JP6824177B2

JP6824177B2 - 豚流行性下痢ウイルス株及びそれから得られる免疫原性組成物

Info

Publication number: JP6824177B2
Application number: JP2017544865A
Authority: JP
Inventors: チャン，ジャンチャン; チェン，チー; ゴーガー，フィリップ; マドソン，ダーリン; ハーダム，ジョン・モーガン; バンドリック，メーガン; カルバート，ジェイ・グレゴリー; トンプソン，ジェームズ・リチャード; ストイーバ，マイラ・イバノバ; バルデツ，ウォルター
Original assignee: Iowa State University Research Foundation Inc; Iowa State University Research Foundation ISURF
Current assignee: Iowa State University Research Foundation Inc; Iowa State University Research Foundation ISURF
Priority date: 2015-02-27
Filing date: 2016-02-26
Publication date: 2021-02-03
Anticipated expiration: 2036-02-26
Also published as: TW201641689A; CN108064165A; CA2977980C; AU2016225119A1; CN113769079A; EP3261668A4; CA2977980A1; AU2016225119B2; US11058763B2; US20220088179A1; EP3261668A1; US20180064804A1; HK1246658A1; CN108064165B; TWI619812B; JP2018507691A; WO2016138421A1; JP2021072798A

Description

関連出願の相互参照
本出願は、米国特許法第１１９条の下で、２０１５年２月２７日に出願された米国仮特許出願第６２／１２１，９５５号、２０１５年８月２４日に出願された米国仮特許出願第６２／２０９，１１９号、２０１５年１１月４日に出願された米国仮特許出願第６２／２５０，９６１号、及び２０１６年１月７日に出願された米国仮特許出願第６２／２７６，０２２号（参照により、それらの全体が本明細書に組み込まれる）に対する優先権を主張する。

本発明は、豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）によって引き起こされる疾患から豚を保護する新規免疫原性組成物に関する。

豚流行性下痢（ＰＥＤ）は、伝染性が高く、豚、特に幼齢子豚における脱水、下痢、及び高い死亡率によって特徴付けられる。原因物質である豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）は、コロナウイルス科のアルファコロナウイルス属に属する一本鎖プラスセンスＲＮＡウイルスである。ＰＥＤＶは、約２８ｋｂの全ゲノムサイズを有し、７つのオープンリーディングフレームを含有する。ＰＥＤＶ感染の症状は、どちらも同じくコロナウイルス科のメンバーである伝染性胃腸炎ウイルス（ＴＧＥＶ）及び豚デルタコロナウイルス（ＰＤＣｏＶ）によって引き起こされる症状と類似していることが多い。ＰＥＤＶとＴＧＥＶとの間に交差防御は、通常、観察されず、全ウイルスヌクレオチド配列の最大限でも約６０％が類似していることに留意されたい。

ＰＥＤは、恐らく１９７０年頃にヨーロッパで最初に観察され、後に原因ウイルスが特徴付けられた（例えば、Ｍ．Ｐｅｎｓａｅｒｔｅｔａｌ．Ａｒｃｈ．Ｖｉｒｏｌ，ｖ．５８，ｐｐ２４３−２４７，１９７８、及びＤ．Ｃｈａｓｅｙｅｔａｌ．，Ｒｅｓ．ＶｅｔＳｃｉ，ｖ．２５，ｐｐ２５５−２５６，１９７８を参照のこと）。ＰＥＤＶは、北米では２０１３年まで同定されていなかったが、その年に広範囲に及ぶ大流行が始まり、養豚業界に深刻な経済的損失をもたらした。ウイルスは、数日のうちに複数の広く分布した雌豚の群れに出現し、少なくとも３２州に広がった。生産者は、ナイーブな新生子豚において最大１００％の損失を見込んでいる。感染管理に関する現在の提言は、厳重なバイオセキュリティの実装及び／または免疫を達成するための群れ全体のＰＥＤＶへの意図的曝露を含む。

ＰＥＤＶは、１９７０年代〜１９８０年代に、いくつかのヨーロッパ諸国で広範囲な流行を引き起こしたが、１９９０年代以降、ＰＥＤは、ヨーロッパで時折発生するものの、珍しくなった。この古典的ＰＥＤＶ株が、後に、日本、中国、韓国等のアジア諸国に広がった。２０１０年以降、深刻な動物間流行性ＰＥＤの大流行が中国で報告され、これらの大流行から回収されたＰＥＤＶは、古典的ＰＥＤＶ株とは遺伝的に異なるものであった。米国の豚における初期のＰＥＤは、中国で観察されたものと同様の臨床所見を有していた。配列解析により、元の米国ＰＥＤＶ（これ以降、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株と称される）は、２０１１〜２１０２年に中国で循環していたいくつかのＰＥＤＶと遺伝的に最も類似していることが明らかになった。２０１４年１月には、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株と比較してスパイク遺伝子に挿入及び欠失（ＩＮＤＥＬ）を有するＰＥＤＶ変異株が、米国の豚集団において同定された。この変異株は、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株と命名された。米国におけるＰＥＤの大流行後、米国プロトタイプ型ＰＥＤＶの検出が、中国、メキシコ、台湾、韓国、及び日本で報告されており、米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異型ＰＥＤＶの検出が、韓国、日本、ドイツ、ベルギー、フランス、及びポルトガルで報告されている。現在、ＰＥＤＶは、依然として世界の養豚業界にとって重大な脅威であり続けている。

ＰＥＤＶは、概して培養における増殖が不良であり、商用ワクチンの調製のために十分なウイルスを培養するのに適した両方の特定の株を同定する必要がある。さらに、ＰＥＤＶの既知の分離株に対して有効な交差防御を提供し、また世界中で進化しているＰＥＤＶ株に対して有効な交差防御を提供すると予想されるワクチンを開発する必要がある。

本発明は、プロトタイプ株及びＩＮＤＥＬ株から継代した変異ＰＥＤＶ株を含む免疫原性組成物を包含する。米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株は、米国ＰＥＤＶプロトタイプ型株とは遺伝的に異なり、スパイクタンパク質のＳ１ドメイン領域、具体的にはその最初の１１７０塩基に特徴的な挿入及び欠失を含む。挿入及び欠失は、３つの欠失（１６７位の１−ｎｔ欠失、１７６位の１１−ｎｔ欠失、及び４１６位の３−ｎｔ欠失）、４７４位と４７５位との間の６−ｎｔ挿入、及び主にＳ１領域の最初の１，１７０ヌクレオチドに位置するいくつかの他の突然変異を含む。米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株は、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株よりも毒性が低く、一実施形態または全ウイルスにおいて、弱毒生ワクチンとして使用され得る。本発明の連続継代した弱毒生Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株に感染させた豚は、子豚に投与したときに疾患を引き起こさず、また重要なことに、毒性プロトタイプＰＥＤＶ株またはＳ−ＩＮＤＥＬ変異株のいずれかによるチャレンジに対して交差防御を示した。

したがって、本発明は、好ましくは生でありかつ弱毒化された、本発明のＳ−ＩＮＤＥＬ−変異ＰＥＤＶ株、またはその免疫原性断片、１つ以上のアジュバント、及び任意選択的に１つ以上の賦形剤を、豚における中和抗体の産生を惹起するのに有効な量で含む、ワクチンとして使用するのに適した免疫原性組成物を含む。アジュバントは、好ましくは追加の成分を含む水中油エマルジョンを提供する。本発明の免疫原性組成物は、ＰＥＤＶによる感染から豚を保護し、単回用量、２回用量プログラム、または少なくとも１週間、任意選択的に１ヶ月〜数ヶ月等のより大きな時間的間隔が空いてもよい複数回用量を含むワクチン接種プログラムにおいて有効である。特定の豚集団における流行の危険性のレベルに依存して、１回、２回、または複数回用量のワクチン接種プログラムが、予防措置として時々繰り返されてもよいことに留意されたい。さらに、妊娠中の母豚にワクチン接種することにより、初乳及び乳汁中の抗体及びＴ細胞の母体移行を介して幼齢子豚に保護を提供するが、そのような保護は、引き続き子豚への追加のワクチン接種を必要とする場合がある。子豚及び成豚を含むすべてのワクチン接種が企図される。

驚くべきことに、本発明の米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株が他のＰＥＤＶ株に対して交差反応性／交差防御を提供することが発見され、概して欧州株に対して、より具体的には、全ゲノム配列レベルで米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する非常に高い遺伝的類似性（＞９９％）を有する、最近欧州で新しく出現している分離株に対して保護が与えられることが予想される。したがって、本発明のワクチン組成物は、疾患から豚を保護するため、または最近の分離株を含む、ＰＥＤＶの欧州株全般によるチャレンジに有用である。

本発明は、ＰＥＤＶの新規ヌクレオチド及びアミノ酸配列（その新規遺伝子型を含む）を含み、それらは全て、豚及び他の動物における疾患を治療及び予防するためのワクチンの調製に有用である。本発明の実施によって提供されるワクチンは、複数の豚ＰＥＤＶ遺伝子型及び分離株に対して有効である。ウイルスの増殖及びワクチンの調製に有用な感染性クローンと同様に、診断用及び治療用ポリクローナル及びモノクローナル抗体もまた、本発明の特徴である。特に重要なのは、抗原として、全ウイルス（生または弱毒性）、または最も具体的にはスパイク遺伝子の最初の２．２ｋｂ、より具体的にはＳ１ドメインからの、ＰＥＤＶオープンリーディングフレームの単一抗原タンパク質、及びＰＥＤＶタンパク質をコードする全長配列の断片も含むワクチンが開示されるということである。本発明はまた、宿主動物及び組織培養において効率的に複製することができる、細胞培養における異なる継代のＰＥＤＶ株の全長ゲノム配列も提供する。

本発明は、ＰＥＤＶによって直接引き起こされる病態、及びＰＥＤＶに寄与するかまたはＰＥＤＶによって促進される病態を含む、ＰＥＤＶによる感染によって引き起こされる動物の疾患または障害を治療するまたは予防する方法を提供する。ＰＥＤＶによって促進され得、また同様に本発明の実施に従って治療もしくは予防され得る豚の病態は、伝染性胃腸炎ウイルス、ＰＨＥＶ、及びＰＲＣＶによって引き起こされるかまたはそれらに関連するものを含む。

本発明はまた、混合ワクチン、すなわち、適切に選択されたアジュバントとともに、非ＰＥＤＶ病原体に対する生抗原、修飾生抗原、または不活化抗原を含み得る、二価または多価の抗原の組み合わせを投与するという選択肢も含む。

本明細書に開示される特有のＰＥＤＶ配列に一部基づいて、本発明はまた、上記ＰＥＤＶワクチンを接種した豚動物と、ＰＥＤＶの野外株に感染させた豚動物とを識別するための診断キットも提供する。

本発明の代表的な実施形態は、弱毒化された変異ＰＥＤＶタンパク質をコードするゲノムポリヌクレオチドを含み、免疫原性組成物として使用され得る、単離されたポリヌクレオチド配列を含む。これは、以下からなる群から選択される全ゲノム配列を含むことができる：
（ａ）ＰＥＤＶウイルス変異体をコードする配列番号８〜１６、及び３５〜３９、またはその免疫原性断片、
（ｂ）（ａ）の任意の配列の相補体、
（ｃ）６５℃の０．５ＭＮａＨＰＯ４、７％ＳＤＳ、１ｍＭＥＤＴＡ中でのフィルタ結合ＤＮＡとのハイブリッド形成、及び６８℃の０．１×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ中での洗浄として定義されるストリンジェントな条件下で、（ａ）または（ｂ）の配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド、
（ｄ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも７０％同一なポリヌクレオチド、
（ｅ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド、
（ｆ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも９０％同一なポリヌクレオチド、及び
（ｇ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも９５％同一なポリヌクレオチド。

好ましくは第２の異種配列と組み合わせる。
本発明はさらに、ＲＮＡ及びＤＮＡ分子、それらの相補体、断片、ならびに任意のそのようなＲＮＡまたはＤＮＡのポリヌクレオチドの発現のため、及びそのようなヌクレオチド配列から発現されるＰＥＤＶウイルスのためのベクター及びプラスミドを提供し、前記ウイルスは生であるか、または完全にもしくは部分的に弱毒化される。

本発明はまた、前述のポリヌクレオチド配列、及び感染性クローンとして機能し得る対応するヌクレオチド配列を含むワクチンも提供する。
本発明はまた、本明細書に添付される表１に反映されるように、ＰＥＤＶからの変異タンパク質をコードする核酸ＯＲＦも含む。表１の変化は、ＰＥＤＶ米国／ＩＬ２０６９７／２０１４継代５代目に関して記載される。

本発明はさらに、アミノ酸置換を有し、ビルレンスを低下させ、弱毒化をもたらし、組成物が免疫原性組成物として及びワクチンとして安全に使用されることを可能にする、核酸配列及び結果として得られるタンパク質変異体を提供する。

アミノ酸配列及び変異タンパク質は、同様に本明細書に添付される表２に示され、アミノ酸の参照は、ＰＥＤＶ／米国／ＩＬ２０６９７／２０１４の継代５代目に関して行われる。

さらなる好ましい実施形態において、また本明細書に開示される実質的なポリペプチド配列情報を利用して、抗原が、（ａ）スパイクタンパク質、または（ｂ）少なくとも９０パーセントそれと同一なアミノ酸配列、または（ｃ）そのアルギニンリッチ領域によって定義される、ポリペプチドワクチンがさらに提供される。

さらなる実施形態において、本発明は、
弱毒生変異株の豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）、及び
担体を含むワクチン組成物を含み、前記組成物は、ＰＥＤＶの変異株及びプロトタイプ株の両方によるチャレンジから豚を保護すること、及びＰＥＤＶ感染に関連する症状のうちの１つ以上を予防または治療することが可能であり、保護の達成は、ＰＥＤＶ感染の症状である脱水、発熱、下痢、嘔吐、授乳能力の低下、生殖能力の低下、死亡のいずれかの予防または管理、及び体重減少もしくは体重増加失敗の予防または管理からなる群から選択されるエンドポイントによって決定され、前記株は、以下のアミノ酸の置換及びそれらの保存的変異体を有するタンパク質、ならびに特定の置換を有し、その配列の残りに対して９９％の相同性を有するタンパク質をコードする。
酸置換は、以下またはそれらの保存的変異体を含む。

Ａ）継代Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａ
ポリタンパク質１ａ／１ｂ（配列番号４６）：５５１位のＰ（ＤＥＤＡＴの直後のＰ）；
スパイクタンパク質（配列番号４７）：１００９位のＰ（ＩＧＮＩＴの直後のＰ）、９７３位のＨ（ＡＬＰＦＳの直後のＨ）、４８位のＬ（ＡＰＡＶＶの直後のＬ）、３４５位のＶ（ＴＮＬＳＦの直後のＡ）；
ＯＲＦ３（配列番号４８）：１４４位のＩの欠失（ＹＤＧＫＳの直後のＩ）、１７４〜１８９の欠失（ＬＹＬＡＩの直後）、１３８〜１４３位のＬＴＡＮＰＬ（ＮＧＫＡＡの直後）、及び
ヌクレオカプシドタンパク質（配列番号５１）２７位のＨ（ＬＲＶＴＮの直後のＨ）。

Ｂ）継代Ｐ１８Ｒ１Ｇｂ８
スパイクタンパク質（配列番号４７）：１００９位のＰ（ＩＧＮＩＴの直後のＰ）、９７３位のＨ（ＡＬＰＦＳの直後のＨ）、４８位のＬ（ＡＰＡＶＶの直後のＬ）、３４５位のＶ（ＴＮＬＳＦの直後のＡ）；
ＯＲＦ３（配列番号４８）：１４４位のＩの欠失（ＹＤＧＫＳの直後のＩ）、１７４〜１８９の欠失（ＬＹＬＡＩの直後）、１３８〜１４３位のＬＴＡＮＰＬ（ＮＧＫＡＡの直後）、及び
ヌクレオカプシドタンパク質（配列番号５１）２７位のＨ（ＬＲＶＴＮの直後のＨ）。

Ｃ）継代Ｐ７
スパイクタンパク質（配列番号４７）：６３３位のＫ（ＴＰＫＰＬの直後のＫ）；
ＯＲＦ３（配列番号４８）：１８９位のＬの欠失（ＴＡＮＰＬの直後のＬ）。

Ｄ）継代Ｐ１８
スパイクタンパク質（配列番号４７）：６３３位のＫ（ＴＰＫＰＬの直後のＫ）、８８４位のＲ（ＶＹＤＰＡの直後のＲ）；
ＯＲＦ３（配列番号４８）：１８９位のＬの欠失（ＴＡＮＰＬの直後のＬ）。

Ｅ）継代Ｐ３０
スパイクタンパク質（配列番号４７）：８８４位のＲ（ＶＹＤＰＡの直後のＲ）、９５９位のＡ（ＬＩＧＧＭの直後のＡ）；
ＯＲＦ３（配列番号４８）：１８９位のＬの欠失（ＴＡＮＰＬの直後のＬ）。

Ｆ）継代Ｐ３８
スパイクタンパク質（配列番号４７）：４８位のＬ（ＡＰＡＶＶの直後のＬ）、３４５位のＶ（ＴＮＬＳＦの直後）、８８４位のＲ（ＶＹＤＰＡの直後のＲ）、９５９位のＡ（ＬＩＧＧＭの直後のＡ）、
ＯＲＦ３（配列番号４８）：１３８〜１４４の欠失（ＮＧＫＡＡの直後）、１８９のＬの欠失（ＴＡＮＰＬの直後のＬ）、
ヌクレオカプシド（配列番号５１）２７位のＨ（ＬＲＶＴＮの直後のＨ）。

Ｇ）継代Ｐ４５
ポリタンパク質１ａ／１ｂ（配列番号４６）：１５９１位のＭ（ＶＶＫＶＳの直後のＭ）、５０８７位のＳ（ＹＬＦＳＴの直後のＳ）、６１３８位のＳ（ＷＱＴＦＳの直後のＳ）；
スパイクタンパク質（配列番号４７）：８８４位のＲ（ＶＹＤＰＡの直後のＲ）、９５９位のＡ（ＬＩＧＧＭの直後のＡ）、１２２５位のＤ（ＩＥＳＬＶの直後のＤ）；
ＯＲＦ３（配列番号４８）：８位のＹの欠失（ＬＧＬＦＯの直後のＹ）、１３８〜１４４の欠失（ＮＧＫＡＡの直後）、及び１７４〜１８９１８９の欠失（ＬＹＬＡＩの直後）、
エンベロープタンパク質（配列番号４９）６２位のＦ（ＹＲＶＹＫの直後のＦ）；
１８３位の膜タンパク質Ｉ（ＩＶＹＧＧの直後のＩ）。

Ｈ）継代Ｐ６０
ポリタンパク質１ａ／１ｂ（配列番号４６）：１５９１位のＭ（ＶＶＫＶＳの直後のＭ）、５０８７位のＳ（ＹＬＦＳＴの直後のＳ）、６１３８位のＳ（ＷＱＴＦＳの直後のＳ）；
スパイクタンパク質（配列番号４７）：８８４位のＲ（ＶＹＤＰＡの直後）、９５９位のＡ（ＬＩＧＧＭの直後）、９７３位のＨ（ＡＬＰＦＳの直後のＨ）、１２２５位のＤ（ＩＥＳＬＶの直後のＤ）；
ＯＲＦ３（配列番号４８）：８位のＹの欠失（ＬＧＬＦＯの直後のＹ）、１３８〜１４４の欠失（ＮＧＫＡＡの直後）、及び１７４〜１８９の欠失（ＬＹＬＡＩの直後）、
エンベロープタンパク質（配列番号４９）６２位のＦ（ＹＲＶＹＫの直後のＦ）；
５位の膜タンパク質Ａ（ＭＳＮＧの直後のＡ）、１８３位の（ＩＶＹＧＧの直後のＩ）。

Ｉ）継代Ｐ３Ｒ１
スパイクタンパク質（配列番号４７）：４８位のＬ（ＡＰＡＶＶの直後）、３４５位のＶ（ＴＮＬＳＦの直後）；１２７２位のＴ（ＤＶＦＮＡの直後のＴ）
エンベロープタンパク質（配列番号４９）６２位のＳ（ＹＲＶＹＫの直後のＳ）；
ヌクレオカプシドタンパク質（配列番号５１）：２７位のＨ（ＬＲＶＴＮの直後のＨ）。

本発明はさらに、Ｇｅｎｂａｎｋ（登録商標）受託番号ＫＦ６５０３７１の継代３代目に寄託されている継代プロトタイプウイルスからの継代及びアミノ酸置換を含む。アミノ酸における変化は、以下に反映される。

ポリタンパク質１ａ／１ｂ（配列番号５２）：８１４のＶ、１０７６のＡ、１５６４のＦ、１８９６のＩ、２３１０のＨ、２６００のＹ、３２４７のＦ、３４７３のＶ、または３５２２のＲ；
スパイクタンパク質（配列番号５４）：２５７のＮ、３２６のＩ、３７５のＦ、４９１のＹ、８８１のＲ、８８８のＲ、１２７７のＦ、１３３９のＴ、または１３５８のＬ；
３９またはそれ以降でのＯＲＦ３（配列番号５５）終止；
エンベロープタンパク質（配列番号５６）６９のＩ位；
膜タンパク質（配列番号５７）２０８のＴ位；
ヌクレオカプシドタンパク質（配列番号５８）１４１のＬ、４１８のＱ、４２４のＮ、４３９のＩ位。

本明細書に記載される任意のＰＥＤＶ継代に追加の修正を加えることは、本明細書の範囲内であり、前記修正は、当業者に従って既知の方法、例えば相同組換えを用いて、本明細書に記載される別の継代の突然変異（プロトタイプ、ＩＮＤＥＬ系統１、またはＩＮＤＥＬ系統２、及びそれらの組み合わせ）を導入することを含む。

ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）は、公的に利用可能な注釈付きＤＮＡ配列のコレクションを含む、広く認められている米国のＮＩＨの遺伝子配列データベースであり、ＥｕｒｏｐｅａｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＥＭＢＬ）及びＤＮＡＤａｔａＢａｎｋｏｆＪａｐａｎ（ＤＤＢＪ）からの寄託をさらに包含する：考察のためにはＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，Ｊａｎｕａｒｙ２０１３，ｖ４１（Ｄ１）Ｄ３６−４２を参照されたい。

以下の図面は、本明細書の一部を形成し、本発明の特定の実施形態または種々の態様をさらに示すために含まれる。場合によっては、本発明の実施形態は、本明細書に提示される詳細な説明と併せて添付の図面を参照することによって最もよく理解され得る。説明及び添付の図面は、本発明のある特定の実施例または特定の態様を強調する場合がある。しかしながら、当業者は、実施例または態様の一部が、本発明の他の実施例または態様と組み合わせて用いられ得ることを理解するであろう。

