KR102309663B1 - 인삼 품종 또는 자원의 대규모 유전형 판별 및 분류를 위한 플루이다임 기반 snp 칩 및 이의 용도 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 인삼 품종 또는 자원의 대규모 유전형 판별 및 분류를 위한 플루이다임 기반 SNP 칩 및 이의 용도에 관한 것으로, 서열번호 1 내지 192로 표시된 올리고뉴클레오티드에서, n이 동일한 값을 갖는 서열번호 4n, 서열번호 4n-1, 서열번호 4n-2 및 서열번호 4n-3의 올리고뉴클레오티드가 하나의 프라이머 세트(n은 1 내지 48의 자연수)인 것을 특징으로 하는 48개의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는, 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별을 위한 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별을 위한 키트 및 상기 프라이머 세트를 이용한 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별 방법에 관한 것이다.
Description
본 발명은 인삼 품종 또는 자원의 대규모 유전형 판별 및 분류를 위한 플루이다임 기반 SNP 칩 및 이의 용도에 관한 것이다.
인삼(Panax ginseng)은 우리나라의 대표적인 약용식물로 오랫동안 이용되어 왔다. 하지만 인삼은 채종이 가능하게 되기까지 최소 4년의 재배 기간이 필요하며 증식배율도 약 10배 정도로 다른 작물들에 비해 현저히 낮기 때문에 효율적인 육종을 위해 다양한 분자표지 개발 및 분자육종 기반의 구축이 절실히 필요하다.
유전체 서열의 차이를 이용하는 DNA 분자표지는 외부 형태로는 구별이 어려운 개체 간 식별을 위해 유용하게 사용되고 있으며, 식물 연구 분야에서는 육종 효율 증진, 품종 순도 검정 및 유지, 분류에 유용하게 사용되고 있다. 인삼의 유전체 크기는 약 3.6 Gbp에 이르며 진화해 오는 동안 두 번의 전장유전체배가(Whole genome duplication) 현상을 겪으면서 핵 유전체 내부에 매우 유사한 서열 정보를 두 쌍 이상 갖는 유사서열 지역이 90%를 차지하고 있다. 이런 복잡한 유전체 구조를 고려하지 않고 분자표지를 개발할 경우 타겟 지역 외에 다른 유사서열에서도 증폭산물이 생성되어 해석에 오류가 생길 수 있다. 따라서 유전체 내에 동형유전자가 없고 단일 카피로 존재하는 영역을 탐색하여 분자표지를 개발하는 방식의 접근이 필요하다.
분자표지 기술이 발전함에 따라 한 번에 여러 시료를 대상으로 수천 개 이상의 유전형 정보를 확인할 수 있는 기술이 개발되었으나 아직까지 인삼에 적용된 바는 없다.
한편, 한국등록특허 제2121570호에는 '인삼 품종 또는 자원의 판별 및 분류를 위한 SNP 기반 KASP용 프라이머 세트 및 이의 용도'가 개시되어 있고, 한국공개특허 제2016-0001801호에는 '인삼 품종 판별용 PNA 프로브 세트 및 이를 이용한 인삼 품종 판별 방법'이 개시되어 있으나, 본 발명의 '인삼 품종 또는 자원의 대규모 유전형 판별 및 분류를 위한 플루이다임 기반 SNP 칩 및 이의 용도'에 대해서는 기재된 바가 없다.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 도출된 것으로서, 본 발명자들은 이질사배체 특성으로 인해 유사서열 지역이 많은 인삼의 핵 유전체에서 여러 번의 필터링 단계를 통해 유사서열에서 탐색된 SNP들을 제거하는 과정을 거쳐 48개의 분자표지를 개발하였다. 또한 기존의 1마커-다수 시료의 방식이 아닌 다수 마커-다수 시료의 방식으로 인삼 품종 또는 자원을 판별할 수 있도록, 상기 개발된 분자표지를 플루이다임(Fluidigm) 기반 SNP 칩 방식으로 제작하여 다수 SNP에 대한 여러 인삼 시료의 유전형을 짧은 시간 안에 대규모로 판별할 수 있도록 함으로써, 본 발명을 완성하였다.
