JPWO2019165050A5 - - Google Patents

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Description

本発明のこれらおよび他の態様は、下記でさらに詳述される。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
対象における導入遺伝子の発現を調節する方法であって、
a.測定可能なレベルの前記導入遺伝子を発現させるために、隣接する逆位末端反復(ITR)間のプロモーターに操作可能に連結された少なくとも1つの導入遺伝子を含む核酸カセットを含む、十分な量のキャプシド不含閉端DNA(ceDNA)ベクターを対象に投与することであって、前記導入遺伝子が、疾患を治療するための所望のタンパク質をコードする、投与することと、
b.隣接するITR間に少なくとも1つの導入遺伝子を含む前記ceDNAベクターの少なくとも第2の用量を前記対象に投与して、所定の時間にわたって所定のレベルで前記所望のタンパク質の前記導入遺伝子発現を得るか、または前記所望のタンパク質の前記導入遺伝子発現を所定のレベルまで増加させることによって、前記ceDNAベクターをタイトレーションすることと、を含む、方法。
(項目2)
前記対象をステップ(a)後に評価して、前記タイトレーションの用量を決定する、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記評価が、ステップ(a)後の病態または前記対象において発現される所望のタンパク質のレベルを決定することである、項目2に記載の方法。
(項目4)
対象における導入遺伝子の発現を調節する方法であって、
a.測定可能なレベルの前記導入遺伝子を発現させるために、隣接する逆位末端反復(ITR)間のプロモーターに操作可能に連結された少なくとも1つの導入遺伝子を含む核酸カセットを含む、十分な量のキャプシド不含閉端DNA(ceDNA)ベクターを前記対象に投与することであって、前記導入遺伝子が、所望のタンパク質をコードする、投与することと、
b.隣接するITR間に少なくとも1つの導入遺伝子を含む前記ceDNAベクターの少なくとも第2の用量を前記対象に投与して、(i)所定の時間にわたって所定のレベルで前記所望のタンパク質の発現を継続させるか、または(ii)前記所望のタンパク質の発現を所定のレベルに調整することと、を含む、方法。
(項目5)
前記ceDNAベクターの2回目の投与が、前記所望のタンパク質の前記所定のレベルの発現を得るのを妨げるのに十分な免疫反応を生じない、項目4に記載の方法。
(項目6)
前記ceDNAベクターが、薬学的に許容される担体と組み合わせて投与される、項目1~5のいずれかに記載の方法。
(項目7)
前記2回目の投与が、前記導入遺伝子の前記発現レベルが所望のレベルから減少したときに行われる、項目1~6のいずれかに記載の方法。
(項目8)
前記2回目の投与が、1回目の投与の少なくとも90日後である、項目1~7のいずれかに記載の方法。
(項目9)
前記導入遺伝子が、治療用タンパク質をコードし、前記導入遺伝子の前記所望の発現レベルが、前記治療用タンパク質の治療有効量である、項目1~8のいずれかに記載の方法。
(項目10)
前記ceDNAベクターの少なくとも3回の投与があり、前記投与のいずれもが、前記所望のタンパク質の前記所定の発現レベルを達成するのを妨げる前記ceDNAベクターに対する免疫反応を生じない、項目1~9のいずれかに記載の方法。
(項目11)
前記投与が、定期的なスケジュールで行われる、項目1~10のいずれかに記載の方法。
(項目12)
前記2回目の投与が、前記所望のタンパク質の前記発現レベルを増加させるためである、項目1~11のいずれかに記載の方法。
(項目13)
前記2回目の投与が、前記所望のタンパク質の前記発現を所定の発現レベルで延長するためである、項目1~12のいずれかに記載の方法。
(項目14)
前記所望のタンパク質が、阻害タンパク質である、項目1~13のいずれかに記載の方法。
(項目15)
前記阻害タンパク質が、抗体または融合タンパク質である、項目1~14のいずれかに記載の方法。
(項目16)
前記所望のタンパク質が、欠陥のあるタンパク質または発現されていないタンパク質に取って代わる、項目1~15のいずれかに記載の方法。
(項目17)
前記プロモーターが、誘導性または抑制性プロモーターである、項目1~5のいずれかに記載の方法。
(項目18)
前記導入遺伝子が、調節スイッチの制御下にある、項目1~17のいずれかに記載の方法。
(項目19)
第1、第2、または任意の後続の時点で投与される前記ceDNAベクターが、同じ導入遺伝子または修飾された導入遺伝子を含む同じタイプのceDNAベクターである、項目1~18のいずれかに記載の方法。
(項目20)
