JPH04500309A - クラミジア・トラコマチスを検出するための核酸プローブ - Google Patents

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 クラミジア　トラコマチスを検出するための核酸プローブ発明の分野 本発明はクラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔ ｉｓ）菌種に属する細菌を検出することに関するものであり、より詳細にはクラ ミジア　トラコマチスを＃Ｆ異的に検出するための＃ｔＡ酸プローブおよび組成 物ならびにそれらの使用法を提供するものである。

発明の背景 ここで用いるＩＩクラミジア・トラコマチスノｔという語はＢｅｒｇｅｙ″ｓ　 Ｍａｎｕａｌ　ｏｆ　Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ　Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ（スニー ス（Ｐ、Ｈ，Ａ、５ｎｅａ、ｔｈ）ｉ！、１９８６．ｐｐ、７２９−７３６．ウ ィリアムス・アンド・ウィルキンス）にそのように分顕されている細菌と意味す る。クラミジア・トラコマチスはクラミジア属の一員であり、これは他に１種の 異子、すなわちオーム病クラミジア（Ｃ，ｐｓｉｔｔａｃｉ＞を含むにすぎない 。クラミジア属は特異な一群の細胞内寄生体である。クラミジア属は２形五を特 色とする複雑な生活環をもつ：ウイルスのように感染性であるが、代謝活性を示 さない基本小体（ＥＢ）、および代謝活性を示すが感染性がなく、細菌のように 二分裂により分裂する網状体（ＲＢ）、ＲＢは成熟して最終的にＥＢとなり、感 染細胞により放出される。この過程に約２日を要する。

これらの菌は根性疾患、呼吸器系疾患、および性的に伝搬される疾患における役 割のため、世界的に主要な保健上の危険性をもたらす〈ニコルスおよびマニレ（ Ｎｉｃｈｏｌｓ、Ｒ，Ｌ、、Ｍａｎｉｒｅ、Ｇ、Ｐ、）：クラミジア、Ｍｉｃｒ ｏｂｊｏｌｏｇｙ、３版、ディビス、ドウルベソコ、アイゼンおよびギンスバー グ（Ｄａｖｉｓ、Ｂ、Ｄ、、Ｄｕｌｂｅｃｃｏ、Ｒ，、Ｅｉｓｅｎ、Ｈ，Ｎ、。

Ｇｉｎｓｂｕｒｇ、ｌ−１，３，）（編＞−１９８０，７７６−７８４、ハーバ −・アンド・ロー）、クラミジア・トラコマチスは開発途上国におけるほぼ３５ ０００万症例に関与する（ドーソン（Ｄａｗｓｏｎ、Ｃ，Ｒ，）、ヒト−クラミ ジア感染症に関する第５回国際シンポジウム会報、スウェーデン、ランド、１９ ８２年６月１５−１９日、マーズ、ホルメス、オリル、パイオツド、シャハテル （Ｍａｒｄｈ、Ｐ、Ａ、、Ｈｏｌｍｅｓ、に、に、、０ｒｉｌ、Ｊ、Ｄ、、Ｐｉ ｏｔ、。

Ｐ、、５ｃｈａｃｈｔｅｒ、Ｊ、＞（ｍ）、］、］９８２．７１−８１．エルス フィールバイオメディカル・プレス、アムステルダム、ニューヨーク、オックス フォード）、トラコーマは予防しうる失明の主因でもあるから、これは特に恐怖 である（ジョーンズ（Ｊｏｎｅｓ、Ｂ、Ｒ，）、１９７５．Ｔｒａｎｓ、Ｏｐｔ ｈａＩｍｏｌ、ＳｎＣ１，１に、ＱＣ；・１６−”＋３）、：の菌による８染は 工業Ｅ＋、−おける最も一般的な性的伝搬による疾病であると今日では認識され （疾病コントＬ７−ルセンター、性的伝搬による疾病部門、クラミジア・トラコ マナス感染症。予防およびコントロールのための対策ガイドライン、ＭＭＷＲ１ ９８５；　３４　：　５３Ｓ−７４Ｓ）、米国内だけでも４００万症例以上に関 与する（ジャドソン（、Ｊｕｄｓｏｎ　ＦＮ）１９８５．Ｊ、Ｒｅｐｒｏｄ、　 Ｍｅｄ、３０：２６９−２７２）、直接的および間接的経費は数十億ドルに達す る。

より重篤な合併症には子宮外妊娠および卵管性不妊症がある（ワシン１〜ン（Ｗ ａｓｈｉｎｇｔ、ｏｎ）　ら、　１９８７．　ＪＡＭＡ２５７　二　２０７０− ２０７２）　。

これら２種類のクラミジア・トラコマチス感染症の発現はさらに他の２群を反映 する：眼および生殖器感染症の原因となるトラコーマ亜種（ｂｉｏｖａｒ）、な らびに性病性リンパ肉芽腫（ＬＧＶ）亜種。これら２亜種はさらに１５血清型〈 ５ｅｒｏｔｙｐｅ）に小分割される：Ａ、Ｂ、Ｂａ、Ｃ（通常はＰ飽性結膜炎を 伴う）、、Ｄ−Ｋ、およびＬｌ−Ｌ３゜ これらの疾病の診断はしばしば時間および労力を要する。クラミジア・Ｉ−ラコ マチスには細胞培養がｉｔゴールドスタンダードｎであると考えられている。細 胞培養は時間がかかり冗長であり、多数の臨床分離物を組織培養により増殖させ るのは困難であるので、最近多数の迅速な実験室的方法が用いられるようになっ た（バーンズ（Ｂａｒｎｅｓ　ＲＣ）、１９８９．Ｃｌ１ｎ、Ｍｉｃｒｏｂｉｏ ｌ。

Ｒｅｖ、２：１１９−１３６）、それらは大部分が抗体による試験法である。特 定の場合にはこれらの迅速アラ七イ法は細胞培養より感度または特異性が高いこ とが証明されたが、それらの有用性はその迅速性にある。

本発明の観点は、クラミジア属に特異的であり、試料中に存在する可能性のある 他の細菌または菌顕と反応せず、かつ多様なアラ七イ系に使用しうる核酸プロー ブを提供することである。

