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Description
本明細書で引用される全ての特許、出願、刊行物、試験方法、文献、および他の資料は、本明細書に物理的に存在するかのように、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
最後に、本発明の好ましい実施態様を項分け記載する。
[実施態様1]
組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)の産生のためのプラスミドシステムであって、
(i)5’および3’AAV末端逆位反復配列(ITR)に隣接する少なくとも1つの異種核酸と、それらITRの外側のスタッファー配列とを含む導入遺伝子含有プラスミド;
(ii)AAVの複製(Rep)遺伝子配列とキャプシド(Cap)遺伝子配列とを含むプラスミド;および
(iii)アデノウイルス(Ad)ヘルパープラスミド;
を含む、プラスミドシステム。
[実施態様2]
前記スタッファー配列が、導入遺伝子含有プラスミドがrAAVキャプシドにパッケージングされないように、導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンのサイズを増加させる、実施態様1に記載のプラスミドシステム。
[実施態様3]
前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型AAVゲノムよりも大きい、実施態様1または2に記載のプラスミドシステム。
[実施態様4]
前記スタッファー配列が、エンハンサー、プロモーター、スプライシング制御因子、ノンコーディングRNA、アンチセンス配列、コード配列、またはそれらの任意の組み合わせを欠いている、実施態様1~3のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様5]
前記スタッファー配列が、エンハンサー、プロモーター、スプライシング制御因子、ノンコーディングRNA、アンチセンス配列、およびコード配列を欠いている、実施態様4に記載のプラスミドシステム。
[実施態様6]
前記スタッファー配列が、ヒトゲノムに見られる不活性なイントロンDNA配列を含む、実施態様1~5のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様7]
前記スタッファー配列が、1000~5000ヌクレオチド長の間の核酸配列または1000~2000ヌクレオチド長の間の核酸配列を含む、実施態様1~6のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様8]
前記スタッファー配列が、GAPDHイントロン2、そのフラグメント、またはその変異体を含む、実施態様1~7のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様9]
前記スタッファー配列が、配列番号9と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸を含む、実施態様1~8のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様10]
前記スタッファー配列が、配列番号9と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸からなる、実施態様1~9のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様11]
前記スタッファー配列が、配列番号9またはそのフラグメントを含む、実施態様1~8のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様12]
前記スタッファー配列が、配列番号9またはそのフラグメントからなる、実施態様1~8のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様13]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、図3Aと同じ順序の構造を有するプラスミドを含み、eGFPおよびSEAP導入遺伝子は少なくとも1つの異種核酸で置き換えることができる、実施態様1~12のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様14]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、図3Bと同じ順序の構造を有するプラスミドを含み、eGFP導入遺伝子を少なくとも1つの異種核酸で置き換えることができる、実施態様1~12のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様15]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号2、4、少なくとも1つの異種核酸、配列番号8、3、およびスタッファー配列の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、実施態様1~12のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様16]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが5’ITRと3’ITRとの間に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様1~15のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様17]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、i)3’ITRの上流でかつポリA配列の下流、またはii)3’ITRの上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列のプロモーターの上流;またはv)5’ITRの下流でかつ3’ITRの上流に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様1~15のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様18]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、i)配列番号3の上流でかつ配列番号8の下流;またはii)配列番号3の上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)配列番号2の下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)配列番号2の下流でかつ配列番号4の上流;またはv)配列番号2の下流でかつ配列番号3の上流に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様1~15のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様19]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号43、4、少なくとも1つの異種核酸配列、配列番号8、3、およびスタッファー配列の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、実施態様1~12のいずれかに記載のプラスミドシステム
