KR102470966B1

KR102470966B1 - 진도개의 체고 조기 예측 유전자 마커 개발

Info

Publication number: KR102470966B1
Application number: KR1020200171161A
Authority: KR
Inventors: 최봉환; 박원철; 박미림; 임영조
Original assignee: 대한민국
Priority date: 2020-12-09
Filing date: 2020-12-09
Publication date: 2022-11-29
Also published as: KR20220081554A

Abstract

본 발명은 진도개에서 체고가 높은 개체를 판별할 수 있는 SNP 10개를 선별하여 해당 유전자형에 따른 진도개 체고를 확인한 것인 바, 이를 이용한 진도개의 체고 예측용 SNP 조성물은 우수한 체고을 갖는 진도개를 선발하고, 체고에 대한 개량 효과를 개선할 수 있고, 체고가 높거나 낮은 개체를 생산하기 위해 무분별한 번식을 제한할 수 있게 하는데 유전자 마커로서 유용하게 이용될 수 있다.

Description

진도개의 체고 조기 예측 유전자 마커 개발 {Development of genetic markers for early prediction of body height of Jindo dogs}

본 발명은 진도개의 체고 조기 예측용 SNP 마커 및 이를 이용한 예측 방법에 관한 것이다.

개는 사람에게 친숙한 애완동물로서 뿐만 아니라 재난 구조견, 경비견, 경찰견 그리고 맹인안내견 등 다양한 실용적 목적을 위하여 사육되고 있다. 특히 사회가 도시화, 핵가족화, 노령화 되어가면서 삶의 반려자로서 개의 역할이 점점 더 중요하게 여겨지고 있다. 이러한 개는 인간의 육종의지에 따라 다양한 목적으로 개량되어 왔으며, 현재 전세계에서 약 400품종 이상이 사육되고 있다. 이러한 품종들은 품종의 고유 형태 및 성질을 가지고 있으며 이러한 특성이 순종견 혈통에 따라 비교적 잘 유지되고 있다.

국내의 고유한 품종으로는 대한민국 남서쪽에 위치한 진도라는 섬에서 유래한 진도개가 있다. 진도개는 1962년에 대한민국 문화재청에서 천연기념물 제 53호로 지정되었으며, 이후 문화재관리법과 한국진돗개보호육성법(1967년 1월 16일에 공포)에 의하여 진도개의 고유 혈통을 보존하고, 그 증식 및 보급확대를 통해 진도개의 우수성을 고양하고 그 활용도를 높이기 위해 보호 육성되고 있다.

진도개의 체고는 수컷이 50 내지 55 cm 이고 암컷은 45 내지 50cm 이며, 이상적으로는 수컷이 53 내지 54 cm, 암컷이 48 내지 49 cm으로 수컷이 암컷에 비해 크다. 여기서 체고는 진도개의 어깨뼈 맨 꼭대기에서 앞발이 지면에 닿는 곳까지으 길이를 의미한다. 진도개의 체고는 가장 대표적인 경제형질 중에 하나이며, 애견가들 사이에서는 외형상 및 기능상에 따라 체고의 길이를 중요시하기에 유전자 검사를 통한 조기 예측의 필요성이 대두되고 있다. 진도개의 체고와 관련된 유전자 마커를 이용하면, 우수한 체고를 갖는 진도개를 선발할 수 있고, 체고가 높거나 낮은 개체를 생산하기 위해 무분별한 번식을 제한하게 됨으로써 진도개의 보호·복지 정책에 일조하게 되며, 진도개의 체고에 대한 관련 유전자를 발굴함으로써 동물의 성장에 대한 학술적 가치와 의학적 기초정보를 확보할 수 있을 것으로 기대된다.

본 발명에 관한 선행문헌으로, 개의 체고 높이 예측용 SNP(단일염기다형성) 마커 및 이를 이용한 예측 방법(대한민국 등록특허 제10-2017-0056724호), 삽살개의 체고와 연관된 SNP를 개시하고 있는 문헌(한국삽살개재단, 과제보고서 2011.12.23), 삽살개에서 대용량 SNP를 이용한 형태와 성품의 유전적 특성에 관한 문헌(영남대학교 대학원 (2011), Mahboob) 및 개의 고관절탈구, 모질, 꼬리뼈 퇴화 등에 대한 조기 진단용 SNP 조성물을 개시한 문헌(농촌진흥청 과제 보고서 2014.02.28, 최봉환 외)이 있으나, 진도개의 체고를 예측하기 위한 본 발명의 SNP는 지금까지 개시된 바 없다.