상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 서열번호 1 내지 192로 표시된 올리고뉴클레오티드에서, n이 동일한 값을 갖는 서열번호 4n, 서열번호 4n-1, 서열번호 4n-2 및 서열번호 4n-3의 올리고뉴클레오티드가 하나의 프라이머 세트(n은 1 내지 48의 자연수)인 것을 특징으로 하는 48개의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는, 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별을 위한 프라이머 세트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별을 위한 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 인삼 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계; 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 상기 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및 상기 증폭 단계의 산물의 유전형을 결정하는 단계;를 포함하는, 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별 방법을 제공한다.
본 발명의 48개 마커가 적용된 플루이다임(Fluidigm) 기반 SNP 칩을 이용하면 다양한 인삼 품종과 유전자원 등의 유전형을 대규모로 빠르게 분석할 수 있으므로, 분석에 소요되는 비용과 시간을 최소화할 뿐 아니라 많은 인삼 유전자원들에 대한 체계적인 관리가 가능할 수 있어, 인삼의 품종 개발, 품종 보호 및 종자 순도 유지에 유용하게 활용될 수 있을 것이다.
도 1은 이질사배체(allotetraploid) 인삼에서 유전체 내 단일-좌-특이적 SNP를 기반으로 인삼 품종 또는 자원들의 대규모 유전형 판별을 위한 SNP 칩의 개발 과정을 나타낸 모식도이다.
도 2는 본 발명의 48개 마커가 적용된 플루이다임(Fluidigm) 기반 SNP 칩을 이용한 인삼 품종 및 유전자원의 유전형을 확인한 결과이다. 빨간색 점은 동형접합체 AA 유전형으로 FAM 형광물질로 인해 x축에 가깝게 위치하며, 초록색 점은 동형접합체(homozygous) BB 유전형으로 HEX 형광물질로 인해 y축에 가깝게 위치하며, 파란색 점은 이형접합체(heterozygous) AB 유전형으로 FAM 및 HEX 형광물질을 모두 가지고 있어, x축과 y축의 중간에 나타나며, 두개의 검정색 점은 NTCs(no template control)를 나타낸다.
도 3은 본 발명의 48개 마커가 적용된 플루이다임(Fluidigm) 기반 SNP 칩을 이용하여 14개의 인삼 품종을 포함한 92개의 인삼 유전자원의 유전형을 분석한 결과를 토대로 계통 분류를 수행한 결과이다.
도 2는 본 발명의 48개 마커가 적용된 플루이다임(Fluidigm) 기반 SNP 칩을 이용한 인삼 품종 및 유전자원의 유전형을 확인한 결과이다. 빨간색 점은 동형접합체 AA 유전형으로 FAM 형광물질로 인해 x축에 가깝게 위치하며, 초록색 점은 동형접합체(homozygous) BB 유전형으로 HEX 형광물질로 인해 y축에 가깝게 위치하며, 파란색 점은 이형접합체(heterozygous) AB 유전형으로 FAM 및 HEX 형광물질을 모두 가지고 있어, x축과 y축의 중간에 나타나며, 두개의 검정색 점은 NTCs(no template control)를 나타낸다.
도 3은 본 발명의 48개 마커가 적용된 플루이다임(Fluidigm) 기반 SNP 칩을 이용하여 14개의 인삼 품종을 포함한 92개의 인삼 유전자원의 유전형을 분석한 결과를 토대로 계통 분류를 수행한 결과이다.
