JPWO2019186274A5 - - Google Patents
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Description
本発明の他の目的、特徴、及び利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。しかしながら、本発明の趣旨及び範囲内の様々な変更及び修正が、この詳細な説明から当業者に明らかになるため、詳細な説明及び具体的な実施例は、本発明のある特定の実施形態を示すが、例示説明のみの目的でのみ与えられることが理解されるべきである。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
プロモーター要素と、少なくとも50ヌクレオチドの長さのスペーサーと、miRNAヘアピンと、を含む、miRNA発現構築物。
(項目2)
前記スペーサーが、50~1,000ヌクレオチドの長さである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目3)
前記スペーサーが、50~900、50~800、100~800、または50~800ヌクレオチドの長さである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目4)
前記スペーサーが、少なくとも60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、または200ヌクレオチドの長さである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目5)
前記スペーサーが、前記プロモーター要素に対して異種である、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目6)
前記スペーサーが、コードされたオープンリーディングフレームを含む、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目7)
前記スペーサーが、少なくとも375ヌクレオチドの長さである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目8)
前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目9)
前記真核生物プロモーターが、Pol IIまたはPol IIIプロモーターである、項目8に記載のmiRNA発現構築物。
(項目10)
前記真核生物プロモーターが、Pol IIプロモーターである、項目9に記載のmiRNA発現構築物。
(項目11)
前記プロモーターが、誘導性、組織特異的、または細胞系統特異的プロモーターである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目12)
前記プロモーター要素が、表1のプロモーター要素から選択される、項目1~11のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目13)
前記プロモーター要素が、前記EF1αプロモーターと少なくとも80%同一である、項目12に記載のmiRNA発現構築物。
(項目14)
前記EF1αプロモーターが、前記EF1αプロモーターのスプライスバリアントである、項目13に記載のmiRNA発現構築物。
(項目15)
前記EF1αプロモーターの前記スプライスバリアントが、EF1sである、項目14に記載のmiRNA発現構築物。
(項目16)
前記EF1sプロモーターが、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%、または95%同一である配列を有する、項目15に記載のmiRNA発現構築物。
(項目17)
前記スペーサーが、表9のスペーサーから選択される、項目1~16のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目18)
前記スペーサーが、配列番号46と少なくとも80%同一である、項目17に記載のmiRNA発現構築物。
(項目19)
前記スペーサーの配列が、配列番号46である、項目18に記載のmiRNA発現構築物。
(項目20)
前記スペーサーが、配列番号47と少なくとも80%同一である、項目17に記載のmiRNA発現構築物。
(項目21)
前記スペーサーの配列が、配列番号47である、項目20に記載のmiRNA発現構築物。
(項目22)
前記スペーサーが、配列番号48と少なくとも80%同一である、項目17に記載のmiRNA発現構築物。
(項目23)
前記スペーサーの配列が、配列番号48である、項目22に記載のmiRNA発現構築物。
(項目24)
前記スペーサーが、配列番号49と少なくとも80%同一である、項目17に記載のmiRNA発現構築物。
(項目25)
前記スペーサーの配列が、配列番号49である、項目24に記載のmiRNA発現構築物。
(項目26)
前記miRNAヘアピンが、5’から3’へ、かつ(a)~(g)の順序で:
(a)配列番号25の配列を含むmir-16フランキング配列、
(b)配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、または配列番号30のmir-16配列を含む第1の下側ステム配列、
(c)22ヌクレオチドの長さのアンチセンス標的配列、
(d)配列番号31の配列を含むmir-30ループ配列、
(e)前記(c)の配列に対して1つまたは2つのミスマッチを含むことを除き、前記(c)の配列と相補的であるセンス配列であって、前記1つまたは2つのミスマッチが、
i)前記センス配列の8~14位に位置するミスマッチ、または
ii)前記センス配列の終端の3’位(22位)におけるミスマッチを含む、前記センス配列、
(f)前記(b)の配列と相補的である、第2の下側ステム配列、及び
(g)第2のフランキング配列、を含む、項目1~25のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目27)
前記miRNAヘアピンの前記センス配列(e)が、前記センス配列(e)のヌクレオチド11位に位置する配列(c)に対して1つのミスマッチを含む、項目26に記載のmiRNA発現構築物。
(項目28)
前記miRNAヘアピンの前記センス配列(e)が、(i)前記センス配列(e)の11位、及び(ii)前記センス配列(e)の末端の3’ヌクレオチド(22位)に位置する配列(c)に対して2つのミスマッチを含む、項目26に記載のmiRNA発現構築物。
(項目29)
フランキング配列(g)が、前記mir-16フランキング配列(a)と相補的ではない、項目26~28のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目30)
前記miRNAヘアピン配列が、表6に記載されている配列から選択される、項目1~29のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目31)
前記核酸分子が、RNAである、項目1~30のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
(項目32)
前記核酸分子が、DNAである、項目1~30のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
(項目33)
前記核酸分子が、前記miRNAヘアピンのうちの少なくとも2つの反復を含む、項目1~32のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
(項目34)
前記少なくとも2つの反復が、介在配列によって分離されている、項目33に記載のmiRNA発現構築物。
(項目35)
前記アンチセンス標的配列が、CCR5 mRNA配列と相補的である、項目26~34のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
(項目36)
項目1~35のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を含む、発現ベクター。
(項目37)
項目1に記載の核酸配列の2つ以上のコピーを含む、項目36に記載の発現ベクター。
(項目38)
項目1に記載の核酸配列の2つ以上のコピーが、ポリシストロニック転写産物をコードする配列を形成する、項目37に記載の発現ベクター。
(項目39)
前記発現ベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目36に記載の発現ベクター。
(項目40)
少なくとも1つの薬剤耐性マーカーをさらに含む、項目36に記載の発現ベクター。
(項目41)
項目1~35のいずれか1項に記載の核酸分子または項目36~40のいずれか1項に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
(項目42)
前記宿主細胞が、免疫エフェクター細胞である、項目41に記載の宿主細胞。
(項目43)
前記宿主細胞が、T細胞またはCAR T細胞である、項目41に記載の宿主細胞。
(項目44)
細胞内の遺伝子の発現を低減するための方法であって、前記細胞において項目26~35のいずれか1項に記載の核酸分子を発現させることを含み、前記アンチセンス標的配列(c)が、前記遺伝子のセンス鎖と相補的である、前記方法。
(項目45)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、核酸を用いて、前記細胞をトランスフェクトすることを含む、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、TALEヌクレアーゼ、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、またはCRISPR/Cas9によって前記細胞のゲノムに前記核酸分子を挿入することを含む、項目44に記載の方法。