대한민국 등록특허 (제10-2017-0056724호)에서 개의 체고 높이 예측용 SNP 마커 및 이를 이용한 예측 방법에 대해 상술하고 있고, 삽살개의 체고와 연관된 SNP를 개시하고 있는 문헌(한국삽살개재단 과제보고서 2011.12.23)이 있으나, 진도개의 체고를 예측하기 위한 본 발명의 SNP는 지금까지 개시된 바 없다.

이에, 본 발명자들은 진도개 757두의 혈액으로부터 DNA를 추출한 후, 진도개에 대한 170K SNP 칩을 이용하여 SNP 유전자형을 분석하고, 전장유전체 연관성 분석(Genome-wide association study, GWAS)을 통하여 진도개의 체고 조기 예측 가능한 SNP 10개를 선별하여 본 발명을 완성하였다.

본 발명의 목적은 진도개의 체고 예측용 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 조성물을 포함하는 진도개의 체고 예측용 키트 및 진도개의 체고 예측 방법을 제공하는 것이다.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 T인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP); 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G 또는 A인 SNP; 및 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할수 있는 제제를 포함하는, 진도개의 체고 예측용 조성을 제공한다.

또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 진도개의 체고 예측용 키트를 제공한다.

또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 진도개의 체고 예측용 마이크로어레이를 제공한다.

또한, 본 발명은 1) 진도개로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는단계로서,

상기 SNP는 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기, 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기 또는 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기인, 단계; 및

2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 진도개의 체고 예측 방법을 제공한다.

도 1은 진도개의 체형에 대한 표현형질 측정 방법 및 수치화(cm)를 나타낸 도이다.

이하, 본 이하, 본 발명을 상세히 설명한다.

본 발명은 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 T인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP); 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G 또는 A인 SNP; 및 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할수 있는 제제를 포함하는, 진도개의 체고 예측용 조성물을 제공한다.

상기 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 프라이머 또는 프로브일 수 있고, 구체적으로는 상기 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머일 수 있다.

상기 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 프라이머는 상기 SNP가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌 등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다. 또한, 상기 프라이머는 필요한 경우, 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다. 표지의 예로는, 효소(예를 들어, 호스래디쉬 퍼옥시다제, 알칼린 포스파타아제), 방사성 동위원소(예를 들어, ³²P), 형광성 분자 및 화학그룹(예를 들어, 바이오틴) 등이 있다.

본 명세서에서 사용되는 용어 "프로브"는 DNA 또는 RNA와 특이적으로 결합할 수 있는 수개 내지 수백 개의 염기에 해당하는 핵산 단편을 의미하며, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브 또는 RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.

상기 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 프로브는 상기 SNP가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌 등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다.

상기 프로브는 이의 5' 말단에 리포터가 추가로 더 접합될 수 있다. 상기 리포터는 FAM(6-carboxyfluorescein), 텍사스 레드(texas red), 플루오레신(fluorescein), 플루오레신 클로로트리아지닐(fluorescein chlorotriazinyl), HEX(2',4',5',7'-tetrachloro-6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), 로다민 그린(rhodamine green), 로다민 레드(rhodamine red), 테트라메틸로다민(tetramethylrhodamine), FITC(fluorescein isothiocyanate), 오레곤 그린(oregon green), 알렉사 플루오로(alexa fluor), JOE(6-Carboxy-4',5'-Dichloro-2',7'-Dimethoxyfluorescein), ROX(6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET(Tetrachloro-Fluorescein), TRITC(tertramethylrodamine isothiocyanate), TAMRA(6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED(N-(1-Naphthyl) ethylenediamine), 시아닌(Cyanine) 계열 염료 및 씨아디카르보시아닌(thiadicarbocyanine)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 리포터로 사용될 수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다.

상기 프로브는 이의 3' 말단에 소광자가 추가로 더 접합될 수 있다. 상기 소광자는 TAMRA, BHQ(black hole quencher) 1, BHQ2, BHQ3, NFQ(nonfluorescent quencher), 답실(dabcyl), Eclipse, DDQ(deep dark quencher), 블랙베리 퀸처(Blackberry Quencher), 아이오와 블랙(Iowa black)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 소광자로 사용될 수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다.

