JPH10323190A - 微生物検出用オリゴヌクレオチド及び微生物検出方法 - Google Patents

微生物検出用オリゴヌクレオチド及び微生物検出方法

Info

Publication number
JPH10323190A
JPH10323190A JP9148411A JP14841197A JPH10323190A JP H10323190 A JPH10323190 A JP H10323190A JP 9148411 A JP9148411 A JP 9148411A JP 14841197 A JP14841197 A JP 14841197A JP H10323190 A JPH10323190 A JP H10323190A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
oligonucleotide
sequence
cerevisiae
nucleotide sequence
detection
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP9148411A
Other languages
English (en)
Inventor
Kanta Sakamoto
坂本  幹太
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Asahi Breweries Ltd
Original Assignee
Asahi Breweries Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Asahi Breweries Ltd filed Critical Asahi Breweries Ltd
Priority to JP9148411A priority Critical patent/JPH10323190A/ja
Publication of JPH10323190A publication Critical patent/JPH10323190A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

(57)【要約】 【課題】 ビール有害菌メガスフェラ セレビシエ(Me
gasphaera cerevisiae)菌を検出または同定するため
のオリゴヌクレオチドおよびこれを用いる該菌の検出方
法を提供すること。 【解決手段】 検体中に存在するメガスフェラ セレビ
シエ(Megasphaera cerevisiae)菌を選択的に検出す
るため、メガスフェラ セレビシエ菌の16SリボソームR
NA遺伝子をコードするヌクレオチド配列を標的とし、そ
のヌクレオチド配列と相補的であるオリゴヌクレオチド
であって、該オリゴヌクレオチドが特定の配列を有する
ことを特徴とするオリゴヌクレオチドを使用する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、ビール有害菌メガ
スフェラ セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)菌
を検出または同定するためのオリゴヌクレオチドおよび
これを用いる該菌の検出方法に関する。
【0002】
【従来の技術と発明が解決しようとする課題】現在、ビ
ール製造における微生物検査では、菌種を同定するため
に、増殖培養、分離培養をへて菌を単離しなければなら
ず、少なくとも7日は要する。その後、単離した菌を増
殖させ、形態観察、グラム染色性、カタラーゼ試験、糖
資化性など多くの性状試験を行うことにより同定を行っ
ている。これらの多種多岐にわたる検査は煩雑であり、
時間も費用もかかる。また、これら一般に行われている
同定試験のほかに、単離した菌からDNAを抽出し、それ
を膜状あるいは他の支持体上に固定し、標準菌のDNAを
プローブとしてハイブリダイゼーション試験を行うこと
により菌種を同定する方法がある。しかし、この方法も
数日を必要とし、さらに十分な検出感度及び選択性を得
るのが難しい。
【0003】より迅速な菌検査法として、最近では、J.
Am.Soc.Brew.Chem.:52(1)19-23,1994に報告されている
生物ルミネッセンスを利用したATP発光法により生菌の
検出を行う方法があるが、菌種を問わずに検出するた
め、同定には全く利用できない。また、ビールに有害な
一部の乳酸菌、例えば、Lactobacillus brevis, Lactob
acillus casei, Lactobacillus plantarum, Lactobacil
lus coryniformis等については、特開平6-311894に開示
されているように乳酸菌に特異的な抗体を使用すること
によって、比較的早期の同定が可能となっている。しか
し、この方法を適用するためには菌を単離するまでの操
作が必要であるために、その分日数を要し、さらに十分
な検出感度および選択性を得るのが難しい。
【0004】そこで、さらに迅速な検出法が検討され、
最近では、特開平5-15400、特開平6-141899、特開平7-2
89295に開示または、J.Am.Soc.Chem.:52(3)95-99,1994
に報告されているように、検体となる乳酸菌のDNAを抽
出し、このDNAに相補的なオリゴヌクレオチドをプライ
マーとして機能させたPCR法を用いた乳酸菌を検出する
方法がある。
【0005】一方、近年、製品ビールに対して影響を与
える菌として、ペクチネータス属菌、ラクトバチルス属
菌が確認されている。これらの菌に対して、特異的なオ
リゴヌクレオチドを用いたPCR法による検出が出願さ
れている(特願平7−331172、特願平7−331
173、特願平9−28259)。しかし、同様の菌と
して報告されているメガスフェラ セレビシエ(Megasp
haera cerevisiae)菌については、まだPCRに有効
なオリゴヌクレオチドの報告はない。そこで、本発明で
は、メガスフェラ セレビシエ菌をより迅速に感度よく
検出し、同時に同定できる方法を開発することを目的と
する。
【0006】
【課題を解決するための手段】本発明は、メガスフェラ
セレビシエ菌の16SリボソームRNA遺伝子と特異的にハ
イブリダイズするオリゴヌクレオチドを作製し、これら
をプライマーとして機能させて遺伝子増幅に用い、メガ
スフェラ セレビシエを選択的に検出することを特徴と
する方法を提供するものである。そして、前記オリゴヌ
クレオチドは以下の配列、 5’−CTGCCGGACTGGAGTGTC−3’ 5’−CAGGATATCTCTATCCCTGG−3’ の少なくとも一つを有するか、または対応する相補的配
列の少なくとも一つを有することを特徴とする。
【0007】遺伝子増幅に関する技術は既に公知であ
り、Saikiらが開発したPolymerase Chain Reaction法
(以下、PCR法を略す;Science 230,1350,1985)を基に
行うことができる。この方法は、特定の遺伝子配列を増
幅させる反応で、迅速・高感度で高い特異性を持ち、か
つ簡便であることから、遺伝学的分野のみならず、近年
は医療分野における病原菌の迅速判定や、食品分野にお
ける有害菌の迅速検出にも応用が試みられている。PCR
法を行うことにより、検体中に僅かな量しか標的配列が
