JP7285495B2 - 二重特異的抗体 - Google Patents
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Description
[1] 配列番号54で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH1、
配列番号55で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2、
配列番号56で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH3、
配列番号57で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL1、若しくは配列番号57で表されるアミノ酸配列において、7番目のアミノ酸がW及び/若しくは8番目のアミノ酸がKであるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL1、
配列番号58で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2、並びに
配列番号59で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL3、若しくは配列番号59で表されるアミノ酸配列において、2番目のアミノ酸がA若しくはSであるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL3
を含む、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片。
配列番号55で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2、
配列番号56で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH3、
配列番号57で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL1、
配列番号58で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2、及び、
配列番号59で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL3
(ii) 配列番号54で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH1、
配列番号55で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2、
配列番号56で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH3、
配列番号57で表されるアミノ酸配列において、7番目のアミノ酸がWであるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL1、
配列番号58で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2、及び、
配列番号59で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL3
(iii) 配列番号54で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH1、
配列番号55で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2、
配列番号56で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH3、
配列番号57で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL1、
配列番号58で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2、及び、
配列番号59で表されるアミノ酸配列において、2番目のアミノ酸がAであるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL3、
(iv) 配列番号54で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH1、
配列番号55で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2、
配列番号56で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH3、
配列番号57で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL1、
配列番号58で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2、及び、
配列番号59で表されるアミノ酸配列において、2番目のアミノ酸がSであるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL3、並びに、
(v) 配列番号54で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH1、
配列番号55で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2、
配列番号56で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH3、
配列番号57で表されるアミノ酸配列において、7番目のアミノ酸がWであり、8番目のアミノ酸がKであるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL1、
配列番号58で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2、及び、
配列番号59で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL3、
の(i)~(v)のグループからなる群より選択される1つ又は2つ以上のグループのCDRH1~CDRH3及びCDRL1~CDRL3を含む、[1]の抗体又はその結合断片。
(H2) 配列番号18で表されるアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H3) 配列番号29で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H4) 配列番号26で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H5) 配列番号27で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H6) 配列番号28で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H7) 配列番号36で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H8) 配列番号47で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H9) 配列番号48で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H10) 配列番号50で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H11) 配列番号51で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H12) 配列番号52で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H13) 配列番号53で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(H14) 配列番号30で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のからなる重鎖可変領域、若しくは、
(H15) 配列番号156で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、並びに、
(L1) 配列番号8で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L2) 配列番号20で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L3) 配列番号29で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L4) 配列番号26で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L5) 配列番号27で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L6) 配列番号28で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L7) 配列番号36で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L8) 配列番号47で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L9) 配列番号48で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L10) 配列番号50で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L11) 配列番号51で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L12) 配列番号52で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L13) 配列番号53で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(L14) 配列番号30で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、若しくは、
(L15) 配列番号156で表されるアミノ酸配列の161番目~271番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域
を含む、[1]の抗体又はその結合断片。
(H2L2) 配列番号18で表されるアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号20で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H3L3) 配列番号29で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号29で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H4L4) 配列番号26で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号26で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H5L5) 配列番号27で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号27で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H6L6) 配列番号28で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号28で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H7L7) 配列番号36で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号36で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H8L8) 配列番号47で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号47で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H9L9) 配列番号48で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号48で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H10L10) 配列番号50で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号50で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H11L11) 配列番号51で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号51で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H12L12) 配列番号52で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号52で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H13L13) 配列番号53で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号53で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(H14L14) 配列番号30で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号30で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、又は、
(H15L14) 配列番号156で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号156で表されるアミノ酸配列の161番目~271番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域
を含む、[4]の抗体又はその結合断片。
[7] (s1) 配列番号70で表されるアミノ酸配列の21~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s2) 配列番号18で表されるアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号20で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含むscFv、
(s3) 配列番号29で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s4) 配列番号26で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s5) 配列番号27で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s6) 配列番号28で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s7) 配列番号36で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s8) 配列番号47で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s9) 配列番号48で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s10) 配列番号50で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s11) 配列番号51で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s12) 配列番号52で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s13) 配列番号53で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(s14) 配列番号30で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、又は
(s15) 配列番号156で表されるアミノ酸配列の21番目~271番目のアミノ酸配列からなるscFv、
である、[6]の抗体又はその結合断片。
[9] [8]のポリヌクレオチドを含むベクター。
[10] [8]のポリヌクレオチド又は[9]のベクターを含む宿主細胞。
[11](i)[10]の宿主細胞を培養する工程、及び、(ii)工程(i)で得られた培養物から抗体又はその結合断片を精製する工程を含む、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片を製造する方法。
[12] [11]の方法により得られた、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片。
[13] 下記(i)又は(ii)記載の性質を有し、HLA-A2/NY-ESOに結合する抗体又はその結合断片:
(i)[7]記載の抗体又はその結合断片が認識するHLA-A2/NY-ESO上の部位に結合する;
(ii)[7]記載の抗体又はその結合断片と、ヒLHLA-A2/NY-ESOへの結合において競合する。
[14] [1]~[7]、[12]及び[13]のいずれかの抗体又はその結合断片、[8]のポリヌクレオチド、[9]のベクター、又は[10]の細胞を有効成分として含む医薬組成物。
[15] [1]~[7]、[12]及び[13]のいずれかの抗体又はその結合断片を含む、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する分子。
[16] 多重特異性抗体である、[15]の分子。
[17] 二重特異性抗体である、[15]の分子。
[18] CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片を含む、[15]~[17]のいずれかの分子。
(CCH1)配列番号141で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH1、
(CCH2)配列番号142で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2若しくは配列番号142で表されるアミノ酸配列において、3番目のアミノ酸がN又はSであるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2、
(CCH3)配列番号143で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH3、
(CCL1)配列番号144で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL1、
(CCL2)配列番号145で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2若しくは配列番号145で表されるアミノ酸配列において、2番目のアミノ酸がNであるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2、並びに