상기 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제에는 역전사 중합효소, DNA 중합효소, Mg²⁺와 같은 조인자, dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP가 포함될 수 있다. 역전사된 cDNA를 증폭하기 위하여 다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭 단계에 이용될 수 있으며, DNA 중합효소의 예로 E.coli DNA 중합효소 I의 클레나우 단편, 열안정성 DNA 중합효소 또는 박테리오파지 T7 DNA 중합효소가 있다. 중합효소는 박테리아 그 자체로부터 분리하거나 상업적으로 구입하거나 중합효소를 암호화하는 클로닝 유전자의 높은 레벨을 발현하는 세포로부터 수득할 수 있다.

또한, 본 발명은 상기 진도개의 체고 예측용 조성물을 포함하는 진도개의 체고 예측용 키트를 제공한다.

상기 조성물은 상술한 바와 같은 특징을 가질 수 있다. 일례로, 본 발명은 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 T인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP); 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G 또는 A인 SNP; 및 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할수 있는 제제를 포함하는 것일 수 있다.

또한, 상기 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 프라이머 또는 프로브일 수 있고, 구체적으로는 상기 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머일 수 있다.

상기 키트는 PCR 키트, DNA 분석용 키트일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명의 키트는 상기 조성물을 이용하여 본 발명에서 제공하는 SNP 마커의 유전자형을 증폭을 통해 확인하거나, 또는 mRNA의 발현 수준을 확인함으로써 진도개의 체고을 예측할 수 있다. 본 발명에서 제공하는 상기 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다.

예를 들어, RT-PCR 키트는, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드에 대한 특이적인 프라이머 쌍 이외에도 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오티드(dNTPs), Taq-폴리머라제 및 역전사 효소와 같은 효소, DNase 억제제, RNase 억제제, DEPC-수(DEPC-water) 및 멸균수 등을 포함할 수 있다. 한편, 키트에 포함되는 성분들은 액상 형태로 제조될 수도 있고, 포함 성분들의 자유도를 낮추어 제품의 안정성을 제고하기 위해 건조된 형태로 제조될 수도 있다. 이러한 건조된 형태로의 제조를 위해서는 건조 단계의 적용이 필요하고, 이때 가온건조, 자연건조, 감압건조, 동결건조 또는 이들의 복합 공정이 사용될 수 있다.

또한, 본 발명은 상기 체고 예측용 조성물을 포함하는 진도개의 체고 예측용 마이크로어레이를 제공한다.

본 발명에 있어 마이크로어레이란 기판상에 폴리뉴클레오티드의 그룹이 높은 밀도로 고정화되어 있는 것으로서, 상기 폴리뉴클레오티드 그룹은 각각 일정한 영역에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 의미한다. 이러한 마이크로어레이는 당업계에 잘 알려져 있다.

상기 단계 1)의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가제 연쇄 반응(LCR)(Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification)(Kwoh 등, ProcNatlAcad Sci USA 86, 1173(1989)), 자가유지 서열 복제(Guatelli 등, ProcNatl Acad Sci USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.

상기 단계 2)의 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계는 서열분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(minisequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 T인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

상기 진도개의 체고 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 진도개의 체고가 높은 것으로 판단할 수 있다.

본 발명의 구체적인 실시예에서, 본 발명자들은 진도개 757두의 혈액으로부터 DNA를 추출한 후, 진도개에 대한 170K SNP 칩을 이용하여 SNP 유전자형을 분석하고, 전장유전체 연관성 분석(Genome-wide association study, GWAS)을 통하여 진도개의 체고를 조기 예측 가능한 SNP 10개를 선별하였다(표 2 내지 표 4 참조).

따라서, 본 발명에 따른 진도개에서 체고가 높은 개체를 판별할 수 있는 SNP 조성물, 이를 포함하는 진도개의 체고 예측용 키트, 또는 이를 이용한 진도개의 체고 예측 방법은 우수한 체고를 갖는 진도개를 선발하고, 체고에 대한 개량 효과를 개선할 수 있으며, 체고가 높거나 낮은 개체를 생산하기 위해 무분별한 번식을 제한할 수 있게 하는데 유전자 마커로서 유용하게 이용될 수 있다.

이하, 본 발명을 실시예 및 실험예에 의해 상세히 설명한다.

단, 하기 실시예 및 실험예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예 및 실험예에 의해서 한정되는 것은 아니다.

<실시예 1> 진도개에 대한 SNP 유전자형 분석

진도개 757두의 혈액으로부터 DNA 정제 키트(Wizard Genomic DNA Purification Kit, Promega, 미국)를 이용하여 각각 DNA를 추출한 후, 진도개에 대한 170K SNP 칩(CanineHD BeadChip, Illumina, 미국)을 이용하여 SNP 유전자형을 분석하였다.