存在していなくても、2つのプライマーが挟む標的ヌク
レオチド配列は何百倍にも増幅され、検出が可能までに
大量にそのコピーが産生される。また、PCR法を行うに
は、検体中に存在する菌から核酸成分を遊離させる必要
があるが、PCR法は標的配列が数分子以上存在すれば増
幅反応が進むので、溶菌酵素や界面活性剤を用いた簡便
な前処理をするだけで十分に試験に供することができ
る。そのため、従来の細菌検出法に比べ、利用価値が非
常に高い。
【0008】これらのことを利用すべく、本発明では、
メガスフェラ セレビシエ菌の16SリボソームRNA遺伝子
と特異的にハイブリダイズするように作製したオリゴヌ
クレオチドをプライマーとしてPCRを行い、認識される
べき配列の検出を行うことにより、検体中にメガスフェ
ラ セレビシエ4菌が存在するか否かを、迅速、高感度
に判定する方法を開発した。検体は、ビール及びビール
製造途中の半製品、または下水などの環境から採取され
たサンプルでもよい。また、プライマーに用いるオリゴ
ヌクレオチドは化学合成されたものでも天然のもので
も、いずれの使用でも可能である。
【0009】PCRに用いるDNAポリメラーゼは、90℃以上
の温度の耐熱性があればよい。PCRにおける温度条件
は、2本鎖DNAを1本鎖にする熱変性反応で90〜98℃、プ
ライマーを鋳型DNAにハイブリダイズさせるアニーリン
グ反応で37〜65℃、DNAポリメラーゼを作用させる鎖長
反応で50〜75℃で行い、これを1サイクルとしたものを
数十サイクル行わせることにより、標的配列を増幅させ
ることができる。
【0010】PCR反応後、反応物を電気泳動により分離
し、臭化エチジウム等で核酸染色を行い、増幅されたヌ
クレオチド配列の塩基長が、上述の標的配列の塩基長と
等しければ検体中にPectinatus sp.DSM20764菌が存在し
たと判定できる。増幅されたヌクレオチド配列の検出に
は、クロマトグラフィーも有効である。
【0011】
【発明の実施の形態】 検体の調製 メガスフェラ セレビシエ菌は、表1に示したMegaspha
era cerevisiae(DSM20462)およびMegasphaera cere
visiae(JCM6129)の2株を使用した。また、本発明の
特異性を確かめるために、ビール微生物検査において検
査対象となりうる細菌および酵母、さらに一般に研究室
でよく用いられる大腸菌を用いた。これらを適当な増殖
用培地にて培養を行った後、菌体を遠心操作により回収
した。その後、菌体からのDNA抽出は、新生化学実験講
座2 核酸I 分離精製p20〜21(日本生化学会編、東京
化学同人)に従って行い、DNA溶液を得た。
【0012】
【表1】
【0013】 Megasphaera cerevisiae菌の16Sリボ
ソームRNA遺伝子の塩基配列の確認 実施例1で調製したMegasphaera cerevisiaeのDNA溶液
を鋳型に用い、ModernMicrobiological Methods 'Nucle
ic Acid Techniques in Bacterial Systematics' "16S/
23S rRNA Sequencing"p115〜175(J.Wiley & Sons Lt
d., New York)に記載の多くの細菌に共通なユニバーサ
ルプライマーの5'側にM13プライマー配列を配置したプ
ライマーを用いて、PCRを行った。
【0014】PCR終了後の増幅DNA断片を、アガロースゲ
ル電気泳動により分離して切り出し、SUPREC*-01(宝酒
造社製)を用いてゲルから溶出させ、エタノール沈殿に
より回収した。このようにして得られたDNA断片を鋳型
とし、シーケンス反応を行った。シーケンシングプライ
マーはIRD41 Infared Dye Labeled M13 Forward プライ
マー(日清紡製造、アロカ(株)販売)を、反応液はSe
quiTherm儉ong-Read僂ycle Sequencing Kit-LC(EPICEN
TRE TECHNOLOGIES社製)を使用した。塩基配列決定は、
4000L Long ReadIR* DNA Sequencing System(LI-COR社
製)を用いた。
【0015】オリゴヌクレオチドの合成 前述の試験で得られたMegasphaera cerevisiae菌から
の16SリボソームRNA遺伝子配列から、次の配列を選び、
それと同じ配列を持つオリゴヌクレオチドを化学合成し
た。 5’−CTGCCGGACTGGAGTGTC−3’ 5’−CAGGATATCTCTATCCCTGG−3’
【0016】各種菌体の検出及び同定。 で調製した各菌のDNA溶液を、で合成したオリゴヌ
クレオチドをプライマーとして用いてPCRを行った。PCR
は以下の温度条件: 熱変性;94℃ 30秒 アニーリング;55℃ 30秒 鎖長反応;72℃ 30秒 を1サイクルとし、これを35サイクル繰り返して行っ
た。PCR終了後、反応液をアガロースゲルにて、100V定
電圧で30分間電気泳動に供した。反応液の他に、分子量
マーカーとしてφX174/HincIIも同時に泳動した。泳動
終了後、約0.5μg/mlの臭化エチジウム溶液中で20分間
染色した後、紫外線照射下でゲルを観察し、写真撮影を
行った。ゲルの観察または撮影した写真より、増幅産物
の塩基長を分子量マーカーとの相対移動度から求めた。
【0017】その結果、試験したすべての菌について、
検出バンドの結果を表2に示した。表中、数字は検出バ
ンドの塩基長(キロ塩基対)を示し、(−)はバンドが
検出されなかったことを示す。
【0018】
【表2】菌番号 プライマーによる検出 1 0.39 2 0.39 3〜23 − また、PCR反応後の電気泳動の結果を図1に示した。
【0019】これらの結果より、本発明のオリゴヌクレ
オチドをPCRプライマーとして用いた場合、Megasphaera
cerevisiae菌にのみ目的長のバンドが検出されること
が確認できた。すなわち、このことは、本発明のオリゴ
ヌクレオチドが、 Megasphaera cerevisiae菌の16Sリ
ボソームRNA遺伝子上の標的とする塩基配列を正しく認
識していることが示している。さらに、表1に示すペク
チネータス属菌やラクトバチルス属菌など他のビール有
害菌やビール酵母等には菌にも目的長のバンドは一切検
出されなかったことから、本発明は、 Megasphaera ce
revisiae菌を特異的に検出、同定も行うことが出来るも
のである。
【0020】本発明により、Megasphaera cerevisiae
菌の16SリボソームRNA遺伝子の塩基配列が提供され、そ
のオリゴヌクレオチドをプライマーとしてPCR法に利
用することにより、従来の方法では7日は必要であった
菌種の検出または同定が、1〜3日と短期間に迅速・簡
便に行えるようになった。
【図面の簡単な説明】
【図1】表1中の菌についてPCRを行った際の、電気泳
動の結果を表す図である。各レーン番号は表1の菌番号
と一致する。但し、Mは分子量マーカーφX174/HincII
を表す。
─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成9年10月13日
【手続補正2】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】追加
【補正内容】
【図1】

