KR101229989B1 - Mar 서열의 복합 트랜스펙션 방법에 의한 포유동물 세포에서의 고효율 유전자 전달 및 발현 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 단백질 생산 증가 활성을 갖는 분리 및 정제된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에 관한 것으로서, 더욱 구체적으로는 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키기 위한 매트릭스 부착 부위(MARs)의 용도에 관한 것이다. 또한, 상기 활성 부위, 특히 MAR 뉴클레오티드 서열의 동정 방법 및 신규한 복합 형질전환 방법에서 특성화된 활성 MAR 서열의 용도가 개시되어 있다.
Description
본 발명은 단백질 생산 증가 활성을 가진 분리 및 정제된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 진핵 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키기 위한 매트릭스 부착 부위(MARs)의 용도에 관한 것이다. 또한, 상기 활성 부위, 구체적으로는 MAR 뉴클레오티드 서열의 동정 방법 및 신규 복합 형질전환 방법에서의 이러한 활성 MAR 서열의 용도가 개시되어 있다.
현재는, 진핵 염색체의 루프 도메인 조직화 모델이 잘 받아들여지고 있다 (Boulikas T, “Nature of DNA sequences at the attachment regions of genes to the nuclear matrix”, J. Cell Biochem., 52:14-22, 1993). 이 모델에 따르면, 염색질이, RNP 및 다른 비히스톤 단백질로 구성된 단백질성 네트워크인 핵 매트릭스(nuclear matrix)에 부착하여 50-100 kb로 펼쳐져 있는 루프 내에 조직화되어 있다(Bode J, Stengert-Iber M, Kay V, Schalke T and Dietz-Pfeilstetter A, Crit . Rev. Euk . Gene Exp., 6:115-138, 1996).
핵 매트리스에 부착된 DNA 부위는 스캐폴드 (scaffold, 중기 동안) 부착 부위 또는 매트릭스(간기) 부착 부위로 각각 불리는 SAR 또는 MAR로 정의된다(Hart C and Laemmli U (1998), “Facilitation of chromatin dynamics by SARs”Curr Opin Genet Dev 8, 519-525).
이와 같이, 이러한 부위들은 개별적인 염색질 도메인의 경계를 한정할 수 있으며, 이로 인해 도메인 내에서 유전자 발현을 조절하는 시스-조절성(cis-regulatory) 엘리먼트 만을 포함한다.
그러나, 근처의 염색질 엘리먼트로부터 염색체 위치를 완전히 보호하고, 이로 인해 위치(position)-독립적으로 유전자를 발현하게 하는 능력은, 안정하게 형질전환된 세포에서는 발견되지 않았다(Poljak L, Seum C, Mattioni T and Laemmli U. (1994) “SARs stimulate but do not confer position independent gene expression”, Nucleic Acids Res 22, 4386-4394). 한편, MAR (또는 S/MAR) 서열은 국소적 염색질 접근성을 증가시키기 위해 인핸서와 작용하는 것으로 보고되었다(Jenuwein T, Forrester W, Fernandez-Herrero L, Laible G, Dull M, and Grosschedl R. (1997) Extension of chromatin accessibility by nuclear matrix attachment regions Nature 385, 269-272). 특히, MAR 엘리먼트는 배양 세포주(Kalos M and Fournier R (1995) “Position-independent transgene expression mediated by boundary elements from the apolipoprotein B chromatin domain” Mol Cell Biol 15,198-207), 형질전환 생쥐(Castilla J, Pintado B, Sola, I, Sanchez-Morgado J, and Enjuanes L (1998) “Engineering passive immunity in transgenic mice secreting virus-neutralizing antibodies in milk”Nat Biotechnol 16, 349-354) 및 식물(Allen G, Hall GJ, Michalowski S, Newman W, Spiker S, Weissinger A, and Thompson W (1996), “High-level transgene expression in plant cells: effects of a strong scaffold attachment region from tobacco” Plant Cell 8, 899-913)에서 이종(heterologous) 유전자의 발현을 증가시킬 수 있다. 또한, 유전자 치료용의 기능이 향상된 벡터를 개발하기 위한 MAR 서열의 유용성도 인정된다(Agarwal M, Austin T, Morel F, Chen J, Bohnlein E, and Plavec I (1998), “Scaffold attachment region-mediated enhancement of retroviral vector expression in primary T cells” J Virol 72, 3720-3728).
최근에는, MARs를 포함하는 염색질-구조 변형 서열, 예컨대 닭 라이소자임 5' MAR이, 안정한 중국 햄스터 난소 (Chinese Hamster Ovary, CHO) 세포의 군집에서 리포터 발현을 유의적으로 증가시킬 수 있다는 사실이 보고되었다(Zahn-Zabal M, et al., Development of stable cell lines for production or regulated expression using matrix attachment regions, J Biotechnol, 2001, 87(1): p. 29-42). 이러한 특성은 고-생산 클론의 비율을 증가시키는데 사용됨으로써, 스크리닝될 필요가 있는 클론의 수를 감소시켰다. 이러한 이점은, 형질전환 유전자(transgene) 발현 카세트를 플랭킹(flanking)하는 MARs을 가진 컨스트럭트(constructs) 뿐만 아니라, 컨스트럭트가 MAR 서열을 이용해 분리된 플라스미드 상에 형질전환될 때 확인되었다. 그러나, MARs을 이용한 동시-형질전환 동안의 발현 레벨은, 2개의 MARs이 형질전환 유전자 발현 단위를 한정하는(delimitate) 컨스트럭트에서 발견되는 것만큼 높지 않았다. 3번째 바람직한 방법은, 형질전환 유전자 및 개별 플라스미드 상에 모두 연결되는 MARs을 이용해 형질전환 유전자를 형질전환시키는 방법인 것으로 확인되었다(Girod et al., 공개용으로 제출됨). 그러나, 이러한 기술에서 지속적으로 나타나는 한계 중의 하나는, 세포 당 형질전환될 수 있는 DNA의 양이다. 소망하는 유전자의 기능을 특성화하는 형질전환 효율을 높게 유지하기 위해, 많은 복합 형질전환 프로토콜이 개발되었다. 야마모토 등에 의해 적용된 프로토콜(Yamamoto et al, 1999, “High efficiency gene transfer by multiple transfection protocol” Histochem . J. 31(4), 241-243)은 5회의 형질전환이 일어나고 난 뒤에 형질전환 효율을 약 80%로 유도되었으나, 통상적인 형질전환 프로토콜은 단지 <40%의 효율에 도달하는 정도였다. 이러한 기술은 발현 세포의 비율을 증가시키고자 할 때에는 유용할 수 있으나, 높은 내재적 생산성을 가진 세포로 유도하지는 않는다. 따라서, 이 방법은 높은 생산성의 모노클로날 세포주를 생산하는데에는 유용하지 않다. 그러므로, 상술한 기술은 다음과 같은 2개의 주요한 결점을 갖는다:
i) 이 기술은, 유전자 카피의 추가 삽입에 유리하지 않거나, 형질전환 유전자를 유리한 염색체 위치(loci)에 삽입하지 않기 때문에, 형질전환된 세포의 동종 집단을 생성하지 않음,
ii) 복합 형질전환 이벤트에서의 동일한 선별가능 마커의 용도는 이중 또는 삼중으로 형질전환된 세포의 선별을 허용하지 않음.
특허 출원 WO 02/074969호에는, 안정한 진핵 세포주를 개발하기 위한 MARs의 용도가 기술되었다. 그러나, 상기 출원특허에서는 MAR DNA 엘리먼트에 대한 모든 보존된 상동성 또는 MAR 서열이 되고자 하는 DNA 서열의 능력을 예측하기 위한 어떠한 기술도 기술되어 있지 않다.
사실, 어떠한 명백한(clear-cut) MAR 일치 서열(consensus sequence)도 발견되지 않았으나(Boulikas T, “Nature of DNA sequences at the attachment regions of genes to the nuclear matrix” J. Cell Biochem., 52:14-22, 1993), 동물 MARs이 식물의 핵 스캐폴드에 결합할 수 있으며 이의 반대도 가능하기 때문에, 진화학적으로는, 이러한 서열의 구조가 진핵 게놈에서 기능적으로 보존되어 있는 것으로 여겨진다(Mielke C, Kohwi Y, Kohwi-Shigematsu T and Bode J, “Hierarchical binding of DNA fragments derived from scaffold-attached regions: correlation of properties in vitro and function in vivo” Biochemistry, 29:7475-7485, 1990).
생화학적 연구에 의한 MARs의 동정은, 장시간이 소요되고 예측불가능한 방법이다; 분석법에 따라 여러가지 결과가 얻어질 수 있다(Razin SV, “Functional architecture of chromosomal DNA domains” Crit Rev Eukaryot Gene Expr., 6:247-269, 1996). 진핵 게놈에 있는 엄청난 수의 예측된 MARs 및 게놈 프로젝트로부터 발행된 서열의 양을 고려한다면, 목표로 하는 실험을 수행하기 위해 포텐셜(potential) MARS를 필터할 수 있는 기술이 매우 유용할 수 있다.
최근에는, MARs에 대한 2개의 다른 예측 기술이 인터넷을 통해 이용가능하다. 첫번째 기술은, 수개의 MARs 내에서 동정된 패턴의 설정 및 이러한 패턴의 동시-유발의 통계 분석을 기초로 하는 MAR-Finder이다(http://futuresoft.org/MarFinder; Singh GB, Kramer JA and Krawetz SA, “Mathematical model to predict regions of chromatin attachment to the nuclear matrix” Nucleic Acid Research, 25:1419-1425, 1997). MAR-Finder 예측은 서열 컨텍스트(context)에 의존하는데, 이는 예측된 MARs가 등록된 서열의 컨텍스트에 의존함을 의미한다. 다른 예측 소프트웨어인, SMARTest(http://www. genomatix.de; Frisch M, Frech K, Klingenhoff A, Cartharius K, Liebich I and Werner T, In silico prediction of scaffold/matrix attachment regions in large genomic sequences, Genome Research, 12:349-354, 2001)는 실험적으로 확인된 MARs로부터 유도되는 웨이트-매트릭스(weight-matrices)를 이용한다. SMARTest는 스케일이 큰 분석을 수행하는데 적합한 것으로 알려져 있다. 그러나, 실제 이의 상대적으로 낮은 특이성을 제쳐놓더라도, 이를 이용하여 스케일이 큰 분석을 수행할 때 이론적 MARs의 양이 급속하게 많아지며, 이론적 MARs의 수를 억제하기 위한 그의 특이성을 증가시킬 방법이 없으므로, SMARTest는 사이즈가 큰 DNA서열로부터 잠재(potent) MARS를 스크리닝하는데 거의 쓸모없어지고 있다.
인터넷을 통해 이용가능하지 않은 다른 소프트웨어들도 있는데; 이들은 MAR 모티프의 빈도(MRS 판정법;Van Drunen CM et al., “A bipartite sequence element associated with matrix/scaffold attachment regions” Nucleic Acids Res, 27:2924-2930, 1999), (ChrClass; Glazko GV et al., “Comparative study and prediction of DNA fragments associated with various elements of the nuclear matrix” Biochim . Biophys . Acta, 1517:351-356, 2001) 뿐만 아니라 스트레스-유도된 DNA 듀플렉스 위치의 동정(SIDD; Benham C and al., Stress-induced duplex DNA destabilization in scaffold/matrix attachment regions, J. Mol . Biol., 274:181-196, 1997)에 기초한다. 그러나, 게놈 서열을 완전하게 분석하기 위한 이들의 적합성이 여전히 알려져 있지 않은 상태이며, 이러한 기술들이 단백질 생산-증가 서열의 동정을 가능하게 하는지에 대해서도 보고되어 있지 않다.
게다가, 이러한 소프트웨어의 상대적으로 낮은 특이성으로 인해(Frisch M, Frech K, Klingenhoff A, Cartharius K, Liebich I and Werner T, “In silico prediction of scaffold/matrix attachment regions in large genomic sequences” Genome Research, 12:349-354, 2001), 게놈에서 동정된 이론적 MARs의 양은 라지 스케일 분석을 수행할 때 다루기 힘들 정도로 급속히 증가하며, 특히 이들의 대부분은 실제 활성이 없거나 낮은 활성을 나타낸다. 따라서, 이론적 MARs의 수를 억제하기 위한 예측 특이성을 증가시킬 방법이 없으므로, 이용가능한 많은 프로그램들은 재조합 단백질 생산성을 효율적으로 증가시키는 관점에서 잠재 유전자 엘리먼트를 동정하는데 거의 쓸모가 없게 된다.
상기 이용가능한 예측 방법들 모두가, 신규 및 잠재 MARs를 확실히 동정하기 위한 게놈의 라지-스케일 분석법을 방해하는 몇가지 문제점을 가지고 있기 때문에, 본 발명의 목적은 1) 재조합 단백질 발현을 향상시키게 하는 MARs의 기능적 특성을 이해하고, 2) 기능의 예측으로서 MAR 구조적 특성을 컴파일하는 신규한 바이오인포매틱스 기술을 가짐으로서, 3) 게놈의 라지 스케일 분석을 수행하여 신규하고 더욱 잠재적인 MARs를 동정하고, 최종적으로는 4) 새롭게 동정된 MAR 서열을 이용할 때 진핵 세포 또는 생물체로부터 재조합 단백질의 생산을 향상시키는 향상된 효율성을 보여주는 것이다.
본 발명은 단백질 생산 증가 활성을 가지고 있으며, 1 이상의 벤트 DNA 엘리먼트 및 DNA 결합 단백질에 대한 1 이상의 결합 자리(binding site)를 포함하는 것을 특징으로 하는, 분리 및 정제된 DNA서열에 관한 것이다.
본 발명의 목적은 단백질 생산 증가 활성을 가진 DNA 서열, 구체적으로는 MAR 뉴클레오티드 서열을 동정하기 위한 향상되고 신뢰성이 있는 방법 및 진핵 세포에서 재조합 단백질의 생산을 증가시키기 위한 신규한 복합 형질전환 방법에서의 활성 MAR 서열의 용도를 제공함으로써 실현된다.
도 1은 MARs 및 비-MARs 서열의 분포도(distribution plot)를 나타낸다. 히스토그램은 관찰된 파라미터의 값에 대한 농도 도표(빈(bin) 너비로 나눈 상대 빈도)이다. SMARt DB 데이터베이스에서의 인간 MARs에 대한 농도 히스토그램은 검은색으로 표시되어 있으며, 인간 염색체 22에 대한 농도 히스토그램은 회색으로 표시되어 있다.
도 2는 SMAR Scan의 사용에 의한 4개의 다른 기준의 분산도 및 SMARt DB로부터의 인간 MARs을 이용한 AT-함량(content)을 나타낸다.
도 3은 생물체에 따른 MAR 서열의 분포도를 나타낸다. SMARt DB로부터 다른 생물체의 MAR 서열을 검색하여 분석하였다. 마우스, 닭, 수수(sorghum bicolor) 및 인간에 대한 MAR 서열 농도 분포가 함께 플로팅되어 있다.
도 4는 인간 염색체 22 및 셔플된(shuffled) 염색체 22 상에서의 SMAR Scan의 예측을 나타낸다. 상단 도표: 하기 5개를 이용해 SMAR Scan에 의해 얻어진 평균 히트(hits) 수: 10 bp의 비중복 윈도우 내에서 조각나고(rubble), 스크램블되고(scrambled) 셔플된(shuffled) 것, 오더 1 마르코브 체인(Markov chain) 모델 및 천연(native) 염색체 22. 하단 도표: 하기 5개에서 SMAR Scan에 의해 예측된 MARs의 평균 갯수: 10 bp의 비중복 윈도우 내에서 조각나고, 스크램블되고, 셔플된 것, 오더 1 마르코브 체인(Markov chain) 모델 및 천연 염색체 22.
도 5는 CHO-DG44 세포에서 형질전환 유전자 발현을 자극하기 위한 닭 라이소자임 유전자 5'-MAR의 활성의 조사(dissection)를 나타낸다. 단편 B, K 및 F는 형질전환 유전자 발현을 촉진시키는 능력이 높은 것으로 나타낸다. 엘리먼트의 표시된 상대 강도는 고-발현 세포의 수를 기준으로 하였다.
도 6은 형질전환 유전자 발현을 촉진시키는 능력의 소실에 대한 5'-MAR의 5'-말단 (상부) 및 3'-말단(하부)의 순차적-결실의 영향을 나타낸다. 증가된 활성으로부터 감소된 활성으로의 전이는 B-, K- 및 F-단편과 일치한다.
도 7은 형질전환 유전자 발현을 유의적으로 촉진시키는 F 단편의 부분(portion)을 나타낸다. 밝은 회색 화살표로 표시된 F 단편 부위를 다중화시키고(multimerize), pGEGFP control에 삽입하였으며 CHO 세포에 형질전환시켰다. 높은 활성을 나타내는 엘리먼트는 엘리먼트의 중앙 부분에 위치하며 단편 FIII(검은색 막대로 표시된 최소 MAR)와 일치한다. 또한, 인핸서 활성도를 나타내는 엘리먼트는 FIII 단편의 3'-플랭킹 부분(짙은 회색 막대로 표시된 MAR 인핸서)에 위치한다.
도 8은 cLysMAR 내의 다양한 DNA 서열 모티프의 위치의 맵(map)을 나타낸다. 도 8(B)는 cLysMAR 내의 다양한 DNA 서열 모티프의 위치 맵을 표시한다. 수직선은 컴퓨터-예측한 위치(site) 또는 cLysMAR 및 도 5에 표시된 바와 같은 이의 활성 부위의 3034개 염기쌍을 통한 서열 모티프의 위치(position)를 나타낸다. MatInspector(Genomatix)를 이용해, 활성화 인자에 대한 추정되는 전사 인자 위치 (MEF2 05, Oct-1, USF-02, GATA, NFAT) 및 전사 억제 인자에 대한 (CDP, SATB1, CTCF, ARBP/MeCP2)를 동정하였으며, CPGPLOT를 이용해 CpG 섬(island)을 동정하였다. MAR 엘리먼트와 이전에 결합한 모티프는 검은색으로 표시되어 있고, CpG 디뉴클레오티드 및 CpG 섬, 풀린(unwinding) 모티프(AATATATT 및 AATATT), poly As 및 Ts, poly Gs 및 Cs, 6 bp 코어에 대해 동일성을 가진 초파리 토포이소머라제 II 결합 자리 (GTNWAYATTNATTNATNNR) 및 고 이동성 그룹 I(high mobility group I, HMG-I/Y) 단백질 결합 자리를 포함한다. 다른 구조적 모티프는 뉴클레오좀-결합 자리 및 뉴클레오좀 디스페이버(disfavouring) 위치 및 고차 나선형(superhelical) DNA 가닥인 것으로 생각되는 모티프를 포함한다. 도 8(A)는 MarFinder를 이용하는 MAR 예측 점수 프로파일을 이용하여, 전사를 활성화시키는 cLysMAR의 부분의 활성의 비교를 나타낸다. 상단 도표는 도 5에 표시된 바와 같은 MAR 단편의 활성을 나타내는 반면, 중단 및 하단 커브는 MAR 활성 및 벤트 DNA 구조 각각에 대한 MARFinder-예측된 잠재성을 나타낸다.
도 9는 MAR 활성도와 DNA 물리-화학적 특성의 관계를 나타낸다. 도 9(A)는 5'-MAR의 DNA 녹는점, 이중 나선 벤딩(bending), 메이저 그루브 깊이 및 마이너 그루브 너비 프로파일을 나타내며, 이들은 레비츠키 등의 알고리즘(Levitsky VG, Ponomarenko MP, Ponomarenko JV, Frolov AS, Kolchanov NA “Nucleosomal DNA property database” Bioinformatics, 15; 582592, 1999)을 이용하여 검정하였다. 상단에 표시된 가장 활성을 띄는 B, K 및 F 단편은 도 1에 표시된 바와 같다. 도 9(B)는 패널 A에 표시된 데이터를 확장하여 표시해주며, 녹는점(상단 커브) 및 DNA 벤딩(하단 커브)에 대응하여 따라가면서 정렬한 F 단편 맵을 나타낸다. 가장 활성을 띄는 FIB 단편의 위치 및 특정 전사 인자에 대한 단백질 결합 자리는 표시된 바와 같다.
도 10은 5'-cLysMAR 내의 추정되는 전사 인자 결합 자리의 분포를 나타낸다. 큰 화살표는 SMAR Scan로 동정한 바와 같은 CUE 엘리먼트의 위치를 표시한다.
도 11은 다양한 MAR 부분의 조립에 대한 계획도(scheme)를 나타낸다. cLysMAR의 표시된 부분을 PCR로 증폭하고, 각 말단에 BglII-BanHI 링커 엘리먼트를 삽입한 뒤, 조립함으로써 표시된 복합 엘리먼트를 제조하였다. 예를 들어, 상단의 컨스트럭트는 모든 CUE 및 플랭킹 서열이, 각 엘리먼트를 분리하는 BglII-BanHI 링커 서열을 제외한 그의 원래 위치에 조립된 것으로 구성된다.
도 12는 플라스미드 맵을 나타낸다.
도 13은 GFP 발현에 대한 1차 형질전환체의 재-형질전환의 효과를 나타낸다. 세포(CHO-DG44)를 pSV40EGFP(왼쪽 튜브) 또는 pMAR-SV40EGFP(중간 튜브) 및 내성 플라스미드로서 pSVneo로 동시 형질전환시켰다. pMAR-SV40EGFP로 형질전환된 세포들을 동일한 플라스미드 및 다른 선별 플라스미드인 pSVpuro(오른쪽 튜브)로 24시간 후에 재-형질전환시켰다. 2주 동안의 선별 후에, 안정하게 형질전환된 세포 군집의 표현형을 FACS로 분석하였다.
도 14는 MAR-포함 플라스미드의 복합 로드(load)의 영향을 나타낸다. pMAR-pSV40EGFP/pMAR-SV40EGFP 2차 형질전환체를 선별 단계의 마지막에 형질전환의 3번째 사이클에서 사용하였다. pMAR 또는 pMAR-SV40EGFP을 이용하여 3차 형질전환을 수행함으로써 3차 형질전환체를 제조하였다. 24시간 후에, 세포를 플라스미드로 다시 형질전환시킴으로써, 4차 형질전환체를 제조하였다(참조, 표 4).
도 15는 WP18A10A7 부위로 실시한 SMAR 예측 알고리즘의 비교 수행(performance)을 나타낸다. (A) SMAR Scan 분석을 초기 설정으로 수행하였다. (B) SIDD 분석(상단 커브, 왼쪽 면의 스케일) 및 수개의 DNA 단편의 핵 매트릭스에 대한 인 비트로에서의 부착도(막대-그래프, 오른쪽 면의 스케일)는 고에츠 등의 방법(Goetze S, Gluch A, Benham C, Bode J, “Computational and in vitro analysis of destabilized DNA regions in the interferon gene cluster: potential of predicting functional gene domains.” Biochemistry, 42:154-166, 2003)으로 얻었다.
도 16은 MARs를 이용한 유전자 치료법-유사 프로토콜의 결과를 나타낸다. 실험의 시작 단계에 유도된, MAR-네트워크를 주입한 마우스 그룹은 MAR을 제외한 원래의 네트워크를 주입한 마우스와 비교하여 적혈구 용적율(hematocrit)이 훨씬 더 유도되는 것으로 나타났다. 2달 후에, “MAR-포함 그룹”에서의 적혈구 용적율은 정상 적혈구 용적율 레벨(45-55%)에 비해 여전히 높은 값(65%)을 나타내었다.
도 17은 SMAR can로 계산한 예측된 DNA 벤딩에 대한 1757개 S/MAR 서열의 AT(상단) 및 TA(하단) 디뉴클레오티드의 백분율의 분산도를 나타낸다.
도 18은 1757개의 비-S/MARs 서열에 대한 디뉴클레오티드 백분율 분포도를 나타낸다.
도 19는 재조합 녹색 형광 단백질(GFP)의 생산에 대한 다양한 S/MAR 엘리먼트의 효과를 나타낸다. 표시된 바와 같이 MAR 엘리먼트를 포함하거나 포함하지 않는 GFP 발현 벡터로 형질전환된 CHO 세포의 군집을 형광-활성화된 세포 분류기(fluorescence-activated cell sorter, FACS)로 분석하였으며, 전형적인 프로파일들이 표시되어 있다. 프로파일은 GFP 형광 레벨의 기능으로서 세포 수 계수(count)를 나타낸다.
도 20은 MAR-네트워크를 주입한 마우스에서의 적혈구 용적율의 유도 효과를 표시한다.
도 2는 SMAR Scan의 사용에 의한 4개의 다른 기준의 분산도 및 SMARt DB로부터의 인간 MARs을 이용한 AT-함량(content)을 나타낸다.
도 3은 생물체에 따른 MAR 서열의 분포도를 나타낸다. SMARt DB로부터 다른 생물체의 MAR 서열을 검색하여 분석하였다. 마우스, 닭, 수수(sorghum bicolor) 및 인간에 대한 MAR 서열 농도 분포가 함께 플로팅되어 있다.
도 4는 인간 염색체 22 및 셔플된(shuffled) 염색체 22 상에서의 SMAR Scan의 예측을 나타낸다. 상단 도표: 하기 5개를 이용해 SMAR Scan에 의해 얻어진 평균 히트(hits) 수: 10 bp의 비중복 윈도우 내에서 조각나고(rubble), 스크램블되고(scrambled) 셔플된(shuffled) 것, 오더 1 마르코브 체인(Markov chain) 모델 및 천연(native) 염색체 22. 하단 도표: 하기 5개에서 SMAR Scan에 의해 예측된 MARs의 평균 갯수: 10 bp의 비중복 윈도우 내에서 조각나고, 스크램블되고, 셔플된 것, 오더 1 마르코브 체인(Markov chain) 모델 및 천연 염색체 22.
도 5는 CHO-DG44 세포에서 형질전환 유전자 발현을 자극하기 위한 닭 라이소자임 유전자 5'-MAR의 활성의 조사(dissection)를 나타낸다. 단편 B, K 및 F는 형질전환 유전자 발현을 촉진시키는 능력이 높은 것으로 나타낸다. 엘리먼트의 표시된 상대 강도는 고-발현 세포의 수를 기준으로 하였다.
도 6은 형질전환 유전자 발현을 촉진시키는 능력의 소실에 대한 5'-MAR의 5'-말단 (상부) 및 3'-말단(하부)의 순차적-결실의 영향을 나타낸다. 증가된 활성으로부터 감소된 활성으로의 전이는 B-, K- 및 F-단편과 일치한다.
도 7은 형질전환 유전자 발현을 유의적으로 촉진시키는 F 단편의 부분(portion)을 나타낸다. 밝은 회색 화살표로 표시된 F 단편 부위를 다중화시키고(multimerize), pGEGFP control에 삽입하였으며 CHO 세포에 형질전환시켰다. 높은 활성을 나타내는 엘리먼트는 엘리먼트의 중앙 부분에 위치하며 단편 FIII(검은색 막대로 표시된 최소 MAR)와 일치한다. 또한, 인핸서 활성도를 나타내는 엘리먼트는 FIII 단편의 3'-플랭킹 부분(짙은 회색 막대로 표시된 MAR 인핸서)에 위치한다.
도 8은 cLysMAR 내의 다양한 DNA 서열 모티프의 위치의 맵(map)을 나타낸다. 도 8(B)는 cLysMAR 내의 다양한 DNA 서열 모티프의 위치 맵을 표시한다. 수직선은 컴퓨터-예측한 위치(site) 또는 cLysMAR 및 도 5에 표시된 바와 같은 이의 활성 부위의 3034개 염기쌍을 통한 서열 모티프의 위치(position)를 나타낸다. MatInspector(Genomatix)를 이용해, 활성화 인자에 대한 추정되는 전사 인자 위치 (MEF2 05, Oct-1, USF-02, GATA, NFAT) 및 전사 억제 인자에 대한 (CDP, SATB1, CTCF, ARBP/MeCP2)를 동정하였으며, CPGPLOT를 이용해 CpG 섬(island)을 동정하였다. MAR 엘리먼트와 이전에 결합한 모티프는 검은색으로 표시되어 있고, CpG 디뉴클레오티드 및 CpG 섬, 풀린(unwinding) 모티프(AATATATT 및 AATATT), poly As 및 Ts, poly Gs 및 Cs, 6 bp 코어에 대해 동일성을 가진 초파리 토포이소머라제 II 결합 자리 (GTNWAYATTNATTNATNNR) 및 고 이동성 그룹 I(high mobility group I, HMG-I/Y) 단백질 결합 자리를 포함한다. 다른 구조적 모티프는 뉴클레오좀-결합 자리 및 뉴클레오좀 디스페이버(disfavouring) 위치 및 고차 나선형(superhelical) DNA 가닥인 것으로 생각되는 모티프를 포함한다. 도 8(A)는 MarFinder를 이용하는 MAR 예측 점수 프로파일을 이용하여, 전사를 활성화시키는 cLysMAR의 부분의 활성의 비교를 나타낸다. 상단 도표는 도 5에 표시된 바와 같은 MAR 단편의 활성을 나타내는 반면, 중단 및 하단 커브는 MAR 활성 및 벤트 DNA 구조 각각에 대한 MARFinder-예측된 잠재성을 나타낸다.
도 9는 MAR 활성도와 DNA 물리-화학적 특성의 관계를 나타낸다. 도 9(A)는 5'-MAR의 DNA 녹는점, 이중 나선 벤딩(bending), 메이저 그루브 깊이 및 마이너 그루브 너비 프로파일을 나타내며, 이들은 레비츠키 등의 알고리즘(Levitsky VG, Ponomarenko MP, Ponomarenko JV, Frolov AS, Kolchanov NA “Nucleosomal DNA property database” Bioinformatics, 15; 582592, 1999)을 이용하여 검정하였다. 상단에 표시된 가장 활성을 띄는 B, K 및 F 단편은 도 1에 표시된 바와 같다. 도 9(B)는 패널 A에 표시된 데이터를 확장하여 표시해주며, 녹는점(상단 커브) 및 DNA 벤딩(하단 커브)에 대응하여 따라가면서 정렬한 F 단편 맵을 나타낸다. 가장 활성을 띄는 FIB 단편의 위치 및 특정 전사 인자에 대한 단백질 결합 자리는 표시된 바와 같다.
도 10은 5'-cLysMAR 내의 추정되는 전사 인자 결합 자리의 분포를 나타낸다. 큰 화살표는 SMAR Scan로 동정한 바와 같은 CUE 엘리먼트의 위치를 표시한다.
도 11은 다양한 MAR 부분의 조립에 대한 계획도(scheme)를 나타낸다. cLysMAR의 표시된 부분을 PCR로 증폭하고, 각 말단에 BglII-BanHI 링커 엘리먼트를 삽입한 뒤, 조립함으로써 표시된 복합 엘리먼트를 제조하였다. 예를 들어, 상단의 컨스트럭트는 모든 CUE 및 플랭킹 서열이, 각 엘리먼트를 분리하는 BglII-BanHI 링커 서열을 제외한 그의 원래 위치에 조립된 것으로 구성된다.
도 12는 플라스미드 맵을 나타낸다.
도 13은 GFP 발현에 대한 1차 형질전환체의 재-형질전환의 효과를 나타낸다. 세포(CHO-DG44)를 pSV40EGFP(왼쪽 튜브) 또는 pMAR-SV40EGFP(중간 튜브) 및 내성 플라스미드로서 pSVneo로 동시 형질전환시켰다. pMAR-SV40EGFP로 형질전환된 세포들을 동일한 플라스미드 및 다른 선별 플라스미드인 pSVpuro(오른쪽 튜브)로 24시간 후에 재-형질전환시켰다. 2주 동안의 선별 후에, 안정하게 형질전환된 세포 군집의 표현형을 FACS로 분석하였다.
도 14는 MAR-포함 플라스미드의 복합 로드(load)의 영향을 나타낸다. pMAR-pSV40EGFP/pMAR-SV40EGFP 2차 형질전환체를 선별 단계의 마지막에 형질전환의 3번째 사이클에서 사용하였다. pMAR 또는 pMAR-SV40EGFP을 이용하여 3차 형질전환을 수행함으로써 3차 형질전환체를 제조하였다. 24시간 후에, 세포를 플라스미드로 다시 형질전환시킴으로써, 4차 형질전환체를 제조하였다(참조, 표 4).
도 15는 WP18A10A7 부위로 실시한 SMAR 예측 알고리즘의 비교 수행(performance)을 나타낸다. (A) SMAR Scan 분석을 초기 설정으로 수행하였다. (B) SIDD 분석(상단 커브, 왼쪽 면의 스케일) 및 수개의 DNA 단편의 핵 매트릭스에 대한 인 비트로에서의 부착도(막대-그래프, 오른쪽 면의 스케일)는 고에츠 등의 방법(Goetze S, Gluch A, Benham C, Bode J, “Computational and in vitro analysis of destabilized DNA regions in the interferon gene cluster: potential of predicting functional gene domains.” Biochemistry, 42:154-166, 2003)으로 얻었다.
도 16은 MARs를 이용한 유전자 치료법-유사 프로토콜의 결과를 나타낸다. 실험의 시작 단계에 유도된, MAR-네트워크를 주입한 마우스 그룹은 MAR을 제외한 원래의 네트워크를 주입한 마우스와 비교하여 적혈구 용적율(hematocrit)이 훨씬 더 유도되는 것으로 나타났다. 2달 후에, “MAR-포함 그룹”에서의 적혈구 용적율은 정상 적혈구 용적율 레벨(45-55%)에 비해 여전히 높은 값(65%)을 나타내었다.
도 17은 SMAR can로 계산한 예측된 DNA 벤딩에 대한 1757개 S/MAR 서열의 AT(상단) 및 TA(하단) 디뉴클레오티드의 백분율의 분산도를 나타낸다.
도 18은 1757개의 비-S/MARs 서열에 대한 디뉴클레오티드 백분율 분포도를 나타낸다.
도 19는 재조합 녹색 형광 단백질(GFP)의 생산에 대한 다양한 S/MAR 엘리먼트의 효과를 나타낸다. 표시된 바와 같이 MAR 엘리먼트를 포함하거나 포함하지 않는 GFP 발현 벡터로 형질전환된 CHO 세포의 군집을 형광-활성화된 세포 분류기(fluorescence-activated cell sorter, FACS)로 분석하였으며, 전형적인 프로파일들이 표시되어 있다. 프로파일은 GFP 형광 레벨의 기능으로서 세포 수 계수(count)를 나타낸다.
도 20은 MAR-네트워크를 주입한 마우스에서의 적혈구 용적율의 유도 효과를 표시한다.
본 발명은 단백질 생산 증가 활성을 가지고 있으며, 1 이상의 벤트 DNA 엘리먼트 및 DNA 결합 단백질에 대한 1 이상의 결합 자리(binding site)를 포함하는 것을 특징으로 하는, 분리 및 정제된 DNA서열에 관한 것이다.
어떤 DNA 서열은 상대적으로 “안정한 곡선”을 형성하는 것으로 알려져 있으며, 여기서 상기 DNA는 각각 3차원적 경로(path)를 따른다. 따라서, 보통의 B-DNA 형(“곧은 모양”) 이외에, 일부 DNA는 벤트 DNA(Marini, et al ., 1982 “Bent helical structure in kinetoplast DNA”, Proc . Natl . Acad . Sci . USA, 79: 7664-7664)로 정의된 것과 같이 평편하고, 평면의 곡선을 형성할 수 있다.
놀랍게도, 본 출원인은 본 발명의 단백질 생산 증가 활성을 가진 분리 및 정제된 DNA 서열의 벤트 DNA 엘리먼트가 통상적으로 100개의 인접 염기쌍 스트레치(stretch) 상에 10% 이상의 디뉴클레오티드 TA 및/또는 12% 이상의 디뉴클레오티드 AT를 포함함을 확인하였다. 바람직하게는, 상기 벤트 DNA 엘리먼트는 100개의 인접 염기쌍 스트레치 상에 33% 이상의 디뉴클레오티드 TA 및/또는 33% 이상의 디뉴클레오티드 AT를 포함하였다. 이러한 데이터는 이후에 기술되는 방법에 의해 얻어졌다.
본 발명에 따르면, 분리 및 정제된 DNA 서열은 일반적으로 서열번호 1 내지 27의 서열을 포함하는 군으로부터 선택되는 MAR 뉴클레오티드 서열 또는 cLysMAR 엘리먼트 또는 이의 단편을 포함한다. 바람직하게는, 상기 분리 및 정제된 DNA 서열은 서열번호 1 내지 27의 서열, 더욱 바람직하게는 서열번호 24 내지 27의 서열을 포함하는 군으로부터 선택되는 MAR 뉴클레오티드 서열이다.
본 발명에 포함되는 것은 PCR 또는 다른 수단에 의해 생산될 수 있는, 상기-언급한 서열번호 1 내지 27의 서열 및 cLysMAR 엘리먼트의 상보적 서열이다.
“엘리먼트”는 공통의 작용 특성(즉, 전사인자에 대한 결합 자리) 또는 구조적(즉, 벤트 DNA 서열) 특성을 갖는 보존된 뉴클레오티드 서열이다.
서열번호 1 내지 27의 서열의 일부 및 cLysMAR 엘리먼트 또는 이의 단편은 서열번호 1 내지 27의 서열 각각의 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 포함하는 서열을 지칭한다. 이러한 서열들은 이들이 유래된 천연 서열과 동일한 특성을 갖는 동안 사용될 수 있다. 바람직하게는, 이러한 서열들은 서열번호 1 내지 27의 서열 각각의 길이에서 80% 이상, 보다 바람직하게는 90% 이상의 뉴클레오티드를 갖는다.
또한, 본 발명은 상기에 언급한 서열번호 1 내지 27의 서열 및 cLysMAR 엘리먼트 또는 이의 단편의 변이체(variant), 즉 보존적 뉴클레오티드 치환에 의해 참조 서열과는 차이나는 뉴클레오티드를 포함하며, 이에 의해 1 이상의 뉴클레오티드가 동일한 특성을 가진 다른 것에 의해 치환된다.
서열번호 1 내지 23의 서열은 SMAR Scan을 이용해 인간 염색체 1 및 2를 스캐닝함으로써 동정하였으며, 여기서 신규한 MAR 서열의 동정은 그 후 공지된 기술을 이용해 가능하지만, 서열번호 24 내지 27의 서열은 혼합 SMAR Scan 방법을 이용해 인간 게놈을 완전하게 스캐닝함으로써 동정 가능함을 보여준다.
첫번째 단계에서, 도 3에 표시된 바와 같은 가장 높은 벤트, 메이저 그루브 깊이, 마이너 그루브 너비 및 가장 낮은 녹는점과 일치하는 부위로서, 벤트 DNA 엘리먼트를 동정하기 위해, 염색체 1 및 2 모두를 스크리닝하였다. 두번째 단계에서, 도 8B)에 표시된 바와 같은 서열번호 1 내지 23의 서열을 산출하는 SATB1, GATA 등과 같은 조절 단백질의 결합 자리에 대해, 이러한 서열의 집단을 스캐닝하였다. 게다가, 서열번호 21 내지 23의 서열이 인간 게놈 데이터베이스의 공지된 유전자의 다음에 위치하는 것으로 추가로 확인되었다.
서열번호 24 내지 27에 있어서, 이러한 서열들은 혼합 방법에 따라 인간 게놈을 스캐닝함으로써 산출되었으며, 1757개 MAR 엘리먼트 중 일례로서 선별되어 검출되었다.
또한, MAR 서열의 분자 키메라도 본 발명에서 검토되었다. 분자 키메라가, MAR 엘리먼트의 기능적 부분을 포함할 수 있는 뉴클레오티드 서열로 간주됨으로서, 당업계에 공지된 분자 생물학적 방법에 의해 수득될 수 있다.
또한, MAR 엘리먼트 또는 단편 또는 이의 일부분의 구체적인 조합도 본 발명에서 검토되었다. 이러한 단편들은 당업계에 공지된 다양한 방법에 의해 제조될 수 있다. 이러한 방법은 제한 효소를 이용한 절단 및 단편의 회복, 화학 합성 또는 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다.
따라서, 서열번호 1 내지 27의 서열의 엘리먼트 또는 단편 및 cLysMAR 엘리먼트 또는 단편의 구체적인 조합도, 얻어지는 작용의 결과에 따라 본 발명에서 간주된다. cLysMAR의 엘리먼트는, 참조 문헌으로서 명세서 전체가 본원에 포함되어 있는 특허공개공보 WO 02/074969호에 개시된 바와 같은 B, K 및 F 부위이다. 본 발명에 사용된 cLysMAR의 바람직한 엘리먼트는 B, K 및 F 부위이다. 단지 1개의 엘리먼트가 사용될 수 있거나, 동일하거나 다른 엘리먼트의 복합 카피(멀티머화된 엘리먼트)가 사용될 수도 있다(참조, 도 8A)).
단편은 각 뉴클레오티드 서열의 일부로 간주된다. MAR 뉴클레오티드 서열의 단편은 생물학적 활성을 보유할 수 있으며, 이로 인해 정제된 핵 매트릭스에 결합하고 및/또는 프로모터에 작동가능하게 연결된 코딩 서열의 발현 패턴을 변화시킨다. MAR 뉴클레오티드 서열의 단편은 약 100 내지 1000 bp 이상, 바람직하게는 약 200 내지 700 bp, 더욱 바람직하게는 300 내지 500 bp 뉴클레오티드가 될 수 있다. 또한, 천연 MAR 엘리먼트 및/또는 단편으로 구성된 합성 MAR 서열에 존재하는 동일한 갯수의 뉴클레오티드를 포함하는, 모든 조합의 단편도 고려된다. 상기 단편은 바람직하게는 링커 서열에 의해 조립된다. 바람직한 링커는 BglII-BamHI 링커이다.