<1-1> 1일차: 증폭(Amplification)

MSA3 바코드를 붙인 96-웰 0.8 ㎖ MIDI 플레이트(이하, 'MSA3 플레이트')에 웰 당 20 ㎕의 MA1을 넣고, 개 757두의 혈액으로부터 추출한 각 DNA를 웰 당 4 ㎕씩 넣은 후, DNA ID 및<1-1> 1일차: 증폭(Amplification)

MSA3 바코드를 붙인 96-웰 0.8 ㎖ MIDI 플레이트(이하, 'MSA3 플레이트')에 웰 당 20 ㎕의 MA1을 넣고, 개 757두의 혈액으로부터 추출한 각 DNA를 웰 당 4 ㎕씩 넣은 후, DNA ID 및 옮긴 MSA3 플레이트의 위치를 기록해두었다. 이후, 각 웰 당 4 ㎕의 0.1 N NaOH를 넣고, 96-웰 덮개(96 well cap mat)로 플레이트를 덮은 후 1,600 rpm에서 1분 동안 흔들어 섞어주고(vortexing), 280 Υ g에서 1분간 원심분리하였다. 이후, 10분 동안 실온에서 반응시킨 후, 웰 당 34 ㎕의 MA2를 넣고, 38 ㎕의 MSM을 넣은 후, 96-웰 덮개를 덮고 280 Υ g에서 1분간 원심분리하였다. 37

의 오븐(Illumina Hybridization oven)에서 20 내지 24시간 동안 반응시켜 시료를 증폭시켰다.

<1-2> 2일차: 조각(Fragment)

상기 실시예 1-1의 MSA3 플레이트를 오븐에서 꺼내 50 Υ g에서 1분간 원심분리하고, 각 웰 당 25 ㎕의 FMS를 넣은 후, 덮개로 플레이트를 덮어 1,600 rpm에서 1분간 흔들어 섞어주었다(vortexing). 이후, 플레이트를 50 Υ g에서 1분간 원심분리하고, 37

히트 블록(heat block)에서 1시간 동안 반응시켰다.

<1-3> 2일차: 침전(Precipitation)

상기 실시예 1-2의 플레이트에 각 웰 당 25 ㎕의 PM1을 넣은 후, 덮개를 덮고, 1,600 rpm에서 1분간 원심분리한 후, 37

오븐에서 5분간 반응시켰다. 플레이트를 50 Υ g에서 1분간 원심분리한 후, 덮개를 벗기고, 각 웰 당 155 ㎕의 2-프로판올(2-propanol)을 넣었다. 새로운 96-웰 덮개로 플레이트를 덮고 10번 뒤집어 혼합한 뒤, 4℃에서 30분 동안 보관하였다. 이후, 4℃ 3,000 rpm에서 20분 동안 원심분리 후, 플레이트 덮개를 제거하고 빠르게 뒤집어 상층액을 버렸다. 키친타올에 10회 정도 가볍게 두드려 남아있는 상층액을 제거하고, 뒤집어진 플레이트를 그대로 튜브 렉에 올려놓고 1시간 동안 자연 건조시켜 DNA 침전만 남도록 하였다.

<1-4> 2일차: 재현탁(Resuspend)

상기 실시예 1-3의 DNA 침전이 들어있는 플레이트에 웰 당 23 ㎕의 RA1을 넣고, 남은 RA1은 추후 염색(XStain HD Bead Chip)을 위해 냉동보관하였다. 플레이트에 호일 실(foil seal)을 올리고, 히트-실러 블록(heat-sealer block)을 5초 동안 눌러 밀봉하였다. 밀봉한 플레이트를 48℃의 오븐에서 1시간 동안 반응시킨 후, 1,800 rpm에서 1분간 흔들어 섞어주었고(vortexing), 280 Υ g에서 1분간 원심분리하였다.

<1-5> 2일차: 혼성화(Hybridazation)

상기 실시예 1-4의 플레이트를 95℃히트 블록(Heat block)에 넣어 20분 동안 DNA 시료를 변성시켰다(denaturation). 이후, 플레이트를 실온에 30분 동안 두고 식히는 동안 혼성화 챔버(HybChamber)에 가스킷(gaskets)을 끼우고, 혼성화 챔버에 있는 8개의 버퍼 리저버(humidifying buffer reservoir)에 각 400 ㎕의 PB2를 넣고, 뚜껑을 닫아 실온에 두었다. 실온에서 식힌 DNA가 담긴 MSA3 플레이트를 280 Υ g에서 1분간 원심분리하였다. 냉장 보관하던 SNP 칩을 하나씩 꺼내 준비하고, 혼성화 챔버 인서트(insert)의 바코드 모양과 칩의 바코드 부분을 맞추어 놓은 후, 멀티채널 피펫으로 식힌 DNA 시료를 각 15 ㎕씩 칩의 양쪽 부분으로 로딩(loading)하였다. 각 칩의 시료 로딩이 끝나는 대로 혼성화 챔버에 넣고 다음 칩도 같은 방법으로 반복하였다. 챔버가 모두 채워지면 챔버 뚜껑을 닫고 48