Claims (7)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】検体中に存在するメガスフェラ セレビシ
    エ(Megasphaera cerevisiae)菌を選択的に検出する
    ため、メガスフェラ セレビシエ菌の16SリボソームRNA
    遺伝子をコードするヌクレオチド配列を標的とし、その
    ヌクレオチド配列と相補的であるオリゴヌクレオチドで
    あって、該オリゴヌクレオチドが以下の配列、 5’−CTGCCGGACTGGAGTGTC−3’ 5’−CAGGATATCTCTATCCCTGG−3’ の少なくとも一つを有するか、または対応する相補的配
    列を有することを特徴とするオリゴヌクレオチド。
  2. 【請求項2】請求項1に記載された各オリゴヌクレオチ
    ドの配列のうち、少なくとも連続した10塩基以上を含
    むオリゴヌクレオチド。
  3. 【請求項3】請求項1に記載された各オリゴヌクレオチ
    ド配列のうち、少なくとも1つを有するオリゴヌクレオ
    チドを鎖長反応のプライマーとして機能させ、標的のヌ
    クレオチド配列を増幅させる方法。
  4. 【請求項4】請求項3に記載の方法で増幅されたヌクレ
    オチド配列を、電気泳動、またはクロマトグラフィーで
    分離し、その結果、認識されるべき配列が存在している
    か否かを判定することで検知中のメガスフェラ セレビ
    シエの検出を行う方法。
  5. 【請求項5】請求項3に記載の方法で増幅されたヌクレ
    オチド配列を、ゲル電気泳動および核酸染色液により検
    出する方法。
  6. 【請求項6】請求項1に記載のオリゴヌクレオチドのう
    ち、少なくとも一つをDNA検出用プローブとして機能
    させる方法。
  7. 【請求項7】請求項1に記載のオリゴヌクレオチド配列
    のうち、少なくとも一つが標識物により修飾させたオリ
    ゴヌクレオチド。
JP9148411A 1997-05-23 1997-05-23 微生物検出用オリゴヌクレオチド及び微生物検出方法 Pending JPH10323190A (ja)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP9148411A JPH10323190A (ja) 1997-05-23 1997-05-23 微生物検出用オリゴヌクレオチド及び微生物検出方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP9148411A JPH10323190A (ja) 1997-05-23 1997-05-23 微生物検出用オリゴヌクレオチド及び微生物検出方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JPH10323190A true JPH10323190A (ja) 1998-12-08

