JPH04349885A - C型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸断片およびその検出方法 - Google Patents
C型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸断片およびその検出方法Info
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Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。
め要約のデータは記録されません。
Description
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は血清または肝臓組織中の
C型肝炎ウイルスの核酸及びその検出法、更にその核酸
にコードされるペプチド断片に関する。更に詳しくはC
型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸の断片、該核酸
中にある特定の長さの断片を標識したプローブにてC型
肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸を検出する方法あ
るいは該核酸断片をプライマーとして核酸の増幅を行い
C型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸を検出する方
法、更にエンビロープ領域核酸断片にコードされるペプ
チド断片に関する。
C型肝炎ウイルスの核酸及びその検出法、更にその核酸
にコードされるペプチド断片に関する。更に詳しくはC
型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸の断片、該核酸
中にある特定の長さの断片を標識したプローブにてC型
肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸を検出する方法あ
るいは該核酸断片をプライマーとして核酸の増幅を行い
C型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸を検出する方
法、更にエンビロープ領域核酸断片にコードされるペプ
チド断片に関する。
【0002】
【従来の技術】ウイルス性肝炎はA型、B型、デルタ(
D)型のほか、非A非B型があり、非A非B型肝炎ウイ
ルスには非経口伝播タイプと経口伝播タイプが存在する
と推定されている。これらの中でB型肝炎及び非経口伝
播タイプの非A非B型肝炎に於いて慢性肝炎が知られて
おり、かかるタイプのウイルス肝炎の予防治療が現在重
要な課題となっている。B型肝炎に於いては既に原因ウ
イルスが特定され診断・予防方法がほぼ確立され今後新
たな発症もかなり少なくなるものと考えられる。
D)型のほか、非A非B型があり、非A非B型肝炎ウイ
ルスには非経口伝播タイプと経口伝播タイプが存在する
と推定されている。これらの中でB型肝炎及び非経口伝
播タイプの非A非B型肝炎に於いて慢性肝炎が知られて
おり、かかるタイプのウイルス肝炎の予防治療が現在重
要な課題となっている。B型肝炎に於いては既に原因ウ
イルスが特定され診断・予防方法がほぼ確立され今後新
たな発症もかなり少なくなるものと考えられる。
【0003】一方、非経口伝播タイプの非A非B型肝炎
については、主に輸血により感染し、現在受血者の15
〜17%の血清肝炎発症者〔日本に於いて年間15〜3
0万人(推定)〕の95%が、この非経口伝播タイプの
非A非B型肝炎と考えられている。更にこれらの非A非
B型肝炎発症者のうち約50%は慢性肝炎へ移行し10
〜20年後には20%の患者に於いて肝硬変・肝癌への
転帰を取るものと推定されている。更に該非A非B型肝
炎は輸血のほかに、複数人に共通で針を使用した予防接
種或いは何等かの血液・体液などを介する行為により、
非A非B型肝炎のウイルス保持者(日本に於いて推定4
00万人)および慢性肝炎患者(日本に於いて推定90
万人)が蓄積増加してきている。
については、主に輸血により感染し、現在受血者の15
〜17%の血清肝炎発症者〔日本に於いて年間15〜3
0万人(推定)〕の95%が、この非経口伝播タイプの
非A非B型肝炎と考えられている。更にこれらの非A非
B型肝炎発症者のうち約50%は慢性肝炎へ移行し10
〜20年後には20%の患者に於いて肝硬変・肝癌への
転帰を取るものと推定されている。更に該非A非B型肝
炎は輸血のほかに、複数人に共通で針を使用した予防接
種或いは何等かの血液・体液などを介する行為により、
非A非B型肝炎のウイルス保持者(日本に於いて推定4
00万人)および慢性肝炎患者(日本に於いて推定90
万人)が蓄積増加してきている。
【0004】現在、特に輸血による非A非B型肝炎の新
たなる患者の発生を防ぐ有効な方法が求められている。 その一つの方法として、輸血に使いうる血液の安全性の
一目安として従来トランスアミナーゼGPT値が35以
下としていた基準値を25以下とされた。しかしながら
GPT値25以下の血液のみ一応安全としても、尚輸血
患者の15%は血清肝炎となる故に、より有効な安全血
の判定方法が求められている。
たなる患者の発生を防ぐ有効な方法が求められている。 その一つの方法として、輸血に使いうる血液の安全性の
一目安として従来トランスアミナーゼGPT値が35以
下としていた基準値を25以下とされた。しかしながら
GPT値25以下の血液のみ一応安全としても、尚輸血
患者の15%は血清肝炎となる故に、より有効な安全血
の判定方法が求められている。
【0005】非A非B型肝炎の関連核酸の解明は近年積
極的に進められており、1987年米国のカイロン社に
よって輸血性非A非B型肝炎の原因ウイルスの一種と考
えられるC型肝炎ウイルスが発表された(欧州特許公開
公報第0318216号、1989年5月31日公開)
。同様の手法を用いて有馬ら(朝日モダーンメディソン
、’88−8、91〜95頁、及び実験医学、第8巻3
月号、19〜23頁、1990年)はC型肝炎ウイルス
の変異株を得ている。更に該C型肝炎ウイルスのほぼ全
塩基配列がProc. Natl. Acad.
Sci.USA,第87巻,9524〜9528頁(
1990年)及びPCT国際公開wo90/14436
号公報(1990年11月29日公開)に開示された。
極的に進められており、1987年米国のカイロン社に
よって輸血性非A非B型肝炎の原因ウイルスの一種と考
えられるC型肝炎ウイルスが発表された(欧州特許公開
公報第0318216号、1989年5月31日公開)
。同様の手法を用いて有馬ら(朝日モダーンメディソン
、’88−8、91〜95頁、及び実験医学、第8巻3
月号、19〜23頁、1990年)はC型肝炎ウイルス
の変異株を得ている。更に該C型肝炎ウイルスのほぼ全
塩基配列がProc. Natl. Acad.
Sci.USA,第87巻,9524〜9528頁(
1990年)及びPCT国際公開wo90/14436
号公報(1990年11月29日公開)に開示された。
【0006】しかし、その後の研究に依ってこれらのC
型肝炎ウイルスの塩基配列はかなりの変異があり、特に
該ウイルスの予防薬としてのワクチン作成に重要と考え
られるエンビロープタンパク質をコードしているとされ
る領域に於て著しく変異しており、該領域の核酸を非A
非B型肝炎患者検体から従来公知の方法で確実に検出す
るのは困難であるといわざるを得ない。更に該領域核酸
にコードされるペプチドは前記のC型肝炎ウイルスの夫
々においてもかなりの変異がみられ、いろいろなC型肝
炎患者検体からの結果を検討してみると、前記の欧州特
許公開公報第0318216号、PCT国際公開wo9
0/14436号公報及びProc.Natl. A
cad. Sci. USA,第87巻,9524
〜9528頁(1990年)記載の情報に依って広く一
般のC型肝炎に対する予防ワクチンを作成することは不
可能と言わざるを得ない。
型肝炎ウイルスの塩基配列はかなりの変異があり、特に
該ウイルスの予防薬としてのワクチン作成に重要と考え
られるエンビロープタンパク質をコードしているとされ
る領域に於て著しく変異しており、該領域の核酸を非A
非B型肝炎患者検体から従来公知の方法で確実に検出す
るのは困難であるといわざるを得ない。更に該領域核酸
にコードされるペプチドは前記のC型肝炎ウイルスの夫
々においてもかなりの変異がみられ、いろいろなC型肝
炎患者検体からの結果を検討してみると、前記の欧州特
許公開公報第0318216号、PCT国際公開wo9
0/14436号公報及びProc.Natl. A
cad. Sci. USA,第87巻,9524
〜9528頁(1990年)記載の情報に依って広く一
般のC型肝炎に対する予防ワクチンを作成することは不
可能と言わざるを得ない。
【0007】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、C型肝炎ウ
イルスのエンビロープ領域核酸断片、その検出方法、検
出用の核酸オリゴマーおよび検出キットおよびコードさ
れるペプチドを提供することを目的とする。
イルスのエンビロープ領域核酸断片、その検出方法、検
出用の核酸オリゴマーおよび検出キットおよびコードさ
れるペプチドを提供することを目的とする。
【0008】
【課題を解決するための手段】本発明は、C型肝炎ウイ
ルスのエンビロープ領域の核酸、その検出法、検出に用
いる核酸オリゴマー及び検出キット、更にエンビロープ
領域のペプチドに関する。更に詳しくはC型肝炎に関連
した核酸および標識したプローブにてC型肝炎のエンビ
ロープ領域の核酸を検出する方法に関する。また該核酸
の一部をプライマーとして核酸の増幅を行うことにより
C型肝炎ウイルスの核酸を検出する方法に関する。
ルスのエンビロープ領域の核酸、その検出法、検出に用
いる核酸オリゴマー及び検出キット、更にエンビロープ
領域のペプチドに関する。更に詳しくはC型肝炎に関連
した核酸および標識したプローブにてC型肝炎のエンビ
ロープ領域の核酸を検出する方法に関する。また該核酸
の一部をプライマーとして核酸の増幅を行うことにより
C型肝炎ウイルスの核酸を検出する方法に関する。
【0009】本発明において、慢性のC型肝炎の患者1
3人の各血清100μlからにグアニヂンチオシアネー
ト水溶液(例えば5Mグアニジンチオシアネート/25
mMクエン酸ナトリウム/0.5%サルコシル/0.2
Mβ−メルカプトエタノール)400μlを添加し室温
〜42℃で数10分間処理後、フェノ−ル/クロロフォ
ルム混合液で除タンパクし、次いでエタノール沈澱にて
核酸を得る。
3人の各血清100μlからにグアニヂンチオシアネー
ト水溶液(例えば5Mグアニジンチオシアネート/25
mMクエン酸ナトリウム/0.5%サルコシル/0.2
Mβ−メルカプトエタノール)400μlを添加し室温
〜42℃で数10分間処理後、フェノ−ル/クロロフォ
ルム混合液で除タンパクし、次いでエタノール沈澱にて
核酸を得る。
【0010】この様にして得た核酸に対して、dNTP
s(N=A、C、G、T)、ランダムプライマー(例え
ばベーリンガー・マンハイム社製No.1034731
)存在下、AMV逆転写酵素によってcDNAを合成す
る。
s(N=A、C、G、T)、ランダムプライマー(例え
ばベーリンガー・マンハイム社製No.1034731
)存在下、AMV逆転写酵素によってcDNAを合成す
る。
【0011】このようにして得られたcDNA溶液(1
)に対してC型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸の
増幅を行う。増幅は、例えばcDNA溶液(1)に対し
て、dNTPs、配列番号2で示されるオリゴDNA1
及び配列番号3で示されるオリゴDNA2、更に耐熱D
NAポリメラーゼ(例えばPromega社製No.1
01423)を用いて、95℃、1分間次いで45℃、
2分間次いで72℃、3分間更にこの3段階の温度時間
変化の操作を5回、更に95℃、1分間、次いで57℃
、2分間、次いで72℃、3分間の3段階の温度時間変
化の操作を30回繰り返し、最後に72℃で7分間ポリ
メラーゼ反応を行なう。