의 오븐에 넣고 속도를 5로 설정하여 16 내지 24시간 동안 반응시켰다.

<1-6> 3일차: 세척(Washing bead chips)

상기 실시예 1-5의 혼성화 챔버를 오븐에서 꺼내고, 챔버 속의 인서트를 하나씩 꺼내, 칩에 붙어 있는 실(seal)을 잡아당겨 제거한 후, 실이 제거된 칩을 세척 렉(wash rack)에 꽂아 WB1이 담긴 세척 디쉬(wash dish)에 담갔다. 모든 칩이 WB1에 담긴 후 세척 렉을 디쉬에서 1분 동안 뺐다 넣었다 하면서 씻어주었고, PB1이 들어 있는 다른 세척 디쉬에 렉을 옮겨 1분 동안 뺐다 넣었다 하면서 씻어주었다. 세척이 끝난 후, 비드칩 얼라인먼트 픽스쳐(Multi-sample BeadChips Alignment fixture)에 백 프레임(back frame)을 올리고, 바코드 방향에 맞추어 칩을 한 장씩 올린 후, 흰색 부분과 분리한 투명한 부분의 스페이스를 얼라인먼트 픽스쳐의 윗부분과 아랫부분에 맞추어 끼웠다. 스페이스를 올린 후, 바코드가 없는 칩의 윗부분에 얼라인먼트 바(alignment bar)를 올리고, 유리판의 끝이 바에 닿도록 유리판을 덮은 후, 클립을 끼워 챔버 어셈블리(Flow-through chamber assembly)를 완성하였다. 얼라인먼트 바를 제거하고, 챔버 어셈블리 양끝의 스페이스 부분을 가위로 잘라주었다.

<1-7> 3일차: 염색(XStain Beadchips)

챔버 렉의 온도를 44℃로 맞춘 후, 상기 실시예 1-6의 챔버 어셈블리를 챔버 렉에 끼웠다. 각 칩에 150 ㎕의 RA1을 넣고 30초 동안 반응시키는 과정을 6번 반복한 후, 450 ㎕의 XC1, 450 ㎕의 XC2 및 200 ㎕의 TEM을 순차적으로 각 칩에 넣고 각각 10분씩 반응시켰다. 450 ㎕의 95% 포름아미드(formamide)/1mM EDTA(ethylenediaminetetraacetic acid)를 각 칩에 넣고 1분 동안 반응시킨 후, 다시 한번 더 동일하게 넣고 5분 동안 반응시켰다. LTM 튜브의 라벨에 적혀 있는 온도를 확인하고 해당 온도로 챔버 렉의 온도를 바꾸고, 450 ㎕의 XC3을 각 칩에 넣고 1분 동안 반응시킨 후, 다시 한번 더 동일하게 넣고 상기 설정한 챔버 렉의 온도에 도달할 때까지 기다렸다. 이후, 하기 표 1의 A - B - A - B - A의 순서로 각 칩에 시약을 넣고 반응시켰다.

상기 반응 종료 후, 즉시 챔버 어셈블리에서 챔버 렉을 분리하고 실온의 실험 테이블로 옮겨 평평하게 꺼내 두었다. 310 ㎖의 PB1을 세척 용기에 넣고 염색용 렉을 용기 안에 담가 두었다. 기구를 이용하여 챔버 렉의 클립을 벗기고 유리 블록을 들어서 제거한 후, 칩의 비드(bead) 부분을 건드리지 않도록 하면서 스페이스를 제거하였다. 칩에 붙였던 부착물을 모두 제거한 후, PB1에 담겨 있는 염색용 렉(staining rack)에 꽂아 PB1에 담가 두었다. 모든 칩을 순차적으로 상기와 동일하게 처리하였다. 염색용 렉을 천천히 10번 정도 위 아래로 움직여 칩을 담금질한 후, 5분 동안 담가두었다가 다른 세척용 용기에 XC4 310 ㎖을 채우고 상기와 동일하게 칩을 담금질한 후 5분 동안 담가두었다. 이후, 염색용 렉을 꺼내고 집게를 이용하여 칩을 조심스럽게 꺼내 튜브 렉 위에 올려두었다. 칩을 올린 튜브 렉을 진공 건조기에 넣고 508 mmHg(0.68 bar)의 진공 상태로 55분 동안 건조시켰다. 에탄올에 적신 티슈(KIMWIPES)를 이용하여 비드 부분을 건드리지 않도록 주의하면서 건조된 칩의 가장자리를 닦아주었다. 실험이 완료된 비드 칩은 72시간 이내에 스캐너를 이용하여 이미지화시켰다.