[実施態様20]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが5’ITRと3’ITRとの間に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様19に記載のプラスミドシステム。
[実施態様21]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、i)3’ITRの上流でかつポリA配列の下流、またはii)3’ITRの上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列のプロモーターの上流;またはv)5’ITRの下流でかつ3’ITRの上流に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様19または20に記載のプラスミドシステム。
[実施態様22]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、i)配列番号3の上流でかつ配列番号8の下流;またはii)配列番号3の上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)配列番号43の下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)配列番号43の下流でかつ配列番号4の上流;またはv)配列番号43の下流でかつ配列番号3の上流に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様19または20に記載のプラスミドシステム。
[実施態様23]
前記AAV Rep遺伝子配列が、AAV血清型2、5、8、9、またはそれらのハイブリッドに由来する、実施態様1~22のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様24]
前記AAV Cap遺伝子配列が、AAV血清型2、5、8、9、またはそれらのハイブリッドに由来する、実施態様1~23のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様25]
Rep遺伝子配列およびCap遺伝子配列を含むプラスミドがプロモーターをさらに含む、実施態様1~24のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様26]
前記プロモーターがAAVプロモーターである、実施態様25に記載のプラスミドシステム。
[実施態様27]
前記プロモーターがAAV P5プロモーターである、実施態様26に記載のプラスミドシステム。
[実施態様28]
前記Adヘルパープラスミドが、E1a、E1b、E2a、E4orf6、またはVA RNAから選択される1つまたは複数のアデノウイルス遺伝子を含む、実施態様1~27のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様29]
前記Adヘルパープラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号18、17、16、および20の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができる、実施態様28に記載のプラスミドシステム。
[実施態様30]
前記Adヘルパープラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号21、16、39、40、22、23、および20の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、実施態様28に記載のプラスミドシステム。
[実施態様31]
前記Adヘルパープラスミドが、図5のいずれかの構築物と同じ順序の構造を含む、実施態様1~28のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様32]
前記Adヘルパープラスミドが、配列番号14と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸を含む、実施態様1~28のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様33]
前記Adヘルパープラスミドが、配列番号15と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸を含む、実施態様1~28のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様34]
前記異種核酸配列が、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質をコードする目的の異種遺伝子である、実施態様1~33のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様35]
前記ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質が、酵素、抗体、MHC分子、T細胞受容体、B細胞受容体、アプタマー、アビマー、受容体結合リガンド、ターゲティングペプチド、治療薬、または遺伝子編集分子である、実施態様34に記載のプラスミドシステム。
[実施態様36]
前記異種核酸が、アンチセンス、siRNA、shRNA、miRNA、EGS、gRNA、sgRNA、リボザイム、またはアプタマーなどの核酸配列である、実施態様1~35のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様37]
実施態様1~36のいずれかに記載のプラスミドシステムを含む宿主細胞。
[実施態様38]
実施態様37に記載の宿主細胞によって産生された組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)。
[実施態様39]
普遍的なベクター力価測定を可能にするDNA力価タグであって、導入遺伝子含有プラスミド内の異種核酸配列の核酸配列の上流または下流のいずれかにある約60ヌクレオチド~約100ヌクレオチド長の核酸タグ配列を含み、前記核酸タグ配列が、少なくとも2つの異なる導入遺伝子含有プラスミドで使用されて少なくとも2つの異なるタイプのAAVベクター間での普遍的なベクターゲノム力価測定を可能にすることができる、DNA力価タグ。
[実施態様40]
前記核酸タグ配列が約100ヌクレオチド長である、実施態様39に記載のDNA力価タグ。
[実施態様41]
前記核酸タグ配列が、導入遺伝子含有プラスミドの3’ITR配列の上流にあるが、導入遺伝子含有プラスミドの発現カセット内にはない、実施態様39または実施態様40に記載のDNA力価タグ。
[実施態様42]
前記核酸タグ配列が、導入遺伝子含有プラスミドの5’ITR配列の下流にあるが、導入遺伝子含有プラスミドの発現カセット内にはない、実施態様39または実施態様40に記載のDNA力価タグ。
[実施態様43]
前記DNA力価タグが、配列番号61~70の核酸配列のいずれか1つを含む、実施態様39~42のいずれかに記載のDNA力価タグ。
[実施態様44]
実施態様1~36のいずれかに記載のプラスミドシステムで細胞に形質導入し、さらにrAAVを単離することを含む、組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)を製造する方法。
[実施態様45]
実施態様44に記載の方法によって製造された組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)。
[実施態様46]
実施態様1~36のいずれかに記載のプラスミドシステムを含む組成物。
[実施態様47]
実施態様38または実施態様45に記載のrAAVを含む医薬組成物。
[実施態様48]
核酸配列を対象の細胞に送達または移送する方法であって、実施態様38または実施態様45に記載のrAAVを対象に投与し、それによって核酸配列を細胞に送達することを含む、方法。
[実施態様49]
前記対象の細胞が培養中であるか、または対象に存在する、実施態様48に記載の方法。
[実施態様50]
対象における疾患または障害を処置または予防する方法であって、それを必要とする対象に実施態様38または実施態様45に記載のrAAVを投与することを含む、方法。
[実施態様51]
宿主細胞に実施態様38または実施態様45に記載のrAAVを接触させることを含む、宿主細胞に形質導入する方法。
最後に、本発明の好ましい実施態様を項分け記載する。
[実施態様1]
組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)の産生のためのプラスミドシステムであって、
(i)5’および3’AAV末端逆位反復配列(ITR)に隣接する少なくとも1つの異種核酸と、それらITRの外側のスタッファー配列とを含む導入遺伝子含有プラスミド;
(ii)AAVの複製(Rep)遺伝子配列とキャプシド(Cap)遺伝子配列とを含むプラスミド;および
(iii)アデノウイルス(Ad)ヘルパープラスミド;
を含む、プラスミドシステム。
[実施態様2]
前記スタッファー配列が、導入遺伝子含有プラスミドがrAAVキャプシドにパッケージングされないように、導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンのサイズを増加させる、実施態様1に記載のプラスミドシステム。
[実施態様3]
前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型AAVゲノムよりも大きい、実施態様1または2に記載のプラスミドシステム。
[実施態様4]
前記スタッファー配列が、エンハンサー、プロモーター、スプライシング制御因子、ノンコーディングRNA、アンチセンス配列、コード配列、またはそれらの任意の組み合わせを欠いている、実施態様1~3のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様5]
前記スタッファー配列が、エンハンサー、プロモーター、スプライシング制御因子、ノンコーディングRNA、アンチセンス配列、およびコード配列を欠いている、実施態様4に記載のプラスミドシステム。
[実施態様6]
前記スタッファー配列が、ヒトゲノムに見られる不活性なイントロンDNA配列を含む、実施態様1~5のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様7]
前記スタッファー配列が、1000~5000ヌクレオチド長の間の核酸配列または1000~2000ヌクレオチド長の間の核酸配列を含む、実施態様1~6のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様8]
前記スタッファー配列が、GAPDHイントロン2、そのフラグメント、またはその変異体を含む、実施態様1~7のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様9]
前記スタッファー配列が、配列番号9と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸を含む、実施態様1~8のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様10]
前記スタッファー配列が、配列番号9と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸からなる、実施態様1~9のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様11]
前記スタッファー配列が、配列番号9またはそのフラグメントを含む、実施態様1~8のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様12]
前記スタッファー配列が、配列番号9またはそのフラグメントからなる、実施態様1~8のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様13]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、図3Aと同じ順序の構造を有するプラスミドを含み、eGFPおよびSEAP導入遺伝子は少なくとも1つの異種核酸で置き換えることができる、実施態様1~12のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様14]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、図3Bと同じ順序の構造を有するプラスミドを含み、eGFP導入遺伝子を少なくとも1つの異種核酸で置き換えることができる、実施態様1~12のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様15]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号2、4、少なくとも1つの異種核酸、配列番号8、3、およびスタッファー配列の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、実施態様1~12のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様16]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが5’ITRと3’ITRとの間に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様1~15のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様17]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、i)3’ITRの上流でかつポリA配列の下流、またはii)3’ITRの上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列のプロモーターの上流;またはv)5’ITRの下流でかつ3’ITRの上流に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様1~15のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様18]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、i)配列番号3の上流でかつ配列番号8の下流;またはii)配列番号3の上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)配列番号2の下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)配列番号2の下流でかつ配列番号4の上流;またはv)配列番号2の下流でかつ配列番号3の上流に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様1~15のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様19]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号43、4、少なくとも1つの異種核酸配列、配列番号8、3、およびスタッファー配列の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、実施態様1~12のいずれかに記載のプラスミドシステム
[実施態様20]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが5’ITRと3’ITRとの間に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様19に記載のプラスミドシステム。
[実施態様21]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、i)3’ITRの上流でかつポリA配列の下流、またはii)3’ITRの上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列のプロモーターの上流;またはv)5’ITRの下流でかつ3’ITRの上流に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様19または20に記載のプラスミドシステム。
[実施態様22]
前記導入遺伝子含有プラスミドが、i)配列番号3の上流でかつ配列番号8の下流;またはii)配列番号3の上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)配列番号43の下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)配列番号43の下流でかつ配列番号4の上流;またはv)配列番号43の下流でかつ配列番号3の上流に、DNA力価タグをさらに含む、実施態様19または20に記載のプラスミドシステム。
[実施態様23]
前記AAV Rep遺伝子配列が、AAV血清型2、5、8、9、またはそれらのハイブリッドに由来する、実施態様1~22のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様24]
前記AAV Cap遺伝子配列が、AAV血清型2、5、8、9、またはそれらのハイブリッドに由来する、実施態様1~23のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様25]
Rep遺伝子配列およびCap遺伝子配列を含むプラスミドがプロモーターをさらに含む、実施態様1~24のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様26]
前記プロモーターがAAVプロモーターである、実施態様25に記載のプラスミドシステム。
[実施態様27]
前記プロモーターがAAV P5プロモーターである、実施態様26に記載のプラスミドシステム。
[実施態様28]
前記Adヘルパープラスミドが、E1a、E1b、E2a、E4orf6、またはVA RNAから選択される1つまたは複数のアデノウイルス遺伝子を含む、実施態様1~27のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様29]
前記Adヘルパープラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号18、17、16、および20の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができる、実施態様28に記載のプラスミドシステム。
[実施態様30]
前記Adヘルパープラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号21、16、39、40、22、23、および20の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、実施態様28に記載のプラスミドシステム。
[実施態様31]
前記Adヘルパープラスミドが、図5のいずれかの構築物と同じ順序の構造を含む、実施態様1~28のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様32]
前記Adヘルパープラスミドが、配列番号14と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸を含む、実施態様1~28のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様33]
前記Adヘルパープラスミドが、配列番号15と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸を含む、実施態様1~28のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様34]
前記異種核酸配列が、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質をコードする目的の異種遺伝子である、実施態様1~33のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様35]
前記ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質が、酵素、抗体、MHC分子、T細胞受容体、B細胞受容体、アプタマー、アビマー、受容体結合リガンド、ターゲティングペプチド、治療薬、または遺伝子編集分子である、実施態様34に記載のプラスミドシステム。
[実施態様36]
前記異種核酸が、アンチセンス、siRNA、shRNA、miRNA、EGS、gRNA、sgRNA、リボザイム、またはアプタマーなどの核酸配列である、実施態様1~35のいずれかに記載のプラスミドシステム。
[実施態様37]
実施態様1~36のいずれかに記載のプラスミドシステムを含む宿主細胞。
[実施態様38]
実施態様37に記載の宿主細胞によって産生された組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)。
[実施態様39]
