KR101714764B1

KR101714764B1 - 알렉상드로 멜론 f1 품종 판별용 분자표지 및 이의 용도

Info

Publication number: KR101714764B1
Application number: KR1020150146150A
Authority: KR
Inventors: 최응규
Original assignee: 농업회사법인 장춘종묘 주식회사
Priority date: 2015-10-20
Filing date: 2015-10-20
Publication date: 2017-03-09

Abstract

본 발명은 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자표지 및 이의 용도에 관한 것으로, 본 발명에 따른 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자마커는 멜론의 DNA 다형성을 효과적으로 검출하여 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하는데 매우 유용하게 이용될 수 있으며, 이를 통해 멜론의 유전자원을 효율적으로 판별함으로써 신규 유전자원 도입 시 기존 보유자원과의 중복성 분석 및 신규성 확립을 효과적으로 수행할 수 있으며, 멜론의 품종을 판별할 수 있는 효과가 있다.

Description

알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자표지 및 이의 용도{Molecular marker for discrimination of Alexandre melon F1 cultivars and use thereof}

본 발명은 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자표지 및 이의 용도에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 서열번호 18, 서열번호 19, 서열번호 20, 서열번호 21, 서열번호 22 및 서열번호 23의 염기서열로 각각 이루어진 유전자를 포함하는 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자마커 조성물, 상기 분자마커를 증폭하기 위한 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하기 위한 키트, 상기 프라이머 세트를 이용하여 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하는 방법, 서열번호 18, 서열번호 19, 서열번호 20, 서열번호 21, 서열번호 22 및 서열번호 23의 염기서열로 각각 이루어진 유전자 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 프로브 및 마이크로어레이에 관한 것이다.

박과 작물인 멜론은 2010년 조사한 바에 따르면, 재배면적이 17,000 ha이며 생산량이 42,000 kg에 달하며 2012년 5월에 조사한 바에 따르면, 품종보호출원 등록된 23 품종과 생산 수입판매 신고된 375 품종이 국내 종자시장에서 유통되고 있다. 현재 국민의 기호가 다양해지고 멜론에 대한 인지도가 높아지고 있으므로 앞으로 대중적인 소비는 계속 증가될 것으로 예측된다.

최근 들어 분자생물학 분야의 급진적인 발전과 더불어 식물의 속, 종간 또는 종내 품종간 분류에 분자생물학적인 방법들이 다양하게 사용되고 있다. 이를 위하여 핵산(DNA) 수준에서 유전자원의 다양성(genetic diversity) 연구를 가능케 하는 핵산 지문 분석 방법 및 다양한 DNA 마커들이 개발되고 있다. 분자생물학 수준에서의 DNA 분석에 의한 변종의 감별은 그 변종의 양적수준과 더불어 다수의 특성을 파악하여 알 수 있으며 환경의 영향을 배제할 수 있는 장점이 있다. 그 중에서 RFLP(제한효소 단편 장다형, Restriction Fragment Length Polymorphism)는 일련의 DNA 사슬을 제한효소로 처리했을 때 생기는 DNA 단편들이 개체간의 유전적 조성의 차이 즉, 염기 서열상의 차이에 따라서 그 수나 길이가 서로 다르게 나타난다는 사실에 기초한 것으로써 다양하게 이용되고 있다. 하지만 RFLP는 순도가 높은 DNA가 다량으로 필요하며 시간과 노력과 비용이 많이 소요될 뿐 아니라 시험과정이 복잡하고 방사성 동위원소를 이용해야 하는 단점이 있다. 이러한 문제점을 극복하기 위한 방법으로 기술적으로 단순하고 다형상성(Polymorphism)의 추적이 용이한 RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA) 방법이 개발되었다. RAPD 방법은 신속하게 결과를 도출하며 적용하기 쉽고 사전에 염기 서열 정보를 가질 필요가 없다.

한편, 한국등록특허 제10-1423299호에서는 '초위성체 마커를 이용한 멜론 품종 확인 방법'이 개시되어 있고, 한국등록특허 제10-0919753호에서는 '멜론 및 참외에서 유용한 흰가루병 저항성 연관 ＳＣＡＲ마커 및 이를 이용한 저항성 참외 품종 선발방법'이 개시되어 있으나, 본 발명에서와 같이 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자표지 및 이의 용도에 대해서는 밝혀진 바가 전혀 없다.

