JP7277050B2 - 核酸の精製のための等速電気泳動 - Google Patents
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Description
本願は、2016年1月29日に出願され、「核酸の精製のための等速電気泳動」(弁護士件名整理番号:43647-712.101)とのタイトルの米国仮出願第62/288,930号の利益を主張し、その全体の内容を、本明細書において参照により援用する。
本発明は、アメリカ国立衛生研究所により与えられた連絡番号1R43HG007620-01下の米国政府の支援によりなされた。米国政府は、本発明における一定の権利を有する。
参照による組み込み
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
(a)流体デバイスに
(i)溶解した固形組織を含む組織試料であって、前記溶解した固形組織は核酸および汚染物質を含む、組織試料、
(ii)前記核酸の実効移動度の大きさよりも小さい大きさを有する実効移動度を有する第1の終局電解質イオンを含む終局電解質緩衝液、および
(iii)第2の実効移動度を有する第1の先導電解質イオンを含む先導電解質緩衝液であって、前記第2の実効移動度が、前記核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きな大きさを有する、先導電解質緩衝液を装入するステップ、ならびに
(b)前記流体デバイス内に電場を印加して、前記第1の終局電解質イオン、前記核酸および前記第1の先導電解質イオンを用いた等速電気泳動を行い、これにより、前記組織試料中の前記汚染物質から前記核酸を精製するステップ
を含む、試料精製方法。
(項目2)
前記第1の終局電解質イオンの前記実効移動度が、前記汚染物質の実効移動度の大きさよりも大きな大きさを有する、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記流体デバイスが、マイクロ流体チップであり、前記組織試料、前記終局電解質緩衝液および前記先導電解質緩衝液が、前記マイクロ流体チップの第1のゾーンに装入される、項目1に記載の方法。
(項目4)
前記マイクロ流体チップの前記第1のゾーン中で、(1)包埋材の除去、(2)組織の破壊、(3)細胞の溶解、(4)前記核酸の脱架橋、(5)タンパク質の消化および(6)前記核酸の消化からなる群から選択される少なくとも1つの試料調製手順を、前記組織試料に行うステップをさらに含む、項目1から3のいずれか一項に記載の方法。
(項目5)
前記等速電気泳動が、前記マイクロ流体チップの第2のゾーン中で行われ、前記第2のゾーンは、前記第1のゾーンから離されており、前記第1のゾーンに流体接続されている、項目1から4のいずれか一項に記載の方法。
(項目6)
前記固形組織が固形器官に由来する、項目1から5のいずれか一項に記載の方法。
(項目7)
前記溶解した固形組織が化学固定剤を含む、項目1から6のいずれか一項に記載の方法。
(項目8)
前記化学固定剤がホルマリンである、項目7に記載の方法。
(項目9)
前記固形組織がホルマリン固定パラフィン包埋組織(FFPE)である、項目8に記載の方法。
(項目10)
前記溶解した固形組織が尿素またはチオ尿素を含む、項目1から9のいずれか一項に記載の方法。
(項目11)
細胞間結合、細胞外マトリックスまたは結合組織を破壊して、前記溶解した固形組織を得るステップをさらに含む、項目1から10のいずれか一項に記載の方法。
(項目12)
前記溶解した固形組織が固形粒子を含む、項目1から10のいずれか一項に記載の方法。
(項目13)
前記核酸が分散したまたは溶媒和した核酸を含む、項目1から12のいずれか一項に記載の方法。
(項目14)
前記汚染物質が、架橋化核酸、包埋材、組織細片、化学固定剤、タンパク質、阻害剤およびそれらの組合せからなる群から選択される、項目1から13のいずれか一項に記載の方法。
(項目15)
前記汚染物質が架橋化核酸を含む、項目1から14のいずれか一項に記載の方法。
(項目16)
前記組織試料が、前記装入するステップ前に、前記終局電解質緩衝液と一緒にされる、項目1から15のいずれか一項に記載の方法。
(項目17)
前記組織試料が、前記装入するステップ前に、前記先導電解質緩衝液と一緒にされる、項目1から16のいずれか一項に記載の方法。
(項目18)
前記先導電解質緩衝液を前記装入するステップが、前記組織試料を前記装入するステップ前に行われる、項目1から17のいずれか一項に記載の方法。
(項目19)
前記固形組織が、前記組織試料を前記装入するステップ前に、前記先導電解質緩衝液において溶解される、項目1から18のいずれか一項に記載の方法。
(項目20)
前記固形組織が、前記組織試料を前記装入するステップ前に、前記終局電解質緩衝液において溶解される、項目1から19のいずれか一項に記載の方法。
(項目21)
前記試料調製手順が、前記電場を前記印加するステップ前に、少なくとも約1分間の期間、少なくとも約37℃の温度で、前記流体デバイス中で前記組織試料をインキュベートすることにより、包埋材を除去するステップを含む、項目4から20のいずれか一項に記載の方法。
(項目22)
前記温度が約40℃~約80℃である、項目21に記載の方法。
(項目23)
前記期間が、約1分間~約120分間である、項目21に記載の方法。
(項目24)
前記試料調製手順が、前記組織試料に機械応力を適用することにより、組織を破壊するステップまたは細胞を溶解するステップを含む、項目4から23のいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
前記試料調製手順が、前記組織試料に熱を適用することにより、組織を破壊するステップまたは細胞を溶解するステップを含む、項目4から24のいずれか一項に記載の方法。
(項目26)
前記熱を適用することにより、前記組織試料の温度が約30℃~約80℃の範囲内となる、項目4から25のいずれか一項に記載の方法。
(項目27)
前記試料調製手順が、少なくとも10のpHを有する溶液に前記組織試料を接触させる、または前記組織試料をタンパク質分解により消化させることによる、組織を破壊するステップまたは細胞を溶解するステップを含む、項目4から26のいずれか一項に記載の方法。
(項目28)
前記タンパク質分解による消化が、約25℃より高い温度で行われる、項目27に記載の方法。
(項目29)
前記試料調製手順が、前記組織試料に少なくとも1つの界面活性剤を適用することにより、組織を破壊するステップまたは細胞を溶解するステップを含む、項目4から28のいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
前記試料調製手順が、前記組織試料または細胞試料に尿素を含む溶液を適用することにより、組織を破壊するステップまたは細胞を溶解するステップを含む、項目4から29のいずれか一項に記載の方法。
(項目31)
前記溶液がチオ尿素をさらに含む、項目30に記載の方法。
(項目32)
前記溶液中の前記尿素の濃度が、約4M~約9Mの範囲内にあり、前記溶液中の前記チオ尿素の濃度が、約0.5M~約3.5Mの範囲にある、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記溶液中の前記尿素の濃度が、約6.5M~約7.5Mであり、前記溶液中の前記チオ尿素の濃度が、約1.5M~約2.5Mである、項目31に記載の方法。
(項目34)