本発明の他の観点は、普通のアッセイ条件下でプローブに到達しうる状態にされ たターゲット領域にハイブリダイズしうるプローブを提供することである。

本発明のさらに他の観点は、日数な要する伝統的な培養法に付随する多数の欠点 を避けるアッセイ法を提供することである。

コーン（Ｋｏｈｎｅ）ら（Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ　Ｊｏｕｒｎａｌ、８；１１ ０４−１１１８．１９６８＞はｒＲＮＡ配列に対するプローブの製法に−）１） で論じているが、クラミジア・トラコマナス特異性プローブの調製に必要な教示 を行っていない。

ベースおよびキャンベル（Ｐａｃｅ、Ｃａｍｐｂｅ　ｌ　１）（Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ　Ｂａｃｔ、ｅｒｉｏｌｏｇｙ、１０７：５４３−５４７．１９７１）は多 数のａＩＩ種からのリポソームリボ核酸の相同性、およびこの相同性を定量する ためのハイブリダイゼーシヨ〉・法について論じている。同様にソージン、ソー ジンおよびベーゼ（Ｓｏｇｉｎ、Ｓｏｇｉｎ、Ｗｏｅｓｅ）（Ｊｏｕｒｎａｌ　 ｏｆＭｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ、　１：１７３−１８４．１９７ ２）は異なるリポソームＲ，Ｎ　Ａ分子の一次構造解析を系統発生関係の評価に 利用することの理論的および実際的観点につき論じている。フ才・ソクス、ベヒ マンおよびｌ＜−ゼ（Ｆｏｘ、Ｐｅｅ１〕ｍａｎ。Ｗｏｅｓｅ）（Ｉｎｔｅｒｎ ａｆ、ｉｃ＞ｎａｉＪｏｕｒｒｉａｌ　ｏｆ　５ｙｓｔ、ｅｍａｔｉｃ　Ｂａｃ ｔ、ｅｒｉｏｌｏｇｖ、２７　：　４４−５７．１９７７）は、原ｔＳ細胞系統 学１７′）研究法としての１６３リポソームＲＮＡの比較カタログ作成について 論じている。しかしこわらの参考文献はクラと・′ア　１・″ンコマチスに間オ るコー＝ンの教示の欠陥を解決ｉ−得てお７ｙ、づ７、特に臨床その他の試料中 のクラミジア・トラコマチスを検出するア・〉・セイ法に有用なりラミン゛ア° 　ｌ・ラコマチ、ス特異性グローブを提供しない２リポソームは遺伝情報２細ｌ １２！蛋白質、すなわち生命の主なｔｌＩ造要素およＴｆ＠媒要素に翻訳する既 知の堆−の手段として作用するので、すべての生物にと−）で極めて重要て゛あ る。、：′、の重要性の明らかな証拠は、すべての細胞がリボ゛ノーム芝・含む という所見である。

リポソームは３種類の別個のＲＮＡ分子を含み、これらは少なくとも大腸菌りこ おいては５Ｓ、１６Ｓおよび２３Ｓ　ｒＲＮＡと呼ばれる。これらの名称は歴史 的に、それらの沈降速度で測定したＲＮＡ分子の大きさに関係する。しかし実際 には、リポソームＲＮＡ分子の大きさは生物間で若干異なる。それにもかかわら ず５Ｓ、１６Ｓおよび２３Ｓ　ｒＲＮＡがいずれの細菌においても相同ＲＮＡ分 子に対する総称として慣用され、ここでもこの慣例に従う。

ここで用いるプローブとは、特定の予め定められたストリンジエンシ・−におい てターゲット核酸配列に特異的に（すなわち優先的に、後記のハイブリダイゼー ションの項と参照されたい）ハイブリダイズしうる特異的ヌクレオチド配列を設 計または選択により含む、合成によりまたは生物学的に形成された核酸（Ｄ　Ｎ 　ＡまたはＲＮＡ）ｅ官昧する９１０−ブはそれらのハイブリダイゼーション特 性のほかに、個々のアッセイ条件下でのそれらの適正なまたは最適な機能性を改 良する特定の構成要素をも３１メ、うる９たとえばプローブを、検出リガンドを 保有すべく（７′、！とえばフルオレ七イン、３２−　Ｐ　、ビオチンなど）、 または固体状支持体へのそｈ２らの捕獲を容筒にすべく（たとえばポリデオキシ アデノシンｎティルア、Ｉ）修飾しうる９これらの修飾はブ１．７−ブの基本的 機能、すなわちそれがハイブリダイゼーションアツ七・イにおいてターゲット生 物ヒ非ターゲット生物を有用な程度に区別する能力を配慮したものである、ハイ ブリダ・イゼーシジンとは、予め定められた反応条件下で２木の部分的また４ｊ 完全に相補的な核酸ストランドが逆平行に合わさ−）で、ｆ！異的かつ安定な水 素結合をもつ２本鎖核酸を形成する過程であると伝統的に理解されている９、特 定の１組のハイブリダイゼーシ・ラン条件のスト１しく′Ｔ二／シーは、ブＵ’ ？−ブ〜ターゲ：・Ｉ／″′Ｊアトソクスの長さおよび塩基組成（１：よ）〕、 ならびに２核酸間の対合誤りの程度および形状により定まる４、スｌ−リンジ工 ゛・シーはハイブリダイゼーション溶液中に存在するイオン種の濃度およびＮ類 、存在する変性剤の種類および濃度、および７・′まｔ′：はハ仁ｒリダ−イゼ ーうジンの温度金との反応パラメーターによっても支配さｔｌ−る。一般に安定 なハイブリッドを形成したい場合は、ハイブリダイゼーション条件が上り入ｌ・ リンジェ〉・トになるのに伴ってより長いプローブが好ましい。当然、ハイブリ ダイゼーションが起こる条件のストリンジエンシー〈実施すべきア・ンセイの種 類による）が、使川ｔべき好まし，いプローブの特定の特性を指示するであろう ．これらの関係は十分に埋解さねており、当業者が容易に操ｆｉｌ′Ｌうる。

