JPWO2020082041A5

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Publication number: JPWO2020082041A5
Application number: JP2021521097A
Authority: JP
Publication date: 2022-10-26

Description

この説明及び例示的な実施形態は、限定するものとして解釈されるべきではない。本明細書及び添付の請求項の目的について、特に明記しない限り、本明細書及び請求項で使用される量、パーセンテージ、または割合、及び他の数値を表す全ての数字は、どの場合においても「約」という用語によって、まだそれほど修飾されていない程度まで修飾されていると理解されるべきである。したがって、そうでないことが示されない限り、以下の明細書及び添付の請求項に示される数値パラメータは、得ようとする所望の特性に応じて変化し得る近似値である。非常に少なくとも、及び均等論の適用を請求項の範囲に限定する試みとしてではなく、各数値パラメータは、報告された有効数字の数を考慮して、通常の丸め手法を適用することにより、少なくとも解釈されるべきである。
本発明はまた、以下に関する。
［項目１］
双方向性核酸構築物であって、
ａ）ポリペプチドなどの薬剤のコード配列を含む第１のセグメント、及び
ｂ）前記薬剤のコード配列の逆相補体を含む第２のセグメント
を含み、前記構築物が、ポリペプチドなどの前記薬剤の発現を駆動するプロモーターを含まない、前記双方向性核酸構築物。
［項目２］
双方向性核酸構築物であって、
ａ）第１のポリペプチドなどの第１の薬剤のコード配列を含む第１のセグメント、及びｂ）第２のポリペプチドなどの第２の薬剤のコード配列の逆相補体を含む第２のセグメント
を含み、前記構築物が、前記薬剤（複数可）の発現を駆動するプロモーターを含まない、前記双方向性核酸構築物。
［項目３］
前記第２のセグメントが、前記第１のセグメントの３’である、項目１または２に記載の双方向性核酸構築物。
［項目４］
前記第２のセグメントにおける前記逆相補体の前記コード配列が、前記第１のセグメントの前記第１のコード配列のものとは異なるコドン使用頻度を採用する、項目１～３のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目５］
前記第２のセグメントが、前記第１のセグメントにおける前記コード配列に対して少なくとも約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９７％、または約９９％相補性を有するヌクレオチド配列を含む、項目１～４のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目６］
前記第２のセグメントの前記コード配列が、前記第１のセグメントにおける前記コード配列によってコードされる１つ以上のアミノ酸の１つ以上の代替コドンを使用して前記ポリペプチドをコードする、項目１～５のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目７］
前記第２のセグメントが、前記第１のセグメントの前記コード配列の逆相補体、またはその断片を含む、項目１～６のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目８］
前記逆相補体が、
ａ．前記第１のセグメントの前記コード配列に対して実質的に相補的ではない、
ｂ．前記第１のセグメントの前記コード配列の断片に対して実質的に相補的ではない、ｃ．前記第１のセグメントの前記コード配列に対して高度に相補的である、
ｄ．前記第１のセグメントの前記コード配列の断片に対して高度に相補的である、
ｅ．前記第１のセグメントの前記コード配列の前記逆相補体と少なくとも６０％同一である、
ｆ．前記第１のセグメントの前記コード配列の前記逆相補体と少なくとも７０％同一である、
ｆ．前記第１のセグメントの前記コード配列の前記逆相補体と少なくとも９０％同一である、
ｇ．前記第１のセグメントの前記コード配列の前記逆相補体と５０～８０％同一である、及び／または
ｈ．前記第１のセグメントの前記コード配列の前記逆相補体と６０～１００％同一である、
項目７に記載の双方向性核酸構築物。
［項目９］
前記構築物が、相同性アームを含まない、項目１～８のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１０］
前記第１のセグメントが、リンカーによって前記第２のセグメントに連結される、項目１～９のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１１］
前記リンカーが、約５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、５００、１０００、１５００、２０００のヌクレオチド長である、項目１０に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１２］
前記第１及び第２のセグメントの各々が、ポリアデニル化シグナル配列またはポリアデニル化テール配列などのポリアデニル化配列を含む、項目１～１１のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１３］
前記構築物が、スプライスアクセプター部位を含む、項目１～１２のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１４］
