JPWO2013140629A1 - Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 - Google Patents
Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2013140629A1 JPWO2013140629A1 JP2014505954A JP2014505954A JPWO2013140629A1 JP WO2013140629 A1 JPWO2013140629 A1 JP WO2013140629A1 JP 2014505954 A JP2014505954 A JP 2014505954A JP 2014505954 A JP2014505954 A JP 2014505954A JP WO2013140629 A1 JPWO2013140629 A1 JP WO2013140629A1
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- forming sequence
- acid molecule
- stem
- catalytic
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title claims description 48
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 511
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 511
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 511
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 claims abstract description 270
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims abstract description 59
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 59
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 43
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 42
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 28
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 28
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 28
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 24
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 22
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 22
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 15
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 claims description 14
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 14
- 238000006479 redox reaction Methods 0.000 claims description 14
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 claims description 7
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 2
- 238000006722 reduction reaction Methods 0.000 claims 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 abstract description 8
- UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N adenosine 5'-monophosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 196
- UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N Coenzym Q(11) Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(O)=O)C(O)C1O UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 194
- LNQVTSROQXJCDD-UHFFFAOYSA-N adenosine monophosphate Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(CO)C(OP(O)(O)=O)C1O LNQVTSROQXJCDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 194
- ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-J ATP(4-) Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)[C@H]1O ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-J 0.000 description 105
- ZKHQWZAMYRWXGA-UHFFFAOYSA-N Adenosine triphosphate Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)C(O)C1O ZKHQWZAMYRWXGA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 104
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 description 51
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 36
- 150000004032 porphyrins Chemical class 0.000 description 28
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 26
- 108091027757 Deoxyribozyme Proteins 0.000 description 23
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 21
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 14
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 13
- 108091081406 G-quadruplex Proteins 0.000 description 13
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 11
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 9
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 9
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 8
- 229910052751 metal Chemical class 0.000 description 8
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 6
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 239000002184 metal Chemical class 0.000 description 6