図１は、我々のグループが米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株を最初に同定した２０１４年１月の臨床症例からのＰＥＤＶＳ１部分のヌクレオチド配列の系統発生解析を示す。系統樹は、ＭＥＧＡ５．２ソフトウェアの距離に基づく近隣結合法を用いて構築した。１，０００の複製データセットに対してブートストラップ解析を行い、その値が分岐点に隣接して示されている。三角形で示された２０１３年に米国で同定されたＰＥＤＶ（米国ＰＥＤＶプロトタイプ株）とは異なる配列を有する、新しく同定された米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株（ＩＳＵ症例１〜５）が、塗りつぶした丸で示される。図２は、Ｓ１部分の配列及び全ゲノム配列に基づく系統樹を示す。添付資料を参照されたい。米国の豚に加えて、韓国、カナダ、及びメキシコにおいてＵＳプロトタイプ型株が検出され、韓国、メキシコ、及びドイツでＵＳ変異ＩＮＤＥＬ型株が検出されたことが分かる。図２は、Ｓ１部分の配列及び全ゲノム配列に基づく系統樹を示す。添付資料を参照されたい。米国の豚に加えて、韓国、カナダ、及びメキシコにおいてＵＳプロトタイプ型株が検出され、韓国、メキシコ、及びドイツでＵＳ変異ＩＮＤＥＬ型株が検出されたことが分かる。図３Ａは、本発明の株のＳ１配列（配列番号１）を示す。図３Ｂは、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶ細胞培養分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（配列番号８）の全ゲノム配列を示す。図３Ｂは、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶ細胞培養分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（配列番号８）の全ゲノム配列を示す。図３Ｂは、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶ細胞培養分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（配列番号８）の全ゲノム配列を示す。図３Ｂは、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶ細胞培養分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（配列番号８）の全ゲノム配列を示す。図３Ｂは、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶ細胞培養分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（配列番号８）の全ゲノム配列を示す。図３Ｂは、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶ細胞培養分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（配列番号８）の全ゲノム配列を示す。図３Ｂは、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶ細胞培養分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（配列番号８）の全ゲノム配列を示す。図４は、ＰＥＤＶＵＳＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１のスパイク遺伝子配列（配列番号２）を、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号３）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号４）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号５）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号６）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号７）と比較したアライメントであり、同一塩基が点で示される。図４は、ＰＥＤＶＵＳＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１のスパイク遺伝子配列（配列番号２）を、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号３）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号４）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号５）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号６）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号７）と比較したアライメントであり、同一塩基が点で示される。図４は、ＰＥＤＶＵＳＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１のスパイク遺伝子配列（配列番号２）を、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号３）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号４）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号５）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号６）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号７）と比較したアライメントであり、同一塩基が点で示される。図４は、ＰＥＤＶＵＳＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１のスパイク遺伝子配列（配列番号２）を、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号３）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号４）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号５）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号６）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号７）と比較したアライメントであり、同一塩基が点で示される。図４は、ＰＥＤＶＵＳＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１のスパイク遺伝子配列（配列番号２）を、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号３）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号４）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号５）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号６）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号７）と比較したアライメントであり、同一塩基が点で示される。図４は、ＰＥＤＶＵＳＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１のスパイク遺伝子配列（配列番号２）を、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号３）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号４）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号５）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号６）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号７）と比較したアライメントであり、同一塩基が点で示される。図４は、ＰＥＤＶＵＳＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１のスパイク遺伝子配列（配列番号２）を、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号３）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号４）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号５）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号６）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号７）と比較したアライメントであり、同一塩基が点で示される。図４は、ＰＥＤＶＵＳＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１のスパイク遺伝子配列（配列番号２）を、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号３）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号４）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号５）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号６）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号７）と比較したアライメントであり、同一塩基が点で示される。図４は、ＰＥＤＶＵＳＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１のスパイク遺伝子配列（配列番号２）を、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号３）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号４）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号５）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号６）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号７）と比較したアライメントであり、同一塩基が点で示される。図５は、ＰＥＤＶＵＳ変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（配列番号８）の全ゲノムと、ＰＥＤＶＵＳプロトタイプ分離株２０１３０１９３３８−Ｐ３継代３代目（配列番号９）、２０１３０２２０３８−Ｐ３継代３代目（配列番号１０）、２０１３０３５１４０−Ｐ３継代３代目（配列番号１１）、２０１３０４９３７９−Ｐ３継代３代目（配列番号１２）、及び２０１３０４９４６９−Ｐ１継代１代目（配列番号１３）との比較であり、同一塩基が点で示される。図６Ａ〜６Ｄは、全長ゲノム及びＳ１部分のヌクレオチド配列の系統発生解析である。本試験で得られた３つの米国プロトタイプＰＥＤＶ分離株（米国／ＮＣ３５１４０／２０１３、米国／ＩＡ４９３７９／２０１３、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３）と、以前に単離されたが、本試験で評価される２つの分離株（米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３及び米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７）とが、黒丸または三角形で示される。ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）から選択された４５個のＰＥＤＶ配列もまた分析のために含まれる。系統樹は、ＭＥＧＡ６ソフトウェアの距離に基づく近隣結合法（６Ａ及び６Ｃ）及び最尤法（図６Ｂ及び図６Ｄ）を用いて構築した。米国プロトタイプ型ＰＥＤＶが、分岐群１及び分岐群２という表示とともに青色フォントで示される。米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異型ＰＥＤＶが赤色フォントで示される。図６Ａ〜６Ｄは、全長ゲノム及びＳ１部分のヌクレオチド配列の系統発生解析である。本試験で得られた３つの米国プロトタイプＰＥＤＶ分離株（米国／ＮＣ３５１４０／２０１３、米国／ＩＡ４９３７９／２０１３、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３）と、以前に単離されたが、本試験で評価される２つの分離株（米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３及び米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７）とが、黒丸または三角形で示される。ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）から選択された４５個のＰＥＤＶ配列もまた分析のために含まれる。系統樹は、ＭＥＧＡ６ソフトウェアの距離に基づく近隣結合法（６Ａ及び６Ｃ）及び最尤法（図６Ｂ及び図６Ｄ）を用いて構築した。米国プロトタイプ型ＰＥＤＶが、分岐群１及び分岐群２という表示とともに青色フォントで示される。米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異型ＰＥＤＶが赤色フォントで示される。図６Ａ〜６Ｄは、全長ゲノム及びＳ１部分のヌクレオチド配列の系統発生解析である。本試験で得られた３つの米国プロトタイプＰＥＤＶ分離株（米国／ＮＣ３５１４０／２０１３、米国／ＩＡ４９３７９／２０１３、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３）と、以前に単離されたが、本試験で評価される２つの分離株（米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３及び米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７）とが、黒丸または三角形で示される。ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）から選択された４５個のＰＥＤＶ配列もまた分析のために含まれる。系統樹は、ＭＥＧＡ６ソフトウェアの距離に基づく近隣結合法（６Ａ及び６Ｃ）及び最尤法（図６Ｂ及び図６Ｄ）を用いて構築した。米国プロトタイプ型ＰＥＤＶが、分岐群１及び分岐群２という表示とともに青色フォントで示される。米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異型ＰＥＤＶが赤色フォントで示される。図６Ａ〜６Ｄは、全長ゲノム及びＳ１部分のヌクレオチド配列の系統発生解析である。本試験で得られた３つの米国プロトタイプＰＥＤＶ分離株（米国／ＮＣ３５１４０／２０１３、米国／ＩＡ４９３７９／２０１３、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３）と、以前に単離されたが、本試験で評価される２つの分離株（米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３及び米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７）とが、黒丸または三角形で示される。ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）から選択された４５個のＰＥＤＶ配列もまた分析のために含まれる。系統樹は、ＭＥＧＡ６ソフトウェアの距離に基づく近隣結合法（６Ａ及び６Ｃ）及び最尤法（図６Ｂ及び図６Ｄ）を用いて構築した。米国プロトタイプ型ＰＥＤＶが、分岐群１及び分岐群２という表示とともに青色フォントで示される。米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異型ＰＥＤＶが赤色フォントで示される。図７Ａ〜７Ｄは、米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株及びＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株を接種した５日齢の豚の臨床評価及びウイルス排出を示す。図７Ａは、摂取後（ＤＰＩ）７日にわたる平均下痢スコアを示す。図７Ｂは、１日平均増体重（ＡＤＧ）を示す。（−１）〜３ＤＰＩ及び（−１）〜７ＤＰＩの群間で、それぞれＡＤＧに関する統計分析が行われた。ＰＥＤＶＮ遺伝子に基づく定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって決定された、接種豚の直腸スワブ中のウイルス排出が図７Ｃに示され、血清中のウイルス排出が図７Ｄに示される。各時点のウイルス力価（Ｌｏｇ１０ゲノムコピー／ｍｌ）は、各群で入手可能な全ての豚（ＰＣＲ陽性豚及びＰＣＲ陰性豚の両方）の平均ウイルス力価であった。標準エラーバーが各図に示される。図７Ｄにおいて、群間のウイルス血症レベルが、３ＤＰＩ及び７ＤＰＩにぞれぞれ統計的に分析された。同じ文字の付かない標示は有意差を意味しており、例えば、ＡとＢには有意差が見られるが、ＡとＡＢには有意差は見られない。図７Ａ〜７Ｄは、米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株及びＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株を接種した５日齢の豚の臨床評価及びウイルス排出を示す。図７Ａは、摂取後（ＤＰＩ）７日にわたる平均下痢スコアを示す。図７Ｂは、１日平均増体重（ＡＤＧ）を示す。（−１）〜３ＤＰＩ及び（−１）〜７ＤＰＩの群間で、それぞれＡＤＧに関する統計分析が行われた。ＰＥＤＶＮ遺伝子に基づく定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって決定された、接種豚の直腸スワブ中のウイルス排出が図７Ｃに示され、血清中のウイルス排出が図７Ｄに示される。各時点のウイルス力価（Ｌｏｇ１０ゲノムコピー／ｍｌ）は、各群で入手可能な全ての豚（ＰＣＲ陽性豚及びＰＣＲ陰性豚の両方）の平均ウイルス力価であった。標準エラーバーが各図に示される。図７Ｄにおいて、群間のウイルス血症レベルが、３ＤＰＩ及び７ＤＰＩにぞれぞれ統計的に分析された。同じ文字の付かない標示は有意差を意味しており、例えば、ＡとＢには有意差が見られるが、ＡとＡＢには有意差は見られない。図７Ａ〜７Ｄは、米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株及びＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株を接種した５日齢の豚の臨床評価及びウイルス排出を示す。図７Ａは、摂取後（ＤＰＩ）７日にわたる平均下痢スコアを示す。図７Ｂは、１日平均増体重（ＡＤＧ）を示す。（−１）〜３ＤＰＩ及び（−１）〜７ＤＰＩの群間で、それぞれＡＤＧに関する統計分析が行われた。ＰＥＤＶＮ遺伝子に基づく定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって決定された、接種豚の直腸スワブ中のウイルス排出が図７Ｃに示され、血清中のウイルス排出が図７Ｄに示される。各時点のウイルス力価（Ｌｏｇ１０ゲノムコピー／ｍｌ）は、各群で入手可能な全ての豚（ＰＣＲ陽性豚及びＰＣＲ陰性豚の両方）の平均ウイルス力価であった。標準エラーバーが各図に示される。図７Ｄにおいて、群間のウイルス血症レベルが、３ＤＰＩ及び７ＤＰＩにぞれぞれ統計的に分析された。同じ文字の付かない標示は有意差を意味しており、例えば、ＡとＢには有意差が見られるが、ＡとＡＢには有意差は見られない。図７Ａ〜７Ｄは、米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株及びＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株を接種した５日齢の豚の臨床評価及びウイルス排出を示す。図７Ａは、摂取後（ＤＰＩ）７日にわたる平均下痢スコアを示す。図７Ｂは、１日平均増体重（ＡＤＧ）を示す。（−１）〜３ＤＰＩ及び（−１）〜７ＤＰＩの群間で、それぞれＡＤＧに関する統計分析が行われた。ＰＥＤＶＮ遺伝子に基づく定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって決定された、接種豚の直腸スワブ中のウイルス排出が図７Ｃに示され、血清中のウイルス排出が図７Ｄに示される。各時点のウイルス力価（Ｌｏｇ１０ゲノムコピー／ｍｌ）は、各群で入手可能な全ての豚（ＰＣＲ陽性豚及びＰＣＲ陰性豚の両方）の平均ウイルス力価であった。標準エラーバーが各図に示される。図７Ｄにおいて、群間のウイルス血症レベルが、３ＤＰＩ及び７ＤＰＩにぞれぞれ統計的に分析された。同じ文字の付かない標示は有意差を意味しており、例えば、ＡとＢには有意差が見られるが、ＡとＡＢには有意差は見られない。図８Ａ〜８Ｂは、３ＤＰＩ及び７ＤＰＩに剖検した接種豚の肉眼的病変の検査を示す。小腸、盲腸、及び結腸の内容物の平均スコアが図８Ａに示される。小腸、盲腸、及び結腸の病変の平均スコアが図８Ｂに示される。スコアリング基準は、実施例２の材料及び方法に記載される。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて及び１つの時点について行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図８Ａ〜８Ｂは、３ＤＰＩ及び７ＤＰＩに剖検した接種豚の肉眼的病変の検査を示す。小腸、盲腸、及び結腸の内容物の平均スコアが図８Ａに示される。小腸、盲腸、及び結腸の病変の平均スコアが図８Ｂに示される。スコアリング基準は、実施例２の材料及び方法に記載される。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて及び１つの時点について行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図９Ａ〜９Ｔは、３ＤＰＩに剖検した接種豚の代表的な顕微鏡的病変及びＩＨＣ染色を示す。異なる接種群からの小腸（回腸）のヘマトキシリン・エオシン染色した組織片（図９Ａ〜９Ｅ）。異なる接種群からの回腸（図９Ｆ〜９Ｊ）、盲腸（図９Ｋ〜９Ｏ）、及び結腸（図９Ｐ〜９Ｔ）の免疫組織化学染色した組織片。全ての画像は１００倍の拡大率である。図１０Ａ〜１０Ｄは、３ＤＰＩに剖検した豚の平均絨毛高さ（μｍ）、陰窩深さ（μｍ）、絨毛／陰窩比、及び免疫組織化学スコアを示す。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図１０Ａ〜１０Ｄは、３ＤＰＩに剖検した豚の平均絨毛高さ（μｍ）、陰窩深さ（μｍ）、絨毛／陰窩比、及び免疫組織化学スコアを示す。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図１０Ａ〜１０Ｄは、３ＤＰＩに剖検した豚の平均絨毛高さ（μｍ）、陰窩深さ（μｍ）、絨毛／陰窩比、及び免疫組織化学スコアを示す。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図１０Ａ〜１０Ｄは、３ＤＰＩに剖検した豚の平均絨毛高さ（μｍ）、陰窩深さ（μｍ）、絨毛／陰窩比、及び免疫組織化学スコアを示す。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図１１Ａ〜１１Ｄは、７ＤＰＩに剖検した豚の平均絨毛高さ（μｍ）、陰窩深さ（μｍ）、絨毛／陰窩比、及び免疫組織化学スコアを示す。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図１１Ａ〜１１Ｄは、７ＤＰＩに剖検した豚の平均絨毛高さ（μｍ）、陰窩深さ（μｍ）、絨毛／陰窩比、及び免疫組織化学スコアを示す。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図１１Ａ〜１１Ｄは、７ＤＰＩに剖検した豚の平均絨毛高さ（μｍ）、陰窩深さ（μｍ）、絨毛／陰窩比、及び免疫組織化学スコアを示す。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図１１Ａ〜１１Ｄは、７ＤＰＩに剖検した豚の平均絨毛高さ（μｍ）、陰窩深さ（μｍ）、絨毛／陰窩比、及び免疫組織化学スコアを示す。種々の接種群について統計分析を行ったが、毎回、１つの組織タイプについて行った。同じ文字の付かない標示は有意差を意味する。図１２は、ＰＥＤＶゲノム構成及びウイルスタンパク質の推定上の機能の略図である。ＰＥＤＶの全ゲノム構成が示される（上）。５’リーダー配列、レプリカーゼポリタンパク質をコードするＯＲＦ１ａ及び１ｂ、スパイク（Ｓ）、ＯＲＦ３、エンベロープ（Ｅ）、膜（Ｍ）、及びヌクレオカプシド（Ｎ）遺伝子が示され、リボソームフレームシフト部位が示されている。レプリカーゼポリタンパク質の予測される切断産物（ｎｓｐ１−ｎｓｐ１６）、及び推定上の機能ドメインが示される（下）。Ｎｓｐ１は、自然免疫応答及び宿主のタンパク質合成を抑制する可能性がある。ｎｓｐ２の正確な機能は不明なままである。Ｎｓｐ３は、パパイン様プロテアーゼ（ＰＬ１ｐｒｏ及びＰＬ２ｐｒｏ、切断部位＝白い矢印）及びアデノシン二リン酸−リボース１’’−ホスファターゼ（ＡＤＲＰ、Ｘドメイン）活性を含む。ＰＬ２ｐｒｏもまた、インターフェロンアンタゴニストである。Ｎｓｐ５は、主なプロテアーゼまたは３Ｃ様プロテアーゼである（３ＣＬｐｒｏ、切断部位＝黒い矢印）。Ｎｓｐ３、ｎｓｐ４、及びｎｓｐ６は、膜貫通ドメイン（ＴＭ）を含有し、膜アンカータンパク質として機能する。Ｎｓｐ７及びｎｓｐ８は、二本鎖ＲＮＡに結合してＲＮＡ合成を開始するために中央チャネルと１６量体の複合体を形成する。Ｎｓｐ９は、一本鎖ＲＮＡ結合タンパク質（ＲＢＰ）である。Ｎｓｐ１０は、ｎｓｐ１４及びｎｓｐ１６の補因子（アクチベーター）である。ｎｓｐ１４は、Ｎ末端に３’−５’エキソヌクレアーゼ（ＥｘｏＮ）を有し、Ｃ末端に７−メチルトランスフェラーゼ（７ＭＴ）を有する。ｎｓｐ１６は、２’−Ｏ−メチルトランスフェラーゼ（２’−Ｏ−ＭＴ）として作用する。ｎｓｐ１０、ｎｓｐ１４、及びｎｓｐ１６の間の相互作用は、ウイルスの複製忠実度及びメチル化において重要な役割を果たす。ｎｓｐ１１の機能は、いまだに完全に理解されていない。Ｎｓｐ１２は、ウイルスＲＮＡ依存ＲＮＡポリメラーゼ（ＲｄＲＰ）である。Ｎｓｐ１３は、亜鉛結合ドメイン（ＺＢＤ）及びウイルスヘリカーゼを内部に有する。Ｎｓｐ１３はまた、ＮＴＰａｓｅ及びＲＮＡ５’トリホスファターゼ活性も有する。Ｎｓｐ１５は、ニドウイルスのウリジレート特異的エンドリボヌクレアーゼ（ＮｅｎｄｏＵ）として知られるモチーフを含有する。Ｓタンパク質は、細胞受容体と相互作用するウイルス付着タンパク質として機能する。さらに、Ｓタンパク質は、中和エピトープを内部に有し、またウイルスのビルレンス／弱毒化に関連しているとも想定される。Ｍタンパク質及びＥタンパク質は、ウイルス構築において極めて重要な役割を果たす。Ｎタンパク質は、ウイルスゲノムＲＮＡに結合し、ヌクレオカプシド内に封入される。Ｎタンパク質はまた、インターフェロン−βの産生を拮抗することも示されている。ＯＲＦ３によってコードされるアクセサリータンパク質は、細胞培養適応に関連する可能性があり、また細胞周期及び細胞内構造にも影響を及ぼし得る。図１３は、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗血清のＩＦＡ抗体試験を示す図である。平均ＩＦＡ抗体力価が上部に示され、ＩＦＡ抗体陽性試料の数が下部に示される。Ｐｒｏ抗血清：米国ＰＥＤＶプロトタイプ株接種豚から採取した抗血清、Ｖａｒ抗血清：米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株接種豚から採取した抗血清；Ｎｅｇ抗血清：陰性対照豚から採取した抗血清；ＰｒｏＩＦＡ：米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づくＩＦＡ、ＶａｒＩＦＡ：米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に基づくＩＦＡ。図１４Ａ〜１４Ｃは、ＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡ（図１４Ａ）、ＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡ（図１４Ｂ）、及びＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡ（図１４Ｃ）による、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗血清の試験を示す。各アッセイにつき、黒の実線は、それを上回ると試料が陽性であったＳ／Ｐ比を示し、黒の破線は、それを下回ると試料が陰性であったＳ／Ｐ比を示す：黒の実線と黒の破線との間のＳ／Ｐ比を有する試料は疑い例であった。ＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡ：米国ＰＥＤＶプロトタイプ株の全ウイルスに基づくＥＬＩＳＡ、ＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡ：米国ＰＥＤＶプロトタイプ株Ｓ１に基づくＥＬＩＳＡ、ＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡ：米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株Ｓ１に基づくＥＬＩＳＡ。図１５は、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗血清のウイルス中和抗体試験を示す。平均ＶＮ抗体力価が上部に示され、ＶＮ抗体陽性試料の数が下部に示される。ＰｒｏＶＮ：米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づくＶＮ、ＶａｒＶＮ：米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に基づくＶＮ。図１６は、細胞培養における連続継代中の米国プロトタイプＰＥＤＶ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３のヌクレオチド及びアミノ酸変化を比較する表を示す。図１７は、Ｖｅｒｏ細胞における米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３Ｐ７、Ｐ２５、Ｐ５０、Ｐ７５、及びＰ１００の増殖曲線を示す。図１８は、摂取後（ＤＰＩ）０〜７日の種々の接種群の直腸スワブ中のウイルス排出を示すグラフである。異なる文字は有意差を意味する。図１９は、ＰＥＤＶ米国／ＩＮ１９３３８／２０１３Ｐ７、Ｐ２５、Ｐ５０、Ｐ７５、及びＰ１００を接種した種々の群の子豚における、摂取後３日の小腸の顕微鏡的病変重症度スコアを示す。同じ文字の付かない標示は有意差を意味しており、例えば、ＡとＢには有意差が見られるが、ＡとＡＢには有意差は見られない。図２０は、ＰＥＤＶ米国／ＩＮ１９３３８／２０１３Ｐ７、Ｐ２５、Ｐ５０、Ｐ７５、及びＰ１００を接種した種々の群の子豚における、摂取後３日の小腸における平均絨毛高さ対陰窩深さ比を示す。異なる文字は、有意差を意味する。図２１は、ＰＥＤＶ米国／ＩＮ１９３３８／２０１３Ｐ７、Ｐ２５、Ｐ５０、Ｐ７５、及びＰ１００を接種した種々の群の子豚における、摂取後３日の小腸、盲腸、及び結腸の平均免疫組織化学スコアを示す。図２２Ａ〜２２Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２２Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号１７）；２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のスパイクタンパク質（配列番号１８）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の、ＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号１９）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のエンベロープタンパク質（配列番号２０）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の膜タンパク質（配列番号２１）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２２）の配列を示す。図２２Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２３）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂスパイクタンパク質（配列番号２４）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号２５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂエンベロープタンパク質（配列番号２６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ膜タンパク質（配列番号２７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２８）を示す。図２２Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２９）；２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａスパイクタンパク質（配列番号３０）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号３１）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａエンベロープタンパク質（配列番号３２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ膜タンパク質（配列番号３３）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３４）を示す。図２２Ａ〜２２Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２２Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号１７）；２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のスパイクタンパク質（配列番号１８）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の、ＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号１９）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のエンベロープタンパク質（配列番号２０）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の膜タンパク質（配列番号２１）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２２）の配列を示す。図２２Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２３）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂスパイクタンパク質（配列番号２４）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号２５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂエンベロープタンパク質（配列番号２６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ膜タンパク質（配列番号２７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２８）を示す。図２２Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２９）；２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａスパイクタンパク質（配列番号３０）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号３１）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａエンベロープタンパク質（配列番号３２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ膜タンパク質（配列番号３３）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３４）を示す。図２２Ａ〜２２Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２２Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号１７）；２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のスパイクタンパク質（配列番号１８）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の、ＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号１９）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のエンベロープタンパク質（配列番号２０）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の膜タンパク質（配列番号２１）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２２）の配列を示す。図２２Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２３）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂスパイクタンパク質（配列番号２４）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号２５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂエンベロープタンパク質（配列番号２６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ膜タンパク質（配列番号２７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２８）を示す。図２２Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２９）；２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａスパイクタンパク質（配列番号３０）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号３１）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａエンベロープタンパク質（配列番号３２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ膜タンパク質（配列番号３３）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３４）を示す。図２２Ａ〜２２Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２２Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号１７）；２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のスパイクタンパク質（配列番号１８）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の、ＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号１９）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のエンベロープタンパク質（配列番号２０）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の膜タンパク質（配列番号２１）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２２）の配列を示す。図２２Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２３）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂスパイクタンパク質（配列番号２４）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号２５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂエンベロープタンパク質（配列番号２６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ膜タンパク質（配列番号２７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２８）を示す。図２２Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２９）；２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａスパイクタンパク質（配列番号３０）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号３１）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａエンベロープタンパク質（配列番号３２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ膜タンパク質（配列番号３３）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３４）を示す。図２２Ａ〜２２Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２２Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号１７）；２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のスパイクタンパク質（配列番号１８）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の、ＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号１９）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のエンベロープタンパク質（配列番号２０）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の膜タンパク質（配列番号２１）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２２）の配列を示す。図２２Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２３）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂスパイクタンパク質（配列番号２４）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号２５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂエンベロープタンパク質（配列番号２６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ膜タンパク質（配列番号２７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２８）を示す。図２２Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２９）；２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａスパイクタンパク質（配列番号３０）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号３１）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａエンベロープタンパク質（配列番号３２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ膜タンパク質（配列番号３３）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３４）を示す。図２２Ａ〜２２Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２２Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号１７）；２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のスパイクタンパク質（配列番号１８）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の、ＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号１９）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のエンベロープタンパク質（配列番号２０）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の膜タンパク質（配列番号２１）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２２）の配列を示す。図２２Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２３）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂスパイクタンパク質（配列番号２４）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号２５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂエンベロープタンパク質（配列番号２６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ膜タンパク質（配列番号２７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２８）を示す。図２２Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２９）；２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａスパイクタンパク質（配列番号３０）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号３１）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａエンベロープタンパク質（配列番号３２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ膜タンパク質（配列番号３３）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３４）を示す。図２２Ａ〜２２Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２２Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号１７）；２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のスパイクタンパク質（配列番号１８）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の、ＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号１９）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のエンベロープタンパク質（配列番号２０）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の膜タンパク質（配列番号２１）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２２）の配列を示す。図２２Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２３）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂスパイクタンパク質（配列番号２４）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号２５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂエンベロープタンパク質（配列番号２６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ膜タンパク質（配列番号２７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２８）を示す。図２２Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２９）；２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａスパイクタンパク質（配列番号３０）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号３１）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａエンベロープタンパク質（配列番号３２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ膜タンパク質（配列番号３３）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３４）を示す。図２２Ａ〜２２Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２２Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号１７）；２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のスパイクタンパク質（配列番号１８）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の、ＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号１９）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のエンベロープタンパク質（配列番号２０）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の膜タンパク質（配列番号２１）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２２）の配列を示す。図２２Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２３）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂスパイクタンパク質（配列番号２４）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号２５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂエンベロープタンパク質（配列番号２６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ膜タンパク質（配列番号２７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２８）を示す。図２２Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２９）；２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａスパイクタンパク質（配列番号３０）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号３１）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａエンベロープタンパク質（配列番号３２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ膜タンパク質（配列番号３３）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３４）を示す。図２２Ａ〜２２Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２２Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号１７）；２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のスパイクタンパク質（配列番号１８）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の、ＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号１９）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のエンベロープタンパク質（配列番号２０）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２の膜タンパク質（配列番号２１）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２２）の配列を示す。図２２Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２３）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂスパイクタンパク質（配列番号２４）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号２５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂエンベロープタンパク質（配列番号２６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ膜タンパク質（配列番号２７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂヌクレオカプシドタンパク質（配列番号２８）を示す。図２２Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号２９）；２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａスパイクタンパク質（配列番号３０）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａＯＲＦ３タンパク質（切断型）（配列番号３１）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａエンベロープタンパク質（配列番号３２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ膜タンパク質（配列番号３３）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａヌクレオカプシドタンパク質（配列番号３４）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２３Ａ〜２３Ｃは、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。図２３Ａは、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）のゲノムヌクレオチド配列を示し、図２３Ｂは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ完全ゲノム（配列番号３６）のヌクレオチド配列を示し、図２３Ｃは、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ完全ゲノムヌクレオチド配列（配列番号３７）を示す。図２４は、種々の継代のＩＮＤＥＬ配列比較を示す図である。図２４は、種々の継代のＩＮＤＥＬ配列比較を示す図である。図２４は、種々の継代のＩＮＤＥＬ配列比較を示す図である。図２５は、２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列である。図２５は、２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列である。図２５は、２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列である。図２５は、２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列である。図２５は、２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列である。図２５は、２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列である。図２５は、２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２６は、２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（Ｐ５）（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１継代７代目、系統２（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１継代８代目、系統２（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＧ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１継代１８代目、系統２のクローンＦ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１（配列番号３９）のゲノムヌクレオチド配列の比較である。図２７は、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号４０）；２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のスパイクタンパク質（配列番号４１）；２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のＯＲＦ３タンパク質（配列番号４２）；２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のエンベロープタンパク質（配列番号４３）；２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１の膜タンパク質（配列番号４４）；及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号４５）のアミノ酸配列が示される。図２７は、本発明の例示的な実施形態による配列を示す。２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質（配列番号４０）；２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のスパイクタンパク質（配列番号４１）；２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のＯＲＦ３タンパク質（配列番号４２）；２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のエンベロープタンパク質（配列番号４３）；２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１の膜タンパク質（配列番号４４）；及び２０１４０２０６９７−Ｐ４５継代４５代目、系統１のヌクレオカプシドタンパク質（配列番号４５）のアミノ酸配列が示される。図２８Ａ〜２８Ｂは、糞便中へのウイルス排出力価を示す。図２８Ａは、各群の各時点での糞便中へのウイルス排出力価を、上部標準エラーバーとともに示す。図２８Ｂは、Ｄ０〜Ｄ２８及びＤ２８〜Ｄ５６の直腸スワブ中の全体的なウイルス排出力価の統計分析を示す。Ｄ０〜Ｄ２８に、Ｎ／Ｎ、Ｎ／Ｖ、及びＮ／Ｐ群に同じ接種材料を投与し、同じ治療として、Ｖ／ＶとＶ／Ｐ群、及びＰ／ＶとＰ／Ｐ群の類似性について分析した。異なる文字は、群間のウイルス排出量の有意差を示す。図２８Ａ〜２８Ｂは、糞便中へのウイルス排出力価を示す。図２８Ａは、各群の各時点での糞便中へのウイルス排出力価を、上部標準エラーバーとともに示す。図２８Ｂは、Ｄ０〜Ｄ２８及びＤ２８〜Ｄ５６の直腸スワブ中の全体的なウイルス排出力価の統計分析を示す。Ｄ０〜Ｄ２８に、Ｎ／Ｎ、Ｎ／Ｖ、及びＮ／Ｐ群に同じ接種材料を投与し、同じ治療として、Ｖ／ＶとＶ／Ｐ群、及びＰ／ＶとＰ／Ｐ群の類似性について分析した。異なる文字は、群間のウイルス排出量の有意差を示す。図２９Ａ〜２９Ｂ肉眼的病理学的スコア。図２９Ａは、標準エラーバーとともに示される、Ｄ４（１回目接種後４日）の群平均肉眼的病理学的スコアである。図２９Ｂは、標準エラーバーとともに示される、Ｄ３４（Ｄ２８のチャレンジ後６日）の群平均肉眼的病理学的スコアである。小腸、盲腸、及び結腸の内容物スコア、ならびに小腸、盲腸、及び結腸器官の肉眼的行片スコアも示される。異なる文字は、群間で同じパラメータで観察された統計的有意差を示す。黄色いハイライトは、Ｖ株でチャレンジした豚の統計値であり、緑色のハイライトは、Ｐ株でチャレンジした豚の統計値である。図２９Ａ〜２９Ｂ肉眼的病理学的スコア。図２９Ａは、標準エラーバーとともに示される、Ｄ４（１回目接種後４日）の群平均肉眼的病理学的スコアである。図２９Ｂは、標準エラーバーとともに示される、Ｄ３４（Ｄ２８のチャレンジ後６日）の群平均肉眼的病理学的スコアである。小腸、盲腸、及び結腸の内容物スコア、ならびに小腸、盲腸、及び結腸器官の肉眼的行片スコアも示される。異なる文字は、群間で同じパラメータで観察された統計的有意差を示す。黄色いハイライトは、Ｖ株でチャレンジした豚の統計値であり、緑色のハイライトは、Ｐ株でチャレンジした豚の統計値である。図３０Ａ〜３０Ｂは、Ｄ４の組織病理学的測定値を示す。図３０Ａは、遠位空腸及び回腸における絨毛高さ／陰窩深さ比の群平均を標準エラーバーとともに示す。図３０Ｂは、遠位空腸、回腸、盲腸、及び結腸のＰＥＤＶＩＨＣスコアの群平均を、標準エラーバーとともに示す。異なる文字は、群間で同じ組織に観察された統計的有意差を示す。図３０Ａ〜３０Ｂは、Ｄ４の組織病理学的測定値を示す。図３０Ａは、遠位空腸及び回腸における絨毛高さ／陰窩深さ比の群平均を標準エラーバーとともに示す。図３０Ｂは、遠位空腸、回腸、盲腸、及び結腸のＰＥＤＶＩＨＣスコアの群平均を、標準エラーバーとともに示す。異なる文字は、群間で同じ組織に観察された統計的有意差を示す。図３１Ａ〜３１Ｂは、Ｄ３４の組織病理学的測定値を示す。図３１Ａは、遠位空腸及び回腸における絨毛高さ／陰窩深さ比の群平均を、標準エラーバーとともに示す。図３１Ｂは、遠位空腸、回腸、盲腸、及び結腸のＰＥＤＶＩＨＣスコアの群平均を、標準エラーバーとともに示す。異なる文字は、群間で同じ組織に観察された統計的有意差を示す。黄色いハイライトは、Ｖ株でチャレンジした豚の統計値であり、緑色のハイライトは、Ｐ株でチャレンジした豚の統計値である。図３１Ａ〜３１Ｂは、Ｄ３４の組織病理学的測定値を示す。図３１Ａは、遠位空腸及び回腸における絨毛高さ／陰窩深さ比の群平均を、標準エラーバーとともに示す。図３１Ｂは、遠位空腸、回腸、盲腸、及び結腸のＰＥＤＶＩＨＣスコアの群平均を、標準エラーバーとともに示す。異なる文字は、群間で同じ組織に観察された統計的有意差を示す。黄色いハイライトは、Ｖ株でチャレンジした豚の統計値であり、緑色のハイライトは、Ｐ株でチャレンジした豚の統計値である。図３２Ａ〜２３２Ｂは、Ｐ株ウイルスまたはＶ株ウイルスのいずれかに対する血清ＩＦＡ抗体力価を示す。図３２Ａは、Ｐ株ウイルスに対する血清ＩＦＡ力価の群平均を、標準エラーバーとともに示す。図３２Ｂは、Ｖ株ウイルスに対する血清ＩＦＡ力価の群平均を、標準エラーバーとともに示す。図３２Ａ〜２３２Ｂは、Ｐ株ウイルスまたはＶ株ウイルスのいずれかに対する血清ＩＦＡ抗体力価を示す。図３２Ａは、Ｐ株ウイルスに対する血清ＩＦＡ力価の群平均を、標準エラーバーとともに示す。図３２Ｂは、Ｖ株ウイルスに対する血清ＩＦＡ力価の群平均を、標準エラーバーとともに示す。図３３Ａ〜３３Ｂは、Ｐ株ウイルスまたはＶ株ウイルスのいずれかに対する血清ＶＮ抗体力価を示す。図３３Ａは、Ｐ株ウイルスに対する血清ＶＮ力価の群平均を、標準エラーバーとともに示す。図３３Ｂは、Ｖ株ウイルスに対する血清ＶＮ力価の群平均を、標準エラーバーとともに示す。図３３Ａ〜３３Ｂは、Ｐ株ウイルスまたはＶ株ウイルスのいずれかに対する血清ＶＮ抗体力価を示す。図３３Ａは、Ｐ株ウイルスに対する血清ＶＮ力価の群平均を、標準エラーバーとともに示す。図３３Ｂは、Ｖ株ウイルスに対する血清ＶＮ力価の群平均を、標準エラーバーとともに示す。

以下の定義及び導入事項が本明細書に適用可能である。
単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、内容がそうではないことを明確に示さない限り、複数の指示対象を含む。同様に、「ｏｒ」という語は、内容がそうではないことを明確に示さない限り、「ａｎｄ」を含むことが意図される。「ｏｒ」という語は、特定のリストの任意の１つのメンバーを意味し、そのリストのメンバーの任意の組み合わせも含む。

「アジュバント」という用語は、ワクチンの効果を増強する化合物を指し、免疫剤を含む製剤に加えられ得る。アジュバントは、たとえ単回用量のみのワクチンの投与後であっても免疫応答の増強を提供する。アジュバントは、例えば、ムラミルジペプチド、ピリジン、水酸化アルミニウム、ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロミド（ＤＤＡ）、油、油中水エマルジョン、サポニン、サイトカイン、及び当該技術分野で既知の他の物質を含み得る。好適なアジュバントの例は、米国特許出願第ＵＳ２００４／０２１３８１７Ａ１号に記載されている。「アジュバント化」は、アジュバントが組み込まれた化合物またはアジュバントと組み合わされた化合物を指す。

「抗体」は、ポリクローナル及びモノクローナル抗体、キメラ、ならびに一本鎖抗体だけでなく、Ｆａｂまたは他の免疫グロブリン発現ライブラリの生成物を含むＦａｂ断片を指す。抗体に関連して、「免疫学的に特異的」という用語は、対象となるタンパク質の１つ以上のエピトープに結合するが、抗原性生体分子の混合集団を含有する試料中の他の分子は実質的に認識せず、それらには結合しない抗体を指す。

本明細書において使用される「弱毒」ＰＥＤＶは、感受性宿主を感染させる及び／または複製することが可能であるが、感受性宿主に対して非病原性または低病原性であるＰＥＤＶを指す。例えば、弱毒ウイルスは、関連する野外分離株と比較して、観察可能／検出可能な臨床症状を引き起こさないか、またはより少ない臨床症状、もしくはより重症度の低い臨床症状を引き起こす場合があるか、あるいはウイルス複製効率及び／または感染性の低減を示し得る。ＰＥＤＶ感染の臨床症状は、限定されないが、臨床的な下痢、嘔吐、嗜眠、健康状態の悪化、及び脱水を含み得る。

「エピトープ」は、一旦宿主に投与されると、液性型（Ｂ細胞）及び／または細胞性型（Ｔ細胞）の免疫応答を引き起こすことが可能であるという意味で、免疫学的に活性な抗原決定基である。これらは、抗原性を有する、分子上の特定の化学基またはペプチド配列である。抗体は、ポリペプチド上の特定の抗原性エピトープに特異的に結合する。動物において、ほとんどの抗原が、いくつかのまたはさらには多くの抗原決定基を同時に提示する。そのようなポリペプチドもまた、免疫原性ポリペプチドとして認められ得、エピトープは、さらに記載されるように同定され得る。

本明細書において使用される「免疫原性断片」という用語は、ポリペプチドまたは断片が、ＭＨＣ分子に結合して、免疫原性ポリペプチドまたは免疫原性断片が由来する抗原に対して、細胞傷害性Ｔリンパ球（「ＣＴＬ」）応答、及び／またはＢ細胞応答（例えば、抗体産生）、及び／またはヘルパーＴリンパ球応答、及び／または遅延型過敏（ＤＴＨ）応答を誘導するように対立遺伝子特異的モチーフ、エピトープ、または他の配列を含む、ポリペプチドもしくはポリペプチドの断片、またはそれらをコードするヌクレオチド配列を指す。ＤＴＨ応答は、Ｔ細胞依存性マクロファージ活性化及び炎症が組織の損傷を引き起こす免疫反応である。抗原の皮下注射に対するＤＴＨ反応は、細胞媒介性免疫についてのアッセイとして使用されることが多い。

「免疫防御応答の誘導」という用語は、健常対照と比較して、感染した対象の組織における疾患の症状、すなわち、臨床徴候、病変、細菌排出、及び細菌複製のうちの１つ以上を軽減または排除する（液性及び／または細胞性）免疫応答を意味する。好ましくは、前記症状の軽減は、対照と比較した場合に統計的に有意である。

本発明の目的のための「感染性ＤＮＡ分子」は、適切な宿主細胞における、機能的ウイルス粒子へのウイルスの複製、転写、及び翻訳に必要な要素をコードするＤＮＡ分子である。

「単離された」という用語は、細胞、ペプチド、または核酸がその天然の環境から分離されることを示すために使用される。単離されたペプチド及び核酸は、実質的に純粋であり得、すなわち、天然においてそれらが結合し得る他の物質を本質的に含まない。

本発明の目的のために、第２のポリヌクレオチド分子（ＲＮＡまたはＤＮＡのいずれか）のヌクレオチド配列は、第１のポリヌクレオチド分子のヌクレオチド配列に「相同」であるか、または前記第１のポリヌクレオチド分子に対して「同一性」を有し、第２のポリヌクレオチド分子のヌクレオチド配列は、遺伝暗号の縮重に基づいて、第１のポリヌクレオチド分子のヌクレオチド配列と同じポリアミノ酸をコードするか、または本発明の実施において有用となるように、第１のポリヌクレオチド分子のヌクレオチド配列によってコードされるポリアミノ酸と十分に類似したポリアミノ酸をコードする。相同なポリヌクレオチド配列はまた、センス鎖及びアンチセンス鎖も指し、全ての場合において、任意のこのような鎖の相補体を指す。本発明の目的のために、ポリヌクレオチド分子は、本発明の実施において有用であり、したがって、相同であるかまたは同一性を有し、これは、例えば標準的なハイブリダイゼーション技術または増幅技術によって、感染した豚の体液試料または組織試料中のＰＥＤＶまたはウイルスポリヌクレオチドの存在を検出するための診断用プローブとして用いることができる。通常、第２のポリヌクレオチド分子のヌクレオチド配列は、それが、ＢＬＡＳＴＮアルゴリズム（ＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓＮａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＨｅａｌｔｈのＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩとしても知られる）（Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．，ＵＳＡ））に基づいて、第１のポリヌクレオチド分子のヌクレオチド配列に対して少なくとも約７０％のヌクレオチド配列同一性を有する場合、第１のポリヌクレオチド分子のヌクレオチド配列に相同である。本発明の実施に従った計算についての具体的な例において、ＢＬＡＳＴＰ２．２．６［ＴａｔｕｓｏｖａＴＡａｎｄＴＬＭａｄｄｅｎ，「ＢＬＡＳＴ２ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ−−ａｎｅｗｔｏｏｌｆｏｒｃｏｍｐａｒｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎａｎｄｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．」（１９９９）ＦＥＭＳＭｉｃｒｏｂｉｏｌＬｅｔｔ．１７４：２４７−２５０．］が参照される。端的に述べると、２つのアミノ酸配列が、ギャップオープニングペナルティ１０、ギャップ伸長ペナルティ０．１、及びにＨｅｎｉｋｏｆｆａｎｄＨｅｎｉｋｏｆｆの「ｂｌｏｓｕｍ６２」スコアリングマトリクスを用いてアライメントスコアを最適化するために整列される（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ３２５８９：１０９１５−１０９１９．１９９２）。次いで、パーセント同一性を以下のように計算する：同一マッチの合計数×１００を、より長い配列の長さ＋２つの配列を整列させるためにより長い配列中に導入したギャップの数で除す。

好ましくは、相同なヌクレオチド配列は、少なくとも約７５％のヌクレオチド配列同一性を有し、さらにより好ましくは、少なくとも約８０％、８５％、９０％、及び９５％のヌクレオチド配列同一性を有する。遺伝暗号は縮重しているため、相同なヌクレオチド配列は、任意の数の「サイレント」な塩基変化、すなわち、それにもかかわらず同じアミノ酸をコードするヌクレオチド置換を含み得る。

配列が、第１のヌクレオチド配列によってコードされるポリアミノ酸に対して少なくとも約７０％の同一性を維持しているか、または別様に本発明を実施するために有用である限り、相同なヌクレオチド配列は、サイレントではない突然変異、すなわち、コードされるポリアミノ酸においてアミノ酸の違いをもたらす塩基の置換、欠失、または付加をさらに含有し得る。これに関して、通常、全体的なタンパク質機能を不活化しないと認識される、特定の保存的なアミノ酸置換がなされてもよく、例えば、正に荷電したアミノ酸（逆もまた同様である）であるリジン、アルギニン、及びヒスチジンに関するもの、負に荷電したアミノ酸（逆もまた同様である）であるアスパラギン酸及びグルタミン酸に関するもの、ならびに中性に荷電したアミノ酸（全ての場合において、逆もまた同様である）の特定の群である、（１）アラニン及びセリン、（２）アスパラギン、グルタミン、及びヒスチジン、（３）システイン及びセリン、（４）グリシン及びプロリン、（５）イソロイシン、ロイシン、及びバリン、（６）メチオニン、ロイシン、及びイソロイシン、（７）フェニルアラニン、メチオニン、ロイシン、及びチロシン、（８）セリン及びスレオニン、（９）トリプトファン及びチロシン、（１０）例えばチ（６）ロシン、トリプトファン、及びフェニルアラニンに関するものである。アミノ酸は、物理的特性、ならびにタンパク質二次構造及びタンパク質三次構造への寄与に従って分類することができる。したがって、保存的置換は、当該技術分野において、あるアミノ酸の、同様の特性を有する別のアミノ酸への置換として認識され、例示的な保存的置換は、ＷＯ９７／０９４３３，ｐａｇｅ１０，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄＭａｒ．１３．１９９７（ＰＣＴ／ＧＢ９６／０２１９７，ｆｉｌｅｄＳｅｐ．６，１９９６に見出され得る。保存的アミノ酸は、Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ＳｅｃｏｎｄＥｄｉｔｉｏｎ；ＷｏｒｔｈＰｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．ＮＹ：ＮＹ（１９７５），ｐｐ．７１−７７）に記載されるようにグループ分けされてもよい。タンパク質配列は、ＶｅｃｔｏｒＮＴＩＡｄｖａｎｃｅ１１．５及びＣＬＵＳＴＡＬ２．１の両方の複数配列アライメントを用いて整列させることができる。本明細書において使用される場合、特定のアミノ酸またはヌクレオチド配列の列挙は、核酸配列に関しては全てのサイレントな突然変異、またアミノ酸配列に関してはあらゆる保存的に修飾された変異体を含むものとする。

相同なヌクレオチド配列は、例えば上記のＢＬＡＳＴＮを使用することによる、ヌクレオチド配列の比較によって決定することができる。代替として、相同なヌクレオチド配列は、選択された条件下でのハイブリダイゼーションによって決定することができる。例えば、第２のポリヌクレオチド分子のヌクレオチド配列は、中程度にストリンジェントな条件下で、例えば、６５℃の０．５ＭＮａＨＰＯ_４、７％ドシデル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、１ｍＭＥＤＴＡ中でのフィルタ結合ＤＮＡとのハイブリダイゼーション、及び４２℃の０．２×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ中での洗浄（Ａｕｓｕｂｅｌｅｔａｌｅｄｉｔｏｒｓ，ＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，ＷｉｌｅｙａｎｄＳｏｎｓ，１９９４，ｐｐ．６．０．３ｔｏ６．４．１０を参照のこと）、または後に定義されるＰＥＤＶウイルスをコードする配列のハイブリダイゼーションを別様にもたらす条件下で、配列番号１の相補体にハイブリダイズする場合に、配列番号１（または任意の他の特定のポリヌクレオチド配列）に相同である。ハイブリダイゼーション条件における変更は、経験的に決定され得るか、またはプローブのグアノシン／シトシン（ＧＣ）塩基対の長さ及びパーセンテージに基づいて正確に計算され得る。ハイブリダイゼーション条件は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔａｌ．，（Ｅｄｓ．），ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ：ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），ｐｐ．９．４７ｔｏ９．５１に記載されるように計算することができる。

別の実施形態において、第２のヌクレオチド配列は、高度にストリンジェントな条件下で、例えば、当技術分野で既知であるように、６５℃の０．５ＭＮａＨＰＯ_４、７％ＳＤＳ、１ｍＭＥＤＴＡ中でのフィルタ結合ＤＮＡとのハイブリダイゼーション、及び６８℃の、０．１×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ中での洗浄によって、配列番号１の相補体にハイブリダイズする場合、配列番号１（または本発明の任意の他の配列）に相同である。

本発明の単離されたポリヌクレオチド分子及び単離されたＲＮＡ分子は、合成分子、ならびにｉｎｖｉｔｒｏでのクローニング及び転写等の組換え技術によって得られる分子の両方を含むことをさらに理解されたい。

本発明のワクチン可能な弱毒ＰＥＤＶウイルスの多くは、実質的な内部欠失、ならびに／または、最も典型的には、フレームシフト及び終止コドンの出現に起因する短い翻訳の出現を引き起こす、ＯＲＦ３ヌクレオチド配列における弱毒突然変異の結果として生じるＯＲＦ３タンパク質の実質的な欠失を含有することに留意されたい。本発明の実施内で、アライメント及びパーセント同一性の計算、ならびに記載される同一性の結果（ヌクレオチドであろうとアミノ酸配列であろうと）は、欠失したＯＲＦ３配列を参照してまたは参照せずに計算され得ることに留意されたい。

「哺乳動物」は、ヒトを含む、哺乳綱クラスの任意の温血脊椎動物を含む。
「薬学的に許容される担体」は、ワクチンの製造及び投与のために当該技術分野で使用される、任意の従来の薬学的に許容される担体、ビヒクル、または賦形剤を意味する。薬学的に許容される担体は、典型的には、非毒性、不活性、固体、または液体の担体である。

「豚の（ｐｏｒｃｉｎｅ）」及び「豚（ｓｗｉｎｅ）」という用語は、本明細書において交換可能に使用され、例えば豚などの、イノシシ科のメンバーである任意の動物を指す。

本明細書において使用される「感受性」宿主は、ＰＥＤＶによって感染され得る細胞または動物を指す。感受性動物に導入されると、弱毒ＰＥＤＶは、ＰＥＤＶまたはその抗原に対する免疫学的応答を誘導する可能性もあり、それによって動物にＰＥＤＶ感染に対する免疫を与える。

「ワクチン」という用語は、感染の影響を予防または改善するために、疾患に対する免疫を産生する抗原調製物を指す。ワクチンは、典型的には、免疫学的に有効な量の免疫原と、ワクチン接種される対象の免疫原に対する免疫応答を増強するのに有効なアジュバントとを一緒に組み合わせて用いて調製される。

ワクチン製剤は、「治療的に有効な量」の、すなわち、組成物が投与される対象において免疫防御応答の誘導を惹起することが可能な量の活性成分を含有する。ＰＥＤＶ疾患の治療及び予防において、例えば、「治療的に有効な量」は、好ましくは、ワクチン接種される対象の新しい感染に対する抵抗性を高める、かつ／または疾患の臨床的重症度を軽減する量である。そのような保護は、ＰＥＤＶに感染した対象によって通常示される症状の軽減もしくは欠落のいずれか、及び／またはウイルス粒子カウントの減少によって示される。ワクチンは、ＰＥＤＶに対する予防措置として、感染の前に投与され得る。代替として、ワクチンは、対象が既に疾患に罹患した後で投与されてもよい。ＰＥＤＶへの曝露後に投与されたワクチンは、疾患を軽減し得る可能性があり、自然感染自体よりも優れた免疫応答を引き起こす。

本発明の全ての態様の実施のために、特定の抗原または病原体への曝露に対して血清陰性である動物、及び血清陽性である（ワクチンまたは病原体に曝露されたことがある）動物に関して、免疫学的アッセイにおいて絶対的な免疫学的境界は存在しないということは、当業者には周知である。それにもかかわらず、当業者は、血清中和アッセイにおいて、血清陽性動物は、通常、少なくとも最大１：１０００の結成希釈率で検出されるのに対し、血清陰性動物は、約１：２０または１：１０のより高い希釈率で中和しないことが予測されると認識するであろう。
ワクチン製剤／免疫原性組成物
本発明はまた、本発明による変異ＰＥＤＶ株を含む、ワクチンとして使用されるのに好適な免疫原性組成物にも関する。本発明による免疫原性組成物は、中和抗体を含むＰＥＤＶに対して特定の液性免疫応答を惹起する。

本明細書に開示される変異株に基づく好ましい免疫原性組成物は、高い免疫原性を示すと同時に、危険な病原性効果または致死効果をもたらさない、弱毒生ウイルスを提供することができる。

しかしながら、本発明の免疫原性組成物は、いずれか特定の種類または調製方法に限定されない。これらは、限定されないが、感染性ＤＮＡワクチン（すなわち、豚にＤＮＡを直接注射するために、プラスミド、ベクター、または他の従来の担体を使用すること）、生ワクチン、修飾生ワクチン、不活化ワクチン、サブユニットワクチン、弱毒ワクチン、遺伝子組み換えワクチン等を含む。これらのワクチンは、当該技術分野で既知の標準的な方法によって調製される。

本発明は、好ましくは、本発明の弱毒生変異ＰＥＤＶ及び薬学的に許容される担体を含むワクチン組成物を含む。本明細書において使用される場合、「本発明の弱毒生ＰＥＤＶ」という表現は、本明細書に記載される変化のうちの１つ以上を含む任意の弱毒生ＰＥＤＶ株を包含する。薬学的に許容される担体は、例えば、水、安定剤、保存剤、培養培地、または緩衝剤等であり得る。本発明の弱毒ＰＥＤＶを含むワクチン製剤は、懸濁液の液体もしくは凍結乾燥形態の形態で、また代替として凍結形態で調製することができる。凍結される場合、グリセロールまたは他の同様の物質が、凍結されたときの安定性を強化するために加えられてもよい。弱毒生ワクチンの利点は、概して、関連する全ての感染因子の免疫原性決定基をその自然の形態で宿主の免疫系に提示すること、及びワクチン接種した宿主において該因子が増殖する能力に起因して比較的少量の免疫剤を必要とすることを含む。

ワクチン接種される標的動物に悪影響を及ぼすには病原性が不十分となるような、生ワクチン用ウイルスの弱毒化は、好ましくは連続継代を用いることを含む既知の手順によって達成され得る。以下の参考文献は、コロナウイルスの弱毒化のための種々の一般的な方法を提供し、本発明の実施において有用な株のいずれかの弱毒化またはさらなる弱毒化に好適である：Ｂ．Ｎｅｕｍａｎｅｔａｌ．，ＪｏｕｒｎａｌｏｆＶｉｒｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．７９，Ｎｏ．１５，ｐｐ．９６６５−９６７６，２００５；Ｊ．Ｎｅｔｌａｎｄｅｔａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，ｖ３９９（１），ｐｐ．１２０−１２８，２０１０；Ｙ−ＰＨｕａｎｇｅｔａｌ．，「Ｓｅｑｕｅｎｃｅｃｈａｎｇｅｓｏｆｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓｂｒｏｎｃｈｉｔｉｓｖｉｒｕｓｉｓｏｌａｔｅｓｉｎｔｈｅ３’７．３ｋｂｏｆｔｈｅｇｅｎｏｍｅａｆｔｅｒａｔｔｅｎｕａｔｉｎｇｐａｓｓａｇｅｉｎｅｍｂｒｙｏｎａｔｅｄｅｇｇｓ，ＡｖｉａｎＰａｔｈｏｌｏｇｙ，ｖ．３６（１），（Ａｂｓｔｒａｃｔ），２００７；及びＳ．Ｈｉｎｇｌｅｙｅｔａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，ｖ．２００（１）１９９４，ｐｐ．１−１０；（米国特許第３，９１４，４０８号を参照）；ならびにＯｒｔｅｇｏｅｔａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．３０８（１），ｐｐ．１３−２２，２００３。

本発明において望ましいさらなる遺伝子組み換えワクチンは、当該技術分野で既知の技術によって製造される。そのような技術は、限定されないが、組換えＤＮＡのさらなる操作、組換えタンパク質のアミノ酸配列の修飾または該アミノ酸配列への置換等を含む。

組換えＤＮＡ技術に基づく遺伝子組み換えワクチンは、例えば、豚においてより強力な免疫応答または防御応答を誘導することに関与するタンパク質（例えば、Ｍ、ＧＰ２、ＧＰ３、ＧＰ４、またはＧＰ５等に由来するタンパク質）をコードするウイルス遺伝子の代替部分を同定することによって作製される。ウイルスタンパク質遺伝子の種々の亜型及び分離株が、ＤＮＡシャフリング法に供され得る。得られた異種キメラウイルスタンパク質は、広く保護するサブユニットワクチンに使用することができる。代替として、そのようなキメラウイルス遺伝子または免疫優性断片は、バキュロウイルスベクター等の標準的なタンパク質発現ベクターにクローニングすることができ、また適切な宿主細胞を感染させるために使用することができる（例えば、Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙｅｔａｌ．，「ＢａｃｕｌｏｖｉｒｕｓＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＶｅｃｔｏｒｓ：ＡＬａｂＭａｎｕａｌ，」Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，１９９２を参照されたい）。宿主細胞は、培養され、したがって所望のワクチンタンパク質を発現するが、このタンパク質は、所望の程度まで精製され得、好適なワクチン製品に製剤され得る。