(CCL3)配列番号146で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL3
を含む、CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[18]の分子。
(CH1) 配列番号136で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH2) 配列番号137で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH3) 配列番号147で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH4) 配列番号138で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH5) 配列番号139で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH6) 配列番号140で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH7) 配列番号155で表されるアミノ酸配列の272番目~389番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH8) 配列番号156で表されるアミノ酸配列の277番目~394番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、若しくは
(CH9) 配列番号157で表されるアミノ酸配列の277番目~394番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、並びに、
(CL1) 配列番号136で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL2) 配列番号137で表されるアミノ酸配列の135番目~241番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL3) 配列番号147で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL4) 配列番号138で表されるアミノ酸配列の135番目~241番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL5) 配列番号139で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL6) 配列番号140で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL7) 配列番号155で表されるアミノ酸配列の405番目~511番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL8) 配列番号156で表されるアミノ酸配列の410番目~516番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、若しくは
(CL9) 配列番号157で表されるアミノ酸配列の410番目~516番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
を含む、[19]の分子。
(CH1CL1) 配列番号136で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号136で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH2CL2) 配列番号137で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号137で表されるアミノ酸配列の135番目~241番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH3CL3) 配列番号147で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号147で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH4CL4) 配列番号138で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号138で表されるアミノ酸配列の135番目~241番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH5CL5) 配列番号139で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号139で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH6CL6) 配列番号140で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号140で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH7CL7) 配列番号155で表されるアミノ酸配列の272番目~389番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号155で表されるアミノ酸配列の272番目~389番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH8CL8) 配列番号156で表されるアミノ酸配列の277番目~394番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号156で表されるアミノ酸配列の410番目~516番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、又は、
(CH9CL9) 配列番号157で表されるアミノ酸配列の277番目~394番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号157で表されるアミノ酸配列の410番目~516番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、を含む、[20]の分子。
[22] CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片が、scFvである、[18]~[21]のいずれかの分子。
(CS1) 配列番号136で表されるアミノ酸配列の2番目~243番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS2) 配列番号137で表されるアミノ酸配列の2番目~241番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS3) 配列番号147で表されるアミノ酸配列の2番目~243番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS4) 配列番号138で表されるアミノ酸配列の2番目~241番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS5) 配列番号139で表されるアミノ酸配列の2番目~243番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS6) 配列番号140で表されるアミノ酸配列の2番目~243番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS7) 配列番号155で表されるアミノ酸配列の272番目~511番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS8) 配列番号156で表されるアミノ酸配列の277番目~516番目のアミノ酸配列からなるscFv、若しくは
(CS9) 配列番号157で表されるアミノ酸配列の277番目~516のアミノ酸配列からなるscFv、
を含む、[22]の分子。
Fc領域(ii)を含む第2ポリペプチドを含み、好適には、Fc領域(i)とFc領域(ii)において会合してなる、[18]~[23]のいずれかの分子。
[25] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[1]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[24]の分子。
[26] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[2]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[24]の分子。
[27] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[3]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[24]の分子。
[28] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[4]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[24]の分子。
[29] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[5]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[24]の分子。
[31] CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである[19]のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[19]~[24]のいずれかの分子。
[32] CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである[20]又は[21]のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[19]~[24]のいずれかの分子。
[33] CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである[23]のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[19]~[24]のいずれかの分子。
[35] 配列番号155で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号156で表されるアミノ酸配列の21番目~516番目のアミノ酸配列、配列番号157で表されるアミノ酸配列の21番目~516番目のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、[24]~[33]のいずれかの分子。
[36] 第1ポリペプチドが、配列番号85、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、86、149又は150で表されるアミノ酸配列の529番目~745番目のアミノ酸配列を含む、[24]~[34]のいずれかの分子。
[37] 第1ポリペプチドが、配列番号155で表されるアミノ酸配列の529番目~745番目のアミノ酸配列、配列番号156で表されるアミノ酸配列の534番目~750番目のアミノ酸配列、又は配列番号157で表されるアミノ酸配列の534番目~750番目のアミノ酸配列を含む、[24]~[33]及び[35]のいずれかの分子。
[39] 第1ポリペプチドが、配列番号155で表されるアミノ酸配列の20番目~745番目のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列、配列番号156で表されるアミノ酸配列の20番目~750番目のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、又は配列番号157で表されるアミノ酸配列の20番目~750番目のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、[35]又は[37]の分子。
[40] 第2ポリペプチドが、配列番号84で示されるアミノ酸配列の20番目~246番目のアミノ酸配列を含んでなる、[24]~[39]のいずれかの分子。
第1ポリペプチドが、N末端からC末端に向かって、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFv、CD3に特異的に結合するscFv及びFc領域(i)を、その順に含んでなり、
第2ポリペプチドが、Fc領域(ii)を含む免疫グロブリン重鎖からなり、
第3ポリペプチドが免疫グロブリン軽鎖からなり、
好適には、第2ポリペプチドと第3ポリペプチドが会合しており、
第1ポリペプチドと第2ペプチドが、それぞれのFc領域において会合している、
[18]~[23]のいずれかの分子。
[42] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[1]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[41]の分子。
[43] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[2]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[41]の分子。
[44] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[3]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[41]の分子。
[45] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[4]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[41]の分子。
[46] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[5]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[41]の分子。
[48] CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである[19]のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[42]~[46]のいずれかの分子。
[49] CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである[20]又は[21]に記載のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[42]~[46]のいずれかの分子。
[50] CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである[23]のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[42]~[46]のいずれかの分子。
[51] 第2ポリペプチドが、配列番号99で表されるアミノ酸配列のアミノ酸番号20~242のアミノ酸配列を含む、[41]~[50]のいずれかの分子。
[52] 第3ポリペプチドが配列番号100で表されるアミノ酸配列を含む、[41]~[51]のいずれかの分子。
配列番号85で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号87で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号88で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号89で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号90で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号91で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号92で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号93で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号94で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号95で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号96で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号86で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列、配列番号149で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列及び配列番号150で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、[41]~[52]のいずれかの分子
[56] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[1]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[55]の分子。
[57] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[2]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[55]の分子。
[58] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[3]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[55]の分子。
[59] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[4]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[55]の分子。
[60] ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである[5]のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[55]の分子。
[61] CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片が、Fabである、[18]~[21]のいずれかの分子。
[62] CD3に特異的に結合するFabが、Fabである[18]のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[56]~[61]のいずれかの分子。
[63] CD3に特異的に結合するFabが、Fabである[19]のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[56]~[61]のいずれかの分子。
