KR101385764B1 - 개의 모질에 대한 유전자 마커 및 그 진단방법 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 개의 모질 진단을 위한 유전자 마커 및 이를 이용한 진단방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 표지인자를 활용하면 표현형가에 의한 선발효과에 비해 더 정확한 유전능측정이 가능하며, 개의 모질을 조기에 예측할 수 있다. 또한, 반려견의 털관리가 용이해지고 애견가들의 선호도를 충족시킬 수 있으며, 무분별한 번식을 제한할 수 있음으로써 반려견의 보호복지정책에 일조함으로서 반려견 문화정착이 가능하다.

Description

개의 모질에 대한 유전자 마커 및 그 진단방법{Markers for Dog hair and diagnosing method using the same}
본 발명은 개의 모질 진단을 위한 유전자 마커 및 이를 이용한 진단방법에 관한 것이다.
개에서의 모질은 모색과 함께 가장 대표적인 경제형질 중 하나로서 애견가들 사이에서는 외형상이나 털관리 용이성을 이유로 털의 곱슬 형태보다는 직모 형태를 선호하기에 유전자 검사를 통한 조기예측의 필요성이 대두되고 있다.
개의 모질에 대한 유전자 마커에 관한 선행문헌으로는 "분자육종에 의한 소형 삽살개 개발에 관한 연구 최종보고서"(연구기관: 경북대학교, 2004년 농림부 주관)를 들 수 있다.
이러한 마커를 이용하면, 반려견의 털관리가 용이해지고 애견가들의 선호도를 충족시킬 수 있으며, 무분별한 번식을 제한할 수 있음으로써 반려견의 보호복지정책에 일조함으로서 반려견 문화정착이 가능하다.
이 분야의 선행기술로는 2004년 제출된 "분자육종에 의한 소형 삽살개 개발에 관한 연구 최종보고서"가 있다.
이와 같은 기술적 배경 하에서, 본 발명자들은 예의 노력한 결과, 개의 모질 진단을 위한 유전자 마커 및 진단방법을 개발하기에 이르렀다.
결국 본 발명의 목적은 서열번호 1 내지 16의 개의 모질 확인용 폴리뉴클레오티드를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단일염기다형성 검출용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 이용한 개의 모질 진단 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 일 측면에 따르면, 서열번호 1 내지 16의 각 SNP 위치 염기(대립인자 A 또는 a)를 확인하는 단계;
상기 확인된 SNP의 염기 중 서열번호 1 내지 6의 SNP 염기가 하기 표의 조기진단 마커에 해당하는 경우, 해당 개의 모질이 보다 직모에 가까운 것으로 판정하고, 서열번호 7 내지 16의 SNP 염기가 하기 표의 조기진단 마커에 해당하는 경우, 해당 개의 모질이 보다 엉김이 적은 형질인 것으로 조기진단하는 것을 특징으로 하는 개의 모질에 대한 조기진단 방법이 제공될 수 있다.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 SNP 좌위의 염기서열을 인지하도록 제조된 폴리뉴클레오티드가 제공될 수 있다.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 마이크로어레이가 제공될 수 있다.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 키트가 제공될 수 있다.
본 발명에 따른 표지인자를 활용하면 표현형가에 의한 선발효과에 비해 더 정확한 유전능측정이 가능하며, 개의 모질을 조기에 예측할 수 있다. 또한, 반려견의 털관리가 용이해지고 애견가들의 선호도를 충족시킬 수 있으며, 무분별한 번식을 제한할 수 있음으로써 반려견의 보호복지정책에 일조함으로서 반려견 문화정착이 가능하다.
이하, 본 발명을 보다 상세하게 설명한다.
반려견에 대하여 고밀도 SNP 22K chip 분석을 통해 개의 모질과 유의적으로 연관 SNP 16개를 선발하였으며, 이들을 이용한 유전자형 분석은 개의 모질 및 엉김정도를 조기예측 가능케하는 유전자마커로서 활용될 수 있을 것이라 사료된다.
본 발명의 일 측면에 따르면, 서열번호 1 내지 16으로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서 서열번호 251의 각 SNP 위치 염기(대립인자 A 또는 a)를 확인하는 단계;
상기 확인된 SNP의 염기가 하기 표 2의 조기진단 마커에 해당하는 경우, 해당 개의 모질이 보다 직모에 가깝고, 보다 엉김이 적은 형질로 조기진단하는 것을 특징으로 하는 개의 모질에 대한 조기진단 방법이 제공될 수 있다.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 SNP 좌위의 염기서열을 인지하도록 제조된 폴리뉴클레오티드가 제공될 수 있다.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 마이크로어레이가 제공될 수 있다.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 키트가 제공될 수 있다.
