퓨라노스 고리의 잠금 3'-엔도(3E) 형태를 강조한다.
Figure pct00022
일부 경우, 2' 하이드록실 기에서의 변형은 당 형태를 C3'-엔도 당 주름잡힘(puckering) 형태로 잠그는, 2'-4'-에틸렌-가교 핵산과 같은 에틸렌 핵산(ENA)을 포함한다. ENA는 또한 LNA를 포함하는 변형된 핵산의 가교 핵산 부류의 부분이다. ENA 및 가교 핵산의 예시적인 화학적 구조가 하기에 도시되어 있다.
Figure pct00023
일부 구현예에서, 2' 하이드록실 기에서의 추가의 변형은 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA)를 포함한다.
일부 구현예에서, 뉴클레오타이드 유사체는 변형된 염기, 예컨대 비제한적으로, 5-프로피닐우리딘, 5-프로피닐시티딘, 6-메틸아데닌, 6-메틸구아닌, N, N,-디메틸아데닌, 2-프로필아데닌, 2-프로필구아닌, 2-아미노아데닌, 1-메틸이노신, 3-메틸우리딘, 5-메틸시티딘, 5-메틸우리딘 및 5 위치에서 변형을 갖는 다른 뉴클레오타이드, 5-(2-아미노)프로필 우리딘, 5-할로시티딘, 5-할로우리딘, 4-아세틸시티딘, 1-메틸아데노신, 2-메틸아데노신, 3-메틸시티딘, 6-메틸우리딘, 2-메틸구아노신, 7-메틸구아노신, 2, 2-디메틸구아노신, 5-메틸아미노에틸우리딘, 5-메틸옥시우리딘, 데아자뉴클레오타이드(예컨대, 7-데아자- 아데노신, 6-아조우리딘, 6-아조시티딘, 또는 6-아조티미딘), 5-메틸-2-티오우리딘, 다른 티오 염기(예컨대, 2-티오우리딘, 4-티오우리딘, 및 2-티오시티딘), 디하이드로우리딘, 슈도우리딘, 퀘우오신(queuosine), 아케오신(archaeosine), 나프틸 및 치환된 나프틸 기, 임의의 O- 및 N-알킬화 퓨린 및 피리미딘(예컨대, N6-메틸아데노신, 5-메틸카르보닐메틸우리딘, 우리딘 5-옥시아세트산, 피리딘-4-온, 또는 피리딘-2-온), 페닐 및 변형된 페닐 기, 예컨대 아미노페놀 또는 2,4,6-트리메톡시 벤젠, G-클램프 뉴클레오타이드로서 작용하는 변형된 시토신, 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-치환된 우라실 및 티민, 아자피리미딘, 카르복시하이드록시알킬 뉴클레오타이드, 카르복시알킬아미노알킬 뉴클레오타이드, 및 알킬카르보닐알킬화 뉴클레오타이드를 포함한다. 변형된 뉴클레오타이드는 또한 당 모이어티에 대해 변형된 뉴클레오타이드, 뿐만 아니라 리보실이 아닌 당 또는 유사체를 갖는 뉴클레오타이드를 포함한다. 예를 들어, 당 모이어티는, 일부 경우 만노스, 아라비노스, 글루코피라노스, 갈락토피라노스, 4'-티오리보오스, 및 다른 당, 헤테로사이클, 또는 카르보사이클이거나 이에 기초한다. 용어 뉴클레오타이드는 또한 유니버설 염기로서 당업계에 알려진 것을 포함한다. 예로서, 유니버설 염기는 비제한적으로 3-니트로피롤, 5-니트로인돌, 또는 네불라린을 포함한다.
일부 구현예에서, 뉴클레오타이드 유사체는 모르폴리노, 펩타이드 핵산(PNA), 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드, 티올포스포네이트 뉴클레오타이드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 또는 1',5'-안하이드로헥시톨 핵산(HNA)을 추가로 포함한다. 모르폴리노 또는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고(PMO)는, 구조가 천연 핵산 구조를 모방하지만 일반 당 및 인산염 구조에서 벗어나는 합성 분자를 포함한다. 일부 경우, 5원 리보오스 고리는 4개의 탄소, 1개의 질소, 및 1개의 산소를 함유하는 6원 모르폴리노 고리로 치환된다. 일부 경우, 리보오스 단량체는 인산염 기 대신에 포스포로디아미데이트 기에 의해 결합된다. 그러한 경우, 백본 변경은 모든 양전하 및 음전하를 제거하여, 모르폴리노를 전하된 올리고뉴클레오타이드에 의해 사용된 것과 같은 세포 전달제의 도움없이 세포막을 통과할 수 있는 중성 분자로 만든다.
Figure pct00024
일부 구현예에서, 상기 기재된 모르폴리노 또는 PMO는 양성 또는 양이온 전하를 포함하는 PMO이다. 일부 경우, PMO는 PMOplus(Sarepta)이다. PMOplus는 임의의 수의 (1-피페라지노)포스피닐리덴옥시, (1-(4-(오메가 -구아니디노-알카노일))-피페라지노)포스피닐리덴옥시 결합(예컨대, PCT 공개 제WO2008/036127호에 기재된 것과 같음)을 포함하는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머를 지칭한다. 일부 경우, PMO는 미국 특허 제7943762호에 기재된 PMO이다.
일부 구현예에서, 상기 기재된 모르폴리노 또는 PMO는 PMO-X(Sarepta)이다. 일부 경우, PMO-X는 PCT 공개 제WO2011/150408호 및 미국 공개 제2012/0065169호에 개시된 것과 같이 적어도 하나의 결합 또는 개시된 말단 변형 중 적어도 하나를 포함하는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머를 지칭한다.
일부 구현예에서, 상기 기재된 모르폴리노 또는 PMO는 미국 공개 제2014/0296321호의 표 5에 기재된 바와 같은 PMO이다.
일부 구현예에서, 펩타이드 핵산(PNA)은 당 고리 또는 인산염 결합을 함유하지 않으며 염기는 올리고글리신 유사 분자에 의해 부착되고 적절하게 이격되어, 백본 전하를 제거한다.
Figure pct00025
일부 구현예에서, 하나 이상의 변형은 임의로 뉴클레오타이드간 결합에서 발생한다. 일부 경우, 변형된 뉴클레오타이드간 결합은, 비제한적으로, 포스포로티오에이트; 포스포로디티오에이트; 메틸포스포네이트; 5'-알킬렌포스포네이트; 5'-메틸포스포네이트; 3'-알킬렌 포스포네이트; 보론트리플루오리데이트; 3'-5' 결합 또는 2'-5' 결합; 포스포트리에스테르의 보라노 포스페이트 에스테르 및 셀레노포스페이트; 티오노알킬포스포트리에스테르; 수소 포스포네이트 결합; 알킬 포스포네이트; 알킬포스포노티오에이트; 아릴포스포노티오에이트; 포스포로셀레노에이트; 포스포로디셀레노에이트; 포스피네이트; 포스포라미데이트; 3'-알킬포스포라미데이트; 아미노알킬포스포라미데이트; 티오노포스포라미데이트; 포스포로피페라지데이트; 포스포로아닐로티오에이트; 포스포로아닐리데이트; 케톤; 설폰; 설폰아미드; 카보네이트; 카르바메이트; 메틸렌하이드라조; 메틸렌디메틸하이드라조; 포름아세탈; 티오포름아세탈; 옥심; 메틸렌이미노; 메틸렌메틸이미노; 티오아미데이트; 리보아세틸 기를 갖는 결합; 아미노에틸 글리신; 실릴 또는 실록산 결합; 예를 들어, 포화되거나 불포화되고/되거나 치환되고/되거나 헤테로원자를 함유하는 1 내지 10개의 탄소의 헤테로원자를 갖거나 갖지 않는 알킬 또는 사이클로알킬 결합; 염기가 백본의 아자 질소에 직접적으로 또는 간접적으로 부착된 모르폴리노 구조, 아미드, 또는 폴리아미드를 갖는 결합; 및 이의 조합을 포함한다.
일부 경우, 변형은 메틸 또는 티올 변형, 예컨대 메틸포스포네이트 또는 티올포스포네이트 변형이다. 예시적인 티올포스포네이트 뉴클레오타이드(좌측) 및 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드(우측)가 하기에 도시되어 있다.
Figure pct00026
일부 경우, 변형된 뉴클레오타이드는, 비제한적으로, 하기로서 도시된 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함한다:
Figure pct00027
일부 경우, 변형된 뉴클레오타이드는, 비제한적으로, 하기와 같이 도시된 헥시톨 핵산(또는 1', 5'-안하이드로헥시톨 핵산(HNA))을 포함한다:
Figure pct00028
일부 구현예에서, 하나 이상의 변형은 변형이 중성 또는 비전하된 백본을 생성하는 변형된 인산염 백본을 포함한다. 일부 경우, 인산염 백본은 비전하된 또는 중성 인산염 백본을 생성하는 알킬화에 의해 변형된다. 본원에 사용된 바와 같이, 알킬화는 메틸화, 에틸화, 및 프로필화를 포함한다. 일부 경우, 알킬화의 맥락에서 본원에 사용된 바와 같은 알킬 기는 1 내지 6개의 탄소 원자를 함유하는 선형 또는 분지된 포화된 탄화수소 기를 지칭한다. 일부 경우, 예시적인 알킬 기는, 비제한적으로, 메틸, 에틸, n-프로필, 이소프로필, n-부틸, 이소부틸, sec-부틸, tert-부틸, n-펜틸, 이소펜틸, 네오펜틸, 헥실, 이소헥실, 1,1-디메틸부틸, 2,2-디메틸부틸, 3.3- 디메틸부틸, 및 2-에틸부틸 기를 포함한다. 일부 경우, 변형된 인산염은 미국 특허 제9481905호에 기재된 바와 같은 인산염 기이다.
일부 구현예에서, 추가의 변형된 인산염 백본은 메틸포스포네이트, 에틸포스포네이트, 메틸티오포스포네이트, 또는 메톡시포스포네이트를 포함한다. 일부 경우, 변형된 인산염은 메틸포스포네이트이다. 일부 경우, 변형된 인산염은 에틸포스포네이트이다. 일부 경우, 변형된 인산염은 메틸티오포스포네이트이다. 일부 경우, 변형된 인산염은 메톡시포스포네이트이다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 변형은 임의로 리보오스 모이어티, 인산염 백본 및 뉴클레오사이드의 변형, 또는 3' 또는 5' 말단에서 뉴클레오타이드 유사체의 변형을 추가로 포함한다. 예를 들어, 3' 말단은 임의로 3' 양이온성 기를 포함하거나, 또는 3'-말단에 있는 뉴클레오사이드를 3'-3' 결합을 이용하여 역위시킴으로써 3' 양이온성 기를 포함한다. 또 다른 대안에서, 3'-말단은 임의로 아미노알킬 기, 예컨대, 3' C5-아미노알킬 dT와 접합된다. 추가의 대안에서, 3'-말단은 임의로 무염기 부위, 예컨대, 무퓨린(apurinic) 또는 무피리미딘(apyrimidinic) 부위와 접합된다. 일부 경우, 5'-말단은 아미노알킬 기, 예컨대, 5'-O-알킬아미노 치환체와 접합된다. 일부 경우, 5'-말단은 무염기 부위, 예컨대, 무퓨린 또는 무피리미딘 부위와 접합된다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체 중 하나 이상을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 구현예에서, 인공 뉴클레오타이드 유사체는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드, 티올포스포네이트 뉴클레오타이드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 또는 이의 조합을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드, 티올포스포네이트 뉴클레오타이드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 또는 이의 조합으로부터 선택된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE) 변형 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 25개 이상의 티올포스포네이트 뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 적어도 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117의 폴리핵산 분자이다.
일부 경우, 폴리핵산 분자는 적어도 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22개 이상의 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117의 폴리핵산 분자이다.
일부 경우, 폴리핵산 분자는 약 5% 내지 약 100% 변형, 약 10% 내지 약 100% 변형, 약 20% 내지 약 100% 변형, 약 30% 내지 약 100% 변형, 약 40% 내지 약 100% 변형, 약 50% 내지 약 100% 변형, 약 60% 내지 약 100% 변형, 약 70% 내지 약 100% 변형, 약 80% 내지 약 100% 변형, 및 약 90% 내지 약 100% 변형 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117의 폴리핵산 분자이다.
일부 경우, 폴리핵산 분자 중 약 5 내지 약 100%는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 중 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 경우, 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117의 폴리핵산 분자 중 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 경우, 서열 번호 16-45의 폴리핵산 분자 중 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 경우, 서열 번호 452-1203의 폴리핵산 분자 중 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 경우, 서열 번호 1956-1962의 폴리핵산 분자 중 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 경우, 서열 번호 1967-2002의 폴리핵산 분자 중 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 경우, 서열 번호 2013-2032의 폴리핵산 분자 중 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 경우, 서열 번호 2082-2109 또는 2117의 폴리핵산 분자 중 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%는 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함한다. 일부 구현예에서, 인공 뉴클레오타이드 유사체는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드, 티올포스포네이트 뉴클레오타이드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 또는 이의 조합을 포함한다.
일부 경우, 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함하는 폴리핵산 분자는 서열 번호 46-75를 포함한다. 일부 경우, 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함하는 폴리핵산 분자는 서열 번호 1204-1955를 포함한다. 일부 경우, 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함하는 폴리핵산 분자는 서열 번호 1967-2002를 포함한다. 일부 경우, 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함하는 폴리핵산 분자는 서열 번호 2013-2032를 포함한다. 일부 경우, 인공 뉴클레오타이드 유사체를 포함하는 폴리핵산 분자는 서열 번호 2082-2109 또는 2117을 포함한다.
일부 경우, 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체 중 하나 이상은, 천연 폴리핵산 분자와 비교하여, 뉴클레아제, 예를 들어 RNase H와 같은 리보뉴클레아제, DNase와 같은 데옥시리보뉴클레아제, 또는 5'-3' 엑소뉴클레아제 및 3'-5' 엑소뉴클레아제와 같은 엑소뉴클레아제에 대해 내성이다. 일부 경우, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드, 티올포스포네이트 뉴클레오타이드, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트, 또는 이의 조합을 포함하는 인공 뉴클레오타이드 유사체는 뉴클레아제, 예를 들어 RNase H와 같은 리보뉴클레아제, DNase와 같은 데옥시리보뉴클레아제, 또는 5'-3' 엑소뉴클레아제 및 3'-5' 엑소뉴클레아제와 같은 엑소뉴클레아제에 대해 내성이다. 일부 경우, 2'-O-메틸 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 2'O-메톡시에틸(2'-O-MOE) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 2'-O-아미노프로필 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 2'-데옥시 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, T-데옥시-2'-플루오로 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, LNA-변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, ENA-변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, HNA-변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 모르폴리노는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)일 수 있다. 일부 경우, PNA-변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제에 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드-변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 티올포스포네이트 뉴클레오타이드-변형된 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함하는 폴리핵산 분자는 뉴클레아제 내성(예컨대, RNase H, DNase, 5'-3' 엑소뉴클레아제 또는 3'-5' 엑소뉴클레아제 내성)이다. 일부 경우, 본원에 기재된 5' 접합체는 5'-3' 엑소핵산분해(exonucleolytic) 절단을 억제한다. 일부 경우, 본원에 기재된 3' 접합체는 3'-5' 엑소핵산분해 절단을 억제한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 인공 뉴클레오타이드 유사체 중 하나 이상은 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-0-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형, LNA, ENA, PNA, HNA, 모르폴리노, 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드, 티올포스포네이트 뉴클레오타이드, 또는 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함하는 인공 뉴클레오타이드 유사체 중 하나 이상은 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 2'-O-메틸 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE) 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 2'-O-아미노프로필 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 2'-데옥시 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, T-데옥시-2'-플루오로 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP) 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE) 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP) 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE) 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, LNA-변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, ENA-변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, PNA-변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, HNA-변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 모르폴리노-변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드-변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 티올포스포네이트 뉴클레오타이드-변형된 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함하는 폴리핵산 분자는 동등한 천연 폴리핵산 분자와 비교하여 이들의 mRNA 표적에 대해 증가된 결합 친화성을 갖는다. 일부 경우, 증가된 친화성은 더 낮은 Kd, 더 높은 용융 온도(Tm), 또는 이의 조합으로 예시된다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 키랄적으로 순수한(또는 입체 순수한) 폴리핵산 분자, 또는 단일 거울상이성질체를 포함하는 폴리핵산 분자이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 L-뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 D-뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 조성물은 30% 미만, 25%, 20%, 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 또는 그 미만의 그의 거울상이성질체를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 조성물은 30% 미만, 25%, 20%, 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 또는 그 미만의 라세미 혼합물을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 미국 공개 제2014/194610호 및 제2015/211006호; 및 PCT 공개 제WO2015107425호에 기재된 폴리핵산 분자이다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 앱타머-접합 모이어티를 포함하도록 추가로 변형된다. 일부 경우, 앱타머 접합 모이어티는 DNA 앱타머-접합 모이어티이다. 일부 경우, 앱타머-접합 모이어티는 특이적 세포-표면 표적을 인식하는 앱타머 부분 및 순환하는 항체에 부착하기 위한 특이적 에피토프를 제시하는 부분을 포함하는 알파머(Centauri Therapeutics)이다. 일부 경우, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 미국 특허 제8,604,184호, 제8,591,910호, 및 제7,850,975호에 기재된 바와 같이 앱타머-접합 모이어티를 포함하도록 추가로 변형된다.
추가의 구현예에서, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 그의 안정성을 증가시키도록 변형된다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 RNA(예컨대, siRNA)이고, 폴리핵산 분자는 그의 안정성을 증가시키도록 변형된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 그의 안정성을 증가시키기 위해 상기 기재된 변형 중 하나 이상에 의해 변형된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는, 예컨대 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-0-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형에 의해 또는 잠금 또는 가교 리보오스 형태(예컨대, LNA 또는 ENA)에 의해 2' 하이드록실 위치에서 변형된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 2'-O-메틸 및/또는 2'-O-메톡시에틸 리보오스에 의해 변형된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 또한 그의 안정성을 증가시키기 위해 모르폴리노, PNA, HNA, 메틸포스포네이트 뉴클레오타이드, 티올포스포네이트 뉴클레오타이드, 및/또는 2'-플루오로 N3-P5'-포스포라미다이트를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 키랄적으로 순수한(또는 입체 순수한) 폴리핵산 분자이다. 일부 경우, 키랄적으로 순수한(또는 입체 순수한) 폴리핵산 분자는 그의 안정성을 증가시키도록 변형된다. 전달을 위해 안정성을 증가시키기 위한 RNA에 대한 적합한 변형은 당업자에게 명백할 것이다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 상기 기재된 유전자에 의해 코딩된 RNA의 발현을 조절하는 RNAi 활성을 갖는다. 일부 경우, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 유전자의 발현을 하향조절하는 이중 가닥의 siRNA 분자이고, 이중 가닥의 siRNA 분자의 하나의 가닥은 유전자 또는 유전자에 의해 코딩된 RNA 또는 이의 부분의 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 포함하며, 이중 가닥의 siRNA 분자의 제2 가닥은 유전자 또는 유전자에 의해 코딩된 RNA 또는 이의 부분의 뉴클레오타이드 서열과 실질적으로 유사한 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 경우, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 유전자의 발현을 하향조절하는 이중 가닥의 siRNA 분자이며, siRNA 분자의 각 가닥은 약 15 내지 25, 18 내지 24, 또는 19 내지 약 23 뉴클레오타이드를 포함하고, 각 가닥은 다른 가닥의 뉴클레오타이드에 상보적인 적어도 약 14, 17, 또는 19 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 유전자의 발현을 하향조절하는 이중 가닥의 siRNA 분자이며, siRNA 분자의 각 가닥은 약 19 내지 약 23 뉴클레오타이드를 포함하고, 각 가닥은 다른 가닥의 뉴클레오타이드에 상보적인 적어도 약 19 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 유전자는 KRAS, EGFR, AR, HPRT1 , CNNTB1(β-카테닌), 또는 β-카테닌 관련 유전자이다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 폴리핵산 분자는 당업계에 알려진 방법을 사용하여 화학적 합성 및/또는 효소적 결찰 반응을 사용하여 제작된다. 예를 들어, 폴리핵산 분자는 자연발생 뉴클레오타이드를 사용하거나 또는 분자의 생물학적 안정성을 증가시키거나 폴리핵산 분자와 표적 핵산 사이에 형성된 이합체의 물리적 안정성을 증가시키기 위해 설계된 다양하게 변형된 뉴클레오타이드를 사용하여 화학적으로 합성된다. 예시적인 방법은 미국 특허 제5,142,047호; 제5,185,444호; 제5,889,136호; 제6,008,400호; 및 제6,111,086호; PCT 공개 제WO2009099942호; 또는 유럽 공개 제1579015호에 기재된 것을 포함한다. 추가의 예시적인 방법은 문헌[Griffey et al., "2'-O-aminopropyl ribonucleotides: a zwitterionic modification that enhances the exonuclease resistance and biological activity of antisense oligonucleotides," J. Med . Chem. 39(26):5100-5109 (1997)); Obika, et al. "Synthesis of 2'-O,4'-C-methyleneuridine and -cytidine. Novel bicyclic nucleosides having a fixed C3, -endo sugar puckering". Tetrahedron Letters 38 (50): 8735 (1997); Koizumi, M. "ENA oligonucleotides as therapeutics". Current opinion in molecular therapeutics 8 (2): 144-149 (2006); 및 Abramova et al., "Novel oligonucleotide analogues based on morpholino nucleoside subunits-antisense technologies: new chemical possibilities," Indian Journal of Chemistry 48B:1721-1726 (2009)]에 기재된 것을 포함한다. 대안적으로, 폴리핵산 분자는 폴리핵산 분자가 안티센스 배향(즉, 삽입된 폴리핵산 분자로부터 전사된 RNA는 관심있는 표적 폴리핵산 분자에 대해 안티센스 방향일 것임)으로 서브클로닝된 발현 벡터를 사용하여 생물학적으로 생산된다.
접합 화학
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티는 아미노산, 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, 항체, 항원, 독소, 호르몬, 지질, 뉴클레오타이드, 뉴클레오사이드, 당, 탄수화물, 중합체, 예컨대 폴리에틸렌 글리콜 및 폴리프로필렌 글리콜뿐만 아니라 이들 부류의 물질 모두의 유사체 또는 유도체를 포함한다. 결합 모이어티의 추가의 예는 또한 스테로이드, 예컨대 콜레스테롤, 인지질, 디 및 트리아실글리세롤, 지방산, 탄화수소(예컨대, 포화되거나, 불포화되거나, 또는 치환을 함유함), 효소 기질, 바이오틴, 디곡시게닌, 및 다당류를 포함한다. 일부 경우, 결합 모이어티는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 중합체, 및 임의로 엔도솜 분해성 모이어티에 추가로 접합된다.
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 화학적 결찰 과정에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 천연(native) 결찰에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우, 접합은 문헌[Dawson, et al. "Synthesis of proteins by native chemical ligation," Science 1994, 266, 776-779; Dawson, et al. "Modulation of Reactivity in Native Chemical Ligation through the Use of Thiol Additives," J. Am. Chem . Soc. 1997, 119, 4325-4329; Hackeng, et al. "Protein synthesis by native chemical ligation: Expanded scope by using straightforward methodology.," Proc . Natl . Acad . Sci . USA 1999, 96, 10068-10073; 또는 Wu, et al. "Building complex glycopeptides: Development of a cysteine-free native chemical ligation protocol," Angew . Chem . Int . Ed. 2006, 45, 4116-4125]에 기재된 바와 같다. 일부 경우, 접합은 미국 특허 제8,936,910호에 기재된 바와 같다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 결찰 화학을 통해 부위 특이적으로 또는 비특이적으로 결합 모이어티에 접합된다.
일부 경우, 폴리핵산 분자는 "흔적없는(traceless)" 커플링 기술(Philochem)을 사용한 부위 지향 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우, "흔적없는" 커플링 기술은 이후에 알데하이드 기를 함유하는 폴리랙산 분자와 접합되는 결합 모이어티 상의 N-말단 1,2-아미노티올 기를 사용한다(Casi et al., "Site-specific traceless coupling of potent cytotoxic drugs to recombinant antibodies for pharmacodelivery," JACS 134(13): 5887-5892 (2012) 참고).
일부 경우, 폴리핵산 분자는 결합 모이어티에 혼입된 비천연 아미노산을 이용한 부위 지향 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우, 비천연 아미노산은 p-아세틸페닐알라닌(pAcPhe)을 포함한다. 일부 경우, pAcPhe의 케토 기는 알콕시-아민 유도체화된 접합 모이어티에 선택적으로 커플링되어 옥심 결합을 형성한다(Axup et al., "Synthesis of site-specific antibody-drug conjugates using unnatural amino acids," PNAS 109(40): 16101-16106 (2012) 참고).
일부 경우, 폴리핵산 분자는 효소 촉매화 공정을 이용한 부위 지향 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우, 부위 지향 방법은 SMARTag™ 기술(Redwood)을 이용한다. 일부 경우, SMARTag™ 기술은 알데하이드 태그의 존재하에 산화 공정을 통해 포르밀글리신 생성 효소(FGE)에 의한 시스테인으로부터 포르밀글리신(FGly) 잔기의 생성 및 하이드라지노-픽테트-스펜글러(HIPS) 결찰을 통한 FGly의 알킬하이드라진-관능화 폴리핵산 분자에의 후속 접합을 포함한다(Wu et al., "Site-specific chemical modification of recombinant proteins produced in mammalian cells by using the genetically encoded aldehyde tag," PNAS 106(9): 3000-3005 (2009); Agarwal, et al., "A Pictet-Spengler ligation for protein chemical modification," PNAS 110(1): 46-51 (2013) 참고)
일부 경우, 효소 촉매화 공정은 미생물 트랜스글루타미나제(mTG)를 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 미생물 트랜스글루타미나제 촉매화 공정을 이용하여 결합 모이어티에 접합된다. 일부 경우, mTG는 인식 서열 내의 글루타민의 아미드 측쇄와 관능화 폴리핵산 분자의 일차 아민 사이의 공유 결합의 형성을 촉매한다. 일부 경우, mTG는 스트렙토마이세스 모바렌시스(Streptomyces mobarensis)로부터 생산된다(Strop et al., "Location matters: site of conjugation modulates stability and pharmacokinetics of antibody drug conjugates," Chemistry and Biology 20(2) 161-167 (2013) 참고)
일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열-특이적 트랜스펩티다아제를 이용하는 PCT 공개 제WO2014/140317호에 기재된 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다.
일부 경우, 폴리핵산 분자는 미국 특허 공개 제2015/0105539 및 2015/0105540호에 기재된 방법에 의해 결합 모이어티에 접합된다.
결합 모이어티
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 폴리펩타이드이다. 일부 경우, 폴리펩타이드는 항체 또는 그의 단편이다. 일부 경우, 단편은 결합 단편이다. 일부 경우, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 쥣과 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, F(ab)'3 단편, 단일쇄 가변 단편(scFv), bis-scFv, (scFv)2, 디아바디, 미니바디, 나노바디, 트리아바디, 테트라바디, 디설파이드 안정화 Fv 단백질(dsFv), 단일-도메인 항체(sdAb), Ig NAR, 낙타과 항체 또는 그의 결합 단편, 이중특이적 항체 또는 그의 결합 단편, 또는 이의 화학적으로 변형된 유도체를 포함한다.
일부 경우, A는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, A는 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 쥣과 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, F(ab)'3 단편, 단일쇄 가변 단편(scFv), bis-scFv, (scFv)2, 디아바디, 미니바디, 나노바디, 트리아바디, 테트라바디, 디설파이드 안정화 Fv 단백질("dsFv"), 단일-도메인 항체(sdAb), Ig NAR, 낙타과 항체 또는 그의 결합 단편, 이중특이적 항체 또는 그의 결합 단편, 또는 이의 화학적으로 변형된 유도체이다. 일부 경우, A는 인간화 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, A는 쥣과 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, A는 키메라 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, A는 단클론 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, A는 1가 Fab'이다. 일부 경우, A는 2가 Fab2이다. 일부 경우, A는 단일쇄 가변 단편(scFv)이다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 이중특이적 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 이중특이적 항체는 삼중 기능 항체 또는 이중특이적 미니-항체이다. 일부 경우, 이중특이적 항체는 삼중 기능 항체이다. 일부 경우, 삼중 기능 항체는 2개의 상이한 항원에 대한 결합 부위를 포함하는 전장 단클론 항체이다. 예시적인 삼중 기능 항체는 카투막소맙(EpCAM 및 CD3을 표적화함; Fresenius Biotech/Trion Pharma), 에르투막소맙(HER2/neu/CD3을 표적화함; Fresenius Biotech/Trion Pharma), 림포문(lymphomun) FBTA05(CD20/CD3을 표적화함; Fresenius Biotech/Trion Pharma), RG7221(RO5520985; 안지오포이에틴 2/VEGF를 표적화함; Roche), RG7597(Her1/Her3을 표적화함; Genentech/Roche), MM141(IGF1R/Her3을 표적화함; Merrimack), ABT122(TNFα/IL17을 표적화함; Abbvie), ABT981(IL1α/IL1β를 표적화함; Abbott), LY3164530(Her1/cMET를 표적화함; Eli Lilly), 및 TRBS07(Ektomab; GD2/CD3을 표적화함; Trion Research Gmbh)을 포함한다. 추가의 예시적인 삼중 기능 항체는 F-star Biotechnology사의 mAb2를 포함한다. 일부 경우, A는 이중특이적 삼중 기능 항체이다. 일부 구현예에서, A는 카투막소맙(EpCAM 및 CD3을 표적화함; Fresenius Biotech/Trion Pharma), 에르투막소맙(HER2/neu/CD3을 표적화함; Fresenius Biotech/Trion Pharma), 림포문(lymphomun) FBTA05(CD20/CD3을 표적화함; Fresenius Biotech/Trion Pharma), RG7221(RO5520985; 안지오포이에틴 2/VEGF를 표적화함; Roche), RG7597(Her1/Her3을 표적화함; Genentech/Roche), MM141(IGF1R/Her3을 표적화함; Merrimack), ABT122(TNFα/IL17을 표적화함; Abbvie), ABT981(IL1α/IL1β를 표적화함; Abbott), LY3164530(Her1/cMET를 표적화함; Eli Lilly), TRBS07(Ektomab; GD2/CD3을 표적화함; Trion Research Gmbh), 및 F-star Biotechnology사의 mAb2로부터 선택된 이중특이적 삼중 기능 항체이다.
일부 경우, 이중특이적 항체는 이중특이적 미니-항체이다. 일부 경우, 이중특이적 미니-항체는 2가 Fab2, F(ab)'3 단편, bis-scFv, (scFv)2, 디아바디, 미니바디, 트리아바디, 테트라바디 또는 이중특이적 T-세포 관여항체(BiTE)를 포함한다. 일부 구현예에서, 이중특이적 T-세포 관여항체는 2개의 scFv가 2개의 상이한 항원의 에피토프를 표적화하는 2개의 단일쇄 가변 단편(scFv)을 함유하는 융합 단백질이다. 예시적인 이중특이적 미니-항체는, 비제한적으로, DART(이중-친화성 재표적화 플랫폼; MacroGenics), 블리나투모맙(MT103 또는 AMG103; CD19/CD3을 표적화함; Micromet), MT111(CEA/CD3을 표적화함; Micromet/Amegen), MT112(BAY2010112; PSMA/CD3을 표적화함; Micromet/Bayer), MT110(AMG 110; EPCAM/CD3을 표적화함; Amgen/Micromet), MGD006(CD123/CD3을 표적화함; MacroGenics), MGD007(GPA33/CD3을 표적화함; MacroGenics), BI1034020(β-아밀로이드 상의 2개의 상이한 에피토프를 표적화함; Ablynx), ALX0761(IL17A/IL17F를 표적화함; Ablynx), TF2(CEA/hepten을 표적화함; Immunomedics), IL-17/IL-34 biAb(BMS), AFM13(CD30/CD16을 표적화함; Affimed), AFM11(CD19/CD3을 표적화함; Affimed), 및 도메인 항체(Domantis/GSK의 dAb)를 포함한다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 이중특이적 미니-항체이다. 일부 경우, A는 이중특이적 Fab2이다. 일부 경우, A는 이중특이적 F(ab)'3 단편이다. 일부 경우, A는 이중특이적 bis-scFv이다. 일부 경우, A는 이중특이적(scFv)2이다. 일부 구현예에서, A는 이중특이적 디아바디이다. 일부 구현예에서, A는 이중특이적 미니바디이다. 일부 구현예에서, A는 이중특이적 트리아바디이다. 다른 구현예에서, A는 이중특이적 테트라바디이다. 다른 구현예에서, A는 이중특이적 T-세포 관여항체(BiTE)이다. 추가의 구현예에서, A는 DART(이중-친화성 재표적화 플랫폼; MacroGenics), 블리나투모맙(MT103 또는 AMG103; CD19/CD3을 표적화함; Micromet), MT111(CEA/CD3을 표적화함; Micromet/Amegen), MT112(BAY2010112; PSMA/CD3을 표적화함; Micromet/Bayer), MT110(AMG 110; EPCAM/CD3을 표적화함; Amgen/Micromet), MGD006(CD123/CD3을 표적화함; MacroGenics), MGD007(GPA33/CD3을 표적화함; MacroGenics), BI1034020(β-아밀로이드 상의 2개의 상이한 에피토프를 표적화함; Ablynx), ALX0761(IL17A/IL17F를 표적화함; Ablynx), TF2(CEA/hepten을 표적화함; Immunomedics), IL-17/IL-34 biAb(BMS), AFM13(CD30/CD16을 표적화함; Affimed), AFM11(CD19/CD3을 표적화함; Affimed), 및 도메인 항체(Domantis/GSK로부터의 dAb)로부터 선택된 이중특이적 미니-항체이다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 삼중특이적 항체이다. 일부 경우, 삼중특이적 항체는 F(ab)'3 단편 또는 트리아바디를 포함한다. 일부 경우, A는 삼중특이적 F(ab)'3 단편이다. 일부 경우, A는 트리아바디이다. 일부 구현예에서, A는 문헌[Dimas, et al., "Development of a trispecific antibody designed to simultaneously and efficiently target three different antigens on tumor cells," Mol . Pharmaceutics, 12(9): 3490-3501 (2015)]에 기재된 바와 같은 삼중특이적 항체이다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 세포 표면 단백질을 인식하는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 세포 표면 단백질은 암성 세포에 의해 발현된 항원이다. 예시적인 암 항원은, 비제한적으로, 알파 태아단백질, ASLG659, B7-H3, BAFF-R, 브레비칸(Brevican), CA125(MUC16), CA15-3, CA19-9, 암배아 항원(CEA), CA242, CRIPTO(CR, CR1, CRGF, CRIPTO, TDGF1, 기형암종(teratocarcinoma) 유래 성장 인자), CTLA-4, CXCR5, E16(LAT1, SLC7A5), FcRH2(IFGP4, IRTA4, SPAP1A(포스파타아제 앵커 단백질 1a를 함유하는 SH2 도메인), SPAP1B, SPAP1C), 표피 성장 인자, ETBR, Fc 수용체-유사 단백질 1(FCRH1), GEDA, HLA-DOB(MHC 부류 II 분자(Ia 항원)의 베타 서브유닛), 인간 융모성 성선 자극 호르몬, ICOS, IL-2 수용체, IL20Rα, 면역글로불린 슈퍼패밀리 수용체 전좌 관련 2(IRTA2), L6, 루이스 Y(Lewis Y), 루이스 X(Lewis X), MAGE-1, MAGE-2, MAGE-3, MAGE 4, MART1, 메소텔린(mesothelin), MDP, MPF(SMR, MSLN), MCP1(CCL2), 대식세포 억제 인자(MIF), MPG, MSG783, 뮤신(mucin), MUC1-KLH, Napi3b(SLC34A2), 넥틴-4, Neu 종양유전자 산물, NCA, 태반 알칼리 포스파타아제, 전립선 특이적 막 항원(PMSA), 전립선산 포스파타아제, PSCA hlg, p97, 퓨린성 수용체 P2X 리간드-개폐 이온 채널 5(P2X5), LY64(림프구 항원 64(RP105)), gp100, P21, 전립선의 6 막관통 상피 항원(STEAP1), STEAP2, Sema 5b, 종양 관련 당단백질 72(TAG-72), TrpM4(BR22450, FLJ20041, TRPM4, TRPM4B, 일시적 수용체 잠재적 양이온 채널, 서브패밀리 M, 구성원 4) 등을 포함한다.
일부 경우, 세포 표면 단백질은 분화 클러스터(CD) 세포 표면 마커를 포함한다. 예시적인 CD 세포 표면 마커는, 비제한적으로, CD1, CD2, CD3, CD4, CD5, CD6, CD7, CD8, CD9, CD10, CD11a, CD11b, CD11c, CD11d, CDw12, CD13, CD14, CD15, CD15s, CD16, CDw17, CD18, CD19, CD20, CD21, CD22, CD23, CD24, CD25, CD26, CD27, CD28, CD29, CD30, CD31, CD32, CD33, CD34, CD35, CD36, CD37, CD38, CD39, CD40, CD41, CD42, CD43, CD44, CD45, CD45RO, CD45RA, CD45RB, CD46, CD47, CD48, CD49a, CD49b, CD49c, CD49d, CD49e, CD49f, CD50, CD51, CD52, CD53, CD54, CD55, CD56, CD57, CD58, CD59, CDw60, CD61, CD62E, CD62L(L-셀렉틴), CD62P, CD63, CD64, CD65, CD66a, CD66b, CD66c, CD66d, CD66e, CD79(예컨대, CD79a, CD79b), CD90, CD95(Fas), CD103, CD104, CD125(IL5RA), CD134(OX40), CD137(4-1BB), CD152(CTLA-4), CD221, CD274, CD279(PD-1), CD319(SLAMF7), CD326(EpCAM), 등을 포함한다.
일부 경우, 결합 모이어티 A는 암 항원을 인식하는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 알파 태아단백질, ASLG659, B7-H3, BAFF-R, 브레비칸(Brevican), CA125(MUC16), CA15-3, CA19-9, 암배아 항원(CEA), CA242, CRIPTO(CR, CR1, CRGF, CRIPTO, TDGF1, 기형암종(teratocarcinoma) 유래 성장 인자), CTLA-4, CXCR5, E16(LAT1, SLC7A5), FcRH2(IFGP4, IRTA4, SPAP1A(포스파타아제 앵커 단백질 1a를 함유하는 SH2 도메인), SPAP1B, SPAP1C), 표피 성장 인자, ETBR, Fc 수용체-유사 단백질 1(FCRH1), GEDA, HLA-DOB(MHC 부류 II 분자(Ia 항원)의 베타 서브유닛), 인간 융모성 성선 자극 호르몬, ICOS, IL-2 수용체, IL20Rα, 면역글로불린 슈퍼패밀리 수용체 전좌 관련 2(IRTA2), L6, 루이스 Y(Lewis Y), 루이스 X(Lewis X), MAGE-1, MAGE-2, MAGE-3, MAGE 4, MART1, 메소텔린(mesothelin), MCP1(CCL2), MDP, 대식세포 억제 인자(MIF), MPF(SMR, MSLN), MPG, MSG783, 뮤신(mucin), MUC1-KLH, Napi3b(SLC34A2), 넥틴-4, Neu 종양유전자 산물, NCA, 태반 알칼리 포스파타아제, 전립선 특이적 막 항원(PMSA), 전립선산 포스파타아제, PSCA hlg, p97, 퓨린성 수용체 P2X 리간드-개폐 이온 채널 5(P2X5), LY64(림프구 항원 64(RP105), gp100, P21, 전립선의 6 막관통 상피 항원(STEAP1), STEAP2, Sema 5b, 종양 관련 당단백질 72(TAG-72), TrpM4(BR22450, FLJ20041, TRPM4, TRPM4B, 일시적 수용체 잠재적 양이온 채널, 서브패밀리 M, 구성원 4) 또는 이의 조합을 인식하는 항체 또는 그의 결합 단편이다.
일부 경우, 결합 모이어티 A는 CD 세포 표면 마커를 인식하는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 CD1, CD2, CD3, CD4, CD5, CD6, CD7, CD8, CD9, CD10, CD11a, CD11b, CD11c, CD11d, CDw12, CD13, CD14, CD15, CD15s, CD16, CDw17, CD18, CD19, CD20, CD21, CD22, CD23, CD24, CD25, CD26, CD27, CD28, CD29, CD30, CD31, CD32, CD33, CD34, CD35, CD36, CD37, CD38, CD39, CD40, CD41, CD42, CD43, CD44, CD45, CD45RO, CD45RA, CD45RB, CD46, CD47, CD48, CD49a, CD49b, CD49c, CD49d, CD49e, CD49f, CD50, CD51, CD52, CD53, CD54, CD55, CD56, CD57, CD58, CD59, CDw60, CD61, CD62E, CD62L(L-셀렉틴), CD62P, CD63, CD64, CD65, CD66a, CD66b, CD66c, CD66d, CD66e, CD79(예컨대, CD79a, CD79b), CD90, CD95(Fas), CD103, CD104, CD125(IL5RA), CD134(OX40), CD137(4-1BB), CD152(CTLA-4), CD221, CD274, CD279(PD-1), CD319(SLAMF7), CD326(EpCAM), 또는 이의 조합을 인식하는 항체 또는 그의 결합 단편이다.