“단백질 생산 증가 활성”은 하기와 같이 정의된 분리 및 정제된 DNA 서열의 활성을 지칭한다: 적합한 조건하에서 진핵 숙주 세포에 도입되고 난 뒤에, 상기 서열은 상기 DNA 서열의 부재하에서 형질전환된 세포의 배양에 비교하여 세포 배양에서의 단백질 생산 레벨을 증가시킬 수 있다. 통상적으로, 상기 증가는 1,5 내지 10배, 바람직하게는 4 내지 10배이다. 이는 매일 세포 당 10 pg 이상의 생산 속도 또는 특이 세포 생산도와 일치한다(참조, 실시예 11 및 도 13).
본원에 사용된, 다음의 정의들이 본 발명의 이해를 돕기 위해 제공된다.
“염색질(chromatin)”은 진핵 세포의 염색체를 구성하는 단백질 및 핵산 물질이며, DNA, RNA 및 관련(associated) 단백질로 지칭된다.
“염색질 엘리먼트(chromatin element)”는 염색체로 삽입될 때 염색질 구조를 변형하는 특성을 가진, 염색체 상의 핵산 서열을 의미한다.
“시스(Cis)”는 동일 핵산 분자(동일 벡터, 플라스미드 또는 염색체와 같은) 상의 2개 이상의 엘리먼트(염색질 엘리먼트와 같은)의 배치(placement)를 지칭한다.
“트랜스(Trans)”는 2개 이상의 다른 핵산 분자(2개의 벡터 또는 2개의 염색체와 같은) 상의 2개 이상의 엘리먼트(염색질 엘리먼트와 같은)의 배치를 지칭한다.
염색질 변형 엘리먼트는, 잠재적으로 위치 효과를 극복하는 것이 가능하고, 안정한 세포주를 개발하기 위한 소망하는 유전자가 되며, 경계 엘리먼트(boundary elements, BEs), 매트릭스 부착 부위(matrix attachment regions, MARs), 위치 조절 부위(locus control regions, LCRs) 및 범용 오프닝 엘리먼트(universal opening elements, UCOEs)를 포함한다.
경계 엘리먼트(“BEs”) 또는 인슐레이터(insulator) 엘리먼트는, 많은 경우에 있어서 염색질 내에서 경계를 정의하며(Bell A and Felsenfeld G. 1999; “Stopped at the border: boundaries and insulators”, Curr Opin Genet Dev 9, 191-198), 인 비보에서 전사적 도메인을 한정하는 역할을 할 수 있다. BEs는 내인성 프로모터/인핸서 활성이 부족하지만, 둘러싸는 염색질에 있는 조절 엘리먼트의 전사적 영향으로부터 유전자를 보호하는 것으로 생각된다. 인핸서-방어(block) 분석은 인슐레이터 엘리먼트를 동정하는데 통상적으로 사용된다. 이 분석에서, 염색질 엘리먼트는 인핸서 및 프로모터의 사이에 위치하며, 인핸서-활성화된 전사가 측정된다. 경계 엘리먼트는 초파리, 효모 및 포유동물 세포에서 포지션(position) 효과에 대항하여 안정하게 형질전환된 리포터 유전자를 방어할 수 있는 것으로 확인되었다. 또한, 이들은 유도성 형질전환 유전자 발현과 함께 형질전환 생쥐의 비율을 증가시키는 것으로 확인되었다.
위치 조절 부위(locus control regions, “LCRs”)는 최초의 위치 염색질 활성 및 그 이후의 그의 본래 위치에서의 유전자 전사에 필요한 시스-조절 엘리먼트이다(Grosveld, F. 1999, Activation by locus control regions Curr Opin Genet Dev 9, 152-157). 또한, LCRs의 활성 작용은, 숙주 게놈에 있는 삽입의 위치와는 상관없이, 형질전환 생쥐에 있는 적당한 조직에서 결합된(coupled) 형질전환 유전자의 발현을 가능하게 한다. 일반적으로, LCRs은, 연결된 유전자에서 조직-특이적 발현 레벨을 부여하는 반면, 절단된 인간 T-세포 수용체 LCR 및 쥐 LAP LCR에 대해서는 형질전환 생쥐에 있는 거의 모든 조직에서 효율적으로 발현함이 보고되었다. 가장 광범위하게 특성화된 LCR은 글로빈 위치의 것이다. 겸형 적혈구 병 및 (3-지중해빈혈증의 유전자 치료용 벡터에서의 이의 용도가 최근에 검증되었다.
잘 수용된(well-accepted) 모델에 따르면, “MARs”는 핵 매트릭스에 대한 특정 DNA 서열의 고정을 유도하고, 이종염색질 코어로부터 바깥쪽으로 확장하는 염색질 루프 도메인을 생성할 수 있다. MARs는 어떠한 명백한 일치 서열 또는 인식가능 서열도 포함하지 않지만, 이들의 가장 일치하는 특징은 1개 가닥 상에서 A/T 함량이 전체적으로 높고 C 염기가 우세한 경향이 있다는 것이다(Bode J, Schlake T, Rios-Ramirez M, Mielke C, Stengart M, Kay V and Klehr-Wirth D, “Scaffold/matrix-attached regions: structural propreties creating transcriptionally active loci” Structural and Functional Organization of the Nuclear Matrix : International Review of Citology, 162A:389-453, 1995). 이러한 부위들은 가닥 분리될 수 있는 성향이 있는 벤트 2차 구조를 형성하려는 경향이 있다. 이들은 염기 짝없는 부위(base unpairing regions, BURs)로 종종 일컫어지며, 가닥 분리의 핵 형성 포인트를 나타낼 수 있는 코어-풀림 엘리먼트(core-unwinding element, CUE)를 포함한다(Benham C and al., Stress-induced duplex DNA destabilization in scaffold/matrix attachment regions, J. Mol . Biol ., 274:181-196, 1997). 수개의 간단한 AT-풍부 서열 모티프가 MAR 서열 내에서 종종 발견되나, 대부분의 경우, 이들의 기능적 중요성 및 활성의 포텐셜 모드가 여전히 불명확하다. 이들은 A-박스(AATAAAYAAA), T-박스(TTWTWTTWTT), DNA 풀림 모티프(AATATATT, AATATT), SATB1 결합 자리(H-박스, A/T/C25) 및 척추동물(RNYNNCNNGYNGKTNYNY) 또는 초파리(GTNWAYATTNATNNR)에 대한 일치 토포아이소머라제 II 위치를 포함한다.
유비퀴터스 염색질 개방 엘리먼트(“광범위하게 작용하는 염색질 개방 부위”로 알려진, “UCOEs”)가 국제공개공보 WO 00/05393호에 보고되었다.
“인핸서(enhancer)”는 유전자의 상동성, 유전자와 관련한 서열의 위치 또는 서열의 방향과는 독립적으로 유전자의 전사를 가능하게 하는 작용을 하는 뉴클레오티드 서열이다. 본 발명의 벡터는 선택적으로 인핸서를 포함한다.
“유전자”는 주어진 성숙 단백질을 인코딩하는 데옥시리보뉴클레오티드 (DNA) 서열이다. 본원에 사용된, 용어 “유전자”는 RNA 전사 개시 신호와 같은 비전사된 플랭킹 부위, 폴리아데닐화 첨가 위치, 프로모터 또는 인핸서를 포함하지 않을 것이다.
“생성물 유전자(product gene)”는 진단 또는 치료적 용도와 같은 요구되는 특성을 가지는 단백질 생성물을 인코딩하는 유전자이다. 생성물 유전자는 예를 들어 구조 유전자 및 조절 유전자를 포함한다.
“구조 유전자”는 구조 단백질을 인코딩하는 유전자를 지칭한다. 구조 유전자의 예는, 이에 한정되는 것은 아니지만, 세포골격 단백질, 세포외 매트릭스 단백질, 효소, 핵공(nuclear pore) 단백질 및 핵 스캐폴드 단백질, 이온 채널 및 트랜스포터, 수축 단백질 및 샤페론(chaperone)을 포함한다. 바람직한 구조 유전자는 항체 또는 항체 단편을 인코딩한다.
“조절 유전자”는 조절 단백질을 인코딩하는 유전자를 지칭한다. 조절 유전자의 예는, 이에 한정되는 것은 아니지만, 전사 인자, 호르몬, 성장 인자, 사이토카인, 신호 전달 분자, 종양유전자, 원형-종양유전자(proto-oncogenes), 막투과 수용체 및 단백질 키나아제를 포함한다.
“방향성(orientation)”은 주어진 DNA 서열에서의 뉴클레오티드의 순서를 지칭한다. 예를 들어, DNA 서열의 역전된 방향성은, 다른 서열과 관련하는 서열에서의 5'쪽에서 3'쪽으로의 순서가, 서열이 수득되는 DNA에 있는 참조 포인트에 비교했을때 역전되어 있는 것이다. 이러한 참조 포인트는 원천(source) DNA에 있는 다른 특성화된 DNA 서열의 전사의 방향 및/또는 서열을 포함하는 복제가능 벡터의 복제 기원(origin)을 포함할 수 있다.
“진핵 세포”는 진핵 생물체로부터의 모든 포유동물 세포 또는 비-포유동물 세포를 지칭한다. 비-제한적인 실시예에 의하면, 세포 배양 조건하에서 유지가 가능하고 그 후에 형질전환된 모든 진핵 세포가, 본 발명에 포함될 수 있다. 특히 바람직한 세포 타입은 예를 들어 줄기 세포, 배아 줄기 세포, 중국 햄스터 난소 세포(Chinese hamster ovary cells, CHO), COS, BHK21, NIH3T3, HeLa, C2C12, 암 세포 및 1차 분화된 세포 또는 미분화된 세포를 포함한다. 다른 적합한 숙주 세포는 당업자에게 공지되어 있다.
용어 “숙주 세포” 및 “재조합 숙주 세포”는 본원에서 상호교환하여 사용가능하며, 1개 이상의 본 발명의 벡터가 도입된 진핵 세포를 나타낸다. 이러한 용어는 특정 대상 세포 뿐만 아니라 이러한 세포의 자손 또는 잠재적 자손을 지칭하는 것으로 이해된다. 왜냐하면, 돌연변이 또는 환경적 영향으로 인해 계속되는 세대에서 특정한 변형이 유발될 수 있기 때문이며, 사실, 이러한 자손은 부모 세포와 동일하지 않을 수 있지만, 본원에 사용된 용어의 범위 내에 여전히 포함된다.
용어 “진핵 숙주 세포로의 정제된 DNA의 도입” 또는 “형질전환”은 수반되는 물질을 포함하거나 포함하지 않는 세포외 DNA가 숙주 세포로 들어가는 모든 과정을 지칭한다. 용어 “형질전환된 세포(cell transfected)” 또는 “형질전환 세포(transfected cell)”는 세포외 DNA가 도입되어 세포외 DNA를 포함하는 세포를 의미한다. DNA가 세포내로 도입될 수 있으며, 이에 의해 핵산은 염색체 삽입물 또는 외부 염색체 엘리먼트로서 복제가능하다.
본원에서 사용된 “프로모터(promoter)”는 유전자의 발현을 조절하는 핵산 서열을 지칭한다.
“동시-형질전환”은 1개 이상의 외인성 유전자, 또는 벡터, 또는 플라스미드, 세포에 대한 외래유전자-이들 중의 하나는 세포에서 선택적 표현형을 부여할 수 있음-를 이용해 진핵 세포를 형질전환시키는 과정을 의미한다.
또한, 단백질 생산 증가 활성을 갖는 분리 및 정제된 DNA 서열은, 1 이상의 벤트 DNA 엘리먼트와는 관계없이, DNA 결합 단백질에 대한 1 이상의 결합 자리를 포함한다.
통상적으로, DNA 결합 단백질은 전사 인자이다. 전사 인자의 예는 polyQpolyP 도메인 단백질을 포함하는 그룹이다. 전사 인자의 다른 예는 SATB1, NMP4, MEF2, S8, DLX1, FREAC7, BRN2, GATA 1/3, TATA, Bright, MSX, AP1, C/EBP, CREBP1, FOX, Freac7, HFH1, HNF3alpha, Nkx25, POU3F2, Pit1, TTF1, XFD1, AR, C/EBPgamma, Cdc5, FOXD3, HFH3, HNF3 beta, MRF2, Oct1, POU6F1, SRF, V$MTATA_B, XFD2, Bach2, CDP CR3, Cdx2, FOXJ2, HFL, HP1, Myc, PBX, Pax3, TEF, VBP, XFD3, Brn2, COMP1, Evil, FOXP3, GATA4, HFN1, Lhx3, NKX3A, POU1F1, Pax6 및 TFIIA를 포함하는 군으로부터 선택되는 전사 인자 또는 이러한 전사 인자 2개 이상의 혼합인 것이 바람직하다. 가장 바람직한 것은 SATB1, NMP4, MEF2 및 polyQpolyP 도메인 단백질이다.
예를 들어, SATB1, NMP4 및 MEF2는 포유동물에서 발생 및/또는 조직-특이적 유전자 발현을 조절하는 것으로 알려져 있다. 이러한 전사 인자들은 DNA 기하구조를 변화시키고, 상호적으로는 그의 구조를 변형하는 알로스테릭(allosteric) 리간드로서 DNA에 결합하는 능력을 갖는다. 최근에, SATB1이 헤테로염색질을 둘러싸는 케이지-유사(cage-like) 구조를 형성하는 것으로 확인되었다(Cai S, Han HJ , and Kohwi-Shigematsu T, “Tissue-specific nuclear architecture and gene expression regulated by SATB1” Nat Genet, 2003. 34(1): p. 42-51).
또한, 본 발명의 다른 목적은 분리 및 정제된 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편, 이의 상보적 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체를 제공하는 것이다.
더욱 바람직하게는, 상기 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편은 B, K 및 F 부위로부터 선택되는 1개 이상의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
본 발명의 또 다른 목적은 링커 서열들 사이에서 조립된 천연 MAR 엘리먼트 및/또는 단편을 포함하는 합성 MAR 서열을 제공하는 것이다.
바람직하게는, 합성 MAR 서열은 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편, 이의 상보적 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체를 포함한다. 또한 바람직하게는, 링커 서열은 BglII-BamHI 링커이다.
본 발명의 또 다른 목적은, DNA 벤딩, 메이저(major) 그루브(groove) 깊이 및 마이너(minor) 그루브 너비 포텐셜 및 녹는점에 상응하는 1 이상의 DNA 서열 특성의 값을 계산하는 단계를 포함하는, 바이오인포매틱스 기술을 이용한 MAR 서열의 동정 방법을 제공하는 것이다. 바람직하게는, 1 이상의 DNA 서열 특성의 확인 방법은 DNA 결합 단백질에 대한 결합 자리와 일치하는 DNA 서열 특성을 추가로 확인하는 것을 포함하며, 이는 본 발명의 방법을 이용하여 계산한다.
바람직하게는, 상기 바이오인포매틱스 기술의 프로파일 또는 웨이트-매트릭스는 디뉴클레오티드 인식에 기초한다.
본 발명에 유용한 바이오인포매틱스 기술은 바람직하게는, Gene Express(http://srs6.bionet.nsc.ru/srs6bin/cgi-bin/wgetz-e+[FEATURES-SiteID:'nR'])에 의해 개발된 알고리즘을 포함하고 레비스키 등의 문헌(Levitsky et al., 1999)를 기초로 하는 SMAR Scan이다. 이러한 알고리즘은 디뉴클레오티드 웨이트-매트릭스를 기준으로 하는 프로파일을 인식하며, 이로 인해 DNA의 형태학적 및 물리화학적 특성에 대한 이론적 값을 계산한다.
바람직하게는, SMAR Scan은 DNA 벤딩, 메이저 그루브 깊이 및 마이너 그루브 너비 포텐셜 및 녹는점에 상응하는 DNA 서열 특성으로도 표시될 수 있는 4개의 이론적 기준-가능하다면 이들의 모든 조합-을 사용하며, 다양한 크기의 스캐닝 윈도우를 이용한다(참조, 도 3). 사용된 각 기능에 대해, 컷-오프(cut-off) 값이 설정된다. 상기 프로그램은 주어진 부위의 계산된 값이, 선택된 모든 기준에 대해 설정진 컷-오프 값 이상일 때마다 히트(hit)를 반환(return)한다. 2개의 데이터 출력 모드는 히트를 다루기에 유용하며, 첫번째 모드(“프로파일-유사”로 일컫어짐)는 간단하게 쿼리(query) 서열상의 모든 히트 포지션 및 선택된 다른 기준에 대해 일치하는 값을 리턴한다. 두번째 모드(“일치 히트”로 일컫어짐)는 단순히 수개의 일치 히트의 위치 및 이의 일치하는 서열을 리턴한다. 이 모드에 있어서, 일치 히트의 최소 갯수는 가변 윈도우 사이즈로 다시 세팅될 수 있는 다른 컷-오프 값이다. 이 두번째 모드는 SMAR Scan의 초기설정 모드이다. 대신에, 의미론적 관점에서, 히트는 코어-풀림 엘리먼트(CUE)로 간주되며, 관련 단백질에 대한 결합 자리의 클러스터를 동반하는 CUEs의 클러스터는 MAR로 간주된다. 따라서, SMAR Scan은 잠재적 MAR로서 단지 수개의 일치 히트로 간주된다.
4개의 이론적 구조적 기준에 대한 초기설정 컷-오프 값을 조정하기 위해, SMARt DB(http://transfac.gbf.de/- SMARt DB)의 실험적으로 확인된 MARs이 사용되었다. 데이터베이스로부터 모든 인간 MAR 서열을 검색한 뒤 4개의 기준 및 컷-오프 값 설정을 가지지 않는 “프로파일-유사” 모드를 이용하는 SMAR Scan로 분석하였다. 이는 서열의 각 위치에 대한 각 기능을 설정할 수 있게 하였다. 그리고 난 뒤, 각 기준에 대한 분포를 이러한 데이타에 따라 계산하였다(참조, 도 1 및 3).
벤드, 메이저 그루브 깊이 및 마이너 그루브 너비에 대한 SMAR Scan의 초기설정 컷-오프 값을 75번째 변위치(quantile) 및 중위수(median)의 평균에 맞추었다. 녹는점에 대해, 초기설정 컷-오프 값은 75th 변위치에 맞추어야 한다. “일치-히트” 모드에 대한 최소 길이는 300에 설정하여야 하는데, 왜냐하면 이것이 MAR의 최소 길이로 예측되기 때문이다(참조, 도 8 및 9). 그러나, 당업자라면, 최소의 실험으로 주어진 생물체에 대한 상기-언급한 기준에 대한 컷-오프 값을 결정할 수 있을 것이다.
바람직하게는, DNA 벤딩 값은 3 내지 5°(각도, radial degree)이다. 가장 바람직하게는, 이들은 도 1의 가장 작은 피크와 일치하는, 3.8 내지 4.4°에 위치한다.
바람직하게는, 메이저 그루브 깊이 값은 8.9 내지 9.3 Å(옹스트롱)이고, 마이너 그루브 너비 값은 5.2 내지 5.8 Å이다. 가장 바람직하게는, 메이저 그루브 깊이 값은 9.0 내지 9.2 Å이고, 마이너 그루브 너비 값은 5.4 내지 5.7 Å이다.
바람직하게는, 녹는점은 55 내지 75℃(섭씨 온도)이다. 가장 바람직하게는, 상기 녹는점은 55 내지 62℃이다.
그 값이 상기 방법에 의해 계산될 수 있는 DNA 결합 단백질은 통상적으로 전사 인자이고, 바람직하게는 polyQpolyP 도메인 또는 SATB1, NMP4, MEF2, S8, DLX1, FREAC7, BRN2, GATA 1/3, TATA, Bright, MSX, AP1, C/EBP, CREBP1, FOX, Freac7, HFH1, HNF3alpha, Nkx25, POU3F2, Pit1, TTF1, XFD1, AR, C/EBPgamma, Cdc5, FOXD3, HFH3, HNF3 beta, MRF2, Oct1, POU6F1, SRF, V$MTATA_B, XFD2, Bach2, CDP CR3, Cdx2, FOXJ2, HFL, HP1, Myc, PBX, Pax3, TEF, VBP, XFD3, Brn2, COMP1, Evil, FOXP3, GATA4, HFN1, Lhx3, NKX3A, POU1F1, Pax6 및 TFIIA를 포함하는 군으로부터 선택되는 전사 인자 또는 이 전사 인자들의 2개 이상의 조합이다.
그러나, 당업자라면 본 발명에 따른 방법을 수행하기 위해 다른 종류의 전사 인자를 결정할 수 있다.
예를 들어, SMAR Scan이 큰 스케일의 분석을 수행하기 위해 사용되는 경우는, 바람직하게는 상기-언급한 방법은 계산을 줄이기 위해 DNA 전사 인자에 대한 DNA 결합 자리를 예측하는 1 이상의 필터를 추가로 포함한다.
본 발명의 방법의 원리는 상술한 바와 같은 구조적 특성을 계산하기 위한 SMAR Scan 및 예를 들어 pfsearch(Bucher P, Karplus K, Moeri N, and Hofmann K, “A flexible search technique based on gen-eralized profiles” Computers and Chemistry , 20:3-24, 1996에 개시된 바와 같은 pftools 패키지로부터의)와 같은 필터를 결합함으로써, 일부 전사 인자의 결합을 예측하는 것이다.
필터의 예는, 이에 한정되는 것은 아니지만 pfsearch, MatInspector, RMatch Professional 및 TRANSFAC Professional을 포함한다.
이 혼합 방법은 SMAR Scan의 구조적 특성 및 MARs를 선별하기 위해 순서대로 적용될 수 있어 이로 인해 필터상의 의존성이 상기 방법의 시작 또는 끝에 적용될 수 있는 특정 전사 인자에 대한 필터의 예측된 결합력을 이용한다.
상기 첫번째 레벨은 1차 입력 서열을 제외한 서열을 선별하며, 필터에 구성되어 있는 상기 두번째 레벨은 필터에 의해 사용된 기준을 만족하는 서열로부터 선별된 것 중에서 억제하기 위해 사용될 수 있다.
이러한 혼합 방법에서, 필터는 프로파일 또는 예컨대 MatInspector(Quandt K, Frech K, Karas H, Wingender E, Werner T, “MatInd and MatInspector -New fast and versatile tools for detection of consensus matches in nucleotide sequence data”, Nucleic Acids Research , 23, 4878-4884, 1995.)의 웨이트 매트릭스를 이용해 DNA 결합 자리의 클러스터를 검출한다. 또한, 상기 필터는 DNA 결합 자리의 클러스터의 밀도도 검출할 수 있다.
상기 혼합 방법은 실제적으로 SMAR Scan에 대해 Perl에 기재된 “래퍼(wrapper)”이며, 이 경우 pfsearch는 pftools의 필터로서 사용된다. 상기 혼합 방법은 잠재적인 “필터”로서 이러한 기술들(SMAR Scan 또는 필터) 중의 하나를 각 레벨에서 이용하는 2 레벨의 과정을 수행하며, 각 필터는 무작위로 선택할 수 있고 어떠한 필터링을 수행하지 않고도 예측된 특성을 계산하는데 사용가능하다.
만약, SMAR Scan이 연속으로 필터하기 위해 첫번째 레벨에서 사용되면, 이는 서열을 반환하기 위해 “모든 일치 히트” 모드와 함께 사용되어야 한다. 만약 pfsearch가 첫번째 필터로서 첫번째 레벨에서 사용되면, 이는 오직 한개의 프로파일과 함께 사용되어야 하고, 뉴클레오티드에서의 거리가 제공될 필요가 있다. 이 거리는 서열을 반환하기 위해 제공된 거리보다 하위(inferior)의 거리에 위치하는 pfsearch 히트와 함께 사용될 수 있다; 상기 혼합 방법은 pfsearch를 착수하고, 이의 출력을 분석하며, 제공된 거리에 따라 함께 사용되는 pfsearch에 대응되는 서열을 반환한다. 그 후, 첫번째 레벨에서 사용되는 기술이 어느 것이든지 간에, 선별되는 부분(sub)-서열의 길이는 “히트 연장(hit extension)”이라 일컫어지는 파라미터에 따라 양쪽 말단으로 체계적으로 연장될 수 있다.
두번째 레벨 및 무작위 선택적인 레벨은 서열(이미 필터된 서열 또는 필터되지 않은 입력 서열)을 필터하거나, 이러한 서열 상에서 어떠한 필터도 수행하지 않는 SMAR Scan 및/또는 pfsearch의 결과를 얻는데 사용될 수 있다. 만약 혼합 방법의 두번째 레벨이 필터하는데 사용되면, 고려된 각 기준에 대해, 컷오프 값(뉴클레오티드 당 히트)은 이러한 서열들을 필터하기 위해 제공될 필요가 있다(참조, 도 20).
또한, 본 발명의 다른 목적은 프로파일 또는 웨이트 매트릭스를 이용하여 DNA 결합 자리의 클러스터를 검출하는 1 이상의 필터를 포함하는, MAR 서열의 동정방법을 제공하는 것이다. 바람직하게는, 상기 방법은 2 레벨의 필터를 포함하며, 이 경우 SMAR Scan은 상기 방법에서 완전히 제외된다. 통상적으로, 2 레벨은 pfsearch에 포함된다.
또한, 본 발명에 포함되는 것은, 기술된 바이오인포매틱스 기술을 이용해 MAR 서열을 동정하는 방법, 혼합 방법 또는 1 이상의 필터를 포함하는 방법에 따라 동정가능한 분리 및 정제된 MAR DNA 서열이다.
혼합 방법에 의한 전체 인간 게놈의 분석은, 전체 1 065 305개의 염기쌍으로 표시되는 1757개의 추정 MARs를 모두 도출하였다. 결과의 갯수를 감소시키기 위해, 이러한 1757개의 MARs 상에서 디뉴클레오티드 분석을 수행하였으며, 5'에서 3'쪽으로의 방향에 있는 양 가닥으로 여겨지는 각 서열에 대한 16개의 가능한 디뉴클레오티드 백분율을 각각 계산하였다.
놀랍게도, 본 출원인은 혼합 방법에 의해 검출되는 모든 “슈퍼(super)” MARs가 100개의 일치 염기쌍의 스트레치 상에 10% 이상의 디뉴클레오티드 TA를 포함하고 있음을 확인하였다. 바람직하게는, 이러한 서열들은 100개의 일치 염기쌍의 스트레치 상에 33% 이상의 디뉴클레오티드 TA를 포함한다.
또한, 본 출원인은 이러한 동일 서열들이 100개의 일치 염기쌍의 스트레치 상에 12% 이상의 디뉴클레오티드 AT를 추가로 포함함을 확인하였다. 바람직하게는, 이 서열들은 100개의 일치 염기쌍의 스트레치 상에 33% 이상의 디뉴클레오티드 AT를 포함한다.
본 발명의 또 다른 목적은 서열번호 1 내지 27의 서열로부터 선택되는 서열, 이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체를 포함하는, 전술한 모든 MARs의 분리 및 정제된 MAR DNA 서열을 제공하는 것이다.
바람직하게는, 상기 분리 및 정제된 MAR DNA 서열은 서열번호 24 내지 27의 서열로부터 선택되는 서열, 이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체를 포함한다. 이러한 서열번호 24 내지 27의 서열은 혼합 방법에 의해 검출되는 것에 대응되며, 서열번호 1 내지 23의 서열보다 더 높은 단백질 생산 증가 활성을 나타낸다.
또한, 본 발명은 제1 분리된 매트릭스 부착 부위(matrix attachment region, MAR) 뉴클레오티드 서열을 포함하는 분리 및 정제된 DNA 서열, 여기서 MAR 뉴클레오티드 서열은 하기를 포함하는 군으로부터 선택됨:
- 단백질 생산 증가 활성을 가진 분리 및 정제된 DNA 서열,
- 기재된 바이오인포매틱스 기술을 이용하는 MAR 서열을 동정하기 위한 방법, 혼합 방법 또는 1 이상의 필터를 포함하는 방법에 따라 동정가능한 분리 및 정제된 MAR DNA서열,
- 서열번호 1 내지 27의 서열,
- 분리 및 정제된 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편,
- 링커 서열들 사이에서 조립된 천연 MAR 엘리먼트 및/또는 단편을 포함하는 합성 MAR 서열,
이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체
또는 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편의 MAR 뉴클레오티드 서열, 이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체의, 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키기 위한 용도를 포함한다.
상기 분리 및 정제된 DNA 서열은 통상적으로 당업계에 공지된 바와 같은 1 이상의 조절 서열, 예를 들어 프로모터 및/또는 인핸서, 폴리아데닐화 위치 및 단백질을 발현시키기 위해 통상적으로 이용되거나 선택적으로 선별 마커를 인코딩할 수 있는 스플라이스 정션(splice junction)을 추가로 포함한다. 바람직하게는 상기 분리 및 정제된 DNA 서열은 소망하는 유전자에 작동가능하게 연결된 프로모터를 포함한다.
본 발명의 DNA 서열은 표준 PCR 프로토콜 및 당업계에 공지된 방법에 따라 분리될 수 있다.
숙주 세포와 호환할 수 있게 제공되는 프로모터, 예를들어 폴리오마 바이러스(polyoma virus), 아데노바이러스(아데노바이러스 2와 같은), 파필로마 바이러스(소 파필로마 바이러스와 같은), 조류 사코마 바이러스(avian sarcoma virus), 사이토메갈로바이러스(cytomegalovirus)[생쥐 또는 인간 사이토메갈로바이러스 이미디어트 얼리 프로모터(immediate early promoter)와 같은], 레트로바이러스, 헤파티티스-B 바이러스 및 시미안 바이러스(Simian Virus) 40 (SV 40 얼리 및 레이트 프로모터와 같은)와 같은 바이러스의 게놈으로부터 얻어진 프로모터 또는 액틴(actin) 프로모터 또는 면역글로불린 프로모터와 같은 이종 포유동물 프로모터 또는 열충격 프로모터(heat shock promoters)로부터 얻어진 프로모터가 사용될 수 있다. 이러한 조절 서열들은 직접 구조적(constitutive) 발현을 한다.
더불어, 분리 및 정제된 DNA 서열은 바람직하게는 각 세포 타입에서 핵산을 직접 발현할 수 있는 조절 서열을 추가로 포함한다(예, 조직-특이적 조절 엘리먼트는 핵산을 발현하는데 사용된다). 조직-특이적 조절 엘리먼트는 당업계에 공지되어 있다. 적합한 조직-특이적 프로모터의 비-제한적인 예는 알부민 프로모터(간-특이적; Pinkert,et al., 1987. Genes Dev.1: 268-277), 림프-특이적 프로모터(Calame and Eaton, 1988. Adv. Immunol. 43: 235-275), 특히 T 세포 수용체의 프로모터(Winoto and Baltimore, 1989. EMBOJ. 8: 729-733) 및 면역글로불린(Banerji, etal., 1983. Cell 33: 729-740; Queen and Baltimore, 1983. Cell 33:741-748), 뉴런-특이적 프로모터(예, 뉴로필라멘트 프로모터;Byrne and Ruddle, 1989. Proc.Natl. Acad. Sci. USA 86: 5473-5477), 췌장-특이적 프로모터(Edlund, et al., 1985. Science 230: 912-916) 및 포유동물 샘(gland)-특이적 프로모터(예, 유장(milk whey) 프로모터; 미합중국 특허 제4,873,316호 및 유럽특허출원 제264,166호)를 포함한다.
또한, 발생학적으로 조절된 프로모터도 포함된다. 이러한 프로모터의 예는 예를 들어, 생쥐 혹스(hox) 프로모터(Kessel and Gruss, 1990. Science 249: 374-379) 및 티아-태아단백질(thea-fetoprotein) 프로모터(Campes and Tilghman, 1989. Genes Dev. 3: 537-546)를 포함한다.
조절가능성 유전자 발현 프로모터는 당업계에 잘 공지되어 있으며, 비-제한적인 예로서 CRE/LOX 시스템, TET 시스템, 독시사이클린(doxycycline) 시스템, NFkappaB/UV 광(light) 시스템, Leu3p/이소프로필말테이트 시스템 및 GLVPc/GAL4 시스템과 같은 외인성 분자를 결합시킴으로써 요구되는 단백질을 인코딩하는 유전자의 발현을 조절하는 모든 프로모터를 포함한다(참조, 예, Sauer, 1998, Methods 14 (4): 381-92 ; Lewandoski, 2001, Nat. Rev. Genet 2 (10): 743-55; Legrand-Poels et al., 1998, J. Photochem. Photobiol. B. 45: 18; Guo et al., 1996, FEBS Lett. 390 (2): 191-5; Wang et al., PNAS USA, 1999,96 (15): 84838).
그러나, 당업자라면 다른 종류의 프로모터도 본 발명을 수행하는데 적합함을 판단할 수 있다.
인핸서는 본 발명의 정제된 DNA 서열에 선택적으로 포함되어, 조절 서열, 예를 들어 프로모터에 포함될 수 있다.
“소망하는 유전자(gene of interest)” 또는 “형질전환 유전자(transgene)”는 바람직하게는 단백질(구조적 또는 조절 단백질)을 인코딩한다. 본원에 사용된 “단백질”은 일반적으로 약 10개 이상의 아미노산을 갖는 펩타이드 및 폴리펩타이드를 일컫는다. 단백질은 숙주에 대해 “동형(homologous)”(즉, 숙주 세포에 대한 내인성이 이용됨)이거나, 효모에 의해 생산되는 인간 단백질과 같이 “이형(heterologous)”(즉, 숙주 세포에 대한 이종이 이용됨)이다. 단백질은 세포의 원형질막 주위공간(periplasmic space) 또는 세포질, 또는 세포외 배지에서 불용성 응집물(aggregate) 또는 가용성 단백질로서 생산될 수 있다. 단백질의 예는 성장 호르몬 또는 에리스로포이에틴(EPO)와 같은 호르몬, 표피 성장 인자와 같은 성장 인자, 엔케팔린(enkephalin)과 같은 진통(analgesic) 물질, 키모트립신(chymotrypsin)과 같은 효소, 호르몬 또는 성장 인자에 대한 수용체 및 항체를 포함하며, 가시화 마커, 예를 들어 녹색 형광 단백질과 같이 통상적으로 사용되는 단백질도 포함한다.
바람직하게는, 정제된 DNA 서열은 최소한 하기를 포함하는 군으로부터 선택되는 제2 분리된 매트릭스 부착 부위(MAR) 뉴클레오티드 서열:
- 단백질 생산 증가 활성을 가진 분리 및 정제된 DNA 서열,
- 기재된 바이오인포매틱스 기술을 이용하는 MAR 서열을 동정하기 위한 방법, 혼합 방법 또는 1 이상의 필터를 포함하는 방법에 따라 동정가능한 분리 및 정제된 MAR DNA서열,
- 서열번호 1 내지 27의 서열,
- 분리 및 정제된 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편,
- 링커 서열들 사이에서 조립된 천연 MAR 엘리먼트 및/또는 단편을 포함하는 합성 MAR 서열,
이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체를 추가로 포함한다. 분리된 매트릭스 부착 부위(MAR) 뉴클레오티드 서열은 동일하거나 상이할 수 있다. 선택적으로, 1차 및 2차 동일 MAR 뉴클레오티드 서열이 사용된다.
바람직하게는, MAR 뉴클레오티드 서열은 프로모터 및 소망하는 유전자를 포함하는 서열의 5' 및 3' 말단 모두에 위치한다. 그러나, 본 발명은 상기 1차 및/또는 2차 MAR 뉴클레오티드 서열이 프로모터 및 소망하는 유전자를 포함하는 것과는 다른 서열상에 위치한다는 사실도 포함한다.
또한, 본 발명의 목적에 의해 받아들여지는 것은, 하기를 포함하는 군으로부터 선택되는 제1 분리된 매트릭스 부착 부위(MAR) 뉴클레오티드 서열:
- 단백질 생산 증가 활성을 가진 분리 및 정제된 DNA 서열,
- 기재된 바이오인포매틱스 기술을 이용하는 MAR 서열을 동정하기 위한 방법, 혼합 방법 또는 1 이상의 필터를 포함하는 방법에 따라 동정가능한 분리 및 정제된 MAR DNA서열,
- 서열번호 1 내지 27의 서열,
- 분리 및 정제된 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편,
- 링커 서열들 사이에서 조립된 천연 MAR 엘리먼트 및/또는 단편을 포함하는 합성 MAR 서열,
이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체를 포함하는 분리 및 정제된 DNA 서열이며, 이들은 공지된 프로토콜에 따라 분리 및 정제된 DNA 서열을 진핵 숙주 세포에 삽입시킴으로써 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키는데 사용할 수 있다. 이용되는 진핵 숙주 세포에 DNA를 삽입하는데 통상적으로 적용되는 방법은, 예를 들어 미세주입(microinjection) 또는 미세입자 봄바드먼트(bombardment); 일렉트로트랜스퍼(electrotransfer); 바이러스 벡터의 사용; 전달 시스템내에서의 인캡슐화(encapsulation); 및 칼슘 포스페이트, 디에틸아미노에틸(DEAE)-덱스트란과 같은 형질전환 시약 또는 Lipofect-AMINE 2000(Invitrogen)과 같은 통상적인 형질전환 시스템이다. 바람직하게는, 정제된 DNA 서열을 진핵 숙주 세포에 삽입하는 형질전환 방법은 하기에 기술한 바와 같은 진핵 세포의 형질전환 방법이다.
분리 및 정제된 DNA 서열은 환상(circular) 벡터의 형태에서 사용될 수 있다. 바람직하게는, 분리 및 정제된 DNA 서열은 벡터로서 선형(linear) DNA 서열의 형태에서 사용될 수 있다.
본원에 사용된, “플라스미드” 및 “벡터”는 상호 호환하여 사용되며, 플라스미드는 가장 통상적으로 사용되는 벡터 형태이다. 그러나, 본 발명은 이에 한정되는 것은 아니지만, 등가의(equivalent) 기능을 제공하는 바이러스 벡터(예, 복제 결손 레트로바이러스, 아데노바이러스 및 아데노-연관 바이러스)를 포함하는 다른 형태의 발현 벡터를 포함하는 경향이 있다.
본 발명은 하기 단계를 포함하는 진핵 숙주 세포의 형질전환 방법을 추가로 포함한다:
a) 1 이상의 소망하는 DNA 서열을 포함하는 1 이상의 정제된 DNA 서열 및/또는 MAR 뉴클레오티드 서열 또는 다른 염색질 변형 엘리먼트를 포함하는 1 이상의 분리 및 정제된 DNA 서열을 진핵 숙주 세포에 도입(introducing)하는 단계,
b) 1 이상의 소망하는 DNA 서열을 포함하는 1 이상의 정제된 DNA 서열 및/또는 MAR 뉴클레오티드 서열 또는 다른 염색질 변형 엘리먼트를 포함하는 1 이상의 분리 및 정제된 DNA 서열을 이용하여, 정해진 시간내에 상기 형질전환된 진핵 숙주 세포에 추가로 1회 이상 형질도입하는 것을 수행하는 단계,
c) 상기 형질전환된 진핵 숙주 세포를 선별하는 단계.
바람직하게는, 최소한 2회 내지 4회의 형질전환 단계가 단계 b)에 적용된다.
성공적으로 형질전환된 세포를 선별하기 위해, 일반적으로 선별가능 마커(예, 항생제에 대한 저항성)를 인코딩하는 유전자가 소망하는 유전자와 함께 숙주 세포에 도입된다. 선별가능 마커를 인코딩하는 유전자는 1 이상의 소망하는 DNA 서열을 포함하는 정제된 DNA 서열 및/또는 MAR 뉴클레오티드 서열 또는 다른 염색질 변형 엘리먼트를 포함하는 1 이상의 분리 및 정제된 DNA 서열 상에 위치할 수 있으며, 또는 선택적으로는 분리 형태로 예를 들어 플라스미드로 동시-도입될 수 있다. 다양한 선별가능 마커는 G418, 하이그로마이신 및 메토트렉세이트(methotrexate)와 같은 약물에 대해 내성을 부여하는 것들을 포함한다. 약물의 양은 생산성을 증가시키기 위해 요구되는 만큼 사용될 수 있다.
일반적으로 1 이상의 선별가능 마커가 사용된다. 바람직하게는 다른 형질전환 단계 각각에 사용되는 선별가능 마커는 다르다. 이는 2개의 다른 항생제 마커를 사용함으로써 “복합-형질전환된” 형질전환 세포를 선별가능하게 한다.
단백질 생산 가능하고 세포 벽이 결여된 모든 진핵 숙주 세포가 본 발명의 방법에 사용될 수 있다. 유용한 포유동물 숙주 세포주의 예는 인간 배아 신장 세포주(293 세포 또는 현탁 배양에서 성장한 서브클론된 293 세포, Graham et al., J. Gen Virol 36, 59 (1977)), 인간 자궁경부 암종 세포(HELA, ATCC CCL 2), 인간 폐 세포(W138, ATCC CCL 75), 인간 간 세포(Hep G2, HB 8065)와 같은 인간세포; 새끼 햄스터 신장 세포(BHK, ATCC CCL 10), 중국 햄스터 난소 세포/-DHFR(CHO, Urlaub and Chasin, Proc . Natl . Acad . Sci . USA, 77, 4216 (1980)), 마우스 세르톨리 세포(TM4, Mather, Biol . Reprod 23, 243-251 (1980)), 마우스 유방 세포(MMT 060562, ATCC CCL51)와 같은 설치류 세포; 및 SV4O에 의해 형질전환된 원숭이 신장 CV1 세포주(COS-7, ATCC CRL 1651); 원숭이 신장 세포(CV1 ATCC CCL 70); 아프리카 녹색 원숭이 신장 세포(VERO-76, ATCC CRL-1587); 개(canine) 신장 세포(MDCK, ATCC CCL 34); 물소 래트(rat) 간 세포(BRL 3A, ATCC CRL 1442)와 같은 다른 포유동물의 세포; 마이엘로마(예. NS0)/하이브리도마 세포를 포함한다.
바람직하게는, 선별된 형질전환된 진핵 숙주 세포는 매일 세포당 10 pg 이상의 생산 속도를 가진 단백질 고생산 세포이다.
본원에서 사용하기에 가장 바람직한 것은 포유동물 세포이며, 더욱 바람직한 것은 CHO 세포이다.