クローンが疾患を引き起こす何らかの望ましくない天然の能力を保持する場合、任意の残存ビルレンスに関与するウイルスゲノムのヌクレオチド配列を特定すること、及び、例えば、部位特異的突然変異誘発により、ウイルスを無毒性になるよう遺伝子操作することも可能である。部位特異的突然変異誘発は、１つ以上のヌクレオチドを付加、欠失、または変更することが可能である（例えば、Ｚｏｌｌｅｒｅｔａｌ．，ＤＮＡ３：４７９−４８８，１９８４を参照のこと）。所望の突然変異を含有するオリゴヌクレオチドが合成され、一本鎖ウイルスＤＮＡの一部にアニーリングされる。その手順から生じたハイブリッド分子が、細菌を形質転換するために用いられる。次いで、適切な突然変異を含有する単離された二本鎖ＤＮＡが、後に好適な細胞培養においてトランスフェクトされる後者の制限酵素断片にライゲーションすることにより、全長ＤＮＡを生成するために使用される。移入のための好適なベクター内へのゲノムのライゲーションは、当業者に既知の任意の標準的な技術によって達成され得る。ウイルスの子孫を産生するための宿主細胞内へのベクターのトランスフェクションは、リン酸カルシウムまたはＤＥＡＥ−デキストラン介在性のトランスフェクション、エレクトロポレーション、プロトプラスト融合、及び他の周知の技術等の従来の方法のいずれかを用いて行うことができる（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋｅｔａｌ．，「ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，」ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，１９８９）。クローニングされたウイルスは、次いで所望の突然変異を示す。代替として、適切な突然変異を含有する２つのオリゴヌクレオチドが合成されてもよい。これらは二本鎖ＤＮＡを形成するようにアニーリングされ得、該ＤＮＡは、全長ＤＮＡを産生するためにウイルスＤＮＡに挿入され得る。

免疫学的に有効な量の本発明のワクチンは、ウイルス感染からの保護を必要とする豚に投与される。豚に接種する免疫学的に有効な量または免疫原性量は、ルーチン試験により簡単に決定され得るかまたは容易に滴定され得る。有効な量は、ＰＥＤＶウイルスに曝露される豚を保護するためにワクチンに対する十分な免疫学的応答が獲得される量である。好ましくは、豚は、ウイルス性疾患のあらゆる有害な生理的症状または影響が著しく軽減されるか、改善されるか、または完全に予防される程度まで保護される。

本発明のワクチンは、標準的な緩衝剤、安定剤、希釈剤、保存剤、及び／または可溶化剤等の、動物に許容される担体を含むために許容される慣習に従って製剤化することができ、また徐放を容易にするためにも製剤化することができる。希釈剤は、水、生理食塩水、デキストロース、エタノール、グリセロール等を含む。等張性のための添加剤は、特に、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトール、及びラクトースを含む。安定剤は、特に、アルブミンを含む。修飾生ワクチンの製剤化において特に有用なものを含む、他の好適なワクチンビヒクル及び添加剤は、当業者に既知であるか、または明らかになるであろう。例えば、参照により本明細書に組み込まれるＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅ，１８ｔｈｅｄ．，１９９０，ＭａｃｋＰｕｂｌｉｓｈｉｎｇを参照されたい。

本発明のワクチンは、例えば、特にアジュバントまたはサイトカイン等の１つ以上の追加の免疫調節成分をさらに含み得る。本発明のワクチンに使用され得るアジュバントの非限定的な例は、ＲＩＢＩアジュバント系（ＲｉｂｉＩｎｃ．、Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ｍｏｎｔ．）、ミョウバン、水酸化アルミニウム等の鉱物ゲル、水中油エマルジョン、油中水エマルジョン、例えば、フロイントの完全及び不完全アジュバント、ブロックコポリマー（ＣｙｔＲｘ、ＡｔｌａｎｔａＧａ．）、ＱＳ−２１（ＣａｍｂｒｉｄｇｅＢｉｏｔｅｃｈＩｎｃ．、ＣａｍｂｒｉｄｇｅＭａｓｓ．）、ＳＡＦ−Ｍ（Ｃｈｉｒｏｎ、ＥｍｅｒｙｖｉｌｌｅＣａｌｉｆ．）、ＡＭＰＨＩＧＥＮ（登録商標）アジュバント、サポニン、ＱｕｉｌＡ、または他のサポニン画分、モノホスホリル脂質Ａ、イオン性多糖、ならびにアブリジン脂質−アミンアジュバントを含む。本発明のワクチンにおいて有用な水中油エマルジョンの非限定的な例は、修飾ＳＥＡＭ６２及びＳＥＡＭ１／２製剤を含む。修飾ＳＥＡＭ６２は、５％（ｖ／ｖ）スクアレン（Ｓｉｇｍａ）、１％（ｖ／ｖ）ＳＰＡＮ（登録商標）８５洗浄剤（ＩＣＩ界面活性剤）、０．７％（ｖ／ｖ）ＴＷＥＥＮ（登録商標）８０洗浄剤（ＩＣＩ界面活性剤）、２．５％（ｖ／ｖ）エタノール、２００μｇ／ｍｌＱｕｉｌＡ、１００μｇ／ｍｌコレステロール、及び０．５％（ｖ／ｖ）レシチンを含有する水中油エマルジョンである。修飾ＳＥＡＭ１／２は、５％（ｖ／ｖ）スクアレン、１％（ｖ／ｖ）ＳＰＡＮ（登録商標）８５洗浄剤、０．７％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ８０洗浄剤、２．５％（ｖ／ｖ）エタノール、１００μｇ／ｍｌＱｕｉｌＡ、及び５０μｇ／ｍｌコレステロールを含む水中油エマルジョンである。ワクチンに含まれ得る他の免疫調節剤は、例えば、１つ以上のインターロイキン、インターフェロン、また他の既知のサイトカインを含む。

追加のアジュバント系により、ヘルパーＴ細胞及びＢ細胞の両方のエピトープの組み合わせが可能になり、１つ以上の種類の共有結合したＴ−Ｂエピトープ連結構造がもたらされ、ＷＯ２００６／０８４３１９、ＷＯ２００４／０１４９５７、及びＷＯ２００４／０１４９５６に記載されるもののように、さらに脂質付加され得る。

本発明の好ましい実施形態において、ＯＲＦＩＰＥＤＶタンパク質、または他のＰＥＤＶタンパク質、またはその断片は、後述するように、５％ＡＭＰＨＩＧＥＮ（登録商標）とともに製剤化される。
アジュバント組成物
本発明のワクチン組成物は、アジュバントを含んでも含まなくてもよい。具体的には、経口感染ウイルスに基づく場合、本発明の修飾生ワクチンは、滅菌担体を用いて、アジュバントを含まないで使用されてもよい。経口投与に使用され得るアジュバントは、ＣＴ様の免疫変調成分（ｒｍＬＴ、ＣＴ−Ｂ、すなわち、Ｅ．ｃｏｌｉの組換え変異型熱不安定性毒素、コレラ毒素Ｂサブユニット）に基づくもの、またはポリマー及びアルギン酸を用いた、もしくはキトサン等の粘膜付着剤を用いた、もしくはリポソームによる封入によるものを含む。ワクチン放出による最小保護用量での好ましいアジュバント化または非アジュバント化ワクチンの用量は、用量当たり約１０〜約１０^６ｌｏｇ_１０ＴＣＩＤ_５０またはそれ以上のウイルスを提供し得る。「ＴＣＩＤ５０」は、「組織培養感染量」を指し、所与のバッチの接種細胞培養物の５０％を感染させるのに必要なウイルスの希釈率として定義される。本明細書全体にわたって用いられるＳｐｅａｒｍａｎ−Ｋａｒｂｅｒ法を含む種々の方法が、ＴＣＩＤ５０を計算するために使用され得る。Ｓｐｅａｒｍａｎ−Ｋａｒｂｅｒ法の説明については、Ｂ．Ｗ．Ｍａｈｙ＆Ｈ．Ｏ．Ｋａｎｇｒｏ，ＶｉｒｏｌｏｇｙＭｅｔｈｏｄｓＭａｎｕａｌ，ｐ．２５−４６（１９９６）を参照されたい。アジュバントは、存在する場合、エマルジョンとして提供されてもよく、より一般的には、非経口投与が選択される場合、出発力価の０．７ｌｏｇ（８０％の減少）を超えて減少するべきではない。

ある例において、アジュバント成分は、軽鉱油中のレシチンと、さらに水酸化アルミニウム成分との組み合わせから提供される。Ａｍｐｈｉｇｅｎ（登録商標）の組成物及び製剤（代表的なレシチン／鉱油成分として）に関する詳細は、以下の通りである。

好ましいアジュバント化は、約５％（ｖ／ｖ）のＲｅｈｙｄｒａｇｅｌ（登録商標）（水酸化アルミニウムゲル）及び「２０％Ａｍｐｈｉｇｅｎ」（登録商標）を約２５％の最終濃度（ｖ／ｖ）でさらに含む緩衝液中に２ＭＬの用量として提供され得る。Ａｍｐｈｉｇｅｎ（登録商標）は、米国特許第５，０８４，２６９号に一般的に記載されており、軽油に溶解され、次いで、水中油エマルジョンとして抗原の水溶液または懸濁液中に分散される脱油レシチン（好ましくは大豆）を提供する。Ａｍｐｈｉｇｅｎは、米国特許第６，８１４，９７１号（その８〜９欄を参照）のプロトコルに従って、本発明の最終アジュバント化ワクチン組成物に使用するための、いわゆる「２０％Ａｍｐｈｉｇｅｎ」成分を提供するように改善されてきた。したがって、１０％レシチン及び９０％担体油（ＤＲＡＫＥＯＬ（登録商標）、Ｐｅｎｒｅｃｏ、ＫａｒｎｓＣｉｔｙ，ＰＡ）のストック混合物を、０．６３％リン酸緩衝生理食塩水で１：４に希釈し、それによってレシチン及びＤＲＡＫＥＯＬ成分をそれぞれ２％及び１８％（すなわち、それらの元の濃度の２０％）に減少させる。Ｔｗｅｅｎ８０及びＳｐａｎ８０界面活性剤を組成物に加え、代表的かつ好ましい最終量を５．６％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ８０及び２．４％（ｖ／ｖ）Ｓｐａｎ８０とし、その場合、Ｓｐａｎが最初にストックＤＲＡＫＥＯＬ成分中に提供され、Ｔｗｅｅｎが最初に緩衝生理食塩水成分から提供され、生理食塩水とＤＲＡＫＥＯＬ成分との混合物が最終的に所望の界面活性剤濃度をもたらす。ＤＲＡＫＥＯＬ／レシチンと生理食塩水との混合物は、Ｉｎ−ＬｉｎｅＳｌｉｍＥｍｕｌｓｉｆｉｅｒ装置の４０５モデル（ＣｈａｒｌｅｓＲｏｓｓａｎｄＳｏｎ、Ｈａｕｐｐａｕｇｅ，ＮＹ，ＵＳＡ）を使用して得ることができる。

ワクチン組成物はまた、Ｒｅｈｙｄｒａｇｅｌ（登録商標）ＬＶ（ストック材料中約２％の水酸化アルミニウム含有量）を追加のアジュバント成分として含む（Ｒｅｈｅｉｓ、ＮＪ，ＵＳＡ及びＣｈｅｍＴｒａｄｅＬｏｇｉｓｔｉｃｓ，ＵＳＡから入手可能）。０．６３％ＰＢＳを用いたさらなる希釈により、最終ワクチン組成物は、２ＭＬ用量当たり以下の組成物量を含有する：５％（ｖ／ｖ）Ｒｅｈｙｄｒａｇｅｌ（登録商標）ＬＶ、２５％（ｖ／ｖ）の「２０％Ａｍｐｈｉｇｅｎ」、すなわち、さらに４倍希釈される）、及び０．０１％（ｗ／ｖ）のメルチオラート。

当該技術分野において理解されるように、同等の最終ワクチン組成物を提供するために、成分の添加の順序は異なってもよい。例えば、緩衝液中にウイルスの適切な希釈物が調製され得る。次いで、実際の最終生成物中における所望の５％（ｖ／ｖ）濃度のＲｅｈｙｄｒａｇｅｌ（登録商標）ＬＶを可能にするために、適切な量のＲｅｈｙｄｒａｇｅｌ（登録商標）ＬＶ（約２％の水酸化アルミニウム含有量）ストック溶液が、混合しながら加えられてもよい。一旦調製されると、この中間体ストック材料は、適切な量の「２０％Ａｍｐｈｉｇｅｎ」ストック（上に概説した通り、既に必要な量のＴｗｅｅｎ８０及びＳｐａｎ８０を含有する）と併せられ、再び２５％（ｖ／ｖ）の「２０％Ａｍｐｈｉｇｅｎ」を有する最終産物が得られる。適切な量の１０％メルチオラートが最終的に加えられてもよい。

本発明のワクチン組成物は、抗原の総用量が前述の抗原用量と比較して好ましくは１００倍変化し得る（上回るもしくは下回る）ように、また最も好ましくは１０倍以下に変化し得る（上回るもしくは下回る）ように、全ての成分における変動を許容する。同様に、界面活性剤濃度（ＴｗｅｅｎまたはＳｐａｎのいずれか）は、互いと関係なく最大１０倍まで変化してもよいか、またはそれらは、当該技術分野で十分に理解されている適切な濃度の類似する材料によって置き換えられ、完全に除去されてもよい。

最終生成物中のＲｅｈｙｄｒａｇｅｌ（登録商標）の濃度は、最初に多くの他の製造業者から入手可能な同等の材料（すなわち、Ａｌｈｙｄｒｏｇｅｌ（登録商標），Ｂｒｅｎｎｔａｇ；Ｄｅｎｍａｒｋ）の使用により、またはＲｅｈｙｄｒａｇｅｌ（登録商標）製品種目のさらなる変形例、例えば、ＣＧ、ＨＰＡ、またはＨＳの使用によって変化させてもよい。ＬＶを一例として用いると、０％〜２０％を含むその最終有効濃度は、２〜１２％がより好ましく、４〜８％が最も好ましい。同様に、Ａｍｐｈｉｇｅｎの最終濃度（「２０％Ａｍｐｈｉｇｅｎ」の％として表される）は、好ましくは２５％であるが、この量は、５〜５０％、好ましくは２０〜３０％と異なってもよく、最も好ましくは約２４〜２６％である。

本発明の実施によれば、本発明のアジュバント製剤に使用される油は、好ましくは鉱油である。本明細書において使用される場合、「鉱油」という用語は、蒸留技術によってワセリンから得られる液体炭化水素の混合物を指す。この用語は、「液化パラフィン」、「流動ワセリン」及び「白色鉱油」と同義語である。この語はまた、「軽鉱油」すなわち、ワセリンの蒸留によって同様に得られるが、白色鉱油よりわずかに低い比重を有する油を含むことも意図される。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈＥｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．：ＭａｃｋＰｕｂｌｉｓｈｉｎｇＣｏｍｐａｎｙ，１９９０，ａｔｐａｇｅｓ７８８ａｎｄ１３２３）を参照されたい。鉱油は、様々な商用供給源、例えば、Ｊ．Ｔ．Ｂａｋｅｒ（Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ，Ｐａ．）、ＵＳＢＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｃｌｅｖｅｌａｎｄ，Ｏｈｉｏ）から得ることができる。好ましい鉱油は、ＤＲＡＫＥＯＬ（登録商標）の名称で市販されている軽鉱油である。

典型的には、油性相は、５０体積％〜９５体積％の量で存在し、好ましくは５０％〜８５％超の量、より好ましくは５０％〜６０％超の量、より好ましくはワクチン組成物の５０〜５２％ｖ／ｖ超の量で存在する。油性相は、油及び乳化剤（例えば、ＳＰＡＮ（登録商標）８０、ＴＷＥＥＮ（登録商標）８０等）を含む（いずれかのそのような乳化剤が存在する場合）。

本発明のアジュバント製剤に使用するのに好適な非天然の合成乳化剤は、ソルビタン系非イオン界面活性剤、例えば、脂肪置換ソルビタン界面活性剤（ＳＰＡＮ（登録商標）またはＡＲＬＡＣＥＬ（登録商標）の名称で市販されている）、ポリエトキシル化ソルビトールの脂肪酸エステル（ＴＷＥＥＮ（登録商標））、ヒマシ油等の源からの脂肪酸のポリエチレングリコールエステル（ＥＭＵＬＦＯＲ（登録商標））；ポリエトキシ化脂肪酸（例えば、ＳＩＭＵＬＳＯＬ（登録商標）Ｍ−５３の名称で入手可能なステアリン酸）、ポリエトキシ化イソオクチルフェノール／ホルムアルデヒドポリマー（ＴＹＬＯＸＡＰＯＬ（登録商標））、ポリオキシエチレン脂肪アルコールエーテル（ＢＲＩＪ（登録商標））；ポリオキシエチレンノンフェニルエーテル（ＴＲＩＴＯＮ（登録商標）Ｎ）、ポリオキシエチレンイソオクチルフェニルエーテル（ＴＲＩＴＯＮ（登録商標）Ｘ）も含む。好ましい合成界面活性剤は、ＳＰＡＮ（登録商標）及びＴＷＥＥＮ（登録商標）の名称で入手可能な界面活性剤、例えば、ＴＷＥＥＮ（登録商標）−８０（ポリオキシエチレン（２０）ソルビタンモノオレエート）及びＳＰＡＮ（登録商標）−８０（ソルビタンモノオレエート）である。一般的に、乳化剤（複数可）は、０．０１体積％〜４０体積％、好ましくは０．１％〜１５％、より好ましくは２％〜１０％の量でワクチン組成物中に存在し得る。

本発明の代替の実施形態において、最終ワクチン組成物は、ＳＰ−Ｏｉｌ（登録商標）及びＲｅｈｙｄｒａｇｅｌ（登録商標）ＬＶをアジュバントとして含有し（または他のＲｅｈｙｄｒａｇｅｌ（登録商標）もしくはＡｌｈｙｄｒｏｇｅｌ（登録商標）製品）、好ましい量は、約５〜２０％ＳＰ−Ｏｉｌ（ｖ／ｖ）及び約５〜１５％ＲｅｈｙｄｒａｇｅｌＬＶ（ｖ／ｖ）であり、それぞれ、５％及び１２％が最も好ましい量である。これに関して、Ｒｅｈｙｄｒａｇｅｌの％は、市販のストック製品からの希釈率を指すことを理解されたい。（ＳＰ−Ｏｉｌ（登録商標）は、ポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンブロックコポリマー（Ｐｌｕｒｏｎｉｃ（登録商標）Ｌ１２１、ＢＡＳＦＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、スクアレン、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート（Ｔｗｅｅｎ（登録商標）８０、ＩＣＩＡｍｅｒｉｃａｓ）及び緩衝塩溶液を含む流動油エマルジョンである。）
本発明はまた、アジュバント成分がＡｍｐｈｉｇｅｎ（登録商標）のみである条件を用いて成功裏に実施され得ることに留意されたい。

本発明の別の実施形態において、最終ワクチン組成物は、ＴＸＯをアジュバントとして含有する；ＴＸＯは、ＷＯ２０１５／０４２３６９に概説されている。該特許に開示される全てのＴＸＯ組成物は、本発明のワクチンの調製に有用である。ＴＸＯ中、免疫賦活性オリゴヌクレオチド（「Ｔ」）、好ましくは、ＯＤＮは、好ましくは、任意選択的に修飾された骨格を有するパリンドローム配列を含有し、５０ｕｌのワクチン組成物当たり０．１〜５ｕｇ（例えば、５０ｕｌの組成物当たり０．５〜３ｕｇ、より好ましくは５０ｕｌの組成物当たり０．０９〜０．１１ｕｇ）の量で存在する。その好ましい種は、ＷＯ２０１５／０４２３６９刊行物（ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５６５１２）（１７ページ）に列挙されるような配列番号８である。ポリカチオン担体（「Ｘ」）は、５０ｕｌ当たり１〜２０ｕｇ（例えば、５０ｕｌ当たり３〜１０ｕｇ、または５０ｕｌ当たり約５ｕｇ）の量で存在する。軽鉱油（「Ｏ」）もまた、ＴＸＯアジュバントの成分である。

特定の実施形態において、ＴＸＯアジュバントは以下のように調製される：
ａ）ソルビタンモノオレエート、ＭＰＬ−Ａ、及びコレステロールを軽鉱油に溶解させる。得られた油剤を滅菌濾過する。
ｂ）免疫賦活性オリゴヌクレオチド、デキストランＤＥＡＥ、及びポリオキシエチレン（２０）ソルビタンモノオレエートを水相に溶解させ、そうすることで水溶液を形成する。
ｃ）連続的に均質化しながら水溶液を油剤に加え、そうすることでアジュバント製剤ＴＸＯを形成する。

本発明の全てのアジュバント組成物は、本明細書によって網羅されるＰＥＤＶ株及び分離株のいずれかとともに使用され得る。
本発明の実施において有用なさらなるアジュバントは、Ｐｒｅｚｅｎｔ−Ａ（米国公開特許出願第ＵＳ２００７０２９８０５３号を概ね参照のこと）及び「ＱＣＤＣＲＴ」または「ＱＣＤＣ」型アジュバント（米国特許出願公開第ＵＳ２００９０３２４６４１号を概ね参照のこと）含む。
賦形剤
本発明の免疫原性ワクチン組成物は、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で、薬学的に許容される担体、賦形剤、及び／または安定剤をさらに含むことができる（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：ＴｈｅＳｃｉｅｎｃｅａｎｄｐｒａｃｔｉｃｅｏｆＰｈａｒｍａｃｙ，２００５，ＬｉｐｐｉｎｃｏｔｔＷｉｌｌｉａｍｓを参照のこと）。許容される担体、賦形剤、または安定剤は、その投薬量及び濃度でレシピエントに無毒であり、リン酸、クエン酸、及び他の有機酸等の緩衝剤；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；保存剤（（（ｏ−カルボキシフェニル）チオ）エチル水銀ナトリウム塩（ＴＨＩＯＭＥＲＳＡＬ）、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウムクロライド；ベンズアルコニウムクロライド、ベンズエトニウムクロライド；フェノール、ブチル、もしくはベンジルアルコール；メチルもしくはプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール等）；血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート化剤；スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール等の糖類；ナトリウム等の塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；ならびに／またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ＴＷＥＥＮ、もしくはＰＬＵＲＯＮＩＣＳ等の非イオン性界面活性剤を含み得る。

本発明のワクチンは、任意選択的に、本発明のウイルス、感染性ＤＮＡ分子、プラスミド、またはウイルスベクターの徐放のために製剤化され得る。そのような徐放製剤の例は、生体適合性ポリマーの複合体、例えばポリ（乳酸）、乳酸（グリコール酸コポリマー）、メチルセルロース、ヒアルロン酸、コラーゲン等と組み合わされた、ウイルス、感染性ＤＮＡ分子、プラスミド、またはウイルスベクターを含む。薬物送達ビヒクルにおける分解性ポリマーの構造、選択、及び使用は、参照により本明細書に組み込まれるＡ．Ｄｏｍｂｅｔａｌ．，１９９２，ＰｏｌｙｍｅｒｓｆｏｒＡｄｖａｎｃｅｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ３：２７９−２９２を含むいくつかの刊行物に概説されている。薬学的製剤におけるポリマーの選択及び使用のさらなるガイダンスは、当該技術分野で既知の教科書、例えば、参照により同様に本明細書に組み込まれるＭ．ＣｈａｓｉｎａｎｄＲ．Ｌａｎｇｅｒ（ｅｄｓ），１９９０，「ＢｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅＰｏｌｙｍｅｒｓａｓＤｒｕｇＤｅｌｉｖｅｒｙＳｙｓｔｅｍｓ」ｉｎ：ＤｒｕｇｓａｎｄｔｈｅＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｖｏｌ．４５，Ｍ．Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹに見出すことができる。代替としてまたは追加として、ウイルス、プラスミド、またはウイルスベクターは、投与及び有効性を向上させるためにマイクロカプセル化することができる。抗原をマイクロカプセル化するための方法は、当該技術分野で周知であり、例えば、米国特許第３，１３７，６３１号、米国特許第３，９５９，４５７号、米国特許第４，２０５，０６０号、米国特許第４，６０６，９４０号、米国特許第４，７４４，９３３号、米国特許第５，１３２，１１７号、及び国際特許公開第ＷＯ９５／２８２２７号（これらは全て、参照により本明細書に組み込まれる）に記載される技術を含む。

リポソームもまた、ウイルス、プラスミド、ウイルスタンパク質、またはウイルスベクターの徐放を提供するために使用され得る。リポソーム製剤の作製方法及び使用方法に関する詳細は、特に、米国特許第４，０１６，１００号、米国特許第４，４５２，７４７号、米国特許第４，９２１，７０６号、米国特許第４，９２７，６３７号、米国特許第４，９４４，９４８号、米国特許第５，００８，０５０、及び米国特許第５，００９，９５６号に見出すことができ、これらは全て、参照により本明細書に組み込まれる。

上記ワクチンのいずれかの有効量は、低用量のウイルス、ウイルスタンパク質、プラスミド、またはウイルスベクターから開始して、その後、効果をモニタリングしながら投薬量を増加させる、従来の手段によって決定することができる。有効量は、ワクチンの単回投与後に、またはワクチンの複数回投与後に得ることができる。動物当たりの最適な用量を決定する場合、既知の要因を考慮に入れることができる。これらは、動物の種、サイズ、年齢、及び全身状態、動物における他の薬剤の存在等を含む。実際の投薬量は、好ましくは、他の動物実験の結果を考慮してから選択される。

適切な免疫応答が達成されたかどうかを検出する１つの方法は、ワクチン接種後の動物におけるセロコンバージョン及び抗体力価を決定することである。ワクチン接種のタイミング、及び、もしある場合、ブースター投与の数は、好ましくは、全ての関連要因の分析に基づいて医師または獣医師によって決定され、それらのいくつかは前述している。

本発明のウイルス、タンパク質、感染性ヌクレオチド分子、プラスミド、またはウイルスベクターの有効な投与量は、ワクチン接種される動物の体重等の当業者によって決定され得る要因を考慮に入れて、既知の技術を用いて決定することができる。本発明のワクチン中の本発明のウイルスの投与量は、好ましくは、約１０^１〜約１０^９ｐｆｕ（プラーク形成単位）、より好ましくは約１０^２〜約１０^８ｐｆｕ、最も好ましくは約１０^３〜約１０７ｐｆｕの範囲である。本発明のワクチン中の本発明のプラスミドの投与量は、好ましくは、約０．１μｇ〜約１００ｍｇ、より好ましくは約１μｇ〜約１０ｍｇ、さらにより好ましくは約１０μｇ〜約１ｍｇの範囲である。本発明のワクチン中の本発明の感染性ＤＮＡ分子の投与量は、好ましくは約０．１μｇ〜約１００ｍｇ、より好ましくは約１μｇ〜約１０ｍｇ、さらにより好ましくは約１０μｇ〜約１ｍｇの範囲である。本発明のワクチン中の本発明のウイルスベクターの投与量は、好ましくは約１０^１ｐｆｕ〜約１０^９ｐｆｕ、より好ましくは約１０^２ｐｆｕ〜約１０^８ｐｆｕ、さらにより好ましくは約１０^３〜約１０^７ｐｆｕの範囲である。好適な投薬量サイズは、約０．５ｍｌ〜約１０ｍｌ、より好ましくは約１ｍｌ〜約５ｍｌの範囲である。

本発明の実施に応じたウイルスタンパク質またはペプチドワクチンに好適な用量は、通常は、用量当たり１〜５０マイクログラムの範囲であるか、または標準的な方法によって決定され得るそれより多い量であり、アジュバントの量は、それぞれのそのような物質に関して認められている方法によって決定される。豚のワクチン接種に関連する本発明の好ましい例において、動物の最適な年齢標的は、約１日〜２１であり、これは、離乳前に、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｈｙｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対するワクチン等の他の予定されているワクチン接種にも対応し得る。さらに、繁殖用経産豚向けワクチンの好ましいスケジュールは、年１回の再ワクチン接種スケジュールを用いた同様の用量を含む。
投薬
好ましい臨床的適応は、分娩前の繁殖用経産豚及び未経産豚の両方における治療、管理、及び予防であり、その後の子豚のワクチン接種である。代表的な例において（経産豚及び未経産豚の両方に適用可能）、２つの２ＭＬ用量のワクチンが使用されるが、当然、用量の実際の体積は、動物のサイズも考慮に入れながら、０．１〜５ＭＬの範囲の実際の投与量を用いてワクチンがどのように製剤化されるかの関数である。単回用量のワクチン接種もまた適切である。

第１の用量は、早ければ種付け前から分娩前５週間にかけて投与されてもよく、第２の用量は、好ましくは分娩前約１〜３週に投与される。ワクチンの用量は、好ましくは約１０^６〜１０^８、より好ましくは約１０^７〜１０^７．５のＴＣＩＤ_５０（組織培養感染量）に対応するウイルス材料の量を提供し、当該技術分野で認識されるように、さらに変化させてもよい。ブースター用量は、任意の後続の分娩前２〜４週間に投与され得る。筋肉内ワクチン接種（全ての用量）が好ましいが、用量のうちの１つ以上は皮下投与されてもよい。経口投与もまた好ましい。ワクチン接種はまた、計画感染または自然感染によって達成されるように、ナイーブ動物及び非ナイーブ動物において有効であり得る。

さらなる好ましい例において、経産豚または未経産豚は、分娩前５週間、次いで分娩前２週間に、筋肉内にまたは経口的にワクチン接種される。これらの条件下で、ＰＥＤＶ陰性のワクチン接種した経産豚に中和活性を有する抗体が生じ（血清試料から蛍光フォーカスにより測定した中和力価）、これらの抗体が子豚に受動的に移行されたことから、防御免疫応答が証明され得る。本発明のプロトコルは、既に血清陽性である経産豚及び未経産豚、また同様に子豚及び種豚の治療にも適用可能である。また、ブースターワクチン接種が行われてもよく、それらは異なる投与経路を介してもよい。任意の後続の分娩前に母豚に再度ワクチン接種することが好ましいが、たとえ母豚が前回の分娩に関連してワクチン接種されたのみであっても、本発明のワクチン組成物は、それでもなお、継続的な抗体の受動的移行を介して子豚に保護を提供することができる。

その後、子豚は、早ければ出生１日目にワクチン接種されてもよいことに留意されたい。例えば、特に雌親豚が種付け前にワクチン接種されたが、分娩前にはワクチン接種されなかった場合、１日目に子豚にワクチン接種を行い、３週齢でブースター投与をしてもまたはしなくてもよい。子豚のワクチン接種はまた、自然感染または計画感染のいずれかに起因して、雌親豚が以前にナイーブではなかった場合にも有効であり得る。子豚のワクチン接種は、母豚が以前にウイルスに曝露されたことがないか、または分娩前にワクチン接種されていない場合にも有効であり得る。種豚（典型的には種付け目的で飼育される）は、６ヶ月ごとに１回ワクチン接種されるべきである。投与量の変動は、当該技術分野の実施内である。本発明のワクチンは、妊娠中の動物（全ての妊娠期間）及び新生豚における使用に安全であることに留意されたい。本発明のワクチンは、たとえ最も感受性の高い動物（この場合も同様に新生豚を含む）であっても許容される安全なレベル（すなわち、死亡が見られず、新生豚にとって正常な一過性の軽度の単数または複数の臨床徴候のみ）まで弱毒化される。当然のことながら、ＰＥＤＶの流行及び持続性の低レベルＰＥＤＶの発生の両方から豚の群れを保護するという観点からすれば、継続的な経産豚のワクチン接種プログラムが非常に重要である。ＰＥＤＶＭＬＶで免疫した経産豚または未経産豚は、ＰＥＤＶ特異的ＩｇＡを含む免疫を子豚に受動的に移行し、ＰＥＤＶに関連する疾患及び死亡から子豚を保護することを認識されたい。さらに、通常、ＰＥＤＶＭＬＶで免疫した豚は、それらの糞便中に排出されるＰＥＤＶの量及び／もしくは期間が少ないか、またはＰＥＤＶから保護され、さらに、ＰＥＤＶＭＬＶで免疫した豚は、ＰＥＤＶに起因する体重減少及び体重増加失敗から保護され、さらに、ＰＥＤＶＭＬＶは、ＰＥＤＶ移行サイクルを停止または制御する補助となる。

また、本発明のワクチンを接種した動物は、２１日以下等の任意の大幅な屠殺保留期間を置かずに、即座にヒトの食用にも安全であることに留意されたい。
治療的に提供される場合、ワクチンは、実際の感染の徴候が検出されてから、有効量で提供される。既存の感染症を治療するための投与量は、用量当たり約１０〜１０^６ｌｏｇ_１０ＴＣＩＤ_５０またはそれ以上のウイルス（ワクチン放出の最小免疫量）を含む。組成物は、レシピエントがその投与に耐容性を示す場合に「薬理学的に」許容されると言える。そのような組成物は、投与される量が生理学的に有意である場合、「治療的にまたは予防的に有効な量」で投与されると言える。

少なくとも１つの本発明のワクチンまたは免疫原性組成物が、本明細書に記載される薬学的組成物を使用して、意図される目的を達成する任意の手段によって投与され得る。例えば、そのような組成物の投与経路は、非経口、経口、口腔鼻、鼻腔内、気管内、局所的、皮下、筋肉内、経皮的、皮内、腹腔内、眼内、及び静脈内投与によるものであり得る。本発明の一実施形態において、組成物は、筋肉内に投与される。非経口投与は、ボーラス注射、または経時的な段階的灌流によるものであり得る。注射器、スポイト、無針注入デバイス、パッチ等を含む任意の好適なデバイスが、組成物を投与するために使用されてもよい。使用のために選択される経路及びデバイスは、アジュバントの組成、抗原、及び対象に依存し、それらは当業者に周知である。経口、または代替として皮下の投与が好ましい。経口投与は、水を介して、または飼料（固形または液体試料）を介して直接的であり得る。液体形態で提供される場合、（混合するかまたは上に乗せて）試料に直接加えるために、または別様に水もしくは液体試料に加えられるように、ワクチンは、凍結乾燥され、再構成によってペーストとして提供され得る。
大規模ウイルス産生に適したＶｅｒｏ細胞の作製
本発明のウイルスは、ワクチン産生のために承認されたＶｅｒｏ細胞ストック中で都合よく増殖させることができる。安全かつ承認された細胞ストックを作製するために、Ｖｅｒｏ細胞のバイアルをさらなる継代に供した。コムギを含むＰＭＥＭに細胞を４回通過させ、マスター細胞ストック（ＭａｓｔｅｒＣｅｌｌＳｔｏｃｋ（ＭＣＳ））ロット「１８３４４３０」を生成した。ＭＣＳは、ＰＧＭ−ＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＱｕａｌｉｔｙＣｏｎｔｒｏｌ；Ｌｉｎｃｏｌｎ，ＮＥにおけるＣＦＲ及びＥＰの９つの要件に従って検査した。ＭＣＳの試験は、無菌性、マイコプラズマを含んでいないこと、及び外来物質について満足の行くものであった。したがって、ＰＦ−ＶｅｒｏＭＣＳロット「１８３４４３０」は、確認試験のためのＣｅｎｔｅｒｆｏｒＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＢｉｏｌｏｇｉｃｓＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（ＣＶＢ−Ｌ）への提出に適していると見なされた。

種子由来及び継代歴は、以下の通りである。包括的なＶｅｒｏ細胞のプレマスター細胞ストックを以前に凍結させた。細胞ストックの作製のために、１％ウシ血清（商品番号００−０７１０−００、ＢＳＥ対応）及び３ｍＭＬ−グルタミンを含有するＰＭＥＭ（Ｌｉｎｃｏｌｎ商品番号００−０７７９−００）中で細胞を増殖させた。それらは、ＶｅｒｏＷＣＳ継代番号１３６、ロット番号０７１７００ＭＣＳ＋３、２８−Ｊｕｌ−００に由来していた。新しいプレマスター細胞ストックを、元の包括的なＶｅｒｏマスター細胞ストックからのＭＣＳ＋３３である継代番号１６６で凍結させた。ＭＣＳ「１８３３４４０」を、ＶｅｒｏＫＺＯｐｒｅＭａｓｔｅｒとして特定されたプレマスターから作製し、全てのロットの培養物は、コムギ、１．０％Ｌ−グルタミン、及び１．０％子牛血清を含むＰＭＥＭ中で増殖させた。２００８年８月１４日に、１５０ｃｍ２のＴフラスコに細胞を植え付けた（継代番号１６７）。３６．１℃の５．０％ＣＯ２中で、７日間フラスコをインキュベートし、次いで増殖させた（継代番号１６８）。４日後にフラスコが１００％の培養密度に達した後、培養液を８５０ｃｍ２のローラーボトル内に継代した（番号１６９）。ＣＯ２を用いずに、０．１２５〜０．２５０ｒｐｍ、３６．１℃でローラーをインキュベートした。４日後、ローラーの最終継代（番号１７０）を行った。２００８年９月２日、１０．０％子牛血清及び１０．０％ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を濃縮細胞懸濁液に加えることにより凍結保存を完了した。バイアルには、継代レベル番号１７０と標示した。４．２ｍｌを収容する全部で２３１個の容器を制御速度冷凍庫内に入れ、気相で長期保存するための液体窒素タンク内に移した。ＭＣＳは、抗生物質を使用せずに作製した。ＭＣＳの作製に使用した全ての試薬は、国内及び世界市場で認可された抗原産生に使用するためにＰｆｉｚｅｒＧｌｏｂａｌＭａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇから供給された。ＭＣＳは、Ｐｆｉｚｅｒ’ｓＭａｓｔｅｒＳｅｅｄＦａｃｉｌｉｔｙ、Ｌｉｎｃｏｌｎ，Ｎｅｂｒａｓｋａによって作製された。

無菌性試験は以下の通りであった。２００８年９月２９日から２００８年１０月１３日まで、９ＣＦＲ（０２６−ＳＴ０）及びＥＰ２．６．１に従ってＭａｓｔｅｒＣｅｌｌＳｔｏｃｋを試験した。ＭＣＳには、細菌及び真菌汚染のないことが分かった。

マイコプラズマ試験及び外来性試験は、以下のように施行した。ＭＣＳは、９ＣＦＲ（０２８−ＰＵ０）及びＥＰ２．６．７に従って検査した。ＭＣＳにはいずれのマイコプラズマ汚染もないことが分かった。外来性試験は、９ＣＦＲ１１３．５２に従って、ＮＬ−ＢＴ−２（ウシ）、Ｖｅｒｏ、ＮＬ−ＥＤ−５（ウマ）、ＮＬ−ＳＴ−１（ブタ）、ＮＬ−ＤＫ（イヌ）、ＮＬ−ＦＫ（ネコ）細胞を用いて完了した。ＭＣＳは、ＭＧＧ、ＣＰＥ、及びＨＡｄに対して陰性であり、ＦＡによりＢＶＤ、ＢＲＳＶ、ＢＰＶ、ＢＡＶ−１、ＢＡＶ−５、狂犬病、Ｒｅｏ、ＢＴＶ、ＥＲＶ、ウマ動脈炎、ＰＰＶ、ＴＧＥ、ＰＡＶ、ＨＥＶ、ＣＤ、ＣＰＶ、ＦＰＬ、及びＦＩＰに陰性を示した。ＭＣＳをＥＬＩＳＡによりＦＩＶについて試験したところ、満足の行くものであることが分かった。