[64] CD3に特異的に結合するFabが、Fabである[20]又は[21]のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、[56]~[61]のいずれかの分子。
[65] 第1ポリペプチドが、配列番号160で表されるアミノ酸配列の21番目~394番目のアミノ酸配列を含んでなる、[55]~[64]のいずれかの分子。
[66] 第1ポリペプチドが、下記(i)~(iii)のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む、[55]~[65]のいずれかの分子:
(i)配列番号160で表されるアミノ酸配列の20番目~724番目のアミノ酸配列;
(ii)配列番号197で表されるアミノ酸配列の20番目~719番目のアミノ酸配;
(iii)配列番号198で表されるアミノ酸配列20番目~719番目のアミノ酸配列。
。
[67] 第2ポリペプチドが、配列番号84で示されるアミノ酸配列の20番目~246番目のアミノ酸配列を含んでなる、[55]~[66]のいずれかの分子。
[68] 第3ポリペプチドが、配列番号161で表されるのアミノ酸配列の21番目~127番目のアミノ酸配列を含んでなる、[56]~[67]のいずれかの分子。
[69] 第3ポリペプチドが、配列番号161で表されるのアミノ酸配列の21番目~233番目のアミノ酸配列を含んでなる、[56]~[68]のいずれかの分子。
[70] [15]~[69]のいずれかの分子であって、該分子に含まれる1つ又は2つ以上のポリペプチドの有するアミノ酸配列において、該配列のカルボキシル末端から1つ又は2つのアミノ酸が欠失してなる、該分子。
[71] [15]~[70]のいずれかの分子に含まれるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド。
[72] [71]のポリヌクレオチドを含むベクター。
[73] [71]のポリヌクレオチド又は[72]のベクターを含む宿主細胞。
[74] (i) [73]の宿主細胞を培養する工程、及び(ii)工程(i)で得られた培養物から抗体又はその結合断片を精製する工程を含む、ヒトHLA/NY-ESO及びヒトCD3に特異的に結合する分子を製造する方法。
[75] [74]の方法により得られる、ヒトHLA/NY-ESO及びヒトCD3に特異的に結合する分子。
[76] [15]~[70]及び[75]のいずれかの分子、[71]のポリヌクレオチド、[72]のベクター、又は[73]の宿主細胞を有効成分として含む医薬組成物。
[77] 抗がん剤である、[14]又は[76]の医薬組成物。
[78] がんが、腎がん、メラノーマ、有棘細胞がん、基底細胞がん、結膜がん、口腔がん、喉頭がん、咽頭がん、甲状腺がん、肺がん(非小細胞肺がん(腺がん、扁平上皮がん、大細胞がん)、小細胞肺がん)、乳がん、食道がん、胃がん、十二指腸がん、小腸がん、大腸がん、直腸がん、虫垂がん、肛門がん、肝がん、胆嚢がん、胆管がん、膵がん、副腎がん、膀胱がん、前立腺がん、子宮がん、膣がん、脂肪肉腫、血管肉腫、軟骨肉腫、横紋筋肉腫、ユーイング肉腫、骨肉腫、未分化多型肉腫、粘液型線維肉腫、悪性末梢性神経鞘腫、後腹膜肉腫、滑膜肉腫、子宮肉腫、消化管間質腫瘍、平滑筋肉腫、類上皮肉腫、B細胞リンパ腫、T・NK細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄増殖性疾患、骨髄異形成症候群、多発性骨髄腫、精巣がん及び卵巣がんからなる群から選択される1つ又は2つ以上である、[77]の医薬組成物。
[79] 他の薬剤と組み合わせて使用される、[76]~[78]のいずれかの医薬組成物。
本明細書は本願の優先権の基礎となる日本国特許出願番号2020-061476号の開示内容を包含する。
1.定義
本発明において、「遺伝子」とは、蛋白質のアミノ酸をコードする塩基配列が含まれるヌクレオチド鎖又はその相補鎖を意味し、例えば、蛋白質のアミノ酸をコードする塩基配列が含まれるヌクレオチド鎖又はその相補鎖であるポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、DNA、mRNA、cDNA、cRNA等は「遺伝子」の意味に含まれる。かかる遺伝子は一本鎖、二本鎖又は三本鎖以上のヌクレオチドであり、DNA鎖とRNA鎖の会合体、一本のヌクレオチド鎖上にリボヌクレオチド(RNA)とデオキシリボヌクレオチド(DNA)が混在するもの及びそのようなヌクレオチド鎖を含む二本鎖又は三本鎖以上のヌクレオチドも「遺伝子」の意味に含まれる。本発明において塩基配列とヌクレオチド配列は同義である。
本発明において、「抗原」を「免疫原」の意味に用いることがある。
本発明において、「細胞」には、動物個体に由来する各種細胞、継代培養細胞、初代培養細胞、細胞株、組換え細胞及び微生物等も含まれる。
本明細書中において、「分子」は、上述の抗体、抗体の抗原結合断片を含む分子であり、さらに抗体又はそれらに由来する複数の抗原結合断片より形成された多重特異的である分子を含む。
2-1.HLA/NY-ESO抗原
本発明において、「HLA/NY-ESO」は、HLA/NY-ESO蛋白質と同じ意味で用いられる。
本発明において、「CD3」は、CD3蛋白質と同じ意味で用いている。
CD3は、多分子T細胞レセプター複合体の一部分としてT細胞上に発現され、γ鎖、δ鎖、ε鎖、ζ鎖、η鎖の5種類のポリペプチド(分子量は順に25000-28000、21000、20000、16000、22000)の複合体である。
本発明で用いる上述の抗原蛋白質;HLA/NY-ESO、CD3(以下、HLA/NY-ESO、CD3をまとめて、該抗原蛋白質とも記す)は、動物組織(体液を含む)、該組織由来の細胞若しくは該細胞培養物からの精製及び単離、遺伝子組換え、インビトロ翻訳、化学合成等により調製することができる。
本発明の抗HLA/NY-ESO抗体及びその抗原結合断片等は、HLA/NY-ESOを認識する。すなわち、HLA/NY-ESO抗原に結合する。HLA/NY-ESOは、マウス、ラット、カニクイサル等の非ヒト動物における存在は知られていない。
本発明において「認識」、すなわち「結合」とは、非特異的な吸着ではない結合を意味する。認識しているか否か、すなわち、結合しているか否の判定基準としては、例えば、解離定数(Dissociation Constant:以下、「KDという」)を挙げることができる。本発明の好適な抗体等のHLA/NY-ESO又はCD3に対するKD値は、1×10-5M以下、5×10-6M以下、2×10-6M以下、1×10-6M以下であり、HLA/NY-ESOに対する好適なKD値は、5×10-7M以下、2×10-7M以下、1×10-7M以下、5×10-8M以下、2×10-8M以下、1×10-8M以下、5×10-9M以下、又は2×10-9M以下であり、より好適には1×10-9M以下である。優れた抗原結合活性を有する本発明の抗HLA/NY-ESO scFvとして、NYA-1143、NYA-2023、NYA-2143、NYA-2044、NYA-2045、NYA-2060、NYA-2061、NYA-3061を例示することができ、NYA-1143、NYA-2044、NYA-2045及びNYA-2143等のHLA/NY-ESOに対するKD値は1×10-9M以下である(実施例4等)。
3-1 抗HLA/NY-ESO又はその結合断片
本発明は、HLA/NY-ESOを認識し結合する抗体又はその結合断片を提供する。
さらに、配列番号156(図152)で表されるアミノ酸配列のアミノ酸番号21~140からなるNYA-3061重鎖可変領域に含まれるCDRH1~CDRH3の組合せをあげることができる。
さらに、配列番号156(図152))で表されるアミノ酸配列のアミノ酸番号161~271からなるNYA-3061軽鎖可変領域に含まれるCDRL1~CDRL3の組合せをあげることができる。
さらに、配列番号156(図152)で表されるアミノ酸配列のアミノ酸番号21~140及び161~271からなるNYA-3061重鎖可変領域及び軽鎖可変領域に、それぞれ含まれるCDRH1~CDRH3及びCDRL1~CDRL3の組合せをあげることができる。
本発明のscFvにおいて、重鎖可変領域および軽鎖可変領域がジスルフィド結合していてもよい。
本発明の抗HLA/NY-ESO抗体の変異抗体には、好適には、蛋白質の分解若しくは酸化に対する感受性の低下、生物活性や機能の維持、改善若しくは低下や変化の抑制、抗原結合能の改善若しくは調節、又は物理化学的性質若しくは機能的性質の付与等がなされ得る。蛋白質は、その表面にある特定のアミノ酸側鎖が変化して当該蛋白質の機能や活性が変化することが知られ、そのような例には、アスパラギン側鎖の脱アミド化、アスパラギン酸側鎖の異性化等が含まれる。そのようなアミノ酸側鎖の変化を防ぐために別のアミノ酸に置き換えたものも、本発明の変異抗体の範囲に含まれる。
本発明の一つの態様として、本発明の抗HLA/NY-ESO抗体の抗原結合断片(以下、単に「結合断片」という)を提供する。本発明の抗HLA/NY-ESO抗体の結合断片には、キメラ化抗体、ヒト化抗体、又は、ヒト抗体の結合断片が包含される。抗体の結合断片とは、該抗体の有する機能のうち少なくとも抗原結合性を保持する断片又はその修飾物を意味する。かかる抗体の機能としては、一般的には、抗原結合活性、抗原の活性を調節する活性(例えばアゴニスト活性)、抗原を細胞内に内在化させる活性、抗原と相互作用する物質との相互作用を阻害若しくは促進する活性等を挙げることができる。
本発明は、抗体又はその結合断片の修飾体を提供する。本発明の抗体又はその結合断片の修飾体とは、本発明の抗体又はその結合断片に化学的又は生物学的な修飾が施されてなるものを意味する。化学的な修飾体には、アミノ酸骨格への化学部分の結合、N-結合又はO-結合炭水化物鎖の化学修飾体等が含まれる。生物学的な修飾体には、翻訳後修飾(例えば、N-結合又はO-結合への糖鎖付加、アミノ末端領域又はカルボキシル末端領域のプロセッシング、脱アミド化、アスパラギン酸の異性化、メチオニンの酸化)されたもの、原核生物宿主細胞を用いて発現させることによりアミノ末端にメチオニン残基が付加したもの等が含まれる。また、本発明の抗体又は抗原の検出又は単離を可能にするために標識されたもの、例えば、酵素標識体、蛍光標識体、アフィニティー標識体もかかる修飾物の意味に含まれる。このような本発明の抗体又はその結合断片の修飾物は、元の本発明の抗体又はその結合断片の安定性及び血中滞留性の改善、抗原性の低減、かかる抗体又は抗原の検出又は単離等に有用である。
本発明の抗体は、例えば、重鎖可変領域をコードするDNA又は軽鎖可変領域をコードするDNAを発現ベクターに挿入し、発現用の宿主細胞を該ベクターで形質転換し、宿主細胞を培養することにより、リコンビナント抗体として細胞に産生させることができる。
本発明の分子は、本発明の抗HLA/NY-ESO抗体又はその抗原結合断片を含む。本発明の分子は、好適には、2以上の抗原結合部位を持つ多重特異性分子である。すなわち、1つの分子上の2つ以上の互いに異なるエピトープ又は2つ以上の分子上の互いに異なるエピトープに結合することが可能な分子であり、複数の互いに異なる抗原結合断片を包む。このような多重特異性分子には、IgG型多重特異性分子、2種類以上の可変領域を有する多重特異性分子、例えばタンデムscFv(taFv)、一本鎖ダイアボディ、ダイアボディ及びトリアボディのような抗体断片、共有結合又は非共有結合して連結されている抗体断片を含むが、これらに限定されない。多重特異的な分子はFcを含んでいてもよい。
本発明の二重特異性分子は、複数のポリペプチドが会合した構造を有している。
これらのうち、配列番号85で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0016、配列番号87で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0022、配列番号88で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0023、配列番号89で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0027、配列番号90で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0035、配列番号91で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0044、配列番号92で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0045、配列番号93で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0047、配列番号94で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0048、配列番号95で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0060、配列番号96で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0061、配列番号86で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0019、配列番号149で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0014、並びに、配列番号150で表されるアミノ酸配列の21番目~745番目のアミノ酸配列からなる第1ポリペプチド及び及び配列番号84で示されるアミノ酸配列の21番目~246番目からなる第2ポリペプチドが会合してなるNYF-0082を、本発明の好適なtaFv-ヘテロダイマーFc型二重特異性分子として例示することができる。
さらに、好適なscFv-Fab-ヘテロダイマーFc型二重特異性分子に含まれる第1ポリペプチドに含まれる他のアミノ酸配列としては、配列番号198で表されるアミノ酸配列の21番目~389番目のアミノ酸配列を、さらに好適には20番目~719番目のアミノ酸配列を、それぞれ例示することができる。
本発明は、本発明の抗HLA/NY-ESO抗体若しくはHLA/NY-ESOに結合する多重特異性分子を有効成分として含む抗がん剤を包含する。
1)-1 HLA/NY-ESO抗原タンパク質の調製
HLA-A*0201(GenBank:ASA47534.1)のトランケート体(ビオチンリガーゼ認識配列付加:配列番号33)とβ2-マイクログロビン(UniProtKB-P61769:配列番号34)を其々発現させた大腸菌(BL21(DE3)、アジレント・テクノロジー社)より調製した各インクルージョンボディーとNY-ESOペプチド: SLLMWITQC(配列表の配列番号1)を大希釈によりリフォールデング後、ゲルろ過カラム(Superdex 200 10/300、GE Healthcare社)にてHLA-A*0201/β2-マイクログロビン/NY-ESOペプチド複合体(以下HLA/NY-ESOと表記)を調製した。
ヒト抗体ファージライブラリーから、HLA/NY-ESOに結合するscFvを単離した。まず、ビオチン化HLA/MC1を固相化したDynabeads Streptavidin M-280(Thermo Fisher Scientific社)にファージを添加し、結合しないファージを回収した。次に、ビオチン化HLA/NY-ESOを固相化したDynabeads Streptavidin M-280Ag添加し、結合しないファージをマグネットスタンド(DynaMag‐2、Thermo Fisher Scientific社)を用いた洗浄操作により除去した。
384ウェルMaxi-sorp plate(Black、Nunc社)にPBS(0.138M塩化ナトリウム、0.0027M塩化カリウムを含有する0.01Mリン酸緩衝生理食塩水(pH7.4)、Sigma-Aldrich社)で1μg/mLに希釈したNeutrAvidin(Life Technologies社)を50μLずつ添加し、4℃で一晩静置し固相化した。Tween-20(バイオ・ラッド社)を0.05%含むPBS(ELISAバッファ)で3回洗浄後、PBSで1μg/mLに希釈した、実施例1)-2でも用いたビオチン化HLA/NY-ESOを添加して1時間室温で振とうした。ELISAバッファで3回洗浄後、Blocker Casein(Thermo Fisher Scientific社)でブロッキングし、ELISAバッファで3回洗浄した。その後、scFvを発現させた大腸菌の培養液を添加し、室温にて2時間反応させた。ELISAバッファで3回洗浄後、ELISAバッファで5000倍に希釈したHorseradish peroxidase(HRP)標識抗FLAG抗体(Sigma-Aldrich社)を50μL添加し、室温で1時間反応させた。ELISAバッファで5回洗浄後、SuperSignal Pico ELISA Chemiluminescent substrate(Thermo Fisher Scientific社)を添加し、10分後の化学発光をプレートリーダー(Envision 2104 Multilabel Reader、Perkin Elmer社)で測定し、HLA/NY-ESOに結合するELISA陽性クローンを分離した。
1)-3で取得されたELISA陽性クローンの中から、HLA/NY-ESOへの結合能が強く認識特異性が優れているscFvとしてNY-R119を選抜した。NY-R119の重鎖及び軽鎖可変領域のヌクレオチド配列の解析を、Dye Terminator法(BigDye(登録商標)Terminator v3.1、Thermo Fisher Scientific社)で実施した。配列解析に用いたプライマー配列は、以下の通りである。
Primer A:5’-CTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGA-3’(配列表の配列番号3(図10))
Primer B:5’-ATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGA-3’(配列表の配列番号4(図11))
1)-5-1 NYA-0001発現ベクターの構築
各種評価用サンプル調製のため、NY-R119の哺乳培養用発現ベクターを構築した。また哺乳培養細胞にて発現されたNY-R119をNYA-0001と命名した。NY-R119とNYA-0001のscFv部分、重鎖及び軽鎖の可変領域、並びにCDRH1~3及びCDRL1~3は、同一アミノ酸配列からなる。NYA-0001をコードするDNA断片をIn-Fusion HD クローニングキット(CLONTECH社)にてpcDNA3.3(Thermo Fisher Scientific社)を骨格とした哺乳動物細胞用発現ベクターに挿入し、NYA-0001発現ベクターを構築した。
Expi293F細胞(Thermo Fisher Scientific社)はマニュアルに従い、継代、培養を行った。対数増殖期にあるExpi293F細胞培養液を2.5×106 cells/mL になるようExpi293 Expression medium(Thermo Fisher Scientific社)で希釈し、NYA-0001の生産に用いた。20mLのOpti-Pro SFM培地(Thermo Fisher Scientific社)にNYA-0001発現ベクター0.3mgと0.9mgのPolyethyleneimine(Polyscience #24765)を加えて穏やかに攪拌し、さらに5分間放置した後にExpi293F細胞へ添加した。37℃、8%CO2インキュベーターで6日間、135rpmで振とう培養して得られた培養上清を0.2μm filter(Millipore社)でろ過し、NYA-0001の培養上清を得た。精製は、Ni Sepharose excel(GE Healthcare社)、にて溶出後濃縮し、25mM Histidine、300mM NaCL、5% Sorbitor、pH6.0で平衡化したゲルろ過カラム (Superdex 200 Increase、GE Healthcare社)にて精製した。精製タンパク質サンプルは分析用サイズ排除クロマトグラフィー(SEC)に供し、純度と濃度を決定した後、各種評価に用いた。
