KR101316709B1 - 돼지의 일당증체량 관련 단일염기다형성(ｓｎｐ) 표지인자 및 판단방법 - Google Patents

Abstract

본 발명은 돼지의 일당증체량 확인을 위한 단일염기다형성(SNP) 표지 인자, 이를 이용한 돼지의 일당증체량 확인을 위한 키트, 돼지의 일당증체량에 관한 정보를 제공하는 방법 및 종돈의 선발 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따르면, 돼지의 성장과 관련된 원인유전자 검출 및 육종가 추정을 통한 돼지 종돈 선발이 매우 유용하고, 선발의 정확성을 제고할 수 있어 유전능력 개량을 극대화 할 수 있다. 또한 표현형평가에 의한 종래의 선발 방법보다 25~35% 더 정확한 유전능력 측정이 가능하여 종돈의 유전능력 개량량을 획기적으로 늘릴 수 있으며, 일당증체량은 현재 돼지의 성장 정도를 평가하는 중요한 기준으로 활용되고 있으므로 우수 종돈의 국내 육성에 크게 기여할 수 있다.

Description

돼지의 일당증체량 관련 단일염기다형성(ＳＮＰ) 표지인자 및 판단방법{Single nucleotide polymorphism (SNP) markers associated with daily weight gain trait in pig and their methods for evaluation}

본 발명은 돼지의 우수한 일당증체량 확인을 위한 단일염기다형성(SNP) 표지 인자, 이를 이용한 돼지의 일당증체량 확인을 위한 키트, 돼지의 일당증체량에 관한 정보를 제공하는 방법 및 종돈의 선발 방법에 관한 것이다.

DNA 수준에서의 정보는 생산자뿐만 아니라 육종가들에게 특정한 주요 변이체를 선발하는데 중요한 정보를 제공해준다. DNA 정보는 표지인자 도움 선발(MAS)이라고 하는 양적 형질의 선발에 활용될 수 있다. 분자표지인자는 선발의 정확도를 높이고 성(sex)에 제한된 형질의 선발을 가능케 하고 육질과 같은 도체형질에 대해서 매우 유용하게 활용될 수 있다.

유전적으로 우수한 가축을 선발하는데 있어 기존의 표현형 및 혈통을 이용한 BLUP방법은 매우 효과적이며 현재까지 매우 우수한 방법으로 평가 받고 있다. 그러나 유전적으로 우수한 가축을 선발하는데 있어서 세대간격이 길어 유전적 개량이 느린 단점을 가지고 있다. 최근, 가축의 유전체전장(whole genome) 염기서열분석이 완료됨으로써 엄청난 양의 분자 표지인자(single nucleotide polymorphism)를 이용할 수 있게 되었을 뿐만 아니라 유전자형결정 비용의 감소로 대량의 가축에서 유전자형결정이 가능하게 되어 가축의 표현형질을 조절하는 DNA 표지인자(marker) 개발이 가속화 되고 있으며, 아울러, 기존 가축의 육종가 추정방법인 BLUP방법이 가지고 있는 단점을 보완하기 위하여 마커도움선발(Marker Assisted Selection) 및 유전체선발연구(Genomic Selection)가 가능하게 되었으며, 현재, 유럽 및 구미 농업선진국에서는 유전체선발이 실제 육종현장에서 사용되고 있다.　

한편, 양돈 산업 분야에서는 현재까지 몇몇 유전자 또는 표지인자가 활용되고 있다(표 1 참조).

유전자 또는 표지인자	연관형질 또는 이용분야	비　　 고
친자감별	-	비 독점적 활용
HAL	육질	〃
ESR, PRLR, RBP4	산자수	독점적 사용(PIC)
KIT	백모색	〃
MC1R	적색/흑모색	〃
MC4R	성장, 비만	〃
FUT1	부종병(E. Coli F18)	독점적 사용(PIC/ITH Switzerland)
RN	육질	비독점적 사용(Uppsala, INRA, Kiel)
AFABP, HFABP	근내지방	비독점적(IPG)
PRKAG3	육질	독점적(PIC)
CAST	연도	〃
IGF2	도체 조성	독점적 사용(Seghers)

그러나, 돼지 전체 게놈 상에 존재하는 대량의 단일염기다형성에 대하여 형질, 특히 일당증체량과의 연관성을 분석한 방법은 지금까지 밝혀진 바가 없다.