일부 구현예에서, 항체 또는 그의 결합 단편은 잘루투무맙(HuMax-EFGr, Genmab), 아바고보맙(Menarini), 아비투주맙(Merck), 아데카투무맙(MT201), 알라시주맙 페골, 알렘투주맙(Campath®, MabCampath, 또는 Campath-1H; Leukosite), 알로뮨(AlloMune)(BioTransplant), 아마툭시맙(Morphotek, Inc.), 항-VEGF(Genetech), 아나투모맙 마페나톡스, 아폴리주맙(hu1D10), 아스크린바쿠맙(Pfizer Inc.), 아테졸리주맙(MPDL3280A; Genentech/Roche), B43.13(OvaRex, AltaRex Corpo비율n), 바실릭시맙(Simulect®, Novartis), 벨리무맙(Benlysta®, GlaxoSmithKline), 베바시주맙(Avastin®, Genentech), 블리나투모맙(Blincyto, AMG103; Amgen), BEC2(ImGlone Systems Inc.), 카르루맙(Janssen Biotech), 카투막소맙(Removab, Trion Pharma), CEAcide(Immunomedics), 세툭시맙(Erbitux®, ImClone), 시타투주맙 보가톡스(VB6-845), 식수투무맙(IMC-A12, ImGlone Systems Inc.), 코나투무맙(AMG 655, Amgen), 다세투주맙(SGN-40, huS2C6; Seattle Genetics, Inc.), 다라투무맙(Darzalex®, Janssen Biotech), 데투모맙, 드로지투맙(Genentech), 두르발루맙(MedImmune), 두시기투맙(MedImmune), 에드레콜로맙(MAb17-1A, Panorex, Glaxo Wellcome), 엘로투주맙(Empliciti™, Bristol-Myers Squibb), 에미베투주맙(Eli Lilly), 에나바투주맙(Facet Biotech Corp.), 엔포르투맙 베도틴(Seattle Genetics, Inc.), 에노블리투주맙(MGA271, MacroGenics, Inc.), 엔시툭수맙(Neogenix Oncology, Inc.), 에프라투주맙(Lymphocide, Immunomedics, Inc.), 에르투막소맙(Rexomun®, Trion Pharma), 에타라시주맙(Abegrin, MedImmune), 파르레투주맙(MORAb-003, Morphotek, Inc), FBTA05(Lymphomun, Trion Pharma), 피클라투주맙(AVEO Pharmaceuticals), 피기투무맙(CP-751871, Pfizer), 플라보투맙(ImGlone Systems), 프레솔리무맙(GC1008, Aanofi-Aventis), 푸툭시맙, 글락시맙, 가니투맙(Amgen), 지렌툭시맙(Rencarex®, Wilex AG), IMAB362(Claudiximab, Ganymed Pharmaceuticals AG), 이말루맙(Baxalta), IMC-1C11(ImGlone Systems), IMC-C225(ImGlone Systems Inc.), 임가투주맙(Genentech/Roche), 인테투무맙(Centocor, Inc.), 이필리무맙(Yervoy®, Bristol-Myers Squibb), 이라투무맙(Medarex, Inc.), 이사툭시맙(SAR650984, Sanofi-Aventis), 라베투주맙(CEA-CIDE, Immunomedics), 렉사투무맙(ETR2-ST01, Cambridge Antibody Technology), 린투주맙(SGN-33, Seattle Genetics), 루카투무맙(Novartis), 루밀릭시맙, 마파투무맙(HGS-ETR1, Human Genome Sciences), 마투주맙(EMD 72000, Merck), 밀라투주맙(hLL1, Immunomedics, Inc.), 미투모맙(BEC-2, ImGlone Systems), 나르나투맙(ImGlone Systems), 네시투무맙(Portrazza™, Eli Lilly), 네스바쿠맙(Regeneron Pharmaceuticals), 니모투주맙(h-R3, BIOMAb EGFR, TheraCIM, Theraloc, 또는 CIMAher; Biotech Pharmaceutical Co.), 니볼루맙(Opdivo®, Bristol-Myers Squibb), 오비누투주맙(Gazyva 또는 Gazyvaro; Hoffmann-La Roche), 오카라투주맙(AME-133v, LY2469298; Mentrik Biotech, LLC), 오파투무맙(Arzerra®, Genmab), 오나르투주맙(Genentech), 온툭시주맙(Morphotek, Inc.), 오레고보맙(OvaRex®, AltaRex Corp.), 오트레르투주맙(E머gent BioSolutions), 파니투무맙(ABX-EGF, Amgen), 판코맙(Glycotope GMBH), 파르사투주맙(Genentech), 파트리투맙, 펨브롤리주맙(Keytruda®, Merck), 펨투모맙(Theragyn, Antisoma), 페르투주맙(Perjeta, Genentech), 피딜리주맙(CT-011, Medivation), 폴라투주맙 베도틴(Genentech/Roche), 프리투무맙, 라코투모맙(Vaxira®, Recombio), 라무시루맙(Cyramza®, ImGlone Systems Inc.), 리툭시맙(Rituxan®, Genentech), 로바투무맙(Schering-Plough), 세리반투맙(Sanofi/Merrimack Pharmaceuticals, Inc.), 시브로투주맙, 실툭시맙(Sylvant™, Janssen Biotech), Smart MI95(Protein Design Labs, Inc.), Smart ID10(Protein Design Labs, Inc.), 타발루맙(LY2127399, Eli Lilly), 타플리투모맙 팝톡스, 페나투모맙, 테프로투무맙(Roche), 테툴로맙, TGN1412(CD28-SuperMAB 또는 TAB08), 티가투주맙(CD-1008, Daiichi Sankyo), 토시투모맙, 투라스투주맙(헤르셉틴®), 트레멜리무맙(CP-672,206; Pfizer), 투코투주맙 셀모루킨(EMD Pharmaceuticals), 우블리툭시맙, 우레루맙(BMS-663513, Bristol-Myers Squibb), 볼로식시맙(M200, Biogen Idec), 자툭시맙 등을 포함한다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 잘루투무맙(HuMax-EFGr, Genmab), 아바고보맙(Menarini), 아비투주맙(Merck), 아데카투무맙(MT201), 알라시주맙 페골, 알렘투주맙(Campath®, MabCampath, 또는 Campath-1H; Leukosite), 알로뮨(AlloMune)(BioTransplant), 아마툭시맙(Morphotek, Inc.), 항-VEGF(유전자tech), 아나투모맙 마페나톡스, 아폴리주맙(hu1D10), 아스크린바쿠맙(Pfizer Inc.), 아테졸리주맙(MPDL3280A; Genentech/Roche), B43.13(OvaRex, AltaRex Corpo비율n), 바실릭시맙(Simulect®, Novartis), 벨리무맙(Benlysta®, GlaxoSmithKline), 베바시주맙(Avastin®, Genentech), 블리나투모맙(Blincyto, AMG103; Amgen), BEC2(ImGlone Systems Inc.), 카르루맙(Janssen Biotech), 카투막소맙(Removab, Trion Pharma), CEAcide(Immunomedics), 세툭시맙(Erbitux®, ImClone), 시타투주맙 보가톡스(VB6-845), 식수투무맙(IMC-A12, ImGlone Systems Inc.), 코나투무맙(AMG 655, Amgen), 다세투주맙(SGN-40, huS2C6; Seattle Genetics, Inc.), 다라투무맙(Darzalex®, Janssen Biotech), 데투모맙, 드로지투맙(Genentech), 두르발루맙(MedImmune), 두시기투맙(MedImmune), 에드레콜로맙(MAb17-1A, Panorex, Glaxo Wellcome), 엘로투주맙(Empliciti™, Bristol-Myers Squibb), 에미베투주맙(Eli Lilly), 에나바투주맙(Facet Biotech Corp.), 엔포르투맙 베도틴(Seattle Genetics, Inc.), 에노블리투주맙(MGA271, MacroGenics, Inc.), 엔시툭수맙(Neogenix Oncology, Inc.), 에프라투주맙(Lymphocide, Immunomedics, Inc.), 에르투막소맙(Rexomun®, Trion Pharma), 에타라시주맙(Abegrin, MedImmune), 파르레투주맙(MORAb-003, Morphotek, Inc), FBTA05(Lymphomun, Trion Pharma), 피클라투주맙(AVEO Pharmaceuticals), 피기투무맙(CP-751871, Pfizer), 플라보투맙(ImGlone Systems), 프레솔리무맙(GC1008, Aanofi-Aventis), 푸툭시맙, 글락시맙, 가니투맙(Amgen), 지렌툭시맙(Rencarex®, Wilex AG), IMAB362(Claudiximab, Ganymed Pharmaceuticals AG), 이말루맙(Baxalta), IMC-1C11(ImGlone Systems), IMC-C225(ImGlone Systems Inc.), 임가투주맙(Genentech/Roche), 인테투무맙(Centocor, Inc.), 이필리무맙(Yervoy®, Bristol-Myers Squibb), 이라투무맙(Medarex, Inc.), 이사툭시맙(SAR650984, Sanofi-Aventis), 라베투주맙(CEA-CIDE, Immunomedics), 렉사투무맙(ETR2-ST01, Cambridge Antibody Technology), 린투주맙(SGN-33, Seattle Genetics), 루카투무맙(Novartis), 루밀릭시맙, 마파투무맙(HGS-ETR1, Human Genome Sciences), 마투주맙(EMD 72000, Merck), 밀라투주맙(hLL1, Immunomedics, Inc.), 미투모맙(BEC-2, ImGlone Systems), 나르나투맙(ImGlone Systems), 네시투무맙(Portrazza™, Eli Lilly), 네스바쿠맙(Regeneron Pharmaceuticals), 니모투주맙(h-R3, BIOMAb EGFR, TheraCIM, Theraloc, 또는 CIMAher; Biotech Pharmaceutical Co.), 니볼루맙(Opdivo®, Bristol-Myers Squibb), 오비누투주맙(Gazyva 또는 Gazyvaro; Hoffmann-La Roche), 오카라투주맙(AME-133v, LY2469298; Mentrik Biotech, LLC), 오파투무맙(Arzerra®, Genmab), 오나르투주맙(Genentech), 온툭시주맙(Morphotek, Inc.), 오레고보맙(OvaRex®, AltaRex Corp.), 오트레르투주맙(E머gent BioSolutions), 파니투무맙(ABX-EGF, Amgen), 판코맙(Glycotope GMBH), 파르사투주맙(Genentech), 파트리투맙, 펨브롤리주맙(Keytruda®, Merck), 펨투모맙(Theragyn, Antisoma), 페르투주맙(Perjeta, Genentech), 피딜리주맙(CT-011, Medivation), 폴라투주맙 베도틴(Genentech/Roche), 프리투무맙, 라코투모맙(Vaxira®, Recombio), 라무시루맙(Cyramza®, ImGlone Systems Inc.), 리툭시맙(Rituxan®, Genentech), 로바투무맙(Schering-Plough), 세리반투맙(Sanofi/Merrimack Pharmaceuticals, Inc.), 시브로투주맙, 실툭시맙(Sylvant™, Janssen Biotech), Smart MI95(Protein Design Labs, Inc.), Smart ID10(Protein Design Labs, Inc.), 타발루맙(LY2127399, Eli Lilly), 타플리투모맙 팝톡스, 페나투모맙, 테프로투무맙(Roche), 테툴로맙, TGN1412(CD28-SuperMAB 또는 TAB08), 티가투주맙(CD-1008, Daiichi Sankyo), 토시투모맙, 투라스투주맙(헤르셉틴®), 트레멜리무맙(CP-672,206; Pfizer), 투코투주맙 셀모루킨(EMD Pharmaceuticals), 우블리툭시맙, 우레루맙(BMS-663513, Bristol-Myers Squibb), 볼로식시맙(M200, Biogen Idec), 또는 자툭시맙을 포함한다. 일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 잘루투무맙(HuMax-EFGr, by Genmab)이다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 식 (I)에 따라 폴리핵산 분자(B), 및 중합체(C), 및 임의로 본원에 기재된 식 (II)에 따라 엔도솜 분해성 모이어티(D)에 접합된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 표 2, 3, 5, 6, 7, 9, 또는 11에 열거된 서열에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109, 또는 2117로부터 선택된 서열을 포함한다. 일부 경우, 중합체 C는 폴리알킬렌 옥사이드(예컨대, 폴리에틸렌 글리콜)를 포함한다. 일부 구현예에서, 엔도솜 분해성 모이어티 D는 INF7 또는 멜리틴, 또는 이들의 각각의 유도체를 포함한다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 도 1에 도시된 바와 같이 폴리핵산 분자(B), 및 중합체(C), 및 임의로 엔도솜 분해성 모이어티(D)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 항체 또는 그의 결합 단편이다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 폴리핵산 분자(B)에 비특이적으로 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 비부위 특이적 방식으로, 리신 잔기 또는 시스테인 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 비부위 특이적 방식으로 리신 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 비부위 특이적 방식으로 시스테인 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 항체 또는 그의 결합 단편이다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 부위 특이적 방식으로 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 부위 특이적 방식을 통해, 리신 잔기를 통해, 시스테인 잔기를 통해, 5'-말단에서, 3'-말단에서, 비천연 아미노산을 통해, 또는 효소-변형된 또는 효소-촉매화 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 부위 특이적 방식을 통해 리신 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 부위 특이적 방식을 통해 시스테인 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 부위 특이적 방식을 통해 5'-말단에서 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 부위 특이적 방식을 통해 3'-말단에서 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 부위 특이적 방식을 통해 비천연 아미노산을 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 부위 특이적 방식을 통해 효소-변형된 또는 효소-촉매화 잔기를 통해 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 항체 또는 그의 결합 단편이다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A(예컨대, 항체 또는 그의 결합 단편)의 하나 이상의 영역이 폴리핵산 분자(B)에 접합된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A의 하나 이상의 영역은 결합 모이어티 A의 N-말단, C-말단, 불변 영역, 힌지 영역, 또는 Fc 영역을 포함한다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B)는 결합 모이어티 A의 N-말단(예컨대, 항체 또는 그의 결합 단편의 N-말단)에 접합된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B)는 결합 모이어티 A의 C-말단(예컨대, 항체 또는 그의 결합 단편의 N-말단)에 접합된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B)는 결합 모이어티 A의 불변 영역(예컨대, 항체 또는 그의 결합 단편의 불변 영역)에 접합된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B)는 결합 모이어티 A의 힌지 영역(예컨대, 항체 또는 그의 결합 단편의 불변 영역)에 접합된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B)는 결합 모이어티 A의 Fc 영역(예컨대, 항체 또는 그의 결합 단편의 불변 영역)에 접합된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 폴리핵산 분자(B)가 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16개 이상의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 1개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 2개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 3개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 4개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 5개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 6개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 7개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 8개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 9개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 10개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 11개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 12개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 13개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 14개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 15개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 약 16개의 폴리핵산 분자가 하나의 결합 모이어티 A에 접합된다. 일부 경우, 하나 이상의 폴리핵산 분자는 동일하다. 다른 경우, 하나 이상의 폴리핵산 분자는 상이하다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 항체 또는 그의 결합 단편이다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A(예컨대, 항체 또는 그의 결합 단편)에 접합된 폴리핵산 분자(B)의 수는 비율을 형성한다. 일부 경우, 비율은 DAR(약물-대-항체) 비율로 지칭되며, 여기서 본원에 언급된 약물은 폴리핵산 분자(B)이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 1 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 2 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 3 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 4 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 5 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 6 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 7 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 8 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 9 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 10 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 11 이상이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 12 이상이다.
일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A(예컨대, 항체 또는 그의 결합 단편)의 DAR 비율은 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 또는 16이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 1이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 2이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 3이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 4이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 5이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 6이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 7이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 8이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 9이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 10이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 11이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 12이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 13이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 14이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 15이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 약 16이다.
일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 또는 16이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 1이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 2이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 4이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 6이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 8이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자(B) 대 결합 모이어티 A의 DAR 비율은 12이다.
일부 구현예에서, 항체 또는 그의 결합 단편은 당업계에 알려진 종래의 기술을 사용하여, 예를 들어, 단독으로 또는 조합하여 아미노산 결실, 삽입, 치환, 부가를 사용하여, 및/또는 재조합 및/또는 당업계에 알려진 임의의 다른 변형(예컨대 번역후 및 화학적 변형, 예컨대 당화 및 인산화)에 의해 추가로 변형된다. 일부 경우, 변형은 Fc 수용체와의 상호작용을 조절하기 위한 변형을 추가로 포함한다. 일부 경우, 하나 이상의 변형은, 예를 들어, Fc 도메인 및 FcRn 수용체 사이의 상호작용에 관여하는 아미노산 잔기를 개시하는, 국제 공개 제WO97/34631호에 기재된 것을 포함한다. 항체 또는 그의 결합 단편의 아미노산 서열의 기초를 이루는 핵산 서열에 이러한 변형을 도입하는 방법은 당업자에게 널리 알려져 있다.
일부 경우, 항체 결합 단편은 그의 유도체를 추가로 포함하고 적어도 하나의 CDR을 함유하는 폴리펩타이드 서열을 포함한다.
일부 경우, 본원에 사용된 바와 같이 용어 "단일쇄"는 이중특이적 단일쇄 구조물의 제1 및 제2 도메인이, 바람직하게는 단일 핵산 분자에 의해 코딩가능한 공-선형(co-linear) 아미노산 서열의 형태로, 공유 결합된다는 것을 의미한다.
일부 경우, 이중특이적 단일쇄 항체 구조물은 2개의 항체 유래의 결합 도메인을 포함하는 구조물에 관한 것이다. 이러한 구현예에서, 이중특이적 단일쇄 항체 구조물은 탠덤(tandem) bi-scFv 또는 디아바디이다. 일부 경우, scFv는 링커 펩타이드에 결합된 VH 및 VL 도메인을 함유한다. 일부 경우, 링커는 제1 및 제2 도메인 각각이 서로 독립적으로 이들의 상이한 결합 특이성을 유지할 수 있는 것을 보장하기에 충분한 길이 및 서열이다.
일부 구현예에서, 본원에 사용된 바와 같이 결합 또는 상호작용은 적어도 2개의 항원-상호작용-부위와 서로와의 결합/상호작용을 정의한다. 일부 경우, 항원-상호작용-부위는 특정 항원 또는 특정 항원 기과 특이적 상호작용을 나타내는 폴리펩타이드의 모티프를 정의한다. 일부 경우, 결합/상호작용은 또한 특이적 인식을 정의하는 것으로 이해된다. 이러한 경우, 특이적 인식은 항체 또는 그의 결합 단편이 각각의 표적 분자의 적어도 2개의 아미노산과 특이적으로 상호작용하고/하거나 결합할 수 있다는 것을 지칭한다. 예를 들어, 특이적 인식은 항체 분자의 특이성, 또는 표적 분자의 특정 영역 간을 구별할 수 있는 능력과 관련된다. 추가의 경우, 항원-상호작용-부위와 그의 특이적 항원과의 특이적 상호작용은, 예컨대 항원의 형태 변화의 유도, 항원의 올리고머화 등으로 인해, 신호의 개시를 초래한다. 추가의 구현예에서, 결합은 "열쇠-자물쇠-원리"의 특이성에 의해 예시된다. 따라서, 일부 경우, 항원-상호작용-부위의 아미노산 서열에서의 특정 모티프 및 항원의 아미노산 서열은 이들의 1차, 2차 또는 3차 구조의 결과뿐만 아니라 상기 구조의 2차 변형의 결과로서 서로 결합한다. 이러한 경우, 항원-상호작용-부위와 그의 특이적 항원과의 특이적 상호작용은 또한 부위의 항원에의 간단한 결합을 초래한다.
일부 경우, 특이적 상호작용은 항체 또는 그의 결합 단편의 감소된 교차반응성 또는 감소된 오프-표적 효과를 추가로 지칭한다. 예를 들어, 관심있는 폴리펩타이드/단백질에 결합하지만 임의의 다른 폴리펩타이드에 결합하지 않거나 본질적으로 결합하지 않는 항체 또는 그의 결합 단편은 관심있는 폴리펩타이드/단백질에 대해 특이적인 것으로 간주된다. 항원-상호작용-부위와 특이적 항원과의 특이적 상호작용의 예는 그의 수용체에 대한 리간드의 특이성, 예를 들어, 항체의 항원 결합 부위에 대한 항원 결정기(에피토프)의 상호작용을 포함한다.
추가의 결합 모이어티
일부 구현예에서, 결합 모이어티는 혈장 단백질이다. 일부 경우, 혈장 단백질은 알부민을 포함한다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 알부민이다. 일부 경우, 알부민은 본원에 기재된 접합 화학 중 하나 이상에 의해 폴리핵산 분자에 접합된다. 일부 경우, 알부민은 천연 결찰 화학에 의해 폴리핵산 분자에 접합된다. 일부 경우, 알부민은 리신 접합에 의해 폴리핵산 분자에 접합된다.
일부 경우, 결합 모이어티는 스테로이드이다. 예시적인 스테로이드는 콜레스테롤, 인지질, 디 및 트리아실글리세롤, 지방산, 포화되거나, 불포화되거나, 치환을 포함하는 탄화수소, 또는 이의 조합을 포함한다. 일부 경우, 스테로이드는 콜레스테롤이다. 일부 경우, 결합 모이어티는 콜레스테롤이다. 일부 경우, 콜레스테롤은 본원에 기재된 접합 화학 중 하나 이상에 의해 폴리핵산 분자에 접합된다. 일부 경우, 콜레스테롤은 천연 결찰 화학에 의해 폴리핵산 분자에 접합된다. 일부 경우, 콜레스테롤은 리신 접합에 의해 폴리핵산 분자에 접합된다.
일부 경우, 결합 모이어티는, 비제한적으로 세포 상의 특정 표면 마커에 결합하는 폴리 핵산 분자 앱타머를 포함하는 중합체이다. 이 경우, 결합 모이어티는 표적 유전자 또는 mRNA에 혼성화하지 않지만, 대신 세포 표면 마커의 그의 특이적 에피토프에 결합하는 항체와 유사하게 세포 표면 마커에 선택적으로 결합할 수 있는 폴리핵산이다.
일부 경우, 결합 모이어티는 펩타이드이다. 일부 경우, 펩타이드는 약 1 내지 약 3 kDa를 포함한다. 일부 경우, 펩타이드는 약 1.2 내지 약 2.8 kDa, 약 1.5 내지 약 2.5 kDa, 또는 약 1.5 내지 약 2 kDa를 포함한다. 일부 경우, 펩타이드는 바이사이클릭 펩타이드이다. 일부 경우, 바이사이클릭 펩타이드는 제한된 바이사이클릭 펩타이드이다. 일부 경우, 결합 모이어티는 바이사이클릭 펩타이드(예컨대, Bicycle Therapeutics의 바이사이클)이다.
추가의 경우, 결합 모이어티는 소분자이다. 일부 경우, 소분자는 항체-동원 소분자이다. 일부 경우, 항체-동원 소분자는 표적-결합 말단 및 항체-결합 말단을 포함하며, 표적-결합 말단은 세포 표면 수용체를 인식하고 상호작용할 수 있다. 예를 들어, 일부 경우, 글루타메이트 우레아 화합물을 포함하는 표적-결합 말단은 PSMA과 상호작용할 수 있고, 이에 의해 PSMA를 발현하는 세포(예컨대, 암성 세포)와의 항체 상호작용을 향상시킨다. 일부 경우, 결합 모이어티는 문헌[Zhang et al., "A remote arene-binding site on prostate specific membrane antigen revealed by antibody-recruiting small molecules," J Am Chem Soc. 132(36): 12711-12716 (2010); 또는 McEnaney, et al., "Antibody-recruiting molecules: an emerging paradigm for engaging immune function in treating human disease," ACS Chem Biol. 7(7): 1139-1151 (2012)]에 기재된 소분자이다.
항체 또는 그의 결합 단편의 생산
일부 구현예에서, 본원에 기재된 폴리펩타이드(예컨대, 항체 및 그의 결합 단편)는 폴리펩타이드(예컨대, 항체)의 합성에 유용한 것으로 당업계에 알려진 임의의 방법을 사용하여, 특히, 화학적 합성에 의해 또는 재조합 발현에 의해 생산되고, 바람직하게는 재조합 발현 기법에 의해 생산된다.
일부 경우, 항체 또는 그의 결합 단편은 재조합으로 발현되고, 항체 또는 그의 결합 단편을 코딩하는 핵산은 화학적으로 합성된 올리고뉴클레오타이드(예컨대, Kutmeier et al., 1994, BioTechniques 17:242에 기재된 바와 같음)로부터 조립되며, 이는 항체를 코딩하는 서열의 부분을 함유하는 중첩 올리고뉴클레오타이드의 합성, 상기 올리고뉴클레오타이드의 어닐링 및 결찰, 및 PCR에 의한 결찰된 올리고뉴클레오타이드의 증폭을 수반한다.
대안적으로, 항체를 코딩하는 핵산 분자는 서열의 3' 및 5' 말단에 혼성화가능한 합성 프라이머를 사용한 PCR 증폭에 의해 또는 특정 유전자 서열에 특이적인 올리고뉴클레오타이드 프로브를 사용하여 클로닝함으로써 적합한 공급원(예컨대, 면역글로불린을 발현하는 임의의 조직 또는 세포로부터 생성된 항체 cDNA 라이브러리, 또는 cDNA 라이브러리)으로부터 임의로 생성된다.
일부 경우, 항체 또는 그의 결합은 토끼와 같은 동물을 면역화시켜 다클론 항체를 생성함으로써 또는, 더욱 바람직하게는, 예컨대, Kohler and Milstein(1975, Nature 256:495-497)에 기재된 바와 같이 또는, Kozbor et al.(1983, Immunology Today 4:72) 또는 Cole et al.(1985 in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, Inc., pp. 77-96)에 기재된 바와 같이, 단클론 항체를 생성함으로써 임의로 생성된다. 대안적으로, 항체의 적어도 Fab 부분을 코딩하는 클론은 임의로 특이적 항원에 결합하는 Fab 단편의 클론에 대해 Fab 발현 라이브러리를 스크리닝함으로써(예컨대, Huse et al., 1989, Science 246:1275-1281에 기재된 바와 같음) 또는 항체 라이브러리를 스크리닝함으로써(예컨대, Clackson et al., 1991, Nature 352:624; Hane et al., 1997 Proc . Natl. Acad . Sci . USA 94:4937 참고) 수득된다.
일부 구현예에서, 적절한 생물학적 활성의 인간 항체 분자로부터의 유전자와 함께 적절한 항원 특이성의 마우스 항체 분자로부터의 유전자를 스플라이싱함으로써 "키메라 항체"의 생산을 위해 개발된 기법(Morrison et al., 1984, Proc . Natl . Acad. Sci . 81:851-855; Neuberger et al., 1984, Nature 312:604-608; Takeda et al., 1985, Nature 314:452-454)이 사용된다. 키메라 항체는 상이한 부분이 상이한 동물 종으로부터 유래된 분자, 예컨대 쥣과 단클론 항체으로부터 유래된 가변 영역 및 인간 면역글로불린 불변 영역을 갖는 것, 예컨대, 인간화 항체이다.
일부 구현예에서, 단일쇄 항체의 생산을 위해 기재된 기법(미국 특허 제4,694,778호; Bird, 1988, Science 242:423-42; Huston et al., 1988, Proc . Natl . Acad. Sci . USA 85:5879-5883; 및 Ward et al., 1989, Nature 334:544-54)은 단일쇄 항체를 생산하기 위해 개조된다. 단일쇄 항체는 아미노산 가교를 통해 Fv 영역의 중쇄 및 경쇄 단편을 결합하여, 단일쇄 폴리펩타이드를 생성함으로써 형성된다. 대장균에서 기능적 Fv 단편의 조립을 위한 기법이 또한 임의로 사용된다(Skerra et al., 1988, Science 242:1038-1041).
일부 구현예에서, 항체의 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 발현 벡터 또는 항체의 뉴클레오타이드 서열은 통상적인 기법(예컨대, 전기천공, 리포좀 형질감염, 및 칼슘 인산염 침전)에 의해 숙주 세포로 전달된 다음, 형질감염된 세포가 통상적인 기법에 의해 배양되어 항체를 생산한다. 특정 구현예에서, 항체의 발현은 항시성, 유도성 또는 조직, 특이적 프로모터에 의해 조절된다.
일부 구현예에서, 다양한 숙주 발현 벡터 시스템이 본원에 기재된 항체 또는 그의 결합 단편을 발현시키기 위해 이용된다. 이러한 숙주 발현 시스템은 항체의 코딩 서열이 생산된 다음 정제되는 비히클을 나타낼 뿐만 아니라 적절한 뉴클레오타이드 코딩 서열로 형질전환되거나 형질감염될 때, 원위치에서 항체 또는 그의 결합 단편을 발현하는 세포를 나타낸다. 이들은, 비제한적으로, 항체 또는 그의 결합 단편 코딩 서열을 함유하는 재조합 박테리오파지 DNA, 플라스미드 DNA 또는 코스미드 DNA 발현 벡터로 형질전환된 박테리아와 같은 미생물(예컨대, E. 콜리 및 B. 서브틸리스); 항체 또는 그의 결합 단편 코딩 서열을 함유하는 재조합 효모 발현 벡터로 형질전환된 효모(예컨대, 사카로마이세스 피키아); 항체 또는 그의 결합 단편 코딩 서열을 함유하는 재조합 바이러스 발현 벡터로 감염된 곤충 세포 시스템(예컨대, 배큘로바이러스); 재조합 바이러스 발현 벡터(예컨대, 콜리플라워 모자이크 바이러스(CaMV) 및 담배 모자이크 바이러스(TMV))로 감염되거나 항체 또는 그의 결합 단편 코딩 서열을 함유하는 재조합 플라스미드 발현 벡터(예컨대, Ti 플라스미드)로 형질전환된 식물 세포 시스템; 또는 포유동물 세포의 게놈(예컨대, 메탈로티오네인 프로모터) 또는 포유동물 바이러스(예컨대, 아데노바이러스 후기 프로모터; 백시니아 바이러스 7.5K 프로모터)로부터 유래된 프로모터를 함유하는 재조합 발현 구조물을 갖는 포유동물 세포 시스템(예컨대, COS, CHO, BH, 293, 293T, 3T3 세포)을 포함한다.
재조합 단백질의 장기간 고수율 생산을 위해, 안정한 발현이 바람직하다. 일부 경우, 항체를 안정적으로 발현하는 세포주가 임의로 조작된다. 바이러스 복제 원점을 함유하는 발현 벡터를 사용하기보다는, 숙주 세포는 적절한 발현 제어 요소(예컨대, 프로모터, 인핸서, 서열, 전사 종결자, 폴리아데닐화 부위 등)에 의해 제어된 DNA, 및 선별 마커로 형질전환된다. 외래 DNA의 도입 후, 조작된 세포는 농축된 배지에서 1-2일 동안 성장한 다음, 선별 배지로 옮겨진다. 재조합 플라스미드 내의 선별 마커는 선별에 대해 내성을 부여하고, 세포가 플라스미드를 그들의 염색체에 안정하게 혼입시키게 하고, 성장하여 초점을 형성하고, 결국 클로닝되어 세포주로 확대된다. 이 방법은 항체 또는 그의 결합 단편을 발현하는 세포주를 조작하는데 유리하게 사용될 수 있다.
일부 경우, 비제한적으로 단순 포진 바이러스 티미딘 키나아제(Wigler et al., 1977, Cell 11:223), 하이포잔틴-구아닌 포스포리보실트랜스퍼라아제(Szybalska & Szybalski, 192, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 48:202), 및 아데닌 포스포리보실트랜스퍼라아제(Lowy et al., 1980, Cell 22:817) 유전자를 포함하는, 많은 선별 시스템이 사용되며, 이는 각각 tk-, hgprt- 또는 aprt- 세포에서 사용된다. 또한, 항대사물질 내성이 하기 유전자를 선별하기 위한 기초로서 사용된다: 메토트렉세이트에 대한 내성을 부여하는 dhfr(Wigler et al., 1980, Proc . Natl . Acad. Sci . USA 77:357; O'Hare et al., 1981, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 78:1527); 마이코페놀산에 대한 내성을 부여하는 gpt(Mulligan & Berg, 1981, Proc. Natl . Acad . Sci . USA 78:2072); 아미노글리코시드 G-418에 대한 내성을 부여하는 neo(Clinical Pharmacy 12:488-505; Wu and Wu, 1991, Biotherapy 3:87-95; Tolstoshev, 1993, Ann. Rev. Pharmacol . Toxicol . 32:573-596; Mulligan, 1993, Science 260:926-932; 및 Morgan and Anderson, 1993, Ann. Rev. Biochem . 62:191-217; May, 1993, TIB TECH 11(5):155-215) 및 히그로마이신에 대한 내성을 부여하는 hygro(Santerre et al., 1984, Gene 30:147). 사용될 수 있는 재조합 DNA 기술의 분야에서 일반적으로 알려진 방법은 문헌[Ausubel et al. (eds., 1993, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY; Kriegler, 1990, Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, Stockton Press, NY; and in Chapters 12 and 13, Dracopoli et al. (eds), 1994, Current Protocols in Human Genetics, John Wiley & Sons, NY.; Colberre-Garapin et al., 1981, J. Mol . Biol. 150:1)]에 기재되어 있다.
일부 경우, 항체의 발현 수준은 벡터 증폭에 의해 증가된다(검토를 위해, Bebbington and Hentschel, The use of vectors based on gene amplification for the expression of cloned genes in mammalian cells in DNA cloning, Vol. 3. (Academic Press, New York, 1987) 참고). 항체를 발현하는 벡터 시스템 내의 마커가 증폭가능한 경우, 숙주 세포의 배양물에 존재하는 억제제의 수준의 증가는 마커 유전자의 카피수를 증가시킬 것이다. 증폭된 영역은 항체의 뉴클레오타이드 서열과 관련되므로, 항체의 생산은 또한 증가할 것이다(Crouse et al., 1983, Mol . Cell Biol. 3:257).
일부 경우, 예를 들어, 크로마토그래피(예컨대, 이온 교환, 친화성, 특히 단백질 A 후 특이적 항원에 대한 친화성에 의해, 및 크기 컬럼 크로마토그래피), 원심분리, 분별 용해도에 의해, 또는 단백질의 정제를 위한 임의의 다른 표준 기법에 의한 항체의 정제를 위한 당업계에 알려진 임의의 방법이 사용된다.
중합체 접합 모이어티
일부 구현예에서, 중합체 모이어티 C는 본원에 기재된 폴리핵산 분자, 본원에 기재된 결합 모이어티, 또는 이의 조합으로 추가로 접합된다. 일부 경우, 중합체 모이어티 C는 폴리핵산 분자에 접합된다. 일부 경우, 중합체 모이어티 C는 결합 모이어티에 접합된다. 다른 경우, 중합체 모이어티 C는 폴리핵산 분자-결합 모이어티 분자에 접합된다. 추가의 경우, 중합체 모이어티 C는, 도 1에 도시된 바와 같이, 그리고 치료용 분자 플랫폼 섹션하에 논의된 바와 같이, 접합된다.
일부 경우, 중합체 모이어티 C는 2차원 또는 3차원으로 분지되거나 비분지된 단량체의 긴 사슬, 및/또는 단량체의 교차결합된 네트워크로 구성된, 천연 또는 합성 중합체이다. 일부 경우, 중합체 모이어티 C는 다당류, 리그닌, 고무, 또는 폴리알킬렌 옥사이드(예컨대, 폴리에틸렌 글리콜)를 포함한다. 일부 경우, 적어도 하나의 중합체 모이어티 C는, 비제한적으로, 알파-, 오메가-디하이드록실폴리에틸렌글리콜, 생분해성 락톤계 중합체, 예컨대 폴리아크릴산, 폴리락티드산(PLA), 폴리(글리콜산)(PGA), 폴리프로필렌, 폴리스티렌, 폴리올레핀, 폴리아미드, 폴리시아노아크릴레이트, 폴리이미드, 폴리에틸렌테레프탈레이트(PET, PETG), 폴리에틸렌 테레프탈레이트(PETE), 폴리테트라메틸렌 글리콜(PTG), 또는 폴리우레탄뿐만 아니라 이의 혼합물을 포함한다. 본원에 사용된 바와 같이, 혼합물은 동일한 화합물 내에서뿐만 아니라 블록 공중합체와 관련하여 상이한 중합체의 사용을 지칭한다. 일부 경우, 블록 공중합체는 중합체의 적어도 하나의 부분이 또 다른 중합체의 단량체로부터 형성되는 중합체이다. 일부 경우, 중합체 모이어티 C는 폴리알킬렌 옥사이드를 포함한다. 일부 경우, 중합체 모이어티 C는 PEG를 포함한다. 일부 경우, 중합체 모이어티 C는 폴리에틸렌 이미드(PEI) 또는 하이드록시 에틸 전분(HES)을 포함한다.
일부 경우, C는 PEG 모이어티이다. 일부 경우, PEG 모이어티는 폴리핵산 분자의 5' 말단에서 접합되는 반면, 결합 모이어티는 폴리핵산 분자의 3' 말단에서 접합된다. 일부 경우, PEG 모이어티는 폴리핵산 분자의 3' 말단에서 접합되는 반면, 결합 모이어티는 폴리핵산 분자의 5' 말단에서 접합된다. 일부 경우, PEG 모이어티는 폴리핵산 분자의 내부 부위에 접합된다. 일부 경우, PEG 모이어티, 결합 모이어티, 또는 이의 조합은 폴리핵산 분자의 내부 부위에 접합된다. 일부 경우, 접합은 직접 접합이다. 일부 경우, 접합은 천연 결찰을 통해서이다.
일부 구현예에서, 폴리알킬렌 옥사이드(예컨대, PEG)는 다분산계 또는 단분산계 화합물이다. 일부 경우, 다분산계 물질은 평균 중량(중량 평균) 크기 및 분산성을 특징으로 하는, 상이한 분자량의 물질의 분산 분포를 포함한다. 일부 경우, 단분산계 PEG는 하나의 크기의 분자를 포함한다. 일부 구현예에서, C는 다- 또는 단분산된 폴리알킬렌 옥사이드(예컨대, PEG)이며, 표시된 분자량은 폴리알킬렌 옥사이드, 예컨대, PEG 분자의 분자량의 평균을 나타낸다.
일부 구현예에서, 폴리알킬렌 옥사이드(예컨대, PEG)의 분자량은 약 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1450, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3250, 3350, 3500, 3750, 4000, 4250, 4500, 4600, 4750, 5000, 5500, 6000, 6500, 7000, 7500, 8000, 10,000, 12,000, 20,000, 35,000, 40,000, 50,000, 60,000, 또는 100,000 Da이다.
일부 구현예에서, C는 폴리알킬렌 옥사이드(예컨대, PEG)이며, 약 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1450, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3250, 3350, 3500, 3750, 4000, 4250, 4500, 4600, 4750, 5000, 5500, 6000, 6500, 7000, 7500, 8000, 10,000, 12,000, 20,000, 35,000, 40,000, 50,000, 60,000, 또는 100,000 Da의 분자량을 갖는다. 일부 구현예에서, C는 PEG이며 약 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1450, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3250, 3350, 3500, 3750, 4000, 4250, 4500, 4600, 4750, 5000, 5500, 6000, 6500, 7000, 7500, 8000, 10,000, 12,000, 20,000, 35,000, 40,000, 50,000, 60,000, 또는 100,000 Da의 분자량을 갖는다. 일부 경우, C의 분자량은 약 200 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 300 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 400 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 500 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 600 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 700 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 800 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 900 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1100 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1200 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1300 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1400 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1450 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1500 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1600 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1700 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1800 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 1900 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2100 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2200 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2300 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2400 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2500 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2600 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2700 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2800 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 2900 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 3000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 3250 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 3350 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 3500 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 3750 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 4000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 4250 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 4500 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 4600 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 4750 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 5000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 5500 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 6000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 6500 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 7000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 7500 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 8000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 10,000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 12,000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 20,000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 35,000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 40,000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 50,000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 60,000 Da이다. 일부 경우, C의 분자량은 약 100,000 Da이다.
일부 구현예에서, 폴리알킬렌 옥사이드(예컨대, PEG)는 개별 PEG이며, 개별 PEG는 하나를 초과하는 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함하는 중합체성 PEG이다. 일부 경우, 개별 PEG(dPEG)는 2 내지 60, 2 내지 50, 또는 2 내지 48개의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 35, 40, 42, 48, 50개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 2개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 3개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 4개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 5개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 6개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 7개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 8 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 9개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 10개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 11개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 12개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 13개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 14개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 15개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 16개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 17개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 18개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 19개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 20개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 22개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 24 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 26개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 28개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 30개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 35개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 40개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 42개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 48개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 약 50개 이상의 반복 에틸렌 옥사이드 단위를 포함한다. 일부 경우, dPEG는 단계별 방식으로 순수한(예컨대, 약 95%, 98%, 99%, 또는 99.5%) 출발 물질로부터 단일 분자량 화합물로서 합성된다. 일부 경우, dPEG는 평균 분자량보다는 특정 분자량을 갖는다. 일부 경우, 본원에 기재된 dPEG는 Quanta Biodesign, LMD의 dPEG이다.
일부 구현예에서, 중합체 모이어티 C는 양이온성 뮤신산 기반 중합체(cMAP)를 포함한다. 일부 경우, cMPA는 적어도 하나의 반복 서브유닛의 하나 이상의 서브유닛을 포함하며, 서브유닛 구조는 식 (III)으로 표현된다:
Figure pct00029
상기 식에서, m은 독립적으로 각 경우에 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10, 바람직하게는 4-6 또는 5이고; n은 독립적으로 각 경우에 1, 2, 3, 4, 또는 5이다. 일부 구현예에서, m 및 n은, 예를 들어, 약 10이다.
일부 경우, cMAP는 PEG 모이어티에 추가로 접합되어, cMAP-PEG 공중합체, mPEG-cMAP-PEGm 삼블록 중합체, 또는 cMAP-PEG-cMAP 삼블록 중합체를 생성한다. 일부 경우, PEG 모이어티는 약 500 Da 내지 약 50,000 Da의 범위이다. 일부 경우, PEG 모이어티는 약 500 Da 내지 약 1000 Da, 1000 Da 초과 내지 약 5000 Da, 5000 Da 초과 내지 약 10,000 Da, 10,000 초과 내지 약 25,000 Da, 25,000 Da 초과 내지 약 50,000 Da, 또는 이들 범위 중 둘 이상의 임의의 조합이다.
일부 경우, 중합체 모이어티 C는 cMAP-PEG 공중합체, mPEG-cMAP-PEGm 삼블록 중합체, 또는 cMAP-PEG-cMAP 삼블록 중합체이다. 일부 경우, 중합체 모이어티 C는 cMAP-PEG 공중합체이다. 다른 경우, 중합체 모이어티 C는 mPEG-cMAP-PEGm 삼블록 중합체이다. 추가의 경우, 중합체 모이어티 C는 cMAP-PEG-cMAP 삼블록 중합체이다.
일부 구현예에서, 중합체 모이어티 C는 폴리핵산 분자, 결합 모이어티, 및 임의로 도 1에 도시된 바와 같이 엔도솜 분해성 모이어티에 접합된다.
엔도솜 분해성 모이어티
일부 구현예에서, 식 (I)의 분자 A-X-B-Y-C는 추가의 접합 모이어티를 추가로 포함한다. 일부 경우, 추가의 접합 모이어티는 엔도솜 분해성 모이어티이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 세포 구획 방출 성분, 예컨대 당업계에 알려진 세포 구획 중 어느 것, 예컨대 엔도솜, 리소좀, 소포체(ER), 골지체, 미세소관, 퍼옥시좀, 또는 세포를 갖는 다른 소수포체(vesicular body)로부터 방출될 수 있는 화합물이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 폴리펩타이드, 엔도솜 분해성 중합체, 엔도솜 분해성 지질, 또는 엔도솜 분해성 소분자를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 폴리펩타이드를 포함한다. 다른 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체를 포함한다.
엔도솜 분해성 폴리펩타이드
일부 구현예에서, 식 (I)의 분자 A-X-B-Y-C는 엔도솜 분해성 폴리펩타이드와 추가로 접합된다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 폴리펩타이드는 pH 의존적 막 활성 펩타이드이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 폴리펩타이드는 양친매성 폴리펩타이드이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 폴리펩타이드는 펩타이드모사체(peptidomimetic)이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 폴리펩타이드는 INF, 멜리틴, 메우신(meucin), 또는 이들의 각각의 유도체를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 폴리펩타이드는 INF 또는 그의 유도체를 포함한다. 다른 경우, 엔도솜 분해성 폴리펩타이드는 멜리틴 또는 그의 유도체를 포함한다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 폴리펩타이드는 메우신 또는 그의 유도체를 포함한다.
일부 경우, INF7은 그 서열이 CGIFGEIEELIEEGLENLIDWGNA(서열 번호 2055), 또는 GLFEAIEGFIENGWEGMIDGWYGC(서열 번호 2056)을 포함하는 24개 잔기 폴리펩타이드이다. 일부 경우, INF7 또는 그의 유도체는 GLFEAIEGFIENGWEGMIWDYGSGSCG(서열 번호 2057), GLFEAIEGFIENGWEGMIDG WYG-(PEG)6-NH2(서열 번호 2058), 또는 GLFEAIEGFIENGWEGMIWDYG-SGSC-K(GalNAc)2(서열 번호 2059)의 서열을 포함한다.
일부 경우, 멜리틴은 그 서열이 CLIGAILKVLATGLPTLISWIKNKRKQ(서열 번호 2060), 또는 GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQ(서열 번호 2061)를 포함하는 26개 잔기 폴리펩타이드이다. 일부 경우, 멜리틴은 미국 특허 제8,501,930호에 기재된 바와 같은 폴리펩타이드 서열을 포함한다.
일부 경우, 메우신은 전갈 메소부투스 에우페우스(Mesobuthus eupeus)의 독샘으로부터 유래된 항미생물펩타이드(AMP)이다. 일부 경우, 메우신은 그 서열이 IFGAIAGLLKNIF-NH2(서열 번호 2062)을 포함하는 메우신-13 및 그 서열이 FFGHLFKLATKIIPSLFQ(서열 번호 2063)를 포함하는 메우신-18을 포함한다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 폴리펩타이드는 그의 서열이 INF7 또는 그의 유도체, 멜리틴 또는 그의 유도체, 또는 메우신 또는 그의 유도체에 대해 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 또는 99% 서열 동일성인 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 INF7 또는 그의 유도체, 멜리틴 또는 그의 유도체, 또는 메우신 또는 그의 유도체를 포함한다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 INF7 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055-2059에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2056-2059에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2056-2059를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055로 구성된다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2056-2059로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 멜리틴 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060 또는 2061에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2061에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060을 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2061을 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060으로 구성된다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2061로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 메우신 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2062 또는 2063에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2062에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2063에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2062를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2063을 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2062로 구성된다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2063으로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 표 62에 예시된 바와 같은 서열을 포함한다.
표 62.
Figure pct00030
Figure pct00031
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 Bcl-2 및/또는 Bcl-xL과 같은 억제자 표적의 길항을 통해 세포자멸사를 유도하는 Bak BH3 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 문헌[Albarran, et al., "Efficient intracellular delivery of a pro-apoptotic peptide with a pH-responsive carrier," Reactive & Functional Polymers 71: 261-265 (2011)]에 기재된 Bak BH3 폴리펩타이드를 포함한다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 PCT 공개 제WO2013/166155호 또는 제WO2015/069587호에 기재된 바와 같은 폴리펩타이드(예컨대, 세포 투과 폴리펩타이드)를 포함한다.
엔도솜 분해성 중합체
일부 구현예에서, 식 (I)의 분자 A-X-B-Y-C는 엔도솜 분해성 중합체와 추가로 접합된다. 본원에 사용된 바와 같이, 엔도솜 분해성 중합체는 선형, 분지된 네트워크, 별, 빗, 또는 사다리 유형의 중합체를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 중합체는 2개 이상의 상이한 유형의 단량체를 포함하는 동종중합체 또는 공중합체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 중합체는 폴리양이온 중합체이다. 다른 경우, 엔도솜 분해성 중합체는 폴리음이온 중합체이다.
일부 경우, 폴리양이온 중합체는 전하 양성, 전하 중성, 또는 전하 음성인 단량체 단위를 포함하며, 순 전하는 양성이다. 다른 경우, 폴리양이온 중합체는 2개 이상의 양성 전하를 함유하는 비중합체성 분자를 포함한다. 예시적인 양이온성 중합체는, 비제한적으로, 폴리(L-리신)(PLL), 폴리(L-아르기닌)(PLA), 폴리에틸렌이민(PEI), 폴리[α-(4-아미노부틸)-L-글리콜산](PAGA), 2-(디메틸아미노)에틸 메타크릴레이트(DMAEMA), 또는 N,N-Di에틸아미노에틸 메타크릴레이트(DEAEMA)를 포함한다.
일부 경우, 폴리음이온 중합체는 전하 양성, 전하 중성, 또는 전하 음성인 단량체 단위를 포함하며, 순 전하는 음성이다. 다른 경우, 폴리음이온 중합체는 2개 이상의 음전하를 함유하는 비중합체성 분자를 포함한다. 예시적인 음이온성 중합체는 p(알킬아크릴레이트)(예컨대, 폴리(프로필 아크릴산)(PPAA)) 또는 폴리(N-이소프로필아크릴아미드)(NIPAM)를 포함한다. 추가의 실시예는 문헌[Khormaee, et al., "Edosomolytic anionic polymer for the cytoplasmic delivery of siRNAs in localized in vivo applications," Advanced Functional Materials 23: 565-574 (2013)]에 기재된 L-페닐알라닌-폴리(L-리신 이소프탈아미드) 중합체인 PP75를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 엔도솜 분해성 중합체는 pH 반응성 엔도솜 분해성 중합체이다. pH 반응성 중합체는 환경의 pH에 따라 크기가 증가(팽윤)하거나 붕괴하는 중합체를 포함한다. 폴리아크릴산 및 키토산은 pH 반응성 중합체의 예이다.
일부 경우, 본원에 기재된 엔도솜 분해성 모이어티는 막 붕괴성 중합체이다. 일부 경우, 막 붕괴성 중합체는 양이온성 중합체, 중성 또는 소수성 중합체, 또는 음이온성 중합체를 포함한다. 일부 경우, 막 붕괴성 중합체는 친수성 중합체이다.
일부 경우, 본원에 기재된 엔도솜 분해성 모이어티는 pH 반응성 막 붕괴성 중합체이다. 예시적인 pH 반응성 막 붕괴성 중합체는 p(알킬아크릴산), 폴리(N-이소프로필아크릴아미드)(NIPAM) 공중합체, 석시닐화된 p(글리시돌), 및 p(β-말산) 중합체를 포함한다.
일부 경우, p(알킬아크릴산)은 폴리(프로필아크릴산)(폴리PAA), 폴리(메타크릴산)(PMAA), 폴리(에틸아크릴산)(PEAA), 및 폴리(프로필 아크릴산)(PPAA)을 포함한다. 일부 경우, p(알킬아크릴산)은 문헌[Jones, et al., Biochemistry Journal 372: 65-75 (2003)]에 기재된 p(알킬아크릴산)을 포함한다.
일부 구현예에서, pH 반응성 막 붕괴성 중합체는 p(부틸 아크릴레이트-co-메타크릴산)을 포함한다(Bulmus, et al., Journal of Controlled Release 93: 105-120 (2003); 및 Yessine, et al., Biochimica et Biophysica Acta 1613: 28-38 (2003) 참고)
일부 구현예에서, pH 반응성 막 붕괴성 중합체는 p(스티렌-alt-말레익 무수물)을 포함한다(Henry, et al., Biomacromolecules 7: 2407-2414 (2006) 참고)
일부 구현예에서, pH 반응성 막 붕괴성 중합체는 피리딜디설파이드 아크릴레이트(PDSA) 중합체, 예컨대 폴리(MAA-co-PDSA), 폴리(EAA-co-PDSA), 폴리(PAA-co-PDSA), 폴리(MAA-co-BA-co-PDSA), 폴리(EAA-co-BA-co-PDSA), 또는 폴리(PAA-co-BA-co-PDSA) 중합체를 포함한다(El-Sayed, et al., "Rational design of composition and activity correlations for pH-responsive and glutathione-reactive polymer therapeutics," Journal of Controlled Release 104: 417-427 (2005); or Flanary et al., "Antigen delivery with poly(propylacrylic acid) conjugation enhanced MHC-1 presentation and T-cell activation," Bioconjugate Chem. 20: 241-248 (2009) 참고).
일부 구현예에서, pH 반응성 막 붕괴성 중합체는 하기의 염기 구조를 포함하는 용해성 중합체를 포함한다:
Figure pct00032
.
일부 경우, 본원에 기재된 엔도솜 분해성 모이어티는 추가의 접합체, 예컨대, 중합체(예컨대, PEG), 또는 변형된 중합체(예컨대, 콜레스테롤 변형된 중합체)에 추가로 접합된다.
일부 경우, 추가의 접합체는 세제(예컨대, 트리톤 X-100)를 포함한다. 일부 경우, 본원에 기재된 엔도솜 분해성 모이어티는 세제(예컨대, 트리톤 X-100)와 접합된 중합체(예컨대, 폴리(아미도아민))를 포함한다. 일부 경우, 본원에 기재된 엔도솜 분해성 모이어티는 폴리(아미도아민)-트리톤 X-100 접합체를 포함한다(Duncan, et al., "A polymer-Triton X-100 conjugate capable of pH-dependent red blood cell lysis: a model system illustrating the possibility of drug delivery within acidic intracellular compartments," Journal of Drug Targeting 2: 341-347 (1994)).
엔도솜 분해성 지질
일부 구현예에서, 엔도솜 분해성 모이어티는 지질(예컨대, 융합성(fusogenic) 지질)이다. 일부 구현예에서, 식 (I)의 분자 A-X-B-Y-C는 엔도솜 분해성 지질(예컨대, 융합성 지질)과 추가로 접합된다. 예시적인 융합성 지질은 1,2-딜레오일-sn-3-포스포에탄올아민(DOPE), 포스파티딜에탄올아민(POPE), 팔미토일올레오일포스파티딜콜린(POPC), (6Z,9Z,28Z,31Z)-헵타트리아콘타-6,9,28,31-테트라엔-19-올(Di-Lin), N-메틸(2,2-디((9Z,12Z)-옥타데카-9,12-디에닐)-1,3-디옥솔란-4-일)메탄아민(DLin-k-DMA) 및 N-메틸-2-(2,2-디((9Z,12Z)-옥타데카-9,12-디에닐)-1,3-디옥솔란-4-일)에탄아민(XTC)을 포함한다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 PCT 공개 제WO09/126,933호에 기재된 지질(예컨대, 융합성 지질)이다.