분리 및 정제된 DNA 서열의 소망하는 DNA 서열은 통상적으로는 소망하는 유전자, 바람직하게는 상술한 바와 같이 프로모터에 작동가능하게 연결된 단백질을 인코딩하는 소망하는 유전자이다. 1 이상의 소망하는 DNA서열을 포함하는 분리 및 정제된 DNA 서열은 소망하는 MAR 뉴클레오티드 서열의 DNA 서열 또는 다른 염색질 변형 엘리먼트를 추가로 포함할 수 있다.
MAR 뉴클레오티드 서열을 포함하는 분리 및 정제된 DNA 서열은, 예를 들어 서열번호 1 내지 27의 서열을 포함하는 군으로부터 선택되는 서열 및/또는 cLysMAR의 각 엘리먼트, 예를 들어 B, K 및 F 부위 뿐만 아니라 상술한 바와 같은 단편 및 엘리먼트 및 이의 조합이다. 다른 염색질 변형 엘리먼트는 예를 들어 경계 엘리먼트(boundary elements, BEs), 위치 조절 부위(locus control regions, LCRs) 및 범용 오프닝 엘리먼트(universal opening elements, UCOEs)이다(참조, Zanh-Zabal et al. 이미 인용됨). 숙주 세포의 복합 형질전환의 예가 실시예 12에 개시되어 있다(표 3). 1차 형질전환 단계(1차 형질전환)는 소망하는 유전자(SV40EGFP) 단독, MAR 뉴클레오티드 서열(MAR) 단독 또는 소망하는 유전자와 MAR 뉴클레오티드 서열(MAR-SV40EGFP)을 이용하여 수행된다. 2차 형질전환 단계(2차 형질전환)는 소망하는 유전자(SV40EGFP) 단독, MAR 뉴클레오티드 서열(MAR) 단독 또는 소망하는 유전자와 MAR 뉴클레오티드 서열(MAR-SV40EGFP)을 이용하여, 가능하다면 상기 1차 형질전환 단계로부터 얻어지는 조합을 이용하여 수행된다.
바람직하게는, 진핵 숙주 세포는 다음의 단계에 의해 형질전환된다:
a) 1개의 소망하는 DNA 서열 및 추가로 MAR 뉴클레오티드 서열을 포함하는 정제된 DNA 서열을 도입하는 단계,
b) 상기 형질전환된 진핵 숙주 세포에, 1개의 소망하는 DNA 서열 및 추가로 MAR 뉴클레오티드 서열을 포함하는 상기 단계 a)와 동일한 정제된 DNA 서열을 정해진 시간내에 삽입하는 형질전환 단계를 추가로 1회 이상 수행하는 단계.
또한, 바람직하게는, 본 발명의 MAR 뉴클레오티드 서열은 하기를 포함하는 군으로부터 선택되는 분리 및 정제된 DNA 서열:
- 단백질 생산 증가 활성을 가진 분리 및 정제된 DNA 서열,
- 기재된 바이오인포매틱스 기술을 이용한 MAR 서열을 동정하기 위한 방법, 혼합 방법 또는 1 이상의 필터를 포함하는 방법에 따라 동정가능한 분리 및 정제된 MAR DNA서열,
- 서열번호 1 내지 27의 서열,
- 분리 및 정제된 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편,
- 링커 서열들 사이에들 조립된 천연 MAR 엘리먼트 및/또는 단편을 포함하는 합성 MAR 서열,
이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체이다.
놀랍게도, 1차 및 2차 형질전환 사이에서 상승작용이 관찰되었다. 각 상승작용은, 형질전환 단계 1개 또는 모두에 MAR 엘리먼트가 존재할 때 관찰되었다. 상기에 기술한 방법을 이용하여 pMAR 단독으로 또는 다양한 발현 플라스미드와 혼합한 것을 이용해 세포의 복합 형질전환을 수행하였다. 예를 들어, 표 3에서는 pMAR-SV40EGFP 플라스미드를 이용해 세포를 2회 형질전환하는 경우, 매우 높은 GFP 발현 및 모든 조건에서의 증가가 가장 높은 정도(4.3배)를 나타냄을 보여준다. 대조적으로, MAR이 없는 벡터로 2회 형질전환하는 경우, 예측된 2배의 증가 대신에, 매우 낮거나 거의 증가가 없었다(2.8배). 이는 각 형질전환 단계에서의 MAR 엘리먼트의 존재가 최대 단백질 합성을 수행하는데 있어서 특히 중요함을 증명해준다.
형질전환 방법의 구체적인 예로서, 1 이상의 소망하는 DNA 서열을 포함하는 상기 정제된 DNA 서열은, 프로모터에 작동가능하게 연결된 소망하는 유전자, 선별가능 마커 유전자, 및/또는 MAR 서열과 같은 단백질 생산 증가 엘리먼트를 포함하는 복합 연결되지 않은 플라스미드의 형태로 전달될 수 있다.
1차 및 그 다음 DNA 서열의 비율은 특정 세포 타입의 사용에 요구되는 것으로서 적용될 수 있으며, 이는 당업자에게 있어서는 통상적인 실험이 된다.
1차 형질전환된 세포에 추가로 형질전환하기 위한 정해진 시간은, 세포 주기 및 이의 지속시간(duration)에 밀접하게 의존한다. 통상적으로, 정해진 시간은 세포 분열 사이클에 관계된 간격(interval)과 일치한다.
따라서, 이 정확한 타이밍은 특정 세포 타입의 사용에 대해 요구되는 것으로서 적용될 수 있으며, 이는 당업자에게 있어서는 통상적인 실험이 된다.
바람직하게는, 상기 정해진 시간은 숙주 세포의 2차 세포분열 사이클 또는 추가의 세포분열 사이클, 바람직하게는 2차 사이클의 동일한 기간에 진입하는 순간이다.
이 시간은 통상적으로 이전의 형질전환이 일어나고 난 후 6시간 내지 8시간, 바람직하게는 20시간 내지 24시간이 적합하다.
또한, 본 발명에 포함되는 것은 진핵 숙주 세포의 형질전환 방법이며, 상기 방법은 1 이상의 소망하는 DNA 서열을 포함하는 1 이상의 1차 분리 및 정제된 DNA 서열 및 하기를 포함하는 군으로부터 선택되는 1 이상의 MAR 뉴클레오티드를 포함하는 2차 정제된 DNA:
- 단백질 생산 증가 활성을 가진 분리 및 정제된 DNA 서열,
- 기재된 바이오인포매틱스 기술을 이용한 MAR 서열을 동정하기 위한 방법, 혼합 방법 또는 1 이상의 필터를 포함하는 방법에 따라 동정가능한 분리 및 정제된 MAR DNA서열,
- 서열번호 1 내지 27의 서열,
- 분리 및 정제된 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편,
- 링커 서열들 사이에서 조립된 천연 MAR 엘리먼트 및/또는 단편을 포함하는 합성 MAR 서열,
이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체를, 상기 진핵 숙주 세포에 동시-형질전환하는 단계를 포함한다.
상기 1차 분리 및 정제된 DNA 서열은 상기에 기재한 바와 같은 1 이상의 MAR 뉴클레오티드를 포함할 수도 있다.
또한 고려되는 것은 단백질 생산 방법이며, 여기서 진핵 숙주 세포는 본 발명에 제시된 바와 같은 형질전환 방법에 따라 형질전환되고, 단백질의 발현에 적합한 환경하에서 배양 배지에서 배양된다. 상기 단백질은 당업계에 공지된 모든 회수(recover) 과정에 따라 최종적으로 회수된다.
실시예로서 제시된 바와 같이, 다음과 같은 단백질 생산 방법이 사용될 수 있다. 본 발명의 형질전환 방법으로 형질전환된 진핵 숙주 세포는, 상기 단백질의 발현에 적합한 조건하에서 상기 세포를 배양하고 상기 단백질을 회수함으로써 단백질을 생산하는 방법에 사용된다. 적합한 배양 조건은 예를 들어 국제특허공개공보 WO 96/39488에 개시된 바와 같은 진핵 세포의 인 비트로 배양에서 통상적으로 사용된 조건이다. 상기 단백질은 예를 들어 면역친화(immunoaffinity) 또는 이온-교환 컬럼 상에서의 분획(fractionation); 침전; 역상 HPLC; 크로마토그래피; 크로마토포커싱; SDS-PAGE; 젤 여과와 같은 통상적인 분리 기술을 이용하여 배양 세포로부터 분리될 수 있다. 당업자라면 소망하는 폴리펩타이드에 적합한 정제 방법이, 재조합 배양 세포에서 발현되는 동안 폴리펩티드의 특성에 있어서의 변화를 계산하기 위해 변형이 필요함을 잘 알 수 있을 것이다.
본 발명에 따라 생산된 단백질들은 다양한 방법에 의해 기능적으로 테스트될 수 있다. 예를 들어, 항원성 에피토프의 존재 및 리간드에 결합하는 단백질의 능력은 웨스턴 블랏 분석, 형광 세포 선별 분석, 면역침전법, 면역화학 분석 및/또는 경쟁적 결합 분석뿐만 아니라 특이 결합 활성을 측정하는 다른 모든 분석법에 의해 확인될 수 있다.
본 발명의 방법은 이에 한정되는 것은 아니지만 하기를 포함하는 수개의 실제적 적용에 사용될 수 있다:
1. 바이러스/병원체 안타고니스트로서 재조합 숙주 단백질 항원을 이용한 면역화(immunization).
2. 진단 또는 스크리닝 분석용 막 단백질의 생산.
3. 생화학적 연구용 막 단백질의 생산.
4. 구조적 연구용 막 단백질의 생산.
5. 오르판(orphan) 수용체 및 이온 채널의 매핑을 포함하는 면역-조직화학적 매핑을 하기 위한 항체를 생산하기 위한 항원 생산.
또한, 본 발명에 의해 제공되는 것은 모든 선행하는 형질전환 방법에 따라 형질전환된 진핵 숙주 세포이다. 바람직하게는, 진핵 숙주 세포는 포유동물 숙주 세포주이다.
이미 기재한 바와 같이, 유용한 포유동물 숙주 세포주의 예는 인간 배아 신장 세포주(293 세포 또는 현탁 배양에서 성장한 서브클론된 293 세포, Graham et al., J. Gen Virol 36, 59 (1977)), 인간 자궁경부 암종 세포(HELA, ATCC CCL 2), 인간 폐 세포(W138, ATCC CCL 75), 인간 간 세포(Hep G2, HB 8065)와 같은 인간세포; 새끼 햄스터 신장 세포(BHK, ATCC CCL 10), 중국 햄스터 난소 세포/-DHFR(CHO, Urlaub and Chasin, Proc . Natl . Acad . Sci . USA, 77, 4216 (1980)), 마우스 세르톨리 세포(TM4, Mather, Biol . Reprod 23, 243-251 (1980)), 마우스 유방 세포(MMT 060562, ATCC CCL51)와 같은 설치류 세포; 및 SV4O에 의해 형질전환된 원숭이 신장 CV1 세포주(COS-7, ATCC CRL 1651); 원숭이 신장 세포(CV1 ATCC CCL 70); 아프리카 녹색 원숭이 신장 세포(VERO-76, ATCC CRL-1587); 개 신장 세포(MDCK, ATCC CCL 34); 물소 래트(rat) 간 세포(BRL 3A, ATCC CRL 1442)와 같은 다른 포유동물의 세포; 마이엘로마(예. NS0)/하이브리도마 세포를 포함한다.
본원에서 사용하기에 가장 바람직한 것은 CHO 세포이다.
본 발명은 본 발명에 따른 1 이상의 분리 및 정제된 DNA 서열을 포함하는 세포 형질전환 혼합물(mixture) 또는 킷트(kit)도 제공한다.
본 발명은 형질전환 생물체를 추가로 포함하며, 여기서 상기 생물체 세포의 최소한 일부에는, 하기로부터 선택되는 1 이상의 DNA 서열:
- 단백질 생산 증가 활성을 가진 분리 및 정제된 DNA 서열,
- 기재된 바이오인포매틱스 기술을 이용한 MAR 서열을 동정하기 위한 방법, 혼합 방법 또는 1 이상의 필터를 포함하는 방법에 따라 동정가능한 분리 및 정제된 MAR DNA서열,
- 서열번호 1 내지 27의 서열,
- 분리 및 정제된 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편,
- 링커 서열들 사이에서 조립된 천연 MAR 엘리먼트 및/또는 단편을 포함하는 합성 MAR 서열,
이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체가 안정하게 삽입되어 있다.
바람직하게는, 형질전환 생물체의 세포의 일부는 본원에 개시된 방법에 따라 형질전환되어 있다.
또한, 본 발명에 포함되는 것은 형질전환 생물체이며, 이 생물체의 게놈에는 하기로부터 선택되는 1 이상의 DNA 서열:
- 단백질 생산 증가 활성을 가진 분리 및 정제된 DNA 서열,
- 기재된 바이오인포매틱스 기술을 이용한 MAR 서열을 동정하기 위한 방법, 혼합 방법 또는 1 이상의 필터를 포함하는 방법에 따라 동정가능한 분리 및 정제된 MAR DNA서열,
- 서열번호 1 내지 27의 서열,
- 분리 및 정제된 cLysMAR 엘리먼트 및/또는 단편,
- 링커 서열들 사이에서 조립된 천연 MAR 엘리먼트 및/또는 단편을 포함하는 합성 MAR 서열,
이의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 길이에서 70% 이상의 뉴클레오티드를 공유하는 이의 부분 서열, 이의 분자 키메라, 이의 조합 및 변이체가 안정하게 삽입되어 있다.
본 발명에 유용할 수 있는 형질전환 진핵 생물체는 예를 들어 포유동물(마우스, 인간, 원숭이 등)을 포함하며, 구체적으로는 일반적으로 설치류, 곤충(초파리 등), 어류(제브라 피쉬 등), 파충류(개구리, 도룡뇽 등...) 및 c.엘레강스(c. elegans), 효모 등과 같은 다른 단순 생물체와 같은 실험 동물을 포함하는 군으로부터 선택된다.
본 발명의 또 다른 목적은 본 발명에 개시된 바와 같은 MAR 서열의 동정 방법을 수행하기 위한 컴퓨터-수행가능 수단(instruction)을 포함하는 컴퓨터 판독가능한 매체를 제공하는 것이다.
전술한 기재는 하기 실시예를 참조로 함으로써 더 완전하게 이해될 수 있을 것이다. 그러나 이러한 실시예는 본 발명을 실시하는 방법의 일례이며 본 발명의 범위를 제한하지는 않는다.
[실시예]
실험적으로 확인된 인간 MARs 및 비-MAR 서열을 분석함으로써 SMAR Scan의 대략적인 1차 평가를 수행하였다. MAR 서열로서, SMARt Db로부터 인간 MARs를 분서함으로써 얻어진 이전의 결과물을, 도 1에 표시된 바와 같은 각 기준에 대한 밀도 히스토그램을 도표화하는데 사용하였다. 유사하게, 비-MAR 서열도 분석하고 도표화하였다. 비-MAR 서열로서, 염색체 22로부터의 모든 Ref-Seq-contig를 사용하였으며, 이 후자는 비-MAR 서열의 일부로 간주되는 MAR 서열의 무시할 수 있는 부분을 포함하기에 아주 충분한 것으로 고려하였다.
도 1에 표시된 밀도 분포도는 모두 긴 꼬리의 비대칭이었다. 가장 높은 벤드(bend), 가장 높은 메이저 그루브 깊이 및 가장 높은 마이너 그루브 너비에 대한 분포도는 오른쪽으로 비대칭이었다. 가장 낮은 녹는점에 대한 분포도는, 다른 3개와 관련된 기준에 대해 역으로 대응되는 자연적으로 제시된 왼쪽-비대칭이었다. MAR 서열에 대해서는, 실제적으로는 2번째 약한 피크를 가진 2형상(biphasic)의 분포도가 바람직하다. 그리고, MAR 및 비-MAR 서열 분포도 사이에는, 명백한 이동(shift)도 각 도표에서 보인다.
사용된 모든 인간 MAR 서열 중에서, 평균적으로는 이들 중의 약 70%만이 4개의 다른 기준에 대해 인간 MARs 분포의 75th 분위(quantile)보다 큰 값을 가졌다. 유사하게 인간 MARs 분포 각각의 두번째로 약한 피크에 대해서는, 인간 MAR 서열의 15% 만이 이러한 범위밖(outlying) 값을 가졌다. 이러한 인간 MAR 서열의 15% 중에서, 대부분은 인터페론 위치 MAR, 베타-글로빈 위치 MAR(Ramezani A, Hawley TS, Hawley RG, “Performance- and safety-enhanced lentiviral vectors containing the human interferon-beta scaffold attachment region and the chicken beta-globin insulator” Blood, 101:4717-4724, 2003) 또는 아포지방단백질 MAR(Namciu, S, Blochinger KB, Fournier REK, “Human matrix attachment regions in-sulate transgene expression from chromosomal position effects in Drosophila melanogaster” Mol . Cell . Biol., 18:2382-2391, 1998)과 같은, 포지션 영향으로부터 형질전환 유전자를 고립시키는 데 사용되는 매우 잘 도큐멘트된(documented) MARs이었다.
항상 동일한 데이터를 이용하여, 계산된 4개의 이론적 구조 특성 및 AT-함량 사이의 관계를 검증하기 위해 인간 MAR 서열도 사용되었다. 도 2는 분산도(scatterplot) 및 각 쌍의 기준에 대응되는 상관 계수(correlation coefficient) r을 나타낸다.
실시예
2: 생물체에 따른
MAR
서열의 분포도
*다른 생물체의 SMARt DB로부터의 MAR 서열도 상기에 설명한 바와 동일하게 검색하고 분석하였다. 마우스, 닭, 수수(sorghum bicolor) 및 인간에 대한 MAR 서열 농도 분포가 도 3에 함께 플로팅되어 있다.
실시예
3: 전체 염색체 22의
MAR
예측
초기 설정을 사용하고 SMAR Scan을 이용하여 염색체 22로부터 모든 RefSeq contig를 분석하였다. 그 결과로서 SMAR Scan에서 전체 803개의 MARs를 예측하였고, 이의 평균 길이는 446 bp이며, 이는 42777 bp 당 평균 1개의 MAR이 예측됨을 의미한다. 예측된 MARs의 전체 길이는 염색체 22의 길이의 1%에 상응하였다. 예측된 부위의 AT-함량은 65.1% 내지 93.3%이고; 이러한 모든 부위의 평균 AT-함량은 73.5%였다. 따라서, 예측된 MARs는 AT가 풍부한 반면, 염색체 22는 AT가 풍부하지 않았다(52.1% AT).
또한, 염색체 22의 전체를 분석하기 위해 SMARTest가 사용되었으며, 이에 의해 1387개의 MAR 후보자를 얻었고, 이의 평균 길이는 495 bp이고 24765 bp 당 평균적으로 1개의 예측된 MAR을 나타내었다. 예측된 MARs의 전체 길이는 염색체 22의 2%에 대응되었다. 2개의 소프트웨어에 의해 예측된 모든 MARs 중에서, 예측된 154개의 MARs는 2개 모두의 프로그램에 의해 발견되었고, SMAR Scan 및 SMARTest에서 MARs의 19% 및 11%를 각각 예측하는 것으로 나타났다. 제시된 예측된 MARs는 SMAR Scan 및 SMARTest에 대한 길이를 의미하고, SMAR Scan 및 SMARTest 예측간에 중첩하는 기회에 의해 얻어지는 확률은 예측 당 0.0027%이다.
SMAR Scan 예측의 특이성을 검증하기 위해, SMAR Scan 분석을 염색체 22의 무작위로 셔플된 서열 상에서 수행하였다(도 4). 셔플된 서열은 다음의 4개의 다른 방법을 이용해 제조하였다: 10bp의 중첩하지 않는 윈도우 내로 염색체 22를 분할(segmentation)하고 각 윈도우에 있는 뉴클레오티드를 각각 셔플링하는 것; 염색체의 모든 뉴클레오티드를 순차교환시키는 것을 의미하는 “스크램블링(scrambling)”; 10bp의 단편에 있는 염색체의 분할 및 이러한 단편의 무작위 조합을 의미하는 “러블링(rubbling)”, 이들 단편의 무작위 어셈블링 및 최종적으로는 오더(order) 1 마르코브(Markov) 체인, 여기서 다른 상태는 다른 DNA 디뉴클레오티드가 되고 이러한 상태간의 전이 가능성은 염색체 22 스캔에 기초한다. 각 셔플링 방법에 대해, 5개의 셔플된 염색체 22가 제조되었고, 초기설정을 이용하여 SMAR Scan로 분석하였다. 넘버 히트에 대해서는, 평균 3 519 170개 히트(sd: 18 353)가 10bp의 중첩하지 않는 윈도우 내에 있는 순차교환된 염색체 22에서 발견되었고, 171 936,4개 히트(sd: 2 859,04)가 스크램블된 서열에서, 24 708,2개 히트(sd: 1 191,59)가 러블된 염색체 22에서, 평균 2 282개 히트(sd:334,7)가 오더 1 마르코브 체인 모델에 따라 염색체 22로부터 생성된 염색체에서 발견되었으며, 이들 각각은 천연 염색체 22와 함께 발견된 히트의 갯수가 185%(sd:평균 0.5%), 9%(sd:1.5%), 1%(sd:5%) 및 0.1%(sd:15%)로 나타났다. 예측된 MARs의 갯수에 대해서는, 300, 1 997 MARs보다 더 긴 길이의 인접 히트가 10bp(sd:31.2)의 윈도우 내에서 셔플된 염색체 22로 예측되는 것을 의미하며, 단지 2.4 MARs 후보자가 스크램블된 서열(sd:0.96)에서 발견되었고, 러블(rubbled) 및 마르코브 체인 모델에 따라 생성된 서열에서는 발견되지 않았으며, 여기서는 천연 염색체 22에서 발견된 예측된 MARs의 수의 249% 및 0.3% 이하로 각각 표시된다. 이러한 데이터는 DNA 서열이 셔플될때, SMAR Scan이 조직화를 상실한 특정 DNA 엘리먼트를 검출한다는 사실을 제공한다.
SMAR Scan에 의한 MAR 예측의 관련성은, 염색체 9의 숏트 암(short arm)(9p22) 상에 있는 인간 인터페론 유전자 클러스트의 MAR 부위-최근에 공개된-를 분석함으로써 확인하였다. 고에츠 등(Goetze et al. 이미 인용됨)은 BURs(이 경우 스트레스-유도된 듀플렉스 탈안정화(stress-induced duplex destabilization) 또는 SIDD로 의미됨) 및 핵 매트릭스에 대한 인 비트로 결합(도 9, 하단 부분) 사이의 추측되는 관계를 분석하기 위해, WP18A10A7 위치의 완전(exhaustive) 분석을 보고하였다. SIDD 피크 3개는 인 비트로 결합 분석과 일치하였으나, 나머지는 매트릭스 부착 위치와 매치하지 않았다. SMAR Scan을 이용한 인터페론 위치의 조사(도 9, 상단 부분)에서는 SATB1, NMP4 및 MEF2 조절자 결합 자리의 클러스터를 동반하는 3개의 메이저 피크가 활성 MARs와 상호연관성이 좋음을 나타내었다. 따라서, 본 발명자들은 예측된 CUEs 및 이러한 전사 인자에 대한 결합 자리의 발생이 cLysMAR에 제한되지 않으나 모든 MARs의 공통적인 특성이 될 수 있다고 결론지었다. 또한, 이러한 결과들은 SMAR Scan 프로그램이 게놈 서열로부터 MAR 엘리먼트를 효과적으로 검출할 수 있다는 사실을 포함한다.
실험적으로 확인한 MARs가 매핑된 6개의 게놈 서열을 이용해 SMAR Scan의 정확도를 검증하였다. 다른 예측 기술을 이용해 비교를 수행하기 위해, 이전의 서열과 동일한 분석된 서열을 MAR-Finder 및 SMARTest를 비교하는데 이용하였다. 이러한 게놈 서열은 전체 310 151bp이고 37개의 MARs로 실험적으로 확인된 3개의 식물 서열 및 3개의 인간 서열(표 1)이다. 표 1에 있는 SMARTest 및 MAR-Finder에 대한 결과는 이전의 비교(Frisch M, Frech K, Klingenhoff A, Cartharius K, Liebich I and Werner T, In silico pre-diction of scaffold/matrix attachment regions in large genomic sequences, Genome Research, 12:349-354, 2001.)로부터 얻었다.
0.4로 설정된 역치 및 프로타민 위치의 분석을 제외하고, 초기설정 파라미터를 이용해 MAR-Finder를 이용하였고, AT-풍부 규칙(rule)은 제외되었다(프로타민 위치에 대해 수행된 것으로 비 AT-풍부 MARs를 검출하기 위해)
6개의 다른 게놈 서열, 3개의 식물 서열 및 3개의 인간 서열-이들에 대해 실험적으로 확인된 MARs가 공지되어 있음-은 MAR-Finder, SMARTest 및 SMAR Scan을 이용해 분석하였다. 참 양성(true positive) 매치는 굵게 인쇄되어 있고, 마이너스(-)는 거짓 음성(false negative) 매치를 나타낸다. 1 이상의 인 실리코(in silico) 예측에 포함된 실험적으로 확인된 더 긴 MARs의 일부를 각각 참 양성 매치로서 계수하였다. 따라서, 인 실리코 예측의 참(true)의 갯수는 발견된 실험적으로 확인된 MARs의 갯수보다 더 많다. 특이성은 참 양성 예측의 비율로서 정의되어 있는 반면, 민감성은 발견된 실험적으로 확인된 MARs의 비율로서 정의된다. *AT-풍부 규칙은 MAR-Finder를 이용하여 배제되었다.
SMARTest는 MARs로서 28개의 부위를 예측하였고, 이들 중 19개(참 양성)은 실험적으로 확인된 MARs와 연관성이 있지만(특이성: 68%) 9개(32%)는 비-MARs(거짓 양성)에 위치한다. 1 이상의 인 실리코 예측을 포함하는 실험적으로 결정된 가장 긴 MARs의 일부로서, 19개의 참 양성은 실질적으로 14개의 다른 실험적으로 확인된 MARs와 일치한다(특이성: 38%). MARFinder는 MARs로서 25개의 부위를 예측하였고, 이들 중 20개(특이성: 80%)는 12개의 다른 실험적으로 확인된 MARs(민감도: 32%)에 일치하는 실험적으로 확인된 MARs와 관계가 있다. SMAR Scan은 22개 부위를 예측하였고, 17개는 14개의 다른 실험적으로 확인된 MARs(민감도: 38%)와 매치하는 참 양성(특이성:77%)이다.
다른 실시예로서, 인간 염색체 1 및 2에 동일한 분석을 적용하여, 23개의 MARs 서열(서열번호 1 내지 23)을 확인하였다. 이들 서열은 ST25 포맷의 첨부문서 1에 리스트되어 있다.
SMAR Scan에 의해 계산된 구조적 특징 및 S/MAR 기능적 활성 간의 잠재적 연관성을 테스트하기 위해, 계산된 이론적 구조적 특징에 대해 가장 높은 값을 가지는 서열-이하 “슈퍼” S/MARs로 약칭함-을 얻기 위해 매우 엄격한 파라미터를 사용한 혼합 방법을 이용하여 전체 인간 게놈을 분석하였다. 이는 형질전환 유전자 발현 및 재조합 단백질 생산을 증가시키기 위한 많은 잠재성을 가진 예측된 MAR 엘리먼트를 얻기 위해 수행되는 것이 바람직하다. 먼저, 얻어진 추정의 S/MARs를 이를 특성화하고 분류하기 위한 시도의 관점에서 바이오인포매틱스로부터 분석하였다.
6.1 인간 전체 게놈의 분석으로부터 예측된 S/
MARs
인간 전체 게놈으로서, 모든 인간 RefSeq(National Center for Biotechnology Information, The NCBI handbook [Internet]. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), Oct. Chapter 17, The Reference Sequence (Ref-Seq) Project, 2002 (Available from http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books) contigs(release 5)를 사용하였으며, 혼합방법-이는 1차 레벨 프로세싱에 있는 필터로서 SMAR Scan을 이용하고, 가장 높은 벤드 컷오프 값을 제외하고는 초기설정을 이용하는 반면, DNA 벤딩 기준에 대해서는 4.0 도(degree)(3.202 도를 제외하고)의 엄격한 역치가 사용됨-을 이용해 분석하였다.
2차 레벨 프로세싱에서, 예측된 결합 전사 인자는 이러한 서열 상의 어떠한 필터 단계도 수행하지 않는 이전 단계로부터 선택되는 서열로서 생각되었다.
인간 전체 게놈의 혼합 방법에 의한 분석은, 전체 1 065 305 bp(인간 전체 게놈의 0.35%)로 표시되는 1757개의 추정 “슈퍼” S/MARs 전체를 산출하였다. 표 2는 각 염색체에 대해 이의 크기, 이의 유전자의 갯수, 이의 예측된 S/MARs의 갯수, 유전자 당 이의 S/MARs 밀도 및 S/MAR 당 이의 kb를 나타낸다. 이 표는 다른 염색체에 대해 예측된 S/MAR 당 유전자 밀도가 매우 다양함을 나타낸다(표준편차는 예측된 S/MAR 당 평균 유전자 밀도의 50% 이상으로 나타나고, S/MAR 당 더 높은 유전자 밀도 및 더 낮은 밀도 간의 배수 차이는 6.5이다). 또한, 표 2는 S/MAR 당 kb가 S/MAR 당 유전자의 밀도보다 낮게 다양함을 보여준다(표준편차는 S/MAR 당 평균 kb의 25%로 나타나고, S/MAR 당 높은 kb 및 낮은 kb 사이의 배수 차이는 3.2이다).
염색체 |
염색체 당
유전자 갯수 |
염색체 크기
(백만 bp ) |
예측된 S/
MARs
의
갯수 |
S/
MAR
당
유전자 밀도 |
S/
MAR
당
Kb |
1 | 2544 | 230 | 85 | 29.9 | 2705 |
2 | 1772 | 241 | 143 | 12.3 | 1685 |
3 | 1406 | 198 | 101 | 13.9 | 1960 |
4 | 1036 | 190 | 118 | 8.7 | 1610 |
5 | 1233 | 180 | 116 | 10.6 | 1551 |
6 | 1247 | 170 | 94 | 13.2 | 1808 |
7 | 1383 | 160 | 179 | 7.7 | 1754 |
8 | 942 | 145 | 77 | 12.2 | 1883 |
9 | 1100 | 119 | 48 | 22.9 | 2479 |
10 | 1003 | 133 | 71 | 14.1 | 1873 |
11 | 1692 | 132 | 67 | 25.2 | 1970 |
12 | 1278 | 131 | 78 | 16.3 | 1679 |
13 | 506 | 97 | 70 | 7.2 | 1385 |
14 | 1168 | 88 | 36 | 32.4 | 2444 |
15 | 895 | 83 | 35 | 25.5 | 2371 |
16 | 1107 | 81 | 41 | 27 | 1975 |
17 | 1421 | 80 | 37 | 38.4 | 2162 |
18 | 396 | 75 | 51 | 7.7 | 1470 |
19 | 1621 | 56 | 36 | 45.02 | 1555 |
20 | 724 | 60 | 28 | 25.8 | 2142 |
21 | 355 | 34 | 18 | 19.7 | 1888 |
22 | 707 | 34 | 28 | 25.2 | 1214 |
X | 1168 | 154 | 170 | 6.8 | 905 |
Y | 251 | 25 | 30 | 8.3 | 833 |
합계 | 26 955 | 3 050 | 1 757 | 457 | 433 12 |
평균 | 1 123 | 127 | 73 | 19 | 1 804 |
Sd | 510 | 72.8 | 45 | 10 | 462 |
염색체 당 유전자의 갯수는 GenBank 주석에 기초한 NCBI 인간 게놈 통계학(Build 34 Version 3)(National Center for Biotechnology Information, The NCBI handbook [Internet]. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), Oct. Chapter 17, The Reference Sequence (Ref-Seq) Project, 2002 (Available from http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi db=Books)에 대응한다. 염색체 크기는 대응되는 인간 RefSeq(National Center for Biotechnology Information, The NCBI handbook [Internet]. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), Oct. Chapter 17, The Reference Sequence (Ref-Seq) Project, 2002 (Available from http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi db=Books) (release 5) contig 길이의 합이다
6.2 전사 인자 결합 자리에 대한 “슈퍼”
MARs
의 바이오인포매틱스 분석
SMAR Scan에 의해 이미 수득한 1757개의 예측된 “슈퍼” S/MARs 서열을, 잠재적 전사 인자 결합 자리에 대해 분석하였다. 이는 RMatchTMProfessional(Kel AE, Gossling E, Reuter I, Cheremushkin E, Kel-Margoulis OV, Wingender E, MATCH: A tool for searching transcription factor binding sites in DNA sequences, Nucleic Acids Res . 31(13):3576-9, 2003), TRANSFAC을 기반으로 한 웨이트 매트릭스 기초의 기술(Wingender E, Chen X, Fricke E, Geffers R, Hehl R, Liebich I, Krull M, Matys V, Michael H, Ohnhauser R, Pruss M, Schacherer F, Thiele S, Urbach S, The TRANSFAC system on gene expression regulation, Nucleic Acids Research , 29(1):281-3, 2001)을 이용해 수행하였다. 대부분의 초기설정 MatchTM 분석과 함께 사용되는 MatchTM2.0 Propessional은 TRANSFAC Professional, release 8.2(20040360)를 기초로 하였다. MatchTM에 따라 분석된 1757개 서열 상의 모든 전사 인자 결합 예측의 합은 표 3에 표시되어 있다. 이 표를 기준으로, 1757개 서열 중에서 전체적으로 20개 이상을 히트하는 전사 인자만을 이후의 분석에서 고려하였다.
이하는 1757개의 추정 S/MAR 서열에 가장 잘 결합하는 것으로 예측되는 인간 전사 인자의 일부 및 이의 Match 설명이다: Cdc5 (세포 분할 조절 단백질 5, cell division control protein 5) 전사적 조절자/억제자(regulator/repressor), Nkx3A 안드로젠에 의해 조절되는 호메오도메인(homeodomain) 단백질, POU1F1 (뇌하수체-특이적 양성 전사 인자 1, pituitary-specific positive transcription factor 1) 이는 뇌하수체에 대해 특이적이고 세포 증식을 촉진함. 따라서, SATB1, NMP4 및 MEF2에 추가로, 다른 전사 인자들이 MARs의 활성에 관여할 수 있다.
AP-1 | 1 | AR | 2 | Bach2 | 1 | Brn-2 | 1 |
C/EBP | 20 | C/EBPgamma | 5 | CDP CR3 | 1 | COMP1 | 2 |
CRE-BP1 | 34 | Cdc5 | 858 | Cdx-2 | 35 | Evi-1 | 472 |
FOX | 78 | FOXD3 | 79 | FOXJ2 | 244 | FOXP3 | 29 |
Freac-7 | 272 | GATA-1 | 2 | GATA-3 | 142 | GATA-4 | 125 |
HFH-1 | 12 | HFH-3 | 1 | HLF | 275 | HNF-1 | 337 |
HNF-3alpha | 23 | HNF-3beta | 71 | HP1 | 2 | Lhx3 | 22 |
MEF-2 | 114 | MRF-2 | 57 | Myc | 18 | NKX3A | 849 |
Nkx2-5 | 2 | Oct-1 | 191 | PBX | 5 | POU1F1 | 483 |
POU3F2 | 11 | POU6F1 | 29 | Pax-3 | 3 | Pax-6 | 20 |
Pit-1 | 505 | SRF | 8 | TEF | 2852 | TFIIA | 14 |
TTF1 | 1 | V$MTATA_B | 4 | VBP | 53 | Vmw65 | 1 |
XFD-1 | 65 | XFD-2 | 418 | XFD-3 | 2 |
표 3은 분석된 1757개 서열 상의 모든 전사 인자 결합 예측(전체 20개 이상의 히트)의 요약이다.
6.3 디뉴클레오티드 빈도에 대한 예측된 “슈퍼”
MARs
의 바이오인포매틱스 분석
“슈퍼” S/MAR 서열을 쉽게 동정하기 위해, 계산을 하지 않고 확인할 수 있는 명시된(explicit) 기준을 이용해 다양한 컴퓨터 분석을 수행하였다. 이들 중에서, 디-뉴클레오티드 분석은 1757개의 슈퍼MARs에서 수행하였고, 5'>3' 방향에 있는 양 가닥으로 간주되는 각 서열에 대한 16개의 가능 디뉴클레오티드 백분율 각각을 계산하였다.
요약(최소, 최대, 중간, 평균, 25th 백분위수 및 75th 백분위수) 뿐만 아니라 1757개 S/MAR 서열에 대한 디뉴클레오티드 백분율 각각의 히스토그램이 표 4에 각각 표시되어 있다. 유사한 분석을, 무작위로 선택된 비-S/MAR 서열(그러나 일부 MARs를 포함할 수 있음)을 나타내는 인간 게놈으로부터 무작위로 선택된 서열에서 수행하였다. 표 5는 이러한 서열에 대한 디뉴클레오티드 함량 분석의 요약을 각각 나타낸다.
AA % | AC % | AG % | AT % | |
최소 25th 백분위수 중간값 평균 75th 백분위수 최대 |
0.000 4.234 7.843 7.184 10.110 17.290 |
0.0000 0.9372 2.2408 3.2117 4.7718 12.9479 |
0.0000 0.1408 0.4777 1.0865 1.5096 8.1230 |
18.50 32.11 34.68 34.32 36.94 50.00 |
CA % | CC % | CG % | CT % | |
최소 25th 백분위수 중간값 평균 75th 백분위수 최대 |
0.0000 0.9695 1.9776 2.6977 3.7543 10.4061 |
0.00000 0.00000 0.00000 0.14123 0.09422 4.24837 |
0.0000 0.0000 0.0000 0.2709 0.1256 7.4410 |
0.0000 0.1408 0.4777 1.0865 1.5096 8.1230 |
GA % | GC % | GG % | GT % | |
최소 25th 백분위수 중간값 평균 75th 백분위수 최대 |
0.00000 0.08696 0.32616 0.63347 0.83333 5.77889 |
0.0000 0.0000 0.0000 0.2104 0.1914 9.8795 |
0.00000 0.00000 0.00000 0.14123 0.09422 4.24837 |
0.0000 0.9372 2.2408 3.2117 4.7718 12.9479 |
TA % | TC % | TG % | TT % | |
최소 25th 백분위수 중간값 평균 75th 백분위수 최대 |
28.63 33.48 35.22 35.29 37.14 50.00 |
0.00000 0.08696 0.32616 0.63347 0.83333 5.77889 |
0.0000 0.9695 1.9776 2.6977 3.7543 10.4061 |
0.000 4.234 7.843 7.184 10.110 17.290 |
요약 표에 있는 예측된 S/MAR 엘리먼트 및 비S/MAR 서열의 결과에 따르면, AT 및 TA 디뉴클레오티드 함량에서는 이들 서열의 두 그룹간에 현저한 차이가 확인되었다. AT 및 TA는, 예측된 S/MAR 서열의 디뉴클레오티드 함량의 18.5% 및 28.6% 이상으로 각각 나타나는 반면, 비S/MAR 서열에서의 동일한 디뉴클레오티드에 대한 최소 백분율은 0.3% 및 0%로 각각 나타났다. 유사하게는, S/MAR 서열에 있는 최대 CC 및 GG 함량이 4.2%이지만, 비S/MAR 서열에 있어서는 이들 2개 디뉴클레오티드에 대한 백분율이 20.8%까지 증가될 수 있다.
AT 및 TA 디뉴클레오티드 백분율 사이의 관계 및 SMAR Scan에 의해 계산된 바와 같은 가장 높은 DNA 벤드가, 예측된 S/MAR 서열에 대해 도 17에 표시되어 있고, 비S/MAR 서열에 대해 도 18에 표시되어 있다. 이들 도면의 다른 분산도에서는, TA 백분율이 SMAR Scan에 의해 예측된 바와 같은 예측된 DNA 벤드와 관련성이 좋음을 보여준다.
AA % | AC % | AG % | AT % | |
최소 25th 백분위수 중간값 평균 75th 백분위수 최대 |
0.000 7.096 9.106 8.976 10.939 17.922 |
1.735 4.586 5.016 5.054 5.494 13.816 |
1.512 6.466 7.279 7.184 7.969 12.232 |
0.3257 5.1033 6.8695 7.0108 8.7913 23.1788 |
CA % | CC % | CG % | CT % | |
최소 25th 백분위수 중간값 평균 75th 백분위수 최대 |
3.571 6.765 7.410 7.411 8.010 15.714 |
0.8278 4.1077 5.5556 5.9088 7.2460 20.8415 |
0.0000 0.4727 0.8439 1.2707 1.5760 12.6074 |
1.512 6.466 7.279 7.184 7.969 12.232 |
GA % | GC % | GG % | GT % | |
최소 25th 백분위수 중간값 평균 75th 백분위수 최대 |
1.319 5.495 6.032 6.065 6.602 10.423 |
0.4967 3.2615 4.4092 4.7468 5.8824 16.0000 |
0.8278 4.1077 5.5556 5.9088 7.2460 20.8415 |
1.735 4.586 5.016 5.054 5.494 13.816 |
TA % | TC % | TG % | TT % | |
최소 25th 백분위수 중간값 평균 75th 백분위수 최대 |
0.000 3.876 5.625 5.774 7.464 24.338 |
1.319 5.495 6.032 6.065 6.602 10.423 |
3.571 6.765 7.410 7.411 8.010 15.714 |
0.000 7.096 9.106 8.976 10.939 17.922 |
신규한 슈퍼 MARs 중 4개를 무작위로 선별하여 AT 및 TA 디뉴클레오티드 함량에 대해 분석하고, 100개 염기쌍의 윈도우로 간주되는 공지된 닭 lysMAR과 비교하였다 (표 6).
놀랍게도, 본 출원인은 슈퍼 MARs 모두의 AT 디뉴클레오티드 빈도가 DNA의 100개 염기쌍의 윈도우에 있는 분석된 전체 디뉴클레오티드의 12% 이상이고, TA 디뉴클레오티드 빈도가 10% 이상임을 밝혔다. 가장 효율적인 MARs는 2개의 디뉴클레오티드 쌍의 34% 근처 값을 나타내었다.