前記試料調製手順が、プロテイナーゼKを用いて架橋タンパク質を消化することによって、前記核酸を脱架橋するステップを含む、項目4から33のいずれか一項に記載の方法。
(項目35)
前記試料調製手順が、DNアーゼまたはRNアーゼを用いて、前記核酸を消化するステップを含む、項目4から34のいずれか一項に記載の方法。
(項目36)
前記流体デバイスの排出用レザーバーから前記精製済み核酸を含む排出溶液を溶出させるステップをさらに含む、項目1から35のいずれか一項に記載の方法。
(項目37)
前記排出溶液中の前記精製済み核酸の濃度が、前記組織試料中の前記核酸の濃度よりも少なくとも約2倍高い、項目36に記載の方法。
(項目38)
前記排出溶液中の前記組織試料および前記精製済み核酸が架橋化核酸を含み、前記排出溶液中の前記架橋化核酸の濃度が、前記組織試料中の前記架橋化核酸の濃度の多くとも約2分の1である、項目36に記載の方法。
(項目39)
前記汚染物質が、前記組織試料中の前記汚染物質の濃度の多くとも2分の1である濃度で前記排出溶液中に存在する、項目36に記載の方法。
(項目40)
前記第1の終局電解質イオンがカプロン酸を含む、項目1から39のいずれか一項に記載の方法。
(項目41)
前記第1の先導電解質イオンが塩化物イオンを含む、項目1から40のいずれか一項に記載の方法。
(項目42)
前記終局電解質緩衝液が、前記第1の終局電解質イオンとは異なる実効移動度を有する第2の終局電解質イオンを含む、項目1から41のいずれか一項に記載の方法。
(項目43)
前記第2の終局電解質イオンが、HEPES(4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジンエタンスルホン酸)またはMOPS(3-(N-モルホリノ)プロパンスルホン酸)を含む、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記第2の終局電解質イオンが、HEPES(4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジンエタンスルホン酸)を含み、前記第1の終局電解質イオンがカプロン酸を含む、項目42に記載の方法。
(項目45)
前記第2の終局電解質イオンが、MOPS(3-(N-モルホリノ)プロパンスルホン酸)を含み、前記第1の終局電解質イオンがカプロン酸を含む、項目42に記載の方法。
(項目46)
前記第2の終局電解質イオンが、HEPES(4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジンエタンスルホン酸)を含み、前記第1の終局電解質イオンがMOPSを含む、項目42に記載の方法。
(項目47)
前記終局電解質緩衝液が、第2の実効移動度を有する第2の終局電解質イオンを含み、前記第2の実効移動度が、前記汚染物質の前記実効移動度の前記大きさとほぼ同じ大きさ、またはそれより小さい大きさを有する、項目1から46のいずれか一項に記載の方法。
(項目48)
前記流体デバイスに装入された前記組織試料が、少なくとも50μlの体積を有する、項目1から47のいずれか一項に記載の方法。
(項目49)
前記マイクロ流体チップの前記第1のゾーン中で、前記組織試料に、第1の試料処理手順を行うステップ、および前記マイクロ流体チップの第2のゾーン中で、前記組織試料に酵素反応を行うステップをさらに含む、項目1から48のいずれか一項に記載の方法。
(項目50)
前記第1の試料処理手順が、包埋材の除去、組織の破壊または細胞溶解を含み、前記酵素反応が、前記核酸の脱架橋、タンパク質の消化または核酸の消化を含む、項目49に記載の方法。
(項目51)
前記第1のゾーンおよび前記第2のゾーンがそれぞれ、37℃より高い温度までそれぞれ加熱される、項目49に記載の方法。
(項目52)
前記第1のゾーンが、前記第1の試料処理手順の間に、約60℃~100℃の温度に加熱され、前記第2のゾーンが、40℃~60℃の温度に加熱される、項目49に記載の方法。
(項目53)
(a)マイクロ流体チップの第1のチャネルに、(i)第1の核酸および第1の汚染物質を含む第1の試料、(ii)第1の終局イオンを含む第1の終局電解質緩衝液であって、前記第1の終局イオンの実効移動度の大きさが、前記第1の核酸の実効移動度の大きさよりも小さい、第1の終局電解質緩衝液、ならびに(iii)第1の先導イオンを含む第1の先導電解質緩衝液であって、前記第1の先導イオンの実効移動度の大きさが、前記第1の核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きい、第1の先導電解質緩衝液を装入するステップ、
(b)前記マイクロ流体チップの第2のチャネルに、(i)第2の核酸および第2の汚染物質を含む第2の試料、(ii)第2の終局イオンを含む第2の終局電解質緩衝液であって、前記第2の終局イオンの大きさが、前記第2の核酸の実効移動度の大きさよりも小さい、第2の終局電解質緩衝液、および(iii)第2の先導イオンを含む第2の先導電解質緩衝液であって、前記第2の先導イオンの実効移動度の大きさが、前記第2の核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きい、第2の先導電解質緩衝液を装入するステップ、ならびに
(c)前記マイクロ流体チップ内に第1の電場を印加して、前記第1のチャネル中で、前記第1の終局イオン、前記第1の核酸および前記第1の先導イオンを用いた等速電気泳動を行い、第2の電場を印加して、前記第2のチャネル中で、前記第2の終局イオン、前記第2の核酸および前記第2の先導イオンを用いた等速電気泳動を行い、これらにより、前記第1の汚染物質から前記第1の核酸を、および前記第2の汚染物質から前記第2の核酸を同時に精製するステップ
を含む、少なくとも2つの異なる試料から核酸を同時に精製する方法。
(項目54)
前記第1の試料および前記第2の試料が、異なる試料タイプである、項目53に記載の方法。
(項目55)
前記第1の核酸および前記第2の核酸が、異なるタイプまたは長さの核酸である、項目53に記載の方法。
(項目56)
前記第1の終局電解質緩衝液または前記第1の先導電解質緩衝液が、溶解剤または組織破壊剤をさらに含む、項目1から53のいずれか一項に記載の方法。
(項目57)
前記溶解剤または前記組織破壊剤が、約12よりも大きなpHを有する溶液、プロテイナーゼ、尿素、チオ尿素および界面活性剤からなる群から選択される1種または複数の作用剤を含む、項目56に記載の方法。
(項目58)
前記第1の試料が溶解した固形組織を含む、項目53から57のいずれか一項に記載の方法。
(項目59)
前記第2の試料が溶解した細胞を含む、項目58に記載の方法。
(項目60)
前記第1の試料が、前記等速電気泳動を行うステップ中に、前記第2の試料と接触しない、項目53から59のいずれか一項に記載の方法。
(項目61)
前記マイクロ流体チップの第3のチャネルに、(i)第3の核酸および第3の汚染物質を含む第3の試料、(ii)第3の終局イオンを含む第3の終局電解質緩衝液であって、前記第3の終局イオンの実効移動度の大きさが、前記第3の核酸の実効移動度の大きさよりも小さい、第3の終局電解質緩衝液、ならびに(iii)第3の先導イオンを含む第3の先導電解質緩衝液であって、前記第3の先導イオンの実効移動度の大きさが、前記第3の核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きい第3の先導電解質緩衝液を装入するステップをさらに含み、前記電場を前記マイクロ流体チップ内に印加して、前記第3のチャネル中、前記第3の終局イオン、前記第3の核酸および前記第3の先導イオンを用いた前記等速電気泳動を行い、これにより、前記第1の汚染物質から前記第1の核酸、前記第2の汚染物質から前記第2の核酸、および前記第3の汚染物質から前記第3の核酸を同時に精製する、項目53から60のいずれか一項に記載の方法。