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 6
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 6
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 5
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 5
- BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N Silver Chemical compound [Ag] BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000011481 absorbance measurement Methods 0.000 description 5
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 5
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 5
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 5
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 5
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 5
- 239000004332 silver Substances 0.000 description 5
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 4
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 4
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229940025294 hemin Drugs 0.000 description 4
- BTIJJDXEELBZFS-QDUVMHSLSA-K hemin Chemical compound CC1=C(CCC(O)=O)C(C=C2C(CCC(O)=O)=C(C)\C(N2[Fe](Cl)N23)=C\4)=N\C1=C/C2=C(C)C(C=C)=C3\C=C/1C(C)=C(C=C)C/4=N\1 BTIJJDXEELBZFS-QDUVMHSLSA-K 0.000 description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 4
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N platinum Chemical compound [Pt] BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229910021607 Silver chloride Inorganic materials 0.000 description 3
- OHDRQQURAXLVGJ-HLVWOLMTSA-N azane;(2e)-3-ethyl-2-[(e)-(3-ethyl-6-sulfo-1,3-benzothiazol-2-ylidene)hydrazinylidene]-1,3-benzothiazole-6-sulfonic acid Chemical compound [NH4+].[NH4+].S/1C2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC=C2N(CC)C\1=N/N=C1/SC2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC=C2N1CC OHDRQQURAXLVGJ-HLVWOLMTSA-N 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 3
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 3
- 239000011810 insulating material Substances 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 3
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 3
- HKZLPVFGJNLROG-UHFFFAOYSA-M silver monochloride Chemical compound [Cl-].[Ag+] HKZLPVFGJNLROG-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 3
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- RLFWWDJHLFCNIJ-UHFFFAOYSA-N 4-aminoantipyrine Chemical compound CN1C(C)=C(N)C(=O)N1C1=CC=CC=C1 RLFWWDJHLFCNIJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 2
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 239000010794 food waste Substances 0.000 description 2
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 2
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 150000004698 iron complex Chemical class 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 229910052697 platinum Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- GEYOCULIXLDCMW-UHFFFAOYSA-N 1,2-phenylenediamine Chemical compound NC1=CC=CC=C1N GEYOCULIXLDCMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HFZWRUODUSTPEG-UHFFFAOYSA-N 2,4-dichlorophenol Chemical compound OC1=CC=C(Cl)C=C1Cl HFZWRUODUSTPEG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UAIUNKRWKOVEES-UHFFFAOYSA-N 3,3',5,5'-tetramethylbenzidine Chemical compound CC1=C(N)C(C)=CC(C=2C=C(C)C(N)=C(C)C=2)=C1 UAIUNKRWKOVEES-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UZSCVCWALGRUTR-UHFFFAOYSA-N 4-amino-1,5-dimethyl-2-phenylpyrazol-3-one;hydron;chloride Chemical compound Cl.CN1C(C)=C(N)C(=O)N1C1=CC=CC=C1 UZSCVCWALGRUTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091008102 DNA aptamers Proteins 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- YCKRFDGAMUMZLT-UHFFFAOYSA-N Fluorine atom Chemical compound [F] YCKRFDGAMUMZLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010016952 Food poisoning Diseases 0.000 description 1
- 208000019331 Foodborne disease Diseases 0.000 description 1