CLysMAR (CUEs의 평균) | AT% : 12.03 | TA% : 10.29 | 서열번호 |
P1_68 | AT% : 33.78 | TA% : 33.93 | 서열번호 |
P1_6 | AT% : 34.67 | TA% : 34.38 | 서열번호 |
P1_42 | AT% : 35.65 | TA% : 35.52 | 서열번호 |
모든 인간 “슈퍼”MARs에 대한 평균값 | AT% : 34.32 | TA% : 35.29 | |
모든 인간 비-MARs에 대한 평균값 | AT% : 7.01 | TA% : 5.77 |
6.4 인간 및 마우스 게놈의 오쏘로거스 ( orthologous ) 유전자내 ( intergenic ) 부위의 분석
S/MAR 진화에 대한 식견을 얻기 위해, 인간 및 마우스 게놈의 오소로거스 유전자내 부위를 SMAR Scan로 분석하였다. 이용된 데이터 세트는, 12개의 인간 염색체 및 12개의 마우스 염색체에 위치하는 인간 및 마우스 게놈(Shabalina SA, Ogurtsov AY, Kondrashov VA, Kondrashov AS, Selective constraint in inter-genic regions of human and mouse genomes, Trends Genet, 17(7):373-6, 2001)(평균 길이~12000 bp)으로부터의 87쌍의 완전한 오쏘로거스 유전자내 부위로 구성되어 있으며, 이들 서열의 신터니(synteny)는 쌍단위(pairwise) 서열 정렬 및 플랭킹 유전자의 주석(실험적 또는 예측된)을 고려하여 확인하였다.
87개의 인간 및 마우스 오쏘로거스 유전자내 서열의 분석은 이의 초기 설정을 이용해 SMAR Scan로 분석하였다. 인간 서열의 분석에서는 5개의 다른 유전자내 서열에 위치한 전체 12개의 예측된 S/MARs(총 길이가 4 750 bp로 나타남)가 산출되었다.
SMAR Scan 엄격한 설정을 이용하여 “슈퍼” S/MAR을 포함하도록 예측된 3개의 인간 유전자내 서열 중에서, 대응되는 마우스 오쏘로거스 유전자내 서열 중의 하나는 S/MAR(인간 EMBL ID: Z96050, 포지션 28 010에서 76 951까지, 마우스 EMBL에 대한 오쏘로거스 ID: AC015932, 포지션 59 884에서 89 963까지)을 포함하는 것으로 예측되었다. 이들 2개 오쏘로거스 유전자내 서열의 국소적 정렬이 수행될 때, SMAR Scan에 의해 예측된 부위에 상응하는 이러한 2개의 큰 부위의 가장 국소적인 정렬은 S/MAR 엘리먼트가 된다. “슈퍼” S/MAR을 포함하는 것으로 예측된 2개의 다른 인간 유전자내 서열의 마우스 오쏘로거스에 대한 수동 조사를, Ensembl 게놈 브라우저(http://ensembl.org)를 이용해 수행하였다. 이들 2개 인간 서열의 마우스 오쏘로거스 유전자내 서열을, Ensembl 오쏘로거스 예측(유전자 이름을 기준으로 함)-이는 이들 유전자내 부위를 플랭킹하는 인간 유전자 쌍에 대한 오쏘로거스 마우스 유전자를 검색함-을 이용해 검색하였다.
SMAR Scan은 인간 서열에 대해 조절되어, 마우스 게놈 서열을 가진 작은 “슈퍼”MARs를 산출하기 때문에, 이의 초기설정 컷오프 값은 S/MAR로 간주되는 일치 히트의 최소 크기에 대해 약간 이완되었다(300 bp 대신에 200 bp 사용). SMAR Scan에 의한 이러한 마우스 서열의 분석에서는, 수개의 S/MARs가 다른 계산된 구조적 특성에 대해 높은 값을 가지는 것으로 예측하였다. 이러한 발견은 인간 MAR 엘리먼트가 종간에 보존되어 있음을 제시해 준다.
실시예
7: 닭
라이소자임
유전자 5'-
MAR
의 절단(
dissection
)
3000개 염기쌍의 5'-MAR을 작은 단편으로 절단하여, 중국 햄스터 난소(CHO) 세포에서 형질전환 유전자 발현에 영향을 미치는지 모니터하였다. 이를 수행하기 위해, 중합효소 연쇄 반응(polymerase chain reaction, PCR)을 이용하여 7개의 ~400bp 단편을 증폭하였다. 이들 PCR-증폭된 단편들은 말단-말단으로 위치시킬때 전체 MAR 서열과 일치하고 이를 커버하였다. 이들 각 단편의 4 카피를 헤드-테일 방향으로 연결하여, 천연 MAR 길이의 약 절반에 대응되는 길이를 얻었다. 테트라머를, pGL3Control 벡터(Promega)의 변형된 버젼인 pGEGFPControl에 있는 SV40 프로모터의 업스트림에 삽입하였다. 플라스미드 pGEGFPControl은 pEGFP-N1(Clontech)의 EGFP 유전자를 pGL3Control의 루시퍼라아제 유전자로 치환함으로써 얻었다. 제조된 5'-MAR-단편-포함 플라스미드는, 형질전환 시약으로서 LipofectAmine 2000(Invitrogen)을 이용해 CHO-DG44 세포에서 저항성 플라스미드 pSVneo와 함께 이전에 수행된 방법(Zahn-Zabal, M., et al., “Development of stable cell lines for production or regulated expression using matrix attachment regions” J Biotechnol, 2001. 87(1): p. 29-42.)으로 동시-형질전환시켰다. 항생제(G-418) 내성 세포를 선별하고 난 뒤, 폴리클로날 세포 군집을 EGFP 형광물질에 대해 FACS로 분석하였다.
형질전환 유전자 발현은, MAR 부재의 pGEGFPControl 벡터를 이용해 형질전환한 세포의 평균 형광도보다 4배 이상 높은 형광 레벨을 나타내는 세포로서 정의되는 고 발현자 세포의 백분위수로 표시하였다. 도 5는 원래 MAR 서열과 비교해 크기가 더 작음에도 불구하고, 멀티머화된 단편 B, K 및 F가 형질전환 유전자 발현을 증가시킴을 보여준다. 대조적으로, 다른 단편은 거의 활성이 없거나 완전히 불활성이었다.
실시예
8:
MAR
컨텍스트에
있는 B, K 및 F 부위의 특이성
5'-MAR을 5'-말단(도 6, 상단) 또는 3'-말단(도 6, 하단) 각각으로부터 순차적으로 절단하였다. 절단된 엘리먼트의 영향은, 이전 섹션에서 기재한 바와 동일한 분석으로 모니터하였다. 도 6은 CHO 세포에서 형질전환 유전자 발현을 촉진시키는 능력의 상실이 고르게 분포하지 않음을 보여준다.
이 절단 분석에서, MAR 활성의 상실은 5'-MAR B-, K- 및 F-단편 각각과 오버랩하는 전이의 이산(discrete) 부위와 일치하였다. 5'-절단에서, 단편 K 및 F가 제거되었을때 활성이 거의 소실되었다. F 및 b 엘리먼트가 제거된 3' 절단은 가장 결정적인(pronounced) 효과를 나타내었다. 대조적으로, 플랭킹 부위 A, D, E 및 G는 그 자신에 대한 형질전환 유전자 발현을 촉진시키는 능력이 낮거나 없고(도 5), 이와 대응되어 5'- 및 3'-말단 절단 연구에서 MAR 활성에 대해 영향을 주지 않았다(도 6).
실시예
9: F
엘리먼트의
구조
465bp의 F 단편을 더 작은 부분(sub)-단편 234, 243 및 213 bp와 122, 125 및 121 bp 각각으로 추가로 절단하였다. 상기 전자(former) 그룹의 단편은 헤드-테일 방향으로 옥타머화(8 카피)하였고, 상기 후자(latter) 그룹의 단편은 유사하게 헥사-데카머화(16 카피)하여 MAR 서열의 길이를 일정하게 유지하게 하였다. 이들 엘리먼트들을 pGEGFPControl 벡터에 클로닝한 뒤, 상술한 바와 같이 CHO 세포에서 이들의 작용을 분석하였다. 흥미롭게도, 단편 FⅢ은 전장 F 단편의 활성을 대부분 유지하였으나, 단편 FⅢ의 오른쪽 부분을 포함하는 단편 FⅡ는 형질전환 유전자를 촉진시키는 능력을 대부분 상실하였다(도 7). 활성 부위에 대한 이 포인트는 FIB 단편에 있는 nt 132 내지 nt 221을 포함한다. 항상, 단편 FI 및 FIB의 복합 카피-이 부위를 포함함-는 유사한 활성을 나타내었다. 이 자체에 있는 FⅡA는 활성이 없다. 그러나, 이것이 FIB에 추가되어 FⅢ를 산출할 때에는, 전자의 활성을 증가시킨다. 따라서, FⅡA는 그 자체에서는 활성이 거의 없지만 FIB에 위치한 최소 도메인의 활성을 증가시키는 보조 서열(auxiliary sequence)을 포함하는 것으로 보인다.
라이소자임 유전자 5'-MAR 내에 있는 각 모티프의 분포 분석이, 본 출원인이 분석에 첨가시킨 일부 추가 모티프와 함께, 도 8A에 표시되어 있다. 이들 모티프의 대부분은 MAR 엘리먼트에 전체적으로 분포되지만, 활성 부분과 특이하게 결합하지는 않는 것으로 확인되었다. 예컨대, 전사 인자의 결합 자리 및 MAR과 결합한 다른 모티프들은 바람직하게는 활성 부위에 위치하지 않았다. 또한, 활성 MAR 서열이 다른 모티프의 조합을 포함할 수 있다는 사실도 제시되었다. 몇가지 컴퓨터 프로그램(MAR Finder, SMARTest, SIDD duplex stability)은, DNA 매트릭스와 결합하는 DNA의 부위로서 MARs를 동정하는 것으로 보고되었다. 이들은 일반적으로, MAR 활성을 포함하고, MAR Finder에 의해 실시되며, 현재 MAR Wiz로서 공지되어 있는 것으로 이전에 제안된, 서열-특이적 패턴의 전-정의된 시리즈를 사용하는 알고리즘을 기준으로 한다. 이러한 프로그램들의 출력은 cLysMAR의 전사적 활성 부위와 잘 연관되지 않았다. 예컨대, MAR Finder로 얻어진 활성 피크는 활성 MAR 부분-부위와 명확하게 매치하지 않았으며, 예컨대 B 단편은 인 비보에서 매우 활성이지만 스코어는 MAR Finder와는 역(negative)이었다(도 8B, 상단 및 중단 패널 비교). 이 프로그램에 의해 예측된 벤트 DNA 구조는 활성과도 연관되지 않았다(도 8B, 상단 및 중단 패널 비교). 다른 이용가능한 프로그램에서도 유사한 결과가 도출되었다(결과 미제시).
따라서, 이용가능한 MAR 예측 컴퓨터 방법에 의해 동정된 모티프는, 바람직하지 않게도, 유전자 발현을 증가시키는 cLysMAR의 활성의 주요한 결정인자가 된다. 따라서, 다른 컴퓨터 기술이 테스트되었다. 놀랍게도, 예측된 뉴클레오좀 결합 서열 및 뉴클레오좀 디스페이버링(disfavouring) 서열은, 활성 B, K 및 F 부위를 오버랩하는 뉴클레오좀 페이버링(favouring) 위치와 함께, MAR 상의 산재된 클러스터에 반복적으로 배열되어 있는 것으로 확인되었다. 뉴클레오좀 위치결정(positioning) 서열은 뉴클레오좀성 히스톤 주위를 쉽게 덮을 수 있지만 MAR 서열과 결합하지 않았던 DNA 스트레치(stretches)를 포함하는 것으로 제안되었다.
뉴클레오좀-페이버링 서열은, 적절히 반복된 서열을 포함하는 DNA 특성 및 굽은 히스톤 표면 상에서 정확하게 DNA를 결합시키고 방향조절을 할 수 있는 다른 물리-화학적 파라미터들의 수집에 의해 모형화될 수 있다. 이러한 많은 DNA 특성의 확인은 컴퓨터 작업화될 수 있으며, 38개까지의 이러한 다른 특성들이 추정의 뉴클레오좀 위치를 예측하는데 사용되었다. 따라서, 본 출원인은 뉴클레오좀 예측 프로그램의 특정 구성요소가 MAR 활성과 관련되는지를 확인하기 위해, 신규하고 게놈 서열로부터 가능한 더 잠재성이 있는 MARs를 동정할 수 있는 수단을 구성하기 위한 목적으로, 설정하였다.
DNA 1차 서열의 어떤 형상이 주변의 MAR 서열로부터 활성 B, K 및 F 부위를 구분할 수 있는지 여부를 확인하기 위해, 본 출원인은 MAR Scan을 이용해 5'-MAR을 분석하였다. 38개의 뉴클레오좀성 어레이 예측 기술 중에서, 3개는 활성 MAR 부분-도메인의 위치와 연관되는 것으로 확인되었다(도 9A). MAR B, K 및 F 부위의 위치는 DNA 벤딩, 메이저 그루브 깊이 및 마이너 그루브 너비에 대한 최대값과 일치한다. 또한, 미약한 연관성이, GC 함량에 의해 결정된 것으로서 DNA 녹는점의 최소값에 표시된다. MAR F 단편에 대한 개량된 매핑에서는, 녹는점 최하점(valley) 및 DNA 벤딩 최고점(summit)이 MAR 최소 도메인을 포함하는 FIB 서브-단편에 실질적으로 대응됨을 나타내었다. 따라서, 활성 MAR 부분은 이 프로그램에 의해 굽은 DNA 부위로서 예측된 부위에 상응할 것이며, 본 출원인은 이들 부위들을 하기 텍스트에서 CUE-B, CUE-K 및 CUE-F로 지칭할 것이다. 그럼에도 불구하고, 이러한 부위들이 실제 벤트 DNA 및 염기쌍 풀린 부위와 대응되는지 여부는 알려져 있지 않으며, 이들은 MAR Wiz에 의해 예측된 바와 같은 벤트 DNA에 대응되지 않았다(도 9B).
실시예
10: F 단편에 있는 다른 조절
엘리먼트의
각인(
imprints
)
뉴클레오좀 위치결정 특성은 게놈 DNA에 포함된 많은 특정 염색질 코드 중의 하나로 간주될 수 있다. 비록 이런 특정 코드가 F 부위의 활성에 제공되더라도, 이는 아마도 MAR 활성만을 결정하지는 않으며, F 부위의 3' 부분은 FIB 부분에 포함된 최소 MAR 도메인의 증가된 활성을 갖는다. MatInspector 프로그램(Genomatrix)을 이용하여, 본 출원인은 스코어가 0.92 이상인 전사 인자 결합 자리에 대해 조사하였으며, F 단편의 3' 부분에 있는 NMP4 및 MEF2 단백질에 대한 DNA 결합 서열을 확인하였다(도 8B). 이들 전사 인자-결합 자리 모두가 B 및 K 활성 부위와 근접하여 위치하는지를 확인하기 위해, 전체 5'-MAR 서열을 NMP4 및 MEF2 그리고 단일-가닥 또는 이중-가닥 BURs에 결합하는 것으로 보고된 단백질에 의한 결합에 대해 분석하였다. 이들 중에서, SATB1(special AT-rich binding protein 1)은 근처 유전자의 발현을 활성화하거나 억제시킬 수 있는 DNA-결합 전사 인자의 군에 속한다. 본 연구에서는 SATB1, NMP4(nuclear matrix protein 4) 및 MEF2(myogenic enhancer factor 2)와 같은 특정 단백질이, 특이 분포를 갖고 cLysMAR의 최소 MAR 도메인 주위에서 프레임워크를 형성함을 나타내어 준다(도 10). 이들 NMP4 및 SATB1 결합 자리의 일부의 발생도를, 정제된 재조합 단백질의 EMSA 분석으로 실험적으로 확인하였다(결과 미제시).
실시예
11: 정의된 유전
엘리먼트의
결합에 의한 인공
MARs
의
컨스트럭션
다양한 MAR 구성성분의 상대적 역할을 추가로 검증하기 위해, cLysMAR을 CUE 부위 3군데에서 모두 절단하였으며(도 11, 중단 부분), 이에 의해 대조군으로서 이의 모든 구성성분과 유사하게 조합된 완전한 MAR 서열과 비교했을때 이의 활성의 일부가 소실되는 결과를 유발하였다(도 11, 상단 부분). 항상, 각 CUE 단독의 1개 카피 또는 헤드-테일로 조립된 3개 CUEs 각각의 1개 카피는, 플랭킹 서열의 부재하에서 거의 활성을 나타내지 않았다. 이 결과들은 최적의 전사적 활성이 CUEs와 플랭킹 서열의 조합을 필요로 한다는 결론을 강화시킨다. 흥미롭게도, 완전한 MAR 서열이 이들 구성성분 각각으로부터 생성되었으나, 각 DNA 단편을 조립하는데 사용되는 BglII-BamHI 링커 서열(AGATCC)도 포함하였으며, 이러한 분석 시리즈에 있는 원래의 MAR 엘리먼트에 대해 4.8배로 표시되는 것과 비교하여 높은 전사적 활성(6배 활성)을 나타내었다(참조 도 5).
다음으로, 본 출원인은 굽은 DNA 부위가 이의 천연 MAR 컨텍스트에서 확인되는 것과는 차이나는 환경에서 잠재적으로 활성화될 수 있는지 여부를 조사하였다. 따라서, 본 출원인은 플랭킹 서열을 변화되지 않은 상태로 유지하면서, CUE-F, CUE-B 및 CUE-K 엘리먼트를 교환(swap)하도록 설정하였다. CUE-F 엘리먼트를 플랭킹하는 서열들을 PCR로 증폭하고, 그의 원래 방향과 거리를 유지하면서, 다양한 CUEs를 브래킷(bracket) 하도록 또는 CUE를 포함하지 않도록 조립시켰다. 그 후, 이들 조작된 ~1.8 kb MARs를, 형질전환 유전자 발현을 향상시키는 능력에 대해 상술한 바와 같이 분석하였다. 모든 3개의 CUE는 이 컨텍스트에서 활성이었고, 이에 의해 이들의 활성은 주어진 플랭킹 서열의 세트에 제한되지 않았다. 흥미롭게도, CUE-K 엘리먼트는, CUE-F 플랭킹 서열 사이에 삽입될 때, CUE-F보다 훨씬 활성이 높았고, 컨스트럭트를 구성하는 전자(former)는 완전한 천연 MAR(4.8배 활성)에서 관찰된 것 만큼 활성이 높았다. CUE-F 및 CUE-B로부터 CUE-K를 구분하는 것은, 그의 CUE 특성에 추가로, MEF-2 및 SatB1 단백질에 대한 오버랩 결합 자리의 존재이다. 따라서, CUE-B를 CUE-F-플랭킹 도메인과 결합시킴으로써, 모든 3개 결합 자리-증가된 활성을 설명할 수 있는-에서 더 높은 밀도를 나타내었다. 이 결과들은 NMP4, MEF-2, SatB1 및/또는 polyPpolyQ 단백질과 같은 단백질에 대한 결합 자리를 포함하는 서열을 이용한 CUEs의 조립이, 잠재적 인공 MAR 서열을 포함함을 나타내어 준다.
실시예
12: 발현 벡터
본 발명에 따른 3개의 발현 벡터가 도 12에 표시되어 있다.
플라스미드 pPAG01은 5640 bp의 pUC19 치환체이다. 이는 BamHI 및 XbaI 제한효소 위치에 클로닝된 2960 bp의 닭 DNA 단편을 포함한다. 이 인서트는 닭 라이소자임 위치(locus)의 5'-말단의 연변부(border)로부터 도출된 것이며 A/T-함량이 높다.
플라스미드 pGEGFP(또한 pSV40EGFP로도 불림) 대조군은 pGL3-control 벡터(Promega)의 치환체이며, 여기서 루시퍼라아제 유전자 서열이 pGEFP-N1 벡터(Clontech)로부터의 EGFP 유전자 서열에 의해 치환되어 있다. pGEGFP 플라스미드의 크기는 4334 bp이다.
플라스미드 pUbCEGFP 대조군은 pGL3의 치환체이며, 유비퀴틴 프로모터를 가지고 있다.
플라스미드 pPAG01GFP(또한 pMAR-SV40EGFP로도 불림)는 pGEGFP의 치환체이며, SV40 프로모터의 업스트림에 바로 위치하는 MCS에 클로닝된 5'-Lys MAR 엘리먼트를 가지고 있다. pPAG01EGF 플라스미드의 크기는 7285 bp이다.
실시예 13: 형질전환 유전자 발현에 대한 1차 형질전환 세포의 추가 형질전환의 효 과
형질전환시키기 하루 전에, 세포들을 성장 배지가 들어있는 24-웰 플레이트에서 CHO-DG44 세포에 대해 1.35×105 세포/웰 농도로 평판배양하였다. 접종후 16시간에, 세포가 30-40%의 밀집도에 도달할 때, Lipofect-AMINE 2000(이하 LF2000이라 약칭함)을 사용하여, 제조사의 방침(Invitrogen)에 따라 세포를 형질전환시켰다. 1.4 ㎕의 LF2000을 포함하는 무혈청 배지(Opti-MEM; Invitrogen) 27 마이크로리터를 830 ng의 선형 플라스미드 DNA를 포함하는 Opti-MEM 배지 27 ㎕와 혼합하였다. 항생제 선별 플라스미드 (pSVneo)의 양은 GFP 형질전환 유전자를 함유하는 리포터 플라스미드의 10분의 1이 되게 하였다. 이 믹스(mix)를 실온에서 20분 동안 배양하여, DNA-LF2000 복합체가 형성되도록 놓아두었다. 상기 혼합물을 300 ㎕의 Opti-MEM으로 희석하여 미리 비워둔 세포-포함 웰에 부었다. 세포를 DNA 믹스와 3시간 동안 37℃ CO2 인큐베이터에서 배양하고 난 뒤, 1 ㎖의 DMEM-기초 배지를 각 웰에 첨가하였다. 그리고 난뒤, 상기 세포들을 24시간 동안 37℃ CO2 인큐베이터에서 추가로 배양하였다. 그 후, 상기 세포들을 상술한 방법에 따라-내성 플라스미드는 다른 저항 유전자(pSVpuro)를 포함하는 것을 제외함- 2번째 형질전환시켰다. 2번째 형질전환 24시간 후에 세포들을, 500 ㎍/㎖ G-418 및 5 ㎍/㎖ 퓨로마이신이 첨가된 선별 배지를 포함하는 T-75 플라스크로 넓혀서 계대배양하였다. 2주의 선별기간 후에, 안정하게 형질전환된 세포들을 6-웰 플레이트에서 배양하였다. 선택적으로, 세포 군집들을 동일한 방법으로 다시 형질전환시켰으며, 이때 pTKhygro(clontech) 및 pSVdhfr을 내성 플라스미드로 사용하였다. GFP의 발현을 FACS(Fluorescence-activated cell sorter)와 플루오로스캔(Fluoroscan)을 사용해 분석하였다.
도 13은 2회-형질전환된 세포(이하 2차 형질전환체라 약칭함)의 표현형을 나타내는데, 이들은 강하게 색을 나타냄으로써 GFP 단백질로부터 녹색을 시각화하는데 특정 벌브(bulb) 및 필터가 필요하지 않을 뿐만 아니라 모체 군집(중간 히스토그램)과 비교될 정도의 생산 세포(아래 오른쪽 부분 FACS 히스토그램)를 주로 포함하고 있었다. 특정 세포 생산도에 대응되는 형광의 레벨은 매일 세포 당 10 pg 이상이었다. 대신에, 마커 단백질을 발현하지 않는 단지 1회 형질전환된 세포(1차 형질전환체)는 재-형질전환된 후에 세포 군집으로부터 거의 부재하였다. GFP 형광이 101 유니트 이하인 막대는 중간 히스토그램에서 30%를 차지하고 오른쪽 히스토그램에서는 5% 이하를 차지하였다. 이는 추가의 세포가 형질전환되어 GFP를 성공적으로 발현함을 제시하여 준다.
특히, 재-형질전환된 세포에 의해 나타나는 형광의 양은, DNA가 2회 삽입된 세포의 서브군집이 예상했던 것보다 2배 이상 많이 GFP를 발현함을 제시해 준다. 대신에, 표 2에 제시된 결과에서는, 2차 형질전환체가 2 세트의 서열이 삽입된 것으로 가정하여 예측한 것보다 평균 2배 이상의 GFP 증가를 나타냄을 보여주며, 각각의 연속적인 형질전환에서 1개는 독립적으로 삽입되어 유사한 효율을 나타낼 것이다. 흥미롭게도, 이는 바이러스 및 세포 프로모터-포함 벡터 모두와 같이 리포터 유전자를 드라이브하는 프로모터 서열에 의존하지 않으며 유사한 GFP 향상을 가져왔다(레인 1 및 2 비교). 그러나, MAR이 없는 플라스미드(레인 3)와 비교했을때 MAR-포함 벡터에서는 두드러진 효과가 나타났으며, 여기서 상기 2회 연속 형질전환은 2번의 다른 실험에서, 5.3배 및 4.6배의 발현 증가를 나타내었다.
플라스미드 타입 | 1차 형질전환 | 2차 형질전환 | EGFP 형광 증가 배수 |
pUbCEGFP | 4'992 | 14'334 | 2.8 |
pSV40EGFP | 4'324 | 1227 | 2.8 |
pMAR-SV40EGFP | 6'996 | 36'748 | 5.3 |
플라스미드 타입 | 1차 형질전환 | 2차 형질전환 | EGFP 형광 증가 배수 |
pUbCEGFP | 6'452 | 15'794 | 2.5 |
pSV40EGFP | 4'433 | 11'735 | 2.6 |
pMAR-SV40EGFP | 8'116 | 37'475 | 4.6 |
2개의 독립적인 실험이 제시되어 있다. 내성 플라스미드 pSVneo를 다양한 GFP 발현 벡터로 동시-형질전환시켰다. 형질전환 1일 후에, 내성 플라스미드를 pSVpuro로 바꾸는 것을 제외하고는 동일한 플라스미드를 사용하여 세포를 재-형질전환시켰다. 상기 2개의 내성 유전자를 가지는 세포들을 500 ㎍/㎖ G-418 및 5 ㎍/㎖ 퓨로마이신에서 선별하고, 리포터 유전자 마커의 발현을 Fluoroscan으로 정량하였다. 배수 증가는, 상응하는 개별 형질전환체로부터 수득된 형광의 합과 비교한 2개의 연속 형질전환체로부터 수득한 형광의 비와 대응하였다. 유의적으로 높은 것으로 판단된 배수 증가를 진하게 표시하였고, 이는 개별 형질전환체로부터 수득한 값들의 합에 비해 2배 이상 높게 지속되는 형광 값과 대응된다.
중복(multiply) 형질전환된 세포에서의 GFP 발현 레벨의 증가는 현재의 지식으로부터 예측되지 않았으며, 이러한 효과는 이전에 관찰되지 않은 것이었다.
이와 함께, 본원에 제시된 데이터는, 숙주 게놈으로 첫번째 삽입된 플라스미드 서열이 두번째 플라스미드 분자의 삽입 세트로 동형 재조합시킴으로써 다른 플라스미드의 삽입을 촉진시킬 수 있다는 아이디어를 뒷받침한다. 플라스미드 재조합은 플라스미드 DNA가 핵에 도달하고 난 뒤 1시간 간격 내에 일어나며, 배양된 포유동물 세포에 있는 동시-주입된 플라스미드 분자 사이의 동형 재조합의 빈도는 다수의 플라스미드 카피의 삽입을 설명하는, 어프로칭 유니티(approaching unity)(Folger, K.R., K. Thomas, and M.R. Capecchi, Nonreciprocal exchanges of information between DNA duplexes coinjected into mammalian cell nuclei. Mol Cell Biol, 1985. 5(1): p. 59-69]가 매우 높게 나타나는 것으로 나타났다. 그러나, 새롭게 도입된 DNA 간의 동형 재조합 및 이의 염색체 호몰로그는, 103 세포 당 1개의 빈도로 DNA를 받아들여 일반적으로 매우 드물게 나타난다[ Thomas, K.R., K.R. Folger, and M.R. Capecchi, High frequency targeting of genes to specific sites in the mammalian genome. Cell, 1986. 44(3): p. 419-28.]. 따라서, 이 결과는 MAR 엘리먼트가 놀랍게도 이러한 재조합 이벤트를 촉진시키는 역할을 함을 나타내어 줄 수 있다. MARs는 인 비보에서 유전자의 조직화를 변형시키고 또한 바이러스 DNA 서열과 결합하여 DNA 복제를 가능하게 할 뿐만 아니라, DNA 재조합 신호로서도 작용할 수 있을 것이다.
실시예 14: MARs 는 복합적으로 형질전환된 세포에서 예측할 수 없을 정도로 높은 레벨의 발현을 유도한다
본 출원인은 만약 MAR-유도된 재조합 이벤트가 복합 형질전환 단계에서 일어나는 경우, 제1 및 제2 플라스미드 DNA 사이의 상승효과가, 1단계 또는 2단계의 형질전환 단계에서 MAR 엘리먼트의 존재에 의해 영향을 받을 수 있다고 예측한다. 본 출원인은 이전에 상술한 방법을 이용해, pMAR 단독 또는 다양한 발현 플라스미드와 조합하여 세포에 여러번 형질전환시킴으로써, 이러한 가능성을 실험하였다. 표 3에서는 pMAR-SV40EGFP 플라스미드를 이용해 세포를 2회 형질전환시키면, GFP의 가장 높은 발현 및 모든 조건의 가장 높은 정도의 향상(4.3배)을 유발함을 제시한다. 대조적으로, MAR이 없이 벡터를 2회 형질전환하면 2배 증가로 예측한 것 대신에, 2.8배로 매우 낮거나 거의 향상시키지 않는다. 본 출원인은 각 형질전환 단계에서의 MAR 엘리먼트의 존재가 최대 단백질 합성에 도달하는데 필요하다고 결론지었다.
1차 형질전환 | 2차 형질전환 | |||
플라스미드 타입 | EGFP-형광 | 플라스미드 타입 | EGFP-형광 | 증가 배수 |
pMAR | 0 | pMAR pSV40EGFP pMAR-SV40EGFP |
0 15'437 30'488 |
0 2.3-2.5 2.6-2.7 |
pMAR-SV40EGFP | 11'278 | pMAR-SV40EGFP pMAR |
47'027 12'319 |
4.3-5.3 1.0-1.1 |
pSV40EGFP | 6'114 | pSV40EGFP pMAR |
17'200 11'169 |
2.8 1.8-2.3 |
흥미롭게도, 세포가 pMAR 단독으로 1차 형질전환되고, 그 후 pSV40EGFP 또는 pMAR-SV40EGFP로 재-형질전환되면, 이의 GFP 레벨은 후자(later) 플라스미드의 단일 형질전환으로부터 도출된 결과와 비교해 2배 이상 높았다(각각 2.5 및 2.7배임, 1배로 예측된 대신에). 이는 이전의 MAR의 형질전환이 2차 형질전환 단계에서 사용된 플라스미드의 발현을 증가시킬 수 있음을 보여준다. 왜냐하면 MARs가 염색질 구조 및 유전자 발현에서 국소적으로 작용하기 때문이며, 이는 2가지 타입의 DNA가유사한 염색체 위치에 삽입될 수 있다는 사실을 포함한다. 대조적으로, GFP 발현 벡터 단독으로 형질전환하고, 그 다음에 MAR 엘리먼트를 2번째 단계에서 형질전환하면, GFP 레벨이 거의 향상되지 않거나 또는 미약하게 향상된다. 이는 플라스미드 형질전환의 순서가 중요하고, 형질전환 유전자 발현을 유의적으로 높게 하기 위해서는 1차 형질전환 이벤트가 MAR 엘리먼트를 포함해야 한다는 사실을 보여준다.
만약, MAR 엘리먼트가 1차 및 2차 형질전환 단계로부터의 에피좀 형태에 잔존하는 플라스미드를 동형 재조합하고, 1개의 염색체 위치에서 동시-삽입하는데 유리하다면, 플라스미드 형질전환의 순서가 GFP 레벨에 영향을 주지 않음을 예측할 수 있다. 그러나, 상기와 같은 발견은, 두번째 형질전환 단계 보다는 첫번째 단계에서 MAR 엘리먼트를 형질전환하는 것이 더 유리하다는 것을 나타내어 준다. 이는 다음과 같은 분자 메커니즘을 제시한다: 1차 형질전환 단계동안, MAR 엘리먼트는 세포 염색체 내에 최소 일부분으로 연쇄체화(concatemerize) 및 삽입될 수 있다. 이 삽입된 MAR DNA는 2차 형질전환 단계 동안, 동일 또는 근처의 염색체 위치에, 더 많은 플라스미드의 추가 삽입을 유리하게 한다.
실시예
15: 장기간의
DNA
전달
촉진자(facilitators)로서의
MARs
만약 삽입된 MARs가 영구적인 재조합-허용 염색체 구조를 유도한다면, 일시적으로 도입된 에피좀 DNA의 대부분이 제거되는 시점에 높은 레벨의 발현을 유도할 수 있음-심지어 2차 형질전환이 1차보다 장시간 뒤에 수행되더라도-을 예측할 수 있을 것이다. 이러한 가능성을 검토하기 위해, 3주 동안 항생제 내성에 대해 선별한 표 3으로부터의 세포를, 다시 1회 또는 2회 형질전환하였으며 추가의 DNA 저항성 마커의 삽입에 대해 선별하였다. pMAR 또는 pMAR-SV40EGFP의 조합으로 3차, 또는 3차 및 4차 형질전환 사이클을 수행하였으며, 이전과 같이 GFP 발현에 대해 분석하였다.
3차 형질전환 | 4차 형질전환 | ||||
플라스미드 타입 | EGFP-형광 | 증가 배수 | 플라스미드 타입 | EGFP-형광 | 증가 배수 |
pMAR | 18368 | 2.2 | pMAR pMAR-SV40EGFP |
43'186 140'000 |
2.4
7.6 |
pMAR-SV40EGFP | 16544 | 2.0 | pMAR-SV40EGFP pMAR |
91'000 33'814 |
5.5
2.0 |
pMAR-SV40EGFP/pMAR-SV40EGFP 2차 형질전환체는 선별 과정의 말기에 3차 형질전환 사이클에 사용하였다. pMAR 또는 pMAR-SV40EGFP를 이용하고 선별 플라스미드로서 pTKhygro를 이용하여 3차 형질전환을 수행하여 3차 형질전환체를 제조하였다. 24시간 후에, 다른 플라스미드 pSVdhfr로 다시 세포를 형질전환하였으며, 500 ㎍/㎖ G-418 및 5 ㎍/㎖ 퓨로마이신, 300 ㎍/㎖ 하이그로마이신 B 및 5μM 메토트렉세이트(methotrexate)를 포함하는 성장 배지에서 선별된 4차 형질전환체가 제조되었다. 상기 2차 형질전환체는 처음에 GFP 형광이 8300으로 나타났다. 배수 증가는, 상응하는 개별 형질전환으로부터 수득한 형광의 합과 비교하여 2개의 연속 형질전환으로부터 수득한 형광의 비율과 일치한다. 유의적으로 더 높다고 판단된 배수 증가는 진하게 표시되어 있으며, 이는 개별 형질전환으로부터 수득한 이들의 부가보다 2배 높은 형광 값과 일치한다.
이러한 결과들은 더 많은 카피의 pMAR 또는 pMAR-SV40EGFP의 로딩이 전체 세포 형광에서 유사하게 2배 증가하는 결과를 나타냄을 보여준다. 4차 형질전환에 더 많은 MAR을 로딩하면 그의 활성을 추가로 2.4배 더 향상시킨다. 이는 새롭게 도입된 MAR 서열이 동형 재조합에 의해 염색체 형질전환 유전자 위치에 삽입될 수 있으며, 이에 의해 추가로 형질전환 유전자 발현을 증가시킬 수 있다는 본 출원인의 가설과 동일하다.
세포가 pMAR-SV40EGFP 플라스미드로 3번째 및 4번째 형질전환되면, GFP 활성이 추가로 증가하고, 개별 형질전환으로부터 수득한 형광 레벨의 부가로부터 예측되지 않는 레벨까지 다시 한번 증가한다. GFP 발현은, 일광에서 눈에 보일 정도로 세포에서 녹색으로 빛을 내는 레벨에 도달하였다(도 14). 또한, 이러한 결과는 4차 형질전환의 효율이 3번째 DNA 전달의 효율로부터 예측한 것보다 훨씬 높고, 형질전환 사이의 적절한 타이밍이-4주 동안의 기간 동안 1일이 바람직함- 최적의 유전자 발현 증가를 얻는데 있어서 필수적임을 추가로 나타내어 준다. 본 출원인은 MAR 엘리먼트가, 히스톤 아세틸화의 국지적 증가를 유도함으로써 닫힌 염색질 구조를 풀어지게함으로써, 염색체 삽입의 위치에서 재조합 빈도를 증가시키는 2차 삽입 이벤트에 유리하다고 믿는다(Yasui, D., et al., SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances. Nature, 2002. 419(6907): p. 641-5.). 선택적으로 또는 부수적으로, 근처의 유전자를 서브핵 위치로 잠재적으로 위치를 바꾸는 MARs는, 토포아이소머라아제(topoisomerase)와 같이 재조합 이벤트에 관여할 수 있는 단백질을 포함하는, 트랜스-작용 인자에 풍부한 것으로 생각된다. 이러한 결과는 MAR 서열이 pSV40EGFP 반복을 브래킷(bracket)할 수 있고, 염색질-유도된 사일런싱(silencing) 효과로부터 형질전환 유전자를 효과적으로 보호할 수 있는 위치에서 도출될 수 있다.
SMAR Scan 또는 혼합 방법을 이용해 인간 게놈 서열 전체를 분석하여 얻은 서열로부터 4개의 MAR 엘리먼트들을 무작위로 선별하였다. 이들을 1_6, 1_42, 1_68,(여기서 첫번째 숫자는 서열이 유래된 염색체를 나타내며, 두번째 숫자는 이 염색체를 따라 예측된 MAR에 대해 특이적이다) 및 염색체 상에서 동정된 “슈퍼” MAR인 X_S29로 명명하였다. 이들 예측된 MARs를 pGEGFPControl 벡터의 SV40 프로모터 업스트림과 녹색 형광 단백질의 발현을 유도하는 인핸서에 삽입하였으며, 이들 플라스미드들을 배양된 CHO 세포에 이전에 기재된 방법으로 형질전환하였다(Zahn-Zabal, M., et al., Development of stable cell lines for production or regulated expression using matrix attachment regions . J Biotechnol, 2001. 87(1): p. 29-42). 그리고 난 후, 형질전환 유전자의 발현은, 형광 세포 분류기(FACS)를 이용하여 안정하게 형질전환된 세포의 전체 군집에서 분석하였다. 도 19에서 보는 바와 같이, 이렇게 새롭게 동정된 MARs 모두는, 닭 라이소자임 MAR에 의해 유도된 발현보다 상당히 높도록 형질전환 유전자의 발현이 증가하였으며, “슈퍼” MAR X_S29는 새롭게 동정된 모든 MARs 중에서 가장 유력한 것이 된다.
실시예 17: 인간 MAR (1-68)가 있거나 없는 네트워크 시스템의 일렉트로트랜스퍼에 의한 인 비보 mEPO 발현이 적혈구 용적율에 미치는 영향
치료학적 유전자는 백혈병의 치료에 사용되는 호르몬인 EPO(에리스로포이에틴)를 인코딩한다. EPO 유전자는 독시사이클린 유도성 프로모터의 조절하에 위치하며, 이 유전자에 있는 이전에 기술한 스위치 시스템은 다음부터 네트워크 시스템이라 부른다(Imhof, M. O., Chatellard, P., and Mermod, N. (2000)). 상기 EPO 및 조절 유전자를, 일렉트로트랜스퍼(electrotransfer)로 지칭되는 인 비보 일렉트로포레이션 방법을 이용하여 마우스의 근육에 주입함으로써, 이 유전자들이 근육 섬유의 핵에 전달되게 하였다. 데옥시사이클린 항생제-이 물질은 EPO의 발현을 유도하는 것으로 예측됨-가 생쥐의 식수에 첨가되면, 이는 높은 수준의 순환하는 EPO에 의해 유도되는 적혈구 계수의 증가로 인해, 적혈구 용적율 레벨의 상승을 유도할 수 있을 것이다. 그러므로, MAR이 EPO의 발현을 증가시키면, 높은 레벨의 적혈구 용적율이 예측될 것이다.
5주령의 C57BL6 암컷 생쥐(Iffa Credo-Charles River, France)에서 인 비보 실험을 수행하였다. 정상 생리 식염수에 녹아있는 30 ㎍의 플라스미드 DNA를 경골 전방 근육에 피부투과 주입하여 전달시켰다. 모든 주입은 케타미놀(Ketaminol)(75 ㎎/㎏) 및 나르콕실(Narcoxyl)(10 ㎎/㎏) 마취하에서 수행하였다. 근육내 DNA 주입 후에, 근육에 전기장을 주었다. 200 V/cm의 전압을 1Hz에서 8 ms 펄스로 주었다(Bettan M, Darteil R, Caillaud JM, Soubrier F, Delaere P, Branelec D, Mahfoudi A, Duverger N, Scherman D. 2000. “High-level protein secretion into blood circulation after electric pulse-mediated gene transfer into skeletal muscle” Mol Ther . 2: 204-10).