(項目47)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、前記核酸分子を発現ベクターから発現することを含む、項目44に記載の方法。
(項目48)
前記発現ベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目47に記載の方法。
(項目49)
前記遺伝子が、CCR5である、項目44に記載の方法。
(項目50)
前記細胞が、ヒト細胞である、項目44に記載の方法。
(項目51)
インビボ法としてさらに規定される、項目44に記載の方法。
(項目52)
インビトロまたはエクスビボ法としてさらに規定される、項目44に記載の方法。
(項目53)
前記核酸分子を発現する細胞を、生物に移植することをさらに含む、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記細胞が、生物に含まれる、項目44に記載の方法。
(項目55)
組換え核酸分子であって、プロモーター要素と、少なくとも50ヌクレオチドの長さのスペーサーと、少なくとも1つのmiRNAヘアピンと、を含み、前記miRNAヘアピンが、5’から3’へ、かつ(a)~(g)の順序で:
(a)mir-16フランキング配列、
(b)mir-16配列を含む第1の下側ステム配列、
(c)22ヌクレオチドの長さのアンチセンス標的配列、
(d)mir-30ループ配列、
(e)前記(c)の配列に対して1つまたは2つのミスマッチを含むことを除き、前記(c)の配列と相補的である、センス配列であって、前記1つまたは2つのミスマッチが、
i)前記センス配列の8~14位に位置するミスマッチ、または
ii)前記センス配列の終端の3’位(22位)におけるミスマッチを含む、前記センス配列、
(f)前記(b)の配列と相補的である、第2の下側ステム配列であって、前記下側ステムが、少なくとも11ヌクレオチドの長さである、前記第2の下側ステム配列、及び
(g)第2のフランキング配列、を含む、前記組換え核酸分子。
(項目56)
前記下側ステムが、11、12、13、14、15、16、または17ヌクレオチドの長さである、項目55に記載の核酸分子。
(項目57)
前記第1の下側ステム(b)が、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、または配列番号30のmir-16配列を含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目58)
前記mir-16フランキング配列(a)が、配列番号25の配列を含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目59)
前記mir-30ループ配列が、配列番号31の配列を含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目60)
前記センス配列(e)が、前記センス配列(e)のヌクレオチド11位に位置する配列(c)に対して1つのミスマッチを含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目61)
前記センス配列(e)が、(i)前記センス配列(e)の11位、及び(ii)前記センス配列(e)の末端の3’ヌクレオチド(22位)に位置する配列(c)に対して2つのミスマッチを含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目62)
フランキング配列(g)を含み、前記フランキング配列が、前記mir-16フランキング配列(a)と相補的でない、項目55~61のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目63)
前記miRNAヘアピン配列が、表6または表10に記載されている配列から選択される、項目55~62のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目64)
前記核酸分子が、RNAである、項目55~63のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目65)
前記核酸分子が、DNAである、項目55~63のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目66)
前記核酸分子が、前記配列(a)~(g)のうちの少なくとも2つの反復を含む、項目55~65のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目67)
前記少なくとも2つの反復が、介在配列によって分離されている、項目66に記載の核酸分子。
(項目68)
前記アンチセンス標的配列が、CCR5 mRNA配列と相補的である、項目55~67のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目69)
項目55~68のいずれか1項に記載の核酸を含む、発現ベクター。
(項目70)
前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、項目69に記載の発現ベクター。
(項目71)
前記真核生物プロモーターが、Pol IIまたはPol IIIプロモーターである、項目70に記載の発現ベクター。
(項目72)
前記真核生物プロモーターが、Pol IIプロモーターである、項目71に記載の発現ベクター。
(項目73)
前記プロモーターが、誘導性、組織特異的または細胞系統特異的プロモーターである、項目69に記載の発現ベクター。
(項目74)
項目55に記載の核酸配列の2以上のコピーを含む、項目69に記載の発現ベクター。
(項目75)
項目55に記載の核酸配列の2つ以上のコピーが、ポリシストロニック転写産物をコードする配列を形成する、項目74に記載の発現ベクター。
(項目76)
前記発現ベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目69に記載の発現ベクター。
(項目77)
少なくとも1つの薬剤耐性マーカーをさらに含む、項目69に記載の発現ベクター。
(項目78)
項目55~68のいずれか1項に記載の核酸分子または項目69~77のいずれか1項に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
(項目79)
細胞内の遺伝子の発現を低減するための方法であって、前記細胞において項目55~68のいずれか1項に記載の核酸分子を発現させることを含み、前記アンチセンス標的配列(c)が、前記遺伝子のセンス鎖と相補的である、前記方法。
(項目80)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、TALEヌクレアーゼ、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、またはCRISPR/Cas9を使用して、前記細胞のゲノムに前記核酸分子を組み込むことを含む、項目79に記載の方法。
(項目81)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、核酸を用いて、前記細胞をトランスフェクトすることを含む、項目79に記載の方法。
(項目82)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、前記核酸分子を発現ベクターから発現することを含む、項目79に記載の方法。
(項目83)
前記発現ベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目82に記載の方法。
(項目84)
前記遺伝子が、CCR5である、項目79に記載の方法。
(項目85)
前記細胞が、ヒト細胞である、項目79に記載の方法。
(項目86)
インビボ法としてさらに規定される、項目79に記載の方法。
(項目87)
インビトロまたはエクスビボ法としてさらに規定される、項目79に記載の方法。
(項目88)
前記核酸分子を発現する細胞を、生物に移植することをさらに含む、項目87に記載の方法。
(項目89)
前記細胞が、生物に含まれる、項目79に記載の方法。
(項目90)
プロモーター配列及び少なくとも2つのmiRNAヘアピンを含むmiRNA発現構築物であって、前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、免疫チェックポイント遺伝子の転写産物を標的とする、前記miRNA発現構築物。
(項目91)
前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、同一である、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目92)
前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、異なる配列を標的とする、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目93)
前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、同じ遺伝子の転写産物の異なる配列を標的とする、項目92に記載のmiRNA発現構築物。
(項目94)
前記miRNAヘアピンが、異なる転写産物を標的とする、項目92に記載のmiRNA発現構築物。
(項目95)
前記miRNAヘアピンが、異なる遺伝子の転写産物を標的とする、項目94に記載のmiRNA発現構築物。
(項目96)