- 101710135898 Myc proto-oncogene protein Proteins 0.000 description 1
- 102100038895 Myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 1
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 1
- 101710150448 Transcriptional regulator Myc Proteins 0.000 description 1
- TTWYZDPBDWHJOR-IDIVVRGQSA-L adenosine triphosphate disodium Chemical compound [Na+].[Na+].C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)[C@H]1O TTWYZDPBDWHJOR-IDIVVRGQSA-L 0.000 description 1
- 238000005576 amination reaction Methods 0.000 description 1
- OHDRQQURAXLVGJ-AXMZSLBLSA-N azane;(2z)-3-ethyl-2-[(z)-(3-ethyl-6-sulfo-1,3-benzothiazol-2-ylidene)hydrazinylidene]-1,3-benzothiazole-6-sulfonic acid Chemical compound [NH4+].[NH4+].S/1C2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC=C2N(CC)C\1=N\N=C1/SC2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC=C2N1CC OHDRQQURAXLVGJ-AXMZSLBLSA-N 0.000 description 1
- YJFXSWKKBWMMCM-UHFFFAOYSA-N azanium;3-ethyl-2h-1,3-benzothiazole-6-sulfonate Chemical compound [NH4+].[O-]S(=O)(=O)C1=CC=C2N(CC)CSC2=C1 YJFXSWKKBWMMCM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 239000000919 ceramic Substances 0.000 description 1
- SPTYHKZRPFATHJ-HYZXJONISA-N dT6 Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)CO)[C@@H](O)C1 SPTYHKZRPFATHJ-HYZXJONISA-N 0.000 description 1
- 230000037149 energy metabolism Effects 0.000 description 1
- 239000003822 epoxy resin Substances 0.000 description 1
- 238000003682 fluorination reaction Methods 0.000 description 1
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 1
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 229960002949 fluorouracil Drugs 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 238000010030 laminating Methods 0.000 description 1
- HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N luminol Chemical compound O=C1NNC(=O)C2=C1C(N)=CC=C2 HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 238000000206 photolithography Methods 0.000 description 1
- 238000007747 plating Methods 0.000 description 1
- 229920000647 polyepoxide Polymers 0.000 description 1
- 229920001721 polyimide Polymers 0.000 description 1
- 239000009719 polyimide resin Substances 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 238000004451 qualitative analysis Methods 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000035484 reaction time Effects 0.000 description 1
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 1
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 1
- 230000027756 respiratory electron transport chain Effects 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 238000007650 screen-printing Methods 0.000 description 1
- 238000012764 semi-quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 229920002050 silicone resin Polymers 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000004544 sputter deposition Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000010409 thin film Substances 0.000 description 1
- 238000006177 thiolation reaction Methods 0.000 description 1
- ZEMGGZBWXRYJHK-UHFFFAOYSA-N thiouracil Chemical compound O=C1C=CNC(=S)N1 ZEMGGZBWXRYJHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000007740 vapor deposition Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6845—Methods of identifying protein-protein interactions in protein mixtures
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
- C12N9/0065—Oxidoreductases (1.) acting on hydrogen peroxide as acceptor (1.11)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/008—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions for determining co-enzymes or co-factors, e.g. NAD, ATP
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y111/00—Oxidoreductases acting on a peroxide as acceptor (1.11)
- C12Y111/01—Peroxidases (1.11.1)
- C12Y111/01007—Peroxidase (1.11.1.7), i.e. horseradish-peroxidase