16 마리의 마우스에 1_68 MAR이 없이 EPO를 발현하는 네트워크 시스템을 주입하였으며, 나머지 16 마리의 마우스에는 5'의 프로모터/인핸서 서열이 활성자(activator) 및 EPO 유전자의 발현을 드라이브하는 MAR을 포함하는 네트워크 시스템을 주입하였다. 각 그룹에서, 마우스의 절반에는 실험 시작(0일-일렉트로트랜스퍼한 날)부터 식수에 독시사이클린을 포함하도록 하였으며, 나머지 절반에는 21일째부터 시작하여 독시사이클린을 투여하였다.
플라스미드를 주입하고 난 뒤 다양한 시간에 헤파린 처리된 모세관을 이용해 역-안와(retro-orbital) 펀치로 혈액 샘플을 수집하였다. 모세관을 실온에서 5000 rpm의 속도로 10분 동안 원심분리하고, 혈액 세포의 부피 분획을 전체 혈액 부피에 비교하여 분석하였으며, 백분위수로 표시하여 적혈구 용적율을 결정하였다.
도 16에서 보는 바와 같이, MAR-네트워크를 주입한 마우스 그룹-실험의 시작부터 유도됨-은 MAR이 없이 원래 네트워크를 주입한 마우스와 비교하여 적혈구 용적율이 훨신 유도되는 것으로 나타났다. 2달 후에, “MAR-포함 그룹”에서의 적혈구 용적율은 정상 적혈구 용적율(45-55%)에 비해 여전히 높은 값(65%)을 유지하였다.
더욱 중요하게는, 늦은(late) 유도(21일)가 MAR의 존재에서만 가능하고, 네트워크가 MAR이 없이 주입된 생쥐에서는 가능하지 않았다. 따라서, MAR은 사일런싱으로부터 형질전환 유전자를 보호하는 경향이 있으며, 비-유도 조건에 있는 지연(prolong) 기간 이후에도 그의 발현의 유도를 가능하게 한다.
전체적으로, MAR 엘리먼트는, 적혈구 용적율에 대한 그의 증가된 물리적 영향으로부터 검출된 치료학적 유전자의 발현을 증가시킬 수 있다.
<110> Selexis S.A.
<120> HIGH EFFICIENCY GENE TRANSFER AND EXPRESSION IN MAMMALIAN CELLS
BY A MULTIPLE TRANSFECTION PROCEDURE OF MAR SEQUENCES
<130> IP-2011-0109
<150> US 60/513,574
<151> 2003-10-24
<150> EP 04 002 722.9
<151> 2004-02-06
<160> 241
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 320
<212> DNA
<213> Homo sapiens
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ttatattatg ttgttatata tattatatta tgttattaga ttatattatg ttgttatatt 60
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<223> MAR of human chromosome 1, nt from 142276 to 142984
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<222> (1)..(709)
<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 142276 to 142984
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<213> Homo sapiens
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<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 4955365 to 4955949
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atatacacat atgtacgtat atatactata tatacacaca tatacacata tgtacgtata 300
tatactatat atacacacat atacacatat gtacgtatat atactatata tacacacata 360
tacacatatg tacgtatata tactatatat acacacatat acacatatgt acgtatatat 420
actatatata cacacatata cacatatgta cgtatatata ctatatatac acacatatac 480
acatatgtac gtatatatac tatatataca cacatataca catatgtacg tatatatact 540
atatataccc atacacatac gtatatacgt acatatatat acgta 585
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 5971862 to 5972633
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agtaaacata tatatagtaa atatatatag tgtatatata gtaaatatat atagtgcata 60
tatatagtgc atatatatag tgtatatata gtaaatatat agtgtatata tatagtaaat 120
atatatagtg tatatatagt aaatatatat agtaaatata tatatactat atatagtaaa 180
tatatatata ctatatatag taaatatata tatagtatat atatagtaaa tatatatata 240
gtatatatat agtaaatata tatatagtat atatatagta aatatatata tagtatatat 300
agtaaatata tatagtatat atatagtaaa tatatatata gtatatatat agtaaatata 360
tatatagtat atatatagta aatatatata tagtatatat atagtaaata tatatagtat 420
atatatagta aatatatata gtatatatat agtaaatata tatagtatat atatagtaaa 480
tatatataca ctgtatatat atagtaaata tatatacact gtatatatat agtaaatata 540
tatacactgt atatatatag taaatatata tacactgtat atatatagta aatatatata 600
cactgtatat acatagtaaa tatatataca ctgtatatac atagtaaata tatatacact 660
gtatatacat agtaaatata tatacactgt atatacatag taaatatata tacagtgtat 720
atacatagta aatatatata cagtgtatat acatagtaaa tatatataca gt 772
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<211> 304
<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 6221897 to 6222200
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atatataata tatataatta tattatatat aatatataat atatataatt atattatata 60
ttatatataa tatattatat attatatata taatatatat tatatattaa atatatatta 120
tatatataat atatattata tattaaatat atattatata tataatatat attatatata 180
atatatataa tatatattat atatatatta tatattatat atatatatta tatatatata 240
atatatataa tatatattat atataatata tattatatat atataatata tataatatat 300
atta 304
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 9418531 to 9418841
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tatatataat atttatatat aatattcatg tatttatata taaatattta tatatttata 60
tataaatatt tatatattta tatataaata tttatatatt tatatataat atttatacat 120
tatatataat atttatatat tatatataat atttatatat aatatttata tattatatat 180
aatatttata tatttatatg tataatatat attttatata tgtatgtata atatatattt 240
tatatatgta tgtataatat attttatata tgtatgtata atatattatt atatataata 300
tataatttat a 311
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<222> (1)..(302)
<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 15088789 to 15089090
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atataatata tatattatat atataaatat atataaatat ataacatata tattatatat 60
aaatatatat aaatatataa catatatatt atatatataa atatatataa atatataaca 120
tatatattat atatataaat atatataaat atataacata tatattatat atataaatat 180
atattatata tttatatata taatatatat aaatatataa tatatattta tatatataat 240
atatataaat atataatata tatatttata tataatatat ataaatatat aatatataat 300
at 302
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 6791827 to 6792287
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tatataatat atattatata tacacatata taatatatat tatatataca catatataat 60
atatattata tatacacata tataatatat attatatata cacatatata atatatatta 120
tatatacaca tatataatat atattatata tacacatata taatatatat tatatataca 180
catatataat atatattata tatacacata tataatatat attatatata cacatatata 240
atatatatta tatatacaca tatgtaatat atattataca cacacatata atatatatta 300
tatacacata tataatatat attatatata catatataat atatattata tatacacata 360
tataatatat attatatata cacatatata atatatatta tatatacaca tataatatat 420
aatatataca catatataat atatatatta tatatgcaca t 461
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 163530 to 164101
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atattataat tatatatatt atatataatt atataaaata tatattataa ttatatatat 60
tttatataat atatatatta taattaatat attatatata atatatatat tatatataat 120
atatatatta tatatattat atataatata tataatatat ataatatata atataatata 180
tatattatat ataatatata atatatataa tatattataa tataatatat ataatatata 240
atataatata tataatatat aatataatat ataatatata atatatataa tatataatat 300
aatatataat atatataata tataatataa tatataatat atataatata ttataatata 360
atatatataa tatataatat aatatatata atatataata taatatataa tatataatat 420
atatttaata tatttattaa ttatttgtta tatatttatt aatatataat atataatata 480
tttaatatat tataactata tattatatta taattatata tattatatat atacaattat 540
aattatatat tatatatact tataatatat at 572
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<222> (1)..(357)
<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 1842332 to 1842688
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tatatctata tatatctata tatatataat atagataata tctatatata taatatagat 60
aatattatct atatataata tagataatat tatctatata taatatagat aatattatct 120
atatataaaa ttatattata tctatatata ttatatatat aaaattatat tatatctata 180
tataatatag ataatatcta tatataaata gataatatct atatatataa tatagatatt 240
atctatatta tagatataga taatattatc tatattatag atattatcta tatataatat 300
agataatatt atctatatta tatatataat atatctatat tatctataat attatct 357
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 2309560 to 2309958
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attatatata atatatatta tatattatat atatcaagca gcagatataa tatataatat 60
atataatata tataatatat attgtatatt atataatata taatatatat aatatatatt 120
gtatattata taatatataa tatatataat atatattgta tattatataa tatataatat 180
atataatata tattgtatat tatataatat ataatatatg taatatatta tgtaatatat 240
tatataatat atattatata ttatatataa tatatattat atataatata tattacataa 300
tatattacat atattacgta atatatgtta tatattacat ataatatata acatatatta 360
cgtaatatat gtaatatatt acatataata tatacatta 399
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<222> (1)..(394)
<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 2231759 to 2232152
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atatatactt ataaattata tacttatata tacttataaa ttatatactt atatatactt 60
ataaattata tacttatata tacttataaa ttatatactt atatatactt ataaattata 120
tacttatata tacttataaa ttatatactt atatatactt ataaattata tacttatata 180
tacttataaa ttatatactt atatataatt ataaattata tacttatata taattataaa 240
ttatatactt atatataatt ataaattata tacttatata taattataaa ttatatactt 300
atatataatt ataaattata tacatatata taattataaa ttatatacat atataattat 360
aaattatata catatataat tataaattat atac 394
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(387)
<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 7406524 to 7406910
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tatattatat ataatatata ttatatataa tataaataat atatattata tataatatat 60
aaataatata taatatataa ataatatata atatataata tataaataat atataatata 120
taacatataa ataatatata taatatataa ataatatata taatatataa ataatatata 180
taatatataa aaatatataa tatataatac atatataaat aatatattat attatatatg 240
atacataata tattatatat aatatattat atgatacata atatattata tagaatatat 300
tatatgatac ataatatatt atatagaata tattatatga tacataatat attatatgat 360
acataatata ttatatataa tatatta 387
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<222> (1)..(370)
<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 9399572 to 9399941
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catatataca tatatacaca tatatacaca tatatataca catacatatg tacacatata 60
tatacacata tgtatacaca tatatacaca tatatacaca catatataca catatataca 120
cacatatata cacatatata cacatatata cacatataca catatataca catatataca 180
tatatacaca tatatataat atacacacat atatatacac atatatacac acatatatac 240
acatatatac acatatatat acacatatat acacatatat acatatatac acatatatat 300
acatatatac acatatatac atatatacac atatatacat atatacacac atatatacac 360
atacatatac 370
<210> 20
<211> 377
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(377)
<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 12417411 to 12417787
<400> 20
attatatata atacatataa ttatatattt atatataaat tataataaat acatataatt 60
atatatttat atataaatta tatataataa atacatataa ttacatatat ttataaatta 120
taataaatac atataattac atatatttat atatgaatta tatataataa atacatataa 180
ttatatatat ttatatgtag attatatata aatatatata atttatatat ataataatat 240
atataattta tatatataat tatatatata ataaatatat ataatttata tatataatta 300
tatatataat aaatatataa taatatatat aatttatata tataattata tatataataa 360
atatatataa tttatat 377
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<211> 1524
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(1524)
<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 1643307 to 1644830
<400> 21
tataaatata tataaatata taaatatata taaatatata aatatatata aatatatata 60
aatatataaa aatatataaa tatatataaa tatatataaa tatataaaaa cataaaaata 120
tatataaata tatataaata tataaaaata tataaatata taaatatata aaaatataca 180
aatatataaa tatatacata aatatatata aatatatata aatatataaa aatatatata 240
aatatataaa tatatataaa tatatataaa tatatataaa tatataaaaa tatatataaa 300
tatataaata tataaaaata tatataaata tataaatata taaatatata taaatatata 360
aatatataaa taaatataag tatttatgaa tatatatgaa tatataaata tataaaaaat 420
atatataaat atataaatat atataaatat ataaatatat acatatatac atatataaat 480
aaataaatat aagtatttat gaatatatat gaatatataa atatataaaa aatatatata 540
aatatataaa tatatataaa tataaatata taaaaatata taaaaatata tataaatata 600
taaatatata taaatatata aatatatata aatatatata aatatataaa tatatataaa 660
tatatataaa tatataaata tataaatata tataaatata tataaatata taaatatata 720
aatataaata tataaatata tataaatata tataaatata taaatatata taaatatata 780
taaatatata taaatatata taaatatata aatatatata aatatatata taaatatata 840
taaatatata aatatataaa tatataaaaa tatataacaa tatataaata tatataaaaa 900
tatataacaa tatataaata taaatatata taaaaatata taacaatata taaatataaa 960
tatatataaa tatataaata taaatataaa aaatatatat aaatatataa atatatataa 1020
atatataaat gtataaatat atataaaaat atataacaat atataaatat ataaatatat 1080
aacaatatat aaatatataa aaatatataa caatatataa atataaatat atataaaaat 1140
atataacaat atataaatat aaatatatat ataaatatat aaatataaat ataaaaaata 1200
tatataaata tataaatata tatataaata tatataaata tataaatgta taaatatata 1260
taaatatata aatatataaa aatatataaa tatatataaa tatatataaa tatataaata 1320
taaatatata aatatatata aatatataaa tataaatata taaacatata taaatatata 1380
taaataaaca tatataaaga tatataaaga tataaagata tataaatata taaatatata 1440
aagatatata aatatataaa gatatataaa tatataaaga tatataaata tataaagata 1500
tataaatata atatataaat atat 1524
<210> 22
<211> 664
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(664)
<223> MAR of human chromosome 1, genomic contig; 1398763 to 1399426
<400> 22
acacatatat atataaaata tatatatata cacacatata tataaaatat atatatatac 60
acacatatat ataaaatata tatatacaca catatatata aaatatatat atacacacat 120
atatataaaa tatatatata cacacatata tataaaatat atatatacac acatatatat 180
aaaatatata tatacacaca tatatataaa atatatatat acacacatat atataaaata 240
tatatataca cacatatata taaaatatat atatacacac atatatataa aatatatata 300
tacacacata tatataaaat atatatatac acacatatat aaaatatata tatacacaca 360
tatataaaat atatatatac acatatatat aaaatatata tatacacata tatataaaat 420
atatatacac acatatatat aaaatatata tatacacaca tatatataaa atatatatat 480
acacatatat ataaaatata tatatacaca tatatataaa atatatatat atacacatat 540
atataaaata tatatacaca catatatata aagtatatat atacacacat atatataaaa 600
tatatatata cacatatata taaaatatat atatacacat atatataaaa tatatatata 660
caca 664
<210> 23
<211> 1428
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(1428)
<223> MAR of human chromosome 2, genomic contig; 17840365 to 17841792
<400> 23
aatttattat atattatata ttatatatat tatatatatt atatattata tatattatat 60
atattatata ttatatatat tatatattat atatttatat ataatatata tctaatatat 120
atattagata taatatatat ctaatatata tatattttat atatataata tatctctaat 180
atatatattt tatatgtata taatatatct ctaatatata tatattttat atgtatataa 240
tatatctcta atatatatat tttttatata taatatatct ctaatatata tattttatat 300
atataatata tatctaatat atataatata tatattagat atatataaaa tatatatgat 360
atatttatta tatatataat atataatata taatatatat attatattat atacatatat 420
attatataca atatatatta tatatatttt atatacatta tatattatat atattttata 480
tacaatatat attatatatt ttatatacaa tatatattat atatatttta tatttttata 540
tacaatatat attatatata ttttatatat aatatatatt atatatattt tatataatat 600
atattatata tattttatat ataatatata ttatataaat tatatataat atatattata 660
ataaattata atatttttta tatatataat atgtatttta tatataatat attataatat 720
atattttata tataatatat tataatatat attttatata taatatatta taatatatat 780
tttatattat aatatattat aatatatatt ttatatataa tatattataa tatatatttt 840
atatataata tattataata tatattttat atataatata ttataatata tatattataa 900
tatatatttt atatataata tattatcata tatatattaa atatatattt tatatataat 960
atattataat atatatatta taatatatat tttatatata atatattata atatatatat 1020
tataatatat attttatata taatatatta taatatatat tttatatata atatattata 1080
atatatattt tatatataat atattataat atatatttta tatataatat aatatatatt 1140
ttatatataa tatattataa tatatatttt atatataata tattataata tatattttat 1200
atataatata ttataatata tattttatat ataatatatt ataatatata ttttatatat 1260
aatatattat aatatatatt ttatatataa tatattataa tatatatttt atatataata 1320
tattataata tatattttat atataatata ttaattaaat ttattaattt attaattatt 1380
aatatttatt atattattaa ttaataatat ataaattatt aatatata 1428
<210> 24
<211> 4624
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(4624)
<223> MAR 1_6 of chromosome 1
<400> 24
ggatcttaaa tctattttat ttatttattt ttcatgtggc caataccctc cacccccttc 60
ttctgtctct ttcaacttat tgtggttacc ttgaggctac ctgagacagt aggcttgggt 120
ggggaagtat gcattctaag tgtaaagttt gatgagcttt gacaaatgtc aacccatgta 180
ccagaacatt ttcatcaccc ataaaatctc ccttgtgtca cttgccagtc agtgtctatt 240
ctagtatcca actcctggct ccaagaaacc attgaactgt tttctgtcac tataaattag 300
atttgtcttt tctagagttt catgtaaatg gaatcataca ctaagtactc tttgtgcctg 360
gcttctgctc agcataatgt ttttgagaat cattcatgct gctgcatgtt ttcagtagtt 420
cattttttta aataggtgaa ttgtaactca ttctgtgaat ataccatatt ctgtcttcca 480
tttatctgtt agtggatctt taggtcgttt ctagttttgg gctattgcaa ataaagctgc 540
tgtaaatatt aatgcacaag ttttccatgt tcatatgttt catttcactt aggaaaatac 600
ctaagagagg aattgcacat attaaaaaaa ttttaaaaac tactaagctg ttctccaaaa 660
tggttgtaca atttttattc ccaagagcaa tatgagtgtt taattgctcc acattctcac 720
caacacttgg tgcttgttag ttttattttc attgttttca ttgttatgtc tgtgaggcag 780
cattgatgtg catgtctctg agtgtcatct tagcggtgat gctgagcatc agttcacgtc 840
cttataggcc gtttgtatat ctgctttgtg aaatgtctgt tcaaatcttt tgcctatttt 900
aaattgagtt gtgttcgtct tcttaggatt aagtaatgag ttaaaaatat ttctgataca 960
aatctttcat tatatatttc taatgctttc tcatctatag tttattttct catattcttt 1020
aactgtatct tttgaagagc aaattttact tttgattatg cccaatttat caagttttta 1080
tatggctctt ttgattatgc ccataatcac attagacttt gcctaaccca agtttgcaga 1140
gattttttct tttatgcttt tatctagaaa ttttgtagtt ttaggtttta aaaaagttta 1200
atttatttat ttgagacagg gtattgctct ttacatatac tggagtgcag tgatgcaatc 1260
atggctcact gcagcctcaa cctcttgggc tcaagcggtt ctcccatctc agagtcctga 1320
gtagctggcc aggtgcatgc cagcttcaat gtgtttttca tttgcatttc cctgataatt 1380
attgacgttg agcatttttt tcatatatca gttagctatt tgtacgtctt cttttgagaa 1440
acatctattc gggtcttttg cccattttaa agtcagatgg tttgtttgtc agctattgag 1500
ttgtttgagt tccttgtata ttctggatat taccatcttg tcagatgcac agtttgcaaa 1560
tttttttttt ctattttgta ggttgtctct ttctctgttg tttcctccgg tatgcagaag 1620
ttttttagtg tgatgtaatt tcatttgtct gtttttgctt ttgttgcctg tactttctta 1680
ttcttatcca aaaaatcttt atctagatca atgtcacgaa gagtttctcc tctgttttct 1740
tcgagtagtt ttttataatt ttgggtatac atttaagtct ttaatctatt tggaattgat 1800
ttttgcatat ggtgagagat cagagtctaa tttcatactt ttggatgtgg aaagctagtt 1860
ttttcagcac catttattga agagactgtc tcttctccaa tgtgtgttct ttgtgccttc 1920
gtcaaaaatc agttggctgt gcgtggattt atttctgtgt tctctatttt gttccattgg 1980
tctagtttta gccttaaatt taggtctgca attttttttt ttttgtatat ggtgtgaagt 2040
aagagtcaaa gttcattatt tttcatatgg atatgtaatt actccagtac catcatttag 2100
tttgaatgga ctgtcctttc tccatggaat tacatgggca tcttttgtct gaaaccaatt 2160
atgtatgttt acgtatgtgt atgtttatgc atatgttata ggtttaatat atattaatat 2220
atataatata taatatataa atattaatat gtattatata atatatatta atatattata 2280
ttatattact atataaataa tattaatata ttatattaaa atattaataa atatatcata 2340
ttaaatatta tattaattaa atattaataa atatattata ttaatatatt tatatattaa 2400
acctataaca tatgcatata cttatttata tataacatgc atgtacttat ttatatatac 2460
aatatatatt tatatattat ataatatatt atatgtattt atatattata tatcatatat 2520
tatatgtatt tatatattat atatcatata atatatatat ttatattata tatattatat 2580
gatatataat attatataat gtattaatat atattaaacc tatatttata attctggact 2640
cactattttg tttcattggt gtctgtgtgt atctaaccct atgccaataa tgtactatct 2700
taattaccat agctttatag taagctttga aatcagatag tgtatttttt atcattgttt 2760
tttaaaataa tagtttatct ttttatttga atttgtaatc agctagtcag tttctgcaaa 2820
aagcttactg ggattttgct tggaattatg ttacatctgt agcatgtact atccaatatt 2880
ctagccttta tccacatgtg gctattaagg tttaaattaa ttaaattaaa atttaattaa 2940
ttaaaattaa aacttaataa ttggttcctc attcacacta ccatatgtca agtgttcaat 3000
agccacatat ggtcaatgtc ttggaaaagt caatacagta catttccatt attgcagtaa 3060
gttctgtcaa acagcactat cgtagaccga ttaggagaga actgacttaa cagtattgga 3120
tgctccagtc aatgaacatc tttttttttt tcatttattt cagtagtctc tgcagtatat 3180
tatagatttc agtttacata ttttgcatat attttattaa atgtataacg gtagaagtac 3240
tattattgga tgatgtgttc tatagatgta ttttaggtca agtttgttga tagtgttgtt 3300
taaatctcgt atacctcttg atttttttat ttacttgttc tttgaattac tgagacagga 3360
atgttatatc cttaactata tttgtgaatt tattcacttc ttccttcagt tctgttaact 3420
tttgcttagg tgctttttaa aaatgaaact ttcaatctct gccttttaat tgtagcattt 3480
agaccattta cattcaatgt aattatcaat atcagtttat ttaagtctga agttgtgcaa 3540
tttttcctct acctatatta taaatctttc tatatacaaa acacatgcta tgttttctgc 3600
atatgtttta aatgacaccc ggaaagcatt gacactattt ttgctttagg ttatctttca 3660
aagatgttaa aaatgagaaa gaaatattct gcatttatcc atacacttat tatttgcaaa 3720
ggttttttta aatacctttg tgtagatttc agttaccaac ttgtatttcc ttcagcttga 3780
agaacttaca atttcttgta ggacaggtct ctgacaacaa attatctcag cttttctttg 3840
tctaaaaaag ttattgcctt tatttttaaa atatattttc actggatatt gaattttagg 3900
tgataatctt tttttttttg ttagcacttt aaatatgtct tctaatgtcc tcttgctttc 3960
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atataaatat aaatatatat aaaaatatat aacaatatat aaatataaat atatataaat 1980
atataaatat aaatataaaa aatatatata aatatataaa tatatataaa tatataaatg 2040
tataaatata tataaaaata tataacaata tataaatata taaatatata acaatatata 2100
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tataaatata aatatatata taaatatata aatataaata taaaaaatat atataaatat 2220
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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cataataata tataatgaat ataatataaa ataaatataa taaaatatat aatatatcta 120
ttatgtatta tatattatat atgtttatat ataatataat tatatatgtt tatatataat 180
ataattatat atgtttatat ataatataat tatatattat atattataga tataatatat 240
aatatactat atattataga tataatatat aatatactat atattataga tataatatat 300
aatatactat atattataga tataatatat aatatactat atattataga tataatatat 360
aatatactat atattataga tataatatat aatatatatt atatattata gatataatat 420
ataatatatt atatattata tctatatata atatattgta tattatatat aatatattgt 480
atattatata taatatattg tatattatat ataatatatt gtatattata t 531
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ttatattata tatcttacat aaattatata tatatattac ataaattata tacaatataa 60
attatataca atataattta tatataaaat ataaattata taaataattt atatataaaa 120
tataaattat ataaataatt tatatataaa atataaatta tgtataaaat ttatatataa 180
aatataaatt gtgtataaaa ttatatataa aatataaatt gtgtataaaa tttatatata 240
aaatataaat tatatataat ttatatatta taatataaat tatatataat atatatcata 300
aaatataaat tatatataat atatatcata agatataaat tatatataat atatatcata 360
agatataaaa tatataat 378
<210> 33
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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aaaatatata aatatatata aaaatatata aaaatatata aatatatata aaaatatata 60
aatatatata aatatatata aaaatatata aatatatata aatatatata aaatatataa 120
atatatataa aatatatata aatatatata aatatatata aaaatataaa tatatataaa 180
aatataaata tatataaata tatataaaaa tataaatata tataaatata tataaatata 240
taaatatata taaatatata taaatatata aatatatata aatatatata aatatatata 300
aatatataaa tatataaaaa tatatataaa tatataaata tatataaata tataaatata 360
taaaaatata tataaatata taaatatata taaatatata taaatatata tataaatata 420
tataaatata tatatatata aatatatata aatatatata taaatatata taaatatata 480
tatatatata taaatatata taaatatata taaatatata tataaatata tataaatata 540
tataaatata tatataaata tatataaata tatatataaa tatatataaa tatat 595
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<222> (1)..(738)
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ataatagata atatatatta tatgatagat atataatata ttatataata tataatatat 60
tatatatcta tcatataata tatataatat ataatatatt atatatctat catataatat 120
aatatatata atatataata tatatcatat tatattgtat ataatatata tcatattata 180
ttgtatataa tatatatcat attatattgt atataatata tatcatatta tattgtatat 240
aatatatatc atattatatt gtatataata tatatcatat tatattgtat ataatatata 300
tcatattata ttgtatataa tatatatcat attatattgt atataatata tatcatatta 360
tattgtatat aatatatatc atattatatt gtatataata tatatcatat tatattgtat 420
ataatatata tcatattata ttgtatataa tatatatcat attatattgt atataatata 480
tatcatatta tattgtatat aatatatatc atatattatc tattatattg tatataatat 540
atattatata ttatctatta tattgtatat aatatatatt atatattatc tattatattg 600
tatataatat atattatata ttatctatta tattgtatat aatatataat aaatatagta 660
tatataatag ataatatata gtatatatga tatattatat atactatata ttatatatca 720
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taaatatata aaaatatata taaaaatata aaaatattta tataaatata taaaaatatt 60
tatataaata tataaatata taaatatata tttatataaa tatataaata tataaatata 120
taaatatata tttatataaa tatataaata tatatttata taaatatata aatatatata 180
aaatatataa atatatattt atataaatat ataaatatat ataaaatata taaatatata 240
tattttatat aaatatataa atatatataa aatatataaa tatatatatt ttatataaat 300
atataaatat atataaaata tataaatata tatattttat atatttatat atataaatac 360
atatatttca tatatcacat atatga 386
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taaatatttt taaaatatat atattttata atatataatt tatattataa tgtgtacata 60
atatatatta taatataata tatataatac tgtatattat attatatata ttataatata 120
tattattata tattatatta tatataatat aatatatatt ataatatatt atattataca 180
tattataatg tattataata tatattatat tatatattat aatatatatt atattatata 240
ttataatata tattatatta tatattataa tatatattat attatattat atatattata 300
atacatatta taatacatat tatataatat attataatat gtattataat acatattata 360
taatatatta taatatatta tatataataa tatattataa tacatattat atataatata 420
tattatgtat attatatata atatatatta caatgtatat tatgtatatt atatatatta 480
tatatcatat aatatatatt atatataata tgatatataa tatatattat ataatatatt 540
atatgatata tataatatgt attacatgta atatatatca taat 584
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tgtatatata tactatatat atactatata tatagtgtat atatatacta tatatatact 60
atatatatag tgtatatata tactatatat atagtatata gtatatatag taatatatat 120
atatagtata tatatacact atatatagta tatatagtat atatatattg tgtatatagt 180
atatatatag tgtatatata gtatatatat attgtatata tagtatatat attgtgtata 240
tatagtatat atatagtata tatagtatat atagtatata tatagtatat atatactata 300
tatatagtat atatatattg tatatatata ctatatatat agtat 345
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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atattatata taatataatt atatctataa ttatatatta tatataatat aattatatat 60
ctataattat atattatata taatatatat tatatataat atataattat atataattta 120
tataatataa tatataatat ataattatat ataattatat aatataatat ataatatata 180
attatatata atttatataa tataatatat aatatataat tatatatatt tatataatat 240
aattatatat aatatataat tatatataat ttatataata taattatata taatatataa 300
ttatatataa tttatataat ataattatat ataattatat attatatata atttatataa 360
tataattata tataatatat aattatatat aatatataat tatatataat tatatataat 420
atataattat atataattta tataatataa ttatatatta tatatattat atat 474
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<213> Homo sapiens
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aattacaata tatgatatgg tttatatatt atatatagta taatataata taacataata 120
ctattataat atataaacta tataatatat actattataa tatatgaact attataatat 180
ataaactata tataatatat aatatgtact attataatat ataaactatt ataatataat 240
atataaacta ttataataca taaactatta taatatatat aatactatgt atacatatat 300
tacattatgt acatactaca ttatgtatta tgtatgtata tatacacaaa atacataata 360
tataatagta ttatataata gtatatatag ttataatata tagtataatt acaatatata 420
atatggttta tatattatat atagtataat acaatataac ataatactat tatatataaa 480
cta 483
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tatatacatg ttatatatat aacatagata ttatatatat aacatagata ttatatatac 120
atgttatata taacatagat attatatata catgttatat ataacagata ttatatatac 180
atgttatata taacatagat attatatatg tatgttatat ataacataga tattatatat 240
gtttatataa tatataacat atgtttaaca tatataatat ataacatgtt tatataatat 300
ataacataat tatatgttat atatgatata aaacatatat attatatacg ttatatgtaa 360
tatataacat atattgtata cgttatatgt aatatataac atatattgta tacgttatat 420
gtaatatata acatatattg tatacgttat atgtaatata taacatatat tgcatacgtt 480
atatgtaata tataacatat attgtatacg ttatatgtaa tatgtaacat atattgtata 540
cgttatatgt aatatgtaat atataataca tataacatgt atatataaca tatatgtata 600
taacatatat ataacatata taacatatat gttatattat a 641
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<222> (1)..(745)
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atatttatat atgtaataat atataatata tttatatgta tttgtatatg taataatata 60
tatataataa aatatgtaat aatatataat atatttatat ataaatatat tatattatat 120
atatattatt atatttataa tataatatat atttatatta tatattataa atatatatta 180
tataatatat attataaata tatattatat aatatatatt ataaatatat attatattat 240
atattataaa tatatattat ataatatata ttataaatat atattatata atatatatta 300
taaatatata ttatatttat aatatatatt tttgtatatt atatattata tattataaat 360
attattatat ttataatata ttatatattt tatatataat atatgatata tattataaat 420
atatcttata aatatatata tttatatata tatattataa atatataaat ataaatatat 480
aatataatat aatataatat aataaatata atatataata tatataatat ataataaata 540
taataaatat aaatatatca tataaatata aatataaata taaatatatc atataaatat 600
atatatttat atgatatatt atagtatata taaatatatt tatatattat aaaatattta 660
tataatatat aattataata tatttatata tataaattaa ctaatatata taaactaata 720
taatatataa tgtaataata tagta 745
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tatgtaatat atattaaata taaatatata acatatatgt gtaactatat atgtaaatat 120
gtacatatac atatatgtaa atatataata tatatttaca ttatattata taatatatat 180
ttacattata tatttatata tacattatat atatttacat tataaatatt tatataatat 240
atatttacat tatattacat tatataaaat acaatatatt acattataat acattataac 300
agataaa 307
<210> 43
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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aatattatat taaatataat atattaatat ttaatatatt taatataata ttaaataaat 60
atattataaa taaattataa tatataaata tatattatgt atttatgtat aatatataaa 120
aattatatat aatatatata tttttataaa tatataaata tataataaat aaatatatta 180
aataaataat aatatattaa atattaatat attaaatatt atatattaaa tataatatgt 240
aatatgaaat atattaaata ttatatatta aatataatat ataatgtgaa atatattaaa 300
tattatatat taaatataat atataatatg aaatatatta aatattatat attaaat 357
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<213> Homo sapiens
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tagtatattt gtatactata tatttatata tttagtatat ttgtatacta tatatttata 120
tatttagaat atttgtatac tatatattta tatatttagt atatttgtat actatatatt 180
tagtatattt gtatactata tatttatata tttagtatat ttgtatacta tatatttata 240
tatttagtat atttatatac tatatactta tatatttagt atatttatat actatatact 300
tatatattta gtatatttat ata 323
<210> 45
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(498)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 3548336..3548833
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aattattact atattgttaa tataattatt atataatata atataattat atcactatta 60
ttatattata gtattaatat aatagtgtat aacattaata taatatagta ttaatataat 120
agcgtataac attaatataa tatagtatta atataatagc gtataacatt aatataatat 180
agtattaata taatagtgta tattaatata atatagtatt aatatataat attaatataa 240
tatatcaata taatagtata taatataata taatatatca atataatagt atataatata 300
atataatata tcaatataat agtatataat ataatataat atatcaatat aatagtatat 360
aatattaata taatataata tcaatataat agtatataat attaatatat taatataata 420
gtatataata ttaatgtaat ataatattaa cataatgtat ataataatat aatagtatat 480
aatactaata taatataa 498
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<211> 400
<212> DNA
<213> Homo sapiens
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aaatatatta tattatatat tatatattat tcaatatact ataatatata ttatatatgt 60
ttaatacaat atataatatt tacatatatt cccatttatt tatataacat atattatatg 120
atattatata ttactccata taatataata tattatacat aatatattac tcagtataat 180
acataatata tataatatat tactcggtat aatatataat attatatgtt atgcaatata 240
atatataata ttatatataa tacattattc aatataatat ataatattat atataataca 300
ttattcaata taatatataa tacactattc aatataatat acaatattat atataataca 360
ttattcaata taatatatat tatataatat atatatttat 400
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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agtatatata tgtgtatata tatgagtata tatatgtgta tatatatgag tatatatatg 60
tgtatatata tgagtatata tatgtgtata tatatgagta tatatatgtg tatatatatg 120
agtatatata tgtgtatata tatgagtata tatatgtgta tatatatgag tatatatatg 180
tgtatatata tgagtatata tatgtgtata tatgagtata tatatgtgta tatatgagta 240
tatatatatg tgtatatatg tgagtatata tatgtgtata tatatgagta tatatgtgta 300
tatatatgag tatacatatg tgtatatata tgagcatata tgtgtatata tatgagtata 360
tatatgtgta tatatatgag tatatatgtg tatatatatg agt 403
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tataaaatat atattattta tatattatat ataaaatata tattatatta tatattatag 60
atataataaa taaataatat ataatatatt atataattat ttatacataa ttatatataa 120
ttatatgtaa ttgtacaatt atatataatt atatacaatt atacacataa ttatatacaa 180
ttatacaatt atatacataa ttatatatat aatatacata attatatatt aattatacaa 240
ttatatacat aattatatat aattatacaa ttatatacat aattattatg tatattatat 300
tatataata 309
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 3581085..3581600
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atatatatat atatatatat atttatatat atatatatta atatatatta tatataaaaa 60
tatataaaat ttatatatat aatttatata tataaaaata tataaaattt atatatataa 120
tttatatata taaaaatata taaaatttat atatataatt tatatatata aaaatatata 180
aaatttatat atataattta tatatataaa aatatataaa atttatatat ataatttata 240
tatataaaaa tatataaaat ttatatatat aatttatata tataaaaata tataaaattt 300
atatatataa tttatatata taaaatatat aaattatata tataattata tatataatat 360
aaaattatat atataattat atatataata taaaattata tatataatta tatatataat 420
ataaaattat atatatattg tatatatata aaatatacaa aatttatata tataaaatat 480
aaaatataca taaaaataaa tatatataat ttatat 516
<210> 50
<211> 534
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(534)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 3084851..3085384
<400> 50
atataatata tatgactata tattttatat tatattctat ttcaataaaa tatttatatt 60
ttattatata ttataatata taattatata tgtaataata tataatatat aatatatatt 120
ttatattata ttttatattt atttttatat tttatattat attttattat atatattata 180
atatataatt atatatgcaa taatatatta tatattataa tatataatta tatatgcaat 240
aatatattat atattataat atataattat atatgcaata atatattata gattataata 300
tataattata tatgcaataa tatattatat attatatatt agataatata ttaatatata 360
ttataacata taatatataa catataatat ataatatatt atctaatata taatataaca 420
tataatatat aatatattat ataatatatt attacatata taatatattg taatatataa 480
tattacatat atcttcaaaa agagttatgt gtatataata catatatata ccat 534
<210> 51
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(583)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 160087..160669
<400> 51
tatttatata aaatatataa aatatattat atataaatat attatatata atatatttat 60
atattataca atatatttat atattatata taatatattt tatataatat acataatata 120
ttttatatat tatatataat atattttata tataatgtac aatatatttt atatattata 180
tataatatat tttatatata ctatacaata tattttatat attatatatt ttatatatat 240
ttttcatgta acatatatat tttatatata atatatatac catatataat atattttata 300
tataatatat ataccatata taatatattt tatatataat atgtatatca tatatagtat 360
attttatata taataggtat accatatata atatatttta tatataatag gtataacata 420
tataatatat tttatatata atatgtatac catatataat atattttata tattatagat 480
accatatgta atatacttta tatataatat agataccata tgtaatatac tttatatata 540
atatagatac catatgtaat atactttata tataatatag ata 583
<210> 52
<211> 314
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(314)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 4350424..4350737
<400> 52
tatgtgtata taaatatatg tatatatgtg tatataaata tatataaata tatgtatata 60
tgtatatata catatattta tatataaata tatgcatata tttatatata aaatatatgc 120
atatatgtat atatataaaa tatatacata tatgtatata tataaaatat atacatatat 180
gtatatatat aaaatatata catatatgta tatatataaa atatatacat atatgtatat 240
atataaaata tatacatata tgtatatata taaaatatat acatatattt atatatataa 300
aataccaagt ctta 314
<210> 53
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(828)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 8443267..8444094
<400> 53
tattatataa ttatatatac tatataatta tataatatat agttatatag tatatataat 60
atatataata tatactatag tatatataat atatataata tatactatag tatatataat 120
atataattat atataatata tataatatag tatatattat atatatatta tatatatata 180
atatatatat aatatatata atatagtata tataatatat aattatatat aatatataat 240
atagtatata taatatataa tatatatata attatatact ataatatata taatatataa 300
ttatatatta tatactatag tatatattat tatatataat agatataata tatataatta 360
ttatataata tagtatatat aatatataat tatatataat agatataata taatataatt 420
atatataata tagtatatat aatatataat tatattatat tatatataat atataattat 480
aatatataat tatattatat aatatatata atatataatt atattatata attatattat 540
ataatatata taatatataa ttatattata taatatatat aatatataat tatattatat 600
aatatatata atatataatt atattatata atatatataa tatataatta tattatataa 660
tatatataat atataattat atattatata taatatagta tatataatat gtaattatat 720
atcatataat atataacatt gtatataata tataattaca tattatataa tgtatataat 780
atataattat atacattata taatatagta tataattata tattatgt 828
<210> 54
<211> 573
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(573)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 8703190..8703762
<400> 54
tatattatat ataaaatata catataatat acctataata tacatataat atataatata 60
tattatgtac atataatata catataatat atataatata taatgtacat ataatataca 120
tataatatat gttatatatt atatataaaa tataggatat atataatata gaatatatat 180
actatattgt atatataaga tatataatat atagtatata tactatataa tatataatat 240
atagtatata taatatataa tatagaatat atatacaata tataatatag aatataggat 300
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aaatatataa tatataatat aaaaatatat tatatattat ataatataaa atatattata 420
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<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(597)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 8819076..8819672
<400> 55
acatatctta tatataaaat atataaatat acacatattt tatatataat atatattata 60
tatatgaaat atacacatat ttttatatat ataatatata tattatatat aatatatgca 120
tatattatat ataaaatata tatattatat ataaaatatg catatattat atataatata 180
tataatataa aatatataat atatattata tattatatat aatatatatt atatataata 240
catatatata atatataata tatataaaat ataatatata tattatataa tatatatata 300
aatatatata atatatatat aatatatata ttatatataa aatatatatt atatgtaaaa 360
tatataatat atataatata tatattatat gtaaaatata tattatatat aaaatatata 420
atatataaaa tatatattat atataaaata tataatatat aaaatatata atatatataa 480
aatatataat atatataaat atatattata tataaaatat ataatatata taaatatata 540
ttatatataa aatatataat atatataaat atatattata tataaaatat atattat 597
<210> 56
<211> 646
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(646)
<223> MAr of chromosome 1 genomic contig; 759619..760264
<400> 56
taatatatat aatatatatt atataataat atataatata tattatatta taatatataa 60
tatattatat aataatatat attatataat atataataat atatataata catattattt 120
aataatatat aatatatatt atataataat atataatata tattatataa taatatacat 180
tatattatat aatatataat atatataata tatattatat aataatatat aatatatatt 240
atagaatgat atattagata ttatataatt atatatataa tattatatat tatataataa 300
tatataatat atattatata attatatata taatattata tattatataa ttatatataa 360
tatattatat aattatatat ataatattat atattatata attatatata atatatatta 420
tataattata tatataatac tatatattat ataattatat ataatactat atattatata 480
atttatataa ttatatatat tatatattat ataattatat atattatata ttatataata 540
acatatatat tatatattat ataataacat atatattata tattatataa tacatatata 600
ttatatatta tataatacat tattatataa tatataatat atatta 646
<210> 57
<211> 752
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(752)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 1226710..1227461
<400> 57
taaacatata tataaatata tataaatata tatataaata tatataaata tataaatata 60
taaatatata tgaatatata aatatatata aatatatatg aatatataaa tatatatata 120
aatatatata aatatatata taaatatata taaatatata taaatatata taaatatata 180
taaataaata tataaatata tataaatata taaatatata tataaatatg taaataaata 240
tatataaata tataaatata tataaatata tataaatata tatagaaata tatatagaaa 300
tatatataaa tatatataga aatatataga aatatatata gaaatatata taaatatata 360
taaatataga aatatatata aatatatata aatatatata gaaatatata atatatataa 420
atatatataa atatataaat atatatataa atatatatat aaatatatat aaatatatat 480
aaatatatat aaatatatat aaatatatat attaatatat aaatctatat taatatatat 540
taatatataa atctatatta atatatatta atatatatat taatatatat taatatataa 600
atatatatat taatatataa atatatataa atatatatgt aaatatatat ataaatatat 660
ataaatatat atataaatac atataaatat atatataaat atatataaat atatatataa 720