본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 내지 192로 표시된 올리고뉴클레오티드에서, n이 동일한 값을 갖는 서열번호 4n, 서열번호 4n-1, 서열번호 4n-2 및 서열번호 4n-3의 올리고뉴클레오티드가 하나의 프라이머 세트(n은 1 내지 48의 자연수)인 것을 특징으로 하는 48개의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는, 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별을 위한 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명의 상기 프라이머 세트는 인삼 유전자좌에서 특이적으로 차별화되는 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP) 염기 타입을 검출하는 프라이머 세트이다. 구체적으로, 본 발명의 프라이머 세트는 연속되는 서열번호 4개의 올리고뉴클레오티드가 하나의 프라이머 세트를 이루며, 4개의 올리고뉴클레오티드 프라이머는 각각 ASP(SNPtype assay allele specific primer)1, ASP2, LSP(SNPtype assay locus specific primer) 및 STA(SNPtype assay specific target amplification primer)이다. STA와 LSP는 목표 염기서열 증폭을 위해 사용되는 프라이머 세트이며, LSP와 ASP는 SNP 위치 염기를 확인하기 위해 사용되는 프라이머 세트이고, ASP1 및 ASP2는 SNP 위치 염기에서 나타난 다형성에 대해 각각의 대립형질에 특이적인 올리고뉴클레오티드 프라이머로, ASP의 3' 말단 최종 염기가 SNP 위치 염기를 나타낸다.
본 발명의 일 구현 예에 있어서, n이 동일한 값을 갖는 서열번호 4n-3, 서열번호 4n-2, 서열번호 4n-1 및 서열번호 4n의 올리고뉴클레오티드는 순서대로 ASP1, ASP2, LSP 및 STA 프라이머이다.
또한, 본 발명의 프라이머는 상기 서열번호 1 내지 192;의 염기서열의 부가, 결실 또는 치환된 서열도 포함할 수 있다.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.
본 발명에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산 (peptide nucleic acid)을 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)을 포함할 수 있다. 또한, 프라이머는 DNA 합성의 개시점으로 작용하는 프라이머의 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 특징을 혼입할 수 있다. 본 발명의 프라이머 핵산 서열은 필요한 경우, 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다. 표지의 예로는, 효소(예를 들어, HRP (horse radish peroxidase), 알칼리 포스파타아제), 방사성 동위원소(예를 들어, 32P), 형광성 분자, 화학그룹(예를 들어, 비오틴) 등이 있다. 프라이머의 적합한 길이는 사용하고자하는 프라이머의 특성에 의해 결정하지만, 통상적으로 15 내지 30bp의 길이로 사용한다. 프라이머는 주형의 서열과 정확하게 상보적일 필요는 없지만 주형과 혼성복합체(hybrid-complex)를 형성할 수 있을 정도로 상보적이어야만 한다.
본 발명의 프라이머 세트에 있어서, 상기 인삼 품종은 천풍, 연풍, 고풍, 선풍, 금풍, 선운, 선원, 청선, 선향, K-1, 천량, 고원, 금선 및 금진일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
또한, 상기 인삼 자원은 바람직하게는 인삼 육종 계통일 수 있고, 상기 인삼 육종 계통은 이에 한정되지는 않으나, G03001, G03002, G03003, G03004, G03005, G03006, G03007, G03008, G03009, G03010, G03011, G03012, G03013, G03015, G03016, G03017, G03018, G03019, G03020, G03021, G03022, G03024, G03025, G03026, G03027, G03028, G03029, G03030, G03031, G03034, G03035, G03036, G03038, G03039, G03040, G03041, G03042, G03043, G03044, G03045, G03046, G03047, G03048, G03049, G03050, G03051, G03052, G03053, G03054, G03055, G03056, G03057, G03058, G03059, G03060, G03061, G03062, G03063, G03064, G03065, G03067, G03068, G03069, G03070, G03071, G03072, G03075, G03076, G03077, G03078, G03079, G03140, G03180, G04051, G04054, G04076, G05021 및 G05032일 수 있다.
또한, 상기 인삼 수집자원은 야생 수집종(산삼) 또는 신품종 인삼자원을 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명은 또한, 상기 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별을 위한 키트를 제공한다.
본 발명에 따른 키트에 있어서, 상기 프라이머 세트는 서열번호 1 내지 192로 표시된 올리고뉴클레오티드에서, n이 동일한 값을 갖는 서열번호 4n, 서열번호 4n-1, 서열번호 4n-2 및 서열번호 4n-3의 올리고뉴클레오티드가 하나의 프라이머 세트(n은 1 내지 48의 자연수)인 것을 특징으로 하는 48개의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함한다.