본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 도출된 것으로서, 본 발명에서는 멜론(Cucumis melo L.) No. 23 (모계), No. 24 (부계), No. 809 (알렉상드로 멜론 F1)로부터 품종 특이적인 마커로 사용될 수 있는 6종의 분자마커를 RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA) 방법으로 선별하였고, 상기 6종의 분자마커 증폭용 특이 프라이머를 이용하여 10종의 멜론 품종을 대상으로 PCR을 수행하고 밴드 패턴을 확인할 결과, 다른 멜론 품종으로부터 알렉상드로 멜론 F1 품종을 효과적으로 판별할 수 있는 점을 확인함으로써, 본 발명을 완성하였다.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 18, 서열번호 19, 서열번호 20, 서열번호 21, 서열번호 22 및 서열번호 23의 염기서열로 각각 이루어진 유전자를 포함하는 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자마커 조성물을 제공한다.

또한, 본 발명은 상기 분자마커를 증폭하기 위한 프라이머 세트를 제공한다.

또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하기 위한 키트를 제공한다.

또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 이용하여 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하는 방법을 제공한다.

또한, 본 발명은 서열번호 18, 서열번호 19, 서열번호 20, 서열번호 21, 서열번호 22 및 서열번호 23의 염기서열로 각각 이루어진 유전자 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 프로브를 제공한다.

또한, 본 발명은 서열번호 18, 서열번호 19, 서열번호 20, 서열번호 21, 서열번호 22 및 서열번호 23의 염기서열로 각각 이루어진 유전자 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 마이크로어레이를 제공한다.

본 발명에 따른 분자마커는 RAPD 방법으로 선발된 것으로, 알렉상드로 멜론 F1 품종의 DNA 다형성을 효과적으로 검출하여 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하는데 매우 유용하게 이용될 수 있으며, 이를 통해 멜론의 유전자원을 정확하고 효율적으로 판별함으로써 신규 유전자원 도입 시 기존 보유자원과의 중복성 분석 및 신규성 확립을 효과적으로 수행할 수 있다.

도 1은 본 발명을 통해 재현성이 우수하여 선발된 OPC-01, OPB-13, OPF-10, OPF-12 및 OPJ-16 랜덤 프라이머를 이용한 멜론의 랜덤 PCR 분석 결과를 나타낸 그림이다. M: DNA 래더, 23: No. 23 (모계), 24: No. 24 (부계), F1: No. 809 (알렉상드로 멜론 F1).
도 2는 본 발명을 통해 재현성이 우수하여 선발된 OPC-01, OPB-13, OPF-10, OPF-12 및 OPJ-16 프라이머를 이용하여 확인된 특이 밴드(4-1, 13-1, 21-2, 22-1, 24-1 및 63-1)를 시퀀싱하여 확인된 본 발명의 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하기 위한 6종의 분자 마커의 염기서열 정보를 나타낸 그림이다.
도 3은 본 발명의 6종의 분자 마커를 이용한 PCR 분석 결과를 나타낸 그림이다. M: DNA 래더, 23: No. 23 (모계), 24: No. 24 (부계), F1: No. 809 (알렉상드로 멜론 F1), A: 오스본의 TIRRENO, B: 오스본의 HANNASH CHOICE, C: ORANGE 샤베트, D: 얼스루시스, E: 섬머붐, F: 신데렐라, G: 얼스마운트하계, -: 네가티브 컨트롤, +: 파지티브 컨트롤.

본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 18, 서열번호 19, 서열번호 20, 서열번호 21, 서열번호 22 및 서열번호 23의 염기서열로 각각 이루어진 유전자를 포함하는 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자마커 조성물을 제공한다.

바람직하게는, 상기 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자마커는 멜론 품종의 국내육성 멜론(Cucumis melo L.) No. 23 (모계), No. 24 (부계), No. 809 (알렉상드로 멜론 F1)을 대상으로 한 RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA) 분석으로부터 얻을 수 있다.