−殻にｒローグの長さに応じて　ストリンジェンｌ−東件は約０　９モル濃度の 塩溶液中　６’．１　３　５−６　５℃を意味づ゛るど当業者は解する。

発明の要約 ト免明の種″山原理およ４（観点にｊ：　？−ば、特定のｋ件下で々ラミジア　 １−ラコ７チ考のリボソーｒ，　Ｐ，　Ｎ　．Ａ分子（　ｒ　Ｒ　Ｎ　Ａ．　＞ またはｒＲＮＡ遺伝子（ｒＤＮＡ）にハ仁ｆリグｆ′て４″るが，同ｊ二条件下 で試料中に存在する可能性のある他の関連団菌のｒＲＮ〆＼またはｒ　Ｄ　Ｎ　 Ａにはハイブリダイズシない、ＤＮＡまたは′ｉでＮＡ配列かノーなる核酸ブロ ーブおよび７゛｝コーブセットが提供される．従−っで本発明のブロー　ｆは、 臨床試料中の２ラミジγ・トラつマチスを特異的に検出するための傷魚：ｔ，　 Ｘ　＋狛駿”””（　”ｐ”リグイセｆ一　ふ，Ａ゛／ア・ノヒイ法ｒ開発する 基礎を与之る．本発明各らのＦ％験により、これらの核酸ハイグリダイゼ−３， ヨシによるアッセイ法１６ヨ被験試［１中し・゛）細菌を検出する／Ｓめａ〕現 在用い八れている大部分・力微生物学的ちＬ’ｉ　！”閂して性能の向−」二を （．＋　ｆ−らづ，′二どが見出された。これには−９に下記のらのが亀まれる ， ａ戸凸度の向」，−．すなわら特定も力試籾中のＥ記少数新菌１検出しうＳ，Ｙ ｝）人価ン試．駆レ・）使用および労働；ｙｉ’ｉｌｊ減により？゛・司：イ経 費を著しく低減しうる： ・一）ｔ化″ｒ：田】ｔ一系な戊１株し・）夕゛−ゲ・７１・．刑菌て゛゜（′ ら正確に１司定される１（１　）未発明・７）試堕は試験前にター　′２：・， ・１・紐ｍを試ｔ１から徴碧タる修・要がないな．゛。″）、より速やか１，一 結果が得・・゛、れる。

，：＜シし明のグ１二７　−，，　Ｖ念ｒ　Ｒ　Ｎ　．Ａに向けることによｒ） 得られる他の利点には、検出：運１る＋−　Ｒ　Ｎ　Ａが細胞質の重要な成分て あ’Ｋ　（１い）下実が含Ｊ、れる，細胞ζ）リポソーム含量の推定値は多様で ・，？、るが、活発に増殖ｉ，５ているｋ腸菌（Ｅ．　Ｃｏ　ｉ　ｉ　）《，↓ 細ｌ１：ｑ当たりｓｏ．ｏｏｏ以−ｔｙ．　，″）リボリー！．、｛ｆっ゛で各 ５０，ＯＯＱ：Ｕビ一の１一ＲＮＡ（リポソーム中に１　：　１．　：　ｉｔ７ ）化学量論的量で存在寸る）を含むと思われる。偏３ミジア　１・ラコマ３−　 ．．：ｌ　ｔｌ；’）基本小体はこれよりはるかに少ないリポソーム（数百）を 含むことが知らｈている．それにもかかわらずこの数は、可能性のある他の大部 分の細胞内ターゲット分子、たとえば遺伝子またはそのＲＮＡ転写体より多い． これらは量がはるかに少ないためそれほど理想的でない，他の予想外の利点は、 ｒＲＮＡ　（およびそれらと特定する遺伝子》が同時に存在する生物間で槽方向 に伝達されないと思われる点である．従ってｒＲＮＡの一次構造は、たとえば同 時に存在する生物間で横方向に伝達される可能性のあるブラスミド上遺伝子また はその産生物の場合のように遺伝子特異性ターゲ・・ｌ１−でｌ＋′．なく、生 物特異性分子ターゲットとなる．さらに本発明は、クラミジア・トラコマチスの 被験菌株すべてのターゲット領域にハイブリダイズしうるのに十分なほどそれら クラミジア・トラコマチス菌株すべてにおいて類似する、クラミジア・トラコマ チスｒ　Ｒ　Ｎ　Ａターゲット配列に対するプローブを提供する．有利には、こ れらの同じｒＲＮＡターゲット配列は大部分のクラミジア　トラコマチスｒ　Ｒ 　Ｎ　．Ａにおいて、ブローブ７８１，８６０、８６１，８７９、１−　１　５ 　３，１２０３、】２２０、１３１８、１３１９．１３２０、１３２１、１３２ ２、１３２３、１３２５および１４７９がクラミジア・トラコマチスにハイブリ ダイズする条件下で大部分の非クラミジア・トラコマチスｒＲＮＡにはハイブリ ダイズしないほど十分に異なる．これらのブローブ特性はそれぞれ包括性および 排他性と定義される．本発明の他のブローブ、すなわちブローブ７８３、８８２ および１３２４はクラミジγ・トラコマチス菌株に対しては上記プローブと同様 に十分に包括性であｅ）、さらにこれらのブローブは他ｆ）数種類の細菌にもハ イブリダイズする．ブローブ′７８２はオーム病クラミジアにハイブリダイズし 、クラミジア・トラコマチスにはハイブリダイズしない唯一のブローブである． ７′ｊミジア・ｌ・ラコマチスに対する著しい包括性および排他性を備えた本発 明のブローブが得られるという知見は予知および予想不可能であった．表の簡単 な説明 人を参照することにより、本発明の原理および観点がさらに理解されるであろう ． 表１−クラミジア属ターゲットヌクレオチド配列上に整列した、本発明の好まし い１６Ｓ　ｒＲＮＡ一ターゲット化ブローブのヌクレオチド配列を示す．大腸菌 カラＣＪ’）　１　６　Ｓ　ｒ　Ｒ　Ｎ　Ａの対応部分をも比較のため示す。Ｒ ＮＡ．＜ターゲノト）配列は５゛かｌ，３′へ記載さｊ］一　ブローブ配列はＤ ＮＡであり、３゜から５゛へ記載される。アローブはそｆ１らの包括性および排 他性挙動の基礎となる変動の１１：７アＩＩ領域と共に示される， 表２−７巧ミＳ・゛ア飄ターゲ・１・ト賀クレオチド配列上に整列した、本発明 の好ましい２　３　Ｓ　ｒ　Ｆｌ−　Ｎ　Ａ一ターゲッ１一叱ブローブのヌクレ オチド配列を示す。大腸菌からの２３Ｓ　ｒＲＮＡの対応部分をも比較のえ：め 示す。ＲＮＡ（ターゲット）配列＆．±５”か？ｚ３゜へ記載され、ブローブ配 列はＤＮＡであり、３゜から５“へ記載される。プローブはそれらの包括性およ び排他性挙動の基礎となる変動の１５コア７領域と共に示される． 大３−Ｍ相ハイブリダイゼーションアッセイにおける代表的なタラミジア　トラ −１マチス血清変興体試料に対する好ましい１６Ｓおよび２３Ｓ　ｒＲＮＡブロ ーブの包括性挙動芝′例示する。