2)-1 NYA-0001変異体の取得
NYA-0001遺伝子を鋳型として、PCRを利用して変異を導入する方法(Error-prone-based ライブラリー)、又は、CDRの全残基の各残基毎に、20種類のアミノ酸にランダム変異させたオリゴマーを合成し、ライブラリーを構築する方法(oligo‐basedライブラリー)を用いてファージライブラリーを構築し、高結合能クローンのスクリーニングを行い、高結合能変異体としてNYA-0060、NYA-0068、NYA-0082を取得し、各ヌクレオチド配列を決定した。
NYA-0060、NYA-0068各々の変異部位をもつNYA-1163、NYA-2023をコードするDNA断片をIn-Fusion HD クローニングキット(CLONTECH社)にてpcDNA3.3(Thermo Fisher Scientific社)を骨格とした哺乳動物細胞用発現ベクターに挿入し、哺乳動物細胞用scFv発現ベクターを構築した。
2)-3-1 NYA-2035の作製
NYA-1143の変異体としてNYA-2035を設計し、哺乳動物細胞用NYA-1143発現ベクターへ部位特異的変異導入することでNYA-2035発現ベクターを構築した。構築したscFv発現ベクターのヌクレオチド配列は再解析し、配列番号35(図42)に示されるヌクレオチド配列であることを確認した。上記ヌクレオチド配列から、当該配列がコードするNYA-2035全長のアミノ酸配列を決定した(配列番号36(図43))。当該配列において、1番目から19番目のアミノ酸配列がシグナル配列であり、21番目から266番目のアミノ酸配列がNYA-2035であり、267番目から292番目のアミノ酸配列がFlag-Hisタグである。また、46番目から53番目のアミノ酸配列がCDRH1であり、71番目から78番目のアミノ酸配列がCDRH2であり、117番目から129番目のアミノ酸配列がCDRH3である。また、アミノ酸番号181番から188番はCDRL1であり、アミノ酸番号206番から208番はCDRL2であり、アミノ酸番号245番から256番はCDRL3である。IMGTのCDR定義におけるNYA-2035のCDR配列はそれぞれ、CDRH1は配列番号54(図61)に、CDRH2は配列番号55(図61)に、CDRH3は配列番号56(図61)に、CDRL1は配列番号64(図65)に、CDRL2は配列番号58(図61)に、CDRL3は配列番号59(図61)に示した。
物性向上をめざし、NYA-1143CDRグラフト変異体を設計した。NYA-1143のVH及びVLのフレームワーク領域の配列を、KABAT et al.(Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service National Institutes of Health, Bethesda,MD.(1991))において既定されるヒトのサブグループ・コンセンサス配列やGermline配列のフレームワーク領域と比較した。その結果、VHについてはヒトGermline配列IGHV3_30*15とヒトγ鎖サブグループ3のコンセンサス配列が、VLについてはヒトGermline配列IGLV1-44*01が、そのフレームワーク領域において高い配列同一性を有するアクセプターとして選択された。次に、各アクセプターのフレームワーク領域のアミノ酸残基を、NYA-1143のアミノ酸残基と整列させ、異なるアミノ酸が使用されている残基を同定した。
1)-5-2と同様の方法にて2)-3-1及び2)-3-2で作製したNYA-2035、NYA-2044、NYA-2045、NYA-2047、NYA-2048、NYA-2060、及びNYA-2061を発現させ、各目的scFvを精製した。精製タンパク質サンプルは分析用SECに供し、純度と濃度を決定した後、各種アッセイに用いた。
HLA/NY-ESOへ高結合能を有する抗体3M4E5及びT1(WO2010/106431)のscFvを設計し、3M4E5のscFvをNYC-0003、T1のscFvをNYC-0004と命名した。
Biacore T200を用い、固定化した抗His抗体へ抗HLA/NY-ESO scFvをリガンドとして捕捉(キャプチャー)し、抗原をアナライトとして測定した。抗原には、1)-1にて調製したHLA/NY-ESOを使用した。抗His抗体(His Capture kit、GE Healthcare社)はSensor Chip CM5(GE Healthcare社)へ、キット説明書に従い固定化させた。HBS-EP+(GE Healthcare社)で0.5μg/mLに希釈した評価する各抗HLA/NY-ESO scFvを10μL/minで60秒間接触させて固定化した。その後、HBS-EP+で希釈した複数濃度のHLA/NY-ESOをアナライトとして各サンプルを流速30μL/minで120秒間添加し、600秒間乖離を測定するシングルサイクルカイネティクス解析によりKDを算出し、結果を表1に記載した。親抗体 NYA-0001に比べその変異体はいずれもHLA/NY-ESOへの結合が強くなっていることが示された。またNYC-0004に比べ、NYA-1143、NYA-2023、NYA-2143、NYA-2044、NYA-2045、NYA-2060及びNYA-2061は結合が強く、このうちNYA-1143、NYA-2044、NYA-2045、NYA-2143はKDが1nM以下を示した。
ヒトリンパ芽球細胞融合細胞株T2(ATCC)細胞を20%FBS含有AIM-V培地(Thermo Fisher Scientific社)で適切な濃度に調整し、NY-ESOペプチド(配列番号1)、点変異NY-ESOペプチド1F、2M、3A、4A、5A、6L、7F、8A、9A(配列番号121(図122)、122(図123)、123(図124)、124(図125)、125(図126)、126(図127)、127(図128)、128(図129)、129(図130))、gp100ペプチド(配列番号130(図131))(いずれもSigma Genosys社)をDMSOで5mMに溶解した溶液を、最終濃度が50μMになるように、あるいはDMSOを1/100量添加し、37℃で4時間インキュベートした。20%FBS含有AIM-V培地で2回洗浄後、5%FBS含有PBSで適当な濃度に調製し、LIVE/DEAD Fixable DeadCell Stain Kit(ThermoFisher Scientific社)を添加し、4℃で30分静置した。5%FBS含有PBSで2回洗浄後、細胞を2つに分け、5%FBS含有PBSで105細胞/wellで96-well U底マイクロプレートに播種し、遠心後上清を除去した。一方の細胞について、5%FBS含有PBSで100nMに希釈した抗HLA/NY-ESO scFvを25μL/well添加し、4℃で30分静置した。5%FBS含有PBSで2回洗浄後、5%FBS含有PBSで希釈したPenta-His Alexa Fluor488(QIAGEN社)を25μL/well添加し、4℃で30分静置した。5%FBS含有PBSで2回洗浄後、5%FBS含有PBSで希釈したAnti-mouse-IgG Alexa Fluor488(Thermo Fisher Scientific社)を25μL/well添加し、4℃で30分静置した。5%FBS含有PBSで2回洗浄後、マイルドホルム 10N(富士フイルム和光純薬社)で一晩固定後、5%FBS含有PBSで再懸濁した。HLA/ペプチド複合体量で標準化を行うため、もう一方の細胞について、5%FBS含有PBSで10μg/mLに希釈したHLA-A2抗体BB7.2-Alexa Fluor 488、あるいはマウスIgG2b-Alexa Fluor 488を25μL/well添加し、4℃で30分静置した。5%FBS含有PBSで2回洗浄後、マイルドホルム 10N(富士フイルム和光純薬社)で一晩固定後、5%FBS含有PBSで再懸濁した。これら細胞懸濁液をフローサイトメーター(CantoII、Becton Dickinson社)で検出を行った。データ解析はFlowjo(Treestar社)で行い、T2細胞の死細胞除去画分のAlexa Fluor 488の幾何学的平均蛍光強度(gMFI)を測定した。T2細胞上のHLA/ペプチド複合体量で標準化された各scFvの結合性を示す値、標準化gMFIは次式で算出した。
・A/B=相対gMFI
A:抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のgMFI
B:抗体非添加のDMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のgMFI
・(C/D)/(E/F)=DMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のHLA/ペプチド複合体量補正値
C:HLA-A2抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のgMFI
D:マウスIgG2b抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のgMFI
E:HLA-A2抗体添加のDMSO添加T2細胞のgMFI
F:マウスIgG2b抗体添加のDMSO添加T2細胞のgMFI
ヒトプロテオーム(Swiss-Prot)の中から、結合する可能性のある、NY-ESOペプチド:SLLMWITQC(配列番号1)とアミノ酸配列が類似するが同一ではないヒトペプチド(以下「相同性ペプチド」という)の検索のため、本抗体の多くが認識していると示唆される1、4、5番目が一致した9-merペプチドを検索した。検索された9-merペプチドに関して、NetMHCPan2.8でHLA-A0201に対する結合性を予測し、IC50が500nM以下と予測された、図2Aに示す9-merペプチドを抗HLA/NY-ESO scFvの結合特異性評価のための相同性ペプチドとして選択した。T2細胞を20%FBS含有AIM-V培地(Thermo Fisher Scientific社)で適切な濃度に調製し、NY-ESOペプチド(配列番号1)、相同性ペプチドDOLPP1、IL20RB、PRKD2、CD163、P2RY8(配列番号131(図132)、132(図133)、133(図134)、134(図135)、135(図136))、gp100ペプチド(配列番号130(図131))(いずれもSigma Genosys社)をDMSOで5mMに溶解した溶液を、最終濃度が50μMになるように、あるいはDMSOを1/100量添加し、実施例5と同様の方法で各抗体の結合性を評価した。T2細胞上のHLA/ペプチド複合体量で標準化された各scFvの結合性を示す値、標準化gMFIは次式で算出した。
・A/B=相対gMFI
A:抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のgMFI
B:抗体非添加のDMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のgMFI
・(C/D)/(E/F)=DMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のHLA/ペプチド複合体量補正値
C:HLA-A2抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のgMFI
D:マウスIgG2b抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加T2細胞のgMFI
E:HLA-A2抗体添加のDMSO添加T2細胞のgMFI
F:マウスIgG2b抗体添加のDMSO添加T2細胞のgMFI
7)-1 Fc付加型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子発現ベクターの作製
7)-1-1 taFv-ヘテロダイマーFc型二重特異性分子発現ベクターの作製
taFv-ヘテロダイマーFc型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を評価するため、各分子の発現ベクターを設計した。抗HLA/NY-ESO抗体は、NYA-1143、NYA-2143、NYA-1163、NYA-2023、NYA-2027、NYA-2035、NYA-2044、NYA-2045、NYA-2047、NYA-2048、NYA-2060及びNYA-2061を用いた。抗CD3抗体はヒト化抗CD3scFvであるC3E-7085(WO2018/117237)を用いた。ヘテロダイマーFc配列には、エフェクター機能を低下させ、且つヘテロ多量体を形成させる変異を導入したFc配列(WO2014/190441)を用いた。
taFv-Fab-ヘテロダイマーFc型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子発現用ベクターを設計した。抗HLA/NY-ESO抗体は、NYA-0001を用いた。抗CD3抗体はヒト化抗CD3scFvであるC3E-7085(WO2018/117237)を用いた。ヘテロダイマーFc配列には、エフェクター機能を低下させ、かつヘテロ多量体を形成させる変異を導入したFc配列(WO2014/190441)を用いた。
7)-2-1 taFv-ヘテロダイマーFc型二重特異性分子の発現
Expi293F細胞(Thermo Fisher Scientific社)はマニュアルに従い、継代、培養をおこなった。対数増殖期にあるExpi293F細胞培養液を2.5×106 cells/mL になるようExpi293 Expression medium(Thermo Fisher Scientific社)で希釈し、各種二重特異性分子の生産に用いた。20mLのOpti-Pro SFM培地(Thermo Fisher Scientific社)にベクターp_NYF-0016-HC2、p_HC1を1:1.5の比率で混合したベクター混合物、0.3mgと0.9mgのPolyethyleneimine(Polyscience #24765)を加えて穏やかに攪拌し、さらに5分間放置した後にExpi293F細胞へ添加した。37℃、8%CO2インキュベーターで6日間、135rpmで振とう培養して得られた培養上清を0.2μm filter(Millopore社)でろ過し、taFv-ヘテロダイマーFc型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子(NYF-0016)の培養上清を得た。NYF-0016を構成する各ベクターを発現させて得られるアミノ酸の配列を配列表の配列番号85(図86)及び84(図85)に示す。
7)-2-1と同様の手法にてp_NYF-0023-HC2、p_NYA-0001-Fab-HC1-k deleteおよびp_NYA-0001-LCを1:1:1.5の比率で混合したベクター混合物を用いてtaFv-Fab-ヘテロダイマーFc型二重特異性分子(NYF-0058)の培養上清を発現調製した。NYF-0058を構成する各ベクターを発現させて得られるアミノ酸の配列を配列表の配列番号88(図89)のアミノ酸番号20~745、配列番号99(図100)のアミノ酸番号20~468および配列番号100(図101)のアミノ酸番号21~237に示す。
7)-2で得られた培養上清から各種二重特異性分子をProteinAアフィニティクロマトグラフィーとゲルろ過クロマトグラフィーの2段階工程で精製した。
8)-1 標的細胞の調製
内因性ヒトNY-ESO発現細胞株(U266B1、及び、NCI-H1703)、及び、内因性ヒトNY-ESO非発現細胞株(AGS、及び、CFPAC-1)を10%FBS含有RPMI1640培地(富士フイルム和光純薬社)で1×106細胞/mLの濃度に調製し、各細胞懸濁液1mLあたり100μLのChromium-51 Radionuclide(PerkinElmer社)を添加し、37℃、5%CO2の条件下で2時間培養した。10%FBS含有RPMI1640培地で2回洗浄した後、10%FBS含有RPMI1640培地で1×105細胞/mLになるよう再懸濁したものを標的細胞として用いた。
市販の凍結ヒトPBMC(Cellular Technology Limited社)を37℃で解凍し、10%FBS含有RPMI1640培地にAnti-aggregate Wash試薬(Cellular Technology Limited社)を添加した溶液に移して2回洗浄した後に10%FBS含有RPMI1640培地で1×106細胞/mLになるよう調製し、エフェクター細胞とした。
8)-1で取得した各標的細胞を50μL/wellで96-well U底マイクロプレートに添加した。そこに各種濃度に調製した実施例7で調製した各種Fc付加型抗HLA-A2/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を50μL/wellで添加し、実施例8)-2で調製したエフェクター細胞を100μL/well添加し、室温で1000rpm×1分間遠心後、37℃、5%CO2の条件下で20-24時間培養した。上清50μLをLumaPlate(PerkinElmer社)に回収し、50℃で約2時間乾燥させた後、プレートリーダー(TopCount:PerkinElmer社)で測定した。試験はtriplicateにて実施し、細胞溶解率は次式で算出した。
細胞溶解率(%)=(A-B)/(C-B)×100
A:サンプルウェルのカウント。
B:バックグラウンド(抗体非添加ウェル)カウントの平均値(n=3)。抗体添加時にアッセイ用培地を50μL添加した。それ以外はサンプルウェルと同様の操作を行った。C:最大放出(標的細胞を界面活性剤で溶解させたウェル)カウントの平均値(n=3)。抗体添加時にアッセイ培地を50μL添加した。界面活性剤は100μL添加し、サンプルウェルと同様に50μL分をLumaPlateに移して測定を実施した。
ヒト扁平上皮肺がん細胞株NCI-H1703(ATCC)を50%Matrigel(CORNING社)含有PBSで6×107細胞/mLになるよう調製し、NOGマウス(雌性、6~7週齢)の皮下に0.1mL移植した(Day0)。Day4にヒトPBMCをPBSで3.75×107細胞/mLになるよう調製し、0.2mL尾静脈内移植した。約1週間後(Day6~7)より経時的に腫瘍の長径(mm)及び短径(mm)を電子デジタルノギスで計測し、以下に示す計算式により推定腫瘍体積を算出した。
Estimated Tumor Volume(mm3)=各個体の推定腫瘍体積の平均値
各個体の推定腫瘍体積=長径×短径2/2
10)-1 各種Fc付加型フォーマット抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子発現ベクターの作製
10)-1-1 Hybrid型二重特異性分子発現ベクターの作製
Hybrid型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を評価するため、各分子の発現ベクターを設計した。抗HLA/NY-ESO抗体は、NYA-1143を用いた。抗CD3抗体はヒト化抗CD3scFvであるC3E-7085(PCT/JP2017/046006)を用いた。ヘテロダイマーFc配列には、エフェクター機能を低下させ、かつヘテロ多量体を形成させる変異を導入したFc配列(WO2014/190441)を用いた。
Dual型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を評価するため、以下の発現ベクターを設計した。NYA-1143のカルボキシル末端へ、エフェクター機能を低下させヘテロ多量体を形成させる変異を導入したFc領域をコードするDNA断片が組み込まれた哺乳動物細胞用発現ベクター「p_NYA-1143-HC1-k delete」を作製した。
scFv-Fab-ヘテロダイマーFc型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を評価するため、各分子の発現ベクターを設計した。抗HLA/NY-ESO抗体はNYA-1154、抗CD3抗体はC3E-7085を用いた。ヘテロダイマーFc配列には、エフェクター機能を低下させ、かつヘテロ多量体を形成させる変異を導入したFc配列を用いた。