본 발명에서 빈번히 사용된 용어 “마커(marker)”는 유전적으로 불특정 연관된 유전자좌를 동정할 때 참고 점으로 사용되는 염기서열을 말한다. 이 용어는 또한 마커 서열을 증폭할 수 있는 프라이머 세트로 사용되는 핵산과 같은 마커 서열에 상보적인 핵산 서열에도 적용된다. 분자마커(molecular marker)의 유전자지도상의 위치는 유전자좌(genetic locus)로 일컬어진다.

또한, 본 발명은 서열번호 18의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 19의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 20의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 21의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 22의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 및 서열번호 23의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드;를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 프라이머 세트를 제공한다.

본 발명의 일 구현 예에 따른 프라이머 세트에서, 상기 올리고뉴클레오티드는 10개 이상의 뉴클레오티드, 바람직하게는 15개 내지 50개의 뉴클레오티드, 더 바람직하게는 15개 내지 30개의 뉴클레오티드, 더 더 바람직하게는 15개 내지 20개의 뉴클레오티드로 구성되는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명의 일 구현 예에 따른 프라이머 세트에서, 상기 프라이머 세트는 서열번호 6 및 7의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 8 및 9의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 10 및 11의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 12 및 13의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 14 및 15의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 16 및 17의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 이루어진 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

상기 프라이머는 각 프라이머의 서열 길이에 따라, 서열번호 6 내지 서열번호 17의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상, 23개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들면, 서열번호 1의 프라이머는 서열번호 1의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있으며, 서열번호 2의 프라이머는 서열번호 2의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 또한, 상기 프라이머는 서열번호 6 내지 서열번호 17의 염기서열의 부가, 결실 또는 치환된 서열도 포함할 수 있다.

본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.

본 발명에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)을 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)을 포함할 수 있다. 또한, 프라이머는 DNA 합성의 개시점으로 작용하는 프라이머의 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 특징을 혼입할 수 있다. 본 발명의 프라이머 핵산 서열은 필요한 경우, 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다. 표지의 예로는, 효소(예를 들어, HRP(horse radish peroxidase), 알칼리 포스파타아제), 방사성 동위원소(예를 들어, ³²P), 형광성 분자, 화학그룹(예를 들어, 비오틴(biotin)) 등이 있다. 프라이머의 적합한 길이는 사용하고자하는 프라이머의 특성에 의해 결정하지만, 통상적으로 15 내지 30bp의 길이로 사용한다. 프라이머는 주형의 서열과 정확하게 상보적일 필요는 없지만 주형과 혼성복합체(hybrid-complex)를 형성할 수 있을 정도로 상보적이어야만 한다.

본 발명의 키트에서, 프라이머 세트는 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 마커 증폭용 프라이머 세트이며, 상기 프라이머 세트는 마커를 이용하여 당업자가 용이하게 디자인할 수 있으며, 이와 같이 디자인된 프라이머 세트는 본 발명의 범위 내에 포함된다.

상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 내열성 DNA 중합효소, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨, 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.

또한, 본 발명은

멜론에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;

상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및

상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하는 방법을 제공한다.

본 발명의 방법은 멜론에서 게놈(genomic) DNA를 분리하는 단계를 포함한다. 상기 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있으며, 예를 들면, CTAB 방법을 이용할 수도 있고, wizard prep 키트(Promega 사)를 이용할 수도 있다. 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일 실시예에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.

본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 검출 가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 일 구현예에서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다. 표적 서열의 증폭 시 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출 가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행 시 ³²P 또는 ³⁵S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다. 가장 바람직하게는, 은염색 키트(Bioneer, Daejeon, Korea)를 사용하여 가시화될 수 있다.

본 발명의 방법은 상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함한다. 상기 증폭 산물의 검출은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서,모세관 전기영동을 수행할 수 있다. 모세관 전기영동은 예를 들면, ABi Sequencer를 이용할 수 있다. 또한, 겔 전기영동을 수행할 수 있으며, 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출 가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행 시 ³²P 또는 ³⁵S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.