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 SNP 좌위의 염기서열을 인지하도록 제조된 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이 또는 단일염기다형성 검출용 키트가 제공될 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면,
a) 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계; 및 b) 서열번호 1 내지 16으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티의 각 SNP 위치의 대립 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는 개의 모질 확인 방법이 제공될 수 있다.
일 실시예에 따르면, 상기 b) 단계는 대립 유전자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립 유전자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법 (oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의해 수행될 수 있다.
이하에서는 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 다만, 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다 할 것이다.
실시예 1. 개에 대한 Bovine 50K SNP chip 분석
삽살개 96두의 혈액으로부터 Wizard Genomic DNA Purification Kit(Promega, Madison, WI, USA)를 이용하여 DNA를 추출하였으며, Canine20 beadchip (Illumina, San Diego, CA, USA)를 이용하여 SNP 유전자형 분석을 실시하였다.
<1일째 - Amplification >
실험방법
1. MSA3 바코드를 붙인 MIDI plate (앞으로 MSA3 plate 로 표기)에 20ul의 MA1을 분주한다.
2. 4ul의 DNA를 MSA3 plate에 넣는다.
3. Lab tracking form 에 DNA ID 와 옮긴 MSA3 plate 의 위치를 적어둔다.
4. 4ul의 0.1N NaOH를 MA1 과 DNA 가 들어있는 MSA3 plate 각 well 에 넣는다.
5. 96well cap mat을 이용하여 MSA3 plate를 덮고, 1600rpm에서 1분동안 vortex 한다.
6. 280g에서 1분간 원심분리 한다.
7. 실온에서 10분간 반응시킨다.
8. 34ul 의 MA2를 샘플이 들어있는 MSA3 plate 각 well 에 넣는다.
9. 38ul 의 MSM를 샘플이 들어있는 MSA3 plate 각 well 에 넣는다.
10. Cap mat를 덮고 280g에서 1분간 원심분리 한다.
11. 37의 Illumina Hybridization 오븐에서 20-24 시간동안 반응시킨다. (Amplification)
<실험 2일째 - Fragment >
실험방법
1. 오븐에서 plate를 꺼내어 50g에서 1분 원심 분리한다.
2. 25ul 의 FMS를 샘플이 들어있는 각 well 에 넣는다.
3. cap mat 으로 MSA3 plate를 덮고 1600 rpm 1분 vortex 한다.
4. plate를 꺼내어 50g에서 1분 원심 분리한다.
5. 37℃ heat block에서 1시간 동안 반응시킨다.
<2일째 - Precipitation >
실험방법
1. Cap mat을 벗기고 25ul 의 PM1을 샘플이 들어있는 각 well 에 넣는다.
2. Cap mat을 덮고 1600rpm에서 1분간 원심분리 한다.
3. 37℃에서 5분간 반응시킨다.
4. plate를 꺼내어 50g에서 1분 원심 분리한다.
5. Cap mat을 벗기고 155ul 의 2-propanol 을 샘플이 들어있는 각 well 에 넣는다.
6. 새로운 cap mat을 이용하여 plate를 덮고 10번 뒤집어서 혼합한 뒤 4에서 30분 동안 보관한다.
7. 4, 3,000rpm에서 20분 동안 원심분리 후 즉시 원심분리기에서 MSA3 plate를 꺼낸다.
8. Cap mat을 즉시 제거하고 빠르게 뒤집어 상층액을 버린다.
9. 흡수성 패드(키친타올, 킴타올 등) 에 10회 정도 가볍게 두드린다.
10. 뒤집혀진 플래이트 그대로를 튜브렉에 올려놓고 1시간 동안 자연 건조시킨다.
<2일째 - Resuspend >
실험방법
1. 23ul 의 RA1을 DNA pellet이 들어있는 각 well 에 넣고, 남은 RA1은 XStain HD Bead Chip 용으로 보관한다(냉동보관).
2. MSA3 plate 에 foil seal을 올리고 heat-sealer block을 5초 동안 눌러 sealing 한다.
3. 48℃의 Illumina Hybridization 오븐에서 1 시간 동안 반응 시킨다
4. 1800rpm에서 1분간 vortexing 한다.
5. 280g, 1분 원심분리 한다.
<2일째 - Hybridization >
실험방법
1. MSA3 plate 는 95℃ heat block에서 20분간 denature 시킨다.
2. 20분 후 MSA3 plate를 heat block에서 꺼낸 후 실온에 30분 동안 두고 식힌다.
3. plate를 식히는 30분이 거의 다 되어갈 무렵 HybChamber에 HybChamber Gaskets을 끼운다.