表４−ドットブロットハイプリダイゼーションアッ七イにおける非クラミジア・ トラコマチス細菌の代表的試料に対する好ましい１６Ｓおよび２３Ｓ　ｒＲ．Ｎ Ａプローブの排他性挙動を例示する。

発明および最良の形なの詳細な説明 プローブ開発計画 本発明のプローブの開発に際してとられた第１工程は、クラミジア・トラコマチ ス特箕性核酸アローブに対するターゲット部位として作用すると思われる１６Ｓ および２３Ｓ　ｒＲＮＡめ領域を同定するものて゛あった。実際には被験試料中 にいずれの非−クラミジア・トラコマチス菌が存在するかを先験的に予測するの は困難である． その可能性のある非−クラミジア　トラコマチス細菌は多数であるため、特定の ブローブ配列についてめ排他性を証明するめは予測不可能なばかりでなく、極め て困難か１）労力を要するものである。最終的にブローブを用いてスクリーンさ れるすべでの被験試料中に存在すると思われる非−クラミジア・トラコマチス細 菌が何であるかを知る必要性を排除する、より厳密な判定基準が適用された．こ れにはクラミジア・トラコマチス間、およびクラミジア・トラコマチスと他グ） Ｋの細菌との系統発生学的関係についての知識を必要とした。

詳細には、クラミジア・トラコマチスに対する代表的な進化上の近縁体における ｒＲＮＡの相同領域と十分に異なる特定のターゲット領域がクラミジア・トラコ マチスｒ　Ｒ　Ｎ　Ａに見出された場合，この配列を用いてハイブリダイゼーシ ョンアッセイによりクラミジア・トラコマチスとそれらの近縁体を区別しうろこ とを確認することにより排他性基準が満たされるという、通用しているがこれま で証明されていない仮説が適用された。系統発生の所見に基づいて、実際の識別 は必ずし７もなされていないがより離れた関係をもつ生物のｒＲ．ＮＡ配列は、 特定領域の配列において上記の系統発生的にクラミジア・トラコマチス近縁体の ものとは恐らく異なるであろうと推定された．しかしそれらの領域が存在するか 否か、ま７’ＬＥ４存在しなどしてもそれらの領域がｒＲ．ＮＡ内のどこに位置 するかを先験的に予測することは不可能であった． 核酸ハイブリダイゼーションプローブに対する有用なターゲット部位として作用 する可能性のあるクラミジア・トラコマチスｒＲＮＡの領域を同定する第１工程 と１，て、クラミジア・トラコマチスからの１６Ｓおよび２３Ｓ　ｒＲＮＡの全 ヌクレオチド配列を調べた． ヌクレオチド配列は標準的実験室プロトコールにより、ｒＲＮＡを特定する遺伝 子のクローニング（マニアチス（Ｍａｎｔａｔｉｓ）ら，１９８２，Ｍｏｌｅｃ ｕｌａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ，　コー ルド・スプリング・ハーバー・ラボラトリーズ，ニューヨーク，ｐｐ５４５）お よび配列決定（マクサムおよびギルバー｝　（Ｍａｘａｍ，Ｇｊ　Ｉｂｅｒｔ） ．１９７７，Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｎａｔ．ｉｏｎａｌ　Ａ ｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ｓｃｉｅｎｃｅ，ＴＪＳＡ　７４：５６０−５６４＋サン ガー〈Ｓａｎｇｅｒ）ら，１９７７，Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　 Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ｓｃｉｅｎｃｅ，ＵＳＡ　７４：５ ４６３−５４６７）によって、および／または逆転写酵素を用いてｒＲＮＡ自身 を直接配列決定することによって（レーン（Ｌａｎｅ）ら，１９８５，Ｐｒｏｃ ｅｅｄｉｎｇｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ｓ ｃｉｅｎｃｅ，ＵＳＡ８２：　６９５５−６９５９）決定された８決定されたク ラミジア・トラコマチスｒＲＮＡヌクしオチド配列登得られた他のｒ　ＲＮ　Ａ ヌクしオチド配列、特にこの研究の一部と判定されるオーム病クラミジアと比較 した。

クラミジア・トラコマチスとその近縁のオーム病クラミジアの配列の比較は特に 有用であることが分かった。数箇所の領域の配列が、クラミレ゛ア属のこれら２ 種；ごおいで、およ；クラミンアートラコマチスと非−クラミジアｍ細菌との間 で異なると思われた。１６Ｓおよび２３Ｓ　ｒＲＮＡ配列内のこれらの領域の位 置をそれぞれ表１および２に示す。

クラミジア・トラコマチス、オーム病クラミジアまたは両者に優先的にハイブリ ダイズする、長さ２８−３６ヌクｌ／、４チドの第１１ゴヌクレオザドグローブ が設計された。これらは下記により設計された＝１）クラ５シア・１へラコマチ スをオーム病クラミジアから、またはクラミジア属と他の細菌から議別するのに 有用なヌクレオチド配列の相異を最大限に利用する（表１および２のコア変異の 領域内の大文字として示す）、ならびに２）ターゲッＪ−ｒＲＮＡ内の局部的な 、およびプローブ分子間の自己相補性の影響と共に最小限に抑える。これらのパ ラメーターおよび先に述べた（背景）他のパラメーターを最適なものとすること により、好ましい特異性およびハイブリダーイゼーション効率登もっプローブが 得られる。

表３は、液相ハイブリダイゼーションアラ七イにおける代表的なりラミジアトラ コマチスおよび非クラミジア・ｌ・ラコマチス細菌試料に対する好ましいプロー ブの包括性挙動を例示する６ 表４は、ドットプロソトハイプリダイゼーシ、：３シアツセイにおける非クラミ ジア・トラコマチ、ス細菌の代表的試料に対する好ましいプローブの排他性挙動 を例示する。