또한, 본 발명은

서열번호 18의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 19의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 20의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 21의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 22의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 및 서열번호 23의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드;를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 프로브를 제공한다.

본 발명의 일 구현 예에 따른 프로브에서, 상기 올리고뉴클레오티드는 10개 이상의 뉴클레오티드, 바람직하게는 15개 내지 50개의 뉴클레오티드, 더 바람직하게는 15개 내지 30개의 뉴클레오티드, 더 더 바람직하게는 15개 내지 20개의 뉴클레오티드로 구성되는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에서 용어 "프로브"는 혼성화 프로브로서, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 디옥시리보뉴클레오티드 및 리보뉴클레오티드를 포함하는 자연적인 또는 변형되는 모노머 또는 결합을 갖는 선형의 올리고머를 의미한다. 본 발명의 프로브는 대립형질 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 바람직하게는 프로브는 혼성화에서의 최대 효율을 위하여 단일 가닥, 더 바람직하게는 디옥시리보뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

또한, 본 발명은

서열번호 18의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 19의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 20의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 21의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 22의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 및 서열번호 23의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드;를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 마이크로어레이를 제공한다.

본 발명의 일 구현 예에 따른 마이크로어레이에서, 상기 올리고뉴클레오티드는 10개 이상의 뉴클레오티드, 바람직하게는 15개 내지 50개의 뉴클레오티드, 더 바람직하게는 15개 내지 30개의 뉴클레오티드, 더 더 바람직하게는 15개 내지 20개의 뉴클레오티드로 구성되는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에서 야생형에 비해 아연 함량이 증가된 식물체 선별용 마이크로어레이는 본 발명의 분자마커가 고정화되어 있는 기판을 갖는 마이크로어레이를 의미한다. "마이크로어레이"란 기판 상에 올리고뉴클레오티드의 그룹이 높은 밀도로 고정화되어 있는 것으로서, 상기 올리고뉴클레오티드 그룹은 각각 일정한 영역에 고정화되어 있다. 이러한 마이크로어레이는 당업계에 잘 알려져 있다. 마이크로어레이는 예를 들면, 미국특허 제5,445,934호 및 제5,744,305호에 개시되어 있으며, 이들 특허의 내용은 참조에 의하여 본 명세서에 포함된다.

용어 "기판"은 혼성화 특성을 보유하고, 혼성화의 배경 수준이 낮게 유지되는 조건 하에 마커가 부착될 수 있는 임의의 기판을 말한다. 통상적으로, 상기 기판은 미세역가(microtiter) 플레이트, 막(예를 들면, 나일론 또는 니트로셀룰로오스), 미세구(비드) 또는 칩일 수 있다. 막에 적용하거나 고정하기 전에, 핵산 프로브를 변형시켜 고정화를 촉진시키거나 혼성화 효율을 개선시킬 수 있다. 상기 변형은 단독중합체 테일링(homopolymer tailing), 지방족기, NH₂기, SH기 및 카르복실기와 같은 상이한 반응성 작용기와의 커플링, 또는 비오틴, 합텐(hapten) 또는 단백질과의 커플링을 포함할 수 있다.

이하, 실시예를 이용하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들에 의해 제한되지 않는다는 것은 당해 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어 자명한 것이다.

실시예 1. 알렉상드로 멜론 F1 품종 구분을 위한 RAPD( Random Amplified Polymorphic DNA ) 마커 분석을 위한 랜덤 프라이머 선정

멜론(Cucumis melo L.) No. 23 (모계), No. 24 (부계), No. 809 (알렉상드로 멜론 F1)의 잎을 갈아서 CTAB 방법을 이용하여 게놈 DNA를 추출하였다. 신데렐라와 얼스마운트하계는 각각 현대종묘와 아시아종묘에서 종자를 구입하여 사용하였다.

알렉상드로 멜론의 분석에 적합한 마커를 선발하는 것이 본 발명의 중요한 요소 중 하나이다. 즉 같은 품종의 멜론을 대상으로 PCR을 수행하여도 밴드 양상은 마커의 종류에 따라 다양하게 나타나는데, 밴드 수나 선명도 등을 고려하여 가장 적합한 마커를 선발하기 위해, 당업계에서 통상적인 방법으로 제조된 172개의 RAPD 프라이머로 예비실험을 수행하였다. 예비 실험 후 밴드가 명확하고 다형성이 우수한 5개의 프라이머를 선택하여 분석에 사용하였다(하기 표 1 참조).

