JPWO2013140629A1 - Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 - Google Patents
Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 Download PDFInfo
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Abstract
Description
(I)第1鎖と第2鎖とから構成される二本鎖の核酸素子であり、
前記第1鎖(ss1)は、前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)および前記触媒核酸分子(D)が、この順序で連結しており、
前記第2鎖(ss2)は、ステム形成配列(SA)、ループ形成配列(L2)およびステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記第1鎖(ss1)における前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記ループ形成配列(L1)と、前記第2鎖(ss2)における前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(II)一本鎖の核酸素子であり、
前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)、ステム形成配列(SD)、前記触媒核酸分子(D)、ループ形成配列(L2)およびステム形成配列(SA)が、この順序で連結しており、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(II’)一本鎖の核酸素子であり、
前記触媒核酸分子(D)、ループ形成配列(L2)、ステム形成配列(SA)、前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)およびステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(III)一本鎖の核酸素子であり、
前記触媒核酸分子(D)、介在配列(I)および前記結合核酸分子(A)が、この順序で連結しており、
前記介在配列(I)は、前記触媒核酸分子(D)および前記結合核酸分子(A)と非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
本発明のATPまたはAMPの分析用核酸センサは、前述のように、触媒機能を生起する触媒核酸分子(D)と、ATPまたはAMPに結合する結合核酸分子(A)とを有する前記(I)、(II)、(II’)または(III)の核酸素子を含むことを特徴とする。
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド
配列番号1 CCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG
(a2)前記(a1)の前記塩基配列において、1または複数の塩基が、置換、欠失、付加および/または挿入された塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合するポリヌクレオチド
(a3)前記(a1)の前記塩基配列との同一性が50%以上の塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合可能なポリヌクレオチド
(a4)前記(a1)の前記塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列に相補的な塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合可能なポリヌクレオチド
(1)Travascioら, Chem. Biol., 1998年, vol.5, p.505-517
(2)Chengら, Biochimistry, 2009年, vol.48, p.7817-7823
(3)Tellerら, Anal. Chem., 2009年, vol.81, p.9114-9119
(4)Taoら, Anal. Chem., 2009年, vol.81, p.2144-2149
(d2)前記(d1)の前記塩基配列において、1または複数の塩基が、置換、欠失、付加および/または挿入された塩基配列からなり、且つ、前記酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の前記塩基配列との同一性が50%以上の塩基配列からなり、且つ、前記酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
(d4)前記(d1)の前記塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列に相補的な塩基配列からなり、且つ、前記酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
CTGGGAGGGAGGGAGGGA
c−Myc(配列番号12)
TGAGGGTGGGGAGGGTGGGGAA
m_c−Myc−0527 (配列番号13)
TGAGGGGAGGGAGGGCGGGGAA
m_c−Myc−0579(配列番号14)
TGAGGGGTGGGAGGGAGGGGAA
m_c−Myc−0580(配列番号15)
TGAGGGGTGGGAGGGACGGGAA
m_c−Myc−0583(配列番号16)
TGAGGGGTGGGAGGGTGGGGAA
m_c−Myc−0584(配列番号17)
TGAGGGGTGGGAGGGTCGGGAA
neco0584(配列番号18)
GGGTGGGAGGGTCGGG
m_c−Myc−0586(配列番号19)
TGAGGGGTGGGAGGGGTGGGAA
m_c−Myc−0588(配列番号20)
TGAGGGGTGGGAGGGGCGGGAA
m_c−Myc−0605(配列番号21)
TGAGGGGTGGGTGGGCAGGGAA
m_c−Myc−0608(配列番号22)
TGAGGGGTGGGTGGGCCGGGAA
m_c−Myc−0627(配列番号23)
TGAGGGGTGGGCGGGAGGGGAA
m_c−Myc−0632(配列番号24)
TGAGGGGTGGGCGGGTCGGGAA
m_c−Myc−0706(配列番号25)
TGAGGGGCGGGAGGGATGGGAA
m_c−Myc−0711(配列番号26)
TGAGGGGCGGGAGGGTGGGGAA
m_c−Myc−0712(配列番号27)
TGAGGGGCGGGAGGGTCGGGAA
m_EAD2−0032(配列番号28)
CTGGGTGGGCGGGCGGGA
m_c−Myc−0520(配列番号29)
TGAGGGGAGGGAGGGTCGGGAA
m_c−Myc−0714(配列番号30)
TGAGGGGCGGGAGGGGTGGGAA
m_TA−0420(配列番号31)
GGGCGGGAGGGAGGG
配列番号67 GTGGGTAGGGCGGGTTGG