二Ｖ二１０惣Ｊ朔Ｃ載 以上のプローブ選択計画により、試料中のクラミジア・トラコマ千ス細河を同定 するのに有用な多数のプローブが得られた。プローグ７８１．７８２．７８３゜ ８６０．８６１．８７９．８８２．１１５３および１２０３は１６Ｓ　ｒＲＮＡ 配列から、プローブ１３１８−１３２５およびプローブ１４７９は２３Ｓ　ｒＲ ＮＡ配列から設計された。下記の好ましいオリゴヌクレオチド７０−プをここに 開示する４、 秤５Ｌ兜’Ａ−タニ汐、ｉ、化二旦二ブフロー−ブ　７８１　：　５’　−ＣＴ ＴＴＡＡＣＧＴ丁ＡＣ丁Ｃ（：ＣＡＴにＣＣＣＡＡＡＴＡＴＣ（：ＣＣＡＣＡＴ −３゜ｆｒｙ−ブ　７８２：　５’　ＣＴＴＴＡＡＴＡＴＧＴ１’丁ＴＡＧＡＴ ＧＣＣＴＡＡＡＣＡＴＡＣＣＡＣＡ１−３’７０−’７”　７８３：　５°−Ｃ ＧＣＡＡＡＡＣＣＡＣＡＴ丁ＴＣＴＩＩ；ＣｃＣＣＧＧＴＣＡＡＡＴＡＣＡＴＧ −３’〕１フープ　８６０：　５’　−ＣＧＣＴＣＡＡＡＴＣＣＡ（’Ｊ’ＣＧ ＣＴＡＴＴＡＡＣＣＧＣＣＴＴＣＴＣ−３’）”ｏ−１８６ｉ：　５’−＋：Ｃ Ｃ（：ＡＣＴＣ［：（：ＧＧＴＴＧＡＧＣＣＣＣｆ；ＡＴＣＴＴ丁ＧＡＣＡＡ− ３’ｙ　ｒｒ−−ブ　８７９　：　５’　−ＣＧＧＡＴＧＧＣＧＴＴＧＡＣＡＣ ＣＡＴＣＣＡＣＡＴＣ晶−３′７０−ブ　８８２：　５’−ＴＣ：ＴＧＴＡＴＡ ＴにＴＣＣＴＴＣＣＧＧ＾ＡＡＡＣ（：ＡＣＡＴＴＴＣＴＣ：Ｃ−３’７ｏ−グ １１５３：　５’　−ＣＣＡＣ丁ＡＡＡＣＡＡＴＣＧ丁ＣＧＡ＾ＡＣＡＡＴＴＧ ＣＴＣｃＧＴＴＣＣ−３’ブｏ−ブ　１２０３：　ｓ’　−ＣＣＡＣ丁ＡＡＡＣ ＡＡＴＴ（：ＣＣ（：ＡＡＡＣＡＡＴＴＧＣＴＣＣＣ丁ＴＣ［；−３’銘Ｓ　７ ｔ３μ醇タニｙヱ上−化ス’ｚグ。

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人１および二に示ｆ多数のターゲ・ｌｌ−領域に対し、クラミジア・トラコマづ ス血清変異体Ｌ　Ｇ　ＶもしくはＫ、またはオー１４＠クラミジア、または３咎 すべでの配列の相補体にそれぞれ対応する２以上のプローブを設計し、た、整列 したフ゛Ｉコープとターゲット配列を調べることにより、各プローブの基礎とな る（すなわちそれに対し相補的な）個々の配列を表１および２に示す９たとえば 表１から分力・るように１、プローブ１２０３はクラミジア・トラコマデス血清 変異体ＬＧＶ配列に対しこのターゲラ）−領域において相補的であり、関連プロ ーブ１１５３はクラミジア・トラコマチス血清変異体に配列に対し相補的である 。しがＬ２一方または両方のプローブにより血清変異体間で若干の交叉ＩＮ（ブ リダイゼーンコンが起こるど予想される（望才しい）。

同様にプローブ７８１および７８２はそれぞれクラミミ、゛ア・ト′−５：ｌマ チス（この領域においてはＬＧＶはＫと等しい）および１−ム病りラミシ゛アの １６ＳｒＲＮＡを基騨と１ろ。

ト記ブローブ力特異的ハイブリダイゼーシ３ン挙動はそれらが消いらｔＬる７ソ セイ形式に著しく依存する。逆にアッセイ形式は個々のブロー゛７の最逍設譜ｒ −１・ある程度支配するであろう０本発明のブロー・ブの１１本質ＩＩは先に挙 げ２′ニブじ−プ中の特異的ヌクレオチドストリングに限定されると解すべさて はない。た、ヒオばこれら個々のオリゴヌクレオチドの長さは下記ドットブロッ トアソ七・イ法（および他の特定の予想されるアッセイ法）に使用するために最 適なものとされた、当業者に周知のＪ３に、プローブの最適長さは選ばれたハイ ブリダイゼーション染件のス１−リンジェ〉シーの関数であり、従−〕で本発明 の１０−ブの長さはそれに応じて変更しうる、同様に２以上のプローブからなる セットを考慮すると、すべての１０−プは両者が用いられる個々の形式において 適応する様式で挙動する。：。

とが望ましい、従って個々のプローブのｆＭＬ密な長さはある程度その特定の意 図する用途を反映する。

ここに記載するプローブの〃本質ノ１は上記ならびに表１および２に示すクラミ ジア・トラコマナス特異性配列（コア変異）の知見および利用にある。

二巨二１璽　のＩ＼イブリダイゼーシラン　折衷１および２の配列データは、本 発明のプローブが他の細菌を排除してクラミジア・トラコマチス、オーム病クラ ミジアまたは両者を特異的に検出する各種の有用なハイブリダ・ｆゼーション特 性を示づこｋを示唆する。しめ化調ベフ：ニクラミジア・ト・ラコマチスおよび オーム病クラミジアの配列は比較的わずかである。配列分析により検査しなかっ た他のクラミジア川へラコマチス血清型中に配列変異が存在する７Ｔ能悸がある 。、＝ｈらの変異は若干または多数の未試験りラミシ゛ア・ト′ラコマチス血清 型に対し可能性のあるプローブによるハイ？′リダイゼ一二ヨシを低下させ＊　 ？、：は排除するかも知れない。

グロヘーブの包括性挙動と開襟（コ′重要なものはぞわらの排他＋３一挙動、丈 なわちＩＩ’−クラミジアｍ細菌に対すＺｌそれらの反応性である１、クラミー 、・′ア′属を含むｌ平能性のある被験試料において適過する非−、クラミジア 属菌株の数および望は極めて多い。