前記構築物が、前記第１のセグメントの５’に第１のスプライスアクセプター部位及び前記第２のセグメントの３’に第２のスプライスアクセプター部位を含む、項目１３に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１５］
前記構築物が、二本鎖、場合により二本鎖ＤＮＡである、項目１～１４のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１６］
前記構築物が、一本鎖、場合により一本鎖ＤＮＡである、項目１～１５のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１７］
前記ポリペプチドをコードする配列が、コドン最適化される、項目１～１６のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１８］
前記構築物が、次の末端構造：ヘアピン、ループ、末端逆位反復（ＩＴＲ）、またはトロイドのうちの１つ以上を含む、項目１～１７のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目１９］
前記構築物が、１、２、または３つの末端逆位反復（ＩＴＲ）を含む、項目１～１８のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２０］
前記構築物が、２つ以下のＩＴＲを含む、項目１～１９のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２１］
前記ポリペプチドが、分泌ポリペプチドである、項目１～２０のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２２］
前記ポリペプチドが、細胞内ポリペプチドである、項目１～２０のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２３］
前記第１のポリペプチド及び前記第２のポリペプチドが異なる、項目２～２２のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２４］
前記ポリペプチドが、バリアントポリペプチドである、項目１～２３のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２５］
前記ポリペプチドが、肝臓タンパク質である、項目１～２４のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２６］
前記ポリペプチドが、非肝臓タンパク質である、項目１～２４のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２７］
前記構築物が、相同性非依存性構築物である、項目１～２６のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２８］
前記ポリペプチドが、発現されたときに、異種シグナルペプチドを含む、項目１～２７のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目２９］
前記核酸が、異種シグナルペプチドをコードする、項目１～２８のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目３０］
前記核酸が、シグナルペプチドをコードしない、項目１～２７のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目３１］
前記ポリペプチドが、発現されたときに、それ自身のシグナルペプチドを含む、項目１～２７のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目３２］
前記核酸が、異種ペプチドをコードする、項目１～３１のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目３３］
前記異種ペプチドが、２Ａである、項目３２に記載の双方向性核酸構築物。
［項目３４］
項目１～３３のいずれか１項に記載の構築物を含むベクター。
［項目３５］
前記ベクターが、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである、項目３４に記載のベクター。
［項目３６］
前記ＡＡＶが、一本鎖ゲノム（ｓｓＡＡＶ）または自己相補性ゲノム（ｓｃＡＡＶ）を含む、項目３４または３５に記載のベクター。
［項目３７］
前記ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ７、ＡＡＶｒｈ．６４Ｒ１、ＡＡＶｈｕ．３７、ＡＡＶｒｈ．８、ＡＡＶｒｈ．３２．３３、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ２／８、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶＬＫ０３、ＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ｒｈ１０、及びそれらのハイブリッドからなる群から選択される、項目３４または３５に記載のベクター。
［項目３８］
ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む自己相補性（または二本鎖）核酸構築物を含むウイルスベクターであって、前記ベクターが、前記ポリペプチドの発現を駆動するプロモーターを含まない、前記ウイルスベクター。
［項目３９］
前記ベクターが、相同性アームを含まない、項目３８に記載のベクター。
［項目４０］