配列番号68 GGTTGGTGTGGTTGG
配列番号69 GGGGTTGGGGTGTGGGGTTGGGG
配列番号70 AGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG
配列番号71 GGGGTTTTGGGGTTTTGGGGTTTTGGGG
配列番号72 GGGCGCGGGAGGAAGGGGGCGGG
配列番号73 GTGGGTAGGGCGGTTGG
配列番号74 CGAGGTGGGTGGGTGGGA
配列番号75 CTGGGTGGGTGGGTGGGA
配列番号76 CTGGGAGGGAGGGAGGGA
配列番号77 CTGGGCGGGCGGGCGGGA
配列番号78 CTGGGTTGGGTTGGGTTGGGA
配列番号79 CTGGGGTGGGGTGGGGTGGGGA
配列番号80 GGGCGGGCCGGGGGCGGG
配列番号81 TGAGGGTGGGGAGGGTGGGGAA
配列番号82 CGGGCGGGCGCGAGGGAGGGG
配列番号83 GGGAGGGAGAGGGGGCGGG
配列番号84 GGGCGGGCGCGGGCGGG
配列番号85 GGGTAGGGCGGGTTGGG
AMP.neco.D0.A0 (配列番号2)
5’-CCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGGTTTTTTTTGGGTGGGAGGGTCGGG-3’
AMP.neco.D5.A5 (配列番号3)
5’-CACCCTTTTTTTTCCTTC-3’
AMP.neco.D5.A6 (配列番号4)
5’-CACCCTTTTTTTTCCTTCC-3’
AMP.neco.D5.A7 (配列番号5)
5’-CACCCTTTTTTTTCCTTCCT-3’
AMP.neco.D5.A8 (配列番号6)
5’-CACCCTTTTTTTTCCTTCCTC-3’
AMP.neco.D6.A5 (配列番号7)
5’-CCACCCTTTTTTTTCCTTC-3’
AMP.neco.D6.A6 (配列番号8)
5’-CCACCCTTTTTTTTCCTTCC-3’
AMP.neco.D6.A7 (配列番号9)
5’-CCACCCTTTTTTTTCCTTCCT-3’
AMP.neco.D6.A8 (配列番号10)
5’-CCACCCTTTTTTTTCCTTCCTC-3’
AMP.neco.D7.A5 (配列番号32)
5’-CCCACCCTTTTTTTTCCTTC-3’
AMP.neco.D7.A6 (配列番号33)
5’-CCCACCCTTTTTTTTCCTTCC-3’
AMP.neco.D7.A7 (配列番号34)
5’-CCCACCCTTTTTTTTCCTTCCT-3’
AMP.neco.D7.A8 (配列番号35)
5’-CCCACCCTTTTTTTTCCTTCCTC-3’
AMP.neco.D8.A5 (配列番号36)
5’-TCCCACCCTTTTTTTTCCTTC-3’
AMP.neco.D8.A6 (配列番号37)
5’-TCCCACCCTTTTTTTTCCTTCC-3’
AMP.neco.D8.A7 (配列番号38)
5’-TCCCACCCTTTTTTTTCCTTCCT-3’
AMP.neco.D8.A8 (配列番号39)
5’-TCCCACCCTTTTTTTTCCTTCCTC-3’
5’-ggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D3.A3 (配列番号41)
5’-aggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D3.A4 (配列番号42)
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D3.A5 (配列番号43)
5’-ccaggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A2 (配列番号44)
5’-ggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A3 (配列番号45)
5’-aggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A4 (配列番号46)
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A5 (配列番号47)
5’-ccaggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A2 (配列番号48)
5’-ggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A3 (配列番号49)
5’-aggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A4 (配列番号50)
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A5 (配列番号51)
5’-ccaggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCTGGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
5’-ggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A3 (配列番号53)
5’-aggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A4 (配列番号54)
5’-caggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A5 (配列番号55)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D4.A2 (配列番号56)
5’-ggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D4.A3 (配列番号57)
5’-aggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D4.A4 (配列番号58)
5’-caggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D4.A5 (配列番号59)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A2 (配列番号60)
5’-ggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A3 (配列番号61)
5’-aggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A4 (配列番号62)
5’-caggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A5 (配列番号63)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D6.A2 (配列番号64)
5’-ggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGccacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D0.A0 (配列番号65)
5’-GGGTGGGAGGGTCGGGTTTTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
本発明の分析用デバイスは、ATPまたはAMPの分析用デバイスであり、基材、核酸センサおよび検出部を含み、前記基材に、前記核酸センサおよび前記検出部が配置され、前記核酸センサは、前記本発明の核酸センサであり、前記検出部は、前記核酸センサにおける前記触媒核酸分子(D)の触媒機能を検出する検出部であることを特徴とする。
本発明の分析用試薬は、前記本発明の分析用核酸センサを含むことを特徴とする。本発明の分析用試薬は、前記核酸センサを含むことが特徴であり、その他の構成は何ら制限されない。
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A5 (配列番号47)
5’-ccaggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A4 (配列番号50)
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
EAD2(配列番号11) CTGGGAGGGAGGGAGGGA
前記実施例1における核酸素子AMP.D4.A5(配列番号47)を核酸センサとして使用し、AMP濃度を変化させて、測定を行った。
5’-aggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A4 (配列番号54)
5’-caggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A5 (配列番号55)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A5 (配列番号63)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
neco0584(配列番号18) GGGTGGGAGGGTCGGG
AMP.neco.D0.A0 (配列番号2)
5’-CCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGGTTTTTTTTGGGTGGGAGGGTCGGG-3’
AMP.neco.D7.A8 (配列番号35)
5’-CTCCTTCCTTTTTTTTCCCACCC-3’
neco0584(配列番号18) GGGTGGGAGGGTCGGG
Claims (26)
- 触媒機能を生起する触媒核酸分子(D)と、ATPまたはAMPに結合する結合核酸分子(A)とを有する下記(I)、(II)、(II’)または(III)の核酸素子を含むことを特徴とする、ATPまたはAMPの分析用核酸センサ。
(I)第1鎖と第2鎖とから構成される二本鎖の核酸素子であり、
前記第1鎖(ss1)は、前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)および前記触媒核酸分子(D)が、この順序で連結しており、
前記第2鎖(ss2)は、ステム形成配列(SA)、ループ形成配列(L2)およびステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記第1鎖(ss1)における前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記ループ形成配列(L1)と、前記第2鎖(ss2)における前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(II)一本鎖の核酸素子であり、
前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)、ステム形成配列(SD)、前記触媒核酸分子(D)、ループ形成配列(L2)およびステム形成配列(SA)が、この順序で連結しており、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(II’)一本鎖の核酸素子であり、
前記触媒核酸分子(D)、ループ形成配列(L2)、ステム形成配列(SA)、前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)およびステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(III)一本鎖の核酸素子であり、
前記触媒核酸分子(D)、介在配列(I)および前記結合核酸分子(A)が、この順序で連結しており、
前記介在配列(I)は、前記触媒核酸分子(D)および前記結合核酸分子(A)と非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子 - 前記核酸素子(I)は、
ATPまたはAMPの非存在下、
前記第1鎖(ss1)における前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SA)とが、ステムを形成し、
前記第1鎖(ss1)における前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SD)とが、ステムを形成し、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、2つの前記ステムの間で内部ループを形成する、請求項1記載の核酸センサ。 - 前記核酸素子(I)において、
前記第1鎖(ss1)は、5’側から、前記結合核酸分子(A)、前記ループ形成配列(L1)および前記触媒核酸分子(D)が、この順序で連結しており、
前記第2鎖(ss2)は、3’側から、前記ステム形成配列(SA)、前記ループ形成配列(L2)および前記ステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記第1鎖(ss1)における前記結合核酸分子(A)の3’末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記触媒核酸分子(D)の5’末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SD)とが、相補的である、請求項2記載の核酸センサ。 - 前記第1鎖(ss1)における前記ループ形成配列(L1)と、前記第2鎖(ss2)における前記ループ形成配列(L2)は、それぞれ、0〜30塩基長である、請求項2または3記載の核酸センサ。
- 前記第2鎖(ss2)において、前記ステム形成配列(SA)は、0〜60塩基長であり、前記ステム形成配列(SD)は、0〜30塩基長である、請求項2〜4のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記核酸素子(II)または(II’)は、
ATPまたはAMPの非存在下、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、ステムを形成し、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、ステムを形成し、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、2つの前記ステムの間で内部ループを形成する、請求項1記載の核酸センサ。 - 前記核酸素子(II)において、
3’側から、前記結合核酸分子(A)、前記ループ形成配列(L1)、前記ステム形成配列(SD)、前記触媒核酸分子(D)、前記ループ形成配列(L2)および前記ステム形成配列(SA)が、この順序で連結しており、
前記結合核酸分子(A)の5’末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記触媒核酸分子(D)の5’末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的である、請求項6記載の核酸センサ。 - 前記ループ形成配列(L1)と前記ループ形成配列(L2)は、それぞれ、0〜30塩基長である、請求項6または7記載の核酸センサ。
- 前記ステム形成配列(SA)は、0〜60塩基長であり、前記ステム形成配列(SD)は、0〜30塩基長である、請求項6〜8のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記核酸素子(III)は、
5’側から、前記触媒核酸分子(D)、前記介在配列(I)および前記結合核酸分子(A)が、この順序で連結している、請求項1記載の核酸センサ。 - 前記介在配列(I)は、0〜30塩基長である、請求項10記載の核酸センサ。
- 前記結合核酸分子(A)が、18〜60塩基長である、請求項1〜11のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記結合核酸分子(A)が、下記(a1)、(a2)、(a3)または(a4)のポリヌクレオチドを含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の核酸センサ。
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a2)前記(a1)の前記塩基配列において、1または複数の塩基が、置換、欠失、付加および/または挿入された塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合するポリヌクレオチド
(a3)前記(a1)の前記塩基配列との同一性が50%以上の塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合可能なポリヌクレオチド
(a4)前記(a1)の前記塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列に相補的な塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合可能なポリヌクレオチド - 前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が、酸化還元反応の触媒機能である、請求項1〜13のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記触媒核酸分子(D)が、15〜30塩基長である、請求項1〜14のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記触媒核酸分子(D)が、下記(d1)、(d2)、(d3)または(d4)のポリヌクレオチドを含む、請求項1〜15のいずれか一項に記載の核酸センサ。
(d1)配列番号11〜31および66〜85のいずれかの塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d2)前記(d1)の前記塩基配列において、1または複数の塩基が、置換、欠失、付加および/または挿入された塩基配列からなり、且つ、酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の前記塩基配列との同一性が50%以上の塩基配列からなり、且つ、酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
(d4)前記(d1)の前記塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列に相補的な塩基配列からなり、且つ、酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド - 基材、核酸センサおよび検出部を含み、
前記基材に、前記核酸センサおよび前記検出部が配置され、
前記核酸センサは、請求項1〜16のいずれか一項に記載の核酸センサであり、
前記検出部は、前記核酸センサにおける前記触媒核酸分子(D)の触媒機能を検出する検出部であることを特徴とするATPまたはAMPの分析用デバイス。 - 前記核酸センサが、リンカーを介して、前記基材に連結されている、請求項17記載の分析用デバイス。
- 前記核酸センサが、前記検出部に配置されている、請求項17または18記載の分析用デバイス。
- 前記検出部は、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能により生成されるシグナルを検出する検出部である、請求項17〜19のいずれか一項に記載の分析用デバイス。
- 前記シグナルが、光学的シグナルまたは電気化学的シグナルである、請求項20記載の分析用デバイス。
- さらに、試薬部を有し、
前記試薬部が、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能に対する基質を含む、請求項17〜21のいずれか一項に記載の分析用デバイス。 - 請求項1〜16のいずれか一項に記載のATPまたはAMPの分析用核酸センサに試料を接触させる接触工程、および、
前記核酸センサにおける前記触媒核酸分子(D)の触媒機能を検出することによって、前記試料中のATPまたはAMPを検出する検出工程を含むことを特徴とする、ATPまたはAMPの分析方法。 - 前記触媒核酸分子(D)の触媒機能に対する基質の存在下、前記検出工程を行う、請求項23記載の分析方法。
- 請求項17〜22のいずれか一項に記載の分析用デバイスに試料を接触させる接触工程、および、
前記分析用デバイスの前記検出部において、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能を検出することによって、前記試料中のATPまたはAMPを検出する検出工程を含むことを特徴とするATPまたはAMPの分析方法。 - 前記触媒核酸分子(D)の触媒機能に対する基質の存在下、前記検出工程を行う、請求項25記載の分析方法。
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