少なくとも3つのmiRNAヘアピンを含む、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目97)
前記少なくとも3つのmiRNAヘアピンが、それぞれ、異なる、項目96に記載のmiRNA発現構築物。
(項目98)
前記少なくとも3つのmiRNAヘアピンのうちの少なくとも2つが、異なる、項目96に記載のmiRNA発現構築物。
(項目99)
前記少なくとも3つの異なるmiRNAヘアピンが、2つまたは3つの異なる免疫チェックポイント遺伝子の転写産物を標的とする、項目97に記載のmiRNA発現構築物。
(項目100)
少なくとも4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10のmiRNAヘアピンを含む、項目90のmiRNA発現構築物。
(項目101)
前記少なくとも4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10のmiRNAヘアピンのうちの少なくとも2つが、異なる、項目100に記載のmiRNA発現構築物。
(項目102)
前記少なくとも4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10のmiRNAヘアピンが、それぞれ、異なる、項目100に記載のmiRNA発現構築物。
(項目103)
前記少なくとも4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10の異なるmiRNAヘアピンが、2つ、3つ、4つ、または5つの異なる免疫チェックポイント遺伝子の転写産物を標的とする、項目102に記載のmiRNA発現構築物。
(項目104)
前記プロモーターと前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンとの間にスペーサー配列位置をさらに含む、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目105)
前記スペーサーが、50~1,000ヌクレオチドの長さである、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目106)
前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、TIGIT、CD96、BTLA、KIR、アデノシンA2a受容体、ARG2(アルギナーゼ2)、Vista、IDO、FAS、SIRPアルファ、CISH、SHP-1、FOXP3、LAIR1、PVRIG、PPP2CA、PPP2CB、PTPN6、PTPN22、CD160、CRTAM、SIGLEC7、SIGLEC9、CD244、TNFRSF10B、TNFRSF10A、CASP8、CASP10、CASP3、CASP6、CASP7、FADD、TGFBRII、TGFRBRI、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD10、SKI、SKIL、TGIF1、IL10RA、IL10RB、HMOX2、IL6R、IL6ST、EIF2AK4、CSK、PAG1、SIT1、PRDM1、BATF、GUCY1A2、GUCY1A3、GUCY1B2、及びGUCY1B3からなる群から選択される少なくとも1つの免疫チェックポイント遺伝子の転写産物を標的とする、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目107)
前記プロモーター配列が、前記EF1sプロモーター配列と少なくとも80%同一である、項目90~106のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目108)
前記プロモーター配列が、前記UBIプロモーター配列と少なくとも80%同一である、項目90~106のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目109)
前記miRNA発現構築物が、キメラ抗原受容体配列をさらに含む、項目90~108のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目110)
前記miRNA発現構築物が、T細胞受容体配列をさらに含む、項目90~108のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目111)
前記miRNA発現構築物が、選択遺伝子をさらに含む、項目90~110のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目112)
前記選択遺伝子が、LNGFRまたはその誘導体である、項目111に記載のmiRNA発現構築物。
(項目113)
前記miRNA発現構築物が、自殺遺伝子をさらに含む、項目90~110のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目114)
前記自殺遺伝子が、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSV-tk)、誘導性カスパーゼ9(iCasp9)、切断型内皮増殖因子受容体(tEGFR)、RQR8、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)、及びチミジル酸生成酵素(TYMS)からなる群から選択される、項目113に記載のmiRNA発現構築物。
(項目115)
前記miRNA発現構築物が、ペプチド切断部位をさらに含む、項目90~113のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目116)
前記ペプチド切断部位が、2Aペプチドである、項目115に記載のmiRNA発現構築物。
(項目117)
前記2Aペプチドが、2A、P2A、T2A、E2A、F2A、BmCPV 2A、及びBmIFV 2Aを含む群から選択される、項目116に記載のmiRNA発現構築物。
(項目118)
前記2Aペプチドが、T2Aである、項目117に記載のmiRNA発現構築物。
(項目119)
項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を含む、ベクター。
(項目120)
前記ベクターが、ウイルスベクターである、項目119に記載のベクター。
(項目121)
前記ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目120に記載のベクター。
(項目122)
項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物または項目119~121のいずれかに記載のベクターを含む、哺乳動物細胞。
(項目123)
前記哺乳動物細胞が、免疫エフェクター細胞である、項目122に記載の哺乳動物細胞。
(項目124)
前記細胞が、CCR5の発現の低減のために操作される、項目122に記載の哺乳動物細胞。
(項目125)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、TILS、TCR操作されたT細胞、CAR T細胞、NK細胞、NK/T細胞、T制御性細胞、単球、及びマクロファージを含む群から選択される、項目123に記載の免疫エフェクター細胞。
(項目126)
操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を用いて、前記免疫エフェクター細胞をトランスフェクトもしくは形質導入すること、または項目118~121のいずれかに記載のベクターを用いて、前記免疫エフェクター細胞を形質導入することを含む、前記方法。
(項目127)
操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、免疫エフェクター細胞にキメラ抗原受容体配列またはT細胞受容体配列をトランスフェクトまたは形質導入し、次いで、前記細胞に、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物または項目119~121のいずれかに記載のベクターをトランスフェクトまたは形質導入することを含む、前記方法。
(項目128)
操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、TALEヌクレアーゼ、megaTAL、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、またはCRISPR/Cas9によって、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を前記細胞のゲノムに組み込むことを含む、前記方法。
(項目129)
患者からの操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、
(a)前記患者からの免疫エフェクター細胞を収集することと、
(b)操作された免疫エフェクター細胞を生成するために、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を用いて、前記免疫エフェクター細胞をトランスフェクトすること、または項目119~121のいずれかに記載のベクターを用いて、前記免疫エフェクター細胞を形質導入することと、を含む、前記方法。
(項目130)
患者からの操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、
(a)前記患者から免疫エフェクター細胞を収集することと、
(b)改変された免疫エフェクター細胞を生成するために、キメラ抗原受容体またはT細胞受容体を用いて、前記免疫エフェクター細胞を形質導入またはトランスフェクトすることと、