엔도솜 분해성 소분자
일부 구현예에서, 엔도솜 분해성 모이어티는 소분자이다. 일부 구현예에서, 식 (I)의 분자 A-X-B-Y-C는 엔도솜 분해성 소분자와 추가로 접합된다. 엔도솜 분해성 모이어티로서 적합한 예시적인 소분자는, 비제한적으로, 퀴닌, 클로로퀴닌, 하이드록시클로로퀴닌, 아모디아퀸(카르노퀸), 아모피로퀸, 프리마퀸, 메플로퀸, 니바퀸, 할로판트린, 퀴논 이민, 또는 이의 조합을 포함한다. 일부 경우, 퀴놀린 엔도솜 분해성 모이어티는, 비제한적으로, 7-클로로-4-(4-디에틸아미노-1-메틸부틸-아미노)퀴놀린(클로로퀴닌); 7-클로로-4-(4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-메틸부틸-아미노)퀴놀린(하이드록시클로로퀴닌); 7-플루오로-4-(4-디에틸아미노-1-메틸부틸-아미노)퀴놀린; 4-(4-디에틸아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 7-하이드록시-4-(4-디에틸-아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 7-클로로-4-(4-디에틸아미노-1-부틸아미노)퀴놀린(데스메틸클로로퀴닌); 7-플루오로-4-(4-디에틸아미노-1-부틸아미노)퀴놀린); 4-(4-디에틸-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-하이드록시-4-(4-디에틸아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-클로로-4-(1-카르복시-4-디에틸아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-플루오로-4-(1-카르복시-4-디에틸-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 4-(1-카르복시-4-디에틸아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-하이드록시-4-(1-카르복시-4-디에틸아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-클로로-4-(1-카르복시-4-디에틸아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 7-플루오로-4-(1-카르복시-4-디에틸-아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 4-(1-카르복시-4-디에틸아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 7-하이드록시-4-(1-카르복시-4-디에틸아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 7-플루오로-4-(4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 4-(4-에틸-(2-하이드록시-에틸)-아미노-1-메틸부틸아미노-)퀴놀린; 7-하이드록시-4-(4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 하이드록시클로로퀴닌 인산염; 7-클로로-4-(4-에틸-(2-하이드록시에틸-1)-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린(데스메틸하이드록시클로로퀴닌); 7-플루오로-4-(4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 4-(4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-하이드록시-4-(4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-클로로-4-(1-카르복시-4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-플루오로-4-(1-카르복시-4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 4-(1-카르복시-4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-하이드록시-4-(1-카르복시-4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-부틸아미노)퀴놀린; 7-클로로-4-(1-카르복시-4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 7-플루오로-4-(1-카르복시-4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 4-(1-카르복시-4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 7-하이드록시-4-(1-카르복시-4-에틸-(2-하이드록시에틸)-아미노-1-메틸부틸아미노)퀴놀린; 8-[(4-아미노펜틸)아미노-6-메톡시디하이드로클로라이드 퀴놀린; 1-아세틸-1,2,3,4-테트라하이드로퀴놀린; 8-[(4-아미노펜틸)아미노]-6-메톡시퀴놀린 디하이드로클로라이드; 1-부티릴-1,2,3,4-테트라하이드로퀴놀린; 3-클로로-4-(4-하이드록시-알파,알파'-비스(2-메틸-1-피롤리디닐)-2,5-자일리디노퀴놀린, 4-[(4-디에틸-아미노)-1-메틸부틸-아미노]-6-메톡시퀴놀린; 3-플루오로-4-(4-하이드록시-알파,알파'-비스(2-메틸-1-피롤리디닐)-2,5-자일리디노퀴놀린, 4-[(4-디에틸아미노)-1-메틸부틸-아미노]-6-메톡시퀴놀린; 4-(4-하이드록시-알파,알파'-비스(2-메틸-1-피롤리디닐)-2,5-자일리디노퀴놀린; 4-[(4-디에틸아미노)-1-메틸부틸-아미노]-6-메톡시퀴놀린; 3,4-디하이드로-1-(2H)-퀴놀린카르복시알데하이드; 1,1'-펜타메틸렌 디퀴놀레이늄 디아이오다이드; 8-퀴놀리놀 설페이트 및 아미노, 알데하이드, 카르복실릭, 하이드록실, 할로겐, 케토, 설프하이드릴 및 비닐 유도체 또는 이의 유사체를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 문헌[Naisbitt et al (1997, J Pharmacol Exp Therapy 280:884-893)] 및 미국 특허 제5,736,557호에 기재된 소분자이다.
식 (I) 분자 -엔도솜 분해성 모이어티 접합체
일부 구현예에서, 하나 이상의 엔도솜 분해성 모이어티는 적어도 하나의 결합 모이어티, 적어도 하나의 폴리뉴클레오타이드, 적어도 하나의 중합체, 또는 이의 임의의 조합을 포함하는 분자에 접합된다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 식 (II)에 따라 접합된다:
(A-X-B-Y-Cc)-L-D
<식 II>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
X는 결합 또는 제1 링커이며;
Y는 결합 또는 제2 링커이고;
L은 결합 또는 제3 링커이며;
D는 엔도솜 분해성 모이어티이고;
c는 0 내지 1의 정수이며;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함하고; D는 A, B, 또는 C 상의 임의의 위치에 접합된다.
일부 구현예에서, A 및 C는 B의 동일한 말단에 부착되지 않는다.
일부 구현예에서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 잠금 핵산(LNA) 또는 에틸렌 핵산(ENA)을 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합은 포스포로티오에이트 결합 또는 포스포로디티오에이트 결합을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제1 폴리뉴클레오타이드에 혼성화된 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함하여, 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 변형을 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 RNA 분자이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 siRNA 분자이다. 일부 구현예에서, X, Y, 및 L은 독립적으로 결합 또는 비중합체성 링커 기이다. 일부 경우, A는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일쇄 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일-도메인 항체(sdAb), 또는 낙타과 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다. 일부 경우, C는 폴리에틸렌 글리콜이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 폴리펩타이드, 중합체, 지질, 또는 소분자를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 폴리펩타이드이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체이다. 다른 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 지질이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 소분자이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 INF7 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 멜리틴 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060을 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060으로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 표 62에 예시된 바와 같은 서열이다.
추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체, 예컨대, pH 반응성 엔도솜 분해성 중합체, 막 붕괴성 중합체, 폴리양이온 중합체, 폴리음이온 중합체, pH 반응성 막 붕괴성 중합체, 또는 이의 조합이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 p(알킬아크릴산) 중합체, p(부틸 아크릴레이트-co-메타크릴산) 중합체, p(스티렌-alt-말레익 무수물) 중합체, 피리딜디설파이드 아크릴레이트(PDSA) 중합체, 중합체-PEG 접합체, 중합체-세제 접합체, 또는 이의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 엔도솜 분해성 모이어티 접합체는 식 (IIa)에 따른다:
D-L-A-X-B-Y-Cc
<식 IIa>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
X는 결합 또는 제1 링커이며;
Y는 결합 또는 제2 링커이고;
L은 결합 또는 제3 링커이며;
D는 엔도솜 분해성 모이어티이고;
c는 1의 정수이며;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다.
일부 구현예에서, A 및 C는 B의 동일한 말단에 부착되지 않는다.
일부 구현예에서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 잠금 핵산(LNA) 또는 에틸렌 핵산(ENA)을 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합은 포스포로티오에이트 결합 또는 포스포로디티오에이트 결합을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제1 폴리뉴클레오타이드에 혼성화된 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함하여, 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 변형을 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 RNA 분자이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 siRNA 분자이다. 일부 구현예에서, X, Y, 및 L은 독립적으로 결합 또는 비중합체성 링커 기이다. 일부 경우, A는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일쇄 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일-도메인 항체(sdAb), 또는 낙타과 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다. 일부 경우, C는 폴리에틸렌 글리콜이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 폴리펩타이드, 중합체, 지질, 또는 소분자를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 폴리펩타이드이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체이다. 다른 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 지질이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 소분자이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 INF7 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 멜리틴 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060을 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060으로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 표 62에 예시된 바와 같은 서열이다.
추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체, 예컨대, pH 반응성 엔도솜 분해성 중합체, 막 붕괴성 중합체, 폴리양이온 중합체, 폴리음이온 중합체, pH 반응성 막 붕괴성 중합체, 또는 이의 조합이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 p(알킬아크릴산) 중합체, p(부틸 아크릴레이트-co-메타크릴산) 중합체, p(스티렌-alt-말레익 무수물) 중합체, 피리딜디설파이드 아크릴레이트(PDSA) 중합체, 중합체-PEG 접합체, 중합체-세제 접합체, 또는 이의 조합을 포함한다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티 접합체는 식 (IIb)에 따른다:
A-X-B-L-D
<식 IIb>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
X는 결합 또는 제1 링커이고;
L은 결합 또는 제3 링커이며;
D는 엔도솜 분해성 모이어티이고;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다.
일부 구현예에서, A 및 C는 B의 동일한 말단에 부착되지 않는다.
일부 구현예에서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 잠금 핵산(LNA) 또는 에틸렌 핵산(ENA)을 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합은 포스포로티오에이트 결합 또는 포스포로디티오에이트 결합을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제1 폴리뉴클레오타이드에 혼성화된 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함하여, 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 변형을 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 RNA 분자이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 siRNA 분자이다. 일부 구현예에서, X 및 L은 독립적으로 결합 또는 비중합체성 링커 기이다. 일부 경우, A는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일쇄 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일-도메인 항체(sdAb), 또는 낙타과 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다. 일부 경우, C는 폴리에틸렌 글리콜이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 폴리펩타이드, 중합체, 지질, 또는 소분자를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 폴리펩타이드이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체이다. 다른 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 지질이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 소분자이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 INF7 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 멜리틴 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060을 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060으로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 표 62에 예시된 바와 같은 서열이다.
추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체, 예컨대, pH 반응성 엔도솜 분해성 중합체, 막 붕괴성 중합체, 폴리양이온 중합체, 폴리음이온 중합체, pH 반응성 막 붕괴성 중합체, 또는 이의 조합이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 p(알킬아크릴산) 중합체, p(부틸 아크릴레이트-co-메타크릴산) 중합체, p(스티렌-alt-말레익 무수물) 중합체, 피리딜디설파이드 아크릴레이트(PDSA) 중합체, 중합체-PEG 접합체, 중합체-세제 접합체, 또는 이의 조합을 포함한다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티 접합체는 식 (IIc)에 따른다:
A-X-B-Y-Cc-L-D
<식 IIc>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
X는 결합 또는 제1 링커이며;
Y는 결합 또는 제2 링커이고;
L은 결합 또는 제3 링커이며;
D는 엔도솜 분해성 모이어티이고;
c는 1의 정수이며;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다.
일부 구현예에서, A 및 C는 B의 동일한 말단에 부착되지 않는다.
일부 구현예에서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 잠금 핵산(LNA) 또는 에틸렌 핵산(ENA)을 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합은 포스포로티오에이트 결합 또는 포스포로디티오에이트 결합을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제1 폴리뉴클레오타이드에 혼성화된 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함하여, 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 변형을 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 RNA 분자이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 siRNA 분자이다. 일부 구현예에서, X, Y, 및 L은 독립적으로 결합 또는 비중합체성 링커 기이다. 일부 경우, A는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일쇄 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일-도메인 항체(sdAb), 또는 낙타과 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다. 일부 경우, C는 폴리에틸렌 글리콜이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 폴리펩타이드, 중합체, 지질, 또는 소분자를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 폴리펩타이드이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체이다. 다른 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 지질이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 소분자이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 INF7 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 멜리틴 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060을 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060으로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 표 62에 예시된 바와 같은 서열이다.
추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체, 예컨대, pH 반응성 엔도솜 분해성 중합체, 막 붕괴성 중합체, 폴리양이온 중합체, 폴리음이온 중합체, pH 반응성 막 붕괴성 중합체, 또는 이의 조합이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 p(알킬아크릴산) 중합체, p(부틸 아크릴레이트-co-메타크릴산) 중합체, p(스티렌-alt-말레익 무수물) 중합체, 피리딜디설파이드 아크릴레이트(PDSA) 중합체, 중합체-PEG 접합체, 중합체-세제 접합체, 또는 이의 조합을 포함한다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티 접합체는 식 (IId)에 따른다:
A-L-D-X-B-Y-Cc
<식 IId>
상기 식에서,
A는 결합 모이어티이고;
B는 폴리뉴클레오타이드이며;
C는 중합체이고;
X는 결합 또는 제1 링커이며;
Y는 결합 또는 제2 링커이고;
L은 결합 또는 제3 링커이며;
D는 엔도솜 분해성 모이어티이고;
c는 1의 정수이며;
폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함한다.
일부 구현예에서, A 및 C는 B의 동일한 말단에 부착되지 않는다.
일부 구현예에서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 잠금 핵산(LNA) 또는 에틸렌 핵산(ENA)을 포함한다. 일부 경우, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합은 포스포로티오에이트 결합 또는 포스포로디티오에이트 결합을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제1 폴리뉴클레오타이드에 혼성화된 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함하여, 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성한다. 일부 경우, 제2 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 변형을 포함한다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 RNA 분자이다. 일부 경우, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 siRNA 분자이다. 일부 구현예에서, X, Y, 및 L은 독립적으로 결합 또는 비중합체성 링커 기이다. 일부 경우, A는 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일쇄 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일-도메인 항체(sdAb), 또는 낙타과 항체 또는 그의 결합 단편을 포함한다. 일부 경우, C는 폴리에틸렌 글리콜이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 폴리펩타이드, 중합체, 지질, 또는 소분자를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 폴리펩타이드이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체이다. 다른 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 지질이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 소분자이다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 INF7 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2055로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 멜리틴 또는 그의 유도체이다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060을 포함한다. 일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 서열 번호 2060으로 구성된다.
일부 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 표 62에 예시된 바와 같은 서열이다.
추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 엔도솜 분해성 중합체, 예컨대, pH 반응성 엔도솜 분해성 중합체, 막 붕괴성 중합체, 폴리양이온 중합체, 폴리음이온 중합체, pH 반응성 막 붕괴성 중합체, 또는 이의 조합이다. 추가의 경우, 엔도솜 분해성 모이어티는 p(알킬아크릴산) 중합체, p(부틸 아크릴레이트-co-메타크릴산) 중합체, p(스티렌-alt-말레익 무수물) 중합체, 피리딜디설파이드 아크릴레이트(PDSA) 중합체, 중합체-PEG 접합체, 중합체-세제 접합체, 또는 이의 조합을 포함한다.
링커
일부 구현예에서, 본원에 기재된 링커는 절단가능한 링커 또는 비절단가능한 링커이다. 일부 경우, 링커는 절단가능한 링커이다. 일부 경우, 링커는 산 절단가능한 링커이다. 일부 경우, 링커는 비절단가능한 링커이다. 일부 경우, 링커는 C1-C6 알킬 기(예컨대, C5, C4, C3, C2, 또는 C1 알킬 기)를 포함한다. 일부 경우, 링커는 동종이작용성 교차 링커, 이종이작용성 교차 링커 등을 포함한다. 일부 경우, 링커는 흔적없는(traceless) 링커(또는 제로-길이 링커)이다. 일부 경우, 링커는 비중합체성 링커이다. 일부 경우, 링커는 비펩타이드 링커 또는 아미노산 잔기를 함유하지 않는 링커이다.
일부 경우, 링커는 동종이작용성 링커를 포함한다. 예시적인 동종이작용성 링커는, 비제한적으로, 로만트(Lomant) 시약 디티오비스(석신이미딜프로피오네이트) DSP, 3'3'-디티오비스(설포석신이미딜 프로피오네이트(DTSSP), 디석신이미딜 수베레이트(DSS), 비스(설포석신이미딜)수베레이트(BS), 디석신이미딜 타르트레이트(DST), 디설포석신이미딜 타르트레이트(설포 DST), 에틸렌 글리코비스(석신이미딜석시네이트)(EGS), 디석신이미딜 글루타레이트(DSG), N,N'-디석신이미딜 카보네이트(DSC), 디메틸 아디피미데이트(DMA), 디메틸 피멜리미데이트(DMP), 디메틸 수베르이미데이트(DMS), 디메틸-3,3'-디티오비스프로피온이미데이트(DTBP), 1,4-디-3'-(2'-피리딜디티오)프로피온아미도)부탄(DPDPB), 비스말레이미도헥산(BMH), 아릴 할로겐화물 함유 화합물(DFDNB), 예컨대 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠 또는 1,3-디플루오로-4,6-디니트로벤젠, 4,4'-디플루오로-3,3'-디니트로페닐설폰(DFDNPS), 비스-[β-(4-아지도살리실아미도)에틸]디설파이드(BASED), 포름알데하이드, 글루타르알데하이드, 1,4-부탄디올 디글리시딜 에테르, 아디프산 디하이드라지드, 카르보하이드라지드, o-톨루이딘, 3,3'-디메틸벤지딘, 벤지딘, α,α'-p-디아미노디페닐, 디아이오도-p-자일렌 설폰산, N,N'-에틸렌-비스(아이오도아세트아미드), 또는 N,N'-헥사메틸렌-비스(아이오도아세트아미드)를 포함한다.
일부 구현예에서, 링커는 이종이작용성 링커를 포함한다. 예시적인 이종이작용성 링커는, 비제한적으로, 아민-반응성 및 설프하이드릴 교차-링커, 예컨대 N-석신이미딜 3-(2-피리딜디티오)프로피오네이트(sPDP), 장쇄 N-석신이미딜 3-(2-피리딜디티오)프로피오네이트(LC-sPDP), 수용성-장쇄 N-석신이미딜 3-(2-피리딜디티오) 프로피오네이트(설포-LC-sPDP), 석신이미딜옥시카르보닐-α-메틸-α-(2-피리딜디티오)톨루엔(sMPT), 설포석신이미딜-6-[α-메틸-α-(2-피리딜디티오)톨루아미도]헥사노에이트(설포-LC-sMPT), 석신이미딜-4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카르복실레이트(sMCC), 설포석신이미딜-4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카르복실레이트(설포-sMCC), m-말레이미도벤조일-N-하이드록시석신이미드 에스테르(MBs), m-말레이미도벤조일-N-하이드록시설포석신이미드 에스테르(설포-MBs), N-석신이미딜(4-아이오도아세틸)아미노벤조에이트(sIAB), 설포석신이미딜(4-아이오도아세틸)아미노벤조에이트(설포-sIAB), 석신이미딜-4-(p-말레이미도페닐)부티레이트(sMPB), 설포석신이미딜-4-(p-말레이미도페닐)부티레이트(설포-sMPB), N-(γ-말레이미도부티릴옥시)석신이미드 에스테르(GMBs), N-(γ-말레이미도부티릴옥시)설포석신이미드 에스테르(설포-GMBs), 석신이미딜 6-((아이오도아세틸)아미노)헥사노에이트(sIAX), 석신이미딜 6-[6-(((아이오도아세틸)아미노)헥사노일)아미노]헥사노에이트(sIAXX), 석신이미딜 4-(((아이오도아세틸)아미노)메틸)사이클로헥산-1-카르복실레이트(sIAC), 석신이미딜 6-((((4-아이오도아세틸)아미노)메틸)사이클로헥산-1-카르보닐)아미노) 헥사노에이트(sIACX), p-니트로페닐 아이오도아세테이트(NPIA), 카르보닐-반응성 및 설프하이드릴-반응성 교차-링커, 예컨대 4-(4-N-말레이미도페닐)부티르산 하이드라지드(MPBH), 4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카르복실-하이드라지드-8(M2C2H), 3-(2-피리딜디티오)프로피오닐 하이드라지드(PDPH), 아민-반응성 및 광반응성 교차-링커, 예컨대 N-하이드록시석신이미딜-4-아지도살리실산(NHs-AsA), N-하이드록시설포석신이미딜-4-아지도살리실산(설포-NHs-AsA), 설포석신이미딜-(4-아지도살리실아미도)헥사노에이트(설포-NHs-LC-AsA), 설포석신이미딜-2-(ρ-아지도살리실아미도)에틸-1,3'-디티오프로피오네이트(sAsD), N-하이드록시석신이미딜-4-아지도벤조에이트(HsAB), N-하이드록시설포석신이미딜-4-아지도벤조에이트(설포-HsAB), N-석신이미딜-6-(4'-아지도-2'-니트로페닐아미노)헥사노에이트(sANPAH), 설포석신이미딜-6-(4'-아지도-2'-니트로페닐아미노)헥사노에이트(설포-sANPAH), N-5-아지도-2-니트로벤조일옥시석신이미드(ANB-NOs), 설포석신이미딜-2-(m-아지도-o-니트로벤즈아미도)-에틸-1,3'-디티오프로피오네이트(sAND), N-석신이미딜-4(4-아지도페닐)1,3'-디티오프로피오네이트(sADP), N-설포석신이미딜(4-아지도페닐)-1,3'-디티오프로피오네이트(설포-sADP), 설포석신이미딜 4-(ρ-아지도페닐)부티레이트(설포-sAPB), 설포석신이미딜 2-(7-아지도-4-메틸쿠마린-3-아세트아미드)에틸-1,3'-디티오프로피오네이트(sAED), 설포석신이미딜 7-아지도-4-메틸쿠마린-3-아세테이트(설포-sAMCA), ρ-니트로페닐 디아조피루베이트(ρNPDP), ρ-니트로페닐-2-디아조-3,3,3-트리플루오로프로피오네이트(PNP-DTP), 설프하이드릴-반응성 및 광반응성 교차-링커, 예컨대 1-(ρ-아지도살리실아미도)-4-(아이오도아세트아미도)부탄(AsIB), N-[4-(ρ-아지도살리실아미도)부틸]-3'-(2'-피리딜디티오)프로피온아미드(APDP), 벤조페논-4-아이오도아세트아미드, 벤조페논-4-말레이미드 카르보닐-반응성 및 광반응성 교차-링커, 예컨대 ρ-아지도벤조일 하이드라지드(ABH), 카르복실레이트-반응성 및 광반응성 교차-링커, 예컨대 4-(ρ-아지도살리실아미도)부틸아민(AsBA), 및 아르기닌-반응성 및 광반응성 교차-링커, 예컨대 ρ-아지도페닐 글리옥살(APG)을 포함한다.
일부 경우, 링커는 반응성 기능성 기를 포함한다. 일부 경우, 반응성 기능성 기는 결합 모이어티에 존재하는 친전자성 기에 반응성인 친핵성 기를 포함한다. 예시적인 친전자성 기는 카르보닐 기, 예컨대 알데하이드, 케톤, 카르복실산, 에스테르, 아미드, 에논, 아실 할로겐화물 또는 산 무수물을 포함한다. 일부 구현예에서, 반응성 기능성 기는 알데하이드이다. 예시적인 친핵성 기는 하이드라지드, 옥심, 아미노, 하이드라진, 티오세미카르바존, 하이드라진 카르복실레이트, 및 아릴하이드라지드를 포함한다.
일부 구현예에서, 링커는 말레이미드 기를 포함한다. 일부 경우, 말레이미드 기는 말레이미드 스페이서로도 지칭된다. 일부 경우, 말레이미드 기는 카프로산을 추가로 포함하여, 말레이미도카프로일(mc)을 형성한다. 일부 경우, 링커는 말레이미도카프로일(mc)을 포함한다. 일부 경우, 링커는 말레이미도카프로일(mc)이다. 다른 경우, 말레이미드 기는 말레이미도메틸 기, 예컨대 상기 기재된 석신이미딜-4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카르복실레이트(sMCC) 또는 설포석신이미딜-4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카르복실레이트(설포-sMCC)를 포함한다.
일부 구현예에서, 말레이미드 기는 자가 안정화 말레이미드이다. 일부 경우, 자가 안정화 말레이미드는 디아미노프로피온산(DPR)을 사용하여 말레이미드에 인접한 염기성 아미노 기를 도입하여 티오석신이미드 고리 가수분해의 분자내 촉매작용을 제공하고, 이에 의해 레트로-마이클(retro-Michael) 반응을 통한 제거 반응을 겪는 것으로부터 말레이미드를 제거한다. 일부 경우, 자가 안정화 말레이미드는 문헌[Lyon, et al., "Self-hydrolyzing maleimides improve the stability and pharmacological properties of antibody-drug conjugates," Nat. Biotechnol. 32(10):1059-1062 (2014)]에 기재된 말레이미드 기이다. 일부 경우, 링커는 자가 안정화 말레이미드를 포함한다. 일부 경우, 링커는 자가 안정화 말레이미드이다.
일부 구현예에서, 링커는 펩타이드 모이어티를 포함한다. 일부 경우, 펩타이드 모이어티는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8개 이상의 아미노산 잔기를 포함한다. 일부 경우, 펩타이드 모이어티는 절단가능한 펩타이드 모이어티(예컨대, 효소적으로 또는 화학적으로)이다. 일부 경우, 펩타이드 모이어티는 비절단가능한 펩타이드 모이어티이다. 일부 경우, 펩타이드 모이어티는 Val-Cit(발린-시트룰린), Gly-Gly-Phe-Gly(서열 번호 2111), Phe-Lys, Val-Lys, Gly-Phe-Lys, Phe-Phe-Lys, Ala-Lys, Val-Arg, Phe-Cit, Phe-Arg, Leu-Cit, Ile-Cit, Trp-Cit, Phe-Ala, Ala-Leu-Ala-Leu(서열 번호 2112), 또는 Gly-Phe-Leu-Gly(서열 번호 2113)를 포함한다. 일부 경우, 링커는 펩타이드 모이어티, 예컨대 Val-Cit(발린-시트룰린), Gly-Gly-Phe-Gly(서열 번호 2111), Phe-Lys, Val-Lys, Gly-Phe-Lys, Phe-Phe-Lys, Ala-Lys, Val-Arg, Phe-Cit, Phe-Arg, Leu-Cit, Ile-Cit, Trp-Cit, Phe-Ala, Ala-Leu-Ala-Leu(서열 번호 2112), 또는 Gly-Phe-Leu-Gly(서열 번호 2113)를 포함한다. 일부 경우, 링커는 Val-Cit를 포함한다. 일부 경우, 링커는 Val-Cit이다.
일부 구현예에서, 링커는 벤조산 기, 또는 그의 유도체를 포함한다. 일부 경우, 벤조산 기 또는 그의 유도체는 파라아미노벤조산(PABA)을 포함한다. 일부 경우, 벤조산 기 또는 그의 유도체는 감마-아미노부티르산(GABA)을 포함한다.
일부 구현예에서, 링커는 말레이미드 기, 펩타이드 모이어티, 및/또는 벤조산 기 중 하나 이상을 임의의 조합으로 포함한다. 일부 구현예에서, 링커는 말레이미드 기, 펩타이드 모이어티, 및/또는 벤조산 기의 조합을 포함한다. 일부 경우, 말레이미드 기는 말레이미도카프로일(mc)이다. 일부 경우, 펩타이드 그룹은 val-cit이다. 일부 경우, 벤조산 기는 PABA이다. 일부 경우, 링커는 mc-val-cit 그룹을 포함한다. 일부 경우, 링커는 val-cit-PABA 그룹을 포함한다. 추가의 경우, 링커는 mc-val-cit-PABA 그룹을 포함한다.
일부 구현예에서, 링커는 자가 희생 링커(self-immolative) 또는 자가 제거 링커이다. 일부 경우, 링커는 자가 희생 링커이다. 다른 경우, 링커는 자가 제거 링커(예컨대, 고리화 자가 제거 링커)이다. 일부 경우, 링커는 미국 특허 제9,089,614호 또는 PCT 공개 제WO2015038426호에 기재된 링커를 포함한다.
일부 구현예에서, 링커는 수지 유형(dendritic type) 링커이다. 일부 경우, 수지 유형 링커는 분지, 다기능성 링커 모이어티를 포함한다. 일부 경우, 수지 유형 링커는 폴리뉴클레오타이드 B 대 결합 모이어티 A의 몰비를 증가시키기 위해 사용된다. 일부 경우, 수지 유형 링커는 PAMAM 덴드리머를 포함한다.
일부 구현예에서, 링커는 흔적없는 링커 또는 절단 후 결합 모이어티 A, 폴리뉴클레오타이드 B, 중합체 C, 또는 엔도솜 분해성 모이어티 D에 링커 모이어티(예컨대, 원자 또는 링커 기)를 남기지 않는 링커이다. 예시적인 흔적없는 링커는, 비제한적으로, 게르마늄 링커, 규소 링커, 황 링커, 셀레늄 링커, 질소 링커, 인 링커, 붕소 링커, 크롬 링커, 또는 페닐하이드라지드 링커를 포함한다. 일부 경우, 링커는 문헌[Hejesen, et al., "A traceless aryl-triazene linker for DNA-directed chemistry," Org Biomol Chem 11(15): 2493-2497 (2013)]에 기재된 바와 같은 흔적없는 아릴-트리아젠 링커이다. 일부 경우, 링커는 문헌[Blaney, et al., "Traceless solid-phase organic synthesis," Chem . Rev. 102: 2607-2024 (2002)]에 기재된 흔적없는 링커이다. 일부 경우, 링커는 미국 특허 제6,821,783호에 기재된 바와 같은 흔적없는 링커이다.
일부 경우, 링커는 링커 및 접합 모이어티(예컨대, 본원에 기재된 A, B, C, 또는 D) 사이의 결합 부위에서 입체 방해를 가하는 기능성 기를 포함한다. 일부 경우, 입체 방해는 디설파이드 결합 주위의 입체 방해이다. 입체 방해를 나타내는 예시적인 링커는 이종이작용성 링커, 예컨대 상기 기재된 이종이작용성 링커를 포함한다. 일부 경우, 입체 방해를 나타내는 링커는 SMCC 및 SPDB를 포함한다.
일부 경우, 링커는 산 절단가능한 링커이다. 일부 경우, 산 절단가능한 링커는 가수분해 절단에 민감한 하이드라존 결합을 포함한다. 일부 경우, 산 절단가능한 링커는 티오말레암산 링커를 포함한다. 일부 경우, 산 절단가능한 링커는 문헌[Castaneda, et al, "Acid-cleavable thiomaleamic acid linker for homogeneous antibody-drug conjugation," Chem . Commun. 49: 8187-8189 (2013)]에 기재된 바와 같은 티오말레암산 링커이다.
일부 경우, 링커는 미국 특허 제6,884,869호; 제7,498,298호; 제8,288,352호; 제8,609,105호; 또는 제8,697,688호; 미국 특허 공개 제2014/0127239호; 제2013/028919호; 제2014/286970호; 제2013/0309256호; 제2015/037360호; 또는 제2014/0294851호; 또는 PCT 공개 제WO2015057699호; 제WO2014080251호; 제WO2014197854호; 제WO2014145090호; 또는 제WO2014177042호에 기재된 링커이다
일부 구현예에서, X, Y, 및 L은 독립적으로 결합 또는 링커이다. 일부 경우, X, Y, 및 L은 독립적으로 결합이다. 일부 경우, X, Y, 및 L은 독립적으로 링커이다.
일부 경우, X는 결합 또는 링커이다. 일부 경우, X는 결합이다. 일부 경우, X는 링커이다. 일부 경우, 링커는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 경우, X는 C1-C6 알킬 기, 예컨대, C5, C4, C3, C2, 또는 C1 알킬 기이다. 일부 경우, C1-C6 알킬 기는 비치환된 C1-C6 알킬 기이다. 링커의 맥락에서, 그리고 특히 X의 맥락에서 사용된 바와 같이, 알킬은 최대 6개의 탄소 원자를 함유하는 포화된 직선형 또는 분지형 탄화수소 라디칼을 의미한다. 일부 경우, X는 비중합체성 링커이다. 일부 경우, X는 상기 기재된 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커를 포함한다. 일부 경우, X는 이종이작용성 링커를 포함한다. 일부 경우, X는 sMCC를 포함한다. 다른 경우, X는 C1-C6 알킬 기에 임의로 접합된 이종이작용성 링커를 포함한다. 다른 경우, X는 C1-C6 알킬 기에 임의로 접합된 sMCC를 포함한다. 추가의 경우, X는 상기 기재된 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커를 포함하지 않는다.
일부 경우, Y는 결합 또는 링커이다. 일부 경우, Y는 결합이다. 다른 경우, Y는 링커이다. 일부 구현예에서, Y는 C1-C6 알킬 기이다. 일부 경우, Y는 상기 기재된 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 경우, Y는 상기 기재된 동종이작용성 링커이다. 일부 경우, Y는 상기 기재된 이종이작용성 링커이다. 일부 경우, Y는 말레이미드 기, 예컨대 상기 기재된 말레이미도카프로일(mc) 또는 자가 안정화 말레이미드 기를 포함한다. 일부 경우, Y는 펩타이드 모이어티, 예컨대 Val-Cit를 포함한다. 일부 경우, Y는 벤조산 기, 예컨대 PABA를 포함한다. 추가의 경우, Y는 말레이미드 기, 펩타이드 모이어티, 및/또는 벤조산 기의 조합을 포함한다. 추가의 경우, Y는 mc 그룹을 포함한다. 추가의 경우, Y는 mc-val-cit 그룹을 포함한다. 추가의 경우, Y는 val-cit-PABA 그룹을 포함한다. 추가의 경우, Y는 mc-val-cit-PABA 그룹을 포함한다.
일부 경우, L은 결합 또는 링커이다. 일부 경우, L은 결합이다. 다른 경우, L은 링커이다. 일부 구현예에서, L은 C1-C6 알킬 기이다. 일부 경우, L은 상기 기재된 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커이다. 일부 경우, L은 상기 기재된 동종이작용성 링커이다. 일부 경우, L은 상기 기재된 이종이작용성 링커이다. 일부 경우, L은 말레이미드 기, 예컨대 상기 기재된 말레이미도카프로일(mc) 또는 자가 안정화 말레이미드 기를 포함한다. 일부 경우, L은 펩타이드 모이어티, 예컨대 Val-Cit를 포함한다. 일부 경우, L은 벤조산 기, 예컨대 PABA를 포함한다. 추가의 경우, L은 말레이미드 기, 펩타이드 모이어티, 및/또는 벤조산 기의 조합을 포함한다. 추가의 경우, L은 mc 그룹을 포함한다. 추가의 경우, L은 mc-val-cit 그룹을 포함한다. 추가의 경우, L은 val-cit-PABA 그룹을 포함한다. 추가의 경우, L은 mc-val-cit-PABA 그룹을 포함한다.
사용 방법
일부 구현예에서, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 질환 또는 장애의 치료에 사용된다. 일부 경우, 질환 또는 장애는 암이다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 질환 또는 장애의 치료를 위한 면역요법으로서 사용된다. 일부 경우, 면역요법은 면역 항암 요법이다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 암의 치료에 사용된다. 일부 경우, 암은 고형 종양이다. 일부 경우, 암은 혈액암이다. 일부 경우, 암은 재발성 또는 불응성 암, 또는 전이성 암이다. 일부 경우, 고형 종양은 재발성 또는 불응성 고형 종양, 또는 전이성 고형 종양이다. 일부 경우, 혈액암은 재발성 또는 불응성 혈액암, 또는 전이성 혈액암이다.
일부 구현예에서, 암은 고형 종양이다. 예시적인 고형 종양은, 비제한적으로, 항문암, 맹장암, 담관암(즉, 담관암종), 방광암, 뇌종양, 유방암, 자궁경부암, 결장암, 원발부위 불명암(cancer of Unknown Primary(CUP)), 식도암, 안구암, 난관암, 소화기암, 신장암, 간암, 폐암, 수모세포종, 흑색종, 경구암, 난소암, 췌장암, 부갑상선 질환, 음경암, 뇌하수체 종양, 전립선암, 직장암, 피부암, 위암, 고환암, 인후암, 갑상선암, 자궁암, 질암, 또는 외음부암을 포함한다.
일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 고형 종양의 치료에 사용된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 항문암, 맹장암, 담관암(즉, 담관암종), 방광암, 뇌종양, 유방암, 자궁경부암, 결장암, 원발부위 불명암(CUP), 식도암, 안구암, 난관암, 소화기암, 신장암, 간암, 폐암, 수모세포종, 흑색종, 경구암, 난소암, 췌장암, 부갑상선 질환, 음경암, 뇌하수체 종양, 전립선암, 직장암, 피부암, 위암, 고환암, 인후암, 갑상선암, 자궁암, 질암, 또는 외음부암의 치료에 사용된다. 일부 경우, 고형 종양은 재발성 또는 불응성 고형 종양, 또는 전이성 고형 종양이다.
일부 경우, 암은 혈액암이다. 일부 경우, 혈액암은 백혈병, 림프종, 골수종, 비호지킨 림프종, 또는 호지킨 림프종이다. 일부 경우, 혈액암은 만성 림프모구 백혈병(CLL), 작은 림프모구 림프종(SLL), 고위험 CLL, 비-CLL/SLL 림프종, 전림프모구 백혈병(PLL), 소포성 림프종(FL), 미만성 거대 B-세포 림프종(DLBCL), 맨틀 세포 림프종(MCL), 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 다발성 골수종, 림프절외 변연부 B 세포 림프종, 림프절 변연부 B 세포 림프종, 버킷 림프종, 비-버킷 림프종 고등급 B 세포 림프종, 원발성 종격동 B-세포 림프종(PMBL), 면역모세포성 거대 세포 림프종, 전구체 B-림프모구 림프종, B 세포 전림프모구 백혈병, 림프형질세포성 림프종, 비장 변연부 림프종, 혈장 세포 골수종, 혈장세포종, 종격동(thymic) 거대 B 세포 림프종, 혈관내 거대 B 세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 또는 림프종모양 육아종증이다.
일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 혈액암의 치료에 사용된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 백혈병, 림프종, 골수종, 비호지킨 림프종, 또는 호지킨 림프종의 치료에 사용된다. 일부 경우, 혈액암은 만성 림프모구 백혈병(CLL), 작은 림프모구 림프종(SLL), 고위험 CLL, 비-CLL/SLL 림프종, 전림프모구 백혈병(PLL), 소포성 림프종(FL), 미만성 거대 B-세포 림프종(DLBCL), 맨틀 세포 림프종(MCL), 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 다발성 골수종, 림프절외 변연부 B 세포 림프종, 림프절 변연부 B 세포 림프종, 버킷 림프종, 비-버킷 고등급 B 세포 림프종, 원발성 종격동 B-세포 림프종(PMBL), 면역모세포성 거대 세포 림프종, 전구체 B-림프모구 림프종, B 세포 전림프모구 백혈병, 림프형질세포성 림프종, 비장 변연부 림프종, 혈장 세포 골수종, 혈장세포종, 종격동(흉선) 거대 B 세포 림프종, 혈관내 거대 B 세포 림프종, 원발성 삼출 림프종, 또는 림프종모양 육아종증의 치료에 사용된다. 일부 경우, 혈액암은 재발성 또는 불응성 혈액암, 또는 전이성 혈액암이다.
일부 경우, 암은 KRAS 관련 암, EGFR 관련 암, AR 관련 암, HPRT1 관련 암, 또는 β-카테닌 관련 암이다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 KRAS 관련 암, EGFR 관련 암, AR 관련 암, HPRT1 관련 암, 또는 β-카테닌 관련 암의 치료에 사용된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 KRAS 관련 암의 치료에 사용된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 EGFR 관련 암의 치료에 사용된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 AR 관련 암의 치료에 사용된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 HPRT1 관련 암의 치료에 사용된다. 일부 경우, 폴리핵산 분자 및 중합체에 접합된 결합 모이어티를 포함하는 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 β-카테닌 관련 암의 치료에 사용된다. 일부 경우, 암은 고형 종양이다. 일부 경우, 암은 혈액암이다. 일부 경우, 고형 종양은 재발성 또는 불응성 고형 종양, 또는 전이성 고형 종양이다. 일부 경우, 혈액암은 재발성 또는 불응성 혈액암, 또는 전이성 혈액암이다. 일부 경우, 암은 방광암, 유방암, 결장직장암, 자궁내막암, 식도암, 다형성 교아종, 두경부암, 신장암, 폐암, 난소암, 췌장암, 전립선암, 갑상선암, 급성 골수성 백혈병, CLL, DLBCL, 또는 다발성 골수종을 포함한다. 일부 경우, β-카테닌 관련 암은 PIK3C 관련 암 및/또는 MYC 관련 암을 추가로 포함한다.
면역요법
일부 구현예에서, 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 질환 또는 장애의 치료를 위한 면역요법으로서 사용된다. 일부 경우, 면역요법은 면역 항암 요법이다. 일부 경우, 면역 항암 요법은 능동, 수동, 또는 조합(능동 및 수동) 방법으로 분류된다. 능동 면역 항암 요법 방법에서, 예를 들어, 종양 관련 항원(TAA)이 면역 시스템에 제공되어 이들 TAA를 제시하는 암세포에 대한 공격을 촉발한다. 일부 경우, 능동 면역-항암 요법 방법은 종양 표적화제 및/또는 면역 표적화제(예컨대, 단클론 항체와 같은 체크포인트 억제제), 및/또는 백신, 예컨대 원위치 백신접종(in situ vaccination) 및/또는 세포 기반 또는 비세포 기반(예컨대, 수지상 세포 기반, 종양 세포 기반, 항원, 항-이디오타입(anti-idiotype), DNA, 또는 벡터-기반) 백신을 포함한다. 일부 경우, 세포 기반 백신은 환자 자신의 면역 시스템에서 수득된 다음 환자 자신의 암에 의해 활성화된, 활성화된 면역 세포를 사용하여 생성된 백신이다. 일부 경우, 능동 면역-항암 요법은 비특이적 능동 면역요법 및 특이적 능동 면역요법으로 더 세분화된다. 일부 경우, 비특이적 능동 면역요법은 일반 면역 시스템 반응을 유도하기 위해 사이토카인 및/또는 다른 세포 신호전달 성분을 이용한다. 일부 경우, 특이적 능동 면역요법은 면역 반응을 유발하기 위해 특이적 TAA를 이용한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료를 위한 능동 면역 항암 요법 방법으로서 사용된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 종양 표적화제를 포함한다. 일부 경우, 종양 표적화제는 결합 모이어티 A에 포함된다. 다른 경우, 종양 표적화제는 식 (I)의 분자와 조합하여 사용되는 추가의 제제이다. 일부 경우, 종양 표적화제는 종양 지향 폴리펩타이드(예컨대, 종양 지향 항체)이다. 일부 경우, 종양 표적화제는 직접 사멸(예컨대, 신호전달 유도 세포자멸사), 보체 의존적 세포독성(CDC), 및/또는 항체 의존적 세포 매개 세포독성(ADCC)과 같은 기전을 통해 그의 항종양 활성을 발휘하는 종양 지향 항체이다. 추가의 경우, 종양 표적화제는 항종양 T 세포의 유도와 함께, 후천적 면역 반응을 유발한다.
일부 구현예에서, 결합 모이어티 A는 종양 지향 폴리펩타이드(예컨대, 종양 지향 항체)이다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 직접 사멸(예컨대, 신호전달 유도 세포자멸사), 보체 의존적 세포독성(CDC), 및/또는 항체 의존적 세포 매개 세포독성(ADCC)과 같은 기전을 통해 그의 항종양 활성을 발휘하는 종양 지향 항체이다. 추가의 경우, 결합 모이어티 A는 항종양 T 세포의 유도와 함께, 후천적 면역 반응을 유발한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 면역 표적화제를 포함한다. 일부 경우, 면역 표적화제는 결합 모이어티 A에 포함된다. 다른 경우, 면역 표적화제는 식 (I)의 분자와 조합하여 사용되는 추가의 제제이다. 일부 경우, 면역 표적화제는 사이토카인, 체크포인트 억제제, 또는 이의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 면역 표적화제는 체크포인트 억제제이다. 일부 경우, 면역 체크포인트 분자는 CD4 및/또는 CD8 T 세포의 세포 표면 상에 제시된 분자이다. 예시적인 면역 체크포인트 분자는, 비제한적으로, 프로그램된 사멸-리간드 1(B7-H1, CD274로도 알려진 PD-L1), 프로그램된 사멸 1(PD-1), CTLA-4, B7H1, B7H4, OX- 40, CD137, CD40, 2B4, IDO1, IDO2, VISTA, CD27, CD28, PD-L2(B7-DC, CD273), LAG3, CD80, CD86, PDL2, B7H3, HVEM, BTLA, KIR, GAL9, TIM3, A2aR, MARCO(콜라겐성 구조를 갖는 대식세포 수용체), PS(포스파티딜세린), ICOS(유도성 T 세포 공동자극자), HAVCR2, CD276, VTCN1, CD70, 및 CD160을 포함한다.
일부 경우, 면역 체크포인트 억제제는 면역 체크포인트 분자의 활성을 조절하거나 억제하는 임의의 분자를 지칭한다. 일부 경우, 면역 체크포인트 억제제는 항체, 항체-유도체(예컨대, Fab 단편, scFv, 미니바디, 디아바디), 안티센스 올리고뉴클레오타이드, siRNA, 앱타머, 또는 펩타이드를 포함한다. 일부 구현예에서, 면역 체크포인트 억제제는 프로그램된 사멸-리간드 1(B7-H1, CD274로도 알려진 PD-L1), 프로그램된 사멸 1(PD-1), CTLA-4, PD-L2(B7-DC, CD273), LAG3, TIM3, 2B4, A2aR, B7H1, B7H3, B7H4, BTLA, CD2, CD27, CD28, CD30, CD40, CD70, CD80, CD86, CD137,CD160, CD226, CD276, DR3, GAL9, GITR, HAVCR2, HVEM, IDO1, IDO2, ICOS(유도성 T 세포 공동자극자), KIR, LAIR1, LIGHT, MARCO(콜라겐성 구조를 갖는 대식세포 수용체), PS(포스파티딜세린), OX- 40, SLAM, TIGHT, VISTA, VTCN1, 또는 이의 임의의 조합의 억제제이다.
일부 구현예에서, 예시적인 체크포인트 억제제는 하기를 포함한다:
PD-L1 억제제, 예컨대 Genentech의 MPDL3280A(RG7446), BioXcell의 항-마우스 PD-L1 항체 클론 10F.9G2(Cat # BE0101), Bristol-Meyer's Squibb의 항-PD-L1 단클론 항체 MDX-1105(BMS-936559) 및 BMS-935559, MSB0010718C, 마우스 항-PD-L1 클론 29E.2A3, 및 AstraZeneca의 MEDI4736;
PD-L2 억제제, 예컨대 GlaxoSmithKline의 AMP-224(Amplimmune), 및 rHIgM12B7;
PD-1 억제제, 예컨대 BioXcell의 항-마우스 PD-1 항체 클론 J43(Cat # BE0033-2), BioXcell의 항-마우스 PD-1 항체 클론 RMP1-14(Cat # BE0146), 마우스 항-PD-1 항체 클론 EH12, Merck의 MK-3475 항-마우스 PD-1 항체(Keytruda, 펨브롤리주맙, 람브롤리주맙), ANB011로 알려진 AnaptysBio의 항-PD-1 항체, 항체 MDX-1 106(ONO-4538), Bristol-Myers Squibb의 인간 IgG4 단클론 항체 니볼루맙(Opdivo®, BMS-936558, MDX1106), AstraZeneca의 AMP-514 및 AMP-224, 및 CureTech사의 피딜리주맙(CT-011);
CTLA-4 억제제, 예컨대 Bristol Meyers Squibb의 항-CTLA-4 항체 이필리무맙(Yervoy®, MDX-010, BMS-734016 및 MDX-101로도 알려짐), 항-CTLA4 항체, Millipore의 클론 9H10, Pfizer의 트레멜리무맙(CP-675,206, 티실리무맙), 및 Abcam의 항-CTLA4 항체 클론 BNI3;
LAG3 억제제, 예컨대 eBioscience의 항-Lag-3 항체 클론 eBioC9B7W(C9B7W), LifeSpan Biosciences의 항-Lag3 항체 LS-B2237, Immutep의 IMP321(ImmuFact), 항-Lag3 항체 BMS-986016, 및 LAG-3 키메라 항체 A9H12;
B7-H3 억제제, 예컨대 MGA271;
KIR 억제제, 예컨대 리릴루맙(IPH2101);
CD137(41BB) 억제제, 예컨대 우레루맙(BMS-663513, Bristol-Myers Squibb), PF-05082566(항-4-1BB, PF-2566, Pfizer), 또는 XmAb-5592(Xencor);
PS 억제제, 예컨대 바비툭시맙;
및 억제제, 예컨대 항체 또는 그의 단편(예컨대, 단클론 항체, 인간, 인간화, 또는 키메라 항체), RNAi 분자, 또는 TIM3, CD52, CD30, CD20, CD33, CD27, OX40(CD134), GITR, ICOS, BTLA(CD272), CD160, 2B4, LAIR1, TIGHT, LIGHT, DR3, CD226, CD2, 또는 SLAM에 대한 소분자.
일부 구현예에서, 면역 체크포인트 억제제를 포함하는 결합 모이어티 A는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 결합 모이어티 A는 면역 체크포인트 억제제를 포함하는 이중특이적 항체 또는 그의 결합 단편이다. 일부 경우, 프로그램된 사멸-리간드 1(B7-H1, CD274로도 알려진 PD-L1), 프로그램된 사멸 1(PD-1), CTLA-4, PD-L2(B7-DC, CD273), LAG3, TIM3, 2B4, A2aR, B7H1, B7H3, B7H4, BTLA, CD2, CD27, CD28, CD30, CD40, CD70, CD80, CD86, CD137,CD160, CD226, CD276, DR3, GAL9, GITR, HAVCR2, HVEM, IDO1, IDO2, ICOS(유도성 T 세포 공동자극자), KIR, LAIR1, LIGHT, MARCO(콜라겐성 구조를 갖는 대식세포 수용체), PS(포스파티딜세린), OX-40, SLAM, TIGHT, VISTA, VTCN1, 또는 이의 임의의 조합의 억제제를 포함하는 결합 모이어티 A는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다.
