JP6630742B2 - ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤を用いて癌患者を治療する方法 - Google Patents

ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤を用いて癌患者を治療する方法 Download PDF

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(分野)
本発明は、分子生物学及び癌生物学の分野に関する。本明細書に提供されるのは、特定の免疫関連遺伝子を、癌を有する対象におけるファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤による治療に対する臨床的感度及び治療応答を予測するためのバイオマーカーとして使用する方法である。さらに本明細書に提供されるのは、これらの方法を実施するためのキットである。
(背景)
治療応答率を改善するための患者集団の層別化は、癌患者の臨床的管理においてますます重要となっている。ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤(FTI)は、癌、例えば、白血病、リンパ腫、及び特定の固形腫瘍の治療において有用性を有する治療剤である。しかしながら、患者は、FTI治療に様々に応答する。したがって、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測する方法、又はFTI治療のために患者を選択する方法は、満たされていない要求である。本発明の方法及び組成物は、これらの要求を満たし、かつ他の関連する利点を提供する。
(発明の概要)
本明細書に提供されるのは、FTIによる治療のために癌患者の集団を選択する方法である。本明細書に提供される方法は、部分的に、特定の免疫遺伝子の遺伝子型及び発現レベルを用いて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測することができるという発見に基づいている。
いくつかの実施態様において、対象の癌を治療するための本明細書に提供される方法は、(a)対象(ここで、対象はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである)をKIRタイピングすること、及び(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS5のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2及びKIR2DS5のキャリアである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、FTI治療を対象に投与する前に、対象をHLAタイピングすることをさらに含み、ここで、対象はHLA-C2のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2とHLA-C2の両方のキャリアである。
いくつかの実施態様において、対象のKIRタイピングは、対象由来の試料におけるKIR遺伝子の存在を決定することを含む。いくつかの実施態様において、該試料は血液試料である。いくつかの実施態様において、該試料は骨髄試料である。いくつかの実施態様において、該試料は末梢血単核細胞(PBMC)である。いくつかの実施態様において、試料は濃縮されたナチュラルキラー(NK)細胞である。
いくつかの実施態様において、KIRタイピングは、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、免疫ブロッティングアッセイ、又は酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)によって実施される。一実施態様において、KIRタイピングはPCRによって実施される。一実施態様において、KIRタイピングはDNAマイクロアレイによって実施される。一実施態様において、KIRタイピングは免疫ブロッティングアッセイ又はELISAによって実施される。
いくつかの実施態様において、対象の癌を治療するための本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;もしくは(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高いか;又はこれらの任意の組合せである);並びに(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、対象の癌を治療するための本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること(ここで、(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比は参照比よりも高いか;又は(ii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比は参照比よりも高い);並びに(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、試料は血液試料である。いくつかの実施態様において、試料は骨髄試料である。いくつかの実施態様において、試料は末梢血単核細胞(PBMC)である。いくつかの実施態様において、試料は濃縮されたNK細胞である。いくつかの実施態様において、該NK細胞をインビトロでさらに増殖させる。
いくつかの実施態様において、バイオマーカーの発現レベルを決定することは、バイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。バイオマーカーのタンパク質レベルを決定する方法は、免疫組織化学(IHC)アプローチ、免疫ブロッティングアッセイ、フローサイトメトリー(FACS)、又はELISAであることができる。いくつかの実施態様において、バイオマーカーのタンパク質レベルはELISAによって測定される。
いくつかの実施態様において、バイオマーカーの発現レベルを決定することは、バイオマーカーのmRNAレベルを決定することを含む。バイオマーカーのmRNAレベルを決定する方法は、qPCR、RT-PCR、RNA-seq、マイクロアレイ解析、SAGE、MassARRAY法、又はFISHであることができる。いくつかの実施態様において、バイオマーカーのmRNAレベルはqPCR又はRT-PCRによって測定される。
いくつかの実施態様において、対象は癌患者である。いくつかの実施態様において、対象は血液癌を有する。いくつかの実施態様において、対象は固形腫瘍を有する。固形腫瘍は良性腫瘍又は癌であることができる。いくつかの他の実施態様において、対象は前悪性状態を有する。血液癌は、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、ナチュラルキラー細胞リンパ腫(NKリンパ腫)、ナチュラルキラー細胞白血病(NK白血病)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、又は慢性骨髄性白血病(CML)であることができる。いくつかの実施態様において、患者はMDS患者である。MDS患者は、超低リスクMDS、低リスクMDS、中等度リスクMDS、又は高リスクMDSを有することができる。いくつかの実施態様において、患者は、超低リスクMDS、低リスクMDS、中等度リスクMDSを有し得る、低リスクMDS患者である。いくつかの実施態様において、患者はAML患者である。いくつかの実施態様において、AML患者は寛解導入後又は移植後である。いくつかの実施態様において、AML患者は60歳を超えているか又はそうでなければ寛解導入に適さない。
いくつかの実施態様において、FTI治療のために癌患者を選択するための本明細書に提供される方法は、(a)対象をKIRタイピングすること(ここで、対象はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである)、及び(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、a)対象をKIRタイピングすること(ここで、対象はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである)、b)対象をHLAタイピングすること(ここで、対象はHLA-C2のキャリアである)、及び(c)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2とHLA-C2の両方のキャリアである。
いくつかの実施態様において、FTI治療のために癌患者を選択する方法は、(a)対象由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;もしくは(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高いか;又はこれらの任意の組合せである);並びに(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、FTI治療のために癌患者を選択するための本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること(ここで、(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比は参照比よりも高いか;又は(ii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比は参照比よりも高い);並びに(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。
一実施態様において、対象のMDSを治療するための本明細書に提供される方法は、(a)対象をKIRタイピングすること(ここで、対象はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである)、及び(b)チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。該方法は、対象をHLAタイピングすることをさらに含むことができ、ここで、対象はHLA-C2のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2とHLA-C2の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、MDSは低リスクMDSである。
本明細書に提供されるのは、Ras突然変異状況に基づいて、FTIによる治療のために癌患者の集団を選択する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるRasの突然変異状況に基づいて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象の癌をFTIの治療有効量で治療する方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象の癌を治療する方法であって、(a)対象由来の試料におけるRas突然変異の有無を決定すること(ここで、該Ras突然変異はK-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を含む)、及びその後、(b)該試料がK-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む、方法である。
いくつかの実施態様において、該方法は、K-RasのG12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおけるアミノ酸置換の有無を決定することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、N-RasのG12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおけるアミノ酸置換の有無を決定することを含む。
いくつかの実施態様において、試料が、K-RasのG12、G13、及びQ61におけるアミノ酸置換を有さず、N-RasのG12、G13、及びQ61におけるアミノ酸置換も有さないと決定された場合、患者にFTI治療を投与する。いくつかの実施態様において、試料がいかなるK-Ras突然変異もいかなるN-Ras突然変異も有さないと決定された場合、患者にFTI治療を投与する。いくつかの実施態様において、試料が野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定された場合、患者にFTI治療を投与する。
いくつかの実施態様において、対象は癌患者である。いくつかの実施態様において、対象は血液癌を有する。いくつかの実施態様において、対象は固形腫瘍を有する。固形腫瘍は良性腫瘍又は癌であることができる。いくつかの他の実施態様において、対象は前悪性状態を有する。血液癌は、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、骨髄異形成症候群(MDS)、急性骨髄性白血病(AML)、若年性骨髄単球性白血病(JMML)、慢性骨髄性白血病(CML)、ナチュラルキラー細胞リンパ腫(NKリンパ腫)、ナチュラルキラー細胞白血病(NK白血病)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、又は末梢T細胞リンパ腫(PTCL)であることができる。いくつかの実施態様において、患者はCMML患者である。いくつかの実施態様において、患者はMDS患者である。いくつかの実施態様において、患者はAML患者である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象のCMMLを治療する方法であって、(a)対象由来の試料におけるK-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料が野生型K-Rasを有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む、方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象のCMMLを治療する方法であって、(a)対象由来の試料におけるN-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料が野生型N-Rasを有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む、方法である。
本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、FTIによる治療のために癌患者の集団を選択する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるH-Ras突然変異の存在に基づいて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測する方法、FTI治療のために癌患者集団を選択する方法、及び対象の癌をFTIの治療有効量で治療する方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象の癌を治療する方法であって、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、その後、(b)試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、該H-Ras突然変異は、H-RasのG12、G13、及びQ61におけるアミノ酸置換であることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者の癌を治療する方法であって、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異、K-Ras突然変異、及びN-Ras突然変異の有無を決定すること、並びにその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有するが、K-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さないと決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)癌患者がH-Ras突然変異並びに野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定すること、及びその後、(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、対象は血液癌を有する。いくつかの実施態様において、対象は固形腫瘍を有する。いくつかの実施態様において、癌はHPV陰性である。いくつかの実施態様において、癌は、肝細胞癌、頭頸部癌、唾液腺腫瘍、甲状腺腫瘍、尿路上皮癌、乳癌、黒色腫、胃癌、膵癌、又は肺癌である。いくつかの実施態様において、癌は頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC)である。いくつかの実施態様において、癌は唾液腺腫瘍である。いくつかの実施態様において、癌は甲状腺腫瘍である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象のHNSCCを治療する方法である。いくつかの実施態様において、該HNSCCはHPV陰性HNSCCであることができる。いくつかの実施態様において、該HNSCCは再燃性/再発性HNSCCであることができる。いくつかの実施態様において、該HNSCCは転移性HNSCCであることができる。本明細書に提供される方法は、(a)HNSCCを有する対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の唾液腺腫瘍を治療する方法である。いくつかの実施態様において、該唾液腺腫瘍はHPV陰性であることができる。いくつかの実施態様において、該唾液腺腫瘍は進行性唾液腺腫瘍であることができる。いくつかの実施態様において、該唾液腺腫瘍は転移性唾液腺腫瘍であることができる。本明細書に提供される方法は、(a)唾液腺腫瘍を有する対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の甲状腺癌を治療する方法である。いくつかの実施態様において、該甲状腺癌はHPV陰性であることができる。いくつかの実施態様において、該甲状腺癌は進行性甲状腺癌であることができる。いくつかの実施態様において、該甲状腺癌は転移性甲状腺癌であることができる。本明細書に提供される方法は、(a)甲状腺癌を有する対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、試料は腫瘍生検である。いくつかの実施態様において、試料は組織試料である。いくつかの実施態様において、試料は血液試料である。いくつかの実施態様において、試料は末梢血試料である。いくつかの実施態様において、試料は血清試料である。いくつかの実施態様において、試料は骨髄試料である。いくつかの実施態様において、試料は末梢血単核細胞(PBMC)である。
いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、試料から得られる核酸を解析することにより決定される。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、試料から得られるタンパク質を解析することにより決定される。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、変性高速液体クロマトグラフィー(DHPLC)、又は制限断片長多型(RFLP)アッセイによって決定される。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、多重化PCRによって決定される。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、次世代シークエンシングによって決定される。
いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、ロナファルニブ(SCH-66336)、CP-609,754、BMS-214662、L778123、L744823、L739749、R208176、AZD3409、及びFTI-277からなる群から選択される。いくつかの実施態様において、FTIは、1〜1000mg/kg体重の用量で投与される。一実施態様において、FTIはチピファルニブである。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、200〜1200mgの用量で、1日2回(「b.i.d.」)投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、600mgの用量で、毎日経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、反復4週サイクルの4週間のうち3週間、300mg b.i.dの用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、反復4週サイクルの4週間のうち3週間、600mg b.i.d.の用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、反復4週サイクルの隔週で(1週間服用、1週間休止)(反復28日サイクルの1〜7及び15〜21日目に)、900mg b.i.d.の用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、隔週で(反復28日サイクルの1〜7及び15〜21日目に)、1200mg b.i.d.の用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、反復28日サイクルの1〜5及び15〜19日目に、1200mg b.i.d.の用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、患者は少なくとも3サイクルの治療を受ける。いくつかの実施態様において、患者は少なくとも6サイクルの治療を受ける。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、第二の療法を対象に投与することも含む。第二の療法は放射線療法であることができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、第二の活性剤又はサポーティブケア療法の第二の治療有効量を対象に投与することも含む。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は、DNA低メチル化剤、癌抗原に特異的に結合する治療抗体、造血成長因子、サイトカイン、抗癌剤、抗生物質、COX-2阻害剤、免疫調整剤、抗胸腺細胞グロブリン、免疫抑制剤、コルチコステロイド、又はこれらの薬理学的誘導体である。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は、アザシチジン又はデシタビンなどのDNA低メチル化剤である。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は抗PD1抗体又は抗PDL1抗体である。
いくつかの実施態様において、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測するための本明細書に提供されるキットは、癌患者をKIRタイピングするための少なくとも1つの薬剤、及び補助剤を含み、ここで、癌患者がKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである場合、癌患者はFTI治療に応答すると予測される。キットは、HLAタイピングのための薬剤をさらに含むことができ、ここで、癌患者がHLA-C2のキャリアである場合、癌患者はFTI治療に応答すると予測される。
いくつかの実施態様において、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測するための本明細書に提供されるキットは、癌患者由来の試料における少なくとも1つのバイオマーカーの発現を決定するための少なくとも1つの薬剤、及び補助剤を含み、ここで、該バイオマーカーは、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択され;かつ癌患者は、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いか;
(vi)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比が参照比よりも高いか;もしくは
(vii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比が参照比よりも高いか;又はこれらの任意の組合せである
場合、FTI治療に応答すると予測される。
(図面の簡単な説明)
図1Aは、KIR2DS5発現レベルとチピファルニブで治療されたAML患者の臨床転帰との相関を示している。「SD」は「安定疾患」を表し;「PD」は「疾患進行」を表し;「CR」は「完全応答」を表し;「HI」は「血液学的改善」を指す。図1Bは、KIR2DS5発現レベルとチピファルニブで治療されたAML患者の無進行生存(「PFS」)との相関を示している。
図2Aは、KIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比とチピファルニブで治療されたAML患者のPFSの間の相関を示している。図2Bは、KIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比とチピファルニブで治療されたAML患者の全生存(「OS」)の間の相関を示している。図2A:コックス比例ハザード回帰
Figure 0006630742
 図2B:コックス比例ハザード回帰
Figure 0006630742
図3Aと3Bはどちらも、KIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比と非FTI化学療法剤で治療されたAML患者のOSの間の相関の欠如を示している。図3Aにおいて、患者は、高用量のシタラビン及びミトキサントロンで治療された。図3Bにおいて、患者は、高用量のシタラビン及びミトキサントロン/強化化学療法(intense chemo)で治療された。
図4Aは、KIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5Aの発現レベルの比とチピファルニブで治療されたAML患者のPFSとOSの両方の間の相関を示している。図4Bは、KIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5Aの発現レベルの比と非FTI化学療法剤(シタラビン及びミトキサントロン)で治療されたAML患者のOSの間の相関の欠如を示している。図4A:コックス比例ハザード回帰
Figure 0006630742
図5は、GZMM発現のレベルとチピファルニブで治療されたAML患者の臨床転帰との相関を示している。
図6Aは、GZMMの発現レベルとチピファルニブで治療されたAML患者の生存の間の相関を示している。図6Bは、GZMMの発現レベルと非FTI化学療法剤(シタラビン及びミトキサントロン)で治療されたAML患者の生存の間の相関の欠如を示している。図6A:コックス比例ハザード回帰
Figure 0006630742
図7Aは、KIR2DS2発現のレベルとチピファルニブで治療されたAML患者の臨床転帰との相関を示している。図7Bは、KIR2DS2発現のレベルと、非FTI化学療法剤(右のパネル)ではなく、チピファルニブ(左のパネル)で治療されたAML患者の臨床転帰との特異的相関を示している。
図8は、N-RAS野生型状況とチピファルニブで治療されたAML患者における無進行生存(「PFS」)延長の間の相関を示している。
図9は、突然変異体N-RASを有する患者と比較した、野生型N-RASを有するAML患者におけるチピファルニブ治療に対するより高い応答率を示している。
(詳細な説明)
(1.定義)
本明細書で使用される場合、「a」、「an」、及び「the」という冠詞は、1つ又は複数の冠詞の文法的対象を指す。例として、バイオマーカー(a biomarker)は、1つのバイオマーカー又は複数のバイオマーカーを指す。
本明細書で使用される場合、「NK細胞」又は「ナチュラルキラー細胞」という用語は、T細胞と共通の前駆細胞を共有するが、B細胞表面マーカーもT細胞表面マーカーも有さない、骨髄由来大型顆粒リンパ球のタイプを指す。NK細胞は、通常、全循環リンパ球の10〜15％を構成する。NK細胞は、ウイルス感染細胞又は腫瘍細胞の表面の構造を認識し、これらの細胞を細胞毒素の放出によって死滅させる自然免疫の防御細胞である。NK細胞は、事前の抗原曝露なしでも活性化されることができる。
感染細胞又は腫瘍細胞を選択的に死滅させるために、NK細胞は、健康な細胞と罹患した細胞とを区別しなければならない。ヒトNK細胞の細胞溶解活性は、NK細胞の表面に発現される抑制性及び活性化膜受容体と、腫瘍細胞を含む非NK細胞、又は骨髄移植レシピエント由来の細胞によって発現されるMHC(HLA)クラスI分子との相互作用によって調節される。染色体19q13.4.3-5に位置するキラー細胞免疫グロブリン様受容体(KIR;又はCD158)は、NK細胞の活性化閾値を調節するMHC-I(HLA-A、-B、-C)結合受容体のファミリーを構成する(Valianteらの文献、Immunity 7:739-751(1997))。
ヒトにおいて、クラスI HLA複合体は、約2000kb長であり、約20の遺伝子を含む。クラスI領域内に、HLA-A、HLA-B、及びHLA-Cと表記される十分に特徴付けられたクラスI MHC分子をコードする遺伝子が存在する。さらに、非古典的なクラスI遺伝子が存在し、これには、HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-H、HLA-J、及びHLA-X、並びにMICとして知られる新しいファミリーが含まれる。HLA-A及び-Bは何らかの役割を果たしているが、NK細胞が健康な自己細胞を攻撃するのを妨げる際には、KIRとHLA-C分子の相互作用が優勢になる(Colonnaらの文献、PNAS, 90:1200-12004(1993); Moesta AKらの文献、Front Immunol. 3:336(2012))。
HLA-C遺伝子は複数のアレルを有し、これには、成熟タンパク質のアミノ酸位置80におけるアスパラギン又はリジンの存在に基づくHLA-C1及びHLA-C2が含まれる(Mandelboimらの文献、1996)。さらに、HLA-C1がアミノ酸位置77に保存されたセリン残基を含有する一方、HLA-C2中の同じ位置にアスパラギンが存在する。したがって、HLA-Cに関して、少なくとも3つの遺伝子型:HLA-C1とHLA-C2の両方を有するもの(HLA-C1/HLA-C2ヘテロ接合体)、HLA-C1(HLA-C1/HLA-C1ホモ接合体)又はHLA-C2(HLA-C2/HLA-C2ホモ接合体)のどちらかを有するもの、及びHLA-C1とHLA-C2の両方を欠くものを区別することができる。
本明細書で使用される場合、「KIR遺伝子」という用語は、NK細胞上のKIR受容体をコードする遺伝子を指す。KIR遺伝子は、遺伝子含有量と配列多型の両方に関して最も可変性の高いヒトゲノム領域のうちの1つにクラスターを形成している。この大きな可変性により、KIRがコンビネーションの形で細胞表面で発現されるNK細胞のレパートリーが生じる。KIRと標的細胞上のその適切なリガンドの相互作用は、NK細胞機能を調節する正又は負のシグナルの産生をもたらす。
KIR遺伝子は、2つの主要なハプロタイプ:A及びBで遺伝する。ハプロタイプAは、ただ1つの活性化受容体KIR2DS4を有し、これは、22bp欠失のために、米国の人口のほとんどで不活化されている。KIRハプロタイプBには、22のKIR2DS2アレル及び16のKIR2DS5アレルが含まれ、これらは、それぞれ、白人のアメリカ人の〜45％及び〜25％に存在する。KIR2DS2(活性化)とKIR2DL2(抑制性)の間に強い連鎖不均衡が存在する。DNAメチル化は、アレル特異的KIR遺伝子発現を維持する(例えば、KIR2DS2プロモーターのCpG島は、-160から+26にまたがり、6つのシトシン部位を有する)(Moesta AKらの文献、Front Immunol. 3:336(2012))。
今日まで、少なくとも14個の異なるKIR遺伝子が同定されており、これらは、KIR2DL1、KIR2DL2、KIR2DL3、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、KIR3DL1、KIR3DL2、KIR3DL3、KIR3DS1である。これらの遺伝子は、広範な配列相同性を共有する。各々の遺伝子は、約9〜16Kbの長さであり、シグナルペプチド、2つ又は3つの細胞外ドメイン、ステム、膜貫通領域、及び細胞質テールをコードする8〜9個のエクソンに分かれる。これらの遺伝子は、その有無がKIRハプロタイプの違いによって変化し、集団内で認められるKIR遺伝子型の数にかなりの多様性をもたらす。例えば、14個のKIR遺伝子のうちの7個しか保有しない個体がいる一方で、14個のKIR遺伝子のうちの12個を保有する個体もいる。各々のKIR遺伝子は、抑制性KIR又は活性化KIRのいずれかをコードする。例えば、KIR2DS2とKIR2DS5はどちらも活性化KIRであり、KIR2DL2とKIR2DL5はどちらも抑制性KIRである。1つの特定のKIR遺伝子が複数のアレルを有することもある。例えば、KIR2DL5は、KIR2DL5A及びKIR2DL5Bという2つのアレルを含む。したがって、4つの遺伝子型を、KIR2DL5に関して:KIR2DL5AとKIR2DL5Bの両方を有するもの、KIR2DL5A又はKIR2DL5Bのどちらかを有するもの、及びKIR2DL5を欠くものに区別することができる。
ヒトKIR2DS2の例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(GenBank: GQ921920.1; GI:261362473)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
ヒトKIR2DL2の例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(GenBank: EU791546.1; GI:209512828)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
ヒトKIR2DS5の例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(GenBank: AJI81015.1; GI:754367842)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
ヒトKIR2DL5Aの例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(GenBank: ABM92655.1 GI: 124245538)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
ヒトKIR2DL5Bの例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(GenBank: ABM92657.1 GI: 124245542)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
本明細書で使用される場合、「KIRタイピング」という用語は、対象のKIR遺伝子の遺伝子型を決定するプロセスであって、対象のゲノム中の1以上の特定のKIR遺伝子又はアレルの有無を決定することを含む、プロセスを指す。KIRタイピングは、対象のゲノム中の1以上の特定のKIR遺伝子又はアレルのコピー数を決定することを含むこともできる。
本明細書で使用される場合、「HLAタイピング」という用語は、対象のHLA遺伝子の遺伝子型を決定するプロセスであって、対象のゲノム中の1以上の特定のHLA遺伝子又はアレルの有無を決定することを含む、プロセスを指す。HLAタイピングは、対象のゲノム中の1以上の特定のHLA遺伝子又はアレルのコピー数を決定することを含むこともできる。
グランザイムM(GZMM)は、複数の細胞傷害性リンパ球サブセットで発現されるセリンプロテアーゼである。顆粒エキソサイトーシス経路は、細胞傷害性リンパ球がウイルス感染細胞及び腫瘍細胞を除去する主要な機構である。この経路において、細胞傷害性リンパ球は、孔形成タンパク質のパーフォリンとグランザイム(GZM)として知られるセリンプロテアーゼのファミリーとを含む顆粒を免疫シナプスに放出する。パーフォリンによる孔形成は、標的細胞へのグランザイムの侵入を促進し、標的細胞において、グランザイムは、様々な死経路を活性化することができる。5つのヒトグランザイム:GZMA、GZMB、GZMH、GZMK、及びGZMMが存在する。これら5つのGZMのうち、GZMMは、NK細胞又はNKT細胞のマーカーであり、GZMHは細胞傷害性T細胞のマーカーである(Pootの文献、Cell Death and Differentiation 21:359-368(2014))。
ヒトGZMMの例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(NCBI Ref: NM_020535.3 GI:65508540)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、哺乳動物を指す。対象は、ヒト又は非ヒト哺乳動物、例えば、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、マウス、ラット、ウサギ、又はこれらのトランスジェニック種であることができる。対象は患者又は癌患者であることができる。
本明細書で使用される場合、「癌」又は「癌性」という用語は、調節されていない細胞成長を一般に特徴とする哺乳動物の生理的状態を指す。癌の例としては、血液癌(例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫、及び白血病)、並びに固形腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で使用される場合、「前悪性状態」という用語は、治療しないで放置すれば、癌を引き起こし得る、癌のリスクの増大と関連する状態を指す。前悪性状態は、侵攻性で侵襲的な段階に進行していない非侵襲性癌を指すこともできる。
本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療すること」、及び「治療」という用語は、癌患者との関連において使用されるとき、癌の重症度を軽減するか、又は癌の進行を遅延もしくは減速させる行為を指し、これには、(a)癌の成長を阻害すること、又は癌の発生を停止させること、及び(b)癌の退行を引き起こすこと、又は癌の存在と関連する1以上の症状を遅延させもしくは最小化することが含まれる。
本明細書で使用される場合、「決定する」という用語は、任意の形態の測定を用いて、定量的にか又は定性的にかのいずれかで、物質の存在を評価することを指す。測定は、相対的又は絶対的であることができる。物質の存在を測定することは、物質の有無、又は物質の量を決定することを含むことができる。
本明細書で使用される場合、「キャリア」という用語は、遺伝子との関連において使用されるとき、そのゲノムが少なくとも1コピーの遺伝子を含む対象を指し、遺伝子のアレルとの関連において使用されるとき、そのゲノムが少なくとも1コピーの特定のアレルを含む対象を指す。例えば、KIR2DS2のキャリアとは、そのゲノムが少なくとも1コピーのKIR2DS2を含む対象を指す。遺伝子が複数のアレルを有する場合、遺伝子のキャリアとは、そのゲノムが少なくとも1コピーの少なくとも1つの該遺伝子のアレルを含む対象を指す。例えば、遺伝子KIR2DL5は、KIR2DL5A及びKIR2DL5Bという2つの既知のアレルを有する。KIR2DL5Aのキャリアとは、そのゲノムが少なくとも1コピーのアレルKIR2DL5Aを含む対象を指し;KIR2DL5Bのキャリアとは、そのゲノムが少なくとも1コピーのアレルKIR2DL5Bを含む対象を指す。KIR2DL5のキャリアとは、そのゲノムが少なくとも1コピーのKIR2DL5A、KIR2DL5B、又はその両方を含む対象を指す。別の例において、HLA-C2のキャリアとは、そのゲノムが少なくとも1コピーの該アレルHLA-C2を含む対象を指す。対象は、HLA-C2/HLA-C2ホモ接合体、又はHLA-C1/HLA-C2ヘテロ接合体であることができる。
本明細書で使用される場合、「投与する」、「投与すること」、又は「投与」という用語は、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の方法によって、化合物又は医薬組成物を対象の身体に送達するか、又は送達されるようにする行為を指す。化合物又は医薬組成物を投与することは、患者の身体に送達されるべき化合物又は医薬組成物を処方することを含む。例示的な投与形態としては、錠剤、カプセル剤、シロップ剤、懸濁剤などの経口剤形;静脈内(IV)、筋肉内(IM)、又は腹腔内(IP)などの注射用剤形;クリーム剤、ゼリー剤、散剤、又はパッチ剤を含む経皮剤形;口腔内剤形;吸入散剤、スプレー剤、懸濁剤、及び直腸坐剤が挙げられる。
本明細書で使用される場合、化合物の「治療有効量」という用語は、疾患又は障害との関連において使用されるとき、疾患もしくは障害の治療もしくは管理において治療的利益をもたらすのに、又は疾患もしくは障害と関連する1以上の症状を遅延させもしくは最小化するのに十分な量を指す。化合物の治療有効量とは、疾患又は障害の治療又は管理において治療的利益をもたらす、単独又は他の療法と組み合わせた、化合物の量を意味する。この用語は、療法全体を改善し、症状を軽減もしくは回避し、又は別の治療剤の治療効力を増強する量を包含する。この用語は、研究者、獣医、医師、又は臨床医によって探索されている、生体分子(例えば、タンパク質、酵素、RNA、もしくはDNA)、細胞、組織、システム、動物、又はヒトの生物学的又は医学的応答を十分に誘発する化合物の量も指す。
本明細書で使用される場合、「試料」という用語は、対象となる1以上の成分を含む材料又は材料の混合物を指す。対象由来の試料は、対象から得られた試料を指し、これには、インビボ又はインサイチュで取得、獲得、又は回収された生体組織又は生体液起源の試料が含まれる。試料は、前癌細胞もしくは前癌組織又は癌細胞もしくは癌組織を含む対象の領域から取得することができる。そのような試料は、哺乳動物から単離された器官、組織、画分、及び細胞であることができるが、これらに限定されない。例示的な試料としては、骨髄、全血、部分精製血、末梢血単核細胞(「PBMC」)、及び組織生検が挙げられる。例示的な試料としては、細胞溶解物、細胞培養物、細胞株、組織、口腔組織、消化管組織、器官、オルガネラ、生体液、血液試料、尿試料、皮膚試料なども挙げられる。
本明細書で使用される場合、「バイオマーカー」という用語は、個々の対象に存在するかもしくは存在しないかのいずれかであることができる遺伝子、又は存在するが、個々の対象で示差発現されることができる遺伝子を指す。対象由来の試料における、バイオマーカーの発現レベルを含む、バイオマーカーの存在は、特定の治療、例えば、FTI治療に対する対象の応答性を示すことができる。
本明細書で使用される場合、「発現する」又は「発現」という用語は、遺伝子との関連において使用されるとき、遺伝子によって運ばれる情報が表現型として現れるようになるプロセスを指し、これには、遺伝子からメッセンジャーRNA(mRNA)への転写、その後のmRNA分子からポリペプチド鎖への翻訳、及び最終的なタンパク質へのその会合が含まれる。
本明細書で使用される場合、「バイオマーカーのRNA産物」という用語は、バイオマーカーから転写されたRNA転写産物を指し、「バイオマーカーのタンパク質産物」という用語は、バイオマーカーのRNA産物から翻訳されたタンパク質又はポリペプチドを指す。
本明細書で使用される場合、バイオマーカーの「発現レベル」という用語は、例えば、バイオマーカーのRNA産物の量(バイオマーカーのRNAレベル)又はバイオマーカーのタンパク質産物の量(バイオマーカーのタンパク質レベル)などの、バイオマーカーの発現産物の量又は蓄積を指す。バイオマーカーが複数のアレルを有する遺伝子である場合、バイオマーカーの発現レベルは、別途規定されない限り、この遺伝子の存在する全てのアレルの発現産物の蓄積の総量を指す。例えば、KIR2DL5の発現レベルは、別途規定されない限り、KIR2DL5AとKIR2DL5Bの両方の総発現レベルを指す。
本明細書で使用される場合、「参照発現レベル」という用語は、対象由来の試料におけるバイオマーカーの発現レベルの有意性を決定するために使用することができる予め決定されたバイオマーカーの発現レベルを指す。バイオマーカーの参照発現レベルは、健康な個体由来の試料におけるバイオマーカーの発現レベルであることができる。バイオマーカーの参照発現レベルは、試料集団におけるバイオマーカーの発現レベル及び試料集団内の個体の治療に対する応答性の統計解析を通じて当業者により決定されるカットオフ値であることもできる。例えば、試料集団の個体におけるGZMMの発現レベル及びこれらの個体のFTI治療に対する応答性を解析することにより、当業者は、GZMMの参照発現レベルとしてのカットオフ値を決定することができ、その場合、対象のGZMMの発現レベルが参照発現レベルよりも高ければ、対象がFTI治療に応答する可能性がある。
本明細書で使用される場合、「応答性」又は「応答する」という用語は、治療との関連において使用されるとき、治療されている疾患の症状の軽減又は減少における治療の有効性を指す。例えば、FTI治療が、癌の成長を効果的に阻害するか、又は癌の発生を停止させ、癌の退行を引き起こし、もしくはこの患者における癌の存在と関連する1以上の症状を遅延させもしくは最小化する場合、癌患者はFTI治療に応答する。
特定の治療に対する癌患者の応答性は、完全応答又は部分応答として特徴付けることができる。「完全応答」又は「CR」は、以前に異常であったX線検査、骨髄、及び脳脊髄液(CSF)、又は異常な単クローン性タンパク質の測定値の正常化を伴う臨床的に検出可能な疾患の欠如を指す。「部分応答」又は「PR」は、新しい病変の非存在下における、全ての測定可能な腫瘍量(すなわち、対象に存在する悪性細胞の数、又は腫瘍塊の測定容積、又は異常な単クローン性タンパク質の量)の少なくとも約10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、又は90％の減少を指す。
当業者であれば、治療に対するCR、PR、又は他のレベルの患者応答性を定義するために使用される臨床標準が癌のタイプによって異なり得ることを理解するであろう。例えば、造血系の癌について、特定の治療に「応答する」患者は、完全応答(CR)、部分応答(PR)、又は血液学的改善(HI)を有する患者と定義することができる(Lancetらの文献、Blood 2:2(2006))。HIは、5％未満の任意の骨髄芽球数又は骨髄芽球の少なくとも半分の低下と定義することができる。他方、特定の治療に「応答しない」患者は、進行疾患(PD)又は安定疾患(SD)のいずれかを有する患者と定義することができる。進行疾患(PD)は、ベースラインからの骨髄又は循環芽球％の50％を上回る増加、又は循環芽球の(少なくとも2回連続での)新たな出現のいずれかと定義することができる。安定疾患(SD)は、CR基準も、PR基準も、HI基準も、PD基準も満たさない任意の応答と定義することができる。
本明細書で使用される場合、「可能性」という用語は、事象の確率を指す。条件が満たされたとき、対象は特定の治療に応答する「可能性がある」とは、対象が特定の治療に応答する確率が、条件が満たされないときよりも、条件が満たされているときに高いことを意味する。特定の治療に応答する確率は、条件を満たしていない対象と比較して、特定の条件を満たしている対象で、例えば、5％、10％、25％、50％、100％、200％、又はそれよりも高くなることができる。例えば、対象がKIR2DS2のキャリアであるとき、癌患者はFTI治療に応答する「可能性がある」とは、対象がFTI治療に応答する確率が、KIR2DS2のキャリアではない対象と比較して、KIR2DS2のキャリアである対象で5％、10％、25％、50％、100％、200％、それよりも高いことを意味する。もう1つ例を挙げると、対象由来の試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いとき、対象はチピファルニブ治療に応答する「可能性がある」とは、対象がチピファルニブ治療に応答する確率が、そのGZMMの発現レベルが参照発現レベルよりも低い対象と比較して、そのGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高い対象で5％、10％、25％、50％、100％、200％、又はそれよりも高いことを意味する。
Rasタンパク質は、細胞外シグナルからの生体情報を核へと伝達することにより増殖を調節するGTPアーゼである。哺乳動物細胞は、4つのRasタンパク質をコードする3つのras遺伝子を発現し、この4つのRasタンパク質タンパク質は、H-Ras、N-Ras、KA-Ras、及びKB-Rasである。KA-Ras及びKB-Rasは、一般に、K-Rasとも呼ばれる。Rasタンパク質は、活性のあるGTP結合状態か又は活性のないGDP結合状態かのいずれかで存在する。突然変異体RASタンパク質は、内因性GTPアーゼ活性の欠損及び/又はGTPアーゼ活性化タンパク質(GAP)による不活性化に対する耐性が原因で、GTP結合型の立体形状で蓄積する。Rasタンパク質をそのGTP結合型の活性化状態に固定する突然変異は、無制御な成長及び悪性形質転換をもたらす。K-Rasの触媒部位においてグリシンからバリンへの置換を生じさせるK-Ras突然変異、これは、GTPアーゼ活性の喪失及びその後のRASに対するGTPの連続的な結合を引き起こす(Yokotaの文献、Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry, 12:163-171(2012))。コドン12のアスパラギン酸及びバリン並びにコドン13のアスパラギン酸などの、他のアミノ酸の置換によって、より大きいアミノ酸側鎖がこのタンパク質のGDP/GTP結合ポケットに突き出すことができ、それにより、GTP加水分解が妨害される。立体形状及び構造の変化の結果として、EGFRシグナル伝達は、K-Rasタンパク質の構成的活性化に応答して調節解除されるようになる(Herreros-Villanuevaらの文献、Clinica Chimica Acta 431(2014) 21:1-220)。
ヒトK-RasアイソフォームA(KA-Ras)の例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(GenBank: NM_033360.3 GI:575403058)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
ヒトK-RasアイソフォームB(KB-Ras)の例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(GenBank: NM_033360.3 GI:575403058)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
ヒトN-Rasの例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(GenBank: NM_002524.4 GI:334688826)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
ヒトH-Rasの例示的なアミノ酸配列及び対応するコード核酸配列(GenBank: CR536579.1 GI:49168641)は、以下に提供されている:
Figure 0006630742
Rasアイソフォームはファルネシル化される。ファルネシルトランスフェラーゼ(FTアーゼ)は、Rasタンパク質の翻訳後修飾において重要な役割を有する。Ras機能を妨害する方法は、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤(「FTI」)によるFTアーゼ(15-炭素イソプレニル基をRasタンパク質にカップリングさせる酵素)の阻害である。FTIは、Rasを含む広範な標的タンパク質のファルネシル化を阻害する生物活性抗癌剤のクラスである。FTIは、FTアーゼの阻害を通じてRas活性化を遮断し、最終的に、細胞成長の停止をもたらす。したがって、FTIは癌の治療における効果的な治療剤であろうと予測された。
全ヒト癌の30パーセントが腫瘍形成によって活性化されたRasを発現する。全ヒト癌の30％で見られる突然変異型Rasの高い発生率のために、この経路は抗癌剤開発の魅力的な標的となっている。当初、構成的に活性のあるRAS経路をもたらすRas突然変異がFTIに対する患者応答のバイオマーカーとしての役割を果たし得ると予測されたが、これは、FTIがRAS形質転換細胞を阻害し得るという前臨床的証拠に基づくものであった(Raponiらの文献、Blood 111:2589-96(2008))。従来の理解に反して、本明細書に開示されるのは、野生型K-Ras及びN-Rasを有する癌患者が突然変異体K-Ras又はN-Rasを有する癌患者と比較してFTI治療により感受性があり、かつRas突然変異状況に基づく癌患者の選択がチピファルニブ治療などのFTI治療の全応答率を改善し得るという予想外の発見である。
本明細書で使用される場合、「Ras突然変異」という用語は、ras遺伝子又はRasタンパク質の活性化突然変異を指す。Ras突然変異は、対応するRasタンパク質の活性化をもたらすras遺伝子のうちの1つのDNA配列中の遺伝子変化、又はその活性化をもたらすRasタンパク質のアミノ酸配列の変化のいずれかを指すこともある。したがって、本明細書で使用される「Ras突然変異」という用語は、Rasタンパク質の活性化をもたらさないras遺伝子の変化も、その活性化をもたらさないRasタンパク質配列の変化も含まない。したがって、本明細書で使用される「Ras突然変異」を有さない試料又は対象は、Rasタンパク質の活性に影響を及ぼさないras遺伝子の突然変異もしくはRasタンパク質の活性を障害する突然変異をまだ有するか、又はその活性に影響を及ぼさないRasタンパク質の突然変異もしくはその活性を障害する突然変異をまだ有することができる。試料又は対象は、複数コピーのras遺伝子を有することができる。試料又は対象は、野生型Rasタンパク質と突然変異体Rasタンパク質の両方を有することもできる。本明細書で使用される場合、Ras突然変異を有する試料又は対象は、1コピーの野生型ras遺伝子及び/又は野生型Rasタンパク質を有することもできる。本明細書で使用される「野生型Rasを有する」と決定される試料又は対象は、野生型ras遺伝子及び野生型Rasタンパク質のみを有し、Ras突然変異を有さない試料又は対象を指す。したがって、本明細書で使用される「野生型K-Rasを有する」と決定される試料又は対象は、野生型kras遺伝子及び野生型K-Rasタンパク質のみを有し、K-Ras突然変異を有さない試料又は対象を指す。本明細書で使用される「野生型N-Rasを有する」と決定される試料又は対象は、野生型nras遺伝子及び野生型N-Rasタンパク質のみを有し、N-Ras突然変異を有さない試料又は対象を指す。
Rasタンパク質は、K-Ras、N-Ras、H-Ras、又はこれらの任意の組合せであることができる。K-Rasは、KA-Ras、KB-Ras、又はその両方であることができる。いくつかの実施態様において、突然変異は、Rasタンパク質をそのGTP結合型の活性化状態に固定するミスセンス突然変異である。いくつかの実施態様において、突然変異は、Rasタンパク質のコドン12、13、61のうちの1つ又は複数におけるアミノ酸置換をもたらす。
いくつかの実施態様において、Ras突然変異はK-Ras突然変異である。いくつかの実施態様において、K-Ras突然変異は、KA-Ras、KB-Ras、又はその両方における突然変異である。K-Ras突然変異としては、KA-Ras、KB-Ras、又はその両方のG12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける少なくとも1つの突然変異を挙げることができる。いくつかの実施態様において、KA-Ras突然変異としては、アミノ酸置換G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61 K、Q61 H、Q61 L、Q61 P、Q61 R、及びA146Vからなる群から選択される少なくとも1つの突然変異を挙げることができる。いくつかの実施態様において、KB-Ras突然変異としては、アミノ酸置換G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61 K、Q61 H、Q61 L、Q61 P、Q61 R、及びA146Vからなる群から選択される少なくとも1つの突然変異を挙げることができる。
いくつかの実施態様において、Ras突然変異はN-Ras突然変異である。いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異としては、G12、G13、G15、G60、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける少なくとも1つの突然変異を挙げることができる。いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異としては、G12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける少なくとも1つの突然変異を挙げることができる。いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異としては、アミノ酸置換G12C、G12D、G12F、G12S、G12A、G12V、G12R、G13C、G13R、G13A、G13D、G13V、G15W、G60E、Q61P、Q61L、Q61R、Q61K、Q61H、及びQ61Eからなる群から選択される少なくとも1つの突然変異を挙げることができる。
いくつかの実施態様において、Ras突然変異はH-Ras突然変異である。いくつかの実施態様において、H-Ras突然変異としては、G12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける少なくとも1つの突然変異を挙げることができる。いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異としては、G12R、G12V、G13C、G13R、Q61L、及びQ61Rのアミノ酸置換からなる群から選択される少なくとも1つの突然変異を挙げることができる。
(2.癌治療のためのファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤)
(2.1.ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤)
本明細書に提供されるのは、選択された癌患者又は選択された癌患者の集団でFTIを用いて癌を治療する方法である。代表的なFTIは、大雑把に2つのクラスに属する(Shenらの文献、Drug Disc. Today 20:2(2015))。第一のクラスのFTIは、ファルネシルジホスフェート(FPP)の基本的な骨格を有する。例えば、マロン酸基を有するFPP類似体(Ta)は、FPPと競合するFTIであると報告された(Duez, S.らの文献、Bioorg. Med. Chem. 18:543-556(2010))。さらに、酸性置換基とペプチジル鎖によって連結されたイミダゾール含有誘導体も二基質FTIとして合成された。この設計された二基質阻害剤はFPPよりも良好な親和性を有する。第二のクラスのFTIは、ペプチドミメティックス分子であり、これは、2つのグループ、すなわち、チオールFTIと非チオールFTIに分けることができる。チオールFTI、例えば、L-739749に関して、選択的ペプチドミメティックスFTIは、全身毒性を伴うことなく、ヌードマウスで強力な抗腫瘍活性を示す(Kohl, N.E.らの文献、PNAS 91:9141-9145(1994))。さらに、トリペプチジルFTIなどの、種々のチオール阻害剤も開発された(Lee, H-Y.らの文献、Bioorg. Med. Chem. Lett. 12:1599-1602(2002))。
非チオールFTIについては、それゆえ、結合部位で亜鉛イオンと接触するチオール基の代わりにするために、ヘテロ環が広く使用された。薬理活性基の構造に従って、非チオールFTIを3つのクラスに分けることができる。第一のクラスは、様々な単環式環を特徴とするものであり、これには、固形腫瘍及びリンパ腫に関する第I相臨床試験のFTIであるL-778123などがある。L-778123は結合して、CAAXペプチド部位に入り、ファルネシルトランスフェラーゼのCAAX基質と競合する。第二のクラスは、第III相試験のチピファルニブ及び第III相試験のBMS-214662に代表されるものであり、これらは、多様な単環式環及び二環式環から構成される(Harousseauらの文献、Blood 114:1166-1173(2009))。第三のクラスの代表的な阻害剤は、Ras依存的及びRas非依存的悪性腫瘍において活性があるロナファルニブであり、これは、癌腫、白血病、及び骨髄異形成症候群を治療するための第III相臨床試験に入った。ロナファルニブは、2つの6員芳香環と縮合した中心の7員環を含む、3環コアを有するFTIである。
したがって、本明細書に記載されるFTIは、数多くの形態を取ることができるが、癌及び増殖性疾患に関係があるとされるタンパク質のファルネシル化を妨害又は軽減するという不可欠な阻害機能を共有する。
多くのFTIが本発明の範囲内にあり、これには、その開示が引用により完全に本明細書中に組み込まれる、米国特許第5,976,851号;第5,972,984号;第5,972,966号;第5,968,965号;第5,968,952号;第6,187,786号;第6,169,096号;第6,037,350号;第6,177,432号;第5,965,578号;第5,965,539号;第5,958,939号;第5,939,557号;第5,936,097号;第5,891,889号;第5,889,053号;第5,880,140号;第5,872,135号;第5,869,682号;第5,861,529号;第5,859,015号;第5,856,439号;第5,856,326号;第5,852,010号;第5,843,941号;第5,807,852号;第5,780,492号;第5,773,455号;第5,767,274号;第5,756,528号;第5,750,567号;第5,721,236号;第5,700,806号;第5,661,161号;第5,602,098号;第5,585,359号;第5,578,629号;第5,534,537号;第5,532,359号;第5,523,430号;第5,504,212号;第5,491,164号;第5,420,245号;及び第5,238,922号に記載されているものが含まれる。
本発明の範囲内のFTIには、その開示が引用により完全に本明細書中に組み込まれる、Thomasらの文献、Biologics 1: 415-424(2007); Shenらの文献、Drug Disc. Today 20:2(2015); Appelsらの文献、The Oncologist10:565-578(2005)に記載されているものも含まれる。
いくつかの実施態様において、FTIには、WO-98/28303号に記載されている、アルグラビン(すなわち、1(R)-10-エポキシ-5(S),7(S)-グアイア-3(4),11(13)-ジエン-6,12-オリド(NuOncology Labs); WO-99/45912号に記載されている、ペリリルアルコール(Wisconsin Genetics);米国特許第5874442号に記載されている、SCH-66336(ロナファルニブ)、すなわち、(+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-ジブロモ-8-クロロ-5,6-ジヒドロ-11H-ベンゾ[5,6]シクロヘプタ[1,2-b]ピリジン-11-イル)ピペリジン-1-イル]-2-オキソエチル]ピペリジン-l-カルボキサミド(Schering); WO-00/01691号に記載されている、L778123、すなわち、1-(3-クロロフェニル)-4-[1-(4-シアノベンジル)-5-イミダゾリルメチル]-2-ピペラジノン(Merck); WO-94/10138号に記載されている、L739749、すなわち、化合物2(S)-[2(S)-[2(R)-アミノ-3-メルカプト]プロピルアミノ-3(S)-メチル]-ペンチルオキシ-3-フェニルプロピオニル-メチオニンスルホン(Merck); FTI-277、すなわち、メチル{N-[2-フェニル-4-N [2(R)-アミノ-3-メカプトプロピル(mecaptopropyl)アミノ]ベンゾイル]}-メチオネート(Calbiochem); L744832、すなわち、2S)-2-[[(2S)-2-[(2S,3S)-2-[(2R)-2-アミノ-3-メルカプトプロピル]アミノ]-3-メチルペンチル]オキシ]-1-オキソ-3-フェニルプロピル]アミノ]-4-(メチルスルホニル)-ブタン酸 1-メチルエチルエステル(Biomol International L.P.); CP-609,754(Pfizer)、すなわち、(R)-6-[(4-クロロフェニル)-ヒドロキシル-(1-メチル-1-H-イミダゾール-5-イル)-メチル]-4-(3-エチニルフェニル)-1-メチル-2-(1H)-キノンリノン(quinonlinone)及び(R)-6-[(4-クロロフェニル)-ヒドロキシル-(3-メチル-3-H-イミダゾール-4-イル)-メチル]-4-(3-エチニルフェニル)-1-メチル-2-(1H)-キノリノン; R208176(Johnson & Johnson)、すなわち、JNJ-17305457、又は(R)-1-(4-クロロフェニル)-1-[5-(3-クロロフェニル)テトラゾロ[1,5-a]キナゾリン-7-イル]-1-(1-メチル-1H-イミダゾール-5-イル)メタンアミン; AZD3409(AstraZeneca)、すなわち、(S)-イソプロピル 2-(2-(4-フルオロフェネチル)-5-((((2S,4S)-4-(ニコチノイルチオ)ピロリジン-2-イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)-4-(メチルチオ)ブタノエート; WO 97/30992号に記載されている、BMS 214662(Bristol-Myers Squibb)、すなわち、(R)-2,3,4,5-テトラヒドロ-1-(1H-イミダゾール-4-イルメチル)-3-(フェニルメチル)-4-(2-チエニルスルホニル)-1H-1,4-ベンゾジアザピン-7-カルボニトリル(Bristol Myers Squibb)、並びにWO-00/12498号及びWO-00/12499号に記載されているPfizer社の化合物(A)及び(B)が含まれる。