Family

ID=15452198

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP9148411A Pending JPH10323190A (ja) 1997-05-23 1997-05-23 微生物検出用オリゴヌクレオチド及び微生物検出方法

Country Status (1)

Country Link
JP (1) JPH10323190A (ja)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2001046235A1 (fr) * 1999-12-21 2001-06-28 Fudan University Nouveau polypeptide, proteine ribosomale s3 17, et polynucleotide codant pour ce polypeptide

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2001046235A1 (fr) * 1999-12-21 2001-06-28 Fudan University Nouveau polypeptide, proteine ribosomale s3 17, et polynucleotide codant pour ce polypeptide

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP4481491B2 (ja) 核酸の検出方法
KR20060019700A (ko) 모든 세균의 감별을 위한 세균 특이적, 속 특이적 및 종특이적 올리고뉴클레오티드, 이를 포함하는 진단 키트, 및이를 이용한 검출 방법
KR101712451B1 (ko) 디지털 pcr을 이용한 식중독균의 검출 방법
CN100368559C (zh) 一种鉴定结核分支杆菌菌种的多重pcr的引物设计方法
JP3525259B2 (ja) ペクチネータス属菌の検出
JP4022045B2 (ja) 細菌検出のための遺伝子及びそれを用いた検出法
JP4648023B2 (ja) ジャガイモそうか病原因菌種の16SrRNA遺伝子若しくは16SrRNA遺伝子からITS領域間を増幅するための新規プライマー対、及びそれらを用いたジャガイモそうか病原因菌種の検出・識別方法
KR101695059B1 (ko) 케피어 발효유 내 미생물 그룹별 정량적인 실시간 중합효소 연쇄반응 분석용 조성물 및 그 분석방법
JPH10210980A (ja) 乳酸菌検出用オリゴヌクレオチド及び該菌の検出方法
JPH10323190A (ja) 微生物検出用オリゴヌクレオチド及び微生物検出方法
JP3264514B2 (ja) クラミジアの検出法
KR102655121B1 (ko) 락토바실러스 사케이 k040706 균주 검출용 프라이머 세트 및 이의 용도
CN113444826B (zh) 一种基于等温扩增技术鉴定微球菌的引物、探针和试剂盒及其应用
JP3634960B2 (ja) ジャイレース遺伝子を用いた結核菌群構成細菌の同定・検出方法
KR102301392B1 (ko) 바실러스 터린지엔시스 및 바실러스 세레우스 구별용 프라이머 세트 및 이를 이용하는 방법
JP2001299354A (ja) マイコバクテリウム属細菌検出用核酸
JP4037926B2 (ja) S.diastaticusの検出に用いるプライマー
Priest Rapid identification of microorganisms
KR20230095540A (ko) 바실러스 균주 구별용 프라이머 세트 및 이를 이용하는 방법
JP4493969B2 (ja) Phormidiumtenueの同定法並びにこの方法に用いるプライマー
JP2004121259A (ja) ペクチネータス属菌の検出
KR20230167959A (ko) 잔토모나스 호토룸 병원형 카로데아 특이적 프라이머 세트 및 이를 이용한 잔토모나스 호토룸 병원형 카로데아의 검출방법
KR20230057131A (ko) 로도코쿠스 파시언스 검출용 프라이머 세트
JPH05245000A (ja) 結核菌の特異的検出法
KR20220058287A (ko) 바실러스 균주 구별용 프라이머 세트 및 이를 이용하는 방법