atatatataa atatatatat aaatatatat aa 752
<210> 58
<211> 300
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(300)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 1119049..1119348
<400> 58
taatatacat tttatataat atatgtaata tatattttat atatatgtaa tatatatttt 60
atataatata tgtaatatat attttatata tatgtaatat atattttata taatatatgt 120
aatatatatt ttatataata tatgtaatat atattttata taatatatgt aatatatatt 180
ttatataata tatgtaatat atattttata taatatatgt aatatatatt ttatataata 240
tatgtaatat atattttata taatatatgt aatatatatt ttatatatat gtaatacata 300
300
<210> 59
<211> 617
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(617)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 3603613..3604229
<400> 59
aaaatataat atatataata tataatatat ataatatatt atatataaaa tatataatat 60
ataatatata taataaaata tacataatat ataatgtata ataaaatata cataatatat 120
aatatataat aaatatataa tatataatat ataataaaat atataatata taatatataa 180
taaaatatat aatatattat atataataaa atatataata tattatatat aataaaatat 240
ataatatatt atatataata aaatatataa tatattatat ataataaaat atataatata 300
ttatatataa taaaatatat aatatattat atataataaa atatataata tataatatat 360
aataatatat ataatatata atatatataa taaaatatat ataatatata atatatataa 420
taaaatatat aatatataat atatataata aaatatatat gatatataat atatataata 480
aaatatatga tatataatat atataataaa atatataata tataatataa tatataatat 540
atatactaaa aaatatataa tatataataa aaaatatata atatataata tatataatat 600
ataataaaat atatata 617
<210> 60
<211> 674
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(674)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 2592460..2593133
<400> 60
taagcttata tatatatata agcttatata tatatatata agcttatata tatatagaaa 60
gcttatatat atatagaaag cttatatata taagaagctt atatataaaa gcttatgtat 120
aaatatatat aaatatattt atttatgctt atagatacat atataaatat atttatttat 180
atttatatat aaacatatat ttatatatat ttatataata tttatttatt atataaataa 240
atatataata aataataaat atatataata tatttattgt attatttata taaatttatt 300
aatataatat ataataaaat aataattata taaatatata aatatctata aatatatata 360
aatatatata atatctataa atatatataa atataaatat atataatatc tataaatata 420
gataaatata aatatatata atatctataa atatagataa atataaatat atataactat 480
atataaatat atataactat atataaatat atatataaat atatataact atatatataa 540
ctatatatat aaatatatat aactatatat ataaatatat atataaatat atataactat 600
atatataaat atatataact atatataaat atatatataa atatatataa ctatatatat 660
aaatatatat ataa 674
<210> 61
<211> 1694
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(1694)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 2891680..2893373
<400> 61
atatgtaata catatattat atatgcatat atacatgcat atgtatatac atatattata 60
tatgcatata tacatgcata tgtatataca tatataaagt atgattatat ataatatata 120
catgtatatg tatatacatg tatatattat attatatatt atttatacat attattatgt 180
ctatatataa tataatatat acatattaat aatataatac ataatataat ataatatatt 240
atataataca taatataata taatatatta tataatacat aatataatat aatatattat 300
atgatacata atataatata atatattata tgatacataa tataatataa tacatattaa 360
taatatatta ttattattaa tataatatat acatattaat atacatacat atatattata 420
ttatatataa tatacatata atataatatg taatattata tataatataa tacataatat 480
aatacatatt aataatatat tattaataag ataatatata tgtatctata atatatacat 540
atatgtatat gtatgtatat attatagata tacatgttta tacatgtata tattatagat 600
atatacatgt atatacatgt atatattata gatatataca tgtatatacg tatatattat 660
agatatacat gtatatatgt atatatatta tagatataat atatacaaga atataagaat 720
atatataata taatatataa tacacataat acgtatatat tatatataca tgtatattat 780
atatgtacat atatacatgt atattatata tacatgtata ttatatatac atgcatatta 840
tatatatttt tatatataat atccatgtat attatgtata tttgtgtata ttatatatac 900
atgtatatta tatatacatg catattatat atatttttat atataatatc catatatatt 960
atgtatattt gtgtatatta tatatacaca tatattatat atacatggat attatatata 1020
cacatatatt atatatacat atatattata tatacacata tattatatat acatgtatat 1080
tatatataca cgtatattat atatacacac gtatattata tatacacgta tattatatat 1140
acacacgtat attatatata cacgtatatt atatatacac acgtatatta tatatacacg 1200
tatattatat atacacacgt atattatata tacacgtata ttatatatac acacgtatat 1260
tatatataca cgtatattat atatacacac gtatattata tatacacgta tattatatat 1320
acacacgtat attatatata cacgtatatt atatatacac acgtatatta tatatacatg 1380
tatattatat atacatgtat attatatata cacatgtata ttatatatac atgtatatta 1440
tatatacaca tgtatattat atatgcatgt atattatata tacacatgta tattatatat 1500
acacatgtat attatatata catatatatt atatatacat gtatattatg tatacatata 1560
tattatatat acatgtatat tatagataca tatatattaa atatacatgt atattatgta 1620
tacatatata ttaaatatac atgtatattg tatatacata tatattatat acatgtatat 1680
tacatgtata cata 1694
<210> 62
<211> 587
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(587)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 3432560..3433146
<400> 62
gaattatata tatatagctg aattatatac atatataata tatacaatat atattatata 60
tttatatatg atatatacaa tatatattac atattatata tacaatatat aatatataat 120
atataatatt atatattata tattgtatat aatatatatt atataacatt atataatata 180
taatattata tattatatat tgtatataat atatattata taacattata taatatatac 240
tattatatat tataatatat aatatataat aatatataat agtatatatt atatatattg 300
tatatattat atataaatat ataatatata atatatatta tataatatat attatataat 360
atatattatt atatattata tatttatata taatatatat tatatatatt atattttata 420
tataaatata taatatataa taatatataa tttaatatat ataatatata caatatataa 480
tatataatat attaatatat ataatatata caatatataa tatataatat ataatatata 540
atataaatta ttatatataa tatatattat atatagctga attatat 587
<210> 63
<211> 313
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(313)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 3805392..3805704
<400> 63
tatataatat gtatattatg taatatttta tatagcatat atgtatatta tatataatct 60
tttatatata gtatataata tgtatattat atattatata attatataat tatgtattat 120
ataaaatata ttatataata tataattata tattttttga aatatagatt atatataata 180
tatatggcag tgagctgaga tataatatat attatctata ctatataata tatattatat 240
atactctata ttatatatgt atatattata tataatatat acatatataa tgtgtatata 300
ttatatataa taa 313
<210> 64
<211> 349
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(349)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 4521378..4521726
<400> 64
ttatatacac tatataatat gtatttatat atacttatat acactatata tgtatttata 60
tataattata tacactatat aatatgtatt tatatataat tatatacact atataatatg 120
tatttatata taattatata cactatataa tatgtattta tatataattg tatacactat 180
ataatgtata tttatatata attgtataca ctatataatg tatatttatg tataattgta 240
tacactatat aatgtatatt tatgtataat tgtatacact atataatgta tatttatgta 300
taattgtata taccatataa tgtatattta tgtataattg tatatacca 349
<210> 65
<211> 500
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(500)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 3240166..3240665
<400> 65
ttaatatata atatatatta tatatttata tattaatata taatatatat ttatatataa 60
tatatattat atatttatat tacatatatt tatatgttaa tatatatttt atatatttat 120
atattttata tatttatata ttatatattt atatattata tttatatatt atatatttat 180
attatatatt tatatattat atttatatat tatatattta tattatatat ttatatattg 240
tatatttata ttatatattt atatattgta tttatatatt atatatttat atactatata 300
tatttatata tattatatat ttatatatta tatatattta tatatattat atatttatat 360
attatatata tttatatata ttatatattt atatattata tatatttata tatattatat 420
atatttatat atattatata tttatatata atatatatta tatattttat ctatatattt 480
atatattaat atatattata 500
<210> 66
<211> 866
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(866)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 409429..410294
<400> 66
atatatataa tatattatat atattatata ttatatatat aatacatata ttatatatat 60
aatatataat acatatatta tatatattat atattatata taatatataa tacatatatt 120
atatataata tataatatat aatatattat ataatataat tatataatta tataatataa 180
tataatatat aatattatat aattatataa tatatataat tatattatat attataaata 240
ttatataata tatatattac aaatatatat tatatatatt ataaatatta tataacatat 300
atattatata atatatataa tatataatat atataaaaat ataatatata agatatatat 360
aatatatgat atatatgata tataatatat gatatatatg atatatataa tatatgatat 420
atatgatata tatgatatat ataatatatg atatatatga tatatatgat atatgatata 480
tatgatatat gatatatatg atatatatga tatatgatat atatgatata tatgatatat 540
gatatatatg atatatatga tatatgatat gatatatata atatatgata tgatatatat 600
aatatatgat atatatgata tatgatatgt aatatatatg atatattata tataatatat 660
aatatataca taatatataa tatataatat ataatatata taatatgtga tatatataat 720
atatgatata tgatatatga tatatattat ataatatata taatatatat tatatataat 780
atatattata taatatatat aatatatatt atatataata tataagatat aagatataat 840
atatataata tataatatat ataata 866
<210> 67
<211> 335
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(335)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 614754..615088
<400> 67
acccaatata tgtgtatata tgtatgtata tatacatata catacataca tatatgtaca 60
tacatatata catacataca tatatatgta catacatata tacatacata catatataca 120
tataacatat atacacacat atatacagat atacatatat acatacatat atacatataa 180
catatataca tacatatata catataacac atacatacat acatatatac atacaacata 240
tatacataca tatatacata tgtatacata catatatgta tacatatatg tatacatata 300
tgtatacata tatgtatata tatattgtta tatat 335
<210> 68
<211> 455
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(455)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 1299520..1299974
<400> 68
ggatatatat attattagtt gttatattat tatatattat atatattatt atatataata 60
tattatatca tatatattat tatatataat atattatatc atatatatta ttatataata 120
tattatatca tatatattat tatatataat atatattata tatattatta tatataatat 180
atattatata tattattatg tataatatat atattatata ttatttatat atatataaat 240
tatataataa tatataatta attatacata tatacatata taagtataca tataatatat 300
ttatatagta tatataaata tatatacaat atatttatat attatatatt atatataaat 360
atatacaata tatttatatc atatatttta tatatgatac atataatata tattatatat 420
gatatataat atatatcata tatgatatat aacat 455
<210> 69
<211> 404
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(404)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 1970778..1971181
<400> 69
atatataata tgtataatat ataatatata tcatatattg ttctatgtat attacatata 60
atatgcatta tatattatat attgcatata atatgcatta tatattatat attgcatata 120
atatgcatta tatattatat attgcatata atatgcatta tatattatat attgcatata 180
atatgcatta tatattatat attgcatata atatgcatta tatattatat attgcatata 240
atatgcatta tatattatat aatatataca catataatat atataattta tatatattta 300
tatatattta catttattat atatttatta tatataaata tatttttata tattacttat 360
atattatata taatatatat aatatatata ttatatataa tata 404
<210> 70
<211> 605
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(605)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 3562918..3563522
<400> 70
tatatatata aaatacatat atattatata tattatatat aatacatata ttatatatta 60
tatataatac acgtatataa tatataatat ataatacata taatatatat gatatataat 120
acatataata tatatgatat ataatacata tataatatat atgatatata atacatatat 180
aatatatatt atatataata catatataat atatattata tataatacat atataatata 240
tattatatat aatacatata taatatatat tatatataat acatatataa tatatattat 300
ataatacata tataatatat attatataat acatgtatat aatatatatt atatataata 360
catatatatt atataataca tgtatataat atatattata tataatacat atatattata 420
tattatatat taatatattt atataatagt aatatataat attaatatat tatatatatt 480
aatattatat ataatacata tattatatat aatataaata tatataatac atatataata 540
cacatattat atataataca tatattatat ataatatata tattatatat aatatatatg 600
taata 605
<210> 71
<211> 317
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(317)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 189743..190059
<400> 71
tattttttat atttatatat tatatatatt tttatatgta atatattata tataaaatta 60
tataatttta ctacatataa tatataaaat tatataattt tactacatat aatatataaa 120
attatataat tttactatat ataatatata aaattatata attttatata taatatatat 180
tataatatat attatatgca atatatatta tatattatat tataatatat tgtatatttt 240
tgtatataaa atatataata tataatatat ttatagacaa taatatataa tataatatat 300
aaaattttat atataaa 317
<210> 72
<211> 522
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(522)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 229111..229632
<400> 72
gatatatata tttatatata taaaagatat atattattta tatataaaga tatatattta 60
tatatataaa agatatatat tatttatata tataaaagat atatatttat atatatgata 120
tatattattt atatatataa aagatatata tttatatata tgatatatat tatttatata 180
taaaagatat atataaaaga tatatattat ttatatatat aaaagatata tatataaaag 240
atatatatta tttatatata taaatgatat atattattta tatataaaag atatatatta 300
tttatatata aaagatatat attatttata tatataaaag atatacatat aaaagatata 360
tatttatata taaaagatat atatatttat atataaaaga tacatatatt tatatatata 420
aaagatatat atatttttat atataaaata tatattatat atataaaaga tatatataaa 480
tatatatatc ttttatatat aaaagatata tataaatata ta 522
<210> 73
<211> 1110
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(1110)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 1138030..1139139
<400> 73
tatgtatgta tacataatat attatatatg tatattatgt atacataata tattatatat 60
gtatattatg tatacataat atattatata tgtatattat gtatacataa tatattatat 120
attatatgta tattatgtat acataatata ttatatatta tatgtatatt atgtatacat 180
aatatattat atattatatg tatattatgt atacataata tattatatat tatatgtata 240
ttatgtatac ataatatatt atatattata tgtatattat gtatacataa tatattatat 300
attatatgta tattatgtat acataatata ttatatatta tatgtatatt atgtatacat 360
aatatattat atattatatg tatattatgt atacataata tattatatat tatatgtata 420
ttatgtatac ataatatatt atatattata tgtatattat gtatacataa tatattatat 480
attatatgta tattatgtat acataatatt tatatattat atgtatatta tgtatacata 540
atatattata tattatatgt atattatgta tacataatat gtacacataa tatttatata 600
ttatatgtat attatgtata cataatattt atatattata tgtatattat gtatacataa 660
tatttatata ttatatgtat attatgtata cataatattt atatattata tgtatattat 720
gtatacataa tatttatata ttatatgtat attatgtata cataatatat tatatattat 780
atgtatatta tgtatacata atatattata tattatatgt atattatgta tacataatat 840
attatatatt atatgtatat tatgtataca taatatttat atattatatg tatattatgt 900
atacataata tattatatat tatatgtata ttatgtatac ataatatatt atatattata 960
tgtatattat gtatacataa tatattatat attatatatg tatattatgt atacataata 1020
tattatatat tatatatgta tattatgtat tatattatat attatgtata ttatagatta 1080
tgtatgcata cataatatgt attgtatatt 1110
<210> 74
<211> 521
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(521)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 2863407..2863927
<400> 74
aatatatata aatatataaa tatatataaa tatatataca tataaatata taaatatata 60
tatgtaaata tatgtaaata tatgtaaata tatgtatatg tatatatatg taaatgtatg 120
taaatatata taaatatatg taaatatata taaatatacg taaatatata aatatatata 180
actatatata aatatatata aatataaata tataaatata tataaatata tataaatata 240
taaataaata catataaata tataaataaa tacatataaa tatatataaa tatataaaaa 300
tatatataaa tatatatata aatatataaa catatataaa tatataaata tatataaata 360
tataaataca taaaatatat aaatatatat aaatatataa atatatataa atatagataa 420
atatagataa atatataaat atatataaat atataaatat agataaatat ataaatatat 480
aaatataaat atataaaaat atatataaat atataaaaat a 521
<210> 75
<211> 560
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(560)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 5712303..5712869
<400> 75
atataattat atatatatta tatattatat ataattatat attatatata atgtataatt 60
atatattata tataatatat ataaatatat atatttttta tataaatata ttatatattt 120
atatattata tataaattta tatatataaa tttttatata ttatatatat ttatatatta 180
tatattgtat atatttatat attacatatt gtatatattt atatattata tattatatat 240
ttatatatta tatattatat atttatatat tatatattat atatatttat atattatata 300
taaattattt atatataata tataaatata tattatataa tataaatttg tatatataat 360
atatatttat attatatata aaatatttat attatatata aaatataata taaatatata 420
catataatat atatattata tatttataat tatatattat atataataca tataatatat 480
aatatataat acatatatat catatatgaa atatatatca tatattatac atattatata 540
taacatatat attatatatc 560
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tatggtatac atatagtata tatggggtac atatatggta tatatatggg ttatatatat 60
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atgtatatgg tatatatatg atatatacat atggtgtata tatatgttat atatgatata 180
tataaggtat atatatggta tatataaggt atatatagta tatatatggt atatataagg 240
tatatattgt atatatatgg tatatataag gtatatatat tgtatatatg gtatatatat 300
ggtttatata tatggtgtgt atatatggtg tttatataca cactttatat actatatatt 360
atatacacac tatatataat atatattata tatagttaaa tatatggtat atgcaattag 420
atatatggta tatgtaatta tatatatggt atatagatgg tgtatatatg gtatatata 479
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atatatacta tagacagtag atactttata tactatagac agtatatact atatactgta 180
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atataatata tagtatatat tatctatact atatacagta tatatagtgt atacataata 300
tatattatat attatatata ctatatacag tatacatagt gtatatgtag tgtataatat 360
atataatgtg tatataaaat atatatacta tatataatat atattatata taatatatac 420
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atacactata tatactatgt atatatacac tatatatact atgtatatat agtgtatata 300
tactgtatat gttatagtgt atatatagta t 331
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tatagtattt atagtatata tactgtatat atagtatgta gtatatatac tatatattat 360
gtagactata tataatatag actatgtgta gagtatatat actatatata 410
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tattttatat attaaatata taattatata taaatatata tttatatata aatatattat 120
ttcaatatat ataaatatat ttaaatatat ttaaatagaa tattaaatat ataaatatat 180
aattatattt aatatataaa tatatattaa atatataatt atatttaata tatataaata 240
tatattaaat atataattat atatttatat atttattata tataaatata tatttgttct 300
aaataaatat atattctaaa tatataatat tttatattat ataatatata atataaaata 360
tataataaat atataatata taaataaata aatatttatt ataaaataca tataaatatt 420
aaatatatat taa 433
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tttatataaa tatctatata aataaatata taaatatata aatataaata tatataaata 60
tataaataaa tatataaata tatataaata taaatatata tataactatg aatttatatt 120
tatataaata tatatctata tgaatataaa tatatattta tataaatata aatatatata 180
taaatatata tatttatata gatataaata tatatataaa tatatatatt tatatagata 240
taaatatata tctatatatg aatatatatc tataggaata taaatatata tctatataaa 300
tataaatata tataagtata aatatatata aatatatatc tatataaata taaatatata 360
tataaatata aatatatata taaat 385
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tatatatagt tatatatata gttatatata tatagttata tatatagtta tatatatagt 120
tatatatata tagttatata tatagttata tatatagtta tatatatagt tatatatata 180
tagttatata tatagttata tatatatagt tatatatata gttatatata tatagttata 240
tatatagtta tatatatagt tatatatata gttatatata tagttatata tatatagtta 300
tatatatata gttatatata tatagttata tatatagtta tatatatata gttatatata 360
tag 363
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atattgtata tataatatat atattgtata tattatatat agtatatatt atatatagta 300
tatataatat 310
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tatattatat attattatat attatatatt atatattatt atttatataa tgtattatat 120
attatatagt atatatagta tatataatgt attatatatt atatagtata tatagtatat 180
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tacatattat gtatagtata tgtaatgtat tatatattat atagtatatg taatgtatta 300
tatgtattat atagtatata ttatatatga tgtattattt agtatatata atatatatga 360
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gtatatatga tgtattatat atagcatgta tagtatatat gatgtattat atatagcatg 660
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aggaatatat atactatata tatactatat atataaattc taggaatata tacacactat 180
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tatatatact at 312
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atataatata aatataatat aaattatatt atataatata taatataaat ataatataaa 120
ttatataaat ataatatata ttttattata taatataata tatattatat aaatataata 180
tataaattat ataatataat atatattata taatataata tattttatta tataaatata 240
tattatatta tataatatat attttattat ataatatata ttatatattt atagaatata 300
atatatattt tattatataa tatatattat ataatatata ttatatttat atataacata 360
tattattata taaaatatgt ataatatata ttatataa 398
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tatataatgc attatatata atttatatat aatgcattaa atataaatta tatataatgc 300
attatatata attatatata atgcattata tataatttat atttaatata taaatttata 360
tttaatatat ttatatatta tatataataa a 391
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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atatatatgt aatatatatg ttatatatgt aatatatatg ttatgttata tatgttatat 60
atatgttata tataatatat atgttatata tacgttatat gttatatata tgttatatat 120
aatatatgtt atatatacgt tatatgttat atatgttata tataatatat gttatatata 180
atatatgtta tatatgttat atataatata tgttatatat attatatata atatatgtta 240
tatatattat atataatata taatatatgt gatatataat ataaaatata tgtgatatat 300
attatatat 309
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atatatacac aatatatgtg tatatatata gtatatatac acaatatatg tgtatatata 120
gtataaatat atactatata tagtatatat agtataaata tatactatat atagtatata 180
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tatatacata gtataaatat atactatata tagtatatac atagtataaa tatatactat 300
atatagtata tacatagtat aaatatatac tatatatagt atatacatag tataaatata 360
tactatatat agtatataca tagtataaat atatactata tatagtatat acatagtata 420
aatatatact atatatagta t 441
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attatataat attatatatg atatatatta tatatattat atatgatata taatatatat 120
aatattatat atgatattat atatcatata taatatataa aatattatat atgatatata 180
atatatataa tattatatat attatatata ttatatatca tatataatat tctaaatata 240
taatattata tgatatataa gattatatac attatatata atatataata ttatatatga 300
tatataatat tatatacatt atatataata tataatgtat ataatattat atattatata 360
tttatattat atacaatgta tataatatta tatatcatat atatttatat tatatacaat 420
gtatataata ttatatatca tatataatat tatatacaat gtatataata tatattatat 480
atatttatat tatatacaat gtatataata tatattatat atatttatat tatatacaat 540
gtatataata tatattatat atatttatat tatatacaat gtatacaata ttatatatta 600
tatattatat atttatatta tatacaatgt atatattata tattatatat ttatattata 660
tacaatgtat atattatata ttatatattt atattatata caatgtatat attatatatt 720
atatatttat attatataca atgtatatat tatatattat atatttatat tatatacaat 780
gtatatatta tatattatat atttatatta tatataatgt atgtaatatt atatattata 840
tatttatatt atatataatg tatgtaatat tatatattat atatttatat tatatataat 900
gtatgtaata ttatatatta tatatttata ttatatataa tgtatgtaat attatatatt 960
atatatttat attatatata atgtatgtaa tattatatat tatatattta tattatatat 1020
aatgtatgta atattatata ttatatattt atattatata taatgtatgt aatattatat 1080
attatatatt tatattatat ataatgtatg taatattata tattatatat ttatattata 1140
tataatgtat gtaatattat atattatata tttatattat atataatgta tgtaatatta 1200
tatattatat atttatatta tatataatgt atataatatt atatattata tatttatatt 1260
gtatataata ttatatatta tatatttata ttgtatataa tatatattat atatttatat 1320
tgtatataat attatatatt atatatttat attatatata atgtata 1367
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<213> Homo sapiens
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tatatgatat atatgatata tatgatatat gatatatatg atatatatga tatatatggt 240
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atatgatata tatgatatat atggtatata tatgatatat atgatatata tggtatatat 360
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catatataaa tatatatgat atatatctat atatcatata taaatatata tgatatatat 240
ctatatatat catatataaa tatatatgat atctatctat atatatcata tataaatata 300
tatgatatct atctatatat atcatatata 330
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tatgtataca tatacacata tacgtatata tatacatata tacacatata cgtatatata 60
tacgtataca tacatatgta tatgtatacg tatacacaca tatgtatatg tatacgtata 120
cacacatata cgtatatatg tatacgtata cacacatata cgtatatgta tacatatata 180
tgtgtacata tacgtatata cgtatatgta tacatatata cgtttatgta tatatacgta 240
tatacgtata tatgtatatg tatacatata tacatatatg tgtatatacg tatatacgta 300
tatgtgtata tatacaatat acatacatgc acatatatgt gtatatgcac ata 353
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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atcatatata ttatatatca tatatatgat atataaaaat tatatatcat atatatgata 60
tataaaaatt atatatatca tatataatat atataatata ttatatatat aaattatata 120
taatatatat aaattatata tatcatatat atgatatata atttatatat catatatatg 180
atatatataa tatattattt atatataata tattatatat tatataatat gtaatatata 240
ttatatatta catattatat tatttataaa taatatttta taatatatat aatattatat 300
aatatagaat attatatatt atatattaca tattatataa tatat 345
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<213> Homo sapiens
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tatatctatt atatatataa tagatattat atatctatta tatatataat agatattata 120
tatctattat atataatata tatctattat atattatata tctattatat ataatatata 180
tctattatat atattatata tctattatat atataataga tattatatat ctattatata 240
taatatatat ctattatata ttatatatct attatatata tgtatctatt atatatatta 300
tgtatctatt atatataata tatatctatt atatatatat tatatataat atatattata 360
tatattatat atctattata tataatatat atctattata tatattatat atctattata 420
tatattatat atctattata tataatatat atctattata tatattatat atctattata 480
tataatatat attatatata tattatatat tgtatatcta t 521
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<212> DNA
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tatatataaa ttatatatat catatataat atatataata tattatatat ataaattata 120
tataatatta tatataaatt atatatcaca tatatgacat ataaattata tatcacatat 180
atgatatata atttatatat cacatatatg atatataatt tatatatcat atatatgata 240
tataatttat atatcatata tatgatatat aatttatata tcatatatat gatatatata 300
atatattatt tatatataat atattatata ttatataata tgtaatatat attatatatt 360
atataatatg taatatatat tatatattac atattatatt atttataaat aatattttat 420
aatatatata atattatata atatagaata ttatatatta tatattacat attatataat 480
atat 484
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 73556..73879
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attatatatt atattatata atatataata atattatata attatatatt acattatata 60
atatataata atattatata ataatatata attatataat atataataat attatataat 120
attatataat attatataat atataaatat ataataatat atattatatt atataatagt 180
atatattata ttatataata tatgttatta tattatataa tataaactat tatataatat 240
aata 244
<210> 99
<211> 463
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(463)
<223> MAR of chromosome 1 genomic contig; 179038..179500
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tacaatatat tttctattat atatattttg tattatatat aatatacaat atattttcta 60
ttatatataa tatattttgt attatatata ttacaatata ttttgtatta tataatatat 120
aatacaatat aatatattgt attatataat atataatact atataatata ttgtattata 180
tattatatat aatactatat aatatatttt attatatatt atatataata ctatataata 240
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tgtataatat atatacttta tatataatat atatacttta tatatatact atatactaat 60
atatataata tatactatat ataatatata ctaatatata taatatatac actatatata 120
atatatacta atatatatta tatatacttt atataatata tactaatata tataatatat 180
atactttata tataatatat actaatatat ataatgtata tactttatat ataatatata 240
ctaatatata atatatatac tttatatata atatatacta atatatatta tatatacttt 300
atatatataa tatatactta tatattatat atgcttatat ataatatata cactaatata 360
taatatatat actttatata ttatatttta 390
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<213> Homo sapiens
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tgtatatgta tatatacaca tacgcacata tatgtatatg tatatataca catacgcaca 60
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tatacacata tacacatata tgtatatgta tatatacaca tatacacata tatgtatatg 180
tatatataca catatacaca tatatgtata tgtatatata cacatacaca tatatgtata 240
tgtatatgta tatatacaca tacacatata tgtatatgta tatgtatata tacacatata 300
cacatatata catatatgta tacatatatg tgtatatata tacacatata tatacatata 360
tgtatacata tatgtgtata tatacacata tatatacata tatacatata catatatatg 420
tgtatgtata tatacacata tacatatata tgtatatgtg tatatatatt agacagatat 480
atatgtacat atacatatat atgtatatgt atatgtatat gtatatgtat atgtatatgt 540
atatgcatat ataatataca tatacatata tgtatatgta ta 582
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acaccatata tacaccatat atatacatac catatatata ccatatatat acataccata 60
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ccatatatat acataccata tatataccat atatatacat accatatata taccatatat 180
atacatacca tatatataca ccatatatat acataccata tatatacacc atatatatac 240
ataccatata tataccatat atacaccata tatatacacc atatatacac accatatata 300
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aaatatatat tctatatata gaaaatatat attctatata tatagaatat atatagaata 60
tatattctat atatattcta tatatataga atatatatat aaaacatata ttctatatat 120
aaaatatata ttctatatat ataaaatata tattctatat atatagaatg tatataaaat 180
atatattcta tatatataga atgtatataa aatatatatt ctatatatat agaatgtata 240
taaaatatat attctatata tatagaatgt atataaaata tatattctat atatatagaa 300
tatatataac atatatatga aatatatata aaatatatat aaatacatat ttctatatat 360
aaatatatat aaatacatat ttctatatat aaatatatat caatacatat ttctatatat 420
aaatatatat aaatatatat tcatatatat aaaaatatat aaatatatat tcatatatat 480
aaaatatata tgaatatata ttctctatat ataaaatata tataatatat attatatata 540
taaaatatat ataatatata ttatatatat aaaatatata taatatatat tcatatatat 600
aaattatata taaatatata ttcatatata taatatatat aaatatttat ttcatatata 660
aaatatattt aaatatatat ttctatatag aatatatatt ctatatataa aatatatata 720
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tatattaata tatagaatat atattaacat atatttcaat atattaatat atgaaatata 900
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tatttcatat ataatatata tataaaatat atatttcata tacataatat atataatata 60
aataaaatat atatttcata tatataatat atataatata tataaaacat atatttcata 120
tataatatat ataaactata tatttcatat ataatatata taaactatat atttcatata 180
cataatatat ataatatata tttcatttat attatatata taatatatat ttcatatata 240
taatatataa aatagatata aatatatata aatatatatt tcatatataa tatatataaa 300
atatatatta atatatattt tatatataat atatatattt catatataaa tataaaaaaa 360
tatatatttc 370
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<212> DNA
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atataaatta tataatatgt tatataatat ataaatatat tatataacat gttatataat 60
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taacatgtta tataatatat tatgtaatat gttatataat atataatata ttatataaca 180
tgttatataa tatataacat gttatataat atgttatata atatataaat atattatatt 240
atatgttata taatatataa atatattata ttatatgtta tataatatat aaatatatta 300
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atataaatat atatattcca tatatataaa tatatatata aatatatata ttcatatata 180
aatatatata tattccatat ataaaaatat atatatattc catatataaa aatatatata 240
tattccatat atataaatat atatatattc catatatata aatatatata tattccatat 300
atataaatat atatatattc catatatata aatatata 338
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aataatatat ataagctata tatttatata tattatatat tagctatata tatttatata 180
taatatatta tatattagct atatatttat atataataaa taatatatat attagctata 240
tatatttata tataataata tatataagct atatatttat atataatata ttatatatta 300
gctatatata tttatatata ataatatatt atatattagc tatatatatt tatatataat 360
atat 364
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tacatatgta atatatatat tatatatgta atatatatta tatatgtaat atatatatta 120
tatatgtaat atatattata tatatgtaat atatatatta tatatgtaat atatatatta 180
tatgtaatat atatatgtaa tatatatata atatatatgt aatatatata taatatatat 240
gtaatatata tataatatat atgtaatata tatattatat atatgtaata tatatcatat 300
atatgtaata tatatcatat atatgtaata tatatcatat at 342
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tatatatata tatttatata tacatatata aatatatatt tatatttata tataaatata 120
tataaatata tataaatata tatttatata tacatatata aatatatatg ttcatataaa 180
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tataatatat aatatataat atataatata tattatatat tatataatat ataaaatata 360
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atataagtat aatacataca tacttataaa tatataagta taatacatac atacttatac 120
atatataagt ataatacata catacttata catatataag tataatacat acatacttat 180
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acatatataa gtataataca tacatactta tacatatata agtataatac atacttatta 300
catatgtata taagtatatt acatacttat 330
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<212> DNA
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tatatataca catatacata tataatatat atacatatac atatatatta tatatacata 60
tatattacat atatcatata tacatatata ttatatatac atatatatta tatatatcat 120
atatacatat atatattata tattatatat atcatatata catatatatt atatatatta 180
tatatatcat atatacatat atattatata tattatatat acatatatat tatatatatc 240
atataaacat atatattata tatatcatat atacatatat attatatata ttatatatat 300
catatataca tatatattat atatatcata tataatatat attatatata ttatatataa 360
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tatatacata tatattatat atacatatat attatatata tacatatata ttatatatac 480
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tacatatata ttttatatat atataatata tattttatat at 702
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ctatttatat attcatatat tatatatcta tatattttat atattcgtat attatatatc 180
tatatattat atattcgtat attatatatc tatatattat gtattcatat atatctatat 240
attatatata ttcatatata ttataaatta tattcatata gtatatatct attataaatg 300
tatattcata tagtatatat ctatatatta taaatataca tatattatat atttatatat 360
tatatattca tatagatcta tatattatat atattcatat atgaatatat atattatatg 420
tatatatatt ataaatatat ttatatagta tagatattat atagtatatg catatttata 480
ttataaataa tttacatagt atatgtatat ttataaatta tatatattta catattacat 540
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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aatatataaa tatatactat ataaatatac atatactata taaatgtatt tataatatat 240
aaatatacat atactatata aattcatata tgaatatata atatataaat atatataata 300
tatgaatata tactcatata taaatatata tgaatatata tttataatat atagatataa 360
tatgaatata tatttataat atatagatat atattatatg aatatatatt tataatatat 420
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tataatatat agatatatat actatatgaa tatatataat atatagatat atactatatg 660
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tatatatatt tatatatatt tatataaata tatatattta tatatattta tataaatata 120
taaatatata tatttatata aatatataaa atatataaat atatttatat aaatatataa 180
aatatataaa tatatttata taaatatata aaatatataa atatatttat atataaatat 240
ataaaatata taaatatctt tatatataaa tatataaaat atataaatat ctttatatat 300
aaatatataa aatatataaa tatatttata tataaatata taaaatatat aaatatattt 360
atatacaaat atataaaata tataaatata tttatatata aatatataaa ata 413
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tatacatata tatgtacaca tatacatata tatgtacaca tatacatata catatatatg 180
tacacatata tatacatata tatgtacaca catatatata catatatatg tacacacata 240
tatacgtata tatgtacaca catatatacg tatatatatg tacacacata tatacgtata 300
tatatgtaca cacatatata tacgtatata tatgtacaca tatatatata cgtatatata 360
t 361
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(325)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 5258150..5258474
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tacacacaca tatacatata tacatatata cgtgtatacg tatacgtata tacgtatata 60
tacatatatg tatacgtata cgtatatacg tatatataca tatatgtata cgtatacgta 120
tatacgtata tatacatata tgtatacgta tacgtatata cgtatatata catatatgta 180
tacgtatacg tatatacgta tatatacata catatgtata cgtatacgta tatatgtata 240
tatacgtata tgtatacgta tacatatata cgtatatata cgtatatgta tatgtatata 300
cgtatatgta tatatgtaca tatac 325
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
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<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 6057499..6059006
<400> 117
atataatata tataaattat ataatatata aaaattaata tataatatat ataaattata 60
taatatataa attaattata taatatatat aaattatata atatataaat taattatata 120
atatatataa attatataat acatataaat taattatata atatataaat tatataatat 180
atacaaatta tatactatat taattatata ttatataatt aattatataa tatatataaa 240
ttatatatta ttaaattaat tatataatat ataaattata taatatataa attaattata 300
taatatataa attatataat atataaatta attatataat atataaatta tataatatat 360
aaattaattg tataatatat aaattaatta tataatatat aatatataat taataaataa 420
ttatatatta attatataat taataaataa ataataaata tatataatta atatataata 480
tacatcatat atatcacata tagattatat aatagttata tattatataa taaattatat 540
ataatatata ataaacatat ataacatatg ttatatatta cataatatag tataatatat 600
aacatatgtt atatattaca taatatagta taatatataa catgttatat attacataat 660
atagtataat atataacata tgttatatat tacataatat agtataatat ataacatatg 720
ttatatatta cataatatag tataatatat aacatatgtt atatattaca taatatagta 780
taatatataa catatgttat atattacata atatagtata atatataaca tatgttatat 840
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atataacata tgctatatat tacataatat agtataatat atatgttata tattacataa 1260
tatagtataa tatataacat atgttatata ttacatatta tagtataata tatatgttat 1320
atattatata atatagtata atatataatg tatgttatat attatataat atagtataat 1380
atataacatg ttatatatta tataatatag tataatatat atgttatata ttatataata 1440
tagtataata tataatatat gttatatatt atataatata gtataatata tatgttatat 1500
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(415)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 7996866..7997280
<400> 118
caattatata atatacatat tatataattg tataaattat acaatcatat aattatatta 60
tatataatat acatataata taattatata taattatata attttataat ataattatat 120
ataattatat aattatatat aatatatatt ataattatat atataatata tatattatat 180
atattatata taatatataa ataatatata taatatatat ataattatat ataataatat 240
atgtaatata tataatatat atataatata ttatttataa ttatatatta tatatatatt 300
ataatatata taattataaa taatatatat tataatatat ataataatat atatataatt 360
atatataata atatatatta taattatata taataatata tataatttat ataat 415
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tacaatatat catatgatat atgatatatt atacaatata tcatataagg tatatattat 120
atcatatata atatataata taatatatga tataatatat gatatatgat atataatata 180
tgatatatga tatatgatat ataatatatg atatatgata tatgatatat aatatatgat 240
atatgatata tgatatataa tatatgatat atgatatatg atatgatata tgatatatga 300
tataatatat gatataatat atgatatata ttatatgata tataatatat gatataattt 360
atatgatata taatatatga tatataatat ataatatatg atatgatata tattatatca 420
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(402)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 8576553..8576954
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atgtatatta tatacaatat agtatatcat atatagtata tattatatag taatgtatta 60
tatataatgt ataatgtata aatatataat atatactaca tactatacta ttatatatac 120
tatatattat atatgataca tatactatat aatatgctat atattatact atataatatg 180
ctatatatta tactatataa tatgctatat attatactat ataatatgct atatattata 240
ctatataata tgctatatat tatactatat aatatactat ataatatgct atatattata 300
ctatataata tactatatat tatactatat aatatactat ataacatact atatattata 360
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<212> DNA
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<222> (1)..(477)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 8785649..8786125
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tatttatata tatatttata tatatattta tatatattta tatatatatt tatatatata 60
tttatatata tatttatata tttatatata tatattttta tatatttata tatatattta 120
tatatttata tatatttata tttatatata tatttatata tatttatata tatttatata 180
tatatattta tatatattta tatatatata tttatatata tttatatata tttatatata 240
tatttatata tatatttata tatatattca tatatattta tatatatatt catatatatt 300
tatatatata ttcatatata tttatatata tatttatata tatatttata tatatttata 360
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<222> (1)..(773)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 10064737..10065509
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atattatata tattacatat atattatatt gtatataata tatatattat attgtatata 60
atatatatat tatattgtat ataatatata tattatattg tatataatat atatattata 120