일부 구현예에서, 면역 체크포인트 억제제와 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 면역 체크포인트 억제제는 프로그램된 사멸-리간드 1(B7-H1, CD274로도 알려진 PD-L1), 프로그램된 사멸 1(PD-1), CTLA-4, PD-L2(B7-DC, CD273), LAG3, TIM3, 2B4, A2aR, B7H1, B7H3, B7H4, BTLA, CD2, CD27, CD28, CD30, CD40, CD70, CD80, CD86, CD137, CD160, CD226, CD276, DR3, GAL9, GITR, HAVCR2, HVEM, IDO1, IDO2, ICOS(유도성 T 세포 공동자극자), KIR, LAIR1, LIGHT, MARCO(콜라겐성 구조를 갖는 대식세포 수용체), PS(포스파티딜세린), OX- 40, SLAM, TIGHT, VISTA, VTCN1, 또는 이의 임의의 조합의 억제제를 포함한다. 일부 경우, 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료를 위해, 이필리무맙, 트레멜리무맙, 니볼루맙, 펨롤리주맙, 피딜리주맙, MPDL3280A, MEDI4736, MSB0010718C, MK-3475, 또는 BMS-936559과 조합하여 사용된다.
일부 구현예에서, 면역 표적화제는 사이토카인이다. 일부 경우, 사이토카인은 케모카인, 인터페론, 인터루킨, 및 종양 괴사 인자로 더 세분화된다. 일부 구현예에서, 케모카인은 세포의 이동을 가이드하는 화학유인물질로서의 역할을 하며, 4개의 하위패밀리 CXC, CC, CX3C, 및 XC로 분류된다. 예시적인 케모카인은 CC 서브패밀리: CCL1, CCL2(MCP-1), CCL3, CCL4, CCL5(RANTES), CCL6, CCL7, CCL8, CCL9(또는 CCL10), CCL11, CCL12, CCL13, CCL14, CCL15, CCL16, CCL17, CCL18, CCL19, CCL20, CCL21, CCL22, CCL23, CCL24, CCL25, CCL26, CCL27, 및 CCL28; CXC 서브패밀리: CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL4, CXCL5, CXCL6, CXCL7, CXCL8, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CXCL12, CXCL13, CXCL14, CXCL15, CXCL16, 및 CXCL17; XC 서브패밀리: XCL1 및 XCL2; 및 CX3C 서브패밀리 CX3CL1로부터의 케모카인을 포함한다.
인터페론(IFN)은 인터페론 유형 I(예컨대 IFN-α, IFN-β, IFN-ε, IFN-κ, 및 IFN-ω), 인터페론 유형 II(예컨대 IFN-γ), 및 인터페론 유형 III을 포함한다. 일부 구현예에서, IFN-α는 IFNA1, IFNA2, IFNA4, IFNA5, IFNA6, IFNA7, IFNA8, IFNA10, IFNA13, IFNA14, IFNA16, IFNA17, 및 IFNA21을 포함하는 약 13개의 서브유형으로 추가로 분류된다.
인터루킨은 백혈구 또는 백혈구 세포에 의해 발현되고 T 및 B 림프구 및 조혈 세포의 발달 및 분화를 촉진한다. 예시적인 인터루킨은 IL-1, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8(CXCL8), IL-9, IL-10, IL-11, IL-12, IL-13, IL-14, IL-15, IL-16, IL-17, IL-18, IL-19, IL-20, IL-21, IL-22, IL-23, IL-24, IL-25, IL-26, IL-27, IL-28, IL-29, IL-30, IL-31, IL-32, IL-33, IL-35, 및 IL-36을 포함한다.
종양 괴사 인자(TNF)는 세포자멸사를 조절하는 사이토카인의 그룹이다. 일부 경우, TNF 패밀리 내에는, 비제한적으로, TNFα, 림프독소-알파(LT-알파), 림프독소-베타(LT-베타), T 세포 항원 gp39(CD40L), CD27L, CD30L, FASL, 4-1BBL, OX40L, 및 TNF-관련 세포자멸사 유도 리간드(TRAIL)를 포함하는 약 19개의 구성원이 있다.
일부 구현예에서, 사이토카인과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 케모카인과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 인터페론과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 인터루킨과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 종양 괴사 인자와 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, IL-1β, IL-2, IL-7, IL-8, IL-15, MCP-1(CCL2), MIP-1α, RANTES, MCP-3, MIP5, CCL19, CCL21, CXCL2, CXCL9, CXCL10, 또는 CXCL11과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 백신을 포함한다. 일부 경우, 백신은 원위치 백신접종이다. 일부 경우, 백신은 세포 기반 백신이다. 일부 경우, 백신은 비세포 기반 백신이다. 일부 경우, 수지상 세포 기반 백신과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 종양 세포 기반 백신과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 항원 백신과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 항-이디오타입 백신과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, DNA 백신과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 벡터 기반 백신과 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료를 위한 수동 면역 항암 요법 방법으로서 사용된다. 수동 방법은, 일부 경우, 암세포를 공격하기 위해 외인성으로 생성된 T 세포, 자연 살해(NK) T 세포, 및/또는 키메라 항원 수용체(CAR) T 세포와 같은 후천적 면역 시스템 성분을 이용한다.
일부 구현예에서, T-세포 기반 치료제와 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, T-세포 기반 치료제는 상기 기재된 CD 세포 표면 마커 중 하나 이상을 인식하는 활성화된 T-세포이다. 일부 경우, T-세포 기반 치료제는 CD2, CD3, CD4, CD5, CD8, CD27, CD28, CD80, CD134, CD137, CD152, CD154, CD160, CD200R, CD223, CD226, CD244, CD258, CD267, CD272, CD274, CD278, CD279, 또는 CD357 중 하나 이상을 인식하는 활성화된 T-세포제를 포함한다. 일부 경우, CD2, CD3, CD4, CD5, CD8, CD27, CD28, CD80, CD134, CD137, CD152, CD154, CD160, CD200R, CD223, CD226, CD244, CD258, CD267, CD272, CD274, CD278, CD279, 또는 CD357 중 하나 이상을 인식하는 활성화된 T-세포제와 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다.
일부 구현예에서, 자연 살해(NK) T 세포 기반 치료제와 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, NK 기반 치료제는 상기 기재된 CD 세포 표면 마커 중 하나 이상을 인식하는 활성화된 NK 제제이다. 일부 경우, NK 기반 치료제는 CD2, CD11a, CD11b, CD16, CD56, CD58, CD62L, CD85j, CD158a/b, CD158c, CD158e/f/k, CD158h/j, CD159a, CD162, CD226, CD314, CD335, CD337, CD244, 또는 CD319 중 하나 이상을 인식하는 활성화된 NK 제제이다. 일부 경우, CD2, CD11a, CD11b, CD16, CD56, CD58, CD62L, CD85j, CD158a/b, CD158c, CD158e/f/k, CD158h/j, CD159a, CD162, CD226, CD314, CD335, CD337, CD244, 또는 CD319 중 하나 이상을 인식하는 활성화된 NK 제제와 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다.
일부 구현예에서, CAR-T 세포 기반 치료제와 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다.
일부 구현예에서, 엔도솜 막을 불안정화시키는(또는 엔도솜-리소좀 막 트래피킹(trafficking)을 파괴하는) 추가의 제제와 조합된 식 (I)의 분자는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에 사용된다. 일부 경우, 추가의 제제는 항유사분열제를 포함한다. 예시적인 항유사분열제는, 비제한적으로, 파클리탁셀 및 도세탁셀과 같은 탁산; 빈블라스틴, 빈크리스틴, 빈데신, 및 비노렐빈과 같은 빈카 알칼로이드; 카바지탁셀; 콜키신; 에리불린; 에스트라무스틴; 에토포시드; 익사베필론; 포도필로톡신; 테니포시드; 또는 그리세오풀빈을 포함한다. 일부 경우, 추가의 제제는 파클리탁셀, 도세탁셀, 빈블라스틴, 빈크리스틴, 빈데신, 비노렐빈, 카바지탁셀, 콜키신, 에리불린, 에스트라무스틴, 에토포시드, 익사베필론, 포도필로톡신, 테니포시드, 또는 그리세오풀빈을 포함한다. 일부 경우, 추가의 제제는 탁솔을 포함한다. 일부 경우, 추가의 제제는 파클리탁셀을 포함한다. 일부 경우, 추가의 제제는 에토포시드를 포함한다. 다른 경우, 추가의 제제는 비타민 K3을 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 조성물 또는 약학적 제제는 질환 또는 장애(예컨대, 암)의 치료에서 조합 방법(능동 및 수동 방법 모두를 포함)으로서 사용된다.
약학적 제제
일부 구현예에서, 본원에 기재된 약학적 제제는, 비제한적으로 비경구(예컨대, 정맥내, 피하, 근육내), 경구, 비강내, 협측, 직장, 또는 경피 투여 경로를 포함하는 다수의 투여 경로에 의해 대상에게 투여된다. 일부 경우, 본원에 기재된 약학적 조성물은 비경구(예컨대, 정맥내, 피하, 근육내) 투여용으로 제제화된다. 다른 경우, 본원에 기재된 약학적 조성물은 경구 투여용으로 제제화된다. 다른 경우, 본원에 기재된 약학적 조성물은 비강내 투여용으로 제제화된다.
일부 구현예에서, 약학적 제제는, 비제한적으로, 수성 액체 분산액, 자가 유화 분산액, 고체 용액, 리포좀 분산액, 에어로졸, 고체 투여 형태, 분말, 즉시 방출 제제, 제어 방출 제제, 빠른 용융 제제, 정제, 캡슐, 환제, 지연 방출 제제, 연장 방출 제제, 맥동성 방출(pulsatile release) 제제, 다입자 제제(예컨대, 나노입자 제제), 및 혼합된 즉시 및 제어 방출 제제를 포함한다.
일부 경우, 약학적 제제는 다입자 제제를 포함한다. 일부 경우, 약학적 제제는 나노입자 제제를 포함한다. 일부 경우, 나노입자는 cMAP, 사이클로덱스트린, 또는 지질을 포함한다. 일부 경우, 나노입자는 고체 지질 나노입자, 중합체성 나노입자, 자가 유화 나노입자, 리포좀, 미세유화액, 또는 미셀 용액을 포함한다. 추가의 예시적인 나노입자는, 비제한적으로, 상자성 나노입자, 초상자성 나노입자, 금속 나노입자, 풀러린(fullerene) 유사 물질, 무기 나노튜브, 덴드리머(예컨대, 공유 결합된 금속 킬레이트를 갖는 것과 같음), 나노섬유, 나노혼(nanohorn), 나노오니온(nano-onion), 나노로드(nanorod), 나노로프(nanorope) 및 양자점을 포함한다. 일부 경우, 나노입자는 금속 나노입자, 예컨대, 스칸듐, 티타늄, 바나듐, 크롬, 망간, 철, 코발트, 니켈, 구리, 아연, 이트륨, 지르코늄, 니오븀, 몰리브덴, 루테늄, 로듐, 팔라듐, 은, 카드뮴, 하프늄, 탄탈룸, 텅스텐, 레늄, 오스뮴, 이리듐, 백금, 금, 가돌리늄, 알루미늄, 갈륨, 인듐, 주석, 탈륨, 납, 비스무트, 마그네슘, 칼슘, 스트론튬, 바륨, 리튬, 나트륨, 칼륨, 붕소, 규소, 인, 게르마늄, 비소, 안티몬의 나노입자, 및 이의 조합, 합금 또는 산화물이다.
일부 경우, 나노입자는 코어-셀 나노입자에서와 같이 코어 또는 코어 및 셀을 포함한다.
일부 경우, 나노입자는 기능성 요소의 부착을 위한 분자(예컨대, 본원에 기재된 폴리핵산 분자 또는 결합 모이어티 중 하나 이상)로 추가로 코팅된다. 일부 경우, 코팅은 콘드로이틴 설페이트, 덱스트란 설페이트, 카르복시메틸 덱스트란, 알긴산, 펙틴, 카라기난, 푸코이단, 아가로펙틴, 포르피란(porphyran), 카라야검, 젤란검, 잔탄검, 히알루론산, 글루코사민, 갈락토사민, 키틴(또는 키토산), 폴리글루탐산, 폴리아스파트산, 리소자임, 사이토크롬 C, 리보뉴클레아제, 트립시노겐, 키모트립시노겐, α-키모트립신, 폴리리신, 폴리아르기닌, 히스톤, 프로타민, 난백 알부민, 덱스트린, 또는 사이클로덱스트린을 포함한다. 일부 경우, 나노입자는 그라핀 코팅된 나노입자를 포함한다.
일부 경우, 나노입자는 약 500nm, 400nm, 300nm, 200nm, 또는 100nm 미만 중 적어도 하나의 치수를 갖는다.
일부 경우, 나노입자 제제는 상자성 나노입자, 초상자성 나노입자, 금속 나노입자, 풀러린 유사 물질, 무기 나노튜브, 덴드리머(예컨대, 공유결합된 금속 킬레이트를 갖는 것), 나노섬유, 나노혼(nanohorn), 나노오니언(nano-onion), 나노로드(nanorod), 나노로프(nanorope) 또는 양자점을 포함한다. 일부 경우, 본원에 기재된 폴리핵산 분자 또는 결합 모이어티는 나노입자에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다. 일부 경우, 적어도 1, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100 이상의 본원에 기재된 폴리핵산 분자 또는 결합 모이어티가 나노입자에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다.
일부 구현예에서, 약학적 제제는 본원에 개시된 조성물과의 양립가능성, 및 원하는 투여 형태의 방출 프로파일 특성에 기초하여 선택된 담체 또는 담체 물질을 포함한다. 예시적인 담체 물질은, 예컨대, 결합제, 현탁화제, 붕해제, 충전제, 계면활성제, 가용화제, 안정화제, 윤활제, 습윤제, 희석제 등을 포함한다. 약학적으로 양립가능한 담체 물질은, 비제한적으로, 아카시아, 젤라틴, 콜로이드성 이산화규소, 칼슘 글리세로포스페이트, 젖산칼슘, 말토덱스트린, 글리세린, 규산 마그네슘, 폴리비닐피롤리돈(PVP), 콜레스테롤, 콜레스테롤 에스테르, 카제인산 나트륨, 대두 레시틴, 타우로콜린산, 포스포티딜콜린, 염화나트륨, 인산삼칼슘, 인산이칼륨, 셀룰로오스 및 셀룰로오스 접합체, 당 나트륨 스테아로일 락틸레이트, 카라기난, 모노글리세라이드, 디글리세라이드, 전호화 전분 등을 포함한다. 예컨대, 문헌[Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Nineteenth Ed (Easton, Pa.: Mack Publishing Company, 1995); Hoover, John E., Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, Pennsylvania 1975; Liberman, H.A. and Lachman, L., Eds., Pharmaceutical Dosage Forms, Marcel Decker, New York, N.Y., 1980; 및 Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Seventh Ed. (Lippincott Williams & Wilkins1999)]을 참고한다.
일부 경우, 약학적 제제는 아세트산, 붕산, 구연산, 젖산, 인산 및 염산과 같은 산; 수산화나트륨, 인산나트륨, 붕산나트륨, 구연산나트륨, 아세트산나트륨, 젖산나트륨 및 트리스-하이드록시메틸아미노메탄과 같은 염기; 및 시트레이트/덱스트로스, 중탄산나트륨 및 염화암모늄과 같은 완충액을 포함하는, pH 조절제 또는 완충제를 추가로 포함한다. 이러한 산, 염기 및 완충액은 조성물의 pH를 허용되는 범위로 유지하는데 필요한 양으로 포함된다.
일부 경우, 약학적 제제는 조성물의 삼투질농도(osmolality)를 허용되는 범위로 조절하는데 필요한 양으로 하나 이상의 염을 포함한다. 이러한 염은 나트륨, 칼륨 또는 암모늄 양이온 및 클로라이드, 시트레이트, 아스코르베이트, 보레이트, 인산염, 중탄산염, 설페이트, 티오설페이트 또는 바이설파이트 음이온을 갖는 것을 포함하며; 적합한 염은 염화나트륨, 염화칼륨, 티오황산나트륨, 아황산수소나트륨 및 황산암모늄을 포함한다.
일부 경우, 약학적 제제는 화합물을 안정화시키는데 사용되는 희석제를 추가로 포함하는데, 이들은 더 안정한 환경을 제공할 수 있기 때문이다. 완충액에 용해된 염(pH 제어 또는 유지를 제공할 수도 있음)이 당업계에서 희석제로서 이용되며, 이는 비제한적으로 인산 완충 식염수를 포함한다. 특정 경우, 희석제는 조성물의 부피를 증가시켜 압축을 용이하게 하거나 캡슐 충진을 위해 균질한 혼합을 위한 충분한 부피를 생성한다. 이러한 화합물은 예컨대, 락토스, 전분, 만니톨, 소르비톨, 덱스트로스, 미세결정 셀룰로오스, 예컨대 아비셀(Avicel)®; 이염기성 인산칼슘, 인산 이칼슘 이수화물; 인산 삼칼슘, 인산칼슘; 무수 락토스, 분무 건조된 락토스; 전호화 전분, 압축성 당, 예컨대 Di-Pac®(Amstar); 만니톨, 하이드록시프로필메틸셀룰로오스, 하이드록시프로필메틸셀룰로오스 아세테이트 스테아레이트, 수크로스계 희석제, 정제 설탕(confectioner's sugar); 일염기성 황산칼슘 일수화물, 황산칼슘 이수화물; 젖산칼슘 삼수화물, 덱스트레이트; 가수분해된 시리얼 고체(hydrolyzed cereal solids), 아밀로스; 분말화된 셀룰로오스, 탄산칼슘; 글리신, 카올린; 만니톨, 염화나트륨; 이노시톨, 벤토나이트 등을 포함할 수 있다.
일부 경우, 약학적 제제는 물질의 파괴 또는 붕해를 촉진하는 붕해제를 포함한다. 용어 "붕해시키다"는 위장관액과 접촉할 때 투여 형태의 용해 및 분산 모두를 포함한다. 붕해제의 예는 전분, 예컨대, 천연 전분, 예컨대 옥수수 전분 또는 감자 전분, 전호화 전분, 예컨대 National 1551 또는 아미젤(Amijel)®, 또는 나트륨 전분 글리콜레이트, 예컨대 프로모겔(Promogel)® 또는 엑스플로탭(Explotab)® , 셀룰로오스, 예컨대 목제품, 메틸미세결정 셀룰로오스, 예컨대, 아비셀(Avicel)®, 아비셀® PH101, 아비셀® PH102, 아비셀® PH105, 엘세마(Elcema)® P100, 엠코셀(Emcocel)®, 비바셀(Vivacel)®, 밍 티아(Ming Tia)®, 및 솔카-플록(Solka-Floc)®, 메틸셀룰로오스, 크로스카르멜로스, 또는 교차결합된 셀룰로오스, 예컨대 교차결합된 나트륨 카르복시메틸셀룰로오스(Ac-Di-Sol®), 교차결합된 카르복시메틸셀룰로오스, 또는 교차결합된 크로스카르멜로스, 교차결합된 전분, 예컨대 나트륨 전분 글리콜레이트, 교차결합된 중합체, 예컨대 크로스포비돈, 교차결합된 폴리비닐피롤리돈, 알기네이트, 예컨대 알긴산 또는 알긴산의 염, 예컨대 알긴산나트륨, 클레이, 예컨대 비검(Veegum)® HV(마그네슘 알루미늄 실리케이트), 검, 예컨대 아가, 구아, 로커스트 빈, 카라야, 펙틴, 또는 트라가칸트, 나트륨 전분 글리콜레이트, 벤토나이트, 천연 스폰지, 계면활성제, 수지, 예컨대 양이온-교환 수지, 시트러스 펄프(citrus pulp), 나트륨 라우릴 설페이트, 전분과 조합된 나트륨 라우릴 설페이트 등을 포함한다.
일부 경우, 약학적 제제는 충전제, 예컨대 락토스, 탄산칼슘, 인산칼슘, 이염기성 인산칼슘, 황산칼슘, 미세결정 셀룰로오스, 셀룰로오스 분말, 덱스트로스, 덱스트레이트, 덱스트란, 전분, 전호화 전분, 수크로스, 자일리톨, 락티톨, 만니톨, 소르비톨, 염화나트륨, 폴리에틸렌 글리콜 등을 포함한다.
윤활제 및 활택제(glidant)는 또한 물질의 접착 또는 마찰을 방지, 감소 또는 억제하기 위해 본원에 기재된 약학적 제제에 임의로 포함된다. 예시적인 윤활제는, 예컨대, 스테아르산, 수산화칼슘, 탈크, 나트륨 스테아릴 푸마레이트, 탄화수소, 예컨대 미네랄 오일, 또는 수소첨가된 식물성 오일, 예컨대 수소첨가된 대두 오일(스테로텍스(Sterotex)®), 고급 지방산 및 이들의 알칼리-금속 및 알칼리 토금속 염, 예컨대 알루미늄, 칼슘, 마그네슘, 아연, 스테아르산, 나트륨 스테아레이트, 글리세롤, 탈크, 왁스, 스테아로웨트(Stearowet)®, 붕산, 벤조산나트륨, 아세트산나트륨, 염화나트륨, 류신, 폴리에틸렌 글리콜(예컨대, PEG-4000) 또는 메톡시폴리에틸렌 글리콜, 예컨대 카르보왁스(Carbowax)™, 올레산나트륨, 벤조산나트륨, 글리세릴 베헤네이트, 폴리에틸렌 글리콜, 마그네슘 또는 나트륨 라우릴 설페이트, 콜로이드성 실리카, 예컨대 실로이드(Syloid)™, 카브-O-실(Cab-O-Sil)®, 전분, 예컨대 옥수수 전분, 실리콘 오일, 계면활성제 등을 포함한다.
가소제는 미세캡슐화 물질을 연화시키기 위해 사용되는 화합물 또는 이들이 덜 부서지게 하기 위한 필름 코팅제를 포함한다. 적합한 가소제는, 예컨대, 폴리에틸렌 글리콜, 예컨대 PEG 300, PEG 400, PEG 600, PEG 1450, PEG 3350, 및 PEG 800, 스테아르산, 프로필렌 글리콜, 올레산, 트리에틸 셀룰로오스 및 트리아세틴을 포함한다. 가소제는 또한 분산제 또는 습윤제로서 기능할 수 있다.
가용화제는 화합물, 예컨대 트리아세틴, 트리에틸시트레이트, 에틸 올레에이트, 에틸 카프릴레이트, 나트륨 라우릴 설페이트, 나트륨 도큐세이트, 비타민 E TPGS, 디메틸아세트아미드, N-메틸피롤리돈, N-하이드록시에틸피롤리돈, 폴리비닐피롤리돈, 하이드록시프로필메틸 셀룰로오스, 하이드록시프로필 사이클로덱스트린, 에탄올, n-부탄올, 이소프로필 알콜, 콜레스테롤, 담즙산염, 폴리에틸렌 글리콜 200-600, 글리코푸롤, 트랜스큐톨(transcutol), 프로필렌 글리콜, 디메틸 이소소르비드 등을 포함한다.
안정화제는 임의의 항산화제, 완충제, 산, 보존제 등과 같은 화합물을 포함한다.
현탁화제는 화합물, 예컨대 폴리비닐피롤리돈, 예컨대, 폴리비닐피롤리돈 K12, 폴리비닐피롤리돈 K17, 폴리비닐피롤리돈 K25, 또는 폴리비닐피롤리돈 K30, 비닐 피롤리돈/비닐 아세테이트 공중합체(S630), 폴리에틸렌 글리콜(예컨대, 폴리에틸렌 글리콜은 약 300 내지 약 6000, 또는 약 3350 내지 약 4000, 또는 약 7000 내지 약 5400의 분자량을 가질 수 있음), 나트륨 카르복시메틸셀룰로오스, 메틸셀룰로오스, 하이드록시프로필메틸셀룰로오스, 하이드록시메틸셀룰로오스 아세테이트 스테아레이트, 폴리소르베이트-80, 하이드록시에틸셀룰로오스, 알긴산나트륨, 검, 예컨대, 검 트라가칸트 및 검 아카시아, 구아검, 잔탄검을 포함하는 잔탄, 당, 셀룰로오스 화합물, 예컨대, 나트륨 카르복시메틸셀룰로오스, 메틸셀룰로오스, 나트륨 카르복시메틸셀룰로오스, 하이드록시프로필메틸셀룰로오스, 하이드록시에틸셀룰로오스, 폴리소르베이트-80, 알긴산나트륨, 폴리에톡시화 소르비탄 모노라우레이트, 폴리에톡시화 소르비탄 모노라우레이트, 포비돈 등을 포함한다.
계면활성제는 화합물, 예컨대 나트륨 라우릴 설페이트, 나트륨 도큐세이트, 트윈 60 또는 80, 트리아세틴, 비타민 E TPGS, 소르비탄 모노올레에이트, 폴리옥시에틸렌 소르비탄 모노올레에이트, 폴리소르베이트, 폴록사머, 담즙산염, 글리세릴 모노스테아레이트, 산화에틸렌 및 산화프로필렌의 공중합체, 예컨대, 플루로닉(Pluronic)®(BASF), 등과 같은 화합물을 포함한다. 추가의 계면활성제는 폴리옥시에틸렌 지방산 글리세라이드 및 식물성 오일, 예컨대, 폴리옥시에틸렌(60) 수소첨가 피마자유; 및 폴리옥시에틸렌 알킬에테르 및 알킬페닐 에테르, 예컨대, 옥톡시놀 10, 옥톡시놀 40을 포함한다. 때때로, 계면활성제는 물리적 안정성을 향상시키기 위해 또는 다른 목적을 위해 포함된다.
점도 향상제는, 예컨대, 메틸 셀룰로오스, 잔탄검, 카르복시메틸 셀룰로오스, 하이드록시프로필 셀룰로오스, 하이드록시프로필메틸 셀룰로오스, 하이드록시프로필메틸 셀룰로오스 아세테이트 스테아레이트, 하이드록시프로필메틸 셀룰로오스 프탈레이트, 카르보머, 폴리비닐 알콜, 알기네이트, 아카시아, 키토산 및 이의 조합을 포함한다.
습윤제는 올레산, 글리세릴 모노스테아레이트, 소르비탄 모노올레에이트, 소르비탄 모노라우레이트, 트리에탄올아민 올레에이트, 폴리옥시에틸렌 소르비탄 모노올레에이트, 폴리옥시에틸렌 소르비탄 모노라우레이트, 나트륨 도큐세이트, 나트륨 올레에이트, 나트륨 라우릴 설페이트, 나트륨 도큐세이트, 트리아세틴, 트윈 80, 비타민 E TPGS, 암모늄 염 등과 같은 화합물을 포함한다.
치료 요법
일부 구현예에서, 본원에 기재된 약학적 조성물은 치료 적용을 위해 투여된다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 매일 1회, 매일 2회, 매일 3회 이상 투여된다. 약학적 조성물은 매일, 격일, 매주 5일, 매주 1회, 2주마다, 매월 2주, 매월 3주, 매월 1회, 매월 2회, 매월 3회 이상 투여된다. 약학적 조성물은 적어도 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 18개월, 2년, 3년 이상 동안 투여된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 약학적 조성물은 동시에, 순차적으로, 또는 일정 시간 간격으로 투여된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 약학적 조성물은 동시에 투여된다. 일부 경우, 하나 이상의 약학적 조성물은 순차적으로 투여된다. 추가의 경우, 하나 이상의 약학적 조성물은 일정 시간 간격으로 투여된다(예컨대, 제1 약학적 조성물의 첫 번째 투여는 1일이며, 그 다음 적어도 제2 약학적 조성물의 투여 전에 적어도 1, 2, 3, 4, 5일 이상의 간격으로 투여됨).
일부 구현예에서, 2개 이상의 상이한 약학적 조성물은 공동투여된다. 일부 경우, 2개 이상의 상이한 약학적 조성물은 동시에 공동투여된다. 일부 경우, 2개 이상의 상이한 약학적 조성물은 투여 사이에 시간의 간격 없이 순차적으로 공동투여된다. 다른 경우, 2개 이상의 상이한 약학적 조성물은 투여 사이에 약 0.5시간, 1시간, 2시간, 3시간, 12시간, 1일, 2일 이상의 간격으로 순차적으로 공동투여된다.
환자의 상태가 의사의 재량으로 개선된 경우, 조성물의 투여는 지속적으로 제공되며; 대안적으로, 투여되는 조성물의 용량은 일시적으로 감소되거나 특정 시간 동안 일시적으로 중단된다(즉, "약물 휴지기(drug holiday)". 일부 경우, 약물 휴지기의 길이는 2일 내지 1년으로 다양하며, 단지 예로써, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 10일, 12일, 15일, 20일, 28일, 35일, 50일, 70일, 100일, 120일, 150일, 180일, 200일, 250일, 280일, 300일, 320일, 350일, 또는 365일을 포함한다. 약물 휴지기 동안의 용량 감소는 10%-100%이며, 단지 예로써, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%를 포함한다.
환자의 병태의 개선이 발생하면, 필요한 경우 유지 용량이 투여된다. 이후, 투여량 또는 투여 빈도, 또는 둘 모두는, 증상의 함수로서, 개선된 질환, 장애 또는 병태가 유지되는 수준으로 임의로 감소된다.
일부 구현예에서, 이러한 양에 상응하는 주어진 제제의 양은 특정 화합물, 질환의 중증도, 치료를 필요로 하는 대상 또는 숙주의 정체성(예컨대, 체중)과 같은 인자에 따라 달라지지만, 그럼에도 불구하고, 예컨대, 투여되는 특정 제제, 투여 경로, 및 치료되는 대상 또는 숙주를 포함하는, 사안을 둘러싼 특정 환경에 따라 당업계에 알려진 방식으로 일상적으로 결정된다. 일부 경우, 원하는 용량은 단일 용량으로서 간편하게 제공되거나 또는 분할된 용량으로서 동시에(또는 짧은 시간 동안) 또는 적절한 간격으로, 예를 들어 매일 2, 3, 4개 이상의 하위용량으로 간편하게 제공된다.
전술한 범위는 제시하는 것에 불과한데, 개별 치료 요법에 대한 변수의 수가 많고 이들 권장값으로부터 상당한 외도(excursion)가 드물지 않기 때문이다.
이러한 투여량은 사용된 화합물의 활성, 치료될 질환 또는 병태, 투여 방식, 개별 대상의 요구사항, 치료되는 질환 또는 병태의 중증도, 및 의사의 판단에 제한되지 않는, 많은 변수에 따라 변경된다.
일부 구현예에서, 이러한 치료 요법의 독성 및 치료 효능은, 비제한적으로, LD50(집단의 50%에 치사적인 용량) 및 ED50(집단의 50%에 치료적으로 효과적인 용량)의 결정을 포함하는, 세포 배양 또는 실험 동물에서의 표준 약학적 절차에 의해 결정된다. 독성 효과와 치료 효과 사이의 용량 비율은 치료 지수(therapeutic index)이며, 이는 LD50과 ED50 간의 비율로서 표현된다. 높은 치료 지수를 나타내는 화합물이 바람직하다. 세포 배양 분석 및 동물 연구로부터 얻은 데이터는 인간에서 사용하기 위한 투여량의 범위를 정하는데 사용된다. 이러한 화합물의 투여량은 바람직하게는 최소 독성을 갖는 ED50을 포함하는 순환 농도의 범위 내에 속한다. 투여량은 사용된 투여 형태 및 이용된 투여 경로에 따라 이 범위 내에서 달라진다.
키트 /제조 물품
특정 구현예에서, 본원에 기재된 하나 이상의 조성물 및 방법과 함께 사용하기 위한 키트 및 제조 물품이 본원에 개시된다. 이러한 키트는 바이알, 튜브 등과 같은 하나 이상의 용기를 수용하도록 구획화된 캐리어, 패키지, 또는 용기를 포함하며, 각각의 용기(들)는 본원에 기재된 방법에서 사용되는 개별 요소 중 하나를 포함한다. 적합한 용기는, 예를 들어, 병, 바이알, 주사기, 및 시험관을 포함한다. 일 구현예에서, 용기는 유리 또는 플라스틱과 같은 다양한 물질로부터 형성된다.
본원에 제공된 제조 물품은 포장재를 함유한다. 약학적 포장재의 예는 비제한적으로, 선택된 제제 및 의도된 투여 및 치료 방식에 적합한 블리스터 팩, 병, 튜브, 백, 용기, 병, 및 임의의 포장재를 포함한다.
예를 들어, 용기(들)는 본원에 개시된 바와 같이 임의로 엔도솜 분해성 모이어티 D에 접합된 식 (I)의 분자 A-X-B-Y-C를 포함한다. 이러한 키트는 임의로 본원에 기재된 방법에서의 그의 용도와 관련된 식별 설명 또는 라벨 또는 설명서를 포함한다.
키트는 전형적으로 내용물을 열거하는 라벨 및/또는 사용을 위한 설명서 및 사용을 위한 설명서를 갖는 포장 삽입물을 포함한다. 설명서 세트가 또한 전형적으로 포함될 것이다.
일 구현예에서, 라벨은 용기 상에 있거나 또는 용기와 결합된다. 일 구현예에서, 라벨을 형성하는 글자, 숫자, 또는 다른 문자가 용기 자체에 부착되거나, 몰딩되거나, 또는 에칭될 때 라벨은 용기 상에 있으며; 라벨이, 예컨대 포장 삽입물로서, 용기를 또한 보유하는 통 또는 캐리어 내에 존재할 때, 라벨은 용기와 결합된다. 일 구현예에서, 라벨은 내용물이 특정 치료 용도로 사용되어야 한다는 것을 나타내기 위해 사용된다. 라벨은 또한 본원에 기재된 방법에서와 같이 내용물의 사용을 위한 지시를 나타낸다.
특정 구현예에서, 약학적 조성물은 본원에 제공된 화합물을 함유하는 하나 이상의 단위 투여 형태를 함유하는 팩 또는 디스펜서 장치 내에 제공된다. 팩은, 예를 들어, 블리스터 팩과 같은 금속 또는 플라스틱 호일을 함유한다. 일 구현예에서, 팩 또는 디스펜서 장치는 투여를 위한 설명서를 동반한다. 일 구현예에서, 팩 또는 디스펜서는 또한 의약품의 제조, 사용, 또는 판매를 규제하는 정부 기관에 의해 규정된 형태로 용기와 결합된 안내문을 동반하며, 이 안내문은 인간 또는 동물 투여를 위한 약물 형태의 기관에 의한 승인을 반영한다. 이러한 안내문은, 예를 들어, 처방 약물 또는 승인된 제품 삽입물에 대해 미국 식품의약국에 의해 승인된 라벨이다. 일 구현예에서, 양립가능한 약학적 담체에서 제제화된 본원에 제공된 화합물을 함유하는 조성물은 또한 제조되고, 적절한 용기에 담기고, 표시된 병태의 치료를 위해 라벨링된다.
특정 용어학
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 청구된 주제가 속하는 분야에서 통상의 기술을 가진 자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 전술한 일반적인 설명 및 하기의 상세한 설명은 단지 예시적이고 설명적이며, 청구된 임의의 주제를 제한하는 것이 아닌 것으로 이해되어야 한다. 본원에서, 단수의 사용은 달리 명시적으로 언급하지 않는 한 복수를 포함한다. 명세서 및 첨부된 청구범위에서 사용된 바와 같이, 단수 형태 "a," "an" 및 "the"는 문맥이 달리 명확하게 나타내지 않는 한 복수 지시대상을 포함한다는 것에 유의해야 한다. 본원에서, "또는"의 사용은 달리 나타내지 않는 한 "및/또는"를 의미한다. 또한, 용어 "포함하는" 뿐만 아니라 다른 형태, 예컨대 "포함하다" 및 "포함된"의 사용은 제한하는 것이 아니다.
본원에 사용된 바와 같이, 범위 및 양은 "약" 특정 값 또는 범위로서 표현될 수 있다. 약은 또한 정확한 양을 포함한다. 따라서, "약 5 μL"는 "약 5 μL" 및 또한 "5 μL"를 의미한다. 일반적으로, 용어 "약"은 실험 오차 내일 것으로 예측되는 양을 포함한다.
본원에 사용된 섹션 제목은 단지 조직적인 목적을 위한 것이며 기재된 주제를 제한하는 것으로 해석되지 않아야 한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "개체(들)", "대상(들)" 및 "환자(들)"는 임의의 포유동물을 의미한다. 일부 구현예에서, 포유동물은 인간이다. 일부 구현예에서, 포유동물은 비인간이다. 상기 용어들은 보건 전문가(예컨대, 의사, 공인 간호사, 임상 간호사, 의료 보조자, 잡역부 또는 호스피스 직원)의 감독(예컨대, 지속적 또는 간헐적)을 특징으로 하는 상황을 요구하거나 이제 제한되지 않는다.
실시예
이들 실시예는 단지 예시적인 목적으로 제공되며 본원에 제공된 청구범위를 제한하고자 하는 것이 아니다.
실시예 1. 서열
표 1, 4, 7, 8, 및 10은 본원에 기재된 표적 서열을 도시한다. 표 2, 3, 5, 6, 9, 11, 및 12는 본원에 기재된 폴리핵산 분자 서열을 도시한다.
표 1. KRAS 표적 서열
Figure pct00033
표 2. KRAS siRNA 서열
Figure pct00034
표 3. 화학적 변형을 갖는 KRAS siRNA
Figure pct00035
표 4. EGFR 표적 서열
Figure pct00036
Figure pct00037
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Figure pct00039
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표 5. EGFR siRNA 서열
Figure pct00044
Figure pct00045
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Figure pct00058
표 6. 화학적 변형을 갖는 EGFR siRNA 서열
Figure pct00059
Figure pct00060
Figure pct00061
Figure pct00062
Figure pct00063
Figure pct00064
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Figure pct00072
Figure pct00073
표 7. AR 표적 서열
Figure pct00074
표 8. β-카테닌 표적 서열
Figure pct00075
표 9. β-카테닌 및 β-카테닌 관련 siRNA 서열
Figure pct00076
표 10. PIK3CA* 및 PIK3CB* 표적 서열
Figure pct00077
표 11. PIK3CA 및 PIK3CB siRNA 서열
Figure pct00078
표 12. 추가의 폴리핵산 분자 서열
Figure pct00079
실시예 2. 일반 실험 프로토콜
siRNA의 정량을 위한 스템 -루프 qPCR 분석
혈장 샘플을 TE 완충액에서 직접 희석하였다. 50 mg 조직 조각을 FastPrep-24 조직 균질기(MP Biomedicals)를 사용하여 1 mL의 트리졸에서 균질화한 다음, TE 완충액에서 희석하였다. 처리하지 않은 동물의 혈장 또는 균질화된 조직에 siRNA를 넣은 다음 TE 완충액으로 연속 희석하여 표준 곡선을 생성하였다. siRNA의 안티센스 가닥을 25 nM의 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 갖는 TaqMan 마이크로RNA 역전사 키트(Applied Biosystems)를 사용하여 역전사시켰다. RT 단계의 cDNA를 1.5 μM의 정방향 프라이머, 0.75 μM의 역방향 프라이머, 및 0.2 μM의 프로브를 갖는 TaqMan 패스트 어드밴스드 마스터 믹스(TaqMan Fast Advanced Master Mix; Applied Biosystems)를 사용한 실시간 PCR에 이용하였다. KRAS 및 EGFR siRNA 안티센스 가닥 및 이들을 측정하기 위해 사용된 모든 프라이머 및 프로브의 서열이 표 13에 나타나 있다. 정량적 PCR 반응을 ViiA 7 실시간 PCR 시스템(Life Technologies)에서 표준 순환 조건을 사용하여 수행하였다. Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 13. 스템-루프 qPCR 분석에 사용된 모든 siRNA 안티센스 가닥, 프라이머, 및 프로브의 서열.
Figure pct00080
mRNA 넉다운의 결정을 위한 비교 qPCR (comparative qPCR ) 분석
조직 샘플을 상기 기재된 바와 같이 트리졸에서 균질화하였다. 총 RNA를 RNeasy RNA 단리 96-웰 플레이트(Qiagen)를 사용하여 단리한 다음, 500 ng RNA를 High Capacity RNA to cDNA 키트(ThermoFisher)를 사용하여 역전사시켰다. KRAS, EGFR, CTNNB1 및 PPIB mRNA를 ViiA 7 실시간 PCR 시스템으로 수행된 TaqMan qPCR 분석에 의해 정량하였다. KRAS에 대한 TaqMan 프라이머 및 프로브를 설계하고 결합능을 검증하였고, 이는 표 14에 나타나 있다. EGFR 및 CTNNB1에 대한 TaqMan 프라이머 및 프로브를 사전 검증된 유전자 발현 분석으로서 Applied Biosystems로부터 구입하였다. 사전 검증된 유전자 발현 분석으로서 Applied Biosystems으로부터 구입한 PPIB에 대한 모든 TaqMan 프라이머 및 프로브와 함께, PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였다. 표적 유전자(KRAS, CTNNB1, 또는 EGFR) Ct 값과 PPIB Ct 값(△Ct) 간의 차이를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다.
표 14. 비교 qPCR 분석을 사용한 KRAS mRNA 검출을 위한 프라이머 및 프로브의 서열.
Figure pct00081
동물
모든 동물 연구는 USDA 동물 복지법뿐만 아니라 "실험 동물의 관리 및 사용을 위한 가이드"(National Research Council publication, 8th Ed., 2011년 개정)에 개괄된 규정을 준수하는 엑스플로라 바이오랩스(Explora BioLabs)의 실험 동물 관리 및 사용 위원회(Institutional Animal Care and Use Committee, IACUC)에 따른 프로토콜에 따라 수행하였다. 모든 마우스를 찰스 리버 연구실(Charles River Laboratories) 또는 할란 연구실(Harlan Laboratories)에서 얻었다.
H358, HCC827 , 및 Hep- 3B2 1-7 피하 옆구리 종양 모델
H358 피하 옆구리 종양 모델의 경우, 종양 세포를 접종하고, 하기 방법에 따라 종양을 확립하였다. 암컷 NCr nu/nu 마우스를 세포 주사 전날 귀 태그(ear-tag)에 의해 확인하였다. 마우스를 접종하기 전에 체중을 재었다. H358 세포를 10% FBS/RPMI 배지를 이용하여 배양하고, 0.05% 트립신 및 세포 스트리퍼(MediaTech)를 사용하여 채취하였다. 마트리겔(1:1)과 함께 0.05 ml 행크스 균형 염 용액(HBSS) 내의 5백만개의 H358 세포를 각 마우스의 우측 상부 옆구리에 피하 주사하였다. 접종 후 7일부터 디지털 캘리퍼스를 사용한 종양 부피 측정에 의해 종양 성장을 모니터링하였고, 평균 종양 부피가 >100 및 ≤ 300 mm3에 도달할 때까지 매주 2회 실시하였다. 종양이 원하는 부피(평균 100 내지 300 mm3)가 되면, 동물을 무작위 추출하고, 매우 크거나 작은 종양을 가진 마우스를 도살하였다. 마우스를 필요한 그룹으로 나누고 종양 부피에 의해 무작위 추출하였다. 그리고 나서, 마우스를 개별 실험에 기재된 바와 같이 처리하였다.
Hep3B 동소이식 간 종양 모델의 경우, 종양 세포를 접종하고, 하기 방법에 따라 종양을 확립하였다. 암컷 NCr nu/nu 마우스를 전날 귀 태그(ear-tag)에 의해 확인하였고, 마우스는 이소플루란으로 마취될 것이다. 그리고 나서, 체온을 유지하기 위해 마우스를 물 순환 가열 패드에 바로 누운 자세로 놓았다. 흉골 아래에 작은 횡절개를 수행하여 간을 노출시킬 것이다. 암세포를 28-게이지 바늘을 사용하여 간의 좌상엽에 천천히 주사하였다. 세포의 투명한 소기포(bleb)가 간 캡슐을 통해 관찰될 수 있도록, 세포를 간으로 30도 각도로 주사하였다. Hep 3B2.1 7 세포를 차가운 PBS(0.1-5x106 세포)에 현탁시키고 희석된 마트리겔과 혼합하여(PBS에서 30x) 제조하였다. 30-50 ul의 세포/마트리겔을 접종하였다. 주사 후, 멸균 거즈의 작은 조각을 주사 부위에 놓고, 1분 동안 가벼운 압력을 가하여 출혈을 방지하였다. 이후, 복부를 6-0 견 봉합사로 봉합하였다. 종양 세포 이식 후, 동물을 따뜻한 우리에 유지시키고, 1-2시간 동안 관찰한 다음, 마취로부터 완전히 회복된 후 동물 우리로 돌려보냈다. 종양 이식 후 7-10일에 동물을 무작위 추출하고, 필요한 그룹으로 나눈 다음, 개별 실험에서 기재된 바와 같이 처리하였다.
LNCap 피하 옆구리 종양 모델
LNCaP 세포(ATCC® CRL-1740™)를 비필수 아미노산 및 피루브산나트륨이 보충된 RPMI + 10% FBS에서 약 80%의 컨플루언시까지 성장시켰다. 세포를 마트리겔과 1:1로 혼합하고, 5-7*106 세포를 수컷 SCID 마우스(6-8주)에 피하 주사하였다. 종양은 일반적으로 3-5주 내에 100-350 mm3의 크기로 발달하였다. 이 범위 내의 종양을 갖는 동물을 무작위 추출하고, 꼬리 정맥 내로의 주사에 의해 ASC로 처리하였다. PD 연구를 위해, 동물을 주사 후 96시간에 희생시키고, 장기 파편을 채취하고, 칭량하고, 액체 질소에서 동결시켰다. RNA 단리를 위해, 장기 샘플을 트리졸에서 균질화하고, RNA를 제조사의 지침에 따라 Qiagen RNeasy 96 플러스 키트를 사용하여 제조하였다. RNA 농도를 분광학적으로 결정하였다. RNA를 역전사에 의해 cDNA로 전환시키고, 특이적 표적의 발현을 △△CT 방법 및 검증된 Taqman 분석(Thermofisher)을 사용한 qPCR에 의해 정량하였다. 샘플을 PPIB의 발현 수준에 대해 표준화하였다.
콜레스테롤 siRNA 접합체 합성
모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥에 접합된 콜레스테롤의 구조가 도 2에 도시되어 있다. 표 15는 KRAS, EGFR, 및 CTNNB1 siRNA 서열을 나타낸다.
표 15.
Figure pct00082
siRNA 화학적 변형은 하기를 포함한다:
· 대문자 (N) = 2'-OH (리보);
· 소문자 (n) = 2'-O-Me (메틸);
· dN = 2'-H (데옥시);
· Nf = 2'-F (플루오로);
· s = 포스포로티오에이트 백본 변형;
· iB = 역위된 무염기
펩타이드 합성
펩타이드를 표준 Fmoc 화학을 사용하여 고상에서 합성하였다. 두 펩타이드는 N-말단에 시스테인을 가지며, 절단된 펩타이드를 HPLC에 의해 정제하였고 질량 분광학에 의해 확인하였다. INF7 펩타이드는 도 3에 도시되어 있다(서열 번호 2055). 멜리틴 펩타이드는 도 4에 도시되어 있다(서열 번호 2060).
항- EGFR 항체
항-EGFR 항체는 인간 표피 성장 인자 수용체(EGFR)에 대한 완전 인간 IgG1κ 단클론 항체이다. 그것은 인간 항-EGFR 항체를 생산하는 하이브리도마 세포주(2F8)로부터 유래된 항체 유전자를 갖는 GS 벡터를 이용한 형질감염에 의해 CHO 세포주 CHO-K1SV로부터 유래된, 차이니즈 햄스터 난소 세포주 DJT33에서 생산된다. 표준 포유동물 세포 배양 및 정제 기술이 항-EGFR 항체의 제조에 사용된다.