<실험예 1> 진도개의 체고을 조기 예측 가능한 10개 SNP의 선별

개 757두에 대한 고밀도 SNP 170K 칩 분석 및 전장유전체 연관성 분석(Genome-wide association study, GWAS)을 수행하였다.

구체적으로, Canine 170k (17만개) SNP 칩을 이용한 체고 연관 유전자 좌위 발굴을 위하여 진도개 체고에 대한 유전자형 분석 후 얻어진 모든 SNP의 자료들은 하디-바인베르그 평형(HWE)과 minor allele의 빈도(MAF)에 대하여 R/SNPassoc 패키지의 chi-square 검정을 실시하여, 일정 조건에 맞지 않는 결과는 배제하였다(HWE; P<0.001, MAF; <1%). 진도개의 체고 연관 유전자 좌위 검출을 위하여 체고과 SNP 마커 사이의 연관성을 검정하는데 single marker regression에 대한 R-통계 패키지를 이용하여 평균 체고 길이에 대한 각 SNP marker들의 상가적유전효과(additive effect)를 하기 일반식 1과 같이 분석하였다.

[일반식 1]

y = μ + Sex_i + SNP_j + e_ij

(상기 일반식 1에서, y는 체고 길이, μ는 전체 평균, Sex_i는 유전자형 효과(i=암컷, 수컷 및 중성화된 수컷), SNP_j는 유전자형 효과(j=AA, AB, BB), e_ij는임의오차, N~(0, σ² _e))

유전체전장 연관분석(genome wide association test)과 같은 다중분석(multiple testing)의 문제점인 임의 발생 오류로 인한 오류 검정(False Positive)을 위하여 10,000번의 permutation test를 수행하여 0.1% 수준으로 genome-wise P-값을 계산하였다.

그 결과, 진도개의 체고를 조기 예측할 수 있는 10개의 SNP를 선별하였고, 선별한 각 표현형 수치들의 평균 및 표준편차(Standard Deviation,SD)를 구하고, 각 표준편차를 유전자형별 개수의 제곱으로 나누어 표준오차(Standard error, SE)를 계산하였다(표 2 내지 표 4). 각 표현형 별로 평균값이 낮을수록 체고가 낮고, 평균값이 높을수록 체고가 높다는 것을 의미한다.

<진도개의 체고를 조기예측할 수 있는 10개 단일염기변이(SNP)의 통계분석>

번호	SNP 단일염기변이 이름	Chr 염색체	bp(위치)	A1	A2	유전자 빈도	베타 통계량	표준오차	p(확률값)
1	BICF2P386991	17	16728599	A	T	0.0598	8.8716	1.7222	0.000000258
2	TIGRP2P362468_rs8509322	28	41823779	A	G	0.0494	8.6456	1.7298	0.000000579
3	BICF2G630108751	28	43219665	A	G	0.0504	8.9530	1.8182	0.000000848
4	BICF2P860270	2	55026731	A	G	0.0663	7.4409	1.5485	0.000001550
5	BICF2P897857	2	72080666	A	C	0.0584	8.2852	1.7391	0.000001900
6	BICF2G63070938	38	20045170	A	G	0.0637	7.7669	1.6438	0.000002300
7	BICF2G630204494	17	49298842	A	G	0.0693	7.4956	1.6080	0.000003140
8	BICF2P1355769	17	10624143	A	G	0.0540	8.3101	1.7937	0.000003600
9	BICF2S23554378	10	61594335	G	A	0.0519	8.2976	1.7983	0.000003950
10	BICF2S23129348	12	56431431	A	G	0.0641	7.7048	1.6750	0.000004230

<진도개의 체고를 조기예측 가능한 SNP의 염기서열 정보>

번호	단일염기다형 이름	염색체	염기서열변이영역	큰 체고(키) 유전자형
1	BICF2P386991	17	CTTCCCATTGCACCATACTTCCCCAAAGCAAATGCTCCTGTTGCTTTGGAATATGCCTCT[A/T]GTTTGGCCATTCTGTTGATGTGCATTAAGAAGGCTAAGCTTTATCCTGGGAAGGCTTTCA	T
2	TIGRP2P362468_rs8509322	28	TCGACCCATGGGAAGGACATGGGKGTAAAAGACACGGCCAGCGCAGGGCAGAGGCCTCAG[A/G]AAGCTTCTGGCACTGAGAGTTGACCCAGTTCATGCCGCTCAGACATCCCCGGCCAACTTC	A
3	BICF2G630108751	28	TAGGACCTGCTTGCAGTTCACCATCCTGCATCCTCCCATGAACGCCTTCCCTGCTGTCCT[A/G]CTGTCCTGCTGCTGCACATCTGCCGTCTGGTGTCCTGTGGCCCRGACACGTGTGCCCAGC	G
4	BICF2P860270	2	CTTATGCCTGGATATCAGGGCCACCTTACATTCAAGAAGCAGGTTAGCATTTATTTGCAC[A/G]TACACGGTCTGATGAGGCTACAGCACTCAGATAAAGTGGATACTCTATGGCAATTTGGTA	A
5	BICF2P897857	2	TAGGCAGCTGACTACTGCCCTCTCCTGGTCAAAATGGATCAGAGCCTGATGTAGCCAACA[A/C]GATGTACCCAGTGCACCCTCCAAGGTCATCCCCAGAGGTATGACTTCTGGCTACTCCTGC	A
6	BICF2G63070938	38	CCTTTGGGGTTGGAAATAAATTTCTAAAAAACAAATACCTGTTGAGAATCCATCGTGTGA[A/G]AGTCACAGCTTGTTCTCTTTGATCAAGGGTTCATCCTAAAAATACTCACTTATGCAGTAG	G
7	BICF2G630204494	17	GGAGATTTATATTGTTTCTCACCAATGTTAATTTATAAAATTTCTGTTAATGAAATAGTA[A/G]GAATCAGTTTGTTGTCAATTATATTTCAAATTTGGAACTTAGGATGTTTTCTCTTTTGTC	A
8	BICF2P1355769	17	GGCCGGCTGGCCCTCCCCCTCTGTCCCCCAGCCCCGAGCTGGACAGAGCAGATGCTAAAT[A/G]TTCATGGCTCGGTAGCACCGAAGTGAAGTGGACGCAGGCCTCTGCCGAGGAGGGGCTAGT	G
9	BICF2S23554378	10	ATTTTCATTATTAGTCACTAAATACATTTGAGCTTGTTTGAAGGACTGATAGGTAATTTC[A/G]CCTTTTTTTGGTTTAACTTTTAACTCCATGATTCCTAACCACAGTTTATTCATCCACTTT	G
10	BICF2S23129348	12	AAAAGAAAATTCTTCCAATTCAACAAAGTGATTATATTCCCCTAAAAAGGAATTTTCCTT[A/G]GCTTTAGACTCAAATGCAAGAAAAGTGTCAGAAGGTTCCTTATTAATCTATCATTTAGTC	A

<진도개의 체고과 연관된 유전자형별 평균치와 표준오차 값>

번호	단일염기다형 이름	염색체	항목	유전자형-1	유전자형-2	유전자형-3
1	BICF2P386991	17	변이(개체수)	AA(3)	AT(83)	TT(667)
			평균	48.17	49.06	48.61
			표준오차	0.88	1.35	0.46
2	TIGRP2P362468_rs8509322	28	변이(개체수)	AA(11)	AG(59)	GG(665)
			평균	48.96	48.34	48.70
			표준오차	5.98	2.42	0.41
3	BICF2G630108751	28	변이(개체수)	AA(4)	AG(68)	GG(680)
			평균	48.50	48.89	48.65
			표준오차	1.67	1.61	0.45
4	BICF2P860270	2	변이(개체수)	AA(9)	AG(78)	GG(667)
			평균	49.17	48.26	48.70
			표준오차	0.82	1.28	0.47
5	BICF2P897857	2	변이(개체수)	AA(3)	AC(81)	CC(670)
			평균	49.20	48.84	48.63
			표준오차	0.35	0.91	0.47
6	BICF2G63070938	38	변이(개체수)	AA(5)	AG(85)	GG(663)
			평균	47.70	48.53	48.68
			표준오차	0.72	0.91	0.48
7	BICF2G630204494	17	변이(개체수)	AA(4)	AG(93)	GG(655)
			평균	50.00	49.25	48.57
			표준오차	1.74	1.16	0.47
8	BICF2P1355769	17	변이(개체수)	AA(3)	AG(76)	GG(676)
			평균	48.17	48.70	48.65
			표준오차	0.88	1.47	0.45
9	BICF2S23554378	10	변이(개체수)	AA(667)	AG(80)	GG(5)
			평균	48.64	48.85	48.88
			표준오차	0.42	1.93	9.78
10	BICF2S23129348	12	변이(개체수)	AA(3)	AG(90)	GG(660)
			평균	49.67	48.53	48.67
			표준오차	0.73	1.42	0.46