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tattatattg tatatattat attgtatata atatattata ttgtatataa tatattatat 300
tgtatatatt atattgtata taatatatta tatgtatata atatagtgta tactatatta 360
tataatatat attatataca atatataata tattgtatat catatatgat atattgtata 420
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tatatattgt atataatatg ttatatattg tatataatat gttatatatt atatattgta 600
tatatgttat atattatgta ttgtatataa tatgttatat attatatatt gtatataatg 660
tattatatat tatatatatt atatattgta tataatgtat tatatattgt atattatata 720
ttatatattg tatataatat attatataca ttatattata tattatatat tgt 773
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taaaatataa atatatatta aatatatatt aaatatataa aatataaata tatattaaat 180
atattttaaa tatataaaat ataaatatat attaaatata ttttaaatat attaaatata 240
aatatatatt aaatatattt taaatatatt aaatataaat acatatatta aatatatatt 300
atatatataa aatatataaa atataaatat atattaaata tatataaaat atatatgtta 360
aatatataaa agatatataa aatataaata tatattaaat atatataaaa tatatatata 420
ttaaatatat atattaaata taaatatata taaaatataa atatatgtat taaatatata 480
tattaaatat aaatatatgt attaaatata tattaaatat gaatatatgt attaaatata 540
tattaaatat aaatatatgt attatatata tagaatataa atatatgtat taaatatagt 600
atattaaata taaatatata taaaatatat attaaatatg aatatatata aaatatatat 660
attaaaaata tatataatat aaatatatat aaaatatata tattaaaaat atatataata 720
taaatatata taaaatatat atattaaaaa tatatataaa atatatatat taaaaatata 780
tataaaatat atatattaaa aatatatata aaatatatat attaaaaata tatattaaat 840
ataaatatat atattaaaaa tatatattaa atataactat atattaaata tatattaaat 900
ataactatat attaaatata tattaaatat aactatatat taaatatata ttaaatataa 960
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aatataaata tatgtcttaa atatatatta aatataaata tatgtattaa atatatatta 1200
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catgatatat tatgtataat atatattata gattacatat aaattatata tataatatat 60
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tataatatac aattatataa tatataatat acaattatat aatatataat acaatataat 180
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tatatattta tatataaatt gtatatataa tttatatata aattgtatat ataatttata 180
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atttatatat aaatatataa tatatttata tataaatata taatatattt atatataata 240
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atatatattt atatataaat atatatttat atttaatata tattaatatt taatatacgt 180
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tatatttata tttaatatat ttacatataa atatatttat atgtaatata tttacatata 300
aatatattta tatttaatat atatgcatat gtaaatatat ttatatttaa taatatttat 360
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tttaatatat acatatatat ttatatttaa tatatacata tatatttata tttaatatat 900
acatatatat ttatatttaa tatatacata tatatttata tttaatatat aaatttatat 960
tttatatata taaaaatata tatttatatt taatatatat aaatatatat ttatatttaa 1020
tatatatatt tatattgaat atatacataa atatatattt atatttaata tataaacata 1080
tatttatatt tatatattaa atatatattt atatttaata tataaatata tatttatatt 1140
taatatattt atatatacta atatatttat atttaatata tttatatata gatatattta 1200
tatttaatat atttatgtgt attaatatat ttatatttaa tatatttata tattaatata 1260
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atatattaat atatttatat ttatatatat ttttatatat taataaattt atattttata 1380
tatttatata ttaataaatt tatattttat acagttatat aaatatattt atattttata 1440
cagttatata aatatattta tattttatag ttatataaat atatttatat tttatacagt 1500
tatataaata tatttatatt ttatacagtt atataaatat atttatattt tatacagtta 1560
tataaatata tttatatttt atacagttat ataaatatat ttatatttta tacagttata 1620
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at 842
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tataatatat attatattct atataatatg taaaatatat attatattct atataatgta 60
ttatatatag aatataatat attctatgta ttctataatc tatataatac atattatata 120
ttatatagaa tattataaat aatatattct atattatata tagaatatat tctatatgtt 180
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taatatataa aataatatat aatgtataat atataaaata atatataatg tatattatat 360
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taatatataa tgtatataaa ataatatata atatattata tataaaataa tatataatat 480
attatatata aaataatata tattatatat aaaataatat ataatatatt atatataaaa 540
taatatatat tatatataaa ataatatata atatattata tataaaataa tatatattat 600
atataaaata atatatatta tatataaaat aatataatat atattatata taaaataata 660
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ca 722
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ttataatata ttataatata taatatataa tatattttat aatatatata atatataata 300
tattatatat ttatatttat ttatatattc ataaatatat atatttatat ta 352
<210> 139
<211> 342
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(342)
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tatgtacata tatattttat atattatata taatatatat tatatgatat atataatata 60
ttatataata taatatataa aatatatata atatatatta tattatataa attatattat 120
atatatcata taatatattt tatatattat ataatatata ttatattata tatattttat 180
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tatataatat atattatata tttttatata ttatataata tatattatat attttatata 300
ttatataata catatattat atataatata atatatatta ta 342
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(663)
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aatatatatt acatattgta tatatagtat atgtaatgta tataatatag tatattctat 60
attgtataat agtaatatat agtatatgat atactatata ttacttatca tatatacaat 120
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tatgttatat atgtatataa tatactatat tatatattgt atattatata catatataac 240
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atatagtatg ttatatacaa tatataatat agcatataca atatagtata ttatatacaa 540
tatataatat agcatataca atatattata ttatatacaa tatataatat agcatataca 600
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1200
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tacatgtata catatataca tgtacatatg tacatatata catgtataca tatatacata 420
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ttatattaca tatataatat ataatatgta aaatatatta tattacatat ataatatata 120
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tatatattat ataaaatata tattatatat aattatatat tatataaaat atatattata 360
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atatatttat ataaatataa tattaatatt tatatta 337
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<213> Homo sapiens
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tatatttaat gtataatata tttaatatat aatatatatt taatgtataa tatatttaat 720
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tataatatat atttgatata taatatattt aatatataat atatatttga tatatattta 1080
atatataata tatatttgat atataatata tttaatatat aatatatatt tgatatataa 1140
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<213> Homo sapiens
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<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 78226855..78227791
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tgtgtatata tacatatatg tgtatctatg tgtatatata catatgtgta tatatacata 60
tatgtgtata tatacatatg tgtatatatg tgtatatatg tgtatatata catatatgtg 120
tatatatgtg tatatatgtg tatatataca tatatgtgta tatatgtgta tatatacata 180
tgtgtatata tgtgtatata tacatatatg tgtatatatg tgtatatata catatatgtg 240
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acatatataa aatataacat atattatata taacatatat aaaatataac atatattata 180
tataacatgt ataaaatata acatatatta tatataacat gtataaaata taacatatat 240
tatataacat gtataaacta taacatatat tatatataaa atatattata tgttatatat 300
tataaataaa atatattata tgttatatat tataacatat tatataaata atatataata 360
tataacatat attatataaa taatatataa catatattat ataaataata tataacataa 420
catatattat ataacatata acatataaca tatattatat ataacatata acatataaca 480
tatattatat ataacatata acatataaca tatattatat ataacatata acatatatta 540
tattatatat aacatataac atatattata ttatatataa catataacat atattatatt 600
atatataaca tataacatat attatattat atataacata taacatatat tatattatat 660
ataatatata acatatatat tatatataat atataacata taacatatat tatatataat 720
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<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 10572503..10573065
<400> 176
atttataata tatatgtata aatatatgta tatatttata tttaaatata tgtatatata 60
tttatattta aatatacgta tatatattta tatttaaata tacgtgtata tatttatatt 120
taaatatacg tgtatatatt tatatttaaa tatacgtgta tatatttata tttaaatata 180
cgtgtatata tttatattta aatatacgtg tatatattta tatttaaata tacgtgtata 240
tatttatatt taaatatacg tgtatatatt tatatttaaa tatacgtgta tatttatatt 300
taaatatacg tgtatattta tatttaaata tatgtatgta tttataaata tatatttaaa 360
gtatatattt ataaatgtat acatgtatat ataaatatat atattttaaa tatatattta 420
tatatatatt tatatattta tataagtata tatatattta aatatatgta tatatttata 480
tatttatata agtatatata tttaaatata tgtatatatt tataatatat attttaaata 540
tatatttata tatttattat ata 563
<210> 177
<211> 595
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(595)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 11609694..11610288
<400> 177
tataaatact atatatagta tatataatat tatatatact atatataaat atatgtagta 60
taaataatat ataatataga tatataatat aatataatat gttataaata taaatatatt 120
tatataattt aatttataat atataatata taatatataa tttaatttta taatatataa 180
tatataattt aattttataa tatataatat ataatatgta aattatatat aatttaatat 240
atctaaatta tataatttaa atataaatat aatataaata tatctaacat aatatacata 300
acataaatat atatagtata tatagtacat ataaatatat atagtacata tagtatatat 360
aaatatatag tatatataaa tatagtatat ataaatatat agtatatata tagtatatat 420
aaatatatag tatatataaa tatatatagt atatataaat aatatatagt atataaataa 480
tatatattat taaatataat aataatttat tatatatact atatattatt atgtattata 540
ttatatatat tattttatat ttaatatata ttattttata tattatattt aatat 595
<210> 178
<211> 662
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(662)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 12699804..12700465
<400> 178
gtatatatat atatatatat atggtgtata tatatatata tatatatggt gtatatatat 60
atatatatat atggtgtata tatatatata tggtgtatat atatatatgc tgtatatata 120
tatggtatat atatatggta tatatatatt tgctatatat atagcagatc tgctatatat 180
atatatttgc tatatatata gcagatctgc tatatatatt tgctatatat atgctatata 240
tatgctacat atatgctata tatatgctat atatatgcta tatatatgct atatatatgc 300
tatatatatg ctacatatat gctatatata tgctacatat atgctatata tatgctatat 360
atatatgcta tatatatgct atatatatat gctatatata tgctatatat atatgctata 420
tatatgctat atatatatgc tatatatatg ctatatatat gctatatata tagcatatat 480
atatagctat atatatgcta tatatatagc ttatatatat gctatatatg ctatatatat 540
gctatatata tagctatata tatgctatat atagctatat atatgctaca tatatgctat 600
atatatgcca tatgtatgct atatatatgc tatatatata tgctatatat atgctatata 660
ta 662
<210> 179
<211> 649
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(649)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 12821904..12822552
<400> 179
tatgtaatat tatatatata aattatatat tatacatatg taatattata tatatataaa 60
ttatatatta tacatatgta atattatata tatataaatt atatattata catatgtaat 120
attatatata tataaattat atattataca tatgtaatat tatatatata taaattatat 180
attatacata tgtattatat atataaatta tatattatac atatataata tatatataaa 240
ttatatatta tacatgtata atatatataa attatatatt atacatatat aatatatata 300
aattatatat tatacatata taatatatat aaattatata ttatacatat ataatatata 360
taaattatat attatacata tataatatat ataaattata tattatacat atataatata 420
tataaattat atattataca tatataatat atataaatta tatattatac atatataata 480
tatataaatt atatattata catatataat atatataaat tatatattat acatatataa 540
tatatataaa ttatatatta tacatatata atatatataa attatatatt atacatatat 600
aatatatata aattatatat tatacatata taatatatat aaattatat 649
<210> 180
<211> 3191
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(3191)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 15356889..15360079
<400> 180
tacaattata tataactata aatataatat aatatatatt atctatatta catattaata 60
tataatatat attacctatt aatatataat ataatatata taatatatat tacctattaa 120
tatataatat aatatatata atatatatta cctattaata tataataaaa tatatataat 180
atatattaca tattattata taatatatat tatataacat atataacata tactatatat 240
tatataacat atataattgt atatgtatta tatatattat atatacttat acataatata 300
taaataatta aatatatgtt ataaatataa caaatatata acatatataa catatataac 360
atatatataa ttacataaaa tatataatac ataatatata ttatgcaaca tattatataa 420
tatataacat ataatgtata ttatattata tcatatataa tacataatat ataatatatg 480
atataatata atatattata tatgatataa tataatatat tatatatgtt ataatataat 540
atatattata tataggatat attataacat attacatatg atataataaa ttttatctta 600
tatataggat atattataat atatcacata tagcatatat taaaatatat tacatatagt 660
atattatata tactatatgt atatatacat atagtatatt atagtatatt atacagtata 720
tattatatat actatatata gtagtataca gtatatatta tatatactat atatagtagt 780
atacagtata tattatacag tatatattat atacactata ttatatatta tgtataatat 840
atactatata tagtatatta tgtagtatat attaaacata atagatatat agtatatact 900
atagataata gatattatat agtatatagt atatattata tataatatat ataatatata 960
ttatatacat atatgatata tgatatatta tatataatat atataatata taatatatgt 1020
aatataatac atattatata taatatatgt aatataatat aatatataat atatgtaata 1080
taataatata tattatataa tataacatat ataaatataa taatatatat tatatgatat 1140
aacatacata aatataataa catatataat atatattata tattatattg tatatatgat 1200
atactatata ttacacatta tacattattt ataatatata attaatatat aacatatatt 1260
agataacata taattatatc tgtaacatat ataagatata attacatata taacatatat 1320
aattatatat atatttatct aattatatat gaaattatat atgacatata aaattatata 1380
ttatatatgt tatatgtatt atatattata tatgttatat atgttatata taacatatat 1440
aacatatata acacacacat ataacatata taacatatat tacatatata acatatataa 1500
cacatatata attatctaac atagataata tatataatat ataatataac atatatatta 1560
tatattatac actctattat attatatata ttatacataa tatataatat atatgatata 1620
atataataca ttgtatatac gatataatat atattgtaca tagtataata tacatatata 1680
gtatattatg tataacataa tatatagtat attatgtata acataatata tagtatatta 1740
tgtataacat aatatatagt atattatgta taacataata tatagtatat tatgtataac 1800
ataatatata gtatattatg tataacataa tatatagtat attatgtata acataatata 1860
tagtatatta tgtataacat aatatatagt atattatgta taacataata tatagtatat 1920
tatgtataac ataatatata gtatattatg tataacataa tatatagtat attatgtata 1980
tataatatac atattatata gtatattatg tatatataat atacatatta tatagtatat 2040
tatgtatata taatatacat attatatagt atattatgta tatataatat acatattata 2100
tagtatatta tgtatatata atatacatat tatatagtat attatgtata tataatatac 2160
atattatata gtatattatg tatatataat atacatatta tatagtatat tatgtatata 2220
taatatacat attatatagt atattatgta tatataatat acatattata tagtatatta 2280
tgtatatata atatacatat tatatagtat attatgtata tataatatac atattatata 2340
gtatattatg tatatataat atacatgtta tgtagtatat tatgtatata taatatacat 2400
gttatgtagt atattatgta tatataatat acatgttatg tagtatatta tgtatatata 2460
atatatataa ggtgtatata tattatgtat atataatata taaggtatat atattatgta 2520
tatataatat atataaggtg tttatataat gtatatataa tatataaggt atgtatatta 2580
tgtatatata atatgtatat tatatataat atatattatt tatatacatt atgtatctat 2640
ataatatata ttatgtatat attaggtatc tatataatat atattatgta tatatattat 2700
gtatctatat aatatatata ttatgtatat atattatgta tctatataat atatatatta 2760
tatgtatatt atgtatctat ataatatata taatgtatat agatatatta tatattatgt 2820
atatatatta tgtatctatt ttatatataa tgtatataga tatacaatat atattatgta 2880
tatattatgt atctatataa tatatattat ttatatagat atatatatta tgtatatata 2940
cataatatat tacatattat gtatatatac ataatatata atatattatg tatatataca 3000
taatatataa tatattatat attacatata ttatatataa tatattatat tatgtatata 3060
tattatgtat atataatgta tatataatat ataaagtgta tatatattgt gtatatataa 3120
tgtatatata ttacatatat tatgtgtata tatattatac ataatatata tactacatta 3180
tacataatat g 3191
<210> 181
<211> 314
<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tgtgtatata tgtatatata atatatatta tataatatgc atatgtataa aatatgtata 60
ttatatatgt atattttata tatatgtata tattatatgt atattttata tatgtatatt 120
ttatatatat gtatatatta tatatgtata ttttatatat atgtatatat tatatgtata 180
ttttatatat atgtatatat tatatatgta tattttatat atatgtatat attatatatg 240
tatattttat atatatgtat attttatata tatgtatatc atatatatgt atatattata 300
tatatgtata tctt 314
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<221> misc_binding
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ataatatata gtgtctttta tattatctaa tatgtaatat aatgtatttt atattatgta 60
ttttatatta tataatatat aatataatgt attttatatt atatgttata taatatatag 120
tgcattatat attatgttat attatatata ttttatttat ataaattata tattatatgt 180
tattttatat atattatata acatataata taacaatgca ttatatatta taaaatatat 240
aatacattac atatattata taatatataa tacattacat atattatata atatataata 300
cattatcata tattacaaat attacattag tataatagta attataatat aatatattat 360
atattacata tattatatta atgtaatagt aattataata taatatatat tatattttat 420
att 423
<210> 183
<211> 724
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(724)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 1069556..1070279
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tattataata tattatatac attatattgt atatatacta tatatggtat atatagtata 60
cataatataa aatgtatatt gtaatataca ttatatatat acatagtgta cattatataa 120
tataatataa tgtatattat aatatacatt ataatataat agtgtactat gtatatagta 180
tatataatgt atattataat gtattatata gtataatata atataatata cattatatag 240
tattgcatta tatatgctat ataatatata atatattatg tatatataca ttatatatac 300
tatattatat agtacatata atgtatatta tatagtatat ataatataat acattataca 360
tacaatatat aatgtatatt atatagtatg tataatgtaa tacattatac atagtacata 420
aagtatatta taatatatta taatatataa tatacattat atattataat gtatataata 480
tattgtatat atactatata taatgtatat acaattatat ataattgtat atatacatgt 540
atatgtatat gtatatatac atgtatatgt atgtgtatat atacatatat gtatatgtat 600
gtgtatatat gtatatgtat atatgtatat gtatacgtat atatgtatat acaatgtata 660
tataatgtat ataaaaatat ataatatata caatatgtat ataatgtata taattatata 720
atat 724
<210> 184
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(383)
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<400> 184
atatttatat tttatatatt atttatatat aaatatatat ttatatttta tatattattt 60
atatataaat atatatttat attttatata ttatttatat ataaatatat atttatattt 120
tatatattat ttatatataa atatatattt atattttata tattatttat atataaatat 180
atatttatat tttatatatt atttatatat aaatatatat ttatatttta tatattattt 240
atatataaat atatatttat attttatata ttatatattt atatattata tatatttata 300
ttaatttgtg tataatatat attattaaat ataataaata tatttatttt tatatattat 360
ataaaaatat ataatatata aaa 383
<210> 185
<211> 309
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(309)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 4994249..4994557
<400> 185
tataatatat aattgttata acattataac aattatatat tatatataat acaattatat 60
aatatatatt atataattgt aatatataat ataattatat aatatatatt atataatata 120
atatataata tatcatatat gttatatatt ttattatata atatatatta tatataatat 180
tatatataat atatattata tataatatta tatataatat atattatata taatatattt 240
atatatatta tatataatat atattatata ttaaatatta tatatataat atatataaca 300
ttattgtta 309
<210> 186
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(740)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 5034916..5035655
<400> 186
tttatatata aaatattata tataatatta tatataatat tttctatata aaatgtgtat 60
ataattatat ataattatat aaaatataat atagaatatc taataatgta taatatataa 120
catataaaaa taatattatt taatatataa tattttatat ataatatttt tatatataat 180
ataatatata ttttatatat aattattaat tatataatta atatataata tatattttat 240
acataattat taattatata taattaatat ataatatatc ttatacataa ttatcaatta 300
tatataatta atatataata tatattttat acataattat taattatata taattaatat 360
ataatatatc ttatacataa tatatataaa tatattatat ataatatata ttatatataa 420
tattatatat aatatatatt atatatataa aatttatata taatattata tataatatta 480
tatattttat atacaatatg atatataata taatttatat attatatata tttatatata 540
attattatat aaattatata aatataaatt atatatttat atataattat tatataaatc 600
attatataat tattataatt ataatatata atataatata atattatata taatatatag 660
tattctatat aaataatata acatatattt tatatagaat attatatata atataatata 720
tattttatat agaatattat 740
<210> 187
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(847)
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<400> 187
aatatagaca taaatatata tgcataaata tatatatgca taaatatata taaaaatata 60
tataaatata tacataaata tatataaata tatacaaaaa tatatataaa tatataaaaa 120
aatatataaa tatatataca catatataaa tatatataca tacatatata aacatatata 180
cataaatata tatgtataaa tatatataca cataaatata tgtatgaata tatatacata 240
aatatatatg tataaatata tatacataaa tatataaaga tatatacata aatatatata 300
aatatatata cataaatata tataaatata tataaataga tatataaata tatatataaa 360
tatataaata tatatataaa tatataaata tataaaaata gatatataaa tatatatata 420
aatatataaa tatatatata aatatatata aatatataaa tatatatata aatatatata 480
aatatataaa tatatataaa tatataaata tatatataaa tatatataaa tatataaata 540
tatataaata tatataaata tataaatata tatataaata tatataaata tataaatata 600
tatataaata tataaatata taaatatata tataaatata taaatatata taaatatata 660
taaatatata aatatatata aatatatata aatatataaa tatatataaa tatatataaa 720
tatatataaa tatataaata tatataaata tatataaata tatataaata tatataaata 780
tataaatata tatataaata taaatatata taaatatata aatatatata taaatatata 840
taaatat 847
<210> 188
<211> 784
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(784)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 6108986..6109769
<400> 188
atttatttat atatttaata tataaaatat atatttaata tataaaatgt atatatatac 60
atatattata tataatacaa tatatattat atataatata tattatatat aatattatat 120
attatattat aatataatat atattatata taatataata tatattatat attattatat 180
ataatataat atatattata tattattata tataatataa tatatattat atattattat 240
atataatata atatatatta tatattatta tatataatat aatatatatt atatatatat 300
tttatatata taatatataa tatatatatt atatatatat tttatatata taatatataa 360
tatatatatt atatatatat tttatatata taatatataa tatatatatt atatatatat 420
tttatatgta taatatataa tatatatatt atatatatat tatatatata taatatgtaa 480
tatatatatt atatatatat tatatatata atatatatta tacataaaat atatattata 540
tataatatat ataatatata ttatatataa aatatatttt atgtataata tatattatat 600
ataatatata atgtatattt atatataaaa tatatattta tatacaatgt atatttatat 660
ataaaatata tatttatata caatgtatat ttatataaat atgtgtttaa tatatgaaat 720
atatatttat atataatata tatttaatct ataaaatata tattaaatat atatttatat 780
ttaa 784
<210> 189
<211> 381
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(381)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 10389032..10389412
<400> 189
tatacacata tagagtatat agagtatata tagagtatat ctatagagta tatatgtata 60
tagagtatat aatacagcct accatatata tagtatacat atatatatac tctatatact 120
atatatatag tgtgtatata tatagtatag accctaccat atatatatat aggagtatat 180
atatatacac actcctacta tatatagtat gtatatagag agtatataga gtatatatac 240
agtatatata cacagtatat atatgccata tatagtatct atatacttat atatagtatg 300
tatctatata cttatatata gtatgtatct atatactata tatagtatgt atctatatac 360
tatatagagt atatatgtat a 381
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_difference
<222> (1)..(507)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 11097807..11098313
<400> 190
aattatatat aatttattat atataatttt atatttataa tatttttata tacatatttt 60
atatatcttt ataattatat attacatata taatattata taatatatat aatatatata 120
atatatatta tatattatat aatatatatt atatatatta tatataatat atataatata 180
tataatatat ataatatata taatatataa tatatattat ataatatata ttatatataa 240
tatatattat atataatata tattatatat aatatataat atatataata tatataacat 300
ataataatat attatacata atttatatat aatttttata taattatata tatttatata 360
tttttatata attatatata tttatatatt tttatataat tatatatatt tatatatttt 420
tatataatta tatatataat ttttatataa atatatataa ttttatataa ttttatataa 480
ttataaaata tataattata tataatt 507
<210> 191
<211> 329
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(329)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 11234628..11234956
<400> 191
ttatagttaa atatataaat ataaaatata cagttttata cagtatatat aaaatataca 60
atatataata cataatacat tagttatata tactatatat actatatata ctacacgtat 120
agtatatata tgaaactata tatatactat acgtgtagta tatatatgaa actatatata 180
tactatacgt gtagtatata tatgaaacta tatactatac gtatagtata tatatgaaac 240
tatatatact atatatactt aactataatt gtatatagtt aaaaatataa atataaaata 300
tacagttaaa tatattaata tataatagt 329
<210> 192
<211> 584
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(584)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 797844..798427
<400> 192
tattatttta tgttataaat agataaaaat atatactaat atatatgtac ttatatatac 60
atcaatatat aatgtattat tttatactaa cgtatattat atatactagt atataatcta 120
tattatttta tatgttataa atatataata aaatatataa atattttatg catatattaa 180
tatataatat atactaacat gctaatttat atatacttat atataattta tatagtatat 240
aatatataaa tgtatataat acataattta tatatttata tattaatagt ttatatatta 300
gtatatatac taattttata tactaataaa taaattatat aatatataaa ttatatatta 360
tagtacataa tatatattat atagttaaat aactatgtaa ctataatata taactatata 420
tgatatacag ttatatataa tataaatttt acatacagta tataaattat atactataca 480
tttatataca tatggtatat aaattatata ctatacattt atatacatat ggtatataaa 540
ttgtatacta tataatgtgt attagtatat atactaatat atac 584
<210> 193
<211> 363
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(363)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 1093824..1094186
<400> 193
tatacacaca catatatata cacatatata tacacatata tatatacaca tatatataca 60
catatatata cacgtatata tgtatacaca tatatatgta tatatataca catatataca 120
cacatatata cgtgtatata cgtatatacg tacatatata cgtgtatata cgtatatgcg 180
tacatatata cgtgtatata cgtatatgcg tacatatata cgtgtatata cgtatatgcg 240
tacatatata cgtgtatata cgtatatgcg tacatatata cgtgtatata cgtatatgcg 300
tacatatata cgtgtatata cgtatatgcg tacatatata cgtgtatata cgtatatgcg 360
tac 363
<210> 194
<211> 545
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(545)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 3456187..3456731
<400> 194
tattataata tatatttata tattataata tatattatat tatatattta tatattataa 60
tatatattat attatatatt tatatattat aatatatatt atattataat atatatttat 120
attataatat attatattat aatatatatt atattattat atattataat ataatatata 180
ttataatata tattatatta taatttatat attatatata ttataatata tattatatta 240
tatatatatt tatattataa tatatattat tatatattat atattataat ttatattata 300
ttacaatata tattataaat atatatatta tattataaat atatattttt atattacaat 360
atatattata aatatatatt ttatattaca atatatatta taaatatata tattatatta 420
caatatatat tataaatata tattatatta caatatatat tatattataa tatatattta 480
tatatgatat attatattta atatattata taacataata tataatatat aatatattaa 540
tataa 545
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<213> Homo sapiens
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tataaaatat atgttatata tataatatat attatataat atataatata tataatatat 60
aaaatatata aaatatataa tatataatat aatatataat atatataata tataaaatat 120
atataatata aaatatatat aatatataat atatataata tataatacat ataatatata 180
atatataata tataatatat ataatatata atatataata tataatatat ataatatata 240
atatataata tatataatat ataatatata atatataata tataaatata taaatatata 300
tacacacata cacacacata tatgcatata tatacatata catgtgtaca tagata 356
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tatacaatat attataaatt atatataatt tatatataat atatattata tataaattat 60
atataattta tataatatat aaattatata taatataaat tatatataat ttatataata 120
tataaattat atattatata aattaaatat aatttatatt atatataaat tatatttaat 180
ttatataata tataaattat atttaattta tatataatat aaattatatt tttatatatt 240
atgtataatt tatatattta tacatatata cattataata tattgtatag tatatataat 300
atatagtata tataaagcat a 321
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tatatataat atatattata tatattatat aaattatata taatatgtaa tataaatttt 60
gtaatataaa ttatatatat aaattatata taatatatat taatatatat aatataaatt 120
aatatatata atatataatt atatataatt tatatgatat atataaatat atattatata 180
taaattatat atatcataaa ttatatatca tataaattat atataatata cattatgtac 240
ataatatatg atatataata tataatatat attatatata attatatata tataattata 300
taatatatat aaattataat atataatata tataaattat aatatataat atatataaat 360
t 361
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<212> DNA
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atgtaactat atatatagta tatatagtat atatatacta tatagtgtgt atatatagta 60
tatatatact atatagtgtg tatatatagt atatatatag tgtatatatc gtatatacac 120
tatatactat atagtgtata tatagtatat gtagtatata tagtatatat agtatagtat 180
atatagtata tatagtgtat atatactgta tatatagtgt acatagtata ctatatagta 240
tacatatagt acactgtata gtatatatag tatagtatat atagtataca tagtatacta 300
tatatagtat agtatacata gtatactata tagtatatag agtatatata cagtatacta 360
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ttatatatat tttatatata ttatatatat tttatatata ttatatatat attatatata 60
tattatatat aattatatat aatatatatt atatatatta tatataatta tatataatat 120
atattatata tattatatat ataatatata tataatatat atattttata tatgtattat 180
atatatttta tatatattat atatattata tatatatttt atatatatta tattttatat 240
atataatata acatatataa tatataatta tatattatat atatattata ttatatataa 300
tatatattat atataatata atatataatt atatatatta tatattttat atatttatat 360
aaaaattatt ttatattatt ttatatataa atat 394
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taatatttat atatacatat aaaatttata tataatatat aatatttata tatacatata 60
aaatttatat atatatataa tatttatata tacatataaa atttatatat aatatataat 120
atttatatat acatataaaa tttatatata atatataata tttatatata catataaaat 180
ttatatataa taaatattta tatatacata taaaatttat atataattta tatataacat 240
ataatattta tatataaaat ttatatataa catatattta tatataattt atatataaca 300
tataatattt atatataata tatatttatt tatacaattt atatataata tataatactt 360
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atatctaata tatattatat atattatata tattatatat aatttatata atatatatta 480
tatatataat ttatataata tatatattat atatataatt tatataatat atatattata 540
tatataattt atataatata tattatatat ataatttata taatatatat tatatatata 600
atttatataa tatatattat atataattta tatataacat attttatata catatataat 660
ttatatataa tatatattta catatacata tataattttt atataatata aaatatttct 720
atatacatat ataattttta tataatataa aatatttcta tatacatata taatttttat 780
ataatatata tttctatata catgtctaat ttttatataa tatatatttc tatatacata 840
tataattttt atataatata taatattttt atatacataa tttttatata atatatattt 900
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taatatatat tatatataca tatataattt atatacaaca tataatatat acatatataa 1020
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ttatagataa tatatattta catatacata tataattata tataatatat aatgtttaca 120
tatacataca taattatata taatatatat ttaaatatac atatacaatt atatataata 180
tatatttaca tatgcatata taattataga taatatatat ttacatatac atatataatt 240
atatataata tataatgttt acatatacat atataattat atataatata tatttaaata 300
tacatataca attatatata atatatattt acatatgcat atataattat agataatata 360
tatttacata tacatatata attatatata atatataata tttacatata catatataat 420
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tatatta 487
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aatatatgta tatatatgaa tatatatgta tatatgaata tatgtatata tatgaatata 120
tatgtatata tgtatatata tgaatatata tgtatatatg tatatatatg aatatatatg 180
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tatgtatata tatgaatata tatgaatata tgtgtatata tatgaatata tatgtatata 300
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tgtatatgaa tatatatatg aatatatatg tgtatatgaa tatatatgaa tatatatgtg 420
t 421
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taatgtatat gtacacgtat ataatatata atatattata tacgtatacg tatacattat 120
atattacata tatacgtata tacgtatata aaatatatgt atatattata tatacgtata 180
taatatatat tatataatat ataatatata cgtatacata taatatatta tatatacata 240
ttatatatta tatatttaaa ttatatatta tatcatatat aatatatatg atataatata 300
taatatacat atattacata atatatatta tatacatata catatataat atataatata 360
ttatatacat atacatatat aatatataat atattatata catatacata tataatatat 420
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tataatatat aatatacata atatgtatat tttatacaca atataaataa tatacataac 60
atatatgtat attttatata tgtatatttt atatatattt tatatatttt atatatatgt 120
atattttata tataatatat atattgtata taataatata taatatatta tattatatat 180
aatatatata atatatatat aaatatatat tatatataat atgtataata tataatattt 240
tatatataat atgtataata tatattttat atataataat atgtacaata tatattttat 300
atataataat atgtacaata tatattttat atataataat atgtacaata tatattttat 360
gtataatatg tataatatat attttatgta taatatatat tttatgtata atatatattt 420
tacgtatatt ttatatataa tatataatat tttatatata atatataaca ttttatatat 480
aatatataat attatatata ttatatattt tatatataat atatataaat atatatattt 540
tatatataat atattttata tataatatat ataaatatat atattatata taatatattt 600
tatatataat atattttata tataatatat aatatatttt atatattata tataatatat 660
tatatattat atataatata ttatatataa tatataatat ataatatatt atatataata 720
tataatatat aatatattat atataatata taatatataa tatataatat attatatata 780
atatataata tgtaatatat aatattttat atataatata taatataata tataatattt 840
tatatataat atataatata taatatataa 870
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tatatattat atataaatat ataatatata tttataattt ataattataa atatatttat 120
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atatattata tattatatat tttatatata ctatatatta tatagtatat attttatata 300
tactatatat tatatattat atattttata tatactatat attatatatt atatatttta 360
tatatactat atactattta ttatatattt tatatatact atatactatt tattatatat 420
tttatatata ctatatacta tttattatat attttatata tactatatat tatatattat 480
atattttata tataatatat atttattata tattttatat attatatata ttatatatta 540
tatatttata tattatataa tatatattat atatagaata tataatatat attatatata 600
atataatata atatatatta tataaaatat atataatata taaaatatat aatatatgat 660
atatataata tatattctat atttatacat atatatttaa tattatatta atatataatt 720
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aatattatat attatttaat atgtatattt acacatatat taattattaa atatatatat 840
ttaatatatt aaatattatg tattaaatat atataatata tttataaata ttttatatat 900
aatatataca tatattaaca tatatgtata tatgtatata ttatatataa cattatatat 960
attatgttac atatactata ttttatatgt tacatatact atatattata tgttacatat 1020
aatatatata acatatatta taatatgtaa catattatat ataacatata atatatagta 1080
tatata 1086
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<213> Homo sapiens
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tagatattat agatataata tatattatag atattataga tataatatat attatagata 180
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ttatagatat tatatatatt atagatataa tatatattat agatattata gatatagata 300
ttatagatat aatatatatt atagatatta tagatataat atatattata gatattatag 360
atataatata tattatagat ataagatata ttatagatat tacaga 406
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atataaacat atacgtatat acacatatat acaaatacat atatacatat attatatata 60
tgtatatata ttatattata catatattat atatatatta tattatacat atatacatac 120
acacataaac atattacata catatacaaa ttatacacat atacatatat acatatatgt 180
atatacatac attatatata aatatatgta tataaaatgt acattatata tacatatata 240
ttatgtataa ataatatata aaataaacat aatatatatt tatagatatg atatatataa 300
tatatatgta tacatatata catatatgta tatataatgt acattataca tacataaaca 360
tcatatataa atgttatata tataatataa atatatataa tatataatat atactttata 420
tactatatat aatatatata atatgatata acatatacta tatatactat atataatata 480
tactatatat actgtatata atatataata taatatatac tatatatact aaatataata 540
tacataatat aatatatact atatataata tataatatat aatatagtat atatactata 600
tataataatt acatattata tattatacat tatatattat ataattatta tatataatta 660
tatattacat actttgtata taatgtaaat atacattaga atatataatg tatatatatg 720
tacatatata atgtatatat gtatacatta tataaactat atataaacat tatattatat 780
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tattatatta tatatttaat attatatatt taatatatta tatatttaat attatatatt 60
taatatatta tatatttaat attatatatt taatatatta tatatttaat attatatata 120
taatatatta tatatttaat attatatata taatattata tatataatat tatatattta 180
atattatata tataatatta tatatataat atattatata tttagtatta tgtatttaat 240
atattatata tttagtatta tgtatttaat atattattta tttagtatta tatatttaat 300
atattattta tttagtatta tatatttaat atattatata tttaatatat tatatattta 360
ttatatattg tatatttaat atattatata tttattatat attatatata attatatatt 420
taa 423
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<212> DNA
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gtgtatatat atcatatata ttatatcata tatatgtgta tatatatcat atattatatc 60
atatatatgt gtatatatat catatatata tcatatatgt gtatatatca tatatattat 120
atatcatata tgtgtatata tatcatatat tatatatcat atatatgtgt atatatcata 180
tatattatat atatctcata tgtgtatata tatcatatat aatatatatg tgtatatatc 240
atatatcata tataacatat atatgtgtat atatcatata tataacatat atcatatatg 300
tgta 304
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tatatattct tttatatatt atatataata tatattcttt tatatattat atatagtata 60
tattctttta tatattatat atagtatata ttcttttata tattatatat agtatatatt 120
cttttatata ttatatatag tatatattct tttatatatt atatatagta tatattcttt 180
tatatattat atatagtata tattctttta tatattatat atataatata tattctttta 240
tatatcatat ataatatata ttcttttata tattatatat aatatatatt cttttatata 300
ttatatatca tgtatatata atatacaaaa tatatataga ttttatatat agattattac 360
ataatagaat atattatata ttatatataa tatatacata atatataata ttatatatga 420
tataatatat atcatatata tcatataata tatattatat atcatatatt atatataata 480
atatatagat tatatataat tatatatata atatatataa ttatatatat tatctatata 540
tagataatat atataattat atataatata ttatatagat tatatataat tatattatat 600
acaaaatcta tatataatat atattatatt atatataata tacataacta tataaaaaat 660
ataatatata atatatataa tatataatat ata 693
<210> 211
<211> 471
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(471)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 38887582..38888052
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aacatatata ctatatatat tatatactat attatatatt atatatataa acatatatac 60
tatatataat atataaacat attatattat acatgatata gataaacata tatattatat 120
ataatataga taaaatatgt tatatataat ataatgtata gacatatatt atatatacat 180
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acatatatta tatatacata tattctacat atattatata tacatatatt ctacatatac 300
atatatacat atattatata tacatatatt atagatatat aatatataaa catatataat 360
attattatat ataatatata taataatatt atataatata taataatatt atatcttata 420
tataaataat atatatattt tatatatata atattatata tatataatat a 471
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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catataaaca tatattatat gtaacatata aacatattat atgtaacata taatatataa 60
tatataaaca tatattttat atattatatg ttacatataa tatataatat ataaacatat 120
attatatatt atatgtaaca tataatatat aatatataaa catatatttt atatataata 180
tataaacata ttttatatat aatatataaa catattttat atataatata taaacatata 240
ttttatatat aatatataaa catattttat atataatata taaacatata ttttatataa 300
tatataaaca tataatatat ataatatata aaagtatata atataaatat atataatata 360
aacatatata atataaatat atataaaata taaacatatg taatatataa acatatatta 420
tatataatat ataaacatat attatacgta caatatataa acatatattg tacgtacaat 480
atataaacat atattatacg tacaatatat aaacatatat tatacgtaca atatataaac 540
atatattata cgtacaatat ataaacatat attatacgta caatatataa acatatatta 600
tacgtacaat atataaacat atattatacg tacaatatat aaacatatat tatacgtaca 660
atatataaac atatattata cgtacaatat ataaacatat attatacgta caataaacat 720
atattatacg tacaatatat aaacatatat tatacgtaca atatataaac atatattata 780
cgtacaatat ataaacatat attgtacgta caatatataa acatatatta tatgtataat 840
atataaacat ataatatata atatatatta tatatatgtt tattatatat gtttatatat 900
tatatataac atatattatt atattatata tgtttatata ttatatatta tataatatat 960
atgtttatat attatatatt atataatata tatgtttata tattatatat tatataatat 1020
atatgtttat atattatata ttatataata tatatgttta tatattatat attatataat 1080
atatatgttt atatattata tattatataa tatatatgtt tatatattat atattatata 1140
atatatatgt ttatatatta tatattatat aatatatatg tttatatatt atataaataa 1200