(c)操作された免疫エフェクター細胞を生成するために、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物または項目119~121のいずれかに記載のベクターを用いて、前記改変された免疫エフェクター細胞を形質導入またはトランスフェクトすることと、を含む、前記方法。
(項目131)
前記キメラ抗原受容体またはT細胞受容体が、前記miRNA発現構築物またはベクターによってコードされる、項目130に記載の方法。
(項目132)
前記miRNA発現構築物を用いた前記免疫エフェクター細胞の形質導入またはトランスフェクトが、TALEヌクレアーゼ、megaTAL、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、またはCRISPR/Cas9によって、前記ゲノムに、前記miRNA発現構築物を組み込むことを含む、項目129~131のいずれかに記載の方法。
(項目133)
治療を必要とする患者を治療する方法であって、前記患者に、項目122~132のいずれかに記載の細胞を導入することを含む、前記方法。
(項目134)
CCR5及び免疫チェックポイント阻害遺伝子を標的とする1つ以上のmiRNA発現構築物を含む、免疫エフェクター細胞。
(項目135)
前記チェックポイント阻害遺伝子が、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、TIGIT、CD96、BTLA、KIR、アデノシンA2a受容体、ARG2(アルギナーゼ2)、Vista、IDO、FAS、SIRPアルファ、CISH、SHP-1、FOXP3、LAIR1、PVRIG、PPP2CA、PPP2CB、PTPN6、PTPN22、CD160、CRTAM、SIGLEC7、SIGLEC9、CD244、TNFRSF10B、TNFRSF10A、CASP8、CASP10、CASP3、CASP6、CASP7、FADD、TGFBRII、TGFRBRI、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD10、SKI、SKIL、TGIF1、IL10RA、IL10RB、HMOX2、IL6R、IL6ST、EIF2AK4、CSK、PAG1、SIT1、PRDM1、BATF、GUCY1A2、GUCY1A3、GUCY1B2、またはGUCY1B3である、項目134に記載の細胞。
(項目136)
前記チェックポイント阻害遺伝子が、PD1である、項目134に記載の細胞。
(項目137)
前記PD1標的配列が、配列番号59である、項目134に記載の細胞。
(項目138)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、TILS、TCR操作されたT細胞、CAR T細胞、NK細胞、NK/T細胞、T制御性細胞、単球、及びマクロファージからなる群から選択される、項目134に記載の細胞。
(項目139)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞である、項目134に記載の細胞。
(項目140)
前記免疫エフェクター細胞が、CAR T細胞である、項目138に記載の細胞。
(項目141)
前記CARが、HIV感染細胞を標的とする、項目140に記載の細胞。
(項目142)
CCR5及び少なくとも2つの免疫チェックポイント阻害遺伝子を標的とする1つ以上のmiRNA発現構築物を含む、項目134に記載の細胞。
(項目143)
前記細胞に、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物または項目119~121のいずれかに記載のベクターを含む、項目134に記載の細胞。
(項目144)
前記miRNA発現構築物が、項目1~40のいずれか1項に従う、項目134に記載の細胞。
(項目145)
CCR5及び免疫チェックポイント阻害遺伝子を標的とするmiRNA配列を含む、発現構築物。
(項目146)
前記miRNA配列が、項目1~40のいずれか1項に従う、項目145に記載の構築物。
(項目147)
CAR発現配列をさらに含む、項目145に記載の構築物。
(項目148)
前記CARが、HIV感染細胞を標的とする、項目147に記載の構築物。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
プロモーター要素と、少なくとも50ヌクレオチドの長さのスペーサーと、miRNAヘアピンと、を含む、miRNA発現構築物。
(項目2)
前記スペーサーが、50~1,000ヌクレオチドの長さである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目3)
前記スペーサーが、50~900、50~800、100~800、または50~800ヌクレオチドの長さである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目4)
前記スペーサーが、少なくとも60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、または200ヌクレオチドの長さである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目5)
前記スペーサーが、前記プロモーター要素に対して異種である、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目6)
前記スペーサーが、コードされたオープンリーディングフレームを含む、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目7)
前記スペーサーが、少なくとも375ヌクレオチドの長さである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目8)
前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目9)
前記真核生物プロモーターが、Pol IIまたはPol IIIプロモーターである、項目8に記載のmiRNA発現構築物。
(項目10)
前記真核生物プロモーターが、Pol IIプロモーターである、項目9に記載のmiRNA発現構築物。
(項目11)
前記プロモーターが、誘導性、組織特異的、または細胞系統特異的プロモーターである、項目1に記載のmiRNA発現構築物。
(項目12)
前記プロモーター要素が、表1のプロモーター要素から選択される、項目1~11のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目13)
前記プロモーター要素が、前記EF1αプロモーターと少なくとも80%同一である、項目12に記載のmiRNA発現構築物。
(項目14)
前記EF1αプロモーターが、前記EF1αプロモーターのスプライスバリアントである、項目13に記載のmiRNA発現構築物。
(項目15)
前記EF1αプロモーターの前記スプライスバリアントが、EF1sである、項目14に記載のmiRNA発現構築物。
(項目16)
前記EF1sプロモーターが、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%、または95%同一である配列を有する、項目15に記載のmiRNA発現構築物。
(項目17)
前記スペーサーが、表9のスペーサーから選択される、項目1~16のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目18)
前記スペーサーが、配列番号46と少なくとも80%同一である、項目17に記載のmiRNA発現構築物。
(項目19)
前記スペーサーの配列が、配列番号46である、項目18に記載のmiRNA発現構築物。
(項目20)
前記スペーサーが、配列番号47と少なくとも80%同一である、項目17に記載のmiRNA発現構築物。
(項目21)
前記スペーサーの配列が、配列番号47である、項目20に記載のmiRNA発現構築物。
(項目22)
前記スペーサーが、配列番号48と少なくとも80%同一である、項目17に記載のmiRNA発現構築物。
(項目23)
前記スペーサーの配列が、配列番号48である、項目22に記載のmiRNA発現構築物。
(項目24)
前記スペーサーが、配列番号49と少なくとも80%同一である、項目17に記載のmiRNA発現構築物。
(項目25)
前記スペーサーの配列が、配列番号49である、項目24に記載のmiRNA発現構築物。
(項目26)
前記miRNAヘアピンが、5’から3’へ、かつ(a)~(g)の順序で:
(a)配列番号25の配列を含むmir-16フランキング配列、
(b)配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、または配列番号30のmir-16配列を含む第1の下側ステム配列、
(c)22ヌクレオチドの長さのアンチセンス標的配列、
(d)配列番号31の配列を含むmir-30ループ配列、
(e)前記(c)の配列に対して1つまたは2つのミスマッチを含むことを除き、前記(c)の配列と相補的であるセンス配列であって、前記1つまたは2つのミスマッチが、
i)前記センス配列の8~14位に位置するミスマッチ、または
ii)前記センス配列の終端の3’位(22位)におけるミスマッチを含む、前記センス配列、
(f)前記(b)の配列と相補的である、第2の下側ステム配列、及び
(g)第2のフランキング配列、を含む、項目1~25のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目27)
前記miRNAヘアピンの前記センス配列(e)が、前記センス配列(e)のヌクレオチド11位に位置する配列(c)に対して1つのミスマッチを含む、項目26に記載のmiRNA発現構築物。
(項目28)