各種フォーマット評価用taFv-ヘテロダイマーFc型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を評価するため、各分子の発現ベクターを設計した。抗HLA/NY-ESO抗体は、NYA-1143及びNYA-1154を用いた。抗CD3抗体はヒト化抗CD3scFvであるC3E-7085を用いた。ヘテロダイマーFc配列には、エフェクター機能を低下させ、かつヘテロ多量体を形成させる変異を導入したFc配列を用いた。
10)-2-1 Hybrid型二重特異性分子の発現
7)-2-1と同様の手法にてp_NYA-1143-Fab-HC1-k delete、p_C3E-7085-HC2-k delete及びp_NYA-1143-LCを1:1:1.5の比率で混合したベクター混合物を用いてHybrid型二重特異性分子(NYG-3143)の培養上清を発現調製した。NYG-3143を構成する各ベクターを発現させて得られるアミノ酸の配列を配列表の配列番号104(図105)、配列番号105(図106)及び106(図107)に示す。
7)-2-1と同様の手法にてp_NYA-1143-HC1-k delete、p_C3E-7085-HC2-k deleteを2:1の比率で混合したベクター混合物を用いてDual型二重特異性分子(NYG-2143)の培養上清を発現調製した。NYG-2143を構成する各ベクターを発現させて得られるアミノ酸の配列を配列表の配列番号108(図109)及び106(図107)に示す。
7)-2-1と同様の手法にてp_C3E-7085-NYA-1154-Fab-HC2-k delete、p_OAA-HC1-k delete、p_NYA-1154-LCを1:1:1.5の比率で混合したベクター混合物を用いてscFv-Fab-ヘテロダイマーFc型(scFv-Fab-Fc型)二重特異性分子(NYF-0003)の培養上清を発現調製した。NYF-0003を構成する各ベクターを発現させて得られるアミノ酸の配列を配列表の配列番号112(図113)、配列番号113(図114)及び114(図115)に示す。
7)-2-1と同様の手法にて、p_NYF-0010-HC2-k delete、p_OAA-HC1-k deleteを用いてtaFv-ヘテロダイマーFc型(taFv-Fc型)抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子(NYF-0010)の培養上清を発現調製した。NYF-0010を構成する各ベクターを発現させて得られるアミノ酸の配列を配列表の配列番号118(図119)及び114(図115)に示す。
10)-2-1及び10)-2-2で得られた培養上清より、各種二重特異性分子をProteinAアフィニティクロマトグラフィーとセラミックハイドロキシアパタイトの2段階工程で精製した。
11)-1 Hybrid体、Dual体、taFv-Fc体抗HLA-A2/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子のin vitro活性評価
11)-1-1 標的細胞の調製
U266B1細胞株を実施例8)-1と同様の方法で調製したものを標的細胞として用いた。
市販の凍結ヒトPBMC(Cellular Technology Limited社)を実施例8)-2と同様の方法で調製したものをエフェクター細胞として用いた。
実施例11)-1-1で取得した各標的細胞を50μL/wellで96-well U底マイクロプレートに添加した。そこに各種濃度に調製した実施例10で調製した各種フォーマット抗HLA-A2/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を50μL/wellで添加し、実施例11)-1-2で調製したエフェクター細胞を100μL/well添加し、室温で1000rpm×1分間遠心後、37℃、5%CO2の条件下で20~24時間培養した。上清50μLをLumaPlate(PerkinElmer社)に回収し、50℃で約2時間乾燥させた後、プレートリーダー(TopCount:PerkinElmer社)で測定した。試験はtriplicateにて実施し、細胞溶解率は次式で算出した。細胞溶解率(%)=(A-B)/(C-B)×100
A:サンプルウェルのカウント。
B:バックグラウンド(抗体非添加ウェル)カウントの平均値(n=3)。抗体添加時にアッセイ用培地を50μL添加した。それ以外はサンプルウェルと同様の操作を行った。C:最大放出(標的細胞を界面活性剤で溶解させたウェル)カウントの平均値(n=3)。抗体添加時にアッセイ培地を50μL添加した。界面活性剤は100μL添加し、サンプルウェルと同様に50μL分をLumaPlateに移して測定を実施した。図7Aに示す通り、taFv-Fc体による細胞傷害活性が示された。解析ソフトウェア(Sigmaplot、version 12.0)のFour Parameter Logistics Curveの計算式を用いてEC50を算出し、結果を表5に記載した。Not Applicable(NA)は、相関係数R値が算出されず、カーブフィッティングできなかったことを示す。Hybrid体、Dual体による細胞傷害活性は認められなかった。
11)-2-1 標的細胞の調製
U266B1細胞株を実施例8)-1と同様の方法で調製したものを標的細胞として用いた。
市販の凍結ヒトPBMC(Cellular Technology Limited社)を実施例8)-2と同様の方法で調製したものをエフェクター細胞として用いた。
11)-2-1で取得した各標的細胞を50μL/wellで96-well U底マイクロプレートに添加した。そこに各種濃度に調製した実施例10で調製した各種フォーマット抗HLA-A2/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を50μL/wellで添加し、実施例11)-2-2で調製したエフェクター細胞を100μL/well添加し、室温で1000rpm×1分間遠心後、37℃、5%CO2の条件下で20-24時間培養した。上清50μLをLumaPlate(PerkinElmer社)に回収し、50℃で約2時間乾燥させた後、プレートリーダー(TopCount:PerkinElmer社)で測定した。試験はtriplicateにて実施し、細胞溶解率は次式で算出した。細胞溶解率(%)=(A-B)/(C-B)×100
A:サンプルウェルのカウント。
B:バックグラウンド(抗体非添加ウェル)カウントの平均値(n=3)。抗体添加時にアッセイ用培地を50μL添加した。それ以外はサンプルウェルと同様の操作を行った。C:最大放出(標的細胞を界面活性剤で溶解させたウェル)カウントの平均値(n=3)。抗体添加時にアッセイ培地を50μL添加した。界面活性剤は100μL添加し、サンプルウェルと同様に50μL分をLumaPlateに移して測定を実施した。図7Bに示す通り、taFv-Fc体による細胞傷害活性が示された。解析ソフトウェア(Sigmaplot、version 12.0)のFour Parameter Logistics Curveの計算式を用いてEC50を算出し、結果を表6に記載した。Not Applicable(NA)は、相関係数R値が算出されず、カーブフィッティングできなかったことを示す。scFv-Fab-ヘテロダイマーFc体、taFv(inversed)-ヘテロダイマーFc体はtaFv-ヘテロダイマーFc体と比較して低活性であった。
12)-1 NYF-0061へ変異導入およびフォーマット変更した各種Fc付加型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子発現ベクターの作製
物性向上をめざしNYF-0061の変異体を設計し、各分子を構成する以下のベクターを作製した。
NYA-3061のカルボキシル末端へ(i)C3E-7085の重鎖可変領域、(ii)ヒトIgG由来CH1領域、及び(iii)エフェクター機能を低下させ、かつヘテロ多量体を形成させる変異を導入したFc領域の順に付加してなるポリペプチドに含まれるアミノ酸配列をコードするDNA断片が組み込まれた哺乳動物細胞用発現ベクターを作製し、「p_NYZ-1010-HC2」と命名した。またC3E-7085軽鎖可変領域のカルボキシル末端にヒトIgG由来CL領域が付加してなるポリペプチドに含まれるアミノ酸配列をコードするDNA断片が組み込まれた哺乳動物細胞用発現ベクターを作製し、「p_C3E-7085-LC」と命名した。
7)-2-1と同様の手法にてp_NYZ-0038-HC2、p_HC1を用いてtaFv-ヘテロダイマーFc型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子(NYZ-0038)の培養上清を発現調製した。NYZ-0038を構成する各ベクターを発現させて得られるアミノ酸の配列を配列表の配列番号155(図151)及び84(図85)に示す。
Biacore T200を用い、固定化した抗Human IgG(Fc)抗体へ各Fc付加型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子をリガンドとして捕捉(キャプチャー)し、抗原をアナライトとして測定した。抗原には、1)-1にて調製したHLA/NY-ESOを使用した。抗Human IgG(Fc)抗体(Human antibody Capture kit、GE Healthcare社)はSensor Chip CM5(GE Healthcare社)へ、キット説明書に従い固定化させた。HBS-EP+(GE Healthcare社)で0.5μg/mLに希釈した評価する各Fc付加型抗HLA/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を10μL/minで60秒間接触させて固定化した。その後、HBS-EP+で希釈した複数濃度のHLA/NY-ESOをアナライトとして各サンプルを流速30μL/minで120秒間添加し、600秒間乖離を測定するシングルサイクルカイネティクス解析によりKDを算出し、結果を表7に記載した。NYZ-0038、NYZ-0082、NYZ-0083、及びNYZ-1010はいずれもNYF-0061と同程度の結合を保持していた。
CRISPR技術を使ってヒトリンパ芽球細胞融合細胞株T2(ATCC)細胞のゲノム配列よりCD3eをノックアウトするため、Cas9発現プラスミド(GE Healthcare社)とsgRNA発現プラスミドをElectroporation(LONZA社)にて導入した。導入後、限界希釈法による細胞クローニングを行った。導入細胞におけるゲノムDNA解析による目的の遺伝子断片欠失および全RNAでのRT-PCR解析によりCD3e遺伝子発現が認められない細胞を取得し、以降の実験に供した。
実施例14で作製したCD3eノックアウトT2細胞を20%FBS含有AIM-V培地(Thermo Fisher Scientific社)で適切な濃度に調製し、実施例5)と同様の手法にて、NY-ESOペプチド(配列番号1)、点変異NY-ESOペプチド1F、2M、3A、4A、5A、6L、7F、8A、9A(配列番号121(図122)、122(図123)、123(図124)、124(図125)、125(図126)、126(図127)、127(図128)、128(図129)、129(図130))、gp100ペプチド(配列番号130(図131))(いずれもSigma Genosys社)を添加し、LIVE/DEAD Fixable Dead Cell Stain Kit(Thermo Fisher Scientific社)染色した細胞を2つに分け、5%FBS含有PBSで105細胞/wellで96-well U底マイクロプレートに播種し、遠心後上清を除去した。一方の細胞について、5%FBS含有PBSで100nMに希釈した実施例12で調製した各種Fc付加型抗HLA-A2/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を25μL/well添加し、4℃で30分静置した。5%FBS含有PBSで2回洗浄後、5%FBS含有PBSで希釈したPE conjugated F(ab‘)2 Fragment Anti-Human IgG(Jackson Immuno Research Laboratories社)を25μL/well添加し、4℃で30分静置した。5%FBS含有PBSで2回洗浄後、マイルドホルム 10N(富士フイルム和光純薬社)で一晩固定後、5%FBS含有PBSで再懸濁した。HLA/ペプチド複合体量で標準化を行うため、もう一方の細胞について、5%FBS含有PBSで10μg/mLに希釈したHLA-A2抗体BB7.2-Alexa Fluor 488(BioRAD社)、あるいはマウスIgG2b-Alexa Fluor 488(BioRAD社)を25μL/well添加し、4℃で30分静置した。5%FBS含有PBSで2回洗浄後、マイルドホルム 10N(富士フイルム和光純薬社)で一晩固定後、5%FBS含有PBSで再懸濁した。これら細胞懸濁液をフローサイトメーター(CantoII、Becton Dickinson社)で検出を行った。データ解析はFlowjo(Treestar社)で行い、CD3eノックアウトT2細胞の死細胞除去画分のPEあるいはAlexa Fluor 488の幾何学的平均蛍光強度(gMFI)を測定した。CD3eノックアウトT2細胞上のHLA/ペプチド複合体量で標準化された各Fc付加型抗HLA-A2/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子の結合性を示す値、標準化gMFIは次式で算出した。
標準化gMFI=(A/B)×((C/D)/(E/F))
・A/B=相対gMFI
A:抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のPE gMFI
B:抗体非添加のDMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のPE gMFI
・(C/D)/(E/F)=DMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のHLA/ペプチド複合体量補正値
C:HLA-A2抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のAlexa488 gMFI
D:マウスIgG2b抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のAlexa488 gMFI
E:HLA-A2抗体添加のDMSO添加CD3eノックアウトT2細胞のAlexa488 gMFI
F:マウスIgG2b抗体添加のDMSO添加CD3eノックアウトT2細胞のAlexa488 gMFI
実施例6)と同様の手法にて、NY-ESOペプチド:SLLMWITQC(配列番号1)配列中、本抗体4種類が特に強く認識していると示唆される1、4、5番目のアミノ酸配列が一致した、図2Aに示す9-merペプチドを相同性ペプチドとして選定し、結合特異性評価を実施した。CD3eノックアウトT2細胞を20%FBS含有AIM-V培地(Thermo Fisher Scientific社)で適切な濃度に調製し、NY-ESOペプチド(配列番号1)、相同性ペプチドDOLPP1、IL20RB、PRKD2、CD163、P2RY8(配列番号131(図132)、132(図133)、133(図134)、134(図135)、135(図136))、gp100ペプチド(配列番号130(図131))(いずれもSigma Genosys社)をDMSOで5mMに溶解した溶液を、最終濃度が50μMになるように、あるいはDMSOを1/100量添加し、実施例15と同様の方法で各抗体の結合性を評価した。CD3eノックアウトT2細胞の上のHLA/ペプチド複合体量で標準化された各Fc付加型抗HLA-A2/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子の結合性を示す値、標準化gMFIは次式で算出した。
標準化gMFI=(A/B)×((C/D)/(E/F))
A:抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のPE gMFI
B:抗体非添加のDMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のPE gMFI
・(C/D)/(E/F)=DMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のHLA/ペプチド複合体量補正値
C:HLA-A2抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のAlexa488 gMFI
D:マウスIgG2b抗体添加のDMSOあるいは各ペプチド添加CD3eノックアウトT2細胞のAlexa488 gMFI
E:HLA-A2抗体添加のDMSO添加CD3eノックアウトT2細胞のAlexa488 gMFI
F:マウスIgG2b抗体添加のDMSO添加CD3eノックアウトT2細胞のAlexa488 gMFI
17)-1 標的細胞の調製
実施例8)-1と同様の手法にて、内因性ヒトNY-ESO発現細胞株(U266B1、及び、NCI-H1703)、及び、内因性ヒトNY-ESO非発現細胞株(AGS、及び、CFPAC-1)の懸濁液を調製し、標的細胞として用いた。
実施例8)-2と同様の手法にて、市販の凍結ヒトPBMC(Cellular Technology Limited社)懸濁液を調製し、エフェクター細胞として用いた。
実施例17)-1で取得した各標的細胞を50μL/wellで96-well U底マイクロプレートに添加した。そこに各種濃度に調製した実施例12で調製した各種Fc付加型抗HLA-A2/NY-ESO-抗CD3二重特異性分子を50μL/wellで添加し、実施例17)-2で調製したエフェクター細胞を100μL/well添加し、室温で1000rpm×1分間遠心後、37℃、5%CO2の条件下で20-24時間培養した。上清50μLをLumaPlate(PerkinElmer社)に回収し、50℃で約2時間乾燥させた後、プレートリーダー(TopCount:PerkinElmer社)で測定した。試験はtriplicateにて実施し、細胞溶解率は次式で算出した。細胞溶解率(%)=(A-B)/(C-B)×100
A:サンプルウェルのカウント。
B:バックグラウンド(抗体非添加ウェル)カウントの平均値(n=3)。抗体添加時にアッセイ用培地を50μL添加した。それ以外はサンプルウェルと同様の操作を行った。
C:最大放出(標的細胞を界面活性剤で溶解させたウェル)カウントの平均値(n=3)。抗体添加時にアッセイ培地を50μL添加した。界面活性剤は100μL添加し、サンプルウェルと同様に50μL分をLumaPlateに移して測定を実施した。
ヒト扁平上皮肺がん細胞株NCI-H1703(ATCC)を50%Matrigel(CORNING社)含有PBSで6×107細胞/mLになるよう調製し、NOGマウス(雌性、6~7週齢)の皮下に0.1mL移植した(Day0)。Day4にヒトPBMCをPBSで3.75×107~5x107細胞/mLになるよう調製し、0.2mL尾静脈内移植した。約1週間後(Day6~7)より経時的に腫瘍の長径(mm)及び短径(mm)を電子デジタルノギスで計測し、以下に示す計算式により推定腫瘍体積を算出した。
各個体の推定腫瘍体積=長径×短径2/2
Tumor Growth Inhibition(%)=100-(各群のEstimated Tumor Volume/Vehicle ControlのEstimated Tumor Volume×100)
19)-1 酸処理評価
