CN108371711A - 使用法尼基转移酶抑制剂治疗癌症患者的方法 - Google Patents

使用法尼基转移酶抑制剂治疗癌症患者的方法 Download PDF

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Abstract

本发明涉及分子生物学和癌症生物学的领域。具体地，本发明涉及用法尼基转移酶抑制剂(FTI)治疗对象的方法，其包括根据所述对象中某些免疫基因的基因分型和表达分布以及RAS突变状态确定所述对象是否可能响应FTI治疗。

Description

使用法尼基转移酶抑制剂治疗癌症患者的方法
本申请是申请日为2016年08月16日、申请号为201680031764.4、名称为“使用法尼基转移酶抑制剂治疗癌症患者的方法”的发明申请的分案。
技术领域
本发明涉及分子生物学和癌症生物学的领域。本文提供的是使用某些免疫相关基因作为生物标志物来预测患有癌症的对象中对法尼基转移酶抑制剂(farnesyltransferase inhibitor)治疗的临床敏感性和治疗反应的方法。本文进一步提供的是进行这些方法的试剂盒。
发明背景
患者群体分层以提高治疗响应率在癌症患者的临床管理中越来越有价值。法尼基转移酶抑制剂(FTI)是在治疗癌症如白血病、淋巴瘤和某些实体瘤方面有用的治疗试剂。然而，患者对FTI治疗的响应不同。因而，预测癌症患者对FTI治疗的响应的方法，或选择进行FTI治疗的患者的方法代表了未被满足的需求。本发明的方法和组合物满足了这些需求，并提供了其他相关的优点。
发明概述
本文提供的是用FTI治疗的癌症患者的群体选择的方法。本文提供的方法部分地基于以下发现，某些免疫基因的基因型和表达水平可以用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性。
在某些实施方式中，本文提供的治疗对象的癌症的方法包括(a)对所述对象进行KIR分型，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，和(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS5的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2和KIR2DS5的携带者。
在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括在向所述对象施用FTI治疗之前对所述对象进行HLA分型，其中所述对象是HLA-C2的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2和HLA-C2两者的携带者。
在某些实施方式中，对象的KIR分型包括确定来自所述对象的样品中KIR基因的存在。在某些实施方式中，所述样品是血液样品。在某些实施方式中，所述样品是骨髓样品。在某些实施方式中，所述样品是外周血单核细胞(PBMC)。在某些实施方式中，所述样品是富集的天然杀伤(NK)细胞。
在某些实施方式中，所述KIR分型通过测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、免疫印迹分析或酶联免疫吸附分析(ELISA)来进行。在一个实施方式中，所述KIR分型通过PCR进行。在一个实施方式中，所述KIR分型通过DNA微阵列进行。在一个实施方式中，所述KIR分型通过免疫印迹分析或ELISA进行。
在某些实施方式中，本文提供的治疗对象的癌症的方法包括(a)测定来自所述对象的样品中选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的生物标志物的表达水平，其中(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；或其任何组合；和(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，本文提供的治疗对象的癌症的方法包括(a)测定来自所述对象的样品中KIR2DS2和KIR2DL2的表达水平、或KIR2DS5和KIR2DL5的表达水平，其中(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例高于参考比例；或(ii)所述样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例高于参考比例；和(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，所述样品是血液样品。在某些实施方式中，所述样品是骨髓样品。在某些实施方式中，所述样品是外周血单核细胞(PBMC)。在某些实施方式中，所述样品是富集的NK细胞。在某些实施方式中，所述NK细胞在体外进一步扩增。
在某些实施方式中，测定生物标志物的表达水平包括测定所述生物标志物的蛋白质水平。测定生物标志物的蛋白质水平的方法可以是免疫组织化学(IHC)方法、免疫印迹分析、流式细胞计(FACS)或ELISA。在某些实施方式中，生物标志物的蛋白质水平通过ELISA测量。
在某些实施方式中，测定生物标志物的表达水平包括测定所述生物标志物的mRNA水平。测定生物标志物的mRNA水平的方法可以是qPCR、RT-PCR、RNA-seq、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术或FISH。在某些实施方式中，生物标志物的mRNA水平通过qPCR或RT-PCR来测量。
在某些实施方式中，所述对象是癌症患者。在某些实施方式中，所述对象患有血液癌症。在某些实施方式中，所述对象患有实体肿瘤。所述实体肿瘤可以是良性肿瘤或癌症。在某些其他实施方式中，所述对象患有前恶变状况(premalignant condition)。所述血液癌症可以是急性骨髓性白血病(AML)、骨髓增生异常综合症(MDS)、慢性单核细胞性白血病(CMML)、天然杀伤细胞淋巴瘤(NK淋巴瘤)、天然杀伤细胞白血病(NK白血病)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)或慢性粒细胞性白血病(CML)。在某些实施方式中，所述患者是MDS患者。所述MDS患者可以患有极低风险MDS、低风险MDS、中间风险MDS、或高风险MDS。在某些实施方式中，所述患者是较低风险MDS患者，其可以患有极低风险MDS、低风险MDS、中间风险MDS。在某些实施方式中，所述患者是AML患者。在某些实施方式中，所述AML患者是缓解诱导后的或移植后的。在某些实施方式中，所述AML患者超过60岁，否则或不适合症状缓解诱导。
在某些实施方式中，本文提供的选择FTI治疗的癌症患者的方法包括(a)对所述对象进行KIR分型，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，和(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述方法a)对所述对象进行KIR分型，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，b)对所述对象进行HLA分型，其中所述对象是HLA-C2的携带者，和(c)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2和HLA-C2两者的携带者。
在某些实施方式中，所述选择FTI治疗的癌症患者的方法包括(a)测定来自所述对象的样品中选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的生物标志物的表达水平，其中(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；或其任何组合；和(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，本文提供的选择FTI治疗的癌症患者的方法包括(a)测定来自所述对象的样品中KIR2DS2和KIR2DL2的表达水平、或KIR2DS5和KIR2DL5的表达水平，其中(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例高于参考比例；或(ii)所述样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例高于参考比例；和(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在一个实施方式中，本文提供的治疗对象的MDS的方法包括(a)对所述对象进行KIR分型，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，和(b)向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼(tipifarnib)。所述方法可以进一步包括对所述对象进行HLA分型，其中所述对象是HLA-C2的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2和HLA-C2两者的携带者。在某些实施方式中，所述MDS是较低风险MDS。