ＥＰ外来性試験は、５．２．４（５２−２００２）に従った。ウシＮＬ−ＢＴ−２及びＢＫ（一次）、Ｖｅｒｏ、ＮＬ−ＥＤ−５（ウマ）、ＮＬ−ＳＴ−１（ブタ）、ＭＡＲＣＭＡ１０４、ＮＬ−ＤＫ（イヌ）、ＮＬ−ＦＫ（ネコ）細胞を用いた外来性試験は、ＭＧＧ、ＣＰＥ、ＨＡｄに対して陰性であり、ＦＡによりＢＶＤ、ＢＰＶ、ＢＡＶ−１、ＢＡＶ−５、ウシコロナウイルス、ウシロタウイルス、ＢＨＶ−３、ＰＩ３、ＩＢＲ、ＢＲＳＶ及びＢＥＶ−１、Ｒｅｏ、ＢＴＶ、ＥＲＶ、ウマ動脈炎、ＰＰＶ、ＰＲＶ、ＴＧＥ、ＨＥＶ、ＰＡＶ、Ｐ．ロタＡ１、ロタＡ２、ＰＲＲＳＶ、ＣＤ、ＣＰＩ、ＣＡＶ−２、はしか、Ｃ．ロタ、狂犬病、ＣＣＶ、ＦＰ、ＦＣＶ、ＦＶＲ、ＦＩＰ、及びＦｅＬＶに陰性を示した。
本発明のポリペプチド及びポリヌクレオチド
本発明の代表的な実施形態は、（ａ）ＯＲＦ１ａ／１ｂポリタンパク質、ＰＥＤＶスパイクタンパク質（好ましくはドメイン１）、ＯＲＦ３タンパク質、エンベロープタンパク質、膜タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、または前記タンパク質の断片（複数可）をコードする（配列番号１、２、３、８、１５、３５、３６、３７、３９、及び／もしくは５９〜７７）、またはその断片；（ｂ）（ａ）の任意の配列の相補体；（ｃ）６５℃の０．５ＭＮａＨＰＯ_４、７％ＳＤＳ、１ｍＭＥＤＴＡ中でのフィルタ結合ＤＮＡとのハイブリッド形成、及び６８℃の０．１×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ中での洗浄として定義されるストリンジェントな条件下で、（ａ）または（ｂ）の配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド；（ｄ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも７０％同一なポリヌクレオチド；（ｅ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド；（ｆ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも９０％同一なポリヌクレオチド；及び（ｇ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドと少なくとも９５％同一なポリヌクレオチド、からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む単離されたポリヌクレオチド配列を含む。好ましい実施形態において、ポリヌクレオチドは、第２の異種ポリヌクレオチド配列を含む。

本発明はまた、配列番号１、２、３、８、１５、３５、３６、３７、３９、５９〜７８、それらの組み合わせの遺伝子型のオープンリーディングフレームのいずれかによってコードされるポリペプチド、または該ポリペプチド、そのドメイン、もしくはその断片と少なくとも９０％同一であるポリペプチドを提供し、他の点では同一な追加のアミノ酸が保存的置換によって置き換えられるという選択肢を含む。

本発明はまた、本発明の変異ＰＥＤＶ株、好ましくはスパイクタンパク質、もしくはより好ましくはスパイクタンパク質Ｓ１ドメインのオープンリーディングフレームのいずれかによってコードされるポリペプチド、または該ポリペプチド、もしくはその断片と少なくとも９０％同一であるポリペプチドを提供し、他の点では同一な追加のアミノ酸が保存的置換によって置き換えられるという選択肢を含む。

好ましい実施形態において、ポリペプチドは、本発明の変異ＰＥＤＶ株のスパイクタンパク質のＳ１領域の最初の１１７０ヌクレオチドから発現される。
さらに好ましい実施形態において、抗原が、配列番号１、２、３、８、１５、３５、３６、３７、３９、５９〜７７、それらの組み合わせ、またはその免疫原性断片のオープンリーディングフレームによってコードされるタンパク質によって定義される、ＰＥＤＶポリペプチドに基づくワクチンがさらに提供される。さらなる実施形態は、抗原が、配列番号２３〜３４、４０〜５８のヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む。
さらなる遺伝子操作
本発明によって提供されるポリヌクレオチド及びアミノ酸配列情報は、ウイルス遺伝子及びそれらのコードされた遺伝子産物の構造及び機能の系統的解析も可能にする。本発明のウイルス遺伝子産物をコードするポリヌクレオチドに関する知識もまた、本発明のポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドを認識してそれにハイブリダイズするアンチセンスポリヌクレオチドを利用可能にする。全長及び断片アンチセンスポリヌクレオチドが、この点において有用である。当業者は、本発明の断片アンチセンス分子が、（ｉ）特定のＲＮＡを特異的に認識してそれにハイブリダイズするもの（本発明のウイルスポリペプチドをコードするＤＮＡの配列比較によって決定される）、及び（ｉｉ）コードされたタンパク質の変異体をコードするＲＮＡを認識してそれにハイブリダイズするものを含むことを理解するであろう。他のＰＥＤＶペプチドをコードするＲＮＡ／ＤＮＡにハイブリダイズするアンチセンスポリヌクレオチドもまた、分子群に関する特徴的な配列または代表的な配列を同定するための配列比較によって同定可能であり、さらにはＰＥＤＶポリペプチド中の抗原性ドメインの試験における使用に役立ち、サーコウイルス科の関連性の低い非ＰＥＤＶメンバーによる宿主動物の感染と区別するためにも使用され得る。

本発明の構築物のための、酵母及びＥ．ｃｏｌｉにおける発現を増強するために効果的なコドン最適化に関するガイダンスは、通常、当業者に既知である。
抗体
本発明によってさらに企図されるのは、抗ＰＥＤＶ抗体（例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、一本鎖抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、豚抗体、及び本発明のＰＥＤＶポリペプチドを特異的に認識するＣＤＲ配列を含む化合物を含む、ＣＤＲ移植抗体である。「〜に特異的」という用語は、本発明の抗体の可変領域が、ＰＥＤＶポリペプチドのみを認識してそれに結合する（すなわち、ポリペプチド群において見られる配列の同一性、相同性、または類似性にもかかわらず、関連するポリペプチドから単一のＰＥＤＶポリペプチドを識別することができる）ことを示し、またこれは、抗体の可変領域の外側の配列、具体的にはＡｂ分子の定常領域における配列との相互作用を介して、他のタンパク質（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓタンパク質Ａ、またはＥＬＩＳＡ技術における他の抗体）と相互作用することが（任意選択敵意）可能である。本発明の抗体の結合特異性を決定するためのスクリーニングアッセイは周知であり、当該技術分野においてルーチン的に実施されている。このようなアッセイの包括的な考察については、Ｈａｒｌｏｗｅｔａｌ．（Ｅｄｓ），ＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ；ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ；ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８８），Ｃｈａｐｔｅｒ６を参照されたい。本発明のＰＥＤＶポリペプチドの断片を認識してそれに結合する抗体もまた企図されるが、但し、その抗体は、上に定義したように、断片が由来する本発明のＰＥＤＶポリペプチドに対して第一にかつ最も特異的であるものとする。

明確にするために、「抗体」は、抗原に対する免疫応答の結果としての特異的抗原に結合し得る免疫グロブリン分子を指す。免疫グロブリンは、「定常」領域及び「可変」領域を有する「軽鎖」ポリペプチド鎖及び「重鎖」ポリペプチド鎖からなる血清タンパク質であり、定常領域の組成に基づいてクラス（例えば、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭ）に分けられる。抗体は、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）_２、を含む様々な形態、及び一本鎖で存在することができ、１つ以上の抗体一本鎖ポリペプチド配列の全てまたは一部を含有する合成ポリペプチドを含む。
診断キット
本発明はまた、診断キットも提供する。キットは、ＰＥＤＶウイルスの野外株に自然に感染した豚動物と、本明細書に記載されるＰＥＤＶワクチンのいずれかをワクチン接種した豚動物とを区別するために有益であり得る。キットはまた、ＰＥＤＶウイルスの野外株に感染している可能性のある動物を、臨床症状が現れる前に検出して、群れから排除することができるか、またはナイーブなもしくはワクチン接種された動物から隔離しておくことができるため、有益であり得る。キットは、特定されたＰＥＤＶウイルスの特定の成分に対する抗体の存在について、豚動物から得られる試料を分析するための試薬を含む。本発明の診断キットは、野外株には存在するが、対象となるワクチンには存在しない、またはその逆である、本発明の変異ＰＥＤＶ株からの単数もしくは複数のペプチドを構成要素として含むことができ、そのような好適なペプチドドメインの選択は、広範なアミノ酸シーケンシングによって可能となる。当該技術分野において既知であるように、本発明のキットは、融合タンパク質を介して提供されるペプチドを構成要素として代わりに含むことができる。本発明の目的のための「融合ペプチド」または「融合タンパク質」という用語は、ＰＥＤＶウイルスタンパク質の少なくとも一部、好ましくはＯＲＦ１またはＯＲＦ３と、異種ペプチドまたはタンパク質とからなる、一本鎖ポリペプチドを意味する。

以下の実施例は、上記の発明を例示することを意図するものであって、その範囲を狭めるものとして解釈されるべきではない。当業者は、実施例が、本発明が実施され得る多くの他の方法を示唆することを容易に認識するであろう。本発明の範囲内に属する一方で、多数の変形及び修正がなされ得ることを理解されたい。

本明細書に開示される全ての発明は、発明者のそれぞれの譲受人、ＩｏｗａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、及びＺｏｅｔｉｓＳｅｒｖｉｃｅｓＬＬＣの間に存在する共同研究契約（３５ＵＳＣ１００（ｈ）、３７ＣＦＲ１．９（ｅ）に定められる）の下に行われ、したがって、発明者は、３７ＣＦＲ１．１０４（Ｃ）（４）（５）によって与えられる審査保護（ｅｘａｍｉｎａｔｉｏｎｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎｓ）を受ける資格を有する。

実施例１
米国の豚におけるＰＥＤＶの遺伝的関連性及び分子疫学を決定するのに役立つように、ＰＥＤＶＳ１（スパイク遺伝子の最初の２．２ｋｂタンパク質）のシーケンシングを行った。シーケンシングは、２０１４年１月にＩＳＵＶＤＬにおいて、１５のＰＥＤＶ症例に対して行われた。その中でも、１０症例（ＩＳＵ症例６〜１５）からのＰＥＤＶＳ１配列は、互いに類似しており、また２０１３年に米国の豚において同定されたＰＥＤＶ株にも類似していた（９９．１〜１００％のヌクレオチド同一性）。明らかに対称的に、他の５症例（ＩＳＵ症例１〜５）からのＰＥＤＶＳ１配列は、２０１３年に米国の豚において以前に同定されたＰＥＤＶ株に対して９３．９〜９４．６％のヌクレオチド同一性を有するのみであった。

しかしながら、これら５つのＰＥＤＶ症例は、Ｓ１配列に基づいて９９．６〜１００％の互いに対するヌクレオチド同一性を共有していた。Ｓ１配列に基づく系統発生解析により、前述の１０のＰＥＤＶ症例（ＩＳＵ症例６〜１５）は、２０１３年４月以降に米国で同定されたＰＥＤＶ株と一緒にクラスタ化されたことが示された。しかしながら、前述の５つのＰＥＤＶ症例（ＩＳＵ症例１〜５）は、米国の豚において以前に同定されたＰＥＤＶ株とは非常に異なる様式でクラスタ化された（図１）。配列アライメントは、これら５つのＰＥＤＶ症例のＳ１配列が、米国で以前に同定されたＰＥＤＶウイルスと比較して、いくつかの欠失及び挿入を有していたことを示した。

この新しいウイルス分離株のＳ１遺伝子が決定されており、本明細書において配列番号１として報告される。現在入手可能なデータに基づくと、この株が、米国の豚において以前に同定されたＰＥＤＶから進化した突然変異である可能性はなさそうである。ＩＳＵＶＤＬで提供されるＰＥＤＶのリアルタイムＲＴ−ＰＣＲは、ヌクレオカプシド（Ｎ）遺伝子を標的としている。Ｎ−遺伝子は、ＰＥＤＶゲノムの保存された部分であることが分かっている。これまでのところ、ＩＳＵＶＤＬで実行されているＰＥＤＶＮ遺伝子のリアルタイムＲＴ−ＰＣＲは、これらの新しいＰＥＤＶを容易に検出していると考えられる。新しいＰＥＤＶの全長Ｎ遺伝子配列が決定されたが、それは米国において以前に同定されたＰＥＤＶに類似していた。

図２は、Ｓ１部分配列及び全ゲノム配列に基づく系統樹を示す。添付資料を参照のこと。米国の豚に加えて、ＵＳプロトタイプ型株が、韓国、カナダ、及びメキシコで検出され、ＵＳ変異ＩＮＤＥＬ型株が韓国、メキシコ、及びドイツで同定された。
実施例２
米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の少なくとも２つの遺伝的に異なる豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）株が、アメリカ合衆国で同定されている。本試験の目的は、実験的感染下において、従来の新生子豚における米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の病原性の違いを比較することである。５０匹のＰＥＤＶ陰性５日齢の豚を、各１０匹の５つの群に分け、ウイルス力価１０^４ＴＣＩＤ５０／ｍｌの３つの米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株（ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７、ＮＣ３５１４０／２０１３−Ｐ７、及びＮＣ４９４６９／２０１３−Ｐ７）、Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株（２０１４０２０６９７−Ｐ７）、及びウイルス陰性培養培地を、それぞれ、豚１匹当たり１０ｍｌで経口胃的に接種した。本試験で検査した３つ全部のＰＥＤＶプロトタイプ分離株が、それらの分岐群に関係なく、同様の病原性を示し、糞便中へのウイルス排出、ならびに肉眼的及び組織病理学的病変といった臨床徴候によって裏付けられるように、５日齢の豚に重度の腸疾患を引き起こした。３つの米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株を接種した豚と比較して、Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株を接種した豚は、糞便中へのウイルス排出、小腸、盲腸、及び結腸における肉眼的病変、小腸における組織病理学的病変、ならびに回腸における免疫組織化学染色といった臨床徴候が有意に少なかった。米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株は、接種豚において同様のウイルス血症レベルを誘導した。ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の全ゲノム配列は決定されたが、３つのＰＥＤＶ株間のビルレンスの違いの分子基盤については、逆遺伝学アプローチを用いて今後解明されなければならない。本試験は、ＰＥＤＶのビルレンス及びワクチンの弱毒化に寄与する分子機構を理解する強力な基盤を提供する。
結果
米国ＰＥＤＶの単離及び配列比較
３つの米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＮＣ３５１４０／２０１３、米国／ＩＡ４９３７９／２０１３、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３をＶｅｒｏ細胞中で単離した。合胞体形成及び細胞剥離を含む典型的なＰＥＤＶの細胞変性効果が観察され、蛍光免疫染色によってウイルス増殖が確認された。全ての分離株は、Ｖｅｒｏ細胞中で効率的に増殖し、感染力価は、最初の１０継代で１０３〜１０６ＴＣＩＤ５０／ｍｌの範囲であった。

３つの米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＮＣ３５１４０／２０１３−Ｐ７、米国／ＩＡ４９３７９／２０１３−Ｐ７、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３−Ｐ７の全ゲノム配列を決定し、前述の米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３、及び米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４の配列と比較し、その結果を表３にまとめた。ＰＥＤＶゲノム構成及びウイルスタンパク質の推定上の機能の略図が図１２に示される。プロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７、米国／ＮＣ３５１４０／２０１３−Ｐ７、米国／ＩＡ４９３７９／２０１３−Ｐ７、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３−Ｐ７は全て、２８，０３８ヌクレオチド長のゲノムを有しており、互いに対して全ゲノムレベルで９９．７５〜９９．９１％のヌクレオチド（ｎｔ）同一性（２６〜６９ｎｔの違い）を有していた。これらのプロトタイプ分離株のスパイク遺伝子は全て、４，１６１ヌクレオチド長を有しており、互いに対して９９．５４〜９９．８８％のｎｔ同一性（５〜１９ｎｔの違い）を有していた。Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ７は、２８，０２９ヌクレオチド長のゲノムを有しており、本試験において評価される４つのプロトタイプ分離株に対して全ゲノムレベルで９９．０８〜９９．２２％のｎｔ同一性（２２０〜２５９ｎｔの違い）を有していた。それらの中でも、約６４〜９６ｎｔの違いは、ＯＲＦ１ａ／１ｂ領域、特にｎｓｐ１２及びｎｓｐ１６領域に位置していた：しかしながら、ｎｓｐ１２及びｎｓｐ１６上のこれらのｎｔ変化のほとんどは、アミノ酸レベルでの同義（サイレント）置換であった（表３）。米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株とＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株との間の顕著な違いは、スパイク遺伝子（９６．２５〜９６．３７％のｎｔ同一性、１５１〜１５６ｎｔの違い）、特にＳ１部分（９３．１４〜９３．３２％のｎｔ同一性、１４８〜１５２ｎｔの違い）に位置していた：Ｓ１部分のヌクレオチド置換は、推定されるアミノ酸の変化をもたらした（表３）。プロトタイプ分離株と比較すると、変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ７のＳ遺伝子は、３つの特徴的な欠失（１６７のＧの１−ｎｔ欠失、１７６−１８６位のＡＧＧＧＴＧＴＣＡＡＴの１１−ｎｔ欠失、及び４１６−４１８位のＡＴＡの３−ｎｔ）及び１つの挿入（４７４位と４７５位の間のＣＡＧＧＡＴの６−ｎｔ挿入）を有していた。

本試験に記載されるＰＥＤＶ分離株及び４５個のＰＥＤＶ参照配列の系統発生解析が、図６に提供される。全ゲノム配列に基づく近隣結合系統樹である図６Ａにおいて、米国ＰＥＤＶプロトタイプ型株が一緒にクラスタ化され、それはさらに分岐群１及び分岐群２に分割することができるが、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異型株は別個にクラスタ化された。全ゲノム配列に基づく最尤系統樹である図６Ｂにおいて、米国ＰＥＤＶプロトタイプ型株も分岐群１及び分岐群２にクラスタ化されたが、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異型株は、分岐群２内に別の亜系統を形成した。対照的に、Ｓ１配列に基づく近隣結合系統樹である図６Ｃ及び最尤系統樹である図６Ｄにおける系統発生的クラスタは類似していた。図６Ｃ及び図６Ｄの両方において、米国ＰＥＤＶプロトタイプ型株がクラスタ化され、それは全ゲノム配列に基づく近隣結合系統樹である図６Ａと同様に、分岐群１及び分岐群２に分割することができる：米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異型株は、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異型株と同じ挿入及び欠失のパターンをＳ遺伝子に有する欧州／ＣＶ７７７、韓国／ＳＭ９８、及び中国／ＳＤ−Ｍ等のいくつかの古典的なＰＥＤＶ分離株により密接に関連した別個の分岐部を形成した。

全ゲノムに基づく系統樹である図６Ａ、６Ｂ、またはＳ１に基づく図６Ｃ、６Ｄにかかわらず、プロトタイプ分離株ＩＮ１９３３８及びＩＡ４９３７９は分岐群１に属し、分離株ＮＣ３５１４０は分岐群２に属する。しかしながら、プロトタイプ分離株ＮＣ４９４６９は、全ゲノムに基づく系統樹である図６Ａ、６Ｂにおいて分岐群１に属するが、Ｓ１に基づく系統樹である図６Ｃ、６Ｄでは分岐群２に属する。３つのプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７（配列番号５９）、米国／ＮＣ３５１４０／２０１３−Ｐ７（配列番号６０）、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３−Ｐ７（配列番号６１）、ならびに１つのＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ７（配列番号６２）は、豚におけるそれらの病原性を比較するために選択された（表４）。

臨床評価
Ｇ１（米国／ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７）、Ｇ２（米国／ＮＣ３５１４０／２０１３−Ｐ７）、及びＧ３（米国／ＮＣ４９４６９／２０１３−Ｐ７）の全ての豚が、１ＤＰＩから軟性〜水様性の下痢を発症し、６または７ＤＰＩまで持続した。対称的に、Ｇ４（ＩＬ２０６９７）では、１ＤＰＩに、１匹の豚に軟便を伴う軽度の下痢が認められたのみであった。平均下痢スコアを図７Ａにまとめる。全体として、後述の「材料及び方法」の項に記載されるように、０〜７ＤＰは、Ｉの下痢スコアが分析されたときに、Ｇ１（Ｐ＝０．００１）及びＧ３（Ｐ＜０．０００１）の豚は、Ｇ２の豚よりも有意に高い平均下痢スコアを有していた。プロトタイプＰＥＤＶ分離株を接種したＧ１〜Ｇ３の豚は、全体として、ＰＥＤＶ変異分離株を接種したＧ４（Ｐ＜０．０００１）及びＧ５（陰性対照、Ｐ＜０．０００１）よりも有意に高い平均下痢スコアを有していた。平均下痢スコアについては、Ｇ４とＧ５との間に有意差はなかった（Ｐ＝１）。

試験全体を通して、いずれの豚からも嘔吐は観察されなかった。プロトタイプ分離株を接種したＧ１〜Ｇ３において、１）ほぼ全ての豚が試験期間中に食欲を喪失し、経管栄養が投与されなければならなかった；２）重度の脱水、粗い体毛、平坦なまたは薄い側腹部が全ての豚に観察され、約４ＤＰＩに最も重度の身体状態が見られた；３）１ＤＰＩから試験終了まで、頭を下げた状態及び横臥位を含む種々の程度の嗜眠が観察された。対称的に、変異分離株を接種したＧ４において、１）全ての豚が正常な食欲を有していた；２）脱水または嗜眠は観察されなかった；３）１ＤＰＩまたは２ＤＰＩに、９０％の豚が軽度に平坦な側腹部を有していたが、４ＤＰＩ以後、正常に回復した。全てのＧ５豚は、試験期間中、下痢、脱水、嗜眠、または食欲不振を示さず、活動的であった。

（−１）〜３ＤＰＩにかけて、ＰＥＤＶ接種豚（Ｇ１〜Ｇ４）は、Ｇ５の豚（陰性対照）と比較して有意に少ない１日平均増体重（ＡＤＧ、Ｐ≦０．０００１）を有していたが、Ｇ１〜Ｇ４の間にＡＤＧの有意差はなかった（Ｐ値は０．０８９〜１の範囲であった）（図７Ｂ）。（−１）〜７ＤＰＩにかけて、Ｇ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）は、Ｇ４（変異分離株）よりも有意に低いＡＤＧを有していた（Ｐ値は０．０１〜０．０３７の範囲であった）が、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、またはＧ４のいずれにも、Ｇ５（陰性対照）と比較してＡＤＧの有意差はなかった（Ｐ値は０．０７８〜０．８４７の範囲であった）（図７Ｂ）。
ウイルスの排出及び分布
１ＤＰＩから試験終了まで、Ｇ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）の全ての豚からの直腸スワブ試料中にＰＥＤＶＲＮＡが検出された。Ｇ４（変異分離株）において、それぞれ、１、２、３、４、５、６、及び７ＤＰＩに、５／１０、８／１０、１０／１０、５／５、５／５、３／５、及び２／５匹の豚の直腸スワブ中にＰＥＤＶＲＮＡが検出された。直腸スワブ中に排出されたウイルス１ｍｌ当たりの平均ゲノムコピー数を図７Ｃにまとめる。Ｇ１及びＧ２の豚に、１〜７ＤＰＩにかけて同様のレベル（Ｐ＝０．６０１）の糞便中へのウイルス排出が見られ、ゲノムコピー／ｍｌの数は１０７．２〜９．０の範囲であり、Ｃｔ値１６〜２２に対応する。１−２ＤＰＩに、Ｇ３の豚に最も高いレベルの糞便中へのウイルス排出が見られ（Ｃｔ１６で約１０９ゲノムコピー／ｍｌ）、７ＤＰＩには、糞便中へのウイルス排出は、Ｃｔ値２８に対応する約１０５．４ゲノムコピー／ｍｌまで徐々に減少した。対称的に、Ｇ４の豚に、１ＤＰＩに約１０２．３ゲノムコピー／ｍｌ（Ｃｔ３１．８）の糞便中へのウイルス排出が見られた：糞便中へのウイルス排出は、徐々に増加し、５ＤＰＩにピークとなり（Ｃｔ２８．８で１０５．４ゲノムコピー／ｍｌ）、次いで、７ＤＰＩに約１０１．３ゲノムコピー／ｍｌ（Ｃｔ３６．３）まで減少した。

統計分析により、Ｇ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）に、Ｇ４（変異分離株）と比較して有意に高い量の直腸スワブ中にウイルスＲＮＡ排出が見られたことが示された（Ｐ＜０．０００１）。

３ＤＰＩに剖検したＧ１〜Ｇ４の全ての豚からの血清試料中にＰＥＤＶＲＮＡが検出され、平均Ｃｔ値は、３３．２（Ｇ１）、３０．５（Ｇ２）、３１．９（Ｇ３）、及び２８．４（Ｇ４）であった。３ＤＰＩには、Ｇ１〜Ｇ４の血清中の平均ＰＥＤＶゲノムコピー数の間に有意差はなかった［Ｐ値は０．０７７〜０．６４６の範囲であった］（図７Ｄ）。７ＤＰＩに、Ｇ１〜Ｇ４の５匹の豚のうち、３〜４匹の血清試料中にＰＥＤＶＲＮＡが検出され、平均Ｃｔ値（ＰＣＲ陽性豚のみ）は、３３．５（Ｇ１）、３４．２（Ｇ２）、３７．４（Ｇ３）、及び３５．８（Ｇ４）であった。７ＤＰＩに、Ｇ４（変異分離株）の血清中のＰＥＤＶの平均ゲノムコピー数には、Ｇ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）と比較して有意差はなかった（Ｐ値は０．０５０〜０．７１７の範囲であった）（図７Ｄ）。

組織中のウイルス分布を表５にまとめる。３ＤＰＩには、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、またはＧ４にかかわらず、回腸、盲腸、結腸、及び腸間膜リンパ節中の平均ＰＥＤＶＲＮＡ濃度が、同じ接種群内の他の組織中の濃度よりも高かった。３ＤＰＩに、各組織タイプにおけるウイルスＲＮＡ濃度を４つの接種群にわたって比較したとき、Ｇ４（変異分離株）の盲腸及び結腸中のウイルスＲＮＡ濃度は、全体的にＧ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）の盲腸及び結腸中よりも有意に低かったが、Ｇ４の他の組織中のウイルスＲＮＡ濃度は、Ｇ１〜Ｇ３の対応する組織中の濃度と類似しており、Ｇ１〜Ｇ３の同じタイプの組織は同様のレベルのウイルスＲＮＡを有していた。７ＤＰＩのデータは、全体的に３ＤＰＩに関する同様の結論を支持するものであったが、但し、盲腸及び結腸中のウイルスゲノムコピー数は、Ｇ４の回腸及び腸間膜リンパ節中のゲノムコピー数よりもはるかに少なかった。

Ｇ５（陰性対照）からの全ての直腸スワブ、血清、及び組織飼料は、試験期間全体を通してＰＥＤＶのリアルタイムＲＴ−ＰＣＲで陰性であった。

略語ＤＰＩ：摂取後日数、ＭＬＮ：腸間膜リンパ節、ＰＣＲ：ポリメラーゼ連鎖反応、Ｃｔ：サイクル閾値
^＊後肢筋肉。^＋平均Ｃｔは、ＰＣＲ陽性豚（ＰＣＲＣｔ＜４５の豚）の平均Ｃｔであった。

^‡ゲノムコピー／ｍｌは、全ての豚（ＰＣＲ陽性豚及びＰＣＲ陰性豚の両方）の１ミリリットル当たりのゲノムコピー数の幾何平均であった。Ｇ１〜Ｇ４群の同じ組織タイプについて統計分析を行い、異なる文字は有意差を意味する。
肉眼的所見
３ＤＰＩに、ＰＥＤＶプロトタイプ分離株（Ｇ１〜Ｇ３）を接種したほとんどの豚において、小腸、盲腸、及び結腸組織に、時としてガス及び／または黄色味がかった液体によって拡張された、薄くて透明な壁が観察された。さらに、Ｇ１〜Ｇ３のほぼ全ての豚が、小腸、盲腸、及び結腸内に水様性内容物を含んでいた。対称的に、ＰＥＤＶ変異分離株（Ｇ４）を接種した３／５匹の豚の小腸には、軽度の薄壁が観察されたのみであり、Ｇ４の豚の盲腸または結腸には、明らかな肉眼的病変は観察されなかった。また、Ｇ４では、わずか１／５匹の豚が小腸、盲腸、及び結腸内に水様性内容物を含んでおり、他の２匹の豚は、盲腸内に半水様性含有物を有していた。統計的に、全てのＧ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）が、Ｇ４（変異分離株）及びＧ５（陰性対照）よりも有意に高い小腸、盲腸、及び結腸の内容物スコアを有していた（Ｐ値は＜０．０００１〜０．０１２７の範囲であった）（図８Ａ）。小腸、盲腸、及び結腸の内容物スコアについてＧ１〜Ｇ３間に有意差は観察されなかった（Ｐ値は０．３７２２〜１の範囲であった）（図８Ａ）。Ｇ４では、盲腸の内容物スコアのみがＧ５よりも有意に高かったが（Ｐ＝０．００３）、小腸または結腸の内容物スコアはそうではなかった［Ｐ値は０．５２５９〜１の範囲であった；図８Ａ］。全てのプロトタイプ分離株接種群（Ｇ１〜Ｇ３）が、変異分離株接種群（Ｇ４）及び陰性対照群（Ｇ５）よりも有意に高い小腸、盲腸、及び結腸の組織病変スコアを有していた（Ｐ値は０．００１２−０．０４９であった、図８Ｂ）。Ｇ１〜Ｇ３間（Ｐ値は０．１５８５〜１の範囲であった）またはＧ４〜Ｇ５間に［Ｐ値は０．４７６６〜１の範囲であった；図８Ｂ］に、小腸、盲腸、及び結腸の病変スコアの有意差はなかった。

７ＤＰＩには、Ｇ１〜Ｇ３のほとんどの豚がなおも薄壁のある及び／またはガスで膨張した小腸を有していたが、Ｇ１〜Ｇ３の約５０％のみが、薄壁のある及び／またはガスで膨張した盲腸及び結腸を有していた。Ｇ１及びＧ２の全ての豚、ならびにＧ３の４／５匹の豚が、水様性の小腸内容物を含んでいた。Ｇ１〜Ｇ３の約６０〜１００％の豚が、盲腸及び結腸内に半水様性または水様性内容物を有していた。Ｇ４では、わずか１／５匹の豚が薄壁のある小腸を有しており、いずれの豚も盲腸及び結腸に肉眼的病変を有していなかった。Ｇ４では、５／５匹、１／５匹、及び０／５匹の豚が、小腸、盲腸、及び結腸に、それぞれ、半水様性または水様性内容物を有していた。Ｇ５では、１／５匹が薄壁のある小腸、盲腸、及び結腸を有しており、３／５匹の豚が、小腸、盲腸、及び結腸内に半水様性または水様性内容物を有していた。いくつかの群間に、組織内容物スコア及び組織病変スコアに有意差が観察された（図８）。

３ＤＰＩ及び７ＤＰＩに採取した直腸スワブは、ＰＤＣｏＶ、ＴＧＥＶ、及び豚ロタウイルス（Ａ、Ｂ、及びＣ群）に対して陰性であること、また溶血性Ｅ．ｃｏｌｉ及びＳａｌｍｏｎｅｌｌａｓｐｐに対して陰性であることが確認された。
組織病理学
３ＤＰＩまたは７ＤＰＩのいずれにおいても、全ての子豚（Ｇ１〜Ｇ５）の胃、盲腸、結腸、扁桃腺、腸間膜リンパ節、心臓、肺、肝臓、脾臓、及び腎臓の切片に顕著な顕微鏡的病変は観察されなかった。

ウイルス性腸炎と一致する重度の病変（例えば、絨毛腸細胞の腫脹、絨毛萎縮、粘膜固有層等の崩壊）が、３ＤＰＩ及び７ＤＰＩに剖検したＧ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）の全ての豚の小腸切片（十二指腸、空腸、及び回腸）において観察された。ウイルス性腸炎と一致する軽度の顕微鏡的病変が、３ＤＰＩに剖検したＧ４（変異分離株）の豚の小腸切片に観察されたが、７ＤＰＩに剖検したＧ４の豚の小腸切片における顕微鏡的病変は顕著ではなかった。３ＤＰＩまたは７ＤＰＩのいずれにおいてもＧ５（陰性対照）の豚の小腸切片における顕微鏡的病変は明白ではなかった。Ｇ１〜Ｇ５の３ＤＰＩに剖検した豚のＨ＆Ｅ染色した回腸切片の代表的な画像を図９Ａ〜９Ｅに示す。

絨毛高さ、陰窩深さ、及び絨毛高さ対陰窩深さ比を測定し、５つの接種群の小腸切片と比較した。３ＤＰＩに、Ｇ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）の豚は、いくつかの例外を除いて、十二指腸、近位空腸、中位空腸、遠位空腸、及び回腸に、Ｇ４（変異分離株）及びＧ５（陰性対照）よりも有意に増加した平均絨毛高さ、増加した平均陰窩深さ、及び低い平均絨毛／陰窩比を有していた（図１０）；例外は、Ｇ２及びＧ４の十二指腸における絨毛高さと絨毛／陰窩との比、ならびにＧ１及びＧ４の中位空腸における陰窩深さを含む。３ＤＰＩの小腸切片における平均絨毛高さ、陰窩深さ、及び絨毛／陰窩比は、プロトタイプ分離株（図１０）を接種した３つの群Ｇ１〜Ｇ３にわたって全体的に類似していた。３ＤＰＩの小腸切片の平均陰窩深さには、Ｇ４（変異分離株）とＧ５（陰性対照）との間に有意差はなかったが、Ｇ４の豚は、Ｇ５の豚と比較して、３ＤＰＩの十二指腸、中位、及び遠位空腸、ならびに回腸において有意に低下した平均絨毛高さ及びより低い平均絨毛／陰窩比を有していた（図１０）。

７ＤＰＩに、小腸切片の平均絨毛高さ及び絨毛／陰窩比は、３つの群Ｇ１〜Ｇ３にわたって全体的に類似していた（図１１Ａ〜１１Ｄ）。Ｇ１〜Ｇ３の豚は、全体として、小腸切片において、７ＤＰＩのＧ４及びＧ５の豚よりも有意に低下した平均絨毛高さ及びより低い絨毛／陰窩比を有していた（図１１Ａ、１１Ｃ）。興味深いことに、７ＤＰＩの平均絨毛高さは、Ｇ４（変異分離株）とＧ５（陰性対照）との間に有意差がないか、またＧ４においてＧ５よりも有意に高いかのいずれかであった（図１１Ａ）。７ＤＰＩの平均絨毛／陰窩比には、近位、中位、及び遠位空腸、ならびに回腸においてＧ４とＧ５との間に有意差はなかったが、十二指腸における平均絨毛／陰窩比には、Ｇ４とＧ５との間に有意差が見られた（図１０Ｃ）。７ＤＰＩにおける平均陰窩深さの比較を図１１Ｂに表す。平均陰窩深さは、全ての小腸切片においてプロトタイプ分離株接種群Ｇ２とＧ３との間で類似しており、Ｇ２及びＧ３は、陰性対照群Ｇ５と比較して有意により長い陰窩深さを有していた。別のプロトタイプ分離株接種群Ｇ１は、陰性対照群Ｇ５とプロトタイプ分離株接種群Ｇ２及びＧ３との間の平均陰窩深さ値を有していた。変異分離株接種群Ｇ４は、陰性対照群Ｇ５と比較して有意に増加した十二指腸、近位及び遠位空腸における平均陰窩深さを有していたのに対し、Ｇ４は、小腸切片のほとんどにおいてＧ１、Ｇ２、及びＧ３と類似した平均陰窩深さを有していた。
免疫組織化学（ＩＨＣ）
３ＤＰＩに、５つ全ての接種群の回腸、盲腸、及び結腸の連続切片に対して、ＰＥＤＶ特異的ＩＨＣ染色を行った。Ｇ５（陰性対照）の５匹の豚のいずれも、回腸、盲腸、または結腸においてＩＨＣ陽性ではなかった。Ｇ１〜Ｇ４の各々の５匹全部の豚は、回腸においてＩＨＣ陽性であり、平均ＩＨＣスコアは、３．９（Ｇ１）、３．７（Ｇ２）、３．８（Ｇ３）、及び２．５（Ｇ４）であった。回腸の平均ＩＨＣスコアは、Ｇ１〜Ｇ３にわたって類似していたが、Ｇ４よりも有意に高かった（図１０Ｄ）。盲腸のＩＨＣ染色に関して、５／５（Ｇ１）、４／５（Ｇ２）、５／５（Ｇ３）、及び３／５（Ｇ４）匹の豚が陽性であり、Ｇ１〜Ｇ４の間の平均ＩＨＣスコアに有意差はなかった（図１０Ｄ）。結腸の場合、５／５（Ｇ１）、４／５（Ｇ２）、４／５（Ｇ３）、及び２／５（Ｇ４）匹の豚がＩＨＣ染色陽性であったが、平均ＩＨＣスコアにはＧ１〜Ｇ４の間の有意差はなかった（図１０Ｄ）。代表的なＰＥＤＶＩＨＣ染色画像を図９Ｆ〜９Ｔに示す。

７ＤＰＩに、回腸の連続切片に対してＰＥＤＶ特異的ＩＨＣ染色を行った。軽度の／わずかなＩＨＣ染色がＧ１及びＧ２において観察されたが、Ｇ３、Ｇ４、及びＧ５において染色は観察されなかった（図１１Ｄ）。
考察
配列解析により、少なくとも２つの遺伝的に異なるＰＥＤＶ株が米国で循環していることが立証されており（Ｖｌａｓｏｖａｅｔａｌ．，２０１４；Ｗａｎｇｅｔａｌ．，２０１４）、それらは、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及び米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株と称される。米国プロトタイプＰＥＤＶは、系統発生的に分岐群１及び分岐群２にさらに分割することができる。全ゲノム配列に基づく系統発生解析において、米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異型ＰＥＤＶは、近隣結合系統樹内では分岐群１及び分岐群２とは別個にクラスタ化されたが、最尤系統樹内では分岐群２内に別の亜系統を形成した（図６Ａ、６Ｂ）。このことは、系統発生解析ツール及び系統樹構築法が、分析結果にある程度の違いをもたらし得ることを示唆している：したがって、系統発生解析に用いられるツール及び方法を明確に指示することによって慎重に結論が導き出されるべきである。米国プロトタイプＰＥＤＶの中でも、あるものは、全ゲノムに基づく系統樹であろうとＳ１に基づく系統樹であろうとそれに関係なく、常に分岐群１または分岐群２に属するが、あるもの（例えば、ＮＣ４９４６９及びＭｉｎｎｅｓｏｔａ６２）は、全ゲノムに基づく系統樹内では分岐群１に属するが、Ｓ１に基づく系統樹内では分岐群２に属する（図６）。それはおそらく、ＮＣ４９４６９及びＭｉｎｎｅｓｏｔａ６２ＰＥＤＶのＳ１配列は分岐群２により密接に関連しているが、残りのゲノム配列が分岐群１のＰＥＤＶにより密接に関連しているためである。我々のグループは、上記の各カテゴリーに属する種々のＰＥＤＶを細胞培養において単離してきたため、種々の米国プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶの病原性を比較することができる。

研究により、新生子豚が離乳豚よりもＰＥＤＶ感染に対する感受性が高く、ＰＥＤＶ感染は、新生児において離乳豚よりも高い疾患重症度をもたらすことが証明されている（Ｊｕｎｇｅｔａｌ．，２０１５ａ；Ｔｈｏｍａｓｅｔａｌ．，２０１５）。したがって、感度性の高い５日齢の新生子豚モデルが、本試験における病原性比較のために選択された。３つの米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株（米国／ＩＮ１９３３８／２０１３、米国／ＮＣ３５１４０／２０１３、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３）の中で、米国／ＮＣ３５１４０／２０１３−Ｐ７分離株によってもたらされた平均下痢スコアは、米国／ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３−Ｐ７分離株によってもたらされたものよりも低かったが、３つのプロトタイプ分離株は、類似したウイルス排出、肉眼的病変、組織病理学的病変、及びＩＨＣ染色を有していた。全体として、我々は、本試験で評価した３つの米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株は、それらの系統分岐群にかかわらず、新生子豚において同様の病原性を有すると結論付けた。対称的に、本試験のデータは、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ７が、３つの米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７、米国／ＮＣ３５１４０／２０１３−Ｐ７、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３−Ｐ７と比較して、有意に低下した臨床徴候、糞便中へのウイルス排出、小腸、盲腸、及び結腸における肉眼的病変、小腸における組織病理学的病変、ならびに回腸のＩＨＣスコアを有していたことを明確に証明している。他のグループによる最近の実験研究でも、Ｓ−ＩＮＤＥＬＰＥＤＶが、３〜４日齢の豚または１週齢の豚において米国プロトタイプ株と比較して全体的に低い病原性を有していたことが証明された（Ｌｉｎｅｔａｌ．，２０１５ａ；Ｙａｍａｍｏｔｏｅｔａｌ．，２０１５）。しかしながら、Ｌｉｎらの研究では、米国Ｓ−ＩＮＤＥＬＩｏｗａ１０６株を接種した３組の同腹子豚は死亡率ゼロを示したが、同じウイルス株を接種した１組の同腹子豚が７５％の死亡率を示したことが観察されている（Ｌｉｎｅｔａｌ．，２０１５ａ）。彼らは、雌豚の健康状態が初乳／乳汁の産生に直接影響し得るため、それらの子豚の感染結果に影響を及ぼすという仮説を立てた（Ｌｉｎｅｔａｌ．，２０１５ａ）。野外で観察されたＳ−ＩＮＤＥＬＰＥＤＶのビルレンスは、農場及び国によって異なる。米国では、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株ＯＨ８５１の感染は、農場の哺乳子豚にはごくわずかな臨床徴候を引き起こしただけであった（Ｗａｎｇｅｔａｌ．，２０１４）。ドイツでは、２ヶ所の雌豚農場が、米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異体ＯＨ８５１に対して全ゲノムレベルで９９．４％のヌクレオチド同一性を有するＳ−ＩＮＤＥＬＰＥＤＶに感染した：しかしながら、哺乳子豚における臨床徴候の重症度及び死亡率は、２つの農場間で有意に異なっていた（Ｓｔａｄｌｅｒｅｔａｌ．，２０１５）。矛盾する所見に寄与する要因は、まだ明確に特定されていない。しかし、Ｓ−ＩＮＤＥＬＰＥＤＶの中でも、ウイルスの源（野生型または細胞培養適応ウイルス）、接種／感染量、動物／環境の条件、及びヌクレオチド／アミノ酸の多様性が、種々の実験研究と野外発生との間に観察された不一致に寄与した可能性がある。さらに、ＰＥＤＶの病原性は、年齢依存性であり得る。離乳豚、仕上げ期の豚、未経産豚、及び経産豚におけるＳ−ＩＮＤＥＬＰＥＤＶ変異体の病原性についてのさらなる調査が正当化される。