前記miRNAヘアピンの前記センス配列(e)が、(i)前記センス配列(e)の11位、及び(ii)前記センス配列(e)の末端の3’ヌクレオチド(22位)に位置する配列(c)に対して2つのミスマッチを含む、項目26に記載のmiRNA発現構築物。
(項目29)
フランキング配列(g)が、前記mir-16フランキング配列(a)と相補的ではない、項目26~28のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目30)
前記miRNAヘアピン配列が、表6に記載されている配列から選択される、項目1~29のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目31)
前記核酸分子が、RNAである、項目1~30のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
(項目32)
前記核酸分子が、DNAである、項目1~30のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
(項目33)
前記核酸分子が、前記miRNAヘアピンのうちの少なくとも2つの反復を含む、項目1~32のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
(項目34)
前記少なくとも2つの反復が、介在配列によって分離されている、項目33に記載のmiRNA発現構築物。
(項目35)
前記アンチセンス標的配列が、CCR5 mRNA配列と相補的である、項目26~34のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
(項目36)
項目1~35のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を含む、発現ベクター。
(項目37)
項目1に記載の核酸配列の2つ以上のコピーを含む、項目36に記載の発現ベクター。
(項目38)
項目1に記載の核酸配列の2つ以上のコピーが、ポリシストロニック転写産物をコードする配列を形成する、項目37に記載の発現ベクター。
(項目39)
前記発現ベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目36に記載の発現ベクター。
(項目40)
少なくとも1つの薬剤耐性マーカーをさらに含む、項目36に記載の発現ベクター。
(項目41)
項目1~35のいずれか1項に記載の核酸分子または項目36~40のいずれか1項に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
(項目42)
前記宿主細胞が、免疫エフェクター細胞である、項目41に記載の宿主細胞。
(項目43)
前記宿主細胞が、T細胞またはCAR T細胞である、項目41に記載の宿主細胞。
(項目44)
細胞内の遺伝子の発現を低減するための方法であって、前記細胞において項目26~35のいずれか1項に記載の核酸分子を発現させることを含み、前記アンチセンス標的配列(c)が、前記遺伝子のセンス鎖と相補的である、前記方法。
(項目45)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、核酸を用いて、前記細胞をトランスフェクトすることを含む、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、TALEヌクレアーゼ、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、またはCRISPR/Cas9によって前記細胞のゲノムに前記核酸分子を挿入することを含む、項目44に記載の方法。
(項目47)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、前記核酸分子を発現ベクターから発現することを含む、項目44に記載の方法。
(項目48)
前記発現ベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目47に記載の方法。
(項目49)
前記遺伝子が、CCR5である、項目44に記載の方法。
(項目50)
前記細胞が、ヒト細胞である、項目44に記載の方法。
(項目51)
インビボ法としてさらに規定される、項目44に記載の方法。
(項目52)
インビトロまたはエクスビボ法としてさらに規定される、項目44に記載の方法。
(項目53)
前記核酸分子を発現する細胞を、生物に移植することをさらに含む、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記細胞が、生物に含まれる、項目44に記載の方法。
(項目55)
組換え核酸分子であって、プロモーター要素と、少なくとも50ヌクレオチドの長さのスペーサーと、少なくとも1つのmiRNAヘアピンと、を含み、前記miRNAヘアピンが、5’から3’へ、かつ(a)~(g)の順序で:
(a)mir-16フランキング配列、
(b)mir-16配列を含む第1の下側ステム配列、
(c)22ヌクレオチドの長さのアンチセンス標的配列、
(d)mir-30ループ配列、
(e)前記(c)の配列に対して1つまたは2つのミスマッチを含むことを除き、前記(c)の配列と相補的である、センス配列であって、前記1つまたは2つのミスマッチが、
i)前記センス配列の8~14位に位置するミスマッチ、または
ii)前記センス配列の終端の3’位(22位)におけるミスマッチを含む、前記センス配列、
(f)前記(b)の配列と相補的である、第2の下側ステム配列であって、前記下側ステムが、少なくとも11ヌクレオチドの長さである、前記第2の下側ステム配列、及び
(g)第2のフランキング配列、を含む、前記組換え核酸分子。
(項目56)
前記下側ステムが、11、12、13、14、15、16、または17ヌクレオチドの長さである、項目55に記載の核酸分子。
(項目57)
前記第1の下側ステム(b)が、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、または配列番号30のmir-16配列を含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目58)
前記mir-16フランキング配列(a)が、配列番号25の配列を含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目59)
前記mir-30ループ配列が、配列番号31の配列を含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目60)
前記センス配列(e)が、前記センス配列(e)のヌクレオチド11位に位置する配列(c)に対して1つのミスマッチを含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目61)
前記センス配列(e)が、(i)前記センス配列(e)の11位、及び(ii)前記センス配列(e)の末端の3’ヌクレオチド(22位)に位置する配列(c)に対して2つのミスマッチを含む、項目55に記載の核酸分子。
(項目62)
フランキング配列(g)を含み、前記フランキング配列が、前記mir-16フランキング配列(a)と相補的でない、項目55~61のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目63)
前記miRNAヘアピン配列が、表6または表10に記載されている配列から選択される、項目55~62のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目64)
前記核酸分子が、RNAである、項目55~63のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目65)
前記核酸分子が、DNAである、項目55~63のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目66)
前記核酸分子が、前記配列(a)~(g)のうちの少なくとも2つの反復を含む、項目55~65のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目67)
前記少なくとも2つの反復が、介在配列によって分離されている、項目66に記載の核酸分子。
(項目68)
前記アンチセンス標的配列が、CCR5 mRNA配列と相補的である、項目55~67のいずれか1項に記載の核酸分子。
(項目69)
項目55~68のいずれか1項に記載の核酸を含む、発現ベクター。
(項目70)
前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、項目69に記載の発現ベクター。
(項目71)
前記真核生物プロモーターが、Pol IIまたはPol IIIプロモーターである、項目70に記載の発現ベクター。
(項目72)
前記真核生物プロモーターが、Pol IIプロモーターである、項目71に記載の発現ベクター。
(項目73)
前記プロモーターが、誘導性、組織特異的または細胞系統特異的プロモーターである、項目69に記載の発現ベクター。
(項目74)
項目55に記載の核酸配列の2以上のコピーを含む、項目69に記載の発現ベクター。
(項目75)
項目55に記載の核酸配列の2つ以上のコピーが、ポリシストロニック転写産物をコードする配列を形成する、項目74に記載の発現ベクター。
(項目76)
前記発現ベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目69に記載の発現ベクター。
(項目77)
少なくとも1つの薬剤耐性マーカーをさらに含む、項目69に記載の発現ベクター。
(項目78)
項目55~68のいずれか1項に記載の核酸分子または項目69~77のいずれか1項に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