本文提供的是根据Ras突变状态选择用FTI治疗的癌症患者的群体选择方法。在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中Ras的突变状态预测癌症患者对FTI治疗的响应性的方法。在某些实施方式中，本文提供的是用治疗有效量的FTI治疗对象的癌症的方法。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的癌症的方法，包括(a)确定来自所述对象的样品中Ras突变的存在或缺乏，其中所述Ras突变包括K-Ras突变或N-Ras突变，和随后(b)如果所述样品被确定缺乏K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，所述方法包括测定选自由K-Ras的G12、G13和Q61构成的组的密码子处氨基酸取代的存在或缺乏。在某些实施方式中，所述方法包括测定选自由N-Ras的G12、G13和Q61构成的组的密码子处氨基酸取代的存在或缺乏。
在某些实施方式中，如果所述样品被确定在K-Ras的G12、G13和Q61处没有氨基酸取代，并且在N-Ras的G12、G13和Q61处也没有氨基酸取代，所述患者施用FTI治疗。在某些实施方式中，如果所述样品被确定没有任何K-Ras突变或任何N-Ras突变，所述对象施用FTI治疗。在某些实施方式中，如果所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras，所述对象施用FTI治疗。
在某些实施方式中，所述对象是癌症患者。在某些实施方式中，所述对象患有血液癌症。在某些实施方式中，所述对象患有实体肿瘤。所述实体肿瘤可以是良性肿瘤或癌症。在某些其他实施方式中，所述对象患有前恶变状况。所述血液癌症可以是慢性单核细胞性白血病(CMML)、骨髓增殖的赘生物(MPN)、骨髓增生异常综合症(MDS)、急性骨髓性白血病(AML)、青少年单核细胞性白血病(JMML)、慢性粒细胞性白血病(CML)、天然杀伤细胞淋巴瘤(NK淋巴瘤)、天然杀伤细胞白血病(NK白血病)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、或外周T细胞淋巴瘤(PTCL)。在某些实施方式中，所述患者是CMML患者。在某些实施方式中，所述患者是MDS患者。在某些实施方式中，所述患者是AML患者。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的CMML的方法(a)确定来自所述对象的样品中K-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有野生型K-Ras，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的CMML的方法(a)确定来自所述对象的样品中N-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有野生型N-Ras，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。
本文提供的是根据H-Ras突变的存在选择用FTI治疗的癌症患者的群体选择方法。在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中H-Ras突变的存在，预测癌症患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的癌症患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的癌症的方法。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的癌症的方法，包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述H-Ras突变可以是H-Ras的G12、G13和Q61处的氨基酸取代。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗患者的癌症的方法，包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变、K-Ras突变和N-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，但是没有K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定癌症患者具有H-Ras突变和野生型K-Ras和野生型N-Ras，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，所述对象患有血液癌症。在某些实施方式中，所述对象患有实体肿瘤。在某些实施方式中，所述癌症是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述癌症是肝细胞癌、头颈癌、唾液腺肿瘤、甲状腺瘤、尿路上皮癌、乳腺癌、黑素瘤、胃癌、胰腺癌或肺癌。在某些实施方式中，所述癌症是头颈鳞状细胞癌(HNSCC)。在某些实施方式中，所述癌症是唾液腺肿瘤。在某些实施方式中，所述癌症是甲状腺瘤。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在治疗对象的HNSCC的方法。在某些实施方式中，所述HNSCC可以是HPV阴性的HNSCC。在某些实施方式中，所述HNSCC可以是复发性/反复性HNSCC。在某些实施方式中，所述HNSCC可以是转移性HNSCC。本文提供的方法包括(a)确定来自患有HNSCC的所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在治疗对象的唾液腺肿瘤的方法。在某些实施方式中，所述唾液腺肿瘤可以是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述唾液腺肿瘤可以是晚期唾液腺肿瘤。在某些实施方式中，所述唾液腺肿瘤可以是转移性唾液腺肿瘤。本文提供的方法包括(a)确定来自患有唾液腺肿瘤的所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在治疗对象的甲状腺癌的方法。在某些实施方式中，所述甲状腺癌可以是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述甲状腺癌可以是晚期甲状腺癌。在某些实施方式中，所述甲状腺癌可以是转移性甲状腺癌。本文提供的方法包括(a)确定来自患有甲状腺癌的所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。
在某些实施方式中，所述样品是肿瘤活检物。在某些实施方式中，所述样品是组织样品。在某些实施方式中，所述样品是血液样品。在某些实施方式中，所述样品是外周血样品。在某些实施方式中，所述样品是血清样品。在某些实施方式中，所述样品是骨髓样品。在某些实施方式中，所述样品是外周血单核细胞(PBMC)。
在某些实施方式中，所述RAS突变状态通过分析获自样品的核酸来确定。在某些实施方式中，所述RAS突变状态通过分析获自样品的蛋白质来确定。在某些实施方式中，所述Ras突变状态通过测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片断长度多态性(RFLP)分析来确定。在某些实施方式中，所述Ras突变状态通过扩增PCR来测定。在某些实施方式中，所述Ras突变状态通过下一代测序来确定。