普遍的なベクター力価測定を可能にするDNA力価タグであって、導入遺伝子含有プラスミド内の異種核酸配列の核酸配列の上流または下流のいずれかにある約60ヌクレオチド~約100ヌクレオチド長の核酸タグ配列を含み、前記核酸タグ配列が、少なくとも2つの異なる導入遺伝子含有プラスミドで使用されて少なくとも2つの異なるタイプのAAVベクター間での普遍的なベクターゲノム力価測定を可能にすることができる、DNA力価タグ。
[実施態様40]
前記核酸タグ配列が約100ヌクレオチド長である、実施態様39に記載のDNA力価タグ。
[実施態様41]
前記核酸タグ配列が、導入遺伝子含有プラスミドの3’ITR配列の上流にあるが、導入遺伝子含有プラスミドの発現カセット内にはない、実施態様39または実施態様40に記載のDNA力価タグ。
[実施態様42]
前記核酸タグ配列が、導入遺伝子含有プラスミドの5’ITR配列の下流にあるが、導入遺伝子含有プラスミドの発現カセット内にはない、実施態様39または実施態様40に記載のDNA力価タグ。
[実施態様43]
前記DNA力価タグが、配列番号61~70の核酸配列のいずれか1つを含む、実施態様39~42のいずれかに記載のDNA力価タグ。
[実施態様44]
実施態様1~36のいずれかに記載のプラスミドシステムで細胞に形質導入し、さらにrAAVを単離することを含む、組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)を製造する方法。
[実施態様45]
実施態様44に記載の方法によって製造された組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)。
[実施態様46]
実施態様1~36のいずれかに記載のプラスミドシステムを含む組成物。
[実施態様47]
実施態様38または実施態様45に記載のrAAVを含む医薬組成物。
[実施態様48]
核酸配列を対象の細胞に送達または移送する方法であって、実施態様38または実施態様45に記載のrAAVを対象に投与し、それによって核酸配列を細胞に送達することを含む、方法。
[実施態様49]
前記対象の細胞が培養中であるか、または対象に存在する、実施態様48に記載の方法。
[実施態様50]
対象における疾患または障害を処置または予防する方法であって、それを必要とする対象に実施態様38または実施態様45に記載のrAAVを投与することを含む、方法。
[実施態様51]
宿主細胞に実施態様38または実施態様45に記載のrAAVを接触させることを含む、宿主細胞に形質導入する方法。
Claims (38)
- 組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)の産生のためのプラスミドシステムであって、
(i)5’および3’AAV末端逆位反復配列(ITR)に隣接する少なくとも1つの異種核酸と、それらITRの外側のスタッファー配列とを含む導入遺伝子含有プラスミド;
(ii)AAVの複製(Rep)遺伝子配列とキャプシド(Cap)遺伝子配列とを含むプラスミド;および
(iii)アデノウイルス(Ad)ヘルパープラスミド;
を含み、前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型AAVゲノムよりも大きい、プラスミドシステム。 - 前記スタッファー配列は、導入遺伝子含有プラスミドがrAAVキャプシドにパッケージングされないように、前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンのサイズを増加させる、請求項1に記載のプラスミドシステム。
- 前記スタッファー配列が、エンハンサー、プロモーター、スプライシング制御因子、ノンコーディングRNA、アンチセンス配列、コード配列、またはそれらの任意の組み合わせを欠いている、請求項1または2に記載のプラスミドシステム。
- 前記スタッファー配列が、ヒトゲノムに見られる不活性なイントロンDNA配列を含む、請求項1~3のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記スタッファー配列が、1000~5000ヌクレオチド長の間の核酸配列または1000~2000ヌクレオチド長の間の核酸配列を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記スタッファー配列が、GAPDHイントロン2、そのフラグメント、またはその変異体を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記スタッファー配列が、配列番号9と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸を含むかまたはからなる、請求項6に記載のプラスミドシステム。
- 前記スタッファー配列が、配列番号9またはそのフラグメントを含むかまたはからなる、請求項6に記載のプラスミドシステム。
- 前記導入遺伝子含有プラスミドが、図3Aまたは図3Bと同じ順序の構造を有するプラスミドを含み、eGFPおよびSEAP導入遺伝子は少なくとも1つの異種核酸で置き換えることができる、請求項1~8のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記導入遺伝子含有プラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号2、4、少なくとも1つの異種核酸、配列番号8、3、およびスタッファー配列の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、請求項1~8のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが5’ITRと3’ITRとの間に、DNA力価タグをさらに含む、請求項1~10のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記導入遺伝子含有プラスミドが、
a)i)3’ITRの上流でかつポリA配列の下流、またはii)3’ITRの上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列のプロモーターの上流;またはv)5’ITRの下流でかつ3’ITRの上流に、DNA力価タグをさらに含む;
b)i)配列番号3の上流でかつ配列番号8の下流;またはii)配列番号3の上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)配列番号2の下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)配列番号2の下流でかつ配列番号4の上流;またはv)配列番号2の下流でかつ配列番号3の上流に、DNA力価タグをさらに含む;
c)i)3’ITRの上流でかつポリA配列の下流、またはii)3’ITRの上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)5’ITRの下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列のプロモーターの上流;またはv)5’ITRの下流でかつ3’ITRの上流に、DNA力価タグをさらに含む;または
d)i)配列番号3の上流でかつ配列番号8の下流;またはii)配列番号3の上流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の下流;またはiii)配列番号43の下流でかつ少なくとも1つの異種核酸配列の上流;またはiv)配列番号43の下流でかつ配列番号4の上流;またはv)配列番号43の下流でかつ配列番号3の上流に、DNA力価タグをさらに含む、請求項1~10のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。 - 前記導入遺伝子含有プラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号43、4、少なくとも1つの異種核酸配列、配列番号8、3、およびスタッファー配列の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、請求項1~8のいずれか一項に記載のプラスミドシステム
- 前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが5’ITRと3’ITRとの間に、DNA力価タグをさらに含む、請求項13に記載のプラスミドシステム。
- a)前記AAV Rep遺伝子配列が、AAV血清型2、5、8、9、またはそれらのハイブリッドに由来する;
b)前記AAV Cap遺伝子配列が、AAV血清型2、5、8、9、またはそれらのハイブリッドに由来する;
c)Rep遺伝子配列およびCap遺伝子配列を含むプラスミドがプロモーターをさらに含む;
d)前記プロモーターがAAVプロモーターである;
e)前記プロモーターがAAV P5プロモーターである;および/または
f)前記Adヘルパープラスミドが、E1a、E1b、E2a、E4orf6、またはVA RNAから選択される1つまたは複数のアデノウイルス遺伝子を含む、請求項1~14のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。 - 前記Adヘルパープラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号18、17、16、および20の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができる、請求項1~15のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記Adヘルパープラスミドが、5’から3’の方向で、配列番号21、16、39、40、22、23、および20の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその配列と少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、請求項1~15のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記Adヘルパープラスミドが、図5のいずれかの構築物と同じ順序の構造を含む、請求項1~15のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記Adヘルパープラスミドが、配列番号14と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸を含む、請求項1~15のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記Adヘルパープラスミドが、配列番号15と少なくとも約40%、約50%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、もしくは約99%の同一性を有する核酸を含む、請求項1~15のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記異種核酸配列が、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質をコードする目的の異種遺伝子である、請求項1~20のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 前記ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質が、酵素、抗体、MHC分子、T細胞受容体、B細胞受容体、アプタマー、アビマー、受容体結合リガンド、ターゲティングペプチド、治療薬、または遺伝子編集分子である、請求項21に記載のプラスミドシステム。
- 前記異種核酸が、アンチセンス、siRNA、shRNA、miRNA、EGS、gRNA、sgRNA、リボザイム、またはアプタマーなどの核酸配列である、請求項1~22のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。
- 請求項1~23のいずれか一項に記載のプラスミドシステムを含む宿主細胞。
- 請求項24に記載の宿主細胞によって産生された組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)。
- 普遍的なベクター力価測定を可能にするDNA力価タグであって、導入遺伝子含有プラスミド内の異種核酸配列の核酸配列の上流または下流のいずれかにある約60ヌクレオチド~約100ヌクレオチド長の核酸タグ配列を含み、前記核酸タグ配列が、少なくとも2つの異なる導入遺伝子含有プラスミドで使用されて少なくとも2つの異なるタイプのAAVベクター間での普遍的なベクターゲノム力価測定を可能にすることができる、DNA力価タグ。
- 前記核酸タグ配列が約100ヌクレオチド長である、請求項26に記載のDNA力価タグ。
- 前記核酸タグ配列が、導入遺伝子含有プラスミドの3’ITR配列の上流にあるかまたは導入遺伝子含有プラスミドの5’ITR配列の下流にあるが、導入遺伝子含有プラスミドの発現カセット内にはない、請求項26または請求項27に記載のDNA力価タグ。
- 配列番号61~70の核酸配列のいずれか1つを含む、請求項26~28のいずれか一項に記載のDNA力価タグ。
- 請求項1~23のいずれか一項に記載のプラスミドシステムで細胞に形質導入し、さらにrAAVを単離することを含む、組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)を製造する方法。
- 請求項30に記載の方法によって製造された組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)。
- 請求項1~23のいずれか一項に記載のプラスミドシステムを含む組成物。
- 請求項25または請求項31に記載のrAAVを含む組成物。
- in vitroで核酸配列を対象の細胞に送達または移送する方法であって、細胞に請求項25または請求項31に記載のrAAVを接触させ、それによって核酸配列を細胞に送達することを含む、方法。
- 請求項25または請求項31に記載のrAAVを含む、核酸配列を対象の細胞に送達または移送するための組成物。
- 前記対象の細胞が培養中であるか、または対象に存在する、請求項34に記載の組成物。
- 対象における疾患または障害を処置または予防するための組成物であって、請求項1~23のいずれか一項に記載のプラスミドシステム、あるいは請求項25または請求項31に記載のrAAVを含む、組成物。
- 宿主細胞に請求項25または請求項31に記載のrAAVを接触させることを含む、in vitroで宿主細胞に形質導入する方法。
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