項目１～３３のいずれか１項に記載の構築物を含む脂質ナノ粒子。
［項目４１］
項目１～３３のいずれか１項に記載の構築物を含む宿主細胞。
［項目４２］
前記宿主細胞が、肝臓細胞、筋肉細胞、またはニューロン細胞である、項目４１に記載の宿主細胞。
［項目４３］
前記宿主細胞が、非分裂細胞型である、項目４１に記載の宿主細胞。
［項目４４］
前記宿主細胞が、前記構築物によってコードされる前記ポリペプチドを発現する、項目４１～４３のいずれか１項に記載の宿主細胞。
［項目４５］
前記宿主細胞が、肝細胞である、項目４１～４４のいずれか１項に記載の宿主細胞。
［項目４６］
細胞に、項目１～３３のいずれか１項に記載の構築物、項目３４～３９のいずれか１項に記載のベクター、または項目４０に記載のＬＮＰを提供することを含む、標的遺伝子座を修飾する方法。
［項目４７］
構築物を細胞に導入する方法であって、前記細胞に、項目１～３３のいずれか１項に記載の構築物、項目３４～３９のいずれか１項に記載のベクター、または項目４０に記載のＬＮＰを提供することを含む、前記方法。
［項目４８］
細胞においてポリペプチドを発現する方法であって、前記細胞に、項目１～３３のいずれか１項に記載の構築物、項目３４～３９のいずれか１項に記載のベクター、または項目４０に記載のＬＮＰを提供することを含む、前記方法。
［項目４９］
細胞においてポリペプチドの発現を増加させる方法であって、前記細胞に、項目１～３３のいずれか１項に記載の構築物、項目３４～３９のいずれか１項に記載のベクター、または項目４０に記載のＬＮＰを提供することを含む、前記方法。
［項目５０］
前記構築物、ベクター、またはＬＮＰが、インビボで提供される、項目４６～４９のいずれか１項に記載の方法。
［項目５１］
前記構築物、ベクター、またはＬＮＰが、インビトロで提供される、項目４６～４９のいずれか１項に記載の方法。
［項目５２］
細胞に、項目１～３３のいずれか１項に記載の構築物、項目３４～３９のいずれか１項に記載のベクター、または項目４０に記載のＬＮＰを提供することを含む、標的遺伝子座を修飾するエクスビボ方法。
［項目５３］
前記細胞が、非分裂細胞型である、項目４６～５２のいずれかに記載の方法。
［項目５４］
前記細胞にヌクレアーゼを提供することをさらに含み、前記ヌクレアーゼが、部位特異的ｓｓＤＮＡまたはｄｓＤＮＡ切断を導入することができる、項目４６～５３のいずれかに記載の方法。
［項目５５］
前記細胞に、ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤及びガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を提供することを含む、項目４６～５４のいずれか１項に記載の方法。
［項目５６］
前記ｇＲＮＡが、シングルｇＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）である、項目５５に記載の方法。
［項目５７］
前記構築物、ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤、及び前記ｇＲＮＡが、前記細胞に同時に提供される、項目５５または５６に記載の方法。
［項目５８］
前記構築物、ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤、及び前記ｇＲＮＡが、任意の順序で、前記細胞に逐次的に提供される、項目５５または５６に記載の方法。
［項目５９］
前記構築物が、前記ｇＲＮＡ及びＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤を提供する前に、前記細胞に提供される、項目５８に記載の方法。
［項目６０］
前記ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤、または組み合わせたＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤及びｇＲＮＡが、前記構築物を提供する前に、前記細胞に提供される、項目５８に記載の方法。
［項目６１］
前記構築物が、ベクターで提供される、項目５４～６０のいずれか１項に記載の方法。
［項目６２］
前記構築物が、脂質ナノ粒子で提供される、項目５４～６０のいずれか１項に記載の方法。
［項目６３］
前記ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤が、ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤をコードする核酸として提供される、項目５４～６２のいずれか１項に記載の方法。
［項目６４］
前記ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤が、Ｃａｓ酵素またはＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤をコードするｍＲＮＡとして提供される、項目５４～６２のいずれか１項に記載の方法。
［項目６５］
前記ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤が、Ｃａｓ９ヌクレアーゼなどのＣａｓヌクレアーゼである、項目５４～６２のいずれか１項に記載の方法。
［項目６６］
前記Ｃａｓヌクレアーゼが、クラス２のＣａｓヌクレアーゼ、またはそのバリアントである、項目６５に記載の方法。
［項目６７］
前記Ｃａｓヌクレアーゼが、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓＣａｓ９、またはそのバリアントである、項目５４～６６のいずれか１項に記載の方法。