従・−）で代表的：′ユ゛クラミジア・１−ラｊマー；ｆ′？、およびｌｒ−ク ラミミ、ア・ｌ・ラー７マプス絽菌に対するブＩ７・−ブの挙動を、液相ハ・（ ブリグイゼ・−５ヨンおよび１：ツトブし１・・ノド法によ：、ハ・イブリグイ ゼーシ」゛７社桓により測定した。。

本発明の個々の−”　ｌ−！−ブそれぞｈにつきハイブリダイズするが、個′Ｚ のグローブの和て′あるハイグリダ・イ七−ン３ｚ挙動を示す有用な組ス合わせ ダ１ｊ−ブ（七ツ１−）もこｈ−へのデータによって明らかに予想１．うること をり意すべちである、 実絶例１：液相へ・イブリダイゼー３〜ヨ〉ア・・セイにおけるブ■コ・−ゴハ イブリダイゼージョン挙動の包括性分析 本発明カフ′ローブまメ、・はｔ”れｔ、の誘導体は、種りのハイプリダ・ｆゼ ・−ル＝！：５形式において極めて価値がある２、こ、７）ｔＩ式の１つである 二重プ「フープザシドイッチアッセイ形式（たとえば米０：ＩＰ？許出願第２゛ ？”７．５７９　＋　１６９，６４６または２３３６８３号明細書に記載のホモ ポリマーキャブチ）・−１，徴アｎ−ブ液相ハイブリダイゼーション形式）をこ の例において採用する。一般にこの上うな用途の場合、オリゴヌクレオチドプロ ーブはぞの３−末端においで長さ約２０−２００残基のデオキシアデノシン（ｄ 　Ａ　）残基の範囲を含むべく修飾されている。これはターゲラ）ｒＲＮＡと被 験試料から、この目的のためにポリデオキシチミジン（ｄＴ）で適宜誘導体化さ れた固体支持体（たとえばビーズ、プラスチック表面、フィルターなど）上にＩ Ｉ捕獲）ｊする（液相ハイブリダイゼーションにより）ために用いられる。第２ プローブはＩｆ検出ｒｒプローブとして用いられ、検出可能なリガンド（たとえ ば３２−Ｐ、フルオレセイン、ビオチンなど）により誘導体化されている。原則 として検出プローブはオリゴヌクレオチドまたは比較的長いＤＮＡもしくはＲＮ Ａプローブである１次いで被験試料中のターゲット核酸の存在の検出は、検出リ ガンドが下記の一連のハイブリダイゼーション相互作用により固（と表面上に捕 獲される４：とにより示されろ１　＼　（ターゲット核酸）　／ 固体　Ｉ　ＴＴＴＴＴＴＴＴｎ　＼　／支持体１　１１１１１１　１１１１１１ １１１１１１１１１１１１１１１１１１１１１１ｎ＾＾＾＾＾＾＾＾Δ　（キャ プチャー　（検出ブＵ−プ）プび−ブ）；１ １Ｊｆｌ；Ｆ　リジンＦ これは被験試料中にターゲット核酸が存在した場きにのみ、起こる。

この例において各オリゴヌクレオチドはキャプチャープローブとして用いられる くこのために約２００−５００ｄＡ残基がターミナルデオキシヌクレオチジルト ランスフェラーゼによりそれらの３゛末端に付加される）、１６Ｓまたは２３Ｓ 　ｒＲＮＡに特異的なＰ−３２標識Ｉ＋リボプローブｕが下記により調製され、 ＩＩ属の（ｇｅｎｅｒｉｃ）＋＋検出プローブとして用いられた。

両リボプローブは大腸菌（１６Ｓ　ｒＲＮＡ）またはオーム病クラミジア（２３ Ｓ　ｒＲＮＡ）遺伝子の一部を含むプラスミドベクターから転写により調製され た。１６Ｓリボプローブは長さ約５６マスクレオチドのアンチセンス転写体であ り、大腸菌１６Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子のＨｉｎｄＩＩＩサブフラグメントから形成 される〈大腸菌１５６７位）。２３Ｓリボプローブは長さ約８５５ヌクレオチド のアンチセンス転写体であり、オー１、病クラミジア２３Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子の ＰｓｔＩ−ＥｃｏＲＩ部分から形成される（大腸菌Ｌ−８５５位）。転写反応中 に、Ｐ−３２置換ヌクレオ千ドトリホスフ工−ト前駆体を用いて標準プロトコー ルに従って放射性Ｐ−３２がリボプローブに取り込まれる。

次いで被験試料中のターゲット核酸の存在の検出は、検出リガンド（Ｐ−３２＞ が上記の一連のハイブリダイゼーション相互作用により固体表面上に捕獲される ことにより示される オリゴヌクレオチドグローブの包括性挙動は前記液相ハイブリダイゼーション形 式の形態で試験された。

前記１６Ｓおよび２３Ｓリボプローブはそれぞれすべてのクラミジア属および非 りラミジア属１６Ｓおよび２３Ｓ　ｒＲＮＡにハイブリダイズすると予想される 。従ってこの例のアＩセイにおいて陽性のハイブリダイゼーションシグナルは、 各実装に用いたオリゴヌクトオチＦＴ７’ロープのハイブリダイゼーション挙動 を示す。あるいはこれらのオリゴヌクレオチドプローブは、クラミジア属菌株を 放射性リン中で増殖させることにより形成されるＰ−３２標識クラミジアｉ６Ｓ および２３Ｓ　ｒＲＮＡを捕獲および検出すめために用いうる。

クラミジア・トラコマチスの１５血清型を試験した。血清変異体にはアメリカン ・タイプ・カルチャー・コレクション（ＡＴＣＣ＞から得た。残り（血清変異体 Ａ−ＬＧＶ）はワシントン・リサーチ　ファウンデーションから得た。

要約すると、指示されたクラミジア・トラコマチスの血清変異体の基本小体（Ｅ Ｂ）を１　、０　ｍ　ｇ／’ｍ　ＩプロテイナーゼーＫ（ベーリンガー・マンハ イム社）および１．６％サルコシン（シグマ）の溶液中、６５℃で１５分間細胞 溶解した（最終容量０．０７ｍ１）。試料とインキュベーターから取り出し、等 容量の５．ＯＭ　ＧｕＳＣＮ（０，ＩＭ）リスー〇ＣＩ、ｐＨ７，０，１０％硫 酸デキス■−ラン）−−ポリ−ｄＡテイル付きキャプチャープローブおよびＰ− ３２標識付き検出プローブ（被験オリゴヌクレオチドプローブそれぞれに適した １６Ｓまたは２３Ｓリボプローブ）を濃度８０　ｎ　ｇ、’ｍ　ｌおよび３０ｎ ｇ／ｍｌ（比活性１×１０’ｃｐｍ／ｕｇ）で含有−−−を添加した。