在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、洛那法尼(lonafarnib，SCH-66336)、CP-609,754、BMS-214662、L778123、L744823、L739749、R208176、AZD3409和FTI-277构成的组。在某些实施方式中，所述FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在一个实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，替吡法尼以200-1200mg每天两次(“b.i.d.”)的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以600mg每天口服的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以300mg b.i.d.口服的剂量在重复的4周周期中施用持续4周中的3周。在某些实施方式中，替吡法尼以600mg b.i.d.口服的剂量在重复的4周周期中施用持续4周中的3周。在某些实施方式中，替吡法尼以900mg b.i.d.口服的剂量在重复的4周周期中在交替的周施用(一周施用，一周停用)(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，替吡法尼以1200mg b.i.d.口服的剂量在交替的周施用(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，替吡法尼以1200mg b.i.d.口服的剂量在重复的28天周期的第1-5天和第15-19天施用。在某些实施方式中，患者接受至少三个周期的治疗。在某些实施方式中，患者接受至少六个周期的治疗。
在某些实施方式中，本文提供的方法还包括向所述对象施用第二治疗。所述第二治疗可以是放射治疗。在某些实施方式中，本文提供的方法还包括向所述对象施用第二治疗有效量的第二活性试剂或支持护理治疗。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是DNA-低甲基化试剂、特异性结合癌症抗原的治疗性抗体、造血的生长因子、细胞因子、抗癌试剂、抗生素、Cox-2抑制剂、免疫调节试剂、抗胸腺细胞球蛋白、免疫抑制试剂、皮质类固醇或其药理学衍生物。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是DNA-低甲基化试剂，例如阿扎胞苷(azacitidine)或地西他滨(decitabine)。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是抗-PD1抗体或抗-PDL1抗体。
在某些实施方式中，本文提供的用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性的试剂盒包括用于对所述癌症患者进行KIR分型的至少一种试剂，和辅助试剂，其中如果所述癌症患者是KIR2DS5的携带者，所述癌症患者被预测为响应FTI治疗。所述试剂盒可以进一步包括用于HLA分型的试剂，其中如果所述癌症患者是HLA-C2的携带者，所述癌症患者被预测为响应FTI治疗。
在某些实施方式中，本文提供的用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性的试剂盒包括用于测定来自所述癌症患者的样品中至少一种生物标志物的表达的至少一种试剂，和辅助试剂，其中所述生物标志物选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组；以及其中如果
(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；
(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；
(vi)所述样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例高于参考比例；或
(vii)所述样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例高于参考比例；或其任何组合；所述癌症患者被预测为响应FTI治疗。
附图的简要说明
附图1A显示了KIR2DS5表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的临床结局的相关性。“SD”代表“稳定的疾病”；“PD”代表“进展的疾病”；“CR”代表“完全响应”；“HI”是指““血液学的改善”。附图1B显示了KIR2DS5表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的无进展存活(“PFS”)的相关性。
附图2A显示了KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例与用替吡法尼治疗的AML患者的PFS之间的相关性。附图2B显示了KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例与用替吡法尼治疗的AML患者的总体存活(“OS”)之间的相关性。
附图2A：Cox比例风险回归
参数 b SE Wald P Exp(b) Exp(b)的95％Cl
2DS/2DL -7.4132 2.0012 13.7227 0.0002 0.0006 0.0000至0.0299
附图2B：Cox比例风险回归
b SE Wald P Exp(b) Exp(b)的95％Cl
2DS2/2DL2比例 -5.3430 1.6871 10.0296 0.0015 0.0048 0.0002至0.1283
附图3A和3B都显示了KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例与用非FTI化学治疗试剂治疗的AML患者的OS之间缺乏相关性。在附图3A中，患者用大剂量的阿糖胞苷和米托蒽醌(mitoxantrone)治疗。在附图3B中，患者用大剂量的阿糖胞苷和米托蒽醌/强化疗治疗。
附图4A显示了KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5A的表达水平的比例与用替吡法尼治疗的AML患者的PFS和OS两者之间的相关性。附图4B显示了KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5A的表达水平的比例与用非FTI化学治疗试剂(阿糖胞苷和米托蒽醌)治疗的AML患者的OS之间缺乏相关性。
附图4A：Cox比例风险回归
附图5显示了GZMM表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的临床结局的相关性。
附图6A显示了GZMM表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的存活之间的相关性。附图6B显示了GZMM的表达水平与用非FTI化学治疗试剂(阿糖胞苷和米托蒽醌)治疗的AML患者的存活之间缺乏相关性。附图6A：Cox比例风险回归
(替吡法尼) b SE Wald P Exp(b) Exp(b)的95％Cl
GZMM/OS -0.5642 0.1652 11.6675 0.0006 0.5688 0.4122至0.7850
GZMM/PFS -0.5856 0.1809 10.4780 0.0012 0.5568 0.3913至0.7923
附图7A显示了KIR2DS2表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的临床结局的相关性。附图7B显示了KIR2DS2的表达水平与用替吡法尼治疗的(左侧画面)、而不是用非-FTI化学治疗试剂治疗的(右侧画面)AML患者的临床结局的具体相关性。
附图8显示了N-Ras野生型状态与用替吡法尼治疗的AML患者的延长的无进展存活(“PFS”)之间的相关性。
附图9显示了与具有突变N-Ras的患者相比，在具有野生型N-Ras的AML患者中替吡法尼治疗的更高的响应率。
详细说明
1.定义
如本文使用的，冠词“一”和“所述”是指一个或超过一个的所述冠词的语法对象。举例来说，一生物标志物是指一个生物标志物或超过一个生物标志物。