研究により、ウイルス血症は、米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株による感染の急性期に起こり得ることが示されている（Ｊｕｎｇｅｔａｌ．，２０１４；Ｍａｄｓｏｎｅｔａｌ．，２０１６）。本試験において、我々は、血清試料中のＰＥＤＶＲＮＡも検出した。さらに、ＰＥＤＶ変異分離株と３つのプロトタイプ分離株とは、本試験の条件下で同様のウイルス血症レベルを有していた。ＰＥＤＶは、絨毛の腸細胞に感染し、絨毛萎縮及び吸収不全性の下痢を引き起こす、腸管病原性コロナウイルスである。ある程度の量のＰＥＤＶは、完全には理解されていない機構によって血流に入り得る。しかし、ＰＥＤＶは、血流中で積極的に複製するとは考えられておらず、ウイルス血症レベルは、必ずしもビルレンス／病原性と相関していない可能性もある。本試験中、小腸、盲腸、結腸、及び腸間膜リンパ節において高レベルのＰＥＤＶＲＮＡが検出されたのに対し、プロトタイプまたはＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶのいずれかを接種した豚の非腸管組織（扁桃腺、心臓、肺、肝臓、脾臓、腎臓、及び筋肉）には、低レベルのＰＥＤＶＲＮＡが検出された。以前の研究で、ＰＥＤＶのウイルス抗原（米国プロトタイプ分離株）が、小腸、腸間膜リンパ節、ならびにいくつかの結腸及び脾臓組織中に検出された（Ｊｕｎｇｅｔａｌ．、２０１５ｂ；Ｊｕｎｇｅｔａｌ．、２０１４；Ｍａｄｓｏｎｅｔａｌ．、２０１６）が、他の非腸管組織、例えば、肺、心臓、腎臓、及び肝臓は全てＰＥＤＶ抗原に対して陰性であったことが示された（Ｍａｄｓｏｎｅｔａｌ．、２０１６）。したがって、ＰＥＤＶＲＮＡの検出は、必ずしもこれらの非腸管組織の全てにおいてＰＥＤＶが複製することを意味するものではない。各臓器を採取する前に血液を排出しなかったことを考慮すると、これらの組織中のウイルスは、排除できなかった血液によるものであった可能性がある。

本試験において、ＰＥＤＶＩＨＣ染色は、接種豚の回腸、盲腸、及び結腸に対してのみ行われた。ＰＥＤＶを接種した４つの群（３つのプロトタイプ分離株及び１つの変異分離株）の中で、ＰＥＤＶＩＨＣ染色は、３ＤＰＩに、１００％の回腸、６０〜１００％の盲腸、及び４０〜１００％の結腸において観察された。回腸の平均ＩＨＣスコアは、変異分離株接種豚においてプロトタイプ分離株接種豚よりも有意に低く、小腸の肉眼的所見及び組織病理学的病変に関する観察と一致していた。盲腸及び結腸の平均ＩＨＣスコアは、変異分離株を接種した豚において３つのプロトタイプ分離株を接種した豚よりも数値的に低かったが、有意差はなかった。しかしながら、ＰＥＤＶ変異分離株接種豚は、プロトタイプ分離株接種豚と比べて少ない盲腸及び結腸における肉眼的変化を有していた。したがって、盲腸及び結腸の変化とＰＥＤＶのビルレンス／病原性との相関関係について、さらに解明される必要があるかもしれない。

ＰＥＤＶを接種した４つ全ての群Ｇ１〜Ｇ４（３つのプロトタイプ分離株及び１つの変異分離株）は、３ＤＰＩの陰性対照群Ｇ５と比較して有意により短い絨毛高さを有しており、Ｇ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）は、Ｇ４（変異分離株）と比較して有意により短い絨毛高さを有していた。これらは、米国プロトタイプ分離株及び変異ＰＥＤＶ分離株の両方が、小腸の絨毛上皮に感染して破壊することが可能であるが、米国ＰＥＤＶ変異分離株がプロトタイプ分離株よりも重症度の低い絨毛萎縮を引き起こしたことを示している。腸陰窩上皮細胞は、破壊された絨毛の腸細胞を交換する役割を果たす。３ＤＰＩには、Ｇ４（変異分離株）の平均陰窩深さにＧ５（陰性対照）との有意差はなかったが、Ｇ１〜Ｇ３（プロトタイプ分離株）の平均陰窩深さは、Ｇ４及びＧ５よりも有意に長かった。これらのことは、米国ＰＥＤＶ変異分離株によって引き起こされた軽度の絨毛萎縮が、３ＤＰＩには腸陰窩の有意な増殖及び伸長をもたらさなかったことを示唆し得る：しかしながら、腸陰窩は、プロトタイプ分離株接種群Ｇ１〜Ｇ３における重度の絨毛萎縮を修復するためにある程度まで伸長し始めていた。７ＤＰＩに、プロトタイプ分離株接種群が陰性対照群よりも長い平均陰窩深さを有していたことから、陰窩の伸長が、損傷のあった絨毛腸細胞を交換し続けたものの、絨毛上皮は正常まで回復しなかったことが示唆される。Ｇ４（変異分離株）のいくつかの小腸切片の平均陰窩深さが、７ＤＰＩにＧ５（陰性対照）よりも有意に長かったことから、Ｇ４において、後に、プロトタイプ分離株接種群Ｇ１〜Ｇ３と比較して陰窩の伸長が起きたことが示唆される。増殖した陰窩は、Ｇ４において３ＤＰＩに見られた破壊された絨毛腸細胞を最終的に回復した。ＩＨＣ染色も、これらの観察を支持していた。

試験によって、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体は、両方の株とｉｎｖｉｔｒｏで交差反応し、それらを交差中和することができることが示されている（Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，２０１６；Ｌｉｎｅｔａｌ．，２０１５ｂ）。ｉｎｖｉｖｏ試験（Ｇｏｅｄｅｅｔａｌ．，２０１５）により、７ヶ月前にＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶ感染に曝露した雌豚が、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株でチャレンジした新生子豚に部分的な保護を提供できたことが示された。別のｉｎｖｉｖｏ試験（Ｌｉｎｅｔａｌ．，２０１５ａ）では、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶに曝露した３〜４日齢の子豚が、米国プロトタイプＰＥＤＶによる後続チャレンジに対して部分的に保護を提供できたことが証明された。出願人はまた、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の両方が、離乳豚モデルにおいて２つのウイルス株に対して同種及び異種の保護を提供することができることを証明するデータも所有している。本試験中、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株は、新生豚において米国ＰＥＤＶプロトタイプ株よりも毒性が低いことが証明された。これらのデータは、集合的に、全体的な有効性を決定するためにはさらなる評価実験が必要であるものの、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株が、潜在的にＰＥＤに対する修飾生ウイルスワクチン候補であり得ることを示唆している（追加実験については実施例５及び６を参照のこと）。

米国プロトタイプとＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶとの間の顕著な配列の違いは、スパイク遺伝子、特にＳ１部分に位置している。スパイク遺伝子における配列の違いは、米国プロトタイプとＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶとの間のビルレンスの違いに一部寄与し得る。
材料及び方法
ウイルス分離株及び細胞
米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３及びＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４の単離及び特徴付けは、既に記載されている（Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，２０１４、Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，２０１６）。さらなる３つの米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＮＣ３５１４０／２０１３、米国／ＩＡ４９３７９／２０１３、及び米国／ＮＣ４９４６９／２０１３は全て、以前に記載されたウイルス単離手順に従って（Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，２０１４）、ルーチン診断のためにＩｏｗａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＤｉａｇｎｏｓｔｉｃＬａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＩＳＵＶＤＬ）に提出されて記録保存された子豚の糞便から、本試験のために得られた。ＰＥＤＶの単離、増殖、及び滴定は全て、記載されたように（Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，２０１４）Ｖｅｒｏ細胞（ＡＴＣＣＣＣＬ−８１）中で行った。本試験で用いた全てのＰＥＤＶ分離株は、豚デルタコロナウイルス（ＰＤＣｏＶ）、伝染性胃腸炎ウイルス（ＴＧＥＶ）、及び豚ロタウイルス（Ａ、Ｂ、及びＣ）、豚生殖器及び呼吸器症候群ウイルス、ならびに豚サーコウイルスに対して陰性であることが確認された。
ウイルスシーケンシング、比較配列解析、及び系統発生解析
以前に記載されたように（Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，２０１４）、ＩｌｌｕｍｉｎａＭｉＳｅｑプラットフォームを用いた次世代シーケンシングにより、本試験において記載されるＰＥＤＶ分離株の全ゲノム配列を決定し、ＳｅｑＭａｎＰｒｏバージョン１１．２．１（ＤＮＡｓｔａｒＩｎｃ、Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を用いて組み立てた。これらのＰＥＤＶ分離株の配列データを、以下の受託番号でＧｅｎＢａｎｋに寄託した：米国／ＩＮ１９３３８／２０１３［ＫＦ６５０３７１］、米国／ＮＣ３５１４０／２０１３−Ｐ７［ＫＭ９７５７３５］、米国／ＩＡ４９３７９／２０１３［ＫＭ９７５７３６］、米国／ＮＣ４９４６９／２０１３−Ｐ７［ＫＭ９７５７３７］、及び２０１４０２０６９７−Ｐ７［ＫＴ８６０５０８］。

本試験で用いた全てのＰＥＤＶ分離株の全ゲノム配列及び個々の遺伝子配列（ヌクレオチド及びアミノ酸配列）を、ＣｌｕｓｔａｌＸバージョン２．０（Ｌａｒｋｉｎｅｔａｌ．，２００７）及びＢｉｏＥｄｉｔバージョン７．０．４．１（Ｈａｌｌ，１９９９）を使用して整列させ、遺伝的類似性を比較した。本明細書に記載されるＰＥＤＶ分離株の全ゲノム及びＳ１部分（配列ＫＦ６５０３７１による遺伝子ヌクレオチド１〜２２０５）ヌクレオチド配列、ならびに世界的ＰＥＤＶ（全部で５０配列）を用いて、系統発生解析を行った。系統樹は、それぞれ、ＭＥＧＡバージョン６の距離に基づく近隣結合法及び最尤法を用いて構築した（Ｔａｍｕｒａｅｔａｌ．，２０１３）。１，０００の複製データセットに対してブートストラップ解析を行った。
実験デザイン
動物実験プロトコルは、ＩｏｗａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌＡｎｉｍａｌＣａｒｅａｎｄＵｓｅＣｏｍｍｉｔｔｅｅによって承認された（承認番号６−１４−７８２１−Ｓ、２０１４年７月１０日承認）。５０匹の５日齢の子豚を従来の飼育場から購入し、ＩｏｗａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙＡｎｉｍａｌＲｅｓｏｕｒｃｅｓの設備に送った。全ての豚は、到着時にＥｘｃｅｄｅ（登録商標）（Ｚｏｅｔｉｓ、ＦｌｏｒｈａｍＰａｒｋ，ＮｅｗＪｅｒｓｅｙ，ＵＳＡ）を筋肉内注射し、ＩＳＵＶＤＬにおいて、直腸スワブのウイルス特異的ＰＣＲによってＰＥＤＶ、ＰＤＣｏＶ、ＴＧＥＶ、及び豚ロタウイルス（Ａ、Ｂ、及びＣ群）に対して陰性であることを確認し、血清試料のウイルス特異的な間接蛍光抗体（ＩＦＡ）法によってＰＥＤＶ抗体に対して陰性であることを確認した。体重によって豚をひとまとめにし、次いで、各１０匹の５つの群に無作為に分け、硬い床の部屋１つ当たり１つの群とした。動物にはＥｓｂｉｌａｃ（Ｈａｍｐｓｈｉｒｅ，ＩＬ）液体代用乳及びヨーグルトの混合物を与え、水を自由に摂取できるようにした。１日順化させた後（子豚は６日齢）、１〜５群（Ｇ１〜Ｇ５）の豚に、３つの米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７（Ｇ１）、米国／ＮＣ３５１４０／２０１３−Ｐ７（Ｇ２）、米国／ＮＣ４９４６９／２０１３−Ｐ７（Ｇ３）、１つの米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株２０１４０２０６９７−Ｐ７（Ｇ４）、またはウイルス陰性培養培地（Ｇ５）を、それぞれ経口胃的に接種した（１０ｍｌ／豚；全てのウイルスは細胞培養において継代７代目であり、力価は１０４ＴＣＩＤ５０／ｍｌであった）（表４）。

嘔吐の存在ならびに下痢、嗜眠、及び身体状態の臨床徴候について毎日子豚を評価した。下痢の重症度は、以下の基準を用いてスコア化した：０＝正常、１＝軟便（ウシの糞状）、２＝いくらかの固形分を含む液体、３＝固形分を含まない水様性。嗜眠レベルは、正常、軽度の嗜眠（動作が緩慢、頭を下げた状態）、中程度の嗜眠（立っているが横になりたがる）、または重度の嗜眠（横臥位、瀕死）に分類した。身体状態は、正常、軽度の喪失（平坦な側腹部）、中程度（側腹部のへこみ）、または重度（背骨／肋骨の突出）に分類した。

体重は、接種前に、その後は摂取後（ＤＰＩ）３日及び７日に記録した。１日平均増体重（ＡＤＧ）は、（−１）〜３ＤＰＩ及び（−１）〜７ＤＰＩの豚について算出した。血清試料は、０、３、及び７ＤＰＩに採取した。直腸スワブは、０ＤＰＩから剖検まで各豚から毎日採取し、採取後直ちに１ｍｌのＰＢＳに浸した。３ＤＰＩに、剖検のために各群から５匹の豚を無作為に選択し、残りの豚は７ＤＰＩに剖検した。剖検時に採取した新鮮な試料及びホルマリン固定試料は以下を含んでいた：扁桃腺、心臓、肺、肝臓、脾臓、腎臓、後肢からの骨格筋、胃、腸間膜リンパ節、十二指腸、近位空腸、中位空腸、遠位空腸、回腸、盲腸，及び結腸。異なる腸部分の採取は、以前に記載されたように行った（Ｍａｄｓｏｎｅｔａｌ．，２０１４）。

剖検時には、治療群について知らされていない獣医学病理学者が、小腸、盲腸、及び結腸が肉眼的病変について検査した。組織病変を、正常、薄壁がある、及び／またはガスによる膨張に分類した。薄壁のある腸またはガスで膨張した臓器を１点としてそれぞれを数えた：薄壁及びガスによる膨張の両方が存在する場合は、２点として数えた。小腸、盲腸、及び結腸の内容物を調べ、以下の基準を用いてスコア化した：０＝正常、１＝いくらかの固形分を含む液状（半水様性）、２＝水様性。

他の病原体による同時感染の可能性を排除するために、剖検前の３ＤＰＩ及び７ＤＰＩに採取した直腸スワブを、ウイルス特異的ＰＣＲによりＰＤＣｏＶ、ＴＧＥＶ、及び豚ロタウイルス（Ａ、Ｂ、及びＣ群）について検査し、ＩＳＵＶＤＬにおけるルーチン細菌培養により溶血性Ｅ．ｃｏｌｉ及びＳａｌｍｏｎｅｌｌａｓｐｐについて検査した。
ＰＥＤＶＮ遺伝子に基づく定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって調べたウイルスの排出
ウイルスＲＮＡを、直腸スワブ、血清、及び１０％組織ホモジネートから、以前に記載されたように（Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，２０１４）抽出した。Ｐａｔｈ−ＩＤ（商標）ＭｕｌｔｉｐｌｅｘＯｎｅ−ＳｔｅｐＲＴ−ＰＣＲＫｉｔ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用し、２５μｌの全反応のＰＣＲ設定で５μｌの各ＲＮＡ鋳型を用いた。ＰＥＤＶＮ遺伝子に基づく定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲの標準曲線を作製するために使用したプライマー、プローブ、及びｉｎｖｉｔｒｏ転写ＲＮＡは、記載されている（Ｌｏｗｅｅｔａｌ．，２０１４；Ｍａｄｓｏｎｅｔａｌ．，２０１４；Ｔｈｏｍａｓｅｔａｌ．，２０１５）。標準曲線に基づいて、検査した試料中のゲノムコピー／ｍｌの単位でウイルス濃度を算出した。平均サイクル閾値（Ｃｔ）は、ＰＣＲ陽性試料に基づいて算出し、平均ウイルス濃度は、群内の全ての豚（ＰＣＲ陽性及び陰性の両方の豚）に基づいて算出した。
組織病理学
扁桃腺、心臓、肺、肝臓、脾臓、腎臓、腸間膜リンパ節、胃、十二指腸、近位空腸、中位空腸、遠位空腸、回腸、盲腸、及び結腸の組織を、１０％ホルマリンで固定し、包埋し、切片化し、ヘマトキシリン及びエオシン（Ｈ＆Ｅ）で染色し、個々の動物の識別及び治療群を知らされていない獣医学病理学者が検査した。以前に記載された手順（Ｍａｄｓｏｎｅｔａｌ．，２０１４）に従ってコンピュータ画像システムを使用して、絨毛長及び陰窩深さを、十二指腸、近位空腸、中位空腸、遠位空腸、及び回腸の３つの代表的な絨毛及び陰窩から測定した。各組織の絨毛高さ対陰窩深さ（絨毛／陰窩）の比を、平均絨毛長を平均陰窩深さで除した商として算出した。
免疫組織化学
３ＤＰＩの剖検時の回腸、盲腸、及び結腸の連続切片を、以前に記載されたように（Ｍａｄｓｏｎｅｔａｌ．，２０１４）ＰＥＤＶ特異的モノクローナル抗体（ＢｉｏＮｏｔｅ、Ｈｗａｓｅｏｎｇ−ｓｉ，Ｇｙｅｏｎｇｇｉ−ｄｏ，Ｋｏｒｅａ）を使用して、免疫組織化学（ＩＨＣ）によりＰＥＤＶ抗原について評価した。７ＤＰＩの剖検時に、ＩＨＣ染色を回腸の連続切片に対してのみ行った。ＩＨＣ抗原の検出は、以下の基準を用いて、以前に記載されたように（Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，２０１５）半定量的にスコア化した：０＝染色なし；１＝約１〜１０％の腸細胞に陽性染色；２＝約１０％〜２５％の腸細胞に陽性染色；３＝約２５％〜５０％の腸細胞に陽性染色；４＝約５０％〜１００％の腸細胞に陽性染色。
統計分析
ＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＡｎａｌｙｓｉｓＳｙｓｔｅｍ（ＳＡＳ）バージョン９．３（ＳＡＳｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｃａｒｙ，ＮＣ）を用いた全ての統計的比較には、一般化線形混合（ＧＬＩＭＭＩＸ）モデルを使用した。Ｐ値＜０．０５を統計的に有意であると定義した。全体的な糞便中へのウイルス排出レベルのＰ値［Ｌｏｇ１０（ゲノムコピー／ｍｌ）］を、ＤＰＩ及び治療を相互作用変数として用いて、また下痢スコアの分析のために類似性を用いて、０〜７ＤＰＩの治療の間で評価した。
参考文献
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Ｔｈｏｍａｓ，Ｊ．Ｔ．，Ｃｈｅｎ，Ｑ．，Ｇａｕｇｅｒ，Ｐ．Ｃ．，Ｇｉｍｅｎｅｚ−Ｌｉｒｏｌａ，Ｌ．Ｇ．，Ｓｉｎｈａ，Ａ．，Ｈａｒｍｏｎ，Ｋ．Ｍ．，Ｍａｄｓｏｎ，Ｄ．Ｍ．，Ｂｕｒｒｏｕｇｈ，Ｅ．Ｒ．，Ｍａｇｓｔａｄｔ，Ｄ．Ｒ．，Ｓａｌｚｂｒｅｎｎｅｒ，Ｈ．Ｍ．，Ｗｅｌｃｈ，Ｍ．Ｗ．，Ｙｏｏｎ，Ｋ．Ｊ．，Ｚｉｍｍｅｒｍａｎ，Ｊ．Ｊ．＆Ｚｈａｎｇ，Ｊ．（２０１５）．ＥｆｆｅｃｔｏｆＰｏｒｃｉｎｅＥｐｉｄｅｍｉｃＤｉａｒｒｈｅａＶｉｒｕｓＩｎｆｅｃｔｉｏｕｓＤｏｓｅｓｏｎＩｎｆｅｃｔｉｏｎＯｕｔｃｏｍｅｓｉｎＮａｉｖｅＣｏｎｖｅｎｔｉｏｎａｌＮｅｏｎａｔａｌａｎｄＷｅａｎｅｄＰｉｇｓ．ＰＬｏＳＯｎｅ１０，ｅ０１３９２６６．
ＶａｎＤｉｅｐ，Ｎ．，Ｎｏｒｉｍｉｎｅ，Ｊ．，Ｓｕｅｙｏｓｈｉ，Ｍ．，Ｌａｎ，Ｎ．Ｔ．，Ｈｉｒａｉ，Ｔ．＆Ｙａｍａｇｕｃｈｉ，Ｒ．（２０１５）．ＵＳ−ｌｉｋｅｉｓｏｌａｔｅｓｏｆｐｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓｆｒｏｍＪａｐａｎｅｓｅｏｕｔｂｒｅａｋｓｂｅｔｗｅｅｎ２０１３ａｎｄ２０１４．Ｓｐｒｉｎｇｅｒｐｌｕｓ４，７５６．
Ｖｌａｓｏｖａ，Ａ．Ｎ．，Ｍａｒｔｈａｌｅｒ，Ｄ．，Ｗａｎｇ，Ｑ．，Ｃｕｌｈａｎｅ，Ｍ．Ｒ．，Ｒｏｓｓｏｗ，Ｋ．Ｄ．，Ｒｏｖｉｒａ，Ａ．，Ｃｏｌｌｉｎｓ，Ｊ．＆Ｓａｉｆ，Ｌ．Ｊ．（２０１４）．ＤｉｓｔｉｎｃｔｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓａｎｄｃｏｍｐｌｅｘｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆＰＥＤＶｓｔｒａｉｎｓ，ＮｏｒｔｈＡｍｅｒｉｃａ，Ｍａｙ２０１３−Ｆｅｂｒｕａｒｙ２０１４．ＥｍｅｒｇＩｎｆｅｃｔＤｉｓ２０，１６２０−１６２８．
Ｗａｎｇ，Ｌ．，Ｂｙｒｕｍ，Ｂ．＆Ｚｈａｎｇ，Ｙ．（２０１４）．Ｎｅｗｖａｒｉａｎｔｏｆｐｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓ，ＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓ，２０１４．ＥｍｅｒｇＩｎｆｅｃｔＤｉｓ２０，９１７−９１９．
Ｙａｍａｍｏｔｏ，Ｒ．，Ｓｏｍａ，Ｊ．，Ｎａｋａｎｉｓｈｉ，Ｍ．，Ｙａｍａｇｕｃｈｉ，Ｒ．＆Ｎｉｉｎｕｍａ，Ｓ．（２０１５）．ＩｓｏｌａｔｉｏｎａｎｄｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｉｎｏｃｕｌａｔｉｏｎｏｆａｎＳＩＮＤＥＬｓｔｒａｉｎｏｆｐｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓｉｎＪａｐａｎ．ＲｅｓＶｅｔＳｃｉ１０３，１０３−１０６．
実施例３
少なくとも２つの遺伝的に異なる豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）株が、アメリカ合衆国で同定されている（米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株）。ＰＥＤＶ特異的抗体の検出のために獣医学診断研究所で提供される現在の血清学的アッセイは、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づいている。本試験の目的は、１）米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株を細胞培養においてに単離し、２）離乳豚を実験的に感染させることにより米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗血清を作製し、３）種々のＰＥＤＶ血清学的アッセイが、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体を検出することができるかどうか、またはその逆を判定することである。本試験では、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株を細胞培養において単離した。３つの群のＰＥＤＶ陰性の３週齢の豚（群当たり５匹の豚）に、米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株（我々の実験室で以前に単離した）、Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株、またはウイルス陰性培養培地を経口接種した。摂取後０、７、１４、２１、及び２８日に採取した血清試料を、以下のＰＥＤＶ血清学的アッセイにより評価した：１）プロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株を指示ウイルスとして用いた間接蛍光抗体（ＩＦＡ）アッセイ、２）プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ウイルスに対するウイルス中和（ＶＮ）試験、３）ＰＥＤＶプロトタイプ株の全ウイルスに基づくＥＬＩＳＡ、４）ＰＥＤＶプロトタイプ株のＳ１に基づくＥＬＩＳＡ、及び５）ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株Ｓ１に基づくＥＬＩＳＡ。プロトタイプ株に対する陽性抗血清は、プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ウイルスの両方に反応してそれらを中和し、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する陽性抗血清もまた、ＩＦＡ抗体アッセイ及びＶＮ試験によって調べたところ、プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ウイルスに反応してそれらを中和した。２つのＰＥＤＶ株に対する抗体は、３つ全てのＥＬＩＳＡによって検出され得るが、検出率はある程度異なっていた。
出願人は、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体が、両方の株とｉｎｖｉｔｒｏで交差反応し、それらを交差中和したことを示す。米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づく現在の血清学的アッセイは、両方の米国ＰＥＤＶ株に対する抗体を検出することができる。

豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）によって引き起こされる豚流行性下痢（ＰＥＤ）は、１９７０年代初頭にイギリスで最初に記録され、それ以来、ヨーロッパ及びアジア諸国に広がった［１］。北米では、２０１３年４月にアメリカ合衆国（ＵＳ）でＰＥＤＶが最初に検出され［２］、その後、カナダ［３］及びメキシコ［４］でＰＥＤＶが報告された。ＰＥＤＶは、ニドウイルス目、コロナウイルス科、コロナウイルス亜科、アルファコロナウイルス属［５］に属する、エンベロープを有する一本鎖プラスセンスＲＮＡウイルスである。ＰＥＤＶゲノムは、約２８ｋｂの長さであり、レプリカーゼポリタンパク質をコードするＯＲＦ１ａ及びＯＲＦ１ｂ、ならびに４つの構造タンパク質［スパイク（Ｓ）、エンベロープ（Ｅ）、膜（Ｍ）、及びヌクレオカプシド（Ｎ）］及び１つの非構造タンパク質ＮＳ３Ｂ（ＯＲＦ３によってコードされる）をコードする他のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含む［１］。

米国において、最初のＰＥＤの流行中に、毒性の高いＰＥＤＶ株（米国ＰＥＤＶプロトタイプ株）が同定された［２、６、７］。最近、野外観察に基づいて、軽度の臨床徴候を伴う、米国プロトタイプ株と比較してスパイク遺伝子に挿入及び欠失（ＩＮＤＥＬ）を有するＰＥＤＶ変異株が米国の豚において同定された［８］。この米国ＰＥＤＶ変異株はまた、ＳＩＮＤＥＬ株としても知られており［４］、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株と比較して個別の系統発生的クラスタを形成した［４、８、９］。細胞培養におけるＰＥＤＶの単離中に、Ｎ末端のＳタンパク質に１９７−ａａ欠失を有する１つのＰＥＤＶ分離株（ＰＣ１７７）が発見された：しかしながら、このＰＥＤＶ分離株は、なおも米国ＰＥＤＶプロトタイプ株とともに系統発生的にクラスタ化され、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株の１つとしては見なされなかった［１０］。Ｍａｒｔｈａｌｅｒら［１１］は、スパイク遺伝子（米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株とは異なる）に６個のヌクレオチド欠失（２個のアミノ酸欠失）を有する、米国の豚におけるＰＥＤＶの「第３の」株（Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ１８８）を報告した。しかしながら、ＰＥＤＶＭｉｎｎｅｓｏｔａ１８８は、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株と遺伝的に非常に密接に関連していたため、米国におけるＰＥＤＶの「第３の」株と称されるべきかどうかは議論の余地がある。ＰＥＤＶＰＣ１７７及びＭｉｎｎｅｓｏｔａ１８８は、おそらく、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株の突然変異である。したがって、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の、少なくとも２つの遺伝的に異なるＰＥＤＶ株が、現在米国で循環している。

米国ＰＥＤＶプロトタイプ株を成功裏に単離し、いくつかの群ごとに細胞培養で増殖させた［７、１０、１２、１３］。間接蛍光抗体（ＩＦＡ）法、ウイルス中和（ＶＮ）試験、全ウイルスに基づく酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、組換えＳ１タンパク質に基づくＥＬＩＳＡ、及び組換えヌクレオカプシドタンパク質に基づくＥＬＩＳＡを含む多数の血清学的アッセイが、ＰＥＤＶ特異的抗体の検出のために開発された［１４〜１８］。これらの血清学的アッセイは全て、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づいている。

本試験では、出願人は、細胞培養において米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株を単離する。米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及び新たに単離した米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株を、それぞれ、実験的に豚に接種し、株特異的な抗血清を作製した。その後、作製された豚抗血清を、２つの株間の血清学的交差反応性及び交差中和についてｉｎｖｉｔｒｏ評価に供した。具体的には、１）ＰＥＤＶＩＦＡ抗体アッセイ（プロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株を、それぞれ指示ウイルスとして用いる）及びＥＬＩＳＡ（ＰＥＤＶプロトタイプ株の全ウイルスに基づくＥＬＩＳＡ、ＰＥＤＶプロトタイプ株Ｓ１に基づくＥＬＩＳＡ、及びＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株Ｓ１に基づくＥＬＩＳＡ）を行い、２つの米国株の抗体交差反応性を評価する、ならびに２）プロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株を指示ウイルスとして用いたＶＮ試験を行って２つの米国株のｉｎｖｉｔｒｏでの交差中和を評価する。
材料及び方法
細胞培養における米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の単離
以前に記載された手順に従って［７］Ｖｅｒｏ細胞（ＡＴＣＣＣＣＬ−８１）中でウイルスの単離を達成するために、ＩｏｗａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＤｉａｇｎｏｓｔｉｃＬａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＩＳＵＶＤＬ）において、ＰＥＤＶＮ遺伝子に基づくリアルタイムＲＴ−ＰＣＲで陽性であり［１７、１９］、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対して陽性であると確認されたが、Ｓ１のシーケンシングにより米国プロトタイプ株に対して陰性であった６８個の臨床試料（糞便スワブ２７個、糞便２４個、小腸１３個、及び口腔液４個）を選択した。

米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対して陽性であった前述の６８個の臨床試料のうち、イリノイ州の豚由来の１つの小腸ホモジネート（ＰＥＤＶＮ遺伝子に基づくリアルタイムＲＴ−ＰＣＲのサイクル閾値（Ｃｔ）が１６．１）［１７、１９］を、３週齢のＰＥＤＶナイーブ離乳豚３匹に経口胃的に接種した（豚１匹当たり１０ｍｌ）。接種に用いたホモジネートは、ＩＳＵＶＤＬにおけるウイルス特異的ＲＴ−ＰＣＲによって、伝染性胃腸炎ウイルス（ＴＧＥＶ）、豚ロタウイルスＡ、Ｂ、Ｃ群、及び豚デルタコロナウイルス（ＰＤＣｏＶ）に対して陰性であることが確認された。各接種豚から直腸スワブ及び糞便を１日２回採取し、同じ日にＰＥＤＶのリアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって検査した。直腸スワブのＲＴ−ＰＣＲＣｔ値が＜１５になった時点で豚を安楽死させ、２４時間以内に剖検した。以前に記載されたように［７］細胞培養におけるウイルスの単離を達成するために、小腸組織及び盲腸内容物を採取した。この動物実験は、ＩｏｗａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌＡｎｉｍａｌＣａｒｅａｎｄＵｓｅＣｏｍｍｉｔｔｅｅによって承認された手順に従って行われた（ＩＡＣＵＣ、承認番号３−１４−７７６６−Ｓ）。

以前に記載されたように、ＩｌｌｕｍｉｎａＭｉＳｅｑプラットフォームを用いた次世代シーケンシング（ＮＧＳ）技術により、本試験で得られた米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の細胞培養分離株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４の全ゲノム配列を決定した［７］。分離株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４及びウイルス分離株が由来する臨床試料のＰＥＤＶＳ１部分の配列を、以前に記載された手順に従ってサンガーシーケンシングにより決定した［７］。
米国プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶに対する抗血清の作製
直腸スワブのリアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって、及び血清のＩＦＡ抗体アッセイによってＰＥＤＶに対して陰性であることが確認された１５匹の３週齢の豚を、３つの群に無作為に分け、１つの群当たり５匹の豚、及び１つの群当たり同様の平均体重となるようにした。３日間順化させた後、３つの群の豚に、米国ＰＥＤＶプロトタイプ細胞培養分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７（Ｐｒｏ群）（配列番号５９）［７］、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異細胞培養分離株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４−Ｐ７（配列番号６２）（Ｖａｒ群）、及びウイルス陰性培養培地（Ｎｅｇ群）を、それぞれ、１０４ＴＣＩＤ５０／ｍｌのウイルス力価、豚１匹当たり１０ｍｌで経口胃的に接種した。０〜７ＤＰＩ、その後１０、１４、２１、及び２８ＤＰＩに、全ての豚から毎日直腸スワブを採取し、感染を確認するためにＰＥＤＶＮ遺伝子に基づく定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ［２０］により検査した。摂取後（ＤＰＩ）０、７、１４、２１、及び２８日に、交差反応性及び交差中和の評価のために全ての豚から血清試料を採取した。、この動物実験は、ＩｏｗａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＩＡＣＵＣｃｏｍｍｉｔｔｅｅによって承認された手順に従って行われた（承認番号６−１４−７８０９−Ｓ）。

Ｐｒｏ群（Ｐｒｏ抗血清）から０、７、１４、２１、及び２８ＤＰＩに採取した２５個の血清試料、Ｖａｒ群（Ｖａｒ抗血清）から採取した２５個の血清試料、及びＮｅｇ群（Ｎｅｇ抗血清）から採取した２５個の血清試料を、本試験中に種々の血清学的アッセイによって検査した。さらに、欧州のＰＥＤＶＣＶ７７７株に対する１つの豚抗血清、ＴＧＥＶＰｕｒｄｕｅ株に対する１つの豚抗血清、豚血球凝集性脳脊髄炎ウイルス（ＰＨＥＶ）に対する１つの豚抗血清、豚呼吸器コロナウイルス（ＰＲＣＶ）に対する１つの豚抗血清、及びＰＤＣｏＶに対する１つの豚抗血清を、評価のために本試験に含めた。ＰＥＤＶＣＶ７７７、ＴＧＥＶＰｕｒｄｕｅ、及びＰＨＥＶ株に対する抗血清は、ＮａｔｉｏｎａｌＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＳｅｒｖｉｃｅＬａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ａｍｅｓ，ＩＡから購入した。ＰＲＣＶ及びＰＤＣｏＶに対する抗血清は、ＩＳＵＶＤＬから得られた陽性対照血清であった。
間接蛍光抗体（ＩＦＡ）法
以前に記載された手順に従って、ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づくＩＦＡ（ＰｒｏＩＦＡ）及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に基づくＩＦＡ（ＶａｒＩＦＡ）により８０個の血清試料を検査した［２０］。ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３を、ＰｒｏＩＦＡアッセイにおける指示ウイルスとして用いて、Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４を、ＶａｒＩＦＡアッセイにおける指示ウイルスとして用いた。１：４０またはそれ以上の血清希釈率における陽性シグナルを、ＩＦＡ抗体陽性であると見なした。
抗体検出のためのＰＥＤＶＥＬＩＳＡ
ＰＥＤＶ特異的ＩｇＧ抗体の検出ために、ＩＳＵＶＤＬで、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株の全ウイルスに基づく間接ＥＬＩＳＡ（ＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡ）を開発及び検証した［１５、１６］。全ての血清試料は、詳細に記載された手順に従ってこのＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡによって検査した［２０］。＞０．８の試料対陽性（Ｓ／Ｐ）比を抗体陽性と見なし、０．６〜０．８のＳ／Ｐ比を疑い例と見なし、そして＜０．６のＳ／Ｐ比を陰性と見なした。

本試験における全ての血清試料を検査するために、以前に記載された手順に従って、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株Ｓ１に基づく間接ＥＬＩＳＡ（ＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡ）を用いた［１４］。＞０．２のＳ／Ｐ比を抗体陽性と見なし、０．１４〜０．２を疑い例と見なし、そして＜０．１４のＳ／Ｐ比を陰性と見なした。