)に対してC型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸の
増幅を行う。増幅は、例えばcDNA溶液(1)に対し
て、dNTPs、配列番号2で示されるオリゴDNA1
及び配列番号3で示されるオリゴDNA2、更に耐熱D
NAポリメラーゼ(例えばPromega社製No.1
01423)を用いて、95℃、1分間次いで45℃、
2分間次いで72℃、3分間更にこの3段階の温度時間
変化の操作を5回、更に95℃、1分間、次いで57℃
、2分間、次いで72℃、3分間の3段階の温度時間変
化の操作を30回繰り返し、最後に72℃で7分間ポリ
メラーゼ反応を行なう。
【0012】次いでE.coll DNAポリメラー
ゼIを用いてより完全な二本鎖DNAとなし、更にT4
DNAポリメラーゼ処理にて二本鎖DNAの両端を平滑
化する。制限酵素で分解しうるプライマーセットを用い
た場合にはその制限酵素で分解することができる。配列
番号2および3で示されるオリゴDNAはEcoRIで
分解することができる。次に該核酸をM13mp18D
NAのSmaIあるいはプライマー中に存在する制限酵
素切断部位等に結合後、大腸菌JM109へ導入する。
ゼIを用いてより完全な二本鎖DNAとなし、更にT4
DNAポリメラーゼ処理にて二本鎖DNAの両端を平滑
化する。制限酵素で分解しうるプライマーセットを用い
た場合にはその制限酵素で分解することができる。配列
番号2および3で示されるオリゴDNAはEcoRIで
分解することができる。次に該核酸をM13mp18D
NAのSmaIあるいはプライマー中に存在する制限酵
素切断部位等に結合後、大腸菌JM109へ導入する。
【0013】得られる形質転換株から一本鎖DNAを調
製しM13シークエンシング(ダイデオキシ・ターミネ
イター)法等で一般に知られた方法、あるいは自動DN
Aシークエンサー(アプライドバイオシステムズ社製、
モデル373A)を用いてダイプライマー法及びダイタ
ーミネイター法にて塩基配列を決定する。
製しM13シークエンシング(ダイデオキシ・ターミネ
イター)法等で一般に知られた方法、あるいは自動DN
Aシークエンサー(アプライドバイオシステムズ社製、
モデル373A)を用いてダイプライマー法及びダイタ
ーミネイター法にて塩基配列を決定する。
【0014】上記方法で得られた核酸の断片は配列番号
6〜配列番号18で表されるDNA断片、あるいはこれ
らに於てTをUに置き換えて表示されるRNA断片であ
る。
6〜配列番号18で表されるDNA断片、あるいはこれ
らに於てTをUに置き換えて表示されるRNA断片であ
る。
【0015】本発明の塩基配列は、前記欧州特許公開公
報第0318216号(1989年5月31日公開)及
び前記Proc. Natl. Acad.Sci
. USA,第87巻,9524〜9528頁(19
90年)及びPCT国際公開公報wo90/14436
号(1990年11月29日公開)記載のC型肝炎ウイ
ルスの塩基配列とは夫々かなり異なっており、変異部分
を夫々変異に従い、B,D,H,K,M,N,R,S,
V,W,Yで表示して、配列番号1で示される次の一般
配列 5’−AGGGYCYTGG YRCAYGGYGT
YCGGGTYCTRGARGACRGCG TGAA
CTAYGC AACAGGGAAYYTDCCYGG
TT GCYCYTTYTC TATCTTYCTYY
TRGCYYTBC TVTCYTGYYT GACY
RYBCCHGYYTCCRCYY AYVARGTG
CR CAACGSSWCMGGGNYRTAYC A
TGTCACBAR YGAYTGYYCYAACKC
RAGYA TWGTGYAYRA RGYRRMGG
AYRYVATCMTGC WYDYYCCBGG G
TGYRYBCCYTGYGTYCGSG ARRRY
RRYNN YTCBMGNTGYTGGGYRGCG
C TBACYCCCAC GSTYGCVRCYAG
RRAYVBYA VYVTYCCCRC BRYGV
MRMTWCGBCGBCAYR TCGAYYTGC
T YGTHGGGRSVGCYRCYYTCT GY
TCSGCYVT STAYGTKGGRGAYYTB
TGCG GRTCYGTYTT YCTYRTYTC
YCABYTGTTTA CCYTCTMBMC YM
GSMDGYAYGDGACRDYRC ARGRYT
GYAA YTGYTCDMTYTAYSCYGGSC
AYRTRWCRGG KCAYCGYATGGCH
TGGGATA TGATGATGAA CTGGTC
VCCYACRDCRGCBY TRGTRRTDKC
KCAGB−3’
報第0318216号(1989年5月31日公開)及
び前記Proc. Natl. Acad.Sci
. USA,第87巻,9524〜9528頁(19
90年)及びPCT国際公開公報wo90/14436
号(1990年11月29日公開)記載のC型肝炎ウイ
ルスの塩基配列とは夫々かなり異なっており、変異部分
を夫々変異に従い、B,D,H,K,M,N,R,S,
V,W,Yで表示して、配列番号1で示される次の一般
配列 5’−AGGGYCYTGG YRCAYGGYGT
YCGGGTYCTRGARGACRGCG TGAA
CTAYGC AACAGGGAAYYTDCCYGG
TT GCYCYTTYTC TATCTTYCTYY
TRGCYYTBC TVTCYTGYYT GACY
RYBCCHGYYTCCRCYY AYVARGTG
CR CAACGSSWCMGGGNYRTAYC A
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MRMTWCGBCGBCAYR TCGAYYTGC
T YGTHGGGRSVGCYRCYYTCT GY
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TGCG GRTCYGTYTT YCTYRTYTC
YCABYTGTTTA CCYTCTMBMC YM
GSMDGYAYGDGACRDYRC ARGRYT
GYAA YTGYTCDMTYTAYSCYGGSC
AYRTRWCRGG KCAYCGYATGGCH
TGGGATA TGATGATGAA CTGGTC
VCCYACRDCRGCBY TRGTRRTDKC
KCAGB−3’
【0016】(ここでRはGまたは
A,YはTまたはC,DはGまたはAまたはT,VはA
またはGまたはC,BはCまたはTまたはG,HはAま
たはCまたはT,KはGまたはT,MはAまたはC,N
はAまたはCまたはGまたはT, SはGまたはC,W
はAまたはTを夫々表す)およびこの配列に於てTをU
に置き換えて表示される核酸である。本発明はまたこれ
らの相補鎖を包含する。
A,YはTまたはC,DはGまたはAまたはT,VはA
またはGまたはC,BはCまたはTまたはG,HはAま
たはCまたはT,KはGまたはT,MはAまたはC,N
はAまたはCまたはGまたはT, SはGまたはC,W
はAまたはTを夫々表す)およびこの配列に於てTをU
に置き換えて表示される核酸である。本発明はまたこれ
らの相補鎖を包含する。
【0017】A,C,G,T(あるいはU)で表示され
る部分がすべてのC型肝炎ウイルスに共通している部分
であり、かなり変異があることが分かる。本発明の核酸
配列は多数のC型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸
の一般化した塩基配列である。
る部分がすべてのC型肝炎ウイルスに共通している部分
であり、かなり変異があることが分かる。本発明の核酸
配列は多数のC型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸
の一般化した塩基配列である。
【0018】本発明は、配列番号6〜配列番号18の塩
基配列を有する核酸断片中に存在する少なくとも8塩基
の長さの断片よりなるDNAまたはRNAオリゴマーを
包含する。該オリゴマーは標識化合物を結合させてDN
AまたなRNAプローブとして、または核酸増幅のプラ
イマーとして用いることが出来る。
基配列を有する核酸断片中に存在する少なくとも8塩基
の長さの断片よりなるDNAまたはRNAオリゴマーを
包含する。該オリゴマーは標識化合物を結合させてDN
AまたなRNAプローブとして、または核酸増幅のプラ
イマーとして用いることが出来る。
【0019】本発明の方法により、配列番号1およびこ
の相補な塩基配列ならびにこれらにおいてTをUに置き
換えて表示される塩基配列を有する核酸断片中に存在す
るDNAまたはRNAオリゴマーを標識化合物で標識し
たDNAまたはRNAプローブを用いて、広くC型肝炎
ウイルスのエンビロープ領域核酸を検出することができ
る。
の相補な塩基配列ならびにこれらにおいてTをUに置き
換えて表示される塩基配列を有する核酸断片中に存在す
るDNAまたはRNAオリゴマーを標識化合物で標識し
たDNAまたはRNAプローブを用いて、広くC型肝炎
ウイルスのエンビロープ領域核酸を検出することができ
る。
【0020】該DNAまたはRNAオリゴマーの長さは
少なくとも8塩基、好ましくは12塩基以上の長さであ
る。本発明に於いて、非A非B非C型肝炎の関連核酸を
検出しようとする場合、上記核酸断片の少なくとも8塩
基以上、好ましくは12塩基以上、更に好ましくは20
塩基以上の断片DNAまたはRNAを当業界にて一般に
知られた核酸標識化合物で標識したプローブを用いてサ
ザーンハイブリダイゼーション、ノーザンハイブリダイ
ゼーション、ドットハイブリダイゼーション、スロット
ハイブリダイゼーションなどで相同性を見ることにより
検出し得る。
少なくとも8塩基、好ましくは12塩基以上の長さであ
る。本発明に於いて、非A非B非C型肝炎の関連核酸を
検出しようとする場合、上記核酸断片の少なくとも8塩
基以上、好ましくは12塩基以上、更に好ましくは20
塩基以上の断片DNAまたはRNAを当業界にて一般に
知られた核酸標識化合物で標識したプローブを用いてサ
ザーンハイブリダイゼーション、ノーザンハイブリダイ
ゼーション、ドットハイブリダイゼーション、スロット
ハイブリダイゼーションなどで相同性を見ることにより
検出し得る。
【0021】標識化合物としては、放射性化合物、アビ
ジンあるいはジゴキシゲニン及び蛍光発色物質等が挙げ
られる。検出しようとする検体、例えば血清や肝臓組織
から調製した核酸はそのままでも使えるが、核酸の分解
を起こさない適当な緩衝液中で処理した検体に対して、
蛋白分解処理し、次いでフェノールまたはフェノール/
クロロフォルム混合液さらに必要な場合イソアミルアル
コールをフェノールの1/10〜1/20程度添加した
混合液にて除蛋白し、水相を回収し3Mの酢酸ナトリウ
ム水溶液(pH5.4)の如き適当な塩溶液を10分の
1容量添加後次いでエタノールを2〜3倍容量またはイ
ソプロパノールを等容量加えて、−80℃で20分間ま
たは−20℃で2時間保持後、高速遠心(15,000
〜40,000rpm、5〜30分間)して沈澱として
得た核酸でもよい。あるいは上記の除蛋白操作後得られ
た水相に対して、クロロフォルムまたはヂエチルエーテ
ルの如き難水溶性の溶剤にて水相からフェノールを除去
して得た核酸の水溶液でもよい。
ジンあるいはジゴキシゲニン及び蛍光発色物質等が挙げ
られる。検出しようとする検体、例えば血清や肝臓組織
から調製した核酸はそのままでも使えるが、核酸の分解
を起こさない適当な緩衝液中で処理した検体に対して、
蛋白分解処理し、次いでフェノールまたはフェノール/
クロロフォルム混合液さらに必要な場合イソアミルアル
コールをフェノールの1/10〜1/20程度添加した
混合液にて除蛋白し、水相を回収し3Mの酢酸ナトリウ
ム水溶液(pH5.4)の如き適当な塩溶液を10分の
1容量添加後次いでエタノールを2〜3倍容量またはイ
ソプロパノールを等容量加えて、−80℃で20分間ま
たは−20℃で2時間保持後、高速遠心(15,000
〜40,000rpm、5〜30分間)して沈澱として
得た核酸でもよい。あるいは上記の除蛋白操作後得られ
た水相に対して、クロロフォルムまたはヂエチルエーテ
ルの如き難水溶性の溶剤にて水相からフェノールを除去
して得た核酸の水溶液でもよい。
【0022】本発明に於いては、上記のハイブリダイゼ
ーション法によるC型肝炎ウイルスのエンビロープ領域
核酸の検出方法の他に、更に高感度の診断方法として、