如本文使用的，术语“NK细胞”或“天然杀伤细胞”是指骨髓衍生的大颗粒淋巴细胞的类型，它们与T细胞享有共同的祖代，但是不具有B细胞或T细胞表面标志物。NK细胞通常构成了全部循环的淋巴细胞的10-15％。NK细胞是先天免疫的防御细胞，其识别病毒感染的细胞或肿瘤细胞的表面上的结构并通过释放细胞毒素杀死这些细胞。NK细胞可以没有早先的抗原暴露而活化。
为了选择性地杀死感染的细胞或肿瘤细胞，NK细胞必需区分健康细胞和患病细胞。人类NK细胞的细胞溶解活性受到NK细胞表面表达的抑制性和活化性膜受体与非NK细胞表达的MHC(HLA)I类分子的相互作用的调节，非NK细胞包括肿瘤细胞，或来自骨髓移植接受者的细胞。杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR；或CD158)定位在染色体19q13.4.3–5，构成了调节NK细胞的活化阈值的MHC-1(HLA-A、-B、-C)结合受体的家族(Valiante etal.Immunity 7:739-751(1997))。
在人类中，I类HLA复合物大约2000kb长，含有约20个基因。在I类区域中存在着编码被良好表征的I类MHC分子的基因，称为HLA-A、HLA-B和HLA-C。另外，存在着非典型的I类基因，包括HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-H、HLA-J和HLA-X以及称为MIC的新家族。虽然HLA-A和-B起到一定作用，KIRs与HLA-C分子之间的相互作用在防止NK细胞攻击健康自体细胞方面起主导作用(Colonna et al.PNAS,90:1200-12004(1993)；Moesta AK et al.,FrontImmunol.3:336(2012))。
HLA-C基因具有多个等位基因，根据成熟蛋白质中氨基酸位置80处天冬酰胺或赖氨酸的存在，包括HLA-C1和HLA-C2(Mandelboim et al.1996)。此外，HLA-C1含有氨基酸位置77处的保守的丝氨酸残基，而在HLA-C2的相同位置存在天冬酰胺。因而，关于HLA-C至少可以区分三种基因型：具有HLA-C1和HLA-C2两者的(HLA-C1/HLA-C2杂合的)、具有HLA-C1(HLA-C1/HLA-C1纯合)或HLA-C2(HLA-C2/HLA-C2纯合)的，以及缺乏HLA-C1和HLA-C2两者的。
如本文使用的，术语“KIR基因”是指编码NK细胞上的KIR受体的基因。就基因含量和序列多态性而言，KIR基因聚簇在人类基因组的最为可变的区域之一中。这种广泛的变异性产生了NK细胞的全集(repertoire)，其中KIR以组合的方式在细胞表面表达。KIR与目标细胞上它们适当的配体之间的相互作用引起调节NK细胞功能的正信号或负信号的产生。
KIR基因以两种主要的单体型被遗传：A和B。单体型A仅具有一种活化性受体KIR2DS4，由于22bp删除它在大多数美国群体中被灭活。KIR单体型B包括22种KIR2DS2和16种KIR2DS5等位基因，分别在～45％和～25的高加索人美国人中存在。在KIR2DS2(活化性)和KIR2DL2(抑制性)之间存在强的连锁不平衡。DNA甲基化维持了等位基因特异性的KIR基因表达(例如，KIR2DS2启动子中的CpG岛跨越了-160到+26，并具有6个胞嘧啶位点)(MoestaAK et al.,Front Immunol.3:336(2012))。
迄今为止，已经鉴定至少14种不同的KIR基因，它们是KIR2DL1、KIR2DL2、KIR2DL3、KIR2DL4、KIR2DL5、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、KIR3DL1、KIR3DL2、KIR3DL3、KIR3DS1。这些基因具有广泛的序列同源性。每个基因的长度约9–16Kb，分成8-9个外显子，它们编码信号肽、两个或三个细胞外结构域、茎、跨膜区和细胞质尾部。这些基因在不同的KIR单体型上存在或不存在，在群体中观察到的KIR基因型数量方面产生相当大的多样性。例如，某些个体可能仅带有14种KIR基因中的七种，而其他个体可能带有14种KIR基因中的12种。每种KIR基因编码抑制性或活化性KIR。例如，KIR2DS2和KIR2DS5都是活化性KIR，KIR2DL2和KIR2DL5都是抑制性KIR。一种特定的KIR基因可以具有多个等位基因。例如，KIR2DL5包括两种等位基因KIR2DL5A和KIR2DL5B。因而，对于KIR2DL5可以区分四种基因型；具有KIR2DL5A和KIR2DL5B两者的，具有KIR2DL5A或KIR2DL5B的，以及缺乏KIR2DL5的。
人类KIR2DS2的示范性的氨基酸序列和相应的编码核酸序列(GENBANK：GQ921920.1；GI:261362473)在下文提供：
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人类KIR2DL2的示范性的氨基酸序列和相应的编码核酸序列(GENBANK：EU791546.1；GI:209512828)在下文提供：
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如本文使用的，术语“KIR分型”是指测定对象中KIR基因的基因型的过程，包括测定所述对象的基因组中一种或更多种特定KIR基因或等位基因的存在或缺乏。KIR分型还可以包括测定所述对象的基因组中一种或更多种特定KIR基因或等位基因的拷贝数。
如本文使用的，术语“HLA分型”是指测定对象中HLA基因的基因型的过程，包括测定所述对象的基因组中一种或更多种特定HLA基因或等位基因的存在或缺乏。HLA分型还可以包括测定所述对象的基因组中一种或更多种特定HLA基因或等位基因的拷贝数。
颗粒酶M(GZMM)是在多种细胞毒性淋巴细胞子集中表达的丝氨酸蛋白酶。颗粒-胞吐作用途径是细胞毒性淋巴细胞消灭病毒感染的细胞和肿瘤细胞的主要机制。在这一途径中，细胞毒性淋巴细胞释放含有孔道形成蛋白穿孔素和称为颗粒酶(GZM)的丝氨酸蛋白酶家族的颗粒进入免疫突触中。穿孔素的孔洞形成促进了颗粒酶进入目标细胞，在此它们可以活化多种死亡途径。有五种人类颗粒酶：GZMA、GZMB、GZMH、GZMK和GZMM。在物种GZM中，GZMM是NK细胞或NKT细胞的标志物，GZMH是细胞毒性T细胞的标志物(Poot,Cell Death andDifferentiation 21:359–368(2014))。
人类GZMM的示范性的氨基酸序列和相应的编码核酸序列(NCBI Ref：NM_020535.3，GI:65508540)在下文提供：
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如本文使用的，术语“对象”是指哺乳动物。对象可以是人类或非人类哺乳动物，例如，狗、猫、牛、马、小鼠、大鼠、兔或其转基因物种。所述对象可以是患者，或癌症患者。
如本文使用的，术语“癌症”或“癌”是指一般地特征在于不受控细胞生长的哺乳动物中的生理状况。癌症的实例包括但不限于血液癌症(例如，多发性骨髓瘤、淋巴瘤和白血病)和实体肿瘤。如本文使用的，术语“前恶变状况”是指与提高的癌症风险相关的状况，如果不治疗其可能引起癌症。前恶变状况还可以指没有发展到侵袭性、侵入性阶段的非侵入性癌症。
如本文使用的，在提及癌症患者使用时，术语“治疗”是指降低癌症的严重度、延迟或减缓癌症的发展的动作，包括(a)抑制癌症生长、延滞癌症的发展，和(b)引起癌症的退化，或延迟或最小化与癌症的存在相关的一种或更多种症状。
如本文使用的，术语“测定”是指使用任何形式的测量来评估物质的存在，定量地或定性地。测量可以是相对的或绝对的。测量物质的存在可以包括测定物质是存在还是不存在，或物质的数量。
如本文使用的，与基因关联使用时，术语“携带者”是指其基因组包括所述基因的至少一个拷贝的对象，当与基因的等位基因关联使用时，是指其基因组包括所述特定等位基因的至少一个拷贝的对象。例如，KIR2DS2的携带者是指其基因组包括KIR2DS2的至少一个拷贝的对象。如果基因具有超过一种等位基因，所述基因的携带者是指其基因组包括所述基因的至少一个等位基因的至少一个拷贝的对象。例如，基因KIR2DL5具有两种已知的等位基因KIR2DL5A和KIR2DL5B。KIR2DL5A的携带者是指其基因组包括等位基因KIR2DL5A的至少一个拷贝的对象；KIR2DL5B的携带者是指其基因组包括等位基因KIR2DL5B的至少一个拷贝的对象。KIR2DL5的携带者是指其基因组包括KIR2DL5A、KIR2DL5B或两者的至少一个拷贝的对象。对于另一个实例，HLA-C2的携带者是指其进一步包括等位基因HLA-C2的至少一个拷贝的对象。所述对象可以是HLA-C2/HLA-C2纯合的，或HLA-C1/HLA-C2杂合的。