글리칸이 없는 항-EGFR 항체의 이론적인 분자량(MW)은 146.6 kDa이다. 항체의 주요 당화된 아형(isoform)의 실험적 MW는 질량 분석법에 의해 결정된 바와 같이 149 kDa이다. 환원 조건 하에 SDS-PAGE를 사용하여, 경쇄의 MW는 대략 25 kDa이고 중쇄의 MW는 대략 50 kDa인 것으로 밝혀졌다. 중쇄는 2개의 사슬간 디설파이드 결합에 의해 서로 결합되고, 하나의 경쇄는 단일쇄간 디설파이드 결합에 의해 각각의 중쇄에 부착된다. 경쇄는 2개의 사슬내 디설파이드 결합을 가지며, 중쇄는 4개의 사슬내 디설파이드 결합을 갖는다. 항체는 N-아세틸-글루코사민, 만노스, 푸코스 및 갈락토스로 구성된 글리칸으로 중쇄의 Asn305에서 N-결합된 당화되어 있다. 존재하는 주요 글리칸은 0개 또는 1개의 말단 갈락토스 잔기를 함유하는 푸코실화 바이안테너리(bi-antennary) 구조이다.
IgG1κ 항체의 하전된 아형 패턴을 영상 모세관 IEF, 아가로스 IEF 및 분석 양이온 교환 HPLC를 사용하여 조사하였다. 다수의 하전된 아형이 발견되며, 주요 아형은 대략 8.7의 등전점을 갖는다.
항-EGFR 항체의 주요 작용 기전은 A431 암 세포에서 EGF유도 EGFR 인산화의 농도 의존적 억제이다. 또한, 낮은 항체 농도에서 항체-의존적 세포 매개 세포독성(ADCC)의 유도가 전임상 세포 시험관내 연구에서 관찰되었다.
실시예 3: 항체-PEG- EGFR 및 항체- EGFR 접합체의 합성, 정제 및 분석
Figure pct00083
단계 1: 말레이미드 -PEG- NHS SH - EGFR와의 합체 접합
항-EGFR 항체(EGFR-Ab)를 1X 인산염 완충액(pH 7.4)으로 교환하고 5mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 2 당량의 SMCC 링커 또는 말레이미드-PEGxkDa-NHS(x = 1, 5, 10, 20)를 첨가하고 실온에서 4시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 말레이미드-PEG를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 PBS pH 7.4를 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 항체-PEG-Mal 접합체를 수집하고 반응 용기로 옮겼다. SH-C6-EGFR(2 당량)를 실온에서 PBS 중의 항체-PEG-말레이미드에 첨가하고, 밤새 회전시켰다. 반응 혼합물을 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의해 분석하였고, 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 접합체가 관찰되었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용하여 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. 항체-PEG-EGFR 접합체를 함유하는 분획을 모으고, 농축시키고, PBS, pH 7.4로 완충액을 교환하였다. SMCC 링커, PEG1kDa, PEG5kDa 및 PEG10kDa와의 항체 siRNA 접합체를 siRNA 로딩에 기초하여 분리하였다. PEG20kDa를 갖는 접합체는 불량한 분리를 나타내었다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2 또는 음이온 교환 크로마토그래피 방법-3을 이용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다. 이들 방법을 사용하여 제조된 모든 접합체의 예가 표 16에 기재되어 있다.
표 16. AXCYB 접합체의 목록
Figure pct00084
음이온 교환 크로마토그래피 방법-1
1. 컬럼: Tosoh Bioscience, TSKGel SuperQ-5PW, 21.5 mm ID X 15 cm, 13 um
2. 용매 A: 20 mM TRIS 완충액, pH 8.0; 용매 B: 20 mM TRIS, 1.5 M NaCl, pH 8.0; 유속: 6.0 ml/분
3. 구배:
a. %A %B 컬럼 부피
b. 100 0 1.00
c. 60 40 18.00
d. 40 60 2.00
e. 40 60 5.00
f. 0 100 2.00
g. 100 0 2.00
음이온 교환 크로마토그래피 방법-2
1. 컬럼: Thermo Scientific, ProPac™ SAX-10, Bio LCTM, 4 X 250 mm
2. 용매 A: 80% 10 mM TRIS pH 8, 20% 에탄올; 용매 B: 80% 10 mM TRIS pH 8, 20% 에탄올, 1.5 M NaCl; 유속: 1.0 ml/분
3. 구배:
a. 시간 %A %B
b. 0.0 90 10
c. 3.00 90 10
d. 11.00 40 60
e. 13.00 40 60
f. 15.00 90 10
g. 20.00 90 10
음이온 교환 크로마토그래피 방법-3
1. 컬럼: Thermo Scientific, ProPac™ SAX-10, Bio LCTM, 4 X 250 mm
2. 용매 A: 80% 10 mM TRIS pH 8, 20% 에탄올; 용매 B: 80% 10 mM TRIS pH 8, 20% 에탄올, 1.5 M NaCl
3. 유속: 0.75 ml/분
4. 구배:
a. 시간 %A %B
b. 0.0 90 10
c. 3.00 90 10
d. 11.00 40 60
e. 23.00 40 60
f. 25.00 90 10
g. 30.00 90 10
EGFR 항체-PEG20kDa-EGFR에 대한 분석 데이터가 도 5 및 도 6에 도시되어 있다. 도 5는 EGFR 항체-PEG20kDa-EGFR의 분취용 HPLC를 나타낸다. 도 6은 EGFR 항체-PEG20kDa-EGFR 접합체의 SDS-PAGE 분석을 나타낸다. EGFR 항체-PEG10kDa-EGFR의 분석 크로마토그램이 도 7에 도시되어 있다. EGFR 항체-PEG5kDa-EGFR에 대한 분석 데이터가 도 8 및 도 9에 도시되어 있다. 도 8은 EGFR 항체-PEG5kDa-EGFR의 분석 크로마토그램을 나타낸다. 도 9는 EGFR 항체-PEG10kDa-EGFR 및 EGFR 항체-PEG5kDa-EGFR 접합체의 SDS PAGE 분석을 나타낸다. 상이한 siRNA 로딩을 갖는 EGFR 항체-PEG1kDa-EGFR 접합체의 분석 데이터가 도 10에 도시되어 있다.
실시예 4: 항체- siRNA -PEG 접합체의 합성, 정제 및 분석
Figure pct00085
단계 1: SMCC 링커 후 SH - KRAS - PEG5kDa와의 항체 접합
항-EGFR 항체를 1X 인산염 완충액(pH 7.4)으로 교환하고 5mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 2 당량의 SMCC 링커(석신이미딜 4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카르복실레이트)를 첨가하고 실온에서 4시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 SMCC 링커를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 PBS 완충액 pH 7.4를 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고 2 당량의 SH-C6-KRAS-PEG5kDa를 실온에서 첨가하고 밤새 회전시켰다. 반응 혼합물을 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의해 분석하였고, 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 접합체가 관찰되었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. 항체-KRAS-PEG 접합체를 함유하는 분획을 모으고, 농축시키고, PBS, pH 7.4로 완충액을 교환하였다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-3(실시예 1에 기재됨)을 사용한 분취용 HPLC에 의해 분석하였다. 실시예 4 및 5에 기재된 방법을 사용하여 제조된 접합체의 예가 표 17에 도시되어 있다.
표 17. A-X-B-Y-C 접합체의 목록
Figure pct00086
EGFR 항체-KRAS-PEG5kDa의 HPLC 크로마토그램이 도 11에 도시되어 있다. 파니투무맙-KRAS-PEG5kDa의 HPLC 크로마토그램이 도 12에 나타나 있다.
실시예 5: 항체-S-S- siRNA -PEG 접합체의 합성, 정제 및 분석
Figure pct00087
단계 1: SPDP 링커 후 SH - siRNA - PEG5kDa와의 항체 접합
항-EGFR 항체를 1X 인산염 완충액(pH 7.4)으로 교환하고 5mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 2 당량의 SPDP 링커(석신이미딜 3-(2-피리딜디티오)프로피오네이트)를 첨가하고 실온에서 4시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 SPDP 링커를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 pH 7.4 PBS 완충액을 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고 2 당량의 SH-C6-siRNA-PEG5kDa를 실온에서 첨가하고, 밤새 회전시켰다. 반응 혼합물을 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의해 분석하였고, 반응하지 않은 항체 및 siRNA과 함께 접합체가 관찰되었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. 항체-PEG-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 모으고, 농축시키고, PBS, pH 7.4로 완충액을 교환하였다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다. EGFR 항체-S-S-siRNA-PEG5kDa(DAR = 1)의 HPLC 크로마토그램이 도 13에 나타나 있다.
실시예 6: 항체- SMCC - 엔도솜 탈출 펩타이드 접합체의 합성, 정제 및 분석
Figure pct00088
단계 1: SMCC 링커 또는 말레이미드 -PEG- NHS SH - Cys - 펩타이드 - CONH 2 와의 항체 접합
항-EGFR 항체를 1X 인산염 완충액(pH 7.4)으로 교환하고 10mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 3 당량의 SMCC 링커(석신이미딜 4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카르복실레이트) 또는 말레이미드-PEG1kDa-NHS를 첨가하고 실온에서 1.5시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 SMCC 링커 또는 PEG 링커를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 PBS 완충액 pH 7.4(멜리틴 접합체의 경우 25mM MES pH=6.1)을 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고 3 당량의 SH-Cys-펩타이드-CONH2를 실온에서 첨가하고 밤새 회전시켰다. 그리고 나서, 반응 혼합물을 HIC 크로마토그래피 또는 양이온 교환 크로마토그래피에 의해 정제하여 항-EGFR 항체-펩타이드 또는 항-EGFR 항체-PEG1k-펩타이드를 단리하였다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 소수성 상호작용 크로마토그래피(HIC) 방법-1 또는 양이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. 항체-펩타이드 접합체를 함유하는 분획을 모으고, 농축시키고, PBS, pH 7.4로 완충액을 교환하였다(멜리틴 접합체의 경우 10 mM 아세테이트 pH=6.0).
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 순도 및 펩타이드 로딩을 HIC 방법-2 또는 양이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다. 실시예 6의 방법을 사용하여 제조된 모든 접합체의 예가 표 18 및 19에 기재되어 있다.
표 18. AXYD 접합체의 목록
Figure pct00089
표 19. AXYD 접합체의 목록
Figure pct00090
양이온 교환 크로마토그래피 방법-1
1. 컬럼: GE Healthcare HiPrep SP HP 16/10
2. 용매 A: 50 mM MES pH=6.0; 용매 B: 50 mM MES + 0.5M NaCl pH=6.0; 유속: 2.0 ml/분
3. 구배:
a. %A %B 컬럼 부피
b. 100 0 0.1
c. 100 0 Flush 루프 12ml
d. 100 0 2.5
e. 0 100 15
f. 0 100 5
g. 100 0 0.5
h. 100 0 5
양이온 교환 크로마토그래피 방법 -2
1. 컬럼: Thermo Scientific, MAbPac™ SCX-10, Bio LCTM, 4 X 250 mm (제품 # 074625)
2. 용매 A: 20 mM MES pH=5.5; 용매 B: 20 mM MES + 0.3 M NaCl pH=5.5; 유속: 0.5 ml/분
3. 구배:
a. 시간 %A %B
b. 0.0 100 0
c. 5 100 0
d. 50 0 100
e. 80 0 100
f. 85 100 0
g. 90 100 0
소수성 상호작용 크로마토그래피 방법-1(HIC 방법-1)
1. 컬럼: GE Healthcare Butyl Sepharose High Performance (17-5432-02) 200ml
2. 용매 A: 50 mM 인산나트륨 + 0.8M 황산암모늄 (pH=7.0); 용매 B: 80% 50 mM 인산나트륨 (pH=7.0), 20% IPA; 유속: 3.0 ml/분
3. 구배:
a. %A %B 컬럼 부피
b. 100 0 0.1
c. 0 100 3
d. 0 100 1.35
e. 100 0 0.1
f. 100 0 0.5
소수성 상호작용 크로마토그래피 방법-2(HIC 방법-2)
1. 컬럼: Tosoh Bioscience TSKgel Butyl-NPR 4.6mm ID x 10cm 2.5 μm
2. 용매 A: 100 mM 인산나트륨 + 1.8 M 황산암모늄 (pH=7.0); 용매 B: 80% 100 mM 인산나트륨 (pH=7.0), 20% IPA; 유속: 0.5 ml/분
3. 구배:
a. 시간 %A %B
b. 0 100 0
c. 3 50 50
d. 21 0 100
e. 23 0 100
f. 25 100 0
도 14는 EGFR 항체-PEG24-멜리틴(로딩 =~1)의 HPLC 크로마토그램을 도시한다. 도 15는 EGFR 항체-멜리틴(n=~1)의 HPLC 크로마토그램을 도시한다. 도 16은 EGFR 항체-멜리틴(n=1)의 질량 스펙트럼을 나타낸다. 도 17은 EGFR 항체-PEG1kDa-INF7(펩타이드 로딩 = ~1)의 HIC 크로마토그램을 나타낸다. 도 18은 EGFR 항체-INF7(펩타이드 로딩 = ~1)의 HPLC 크로마토그램을 나타낸다.
실시예 7: EEP -항체- siRNA -PEG 접합체의 합성, 정제 및 분석
Figure pct00091
단계 1: PEG24 링커 후 SH - Cys - 펩타이드 - CONH 2 EGFR - Ab - siRNA -PEG에의 접합
1의 siRNA 로딩을 갖는 EGFR-Ab-siRNA-PEG 접합체를 PBS, pH 7.4 완충액 중의 4 당량의 PEG1k 링커(석신이미딜 4-(N-말레이미도메틸)사이클로헥산-1-카르복실레이트)과 접합시키고, 실온에서 1.5시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 PEG1k 링커를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 PBS 완충액 pH 7.4를 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고 4 당량의 SH-Cys-펩타이드-CONH2를 실온에서 첨가하고, 밤새 회전시켰다.
단계 2: 정제
그리고 나서, 반응하지 않은 펩타이드가 HPLC에 의해 모니터링할 때 제거될 때까지, 반응 혼합물을 PBS 완충액 pH7.4 및 50 kDa 아미콘(Amicon) 스핀 필터를 사용한 반복된 스핀 여과에 의해 정제하였다. 생성물은 0, 1, 2, 3 이상의 펩타이드가 항체 백본에 접합된 접합체의 혼합물을 함유한다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도 및 펩타이드 로딩을 HIC 방법-2 또는 양이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다. 실시예 7에 기재된 방법을 사용하여 제조된 접합체의 예가 표 20에 나타나 있다.
표 20. (A-X-B-Y- Cn )-L-D 접합체의 목록
Figure pct00092
도 19는 INF7-PEG1kDa-(EGFR 항체-KRAS-PEG5kDa)를 나타낸다. 도 20은 멜리틴-PEG1kDa-(EGFR 항체-KRAS-PEG5kDa)를 나타낸다.
실시예 8: EGFR 항체- siRNA -PEG 접합체(PK-055)의 생체내 약물동역학 연구
피하 옆구리 H358 종양 100-150 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=3)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사를 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=4)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. EGFR 항체-siRNA-PEG 접합체를 투여한 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하고 콜레스테롤-siRNA 접합체를 받은 그룹에 15 mg/kg을 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 비말단 혈액 샘플을 투여 후 2, 15, 또는 60 분에 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 24, 96, 또는 168시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 표 21은 연구 설계를 더 상세히 기술하며 접합체 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조를 제공한다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고 처리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 종양, 간, 신장, 및 폐의 50 mg 조각을 수집하고 액체 질소에서 급속동결시켰다. mRNA 넉다운 분석 및 siRNA 정량을 실시예 2-7에 기재된 바와 같이 수행하였다.
표 21. 시험된 접합체의 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조와 함께 EGFR 항체-siRNA-PEG 접합체(PK-055)에 대한 연구 설계.
Figure pct00093
다양한 분자량의 PEG 링커 및 소분자 링커를 사용하여 EGFR siRNA를 EGFR 항체(EGFR-Ab)에 부착시키고, PK를 분석하여 혈장에서 mAb-siRNA 접합체의 거동에 대한 링커 분자량의 효과를 결정하였다. 도 21에 도시된 바와 같이, PEG 링커의 분자량은 10 kDa PEG가 더 빠른 siRNA 제거율(즉, 더 늦은 시간에 더 낮은 혈장 농도)을 야기한 것을 제외하고는 혈장 PK에 대해 큰 영향을 미치지 않는다. EGFR-Ab에 관한 siRNA 및 PEG의 배향을 또한 연구하였다. 도 22에 도시된 바와 같이, EGFR-Ab 및 PEG5k 사이에 siRNA를 갖는 것(EGFR 항체-KRAS-PEG5k)은 EGFR-Ab 및 siRNA 사이에 PEG5k가 있는 대안적인 접합체(EGFR 항체-PEG5k-EGFR)보다 유의하게 더 높은 혈장 농도를 초래한다. 일부 경우, 이들 접합체 상에 2개의 상이한 siRNA를 사용하는 것은 혈장 동역학에 영향을 미치지 않는다.
EGFR-Ab 상의 약물 로딩을 또한 EGFR-Ab당 n=1 및 n=2 siRNA를 이용하여 조사하였다. 도 23에 도시된 바와 같이, EGFR-Ab당 오직 1개의siRNA를 갖는 것은 훨씬 더 높은 혈장 농도를 초래한 반면, EGFR-Ab당 n=2 siRNA의 더 높은 로딩은 혈장으로부터 더 빠른 제거율을 초래하였다. 엔도솜 탈출 펩타이드(멜리틴)를 부가하는 영향을 평가하였다. EGFR 항체-KRAS-PEG5k 및 EGFR 항체-멜리틴을 용액에서 함께 혼합하고 공동주사하였다. 도 24에 도시된 바와 같이, EGFR 항체-멜리틴의 존재는 이후의 시간에 EGFR 항체-KRAS-PEG5k의 혈장으로부터의 제거율을 증가시킨다.
다음으로, 콜레스테롤-siRNA 접합체의 혈장 PK를 꼬리 정맥 주사를 통한 정맥내 투여 후 mAb-siRNA 접합체와 비교하였다. 도 25에 도시된 바와 같이, chol-siRNA 접합체는 mAb-siRNA 접합체보다 혈장으로부터 훨씬 더 빠르게 제거된다. PK 프로파일에 도시된 바와 같이, 접합체 상에 EGFR 또는 KRAS siRNA를 갖는 것은 혈장 동역학에 영향을 미치지 않았다.
혈장 PK 분석 외에, 투여 후 다양한 시간에 조직에서 siRNA 농도를 결정하여 조직 PK를 결정하였다. 조직 농도를 pmol/g으로 측정한 다음, 조직의 밀도를 1 g/mL로 가정하여 pmol/mL로 변환하였다. 도 26에서, 1 nM의 농도 = 1 nmol/L = 1 pmol/mL = 1 pmol/g 조직이다. 도 26A에 도시된 바와 같이, 0.5 mg/kg의 EGFR 항체-siRNA의 단일 정맥내 투여는 사실상 모든 접합체에 대해 투여 후 24시간에 종양에서 대략 100 nM 농도의 siRNA를 초래하였다. 이들 EGFR 항체-링커-siRNA 접합체의 경우, EGFR-Ab 및 EGFR siRNA 사이의 링커의 분자량은 피하 옆구리 H358 종양에서 이들 접합체의 pK를 변경하지 않는 것으로 보인다. 도 26B에 도시된 바와 같이, 0.5 mg/kg의 EGFR 항체-siRNA의 단일 정맥내 투여 후 간에서 siRNA의 농도는 종양에서 관찰된 것과 유사하게 투여 후 24시간에 대략 100 nM이다. 투여 후 24시간에 소분자 링커만이 더 긴 PEG 링커에서 관찰된 것의 대략 절반의 간에서의 siRNA 농도를 생성한다. siRNA 농도는 이들 EGFR 항체-링커-siRNA 접합체를 이용하여 종양 및 간 조직 모두에서 시간이 경과함에 따라 감소한다.
EGFR-Ab에 관한 siRNA 및 PEG의 배향을 또한 조직 PK 프로파일와 관련하여 연구하였다. 도 27에 도시된 바와 같이, EGFR 항체-KRAS-PEG5k 및 EGFR 항체-PEG5k-EGFR 접합체 모두는 0.5 mg/kg의 단일 정맥내 투여 후 종양 및 간 모두 내로 대략 100 nM siRNA를 전달한다. 그러나, EGFR 항체-KRAS-PEG5k는 투여 후 168시간까지 대략 100 nM에서 종양에서 siRNA 농도를 유지하지만, 다른 3개의 곡선은 시간이 경과함에 따라 농도가 감소한다. 다음으로, 약물 로딩의 함수로서 조직 PK를 평가하였다. 도 28에 도시된 바와 같이, EGFR-Ab당 n=1 siRNA는 간과 비교하여 종양 내로 더 많은 양의 siRNA를 전달하였다. 그러나, EGFR-Ab당 n=2 siRNA로 siRNA 로딩을 증가시키는 것은 간에 전달되는 siRNA의 양을 증가시켰고 종양에 전달되는 siRNA의 양을 증가시켰다. 또한, 엔도솜 탈출 기능을 도입하기 위해 EGFR 항체-멜리틴을 일부 제제와 혼합하였다. 도 29에 도시된 바와 같이, EGFR 항체-멜리틴을 EGFR 항체-siRNA와 혼합하고 공통투여하는 것은 조직 PK에 큰 영향을 미치지 않았다. 멜리틴의 첨가는 종양에서 siRNA의 흡수를 증가시켰고 간에서 siRNA의 흡수를 증가시켰다.
간 및 피하 옆구리 H358 종양에서 콜레스테롤-siRNA 접합체(EGFR 및 KRAS siRNA 모두를 사용함)의 조직 PK 프로파일을 또한 평가하였다. 도 30에 도시된 바와 같이, 두 chol-siRNA 접합체는 15 mg/kg의 단일 정맥내 투여 후 24시간에 간 내로 대략 5 μM 농도의 siRNA를 전달하였다. 간에서, chol-KRAS는 1주 시간 척도로 chol-EGFR보다 약간 더 빠르게 제거되는 것으로 보인다. 2개의 상이한 chol-siRNA 접합체는 추가로 종양에서 상이한 PK 프로파일을 나타낸다. 두 콜레스테롤 접합체는 간과 비교하여 종양 내로 적은 siRNA를 전달하지만, chol-EGFR은 chol-KRAS 접합체와 비교하여 종양 내로 더 많은 siRNA를 전달한다. 두 chol-siRNA 접합체는 시간이 경과함에 따라 그리고 유사한 기울기로 종양으로부터 제거된다.
PD 분석 후 PK 분석. 도 31A에 도시된 바와 같이, chol-KRAS 접합체는 15 mg/kg의 단일 정맥내 투여 후 종양에서 KRAS 표적 유전자의 단지 미미한(~25%) mRNA 넉다운을 야기하였다. 그러나, 도 31B에 도시된 바와 같이, 동일한 15 mg/kg 용량의 chol-KRAS는 마우스 간에서 >50% mRNA 넉다운을 야기할 수 있었다. chol-EGFR 접합체는 도 32에 도시된 바와 같이, 종양에서 >50% mRNA 넉다운을 야기할 수 있었다. 일부 경우, chol-KRAS과 비교하여 종양에서 chol-EGFR의 더 높은 넉다운은 chol-KRAS와 비교하여 chol-EGFR로 종양에서 관찰된 더 높은 siRNA 농도 때문이다(도 30). 최종적으로, 도33 및 34에 도시된 바와 같이, 대부분의 EGFR 항체-siRNA 접합체는 단일 IV 투여 후 종양에서, 그러나 chol-siRNA 접합체와 비교하여 훨씬 더 낮은 용량(0.5 mg/kg)에서, 대략 25-50% EGFR 또는 KRAS mRNA 넉다운을 초래하였다.
실시예 9: 추가의 항체- siRNA 접합체의 합성, 정제 및 분석
Figure pct00094
단계 1: SMCC 링커 후 SH - siRNA와의 항체 접합
항체를 완충액 1X 인산염 완충액(pH 7.4)으로 교환하고 10 mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, DMSO에 용해된 2 당량의 SMCC 링커를 첨가하고 실온에서 4시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 SMCC 링커를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 PBS pH 7.4를 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 항체-말레이미드 접합체를 반응 용기 내로 수집하고 SH-C6-siRNA 또는 SH-C6-siRNA-C6-NHCO-PEG-XkDa(2 당량)(X= 0.5 kDa 내지 10 kDa)를 5mM EDTA를 갖는 pH 7.4 PBS에서 실온에서 첨가하고 밤새 회전시켰다. 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피 방법-2에 의한 반응 혼합물의 분석은 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 항체 siRNA 접합체를 나타내었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR>2 항체-siRNA-PEG 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 SAX 크로마토그래피, SEC 크로마토그래피 및 SDS-PAGE 분석에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다. 모든 DAR1 접합체는 일반적으로 9.0 ±0.4 분에 용리된 반면 DAR2 및 DAR3 접합체는 일반적으로 9.7 ±0.2 분에 용리되었다. 전형적인 DAR1 접합체는 정제 후 90% 초과로 순수한 반면, 전형적인 DAR>2 리신 접합체는 70-80% DAR2 및 20-30% DAR3을 함유한다.
Figure pct00095
단계 1: TCEP를 이용한 항체 사슬간 디설파이드 환원
항체를 붕사 완충액(pH 8)으로 완충액을 교환하고 10 mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 2 당량의 물 중의 TCEP를 첨가하고 실온에서 2시간 동안 회전시켰다. 생성된 반응 혼합물을 5 mM EDTA를 함유하는 pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하고, 실온에서 5 mM EDTA를 함유하는 pH 7.4 PBS 중의 SMCC-C6-siRNA 또는 SMCC-C6-siRNA-C6-NHCO-PEG-XkDa(2 당량)(X= 0.5 kDa 내지 10 kDa)의 용액에 첨가하고, 밤새 회전시켰다. 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의한 반응 혼합물의 분석은 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 항체 siRNA 접합체를 나타내었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR>2 항체-PEG-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 SEC, SAX 크로마토그래피 및 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2 또는 음이온 교환 크로마토그래피 방법-3을 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다. 단리된 DAR1 접합체는 전형적으로 분석 SAX 방법-2에서 9.0 + 0.3분에 용리되고 90% 초과로 순수하다. 전형적인 DAR>2 시스테인 접합체는 85% 초과의 DAR2 및 15% 미만의 DAR3을 함유한다.
Figure pct00096
단계 1: TCEP를 이용한 항체 사슬간 디설파이드 환원
항체를 붕사 완충액(pH 8)으로 완충액을 교환하고 10 mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 2 당량의 물 중의 TCEP를 첨가하고 실온에서 2시간 동안 회전시켰다. 생성된 반응 혼합물을 5 mM EDTA를 함유하는 pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하고, 실온에서 5 mM EDTA를 함유하는 pH 7.4 PBS 중의 CBTF-C6-siRNA-C6-NHCO-PEG-5kDa(2 당량)의 용액에 첨가하고, 밤새 회전시켰다. 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의한 반응 혼합물의 분석은 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 항체 siRNA 접합체를 나타내었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR≥2 항체-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다. 전형적인 DAR>2 시스테인 접합체는 85% 초과의 DAR2 및 15% 미만의 DAR3 또는 그 이상을 함유한다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2 또는 음이온 교환 크로마토그래피 방법-3을 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다.
Figure pct00097
단계 1: TCEP를 이용한 항체 환원
항체를 붕사 완충액(pH 8)으로 완충액을 교환하고 5mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 물 중의 2 당량의 TCEP를 첨가하고 실온에서 2시간 동안 회전시켰다. 생성된 반응 혼합물을 5 mM EDTA를 함유하는 pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하고, 실온에서 5 mM EDTA를 함유하는 pH 7.4 PBS 중의 MBS-C6-siRNA-C6-NHCO-PEG-5kDa(2 당량)의 용액에 첨가하고, 밤새 회전시켰다. 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의한 반응 혼합물의 분석은 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 항체 siRNA 접합체를 나타내었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR>2 항체-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다. 전형적인 DAR>2 시스테인 접합체는 85% 초과의 DAR2 및 15% 미만의 DAR3 또는 그 이상을 함유한다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2 또는 음이온 교환 크로마토그래피 방법-3을 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다.
Figure pct00098
단계 1: TCEP를 이용한 항체 환원
항체를 붕사 완충액(pH 8)으로 완충액을 교환하고 5mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 물 중의 2 당량의 TCEP를 첨가하고, 실온에서 2시간 동안 회전시켰다. 생성된 반응 혼합물을 5 mM EDTA를 함유하는 pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하고, 실온에서 5 mM EDTA를 함유하는 pH 7.4 PBS 중의 MBS-C6-siRNA-C6-NHCO-PEG-5kDa(2 당량)의 용액에 첨가하고, 밤새 회전시켰다. 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의한 반응 혼합물의 분석은 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 항체 siRNA 접합체를 나타내었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR>2 항체-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다. 전형적인 DAR>2 시스테인 접합체는 85% 초과의 DAR2 및 15% 미만의 DAR3 또는 이상을 함유한다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2 또는 음이온 교환 크로마토그래피 방법-3을 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다.
Figure pct00099
단계 1: SPDP 링커 후 SH - siRNA - PEG5kDa와의 항체 접합
항체를 pH 7.4 1X PBS로 완충액을 교환하고 10 mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 2 당량의 SPDP 링커 [석신이미딜 3-(2-피리딜디티오)프로피오네이트] 또는 그의 메틸화 형태를 첨가하고, 실온에서 4시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 SPDP 링커를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 pH 7.4 PBS 완충액을 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고, pH 7.4 PBS 중의 2 당량의 SH-C6-siRNA-PEG5kDa를 실온에서 첨가하고, 밤새 회전시켰다. 반응 혼합물을 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의해 분석하였고, 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 접합체가 관찰되었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR>2 항체-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다. 전형적인 DAR>2 리신 접합체는 70 내지 80% DAR2 및 20 내지 30% DAR3 또는 이상을 함유한다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다.
Figure pct00100
단계 1: 항체 환원 및 피리딜디티오 - siRNA - PEG5kDa와의 접합
항체를 pH 8.0 붕사 완충액으로 완충액을 교환하고 10 mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 1.5 당량의 TCEP를 첨가하고, 반응 혼합물을 실온에서 1시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 TCEP를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터를 사용한 스핀 여과에 의해 제거하고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고, pH 7.4 PBS 중의 2 당량의 피리딜디티오-C6-siRNA-PEG5kDa를 실온에서 첨가하고, 밤새 회전시켰다. 반응 혼합물을 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의해 분석하였고, 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 접합체가 관찰되었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR>2 항체-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다. 전형적인 DAR>2 시스테인 접합체는 90% DAR2 및 10% DAR3 또는 이상을 함유한다.
Figure pct00101
단계 1: 항체 환원 및 말레이미드 -ECL- siRNA - PEG5kDa와의 접합
항체를 pH 8.0 붕사 완충액으로 완충액을 교환하고 10 mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 1.5 당량의 TCEP(Tris(2-카르복시에틸)포스핀 하이드로클로라이드) 시약을 첨가하고, 실온에서 1시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 TCEP를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 5mM EDTA를 갖는 pH 7.4 PBS 완충액을 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고, pH 7.4 PBS 중의 1.5 당량의 말레이미드-ECL-C6-siRNA-PEG5kDa를 실온에서 첨가하고, 밤새 회전시켰다. 반응 혼합물을 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의해 분석하였고, 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 접합체가 관찰되었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR>2 항체-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다. 전형적인 DAR>2 리신 접합체는 70 내지 80% DAR2 및 20 내지 30% DAR3 또는 이상을 함유한다.
Figure pct00102
단계 1: NHS - PEG4 - TCO 메틸테트라진 - PEG4 - siRNA - PEG5kDa와의 항체 접합
항체를 pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하고 5mg/ml 농도로 만들었다. 이 용액에, 2 당량의 NHS-PEG4-TCO 링커를 첨가하고, 실온에서 4시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 링커를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 pH 7.4 PBS를 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고, pH 7.4 PBS 중의 2 당량의 메틸테트라진-PEG4-siRNA-PEG5kDa를 실온에서 첨가하였다. 반응 혼합물을 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의해 분석하였고, 항체-siRNA 접합체가 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 관찰되었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR>2 항체-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다. 전형적인 DAR>2 리신 접합체는 70-80% DAR2 및 20-30% DAR3 또는 이상을 함유한다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체의 특성 및 순도를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다.
Figure pct00103
단계 1: 항체 글리칸 변형 및 Gal-N 3 부가
항체를 pH 6.0, 50 mM 인산나트륨 완충액으로 완충액을 교환하고, EndoS2로 37℃에서 16시간 동안 처리하였다. 반응 혼합물을 TBS 완충액(20 mM Tris, 0.9% NaCl, pH 7.4)으로 완충액을 교환하고, UDP-GalNAz를 첨가한 후 50 mM Tris, 5mM EDTA(pH 8) 중의 MnCl2, 및 Gal-T(Y289L)을 첨가하였다. 최종 용액은 0.4 mg/mL 항체, 10 mM MnCl2, 1 mM UDP-GalNAz, 및 0.2 mg/mL Gal-T(Y289L)의 농도를 함유하였고 30℃에서 밤새 배양하였다.
단계 2: 아지드( azide ) 변형된 항체에의 DIBO -PEG- TCO 접합
단계-1의 반응 혼합물을 PBS로 완충액을 교환하고, 2 당량의 DIBO-PEG4-TCO 링커를 첨가하고, 실온에서 6시간 동안 회전시켰다. 반응하지 않은 링커를 50 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 pH 7.4 PBS를 사용한 스핀 여과에 의해 제거하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고, 단계-3에서와 같이 사용하였다.
단계 3: TCO 표지된 항체에의 메틸 테트라진 - siRNA 접합
pH 7.4 PBS 중의 2 당량의 메틸테트라진-PEG4-siRNA-PEG5kDa를 단계-2의 잔류액에 첨가하고, 실온에서 1시간 동안 회전시켰다. 반응 혼합물을 분석 SAX 컬럼 크로마토그래피에 의해 분석하였고, 항체-siRNA 접합체가 반응하지 않은 항체 및 siRNA와 함께 관찰되었다.
단계 4: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR>2 항체-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다. 전형적인 DAR>2 리신 접합체는 70-80% DAR2 및 20-30% DAR3 또는 이상을 함유한다.
단계-5: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체의 특성 및 순도를 질량 분석법 또는 SDS-PAGE에 의해 규명하였다. 접합체의 순도를 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다.
Figure pct00104
단계 1: 펩신을 이용한 항체 소화
항체를 pH 4.0, 20 mM 아세트산나트륨/아세트산 완충액으로 완충액을 교환하고, 5mg/ml 농도로 만들었다. 고정화된 펩신(Thermo Scientific, Prod#20343)을 첨가하고, 37℃에서 3시간 동안 배양하였다. 반응 혼합물을 30 kDa MWCO 아미콘(Amicon) 스핀 필터 및 pH 7.4 PBS를 사용하여 여과하였다. 잔류액(retentate)을 수집하고 크기 배제 크로마토그래피를 사용하여 정제하여 F(ab')2를 단리하였다. 그리고 나서, 수집된 F(ab')2를 10 당량의 TCEP에 의해 환원시키고, pH 7.4 PBS에서 실온에서 SMCC-C6-siRNA-PEG5와 접합시켰다. SAX 크로마토그래피 상에서의 반응 혼합물의 분석은 반응하지 않은 Fab 및 siRNA-PEG와 함께 Fab-siRNA 접합체를 나타내었다.
단계 2: 정제
조 반응 혼합물을 음이온 교환 크로마토그래피 방법-1을 사용한 AKTA explorer FPLC에 의해 정제하였다. DAR1 및 DAR2 Fab-siRNA 접합체를 함유하는 분획을 분리하고, 농축시키고, pH 7.4 PBS로 완충액을 교환하였다.
단계-3: 정제된 접합체의 분석
단리된 접합체의 특성 및 순도를 SDS-PAGE 및 음이온 교환 크로마토그래피 방법-2를 사용한 분취용 HPLC에 의해 평가하였다.
정제 및 분석 방법
음이온 교환 크로마토그래피 방법-1.
컬럼: Tosoh Bioscience, TSKGel SuperQ-5PW, 21.5 mm ID X 15 cm, 13 um
용매 A: 20 mM TRIS 완충액, pH 8.0; 용매 B: 20 mM TRIS, 1.5 M NaCl, pH 8.0; 유속: 6.0 ml/분
구배:
a. %A %B 컬럼 부피
b. 100 0 1.00
c. 60 40 18.00
d. 40 60 2.00
e. 40 60 5.00
f. 0 100 2.00
g. 100 0 2.00
음이온 교환 크로마토그래피 방법-2
컬럼: Thermo Scientific, ProPac™ SAX-10, Bio LC™, 4 X 250 mm
용매 A: 80% 10 mM TRIS pH 8, 20% 에탄올; 용매 B: 80% 10 mM TRIS pH 8, 20% 에탄올, 1.5 M NaCl; 유속: 1.0 ml/분
구배:
a. 시간 %A %B
b. 0.0 90 10
c. 3.00 90 10
d. 11.00 40 60
e. 13.00 40 60
f. 15.00 90 10
g. 20.00 90 10
음이온 교환 크로마토그래피 방법-3
컬럼: Thermo Scientific, ProPac™ SAX-10, Bio LCTM, 4 X 250 mm
용매 A: 80% 10 mM TRIS pH 8, 20% 에탄올; 용매 B: 80% 10 mM TRIS pH 8, 20% 에탄올, 1.5 M NaCl
유속: 0.75 ml/분
구배:
a. 시간 %A %B
b. 0.0 90 10
c. 3.00 90 10
d. 11.00 40 60
e. 23.00 40 60
f. 25.00 90 10
g. 30.00 90 10
크기 배제 크로마토그래피 방법-1
컬럼: TOSOH Biosciences, TSKgelG3000SW XL, 7.8 X 300 mm, 5μM
이동상: 150 mM 인산염 완충액
유속: 20분 동안 1.0 ml/분
siRNA 합성
모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고, HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다.
각각의 siRNA 패신저 가닥은 가닥의 각 말단에 하나씩 C6-NH2 및 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유한다. 5' 말단에 C6-NH2 핸들을 갖는 패신저 가닥은 그의 3' 말단에 C6-SH를 함유하고, 3' 말단에 C6-NH2 핸들을 함유하는 가닥은 그의 5' 말단에 C6-SH를 함유한다. 두 접합 핸들은 역위된 무염기 포스포디에스테르 또는 포스포로티오에이트를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합된다.
패신저 가닥의 5' 말단에 C6-NH2 접합 핸들 및 3' 말단에 C6-SH를 갖는 siRNA의 대표적인 구조.
Figure pct00105
실시예 10-41에 기재된 ASC 구조
ASC 구조-1: 항체-Lys-SMCC-S-3'-패신저 가닥. 이 접합체를 패신저 가닥의 3' 말단에 있는 티올에 대한 항체 리신-SMCC 접합에 의해 생성하였다.
Figure pct00106
ASC 구조-2: 항체-Cys-SMCC-3'-패신저 가닥. 이 접합체를 패신저 가닥의 3' 말단에 있는 SMCC에 대한 항체 사슬간 시스테인 접합에 의해 생성하였다.
Figure pct00107
ASC 구조-3: 항체-Lys-SMCC-S-5'-패신저 가닥. 이 접합체를 패신저 가닥의 5' 말단에 있는 C6-티올에 대한 항체 리신-SMCC 접합에 의해 생성하였다.
Figure pct00108
ASC 구조-4: 항체-Cys-SMCC-5'-패신저 가닥. 이 접합체를 패신저 가닥의 5' 말단에 있는 SMCC에 대한 항체 사슬간 시스테인 접합에 의해 생성하였다.
Figure pct00109
ASC 구조-5: 항체-Lys-PEG-5'-패신저 가닥. 이 접합체를 패신저 가닥의 5' 말단에 있는 테트라진에 대한 항체 PEG-TCO 접합에 의해 생성하였다.
Figure pct00110
ASC 구조-6: 항체-Lys-PEG-5'-패신저 가닥. 이 접합체를 패신저 가닥의 5' 말단에 있는 테트라진에 대한 항체 PEG-TCO 접합에 의해 생성하였다.
Figure pct00111
ASC 구조- 7: 5' 말단에 역위된 무염기가 없는 항체-Cys-PEG-5'-패신저 가닥. 이 접합체를 구조-2와 유사한 절차를 사용하여 생성하였다. 항체를 패신저 가닥 5' 말단 당 상의 아민에 직접 접합하였다.
Figure pct00112
잘루투무맙 ( EGFR - Ab )
잘루투무맙은 인간 표피 성장 인자 수용체(EGFR)에 대한 완전 인간 IgG1κ 단클론 항체이다. 그것은 인간 항-EGFR 항체를 생산하는 하이브리도마 세포주(2F8)로부터 유래된 항체 유전자를 갖는 GS 벡터를 이용한 형질감염에 의해 CHO 세포주 CHO-K1SV로부터 유래된 차이니즈 햄스터 난소 세포주 DJT33에서 생산된다. 표준 포유동물 세포 배양 및 정제 기술이 잘루투무맙의 제조에 사용된다.
글리칸이 없는 잘루투무맙의 이론적인 분자량(MW)은 146.6 kDa이다. 항체의 주요 당화된 아형의 실험적 MW는 질량 분석법에 의해 결정된 바와 같이149 kDa이다. 환원 조건 하에 SDS-PAGE를 사용하여, 경쇄의 MW는 대략 25 kDa이고 중쇄의 MW는 대략 50 kDa인 것으로 밝혀졌다. 중쇄는 2개의 사슬간 디설파이드 결합에 의해 서로 결합되고, 하나의 경쇄는 단일쇄간 디설파이드 결합에 의해 각 중쇄에 부착된다. 경쇄는 2개의 사슬내 디설파이드 결합을 가지며, 중쇄는 4개의 사슬내 디설파이드 결합을 갖는다. 항체는 N-아세틸-글루코사민, 만노스, 푸코스 및 갈락토스로 구성된 글리칸으로 중쇄의 Asn305에서 N-결합된 당화되어 있다. 존재하는 주요 글리칸은 0개 또는 1개의 말단 갈락토스 잔기를 함유하는 푸코실화 바이안테너리(bi-antennary) 구조이다. IgG1κ 항체의 하전된 아형 패턴을 영상 모세관 IEF, 아가로스 IEF 및 분석 양이온 교환 HPLC를 사용하여 조사하였다. 다수의 하전된 아형이 발견되며, 주요 아형은 대략 8.7의 등전점을 갖는다.
잘루투무맙의 주요 작용 기전은 A431 암 세포에서 EGF유도 EGFR 인산화의 농도 의존적 억제이다. 또한, 낮은 항체 농도에서 항체-의존적 세포 매개 세포독성(ADCC)의 유도가 전임상 세포 시험관내 연구에서 관찰되었다.
파니투무맙 ( EGFR2 - Ab )
파니투무맙은 임상적으로 승인된, 표피 성장 인자 수용체(EGFR)에 특이적인 완전 인간 IgG2 하위부류 단클론 항체이다. 파니투무맙은 2개의 감마 중쇄 및 2개의 카파 경쇄를 갖는다. 당화된 파니투무맙은 대략 147 kDa의 총 분자량을 갖는다. 파니투무맙은 중쇄에 위치한 단일 공통 N-결합된 당화 부위를 갖는 당단백질로서 발현된다. 파니투무맙은 차이니즈 햄스터 난소(CHO) 세포로부터 생산되며, 일련의 크로마토그래피 단계, 바이러스 불활성화 단계, 바이러스 여과 단계 및 한외여과/정용여과 단계에 의해 정제된다.
파니투무맙은 EGFR의 리간드 결합 부위에서 경쟁적 길항제로서 작용하여 EGF 및 이 수용체에 대한 천연 리간드인 형질전환 성장 인자 α에 의해 매개된 결합 및 신호전달을 억제한다. EGFR에 결합하는 파니투무맙의 친화도는 BIAcore 방법을 사용하여 재조합 EGFR에서 3.5 및 5.7 x 10-12M인 것으로 결정되었다. EGF의 결합의 억제는 EGFR을 발현하는 인간 표피 암종 세포주인 A431 세포에서 나타났다. EGFR의 세포내 산성화, 인산화 및 내재화는 A431 세포에서 파니투무맙에 의해 용량-의존적 방식으로 차단되었다. 파니투무맙은 또한 동일한 세포주에서 시험관내 및 생체내에서 세포 성장을 억제하는 것으로 나타났다.
헤르셉틴( EGFR3 - Ab )
헤르셉틴은 Her2로도 알려진, 임상적으로 승인된, 표피 성장 인자 수용체2(EGFR2)에 특이적인 인간화 IgG1 하위부류 단클론 항체이다. 헤르셉틴은 카파 경쇄와 함께 인간 Fc γ1 아형을 갖는다.
PSMA - Ab
PSMA-Ab는 전립선 특이적 막 항원(PSMA)에 특이적인 인간화 IgG1 하위부류 단클론 항체이다.
ASGR1 - Ab
ASGR mAb-Sino103은 마우스 아시알로당단백질 수용체1(ASGPR1)에 결합하는 토끼 IgG 단클론 항체이다. 그것은 Sino Biologicals Inc.(Cat # 50083-R103)에 의해 공급된다.
ASGR2 - Ab
ASGR mAb-R&D는 마우스 아시알로당단백질 수용체1(ASGPR1)에 결합하는 랫트 IgG2A 하위부류 단클론 항체이다. 그것은 하이브리도마 배양 상층액으로부터 단백질 A 또는 G에 의해 정제되며 R&D Systems(Cat # MAB2755)에 의해 공급된다.
siRNA - TriGalNAc 접합체
siRNA triGalNAc 접합체를 Lys-Lys 디펩타이드를 사용하여 합성하였다. 보호된 triGalNAc를 디펩타이드 PEG 링커와 결합하고 정제하였다. triGalNAc-디펩타이드 상의 카르복실산 보호기를 제거한 후 siRNA 패신저 가닥의 5' 말단에 접합하였다.
Figure pct00113
실시예 10: 2016 -PK-163- LNCap
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하였고, HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 수득하였다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH인 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르 -역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 3-4에서 사용된 AXBYC 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이, ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. AXB 및 AXCYB 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 제조하였다.
생체내 연구 설계
피하 옆구리 LNCaP 종양 100-350 mm3 부피를 갖는 암컷 SCID SHO 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 처리군 1-6에 하기 연구 설계에 따라 1.0 또는 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 표 22는 연구 설계를 더 상세히 기술한다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같은 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로서 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같은 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. siRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 사용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환시켰다.
표 22
Figure pct00114
PSMA-Ab에 관한 siRNA 및 PEG의 배향을 생체내 마우스 종양 모델에서 연구하였다. 도 50A에 도시된 바와 같이, PSMA-Ab 및 PEG5k 사이에 siRNA를 갖는 것(PSMA-Ab(Cys)-EGFR-PEG5k 또는 AXBYC 포맷)은 PSMA-Ab 및 siRNA 사이에 PEG5k가 있는 대안적인 접합체(PSMA-Ab(Cys)-PEG5k-EGFR 또는 AXCYB 포맷)에 비해 종양에서 더 높은 수준의 EGFR mRNA 넉다운을 초래하였다. 이 접근법(AXBYC)은 또한 PEG5K가 없는 접합체(PSMA-Ab(Cys)-EGFR 또는 AXB 포맷)와 비교하여 종양에서 더 높은 수준의 EGFR mRNA 넉다운을 초래하였다.
PSMA-Ab에 관한 siRNA 및 PEG의 배향을 또한 조직 PK 프로파일에 대해 연구하였다. 조직 농도를 pmol/g으로 측정한 다음, 조직의 밀도를 1 g/mL로 가정하여 pmol/mL로 변환하였다(1 nM의 농도 = 1 nmol/L = 1 pmol/mL = 1 pmol/g 조직). 도 50B에 도시된 바와 같이, PSMA-Ab 및 PEG5k 사이에 siRNA를 갖는 것(AXBYC)은 PEG5k가 PSMA-Ab 및 siRNA 사이에 있는 대안적인 접합체(AXCYB)에 비해 종양으로의 더 높은 수준의 siRNA 전달을 초래하였다. 이 접근법(AXBYC)은 PEG5K가 없는 접합체(AXB)에 비해 종양으로의 더 높은 수준의 EGFR siRNA 전달을 초래하였다.
마우스 LNCaP 피하 이종이식 모델에서, 항체 siRNA 접합체에 대한 AXBYC 포맷은, AXCYB 및 AXB 포맷에 비해, 종양 조직에서 더 높은 수준의 siRNA 축적 및 더 큰 크기의 EGFR mRNA 넉다운을 초래하였음이 입증되었다. LNCap 종양은 인간 PSMA를 발현하여, 정맥내 투여 후 PSMA 표적화된 siRNA 접합체의 종양 조직 특이적 축적, 수용체 매개 흡수 및 표적 유전자의 siRNA 촉진 넉다운을 초래하였다.