前記の塩基配列(配列番号1またはその相補配列)を有
するDNA断片またはこれらの配列と相同な配列を有す
るRNA断片中に存在する断片よりなるDNAまたはR
NAオリゴマーをプライマーとして、核酸の増幅を行う
ことによりC型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸を
検出する方法が提供される。
ーション法によるC型肝炎ウイルスのエンビロープ領域
核酸の検出方法の他に、更に高感度の診断方法として、
前記の塩基配列(配列番号1またはその相補配列)を有
するDNA断片またはこれらの配列と相同な配列を有す
るRNA断片中に存在する断片よりなるDNAまたはR
NAオリゴマーをプライマーとして、核酸の増幅を行う
ことによりC型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸を
検出する方法が提供される。
【0023】更に詳しくは、前記の塩基配列(配列番号
1)中に存在する断片よりなるDNAまたはRNAオリ
ゴマー、および該塩基配列とは相補な塩基配列中に存在
する断片よりなるDNAまたはRNAオリゴマーをプラ
イマーとして核酸の増幅を行うことにより、C型肝炎ウ
イルスのエンビロープ領域核酸を検出する方法が提供さ
れる。
1)中に存在する断片よりなるDNAまたはRNAオリ
ゴマー、および該塩基配列とは相補な塩基配列中に存在
する断片よりなるDNAまたはRNAオリゴマーをプラ
イマーとして核酸の増幅を行うことにより、C型肝炎ウ
イルスのエンビロープ領域核酸を検出する方法が提供さ
れる。
【0024】プライマーとして用いるDNAまたはRN
Aオリゴマーは、構成塩基の80%以上がA、C、G、
T(またはU)またはRであり塩基の長さは少なくとも
8塩基、好ましくは12塩基以上であり、配列番号1ま
たはこれの相補配列の中に見出される配列断片である。 実用上12〜30塩基程度が好ましい。またYとしては
Tが好ましい。配列番号1の塩基配列において、1〜9
2番目の配列および/または502〜536番目の相補
配列に含まれる断片をプライマーとして用いることが好
ましい。
Aオリゴマーは、構成塩基の80%以上がA、C、G、
T(またはU)またはRであり塩基の長さは少なくとも
8塩基、好ましくは12塩基以上であり、配列番号1ま
たはこれの相補配列の中に見出される配列断片である。 実用上12〜30塩基程度が好ましい。またYとしては
Tが好ましい。配列番号1の塩基配列において、1〜9
2番目の配列および/または502〜536番目の相補
配列に含まれる断片をプライマーとして用いることが好
ましい。
【0025】核酸の増幅法としては、標的配列に結合す
るオリゴヌクレオチドプライマーで囲まれた遺伝子部分
の多数のコピーを合成する方法がある。この反応は、D
NAの変性→プライマーの標的配列との結合(アニーリ
ング)→DNAポリメラーゼによる鋳型DNAの相補D
NA鎖の伸長の3段階処理からなり、この3段階処理を
繰り返すことにより最初の標的核酸を指数関数的に増幅
するものである。
るオリゴヌクレオチドプライマーで囲まれた遺伝子部分
の多数のコピーを合成する方法がある。この反応は、D
NAの変性→プライマーの標的配列との結合(アニーリ
ング)→DNAポリメラーゼによる鋳型DNAの相補D
NA鎖の伸長の3段階処理からなり、この3段階処理を
繰り返すことにより最初の標的核酸を指数関数的に増幅
するものである。
【0026】また、前もって合成されたDNA鎖(プロ
ーブ)を連結するためにリガーゼを用いる方法がある。 これらのプローブが相補的な塩基配列に結合すると、リ
ガーゼがそれらをつなぎ合わせる。つぎに2つの鋳型が
ともにつぎのサイクルで特定の塩基配列を作り続け増幅
させることが出来る。
ーブ)を連結するためにリガーゼを用いる方法がある。 これらのプローブが相補的な塩基配列に結合すると、リ
ガーゼがそれらをつなぎ合わせる。つぎに2つの鋳型が
ともにつぎのサイクルで特定の塩基配列を作り続け増幅
させることが出来る。
【0027】また、RNAを標的とした場合において、
次の方法がある。即ち、まずプライマー1を標的RNA
に結合させる。このプライマーには、5’末端部分にR
NAポリメラーゼのプロモーター配列を組み込んである
。プライマー1を標的RNAに結合して、逆転写酵素に
よりプライマー1から相補鎖DNA(cDNA)をつく
る。この際に最初の鋳型RNAはRNaseHによって
分解除去され一本鎖cDNAとなる。次に一本鎖のcD
NAの3’末端側にプライマー2を結合し二本鎖DNA
となす。RNAポリメラーゼのプロモーター配列部分も
二本鎖化して、RNAポリメラーゼが働き、最初とは相
補のRNA(cRNA)のコピーが多数合成される。
次の方法がある。即ち、まずプライマー1を標的RNA
に結合させる。このプライマーには、5’末端部分にR
NAポリメラーゼのプロモーター配列を組み込んである
。プライマー1を標的RNAに結合して、逆転写酵素に
よりプライマー1から相補鎖DNA(cDNA)をつく
る。この際に最初の鋳型RNAはRNaseHによって
分解除去され一本鎖cDNAとなる。次に一本鎖のcD
NAの3’末端側にプライマー2を結合し二本鎖DNA
となす。RNAポリメラーゼのプロモーター配列部分も
二本鎖化して、RNAポリメラーゼが働き、最初とは相
補のRNA(cRNA)のコピーが多数合成される。
【0028】次に、これらのcRNAを鋳型として多数
のcDNAが合成され、これらの一連の循環的な反応で
最初の微量RNAを増幅することが出来る。RNAを増
幅させるには、RNA型バクテリオファージQβのRN
A依存性tRNAであるQβレプリカーゼを用いる方法
もある。
のcDNAが合成され、これらの一連の循環的な反応で
最初の微量RNAを増幅することが出来る。RNAを増
幅させるには、RNA型バクテリオファージQβのRN
A依存性tRNAであるQβレプリカーゼを用いる方法
もある。
【0029】DNAポリメラーゼを用いる方法に於いて
は、検体の血清或いは肝臓組織から抽出した核酸を前述
の方法と同様に、逆転写酵素及びランダムなオリゴマー
DNA混合物を使用してcDNAを合成する。DNAオ
リゴマーの混合物として、好ましくはDNAのテトラマ
ー〜オクタマーの混合物、更に好ましくはDNAのヘプ
タマー〜ペンタマーの混合物、特に好ましくはDNAヘ
キサマーの混合物、例えばベーリンガー・マンハイム山
之内(株)の“ランダム”p(dN)6 の如きものが
挙げられる。オリゴマーDNA及び逆転写酵素を使用し
て処理されたcDNAの増幅を行う。
は、検体の血清或いは肝臓組織から抽出した核酸を前述
の方法と同様に、逆転写酵素及びランダムなオリゴマー
DNA混合物を使用してcDNAを合成する。DNAオ
リゴマーの混合物として、好ましくはDNAのテトラマ
ー〜オクタマーの混合物、更に好ましくはDNAのヘプ
タマー〜ペンタマーの混合物、特に好ましくはDNAヘ
キサマーの混合物、例えばベーリンガー・マンハイム山
之内(株)の“ランダム”p(dN)6 の如きものが
挙げられる。オリゴマーDNA及び逆転写酵素を使用し
て処理されたcDNAの増幅を行う。
【0030】cDNAの増幅にはDNA依存型のDNA
ポリメラーゼを使用する。かかるDNAポリメラーゼと
しては、大腸菌DNAポリメラーゼI、T4DNAポリ
メラーゼ、あるいは耐熱DNAポリメラーゼで知られる
TthDNAポリメラーゼまたはTaqDNAポリメラ
ーゼなどを挙げることが出来る。
ポリメラーゼを使用する。かかるDNAポリメラーゼと
しては、大腸菌DNAポリメラーゼI、T4DNAポリ
メラーゼ、あるいは耐熱DNAポリメラーゼで知られる
TthDNAポリメラーゼまたはTaqDNAポリメラ
ーゼなどを挙げることが出来る。
【0031】これらのDNAポリメラーゼは夫々供給者
の使用能書に従って使用し得る。これらのDNAポリメ
ラーゼのうち、耐熱DNAポリメラーゼで知られるTt
hDNAポリメラーゼまたはTaqDNAポリメラーゼ
が好ましい。使用するTthDNAポリメラーゼは東洋
紡製(No.TTH−103)、TaqDNAポリメラ
ーゼはPromega社(例えばNo.101423)
、ボクスイ・ブラウン社、ベセスダ・リサーチ・ラボラ
トリー社、宝酒造社などから夫々販売されているものを
使用できる。これらのDNAポリメラーゼのうちTth
DNAポリメラーゼ、Promega社のTaqDNA
ポリメラーゼが酵素活性が高いので一層好ましい。
の使用能書に従って使用し得る。これらのDNAポリメ
ラーゼのうち、耐熱DNAポリメラーゼで知られるTt
hDNAポリメラーゼまたはTaqDNAポリメラーゼ
が好ましい。使用するTthDNAポリメラーゼは東洋
紡製(No.TTH−103)、TaqDNAポリメラ
ーゼはPromega社(例えばNo.101423)
、ボクスイ・ブラウン社、ベセスダ・リサーチ・ラボラ
トリー社、宝酒造社などから夫々販売されているものを
使用できる。これらのDNAポリメラーゼのうちTth
DNAポリメラーゼ、Promega社のTaqDNA
ポリメラーゼが酵素活性が高いので一層好ましい。
【0032】本発明に於て、DNAポリメラーゼを用い
てDNAの増幅を行うに際して使用するプライマーとし
てオリゴDNAセットを用いる。該オリゴDNAセット
は前記塩基配列(配列番号1)を有する断片中に存在す
る少なくとも8塩基の長さの断片よりなるDNAオリゴ
マー、および配列番号1の相補鎖断片中に存在する少な
くとも8塩基の長さの断片よりなるDNAオリゴマーで
ある。
てDNAの増幅を行うに際して使用するプライマーとし
てオリゴDNAセットを用いる。該オリゴDNAセット
は前記塩基配列(配列番号1)を有する断片中に存在す
る少なくとも8塩基の長さの断片よりなるDNAオリゴ
マー、および配列番号1の相補鎖断片中に存在する少な
くとも8塩基の長さの断片よりなるDNAオリゴマーで
ある。
【0033】両DNAオリゴマーはお互いに相補鎖上に
ある配列であって、且つお互いに塩基配列の3’側の下
流に位置しているのが好ましい。使用するDNAオリゴ
マーの長さは好ましくは12塩基以上である。長さの上
限は特に制限はないが、一般に40塩基以下で十分であ
る。本発明に於て、一般にはお互いに相補鎖DNAの上
にあるDNAオリゴマーをセットとして使用し、前記c
DNAの増幅反応を行うが、非A非B型肝炎ウイルスが
患者により変異している事が多い故に、複数のDNAオ
リゴマーセット、即ち2セット以上の組合せで核酸増幅
反応を実施することは、一層核酸の検出をよくするので
好ましい。
ある配列であって、且つお互いに塩基配列の3’側の下
流に位置しているのが好ましい。使用するDNAオリゴ
マーの長さは好ましくは12塩基以上である。長さの上
限は特に制限はないが、一般に40塩基以下で十分であ
る。本発明に於て、一般にはお互いに相補鎖DNAの上
にあるDNAオリゴマーをセットとして使用し、前記c
DNAの増幅反応を行うが、非A非B型肝炎ウイルスが
患者により変異している事が多い故に、複数のDNAオ
リゴマーセット、即ち2セット以上の組合せで核酸増幅
反応を実施することは、一層核酸の検出をよくするので
好ましい。
【0034】また使用するDNAオリゴマーの塩基配列
は、3’端の塩基配列が検出しようとする核酸の配列に
一致しておればそのほかは2割程度のミスマッチを含む
ものでも使用し得る。
は、3’端の塩基配列が検出しようとする核酸の配列に
一致しておればそのほかは2割程度のミスマッチを含む
ものでも使用し得る。
【0035】本発明に於て、核酸の増幅反応は前述の検
体より抽出精製したのち逆転写酵素処理したcDNAに
対して、適当なオリゴDNAおよび耐熱DNAポリメラ
ーゼを用いた従来公知の方法で実施できるが、一般には
先述の得られたcDNAに対して、終濃度が塩化カリウ
ム0.01〜0.1M、好ましくは0.02〜0.07
M、トリス塩酸(pH7.5〜8.5、好ましくはpH
7.8〜8.3)0.001〜0.05M、好ましくは
0.005〜0.03M、塩化マグネシウム0.3〜3
mM、好ましくは0.5〜2mM、ゼラチン0.001
〜0.1、好ましくは0.005〜0.04%、トリト
ンX−100( Triton X−100)あるいは
ツイーン(Tween)等の中性ディタージェント0.