［項目６８］
前記Ｃａｓヌクレアーゼが、ニッカーゼである、項目５４～６７のいずれか１項に記載の方法。
［項目６９］
前記遺伝子座が、アルブミン遺伝子座である、項目５４～６８のいずれか１項に記載の方法。
［項目７０］
前記細胞が、非分裂細胞型である、項目５４～６９のいずれか１項に記載の方法。
［項目７１］
前記細胞が、肝臓細胞、ニューロン細胞、または筋肉細胞である、項目５４～７０のいずれか１項に記載の方法。
［項目７２］
項目４６～７１のいずれか１項に記載の方法によって作製される細胞。
［項目７３］
前記細胞が、宿主細胞である、項目７２に記載の細胞。
［項目７４］
前記宿主細胞が、肝臓細胞、筋肉細胞、またはニューロン細胞である、項目７３に記載の宿主細胞。
［項目７５］
前記宿主細胞が、非分裂細胞型である、項目７２～７４のいずれか１項に記載の細胞。
［項目７６］
前記宿主細胞が、前記構築物によってコードされる前記ポリペプチドを発現する、項目７２～７５のいずれか１項に記載の細胞。
［項目７７］
前記宿主細胞が、肝細胞である、項目７２～７６のいずれか１項に記載の細胞。
［項目７８］
前記薬剤が、治療用薬剤である、項目１～３３のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目７９］
前記薬剤が、機能性ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、またはポリペプチドのうちのいずれか１つ以上である、項目１～３３のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目８０］
前記薬剤が、ポリペプチドである、項目１～３３のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
［項目８１］
前記薬剤が、治療用ポリペプチドである、項目１～３３のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。

Claims

双方向性核酸構築物であって、
ａ）第１のポリペプチドのコード配列を含む第１のセグメント、及び
ｂ）第２のポリペプチドのコード配列の逆相補体を含む第２のセグメント
を含み、前記構築物が、（ｉ）相同性アーム、（ｉｉ）第１のポリペプチドのコード配列の発現を駆動するプロモーター、または（ｉｉｉ）第２のポリペプチドのコード配列の発現を駆動するプロモーターのいずれも含まない、前記双方向性核酸構築物。
前記第２のセグメントが、前記第１のセグメントの３’である、請求項１に記載の双方向性核酸構築物。
前記第１のポリペプチド及び前記第２のポリペプチドが同一である、請求項１または２に記載の双方向性核酸構築物。
前記第２のポリペプチドのコード配列が、前記第１のポリペプチドのコード配列のものとは異なるコドン使用頻度を採用する、請求項１～３のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記第２のセグメントが、前記第１のセグメントにおける前記コード配列に対して少なくとも約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９７％、または約９９％相補性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記第２のセグメントが、前記第１のセグメントの前記コード配列の逆相補体、またはその断片を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記第１のセグメントが、リンカーによって前記第２のセグメントに連結される、請求項１～６のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記リンカーが、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、５００、１０００、１５００、２０００のヌクレオチド長である、請求項７に記載の双方向性核酸構築物。
前記第１及び第２のセグメントの各々が、ポリアデニル化シグナル配列またはポリアデニル化テール配列などのポリアデニル化配列を含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記構築物が、スプライスアクセプター部位を含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記構築物が、前記第１のセグメントの５’に第１のスプライスアクセプター部位及び前記第２のセグメントの３’に第２のスプライスアクセプター部位を含む、請求項１０に記載の双方向性核酸構築物。
前記構築物が、二本鎖である、請求項１～１１のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記構築物が、二本鎖ＤＮＡである、請求項１～１１のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記構築物が、一本鎖である、請求項１～１１のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記構築物が、一本鎖ＤＮＡである、請求項１～１１のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記ポリペプチドをコードする配列が、コドン最適化される、請求項１～１５のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記構築物が、次の末端構造：ヘアピン、ループ、末端逆位