No. 23 (모계), No. 24 (부계), No. 809 (알렉상드로 멜론 F1)의 마커를 개발하기 위하여 표 1의 프라이머(서열번호 1 내지 서열번호 5)를 이용하여 랜덤 PCR을 수행하였다. 게놈 DNA를 주형으로 하여 20 pmole의 랜덤프라이머, 1U ProFi Taq DNA 폴리머라제(바이오니아사), 1mM의 dNTP, 1X 반응 버퍼의 농도로 총 20 ul를 만들어 수행하였다. PCR 증폭은 94℃로 10분 처리 후, 94℃ 1분, 30℃ 1분, 72℃ 2분의 조건으로 40번 반복하고, 72℃로 7분을 처리하였다. 증폭된 PCR 산물은 2% 아가로스 젤에 50V에서 4시간 동안 전기영동하고 EtBr (ethidium-bromide)로 염색하여 각각의 특이적 밴드양상을 확인하였다(도 1). 이중에서 재현성이 우수한 No. 23 (모계), No. 24 (부계), No. 809 (알렉상드로 멜론 F1)에 특이적인 5개의 랜덤 프라이머를 선별하였고(표 1), 선별된 프라이머 OPC-01(서열번호 1), OPB-13(서열번호 2), OPF-10(서열번호 3), OPF-12(서열번호 4) 및 OPJ-16(서열번호 5)을 이용한 랜덤 PCR 반응 결과, No. 23 (모계) 또는 No. 24 (부계)에서 특이적으로 증폭되는 6개의 밴드를 관찰하였다(도 1).

본 발명의 마커 개발을 위한 분석용 랜덤 프라이머

	프라이머명	염기서열
서열번호 1	OPC-01	5'-TTCGAGCCAG-3'
서열번호 2	OPB-13	5'-TTCCCCCGCT-3'
서열번호 3	OPF-10	5'-GGAAGCTTGG-3'
서열번호 4	OPF-12	5'-ACGGTACCAG-3'
서열번호 5	OPJ-16	5'-CTGCTTAGGG-3'

실시예 2. 알렉상드로 멜론 F1 품종 구분을 위한 분자 마커 선별 및 프라이머 제작

상기 실시예 1에서 확인한 다형성이 있는 6개의 DNA 밴드로부터 DNA를 아가로스 젤에서 추출하여 TA-벡터에 삽입하였다. 삽입된 염기서열을 확인하기 위해서 42℃에서 열 충격을 주어 대장균(E. coli, DH5α)에 형질전환하였다. 열 충격을 준 대장균들은 암피실린이 포함된 LB 한천 배지에 도말 후 37℃에서 16시간 배양하여 증식하였다. 증식된 대장균 콜로니를 벡터에 포함된 M13 프라이머를 이용하여 PCR을 수행하였다. PCR 조건은 20 pmole의 M13 프라이머, 1U ProFi Taq DNA polymerase (바이오니아사), 1mM의 dNTP, 1X 반응 버퍼의 농도로 총 20 ul를 만들어 수행하였다. PCR 증폭은 94℃로 10분 처리 후, 94℃ 30초, 56℃ 30초, 72℃ 2분의 조건으로 30번 반복하고, 72℃로 7분을 처리하였다. PCR 후 1% 아가로스 겔을 이용한 전기영동을 통해 특이 밴드가 삽입된 콜로니를 선별하였다. 선별된 콜로니는 LB 액체배지에 넣고 37℃에서 16시간 배양하여 증식시켜 플라스미드를 추출하였다. 이렇게 추출된 플라스미드 DNA는 염기서열 분석장치를 이용하여 염기서열을 분석하였다. 염기서열 분석에 필요한 프라이머는 M13 프라이머를 사용하였고, 4-1(서열번호 18, 도 2a), 13-1(서열번호 19, 도 2b), 21-2(서열번호 20, 도 2c), 22-1(서열번호 21, 도 2d), 24-1(서열번호 22, 도 2e), 63-1(서열번호 23, 도 2f)의 6가지의 특이 밴드의 염기서열을 확인할 수 있었다(도 2). 이 서열을 대상으로 하여 알렉상드로 멜론 F1 품종 특이적인 마커를 찾기 위한 6개의 프라이머 세트(표 2)를 만들었고 예상 PCR 산물의 크기는 200~450bp로 하였다.