(項目79)
細胞内の遺伝子の発現を低減するための方法であって、前記細胞において項目55~68のいずれか1項に記載の核酸分子を発現させることを含み、前記アンチセンス標的配列(c)が、前記遺伝子のセンス鎖と相補的である、前記方法。
(項目80)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、TALEヌクレアーゼ、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、またはCRISPR/Cas9を使用して、前記細胞のゲノムに前記核酸分子を組み込むことを含む、項目79に記載の方法。
(項目81)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、核酸を用いて、前記細胞をトランスフェクトすることを含む、項目79に記載の方法。
(項目82)
前記細胞における前記核酸分子の発現が、前記核酸分子を発現ベクターから発現することを含む、項目79に記載の方法。
(項目83)
前記発現ベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目82に記載の方法。
(項目84)
前記遺伝子が、CCR5である、項目79に記載の方法。
(項目85)
前記細胞が、ヒト細胞である、項目79に記載の方法。
(項目86)
インビボ法としてさらに規定される、項目79に記載の方法。
(項目87)
インビトロまたはエクスビボ法としてさらに規定される、項目79に記載の方法。
(項目88)
前記核酸分子を発現する細胞を、生物に移植することをさらに含む、項目87に記載の方法。
(項目89)
前記細胞が、生物に含まれる、項目79に記載の方法。
(項目90)
プロモーター配列及び少なくとも2つのmiRNAヘアピンを含むmiRNA発現構築物であって、前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、免疫チェックポイント遺伝子の転写産物を標的とする、前記miRNA発現構築物。
(項目91)
前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、同一である、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目92)
前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、異なる配列を標的とする、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目93)
前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、同じ遺伝子の転写産物の異なる配列を標的とする、項目92に記載のmiRNA発現構築物。
(項目94)
前記miRNAヘアピンが、異なる転写産物を標的とする、項目92に記載のmiRNA発現構築物。
(項目95)
前記miRNAヘアピンが、異なる遺伝子の転写産物を標的とする、項目94に記載のmiRNA発現構築物。
(項目96)
少なくとも3つのmiRNAヘアピンを含む、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目97)
前記少なくとも3つのmiRNAヘアピンが、それぞれ、異なる、項目96に記載のmiRNA発現構築物。
(項目98)
前記少なくとも3つのmiRNAヘアピンのうちの少なくとも2つが、異なる、項目96に記載のmiRNA発現構築物。
(項目99)
前記少なくとも3つの異なるmiRNAヘアピンが、2つまたは3つの異なる免疫チェックポイント遺伝子の転写産物を標的とする、項目97に記載のmiRNA発現構築物。
(項目100)
少なくとも4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10のmiRNAヘアピンを含む、項目90のmiRNA発現構築物。
(項目101)
前記少なくとも4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10のmiRNAヘアピンのうちの少なくとも2つが、異なる、項目100に記載のmiRNA発現構築物。
(項目102)
前記少なくとも4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10のmiRNAヘアピンが、それぞれ、異なる、項目100に記載のmiRNA発現構築物。
(項目103)
前記少なくとも4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、または10の異なるmiRNAヘアピンが、2つ、3つ、4つ、または5つの異なる免疫チェックポイント遺伝子の転写産物を標的とする、項目102に記載のmiRNA発現構築物。
(項目104)
前記プロモーターと前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンとの間にスペーサー配列位置をさらに含む、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目105)
前記スペーサーが、50~1,000ヌクレオチドの長さである、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目106)
前記少なくとも2つのmiRNAヘアピンが、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、TIGIT、CD96、BTLA、KIR、アデノシンA2a受容体、ARG2(アルギナーゼ2)、Vista、IDO、FAS、SIRPアルファ、CISH、SHP-1、FOXP3、LAIR1、PVRIG、PPP2CA、PPP2CB、PTPN6、PTPN22、CD160、CRTAM、SIGLEC7、SIGLEC9、CD244、TNFRSF10B、TNFRSF10A、CASP8、CASP10、CASP3、CASP6、CASP7、FADD、TGFBRII、TGFRBRI、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD10、SKI、SKIL、TGIF1、IL10RA、IL10RB、HMOX2、IL6R、IL6ST、EIF2AK4、CSK、PAG1、SIT1、PRDM1、BATF、GUCY1A2、GUCY1A3、GUCY1B2、及びGUCY1B3からなる群から選択される少なくとも1つの免疫チェックポイント遺伝子の転写産物を標的とする、項目90に記載のmiRNA発現構築物。
(項目107)
前記プロモーター配列が、前記EF1sプロモーター配列と少なくとも80%同一である、項目90~106のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目108)
前記プロモーター配列が、前記UBIプロモーター配列と少なくとも80%同一である、項目90~106のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目109)
前記miRNA発現構築物が、キメラ抗原受容体配列をさらに含む、項目90~108のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目110)
前記miRNA発現構築物が、T細胞受容体配列をさらに含む、項目90~108のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目111)
前記miRNA発現構築物が、選択遺伝子をさらに含む、項目90~110のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目112)
前記選択遺伝子が、LNGFRまたはその誘導体である、項目111に記載のmiRNA発現構築物。
(項目113)
前記miRNA発現構築物が、自殺遺伝子をさらに含む、項目90~110のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目114)
前記自殺遺伝子が、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSV-tk)、誘導性カスパーゼ9(iCasp9)、切断型内皮増殖因子受容体(tEGFR)、RQR8、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)、及びチミジル酸生成酵素(TYMS)からなる群から選択される、項目113に記載のmiRNA発現構築物。
(項目115)
前記miRNA発現構築物が、ペプチド切断部位をさらに含む、項目90~113のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
(項目116)
前記ペプチド切断部位が、2Aペプチドである、項目115に記載のmiRNA発現構築物。
(項目117)
前記2Aペプチドが、2A、P2A、T2A、E2A、F2A、BmCPV 2A、及びBmIFV 2Aを含む群から選択される、項目116に記載のmiRNA発現構築物。
(項目118)
前記2Aペプチドが、T2Aである、項目117に記載のmiRNA発現構築物。
(項目119)
項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を含む、ベクター。
(項目120)
前記ベクターが、ウイルスベクターである、項目119に記載のベクター。
(項目121)
前記ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、項目120に記載のベクター。
(項目122)
項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物または項目119~121のいずれかに記載のベクターを含む、哺乳動物細胞。