7)-2-1 で作製したNYF-0016および各種NYA-1143CDRグラフト変異体(NYF-0044、NYF-0045、NYF-0047、NYF-0048、NYF-0060およびNYF-0061)を、Amicon(Millipore社)を用いて遠心濃縮し25mM 酢酸ナトリウム、5%ソルビトール、pH5.5へバッファー交換後、濃度を15mg/ml (NYF-0016は10mg/ml)に調製した。次に、各サンプルは、Xpress Micro Dialyzer (Scienova社)を用いて100mM酢酸ナトリウム、pH3.5もしくはコントロール用として25mM酢酸ナトリウム、5%ソルビトール、pH5.5へ透析後サンプルを回収し、1時間、室温にて静置した。続いて各サンプルのpHを、500mM Tris-HCl、pH9.0を用いてpH5.0へ戻した。各サンプルは、ACQUITY UPLC BEH200 SEC 1.7μm 4.6*150 mm(Waters社)を用いたサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)にて分析した。移動相は0.2M Ki/200mM KCl/pH7.0を用い、流速0.2ml/minにて分析した(検出波長280nm)。各サンプル中に含まれる多量体の含有量(%)を各ピーク解析し、面積百分率法により算出、結果を図162に記載した。 NYF-0016は、酸処理により多量体が96%に増加した。一方、各種NYA-1143CDRグラフト変異体は、酸処理による多量体形成量は低下へ改善した。特にNYF-0047、NYF-0048、NYF-0060およびNYF-0061は、酸処理による多量体形成量が1%以下に低減し、酸耐性が大きく改善した。
7)-2-1 で作製したNYF-0061および12)-2 で作製したNYZ-0038、NYZ-0082、NYZ-0083、NYZ-1010を用いて、Amicon Ultra-4(Millipore社)にて遠心濃縮し25mMヒスチジン、5%ソルビトール、pH6.0へバッファー交換後、25mMヒスチジン、5%ソルビトール、pH6.0を添加しサンプル濃度を25mg/mlに調製し評価用サンプルとした。また各評価用サンプルの開始時のhigh molecular weights speices(HMWS)は、AdvanceBio SEC 300A 2.7μm 4.6×300mm(Agilent社)を用いたサイズ排除クロマトグラフィーを用い面積百分率法により算出した。移動相は0.2M Ki/200mM KCl/pH7.0を用い、流速0.2ml/minにて分析した(検出波長280nm)。各サンプルの溶液安定性試験は、25℃で6日(NYF-0061は7日)保存後、上記と同条件にてサイズ排除クロマトグラフィーを実施し、各サンプルのHMWS(%)を面積百分率法にて算出、結果を表11に記載した。NYF-0061の保存時間経過によるHMWS(%)は、約10.6%まで増加した。一方、NYZ-0038、NYZ-0082、NYZ-0083およびNYZ-1010の保存時間経過によるHMWS(%)は、約2%以下の増加にとどまった。よって、NYF-0061に比べ、NYZ-0038、NYZ-0082、NYZ-0083およびNYZ-1010の溶液安定性が優れていた。
20)-1 抗HLA/NY-ESOのscFv発現ベクターの構築
HLA-A2/NY-ESO-1へ高結合能を有するとされる抗体mAb24955N、mAb24956N、mAb28075P、mAb28105P、mAb28113PおよびmAb29822P2(WO2021/003357)のscFvを設計し、mAb24955NのscFvをNYC-0005、mAb24956NのscFvをNYC-0006、mAb28075P のscFvをNYC-0007、mAb28105PのscFvをNYC-0008、mAb28113PのscFvをNYC-0009、mAb29822P2のscFvをNYC-0010と命名した。
pcDNA3.4(ThermoFisher Scientific社)を骨格とした各種NYC-0005、NYC-0006、NYC-0007、NYC-0008、NYC-0009及びNYC-0010の哺乳動物細胞用scFv発現用ベクターを設計した。さらにベクター骨格およびフォーマットを揃えて哺乳動物細胞における発現量を比較するために、NYA-2047、NYA-2061,NYA-3061の哺乳動物細胞用scFv発現用ベクターを設計した。
構築したscFv発現ベクターのヌクレオチド配列は再解析し、NYA-2047、NYA―2061、NYA-3061、NYC-0005、NYC-0006、NYC-0007、NYC-0008、NYC-0009及びNYC-0010の全長のヌクレオチド配列はそれぞれ配列表の配列番号43(図50)、46(図53)、163(図164)、165(図166)、167(図168)、169(図170)、171(図172)、173(図174)、および175(図176)に示されるヌクレオチド配列であることを確認した。また、上記ヌクレオチド配列より当該配列がコードするNYA-2047全長のアミノ酸配列は配列番号50(図57)、NYA-2061全長のアミノ酸配列は配列番号53(図60)、NYA-3061全長のアミノ酸配列は配列番号164(図165)、NYC-0005全長のアミノ酸配列は配列番号166(図167)、NYC-0006全長のアミノ酸配列は配列番号168(図169)、NYC-0007全長のアミノ酸配列は配列番号170(図171)、NYC-0008全長のアミノ酸配列は配列番号172(図173)、NYC-0009全長のアミノ酸配列は配列番号174(図175)、NYC-0010全長のアミノ酸配列は配列番号176(図177)に示されるアミノ酸配列である。
Expi293F細胞(ThermoFisher Scientific社)の培養および遺伝子導入は1)-5-2に記載の方法と同様に実施した。生産量を評価するために、遺伝子導入してから37℃、8%CO2インキュベーターで4日間、135rpmで振とう培養し、得られた培養上清を0.2μm filter(ThermoFisher Scientific社)でろ過し、抗HLA/NY-ESO scFvの培養上清を得た。精製は、Ni Sepharose excel(Cytiva社)を用いて実施し、溶出液を分析用サイズ排除クロマトグラフィー(SEC)に供し、濃度を決定した。生産量を表12に示した。NYA-2047、NYA―2061、NYA-3061のNi Sepharose excelによる精製後溶出液における培養上清1Lあたりに換算した生産量は、NYC-0005、NYC-0006、NYC-0007、NYC-0008、NYC-0009及びNYC-0010に比べて、いずれも多かった。
21)-1 抗HLA/NY-ESOのscFv-ヘテロダイマーFc発現ベクターの構築
異なるフォーマットにおける生産性を比較するため、抗HLA/NY-ESOのscFvをFc融合体へフォーマット変換した発現ベクターを構築した。ヘテロダイマーFc配列(HC-hおよびHC-kと以下記載する)には、(Nat Biotechnol.1998Jul;16(7)677-81.)に報告されたものを用いた。
HLA-A2/NY-ESO-1へ高結合能を有するとされる抗体mAb24955N、mAb24956N、mAb28075P、mAb28105P、mAb28113PおよびmAb29822P2(WO2021/003357)のscFv-ヘテロダイマーFcを設計し、mAb24955NのscFv-ヘテロダイマーFcをNYC-0011、mAb24956NのscFv-ヘテロダイマーFcをNYC-0012、mAb28075PのscFv-ヘテロダイマーFcをNYC-0013、mAb28105PのscFv-ヘテロダイマーFcをNYC-0014、mAb28113PのscFv-ヘテロダイマーFcをNYC-0015、mAb29822P2のscFv-ヘテロダイマーFcをNYC-0016と命名した。また、NYA-2047のscFv-ヘテロダイマーFcをNYD-2047、NYA-2061のscFv-ヘテロダイマーFcをNYD-2061、NYA-3061のscFv-ヘテロダイマーFcをNYD-3061と命名した。
pcDNA3.3またはpcDNA3.4(ThermoFisher Scientific社)を骨格とした各種HC-h、NYC-0011-HC-k、NYC-0012-HC-k、NYC-0013-HC-k、NYC-0014-HC-k、NYC-0015-HC-k及びNYC-0016-HC-kの哺乳動物細胞用発現ベクターを設計した。さらにベクター骨格およびフォーマットを揃えて哺乳動物細胞における発現量を比較するために、NYD-2047-HC-k、NYD-2061-HC-k、NYD-3061-HC-kの哺乳動物細胞用発現ベクターを設計した。
構築したscFv-ヘテロダイマーFc発現ベクターのヌクレオチド配列は再解析し、HC-h、NYD-2047-HC-k、NYD―2061-HC-k、NYD-3061-HC-k、NYC-0011-HC-k、NYC-0012-HC-k、NYC-0013-HC-k、NYC-0014-HC-k、NYC-0015-HC-k及びNYC-0016-HC-kの全長のヌクレオチド配列はそれぞれ配列表の配列番号177(図178)、179(図180)、181(図182)、183(図184、185(図186)、187(図188)、189(図190)、191(図192)、193(図194)および195(図196)に示されるヌクレオチド配列であることを確認した。また、上記ヌクレオチド配列より当該配列がコードするHC-h全長のアミノ酸配列は配列番号178(図179)、NYD-2047-HC-k全長のアミノ酸配列は配列番号180(図181)、NYD-2061-HC-k全長のアミノ酸配列は配列番号182(図183)、NYD-3061-HC-k全長のアミノ酸配列は配列番号184(図185)、NYC-0011-HC-k全長のアミノ酸配列は配列番号186(図187)、NYC-0012-HC-k全長のアミノ酸配列は配列番号188(図189)、NYC-0013-HC-k全長のアミノ酸配列は配列番号190(図191)、NYC-0014-HC-k全長のアミノ酸配列は配列番号192(図193)、NYC-0015-HC-k全長のアミノ酸配列は配列番号194(図195)、NYC-0016-HC-k全長のアミノ酸配列は配列番号196(図197)に示されるアミノ酸配列である。
Expi293F細胞(ThermoFisher Scientific社)の培養および遺伝子導入は1)-5-2に記載の方法と同様に実施した。各クローンの作製に用いたプラスミドの組み合わせを以下の表13に示した。
実施例21にて調製したNYD-2047、NYD―2061、NYD-3061、NYC-0011、NYC-0013、及びNYC-0015を用いて、Amicon Ultra-4(Millipore社)にて遠心濃縮しPBSへbuffer交換後、PBSを添加しサンプル濃度を5mg/mlに調整し評価用サンプルとした。また各評価用サンプルの開始時のHMWS(%)は、AdvanceBio SEC 300A 2.7μm 4.6×150mm(Agilent社)を用いたサイズ排除クロマトグラフィーを用い面積百分率法により算出した。移動相は0.2M Ki/200mM KCl/pH7.0を用い、流速0.2ml/minにて分析した(検出波長280nm)。各サンプルの加速劣化試験は、40℃で1日、7日保存後、上記と同条件にてサイズ排除クロマトグラフィーを実施し、各サンプルのHMWS(%)を面積百分率法にて算出した。各サンプルの40℃で保存した際の経時変化を示した結果を図163に示す。
NYD-2047、NYD―2061、NYD-3061の保存時間経過によるHMWS(%)は、各8.7、8.1、4.4%へ増加した。一方、NYC-0011、NYC-0013、及びNYC-0015の保存時間経過によるHMWS(%)は、各71.8、42.4、97.3%と顕著に増加した。
以上の結果より、NYD-2047、NYD―2061およびNYD-3061は、NYC-0011、NYC-0013、及びNYC-0015に比べ、溶液安定性が優れていた。また、NYD-3061は評価サンプル中でHMWS(%)が最も低く、溶液安定性がもっとも優れていた。
NYC-0011、NYC-0013、及びNYC-0015の抗HLA/NY-ESOを構成するscFvに相当するNYC-0005,NYC-0007、NYC-0008を用いてHLA/NY-ESOへの結合能を評価した。
Biacore T200を用い、固定化した抗His抗体へ上記抗HLA/NY-ESO scFvをリガンドとして捕捉(キャプチャー)し、抗原をアナライトとして測定した。抗原には、1)-1にて調製したHLA/NY-ESOを使用した。抗His抗体(His Capture kit、Cytiva社)はSensor Chip CM5(Cytiva社)へ、キット説明書に従い固定化させた。HBS-EP+(Cytiva社)で0.5μg/mLに希釈した評価する各抗HLA/NY-ESO scFvを10μL/minで60秒間接触させて固定化した。その後、HBS-EP+で希釈した複数濃度のHLA/NY-ESOをアナライトとして各サンプルを流速30μL/minで120秒間添加し、600秒間乖離を測定するシングルサイクルカイネティクス解析によりKDを算出し、結果を表15に記載した。陽性対照として用いたNYA-2047のHLA/NY-ESOへの結合能が安定して確認された条件下において、NYC-0005、NYC-0007、NYC-0008は、HLA/NY-ESOへ結合することを確認した。
本明細書で引用した全ての刊行物、特許及び特許出願はそのまま引用により本明細書に組み入れられるものとする。
配列番号2:MAGEC-1中のペプチドのアミノ酸配列(図9)
配列番号3:scFvシークエンス解析用プライマー1(図10)
配列番号4:scFvシークエンス解析用プライマー2(図11)
配列番号5:NYA-0001の重鎖可変領域のヌクレオチド配列(図12)
配列番号6:NYA-0001の重鎖可変領域のアミノ酸配列(図13)
配列番号7:NYA-0001の軽鎖可変領域のヌクレオチド配列(図14)
配列番号8:NYA-0001の軽鎖可変領域のアミノ酸配列(図15)
配列番号9:NYA-0060の重鎖可変領域のヌクレオチド配列(図16)
配列番号10:NYA-0060の重鎖可変領域のアミノ酸配列(図17)
配列番号11:NYA-0060の軽鎖可変領域のヌクレオチド配列(図18)
配列番号12:NYA-0060の軽鎖可変領域のアミノ酸配列(図19)
配列番号13:NYA-0068の重鎖可変領域のヌクレオチド配列(図20)
配列番号14:NYA-0068の重鎖可変領域のアミノ酸配列(図21)
配列番号15:NYA-0068の軽鎖可変領域のヌクレオチド配列(図22)
配列番号16:NYA-0068の軽鎖可変領域のアミノ酸配列(図23)
配列番号17:NYA-0082の重鎖可変領域のヌクレオチド配列(図24)
配列番号18:NYA-0082の重鎖可変領域のアミノ酸配列(図25)
配列番号19:NYA-0082の軽鎖可変領域のヌクレオチド配列(図26)
配列番号20:NYA-0082の軽鎖可変領域のアミノ酸配列(図27)
配列番号21:NYA-1163タグ付加体のヌクレオチド配列(図28)
配列番号22:NYA-2023タグ付加体のヌクレオチド配列(図29)
配列番号23:NYA-2027タグ付加体のヌクレオチド配列(図30)
配列番号24:NYA-1143タグ付加体のヌクレオチド配列(図31)
配列番号25:NYA-2143タグ付加体のヌクレオチド配列(図32)
配列番号26:NYA-1163タグ付加体のアミノ酸配列(図33)、NYA-1163はアミノ酸番号21~266
配列番号27:NYA-2023タグ付加体のアミノ酸配列(図34)、NYA-2023はアミノ酸番号21~266
配列番号28:NYA-2027タグ付加体のアミノ酸配列(図35)、NYA-2027はアミノ酸番号21~266
配列番号29:NYA-1143タグ付加体のアミノ酸配列(図36)、NYA-1143はアミノ酸番号21~266
配列番号30:NYA-2143タグ付加体のアミノ酸配列(図37)、NYA-2143はアミノ酸番号21~266
配列番号31:NYA-1154タグ付加体のヌクレオチド配列(図38)
配列番号32:NYA-1154タグ付加体のアミノ酸配列(図39)、NYA-1154はアミノ酸番号21~266
配列番号33:HLA-A*0201(GenBank:ASA47534.1)のトランケート体のアミノ酸配列(図40)
配列番号34:β2-マイクログロビンのアミノ酸配列(図41)
配列番号35:NYA-2035タグ付加体のヌクレオチド配列(図42)
配列番号36:NYA-2035タグ付加体のアミノ酸配列(図43)、NYA-2035はアミノ酸番号21~266
配列番号37:NYA-1143-VH01のアミノ酸配列(図44)
配列番号38:NYA-1143-VH02のアミノ酸配列(図45)
配列番号39:NYA-1143-VH03のアミノ酸配列(図46)
配列番号40:NYA-1143-VL01のアミノ酸配列(図47)
配列番号41:NYA-2044タグ付加体のヌクレオチド配列(図48)
配列番号42:NYA-2045タグ付加体のヌクレオチド配列(図49)
配列番号43:NYA-2047タグ付加体のヌクレオチド配列(図50)
配列番号44:NYA-2048タグ付加体のヌクレオチド配列(図51)
配列番号45:NYA-2060タグ付加体のヌクレオチド配列(図52)
配列番号46:NYA-2061タグ付加体のヌクレオチド配列(図53)
配列番号47:NYA-2044タグ付加体のアミノ酸配列(図54)、NYA-2044はアミノ酸番号21~266
配列番号48:NYA-2045タグ付加体のアミノ酸配列(図55)、NYA-2045はアミノ酸番号21~266
配列番号49:NYA-0082のアミノ酸配列(図56)
配列番号50:NYA-2047タグ付加体のアミノ酸配列(図57)、NYA-2047はアミノ酸番号21~266
配列番号51:NYA-2048タグ付加体のアミノ酸配列(図58)、NYA-2048はアミノ酸番号21~266
配列番号52:NYA-2060タグ付加体のアミノ酸配列(図59)、NYA-2060はアミノ酸番号21~266
配列番号53:NYA-2061タグ付加体のアミノ酸配列(図60)、NYA-2061はアミノ酸番号21~266
配列番号54:NYA-0001重鎖CDRH1(図61)
配列番号55:NYA-0001重鎖CDRH2(図61)
配列番号56:NYA-0001重鎖CDRH3(図61)
配列番号57:NYA-0001軽鎖CDRL1(図61)
配列番号58:NYA-0001軽鎖CDRL2(図61)
配列番号59:NYA-0001軽鎖CDRL3(図61)
配列番号60:NYA-2023のCDRL1のアミノ酸配列(図62)
配列番号61:NYA-2027のCDRL3のアミノ酸配列(図63)
配列番号62:NYA-1154重鎖CDRH3(図64)
配列番号63:NYA-1154軽鎖CDRL3(図64)
配列番号64:NYA-0035のCDRL1のアミノ酸配列(図65)
配列番号65:NYC-0003タグ付加体のヌクレオチド配列(図66)
配列番号66:NYC-0004タグ付加体のヌクレオチド配列(図67)
配列番号67:NYC-0003タグ付加体のアミノ酸配列(図68)、NYC-0003はアミノ酸番号21~263
配列番号68:NYC-0004タグ付加体のアミノ酸配列(図69)、NYC-0004はアミノ酸番号21~263
配列番号69:NYA-0001タグ付加体のヌクレオチド配列(図70)
配列番号70:NYA-0001タグ付加体のアミノ酸配列(図71)、NYA-0001はアミノ酸番号21~266
配列番号71:HC1のヌクレオチド配列(図72)
配列番号72:NYF-0016-HC2のヌクレオチド配列(図73)
配列番号73:NYF-0019-HC2のヌクレオチド配列(図74)
配列番号74:NYF-0022-HC2のヌクレオチド配列(図75)
配列番号75:NYF-0023-HC2のヌクレオチド配列(図76)
配列番号76:NYF-0027-HC2のヌクレオチド配列(図77)
配列番号77:NYF-0035-HC2のヌクレオチド配列(図78)