4. 400ul 의 PB2를 HybChamber에 있는 8개의 humidifying buffer reservoir에 넣고 HybChamber두껑을 닫아 실온에 둔다.
5. 실온에서 30분 동안 DNA를 식히고 나면 MSA3 plate를 280g, 1분 원심분리 한다.
6. 보관중인 Chips을 하나씩 냉장고에서 가져와 chips 보장을 뜯고 HybChamber insert 의 바코드 모양과 chips 의 바코드부분을 맞춰서 놓은 후 멀티채널 피펫을 이용하여 샘플 당 15ul씩 따서 chips의 양쪽 부분으로 샘플을 loading 한다.
7. 각 chips 의 샘플 loading 이 끝나는 대로 HybChamber 에 넣고 다음 chips 도 같은 방법으로 반복한다.
8. Chamber 가 채워지면 chamber 뚜껑을 닫고 48℃의 Illumina Hybridization 오븐에 넣고 속도 5로 세팅하여 16-24시간 동안 반응한다.
<3일째 - Washing bead chips >
실험방법
1. Hyb chamber를 Hybridization 오븐에서 꺼낸다.
2. Hyb chamber 의 잠금 장치를 열고 chamber 속의 insert 한번에 하나씩 꺼낸다.
3. 칩에 붙어 있는 Seal을 잡아당겨 칩으로부터 제거한다.
4. Seal 이 제거된 칩은 Wash Rack 에 꽂아 WB1 Wash dish 에 담근다.
5. 모든 칩이 WB1 에 담기게 되면 Wash Rack을 dish에서 1분 동안 뺏다 넣었다 하는 방법으로 씻어 주고 PB1 이 들어 있는 또 다른 Wash Dish 에 Wash Rack을 옮겨 1분 동안 이 과정을 반복해 준다.
6. 다시 PB1 wash dish에 담근 후 Wash Rack을 dish에서 1분 동안 뺏다 넣었다 하는 방법으로 씻어 주고 PB1 이 들어 있는 또 다른 Wash Dish 에 Wash Rack을 옮겨 1분 동안 이 과정을 반복해 준다.
7. Washing 이 끝나고 나면 BeadChips Alignment fixture 에 back frame을 올리고 바코드 방향에 맞추어 칩을 한 장씩 올린 후 하얀색 부분과 분리한 투명한 부분의 스페이스를 Alignment fixture 의 윗부분과 아랫부분에 맞춰 끼운다.
8. 스페이스를 올린 후 칩의 위쪽 부분(바코드가 없는 부분)에 Alignmet bar를 올리고 유리판의 끝이 bar 에 eke게 끔 유리판을 덮은 후 클립을 끼운다.
(Flow-through chamber assembly 완성)
9. 클립을 끼우고 나면 Alignment bar를 제거하고 Flow-through chamber assembly 양끝의 스페이스 부분을 가위로 잘라준다.
<3일째 - XStain Beadchips >
실험방법
1. 챔버렉의 온도가 44℃가 되면 Flow-through chamber assembly를 챔버렉에 끼운다.
2. 각 chips 에 150ul의 RA1을 넣고 30초 동안 반응시킨다. 이 과정을 5번 더 반복한다.
3. 450ul의 XC1을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
4. 450ul의 XC2을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
5. 200ul의 TEM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
6. 450ul의 95% formamide/1mM EDTA 을 각 칩에 넣고 1분 동안 반응시킨 후 한번 더 넣어준다.
7. 5분 동안 반응시킨다.
8. LTM tube 의 라벨에 적혀 있는 온도를 확인하고 그 온도대로 챔버렉의 온도를 바꾸어 준다.
9. 450ul의 XC3을 각 칩에 넣고 1분 동안 반응 시킨 후 다시 한번 넣어준 후 8번의 온도에 도달할 때까지 기다린다.
10. 250ul의 LTM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
11. 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
12. 250ul의 ATM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
13. 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
14. 250ul의 LTM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
15. 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
16. 250ul의 ATM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
17 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
18. 250ul의 LTM을 각 칩에 넣고 10분 동안 반응시킨다.
19. 450ul 의 XC3를 넣고 1분후 한 번 더 넣어준 후 5분간 반응시킨다.
20. 이 과정이 끝나면 즉시 Flow-through chamber에서 chamber Rack을 분리하고 실온의 실험 테이블로 옮긴 후 평평하게 꺼내어 놓는다.
21. 310 ml 의 PB1을 세척용기에 넣고 염색용 rack을 용기 안에 담가 놓는다.
22. 기구를 이용하여 chamber rack 의 클립을 벗기고 유리 블록을 들어서 제거한 후에 chips 의 bead 부분이 건들리지 않게 양끝에 붙어 있는 스페이스를 제거한다.