如本文使用的，术语“施用”是指通过本文描述的方法或本领域已知的方法向对象的身体递送、或引起递送化合物或药物组合物的动作。施用化合物或药物组合物包括开具要递送入患者身体的化合物或药物组合物的处方。施用的示范性的形式包括口服剂型，例如，片剂、胶囊剂、糖浆、悬浮液；可注射剂型，例如，静脉内的(IV)、肌肉内的(IM)、或腹膜内的(IP)；穿表皮的剂型，包括乳膏剂、胶冻、粉末或贴片；口腔的剂型；吸入粉末、喷雾剂、悬浮液和直肠栓剂。
如本文使用的，在与疾病或失调关联使用时术语“治疗有效量的”化合物是指在治疗或管理疾病或失调方面足以提供治疗效益的数量，或注意延迟或最小化与所述疾病或失调相关的一种或更多种症状的数量。治疗有效量的化合物是指化合物的数量，单独地或与其他治疗组合，其在疾病或失调的治疗或管理方面提供治疗效益。该术语涵盖了改善总体治疗、降低或避免症状、或增强其他治疗试剂的治疗效力的数量。该术语还包括足以引发生物分子(例如，蛋白质、酶、RNA或DNA)、细胞、组织、系统、动物或人类的生物学或医学反应的化合物的数量，其是研究人员、兽医、医生或临床医师寻求的。
如本文使用的，术语“样品”是指含有一种或更多种目标成分的材料或材料的混合物。来自对象的样品是指从所述对象获得的样品，包括体内或原位地来源、获得、达到或采集的生物组织或液体的样品。样品可以从含有前癌的或癌细胞或组织的对象的区域获得。这样的样品可以是，但不限于，从哺乳动物分离的器官、组织、部分和细胞。示范性的样品包括骨髓、全血、部分地纯化的血液、外周血单核细胞(“PBMC”)和组织活检物。示范性的样品还包括细胞溶胞产物、细胞培养物、细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物液体、血液样品、尿液样品、皮肤样品，等。
如本文使用的，术语“生物标记物”是指可能在个体对象中存在或不存在的、或可能在个体对象中存在但差异表达的基因。来自对象的样品中生物标志物的存在，包括生物标志物的表达水平可以表明对象对特定治疗，例如，FTI治疗的响应性。
如本文使用的，当与基因关联使用时，术语“表达”是指基因携带的信息显现为表型的过程，包括基因转录为信使RNA(mRNA)、mRNA分子随后翻译成多肽链，以及它组装成最终的蛋白质。
如本文使用的，术语“生物标记物的RNA产物”是指从生物标志物转录的RNA转录产物，术语“生物标记物的蛋白质产物”是指从生物标记物的RNA产物翻译的蛋白质或多肽。
如本文使用的，术语生物标志物的“表达水平”是指生物标志物的表达产物的数量或积累，例如，生物标志物的RNA产物的数量(生物标志物的RNA水平)或生物标志物的蛋白质产物的数量(生物标志物的蛋白质水平)。如果生物标志物是具有超过一个等位基因的基因，生物标志物的表达水平是指这个基因的所有现存等位基因的表达产物的总数量或积累，除非另作说明。例如，KIR2DL5的表达水平是指KIR2DL5A和KIR2DL5B两者的总表达水平，除非另作说明。
如本文使用的，术语“参考表达水平”是指生物标志物的预定的表达水平，其可以用于确定来自对象的样品中该生物标志物的表达水平的显著性。生物标志物的参考表达水平可以是来自健康个体的样品中该生物标志物的表达水平。生物标志物的参考表达水平还可以是由本领域普通技术人员通过样本群体中该生物标志物的表达水平以及样本群体中对个体治疗的响应性的统计分析来确定的截断值。例如，通过分析样本群体的个体中GZMM的表达水平和这些个体对FTI治疗的响应性，本领域的普通技术人员可以确定一截断值作为GZMM的参考表达水平，其中如果对象的GZMM的表达水平高于该参考表达水平，对象很可能响应FTI治疗。
当与治疗关联使用时，术语“响应性”或“响应”是指治疗在减少或降低要治疗的疾病的症状方面的有效性。例如，如果FTI治疗有效地抑制癌症生长、或延缓癌症的发展、引起癌症的退化、或延迟或最小化与这个患者中癌症的存在相关的一种或更多种症状，癌症患者响应FTI治疗。
癌症患者对特定治疗的响应性可以表征为完全的或部分的响应。“完全响应”或“CR”是指使用早先的异常放射照相研究、骨髓和脑脊液(CSF)或异常单克隆蛋白质测量的标准没有临床上可检测的疾病。“部分响应”或“PR”是指在不存在新病变的情况下所有可测量的肿瘤负荷(即，对象中存在的恶性细胞的数量，或肿瘤块的测出的体积，或异常的单克隆蛋白质的数量)方面至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的降低。
本领域的普通技术人员将理解，用于限定患者对治疗的响应性的CR、PR或其他水平的临床标准可以随不同类型的癌症而变化。例如，对于造血癌症，“响应”特定治疗的患者可以定义为具有完全响应(CR)、部分响应(PR)、或血液学改善(HI)的患者(Lancet et al.,Blood 2:2(2006))。HI可以定义为小于5％的任何骨髓胚细胞(blast)计数，或骨髓胚细胞降低至少一半。另一方面，“不响应”特定治疗的患者可以定义为患有进行性疾病(PD)或稳定疾病(SD)的患者。进行性疾病(PD)可以定义为骨髓或循环胚细胞％距离基线的>50％提高，或新出现循环胚细胞(至少2个连续时刻)。稳定的疾病(SD)可以定义为不满足CR、PR、HI或PD指标的任何响应。
如本文使用的，术语“可能性”是指事件的概率。当条件满足时对象“可能”响应特定的治疗，意味着与不满足条件时相比，在满足条件时对象响应特定治疗的概率更高。与不满足条件的对象相比，在满足特定条件的对象中，响应特定治疗的概率更高例如5％、10％、25％、50％、100％、200％或更多。例如，当对象是KIR2DS2的携带者时癌症患者“可能”响应FTI治疗，意味着与不是KIR2DS2携带者的对象相比，在KIR2DS2携带者的对象中对象响应FTI治疗的概率更高5％、10％、25％、50％、100％、200％或更多。另一个实例，当来自所述对象的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平时对象“可能”响应替吡法尼治疗，意味着与GZMM的表达水平低于参考表达水平的对象相比，在GZMM表达水平高于GZMM参考表达水平的对象中对象响应替吡法尼治疗的概率是5％、10％、25％、50％、100％、200％或更多。
Ras蛋白是调节增殖以及将生物信息从细胞外信号转换到核中的GTP酶(GTPase)。哺乳动物细胞表达三种ras基因，其编码四种Ras蛋白，它们是H-Ras、N-Ras、KA-Ras和KB-Ras。KA-Ras和KB-Ras一般也称为K-Ras。Ras蛋白以活性的、GTP结合的状态、或无活性的、GDP结合的状态存在。由于缺陷的内在GTP酶(GTPase)活性和/或对GTP酶活化蛋白(GAPs)灭活的抗性，突变的RAS蛋白以GTP结合的构象累积。将Ras蛋白锁定在它们的GTP结合的活化状态的突变引起不受控制的生长和恶性转化。在K-Ras的催化位点产生甘氨酸到缬氨酸取代的K-Ras突变导致GTP酶活性的损失，以及随后GTP与RAS的持续结合(Yokota,Anti-CancerAgents in Medicinal Chemistry,12:163-171(2012))。其他氨基酸的取代，例如，密码子12处的天冬氨酸和缬氨酸，密码子13处的天冬氨酸，可以引起更大的氨基酸侧链向蛋白质的GDP/GTP结合口袋突出，其干扰GTP水解。作为这些构象和结构改变的结果，EGFR信号转导变得不响应K-Ras蛋白的组成型活化被调节(Herreros-Villanueva et al.,ClinicaChimica Acta 431(2014)21:1-220)。
人类K-Ras同种型A(KA-Ras)的示范性的氨基酸序列和相应的编码核酸序列(GENBANK：NM_033360.3，GI:575403058)在下文提供：
MTEYKLVVVG AGGVGKSALT IQLIQNHFVD EYDPTIEDSY RKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQ YMRTGEGFLC VFAINNTKSF EDIHHYREQI KRVKDSEDVPMVLVGNKCDLPSRTVDTKQA QDLARSYGIP FIETSAKTRQ RVEDAFYTLV REIRQYRLKK ISKEEKTPGCVKIKKCIIM(SEQ ID NO:13)