前記第2のceDNAベクターが、同じ導入遺伝子または修飾された導入遺伝子に操作可能に連結された異なるプロモーターを有する、項目1~194のいずれかに記載の方法。
(項目21)
前記2つの逆位末端反復配列(ITR)が、AAV ITRである、項目1~20のいずれかに記載の方法。
(項目22)
少なくとも1つのITRが、機能性末端分解部位およびRep結合部位を含む、項目1~21のいずれかに記載の方法。
(項目23)
前記AAV ITRが、AAV-2 ITRである、項目22に記載の方法。
(項目24)
前記隣接するITRが、対称または非対称である、項目1~23のいずれかに記載の方法。
(項目25)
前記隣接するITRが、対称または実質的に対称である、項目1~23のいずれかに記載の方法。
(項目26)
前記隣接するITRが、非対称である、項目1~23のいずれかに記載の方法。
(項目27)
前記ITRの一方または両方が野生型であるか、または前記ITRの両方が野生型である、項目1~26のいずれかに記載の方法。
(項目28)
前記隣接するITRが、異なるウイルス血清型に由来する、項目1~27のいずれかに記載の方法。
(項目29)
前記ITRの一方または両方が、表2、4A、4B、または5の配列から選択される配列を含む、項目1~285のいずれかに記載の方法。
(項目30)
前記ITRの少なくとも一方が、野生型AAV ITR配列から、前記ITRの全体的な3次元コンフォメーションに影響を与える欠失、付加、または置換によって変更されている、項目1~29のいずれかに記載の方法。
(項目31)
前記ITRの一方または両方が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、およびAAV12から選択されるAAV血清型に由来する、項目1~30のいずれかに記載の方法。
(項目32)
前記ITRの一方または両方が、合成のものである、項目1~31のいずれかに記載の方法。
(項目33)
前記ITRの一方もしくは両方が野生型ITRでないか、または前記ITRの両方が野生型でない、項目1~32のいずれかに記載の方法。
(項目34)
前記ITRの一方または両方が、A、A’、B、B’、C、C’、D、およびD’から選択される前記ITR領域のうちの少なくとも1つにおける欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、項目1~33のいずれかに記載の方法。
(項目35)
前記欠失、挿入、および/または置換が、通常は前記A、A’、B、B’C、またはC’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、項目1~34のいずれかに記載の方法。
(項目36)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、項目1~34のいずれかに記載の方法。
(項目37)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記CおよびC’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、項目1~36のいずれかに記載の方法。
(項目38)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成されるステムループ構造の一部、ならびに/または通常は前記CおよびC’領域によって形成されるステムループ構造の一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、項目1~37のいずれかに記載の方法。
(項目39)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムループ構造を含む、項目1~38のいずれかに記載の方法。
(項目40)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムおよび2つのループを含む、項目1~39のいずれかに記載の方法。
(項目41)
両方のITRが、前記ITRが互いに対して反転されたときに全体的な3次元対称性をもたらすような様式で変更されている、項目1~40のいずれかに記載の方法。
(項目42)
少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも1つの調節スイッチの制御下にある、項目1~41のいずれかに記載の方法。
(項目43)
少なくとも1つの調節スイッチが、バイナリ調節スイッチ、小分子調節スイッチ、パスコード調節スイッチ、核酸ベース調節スイッチ、転写後調節スイッチ、放射線制御または超音波制御の調節スイッチ、低酸素媒介調節スイッチ、炎症反応調節スイッチ、剪断活性化調節スイッチ、およびキルスイッチから選択される、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記対象が、癌、自己免疫疾患、神経変性障害、高コレステロール血症、急性臓器拒絶、多発性硬化症、閉経後骨粗しょう症、皮膚状態、喘息、または血友病から選択される疾患または障害を有する、項目1~43のいずれかに記載の方法。