　

이에 본 발명자는, 돼지 성장과 연관된 양적형질유전좌위(quantitative trait loci, QTL)를 조절하는 유전자 및 유전자의 변이를 분석하여 성장과 연관된 바이오 마커를 개발하기 위하여 단일염기다형성(SNP) 유전자형과 일당증체량과의 연관성을 분석한 결과, 일당증체량과 유의적인 단일염기다형성을 발굴하여 돼지의 표지인자 도움 선발(MAS) 기법에 필요한 표지인자에 관한 본 발명을 완성하였다.

본 발명의 목적은 돼지의 일당증체량 확인을 위한 단일염기다형성(SNP) 표지 인자를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 표지 인자를 포함하는 돼지의 일당증체량 확인을 위한 키트를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 돼지의 일당증체량에 관한 정보를 제공하는 방법 및 종돈의 선발 방법을 제공하는 것이다.

본 발명의 일 구체예는, 돼지로부터 DNA를 분리하는 단계; 및

염기서열 61번째에서 G↔A의 단일염기변이를 갖는, 서열번호 1 또는 2의 염기 서열에 상보적인 서열을 갖는 프라이머쌍을 이용하여 상기 분리된 DNA를 증폭하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 돼지의 우수한 일당증체량을 확인하는 정보 제공 방법을 제공한다.

본 발명의 다른 구체예는, 돼지로부터 DNA를 분리하는 단계; 및

염기서열 61번째에서 G↔A의 단일염기변이를 갖는, 서열번호 1 또는 2의 염기서열에 상보적인 서열을 갖는 프라이머쌍을 이용하여 상기 분리된 DNA를 증폭하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 종돈 선발 방법을 제공한다.

본 발명의 또 다른 구체예는, 염기서열 61번째에서 G↔A의 단일염기변이를 갖는, 서열번호 1 또는 2의 염기서열에 상보적인 서열을 갖는 프라이머쌍을 포함하는 돼지의 일당증체량 확인용 키트를 제공한다.

본 발명의 또 다른 구체예는, 염기서열 61번째에서 G↔A의 단일염기변이를 갖는, 서열번호 1 또는 2의 염기서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 돼지의 일당증체량 확인용 단일염기다형성(SNP) 표지인자를 제공한다.

본 명세서에서, 용어 "프라이머"는 적합한 온도에서 적합한 완충액 내에서 적합한 조건(즉, 4종의 다른 뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 중합반응 효소) 하에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일-가닥 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 요소, 예컨대, 온도와 프라이머의 용도에 따라 변화가 있지만 전형적으로 15-30 뉴클레오타이드이다. 짧은 프라이머 분자는 주형과 충분히 안정된 혼성 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구한다. 프라이머의 서열은 주형의 일부 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화 되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 따라서 본 발명에서의 프라이머는 주형 유전자의 뉴클레오타이드 서열에 완벽하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 이 유전자 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 충분한 상보성을 가지면 충분하다.

상기한 과제 해결 수단에 의한 본 발명에 따르면, 돼지의 성장과 관련된 원인유전자 검출 및 육종가 추정을 통한 돼지 종돈 선발이 매우 유용하고, 선발의 정확성을 제고할 수 있어 유전능력 개량을 극대화할 수 있다. 또한 표현형평가에 의한 종래의 선발 방법보다 25~35% 더 정확한 유전능력 측정이 가능하여 종돈의 유전능력 개량량을 획기적으로 늘릴 수 있으며, 일당증체량은 현재 돼지의 성장 정도를 평가하는 중요한 기준으로 활용되고 있으므로 우수 종돈의 국내 육성에 크게 기여할 수 있다.

도 1은 돼지 염색체 5번 상의 일당증체량과 연관성이 있는 SNP의 위치를 나타낸 그래프이다.
도 2는 돼지 염색체 7번 상의 일당증체량과 연관성이 있는 SNP의 위치를 나타낸 그래프이다.

이하, 본 발명을 하기의 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.

실시예 1. 대량 SNP 분석

　성장단계별 체중 자료를 가지고 있는 돼지(재래돼지와 랜드레이스를 교잡하여 구축한 참조축군 F2) 504두의 혈액으로부터 위저드 지노믹 DNA 정제 키트(Wizard Genomic DNA Purification Kit, Promega, Madison, WI, USA)를 이용하여 DNA를 추출하였으며, 전체 62,163개의 SNP 정보로 구성되어있는 iSelect Infinium Porcine ArrayChips(Illumina, San Diego, CA, USA)를 이용하여 SNP 유전자형 분석을 실시하였다.

　 <1-1> 증폭( Amplification )

실험에 사용된 시약은 하기 표 2에 나타내었다. 실험기구는 원심분리기, 볼텍스(vortex), 일루미나 하이브리드화 오븐(Illumina Hybridization oven)을 사용하였다.

초자 및 시약명	준비량	시약 보관 온도
MA1	1tube (2.3ml/96sample)	실온
MA2	1tube (3.9ml/96sample)	냉동
MSM	1tube (4.2ml/96sample)	냉동
0.1N NaOH	1tube (2.3ml/96sample)	냉동 (미리 만들어 분주 후 보관)
96웰 0.8ml MIDI 플레이트	1개
96웰 캡 매트	1개

실험 1일째에는, MSA3 바코드를 붙인 MIDI 플레이트(이하 MSA3 플레이트로 표기함)에 20ul의 MA1을 분주하였다. 4ul의 DNA를 MSA3 플레이트에 넣고 Lab tracking form 에 DNA ID 와 옮긴 MSA3 플레이트의 위치를 적어 두었다. 4ul의 0.1N NaOH를　MA1 과 DNA 가 들어있는 MSA3 플레이트 각 웰에 넣고, 96웰 캡 매트를 이용하여 MSA3 플레이트를 덮고, 1600rpm에서 1분 동안 볼텍스(vortex) 하였다. 280×g에서 1분간 원심분리한 후 실온에서 10분간 반응시켰다. 34ul 의 MA2를 샘플이 들어있는 MSA3 플레이트 각 웰에 넣었다. 38ul 의 MSM를 샘플이 들어있는 MSA3 플레이트 각 웰에 넣었다. 캡 매트를 덮고 280×g에서 1분간 원심분리한 후, 37℃의 일루미나 하이브리드화 오븐에서 20-24 시간 동안 반응시켰다.

　

　<1-2> 단편( Fragment )

실험에 사용된 시약은 하기 표 3에 나타내었다.

초자 및 시약명	준비량	시약 보관 온도
FMS	1tube (3ml/96sample)	냉동

실험 2일째에는, 오븐에서 플레이트를 꺼내어 50×g에서 1분 원심 분리하였다. 25ul 의 FMS를 샘플이 들어있는 각 웰에 넣고 캡 매트로 MSA3 플레이트를 덮고 1600 rpm 1분 볼텍스(vortex) 하였다. 플레이트를 꺼내어 50×g에서 1분 원심 분리한 후, 37℃ 히트 블록(heat block)에서 1시간 동안 반응시켰다.

　<1-3> 침전( Precipitation )

실험에 사용된 시약은 하기 표 4에 나타내었다.

초자 및 시약명	준비량	시약 보관 온도
PM1	1tube (7ml/96sample)	냉장
100% 2-프로판올	30ml(96sample 당)	실온
96웰 캡 매트	1개

캡 매트를 벗겨 25ul 의 PM1을 샘플이 들어있는 각 웰에 넣은 후 캡 매트를 덮고 1600rpm에서 1분간 원심분리 하고37℃에서 5분간 반응시켰다. 플레이트를 꺼내어 50×g에서 1분 원심 분리한 후 캡 매트를 벗기고 155ul 의 2-propanol 을 샘플이 들어있는 각 웰에 넣었다. 새로운 캡 매트를 이용하여 플레이트를 덮고 10번 뒤집어서 혼합한 뒤 4℃에서 30분 동안 보관하였다. 4℃, 3,000rpm에서 20분 동안 원심분리 후 즉시 원심분리기에서 MSA3 플레이트를 꺼낸 다음 캡 매트를 즉시 제거하고 빠르게 뒤집어 상층액을 버렸다. 흡수성 패드(키친타올, 킴타올 등) 에 10회 정도 가볍게 두드리고 뒤집혀진 플래이트 그대로를 튜브렉에 올려놓고 1시간 동안 자연 건조시켰다.

　<1-4> 재부유( Resuspend )

실험에 사용된 시약은 하기 표 5에 나타내었다.

초자 및 시약명	준비량	시약 보관 온도
RA1	7ml/96sample	냉동

23ul 의 RA1을 DNA 펠렛이 들어있는 각 웰에 넣고, 남은 RA1은 XStain HD 비드 칩용으로 냉동보관하였다. MSA3 플레이트에 포일 실(foil seal)을 올리고 히트-실러 블록을 5초 동안 눌러 밀봉(sealing) 한 후 48℃의 일루미나 하이브리드화 오븐에서 1 시간 동안 반응 시켰다. 1800rpm에서 1분간 볼텍스(vortex)하고, 280×g, 1분 원심분리 하였다.

　<1-5> 하이브리드화( Hybridization )

실험에 사용된 시약은 하기 표 6에 나타내었다.

초자 및 시약명	준비량	시약 보관 온도
PB2	2tube(96 sample)	실온
비드칩	8개 (96 sample)
Hyb 챔버	2개 (96 sample)
Hyb 챔버 가스켓	2개 (96 sample)
Hyb 챔버 인서트	8개 (96 sample)

MSA3 플레이트는 95℃ 히트 블록에서 20분간 변성(denature)시키고 20분 후 히트 블록에서 꺼낸 후 실온에 30분 동안 두고 식혔다. 플레이트를 식히는 30분이 거의 다 되어갈 무렵 Hyb 챔버(Hyb Chamber)에 Hyb 챔버 가스켓을 끼우고 400ul 의 PB2를 Hyb 챔버에 있는 8개의 humidifying buffer reservoir에 넣고 Hyb 챔버 두껑을 닫아 실온에 두었다. 실온에서 30분 동안 DNA를 식힌 후 MSA3 플레이트를 280×g, 1분 원심분리 하였다.

보관중인 칩을 하나씩 냉장고에서 가져와 칩 보장을 뜯고 Hyb 챔버 인서트의 바코드 모양과 칩의 바코드부분을 맞춰서 놓은 후 멀티채널 피펫을 이용하여 샘플 당 15ul씩 따서 칩의 양쪽 부분으로 샘플을 로딩하였다. 각 칩의 샘플 로딩이 끝나는 대로 Hyb 챔버에 넣고 다음 칩도 같은 방법으로 반복하였다. 챔버가 채워지면 챔버 뚜껑을 닫고 48℃의 일루미나 하이브리드화 오븐에 넣고 속도 5로 세팅하여 16-24시간 동안 반응시켰다.

　<1-6> XC4 재부유( XC4 resuspend )

실험에 사용된 시약은 하기 표 7에 나타내었다.

초자 및 시약명	준비량	시약 보관 온도
XC4	1 bottle(96 sample)	냉동
EtOH	330ml (96 sample)	실온

XC4 병(bottle)에 330ml 의 에탄올을 넣고　15초 동안 강하게 흔든 다음 병을 똑바로 세워 실온에서 1625rpm에서 밤새 볼텍스(vortex) 하였다.

　 <1-7> 비드칩 세척( Washing bead chips )

실험에 사용된 시약은 하기 표 8에 나타내었다.

시약 명	준비량	시약 보관 온도
PB1	550ml/1-8 비드칩	실온

실험 3일째에는, Hyb 챔버를 하이브리드화 오븐에서 꺼낸 다음 Hyb 챔버 의 잠금 장치를 열고 챔버 속의 insert 한번에 하나씩 꺼내었다. 칩에 붙어 있는 실(Seal)을 잡아당겨 제거한 후 실(Seal)이 제거된 칩을 PB1 이 워시 렉(Wash Rack) 에 꽂아 워시 디쉬에 담궜다.

모든 칩이 PB1에 담기게 되면 워시 렉을 디쉬에서 1분 동안 뺏다 넣었다 하는 방법으로 씻어 주고 PB1이 들어 있는 또 다른 워시 디쉬에 워시 렉을 옮겨 1분 동안 이 과정을 반복하였다. 워싱이 끝난 후 비드 칩 정렬 픽스춰(bead chips Alignment fixture)에 백 프레임(back frame)을 올리고 바코드 방향에 맞추어 칩을 한 장씩 올린 후 하얀색 부분과 분리한 투명한 부분의 스페이스를 정렬 픽스춰(Alignment fixture)의 윗부분과 아랫부분에 맞춰 끼웠다. 스페이스를 올린 후 칩의 위쪽 부분(바코드가 없는 부분)에 얼라이먼트 바(Alignmet bar)를 올리고 유리판의 끝이 bar 에 닿게 끔 유리판을 덮은 후 클립을 끼워 관류 챔버 어셈블리(Flow-through chamber assembly)를 완성하였다. 클립을 끼우고 나면 얼라이먼트 바를 제거하고 관류 챔버 어셈블리 양끝의 스페이스 부분을 가위로 잘라주었다.

　<1-8> 비드칩 염색( XStain Beadchips )

시약 실험에 사용된 시약은 하기 표 9에 나타내었다.

초자 및 시약명	준비량	시약 보관 온도
RA1	10ml/8 비드칩	냉동
XC1	2tube /8 비드칩	냉동
XC2	2tube /8 비드칩	냉동
TEM	2tube /8 비드칩	냉동
XC3	2tube /8 비드칩	실온
STM	2tube /8 비드칩	냉동
ATM	2tube /8 비드칩	냉동
PB1	310ml/1-8비드칩	실온
XC4	310ml/1-8비드칩	냉동
95% 포름아마이드/1mM EDTA	10ml/8 비드칩
EtOH

챔버렉의 온도가 44℃가 되면 관류 챔버 어셈블리를 챔버렉에 끼운 후 각 칩에 150ul의 RA1을 넣고 30초 동안 반응시켰다. 이 과정을 5번 더 반복하였다. 450ul의 XC1을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시키고, 450ul의 XC2을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨후, 200ul의 TEM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시켰다.

450ul의 95% 포름아마이드/1mM EDTA 을 각 칩에 넣고 1분 동안 반응시킨 후 한번 더 넣어준 후 5분 동안 반응시켰다.

STM tube 의 라벨에 적혀 있는 온도(이하 온도 A라 칭함)를 확인하고 그 온도대로 챔버렉의 온도를 바꾸어 주었다.

450ul의 XC3을 각 칩에 넣고 1분 동안 반응 시킨 후 다시 한번 넣어준 후 온도 A에 도달할 때까지 기다렸다.

250ul의 STM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시켰다.

450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시켰다.

250ul의 ATM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시켰다.

450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시켰다.

250ul의 STM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시켰다.

450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시켰다.

250ul의 ATM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시켰다.

450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시켰다.

250ul의 STM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시켰다.

450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시켰다.

상기 과정이 끝나면 즉시 관류 챔버에서 챔버 렉을 분리하고 실온의 실험 테이블로 옮긴 후 평평하게 꺼내어 놓았다. 310 ml 의 PB1을 세척용기에 넣고 염색용 렉을 용기 안에 담가 놓았다. 기구를 이용하여 챔버 렉의 클립을 벗기고 유리 블록을 들어서 제거한 후에 칩의 비드 부분을 건드리지 않게 양끝에 붙어 있는 스페이스를 제거하였다. 칩에 붙였던 부착물을 모두 제거 하고 나면 PB1에 담겨있는 스테이닝렉에 꽃아 PB1에 담가두었다.　 같은 방법으로 모든 칩을 처리하였다.

천천히 염색용 랙을 10번 정도 위 아래로 움직여서　칩을 담금질 한 후 5분 동안 담가두었다. 다른 세척용 용기에 XC4 310ml을 채운 후 24번과 같은 방법으로 10회 동안 담금질 한 후 5분 동안 담가두었다. 5분후 세척용 용기에서 염색용 랙을 꺼낸 후 튜브렉에 다음 그림과 같은 방법으로 올려놓았다.

집게를 이용하여 chips을 랙에서 조심스럽게 꺼내어 튜브렉 위에 올려놓았다.

칩을 올려놓은 튜브렉을 조심스럽게 진공 건조기에 넣고 508mmHG (0.68 bar)의 진공 상태로 55-55분 동안 말려준다.

칩이 건조된 것이 확인되면 에탄올에 적신 킴와이프를 이용하여 칩의 가장자리 부분을 잘 닫았다. 이때 비드 부분은 건드리지 않게 주의하였다.

비드칩은 실험 완료 후 72시간 이내에 스캐너를 이용하여 이미지화를 시키도록 하였다.

실시예 2. 통계분석

　유전자형 분석 후 얻어진 모든 SNP의 자료들은 하디-바인베르그 평형(HWE)과 minor allele의 빈도(MAF)와 같은 SNP QC를 R/SNPassoc 패키지를 이용하여 검정하였으며, 일정 조건에 맞지 않는 결과는 유전체전장(whole genome) 연관성 분석에서 배제하였다(예, HWE; P<0.05, MAF; <10%). 일당 증체량 관련 QTL검출을 위하여 일당 증체량과 SNP 표지인자 사이의 연관성을 검정하는데 단일 마커 회귀(single marker regression) 분석을 이용하였으며, 일당 증체량에 대한 각 SNP 마커들의 상가적 유전효과(additive effect)를 모델 I과 같이 R-통계 패키지(R/assoc package)를 이용하여 유의적인 SNP를 분석하였다. 통계모델 I을 통하여 선발된 유의한 SNP들 중 일당 증체량과 관련된 최적 SNP 조합을 찾기 위해 일당 증체량과 관련하여 1차로 선발된 유의한 모든 SNP들을 모두 통계모델에 요인으로 한 다중회기(multiple regression) 분석을 ASREML에서 모델 II와 같이 실시하였다.　