<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Development of genetic markers for early prediction of body height of Jindo dog <130> 2020P-11-046 <160> 10 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P386991 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or T <400> 1 cttcccattg caccatactt ccccaaagca aatgctcctg ttgctttgga atatgcctct 60 ngtttggcca ttctgttgat gtgcattaag aaggctaagc tttatcctgg gaaggctttc 120 a 121 <210> 2 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TIGRP2P362468_rs8509322 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 2 tcgacccatg ggaaggacat gggkgtaaaa gacacggcca gcgcagggca gaggcctcag 60 naagcttctg gcactgagag ttgacccagt tcatgccgct cagacatccc cggccaactt 120 c 121 <210> 3 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630108751 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 3 taggacctgc ttgcagttca ccatcctgca tcctcccatg aacgccttcc ctgctgtcct 60 nctgtcctgc tgctgcacat ctgccgtctg gtgtcctgtg gcccrgacac gtgtgcccag 120 c 121 <210> 4 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P860270 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 4 cttatgcctg gatatcaggg ccaccttaca ttcaagaagc aggttagcat ttatttgcac 60 ntacacggtc tgatgaggct acagcactca gataaagtgg atactctatg gcaatttggt 120 a 121 <210> 5 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P897857 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or C <400> 5 taggcagctg actactgccc tctcctggtc aaaatggatc agagcctgat gtagccaaca 60 ngatgtaccc agtgcaccct ccaaggtcat ccccagaggt atgacttctg gctactcctg 120 c 121 <210> 6 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G63070938 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 6 cctttggggt tggaaataaa tttctaaaaa acaaatacct gttgagaatc catcgtgtga 60 nagtcacagc ttgttctctt tgatcaaggg ttcatcctaa aaatactcac ttatgcagta 120 g 121 <210> 7 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630204494 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 7 ggagatttat attgtttctc accaatgtta atttataaaa tttctgttaa tgaaatagta 60 ngaatcagtt tgttgtcaat tatatttcaa atttggaact taggatgttt tctcttttgt 120 c 121 <210> 8 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1355769 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 8 ggccggctgg ccctccccct ctgtccccca gccccgagct ggacagagca gatgctaaat 60 nttcatggct cggtagcacc gaagtgaagt ggacgcaggc ctctgccgag gaggggctag 120 t 121 <210> 9 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2S23554378 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 9 attttcatta ttagtcacta aatacatttg agcttgtttg aaggactgat aggtaatttc 60 nccttttttt ggtttaactt ttaactccat gattcctaac cacagtttat tcatccactt 120 t 121 <210> 10 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2S23129348 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 10 aaaagaaaat tcttccaatt caacaaagtg attatattcc cctaaaaagg aattttcctt 60 ngctttagac tcaaatgcaa gaaaagtgtc agaaggttcc ttattaatct atcatttagt 120 c 121

Claims

서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 T인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP);
서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP;
서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G 또는 A인 SNP; 및
서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;를 검출 또는 증폭할수 있는 제제를 포함하는 것을 특징으로 하는 진도개의 체고 조기 예측용 조성물.
제1항에 있어서, 상기 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 프라이머 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 진도개의 체고 조기 예측용 조성물.
제1항의 조성물을 포함하는 것을 특징으로 하는, 진도개의 체고 조기 예측용 키트.
제1항의 조성물을 포함하는 것을 특징으로 하는, 진도개의 체고 조기 예측용 마이크로어레이.
1) 진도개로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계; 및
2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 진도개의 체고 조기 예측 방법.
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제1항에 있어서, 상기 진도개의 체고는 수컷 진도개의 경우, 53 내지 54cm의 체고이고, 암컷 진도개의 경우, 48 내지 49cm의 체고인, 진도개의 체고 조기 예측용 조성물.