(項目45)
前記癌が、固形腫瘍、軟部組織肉腫、リンパ腫、および白血病から選択される、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記自己免疫疾患が、関節リウマチおよびクローン病から選択される、項目44に記載の方法。
(項目47)
前記皮膚状態が、乾癬およびアトピー性皮膚炎から選択される、項目44に記載の方法。
(項目48)
前記神経変性障害が、アルツハイマー病である、項目44に記載の方法。
(項目49)
第2の時点後の1つ以上の時点で、ある用量の前記組成物を前記対象に投与して、前記異種核酸配列の前記発現レベルを、第2の時点もしくは以前の時点での前記組成物の投与後に達成される前記異種核酸の前記発現レベルと比較して増加させるか、または前記異種核酸配列の前記発現レベルを増加させて、所望の発現レベルを達成することをさらに含む、項目44に記載の方法。
(項目50)
前記導入遺伝子が、核酸、阻害剤、ペプチドまたはポリペプチド、抗体または抗体断片、融合タンパク質、抗原、アンタゴニスト、アゴニスト、RNAi分子等のいずれかから選択される遺伝医学である、項目1~49のいずれかに記載の方法。
(項目51)
前記第2の時点または任意の後続の時点で投与される前記組成物の前記所定の用量が、前記第1の時点で投与される前記組成物の前記用量の2倍~10倍の量である、項目1~50のいずれかに記載の方法。
(項目52)
前記第2の時点または任意の後続の時点で投与される前記組成物の前記所定の用量が、前記導入遺伝子の前記発現を、前記第1の時点での前記組成物の投与後の前記導入遺伝子の前記発現と比較して、少なくとも3倍、または少なくとも5倍、または少なくとも10倍、または2~15倍、または2~20倍増加させる量である、項目1~51のいずれかに記載の方法。
(項目53)
前記第2の時点で投与される前記ceDNAベクターの前記所定の用量が、前記細胞における前記導入遺伝子の前記所望の発現レベルを達成するために、前記ceDNAベクターの用量依存関係を使用して決定される、項目1~52のいずれかに記載の方法。

Claims (23)

  1. 対象における導入遺伝子の発現を調節するための薬学的組成物であって、前記組成物は、隣接する逆位末端反復(ITR)間のプロモーターに操作可能に連結された少なくとも1つの導入遺伝子を含む核酸カセットを含むキャプシド不含閉端DNA(ceDNA)ベクターを含み、前記薬学的組成物は、第1の用量および第2の用量で投与されるべきものであり、
    a.前記第1の用量は、測定可能なレベルの前記導入遺伝子を発現させるために十分な量の前記ceDNAベクターを含み、前記導入遺伝子が、所望のタンパク質をコードし、
    前記第2の用量は、(i)所定の時間にわたって所定のレベルで前記所望のタンパク質の発現を継続させるか、または(ii)前記所望のタンパク質の発現を所定のレベルに調整するために投与されるべきものである薬学的組成物
  2. 前記ceDNAベクターの前記第2の用量が、前記所望のタンパク質の前記所定のレベルの発現を得るのを妨げるのに十分な免疫反応を生じない、請求項に記載の薬学的組成物
  3. 前記ceDNAベクターが、薬学的に許容される担体と組み合わせて製剤化される、請求項1~のいずれかに記載の薬学的組成物
  4. 前記第2の用量が、前記導入遺伝子の前記発現レベルが所望のレベルから減少したときにおける投与のために製剤化される、請求項1~のいずれかに記載の薬学的組成物
  5. 前記第2の用量が、1回目の投与の少なくとも90日後における投与のために製剤化される;または
    前記投与が、定期的なスケジュールで行われることを特徴とする、請求項1~のいずれかに記載の薬学的組成物
  6. 前記第2の用量が、前記所望のタンパク質の前記発現レベルを増加させるための投与のために製剤化されるか、または
    前記第2の用量が、前記所望のタンパク質の前記発現を所定の発現レベルで延長するための投与のために製剤化される、請求項1~のいずれかに記載の薬学的組成物
  7. 前記所望のタンパク質が、阻害タンパク質である;または
    前記所望のタンパク質が、欠陥のあるタンパク質または発現されていないタンパク質に取って代わる、請求項1~のいずれかに記載の薬学的組成物
  8. 前記阻害タンパク質が、抗体または融合タンパク質である、請求項に記載の薬学的組成物
  9. 前記プロモーターが、誘導性または抑制性プロモーターである、請求項1~のいずれかに記載の薬学的組成物