001〜0.1%、好ましくは0.005〜0.05%
、dNTPs[デオキシアデノシン酸三燐酸ナトリウム
塩(dATP)、デオキシグアノシン酸三燐酸ナトリウ
ム塩(dGTP)、デオキシシトシン酸三燐酸ナトリウ
ム塩(dCTP)、およびチミヂン酸三燐酸ナトリウム
塩(dTTP)各々の]50〜700μM、好ましくは
100〜400μM,及びオリゴDNA夫々0.001
−0.05μg/μl、好ましくは0.002−0.0
2μg/μl、更に耐熱DNAポリメラーゼ0.005
〜0.1ユニット/μl、好ましくは0.01〜0.0
5ユニット/μl程度となるように各成分を添加する。
体より抽出精製したのち逆転写酵素処理したcDNAに
対して、適当なオリゴDNAおよび耐熱DNAポリメラ
ーゼを用いた従来公知の方法で実施できるが、一般には
先述の得られたcDNAに対して、終濃度が塩化カリウ
ム0.01〜0.1M、好ましくは0.02〜0.07
M、トリス塩酸(pH7.5〜8.5、好ましくはpH
7.8〜8.3)0.001〜0.05M、好ましくは
0.005〜0.03M、塩化マグネシウム0.3〜3
mM、好ましくは0.5〜2mM、ゼラチン0.001
〜0.1、好ましくは0.005〜0.04%、トリト
ンX−100( Triton X−100)あるいは
ツイーン(Tween)等の中性ディタージェント0.
001〜0.1%、好ましくは0.005〜0.05%
、dNTPs[デオキシアデノシン酸三燐酸ナトリウム
塩(dATP)、デオキシグアノシン酸三燐酸ナトリウ
ム塩(dGTP)、デオキシシトシン酸三燐酸ナトリウ
ム塩(dCTP)、およびチミヂン酸三燐酸ナトリウム
塩(dTTP)各々の]50〜700μM、好ましくは
100〜400μM,及びオリゴDNA夫々0.001
−0.05μg/μl、好ましくは0.002−0.0
2μg/μl、更に耐熱DNAポリメラーゼ0.005
〜0.1ユニット/μl、好ましくは0.01〜0.0
5ユニット/μl程度となるように各成分を添加する。
【0036】本発明では総反応液量は、5〜200μl
、好ましくは10〜100μlである。本発明では核酸
増幅反応中に水分がチューブ上部壁に気化付着するのを
防ぐために反応液の上に流動パラフィンの如き非水溶性
で且つ反応液より比重の小さい液体を重層する。重層量
は上記反応液の上部表面を十分覆う程度である。普通5
0μl程度で十分である。
、好ましくは10〜100μlである。本発明では核酸
増幅反応中に水分がチューブ上部壁に気化付着するのを
防ぐために反応液の上に流動パラフィンの如き非水溶性
で且つ反応液より比重の小さい液体を重層する。重層量
は上記反応液の上部表面を十分覆う程度である。普通5
0μl程度で十分である。
【0037】上述の反応混合物に対して、温度及び時間
の一連の多段階変化にて酵素反応を実施し核酸の増幅を
行う核酸の増幅は、核酸の一本鎖化の処理(ディネーチ
ャ)→オリゴDNAの付着(アニーリング)→DNAの
二本鎖化の従来公知の処理方法を実施することによりな
され得る。
の一連の多段階変化にて酵素反応を実施し核酸の増幅を
行う核酸の増幅は、核酸の一本鎖化の処理(ディネーチ
ャ)→オリゴDNAの付着(アニーリング)→DNAの
二本鎖化の従来公知の処理方法を実施することによりな
され得る。
【0038】核酸の一本鎖化の処理として85〜99℃
・1秒〜10分間、好ましくは90〜98℃・3秒〜6
分間の処理で実施し得る。かかる核酸の一本鎖化の次ぎ
にオリゴDNAの付着処理を行う。オリゴDNAの付着
の為には40〜65℃・10秒〜5分間、好ましくは4
5〜60℃・20秒〜2分間の保持を行う。オリゴDN
Aの付着の次ぎにDNAの二本鎖化反応を行う。DNA
の二本鎖化反応のためには65〜75℃・10秒〜5分
間、好ましくは68〜73℃・20秒〜3分間の保持を
行う。
・1秒〜10分間、好ましくは90〜98℃・3秒〜6
分間の処理で実施し得る。かかる核酸の一本鎖化の次ぎ
にオリゴDNAの付着処理を行う。オリゴDNAの付着
の為には40〜65℃・10秒〜5分間、好ましくは4
5〜60℃・20秒〜2分間の保持を行う。オリゴDN
Aの付着の次ぎにDNAの二本鎖化反応を行う。DNA
の二本鎖化反応のためには65〜75℃・10秒〜5分
間、好ましくは68〜73℃・20秒〜3分間の保持を
行う。
【0039】本発明に於いて上記の一連の多段階酵素反
応処理を繰り返すことは、核酸の一層の増幅をもたらす
ので好ましい。一連の多段階酵素反応処理の繰り返し回
数は用いる耐熱酵素の活性が持続する限り実施すること
ができる。しかし一般に15〜50回程度、好ましくは
20〜40回、更に好ましくは25〜35回程度の繰り
返しである。
応処理を繰り返すことは、核酸の一層の増幅をもたらす
ので好ましい。一連の多段階酵素反応処理の繰り返し回
数は用いる耐熱酵素の活性が持続する限り実施すること
ができる。しかし一般に15〜50回程度、好ましくは
20〜40回、更に好ましくは25〜35回程度の繰り
返しである。
【0040】上記の一連の多段階酵素反応処理の繰り返
しの開始直前に、98〜92℃・30秒〜7分間、好ま
しくは93〜96℃・2〜5分間程度の核酸の完全一本
鎖化の為の処理を実施しておくのは好ましいことである
。更に一連の多段階酵素反応処理の繰り返しを行うに際
し、最初の8回迄、好ましくは5回迄はオリゴDNAの
付着処理条件の温度を、それ以降の条件よりも一般に低
くするのが好ましい。
しの開始直前に、98〜92℃・30秒〜7分間、好ま
しくは93〜96℃・2〜5分間程度の核酸の完全一本
鎖化の為の処理を実施しておくのは好ましいことである
。更に一連の多段階酵素反応処理の繰り返しを行うに際
し、最初の8回迄、好ましくは5回迄はオリゴDNAの
付着処理条件の温度を、それ以降の条件よりも一般に低
くするのが好ましい。
【0041】一連の温度変化を何度も繰り返すに従い耐
熱DNAポリメラーゼの酵素活性が低下するため、繰り
返しの回数は一般には30回程度より多くしても更に核
酸の増幅は余り期待できないが、熱変性条件が92℃以
下或いは95℃でも20秒間以下の処理の場合30回以
上でも更に十分な増幅が起こるので、回数を45回程度
まで増すのは好ましいことである。
熱DNAポリメラーゼの酵素活性が低下するため、繰り
返しの回数は一般には30回程度より多くしても更に核
酸の増幅は余り期待できないが、熱変性条件が92℃以
下或いは95℃でも20秒間以下の処理の場合30回以
上でも更に十分な増幅が起こるので、回数を45回程度
まで増すのは好ましいことである。
【0042】また本増幅反応に於いて反応液中に、Tr
iton X−100(ポリエチレン・グリコール・
モノ−p−イソ−オクチルフェニル・エーテル)、Br
iji−58(ポリオキシエチレン・セチル・アルコー
ル・エーテル)、Briji−35(ポリオキシエチレ
ン・ラウリル・アルコール・エーテル)、またはTwe
en(ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート、
ポリオキシエチレンソルビタンモノオレート、ポリオキ
シエチレンソルビタンモノパルミテート、ポリオキシエ
チレンソルビタンモノステアレート等)の如き中性の界
面活性剤を0.001〜0.05%程度添加することに
より核酸増幅が更によくなるのでこれらの界面活性剤添
加しておくのは好ましいことである。
iton X−100(ポリエチレン・グリコール・
モノ−p−イソ−オクチルフェニル・エーテル)、Br
iji−58(ポリオキシエチレン・セチル・アルコー
ル・エーテル)、Briji−35(ポリオキシエチレ
ン・ラウリル・アルコール・エーテル)、またはTwe
en(ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート、
ポリオキシエチレンソルビタンモノオレート、ポリオキ
シエチレンソルビタンモノパルミテート、ポリオキシエ
チレンソルビタンモノステアレート等)の如き中性の界
面活性剤を0.001〜0.05%程度添加することに
より核酸増幅が更によくなるのでこれらの界面活性剤添
加しておくのは好ましいことである。
【0043】上記の増幅反応を実施した後、必要ならば
反応水溶液の1〜5μlに対して、再び上記と同様の第
二回目の核酸増幅操作を再度施すのが好ましい。
反応水溶液の1〜5μlに対して、再び上記と同様の第
二回目の核酸増幅操作を再度施すのが好ましい。
【0044】核酸の増幅操作を実施後、一般には2〜4
%のアガロースゲル上で反応水溶液の3〜10μlを電
気泳動して、一般にはエチジウウム・ブロマイド染色後
、UV照射して発光せしめ、増幅核酸を検出する。また
は電気泳動の終了したアガロースゲルを乾燥せしめ、核