상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 및 버퍼를 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기 dNTPs는 dATP, dCTP, dGTP, dTTP를 포함하며, DNA 폴리머라제는 내열성 DNA 중합효소로서 Taq DNA 폴리머라제, Tth DNA 폴리머라제 등 시판되는 폴리머라제를 이용할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 설명서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, 역전사 완충액 및 PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨, 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.
본 발명의 키트는 바람직하게는 플루이다임(Fluidigm) 기반 DNA 칩 형태일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명은 또한,
인삼 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명에 따른 상기 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 단계의 산물의 유전형을 결정하는 단계;를 포함하는, 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별 방법을 제공한다.
본 발명의 방법은 인삼 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계를 포함한다. 상기 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있으며, 예를 들면, CTAB 방법을 이용할수도 있고, Wizard prep 키트(Promega 사)를 이용할 수도 있다. 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일 실시예에 따른 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction; PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.
상기 증폭 단계 산물의 유전형을 결정하는 방법은 당업계에 알려진 다양한 방법에 의하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, DNA 칩, 모세관 전기영동 등을 통해 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 모세관 전기영동은 예를 들면, ABI Sequencer를 이용할 수 있다. 또한, 디데옥시법에 의한 직접적인 핵산의 뉴클레오티드 서열의 결정을 통하여 이루어지거나, SNP(single nucleotide polymorphism) 부위의 서열을 포함하는 프로브 또는 그에 상보적인 프로브를 상기 DNA와 혼성화시키고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정함으로써 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 결정하는 방법 등이 이용될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 발명의 일 구현 예에 있어서, 상기 증폭 단계 산물의 유전형 결정 방법은, 형광을 발하는 표지물질을 결합한 프라이머를 사용하여 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 표지된 물질의 형광을 검출하여 분석하는 것일 수 있다. 구체적으로는, ASP1 프라이머의 5' 말단에 부착되어 있는 형광물질 FAM, ASP2 프라이머의 5' 말단에 부착되어 있는 HEX를 통해 인삼 시료의 유전형을 구별하여 인삼 품종 또는 자원을 구별할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1. 유전체 내 동형유전자가 없고 단일 카피로 존재하는 영역에 근거한 SNP 분자표지 개발
다양한 인삼 유전자원(본 발명에서는 육종 계통 119 개체 및 '천풍'x'연풍' F2 집단 100개체)으로부터 DNA를 추출하고 GBS (genotyping-by-sequencing) 방법으로 라이브러리를 제작한 후(Elshire et al., 2011, PloS one, 6(5), e19379), Illumina 시퀀싱 기술을 이용해 대량의 서열 정보를 획득하였다. 각각의 유전자원으로부터 생산된 서열들을 인삼 표준 유전체 서열(http://ginsengdb.snu.ac.kr/)에 맵핑(mapping)하고 비교 분석하여 다수의 SNP를 탐색하였다. 이 중 인삼 유전체 내에 유사서열이 없는 단일 지역에 존재하는 SNP들을 선발하였고, 최종적으로 정확한 유전형 정보를 알 수 있는 SNP들을 선발하여 플루이다임(Fluidigm) 기반 SNP 칩으로 개발하였다(도 1).
SNP 선별 과정에 대해 자세히 살펴보면, 먼저 다양한 인삼 유전자원으로부터 탐색된 raw variant들로부터 mapping quality가 30 이하이거나 집단 내 다형성이 없는 SNP들을 제외하였고, 최대한 많은 수의 SNP를 확보하고 정확도를 높이기 위해 최소 read depth가 3 이상이며 집단 내 missing data가 80% 미만인 SNP들을 선발하였다. 또한 집단 내 다양한 유전적 정보를 갖고 있는 SNP들을 탐색하기 위해 MAF (Minor allele frequency)가 0.2보다 큰 SNP들을 선발하였다. 선발된 SNP들 중 주변 50bp 이내에 다른 SNP가 있는 것들을 추가로 제외하였고 GBS 분석 결과에서 집단 내 3가지의 유전형(AA, AB, BB)들 중 2개 이상의 유전형을 갖는 SNP들을 선발하였다. 유전체 내에 단일 유전자 지역에 존재하는 SNP를 선별하기위해 상기 선발된 SNP 정보를 이용해 인삼 표준 유전체 서열로부터 SNP 주변 양쪽 150bp(총 301bp)의 서열을 추출하고 이를 인삼 표준 유전체 서열에 BLASTN 프로그램을 이용하여 유전체 내에 오로지 한곳에만 매칭되는 SNP들을 선발하였다.