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/17—Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
- G01N21/59—Transmissivity
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6806—Determination of free amino acids
- G01N33/6812—Assays for specific amino acids
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
Abstract
Description
(I)第1鎖と第2鎖とから構成される二本鎖の核酸素子であり、
前記第1鎖(ss1)は、前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)および前記触媒核酸分子(D)が、この順序で連結しており、
前記第2鎖(ss2)は、ステム形成配列(SA)、ループ形成配列(L2)およびステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記第1鎖(ss1)における前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記ループ形成配列(L1)と、前記第2鎖(ss2)における前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(II)一本鎖の核酸素子であり、
前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)、ステム形成配列(SD)、前記触媒核酸分子(D)、ループ形成配列(L2)およびステム形成配列(SA)が、この順序で連結しており、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(II’)一本鎖の核酸素子であり、
前記触媒核酸分子(D)、ループ形成配列(L2)、ステム形成配列(SA)、前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)およびステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(III)一本鎖の核酸素子であり、
前記触媒核酸分子(D)、介在配列(I)および前記結合核酸分子(A)が、この順序で連結しており、
前記介在配列(I)は、前記触媒核酸分子(D)および前記結合核酸分子(A)と非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
本発明のATPまたはAMPの分析用核酸センサは、前述のように、触媒機能を生起する触媒核酸分子(D)と、ATPまたはAMPに結合する結合核酸分子(A)とを有する前記(I)、(II)、(II’)または(III)の核酸素子を含むことを特徴とする。
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド
配列番号1 CCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG
(a2)前記(a1)の前記塩基配列において、1または複数の塩基が、置換、欠失、付加および/または挿入された塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合するポリヌクレオチド
(a3)前記(a1)の前記塩基配列との同一性が50%以上の塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合可能なポリヌクレオチド
(a4)前記(a1)の前記塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列に相補的な塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合可能なポリヌクレオチド
(1)Travascioら, Chem. Biol., 1998年, vol.5, p.505-517
(2)Chengら, Biochimistry, 2009年, vol.48, p.7817-7823
(3)Tellerら, Anal. Chem., 2009年, vol.81, p.9114-9119
(4)Taoら, Anal. Chem., 2009年, vol.81, p.2144-2149
(d2)前記(d1)の前記塩基配列において、1または複数の塩基が、置換、欠失、付加および/または挿入された塩基配列からなり、且つ、前記酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の前記塩基配列との同一性が50%以上の塩基配列からなり、且つ、前記酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
(d4)前記(d1)の前記塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列に相補的な塩基配列からなり、且つ、前記酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
CTGGGAGGGAGGGAGGGA
c−Myc(配列番号12)
TGAGGGTGGGGAGGGTGGGGAA
m_c−Myc−0527 (配列番号13)
TGAGGGGAGGGAGGGCGGGGAA
m_c−Myc−0579(配列番号14)
TGAGGGGTGGGAGGGAGGGGAA
m_c−Myc−0580(配列番号15)
TGAGGGGTGGGAGGGACGGGAA
m_c−Myc−0583(配列番号16)
TGAGGGGTGGGAGGGTGGGGAA
m_c−Myc−0584(配列番号17)
TGAGGGGTGGGAGGGTCGGGAA
neco0584(配列番号18)
GGGTGGGAGGGTCGGG
m_c−Myc−0586(配列番号19)
TGAGGGGTGGGAGGGGTGGGAA
m_c−Myc−0588(配列番号20)
TGAGGGGTGGGAGGGGCGGGAA
m_c−Myc−0605(配列番号21)
TGAGGGGTGGGTGGGCAGGGAA
m_c−Myc−0608(配列番号22)
TGAGGGGTGGGTGGGCCGGGAA
m_c−Myc−0627(配列番号23)
TGAGGGGTGGGCGGGAGGGGAA
m_c−Myc−0632(配列番号24)
TGAGGGGTGGGCGGGTCGGGAA
m_c−Myc−0706(配列番号25)
TGAGGGGCGGGAGGGATGGGAA
m_c−Myc−0711(配列番号26)
TGAGGGGCGGGAGGGTGGGGAA
m_c−Myc−0712(配列番号27)
TGAGGGGCGGGAGGGTCGGGAA
m_EAD2−0032(配列番号28)
CTGGGTGGGCGGGCGGGA
m_c−Myc−0520(配列番号29)
TGAGGGGAGGGAGGGTCGGGAA
m_c−Myc−0714(配列番号30)
TGAGGGGCGGGAGGGGTGGGAA
m_TA−0420(配列番号31)
GGGCGGGAGGGAGGG
配列番号67 GTGGGTAGGGCGGGTTGG
配列番号68 GGTTGGTGTGGTTGG
配列番号69 GGGGTTGGGGTGTGGGGTTGGGG
配列番号70 AGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG
配列番号71 GGGGTTTTGGGGTTTTGGGGTTTTGGGG
配列番号72 GGGCGCGGGAGGAAGGGGGCGGG
配列番号73 GTGGGTAGGGCGGTTGG
配列番号74 CGAGGTGGGTGGGTGGGA
配列番号75 CTGGGTGGGTGGGTGGGA
配列番号76 CTGGGAGGGAGGGAGGGA
配列番号77 CTGGGCGGGCGGGCGGGA
配列番号78 CTGGGTTGGGTTGGGTTGGGA
配列番号79 CTGGGGTGGGGTGGGGTGGGGA
配列番号80 GGGCGGGCCGGGGGCGGG
配列番号81 TGAGGGTGGGGAGGGTGGGGAA
配列番号82 CGGGCGGGCGCGAGGGAGGGG
配列番号83 GGGAGGGAGAGGGGGCGGG
配列番号84 GGGCGGGCGCGGGCGGG
配列番号85 GGGTAGGGCGGGTTGGG
AMP.neco.D0.A0 (配列番号2)
5’-CCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGGTTTTTTTTGGGTGGGAGGGTCGGG-3’