酸増幅に使用したDNAオリゴマーセット間に含まれる
核酸をプローブとして、当業界公知のハイブリダイゼー
ションの方法にて増幅核酸の検出を行える。
%のアガロースゲル上で反応水溶液の3〜10μlを電
気泳動して、一般にはエチジウウム・ブロマイド染色後
、UV照射して発光せしめ、増幅核酸を検出する。また
は電気泳動の終了したアガロースゲルを乾燥せしめ、核
酸増幅に使用したDNAオリゴマーセット間に含まれる
核酸をプローブとして、当業界公知のハイブリダイゼー
ションの方法にて増幅核酸の検出を行える。
【0045】或いは電気泳動の終了したアガロースゲル
を当業界でサザーンハイブリダイゼーションで知られた
方法により、ニトロセルロースメンブレンまたはナイロ
ンメンブレンにサザーントランスファーまたはバキュウ
ムトランスファーした変性DNAを、核酸増幅に使用し
たDNAオリゴマーセット間に含まれる核酸をプローブ
として検出する。
を当業界でサザーンハイブリダイゼーションで知られた
方法により、ニトロセルロースメンブレンまたはナイロ
ンメンブレンにサザーントランスファーまたはバキュウ
ムトランスファーした変性DNAを、核酸増幅に使用し
たDNAオリゴマーセット間に含まれる核酸をプローブ
として検出する。
【0046】プローブの標識には[α−32P]dNT
P(N=A,G,C,T)または[γ−32P]ATP
、[α−35S]dNTP(N=A,G,C,T)また
は[γ−35S]ATPなどの放射性化合物を用いてジ
ェイ・シャムブルックら“モリキュラー・クローニング
・ア・ラボラトリー・マニュアル 第2改訂版”(コ
ールド・スプリング・ハーバーラボラトリー・プレス、
1989年)、10.6〜10.12頁記載のいわゆる
“ニックトランスレイション”或いは10.13〜10
.15頁記載のいわゆる“ランダムプライマー法”によ
るラベリングの方法或いは10.51〜10.65頁記
載の“5’、または3’末端ラベリング”にてDNAプ
ローブを調製できる。
P(N=A,G,C,T)または[γ−32P]ATP
、[α−35S]dNTP(N=A,G,C,T)また
は[γ−35S]ATPなどの放射性化合物を用いてジ
ェイ・シャムブルックら“モリキュラー・クローニング
・ア・ラボラトリー・マニュアル 第2改訂版”(コ
ールド・スプリング・ハーバーラボラトリー・プレス、
1989年)、10.6〜10.12頁記載のいわゆる
“ニックトランスレイション”或いは10.13〜10
.15頁記載のいわゆる“ランダムプライマー法”によ
るラベリングの方法或いは10.51〜10.65頁記
載の“5’、または3’末端ラベリング”にてDNAプ
ローブを調製できる。
【0047】プローブにジゴキシゲニン或いはビオチン
を標識として入れた核酸を使用することもできる。ジゴ
キシゲニンでの標識には、ベーリンガー・マンハイム社
製のDNAラベリング・デテクション・キット(製品N
o.1093657)を使用でき、あるいはビオチンを
標識として入れるにはベセスダ・リサーチ・ラボラトリ
ー社製のビオチンラベリング・キット(製品No.81
60SB)を用いて、供給者の使用能書に従って行うこ
とが出来る。
を標識として入れた核酸を使用することもできる。ジゴ
キシゲニンでの標識には、ベーリンガー・マンハイム社
製のDNAラベリング・デテクション・キット(製品N
o.1093657)を使用でき、あるいはビオチンを
標識として入れるにはベセスダ・リサーチ・ラボラトリ
ー社製のビオチンラベリング・キット(製品No.81
60SB)を用いて、供給者の使用能書に従って行うこ
とが出来る。
【0048】また、これらの標識核酸を用いたハイブリ
ダイゼーションは、夫々の検出システム、即ちジゴキシ
ゲニン標識の場合は上記デテクション・キット(No.
1093657)にて、ビオチン標識の場合はベセスダ
・リサーチ・ラボラトリー社製のDNA検出システム(
No.8279SA)を用いて、各供給者の使用能書に
従って実施し得る。
ダイゼーションは、夫々の検出システム、即ちジゴキシ
ゲニン標識の場合は上記デテクション・キット(No.
1093657)にて、ビオチン標識の場合はベセスダ
・リサーチ・ラボラトリー社製のDNA検出システム(
No.8279SA)を用いて、各供給者の使用能書に
従って実施し得る。
【0049】
【実施例】以下実施例を挙げて本発明を更に具体的に述
べるが、本発明はこれらの実施例に限るものではない。 実施例1 非A非B型慢性肝炎患者(#6〜#19)の各々の血清
100μlにグアニヂンチオシアネート水溶液(5Mグ
アニジンチオシアネート/25mMクエン酸ナトリウム
/0.5%サルコシル/0.2Mβ−メルカプトエタノ
ール)400μlを添加し、37℃・30分間・100
rpmで振盪後、フェノ−ル/クロロフォルム(4/1
)混合液500μlで3回抽出した。この水相に10分
の1容の3M酢酸ナトリウム液(pH5.4)、1μg
のグリコーゲン、2.5倍容のエタノールを添加し、−
80℃・30分間保持後、12,000rpmで10分
間遠心して得られたペレットを70%エタノール、次い
で100%エタノールで洗浄後、核酸を得、これらを2
0μlTEに溶解した。
べるが、本発明はこれらの実施例に限るものではない。 実施例1 非A非B型慢性肝炎患者(#6〜#19)の各々の血清
100μlにグアニヂンチオシアネート水溶液(5Mグ
アニジンチオシアネート/25mMクエン酸ナトリウム
/0.5%サルコシル/0.2Mβ−メルカプトエタノ
ール)400μlを添加し、37℃・30分間・100
rpmで振盪後、フェノ−ル/クロロフォルム(4/1
)混合液500μlで3回抽出した。この水相に10分
の1容の3M酢酸ナトリウム液(pH5.4)、1μg
のグリコーゲン、2.5倍容のエタノールを添加し、−
80℃・30分間保持後、12,000rpmで10分
間遠心して得られたペレットを70%エタノール、次い
で100%エタノールで洗浄後、核酸を得、これらを2
0μlTEに溶解した。
【0050】これらの溶液各10μlに対して、最終濃
度が50mM TrisHCl(pH8.3)/75
mM KCl/10mMヂチオスレイトール/5mM
MgCl2 /4mM燐酸ナトリウム/1mM
dNTPs(N=A、C、G、T)/1.6μgランダ
ムプライマー(ベーリンガー・マンハイム社製No.1
034731)、0.2u/μlAMV逆転写酵素(総
量20μl)となるように各成分を加え、42℃で一時
間cDNAの合成反応を行ない、さらにフェノール抽出
、エタノール沈澱を行い得られたcDNAをTE10μ
lに溶解した。
度が50mM TrisHCl(pH8.3)/75
mM KCl/10mMヂチオスレイトール/5mM
MgCl2 /4mM燐酸ナトリウム/1mM
dNTPs(N=A、C、G、T)/1.6μgランダ
ムプライマー(ベーリンガー・マンハイム社製No.1
034731)、0.2u/μlAMV逆転写酵素(総
量20μl)となるように各成分を加え、42℃で一時
間cDNAの合成反応を行ない、さらにフェノール抽出
、エタノール沈澱を行い得られたcDNAをTE10μ
lに溶解した。
【0051】このようにして得られた各cDNA溶液の
2μlに対して、10×TaqDNA−P反応液(0.
5M KCl/0.1M TrisHCl/15m
M MgCl2 /0.1%ゼラチン/0.1%
Ttiton X−100の水溶液)2μl、滅菌水
12μl,dNTPsミクスチャー(dATP、dCT
P、dGTP、dTTP各々の1.25mM溶液)の3
.2μl,及び配列番号2で示されるオリゴDNA1及
び配列番号3で示されるオリゴDNA2(濃度0.1μ
g/μl)の各々1μl、更にTaq DNAポリメ
ラーゼ(Promega社製No.101423)0.
1μl、更に流動パラフィン50μlを加え、94℃・
3分間処理後、速やかに94℃・1分間→50℃・2分
間→72℃・2分間の3段階の温度・時間変化の操作を
5回繰り返し、更に94℃・1分間→57℃・2分間→
72℃・2分間の3段階の温度時間変化の操作を30回
繰り返し、最後に72℃・7分間処理した。この様にし
て得られた各増幅DNAに制限酵素EcoRIを添加し
加水分解した。
2μlに対して、10×TaqDNA−P反応液(0.
5M KCl/0.1M TrisHCl/15m
M MgCl2 /0.1%ゼラチン/0.1%
Ttiton X−100の水溶液)2μl、滅菌水
12μl,dNTPsミクスチャー(dATP、dCT
P、dGTP、dTTP各々の1.25mM溶液)の3
.2μl,及び配列番号2で示されるオリゴDNA1及
び配列番号3で示されるオリゴDNA2(濃度0.1μ
g/μl)の各々1μl、更にTaq DNAポリメ
ラーゼ(Promega社製No.101423)0.