反復（ＩＴＲ）、またはトロイドのうちの１つ以上を含む、請求項１～１６のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記構築物が、１、２、または３つの末端逆位反復（ＩＴＲ）を含む、請求項１～１７のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記構築物が、２つ以下のＩＴＲを含む、請求項１～１８のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記ポリペプチドが、分泌ポリペプチド、細胞内ポリペプチド、バリアントポリペプチド、肝臓タンパク質、または非肝臓タンパク質である、請求項１～１９のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
前記ポリペプチドが、発現されたときに、シグナルペプチドを含む、請求項１～２０のいずれか１項に記載の双方向性核酸構築物。
請求項１～２１のいずれか１項に記載の構築物を含むベクター。
前記ベクターが、ウイルスベクターである、請求項２２に記載のベクター。
前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである、請求項２３に記載のベクター。
請求項１～２１のいずれか１項に記載の構築物を含む脂質ナノ粒子。
請求項１～２１のいずれか１項に記載の構築物を含む細胞または細胞集団。
前記細胞または細胞集団が、肝臓細胞、筋肉細胞、またはニューロン細胞、またはその集団である、請求項２６に記載の細胞または細胞集団。
対象において疾患または障害を治療する方法における使用のための、請求項１～２１のいずれか１項に記載の構築物、請求項２２～２４のいずれか１項に記載のベクター、または請求項２５に記載の脂質ナノ粒子であって、前記方法は、対象における細胞または細胞集団を前記構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子と接触させて、前記細胞または細胞集団が前記第１のポリペプチド及び／または前記第２のポリペプチドを発現するように、前記細胞または細胞集団における標的遺伝子座を修飾することを含む、前記構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子。
前記方法が、前記細胞または細胞集団にヌクレアーゼを提供することをさらに含み、前記ヌクレアーゼが、ｄｓＤＮＡ切断を導入することができる、請求項２８に記載の使用のための構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子。
前記方法が、前記細胞または細胞集団にＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤及びガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を提供することを含む、請求項２８または２９に記載の使用のための構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子。
前記ｇＲＮＡが、シングルｇＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）である、請求項３０に記載の使用のための構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子。
前記ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤が、ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤をコードする核酸として提供される、請求項３０または３１に記載の使用のための構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子。
前記ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤が、酵素、またはＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤をコードするｍＲＮＡとして提供される、請求項３０または３１に記載の使用のための構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子。
前記ＲＮＡガイドＤＮＡ結合剤が、Ｃａｓヌクレアーゼである、請求項３０～３３のいずれか１項に記載の使用のための構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子。
前記Ｃａｓヌクレアーゼが、クラス２のＣａｓヌクレアーゼ、またはそのバリアントである、請求項３４に記載の使用のための構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子。
前記クラス２のＣａｓヌクレアーゼが、Ｃａｓ９ヌクレアーゼである、請求項３５に記載の使用のための構築物、ベクター、または脂質ナノ粒子。
対象において疾患または障害を治療する方法における使用のための、請求項１～２１のいずれか１項に記載の構築物、請求項２２～２４のいずれか１項に記載のベクター、または請求項２５に記載の脂質ナノ粒子。
細胞または細胞集団が前記第１のポリペプチド及び／または前記第２のポリペプチドを発現するように、前記細胞または細胞集団における標的遺伝子座を修飾する使用のための、請求項１～２１のいずれか１項に記載の構築物、請求項２２～２４のいずれか１項に記載のベクター、または請求項２５に記載の脂質ナノ粒子。