ATGACTGAAT ATAAACTTGT GGTAGTTGGA GCTGGTGGCG TAGGCAAGAG TGCCTTGACGATACAGCTAA TTCAGAATCA TTTTGTGGAC GAATATGATC CAACAATAGA GGATTCCTAC AGGAAGCAAGTAGTAATTGA TGGAGAAACC TGTCTCTTGG ATATTCTCGA CACAGCAGGT CAAGAGGAGT ACAGTGCAATGAGGGACCAG TACATGAGGA CTGGGGAGGG CTTTCTTTGT GTATTTGCCA TAAATAATAC TAAATCATTTGAAGATATTC ACCATTATAG AGAACAAATT AAAAGAGTTA AGGACTCTGA AGATGTACCT ATGGTCCTAGTAGGAAATAA ATGTGATTTG CCTTCTAGAA CAGTAGACAC AAAACAGGCT CAGGACTTAG CAAGAAGTTATGGAATTCCT TTTATTGAAA CATCAGCAAA GACAAGACAG AGAGTGGAGG ATGCTTTTTA TACATTGGTGAGGGAGATCC GACAATACAG ATTGAAAAAA ATCAGCAAAG AAGAAAAGAC TCCTGGCTGT GTGAAAATTAAAAAATGCAT TATAATGTAA(SEQ ID NO:14)
人类K-RBs同种型B(KB-Ras)的示范性的氨基酸序列和相应的编码核酸序列(GENBANK：NM_033360.3，GI:575403058)在下文提供：
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ATGACTGAAT ATAAACTTGT GGTAGTTGGA GCTGGTGGCG TAGGCAAGAGTGCCTTGACGATACAGCTAA TTCAGAATCA TTTTGTGGAC GAATATGATC CAACAATAGAGGATTCCTACAGGAAGCAAG TAGTAATTGA TGGAGAAACC TGTCTCTTGG ATATTCTCGACACAGCAGGTCAAGAGGAGT ACAGTGCAAT GAGGGACCAG TACATGAGGA CTGGGGAGGGCTTTCTTTGTGTATTTGCCA TAAATAATAC TAAATCATTT GAAGATATTC ACCATTATAGAGAACAAATTAAAAGAGTTA AGGACTCTGA AGATGTACCT ATGGTCCTAG TAGGAAATAAATGTGATTTGCCTTCTAGAA CAGTAGACAC AAAACAGGCT CAGGACTTAG CAAGAAGTTATGGAATTCCTTTTATTGAAA CATCAGCAAA GACAAGACAG GGTGTTGATG ATGCCTTCTATACATTAGTTCGAGAAATTC GAAAACATAA AGAAAAGATG AGCAAAGATG GTAAAAAGAAGAAAAAGAAGTCAAAGACAA AGTGTGTAAT TATGTAA(SEQ ID NO:16)
人类N-Ras的示范性的氨基酸序列和相应的编码核酸序列(GENBANK：NM_002524.4，GI:334688826)在下文提供：
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人类H-Ras的示范性的氨基酸序列和相应的编码核酸序列(GENBANK：CR536579.1，GI:49168641)在下文提供：
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(SEQ ID NO:19)
ATGACGGAAT ATAAGCTGGT GGTGGTGGGC GCCGGCGGTG TGGGCAAGAG TGCGCTGACCATCCAGCTGA TCCAGAACCA CTTTGTGGAC GAATACGACC CCACTATAGA GGATTCCTAC CGGAAGCAGGTGGTCATTGA TGGGGAGACG TGCCTGTTGG ACATCCTGGA TACCGCCGGC CAGGAGGAGT ACAGCGCCATGCGGGACCAG TACATGCGCA CCGGGGAGGG CTTCCTGTGT GTGTTTGCCA TCAACAACAC CAAGTCTTTTGAGGACATCC ACCAGTACAG GGAGCAGATC AAACGGGTGA AGGACTCGGA TGACGTGCCC ATGGTGCTGGTGGGGAACAA GTGTGACCTG GCTGCACGCA CTGTGGAATC TCGGCAGGCT CAGGACCTCG CCCGAAGCTACGGCATCCCC TACATCGAGA CCTCGGCCAA GACCCGGCAG GGAGTGGAGG ATGCCTTCTA CACGTTGGTGCGTGAGATCC GGCAGCACAA GCTGCGGAAG CTGAACCCTC CTGATGAGAG TGGCCCCGGC TGCATGAGCTGCAAGTGTGT GCTCTCCTGA(SEQ ID NO:20)
Ras同种型是法尼基化的。法尼基转移酶(FTase)在Ras蛋白的翻译后修饰中具有关键作用。干扰Ras功能的一种途径是通过法尼基转移酶抑制剂(“FTI”)抑制FTase，该酶将15-碳的异戊烯基基团偶联到Ras蛋白。FTI是一类生物学活性抗癌药物，其抑制大范围的目标蛋白包括Ras的法尼基化。FTI通过抑制FTase阻断Ras活化，最终引起细胞生长延滞。因而，预计FTI将是癌症治疗中有效的治疗试剂。
所有人类癌症的百分之三十表达致癌性活化的Ras。在所有人类癌症的30％中发现的突变Ras的高发生率使得这一途径成为抗癌药物开发的吸引人的目标。起初，预测的是，导致组成型活性RAS途径的Ras突变可以充当患者响应FTI的生物标志物，这是基于临床前的证据，FTI可以阻断RAS转化的细胞。(Raponi et al.,Blood 111:2589-96(2008))。与常规的理解相反，本文公开的是出乎意料的发现，与具有突变K-Ras或N-Ras的患者相比，具有野生型K-Ras和N-Ras的癌症患者对FTI治疗更为敏感，基于Ras突变状态的癌症患者选择可以改善FTI治疗，例如替吡法尼治疗的总体响应率。
如本文使用的，术语“Ras突变”是指ras基因或Ras蛋白中的活化突变。Ras突变可以指引起相应Ras蛋白的活化的ras基因之一的DNA序列中的遗传改变，或引起Ras蛋白活化的Ras蛋白的氨基酸序列中的改变。因而，本文使用的术语“Ras突变”不包括不引起Ras蛋白的活化的ras基因中的改变，或不引起Ras蛋白活化的Ras蛋白质序列的改变。因而，不具有本文使用的任何“Ras突变”的样品或对象仍然可以具有ras基因中的不影响Ras蛋白的活性的突变，或削弱Ras蛋白的活性的突变，或在Ras蛋白中具有不影响它的活性的突变或削弱它的活性的突变。样品或对象可以具有多个拷贝的ras基因。样品或对象还可以具有野生型和突变Ras蛋白两者。如本文使用的，具有Ras突变的样品或对象还可以具有野生型ras基因和/或野生型Ras蛋白的拷贝。如本文使用的，被确定“具有野生型Ras”的样品或对象是指所述样品或对象仅具有野生型ras基因和野生型Ras蛋白，没有Ras突变。因而，如本文使用的，被确定“具有野生型K-Ras”的样品或对象是指所述样品或对象仅具有野生型kras基因和野生型K-Ras蛋白，没有K-Ras突变。如本文使用的，被确定“具有野生型N-Ras”的样品或对象是指所述样品或对象仅具有野生型nras基因和野生型N-Ras蛋白，没有N-Ras突变。
Ras蛋白可以是K-Ras、N-Ras、H-Ras、或其任何组合。K-Ras可以是KA-Ras、KB-Ras、或这两者。在某些实施方式中，所述突变是将所述Ras蛋白锁定入它的GTP结合的活化状态的错义突变。在某些实施方式中，所述突变引起Ras蛋白的密码子12、13、61的一个或更多个中的氨基酸取代。