23. 칩에 붙였던 부착물을 모두 제거 하고 나면 PB1에 담겨있는 스테이닝렉에 꽃아 PB1에 담가둔다. 같은 방법으로 모든 chips을 처리한다.
24. 천천히 염색용 랙을 10번 정도 위 아래로 움직여서 칩을 담금질 한 후 5분 동안 담가둔다.
25. 다른 세척용 용기에 XC4 310ml을 채운 후 24번과 같은 방법으로 10회 동안 담금질 한 후 5분 동안 담가둔다.
26. 5분후 세척용 용기에서 염색용 랙을 꺼낸 후 튜브렉에 다음 그림과 같은 방법으로 올려놓는다.
27. 집게를 이용하여 chips을 랙에서 조심스럽게 꺼내어 튜브렉 위에 올려놓는다.
28. Chips을 올려놓은 튜브렉을 조심스럽게 진공 건조기에 넣고 508mmHG (0.68 bar)의 진공 상태로 55-55분 동안 말려준다.
29. Chips 이 건조된 것이 확인되면 에탄올에 적신 킴와이프를 이용하여 chip 의 가장자리 부분을 잘 닫아 준다. 이때 bead 부분은 건드리지 않게 주의한다.
30. Beadchips 은 실험 완료 후 72시간 이내에 Scanner를 이용하여 이미지화를 시키도록 한다.
실시예 2. 개모질 예측 마커 선정
삽살개 96두에 대하여 고밀도 SNP 22K chip 분석을 통해 모질 3종류 (1:직모, 2: 반직모, 3: 곱슬)와 엉김 3종류 (1:안엉김, 2: 반엉김, 3: 엉김)를 예측 가능한 각각의 SNP 6개(서열번호 1~6)와 10(서열번호 7~16)개를 선발하였으며, 이들에 대한 정보는 [표 1]에서 보는 바와 같다. 앞으로 이러한 유전자형 분석은 개의 모질과 엉김정도를 조기예측할 수 있는 DNA marker로서 활용될 수 있을 것으로 판단된다.
하기 표는 개의 모질 또는 엉김을 조기예측할 수 있는 SNP의 염기서열 정보에 관한 것이다.
서열번호 표현형질 SNP 명칭 염색체 염기서열
1 모질 BICF2P353790 27 CCAAGTCCCCGGTGGCGGTGCGGGCCTCTCCTTGGACCGGGTTACCTTACCAACCCTGATTTCACCTCTAAAGTGGGCGTGATAATCCCCAAATCAAAGAGGTTTCGCTTATTGGGGCCCACAGAGTGTGCAAAGAGCTTAGTTAGCAGTGCTGGCCCCGGAGTAAGCAGTCCAGCAAGGCTCAGTGTTCACATCATTTACTTTTTATGATTTGGGGGCGGGATGACCTGGGGCAGGAAAGGATTGATTA[G/A]TTACGTACTTAATTAAAGATTTTATTTATTTATTCATGAGAGACACAGAGAGAGAGAGAGGCAGAGACCCAGGCAGAGGGAGAAGCAGGCTCCATGCAGGGAGCCCGTTGCAGGACTCGATCCCAGGACCCTGGGGTCACGCCTTGGGCTGAAGGGAGACGCTCAACCGCTGAGCCACCCTGGCGTCCCCACAAAAGGATTTACAGGGAAGGATTGGTTGGATCTAGGCTGCACCCTTAAGACCGCCTTC
2 모질 BICF2P497953 27 ACCTTTATTGAACATACTATGTGTTATGCTCTTGACTCACGTAACTGCAAGAACAAACTACCTCCTATTGTCCACCCCAAAAAGGGAGGGCAGAGGTTTGGGGAAGAATCCAGTCAGGCTCTCCGAAGCAGCCTTTTCAGAGCTTTGGCTGGTTTTTGTGTAACTAAGGGAACAAGGATTACAAGATATATGACTCAGAAATGGACCCTCCTTTCTTATTCCAGGCAAGCCTTTGTAGGAGAGGCTCTAA[C/T]ACTGCTCTGCATAATAATGTGAAGGGCTAACTCCACCGTGGCAGGGGCAGCCTAGTAAATCCTGGGGCAGTGTCTCTTCTTTTGGGGCTTTGATCAGTTTTTCTCGATGTGAAACCGCAAGCCACCTGCATCAGGATCATCCCATGCTTGTTAAAAATGCAAGGTAACGGAGTAACGGCCATGGCAAAATTAGCTGTTATGGGGGGTGAAGACTTCATTTTGTTCTTCGAGATGTGTGTTTGTGTTCCAA
3 모질 BICF2G630114306 16 GGGAGAGAAAACCCAGATCCTGCTGCCTCTGGCCAAAATTCATATGTGGATATAATTAAGAACTGACAGTTAACGATAGTACAAGAAGGGACAAAATTTAGGCCACTGCACTAAAGGTAAAAGTCTTCAAGTTTTGTGCCTGGATATAAATGAATATCAGACTAAATGCTGATACTAGACATAGATAAGAGAAAGCCTCCCAATGAATTACATGCAGACTCCAGGATTAGAAGAGTTTCCAATTTCAGAC[G/A]CAAAAACAGAATTTTGCAATTTTACAATTCATCAACAAAGCCAAAGGGGAAATGACATTTGAAGACCAACAGATAGGTTGGTTTTTCtttctttctttcttttcttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttttctttctttctttctcttttcttttcttcttttcttttcttttcttttctttttctttttctttctctcttttctttttttGC
4 모질 BICF2G630169570 4 CTGCTTCCATGATAAACTCAGAAAATGAGCACGGCTGAGCCTGCGGGTACCCATGACAGGGTGTTTCCTGCCAATCTCAGCCTCCAGGTAGTGCTGCTCTGGTCTAGGAACACCCAGGGGCGTGCGCGGGGCCCTTACCCCTGTGAGGGCCTCCACAGAACTTTCCCCCGCCAAGCAGAGCCAGTGTTGGGGCTGGAAGGCACTTGTGGTTCTTATTATGATCACAAGACACCCCTCACAGCAACCATCC[G/A]GGAACTCTCAAAAGACCAGGTTTACTACTCACAAATCCTGGGTGATGCACAGCATGCCTAGGGCCACACAGTGAGATTTTGGGGAGAAATAGAGAGAGAAAGCACAAACCTCGGTTCTGCCTTTATGGGGGTCAAGGGTGGGATGCCTAAGGTTTCAGTCTTTCTTGGTGAATTTAAAATGTAACAGCAGAAATCAGGACACTAGCCAGGAAAAGCAGGGTCACTCAAGTGGTCAGTTATCTGGGTTCCC
5 모질 BICF2G630139756 27 TGGTTACTGCTTAAGGTAGAGTGAAGGTGGAAGGAGATTGCATAGCCCTTTTACCTTCCACATTATGCATTTTGTATTACTGTAATTTTATAGCAAATATGTATTGTTCTTCTCAAAATCAGTAGAGCTATTTCAGAAAAAAGGGATAGAGATCTTAAGATTTAATCCCTGCCCTCAAGGAAATTAATAAGTTAGTAGAGTTTACATAGTAGACGAAGTCCCTAACTTCCTTCATCTTAAGAATCAAGTG[G/A]GGTACCTGTTAATAATATGGtgttctagttatctatttctgcatagggaaaaaatatcccccaaatttagtggcttgaaatactaacatttatgggtgcctgtgtggctcagttggttaagtgtttgccttccactcaggtcatgatctcgggatcctgagatggagccctgcatcagtctccctgcttggcatggagtttgcttctccctctgcccctacatcccgcttgtgctcgcttgcttgctctc
6 모질 BICF2G630138952 27 TGTTTGCCACCACGTCCACCACAAACCCACATGTTTACAGAATAACCAAAACAATAAATTTCCTGGTGTTTATGGAGTTTTACCTGAAACTGTTGCTCTTTCCAGGACTACTTAGTAACTTCCTGCTCTCCAAGGGGAACTTGTCTCCCCCCATTTCTAACATTTTCTCAGCCTCCTGCAAGAGAAGAAGACATTATTCTGTCTTAGACCAAGTAAAACCGTGAGTCCACATCACCCATATTTCTCTCAC[T/C]ACAATTTCTACCTAATTTCTCTCACATTTATTATAGAAAGGTGTACTTATGTTCTTTCATAATTTGGCTTGTCACCAAAAAAGAGAGAACCAGATTATTTGTACCTATGGAATAGTACTTTTTAtttttttttaatattttatttatttattcatgagagagagagagagagaggcagagacacaggcagaaggagaagcaggctccatgcagggagcccgacatgggactcggccccgggtctccagga
7 엉김 BICF2S23320625 22 CCAGCGGGAACGTGGTCAGCAGCCCTCCACGTGTTGCAGACGATCATGGAGGGAACAGAAAGTAGCTTTGCCCTTACCTGATGGTCAGCTACCCTTCAGAGTTGGCCGCTCCTGCCCAGGACAGCATGGACCTTGGCCAGGGATGCAGACCCCAGCTTTCCCTTCTCCCAGCTGCAGGGATCATGACTGACCTGCACATGTGTCCCTCTACATTAACAGGTCAATGTAGTGAGCGCTGCAGAGAGGCATG[C/T]TGTTAGCTCGCGAGAGAAGGCAGCCATAGCTCCTGCTGCCTGGAGATGGGAGAGCATGGAAGGGCCTAAGGACAGACCCAAGATGGGCAATCGGAGGAGGCCCCAGCACCTAACCCTGGAAATTGTTGCAGGGTGGGTGCCATAGCCCTAGAAGTCTCAGATGTCTGCAGGAATGGTCCAAAGTCCTGGGTCCTCTGGATAAGTTGGTTCTCTAGGACACACGCAGTTCACACATTGACCTGTCCCTGCC
8 엉김 BICF2S2345554 38 AAAGGAGAAGAATGTCCATCCTGGTCCTCTCAGGATCATTTWTTTTGTCAACTCTTAAAT[T/G]TGTGATTGTTTTGTTTTATTTCAAAGGCTATCATGAATCACTGTAAGCTTAATGCCATTA
9 엉김 BICF2S23327499 38 TAATAAGAAATCTCAACTTAACTGTCCATCATTCAGAATTAGCATGTCCTATGCTGGACT[A/C]CTGATTTTCCCATACTCATGACCTCATCTAACATTAACTACTTCCCAAAGACCCCATCTC
10 엉김 BICF2S23036762 37 ctacccgggcatcccTAATTGGCCTCTTCTTGCTGCTCTTTTCTTCCCTTTTTCTGTGACGGGAACAGATGCCCTGCAGAGTCAAGGGAATCTTACTATGCATCTTGACCCTTCATAAGATGTGGGCATTTTTCCCACTTGGGGGAACCAGCTCACAGCTGGGGGGTGCCCGCAGAGGAGGCCCAGCTGGCAGCATGCAGGTAACATCTGCATCCCTAAGCCCACTTGGTGTTCTCCTCTCTTCAGTTGA[C/T]CCATGTCATCTCTCAAAACCTCATTTTGTAAATCCCCTCCACCATCGTCTCCTAGGACCCAGAGCTGAGGCTTTCAGCTTTGGCTGGCTGTCAGGGCCCTTGGAAGCCATGGTTTTCTCTAGAATACCAGGAATGACTATTAGATTAAATCTCATCTTGCAAACTAATAAGTTTTTCTTCCCCCAGGAGAAAATTGACACAGTCCAATATGGTAACCCCAGCATACATGCTCCTGAAAAAGGACACAGGT
11 엉김 BICF2G630483226 10 TTCAGCCTCCCTTGAAACTGGTGTTCCCCTGGGAGAGAATCAGCCCTCAAATGTGTTGAAATAATTTTAGCTGGCTCCCCTTGGAGCATCAGAATATGTGGCCACATGGATGACGCGATCCCATGCAGCTGCCACGCGGCCAGAGTTGAAGGGCATCTTGGTGCTGGGCATGGATCCGGGGTCACCCCATCCCCTGCCCTGGTCCTGCAGCTCTCTGAGTTTGCCCCCTCCCCCTCACACCCGATAGAGA[C/A]AGCCTGAAACAGGAGATCATTGCAAAAACCCTTTCTTTCTGTTTAAACCTTACCGTGCTAAATCATCAGAGGTAGATGATTTTTCTCATTTTGTGTTCCCAGAGGTGACACCAGATTGGGTTGGCAGTGCCCAAGCCCACACCACTGAGAGAGGAAGCATTTGTCTCTGGGAATCCTGACTAGGGTAGCATGCATACAAGTAGAGAGGAACAAGTCAGCTGACCCTGTGAGGGAAACAGGCAAGTAAGTC
12 엉김 BICF2S23645449 22 AGAGGCTACACTTTGctgggtttgaacccatctctgccccttagcagtttgatcttgaataaggagcttaactcttgatccatggttcagttttaaaatacctgttttataaaaggtgcttctgagaaatcaagttaagtgaataggagcctggcatgcagttaatcaaatgctgggtatttttTCCTGACCTTTGATGAAGTTTCTAGTAAGGACAGATGGCCAGGTATTCTTCCTTCTAAACATGTGG[A/T]ACATCATAAAGGCAGATTTTGTCGGATTTGGTGGCCTTTAAATCACTTTTATTTCCCCAAACGGTAAAATCACACATGAGTACTCAGAACGTCATGATTTAGGCTTTTAAATCATGATTAGATACAGTAGTAGAAAAATGCAGGTGGCCCTTGGAAGCACTGAAAGGGGATTGGCTCTGTAGAAATAGATGCGTGCCGAGCTGGCTAAGGTAGAACTGCTGCTTATATTTGTTTATAAAAGAGCTTTTTt
13 엉김 BICF2P553656 17 ggcagagacataggcatagggagaagcaggctccatgcactgggagccccacgtgggattcgatcctgggttgggccctgggccaaaggcaggcgctaaaccactgcgccacccagggatcccTCAACATATTTTAAAAGCAAAGAAGAAAACAAACAAAAAAAGGAAAACAATCTAGCTTTTGCTTAGGAATGGTCTGGAAGAGCTCTATGAAGCTGTACAACGGCTGAATTTCCTGTCTTCGAGGATG[A/G]ACTTCAGCTTTGCACCCAGATGGAAGGAAACAGCCTTTTGTCAGACTGTTGTCTGTCACTTGTGTCCCAAATATCCATCATGACTCTAACGTAACCAGAGCCTCCTCCATCCCTTGTACTTGAGACCTGAGTCACAGTGGCTATAGTTTAGGGTTTTAGCCCTCCTGGTTCTTATTCTCCTTGGTGGCTAGAGACAGGCCGTGGCCTATCCAAGAGTGTGTCAAGCCTCACACTTCCCCTTGATGTGCTG
14 엉김 BICF2P1312753 2 atttgagatgaggaacccgatttcaaaaggttaagtgttttgactaaagtcccatagctaggaagtaaaagaaaaagttgtttcacttgaacccagccagtctgcctccagacccgcctcttaatccccagccatactgcctctctCTTTCCTAGGAATTATGCACACCTTCATTCTTTAATGTCTTCTTAAAAGAATATATACATATTTTTTTCTTTTGTGGAGAATCTTTTCTTTTGCAACGCTGCCA[T/C]TCAGAATCCCTTGTTATTgggatccctgggtggcgcagcggtttggcgcctgcctttggcccagggcgcgatcctggagacccggaatcgaatcccacgtcgggctcccggtgcatggagcctgcttctccctctgcctgtgtctctgcctctctctttctctgtgactatcataaataaataaattaaaaaaaaagaaTCCCTTGTTATTAATATAGTTCATCATTAGCATTCAGATTGAAAAAGTTAA
15 엉김 BICF2P1172535 27 CTTCCCGTGTGGCCCCTGGAGGCAGGCCCTGATCTTCTTCCAAGACTTGTGAGTAAAAAATTTCTCTATTCCAATTCTTTTGTCATCTGCTGTTGAACTCTAAGTCATCTGTACTCCATTTAACAAACGTTAATTTAATGAAGTCCTAGCATTGTCTATTTTGTTTGTTTTCCACTCTTTCTCCTCTACTTGGCACACAATAGATACTTATTGAATAAGGGGGGGAAATGAATGAAAAGAATGTAGAAAG[G/T]AAATAGTCTTATCCTTTAACTTCAAACAGAACTAAAAATAATGAGAAGCTTGTCCATCTTTAACAATTCAGGAGAAATAAAATTTACAAATTCTATCAAACGTACCACCAAAGGAAAGTAGGTGTGTTTTTAGATCATATGACCAAGGATTTAAAATACTTTATTGCTCCCTTAGGAACCTAACAGATTTGATAAATTCAATAAGTGTTTACTTACTAGAAAATGAACAACTAATTCTACTAGAAAAAAT
16 엉김 BICF2S23022001 27 GGAAGGAGGAGGTTTATTGTATATTTTCAGCAACTGGATGATATCATTTGGACAATTTTTCTTTTTAATGAGCAttactggagtctaatacacagaaaagttacaaaatgtaaacgtaatgcacaatgagttttcattaagcctctatattacactcaacaccacaggtcaagagacacatcactgctgacaccacagaaacccAGAGAGGGATTTTTAAAGAAAGATTTTCAGAGAACTGTCAACCCTT[C/T]ACCTCAAGCCAAGAGGCAGAAGCTTTAAAGGAGGCAATGTCCTCAGCTGCTAGGAACTTAGGGGAAAGAAGCCAACTGAAGTAGTCTGTGCAGGAGAGTAACTGTTTTCTGGGGTTTATCAGTGCAAAGAATGTATGACTGTTTCTCTTGGATCCAACATAGGTCCCCTATAGGAGAGAGAATCCTATAGGGAATTTGAGATCCTAAGAGTGCCTGCAGGACAATAAACAAGCATCAACAGAAATAAGCA
상기 표의 대괄호안에는 각 서열번호의 SNP가 표시되어 있다. 첨부의 서열목록에도 SNP의 좌우 8bp의 염기서열을 참고로 기재하였다.
상기 결과를 정리하면 본 발명은 다음과 같이 기술될 수 있다.
본 발명의 일 측면에 따르면, 서열번호 1 내지 16의 각 SNP 위치 염기(대립인자 A 또는 a)를 확인하는 단계;
상기 확인된 SNP의 염기 중 서열번호 1 내지 6의 SNP 염기가 하기 표의 조기진단 마커에 해당하는 경우, 해당 개의 모질이 보다 직모에 가까운 것으로 판정하고, 서열번호 7 내지 16의 SNP 염기가 하기 표의 조기진단 마커에 해당하는 경우, 해당 개의 모질이 보다 엉김이 적은 형질인 것으로 조기진단하는 것을 특징으로 하는 개의 모질에 대한 조기진단 방법이 제공될 수 있다.
하기 표는 상기 표 1을 상가적 육종가 및 대립인자에 따라 정리한 것이다. 하기 표 2를 참조하면, 개의 모질에 대하여 조기진단이 가능한 마커를 선정할 수 있으며, 그 결과를 우측란에 기재하였다.
서열번호 대립인자 A 대립인자 a 상가적 육종가 조기진단 마커
1 G A 0.64 G
2 C T 0.45 C
3 G A 0.51 G
4 G A -0.47 A
5 G A 0.49 G
6 T C 0.45 T
7 C T -0.67 T
8 G T 0.70 G
9 A C 0.77 A
10 C T -0.40 T
11 C A 0.74 C
12 A T -0.76 T
13 A G 0.80 A
14 T C 0.55 T
15 G T 0.45 G
16 C T 0.54 C
표 2를 참조하면, 서열번호 1번부터 6번까지는 모질(1:직모, 2: 반직모, 3: 곱슬)에 대한 설명이고 서열번호 7번부터 16번까지는 엉김(1:안엉김, 2: 반엉김, 3: 엉김)에 대한 설명이다. 각 대립인자의 A와 a는 개의 모질에 대한 연관성을 상가적 육종가를 통해 나타내고 있다. 즉, 상가적 육종가의 양의 값이 클수록 대립인자 A가 개의 모질 중 선발하고자 하는 우수한 형질 쪽 경향을 나타내며, 음의 값이 클 수 록 대립인자 a가 선발하고자 하는 우수한 형질과 연관성이 크다.
상기에서, 모질 3종류 (1:직모, 2: 반직모, 3: 곱슬)와 엉김 3종류 (1:안엉김, 2: 반엉김, 3: 엉김)를 예측하고자 하였으므로, 상기 서열번호 1의 경우에는 대립인자가 G인 경우에 직모의 경향성이 보다 높은 것을 의미하며, 이러한 경향은 서열번호 1보다 양의 값이 작은 서열번호 2의 대립인자가 C인 경우보다 더 큰 것으로 해석할 수 있다.
따라서, 상기 마커를 이용한 실제 선발과정에서는 양의 값이 가장 큰 서열번호 13의 대립인자가 A인 경우, 선발하고자 하는 우수한 모질 (안엉김)일 확률이 가장 높고, 음의 값이 가장 큰 서열번호 12의 대립인자가 T인 경우, 선발하고자 하는 우수한 모질(안엉김)일 가능성이 가장 크다.
우수한 모질의 선발을 위해서는 상기 상가적 육종가의 절대값이 큰 마커로부터 낮은 것으로 중요도를 책정하면 보다 정확한 선발이 이루어 질 수 있다.
이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서, 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시 양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항 들과 그것들의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
서열목록 전자파일 첨부

Claims (4)

  1. 서열번호 1 내지 16의 각 SNP 위치 염기(대립인자 A 또는 a)를 확인하는 단계; 및 상기 확인된 SNP의 염기 중 서열번호 1 내지 6의 SNP 염기가 하기 표의 조기진단 마커에 해당하는 경우, 해당 개의 모질이 보다 직모에 가까운 것으로 판정하고, 서열번호 7 내지 16의 SNP 염기가 하기 표의 조기진단 마커에 해당하는 경우, 해당 개의 모질이 보다 엉김이 적은 형질인 것으로 조기진단하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 개의 모질에 대한 조기진단 방법.
    Figure 112014007232520-pat00001
  2. 제1항에 기재된 서열번호 1 내지 16의 SNP 염기를 각각 인지하도록 제조된 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는 개의 모질 조기진단용 조성물.
  3. 제1항에 기재된 서열번호 1 내지 16의 SNP 염기를 각각 인지하도록 제조된 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는 개의 모질 조기진단용 마이크로어레이.
  4. 제1항에 기재된 서열번호 1 내지 16의 SNP 염기를 각각 인지하도록 제조된 폴리뉴클레오티드 모두를 포함하는 개의 모질 조기진단용 키트.
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