본 발명에서 분리한 RAPD 마커에 대한 특이 프라이머

	프라이머명	염기서열	산물 크기
서열번호 6	4-1_140F	CCTATCTTCACCGGCCCAT	411 bp
서열번호 7	4-1_530R	GACAACTCCTTCTACGCGG	411 bp
서열번호 8	13-1_70F	GCGGCAAAATACAGGCGGC	231 bp
서열번호 9	13-1_280R	CCTTGGCATTTTCTGCGATC	231 bp
서열번호 10	21-2_40F	TTCACATAAAGCCATTATAGGC	285 bp
서열번호 11	21-2_300R	GGCCGAATAAATATAACCAAGG	285 bp
서열번호 12	22-1_30F	ACCGATGAGAAACACCCACG	395 bp
서열번호 13	22-1_400R	GGTATGGAATTGATTGAAAGAAT	395 bp
서열번호 14	24-1_50F	GCCACAGTAAGCTTTTCCGA	283 bp
서열번호 15	24-1_290R	AACGTGATGAATCGCCGGG	283 bp
서열번호 16	63-1_20F	ATTAGTGGACCTGTTACATGTT	289 bp
서열번호 17	63-1_290R	GACGTTGGTGCAATTTTCTCA	289 bp

상기 6개의 프라이머 세트를 이용해서 멜론(Cucumis melo L.) No. 23 (모계), No. 24 (부계), No. 809 (알렉상드로 멜론 F1)으로부터 국내외에서 재배중인 오스본의 TIRRENO, 오스본의 HANNASH CHOICE, ORANGE 샤베트, 얼스루시스, 섬머붐, 신데렐라, 얼스마운트하계 멜론을 대상으로 품종을 구별하고자 하였다. 상기 10종 멜론의 잎을 갈아서 CTAB 방법을 이용하여 게놈 DNA를 추출하였다. 오스본의 TIRRENO, 오스본의 HANNASH CHOICE, ORANGE 샤베트, 얼스루시스, 섬머붐은 인터넷 판매처에서 구입하여 사용하였다. PCR 증폭은 94℃로 10분 처리 후, 94℃ 30초, 65℃ 30초, 72℃ 30초의 조건으로 40번 반복하고, 72℃로 7분을 처리하였다. PCR 완료 후 1% 아가로스 겔을 이용한 전기영동을 통해 PCR 반응 결과를 확인하였다(도 3).

그 결과, 분자마커 13-1 증폭용 프라이머 세트로 증폭한 경우 No. 23 (모계), No. 24 (부계), No. 809 (F1) 품종과 기존에 국내외에서 재배 중인 멜론(A, B, C, D, E, F 및 G)과 서로 다른 양상의 밴드 패턴을 나타내므로, 구별이 가능함을 확인하였다. 또한 분자마커 13-1, 4-1, 22-1 증폭용 프라이머 세트로 PCR을 수행한 결과, 서로 상이한 밴드 패턴을 가지는 3가지 패턴을 조합하면 No. 24 (부계)와 No. 809 (F1)를 기존에 국내외에서 재배 중인 멜론과 구별할 수 있었고, 13-1, 21-2, 24-1, 63-1로 PCR을 수행할 경우 4가지 패턴의 조합으로 No. 23 (모계)와 No. 809 (F1)를 기존에 국내외에서 재배 중인 멜론과 구별할 수 있었다. 이로써 본 발명에서 개발한 6개의 프라이머 세트를 통해서 국내외에서 재배 중인 멜론과 알렉상드로 멜론 F1 품종을 명확하게 구별할 수 있다는 점을 확인하였다(도 3).