taaacttaca tattttatta a 1221
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<213> Homo sapiens
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catgtatata tatacatata tatttataca tgtatatata tacatatata tttatacatg 120
tatatatata catatatatt tatacatgta tgtatatata catatatatt tatacatgta 180
tgtatatata catatatatt tatacatgta tgtatatata catatatatt tatacatgta 240
tgtatatata catatatatt tatacatgta tgtatatata catatatatt tatacatgta 300
tgtatatata catatatatt tatacatgta tgtatatata catatatatt tatacatgta 360
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tgtatatata catgtatatt tatacatgta tgtatatata catgtatatt tatacatgta 540
tac 543
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<222> (1)..(463)
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atacatacat atatacatat atacacatat atacatataa tacacacata tttacatata 60
tacacacata tatacatata tacatatata cacatatata catgcataca catatataca 120
tatatacaca catatacaca catatataca tatatacaca tatatacaca tatacacata 180
tatacacaca tatacatata tacacatata tacatatata catatataca cacatataca 240
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catatataca catatataca tatatacaca tatatacaca catatacaca tatatacata 360
tatacatatg tatacacata tatacatatg tatacacata tatacacata tacatatata 420
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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aatatatata aaatatatta tattctatgt aatatataga atatataaaa tatattctat 60
atattatata gaatatatat tttataatat atattattta tatattttta tatatttata 120
ttatttatat atttatatat aatttatata atttatacat ataatttata tataatttat 180
ataaattata tatataattt atatataatt tatatataat ttatataaat tatatatata 240
atttatatat aatttatatg atttttatat ataatttata tataatttat ataattttta 300
tatataattt atatataatt tatataattt ttatatataa tttatataat atatatatat 360
aatttatata taatttatat aatttatata tataatttat atataattta tataatttat 420
atatataatt tatatataat ttatataatt tatatatata atttatatat aatttatata 480
atttatatat ataatttata cataatttat ataatttata tatataattt atataattta 540
tatatataat ttatatatat aatttatata atttatatat atgatttata taatttatat 600
atataattta tataatttat atatataaat tatatatata atttttatat aatttatata 660
tttataattt atatatttat ataatttata tatttataat ttatatattt atataattta 720
tatatttata atttatatat ttatataatt tatatataat tattcatata tttatataat 780
ttacatataa ttatttatat attcatatat aatttatata tttatatata atttatatat 840
aattatttac atatttatat atttatatat aatttatata tatttatata taatttataa 900
ataaaatata taatatataa tatataatat tataatagat aaaatatata ctatatatta 960
tatattttac attatattta atattatatg tataatttta tatcatatat aatatatatg 1020
atatatataa ttttatatca tatataatat atatggtata tataatttta tatcatatat 1080
aatatatatg gtatatataa ttttatatca tatataatat atgatatata attttatatc 1140
atataatata tattatatat aattttatat ctacatatta tatattatat atacaatttt 1200
atatctatct ataatatata ttatatatac aattttatat ctatataata tatattatat 1260
atacttttat attatatata aaatgtatat tatatatact tttatattat atataaaatg 1320
tatattatat ataattttat tttatatata aaatgtatat tatatataat tttattttat 1380
atataaaatg tatattatat ataattttat tttatatata aaatgtatat tatatataat 1440
tttattttat atataaaatg tatattatat ataattttat tttatataaa aaatgtatat 1500
tatatataat tttatattat atataatatg tatattatat ataattttat attatatata 1560
atatgtatat tatatataat tttatattat atataatatg tatattatat ataattttat 1620
attatatata atatgtatat tatatataat tttgtattat atataatatg tatattatat 1680
ataattttat attatatata atatgtatat tatatataat tttatattat atataatatg 1740
tatattatat ataattttat attatatata atatgtatat tatatataat tttatattat 1800
atataatatg tatattatat ataattttat attatatata aaatgtatat tatatataat 1860
tttatattat atataatatg tatattatat ataattttat attatatata atatgtatat 1920
tatatataat tttatattat atataaaatg tatattatat ataattttat attatatata 1980
aaatgtatat tatatatatt atatataaaa tgtatattat atatattata tataaaatgt 2040
atattatata tattatatat aaaatgtata ttatatatat tatatataaa atgtatatta 2100
tgtatattat atataatgta tattatgtat attatatata atgtatatta tatataatat 2160
atattatata taatgtatat tatataatat atattatata ttataatata taatatacat 2220
tatatattac atattatata taatatatta tatattatat attacatatt atatataata 2280
tattatatat tatattaaat atatatttta tatattatat attatatatt atataaaata 2340
tatatattat atattatata aaatatatat atattatatt atatattata ttaaatatat 2400
attttatata taatatatat aatatataat atataaaata tatattatat attatatata 2460
aattatatat attatatata aa 2482
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aacagtaata tatcactaat atataataat atataacagt aatatatcat taatatataa 60
tatatcatta gtatataata ttaatatata ttaatatata atatatcata tacaatatta 120
atatatatta atatataata atatattatt aatgtataat agtaatataa tatattatca 180
atatatatta ctaatatata ataatatatc gttaatatat aatagatcat taatatataa 240
tgttaatata ttatgaatag ataatatatc agtatataat attaatatat taatatatta 300
tatattattt aataatatat aatatattaa taaataatta tatattaata tagcaatata 360
ttaatatatg actgtattat attattaata tataacaata tattatatat tatataataa 420
tttattatat aatatataat aatatattat atattatata acatattaat aatacataat 480
aacattaata atatataata atgttaatat attattatat tatatattaa tatataata 539
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tatatacata aaatatatat attttatata tatacataat atatatatgt atattttatg 60
tatatatcta taatatatat aatataataa aatatacata tatattttat atatatataa 120
tatacatata aaatatacat acataaaata tacatgtata ttttatgtat atataatata 180
tatataaaat atacatgtat attttatata tataatatac atgtataatt aatatacatg 240
tatgttatat atattacatg tatattatat ataatataca tataaatttt aaatttagtg 300
tatattacat gtatattata tataatatat gtatat 336
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<212> DNA
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tatagatata taaaatatat atattatata gatatataaa atatatatat tatatagata 360
tataaaatat atatattata tagatatata aaatatatat attata 406
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tattatatta tatattatat aatatatatt atatataata atatagaata tataattata 180
tattatacta tatattatat aatatatatt atatataata atatagaata tataattata 240
tattatataa tatgtgaata atgtaatata taattatatt atttacatat tatataatat 300
ataattatat tatataatat ataattatat tatttgtata ttatatataa catatacatt 360
atattatata taatataatt atatataatt aattataaat taattatata taattatata 420
atataatata taatatacat aatatataat atataataca taatatacat aatataatat 480
atattatata taatataata tatataatat aatataatat aatgtataat ataattatat 540
attatatata atatataatg ttatataatt atattatatt atataattaa ttatatgtaa 600
ttaatataat ataattatta tatataattt tttatataat ataatatata attatataat 660
ataatataat tatattatat tatataatat atatatatta tataatataa tataattata 720
ttatataatt atataatata atataattat atattatatt atataataaa tataattata 780
taatataata tgattatata atatattatg tatattatat attatatatt gtattatgta 840
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tatattatat attatattat gtataatata ttatgtatgt tatatataat ataaattata 960
ttatatatta tgtatattat atataaatta tattatatat tatgtatatt atatataata 1020
taaagtatat attatgtata ttatatataa tataaagtat atattatgta tattatatat 1080
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atataatata aagtatatat tatgtatatt atatataata taaagtatat attatgtata 1200
ttatatataa tataaagtat atattatgta tattatatat aatataaagt atatattatg 1260
tatattatat ataatataaa gtatatatta tgtatattat atataatata aagtatatat 1320
tatgtatatt atatataata taaagtatat attatgtata ttatatataa tataaagtat 1380
atattatgta tattatatat aatataaagt atatattata tgttataaat tatatattgt 1440
tatatattat at 1452
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<212> DNA
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ataaatatat agatatacct atatattata gaaatataaa tatatagata tacctatata 180
ttatagaaat ataaatatat agatatacct atatattata gaaatataaa tatatagata 240
tatctatata ttatagaaat ataaatatat agatatatct atatattata gaaatataaa 300
tatatagata tatctatata ttatagaaat ataaatatat agatatatct atatattata 360
gaaatataaa tatatagata tatctatata ttatagaaat ataaatatat agatatatac 420
aacatatatg ttacatatta tatattatat atctatatat ctatataaca ttatatatct 480
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taactattat ataactgtat tatatagtta tataactata ttatataact gtgttatata 180
gttatatatt atataactat attatataac tgtattatat agttatatat tatataacta 240
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300
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tatatactta tatataatta tatatatatt tatatatata attatgtata cttatatata 180
tttatatata taattatata tacaatttat atatataatt atatataatt tatatataat 240
tatatatata aattatatat aagtatatat aattatatat atgtttatat ataattatat 300
atataaatga tatgtataat atataactat atataattat atataaatat atatatagat 360
tttatatata 370
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<213> Homo sapiens
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tacgtatata cacgtataaa tataaatata tacatgtata tacgtatata catgtataaa 60
tataaatata tatatgtata tacgtatata catgtataaa tatatatatg tatatacgta 120
tatacatgta taaatatata tatatgtata tacgtatata catgtataaa tatatataca 180
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tttattatat gtaatatata ttgtattatt atatatatta tatataatat atattgtatt 60
attatatata ttatatataa tatatattgt attattatat atattatata taatatatat 120
tgtattatta tatatattat atataatata tattgtatat tatatatatt atatattata 180
ttattatata ttatatatat tatattatta tatattatat attatatata ttatattata 240
tattatatat tatattatat atattatatt atatattata tattatatta tatatattat 300
attatatatt atatattata ttatatatat tatattatat atattatata ttatatatta 360
tatatattat atattatata ttatatatat tatatattat atataatata tattatatta 420
ttatataata ttatatatta tatatattat atattatata taatatatat tatattatta 480
tataatatta tatattatat 500
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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atatatgtat aatatgtata tatgtatata ttatgtatat gttatatatg taatatatgt 60
atgtatatat tatatatcat atataatata taatgtgtat atatgtatat atgtatgtat 120
acatgtatat actatgtata tattgtatat attatatatg tatatataca tatacatata 180
taatatatac atatattata tacaatatat acatgtatat tatatacgat atatacatat 240
atattatata caatatatac atagtatata aatgtataca tacatacata tatacatatt 300
atatatgtat atatgtatac ataaatgtat atataatata tatacatata taaatgtata 360
catacgtaca tatacgtata tgtatatgca tatatgtata tatgtgcata catatatatg 420
tatatacata tatgtacata tgtacatata cgtatatatg tacatatgta catatacgta 480
tatatgtaca tatgtacata tacgtatata tgtacatatg tacatatacg tatatatgta 540
catatgtaca tatatacata tatat 565
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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tatataatgt atataatgga tatagatata gatatagata tatattttat ataatatata 60
ttatatatta tatataatat atgttatata tattatatat tttatataat atatatatta 120
tataaattat atatatataa tatataatat atatattata tatattttat ataatatata 180
tttaatatta tctattatat attttatata atatatattt tatataatat ataatatata 240
atatatattt tacataatat ataatatata atacgtatta tatataatat ataatacgta 300
ttttatataa tatataatac gtattatata taatacgtat tatatattat ataatatata 360
atacgtatta tataatatac gtaattatat tttattataa tacgtattat atattatata 420
atatata 427
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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gtatacatat ataaagtgta tatataatgt atatacatat atacatatat aaagtatata 60
tataatatat acatatataa agtatatata taatatatac atatataaag tatatataat 120
atatacatat ataaagtata tataatatat acatatataa agtatatata tcatatatac 180
atatataaag tatatatata atatatacat atatacatat ataaagtata tataacatat 240
atacatatat aaagtatata taacatatat acatatataa agtatatata taatatatac 300
atatatacat atataaagta tatataacat atatacatat atacagtata tataacatat 360
atacatatat acagtatata taacatatat acatatatac agtatatata acatatatac 420
atatatacag tatatataac atatatacat atatacatga agtatatata acatatatac 480
atatatacat gaagtatata taacatatat acatatatac atgaagtata tataacatat 540
atacatatat acatgaagta tatataacat atatacatat atacatatat aaagtatata 600
taacatatac atatatacat atataaagta taacatatac atatatacat atataaagta 660
tatataatat ataacatata catatataaa gtatatataa tatataacat atacatatat 720
aaagtatata taatatataa catatacata tataaagtat atataatata tacatatata 780
catatataaa gtatatataa tatatatata catatataaa gtatatataa tatatataca 840
tatatacata tataaagtat atataatata tatacatata taaagtatat ataatatata 900
tacatatata catatataaa gtatatataa tatatataca tatatacata tataaagtat 960
atataatata tatacatata tacatatata aagtatatat aatatatata catatataca 1020
tatataaagt atatataata tatatacata tatacatata taaagtatat ataatatata 1080
tacatatata catatataaa gtatatataa tatgtataca tatatacata tataaagtat 1140
atataatatg tatacatata tacatatata aagtatatat ataatatgta tacatatat 1199
<210> 229
<211> 454
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(454)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 62181058..62181511
<400> 229
tatatatcat atattatata tgatatatat tatgtatata atacatatta tatataataa 60
atatttatta tatatgatat atattatgta tataatacat attatatata ataaatatat 120
attatattat atataataaa tatatattat attatatata atatatattt atatataaat 180
atattatata taaatatata ttatatataa aatatttata tattatatat aaatatatat 240
tatatataaa tatttatata ttatatataa atatttatat attatatata aatatttata 300
tattatatat aaaatatatt atatatatta tatatattat atattatata taatatattt 360
aatatataat atataaacat atattatata taatatataa acatatataa atatatttat 420
atataataga taaaaatata tataatatat ataa 454
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<212> DNA
<213> Homo sapiens
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<222> (1)..(658)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 62190919..62191576
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tatatacaca actatatata taactatata tatacaacta tatatacaac tatatatata 60
actatatata taactatata taactatata tataactata tataactata tatataacta 120
tatatataac tatatataac tatatatata actatatata actatatata actatatata 180
taactatata tataactata tatataacta tatatataac tatatatact atatatataa 240
ctatatatat ataactatat atataactat atatatataa ctatatataa ctatatatat 300
ataactatat atataactat atatatataa ctatatatat aactatatat atataactat 360
atatataact atatatatat aactatatat aactatatat atataactat atatataact 420
atatatatat aactatatat ataactatat atatataact atatatataa ctatatatat 480
ataactatat atataactat atatataact atatatataa ctatatatat ataactatat 540
atataactat atatatataa ctatatatat aactatatat ataactatat atataactat 600
atatatataa ctatatatat aactatatat atataactat atatataact atatatat 658
<210> 231
<211> 1486
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
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<222> (1)..(1486)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 62384127..62385612
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attatatcta atctattata tattatatct aatacatatt atatctaatc tattgtatat 60
tatatctaat atataatata ttatatataa tatattatat attatatatt atatacaata 120
tattatatat tatataatat ataatatatt atatataata tattatatct aatatattac 180
atattatatc taatctatta tagatataat atgtaatata ttatatatta tatctaatag 240
atattagata taatatataa tatattatta atataatata ttagatataa tatataatat 300
aataatatat aatatatatt attggtaata tataatatat aattaataat atatattata 360
tataattatt atgaataata tatcatatat aatatctagt atattatata ttaataacat 420
ataaatatta tattaataat aaataacata ttaatattat attaataata tataatatac 480
taatattata ttaataatat ataatatact aatattatat taataatata taatatacta 540
atattatatt aataatatat aatatactaa tattatatta ataatatata atatactaat 600
attatattaa taatatataa tatactaata tattaagaat atataatata ctaatatatt 660
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attattatta attaattatt aataattata taatattgat tatattaata ttatcaattt 780
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ttatatatta ataatatata ttagatataa tataatatat taataatata taagatataa 900
tataatatat taataatata tattagatat aatataatat attaataata tatattagat 960
ataatataat atattaataa tatatattag atataatata atatattaat aatatatatt 1020
agatgtaata taatatatta ataatatata ttagatgtaa tataatatat taataatata 1080
tattagatgt aatataatat attaataata tatattagat gtaatataat atattaataa 1140
tatatattag atgtaatata atatattaat aatatatatt agatgtaata taatatatta 1200
ataatatata ttagatgtaa tataatatat taatatatat tagatgtaat ataatatatt 1260
aataatatat attagatata atataatata ttaataatat attagatata atataatata 1320
ttaataatat ataagatata atataatata ttaataatat ataagatata atataatata 1380
ttaataatat ataagatata atataatata ttaataatat atattagata tataatatat 1440
taataatata tattagatat ctaatatcta ttagatatct aataga 1486
<210> 232
<211> 333
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> misc_binding
<222> (1)..(333)
<223> MAR of chromosome 2 genomic contig; 62538649..62538981
<400> 232
ttatatatat tatatatata tattttatat atatattata tatatatttt atatatatat 60
tatatatata ttttatatat atattatata tatattttat atatatatta tatatatatt 120
ttatatatat tatatatata ttttatatat attatatata tattttatat atatattata 180
tatatatttt atatatatat tatatatata ttttatatat atattatata tatattttat 240
atatatatta tatatatatt ttatatatat attatatata tattttatat atatattata 300
tatatatttt atatatatat tatatatata ttt 333
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tatatataaa atatatattt tttaaatata aaatatatat atattttaat attaatatat 60
atatatttta atatataata tatatattat atattttata tataaaatat atatattata 120
tattttatat ataaaatata tatattatat attttatata ttaaaatata tattttatat 180
attttaatta ttaaaatata tatattatat attttaaata taaaatatat atattatata 240
ttttaatata taaaatatat atattatata ttttaatata taaaatatat atattttata 300
tttatatata taaatatata tattatatat tttaatatat aaaatatata tattatatat 360
tttaatatat aaaatatata tattatatat tttaatatat aaaatatata tattatatat 420
tttaatatat ataaaatata tatattatat attttatata tattaaatat atattttata 480
480
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atatatataa atatatatat aattatatat agatatatat aattatatat agatatatat 60
attctatatt ctatatatat ataatatata atatataaat tatatataga atatatatta 120
tatataatat attatatata ttatatataa tatatatatt atatatatta tatataatat 180
atatattata tatattatat ataatttata tatattatat atagaatata tattatatat 240
agaatataga atatatataa tatatataga atacagaata tatatagaat atagaatata 300
ta 302
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tataatatat taatataata tatagacagt atataatata atatacagac agtatataat 60
atacagacag tatataatat ataatattat atataatatt atatataata ttatataata 120
tattatatta tatatattat ataatatatt atattatata taatatatgt aatattatat 180
attatattat acataatata ttatatataa tatattatat ataatattat atatattata 240
tataatatat ataataataa tattataata tataatatat aatagtacag tatatattat 300
atatataatt ctatatataa tatatagaat tctatctatt tataatatat atagaattct 360
atatataata tataatatac agaattctat atatattata tatagaa 407
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tattatatat attgtatata tatgtatatt atatatattg tatatataat gtatattata 60
tatattatat atatatgtat attatatata ttgtatatat atgtatatta tatatattgt 120
atatatgtat atgtatatat gtatgtgtat atatatacac atatacacat atatgtgtat 180
gtatatatat gtgtgtatat acgtatatat acatatatac aatttttgta tatatacata 240
tatacacata tatatgtgta tgtgtatata tatacacata tatgtgtgtg tatatacaca 300
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gatattatat attgtatata ttatatatgt atataatata ctattatata ttatatatgt 60
atataatttt attaatatat atattatatt atattatata ttatattata ttatattata 120
tatataatat taatattata tattattata tattatatta tattaatatt atatatatat 180
aatatatata atatatataa tagtattata tataatatat ataatagtat tatatattat 240
atatatataa tactattata tatattatat ataatagtat tatatatatt atatatataa 300
tactattata tataatatat actattatat aatatatata atactattat atatattata 360
tataatacta ttatatataa tatatataat actattatat ataatatata taatactatt 420
atatataata tatataatac tattatatat aatatatata atactattat atataatata 480
tataatacta ttatatataa tatatatatt atatataatt atattaatat ataatagtat 540
catatataat aatagtatat ataatatata atatatatat tatatatatt ataatagtat 600
atataacata taatatagta tatatattat atattatata taaaatattt a 651
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tatatataat gtttatatat aatgtatata tataatgttt atatatataa tgtatatata 120
taatgtttat atatataatg tatatatata atgtttatat atataatgtg tatatataat 180
gtttatatat ataatgtgta tatataatgt ttatatataa tgtgtatata taatgtttat 240
atatataatg tgtatatata atgtttatat atataatgtg tatatataat gtttatatat 300
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tatatattta tatattacat attatatatt atattttata ttatatatta tatcatatat 120
atgttatgca ttatataata cataatatat tatatatgat ataatatata ttatatatta 180
ttatatataa tataattaat atattatgta ttatataata tatattatgt tataatatat 240
aatatatatt atataattat ataatatatt atgtattata taatatatat tatgttataa 300
tatattatat tatatatatt atatatatat tatatatata atgtatatta tatataatac 360
ataatatatt atatattata tattatttta tataatatat tatataatgt gatatattat 420
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ttatatatat aaacattata tatacaaatt atatatataa acattatata tacaaattat 180
atatataaac attatatata tacattatat atataaacat tatatatata cattatatat 240
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atatattaat ataattatat ataatatata tattatataa tatactatta tatattatat 180
ataatagtat attatataat atatatatta tatataatag tattatatat actattatat 240
attatatata ttatatatat ataaaatata atataatata tataatatat aatattaata 300
ttatatatat aatataatat aatatataat ataatataat atatatatta ataaaattat 360
attaatatat aatatataat agtatattat atacatatat aatatataca atatataata 420
t 421
Claims (22)
- 단백질 생산 증가 활성을 갖는 정제 및 분리된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에 있어서,
상기 DNA 서열은
a) 1 이상의 벤트(bent) DNA 엘리먼트, 및
b) 1 이상의 DNA 결합 단백질에 대한 결합 자리를 포함하고,
그리고 상기 DNA 서열은 서열번호 26의 서열 및 상기 서열의 상보적 서열을 포함하는 군으로부터 선택되는 MAR 뉴클레오티드 서열인 것을 특징으로 하는 정제 및 분리된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드. - 제 1 항에 있어서, 상기 벤트 DNA 엘리먼트는 100개의 인접 염기쌍 스트레치(stretch) 상에서 10% 이상의 디뉴클레오티드 TA, 또는 12% 이상의 디뉴클레오티드 AT를 포함하는 것을 특징으로 하는 정제 및 분리된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드.
- 제 2 항에 있어서, 상기 벤트 DNA 엘리먼트는 100개의 인접 염기쌍 스트레치 상에서 33% 이상의 디뉴클레오티드 TA, 또는 33% 이상의 디뉴클레오티드 AT를 포함하는 것을 특징으로 하는 정제 및 분리된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드.
- 제 1 항에 있어서, 상기 DNA 결합 단백질은 전사 인자인 것을 특징으로 하는 정제 및 분리된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드.
- 제 4 항에 있어서, 상기 전사 인자는 polyQpolyP 도메인 단백질을 포함하는 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 정제 및 분리된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드.
- 제 4 항에 있어서, 상기 전사 인자는 SATB1, NMP4, MEF2, S8, DLX1, FREAC7, BRN2, GATA 1/3, TATA, Bright, MSX, AP1, C/EBP, CREBP1, FOX, Freac7, HFH1, HNF3alpha, Nkx25, POU3F2, Pit1, TTF1, XFD1, AR, C/EBPgamma, Cdc5, FOXD3, HFH3, HNF3 beta, MRF2, Oct1, POU6F1, SRF, V$MTATA_B, XFD2, Bach2, CDP CR3, Cdx2, FOXJ2, HFL, HP1, Myc, PBX, Pax3, TEF, VBP, XFD3, Brn2, COMP1, Evil, FOXP3, GATA4, HFN1, Lhx3, NKX3A, POU1F1, Pax6, TFIIA, Vmw65 및 2개 이상의 이들 전사 인자의 조합을 포함하는 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 정제 및 분리된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드.
- 정제 및 분리된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드를 이용하여 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키는 방법으로서,
상기 정제 및 분리된 DNA서열은 제1의 분리된 매트릭스 부착 부위(matrix attachment region, MAR) 뉴클레오티드 서열을 포함하고,
상기 매트릭스 부착 부위 뉴클레오티드 서열은
- 제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항의 정제 및 분리된 DNA 서열,
- 서열번호 26의 서열 및 상기 서열의 상보적 서열을 포함하는 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는, 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키는 방법. - 제 7 항에 있어서, 상기 정제 및 분리된 DNA 서열은 목표 유전자에 작동가능하게 연결된 프로모터를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는, 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키는 방법.
- 정제 및 분리된 DNA 서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드를 이용하여 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키는 방법으로서,
상기 정제 및 분리된 DNA 서열은 제1의 분리된 매트릭스 부착 부위(matrix attachment region, MAR) 뉴클레오티드 서열 및 최소한의 제2의 분리된 매트릭스 부착 부위(MAR) 뉴클레오티드 서열을 포함하고,
상기 제1의 분리된 매트릭스 부착 부위 뉴클레오티드 서열 및 최소한의 제2의 분리된 매트릭스 부착 부위 뉴클레오티드 서열은 각각
- 제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항의 정제 및 분리된 DNA 서열,
- 서열번호 26의 서열 및 상기 서열의 상보적 서열을 포함하는 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는, 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키는 방법. - 제 9 항에 있어서, 상기 제1의 MAR 서열 및 최소한의 제2의 MAR 서열은 프로모터 및 목표 유전자를 포함하는 서열의 5' 및 3' 말단 모두에 위치하는 것을 특징으로 하는, 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키는 방법.
- 제 9 항에 있어서, 상기 제1의 MAR 서열 또는 최소한의 제2의 MAR 서열은 프로모터 및 목표 유전자를 포함하는 서열과 다른 서열상에 위치하는 것을 특징으로 하는, 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키는 방법.
- 제 7 항에 있어서, 상기 정제 및 분리된 DNA 서열은 벡터로서 선형 DNA 서열의 형태인 것을 특징으로 하는, 진핵 숙주 세포에서 단백질 생산 활성을 증가시키는 방법.
- 진핵 숙주 세포의 형질전환 방법에 있어서,
a) 1 이상의 목표 DNA 서열, 또는 MAR 뉴클레오티드 서열 또는 다른 염색질 변형 엘리먼트로 구성되는 1 이상의 분리 및 정제된 DNA 서열을 포함하는, 1 이상의 정제된 DNA 서열을 상기 진핵 숙주 세포에 도입하는 단계,
b) 상기 형질전환된 진핵 숙주 세포에, 1 이상의 목표 DNA 서열을 포함하는 1 이상의 정제된 DNA 서열 또는 MAR 뉴클레오티드 서열 또는 다른 염색질 변형 엘리먼트로 구성되는 1 이상의 분리 및 정제된 DNA 서열을, 정해진 시간 내에, 1 이상의 추가 형질도입 단계를 수행하는 단계, 및
c) 상기 형질전환된 진핵 숙주 세포를 선별하는 단계를 포함하고,
상기 MAR 뉴클레오티드 서열은 하기를 포함하는 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는, 진핵 숙주 세포의 형질전환 방법:
- 제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항의 정제 및 분리된 DNA 서열,
- 서열번호 26의 서열 및 상기 서열의 상보적 서열. - 제 13 항에 있어서, 상기 정해진 시간은 세포분열 사이클과 관련된 간격(interval)에 상응하는 것을 특징으로 하는, 진핵 숙주 세포의 형질전환 방법.
- 제 14 항에 있어서, 상기 정해진 시간은 숙주 세포가 제2(a second) 세포 분열 사이클에 진입하는 순간인 것을 특징으로 하는, 진핵 숙주 세포의 형질전환 방법.
- 1 이상의 목표 DNA 서열을 포함하는 제1의 정제 및 분리된 1 이상의 DNA 서열, 및
하기를 포함하는 군으로부터 선택되는 1 이상의 MAR 뉴클레오티드를 포함하는 제2의 정제 및 분리된 DNA 서열을 진핵 숙주 세포에 동시형질전환(co-transfecting)시키는 단계를 포함하는, 진핵 숙주 세포의 형질전환 방법:
- 제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항의 정제 및 분리된 DNA 서열,
- 서열번호 26의 서열 및 상기 서열의 상보적 서열. - a) 제 13 항에 따라 형질전환된 진핵 숙주 세포를, 상기 목표 DNA와 관련된 단백질 발현을 위한 조건 하의 배양 배지에서 배양하고, 그리고
b) 상기 단백질을 회수하는 것
을 특징으로 하는 단백질의 생산 방법. - a) 제 16 항에 따라 형질전환된 진핵 숙주 세포를, 상기 목표 DNA와 관련된 단백질 발현을 위한 조건 하의 배양 배지에서 배양하고, 그리고
b) 상기 단백질을 회수하는 것
을 특징으로 하는 단백질의 생산 방법. - 제 13 항에 따라 형질전환된 진핵 숙주 세포.
- 제 16 항에 따라 형질전환된 진핵 숙주 세포.
- 제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항에 따른 1 이상의 정제 및 분리된 DNA 서열을 포함하는, 세포 형질전환 혼합물.
- 제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항에 따른 1 이상의 DNA 서열이 최소한 일부 세포에 안정적으로 삽입된 것을 특징으로 하는 비 인간 형질전환 생물체.
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CN103667440A (zh) * | 2013-09-05 | 2014-03-26 | 谢小冬 | Gata4基因snp位点的用途 |
US9982027B2 (en) | 2013-10-22 | 2018-05-29 | Lubris Llc | Control of rheological properties of mixed hyaluronate/lubricin solutions |
CN109576265B (zh) * | 2014-04-01 | 2020-08-28 | 三生国健药业(上海)股份有限公司 | 一种含mar核心片段的动物细胞表达载体 |
CN104974933B (zh) * | 2014-04-04 | 2017-08-15 | 上海泰因生物技术有限公司 | 一种大规模连续多次悬浮瞬转表达重组蛋白的装置和方法 |
EP3464335A1 (en) | 2016-05-23 | 2019-04-10 | Luxembourg Institute Of Health (LIH) | Multifunctional heteromultimeric constructs |
EP3870708A1 (en) | 2018-10-24 | 2021-09-01 | Selexis S.A. | Expression systems, recombinant cells and uses thereof |
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Family Cites Families (92)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB1077994A (en) * | 1963-04-18 | 1967-08-02 | Kobe Steel Ltd | Process for producing cold-forged products from tempered steel wire |
DE2605560C3 (de) | 1976-02-12 | 1979-08-30 | Siemens Ag, 1000 Berlin Und 8000 Muenchen | Aufschlußverfahren für Biomaterialien |
DE3376405D1 (en) | 1982-12-23 | 1988-06-01 | Britax Weathershields | Vehicle sliding roof |
EP0264166B1 (en) | 1986-04-09 | 1996-08-21 | Genzyme Corporation | Transgenic animals secreting desired proteins into milk |
US4873316A (en) | 1987-06-23 | 1989-10-10 | Biogen, Inc. | Isolation of exogenous recombinant proteins from the milk of transgenic mammals |
GB8925590D0 (en) | 1989-11-13 | 1990-01-04 | Central Blood Lab Authority | Monoclonal antibodies |
US5968502A (en) | 1991-11-05 | 1999-10-19 | Transkaryotic Therapies, Inc. | Protein production and protein delivery |
US6063630A (en) | 1991-11-05 | 2000-05-16 | Transkaryotic Therapies, Inc. | Targeted introduction of DNA into primary or secondary cells and their use for gene therapy |
DE69331908T2 (de) | 1992-10-05 | 2002-12-12 | Univ North Carolina State | Verfahren zur erhöhung der expression und zur verminderung der expressionsvariabilität von fremdgenen in pflanzenzellen |
US5610053A (en) | 1993-04-07 | 1997-03-11 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | DNA sequence which acts as a chromatin insulator element to protect expressed genes from cis-acting regulatory sequences in mammalian cells |
US5464758A (en) | 1993-06-14 | 1995-11-07 | Gossen; Manfred | Tight control of gene expression in eucaryotic cells by tetracycline-responsive promoters |
US5888981A (en) | 1993-06-14 | 1999-03-30 | Basf Aktiengesellschaft | Methods for regulating gene expression |
US5907078A (en) | 1994-12-09 | 1999-05-25 | Greenberg; Norman M. | Transgenic mouse model for prostate cancer |
US5705364A (en) | 1995-06-06 | 1998-01-06 | Genentech, Inc. | Mammalian cell culture process |
DE19541450C2 (de) | 1995-11-07 | 1997-10-02 | Gsf Forschungszentrum Umwelt | Genkonstrukt und dessen Verwendung |
US6596514B2 (en) | 1996-01-11 | 2003-07-22 | Immunex Corporation | Expression augmenting sequence elements (EASE) for eukaryotic expression systems |
US5773695A (en) | 1996-01-26 | 1998-06-30 | North Carolina State University | Plant nuclear scaffold attachment region and method for increasing gene expression in transgenic cells |
AU2064297A (en) | 1996-02-29 | 1997-09-16 | Immusol, Inc | Hepatitis c virus ribozymes |
EP0914444A1 (en) | 1996-06-06 | 1999-05-12 | Novartis AG | Vectors comprising sar elements |
CA2689842A1 (en) | 1996-12-02 | 1998-06-11 | Genaera Corporation | Il-9 receptor variants, useful in treating and diagnosing atopic allergies including asthma and related disorders |
US6245974B1 (en) | 1997-08-06 | 2001-06-12 | North Carolina State University | Matrix attachment regions |
US6897066B1 (en) | 1997-09-26 | 2005-05-24 | Athersys, Inc. | Compositions and methods for non-targeted activation of endogenous genes |
AU734476B2 (en) | 1997-11-05 | 2001-06-14 | Baylor College Of Medicine | Sequences for targeting metastatic cells |
US6635806B1 (en) | 1998-05-14 | 2003-10-21 | Dekalb Genetics Corporation | Methods and compositions for expression of transgenes in plants |
US6004284A (en) | 1998-06-04 | 1999-12-21 | Alcon Laboratories, Inc. | Surgical handpiece |
JP4220673B2 (ja) | 1998-07-21 | 2009-02-04 | ミリポア・コーポレイション | 遍在性クロマチンオープニングエレメント(ucoe)を含むポリヌクレオチド |
US6338066B1 (en) | 1998-09-25 | 2002-01-08 | International Business Machines Corporation | Surfaid predictor: web-based system for predicting surfer behavior |
WO2000020950A1 (en) | 1998-10-07 | 2000-04-13 | Adobe Systems, Inc. | Distributing access to a data item |
DE19848017A1 (de) | 1998-10-17 | 2000-04-20 | Multigene Biotech Gmbh | Episomal replizierender Vektor zur Expression eines Transgens in Säugerzellen |
JP4544748B2 (ja) * | 1998-12-01 | 2010-09-15 | ダウ・アグロサイエンス・エル・エル・シー | 植物細胞内に導入された遺伝子の発現を増加するための人工マトリックス付着領域 |
US6225113B1 (en) | 1998-12-04 | 2001-05-01 | Genvec, Inc. | Use of trans-activation and cis-activation to modulate the persistence of expression of a transgene in an at least E4-deficient adenovirus |
US6194636B1 (en) | 1999-05-14 | 2001-02-27 | Dekalb Genetics Corp. | Maize RS324 promoter and methods for use thereof |
US6232526B1 (en) | 1999-05-14 | 2001-05-15 | Dekalb Genetics Corp. | Maize A3 promoter and methods for use thereof |
US6207879B1 (en) | 1999-05-14 | 2001-03-27 | Dekalb Genetics Corporation | Maize RS81 promoter and methods for use thereof |
US6429357B1 (en) | 1999-05-14 | 2002-08-06 | Dekalb Genetics Corp. | Rice actin 2 promoter and intron and methods for use thereof |
AU4940700A (en) | 1999-05-28 | 2000-12-18 | Sangamo Biosciences, Inc. | Gene switches |
US20050129669A1 (en) | 1999-06-21 | 2005-06-16 | Transkaryotic Therapies, Inc., A Massachusetts Corporation | DNA construct for effecting homologous recombination and uses thereof |
US6972349B1 (en) | 1999-11-12 | 2005-12-06 | University Of South Carolina | Control of post-transcriptional gene silencing in plants |
JP3507858B2 (ja) | 1999-11-19 | 2004-03-15 | 奈良先端科学技術大学院大学長 | 植物において外来遺伝子の発現を安定化させるdna断片、外来遺伝子を植物において安定に発現させる遺伝子導入方法、外来遺伝子を安定に発現させた形質転換植物 |
AU7521500A (en) | 1999-11-30 | 2001-06-12 | Novartis Ag | Increased transgene expression in retroviral vectors having scaffold attachment region |
US6864085B2 (en) | 1999-12-14 | 2005-03-08 | Novartis Ag | Bovine immunodeficiency virus (BIV) based vectors |
US20020127199A1 (en) | 2000-02-03 | 2002-09-12 | Tang Y. Tom | Novel nucleic acids and polypeptides |
US6821775B1 (en) | 2000-02-11 | 2004-11-23 | Genvec, Inc. | Viral vector encoding pigment epithelium-derived factor |
DE10006886A1 (de) | 2000-02-16 | 2001-08-23 | Hepavec Ag Fuer Gentherapie | Nichthumaner helferabhängiger Virusvektor |
US6569681B1 (en) | 2000-03-14 | 2003-05-27 | Transkaryotic Therapies, Inc. | Methods of improving homologous recombination |
US6747189B1 (en) | 2000-03-21 | 2004-06-08 | Dekalb Genetics Corporation | Maize glycine rich protein promoter compositions and methods for use thereof |
US6730826B2 (en) | 2000-03-22 | 2004-05-04 | University Of Kentucky Research Foundation | Plant trichome gland specific promoter sequence |
US20030157715A1 (en) | 2000-06-26 | 2003-08-21 | Ulrich Laemmli | Modulation of chromosome function by chromatin remodeling agents |
WO2002000262A2 (en) | 2000-06-26 | 2002-01-03 | Universite De Geneve | Modulation of chromosome function by chromatin remodeling agents |
EP1303183A1 (de) | 2000-07-27 | 2003-04-23 | Apogene GmbH & Co. KG | Somatischer klonierungs-gentransfer zur produktion von rekombinanten proteinen, zellen und organen |
KR100408844B1 (ko) | 2000-07-29 | 2003-12-06 | 한국산업기술평가원 | 동물세포 발현벡터 |
WO2002018607A2 (en) | 2000-08-30 | 2002-03-07 | North Carolina State University | Transgenic plants containing molecular decoys that alter protein content therein |
EP1322771A2 (en) | 2000-09-09 | 2003-07-02 | BASF Plant Science GmbH | MODIFIED i TET /i -INDUCIBLE SYSTEM FOR REGULATION OF GENE EXPRESSION IN PLANTS |
GB0022995D0 (en) | 2000-09-20 | 2000-11-01 | Cobra Therapeutics Ltd | Polynucleotide |
US6919204B2 (en) | 2000-09-29 | 2005-07-19 | Sangamo Biosciences, Inc. | Modulation of gene expression using localization domains |
EP1339427A4 (en) | 2000-11-01 | 2004-09-15 | Elusys Therapeutics Inc | PROCESS FOR PRODUCING BISPECIFIC MOLECULES BY TRANSEPISSANCE OF PROTEINS |
DE10061150A1 (de) | 2000-12-08 | 2002-06-13 | Icon Genetics Ag | Verfahren und Vektoren zur Erzeugung von transgenen Pflanzen |
AU2002216443A1 (en) | 2000-12-15 | 2002-06-24 | Pangen Biotech Inc. | Expression vector for animal cell containing nuclear matrix attachment region fointerferon beta |
US7151204B2 (en) | 2001-01-09 | 2006-12-19 | Monsanto Technology Llc | Maize chloroplast aldolase promoter compositions and methods for use thereof |
DK1395669T3 (da) | 2001-01-26 | 2009-11-16 | Selexis Sa | Matriks bindingsregioner og fremgangsmåder til anvendelse af disse |
DE10109780A1 (de) | 2001-02-28 | 2002-09-05 | Cardion Ag | Episomale Vektoren enthaltend Matrix-Anheftungsregionen zur zellspezifischen Genexpression |
EP1365801A4 (en) | 2001-03-08 | 2004-10-13 | Nuvelo Inc | METHOD AND MATERIALS IN CONNECTION WITH FIBULIN-LIKE POLYPEPTIDES AND POLYNUCLEOTIDES |
JP4817514B2 (ja) | 2001-03-09 | 2011-11-16 | 協和発酵キリン株式会社 | 新規動物細胞用ベクターおよびその使用 |
AU2002252370A1 (en) | 2001-03-12 | 2002-09-24 | Irm, Llc. | Genomics-driven high speed cellular assays, development thereof, and collections of cellular reporters |
IL157335A0 (en) | 2001-03-13 | 2004-02-19 | Novartis Ag | Lentiviral packaging constructs |
EP1478751A4 (en) * | 2001-03-30 | 2005-10-19 | Avigenics Inc | LYSOZYM PROMOTER IN BIRDS |
DE10129010A1 (de) | 2001-06-13 | 2002-12-19 | Icon Genetics Ag | Verfahren und Vektoren zur Erzeugung von transgenen Pflanzen |
US20030032597A1 (en) | 2001-07-31 | 2003-02-13 | Sebestyen Magdolna G. | Targeting nucleic acids to a cellular nucleus |
KR100464962B1 (ko) * | 2001-09-14 | 2005-01-05 | 삼화강봉주식회사 | 냉간압조 특성이 우수한 조질 강선 |
US7122715B2 (en) | 2001-09-20 | 2006-10-17 | Monsanto Technology Llc | In vitro method to create circular molecules for use in transformation |
AU2002341795A1 (en) | 2001-09-21 | 2003-04-01 | Avigenics, Inc. | Production of transgenic avians using sperm-mediated transfection |
US7138278B2 (en) | 2001-11-20 | 2006-11-21 | Monsanto Technology, L.L.C. | Maize cytoplasmic glutamine synthetase promoter compositions and methods for use thereof |
FR2832423B1 (fr) | 2001-11-22 | 2004-10-08 | Vivalis | Systeme d'expression de proteines exogenes dans un systeme aviaire |
US6875588B2 (en) | 2001-11-30 | 2005-04-05 | Avigenics, Inc. | Ovomucoid promoter and methods of use |
CA2427190A1 (en) | 2002-04-30 | 2003-10-30 | Alberta Research Council Inc. | Production of recombinant epidermal growth factor in plants |
US20030224477A1 (en) | 2002-05-31 | 2003-12-04 | Heartlein Michael W. | Optimized promoter constructs |
US7262025B2 (en) | 2002-06-18 | 2007-08-28 | Zymogenetics, Inc. | Hybrid vector having a cytomegalovirus enhancer and myeloproliferative sarcoma virus promoter |
US20040016015A1 (en) | 2002-07-17 | 2004-01-22 | Nguyen Thanh-Tuyen T. | High efficiency germline transformation system |
US6933136B2 (en) | 2002-09-20 | 2005-08-23 | Novo Nordisk A/S | Method for making recombinant proteins |
CN1263860C (zh) | 2002-09-30 | 2006-07-12 | 华南农业大学 | 多基因载体的构建方法与应用 |
WO2004053106A2 (en) | 2002-12-05 | 2004-06-24 | Regulome Corporation | Profiled regulatory sites useful for gene control |
AU2003283174A1 (en) | 2002-12-11 | 2004-06-30 | Cytos Biotechnology Ag | Method for protein production |
AU2002953381A0 (en) | 2002-12-18 | 2003-01-09 | Diatech Pty Ltd | In vivo affinity maturation scheme |
EP1445320A1 (en) | 2003-02-05 | 2004-08-11 | ARTEMIS Pharmaceuticals GmbH | Automated gene-targeting using non-toxic detectable markers |
US7585963B2 (en) | 2003-04-15 | 2009-09-08 | Synageva Biopharma Corp. | Chicken ovalbumin nucleotide sequence |
ES2408582T3 (es) | 2003-05-30 | 2013-06-21 | Merus B.V. | Biblioteca de Fab para la preparación de una mezcla de anticuerpos |
EP1644508A1 (en) | 2003-07-11 | 2006-04-12 | Cytos Biotechnology AG | Gene expression system |
EP1668137B8 (en) | 2003-08-27 | 2012-03-21 | ORF Liftaekni HF. | Enhancing accumulation of heterologous polypeptides in plant seeds through targeted suppression of endogenous storage proteins |
ATE484591T1 (de) | 2003-10-21 | 2010-10-15 | Merck Serono Sa | Minimale dna sequenz, die als chromatin-isolator wirkt, und deren verwendung für die protein- expression |
AU2004284220B2 (en) * | 2003-10-24 | 2010-10-14 | Selexis S.A. | High efficiency gene transfer and expression in mammalian cells by a multiple transfection procedure of matrix attachment region sequences |
WO2008023247A2 (en) | 2006-08-23 | 2008-02-28 | Selexis S.A. | Matrix attachment regions (mars) for increasing transcription and uses thereof |
EP2097538A4 (en) * | 2006-12-07 | 2011-11-30 | Switchgear Genomics | TRANSCRIPTION REAGULATION ELEMENTS OF BIOLOGICAL PATHS, TOOLS AND METHODS |
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2004
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2017
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Non-Patent Citations (2)
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---|
Journal of Biotechnology, Vol. 87, pp. 29-42 (2001.04.27.) * |
Nature Biotechnology, Vol. 21, No. 5, pp. 553-558 (2003.05.20.) * |
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