실시예 11: 2016 -PK-202- LNCap
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고, HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에서 C6-NH2 및 3' 말단에서 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고, HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 규명
그룹 3-5 및 7에서 사용된 AXBYC 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. AXB(그룹 1-2) 및 AXCYB(그룹 6) 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 제조하였다.
생체내 연구 설계
피하 옆구리 LNCaP 종양 100-350 mm3 부피를 갖는 암컷 SCID SHO 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 처리군 1-6에 하기 연구 설계에 따라 1.0 또는 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 표 23은 연구 설계를 보다 상세하게 기술한다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절하게 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. siRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고 Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환시켰다.
표 23
Figure pct00115
PSMA-Ab에 관한 siRNA 및 PEG의 배향을 또한 생체내 마우스 종양 모델에서 연구하였다. 도 51A에 도시된 바와 같이, PSMA-Ab 및 PEG5k 사이에 siRNA를 갖는 것(PSMA-Ab(Cys)-EGFR-PEG5k 또는 AXBYC 포맷))은 PEG5k가 PSMA-Ab 및 siRNA 사이에 있는 대안적인 접합체(PSMA-Ab(Cys)-PEG5k-EGFR 또는 AXCYB 포맷)에 비해 종양에서 더 높은 수준의 EGFR mRNA 넉다운을 초래하였다. 이 접근법(AXBYC)은 또한 PEG5K가 없는 접합체(PSMA-Ab(Cys)-EGFR 또는 AXB 포맷)에 비해 종양에서 더 높은 수준의 EGFR mRNA 넉다운을 초래하였다.
PSMA-Ab에 관한 siRNA 및 PEG의 배향을 또한 조직 PK 프로파일에 대해 연구하였다. 조직 농도를 pmol/g으로 측정한 다음 조직의 밀도를 1 g/mL로 가정하여 pmol/mL로 변환시켰다(1 nM의 농도 = 1 nmol/L = 1 pmol/mL = 1 pmol/g 조직). 도 51B에 도시된 바와 같이, PSMA-Ab 및 PEG5k 사이에 siRNA를 갖는 것(PSMA-Ab(Cys)-EGFR-PEG5k 또는 AXBYC)은 PEG5k가 PSMA-Ab 및 siRNA 사이에 있는 대안적인 접합체(PSMA-Ab(Cys)-PEG5k-EGFR 또는 AXCYB)에 비해 종양으로의 더 높은 수준의 siRNA 전달을 초래하였다. 이 접근법(AXBYC)은 또한 PEG5K가 없는 접합체(PSMA-Ab(Cys)-EGFR 또는 AXB)에 비해 종양으로의 더 높은 수준의 EGFR siRNA 전달을 초래하였다.
마우스 LNCaP 피하 이종이식 모델에서, 항체 siRNA 접합체에 대한 AXBYC 포맷은, AXCYB 및 AXB 포맷에 비해, 종양 조직에서 더 높은 수준의 siRNA 축적 및 더 큰 크기의 EGFR mRNA 넉다운을 초래한다는 것이 입증되었다. LNCap 종양은 인간 PSMA를 발현하여, 정맥내 투여 후 PSMA 표적화된 siRNA 접합체의 종양 조직 특이적 축적, 수용체 매개 흡수 및 표적 유전자의 siRNA 촉진 넉다운을 초래하였다.
실시예 12: 2016 -PK-219-WT
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082)). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 4-6에서 사용된 AXBYC 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. AXB(그룹 1-3) 및 AXCYB(그룹 7-9) 및 BYC(그룹 10-12) 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 제조하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였다. 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하고, 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 24는 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 비말단 혈액 샘플을 투여 후 5, 30, 및 180 분에 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고, 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 24, 96, 또는 168시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 혈장 siRNA 농도를 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석를 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 24
Figure pct00116
본 생체내 PK 실험에서, EGFR-Ab에 관한 siRNA 및 PEG의 배향을 연구하여 혈장에서 mAb-siRNA 접합체의 거동을 결정하였다. 도 52에 도시된 바와 같이, 모든 mAb-siRNA 접합체(AXB, AXBYC 및 AXCYB 포맷)는 대등한 혈장 PK를 가지고 있었고, 혈장으로부터 빠르게 제거된 siRNA-PEG5K(BYC 포맷)에 비해, siRNA 중 대략 10%가 168시간(7일)후 전신 순환에 남아 있었다.
항체 siRNA 접합체에 대한 AXBYC 포맷은 혈장으로부터 빠르게 제거된 siRNA-PEG 접합체(BYC)에 비해 개선된 PK 특성을 갖는다.
실시예 13: 2016 -PK-199- HCC827
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082)). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 활성 EGFR siRNA 이합체에 사용된 동일한 염기, 당 및 인산염 변형을 음성 대조군 siRNA에서 사용하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 HCC827 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 처리군 1-3 및 4-6에 하기 연구 설계에 따라 1.0, 0.5 또는 0.25 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였다. 실시예 9에 기재된 바와 같이, 그룹 1-3은 동일한 표적화 항체를 함유하였지만, 그룹 4-6은 상이한 EGFR 표적화 항체를 가지고 있는 반면, 접합체 성분의 나머지(링커, siRNA 및 PEG)는 동일하였다. 그룹 7에 그룹 1에 대한 대조군으로서 음성 대조군 siRNA 서열(스크램블)을 갖는 항체 접합체를 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 표 25는 연구 설계를 더 상세히 기술한다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 25
Figure pct00117
siRNA 농도를 1.0, 0.5 및 0.25 mg/kg의 단일 정맥내 주사 후 종양 및 간에서 96시간에 결정하였다. 조직 농도를 pmol/g으로 측정한 다음, 조직의 밀도를 1 g/mL로 가정하여 pmol/mL로 변환하였다. 도 53A에서, 1 nM의 농도 = 1 nmol/L = 1 pmol/mL = 1 pmol/g 조직이다. 도 53A에 도시된 바와 같이, 두 항체 접합체는 간에 비해 종양으로 더 높은 수준의 siRNA를 전달할 수 있었고, 용량 반응이 관찰되었다. EGFR 항체 접합체는 EGFR2 항체에 비해, 시험된 모든 용량에서 종양 조직으로 더 많은 siRNA를 전달할 수 있었다. 도 53B를 참고한다. 두 접합체는 투여 후 96시간에 EGFR 유전자 특이적 mRNA 넉다운을 할 수 있었다. 스크램블된 siRNA을 함유한 대조군 접합체 및 PBS 비히클 대조군은 유의한 EGFR 유전자 특이적 mRNA 넉다운을 야기하지 않았다.
도 54에 강조된 바와 같이, 생물학적 활성은 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체로 입증되었다. 본 실시예에서, EGFR mRNA를 하향조절하도록 설계된 siRNA에 접합된 2개의 상이한 EGFR 항체로 표적화된 2개의 접합체의 종양 특이적 축적이 입증되었다. HCC827 종양은 높은 수준의 인간 EGFR을 발현하며 두 접합체는 siRNA를 표적화하기 위한 인간 특이적 EGFR 항체를 가지고 있어, 접합체의 종양 조직 특이적 축적을 초래한다. 수용체 매개 흡수는 표적 유전자의 siRNA 매개된 넉다운을 초래하였다.
실시예 14: 2016 -PK-236- HCC827
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들을 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합하였고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 HCC827 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 처리군 1-3에 하기 연구 설계에 따라 1.0, 0.5 또는 0.25 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을, 그룹 4 및 5에 1.0 mg/kg을 투여하였다. 실시예 9에 기재된 바와 같이, 그룹 1-3은 동일한 표적화 항체를 함유하였지만, 그룹 4는 상이한 EGFR 표적화 항체를 가지고 있는 반면, 접합체 성분의 나머지(링커, siRNA 및 PEG)는 동일하였다. 그룹 6에 그룹 5에 대한 대조군으로서 음성 대조군 siRNA 서열(스크램블)을 갖는 항체 접합체를 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 표 26은 연구 설계를 더 상세히 기술한다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다.
표 26
Figure pct00118
본 생체내 PD 실험에서, EGFR 항체 표적화제의 제3 예(EGFR3)를 투여 후 96시간에 용량 의존적 EGFR 유전자 특이적 mRNA 넉다운(도 55)이 입증되었다. 스크램블된 siRNA를 함유하는 대조군 접합체 및 PBS 비히클 대조군은 유의한 EGFR 유전자 특이적 mRNA 넉다운을 야기하지 않았다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, 제3 EGFR 항체 표적화 리간드를 사용한 EGFR mRNA의 종양 특이적 하향조절이 입증되었다. HCC827 종양은 인간 EGFR를 발현하고, 두 접합체는 siRNA를 표적화하기 위한 인간 특이적 EGFR 항체(EGFR 및 EGFR3)를 가지고 있어, 접합체의 종양 조직 특이적 축적으로 초래한다. 수용체 매개 흡수는 표적 유전자의 siRNA 매개된 넉다운을 초래하였다.
실시예 15: 2016 -PK-234- HCC827
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 TCUCGUGCCUUGGCAAACUUU(서열 번호 2117)였고, EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이도록 설계하였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 HCC827 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 처리군 1-3, 4-6 및 7-9에 하기 연구 설계에 따라 1.0, 0.5 또는 0.25 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였다. 실시예 9에 기재된 바와 같이, 그룹 1-3은 동일한 표적화 항체(EGFR3)를 함유하였으나 그룹 4-9는 상이한 EGFR 표적화 항체를 가지고 있는 반면, 접합체 성분의 나머지(링커, siRNA 및 PEG)는 동일하였다. 그룹 7-9에 그룹 1-6에 대한 대조군으로서 음성 대조군 siRNA 서열(스크램블)을 갖는 항체 접합체를 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 표 27는 연구 설계를 더 상세히 기술한다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. siRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 27
Figure pct00119
siRNA 농도를 1.0, 0.5 및 0.25 mg/kg의 단일 정맥내 주사 후 종양 및 간에서 96시간에 결정하였다. 조직 농도를 pmol/g으로 측정한 다음, 조직의 밀도를 1 g/mL로 가정하여 pmol/mL로 변환하였다. 도 56A에서, 1 nM의 농도 = 1 nmol/L = 1 pmol/mL = 1 pmol/g 조직이다. 도 56A에 도시된 바와 같이, 두 항체 접합체는 간에 비해 종양으로 더 높은 수준의 siRNA를 전달할 수 있었고, 용량 반응이 관찰되었다. 두 접합체는 스크램블 및 비히클 대조군에 비해 투여 후 96시간에 EGFR 유전자 특이적 mRNA 넉다운을 할 수 있었다. 도 56B를 참고한다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, EGFR mRNA를 하향조절하도록 설계된 siRNA에 접합된 2개의 상이한 EGFR 항체로 표적화된 2개의 접합체의 종양 특이적 축적이 입증되었다. HCC827 종양은 높은 수준의 인간 EGFR을 발현하며 두 접합체는 siRNA를 표적화하기 위한 인간 특이적 EGFR 항체를 가지고 있어, 접합체의 종양 조직 특이적 축적을 초래한다. 수용체 매개 흡수는 표적 유전자의 siRNA 매개된 넉다운을 초래하였다.
실시예 16: 2016 -PK-237- HCC827
siRNA 설계 및 합성
KRAS: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 KRAS에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 KRAS에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 237에서 시작하는 유전자에 상보적이었다(UGAAUUAGCUGUAUCGUCAUU; 서열 번호 2088). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였고, 이는 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커을 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다. 또한, 패신저 가닥의 5' 말단은 제거된 역위된 무염기를 가지고 있었고, 항체는 구조 2와 유사한 절차를 사용하여 T 염기 상의 패신저 가닥 5' 말단 당 상의 아민에 직접 접합되었고, 실시예 9를 참고한다.
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 1-3의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-7을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
그룹 4-6의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 HCC827 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 처리군 1-3, 4-6에 하기 연구 설계에 따라 1.0, 0.5 또는 0.25 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였다. 실시예 9에 기재된 바와 같이, 그룹 1-6은 contained the 동일한 표적화 항체(EGFR)를 함유하였지만 그룹 1-3은 KRAS를 하향조절하도록 설계된 siRNA를 가지고 있었고 그룹 4-6은 EGFR을 하향조절하도록 설계된 siRNA를 가지고 있었다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 표 28은 연구 설계를 더 상세히 기술한다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 방법 섹션에 기재된 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다. 접합체의 항체 성분의 혈장 농도를 ELISA 분석을 사용하여 결정하였다.
표 28
Figure pct00120
siRNA 농도를 1.0, 0.5 및 0.25 mg/kg로 단일 정맥내 주사 후 종양 및 간에서 96시간에 결정하였다. 조직 농도를 pmol/g으로 측정한 다음, 조직의 밀도를 1 g/mL로 가정하여 pmol/mL로 변환하였다. 도 57A 및 도 57B에서, 1 nM의 농도 = 1 nmol/L = 1 pmol/mL = 1 pmol/g 조직이다. 도 57A 및 도 57B에 도시된 바와 같이, 두 항체 접합체는 간에 비해 종양으로 더 높은 수준의 siRNA를 전달할 수 있었다. KRAS를 하향조절하도록 설계된 siRNA를 함유한 접합체는 EGFR을 하향조절하도록 설계된 siRNA를 함유한 접합체 또는 PBS 비히클 대조군에 비해 투여 후 96시간에 KRAS 유전자 특이적 mRNA 넉다운(도 57C)을 할 수 있었다. 두 항체 접합체 구조물은 유사한 PK 특성을 가지고 있었고(도 58A 및 도 58B 참고), 이는 항체에 대한 5' 가이드 가닥 상에 사용된 대안적인 접합 전략이 이 생물학적 파라미터에 영향을 미치지 않았다는 것을 나타낸다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, KRAS mRNA를 하향조절하도록 설계된 siRNA에 접합된 EGFR 항체의 종양 특이적 축적 및 siRNA 매개 mRNA 넉다운이 입증되었다. HCC827 종양은 높은 수준의 인간 EGFR을 발현하며 접합체는 siRNA를 표적화하기 위한 인간 특이적 EGFR 항체를 가지고 있어, 접합체의 종양 조직 특이적 축적을 초래한다. 수용체 매개 흡수는 KRAS 유전자의 siRNA 매개된 넉다운을 초래하였다.
실시예 17: 2016 -PK-187- Hep3B
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 Hep-3B2 1-7 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군 5(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 처리군 1-3에 하기 연구 설계에 따라 1.0, 0.5 또는 0.25 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였고, 그룹 4(스크램블 대조군)에 1.0 mg/kg을 투여하였다. 그룹 4에 그룹 1에 대한 대조군으로서 음성 대조군 siRNA 서열(스크램블)을 갖는 항체 접합체를 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 표 29는 연구 설계를 더 상세히 기술한다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같은 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 29
Figure pct00121
siRNA 농도를 1.0, 0.5 및 0.25 mg/kg의 단일 정맥내 주사 후 종양 및 간에서 96시간에 결정하였다. 조직 농도를 pmol/g으로 측정한 다음, 조직의 밀도를 1 g/mL로 가정하여 pmol/mL로 변환하였다. 도 59A에서, 1 nM의 농도 = 1 nmol/L = 1 pmol/mL = 1 pmol/g 조직이다. 도 59A에 도시된 바와 같이, 항체 접합체는 종양으로 siRNA를 전달할 수 있었다. 접합체는 음성 대조군 siRNA 서열을 함유하는 접합체 또는 PBS 비히클 대조군에 비해 투여 후 96시간에 EGFR 유전자 특이적 mRNA 넉다운(도 59B)을 할 수 있었다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, EGFR mRNA를 하향조절하도록 설계된 siRNA에 접합된 EGFR 항체의 종양 특이적 축적 및 siRNA 매개 mRNA 넉다운이 입증되었다. Hep-3B2 1-7 종양 세포는 인간 EGFR을 발현하고 접합체는 siRNA를 표적화하기 위한 인간 특이적 EGFR 항체를 가지고 있어, 접합체의 종양 조직 특이적 축적을 초래한다. 수용체 매개 흡수는 EGFR 유전자의 siRNA 매개된 넉다운을 초래하였다.
실시예 18: 2016 -PK-257-WT
siRNA 설계 및 합성
R1442: N5-CTNNB1-3'S
CTNNB1: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 CTNNB1에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 CTNNB1에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 1248에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(UAAUGAGGACCUAUACUUAUU; 서열 번호 2095). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
항체 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. tri-GalNAc-CTNNB1 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 제조하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹 1-3(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였고, GalNAc 표적화된 대조군을 피하 주사에 의해 투여하였다. 처리군 1-3에 2.0 1.0 및 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)의 용량을 투여하였고, GalNAc 표적화된 대조군 접합체에 2 mg/kg을 투여하였다. 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 30은 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다.
표 30
Figure pct00122
CTNNB1 유전자 넉다운을 투여 후 96시간에 결정하였다. 도 60에 도시된 바와 같이, GalNac-접합된 siRNA는 기술분야의 다른 사람에 의해 잘 기재된 바와 같이 단일 피하 주사 후 유전자 특이적 넉다운을 할 수 있었다. ASGR 항체에 접합된 동일한 siRNA는 또한 CTNNB1 유전자 특이적 하향조절을 용량 의존적 방식으로 할 수 있었다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, CTNNB1 mRNA를 하향조절하도록 설계된 siRNA에 접합된 ASGR 항체의 간 전달이 입증되었다. 마우스 간 세포는 아시알로당단백질 수용체(ASGR)를 발현하고 접합체는 siRNA를 표적화하기 위한 마우스 특이적 ASGR 항체를 가지고 있어, 간에서 CTNNB1의 siRNA 매개된 넉다운을 초래한다.
실시예 19: 2016 -PK-253-WT
siRNA 설계 및 합성
KRAS: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 KRAS에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 KRAS에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 237에서 시작하는 유전자에 상보적이었다(UGAAUUAGCUGUAUCGUCAUU; 서열 번호 2088). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
항체 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. tri-GalNAc-CTNNB1 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 제조하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹 1-3(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였고, GalNAc 표적화된 대조군을 피하 주사에 의해 투여하였다. 처리군 1-3에 2.0, 1.0 및 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)의 용량을 투여하였고, GalNAc 표적화된 대조군 접합체를 2 mg/kg으로 투여하였다. 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 31은 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다.
표 31
Figure pct00123
KRAS 유전자 넉다운을 투여 후 96시간에 결정하였다. 도 61에 도시된 바와 같이, GalNac-접합된 siRNA는 기술분야의 다른 사람에 의해 잘 기재된 바와 같이 단일 피하 주사 후 유전자 특이적 넉다운을 할 수 있었다. ASGR 항체에 접합된 동일한 siRNA는 또한 KRAS 유전자 특이적 하향조절을 용량 의존적 방식으로 할 수 있었다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, KRAS mRNA를 하향조절하도록 설계된 siRNA에 접합된 ASGR 항체의 간 전달이 입증되었다. 마우스 간 세포는 아시알로당단백질 수용체(ASGR)를 발현하고 접합체는 siRNA를 표적화하기 위한 마우스 특이적 ASGR 항체를 가지고 있어, 간에서 KRAS의 siRNA 매개된 넉다운을 초래하였다.
실시예 20: 2016 -PK-129-WT-혈장
siRNA 설계 및 합성
KRAS: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 KRAS에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 KRAS에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 237에서 시작하는 유전자에 상보적이었다(UGAAUUAGCUGUAUCGUCAUU; 서열 번호 2088). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=3)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였다. 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였고, 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 32는 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 비말단 혈액 샘플을 투여 후 5, 30, 및 180 분에 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 24, 96, 또는 168시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 혈장 siRNA 농도를 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석를 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다. 항체의 혈장 농도를 ELISA 분석을 사용하여 결정하였다.
표 32
Figure pct00124
본 생체내 PK 실험에서, 2개의 상이한 접합체의 혈장 제거율을 연구하였다. 도 62에 도시된 바와 같이, 두 mAb-siRNA 접합체는 siRNA(KRAS 대 EGFR) 또는 항체(EGFR2 대 PSMA)의 혈장 수준과 비교하여 대등한 혈장 PK를 가지고 있었다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, 상이한 항체 표적화 리간드 및 상이한 siRNA 화물을 갖는 2개의 상이한 접합체는 대등한 혈장 PK 특성을 갖는다는 것이 입증되었다.
실시예 21: 2016 -PK-123- LNCaP
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1) 또는 DAR2(n=2)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하 옆구리 LNCaP 종양 100-350 mm3 부피를 갖는 암컷 SCID SHO 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 처리군에 표 33의 연구 설계에 따라 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5.71 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 마우스를 72시간 투여 후 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같은 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같은 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 33
Figure pct00125
siRNA 농도를 단일 정맥내 주사 후 종양 및 간에서 72시간에 결정하였고, 도 63A를 참고한다. 도 63A에 도시된 바와 같이, 1의 약물 대 항체 비율을 갖는 항체 접합체(n=1)는 간에서 측정된 것보다 큰 수준으로, 용량 의존적 방식으로 종양으로 siRNA를 전달할 수 있었고, 스크램블된 및 PBS 대조군에 비해 EGFR 유전자 특이적 mRNA 넉다운을 야기하였다. 이것은 동등한 용량에서 종양에서 다 낮은 농도의 siRNA, 동일한 크기의 간 및 종양 농도 및 더 낮은 수준의 EGFR 넉다운을 달성한 2의 약물 대 항체 비율을 갖는 항체 접합체(n=2)와 대조적이다. 접합되지 않은 siRNA는 불량한 종양 및 간 축적을 가지고 있었고, 측정가능한 EGFR mRNA 넉다운을 가지고 있지 않았다. 도 63B는 LNCaP 종양에서 EGFR mRNA의 상대적 비율을 도시한다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, DAR1 접합체가 DAR 2 및 접합되지 않은 siRNA에 비해, 더 큰 siRNA 종양 농도를 달성할 수 있다는 것이 입증되었다. 또한, DAR1 접합체는 DAR 2 및 접합되지 않은 siRNA에 비해, EGFR의 더 높은 수준의 siRNA 매개된 넉다운을 달성할 수 있다.
실시예 22: 2016 -PK-258-WT
siRNA 설계 및 합성
HPRT: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 HPRT에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 AUAAAAUCUACAGUCAUAGUU(서열 번호 2102)였고, HPRT에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 425에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이도록 설계하였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)이었다. 활성 EGFR siRNA 이합체에 사용된 동일한 염기, 당 및 인산염 변형을 음성 대조군 siRNA에서 사용하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 1-3 및 7-9에서의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 4-6의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=4)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 34는 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 조직의 50mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같은 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 34
Figure pct00126
도 64A-도 64C에 도시된 바와 같이, ASC의 단일 정맥내 투여 후, 심장 근육, 위장 골격근 및 간에서 HPRT의 용량 의존적 넉다운을 측정하였다. 폐 조직에서 HPRT의 측정가능한 넉다운은 없었다(도 64D). 또한, 모든 4개의 조직 구획에서 siRNA의 용량 의존적 축적이 관찰되었다(도 64E). 리신 및 시스테인 접합체 사이의 생물학적 활성(KD 및 조직 농도)에는 유의한 차이가 없었다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, 항-B 세포 항체가 심장 근육, 위장 골격근 및 간으로 siRNA를 표적화하고 리포터 유전자 HPRT의 유전자 특이적 하향조절을 달성하는데 사용될 수 있음이 입증되었다. 리신 또는 시스테인 접합 전략이 항체를 부착하는데 사용되는 경우 ASC 구조물의 생물학적 활성에서 측정가능한 차이는 없었다.
실시예 23: 2016 -PK-254-WT
siRNA 설계 및 합성
HPRT: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 HPRT에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 AUAAAAUCUACAGUCAUAGUU(서열 번호 2102)였고, HPRT에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 425에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이도록 설계하였다. RNAi 분야에 널리 기술되어 있는 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 활성 EGFR siRNA 이합체에 사용된 동일한 염기, 당 및 인산염 변형을 음성 대조군 siRNA에서 사용하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 35는 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 조직의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같은 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같은 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 35
Figure pct00127
도 65A-도 65C에 도시된 바와 같이, 항-B 세포 Fab 표적화 리간드를 함유하는 ASC의 단일 정맥내 투여 후, 심장 근육, 위장 골격근 및 간에서 HPRT의 용량 의존적 넉다운이 측정되었다. 폐 조직에서는 HPRT의 측정가능한 넉다운은 없었다(도 65D). 또한, 모든 4개의 조직 구획에서 siRNA의 용량 의존적 축적이 관찰되었다(도 65E).
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, 항-B 세포 Fab가 심장 근육, 위장 골격근 및 간으로 siRNA를 표적화하고 리포터 유전자 HPRT의 유전자 특이적 하향조절을 달성하는데 사용된다는 것이 입증되었다.
실시예 24: 2016 -PK-245-WT
siRNA 설계 및 합성
CTNNB1: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 CTNNB1에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 TUUCGAAUCAAUCCAACAGUU(서열 번호 2096)였고, CTNNB1에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 1797에서 시작하는 유전자 서열을 표적화하도록 설계하였다 . 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 3-4의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 1-2의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 36은 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 조직의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같은 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같은 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 36
Figure pct00128
도 66A 및 도 66B에 도시된 바와 같이, 항-B 세포 항체 표적화 리간드를 함유하는 ASC(항-B 세포-Ab)의 단일 정맥내 투여 후, 심장 근육에서 HPRT 넉다운 및 용량 의존적 조직 siRNA 축적이 유발되었다. 도 66C 및 도 66D에 도시된 바와 같이, 항-B 세포 항체 표적화 리간드를 함유하는 ASC의 단일 정맥내 투여 후, 위장 골격근에서 HPRT 넉다운 및 용량 의존적 조직 siRNA 축적이 유발되었다. 리신 및 시스테인 접합체 간의 생물학적 활성(KD 및 조직 농도)에는 유의한 차이가 없었다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, 항-B 세포 항체가 siRNA를 심장 근육 및 위장 골격근에 표적화하고 CTNNB1 mRNA의 유전자 특이적 하향조절을 달성하는데 사용된다는 것이 입증되었다.
실시예 25: 2016 -PK-160- LNCaP
siRNA 설계 및 합성
AR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 AR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 AR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 2822에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(가이드 가닥 서열: GAGAGCUCCAUAGUGACACUU; 서열 번호 2108). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하 옆구리 LNCaP 종양 100-350 mm3 부피를 갖는 암컷 SCID SHO 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 하기 표는 연구 설계를 기술한다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 37
Figure pct00129
도 67A에 도시된 바와 같이, PSMA 항체 표적화 리간드 및 AR을 하향조절하기 위해 설계된 siRNA를 함유하는 ASC의 단일 정맥내 투여 후, 스크램블된 대조군에 비해 시험된 모든 용량에서 LNCaP 종양 조직에서 AR 넉다운이 유발되었다. 도 67B에 도시된 바와 같이, 간 조직에서 측정된 것보다 더 높은 수준으로 종양 조직에서 siRNA의 측정가능한 축적이 있었다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, AR mRNA를 하향조절하도록 설계된 siRNA에 접합된 PSMA 항체의 LNCaP 전립선 종양으로의 전달이 입증되었다. LNCaP 세포는 세포 표면에서 인간 PSMA를 발현하고, 접합체는 항원에 결합하고 siRNA의 내재화를 허용하는 인간 특이적 PSMA 항체를 가지고 있어, 종양 조직에서 AR의 siRNA 매개된 넉다운을 초래한다.
실시예 26: B 세포에서 시험관내 흡수 및 넉다운
siRNA 설계 및 합성
HPRT: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 HPRT에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 AUAAAAUCUACAGUCAUAGUU(서열 번호 2102)였고, HPRT에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 425에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이도록 설계하였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
시험관내 연구 설계
마우스 비장을 채취하고 얼음 상에서 100 u/ml 페니실린 및 스트렙토마이신을 갖는 PBS에 유지시켰다. 비장을 깨끗한 유리 슬라이드로 부수고, 작은 조각으로 절단하고, 18G 바늘로 균질화하고, 여과하였다(70 um 나일론 막). 죽은 세포를 제조사의 지침에 따라 Milteny biotec의 죽은 세포 제거 키트(Catalog#130-090101)로 제거하였다. 마우스 B 세포를 단리시키기 위해, 제조사 지침에 따라 B 세포 단리 키트 Milteny biotec(Catalog# 130-090-862)를 사용하였다. 간략히, 살아있는 비장 세포를 마우스 비장당 200μl의 MACS 완충액으로 재현탁시켰다. 비B 세포를 항-바이오틴 자기 마이크로비드와 결합된, CD43(Ly48), CD4, 및 Ter-119에 대한 바이오틴-접합된 단클론 항체로 고갈시켰다. 하나의 마우스 비장으로부터, 3천만개의 살아있는 B 세포를 얻을 수 있다. 단리된 마우스 B 세포(100 u/ml 페니실린 및 스트렙토마이신을 갖는 10%FBS RPMI-1640에서 2x106/ml)를 활성화시키기 위해, 10μg/ml LPS, 5μg/ml 항-IgM, 1μg/ml 항-CD40, 0.05 μg/ml IL-4, 및 0.05 μg/ml INFγ의 칵테일을 첨가하였다. 4시간의 활성화 후, ASC(1 pM 내지 10 nM)를 24(0.5 ml 배지) 또는 12(1 ml 배지) 웰 플레이트에서 웰당 106 세포에 첨가하였다. 48시간의 ASC 처리 후, 세포를 채취하고, 단리된 RNA를 mRNA 넉다운에 대해 분석하였다.
표 38
Figure pct00130
활성화된 일차 마우스 B 세포에서의 본 시험관내 실험에서, 하이포잔틴-구아닌 포스포리보실트랜스퍼라아제(HPRT)를 하향조절하도록 설계된 siRNA를 전달하는 항-B 세포 항체 및 Fab ASC의 능력을 측정하였다. 도 68A에 도시된 바와 같이, Fab 접합체는 비히클 또는 스크램블 대조군에 비해 HPRT를 하향조절할 수 있었다. 도 68B에 도시된 바와 같이, 항체 접합체는 항체, 비히클, 및 스크램블 대조군에 비해 HPRT를 하향조절할 수 있었다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, HPRT mRNA를 하향조절하도록 설계된 siRNA에 접합된 마우스 항-B 세포 항체 또는 항-B 세포 Fab의 활성화된 마우스 B 세포로의 전달이 입증되었다. 활성화된 마우스 B 세포는 항-B 세포 항체를 인식하는 표면 수용체를 통해 항체-siRNA 접합체를 인식하고 내재화하여, HPRT의 siRNA 매개된 넉다운을 초래하였다.
실시예 27: 2016 -PK-249-WT
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
KRAS: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 KRAS에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 237에서 시작하는 유전자에 상보적이었다(UGAAUUAGCUGUAUCGUCAUU; 서열 번호 2088). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 1-2의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 3-4의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR2(n=2) 로서 제조하고 정제하였다. 그룹 5-6의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-5를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 7-8의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-5를 사용하여 DAR2(n=2)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 9-10의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-6을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 11-12의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-6을 사용하여 DAR2(n=2)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사(그룹 1-12) 또는 항체 단독(그룹 13-14)으로 처리하였다. 표 39는 연구 설계를 도시한다. 비말단 혈액 샘플을 투여 후 0.25, 및 3시간에 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 24 및 72시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 혈장 siRNA 농도를 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석를 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다. 항체의 혈장 농도를 ELISA 분석을 사용하여 결정하였다.
표 39
Figure pct00131
본 생체내 PK 연구에서, 부위 특이적 접합의 유용성이 입증되었다. 도 69A에 도시된 바와 같이, DAR1(n=1) 시험 품목(그룹 9)은 2개의 대조군(그룹 1 및 5)과 대등한 siRNA 혈장 제거율 프로파일을 가지고 있었고, siRNA 중 대략 10%가 168시간 후 혈장에 남아 있었다. 모든 DAR2(n=2) 접합체는 DAR1 접합체에 비해 혈장으로부터 siRNA의 훨씬 더 빠른 제거율을 가지고 있었다. 도 69B에 도시된 바와 같이, DAR1(n=1) 시험 품목(그룹 9)은 2개의 대조군(그룹 1 및 5)과 대등한 EGFR-Ab 혈장 제거율 프로파일을 가지고 있었다. 모든 DAR2(n=2) 접합체는 DAR1 접합체에 비해 혈장으로부터 항체의 훨씬 더 빠른 제거율을 가지고 있었다.
상기 실시예에서, siRNA를 항체에 부착시키는 리신 및 시스테인 접합 전략의 용도가 입증되었다. 본 실시예에서, 부위 특이적 접합 전략의 유용성이 입증되었고 접합체가 비특이적 접합 전략과 대등한 PK 특성을 갖는다는 것을 입증한다.
실시예 28: 2016 -PK-180- HCC827
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 HCC827 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 40은 연구 설계를 기술한다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같은 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 혈장 및 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하였고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 및 조직 농도로 변환하였다.
표 40
Figure pct00132
본 생체내 PK 연구에서, 항체 및 siRNA 사이의 SMCC 링커를 효소적으로 절단가능한 링커로 대체하는 것 및 siRNA 및 PEG 사이에 절단가능한 디설파이드 링커의 도입, 또는 이 둘의 조합을 시험하였다. 도 70A에 도시된 바와 같이, 모든 링커 조합은 스크램블된 대조군에 비해 HCC827 종양 세포에서 EGFR mRNA 넉다운을 할 수 있었다. 도 70B에 도시된 바와 같이, 모든 링커 조합은 종양 및 간에서 대등한 siRNA 조직 축적을 야기하였다. 도 70C에 도시된 바와 같이, 모든 접합체는 혈장에서 높은 수준의 siRNA를 유지할 수 있었고, 대략 10 %가 168시간 후 혈장에 남아 있었다.
본 AXBYC 예에서, 상이한 링커 조합("X" 및/또는 "Y")이 siRNA를 항체 및 PEG에 접합시키는데 사용될 수 있음이 입증되었다.
실시예 29: 2016 -PK-162- LNCaP
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체에 대한 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하 옆구리 LNCaP 종양 100-350 mm3 부피를 갖는 암컷 SCID SHO 마우스의 그룹 1-7(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군 8(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 하기 표는 연구 설계를 기술한다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같은 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 41
Figure pct00133
본 생체내 PK 연구에서, 디설파이드(SS), 효소적으로 절단가능한(ECL) 또는 SMCC 링커를 항체 및 siRNA 사이에 사용하였다. 슬라이드 42 상의 그래프 1에 도시된 바와 같이, siRNA의 종양 조직 축적은 ECL 또는 SMCC 링커 대신에 절단가능한 디설파이드 링커가 사용되었을 때 감소하였다. 슬라이드 42 상의 그래프 2에 도시된 바와 같이, ECL 링커 전략은 스크램블된 대조군에 비해 LNCaP 종양 세포에서 EGFR mRNA 넉다운을 야기하였다. 그러나, SS 링커는 스크램블된 대조군에 비해 LNCaP 종양 세포에서 EGFR mRNA 넉다운을 야기하지 못하였다. 이러한 링커 실험 외에, ASC의 -80℃ 보관의 실행가능성을 조사하였다. 제제를 5 mg/ml 항체 농도로 액체 질소에서 급속동결시키고, -80℃에서 30일 보관 후 실온에서 해동시키고, 투여 전에 원하는 투여 농도로 희석하였다. 슬라이드 42 상의 그래프 3에 도시된 바와 같이, -80℃에 보관되고 투여 전에 해동된 구조물은 스크램블된 대조군에 비해 LNCaP 종양 세포에서 EGFR mRNA 넉다운을 야기하는 능력을 유지하였다.
본 AXBYC 예에서, ECL 링커("X")가 항체를 siRNA에 접합시키는데 사용될 수 있다는 것과, ASC가 -80℃에 1개월 동안 보관되고 투여 전에 해동될 수 있다는 것이 입증되었다.
실시예 30: 2016 -PK-181- HCC827
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). RNAi의 분야에서 잘 기술된 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 HCC827 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 42는 연구 설계를 기술한다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같은 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 방법 섹션에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. siRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 사용하였고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 조직 농도로 변환하였다.
표 42
Figure pct00134
본 생체내 PK 연구에서, 디설파이드 또는 SMCC 링커를 항체 및 siRNA 사이에 사용하였다. 도 72A에 도시된 바와 같이, siRNA의 종양 조직 축적은 보다 안정한 SMCC 링커 대신에 절단가능한 디설파이드 링커가 사용되었을 때 감소되었다. 도 72B에 도시된 바와 같이, 두 링커 전략은 스크램블된 대조군에 비해 HCC827 종양 세포에서 EGFR mRNA 넉다운을 야기할 수 있었다.
본 AXBYC 예에서, 항체 및 siRNA 사이에서 절단가능한 디설파이드 링커("X")의 용도가 입증되었다.
실시예 31: 2016 -PK-220-WT
siRNA 설계 및 합성
KRAS: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 KRAS에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 KRAS에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 237에서 시작하는 유전자에 상보적이었다(가이드 가닥 서열: UGAAUUAGCUGUAUCGUCAUU; 서열 번호 2088). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였다. 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하고, 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 43은 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 비말단 혈액 샘플을 투여 후 5, 30, 및 180 분에 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 24, 96, 또는 168시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 혈장 siRNA 농도를 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석를 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다. 항체의 혈장 농도를 ELISA 분석을 사용하여 결정하였다.
표 43
Figure pct00135
본 생체내 PK 연구에서, 디설파이드 절단 속도가 ASC 혈장 PK에 어떻게 영향을 미치는지 이해하기 위해 다양한 정도의 입체 방해를 갖는 상이한 디설파이드 링커를 연구하였다. 도 73A에 도시된 바와 같이, 혈장으로부터의 siRNA의 제거율은 디설파이드 링커의 입체 방해 정도를 변화시킴으로써 조절되었다. 도 73B는 혈장으로부터 항체 잘루투무맙의 제거율을 도시한다.
본 실시예에서, 다양한 상이한 디설파이드 링커("X")가 siRNA를 항체에 접합하는데 사용될 수 있는 다양한 상이한 AXBYC 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다.
실시예 32: 2016 -PK-256-WT
siRNA 설계 및 합성
KRAS: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 KRAS에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 KRAS에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 237에서 시작하는 유전자에 상보적이었다(가이드 가닥 서열: UGAAUUAGCUGUAUCGUCAUU; 서열 번호 2088). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였다. 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였고, 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 44는 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 비말단 혈액 샘플을 투여 후 0.25, 3, 및 24시간에 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 72, 96, 또는 168시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 혈장 siRNA 농도를 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석를 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다. 항체의 혈장 농도를 ELISA 분석을 사용하여 결정하였다.
표 44
Figure pct00136
본 생체내 PK 연구에서, 항체 및 siRNA 사이의 다양한 상이한 링커를 시험하여 혈장 제거율에 대한 효과를 결정하였다. 슬라이드 45 상의 그래프에 도시된 바와 같이, 모든 접합체는 혈장에서 높은 수준의 siRNA를 유지할 수 있었고, 168시간 후 혈장에서 10% 넘게 남아있었다.
본 실시예에서, 접합되지 않은 siRNA에 대해 역사적으로 관찰된 것보다 개선된 혈장 동역학을 유지하면서 다양한 상이한 링커("Y")가 siRNA를 항체에 접합하는데 사용될 수 있는 다양한 상이한 AXBYC 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다.
실시예 33: 2016 -PK-237- HCC827
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(가이드 가닥 서열: ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다.
2개의 상이한 배향(S5'-EGFR-3'N 및 N5'-EGFR-3'S)으로 2개의 접합 핸들(C6-NH2 및 C6-SH)을 함유하는 2개의 상이한 패신저 가닥을 제조하였다. N5'-EGFR-3'S 패신저 가닥에서, 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다. S5'-EGFR-3'N 패신저 가닥에서, 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 1-3의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 4-6의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-2를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 HCC827 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 45는 연구 설계를 기술한다. 마우스를 투여 후 72, 96, 및 168시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 정량 of 조직 및 혈장 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. siRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 45
Figure pct00137
본 생체내 PK 연구에서, siRNA 상의 항체 및 PEG(5' 또는 3')의 배향의 변화의 생물학적 결과를 평가하였다. 또한, 링커를 항체에 부착시키기 위해 리신 또는 시스테인을 사용하는 생물학적 결과를 평가하였다. 도 75A에 도시된 바와 같이, siRNA의 두 배향은 대등한 EGFR 종양 넉다운을 야기하였다. 도 75B 및 도 75C에 도시된 바와 같이, 두 배향은 종양 및 간에서 대등한 siRNA 조직 축적을 야기하였다. 도 75D에 도시된 바와 같이, 두 배향은 대등한 혈장 제거 동역학을 야기한다.
도 54에 강조된 바와 같이, 다양한 상이한 조직 표적에서 생체내 생물학적 활성이 가능한 다양한 상이한 항체 및 siRNA 화물을 갖는 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다. 본 실시예에서, 항체가 EGFR siRNA의 생물학적 활성 및 조직 분포를 유지하면서 siRNA의 패신저 가닥의 5' 및 3' 말단 상에 접합될 수 있음이 입증되었다.
실시예 34: 2016 -PK-259-WT
siRNA 설계 및 합성
HPRT: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 HPRT에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 HPRT에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 425에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(가이드 가닥 서열: UUAAAAUCUACAGUCAUAGUU; 서열 번호 2104). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 2개의 상이한 배향(S5'-HPRT-3'N 및 N5'-HPRT-3'S)으로 2개의 접합 핸들(C6-NH2 및 C6-SH)을 함유하는 2개의 상이한 패신저 가닥을 제조하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 1-3의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 4-6의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-2를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 7-9의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 10-12의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-3을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 46은 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 조직의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같은 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 46
Figure pct00138
생체내 PK 연구에서, siRNA 상의 항체 및 PEG(5' 또는 3')의 접합 부위의 배향의 변화의 생물학적 결과를 평가하였다. 또한, 링커를 항체에 부착시키기 위해 리신 또는 시스테인을 사용하는 생물학적 결과를 평가하였다. 도 76A-도 76D에 도시된 바와 같이, 항체 접합체를 제조하는 모든 조합은 측정된 4개의 조직 구획에서 대등한 HPRT 넉다운을 야기하였다. 도 77A-도 77D에 도시된 바와 같이, 항체 접합체를 제조하는 모든 조합은 측정된 상이한 구획에서 대등한 siRNA 조직 축적을 야기하였다.
본 실시예에서, siRNA 및 항체에 대한 다양한 상이한 접합 전략이 HPRT siRNA의 생물학적 활성 및 조직 분포를 유지하면서 A-X-B-Y-C 포맷에서 사용될 수 있음이 입증되었다.
실시예 35: 2016 -PK-267-WT
siRNA 설계 및 합성
CTNNB1: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 CTNNB1에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 CTNNB1에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 1797에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(가이드 가닥 서열: UUUCGAAUCAAUCCAACAGUU; 서열 번호 2098). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다.
2개의 상이한 배향(S5'-CTNNB1-3'N 및 N5'-CTNNB1-3'S)으로2개의 접합 핸들(C6-NH2 및 C6-SH)을 함유하는 2개의 상이한 패신저 가닥을 제조하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 1-3의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 4-6의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-3을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 7-9의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-2를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 10-12의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 47은 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 조직의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다.
표 47
Figure pct00139
본 생체내 PK 연구에서, siRNA 상의 항체 및 PEG(5' 또는 3')의 접합 부위의 배향의 변화의 생물학적 결과 및 링커를 항체에 부착하기 위해 리신 또는 시스테인을 사용하는 생물학적 결과를 평가하였다. 도 78A-도 78D에 도시된 바와 같이, 항체 접합체를 제조하는 모든 조합은 측정된 4개의 조직 구획에서 대등한 CTNNB1 넉다운을 야기하였다.
본 실시예에서, siRNA 및 항체에 대한 다양한 상이한 접합 전략이 CTNNB1 siRNA의 생물학적 활성을 유지하면서 A-X-B-Y-C 포맷에서 사용될 수 있음이 입증되었다.
실시예 36: 2016 -PK-188-PK
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였다. 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였고, 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 48은 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 비말단 혈액 샘플을 투여 후 5, 30, 및 180 분에 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 24, 96, 또는 168시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 혈장 siRNA 농도를 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석를 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 48
Figure pct00140
도 79에 도시된 바와 같이, 상이한 절단가능한 링커 배열을 갖는 모든 ASC는 동등한 혈장 PK 프로파일을 달성하였고, siRNA 중 대략 10%가 투여 후 168시간에 남아 있었다.
본 실시예에서, 다양한 상이한 링커 전략(성분 X 및 Y)이 PEG 및 항체를 siRNA 패신저 가닥에 접합하는데 사용된 다양한 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다.
실시예 37: 2016 -PK-201- LNCaP
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하 옆구리 LNCaP 종양 100-350 mm3 부피를 갖는 암컷 SCID SHO 마우스의 그룹 1-7(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군 8(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 49는 연구 설계를 기술한다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같은 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 49
Figure pct00141
도 80A에 도시된 바와 같이, 다양한 상이한 링커를 siRNA 및 PEG 사이에 사용하였고, siRNA의 단일 용량의 정맥내 투여 후, 측정가능한 종양 조직 EGFR 하향조절이 음성 대조군 siRNA 서열 또는 PBS 대조군에 비해 달성되었다. 또한, 도 80B에 도시된 바와 같이, 상이한 링커 배열은 측정된 다른 조직 샘플(간, 비장, 폐 및 신장)보다 더 높은 수준으로 종양 siRNA 축적을 초래하였다.
본 실시예에서, 다양한 상이한 링커 전략(성분 Y)이 PEG를 siRNA 패신저 가닥에 접합시키기 위해 사용된 다양한 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다.
실시예 38: 2016 -PK-198- HCC827
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 대등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 HCC827 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹 1-15(n=5)를 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군 16(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 50은 연구 설계를 기술한다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 50
Figure pct00142
도 81A에 도시된 바와 같이, 선형 PEG 길이의 상이한 배열을 갖는 모든 ASC는 음성 대조군 siRNA 서열(스크램블) 및 PBS 대조군에 비해, HCC827 종양 세포에서 용량 의존적 EGFR mRNA 넉다운을 달성하였다. 도 81B에 도시된 바와 같이, 선형 PEG 길이에서 상이한 배열을 갖는 모든 ASC는, 종양에 비해 낮은 간, 폐, 신장 및 비장 축적 외에도, 동등한 용량 의존적 siRNA 종양 조직 축적을 달성하였다.
본 실시예에서, 다양한 상이한 PEG(성분 C) 길이가 사용된 다양한 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다.
실시예 39: 2016 -PK-194-WT
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였다. 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였고, 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 51은 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 비말단 혈액 샘플을 투여 후 5, 30, 및 180 분에 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 24, 96, 또는 168시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 혈장 siRNA 농도를 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석를 사용하여 결정하였다. siRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 51
Figure pct00143
슬라이드 54에 도시된 바와 같이, 상이한 선형 PEG 길이를 갖는 모든 ASC는 동등한 혈장 PK 프로파일을 달성하였고, siRNA 중 대략 10%가 투여 후 168시간에 남아 있었다.
본 실시예에서, 다양한 상이한 PEG(성분 C) 길이가 사용된 다양한 A-X-B-Y-C 접합체의 동등한 혈장 PK 특성이 입증되었다.
실시예 40: 2016 -PK-195-WT
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였다. 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였고, 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 52는 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 비말단 혈액 샘플을 5, 30, 및 180 분 투여 후 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 24, 96, 또는 168시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 혈장 siRNA 농도를 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석를 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 52
Figure pct00144
도 83에 도시된 바와 같이, 상이한 PEG 배열(길이 및 분지)를 갖는 모든 ASC는 동등한 혈장 PK 프로파일을 달성하였고, siRNA 중 대략 10%가 투여 후 168시간에 남아 있었다.
본 실시예에서, 다양한 상이한 PEG(성분 C) 길이 및 분지가 사용된 다양한 A-X-B-Y-C 접합체의 동등한 혈장 PK 특성이 입증되었다.
실시예 41: 2016 -PK-236- HCC827
siRNA 설계 및 합성
EFGR: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 EGFR에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 EGFR에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 333에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이었다(ACUCGUGCCUUGGCAAACUUU; 서열 번호 2082). 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포로티오에이트-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 면역원성을 감소시켰고, 이는 활성 siRNA에서 사용된 것과 동등하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
모든 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
생체내 연구 설계
피하(SC) 옆구리 HCC827 종양 100-300 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹 1-12(n=5)를 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군 13(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 표 53은 연구 설계를 기술한다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양 및 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결하였다. 표적 조직에서의 mRNA 넉다운을 실시예 2에 기재된 바와 같이 비교 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. 총 RNA를 조직으로부터 추출하고, 역전사시키고, mRNA 수준을 적절히 설계된 프라이머 및 프로브를 사용한 TaqMan qPCR을 사용하여 정량하였다. PPIB(하우스키핑 유전자)를 내부 RNA 로딩 대조군으로 사용하였고, 표적 유전자 Ct 값과 PPIB Ct 값 간의 차이(△Ct)를 계산하는 비교 Ct 방법에 의해 결과를 계산한 다음, 2차 차이(△△Ct)를 취하여 PBS 대조군에 대해 추가로 표준화하였다. 조직 siRNA 농도의 정량을 실시예 2에 기재된 바와 같이 스템-루프 qPCR 분석을 사용하여 결정하였다. SiRNA의 안티센스 가닥을 서열-특이적 스템-루프 RT 프라이머를 사용한 TaqMan MicroRNA 역전사 키트를 사용하여 역전사시켰다. 그리고 나서, RT 단계의 cDNA를 실시간 PCR에 이용하고, Ct 값을 표준 곡선으로부터 도출된 선형 방정식을 사용하여 혈장 또는 조직 농도로 변환하였다.
표 53
Figure pct00145
도 84에 도시된 바와 같이, 상이한 배열의 PEG(길이 및 분지)를 갖는 모든 ASC는 1 mg/kg 용량에서 선형 PEG5K를 갖는 구조물과 HCC827 종양 세포에서 동등한 EGFR mRNA 넉다운을 달성하였다. 용량 반응 포맷으로 시험된 상기 구조물은 EGFR mRNA의 용량 의존적 넉다운을 나타내었다. 도 85에 도시된 바와 같이, 선형 PEG 길이 및 PEG 분지에서 상이한 변화를 갖는 모든 ASC는 1 mg/kg 용량에서 선형 PEG5K를 갖는 구조물과 동등한 siRNA 종양 조직 축적을 달성하였다. 종양에 비해 낮은 간 축적 외에, 용량 반응 포맷으로 시험된 상기 구조물은, siRNA의 용량 의존적 종양 조직 축적을 나타내었다.
본 실시예에서, 다양한 상이한 PEG(성분 C) 길이 및 분지가 사용된 다양한 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다.
실시예 42: PEG 중합체를 갖는 ASC를 이용한 시험관내 넉다운
siRNA 설계 및 합성
HPRT: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 HPRT에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 AUAAAAUCUACAGUCAUAGUU(서열 번호 2082)였고, HPRT에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 425에서 시작하는 유전자 서열에 상보적이도록 설계하였다. 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포로티오에이트 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었다. C6-NH2 및 C6-SH는 포스포디에스테르를 통해 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
음성 대조군 siRNA 서열(스크램블): 상보적인 19개 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 공개된(Burke et al. (2014) Pharm. Res., 31(12):3445-60) 21머 이합체를 사용하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열(5'에서 3')은 UAUCGACGUGUCCAGCUAGUU(서열 번호 2116)였다. 활성 EGFR siRNA 이합체에 사용된 동일한 염기, 당 및 인산염 변형을 음성 대조군 siRNA에서 사용하였다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 1-3의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 4-6의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다.
시험관내 연구 설계
마우스 비장을 채취하고 얼음 상에서 100 u/ml 페니실린 및 스트렙토마이신을 갖는 PBS에 유지시켰다. 비장을 깨끗한 유리 슬라이드로 부수고, 작은 조각으로 절단하고, 18G 바늘로 균질화하고, 여과하였다(70 um 나일론 막). 죽은 세포를 제조사의 지침에 따라 Milteny biotec의 죽은 세포 제거 키트(Catalog#130-090101)로 제거하였다. 마우스 B 세포를 단리시키기 위해, 제조사 지침에 따라 B 세포 단리 키트 Milteny biotec(Catalog# 130-090-862)를 사용하였다. 간략히, 살아있는 비장 세포를 마우스 비장마다 200μl의 MACS 완충액으로 재현탁시켰다. 비B 세포를 항-바이오틴 자기 마이크로비드와 결합된, CD43(Ly48), CD4, 및 Ter-119에 대한 바이오틴-접합된 단클론 항체로 고갈시켰다. 하나의 마우스 비장으로부터, 3천만개의 살아있는 B 세포를 얻을 수 있다. 단리된 마우스 B 세포(100 u/ml 페니실린 및 스트렙토마이신을 갖는 10%FBS RPMI-1640에서 2x106/ml)를 활성화시키기 위해, 10μg/ml LPS, 5μg/ml 항-IgM, 1μg/ml 항-CD40, 0.05 μg/ml IL-4, 및 0.05 μg/ml INFγ의 칵테일을 첨가하였다. 4시간의 활성화 후, ASC(1 pM 내지 10 nM)를 24(0.5 ml 배지) 또는 12(1 ml 배지) 웰 플레이트에서 웰당 106 세포에 첨가하였다. 48시간의 ASC 처리 후, 세포를 채취하고, 단리된 RNA를 mRNA 넉다운에 대해 분석하였다. 연구 설계에 대해 표 54를 참고한다.
표 54
Figure pct00146
활성화된 일차 마우스 B 세포에서의 본 시험관내 실험에서, 다양한 대안적인 PEG 중합체를 갖는 하이포잔틴-구아닌 포스포리보실트랜스퍼라아제(HPRT)를 하향조절하도록 설계된 siRNA를 전달하는 항-B 세포 항체 ASC의 능력을 측정하였다. 도 86에 도시된 바와 같이, 대안적인 PEG를 갖는 다양한 ASC는 스크램블 대조군에 비해 HPRT를 하향조절할 수 있었다.
본 실시예에서, PEG(성분 C)에 대한 다양한 중합체 대안이 사용된 다양한 A-X-B-Y-C 접합체의 생물학적 활성이 입증되었다.
실시예 43: PK-236-WT
siRNA 설계 및 합성
KRAS: 상보적인 19개의 염기 및 3' 디뉴클레오타이드 오버행을 갖는 21머 이합체를 인간 KRAS에 대해 설계하였다. 가이드/안티센스 가닥의 서열은 KRAS에 대한 인간 mRNA 전사체의 염기 위치 237에서 시작하는 유전자에 상보적이었다(가이드 가닥 서열: UGAAUUAGCUGUAUCGUCAUU; 서열 번호 2088). RNAi 분야에서 잘 기술된 염기, 당 및 인산염 변형을 사용하여 이합체의 효능을 최적화하고 면역원성을 감소시켰다. 모든 siRNA 단일 가닥을 표준 포스포라미다이트 화학을 사용하여 고상에서 완전히 조립하고 HPLC에서 정제하였다. 패신저 가닥 상의 위치 11의 염기는 실시예 9에 기재된 바와 같이 부착된 Cy5 형광 표지를 가지고 있었다. 정제된 단일 가닥을 이합체화하여 이중 가닥 siRNA를 얻었다. 패신저 가닥은 5' 말단에 C6-NH2 및 3' 말단에 C6-SH의 2개의 접합 핸들을 함유하였다. 두 접합 핸들은 포스포디에스테르-역위된 무염기-포스포디에스테르 링커를 통해 siRNA 패신저 가닥에 결합되었고, 화학적 구조는 실시예 9를 참고한다.
ASC 합성 및 특성 규명
그룹 1-3의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 4-6의 접합체를 ASC 구조-4를 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였지만, 패신저 가닥의 3' 말단에 PEG가 없었다. 접합 전에, 3'티올을 N-에틸말레이미드를 사용하여 말단-캡핑하였다. 그룹 7-9의 접합체를 실시예 9에 기재된 바와 같이 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였다. 그룹 10-12의 접합체를 ASC 구조-1을 사용하여 DAR1(n=1)로서 제조하고 정제하였지만, 패신저 가닥의 5' 말단에 PEG가 없었다.
생체내 연구 설계
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=4)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였다. 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였고, 모든 그룹에 5.0 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 55는 연구 설계를 더 상세히 도시한다. 비말단 혈액 샘플을 투여 후 0.25, 1, 및 4시간에 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고, 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 투여 후 24, 48, 또는 72시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다.
혈장 샘플(K2 EDTA)을 채취 후 4시간 이내에 처리하였다. 혈장 샘플을 일치하는 마우스 혈장(Bioreclamation)(2-400배)으로 희석하고, 이들 혈장 샘플에서의 CY5-siRNA의 농도를 TECAN Infinite M200 Pro(Excitation 635 nm; Emission 675 nm)를 사용하여 분광학적으로 정량하였다. CY5 형광을 ?칭할 수 있는 거대분자 상호작용을 방출하기 위해, 모든 샘플을 정량 전에 0.01% 트윈 20 및 100 ug/ml 헤파린을 함유하는 물로 2배 희석하였다. 이들 혈장 샘플에서 온전한 ASC의 양을 결정하기 위해, 혈장 샘플을 마우스 혈장으로 2-50 nM CY5-siRNA로 희석하고 150 nM의 정제된 EGFR-Fc 단백질(Sino Biological)이 로딩된 단백질 G Dynabeads(Thermofisher)와 함께 배양하였다. 이러한 결합 반응을 실온에서 1시간 동안 배양하였다. 비드를 0.01% 트윈 20 및 0.05% BSA를 함유하는 PBS로 2회 세척한 다음, EGFR에 결합한 ASC를 0.1 M 구연산(pH 2.7)에서 배양하여 용리시켰다. 입력물, 결합하지 않은 분획, 세척물 및 비드 용출액에 함유된 CY5-siRNA의 양을 전술한 바와 같이 형광에 의해 정량하였다.
표 55
Figure pct00147
본 생체내 PK 연구에서, 2개의 AXB 접합체에 비해 2개의 AXBYC 접합체(EGFR-Ab에 대한 시스테인 및 리신 접합)의 생체내 혈장 안정성을 비교하였다. 도 87에 도시된 바와 같이, siRNA의 농도를 2개의 방법을 사용하여 결정하였다. 혈장의 형광을 직접 측정하고, siRNA 농도를 표준 곡선을 사용하여 결정하였다. 또는 EGFR로 장식된 자기 비드를 사용하여 항체 접합체를 결합시킨 다음, 샘플의 형광을 측정하고, siRNA 농도를 표준 곡선을 사용하여 결정하였다. 모든 데이터를 주사된 용량의 백분율로서 플롯팅하였다. AXBYC 접합체의 두 가지 예(EGFR-Ab에 대한 시스테인 및 리신 접합)에서, 상응하는 AXB 접합체에 비해 개선된 혈장 PK가 관찰되었다.
본 실시예에서, 일치하는 대조군 AXB 접합체과 비교하여 Cys 및 Lys AXBYC 접합체에 대한 생체내 혈장 PK가 입증되었다.
실시예 44: 콜레스테롤- KRAS 접합체(PD-058)의 생체내 약역학 연구
접종 1주일 후 간내 Hep 3B 종양을 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 콜레스테롤-siRNA 접합체의 3개의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사(48시간 간격으로 분리됨)를 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 동일한 투여 일정으로 비히클 대조군으로서 PBS의 3개의 정맥내 주사를 투여하였다. chol-KRAS를 투여한 처리군에 10, 4, 또는 2 mg/kg을 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 6.25 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 56은 연구 설계를 더 상세히 기술하며, 접합체 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조를 제공한다. 마우스를 최종 투여 후 72시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양을 갖는 간의 50 mg 조각을 수집하고 액체 질소에서 급속동결시켰다. mRNA 넉다운 분석 및 siRNA 정량을 실시예 2-7에 기재된 바와 같이 수행하였다.
표 56. 시험된 접합체의 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조와 함께 콜레스테롤-KRAS 접합체(PD-058)에 대한 연구 설계.
Figure pct00148
chol-KRAS 접합체를 용량 반응을 갖는 3-용량 연구에서 mRNA 넉다운에 대해 평가하였다. 도 35에 도시된 바와 같이, 마우스 간 조직 내에서 마우스 KRAS mRNA 넉다운에 대한 명확한 용량-반응이 있었다. 2 mg/kg의 가장 낮은 용량은 마우스 KRAS의 45% 넉다운을 초래한 반면, 10 mg/kg의 가장 높은 용량은 이 3-용량 포맷에서 마우스의 65% 넉다운을 초래하였다. 그러나, 인간 KRAS로부터 신호를 검출하기 위해 채취 시점에 마우스 간에 충분한 인간 종양 세포가 존재하지 않았다 (잠재적으로 모델 발달 문제로 인해, 빠르게 성장하는 종양을 생산하기에 충분하지 않은 인간 세포가 접종된 것으로 보임). 이와 같이, 종양에서 넉다운을 측정할 수 없었다.
실시예 45: 콜레스테롤- siRNA 접합체(PK-063)의 생체내 약물동역학 연구
야생형 암컷 CD-1 마우스의 그룹(n=3)을 chol-siRNA 접합체의 하나 또는 2개의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리하였다. 처리군에 10 mg/kg(siRNA의 중량 기준)의 chol-KRAS를 투여하였고, 2-용량 그룹에 제1 용량 후 48시간에 제2 용량을 투여하였다. 모든 그룹에 6.25 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 57은 연구 설계를 더 상세히 도시하며 접합체 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조를 제공한다. 비말단 혈액 샘플을 2, 15, 60 또는 120 분에 최종 용량 후 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고, 원심분리하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 마우스를 최종 용량 후 4, 24, 96, 또는 144시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 말단 혈액 샘플을 심장 천자를 통해 수집하고, 압력을 가하여 PK 분석을 위한 혈장을 생성하였다. 종양, 간, 신장, 및 폐의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. mRNA 넉다운 분석 및 siRNA 정량을 실시예 2-7에 기재된 바와 같이 수행하였다.
표 57. 시험된 접합체의 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조와 함께 콜레스테롤-siRNA 접합체(PK-063)에 대한 연구 설계.
Figure pct00149
chol-siRNA의 약물동력학적 거동을 2-용량 포맷과 비교하여 단일-용량 포맷에서 평가하였다. 도 36에 도시된 바와 같이, 제1 용량 및 48시간 이후 제2 용량에 대한 혈장 PK 프로파일은 거의 동일하다. 혈장으로부터의 제거 기전은 제1 용량으로부터 포화되지 않았고, 제2 용량은 유사하게 거동한다. 3개의 주요 조직(간, 신장, 및 폐)에 대한 조직 PK를 유사하게 평가하였다. 도 37에 도시된 바와 같이, chol-KRAS는 간에 가장 높은 농도로 전달되었고, 신장 및 폐는 간과 비교하여 대략 10배 낮은 siRNA 농도를 갖는다. 3개의 조직 모두에 대해, 제2 용량 후 siRNA 농도는 제1 용량 후 siRNA 농도보다 높았고, 이는 chol-siRNA의 용량이 48시간 간격일 때 조직에서 siRNA의 축적이 있음을 입증한다.
생체내 연구 콜레스테롤- siRNA 접합체(PK-067). 피하 옆구리 H358 종양 100-150 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스 그룹(n=3)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=4)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. 콜레스테롤-siRNA 접합체를 투여한 처리군에 5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였다. 일부 처리군에 또한 특정 몰 펩타이드:siRNA 비율로 콜레스테롤-펩타이드 접합체를 투여하였고, 여기서 모든 chol-siRNA 및 chol-펩타이드 접합체는 용액에서 함께 혼합되어 공동 주사되었다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 58은 연구 설계를 더 상세히 나타내며, 접합체 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조를 제공한다. 마우스를 투여 후 24, 72, 또는 144시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양, 간, 신장, 및 폐의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. mRNA 넉다운 분석 및 siRNA 정량을 실시예 2-7에 기재된 바와 같이 수행하였다.
표 58. 접합체 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조와 함께 콜레스테롤-siRNA 접합체(PK-067)에 대한 연구 설계
Figure pct00150
INF7 및 멜리틴과 같은 엔도솜 분해성 모이어티(EEP)를 콜레스테롤에 접합하고, chol-siRNA와 혼합한 다음, 마우스에 공동주사하여 개선된 엔도솜 탈출으로 인한 siRNA 효능의 증가를 입증하였다. 먼저, 다양한 조직에서 siRNA 농도에 대한 EEF 첨가 효과를 평가하였다. 도 38A에 도시된 바와 같이, EEP:siRNA의 임의의 몰비의 chol-INF7의 첨가는 siRNA 종양 PK에 영향을 미치지 않았다. 그러나, 도 38B에 도시된 바와 같이, 1:1 비율의 chol-멜리틴의 첨가는 종양 PK에 영향을 미치지 않았지만, 3:1 EEP:siRNA 비율의 chol-멜리틴의 첨가는 종양 내의 siRNA의 양을 감소시켰다. 도 39에 도시된 바와 같이, chol-INF7 또는 chol-멜리틴은 간 PK에 많은 영향을 미치지 않았다. 유사하게, 도 40 및 41에 도시된 바와 같이, chol-INF7 및 chol-멜리틴은 또한 신장 및 폐에서 PK 프로파일에 대해 많은 영향을 미치지 않았다. 최종적으로, mRNA KD에 대한 chol-EEP 접합체의 효과를 평가하였고, 도 42에 나타난 바와 같이, chol-KRAS 단독에 대한 넉다운의 기저 수준은 대략 50%였다. 1:1 chol-멜리틴 또는 3:1 chol-INF7의 첨가는 개선된 엔도솜 탈출로 인해, 각 시점에 넉다운을 개선한다.
생체내 연구 콜레스테롤- siRNA 접합체(PK-076). 피하 옆구리 H358 종양 100-150 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 48시간 간격으로 분리된 3개의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 동일한 투여 일정으로 비히클 대조군으로서 PBS의 3개의 정맥내 주사를 투여하였다. 콜레스테롤-siRNA 접합체를 투여한 처리군에 5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)를 투여하였다. 일부 처리군에 또한 특정 몰 펩타이드:siRNA 비율로 콜레스테롤-펩타이드 접합체를 투여하였고, 여기서 모든 chol-siRNA 및 chol-펩타이드 접합체는 용액에서 혼합되어 공동주사되었다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 59는 연구 설계를 더 상세히 기술하며 접합체 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조를 제공한다. 마우스를 투여 후 24 또는 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양, 간, 신장, 및 폐의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. mRNA 넉다운 분석 및 siRNA 정량을 실시예 2-7에 기재된 바와 같이 수행하였다.
표 59. 시험된 접합체의 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조와 함께 콜레스테롤-siRNA 접합체(PK-076)에 대한 연구 설계.
Figure pct00151
chol-siRNA 및 chol-EEP를 이용한 단일-용량 연구에서 관찰된 활성을 3 용량 연구로 추적 조사하였다. EEP:siRNA의 3:1 비율을 INF7에 대해 선택하였고, 1:1 비율을 멜리틴에 대해 선택하였다. 도 43 및 도 44에 도시된 바와 같이, chol-EEP를 chol-siRNA에 첨가하는 것은 3 용량 후 조직 PK에 크게 영향을 미치지 않는 것으로 보인다. 넉다운에 관해, 도 45는 chol-멜리틴의 첨가가 투여 후 24시간에 종양 넉다운을 명확히 개선한다는 것을 보여준다. 그것은 또한 chol-멜리틴이 투여 후 96시간에 종양 넉다운을 개선한다는 것을 보여준다.
생체내 연구 콜레스테롤- siRNA 접합체(PK-079). 피하 옆구리 H358 종양 100-150 mm3 부피를 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=5)을 siRNA 접합체의 하나의 정맥내(i.v.) 꼬리 정맥 주사로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=5)에 비히클 대조군으로서 PBS의 하나의 정맥내 주사를 투여하였다. EGFR 항체-siRNA-PEG 접합체를 투여한 처리군에 0.5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)을 투여하였고, 또한 EGFR 항체-멜리틴을 투여한 그룹은 EGFR 항체-siRNA 및 EGFR 항체-멜리틴 사이에서 일치하는 EGFR-Ab의 용량을 가지고 있었다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 5 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 60은 연구 설계를 더 상세히 기술하며 접합체 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조를 제공한다. 마우스를 투여 후 96시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양, 간, 신장, 및 폐의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. mRNA 넉다운 분석 및 siRNA 정량을 실시예 2-7에 기재된 바와 같이 수행하였다.
표 60. 시험된 접합체의 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조와 함께 콜레스테롤-siRNA 접합체(PK-079)에 대한 연구 설계.
Figure pct00152
siRNA를 종양에 전달하고 종양에서 mRNA 넉다운을 생산하는 EGFR 항체-siRNA 접합체의 PK/PD 관계를 재현성에 대해 평가하였다. 도 46에 도시된 바와 같이, 다시 한번 0.5 mg/kg의 EGFR 항체-siRNA 접합체의 단일 정맥내 용량은 접합체의 두 가지 배열을 이용하여 종양 내로 대략 100 nM 농도의 siRNA를 전달할 수 있었다. EGFR 항체-멜리틴의 첨가는 조직 PK에 영향을 미치지 않는 것으로 보였다. 분석된 4개의 조직 중에서, 종양이 가장 높은 농도를 가지고 있었고, 간이 두 번째로 높은 농도를 가지고 있었으며, 신장 및 폐는 siRNA의 낮은 흡수를 나타내었다. 도 47에 도시된 바와 같이, 종양으로의 강한 siRNA 전달은 다시 한번 종양에서 EGFR 또는 KRAS의 대략 50% 넉다운으로 변환되었다. 대조군으로서 작동한 유리 EGFR-Ab는 PBS 대조군과 마찬가지로 mRNA 넉다운을 나타내지 않았다.
생체내 연구 콜레스테롤- siRNA 접합체(PD-077). 접종 후 1주일에 간내 Hep3B 종양을 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스의 그룹(n=11)을 콜레스테롤-siRNA 접합체의 9개의 정맥내(i.v.) 또는 피하(s.c.) 주사(TIW)로 처리한 반면, 동일한 마우스의 대조군(n=11)에 비히클 대조군으로서 PBS의 9개의 정맥내 꼬리 정맥 주사를 투여하였다(또한 TIW로 투여됨). chol-CTNNB1을 투여한 처리군에 5 mg/kg을 투여하였다. 모든 그룹(처리 및 대조군)에 6.25 mL/kg의 용량 부피를 투여하였다. 표 61은 연구 설계를 더 상세히 기술하며 접합체 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조를 제공한다. 비말단 혈액 샘플을 매주 1회 후안와정맥총(retro-orbital plexus)의 천자를 통해 수집하고, 처리하여 알파-태아단백질(AFP) 측정을 위한 혈청을 생성하였다. 마우스를 최종 투여 후 24시간에 CO2 질식에 의해 희생시켰다. 종양을 갖는 간의 50 mg 조각을 수집하고, 액체 질소에서 급속동결시켰다. mRNA 넉다운 분석을 상기 기재된 바와 같이 수행하였다. AFP를 제조사의 지침에 따라 인간 알파-태아단백질 DuoSet ELISA 키트(R&D Systems)를 사용하여 정량하였다.
표 61. 시험된 접합체의 합성 및 특성 규명에 대한 상호참조와 함께 콜레스테롤-siRNA 접합체(PK-077)에 대한 연구 설계.
Figure pct00153
이전 연구들은 chol-siRNA의 단일 용량이 정상 간에서 넉다운을 생성할 수 있다는 것을 입증하였으므로, 넉다운이 동소(orthotopic) 간 종양에서도 달성될 수 있을 것으로 가정하였다. 마우스에 간내 Hep3B 종양을 접종하여 접종 후 1주일 동안 성장시킨 다음, 이들 마우스에 3주 동안 매주 3회(9개의 총 용량) 5 mg/kg 용량의 chol-CTNNB1(정맥내 또는 피하)을 투여하였다. 도 48에 도시된 바와 같이, 피하 투여된 chol-CTNNB1은 최종 투여 후 24시간의 채취 시점에 >50% mRNA 넉다운을 야기할 수 있었다. 대조적으로, 정맥내로 투여된 chol-CTNNB1 siRNA는 이 시점에 어떠한 mRNA 넉다운을 나타내지 않는 것으로 보인다(일부 마우스는 어떠한 측정가능한 인간 CTNNB1 신호를 갖지 않았지만, 신호의 손실이 넉다운 또는 낮은 종양 부담과 관련되었는지 결정하기 어려웠음). 인간 Hep3B 세포는 또한 인간 알파-태아단백질(AFP)을 분비하는 것으로 알려져 있으며, 분비된 AFP의 양이 Hep3B 세포의 수와 상관관계가 있다는 것이 알려져 있다. 따라서, 혈청 내의 AFP의 농도는 마우스에서 종양 부하의 마커로서 간주되며, 시간 경과에 따른 AFP의 증가는 종양 성장과 상관관계가 있다. 도 49에 도시된 바와 같이, 피하 투여된 chol-CTNNB1은 상기 마우스에서 AFP의 수준을 현저히 감소시켰고, 이는 CTNNB1 mRNA 넉다운이 종양 성장의 억제를 야기하였다는 증거를 제공한다.
실시예 46. 간 PK/PD 연구
암컷 야생형 CD-1 마우스에 5 mg/kg(siRNA의 중량 기준)의 chol-siRNA-EEP 접합체를 투여할 것이다. 이들 연구에서, 사용된 siRNA는 마우스 인자 VII(FVII)에 대한 것일 것이므로, FVII 넉다운은 혈장 내의 FVII 단백질 수준을 측정함으로써 결정될 수 있다. 다수의 EEP(엔도솜 분해성 모이어티)는 대조군에 비해 FVII 표적 유전자의 최상의 넉다운을 초래하는 최적의 엔도솜 탈출을 입증하는 펩타이드 서열을 결정하는데 사용될 것이다.
실시예 47. 종양 PK/PD 연구
피하 옆구리 H358 종양을 갖는 암컷 NCr nu/nu 마우스에 0.5 mg/kg(siRNA 기준)의 EGFR 항체-siRNA-EEP 접합체를 투여할 것이다. 다수의 EEP(엔도솜 분해성 모이어티)는 대조군에 비해 표적 유전자의 최상의 넉다운을 초래하는 최적의 엔도솜 탈출을 입증하는 펩타이드 서열을 결정하는데 사용될 것이다.
실시예 48. 나노입자를 이용한 ABC 접합체의 제제화
예시적인 ABC 접합체를 사이클로덱스트린 중합체(10 kDa) 및 과량의 비접합된 siRNA(ED 40-60 nm, PDI 0.1-0.2)를 사용하여 자가 조립된 나노입자 내로 패키징한다. 이들 입자에서, 예시적인 ABC 접합체는 항체 표적과 상호작용하는 능력을 유지한다. 생체내 순환에서 입자의 안정성 및 표적 결합 역량은 패키징 siRNA의 변형을 통해 조절된다.
나노입자 형성
나노입자를 1.6 mg/mL의 최종 siRNA 농도로 제조한다. 1:20의 비율로 CY5-siRNA를 함유하는 siRNA를 먼저 물에서 2x 최종 농도로 희석한다. 사이클로덱스트린 중합체(CDP)를 중성 pH에서 10 mM 인산염 완충액에서 3:1의 질소 대 인 비율(N:P)을 달성하는데 필요한 2x 최종 농도로 희석한다. CDP를 siRNA에 빠르게 첨가하고, 피펫팅에 의해 더 혼합한다. 입자를 투여 또는 분석하기 전에 적어도 15분 동안 배양한다.
시험관내 EGFR 결합
다양한 양의 예시적인 ABC 접합체를 함유하는 나노입자를 우태아 혈청으로 10 nM의 최종 농도로 희석하고, 150 nM의 정제된 EGFR-Fc 단백질(Sino Biological)이 로딩된 단백질 G Dynabeads(Thermofisher)와 함께 실온에서 1시간 동안 배양한다. 비드를 0.01% 트윈 20 및 0.05% BSA를 함유하는 PBS로 2회 세척한 다음, 비드가 결합한 나노입자를 0.01% 트윈 20 및 100 ug/ml 헤파린을 함유하는 물로 파괴한다. 입력물, 결합하지 않은 분획, 세척물 및 비드 용출액에 함유된 CY5-siRNA의 양을 TECAN Infinite M200 Pro(여기 635 nm; 방출 675 nm)를 사용하여 형광에 의해 정량한다.
CY5- ASC 혈장 정량
마우스 혈장 내의 나노입자의 정량을 실시예 43에 도시된 바와 같이 수행한다. EGFR 비드에 결합한 CY5-siRNA를 헤파린을 사용하여 방출시켜 CDP 및 siRNA 사이의 정전기 상호작용을 경쟁시킨다.
본 개시내용의 바람직한 구현예가 본원에 나타나고 기재되었지만, 이러한 구현예가 단지 예로서 제공된다는 것이 당업자에게 명백할 것이다. 본 개시내용을 벗어나지 않으면서 다양한 변형, 변경, 및 치환이 당업자에게 일어날 것이다. 본원에 기재된 개시내용의 구현예에 대한 다양한 대안이 본 개시내용을 실시하는데 사용될 수 있음을 이해되해야 한다. 하기 청구범위는 본 개시내용의 범위를 정의하고 이들 청구범위 및 그의 등가물에 속하는 방법 및 구조는 이에 의해 포함되는 것으로 의도된다.
SEQUENCE LISTING <110> AVIDITY BIOSCIENCES LLC <120> NUCLEIC ACID-POLYPEPTIDE COMPOSITIONS AND USES THEREOF <130> 45532-707.601 <140> <141> <150> 62/316,919 <151> 2016-04-01 <160> 2117 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 1 aaaugacuga auauaaacuu gug 23 <210> 2 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 2 aaugacugaa uauaaacuug ugg 23 <210> 3 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 3 aacuuguggu aguuggagcu ggu 23 <210> 4 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 4 uaggcaagag ugccuugacg aua 23 <210> 5 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 5 ggcaagagug ccuugacgau aca 23 <210> 6 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 6 gcaagagugc cuugacgaua cag 23 <210> 7 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 7 caagagugcc uugacgauac agc 23 <210> 8 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 8 agugccuuga cgauacagcu aau 23 <210> 9 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 9 gugccuugac gauacagcua auu 23 <210> 10 <211> 23 <212> RNA <213> Homo 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21 <210> 59 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 59 uguaucguca aggcacucut t 21 <210> 60 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 60 ugccuugacg auacagcuat t 21 <210> 61 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 61 uagcuguauc gucaaggcat t 21 <210> 62 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 62 gccuugacga uacagcuaat t 21 <210> 63 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 63 uuagcuguau cgucaaggct t 21 <210> 64 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 64 uugacgauac agcuaauuct t 21 <210> 65 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 65 gaauuagcug uaucgucaat t 21 <210> 66 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 66 ugacgauaca gcuaauucat t 21 <210> 67 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 67 ugaauuagcu guaucgucat t 21 <210> 68 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 68 cagcuaauuc agaaucauut t 21 <210> 69 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 69 aaugauucug aauuagcugt t 21 <210> 70 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 70 guggacgaau augauccaat t 21 <210> 71 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 71 uuggaucaua uucguccact t 21 <210> 72 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 72 gacgaauaug auccaacaat t 21 <210> 73 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 73 uuguuggauc auauucguct t 21 <210> 74 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 74 acgaauauga uccaacaaut t 21 <210> 75 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 75 auuguuggau cauauucgut t 21 <210> 76 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 76 ggcggccgga gucccgagcu agc 23 <210> 77 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 77 ggccggaguc ccgagcuagc ccc 23 <210> 78 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 78 gccggagucc cgagcuagcc ccg 23 <210> 79 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 79 ccggaguccc gagcuagccc cgg 23 <210> 80 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 80 cggagucccg agcuagcccc ggc 23 <210> 81 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 81 ggagucccga gcuagccccg gcg 23 <210> 82 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 82 gagucccgag cuagccccgg cgg 23 <210> 83 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 83 gucccgagcu agccccggcg gcc 23 <210> 84 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 84 ccggacgaca ggccaccucg ucg 23 <210> 85 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 85 cggacgacag 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189 uuccuaugcc uuagcagucu uau 23 <210> 190 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 190 uccuaugccu uagcagucuu auc 23 <210> 191 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 191 cuaugccuua gcagucuuau cua 23 <210> 192 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 192 uaugccuuag cagucuuauc uaa 23 <210> 193 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 193 augccuuagc agucuuaucu aac 23 <210> 194 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 194 ugccuuagca gucuuaucua acu 23 <210> 195 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 195 gccuuagcag ucuuaucuaa cua 23 <210> 196 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 196 ccuuagcagu cuuaucuaac uau 23 <210> 197 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 197 cuuagcaguc uuaucuaacu aug 23 <210> 198 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 198 uuagcagucu uaucuaacua uga 23 <210> 199 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 199 uagcagucuu aucuaacuau gau 23 <210> 200 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 200 agcagucuua ucuaacuaug aug 23 <210> 201 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212 ugcaaauaaa accggacuga agg 23 <210> 213 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 213 gcaaauaaaa ccggacugaa gga 23 <210> 214 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 214 caaauaaaac cggacugaag gag 23 <210> 215 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 215 aauaaaaccg gacugaagga gcu 23 <210> 216 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 216 auaaaaccgg acugaaggag cug 23 <210> 217 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 217 uaaaaccgga cugaaggagc ugc 23 <210> 218 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 218 aaaaccggac ugaaggagcu gcc 23 <210> 219 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 219 gaaggagcug cccaugagaa auu 23 <210> 220 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 220 uuuacaggaa auccugcaug gcg 23 <210> 221 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 221 acaggaaauc cugcauggcg ccg 23 <210> 222 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 222 caggaaaucc ugcauggcgc cgu 23 <210> 223 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 223 aggaaauccu gcauggcgcc gug 23 <210> 224 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442 ccucuggauc cacaggaacu gga 23 <210> 443 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 443 uggauccaca ggaacuggau auu 23 <210> 444 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 444 ggauccacag gaacuggaua uuc 23 <210> 445 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 445 auccacagga acuggauauu cug 23 <210> 446 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 446 uccacaggaa cuggauauuc uga 23 <210> 447 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 447 gaacuggaua uucugaaaac cgu 23 <210> 448 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 448 auauucugaa aaccguaaag gaa 23 <210> 449 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 449 uauucugaaa accguaaagg aaa 23 <210> 450 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 450 ucugaaaacc guaaaggaaa uca 23 <210> 451 <211> 23 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 451 cugaaaaccg uaaaggaaau cac 23 <210> 452 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 452 cggccggagu cccgagcuat t 21 <210> 453 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 453 uagcucggga cuccggccgt t 21 <210> 454 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 454 ccggaguccc gagcuagcct t 21 <210> 455 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 455 ggcuagcucg ggacuccggt t 21 <210> 456 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 456 cggagucccg agcuagccct t 21 <210> 457 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 457 gggcuagcuc gggacuccgt t 21 <210> 458 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 458 ggagucccga gcuagcccct t 21 <210> 459 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 459 ggggcuagcu cgggacucct t 21 <210> 460 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide 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gucccgagcu agccccggct t 21 <210> 465 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 465 gccggggcua gcucgggact t 21 <210> 466 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 466 cccgagcuag ccccggcggt t 21 <210> 467 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 467 ccgccggggc uagcucgggt t 21 <210> 468 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 468 ggacgacagg 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<213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 481 gacgccgacg agguggccut t 21 <210> 482 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 482 ggccaccucg ucggcgucct t 21 <210> 483 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 483 ggacgccgac gagguggcct t 21 <210> 484 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 484 gccaccucgu cggcguccgt t 21 <210> 485 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 493 cgggcggacg ccgacgaggt t 21 <210> 494 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 494 cucgucggcg uccgcccgat t 21 <210> 495 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 495 ucgggcggac gccgacgagt t 21 <210> 496 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 496 ucgucggcgu ccgcccgagt t 21 <210> 497 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 497 cucgggcgga cgccgacgat t 21 <210> 498 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 498 cgucggcguc cgcccgagut t 21 <210> 499 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 499 acucgggcgg acgccgacgt t 21 <210> 500 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 500 gucggcgucc gcccgaguct t 21 <210> 501 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial 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Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 505 cggggacucg ggcggacgct t 21 <210> 506 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 506 cguccgcccg aguccccgct t 21 <210> 507 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 507 gcggggacuc gggcggacgt t 21 <210> 508 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 508 gcccgagucc ccgccucgct t 21 <210> 509 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic 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<220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 513 ugcgcggugg uuguggcgut t 21 <210> 514 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 514 cgccacaacc accgcgcact t 21 <210> 515 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 515 gugcgcggug guuguggcgt t 21 <210> 516 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 516 ccacaaccac cgcgcacggt t 21 <210> 517 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 517 ccgugcgcgg ugguuguggt t 21 <210> 518 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 518 cacaaccacc gcgcacggct t 21 <210> 519 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 519 gccgugcgcg gugguugugt t 21 <210> 520 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 520 acaaccaccg cgcacggcct t 21 <210> 521 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 521 ggccgugcgc ggugguugut t 21 <210> 522 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 522 augcgacccu ccgggacggt t 21 <210> 523 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 523 ccgucccgga gggucgcaut t 21 <210> 524 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 524 ugcgacccuc cgggacggct t 21 <210> 525 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 525 gccgucccgg agggucgcat t 21 <210> 526 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 526 gcgacccucc gggacggcct t 21 <210> 527 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 527 ggccgucccg gagggucgct t 21 <210> 528 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 528 gacccuccgg gacggccggt t 21 <210> 529 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 529 ccggccgucc cggaggguct t 21 <210> 530 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 530 acccuccggg acggccgggt t 21 <210> 531 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 531 cccggccguc ccggagggut t 21 <210> 532 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 532 ccuccgggac ggccggggct t 21 <210> 533 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 533 gccccggccg ucccggaggt t 21 <210> 534 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 534 agaaaguuug ccaaggcact t 21 <210> 535 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 535 gugccuuggc aaacuuucut t 21 <210> 536 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 536 gaaaguuugc caaggcacgt t 21 <210> 537 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 537 cgugccuugg caaacuuuct t 21 <210> 538 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 538 aaguuugcca aggcacgagt t 21 <210> 539 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 539 cucgugccuu ggcaaacuut t 21 <210> 540 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 540 aguuugccaa ggcacgagut t 21 <210> 541 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 541 acucgugccu uggcaaacut t 21 <210> 542 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 542 guuugccaag gcacgaguat t 21 <210> 543 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 543 uacucgugcc uuggcaaact t 21 <210> 544 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 544 uuugccaagg cacgaguaat t 21 <210> 545 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 545 uuacucgugc cuuggcaaat t 21 <210> 546 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 546 uugccaaggc acgaguaact t 21 <210> 547 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 547 guuacucgug ccuuggcaat t 21 <210> 548 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 548 ugccaaggca cgaguaacat t 21 <210> 549 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 549 uguuacucgu gccuuggcat t 21 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21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 554 cgcaguuggg cacuuuugat t 21 <210> 555 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 555 ucaaaagugc ccaacugcgt t 21 <210> 556 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 556 gcaguugggc acuuuugaat t 21 <210> 557 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 557 uucaaaagug cccaacugct t 21 <210> 558 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 558 caguugggca cuuuugaagt t 21 <210> 559 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 559 cuucaaaagu gcccaacugt t 21 <210> 560 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 560 aguugggcac uuuugaagat t 21 <210> 561 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 561 ucuucaaaag ugcccaacut t 21 <210> 562 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 562 guugggcacu uuugaagaut t 21 <210> 563 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 563 aucuucaaaa gugcccaact t 21 <210> 564 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 564 uugggcacuu uugaagauct t 21 <210> 565 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 565 gaucuucaaa agugcccaat t 21 <210> 566 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 566 ugggcacuuu ugaagaucat t 21 <210> 567 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 567 ugaucuucaa aagugcccat t 21 <210> 568 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 568 gggcacuuuu gaagaucaut t 21 <210> 569 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 569 augaucuuca aaagugccct t 21 <210> 570 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 570 uugaagauca uuuucucagt t 21 <210> 571 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 571 cugagaaaau gaucuucaat t 21 <210> 572 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 572 gaagaucauu uucucagcct t 21 <210> 573 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 573 ggcugagaaa augaucuuct t 21 <210> 574 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 574 aagaucauuu ucucagccut t 21 <210> 575 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 575 aggcugagaa aaugaucuut t 21 <210> 576 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 576 cauuuucuca gccuccagat t 21 <210> 577 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 577 ucuggaggcu gagaaaaugt t 21 <210> 578 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 578 agccuccaga ggauguucat t 21 <210> 579 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 579 ugaacauccu cuggaggcut t 21 <210> 580 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 580 ccuccagagg auguucaaut t 21 <210> 581 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 581 auugaacauc cucuggaggt t 21 <210> 582 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 582 cuccagagga uguucaauat t 21 <210> 583 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 583 uauugaacau ccucuggagt t 21 <210> 584 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 584 agaggauguu caauaacugt t 21 <210> 585 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 585 caguuauuga acauccucut t 21 <210> 586 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 586 aggauguuca auaacugugt t 21 <210> 587 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 587 cacaguuauu gaacauccut t 21 <210> 588 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 588 uguucaauaa cugugaggut t 21 <210> 589 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 589 accucacagu uauugaacat t 21 <210> 590 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide 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Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 594 caauaacugu gaggugguct t 21 <210> 595 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 595 gaccaccuca caguuauugt t 21 <210> 596 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 596 aauaacugug agguggucct t 21 <210> 597 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 597 ggaccaccuc acaguuauut t 21 <210> 598 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 598 auaacuguga ggugguccut t 21 <210> 599 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 599 aggaccaccu cacaguuaut t 21 <210> 600 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 600 uaacugugag gugguccuut t 21 <210> 601 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 601 aaggaccacc ucacaguuat t 21 <210> 602 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 602 acugugaggu gguccuuggt t 21 <210> 603 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 603 ccaaggacca ccucacagut t 21 <210> 604 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 604 ugugaggugg uccuugggat t 21 <210> 605 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 605 ucccaaggac caccucacat t 21 <210> 606 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 606 gugagguggu ccuugggaat t 21 <210> 607 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 607 uucccaagga ccaccucact t 21 <210> 608 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 608 ugguccuugg gaauuuggat t 21 <210> 609 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 609 uccaaauucc caaggaccat t 21 <210> 610 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 610 uugggaauuu ggaaauuact t 21 <210> 611 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 611 guaauuucca aauucccaat t 21 <210> 612 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 612 ugggaauuug gaaauuacct t 21 <210> 613 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 613 gguaauuucc aaauucccat t 21 <210> 614 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 614 gggaauuugg aaauuaccut t 21 <210> 615 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 615 agguaauuuc caaauuccct t 21 <210> 616 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 616 ggaauuugga aauuaccuat t 21 <210> 617 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 617 uagguaauuu ccaaauucct t 21 <210> 618 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 618 agaggaauua ugaucuuuct t 21 <210> 619 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 619 gaaagaucau aauuccucut t 21 <210> 620 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 620 gaggaauuau gaucuuucct t 21 <210> 621 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 621 ggaaagauca uaauuccuct t 21 <210> 622 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 622 aauuaugauc 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<213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 635 cuggaugguc uuuaagaagt t 21 <210> 636 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 636 ucuuaaagac cauccaggat t 21 <210> 637 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 637 uccuggaugg ucuuuaagat t 21 <210> 638 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 638 uuaaagacca uccaggaggt t 21 <210> 639 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 639 ccuccuggau ggucuuuaat t 21 <210> 640 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 640 uaaagaccau ccaggaggut t 21 <210> 641 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 641 accuccugga uggucuuuat t 21 <210> 642 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 642 ccaggaggug gcugguuaut t 21 <210> 643 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 647 acauaaccag ccaccuccut t 21 <210> 648 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 648 ggagguggcu gguuauguct t 21 <210> 649 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 649 gacauaacca gccaccucct t 21 <210> 650 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 650 gagguggcug guuaugucct t 21 <210> 651 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 651 ggacauaacc agccaccuct t 21 <210> 652 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 652 agguggcugg uuauguccut t 21 <210> 653 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 653 aggacauaac cagccaccut t 21 <210> 654 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 654 guggcugguu auguccucat t 21 <210> 655 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 655 ugaggacaua accagccact t 21 <210> 656 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 656 gcccucaaca caguggagct t 21 <210> 657 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 657 gcuccacugu guugagggct t 21 <210> 658 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 658 uuccuuugga aaaccugcat t 21 <210> 659 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 659 ugcagguuuu ccaaaggaat t 21 <210> 660 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 660 uccuuuggaa aaccugcagt t 21 <210> 661 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 661 cugcagguuu uccaaaggat t 21 <210> 662 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 662 gaaaaccugc agaucaucat t 21 <210> 663 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic 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<220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 667 cucugaugau cugcagguut t 21 <210> 668 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 668 cugcagauca ucagaggaat t 21 <210> 669 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 669 uuccucugau gaucugcagt t 21 <210> 670 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 670 gaaaauuccu augccuuagt t 21 <210> 671 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 671 cuaaggcaua ggaauuuuct t 21 <210> 672 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 672 aaaauuccua ugccuuagct t 21 <210> 673 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 673 gcuaaggcau aggaauuuut t 21 <210> 674 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 674 aauuccuaug ccuuagcagt t 21 <210> 675 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 675 cugcuaaggc auaggaauut t 21 <210> 676 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 676 uccuaugccu uagcagucut t 21 <210> 677 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 677 agacugcuaa ggcauaggat t 21 <210> 678 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 678 ccuaugccuu agcagucuut t 21 <210> 679 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 679 aagacugcua aggcauaggt t 21 <210> 680 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 680 cuaugccuua gcagucuuat t 21 <210> 681 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 681 uaagacugcu aaggcauagt t 21 <210> 682 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 682 augccuuagc agucuuauct t 21 <210> 683 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 683 gauaagacug cuaaggcaut t 21 <210> 684 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 684 ugccuuagca gucuuaucut t 21 <210> 685 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 685 agauaagacu gcuaaggcat t 21 <210> 686 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 686 gccuuagcag ucuuaucuat t 21 <210> 687 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 724 caaauaaaac cggacugaat t 21 <210> 725 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 725 uucaguccgg uuuuauuugt t 21 <210> 726 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 726 aaauaaaacc ggacugaagt t 21 <210> 727 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 727 cuucaguccg guuuuauuut t 21 <210> 728 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 728 aauaaaaccg gacugaaggt t 21 <210> 729 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 729 ccuucagucc gguuuuauut t 21 <210> 730 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 730 uaaaaccgga cugaaggagt t 21 <210> 731 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 731 cuccuucagu ccgguuuuat t 21 <210> 732 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 732 aaaaccggac ugaaggagct t 21 <210> 733 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 733 gcuccuucag uccgguuuut t 21 <210> 734 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 734 aaaccggacu gaaggagcut t 21 <210> 735 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 735 agcuccuuca guccgguuut t 21 <210> 736 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 736 aaccggacug aaggagcugt t 21 <210> 737 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 737 cagcuccuuc aguccgguut t 21 <210> 738 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 738 aggagcugcc caugagaaat t 21 <210> 739 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 739 uuucucaugg gcagcuccut t 21 <210> 740 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic 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Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 748 aaauccugca uggcgccgut t 21 <210> 749 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 749 acggcgccau gcaggauuut t 21 <210> 750 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 750 aauccugcau ggcgccgugt t 21 <210> 751 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 751 cacggcgcca ugcaggauut t 21 <210> 752 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 752 uccugcaugg cgccgugcgt t 21 <210> 753 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 753 cgcacggcgc caugcaggat t 21 <210> 754 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 754 cugcauggcg ccgugcggut t 21 <210> 755 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 755 accgcacggc gccaugcagt t 21 <210> 756 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 756 ugcauggcgc cgugcgguut t 21 <210> 757 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 757 aaccgcacgg cgccaugcat t 21 <210> 758 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 758 gcauggcgcc gugcgguuct t 21 <210> 759 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 759 gaaccgcacg gcgccaugct t 21 <210> 760 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 760 auggcgccgu gcgguucagt t 21 <210> 761 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 761 cugaaccgca cggcgccaut t 21 <210> 762 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 762 uggcgccgug cgguucagct t 21 <210> 763 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 763 gcugaaccgc acggcgccat t 21 <210> 764 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 764 ggcgccgugc gguucagcat t 21 <210> 765 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 765 ugcugaaccg cacggcgcct t 21 <210> 766 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 766 gcgccgugcg guucagcaat t 21 <210> 767 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 767 uugcugaacc gcacggcgct t 21 <210> 768 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 768 cgccgugcgg uucagcaact t 21 <210> 769 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 769 guugcugaac cgcacggcgt t 21 <210> 770 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 770 gccgugcggu ucagcaacat t 21 <210> 771 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 771 uguugcugaa ccgcacggct t 21 <210> 772 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 772 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 801 ugcugacuau gucccgccat t 21 <210> 802 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 802 ggcgggacau agucagcagt t 21 <210> 803 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 803 cugcugacua ugucccgcct t 21 <210> 804 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 804 cucagcaaca ugucgauggt t 21 <210> 805 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 805 ccaucgacau guugcugagt t 21 <210> 806 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 806 cagcaacaug ucgauggact t 21 <210> 807 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 807 guccaucgac auguugcugt t 21 <210> 808 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 808 agcaacaugu cgauggacut t 21 <210> 809 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 809 aguccaucga cauguugcut t 21 <210> 810 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 810 gcaacauguc gauggacuut t 21 <210> 811 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 811 aaguccaucg acauguugct t 21 <210> 812 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 812 aacaugucga uggacuucct t 21 <210> 813 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 813 ggaaguccau cgacauguut t 21 <210> 814 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 814 acaugucgau ggacuuccat t 21 <210> 815 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 815 uggaagucca ucgacaugut t 21 <210> 816 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 816 caugucgaug gacuuccagt t 21 <210> 817 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 817 cuggaagucc aucgacaugt t 21 <210> 818 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 818 augucgaugg acuuccagat t 21 <210> 819 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 819 ucuggaaguc caucgacaut t 21 <210> 820 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 820 ucgauggacu uccagaacct t 21 <210> 821 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 821 gguucuggaa guccaucgat t 21 <210> 822 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 822 gaaccaccug ggcagcugct t 21 <210> 823 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 823 gcagcugccc aggugguuct t 21 <210> 824 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 824 gggcagcugc caaaagugut t 21 <210> 825 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 825 acacuuuugg cagcugccct t 21 <210> 826 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 826 gcagcugcca aaagugugat t 21 <210> 827 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 827 ucacacuuuu ggcagcugct t 21 <210> 828 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 828 ugccaaaagu gugauccaat t 21 <210> 829 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 829 uuggaucaca cuuuuggcat t 21 <210> 830 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 830 gccaaaagug ugauccaagt t 21 <210> 831 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 831 cuuggaucac acuuuuggct t 21 <210> 832 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 832 ccaaaagugu gauccaagct t 21 <210> 833 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 833 gcuuggauca cacuuuuggt t 21 <210> 834 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 834 aaagugugau ccaagcugut t 21 <210> 835 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 835 acagcuugga ucacacuuut t 21 <210> 836 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 836 ugugauccaa gcugucccat t 21 <210> 837 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 837 ugggacagcu uggaucacat t 21 <210> 838 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 838 gugauccaag cugucccaat t 21 <210> 839 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 839 uugggacagc uuggaucact t 21 <210> 840 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 840 gauccaagcu gucccaaugt t 21 <210> 841 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 841 cauugggaca gcuuggauct t 21 <210> 842 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 842 auccaagcug ucccaauggt t 21 <210> 843 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 843 ccauugggac agcuuggaut t 21 <210> 844 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 844 uccaagcugu cccaaugggt t 21 <210> 845 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 845 cccauuggga cagcuuggat t 21 <210> 846 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 846 ccaagcuguc ccaaugggat t 21 <210> 847 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 847 ucccauuggg acagcuuggt t 21 <210> 848 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 848 caagcugucc caaugggagt t 21 <210> 849 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 849 cucccauugg gacagcuugt t 21 <210> 850 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 850 agcuguccca augggagcut t 21 <210> 851 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 851 agcucccauu gggacagcut t 21 <210> 852 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 852 ugucccaaug ggagcugcut t 21 <210> 853 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 853 agcagcuccc 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<213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 866 aaaucaucug ugcccagcat t 21 <210> 867 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 867 ugcugggcac agaugauuut t 21 <210> 868 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 868 gugcccagca gugcuccggt t 21 <210> 869 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 869 ccggagcacu gcugggcact t 21 <210> 870 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial 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<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 874 cagugacugc ugccacaact t 21 <210> 875 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 875 guuguggcag cagucacugt t 21 <210> 876 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 876 gagagcgacu gccuggucut t 21 <210> 877 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 877 agaccaggca gucgcucuct t 21 <210> 878 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 878 agagcgacug ccuggucugt t 21 <210> 879 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 879 cagaccaggc agucgcucut t 21 <210> 880 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 880 gagcgacugc cuggucugct t 21 <210> 881 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 881 gcagaccagg cagucgcuct t 21 <210> 882 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 882 agcgacugcc uggucugcct t 21 <210> 883 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 883 ggcagaccag gcagucgcut t 21 <210> 884 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 884 gcgacugccu ggucugccgt t 21 <210> 885 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 885 cggcagacca ggcagucgct t 21 <210> 886 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 886 cgacugccug gucugccgct t 21 <210> 887 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 887 gcggcagacc aggcagucgt t 21 <210> 888 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 888 gccuggucug ccgcaaauut t 21 <210> 889 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 889 aauuugcggc agaccaggct t 21 <210> 890 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 890 ccuggucugc cgcaaauuct t 21 <210> 891 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 891 gaauuugcgg cagaccaggt t 21 <210> 892 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 892 cuggucugcc gcaaauucct t 21 <210> 893 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 893 ggaauuugcg gcagaccagt t 21 <210> 894 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 894 uggucugccg caaauuccgt t 21 <210> 895 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 895 cggaauuugc ggcagaccat t 21 <210> 896 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 896 gucugccgca aauuccgagt t 21 <210> 897 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 897 cucggaauuu gcggcagact t 21 <210> 898 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 898 ucugccgcaa auuccgagat t 21 <210> 899 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 899 ucucggaauu ugcggcagat t 21 <210> 900 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 900 cugccgcaaa uuccgagact t 21 <210> 901 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 901 gucucggaau uugcggcagt t 21 <210> 902 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 902 ugccgcaaau uccgagacgt t 21 <210> 903 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 903 cgucucggaa uuugcggcat t 21 <210> 904 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 904 ccgcaaauuc cgagacgaat t 21 <210> 905 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 905 uucgucucgg aauuugcggt t 21 <210> 906 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 906 aauuccgaga cgaagccact t 21 <210> 907 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 907 guggcuucgu cucggaauut t 21 <210> 908 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 908 auuccgagac gaagccacgt t 21 <210> 909 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 909 cguggcuucg ucucggaaut t 21 <210> 910 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 910 uuccgagacg aagccacgut t 21 <210> 911 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 911 acguggcuuc gucucggaat t 21 <210> 912 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 912 uccgagacga agccacgugt t 21 <210> 913 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 913 cacguggcuu cgucucggat t 21 <210> 914 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 914 ccgagacgaa gccacgugct t 21 <210> 915 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 915 gcacguggcu ucgucucggt t 21 <210> 916 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 916 gagacgaagc cacgugcaat t 21 <210> 917 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 917 uugcacgugg cuucgucuct t 21 <210> 918 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 918 acgaagccac gugcaaggat t 21 <210> 919 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 919 uccuugcacg uggcuucgut t 21 <210> 920 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 920 cgaagccacg ugcaaggact t 21 <210> 921 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 921 guccuugcac guggcuucgt t 21 <210> 922 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 922 gaagccacgu gcaaggacat t 21 <210> 923 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 923 uguccuugca cguggcuuct t 21 <210> 924 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 924 aagccacgug caaggacact t 21 <210> 925 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 925 guguccuugc acguggcuut t 21 <210> 926 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 926 ccccacucau gcucuacaat t 21 <210> 927 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 927 uuguagagca ugaguggggt t 21 <210> 928 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 928 ccacucaugc ucuacaacct t 21 <210> 929 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 929 gguuguagag caugaguggt t 21 <210> 930 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 930 acucaugcuc uacaacccct t 21 <210> 931 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 931 gggguuguag agcaugagut t 21 <210> 932 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 932 caugcucuac aaccccacct t 21 <210> 933 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 933 ggugggguug uagagcaugt t 21 <210> 934 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 934 ccagauggau gugaacccct t 21 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<213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 943 gcccucgggg uucacaucct t 21 <210> 944 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 944 gaugugaacc ccgagggcat t 21 <210> 945 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 945 ugcccucggg guucacauct t 21 <210> 946 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 946 ugugaacccc gagggcaaat t 21 <210> 947 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 955 aagcuguauu ugcccucggt t 21 <210> 956 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 956 cgagggcaaa uacagcuuut t 21 <210> 957 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 957 aaagcuguau uugcccucgt t 21 <210> 958 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 958 aaauacagcu uuggugccat t 21 <210> 959 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 959 uggcaccaaa gcuguauuut t 21 <210> 960 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 960 aauacagcuu uggugccact t 21 <210> 961 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 961 guggcaccaa agcuguauut t 21 <210> 962 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 962 auacagcuuu ggugccacct t 21 <210> 963 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 963 gguggcacca aagcuguaut t 21 <210> 964 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 964 cuuuggugcc accugcgugt t 21 <210> 965 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 965 cacgcaggug gcaccaaagt t 21 <210> 966 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 966 uuggugccac cugcgugaat t 21 <210> 967 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 967 uucacgcagg uggcaccaat t 21 <210> 968 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 968 ccaccugcgu gaagaagugt t 21 <210> 969 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 969 cacuucuuca cgcagguggt t 21 <210> 970 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 970 cugcgugaag aaguguccct t 21 <210> 971 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 971 gggacacuuc uucacgcagt t 21 <210> 972 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 972 ugcgugaaga agugucccct t 21 <210> 973 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 973 ggggacacuu cuucacgcat t 21 <210> 974 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 974 gcgugaagaa guguccccgt t 21 <210> 975 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 975 cggggacacu ucuucacgct t 21 <210> 976 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 976 cgugaagaag uguccccgut t 21 <210> 977 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 977 acggggacac uucuucacgt t 21 <210> 978 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 978 gugaagaagu guccccguat t 21 <210> 979 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 979 uacggggaca cuucuucact t 21 <210> 980 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 980 ugaagaagug uccccguaat t 21 <210> 981 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 981 uuacggggac acuucuucat t 21 <210> 982 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 982 gaagaagugu ccccguaaut t 21 <210> 983 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 983 auuacgggga cacuucuuct t 21 <210> 984 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 984 aagaaguguc cccguaauut t 21 <210> 985 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 985 aauuacgggg acacuucuut t 21 <210> 986 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 986 agaagugucc ccguaauuat t 21 <210> 987 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 987 uaauuacggg gacacuucut t 21 <210> 988 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 988 gaaguguccc cguaauuaut t 21 <210> 989 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 989 auaauuacgg ggacacuuct t 21 <210> 990 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 990 aagugucccc guaauuaugt t 21 <210> 991 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: 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oligonucleotide <400> 995 cacauaauua cggggacact t 21 <210> 996 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 996 uguccccgua auuauguggt t 21 <210> 997 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 997 ccacauaauu acggggacat t 21 <210> 998 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 998 guccccguaa uuauguggut t 21 <210> 999 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 999 accacauaau uacggggact t 21 <210> 1000 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1000 ccccguaauu auguggugat t 21 <210> 1001 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1001 ucaccacaua auuacggggt t 21 <210> 1002 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1002 ccguaauuau guggugacat t 21 <210> 1003 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1003 ugucaccaca uaauuacggt t 21 <210> 1004 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1004 guaauuaugu ggugacagat t 21 <210> 1005 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1005 ucugucacca cauaauuact t 21 <210> 1006 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1006 uaauuaugug gugacagaut t 21 <210> 1007 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1007 aucugucacc acauaauuat t 21 <210> 1008 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1008 aauuaugugg ugacagauct t 21 <210> 1009 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1009 gaucugucac cacauaauut t 21 <210> 1010 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1010 auuauguggu gacagaucat t 21 <210> 1011 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1011 ugaucuguca ccacauaaut t 21 <210> 1012 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1012 uuauguggug acagaucact t 21 <210> 1013 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1013 gugaucuguc accacauaat t 21 <210> 1014 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1014 auguggugac agaucacggt t 21 <210> 1015 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1015 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ggcccuucgc acuucuuact t 21 <210> 1080 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1080 uaagaagugc gaagggccut t 21 <210> 1081 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1081 aggcccuucg cacuucuuat t 21 <210> 1082 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1082 aagaagugcg aagggccuut t 21 <210> 1083 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1083 aaggcccuuc gcacuucuut t 21 <210> 1084 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1084 agaagugcga agggccuugt t 21 <210> 1085 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1085 caaggcccuu cgcacuucut t 21 <210> 1086 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1086 agugcgaagg gccuugccgt t 21 <210> 1087 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1087 cggcaaggcc cuucgcacut t 21 <210> 1088 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1088 gugcgaaggg ccuugccgct t 21 <210> 1089 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1089 gcggcaaggc ccuucgcact t 21 <210> 1090 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1090 ugcgaagggc cuugccgcat t 21 <210> 1091 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1091 ugcggcaagg cccuucgcat t 21 <210> 1092 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1092 gcgaagggcc uugccgcaat t 21 <210> 1093 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1093 uugcggcaag gcccuucgct t 21 <210> 1094 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1094 cgaagggccu ugccgcaaat t 21 <210> 1095 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1095 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uggaggugca guuuuugaat t 21 <210> 1128 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1128 ucaaaaacug caccuccaut t 21 <210> 1129 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1129 auggaggugc aguuuuugat t 21 <210> 1130 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1130 caaaaacugc accuccauct t 21 <210> 1131 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1131 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aaugccaccg gcaggaugut t 21 <210> 1160 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1160 auccugccgg uggcauuuat t 21 <210> 1161 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1161 uaaaugccac cggcaggaut t 21 <210> 1162 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1162 cugccggugg cauuuagggt t 21 <210> 1163 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1163 cccuaaaugc caccggcagt t 21 <210> 1164 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1164 ugccgguggc auuuaggggt t 21 <210> 1165 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1165 ccccuaaaug ccaccggcat t 21 <210> 1166 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1166 gccgguggca uuuaggggut t 21 <210> 1167 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1167 accccuaaau gccaccggct t 21 <210> 1168 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1168 ccgguggcau uuaggggugt t 21 <210> 1169 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1169 caccccuaaa ugccaccggt t 21 <210> 1170 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1170 guggcauuua ggggugacut t 21 <210> 1171 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1171 agucaccccu aaaugccact t 21 <210> 1172 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1172 gcauuuaggg gugacuccut t 21 <210> 1173 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1173 aggagucacc ccuaaaugct t 21 <210> 1174 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1174 cauuuagggg ugacuccuut t 21 <210> 1175 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1175 aaggagucac cccuaaaugt t 21 <210> 1176 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1176 auuuaggggu gacuccuuct t 21 <210> 1177 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1177 gaaggaguca ccccuaaaut t 21 <210> 1178 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1178 uuuaggggug acuccuucat t 21 <210> 1179 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1179 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ggacgccgac gagguggcct t 21 <210> 1236 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1236 gccaccucgu cggcguccgt t 21 <210> 1237 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1237 cggacgccga cgagguggct t 21 <210> 1238 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1238 ccaccucguc ggcguccgct t 21 <210> 1239 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1239 gcggacgccg acgagguggt t 21 <210> 1240 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1240 caccucgucg gcguccgcct t 21 <210> 1241 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1241 ggcggacgcc gacgaggugt t 21 <210> 1242 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1242 accucgucgg cguccgccct t 21 <210> 1243 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1243 gggcggacgc cgacgaggut t 21 <210> 1244 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1244 ccucgucggc guccgcccgt t 21 <210> 1245 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1245 cgggcggacg ccgacgaggt t 21 <210> 1246 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1246 cucgucggcg uccgcccgat t 21 <210> 1247 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1247 ucgggcggac gccgacgagt t 21 <210> 1248 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1248 ucgucggcgu ccgcccgagt t 21 <210> 1249 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1249 cucgggcgga cgccgacgat t 21 <210> 1250 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1250 cgucggcguc cgcccgagut t 21 <210> 1251 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1251 acucgggcgg acgccgacgt t 21 <210> 1252 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1252 gucggcgucc gcccgaguct t 21 <210> 1253 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1253 gacucgggcg gacgccgact t 21 <210> 1254 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1254 ucggcguccg cccgagucct t 21 <210> 1255 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1255 ggacucgggc ggacgccgat t 21 <210> 1256 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1256 gcguccgccc gaguccccgt t 21 <210> 1257 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1257 cggggacucg ggcggacgct t 21 <210> 1258 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1258 cguccgcccg aguccccgct t 21 <210> 1259 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1259 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gccgugcgcg gugguugugt t 21 <210> 1272 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1272 acaaccaccg cgcacggcct t 21 <210> 1273 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1273 ggccgugcgc ggugguugut t 21 <210> 1274 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1274 augcgacccu ccgggacggt t 21 <210> 1275 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1275 ccgucccgga gggucgcaut t 21 <210> 1276 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1276 ugcgacccuc cgggacggct t 21 <210> 1277 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1277 gccgucccgg agggucgcat t 21 <210> 1278 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1278 gcgacccucc gggacggcct t 21 <210> 1279 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1279 ggccgucccg gagggucgct t 21 <210> 1280 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1280 gacccuccgg gacggccggt t 21 <210> 1281 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1281 ccggccgucc cggaggguct t 21 <210> 1282 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1282 acccuccggg acggccgggt t 21 <210> 1283 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1283 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cucgugccuu ggcaaacuut t 21 <210> 1292 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1292 aguuugccaa ggcacgagut t 21 <210> 1293 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1293 acucgugccu uggcaaacut t 21 <210> 1294 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1294 guuugccaag gcacgaguat t 21 <210> 1295 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1295 uacucgugcc uuggcaaact t 21 <210> 1296 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1296 uuugccaagg cacgaguaat t 21 <210> 1297 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1297 uuacucgugc cuuggcaaat t 21 <210> 1298 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1298 uugccaaggc acgaguaact t 21 <210> 1299 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1299 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uuguuacucg ugccuuggct t 21 <210> 1304 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1304 acgcaguugg gcacuuuugt t 21 <210> 1305 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1305 caaaagugcc caacugcgut t 21 <210> 1306 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1306 cgcaguuggg cacuuuugat t 21 <210> 1307 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1307 ucaaaagugc ccaacugcgt t 21 <210> 1308 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1308 gcaguugggc acuuuugaat t 21 <210> 1309 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1309 uucaaaagug cccaacugct t 21 <210> 1310 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1310 caguugggca cuuuugaagt t 21 <210> 1311 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1311 cuucaaaagu gcccaacugt t 21 <210> 1312 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1312 aguugggcac uuuugaagat t 21 <210> 1313 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1313 ucuucaaaag ugcccaacut t 21 <210> 1314 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1314 guugggcacu uuugaagaut t 21 <210> 1315 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1315 aucuucaaaa gugcccaact t 21 <210> 1316 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1316 uugggcacuu uugaagauct t 21 <210> 1317 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1317 gaucuucaaa agugcccaat t 21 <210> 1318 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1318 ugggcacuuu ugaagaucat t 21 <210> 1319 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1319 ugaucuucaa aagugcccat t 21 <210> 1320 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1320 gggcacuuuu gaagaucaut t 21 <210> 1321 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1321 augaucuuca aaagugccct t 21 <210> 1322 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1322 uugaagauca uuuucucagt t 21 <210> 1323 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1323 cugagaaaau gaucuucaat t 21 <210> 1324 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1324 gaagaucauu uucucagcct t 21 <210> 1325 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1325 ggcugagaaa augaucuuct t 21 <210> 1326 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1326 aagaucauuu ucucagccut t 21 <210> 1327 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1327 aggcugagaa aaugaucuut t 21 <210> 1328 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1328 cauuuucuca gccuccagat t 21 <210> 1329 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1329 ucuggaggcu gagaaaaugt t 21 <210> 1330 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1330 agccuccaga ggauguucat t 21 <210> 1331 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1331 ugaacauccu cuggaggcut t 21 <210> 1332 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1332 ccuccagagg auguucaaut t 21 <210> 1333 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1333 auugaacauc cucuggaggt t 21 <210> 1334 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1334 cuccagagga uguucaauat t 21 <210> 1335 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1335 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ccaaggacca ccucacagut t 21 <210> 1356 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1356 ugugaggugg uccuugggat t 21 <210> 1357 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1357 ucccaaggac caccucacat t 21 <210> 1358 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1358 gugagguggu ccuugggaat t 21 <210> 1359 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1359 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agaaggaaag aucauaauut t 21 <210> 1376 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1376 auuaugaucu uuccuucuut t 21 <210> 1377 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1377 aagaaggaaa gaucauaaut t 21 <210> 1378 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1378 uaugaucuuu ccuucuuaat t 21 <210> 1379 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1379 uuaagaagga aagaucauat t 21 <210> 1380 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1380 ugaucuuucc uucuuaaagt t 21 <210> 1381 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1381 cuuuaagaag gaaagaucat t 21 <210> 1382 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1382 ucuuuccuuc uuaaagacct t 21 <210> 1383 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1383 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auaaccagcc accuccuggt t 21 <210> 1396 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1396 caggaggugg cugguuaugt t 21 <210> 1397 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1397 cauaaccagc caccuccugt t 21 <210> 1398 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1398 aggagguggc ugguuaugut t 21 <210> 1399 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1399 acauaaccag ccaccuccut t 21 <210> 1400 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1400 ggagguggcu gguuauguct t 21 <210> 1401 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1401 gacauaacca gccaccucct t 21 <210> 1402 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1402 gagguggcug guuaugucct t 21 <210> 1403 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1403 ggacauaacc agccaccuct t 21 <210> 1404 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1404 agguggcugg uuauguccut t 21 <210> 1405 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1405 aggacauaac cagccaccut t 21 <210> 1406 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1406 guggcugguu auguccucat t 21 <210> 1407 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1407 ugaggacaua accagccact t 21 <210> 1408 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1408 gcccucaaca caguggagct t 21 <210> 1409 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1409 gcuccacugu guugagggct t 21 <210> 1410 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1410 uuccuuugga aaaccugcat t 21 <210> 1411 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1411 ugcagguuuu ccaaaggaat t 21 <210> 1412 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1412 uccuuuggaa aaccugcagt t 21 <210> 1413 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1413 cugcagguuu uccaaaggat t 21 <210> 1414 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1414 gaaaaccugc agaucaucat t 21 <210> 1415 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1415 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caguccgguu uuauuugcat t 21 <210> 1476 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1476 caaauaaaac cggacugaat t 21 <210> 1477 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1477 uucaguccgg uuuuauuugt t 21 <210> 1478 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1478 aaauaaaacc ggacugaagt t 21 <210> 1479 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1479 cuucaguccg guuuuauuut t 21 <210> 1480 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1480 aauaaaaccg gacugaaggt t 21 <210> 1481 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1481 ccuucagucc gguuuuauut t 21 <210> 1482 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1482 uaaaaccgga cugaaggagt t 21 <210> 1483 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1483 cuccuucagu ccgguuuuat t 21 <210> 1484 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1484 aaaaccggac ugaaggagct t 21 <210> 1485 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1485 gcuccuucag uccgguuuut t 21 <210> 1486 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1486 aaaccggacu gaaggagcut t 21 <210> 1487 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1487 agcuccuuca guccgguuut t 21 <210> 1488 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1488 aaccggacug aaggagcugt t 21 <210> 1489 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1489 cagcuccuuc aguccgguut t 21 <210> 1490 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1490 aggagcugcc caugagaaat t 21 <210> 1491 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1491 uuucucaugg gcagcuccut t 21 <210> 1492 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1492 uacaggaaau ccugcauggt t 21 <210> 1493 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1493 ccaugcagga uuuccuguat t 21 <210> 1494 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1494 aggaaauccu gcauggcgct t 21 <210> 1495 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1495 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gaaccgcacg gcgccaugct t 21 <210> 1512 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1512 auggcgccgu gcgguucagt t 21 <210> 1513 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1513 cugaaccgca cggcgccaut t 21 <210> 1514 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1514 uggcgccgug cgguucagct t 21 <210> 1515 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1515 gcugaaccgc acggcgccat t 21 <210> 1516 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1516 ggcgccgugc gguucagcat t 21 <210> 1517 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1517 ugcugaaccg cacggcgcct t 21 <210> 1518 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1518 gcgccgugcg guucagcaat t 21 <210> 1519 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1519 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gcaggguugu ugcugaacct t 21 <210> 1532 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1532 gcaacaaccc ugcccugugt t 21 <210> 1533 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1533 cacagggcag gguuguugct t 21 <210> 1534 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1534 aacaacccug cccugugcat t 21 <210> 1535 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1535 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cugcugacua ugucccgcct t 21 <210> 1556 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1556 cucagcaaca ugucgauggt t 21 <210> 1557 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1557 ccaucgacau guugcugagt t 21 <210> 1558 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1558 cagcaacaug ucgauggact t 21 <210> 1559 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1559 guccaucgac auguugcugt t 21 <210> 1560 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1560 agcaacaugu cgauggacut t 21 <210> 1561 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1561 aguccaucga cauguugcut t 21 <210> 1562 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1562 gcaacauguc gauggacuut t 21 <210> 1563 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1563 aaguccaucg acauguugct t 21 <210> 1564 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1564 aacaugucga uggacuucct t 21 <210> 1565 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1565 ggaaguccau cgacauguut t 21 <210> 1566 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1566 acaugucgau ggacuuccat t 21 <210> 1567 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1567 uggaagucca ucgacaugut t 21 <210> 1568 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1568 caugucgaug gacuuccagt t 21 <210> 1569 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1569 cuggaagucc aucgacaugt t 21 <210> 1570 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1570 augucgaugg acuuccagat t 21 <210> 1571 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1571 ucuggaaguc caucgacaut t 21 <210> 1572 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1572 ucgauggacu uccagaacct t 21 <210> 1573 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1573 gguucuggaa guccaucgat t 21 <210> 1574 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1574 gaaccaccug ggcagcugct t 21 <210> 1575 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1575 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gcggcagacc aggcagucgt t 21 <210> 1640 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1640 gccuggucug ccgcaaauut t 21 <210> 1641 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1641 aauuugcggc agaccaggct t 21 <210> 1642 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1642 ccuggucugc cgcaaauuct t 21 <210> 1643 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1643 gaauuugcgg cagaccaggt t 21 <210> 1644 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1644 cuggucugcc gcaaauucct t 21 <210> 1645 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1645 ggaauuugcg gcagaccagt t 21 <210> 1646 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1646 uggucugccg caaauuccgt t 21 <210> 1647 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1647 cggaauuugc ggcagaccat t 21 <210> 1648 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1648 gucugccgca aauuccgagt t 21 <210> 1649 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1649 cucggaauuu gcggcagact t 21 <210> 1650 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1650 ucugccgcaa auuccgagat t 21 <210> 1651 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1651 ucucggaauu ugcggcagat t 21 <210> 1652 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1652 cugccgcaaa uuccgagact t 21 <210> 1653 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1653 gucucggaau uugcggcagt t 21 <210> 1654 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1654 ugccgcaaau uccgagacgt t 21 <210> 1655 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1655 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acguggcuuc gucucggaat t 21 <210> 1664 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1664 uccgagacga agccacgugt t 21 <210> 1665 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1665 cacguggcuu cgucucggat t 21 <210> 1666 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1666 ccgagacgaa gccacgugct t 21 <210> 1667 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1667 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uguccuugca cguggcuuct t 21 <210> 1676 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1676 aagccacgug caaggacact t 21 <210> 1677 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1677 guguccuugc acguggcuut t 21 <210> 1678 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1678 ccccacucau gcucuacaat t 21 <210> 1679 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1679 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gcccucgggg uucacaucct t 21 <210> 1696 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1696 gaugugaacc ccgagggcat t 21 <210> 1697 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1697 ugcccucggg guucacauct t 21 <210> 1698 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1698 ugugaacccc gagggcaaat t 21 <210> 1699 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1699 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uggcaccaaa gcuguauuut t 21 <210> 1712 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1712 aauacagcuu uggugccact t 21 <210> 1713 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1713 guggcaccaa agcuguauut t 21 <210> 1714 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1714 auacagcuuu ggugccacct t 21 <210> 1715 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1715 gguggcacca aagcuguaut t 21 <210> 1716 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1716 cuuuggugcc accugcgugt t 21 <210> 1717 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1717 cacgcaggug gcaccaaagt t 21 <210> 1718 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1718 uuggugccac cugcgugaat t 21 <210> 1719 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1719 uucacgcagg uggcaccaat t 21 <210> 1720 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1720 ccaccugcgu gaagaagugt t 21 <210> 1721 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1721 cacuucuuca cgcagguggt t 21 <210> 1722 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1722 cugcgugaag aaguguccct t 21 <210> 1723 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1723 gggacacuuc uucacgcagt t 21 <210> 1724 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1724 ugcgugaaga agugucccct t 21 <210> 1725 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1725 ggggacacuu cuucacgcat t 21 <210> 1726 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1726 gcgugaagaa guguccccgt t 21 <210> 1727 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1727 cggggacacu ucuucacgct t 21 <210> 1728 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1728 cgugaagaag uguccccgut t 21 <210> 1729 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1729 acggggacac uucuucacgt t 21 <210> 1730 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1730 gugaagaagu guccccguat t 21 <210> 1731 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1731 uacggggaca cuucuucact t 21 <210> 1732 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1732 ugaagaagug uccccguaat t 21 <210> 1733 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1733 uuacggggac acuucuucat t 21 <210> 1734 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1734 gaagaagugu ccccguaaut t 21 <210> 1735 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1735 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uaauuacggg gacacuucut t 21 <210> 1740 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1740 gaaguguccc cguaauuaut t 21 <210> 1741 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1741 auaauuacgg ggacacuuct t 21 <210> 1742 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1742 aagugucccc guaauuaugt t 21 <210> 1743 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1743 cauaauuacg gggacacuut t 21 <210> 1744 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1744 aguguccccg uaauuaugut t 21 <210> 1745 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1745 acauaauuac ggggacacut t 21 <210> 1746 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1746 guguccccgu aauuaugugt t 21 <210> 1747 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1747 cacauaauua cggggacact t 21 <210> 1748 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1748 uguccccgua auuauguggt t 21 <210> 1749 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1749 ccacauaauu acggggacat t 21 <210> 1750 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1750 guccccguaa uuauguggut t 21 <210> 1751 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1751 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gcggacgccg ucuuccucct t 21 <210> 1796 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1796 gaggaagacg gcguccgcat t 21 <210> 1797 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1797 ugcggacgcc gucuuccuct t 21 <210> 1798 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1798 ggaagacggc guccgcaagt t 21 <210> 1799 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1799 cuugcggacg ccgucuucct t 21 <210> 1800 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1800 gaagacggcg uccgcaagut t 21 <210> 1801 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1801 acuugcggac gccgucuuct t 21 <210> 1802 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1802 aagacggcgu ccgcaagugt t 21 <210> 1803 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1803 cacuugcgga cgccgucuut t 21 <210> 1804 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1804 gacggcgucc gcaaguguat t 21 <210> 1805 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1805 uacacuugcg gacgccguct t 21 <210> 1806 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1806 acggcguccg caaguguaat t 21 <210> 1807 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1807 uuacacuugc ggacgccgut t 21 <210> 1808 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1808 gcguccgcaa guguaagaat t 21 <210> 1809 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1809 uucuuacacu ugcggacgct t 21 <210> 1810 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1810 cguccgcaag uguaagaagt t 21 <210> 1811 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1811 cuucuuacac uugcggacgt t 21 <210> 1812 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1812 guccgcaagu guaagaagut t 21 <210> 1813 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1813 acuucuuaca cuugcggact t 21 <210> 1814 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1814 uccgcaagug uaagaagugt t 21 <210> 1815 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1815 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caguuuuuga aguguuuaat t 21 <210> 1876 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1876 cuucaaaaac ugcaccucct t 21 <210> 1877 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1877 ggaggugcag uuuuugaagt t 21 <210> 1878 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1878 uucaaaaacu gcaccuccat t 21 <210> 1879 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1879 uggaggugca guuuuugaat t 21 <210> 1880 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1880 ucaaaaacug caccuccaut t 21 <210> 1881 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1881 auggaggugc aguuuuugat t 21 <210> 1882 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1882 caaaaacugc accuccauct t 21 <210> 1883 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1883 gauggaggug caguuuuugt t 21 <210> 1884 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1884 aaaaacugca ccuccaucat t 21 <210> 1885 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1885 ugauggaggu gcaguuuuut t 21 <210> 1886 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1886 acugcaccuc caucaguggt t 21 <210> 1887 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 1887 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Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 2044 tgtttcctgt aggagtcctc tat 23 <210> 2045 <211> 9 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 2045 tcactttgt 9 <210> 2046 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 2046 gtgccttgac gatacagcta at 22 <210> 2047 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 2047 ccaagagaca ggtttctcca tc 22 <210> 2048 <211> 9 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 2048 ccaacaata 9 <210> 2049 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (1)..(1) <223> Inverted abasic nucleotide <220> <221> modified_base <222> (23)..(23) <223> Inverted abasic nucleotide <400> 2049 nugacgauac agcuaauuca uun 23 <210> 2050 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2050 ugaauuagcu guaucgucau u 21 <210> 2051 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (1)..(1) <223> Inverted abasic nucleotide <220> <221> modified_base <222> (23)..(23) <223> Inverted abasic nucleotide <400> 2051 naguuugcca aggcacgagu uun 23 <210> 2052 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2052 acucgugccu uggcaaacuu u 21 <210> 2053 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (1)..(1) <223> Inverted abasic nucleotide <220> <221> modified_base <222> (23)..(23) <223> Inverted abasic nucleotide <400> 2053 ncuguuggau ugauucgaaa uun 23 <210> 2054 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2054 uuucgaauca auccaacagu u 21 <210> 2055 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2055 Cys Gly Ile Phe Gly Glu Ile Glu Glu Leu Ile Glu Glu Gly Leu Glu 1 5 10 15 Asn Leu Ile Asp Trp Gly Asn Ala 20 <210> 2056 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2056 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Glu Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Trp Tyr Gly Cys 20 <210> 2057 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2057 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Glu Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Trp Asp Tyr Gly Ser Gly Ser Cys Gly 20 25 <210> 2058 <211> 23 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2058 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Glu Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Trp Tyr Gly 20 <210> 2059 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2059 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Glu Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Trp Asp Tyr Gly Ser Gly Ser Cys Lys 20 25 <210> 2060 <211> 27 <212> PRT <213> Apis mellifera <400> 2060 Cys Leu Ile Gly Ala Ile Leu Lys Val Leu Ala Thr Gly Leu Pro Thr 1 5 10 15 Leu Ile Ser Trp Ile Lys Asn Lys Arg Lys Gln 20 25 <210> 2061 <211> 26 <212> PRT <213> Apis mellifera <400> 2061 Gly Ile Gly Ala Val Leu Lys Val Leu Thr Thr Gly Leu Pro Ala Leu 1 5 10 15 Ile Ser Trp Ile Lys Arg Lys Arg Gln Gln 20 25 <210> 2062 <211> 13 <212> PRT <213> Mesobuthus eupeus <400> 2062 Ile Phe Gly Ala Ile Ala Gly Leu Leu Lys Asn Ile Phe 1 5 10 <210> 2063 <211> 18 <212> PRT <213> Mesobuthus eupeus <400> 2063 Phe Phe Gly His Leu Phe Lys Leu Ala Thr Lys Ile Ile Pro Ser Leu 1 5 10 15 Phe Gln <210> 2064 <211> 21 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2064 Lys Glu Thr Trp Trp Glu Thr Trp Trp Thr Glu Trp Ser Gln Pro Lys 1 5 10 15 Lys Lys Arg Lys Val 20 <210> 2065 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2065 Leu Leu Ile Ile Leu Arg Arg Arg Arg Ile Arg Lys Gln Ala His Ala 1 5 10 15 His Ser Lys <210> 2066 <211> 26 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2066 Asp Pro Lys Gly Asp Pro Lys Gly Val Thr Val Thr Val Thr Val Thr 1 5 10 15 Val Thr Gly Lys Gly Asp Pro Lys Pro Asp 20 25 <210> 2067 <211> 17 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: C105Y 1-antitrypsin peptide <400> 2067 Cys Ser Ile Pro Pro Glu Val Lys Phe Asn Lys Pro Phe Val Tyr Leu 1 5 10 15 Ile <210> 2068 <211> 27 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Transportan galanin and mastoparan peptide <400> 2068 Gly Trp Thr Leu Asn Ser Ala Gly Tyr Leu Leu Gly Lys Ile Asn Leu 1 5 10 15 Lys Ala Leu Ala Ala Leu Ala Lys Lys Ile Leu 20 25 <210> 2069 <211> 21 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: TP10 Galanin and mastoparan peptide <400> 2069 Ala Gly Tyr Leu Leu Gly Lys Ile Asn Leu Lys Ala Leu Ala Ala Leu 1 5 10 15 Ala Lys Lys Ile Leu 20 <210> 2070 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2070 Gly Ala Leu Phe Leu Gly Phe Leu Gly Ala Ala Gly Ser Thr Met Gly 1 5 10 15 Ala <210> 2071 <211> 20 <212> PRT <213> Herpes simplex virus 1 <400> 2071 His Gly Leu Ala Ser Thr Leu Thr Arg Trp Ala His Tyr Asn Ala Leu 1 5 10 15 Ile Arg Ala Phe 20 <210> 2072 <211> 20 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: CADY PPTG1 peptide <400> 2072 Gly Leu Trp Arg Ala Leu Trp Arg Leu Leu Arg Ser Leu Trp Arg Leu 1 5 10 15 Leu Trp Arg Ala 20 <210> 2073 <211> 30 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 2073 Trp Glu Ala Ala Leu Ala Glu Ala Leu Ala Glu Ala Leu Ala Glu His 1 5 10 15 Leu Ala Glu Ala Leu Ala Glu Ala Leu Glu Ala Leu Ala Ala 20 25 30 <210> 2074 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2074 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Glu Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Trp Tyr Gly Cys 20 <210> 2075 <211> 23 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2075 Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Trp Tyr Gly 20 <210> 2076 <211> 36 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 2076 Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Arg Gln Ile Lys Ile Trp Phe Gln Asn Arg Arg Met 20 25 30 Lys Trp Lys Lys 35 <210> 2077 <211> 26 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2077 Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Ser Ser Lys Lys Lys Lys 20 25 <210> 2078 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2078 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Ala Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Met Ile Asp Gly Gly Gly Tyr Cys 20 <210> 2079 <211> 23 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2079 Gly Leu Phe His Ala Ile Ala His Phe Ile His Gly Gly Trp His Gly 1 5 10 15 Leu Ile His Gly Trp Tyr Gly 20 <210> 2080 <211> 30 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 2080 Gly Leu Phe Glu Ala Ile Glu Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly 1 5 10 15 Leu Ala Glu Ala Leu Ala Glu Ala Leu Glu Ala Leu Ala Ala 20 25 30 <210> 2081 <211> 29 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2081 Lys Trp Lys Leu Phe Lys Lys Ile Gly Ala Val Leu Lys Val Leu Thr 1 5 10 15 Thr Gly Tyr Gly Arg Lys Lys Arg Arg Gln Arg Arg Arg 20 25 <210> 2082 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2082 acucgugccu uggcaaacuu u 21 <210> 2083 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2083 aguuugccaa ggcacgaguu u 21 <210> 2084 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2084 acucgugccu uggcaaacuu u 21 <210> 2085 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2085 aguuugccaa ggcacgaguu u 21 <210> 2086 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2086 acucgugccu uggcaaacuu u 21 <210> 2087 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2087 aguuugccaa ggcacgaguu u 21 <210> 2088 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2088 ugaauuagcu guaucgucau u 21 <210> 2089 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 2089 tgacgauaca gcuaauucau u 21 <210> 2090 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2090 ugaauuagcu guaucgucau u 21 <210> 2091 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2091 ugacgauaca gcuaauucau u 21 <210> 2092 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2092 ugaauuagcu guaucgucau u 21 <210> 2093 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2093 ugacgauaca gcuaauucau u 21 <210> 2094 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2094 uaaguauagg uccucauuau u 21 <210> 2095 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2095 uaaugaggac cuauacuuau u 21 <210> 2096 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 2096 tuucgaauca auccaacagu u 21 <210> 2097 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2097 cuguuggauu gauucgaaau u 21 <210> 2098 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2098 uuucgaauca auccaacagu u 21 <210> 2099 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2099 cuguuggauu gauucgaaau u 21 <210> 2100 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2100 uuucgaauca auccaacagu u 21 <210> 2101 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2101 cuguuggauu gauucgaaau u 21 <210> 2102 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2102 auaaaaucua cagucauagu u 21 <210> 2103 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2103 cuaugacugu agauuuuauu u 21 <210> 2104 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2104 uuaaaaucua cagucauagu u 21 <210> 2105 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2105 cuaugacugu agauuuuaau u 21 <210> 2106 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2106 uuaaaaucua cagucauagu u 21 <210> 2107 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2107 cuaugacugu agauuuuaau u 21 <210> 2108 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2108 gagagcucca uagugacacu u 21 <210> 2109 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2109 gugucacuau ggagcucucu u 21 <210> 2110 <211> 4 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2110 Glu Ala Phe Gln 1 <210> 2111 <211> 4 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2111 Gly Gly Phe Gly 1 <210> 2112 <211> 4 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2112 Ala Leu Ala Leu 1 <210> 2113 <211> 4 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 2113 Gly Phe Leu Gly 1 <210> 2114 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 2114 ggatgagtat gaccctacg 19 <210> 2115 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic probe <400> 2115 gaggattcct acaggaagca 20 <210> 2116 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2116 uaucgacgug uccagcuagu u 21 <210> 2117 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <223> Description of Combined DNA/RNA Molecule: Synthetic oligonucleotide <400> 2117 tcucgugccu uggcaaacuu u 21

Claims (51)

  1. 하기 식 (I)의 분자:
    A-X-B-Y-C
    <식 I>
    상기 식에서,
    A는 항체 또는 그의 결합 단편이고;
    B는 폴리뉴클레오타이드이며;
    C는 중합체이고;
    X는 결합 또는 제1 비중합체성 링커이며;
    Y는 결합 또는 제2 링커이고;
    폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함하며;
    A 및 C는 B의 동일한 말단에 부착되지 않는다.
  2. 제1항에 있어서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸(2'-O-MOE), 2'-O-아미노프로필, 2'-데옥시, T-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-아미노프로필(2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸(2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필(2'-O-DMAP), T-O-디메틸아미노에틸옥시에틸(2'-O-DMAEOE), 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오타이드를 포함하는 것인 분자.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드는 잠금 핵산(locked nucleic acid: LNA) 또는 에틸렌 핵산(ethylene nucleic acid: ENA)을 포함하는 것인 분자.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합은 포스포로티오에이트 결합 또는 포스포로디티오에이트 결합을 포함하는 것인 분자.
  5. 제1항에 있어서, 1 이상의 역위된 무염기 모이어티가 적어도 한 말단에 있는 것인 분자.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오타이드는 단일 가닥을 포함하는 것인 분자.
  7. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오타이드는 제1 폴리뉴클레오타이드, 및 제1 폴리뉴클레오타이드에 혼성화된 제2 폴리뉴클레오타이드를 포함하여, 이중 가닥 폴리핵산 분자를 형성하는 것인 분자.
  8. 제7항에 있어서, 제2 폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 변형을 포함하는 것인 분자.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오타이드 및 제2 폴리뉴클레오타이드는 RNA 분자인 분자.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 것인 분자.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호 16-75, 452-1955, 1956-1962, 1967-2002, 2013-2032, 2082-2109 또는 2117에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 것인 분자.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, Y는 비중합체성 링커 기인 분자.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, X는 결합인 분자.
  14. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, X는 C1-C6 알킬 기인 분자.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, Y는 C1-C6 알킬 기인 분자.
  16. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, X는, 임의로 C1-C6 알킬 기에 접합된, 동종이작용성 링커(homobifuctional linker) 또는 이종이작용성 링커(heterobifunctional linker)인 분자.
  17. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, Y는 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커인 분자.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 그의 결합 단편은 인간화 항체 또는 그의 결합 단편, 키메라 항체 또는 그의 결합 단편, 단클론 항체 또는 그의 결합 단편, 1가 Fab', 2가 Fab2, 단일쇄 가변 단편(scFv), 디아바디, 미니바디, 나노바디, 단일-도메인 항체(sdAb), 또는 낙타과 항체(camelid antibody) 또는 그의 결합 단편을 포함하는 것인 분자.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, C는 폴리에틸렌 글리콜인 분자.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, C는 약 1000 Da, 2000 Da, 또는 5000 Da의 분자량을 갖는 것인 분자.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, A-X는 B의 5' 말단에 접합되고, Y-C는 B의 3' 말단에 접합되는 것인 분자.
  22. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, Y-C는 B의 5' 말단에 접합되고, A-X는 B의 3' 말단에 접합되는 것인 분자.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, D를 추가로 포함하는 분자.
  24. 제23항에 있어서, D는 C 또는 A에 접합되는 것인 분자.
  25. 제23항 또는 제24항에 있어서, D는 하기 식 (II)에 따라 식 (I)의 분자에 접합되는 것인 분자:
    (A-X-B-Y-Cc)-L-D
    <식 II>
    상기 식에서,
    A는 항체 또는 그의 결합 단편이고;
    B는 폴리뉴클레오타이드이며;
    C는 중합체이고;
    X는 결합 또는 제1 비중합체성 링커이며;
    Y는 결합 또는 제2 링커이고;
    L은 결합 또는 제3 링커이며;
    D는 엔도솜 분해성 모이어티이고;
    c는 0 내지 1의 정수이며;
    폴리뉴클레오타이드는 1 이상의 2' 변형된 뉴클레오타이드, 1 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 결합, 또는 1 이상의 역위된 무염기 모이어티를 포함하고;
    A 및 C는 B의 동일한 말단에 부착되지 않으며;
    D는 A 또는 C 상의 임의의 위치에 또는 B의 말단에 접합된다.
  26. 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, D는 INF7 또는 멜리틴인 분자.
  27. 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, D는 엔도솜 분해성 중합체인 분자.
  28. 제25항에 있어서, L은 C1-C6 알킬 기인 분자.
  29. 제25항에 있어서, L은 동종이작용성 링커 또는 이종이작용성 링커인 분자.
  30. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 제2 결합 모이어티를 추가로 포함하는 분자.
  31. 제30항에 있어서, 적어도 제2 결합 모이어티는 A, B, 또는 C에 접합된 것인 분자.
  32. 제30항 또는 제31항에 있어서, 적어도 제2 결합 모이어티는 콜레스테롤인 분자.
  33. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 추가의 폴리뉴클레오타이드 B를 추가로 포함하는 분자.
  34. 제33항에 있어서, 적어도 추가의 폴리뉴클레오타이드 B는 A, B, 또는 C에 접합된 것인 분자.
  35. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 추가의 중합체 C를 추가로 포함하는 분자.
  36. 제35항에 있어서, 적어도 추가의 중합체 C는 A, B, 또는 C에 접합된 것인 분자.
  37. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 분자; 및
    약학적으로 허용되는 부형제
    를 포함하는 약학적 조성물.
  38. 제37항에 있어서, 나노입자 제제로서 제제화된 약학적 조성물.
  39. 제37항 또는 제38항에 있어서, 비경구, 경구, 비강내, 협측, 직장 또는 경피 투여용으로 제제화된 약학적 조성물.
  40. 질환 또는 장애의 치료를 필요로 하는 환자에서 질환 또는 장애를 치료하는 방법으로서, 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 분자를 포함하는 조성물을 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  41. 제40항에 있어서, 질환 또는 장애는 암인 방법.
  42. 제41항에 있어서, 암은 고형 종양인 방법.
  43. 제41항에 있어서, 암은 혈액암(hematologic malignancy)인 방법.
  44. 제40항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 암은 KRAS 관련 암, EGFR 관련 암, AR 관련 암, β-카테닌 관련 암, PIK3C 관련 암, 또는 MYC 관련 암을 포함하는 것인 방법.
  45. 제40항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 암은 방광암, 유방암, 결장직장암, 자궁내막암, 식도암, 다형성 교아종, 두경부암, 신장암, 폐암, 난소암, 췌장암, 전립선암, 또는 갑상선암을 포함하는 것인 방법.
  46. 제40항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 암은 급성 골수성 백혈병, CLL, DLBCL, 또는 다발성 골수종을 포함하는 것인 방법.
  47. 제40항에 있어서, 면역 항암 요법인 방법.
  48. 환자의 일차 세포에서 표적 유전자의 발현을 억제하는 방법으로서, 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 분자를 상기 일차 세포에 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  49. 제48항에 있어서, 생체내 방법인 방법.
  50. 제40항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 환자는 인간인 방법.
  51. 질환 또는 장애의 치료를 필요로 하는 환자에서 질환 또는 장애를 치료하기 위한, 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 분자를 포함하는 면역 항암 요법.
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