(項目62)
前記第1および第2の電場が、単一の電極対から発生する、項目53から61のいずれか一項に記載の方法。
(項目63)
前記第1および第2の電場が、異なる電極対から発生する、項目53から62のいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
前記第1および第2のチャネルが、独立したセンサーに連結されている、項目63に記載の方法。
(項目65)
前記独立したセンサーからのフィードバックを使用して、前記第1および第2の電場を独立して制御する、項目64に記載の方法。
(項目66)
前記独立したセンサーが電圧を検出し、前記フィードバックを使用して、前記第1および第2のチャネル内の電流を制御する、項目64に記載の方法。
(項目67)
前記核酸がDNAを含む、項目1から66のいずれか一項に記載の方法。
(項目68)
前記核酸がRNAを含む、項目1から66のいずれか一項に記載の方法。
(項目69)
(a)流体デバイスに
(i)固定化細胞、固定化組織または包埋組織を含む試料であって、核酸を含む試料、
(ii)終局電解質を含む終局電解質緩衝液であって、前記終局電解質が前記核酸よりも低い実効移動度を有する、終局電解質緩衝液、および
(iii)先導電解質を含む先導電解質緩衝液であって、前記先導電解質が前記核酸よりも高い実効移動度を有する、先導電解質緩衝液を装入するステップ、ならびに
(b)前記流体デバイスに電場を印加して、前記終局電解質、前記核酸および前記先導電解質を用いた等速電気泳動を行い、これにより、前記試料中の汚染物質から前記核酸を精製するステップ
を含む、試料精製方法。
(項目70)
前記汚染物質が、架橋化核酸、包埋材、化学固定剤、酵素および阻害剤からなる群から選択される、項目69に記載の方法。
(項目71)
前記試料が、前記固定化細胞、前記固定化組織、または前記固定化細胞と前記固定化組織の両方を含む、項目69に記載の方法。
(項目72)
前記試料がホルマリン固定されている、項目69に記載の方法。
(項目73)
前記試料が前記包埋組織を含む、項目69に記載の方法。
(項目74)
前記試料がパラフィンに包埋されている前記組織を含む、項目69に記載の方法。
(項目75)
前記試料がホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織試料である、項目69に記載の方法。
(項目76)
前記試料が組織生検体を含む、項目69に記載の方法。
(項目77)
前記試料が切除したホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)試料である、項目75に記載の方法。
(項目78)
前記核酸の特徴を他の試料に由来する核酸の特徴と比較するステップをさらに含み、前記特徴が、発現レベル、核酸配列、分子量、核酸完全性、核酸純度または核酸の鎖性である、項目69に記載の方法。
(項目79)
前記試料が腫瘍試料である、項目69に記載の方法。
(項目80)
前記終局電解質緩衝液が、約7より大きなpHを有する、項目69に記載の方法。
(項目81)
前記電場を前記印加するステップの前に、少なくとも約1分間の期間、少なくとも約37℃の温度で、前記流体デバイス中で前記組織試料をインキュベートするステップをさらに含む、項目69に記載の方法。
(項目82)
前記温度が約40℃~約80℃である、項目81に記載の方法。
(項目83)
前記期間が、約1分間~約120分間である、項目81に記載の方法。
(項目84)
前記先導電解質緩衝液がプロテイナーゼKを含む、項目60に記載の方法。
(項目85)
前記プロテイナーゼKを使用して、前記核酸からタンパク質架橋を除去するステップをさらに含む、項目84に記載の方法。
(項目86)
前記電場を前記印加するステップの後に、熱を使用して、前記核酸からタンパク質架橋を除去するステップをさらに含む、項目60に記載の方法。
(項目87)
前記流体デバイスの排出用レザーバーから前記精製済み核酸を含む排出溶液を溶出させるステップをさらに含む、項目60に記載の方法。
(項目88)
前記排出溶液中の前記精製済み核酸の濃度が、前記組織試料中の前記核酸の濃度よりも少なくとも約2倍高い、項目87に記載の方法。
(項目89)
前記排出溶液中の架橋化核酸の濃度が、前記組織試料中の前記架橋化核酸の濃度の多くとも約2分の1である、項目87に記載の方法。
(項目90)
前記排出溶液が、約50μLに等しい体積またはそれ未満の体積を有する、項目87に記載の方法。
(項目91)
前記組織試料が、少なくとも約1ngの質量を有する、項目60に記載の方法。
(項目92)
前記組織試料が、25μLより多い体積を有する、項目60に記載の方法。
(項目93)
前記終局電解質が、前記汚染物質より高い実効移動度を有する、項目60に記載の方法。
(項目94)
前記終局電解質が、(i)前記汚染物質よりも大きな実効移動度の大きさを有する第1のイオン、および(ii)前記汚染物質とほぼ同じ、またはそれより小さな実効移動度の大きさを有する第2のイオンを含む、項目60に記載の方法。
(項目95)
前記等速電気泳動を行うステップが、前記組織試料のpHを約7.5までクエンチする、項目60に記載の方法。
(項目96)
前記装入するステップ前に、前記試料に脱パラフィンを行うステップをさらに含む、項目60に記載の方法。
(項目97)
前記核酸の濃度を検出するステップをさらに含む、項目60に記載の方法。
(項目98)
前記濃度が、約1ピコグラム/マイクロリットル(pg/μL)未満であるか、またはそれに等しい、項目88に記載の方法。
(項目99)
(a)流体デバイスに、
(i)溶解した固形組織および核酸を含む組織試料、
(ii)第1の実効移動度を有する終局電解質イオンを含む終局電解質緩衝液であって、前記第1の実効移動度が、前記核酸の実効移動度の大きさよりも小さい大きさを有する、前記終局電解質緩衝液、
(iii)第1の先導電解質用レザーバー中の、第2の実効移動度を有する第1の先導電解質イオンを含む第1の先導電解質緩衝液であって、前記第2の実効移動度が、前記核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きな大きさを有する、前記第1の先導電解質緩衝液、ならびに
(iv)第2の先導電解質用レザーバー中の、第3の実効移動度を有する第2の先導電解質イオンを含む第2の先導電解質緩衝液であって、前記第3の実効移動度が、前記核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きな大きさを有する、前記第2の先導電解質緩衝液を装入するステップであって、前記第1の先導電解質緩衝液が、前記第2の先導電解質緩衝液とは異なる、ステップ
(b)前記終局電解質イオン、前記核酸および前記第1の先導電解質イオンを用いた第1の等速電気泳動を行い、これにより、前記組織試料中の汚染物質から前記核酸を精製するステップ、ならびに
(c)前記終局電解質イオン、前記核酸および前記第2の先導電解質イオンを用いた第2の等速電気泳動を行うステップ
を含む、試料精製方法。
(項目100)
前記第2の等速電気泳動を行うステップが、第1のチャネルから第2のチャネルまでの印加電流を変更するステップを含む、項目99に記載の方法。