1μl、更に流動パラフィン50μlを加え、94℃・
3分間処理後、速やかに94℃・1分間→50℃・2分
間→72℃・2分間の3段階の温度・時間変化の操作を
5回繰り返し、更に94℃・1分間→57℃・2分間→
72℃・2分間の3段階の温度時間変化の操作を30回
繰り返し、最後に72℃・7分間処理した。この様にし
て得られた各増幅DNAに制限酵素EcoRIを添加し
加水分解した。
【0051】DNAを常法に従い抽出精製し、該精製D
NAを、M13mp18のファージ複製型DNAのEc
oRI分解物をアルカラインフォスファターゼ(BAP
)処理したものに、DNAリガーゼにて結合し、大腸菌
JM109のコンピテントセル(宝酒造、No.905
2)の形質転換を行い、白色プラーク8〜10個から組
換えM13mp18の一本鎖DNAを調製した。該組換
えM13mp18一本鎖DNAを用いて、アプライドバ
イオシステムズのダイデオキシターミナター(DyeD
eoxyTM Terminator) Taq Se
quencing Kitにて操作マニュアルどうりに
行い自動塩基配列決定装置(アプライドバイオシステム
ズ モデル373A)にて塩基配列を決定した。一回
で全長断片の塩基配列を解読できない場合は、必要に応
じて決定した塩基配列の3’端部分のプライマーを合成
し更に3’側の塩基配列を決定した。あるいは相補鎖D
NAの塩基配列を上記同様に行い、これらの塩基配列を
総合的に解析して本発明の配列番号6〜18を得た。
NAを、M13mp18のファージ複製型DNAのEc
oRI分解物をアルカラインフォスファターゼ(BAP
)処理したものに、DNAリガーゼにて結合し、大腸菌
JM109のコンピテントセル(宝酒造、No.905
2)の形質転換を行い、白色プラーク8〜10個から組
換えM13mp18の一本鎖DNAを調製した。該組換
えM13mp18一本鎖DNAを用いて、アプライドバ
イオシステムズのダイデオキシターミナター(DyeD
eoxyTM Terminator) Taq Se
quencing Kitにて操作マニュアルどうりに
行い自動塩基配列決定装置(アプライドバイオシステム
ズ モデル373A)にて塩基配列を決定した。一回
で全長断片の塩基配列を解読できない場合は、必要に応
じて決定した塩基配列の3’端部分のプライマーを合成
し更に3’側の塩基配列を決定した。あるいは相補鎖D
NAの塩基配列を上記同様に行い、これらの塩基配列を
総合的に解析して本発明の配列番号6〜18を得た。
【0052】実施例2
配列番号6〜18で示される塩基配列に基づき、配列番
号1で示される一般化した塩基配列が得られた。この塩
基配列に基づき配列番号4及び配列番号5で示される各
オリゴDNA5及び6を合成し、両オリゴDNAの水溶
液(濃度0.1μg/μl)を調製した。非A非B型慢
性肝炎と診断された3人の患者(#1,#2,#3)の
各々の血清100μlにグアニヂンチオシアネート水溶
液(5Mグアニジンチオシアネート/25mMクエン酸
ナトリウム/0.5%サルコシル/0.2Mβ−メルカ
プトエタノール)400μlを添加し37℃・30分間
・100rpmで振盪後、フェノ−ル/クロロフォルム
(4/1)混合液500μlで3回抽出した。この水相
に10分の1容の3M酢酸ナトリウム液(pH5.4)
、1μgのグリコーゲン、2.5倍容のエタノールを添
加し、−80℃・30分間保持後、12,000rpm
で10分間遠心して得られたペレットを70%エタノー
ル次いで100%エタノールで洗浄後、核酸を得、これ
らを20μlTEに溶解した。
号1で示される一般化した塩基配列が得られた。この塩
基配列に基づき配列番号4及び配列番号5で示される各
オリゴDNA5及び6を合成し、両オリゴDNAの水溶
液(濃度0.1μg/μl)を調製した。非A非B型慢
性肝炎と診断された3人の患者(#1,#2,#3)の
各々の血清100μlにグアニヂンチオシアネート水溶
液(5Mグアニジンチオシアネート/25mMクエン酸
ナトリウム/0.5%サルコシル/0.2Mβ−メルカ
プトエタノール)400μlを添加し37℃・30分間
・100rpmで振盪後、フェノ−ル/クロロフォルム
(4/1)混合液500μlで3回抽出した。この水相
に10分の1容の3M酢酸ナトリウム液(pH5.4)
、1μgのグリコーゲン、2.5倍容のエタノールを添
加し、−80℃・30分間保持後、12,000rpm
で10分間遠心して得られたペレットを70%エタノー
ル次いで100%エタノールで洗浄後、核酸を得、これ
らを20μlTEに溶解した。
【0053】これらの溶液各10μlに対して、最終濃
度が50mM TrisHCl(pH8.3)/75
mM KCl/10mMヂチオスレイトール/5mM
MgCl2 /4mM燐酸ナトリウム/1mM
dNTPs(N=A、C、G、T)/1.6μgランダ
ムプライマー(ベーリンガー・マンハイム社製No.1
034731)、0.2u/μlAMV逆転写酵素(総
量20μl)となるように各成分を加え、42℃で一時
間cDNAの合成反応を行ない、さらにフェノール抽出
、エタノール沈澱を行い、得られたcDNAをTE10
μlに溶解した。
度が50mM TrisHCl(pH8.3)/75
mM KCl/10mMヂチオスレイトール/5mM
MgCl2 /4mM燐酸ナトリウム/1mM
dNTPs(N=A、C、G、T)/1.6μgランダ
ムプライマー(ベーリンガー・マンハイム社製No.1
034731)、0.2u/μlAMV逆転写酵素(総
量20μl)となるように各成分を加え、42℃で一時
間cDNAの合成反応を行ない、さらにフェノール抽出
、エタノール沈澱を行い、得られたcDNAをTE10
μlに溶解した。
【0054】このようにして得られた各cDNA溶液の
2μlに対して、10×TaqDNA−P反応液2μl
、滅菌水12μl,dNTPsミクスチャー(dATP
、dCTP、dGTP、dTTP各々の1.25mM溶
液)の3.2μl,配列番号4で示されるオリゴDNA
5(濃度0.1μg/μl)及び配列番号5で示される
オリゴDNA6(濃度0.1μg/μl)の各々1μl
、更にTaq DNAポリメラーゼ(Promega
社製、No.101423)0.1μl、更に流動パラ
フィン50μlを加え、94℃・3分間処理後、速やか
に94℃・1分間→50℃・2分間→72℃・2分間の
3段階の温度・時間変化の操作を5回繰り返し、更に9
4℃・1分間→57℃・2分間→72℃・2分間の3段
階の温度時間変化の操作を30回繰り返し、最後に72
℃・7分間処理した。
2μlに対して、10×TaqDNA−P反応液2μl
、滅菌水12μl,dNTPsミクスチャー(dATP
、dCTP、dGTP、dTTP各々の1.25mM溶
液)の3.2μl,配列番号4で示されるオリゴDNA
5(濃度0.1μg/μl)及び配列番号5で示される
オリゴDNA6(濃度0.1μg/μl)の各々1μl
、更にTaq DNAポリメラーゼ(Promega
社製、No.101423)0.1μl、更に流動パラ
フィン50μlを加え、94℃・3分間処理後、速やか
に94℃・1分間→50℃・2分間→72℃・2分間の
3段階の温度・時間変化の操作を5回繰り返し、更に9
4℃・1分間→57℃・2分間→72℃・2分間の3段
階の温度時間変化の操作を30回繰り返し、最後に72
℃・7分間処理した。
【0055】この様にして得られた各反応水溶液の8μ
lを2%アガロースゲル上で電気泳動し、エチヂウムブ
ロマイドで染色後、UV照射しDNAバンドを観察した
。その結果を表1に示す。患者#1,2,3の各血清か
ら出発したものに約540bpのDNAバンドを認めた
。
lを2%アガロースゲル上で電気泳動し、エチヂウムブ
ロマイドで染色後、UV照射しDNAバンドを観察した
。その結果を表1に示す。患者#1,2,3の各血清か
ら出発したものに約540bpのDNAバンドを認めた
。
【0056】
【表1】
【0057】比較例1
PCT国際公開wo90/14436号公報記載のC型
肝炎ウイルスのエンビロープ領域の塩基配列に基づき合
成した配列番号19及び20で示されるオリゴDNA7
及び8を、本実施例のオリゴDNA4及び5の代わりに
使用する外は全く本実施例と同じ核酸増幅反応を実施し
DNAの増幅を観察した。結果を表2に示す。
肝炎ウイルスのエンビロープ領域の塩基配列に基づき合
成した配列番号19及び20で示されるオリゴDNA7
及び8を、本実施例のオリゴDNA4及び5の代わりに
使用する外は全く本実施例と同じ核酸増幅反応を実施し
DNAの増幅を観察した。結果を表2に示す。
【0058】
【表2】
【0059】本実施例2及び比較例1より、本発明の塩
基配列の核酸に基づくオリゴDNA断片が普遍的にC型
肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸の検出に有効なこ
とがわかる。更に本発明の塩基配列を基にエンビロープ
タンパク質に於てC型肝炎ウイルスの多くに共通したエ
ピトープあるいは抗原決定基部分のペプチドは、様々な
変異C型肝炎ウイルスに対するワクチンの開発に非常に
有用である。
基配列の核酸に基づくオリゴDNA断片が普遍的にC型
肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸の検出に有効なこ
とがわかる。更に本発明の塩基配列を基にエンビロープ
タンパク質に於てC型肝炎ウイルスの多くに共通したエ
ピトープあるいは抗原決定基部分のペプチドは、様々な
変異C型肝炎ウイルスに対するワクチンの開発に非常に
有用である。
【0060】
【発明の効果】本発明の核酸断片は、C型肝炎ウイルス
のエンベロープタンパク質部分をコードする核酸であり
、該核酸の一部をプローブあるいは該核酸の塩基配列の
一部をプライマーとして用いて核酸の増幅を行い、C型
肝炎ウイルスの特定領域であるエンベロープタンパク質
コード核酸断片を検出するのに優れた方法である。エン
ビロープ部分の核酸は、他の非構造タンパクコード領域
にくらべ、ウイルス増殖時において、核酸が多く存在し
、容易に検出できる部分で、この部分を検出標的とする
ことは好ましい。また多数の変異C型肝炎ウイルスのエ
ンベロープタンパク質のいずれにも共通性のあるペプチ
ドの部分から如何なるC型肝炎の予防にも有効なワクチ
ン作成に応用できるものである。
のエンベロープタンパク質部分をコードする核酸であり
、該核酸の一部をプローブあるいは該核酸の塩基配列の
一部をプライマーとして用いて核酸の増幅を行い、C型
肝炎ウイルスの特定領域であるエンベロープタンパク質
コード核酸断片を検出するのに優れた方法である。エン
ビロープ部分の核酸は、他の非構造タンパクコード領域
にくらべ、ウイルス増殖時において、核酸が多く存在し
、容易に検出できる部分で、この部分を検出標的とする
ことは好ましい。また多数の変異C型肝炎ウイルスのエ
ンベロープタンパク質のいずれにも共通性のあるペプチ
ドの部分から如何なるC型肝炎の予防にも有効なワクチ
ン作成に応用できるものである。
【0061】
【配列表】配列番号:1
配列の長さ:565
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGYCYTGG YRCAYGGYGT YCG
GGTYCTR GARGACRGCG TGAACT
AYGC AACAGGGAAY 60YTDCC
YGGTT GCYCYTTYTC TATCTTYC
TY YTRGCYYTBC TVTCYTGYYT
GACYRYBCCH 120GYYTCCRCYY
AYVARGTGCR CAACGSSWCM GG
GNYRTAYC ATGTCACBAR YGAYT
GYYCY 180AACKCRAGYA TWGT
GYAYRA RGYRRMGGAY RYVATCM
TGC WYDYYCCBGG GTGYRYBCCY
240TGYGTYCGSG ARRRYRRYN
N YTCBMGNTGY TGGGYRGCGC T
BACYCCCAC GSTYGCVRCY 300
AGRRAYVBYA VYVTYCCCRC BRY
GVMRMTW CGBCGBCAYR TCGAYY
TGCT YGTHGGGRSV 360GCYRC
YYTCT GYTCSGCYVT STAYGTKG
GR GAYYTBTGCG GRTCYGTYTT
YCTYRTYTCY 420CABYTGTTTA
CCYTCTMBMC YMGSMDGYAY GD
GACRDYRC ARGRYTGYAA YTGYT
CDMTY 480TAYSCYGGSC AYRT
RWCRGG KCAYCGYATG GCHTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCVCCY
540ACRDCRGCBY TRGTRRTDK
C KCAGB
565
GGTYCTR GARGACRGCG TGAACT
AYGC AACAGGGAAY 60YTDCC
YGGTT GCYCYTTYTC TATCTTYC
TY YTRGCYYTBC TVTCYTGYYT
GACYRYBCCH 120GYYTCCRCYY
AYVARGTGCR CAACGSSWCM GG
GNYRTAYC ATGTCACBAR YGAYT
GYYCY 180AACKCRAGYA TWGT
GYAYRA RGYRRMGGAY RYVATCM
TGC WYDYYCCBGG GTGYRYBCCY
240TGYGTYCGSG ARRRYRRYN
N YTCBMGNTGY TGGGYRGCGC T
BACYCCCAC GSTYGCVRCY 300
AGRRAYVBYA VYVTYCCCRC BRY
GVMRMTW CGBCGBCAYR TCGAYY
TGCT YGTHGGGRSV 360GCYRC
YYTCT GYTCSGCYVT STAYGTKG
GR GAYYTBTGCG GRTCYGTYTT
YCTYRTYTCY 420CABYTGTTTA
CCYTCTMBMC YMGSMDGYAY GD
GACRDYRC ARGRYTGYAA YTGYT
CDMTY 480TAYSCYGGSC AYRT
RWCRGG KCAYCGYATG GCHTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCVCCY
540ACRDCRGCBY TRGTRRTDK
C KCAGB
565
【0062】配列番号:2
配列の長さ:20
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:合成DNA
配列
AGGGCCCTGG CGCATGGTGT
20
20
【0063
】配列番号:3 配列の長さ:26 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:合成DNA 配列 CTCGAATTCG GGTACATACC GCG
CGT
26
】配列番号:3 配列の長さ:26 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:合成DNA 配列 CTCGAATTCG GGTACATACC GCG
CGT
26
【0064
】配列番号:4 配列の長さ:27 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:合成DNA 配列 CTCGAATTCT GGGATCCGGA GCA
GCTG
27
】配列番号:4 配列の長さ:27 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:合成DNA 配列 CTCGAATTCT GGGATCCGGA GCA
GCTG
27
【0065
】配列番号:5 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:合成DNA 配列 CCAGTTCATC ATCATATCCC
20
】配列番号:5 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:合成DNA 配列 CCAGTTCATC ATCATATCCC
20
【0066
】配列番号:6 配列の長さ:577 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:DNA 配列 AGGGCCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTCCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTGC TGTCCTGTTT
GACCATCCCA 120GCCTCCGCTT
ACGAGGTGCG CAACGCGTCC GG
GTTGTACC ATGTCACGAA CGATT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA GGCAAAGGAC GTGATCA
TGC ATACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AAGGTGGCA
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACCCCCAC GCTTGCGGCC 300
AGGAACGCCA GCGTCCCCAC TAC
GACAATA CGGCGTCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCA 360GCCGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GG GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTCGTCTCT 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCGCC TCGCCTGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATGCCGGGC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAACAGCCC TGGTGGTAT
C GCAGGTGCTC CGGATCC
577
】配列番号:6 配列の長さ:577 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:DNA 配列 AGGGCCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTCCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTGC TGTCCTGTTT
GACCATCCCA 120GCCTCCGCTT
ACGAGGTGCG CAACGCGTCC GG
GTTGTACC ATGTCACGAA CGATT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA GGCAAAGGAC GTGATCA
TGC ATACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AAGGTGGCA
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACCCCCAC GCTTGCGGCC 300
AGGAACGCCA GCGTCCCCAC TAC
GACAATA CGGCGTCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCA 360GCCGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GG GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTCGTCTCT 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCGCC TCGCCTGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATGCCGGGC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAACAGCCC TGGTGGTAT
C GCAGGTGCTC CGGATCC
577
【0067】配列番号:7
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG CGCATGGCGT TCG
GGTCCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTTTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTGC TGTCCTGTTT
GACTATCCCA 120GCCTCCGCTT
ACGAGGTGCG CAACGCGTCC GG
GGCGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC GTGATCA
TGC ATACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGGGCAACT
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACGCCA GCATCCCCAC TGC
GACAATA CGGCGCCACG TCGATT
TGCT CGTCGGGGCA 360GCTGC
TTTCT GTTCCGCCAT GTACGTGG
GA GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTCGTCTCT 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCGCC TCGCCTGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGTT
CAATC 480TATGCCGGGC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAACAGCCC TGGTAGTAT
C GCAGGTGCTC CGGATCC
577
GGTCCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTTTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTGC TGTCCTGTTT
GACTATCCCA 120GCCTCCGCTT
ACGAGGTGCG CAACGCGTCC GG
GGCGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC GTGATCA
TGC ATACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGGGCAACT
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACGCCA GCATCCCCAC TGC
GACAATA CGGCGCCACG TCGATT
TGCT CGTCGGGGCA 360GCTGC
TTTCT GTTCCGCCAT GTACGTGG
GA GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTCGTCTCT 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCGCC TCGCCTGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGTT
CAATC 480TATGCCGGGC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAACAGCCC TGGTAGTAT
C GCAGGTGCTC CGGATCC
577
【0068】配列番号:8
配列の長さ:405
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTCCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTGC TGTCCTGTTT
GACCATCCCA 120GCCTCCGCTT
ACGAGGTGCG CAACGCGTCC GG
GGTATACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC TTGATCA
TGC ATACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGGGCAACT
T CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAATGCCA GCGTCCCCAC TGC
GACAATA CGGCGCCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCCAT GTACGTGG
GA GATCTCTGCG GATCC
405
GGTCCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTGC TGTCCTGTTT
GACCATCCCA 120GCCTCCGCTT
ACGAGGTGCG CAACGCGTCC GG
GGTATACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC TTGATCA
TGC ATACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGGGCAACT
T CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAATGCCA GCGTCCCCAC TGC
GACAATA CGGCGCCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCCAT GTACGTGG
GA GATCTCTGCG GATCC
405
【0069】配列番号
:9 配列の長さ:577 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:DNA 配列 AGGGCCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTTCTG GAGGACAGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAC 60CTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTTC
TC TTAGCTCTGC TGTCTTGTTT
GACCATCCCT 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAG CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ACGCCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGAACAACT
C CTCCCGCTGT TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGACT
TGCT CGTTGGGGCA 360GCTGC
CCTCT GCTCCGCCAT GTACGTGG
GG GATCTTTGCG GGTCTGTTTT
CCTCGTCTCC 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCCGGTAC GA
GACGGTAC AAGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TACCCCGGCC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAACAGCTC TAGTGGTAT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
:9 配列の長さ:577 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:DNA 配列 AGGGCCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTTCTG GAGGACAGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAC 60CTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTTC
TC TTAGCTCTGC TGTCTTGTTT
GACCATCCCT 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAG CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ACGCCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGAACAACT
C CTCCCGCTGT TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGACT
TGCT CGTTGGGGCA 360GCTGC
CCTCT GCTCCGCCAT GTACGTGG
GG GATCTTTGCG GGTCTGTTTT
CCTCGTCTCC 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCCGGTAC GA
GACGGTAC AAGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TACCCCGGCC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAACAGCTC TAGTGGTAT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
【0070】配列番号:10
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG CACATGGTGT CCG
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCCCTGC TGTCTTGTCT
GACCATCCCA 120GTTTCCGCTT
ATAAGGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTATACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATAA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ATTCCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGAACAACT
C CTCCCGTTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCAGCC 300
AGGAACAGTA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGACT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GA GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTTTCC 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCCGGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATCCTGGCC ACGT
ATCAGG TCATCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCT
540ACAGCAGCCC TGGTGGTTT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCCCTGC TGTCTTGTCT
GACCATCCCA 120GTTTCCGCTT
ATAAGGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTATACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATAA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ATTCCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGAACAACT
C CTCCCGTTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCAGCC 300
AGGAACAGTA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGACT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GA GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTTTCC 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCCGGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATCCTGGCC ACGT
ATCAGG TCATCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCT
540ACAGCAGCCC TGGTGGTTT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
【0071】配列番号:11
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG TGCATGGCGT CCG
GGTCCTA GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAC 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC CTGGCTTTGC TGTCCTGCTT
GACTGTCCCA 120GCTTCCGCTT
ACGAGGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA AGTAGCGGAC ATGATCA
TGC ACACCCCTGG GTGCGTGCCC
240TGTGTTCGGG AGGACAACT
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACCCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACGCTA GCGTCCCCAC TGC
GACAATA CGGCGTCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GG GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTCTCC 420CAACTGTTCA
CCCTCTCGCC TCGCCGGCAT GA
GACAATAC AGGACTGTAA TTGCT
CAATC 480TATCCCGGCC ACGT
AACGGG TCATCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCT
540ACAACAGCCC TGGTGGTGT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
GGTCCTA GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAC 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC CTGGCTTTGC TGTCCTGCTT
GACTGTCCCA 120GCTTCCGCTT
ACGAGGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA AGTAGCGGAC ATGATCA
TGC ACACCCCTGG GTGCGTGCCC
240TGTGTTCGGG AGGACAACT
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACCCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACGCTA GCGTCCCCAC TGC
GACAATA CGGCGTCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GG GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTCTCC 420CAACTGTTCA
CCCTCTCGCC TCGCCGGCAT GA
GACAATAC AGGACTGTAA TTGCT
CAATC 480TATCCCGGCC ACGT
AACGGG TCATCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCT
540ACAACAGCCC TGGTGGTGT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
【0072】配列番号:12
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAC 60TTACC
CGGTT GCCCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTTTGC TGTCTTGCTT
GACCATCCCA 120GCTTCCACTC
ACGAAGTGCG CAACGCGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTATGA AGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ACACCCCTGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGAACAATT
C TTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACCCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCA 360GCCGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTATGTGG
GG GACTTCTGCG GGTCTGTTTT
CCTCGTCTCC 420CAGCTGTTCA
ACTTCTCAAC TCGCCGGTAT GA
GACGGTAC AAGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATCCCGGGC ACGT
ATCAGG GCATCGAATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCAACC
540ACGTCAGCCC TAGTGGTGT
C GAAGTTGCTC CGGATCC
577
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAC 60TTACC
CGGTT GCCCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTTTGC TGTCTTGCTT
GACCATCCCA 120GCTTCCACTC
ACGAAGTGCG CAACGCGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTATGA AGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ACACCCCTGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGAACAATT
C TTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACCCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCA 360GCCGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTATGTGG
GG GACTTCTGCG GGTCTGTTTT
CCTCGTCTCC 420CAGCTGTTCA
ACTTCTCAAC TCGCCGGTAT GA
GACGGTAC AAGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATCCCGGGC ACGT
ATCAGG GCATCGAATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCAACC
540ACGTCAGCCC TAGTGGTGT
C GAAGTTGCTC CGGATCC
577
【0073】配列番号:13
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTTCTG GAGGACAGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60CTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTTTGC TATCCTGCTT
GACCATCCCA 120GCTTCCGCCT
ATGAGGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ACTCCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGGACAACT
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
TACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGAAACCGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGATC
TGCT CGTTGGGGCA 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GG GACCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTCGTCTCC 420CAACTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCAGGTAT GA
GACGGTAC AAGACTGCAA CTGCT
CGCTC 480TATCCCGGCC ATGT
ATCAGG TCATCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCGCCT
540ACAACAGCTC TAGTGGTAT
C GCAGTTGCCT AGGATCC
577
GGTTCTG GAGGACAGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60CTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTTTGC TATCCTGCTT
GACCATCCCA 120GCTTCCGCCT
ATGAGGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ACTCCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGGACAACT
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
TACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGAAACCGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGATC
TGCT CGTTGGGGCA 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GG GACCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTCGTCTCC 420CAACTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCAGGTAT GA
GACGGTAC AAGACTGCAA CTGCT
CGCTC 480TATCCCGGCC ATGT
ATCAGG TCATCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCGCCT
540ACAACAGCTC TAGTGGTAT
C GCAGTTGCCT AGGATCC
577
【0074】配列番号:14
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG CACATGGTGT CCG
GGTTCTG GAAGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTGC TGTCCTGTTT
GACCATCCCA 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTATACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ATGCCCCTGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGGGCAACT
C CTCTCGTTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACGCCA GCATTCCCAC TGT