AMP.neco.D5.A5 (配列番号3)
5’-CACCCTTTTTTTTCCTTC-3’
AMP.neco.D5.A6 (配列番号4)
5’-CACCCTTTTTTTTCCTTCC-3’
AMP.neco.D5.A7 (配列番号5)
5’-CACCCTTTTTTTTCCTTCCT-3’
AMP.neco.D5.A8 (配列番号6)
5’-CACCCTTTTTTTTCCTTCCTC-3’
AMP.neco.D6.A5 (配列番号7)
5’-CCACCCTTTTTTTTCCTTC-3’
AMP.neco.D6.A6 (配列番号8)
5’-CCACCCTTTTTTTTCCTTCC-3’
AMP.neco.D6.A7 (配列番号9)
5’-CCACCCTTTTTTTTCCTTCCT-3’
AMP.neco.D6.A8 (配列番号10)
5’-CCACCCTTTTTTTTCCTTCCTC-3’
AMP.neco.D7.A5 (配列番号32)
5’-CCCACCCTTTTTTTTCCTTC-3’
AMP.neco.D7.A6 (配列番号33)
5’-CCCACCCTTTTTTTTCCTTCC-3’
AMP.neco.D7.A7 (配列番号34)
5’-CCCACCCTTTTTTTTCCTTCCT-3’
AMP.neco.D7.A8 (配列番号35)
5’-CCCACCCTTTTTTTTCCTTCCTC-3’
AMP.neco.D8.A5 (配列番号36)
5’-TCCCACCCTTTTTTTTCCTTC-3’
AMP.neco.D8.A6 (配列番号37)
5’-TCCCACCCTTTTTTTTCCTTCC-3’
AMP.neco.D8.A7 (配列番号38)
5’-TCCCACCCTTTTTTTTCCTTCCT-3’
AMP.neco.D8.A8 (配列番号39)
5’-TCCCACCCTTTTTTTTCCTTCCTC-3’
5’-ggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D3.A3 (配列番号41)
5’-aggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D3.A4 (配列番号42)
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D3.A5 (配列番号43)
5’-ccaggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A2 (配列番号44)
5’-ggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A3 (配列番号45)
5’-aggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A4 (配列番号46)
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A5 (配列番号47)
5’-ccaggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A2 (配列番号48)
5’-ggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A3 (配列番号49)
5’-aggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A4 (配列番号50)
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A5 (配列番号51)
5’-ccaggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCTGGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
5’-ggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A3 (配列番号53)
5’-aggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A4 (配列番号54)
5’-caggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A5 (配列番号55)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D4.A2 (配列番号56)
5’-ggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D4.A3 (配列番号57)
5’-aggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D4.A4 (配列番号58)
5’-caggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D4.A5 (配列番号59)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A2 (配列番号60)
5’-ggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A3 (配列番号61)
5’-aggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A4 (配列番号62)
5’-caggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A5 (配列番号63)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D6.A2 (配列番号64)
5’-ggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGccacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D0.A0 (配列番号65)
5’-GGGTGGGAGGGTCGGGTTTTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
本発明の分析用デバイスは、ATPまたはAMPの分析用デバイスであり、基材、核酸センサおよび検出部を含み、前記基材に、前記核酸センサおよび前記検出部が配置され、前記核酸センサは、前記本発明の核酸センサであり、前記検出部は、前記核酸センサにおける前記触媒核酸分子(D)の触媒機能を検出する検出部であることを特徴とする。
本発明の分析用試薬は、前記本発明の分析用核酸センサを含むことを特徴とする。本発明の分析用試薬は、前記核酸センサを含むことが特徴であり、その他の構成は何ら制限されない。
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D4.A5 (配列番号47)
5’-ccaggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.D5.A4 (配列番号50)
5’-caggTTTCTGGGAGGGAGGGAGGGAcccagTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
EAD2(配列番号11) CTGGGAGGGAGGGAGGGA
前記実施例1における核酸素子AMP.D4.A5(配列番号47)を核酸センサとして使用し、AMP濃度を変化させて、測定を行った。
5’-aggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A4 (配列番号54)
5’-caggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D3.A5 (配列番号55)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
AMP.neco.D5.A5 (配列番号63)
5’-ccaggTTTGGGTGGGAGGGTCGGGcacccTTTCCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGG-3’
neco0584(配列番号18) GGGTGGGAGGGTCGGG
AMP.neco.D0.A0 (配列番号2)
5’-CCTGGGGGAGTATTGCGGAGGAAGGTTTTTTTTGGGTGGGAGGGTCGGG-3’
AMP.neco.D7.A8 (配列番号35)
5’-CTCCTTCCTTTTTTTTCCCACCC-3’