실시예 2. 본 발명의 SNP 마커를 이용한 인삼 품종 및 유전형 구별
상기 실시예 1에서 선발된 SNP들 중 일부를 대상으로 HRM (High Resolution Melting) 분석을 수행하여 분자표지의 유효성을 검정하였고, 144개 SNP 정보를 대상으로 SNP 칩을 디자인하였다. 92개의 인삼 유전자원에 적용하여 최종 검증 실험 결과 총 131개의 SNP에서 여러 인삼 유전자원들 사이의 유전형 정보와 다형성이 확인되었다(도 2). 염색체 전반에 고르게 분포하는 48개의 SNP를 최종 선별하여 48x48 플루이다임 기반 SNP 칩 세트를 완성하였다(표 1 내지 5).
상기 개발된 SNP 칩을 이용하여 92개 인삼 유전자원에 대해 유전형 분석을 수행하고, 분석된 유전형 정보를 기반으로 Power marker ver.3.25 프로그램(Lie et al., 2005, Bioinformatics., 1(9):2128-9)을 이용해 UPGMA 방법으로 계통도 분석(Phylogenetic analysis)을 수행하였다. 그 결과, 도 3에 개시되어 있는 것과 같이 92개의 인삼 유전자원들이 식별되며 유사한 특징을 가지는 육성계통들은 동일 그룹으로 분류되었다. 또한, 연구에 사용된 등록된 모든 인삼 품종들은 본 발명에서 개발한 SNP 칩에 의해 각각 식별되었다. 이를 토대로 본 발명의 분자표지 및 이를 이용한 플루이다임 기반 SNP 칩이 다양한 품종 및 육종계통 등의 인삼 유전자원에 적용되어, 단시간에 효율적으로 유전형을 확인하고 분류할 수 있음을 확인하였고 인삼 유전자원이나 육성계통의 유사도를 측정하는 수단으로 매우 유용하게 이용될 수 있음을 확인하였다.
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<223> primer
<400> 44
tgacctttct tcctcctccc 20
<210> 45
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 45
gcgcagaaaa ggtcctacta gc 22
<210> 46
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 46
gcgcagaaaa ggtcctacta gt 22
<210> 47
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 47
gcaggtccta ttagcggcaa g 21
<210> 48
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 48
cctgcagtca atatgaaaag gtca 24
<210> 49
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 49
gcaaaaactt gagaaagtcg gca 23
<210> 50
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 50
gcaaaaactt gagaaagtcg gcg 23
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 51
tcagtcacgg tcattgccca 20
<210> 52
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 52
acgttcgact tctacttcta gttct 25
<210> 53
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 53
gttgctggtg tgcagacag 19
<210> 54
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 54
gttgctggtg tgcagacaa 19
<210> 55
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 55
aggttgctga tagtggtcgc a 21
<210> 56
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 56
cggacatgtc gttcgctaaa ataa 24
<210> 57
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 57
agcttcaaca gttcatatgt caaaagaaat aat 33
<210> 58
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 58
agcttcaaca gttcatatgt caaaagaaat aaa 33
<210> 59
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 59
ggaagcatag catttcattt cagtctactt t 31
<210> 60
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 60
acacagttgt caaatataaa agcttcaac 29
<210> 61
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 61
gaaggcatac aaaagggcaa aaaaa 25
<210> 62
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 62
gaaggcatac aaaagggcaa aaaat 25
<210> 63
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 63
acggattcaa gctccccgt 19
<210> 64
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 64
ctccgcaaga cttgtcgaa 19
<210> 65
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 65
cccaacttgc ccagcca 17
<210> 66
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 66
ccaacttgcc cagccg 16
<210> 67
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 67
aactgggttt ttgagtttgg cga 23
<210> 68
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 68
gcctcctcaa ttctctctgt ctag 24
<210> 69
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 69
cttgtttcag agttgttccg cg 22
<210> 70
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 70
cttgtttcag agttgttccg ca 22
<210> 71
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 71
cccactcgaa accagggaac t 21
<210> 72
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 72
ccaaaagaaa tcatagaatc gtgtcg 26
<210> 73
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 73
ctgggaaggt tttgtaaatg agct 24
<210> 74
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 74
ctgggaaggt tttgtaaatg agca 24
<210> 75
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 75
gcccaaaaag catcaactat gctgg 25
<210> 76
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 76
cgcttcaact ttctctagaa gcatt 25
<210> 77
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 77
cctgtccaga aacctgtttg gt 22
<210> 78
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 78
ctgtccagaa acctgtttgg c 21
<210> 79
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 79
ccactctagg gcaaagattc tcct 24
<210> 80
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 80
agttgctatg catagacttt gtgg 24
<210> 81
<211> 35