(項目101)
前記第1の先導電解質イオンが前記第2の先導電解質イオンと同じであり、前記第1の先導電解質緩衝液中の前記第1の先導電解質イオンの濃度が、前記第2の先導電解質緩衝液中の前記第2の先導電解質イオンの濃度とは異なる、項目99または100に記載の方法。
(項目102)
前記第2の実効移動度が、前記第3の実効移動度の前記大きさよりも大きな大きさを有する、項目99、100または101に記載の方法。
(項目103)
前記第1の先導電解質イオンが、前記第2の先導電解質イオンとは異なる、項目99から102のいずれか一項に記載の方法。
(項目104)
前記第1の先導電解質イオンが前記第2の先導電解質イオンと同じであり、前記第1の先導電解質緩衝液中の前記第1の先導電解質イオンの濃度が、前記第2の先導電解質緩衝液中の前記第2の先導電解質イオンの濃度と同じであり、前記第1の先導電解質緩衝液が第3の先導電解質イオンを含む、項目99から103のいずれか一項に記載の方法。
(項目105)
前記第1の先導電解質イオンが前記第2の先導電解質イオンと同じであり、前記第1の先導電解質緩衝液中の前記第1の先導電解質イオンの濃度が、前記第2の先導電解質緩衝液中の前記第2の先導電解質イオンの濃度と同じであり、前記第2の先導電解質緩衝液が第3の先導電解質イオンを含む、項目99から104のいずれか一項に記載の方法。
(項目106)
前記第2の先導電解質用レザーバー中の前記核酸を収集するステップ、および前記第2の先導電解質用レザーバーから前記核酸を除去するステップをさらに含む、項目99から105のいずれか一項に記載の方法。
(項目107)
前記第1の等速電気泳動を行うステップおよび前記第2の等速電気泳動を行うステップが、単一の電場を印加することにより行われる、項目99から106のいずれか一項に記載の方法。
(項目108)
前記第1の等速電気泳動を行うステップおよび前記第2の等速電気泳動を行うステップが、1つより多い電場を印加することにより行われる、項目99から107のいずれか一項に記載の方法。
(項目109)
前記第2の先導電解質緩衝液中の前記第2の先導電解質イオンの濃度が、50mM未満である、項目99から108のいずれか一項に記載の方法。
(項目110)
前記第2の先導電解質緩衝液が、50mM Tris HClを含む、項目99から108のいずれか一項に記載の方法。
(項目111)
(a)i.第1の流体チャネルと流体連通している第1の試料用レザーバー、
ii.前記第1の流体チャネルと流体連通している第1の緩衝液用レザーバー、および
iii.前記第1のチャネルと流体連通している第2の緩衝液用レザーバーを含むマイクロ流体チップ中の第1の等速電気泳動領域、ならびに
(b)i.第2の流体チャネルと流体連通している第2の試料用レザーバー、
ii.前記第2の流体チャネルと流体連通している第3の緩衝液用レザーバー、および
iii.前記第2のチャネルと流体連通している第4の緩衝液用レザーバーを含む前記マイクロ流体チップ中の第2の等速電気泳動領域
を含む、マイクロ流体デバイスであって、
前記第1の等速電気泳動領域が、前記第2の等速電気泳動領域と流体連通しておらず、前記マイクロ流体デバイスが、前記第1の等速電気泳動領域に電流を印加する第1の電気回路と前記第2の等速電気泳動領域に電流を印加する第2の電気回路とを独立して制御するよう構成されている、マイクロ流体デバイス。
(項目112)
第1の等速電気泳動ゾーンと第2の等速電気泳動ゾーンとの間のリーク速度が、1μl/時未満である、項目111に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目113)
前記第1の領域と前記第2の領域との間のリーク電流が1μA未満である、項目111または112に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目114)
インピーダンスが、1メガオームより大きい、項目111、112または113に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目115)
前記第1の流体チャネルが、100μlより多い液体体積を保持する、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目116)
前記第1の流体チャネルが、前記第1のチャネルの幅の多くとも5分の1である距離の分、前記第2の流体チャネルから離されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目117)
前記マイクロ流体デバイスが、前記第2の電気回路と同時に、かつ前記第2の電気回路と独立して、前記第1の電気回路を制御するよう構成されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目118)
前記第1のチャネルと流体連通している溶出用レザーバーをさらに含み、温度センサーが前記溶出用レザーバーの5mm以内に配置されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目119)
(a)チャネルと流体連通している試料投入用レザーバーを含む界面動電流体デバイスを用意するステップ、
(b)前記試料投入用レザーバーに試料体積を装入するステップ、
(c)前記試料投入用レザーバーに追加体積分を添加することなく、前記試料体積の少なくとも50%を前記試料投入用レザーバーから前記チャネルに移動させるステップ、および
(d)前記チャネルを介してイオン電流を印加するステップ
を含む、方法。
(項目120)
前記移動させるステップが、重力を利用して行われる、項目119に記載の方法。
(項目121)
前記イオン電流が前記チャネルを実質的に通らない、項目119または120に記載の方法。
(項目122)
前記試料体積の前記少なくとも50%が、前記試料体積の少なくとも80%を含む、項目119、120または121に記載の方法。
(項目123)
前記試料体積が核酸を含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目124)
前記試料体積が、組織試料またはホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)試料を含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目125)
前記イオン電流を印加するステップが、等速電気泳動を行うことを含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目126)
前記試料投入用レザーバーに装入される試料体積の合計が、前記投入用レザーバーの内部体積未満であるか、またはそれに等しい、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目127)
前記試料投入用レザーバーが、テーパー型領域を介して底部領域に接続された上部領域を含み、前記上部領域が第1の直径を有しており、前記底部領域が第2の直径を有しており、前記第1の直径が前記第2の直径よりも少なくとも2倍長いことにより、前記試料投入用レザーバーから前記チャネルに前記試料体積の少なくとも50%を前記移動させるステップが円滑化される、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目128)