米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株Ｓ１に基づく間接ＥＬＩＳＡ（ＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡ）を、本試験のために開発した。米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株のＳ１部分（ａａ１〜７３５）をコードする領域をコドン最適化し、５’コザック配列、５’真核生物シグナル配列、及び３’６×−Ｈｉｓタグを付加して、ＧｅｎｅＡｒｔ（登録商標）ＧｅｎｅＳｙｎｔｈｅｓｉｓ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）により合成した。結果として得られた２，３５８塩基対のＤＮＡ断片を、Ｚｏｅｔｉｓが独占所有権を持つ真核生物発現ベクター（ｐＺＯＥ１５）にクローニングした。組換えプラスミド中の挿入断片の確実性及び配向は、シーケンシングによって確認した。組換えプラスミドを、Ｚｏｅｔｉｓが独占所有権を持つＰＥＩトランスフェクション法を用いて、ヒト胎児由来腎臓（ＨＥＫ）２９３細胞に一過性にトランスフェクトした。トランスフェクション後７日に、培養上清を収集し、濾過滅菌した。組換えタンパク質を、Ｎｉ−ＮＴＡＰｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎＳｙｓｔｅｍ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって精製した。ＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡのための最適抗原濃度及び最適血清希釈率は、チェッカーボード滴定を用いて決定した。ポリスチレンの９６ウェルマイクロタイタープレート（Ｎｕｎｃ（登録商標）、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、ＰＥＤＶ変異体Ｓ１タンパク質でコーティングし（ウェル当たり１００μｌ）、４℃で一晩インキュベートした。ＰＢＳで５回洗浄した後、１％ウシ血清アルブミン（ＪａｃｋｓｏｎＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｃ．、ＷｅｓｔＧｒｏｖｅ，ＰＡ，ＵＳＡ）を含有するＰＢＳを用いて、プレートを２５℃で２時間ブロックした（３００μｌ／ウェル）。プレートを３７℃で４時間乾燥させ、次に使用するまで乾燥剤パックを含む密封バックの中に４℃で保管した。血清試料を１：５０に希釈し、コーティングしたプレートに加えた（１００μｌ／ウェル）。プレートを２５℃で１時間インキュベートし、次いでＰＢＳで５回洗浄した。その後、１００μｌのペルオキシダーゼ結合ヤギ抗ブタＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）（ＪａｃｋｓｏｎＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｃ．、ＷｅｓｔＧｒｏｖｅ，ＰＡ，ＵＳＡ）を１：２５，０００の希釈率で加え、プレートを２５℃で１時間インキュベートした。洗浄ステップ後、１００μｌのテトラメチルベンジジン−過酸化水素基質（ＴＭＢ、ＤａｋｏＮｏｒｔｈＡｍｅｒｉｃａＩｎｃ．、Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ，ＣＡ，ＵＳＡ）を加えた。プレートを室温で５分インキュベートし、５０μｌの停止溶液（１Ｍ硫酸）を加えることにより反応を停止させた。反応は、市販のソフトウェアを用いて操作した（Ｂｉｏｔｅｋ（登録商標）ＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓＩｎｃ．、Ｗｉｎｏｏｓｋｉ，ＶＴ，ＵＳＡ）ＥＬＩＳＡプレートリーダーを使用して、４５０ｎｍの光学密度（ＯＤ）として測定した。血清抗体応答を、以下のように算出した試料対陽性（Ｓ／Ｐ）比として表した：Ｓ／Ｐ比＝（試料ＯＤ−陰性対照平均ＯＤ）／（陽性対照平均ＯＤ−陰性対照平均ＯＤ）。ＰＥＤＶのＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡは、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株（血清試料は、ＰＣＲによってＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対して陽性であると分かってから１ヶ月後に２９匹の離乳豚から採取した）への曝露が確認されたファームから採取した２９の野外血清試料と、２０のＰＥＤＶ陰性野外血清試料を用いて検証した。Ｓ／Ｐ比が＞０．３を抗体陽性、０．２〜０．３を疑い例、そして＜０．２を陰性と見なした。
ウイルス中和（ＶＮ）試験
以前に記載された手順に従って、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づくＶＮ（ＰｒｏＶＮ）及び米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に基づくＶＮ（ＶａｒＶＮ）により血清試料を検査した［２０］。ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３をＰｒｏＶＮアッセイにおける指示ウイルスとして用い、Ｓ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４をＶａｒＶＮアッセイにおける指示ウイルスとして用いた。陰性血清対照と比較して＞９０％の染色の減少をもたらす最も高い血清希釈率の逆数を、血清試料のＶＮ力価として定義した。≧８のＶＮ力価を陽性であると見なした。
統計分析
ＰｒｏＩＦＡ及びＶａｒＩＦＡによって検査したＰｒｏ抗血清及びＶａｒ抗血清のＬｏｇ２（ＩＦＡ力価／１０）を、一般化線形混合（ＧＬＩＭＭＩＸ）において試験した。摂取後日数及び抗原は、独立した変数として使用し、豚ＩＤ及び豚ＩＤと抗原との相互作用を変量効果として設定した。ＰｒｏＶＮ及びＶａｒＶＮによって検査したＰｒｏ抗血清及びＶａｒ抗血清のＬｏｇ２（ＶＮ力価）も同様に分析した。ＥＬＩＳＡ分析には、ＥＬＩＳＡ抗原、豚ＩＤ、及び豚ＤＰＩを、独立した変数として用いた。全ての統計分析は、ＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＡｎａｌｙｓｉｓＳｙｓｔｅｍ（ＳＡＳ）バージョン９．３（ＳＡＳｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｃａｒｙ，ＮＣ，ＵＳＡ）を用いて行い、＜０．０５のＰ値を有意差と見なした。
結果
細胞培養における米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の単離
最初、ウイルスの単離を、ＩＳＵＶＤＬで受け取った、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対して陽性を示した６８個の臨床サンプルに対して試みたが、細胞培養におけるウイルスの単離は失敗に終わった。その後、ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株陽性の腸ホモジネートを用いて３匹の３週齢の豚に接種した。豚の直腸スワブは、２ＤＰＩにＰＥＤＶＲＴ−ＰＣＲＣｔ＜１５を有しており、３ＤＰＩに豚を安楽死させて剖検した。他の２匹の豚の直腸スワブは、３ＤＰＩにＰＥＤＶＲＴ−ＰＣＲＣｔ＜１５を有しており、４ＤＰＩに両方の豚を安楽死させて剖検した。剖検時に採取された小腸組織及び盲腸内容物を、Ｖｅｒｏ細胞中でウイルスの単離を行うために用いた。米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株は、３匹全ての豚から採取した小腸ホモジネート及び盲腸内容物からの単離に成功した。合胞体形成及び細胞剥離を含む典型的なＰＥＤＶの細胞変性効果が観察され、ＰＥＤＶ特異的モノクローナル抗体ＳＤ６−２９を用いた蛍光免疫染色によってウイルス増殖が確認された。

米国／ＩＬ２０６９７／２０１４と称される１つの米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株を、さらなる増殖及び特徴付けのために選択した。この分離株をＶｅｒｏ細胞中で連続継代したところ、最初の１０継代では感染力価が１０３〜１０５ＴＣＩＤ５０／ｍｌの範囲であった。分離株２０１４０２０６９７−Ｐ５継代５代目、系統１（配列番号８）の全ゲノム配列は、ＧｅｎＢａｎｋで入手可能な他の米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異配列に対して９９．３〜９９．９％のヌクレオチド同一性を有していた。米国／ＩＬ２０６９７／２０１４細胞培養分離株Ｐ５のＳ１配列は、ウイルス分離株が由来する元の腸ホモジネートに対して９９．８％のヌクレオチド同一性を有していた（わずか４ヌクレオチドの違い）。米国／ＩＬ２０６９７／２０１４分離株をＩＳＵＶＤＬで検査し、ウイルス特異的ＰＣＲにより、ＴＧＥＶ、ＰＲＣＶ、ＰＤＣｏＶ、豚ロタウイルスＡ、Ｂ、Ｃ、インフルエンザＡウイルス、豚生殖器及び呼吸器症候群ウイルス、ならびに豚サーコウイルス２に対して陰性であることが確認された。
米国プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶに対する抗血清の作製
直腸スワブのＰＣＲ試験によって裏付けられるように、米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７（配列番号５９）及びＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である２０１４０２０６９７−Ｐ７（配列番号６２）は、全ての接種豚において確立された。ＰＥＤＶのリアルタイムＲＴ−ＰＣＲによって検査したところ、プロトタイプ群では、４／５、５／５、５／５、５／５、５／５、５／５、及び３／５匹の豚が、２、４、７、１０、１４、２１、及び２８ＤＰＩに、それぞれ、直腸スワブ中にウイルスを排出した。Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異体群では、３／５、５／５、５／５、５／５、４／５、３／５、及び１／５匹の豚が、２、４、７、１０、１４、２１、及び２８ＤＰＩに、それぞれ、直腸スワブ中にウイルスを排出した。陰性対照豚の直腸スワブは、試験期間全体を通してＰＥＤＶＰＣＲ陰性のままであった。全体で、０、７、１４、２１、及び２８ＤＰＩに、２５個の抗血清をプロトタイプ株接種豚（Ｐｒｏ抗血清）から採取し、２５個の抗血清を変異株接種豚（Ｖａｒ抗血清）から採取し、２５個の抗血清を陰性対照群（Ｎｅｇ抗血清）から採取した。
ＰＥＤＶＩＦＡ抗体アッセイによる米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体の交差反応性の評価
図１３に示されるように、Ｐｒｏ抗血清は、プロトタイプ株に基づくＩＦＡ抗体アッセイ（ＰｒｏＩＦＡ）において、０及び７ＤＰＩには抗体陰性を示し（０／５）、１４、２１、及び２８ＤＰＩには１００％陽性を示した（５／５）。変異株に基づくＩＦＡ（ＶａｒＩＦＡ）は、Ｐｒｏ抗血清について同様の結果を示したが、例外として、１４ＤＰＩ日に採取された血清はＶａｒＩＦＡアッセイで陰性であった。抗体力価を比較した場合、陽性Ｐｒｏ抗血清は、全体的にＶａｒＩＦＡアッセイに対するよりもＰｒｏＩＦＡアッセイに対して良好に反応し、平均すると力価は１．４ｌｏｇ２高かった（図１３）。

Ｖａｒ抗血清は、ＰｒｏＩＦＡ及びＶａｒＩＦＡ抗体アッセイの両方で、０及び７ＤＰＩに陰性を示し（０／５）、１４、２１、及び２８ＤＰＩに１００％陽性を示した（５／５）。抗体力価を比較した場合、陽性Ｖａｒ抗血清は、ＰｒｏＩＦＡ及びＶａｒＩＦＡアッセイの両方に同様に反応し、平均すると力価の違いは０．１ｌｏｇ２未満であった（図１３）。

陰性対照群から採取した抗血清（Ｎｅｇ抗血清）は、試験全体を通してＰＥＤＶＰｒｏＩＦＡ及びＶａｒＩＦＡアッセイの両方で抗体陰性であった。欧州のＰＥＤＶＣＶ７７７株に対する豚抗血清は、ＰｒｏＩＦＡアッセイ（力価３２０）及びＶａｒＩＦＡアッセイ（力価１６０）で同様の抗体力価を有していた。ＴＧＥＶＰｕｒｄｕｅ、ＰＨＥＶ、ＰＤＣｏＶ、及びＰＲＣＶウイルスに対する抗血清は、ＰＥＤＶＰｒｏＩＦＡ及びＶａｒＩＦＡアッセイの両方で全て陰性であった。
種々のＰＥＤＶＥＬＩＳＡによる米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体の交差反応性の評価
図１４に示されるように、０及び７ＤＰＩに採取したＰｒｏ抗血清は、ＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡ、ＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡ、及びＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡで全て抗体陰性であった。１４ＤＰＩに採取されたＰｒｏ抗血清の場合、ＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡでは２つの血清が陽性、３つが疑い例の範囲であり；ＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡでは３つが陽性、１つが疑い例であり；ＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡでは２つが陽性、１つが疑い例であった。２１及び２８ＤＰＩに採取されたＰｒｏ抗血清は、３つのＥＬＩＳＡで全て陽性であった。各ＥＬＩＳＡにより１４、２１、及び２８ＤＰＩに陽性であったＰｒｏ抗血清の合計数を比較した場合、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に対する抗体を検出するための３つのＥＬＩＳＡの間に有意差はなかった。

０及び７ＤＰＩに採取Ｖａｒ抗血清は、３つ全部のＥＬＩＳＡで陰性であったが、例外として、７ＤＰＩの１つの血清がＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡで疑い例の範囲であった（図１４）。１４、２１、及び２８ＤＰＩに採取したＶａｒ抗血清は、３つのＥＬＩＳＡで可変数の陽性、疑い例、及び陰性の結果を有していた（図１４）。Ｖａｒ抗血清全体として、ＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡは、１４個の血清を抗体陽性として、１個を疑い例として、１０個を陰性として検出し；ＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡは、８個の血清を陽性として、５個を疑い例として、１２個を陰性として検出し；ＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡは、１２個の血清を陽性として、３個を疑い例として、１０個を陰性として検出した。各ＥＬＩＳＡにより１４、２１、及び２８ＤＰＩに陽性であったＶａｒ抗血清の総数を比較した場合、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体を検出するためには、ＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡがＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡよりも有意に良好であった（ｐ＝０．００７９）。しかしながら、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体を検出するためのＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡとＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡとの間に（ｐ＝０．３６４３）、またはＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡとＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡとの間に（ｐ＝０．０７２３）有意差はなかった。

陰性対照群から採取した抗血清（Ｎｅｇ抗血清）は、試験期間０〜２８ＤＰＩ全体を通して３つ全てのＰＥＤＶＥＬＩＳＡで抗体陰性であった。欧州のＰＥＤＶＣＶ７７７株に対する豚抗血清は、３つ全てのＰＥＤＶＥＬＩＳＡで抗体陽性であった。ＴＧＥＶＰｕｒｄｕｅ、ＰＨＥＶ、ＰＤＣｏＶ、及びＰＲＣＶウイルスに対する抗血清は、３つのＰＥＤＶＥＬＩＳＡで全て陰性であった。
ウイルス中和試験による米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体の交差中和の評価
図１５に示されるように、ＰｒｏＶＮまたはＶａｒＶＮアッセイによる検査にかかわらず、プロトタイプ株またはＳ−ＩＮＤＥＬ変異株のいずれかを接種したほとんどの豚の血清中に、早ければ７ＤＰＩにはＶＮ抗体が検出された。ＰＥＤＶプロトタイプ株またはＳ−ＩＮＤＥＬ変異株を接種した全ての豚から１４、２１、及び２８ＤＰＩに接種した血清試料は、ＰｒｏＶＮ及びＶａｒＶＮアッセイの両方でＶＮ抗体陽性であった。

陽性Ｐｒｏ抗血清は、ＰｒｏＶＮ及びＶａｒＶＮアッセイで同様のＶＮ抗体力価を有しており、２つのアッセイ間に有意差はなかった。陽性Ｖａｒ抗血清は、ＰｒｏＶＮ及びＶａｒＶＮアッセイで同様のＶＮ抗体力価を示しており、全体として、２つのアッセイ間に有意差はなかったが（ｐ＝０．４２）、２１及び２８ＤＰＩのＶａｒ抗血清の平均ＶＮ抗体力価は、ＶａｒＶＮアッセイの方がＰｒｏＶＮアッセイよりもやや高かった（図１５）。

相同ＰｒｏＶＮアッセイにより検査した陽性Ｐｒｏ抗血清のＶＮ抗体力価は、平均すると、相同ＶａｒＶＮアッセイによって検査した陽性Ｖａｒ抗血清のＶＮ抗体力価よりも０．８ｌｏｇ２高かった（図１５）。

陰性対照群から採取した抗血清（Ｎｅｇ抗血清）は、試験期間０〜２８ＤＰＩ全体を通してＰｒｏＶＮ及びＶａｒＶＮアッセイの両方で抗体陰性であった。欧州のＰＥＤＶＣＶ７７７株に対する豚抗血清は、ＰｒｏＶＮアッセイ（力価６４）及びＶａｒＶＮアッセイ（力価１６）で抗体陽性であった。ＴＧＥＶＰｕｒｄｕｅ、ＰＨＥＶ、ＰＤＣｏＶ、及びＰＲＣＶウイルスに対する抗血清は、ＰＥＤＶＰｒｏＶＮ及びＶａｒＶＮアッセイの両方で全て陰性であった。
考察
出願人は、以前にＶｅｒｏ細胞中で米国ＰＥＤＶプロトタイプ株を単離した［７］。評価のために株特異的抗血清を作製するための米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の細胞培養分離株を得るために、最初、ウイルスの単離を、ＩＳＵＶＤＬに提出された６８個のＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株陽性の臨床試料を用いてＶｅｒｏ細胞中で試みた。しかしながら、これらの試料から細胞培養においてＳ−ＩＮＤＥＬ変異ウイルスを単離することは失敗に終わった。これは、試料中のウイルス濃度が低かったこと、いくつかの試料の細胞毒性、及び採取後の臨床試料の様々な保管条件等の複数の要因による可能性がある。次に、６８個の臨床試料のうち、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶを含有する１つの腸ホモジネートを豚に接種して、細胞培養におけるウイルス単離の試みのために十分なウイルス負荷を有するより新鮮な材料を作製した。この手法を用いて、米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶをＶｅｒｏ細胞中で成功裏に単離した。試料中のウイルス濃度が高いこと、及び新鮮な試料に対して即座にウイルス単離を試みることが、細胞培養におけるウイルス単離の成功への鍵であると推察される。自然感染動物の臨床試料から直接的に細胞培養においてそれらのウイルスを単離することが困難な状況にある他のウイルスの場合、本試験に記載される手法、すなわち、細胞培養においてウイルス単離を試みるための高濃度のウイルスを含む新鮮な試料を得るために、宿主動物においてウイルスを増幅することが、考慮され得る。

養豚場から採取されたいくつかの野外血清試料が、ＰＥＤＶ抗体検出のためにＩＳＵＶＤＬに提出された。しかしながら、それらの症例の明らかな曝露歴の欠如、及び複数の病原体または１つ以上のＰＥＤＶ株に感染している可能性のために、それらの野外血清試料は、異なるＰＥＤＶ株の血清学的交差反応性を評価するためには理想的ではなかった。したがって、本発明の試験では、種々の血清学的アッセイによる交差反応性の評価のために、厳しい実験条件下で離乳豚において米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗血清が作製された。

ＩＦＡ抗体アッセイによって検査したところ、プロトタイプ株に対する陽性抗血清は、プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ウイルスの両方と反応し、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する陽性抗血清もまた、プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ウイルスの両方と反応した。抗体力価を考慮に入れた場合、プロトタイプ株に対する抗体は、ＶａｒＩＦＡアッセイに対するよりもＰｒｏＩＦＡアッセイに対して良好に反応したのに対し、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体は、ＶａｒＩＦＡ及びＰｒｏＩＦＡアッセイに対して同様に反応した。したがって、獣医学診断研究所で提供される本発明の米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づくＩＦＡ抗体アッセイは、両方の米国ＰＥＤＶ株に対する抗体を確実に検出するために使用され得る。

ＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡ及びＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡは、ＰＥＤＶ特異的抗体を検出するために以前に開発及び検証された［１４〜１６］。ＰＥＤＶのＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡは、本試験において開発された。しかしながら、このＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡは、本試験において実験的に作製された抗血清を試験する前に、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する限られた数の野外抗血清を用いて検証されたのみであった。このアッセイの性能を決定するためには、多数の血清試料を用いたこのＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡのさらなる検証が必要であった。３つ全てのＰＥＤＶＥＬＩＳＡは、Ｐｒｏ抗血清及びＶａｒ抗血清と反応した。３つのＥＬＩＳＡが、Ｐｒｏ抗血清の類似性を検出した。しかしながら、本試験で使用したＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡは、本試験の条件下で米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体を検出するためには、ＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡ及びＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡほど効率的ではないと感がれられた。

米国プロトタイプ株に対する抗体及び米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体は、両方のウイルス株を同様の力価に中和した。現在、診療所で実行されている米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づくＶＮ試験は、両方の米国ＰＥＤＶ株に対する抗体を検出するために用いられ得る。

プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶの両方を接種した豚が、本試験の１４ＤＰＩから、血清中に検出可能なＩＦＡ及びＥＬＩＳＡ抗体を発生した。対称的に、両方の群の豚が、７ＤＰＩから低レベルの血清中和抗体を発生した。本試験におけるＩＦＡ及びＥＬＩＳＡアッセイは、ＩｇＧ抗体を検出した：ＶＮ試験は、中和活性を有する任意の抗体アイソタイプを潜在的に検出することができた。このことが、観察された低レベルＶＮ抗体の初期の検出に寄与するかどうかは不明である。以前の試験において、ＰＥＤＶＶＮ抗体は、早ければ７ＤＰＩに検出され得ると報告されている［２０］。

米国プロトタイプＰＥＤＶとＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶとの間の明白な遺伝的差異は、Ｓ１領域（プロトタイプ株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３における位置に一致する、ａａ１〜７３８に対応するヌクレオチド１〜２２１４、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＫＦ６５０３７１）、特にＳ遺伝子のＮ末端領域（ａａ１〜３９０に対応するヌクレオチド１〜１１７０）に位置するのに対し、ゲノムの残りの部分は、２つの米国株の間で比較的保存されている［４、８、１０］。ＰｒｏＳ１ＥＬＩＳＡに用いたＰＥＤＶプロトタイプ株Ｓ１タンパク質とＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡに用いたＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株Ｓ１とは、９２％のアミノ酸同一性を有していた。報告されたＰＥＤＶ中和エピトープは、Ｓタンパク質のアミノ酸残基４９９〜６３８、７４４〜７５９、７５６〜７７１、及び１３６８〜１３７４に位置する［１、２１］。中和エピトープを内部に有するこれらの位置のタンパク質配列は、米国プロトタイプＰＥＤＶとＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶとの間で保存されている。このことは、２つのＰＥＤＶ株に対する抗体が、なぜ２つのウイルス株を交差中和できたのかを説明することができる。ＰｒｏＳ１及びＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡｓは、組換えＰＥＤＶＳ１タンパク質（ａａ１〜７３８）を用いて開発した。米国プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶは、ａａ１〜３９０にかなりの違いを有するものの、２つの株は、それでもなおこの領域内にいくつかの共通のエピトープを有する。さらに、２つのＰＥＤＶ株の組換えＳ１タンパク質は、ａａ３９０〜７３８に比較的保存された配列を有する（この領域内に中和エピトープを含む）。これらは、アッセイ間で感度が違う可能性にもかかわらず、ＰｒｏＳ１及びＶａｒＳ１ＥＬＩＳＡが、両方の米国ＰＥＤＶ株に対する抗体を検出できる理由であるかもしれない。ＩＦＡ抗体アッセイ及びＰｒｏＷＶＥＬＩＳＡは、ＰＥＤＶの複数の抗原タンパク質に対する抗体を検出するはずであり、したがって、それらは米国プロトタイプ及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶの両方に対する抗体を検出することが予想される。ヌクレオカプシドタンパク質がＰＥＤＶ間でむしろ保存されていることを考慮すると、ヌクレオカプシドタンパク質に基づくＥＬＩＳＡは、両方の米国ＰＥＤＶ株に対する抗体を検出することが期待される。出願人はまた、評価のために古典的な欧州のＰＥＤＶＣＶ７７７株に対する１つの豚抗血清も含め、ＰＥＤＶＣＶ７７７抗体は、本試験において評価した全ての血清学的アッセイによって検出された。しかしながら、ＴＧＥＶＰｕｒｄｕｅ、ＰＨＥＶ、ＰＤＣｏＶ、及びＰＲＣＶに対する抗血清は、本試験において評価したＰＥＤＶ血清学的アッセイで交差反応性を示さなかった。

Ｌｉｎら［２２］は、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株、ＴＧＥＶＰｕｒｄｕｅ株、及びＴＧＥＶＭｉｌｌｅｒ株に対する過免疫豚抗血清を作製し、細胞培養免疫蛍光（ＣＣＩＦ）アッセイ（我々のＩＦＡ抗体アッセイに類似する）及び蛍光フォーカス減少ウイルス中和（ＦＦＲＶＮ）アッセイ（我々のＶＮ試験に類似する）によって検査した。米国ＰＥＤＶプロトタイプ株、Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株、及び欧州のＣＶ７７７株に対する抗血清は全て、ＣＣＩＦ及びＦＦＲＶＮアッセイで交差反応性を有していたことが分かった。我々の所見は、彼らの結果と一致していた。Ｌｉｎらによって用いられた類似の血清学的アッセイに加えて、我々はまた、３つのＰＥＤＶＥＬＩＳＡによってＰＥＤＶの血清学的反応性も評価した。また、我々は、２つの米国ＰＥＤＶ株に実験的に感染させた豚からの逐次血清試料（０〜２８ＤＰＩ）を検査し、離乳豚におけるＰＥＤＶ抗体産生の動態に関する有益な情報を提供する。Ｌｉｎらの研究における興味深い所見は、ＴＧＥＶＰｕｒｄｕｅ株ではなくＴＧＥＶＭｉｌｌｅｒ株に対する過免疫抗血清が、ＣＣＩＦアッセイで全てのＰＥＤＶ株と交差反応したが、ＦＦＲＶＮアッセイではそうではなかったというものであった。
結論
本試験のデータは、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株に対する抗体が、両方の株とｉｎｖｉｔｒｏで交差反応し、それらを交差中和したことを示唆している。米国ＰＥＤＶプロトタイプ株に基づく現在の血清学的アッセイは、両方の米国ＰＥＤＶ株に対する抗体を検出することができる。しかしながら、これら２つのＰＥＤＶ株の交差防御効果は、ｉｎｖｉｖｏの豚試験によって決定される必要がある。Ｇｏｅｄｅら［２３］は、７ヶ月前にＳ−ＩＮＤＥＬ変異ＰＥＤＶ感染に曝露した雌豚が、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株でチャレンジした新生子豚に部分的な保護を提供できたことを示した。しかしながら、この点に関して、米国の豚に循環している両方のＰＥＤＶ株に対して保護を提供するためのワクチンを開発するために、米国ＰＥＤＶプロトタイプ株またはＳ−ＩＮＤＥＬ変異株またはその両方が用いられるべきかどうかを明らかにするために、より多くのｉｎｖｉｖｏ試験が必要である（この点に関するさらなる研究については実施例５及び６を参照されたい）。
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実施例４
現在のＰＥＤＶの大流行、及び有効なワクチンの欠如に対応して、本発明は、現在、世界規模で流行しているスペクトラムに対して有効であり、特に、全て上に概説したように、豚の群れに壊滅的な損失を引き起こしてきた、いわゆるプロトタイプウイルス（一例は周知の米国／Ｃｏｌｏｒａｄｏ／２０１３であり、その配列はＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＫＦ２７２９２０の下に入手可能である）に対して交差防御性である、ＩＮＤＥＬ型変異体（そのさらなる例はＯＨ８５１であり、ＯｈｉｏＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，Ｌ．Ｗａｎｇｅｔａｌ．，Ｅｍｅｒｇ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．，２０１４，ｖ．２０，ｐｐ．９１７−９１９によって最初に記載された）に基づく、修飾生ワクチンの提供という大きな成果を提供する。完全に新規の、画期的医薬品である本発明のワクチンはまた、投薬及び投薬のタイミングに関してかなりの柔軟性を与え、例えば、妊娠前及び妊娠中の両方の雌豚への投与、ならびにナイーブな雌豚のもとに生まれた子豚を含む子豚への投与に有効である。種豚に関する有効性もまた提供される。結果的に、そのようなワクチンは、アジュバント化及び非アジュバント化形態の両方において、プロトタイプ及び新しく出現するＩＮＤＥＬ型分離株を含むＰＥＤＶによるチャレンジに対して、経産豚、未経産豚、子豚、成豚、及び種豚に保護を提供する。本発明のワクチンは、したがって、以下を成功裏に達成することにより、以前は達成不可能であった保護効果を提供する。（１）ＰＥＤＶによって引き起こされる疾患（食欲不振、体重減少、脱水、発熱、下痢、嘔吐、授乳能力の低下、生殖能力の低下）に対する保護、予防、予防における補助、または抑制における補助のための、妊娠中の経産豚及び未経産豚のワクチン接種、（２）ＰＥＤＶによって子豚に引き起こされる疾患及び死亡に対する保護、予防、予防における補助、または抑制における補助のための、妊娠中の経産豚及び未経産豚のワクチン接種、（３）ＰＥＤＶによって引き起こされる疾患に対する保護、予防、予防における補助、または抑制における補助のための、１日齢以上の豚のワクチン接種、（４）後続の分娩の前にまたは年に１回、雌豚に投与されるブースターワクチン接種、（５）健康な豚は、ＰＥＤＶＭＬＶを接種され、次いでＰＥＤＶ不活化ワクチンによってブーストされ得ること、ならびに（６）一般的に、ＰＥＤＶによって引き起こされる体重損失または体重増加失敗から豚を保護すること等。
プロトタイプ株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３の弱毒化
２０１３年４月に米国で出現して以来、豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）は、急速に国中に広まり、最初の年には推定８００万匹の豚を死に至らしめ、９億ドルから１８億ドルの経済的損失をもたらした［１］。また、ＰＥＤＶは、中国、日本、韓国、フィリピン、タイ、ベトナム、カナダ、メキシコ、ドイツ、ベルギー、フランス、及びポルトガルを含む多くの国々で、最近になって出現または再出現している［２〜１０］。そのため、ＰＥＤＶは、依然として世界中の養豚業界への重大な課題として残っている。現在、米国では、２つの市販のＰＥＤＶワクチン（不活化ワクチン及びＲＮＡ粒子ワクチン）が存在する。しかしながら、いくつかの実験により、これらのＰＥＤＶワクチンは、以前にＰＥＤＶに曝露された群れにおいて良好なＩｇＧ及びＩｇＡ免疫応答を誘導したが、ワクチン接種後のナイーブな豚には良好なＩｇＡ応答を誘導しなかったことが示された［１１〜１２］。修飾生ウイルス（ＭＬＶ）ＰＥＤＶワクチンは、粘膜免疫を誘導するための不活化ワクチンまたはサブユニットワクチンよりも有効性が高い。しかしながら、新しく出現する米国株に対するそのような安全かつ有効なＭＬＶＰＥＤＶワクチンは、現在のところ存在しない。本試験の目的は、細胞培養において連続継代した後に、米国の毒性ＰＥＤＶプロトタイプ分離株のゲノム及び病原性変化を特徴付け、結果として得られたウイルスのいずれかがＰＥＤに対する潜在的なＭＬＶワクチン候補となり得るかどうかを決定することであった。
材料及び方法
以前に我々の実験室で単離された米国ＰＥＤＶプロトタイプ株の細胞培養分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３［１３］を、Ｖｅｒｏ細胞中で１００継代、連続継代した。選択されたウイルスの病原性変化を新生豚モデルにおいて評価した。ＰＥＤウイルス及び抗体を持たない６０匹の子豚（５日齢）を、群当たり豚１０匹の６つの群に無作為に分けた。豚には代用乳を与えた。１〜５群（Ｇ１〜Ｇ５）には、継代７代目（配列番号５９）、継代２５代目（配列番号７１）、継代５０代目（配列番号７２）、継代７５代目（配列番号７４）、及び継代１００代目（配列番号７５）に、それぞれ、ＰＥＤＶ米国／ＩＮ１９３３８／２０１３（１０^４ＴＣＩＤ５０／ｍｌ、１０ｍｌ／豚）を経口接種し、６群（Ｇ６）には、同じ体積のウイルス不含培養培地を陰性対照として投与した（表６）。臨床的観察を記録した。直腸スワブを到着時及び毎日採取し、ＰＥＤＶヌクレオカプシド遺伝子に基づく定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ１４によって検査した。各群から５匹の豚を、摂取後（ＤＰＩ）３日及び７日にそれぞれ剖検した。小腸、盲腸、及び結腸の肉眼的及び顕微鏡的病変を調べ、免疫組織化学（ＩＨＣ）染色を行った。顕微鏡的病変の重症度を以下のように分類した：０＝病変なし、１＝最小限の絨毛萎縮、２＝軽度の絨毛萎縮、３＝中程度の絨毛萎縮、及び４＝重度の絨毛萎縮。ＩＨＣ染色は、以下のようにスコア化した：０＝シグナルなし、１＝最小限の染色、２＝軽度の染色、３＝中程度の染色、及び４＝激しい染色。元の組織ホモジネート中、ならびに継代Ｐ３、Ｐ７、Ｐ９、Ｐ２５、Ｐ５０、Ｐ６５、Ｐ７５、及びＰ１００のウイルスの全ゲノム配列を、次世代シーケンシング技術を用いて決定した［１３］。

結果及び考察
連続継代するにつれて、ウイルスは細胞培養により適合するようになった。Ｐ５０、Ｐ７５、及びＰ１００のＰＥＤＶ米国／ＩＮ１９３３８／２０１３のより高い継代は、より効率的に増殖し、より高い感染力価を達成した（図１７）。

陰性対照の子豚は、試験期間全体を通して陰性のままであった。Ｐ７、Ｐ２５、Ｐ５０、Ｐ７５、またはＰ１００ウイルスを接種した子豚は全て、１〜４ＤＰＩに水様性の下痢、５〜７ＤＰＩに軽度から中程度の下痢を呈した。Ｐ７、Ｐ２５、Ｐ５０、Ｐ７５、ｏｒＰ１００ウイルスを接種した子豚は全て、直腸スワブ中にウイルスを排出し、より高い継代を接種した子豚は、より少ない量のウイルスを排出する傾向にあった（図１８）。具体的には、ウイルス排出レベルは、Ｐ７＞Ｐ２５＞Ｐ５０、Ｐ７５、Ｐ１００＞陰性対照であった（＞は、有意により高いことを意味するが、Ｐ５０、Ｐ７５、及びＰ１００群間に有意差はなかった）。より低い継代を接種した子豚は、より重度の絨毛萎縮を有する傾向があった。図１９に示されるように、３ＤＰＩに、顕微鏡的病変の重症度は、十二指腸ではＰ７、Ｐ２５＞Ｐ５０、Ｐ７５、Ｐ１００、陰性対照であり、空腸ではＰ７、Ｐ２５、Ｐ５０＞Ｐ７５、Ｐ１００＞陰性対照であり、回腸ではＰ７、Ｐ２５、Ｐ５０＞Ｐ７５、Ｐ１００、陰性対照であった。絨毛高さ対陰窩深さ比は、３ＤＰＩに、空腸でＰ７、Ｐ２５、Ｐ５０＜Ｐ７５、Ｐ１００＜陰性対照であり、回腸でＰ７、Ｐ２５、Ｐ５０＜Ｐ７５、Ｐ１００、陰性対照であった（図２０）。３ＤＰＩに、空腸におけるＩＨＣ染色は、Ｐ７、Ｐ２５、Ｐ５０、Ｐ７５＞Ｐ１００＞陰性対照であり、回腸におけるＩＨＣ染色は、Ｐ７、Ｐ２５、Ｐ５０＞Ｐ７５、Ｐ１００、陰性対照であったが、盲腸または結腸における種々のウイルス間にＩＨＣスコアの有意差はなかった（図２１）。７ＤＰＩの群間差は、明白ではなかった。

全ゲノム配列は、継代Ｐ７、Ｐ２５、Ｐ５０、Ｐ７５、Ｐ１００だけではなく、元の組織ホモジネート、ならびに継代Ｐ３、Ｐ９、及びＰ６５のウイルスについても決定した。図１６に示されるように、全ゲノム配列の比較により、Ｐ１００までの連続継代の間のヌクレオチド及び推定されるアミノ酸の変化は、主に、レプリカーゼ非構造タンパク質（ｎｓｐ）２、ｎｓｐ３、ｎｓｐ４、ｎｓｐ５、ｎｓｐ６、ｎｓｐ１５、スパイク（Ｓ）、ＯＲＦ３、エンベロープ（Ｅ）、膜（Ｍ）、及びヌクレオカプシド（Ｎ）タンパク質に位置することが明らかになった。Ｐ２５から始まって、２４９０８Ａ＞Ｔの点突然変異はＯＲＦ３に生じており、それが、推定されるアミノ酸翻訳の早期終止コドンに起因して切断型ＯＲＦ３タンパク質を生じたことは注目に値する：この点突然変異は、Ｐ１００のウイルスにキャリーオーバーされる。連続継代中の配列の変化及びウイルスのビルレンス変化の両方を考慮に入れると、１５個の位置のアミノ酸変化は、細胞培養における連続継代中のウイルス弱毒化と潜在的に関連している可能性がある。これらの１５個の位置は、ｐｐ１ａタンパク質１５６４Ｓｅｒ＞Ｐｈｅ、１８９６Ｔｈｒ＞Ｉｌｅ、２６００Ａｓｎ＞Ｔｙｒ、３２４７Ｌｅｕ＞Ｐｈｅ、及び３４７３Ａｌａ＞Ｖａｌ；Ｓタンパク質３２６Ｔｈｒ＞Ｉｌｅ、４９１Ａｓｎ＞Ｔｙｒ、８８８Ｇｌｙ＞Ａｒｇ、１２７７Ｌｅｕ＞Ｐｈｅ、１３９９Ｉｌｅ＞Ｔｈｒ、及び１３５８Ｃｙｓ＞Ｌｅｕ；切断型ＯＲＦ３翻訳；Ｅタンパク質６９Ｌｅｕ＞Ｉｌｅ；Ｍタンパク質２０８Ａｌａ＞Ｔｈｒ；及びＮタンパク質４３９Ｔｈｒ＞Ｉｌｅを含む。

要約すると、毒性の米国ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３は、細胞培養における連続継代中に明らかに病原性が低下した。臨床的観察、直腸スワブ中のウイルス排出、組織病理学的病変、及びＩＨＣ染色データは、Ｐ７５及びＰ１００ウイルスが、Ｐ７、Ｐ２５、及びＰ５０ウイルスよりもさらに弱毒化されたことを示唆している。しかしながら、Ｐ７５及びＰ１００ウイルスは、依然として下痢を引き起こし得るため、ＭＬＶワクチン候補になるには十分に弱毒化されていない可能性がある。十分に弱毒化されたワクチン候補ウイルスを得るためには、細胞培養におけるウイルスの連続的な継代が必要である。１６個のアミノ酸変化が、本試験の条件下におけるウイルス弱毒化と関連していると考えられる。本試験は、ＭＬＶＰＥＤＶワクチンを開発するため、及びウイルス弱毒化の分子機構を理解するための強力な基盤を提供する。

当業者は、異なる分離株の間にはヌクレオチド及びアミノ酸配列の変化が存在し、欠失及び挿入が出現し得るが、それにもかかわらず、配列アライメント技術が周知であるため、ＰＥＤＶタンパク質における任意のアミノ酸位置が他の分離株における適切なアミノ酸位置にマッピングされ得ることをすぐに認識するであろう。この目的のための好ましいアルゴリズム及びアライメントプログラムは、ＣｌｕｓｔａｌＸｖｅｒｓｉｏｎ２．０（Ｌａｒｋｉｎｅｔａｌ，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ２３，２９４７−２９４８（２００７））、ＢｉｏＥｄｉｔｖｅｒｓｉｏｎ７．０．４．１（Ｈａｌｌ，ＮｕｃｌＡｃｉｄｓＳｙｍｐＳｅｒ４１，９５−９８（１９９９））、及びＬａｓｅｒｇｅｎｅｓｏｆｔｗａｒｅｓｕｉｔｅ（ＤＮＡＳＴＡＲＩｎｃ，ＭａｄｉｓｏｎＷＩ）を含み、これには、配列を整列させて、配列の類似性及び違いを比較するための複数配列アライメント用のＣｌｕｓｔａｌＷアルゴリズムが含まれる。

図１６は、以下のアミノ酸変化が、大幅な安全性を示す一方でワクチン有効性を提供する、適切に弱毒化されたＰＥＤＶ分離株を作製するために好ましいアミノ酸変化であることを示す：ＯＲＦ１ａ及びｂから、アミノ酸位置８１４（Ｖａｌ）、１０７６（Ｖａｌ）、１５６４（Ｐｈｅ）、１８９６（Ｉｌｕ）、２３１０（Ｈｉｓ）、２６００（Ｔｙｒ）、３２４７（Ｐｈｅ）、３４７３（Ｖａｌ）、３５２２（Ａｒｇ）；スパイク遺伝子から、アミノ酸位置２５７（Ａｓｎ）、３２６（Ｉｌｅ）、３７５（Ｐｈｅ）、４９１（Ｔｙｒ）、８８１（Ａｒｇ）、８８８（Ａｒｇ）、１２７７（Ｐｈｅ）、１３３９（Ｔｈｒ）、１３５８（Ｌｅｕ）；ＯＲＦ３から、アミノ酸位置３９またはそれ以降に対応する、終止コドンを提供した任意のヌクレオチド変化；ゲノム領域Ｅから、コードされたエンベロープタンパク質の６９（Ｉｌｅ）；ゲノム領域Ｍのための、コードされた膜タンパク質の２０８（Ｔｈｒ）；ならびにゲノム領域Ｎのための、コードされたヌクレオカプシドタンパク質の１４１（Ｌｅｕ）、４１８（Ｇｌｕ）、４２４（Ａｓｐ）、及び４３９（Ｉｌｅ）。単独でまたは組み合わせて用いられ得るこれらの変化に加えて、当業者は、同等のアミノ酸変化が、通常入手可能であること、例えば、正電荷を帯びた残基が正電荷を帯びた残基（Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｈｉｓ）で置換され得るか、負電荷を帯びた残基が負電荷を帯びた残基（Ｇｌｕ、Ａｓｐ）で置換され得るか、または極性もしくは官能基に基づいて同等の置換が行われ得ること（例えば、ＴｈｒをＳｅｒに、及びその逆；ＴｒｙをＴｒｐに、及びその逆；Ｉｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ等）を認識するであろう。
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８．Ｓｔａｄｌｅｒ，Ｊ．，Ｚｏｅｌｓ，Ｓ．，Ｆｕｘ，Ｒ．，Ｈａｎｋｅ，Ｄ．，Ｐｏｈｌｍａｎｎ，Ａ．，Ｂｌｏｍｅ，Ｓ．，Ｗｅｉｓｓｅｎｂｏｃｋ，Ｈ．，Ｗｅｉｓｓｅｎｂａｃｈｅｒ−Ｌａｎｇ，Ｃ．，Ｒｉｔｚｍａｎｎ，Ｍ．ａｎｄＬａｄｉｎｉｇ，Ａ．，２０１５．ＥｍｅｒｇｅｎｃｅｏｆｐｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓｉｎｓｏｕｔｈｅｒｎＧｅｒｍａｎｙ．ＢＭＣＶｅｔＲｅｓ１１，１４２．
９．Ｔｈｅｕｎｓ，Ｓ．，Ｃｏｎｃｅｉｃａｏ−Ｎｅｔｏ，Ｎ．，Ｃｈｒｉｓｔｉａｅｎｓ，Ｉ．，Ｚｅｌｌｅｒ，Ｍ．，Ｄｅｓｍａｒｅｔｓ，Ｌ．Ｍ．，Ｒｏｕｋａｅｒｔｓ，Ｉ．Ｄ．，Ａｃａｒ，Ｄ．Ｄ．，Ｈｅｙｌｅｎ，Ｅ．，Ｍａｔｔｈｉｊｎｓｓｅｎｓ，Ｊ．ａｎｄＮａｕｗｙｎｃｋ，Ｈ．Ｊ．，２０１５．Ｃｏｍｐｌｅｔｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆａｐｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓｆｒｏｍａｎｏｖｅｌｏｕｔｂｒｅａｋｉｎｂｅｌｇｉｕｍ，ｊａｎｕａｒｙ２０１５．ＧｅｎｏｍｅＡｎｎｏｕｎｃ３．
１０．Ｖｌａｓｏｖａ，Ａ．Ｎ．，Ｍａｒｔｈａｌｅｒ，Ｄ．，Ｗａｎｇ，Ｑ．，Ｃｕｌｈａｎｅ，Ｍ．Ｒ．，Ｒｏｓｓｏｗ，Ｋ．Ｄ．，Ｒｏｖｉｒａ，Ａ．，Ｃｏｌｌｉｎｓ，Ｊ．ａｎｄＳａｉｆ，Ｌ．Ｊ．，２０１４．ＤｉｓｔｉｎｃｔＣｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓａｎｄＣｏｍｐｌｅｘＥｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆＰＥＤＶＳｔｒａｉｎｓ，ＮｏｒｔｈＡｍｅｒｉｃａ，Ｍａｙ２０１３−Ｆｅｂｒｕａｒｙ２０１４．ＥｍｅｒｇＩｎｆｅｃｔＤｉｓ２０，１６２０−１６２８．
１１．Ｔｈｏｍａｓ，Ｐ．（２０１４）．Ｆｉｅｌｄｅｘｐｅｒｉｅｎｃｅｓｕｓｉｎｇｐｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓ（ＰＥＤＶ）ｖａｃｃｉｎｅｉｎｈｅｒｄｓｅｘｐｅｒｉｅｎｃｉｎｇｅｎｄｅｍｉｃｄｉｓｅａｓｅ．Ｉｎ “２０１４ＩｏｗａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＳｗｉｎｅＤｉｓｅａｓｅＣｏｎｆｅｒｅｎｃｅｅｆｏｒＳｗｉｎｅＰｒａｃｔｉｔｉｏｎｅｒｓ”，ｐｐ．３８−４２，Ａｍｅｓ，Ｉｏｗａ．
１２．Ｓｃｈｗａｒｔｚ，Ｔ．Ｊ．ａｎｄＲａｄｅｍａｃｈｅｒ，Ｃ．Ｊ．（２０１５）．ＥｖａｌｕａｔｉｏｎｏｆｔｈｅｅｆｆｅｃｔｓｏｆＰＥＤｖｖａｃｃｉｎｅｏｎＰＥＤｖｎａｉｖｅａｎｄｐｒｅｖｉｏｕｓｌｙＰＥＤｖ−ｅｘｐｏｓｅｄｓｏｗｓｉｎａｃｈａｌｌｅｎｇｅｍｏｄｅｌｃｏｍｐａｒｉｎｇｉｍｍｕｎｅｒｅｓｐｏｎｓｅａｎｄｐｒｅｗｅａｎｉｎｇｍｏｒｔａｌｉｔｙ．Ｉｎ “２０１５ＩＳＵＪａｍｅｓＤ．ＭｃＫｅａｎＳｗｉｎｅＤｉｓｅａｓｅＣｏｎｆｅｒｅｎｃｅｅ”，ｐｐ．３６−４０，Ａｍｅｓ，Ｉｏｗａ．
１３．Ｃｈｅｎ，Ｑ．，Ｌｉ，Ｇ．，Ｓｔａｓｋｏ，Ｊ．，Ｔｈｏｍａｓ，Ｊ．Ｔ．，Ｓｔｅｎｓｌａｎｄ，Ｗ．Ｒ．，Ｐｉｌｌａｔｚｋｉ，Ａ．Ｅ．，Ｇａｕｇｅｒ，Ｐ．Ｃ．，Ｓｃｈｗａｒｔｚ，Ｋ．Ｊ．，Ｍａｄｓｏｎ，Ｄ．，Ｙｏｏｎ，Ｋ．Ｊ．，Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ，Ｇ．Ｗ．，Ｂｕｒｒｏｕｇｈ，Ｅ．Ｒ．，Ｈａｒｍｏｎ，Ｋ．Ｍ．，Ｍａｉｎ，Ｒ．Ｇ．ａｎｄＺｈａｎｇ，Ｊ．，２０１４．Ｉｓｏｌａｔｉｏｎａｎｄｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆｐｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓｅｓａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｔｈｅ２０１３ｄｉｓｅａｓｅｏｕｔｂｒｅａｋａｍｏｎｇｓｗｉｎｅｉｎｔｈｅＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓ．ＪＣｌｉｎＭｉｃｒｏｂｉｏｌ５２，２３４−４３．
１４．Ｔｈｏｍａｓ，Ｊ．Ｔ．，Ｃｈｅｎ，Ｑ．，Ｇａｕｇｅｒ，Ｐ．Ｃ．，Ｇｉｍｅｎｅｚ−Ｌｉｒｏｌａ，Ｌ．Ｇ．，Ｓｉｎｈａ，Ａ．，Ｈａｒｍｏｎ，Ｋ．Ｍ．，Ｍａｄｓｏｎ，Ｄ．Ｍ．，Ｂｕｒｒｏｕｇｈ，Ｅ．Ｒ．，Ｍａｇｓｔａｄｔ，Ｄ．Ｒ．，Ｓａｌｚｂｒｅｎｎｅｒ，Ｈ．Ｍ．，Ｗｅｌｃｈ，Ｍ．Ｗ．，Ｙｏｏｎ，Ｋ．Ｊ．，Ｚｉｍｍｅｒｍａｎ，Ｊ．Ｊ．ａｎｄＺｈａｎｇ，Ｊ．，２０１５．ＥｆｆｅｃｔｏｆＰｏｒｃｉｎｅＥｐｉｄｅｍｉｃＤｉａｒｒｈｅａＶｉｒｕｓＩｎｆｅｃｔｉｏｕｓＤｏｓｅｓｏｎＩｎｆｅｃｔｉｏｎＯｕｔｃｏｍｅｓｉｎＮａｉｖｅＣｏｎｖｅｎｔｉｏｎａｌＮｅｏｎａｔａｌａｎｄＷｅａｎｅｄＰｉｇｓ．ＰＬｏＳＯｎｅ１０，ｅ０１３９２６６．
米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４（２０１４０２０６９７）の弱毒化
図２４ならびに表１及び２は、変異株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４の弱毒体に対応するアミノ酸変化に関する特定の情報を提供する。変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４を、２つの独立した系統に細胞培養において連続継代した。

第１の系統では、最大６０継代目（Ｐ６０）まで細胞培養においてウイルスを継代した：異なる継代のウイルスを、２０１４０２０６９７−Ｐ１、２０１４０２０６９７−Ｐ２、２０１４０２０６９７−Ｐ３…２０１４０２０６９７−Ｐ６０と命名した。それらの中で、ウイルス２０１４０２０６９７−Ｐ３（配列番号６３）、２０１４０２０６９７−Ｐ５（配列番号８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７（配列番号６２）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８（配列番号６４）、２０１４０２０６９７−Ｐ３０（配列番号６５）、２０１４０２０６９７−Ｐ４５（配列番号３９）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ６０（ＳＥＤＩＤＮＯ：６６）の全ゲノム配列を決定し、比較した。

第２の系統では、細胞培養においてウイルスを連続継代し、いくつかの継代のウイルスには、プラーク（コロニー）精製も行った。それらの中で、ウイルス２０１４０２０６９７−Ｐ３Ｒ１（配列番号６７）、２０１４０２０６９７−Ｐ５Ｒ１（配列番号６８）、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１（配列番号１５）、２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１（配列番号３５）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１クローン８９Ｇ８ｂ（配列番号３６）、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１クローン９４Ｆ６ａ（配列番号３７）、及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１クローン９２Ｆ６ａ（配列番号３７）（Ｐ１８Ｒ１９４Ｆ６ａ及びＰ１８Ｒ１９２Ｆ６ａ（配列番号３７）は、検証目的で実行された同じクローンの複製物であることに留意されたい：表１及び２を参照）の全ゲノム配列を決定し、比較した。さらに、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｇ８ｂ及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａを後続する継代１９代目及び２０代目に継代したところ、継代１８Ｒ１におけるそれらそれぞれのクローンに対する遺伝的同一性を保持していた。結果として得られたウイルスは、両方とも、認識されている全ての治験エンドポイントによる必要な臨床的安全性を提供し、類似の変異（ＩＮＤＥＬ）株によるチャレンジに関して保護性が高く、また高度に病理的なプロトタイプ株に関しては交差防御的なままであった。

図２４及び表２の「アミノ酸変化」の項を参照すると、コードされたアミノ酸位置５５１のＯＲＦ１ａ／１ｂがロイシンを提供することが分かる。実際に、ロイシンは、公開配列と比較して無作為に選択された約５００個のうちの残基５５１を表すことが分かったという点から、ロイシンは、この位置のＰＥＤＶ分離株（プロトタイプであろうと変異ＩＮＤＥＬであろうと）においてほぼ不変であると考えられる。２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａ（配列番号３７）及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｇ８ｂ（配列番号３６）に関する臨床データは、どちらも著しいレベルの安全性及び有効性を示しているが、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａは、安全性及び有効性の両方にさらなる強化をもたらすため、商業化の可能性が高い材料となることに留意されたい。２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａは、ペプチド二次構造のドメイン型間の境界を破壊するかまたは画定することが周知のアミノ酸である５５１位のプロリンを提供し、したがって、Ｐｒｏ５５１が最終的な表現型に寄与することが予想される。ＰＥＤＶゲノムにおけるこの位置でのＬｅｕの不変の使用を所与とすると、５５１位に、またはそのすぐ隣（その上流または下流の約２〜３アミノ酸残基以内）にＰｒｏ残基を挿入することが本発明のさらなる実施形態である。周知のアルゴリズムを用いたモデル化（Ｐ．Ｙ．Ｃｈｏｕｅｔａｌ．，「ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆＰｒｏｔｅｉｎＣｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ」，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１３（２），ｐｐ２２２−２４５，１９７４；Ｊ．Ｇａｒｎｉｅｒｅｔａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，ｖ１２０．ｐｐ．９７−１２０，１９７８；及びＪ．Ｇａｒｎｉｅｒｅｔａｌ．，ＭｅｔｈｏｄｓＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，ｖ２６６，ｐｐ．５４０−５４３，１９９６を参照のこと）により、５５１位Ｌのすぐ上流の最も関与の少ない残基ＤＥＤＡＴにあるαらせんドメインを予測したところ、Ｌは、この二次ドメイン構造特徴のほぼＣ末端に位置している（しかし、なおもそれに寄与する）。プロリンの挿入は、このαらせん特徴を実質的に破壊する。この場合も同様に、高度に弱毒化されていながらなおも安全なワクチンを得ることを期待して、ＯＲＦ１ａ／ｂのアミノ酸５５１としてグリシン残基を挿入することも、本発明の実施内であり、グリシン残基は、同様に上流または下流の５５１位の約２〜３アミノ酸残基内に位置し得る。そのような全ての置換は、プロトタイプであろうと変異体（ＩＮＤＥＬ）であろうと、全てのＰＥＤＶクローンに適用可能である。

次に、スパイクタンパク質の９７３位における２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｇ８ｂ及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａの両方に反映されるアミノ酸変化を参照すると、野生型アミノ酸チロシンがヒスチジンによって置換されていることが分かり、このことは、これらのクローンの有用な表現型に実質的に寄与する。したがって、プロトタイプに由来しようと変異（ＩＮＤＥＬ）株に由来しようと、安全かつ有効なワクチンを提供するために修飾または選択されたＰＥＤＶの全てのゲノムの中で、概してこの座位にヒスチジンを提供することが、本発明の実施形態である。

スパイクタンパク質の１００９位（すなわち、配列番号４７のＮＩＴの直後）における２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｇ８ｂ及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａの両方に反映される重要なアミノ酸変化をさらに参照すると、野生型アミノ酸セリンがプロリンによって置換されていることが分かる。この突然変異は、２０１４０２０６９７−Ｐ５Ｒ１（配列番号６８）と２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１（配列番号１５）との間の初期の弱毒化継代中に出現した。ＯＲＦ１ａ／１ｂの５５１位に関連して上で述べたロイシンからプロリンへの突然変異の場合と同様に、プロリンの出現は、二次及び三次タンパク質構造を大きく破壊し、本発明のワクチン株の弱毒化特性に実質的に寄与する。この場合も同様に、任意のＰＥＤＶワクチンウイルスのスパイクタンパク質における１００９位、または対応する位置にプロリン残基を提供することは、本発明の実施内である。グリシンはまた、ワクチンの安全性を向上させるために、任意のＰＥＤＶ株におけるこの位置でプロリンと置換されてもよい。したがって、プロトタイプに由来しようと変異（ＩＮＤＥＬ）株に由来しようと、安全かつ有効なワクチンを提供するために修飾または選択されたＰＥＤＶの全てのゲノムの中で、概してこの座位にプロリンまたはグリシンを提供することが、本発明の実施形態である。また、プロリン／グリシンの置換は、１００９位のすぐ隣、例えば、その上流または下流の約２〜３アミノ酸残基以内で行われてもよいことにも留意されたい。

ワクチンとして有用な本発明のウイルス（Ｇ８ｂ及びＦ６ａの継代１８Ｒ１クローン、配列番号３６及び３７、ならびに継代３８代目、配列番号７８によって表される別の系統のウイルスを含む）の多くの追加の特徴は、その中での、典型的にはＯＲＦ３リーディングフレームにおけるフレームシフト突然変異によって引き起こされる切断型ＯＲＦ３タンパク質のみの発現（表２を参照）と、したがって、部分的または全体的に無効なＯＲＦ３タンパク質をもたらす、終止コドンの出現、または代替として他の特徴（欠失されたアミノ酸等、ここでも同様に表２を参照）の出現である。我々は、ＯＲＦ３タンパク質における欠失及び／またはフレームシフトが、組織培養条件への適応と関連しているようであり、したがって、宿主の免疫防御を克服し、ｉｎｖｉｔｒｏ培養条件下で不要となるためにはＯＲＦ３が必要である可能性が高いことを観察した。そのため、ＯＲＦ３の欠失は、ワクチンウイルスにとって重要であり、豚に使用するためのそれらの安全性に寄与する。２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｇ８ｂ及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａ（配列番号３１）によって発現された切断型ＯＲＦ３タンパク質を参照すると、この突然変異は、継代Ｐ８Ｒ１（配列番号１８を参照）によって既に成功裏に達成されていることに留意されたく（表２）、結果として得られたタンパク質配列は以下の通りである：
ＭＦＬＧＬＦＱＹＴＩＤＴＶＶＫＤＶＳＫＳＡＮＬＳＬＤＡＶＱＥＬＥＬＮＶＶＰＩＲＱＡＳＮＶＴＧＦＬＦＴＳＶＦＩＹＦＦＡＬＦＫＡＳＳＬＲＲＮＹＩＭＬＡＡＲＦＡＶＩＶＬＹＣＰＬＬＹＹＣＧＡＦＬＤＡＴＩＩＣＣＴＬＩＧＲＬＣＬＶＣＦＹＳＷＲＹＫＮＡＬＦＩＩＦＮＴＴＴＬＳＦＬＮＧＫＡＡＬＴＡＮＰＬ。

したがって、ＯＲＦ３の機能を制限するのに適したＯＲＦ３リーディングフレームの任意の切断を含有するワクチンウイルス、例えば、ワクチンウイルス２０１４０２０６９７−Ｐ３８（配列番号７８）及びその初期の継代（この場合も同様に表２を参照）に関連して既に前述したもの、またはウイルス配列の配列番号３６及び３７に関連するもの等を提供することは、本発明の実施内である。当業者は、配列の直接比較、及び配列を整列させるためのアルゴリズムを参照して、対応する切断を含有するように、任意のプロトタイプ株または変異ＩＮＤＥＬ株の任意のＯＲＦ３タンパク質の切断を容易に提供することができる。したがって、本発明のワクチンウイルスは、結果として得られたＯＲＦ３タンパク質、またはその任意の断片（１０、２０、３０、４０、５０、６０アミノ酸残基等）、または宿主の免疫機能を抑制することができない全長ＯＲＦ３タンパク質の任意の断片として、配列番号１８を有する者を含む。

これらの突然変異は、本発明のワクチン弱毒体の臨床的に有効な最終的な表現型に実質的に寄与し、また前述のように、一般的なアライメントプログラム及びアルゴリズムの参照は、全てのプロトタイプ及び変異（ＩＮＤＥＬ）株における対応するタンパク質のアミノ酸配列に容易にコピーされる。保存的アミノ酸置換はまた、具体的に指名された残基変化の代わりに、全ての場合において適切であり、本発明のプロトタイプ及び変異（ＩＮＤＥＬ）ウイルスのいずれかについて観察された全てのアミノ酸変化（及びその保存的置換）は、結果として得られる任意のそのようなウイルスのワクチンとしての有用性を向上させる目的で、任意のＰＥＤＶウイルス（プロトタイプであろうとＩＮＤＥＬであろうと）において有効に置換され得る。

本明細書に記載される継代に関するさらなる情報は以下の通りである。後続の継代（８〜１９）は、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１（配列番号１５）材料から行った。２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１コンセンサス配列は、２０１４０２０６９７−Ｐ７Ｒ１と比較してアミノ酸レベルでいずれの変化も示さなかった。次いで、後続の継代１１〜１４の各ステップでクローン選択を用いて２０１４０２０６９７−Ｐ８Ｒ１を２０１４０２０６９７−Ｐ１１Ｒ１にさらに継代し、その後、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１に継代し、臨床試験を実行するためにかなりの材料を採取した。２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｇ８ｂ及び２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａのオープンリーディングフレームアミノ酸配列が、それぞれ、図２２Ｂ（配列番号２３〜２８）及び２２Ｃ（配列番号２９−３４）として示され、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｇ８ｂ及び２０１４０２６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａの対応するヌクレオチド配列（全長）が、それぞれ、図２３Ｂ（配列番号３６）及び２３Ｃ（配列番号３７）として示される。有意かつ良好な結果が、２０１４０２０６９７−Ｐ１８Ｒ１Ｆ６ａについて報告されている。この点に関しては、これらのワクチン材料の優れた安全性及び交差防御効果を示す実施例５及び６を参照されたい。

また、「継代７代目」２０１４０２０６９７−Ｐ７、系統１（配列番号６２）及び「継代６０代目」２０１４０２０６９７−Ｐ６０継代６０代目、系統１（配列番号３９）のアミノ酸配列の突然変異情報は、図２４及び表２にも報告されており、この材料の安全性及び有効性に関与する突然変異がそこに開示されることに留意されたい。また、この材料が、安全かつ有効な交差防御ワクチンの優れた候補であることは、２０１４０２０６９７−Ｐ３８（配列番号７８）、２０１４０２０６９７−Ｐ６０の前駆体に関する実施例５及び６に報告される臨床データ、ならびに弱毒化をもたらす２０１４０２０６９７−Ｐ７変異株の突然変異を比較している実施例２の臨床データ及び考察からも明白である。
実施例５
（２回投与試験）約１日齢及び２１日齢に経口投与した後、病原性ＰＥＤＶによるチャレンジを行ったＰＥＤＶＩＮＤＥＬウイルスの安全性及び交差防御
本試験の目的は、３（＋／−２）日齢（０日目）及び２１日目に子豚に経口投与した後、３５日目（＋／−２）毒性ＰＥＤｖによるチャレンジを行った場合に、ＰＥＤの変異（ＩＮＤＥＬ）株、米国／ＩＬ／２０１４−２０６９７に由来するＰＥＤＶ分離株の特定の弱毒継代の安全性及び交差防御を決定することであった。安全性は、０日目及び２１日目の接種後ＰＥＤｖに関連する死亡発生率及び臨床徴候によって決定した。交差防御の指標は、チャレンジ後の毒性ＰＥＤｖに関連する死亡発生率及び臨床徴候によって決定した。検査したウイルスは、ＤＮＡ配列からコードされたものである：（ａ）配列番号３６（クローンＧ６ｂと称され、その継代１８代目と１９代目との間で変化しないままである）；（ｂ）配列番号３７（クローンＦ６と称され、その継代１８代目と１９代目との間で変化しないままである）；及び（ｃ）米国／ＩＬ／２０１４−２０６９祖先からの異なるセットの継代に由来、その継代３８代目（配列番号７８）。配列番号３６と３７とは、ポリタンパク質１ａ／１ｂのコードされたアミノ酸の位置５５１が、５５１位でＬまたはＰのいずれかであるという点においてのみ、互いに異なることを留意されたい（配列番号４６のＤＡＴの直後を参照）。

生弱毒体のワクチン接種用量（対照は培地のみ）は、経口用量当たり２ＭＬを用いて１×１０^４ＴＣＩＤ^５０である。「ＴＣＩＤ５０」は、「組織培養感染量」を指し、所与のバッチの接種細胞培養物の５０％を感染させるのに必要なウイルスの希釈率として定義される。本明細書全体にわたって用いられるＳｐｅａｒｍａｎ−Ｋａｒｂｅｒ法を含む種々の方法が、ＴＣＩＤ５０を計算するために使用され得る。Ｓｐｅａｒｍａｎ−Ｋａｒｂｅｒ法の説明については、Ｂ．Ｗ．Ｍａｈｙ＆Ｈ．Ｏ．Ｋａｎｇｒｏ，ＶｉｒｏｌｏｇｙＭｅｔｈｏｄｓＭａｎｕａｌ，ｐ．２５−４６（１９９６）を参照されたい。

実際のチャレンジ材料（１ｘ１０５ＴＣＩＤ５０／５ＭＬ用量の濃度を有する）は、米国／Ｃｏｌｏｒａｄｏ／２０１３、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＫＦ２７２９２０、具体的には、アイオワ州の農場からのＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＭｉｎｎｅｓｏｔａＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＤｉａｇｎｏｓｔｉｃＬａｂｏｒａｔｏｒｙ受託番号Ｄ１３−０３１６３０からの現代の北米で流行する分離株である生材料と、密接に関連している。試料は、ロタウイルスＡ、Ｂ、及びＣ、ＴＧＥ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素、ならびにＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓに対して陰性である。

糞便排出のＰＣＲ評価は、ＲＴｑＰＣＲ分析により行い、排出されたウイルスに関して３５の報告値を陰性（対照と等しい）とし、３５未満の値を陽性とする。報告された数は、検出に用いられたサイクルの数であり、３５が最大であり、それを非検出であるとする。従ったプロトコルは、概して明細書に別様に列挙される通りであり、同様に以下のように達成される。糞便スワブを３ミリリットルのＤＭＥＭ培地中に採取し、使用するまで−８０℃で保管する。試料を４℃で解凍し、５秒間ボルテックスして混合する。試験管から１ミリリットルの試料を取り出し、９６ウェルブロックに入れ、３２００ｒｐｍで１０分間遠心分離して糞便粒子材料を堆積させる。２００マイクロリットルの糞便試料上清が、製造業者の指示に従って、ＱｉａｇｅｎＱＩＡｓｙｍｐｈｏｎｙＡｕｔｏｍａｔｅｄＲｏｂｏｔ上でＱｉａｇｅｎＤＳＰＶｉｒｕｓ／ＰａｔｈｏｇｅｎＭｉｎｉＫｉｔ、またはＱＩＡｃｕｂｅＨＴマシン上でＱｉａｇｅｎｃａｄｏｒＰａｔｈｏｇｅｎ９６Ｋｉｔを使用して、核酸抽出のために用いられる。サイクル閾値は、Ｐａｔｈ−ＩＤＭｕｌｔｉｐｌｅｘＯｎｅ−ＳｔｅｐＲＴ−ＰＣＲＫｉｔ（ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／ＬｉｆｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）ならびにＰＥＤＶＮ遺伝子プライマー及びプローブを使用したＲＴ−ＱＰＣＲ分析によって決定した。ＰＥＤＶ順方向プライマー：ＰＥＤＶＮ遺伝子−Ｆ５’−ＧＡＡＴＴＣＣＣＡＡＧＧＧＣＧＡＡＡＡＴ−３’＠［１００ｕＭ］、逆方向プライマー：ＰＥＤＶＮ遺伝子−Ｒ５’−ＴＴＴＴＣＧＡＣＡＡＡＴＴＣＣＧＣＡＴＣＴ−３’＠［１００ｕＭ］、ＰＥＤＶプローブ６ＦＡＭ５’−ＣＧＴＡＧＣＡＧＣＴＴＧＣＴＴＣＧＧＡＣＣＣＡ３’ＴＡＭＲＡ。ＰＥＤＶＮ遺伝子ＰＣＲ増幅により標準曲線を作成し、Ｃｔ値を用いて、その標準曲線に基づいて各試料のコピー数の値を決定した。カッコ内に報告される値は、分子としてウイルスに陽性を示す各群の子豚の数を示し、分母は、示される日にその特定の群に残っている（まだ剖検のために屠殺されていない）子豚の合計数を示す。結果は以下の通りある：
継代３８代目の材料は、早期死亡数（その後明らかではない）が少ないことに寄与しており、その後続する継代６０代目（配列番号６６）は、この状況を緩和するために作製されたことに留意されたい（表７）。

表８を参照すると、糞便排出をＰＣＲによって測定した。「３５」という対照の値（非排出）を参照すると、ワクチン接種として培地のみを投与されたチャレンジ対照と比較して、全てのクローンが子豚を保護したことが分かる。クローンＧ８ｂに対するよりもクローンＦ６ａに対する保護が大きく、このクローンに存在する完全に固有のプロリン残基（Ｏｒｆ１ａ／ｂタンパク質の場合５５１位）と一致していることに留意されたい。

同様に、表９に示されるように（この場合も同様に、非ワクチン接種対照と比較して）、チャレンジ後、３つ全てのウイルス分離株が実質的に排出排出を防止し、Ｆ６ａクローンがこの場合も同様に、クローンＧ８ｂよりも良好な結果を示した。

実施例６
１日齢の子豚における単回投与の有効性及び安全性
配列番号３６（クローンＧ８ｂ）及び配列番号３７（クローンＦ６ａ）に対応する（からコードされた）弱毒ＰＥＤＶウイルスは、ワクチンとして優れた有効性を示し、毒性の北米プロトタイプウイルス（例えば、米国／Ｃｏｌｏｒａｄｏ／２０１３、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＫＦ２７２９２０に代表される）による後のチャレンジに対する交差防御を提供する。たとえ母豚がＰＥＤＶナイーブであっても、すなわち、血清陰性であり、野生型ウイルスに曝露されたことがないか、またはワクチン接種されたことがないかのいずれかである場合でも、そのような防御は、早ければ生後１日目に子豚に提供される単回投与のワクチンのみで達成される。このレベルの有効性は、雌豚及び子豚がワクチン接種される場合に、どのように豚の操作が管理されるかという点において手順に多大な柔軟性を与え、また、ワクチン接種前の任意の動物の血清状態を決定するためのアッセイを行うことなく、雌豚の群れまたは子豚にワクチン接種する能力を手順に与える。ＰＥＤＶ感染の病状は出生時の子豚において最も深刻であり、動物の年齢とともにワクチン接種が減少する（必要性または価値も減少する）ことを考慮すると、これらの結果は重要である。配列番号３６及び３７のウイルスを組み込んだワクチンは、母豚が子豚の出生前に血清陽性であるか血清陰性であるかにかかわらず有用であり、初乳に由来する母親由来抗体は、本発明のワクチンが有効であることの妨げにはならず、母豚が以前に野生株、ワクチン株に感染したか（それによって子豚から感染することを含む）、または生ワクチンもしくは不活化ワクチンをワクチン接種されたかどうか（いずれの場合も種付け前及び分娩前を含む１回以上）にかかわらず、有用であることに留意されたい。生産者によって所望される場合、第２の用量が子豚に与えられてもよい。

したがって、本発明の実施において有用なワクチン接種プログラムの代表的な例は、ＰＥＤＶによって子豚に引き起こされる疾患を治療または予防する方法であって、前記子豚が約１〜７日齢のときに、前記子豚に第１の用量のワクチン組成物を投与することと、さらにまたは任意選択的に、前記子豚が約２〜５週齢のときに、第２の用量の前記ワクチンを投与することを含む方法を含む。（以前の感染から等）母豚が既に血清陽性であったかどうかにかかわらず、１つの用量または２つの用量が子豚に投与されるかどうかにかかわらず、雌親豚は、種付け前に、または代替として分娩前に、または両方の前記時点にワクチン接種され得る。前述のように、代替として、母豚は血清陰性である。

したがって、本試験の目的は、１日齢（０日目）の子豚に経口投与した後、２１日目（２２日齢）に毒性ＰＥＤｖチャレンジを行った場合の、ＰＥＤの変異（ＩＮＤＥＬ）株、米国／ＩＬ／２０１４−２０６９７に由来する２つの継代ＰＥＤＶ分離株（配列番号３６及び３７）の安全性及び交差防御を決定することであった。安全性は、接種後ＰＥＤｖに関連する死亡発生率及び臨床徴候によって決定される。交差防御の指標は、チャレンジ後の毒性ＰＥＤｖに関連する死亡発生率及び臨床徴候及び腸の病変によって決定した。

ワクチン接種用量（対照は培地のみ）は、経口用量当たり２ＭＬを用いて１ｘ１０^４ＴＣＩＤ^５０である。「ＴＣＩＤ５０」は、「組織培養感染量」を指し、所与のバッチの接種細胞培養物の５０％を感染させるのに必要なウイルスの希釈率として定義される。本明細書全体にわたって用いられるＳｐｅａｒｍａｎ−Ｋａｒｂｅｒ法を含む種々の方法が、ＴＣＩＤ５０を計算するために使用され得る。Ｓｐｅａｒｍａｎ−Ｋａｒｂｅｒ法の説明については、Ｂ．Ｗ．Ｍａｈｙ＆Ｈ．Ｏ．Ｋａｎｇｒｏ，ＶｉｒｏｌｏｇｙＭｅｔｈｏｄｓＭａｎｕａｌ，ｐ．２５−４６（１９９６）を参照されたい。

各群内の子豚を、６日目に剖検のために屠殺、２８日目に剖検のために屠殺、または試験を終了し、４０日目に報告される子豚の３つの結果のうちの１つにさらに割り当てた。
実際のチャレンジ材料（１ｘ１０^５ＴＣＩＤ_５０／５ＭＬ用量の濃度を有する）は、米国／Ｃｏｌｏｒａｄｏ／２０１３、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＫＦ２７２９２０、具体的には、アイオワ州の農場からのＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＭｉｎｎｅｓｏｔａＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＤｉａｇｎｏｓｔｉｃＬａｂｏｒａｔｏｒｙ受託番号Ｄ１３−０３１６３０からの現代の北米で流行する分離株と、密接に関連している。試料は、ロタウイルスＡ、Ｂ、及びＣ、ＴＧＥ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅ毒素、ならびにＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓに対して陰性である。

代表的な結果は、下の表中の糞便排出スコアによって提供される。下記の日付は、０日目（すなわち、１日齢、Ｇ８ｂまたはＦ６ａ弱毒ウイルスを用いたワクチン接種の日）から計算されている。

糞便排出のＰＣＲ評価は、ＲＴｑＰＣＲ分析により行い、排出されたウイルスに関して４０の報告値を陰性（対照と等しい）とし、４０未満の値を陽性とする。報告された数は、検出に用いられたサイクルの数であり、４０が最大であり、それを非検出であるとする。従ったプロトコルは、概して明細書に別様に列挙される通りであり、同様に以下のように達成される。糞便スワブを３ミリリットルのＤＭＥＭ培地中に採取し、使用するまで−８０℃で保管する。試料を４℃で解凍し、５秒間ボルテックスして混合する。試験管から１ミリリットルの試料を取り出し、９６ウェルブロックに入れ、３２００ｒｐｍで１０分間遠心分離して糞便粒子材料を堆積させる。２００マイクロリットルの糞便試料上清が、製造業者の指示に従って、ＱｉａｇｅｎＱＩＡｓｙｍｐｈｏｎｙＡｕｔｏｍａｔｅｄＲｏｂｏｔ上でＱｉａｇｅｎＤＳＰＶｉｒｕｓ／ＰａｔｈｏｇｅｎＭｉｎｉＫｉｔ、またはＱＩＡｃｕｂｅＨＴマシン上でＱｉａｇｅｎｃａｄｏｒＰａｔｈｏｇｅｎ９６Ｋｉｔを使用して、核酸抽出のために用いられる。サイクル閾値は、Ｐａｔｈ−ＩＤＭｕｌｔｉｐｌｅｘＯｎｅ−ＳｔｅｐＲＴ−ＰＣＲＫｉｔ（ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／ＬｉｆｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）ならびにＰＥＤＶＮ遺伝子プライマー及びプローブを使用したＲＴ−ＱＰＣＲ分析によって決定した。ＰＥＤＶ順方向プライマー：ＰＥＤＶＮ遺伝子−Ｆ５’−ＧＡＡＴＴＣＣＣＡＡＧＧＧＣＧＡＡＡＡＴ−３’＠［１００ｕＭ］、逆方向プライマー：ＰＥＤＶＮ遺伝子−Ｒ５’−ＴＴＴＴＣＧＡＣＡＡＡＴＴＣＣＧＣＡＴＣＴ−３’＠［１００ｕＭ］、ＰＥＤＶＰｒｏｂｅ６ＦＡＭ５’−ＣＧＴＡＧＣＡＧＣＴＴＧＣＴＴＣＧＧＡＣＣＣＡ３’ＴＡＭＲＡ。ＰＥＤＶＮ遺伝子ＰＣＲ増幅により標準曲線を作成し、Ｃｔ値を用いて、その標準曲線に基づいて各試料のコピー数の値を決定した。次いで、カッコ内に報告される値は、分子としてウイルスに陽性を示す各群の子豚の数を示し、分母は、示される日にその特定の群に残っている（まだ剖検のために屠殺されていない）子豚の合計数を示す。２７日目及び３０日目の結果は、非常に多くの数のチャレンジした（しかしワクチン接種はしていない）対照がウイルスを排出しているのに対し、弱毒体Ｇ８ｂ及びＦ６ａでワクチン接種した子豚は、著しく良好に保護されていることを示す。
実施例７
序文
豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）は、２０１３年４月に最初にアメリカ合衆国（米国）で検出された［１］。現在、少なくとも２つの遺伝的に異なるＰＥＤＶ株が同定されており、米国の豚において同時循環している（米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株）［２〜４］。以前の試験において、我々は、米国Ｓ−ＩＮＤＥＬ変異株は、５日齢の子豚において米国プロトタイプ株よりも病原性が低いことを実験的に確認した［５］。しかしながら、ＰＥＤＶの病原性は年齢依存性であり得る［６〜７］。本試験の目的は、１）離乳豚において２つの米国ＰＥＤＶ株の病原性の違いを評価すること、及び２）離乳豚における２つの株の交差防御の有効性を調べることである。
材料及び方法
８５匹の３週齢の豚を従来の飼育場から購入し、ＩｏｗａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙＡｎｉｍａｌＲｅｓｏｕｒｃｅｓの設備に送った。全ての豚は、到着時にＥｘｃｅｄｅ（登録商標）を筋肉内注射し、直腸スワブのウイルス特異的ＰＣＲによってＰＥＤＶ、豚デルタコロナウイルス、及び伝染性胃腸炎ウイルスに対して陰性であることを確認し、血清試料のウイルス特異的な間接蛍光抗体（ＩＦＡ）法によってＰＥＤＶ抗体に対して陰性であることを確認した。

体重によって豚をひとまとめにし、次いで、群当たり１５匹または１０匹の豚の７つの群に無作為に分けた（表１１）。豚には、０日目に（Ｄ０）に、ウイルス陰性培養培地（Ｎ）、ＰＥＤＶプロトタイプ分離株である米国／ＩＮ１９３３８／２０１３−Ｐ７（Ｐ−プロトタイプ株）、またはＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ−変異分離株である米国／ＩＬ２０６９７／２０１４−Ｐ７Ｒ１（Ｖ−変異株）を経口胃的に接種し、その後Ｄ２８にチャレンジを行った。各時点の接種には、ウイルス接種材料として１０４ＴＣＩＤ５０／ｍｌを含有する、豚１匹当たり１０ｍｌの接種材料を使用した。７つの群は、１回目接種／２回目接種によって示した。Ｐ／Ｖ（１５匹の豚）、Ｖ／Ｖ（１５匹の豚）、Ｎ／Ｖ（１５匹の豚）、Ｐ／Ｐ（１０匹の豚）、Ｖ／Ｐ（１０匹の豚）、Ｎ／Ｐ（１０匹の豚）、Ｎ／Ｎ（１０匹の豚）。

Ｄ４に、２つのＰＥＤＶ株間の肉眼的及び顕微鏡的病変の比較のために、Ｐ／Ｖ、Ｖ／Ｖ、及びＮ／Ｖ群から５匹の豚を剖検した。７つ全ての群から５匹の豚を２回目接種（Ｄ３４）の６日後に剖検し、肉眼的及び顕微鏡的病変の観点から交差防御効果を評価した。残りの１群当たり５匹の豚は、ウイルス排出及びチャレンジ後の抗体応答を評価するために２回目接種（Ｄ５６）の４週間後まで維持した。

臨床的観察を記録した。直腸スワブをＤ０、２、４、７、１０、１４、２１、２８、３０、３２、３４、３８、４２、４９、及び５６に採取し、ＰＥＤＶＮ遺伝子に基づく定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲにより検査した。血清試料をＤ０、７、１４、２１、２８、３５、４２、４９、及び５６に採取し、２つのＰＥＤＶ株をそれぞれ指示ウイルスとして用いて、間接蛍光抗体（ＩＦＡ）法及びウイルス中和（ＶＮ）アッセイにより検査した。組織病理学評価及び免疫組織化学（ＩＨＣ）染色のために小腸を採取した。

一般化線形混合（ＧＬＩＭＭＩＸ）モデルを使用して、ウイルス排出力価Ｌｏｇ１０（ｇｃ／ｍｌ）、ＩＦＡ及びＶＮＡｂ力価、臨床的観察スコア、病理学的スコア、絨毛高さ対陰窩深さ（ＶＨ／ＣＤ）比の群間の違いを、ＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＡｎａｌｙｓｉｓＳｙｓｔｅｍ（ＳＡＳ）バージョン９．３（ＳＡＳｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｃａｒｙ，ＮＣ）を使用して分析した。Ｄ０〜Ｄ２８に、Ｎ／Ｎ、Ｎ／Ｖ、及びＮ／Ｐ群に同じ接種材料を投与し、同じ治療として、Ｖ／ＶとＶ／Ｐ群、及びＰ／ＶとＰ／Ｐ群の類似性について分析した。統計分析の前に、ＩＦＡ力価をｌｏｇ２に変換し（［ＩＦＡ力価］／１０）、ＶＮ力価をｌｏｇ２（ＶＮ力価）に変換した。＜０．０５のＰ値を統計的有意差であると定義した。
結果
３週齢の豚における米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の病原性比較。Ｄ０〜Ｄ２８に、７つの豚の群を３つに分類した：Ｐ株接種（Ｐ／Ｖ及びＰ／Ｐ群）、Ｖ株接種（Ｖ／Ｖ及びＶ／Ｐ群）、及び陰性培養培地接種（Ｎ／Ｖ、Ｎ／Ｐ、及びＮ／Ｎ群）。

３週齢の豚の１回目接種（Ｄ０）の後、Ｐ株を接種した２つの群（Ｐ／Ｖ及びＰ／Ｐ）は、Ｄ２〜Ｄ４に半水様性〜水様性の下痢を発症し、Ｖ株を接種した１つの群（Ｖ／Ｐ）は、Ｄ２〜Ｄ４に軽度の軟便を有し、Ｖ株を接種した他の群（Ｖ／Ｖ）は、Ｄ５〜Ｄ７に水様性の下痢を発症した。１回目接種にウイルス陰性培養培地を接種した他の３つの群（Ｎ／Ｎ、Ｎ／Ｖ、及びＮ／Ｐ）では、Ｄ２８まで下痢は観察されなかった。

図２８に示されるように、ＰＥＤＶの定量的ｒＲＴ−ＰＣＲによって検査したところ、Ｎｅｇ対照豚（Ｎ／Ｎ、Ｎ／Ｖ、及びＮ／Ｐ群）は、Ｄ０〜Ｄ２８に直腸スワブ中にいずれのウイルスも排出しなかった。Ｐ株接種群（Ｐ／Ｖ及びＰ／Ｐ）における糞便排出は、Ｄ４にピークレベルに達し、その後、徐々に減少した。対称的に、Ｖ株接種群（Ｖ／Ｖ及びＶ／Ｐ）における糞便排出は、最初の数日に徐々に増加し、Ｄ７にピークレベルに達した。Ｐ株を接種した豚（Ｐ／Ｖ及びＰ／Ｐ群）が、全体としてＤ０〜Ｄ２８にＶ株（Ｖ／Ｖ及びＶ／Ｐ群）を接種した豚よりも有意に多い量のウイルスを糞便中に排出した（Ｐ＝０．０３９６）。

Ｐ株接種（Ｐ／Ｖ群）、Ｖ株接種（Ｖ／Ｖ群）、及び陰性培地接種（Ｎ／Ｖ群）からの５匹の豚をＤ４（１回目接種後４日目）に剖検し、３週齢の豚においてＰ株及びＶ株によって引き起こされた肉眼的及び顕微鏡的な病理学的病変を比較した。小腸、盲腸、及び結腸の平均内容物スコアは、Ｐ株接種豚においてＶ株及び疑似接種豚よりも数値的に高かったが、差は有意ではなかった（図２９Ａ）。Ｖ株及び疑似接種豚の小腸及び盲腸における平均肉眼的病変スコアに有意差はなかったが、両方ともＰ株接種豚よりも有意に低い重症度であった（図２９Ａ）。Ｐ株接種豚の遠位空腸及び回腸における絨毛高さ対陰窩深さ（ＶＨ／ＣＤ）の比はＶ株豚よりも有意に低く、Ｐ株によって引き起こされた絨毛萎縮がＶ株よりも重症であったことが示唆される（図３０Ａ）。Ｖ株群と疑似接種群との間で、遠位空腸及び回腸における平均ＶＨ／ＣＤ比に有意差はなかった（図３０Ａ）。

Ｄ４のＩＨＣ染色では、Ｐ株接種豚は、遠位空腸及び回腸において、それぞれ４及び４の平均ＩＨＣスコアを有しており、それは、遠位空腸及び回腸において、それぞれ１．４及び１．４の平均ＩＨＣスコアを有していたＶ株接種豚よりも有意に高かった（図２９Ｂ）。興味深いことに、Ｐ株を接種した３匹の豚の盲腸上皮細胞（スコア１、１、及び２）及び１匹の豚の結腸上皮細胞（スコア１）には、ＰＥＤＶのＩＨＣ染色も観察された。ＰＥＤＶのＩＨＣ染色は、Ｖ株接種豚の盲腸及び結腸には観察されなかった。ＰＥＤＶのＩＨＣ染色は、疑似接種豚のいずれの組織（小腸、盲腸、及び結腸）にも観察されなかった。

７週齢の豚における米国ＰＥＤＶプロトタイプ株及びＳ−ＩＮＤＥＬ変異株の病原性比較。Ｄ２８の２回目接種の後、（豚は当時７週齢であった）、Ｎ／Ｖ、Ｎ／Ｐ、及びＮ／Ｎ群を比較して、７週齢の離乳豚におけるＰ株及びＶ株の病原性を評価した。

２回目接種後、Ｎ／Ｐ及びＮ／Ｎ群には下痢が見られなかったのに対し、Ｎ／Ｖ群は、Ｄ３３〜Ｄ３８（２回目接種後５〜１０日目）に水様性の下痢を発症した。Ｄ２８〜Ｄ５６の直腸スワブにおいてＮ／Ｎ群からはいずれのウイルスも検出されなかった。Ｎ／Ｖは、全体としてＤ２８〜Ｄ５６にＮ／Ｐ群よりも有意に高いレベルのウイルスを直腸スワブに排出した（Ｐ＝０．０３５９）（図２８）。

Ｄ３４（２回目接種後６日目）に剖検したＮ／Ｎ、Ｎ／Ｖ、及びＮ／Ｐからの５匹の豚を比較して、７週齢の豚においてＰ株及びＶ株によって引き起こされた肉眼的及び顕微鏡的な病理学的病変を評価した。全体として、３つ全ての豚の群において肉眼的病理学的変化はわずかであった。小腸、盲腸、及び結腸の平均内容物スコアは、Ｐ株接種豚と疑似接種豚との間で類似していたが、Ｖ株接種豚よりも有意に低かった（図２９Ｂ）。小腸の平均肉眼的病変スコアには、Ｐ株、Ｖ株、及び疑似接種豚の間に有意差はなかったが（図２９Ｂ）；Ｖ株接種豚の盲腸及び結腸の平均肉眼的病変スコアは、Ｐ株及び疑似接種豚よりも有意に高かった（図２９Ｂ）。Ｄ３４に、遠位空腸及び回腸のＶＨ／ＣＤ比は、Ｎ／Ｖ群においてＮ／Ｎ及びＮ／Ｐ群よりも数値的に低かったが、有意差はなかった（図３１Ａ）。

Ｄ３４には、Ｎ／Ｖ群の遠位空腸、回腸、及び盲腸、ならびにＮ／Ｐ群の盲腸のみが、ＰＥＤＶＩＨＣ染色に陽性であった。Ｎ／Ｖ群は、遠位空腸及び回腸においてＮ／Ｐ及びＮ／Ｎ群よりも有意に高い平均ＩＨＣスコアを有していた（図３１Ｂ）。

交差防御の有効性の評価。Ｄ２８の２回目接種の後、７つの群（Ｐ／Ｖ、Ｖ／Ｖ、Ｎ／Ｖ、Ｐ／Ｐ、Ｖ／Ｐ、Ｎ／Ｐ及びＮ／Ｎ）を比較して、前回の曝露（Ｄ０の１回目接種）が後続チャレンジ（Ｄ２８の２回目接種）の結果に与える影響を評価した。

２回目接種（Ｄ２８）後、Ｄ３３〜Ｄ３８に水様性の下痢がＶ／Ｖ及びＮ／Ｖ群においてのみ観察され、他のいずれも群にも下痢は観察されなかった。
Ｄ２８の２回目接種後に、糞便中へのウイルス排出を７つの群間で比較した（図１）。Ｖ株でチャレンジした３つの群では、Ｐ／Ｖ及びＶ／Ｖ群が、全体としてＤ２８〜Ｄ５６に同様の量のウイルスを排出したが（Ｐ＝０．９４２２）、Ｐ／Ｖ及びＶ／Ｖ群の両方が、Ｎ／Ｖ群よりも有意に少ない量のウイルスを排出した（Ｐ＜０．０００１）。Ｐ株でチャレンジした３つの群では、Ｖ／Ｐ及びＰ／Ｐ群が、Ｄ２８〜Ｄ５６にＮ／Ｐ群よりも有意に少ない量のウイルスを排出したが（Ｐ＜０．０００１）、Ｄ３４に他の日よりも大幅に多い量のウイルスを排出したＶ／Ｐは、Ｄ２８〜Ｄ５６にＰ／Ｐ群よりも有意に多くのウイルスを排出していた（Ｐ＝０．０００１）。

Ｄ３４（チャレンジ後６日）には、Ｖ株でチャレンジした３つの群間（Ｎ／Ｖ、Ｖ／Ｖ、及びＰ／Ｖ群）にわずかな肉眼的病理学的変化がＮ／Ｖ群にのみ観察されたが、Ｖ／Ｖ及びＰ／Ｖ群においては明白ではなかった。小腸の平均内容物スコア及び器官の病変については、Ｎ／Ｖ、Ｖ／Ｖ、及びＰ／Ｖ群間に有意差はなかった。しかし、盲腸及び結腸の平均内容物スコア、ならびに結腸の平均病変スコアが、Ｖ／Ｖ及びＰ／Ｖ群においてＮ／Ｖ群よりも有意に低かった（図２９Ｂ）。Ｖ／Ｖ及びＰ／Ｖ群は、遠位空腸及び回腸においてＮ／Ｖ群よりも数値的に高い平均ＶＨ／ＣＤ比を有していたが、有意差は、Ｎ／Ｖ群とＶ／Ｖ群との間で遠位空腸及び回腸のＶＨ／ＣＤ比に、またＶ／Ｖ群とＰ／Ｖ群との間で遠位空腸のＶＨ／ＣＤ比に観察されたのみであった（図３１Ａ）。Ｖ／Ｖ群及びＰ／Ｖ群は、両方とも、遠位空腸及び回腸においてＮ／Ｖ群よりも有意に低い平均ＩＨＣスコアを有していた（図３１Ｂ）。

Ｄ３４には、Ｐ株でチャレンジした３つの群間（Ｎ／Ｐ、Ｖ／Ｐ、及びＰ／Ｐ群）の肉眼的及び顕微鏡的な病理学的変化は、いずれの群においても明白ではなく、平均内容物スコア及び組織病変（図２９Ｂ）、平均ＶＨ／ＣＤ比（図３１Ａ）、または平均ＩＨＣスコア（図３１Ｂ）に関していずれの群間においても有意差は観察されなかった。
抗体応答
１回目接種後、Ｐ株（Ｐ／Ｐ及びＰ／Ｖ群）またはＶ株（Ｖ／Ｖ及びＶ／Ｐ群）を接種した全ての豚が、どのウイルス株が指示ウイルスとして用いられたかに関係なく、Ｄ７〜Ｄ１４からＩＦＡ及びＶＮ抗体を生じた（図３２Ａ、３２Ｂ、３３Ａ、３３Ｂ）。平均抗体力価は、全てのＰＥＤＶ接種群のＤ２１及びＤ２８にピークとなった。これらの４つの群のＰＥＤＶ抗体力価は、Ｄ２８のチャレンジ後にやや増加し、その後、試験の終了まで維持された（Ｄ５６）。Ｎ／Ｐ及びＮ／Ｖ群は、Ｄ４２（２回目接種後１４日目）までＰＥＤＶ抗体陰性であったが、その日にＩＦＡ及びＶＮ抗体が検出可能となり、Ｄ５６まで維持された。Ｎ／Ｎ群は、Ｄ０〜５６までＰＥＤＶ抗体陰性のままであった。
総括
米国ＰＥＤＶプロトタイプ株は、３週齢の豚においてＳ−ＩＮＤＥＬ変異株よりも高いレベルの糞便中へのウイルス排出を達成したと考えられるが、７週齢の豚においてその反対が観察された。しかしながら、プロトタイプ及びＩＮＤＥＬワクチンが成長した豚においてピーク有効性を提供する最適な年齢を決定するために、この観察はさらに裏付けられる必要がある。米国ＰＥＤＶプロトタイプ株は、離乳豚において、相同株及び異種株の両方を用いたチャレンジに対する保護を提供し、米国ＰＥＤＶＳ−ＩＮＤＥＬ変異株は、離乳豚において、相同株によるチャレンジに対する保護を提供し、異種（プロトタイプ）株によるチャレンジに対しては少なくとも部分的な保護を提供した。

参考文献
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７．ＪｕｎｇＫ，ＡｎｎａｍａｌａｉＴ，ＬｕＺ＆ＳａｉｆＬＪ．（２０１５）．ＣｏｍｐａｒａｔｉｖｅｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓｏｆＵＳｐｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓ（ＰＥＤＶ）ｓｔｒａｉｎＰＣ２１Ａｉｎｃｏｎｖｅｎｔｉｏｎａｌ９−ｄａｙ−ｏｌｄｎｕｒｓｉｎｇｐｉｇｌｅｔｓｖｓ．２６−ｄａｙ−ｏｌｄｗｅａｎｅｄｐｉｇｓ．ＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ１７８，３１−４０．

開示される実施形態及び例を参照して特定の実施形態をこれまで記載してきたが、そのような実施形態は、例示に過ぎず、本発明の範囲を限定するものではない。以下の特許請求の範囲に定義されるそのより広義な態様において本発明から逸脱することなく、変更及び変形が当業者に従ってなされ得る。

全ての刊行物、特許、及び特許文書は、あたかも参照により個々に組み込まれているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。本発明は、種々の特定の及び好ましい実施形態及び技術を参照して記載されてきた。しかしながら、本発明の趣旨及び範囲内に属する一方で、多くの変形及び修正がなされ得ることを理解されたい。

このように本発明を説明したが、本発明が様々に変更され得ることは明らかであろう。そのような変更は、本発明の趣旨及び範囲からの逸脱であると見なされるべきではない。
非限定的に、本発明は以下の態様を含む。
［態様１］
配列番号６７と全長ヌクレオチドレベルで少なくとも９５％同一であり、かつ以下のアミノ酸の特徴のうちの１つ以上を含むＤＮＡポリヌクレオチドによってコードされる、単離された豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）：
（ａ）配列番号４６の参照によって決定されるポリタンパク質１ａ／１ｂの５５１位のＬもしくはＰ（ＤＡＴの直後）、またはその保存的置換、
（ｂ）配列番号４７の参照によって決定されるスパイクタンパク質の１００９位のＰ（ＮＩＴの直後）、またはその保存的置換、
（ｃ）配列番号４７の参照によって決定されるスパイクタンパク質の９７３位のＨ（ＰＦＳの直後）、またはその保存的置換、及び
（ｄ）ＯＲＦ３の翻訳の早期終止をもたらすＯＲＦ３のコード配列の修飾。
［態様２］
配列番号３５、３６、または３７に記載の配列を有するポリヌクレオチドによってコードされる、態様１に記載のウイルス。
［態様３］
前記ウイルスをコードする前記ＤＮＡポリヌクレオチドは、配列番号６７と全長ヌクレオチドレベルで少なくとも９８％同一である、態様１に記載のウイルス。
［態様４］
前記ウイルスをコードする前記ＤＮＡポリヌクレオチドは、配列番号６７と全長ヌクレオチドレベルで少なくとも９９％同一である、態様１に記載のウイルス。
［態様５］
前記ウイルスをコードする前記ＤＮＡポリヌクレオチドは、配列番号６７と全長ヌクレオチドレベルで少なくとも９９．５％同一である、態様１に記載のウイルス。
［態様６］
前記ＯＲＦ３の修飾は、１３８〜１４３位のアミノ酸ＬＴＡＮＰＬ（配列番号４８のＮＧＫＡＡの直後）に生じる欠失、及び１４３位の後のＯＲＦタンパク質の切断を含む、態様１に記載のウイルス。
［態様７］
示されるアミノ酸のうちの１つ以上の保存的置換は、（１）ロイシンに対するバリンまたはイソロイシン、（２）プロリンに対するグリシン、及び（３）ヒスチジンに対するリジンまたはアルギニンから選択される、態様１に記載のウイルス。
［態様８］
組成物は、ＰＥＤＶの変異株及びプロトタイプ株の両方によるチャレンジから豚を保護すること、及びＰＥＤＶ感染に関連する１つ以上の症状を予防または治療することが可能であり、保護の達成は、ＰＥＤＶ感染の症状である脱水、発熱、下痢、嘔吐、授乳能力の低下、生殖能力の低下、死亡のいずれかの予防または管理、及び体重減少もしくは体重増加失敗の予防または管理からなる群から選択されるエンドポイントによって決定される、態様１に記載の豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）、及び担体を含む、ワクチン組成物。
［態様９］
前記ウイルスは、生または不活化ウイルスである、態様８に記載のワクチン組成物。
［態様１０］
前記担体は、希釈剤である、態様８に記載のワクチン組成物。
［態様１１］
アジュバントをさらに含む、態様９に記載のワクチン組成物。
［態様１２］
前記保護される豚は、経産豚、未経産豚、種豚、成豚、及び子豚のいずれかを含む、態様８に記載のワクチン組成物。
［態様１３］
前記ワクチンは、単回用量プログラムにおいて有効である、態様１２に記載のワクチン組成物。
［態様１４］
前記ワクチンは、２回用量プログラムにおいて有効である、態様１２に記載のワクチン組成物。
［態様１５］
第１の用量は、前記子豚が約１〜７日齢のときに投与され、第２の用量は、前記子豚が２〜５週齢のときに投与される、態様１４に記載のワクチン組成物。
［態様１６］
前記単回用量は、約１〜２１日齢で、好ましくは約１〜７日齢で投与される、態様１３に記載のワクチン組成物。
［態様１７］
最小有効量は、約１０〜約１０６ｌｏｇ１０ＴＣＩＤ５０である、態様８のいずれかに記載のワクチン組成物。
［態様１８］
前記アジュバントは、油、通常は軽質流動パラフィンに溶解させた脱油レシチン、及び水酸化アルミニウムである、態様１１に記載のワクチン組成物。
［態様１９］
前記アジュバントは、ＣｐＧ／ＤＥＡＥ−デキストラン／鉱油（ＴＸＯ）である、態様１１に記載のワクチン組成物。
［態様２０］
ヌクレオチド配列は、（１）配列番号４６の５５１位（ＤＡＴの直後）に対応するそのアミノ酸位置にプロリン残基を有するＯＲＦ１ａ／１ｂタンパク質、及び（２）配列番号４７の９７３位（ＰＦＳの直後）に対応するそのアミノ酸位置にヒスチジン残基を有するスパイクタンパク質のうちの一方または両方を含む、配列番号３７と全長ヌクレオチドレベルで少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一なヌクレオチド配列によってコードされる単離された豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）。
［態様２１］
ＰＥＤＶによって子豚に引き起こされる疾患を治療または予防する方法であって、前記子豚が約１〜７日齢のときに、前記子豚に第１の用量の態様８に記載のワクチン組成物を投与することを含む、方法。
［態様２２］
前記投与することは、前記子豚が約２〜５週齢のときに、第２の用量の前記ワクチンを投与することをさらに含む、態様２１に記載の方法。
［態様２３］
２つの用量が前記子豚に投与され、雌親豚は、種付け前にはワクチン接種されるが、分娩前にはワクチン接種されない、態様２２に記載の方法。
［態様２４］
２つの用量が前記子豚に投与され、前記雌親豚は分娩前にワクチン接種される、態様２２に記載の方法。
［態様２６］
ＰＥＤＶによって子豚に引き起こされる疾患を治療または予防する方法であって、前記子豚が約１〜７日齢のときに、前記子豚に単回有効量の態様８に記載のワクチン組成物を投与することを含み、母豚は、ＰＥＤＶに曝露されておらず、かついかなる時もワクチン接種されない、方法。
［態様２７］
態様１に記載のコードするＤＮＡポリヌクレオチドに対応する全長ＲＮＡポリヌクレオチド、またはその相補体。
［態様２８］
感染性クローンである、態様２７に記載のＲＮＡポリヌクレオチド。
［態様２９］
態様１に記載のコードするＤＮＡポリヌクレオチドを含む、プラスミドまたは細菌人工染色体。
［態様３０］
継代したＩＮＤＥＬ変異株豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）と、
担体と、を含み、
前記継代したＩＮＤＥＬ変異株は、以下のアミノ酸置換もしくは欠失のうちの１つ以上を有する以下のタンパク質のうちの１つ以上、またはその保存的に修飾された変異体をコードする、弱毒生ウイルス組成物：
配列番号４６の参照によって決定されるＰＥＤＶスパイクタンパク質、それに対応する相同体、またはその保存的置換の、６３３位のリジン（Ｋ）（ＫＰＬの直後のＫ）、８８４位のアルギニン（Ｒ）（ＤＰＡの直後のＲ）、９５９位のアラニン（Ａ）（ＧＧＭの直後のＡ）、３４５位のバリン（Ｖ）（ＬＳＦの直後）、４８位のロイシン（Ｌ）（ＡＶＶの直後のＬ）、１２２５位のアスパラギン酸（Ｄ）（ＳＬＶの直後のＤ）、９７３位のヒスチジン（Ｈ）（ＰＦＳの直後のＨ）、及び１２７２位のスレオニン（Ｔ）（ＦＮＡの直後のＴ）；
配列番号４８の参照によって決定されるＰＥＤＶＯＲＦ３タンパク質、それに対応する相同体、またはその保存的置換の、１８９位のロイシン（Ｌ）の欠失（ＮＰＬの直後のＬ）、１３８〜１４４の欠失（ＫＡＡの直後）、８位のチロシン（Ｙ）の欠失（ＬＦＯの直後のＹ）、及び１７４〜１８９位の欠失（ＬＡＩの直後）；
配列番号５１の参照によって決定されるＰＥＤＶヌクレオカプシドタンパク質、それに対応する相同体、またはその保存的置換の２７位ヒスチジン（Ｈ）（ＶＴＮの直後のＨ）；
配列番号４６の参照によって決定されるＰＥＤＶポリタンパク質１ａ／１ｂ、それに対応する相同体、またはその保存的置換の、１５９１位のメチオニン（Ｍ）（ＫＶＳの直後Ｍ）、５０８７位のセリン（Ｓ）（ＦＳＴの直後のＳ）、及び６１３８位のＳ（ＴＦＳの直後のＳ）；
配列番号４９の参照によって決定されるＰＥＤＶエンベロープタンパク質、それに対応する相同体、またはその保存的置換の６２位のフェニルアラニン（Ｆ）（ＶＹＫの直後のＦ）；ならびに
配列番号４５の参照によって決定されるＰＥＤＶ膜タンパク質、それに対応する相同体、またはその保存的置換の５位のアラニン（Ａ）（ＳＮＧの直後のＡ）及び１８３位のイソロイシン（Ｉ）（ＹＧＧの直後のＩ）。
［態様３１］
前記継代したＩＮＤＥＬ変異株は、示されるアミノ酸置換を有する以下のタンパク質、またはその保存的に修飾された変異体をコードする、態様１に記載の弱毒生ウイルス組成物：
ＰＥＤＶスパイクタンパク質（例えば、配列番号４７）の６３３位のＫ（ＫＰＬの直後のＫ）；及び
ＰＥＤＶＯＲＦ３タンパク質（配列番号４８）の１８９位のＬの欠失（ＮＰＬの直後のＬ）。
［態様３２］
前記継代したＩＮＤＥＬ変異株は、示されるアミノ酸置換を有する以下のタンパク質、またはその保存的に修飾された変異体をコードする、態様１に記載の弱毒生ウイルス組成物：
ＰＥＤＶスパイクタンパク質（配列番号４７）の６３３位のＫ（ＫＰＬの直後のＫ）及び８８４位のＲ（ＤＰＡの直後のＲ）；
ＰＥＤＶＯＲＦ３タンパク質（配列番号４８）の１８９位のＬの欠失（ＮＰＬの直後のＬ）。
［態様３３］
前記継代したＩＮＤＥＬ変異株は、示されるアミノ酸置換を有する以下のタンパク質、またはその保存的に修飾された変異体をコードする、態様１に記載の弱毒生ウイルス組成物：
ＰＥＤＶスパイクタンパク質（配列番号４７）の８８４位のＲ（ＤＰＡの直後のＲ）及び９５９位のＡ（ＧＧＭの直後のＡ）；
ＰＥＤＶＯＲＦ３タンパク質（配列番号４８）の１８９位のＬの欠失（ＮＰＬの直後のＬ）。
［態様３４］
前記継代したＩＮＤＥＬ変異株は、示されるアミノ酸置換を有する以下のタンパク質、またはその保存的に修飾された変異体をコードする、態様１に記載の弱毒生ウイルス組成物：
ＰＥＤＶスパイクタンパク質（配列番号４７）の、４８位のＬ（ＡＶＶの直後のＬ）、３４５位のＶ（ＬＳＦの直後）、８８４位のＲ（ＤＰＡの直後のＲ）、及び９５９位のＡ（ＧＧＭの直後のＡ）；
ＰＥＤＶＯＲＦ３タンパク質（配列番号４８）の１３８〜１４４の欠失（ＫＡＡの直後）及び１８９のＬの欠失（ＮＰＬの直後のＬ）；ならびに
ＰＥＤＶヌクレオカプシドタンパク質（配列番号５１）の２７位のＨ（ＶＴＮの直後のＨ）。
［態様３５］
前記継代したＩＮＤＥＬ変異株は、示されるアミノ酸置換を有する以下のタンパク質、またはその保存的に修飾された変異体をコードする、態様１に記載の弱毒生ウイルス組成物：
ＰＥＤＶスパイクタンパク質（配列番号４７）の、８８４位のＲ（ＤＰＡの直後のＲ）、９５９位のＡ（ＬＩＧＧＭの直後のＡ）、及び１２２５位のＤ（ＳＬＶの直後のＤ）；
ＰＥＤＶＯＲＦ３タンパク質（配列番号４８）の、８位のＹの欠失（ＬＦＯの直後のＹ）、１３８〜１４４の欠失（ＫＡＡの直後）、及び１７４〜１８９位の欠失（ＬＡＩの直後）；
ＰＥＤＶポリタンパク質１ａ／１ｂ（配列番号４６）の、１５９１位のＭ（ＫＶＳの直後Ｍ）、５０８７位のＳ（ＦＳＴの直後のＳ）、及び６１３８位のＳ（ＴＦＳの直後のＳ）；
ＰＥＤＶエンベロープタンパク質（配列番号４９）の６２位のＦ（ＶＹＫの直後のＦ）；ならびに
ＰＥＤＶ膜タンパク質の１８３位のＩ（ＹＧＧの直後のＩ）。
［態様３６］
前記株は、配列番号４０、４１、４２、４３、４４、または４５のアミノ酸配列を有するタンパク質、またはそれらの保存的に修飾された変異体を含む、態様３６に記載の株。
［態様３７］
前記継代したＩＮＤＥＬ変異株は、示されるアミノ酸置換を含む以下のタンパク質、またはその保存的に修飾された変異体をコードする、態様１に記載の弱毒生ウイルス組成物：
ＰＥＤＶスパイクタンパク質（配列番号４７）の、８８４位のＲ（ＤＰＡの直後）、９５９位のＡ（ＬＩＧＧＭの直後）、９７３位のＨ（ＰＦＳの直後のＨ）、及び１２２５位のＤ（ＳＬＶの直後のＤ）；
ＰＥＤＶＯＲＦ３タンパク質（配列番号４８）の、８位のＹの欠失（ＬＧＬＦＯの直後のＹ）、１３８〜１４４の欠失（ＫＡＡの直後）、及び１７４〜１８９位の欠失（ＬＹＬＡＩの直後）、
ＰＥＤＶポリタンパク質１ａ／１ｂ（配列番号４６）の、１５９１位のＭ（ＫＶＳの直後のＭ）、５０８７位のＳ（ＦＳＴの直後のＳ）、及び６１３８位のＳ（ＴＦＳの直後のＳ）；
ＰＥＤＶエンベロープタンパク質（配列番号４９）の６２位のＦ（ＶＹＫの直後のＦ）；ならびに
ＰＥＤＶ膜タンパク質の５位のＡ（ＳＮＧの直後のＡ）及び１８３位のＩ（ＹＧＧの直後のＩ）。
［態様３８］
前記継代したＩＮＤＥＬ変異株は、示されるアミノ酸置換を含む以下のタンパク質、またはその保存的に修飾された変異体をコードする、態様１に記載の弱毒生ウイルス組成物：
ＰＥＤＶスパイクタンパク質（配列番号４７）の、４８位のＬ（ＡＶＶの直後）、３４５位のＶ（ＬＳＦの直後）、及び１２７２位のＴ（ＦＮＡの直後のＴ）；
ＰＥＤＶエンベロープタンパク質（配列番号４９）の６２位のＳ（ＶＹＫの直後のＳ）；ならびに
ＰＥＤＶヌクレオカプシドタンパク質（配列番号５１）の２７位のＨ（ＶＴＮの直後のＨ）。
［態様３９］
弱毒生変異豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）及び担体を含むワクチン組成物であって、前記株は、態様３０に列挙される置換もしくは欠失、またはそれらの保存的変異体のうちの１つ以上をコードし、前記組成物は、ＰＥＤＶの変異株及びプロトタイプ株の両方によるチャレンジから豚を保護すること、及びＰＥＤＶ感染に関連する１つ以上の症状を予防または治療することが可能であり、前記保護は、脱水、発熱、下痢、嘔吐、授乳能力の低下、生殖能力の低下、死亡、及び体重減少もしくは体重増加失敗の予防または管理からなる群から選択されるエンドポイントによって評価される、ワクチン組成物。
［態様４０］
前記担体は、希釈剤である、態様３０に記載のワクチン組成物。
［態様４１］
前記希釈剤は、滅菌希釈剤である、態様４０に記載のワクチン組成物。
［態様４２］
アジュバントをさらに含む、態様４０に記載のワクチン組成物。
［態様４３］
前記保護される豚は、経産豚、未経産豚、種豚、成豚、及び子豚のいずれかを含む、態様３９に記載のワクチン組成物。
［態様４４］
１日齢以上の子豚に有効である、態様４３に記載のワクチン組成物。
［態様４５］
前記ワクチンは、単回用量プログラムにおいて有効である、態様４４に記載のワクチン組成物。
［態様４６］
前記ワクチンは、２回用量プログラムにおいて有効である、態様４４に記載のワクチン組成物。
［態様４７］
第１の用量は、前記子豚が約１〜７日齢のときに投与され、第２の用量は、前記子豚が２〜５週齢のときに投与される、態様４６に記載のワクチン組成物。
［態様４８］
最小有効量は、約１０〜約１０^６ｌｏｇ_１０ＴＣＩＤ_５０である、態様１０のいずれかに記載のワクチン組成物。
［態様４９］
前記アジュバントは、油、通常は軽質流動パラフィンに溶解させた脱油レシチン、及び水酸化アルミニウムである、態様４２に記載のワクチン組成物。
［態様５０］
前記アジュバントは、ＣｐＧ／ＤＥＡＥ−デキストラン／鉱油（ＴＸＯ）である、態様４２に記載のワクチン組成物。
［態様５１］
弱毒生変異豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）及び担体を含むワクチン組成物であって、前記組成物は、ＰＥＤＶの変異株及びプロトタイプ株の両方によるチャレンジから豚を保護すること、及びＰＥＤＶ感染に関連する１つ以上の症状を予防または治療することが可能であり、保護の達成は、ＰＥＤＶ感染の症状である脱水、発熱、下痢、嘔吐、授乳能力の低下、生殖能力の低下、死亡のいずれかの予防または管理、及び体重減少もしくは体重増加失敗の予防または管理からなる群から選択されるエンドポイントによって決定され、前記ワクチン組成物に使用される前記ウイルスは、ＰＥＤＶ配列番号３９または配列番号５９と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である、ワクチン組成物。
［態様５２］
ＰＥＤＶによって子豚に引き起こされる疾患を治療または予防する方法であって、前記子豚が約１〜７日齢のときに、前記子豚に第１の用量の態様３９に記載のワクチン組成物を投与することと、任意選択的に、前記子豚が２〜５週齢のときに第２の用量の前記ワクチンを投与することと、を含む、方法。
［態様５３］
２つの用量が前記子豚に投与され、前記雌親豚は、種付け前にはワクチン接種されるが、分娩前にはワクチン接種されない、態様５２に記載の方法。
［態様５４］
１つの用量が前記子豚に投与され、前記雌親豚は、種付け前及び分娩前の両方にワクチン接種される、態様５２に記載の方法。
［態様５５］
ＰＥＤＶによって子豚に引き起こされる疾患を治療または予防する方法であって、最初に、分娩前または種付け前に前記子豚の母豚に態様３９に記載のワクチン組成物を投与することと、その後、前記ワクチン組成物の１つ以上の用量を出生後の前記子豚に投与することと、を含む、方法。
［態様５６］
ＰＥＤＶによって健康な豚に引き起こされる疾患を予防する方法であって、最初に、前記豚に態様３９に記載のワクチン組成物をワクチン接種することと、その後、さらなる用量の不活化ＰＥＤＶワクチンを年１回または分娩前に投与することと、を含む、方法。
［態様５７］
前記変異ＩＮＤＥＬ株は、３週齢の豚においてより毒性が高いが、７週齢の豚においてより毒性が低い、態様３０に記載の組成物。
［態様５８］
ＰＥＤＶによって健康な豚に引き起こされる疾患を予防する方法であって、最初に、３週齢の豚である前記豚にプロトタイプ弱毒生ＰＥＤＶワクチン組成物をワクチン接種することと、その後、７週齢以上の豚に態様３０に記載のワクチン組成物を２回目にワクチン接種することと、を含む、方法。
［態様５９］
ＰＥＤＶの弱毒化プロトタイプ継代株及び担体を含むワクチン組成物であって、前記ＰＥＤＶの株は、以下の位置に置換を有する１つ以上のタンパク質をコードする核酸配列を含む、ワクチン組成物：
配列番号５２の参照によって決定されるポリタンパク質１ａ／１ｂの８１４、１０７６、１５６４、１８９６、２３１０、２６００、３２４７、３４７３、または３５２２位；
配列番号５４の参照によって決定されるスパイクタンパク質の２５７、３２６、３７５、４９１、８８１、８８８、１２７７、１３３９、または１３５８位；
配列番号５５の参照によって決定されるＯＲＦ３の３９位以降の切断；
配列番号５６の参照によって決定されるエンベロープタンパク質の６９または６２位；
配列番号５７の参照によって決定される膜タンパク質の２０８位；
配列番号５８の参照によって決定されるヌクレオカプシドタンパク質の１４１、４１８、４２４、または４３９位。
［態様６０］
前記ＰＥＤＶの株は、以下の置換またはそれらの保存的変異体を含む、態様５９に記載のワクチン組成物：
配列番号５２の参照によって決定されるポリタンパク質１ａ／１ｂの８１４位のＶ、１０７６位のＡ、１５６４位のＦ、１８９６位のＩ、２３１０位のＨ、２６００位のＹ、３２４７位のＦ、３４７３位のＶ、または３５２２位のＲ；
配列番号５４の参照によって決定されるスパイクタンパク質の２５７位のＮ、３２６位のＩ、３７５位のＦ、４９１位のＹ、８８１位のＲ、８８８位のＲ、１２７７位のＦ、１３３９位のＴ、または１３５８位のＬ；
配列番号５５の参照によって決定されるＯＲＦ３の３９位以降の切断；
配列番号５６の参照によって決定されるエンベロープタンパク質の６９位のＩ；
配列番号５７の参照によって決定される膜タンパク質の２０８位のＴ；
配列番号５８の参照によって決定されるヌクレオカプシドタンパク質の１４１位のＬ、４１８位のＱ、４２４位のＮ、または４３９位のＩ。
［態様６１］
弱毒生プロトタイプ豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）及び担体を含むワクチン組成物であって、
前記組成物は、ＰＥＤＶの変異株及びプロトタイプ株の両方によるチャレンジから豚を保護すること、及びＰＥＤＶ感染に関連する１つ以上の症状を予防または治療することが可能であり、保護の達成は、ＰＥＤＶ感染の症状である脱水、発熱、下痢、嘔吐、授乳能力の低下、生殖能力の低下、死亡のいずれかの予防または管理、及び体重減少もしくは体重増加失敗の予防または管理からなる群から選択されるエンドポイントによって決定され、前記ウイルスは、態様６０に記載の株である、ワクチン組成物。
［態様６２］
ＰＥＤＶによって健康な豚に引き起こされる疾患を予防する方法であって、最初に、３週齢の豚である前記豚に態様５９に記載のプロトタイプ弱毒生ＰＥＤＶワクチン組成物をワクチン接種することと、その後、７週齢以上の豚に変異ＩＮＤＥＬウイルスのワクチン組成物を２回目にワクチン接種することと、を含む、方法。

Claims

配列番号３６または配列番号３７であるＤＮＡポリヌクレオチドによってコードされる単離された豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）。
組成物は、ＰＥＤＶの変異株及びプロトタイプ株の両方によるチャレンジから豚を保護すること、及びＰＥＤＶ感染に関連する１つ以上の症状を予防または治療することが可能であり、保護の達成は、ＰＥＤＶ感染の症状である脱水、発熱、下痢、嘔吐、授乳能力の低下、生殖能力の低下、死亡のいずれかの予防または管理、及び体重減少もしくは体重増加失敗の予防または管理からなる群から選択されるエンドポイントによって決定される、請求項１に記載の豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）、及び担体を含む、ワクチン組成物。
前記ウイルスは、生または不活化ウイルスである、請求項２に記載のワクチン組成物。
前記担体は、希釈剤である、請求項２に記載のワクチン組成物。
アジュバントをさらに含む、請求項２に記載のワクチン組成物。
前記保護される豚は、経産豚、未経産豚、種豚、成豚、及び子豚のいずれかを含む、請求項２に記載のワクチン組成物。
前記ワクチンは、単回用量プログラムにおいて有効である、請求項６に記載のワクチン組成物。
前記ワクチンは、２回用量プログラムにおいて有効である、請求項６に記載のワクチン組成物。
第１の用量は、前記子豚が約１〜７日齢のときに投与され、第２の用量は、前記子豚が２〜５週齢のときに投与される、請求項８に記載のワクチン組成物。
前記単回用量は、約１〜２１日齢で投与される、請求項７に記載のワクチン組成物。
最小有効量は、約１０〜約１０^６ｌｏｇ_１０ＴＣＩＤ_５０／用量である、請求項２に記載のワクチン組成物。
前記アジュバントは、油に溶解させた脱油レシチン、及び水酸化アルミニウムである、請求項５に記載のワクチン組成物。
前記アジュバントは、ＣｐＧ／ＤＥＡＥ−デキストラン／鉱油（ＴＸＯ）である、請求項５に記載のワクチン組成物。
ＰＥＤＶによって子豚に引き起こされる疾患を予防する方法であって、請求項３のワクチン組成物を前記子豚に投与することを含み、前記ワクチンの第1の用量が、前記子豚が約１〜７日齢のときに投与される、前記方法。
前記投与することは、前記子豚が約２〜５週齢のときに、第２の用量の前記ワクチンを投与することをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
２つの用量が前記子豚に投与され、雌親豚は、種付け前にはワクチン接種されるが、分娩前にはワクチン接種されない、請求項１４に記載の方法。
２つの用量が前記子豚に投与され、前記雌親豚は分娩前にワクチン接種される、請求項１４に記載の方法。
前記子豚に単回用量のみが投与され、そして、母豚は、ＰＥＤＶに曝露されておらず、かついかなる時もワクチン接種されない、請求項１４に記載の方法。
Ａ）配列番号３７と全長ヌクレオチドレベルで少なくとも９５％または９９％同一でああり、ここにおいて当該ヌクレオチド配列は、（１）配列番号４６の５５１位に対応するそのアミノ酸位置にプロリン残基を有するＯＲＦ１ａ／１ｂタンパク質、及び（２）配列番号４７の９７３位に対応するそのアミノ酸位置にヒスチジン残基を有するスパイクタンパク質の両方を含む；
あるいは、
Ｂ）配列番号３７と全長ヌクレオチドレベルで少なくとも９８％または９９％同一でああり、ここにおいて当該ヌクレオチド配列は、（１）配列番号４６の５５１位に対応するそのアミノ酸位置にプロリン残基を有するＯＲＦ１ａ／１ｂタンパク質、及び（２）配列番号４７の９７３位に対応するそのアミノ酸位置にヒスチジン残基を有するスパイクタンパク質のうちの一方または両方を含む、
であるＤＮＡポリヌクレオチド配列、によってコードされる単離された豚流行性下痢ウイルス（ＰＥＤＶ）。
請求項１に記載のコードするＤＮＡポリヌクレオチドに対応する全長ＲＮＡポリヌクレオチド、またはその相補体。
感染性クローンである、請求項２０に記載のＲＮＡポリヌクレオチド。
請求項１に記載のコードするＤＮＡポリヌクレオチドを含む、プラスミドまたは細菌人工染色体。