<110> JANGCHUNSEED CO., LTD. <120> Molecular marker for discrimination of Alexandre melon F1 cultivars and use thereof <130> PN15245 <160> 23 <170> KoPatentIn <210> 1 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 1 ttcgagccag 10 <210> 2 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 2 ttcccccgct 10 <210> 3 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 ggaagcttgg 10 <210> 4 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 acggtaccag 10 <210> 5 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 ctgcttaggg 10 <210> 6 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 cctatcttca ccggcccat 19 <210> 7 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 gacaactcct tctacgcgg 19 <210> 8 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 gcggcaaaat acaggcggc 19 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 9 ccttggcatt ttctgcgatc 20 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 10 ttcacataaa gccattatag gc 22 <210> 11 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 11 ggccgaataa atataaccaa gg 22 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 12 accgatgaga aacacccacg 20 <210> 13 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 13 ggtatggaat tgattgaaag aat 23 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 14 gccacagtaa gcttttccga 20 <210> 15 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 15 aacgtgatga atcgccggg 19 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 16 attagtggac ctgttacatg tt 22 <210> 17 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 17 gacgttggtg caattttctc a 21 <210> 18 <211> 1141 <212> DNA <213> Cucumis melo <400> 18 ttcgagccag gcgtccaagt cttctccctc cgatagagat acgaagaaag ctaaaaaagg 60 tgttgggcta tttcttggat aaagaaggaa aagggaaagt cgataccgag tcagtattag 120 tgcctctctg cctatcttca ccggcccatc tggggagtca gaagaggaaa gaacctattc 180 gccaccaaag ctacttatga gtcgtccttc ggtgtttatg atgacgaaga ctatgacaaa 240 gaagtcaatg aacaaggaag agaagaagaa gcgactatat ataagagacc tatggcaagg 300 aatgaacgag taaaaaggac ccctacggat cgatttgcgc tcccccactc ccccattcct 360 acagagtagt cttattcctt gttttaggtc aagcggagct tcgcatacgt ccttcgtcct 420 ctttgcgctc ccactaagtc ctacggagtc ctttcttttt ctcttatata aaccaatgaa 480 gcttagcttc gcatacgtcc atcaactcct tacggagcca ttccgcgtag aaggagttgt 540 ctttcttctt tgtctcttct tagtaggtct tcttctcttc aatgtaatag taaagtaaat 600 catcaaaacc ttgaatttga tttttcattt ctattttctc tctcttttct tgtttcattc 660 tttccttaac acattcattt cgtagaaacc tcagtcaata aagaaagaag acaggcgatg 720 taacgatccg agcttaccga ttcaatgaaa gcttctccag ccacaagaac tggaaacgga 780 tgctggaaca actaaagtag acggactcca cttccctgtc taagccaact ccaattgaca 840 acgattcctt taagggattc gactcttgag ctatcgctga acttttcagg ccaaaaggtc 900 gtatttgtcc ctgcgggtca agtagcttct aacctctctg ggtcgaaaaa aactggatcc 960 cctctagagt cgacctgcag gcatgcaagc ttgggggaat aaggggcgaa actggttcct 1020 gggggggaaa atgttattcc gctcccaaat tctccacaac ataacaagcc ggaggcaaaa 1080 aaagtgaaga cccgcggggg cgccaaaaga agaggctaaa ccaccataaa tatggtttgg 1140 c 1141 <210> 19 <211> 350 <212> DNA <213> Cucumis melo <400> 19 ttcccccgct agcacgttca cttgatagtt tttattgatg tttcattacg aatgagaagg 60 aggcggcaaa atacaggcgg cccattggcg gcaagtaggt ataaatccgg ccctgctgct 120 tttcctccct ttttatcata atatcgattc tctgtaagac aggcctcacc gggaatcgat 180 tgttttatac agggtgtccc aaggttattg cgccacactt cggagatcaa ttttttgagt 240 caagattgag attgccatat gccatatttt cggatcgcag aaaatgccaa ggtaacgttt 300 agtgtgcgat ttaattcacg tagaccattg tgttttcatg agcgggggaa 350 <210> 20 <211> 324 <212> DNA <213> Cucumis melo <400> 20 ggaagcttgg taaaagtagt agacattcac ataaagccat tataggcttc agtgatacac 60 ttctatcgtt gatagactct tatggtttat cagtgataga ccaacatttg ctacatggtc 120 tatcagtgat agactcctat cattgataga ttttgacaga ttttgctata tttgcaattt 180 ttttaaaatg ttgctatata cttaattatt ttgaatataa ttgctaaatt tgcaactatc 240 cccataacaa ttactatgtt gggcctggaa