neco0584(配列番号18) GGGTGGGAGGGTCGGG
Claims (26)
- 触媒機能を生起する触媒核酸分子(D)と、ATPまたはAMPに結合する結合核酸分子(A)とを有する下記(I)、(II)、(II’)または(III)の核酸素子を含むことを特徴とする、ATPまたはAMPの分析用核酸センサ。
(I)第1鎖と第2鎖とから構成される二本鎖の核酸素子であり、
前記第1鎖(ss1)は、前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)および前記触媒核酸分子(D)が、この順序で連結しており、
前記第2鎖(ss2)は、ステム形成配列(SA)、ループ形成配列(L2)およびステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記第1鎖(ss1)における前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記ループ形成配列(L1)と、前記第2鎖(ss2)における前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(II)一本鎖の核酸素子であり、
前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)、ステム形成配列(SD)、前記触媒核酸分子(D)、ループ形成配列(L2)およびステム形成配列(SA)が、この順序で連結しており、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(II’)一本鎖の核酸素子であり、
前記触媒核酸分子(D)、ループ形成配列(L2)、ステム形成配列(SA)、前記結合核酸分子(A)、ループ形成配列(L1)およびステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的であり、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成により、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記ATPまたはAMPと前記結合核酸分子(A)との結合により、前記ステム形成配列(SA)および前記ステム形成配列(SD)における、それぞれのステム形成が解除され、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子
(III)一本鎖の核酸素子であり、
前記触媒核酸分子(D)、介在配列(I)および前記結合核酸分子(A)が、この順序で連結しており、
前記介在配列(I)は、前記触媒核酸分子(D)および前記結合核酸分子(A)と非相補的であり、
ATPまたはAMPの非存在下、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が阻害され、
ATPまたはAMPの存在下、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が生起される核酸素子 - 前記核酸素子(I)は、
ATPまたはAMPの非存在下、
前記第1鎖(ss1)における前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SA)とが、ステムを形成し、
前記第1鎖(ss1)における前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SD)とが、ステムを形成し、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、2つの前記ステムの間で内部ループを形成する、請求項1記載の核酸センサ。 - 前記核酸素子(I)において、
前記第1鎖(ss1)は、5’側から、前記結合核酸分子(A)、前記ループ形成配列(L1)および前記触媒核酸分子(D)が、この順序で連結しており、
前記第2鎖(ss2)は、3’側から、前記ステム形成配列(SA)、前記ループ形成配列(L2)および前記ステム形成配列(SD)が、この順序で連結しており、
前記第1鎖(ss1)における前記結合核酸分子(A)の3’末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記第1鎖(ss1)における前記触媒核酸分子(D)の5’末端領域と、前記第2鎖(ss2)における前記ステム形成配列(SD)とが、相補的である、請求項2記載の核酸センサ。 - 前記第1鎖(ss1)における前記ループ形成配列(L1)と、前記第2鎖(ss2)における前記ループ形成配列(L2)は、それぞれ、0〜30塩基長である、請求項2または3記載の核酸センサ。
- 前記第2鎖(ss2)において、前記ステム形成配列(SA)は、0〜60塩基長であり、前記ステム形成配列(SD)は、0〜30塩基長である、請求項2〜4のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記核酸素子(II)または(II’)は、
ATPまたはAMPの非存在下、
前記結合核酸分子(A)のループ形成配列(L1)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、ステムを形成し、
前記触媒核酸分子(D)のループ形成配列(L2)側の末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、ステムを形成し、
前記ループ形成配列(L1)と、前記ループ形成配列(L2)とが、2つの前記ステムの間で内部ループを形成する、請求項1記載の核酸センサ。 - 前記核酸素子(II)において、
3’側から、前記結合核酸分子(A)、前記ループ形成配列(L1)、前記ステム形成配列(SD)、前記触媒核酸分子(D)、前記ループ形成配列(L2)および前記ステム形成配列(SA)が、この順序で連結しており、
前記結合核酸分子(A)の5’末端領域と、前記ステム形成配列(SA)とが、相補的であり、
前記触媒核酸分子(D)の5’末端領域と、前記ステム形成配列(SD)とが、相補的である、請求項6記載の核酸センサ。 - 前記ループ形成配列(L1)と前記ループ形成配列(L2)は、それぞれ、0〜30塩基長である、請求項6または7記載の核酸センサ。
- 前記ステム形成配列(SA)は、0〜60塩基長であり、前記ステム形成配列(SD)は、0〜30塩基長である、請求項6〜8のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記核酸素子(III)は、
5’側から、前記触媒核酸分子(D)、前記介在配列(I)および前記結合核酸分子(A)が、この順序で連結している、請求項1記載の核酸センサ。 - 前記介在配列(I)は、0〜30塩基長である、請求項10記載の核酸センサ。
- 前記結合核酸分子(A)が、18〜60塩基長である、請求項1〜11のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記結合核酸分子(A)が、下記(a1)、(a2)、(a3)または(a4)のポリヌクレオチドを含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載の核酸センサ。
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a2)前記(a1)の前記塩基配列において、1または複数の塩基が、置換、欠失、付加および/または挿入された塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合するポリヌクレオチド
(a3)前記(a1)の前記塩基配列との同一性が50%以上の塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合可能なポリヌクレオチド
(a4)前記(a1)の前記塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列に相補的な塩基配列からなり、且つ、ATPまたはAMPに結合可能なポリヌクレオチド - 前記触媒核酸分子(D)の触媒機能が、酸化還元反応の触媒機能である、請求項1〜13のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記触媒核酸分子(D)が、15〜30塩基長である、請求項1〜14のいずれか一項に記載の核酸センサ。
- 前記触媒核酸分子(D)が、下記(d1)、(d2)、(d3)または(d4)のポリヌクレオチドを含む、請求項1〜15のいずれか一項に記載の核酸センサ。