ターゲット核酸へのプローブのハイブリダイゼーションと３７℃で３０分間進行 させたのち、ターゲットコンプレックス（ｄＡキャプチャープローブ：ターゲッ ト：検出プローブ）をオリゴ−ｄＴ誘導体化した磁性ビーズに捕獲した。この捕 獲は、０．０６２５％（ｗ／ｖ　）磁性ビーズ、４％ＢＳＡ、１０ｍＭ　ＥＤＴ Ａ。

０．２％サルコシン、０．１Ｍｌ−リス−ＨＣ１，ＰＨ８，０，および０．０５ ％プロノポールを含有する混合物０．　１ｒ口１をハイブリダイゼーション反応 に添加し、混合物を３７℃で５分間インキュベートすることにより行われた。

プローブ／′ターゲットコンプレックスをビーズに捕獲させたのち、１．０ＭＧ ｕＳＣＮ、１０ｍＭ　ＥＤＴＡ、０．ＩＪｉ）リス、ｐＨ７，０，０５％サルコ ふシ、０．２？ごＢＳＡおよびｏ、１ｑｇ消泡剤を含有する溶液０．２ｍ１３反 応２験管に添加；、試験管を磁界内に１いた。ビーズ（プローブ２．／ターゲ・ ノドコンブドックスが付着したもの）を磁界により試験管の側面へ引き付け、液 相（ハイブリダイズし゛〔いないターゲ・州−およびディデクター分子を含む） を試験管からアスビレーションにより除去した。

試験管内に残留する捕獲されたターゲットコンプレックスをこの方法でさらに２ 回洗浄した。

分離されたビーズを、最後に３．２５Ｍ　ＧｕＳＣＮ、６５ｍＭ　ＥＤＴ、Ａ、 ０．１Ｍ）リス−ＨＣｌ、ＰＨ７，０，０，５％サルコシンおよびＯ１５％ＢＳ Ａを含有する溶液０．１．ｍｌに懸濁し、３７℃で５分間インキュベーターした 。この処理によりビーズとｄＡ−テイル付きキャプチャープローブの間のｄＴ： ｄＡ結きがＩＩ解離１１することによって、ターゲットコンプレックスがビーズ から遊離した。

溶液を採取し、新たなアリコートのビーズ（０，１ｍ１）と混合し、ターゲット コンプレックス分上記により３７℃で５分間７１再捕獲／／した。前記洗浄操作 も反復した。

３回目の洗浄および分離ののちビーズをＯ，１ｍｌの洗浄用緩衝液に再懸濁し、 ビーズをニトロセルロースメンブレン上にｒ取し、Ｘｉ！フィルムに露光し７た 。

各プローブのハイブリダイゼーションの程度は、露光されたフィルムを視覚検査 することにより判定された。結果３表３に示す。＋＋＋＋はプローブとターゲッ トの配列が完全に調和していることが配列分析により明らかに判定されたｌ！対 照〃クラミジア暑−ラコマチス血清変異体のものに等しいハイブリダイゼーショ ンシグナルを示す。＋→−十、＋＋、＋および−はそれぞれ、極めて強い、強い 、弱い、および検出不可能なシグナルを表す。

表３に示した約ｌＸｌ０’の非クラミジア（陰性対照）４１Ｉｌ菌へのプローブ のハイブリダイゼーションも同様に採点された。

実施例２：　プローブハイブリダイゼーション挙動のドツトプロット分析周知の 方法によるドツトプロット分析は下記による。核酸または一部の核酸をフィルタ ー、たとえばニトロセルロース、ナイロンその他の誘導体化されたメンブレンに 固定化する。これらは特にこのために市販されている。Ｄ　Ｎ　ＡまたはＲＮＡ はこれらのフィルターに容易に固定化され、次いで各種条件下で（すなわちスト リンジエンシー）目的のヌクレオチド配列またはプローブとのハイブリダイゼー ションにつき検査または試験される。スｌ−リンジエント東件下では、ターゲッ ト配列に対する相補性の高いヌクレオチド配列をもつプローブはど５相補性の低 いプローブより高い水準のハイブリダイゼーションを示すであろう。

表４に示す実験については、指示された各生物から得られた０、１マイクログラ ムの精製ＲＮＡ　（レーン（Ｌａｒ＋、ｅ）ら、１９８５．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎ ｇｓｏｆ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｒ＋ａｌ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　５ｃｉｅｒ＋ ｃｅ。

ＵＳＡ　８２＋６９５５−６９５９＞をニトロセルロースフィルターにスボ・ン トした。オリゴヌクレオチドグローブは標準法により放射性Ｐ−３２で末端標識 された。

ここに記載するオリゴヌクレオチドについては、６０℃で１４−１６時間の、ｒ ＲＮＡターゲットへのハイブリダイゼーション（０，９Ｍ　ＮａＣ１，０，１２ Ｍ＋−リス−ＨＣｌ、ｐＨ７，８，６ｍＭ　ＥＤＴＡ、０．１Ｍ　ＫＰＯ，，０ ゜１％ＳＤＳ、０．１％ピロホスフェート、０．００２％ファイコル、０．０２ ％ＢＳＡおよび０．００２％ポリビニルとロリジンを含有するハイブリダイゼー ション溶液中で〉、次いで非結合プローブを除去するための６０℃で３回、１５ ５分間ハイブリダイゼーション後洗浄（０，０３Ｍ　ＮａＣ！、０．００４Ｍ） リス−ＨＣｌ、ｐＨ７，８，０，２ｍＭ　ＥＤＴＡおよび０．１％ＳＤＳ中）が 表４に詳述する特異性水準を得るのに十分な程度にストリンジェントであろう。

前記のようにハイブリダイゼーションおよび洗浄したのち、ハイブリダイゼーシ ョンフィルターをＸ線フィルムに露光し、既知量のターゲ・ント物質（ＲＮＡ） の対照スポットに対してシグナル強度を視覚的に））採点した）Ｉ　（実施例１ ）。