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 81
cttgaataac atttctaaaa tgctcataag tgttt 35
<210> 82
<211> 35
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 82
cttgaataac atttctaaaa tgctcataag tgttc 35
<210> 83
<211> 34
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 83
attttcaaca ttggtttaaa agaagggttg taga 34
<210> 84
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 84
aacttatgag tttgaaggga ccttg 25
<210> 85
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 85
ggagcaacga tgtcgcg 17
<210> 86
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 86
ggagcaacga tgtcgcc 17
<210> 87
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 87
aggaattctg ggttctgggc a 21
<210> 88
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 88
gcgctgcaac gcttgg 16
<210> 89
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 89
gcaggccaat tcaagccag 19
<210> 90
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 90
gcaggccaat tcaagccaa 19
<210> 91
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 91
gaccagatca gccaatgcct t 21
<210> 92
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 92
ccgctgggat gtggttt 17
<210> 93
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 93
tggccgtgcc tcagc 15
<210> 94
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 94
ttggccgtgc ctcagt 16
<210> 95
<211> 35
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 95
ttttatgtct cttctatgca tggaccaatt ttttt 35
<210> 96
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 96
cacatacgta ctgtgccctt 20
<210> 97
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 97
tcgaactctc tctacttcca cacta 25
<210> 98
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 98
cgaactctct ctacttccac actg 24
<210> 99
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 99
agttaacttt caccctacaa attctcagaa tca 33
<210> 100
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 100
aacccatttt ctttattctc ggct 24
<210> 101
<211> 32
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 101
caataactaa attctacacg aaaagcaaaa cg 32
<210> 102
<211> 32
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 102
caataactaa attctacacg aaaagcaaaa cc 32
<210> 103
<211> 40
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 103
tcatattctt tcagcaataa tctttttaat tttgatttgt 40
<210> 104
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 104
acactaattt gagaaagaac aatcaggt 28
<210> 105
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 105
gagacttgga gtcaagttgt cct 23
<210> 106
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 106
agacttggag tcaagttgtc cg 22
<210> 107
<211> 40
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 107
tcttgatggt ctcaaaaata taattatata ccacacaaat 40
<210> 108
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 108
acatatagtt ccttggggat gtatgta 27
<210> 109
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 109
catacagtag ggcagagaat ttcattt 27
<210> 110
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 110
catacagtag ggcagagaat ttcattg 27
<210> 111
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 111
ccctggcttc aaactcccc 19
<210> 112
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 112
ccaaaagcct tgttagaggc a 21
<210> 113
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 113
gatgatgatg tggatgcatc gac 23
<210> 114
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 114
tgatgatgat gtggatgcat cgaa 24
<210> 115
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 115
accgtgcctt aggttacaat cca 23
<210> 116
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 116
cagttatgaa gatgatcatg attcgga 27
<210> 117
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 117
ttcctcgtca accagtccat g 21
<210> 118
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 118
ttcctcgtca accagtccat t 21
<210> 119
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 119
ccagatgtgc ttgctcgcat 20
<210> 120
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 120
tctaaaaggg aaaggcatag atctca 26
<210> 121
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 121
ggtcacgatg tcgcacaaaa ag 22
<210> 122
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 122
ggtcacgatg tcgcacaaaa at 22
<210> 123
<211> 38
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 123
tctttacatt tctttccttt ccgtatttgt aaacaaaa 38
<210> 124
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 124
gcaaaactga gcgctgca 18
<210> 125