(d1)配列番号11〜31および66〜85のいずれかの塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d2)前記(d1)の前記塩基配列において、1または複数の塩基が、置換、欠失、付加および/または挿入された塩基配列からなり、且つ、酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の前記塩基配列との同一性が50%以上の塩基配列からなり、且つ、酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド
(d4)前記(d1)の前記塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列に相補的な塩基配列からなり、且つ、酸化還元反応の触媒機能を生起するポリヌクレオチド - 基材、核酸センサおよび検出部を含み、
前記基材に、前記核酸センサおよび前記検出部が配置され、
前記核酸センサは、請求項1〜16のいずれか一項に記載の核酸センサであり、
前記検出部は、前記核酸センサにおける前記触媒核酸分子(D)の触媒機能を検出する検出部であることを特徴とするATPまたはAMPの分析用デバイス。 - 前記核酸センサが、リンカーを介して、前記基材に連結されている、請求項17記載の分析用デバイス。
- 前記核酸センサが、前記検出部に配置されている、請求項17または18記載の分析用デバイス。
- 前記検出部は、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能により生成されるシグナルを検出する検出部である、請求項17〜19のいずれか一項に記載の分析用デバイス。
- 前記シグナルが、光学的シグナルまたは電気化学的シグナルである、請求項20記載の分析用デバイス。
- さらに、試薬部を有し、
前記試薬部が、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能に対する基質を含む、請求項17〜21のいずれか一項に記載の分析用デバイス。 - 請求項1〜16のいずれか一項に記載のATPまたはAMPの分析用核酸センサに試料を接触させる接触工程、および、
前記核酸センサにおける前記触媒核酸分子(D)の触媒機能を検出することによって、前記試料中のATPまたはAMPを検出する検出工程を含むことを特徴とする、ATPまたはAMPの分析方法。 - 前記触媒核酸分子(D)の触媒機能に対する基質の存在下、前記検出工程を行う、請求項23記載の分析方法。
- 請求項17〜22のいずれか一項に記載の分析用デバイスに試料を接触させる接触工程、および、
前記分析用デバイスの前記検出部において、前記触媒核酸分子(D)の触媒機能を検出することによって、前記試料中のATPまたはAMPを検出する検出工程を含むことを特徴とするATPまたはAMPの分析方法。 - 前記触媒核酸分子(D)の触媒機能に対する基質の存在下、前記検出工程を行う、請求項25記載の分析方法。
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
PCT/JP2012/057635 WO2013140629A1 (ja) | 2012-03-23 | 2012-03-23 | Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016119587A Division JP6460486B2 (ja) | 2016-06-16 | 2016-06-16 | Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2013140629A1 true JPWO2013140629A1 (ja) | 2015-08-03 |
JP5999786B2 JP5999786B2 (ja) | 2016-09-28 |
Family
ID=49222120
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2014505954A Active JP5999786B2 (ja) | 2012-03-23 | 2012-03-23 | Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US9880174B2 (ja) |
JP (1) | JP5999786B2 (ja) |
WO (2) | WO2013140629A1 (ja) |
Families Citing this family (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP6338191B2 (ja) * | 2013-07-01 | 2018-06-06 | Necソリューションイノベータ株式会社 | 属性推定システム |
WO2015012060A1 (ja) * | 2013-07-23 | 2015-01-29 | Necソリューションイノベータ株式会社 | ターゲット分析用センサ、ターゲット分析用デバイス、および、これを用いたターゲットの分析方法 |
JP5503062B1 (ja) * | 2013-07-23 | 2014-05-28 | Necソフト株式会社 | ターゲット分析用蛍光センサ、ターゲット分析用キット、およびこれを用いたターゲットの分析方法 |
EP3063317B1 (en) * | 2013-10-28 | 2020-06-03 | DOTS Technology Corp. | Allergen detection |
US9790508B2 (en) | 2013-12-04 | 2017-10-17 | Nec Solution Innovators, Ltd. | Peanut-binding nucleic acid molecule and use thereof |
WO2015166689A1 (ja) * | 2014-04-30 | 2015-11-05 | Necソリューションイノベータ株式会社 | エビアレルゲンに結合する核酸分子およびその用途 |
US10934548B2 (en) | 2015-11-16 | 2021-03-02 | Nec Solution Innovators, Ltd. | Wheat allergen-binding nucleic acid molecule and use thereof |
JP6642859B2 (ja) * | 2015-12-11 | 2020-02-12 | Necソリューションイノベータ株式会社 | コルチゾール分析用センサ、コルチゾール分析方法、ストレス評価試薬、ストレス評価方法、コルチゾール関連疾患の試験試薬、およびコルチゾール関連疾患の罹患可能性を試験する方法 |
WO2017188426A1 (ja) * | 2016-04-28 | 2017-11-02 | 国立大学法人東京農工大学 | ペルオキシダーゼ活性増大アプタマー |
JP7012299B2 (ja) * | 2016-04-28 | 2022-01-28 | 国立大学法人東京農工大学 | ペルオキシダーゼ活性増大アプタマー |
CN106932577B (zh) * | 2017-05-17 | 2019-03-15 | 中国科学院生态环境研究中心 | 一种以核酸适配体检测atp的试剂盒及其检测方法 |
Family Cites Families (15)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5424186A (en) | 1989-06-07 | 1995-06-13 | Affymax Technologies N.V. | Very large scale immobilized polymer synthesis |
US5807522A (en) | 1994-06-17 | 1998-09-15 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods for fabricating microarrays of biological samples |
US6242246B1 (en) | 1997-12-15 | 2001-06-05 | Somalogic, Inc. | Nucleic acid ligand diagnostic Biochip |
AU2002225234A1 (en) | 2001-01-29 | 2002-08-12 | Isis Innovation Limited | Streptavidin aptamere |
US7678554B2 (en) | 2001-03-19 | 2010-03-16 | President And Fellows Of Harvard College | Nucleic acid shuffling |