在某些实施方式中，所述Ras突变是K-Ras突变。在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KA-Ras、KB-Ras或这两者中的突变。所述K-Ras突变可以包括在选自由KA-Ras、KB-Ras或两者的G12、G13和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述KA-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61K、Q61H、Q61L、Q61P、Q61R和A146V构成的组的至少一个突变。在某些实施方式中，所述KB-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61K、Q61H、Q61L、Q61P、Q61R和A146V构成的组的至少一个突变。
在某些实施方式中，所述Ras突变是N-Ras突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括在选自由G12、G13、G15、G60和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括在选自由G12、G13和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12F、G12S、G12A、G12V、G12R、G13C、G13R、G13A、G13D、G13V、G15W、G60E、Q61P、Q61L、Q61R、Q61K、Q61H和Q61E构成的组的至少一个突变。
在某些实施方式中，所述Ras突变是H-Ras突变。在某些实施方式中，所述H-Ras突变可以包括在选自由G12、G13和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12R、G12V、G13C、G13R、Q61L和Q61R构成的组的至少一个突变。
2.用于癌症治疗的法尼基转移酶抑制剂
2.1.法尼基转移酶抑制剂
本文提供的是在选定的癌症患者或选定的癌症患者群体中用FTI治疗癌症的方法。代表性的FTI大略地属于两种类型(Shen et al.,Drug Disc.Today 20:2(2015))。第一类的FTI具有法尼基二磷酸(FPP)的基础框架。例如，具有胡萝卜酸基团(Ta)的FPP类似物被报道是与FPP竞争的FTI(Duez,S.et al.Bioorg.Med.Chem.18:543–556(2010))。另外，由酸性取代基和肽基链连接的含咪唑衍生物也作为双底物FTI来合成，设计的双底物抑制剂具有比FPP更好的亲和力。第二类的FTI是肽模拟物分子，其可以分成两个组，即，硫醇和非硫醇FTI。对于硫醇FTI，例如L-739749，一种选择性的肽模拟物FTI在裸鼠中显示了强力的抗肿瘤活性而没有系统毒性(Kohl,N.E.et al.PNAS 91:9141–9145(1994))。另外，还开发了多种硫醇抑制剂，例如，三肽基FTI(Lee,H-Y.et al.Bioorg.Med.Chem.Lett.12:1599–1602(2002))。
对于非硫醇FTI，因而杂环被广泛地用于替代硫醇基团与结合位点中的锌离子接触。根据药效基团的结构，非硫醇FTI可以分成三类。第一类的特征是不同的单环，例如，L-778123，一种处于实体肿瘤和淋巴瘤的I期临床试验中的FTI。L-778123结合入CAAX肽位点，与法尼基转移酶的CAAX底物竞争。第二类的代表是处于III期试验中的替吡法尼，和处于III期试验中的BMS-214662，它们由各种的单环和双环的环组成(Harousseau et al.Blood114:1166–1173(2009))。第三类的代表性抑制剂是洛那法尼，它在Ras-依赖性和Ras-独立性恶性肿瘤中是有活性的，进入了III期临床试验，用于对抗恶性肿瘤、白细胞和骨髓增生异常综合症。洛那法尼是一种具有三环核心的FTI，其含有与两个六元芳香环稠合的中央七元环。
因而，本文描述的FTI可以采取大量的形式，但是共有必需的抑制功能，干扰或减少癌症和增殖疾病中牵涉的蛋白质法尼基化。
许多FTI处于本发明的范围内，包括在美国专利No.5,976,851；5,972,984；5,972,966；5,968,965；5,968,952；6,187,786；6,169,096；6,037,350；6,177,432；5,965,578；5,965,539；5,958,939；5,939,557；5,936,097；5,891,889；5,889,053；5,880,140；5,872,135；5,869,682；5,861,529；5,859,015；5,856,439；5,856,326；5,852,010；5,843,941；5,807,852；5,780,492；5,773,455；5,767,274；5,756,528；5,750,567；5,721,236；5,700,806；5,661,161；5,602,098；5,585,359；5,578,629；5,534,537；5,532,359；5,523,430；5,504,212；5,491,164；5,420,245；和5,238,922中描述的那些，它们的公开内容通过完全引用合并在本文中。
本发明的范围内的FTI还包括Thomas et al.,Biologics 1:415–424(2007)；Shenet al.,Drug Disc.Today 20:2(2015)；Appels et al.,The Oncologist10:565–578(2005)中描述的那些，通过引用将其内容全部合并在本文中。
在某些实施方式中，FTI包括阿加来必(Arglabin)(即WO-98/28303(NuOncologyLabs)中公开的l(R)-10–表氧-5(S),7(S)–愈创-3(4),11(13)–二烯-6,12–内脂(olide))；WO 99/45912(Wisconsin Genetics)中描述的紫苏醇(perrilyl alcohol)；美国专利No.5874442(Schering)中描述的SCH-66336(洛那法尼)，即(+)-(R)-4-[2-[4-(3,10–二溴-8–氯-5,6–二氢-11H–苯并[5,6]环庚[1,2-b]吡啶-11–基)哌啶-1–基]-2–氧乙基]哌啶-l–甲酰胺；L778123，即WO-00/01691(Merck)中描述的1-(3-氯苯基)-4-[1-(4-氰基苄基)-5-咪唑基甲基]-2-哌嗪酮；L739749，即，WO-94/10138(Merck)中描述的化合物2(S)-[2(S)-[2(R)-氨基-3-巯基]丙基氨基-3(S)-甲基]-戊氧基-3-苯基丙酰基-蛋氨酸砜；FTI-277，即，甲基{N-[2-苯基-4-N[2(R)-氨基-3-巯基丙基氨基]苯甲酰基]}-甲二磺酸(Calbiochem)；L744832，即，2S)-2-[[(2S)-2-[(2S,3S)-2-[(2R)-2-氨基-3-巯基丙基]氨基]-3-甲基戊基]氧基]-1-氧代-3-苯基丙基]氨基]-4-(甲磺酰基)-丁酸1-甲基乙基酯(BiomolInternational L.P.)；CP-609,754(Pfizer)，即，(R)-6-[(4-氯苯基)-羟基-(1-甲基-1-H-咪唑-5-yl)-甲基]-4-(3-乙炔基苯基)-1-甲基-2-(1H)-喹诺酮和(R)-6-[(4-氯苯基)-羟基-(3-甲基-3-H-咪唑-4-基)-甲基]-4-(3-乙炔基苯基)-1-甲基-2-(1H)-喹诺酮；R208176(Johnson&Johnson)，即，JNJ-17305457或(R)-1-(4-氯苯基)-1-[5-(3-氯苯基)四唑[1,5-a]喹唑啉-7-基]-1-(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲烷胺；AZD3409(AstraZeneca)，即，(S)-异丙基2-(2-(4-氟苯乙基)-5-((((2S,4S)-4-(烟酰基硫)吡咯烷-2-基)甲基)氨基)苯甲酰胺基)-4-(甲硫基)丁酸酯；BMS 214662(Bristol-Myers Squibb)，即，WO 97/30992(BristolMyers Squibb)中描述的(R)-2,3,4,5-四氢-l-(IH-咪唑-4-基甲基)-3-(苯基甲基)-4-(2-噻吩基磺酰基)-1H-1,4-苯并二氮杂卓-7-甲腈，和WO-00/12498和WO-00/12499中描述的Pfizer化合物(A)和(B)。