いくつかの実施態様において、FTIは、非ペプチド性の、いわゆる、「低分子」治療薬であり、例えば、以下のものを含む、キノリン又はキノリン誘導体である。
7-(3-クロロフェニル)-9-[(4-クロロフェニル)-1H-イミダゾール-1-イルメチル]-2,3-ジヒドロ-o-1H,5H-ベンゾ[ij]キノリジン-5-オン、
7-(3-クロロフェニル)-9-[(4-クロロフェニル)-1H-イミダゾール-1-イルメチル]-1,2-ジヒドロ-o-4H-ピロロ[3,2,1-ij]キノリン-4-オン、
8-[アミノ(4-クロロフェニル)(1-メチル-1H-イミダゾール-5-イル),メチル]-6-(3-クロロフェニル)-1,2-ジヒドロ-4H-ピロロ[3,2,1-ij]キノリン-4-オン、及び
8-[アミノ(4-クロロフェニル)(1-メチル-1H-イミダゾール-5-イル)メチル]-6-(3-クロロフェニル)-2,3-ジヒドロ-1H,5H-ベンゾ[ij]キノリジン-5-オン。
チピファルニブは非ペプチドミメティックスFTIである(Thomasらの文献、Biologics 1: 415-424(2007))。これは、化合物ライブラリースクリーニングから同定されたキノロンリードの最適化によって得られた4,6-二置換-1-メチルキノリン-2-オン誘導体((B)-6-[アミノ(4-クロロフェニル)(1-メチル-1H-イミダゾール-5-イル)メチル]-4-(3-クロロフェニル)-1-メチル-2(1H)-キノリノン))である。チピファルニブは、FTアーゼのCAAXペプチド結合部位を競合的に阻害し、非常に強力でかつ極めて選択的なファルネシル化の阻害剤である。チピファルニブは、ゲラニルゲラニルトランスフェラーゼIを阻害するものではない。チピファルニブは、単剤療法としての管理しやすい安全性プロファイルを有し、ヒトでかなり良好な忍容性を示し、かつ有効血漿濃度を得るために1日2回の投与を必要とする。
チピファルニブは、1-メチルイミダゾールのアニオンと6-(4-クロロベンゾイル)キノロン誘導体との縮合、その後の脱水によって合成される。キノロン中間体は、N-フェニル-3-(3-クロロフェニル)-2-プロペンアミドの環化と、アシル化と、酸化と、N-メチル化とにより、4工程で調製された。チピファルニブは、Rasプレニル化プロセスに至る重要な構造的特徴として、Janssen社のケトコナゾール及びレチノイン酸異化プログラムから同定された。チピファルニブは、インビトロでのFTアーゼの強力な阻害剤であり、種々の動物モデルで経口活性がある。チピファルニブの単剤活性は選択されなかった腫瘍集団(AML、MDS/CMML、尿路上皮癌、乳癌、PTCL/CTCL)で観察されたが、第III相臨床試験は、全生存の改善を示さなかった。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、FTIもしくはFTIを有する医薬組成物を用いて対象の癌を治療するか又はFTI治療のために癌患者を選択する方法である。本明細書に提供される医薬組成物は、FTIの治療有効量及び医薬として許容し得る担体、希釈剤、又は賦形剤を含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ;アルグラビン;ペリリルアルコール;ロナファルニブ(SCH-66336); L778123; L739749; FTI-277; L744832; R208176; BMS 214662; AZD3409;又はCP-609,754である。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
(2.2.製剤)
FTIは、好適な医薬調製物、例えば、経口投与用の液剤、懸濁剤、錠剤、分散錠、丸剤、カプセル剤、散剤、持続放出製剤、もしくはエリキシル剤、又は眼科的投与もしくは非経口投与用の滅菌液剤もしくは懸濁剤、並びに経皮パッチ調製物及び乾燥粉末吸入剤へと製剤化することができる。通常、FTIは、当技術分野で周知の手法及び手順を用いて、医薬組成物へと製剤化される(例えば、Anselの文献、医薬剤形入門(Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms)、第7版、1999を参照)。
組成物中で、有効濃度のFTI及び医薬として許容し得る塩は、好適な医薬担体又はビヒクルと混合される。ある実施態様において、組成物中のFTIの濃度は、投与時に、血液癌及び固形腫瘍を含む癌の症状のうちの1つもしくは複数及び/又は該癌の進行を治療、予防、又は改善する量の送達に有効である。
組成物は、単一投薬量投与用に製剤化される。組成物を製剤化するために、FTIの重量画分を、選択されたビヒクル中で、治療される状態が軽減又は改善されるような有効濃度で溶解させ、懸濁させ、分散させ、又は別の形で混合する。本明細書に提供されるFTIの投与に好適な医薬担体又はビヒクルとしては、特定の投与様式に好適であることが当業者に知られている任意のそのような担体が挙げられる。
さらに、FTIは、組成物中の唯一の医薬活性成分として製剤化することができるか、又は他の活性成分と組み合わせることができる。腫瘍標的化リポソームなどの組織標的化リポソームを含む、リポソーム懸濁液も、医薬として許容し得る担体として好適であり得る。これらは、当業者に公知の方法に従って調製することができる。例えば、リポソーム製剤は、当技術分野で公知の通りに調製することができる。簡潔に説明すると、多層膜小胞(MLV)などのリポソームは、卵ホスファチジルコリン及び脳ホスファチジルセリン(7:3のモル比)をフラスコの内部でしっかりと乾燥させることにより形成させることができる。二価陽イオンを欠くリン酸緩衝生理食塩水(PBS)中の本明細書に提供されるFTIの溶液を添加し、脂質膜が分散するまでフラスコを振盪させる。得られる小胞を洗浄して、封入されていない化合物を除去し、遠心分離によりペレット化し、その後、PBSに再懸濁させる。
FTIは、治療される患者に対する望ましくない副作用がなく、治療的に有用な効果を発揮するのに十分な量で、医薬として許容し得る担体中に含まれる。治療的有効濃度は、本明細書に記載されるインビトロ及びインビボ系で化合物を試験することにより実験的に決定し、その後、それからヒトに対する投薬量を推定することができる。
医薬組成物中のFTIの濃度は、FTIの吸収、組織分布、不活化、及び排泄速度、FTIの物理化学的特性、投薬スケジュール、並びに投与される量、並びに当業者に公知の他の因子によって決まる。例えば、送達される量は、造血系癌及び固形腫瘍を含む癌の症状のうちの1つ又は複数を改善するのに十分なものである。
ある実施態様において、治療的有効投薬量は、約0.1ng/mlから約50〜100μg/mlの血清濃度の活性成分を生じさせるべきである。一実施態様において、医薬組成物は、1日に体重1キログラム当たり約0.001mg〜約2000mgの投薬量の化合物を提供する。医薬投薬単位形態は、投薬単位形態当たり、約1mg〜約1000mg、ある実施態様において、約10〜約500mgの必須活性成分又は必須成分の組合せを提供するように調製される。
FTIは、一度に投与されてもよく、又は時間間隔を置いて投与されるいくつかのより小さい用量に分割されてもよい。正確な投薬量及び治療期間は、治療されている疾患の関数であり、公知の試験プロトコルを用いて実験的に、又はインビボもしくはインビトロの試験データからの推定によって決定することができることが理解される。濃度及び投薬量値は、緩和されるべき状態の重症度によっても異なり得ることに留意すべきである。任意の特定の対象について、具体的な投薬レジメンが個々の必要性及び組成物の投与を管理又は監督する人の専門的な判断に従って経時的に調整されるべきであること、並びに本明細書に示される濃度範囲が例示的なものであるに過ぎず、特許請求された組成物の範囲又は実施を限定することを意図するものではないことがさらに理解されるべきである。
したがって、本明細書に記載される化合物又はその医薬として許容し得る塩の1つ又は複数の有効濃度又は有効量を、全身、局所、又は局部投与用の好適な医薬担体又はビヒクルと混合して、医薬組成物を形成させる。化合物は、1以上の症状を改善するために、又はそれを治療するか、進行を遅延させるか、もしくは予防するために有効な量で含まれる。組成物中の活性化合物の濃度は、活性化合物の吸収、組織分布、不活化、排泄速度、投薬スケジュール、投与される量、特定の配合、及び当業者に公知の他の因子によって決まる。
組成物は、限定されないが、経口、非経口、直腸、局所、及び局部を含む、好適な経路によって投与されることが意図される。経口投与のために、カプセル剤及び錠剤を製剤化することができる。組成物は、液体、半液体、又は固体形態のものであり、各々の投与経路に好適な形で製剤化される。
非経口、皮内、皮下、又は局所用途のために使用される液剤又は懸濁剤は、以下の成分:滅菌希釈剤、例えば、注射用水、食塩水溶液、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、ジメチルアセトアミド、又は他の合成溶媒;抗微生物剤、例えば、ベンジルアルコール及びメチルパラベン;抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸及び重亜硫酸ナトリウム;キレート剤、例えば、エチレンジアミン四酢酸(EDTA);緩衝剤、例えば、酢酸塩、クエン酸塩、及びリン酸塩;並びに張性の調整のための薬剤、例えば、塩化ナトリウム又はデキストロースのいずれかを含むことができる。非経口調製物は、アンプル、ペン、使い捨てシリンジ、又はガラス、プラスチック、もしくは他の好適な材料でできた単回もしくは複数回用量バイアルに封入することができる。
FTIが不十分な溶解性を示す場合、化合物を溶解させる方法を使用することができる。そのような方法は当業者に公知であり、これには、限定されないが、ジメチルスルホキシド(DMSO)などの共溶媒の使用、TWEEN(登録商標)などの界面活性剤の使用、又は水性重炭酸ナトリウムへの溶解が含まれる。
化合物を混合又は添加したとき、得られる混合物は、溶液、懸濁液、エマルジョンなどであることができる。得られる混合物の形態は、意図される投与様式及び選択される担体又はビヒクルへの化合物の溶解度を含む、いくつかの因子によって決まる。有効濃度は、治療される疾患、障害、又は疾病の症状を改善するのに十分なものであり、実験的に決定することができる。
好適な分量の化合物又はその医薬として許容し得る塩を含む、錠剤、カプセル剤、丸剤、散剤、顆粒剤、滅菌非経口液剤又は懸濁剤、及び経口液剤又は懸濁剤、並びに油水乳剤などの単位剤形でヒト及び動物に投与するための医薬組成物が提供される。医薬として治療活性のある化合物及びその塩を製剤化し、単位剤形又は複数剤形で投与する。本明細書で使用される単位用量形態は、ヒト及び動物対象に好適で、かつ当技術分野で知られているように個別包装された、物理的に分離した単位を指す。各々の単位用量は、所要の医薬担体、ビヒクル、又は希釈剤と関連した、所望の治療効果をもたらすのに十分な所定量の治療活性化合物を含む。単位用量形態の例としては、アンプル及びシリンジ及び個別包装された錠剤又はカプセル剤が挙げられる。単位用量形態は、その分数又は倍数単位で投与されてもよい。複数用量形態は、分離された単位用量形態で投与されるように単一の容器中に包装された複数の同一の単位剤形である。複数用量形態の例としては、バイアル、錠剤もしくはカプセル剤の瓶、又はパイント瓶もしくはガロン瓶が挙げられる。したがって、複数用量形態は、包装中で分離されていない複数の単位用量である。
持続放出調製物を調製することもできる。持続放出調製物の好適な例としては、本明細書に提供される化合物を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが挙げられ、このマトリックスは、成形品、例えば、フィルム、又はマイクロカプセルの形態のものである。持続放出マトリックスの例としては、イオン泳動パッチ、ポリエステル、ハイドロゲル(例えば、ポリ(2-ヒドロキシエチル-メタクリレート)、又はポリ(ビニルアルコール))、ポリラクチド、L-グルタミン酸とエチル-L-グルタメートのコポリマー、非分解性エチレン-ビニルアセテート、分解性乳酸-グリコール酸コポリマー、例えば、LUPRON DEPOT(商標)(乳酸-グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドから構成された注射用マイクロスフェア)、並びにポリ-D-(-)-3-ヒドロキシ酪酸が挙げられる。エチレン-ビニルアセテート及び乳酸-グリコール酸などのポリマーは、100日を超える間の分子の放出を可能にするが、特定のハイドロゲルは、より短い期間、タンパク質を放出する。封入された化合物が長時間体内に留まる場合、それらは、37℃で水分に曝される結果として、変性又は凝集し、生物学的活性の喪失、及び場合によっては、その構造の変化が生じることがある。関与する作用機構に応じて、安定化のための合理的戦略を考案することができる。例えば、凝集機構が、チオ-ジスルフィド交換を介した分子間S-S結合形成であることが明らかになった場合、安定化は、スルフヒドリル残基を修飾すること、酸性溶液から凍結乾燥させること、水分含量を制御すること、適当な添加剤を使用すること、及び特定のポリマーマトリックス組成物を開発することにより達成することができる。
0.005％〜100％の範囲の活性成分を含み、残りは無毒な担体から構成される剤形又は組成物を調製してもよい。経口投与のために、医薬として許容し得る無毒な組成物は、例えば、医薬等級のマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、タルク、セルロース誘導体、クロスカルメロースナトリウム、グルコース、スクロース、炭酸マグネシウム、又はサッカリンナトリウムなどの通常利用される賦形剤のいずれかの組込みによって形成される。そのような組成物としては、液剤、懸濁剤、錠剤、カプセル剤、散剤、及び持続放出製剤、例えば、限定されないが、インプラント及びマイクロカプセル化送達系、並びに生体分解性、生体適合性ポリマー、例えば、コラーゲン、エチレンビニルアセテート、ポリ無水物、ポリグリコール酸、ポリオルトエステル、ポリ乳酸などが挙げられる。これらの組成物の調製方法は当業者に公知である。企図される組成物は、約0.001％〜100％の活性成分、ある実施態様において、約0.1〜85％又は約75〜95％を含むことができる。
FTI又は医薬として許容し得る塩は、化合物を体内からの迅速な排除から保護する担体、例えば、時限放出製剤又はコーティングを用いて調製することができる。
組成物は、所望の特性の組合せを得るために、他の活性化合物を含むことができる。本明細書に提供される化合物、又は本明細書に記載されるその医薬として許容し得る塩は、上で言及されている疾患又は病状、例えば、酸化ストレスに関連する疾患のうちの1つ又は複数を治療するのに有用となるように、一般技術分野で公知の別の薬理物質と一緒に投与することもできる。
本明細書に提供されるラクトース非含有組成物は、当技術分野で周知でありかつ例えば、米国薬局方(USP) SP(XXI)/NF(XVI)に記載されている賦形剤を含むことができる。一般に、ラクトース非含有組成物は、活性成分、結合剤/充填剤、及び滑沢剤を、医薬として適合性がありかつ医薬として許容し得る量で含む。例示的なラクトース非含有剤形は、活性成分、微結晶性セルロース、アルファ化デンプン、及びステアリン酸マグネシウムを含む。
さらに包含されるのは、本明細書に提供される化合物を含む無水医薬組成物及び剤形である。例えば、水(例えば、5％)の添加は、有効期間又は経時的な製剤の安定性などの特徴を決定するために長期保存をシミュレートする手段として医薬分野で広く許容されている。例えば、Jens T. Carstensenの文献、薬物安定性:原理及び実践(Drug Stability: Principles & Practice)、第2版、Marcel Dekker, NY, NY, 1995, pp. 379-80を参照されたい。実際、水及び熱は、一部の化合物の分解を加速する。したがって、製剤の製造、取扱い、包装、保存、輸送、及び使用時に、水分及び/又は湿気に曝されることが多いので、製剤に対する水の影響は極めて重大であり得る。
本明細書に提供される無水医薬組成物及び剤形は、無水成分又は低水分含有成分及び低水分条件又は低湿度条件を用いて調製することができる。製造、包装、及び/又は保存時に水分及び/又は湿気との相当な接触が予想される場合、ラクトースと第一級又は第二級アミンを含む少なくとも1つの活性成分とを含む医薬組成物及び剤形は無水である。
無水医薬組成物は、その無水の性質が維持されるように調製及び保存されるべきである。したがって、無水組成物は、それを好適な調剤キットに含めることができるように、水への曝露を防ぐことが知られている材料を用いて包装される。好適な包装の例としては、密閉されたホイル、プラスチック、単位用量容器(例えば、バイアル)、ブリスターパック、及びストリップパックが挙げられるが、これらに限定されない。
経口医薬剤形は、固体、ゲル、又は液体のいずれかである。固体剤形は、錠剤、カプセル剤、顆粒剤、及びバルク粉末である。経口錠剤のタイプとしては、圧縮チュアブルロゼンジ剤及び圧縮チュアブル錠が挙げられ、これらは、腸溶性コーティングされていても、糖コーティングされていても、又はフィルムコーティングされていてもよい。カプセル剤は、硬質又は軟質のゼラチンカプセル剤であることができ、一方、顆粒剤及び散剤は、当業者に公知の他の成分と組み合わせた非発泡性又は発泡性形態で提供することができる。
ある実施態様において、製剤は、固体剤形、例えば、カプセル剤又は錠剤である。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、以下の成分:結合剤;希釈剤;崩壊剤;滑沢剤;流動促進剤;甘味剤;及び香味剤のいずれか、又は同様の性質の化合物を含むことができる。
結合剤の例としては、微結晶性セルロース、トラガカントゴム、グルコース溶液、アラビアゴム粘液、ゼラチン溶液、スクロース、及びデンプン糊が挙げられる。滑沢剤としては、タルク、デンプン、ステアリン酸マグネシウム又はステアリン酸カルシウム、石松子、及びステアリン酸が挙げられる。希釈剤としては、例えば、ラクトース、スクロース、デンプン、カオリン、塩、マンニトール、及びリン酸二カルシウムが挙げられる。流動促進剤としては、コロイド状二酸化ケイ素が挙げられるが、これに限定されない。崩壊剤としては、クロスカルメロースナトリウム、デンプングリコール酸ナトリウム、アルギン酸、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、ベントナイト、メチルセルロース、寒天、及びカルボキシメチルセルロースが挙げられる。着色剤としては、例えば、認可認証された水溶性FD及びC色素のいずれか、これらの混合物;並びにアルミナ水和物に懸濁された水不溶性FD及びC色素が挙げられる。甘味剤としては、スクロース、ラクトース、マンニトール、及び人工甘味剤、例えば、サッカリン、並びに任意の数の噴霧乾燥香料が挙げられる。香味剤としては、植物、例えば、果実から抽出される天然香料、並びに心地良い感覚を生じさせる化合物、例えば、限定されないが、ペパーミント及びサリチル酸メチルの合成配合物が挙げられる。湿潤剤としては、モノステアリン酸プロピレングリコール、モノオレイン酸ソルビタン、モノラウリル酸ジエチレングリコール、及びポリオキシエチレンラウラルエーテル(polyoxyethylene laural ether)が挙げられる。催吐性コーティングとしては、脂肪酸、脂肪、ワックス、シェラック、アンモニア化シェラック、及び酢酸フタル酸セルロースが挙げられる。フィルムコーティング剤としては、ヒドロキシエチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリエチレングリコール4000、及び酢酸フタル酸セルロースが挙げられる。
投薬単位形態がカプセル剤である場合、それは、上記のタイプの材料に加えて、液体担体、例えば、脂肪油を含むことができる。さらに、投薬単位形態は、投薬単位の物理的形態を修飾する様々な他の材料、例えば、糖及び他の腸溶剤のコーティングを含むことができる。化合物は、エリキシル剤、懸濁剤、シロップ剤、ウエハース剤、スプリンクル剤、チューインガム剤などの成分として投与することもできる。シロップ剤は、活性化合物に加えて、甘味剤としてのスクロース、並びに特定の防腐剤、色素及び着色料、並びに香料を含むことができる。
錠剤中に含まれる医薬として許容し得る担体は、結合剤、滑沢剤、希釈剤、崩壊剤、着色剤、香味剤、及び湿潤剤である。腸溶性コート錠は、腸溶性コーティングが理由で、胃酸の作用に抵抗し、中性又はアルカリ性の腸の中で溶解又は崩壊する。糖衣錠は、医薬として許容し得る物質の様々な層が塗布されている圧縮錠である。フィルムコート錠は、ポリマー又は他の好適なコーティングでコーティングされている圧縮錠である。多重圧縮錠は、先に言及された医薬として許容し得る物質を利用して複数回の圧縮サイクルによって製造される圧縮錠である。着色剤を上記の剤形で使用することもできる。香味剤及び甘味剤は、圧縮錠、糖衣錠、多重圧縮錠、及びチュアブル錠で使用される。香味剤及び甘味剤は、チュアブル錠及びロゼンジ剤の形成において特に有用である。
液体経口剤形としては、水性液剤、乳剤、懸濁剤、非発泡性顆粒から再構成される液剤及び/又は懸濁剤、並びに発泡性顆粒から再構成される発泡性調製物が挙げられる。水性液剤としては、例えば、エリキシル剤及びシロップ剤が挙げられる。乳剤は、水中油型又は油中水型のいずれかである。
エリキシル剤は、透明で、甘い、水アルコール性調製物である。エリキシル剤で使用される医薬として許容し得る担体としては、溶媒が挙げられる。シロップ剤は、糖、例えば、スクロースの濃縮水溶液であり、防腐剤を含むことができる。乳剤は、一方の液体が、もう一方の液体の全体に小球の形態で分散している2相系である。乳剤で使用される医薬として許容し得る担体は、非水性液、乳化剤、及び防腐剤である。懸濁剤では、医薬として許容し得る懸濁化剤及び防腐剤が使用される。液体経口剤形へと再構成されることになる、非発泡性顆粒中で使用される医薬として許容し得る物質としては、希釈剤、甘味料、及び湿潤剤が挙げられる。液体経口剤形へと再構成されることになる、発泡性顆粒で使用される医薬として許容し得る物質としては、有機酸及び二酸化炭素源が挙げられる。着色剤及び香味剤は、上記の剤形の全てで使用される。
溶媒としては、グリセリン、ソルビトール、エチルアルコール、及びシロップが挙げられる。防腐剤の例としては、グリセリン、メチルパラベン及びプロピルパラベン、安息香酸、安息香酸ナトリウム、並びにアルコールが挙げられる。乳剤で利用される非水性液の例としては、鉱油及び綿実油が挙げられる。乳化剤の例としては、ゼラチン、アラビアゴム、トラガカントゴム、ベントナイト、及び界面活性剤、例えば、モノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビタンが挙げられる。懸濁化剤としては、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ペクチン、トラガカントゴム、ビーガム、及びアラビアゴムが挙げられる。希釈剤としては、ラクトース及びスクロースが挙げられる。甘味剤としては、スクロース、シロップ、グリセリン、及び人口甘味剤、例えば、サッカリンが挙げられる。湿潤剤としては、モノステアリン酸プロピレングリコール、モノオレイン酸ソルビタン、モノラウリン酸ジエチレングリコール、及びポリオキシエチレンラウリルエーテルが挙げられる。有機酸としては、クエン酸及び酒石酸が挙げられる。二酸化炭素源としては、重炭酸ナトリウム及び炭酸ナトリウムが挙げられる。着色剤としては、認可認証された水溶性FD及びC色素のいずれか、並びにこれらの混合物が挙げられる。香味剤としては、植物、例えば、果実から抽出される天然香料、及び心地良い味覚を生じさせる化合物の合成配合物が挙げられる。
固体剤形については、例えば、炭酸プロピレン、植物油、又はトリグリセリド中の液剤及び懸濁剤をゼラチンカプセルに封入する。そのような液剤、並びにその調製及び封入は、米国特許第4,328,245号;第4,409,239号;及び第4,410,545号に開示されている。液体剤形については、例えば、ポリエチレングリコール中の液剤を、投与のために測定しやすいように、十分な分量の医薬として許容し得る液体担体、例えば、水で希釈することができる。
或いは、液体又は半固体経口製剤は、活性化合物又は塩を、植物油、グリコール、トリグリセリド、プロピレングリコールエステル(例えば、炭酸プロピレン)、及び他のそのような担体に溶解又は分散させ、これらの液剤又は懸濁剤を硬質又は軟質ゼラチンカプセル殻に封入することにより調製することができる。他の有用な製剤としては、本明細書に提供される化合物と、限定されないが、1,2-ジメトキシメタン、ジグリム、トリグリム、テトラグリム、ポリエチレングリコール-350-ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール-550-ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール-750-ジメチルエーテル(ここで、350、550、及び750は、ポリエチレングリコールのおおよその平均分子量を指す)を含む、ジアルキル化されたモノアルキレングリコール又はポリアルキレングリコールと、1以上の抗酸化剤、例えば、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)、ブチル化ヒドロキシアニソール(BHA)、没食子酸プロピル、ビタミンE、ヒドロキノン、ヒドロキシクマリン、エタノールアミン、レシチン、ケファリン、アスコルビン酸、リンゴ酸、ソルビトール、リン酸、チオジプロピオン酸及びそのエステル、並びにジチオカルバメートとを含むものが挙げられるが、これらに限定されない。
他の製剤としては、医薬として許容し得るアセタールを含む、水性アルコール溶液が挙げられるが、これらに限定されない。これらの製剤で使用されるアルコールは、1以上の水酸基を有する任意の医薬として許容し得る水混和性溶媒であり、これには、プロピレングリコール及びエタノールが含まれるが、これらに限定されない。アセタールとしては、低級アルキルアルデヒドのジ(低級アルキル)アセタール、例えば、アセトアルデヒドジエチルアセタールが挙げられるが、これらに限定されない。
全ての実施態様において、錠剤及びカプセル剤製剤は、活性成分の溶解を修飾し又は持続させるために、当業者によって知られているようにコーティングすることができる。したがって、例えば、それらは、従来の腸内消化性コーティング剤、例えば、サリチル酸フェニル、ワックス、及び酢酸フタル酸セルロースでコーティングすることができる。
一般に、皮下、筋肉内、又は静脈内のいずれかへの注射を特徴とする、非経口投与も本明細書に提供される。注射剤は、液体の液剤もしくは懸濁剤、注射前の液体への溶解もしくは懸濁に好適な固体形態としてか、又は乳剤としてかのいずれかの、従来の形態で調製することができる。好適な賦形剤は、例えば、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロール、又はエタノールである。さらに、望ましい場合、投与される医薬組成物は、微量の無毒な補助物質、例えば、湿潤剤又は乳化剤、pH緩衝剤、安定化剤、溶解促進剤、並びに例えば、酢酸ナトリウム、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミン、及びシクロデキストリンなどの、他のそのような薬剤を含むこともできる。一定レベルの投薬量が維持されるような、低速放出系又は持続放出系の埋め込みも本明細書において企図される。簡潔に説明すると、本明細書に提供される化合物は、固体内部マトリックス、例えば、ポリメチルメタクリレート、ポリブチルメタクリレート、可塑化又は非可塑化ポリ塩化ビニル、可塑化ナイロン、可塑化ポリエチレンテレフタレート、天然ゴム、ポリイソプレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリエチレン、エチレン-酢酸ビニルコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、シリコーンカーボネートコポリマー、親水性ポリマー、例えば、アクリル酸及びメタクリル酸のエステルのハイドロゲル、コラーゲン、架橋ポリビニルアルコール、及び架橋部分加水分解ポリビニルアセテート中に分散しており、この固体内部マトリックスは、体液に不溶性である外部高分子膜、例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、エチレン/プロピレンコポリマー、エチレン/アクリル酸エチルコポリマー、エチレン/酢酸ビニルコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、ネオプレンゴム、塩素化ポリエチレン、ポリ塩化ビニル、酢酸ビニルと塩化ビニリデンとエチレンとプロピレンとの塩化ビニルコポリマー、イオノマーポリエチレンテレフタレート、ブチルゴムエピクロロヒドリンゴム、エチレン/ビニルアルコールコポリマー、エチレン/酢酸ビニル/ビニルアルコールターポリマー、並びにエチレン/ビニルオキシエタノールコポリマーによって囲まれている。化合物は、放出速度制御段階で外部高分子膜から拡散する。そのような非経口組成物に含まれる活性化合物の割合は、その具体的な性質、並びに化合物の活性及び対象の必要性に大きく左右される。
組成物の非経口投与としては、静脈内、皮下、及び筋肉内投与が挙げられる。非経口投与用の調製物としては、すぐに注射可能な滅菌液剤、皮下注射錠を含む、使用直前に溶媒とすぐに組み合わせることができる滅菌乾燥可溶性生成物、例えば、凍結乾燥粉末、すぐに注射可能な滅菌懸濁剤、使用直前にビヒクルとすぐに組み合わせることができる滅菌乾燥不溶性生成物、及び滅菌乳剤が挙げられる。液剤は、水性又は非水性のいずれかであることができる。
静脈内投与される場合、好適な担体としては、生理食塩水又はリン酸緩衝生理食塩水(PBS)、並びに増粘剤及び可溶化剤、例えば、グルコース、ポリエチレングリコール、及びポリプロピレングリコール、並びにこれらの混合物を含む溶液が挙げられる。
非経口調製物で使用される医薬として許容し得る担体としては、水性ビヒクル、非水性ビヒクル、抗微生物剤、等張剤、緩衝剤、抗酸化剤、局部麻酔薬、懸濁化剤及び分散剤、乳化剤、金属イオン封鎖剤又はキレート剤、並びに他の医薬として許容し得る物質が挙げられる。
水性ビヒクルの例としては、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、等張デキストロース注射液、滅菌水注射液、デキストロース、及び乳酸加リンゲル注射液が挙げられる。非水性非経口ビヒクルとしては、植物起源の固定油、綿実油、トウモロコシ油、ゴマ油、及びピーナッツ油が挙げられる。静菌濃度又は静真菌濃度の抗微生物剤を複数用量容器中に包装された非経口調製物に添加しなければならず、該抗微生物剤としては、フェノール又はクレゾール、水銀剤、ベンジルアルコール、クロロブタノール、pヒドロキシ安息香酸メチルエステル及びpヒドロキシ安息香酸プロピルエステル、チメロサール、塩化ベンザルコニウム、並びに塩化ベンゼトニウムが挙げられる。等張剤としては、塩化ナトリウム及びデキストロースが挙げられる。緩衝剤としては、リン酸塩及びクエン酸塩が挙げられる。抗酸化剤としては、重硫酸ナトリウムが含まれる。局部麻酔薬としては、塩酸プロカインが挙げられる。懸濁化剤及び分散剤としては、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンが挙げられる。乳化剤としては、ポリソルベート80(TWEEN(登録商標) 80)が挙げられる。金属イオンの封鎖剤又はキレート剤としては、EDTAが挙げられる。医薬担体としては、水混和性ビヒクル用のエチルアルコール、ポリエチレングリコール、及びプロピレングリコール、並びにpH調整用の水酸化ナトリウム、塩酸、クエン酸、又は乳酸も挙げられる。
FTIの濃度は、注射によって所望の薬理作用を生じさせる有効量が提供されるように調整される。当技術分野で公知であるように、正確な用量は、患者又は動物の年齢、重量、及び状態によって決まる。単位用量非経口調製物は、アンプル、バイアル、又は針付きシリンジに充填される。非経口投与用の調製物は全て、当技術分野で知られ、かつ実施されているように、滅菌されなければならない。
実例として、FTIを含む滅菌水性液剤の静脈内又は動脈内注入は、効果的な投与様式である。別の実施態様は、所望の薬理作用を生じさせるために必要に応じて注射される活性材料を含む滅菌された水性又は油性の液剤又は懸濁剤である。
注射剤は、局部及び全身投与用に設計される。通常、治療的有効投薬量は、治療される組織に対して、少なくとも約0.1％w/wから最大約90％w/w、又はそれを上回る濃度、例えば、1％w/wを上回る濃度の活性化合物を含むように製剤化される。活性成分は、一度に投与されてもよく、又は時間間隔を置いて投与されるいくつかのより小さい用量に分割されてもよい。正確な投薬量及び治療期間は、治療されている組織の関数であり、公知の試験プロトコルを用いて実験的に、又はインビボもしくはインビトロの試験データからの推定によって決定することができることが理解される。濃度及び投薬量値は、治療される個体の年齢によっても異なり得ることに留意すべきである。任意の特定の対象について、具体的な投薬レジメンが個々の必要性及び製剤の投与を管理又は監督する人の専門的な判断に応じて経時的に調整されるべきであること、並びに本明細書に示される濃度範囲が例示的なものであるに過ぎず、特許請求された製剤の範囲又は実施を限定することを意図するものではないことがさらに理解されるべきである。
FTIは、微粉化形態もしくは他の好適な形態で懸濁させることができるか、又はより溶けやすい活性産物を産生するようにもしくはプロドラッグを産生するように誘導体化することができる。得られる混合物の形態は、意図される投与様式及び選択される担体又はビヒクルへの化合物の溶解度を含む、いくつかの因子によって決まる。有効濃度は、疾病の症状を改善するのに十分なものであり、実験的に決定することができる。
溶液、エマルジョン、及び他の混合物としての投与用に再構成することができる凍結乾燥粉末も本明細書で対象となる。これらを固体又はゲルとして再構成し、製剤化することもできる。
滅菌凍結乾燥粉末は、本明細書に提供されるFTI又はその医薬として許容し得る塩を好適な溶媒に溶解させることにより調製される。該溶媒は、粉末又は該粉末から調製される再構成溶液の安定性又は他の薬理学的要素を改善する賦形剤を含むことができる。使用し得る賦形剤としては、デキストロース、ソルビタール(sorbital)、フルクトース、コーンシロップ、キシリトール、グリセリン、グルコース、スクロース、又は他の好適な薬剤が挙げられるが、これらに限定されない。該溶媒は、緩衝剤、例えば、クエン酸塩、リン酸ナトリウムもしくはリン酸カリウム、又は一実施態様において、約中性pHの、当業者に公知の他のそのような緩衝剤を含むこともできる。その後の溶液の滅菌濾過と、それに続く、当業者に公知の標準条件下での凍結乾燥によって、所望の製剤が提供される。通常、得られる溶液は、凍結乾燥用のバイアルに分注される。各々のバイアルは、単回投薬量(限定されないが、10〜1000mgもしくは100〜500mgを含む)又は複数回投薬量の化合物を含む。凍結乾燥粉末は、適当な条件下、例えば、約4℃〜室温で保存することができる。
この凍結乾燥粉末を注射用水で再構成することにより、非経口投与で使用するための製剤が提供される。再構成のために、滅菌水又は他の好適な担体1mL当たり、約1〜50mg、約5〜35mg、又は約9〜30mgの凍結乾燥粉末が添加される。正確な量は、選択される化合物によって決まる。そのような量は、実験的に決定することができる。
局所混合物は、局部及び全身投与について記載されている通りに調製される。得られる混合物は、溶液、懸濁液、エマルジョンなどであることができ、クリーム剤、ゲル剤、軟膏剤、乳剤、液剤、エリキシル剤、ローション剤、懸濁剤、チンキ剤、ペースト剤、フォーム剤、エアロゾル剤、灌注剤、スプレー剤、坐剤、包帯剤、経皮パッチ剤、又は局所投与に好適な任意の他の製剤として製剤化される。
FTI又はFTIを有する医薬組成物は、例えば、吸入による、局所適用のためのエアロゾル剤として製剤化することができる(例えば、炎症性疾患、特に、喘息の治療に有用なステロイドの送達のためのエアロゾル剤を記載している米国特許第4,044,126号、第4,414,209号、及び第4,364,923号を参照)。気道への投与のためのこれらの製剤は、ネブライザー用のエアロゾル剤もしくは液剤の形態のもの、又は単独のもしくはラクトースなどの不活性担体と組み合わせた、吹送用の超微細粉末としてのものであることができる。そのような場合、製剤の粒子は、50ミクロン未満又は10ミクロン未満の直径を有する。
FTI又はFTIを有する医薬組成物は、局部又は局所適用のために、例えば、ゲル剤、クリーム剤、及びローション剤の形態での、皮膚及び粘膜への、例えば、眼内への局所適用のために、並びに眼への適用のために又は嚢内もしくは髄腔内適用のために製剤化することができる。局所投与は、経皮送達のために、さらには眼もしくは粘膜への投与のために、又は吸入療法のために企図される。単独の又は他の医薬として許容し得る賦形剤と組み合わせた活性化合物の点鼻液を投与することもできる。これらの液剤、特に、眼科的使用を意図するものは、適当な塩とともに、pH 約5〜7の0.01％〜10％等張溶液として製剤化することができる。
他の投与経路、例えば、経皮パッチ、及び直腸投与も本明細書において企図される。例えば、直腸投与用の医薬剤形は、全身作用を目的とした直腸坐剤、カプセル剤、及び錠剤である。本明細書で使用される直腸坐剤は、直腸に挿入するための固形物を意味し、これは、体温で融解又は軟化して、1以上の薬理活性成分又は治療活性成分を放出する。直腸坐剤で利用される医薬として許容し得る物質は、基剤又はビヒクル、及び融点を上昇させる薬剤である。基剤の例としては、ココアバター(カカオ脂)、グリセリン、ゼラチン、カーボワックス(ポリオキシエチレングリコール)、及び脂肪酸のモノグリセリドとジグリセリドとトリグリセリドの適切な混合物が挙げられる。様々な基剤の組合せを使用することができる。坐剤の融点を上昇させる薬剤としては、鯨蝋及びワックスが挙げられる。直腸坐剤は、圧縮法によるか又は成形によるかのいずれかで調製することができる。直腸坐剤の例示的な重量は、約2〜3グラムである。直腸投与用の錠剤及びカプセル剤は、経口投与用の製剤の場合と同じ医薬として許容し得る物質を用いて、かつ経口投与用の製剤の場合と同じ方法によって製造される。
本明細書に提供されるFTI又はFTIを有する医薬組成物は、制御放出手段によるか、又は当業者に周知である送達装置によって投与することができる。例としては、その各々が引用により本明細書中に組み込まれる、米国特許第3,845,770号;第3,916,899号;第3,536,809号;第3,598,123号;及び第4,008,719号、第5,674,533号、第5,059,595号、第5,591,767号、第5,120,548号、第5,073,543号、第5,639,476号、第5,354,556号、第5,639,480号、第5,733,566号、第5,739,108号、第5,891,474号、第5,922,356号、第5,972,891号、第5,980,945号、第5,993,855号、第6,045,830号、第6,087,324号、第6,113,943号、第6,197,350号、第6,248,363号、第6,264,970号、第6,267,981号、第6,376,461号、第6,419,961号、第6,589,548号、第6,613,358号、第6,699,500、並びに第6,740,634号に記載されているものが挙げられるが、これらに限定されない。そのような剤形を用いて、例えば、ヒドロプロピルメチルセルロース、他のポリマーマトリックス、ゲル、透過膜、浸透圧系、多層コーティング、微粒子、リポソーム、マイクロスフェア、又はこれらの組合せを所望の放出プロファイルを提供するために様々な割合で用いて、FTIの低速又は制御放出を提供することができる。本明細書に記載されているものを含む、当業者に公知の好適な制御放出製剤は、本明細書に提供される活性成分とともに使用するために容易に選択することができる。
制御放出医薬製品は全て、その非制御対応物によって達成されるものよりも薬物療法を改善するという共通の目的を有する。一実施態様において、医学的処置における最適に設計された制御放出調製物の使用は、疾病を最小限の量の時間で治癒させ又は制御するために最小限の薬物物質が利用されることを特徴とする。ある実施態様において、制御放出製剤の利点としては、薬物の活性の延長、投薬頻度の低下、及び患者の投薬遵守の向上が挙げられる。さらに、制御放出製剤を用いて、作用の開始時間又は他の特徴、例えば、薬物の血液レベルに影響を及ぼすことができ、したがって、副作用(例えば、有害作用)の発生に影響を及ぼすことができる。
大部分の制御放出製剤は、所望の治療効果を適切に生じる量の薬物(活性成分)を最初に放出し、かつ長期間にわたってこのレベルの治療効果を維持するために他の量の薬物を徐々にかつ連続的に放出するように設計される。この一定レベルの薬物を体内で維持するために、薬物は、代謝され、体から排出されつつある薬物の量を補う速度で剤形から放出されなければならない。活性成分の制御放出は、限定されないが、pH、温度、酵素、水、又は他の生理的条件もしくは化合物を含む、様々な条件によって刺激することができる。
ある実施態様において、FTIは、静脈内注入、埋め込み可能な浸透圧ポンプ、経皮パッチ、リポソーム、又は他の投与様式を用いて投与することができる。一実施態様において、ポンプを使用することができる(Seftonの文献、CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14:201(1987); Buchwaldらの文献、Surgery 88:507(1980); Saudekらの文献、N. Engl. J. Med. 321:574(1989)を参照)。別の実施態様において、ポリマー材料を使用することができる。また別の実施態様において、制御放出系を治療標的の近くに配置することができ、すなわち、そのため、全身用量のごく一部しか必要としない(例えば、Goodsonの文献、制御放出の医療応用(Medical Applications of Controlled Release)、第2巻、115〜138ページ(1984)を参照)。
いくつかの実施態様において、制御放出装置は、不適切な免疫活性化の部位又は腫瘍の近くで対象に導入される。他の制御放出系は、Langerによる総説(Science 249:1527-1533(1990))で論じられている。Fは、固体内部マトリックス、例えば、ポリメチルメタクリレート、ポリブチルメタクリレート、可塑化又は非可塑化ポリ塩化ビニル、可塑化ナイロン、可塑化ポリエチレンテレフタレート、天然ゴム、ポリイソプレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリエチレン、エチレン-酢酸ビニルコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、シリコーンカーボネートコポリマー、親水性ポリマー、例えば、アクリル酸及びメタクリル酸のエステルのハイドロゲル、コラーゲン、架橋ポリビニルアルコール及び架橋部分加水分解ポリビニルアセテート中に分散させることができ、この固体内部マトリックスは、体液に不溶性である外部高分子膜、例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、エチレン/プロピレンコポリマー、エチレン/アクリル酸エチルコポリマー、エチレン/酢酸ビニルコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、ネオプレンゴム、塩素化ポリエチレン、ポリ塩化ビニル、酢酸ビニルと塩化ビニリデンとエチレンとプロピレンとの塩化ビニルコポリマー、イオノマーポリエチレンテレフタレート、ブチルゴムエピクロロヒドリンゴム、エチレン/ビニルアルコールコポリマー、エチレン/酢酸ビニル/ビニルアルコールターポリマー、並びにエチレン/ビニルオキシエタノールコポリマーによって囲まれている。その後、活性成分は、放出速度制御段階で、外部高分子膜から拡散する。そのような非経口組成物に含まれる活性成分の割合は、その具体的な性質、及び対象の必要性に大きく左右される。
FTI又はFTIの医薬組成物は、包装材料と、血液癌及び固形腫瘍を含む癌の1以上の症状又は進行の治療、予防、又は改善のために使用される本明細書に提供される化合物又はその医薬として許容し得る塩と、該化合物又はその医薬として許容し得る塩が血液癌及び固形腫瘍を含む癌の1以上の症状又は進行の治療、予防、又は改善のために使用されることを示すラベルとを含む製品として包装することができる。
本明細書に提供される製品は包装材料を含む。医薬製品を包装する際に使用される包装材料は当業者に周知である。例えば、米国特許第5,323,907号、第5,052,558号、及び第5,033,252号を参照されたい。医薬包装材料の例としては、ブリスターパック、ボトル、チューブ、吸入器、ポンプ、バッグ、バイアル、容器、シリンジ、ペン、ボトル、並びに選択される製剤並びに意図される投与及び治療様式に好適な任意の包装材料が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書に提供される化合物及び組成物の幅広い製剤が企図される。
(2.3.投薬量)
いくつかの実施態様において、FTIを有する医薬組成物の治療有効量は、経口又は非経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブを活性成分として有する医薬組成物は、単一用量としてもしくは複数の用量に分割されて、1日当たり1〜最大1500mg/kgの量で、又はより具体的には、1日当たり10〜1200mg/kgの量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブを活性成分として有する医薬組成物は、1日当たり100mg/kg、1日当たり200mg/kg、1日当たり300mg/kg、1日当たり400mg/kg、1日当たり500mg/kg、1日当たり600mg/kg、1日当たり700mg/kg、1日当たり800mg/kg、1日当たり900mg/kg、1日当たり1000mg/kg、1日当たり1100mg/kg、又は1日当たり1200mg/kgの量で経口投与される。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、FTIは、1日当たり200〜1500mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日当たり200〜1200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり300mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり400mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり500mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり600mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり700mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり800mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり900mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり1000mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり1100mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり1200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり1300mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日当たり1400mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、FTIは200〜1400mg b.i.d.(すなわち、1日2回)の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは300〜1200mg b.i.d.の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは300〜900mg b.i.d.の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは600mg b.i.d.の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは700mg b.i.d.の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは800mg b.i.d.の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは900mg b.i.d.の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1000mg b.i.d.の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1100mg b.i.d.の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1200mg b.i.d.の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
当業者であれば理解しているように、投薬量は、利用される剤形、患者の状態及び感受性、投与経路、並びに他の因子によって異なる。正確な投薬量は、治療を必要とする対象に関連する因子を考慮して、施術者により決定されることになる。投薬量及び投与は、活性成分の十分なレベルを提供するように、又は所望の効果を維持するように調整される。考慮することができる因子としては、病態の重症度、対象の全般的な健康、対象の年齢、体重、及び性別、食事、投与の時間及び頻度、薬物の組合せ、反応感受性、並びに療法に対する忍容性/応答が挙げられる。治療サイクル中であれば、日用量を変化させることができる。いくつかの実施態様において、開始用量を治療サイクル内で漸減させることができる。いくつかの実施態様において、開始用量を治療サイクル内で漸増させることができる。最終用量は、用量制限毒性の発生及び他の因子によって決まり得る。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり300mgの開始用量で投与し、1日当たり400mg、500mg、600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg、又は1200mgの最大用量に上昇させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり400mgの開始用量で投与し、1日当たり500mg、600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg、又は1200mgの最大用量に上昇させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり500mgの開始用量で投与し、1日当たり600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg、又は1200mgの最大用量に上昇させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり600mgの開始用量で投与し、1日当たり700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg、又は1200mgの最大用量に上昇させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり700mgの開始用量で投与し、1日当たり800mg、900mg、1000mg、1100mg、又は1200mgの最大用量に上昇させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり800mgの開始用量で投与し、1日当たり900mg、1000mg、1100mg、又は1200mgの最大用量に上昇させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり900mgの開始用量で投与し、1日当たり1000mg、1100mg、又は1200mgの最大用量に上昇させる。用量上昇は、一度に又は段階的に行うことができる。例えば、1日当たりの600mg開始用量を、4日間かけて1日当たり100mg増加させることによるか、又は2日間かけて1日当たり200mg増加させることによるか、又は一度に400mg増加させることにより、1日当たり1000mgの最終用量に上昇させることができる。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、FTIを比較的高い開始用量で投与し、患者応答及び他の因子に応じてより低い用量に漸減させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり1200mgの開始用量で投与し、1日当たり1100mg、1000mg、900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg、又は300mgの最終用量に低下させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり1100mgの開始用量で投与し、1日当たり1000mg、900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg、又は300mgの最終用量に低下させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり1000mgの開始用量で投与し、1日当たり900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg、又は300mgの最終用量に低下させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり900mgの開始用量で投与し、1日当たり800mg、700mg、600mg、500mg、400mg、又は300mgの最終用量に低下させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり800mgの開始用量で投与し、1日当たり700mg、600mg、500mg、400mg、又は300mgの最終用量に低下させる。いくつかの実施態様において、FTIを1日当たり600mgの開始用量で投与し、1日当たり500mg、400mg、又は300mgの最終用量に低下させる。用量低下は、一度に又は段階的に行うことができる。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。例えば、1日当たり900mgの開始用量を、3日間かけて1日当たり100mg減少させることによるか、又は一度に300mg減少させることにより、1日当たり600mgの最終用量に低下させることができる。
治療サイクルは、様々な長さを有することができる。いくつかの実施態様において、治療サイクルは、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、又は12カ月であることができる。いくつかの実施態様において、治療サイクルは4週間である。治療サイクルは、間欠的なスケジュールを有することができる。いくつかの実施態様において、2週間の治療サイクルは、5日間の投与と、それに続く、9日間の休止を有することができる。いくつかの実施態様において、2週間の治療サイクルは、6日間の投与と、それに続く、8日間の休止を有することができる。いくつかの実施態様において、2週間の治療サイクルは、7日間の投与と、それに続く、7日間の休止を有することができる。いくつかの実施態様において、2週間の治療サイクルは、8日間の投与と、それに続く、6日間の休止を有することができる。いくつかの実施態様において、2週間の治療サイクルは、9日間の投与と、それに続く、5日間の休止を有することができる。
いくつかの実施態様において、FTIは、反復4週サイクルの4週間のうち3週間、毎日投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、反復4週サイクルの隔週で(1週間服用、1週間休止)、毎日投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、反復4週サイクルの4週間のうち3週間、300mg b.i.d.の用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、反復4週サイクルの4週間のうち3週間、600mg b.i.d.の用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、反復4週サイクルの隔週で(1週間服用、1週間休止)、900mg b.i.d.の用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、隔週で(反復28日サイクルの1〜7及び15〜21日目に)、1200mg b.i.d.の用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、反復28日サイクルの1〜5及び15〜19日目に、1200mg b.i.d.の用量で、経口投与される。
いくつかの実施態様において、900mg b.i.d.のチピファルニブの隔週レジメンを採用することができる。このレジメンの下で、患者は、900mgの開始用量を、po、b.i.d.で、28日間の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に投与される。いくつかの実施態様において、患者は、2回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、3回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、4回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、5回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、6回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、7回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、8回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、9回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、10回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、11回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、12回の治療サイクルを受ける。いくつかの実施態様において、患者は、12回よりも多い治療サイクルを受ける。
管理不可能な毒性が存在しないとき、対象は、チピファルニブ治療を最大12カ月受け続けることができる。対象が該治療を十分に忍容する場合、用量を1200mg b.i.d.に増加させることもできる。治療に関連する、治療により発現した毒性を制御するための段階的な300mg用量低下を含めることもできる。
いくつかの他の実施態様において、チピファルニブを、28日間の治療サイクルで、300mg b.i.d.の用量で、21日間毎日経口投与し、その後、1週間休止する(21日間スケジュール; Cheng DTらの文献、J Mol Diagn.(2015) 17(3):251-64)。いくつかの実施態様において、25〜1300mgの範囲の5日間のb.i.d.投与と、それに続く、9日間の休止を採用する(5日間スケジュール; Zujewski J., J Clin Oncol.,(2000) Feb;18(4):927-41)。いくつかの実施態様において、7日間のb.i.d.投与と、それに続く、7日間の休止を採用する(7日間スケジュール; Lara PN Jr.の文献、Anticancer Drugs.,(2005) 16(3):317-21; Kirschbaum MHの文献、Leukemia.,(2011) Oct;25(10):1543-7)。7日間スケジュールで、患者は、300mg b.i.d.の開始用量を投与され、300mgの用量を1800mg b.i.d.の最大計画用量にまで上昇させることができる。7日間スケジュールの研究において、患者は、28日サイクルの1〜7日目及び15〜21日目に、最大1600mg b.i.d.の用量で、チピファルニブをb.i.d.で投与されることもできる。
FTIは、1日2回の投与スケジュールとして投与されたとき、哺乳動物腫瘍の成長を阻害することができる。1日当たり1用量で1〜5日間のFTIの投与は、少なくとも21日まで持続する腫瘍成長の顕著な抑制をもたらすことができる。いくつかの実施態様において、FTIは、50〜400mg/kgの投薬量範囲で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、200mg/kgで投与される。特定のFTIについての投与レジメンも当技術分野で周知である(例えば、引用により完全に本明細書中に組み込まれる米国特許第6838467号)。例えば、化合物のアルグラビン(WO98/28303号)、ペリリルアルコール(WO 99/45712号)、SCH-66336(米国特許第5,874,442号)、L778123(WO 00/01691号)、2(S)-[2(S)-[2(R)-アミノ-3-メルカプト]プロピルアミノ-3(S)-メチル]-ペンチルオキシ-3-フェニルプロピオニル-メチオニンスルホン(WO94/10138号)、BMS 214662(WO 97/30992号)、AZD3409; Pfizer社の化合物A及びB(WO 00/12499号及びWO 00/12498号)の好適な投薬量は、引用により本明細書中に組み込まれている前述の特許明細書に示されているか、又は当業者に公知であるか、又は当業者によって容易に決定されることができる。
ペリリルアルコールに関して、薬剤は、150lbのヒト患者につき、1日当たり1〜4g投与することができる。好ましくは、150lbのヒト患者につき、1日当たり1〜2gである。SCH-66336は、通常、特定の用途に従って、約0.1mg〜100mg、より好ましくは、約1mg〜300mgの単位用量で投与することができる。化合物L778123及び1-(3-クロロフェニル)-4-[1-(4-シアノベンジル)-5-イミダゾリルメチル]-2-ピペラジノンは、ヒト患者に、1日当たり約0.1mg/kg体重〜約20mg/kg体重、好ましくは、1日当たり0.5mg/kg体重〜約10mg/kg体重の量で投与することができる。
Pfizer社の化合物A及びBは、単一又は分割(すなわち、複数)用量で、1日当たり約1.0mg〜約500mgまで、好ましくは、1日当たり約1〜約100mgの範囲の投薬量で投与することができる。治療的化合物は、通常、単一又は分割用量で、1日にkg体重当たり、約0.01〜約10mgの範囲の1日投薬量で投与する。BMS 214662は、単一用量で又は2〜4回の分割用量で、約0.05〜200mg/kg/日、好ましくは、100mg/kg/日未満の投薬量範囲で投与することができる。
(2.4.組合せ療法)
いくつかの実施態様において、FTI治療は、放射線療法(radiotherapy)、又は放射線療法(radiation therapy)と組み合わせて投与される。放射線療法には、γ線、X線、及び/又は腫瘍細胞への放射性同位体の有向送達の使用が含まれる。マイクロ波、プロトンビーム照射(米国特許第5,760,395号及び第4,870,287号;これらは全て引用により完全に本明細書中に組み込まれる)、並びにUV照射などの、他の形態のDNA損傷因子も企図される。これらの因子は全て、DNAに対する、DNAの前駆体に対する、DNAの複製及び修復に対する、並びに染色体の集合及び維持に対する広範囲の損傷に影響を及ぼす可能性が最も高い。
いくつかの実施態様において、照射に対して宿主の腫瘍を効果的に増感させるFTIを有する医薬組成物の治療有効量が投与される(引用により完全に本明細書中に組み込まれる、米国特許第6545020号)。照射は、電離放射線、特に、γ線であることができる。いくつかの実施態様において、γ線は、線形加速器によるか又は放射性核種によって放出される。放射性核種による腫瘍への照射は、外部から又は内部からであることができる。
照射はX線照射であることもできる。X線の被曝量範囲は、長期間(3〜4週間)に50〜200レントゲンの1日線量から2000〜6000レントゲンの単一線量の範囲である。放射性同位体の被曝量範囲はばらつきが大きく、同位体の半減期、放出される放射線の強さ及び種類、並びに腫瘍性細胞による取込みによって決まる。
いくつかの実施態様において、医薬組成物の投与は、腫瘍への照射より最大1カ月、特に、最大10日又は1週間前に開始する。さらに、腫瘍への照射を分割し、医薬組成物の投与を最初の照射期間と最後の照射期間のインターバルで維持する。
FTIの量、照射の線量、及び照射投与の中断は、腫瘍のタイプ、その場所、化学療法又は放射線療法に対する患者の反応などの一連のパラメータによって決まり、最終的には、各々の個々の症例において、医師及び放射線科医が決定するものである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、第二の活性剤又はサポーティブケア療法の治療有効量を投与することをさらに含む。第二の活性剤は、化学療法剤であることができる。化学療法剤又は化学療法薬は、細胞内でのその活性の様式、例えば、それらが細胞周期に影響を及ぼすかどうかということ及びそれらがどの段階で細胞周期に影響を及ぼすかということによって分類することができる。或いは、薬剤は、DNAを直接架橋し、DNAにインターカレートし、又は核酸合成に影響を及ぼすことにより染色体及び有糸分裂異常を誘発するその能力に基づいて特徴付けることができる。
化学療法剤の例としては、アルキル化剤、例えば、チオテパ及びシクロホスファミド;スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファン;アジリジン、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ;エチレンイミン、並びにアルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、及びトリメチローロメラミン(trimethylolomelamine)を含むメチラメラミン(methylamelamine);アセトゲニン(とりわけ、ブラタシン及びブラタシノン);カンプトテシン(合成類似体トポテカンを含む);ブリオスタチン;カリスタチン; CC-1065(そのアドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成類似体を含む);クリプトフィシン(特に、クリプトフィシン1及びクリプトフィシン8);ドラスタチン;デュオカルマイシン(合成類似体のKW-2189及びCB1-TM1を含む);エレウテロビン;パンクラチスタチン;サルコジクチイン;スポンギスタチン;窒素マスタード、例えば、クロラムブシル、クロロナファジン、コロホスファミド(cholophosphamide)、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノブエンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、及びウラシルマスタード;ニトロソ尿素、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン;抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質(例えば、カリケアマイシン、とりわけ、カリケアマイシンγlI及びカリケアマイシンωI1);ダインマイシンAを含むダインマイシン;ビスホスホネート、例えば、クロドロネート;エスペラマイシン;並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラルナイシン(authrarnycin)、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシニス(chromomycinis)、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ドキソルビシン(モルホリノ-ドキソルビシン、シアノモルホリノ-ドキソルビシン、2-ピロリノ-ドキソルビシン、及びデオキシドキソルビシンを含む)、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンC、ミコフェノール酸、ノガラルナイシン(nogalarnycin)、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン(potfiromycin)、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、及びゾルビシン;代謝拮抗薬、例えば、メトトレキセート及び5-フルオロウラシル(5-FU);葉酸類似体、例えば、デノプテリン、プテロプテリン、及びトリメトレキセート;プリン類似体、例えば、フルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、及びチオグアニン;ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、及びフロクスウリジン;アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、及びテストラクトン;抗副腎薬(抗副腎薬)、例えば、ミトタン及びトリロスタン;葉酸補給剤、例えば、フロリン酸(frolinic acid);アセグラトン;アルドホスファミドグリコシド;アミノレブリン酸;エニルウラシル;アムサクリン;ベストラブシル;ビサントレン;エダトラキセート;デホファミン;デメコルシン;ジアジコン;エルホルミチン(elformithine);酢酸エリプチニウム;エポチロン;エトグルシド;硝酸ガリウム;ヒドロキシウレア;レンチナン;ロニダイニン;メイタンシノイド、例えば、メイタンシン及びアンサミトシン;ミトグアゾン;ミトキサントロン;モピダンモール(mopidanmol);ニトラエリン;ペントスタチン;フェナメット;ピラルビシン;ロソキサントロン;ポドフィリン酸; 2-エチルヒドラジド;プロカルバジン; PSK多糖複合体;ラゾキサン;リゾキシン;シゾフィラン;スピロゲルマニウム;テヌアゾン酸;トリアジコン; 2,2',2''-トリクロロトリエチルアミン;トリコテセン(とりわけ、T-2トキシン、ベラクリンA、ロリジンA、及びアングイジン);ウレタン;ビンデシン;ダカルバジン;マンノムスチン;ミトブロニトール;ミトラクトール;ピポブロマン;ガシトシン;アラビノシド(「Ara-C」);シクロホスファミド;タキソイド、例えば、パクリタキセル及びドセタキセル ゲムシタビン; 6-チオグアニン;メルカプトプリン;白金配位錯体、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチン;ビンブラスチン;白金;エトポシド(VP-16);イホスファミド;ミトキサントロン;ビンクリスチン;ビノレルビン;ノバントロン;テニポシド;エダトレキセート;ダウノマイシン;アミノプテリン;ゼローダ;イバンドロネート;イリノテカン(例えば、CPT-11);トポイソメラーゼ阻害剤RFS 2000;ジフルオロメトルヒルオルニチン(difluorometlhylornithine)(DMFO);レチノイド、例えば、レチノイン酸;カペシタビン;カルボプラチン、プロカルバジン、プリコマイシン(plicomycin)、ゲムシタビン、ナベルビン、トランス白金、並びに上記のもののいずれかの医薬として許容し得る塩、酸、又は誘導体が挙げられる。
第二の活性剤は、巨大分子(例えば、タンパク質)又は小分子(例えば、合成無機分子、有機金属分子、もしくは有機分子)であることができる。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は、DNA低メチル化剤、癌抗原に特異的に結合する治療抗体、造血成長因子、サイトカイン、抗癌剤、抗生物質、COX-2阻害剤、免疫調整剤、抗胸腺細胞グロブリン、免疫抑制剤、コルチコステロイド、又はこれらの薬理活性のある突然変異体もしくは誘導体である。
いくつかの実施態様において、第二の活性剤は、DNA低メチル化剤、例えば、シチジン類似体(例えば、アザシチジン)又は5-アザデオキシシチジン(例えば、デシタビン)である。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は、限定されないが、インダクション(Induction)、トポテカン、ハイドレア、POエトポシド、レナリドミド、LDAC、及びチオグアニンを含む、細胞減少剤である。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は、ミトキサントロン、エトポシド、シタラビン、又はバルスポダールである。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は、ミトキサントロン＋バルスポダール、エトポシド＋バルスポダール、又はシタラビン＋バルスポダールである。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は、イダルビシン、フルダラビン、トポテカン、又はara-Cである。いくつかの他の実施態様において、第二の活性剤は、イダルビシン＋ara-C、フルダラビン＋ara-C、ミトキサントロン＋ara-C、又はトポテカン＋ara-Cである。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は、キニーネである。上で指定されている薬剤の他の組合せを使用することができ、投薬量は医師により決定されることができる。
本明細書に記載される任意の特定の癌のタイプについて、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で利用可能な治療を、FTI治療と組み合わせて使用することができる。例えば、FTIと組み合わせて使用することができる薬物としては、Spectrum Pharmaceuticalsによって販売されているベリノスタット(Beleodaq(登録商標))及びプララトレキセート(Folotyn(登録商標))、Celgeneによって販売されているロミデプシン(Istodax(登録商標))、並びにSeattle Geneticsによって販売されているブレンツキシマブベドチン(Adcetris(登録商標))(ALCL用)が挙げられ; FTIと組み合わせて使用することができる薬物としては、Celgeneによって販売されているアザシチジン(Vidaza(登録商標))及びレナリドミド(Revlimid(登録商標))、並びにOtsuka及びJohnson & Johnsonによって販売されているデシタビン(Dacogen(登録商標));甲状腺癌用のFTIと組み合わせて使用することができる薬物としては、AstraZenecaのバンデタニブ(Caprelsa(登録商標))、Bayerのソラフェニブ(Nexavar(登録商標))、Exelixisのカボザンチニブ(Cometriq(登録商標))、及びEisaiのレンバチニブ(Lenvima(登録商標))が挙げられる。
非細胞毒性療法、例えば、トプララトレキセート(tpralatrexate)(Folotyn(登録商標))、ロミデプシン(Istodax(登録商標))、及びベリノスタット(Beleodaq(登録商標))もFTI治療と組み合わせて使用することができる。
いくつかの実施態様において、第二の活性剤は免疫療法剤である。いくつかの実施態様において、第二の活性剤は抗PD1抗体又は抗PDL1抗体である。
いくつかの実施態様において、FTIと組み合わせて使用される第二の活性剤又は第二の療法は、FTI治療の前に、それと同時に、又はその後に投与することができると想定される。いくつかの実施態様において、FTIと組み合わせて使用される第二の活性剤又は第二の療法は、FTI治療の前に投与することができる。いくつかの実施態様において、FTIと組み合わせて使用される第二の活性剤又は第二の療法は、FTI治療と同時に投与することができる。いくつかの実施態様において、FTIと組み合わせて使用される第二の活性剤又は第二の療法は、FTI治療の後に投与することができる。
FTI治療は骨髄移植と組み合わせて投与することもできる。いくつかの実施態様において、FTIは骨髄移植の前に投与される。他の実施態様において、FTIは骨髄移植の後に投与される。
(3.FTI治療のバイオマーカーとしての免疫遺伝子)
本明細書に提供されるのは、ファルネシルトンスフェラーゼ阻害剤(FTI)による治療のために癌患者を選択する方法である。本明細書に提供される方法は、部分的に、ナチュラルキラー細胞(NK細胞)の活性と関連する特定の遺伝子の遺伝子型及び発現レベルがFTI治療の臨床的利益と相関するという発見に基づいている。具体的には、KIR遺伝子及びHLA遺伝子のジェノタイピング並びにKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMを含むバイオマーカーの発現レベルを用いて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測することができる。本明細書に提供されているように、個々のバイオマーカーの発現レベルに加えて、特定のバイオマーカー間の発現レベルの相対比、例えば、KIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比、又はKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比を用いて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測することもできる。したがって、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるこれらのバイオマーカーの遺伝子型又は発現レベルに基づいて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測する方法、FTI治療のために癌患者集団を選択する方法、及び対象の癌をFTIの治療有効量で治療する方法である。また本明細書に提供されるのは、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測するための組成物及びキットである。
ファルネシルトランスフェラーゼ(FTアーゼ)は、Rasタンパク質の翻訳後修飾において重要な役割を有する。FTIは、Rasを含む広範な標的タンパク質のファルネシル化を阻害する生物活性抗癌薬のクラスである。Rasタンパク質は、細胞成長刺激シグナルの伝達において中心的な役割を果たし、ras遺伝子の突然変異は、このタンパク質の持続的な活性化をもたらし、最終的に、制御されない細胞増殖をもたらす。全ヒト癌の30パーセントで見られる突然変異型ras遺伝子の高い発生率のために、この経路は抗癌薬開発の魅力的な標的となっている。Ras機能を妨害する方法は、FTIによるFTアーゼ(15-炭素イソプレニル基をRasタンパク質にカップリングさせる酵素)の阻害である。FTIは、FTアーゼの阻害を通じてRas活性化を遮断し、最終的に、細胞成長の停止をもたらす。したがって、FTIは癌の治療における効果的な治療剤であろうと予測された。
しかしながら、ras突然変異とFTIに対する応答の間に相関がないことが過去の臨床研究で証明された(Karpらの文献、Blood 97:3361-3369(2001);及び米国特許公開第20070048782号))。いくつかの初期の臨床研究は高頻度のras突然変異を示す癌に焦点を当てたが、応答率はこれらの試験で期待外れなほどに低かった(Mesa Lancet Oncol 6:279-286(2006); Raoらの文献、J Clin Oncol 22:3950-3957(2004))。
FTIであるチピファルニブの初期の研究が、リスクが高くかつ過去に治療を受けていないAML患者(CTEP-20、第II相)、及び再燃性/不応性AMLを有するAML患者(INT-17、第II相)で実施された。ベストサポーティブケア(BSC)と比較したチピファルニブの第III相研究は、全生存の改善を示さなかった。複数の遺伝子/タンパク質がFTIの活性に関する文献で関連付けられており(AKAP13、mDIAなど)(Raponiらの文献、Clin Cancer Res. 13:2254-60(2007); Kamasaniらの文献、Cancer Biology & Therapy, 6:1418-1423(2007))、2つのAML研究(CTEP-20、INT-17)からの骨髄試料における遺伝子発現プロファイリングの解析により、2つの遺伝子: RASGRP1(T細胞シグナル伝達因子)及びAPTX(DNA修復タンパク質)の発現の比がAMLにおけるチピファルニブの活性の潜在的バイオマーカーとして同定された(Raponiらの文献、Blood. 111:2589-96(2008))。しかしながら、骨髄芽球におけるこの2つの遺伝子の比を組入れ基準として用いた後続の前向き研究は、AMLにおけるチピファルニブの顕著な臨床的利益を示さなかった(Lancetらの文献、Blood(ASH) 120: Abstract 1508(2012))。
本発明は、複数の免疫遺伝子をFTI治療のより良好な予後と関連するバイオマーカーとして同定しており、新規の方法がFTI治療のための患者選択のために本明細書に提供されている。FTI治療だけでなく、他の標準化学療法でも良好な予後と関連することが分かったRASGRP1などの、以前に同定されたマーカーとは異なり、本発明で同定された免疫関連バイオマーカーは、他の標準化学療法の薬剤ではなく、FTI治療の臨床的利益と特異的に関連する。
本明細書で同定されたバイオマーカーには、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、GZMMだけでなく、KIR2DS2の特異的リガンドであるHLA-C2も含まれる。KIR2DS2及びHLA-C2のキャリアは、MDSになりやすいことが示された(Serioらの文献、Blood(ASH Annual Meeting Abstracts) 2006 108: Abstract 2670; Cookらの文献、Blood 2004; 103: 1521-152)。本発明で同定された免疫学的バイオマーカーは、全てNK細胞関連の遺伝子である。チピファルニブなどのFTIが、本明細書に記載される特定のKIR遺伝子型又は発現プロファイルを有する癌を選択的に標的とするという発見は、少なくとも部分的に、特定のKIR遺伝子型又は発現プロファイルを有する特定のNK細胞が自己免疫を誘導することができるという機構に基づくことができる。そのようなNK細胞は、抗原提示を下方調節し、T細胞の特定のサブタイプを死滅させるか又は下方調節することもできる。KIR-RASシグナル伝達の阻害を通じて、FTIは、NK細胞の活性を調節又は阻害し、患者自身の免疫系を調節することによって癌細胞に対する細胞傷害性を促進することができる。また、KIR-RASシグナル伝達の阻害を通じて、FTIは、正常な血液細胞及びその前駆細胞に対するNK細胞及び他の免疫細胞の活性を調節又は阻害し、赤血球もしくは血小板輸血、又は血液成長因子投与の必要性を低下又は消失させることができる。
(3.1. KIRタイピング及びHLAタイピング)
本明細書に提供されているように、対象のKIR遺伝子及びHLA遺伝子の遺伝子型は、対象がFTI治療に応答する可能性を示すものであることができる。KIR2DS2、KIR2DS5、又はHLA-C2のキャリアである癌患者は、FTI治療に応答する可能性がある。したがって、癌患者をKIRタイピングすること、及びKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである者を選択的に治療することは、FTI治療に対する癌患者の全応答率を増大させることができる。さらに、癌患者をHLAタイピングすること、及びHLA-C2のキャリアである者を選択的に治療することは、FTI治療に対する癌患者の全応答率をさらに増大させることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、FTIの治療有効量を対象に投与することにより、対象の癌を治療する方法であり、ここで、対象はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象をKIRタイピングすること及びFTIの治療有効量を対象に投与することにより、対象の癌を治療する方法であり、ここで、対象はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS5のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2とKIR2DS5の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はまた、KIR2DL2のキャリアではない。いくつかの実施態様において、対象はまた、KIR2DL5のキャリアではない。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2のキャリアであるが、KIR2DL2のキャリアではない。いくつかの他の実施態様において、対象はKIR2DS5のキャリアであるが、KIR2DL5のキャリアではない。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される対象の癌を治療する方法は、対象をHLAタイピングすること、及びFTIの治療有効量をHLA-C2のキャリアである対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2とHLA-C2の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS5とHLA-C2の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象は、KIR2DS2、KIR2DS5、及びHLA-C2のキャリアである。いくつかの実施態様において、HLA-C2のキャリアである対象はHLA-C2/HLA-C2ホモ接合体である。いくつかの実施態様において、対象はHLA-C1/HLA-C2ヘテロ接合体である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、KIRタイピングによってFTI治療のための癌患者を選択する方法であり、ここで、癌患者がKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである場合、癌患者はFTI治療のために選択される。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、KIRタイピングによって癌患者がFTI治療に応答する可能性を予測し、癌患者がKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである場合、癌患者がFTI治療に応答する可能性があると決定する方法である。いくつかの実施態様において、該方法は、FTIの治療有効量を癌患者に投与することをさらに含む。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS5のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2とKIR2DS5の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はまた、KIR2DL2のキャリアではない。いくつかの実施態様において、対象はまた、KIR2DL5のキャリアではない。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2のキャリアであるが、KIR2DL2のキャリアではない。いくつかの他の実施態様において、対象はKIR2DS5のキャリアであるが、KIR2DL5のキャリアではない。
いくつかの実施態様において、FTI治療のために癌患者を選択する方法又は癌患者が本明細書に提供されるFTI治療に応答する可能性を予測する方法は、対象をHLAタイピングすること、及びFTIの治療有効量をHLA-C2のキャリアである対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS2とHLA-C2の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はKIR2DS5とHLA-C2の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象は、KIR2DS2、KIR2DS5、及びHLA-C2のキャリアである。いくつかの実施態様において、HLA-C2のキャリアである対象はHLA-C2/HLA-C2ホモ接合体である。いくつかの実施態様において、対象はHLA-C1/HLA-C2ヘテロ接合体である。
KIRタイピングの方法は当技術分野で周知である。KIRタイピングの例示的な方法は、WO 2012047985号; Lebedevaらの文献、Hum Immun., 68(9):789-96(2007); Gonzalezらの文献、Hum Immun., 70(10):858-63(2009); Yunらの文献、Blood(ASH Annual Meeting Abstracts) 106:Abstract 1407(2005)( Yunらの文献、Clin Immunol. 123(3):272-280(2007)も参照); Leungらの文献、J Immun. 174:6540-6545(2005); Dinauerらの文献、US 2008/0280289号(WO 2005/046459号の選択された部分;及びKIR Genotyping Product Brochure 2004も参照); Chenらの文献、WO 2009/051672号に開示されている。PCT/US2008/011671号; Trachtenbergらの文献、特許出願公開US 2008/0213787号(WO 2007/041067号も参照); Houtchensらの文献、Immunogenetics. 59(7):525-37(2007).; Gomez-Lozanoらの文献、Tissue Antigens 59(3):184-193(2002);及びShillingらの文献、J Immunol. 168:2307-2315(2002);米国特許第6,723,564号、第6,111,251号、第6,104,028号、第6,558,902号、第6,706,530号、第6,423,966号、第5,777,324号、第6,569,385号、第6,500,621号、第6,300,076号、及び第6,258,538号; Uhrbergらの文献、Immunity 7:753-763(1997); Gomez-Lozanoらの文献、Tissue Antigens 59:184-193(2002); Cookらの文献、Hum. Immunology 64:567-571(2003); Crumらの文献、Tissue Antigens 56:313-326(2000); Middletonらの文献、Transplant immunology 10:147-164(2002); Rossらの文献、Nature Biotech., 16:1347-1351(1998); Feiらの文献、Rapid Comm. Mass. Spec., 14:950-959(2000); Feiらの文献、NAR 26(11):2827-2828(1998); Amexisらの文献、PNAS 98(21) 12097-12102(2001); Liらの文献、Electrophoresis 20:1258-1265(1999); Buetowらの文献、PNAS 98(2) 581-584(2001); Stormらの文献、Methods in Mol. Biol., 212:241-262(2003); Parhamの文献、Immunology Lett. 92:11-13(2004);並びにMassARRAY(商標) Homogenous Mass EXTEND(商標)(hME)アッセイ、Sequenom(登録商標)のアプリケーションノート、会報#1021も参照されたく;これらの各々は、引用により完全に本明細書中に組み込まれる。
さらに、入手可能ないくつかのKIRジェノタイピングキットには、Inno-Trainの製品カタログ9/2005の「KIR-Ready Gene」; Miltenyi Biotecの製品カタログ2009の「KIRタイピングキット」; Invitrogenの製品カタログ11/2006の「KIRジェノタイピングSSPキット」;及びTepnel Lifecodesの製品カタログ6/2005の「KIRジェノタイピング」が含まれ、これらの製品カタログの各々は、引用により完全に本明細書中に組み込まれる。
本明細書に提供される方法は、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の任意の方法によって実施することができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、KIRタイピングによってFTIで対象の癌を治療する方法、又はKIRタイピングによってFTI治療のための癌患者を選択する方法であり、ここで、KIRタイピングは、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、免疫ブロッティングアッセイ、又は酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)によって実施される。いくつかの実施態様において、KIRタイピングはDNAマイクロアレイによって実施される。いくつかの実施態様において、KIRタイピングはELISAによって実施される。いくつかの実施態様において、KIRタイピングはシークエンシングによって実施される。いくつかの実施態様において、KIRタイピングは次世代シークエンシング(NGS)によって実施される。
いくつかの実施態様において、KIRタイピングはPCRによって実施することができる。いくつかの実施態様において、KIRタイピングは、配列特異的プライマー(SSP)を用いるPCRによって実施することができる。いくつかの実施態様において、SSPには、KIR2DL2、KIR2DL5、KIR2DS2、KIR2DS5、又はこれらの任意の組合せを増幅するために特異的であるものが含まれる。いくつかの実施態様において、KIRタイピングは、配列特異的オリゴヌクレオチドプローブ(SSOP)を用いるPCRによって実施することができる。いくつかの実施態様において、KIRタイピングは、配列に基づくタイピング(SBT)を用いるPCRによって実施することができる。いくつかの実施態様において、KIRタイピングはDNAマイクロアレイによって実施することができる。いくつかの実施態様において、KIRタイピングはMSによって実施することができる。いくつかの実施態様において、KIRタイピングはマトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間型(MALDI-TOF)質量分析によって実施することができる。当業者であれば理解しているように、KIRタイピングは、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の任意の方法によって実施することができる。
HLAタイピングの方法は当技術分野で周知である。最初、これらのアレルの同定のために最も広く利用されたDNAタイピング法は、制限断片長多型(RFLP)解析であった。制限断片長多型(PCR-RFLP)の他に、別のアプローチは、HLAアレルを区別するためのPCR増幅産物と配列特異的オリゴヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーション(PCR-SSO)であった(引用により完全に本明細書中に組み込まれる、Tiercyらの文献(1990) Blood Review 4: 9-15を参照)。この方法では、対象となるHLA座のPCR産物を産生し、その後、ニトロセルロース膜又はストリップにドットを打つことが必要になる。その後、各々の膜を配列特異的プローブとハイブリダイズさせ、洗浄し、その後、検出法に応じて、x線フィルムへの感光によるか又は比色アッセイによって解析する。PCR-SSP法と同様、プローブを様々なHLAアレルの原因となるアレル多型領域に対して作製する。各々の試料を、完全なクラスI及びIIタイピングのために、時を異にして少なくとも100〜200回ハイブリダイズさせ、プロービングしなければならない。PCR-SSOタイピングのためのハイブリダイゼーション法及び検出法は、非放射性標識プローブ、マイクロプレートフォーマットなどの使用を含む(例えば、Saikiらの文献(1989) Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 86: 6230-6234; Erlichらの文献(1991) Eur. J. Immunogenet. 18(1-2): 33-55; Kawasakiらの文献(1993) Methods Enzymol. 218:369-381を参照されたく;これらは全て、引用により完全に本明細書中に組み込まれる)。
配列特異的プライマー増幅を用いる分子タイピング法(PCR-SSP)が記載されている(Olerup及びZetterquistの文献(1992) Tissue Antigens 39: 225-235を参照)。このPCR-SSP法は、検出工程がはるかに単純なので、簡単、有用、かつ迅速である。PCR-SSPでは、アレル配列特異的プライマーが相補的鋳型アレルのみを増幅し、遺伝的多様性が高解像度で検出されるのを可能にする。この方法は、単に、増幅産物(「アンプリコン」と総称される)がPCR後に存在するかしないかということによるHLAタイプの決定を可能にする。PCR-SSPでは、増幅産物の検出は、通常、アガロースゲル電気泳動と、それに続く、ゲルの臭化エチジウム(EtBr)染色によって行われる。
別のHLAタイピング法は、SSCP−一本鎖高次構造多型(Single-Stranded Conformational Polymorphism)である。簡潔に説明すると、様々なHLA座の一本鎖PCR産物を非変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)で泳動させる。一本鎖は、その塩基対組成に基づいて固有の場所に移動する。既知の標準との比較により、タイピングを推定することができる。これを用いて、真のホモ接合性を決定することができる。
限定されないが、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、免疫ブロッティングアッセイ、又は酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)を含む、他のHLAタイピング法も本明細書に提供される方法で使用することができる。いくつかの実施態様において、シークエンシングはNGSであることができる。他の方法は、米国特許第6670124号、第5468611号、第8435740号、第8771951号、及び第20130267613号に記載されており;これらは引用により完全に本明細書中に組み込まれる。当技術分野で公知の他の様々なHLAタイピング法も本明細書に提供される方法で使用することができる。
例えば、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイをHLAタイピングに使用することができる。SNPアッセイは、HLA-Cの位置77並びにHLA-B及び-Aの位置83の多型に基づいて、異なるHLAをタイピングすることができる。SNPアッセイは、メーカーにより提供されているアレル識別アッセイプロトコルに従って、Applied Biosystems製のHT7900で実施することができる。アッセイ用のプライマーは、それらが特定のHLAタイプ(例えば、HLA-C)の全てのアレル及び対象となる多型領域を含むアンプリコンを増幅するように設計された。2つのプローブは、それらの間で1つのミスマッチを有するように設計された。各々のプローブは、ただ1つのアレルのグループに結合し、その5'末端で6FAM又はVIC蛍光色素のいずれかで標識された。プローブは、非蛍光クエンチャー(NFQ)(Applied Biosystems)とともに、Taqman(登録商標)マイナーグルーブ結合剤(MGB)も含んでいた。HLA-Cについて、フォワードプライマーは
Figure 0006630742
 であることができ、リバースプライマーは
Figure 0006630742
 であることができる。HLA-C1及びHLA-C2用に使用されるプローブは、それぞれ、
Figure 0006630742
 であることができる。各々のアッセイ反応混合物は、Applied Biosystems(USA)製の1×Taqmanジェノタイピングマスター混合物中に、250nMのプローブ濃度及び20ngのゲノムDNAを含むことができる。
いくつかの実施態様において、KIRタイピング又はHLAタイピングは、FTI治療のコンパニオン診断として実施される。該コンパニオン診断は、対象が治療される臨床現場で実施することができる。該コンパニオン診断は、対象が治療される臨床現場とは別の場所で実施することもできる。
いくつかの実施態様において、KIRタイピング又はHLAタイピングの方法は、対象由来の試料を取得することを含む。対象は癌患者であることができる。該試料は、全血試料、骨髄試料、部分精製血試料、PBMC、又は組織生検であることができる。いくつかの実施態様において、該試料は癌患者由来の骨髄試料である。いくつかの実施態様において、該試料は、癌患者由来のPBMCである。いくつかの実施態様において、該試料は濃縮されたNK細胞である。該NK細胞は、癌患者由来の骨髄、全血、又は部分精製血から濃縮することができる。いくつかの実施態様において、該NK細胞は、KIRタイピング前に、インビトロでさらに増殖させられる。
(3.2. KIR発現及びGZMM発現)
本明細書に提供されているように、対象由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの発現レベルは、対象がFTI治療に応答する可能性を示すものであることができる。そのKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高い癌患者は、FTI治療に応答する可能性がある。そのKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高い癌患者は、FTI治療に応答する可能性がある。そのGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高い癌患者は、FTI治療に応答する可能性がある。そのKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低い癌患者は、FTI治療に応答する可能性がある。そのKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低い癌患者は、FTI治療に応答する可能性がある。したがって、癌患者におけるこれらのバイオマーカーのうちの1つ又は複数の発現レベルを検出すること、及び上記の条件のうちの1つ又は複数を満たす癌患者を選択的に治療することは、FTI治療に対する癌患者の全応答率を増大させることができる。
いくつかの実施態様において、KIR2DL5の発現レベルは、KIR2DL5AとKIR2DL5Bの総発現レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5Aの発現レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5Bの発現レベルである。
さらに、本明細書に提供されるのは、特定のバイオマーカーの発現レベルの比を用いて、対象がFTI治療に応答する可能性を予測する方法である。例えば、高いKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比(「2DS2/2DL2比」)は、対象がFTI治療に応答する可能性があることを示すことができる。同様に、高いKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比(「2DS5/2DL5比」)は、対象がFTI治療に応答する可能性があることを示すことができる。したがって、癌患者におけるこれらのバイオマーカーの発現レベルを検出すること、及びその2DS2/2DL2比が参照比よりも高いか、もしくはその2DS5/2DL5比が参照比よりも高いか、又はその両方である癌患者を選択的に治療することは、FTI治療に対する癌患者の全応答率を増大させることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、FTIの治療有効量を対象に投与することにより、対象の癌を治療する方法であり、ここで、
(i)対象由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)対象由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)対象由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)対象由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;もしくは
(v)対象由来の試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高いか;又はこれらの任意の組合せである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、
(a)対象由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;又は
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い);並びに
(b)FTIの治療有効量を対象に投与すること
により、対象の癌を治療する方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、癌患者由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを決定することにより、FTI治療のために癌患者を選択する方法であり、ここで、
(i)対象由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)対象由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)対象由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)対象由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;もしくは
(v)対象由来の試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いか;又はこれらの任意の組合せである
場合、癌患者はFTI治療のために選択される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで:
(i)対象又は癌患者の試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高い(条件1);
(ii)対象又は癌患者の試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高い(条件2);
(iii)対象又は癌患者の試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低い(条件3);
(iv)対象又は癌患者の試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低い(条件4);及び
(v)対象又は癌患者の試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い(条件5)
という5つの条件のうちの1つが満たされる。
当業者であれば、上記の5つの条件のいずれか1つの達成は、対象がFTI治療に応答する可能性があることを示すことができるということを理解するであろう。したがって、各々の条件は、全応答率を増大させるために、独立に、FTI治療のための患者選択基準としての役割を果たすことができる。当業者であれば、単一の条件よりも選択的であり、かつより高い全応答率を潜在的に達成することができる2つ以上の条件の組合せもFTI治療のための患者選択基準としての役割を果たすことができるということも理解しているであろう。したがって、また本明細書に提供されるのは、上記の条件の任意の組合せ又は順列をFTI治療のための患者選択に用いる方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者は、上記の5つの条件のうちの2つ、例えば、条件1及び2、1及び3、1及び4、1及び5、2及び3、2及び4、2及び5、3及び4、3及び5、又は4及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件1及び2を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件1及び3を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件1及び4を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件1及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件2及び3を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件2及び4を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件2及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件3及び4を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件3及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は条件4及び5を満たす。例えば、いくつかの実施態様において、該方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象の試料におけるKIR2DS2の発現レベルは、KIR2DS2の参照発現レベルよりも高く、かつ対象の試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い。もう1つ例を挙げると、いくつかの実施態様において、該方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象の試料におけるKIR2DS5の発現レベルは、KIR2DS5の参照発現レベルよりも高く、かつ対象の試料におけるKIR2DL2の発現レベルは、KIR2DL2の参照発現レベルよりも低い。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者は、上記の5つの条件のうちの3つ、例えば、条件1、2及び3; 1、2及び4; 1、2及び5; 1、3及び4; 1、3及び5; 1、4及び5; 2、3及び4; 2、3及び5; 2、4及び5;又は3、4及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、2、及び3を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、2、及び4を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、2、及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、3、及び4を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、3、及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、4、及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件2、3、及び4を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件2、3、及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件2、4、及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件3、4、及び5を満たす。一例を挙げると、いくつかの他の実施態様において、該方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象の試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高く、対象の試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低く、かつ対象の試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者は、上記の5つの条件のうちの4つ、例えば、条件1、2、3及び4; 1、2、3及び5; 1、2、4及び5; 1、3、4及び5;又は2、3、4及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、2、3、及び4を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、2、3、及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、2、4、及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件1、3、4、及び5を満たす。いくつかの実施態様において、対象又は癌患者は、条件2、3、4、及び5を満たす。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者は、上記の5つの条件を全て満たす、すなわち、
(i)対象由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高く;
(ii)対象由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低く;
(iii)対象由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高く;
(iv)対象由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低く;かつ
(v)対象由来の試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い。
個々のバイオマーカーの発現レベルに加えて、2つのバイオマーカー間の発現レベルの比も、応答率を増大させるFTI治療のための患者選択の基準としての役割を果たすことができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、FTIの治療有効量を対象に投与することにより、対象の癌を治療する方法であり、ここで、
(i)対象由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比(2DS2/2DL2比)は参照2DS2/2DL2比よりも高いか;又は
(ii)試料由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比(2DS5/2DL5比)は参照2DS5/2DL5比よりも大きい。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2の発現レベル、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること(ここで、
(i)該試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも高いか;又は
(ii)該試料における2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも高い);並びにFTIの治療有効量を対象に投与すること
により、対象の癌を治療する方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、癌患者由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2の発現レベル、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること(ここで、
(i)該試料における2DS2/2DL2比が参照2DS2/2DL2比よりも高いか;又は
(ii)該試料における2DS5/2DL5比が参照2DS5/2DL5比よりも高い;
場合、癌患者はFTI治療のために選択される)並びにFTIの治療有効量を対象に投与することにより、FTI治療のために癌患者を選択する方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者由来の試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも大きい。いくつかの実施態様において、本発明の方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者由来の試料における2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも大きい。いくつかの実施態様において、本発明の方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者由来の試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも大きく、かつ対象又は癌患者由来の試料における2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも大きい。
いくつかの実施態様において、FTI治療のために癌患者を選択するための本明細書に提供される方法は、個々のバイオマーカーの発現レベルとバイオマーカー間の発現レベルの比の両方に基づくこともできる。いくつかの実施態様において、該方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者由来の試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも大きく、かつ対象又は癌患者はバイオマーカーの個々の発現レベルに関する上記の5つの条件のうちの少なくとも1つを満たす。いくつかの実施態様において、該方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者由来の試料における2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも大きく、かつ対象又は癌患者はバイオマーカーの個々の発現レベルに関する上記の5つの条件のうちの少なくとも1つを満たす。いくつかの実施態様において、該方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者由来の試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも大きく、対象又は癌患者由来の試料における2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも大きく、かつ対象又は癌患者はバイオマーカーの個々の発現レベルに関する上記の5つの条件のうちの少なくとも1つを満たす。
いくつかの実施態様において、KIR2DL5の発現レベルは、KIR2DL5AとKIR2DL5Bの総発現レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5Aの発現レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5Bの発現レベルである。したがって、いくつかの実施態様において、2DS5/2DL5比は、KIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5AとKIR2DL5Bの総発現レベルの比である。いくつかの実施態様において、2DS5/2DL5比は、KIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5Aの発現レベルの比である。いくつかの実施態様において、2DS5/2DL5比は、KIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5Bの発現レベルの比である。
再び繰り返すと、単一のバイオマーカーの発現レベルに基づいてFTI治療のために対象又は癌患者を選択するための5つの条件には、以下のものが含まれる:条件1:対象又は癌患者の試料におけるKIR2DS2の発現レベルは、KIR2DS2の参照発現レベルよりも高い。条件2:対象又は癌患者の試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高い;条件3:対象又は癌患者の試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低い;条件4:対象又は癌患者の試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低い;条件5:対象又は癌患者の試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い。これらの条件の任意の組合せ又は順列を、発現比(2DS2/2DL2比及び2DS2/2DL2比)に基づく基準のうちの一方又は両方のいずれかとさらに組み合わせてFTI治療のための患者選択の基準として使用することができる。
例えば、いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者由来の試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも大きく、かつ対象の試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い。いくつかの実施態様において、該方法は、対象をFTIの治療有効量で治療すること又はFTI治療のために癌患者を選択することを含み、ここで、対象又は癌患者由来の試料の2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも大きく、かつ対象の試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高い。当業者であれば、本発明の範囲がこれらの例示的な組合せに限定されるものではなく、本明細書に記載されるFTI治療のための患者選択の個々の基準の任意の組合せ又は順列を含むということを理解しているであろう。
本明細書に開示されているように、いくつかのNK細胞関連遺伝子のKIR遺伝子型、HLA遺伝子型、及び発現プロファイルを用いて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測することができる。したがって、本明細書に提供されるのは、FTI治療のために癌患者を選択する方法、又は患者をFTIで治療する方法であり、これらの方法は、最初に患者をKIRタイピングすること又は患者が治療に応答する可能性があるかどうかを評価するために、本明細書で同定されたバイオマーカーの発現プロファイルを決定することを含む。該方法は、患者をHLAタイピングすることをさらに含むことができる。当業者であれば、これらの方法をFTI治療のための患者選択基準として独立に用いることができることを理解しているであろう。さらに、該方法を他の患者層別化アプローチとの関連で用いて、FTI治療に対する患者集団の応答率をさらに増大させることもできる。例えば、いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、ras遺伝子の突然変異状況を決定すること、並びに患者が、以下でより詳細に記載されているような、特定のras突然変異、例えば、K-ras突然変異、N-ras突然変異、又はH-ras突然変異を有する場合、患者をFTI治療のために選択することをさらに含む。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、ras遺伝子の突然変異状況を決定すること、並びに患者が野生型K-ras及び野生型N-rasを有する場合、患者をFTI治療のために選択することをさらに含む。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、ras遺伝子の突然変異状況を決定すること、及び患者がH-ras突然変異を有する場合、患者をFTI治療のために選択することをさらに含む。他の実施態様において、本明細書に提供される方法は、RASGRP1とAPTXの2つの遺伝子比をFTI治療のためのさらなる患者選択基準として用いることをさらに含むことができる(引用により完全に本明細書中に組み込まれる、米国特許第7,932,036号)。本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の方法を用いて、ras遺伝子の突然変異状況又はRASGRP1もしくはAPTXなどの他のバイオマーカーの発現を決定することができる。いくつかの実施態様において、H-rasなどのras遺伝子の突然変異状況は、NGSによって決定することができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、バイオマーカーの発現レベルを決定することを含む。いくつかの実施態様において、バイオマーカーの発現レベルは、バイオマーカーのタンパク質レベルであることができる。いくつかの実施態様において、バイオマーカーの発現レベルは、バイオマーカーのRNAレベルであることができる。遺伝子のタンパク質レベル又はRNAレベルを決定するための本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の任意の方法を本発明のバイオマーカーの発現レベルを決定するために使用することができる。
mRNAレベルを検出又は定量する例示的な方法としては、PCRベースの方法、ノーザンブロット、リボヌクレアーゼ保護アッセイなどが挙げられるが、これらに限定されない。mRNA配列(例えば、CRBNもしくはCAPなどのバイオマーカーのmRNA、又はその断片)を用いて、少なくとも部分的に相補的であるプローブを調製することができる。その後、プローブを用いて、例えば、PCRベースの方法、ノーザンブロッティング、ディップスティックアッセイなどの任意の好適なアッセイを用いて、試料中のmRNA配列を検出することができる。
試料中のmRNA発現の定量のための一般に使用される当技術分野で公知の方法としては、ノーザンブロッティング及びインサイチュハイブリダイゼーション(Parker及びBarnesの文献、Methods in Molecular Biology 106:247-283(1999)); RNアーゼ保護アッセイ(Hodの文献、Biotechniques 13:852-854(1992));並びにポリメラーゼ連鎖反応(PCR)(Weisらの文献、Trends in Genetics 8:263-264(1992))が挙げられる。或いは、DNA二重鎖、RNA二重鎖、及びDNA-RNAハイブリッド二重鎖又はDNA-タンパク質二重鎖を含む、特異的な二重鎖を認識することができる抗体を利用してもよい。シークエンシングに基づく遺伝子発現解析の代表的な方法としては、遺伝子発現連続解析(SAGE)、及び大量並列シグナチャーシークエンシング(MPSS)による遺伝子発現解析が挙げられる。
感度が高くかつ柔軟性のある定量法はPCRである。PCR法の例は、文献中に見出すことができる。PCRアッセイの例は、引用により完全に本明細書中に組み込まれる米国特許第6,927,024号に見出すことができる。RT-PCR法の例は、引用により完全に本明細書中に組み込まれる米国特許第7,122,799号に見出すことができる。蛍光インサイチュPCRの方法は、引用により完全に本明細書中に組み込まれる米国特許第7,186,507号に記載されている。
しかしながら、他の核酸増幅プロトコル(すなわち、PCR以外のもの)も本明細書に記載される核酸分析法で使用し得ることに留意されたい。例えば、好適な増幅方法としては、リガーゼ連鎖反応(例えば、Wu及びWallaceの文献、Genomics 4:560-569, 1988を参照);鎖置換アッセイ(例えば、Walkerらの文献、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:392-396, 1992; 米国特許第5,455,166号を参照);並びに米国特許第5,437,990号;第5,409,818号;及び第5,399,491号に記載されている方法を含む、いくつかの転写ベースの増幅系;転写増幅系(TAS)(Kwohらの文献、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173-1177, 1989);並びに自己持続型配列複製(3SR)(Guatelliらの文献、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 1874-1878, 1990; WO 92/08800号)が挙げられる。或いは、プローブを検出可能なレベルに増幅する方法を使用することができ、これには、例えば、Q-レプリカーゼ増幅がある(Kramer及びLizardiの文献、Nature 339:401-402, 1989; Lomeliらの文献、Clin. Chem. 35: 1826-1831, 1989)。既知の増幅方法の概説は、例えば、Abramson及びMyersにより、Current Opinion in Biotechnology 4:41-47(1993)に提供されている。
mRNAは、出発組織試料から単離してもよい。一般的なmRNA抽出の方法は当技術分野で周知であり、Ausubelらの文献、分子生物学の最新プロトコル(Current Protocols of Molecular Biology)、John Wiley and Sons(1997)を含む、分子生物学の標準的な教科書に開示されている。特に、RNA単離は、メーカーの指示に従って、Qiagenなどの商業的メーカー製の精製キット、バッファーセット、及びプロテアーゼを用いて実施することができる。例えば、培養下の細胞由来の全RNAは、Qiagen RNeasyミニカラムを用いて単離することができる。他の市販のRNA単離キットとしては、MASTERPURE(登録商標)コンプリートDNA及びRNA精製キット(EPICENTRE(登録商標), Madison, Wis.)、及びパラフィンブロックRNA単離キット(Ambion社)が挙げられる。組織試料由来の全RNAは、RNA Stat-60(Tel-Test)を用いて単離することができる。腫瘍から調製されるRNAは、例えば、塩化セシウム密度勾配遠心分離によって単離することができる。
いくつかの実施態様において、PCRによる遺伝子発現プロファイリングの第一工程は、RNA鋳型からcDNAへの逆転写であり、PCR反応におけるその指数関数的増幅がそれに続く。他の実施態様において、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)反応の組合せを、例えば、米国特許第5,310,652号;第5,322,770号;第5,561,058号;第5,641,864号;及び第5,693,517号に記載されている通りに使用することができる。一般的に使用される2つの逆転写酵素は、トリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素(AMV-RT)とモロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素(MMLV-RT)である。逆転写工程は、通常、発現プロファイリングの状況及び目的に応じて、特異的プライマー、ランダムヘキサマー、又はオリゴ-dTプライマーを用いてプライミングされる。例えば、抽出されたRNAを、メーカーの指示に従って、GENEAMP(商標) RNA PCRキット(Perkin Elmer, Calif, USA)を用いて逆転写することができる。その後、得られたcDNAを次のPCR反応における鋳型として使用することができる。
いくつかの実施態様において、リアルタイム逆転写-PCR(qRT-PCR)をRNA標的の検出と定量の両方に使用することができる(Bustinらの文献、2005, Clin. Sci., 109:365-379)。qRT-PCRベースの方法の例は、例えば、引用により完全に本明細書中に組み込まれる米国特許第7,101,663号に見出すことができる。Applied Biosystems 7500などのリアルタイムPCR用の機器は市販されており、TaqMan Sequence Detectionケミストリーなどの試薬も同様である。
例えば、TaqMan(登録商標)遺伝子発現アッセイをメーカーの指示に従って使用することができる。これらのキットは、ヒト、マウス、及びラットmRNA転写産物の迅速で信頼性のある検出及び定量のための予備調剤された遺伝子発現アッセイである。米国特許第5,210,015号;第5,487,972号;及び第5,804,375号;並びにHollandらの文献、1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7276-7280に記載されているようなTaqMan(登録商標)又は5'-ヌクレアーゼアッセイを使用することができる。TAQMAN(登録商標) PCRは、通常、Taq又はTthポリメラーゼの5'-ヌクレアーゼ活性を利用して、その標的アンプリコンに結合したハイブリダイゼーションプローブを加水分解するが、同等の5'ヌクレアーゼ活性を有する任意の酵素を使用することができる。2つのオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、PCR反応に特有のアンプリコンを生成させる。第三のオリゴヌクレオチド、又はプローブを、2つのPCRプライマーの間にあるヌクレオチド配列を検出するために設計する。プローブは、Taq DNAポリメラーゼ酵素によって伸長可能ではなく、レポーター蛍光色素及びクエンチャー蛍光色素で標識される。レポーター色素からのレーザー誘導放出はいずれも、2つの色素がプローブ上にあるときに互いに近くにある場合、クエンチング色素によってクエンチングされる。増幅反応中、Taq DNAポリメラーゼ酵素は鋳型依存的な形でプローブを切断する。得られたプローブ断片は溶液中で解離し、放出されたレポーター色素からのシグナルは、第二のフルオロフォアのクエンチング効果の影響を受けない。新しい分子が合成されるごとに1分子のレポーター色素が遊離し、クエンチングされなかったレポーター色素の検出によってデータの定量的解釈の基礎が提供される。
分解産物を検出するのに好適な任意の方法を5'ヌクレアーゼアッセイで使用することができる。多くの場合、検出プローブを2つの蛍光色素で標識し、そのうちの一方は、もう一方の色素の蛍光をクエンチングすることができる。プローブがハイブリダイズしていない状態にあるときにクエンチングが起こるように、及びDNAポリメラーゼの5'から3'へのエキソヌクレアーゼ活性によるプローブの切断が2つの色素の間で起こるように、色素をプローブに付着させる、好ましくは、一方を5'末端に付着させ、もう一方を内部部位に付着させる。
増幅は、色素と色素の間にあるプローブの切断をもたらし、クエンチングの消失と最初にクエンチングされた色素からの観測可能な蛍光の増加を同時に伴う。分解産物の蓄積は、反応蛍光の増加を測定することによりモニタリングされる。どちらも引用により本明細書中に組み込まれる米国特許第5,491,063号及び第5,571,673号は、増幅と同時に起こるプローブの分解を検出するための別の方法を記載している。5'-ヌクレアーゼアッセイデータは、頭文字でCt、すなわち、閾値サイクルとして表すことができる。上で論じられているように、蛍光値は全てのサイクルにおいて記録され、増幅反応でその時点まで増幅された産物の量を表す。蛍光シグナルが統計的に有意なものとして最初に記録される時点が閾値サイクル(Ct)である。
誤差と試料間のばらつきの効果とを最小化するために、PCRは、通常、内部標準を用いて実施される。理想的な内部標準は異なる組織間で一定のレベルで発現しており、実験的処理による影響を受けない。遺伝子発現のパターンを標準化するために最も頻繁に使用されるRNAは、ハウスキーピング遺伝子のグリセルアルデヒド-3-リン酸-デヒドロゲナーゼ(GAPDH)及びP-アクチンのmRNAである。
PCRプライマー及びプローブは、増幅されることになる遺伝子中に存在するイントロン配列に基づいて設計される。この実施態様において、プライマー/プローブ設計の第一の工程は、遺伝子内のイントロン配列の描写である。これは、Kent, W.(Genome Res. 12(4):656-64(2002))によって開発されたDNA BLATソフトウェアなどの、公開されているソフトウェアによるか、又はそのバリエーションを含むBLASTソフトウェアによって行うことができる。後続の工程は、十分に特徴付けられているPCRプライマー及びプローブ設計の方法に従う。
非特異的シグナルを回避するために、プライマー及びプローブを設計するときに、イントロン内の反復配列をマスクすることが重要となり得る。これは、反復エレメントのライブラリーに対してDNA配列をスクリーニングし、反復エレメントがマスクされているクエリー配列を返す、ベイラー医科大学(Baylor College of Medicine)からオンラインで利用可能なRepeat Maskerプログラムを使用することにより容易に達成することができる。その後、マスクされたイントロン配列を用いて、任意の市販されているか又はそうでなければ公開されているプライマー/プローブ設計パッケージ、例えば、Primer Express(Applied Biosystems); MGBアッセイ・バイ・デザイン(assay-by-design)(Applied Biosystems); Primer3(Rozen及びSkaletskyの文献(2000)、一般ユーザー向け及び生物学者プログラマー向けのWWW上のPrimer3(Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers): Krawetz S, Misener S(編)、バイオインフォマティクスの方法及びプロトコル:分子生物学の方法(Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology)、Humana Press, Totowa, N.J., pp 365-386)を用いて、プライマー及びプローブ配列を設計することができる。
PCRプライマー設計で考慮される因子としては、プライマー長、融解温度(Tm)、及びG/C含有量、特異性、相補的プライマー配列、並びに3'末端配列が挙げられる。一般に、最適なPCRプライマーは、通常、17〜30塩基長であり、約20〜80％、例えば、約50〜60％などのG＋C塩基を含む。50〜80℃、例えば、約50〜70℃のTmが通常好ましい。PCRプライマー及びプローブ設計のさらなる指針については、例えば、その開示全体が引用により本明細書に明示的に組み込まれる、Dieffenbachらの文献、「PCRプライマー設計に関する一般的概念(General Concepts for PCR Primer Design)」: PCRプライマー、実験マニュアル(PCR Primer, A Laboratory Manual)、Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1995, pp. 133-155; Innis及びGelfandの文献、「PCRの最適化(Optimization of PCRs)」: PCRプロトコル、方法及び応用の手引書(PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications)、CRC Press, London, 1994, pp. 5-11;並びにPlasterer, T. N.の文献、プライマー選択:プライマー及びプローブ設計(Primerselect: Primer and Probe design)、Methods Mol. Biol. 70:520-527(1997)を参照されたい。
例示的なPCRプログラムは、例えば、50℃で2分間、95℃で10分間の後、95℃で15秒間、60℃で1分間を40サイクルである。特定のアンプリコンの蓄積と関連する蛍光シグナルが閾値(CTと呼ばれる)を超えるサイクル数を決定するために、データを、例えば、7500 Real-Time PCR System Sequence Detectionソフトウェアv1.3を用いて、比較CT相対定量計算法を用いて解析することができる。この方法を用いると、出力は、発現レベルの変化倍率として表される。いくつかの実施態様において、閾値レベルは、ソフトウェアによって自動的に決定されるように選択することができる。いくつかの実施態様において、閾値レベルは、ベースラインを超えるが、増幅曲線の指数関数的増殖領域内にあるように十分に低く設定される。
全トランスクリプトームショットガンシークエンシング(WTSS)とも呼ばれるRNA-Seqは、試料のRNA含有量に関する情報を取得するために、ハイスループットシークエンシング技術を用いてcDNAをシークエンシングすることを指す。RNA-Seqを記載している刊行物としては: Wangらの文献、Nature Reviews Genetics 10(1): 57-63(2009年1月); Ryanらの文献、BioTechniques 45(1): 81-94(2008);及びMaherらの文献、Nature 458(7234): 97-101(2009年1月)が挙げられ;これらは完全に本明細書中に組み込まれる。
示差遺伝子発現は、マイクロアレイ技法を用いて特定又は確認することもできる。この方法では、対象となるポリヌクレオチド配列(cDNA及びオリゴヌクレオチドを含む)をマイクロチップ基板にプレーティング又はアレイ化する。その後、アレイ化された配列を対象となる細胞又は組織由来の特異的DNAプローブとハイブリダイズさせる。
マイクロアレイ技法の一実施態様において、cDNAクローンのPCR増幅インサートを高密度アレイ中の基板に適用する。好ましくは、少なくとも10,000のヌクレオチド配列を基板に適用する。各々10,000エレメントでマイクロチップ上に固定されたマイクロアレイ化遺伝子は、ストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーションに好適である。蛍光標識cDNAプローブは、対象となる組織から抽出されたRNAの逆転写による蛍光ヌクレオチドの取込みによって作製することができる。チップに適用された標識cDNAプローブは、アレイ上のDNAの各スポットに特異性を伴ってハイブリダイズする。非特異的に結合したプローブを除去するためのストリンジェントな洗浄の後、共焦点レーザー顕微鏡法によるか、又はCCDカメラなどの別の検出方法によって、チップをスキャンする。各々のアレイ化エレメントのハイブリダイゼーションの定量により、対応するmRNA存在量の評価が可能になる。二色蛍光の場合、2つのRNA供給源から作製された別々に標識されたcDNAプローブをペアとしてアレイにハイブリダイズさせる。各々の特定の遺伝子に対応する2つの供給源からの転写産物の相対存在量をこのように同時に決定する。ハイブリダイゼーションのスケールの小型化により、多数の遺伝子の発現パターンの簡便かつ迅速な評価が得られる。そのような方法は、1細胞当たり数コピーで発現される稀少な転写産物を検出するために、及び発現レベルの少なくとも約2倍の差異を再現性よく検出するために必要とされる感度を有することが示されている(Schenaらの文献、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2): 106-149(1996))。マイクロアレイ解析は、メーカーのプロトコルに従って、例えば、Affymetrix GENCHIP(商標)技術、又はIncyteのマイクロアレイ技術を使用することにより、市販の装置によって実施することができる。
遺伝子発現連続解析(SAGE)は、各々の転写産物のための個々のハイブリダイゼーションプローブを提供する必要なく、多数の遺伝子転写産物の同時的かつ定量的解析を可能にする方法である。まず、タグが各々の転写産物内の固有の位置から得られることを条件として、転写産物を一意的に同定するのに十分な情報を含む短い配列タグ(約10〜14bp)を作製する。その後、多くの転写産物を1つに連結させて、長い連続分子を形成させ、シークエンシングして、複数のタグの正体を同時に明らかにすることができる。転写産物の任意の集団の発現パターンは、個々のタグの存在量を決定し、各々のタグに対応する遺伝子を同定することにより定量的に評価することができる。さらなる詳細については、例えば、Velculescuらの文献、Science 270:484-487(1995);及びVelculescuらの文献、Cell 88:243-51(1997)を参照されたい。
MassARRAY(Sequenom, San Diego, Calif.)技術は、検出のために質量分析(MS)を用いる自動化されたハイスループットな遺伝子発現解析法である。この方法に従って、RNAの単離、逆転写、及びPCR増幅の後、cDNAをプライマー伸長に供する。cDNAから得られたプライマー伸長産物を精製し、MALTI-TOF MS試料調製に必要とされる成分が予め充填されているチップアレイに分配する。得られた質量スペクトルのピーク面積を解析することにより、反応液中に存在する様々なcDNAを定量する。
mRNAレベルは、ハイブリダイゼーションに基づくアッセイによって測定することもできる。典型的なmRNAアッセイ方法は、1)表面に結合した対象プローブを得る工程; 2)特異的結合を提供するのに十分な条件下での、該表面に結合したプローブへのmRNAの集団のハイブリダイゼーションの工程、(3)ハイブリダイゼーションで結合しなかった核酸を除去するためのハイブリダイゼーション後の洗浄の工程;及び(4)ハイブリダイズしたmRNAの検出の工程を含むことができる。これらの工程の各々で使用される試薬及びその使用条件は、特定の用途によって異なり得る。
任意の好適なアッセイプラットフォームを用いて、試料中のmRNAレベルを決定することができる。例えば、アッセイは、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、試験ストリップ、フィルター、マイクロスフェア、スライド、マルチウェルプレート、又は光ファイバーの形態であることができる。アッセイ系は、mRNAに対応する核酸を付着させる固体支持体を有することができる。該固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、キャピラリー、フィルム、プレート、又はスライドを有することができる。アッセイの構成要素を準備し、mRNAを検出するためのキットとして一緒に包装することができる。
望ましい場合、核酸を標識して、標識mRNAの集団を作製することができる。一般に、試料は、当技術分野で周知である方法(例えば、DNAリガーゼ、末端トランスフェラーゼを用いるもの、又はRNA骨格を標識することによるものなど;例えば、Ausubelらの文献、分子生物学のショートプロトコル(Short Protocols in Molecular Biology)、第3版、Wiley & Sons 1995、及びSambrookらの文献、分子クローニング:実験マニュアル(Molecular Cloning: A Laboratory Manual)、第3版, 2001 Cold Spring Harbor, N.Y.を参照)を用いて標識することができる。いくつかの実施態様において、試料を蛍光標識で標識する。例示的な蛍光色素としては、キサンテン色素、フルオレセイン色素、ローダミン色素、フルオレセインイソチオシアネート(FITC)、6カルボキシフルオレセイン(FAM)、6カルボキシ-2',4',7',4,7-ヘキサクロロフルオレセイン(HEX)、6カルボキシ4',5'ジクロロ2',7'ジメトキシフルオレセイン(JOE又はJ)、N,N,N',N'テトラメチル6カルボキシローダミン(TAMRA又はT)、6カルボキシXローダミン(ROX又はR)、5カルボキシローダミン6G(R6G5又はG5)、6カルボキシローダミン6G(R6G6又はG6)、及びローダミン110;シアニン色素、例えば、Cy3、Cy5、及びCy7色素; Alexa色素、例えば、Alexa-fluor-555;クマリン、ジエチルアミノクマリン、ウンベリフェロン;ベンズイミド色素、例えば、Hoechst 33258;フェナントリジン色素、例えば、Texas Red;エチジウム色素;アクリジン色素;カルバゾール色素;フェノキサジン色素;ポルフィリン色素;ポリメチン色素、BODIPY色素、キノリン色素、ピレン、フルオレセインクロロトリアジニル、R110、エオシン、JOE、R6G、テトラメチルローダミン、リサミン、ROX、ナフトフルオレセインなどが挙げられるが、これらに限定されない。
ハイブリダイゼーションは、好適なハイブリダイゼーション条件下で行なうことができ、該条件は、望ましい場合、ストリンジェンシーが異なっていてもよい。相補的結合メンバーの間で、すなわち、表面に結合した対象プローブと試料中の相補的mRNAとの間で、固体表面上にプローブ/標的複合体を生じさせるには、通常の条件で十分である。ある実施態様において、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を利用することができる。
ハイブリダイゼーションは、通常、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で行なわれる。標準的なハイブリダイゼーション技法(例えば、プローブに対する試料中の標的mRNAの特異的結合を提供するのに十分な条件下にあるもの)は、Kallioniemiらの文献、Science 258:818-821(1992)、及びWO 93/18186号に記載されている。一般的技法のいくつかの手引書が入手可能であり、例えば、Tijssenの文献、核酸プローブによるハイブリダイゼーション(Hybridization with Nucleic Acid Probes)、第I部及び第II部(Elsevier, Amsterdam 1993)がある。インサイチュハイブリダイゼーションに好適な技法の説明については、Gallらの文献、Meth. Enzymol., 21:470-480(1981);及びAngererらの文献、遺伝子工学:原理及び方法(Genetic Engineering: Principles and Methods)(Setlow及びHollaender編)、第7巻、43-65頁(Plenum Press、New York 1985)を参照されたい。温度、塩濃度、ポリヌクレオチド濃度、ハイブリダイゼーション時間、洗浄条件のストリンジェンシーなどを含む適切な条件の選択は、試料の供給源、捕捉剤の実体、予想される相補性の程度などを含む実験設計によって決まり、当業者にとってのルーチンの実験の問題として決定され得る。当業者は、別の、しかし、同程度のハイブリダイゼーション条件及び洗浄条件を用いて、同様のストリンジェンシーの条件を提供することができることを容易に認識するであろう。
mRNAハイブリダイゼーション手順の後に、通常、表面に結合したポリヌクレオチドを洗浄して、未結合の核酸を除去する。洗浄は、任意の好都合な洗浄プロトコルを用いて行なうことができ、その場合、洗浄条件は通常、上記のように、ストリンジェントである。その後、プローブに対する標的mRNAのハイブリダイゼーションを、標準的な技法を用いて検出する。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の手法のうちの1つを用いて、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される1以上のバイオマーカーのmRNAレベルを決定することを含む。一実施態様において、該方法は、対象の試料由来のKIR2DS2 mRNAレベルを決定することを含む。一実施態様において、該方法は、対象の試料由来のKIR2DL2 mRNAレベルを決定することを含む。一実施態様において、該方法は、対象の試料由来のKIR2DS5 mRNAレベルを決定することを含む。一実施態様において、該方法は、対象の試料由来のKIR2DL5 mRNAレベルを決定することを含む。一実施態様において、該方法は、対象の試料由来のGZMM mRNAレベルを決定することを含む。
いくつかの実施態様において、KIR2DL5のmRNAレベルは、KIR2DL5AとKIR2DL5Bの総mRNAレベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5のmRNAレベルはKIR2DL5AのmRNAレベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5のmRNAレベルはKIR2DL5BのmRNAレベルである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーのうちの2つ又はそれより多くのmRNAレベルを決定することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、これらのバイオマーカーのうちの3つ又はそれより多くのmRNAレベルを決定することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、これらのバイオマーカーのうちの4つ又はそれより多くのmRNAレベルを決定することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、これらのバイオマーカーのうちの5つ全てのmRNAレベルを決定することを含む。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象又は癌患者由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2のmRNAレベルを決定すること、並びにKIR2DS2のmRNAレベルとKIR2DL2のmRNAレベルの比(2DS2/2DL2 mRNA比)を計算することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象又は癌患者由来の試料におけるKIR2DS5及びKIR2DL5のmRNAレベルを決定すること、並びにKIR2DS5のmRNAレベルとKIR2DL5のmRNAレベルの比(2DS5/2DL5 mRNA比)を計算することをさらに含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象又は癌患者由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2のmRNAレベル、並びに対象又は癌患者由来の試料におけるKIR2DS5及びKIR2DL5のmRNAレベルを決定すること、並びに2DS2/2DL2 mRNA比と2DS5/2DL5 mRNA比の両方を計算することをさらに含む。
いくつかの実施態様において、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される1以上のバイオマーカーのmRNAレベルは、qPCR、RT-PCR、RNA-seq、マイクロアレイ解析、SAGE、MassARRAY法、又はFISHによって決定される。いくつかの実施態様において、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーのうちの1つ又は複数のmRNAレベルは、qPCR又はRT-PCRによって決定される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される1以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。該バイオマーカーのタンパク質レベルは、種々の免疫組織化学(IHC)手法又は他の免疫アッセイ法によって検出することができる。
組織切片のIHC染色は、試料中のタンパク質の存在を評価又は検出する信頼性のある方法であることが示されている。免疫組織化学技法は、抗体を用いて、通常は発色法又は蛍光法によって、細胞抗原をインサイチュでプロービング及び可視化する。したがって、各々のマーカーに特異的な抗体又は抗血清、好ましくは、ポリクローナル抗血清、最も好ましくは、モノクローナル抗体を用いて発現を検出する。以下でさらに詳細に論じられるように、抗体は、例えば、放射性標識、蛍光標識、ハプテン標識、例えば、ビオチン、又は酵素(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼ)による抗体自体の直接的な標識によって検出することができる。或いは、非標識一次抗体を、一次抗体に特異的な抗血清、ポリクローナル抗血清、又はモノクローナル抗体を含む、標識二次抗体とともに使用する。免疫組織化学プロトコル及びキットは当技術分野で周知であり、かつ市販されている。スライド調製及びIHC処理の自動システムは市販されている。Ventana(登録商標) BenchMark XTシステムは、そのような自動システムの一例である。
標準的な免疫学的手順及び免疫アッセイ手順は、基礎免疫学及び臨床免疫学(Basic and Clinical Immunology)(Stites及びTerr編、第7版、1991)に見出すことができる。さらに、免疫アッセイは、酵素免疫アッセイ(Enzyme Immunoassay)(Maggio編、1980);並びにHarlow及びLaneの文献(上記)で広範に概説されているいくつかの構成のうちのいずれかで実施することができる。一般的な免疫アッセイの概説については、細胞生物学における方法:細胞生物学における抗体(Methods in Cell Biology: Antibodies in Cell Biology)、第37巻(Asai編、1993);基礎免疫学及び臨床免疫学(Basic and Clinical Immunology)(Stites及びTen編、第7版、1991)も参照されたい。
バイオマーカーのタンパク質レベルを検出するための一般に使用されるアッセイには、非競合的アッセイ、例えば、サンドイッチアッセイ、及び競合的アッセイが含まれる。通常、ELISAアッセイなどのアッセイを使用することができる。例えば、血液、血漿、血清、又は骨髄を含む、多種多様な組織及び試料をアッセイするためのELISAアッセイが当技術分野で公知である。
そのようなアッセイ形式を用いる広範な免疫アッセイ技法が利用可能であり、例えば、引用により完全に本明細書中に組み込まれる、米国特許第4,016,043号、第4,424,279号、及び第4,018,653号を参照されたい。これらは、非競合型の単一部位アッセイと二部位アッセイの両方又は「サンドイッチ」アッセイ及び従来的な競合的結合アッセイを含む。これらのアッセイは、標的バイオマーカーに対する標識抗体の直接的な結合も含む。サンドイッチアッセイは一般的に使用されるアッセイである。サンドイッチアッセイ技法のいくつかのバリエーションが存在する。例えば、典型的な前向きアッセイでは、非標識抗体を固体基板上に固定し、試験すべき試料をその結合分子と接触させる。抗体-抗原複合体の形成を可能にするのに十分な期間にわたる好適なインキュベーション期間の後、検出可能なシグナルを産生することができるレポーター分子で標識された、抗原に特異的な第二の抗体を添加し、別の抗体-抗原-標識抗体複合体の形成に十分な時間を考慮して、インキュベートする。全ての未反応材料を洗い流し、抗原の存在を、レポーター分子によって産生されるシグナルの観察により測定する。結果は、可視シグナルの単純な観察による定性的なものであってもよく、又は既知の量のバイオマーカーを含む対照試料と比較することにより定量されるものであってもよい。
前向きアッセイのバリエーションには、試料と標識抗体の両方が同時に結合抗体に添加される同時アッセイが含まれる。これらの技法は当業者に周知であり、これには、見てすぐに分かる任意のマイナーなバリエーションが含まれる。典型的な前向きサンドイッチアッセイでは、バイオマーカーに対する特異性を有する第一の抗体を共有結合的にか又は受動的にかのいずれかで固体表面に結合させる。固体表面はガラスであっても、ポリマーであってもよく、最も一般的に使用されるポリマーは、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、又はポリプロピレンである。固体支持体は、チューブ、ビーズ、マイクロプレートのディスク、又は免疫アッセイを実施するのに好適な任意の他の表面の形態のものであってもよい。結合プロセスは当技術分野で周知であり、かつ通常、架橋、共有結合、又は物理的吸着からなり、ポリマー-抗体複合体を試験試料に備えて洗浄する。その後、試験すべき試料のアリコートを固相複合体に添加し、抗体中に存在する任意のサブユニットの結合を可能にするのに十分な期間(例えば、2〜40分、又はより好都合な場合、一晩)及び好適な条件下(例えば、室温〜40℃、例えば、25℃〜32℃(25℃と32℃を含む))でインキュベートする。インキュベーション期間の後、抗体サブユニット固相を洗浄し、乾燥させ、バイオマーカーの部分に特異的な第二の抗体とともにインキュベートする。第二の抗体は、第二の抗体と分子マーカーとの結合を示すために使用されるレポーター分子に連結されている。
いくつかの実施態様において、フローサイトメトリー(FACS)を用いて、バイオマーカーのタンパク質レベルを検出することができる。表面タンパク質(例えば、KIR)は、特異的なバイオマーカーに対する抗体を用いて検出することができる。フローサイトメーターは、バイオマーカーの発現レベルを示す蛍光色素タグ化抗体の強度を検出及び報告する。非蛍光性の細胞質タンパク質も、透過処理した細胞を染色することにより観察することができる。染色剤は、特定の分子に結合することができる蛍光化合物、又は選択された分子に結合する蛍光色素タグ化抗体のいずれかであることができる。
代替法は、試料中の標的バイオマーカーを固定し、その後、固定された標的を特異的抗体に曝露させることを含み、該抗体は、レポーター分子で標識されていても、標識されていなくてもよい。標的の量及びレポーター分子シグナルの強度によっては、結合した標的が抗体による直接的な標識によって検出可能となる場合がある。或いは、第一の抗体に特異的な第二の標識抗体を標的-第一の抗体の複合体に曝露させて、標的-第一の抗体-第二の抗体の三成分複合体を形成させる。該複合体は、標識されたレポーター分子によって放出されるシグナルによって検出される。
酵素免疫アッセイの場合、酵素は、通常、グルタルアルデヒド又は過ヨウ素酸塩によって、第二の抗体にコンジュゲートされる。しかしながら、容易に認識されるように、当業者にすぐに利用可能である、多種多様な異なるコンジュゲーション技法が存在する。一般的に使用される酵素としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、β-ガラクトシダーゼ、及びアルカリホスファターゼが挙げられ、その他のものは、本明細書で論じられている。特定の酵素とともに使用される基質は、通常、対応する酵素によって加水分解されたときの、検出可能な色の変化の生成が理由で選ばれる。好適な酵素の例としては、アルカリホスファターゼ及びペルオキシダーゼが挙げられる。上で述べられた発色基質ではなく、蛍光産物を産出する蛍光基質を利用することも可能である。いかなる場合でも、酵素標識抗体を第一の抗体-分子マーカー複合体に添加し、結合させておき、その後、余分な試薬を洗い流す。その後、適当な基質を含む溶液を抗体-抗原-抗体の複合体に添加する。基質は、第二の抗体に連結された酵素と反応して、定性的な視覚的シグナルを生じ、これを、通常は分光学的に、さらに定量して、試料中に存在していたバイオマーカーの量を示すことができる。或いは、蛍光化合物、例えば、フルオレセイン及びローダミンを、その結合能力を変化させることなく、抗体に化学的にカップリングさせることができる。特定の波長の光による照射によって活性化されると、蛍光色素標識抗体は光エネルギーを吸着し、状態を分子の興奮状態に誘導し、その後、光学顕微鏡で視覚的に検出可能な特徴的な色で光が放出される。EIAと同様に、蛍光標識抗体を第一の抗体-分子マーカー複合体に結合させておく。結合しなかった試薬を洗い落とした後、残りの三成分複合体を適当な波長の光に曝露させ、観察される蛍光は、対象となる分子マーカーの存在を示す。免疫蛍光技法とEIA技法はどちらも当技術分野で非常によく確立されており、本明細書で論じられている。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の手法のうちの1つを用いて、対象又は癌患者由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される1以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。一実施態様において、該方法は、対象又は癌患者の試料由来のKIR2DS2タンパク質レベルを決定することを含む。一実施態様において、本発明の方法は、対象又は癌患者の試料由来のKIR2DL2タンパク質レベルを決定することを含む。一実施態様において、該方法は、対象又は癌患者の試料由来のKIR2DS5タンパク質レベルを決定することを含む。一実施態様において、該方法は、対象又は癌患者の試料由来のKIR2DL5タンパク質レベルを決定することを含む。一実施態様において、該方法は、対象又は癌患者の試料由来のGZMMタンパク質レベルを決定することを含む。
いくつかの実施態様において、KIR2DL5のタンパク質レベルは、KIR2DL5AとKIR2DL5Bの総タンパク質レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5のタンパク質レベルはKIR2DL5Aのタンパク質レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5のタンパク質レベルはKIR2DL5Bのタンパク質レベルである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、これらのバイオマーカーのうちの2つ又はそれより多くのタンパク質レベルを決定することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、これらのバイオマーカーのうちの3つ又はそれより多くのタンパク質レベルを決定することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、これらのバイオマーカーのうちの4つ又はそれより多くのタンパク質レベルを決定することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、これらのバイオマーカーのうちの5つのタンパク質レベルを決定することを含む。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象又は癌患者由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2のタンパク質レベルを決定すること、並びにKIR2DS2のタンパク質レベルとKIR2DL2のタンパク質レベルの比(2DS2/2DL2タンパク質比)を計算することをさらに含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象又は癌患者由来の試料におけるKIR2DS5及びKIR2DL5のタンパク質レベルを決定すること、並びにKIR2DS5のタンパク質レベルとKIR2DL5のタンパク質レベルの比(2DS5/2DL5タンパク質比)を計算することをさらに含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象又は癌患者由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2のタンパク質レベルを決定すること、並びに対象又は癌患者由来の試料におけるKIR2DS5及びKIR2DL5のタンパク質レベル、並びに2DS2/2DL2タンパク質比と2DS5/2DL5タンパク質比の両方を計算することをさらに含む。
いくつかの実施態様において、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される1以上のバイオマーカーのタンパク質レベルは、免疫ブロッティング(ウェスタンブロット)、ELISA、免疫組織化学的検査、フローサイトメトリー、サイトメトリックビーズアレイ、又は質量分光法によって決定される。いくつかの実施態様において、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される1以上のバイオマーカーのタンパク質レベルは、ELISAによって決定される。
(3.3.試料)
いくつかの実施態様において、KIRタイピングの方法、HLAタイピングの方法、又は1以上のバイオマーカーのmRNAレベルもしくはタンパク質レベルのいずれかを決定する方法は、対象由来の試料を取得することをさらに含む。対象は、哺乳動物、例えば、ヒトであることができる。対象は男性又は女性であることができ、かつ成人、子供、又は幼児であることができる。対象は患者であることができる。患者は癌患者であることができる。試料は、癌(例えば、リンパ腫、MDS、もしくは白血病)の活動期のときに、又は癌が活動的でないときに、解析することができる。ある実施態様において、対象由来の複数の試料を取得することができる。
いくつかの実施態様において、KIRタイピングの方法、HLAタイピングの方法、又は1以上のバイオマーカーのmRNAレベルもしくはタンパク質レベルのいずれかを決定する方法は、FTI治療のコンパニオン診断として実施される。該コンパニオン診断は、対象が治療される臨床現場で実施することができる。該コンパニオン診断は、対象が治療される臨床現場とは別の場所で実施することもできる。
ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、対象由来の体液を含む。体液の非限定的な例としては、血液(例えば、末梢全血、末梢血)、血液血漿、骨髄、羊水、房水、胆汁、リンパ液、おりもの、血清、尿、脳及び脊髄を取り囲む脳脊髄液、骨関節を取り囲む滑液が挙げられる。
一実施態様において、試料は骨髄試料である。骨髄試料を取得する手順は当技術分野で周知であり、これには、限定されないが、骨髄生検及び骨髄穿刺が含まれる。骨髄は、流体部分とより固い部分を有する。骨髄生検では、固い部分の試料を採取する。骨髄穿刺では、流体部分の試料を採取する。骨髄生検と骨髄穿刺は同時に行われ、骨髄検査と呼ぶことができる。
いくつかの実施態様において、試料は血液試料である。血液試料は、例えば、Innisら編、PCRプロトコル(PCR Protocols)(Academic Press, 1990)に記載されている従来の技法を用いて取得することができる。白血球は、従来の技法又は市販のキット、例えば、RosetteSepキット(Stein Cell Technologies, Vancouver, Canada)を用いて、血液試料から分離することができる。白血球の亜集団、例えば、単核細胞、NK細胞、B細胞、T細胞、単球、顆粒球、又はリンパ球は、従来の技法、例えば、磁気活性化細胞選別(MACS)(Miltenyi Biotec, Auburn, California)又は蛍光活性化細胞選別(FACS)(Becton Dickinson, San Jose, California)を用いて、さらに単離することができる。
一実施態様において、血液試料は、約0.1mL〜約10.0mL、約0.2mL〜約7mL、約0.3mL〜約5mL、約0.4mL〜約3.5mL、又は約0.5mL〜約3mLである。別の実施態様において、血液試料は、約0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、6.0、7.0、8.0、9.0、又は10.0mLである。
いくつかの実施態様において、本方法で使用される試料は、生検(例えば、腫瘍生検)を含む。生検は、任意の器官又は組織、例えば、皮膚、肝臓、肺、心臓、結腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、毛髪、脾臓、脳、乳房、又は他の器官に由来するものであることができる。当業者に公知の任意の生検技法、例えば、切開生検、非切開生検、コア生検、切除生検、摘出生検、又は微細針吸引生検を、対象由来の試料を単離するために使用することができる。
一実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、対象が疾患又は障害の治療を受ける前に対象から取得される。別の実施態様において、該試料は、対象が疾患又は障害の治療を受けている間に対象から取得される。別の実施態様において、該試料は、対象が疾患又は障害の治療を受けた後に対象から取得される。様々な実施態様において、治療はFTIを対象に投与することを含む。
ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、複数の細胞を含む。そのような細胞としては、任意のタイプの細胞、例えば、幹細胞、血液細胞(例えば、PBMC)、リンパ球、NK細胞、B細胞、T細胞、単球、顆粒球、免疫細胞、又は腫瘍もしくは癌細胞を挙げることができる。ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、対象又は癌患者の血液試料又は骨髄試料由来の複数の濃縮されたNK細胞を含む。特定の細胞集団は、市販の抗体(例えば、Quest Diagnostic(San Juan Capistrano, Calif.); Dako(Denmark))の組合せを用いて取得することができる。
ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、例えば、癌(例えば、リンパ腫、MDS、又は白血病)を有する個体由来の罹患組織に由来するものである。ある実施態様において。いくつかの実施態様において、細胞は、腫瘍もしくは癌細胞又は腫瘍組織、例えば、腫瘍生検又は腫瘍外植片から取得することができる。ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される細胞の数は、1細胞〜約109細胞の範囲であることができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される細胞の数は、約1×104、5×104、1×105、5×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108、又は5×108個である。
対象から回収される細胞の数及び種類は、例えば、フローサイトメトリー、細胞選別、免疫細胞化学検査(例えば、組織特異的もしくは細胞マーカー特異的抗体による染色)、蛍光活性化細胞選別(FACS)、磁気活性化細胞選別(MACS)などの標準的な細胞検出技法を用いて形態及び細胞表面マーカーの変化を測定することにより、光学顕微鏡もしくは共焦点顕微鏡法を用いて細胞の形態を調べることにより、並びに/又はPCR及び遺伝子発現プロファイリングなどの当技術分野で周知の技法を用いて遺伝子発現の変化を測定することによりモニタリングすることができる。これらの技法は、1以上の特定のマーカーについて陽性である細胞を特定するためにも使用することができる。蛍光活性化細胞選別(FACS)は、細胞を含む粒子を、該粒子の蛍光特性に基づいて分離するための周知の方法である(Kamarchの文献、1987, Methods Enzymol, 151:150-165)。個々の粒子中の蛍光部分のレーザーによる励起によってわずかな電荷が生じ、混合物からの正の粒子と負の粒子の電磁分離が可能となる。一実施態様において、細胞表面マーカー特異的抗体又はリガンドは、異なる蛍光標識で標識される。細胞はセルソーターに通して処理され、使用される抗体に結合するその能力に基づく細胞の分離が可能となる。FACSで選別された粒子を96ウェル又は384ウェルプレートの個々のウェルに直接堆積させて、分離及びクローニングを容易にすることができる。
ある実施態様において、細胞のサブセットが本明細書に提供される方法で使用される。細胞の特定の集団を選別及び単離する方法は当技術分野で周知であり、細胞のサイズ、形態、又は細胞内もしくは細胞外マーカーに基づくことができる。そのような方法としては、フローサイトメトリー、フローソーティング、FACS、磁気細胞選別などのビーズに基づく分離、サイズに基づく分離(例えば、ふるい、障害物のアレイ、又はフィルター)、マイクロフルイディクス装置での選別、抗体に基づく分離、沈降、親和性吸着、親和性抽出、密度勾配遠心分離、レーザーキャプチャーマイクロダイセクションなどが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施態様において、試料は、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の1以上の方法によって選別された濃縮されたNK細胞を含む。一実施態様において、該濃縮されたNK細胞をインビトロでさらに増殖させた後、KIRタイピング、HLAタイピング、又はKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される1以上のバイオマーカーの発現レベルの解析に供する。
試料は、全血試料、骨髄試料、部分精製血試料、PBMC、又は組織生検であることができる。いくつかの実施態様において、試料は癌患者由来の骨髄試料である。いくつかの実施態様において、試料は癌患者由来のPBMCである。いくつかの実施態様において、試料は、骨髄、全血、又は部分精製血由来の濃縮されたNK細胞である。いくつかの実施態様において、該NK細胞をインビトロでさらに増殖させる。対象由来の試料を取得する方法及び1以上のバイオマーカーのmRNAレベル又はタンパク質レベルのいずれかを決定するための試料を調製する方法は当技術分野で周知である。
(3.4.参照レベル及び参照比)
本明細書に提供されるのは、KIRタイピング、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される個々のバイオマーカーのうちの1つもしくは複数の発現レベル(mRNAレベルもしくはタンパク質レベルのいずれか)、又はバイオマーカー間の発現レベルの比(2DS2/2DL2比;2DS5/2DL5比)のうちの一方もしくは両方に基づいて、対象をFTIの治療有効量で治療するか又はFTI治療のために癌患者を選択する方法である。いくつかの実施態様において、癌患者が、KIR2DS2もしくはKIR2DS5、又はその両方のキャリアである場合、癌患者はFTI治療のために選択される。いくつかの実施態様において、
(i)対象由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)対象由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)対象由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)対象由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;
(v)対象由来の試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いか;
(vi)対象由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比がKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの参照比よりも高いか;もしくは
(vii)対象由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比がKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの参照比よりも高いか;又は(i)〜(vii)の任意の組合せである
場合、癌患者はFTI治療のために選択される。
本明細書に提供される方法は、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される各々の個々のバイオマーカーの参照発現レベル、又は参照2DS2/2DL2比及び参照2DS5/2DL5比を含むバイオマーカーの発現レベル間の参照比を決定することをさらに含むことができる。いくつかの実施態様において、バイオマーカーの参照発現レベルは、健康な個体由来の試料におけるバイオマーカーの発現レベル、又は1人もしくは複数の健康な個体由来の複数の試料におけるバイオマーカーの平均もしくは中央値発現レベルである。いくつかの実施態様において、バイオマーカーの参照発現レベルは、2人、3人、5人、10人、15人、20人、30人、40人、50人、又はそれより多くの健康な個体由来の試料におけるバイオマーカーの平均発現レベルである。いくつかの実施態様において、バイオマーカーの参照発現レベルは、2人、3人、5人、10人、15人、20人、30人、40人、50人、又はそれより多くの健康な個体由来の試料におけるバイオマーカーの中位発現レベルである。
いくつかの実施態様において、KIR2DS2の参照発現レベルは、健康な個体由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベル、又は1人もしくは複数の健康な個体由来の複数の試料におけるKIR2DS2の平均もしくは中央値発現レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL2の参照発現レベルは、健康な個体由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベル、又は1人もしくは複数の健康な個体由来の複数の試料におけるKIR2DL2の平均もしくは中央値発現レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DS5の参照発現レベルは、健康な個体由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベル、又は1人もしくは複数の健康な個体由来の複数の試料におけるKIR2DS5の平均もしくは中央値発現レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5の参照発現レベルは、健康な個体由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベル、又は1人もしくは複数の健康な個体由来の複数の試料におけるKIR2DL5の平均もしくは中央値発現レベルである。いくつかの実施態様において、GZMMの参照発現レベルは、健康な個体由来の試料におけるGZMMの発現レベル、又は1人もしくは複数の健康な個体由来の複数の試料におけるGZMMの平均もしくは中央値発現レベルである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、2つのバイオマーカーの発現レベル間の参照比、例えば、2DS2/2DL2参照発現比、又は2DS5/2DL5参照発現比を決定することをさらに含む。いくつかの実施態様において、バイオマーカーの参照発現比は、健康な個体由来の試料におけるバイオマーカーの発現比、又は1人もしくは複数の健康な個体由来の複数の試料におけるバイオマーカーの平均もしくは中央値発現比である。いくつかの実施態様において、2つのバイオマーカーの参照発現比は、2人、3人、5人、10人、15人、20人、30人、40人、50人、又はそれより多くの健康な個体由来の試料におけるバイオマーカーの平均発現比である。いくつかの実施態様において、2つのバイオマーカーの参照発現比は、2人、3人、5人、10人、15人、20人、30人、40人、50人、又はそれより多くの健康な個体由来の試料におけるバイオマーカーの中位発現比である。
いくつかの実施態様において、参照2DS2/2DL2比は、健康な個体由来の試料における2DS2/2DL2比、又は1人もしくは複数の健康な個体由来の複数の試料における平均もしくは中央値2DS2/2DL2比である。いくつかの実施態様において、参照2DS5/2DL5比は、健康な個体由来の試料における2DS5/2DL5、又は1人もしくは複数の健康な個体由来の複数の試料における平均もしくは中央値2DS5/2DL5である。
いくつかの実施態様において、バイオマーカーの参照発現レベル又は2つのバイオマーカーの発現レベル間の参照比は、患者の群の転帰、すなわち、FTI治療に対する患者の応答性、及び患者の群のバイオマーカーの発現レベル又はバイオマーカー間の発現レベルの比を含む、以前の臨床試験からのデータの統計解析に基づいて決定することができる。特定の治療に対する患者の応答性を予測するために、又は特定の治療のために患者を層別化するために使用されるときに1以上のバイオマーカーの参照レベル(又は「カットオフ値」と呼ばれる)を決定するための、いくつかの統計的方法が当技術分野で周知である。
本発明の1つの方法は、レスポンダーと非レスポンダーとを区別する本明細書で同定されたバイオマーカーの遺伝子発現プロファイルを解析して、1以上のバイオマーカーの参照発現レベルを決定することを含む。レスポンダーと非レスポンダーの比較は、マン・ホイットニーのU検定、χ二乗検定、又はフィッシャーの正確確率検定を用いて実施することができる。記述統計及び比較の解析は、SigmaStat Software(Systat Software社, San Jose, CA, USA)を用いて実施することができる。
いくつかの実施態様において、分類及び回帰木(CART)分析を採用して、参照レベルを決定することができる。CART分析は二元再帰分割アルゴリズムに基づくものであり、多重線形回帰などのより従来的な方法では明らかにならない可能性がある複合予測因子変数相互作用の発見を可能にする。二元再帰分割とは: 1)二元である、つまり、患者を2群に分ける効果がある、2つの考えられる転帰変数、すなわち、「レスポンダー」及び「非レスポンダー」が存在し; 2)再帰的である、つまり、分析を複数回実施することができ;かつ3)分割される、つまり、全データセットを部分に分けることができる、分析を指す。この分析は、性能の悪い予測因子変数を排除する能力も有する。分類木は、Salford Predictive Modeler v6.6(Salford Systems, San Diego, CA, USA)を用いて構築することができる。
本発明の物品は、自動的に読み取ることができる媒体、例えば、コンピュータ可読媒体(磁気、光学など)に縮小されたFTI治療に対する癌患者の応答性を予測するのに有用な遺伝子発現プロファイルの表示である。該物品は、そのような媒体中の遺伝子発現プロファイルを評価するための命令を含むこともできる。例えば、該物品は、上記のバイオマーカーの遺伝子発現プロファイルを比較するためのコンピュータ命令を有するCD-ROMを含むことができる。該物品は、遺伝子発現プロファイルがその中にデジタル記録されることもでき、そのため、該プロファイルを患者試料の遺伝子発現データと比較することができる。或いは、該プロファイルは、様々な表示形式で記録されることができる。上述の「OMNIVIZ」及び「TREE VIEW」コンピュータプログラムに組み込まれているものなどのクラスタリングアルゴリズムは、そのようなデータの可視化を最も良好に補助することができる。
受信者操作特性(ROC)分析を用いて、参照発現レベル、もしくは参照発現比を決定するか、又は個々の遺伝子及び/もしくは複数の遺伝子分類指標の全体の予測値を試験することができる。ROC解析の概説は、引用により完全に本明細書中に組み込まれる、Soreideの文献、J Clin Pathol 10.1136(2008)に見出すことができる。
高い感度と高い特異性の両方を保証するために、参照レベルをトレーニングセットのROC曲線から決定することができる。どのくらいのバイオマーカーが予測因子に含まれる必要があるかを決定するために、一個抜き交差検証(LOOCV)を使用することができる。遺伝子数の違いに基づく「抜き出された」試料の応答スコアを記録する。遺伝子数の違いを含む予測因子の性能を、誤分類エラー率、感度、特異性、2つの予測される群のカプラン・マイヤー曲線の分離を測定するp値に基づいて評価することができる。
Gemanら(2004)によって最初に導入されたトップスコアペア(TSP)アルゴリズムを使用することができる。基本的に、このアルゴリズムは、クラスC1〜C2間の試料において遺伝子iが遺伝子jよりも高い発現値を有する事象の頻度の絶対差(Dij)に基づいて、全ての遺伝子ペア(遺伝子i及びj)をランク付けするものである。複数のトップスコアペア(全てが同じDijを共有する)が存在する場合には、1つの遺伝子ペア内で一方のクラスから他方のクラスへと遺伝子の発現レベルの逆転が生じる度合いを測定する、二次的ランクスコアによる最上位のペアを選択する。全試料中、2倍を超える絶対Dijの頻度が最も高い最上位のペアを候補ペアとして選択することになる。その後、候補ペアを独立の試験データセットで試験することができる。一個抜き交差検証(LOOCV)をトレーニングデータセットで実施して、このアルゴリズムがどのように機能するかを評価することができる。予測因子の性能は、最大誤分類エラー率に基づいて評価することができる。統計解析は全てRを用いて行うことができる(R Development Core Team, 2006)。
参照レベルを決定するのに有用な方法及び統計手段の概説は、引用により完全に本明細書中に組み込まれる、James Westgard博士の文献、基本的な方法検証(Basic Methods Validation)、第3版(2008)に見出すことができる。第9章(「方法の報告可能範囲はどのように決定されるか」)及び第15章(「参照区間はどのように検証されるか」)に具体的に言及されている。
臨床的報告可能範囲(CRR)は、標本の希釈、濃度、又は直接的な分析測定範囲を拡大するために使用される他の事前処理を考慮して、方法が測定することができる分析物の値の範囲である。Westgard博士による基本的な方法の検証(Basic Methods Validation)で提供されているように、実施されるべき実験は「線形性実験」と呼ばれることが多いが、技術的には、2点校正が使用されている場合を除いて、方法が線形応答を提供する必要はない。この範囲は、方法の「線形範囲」、「分析範囲」、又は「作業範囲」と呼ぶこともできる。
報告可能範囲は、線形性グラフの検査によって評価される。その検査は、点の線形部分を通る最も真っ直ぐな線を手で引くこと、全ての点を通る点から点への線を引き、その後、最も真っ直ぐな線と比較すること、又は線形範囲にある点を通る回帰線をフィットさせることを含むことができる。分析法の直線性を評価するための臨床検査標準委員会(Clinical Laboratory Standards Institute)(CLSI)のEP-6プロトコルなどの、いくつかのガイドラインで推奨されるより複雑な統計計算がある。しかし、「目視」評価から、すなわち、一連のものの中で最も低い点にフィットする最も真っ直ぐな線を手で引くことにより、報告可能範囲を適切に決定することができるということが一般に認められている。臨床検査標準委員会(CLSI)は、最低少なくとも4つの、好ましくは5つの異なる濃度レベルを推奨している。特に、報告可能範囲の上限を最大化する必要がある場合は5つよりも多くを使用することができるが、5つのレベルが好都合であり、かつほとんどの場合、十分である。
参照区間は、通常、慎重に定義された基準を満たす個体(参照試料群)から取得される標本をアッセイすることにより確定される。参照値の理論に関する国際臨床化学連合(International Federation of Clinical Chemistry)(IFCC)の専門家パネル及びCLSIのプロトコルなどのプロトコルは、慎重に選択された参照試料群を用いて参照区間を確定する包括的な体系的プロセスを詳しく記述している。これらのプロトコルは、通常、特徴付けされる必要がある各々の群(又は亜群)に対して、最低120の参照個体を必要とする。
CLSI承認ガイドラインC28-A2には、検査室が確定された参照区間の個々の検査室への移行を検証するための様々な方法が記載されており、これには、1.検査室が寄せられた情報を単に再検討し、参照区間が採用する検査室の患者集団及び試験方法に適用できることを主観的に検証する、ディヴァインジャッジメント; 2.実験的検証を、参照試料集団を代表する20人の個体由来の標本を回収及び解析することにより実施する、20個の試料の検証; 3.実験的検証を、参照試料集団を代表する60人の個体由来の標本を回収及び解析することにより実施し、2つの集団の平均及び標準偏差を比較する統計式を用いて、実際の参照区間を推定し、主張又は報告された区間と比較する、60個の試料の推定;並びに4.主張又は報告された参照区間を、観測された方法論的バイアス及び使用されている分析法の間で証明された数学的関係に基づいて調整又は修正することができる、比較法からの計算が含まれる。
当業者であれば、本明細書に開示されるバイオマーカーの参照発現レベル及び2つのバイオマーカー間の参照比を、本明細書に提供される1以上の方法又は当技術分野で公知の他の方法によって決定することができるということを理解しているであろう。
したがって、いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、
a)KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、GZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの参照発現レベルを決定すること;及び
b)
(i)癌患者由来の試料におけるKIR2DS2発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)癌患者由来の試料におけるKIR2DL2発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)癌患者由来の試料におけるKIR2DS5発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)癌患者由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;もしくは
(v)癌患者由来の試料におけるGZMM発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いか;又は(i)〜(v)の任意の組合せである
場合、FTIの治療有効量を癌患者に投与すること
を含む。
いくつかの実施態様において、KIR2DL5の発現レベルは、KIR2DL5AとKIR2DL5Bの総発現レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5Aの発現レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5Bの発現レベルである。
したがって、いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、
a)KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、GZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの参照mRNAレベルを決定すること;及び
b)
(i)癌患者由来の試料におけるKIR2DS2のmRNAレベルがKIR2DS2の参照mRNAレベルよりも高いか;
(ii)癌患者由来の試料におけるKIR2DL2のmRNAレベルがKIR2DL2の参照mRNAレベルよりも低いか;
(iii)癌患者由来の試料におけるKIR2DS5のmRNAレベルがKIR2DS5の参照mRNAレベルよりも高いか;
(iv)癌患者由来の試料におけるKIR2DL5のmRNAレベルがKIR2DL5の参照mRNAレベルよりも低いか;もしくは
(v)癌患者由来の試料におけるGZMMのmRNAレベルがGZMMの参照mRNAレベルよりも高いか;又は(i)〜(v)の任意の組合せである
場合、FTIの治療有効量を癌患者に投与すること
を含む。
いくつかの実施態様において、KIR2DL5のmRNAレベルは、KIR2DL5AとKIR2DL5Bの総mRNAレベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5のmRNAレベルはKIR2DL5AのmRNAレベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5のmRNAレベルはKIR2DL5BのmRNAレベルである。
したがって、いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、
a)KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、GZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの参照タンパク質レベルを決定すること;及び
b)
(i)癌患者由来の試料におけるKIR2DS2のタンパク質レベルがKIR2DS2の参照タンパク質レベルよりも高いか;
(ii)癌患者由来の試料におけるKIR2DL2のタンパク質レベルがKIR2DL2の参照タンパク質レベルよりも低いか;
(iii)癌患者由来の試料におけるKIR2DS5のタンパク質レベルがKIR2DS5の参照タンパク質レベルよりも高いか;
(iv)癌患者由来の試料におけるKIR2DL5のタンパク質レベルがKIR2DL5の参照タンパク質レベルよりも低いか;もしくは
(v)癌患者由来の試料におけるGZMMのタンパク質レベルがGZMMの参照タンパク質レベルよりも高いか;又は(i)〜(v)の任意の組合せである
場合、FTIの治療有効量を癌患者に投与すること
を含む。
いくつかの実施態様において、KIR2DL5のタンパク質レベルは、KIR2DL5AとKIR2DL5Bの総タンパク質レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5のタンパク質レベルはKIR2DL5Aのタンパク質レベルである。いくつかの実施態様において、KIR2DL5のタンパク質レベルはKIR2DL5Bのタンパク質レベルである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、
a)参照2DS2/2DL2比、又は参照2DS5/2DL5比を決定すること;及び
b)
(i)癌患者由来の試料における2DS2/2DL2比が参照2DS2/2DL2比よりも高いか;もしくは
(ii)癌患者由来の試料における2DS5/2DL5比が参照2DS5/2DL5比よりも高いか;又は(i)と(ii)の両方である
場合、FTIの治療有効量を癌患者に投与すること
を含む。
いくつかの実施態様において、2DS2/2DL2比は、KIR2DS2 mRNAレベルとKIR2DL2 mRNAレベルの比である。いくつかの実施態様において、2DS2/2DL2比は、KIR2DS2タンパク質レベルとKIR2DL2タンパク質レベルの比である。いくつかの実施態様において、2DS5/2DL5比は、KIR2DS5 mRNAレベルとKIR2DL5 mRNAレベルの比である。いくつかの実施態様において、2DS5/2DL5比は、KIR2DS5タンパク質レベルとKIR2DL5タンパク質レベルの比である。
(3.5.癌)
本明細書に提供されるのは、対象の癌をFTIで治療する方法、及びFTI治療のために癌患者を選択する方法である。癌は、造血系癌又は固形腫瘍であることができる。本明細書に提供されるのは、対象の前悪性状態をFTIで治療する方法、及びFTI治療のために前悪性状態を有する患者を選択する方法でもある。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象の造血系癌をFTIで治療するか又はFTI治療のために癌患者を選択する方法である。血液癌は、血液又は骨髄の癌である。血液(又は血行性)癌の例としては、白血病、リンパ腫、及び骨髄異形成症候群(MDS)が挙げられる。
白血病は、血液形成組織の悪性新生物を指す。様々な形態の白血病が、例えば、その全体が引用により本明細書中に組み込まれる、米国特許第7,393,862号及び2002年5月17日に出願された米国仮特許出願第60/380,842号に記載されている。動物では、ウイルスがいくつかの形態の白血病を引き起こすと報告されているが、ヒトの白血病の原因は、大部分が不明である。メルクマニュアル(The Merck Manual)、944-952(第17版、1999)。悪性腫瘍への形質転換は、通常、その後の増殖及びクローン増殖を伴う2以上のステップを経て単一の細胞で生じる。いくつかの白血病では、特定の染色体転座が、一貫性のある白血病細胞形態及び特別な臨床的特徴を伴って同定されている(例えば、慢性骨髄球性白血病における9番及び22番の転座、並びに急性前骨髄球性白血病における15番及び17番の転座)。急性白血病は、大半が未分化な細胞集団であり、慢性白血病は、より成熟した細胞形態である。
急性白血病は、リンパ芽球型(ALL)と非リンパ芽球型(ANLL)に分類される。メルクマニュアル(The Merck Manual)、946-949(第17版、1999)。それらは、仏-米-英(FAB)分類に従って、又はその種類及び分化度に従って、その形態学的及び細胞化学的な外観により、さらに細分化することができる。B細胞抗原及びT細胞抗原及び骨髄抗原の特異的モノクローナル抗体の使用は、分類のために最も役に立つ。ALLは、主に、検査所見及び骨髄検査によって確定される小児期疾患である。ANLLは、急性骨髄性白血病又はAMLとしても知られ、全ての年齢層で生じ、成人の間でより一般的な急性白血病であり;それは、通常は、原因因子としての放射線照射と関連した形態である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、AML患者をFTIで治療する方法、又はFTI治療のために患者を選択する方法である。
AML患者を治療する標準的処置は、通常、2つの化学療法(chemotherapy)(化学療法(chemo))フェーズ:寛解導入(又は導入)及び強化(寛解後療法)を含む。治療の第一のパート(寛解導入)は、できるだけ多くの白血病細胞を取り除くことを目的としている。治療の強度は、人の年齢及び健康によって決まり得る。強化化学療法は、60歳以下の人に投与されることが多い。健常状態の良い一部の高齢患者は、同様の又はわずかに弱い強化治療から恩恵を受けることができる。かなり高齢であるか又は健康状態が悪い人は強化化学療法に適さない。
より若い患者、例えば、60歳以下の患者では、誘導は、シタラビン(ara-C)及びダウノルビシン(ダウノマイシン)又はイダルビシンなどのアントラサイクリン薬という2つの化学療法薬による治療を伴うことが多い。第三の薬物であるクラドリビン(ロイスタチン、2-CdA)が同様に投与されることもある。化学療法は、通常、病院で投与され、約1週間継続される。白血病が脳又は脊髄に広がってしまった稀な症例では、化学療法を脳脊髄液(CSF)に施す場合もある。放射線療法を同様に使用する場合もある。
寛解が達成された場合、誘導は成功とみなされる。しかしながら、一部の患者のAMLは、誘導に対して不応性であり得る。誘導に応答する患者では、その後、残存する白血病細胞の破壊を試み、再燃の予防を助けるためにさらなる治療を投与し、これを強化と呼ぶ。より若い患者について、強化療法のための主な選択肢は:数サイクルの高用量シタラビン(ara-C)化学療法(HiDACと呼ばれることもある);同種(ドナー)幹細胞移植;及び自己幹細胞移植である。
慢性白血病は、リンパ球性(CLL)又は骨髄球性(CML)であると記載される。メルクマニュアル(The Merck Manual)、949-952(第17版、1999年)。CLLは、血液、骨髄、及びリンパ器官における成熟したリンパ球の出現を特徴とする。CLLの顕著な特徴は、持続性の、絶対的リンパ球増加(＞5,000個/μL)、及び骨髄におけるリンパ球の増加である。ほとんどのCLL患者は、B細胞の特徴を有するリンパ球のクローン増殖も有する。CLLは、中年又は老年の疾患である。CMLにおいて、特徴的な特色は、全分化段階の顆粒球細胞が、血液、骨髄、肝臓、脾臓、及び他の器官で優位を占めることである。診断時に徴候を示す患者において、全白血球(WBC)数は、通常、約200,000個/μLであるが、1,000,000個/μLに達することもある。CMLは、フィラデルフィア染色体が存在するために、診断が比較的容易である。骨髄間質細胞は、CLLの進行疾患及び化学療法に対する抵抗性を支持することがよく知られている。CLL細胞と間質細胞の相互作用を妨げることは、CLL化学療法のさらなる標的である。
さらに、他の形態のCLLとしては、前リンパ球性白血病(PLL)、大型顆粒リンパ球(LGL)白血病、有毛細胞白血病(HCL)が挙げられる。PLLの癌細胞は、前リンパ球--未成熟形態のBリンパ球(B-PLL)又はTリンパ球(T-PLL)と呼ばれる正常細胞と類似している。B-PLLとT-PLLはどちらも、通常のタイプのCLLよりも侵攻性である傾向がある。LGLの癌細胞は大きく、かつT細胞又はNK細胞のいずれかの特徴を有する。ほとんどのLGL白血病は成長が遅いが、少数がより侵攻性である。HCLは、ゆっくりと進行する傾向があり、かつ全白血病の約2％を占めるリンパ球のもう1つの癌である。この癌細胞は、Bリンパ球の一種であるが、CLLで見られるものとは異なっている。
慢性骨髄単球性白血病(CMML)は、造血系腫瘍に関する2008年の世界保健機関(World Health Organization)分類によって、骨髄異形成性/骨髄増殖性腫瘍と分類される。CMML患者は、その血液中に多数の単球を有する(1mm3当たり少なくとも1,000個)。2つのクラス−骨髄異形成性及び骨髄増殖性−は白血球数のレベル(閾値13G/L)に基づいて区別されている。多くの場合、単球数がはるかに多く、そのため、その全白血球数も同様に非常に多くなっている。通常、骨髄中に異常細胞が存在するが、芽球の量は20％未満である。CMML患者の約15％〜30％は急性骨髄性白血病を続けて発症する。CMMLの診断は、骨髄中の形態異常と組織病理学的異常と染色体異常の組合せに頼っている。Mayoの予後予測モデルは、絶対単球数の増加、循環芽球の存在、ヘモグロビン＜10gm/dL、及び血小板＜100×109個/L:に基づいてCMML患者を3つのリスク群に分類した。生存中央値は、低リスク群、中等度リスク群、及び高リスク群で、それぞれ、32カ月、18.5カ月、及び10カ月であった。Groupe Francophone des(GFM)スコアは、年齢＞65歳、WBC＞15×109個/L、貧血、血小板＜100×109個/L、及びASXL1突然変異状況:に基づいて、CMML患者を3つのリスク群に分けた。中央値2.5年の追跡調査の後、生存は、低リスク群の未到達から高リスク群の14.4カ月の範囲に及んだ。
リンパ腫は、リンパ系から発生する癌を指す。リンパ腫は、リンパ球−Bリンパ球(B細胞リンパ腫)、Tリンパ球(T細胞リンパ腫)、及びナチュラルキラー細胞(NK細胞リンパ腫)の悪性新生物を特徴とする。リンパ腫は、通常、リンパ節、又は限定されないが、胃もしくは腸を含む器官のリンパ組織の集合体で始まる。リンパ腫は、場合によっては、骨髄及び血液を冒し得る。リンパ腫は、身体のある部位から他の部分に広がり得る。
様々な形態のリンパ腫の治療が、例えば、その全体が引用により本明細書中に組み込まれる米国特許第7,468,363号に記載されている。そのようなリンパ腫としては、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚B細胞リンパ腫、活性化B細胞リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、濾胞性リンパ腫(FL;限定されないが、FL悪性度I、FL悪性度IIを含む)、濾胞中心リンパ腫、形質転換性リンパ腫、中分化型のリンパ球性リンパ腫、中間型リンパ球性リンパ腫(ILL)、びまん性低分化型リンパ球性リンパ腫(PDL)、中心細胞性リンパ腫、びまん性小型切れ込み細胞リンパ腫(DSCCL)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)及びマントル帯リンパ腫、並びに低悪性度濾胞性リンパ腫が挙げられるが、これらに限定されない。
非ホジキンリンパ腫(NHL)は、米国において男女両方で5番目に多い癌であり、2007年に、63,190件の新たな症例及び18,660件の死亡が推定された。Jemal Aらの文献、CA Cancer J Clin 2007; 57(1):43-66。NHLを発症する確率は年齢とともに増加し、高齢者におけるNHLの発生率は、過去10年間で着実に増加しており、米国人口の高齢化傾向に懸念が生じている(同上)。Clarke C Aらの文献、Cancer 2002; 94(7): 2015-2023。
DLBCLは、非ホジキンリンパ腫の約3分の1を占める。一部のDLBCL患者は、従来の化学療法で治癒するが、残りは、この疾患が原因で死亡する。抗癌薬は、おそらくは、成熟したT細胞及びB細胞における直接的なアポトーシス誘導により、迅速でかつ持続的なリンパ球の枯渇を引き起こす。K. Stahnke.らの文献、Blood 2001, 98:3066-3073を参照されたい。絶対リンパ球数(ALC)は、濾胞性非ホジキンリンパ腫における予後因子であることが示されており、最近の結果は、診断時のALCがDLBCLにおける重要な予後因子であることを示唆した。
DLBCLは、その遺伝子プロファイリングパターンに従って、異なる分子サブタイプ:胚中心B細胞様DLBCL(GCB-DLBCL)、活性化B細胞様DLBCL(ABC-DLBCL)、及び縦隔原発B細胞リンパ腫(PMBL)、又は分類不能型に分類することができる。これらのサブタイプは、生存、化学療法応答性、及びシグナル伝達経路依存性、特に、NF-κB経路の明白な違いによって特徴付けられる。D. Kimらの文献、Journal of Clinical Oncology, 2007 ASCO Annual Meeting Proceedings Part I. Vol 25, No. 18S(June 20 Supplement), 2007: 8082を参照されたい。Bea Sらの文献、Blood 2005; 106: 3183-90; Ngo V.Nらの文献、Nature 2011; 470: 115-9を参照されたい。そのような違いは、DLBCLにおけるより効果的でかつサブタイプ特異的な治療戦略の探索を促している。急性及び慢性の分類に加えて、新生物も、そのような障害を生じる細胞に基づいて、前駆性又は末梢性に分類される。例えば、その開示が引用により完全に本明細書中に組み込まれる米国特許公開第2008/0051379号を参照されたい。前駆新生物は、ALL及びリンパ芽球性リンパ腫を含み、それらがT細胞又はB細胞のどちらかに分化する前にリンパ球に生じる。末梢新生物は、T細胞又はB細胞のどちらかに分化したリンパ球に生じるものである。そのような末梢新生物としては、B細胞CLL、B細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織の節外性辺縁帯B細胞リンパ腫、節性辺縁帯リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、及びバーキットリンパ腫が挙げられるが、これらに限定されない。CLL症例の95パーセント超において、クローン増殖はB細胞系統のものである。癌:腫瘍学の原理及び実践(Cancer: Principles & Practice of Oncology)(第3版)(1989)(1843〜1847ページ)を参照されたい。CLL症例の5パーセント未満において、腫瘍細胞は、T細胞表現型を有する。しかしながら、これらの分類にもかかわらず、正常な造血の病理学的機能障害が、全ての白血病の顕著な特徴である。
PTCLは、成熟T細胞から発生する稀少かつ通常侵攻性の(成長が早い)NHLの群からなる。PTCLは、全NHL症例の合わせて約4〜10パーセントを占め、米国で年に2,800〜7,200人の患者の年間発生率に相当する。ある推定によれば、PTCLの発生率は著しく高まっており、この発生率の上昇は高齢化する人口によって推進され得る。PTCLは様々なサブタイプに亜分類され、その各々は、通常、その明白に異なる臨床的相違に基づいて、別々の疾患であると考えられる。これらのサブタイプのほとんどは稀少であり; PTCLの3つの最も一般的なサブタイプは、特定不能のもの、未分化大細胞リンパ腫、すなわち、ALCL、及び血管免疫芽球性T細胞リンパ腫であり、これらは、米国における全PTCLの合わせて約70パーセントを占める。ALCLは皮膚ALCL又は全身性ALCLであることができる。
ほとんどのPTCLサブタイプについて、最先端の治療レジメンは、通常、CHOP(シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、プレドニゾン)、EPOCH(エトポシド、ビンクリスチン、ドキソルビシン、シクロホスファミド、プレドニゾン)、又は他の多剤レジメンなどの、組合せ化学療法である。再燃するか又は最先端の治療に不応性である患者は、通常、GNDと呼ばれるレジメンにおいてゲムシタビンをビノレルビン(Navelbine(登録商標))及びドキソルビシン(Doxil(登録商標))を含む他の化学療法と組み合わせたもの、又はDHAP(デキサメタゾン、シタラビン、シスプラチン)もしくはESHAP(エトポシド、メチルプレドニゾロン、シタラビン、及びシスプラチン)などの他の化学療法レジメンで治療される。
ほとんどのPTCL患者が再燃するので、その初期の化学療法に対する応答が良好であった一部の患者に対して高用量の化学療法と、それに続く、自己幹細胞移植を施すことを推奨する腫瘍学者もいる。最近、プララトレキセート(Folotyn(登録商標))、ロミデプシン(Istodax(登録商標))、及びベリノスタット(Beleodaq(登録商標))などの、再燃性又は不応性PTCLに対して承認された非細胞毒性療法は、比較的低い客観的応答率(25〜27％の全応答率、すなわち、ORR)及び比較的短い応答持続期間(8.2〜9.4カ月)と関連付けられている。したがって、再燃性/不応性PTCLの治療はまだ満たされていない重大な医学的ニーズである。
多発性骨髄腫(MM)は、骨髄中の形質細胞の癌である。通常、形質細胞は、抗体を産生し、免疫機能において重要な役割を果たす。しかしながら、これらの細胞の無制御な成長は、骨痛及び骨折、貧血、感染症、並びに他の合併症を引き起こす。多発性骨髄腫は、2番目に多い血液悪性腫瘍であるが、多発性骨髄腫の正確な原因は依然として不明である。多発性骨髄腫は、血液、尿、及び器官中に、限定されないが、M-タンパク質及び他の免疫グロブリン(抗体)、アルブミン、並びにβ2-ミクログロブリンを含む、高レベルのタンパク質を生じさせる。M-タンパク質は、単クローン性タンパク質の略であり、パラプロテインとしても知られるが、これは、骨髄腫形質細胞により産生される特に異常なタンパク質であり、ほぼ全ての多発性骨髄腫患者の血液又は尿中に見出すことができる。
骨痛を含む骨格の症状は、多発性骨髄腫の最も臨床的に顕著な症状の1つである。悪性形質細胞は、カルシウムを骨から浸出させて溶解性病変を引き起こす破骨細胞刺激因子(IL-1、IL-6、及びTNFを含む)を放出し;高カルシウム血症は別の症状である。破骨細胞刺激因子は、サイトカインとも呼ばれ、骨髄腫細胞のアポトーシス、すなわち、死を防ぐことができる。患者の50パーセントは、X線で検出可能な骨髄腫関連骨格病変を診断時に有する。多発性骨髄腫の他の一般的な臨床症状としては、多発性神経障害、貧血、過粘稠、感染症、及び腎不全が挙げられる。
骨髄間質細胞は、多発性骨髄腫の進行疾患及び化学療法に対する抵抗性を支持することがよく知られている。多発性骨髄腫細胞と間質細胞の相互作用を妨げることは、多発性骨髄腫化学療法のさらなる標的である。
骨髄異形成症候群(MDS)は、多様な造血幹細胞障害群を指す。MDSは、形態及び成熟の障害を有する細胞性骨髄(骨髄造血異常)、血液細胞数の低下、すなわち、血球減少をもたらす、無効な血液細胞産生、すなわち、無効造血、並びに無効な血液細胞産生に起因する急性骨髄性白血病への進行の高いリスクによって特徴付けることができる。メルクマニュアル953(The Merck Manual 953)(第17版、1999)及びListらの文献、1990, J Clin. Oncol. 8:1424を参照されたい。
相当な罹病率及び死亡率を有する造血幹細胞悪性腫瘍群として、MDSは高度に不均一な疾患であり、症状の重症度及び進行疾患は患者間で大きく異なり得る。リスク層別化及び治療選択肢を評価するための現在の標準的な臨床的手段は、改訂された国際予後スコアリングシステム(International Prognostic Scoring System)、すなわち、IPSS-Rである。IPSS-Rは、細胞遺伝学、骨髄中の芽球(未分化な血液細胞)のパーセンテージ、ヘモグロビンレベル、並びに血小板及び好中球数の評価に基づいて、患者を5つのリスク群(超低、低、中等度、高、超高)に区別する。WHOは、del(5q)異常によってMDS患者を層別化することも提案した。
ACSによれば、MDSの年間発生数は、米国で患者約13,000人であり、その大多数は60歳以上である。推定罹患者数は、米国で患者60,000人を超える。患者の約75％は、超低、低、及び中等度の、すなわち、まとめて低リスクMDSとして知られる、IPSS-Rリスクカテゴリーに入る。
初期の造血幹細胞損傷は、限定されないが、細胞毒性化学療法、放射線、ウイルス、化学物質曝露、及び遺伝的素質などの原因に由来するものであり得る。クローン性突然変異が骨髄全体で優位を占め、健康な幹細胞を抑制する。初期MDSにおいて、血球減少の主原因はプログラム細胞死(アポトーシス)の増加である。本疾患が進行し、白血病に転換するにつれて、遺伝子突然変異が稀に生じ、白血病細胞の増殖が健康な骨髄を圧倒する。本疾患の経過は、進行が遅い疾患として挙動する一部の症例と、非常に短い臨床経過で侵攻性に挙動し、白血病の急性型に転換する症例で異なる。
血液学者の国際的なグループである仏-米-英(FAB)共同グループは、MDS障害を5つの亜群に分類し、それらをAMLと区別した。メルクマニュアル954(The Merck Manual 954)(第17版、1999); Bennett J. M.らの文献、Ann. Intern. Med. 1985 October, 103(4): 620-5;及びBesa E. C.の文献、Med. Clin. North Am. 1992 May, 76(3): 599-617。患者の骨髄細胞における基礎となる3血球系異形成変化は、全ての亜型で見出される。
骨髄中の5パーセント以下の骨髄芽球により特徴付けられる不応性貧血には、以下の2つの亜群:(1)不応性貧血(RA)及び;(2)ミトコンドリアでの異常な鉄蓄積を反映する異常な環状鉄芽球を含む15％の赤血球細胞を有するものとして形態学的に定義される、環状鉄芽球を伴うRA(RARS)が存在する。どちらも臨床経過が長く、かつ急性白血病への進行の発生率が低い。Besa E. C.の文献、Med. Clin. North Am. 1992 May, 76(3): 599-617。
骨髄芽球が5パーセントよりも多い不応性貧血には、以下の2つの亜群:(1)6〜20％の骨髄芽球と定義される、芽球増加を伴うRA(RAEB)、及び(2)21〜30％の骨髄芽球を伴う形質転換期のRAEB(RAEB-T)が存在する。骨髄芽球のパーセンテージが高ければ高いほど、臨床経過はより短くなり、疾患は急性骨髄性白血病により近くなる。初期段階からより進行した段階への患者の移行は、これらの亜型が異なる実体ではなく、単に疾患の段階にすぎないことを示している。急性白血病へ進行する3血球系異形成を伴いかつ骨髄芽球が30％よりも多い高齢MDS患者は、化学療法に対するその応答率が新急性骨髄性白血病患者よりも低いので、不良な予後を有するとみなされることが多い。最も分類が難しい5番目のタイプのMDSはCMMLである。この亜型は、任意のパーセンテージの骨髄芽球を有することができるが、1000個/dL以上の単球増加を示す。これは脾腫を伴い得る。この亜型は骨髄増殖性障害と重複しており、かつ中間の臨床経過を有し得る。これは、陰性Ph染色体を特徴とする古典的CMLとは区別される。
MDSは主に高齢者の疾患であり、発症の中央値は70代である。これらの患者の年齢の中央値は65歳であり、年齢は30代前半から80歳以上の高齢まで幅がある。本症候群は、小児集団を含む、あらゆる年齢層で生じ得る。放射線治療の有無にかかわらず、アルキル化剤による悪性腫瘍治療を受けて生き延びた患者は、MDS又は二次性急性白血病の発生率が高い。患者の約60〜70％は、明らかな被爆もMDSの原因も有さず、原発性MDS患者に分類される。
MDSの治療は、疾患過程の特定の相で支配的である疾患の段階及び機序に基づいている。骨髄移植は、予後不良又は後期MDSの患者において使用されている。Epstein及びSleaseの文献、1985, Surg. Ann. 17:125。MDSの治療法の別のアプローチは、レシピエントにおける血液細胞の発生を刺激するための造血成長因子又はサイトカインの使用である。Dexterの文献、1987, J. Cell Sci. 88:1; Mooreの文献、1991, Annu. Rev. Immunol. 9:159;及びBesa E. C.の文献、Med. Clin. North Am. 1992 May, 76(3): 599-617。免疫調節化合物を用いたMDSの治療は、その全体が引用により本明細書中に組み込まれる、米国特許第7,189,740号に記載されている。
治療選択肢は、サポーティブケア、低強度療法、及び高強度療法を含む3つのカテゴリーに分類される。サポーティブケアは、血球数を向上させるための赤血球及び血小板輸血並びに赤血球生成刺激剤又はコロニー刺激因子などの造血サイトカインの使用を含む。低強度療法は、アザシチジン(Vidaza(登録商標))及びデシタビン(Dacogen(登録商標))などの低メチル化剤、レナリドミド(Revlimid(登録商標))などの生物応答修飾物質、並びにシクロスポリンA又は抗胸腺細胞グロブリンなどの免疫抑制治療を含む。高強度療法は、イダルビシン、アザシチジン、フルダラビン、及びトポテカンなどの化学療法剤、並びに造血幹細胞移植、すなわち、HSCTを含む。
全米総合癌ネットワーク(National Comprehensive Cancer Network)、すなわち、NCCNのガイドラインは、よりリスクの低い患者(IPSS-R群、超低、低、中等度)が、血液学的改善、すなわち、HIを主要な治療目的とする、サポーティブケア又は低強度療法を受けることを推奨した。NCCNガイドラインは、よりリスクの高い患者(IPSS-R群、高、超高)が高強度療法によるより侵襲性の高い治療を受けることを推奨した。場合により、高リスク患者は化学療法を忍容することができず、より低強度のレジメンを選ぶことができる。現在利用可能な治療にもかかわらず、MDS患者のかなりの部分に有効な治療法がなく、NCCNガイドラインは、臨床試験をさらなる臨床的選択肢として推奨した。MDSの治療は、新規の治療法の開発を必要とするまだ満たされていない重大なニーズである。
したがって、いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象の造血系癌をFTIで治療するか又はFTI治療のために造血系癌患者を選択する方法であって、該造血系癌患者が、KIR2DS2のキャリアもしくはKIR2DS5のキャリア、又はその両方であるか;或いは、
(i)造血系癌患者由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)造血系癌患者由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)造血系癌患者由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)造血系癌患者由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;
(v)造血系癌患者由来の試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いか;
(vi)造血系癌患者由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比がKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの参照比よりも高いか;もしくは
(vii)造血系癌患者由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比がKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの参照比よりも高いか;又は(i)〜(vii)の任意の組合せである、
方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象の造血系癌をFTIで治療するか又はFTI治療のために造血系癌患者を選択する方法である。血液癌には白血病が含まれ、これには、急性白血病(例えば、急性リンパ球性白血病、急性骨髄球性白血病、急性骨髄性白血病及び骨髄芽球、前骨髄球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病、及び赤白血病)、慢性白血病(例えば、慢性骨髄球性(myelocytic)(顆粒球性)白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄球性(myeloic)白血病、及び慢性リンパ球性白血病)、慢性骨髄単球性白血病、若年性骨髄単球性白血病、真性赤血球増加症、NK細胞白血病、リンパ腫、NK細胞リンパ腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(緩徐進行型及び高悪性度型)、多発性骨髄腫、末梢T細胞リンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、重鎖病、骨髄異形成症候群、特発性骨髄化生、家族性血球貪食性リンパ組織球症、有毛細胞白血病、並びに骨髄異形成が含まれる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される造血系癌は、AML、MDS、CMML、NK細胞リンパ腫、NK細胞白血病、CTCL、PTCL、CMLであることができる。いくつかの実施態様において、該造血系癌はAMLである。いくつかの実施態様において、該造血系癌はMDSである。いくつかの実施態様において、MDSは低リスクMDSである。いくつかの実施態様において、該造血系癌はCMMLである。CMMLは、低リスクCMML、中等度リスクCMML、又は高リスクCMMLであることができる。CMMLは骨髄異形成CMML又は骨髄増殖性CMMLであることができる。いくつかの実施態様において、CMMLはNRAS/KRAS野生型CMMLである。いくつかの実施態様において、該造血系癌はNKリンパ腫である。いくつかの実施態様において、該造血系癌はNK白血病である。いくつかの実施態様において、該造血系癌はCTCLである。いくつかの実施態様において、該造血系癌はPTCLである。いくつかの実施態様において、PTCLは不応性又は再燃性PTCLである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象のMDSをFTIで治療するか又はFTI治療のためにMDS患者を選択する方法であって、該MDS患者が、KIR2DS2、KIR2DS5、もしくはHLA-C2、又はこれらの任意の組合せのキャリアであるか;或いは
(i)MDS患者由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)MDS患者由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)MDS患者由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)MDS患者由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;
(v)MDS患者由来の試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いか;
(vi)MDS患者由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比がKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの参照比よりも高いか;もしくは
(vii)MDS患者由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比がKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの参照比よりも高いか;又はこれらの任意の組合せである、
方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象の低リスクMDSをFTIで治療するか又はFTI治療のために低リスクMDS患者を選択する方法であって、該低リスクMDS患者が、KIR2DS2、KIR2DS5、もしくはHLA-C2、又はこれらの任意の組合せのキャリアであるか;或いは
(i)MDS患者由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)MDS患者由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)MDS患者由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)MDS患者由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;
(v)MDS患者由来の試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いか;
(vi)低リスクMDS患者由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比がKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの参照比よりも高いか;もしくは
(vii)低リスクMDS患者由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比がKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの参照比よりも高いか;又はこれらの任意の組合せである、
方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象のAMLをFTIで治療するか又はFTI治療のためにAML患者を選択する方法であって、該AML患者が、KIR2DS2、KIR2DS5、もしくはHLA-C2、又はこれらの任意の組合せのキャリアであるか;或いは
(i)AML患者由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)AML患者由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)AML患者由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)AML患者由来の試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;
(v)AML患者由来の試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いか;
(vi)AML患者由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比がKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの参照比よりも高いか;もしくは
(vii)AML患者由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比がKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの参照比よりも高いか;又はこれらの任意の組合せである、
方法である。
いくつかの実施態様において、AML患者は寛解導入後である。いくつかの実施態様において、AML患者は移植後である。いくつかの実施態様において、AML患者は60歳を超えているか又はそうでなければ寛解導入に適さない。いくつかの実施態様において、AML患者は、65、70、又は75歳を超えている。いくつかの実施態様において、AML患者は標準化学療法に不応性である。いくつかの実施態様において、AML患者は再燃患者である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、固形腫瘍を治療する方法である。固形腫瘍は、通常は嚢胞も液体部分も含まない異常な組織塊である。固形腫瘍は良性又は悪性であることができる。固形腫瘍の様々なタイプは、それらを形成する細胞のタイプに因んで命名される(例えば、肉腫、癌腫、及びリンパ腫)。本発明の方法によって治療される固形腫瘍は、肉腫及び癌腫であることができ、これには、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、及び他の肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、リンパ性悪性腫瘍、膵癌、乳癌、肺癌、卵巣癌、前立腺癌、肝細胞癌、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、甲状腺髄様癌、甲状腺乳頭癌、褐色細胞腫、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、精上皮腫、膀胱癌、黒色腫、並びにCNS腫瘍(例えば、神経膠腫(例えば、脳幹神経膠腫及び混合神経膠腫)、膠芽腫(別名、多形性膠芽腫)、星細胞腫、CNSリンパ腫、胚細胞腫、髄芽腫、神経鞘腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、希突起膠腫、髄膜腫、神経芽腫、網膜芽腫、並びに脳転移)が含まれる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、固形腫瘍を治療する方法であり、ここで、固形腫瘍は、悪性黒色腫、副腎癌、乳癌、腎細胞癌、膵臓の癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、又は原発不明の癌である。様々なタイプ又は段階の固形腫瘍を有する患者に一般に投与される薬物としては、セレブレックス、エトポシド、シクロホスファミド、ドセタキセル、アペシタビン(apecitabine)、IFN、タモキシフェン、IL-2、GM-CSF、又はこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される固形腫瘍は、甲状腺癌、頭頸部癌、尿路上皮癌、唾液腺癌、上部消化管の癌、膀胱癌、乳癌、卵巣癌、脳腫瘍、胃癌、前立腺癌、肺癌、結腸癌、皮膚癌、肝臓癌、及び膵癌であることができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される膀胱癌は移行細胞癌であることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される固形腫瘍は、癌腫、黒色腫、肉腫、又は慢性肉芽腫性疾患からなる群から選択されることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される前悪性状態は、光線性口唇炎、バレット食道、萎縮性胃炎、非浸潤性乳管癌、先天性角化異常症、鉄欠乏性嚥下障害、扁平苔癬、口腔粘膜下線維症、日光弾力線維症、子宮頸部異形成、ポリープ、白板症、紅板症、扁平上皮内病変、前悪性障害、又は前悪性免疫増殖性障害であることができる。
(3.6.例示的なFTI及び投薬量)
いくつかの実施態様において、対象の癌を治療する方法は、対象をKIRタイピングすること、及びチピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含み、ここで、対象は、KIR2DS2もしくはKIR2DS5のキャリア、又はKIR2DS2とKIR2DS5の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はHLA-C2のキャリアでもある。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、対象の癌を治療する方法は、対象由来の試料におけるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、該バイオマーカーは、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される)、並びにチピファルニブの治療有効量を対象に投与すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;もしくは
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高いか;又は(i)〜(v)の任意の組合せである)
を含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
さらに、対象の癌を治療する方法は、対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること、並びにチピファルニブの治療有効量を対象に投与すること(ここで、
(i)該試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも高いか;もしくは
(ii)該試料における2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも高いか;又は(i)と(ii)の両方である)
を含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、対象の血液癌を治療する方法は、対象をKIRタイピングすること、及びチピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含み、ここで、対象は、KIR2DS2もしくはKIR2DS5のキャリア、又はKIR2DS2とKIR2DS5の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はHLA-C2のキャリアでもある。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、対象の血液癌を治療する方法は、対象由来の試料におけるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、該バイオマーカーは、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される)、並びにチピファルニブの治療有効量を対象に投与すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;もしくは
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高いか;又は(i)〜(v)の任意の組合せである)
を含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、対象の血液癌を治療する方法は、対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること、並びにチピファルニブの治療有効量を対象に投与すること(ここで、
(i)該試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも高いか;もしくは
(ii)該試料における2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも高いか;又は(i)と(ii)の両方である)
を含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、対象の低リスクMDSを治療する方法は、対象をKIRタイピングすること、及びチピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含み、ここで、対象は、KIR2DS2もしくはKIR2DS5のキャリア、又はKIR2DS2とKIR2DS5の両方のキャリアである。いくつかの実施態様において、対象はHLA-C2のキャリアでもある。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、対象の低リスクMDSを治療する方法は、対象由来の試料におけるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、該バイオマーカーは、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される)、並びにチピファルニブの治療有効量を対象に投与すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;もしくは
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高いか;又は(i)〜(v)の任意の組合せである)
を含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
さらに、対象の低リスクMDSを治療する方法は、対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること、並びにチピファルニブの治療有効量を対象に投与すること(ここで、
(i)該試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも高いか;もしくは
(ii)該試料における2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも高いか;又は(i)と(ii)の両方である)
を含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、FTIは、経口、非経口、経直腸、又は局所投与される。いくつかの実施態様において、FTIは経口投与される。
いくつかの実施態様において、チピファルニブは、経口、非経口、経直腸、又は局所投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは経口投与される。
いくつかの実施態様において、FTIは、1〜1000mg/kg体重の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日2回投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、200〜1200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、600mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、900mgの用量で投与される。
いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1〜1000mg/kg体重の用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは1日2回投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1日2回、200〜1200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1日2回、600mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1日2回、900mgの用量で投与される。
いくつかの実施態様において、FTIは治療サイクルで投与される。いくつかの実施態様において、FTIは隔週で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で経口投与される。
いくつかの実施態様において、チピファルニブは治療サイクルで投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは隔週で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で経口投与される。
いくつかの実施態様において、FTIは、少なくとも3サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、少なくとも6サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、最大12サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、少なくとも3サイクルの間、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。
いくつかの実施態様において、チピファルニブは、少なくとも3サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、少なくとも6サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、最大12サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、少なくとも3サイクルの間、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。
いくつかの実施態様において、対象の低リスクMDSを治療する方法は、対象をKIRタイピングすること、及びチピファルニブを対象に投与することを含み、ここで、対象は、KIR2DS2もしくはKIR2DS5のキャリア、又はKIR2DS2とKIR2DS5の両方のキャリアであり、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、対象はHLA-C2のキャリアでもある。
いくつかの実施態様において、対象の低リスクMDSを治療する方法は、対象由来の試料におけるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、該バイオマーカーは、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択される)、並びにチピファルニブを対象に投与すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;もしくは
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高いか;又は(i)〜(v)の任意の組合せであり;かつチピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される)
を含む。
さらに、対象の低リスクMDSを治療する方法は、対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること、並びにチピファルニブを対象に投与すること(ここで、
(i)該試料における2DS2/2DL2比は参照2DS2/2DL2比よりも高いか;もしくは
(ii)該試料における2DS5/2DL5比は参照2DS5/2DL5比よりも高いか;又は(i)と(ii)の両方であり;かつチピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される)
を含む。
(3.7.キット)
ある実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象をKIRタイピングするためのキットである。いくつかの実施態様において、キットは、1以上のKIR遺伝子のゲノムDNA、cDNA、又はmRNAに特異的に結合する1以上のプローブを含む。KIR遺伝子としては、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIRDL5、又はこれらの任意の組合せを挙げることができる。いくつかの実施態様において、キットは、HLAタイピング用の薬剤をさらに含むことができる。HLAタイピング用の薬剤は、1以上のHLA遺伝子のゲノムDNA、cDNA、又はmRNAに特異的に結合する1以上のプローブであることができる。HLA遺伝子としては、HLA-C1、HLA-C2、又はその両方を挙げることができる。
ある実施態様において、キットは洗浄溶液をさらに含む。ある実施態様において、キットは、ゲノムDNAの単離又は精製手段、検出手段のための試薬、並びに陽性対照及び陰性対照をさらに含む。ある実施態様において、キットは、該キットの使用説明書をさらに含む。いくつかの実施態様において、キットは、FTI又はFTIを有する薬理学的組成物をさらに含む。キットは、家庭内使用、臨床使用、又は研究使用に合わせて作ることができる。
ある実施態様において、本明細書に提供されるのは、1以上のバイオマーカーのmRNAレベルを検出するためのキットである。1以上のバイオマーカーは、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIRDL5、及びGZMMからなる群から選択される。ある実施態様において、キットは、1以上のバイオマーカーのmRNAに特異的に結合する1以上のプローブを含む。ある実施態様において、キットは洗浄溶液をさらに含む。ある実施態様において、キットは、ハイブリダイゼーションアッセイを行うための試薬、mRNAの単離又は精製手段、検出手段、並びに陽性対照及び陰性対照をさらに含む。ある実施態様において、キットは、該キットの使用説明書をさらに含む。いくつかの実施態様において、キットは、FTI又はFTIを有する薬理学的組成物をさらに含む。キットは、家庭内使用、臨床使用、又は研究使用に合わせて作ることができる。
ある実施態様において、本明細書に提供されるのは、1以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを検出するためのキットである。1以上のバイオマーカーは、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIRDL5、及びGZMMからなる群から選択される。ある実施態様において、キットは、タンパク質バイオマーカーを認識する抗体でコーティングされたディップスティック、洗浄溶液、アッセイを行うための試薬、タンパク質の単離又は精製手段、検出手段、並びに陽性対照及び陰性対照を含む。ある実施態様において、キットは、該キットの使用説明書をさらに含む。いくつかの実施態様において、キットは、FTI又はFTIを有する薬理学的組成物をさらに含む。キットは、家庭内使用、臨床使用、又は研究使用に合わせて作ることができる。
本明細書に提供されるキットは、例えば、ディップスティック、メンブレン、チップ、ディスク、検査ストリップ、フィルター、マイクロスフェア、スライド、マルチウェルプレート、又は光ファイバーを利用することができる。該キットの固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、メンブレン、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、キャピラリー、フィルム、プレート、又はスライドであることができる。試料は、例えば、血液試料、骨髄試料、細胞培養物、細胞株、組織、口腔組織、消化管組織、器官、オルガネラ、生体液、尿試料、又は皮膚試料であることができる。生体試料は、例えば、リンパ節生検、骨髄生検、又は末梢血腫瘍細胞の試料であることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるキットは、RT-PCR、qPCR、ディープシークエンシング、NGS、又はマイクロアレイを実施するための1以上の容器及び構成要素を含む。ある実施態様において、本明細書に提供されるキットは、フローサイトメトリー又は免疫蛍光によってバイオマーカーの発現を検出するための手段を利用する。他の実施態様において、バイオマーカーの発現は、ELISAベースの方法又は当技術分野で公知の他の同様の方法によって測定される。
ある実施態様において、本明細書に提供されるキットは、タンパク質を単離するための構成要素を含む。別の具体的な実施態様において、医薬用キット又はアッセイ用キットは、容器中に、FTI又はFTIを有する医薬組成物を含み、かつ1以上の容器中に、フローサイトメトリー又はELISAを実施するための構成要素をさらに含む。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、特定の遺伝子の存在、又は本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子もしくは遺伝子のサブセット(例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、もしくはそれより多くの遺伝子)の遺伝子産物のうちの1つもしくは複数の存在量を測定するのに必要な材料を提供する、バイオマーカーを測定するためのキットである。そのようなキットは、DNA、RNA、又はタンパク質を測定するのに必要とされる材料及び試薬を含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットはマイクロアレイを含み、ここで、該マイクロアレイは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子もしくは遺伝子のサブセットのうちの1つもしくは複数のDNAもしくはmRNA転写産物、又はこれらの任意の組合せのうちの1つ又は複数にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド及び/又はDNA断片及び/又はRNA断片から構成される。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、遺伝子又は遺伝子のサブセットのDNA、RNA産物、又はRNA産物のcDNAコピーのいずれかのPCR用のプライマーを含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、PCR用のプライマー及び定量的PCR用のプローブを含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、複数のプライマー及び複数のプローブを含むことができ、ここで、該プローブのうちのいくつかは、1つの遺伝子産物又は複数の遺伝子産物の複数の産物の多重化を可能にするために様々なフルオロフォアを有する。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、試料から単離されたRNAからcDNAを合成するための材料及び試薬を含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットのタンパク質産物に特異的な抗体を含むことができる。そのようなキットは、生体試料からRNA及び/又はタンパク質を単離するための材料及び試薬をさらに含むことができる。いくつかの実施態様において、そのようなキットは、患者がFTIに対して臨床的に感受性があるかどうかを予測するためのコンピュータ可読媒体に組み込まれたコンピュータプログラム製品を含むことができる。いくつかの実施態様において、キットは、コンピュータ可読媒体に組み込まれたコンピュータプログラム製品を説明書とともに含むことができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットの1以上の核酸配列の発現を測定するためのキット。具体的な実施態様において、そのようなキットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットと関連する1以上の核酸配列の発現を測定する。この実施態様に従って、キットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットの特定の核酸配列産物の発現を測定するのに必要である材料及び試薬を含むことができる。例えば、マイクロアレイ又はRT-PCRキットは、特定の条件のために製造され、かつ患者の血液癌が化合物に対して臨床的に感受性があるかどうかを予測するための本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子又は遺伝子のサブセットの特定のRNA転写産物のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料のみを含むことができる。或いは、いくつかの実施態様において、キットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの任意の特定の遺伝子の特定の核酸配列の発現を測定するのに必要とされるものに限定されない材料及び試薬を含むことができる。例えば、ある実施態様において、キットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子以外の少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、又はそれより多くの遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料に加えて、本明細書に提供されるバイオマーカーのうちの1つ、2つ、3つ、4つ、又は5つの発現のレベルを測定するのに必要な材料及び試薬を含む。他の実施態様において、キットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子のうちの少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、もしくはそれより多く、及び本明細書に提供されるバイオマーカーのものではない遺伝子である1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225、250、300、350、400、450、もしくはそれより多くの遺伝子、又は本明細書に提供されるバイオマーカーのものではない遺伝子である1〜10、1〜100、1〜150、1〜200、1〜300、1〜400、1〜500、1〜1000、25〜100、25〜200、25〜300、25〜400、25〜500、25〜1000、100〜150、100〜200、100〜300、100〜400、100〜500、100〜1000、もしくは500〜1000の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含む。
核酸マイクロアレイキットに関して、キットは、通常、固体支持体表面に付着したプローブを含む。1つのそのような実施態様において、プローブは、オリゴヌクレオチド又は長さ150ヌクレオチドから長さ800ヌクレオチドの範囲のプローブを含むより長いプローブのいずれかであることができる。プローブは、検出可能な標識に付着させることができる。具体的な実施態様において、プローブは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子産物のうちの1つ又は複数に特異的である。マイクロアレイキットは、アッセイを実施するための説明書、並びに該アッセイの実施から得られるデータを解釈及び分析する方法を含むことができる。具体的な実施態様において、キットは、患者の血液癌がFTIに対して臨床的に感受性があるかどうかを予測するための説明書を含む。キットは、ハイブリダイゼーション試薬及び/又はプローブが標的核酸配列にハイブリダイズするときに産生されるシグナルを検出するのに必要な試薬も含むことができる。通常、マイクロアレイキットの材料及び試薬は1以上の容器に入っている。キットの各々の構成要素は、通常、それ自体の好適な容器に入っている。
ある実施態様において、核酸マイクロアレイキットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子以外の少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、又はそれより多くの遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料に加えて、本明細書に提供されるバイオマーカーの同定された遺伝子のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、15、20、25、30、35、40、45、50、もしくはそれより多く、又はこれらの組合せの発現のレベルを測定するのに必要な材料及び試薬を含む。他の実施態様において、核酸マイクロアレイキットは、本明細書に提供されるバイオマーカーの遺伝子のうちの少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、もしくはそれより多く、又はこれらの任意の組合せ、及び本明細書に提供されるバイオマーカーのものではない1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225、250、300、350、400、450、もしくはそれより多くの遺伝子、又は本明細書に提供されるバイオマーカーのものではない1〜10、1〜100、1〜150、1〜200、1〜300、1〜400、1〜500、1〜1000、25〜100、25〜200、25〜300、25〜400、25〜500、25〜1000、100〜150、100〜200、100〜300、100〜400、100〜500、100〜1000、もしくは500〜1000の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含む。
定量的PCRに関して、キットは、特定の核酸配列に特異的な予め選択されたプライマーを含むことができる。定量的PCRキットは、核酸を増幅するのに好適な酵素(例えば、Taqなどのポリメラーゼ)、並びに増幅のための反応混合物に必要とされるデオキシヌクレオチド及びバッファーも含むことができる。定量的PCRキットは、疾病と関連するか又は疾病を示唆する核酸配列に特異的なプローブを含むこともできる。該プローブは、フルオロフォアで標識することができる。該プローブは、クエンチャー分子で標識することもできる。いくつかの実施態様において、定量的PCRキットは、逆転写のための酵素(例えば、AMV、MMLVなどの逆転写酵素)及びプライマーを含む、RNAの逆転写に好適な構成要素を、逆転写反応に必要とされるデオキシヌクレオチド及びバッファーと一緒に含むこともできる。定量的PCRキットの各々の構成要素は、通常、それ自体の好適な容器に入っている。したがって、これらのキットは、通常、各々の個々の試薬、酵素、プライマー、及びプローブに好適な別々の容器を含む。さらに、定量的PCRキットは、アッセイを実施するための説明書、並びに該アッセイの実施から得られるデータを解釈及び分析する方法を含むことができる。具体的な実施態様において、キットは、患者の血液癌が化合物に対して臨床的に感受性があるかどうかを予測するための説明書を含む。
抗体ベースのキットに関して、キットは、例えば:(1)対象となるポリペプチド又はタンパク質に結合する第一の抗体;及び任意に(2)該ポリペプチドもしくはタンパク質か、又は第一の抗体かのいずれかに結合し、かつ検出可能な標識(例えば、蛍光標識、放射性同位体、又は酵素)にコンジュゲートされている第二の異なる抗体を含むことができる。第一の抗体は、固体支持体に付着させることができる。具体的な実施態様において、対象となるポリペプチド又はタンパク質は、本明細書に提供されるバイオマーカーである。抗体ベースのキットは、免疫沈降を実施するためのビーズを含むこともできる。抗体ベースのキットの各々の構成要素は、通常、それ自体の好適な容器に入っている。したがって、これらのキットは、通常、各々の抗体に好適な別々の容器を含む。さらに、抗体ベースのキットは、アッセイを実施するための説明書、並びに該アッセイの実施から得られるデータを解釈及び分析する方法を含むことができる。具体的な実施態様において、キットは、患者の血液癌がFTIに対して臨床的に感受性があるかどうかを予測するための説明書を含む。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるキットは、本明細書に提供されるFTI、又はFTIを有する医薬組成物を含む。キットは、本明細書に開示されるもの、例えば、DNA低メチル化剤、癌抗原に特異的に結合する治療抗体、造血成長因子、サイトカイン、抗癌剤、抗生物質、COX-2阻害剤、免疫調整剤、抗胸腺細胞グロブリン、免疫抑制剤、又はコルチコステロイドを含むが、これらに限定されない、さらなる活性剤をさらに含むことができる。
本明細書に提供されるキットは、FTI又は他の活性成分を投与するために使用される装置をさらに含むことができる。そのような装置の例としては、注射器、点滴バッグ、パッチ、及び吸入器が挙げられるが、これらに限定されない。
キットは、移植用の細胞又は血液及び1以上の活性成分を投与するために使用することができる医薬として許容し得るビヒクルをさらに含むことができる。例えば、活性成分が、非経口投与のために再構成されなければならない固体形態で提供される場合、キットは、該活性成分を溶解させて、非経口投与に好適である微粒子不含滅菌溶液を形成させることができる好適なビヒクルの密封容器を含むことができる。医薬として許容し得るビヒクルの例としては:注射用水USP;水性ビヒクル、例えば、限定されないが、塩化ナトリウム注射液、リンガー注射液、デキストロース注射液、デキストロース及び塩化ナトリウム注射液、並びに乳酸リンガー注射液;水混和性ビヒクル、例えば、限定されないが、エチルアルコール、ポリエチレングリコール、及びポリプロピレングリコール;並びに非水性ビヒクル、例えば、限定されないが、トウモロコシ油、綿実油、ピーナッツ油、ゴマ油、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピル、及び安息香酸ベンジルが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書に提供される方法及びキットのある実施態様において、固相支持体は、タンパク質を精製するか、試料を標識するか、又は固相アッセイを実施するために使用される。本明細書に開示される方法を実施するのに好適な固相の例としては、ビーズ、粒子、コロイド、単一表面、チューブ、マルチウェルプレート、マイクロタイタープレート、スライド、メンブレン、ゲル、及び電極が挙げられる。固相が粒状材料(例えば、ビーズ)である場合、それを、一実施態様において、マルチウェルプレートのウェルに分配して、固相支持体の並列処理を可能にする。
本開示のキットは補助試薬を含むことができる。いくつかの実施態様において、補助試薬は、二次抗体、検出試薬、検出バッファー、固定バッファー、希釈バッファー、洗浄バッファー、又はこれらの任意の組合せであることができる。
二次抗体は、モノクローナル又はポリクローナル抗体であることができる。二次抗体は、ウシ、マウス、ラット、ハムスター、ヤギ、ラクダ、ニワトリ、ウサギ、及びその他を含む、任意の哺乳動物生物から得ることができる。二次抗体としては、例えば、抗ヒトIgA抗体、抗ヒトIgD抗体、抗ヒトIgE抗体、抗ヒトIgG抗体、又は抗ヒトIgM抗体を挙げることができる。二次抗体は、酵素(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)、アルカリホスファターゼ(AP)、ルシフェラーゼなど)又は色素(例えば、発色色素、蛍光色素、蛍光共鳴エネルギー転移(FRET)色素、時間分解(TR)-FRET色素など)にコンジュゲートすることができる。いくつかの実施態様において、二次抗体は、HRPコンジュゲートされているポリクローナルウサギ抗ヒトIgG抗体である。
当技術分野で公知の任意の検出試薬を本開示のキットに含めることができる。いくつかの実施態様において、該検出試薬は、発色検出試薬、蛍光検出試薬、又は化学発光検出試薬である。いくつかの実施態様において、発色検出試薬としては、PNPP(p-ニトロフェニルホスフェート)、ABTS(2,2'-アジノ-ビス(3-エチルベンゾチアゾリン-6-スルホン酸))、又はOPD(o-フェニレンジアミン)が挙げられる。いくつかの実施態様において、蛍光検出試薬としては、QuantaBlu(商標)又はQuantaRed(商標)(Thermo Scientific, Waltham, MA)が挙げられる。いくつかの実施態様において、発光検出試薬としては、ルミノール又はルシフェリンが挙げられる。いくつかの実施態様において、該検出試薬には、トリガー(例えば、H2O2)及びトレーサー(例えば、イソルミノールコンジュゲート)が含まれる。
当技術分野で公知の任意の検出バッファーを本開示のキットに含めることができる。いくつかの実施態様において、該検出バッファーは、クエン酸塩-リン酸塩バッファー(例えば、約pH 4.2)である。
当技術分野で公知の任意の停止溶液を本開示のキットに含めることができる。本開示の停止溶液は、該検出試薬及び対応するアッセイシグナルのさらなる顕色を終結又は遅延させる。停止溶液としては、例えば、低pHバッファー(例えば、グリシンバッファー、pH 2.0)、カオトロピック剤(例えば、塩化グアニジウム、ドデシル硫酸ナトリウム(SDS))、又は還元剤(例えば、ジチオスレイトール、メルカプトエタノール)などを挙げることができる。
いくつかの実施態様において、補助試薬は固定試薬であり、これは、共有結合的及び非共有結合的固定試薬を含む、当技術分野で公知の任意の固定試薬であることができる。共有結合的固定試薬は、ペプチド又は核酸を表面に共有結合的に固定するために使用することができる任意の化学的又は生物学的試薬を含むことができる。共有結合的固定試薬としては、例えば、カルボキシルとアミンの反応基(例えば、カルボジイミド、例えば、EDCもしくはDCC)、アミン反応基(例えば、N-ヒドロキシスクシンイミド(NHS)エステル、イミドエステル)、スルフヒドリル反応架橋剤(例えば、マレイミド、ハロアセチル、ピリジルジスルフィド)、カルボニル反応架橋基(例えば、ヒドラジド、アルコキシアミン)、光反応性架橋剤(例えば、アリールアジド、ジジリン(dizirines))、又は化学選択的ライゲーション基(例えば、シュタウディンガー反応ペア)を挙げることができる。非共有結合的固定試薬としては、ペプチド又は核酸を表面に非共有結合的に固定するために使用することができる任意の化学的又は生物学的試薬、例えば、親和性タグ(例えば、ビオチン)又は捕捉試薬(例えば、ストレプトアビジンもしくは抗タグ抗体、例えば、抗His6もしくは抗Myc抗体)が挙げられる。
本開示のキットは、固定試薬の組合せを含むことができる。そのような組合せとしては、例えば、本開示のタンパク質を、表面、例えば、カルボキシル化デキストランマトリックスに(例えば、BIAcore(商標) CM5チップ又はデキストランベースのビーズに)固定するために使用することができる、例えば、EDCとNHSが挙げられる。固定試薬の組合せを予め混合された試薬組合せとして保存するか、又は該組合せの1以上の固定試薬を他の固定試薬と別々に保存することができる。
幅広く選択される洗浄バッファーは当技術分野で公知であり、これには、トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン(Tris)系バッファー(例えば、Tris緩衝生理食塩水、TBS)又はリン酸バッファー(例えば、リン酸緩衝生理食塩水、PBS)などがある。洗浄バッファーは、洗剤、例えば、イオン性又は非イオン性洗剤を含むことができる。いくつかの実施態様において、洗浄バッファーは、Tween(登録商標)20(例えば、約0.05％Tween(登録商標)20)を含むPBSバッファー(例えば、約pH 7.4)である。
当技術分野で公知の任意の希釈バッファーを本開示のキットに含めることができる。希釈バッファーは、キャリアタンパク質(例えば、ウシ血清アルブミン、BSA)及び洗剤(例えば、Tween(登録商標)20)を含むことができる。いくつかの実施態様において、希釈バッファーは、BSA(例えば、約1％BSA)及びTween(登録商標)20(例えば、約0.05％Tween(登録商標)20)を含むPBS(例えば、約pH 7.4)である。
いくつかの実施態様において、本開示のキットは、自動アッセイシステムのためのクリーニング試薬を含む。自動アッセイシステムは、任意のメーカーによるシステムを含むことができる。いくつかの実施態様において、自動アッセイシステムとしては、例えば、BIO-FLASHTM、BEST 2000TM、DS2TM、ELx50 WASHER、ELx800 WASHER、及びELx800 READERが挙げられる。クリーニング試薬としては、当技術分野で公知の任意のクリーニング試薬を挙げることができる。
例えば、1以上の試薬、例えば、限定するものではないが、核酸プライマー、固体支持体などに関する、上記の実施態様の任意の組合せも、本明細書に提供される様々な方法及び/又はキットのいずれかに関して企図されることに留意する。
(4. FTI治療のバイオマーカーとしての野生型K-Ras及びN-Ras)
本明細書に提供されるのは、FTIによる治療のために癌患者を選択する方法であり、これは、部分的に、Rasの突然変異状況がFTIの臨床的利益と関連しており、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測するために使用することができるという発見に基づいている。したがって、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるRasの突然変異状況に基づいて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測する方法、FTI治療のために癌患者集団を選択する方法、及び対象の癌をFTIの治療有効量で治療する方法である。
(4.1. Ras突然変異状況)
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras、N-Ras、又はその両方の突然変異状況に基づいて、対象の癌を治療する方法である。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるRas突然変異の有無を決定すること(ここで、該Ras突然変異は、K-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を含む)、及びその後、(b)該試料がK-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、FTIの治療有効量を該対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるK-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がK-Ras突然変異を欠くと決定された場合、FTIの治療有効量を該対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Rasを有すると決定される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるN-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、FTIの治療有効量を該対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型N-Rasを有すると決定される。
いくつかの実施態様において、K-Ras突然変異はKA-Ras突然変異である。いくつかの実施態様において、K-Ras突然変異はKB-Ras突然変異である。いくつかの実施態様において、K-Ras突然変異は、KA-Ras突然変異とKB-Ras突然変異の組合せである。K-Ras突然変異は、KA-Ras、KB-Ras、又はその両方のG12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける突然変異を含むことができる。いくつかの実施態様において、KA-Ras突然変異は、アミノ酸置換G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61 K、Q61 H、Q61 L、Q61 P、Q61 R、及びA146Vからなる群から選択される突然変異を含むことができる。いくつかの実施態様において、KB-Ras突然変異は、アミノ酸置換G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61 K、Q61 H、Q61 L、Q61 P、Q61 R、及びA146Vからなる群から選択される突然変異を含むことができる。
いくつかの実施態様において、Ras突然変異はN-Ras突然変異である。いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異は、G12、G13、G15、G60、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける少なくとも1つの突然変異を含むことができる。いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異は、G12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける少なくとも1つの突然変異を含むことができる。いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異は、アミノ酸置換G12C、G12D、G12F、G12S、G12A、G12V、G12R、G13C、G13R、G13A、G13D、G13V、G15W、G60E、Q61P、Q61L、Q61R、Q61K、Q61H、及びQ61Eからなる群から選択される少なくとも1つの突然変異を含むことができる。
いくつかの実施態様において、該試料は、K-RasのG12、G13、及びQ61におけるアミノ酸置換を有さず、また、N-RasのG12、G13、及びQ61におけるアミノ酸置換を有さないと決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、K-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さないと決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及び該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、FTIの治療有効量を該対象に投与することをさらに含む。
いくつかの実施態様において、H-Ras突然変異は、G12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける突然変異である。いくつかの実施態様において、H-Ras突然変異は、G12R、G12V、G13C、G13R、Q61L、及びQ61Rのアミノ酸置換からなる群から選択される突然変異であることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras及びN-Rasの突然変異状況に基づいて、対象の癌を治療する方法であって、(a)対象由来の試料におけるK-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の有無を決定すること、並びにその後、(b)該試料がK-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さない場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む、方法である。いくつかの実施態様において、該方法は、該試料が野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有する場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、H-Rasの突然変異状況を決定すること、及びその後、対象の試料が、K-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さないが、H-Ras突然変異を有する場合、FTIの治療有効量を対象に投与することをさらに含む。
本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるRasの突然変異状況に基づいて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測する方法、FTI治療のために癌患者集団を選択する方法、及び対象の癌をFTIの治療有効量で治療する方法である。いくつかの実施態様において、該方法は、治療を開始する前に、対象由来の試料におけるRas突然変異の有無を決定することを含む。K-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さない腫瘍又は癌は、患者がFTI治療に応答する可能性があることを示す。いくつかの実施態様において、患者は、K-Ras突然変異又はN-Ras突然変異の欠如に基づいて、FTI治療のために選択される。いくつかの実施態様において、患者は、K-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の欠如に基づいて、FTI治療のために選択される。いくつかの実施態様において、患者は、H-Ras突然変異の存在に基づいてさらに選択される。Rasの突然変異状況は、核酸又はタンパク質レベルで検出することができる。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、試料から取得された核酸を解析することにより決定される。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、試料から取得されたタンパク質を解析することにより決定される。
本明細書に提供される方法で使用することができる技法としては、放射性同位体又はフルオロフォア標識プローブを用いるインサイチュハイブリダイゼーション(Stolerの文献、Clin. Lab. Med. 12:215-36(1990);ポリメラーゼ連鎖反応(PCR);定量的サザンブロッティング、ドットブロッティング、及び個々の遺伝子を定量するための他の技法が挙げられる。いくつかの実施態様において、遺伝子増幅の評価のために選択されるプローブ又はプライマーは、密接に関連する相同遺伝子の検出を回避するために極めて特異的である。或いは、DNA二重鎖、RNA二重鎖、及びDNA-RNAハイブリッド二重鎖又はDNA-タンパク質二重鎖を含む、特異的な二重鎖を認識することができる抗体を利用することができる。次に、抗体を標識し、二重鎖が表面に結合する場合は、アッセイを実施することができ、したがって、二重鎖が表面で形成されたとき、二重鎖に結合した抗体の存在を検出することができる。
いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、試料から取得された核酸を解析することにより決定される。核酸は、試験対象由来のmRNA又はゲノムDNA分子であることができる。核酸を解析することによってRas突然変異状況を決定する方法は、当技術分野で周知である。いくつかの実施態様において、該方法は、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、変性高速液体クロマトグラフィー(DHPLC)、又は制限断片長多型(RFLP)アッセイを含む。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、例えば、サンガーシークエンシング、次世代シークエンシング(NGS)を含む、標準的なシークエンシング法を用いて決定される。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況はMSを用いて決定される。
いくつかの実施態様において、該方法は、PCRにより試料からRas核酸を増幅することによってRas突然変異の有無を決定することを含む。例えば、使用することができるPCR技術及びプライマー対は当業者に公知である(例えば、Changらの文献、Clinical Biochemistry, 43(2010), 296-301; WO2015144184号)。例えば、マルチプレックスPCRを用いて、エクソン2及び3に対する2対の汎用プライマーで、N-、H-、又はK-Ras遺伝子のエクソン2のコドン12及び13並びにエクソン3のコドン61を増幅することができる。例えば、以下のプライマーを使用することができる:
Figure 0006630742
本明細書で使用される場合、文字はIUPAC表記法に従って使用されており、例えば、「Y」はピリミジンを意味し、「K」は、ケト、例えば、G又はCを意味し、「R」はプリンを意味し、「B」は、C、G、又はTを意味し、「D」は、A、G、又はTを意味し、「M」は、A、Cを意味し、「V」は、A、C、又はGを意味する。
マルチプレックスPCR増幅の後、産物を、PCR-M(商標)クリーンアップシステム(Viogenebiotek Co., Sunnyvale, CA, USA)を用いて精製し、プライマー及び取り込まれなかったデオキシヌクレオチド3リン酸を除去することができる。その後、精製DNAを、0.5×TBE中の1％アガロースゲルで半定量し、臭化エチジウムで染色することにより可視化することができる。その後、Changらの文献、Clinical Biochemistry 43(2010), 296-301に開示されているようなプライマー、例えば、以下のものなどを用いて、産物をプライマー伸長解析に供することができる:
Figure 0006630742
コドン12、13、又は61のいずれかに対する様々な濃度(例えば、0.03〜0.6μM)のプローブを、1.5μlの精製PCR産物、並びにAmpliTaq(登録商標) DNAポリメラーゼ及び蛍光標識ジデオキシヌクレオチド3リン酸(ddNTP)(RGG標識ジデオキシアデノシン3リン酸、TAMRA標識ジデオキシシチジン3リン酸、ROX標識ジデオキシチミジン3リン酸、及びR110標識ジデオキシグアノシン3リン酸)を含む4μlのABI PRISM SNaPshotマルチプレックスキット(Applied Biosystems, Foster City, CA)を含む反応液中で利用することができる。その後、各々10μlの混合物を、96℃で10秒間の変性工程並びに55℃で35秒間のプライマーアニーリング及び伸長からなる25回の1塩基伸長サイクルに供することができる。サイクル伸長の後、取り込まれなかった蛍光ddNTPを1μlのエビアルカリホスファターゼ(United States Biochemical社、Cleveland, USA)とともに37℃で1時間インキュベートし、その後、酵素を75℃で15分間不活化させることができる。その後、プライマー伸長反応産物を、キャピラリー電気泳動プラットフォームで、自動キャピラリー電気泳動により分離することができ、例えば、14μlのHi-Di(商標)ホルムアミド(Applied Biosystems)及び0.28μlのGeneScan(商標)-120LIZ(登録商標)サイズ標準(Applied Biosystems)を6μlのプライマー伸長産物に添加した。その後、全ての試料を、例えば、メーカーの指示に従って、GeneScan(商標) 3.1(Applied Biosystems)を用いて、ABI Prism 310 DNA Genetic Analyzer(Applied Biosystems)で解析することができる。
本明細書に提供されるのは、FTI治療からの恩恵を受ける可能性がある癌患者を選択する方法であって、Ras核酸を患者の腫瘍試料から増幅すること及び増幅された核酸をシークエンシングすることにより、Ras突然変異の有無を決定することを含む、方法である。したがって、Ras核酸を、上で開示されているようなプライマーを用いて増幅し、シークエンシングすることができる。例えば、K-Ras、N-Ras、及びH-Ras核酸を上で開示されているようなPCRによって増幅し、その後、シークエンシング用に、例えば、TOPO TAクローニングキット(Invitrogen)を用いてサブクローニングすることができる。
上記の発明的方法において、RAS核酸は、当業者に公知の任意の方法によって、患者の腫瘍試料から取得することができる。例えば、任意の市販のキット、例えば、Qlamp DNAミニキット、又はRNeasyミニキット(Qiagen, Hilden, Germany)などを用いて、ゲノムDNA、又はmRNAを腫瘍試料から単離することができる。例えば、mRNAが患者の腫瘍試料から単離された場合、cDNA合成は、当技術分野における任意の公知の技術に従って、本明細書に開示される方法の前に実施することができる。
例えば、腫瘍から単離される核酸は、例えば、ゲノムDNA、全RNA、mRNA、又はポリ(A)+ mRNAのうちの1つであることができる。例えば、mRNAが患者の腫瘍試料から単離された場合、mRNA(全mRNA又はポリ(A)+ mRNA)を、従来技術における十分に確立された技術、例えば、市販のcDNA合成キット、例えば、Superscript(登録商標) III第一鎖合成キットに提供されている技術に従って、cDNA合成に使用することができる。その後、cDNAを、例えば、PCRによってさらに増幅し、その後、例えば、サンガーシークエンシング又はパイロ-シークエンシングによるシークエンシングに供して、RAS遺伝子、例えば、H-RAS、N-RAS、又はKRASの、例えば、12及び13のコドンのヌクレオチド配列を決定することができる。或いは、PCR産物を、シークエンシング用に、例えば、TA TOPOクローニングベクターにサブクローニングすることもできる。Ras突然変異の有無を決定するためのシークエンシング以外の技術を本明細書に提供される方法で使用することができ、これには、例えば、単一ヌクレオチドプライマー伸長(SNPE)(PLoS One. 2013 Aug 21 ;8(8):e72239); DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)(例えば、マトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間型(MALDI-TOF)質量分析)、単一ヌクレオチド多型(SNP)、変性高速液体クロマトグラフィー(DHPLC)、又は制限断片長多型(RFLP)アッセイなどがある。
例えば、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイを、試料におけるRas突然変異状況を決定するために使用することができる。SNPアッセイは、メーカーによって提供されるアレル識別アッセイプロトコルに従って、Applied Biosystems製のHT7900で実施することができる。Ras突然変異状況は、DHPLCもしくはRFLP、又は当技術分野で公知の任意の他の方法によって決定することもできる。Bowenらの文献、Blood, 106:2113-2119(2005); Bowenらの文献、Blood, 101:2770-2774(2003); Nishikawaらの文献、Clin Chim Acta., 318:107-112(2002); Lin SYらの文献、Am J Clin Pathol. 100:686-689(1993); O'Leary JJらの文献、J Clin Pathol. 51:576-582(1998)。
いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、試料から取得されたタンパク質を解析することにより決定される。突然変異型Rasタンパク質は、種々の免疫組織化学(IHC)手法又は当技術分野で公知の他の免疫アッセイ法によって検出することができる。組織切片のIHC染色は、試料中のタンパク質の存在を評価又は検出する信頼性のある方法であることが示されている。免疫組織化学技法は、抗体を用いて、通常は発色法又は蛍光法によって、細胞抗原をインサイチュでプロービングし、可視化する。したがって、突然変異体K-Ras又はN-Rasを特異的に標的とする抗体又は抗血清、好ましくは、ポリクローナル抗血清、最も好ましくは、モノクローナル抗体を用いて発現を検出することができる。以下でさらに詳細に論じられるように、抗体は、例えば、放射性標識、蛍光標識、ハプテン標識、例えば、ビオチン、又は酵素、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼによる抗体自体の直接的な標識によって検出することができる。或いは、非標識一次抗体を、一次抗体に特異的な抗血清、ポリクローナル抗血清、又はモノクローナル抗体を含む、標識二次抗体とともに使用する。免疫組織化学プロトコル及びキットは当技術分野で周知であり、かつ市販されている。スライド調製及びIHC処理の自動システムは市販されている。Ventana(登録商標) BenchMark XTシステムは、そのような自動システムの一例である。
標準的な免疫学的手順及び免疫アッセイ手順は、基礎免疫学及び臨床免疫学(Basic and Clinical Immunology)(Stites及びTerr編、第7版、1991)に見出すことができる。さらに、免疫アッセイは、酵素免疫アッセイ(Enzyme Immunoassay)(Maggio編、1980);並びにHarlow及びLaneの文献(上記)で広範に概説されているいくつかの構成のうちのいずれかで実施することができる。一般的な免疫アッセイの概説については、細胞生物学における方法:細胞生物学における抗体(Methods in Cell Biology: Antibodies in Cell Biology)、第37巻(Asai編、1993);基礎免疫学及び臨床免疫学(Basic and Clinical Immunology)(Stites及びTen編、第7版、1991)も参照されたい。
K-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を検出するためのアッセイには、非競合的アッセイ、例えば、サンドイッチアッセイ、及び競合的アッセイが含まれる。通常、ELISAアッセイなどのアッセイを使用することができる。例えば、血液、血漿、血清、又は骨髄を含む、多種多様な組織及び試料をアッセイするためのELISAアッセイが当技術分野で公知である。
そのようなアッセイ形式を用いる広範な免疫アッセイ技法が利用可能であり、例えば、引用により完全に本明細書中に組み込まれる、米国特許第4,016,043号、第4,424,279号、及び第4,018,653号を参照されたい。これらは、非競合型の単一部位アッセイと二部位アッセイの両方又は「サンドイッチ」アッセイ及び従来的な競合的結合アッセイを含む。これらのアッセイは、標的突然変異体Rasタンパク質に対する標識抗体の直接的な結合も含む。サンドイッチアッセイは一般的に使用されるアッセイである。サンドイッチアッセイ技法のいくつかのバリエーションが存在する。例えば、典型的な前向きアッセイでは、非標識抗体を固体基板上に固定し、試験すべき試料をその結合分子と接触させる。抗体-抗原複合体の形成を可能にするのに十分な期間にわたる好適なインキュベーション期間の後、検出可能なシグナルを産生することができるレポーター分子で標識された、抗原に特異的な第二の抗体を添加し、別の抗体-抗原-標識抗体複合体の形成に十分な時間を考慮して、インキュベートする。全ての未反応材料を洗い流し、抗原の存在を、レポーター分子によって産生されるシグナルの観察により測定する。結果は、可視シグナルの単純な観察による定性的なものであってもよく、又は対照試料と比較することにより定量されるものであってもよい。
前向きアッセイのバリエーションには、試料と標識抗体の両方が同時に結合抗体に添加される同時アッセイが含まれる。これらの技法は当業者に周知であり、これには、見てすぐに分かる任意のマイナーなバリエーションが含まれる。典型的な前向きサンドイッチアッセイでは、突然変異体Rasタンパク質に対する特異性を有する第一の抗体を共有結合的にか又は受動的にかのいずれかで固体表面に結合させる。固体表面はガラスであっても、ポリマーであってもよく、最も一般的に使用されるポリマーは、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、又はポリプロピレンである。固体支持体は、チューブ、ビーズ、マイクロプレートのディスク、又は免疫アッセイを実施するのに好適な任意の他の表面の形態のものであってもよい。結合プロセスは当技術分野で周知であり、かつ通常、架橋、共有結合、又は物理的吸着からなり、ポリマー-抗体複合体を試験試料に備えて洗浄する。その後、試験すべき試料のアリコートを固相複合体に添加し、抗体中に存在する任意のサブユニットの結合を可能にするのに十分な期間(例えば、2〜40分、又はより好都合な場合、一晩)及び好適な条件下(例えば、室温〜40℃、例えば、25℃〜32℃(25℃と32℃を含む))でインキュベートする。インキュベーション期間の後、抗体サブユニット固相を洗浄し、乾燥させ、突然変異体Rasタンパク質の部分に特異的な第二の抗体とともにインキュベートする。第二の抗体は、第二の抗体と突然変異体Rasタンパク質との結合を示すために使用されるレポーター分子に連結されている。
いくつかの実施態様において、フローサイトメトリー(FACS)を用いて、突然変異体K-Ras又はN-Rasを標的とする特異的抗体を用いて、突然変異体K-Ras又はN-Rasを検出することができる。フローサイトメーターは、突然変異体K-Ras又はN-Rasの存在を示す蛍光色素タグ化抗体の強度を検出及び報告する。非蛍光性の細胞質タンパク質も、透過処理した細胞を染色することにより観察することができる。染色剤は、特定の分子に結合することができる蛍光化合物、又は選択された分子に結合する蛍光色素タグ化抗体のいずれかであることができる。
代替法は、試料中の標的Rasタンパク質を固定し、その後、固定された標的を突然変異体特異的抗体に曝露させることを含み、該抗体は、レポーター分子で標識されていても、標識されていなくてもよい。標的の量及びレポーター分子シグナルの強度によっては、結合した標的が抗体による直接的な標識によって検出可能となる場合がある。或いは、第一の抗体に特異的な第二の標識抗体を標的-第一の抗体の複合体に曝露させて、標的-第一の抗体-第二の抗体の三成分複合体を形成させる。該複合体は、標識されたレポーター分子によって放出されるシグナルによって検出される。
酵素免疫アッセイの場合、酵素は、通常、グルタルアルデヒド又は過ヨウ素酸塩によって、第二の抗体にコンジュゲートされる。しかしながら、容易に認識されるように、当業者にすぐに利用可能である、多種多様な異なるコンジュゲーション技法が存在する。一般的に使用される酵素としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、β-ガラクトシダーゼ、及びアルカリホスファターゼが挙げられ、その他のものは、本明細書で論じられている。特定の酵素とともに使用される基質は、通常、対応する酵素によって加水分解されたときの、検出可能な色の変化の生成が理由で選ばれる。好適な酵素の例としては、アルカリホスファターゼ及びペルオキシダーゼが挙げられる。上で述べられた発色基質ではなく、蛍光産物を産出する蛍光基質を利用することも可能である。いかなる場合でも、酵素標識抗体を第一の抗体-分子マーカー複合体に添加し、結合させておき、その後、余分な試薬を洗い流す。その後、適当な基質を含む溶液を抗体-抗原-抗体の複合体に添加する。基質は、第二の抗体に連結された酵素と反応して、定性的な視覚的シグナルを生じ、これを、通常は分光学的に、さらに定量して、試料中に存在していた突然変異体Rasタンパク質の量を示すことができる。或いは、蛍光化合物、例えば、フルオレセイン及びローダミンを、その結合能力を変化させることなく、抗体に化学的にカップリングさせることができる。特定の波長の光による照射によって活性化されると、蛍光色素標識抗体は光エネルギーを吸着し、状態を分子の興奮状態に誘導し、その後、光学顕微鏡で視覚的に検出可能な特徴的な色で光が放出される。EIAと同様に、蛍光標識抗体を第一の抗体-分子マーカー複合体に結合させておく。結合しなかった試薬を洗い落とした後、残りの三成分複合体を適当な波長の光に曝露させ、観察される蛍光は、対象となる分子マーカーの存在を示す。免疫蛍光技法とEIA技法はどちらも当技術分野で非常によく確立されており、本明細書で論じられている。
いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況の決定は、FTI治療のコンパニオン診断として実施される。該コンパニオン診断は、対象が治療される臨床現場で実施することができる。該コンパニオン診断は、対象が治療される臨床現場とは別の場所で実施することもできる。
当業者であれば理解しているように、本明細書に提供される方法は、患者由来の試料におけるRasの突然変異状況に基づいて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測する方法、FTI治療のために癌患者集団を選択する方法、及び対象の癌をFTIの治療有効量で治療する方法である。Rasの突然変異状況を決定するための本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の任意の方法を該方法において適用することができる。
(4.2.試料)
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象由来の試料を取得することを含む。本明細書に提供される方法で使用される試料は、対象由来の体液を含む。体液の非限定的な例としては、血液(例えば、末梢全血、末梢血)、血液血漿、骨髄、羊水、房水、胆汁、リンパ液、おりもの、血清、尿、脳及び脊髄を取り囲む脳脊髄液、骨関節を取り囲む滑液が挙げられる。
一実施態様において、試料は骨髄試料である。骨髄試料を取得する手順は当技術分野で周知であり、これには、限定されないが、骨髄生検及び骨髄穿刺が含まれる。骨髄は、流体部分とより固い部分を有する。骨髄生検では、固い部分の試料を採取する。骨髄穿刺では、流体部分の試料を採取する。骨髄生検と骨髄穿刺は同時に行われ、骨髄検査と呼ぶことができる。
いくつかの実施態様において、試料は血液試料である。血液試料は、例えば、Innisら編、PCRプロトコル(PCR Protocols)(Academic Press, 1990)に記載されている従来の技法を用いて取得することができる。白血球は、従来の技法又は市販のキット、例えば、RosetteSepキット(Stein Cell Technologies, Vancouver, Canada)を用いて、血液試料から分離することができる。白血球の亜集団、例えば、単核細胞、NK細胞、B細胞、T細胞、単球、顆粒球、又はリンパ球は、従来の技法、例えば、磁気活性化細胞選別(MACS)(Miltenyi Biotec, Auburn, California)又は蛍光活性化細胞選別(FACS)(Becton Dickinson, San Jose, California)を用いて、さらに単離することができる。
一実施態様において、血液試料は、約0.1mL〜約10.0mL、約0.2mL〜約7mL、約0.3mL〜約5mL、約0.4mL〜約3.5mL、又は約0.5mL〜約3mLである。別の実施態様において、血液試料は、約0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、6.0、7.0、8.0、9.0、又は10.0mLである。
いくつかの実施態様において、本方法で使用される試料は、生検(例えば、腫瘍生検)を含む。生検は、任意の器官又は組織、例えば、皮膚、肝臓、肺、心臓、結腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、毛髪、脾臓、脳、乳房、又は他の器官に由来するものであることができる。当業者に公知の任意の生検技法、例えば、切開生検、非切開生検、コア生検、切除生検、摘出生検、又は微細針吸引生検を対象由来の試料を単離するために使用することができる。
ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、複数の細胞を含む。そのような細胞としては、任意のタイプの細胞、例えば、幹細胞、血液細胞(例えば、PBMC)、リンパ球、NK細胞、B細胞、T細胞、単球、顆粒球、免疫細胞、又は腫瘍もしくは癌細胞を挙げることができる。特定の細胞集団は、市販の抗体(例えば、Quest Diagnostic(San Juan Capistrano, Calif.); Dako(Denmark))の組合せを用いて取得することができる。
ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、例えば、癌(例えば、リンパ腫、MDS、又は白血病)を有する個体由来の罹患組織に由来するものである。ある実施態様において。いくつかの実施態様において、細胞は、腫瘍もしくは癌細胞又は腫瘍組織、例えば、腫瘍生検又は腫瘍外植片から取得することができる。ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される細胞の数は、1細胞〜約109細胞の範囲であることができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される細胞の数は、約1×104、5×104、1×105、5×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108、又は5×108個である。
対象から回収される細胞の数及び種類は、例えば、フローサイトメトリー、細胞選別、免疫細胞化学検査(例えば、組織特異的もしくは細胞マーカー特異的抗体による染色)、蛍光活性化細胞選別(FACS)、磁気活性化細胞選別(MACS)などの標準的な細胞検出技法を用いて形態及び細胞表面マーカーの変化を測定することにより、光学顕微鏡もしくは共焦点顕微鏡法を用いて細胞の形態を調べることにより、並びに/又はPCR及び遺伝子発現プロファイリングなどの当技術分野で周知の技法を用いて遺伝子発現の変化を測定することによりモニタリングすることができる。これらの技法は、1以上の特定のマーカーについて陽性である細胞を特定するためにも使用することができる。蛍光活性化細胞選別(FACS)は、細胞を含む粒子を、該粒子の蛍光特性に基づいて分離するための周知の方法である(Kamarchの文献、1987, Methods Enzymol, 151:150-165)。個々の粒子中の蛍光部分のレーザーによる励起によってわずかな電荷が生じ、混合物からの正の粒子と負の粒子の電磁分離が可能となる。一実施態様において、細胞表面マーカー特異的抗体又はリガンドは、異なる蛍光標識で標識される。細胞はセルソーターに通して処理され、使用される抗体に結合するその能力に基づく細胞の分離が可能となる。FACSで選別された粒子を96ウェル又は384ウェルプレートの個々のウェルに直接堆積させて、分離及びクローニングを容易にすることができる。
ある実施態様において、細胞のサブセットが本明細書に提供される方法で使用される。細胞の特定の集団を選別及び単離する方法は当技術分野で周知であり、細胞のサイズ、形態、又は細胞内もしくは細胞外マーカーに基づくことができる。そのような方法としては、フローサイトメトリー、フローソーティング、FACS、磁気細胞選別などのビーズに基づく分離、サイズに基づく分離(例えば、ふるい、障害物のアレイ、又はフィルター)、マイクロフルイディクス装置での選別、抗体に基づく分離、沈降、親和性吸着、親和性抽出、密度勾配遠心分離、レーザーキャプチャーマイクロダイセクションなどが挙げられるが、これらに限定されない。
試料は、全血試料、骨髄試料、部分精製血試料、又はPBMCであることができる。試料は組織生検又は腫瘍生検であることができる。いくつかの実施態様において、試料は癌患者由来の骨髄試料である。いくつかの実施態様において、試料は癌患者由来のPBMCである。
(4.3 癌)
本明細書に提供されるのは、K-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の欠如に基づいて、対象の癌をFTIで治療する方法、及びFTI治療のために癌患者を選択する方法である。癌は造血系癌又は固形腫瘍であることができる。本明細書に提供されるのは、K-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の欠如に基づいて、対象の前悪性状態をFTIで治療する方法、及びFTI治療のために前悪性状態を有する患者を選択する方法でもある。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の欠如に基づいて、固形腫瘍をFTIで治療する方法である。固形腫瘍は、通常は嚢胞も液体部分も含まない異常な組織塊である。固形腫瘍は良性又は悪性であることができる。固形腫瘍の様々なタイプは、それらを形成する細胞のタイプに因んで命名される(例えば、肉腫、癌腫、及びリンパ腫)。本発明の方法によって治療される固形腫瘍は、肉腫及び癌腫であることができ、これには、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、及び他の肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、リンパ性悪性腫瘍、膵癌、乳癌、肺癌、卵巣癌、前立腺癌、肝細胞癌、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、甲状腺髄様癌、甲状腺乳頭癌、褐色細胞腫、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、精上皮腫、膀胱癌、黒色腫、並びにCNS腫瘍(例えば、神経膠腫(例えば、脳幹神経膠腫及び混合神経膠腫)、膠芽腫(別名、多形性膠芽腫)、星細胞腫、CNSリンパ腫、胚細胞腫、髄芽腫、神経鞘腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、希突起膠腫、髄膜腫、神経芽腫、網膜芽腫、並びに脳転移)が含まれる。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の欠如に基づいて、固形腫瘍をFTIで治療する方法であり、ここで、該固形腫瘍は、悪性黒色腫、副腎癌、乳癌、腎細胞癌、膵臓の癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、又は原発不明の癌である。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。様々なタイプ又は段階の固形腫瘍を有する患者に一般に投与される薬物としては、セレブレックス、エトポシド、シクロホスファミド、ドセタキセル、アペシタビン(apecitabine)、IFN、タモキシフェン、IL-2、GM-CSF、又はこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される固形腫瘍は、甲状腺癌、頭頸部癌、尿路上皮癌、唾液腺癌、上部消化管の癌、膀胱癌、乳癌、卵巣癌、脳腫瘍、胃癌、前立腺癌、肺癌、結腸癌、皮膚癌、肝臓癌、及び膵癌であることができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される膀胱癌は移行細胞癌であることができる。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される固形腫瘍は、癌腫、黒色腫、肉腫、又は慢性肉芽腫性疾患からなる群から選択されることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される前悪性状態は、光線口唇炎、バレット食道、萎縮性胃炎、非浸潤性乳管癌、先天性角化異常症、鉄欠乏性嚥下障害、扁平苔癬、口腔粘膜下線維症、日光弾力線維症、子宮頸部異形成、ポリープ、白板症、紅板症、扁平上皮内病変、前悪性障害、又は前悪性免疫増殖性障害であることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の欠如に基づいて、対象の造血系癌をFTIで治療する方法又はFTI治療のために癌患者を選択する方法である。血液癌は血液又は骨髄の癌である。血液(又は血行性)癌の例としては、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、骨髄異形成症候群(MDS)、白血病、及びリンパ腫が挙げられる。いくつかの実施態様において、癌は、急性骨髄性白血病(AML)、ナチュラルキラー細胞リンパ腫(NKリンパ腫)、ナチュラルキラー細胞白血病(NK白血病)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、若年性骨髄単球性白血病(JMML)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、慢性骨髄性白血病(CML)、又は慢性骨髄単球性白血病(CMML)である。いくつかの実施態様において、癌はCMMLである。いくつかの実施態様において、癌はJMMLである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の欠如に基づいて、対象のCMMLをFTIで治療するか又はFTI治療のためにCMML患者を選択する方法である。CMMLは、造血系腫瘍に関する2008年の世界保健機関(World Health Organization)分類によって、骨髄異形成性/骨髄増殖性腫瘍と分類される。CMMLは骨髄異形成CMML又は骨髄増殖性CMMLであることができる。CMML患者は、その血液中に多数の単球を有する(1mm3当たり少なくとも1,000個)。2つのクラス−骨髄異形成性及び骨髄増殖性−は白血球数のレベル(閾値13G/L)に基づいて区別されている。多くの場合、単球数がはるかに多く、そのため、その全白血球数も同様に非常に多くなっている。通常、骨髄中に異常細胞が存在するが、芽球の量は20％未満である。CMML患者の約15％〜30％は急性骨髄性白血病を続けて発症する。CMMLの診断は、骨髄中の形態異常と組織病理学的異常と染色体異常の組合せに頼っている。Mayoの予後予測モデルは、絶対単球数の増加、循環芽球の存在、ヘモグロビン＜10gm/dL、及び血小板＜100×109個/L:に基づいてCMML患者を3つのリスク群に分類した。生存中央値は、低リスク群、中等度リスク群、及び高リスク群で、それぞれ、32カ月、18.5カ月、及び10カ月であった。Groupe Francophone des(GFM)スコアは、年齢＞65歳、WBC＞15×109個/L、貧血、血小板＜100×109個/L、及びASXL1突然変異状況:に基づいて、CMML患者を3つのリスク群に分けた。中央値2.5年の追跡調査の後、生存は、低リスク群の未到達から高リスク群の14.4カ月の範囲に及んだ。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象由来の試料におけるK-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の有無を決定すること、並びにその後、該試料がK-Ras突然変異を欠き、かつN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することにより、対象のCMMLを治療する方法である。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象由来の試料におけるK-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、該試料がK-Ras突然変異を欠くと決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することにより、対象のCMMLを治療する方法である。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Rasを有すると決定される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象由来の試料におけるN-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、該試料がN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することにより、対象のCMMLを治療する方法である。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型N-Rasを有すると決定される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象由来の試料におけるK-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の有無を決定すること、並びにその後、該試料が野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定された場合、チピファルニブを対象に投与することにより、対象のCMMLを治療する方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象のMDSをFTIで治療するか又はFTI治療のためにMDS患者を選択する方法である。MDSは、多様な造血幹細胞障害群を指す。MDSは、形態及び成熟の障害を有する細胞性骨髄(骨髄造血異常)、血液細胞数の低下、すなわち、血球減少(貧血、白血球減少、及び血小板減少を含む)をもたらす、無効な血液細胞産生、すなわち、無効造血、並びに無効な血液細胞産生に起因する急性骨髄性白血病への進行の高いリスクによって特徴付けることができる。メルクマニュアル953(The Merck Manual 953)(第17版、1999)及びListらの文献、1990, J Clin. Oncol. 8:1424を参照されたい。
MDSは、少なくとも以下のこと、1)数が増加した芽球細胞が骨髄又は血液中に存在するかどうか、及び骨髄又は血液の何パーセントがこれらの芽球で構成されているか; 2)骨髄がたった1種類の血液細胞で異常な成長(異形成)を示す(単一系統異形成)のか、それとも複数の種類の血液細胞で異常な成長(異形成)を示す(多系統異形成)のか;並びに3)骨髄細胞で染色体異常が存在するのか、存在する場合、どのタイプ(単数又は複数)の異常であるのかによって、いくつかの亜型に分けることができる。MDSは、癌細胞の表面マーカーに基づいて分類することもできる。世界保健機関(World Health Organization)によれば、MDS亜型には、不応性貧血としても知られる、単一系統異形成を伴う不応性血球減少症(RCUD)、不応性好中球減少症、又は不応性血小板減少症;環状鉄芽球を伴う不応性貧血(RARS);多系統異形成を伴う不応性血球減少症(RCMD)、これは、多系統異形成と環状鉄芽球の両方が存在する場合、RCMD-RSを含む;芽球の増加を伴う不応性貧血-1(RAEB-1)及び芽球の増加を伴う不応性貧血-2(RAEB-2)(これらの亜型は、患者が、その骨髄中に、少なくとも5パーセント(RAEB-1)又は少なくとも10パーセント(RAEB-2)の、しかし、20パーセント未満の芽球を有することを意味する);第5番染色体の単独の異常[del(5q)]と関連するMDS;並びに分類不能MDS(MDS-U)が含まれる。
相当な罹病率及び死亡率を有する造血幹細胞悪性腫瘍群として、MDSは高度に不均一な疾患であり、症状の重症度及び進行疾患は患者間で大きく異なり得る。リスク層別化及び治療選択肢を評価するための現在の標準的な臨床的手段は、改訂された国際予後スコアリングシステム(International Prognostic Scoring System)、すなわち、IPSS-Rである。IPSS-Rは、細胞遺伝学、骨髄中の芽球(未分化な血液細胞)のパーセンテージ、ヘモグロビンレベル、並びに血小板及び好中球数の評価に基づいて、患者を5つのリスク群(超低、低、中等度、高、超高)に区別する。WHOは、del(5q)異常によってMDS患者を層別化することも提案した。
ACSによれば、MDSの年間発生数は、米国で患者約13,000人であり、その大多数は60歳以上である。推定罹患者数は、米国で患者60,000人を超える。患者の約75％は、超低、低、及び中等度の、すなわち、まとめて低リスクMDSとして知られる、IPSS-Rリスクカテゴリーに入る。
初期の造血幹細胞損傷は、限定されないが、細胞毒性化学療法、放射線、ウイルス、化学物質曝露、及び遺伝的素質などの原因に由来するものであり得る。クローン性突然変異が骨髄全体で優位を占め、健康な幹細胞を抑制する。初期MDSにおいて、血球減少の主原因はプログラム細胞死(アポトーシス)の増加である。本疾患が進行し、白血病に転換するにつれて、遺伝子突然変異が稀に生じ、白血病細胞の増殖が健康な骨髄を圧倒する。本疾患の経過は、進行が遅い疾患として挙動する一部の症例と、非常に短い臨床経過で侵攻性に挙動し、白血病の急性型に転換する症例で異なる。
血液学者の国際的なグループである仏-米-英(FAB)共同グループは、MDS障害を5つの亜群に分類し、それらをAMLと区別した。メルクマニュアル954(The Merck Manual 954)(第17版、1999); Bennett J. M.らの文献、Ann. Intern. Med. 1985 October, 103(4): 620-5;及びBesa E. C.の文献、Med. Clin. North Am. 1992 May, 76(3): 599-617。患者の骨髄細胞における基礎となる3血球系異形成変化は、全ての亜型で見出される。
骨髄中の5パーセント以下の骨髄芽球により特徴付けられる不応性貧血には、以下の2つの亜群:(1)不応性貧血(RA)及び;(2)ミトコンドリアでの異常な鉄蓄積を反映する異常な環状鉄芽球を含む15％の赤血球細胞を有するものとして形態学的に定義される、環状鉄芽球を伴うRA(RARS)が存在する。どちらも臨床経過が長く、かつ急性白血病への進行の発生率が低い。Besa E. C.の文献、Med. Clin. North Am. 1992 May, 76(3): 599-617。
骨髄芽球が5パーセントよりも多い不応性貧血には、以下の2つの亜群:(1)6〜20％の骨髄芽球と定義される、芽球増加を伴うRA(RAEB)、及び(2)21〜30％の骨髄芽球を伴う形質転換期のRAEB(RAEB-T)が存在する。骨髄芽球のパーセンテージが高ければ高いほど、臨床経過はより短くなり、疾患は急性骨髄性白血病により近くなる。初期段階からより進行した段階への患者の移行は、これらの亜型が異なる実体ではなく、単に疾患の段階にすぎないことを示している。急性白血病へ進行する3血球系異形成を伴いかつ骨髄芽球が30％よりも多い高齢MDS患者は、化学療法に対するその応答率が新急性骨髄性白血病患者よりも低いので、不良な予後を有するとみなされることが多い。最も分類が難しい5番目のタイプのMDSはCMMLである。この亜型は、任意のパーセンテージの骨髄芽球を有することができるが、1000個/dL以上の単球増加を示す。これは脾腫を伴い得る。この亜型は骨髄増殖性障害と重複しており、かつ中間の臨床経過を有し得る。これは、陰性Ph染色体を特徴とする古典的CMLとは区別される。
MDSは主に高齢者の疾患であり、発症の中央値は70代である。これらの患者の年齢の中央値は65歳であり、年齢は若い30代から80歳以上の高齢まで幅がある。本症候群は、小児集団を含む、あらゆる年齢層で生じ得る。放射線治療の有無にかかわらず、アルキル化剤による悪性腫瘍治療を受けて生き延びた患者は、MDS又は二次性急性白血病を発症する発生率が高い。患者の約60〜70％は、明らかな被爆もMDSの原因も有さず、原発性MDS患者に分類される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象のMPNをFTIで治療するか又はFTI治療のためにMPN患者を選択する方法である。MPNは、血液細胞形成に影響を及ぼす疾患群である。全ての形態のMPNにおいて、骨髄中の幹細胞は、それらを異常に成長及び生存させる遺伝的欠陥(後天性欠陥と呼ばれる)を発症する。これにより、異常に多くの数の血液細胞が骨髄(過形成骨髄)中及び血流中に生じる。MPNでは、異常な幹細胞が、骨髄線維症と呼ばれる、骨髄の瘢痕化を生じさせることもある。骨髄線維症は、低レベルの血液細胞、とりわけ、低レベルの赤血球(貧血)を生じさせることができる。MPNでは、異常な幹細胞が脾臓でも成長して、脾臓を肥大させ(脾腫)、骨髄外の他の部位では、他の器官の肥大を生じさせることができる。
影響を受ける細胞に基づいて、いくつかのタイプの慢性MPNが存在する。3つの古典的なタイプのMPNとしては、RBCが多過ぎる真性赤血球増加症(PV);血小板が多過ぎる本態性血小板血症(ET);線維及び芽球(異常な幹細胞)が骨髄に蓄積する原発性骨髄線維症(PMF)が挙げられる。他のタイプのMPNとしては:白血球が多過ぎる慢性骨髄性白血病;好中球が多過ぎる慢性好中球性白血病;好酸球が多過ぎる特定不能の慢性好酸球性白血病(過好酸球増加症);血流中ではなく、皮膚及び消化器官のような組織中に見出される免疫系細胞の一種である肥満細胞が多過ぎる、肥満細胞疾患とも呼ばれる、肥満細胞症;好酸球増加症とPDGFRA、PDGFRB、及びFGFR1遺伝子の異常とを伴う骨髄及びリンパ新生物;並びに他の分類不能な骨髄増殖性新生物が挙げられる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象の白血病をFTIで治療するか又はFTI治療のために白血病患者を選択する方法である。白血病は、血液形成組織の悪性新生物を指す。様々な形態の白血病が、例えば、その全体が引用により本明細書中に組み込まれる、米国特許第7,393,862号及び2002年5月17日に出願された米国仮特許出願第60/380,842号に記載されている。動物では、ウイルスがいくつかの形態の白血病を引き起こすと報告されているが、ヒトの白血病の原因は、大部分が不明である。メルクマニュアル(The Merck Manual)、944-952(第17版、1999)。悪性腫瘍への形質転換は、通常、その後の増殖及びクローン増殖を伴う2以上のステップを経て単一の細胞で生じる。いくつかの白血病では、特定の染色体転座が、一貫性のある白血病細胞形態及び特別な臨床的特徴を伴って同定されている(例えば、慢性骨髄球性白血病における9番及び22番の転座、並びに急性前骨髄球性白血病における15番及び17番の転座)。急性白血病は、大半が未分化な細胞集団であり、慢性白血病は、より成熟した細胞形態である。
急性白血病は、リンパ芽球型(ALL)と非リンパ芽球型(ANLL)に分類される。メルクマニュアル(The Merck Manual)、946-949(第17版、1999)。それらは、仏-米-英(FAB)分類に従って、又はその種類及び分化度に従って、その形態学的及び細胞化学的な外観により、さらに細分化することができる。B細胞抗原及びT細胞抗原及び骨髄抗原の特異的モノクローナル抗体の使用は、分類のために最も役に立つ。ALLは、主に、検査所見及び骨髄検査によって確定される小児期疾患である。ANLLは、急性骨髄性白血病又はAMLとしても知られ、全ての年齢層で生じ、成人の間でより一般的な急性白血病であり;それは、通常は、原因因子としての放射線照射と関連した形態である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、AML患者をFTIで治療する方法、又はFTI治療のために患者を選択する方法である。
AML患者を治療する標準的処置は、通常、2つの化学療法(chemotherapy)(化学療法(chemo))フェーズ:寛解導入(又は導入)及び強化(寛解後療法)を含む。治療の第一のパート(寛解導入)は、できるだけ多くの白血病細胞を取り除くことを目的としている。治療の強度は、人の年齢及び健康によって決まり得る。強化化学療法は、60歳以下の人に投与されることが多い。健康状態の良い一部の高齢患者は、同様の又はわずかに弱い強化治療から恩恵を受けることができる。かなり高齢であるか又は健康状態が悪い人は強化化学療法に適さない。
より若い患者、例えば、60歳以下の患者では、誘導は、シタラビン(ara-C)及びダウノルビシン(ダウノマイシン)又はイダルビシンなどのアントラサイクリン薬という2つの化学療法薬による治療を伴うことが多い。第三の薬物であるクラドリビン(ロイスタチン、2-CdA)が同様に投与されることもある。化学療法は、通常、病院で投与され、約1週間継続される。白血病が脳又は脊髄に広がってしまった稀な症例では、化学療法を脳脊髄液(CSF)に施す場合もある。放射線療法を同様に使用する場合もある。
寛解が達成された場合、誘導は成功とみなされる。しかしながら、一部の患者のAMLは、誘導に対して不応性であり得る。誘導に応答する患者では、その後、残存する白血病細胞の破壊を試み、再燃の予防を助けるためにさらなる治療を投与し、これを強化と呼ぶ。より若い患者について、強化療法のための主な選択肢は:数サイクルの高用量シタラビン(ara-C)化学療法(HiDACと呼ばれることもある);同種(ドナー)幹細胞移植;及び自己幹細胞移植である。
慢性白血病は、リンパ球性(CLL)又は骨髄球性(CML)であると記載される。メルクマニュアル(The Merck Manual)、949-952(第17版、1999年)。CLLは、血液、骨髄、及びリンパ器官における成熟したリンパ球の出現を特徴とする。CLLの顕著な特徴は、持続性の、絶対的リンパ球増加(＞5,000個/μL)、及び骨髄におけるリンパ球の増加である。ほとんどのCLL患者は、B細胞の特徴を有するリンパ球のクローン増殖も有する。CLLは、中年又は老年の疾患である。CMLにおいて、特徴的な特色は、全分化段階の顆粒球細胞が、血液、骨髄、肝臓、脾臓、及び他の器官で優位を占めることである。診断時に徴候を示す患者において、全白血球(WBC)数は、通常、約200,000個/μLであるが、1,000,000個/μLに達することもある。CMLは、フィラデルフィア染色体が存在するために、診断が比較的容易である。骨髄間質細胞は、CLLの進行疾患及び化学療法に対する抵抗性を支持することがよく知られている。CLL細胞と間質細胞の相互作用を妨げることは、CLL化学療法のさらなる標的である。
さらに、他の形態のCLLとしては、前リンパ球性白血病(PLL)、大型顆粒リンパ球(LGL)白血病、有毛細胞白血病(HCL)が挙げられる。PLLの癌細胞は、前リンパ球--未成熟形態のBリンパ球(B-PLL)又はTリンパ球(T-PLL)と呼ばれる正常細胞と類似している。B-PLLとT-PLLはどちらも、通常のタイプのCLLよりも侵攻性である傾向がある。LGLの癌細胞は大きく、かつT細胞又はNK細胞のいずれかの特徴を有する。ほとんどのLGL白血病は成長が遅いが、少数がより侵攻性である。HCLは、ゆっくりと進行する傾向があり、かつ全白血病の約2％を占めるリンパ球のもう1つの癌である。この癌細胞は、Bリンパ球の一種であるが、CLLで見られるものとは異なっている。
若年性骨髄単球性白血病(JMML)は、主に4歳以下の子供を冒す重篤な慢性白血病である。診断時の患者の平均年齢は2歳である。世界保健機関(World Health Organization)は、JMMLを骨髄異形成障害と骨髄増殖性障害の混合型と分類している。JMMLは、かつては若年性慢性骨髄性白血病(JCML)、小児の慢性骨髄単球性白血病、及び小児モノソミー7症候群と呼ばれていた診断を包含する。
リンパ腫は、リンパ系から発生する癌を指す。リンパ腫は、リンパ球−Bリンパ球(B細胞リンパ腫)、Tリンパ球(T細胞リンパ腫)、及びナチュラルキラー細胞(NK細胞リンパ腫)の悪性新生物を特徴とする。リンパ腫は、通常、リンパ節、又は限定されないが、胃もしくは腸を含む器官のリンパ組織の集合体で始まる。リンパ腫は、場合によっては、骨髄及び血液を冒し得る。リンパ腫は、身体のある部位から他の部分に広がり得る。
様々な形態のリンパ腫の治療が、例えば、その全体が引用により本明細書中に組み込まれる米国特許第7,468,363号に記載されている。そのようなリンパ腫としては、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚B細胞リンパ腫、活性化B細胞リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、濾胞性リンパ腫(FL;限定されないが、FL悪性度I、FL悪性度IIを含む)、濾胞中心リンパ腫、形質転換性リンパ腫、中分化型のリンパ球性リンパ腫、中間型リンパ球性リンパ腫(ILL)、びまん性低分化型リンパ球性リンパ腫(PDL)、中心細胞性リンパ腫、びまん性小型切れ込み細胞リンパ腫(DSCCL)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)及びマントル帯リンパ腫、並びに低悪性度濾胞性リンパ腫が挙げられるが、これらに限定されない。
非ホジキンリンパ腫(NHL)は、米国において男女両方で5番目に多い癌であり、2007年に、63,190件の新たな症例及び18,660件の死亡が推定された。Jemal Aらの文献、CA Cancer J Clin 2007; 57(1):43-66。NHLを発症する確率は年齢とともに増加し、高齢者におけるNHLの発生率は、過去10年間で着実に増加しており、米国人口の高齢化傾向に懸念が生じている(同上)。Clarke C Aらの文献、Cancer 2002; 94(7): 2015-2023。
DLBCLは、非ホジキンリンパ腫の約3分の1を占める。一部のDLBCL患者は、従来の化学療法で治癒するが、残りは、この疾患が原因で死亡する。抗癌薬は、おそらくは、成熟したT細胞及びB細胞における直接的なアポトーシス誘導により、迅速でかつ持続的なリンパ球の枯渇を引き起こす。K. Stahnke.らの文献、Blood 2001, 98:3066-3073を参照されたい。絶対リンパ球数(ALC)は、濾胞性非ホジキンリンパ腫における予後因子であることが示されており、最近の結果は、診断時のALCがDLBCLにおける重要な予後因子であることを示唆した。
DLBCLは、その遺伝子プロファイリングパターンに従って、異なる分子サブタイプ:胚中心B細胞様DLBCL(GCB-DLBCL)、活性化B細胞様DLBCL(ABC-DLBCL)、及び縦隔原発B細胞リンパ腫(PMBL)、又は分類不能型に分類することができる。これらのサブタイプは、生存、化学療法応答性、及びシグナル伝達経路依存性、特に、NF-κB経路の明白な違いによって特徴付けられる。D. Kimらの文献、Journal of Clinical Oncology, 2007 ASCO Annual Meeting Proceedings Part I. Vol 25, No. 18S(June 20 Supplement), 2007: 8082を参照されたい。Bea Sらの文献、Blood 2005; 106: 3183-90; Ngo V.Nらの文献、Nature 2011; 470: 115-9を参照されたい。そのような違いは、DLBCLにおけるより効果的でかつサブタイプ特異的な治療戦略の探索を促している。急性及び慢性の分類に加えて、新生物も、そのような障害を生じる細胞に基づいて、前駆性又は末梢性に分類される。例えば、その開示が引用により完全に本明細書中に組み込まれる米国特許公開第2008/0051379号を参照されたい。前駆新生物は、ALL及びリンパ芽球性リンパ腫を含み、それらがT細胞又はB細胞のどちらかに分化する前にリンパ球に生じる。末梢新生物は、T細胞又はB細胞のどちらかに分化したリンパ球に生じるものである。そのような末梢新生物としては、B細胞CLL、B細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織の節外性辺縁帯B細胞リンパ腫、節性辺縁帯リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫、有毛細胞白血病、形質細胞腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、及びバーキットリンパ腫が挙げられるが、これらに限定されない。CLL症例の95パーセント超において、クローン増殖はB細胞系統のものである。癌:腫瘍学の原理及び実践(Cancer: Principles & Practice of Oncology)(第3版)(1989)(1843〜1847ページ)を参照されたい。CLL症例の5パーセント未満において、腫瘍細胞は、T細胞表現型を有する。しかしながら、これらの分類にもかかわらず、正常な造血の病理学的機能障害が、全ての白血病の顕著な特徴である。
PTCLは、成熟T細胞から発生する稀少かつ通常侵攻性の(成長が早い)NHLの群からなる。PTCLは、全NHL症例の合わせて約4〜10パーセントを占め、米国で年に2,800〜7,200人の患者の年間発生率に相当する。ある推定によれば、PTCLの発生率は著しく高まっており、この発生率の上昇は高齢化する人口によって推進され得る。PTCLは様々なサブタイプに亜分類され、その各々は、通常、その明白に異なる臨床的相違に基づいて、別々の疾患であると考えられる。これらのサブタイプのほとんどは稀少であり; PTCLの3つの最も一般的なサブタイプは、特定不能のもの、未分化大細胞リンパ腫、すなわち、ALCL、及び血管免疫芽球性T細胞リンパ腫であり、これらは、米国における全PTCLの合わせて約70パーセントを占める。ALCLは皮膚ALCL又は全身性ALCLであることができる。
ほとんどのPTCLサブタイプについて、最先端の治療レジメンは、通常、CHOP(シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、プレドニゾン)、EPOCH(エトポシド、ビンクリスチン、ドキソルビシン、シクロホスファミド、プレドニゾン)、又は他の多剤レジメンなどの、組合せ化学療法である。再燃するか又は最先端の治療に不応性である患者は、通常、GNDと呼ばれるレジメンにおいてゲムシタビンをビノレルビン(Navelbine(登録商標))及びドキソルビシン(Doxil(登録商標))を含む他の化学療法と組み合わせたもの、又はDHAP(デキサメタゾン、シタラビン、シスプラチン)もしくはESHAP(エトポシド、メチルプレドニゾロン、シタラビン、及びシスプラチン)などの他の化学療法レジメンで治療される。
ほとんどのPTCL患者が再燃するので、その初期の化学療法に対する応答が良好であった一部の患者に対して高用量の化学療法と、それに続く、自己幹細胞移植を施すことを推奨する腫瘍学者もいる。最近、プララトレキセート(Folotyn(登録商標))、ロミデプシン(Istodax(登録商標))、及びベリノスタット(Beleodaq(登録商標))などの、再燃性又は不応性PTCLに対して承認された非細胞毒性療法は、比較的低い客観的応答率(25〜27％の全応答率、すなわち、ORR)及び比較的短い応答持続期間(8.2〜9.4カ月)と関連付けられている。したがって、再燃性/不応性PTCLの治療はまだ満たされていない重大な医学的ニーズである。
多発性骨髄腫(MM)は、骨髄中の形質細胞の癌である。通常、形質細胞は、抗体を産生し、免疫機能において重要な役割を果たす。しかしながら、これらの細胞の無制御な成長は、骨痛及び骨折、貧血、感染症、並びに他の合併症を引き起こす。多発性骨髄腫は、2番目に多い血液悪性腫瘍であるが、多発性骨髄腫の正確な原因は依然として不明である。多発性骨髄腫は、血液、尿、及び器官中に、限定されないが、M-タンパク質及び他の免疫グロブリン(抗体)、アルブミン、並びにβ2-ミクログロブリンを含む、高レベルのタンパク質を生じさせる。M-タンパク質は、単クローン性タンパク質の略であり、パラプロテインとしても知られるが、これは、骨髄腫形質細胞により産生される特に異常なタンパク質であり、ほぼ全ての多発性骨髄腫患者の血液又は尿中に見出すことができる。
骨痛を含む骨格の症状は、多発性骨髄腫の最も臨床的に顕著な症状の1つである。悪性形質細胞は、カルシウムを骨から浸出させて溶解性病変を引き起こす破骨細胞刺激因子(IL-1、IL-6、及びTNFを含む)を放出し;高カルシウム血症は別の症状である。破骨細胞刺激因子は、サイトカインとも呼ばれ、アポトーシス、すなわち、骨髄腫細胞の死を防ぐことができる。患者の50パーセントは、X線で検出可能な骨髄腫関連骨格病変を診断時に有する。多発性骨髄腫の他の一般的な臨床症状としては、多発性神経障害、貧血、過粘稠、感染症、及び腎不全が挙げられる。
骨髄間質細胞は、多発性骨髄腫の進行疾患及び化学療法に対する抵抗性を支持することがよく知られている。多発性骨髄腫細胞と間質細胞の相互作用を妨げることは、多発性骨髄腫化学療法のさらなる標的である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるRasの突然変異状況に基づいて、FTI治療に対するMDS患者の応答性を予測する方法、FTI治療のためにMDS患者集団を選択する方法、及び対象のMDSをFTIの治療有効量で治療する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるRasの突然変異状況に基づいて、FTI治療に対するMPN患者の応答性を予測する方法、FTI治療のためにMDS患者集団を選択する方法、及び対象のMPNをFTIの治療有効量で治療する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるRasの突然変異状況に基づいて、FTI治療に対するAML患者の応答性を予測する方法、FTI治療のためにAML患者集団を選択する方法、及び対象のAMLをFTIの治療有効量で治療する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるRasの突然変異状況に基づいて、FTI治療に対するJMML患者の応答性を予測する方法、FTI治療のためにJMML患者集団を選択する方法、及び対象のJMMLをFTIの治療有効量で治療する方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるRasの突然変異状況に基づいて、FTI治療に対するCMML患者の応答性を予測する方法、FTI治療のためにCMML患者集団を選択する方法、及び対象のCMMLをFTIの治療有効量で治療する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras、N-Ras、又はその両方の突然変異状況に基づいて、対象のCMMLを治療する方法である。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるRas突然変異の有無を決定すること(ここで、該Ras突然変異は、K-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を含む)、及びその後、(b)該試料がK-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、FTIの治療有効量を該対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該試料は、K-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さないと決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型N-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるK-Ras及びN-Rasの突然変異状況に基づいて、チピファルニブに対するCMML患者の応答性を予測する方法、チピファルニブ治療のためにCMML患者集団を選択する方法、及び対象のCMMLをチピファルニブの治療有効量で治療する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras、N-Ras、又はその両方の突然変異状況に基づいて、対象のCMMLを治療する方法である。本明細書に提供される方法は、(a)CMMLを有する対象由来の試料におけるRas突然変異の有無を決定すること(ここで、該Ras突然変異はK-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を含む)、及びその後、(b)該試料がK-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、チピファルニブの治療有効量を該対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該試料は、K-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さないと決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型N-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定される。
(4.4.例示的なFTI及び投薬量)
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras、N-Ras、又はその両方の突然変異状況に基づいて、対象の癌を治療する方法である。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるRas突然変異の有無を決定すること(ここで、該Ras突然変異は、K-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を含む)、及びその後、(b)該試料がK-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型N-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras、N-Ras、又はその両方の突然変異状況に基づいて、対象の血液癌を治療する方法である。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるRas突然変異の有無を決定すること(ここで、該Ras突然変異は、K-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を含む)、及びその後、(b)該試料がK-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型N-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、K-Ras、N-Ras、又はその両方の突然変異状況に基づいて、対象のCMMLを治療する方法である。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるRas突然変異の有無を決定すること(ここで、該Ras突然変異は、K-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を含む)、及びその後、(b)該試料がK-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を欠くと決定された場合、チピファルニブの治療有効量を該対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型N-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該試料は、野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定される。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、FTIは、経口、非経口、経直腸、又は局所投与される。いくつかの実施態様において、FTIは経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、経口、非経口、経直腸、又は局所投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは経口投与される。
いくつかの実施態様において、FTIは1〜1000mg/kg体重の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日2回投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、200〜1200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、600mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、900mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは1〜1000mg/kg体重の用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは1日2回投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1日2回、200〜1200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1日2回、600mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1日2回、900mgの用量で投与される。
いくつかの実施態様において、FTIは1〜1000mg/kg体重の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日2回投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、200〜1200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、600mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、900mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは治療サイクルで投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは隔週で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。
いくつかの実施態様において、FTIは、少なくとも3サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、少なくとも6サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、最大12サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、少なくとも3サイクルの間、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、少なくとも3サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、少なくとも6サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、最大12サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、少なくとも3サイクルの間、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるK-Rasの突然変異状況に基づいて、対象のCMMLをチピファルニブの治療有効量で治療する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象のCMMLを治療する方法であって、(a)対象由来の試料が野生型K-Rasを有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブを、対象に、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で投与することを含む、方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるN-Rasの突然変異状況に基づいて、対象のCMMLをチピファルニブの治療有効量で治療する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象のCMMLを治療する方法であって、(a)対象由来の試料が野生型N-Rasを有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブを、対象に、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で投与することを含む、方法である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるK-Ras及びN-Rasの突然変異状況に基づいて、対象のCMMLをチピファルニブの治療有効量で治療する方法である。いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象のCMMLを治療する方法であって、(a)対象由来の試料が野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定すること、並びにその後、(b)チピファルニブを、対象に、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で投与することを含む、方法である。
(5. FTI治療のバイオマーカーとしての突然変異体H-Ras)
(5.1. H-ras突然変異状況)
H-rasタンパク質は、成長因子刺激に応答した細胞分裂の調節に関与する。成長因子は、細胞の形質膜を貫通する細胞表面受容体に結合することにより作用する。ひとたび活性化されると、受容体は細胞質内のシグナル伝達事象を刺激する。この事象は、タンパク質及びセカンドメッセンジャーが細胞の外側から細胞核にシグナルを伝え、細胞に成長するか又は分裂するように指示するプロセスである。H-rasは形質膜に局在し、多くのシグナル伝達経路における初期のプレイヤーである。H-rasは、分子オン/オフスイッチとして作用し−ひとたびオンになると、それは、受容体のシグナルの伝播に必要なタンパク質を動員し、活性化させる。特定の腫瘍では、H-ras又はその上流エフェクターの突然変異によって、それが恒久的にオンにされ、腫瘍細胞成長を推進する下流の成長及び増殖シグナルの持続的な活性化をもたらす。FTIは、タンパク質のファルネシル化及びその後のH-rasの膜局在化を阻害し、それにより、H-rasをオフに切り替えることによって、これらのシグナル伝達経路に依存的である細胞の異常な成長及び増殖を妨げるように働く。
チピファルニブなどのFTIは、プレニル化として知られるタンパク質修飾の一種である、タンパク質のファルネシル化を妨げる。このファルネシル化は、他のタンパク質修飾とともに、H-rasの膜局在化を可能にし、その場合、H-rasは、癌のイニシエーション及び発生に関係があるとされる細胞外シグナルを受容及び伝達することができる。チピファルニブなどのFTIは、H-rasのファルネシル化及びその後の膜局在化を阻止し、かつインビトロ及びインビボでの腫瘍形成的なH-ras推進性細胞形質転換を阻害することができる。K-ras及びN-rasは同じようにタンパク質のファルネシル化を利用するが、それらは、同じく膜局在化につながる関連するプレニル化経路を利用することもできる。その一方で、H-rasの膜局在化は、タンパク質のファルネシル化のみに依存している。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される癌はH-ras突然変異を有することができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される癌は、H-ras突然変異を有する固形腫瘍であることができる。H-ras突然変異を有する固形腫瘍は、上記の固形腫瘍のいずれかであることができる。いくつかの実施態様において、該固形腫瘍は、H-ras突然変異を有する甲状腺癌、頭頸部癌、尿路上皮癌、膀胱癌、又は唾液腺癌であることができる。本明細書に提供されているか又はそうでなければ当技術分野で公知の方法を用いて、ras遺伝子の突然変異状況を決定することができる。いくつかの実施態様において、ras遺伝子の突然変異状況は、NGSベースのアッセイにより決定することができる。いくつかの実施態様において、ras遺伝子の突然変異状況は、定量的PCRベースのアッセイにより決定することができる。定量的PCRベースのアッセイは、K-ras用に既に開発され、かつFDAにより承認されているPCRベースのアッセイと技術的に同様のものであることができる。いくつかの実施態様において、ras遺伝子の突然変異状況は、チピファルニブ治療などのFTI治療のコンパニオン診断の形態で決定することができる。該コンパニオン診断は、患者がチピファルニブ治療を受ける臨床現場で、又は別の場所で実施することができる。
本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、FTIによる治療のために癌患者を選択する方法である。これらの方法は、部分的に、H-Ras突然変異がFTI治療の臨床的利益と関連しており、したがって、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測するために使用することができるという発見に基づいている。したがって、本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるH-Ras突然変異の存在に基づいて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測する方法、FTI治療のために癌患者集団を選択する方法、及び対象の癌をFTIの治療有効量で治療する方法である。癌は造血系癌又は固形腫瘍であることができる。いくつかの実施態様において、癌は固形腫瘍である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の癌を治療する方法である。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。該試料は腫瘍試料であることができる。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)癌患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、H-Ras突然変異は、G12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける突然変異である。いくつかの実施態様において、H-Ras突然変異は、G12R、G12V、G13C、G13R、Q61L、及びQ61Rのアミノ酸置換からなる群から選択される突然変異であることができる。いくつかの実施態様において、該突然変異は、H-Rasタンパク質の活性化をもたらす他のコドンにおける突然変異であることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるK-Ras突然変異及びN-Ras突然変異の有無を決定すること、並びにその後、(b)該試料がK-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さない場合、FTIの治療有効量を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施態様において、該方法は、該試料が野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有する場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、K-Ras突然変異はKA-Ras突然変異である。いくつかの実施態様において、K-Ras突然変異はKB-Ras突然変異である。いくつかの実施態様において、K-Ras突然変異は、KA-Ras突然変異とKB-Ras突然変異の組合せである。K-Ras突然変異は、KA-Ras、KB-Ras、又はその両方のG12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける突然変異を含むことができる。いくつかの実施態様において、KA-Ras突然変異は、アミノ酸置換G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61 K、Q61 H、Q61 L、Q61 P、Q61 R、及びA146Vからなる群から選択される突然変異を含むことができる。いくつかの実施態様において、KB-Ras突然変異は、アミノ酸置換G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61 K、Q61 H、Q61 L、Q61 P、Q61 R、及びA146Vからなる群から選択される突然変異を含むことができる。
いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異は、G12、G13、G15、G60、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける少なくとも1つの突然変異を含むことができる。いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異は、G12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおける少なくとも1つの突然変異を含むことができる。いくつかの実施態様において、N-Ras突然変異は、アミノ酸置換G12C、G12D、G12F、G12S、G12A、G12V、G12R、G13C、G13R、G13A、G13D、G13V、G15W、G60E、Q61P、Q61L、Q61R、Q61K、Q61H、及びQ61Eからなる群から選択される少なくとも1つの突然変異を含むことができる。
いくつかの実施態様において、試料は、K-RasのG12、G13、及びQ61におけるアミノ酸置換を有さず、また、N-RasのG12、G13、及びQ61におけるアミノ酸置換を有さないと決定される。いくつかの実施態様において、試料は、K-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さないと決定される。いくつかの実施態様において、試料は、野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異、K-Ras突然変異、及びN-Ras突然変異の有無を決定すること、並びにその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有するが、K-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さないと決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。該試料は腫瘍試料であることができる。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)癌患者がH-Ras突然変異並びに野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定すること、並びにその後、(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の癌をFTIで治療する方法、及びFTI治療のために癌患者を選択する方法である。癌は、造血系癌又は固形腫瘍であることができる。本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異状況に基づいて、対象の前悪性状態をFTIで治療する方法、及びFTI治療のために前悪性状態を有する患者を選択する方法でもある。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の癌をFTIで治療するか又はFTI治療のために癌患者を選択する方法である。癌は、造血系癌又は固形腫瘍であることができる。癌は、ヒトパピローマウイルスに関連するもの(HPV+もしくはHPV陽性)又はHPVに関連しないもの(HPV-もしくはHPV陰性)であることができる。
本明細書に提供されるのは、患者由来の試料におけるH-Ras突然変異の存在に基づいて、FTI治療に対する癌患者の応答性を予測する方法、FTI治療のために癌患者集団を選択する方法、及び対象の癌をFTIの治療有効量で治療する方法である。H-Rasの突然変異状況は、核酸又はタンパク質レベルで検出することができる。いくつかの実施態様において、H-Ras突然変異状況は、該試料から取得された核酸を解析することにより決定される。いくつかの実施態様において、H-Ras突然変異状況は、該試料から取得されたタンパク質を解析することにより決定される。
いくつかの実施態様において、H-Ras突然変異状況は、試料から取得された核酸を解析することにより決定される。核酸は、試験対象由来のmRNA又はゲノムDNA分子であることができる。核酸を解析することによってRas突然変異状況を決定するための方法は、当技術分野で周知である。いくつかの実施態様において、該方法は、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、変性高速液体クロマトグラフィー(DHPLC)、又は制限断片長多型(RFLP)アッセイを含む。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況は、例えば、サンガーシークエンシング、次世代シークエンシング(NGS)を含む、標準的なシークエンシング法を用いて決定される。いくつかの実施態様において、Ras突然変異状況はMSを用いて決定される。
いくつかの実施態様において、H-Ras突然変異状況は、試料から取得されたタンパク質を解析することにより決定される。突然変異型Ras H-タンパク質は、種々の免疫組織化学(IHC)手法、免疫ブロッティングアッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、又は当技術分野で公知の他の免疫アッセイ法によって検出することができる。
当業者であれば理解しているように、Ras突然変異を解析するための本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の任意の方法を用いて、H-Ras突然変異の有無を決定することができる。
(5.2.試料)
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法は、対象由来の試料を取得することを含む。いくつかの実施態様において、該試料は腫瘍試料である。いくつかの実施態様において、本方法で使用される試料は、生検(例えば、腫瘍生検)を含む。生検は、任意の器官又は組織、例えば、皮膚、肝臓、肺、心臓、結腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、毛髪、脾臓、脳、乳房、又は他の器官に由来するものであることができる。当業者に公知の任意の生検技法、例えば、切開生検、非切開生検、コア生検、切除生検、摘出生検、又は微細針吸引生検を対象由来の試料を単離するために使用することができる。
本明細書に提供される方法で使用される試料は、対象由来の体液を含む。体液の非限定的な例としては、血液(例えば、末梢全血、末梢血)、血液血漿、骨髄、羊水、房水、胆汁、リンパ液、おりもの、血清、尿、脳及び脊髄を取り囲む脳脊髄液、骨関節を取り囲む滑液が挙げられる。
一実施態様において、試料は骨髄試料である。骨髄試料を取得する手順は当技術分野で周知であり、これには、限定されないが、骨髄生検及び骨髄穿刺が含まれる。骨髄は、流体部分とより固い部分を有する。骨髄生検では、固い部分の試料を採取する。骨髄穿刺では、流体部分の試料を採取する。骨髄生検と骨髄穿刺は同時に行われ、骨髄検査と呼ぶことができる。
いくつかの実施態様において、試料は血液試料である。血液試料は、例えば、Innisら編、PCRプロトコル(PCR Protocols)(Academic Press, 1990)に記載されている従来の技法を用いて取得することができる。白血球は、従来の技法又は市販のキット、例えば、RosetteSepキット(Stein Cell Technologies, Vancouver, Canada)を用いて、血液試料から分離することができる。白血球の亜集団、例えば、単核細胞、NK細胞、B細胞、T細胞、単球、顆粒球、又はリンパ球は、従来の技法、例えば、磁気活性化細胞選別(MACS)(Miltenyi Biotec, Auburn, California)又は蛍光活性化細胞選別(FACS)(Becton Dickinson, San Jose, California)を用いて、さらに単離することができる。
ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、複数の細胞を含む。そのような細胞としては、任意のタイプの細胞、例えば、幹細胞、血液細胞(例えば、PBMC)、リンパ球、NK細胞、B細胞、T細胞、単球、顆粒球、免疫細胞、又は腫瘍もしくは癌細胞を挙げることができる。特定の細胞集団は、市販の抗体(例えば、Quest Diagnostic(San Juan Capistrano, Calif.); Dako(Denmark))の組合せを用いて取得することができる。
ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される試料は、例えば、癌(例えば、頭頸部癌、唾液腺腫瘍、又は甲状腺腫瘍)を有する個体由来の罹患組織に由来するものである。ある実施態様において。いくつかの実施態様において、細胞は、腫瘍もしくは癌細胞又は腫瘍組織、例えば、腫瘍生検又は腫瘍外植片から取得することができる。ある実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される細胞の数は、1細胞〜約109細胞の範囲であることができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法で使用される細胞の数は、約1×104、5×104、1×105、5×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108、又は5×108個である。
対象から回収される細胞の数及び種類は、例えば、フローサイトメトリー、細胞選別、免疫細胞化学検査(例えば、組織特異的もしくは細胞マーカー特異的抗体による染色)、蛍光活性化細胞選別(FACS)、磁気活性化細胞選別(MACS)などの標準的な細胞検出技法を用いて形態及び細胞表面マーカーの変化を測定することにより、光学顕微鏡もしくは共焦点顕微鏡法を用いて細胞の形態を調べることにより、並びに/又はPCR及び遺伝子発現プロファイリングなどの当技術分野で周知の技法を用いて遺伝子発現の変化を測定することによりモニタリングすることができる。これらの技法は、1以上の特定のマーカーについて陽性である細胞を特定するためにも使用することができる。蛍光活性化細胞選別(FACS)は、細胞を含む粒子を、該粒子の蛍光特性に基づいて分離するための周知の方法である(Kamarchの文献、1987, Methods Enzymol, 151:150-165)。個々の粒子中の蛍光部分のレーザーによる励起によってわずかな電荷が生じ、混合物からの正の粒子と負の粒子の電磁分離が可能となる。一実施態様において、細胞表面マーカー特異的抗体又はリガンドは、異なる蛍光標識で標識される。細胞はセルソーターに通して処理され、使用される抗体に結合するその能力に基づく細胞の分離が可能となる。FACSで選別された粒子を96ウェル又は384ウェルプレートの個々のウェルに直接堆積させて、分離及びクローニングを容易にすることができる。
ある実施態様において、細胞のサブセットが本明細書に提供される方法で使用される。細胞の特定の集団を選別及び単離する方法は当技術分野で周知であり、細胞のサイズ、形態、又は細胞内もしくは細胞外マーカーに基づくことができる。そのような方法としては、フローサイトメトリー、フローソーティング、FACS、磁気細胞選別などのビーズに基づく分離、サイズに基づく分離(例えば、ふるい、障害物のアレイ、又はフィルター)、マイクロフルイディクス装置での選別、抗体に基づく分離、沈降、親和性吸着、親和性抽出、密度勾配遠心分離、レーザーキャプチャーマイクロダイセクションなどが挙げられるが、これらに限定されない。
(5.3.癌)
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の造血系癌をFTIで治療するか又はFTI治療のために癌患者を選択する方法である。いくつかの実施態様において、造血系癌はHPV陰性である。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)HPV陰性の造血系癌患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブの治療有効量を患者に投与することを含む。
血液癌は血液又は骨髄の癌である。血液(又は血行性)癌の例としては、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、骨髄異形成症候群(MDS)、白血病、及びリンパ腫が挙げられる。いくつかの実施態様において、癌は、急性骨髄性白血病(AML)、ナチュラルキラー細胞リンパ腫(NKリンパ腫)、ナチュラルキラー細胞白血病(NK白血病)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、若年性骨髄単球性白血病(JMML)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、慢性骨髄性白血病(CML)、又は慢性骨髄単球性白血病(CMML)である。いくつかの実施態様において、癌はCMMLである。いくつかの実施態様において、癌はJMMLである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、固形腫瘍をFTIで治療する方法である。いくつかの実施態様において、固形腫瘍はHPV陰性である。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)HPV陰性の固形腫瘍患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブの治療有効量を患者に投与することを含む。
固形腫瘍は、通常は嚢胞も液体部分も含まない異常な組織塊である。固形腫瘍は良性又は悪性であることができる。固形腫瘍の様々なタイプは、それらを形成する細胞のタイプに因んで命名される(例えば、肉腫、癌腫、及びリンパ腫)。本発明の方法によって治療される固形腫瘍は、肉腫及び癌腫であることができ、これには、頭頸部癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、及び他の肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、リンパ性悪性腫瘍、膵癌、乳癌、肺癌、卵巣癌、前立腺癌、肝細胞癌、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、甲状腺癌、甲状腺髄様癌、甲状腺乳頭癌、褐色細胞腫、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、精上皮腫、膀胱癌、黒色腫、並びにCNS腫瘍(例えば、神経膠腫(例えば、脳幹神経膠腫及び混合神経膠腫)、膠芽腫(別名、多形性膠芽腫)、星細胞腫、CNSリンパ腫、胚細胞腫、髄芽腫、神経鞘腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、希突起膠腫、髄膜腫、神経芽腫、網膜芽腫、並びに脳転移)が含まれる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、固形腫瘍をFTIで治療する方法であり、ここで、固形腫瘍は、甲状腺癌、頭頸部癌、唾液腺癌、悪性黒色腫、副腎癌、乳癌、腎細胞癌、膵臓の癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、又は原発不明の癌である。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。様々なタイプ又は段階の固形腫瘍を有する患者に一般に投与される薬物としては、セレブレックス、エトポシド、シクロホスファミド、ドセタキセル、アペシタビン(apecitabine)、IFN、タモキシフェン、IL-2、GM-CSF、又はこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される固形腫瘍は、甲状腺癌、頭頸部癌、尿路上皮癌、唾液腺癌、上部消化管の癌、膀胱癌、乳癌、卵巣癌、脳腫瘍、胃癌、前立腺癌、肺癌、結腸癌、皮膚癌、肝臓癌、及び膵癌であることができる。いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される膀胱癌は移行細胞癌であることができる。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される固形腫瘍は、癌腫、黒色腫、肉腫、又は慢性肉芽腫性疾患からなる群から選択されることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供される方法によって治療される前悪性状態は、光線口唇炎、バレット食道、萎縮性胃炎、非浸潤性乳管癌、先天性角化異常症、鉄欠乏性嚥下障害、扁平苔癬、口腔粘膜下線維症、日光弾力線維症、子宮頸部異形成、ポリープ、白板症、紅板症、扁平上皮内病変、前悪性障害、又は前悪性免疫増殖性障害であることができる。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、対象におけるH-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の固形腫瘍をFTIで治療する方法及びFTI治療のために固形腫瘍患者を選択する方法であり、ここで、該固形腫瘍は、甲状腺癌、頭頸部癌、又は唾液腺癌である。いくつかの実施態様において、該固形腫瘍は甲状腺癌である。いくつかの実施態様において、該固形腫瘍は頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC)である。いくつかの実施態様において、該固形腫瘍は唾液腺癌である。
頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC)は世界中で6番目に多い癌であり、世界中で1年に約650,000件の症例及び200,000件の死亡があり、米国では1年に約54,000件の新しい症例がある。これは、中央アジアで最も多い癌でもある。
HNSCCには、2つの異なる原因と対応する腫瘍型がある。第一の亜型は、喫煙及びアルコール消費と関連しており、ヒトパピローマウイルスと無関係(HPV-又はHPV陰性)である。第二の亜型は、高リスクHPVの感染(HPV+又はHPV陽性)と関連している。第二の亜型は、主に、口腔咽頭癌に限定される。HPV+腫瘍は、良好な予後を有するはっきりと区別できる実体であり、特異な治療を必要とし得る。
HNSCC、特に、口腔咽頭癌の相当な割合がHPV感染によって生じる。高リスクのHPV亜型16は、HNSCCにおける全HPV+腫瘍の85％を占める。P16は、特に、中咽頭のHNSCCにおけるHPV感染の代用マーカーとして使用することができる。より正確なHPV検査が利用可能であり、それは、E6/E7検出に基づくものである(Liang Cらの文献、Cancer Res. 2012;72:5004-5013)。
HPV+ HNSCCは、HPV-HNSCCよりも顕著に低いEGFR発現レベルを示す。EGFR増幅は、HPV-HNSCCでのみ起こる。高いEGFR遺伝子コピー数及びタンパク質発現は、進行HNSCCの悪い臨床転帰と関連している。
現在、再発性/転移性HNSCCの第一選択の治療法としては、任意に抗EGFR抗体療法(例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、アファチニブ)と組み合わせた、白金ベースのダブレット(例えば、シスプラチン/5-FU又はカルボプラチン/パクリタキセル)が挙げられる。第二選択の治療法としては、タキサン、メトトレキセート、及び/又はセツキシマブが挙げられる。抗EGFR抗体療法、例えば、セツキシマブ(キメラIgG1)又はパニツムマブを、化学療法(例えば、白金/5-FU、シスプラチン)とともに、又は放射線療法とともに、単剤として使用することができる。HNSCCにおける高いEGFR発現レベルにもかかわらず、セツキシマブの単剤応答率は、わずか13％、SD率は33％であり、現在、利用可能な予測的バイオマーカーは存在しない。
HNSCCの開発中の薬物としては、PI3K経路を標的とするもの: BKM120(ブパルリシブ)＋セツキシマブ、BYL719＋セツキシマブ、テムシロリムス＋セツキシマブ、リゴセルチブ＋セツキシマブ; MET経路を標的とするもの: チバンチニブ＋セツキシマブ、フィクラツズマブ＋セツキシマブ; EGFR/HER3経路を標的とするもの、アファチニブ＋セツキシマブ±パクリタキセル、パトリツマブ; FGFR経路を標的とするもの: BGJ398; CDK4/6細胞周期経路を標的とするもの:パルボシクリブ、LEE011; RTKインヒビター:アンロチニブ及び化学療法:経口アザシチジンが挙げられる。HNSCCのごく最近の治療選択肢としては、抗PD1又は抗PDL1抗体などの免疫療法が挙げられる。
外科手術、放射線、化学放射線療法、及び導入化学療法を用いて、限局性及び局所領域性疾患について高い治癒率が達成されているが、再発性/転移性疾患の生存率は、依然として極めて低く、より良好な治療選択肢が必要である。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象のHNSCCを治療する方法である。いくつかの実施態様において、該HNSCCはHPV陰性HNSCCであることができる。いくつかの実施態様において、該HNSCCは再燃性/再発性HNSCCであることができる。いくつかの実施態様において、該HNSCCは転移性HNSCCであることができる。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。該試料は腫瘍試料であることができる。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)HNSCC患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の唾液腺癌を治療する方法である。いくつかの実施態様において、該唾液腺癌は進行唾液腺癌であることができる。いくつかの実施態様において、該唾液腺癌は転移性唾液腺癌であることができる。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。該試料は腫瘍試料であることができる。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)唾液腺癌患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)FTIの治療有効量を該対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の甲状腺癌を治療する方法である。いくつかの実施態様において、該甲状腺癌は再燃性/再発性甲状腺癌であることができる。いくつかの実施態様において、該甲状腺癌は転移性甲状腺癌であることができる。いくつかの実施態様において、該甲状腺癌は進行甲状腺癌であることができる。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。該試料は腫瘍試料であることができる。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)HNSCC患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)FTIの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIはチピファルニブである。
(5.4.例示的なFTI及び投薬量)
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の癌をチピファルニブで治療するか又はチピファルニブ治療のために癌患者を選択する方法である。いくつかの実施態様において、該方法は、対象を、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIで治療することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、FTIは、経口、非経口、経直腸、又は局所投与される。いくつかの実施態様において、FTIは経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、経口、非経口、経直腸、又は局所投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは経口投与される。
いくつかの実施態様において、FTIは1〜1000mg/kg体重の用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは1日2回投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、200〜1200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、600mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、1日2回、900mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは1〜1000mg/kg体重の用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは1日2回投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1日2回、200〜1200mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1日2回、600mgの用量で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、1日2回、900mgの用量で投与される。
いくつかの実施態様において、FTIは治療サイクルで投与される。いくつかの実施態様において、FTIは隔週で投与される。いくつかの実施態様において、FTIは28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは治療サイクルで投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは隔週で投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。
いくつかの実施態様において、FTIは、少なくとも3サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、少なくとも6サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、最大12サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、FTIは、少なくとも3サイクルの間、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、少なくとも3サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、少なくとも6サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、最大12サイクルの間、投与される。いくつかの実施態様において、チピファルニブは、少なくとも3サイクルの間、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象のHNSCCをチピファルニブで治療する方法である。いくつかの実施態様において、該HNSCCはHPV陰性HNSCCであることができる。いくつかの実施態様において、該HNSCCは再燃性/再発性HNSCCであることができる。いくつかの実施態様において、該HNSCCは転移性HNSCCであることができる。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。該試料は腫瘍試料であることができる。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)HNSCC患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の唾液腺癌をチピファルニブで治療する方法である。いくつかの実施態様において、該唾液腺癌は進行唾液腺癌であることができる。いくつかの実施態様において、該唾液腺癌は転移性唾液腺癌であることができる。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。該試料は腫瘍試料であることができる。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)唾液腺癌患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、本明細書に提供されるのは、H-Ras突然変異の存在に基づいて、対象の甲状腺癌をチピファルニブで治療する方法である。いくつかの実施態様において、該甲状腺癌は再発性(relapsed)/再発性(recurrent)甲状腺癌であることができる。いくつかの実施態様において、該甲状腺癌は転移性甲状腺癌であることができる。いくつかの実施態様において、該甲状腺癌は進行甲状腺癌であることができる。本明細書に提供される方法は、(a)対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。該試料は腫瘍試料であることができる。いくつかの実施態様において、該方法は、(a)HNSCC患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブの治療有効量を対象に投与することを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、対象に、本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知の別のFTIを投与することを含む。いくつかの実施態様において、FTIは、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、該方法は、(a)HNSCC患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブを対象に投与することを含み、ここで、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。いくつかの実施態様において、HNSCC患者は再発性/不応性HNSCCを有する。いくつかの実施態様において、HNSCC患者はHPV陰性HNSCCを有する。
いくつかの実施態様において、該方法は、(a)唾液腺癌患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブを対象に投与することを含み、ここで、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。
いくつかの実施態様において、該方法は、(a)甲状腺癌患者がH-Ras突然変異を有すると決定すること、及びその後、(b)チピファルニブを対象に投与することを含み、ここで、チピファルニブは、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される。
いくつかの実施態様において、該方法は、第二の療法を、H-Ras突然変異を有する固形腫瘍を有する患者に施すことをさらに含む。いくつかの実施態様において、第二の療法は、化学療法、例えば、シスプラチン、5-FU、カルボプラチン、パクリタキセル、又は白金ベースのダブレット(例えば、シスプラチン/5-FU又はカルボプラチン/パクリタキセル)である。いくつかの実施態様において、第二の療法は、抗EGFR抗体療法(例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、アファチニブ)である。いくつかの実施態様において、第二の療法は、タキサン、メトトレキセート、及び/又はセツキシマブである。いくつかの実施態様において、第二の療法は放射線療法である。いくつかの実施態様において、第二の療法としては、PI3K経路を標的とするもの: BKM120(ブパルリシブ)＋セツキシマブ、BYL719＋セツキシマブ、テムシロリムス＋セツキシマブ、リゴセルチブ＋セツキシマブ; MET経路を標的とするもの:チバンチニブ＋セツキシマブ、フィクラツズマブ＋セツキシマブ; EGFR/HER3経路を標的とするもの、アファチニブ＋セツキシマブ±パクリタキセル、パトリツマブ; FGFR経路を標的とするもの: BGJ398; CDK4/6細胞周期経路を標的とするもの:パルボシクリブ、LEE011; RTKインヒビター:アンロチニブ及び化学療法:経口アザシチジンが挙げられる。いくつかの実施態様において、第二の療法は、免疫療法、例えば、抗PD1又は抗PDL1抗体である。
(6.実施例)
本発明の様々な実施態様の活性に実質的には影響を及ぼさない修飾も本明細書に提供される本発明の定義の範囲内に提供されることが理解される。したがって、以下の実施例は、本発明を限定することではなく、それを例示することを意図する。本明細書に引用される参考文献は全て、引用により完全に組み込まれる。
(実施例I)
(チピファルニブの臨床的利益と関連する免疫学的バイオマーカーの同定)
2つのAML研究からの骨髄試料における遺伝子発現プロファイリングの解析及び複数の細胞株におけるチピファルニブのIC50データから、複数の免疫関連遺伝子、とりわけ、NK細胞関連遺伝子がチピファルニブの良好な予後と関連していることが明らかになった。これらの遺伝子のいくつかは、チピファルニブ治療に非特異的であるように思われたが、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMを含むその他のものは、シタラビン及びミトキサントロンなどの他の非FTI化学療法剤ではなく、チピファルニブの臨床的利益と特異的に関連していた。
今回の研究では、FTIであるチピファルニブの有効性及び安全性を検討する2つの臨床研究で収集された骨髄試料の包括的な遺伝子発現アッセイから作成されたマイクロアレイデータが使用された。1つの臨床研究は、以前に治療されていないAMLを有する65歳以上の成人患者で実施され、もう1つは再発性及び不応性AMLで実施された。これらの研究の臨床結果は以前に発表され(Lancetらの文献、Blood 109:1387-1394(2007); Harousseauらの文献、Blood 9:9(2007); Raponiらの文献、Clin. Cancer Res. 13:2254-2260(2007))、遺伝子プロファイリングデータはNCBIの遺伝子発現オムニバス(Gene Expression Omnibus)(GEO、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)に公開された。これらは、GEOシリーズアクセッション番号GSE8970及びGSE5122から評価可能である。
Raponiらの文献、Blood 111:2589-96(2008)に記載されているように、BM試料を、チピファルニブによる治療の前に、同意している患者から回収し、単核細胞をその場で処理した。全RNAを細胞試料から抽出し、品質を管理し、マイクロアレイ解析のためにさらに処理した。DNAを同じ試料から単離した。試料を包括的な遺伝子発現、及び/又は特定の遺伝子の定量的ポリメラーゼ連鎖反応(QPCR)についてアッセイした。
チピファルニブに対する応答を臨床研究報告の中で報告し、完全寛解(CR)、部分寛解(PR)、又は血液学的改善(HI)を有する患者と定義した。PR患者及びHI患者をレスポンダーとして含めた。なぜなら、これらの患者は、CRを達成している患者と同様の生存利益を有することが以前に示されたからである。簡潔に説明すると、CRは、全細胞株の正常な成熟、少なくとも109個/L(1000個/μL)の絶対好中球数(ANC)、及び100×109個/L(100000個/μL)の血小板数を伴う、5％未満の骨髄芽球を示すBMと定義された。PRは、上記のレベルへのANC及び血小板の回復の存在、ただし、5％〜19％のBM芽球、及びベースラインからのBM芽球パーセンテージの50％を超える減少を伴うものと定義された。HIは、0.5〜1×109個/L(500〜1000個/μL)へのANCの回復及び20〜100×109個/L(20000〜100000個/μL)への血小板数の回復を除いて、PRと同じと定義された。進行疾患(PD)は、以下のいずれかと定義された:ベースラインからのBM芽球パーセンテージの50％を上回る増加(ベースラインが5％未満である場合は5％を上回る芽球、ベースラインが5％〜10％である場合は10％を上回る芽球、及びベースラインが10％〜20％である場合は20％を上回る芽球);循環芽球の50％を超える増加;循環芽球の少なくとも2回連続での新たな出現;又は髄外白血病の発症。安定疾患(SD)は、CR基準も、PR基準も、HI基準も、PD基準も満たさない任意の応答と定義された。
カプランマイヤー曲線を用いて、バイオマーカー値と臨床的利益の関係を調べた。複数のNK細胞関連遺伝子、一部のチピファルニブ患者で観察された長期間の応答、及びNK細胞におけるRAS媒介性シグナル伝達の役割の特定により、チピファルニブ治療に対するAML患者の応答性が免疫細胞の骨髄浸潤から生じ得ることが支持される。
(1. KIR2DS5発現レベルとチピファルニブの臨床的利益との相関)
図1Aに示されているように、KIR2DS5の発現レベルは、チピファルニブで治療されたAML患者の転帰と関連している。臨床応答の違いに基づいて患者を分類すると、PD患者はKIR2DS5発現連続体の下端にクラスター化し; CR患者はKIR2DS5発現連続体の上端にクラスター化し; HI患者及びSD患者はCR群とPD群の間にクラスター化することが分かった。
さらに、強い相関が、チピファルニブで治療されたAML患者のKIR2DS5の発現レベルとPFSの間で確認された(図1B)。そのKIR2DS5発現レベルが最大(第4)四分位にある患者は、残りの患者と比較して統計的に有意に長いPFSを有していた。この相関は、治療に対する応答性の可能性を増大させるために、AML患者をKIR2DS5の発現レベルに基づいてチピファルニブ治療のために選択することができることを支持する。
(2. KIR2DS2とKIR2DL2の発現の比とチピファルニブの臨床的利益の特異的相関)
図2A及び2Bに示されているように、KIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比(2DS2/2DL2比)は、チピファルニブで治療されたAML患者のPFS(図2A)とOS(図2B)の両方と強く相関した。示されているように、最大(第4)四分位の2DS2/2DL2比を有する患者は、残りの患者集団と比較して統計的に有意に長いPFS(中央値＝431日)及びOS(中央値＝750日)を有していた。
さらに、2DS2/2DL2比と臨床的利益の間の相関はチピファルニブに特異的であり、シタラビン及びミトキサントロンなどの他の非FTI化学療法剤については認められなかった(Metzeler KHらの文献、Blood, 112:4193-201(2008)からの化学療法データ)。図3A及び3B並びに下記の表に示されているように、高用量のシタラビン及びミトキサントロンで治療されたAML患者の生存確率は、最大五分位の2DS2/2DL2比を有する患者と残りの患者の間で区別できなかった。
Figure 0006630742
2DS2/2DL2比とチピファルニブの臨床的利益の特異的相関は、治療に対する全体的な応答を増大させるために、AML患者を2DS2/2DL2比に基づいてチピファルニブ治療のために選択することができることを支持する。
(3. KIR2DS5とKIR2DL5の発現の比とチピファルニブの臨床的利益の特異的相関)
図4Aに示されているように、KIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5Aの発現レベルの比(2DS5/2DL5比)は、チピファルニブで治療されたAML患者のPFSとOSの両方と強く相関した。示されているように、最大(第4)四分位の2DS5/2DL5A比を有する患者は、残りの患者集団と比較して統計的に有意に長いPFS及びOSを有していた。
さらに、2DS5/2DL5比と臨床的利益の間の相関はチピファルニブに特異的であり、シタラビン及びミトキサントロンなどの他の非FTI化学療法剤については認められなかった(Metzeler KHらの文献、Blood, 112:4193-201(2008)からの化学療法データ)(図4B)。図4Bに示されているように、高用量のシタラビン及びミトキサントロンで治療されたAML患者の生存確率は、異なる2DS5/2DL5比を有する患者間で区別できなかった。
2DS5/2DL5比とチピファルニブの臨床的利益の間の特異的相関は、治療に対する全体的な応答を増大させるために、AML患者を2DS5/2DL5比に基づいてチピファルニブ治療のために選択することができることを支持する。
(4. GZMM発現レベルとチピファルニブの臨床的利益との特異的相関)
図5に示されているように、GZMMの発現レベルは、チピファルニブで治療されたAML患者の転帰と関連している。臨床応答の違いに基づいて患者を分類すると、PD患者はGZMM発現連続体の下端にクラスター化し、かつ4つの群(CR、HI、SD、及びPD)の中で最も低いGZMMの発現レベル中央値を有することが分かった。CR患者はGZMM発現連続体の上端にクラスター化し、4つの群の中で最も高いGZMMの発現レベル中央値を有していた。
さらに、強い相関が、チピファルニブで治療されたAML患者のGZMMの発現レベルとOS及びPFSの間で確認された(図6A)。そのGZMM発現レベルが最大(第4)四分位にある患者は、残りの患者と比較して統計的に有意に長いOS及びPFSを有していた。GZMM発現レベルと臨床的利益の間の相関はチピファルニブに特異的であり、シタラビン及びミトキサントロンなどの他の非FTI化学療法剤については認められなかった(図6B)。この特異的相関は、治療に対する全体的な応答を増大させるために、AML患者をGZMMの発現レベルに基づいてチピファルニブ治療のために選択することができることを支持する。
(5. KIR2DS2発現レベルとチピファルニブの臨床的利益との特異的相関)
図7Aに示されているように、KIR2DS2の発現レベルは、チピファルニブで治療されたAML患者の転帰と関連している。強い相関が、チピファルニブで治療されたAML患者のKIR2DS2の発現レベルとOSの間で確認された(図7A)。そのKIR2DS2発現レベルが最大(第4)四分位にある患者は、残りの患者と比較して統計的に有意に長いOSを有していた(図7A及び図7B、左上のパネル)。
図7B及び下記の表に示されているように、KIR2DS2の発現は、完全応答率及び生存エンドポイントを含む臨床的利益と強く相関した。KIR2DS2発現の上位(第4)四分位にある患者は、564日の生存中央値を有していたのに対し、KIR2DS2発現の第1〜第3四分位における患者は、153日の生存中央値を有していた。対照的に、ドイツAML共同グループ(German AML Cooperative Group)の1999年の研究(AMLCG 1999)に登録された、過去に治療を受けていない高齢(65歳超)の51人のAML患者のサブセットにおいて、KIR2DS2を含むNK細胞マーカーの発現と化学療法治療から得られた臨床的利益の間に相関は確認されなかった(図7B、右のパネル)。先の第2相臨床試験でチピファルニブによる治療を受けた、過去に治療を受けていない高リスクかつ高齢の34人のAML患者のうち、25人にMDSの既往があった。この特異的相関は、AML及びMDSの治療に対する応答性の可能性を増大させるために、癌患者をKIR2DS2の発現レベルに基づいてチピファルニブ治療のために選択することができることを支持する。
Figure 0006630742
(実施例II)
(A.チピファルニブ臨床試験のためのAML患者の層別化)
KIRタイピングを患者組入れ基準の一部として含む臨床試験を実施することができる。例えば、研究を、60歳を超えているかもしくはそうでなければ標準化学療法に適していないか、又は不応性もしくは再発性AMLを有するAML患者でのチピファルニブ治療のために実施することができる。
AML患者に臨床試験への参加が認められる前に、骨髄試料又は血液試料を該患者から取得する。その後、該試料をマイクロアレイ解析に供する。DNAを、Trizol処理した骨髄の試料から、メーカー(Qiagen)の指示の通りに単離する。試料を、包括的な遺伝子発現、並びにKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、及びKIR2DL5を含む特定の遺伝子の定量的ポリメラーゼ連鎖反応(QPCR)についてアッセイする。数ある中でも、マイクロアレイ解析は、患者のKIR遺伝子の遺伝子型を提供する。患者がKIR2DS2遺伝子のキャリア、又はKIR2DS5遺伝子のキャリアであると確認された場合、該患者に、チピファルニブ治験への参加を認める。例示的な組入れ基準は、次の通りあることができる:
−AMLの診断の病理学的確認(20％以上の骨髄芽球)
−ECOG全身状態 0又は1
−患者はインフォームドコンセントを与えることができなければならない
−SGOT及びSGPT 2.5×正常範囲以下(グレード1)
−血清クレアチニン 1.5×正常範囲以下(グレード1)
−AML(以下のいずれか):
−70歳以上の成人で新たに診断されたAML
−60歳以上の成人のMDSに起因する新たに診断されたAML
−生検により証明された再発性又は不応性AML
−30,000個以上の白血球性芽球/uLを伴う白血球増加症
−骨髄生検によって確認された、KIR2DS2又はKIR2DS5のキャリア
例示的な投薬レジメンは、以下であることができる:患者は、1〜21日目に、600mgのチピファルニブを、1日2回(B.I.D.)、経口(PO)投与される。疾患進行又は許容できない毒性がない場合、コースを28日毎に繰り返す。
完全寛解(CR)率及び部分寛解(PR)率は、治験の主要転帰尺度であることができる。
(B.免疫細胞マーカーを副次的エンドポイントとするチピファルニブ臨床試験のためのMDS患者)
KIRタイピングを患者組入れ基準の一部として含む臨床試験を実施することができる。例えば、研究を、MDS、又は具体的には低リスクMDSを有するAML患者でのチピファルニブ治療のために実施することができる。この研究の主要エンドポイントは、成人骨髄異形成性/骨髄増殖性腫瘍国際ワーキンググループ基準又は関連する応答評価システムによる輸血非依存である。副次的エンドポイントは、免疫細胞マーカー、とりわけ、KIR2DS2、KIR2DS5、KIR2DL2、KIR2DL5、及びGZMMなどのNK細胞マーカーの解析を含み得る。
低リスクMDSを有する患者に臨床試験への参加が認められた場合は、骨髄試料又は血液試料を該患者から取得する。その後、該試料をマイクロアレイ解析に供する。DNAを、Trizol処理した骨髄の試料から、メーカー(Qiagen)の指示の通りに単離する。試料を、包括的な遺伝子発現、並びにKIR2DS2、KIR2DS5、KIR2DL2、KIR2DL5、及びGZMMなどの特定の遺伝子の定量的ポリメラーゼ連鎖反応(QPCR)についてアッセイする。数ある中でも、マイクロアレイ解析は、患者のKIR遺伝子の遺伝子型を提供する。
例示的な投薬レジメンは、以下であることができる:患者は、1〜21日目に、600mgのチピファルニブを、1日2回(B.I.D.)、経口(PO)投与される。疾患進行又は許容できない毒性がない場合、コースを28日毎に繰り返す。
コンパニオン診断検査を用いて、低リスクMDSを有する患者集団でのチピファルニブの臨床試験における患者の選択を助けることもできる。本明細書に記載の又はそうでなければ当技術分野で公知のNK細胞におけるKIR遺伝子の有無を検出する遺伝子アッセイを使用することができる。バイオマーカー発現レベルを決定するための、本明細書に記載されるアッセイ(例えば、PCRベースのアッセイ)、又はそうでなければ当技術分野で公知のアッセイを使用することもでき、患者選択のための最適なバイオマーカーカットオフ基準を後続の臨床研究のために決定することができる。
(実施例III)
(CMML患者のための個別治療の決定)
CMML患者がチピファルニブ治療などのFTI治療に好適であるかどうかを決定するために、以下の手順を取ることができる。
BM試料を治療前の患者から回収し、単核細胞をその場で処理した。全RNAを、Trizolキット(Qiagen, Santa Clarita, CA)を用いて、細胞試料から抽出する。Agilent Bioanalyzer(Agilent, Palo Alto, CA)でリボソームバンドの存在を評価することにより、RNAの品質を決定する。品質の良好な試料をマイクロアレイ解析のためにさらに処理する。
各々の試料について、1gの全RNA(OD260により評価したもの)を、メーカーの指示に従って、High Capacity cDNA逆転写キット(Applied Biosystems, Foster City, CA)を用いて逆転写する。その後、試料を、最適なRNA転換のために、25℃で10分間、その後、37℃で30分間インキュベートすることができる。ABI Prism 7900HT配列検出システム(Applied Biosystems)を用いて、全試料を3連で泳動させて、QPCRを実施する。各々の反応液は、10μLの全反応容量中に、ウラシル-N-グリコシラーゼを含む5μLのTaqmanユニバーサルPCRマスターミックス(Applied Biosystems)、4.5μLのcDNA鋳型、及び0.5μLの20×アッセイ・オン・デマンド遺伝子発現アッセイミックス(Applied Biosystems)又は9pmolのフォワードプライマーとリバースプライマーの両方、並びに2.5pmolのプローブを含む。プライマー及びフルオレセインアミダイト(FAM)蛍光性プローブセットは全て、100ヌクレオチド未満のアンプリコンを生成するように選択され、分解されたRNA試料からの転写産物の増幅を可能にする。プライマー及びプローブは、KIR2DS2及びKIR2DL2の特異的な増幅のために設計される。プライマーセットは全て、エクソン境界にまたがり、したがって、ゲノムDNAではなく、mRNA転写産物を特異的に増幅する。
その後、KIR2DS2/KIR2DL2発現比を当技術分野で公知の方法を用いて計算する(例えば、引用により完全に本明細書中に組み込まれる、Maらの文献、Cancer Cell, 5:607-616(2004))。平均Ctを試料セットから差し引き、標準偏差で割り、その後、各々の遺伝子の標準化されたCt値の差を計算することにより、生のCt値を標準化する。
本明細書に記載されているように、KIR2DS2/KIR2DL2の参照発現比は、統計解析によって決定することができる。図2A及び2B(上記の実施例I. II)に示されているように、例えば、参照発現比は、最大(第4)五分位の2DS2/2DL2比を有する患者を残りの患者と区別する発現比であることができる。したがって、CMML患者の2DS2/2DL2比が参照比よりも大きい(すなわち、CMML患者の2DS2/2DL2比が最大(第4)五分位にある)と決定され、かつ該患者がそれ以外でチピファルニブ治療を受けるのを妨げられない場合、チピファルニブ治療が処方される。他方、CMML患者の2DS2/2DL2比が参照比よりも小さいと決定された場合、チピファルニブ治療は推奨されない。
チピファルニブ治療がCMML患者に処方された場合、CMML患者は、腫瘍学者によって適合するとみなされる、電離放射線、又は第二の活性剤もしくはサポーティブケア療法などの、別の治療を同時に受けることができる。第二の活性剤は、アザシチジン又はデシタビンなどのDNA低メチル化剤であることができる。
(実施例IV)
(野生型K-RAS/N-RAS状況を有する骨髄及びリンパ細胞株におけるチピファルニブの低いIC50)
下記の表に示されているように、複数の骨髄及びリンパ細胞株におけるチピファルニブIC50データの解析により、コドン12、13、及び/又は61のN-RAS又はK-RAS突然変異を保有する細胞株はチピファルニブに抵抗性であるが、野生型N-RAS及びK-RASを有するものを含む、これらの突然変異を保有しない細胞株はチピファルニブ治療に対してより感受性が高いことが明らかになった。
骨髄及びリンパ細胞株のチピファルニブIC50
Figure 0006630742
 癌の薬物感受性のゲノミクス(「GDSC」)からのデータ
(実施例V)
(チピファルニブで治療されたN-RAS/K-RAS野生型腫瘍状況を有するMDS/CMML患者における永続的な応答)
21人のMDS患者を第1相用量漸増研究においてチピファルニブで処置した。チピファルニブを1日2回投与した(3週間服用/1週間休薬スケジュールを8週間)(開始用量、経口、1日2回の300mg;合計、600mg)。
3例のHI、2例のPR、及び1例のCRという客観的応答が、20人の評価可能な患者のうち6人(30％)で観察された。下記の表2に示されているように、野生型N-RAS及びK-RASを有するMDS患者は、永続的な応答を有する可能性が高い(Kurzrockらの文献、Blood, 102(13):4527-34(2003))。
Figure 0006630742
 *患者は600mg/日の全日用量で開始したが、2週間後に用量を低下させた。
RAEB:芽球の増加を伴う不応性貧血。
(実施例VI)
(チピファルニブで治療されたN-RAS野生型状況を有するAML患者における長期のPFS及びより高い応答率)
CTEP-20は、過去に治療されていない高齢の又は不適切なAML患者におけるチピファルニブの第2相臨床試験であった(Raponiらの文献、Blood 111:2589-96(2008))。
32人の患者についてN-RAS遺伝子状況を決定した。図8に示されているように、より良好なPFSの傾向は、突然変異体N-RASを有するAML患者(PFS＝65日)と比較して、野生型N-RASを有するAML患者(PFS＝157日)で認められた。図9に示されているように、野生型N-RASを有する患者(43％ORR)は、突然変異体N-RASを有する患者(27％ORR)と比較してより高い応答率を有する。したがって、治療に対する応答性の可能性を増大させるために、AML患者をRAS遺伝子の突然変異状況に基づいてチピファルニブ治療のために選択することができる。
(実施例VII)
(RAS突然変異状況に基づいて層別化されたCMML患者におけるチピファルニブ臨床試験)
本実施例は、主目的が、チピファルニブの骨髄異形成性/骨髄増殖性疾患国際ワーキンググループ(MDS/MPN IWG)基準を、慢性骨髄単球性白血病(CMML)を有する対象及びその疾患がKRAS/NRAS野生型であるCMMLを有する対象で用いて、客観的応答率(ORR)の観点から、チピファルニブの抗腫瘍活性を評価することである、チピファルニブの第2相臨床研究を記載している。副次的な目的としては、CR率、完全な細胞遺伝学的寛解、部分寛解、骨髄応答、及び臨床的利益に対するチピファルニブの効果;応答の持続期間; 1年でのPFS率; 1年での生存率;有害事象に関する国立癌研究所共通用語基準バージョン4.03(National Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Events version 4.03)(NCI CTCAE v 4.03)による有害事象(AE)プロファイルを利用可能にすることが挙げられる。
この第2相研究では、チピファルニブのORRの観点から、CMML対象における抗腫瘍活性が検討される。最大20人の適格対象を登録し、対象のKRAS及び/又はNRAS突然変異状況に基づいて、2つの層のうちの1つ(1つの層当たり約10人の対象)に遡及的に層別化する。第一の層は、腫瘍KRAS及びNRAS野生型状況を有する対象を登録することができる。第二の層は、腫瘍KRAS突然変異体、NRAS突然変異体、又は二重突然変異体状況のいずれかを有する対象を登録することができる。
対象は、28日サイクルの隔週で(1〜7日目及び15〜21日目に)、7日間、1日2回(b.i.d.)、900mgの開始用量で、食物とともに経口的に投与されるチピファルニブを受容することができる。対象が900mgの用量レベルで用量制限毒性を経験していない場合、治験責任医師の裁量によって、チピファルニブの用量を1200mg b.i.d.に増加させることができる。チピファルニブと関係があるとみなされ、かつ14日以上持続する重篤な有害事象(SAE)又はグレード2以上の治療により発現した有害事象(TEAE)を発症する対象は用量漸増を受けない。治療に関連する、治療により発現した毒性を制御するための段階的な300mg用量低下も許容される。
管理不可能な毒性が存在しないとき、対象は、チピファルニブ治療を疾患進行まで受け続けることができる。完全応答が認められる場合、チピファルニブによる治療は、応答の開始を過ぎて少なくとも6カ月間維持されることができる。
疾患評価(骨髄、血液、及び生活の質の評価)は、スクリーニング時に、並びに第2、第4、第6サイクルの間、及びその後、約12週間毎(第9、第12、第15サイクルなど)に実施される22日目の診察時(±5日)に実施することができる。末梢血の評価及び輸血の必要性の再検討を含む、血液評価は、スクリーニング時に、及び疾患進行まで少なくとも1カ月に1回実施することができる。スクリーニング骨髄穿刺/生検は、その診断を確認する骨髄穿刺/生検を第1サイクルの1日目より4週間前以内に行い、研究目的の遂行用の試料を提供することができる対象で治療を開始するのに必要ではない。骨髄穿刺が予定されている疾患評価に不十分である場合、骨髄生検を実施することができる。治験責任医師によって必要であるとみなされた場合、さらなる疾患又は血液評価を実施することができる。疾患及び血液評価の時期は、治療サイクル延期の可能性とは無関係に、可能な限り維持される。
(実施例VIII)
(CMML患者のための個別化治療の決定)
CMML患者がチピファルニブ治療などのFTI治療に好適であるかどうかを決定するために、以下の手順を取ることができる。
DNAを、主にCMML発現時の患者の骨髄細胞(単核細胞もしくはバフィーコート)又は末梢血から抽出することができる。N-Ras及びK-Rasの突然変異状況は、ABI 3100シーケンサー(Applied Biosystems, Foster City, CA)で、蛍光プライマーに適応したチェーンターミネーション法を用いて、DNAシークエンシングによって決定される。直接シークエンシングが陰性である場合、PCR産物をクローニングし(オリジナルTAクローニングキット; Invitrogen, Groningen, the Netherlands)、シークエンシングする。
CMML患者が、K-RasもしくはN-Rasのコドン12、13、及び61における突然変異を有さないと決定された場合、又はCMML患者が野生型K-Ras及びN-Rasを有すると決定された場合、並びに該患者がそれ以外でチピファルニブ治療を受けるのを妨げられない場合、チピファルニブ治療が処方される。他方、CMML患者が、N-Ras又はK-Rasのいずれかの活性化をもたらすN-Ras突然変異又はK-Ras突然変異のいずれかを有すると決定された場合、チピファルニブ治療は推奨されない。
チピファルニブ治療がCMML患者に処方された場合、CMML患者は、腫瘍学者によって適合するとみなされる、電離放射線、又は第二の活性剤もしくはサポーティブケア療法などの、別の治療を同時に受けることができる。第二の活性剤は、アザシチジン又はデシタビンなどのDNA低メチル化剤であることができる。
(実施例IX)
(HRAS突然変異に基づいて層別化された固形腫瘍患者におけるチピファルニブ臨床試験)
既知のHRAS突然変異を有する進行腫瘍の治療でチピファルニブを使用するために、第2相臨床試験を開始した。臨床試験設計は、各々患者18人の2つのコホートを登録することを含む。コホート1は、甲状腺の組織学的検査とは無関係に、HRAS突然変異を有する悪性甲状腺腫瘍を有する対象を登録する。コホート2は、適格性基準を満たす甲状腺癌以外の非血液学的HRAS突然変異体腫瘍を有する任意の対象を登録する。
本臨床試験は、第一段階が11人の評価可能な患者を含み、第二段階が7人の追加の評価可能な患者を含む、2つの段階を含むように設計され、第一段階のコホートで1つの客観的応答が認められるか、又は客観的応答が全く認められない場合、コホートは、第二段階に進まない。18人の対象のうち、少なくとも4人の応答がコホートで認められた場合、臨床試験は陽性とみなされる。主要エンドポイントは客観的応答率であり、主要応答評価は、固形腫瘍における応答評価基準(Response Evaluation Criteria in Solid Tumors)のバージョン1.1基準に従って実施される(応答の確認が要求される)。
プロトコルに従って、チピファルニブを、28日サイクルの隔週で(1〜7日目及び15〜21日目に)、7日間、1日2回(b.i.d.)、900mgの開始用量で、食物とともに経口的に、登録された患者に投与する。対象が900mgの用量レベルで用量制限毒性を経験していない場合、治験責任医師の裁量によって、チピファルニブの用量を1200mg b.i.d.に増加させることができる。チピファルニブと関係があるとみなされ、かつ14日以上持続する重篤な有害事象(SAE)又はグレード2以上の治療により発現した有害事象(TEAE)を発症する対象は用量漸増を受けない。治療に関連する、治療により発現した毒性を制御するための段階的な300mg用量低下も許容される。
4人(4名)の評価可能な患者を第一のコホートに登録し(HRAS突然変異を有する悪性甲状腺腫瘍を有する患者)、11人(11名)の評価可能な患者を第二のコホートに登録した(HRAS突然変異を有する甲状腺癌以外の非血液悪性腫瘍を有する患者)。第二のコホートにおいて、これらの患者のうちの3人(3名)が再発性/不応性頭頸部癌を有し、これら3人(3名)のうちの2人(2名)が確認された客観的部分応答(PR)を経験し、3人目の患者は、6カ月を超える(8カ月超の)疾患安定化を経験した。3人の頭頸部癌患者は全てHPV陰性である。頭頸部患者は全て治験を継続している。3サイクルの治療の後、2人のPR患者で応答が認められ、1人については6サイクル、もう1人については3サイクルであった。さらに、5人(5名)の患者登録された患者は、HRAS突然変異を有する唾液腺癌を有し、これらの患者のうちの3人(3名)は、6カ月を超える(7カ月超、9カ月、及び11カ月超の)疾患安定化を経験した。コホート2は、治験プロトコルの通り、さらに7人の患者の登録のために治験の第二段階に進められた。
(実施例X)
(固形腫瘍患者のための個別治療の決定)
固形腫瘍を有する患者がチピファルニブ治療などのFTI治療に好適であるかどうかを決定するために、以下の手順を取ることができる。患者は甲状腺腫瘍を有することができる。患者は唾液腺腫瘍を有することができる。患者は頭頸部腫瘍を有することもできる。頭頸部腫瘍は頭頸部腫瘍扁平上皮癌であることができる。
DNAを患者の腫瘍試料から抽出することができる。H-Rasの突然変異状況は、ABI 3100シーケンサー(Applied Biosystems, Foster City, CA)で、蛍光プライマーに適応したチェーンターミネーション法を用いて、DNAシークエンシングによって決定される。直接シークエンシングが陰性である場合、PCR産物をクローニングし(オリジナルTAクローニングキット; Invitrogen, Groningen, the Netherlands)、シークエンシングする。
固形腫瘍を有する患者が、H-Rasのコドン12、13、及び61における突然変異、又はH-Rasの活性化をもたらす別の突然変異を有すると決定された場合、並びに該患者がそれ以外でチピファルニブ治療を受けるのを妨げられない場合、チピファルニブ治療が処方される。他方、該患者が、H-Rasの活性化をもたらす突然変異を有さないか、又は野生型H-Rasを有すると決定された場合、チピファルニブ治療は推奨されない。
チピファルニブ治療が患者に処方された場合、該患者は、腫瘍学者によって適合するとみなされる、電離放射線、又は第二の活性剤もしくはサポーティブケア療法などの、別の治療を同時に受けることができる。頭頸部扁平上皮癌患者において、さらなる治療は、抗EGFR抗体治療、抗PD1/PDL1治療であることができる。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
（構成１）
対象の固形腫瘍を治療する方法であって、
(a)該対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、
(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤(FTI)の治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成２）
前記H-Ras突然変異が、G12、G13、Q61、及びこれらの任意の組合せからなる群から選択されるコドンにおけるアミノ酸置換を含む、構成1記載の方法。
（構成３）
K-Ras突然変異又はN-Ras突然変異の有無を決定することをさらに含み、ここで、前記試料がK-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さない、構成1又は2記載の方法。
（構成４）
前記試料が野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有する、構成3記載の方法。
（構成５）
前記試料が組織生検である、構成1〜4のいずれか一項記載の方法。
（構成６）
前記試料が腫瘍生検である、構成1〜4のいずれか一項記載の方法。
（構成７）
Ras突然変異の有無を決定することが前記試料から得られる核酸を解析することを含む、構成1〜6のいずれか一項記載の方法。
（構成８）
前記Ras突然変異が、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、変性高速液体クロマトグラフィー(DHPLC)、又は制限断片長多型(RFLP)アッセイによって決定される、構成7記載の方法。
（構成９）
Ras突然変異がPCRによって決定される、構成8記載の方法。
（構成１０）
Ras突然変異がシークエンシングによって決定される、構成8記載の方法。
（構成１１）
Ras突然変異の有無を決定することが前記試料から得られるタンパク質を解析することを含む、構成1〜6のいずれか一項記載の方法。
（構成１２）
前記癌が血液癌又は固形腫瘍である、構成1〜6のいずれか一項記載の方法。
（構成１３）
前記癌がHPV陰性である、構成12記載の方法。
（構成１４）
前記癌が進行期にあるか又は転移性である、構成12記載の方法。
（構成１５）
前記癌が、肝細胞癌、頭頸部癌、唾液腺腫瘍、甲状腺腫瘍、尿路上皮癌、乳癌、黒色腫、胃癌、膵癌、及び肺癌からなる群から選択される固形腫瘍である、構成12記載の方法。
（構成１６）
前記癌が頭頸部癌である、構成13記載の方法。
（構成１７）
前記頭頸部癌が頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC)である、構成16記載の方法。
（構成１８）
前記HNSCCがHPV陰性HNSCCである、構成17記載の方法。
（構成１９）
前記HNSCCが再発性/不応性HNSCCである、構成17又は18記載の方法。
（構成２０）
前記癌が唾液腺腫瘍である、構成13記載の方法。
（構成２１）
前記唾液腺腫瘍が進行性唾液腺腫瘍である、構成20記載の方法。
（構成２２）
前記癌が甲状腺腫瘍である、構成13記載の方法。
（構成２３）
前記甲状腺腫瘍が悪性甲状腺腫瘍又は進行性甲状腺腫瘍である、構成21記載の方法。
（構成２４）
前記癌が、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、骨髄異形成症候群(MDS)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、急性骨髄性白血病(AML)、ナチュラルキラー細胞リンパ腫(NKリンパ腫)、ナチュラルキラー細胞白血病(NK白血病)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、及び慢性骨髄性白血病(CML)からなる群から選択される血液癌である、構成12記載の方法。
（構成２５）
対象の悪性甲状腺腫瘍を治療する方法であって、
(a)該対象の甲状腺腫瘍の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、
(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成２６）
対象のHNSCCを治療する方法であって、
(a)該対象のHNSCCの試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、
(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成２７）
対象の唾液腺腫瘍を治療する方法であって、
(a)該対象の唾液腺腫瘍由来の試料におけるH-Ras突然変異の有無を決定すること、及びその後、
(b)該試料がH-Ras突然変異を有すると決定された場合、チピファルニブの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成２８）
対象の癌を治療する方法であって、
(a)K-Ras突然変異又はN-Ras突然変異を含む、該対象由来の試料におけるRas突然変異の有無を決定すること、及びその後、
(b)該試料が該K-Ras突然変異又は該N-Ras突然変異を欠くと決定された場合、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤(FTI)の治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成２９）
前記Ras突然変異がK-Ras突然変異を含む、構成28記載の方法。
（構成３０）
前記Ras突然変異がN-Ras突然変異を含む、構成28記載の方法。
（構成３１）
前記Ras突然変異がK-Ras突然変異及びN-Ras突然変異を含む、構成28記載の方法。
（構成３２）
前記K-Ras突然変異が、G12、G13、Q61、及びこれらの任意の組合せからなる群から選択されるコドンにおけるアミノ酸置換を含む、構成28〜31のいずれか一項記載の方法。
（構成３３）
前記N-Ras突然変異が、G12、G13、Q61、及びこれらの任意の組合せからなる群から選択されるコドンにおけるアミノ酸置換を含む、構成28〜31のいずれか一項記載の方法。
（構成３４）
前記Ras突然変異が、K-RasのG12、G13、及びQ61におけるアミノ酸置換;並びにN-Ras突然変異のG12、G13、及びQ61におけるアミノ酸置換を含む、構成28〜33のいずれか一項記載の方法。
（構成３５）
前記試料がK-Ras突然変異もN-Ras突然変異も有さない、構成28〜33のいずれか一項記載の方法。
（構成３６）
前記試料が野生型K-Rasを有する、構成35記載の方法。
（構成３７）
前記試料が野生型N-Rasを有する、構成35記載の方法。
（構成３８）
前記試料が野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有する、構成35記載の方法。
（構成３９）
前記Ras突然変異がH-Ras突然変異をさらに含み、前記試料が該H-Ras突然変異を有すると決定される、構成28〜38のいずれか一項記載の方法。
（構成４０）
前記H-Ras突然変異が、G12、G13、Q61、及びこれらの任意の組合せからなる群から選択されるコドンにおけるアミノ酸置換を含む、構成39記載の方法。
（構成４１）
前記試料が組織生検である、構成28〜40のいずれか一項記載の方法。
（構成４２）
前記試料が腫瘍生検である、構成28〜40のいずれか一項記載の方法。
（構成４３）
前記試料が、血液試料、血清試料、又は骨髄試料である、構成28〜40のいずれか一項記載の方法。
（構成４４）
Ras突然変異の有無を決定することが前記試料から得られる核酸を解析することを含む、構成28〜43のいずれか一項記載の方法。
（構成４５）
前記Ras突然変異が、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、変性高速液体クロマトグラフィー(DHPLC)、又は制限断片長多型(RFLP)アッセイによって決定される、構成44記載の方法。
（構成４６）
Ras突然変異がPCRによって決定される、構成45記載の方法。
（構成４７）
Ras突然変異がシークエンシングによって決定される、構成45記載の方法。
（構成４８）
Ras突然変異の有無を決定することが前記試料から得られるタンパク質を解析することを含む、構成28〜43のいずれか一項記載の方法。
（構成４９）
前記癌が、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、骨髄異形成症候群(MDS)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、急性骨髄性白血病(AML)、ナチュラルキラー細胞リンパ腫(NKリンパ腫)、ナチュラルキラー細胞白血病(NK白血病)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、慢性骨髄性白血病(CML)、又は固形腫瘍である、構成28〜48のいずれか一項記載の方法。
（構成５０）
前記癌がMDSである、構成49記載の方法。
（構成５１）
前記MDSが低リスクMDSである、構成50記載の方法。
（構成５２）
前記癌がCMMLである、構成49記載の方法。
（構成５３）
前記CMMLが低リスクCMML又は中等度リスクCMMLである、構成52記載の方法。
（構成５４）
前記CMMLが骨髄異形成CMML又は骨髄増殖性CMMLである、構成52記載の方法。
（構成５５）
前記癌がAMLである、構成49記載の方法。
（構成５６）
該対象が寛解導入後又は移植後である、構成55記載の方法。
（構成５７）
該対象が60歳を超えているか又はそうでなければ寛解導入に適さない、構成55記載の方法。
（構成５８）
前記癌が、肝細胞癌、頭頸部癌、唾液腺腫瘍、甲状腺腫瘍、乳癌、黒色腫、胃癌、膵癌、及び肺癌からなる群から選択される固形腫瘍である、構成49記載の方法。
（構成５９）
対象のCMMLを治療する方法であって、
(a)該対象が野生型K-Rasを有すると決定すること、及びその後、
(b)チピファルニブの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成６０）
対象のCMMLを治療する方法であって、
(a)該対象が野生型N-Rasを有すると決定すること、及びその後、
(b)チピファルニブの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成６１）
対象のCMMLを治療する方法であって、
(a)該対象が野生型K-Ras及び野生型N-Rasを有すると決定すること、並びにその後、
(b)チピファルニブの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成６２）
対象の癌を治療する方法であって、
(a)該対象をKIRタイピングすること(ここで、該対象はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである)、及び
(b)FTIの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成６３）
前記対象がKIR2DS2のキャリアである、構成62記載の方法。
（構成６４）
該対象がKIR2DS5のキャリアである、構成62記載の方法。
（構成６５）
前記対象をHLAタイピングすることをさらに含み、ここで、該対象がHLA-C2のキャリアである、構成62〜64のいずれか一項記載の方法。
（構成６６）
前記対象がKIR2DS2及びHLA-C2のキャリアである、構成65記載の方法。
（構成６７）
前記HLA-C2のキャリアがHLA-C2についてホモ接合体である、構成65又は66記載の方法。
（構成６８）
KIRタイピングが前記対象由来の試料におけるKIR遺伝子の存在を決定することを含み、ここで、該KIR遺伝子が、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、及びKIR2DL5からなる群から選択される、構成62〜67のいずれか一項記載の方法。
（構成６９）
KIRタイピング及びHLAタイピングが、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、免疫ブロッティングアッセイ、又は酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)によって実施される、構成62〜67のいずれか一項記載の方法。
（構成７０）
KIRタイピングがMSを用いるSNP解析によって実施される、構成69記載の方法。
（構成７１）
前記試料が血液試料又は骨髄試料である、構成68〜70のいずれか一項記載の方法。
（構成７２）
前記試料が末梢血単核細胞(PBMC)である、構成68〜70のいずれか一項記載の方法。
（構成７３）
前記試料が濃縮されたNK細胞である、構成68〜70のいずれか一項記載の方法。
（構成７４）
対象の癌を治療する方法であって、
(a)該対象由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;又は
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い);及び
(b)FTIの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成７５）
対象の癌を治療する方法であって、
(a)該対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること、ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比は参照比よりも高いか;又は
(ii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比は参照比よりも高い;並びに
(b)FTIの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成７６）
KIR2DS2の発現レベルを決定することを含み、ここで、前記試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高い、構成74記載の方法。
（構成７７）
KIR2DL2の発現レベルを決定することを含み、ここで、前記試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低い、構成74記載の方法。
（構成７８）
KIR2DS5の発現レベルを決定することを含み、ここで、前記試料におけるKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高い、構成74記載の方法。
（構成７９）
KIR2DL5の発現レベルを決定することを含み、ここで、前記試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低い、構成74記載の方法。
（構成８０）
GZMMの発現レベルを決定することを含み、ここで、前記試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高い、構成74記載の方法。
（構成８１）
KIR2DS2及びKIR2DL2の発現レベルを決定することを含み、ここで、前記試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比が参照比よりも高い、構成75記載の方法。
（構成８２）
KIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定することを含み、ここで、前記試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比が参照比よりも高い、構成75記載の方法。
（構成８３）
前記試料が血液試料又は骨髄試料である、構成74〜82のいずれか一項記載の方法。
（構成８４）
前記試料がPBMCである、構成74〜82のいずれか一項記載の方法。
（構成８５）
前記試料が濃縮されたNK細胞である、構成74〜82のいずれか一項記載の方法。
（構成８６）
バイオマーカーの前記発現レベルが該バイオマーカーのタンパク質レベルを決定することにより測定される、構成74〜85のいずれか一項記載の方法。
（構成８７）
前記バイオマーカーのタンパク質レベルが、免疫組織化学(IHC)アプローチ、免疫ブロッティングアッセイ、フローサイトメトリー(FACS)、又はELISAを用いて決定される、構成86記載の方法。
（構成８８）
前記試料を前記バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する抗体と接触させることを含む、構成86記載の方法。
（構成８９）
バイオマーカーの前記発現レベルが該バイオマーカーのRNAレベルを決定することにより測定される、構成74〜85のいずれか一項記載の方法。
（構成９０）
前記バイオマーカーのmRNAレベルが、qPCR、RT-PCR、RNA-seq、マイクロアレイ解析、SAGE、MassARRAY法、又はFISHを用いて測定される、構成89記載の方法。
（構成９１）
前記癌が、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、ナチュラルキラー細胞リンパ腫(NKリンパ腫)、ナチュラルキラー細胞白血病(NK白血病)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、慢性骨髄性白血病(CML)、又は固形腫瘍である、構成62〜90のいずれか一項記載の方法。
（構成９２）
前記癌がAMLである、構成91記載の方法。
（構成９３）
前記対象が寛解導入後又は移植後である、構成92記載の方法。
（構成９４）
前記対象が60歳を超えているか又はそうでなければ寛解導入に適さない、構成92記載の方法。
（構成９５）
前記癌がMDSである、構成91記載の方法。
（構成９６）
前記MDSが、低リスクMDS、中等度リスクMDS、又は高リスクMDSである、構成95記載の方法。
（構成９７）
前記MDSが低リスクMDSである、構成95記載の方法。
（構成９８）
前記癌がCMMLである、構成91記載の方法。
（構成９９）
前記CMMLが低リスクCMML又は中等度リスクCMMLである、構成98記載の方法。
（構成１００）
前記CMMLが骨髄異形成CMML又は骨髄増殖性CMMLである、構成98記載の方法。
（構成１０１）
前記CMMLがNRAS/KRAS野生型CMMLである、構成98記載の方法。
（構成１０２）
前記癌がNKリンパ腫又はNK白血病である、構成91記載の方法。
（構成１０３）
前記癌がCTCL又はPTCLである、構成91記載の方法。
（構成１０４）
前記癌が、肝細胞癌、頭頸部癌、唾液腺腫瘍、甲状腺腫瘍、乳癌、黒色腫、胃癌、膵癌、及び肺癌からなる群から選択される固形腫瘍である、構成91記載の方法。
（構成１０５）
対象のMDSを治療する方法であって、
(a)該対象をKIRタイピングすること(ここで、該対象はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである)、及び
(b)チピファルニブの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成１０６）
前記対象をHLAタイピングすることをさらに含み、ここで、該対象がHLA-C2のキャリアである、構成105記載の方法。
（構成１０７）
前記対象がKIR2DS2及びHLA-C2のキャリアである、構成106記載の方法。
（構成１０８）
前記HLA-C2のキャリアがHLA-C2についてホモ接合体である、構成106又は107記載の方法。
（構成１０９）
対象のMDSを治療する方法であって、
(a)該対象由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;又は
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い);並びに
(b)チピファルニブの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成１１０）
対象のMDSを治療する方法であって、
(a)該対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること、ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比は参照比よりも高いか;又は
(ii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比は参照比よりも高い;並びに
(b)チピファルニブの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成１１１）
FTI治療のために癌患者を選択する方法であって、
(a)該癌患者をKIRタイピングすること(ここで、該癌患者はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである)、及び
(b)FTIの治療有効量を該癌患者に投与すること
を含む、前記方法。
（構成１１２）
前記対象をHLAタイピングすることをさらに含み、ここで、該対象がHLA-C2のキャリアである、構成111記載の方法。
（構成１１３）
前記対象がKIR2DS2及びHLA-C2のキャリアである、構成112記載の方法。
（構成１１４）
前記HLA-C2のキャリアがHLA-C2についてホモ接合体である、構成112又は113記載の方法。
（構成１１５）
FTI治療のために癌患者を選択する方法であって、
(a)該対象由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;又は
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い);並びに
(b)FTIの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成１１６）
FTI治療のために癌患者を選択する方法であって、
(a)該対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比は参照比よりも高いか;又は
(ii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比は参照比よりも高い);並びに
(b)FTIの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成１１７）
対象のNK細胞の活性を阻害する方法であって、
(a)該対象をKIRタイピングすること(ここで、該対象はKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである)、及び
(b)FTIの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成１１８）
前記対象をHLAタイピングすることをさらに含み、ここで、該対象がHLA-C2のキャリアである、構成117記載の方法。
（構成１１９）
対象のNK細胞の活性を阻害する方法であって、
(a)該対象由来の試料におけるKIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択されるバイオマーカーの発現レベルを決定すること(ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルはKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルはKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルはKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルはKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;又は
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルはGZMMの参照発現レベルよりも高い);並びに
(b)FTIの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成１２０）
対象のNK細胞の活性を阻害する方法であって、
(a)該対象由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2、又はKIR2DS5及びKIR2DL5の発現レベルを決定すること(ここで、
(i)該対象由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比は参照比よりも高いか;又は
(ii)該対象由来の試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比は参照比よりも高い);並びに
(b)FTIの治療有効量を該対象に投与すること
を含む、前記方法。
（構成１２１）
前記FTIが、チピファルニブ、アルグラビン、ペリリルアルコール、ロナファルニブ(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409、及びBMS-214662からなる群から選択される、構成1〜120のいずれか一項記載の方法。
（構成１２２）
前記FTIがチピファルニブである、構成121記載の方法。
（構成１２３）
前記FTIが、経口、非経口、経直腸、又は局所投与される、構成1〜122のいずれか一項記載の方法。
（構成１２４）
前記FTIが1〜1000mg/kg体重の用量で投与される、構成1〜123のいずれか一項記載の方法。
（構成１２５）
前記FTIが1日2回投与される、構成1〜124のいずれか一項記載の方法。
（構成１２６）
前記FTIが、1日2回、200〜1200mgの用量で投与される、構成125記載の方法。
（構成１２７）
前記FTIが、1日2回、600mgの用量で投与される、構成125記載の方法。
（構成１２８）
前記FTIが、1日2回、900mgの用量で投与される、構成125記載の方法。
（構成１２９）
前記FTIが1〜7日間投与される、構成1〜128のいずれか一項記載の方法。
（構成１３０）
前記FTIが隔週で投与される、構成1〜129のいずれか一項記載の方法。
（構成１３１）
前記FTIが28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に投与される、構成1〜130のいずれか一項記載の方法。
（構成１３２）
前記FTIが、少なくとも3サイクルの間、投与される、構成131記載の方法。
（構成１３３）
前記FTIが、少なくとも6サイクルの間、投与される、構成131記載の方法。
（構成１３４）
前記治療サイクルが最大12カ月持続する、構成131記載の方法。
（構成１３５）
チピファルニブが、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、900mgの用量で、経口投与される、構成132記載の方法。
（構成１３６）
前記FTIが、放射線照射の前、その間、又はその後に投与される、構成1〜135のいずれか一項記載の方法。
（構成１３７）
第二の活性剤又はサポーティブケア療法の治療有効量を投与することをさらに含む、構成1〜135のいずれか一項記載の方法。
（構成１３８）
前記第二の活性剤が、DNA低メチル化剤、癌抗原に特異的に結合する治療抗体、造血成長因子、サイトカイン、抗癌剤、抗生物質、COX-2阻害剤、免疫調整剤、抗胸腺細胞グロブリン、免疫抑制剤、コルチコステロイド、又はこれらの薬理学的誘導体である、構成137記載の方法。
（構成１３９）
前記第二の活性剤が抗PD1抗体又は抗PDL1抗体である、構成137記載の方法。
（構成１４０）
FTI治療に対する癌患者の応答性を予測するためのキットであって、該癌患者をKIRタイピングするための少なくとも1つの薬剤、及び補助剤を含み、ここで、該癌患者がKIR2DS2又はKIR2DS5のキャリアである場合、該癌患者は該FTI治療に応答すると予測される、前記キット。
（構成１４１）
前記癌患者をHLAタイピングするための薬剤をさらに含み、ここで、該癌患者がHLA-C2のキャリアである、構成140記載のキット。
（構成１４２）
FTI治療に対する癌患者の応答性を予測するためのキットであって、該癌患者由来の試料における少なくとも1つのバイオマーカーの発現を決定するための少なくとも1つの薬剤、及び補助剤を含み、ここで、該バイオマーカーが、KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、及びGZMMからなる群から選択され;ここで、
(i)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;
(iii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルがKIR2DS5の参照発現レベルよりも高いか;
(iv)該試料におけるKIR2DL5の発現レベルがKIR2DL5の参照発現レベルよりも低いか;
(v)該試料におけるGZMMの発現レベルがGZMMの参照発現レベルよりも高いか;
(vi)該試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比が参照比よりも高いか;又は
(vii)該試料におけるKIR2DS5の発現レベルとKIR2DL5の発現レベルの比が参照比よりも高い
場合、該癌患者は該FTI治療に応答すると予測される、前記キット。
（構成１４３）
FTI治療に対する癌患者の応答性を予測するためのキットであって、該癌患者由来の試料におけるKIR2DS2及びKIR2DL2の発現レベルを決定するための1以上の薬剤、及び補助剤を含み;ここで、
i)該患者の試料におけるKIR2DS2の発現レベルがKIR2DS2の参照発現レベルよりも高いか;
(ii)該患者由来の試料におけるKIR2DL2の発現レベルがKIR2DL2の参照発現レベルよりも低いか;又は
(iii)該患者由来の試料におけるKIR2DS2の発現レベルとKIR2DL2の発現レベルの比が参照比よりも高い
場合、該患者は該FTI治療に応答すると予測される、前記キット。
（構成１４４）
前記キットがFTI治療に対する癌患者の応答性を予測するために使用されることを示すラベルをさらに含む、構成140〜143のいずれか一項記載のキット。
（構成１４５）
前記患者がMDS患者であり、前記FTIがチピファルニブである、構成140〜143のいずれか一項記載のキット。

Claims (26)

  1. チピファルニブを含む、対象のH-Ras突然変異頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC)を治療するための医薬組成物であって、HNSCCが、進行期にあるか、転移性であるか、再発性であるか、又は不応性である、前記医薬組成物。
  2. 前記HNSCCは、ヒトパピローマウイルス(HPV)陰性である、請求項1記載の医薬組成物。
  3. HNSCCが、進行期にあるか又は転移性である、請求項1又は2記載の医薬組成物。
  4. HNSCCが、再発性であるか又は不応性である、請求項1又は2記載の医薬組成物。
  5. 前記対象のH-Ras突然変異が、G12、G13、及びQ61からなる群から選択されるコドンにおけるアミノ酸置換を含む、請求項1〜4のいずれか1項記載の医薬組成物。
  6. 前記対象のH-Ras突然変異が、コドンG12におけるアミノ酸置換を含む、請求項5記載の医薬組成物。
  7. 前記対象のH-Ras突然変異が、コドンG13におけるアミノ酸置換を含む、請求項5記載の医薬組成物。
  8. 前記対象のH-Ras突然変異が、コドンQ61におけるアミノ酸置換を含む、請求項5記載の医薬組成物。
  9. 前記対象由来の試料におけるH-Ras突然変異の存在を決定することを含む、請求項1〜8のいずれか1項記載の医薬組成物。
  10. 前記試料が組織生検である、請求項9記載の医薬組成物。
  11. 前記試料が腫瘍生検である、請求項9記載の医薬組成物。
  12. 前記H-Ras突然変異が、シークエンシング、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、DNAマイクロアレイ、質量分析(MS)、単一ヌクレオチド多型(SNP)アッセイ、変性高速液体クロマトグラフィー(DHPLC)、及び制限断片長多型(RFLP)アッセイからなる群から選択される方法によって決定される、請求項9〜11のいずれか1項記載の医薬組成物。
  13. チピファルニブを1〜1000mg/kg体重の用量で投与するように製剤化されている、請求項1〜12のいずれか1項記載の医薬組成物。
  14. 1日2回投与される、請求項1〜13のいずれか1項記載の医薬組成物。
  15. チピファルニブを、1日2回、600mgの用量で投与するように製剤化されている、請求項14記載の医薬組成物。
  16. チピファルニブを、1日2回、900mgの用量で投与するように製剤化されている、請求項14記載の医薬組成物。
  17. 1〜7日間投与される、請求項1〜16のいずれか1項記載の医薬組成物。
  18. 28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に投与される、請求項1〜17のいずれか1項記載の医薬組成物。
  19. 少なくとも3サイクルの間、投与される、請求項18記載の医薬組成物。
  20. 少なくとも6サイクルの間、投与される、請求項18記載の医薬組成物。
  21. 前記治療サイクルが最大12カ月持続する、請求項18記載の医薬組成物。
  22. 前記医薬組成物が、チピファルニブを900mgの用量で投与するように製剤化されており、かつ、該医薬組成物が、28日の治療サイクルの1〜7及び15〜21日目に、1日2回、投与される、請求項1〜21のいずれか1項記載の医薬組成物。
  23. 放射線照射の前、その間、又はその後に投与される、請求項1〜22のいずれか1項記載の医薬組成物。
  24. 第二の活性剤又はサポーティブケア療法をさらに含む、請求項1〜23のいずれか1項記載の医薬組成物。
  25. 前記第二の活性剤が、DNA低メチル化剤、癌抗原に特異的に結合する治療抗体、造血成長因子、サイトカイン、抗生物質、COX-2阻害剤、免疫調整剤、抗胸腺細胞グロブリン、免疫抑制剤、及びコルチコステロイド、又はこれらの薬理学的誘導体からなる群から選択される、請求項24記載の医薬組成物。
  26. 前記第二の活性剤が抗PD1抗体又は抗PDL1抗体である、請求項24記載の医薬組成物。
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