EP1700912B1 (en) | 2003-11-22 | 2014-10-29 | Techno Medica Co., Ltd. | Method of detecting target molecule by using aptamer |
WO2005106035A2 (en) | 2004-04-09 | 2005-11-10 | Cornell Research Foundation, Inc. | Modular design and construction of nucleic acid molecules, aptamer-derived nucleic acid constructs, rna scaffolds, their expression, and methods of use |
JPWO2009063969A1 (ja) | 2007-11-14 | 2011-03-31 | 国立大学法人豊橋技術科学大学 | Rna製造方法及びプロモーター |
US20100273240A1 (en) | 2007-11-20 | 2010-10-28 | Ge Healthcare Bio-Sciences Ab | Method for production and purification of macromolecular complexes |
JP2009296948A (ja) | 2008-06-13 | 2009-12-24 | Olympus Corp | Pcr用プライマー、標的核酸の検出方法及び標的生体分子の検出方法 |
JP2010130933A (ja) | 2008-12-03 | 2010-06-17 | Katayama Kagaku Kogyo Kk | コレステロール認識アプタマー |
JP5747260B2 (ja) | 2009-03-12 | 2015-07-08 | 国立大学法人東京農工大学 | ポリヌクレオチドの標識方法及び被検物質の測定方法 |
WO2011016565A1 (ja) | 2009-08-07 | 2011-02-10 | Necソフト株式会社 | 分析用核酸素子、それを用いた分析方法、分析用試薬および分析用具 |
JP6041373B2 (ja) | 2010-02-01 | 2016-12-07 | Necソリューションイノベータ株式会社 | TNF−αに結合するアプタマー分子 |
WO2012002541A1 (ja) | 2010-07-01 | 2012-01-05 | 独立行政法人産業技術総合研究所 | 標的分子の検出法 |
-
2012
- 2012-03-23 WO PCT/JP2012/057635 patent/WO2013140629A1/ja active Application Filing
- 2012-03-23 JP JP2014505954A patent/JP5999786B2/ja active Active
- 2012-12-12 US US14/387,389 patent/US9880174B2/en active Active
- 2012-12-12 WO PCT/JP2012/082256 patent/WO2013140681A1/ja active Application Filing
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
JPN6015040992; Journal of the American Chemical Society Vol.129, No.18, 20070414, p.5804-5805, Supporting Information * |
JPN6015040993; Chemistry & Biodiversity Vol.8, No,2, 20110218, p.311-316 * |
JPN6015040994; Analytical Chemistry Vol.82, No.11, 20100504, p.4396-4402, Supporting Information * |
JPN6015040995; Biochemistry Vol.48, No.33, 20090720, p.7817-7823, Supporting Information * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US9880174B2 (en) | 2018-01-30 |
JP5999786B2 (ja) | 2016-09-28 |
WO2013140681A1 (ja) | 2013-09-26 |
WO2013140629A1 (ja) | 2013-09-26 |
US20150056720A1 (en) | 2015-02-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5999786B2 (ja) | Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 | |
JP6183917B2 (ja) | ストレプトアビジンの分析用デバイスおよび分析方法 | |
L Neo et al. | G-quadruplex based probes for visual detection and sensing | |
Kosman et al. | Peroxidase-mimicking DNAzymes for biosensing applications: a review | |
US7361470B2 (en) | Electrocatalytic nucleic acid hybridization detection | |
JP5881154B2 (ja) | 分析用核酸素子、それを用いた分析方法、分析用試薬および分析用具 | |
US7741033B2 (en) | Electrocatalytic nucleic acid hybridization detection | |
JP6281953B2 (ja) | 核酸分子の酸化還元活性を評価する方法および酸化還元活性を有する核酸分子 | |
JP6041408B2 (ja) | 核酸素子候補分子、および、これを用いたターゲット分析用核酸素子のスクリーニング方法 | |
JP2006510371A (ja) | RNA:DNAハイブリッドを捕捉、検出及び定量する方法、及びその中で有用な修飾されたRNaseH | |
JP6460486B2 (ja) | Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 | |
JP5959026B2 (ja) | メラミンの分析用核酸センサ、分析用デバイスおよび分析方法 | |
JP6575880B2 (ja) | Atpまたはampの分析用デバイスおよび分析方法 | |
JP6218250B2 (ja) | ターゲット分析用センサ、ターゲット分析用デバイス、および、これを用いたターゲットの分析方法 | |
EP1192273A2 (en) | Method for detecting mismatches or mutations in nucleic acid | |
Gupta et al. | Y-switch: a spring-loaded synthetic gene switch for robust DNA/RNA signal amplification and detection | |
Hu | Improved Proximity Assays for Protein Quantitation |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20151013 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20151210 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20160316 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20160616 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20160623 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20160803 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20160825 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5999786 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |