KR20130077198A - 돼지의 개체식별 및 이력관리를 위한 단일염기다형 유전자마커 및 이를 이용한 돼지의 개체식별 방법 - Google Patents
돼지의 개체식별 및 이력관리를 위한 단일염기다형 유전자마커 및 이를 이용한 돼지의 개체식별 방법 Download PDFInfo
- Publication number
- KR20130077198A KR20130077198A KR1020110145779A KR20110145779A KR20130077198A KR 20130077198 A KR20130077198 A KR 20130077198A KR 1020110145779 A KR1020110145779 A KR 1020110145779A KR 20110145779 A KR20110145779 A KR 20110145779A KR 20130077198 A KR20130077198 A KR 20130077198A
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- single nucleotide
- nucleotide polymorphism
- polynucleotide
- polymorphism
- dna
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명은 돼지의 개체식별 및 이력추적을 위한 단일염기다형 유전자 마커 및 진단방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 표지인자를 활용하면 표현형가에 의한 선발효과보다 더 정확한 유전능측정이 가능하다. 또한 돼지고기 이력관리를 위한 유전자분석기법으로 활용이 가능하며, RFID 등의 기능성 개체식별 도구와 유전자 분석기법의 병행이 가능하므로 분석의 신뢰도를 높일 수 있다.
Description
본 발명은 돼지의 개체식별 및 이력관리를 위한 단일염기다형 유전자마커 및 이를 이용한 돼지의 개체식별 방법에 관한 것이다.
종축을 선발하는데 있어 기존에는 단지 표현형가에 근거하여 만들어진 선발지수식에 의하여 선발하였다. 최근에는 분자 표지인자를 활용한 변이체의 선발 또는 도태가 단일유전자에 의하여 조절되는 형질뿐만 아니라 양적형질유전좌위 (Quantitative Trait Loci: QTL)에 의해 조절되는 형질에서도 표지인자 도움선발(Marker-Assisted Selection: MAS)이 효과적으로 활용될 수 있다는 것이 시뮬레이션을 통하여 확인되고 있다. 일반적으로 분자표지를 이용할 경우 표현형가에 의한 선발효과보다 25~35% 더 정확한 유전능력 측정이 가능하여 종돈의 유전능력 개량량을 획기적으로 늘릴 수 있다. 돼지 비육돈 및 자돈을 선발하는 경우 표현형가에 근거한 기존의 방법에 DNA 표지인자를 도입할 경우 선발의 정확성을 제고할 수 있어 유전능력 개량을 극대화할 수 있다.
현재 양돈산업에서 활용되는 유전자 또는 표지인자는 HAL(육질), ESR(산자수), PRLR(산자수), RBP4(산자수), KIT(백모색), MC1R(적색/흑모색), MC4R(성장, 비만), FUT1(부종병), RN(육질), AFABP(근내지방), HFABP(근내지방), PRKAG3(육질), IGF2(도체 조성) 등이 있다.
종돈 수입은 1,800여두로(년 1,836두)로 연간 약 40억원 정도의 수입 규모로 약 30% 대체 시(550두) 연간 약 10억원의 절감 효과가 있을 것으로 기대된다.
최근 소와 닭 등에서 종축 선발 시 유전체 정보를 포함하는 것이 세계적인 추세로, 돼지 관련 단일염기다형성 유전자형은 앞으로 돼지 선발에 유전적 DNA 마커로서 매우 효과적으로 활용될 것이다.
정책적으로 계획하고 있는 돼지고기 이력제의 추진을 위하여 돼지의 생산도축유통 단계에서의 개체식별 및 이력 추적에 활용 가능한 DNA 표지인자를 개발할 필요가 있다.
이 분야의 선행기술로는 한국공개특허 2011-0067941 '돼지의 근육 내 근섬유 타입 증가 확인용 표지인자' 및 미국특허 7435543 'Genetic Markers for Pig Backfat Thickness'가 있다.
이와 같은 기술적 배경 하에서, 본 발명자들은 예의 노력한 결과, 돼지의 개체식별 및 이력추적을 위한 단일염기다형 유전자 마커 및 진단방법을 개발하기에 이르렀다.
결국 본 발명의 목적은 서열번호 1 내지 38의 돼지의 개체식별 및 이력추적을 위한 폴리뉴클레오티드를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단일염기다형성 검출용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 이용한 돼지의 개체식별 및 이력추적을 위한 진단 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 일 측면에 따르면, 서열번호 1 내지 38로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 61번째 염기서열인 단일염기다형을 확인하는 것을 포함하는 돼지의 개체식별 방법이 제공될 수 있다.
일 실시예에 따르면, 상기 단일염기다형을 확인하는 단계는 대립 유전자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립 유전자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법 (oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의해 수행될 수 있다.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 단일염기다형의 염기서열을 인지하기 위한 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이가 제공될 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 단일염기다형의 염기서열을 인지하기 위한 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 키트가 제공될 수 있다.
본 발명에 따른 표지인자를 활용하면 표현형가에 의한 선발효과보다 더 정확한 유전능측정이 가능하다. 또한 돼지고기 이력관리를 위한 유전자분석기법으로 활용이 가능하며, RFID 등의 기능성 개체식별 도구와 유전자 분석기법의 병행이 가능하므로 분석의 신뢰도를 높일 수 있다.
이하, 본 발명을 보다 상세하게 설명한다.
본 발명의 일 측면에 따르면, 서열번호 1 내지 38로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 61번째 염기서열인 단일염기다형을 확인하는 것을 포함하는 돼지의 개체식별 방법이 제공될 수 있다.
| 서열번호 | 대립인자 A | 대립인자 a |
| 1 | T | C |
| 2 | A | G |
| 3 | T | C |
| 4 | T | G |
| 5 | A | G |
| 6 | A | G |
| 7 | T | C |
| 8 | T | C |
| 9 | A | G |
| 10 | T | C |
| 11 | T | G |
| 12 | T | C |
| 13 | A | G |
| 14 | A | G |
| 15 | T | C |
| 16 | A | G |
| 17 | T | G |
| 18 | T | C |
| 19 | T | C |
| 20 | A | G |
| 21 | A | G |
| 22 | A | G |
| 23 | T | C |
| 24 | T | C |
| 25 | T | G |
| 26 | T | C |
| 27 | A | G |
| 28 | T | C |
| 29 | T | C |
| 30 | A | G |
| 31 | T | C |
| 32 | A | G |
| 33 | A | C |
| 34 | A | G |
| 35 | A | G |
| 36 | T | C |
| 37 | A | C |
| 38 | T | C |
상기 단일염기다형의 좌위는 개체식별율을 분석하여 선정된 것이다.
상기 단일염기다형의 염기서열을 확인하는 것으로 돼지의 개체를 식별할 수 있다.
총 38가지의 단일염기다형이므로, 이론상 238 개체에 대한 식별이 가능하며, 대체로 국내에서 양산되는 전체 돼지 개체가 1000만 내지 1500만 마리 정도임을 감안할 때 돼지 각각의 개체에 대한 식별 및 이력 추적에도 충분한 수치이다.
단일염기다형은 도축 이후에도 확인할 수 있는 것이므로, 각 양돈장에서 사육중인 돼지에 대한 상기 단일염기다형에 대한 데이터베이스를 확보하게 되면, 다양한 목적으로 이력 추적에 사용할 수 있다.
상기 단일염기다형을 확인하는 방법에는 특별한 제한은 없으며, 통상 당업계에서 사용되고 있는 방법을 사용할 수 있다.
일 실시예에 따르면, 상기 단일염기다형을 확인하는 단계는 대립 유전자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립 유전자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법 (oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의해 수행될 수 있다.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 단일염기다형의 염기서열을 인지하기 위한 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이가 제공될 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 상기 단일염기다형의 염기서열을 인지하기 위한 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 키트가 제공될 수 있다.
이하에서는 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 다만, 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다 할 것이다.
실시예
1.
돼지 5개 품종에 대한
SNP
마커
선발 및 빈도 분석
재래돼지 25, 듀록 51, 버크셔 28, 랜드레이스 47, 요크셔 49두 등 총 200두에 대한 Porcine 60K SNP chip 실험결과를 이용하여 유전자 빈도가 0.450.55 사이에 있는 SNP 205개를 우선 선정하였다.
1차로 선정된 205의 SNP들 중 분석율이 저조한 랜드레이스 2두를 제외한 198두에 대하여 SNP 좌위의 염색체 상의 위치, 유전자형 결정율을 고려하고 cervus 프로그램을 이용하여 좌위 조합별 개체식별율을 분석하여 38개의 SNP를 선정하였다.
실시예
2.
Porcine
60K
SNP
chip
을 이용한 대량
SNP
분석
육색 등 생산형질의 자료를 가지고 있는 돼지 551두의 혈액으로부터 Wizard Genomic DNA Purification Kit(Promega, Madison, WI, USA)를 이용하여 DNA를 추출하였으며, 전체 62,163개의 SNP 정보로 구성되어있는 iSelect Infinium Porcine ArrayChips(Illumina, San Diego, CA, USA)를 이용하여 SNP 유전자형 분석을 실시하였다.
<1일째 -
Amplification
>
실험방법
1. MSA3 바코드를 붙인 MIDI plate (앞으로 MSA3 plate 로 표기)에 20ul의 MA1을 분주한다.
2. 4ul의 DNA를 MSA3 plate에 넣는다.
3. Lab tracking form 에 DNA ID 와 옮긴 MSA3 plate 의 위치를 적어둔다.
4. 4ul의 0.1N NaOH를 MA1 과 DNA 가 들어있는 MSA3 plate 각 well 에 넣는다.
5. 96well cap mat을 이용하여 MSA3 plate를 덮고, 1600rpm에서 1분동안 vortex 한다.
6. 280g에서 1분간 원심분리 한다.
7. 실온에서 10분간 반응시킨다.
8. 34ul 의 MA2를 샘플이 들어있는 MSA3 plate 각 well 에 넣는다.
9. 38ul 의 MSM를 샘플이 들어있는 MSA3 plate 각 well 에 넣는다.
10. Cap mat를 덮고 280g에서 1분간 원심분리 한다.
11. 37의 Illumina Hybridization 오븐에서 20-24 시간동안 반응시킨다. (Amplification)
<실험 2일째 -
Fragment
>
실험방법
1. 오븐에서 plate를 꺼내어 50g에서 1분 원심 분리한다.
2. 25ul 의 FMS를 샘플이 들어있는 각 well 에 넣는다.
3. cap mat 으로 MSA3 plate를 덮고 1600 rpm 1분 vortex 한다.
4. plate를 꺼내어 50g에서 1분 원심 분리한다.
5. 37 heat block에서 1시간 동안 반응시킨다.
<2일째 -
Precipitation
>
실험방법
1. Cap mat을 벗기고 25ul 의 PM1을 샘플이 들어있는 각 well 에 넣는다.
2. Cap mat을 덮고 1600rpm에서 1분간 원심분리 한다.
3. 37℃에서 5분간 반응시킨다.
4. plate를 꺼내어 50g에서 1분 원심 분리한다.
5. Cap mat을 벗기고 155ul 의 2-propanol 을 샘플이 들어있는 각 well 에 넣는다.
6. 새로운 cap mat을 이용하여 plate를 덮고 10번 뒤집어서 혼합한 뒤 4에서 30분 동안 보관한다.
7. 4℃, 3,000rpm에서 20분 동안 원심분리 후 즉시 원심분리기에서 MSA3 plate를 꺼낸다.
8. Cap mat을 즉시 제거하고 빠르게 뒤집어 상층액을 버린다.
9. 흡수성 패드(키친타올, 킴타올 등) 에 10회 정도 가볍게 두드린다.
10. 뒤집혀진 플래이트 그대로를 튜브렉에 올려놓고 1시간 동안 자연 건조시킨다.
<2일째 -
Resuspend
>
실험방법
1. 23ul 의 RA1을 DNA pellet이 들어있는 각 well 에 넣고, 남은 RA1은 XStain HD Bead Chip 용으로 보관한다(냉동보관).
2. MSA3 plate 에 foil seal을 올리고 heat-sealer block을 5초 동안 눌러 sealing 한다.
3. 48℃의 Illumina Hybridization 오븐에서 1 시간 동안 반응 시킨다
4. 1800rpm에서 1분간 vortexing 한다.
5. 280g, 1분 원심분리 한다.
<2일째 -
Hybridization
>
실험방법
1. MSA3 plate 는 95℃ heat block에서 20분간 denature 시킨다.
2. 20분 후 MSA3 plate를 heat block에서 꺼낸 후 실온에 30분 동안 두고 식힌다.
3. plate를 식히는 30분이 거의 다 되어갈 무렵 HybChamber에 HybChamber Gaskets을 끼운다.
4. 400ul 의 PB2를 HybChamber에 있는 8개의 humidifying buffer reservoir에 넣고 HybChamber두껑을 닫아 실온에 둔다.
5. 실온에서 30분 동안 DNA를 식히고 나면 MSA3 plate를 280g, 1분 원심분리 한다.
6. 보관중인 Chips을 하나씩 냉장고에서 가져와 chips 보장을 뜯고 HybChamber insert 의 바코드 모양과 chips 의 바코드부분을 맞춰서 놓은 후 멀티채널 피펫을 이용하여 샘플 당 15ul씩 따서 chips의 양쪽 부분으로 샘플을 loading 한다.
7. 각 chips 의 샘플 loading 이 끝나는 대로 HybChamber 에 넣고 다음 chips 도 같은 방법으로 반복한다.
8. Chamber 가 채워지면 chamber 뚜껑을 닫고 48의 Illumina Hybridization 오븐에 넣고 속도 5로 세팅하여 16-24시간 동안 반응한다.
<3일째 -
Washing
bead
chips
>
실험방법
1. Hyb chamber를 Hybridization 오븐에서 꺼낸다.
2. Hyb chamber 의 잠금 장치를 열고 chamber 속의 insert 한번에 하나씩를 꺼낸다.
3. 칩에 붙어 있는 Seal을 잡아당겨 칩으로부터 제거한다.
4. Seal 이 제거된 칩은 Wash Rack 에 꽂아 WB1 Wash dish 에 담근다.
5. 모든 칩이 WB1 에 담기게 되면 Wash Rack을 dish에서 1분 동안 뺏다 넣었다 하는 방법으로 씻어 주고 PB1 이 들어 있는 또 다른 Wash Dish 에 Wash Rack을 옮겨 1분 동안 이 과정을 반복해 준다.
6. 다시 PB1 wash dish에 담근 후 Wash Rack을 dish에서 1분 동안 뺏다 넣었다 하는 방법으로 씻어 주고 PB1 이 들어 있는 또 다른 Wash Dish 에 Wash Rack을 옮겨 1분 동안 이 과정을 반복해 준다.
7. Washing 이 끝나고 나면 BeadChips Alignment fixture 에 back frame을 올리고 바코드 방향에 맞추어 칩을 한 장씩 올린 후 하얀색 부분과 분리한 투명한 부분의 스페이스를 Alignment fixture 의 윗부분과 아랫부분에 맞춰 끼운다.
8. 스페이스를 올린 후 칩의 위쪽 부분(바코드가 없는 부분)에 Alignmet bar를 올리고 유리판의 끝이 bar 에 eke게 끔 유리판을 덮은 후 클립을 끼운다.
(Flow-through chamber assembly 완성)
9. 클립을 끼우고 나면 Alignment bar를 제거하고 Flow-through chamber assembly 양끝의 스페이스 부분을 가위로 잘라준다.
<3일째 -
XStain
Beadchips
>
실험방법
1. 챔버렉의 온도가 44℃가 되면 Flow-through chamber assembly를 챔버렉에 끼운다.
2. 각 chips 에 150ul의 RA1을 넣고 30초 동안 반응시킨다. 이 과정을 5번 더 반복한다.
3. 450ul의 XC1을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
4. 450ul의 XC2을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
5. 200ul의 TEM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
6. 450ul의 95% formamide/1mM EDTA 을 각 칩에 넣고 1분 동안 반응시킨 후 한번 더 넣어준다.
7. 5분 동안 반응시킨다.
8. LTM tube 의 라벨에 적혀 있는 온도를 확인하고 그 온도대로 챔버렉의 온도를 바꾸어 준다.
9. 450ul의 XC3을 각 칩에 넣고 1분 동안 반응 시킨 후 다시 한번 넣어준 후 8번의 온도에 도달할 때까지 기다린다.
10. 250ul의 LTM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
11. 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
12. 250ul의 ATM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
13. 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
14. 250ul의 LTM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
15. 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
16. 250ul의 ATM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
17 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
18. 250ul의 LTM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
19. 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
20. 이 과정이 끝나면 즉시 Flow-through chamber에서 chamber Rack을 분리하고 실온의 실험 테이블로 옮긴 후 평평하게 꺼내어 놓는다.
21. 310 ml 의 PB1을 세척용기에 넣고 염색용 rack을 용기 안에 담가 놓는다.
22. 기구를 이용하여 chamber rack 의 클립을 벗기고 유리 블록을 들어서 제거한 후에 chips 의 bead 부분이 건들리지 않게 양끝에 붙어 있는 스페이스를 제거한다.
23. 칩에 붙였던 부착물을 모두 제거 하고 나면 PB1에 담겨있는 스테이닝렉에 꽃아 PB1에 담가둔다. 같은 방법으로 모든 chips을 처리한다.
24. 천천히 염색용 랙을 10번 정도 위 아래로 움직여서 칩을 담금질 한 후 5분 동안 담가둔다.
25. 다른 세척용 용기에 XC4 310ml을 채운 후 24번과 같은 방법으로 10회 동안 담금질 한 후 5분 동안 담가둔다.
26. 5분 후 세척용 용기에서 염색용 랙을 꺼낸 후 튜브렉에 다음 그림과 같은 방법으로 올려놓는다.
27. 집게를 이용하여 chips을 랙에서 조심스럽게 꺼내어 튜브렉 위에 올려놓는다.
28. Chips을 올려놓은 튜브렉을 조심스럽게 진공 건조기에 넣고 508mmHG (0.68 bar)의 진공 상태로 55-55분 동안 말려준다.
29. Chips 이 건조된 것이 확인되면 에탄올에 적신 킴와이프를 이용하여 chip 의 가장자리 부분을 잘 닫아 준다. 이때 bead 부분은 건드리지 않게 주의한다.
30. Beadchips 은 실험 완료 후 72시간 이내에 Scanner를 이용하여 이미지화를 시키도록 한다.
하기 표는 돼지의 개체식별 및 이력추적을 위한 SNP의 염기서열 정보에 관한 것이다.
| 번호 | SNP 명칭 | 염기서열 |
| 1 | ALGA0002500 | AGTAAAGAGCAACCGTTTCCATGTGTGCGAAATTTTACAACACATTTTCAAGGCACACAT[T/C]GTGCACAATCTAAATGACATTAAAGCTGATTGTGCATGCGTGCGTGTGTATACAGAGGCA |
| 2 | ALGA0003632 | GCTGCTTTTAGAATCCTTGCTTTAACTTTTGCCATTTTTATTGTAATATGTCTTGGTGTG[A/G]GTCTGTTTGGCCTCACCTTGATTGGAGCTCTCTGTGCTTGCTGTATCTTGATGTCTGTTT |
| 3 | ALGA0005188 | ACTAGTTAAGCAAGCCTGCCTTGTTCTGAGGGCTTTCCTGAACTTCCAGTGGCCTCTCAG[T/C]ATCCCCCAGCTTTCCCTCTTTATCCGTGATCCCCTATTGGTGCTTCTACAACCACCTGTG |
| 4 | ALGA0020170 | CAGAGGGGCCCCCACGCTGACGGGTGACTCCCCATTAAAAGCTGTCTGATCAGGTCATGG[T/G]CTGGGAAGGGAGGGAACGGATCTGGCTGGCACAAGGGGCTACTCAGTTGAGTCTGGCCTC |
| 5 | ALGA0028052 | AGAAAAGCAACAAAAAATTACTCAAAATTATTTCAGACTTTTAAAAAGGCCCCTGAAGCT[A/G]GCCATGTTCTGTGCTCCTCCTTGTTCCTTTAAGTGTACACAGACAGGGAGTTCCCATCAT |
| 6 | ALGA0033986 | CCTCAGAAAACAGGATGTAAGTTGGTTGGTGTCACATCTTGGTTAGGATAAGCAGCTGCT[A/G]TTGATAGCAACTGATTAGTTCTAAGGACTGGTTATATACCACACGTGAACTTCAAAAGTG |
| 7 | ALGA0037105 | TGCCGCCCCCTGTTCTCCCTCCAAGTTCAAAACACTAAGAAGAGCTGTATGAAGTCCAGT[T/C]GGCCTCTGGACCAGTTGCCAACAGGATCTTGTAAGGAAATCTGACAAAGGGTCAGATCTT |
| 8 | ALGA0043483 | TTAGCCACAGGGTAGGAAAAGAATCTATCTCTCAGTCTTTTCCAATAAACCATAAGCTGC[T/C]TGAAGCSAGGGATATCCTCATTCATTCTTTTGGTCTCAATTGCCCAGCATAATGCCAGGT |
| 9 | ALGA0056924 | ATGGCGTGGTAAGGATGTGCATCAGGAGGCCAGCTGTCCTTCTCCTTACGTCTCTGTACC[A/G]ACCTTCCTACTTCGTCCAAAGCATTCATCCAGCGTTGCAAGGGCAATTGCTCAGACTCCA |
| 10 | ALGA0064322 | AAGCTGAGGAAGAGCTCCCACGCTGGCCTCCTGTGGATGTCGCACCAGCTCGCGGGGCCC[T/C]CATGCCAGGACCTACCTCTAACTCCTCCTGGGTGGACACTCTGGTGGTCAGCAGAAGGAA |
| 11 | ALGA0064392 | GCTGCAACCAGAGTCACAGAAGTGACAACACTGGTTCCTTATCCCGCTGAGCCATGAGAA[T/G]CTGTACTTTTAGAAGAGCTGAGTCGTCTCTTAGCTGCCTTAAACCTAGTCCTGGTCCCAA |
| 12 | ALGA0065426 | CTGCCCTCCCCACTCCCTTCCTGGGCAGGTGAAGGGCAGGAAGTTAGCCTGGTCTAGCTT[T/C]CTCAGGTTAAACAGAAAGCTACAGGCTCACAGTCACCAGTACCTAGTAAAGTGGGGCAAG |
| 13 | ALGA0067483 | ATGTTTTCTGAACCAAAGTAAGAACATGGGATCTGACAAATGTACTTATGGGGGACCTGG[A/G]GTGTGCTGTCCTTGAGACTGGAATTGGGACTCTTAGCCAAAATCACACAAAAATTAAGTA |
| 14 | ALGA0072858 | AGCTTCCCTCCTAAAATTATTATCTATTAATAGTAATAATGATAATAGCTAACACATGTA[A/G]TGCTTACTATATGATAGGCACTATCCTAAGAACTCATGAAATGATTCAATATTCTTAGTT |
| 15 | ALGA0079359 | TCAGGGAACAGAGGATTGGGGAGCCTGCAGTTTCTCTTCTGCCTCTCTGTGGCTCTTCCT[T/C]GCAGCTCAGGTCCAGGGATGATCTGGGACGGACTTTAGTGGCTATCTAGTCCAACTCTCT |
| 16 | ALGA0085130 | CTCCTCTTTTGAACTGTGAGAAATAAACTTGTCTTTTCAGTTAAGATCATCTCCTGATCT[A/G]TCAGCTTTCCTCTACCTCAAAATTTTTATTAGTACTCTGTATTTTAAGACAAGATGTTGT |
| 17 | ALGA0089251 | TACGGTTTACTTATCAGTGAGATGTCCCCCCTTAGTTTAGAGAGTTTCCTTACATATCTG[T/G]TATAATATCTGGCCCCAGAAGCTATGTCTTGGGGATAATATATATATATGATCCTCTGAT |
| 18 | ALGA0092844 | CACCATTAGAGGGGATGCTCTCTAAGGCTGCTTCGTTCAAACTTCCTGATTCCAGCTGCA[T/C]GCAGGTAGGGAACAGAGCTGACCATGACCGAAGGACACTTGGAAATCCACATATTAGCAC |
| 19 | ALGA0097474 | AGATGCCAAGATTACTTATCTCTGTCAAACTAGCTGCCCCAAGATGGCAGCTGGAAGATG[T/C]TTATGCCCTGCCCGTGGCAAGGTGAGCCACGGCAGGAATTACAGCTTGTGCTTGAAAATA |
| 20 | ALGA0097857 | GGGTTGGCGAAAATCAAGGGTATCCTCAGAGAAGAGACTCAGACACAGCCCTCAAAGTGC[A/G]CACTCAGGCACTTGACGTAGCTTTAGTGCTACCTCTTCAATATCTTCGAGAGTGAGGAAA |
| 21 | ALGA0103611 | NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCCAT[A/G]GGCAGCAAGTGACAATTCCGAATCATTATAACAACAGCAAAGTCAACGCCTTACACTTGA |
| 22 | ALGA0106326 | GGCGCTTTGTGAAAGAGCCCCGTGTTGGCCCTTAAGGTGGCTTTGGACCTGCCTCTAGGT[A/G]ACCCTGAACCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN |
| 23 | ALGA0110333 | NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTTAGTCTGTGTGG[T/C]TGAGGCCAAAAGCTTGTGCTGCCTCCGAGGGGAGCATCGCATAATTGCAGGCAGAGGGGG |
| 24 | ALGA0114065 | TCTGGAGATTCTAGGAGAATAAGAGCATCCTACTGCTTTTCTATAGAATATGGGGATGCC[T/C]ATCACCTATCATGTCCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN |
| 25 | ALGA0114861 | GTTGTTTCTGCATAAATGAGAAAATTGTGGCCAACTACAAAGTTTACATGTGTAATTTAG[T/G]TCTAATACTGGAAAAGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN |
| 26 | ALGA0123954 | NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCCGTCCAGGA[T/C]GGGTCTCAGCCTCTTACCGGCCCTCCTCTCAAGCTTCCTGGTAACTTTGTGCGAACTCGA |
| 27 | ALGA0124374 | CGTGCTGAGGGTCAGGAGGTGCAGGTGCATGACCCCCTCCCTTTTAACTTTGGTGCCCAG[A/G]CCTGTCCCTGCTCCTCCCAGGCCCAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN |
| 28 | ASGA0040082 | CCAGGAGGGAGACGTTCAAATAGGTTCCTCCAGCTACTTGCAAGTGAACTTGAAAAATGA[T/C]GGGCCACCCGCAGGACTCCTTTCTAACGTGACAGAGCGGATGCATTTGCGCATCAGCGAG |
| 29 | ASGA0089719 | TACTGACAACAAGCCGTGAACACGAATAGAAAAGACTTGGAAACAGTTCATACTGTGTGA[T/C]CGCACTGGCTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN |
| 30 | ASGA0092931 | NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTGTAC[A/G]CACCCAGGGTTGACTTATTTTTTTTAGGTAGACACAGTGTCTGGGCCCATGAGAATGTTT |
| 31 | ASGA0096881 | NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGGAGTGACAGGACATCC[T/C]GTCTCTCTCCTGATTCTAATCTGAGAGAGTCCTACCTCCAAGGCCCTTGGTACCTGCTGC |
| 32 | ASGA0102105 | NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCGTGACCTG[A/G]TGGTAGCTGCCGAACCTTGCTGTCTCGGTTCCCTCTCTGTAGGACAGGGACAATGACCAC |
| 33 | H3GA0000077 | GGTCCTCATGAGAACCCTAGGAGTAGATCGTTTAAAAGACTGTCCTTCATTCTGCAGAAG[A/C]GGCGGCCGAGCCCTGAGAGGTTACGTGAGTTTCCCCAGCTGCACAGTGGGCCCCTGACAG |
| 34 | H3GA0028278 | GTTTTTCTGTTCTTTGATTTCTTAGATCAGGATCAGCAGACATTTTCCATCAAGGGCCAC[A/G]TAATAAATATTTTAGGCATGCAGTCTCTTTCACAGTTGCTCAGCTCTGCTTTTGTAGCCA |
| 35 | H3GA0031292 | TTCATTCCTGGTTTGGGCAAAGACGTTGAATTGGCAGTGGGATTCCCTGTGATACTGGGT[A/G]AGGAACTCAGGGAATGGAGTGGGCCGAAGTTGAAGAAAATTGACTGTTTCCGCTTAGAAA |
| 36 | M1GA0000139 | AAGCGGACGCCCACAGCCAGCGCGGAGCGCCCCAGGGTTCCGGGAAGCCGGTTTCTCCTC[T/C]GTGATGAGACACGGCAGCTTCAGACTCGGACGGAGTTTCACGGAACTTACATGCGGTGGA |
| 37 | M1GA0001903 | GTTTTGCTATTTCCTGGGCTAAGACGGGGAGGCAGAGGGTCGAACCGGGAGCAGGGSATC[A/C]CTTCCCTTTTATTAAGTTTACGGTACCTGGGAAACACCTGAAGTGGAGAGACGCTAACGG |
| 38 | MARC0004720 | AAAATTGCACAAAGGACCATAGGGGAAACCCAAAGGCTGGTTAGATAGGGTCTATTTTCT[T/C]CTTAGCCTATGAGTCATTTGGGGAAAAATTACAGAGGGCATAGTGATCTTTGATTTACCA |
이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서, 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시 양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항 들과 그것들의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
SEQUENCE LISTING
<110> RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION
<120> SNP Markers for identification of pig and diagnosing method using
the same
<130> NPF20835
<160> 38
<170> PatentIn version 3.2
<210> 1
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 1
<400> 1
agtaaagagc aaccgtttcc atgtgtgcga aattttacaa cacattttca aggcacacat 60
tgtgcacaat ctaaatgaca ttaaagctga ttgtgcatgc gtgcgtgtgt atacagaggc 120
a 121
<210> 2
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 2
<400> 2
gctgctttta gaatccttgc tttaactttt gccattttta ttgtaatatg tcttggtgtg 60
agtctgtttg gcctcacctt gattggagct ctctgtgctt gctgtatctt gatgtctgtt 120
t 121
<210> 3
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 3
<400> 3
actagttaag caagcctgcc ttgttctgag ggctttcctg aacttccagt ggcctctcag 60
tatcccccag ctttccctct ttatccgtga tcccctattg gtgcttctac aaccacctgt 120
g 121
<210> 4
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 4
<400> 4
cagaggggcc cccacgctga cgggtgactc cccattaaaa gctgtctgat caggtcatgg 60
tctgggaagg gagggaacgg atctggctgg cacaaggggc tactcagttg agtctggcct 120
c 121
<210> 5
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 5
<400> 5
agaaaagcaa caaaaaatta ctcaaaatta tttcagactt ttaaaaaggc ccctgaagct 60
agccatgttc tgtgctcctc cttgttcctt taagtgtaca cagacaggga gttcccatca 120
t 121
<210> 6
<211> 122
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 6
<400> 6
cctcagaaaa caggatgtaa gttggttggt gtcacatctt ggttaggata agcagctgct 60
agttgatagc aactgattag ttctaaggac tggttatata ccacacgtga acttcaaaag 120
tg 122
<210> 7
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 7
<400> 7
tgccgccccc tgttctccct ccaagttcaa aacactaaga agagctgtat gaagtccagt 60
tggcctctgg accagttgcc aacaggatct tgtaaggaaa tctgacaaag ggtcagatct 120
t 121
<210> 8
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 8
<400> 8
ttagccacag ggtaggaaaa gaatctatct ctcagtcttt tccaataaac cataagctgc 60
ttgaagcsag ggatatcctc attcattctt ttggtctcaa ttgcccagca taatgccagg 120
t 121
<210> 9
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 9
<400> 9
atggcgtggt aaggatgtgc atcaggaggc cagctgtcct tctccttacg tctctgtacc 60
aaccttccta cttcgtccaa agcattcatc cagcgttgca agggcaattg ctcagactcc 120
a 121
<210> 10
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 10
<400> 10
aagctgagga agagctccca cgctggcctc ctgtggatgt cgcaccagct cgcggggccc 60
tcatgccagg acctacctct aactcctcct gggtggacac tctggtggtc agcagaagga 120
a 121
<210> 11
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 11
<400> 11
gctgcaacca gagtcacaga agtgacaaca ctggttcctt atcccgctga gccatgagaa 60
tctgtacttt tagaagagct gagtcgtctc ttagctgcct taaacctagt cctggtccca 120
a 121
<210> 12
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 12
<400> 12
ctgccctccc cactcccttc ctgggcaggt gaagggcagg aagttagcct ggtctagctt 60
tctcaggtta aacagaaagc tacaggctca cagtcaccag tacctagtaa agtggggcaa 120
g 121
<210> 13
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 13
<400> 13
atgttttctg aaccaaagta agaacatggg atctgacaaa tgtacttatg ggggacctgg 60
agtgtgctgt ccttgagact ggaattggga ctcttagcca aaatcacaca aaaattaagt 120
a 121
<210> 14
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 14
<400> 14
agcttccctc ctaaaattat tatctattaa tagtaataat gataatagct aacacatgta 60
atgcttacta tatgataggc actatcctaa gaactcatga aatgattcaa tattcttagt 120
t 121
<210> 15
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 15
<400> 15
tcagggaaca gaggattggg gagcctgcag tttctcttct gcctctctgt ggctcttcct 60
tgcagctcag gtccagggat gatctgggac ggactttagt ggctatctag tccaactctc 120
t 121
<210> 16
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 16
<400> 16
ctcctctttt gaactgtgag aaataaactt gtcttttcag ttaagatcat ctcctgatct 60
atcagctttc ctctacctca aaatttttat tagtactctg tattttaaga caagatgttg 120
t 121
<210> 17
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 17
<400> 17
tacggtttac ttatcagtga gatgtccccc cttagtttag agagtttcct tacatatctg 60
ttataatatc tggccccaga agctatgtct tggggataat atatatatat gatcctctga 120
t 121
<210> 18
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 18
<400> 18
caccattaga ggggatgctc tctaaggctg cttcgttcaa acttcctgat tccagctgca 60
tgcaggtagg gaacagagct gaccatgacc gaaggacact tggaaatcca catattagca 120
c 121
<210> 19
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 19
<400> 19
agatgccaag attacttatc tctgtcaaac tagctgcccc aagatggcag ctggaagatg 60
tttatgccct gcccgtggca aggtgagcca cggcaggaat tacagcttgt gcttgaaaat 120
a 121
<210> 20
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 20
<400> 20
gggttggcga aaatcaaggg tatcctcaga gaagagactc agacacagcc ctcaaagtgc 60
acactcaggc acttgacgta gctttagtgc tacctcttca atatcttcga gagtgaggaa 120
a 121
<210> 21
<211> 122
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 21
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(53)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 21
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnncttccat 60
agggcagcaa gtgacaattc cgaatcatta taacaacagc aaagtcaacg ccttacactt 120
ga 122
<210> 22
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 22
<220>
<221> misc_feature
<222> (74)..(121)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 22
ggcgctttgt gaaagagccc cgtgttggcc cttaaggtgg ctttggacct gcctctaggt 60
aaccctgaac cagnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 120
n 121
<210> 23
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 23
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(43)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 23
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnctgttta gtctgtgtgg 60
ttgaggccaa aagcttgtgc tgcctccgag gggagcatcg cataattgca ggcagagggg 120
g 121
<210> 24
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 24
<220>
<221> misc_feature
<222> (81)..(121)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 24
tctggagatt ctaggagaat aagagcatcc tactgctttt ctatagaata tggggatgcc 60
tatcacctat catgtcctag nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 120
n 121
<210> 25
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 25
<220>
<221> misc_feature
<222> (82)..(121)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 25
gttgtttctg cataaatgag aaaattgtgg ccaactacaa agtttacatg tgtaatttag 60
ttctaatact ggaaaagata gnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 120
n 121
<210> 26
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 26
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(47)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 26
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnctg ccgtccagga 60
tgggtctcag cctcttaccg gccctcctct caagcttcct ggtaactttg tgcgaactcg 120
a 121
<210> 27
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 27
<220>
<221> misc_feature
<222> (89)..(121)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 27
cgtgctgagg gtcaggaggt gcaggtgcat gaccccctcc cttttaactt tggtgcccag 60
acctgtccct gctcctccca ggcccaagnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 120
n 121
<210> 28
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 28
<400> 28
ccaggaggga gacgttcaaa taggttcctc cagctacttg caagtgaact tgaaaaatga 60
tgggccaccc gcaggactcc tttctaacgt gacagagcgg atgcatttgc gcatcagcga 120
g 121
<210> 29
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 29
<220>
<221> misc_feature
<222> (75)..(121)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 29
tactgacaac aagccgtgaa cacgaataga aaagacttgg aaacagttca tactgtgtga 60
tcgcactggc tgagnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 120
n 121
<210> 30
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 30
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(51)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 30
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nctgctgtac 60
acacccaggg ttgacttatt ttttttaggt agacacagtg tctgggccca tgagaatgtt 120
t 121
<210> 31
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 31
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(40)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 31
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn ctgggagtga caggacatcc 60
tgtctctctc ctgattctaa tctgagagag tcctacctcc aaggcccttg gtacctgctg 120
c 121
<210> 32
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 32
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(48)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 32
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnct ccgtgacctg 60
atggtagctg ccgaaccttg ctgtctcggt tccctctctg taggacaggg acaatgacca 120
c 121
<210> 33
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 33
<400> 33
ggtcctcatg agaaccctag gagtagatcg tttaaaagac tgtccttcat tctgcagaag 60
aggcggccga gccctgagag gttacgtgag tttccccagc tgcacagtgg gcccctgaca 120
g 121
<210> 34
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 34
<400> 34
gtttttctgt tctttgattt cttagatcag gatcagcaga cattttccat caagggccac 60
ataataaata ttttaggcat gcagtctctt tcacagttgc tcagctctgc ttttgtagcc 120
a 121
<210> 35
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 35
<400> 35
ttcattcctg gtttgggcaa agacgttgaa ttggcagtgg gattccctgt gatactgggt 60
aaggaactca gggaatggag tgggccgaag ttgaagaaaa ttgactgttt ccgcttagaa 120
a 121
<210> 36
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 36
<400> 36
aagcggacgc ccacagccag cgcggagcgc cccagggttc cgggaagccg gtttctcctc 60
tgtgatgaga cacggcagct tcagactcgg acggagtttc acggaactta catgcggtgg 120
a 121
<210> 37
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 37
<400> 37
gttttgctat ttcctgggct aagacgggga ggcagagggt cgaaccggga gcagggsatc 60
acttcccttt tattaagttt acggtacctg ggaaacacct gaagtggaga gacgctaacg 120
g 121
<210> 38
<211> 121
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> 38
<400> 38
aaaattgcac aaaggaccat aggggaaacc caaaggctgg ttagataggg tctattttct 60
tcttagccta tgagtcattt ggggaaaaat tacagagggc atagtgatct ttgatttacc 120
a 121
Claims (4)
- 서열번호 1 내지 38로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 61번째 염기서열인 단일염기다형을 확인하는 것을 포함하는 돼지의 개체식별 방법.
- 제1항에 있어서, 상기 단일염기다형을 확인하는 단계는 대립 유전자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립 유전자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법 (oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의해 수행되는 것을 특징으로 하는 돼지의 개체식별 방법.
- 제 1항의 단일염기다형의 염기서열을 인지하기 위한 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이.
- 제 1항의 단일염기다형의 염기서열을 인지하기 위한 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 키트.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020110145779A KR101341813B1 (ko) | 2011-12-29 | 2011-12-29 | 돼지의 개체식별 및 이력관리를 위한 단일염기다형 유전자마커 및 이를 이용한 돼지의 개체식별 방법 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020110145779A KR101341813B1 (ko) | 2011-12-29 | 2011-12-29 | 돼지의 개체식별 및 이력관리를 위한 단일염기다형 유전자마커 및 이를 이용한 돼지의 개체식별 방법 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR20130077198A true KR20130077198A (ko) | 2013-07-09 |
| KR101341813B1 KR101341813B1 (ko) | 2013-12-17 |
Family
ID=48990497
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020110145779A KR101341813B1 (ko) | 2011-12-29 | 2011-12-29 | 돼지의 개체식별 및 이력관리를 위한 단일염기다형 유전자마커 및 이를 이용한 돼지의 개체식별 방법 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR101341813B1 (ko) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110191965A (zh) * | 2017-12-13 | 2019-08-30 | 中国农业大学 | 猪全基因组50k snp芯片及应用 |
| KR20230088345A (ko) | 2020-10-15 | 2023-06-19 | 교라꾸 가부시끼가이샤 | 패널 |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101643946B1 (ko) | 2014-04-07 | 2016-08-04 | 김진영 | 축산물용 dna 시료 채취장치 |
| KR101770075B1 (ko) | 2016-09-26 | 2017-08-22 | 순천대학교 산학협력단 | 돼지 생산 및 이력 추적 시스템의 도입을 위한 단일염기다형성 마커 선정방법 |
| CN109517903A (zh) * | 2018-11-28 | 2019-03-26 | 江南大学 | 链置换型dna聚合酶诱导等温循环扩增反应检测清真食品中猪源性禁忌物 |
| KR102512271B1 (ko) | 2021-01-08 | 2023-03-22 | 한국마사회 | 초위성체 마커를 이용한 경주마의 개체식별 방법 |
-
2011
- 2011-12-29 KR KR1020110145779A patent/KR101341813B1/ko active IP Right Grant
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110191965A (zh) * | 2017-12-13 | 2019-08-30 | 中国农业大学 | 猪全基因组50k snp芯片及应用 |
| CN110191965B (zh) * | 2017-12-13 | 2022-05-27 | 中国农业大学 | 猪全基因组50k snp芯片及应用 |
| KR20230088345A (ko) | 2020-10-15 | 2023-06-19 | 교라꾸 가부시끼가이샤 | 패널 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| KR101341813B1 (ko) | 2013-12-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN110191965B (zh) | 猪全基因组50k snp芯片及应用 | |
| KR101341813B1 (ko) | 돼지의 개체식별 및 이력관리를 위한 단일염기다형 유전자마커 및 이를 이용한 돼지의 개체식별 방법 | |
| CN110029178A (zh) | 与绵羊单胎多羔性状相关的snp分子标记及其检测引物组、检测试剂盒和应用 | |
| US20050065736A1 (en) | Systems and methods for improving efficiencies in livestock production | |
| CN112941199B (zh) | 一种评估猪背膘厚和眼肌面积的方法及其应用 | |
| Salisu et al. | Molecular markers and their Potentials in Animal Breeding and Genetics | |
| KR102124652B1 (ko) | 개의 불안장애 조기 예측 또는 진단용 조성물 | |
| CN114959059A (zh) | 一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的snp位点组合及其应用 | |
| CN104862388B (zh) | 与猪有效乳头对数性状相关的snp分子标记及应用 | |
| CN114107516B (zh) | 一种用于评估猪背膘厚的snp标记及其检测方法 | |
| WO2023231940A1 (zh) | 一种与细毛羊羊毛纤维直径相关的snp位点组合及其应用 | |
| KR20190034125A (ko) | 모돈의 생애총생산성 형질 예측용 snp 마커 및 이의 용도 | |
| KR101891557B1 (ko) | 돼지의 체중미달 자돈수 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 체중미달 자돈수 예측방법 | |
| CN108315435B (zh) | 与绵羊产羔数性状相关的snp分子标记及应用 | |
| KR101385764B1 (ko) | 개의 모질에 대한 유전자 마커 및 그 진단방법 | |
| KR101855666B1 (ko) | 돼지의 총산자수 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 총산자수 예측방법 | |
| KR20190034124A (ko) | 모돈의 생애총생산성 형질 예측용 snp 마커 및 이의 용도 | |
| KR101316709B1 (ko) | 돼지의 일당증체량 관련 단일염기다형성(ｓｎｐ) 표지인자 및 판단방법 | |
| KR101821552B1 (ko) | 돼지의 유두수 예측용 ｓｎｐ 마커 및 이를 이용한 다산 개체 예측방법 | |
| KR101576992B1 (ko) | 개의 꼬리뼈 형질 진단을 위한 유전자 마커 및 그 진단방법 | |
| CN112011629A (zh) | 晋汾白猪全基因组高密度snp芯片检测试剂盒及其应用 | |
| CN112941197A (zh) | 一种基于snp标记评估母猪泌乳力的方法 | |
| CN114250306A (zh) | 一种利用GLRX3基因评估猪达100kg体重日龄的方法及应用 | |
| KR101985659B1 (ko) | 단일염기다형성 마커를 이용한 백우 품종 식별 방법 | |
| KR101825497B1 (ko) | 단일염기다형성을 이용한 말의 모계혈통 확인 및 운동능력 예측용 키트 및 이를 이용한 말의 모계혈통 확인 및 운동능력 예측 방법 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A201 | Request for examination | ||
| E902 | Notification of reason for refusal | ||
| E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
| GRNT | Written decision to grant |