前記試料投入用レザーバーに装入される前記試料体積が少なくとも25μlである、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目129)
第1の試料投入用レザーバーであって、テーパー型領域を介して底部領域に接続されている上部領域を含み、前記上部領域は第1の水力内径を有し、前記底部領域は第2の水力内径を有し、前記第1の水力内径は、前記第2の水力内径よりも少なくとも2倍大きく、前記第1の試料投入用レザーバーは、第1のチャネルと流体連通している、第1の試料投入用レザーバー、
前記第1のチャネルと流体連通している第1の緩衝液用レザーバーであって、前記第1の試料用レザーバー中の液体の自由表面が前記第1の緩衝液用レザーバー中の液体に対して無視できる程の緩衝液ヘッド高差を有するよう、前記第1の試料用レザーバーが構成されている、第1の緩衝液用レザーバー、および
前記第1のチャネルと流体連通している第2の緩衝液用レザーバー
を含む、マイクロ流体チップ。
(項目130)
前記第1の水力内径が、約1mm~約15mmの範囲内である、項目129に記載のマイクロ流体チップ。
(項目131)
前記第2の水力内径が、約0.5mm~約5mmの範囲である、項目129または項目130に記載のマイクロ流体チップ。
(項目132)
前記第1の試料用レザーバーが、少なくとも100μlの試料体積を保持するよう構成されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体チップ。
(項目133)
真空が前記マイクロ流体チップに適用されると、前記第1の試料用レザーバーから前記第1のチャネルに前記試料体積の少なくとも50%が移動するよう構成されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体チップ。
(項目134)
前記第1のチャネルに入る試料に等速電気泳動を行うよう構成されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体チップ。
(項目135)
(a)細胞または組織を含む生物学的試料を、尿素またはチオ尿素を含む溶液に曝露させて、これにより、前記生物学的試料中の前記細胞または組織を溶解して、細胞溶解物を生成するステップ、
(b)デバイスに前記細胞溶解物を導入するステップ、および
(c)前記デバイスを用いて等速電気泳動を行って、前記細胞溶解物から核酸を単離するステップ
を含む、核酸を抽出する方法。
(項目136)
プロテイナーゼKにより前記試料を消化するステップをさらに含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目137)
前記溶液が、尿素およびチオ尿素を含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目138)
前記溶液が、約2対1の尿素対チオ尿素の比を含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目139)
前記溶液中の前記尿素の濃度が、約4M~約9Mであり、前記溶液中の前記チオ尿素の濃度が、約0.5M~約3.5Mである、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目140)
前記溶液中の前記尿素の濃度が、約6.5M~約7.5Mであり、前記溶液中の前記チオ尿素の濃度が、約1.5M~約2.5Mである、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目141)
前記溶液が、終局電解質イオンもしくは先導電解質イオン、または終局電解質イオンと先導電解質イオンの両方を含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目142)
組織試料から高分子量核酸を精製する方法であって、
(a)流体デバイスに、
(i)ゲノムDNAおよび汚染物質を含む細胞試料であって、前記流体デバイスに前記細胞試料を装入する前または後に、前記細胞試料を溶解緩衝液に接触させる、前記細胞試料、
(ii)第1の実効移動度を有する終局電解質イオンを含む、終局電解質緩衝液であって、前記第1の実効移動度が、前記高分子量核酸の実効移動度の大きさよりも小さい大きさを有し、かつ前記汚染物質の大きさよりも大きな大きさを有する前記終局電解質緩衝液、ならびに
(iii)第2の実効移動度を有する第1の先導電解質イオンを含む、第1の先導電解質緩衝液であって、前記第2の実効移動度は、前記高分子量核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きな大きさを有する、第1の先導電解質緩衝液を装入するステップ、
(b)前記終局電解質イオン、前記高分子量核酸および前記第1の先導電解質イオンを用いた等速電気泳動を行い、これにより前記汚染物質から前記高分子量核酸を分離し、等速電気泳動ゾーン中に前記高分子量核酸を富化させるステップ、ならびに
(c)排出用レザーバー中の溶液に前記ゲノムDNAを溶出させるステップであって、前記溶液中の核酸の質量の50%を超える量が、30キロベースよりも大きい、ステップ
を含む、方法。
(項目143)
前記溶解緩衝液が、アルカリ緩衝液を含まない、項目142に記載の方法。
(項目144)
前記溶解緩衝液が、オクチルフェノールエトキシレートを含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目145)
前記溶液中の核酸の質量の50%を超える量が、50キロベースより大きい、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目146)
(a)溶解した固形組織を含む組織試料を含む試料投入用レザーバー、第1の先導電解質緩衝液を含む第1の緩衝液用レザーバー、及び終局電解質緩衝液を含む第2の緩衝液用レザーバーと流体連通している第1のチャネルを含む流体デバイスを用意するステップ、
(b)第1の電極を前記第1の緩衝液用レザーバー中の前記第1の先導電解質緩衝液に接触させるステップ、
(c)第2の電極を前記第2の緩衝液用レザーバー中の前記終局電解質緩衝液に接触させるステップ、および
(d)前記流体デバイス内に電場を印加して、等速電気泳動を行うステップであって、前記組織試料と前記第1および第2の電極との間の直接接触なしに前記等速電気泳動を行う、ステップ
を含む、等速電気泳動を行う方法。
(項目147)
前記流体デバイスが、前記第1のチャネルおよび前記第1の緩衝液用レザーバーと流体連通している第3の緩衝液用レザーバーをさらに含み、前記第3の緩衝液用レザーバーが、前記第1の緩衝液用レザーバーよりも低い濃度の前記第1の先導電解質緩衝液を含む、項目146に記載の方法。
(項目148)
前記第3の緩衝液用レザーバーおよび前記第1の緩衝液用レザーバーを、1つまたは複数のキャピラリーバリアを含む第2のチャネルによって接続して、前記第2のチャネル内の圧力駆動流、および記第3の緩衝液用レザーバーと前記第1の緩衝液用レザーバーとの間の圧力駆動流を制限する、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目149)
前記流体デバイスが溶出用レザーバーをさらに含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目150)
前記溶出用レザーバーが、第4の緩衝液用レザーバーと流体連通している、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目151)
(a)第1のチャネル、および前記第1のチャネルと流体連通している第1のレザーバーを含むマイクロ流体チップであって、前記第1のチャネルおよび前記第1のレザーバーが、第1の合流点で出会う、マイクロ流体チップ、および
(b)第1の歯を含む機械部材であって、前記第1の歯を介して、前記第1のチャネルに機械圧力をかけて、前記第1のチャネルの少なくとも1つの壁の可塑的変形によって前記第1のチャネルを少なくとも一部閉鎖するように、および前記第1のチャネルと前記第1のレザーバーとの間の流体抵抗を増大するように構成されている、前記機械部材
を含む、マイクロ流体システム。
(項目152)
前記マイクロ流体チップが、前記第1のレザーバーと流体連通している第2のレザーバー、および前記第1のレザーバーと前記第2のレザーバーを接続している第2のチャネルをさらに含み、前記機械部材が、前記第2のチャネルに機械圧力をかけて前記第2のチャネルを可塑的に閉鎖するように、および前記第1のレザーバーと前記第2のレザーバーとの間の流体連通を防止するように構成されている第2の歯をさらに含む、項目151に記載のマイクロ流体システム。
(項目153)
前記第1の歯が、前記第1の合流点に機械的圧力をもたらして、前記第1のチャネルの少なくとも1つの壁の可塑的変形によって前記第1のチャネルを閉鎖するように構成されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
(項目154)
前記第1の歯が、前記第1のチャネルを加熱するよう構成されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
(項目155)
前記機械部材が、前記第1のチャネルのヤング弾性率より大きなヤング弾性率を有する材料を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
(項目156)
等速電気泳動を行うよう構成されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
(項目157)
前記第1の歯が、加熱素子と熱的に連結されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
(項目158)
前記第1の歯が、前記第1のチャネルの前記少なくとも1つの壁のガラス転移温度より高い温度に加熱される、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
(項目159)
項目151に記載の前記マイクロ流体システムを使用して、可塑的変形により、前記第1のチャネルを少なくとも一部閉鎖し、これにより、前記第1のチャネルと前記第1のレザーバーとの間の流体流動に対する抵抗を増大させるステップを含む、流体システムにおけるプロセスを完了する方法。
(項目160)
前記機械部材の前記第1の歯が、前記第1のチャネルに少なくとも0.25lbの力を加える、項目159に記載の方法。
(項目161)
前記流体システムにおける前記プロセスが、等速電気泳動である、項目159に記載の方法。
(項目162)
(a)マイクロ流体チップの第1のレザーバーに核酸を含む試料を装入するステップ、
(b)前記マイクロ流体チップの第2のレザーバーに終局電解質緩衝液を装入するステップであって、前記終局電解質緩衝液は、前記核酸の実効移動度の大きさよりも小さい大きさを有する実効移動度を有する第1の終局電解質イオンを含む、ステップ、
(c)前記マイクロ流体チップの第3のレザーバーに先導電解質緩衝液を装入するステップであって、前記第3のレザーバーは、第2の実効移動度を有する第1の先導電解質イオンを含み、前記第2の実効移動度が、前記核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きな大きさを有するステップ、
(d)前記マイクロ流体チップ内に電場を印加して、前記第1の終局電解質イオン、前記核酸および前記第1の先導電解質イオンを用いた等速電気泳動を行い、これにより、前記核酸またはその一部を等速電気泳動ゾーンに閉じ込めるステップ、および
(e)前記等速電気泳動ゾーン中またはその近傍の温度変化を感知するために温度センサーを使用するステップであって、前記温度センサーからのフィードバックを使用して、前記電場を制御するステップ
を含む、核酸を含む試料に等速電気泳動を行う方法。
(項目163)
前記電場の前記制御により、溶出用レザーバー中、または前記マイクロ流体チップの領域中に、前記核酸またはその一部が位置することになる、項目162に記載の方法。
(項目164)
前記温度センサーが、前記溶出用レザーバーの多くとも8mm以内に配置される、項目162または163に記載の方法。
(項目165)
前記温度変化が約0.2℃~5℃の範囲内にある、項目162、163または164に記載の方法。
(項目166)
前記印加された電場が、前記先導電解質および前記終局電解質が、等速電気泳動界面で出会い、前記温度センサーが、前記等速電気泳動界面を感知する、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目167)
(a)i.第1の流体チャネルと流体連通している第1の試料用レザーバー
ii.前記第1の流体チャネルと流体連通している第1、第2および第3の緩衝液用レザーバーであって、前記第1および第2の緩衝液用レザーバーがキャピラリーバリアによって離されている、第1、第2および第3の緩衝液用レザーバー、ならびに
iii.前記第1の流体チャネルと流体連通している溶出用レザーバー
を含む、マイクロ流体チップ中の第1の等速電気泳動領域、
(b)前記第1の等速電気泳動領域内の前記第1の流体チャネルにおける、温度変化を検出するよう構成されているセンサー、ならびに
(c)前記第1の等速電気泳動領域内の前記第1のチャネル内に電流を供給するよう置かれている装置
を含む、マイクロ流体デバイス。
(項目168)
前記センサーが熱的信号を受信すると、前記電流の低下または解除を作動するよう構成されている制御装置をさらに含む、項目167に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目169)
前記温度変化が、約0.2℃~5℃の範囲内の温度上昇である、項目167または168に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目170)
前記センサーが温度の変化を検出した後に、前記溶出用レザーバー中の核酸の試料を単離するようさらに構成されている、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目171)
前記核酸の前記感知が、前記溶出用レザーバーの多くとも8mm以内に配置されているセンサーにより行われる、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目172)
前記第1のチャネルが、単一センサーを含む、先行する項目のいずれか一項に記載のマイクロ流体デバイス。
(項目173)
(a)項目111に記載の前記マイクロ流体デバイス、項目167に記載の前記マイクロ流体デバイスまたは項目129に記載の前記マイクロ流体チップ、
(b)終局電解質を含む終局電解質緩衝液、および
(c)先導電解質を含む先導電解質緩衝液
を含むキット。
(項目174)
前記終局電解質緩衝液が、異なる実効移動度を有する少なくとも2つの電解質の混合物を含む、項目173に記載のキット。
(項目175)
前記混合物が、(i)核酸よりも小さい実効移動度の大きさ、かつ汚染物質よりも大きい実効移動度の大きさを有する第1の電解質、および(ii)前記汚染物質よりも小さい実効移動度の大きさを有する第2の電解質を含む、項目174に記載のキット。
(項目176)
前記第1の電解質がカプロン酸を含む、項目175に記載のキット。
(項目177)
前記第2の電解質がHEPES(4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジンエタンスルホン酸)を含む、項目175または176に記載のキット。
(項目178)
試料用緩衝液をさらに含み、前記試料用緩衝液が、先導電解質緩衝液、終局電解質緩衝液または尿素を任意の組合せで含む、項目175から177のいずれか一項に記載のキット。
(項目179)
尿素およびチオ尿素を含む試料用緩衝液をさらに含む、項目178に記載のキット。
FFPE試料からのDNA抽出
(実施例2)
DNA抽出収率の比較
(実施例3)
架橋化核酸と非架橋化核酸の分離
(実施例4)
肺および肝臓FFPE試料に由来するDNAの抽出および精製
(実施例5)
核酸のITPに基づく定量
(実施例6)
ITP抽出および精製は偏りがない
(実施例7)
細胞溶解物の核酸のオフチップまたはオンチップでのプロテイナーゼKによる消化
(実施例8)
オフチップ溶解およびオンチップITP精製を使用するヒト細胞からのRNA抽出
(実施例9)
ITPおよび200μlチップデバイスを使用する、溶解した全血液の抽出
(実施例10)
オフチップ溶解およびオンチップITP精製を使用する培養ヒトがん細胞からの高分子量DNAの抽出
(実施例11)
機械部材を使用するチャネルの閉鎖
(実施例12)
電圧測定および実行終了の作動
(実施例13)
温度感知および実行終了の作動
(実施例14)
8つのチャネルの流体デバイスでの同時ITP
Claims (32)
- (a)マイクロ流体チップの第1のチャネルに、(i)第1の核酸および第1の汚染物質を含む第1の試料、(ii)第1の終局イオンを含む第1の終局電解質緩衝液であって、前記第1の終局イオンの実効移動度の大きさが、前記第1の核酸の実効移動度の大きさよりも小さい、第1の終局電解質緩衝液、ならびに(iii)第1の先導イオンを含む第1の先導電解質緩衝液であって、前記第1の先導イオンの実効移動度の大きさが、前記第1の核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きい、第1の先導電解質緩衝液を装入するステップ、
(b)前記マイクロ流体チップの第2のチャネルに、(i)第2の核酸および第2の汚染物質を含む第2の試料、(ii)第2の終局イオンを含む第2の終局電解質緩衝液であって、前記第2の終局イオンの実効移動度の大きさが、前記第2の核酸の実効移動度の大きさよりも小さい、第2の終局電解質緩衝液、および(iii)第2の先導イオンを含む第2の先導電解質緩衝液であって、前記第2の先導イオンの実効移動度の大きさが、前記第2の核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きい、第2の先導電解質緩衝液を装入するステップ、
(c)前記マイクロ流体チップに接続している第1の電気回路を独立して制御して、前記第1のチャネル中で、前記第1の終局イオン、前記第1の核酸および前記第1の先導イオンを用いた等速電気泳動を行い、第2の電気回路を独立して制御して、前記第2のチャネル中で、前記第2の終局イオン、前記第2の核酸および前記第2の先導イオンを用いた等速電気泳動を行い、これらにより、前記第1の汚染物質から前記第1の核酸を、および前記第2の汚染物質から前記第2の核酸を同時に精製するステップ、ならびに
(d)前記第1の電気回路の印加電流を変更して、前記第1のチャネルと流体連通している第1の溶出緩衝液用チャネル中で、ステップ(c)の前記第1の終局イオン、ステップ(c)の前記第1の核酸、および第1の溶出用緩衝液を用いた等速電気泳動を行い、ここで、前記第1の溶出用緩衝液が、前記第1の先導電解質緩衝液と異なるイオン強度を有し、そして、前記第1の溶出用緩衝液中に精製された核酸を溶出するステップ、および前記第2の電気回路の印加電流を変更して、前記第2のチャネルと流体連通している第2の溶出緩衝液用チャネル中で、ステップ(c)の前記第2の終局イオン、ステップ(c)の前記第2の核酸、および第2の溶出用緩衝液を用いた等速電気泳動を行い、ここで、前記第2の溶出用緩衝液が、前記第2の先導電解質緩衝液と異なるイオン強度を有し、そして
、前記第2の溶出用緩衝液中に精製された核酸を溶出するステップ
を含む、少なくとも2つの異なる試料から核酸を同時に精製するための方法。 - 前記第1の試料および前記第2の試料が、異なる試料タイプである、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の核酸および前記第2の核酸が、異なるタイプまたは長さの核酸である、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の終局電解質緩衝液または前記第1の先導電解質緩衝液が、溶解剤または組織破壊剤をさらに含む、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記溶解剤または前記組織破壊剤が、約12よりも大きなpHを有する溶液、プロテイナーゼ、尿素、チオ尿素および界面活性剤からなる群から選択される1種または複数の作用剤を含む、請求項4に記載の方法。
- 前記第1の試料または前記第2の試料が溶解した固形組織、溶解した細胞、固定化細胞、固定化組織または包埋組織を含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の試料が、前記等速電気泳動を行うステップ中に、前記第2の試料と接触しない、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
- (e)前記マイクロ流体チップの第3のチャネルに、(i)第3の核酸および第3の汚染物質を含む第3の試料、(ii)第3の終局イオンを含む第3の終局電解質緩衝液であって、前記第3の終局イオンの実効移動度の大きさが、前記第3の核酸の実効移動度の大きさよりも小さい、第3の終局電解質緩衝液、ならびに(iii)第3の先導イオンを含む第3の先導電解質緩衝液であって、前記第3の先導イオンの実効移動度の大きさが、前記第3の核酸の前記実効移動度の前記大きさよりも大きい第3の先導電解質緩衝液を装入するステップ、ならびに
(f)前記マイクロ流体チップに接続している第3の電気回路を独立して制御して、前記第3のチャネル中、前記第3の終局イオン、前記第3の核酸および前記第3の先導イオンを用いた等速電気泳動を行い、これにより、前記第1の汚染物質から前記第1の核酸、前記第2の汚染物質から前記第2の核酸、および前記第3の汚染物質から前記第3の核酸を同時に精製するステップ、
をさらに含む、請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。 - 前記第1および第2の電気回路が、異なる一式の電極から発生する、請求項1から8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1および第2のチャネルが、独立したセンサーに連結されている、請求項9に記載の方法。
- 前記独立したセンサーからのフィードバック信号を使用して、前記第1および第2の電気回路を独立して制御する、請求項10に記載の方法。
- 前記独立したセンサーが電圧を検出し、前記フィードバック信号を使用して、前記第1および第2のチャネル内の電流を制御するか、または前記独立したセンサーが電流を検出し、前記フィードバック信号を使用して、前記第1および第2のチャネル内の電圧を制御する、請求項11に記載の方法。
- 前記フィートバック信号が、前記第1のチャネルまたは第2のチャネルの電圧、導電度、または温度を含み、前記方法が、測定された前記電圧、導電度、または温度に少なくとも部分的に基づいて、前記第1の電気回路または第2の電気回路を独立して調節するステップをさらに含む、請求項12に記載の方法。
- 前記センサーが温度センサーであり、前記第1のチャネルまたは前記第2のチャネルの溶出用レザーバーから約5ミリメートル(mm)以内に位置する、請求項13に記載の方法。
- 前記第1のチャネルと前記第2のチャネルとの間のリーク速度が、1マイクロリットル(μL)/時未満である、請求項1から14のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1のチャネルが前記第2のチャネルから電気的に隔離されている、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1のチャネルと第2のチャネルとの間のリーク電流が、1マイクロアンペア(μA)未満である、請求項16に記載の方法。
- 前記第1のチャネルと第2のチャネルとの間のインピーダンスが、1メガオーム(MΩ)より大きい、請求項16に記載の方法。
- 前記第1のチャネルおよび第2のチャネルの各々は、等速電気泳動を行うための一式の専用の電極および電気回路を含む、請求項1から18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記核酸がDNAまたはRNAを含む、請求項1から19のいずれか一項に記載の方法。
- マイクロ流体システムであって、
(a)i.第1の流体チャネル、
ii.第1の試料レザーバー、
iii.第1の緩衝液用レザーバー、および
iv.第2の緩衝液用レザーバー
を含むマイクロ流体チップ中の第1の等速電気泳動領域であって、前記第1の流体チャネル、前記第1の試料レザーバー、前記第1の緩衝液用レザーバーおよび前記第2の緩衝液用レザーバーが互いに流体連通している、第1の等速電気泳動領域;
(b)i.第2の流体チャネル、
ii.第2の試料レザーバー、
iii.前記第2の流体チャネルに流体連通している第3の緩衝液用レザーバー、および
iv.第4の緩衝液用レザーバー
を含む前記マイクロ流体チップ中の第2の等速電気泳動領域であって、前記第2の流体チャネル、前記第2の試料レザーバー、前記第3の緩衝液用レザーバーおよび前記第4の緩衝液用レザーバーが互いに流体連通している、第2の等速電気泳動領域であって;
ここで、前記第1の等速電気泳動領域が、前記第2の等速電気泳動領域と流体連通しておらず、前記マイクロ流体システムが、前記第1の等速電気泳動領域に電流を印加する第1の電気回路と前記第2の等速電気泳動領域に電流を印加する第2の電気回路とを独立して制御するよう構成されており、
(c)前記第1の流体チャネルと流体連通している第1の溶出緩衝液用チャネルであって、ここで、等速電気泳動を行うために前記第1の電気回路の印加電流が変更され、前記第1の溶出緩衝液用チャネルは第1の溶出用緩衝液を含み、前記第1の溶出用緩衝液中で等速電気泳動を行うように構成されている、第1の溶出緩衝液用チャネル;ならびに
(d)前記第2の流体チャネルと流体連通している第2の溶出緩衝液用チャネルであって、ここで、等速電気泳動を行うために前記第2の電気回路の印加電流が変更され、前記第2の溶出緩衝液用チャネルは第2の溶出用緩衝液を含み、前記第2の溶出用緩衝液中で等速電気泳動を行うように構成されている、第2の溶出緩衝液用チャネル
を含む、マイクロ流体システム。 - 前記第1の等速電気泳動領域と前記第2の等速電気泳動領域との間のリーク速度が、1マイクロリットル/時未満であるか、または前記第1の等速電気泳動領域と前記第2の等速電気泳動領域との間のリーク電流が1マイクロアンペア未満である、請求項21に記載のマイクロ流体システム。
- 前記第1の流体チャネルと前記第2の流体チャネルとの間の電気インピーダンスが、0.1メガオームより大きい、請求項21または22に記載のマイクロ流体システム。
- 前記第1の流体チャネルが、100マイクロリットルより多い液体体積を保持する、請求項21から23のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
- 前記第1の流体チャネルが、前記第1の流体チャネルの幅の多くとも5分の1である距離の分、前記第2の流体チャネルから離されている、請求項21から24のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
- 前記マイクロ流体システムが、前記第2の電気回路と同時に、かつ前記第2の電気回路と独立して、前記第1の電気回路を制御するよう構成されている、請求項21から25のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
- 前記第1および第2の流体チャネルとそれぞれ流体連通している第1および第2の溶出用レザーバーをさらに含み、温度センサーが前記第1および第2の溶出用レザーバーのそれぞれから最大約10mm以内に配置されている、請求項21から26のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
- 請求項1から20のいずれか一項に記載の方法であって、前記第1の溶出緩衝液用チャネルの第1の排出レザーバーから精製済みの前記第1の核酸を含む第1の排出溶液を溶出させ、前記第2の溶出緩衝液用チャネルの第2の排出レザーバーから精製済みの前記第2の核酸を含む第2の排出溶液を溶出させるステップをさらに含む、方法。
- 前記マイクロ流体システムが、前記第1の緩衝液用レザーバーと前記第2の緩衝液用レザーバーとの間で電流を印加する前記第1の電気回路、および前記第3の緩衝液用レザーバーと前記第4の緩衝液用レザーバーとの間で電流を印加する前記第2の電気回路のそれぞれを独立して制御するよう構成される、請求項27に記載のマイクロ流体システム。
- 前記第1の流体チャネルが第1の独立したセンサーに連結されており、前記第2の流体チャネルが第2の独立したセンサーに連結されている、請求項21から27および29のいずれか一項に記載のマイクロ流体システム。
- 前記第1の独立したセンサーからの第1のフィードバック信号が、前記第1の電気回路を独立して制御するよう構成され、前記第2の独立したセンサーからの第2のフィードバック信号が、前記第2の電気回路を独立して制御するよう使用されている、請求項30に記載のマイクロ流体システム。
- (a)前記第1のフィードバック信号を使用して前記第1の流体チャネル内の電流を独立して制御し、前記第2のフィードバック信号を使用して前記第2の流体チャネル内の電流を独立して制御するか、または(b)前記第1のフィードバック信号を使用して前記第1の流体チャネル内の電圧を独立して制御し、前記第2のフィードバック信号が、前記第2の流体チャネル内の電圧を独立して制御するように構成されている、請求項31に記載のマイクロ流体システム。
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