ｒＲ，ＮＡの検出に関して本発明の説明を行ったが、ここに記載するプローブお よびここに記載するプローブに対し相補的なプローブはｒＲＮＡを特定する遺伝 子（ＤＮＡ）（すなわちｒＪｒＤＮＡｎ）の検出にも有用であることは容易に理 解され、従ってこれらのプローブはここに記載するプローブと均等物であり、本 発明および請求の範囲の精神および範囲に包含されると解すべきである。

表１．クラミジア１６Ｓ　ｒＲＮ八プへ−ゴおよびターゲ・ト配列位１番号（大 腸菌）　６３　１０５ クラミ”Ｌ）ｔ）？＋２　ｔ、ｃｖ　Ｇ［ＩＣＣＡＡＣ（：（：ＡＧＣＡＡＵＵ （：１１１ＪＩＪ−−−−−−−−Ｃｆｌ、［：ＣＡＡＵＩhＣｕ［ＩＵＡＧＵ ＧＧ：ＣＧ ブローラ　１２０３　ＧＣＴＴＧＣＣＴＣＧＴＴ＾＾Ｃ八＾＾−一−−−−−Ｇ ＣＣＧへＴｉへ八Ｃ＾＾＾ＴＣＡＣＣ−５゜ブローク　１１５３　ＧＣＴＴｆ； ＣＣＴＣＧＴＴ＾＾Ｃ＾品−−−−−−−−１１：ＣＴＧＣＴ＾＾Ｃ＾＾＾ＴＣ ＡＣＣ−５“位置番号（大腸菌）　１７９　１９８ １　！ り９ミＣ７’）’ｙコアＤ　Ｌｌｌ：Ｖ　にＡＡＵ（：Ｕ（：ＣＣＣＡＵＡＩＪ ［１１Ｊｆ：Ｇ（：ＣＡ１１ＣＣＧＡ［、［１＾＾Ｃ（：Ｕt＾八＾へ＾＾ 位置番号（大腸菌）　４５３　４８５ 大腸菌　ＡＡＣ（：ＣＡＧＵ＾＾＾ＣＵＵ＾＾ＵＡＣＣｔｌＬＩＵ（：ＣＩＩＣ ＡＵＵＣＡＣＣＵＵ＾オーム病クラミ５ア　Δり（：ＡＣ：Ａ［：ＡＵＵ（、Ｃ ＣＵ八八へへＵＣＣ＾＾ｕｃｃＡｕｕｕｃＡｃｃｃｕ八２へミラア・トテコマチ ス　、へ＾ＣＡＣ＾＾Ｃ［：Ｃ（：ＧＩＪＵ＾＾１」八ＣＣＣ（：ＣｔｌＣ（： ＡＵＵＵＣＡｆ、Ｃ（：Ｕ＾ニ 国際調査報告 国際調査報告

Claims (8)

【特許請求の範囲】
1. １．予め定められたストリンジェンシー条件下でクラミジア・トラコマチス（Ｃ ｈｌａｍｙｄｉａ　ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）のｒＲＮＡまたはｒＤＮＡにハイ ブリダイズしうるが、非クラミジア属細菌のｒＲＮＡおよびｒＤＮＡにはハイブ リダイズし得ない核酸フラグメント。
2. ２．該フラグメントが該条件下で表３および表４に記載された非クラミジア属細 菌のｒＲＮＡおよびｒＤＮＡにはハイブリダイズし得ない、請求の範囲第１項に 記載の核酸フラグメント。
3. ３．プローブ７８１、７８２、７８３、８６０、８６１、８７９、８８２、１１ ５３、１２０３、１２２０、１３１８、１３１９、１３２０、１３２１、１３２ ２、１３２３、１３２４、１３２５、１４７９およびその相補的配列よりなる群 から選ばれるプローブ配列からなる、請求の範囲第２項に記載の核酸フラグメン ト。
4. ４．フラグメントがプローブ７８１、７８２、７８３、８６０、８６１、８７９ 、８８２、１１５３、１２０３、１２２０、１３１８、１３１９、１３２０、１ ３２１、１３２２、１３２３、１３２４、１３２５、１４７９のいずれか１０個 の連続ヌクレオチドからなる配列の少なくとも９０％に相補的である、請求の範 囲第１項に記載の核酸フラグメント。
5. ５．フラグメントがプローブ７８１、７８２、７８３、８６０、８６１、８７９ 、８８２、１１５３、１２０３、１２２０、１３１８、１３１９、１３２０、１ ３２１、１３２２、１３２３、１３２４、１３２５、１４７９のいずれか１０個 の連続ヌクレオチドからなる配列の少なくとも９０％に相同である、請求の範囲 第１項に記載の核酸フラグメント。
6. ６．少なくとも２種類の核酸フラグメントからなり、少なくとも１種類がプロー ブ７８１、７８２、７８３、８６０、８６１、８７９、８８２、１１５３、１２ ０３、１２２０、１３１８、１３１９、１３２０、１３２１、１３２２、１３２ ３、１３２４、１３２５、１４７９およびその相補的配列よりなるプローブ群か ら選ばれるプローブセット。
7. ７．試料中のクラミジア・トラコマチスの存在を検出する方法において、ａ）試 料を請求の範囲第１項に記載の少なくとも１種類の核酸フラグメントと、クラミ ジア・トラコマチスのｒＲＮＡまたはｒＤＮＡが試料中に存在する場合は該フラ グメントがこれらのいずれかにハイブリダイズしてハイブリッド核酸コンプレッ クスを形成しうる条件下で接触させ、その際該核酸フラグメントは予め定められ たストリンジェンシー条件下でクラミジア・トラコマチスのｒＲＮＡおよびｒＤ ＮＡにハイブリダイズしうるが、非クラミジア・トラコマチスのｒＲＮＡおよび ｒＤＮＡにはハイブリダイズし得ず；そしてｂ）該ハイブリッド核酸コンプレッ クスを試料中にクラミジア・トラコマチスが存在することを示すものとして検出 する、ことを含む方法。
8. ８．核酸フラグメントがプローブ７８１、７８２、７８３、８６０、８６１、８ ７９、８８２、１１５３、１２０３、１２２０、１３１８、１３１９、１３２０ 、１３２１、１３２２、１３２３、１３２４、１３２５、１４７９およびその相 補的配列よりなる群から選ばれるプローブ配列からなる、請求の範囲第７項に記 載の方法。