  10. 前記導入遺伝子が、調節スイッチの制御下にある、請求項1~のいずれかに記載の薬学的組成物
  11. 前記2つの隣接する逆位末端反復配列(ITR)が、AAV ITRである、請求項1~0のいずれかに記載の薬学的組成物
  12. 前記隣接するITRの少なくとも一方が、機能性末端分解部位およびRep結合部位を含む、請求項1~1のいずれかに記載の薬学的組成物
  13. 前記隣接するITRが、対称または非対称である
    前記隣接するITRが、対称または実質的に対称である;
    前記隣接するITRが、非対称である;あるいは
    前記隣接するITRが、異なるウイルス血清型に由来する、請求項1~12のいずれかに記載の薬学的組成物
  14. 前記隣接するITRの一方または両方が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、およびAAV12から選択されるAAV血清型に由来する、請求項1~13のいずれかに記載の薬学的組成物
  15. 前記隣接するITRの一方または両方が、AAV2に由来する、請求項14に記載の薬学的組成物。
  16. 前記隣接するITRの一方または両方が、合成のものである
    前記隣接するITRの一方または両方が野生型ITRでない;
    前記隣接するITRの両方が野生型でない;
    前記隣接するITRの一方または両方が野生型である;あるいは
    前記隣接するITRの両方が野生型である、請求項1~15のいずれかに記載の薬学的組成物
  17. 前記隣接するITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている
    前記隣接するITRの一方または両方が、通常は前記CおよびC’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている;あるいは
    前記隣接するITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成されるステムループ構造の一部、ならびに/または通常は前記CおよびC’領域によって形成されるステムループ構造の一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、請求項1~16のいずれかに記載の薬学的組成物
  18. 前記隣接するITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムループ構造を含む;あるいは
    前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムおよび2つのループを含む、請求項1~17のいずれかに記載の薬学的組成物
  19. 前記対象が、癌、自己免疫疾患、神経変性障害、高コレステロール血症、急性臓器拒絶、多発性硬化症、閉経後骨粗しょう症、皮膚状態、喘息、または血友病から選択される疾患または障害を有する、請求項1~18のいずれかに記載の薬学的組成物
  20. 前記癌が、固形腫瘍、軟部組織肉腫、リンパ腫、および白血病から選択される
    前記自己免疫疾患が、関節リウマチおよびクローン病から選択される;
    前記皮膚状態が、乾癬およびアトピー性皮膚炎から選択される;あるいは
    前記神経変性障害が、アルツハイマー病である、請求項19に記載の薬学的組成物
  21. 前記薬学的組成物が、前記第2の用量の後に後続の用量において投与されるべきものであり、前記後続の用量は、前記異種核酸配列の前記発現レベルを、前記第2の用量の後に達成される前記異種核酸の前記発現レベルと比較して増加させるか、または前記異種核酸配列の前記発現レベルを増加させて、所望の発現レベルを達成するように製剤化される、請求項19に記載の薬学的組成物
  22. 前記ceDNAベクターの前記第2の用量または後続の用量が、
    前記ceDNAベクターの前記第1の用量の2倍~10倍の量
    前記ceDNAベクターの前記第1の用量または先行する用量と同じ量;あるいは
    前記導入遺伝子の前記発現を、前記ceDNAベクターの前記第1の用量または先行する用量の投与後の前記導入遺伝子の前記発現と比較して、少なくとも3倍、または少なくとも5倍、または少なくとも10倍、または2~15倍、または2~20倍増加させる量
    から選択される、請求項1~21のいずれかに記載の薬学的組成物
  23. 前記ceDNAベクターの前記第2の用量または後続の用量が、前記細胞における前記導入遺伝子の前記所望の発現レベルを達成するために、前記ceDNAベクターの用量依存関係および前記ceDNAベクターからの導入遺伝子の発現レベルを使用して決定される、請求項1~2のいずれかに記載の薬学的組成物
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