(項目123)
前記哺乳動物細胞が、免疫エフェクター細胞である、項目122に記載の哺乳動物細胞。
(項目124)
前記細胞が、CCR5の発現の低減のために操作される、項目122に記載の哺乳動物細胞。
(項目125)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、TILS、TCR操作されたT細胞、CAR T細胞、NK細胞、NK/T細胞、T制御性細胞、単球、及びマクロファージを含む群から選択される、項目123に記載の免疫エフェクター細胞。
(項目126)
操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を用いて、前記免疫エフェクター細胞をトランスフェクトもしくは形質導入すること、または項目118~121のいずれかに記載のベクターを用いて、前記免疫エフェクター細胞を形質導入することを含む、前記方法。
(項目127)
操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、免疫エフェクター細胞にキメラ抗原受容体配列またはT細胞受容体配列をトランスフェクトまたは形質導入し、次いで、前記細胞に、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物または項目119~121のいずれかに記載のベクターをトランスフェクトまたは形質導入することを含む、前記方法。
(項目128)
操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、TALEヌクレアーゼ、megaTAL、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、またはCRISPR/Cas9によって、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を前記細胞のゲノムに組み込むことを含む、前記方法。
(項目129)
患者からの操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、
(a)前記患者からの免疫エフェクター細胞を収集することと、
(b)操作された免疫エフェクター細胞を生成するために、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を用いて、前記免疫エフェクター細胞をトランスフェクトすること、または項目119~121のいずれかに記載のベクターを用いて、前記免疫エフェクター細胞を形質導入することと、を含む、前記方法。
(項目130)
患者からの操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、
(a)前記患者から免疫エフェクター細胞を収集することと、
(b)改変された免疫エフェクター細胞を生成するために、キメラ抗原受容体またはT細胞受容体を用いて、前記免疫エフェクター細胞を形質導入またはトランスフェクトすることと、
(c)操作された免疫エフェクター細胞を生成するために、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物または項目119~121のいずれかに記載のベクターを用いて、前記改変された免疫エフェクター細胞を形質導入またはトランスフェクトすることと、を含む、前記方法。
(項目131)
前記キメラ抗原受容体またはT細胞受容体が、前記miRNA発現構築物またはベクターによってコードされる、項目130に記載の方法。
(項目132)
前記miRNA発現構築物を用いた前記免疫エフェクター細胞の形質導入またはトランスフェクトが、TALEヌクレアーゼ、megaTAL、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、またはCRISPR/Cas9によって、前記ゲノムに、前記miRNA発現構築物を組み込むことを含む、項目129~131のいずれかに記載の方法。
(項目133)
治療を必要とする患者を治療する方法であって、前記患者に、項目122~132のいずれかに記載の細胞を導入することを含む、前記方法。
(項目134)
CCR5及び免疫チェックポイント阻害遺伝子を標的とする1つ以上のmiRNA発現構築物を含む、免疫エフェクター細胞。
(項目135)
前記チェックポイント阻害遺伝子が、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、TIGIT、CD96、BTLA、KIR、アデノシンA2a受容体、ARG2(アルギナーゼ2)、Vista、IDO、FAS、SIRPアルファ、CISH、SHP-1、FOXP3、LAIR1、PVRIG、PPP2CA、PPP2CB、PTPN6、PTPN22、CD160、CRTAM、SIGLEC7、SIGLEC9、CD244、TNFRSF10B、TNFRSF10A、CASP8、CASP10、CASP3、CASP6、CASP7、FADD、TGFBRII、TGFRBRI、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD10、SKI、SKIL、TGIF1、IL10RA、IL10RB、HMOX2、IL6R、IL6ST、EIF2AK4、CSK、PAG1、SIT1、PRDM1、BATF、GUCY1A2、GUCY1A3、GUCY1B2、またはGUCY1B3である、項目134に記載の細胞。
(項目136)
前記チェックポイント阻害遺伝子が、PD1である、項目134に記載の細胞。
(項目137)
前記PD1標的配列が、配列番号59である、項目134に記載の細胞。
(項目138)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、TILS、TCR操作されたT細胞、CAR T細胞、NK細胞、NK/T細胞、T制御性細胞、単球、及びマクロファージからなる群から選択される、項目134に記載の細胞。
(項目139)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞である、項目134に記載の細胞。
(項目140)
前記免疫エフェクター細胞が、CAR T細胞である、項目138に記載の細胞。
(項目141)
前記CARが、HIV感染細胞を標的とする、項目140に記載の細胞。
(項目142)
CCR5及び少なくとも2つの免疫チェックポイント阻害遺伝子を標的とする1つ以上のmiRNA発現構築物を含む、項目134に記載の細胞。
(項目143)
前記細胞に、項目90~118のいずれかに記載のmiRNA発現構築物または項目119~121のいずれかに記載のベクターを含む、項目134に記載の細胞。
(項目144)
前記miRNA発現構築物が、項目1~40のいずれか1項に従う、項目134に記載の細胞。
(項目145)
CCR5及び免疫チェックポイント阻害遺伝子を標的とするmiRNA配列を含む、発現構築物。
(項目146)
前記miRNA配列が、項目1~40のいずれか1項に従う、項目145に記載の構築物。
(項目147)
CAR発現配列をさらに含む、項目145に記載の構築物。
(項目148)
前記CARが、HIV感染細胞を標的とする、項目147に記載の構築物。
Claims (52)
- 5’から3’へ、プロモーター要素と、300~600ヌクレオチドの長さのスペーサーと、少なくとも1つのmiRNAヘアピンと、を含む、miRNA発現構築物。
- 前記スペーサーが、前記プロモーター要素に対して異種である、請求項1に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記スペーサーが、コードされたオープンリーディングフレームを含む、請求項1に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記スペーサーが、少なくとも375ヌクレオチドの長さである、請求項1に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、請求項1に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記真核生物プロモーターが、Pol IIまたはPol IIIプロモーターである、請求項5に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記真核生物プロモーターが、Pol IIプロモーターである、請求項6に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記プロモーターが、誘導性、組織特異的、または細胞系統特異的プロモーターである、請求項1に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記プロモーター要素が、表1のプロモーター要素から選択される、請求項1~8のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記プロモーター要素が、前記EF1αプロモーターと少なくとも80%同一である、請求項9に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記EF1αプロモーターが、前記EF1αプロモーターのスプライスバリアントである、請求項10に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記EF1αプロモーターの前記スプライスバリアントが、EF1sである、請求項11に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記EF1sプロモーターが、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%、または95%同一である配列を有する、請求項12に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記スペーサーが、配列番号48と少なくとも80%同一である、請求項1~13のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記スペーサーの配列が、配列番号48である、請求項14に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記スペーサーが、配列番号49と少なくとも80%同一である、請求項1~13のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記スペーサーの配列が、配列番号49である、請求項16に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNAヘアピンが、5’から3’へ、かつ(a)~(g)の順序で:
(a)配列番号25の配列を含むmir-16フランキング配列、
(b)配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、または配列番号30のmir-16配列を含む第1の下側ステム配列、
(c)22ヌクレオチドの長さのアンチセンス標的配列、
(d)配列番号31の配列を含むmir-30ループ配列、
(e)前記(c)の配列に対して1つまたは2つのミスマッチを含むことを除き、前記(c)の配列と相補的であるセンス配列であって、前記1つまたは2つのミスマッチが、
i)前記センス配列の8~14位に位置するミスマッチ、または
ii)前記センス配列の終端の3’位(22位)におけるミスマッチを含む、前記センス配列、
(f)前記(b)の配列と相補的である、第2の下側ステム配列、及び
(g)第2のフランキング配列、を含む、請求項1~17のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。 - 前記miRNAヘアピンの前記センス配列(e)が、前記センス配列(e)のヌクレオチド11位に位置する配列(c)に対して1つのミスマッチを含む、請求項18に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNAヘアピンの前記センス配列(e)が、(i)前記センス配列(e)の11位、及び(ii)前記センス配列(e)の末端の3’ヌクレオチド(22位)に位置する配列(c)に対して2つのミスマッチを含む、請求項18に記載のmiRNA発現構築物。
- フランキング配列(g)が、前記mir-16フランキング配列(a)と相補的ではない、請求項18~20のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記核酸分子が、RNAである、請求項1~21のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記核酸分子が、DNAである、請求項1~21のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記核酸分子が、前記miRNAヘアピンのうちの少なくとも2つの反復を含む、請求項1~23のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記少なくとも2つの反復が、介在配列によって分離されている、請求項24に記載のmiRNA発現構築物。
- 少なくとも2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つまたは10のmiRNAヘアピンを含む、請求項1~25のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNAヘアピンの少なくとも2つが、同じ配列を標的とする、請求項26に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNAヘアピンの少なくとも2つが、異なる配列を標的とする、請求項26に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNAヘアピンの少なくとも2つが、同じ遺伝子の転写産物の異なる配列を標的とする、請求項28に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNAヘアピンが、異なる転写産物を標的とする、請求項28に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNAヘアピンが、異なる遺伝子の転写産物を標的とする、請求項30に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNA発現構築物が、異種タンパク質のコード配列をさらに含む、請求項1~31のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
- 前記異種タンパク質が、キメラ抗原受容体またはT細胞受容体である、請求項32に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNA発現構築物が、選択遺伝子をさらに含む、請求項1~33のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
- 前記選択遺伝子が、LNGFRまたはその誘導体である、請求項34に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNA発現構築物が、自殺遺伝子をさらに含む、請求項1~35のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
- 前記自殺遺伝子が、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSV-tk)、誘導性カスパーゼ9(iCasp9)、切断型内皮増殖因子受容体(tEGFR)、RQR8、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)、及びチミジル酸生成酵素(TYMS)からなる群から選択される、請求項36に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記miRNA発現構築物が、ペプチド切断部位をさらに含む、請求項1~37のいずれかに記載のmiRNA発現構築物。
- 前記ペプチド切断部位が、2Aペプチドである、請求項38に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記2Aペプチドが、2A、P2A、T2A、E2A、F2A、BmCPV 2A、及びBmIFV 2Aを含む群から選択される、請求項39に記載のmiRNA発現構築物。
- 前記2Aペプチドが、T2Aである、請求項40に記載のmiRNA発現構築物。
- 請求項1~41のいずれかに記載のmiRNA発現構築物を含む、発現ベクター。
- 前記ベクターが、ウイルスベクターである、請求項42に記載の発現ベクター。
- 前記ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターである、請求項43に記載の発現ベクター。
- 請求項1~41のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物または請求項42~44のいずれか1項に記載の発現ベクターを含む、哺乳動物細胞。
- 前記哺乳動物細胞が、免疫エフェクター細胞である、請求項45に記載の哺乳動物細胞。
- 前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、TILS、TCR操作されたT細胞、CAR T細胞、NK細胞、NK/T細胞、T制御性細胞、単球、及びマクロファージを含む群から選択される、請求項46に記載の哺乳動物細胞。
- 操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、請求項1~41のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物を用いて、前記免疫エフェクター細胞をトランスフェクトもしくは形質導入すること、または請求項42~44のいずれか1項に記載の発現ベクターを用いて、前記免疫エフェクター細胞を形質導入することを含む、前記方法。
- 操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、免疫エフェクター細胞にキメラ抗原受容体配列またはT細胞受容体配列をトランスフェクトまたは形質導入し、次いで、前記細胞に、請求項1~41のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物または請求項42~44のいずれか1項に記載のベクターをトランスフェクトまたは形質導入することを含む、前記方法。
- 前記キメラ抗原受容体またはT細胞受容体が、前記miRNA発現構築物またはベクターによってコードされる、請求項49に記載の方法。
- 操作された免疫エフェクター細胞を調製するための方法であって、TALEヌクレアーゼ、megaTAL、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、トランスポザーゼ、またはCRISPR/Cas9によって、請求項1~41のいずれか1項に記載のmiRNA発現構築物を前記細胞のゲノムに組み込むことを含む、前記方法。
- 治療を必要とする患者を治療するための、請求項45~51のいずれかに記載の細胞を含む、組成物。
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