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 125
ggcggtgttt cgtcctttta tttc 24
<210> 126
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 126
ggcggtgttt cgtcctttta tttt 24
<210> 127
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 127
gccaaatcct cataactcgg aactttc 27
<210> 128
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 128
ggctgctgat gttcctgat 19
<210> 129
<211> 36
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 129
tatattgatc aattgatcaa cgtattatga agttag 36
<210> 130
<211> 36
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 130
tatattgatc aattgatcaa cgtattatga agttaa 36
<210> 131
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 131
tccgtagaat atgacaaatc agctctaaca ttt 33
<210> 132
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 132
atctttctct gcgtgtcaac att 23
<210> 133
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 133
cgggctttga ctaggcca 18
<210> 134
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 134
cgggctttga ctaggccg 18
<210> 135
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 135
gcacaaaagt cccgcgacc 19
<210> 136
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 136
ggtccaggtc ttgactaggt 20
<210> 137
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 137
cgtagatgac ttttcccacg tcaata 26
<210> 138
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 138
gtagatgact tttcccacgt caatt 25
<210> 139
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 139
gcatgtcttc tgtttgccat tgtca 25
<210> 140
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 140
tcaatgcatg gaggatcgac t 21
<210> 141
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 141
cgtagaagga acaagtaaag tgcaat 26
<210> 142
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 142
cgtagaagga acaagtaaag tgcaag 26
<210> 143
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 143
tgcttcctca cgttatatgg attgct 26
<210> 144
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 144
catgatgata atgaatgctc cacac 25
<210> 145
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 145
ggtattcggc ccttgcaac 19
<210> 146
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 146
ggtattcggc ccttgcaat 19
<210> 147
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 147
ccacgcccat ggtttgtctt 20
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cgggtgagat aacggtggaa aa 22
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<213> Artificial Sequence
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acctttcgac gaaggtaaaa gttctacg 28
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<213> Artificial Sequence
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catggatcgc agagtaagca t 21
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gttgggtgta atctaacctg caatat 26
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> primer
<400> 190
gttgggtgta atctaacctg caatag 26
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<223> primer
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ccagaatttc ctaaatacaa gattcggcat 30
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> primer
<400> 192
tgagcatgca ttagtttttc tcca 24
Claims (4)
- 서열번호 1 내지 192로 표시된 올리고뉴클레오티드에서, n이 동일한 값을 갖는 서열번호 4n, 서열번호 4n-1, 서열번호 4n-2 및 서열번호 4n-3의 올리고뉴클레오티드가 하나의 프라이머 세트(n은 1 내지 48의 자연수)인 것을 특징으로 하는 48개의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는, 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별을 위한 프라이머 세트.
- 제1항의 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별을 위한 키트.
- 제2항에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것을 특징으로 하는 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별을 위한 키트.
- 인삼 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항의 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 단계의 산물의 유전형을 결정하는 단계;를 포함하는, 인삼의 품종 또는 자원의 유전형 판별 방법.
Priority Applications (1)
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Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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| KR1020200133120A KR102309663B1 (ko) | 2020-10-15 | 2020-10-15 | 인삼 품종 또는 자원의 대규모 유전형 판별 및 분류를 위한 플루이다임 기반 snp 칩 및 이의 용도 |
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Family Applications (1)
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Citations (4)
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-
2020
- 2020-10-15 KR KR1020200133120A patent/KR102309663B1/ko active Active
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