　모델 Ⅰ: y = Xb + Za + e

　　여기서 y는 도체시 성별과 연력이 포함된 고정효과에 대한 표현형 벡터, X는 SNP에 대한 발생 행렬(incidence matrix), b는 단일 SNP 유전자형에 대한 회귀계수 벡터, Z는 animal 효과에 대한 발생 행렬(incidence matrix), e는 잔차에 대한 벡터를 의미한다.

　모델 II : y = Xβ + Za + Zqi + e

　여기서 y는 표현형 벡터, β는 고정효과에 대한 회귀계수, a는 랜덤 animal 효과, q는 모델 I에서 검출된 유의한 모든 SNP(QTL), e는 랜덤 잔차효과를 의미한다.

　통계적 추론을 위하여 복합 가설검정에 대해 Benjamini와 Hochberg(1995)가 제시한 FDR(false discovery rate)을 계산에 이용하였으며 모든 유의적 가치(value)는 5% chromosome-wise FDR 수준에서 계산되었다.

표 10 및 표 11에서 보는 바와 같이 총 돼지 유전체상에 존재하는 62,163개의 SNPs 중 일당증체량에 유의성을 가지는 5, 7번 염색체 상에 존재하는 각 1개씩의 SNP(총 2개)를 발굴하였다(chromosome-wise P<0.05)(도 1 및 도 2 참조). 이러한 유전자형은 일당증체량의 정도를 예측하는데 활용이 가능하여 일당증체량에 대한 선발을 위한 DNA 마커로서 효과가 있을 것으로 판단된다. 하기 표 10은 각 SNP에 대한 염기서열 정보이고, 표 11은 돼지 일당증체량과 연관성이 있는 SNP의 정보를 나타낸다.

SNPs	Source Sequence
ALGA0030242	GCTAATGGGGAGGAGTTTCTTGTGGGGACGAGGGAAATGCCGTGGAGCTGGACAGCAGAG[A/G]TGGTTGCACAACCCGAATAATCACACAACTGTACCCTCTAAAGGATGACGCTTGTCATGC
H3GA0022070	TCCAAGTGCAAAGGGCCTTCCCCTCCGCACTTGGACTTACCTCTGCTTGGCCCCATGGAG[A/G]CTTAGACCTCAAGCCACCTAGGCATTTCCTAAGCTTGGCAGCTCTTGACTCTCTCACCAA

상기 표에서 [A/G]란 염기 A가 염기 G로 점돌연변이된 SNP를 가짐을 의미한다.

SNPs	Chr	Pos	estimates	p-value	R2
ALGA0030242	5	6518200	1.89E-02	1.31E-06	0.12
H3GA0022070	7	81568888	2.30E-02	9.07E-06	0.08

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Claims (4)

1. 돼지로부터 DNA를 분리하는 단계; 및
   염기서열 61번째에서 G↔A의 단일염기변이를 갖는, 서열번호 1 또는 2의 염기서열에 상보적인 서열을 갖는 프라이머쌍을 이용하여 상기 분리된 DNA를 증폭하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 돼지의 일당증체량을 확인하는 정보 제공 방법.
   
2. 돼지로부터 DNA를 분리하는 단계; 및
   염기서열 61번째에서 G↔A의 단일염기변이를 갖는, 서열번호 1 또는 2의 염기서열에 상보적인 서열을 갖는 프라이머쌍을 이용하여 상기 분리된 DNA를 증폭하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 종돈 선발 방법.
   
3. 염기서열 61번째에서 G↔A의 단일염기변이를 갖는, 서열번호 1 또는 2의 염기서열에 상보적인 서열을 갖는 프라이머쌍을 포함하는 돼지의 일당증체량 확인용 키트.
   
4. 염기서열 61번째에서 G↔A의 단일염기변이를 갖는, 서열번호 1 또는 2의 염기서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 돼지의 일당증체량 확인용 단일염기다형성(SNP) 표지인자.
   

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