ttatatcttt gggctttccc ttggttatat 300 ttattcggcc ttcgccaagc ttcc 324 <210> 21 <211> 442 <212> DNA <213> Cucumis melo <400> 21 ggaagcttgg tcatggttca aggaccgatg agaaacaccc acgacttatt gaacaatttc 60 agctcctgaa tctccagcca gtcgtggttg ctgctggtgc ttggcatgca gctgttgtag 120 gtcgtgacgg ccgagtttgt acgtggggtt ggggtagata tgggtgcctg ggtcatggga 180 atgaggaatg tgagtcttcc cctaaggtgg tggaagcatt aatcaatgtc aaggctgttc 240 atgttgctac aggagattat acaacattcg tagtatctga tgatggtgac gtgtattctt 300 tcggttgtgg agaatcagct agtctcgggc ataacgttgt cgttcccgag gaacaggttt 360 ctccttgctt atactttctt ctttacttat accaaattct ttcaatcaat tccataccat 420 ttgtgcttct tcccaagctt cc 442 <210> 22 <211> 346 <212> DNA <213> Cucumis melo <400> 22 acggtaccag tctaaagcgg gtccatcaaa actgatgata gccacagtaa gcttttccga 60 gtcagtcaag ttatgtatct tgaattaacg atttgctcga aataaccagg agtctggttc 120 cgttccatta aacacgagca tttctacttt gttgaatttg ctacggtcca acggttgccc 180 ctcatcagct ttctcttctt cgttcgattc cactaacaca gtcgtgatgg ttggttcgtt 240 gctcttagct tgactggaag agcctttggc cgctttattt cccggcgatt catcacgttt 300 gataccctct atatgcttca atattacttg ttgctgctgg taccgt 346 <210> 23 <211> 309 <212> DNA <213> Cucumis melo <400> 23 ctgcttaggg attagtggac ctgttacatg ttacgttgaa agttcaaaag tagttgtgta 60 gtttatagag aaaaccgtca aaataacaaa atattggatg acaaatagaa aaatagcaaa 120 tacaacaaat aaattgattt atagcaaaac cgcctatcgg ataattttta aaattttttt 180 tacccgggta taccccttca cagagctcgg atacagtgca tttgtaaaca tattcacttt 240 tggtaaatct taactaaata aaaaaaatat tcttttgctg agaaaattgc accaacgtcc 300 cctaagcag 309

Claims

서열번호 18, 서열번호 19, 서열번호 20, 서열번호 21, 서열번호 22 및 서열번호 23의 염기서열로 이루어진 유전자를 포함하는 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 분자마커 조성물.
서열번호 18의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 19의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 20의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 21의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 22의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 및 서열번호 23의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드;를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 프라이머 세트.
제2항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 서열번호 6 및 7의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 8 및 9의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 10 및 11의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 12 및 13의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 14 및 15의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 16 및 17의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 이루어진 것을 특징으로 하는 프라이머 세트.
제2항 또는 제3항에 따른 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하기 위한 키트.
제4항에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것인 키트.
멜론에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제2항 또는 제3항에 따른 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하는 방법.
제6항에 있어서, 상기 증폭 산물의 검출은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 서열분석, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되는 것을 특징으로 하는 알렉상드로 멜론 F1 품종을 판별하기 위한 방법.
서열번호 18의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 19의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 20의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 21의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 22의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 및 서열번호 23의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드;를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 프로브.
서열번호 18의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 19의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 20의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 21의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 서열번호 22의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드; 및 서열번호 23의 염기서열 중 10개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드;를 포함하는, 알렉상드로 멜론 F1 품종 판별용 마이크로어레이.