GGCAATA CGACGCCATG TCGACT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GG GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTCTCC 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCGCC TCGCCGGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CGATC 480TATCCCGGCC ACAT
AACAGG TCATCGTATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAACAGCTC TAGTGGTGT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
GGTTCTG GAAGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTGC TGTCCTGTTT
GACCATCCCA 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTATACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ATGCCCCTGG GTGCGTGCCC
240TGCGTTCGGG AGGGCAACT
C CTCTCGTTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACGCCA GCATTCCCAC TGT
GGCAATA CGACGCCATG TCGACT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTGG
GG GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTCTCC 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCGCC TCGCCGGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CGATC 480TATCCCGGCC ACAT
AACAGG TCATCGTATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAACAGCTC TAGTGGTGT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
【0075】配列番号:15
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ACGC AACAGGGAAT 60CTGCC
TGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTTTGC TGTCCTGTCT
GACCATTCCA 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GATGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ACACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGGGTAATT
C CTCCCGCTGC TGGGCAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCATG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTTG
GG GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTCTCC 420CAACTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCCAGCAT GA
GACGGTAC AAGACTGCAA TTGCT
CACTT 480TATCCCGGCC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCGCCT
540ACAACAGCCC TAGTGGTAT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ACGC AACAGGGAAT 60CTGCC
TGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTTTGC TGTCCTGTCT
GACCATTCCA 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GATGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTATGA GGCAGCGGAC ATGATCA
TGC ACACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGGGTAATT
C CTCCCGCTGC TGGGCAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCATG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCTAT GTACGTTG
GG GATCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTCTCC 420CAACTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCCAGCAT GA
GACGGTAC AAGACTGCAA TTGCT
CACTT 480TATCCCGGCC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCGCCT
540ACAACAGCCC TAGTGGTAT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
【0076】配列番号:16
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGTCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ACGC AACAGGGAAT 60CTGCC
CGGTT GCTCCTTTTC TATCTTCC
TC TTGGCTTTGC TGTCCTGTTT
GACCATCCCA 120GTTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTACGA GGCAGCGGAC ATAATCA
TGC ACACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGGGCAATT
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGGCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCA 360GCTGC
TTTCT GTTCCGCTAT GTACGTGG
GG GATTTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTCTCC 420CAGCTGTTTA
CCTTCTAACC TCGCCAGTAT GA
GACGGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CACTC 480TATCCCGGCC ACGT
ATCAGG TCACCGTATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCT
540ACAACGGCCC TAGTGGTAT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ACGC AACAGGGAAT 60CTGCC
CGGTT GCTCCTTTTC TATCTTCC
TC TTGGCTTTGC TGTCCTGTTT
GACCATCCCA 120GTTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGTA TTGT
GTACGA GGCAGCGGAC ATAATCA
TGC ACACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGGGCAATT
C CTCCCGCTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCC 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGGCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCA 360GCTGC
TTTCT GTTCCGCTAT GTACGTGG
GG GATTTCTGCG GATCTGTTTT
CCTTGTCTCC 420CAGCTGTTTA
CCTTCTAACC TCGCCAGTAT GA
GACGGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CACTC 480TATCCCGGCC ACGT
ATCAGG TCACCGTATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCT
540ACAACGGCCC TAGTGGTAT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
【0077】配列番号:17
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG CGCATGGCGT CCG
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ACGC AACAGGGAAT 60CTTCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCCTTGC TGTCTTGTCT
GACCATCCCA 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TAGT
GTATGA AGCAGCGGAC ATGATCA
TGC GCACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGAACAATC
A CTCCCGATGT TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCT 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCCAT GTACGTGG
GG GACCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTCGTCTCC 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCCGGTAT GA
GACGGTAC AAGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATCCTGGCC ACGT
ATCAGG TCATCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAGCAGCCC TAGTAGTAT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ACGC AACAGGGAAT 60CTTCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCCTTGC TGTCTTGTCT
GACCATCCCA 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GGTGTACC ATGTCACGAA CGACT
GCTCC 180AACTCAAGCA TAGT
GTATGA AGCAGCGGAC ATGATCA
TGC GCACCCCCGG GTGCGTGCCC
240TGCGTCCGGG AGAACAATC
A CTCCCGATGT TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTCGCGGCT 300
AGGAACAGCA GCATCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGATT
TGCT CGTTGGGGCG 360GCTGC
TTTCT GCTCCGCCAT GTACGTGG
GG GACCTCTGCG GATCTGTTTT
CCTCGTCTCC 420CAGCTGTTCA
CCTTCTCACC TCGCCGGTAT GA
GACGGTAC AAGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATCCTGGCC ACGT
ATCAGG TCATCGCATG GCTTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCACCC
540ACAGCAGCCC TAGTAGTAT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
【0078】配列番号:18
配列の長さ:577
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:DNA
配列
AGGGCCCTGG CACATGGTGT CCG
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTAC TGTCTTGTTT
GACTACCCCA 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GATATATC ATGTCACTAA TGACT
GTTCC 180AACTCAAGCA TTGT
CTATAA GGCAGCGGAC CTCATCA
TGC ATATCCCCGG GTGCACTCCC
240TGCGTTCGGG AGAACAACA
T CTCCCGTTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTTGCAGCC 300
AGGAACATCA CCGTCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGACT
TGCT CGTAGGGGCG 360GCTAC
TTTCT GCTCCGCTGT GTACGTGG
GG GATCTCTGCG GATCTGTGTT
CCTTATCTCC 420CAGTTGTTCA
CCTTCCCACC TCGCTGGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATCCTGGCC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCCTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCGCCT
540ACAGCAGCCC TAGTGGTGT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
GGTTCTG GAGGACGGCG TGAACT
ATGC AACAGGGAAT 60TTGCC
CGGTT GCTCTTTCTC TATCTTCC
TC TTGGCTCTAC TGTCTTGTTT
GACTACCCCA 120GCTTCCGCTT
ATGAAGTGCG CAACGTGTCC GG
GATATATC ATGTCACTAA TGACT
GTTCC 180AACTCAAGCA TTGT
CTATAA GGCAGCGGAC CTCATCA
TGC ATATCCCCGG GTGCACTCCC
240TGCGTTCGGG AGAACAACA
T CTCCCGTTGC TGGGTAGCGC T
CACTCCCAC GCTTGCAGCC 300
AGGAACATCA CCGTCCCCAC TAC
GACAATA CGACGCCACG TCGACT
TGCT CGTAGGGGCG 360GCTAC
TTTCT GCTCCGCTGT GTACGTGG
GG GATCTCTGCG GATCTGTGTT
CCTTATCTCC 420CAGTTGTTCA
CCTTCCCACC TCGCTGGCAT GA
GACAGTAC AGGACTGCAA TTGCT
CAATC 480TATCCTGGCC ACGT
ATCAGG TCACCGCATG GCCTGGG
ATA TGATGATGAA CTGGTCGCCT
540ACAGCAGCCC TAGTGGTGT
C GCAGTTGCTC CGGATCC
577
【0079】配列番号:19
配列の長さ:20
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:合成DNA
配列
TGTGCCCGCT TCGGCCTACC
20
20
【0080
】配列番号:20 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:合成DNA 配列
】配列番号:20 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:合成DNA 配列
Claims (7)
- 【請求項1】 次の塩基配列: 5’−AGGGYCYTGG YRCAYGGYGT
YCGGGTYCTRGARGACRGCG TGAA
CTAYGC AACAGGGAAYYTDCCYGG
TT GCYCYTTYTC TATCTTYCTYY
TRGCYYTBC TVTCYTGYYT GACY
RYBCCHGYYTCCRCYY AYVARGTG
CR CAACGSSWCMGGGNYRTAYC A
TGTCACBAR YGAYTGYYCYAACKC
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AYRYVATCMTGC WYDYYCCBGG G
TGYRYBCCYTGYGTYCGSG ARRRY
RRYNN YTCBMGNTGYTGGGYRGCG
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GSMDGYAYGDGACRDYRC ARGRYT
GYAA YTGYTCDMTYTAYSCYGGSC
AYRTRWCRGG KCAYCGYATGGCH
TGGGATA TGATGATGAA CTGGTC
VCCYACRDCRGCBY TRGTRRTDKC
KCAGB−3’(ここでRはGまたはA,YはTま
たはC,DはGまたはAまたはT,VはAまたはGまた
はC,BはCまたはTまたはG,HはAまたはCまたは
T,KはGまたはT,MはAまたはC,NはAまたはC
またはGまたはT, SはGまたはC,WはAまたはT
を夫々表す)、またはこれの相補的な塩基配列を有する
DNA断片、あるいはこれらにおいてTをUに置き換え
て表示されるRNA断片。 - 【請求項2】 請求項1記載の断片中に存在する少な
くとも8塩基の長さの断片よりなるDNAまたはRNA
オリゴマー。 - 【請求項3】 請求項2記載のDNAまたはRNAオ
リゴマーを標識化合物で標識したDNAまたはRNAプ
ローブを用いてC型肝炎ウイルス核酸を検出する方法。 - 【請求項4】 請求項2記載のDNAまたはRNAオ
リゴマーをプライマーとして核酸の増幅を行うことによ
りC型肝炎ウイルス核酸を検出する方法。 - 【請求項5】 請求項2記載のDNAまたはRNAオ
リゴマーを含有して成る、C型肝炎ウイルス核酸を検出
するためのキット。 - 【請求項6】 請求項3記載のDNAまたはRNAプ
ローブを含有して成る、C型肝炎ウイルス核酸を検出す
るためのキット。 - 【請求項7】 請求項1記載のDNAまたはRNAに
コードされるペプチド断片。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP3152169A JPH04349885A (ja) | 1991-05-29 | 1991-05-29 | C型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸断片およびその検出方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP3152169A JPH04349885A (ja) | 1991-05-29 | 1991-05-29 | C型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸断片およびその検出方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH04349885A true JPH04349885A (ja) | 1992-12-04 |
Family
ID=15534547
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP3152169A Withdrawn JPH04349885A (ja) | 1991-05-29 | 1991-05-29 | C型肝炎ウイルスのエンビロープ領域核酸断片およびその検出方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JPH04349885A (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1995003056A1 (fr) * | 1993-07-19 | 1995-02-02 | Tokyo Tanabe Company Limited | Inhibiteur de proliferation du virus de l'hepatite c |
JP2016510601A (ja) * | 2013-03-15 | 2016-04-11 | インテグレイテツド・デイー・エヌ・エイ・テクノロジーズ・インコーポレイテツド | 修飾RNAモノマーを用いたRNaseH系アッセイ |
-
1991
- 1991-05-29 JP JP3152169A patent/JPH04349885A/ja not_active Withdrawn
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1995003056A1 (fr) * | 1993-07-19 | 1995-02-02 | Tokyo Tanabe Company Limited | Inhibiteur de proliferation du virus de l'hepatite c |
US5846964A (en) * | 1993-07-19 | 1998-12-08 | Tokyo Tanabe Company Limited | Hepatitis C virus proliferation inhibitor |
JP2016510601A (ja) * | 2013-03-15 | 2016-04-11 | インテグレイテツド・デイー・エヌ・エイ・テクノロジーズ・インコーポレイテツド | 修飾RNAモノマーを用いたRNaseH系アッセイ |
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