配列番号78:NYF-0044-HC2のヌクレオチド配列(図79)
配列番号79:NYF-0045-HC2のヌクレオチド配列(図80)
配列番号80:NYF-0047-HC2のヌクレオチド配列(図81)
配列番号81:NYF-0048-HC2のヌクレオチド配列(図82)
配列番号82:NYF-0060-HC2のヌクレオチド配列(図83)
配列番号83:NYF-0061-HC2のヌクレオチド配列(図84)
配列番号84:HC1のアミノ酸配列(図85)
配列番号85:NYF-0016-HC2のアミノ酸配列(図86)、NYA-1143はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号86:NYF-0019-HC2のアミノ酸配列(図87)、NYA-2143はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号87:NYF-0022-HC2のアミノ酸配列(図88)、NYA-1163はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号88:NYF-0023-HC2のアミノ酸配列(図89)、NYA-2023はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号89:NYF-0027-HC2のアミノ酸配列(図90)、NYA-2027はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号90:NYF-0035-HC2のアミノ酸配列(図91)、NYA-2035はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号91:NYF-0044-HC2のアミノ酸配列(図92)、NYA-2044はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号92:NYF-0045-HC2のアミノ酸配列(図93)、NYA-2045はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号93:NYF-0047-HC2のアミノ酸配列(図94)、NYA-2047はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号94:NYF-0048-HC2のアミノ酸配列(図95)、NYA-2048はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号95:NYF-0060-HC2のアミノ酸配列(図96)、NYA-2060はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号96:NYF-0061-HC2のアミノ酸配列(図97)、NYA-2061はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号97:NYA-0001-Fab-HC1-k deleteのヌクレオチド配列(図98)
配列番号98:NYA-0001-LCのヌクレオチド配列(図99)
配列番号99:NYA-0001-Fab-HC1-k deleteのアミノ酸配列(図100)、NYA-0001の重鎖可変領域はアミノ酸番号20~139
配列番号100:NYA-0001-LCのアミノ酸配列(図101)、NYA-0001の軽鎖可変領域はアミノ酸番号21~131
配列番号101:NYA-1143-Fab-HC1-k deleteのヌクレオチド配列(図102)
配列番号102:NYA-1143-LCのヌクレオチド配列(図103)
配列番号103:C3E-7085-HC2-k deleteCのヌクレオチド配列(図104)
配列番号104:NYA-1143-Fab-HC1-k deleteのアミノ酸配列(図105)、NYA-1143の重鎖可変領域はアミノ酸番号20~139
配列番号105:NYA-1143-LCのアミノ酸配列(図106)、NYA-1143の軽鎖可変領域はアミノ酸番号21~131
配列番号106:C3E-7085-HC2-k deleteのアミノ酸配列(図107)、C3E-7085はアミノ酸番号21~260
配列番号107:NYA-1143-HC1-k deleteのヌクレオチド配列(図108)
配列番号108:NYA-1143-HC1-k deleteのアミノ酸配列(図109)、NYA-1143はアミノ酸番号21~266
配列番号109:C3E-7085-NYA-1154-Fab-HC2-k deleteのヌクレオチド配列(図110)
配列番号110:NYA-1154-LCのヌクレオチド配列(図111)
配列番号111:OAA-HC1-k deleteのヌクレオチド配列(図112) 配列番号112:C3E-7085-NYA-1154-Fab-HC2-k deleteのアミノ酸配列(図113)、C3E-7085はアミノ酸番号21~260、NYA-1154の重鎖可変領域はアミノ酸番号266~285
配列番号113:NYA-1154-LCのアミノ酸配列(図114)、NYA-1154の軽鎖可変領域はアミノ酸番号21~131
配列番号114:OAA-HC1-k deleteのアミノ酸配列(図115)、
配列番号115:NYF-0010-HC2-k deleteのヌクレオチド配列(図116)
配列番号116:NYF-0004-HC2-k deleteのヌクレオチド配列(図117)
配列番号117:NYF-0011-HC2-k deleteのヌクレオチド配列(図118)
配列番号118:NYF-0010-HC2-k deleteのアミノ酸配列(図119)、NYA-1154はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号119:NYF-0004-HC2-k deleteのアミノ酸配列(図120)C3E-7085はアミノ酸番号21~260、NYA-1154はアミノ酸番号272~511
配列番号120:NYF-0011-HC2-k deleteのアミノ酸配列(図121)、NYA-1143はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号121:点変異NY-ESOペプチド1Fのアミノ酸配列(図122)
配列番号122:点変異NY-ESOペプチド2Mのアミノ酸配列(図123)
配列番号123:点変異NY-ESOペプチド3Aのアミノ酸配列(図124)
配列番号124:点変異NY-ESOペプチド4Aのアミノ酸配列(図125)
配列番号125:点変異NY-ESOペプチド5Aのアミノ酸配列(図126)
配列番号126:点変異NY-ESOペプチド6Lのアミノ酸配列(図127)
配列番号127:点変異NY-ESOペプチド7Fのアミノ酸配列(図128)
配列番号128:点変異NY-ESOペプチド8Aのアミノ酸配列(図129)
配列番号129:点変異NY-ESOペプチド9Aのアミノ酸配列(図130)
配列番号130:gp100ペプチドのアミノ酸配列(図131)
配列番号131:相同性ペプチドDOLPP1のアミノ酸配列(図132)
配列番号132:相同性ペプチドIL20RBのアミノ酸配列(図133)
配列番号133:相同性ペプチドPRKD2のアミノ酸配列(図134)
配列番号134:相同性ペプチドCD163のアミノ酸配列(図135)
配列番号135:相同性ペプチドのP2RY8のアミノ酸配列(図136)
配列番号136:C3E-7034のアミノ酸配列(図137)
配列番号137:C3E-7036のアミノ酸配列(図138)
配列番号138:C3E-7085のアミノ酸配列(図139)
配列番号139:C3E-7088のアミノ酸配列(図140)
配列番号140:C3E-7093のアミノ酸配列(図141)
配列番号141:C3E-7085重鎖CDRH1(図142)
配列番号142:C3E-7085重鎖CDRH2(図142)
配列番号143:C3E-7085重鎖CDRH3(図142)
配列番号144:C3E-7085軽鎖CDRL1(図142)
配列番号145:C3E-7085軽鎖CDRL2(図142)
配列番号146:C3E-7085軽鎖CDRL3(図142)
配列番号147:C3E-7078のアミノ酸配列(図143)
配列番号148:NYF-0014-HC2のヌクレオチド配列(図144)
配列番号149:NYF-0014-HC2のアミノ酸配列(図145)、NYA-0001はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号150:NYF-0082-HC2のアミノ酸配列(図146)、NYA-0082はアミノ酸番号21~266、C3E-7085はアミノ酸番号272~511
配列番号151:ヒトCD3εのアミノ酸配列(図147)
配列番号152:NYZ-0038-HC2全長のヌクレオチド配列(図148)
配列番号153:NYZ-0082-HC2全長のヌクレオチド配列(図149)
配列番号154:NYZ-0083-HC2全長のヌクレオチド配列(図150)
配列番号155:NYZ-0038-HC2全長のアミノ酸配列(図151)
配列番号156:NYZ-0082-HC2全長のアミノ酸配列(図152)
配列番号157:NYZ-0083-HC2全長のアミノ酸配列(図153)
配列番号158:NYZ-1010-HC2全長のヌクレオチド配列(図154)
配列番号159:C3E-7085-LC全長のヌクレオチド配列(図155)
配列番号160:NYZ-1010-HC2全長のアミノ酸配列(図156)
配列番号161:C3E-7085-LC全長のアミノ酸配列(図157)
配列番号162:ペプチドリンカーのアミノ酸配列(図161)
配列番号163:NYA-3061全長のヌクレオチド配列(図164)
配列番号164:NYA-3061全長のアミノ酸配列(図165)
配列番号165:NYC-0005全長のヌクレオチド配列(図166)
配列番号166:NYC-0005全長のアミノ酸配列(図167)
配列番号167:NYC-0006全長のヌクレオチド配列(図168)
配列番号168:NYC-0006全長のアミノ酸配列(図169)
配列番号169:NYC-0007全長のヌクレオチド配列(図170)
配列番号170:NYC-0007全長のアミノ酸配列(図171)
配列番号171:NYC-0008全長のヌクレオチド配列(図172)
配列番号172:NYC-0008全長のアミノ酸配列(図173)
配列番号173:NYC-0009全長のヌクレオチド配列(図174)
配列番号174:NYC-0009全長のアミノ酸配列(図175)
配列番号175:NYC-0010全長のヌクレオチド配列(図176)
配列番号176:NYC-0010全長のアミノ酸配列(図177)
配列番号177:HC-h全長のヌクレオチド配列(図178)
配列番号178:HC-h全長のアミノ酸配列(図179)
配列番号179:NYD-2047-HC-k全長のヌクレオチド配列(図180)
配列番号180:NYD-2047-HC-k全長のアミノ酸配列(図181)
配列番号181:NYD-2061-HC-k全長のヌクレオチド配列(図182)
配列番号182:NYD-2061-HC-k全長のアミノ酸配列(図183)
配列番号183:NYD-3061-HC-k全長のヌクレオチド配列(図184)
配列番号184:NYD-3061-HC-k全長のアミノ酸配列(図185)
配列番号185:NYC-0011-HC-k全長のヌクレオチド配列(図186)
配列番号186:NYC-0011-HC-k全長のアミノ酸配列(図187)
配列番号187:NYC-0012-HC-k全長のヌクレオチド配列(図188)
配列番号188:NYC-0012-HC-k全長のアミノ酸配列(図189)
配列番号189:NYC-0013-HC-k全長のヌクレオチド配列(図190)
配列番号190:NYC-0013-HC-k全長のアミノ酸配列(図191)
配列番号191:NYC-0014-HC-k全長のヌクレオチド配列(図192)
配列番号192:NYC-0014-HC-k全長のアミノ酸配列(図193)
配列番号193:NYC-0015-HC-k全長のヌクレオチド配列(図194)
配列番号194:NYC-0015-HC-k全長のアミノ酸配列(図195)
配列番号195:NYC-0016-HC-k全長のヌクレオチド配列(図196)
配列番号196:NYC-0016-HC-k全長のアミノ酸配列(図197)
配列番号197:NYZ-1007-HCの全長アミノ酸配列(図198)
配列番号198:NYZ-1017-HCの全長アミノ酸配列(図199)
Claims (70)
- 配列番号53で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号53で表されるアミノ酸配列の156番目~266番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、又は
配列番号156で表されるアミノ酸配列の21番目~140番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号156で表されるアミノ酸配列の161番目~271番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片。 - scFvである、請求項1に記載の抗体又はその結合断片。
- 配列番号53で表されるアミノ酸配列の21番目~266番目のアミノ酸配列からなるscFv、又は
配列番号156で表されるアミノ酸配列の21番目~271番目のアミノ酸配列からなるscFv、
である、請求項2記載の抗体又はその結合断片。 - 請求項1~3のいずれか1項に記載の抗体又はその結合断片をコードするポリヌクレオチド。
- 請求項4に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
- 請求項4に記載のポリヌクレオチド又は請求項5に記載のベクターを含む宿主細胞。
- (i)請求項6に記載の宿主細胞を培養する工程、及び、(ii)工程(i)で得られた培養物から抗体又はその結合断片を精製する工程を含む、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片を製造する方法。
- 請求項7に記載の方法により得られた、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片。
- 下記(i)又は(ii)記載の性質を有し、HLA-A2/NY-ESOに結合する抗体又はその結合断片:
(i)請求項3記載の抗体又はその結合断片が認識するHLA-A2/NY-ESO上の部位に結合する;
(ii)請求項3記載の抗体又はその結合断片と、ヒトLHLA-A2/NY-ESOへの結合において競合する。 - 請求項1~3、8及び9のいずれか1項に記載の抗体又はその結合断片、請求項4に記載のポリヌクレオチド、請求項5に記載のベクター、又は請求項6に記載の細胞を有効成分として含む医薬組成物。
- 請求項1~3、8及び9のいずれか1項に記載の抗体又はその結合断片を含む、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する分子。
- 多重特異性抗体である、請求項11記載の分子。
- 二重特異性抗体である、請求項11記載の分子。
- CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片を含む、請求項11~13のいずれか1項に記載の分子。
- CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片が、
(CCH1)配列番号141で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH1、
(CCH2)配列番号142で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2若しくは配列番号142で表されるアミノ酸配列において、3番目のアミノ酸がN又はSであるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH2、
(CCH3)配列番号143で表されるアミノ酸配列からなる重鎖CDRH3、
(CCL1)配列番号144で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL1、
(CCL2)配列番号145で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2若しくは配列番号145で表されるアミノ酸配列において、2番目のアミノ酸がNであるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL2、並びに
(CCL3)配列番号146で表されるアミノ酸配列からなる軽鎖CDRL3
を含む、CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項14に記載の分子。 - CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片が、
(CH1)配列番号136で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH2)配列番号137で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH3)配列番号147で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH4)配列番号138で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH5)配列番号139で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH6)配列番号140で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH7)配列番号155で表されるアミノ酸配列の272番目~389番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、
(CH8)配列番号156で表されるアミノ酸配列の277番目~394番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、若しくは
(CH9)配列番号157で表されるアミノ酸配列の277番目~394番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域、並びに、
(CL1)配列番号136で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL2)配列番号137で表されるアミノ酸配列の135番目~241番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL3)配列番号147で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL4)配列番号138で表されるアミノ酸配列の135番目~241番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL5)配列番号139で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL6)配列番号140で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL7)配列番号155で表されるアミノ酸配列の405番目~511番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CL8)配列番号156で表されるアミノ酸配列の410番目~516番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、若しくは
(CL9)配列番号157で表されるアミノ酸配列の410番目~516番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
を含む、請求項15に記載の分子。 - CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片が、
(CH1CL1)配列番号136で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号136で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH2CL2)配列番号137で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号137で表されるアミノ酸配列の135番目~241番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH3CL3)配列番号147で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号147で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH4CL4)配列番号138で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号138で表されるアミノ酸配列の135番目~241番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH5CL5)配列番号139で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号139で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH6CL6)配列番号140で表されるアミノ酸配列の2番目~119番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号140で表されるアミノ酸配列の135番目~243番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH7CL7)配列番号155で表されるアミノ酸配列の272番目~389番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号155で表されるアミノ酸配列の405番目~511番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、
(CH8CL8)配列番号156で表されるアミノ酸配列の277番目~394番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号156で表されるアミノ酸配列の410番目~516番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、又は、
(CH9CL9)配列番号157で表されるアミノ酸配列の277番目~394番目のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域及び配列番号157で表されるアミノ酸配列の410番目~516番目のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域、を含む、請求項16に記載の分子。 - CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片が、scFvである、請求項14~17のいずれか1項に記載の分子。
- scFvが、
(CS1)配列番号136で表されるアミノ酸配列の2番目~243番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS2)配列番号137で表されるアミノ酸配列の2番目~241番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS3)配列番号147で表されるアミノ酸配列の2番目~243番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS4)配列番号138で表されるアミノ酸配列の2番目~241番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS5)配列番号139で表されるアミノ酸配列の2番目~243番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS6)配列番号140で表されるアミノ酸配列の2番目~243番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS7)配列番号155で表されるアミノ酸配列の272番目~511番目のアミノ酸配列からなるscFv、
(CS8)配列番号156で表されるアミノ酸配列の277番目~516番目のアミノ酸配列からなるscFv、若しくは
(CS9)配列番号157で表されるアミノ酸配列の277番目~516番目のアミノ酸配列からなるscFv、
を含む、請求項18に記載の分子。 - N末端からC末端に向かって、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFv、CD3に特異的に結合するscFv及びFc領域(i)をその順に含んでなる第1のポリペプチド;並びに、
Fc領域(ii)を含む第2ポリペプチドを含み、好適には、Fc領域(i)とFc領域(ii)において会合してなる、請求項14~19のいずれか1項に記載の分子。 - ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである請求項1記載のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項20記載の分子。
- ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである請求項2記載のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項20記載の分子。
- ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである請求項3記載のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項20記載の分子。
- CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである請求項15記載のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項20~23のいずれか1項に記載の分子。
- CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである請求項16記載のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項20~23のいずれか1項に記載の分子。
- CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである請求項17に記載のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項20~23のいずれか1項に記載の分子。
- CD3に特異的に結合するscFvが、scFvである請求項18又は19に記載のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項20~23のいずれか1項に記載の分子。
- 配列番号96で表されるアミノ酸配列の21番目~511番目のアミノ酸配列を含む、請求項20~27のいずれか1項に記載の分子。
- 配列番号156で表されるアミノ酸配列の21番目~516番目のアミノ酸配列、及び配列番号157で表されるアミノ酸配列の21番目~516番目のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20~27のいずれか1項に記載の分子。
- 第1ポリペプチドが、配列番号96で表されるアミノ酸配列の529番目~745番目のアミノ酸配列を含む、請求項20~29のいずれか1項に記載の分子。
- 第1ポリペプチドが、配列番号156で表されるアミノ酸配列の534番目~750番目のアミノ酸配列、又は配列番号157で表されるアミノ酸配列の534番目~750番目のアミノ酸配列を含む、請求項20~29のいずれか1項に記載の分子。
- 第1ポリペプチドが、配列番号96で表されるアミノ酸配列の20番目~745番目のアミノ酸配列からなる、請求項28又は30記載の分子。
- 第1ポリペプチドが、配列番号156で表されるアミノ酸配列の20番目~750番目のアミノ酸配列からなる、又は配列番号157で表されるアミノ酸配列の20番目~750番目のアミノ酸配列からなる、請求項29又は31記載の分子。
- 第2ポリペプチドが、配列番号84で示されるアミノ酸配列の20番目~246番目のアミノ酸配列を含んでなる、請求項20~33のいずれか1項に記載の分子。
- N末端からC末端に向かって、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFv、CD3に特異的に結合する抗体重鎖の可変領域及び定常領域CH1並びに免疫グロブリンFc領域(i)をその順で含んでなる第1ポリペプチド、免疫グロブリンのヒンジ領域及びFc領域(ii)を含んでなる第2ポリペプチド、並びに、可変領域及び定常領域からなる抗体軽鎖を含む第3ポリペプチドを含み、好適には、第1ポリペプチドと第2ポリペプチドがFc領域(i)とFc領域(ii)において会合しており、第1ポリペプチドが抗体重鎖の可変領域及び定常領域CH1において第3ポリペプチドと会合してなる、
請求項14~17のいずれか1項に記載の分子。 - 第3ポリペプチドが、可変領域及び定常領域からなる、該CD3に特異的に結合する抗体軽鎖を含む、請求項35記載の分子。
- ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである請求項1記載のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項35又は36に記載の分子。
- ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである請求項2記載のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項35又は36に記載の分子。
- ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFvが、scFvである請求項3記載のヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項35又は36に記載の分子。
- 該CD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片が、Fabである、請求項35~39のいずれか1項に記載の分子。
- 該CD3に特異的に結合するFabが、Fabである請求項15記載のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項40に記載の分子。
- 該CD3に特異的に結合するFabが、Fabである請求項16記載のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項40に記載の分子。
- 該CD3に特異的に結合するFabが、Fabである請求項17記載のCD3に特異的に結合する抗体又はその結合断片である、請求項40に記載の分子。
- 第1ポリペプチドが、配列番号160で表されるアミノ酸配列の21番目~394番目のアミノ酸配列を含む、請求項35~43のいずれか1項に記載の分子。
- 第1ポリペプチドが、下記(i)又は(ii)に記載のアミノ酸配列を含む、請求項35~44のいずれか1項に記載の分子:
(i)配列番号160で表されるアミノ酸配列の20番目~724番目のアミノ酸配列;(ii)配列番号197で表されるアミノ酸配列の20番目~719番目のアミノ酸配列。 - 第2ポリペプチドが、配列番号84で示されるアミノ酸配列の20番目~246番目のアミノ酸配列を含んでなる、請求項35~45のいずれか1項に記載の分子。
- 第3ポリペプチドが、配列番号161で表されるアミノ酸配列の21番目~127番目のアミノ酸配列を含んでなる、請求項35~46のいずれか1項に記載の分子。
- 第3ポリペプチドが、配列番号161で表されるアミノ酸配列の21番目~233番目のアミノ酸配列を含んでなる、請求項35~47のいずれか1項に記載の分子。
- 請求項11~48のいずれか1項に記載の分子であって、該分子に含まれる1つ又は2つ以上のポリペプチドの有するアミノ酸配列において、該配列のカルボキシル末端から1つ又は2つのアミノ酸が欠失してなる、該分子。
- 請求項11~49のいずれか1項に記載の分子をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド。
- 請求項50に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
- 請求項50に記載のポリヌクレオチド又は請求項51に記載のベクターを含む宿主細胞。
- (i) 請求項52に記載の宿主細胞を培養する工程、及び (ii)工程(i)で得られた培養物から抗体又はその結合断片を精製する工程を含む、ヒトHLA/NY-ESO及びヒトCD3に特異的に結合する分子を製造する方法。
- 請求項53に記載の方法により得られる、ヒトHLA/NY-ESO及びヒトCD3に特異的に結合する分子。
- 請求項11~49及び54のいずれか1項に記載の分子、請求項50に記載のポリヌクレオチド、請求項51に記載のベクター、又は請求項52に記載の宿主細胞を有効成分として含む医薬組成物。
- 抗がん剤である、請求項10又は55記載の医薬組成物。
- がんが、腎がん、メラノーマ、有棘細胞がん、基底細胞がん、結膜がん、口腔がん、喉頭がん、咽頭がん、甲状腺がん、肺がん(非小細胞肺がん(腺がん、扁平上皮がん、大細胞がん)、小細胞肺がん)、乳がん、食道がん、胃がん、十二指腸がん、小腸がん、大腸がん、直腸がん、虫垂がん、肛門がん、肝がん、胆嚢がん、胆管がん、膵がん、副腎がん、膀胱がん、前立腺がん、子宮がん、膣がん、脂肪肉腫、血管肉腫、軟骨肉腫、横紋筋肉腫、ユーイング肉腫、骨肉腫、未分化多型肉腫、粘液型線維肉腫、悪性末梢性神経鞘腫、後腹膜肉腫、滑膜肉腫、子宮肉腫、消化管間質腫瘍、平滑筋肉腫、類上皮肉腫、B細胞リンパ腫、T・NK細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄増殖性疾患、骨髄異形成症候群、多発性骨髄腫、精巣がん及び卵巣がんからなる群から選択される1つ又は2つ以上である、請求項56記載の医薬組成物。
- 他の薬剤と組み合わせて使用される、請求項10及び55~57のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- N末端からC末端に向かって、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFv、CD3に特異的に結合するscFv及びFc領域(i)をその順に含んでなる第1のポリペプチド;並びに、Fc領域(ii)を含む第2ポリペプチドを含み、
Fc領域(i)とFc領域(ii)において会合してなり、
第1のポリペプチドが、配列番号96で表されるアミノ酸配列の20番目~745番目のアミノ酸配列、配列番号155で表されるアミノ酸配列の20番目~745番目のアミノ酸配列、配列番号156で表されるアミノ酸配列の20番目~750番目のアミノ酸配列、若しくは、配列番号157で表されるアミノ酸配列の20番目~750番目のアミノ酸配列、又は、該アミノ酸配列のカルボキシル末端から1つ又は2つのアミノ酸が欠失してなるアミノ酸配列を含み、
第2のポリペプチドが、配列番号84で示されるアミノ酸配列の20番目~246番目のアミノ酸配列、又は、該アミノ酸配列のカルボキシル末端から1つ又は2つのアミノ酸が欠失してなるアミノ酸配列を含んでなる、ヒトHLA/NY-ESO及びヒトCD3に特異的に結合する多重特異性分子。 - N末端からC末端に向かって、ヒトHLA/NY-ESOに特異的に結合するscFv、CD3に特異的に結合する抗体重鎖の可変領域及び定常領域CH1並びに免疫グロブリンFc領域(i)をその順で含んでなる第1ポリペプチド、免疫グロブリンのヒンジ領域及びFc領域(ii)を含んでなる第2ポリペプチド、並びに、可変領域及び定常領域からなる抗体軽鎖を含む第3ポリペプチドを含み、
第1ポリペプチドと第2ポリペプチドがFc領域(i)とFc領域(ii)において会合しており、第1ポリペプチドが抗体重鎖の可変領域及び定常領域CH1において第3ポリペプチドと会合してなり、
第1のポリペプチドが、配列番号160で表されるアミノ酸配列の20番目~724番目のアミノ酸配列若しくは配列番号197で表されるアミノ酸配列の20番目~719番目のアミノ酸配、又は、該アミノ酸配列のカルボキシル末端から1つ又は2つのアミノ酸が欠失してなるアミノ酸配列を含み、
第2のポリペプチドが、配列番号84で示されるアミノ酸配列の20番目~246番目のアミノ酸配列を含み、
第3ポリペプチドが、配列番号161で表されるアミノ酸配列の21番目~127番目のアミノ酸配列、又は、配列番号161で表されるアミノ酸配列の21番目~233番目のアミノ酸配列を含んでなる、ヒトHLA/NY-ESO及びヒトCD3に特異的に結合する多重特異性分子。 - 請求項59又は60に記載の分子をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド。
- 請求項61に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
- 請求項61に記載のポリヌクレオチド又は請求項62に記載のベクターを含む宿主細胞。
- (i) 請求項63に記載の宿主細胞を培養する工程、及び (ii)工程(i)で得られた培養物から抗体又はその結合断片を精製する工程を含む、ヒトHLA/NY-ESO及びヒトCD3に特異的に結合する多重特異性分子を製造する方法。
- 請求項64に記載の方法により得られる、ヒトHLA/NY-ESO及びヒトCD3に特異的に結合する多重特異性分子。
- 請求項59、60又は65に記載の分子、請求項61に記載のポリヌクレオチド、請求項62に記載のベクター、又は請求項63に記載の宿主細胞を有効成分として含む医薬組成物。
- 抗がん剤である、請求項66記載の医薬組成物。
- がんが、腎がん、メラノーマ、有棘細胞がん、基底細胞がん、結膜がん、口腔がん、喉頭がん、咽頭がん、甲状腺がん、肺がん(非小細胞肺がん(腺がん、扁平上皮がん、大細胞がん)、小細胞肺がん)、乳がん、食道がん、胃がん、十二指腸がん、小腸がん、大腸がん、直腸がん、虫垂がん、肛門がん、肝がん、胆嚢がん、胆管がん、膵がん、副腎がん、膀胱がん、前立腺がん、子宮がん、膣がん、脂肪肉腫、血管肉腫、軟骨肉腫、横紋筋肉腫、ユーイング肉腫、骨肉腫、未分化多型肉腫、粘液型線維肉腫、悪性末梢性神経鞘腫、後腹膜肉腫、滑膜肉腫、子宮肉腫、消化管間質腫瘍、平滑筋肉腫、類上皮肉腫、B細胞リンパ腫、T・NK細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄増殖性疾患、骨髄異形成症候群、多発性骨髄腫、精巣がん及び卵巣がんからなる群から選択される1つ又は2つ以上である、請求項67記載の医薬組成物。
- 他の薬剤と組み合わせて使用される、請求項66~68のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- 他の薬剤を含む、請求項66~69のいずれか1項に記載の医薬組成物。
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