在某些实施方式中，FTI是非肽的，所谓的“小分子”治疗剂，例如喹啉或喹啉衍生物，包括：
7-(3-氯苯基)-9-[(4-氯苯基)-1H-咪唑-1-基甲基]-2,3-二氢-o-1H,5H-苯并[ij]喹嗪-5-酮，
7-(3-氯苯基)-9-[(4-氯苯基)-1H-咪唑-1-基甲基]-1,2-二氢-o-4H-吡咯并[3,2,1-ij]喹啉-4-酮，
8-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基),甲基]-6-(3-氯苯基)-1,2-二氢-4H-吡咯并[3,2,1-ij]喹啉-4-酮，和
8-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲基]-6-(3-氯苯基)-2,3-二氢-1H,5H-苯并[ij]喹嗪-5-酮。
替吡法尼是一种非肽模拟的FTI(Thomas et al.,Biologics 1:415–424(2007))。它是4,6-二基取代了的-1-甲基喹啉-2-酮衍生物((B)-6-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲基]-4-(3-氯苯基)-1-甲基-2(1H)-喹啉酮))，是通过优化化合物文库筛选获得的喹诺酮前导物获得的。替吡法尼竞争性抑制FTase的CAAX肽结合位点，是极其强力的和高选择性的法尼基化抑制剂。替吡法尼不是香叶基香叶基转移酶I的抑制剂。替吡法尼作为单一试剂治疗具有可管理的安全性分布，在人体内具有相当好的耐受性，需要每天两次给药以获得有效的血浆浓度。
替比法尼是通过1-甲基咪唑的阴离子与6-(4-氯苯甲酰基)喹诺酮衍生物的缩合然后脱水合成的。通过N-苯基-3-(3-氯苯基)-2-丙烯酰胺的环化、酰化、氧化和N-甲基化，分四步制备喹诺酮中间体。替吡法尼从Janssen的酮康唑和视黄酸分解代谢过程中鉴定，是Ras异戊烯化过程的关键结构特征。替吡法尼在体外是FTase的强力抑制剂，在许多动物模型中具有口服活性。在未选择的肿瘤群体(AML、MDS/CMML、尿路上皮癌、乳腺癌、PTCL/CTCL)中观察到替吡法尼的单一试剂活性，然而III期临床研究未能证明总体存活的改善。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI或具有FTI的药物组合物治疗对象的癌症的方法，或选择FTI治疗的癌症患者的方法。本文提供的药物组合物含有治疗有效量的FTI，和药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼；阿加来必；紫苏醇；洛那法尼(SCH-66336)；L778123；L739749；FTI-277；L744832；R208176；BMS214662；AZD3409；或CP-609,754。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
2.2.制剂
所述FTI可以配制成适合的药物制品，例如溶液、悬浮液、片剂、可分散片剂、丸剂、胶囊剂、粉末、持续释放制剂或酏剂、用于口服施用，或在无菌溶液或悬浮液中用于眼或胃肠外施用，以及穿表皮贴片制品和干粉吸入剂。一般地，所述FTI使用本领域公知的技术和过程配制成药物组合物(参见，例如，Ansel Introduction to Pharmaceutical DosageForms,Seventh Edition 1999)。
在所述组合物中，有效浓度的FTI和药学上可接受的盐与适合的药物载体或运载体混合。在某些实施方式中，组合物中FTI的浓度在施用时对于递送一定数量是有效的，所述数量治疗、预防或改善癌症，包括血液癌症和实体肿瘤的一种或更多种和/或进展。
所述组合物可以被配制用于单剂量施用。为了配制组合物，FTI的重量分数以使得被治疗的状况缓解或改善的有效浓度溶解、悬浮、分散或混合入选定的运载体。适合于施用本文提供的FTI的药物载体或运载体包括本领域技术人员已知适合于特定施用方式的任何这样的载体。
另外，FTI可以配制为组合物中单独的药学活性成分，或可以与其他活性成分组合。脂质体悬浮液，包括组织靶向的脂质体，例如，肿瘤靶向的脂质体，也可适合作为药学上可接受的载体。这些可以根据本领域技术人员已知的方法来制备。例如，脂质体制剂可以如本领域已知的来制备。简要地说，脂质体如多层泡囊(MVL)可以通过在烧瓶的内侧干燥卵磷脂酰胆碱和脑磷脂酰丝氨酸(7:3摩尔比)来形成。添加处于缺乏二价阳离子的磷酸盐缓冲盐水(PBS)中的本文提供的FTI的溶液，摇动烧瓶直到脂质薄膜分散。洗涤产生的泡囊来除去未密封的化合物，通过离心进行团粒化，然后重悬浮在PBS中。
以足以对被治疗的患者发挥治疗效用而没有不希望的副作用的数量将所述FTI包括在药学上可接受的载体中。可以通过本文描述的体外和体内系统测试所述化合物，然后由此推测用于人类的剂量，来经验性地确定治疗有效浓度。
药物组合物中FTI的浓度将取决于FTI的吸收、组织分布、失活和排出率，FTI的物理化学特性，给药日程，和施用的数量，以及本领域技术人员已知的其他因素。例如，递送的数量足以改善癌症，包括造血癌症和实体肿瘤的一种或更多种症状。
在某些实施方式中，治疗有效剂量应当产生约0.1ng/ml到约50-100μg/ml的活性成分血清浓度。在一个实施方式中，所述药物组合物提供了每公斤体重每天约0.001mg到约2000mg化合物的剂量。制备药物剂量单位形式来提供每剂量单位形式约1mg到约1000mg，在某些实施方式中，约10到约500mg的必需活性成分或必需成分的组合。
所述FTI可以立刻施用，或可以分成多个更小的剂量来以间隔时间施用。要理解的是，治疗的精确剂量和持续时间是要治疗的疾病的函数，可以利用已知的测试方案，或根据体内或体外测试外推来经验性地确定。注意到，浓度和剂量值也可以随要减轻的状况的严重度而变化。要进一步理解的是，对于任何特定的对象，应当根据个人需要和施用或指导所述组合物施用的人的专业判断来随时间调整具体给药方案，在此阐述的浓度范围仅是示范性的，不意图限制要求权利的组合物的范围或实践。
因而，本文描述的一种或更多种化合物或其药学上可接受的盐的有效浓度或数量，与用于全身性、表面或局部施用的适合的药物载体或运载体混合，来形成药物组合物。以有效数量包括化合物，以改善一种或更多种症状，或治疗、延迟进展或预防。组合物中活性化合物的浓度将取决于活性化合物的吸收、组织分布、失活和排出率，给药日程，施用的数量，具体制剂以及本领域技术人员已知的其他因素。
所述组合物预期通过适合的途径，包括但不限于口服、胃肠外、直肠、表面和局部地施用。对于口服施用，可以配制胶囊和片剂。所述组合物是液体、半液体或固体形式，以适合于每种施用途径的方式配制。
用于胃肠外的、皮内的、皮下的或表面应用的溶液或悬浮液可以包括任意以下的成分：无菌的稀释剂，例如，注射用水、盐水溶液、不挥发油类、聚乙二醇、甘油、丙二醇、二甲基乙酰胺或其他合成的溶液；抗微生物剂，例如，苯甲醇或对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂，例如，抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂，例如，乙二胺四乙酸(EDTA)；缓冲液，例如，醋酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐；以及用于调整渗涨度的试剂例如氯化钠或葡萄糖。胃肠外的制品可以封装到由玻璃、塑料或其他适合的材料制成的安瓿剂、笔、一次性注射器或单剂量或多剂量小瓶中。
在所述FTI展现溶解度不足的情况下，可以使用增溶化合物的方法。这样的方法是本领域技术人员已知的，包括但不限于，使用共溶剂，例如，二甲亚砜(DMSO)，使用表面活性剂，例如，或在水性碳酸氢钠中溶解。
在混合或添加化合物时，产生的混合物可以是溶液、悬浮液、乳剂等。产生的混合物的形式取决于多种因素，包括预期的施用方式以及化合物在选定的载体或运载体中的溶解度。所述有效浓度足以改善要治疗的疾病、失调或状况的症状，并可以经验性地确定。
还提供了药物组合物用于以单位剂型向人类和动物施用，例如，含有适合数量的化合物或其药学上可接受的盐的片剂、胶囊剂、丸剂、粉末、颗粒剂、无菌胃肠外溶液或悬浮液，以及口部或悬浮液，和油水乳剂。以单位剂量形式或多剂量形式配制和施用药学上的治疗活性化合物和其盐。如本文使用的单位剂量形式是指适合于人类和动物对象的物理上独立的单位，并独立地包装，是本领域已知的。每个单位剂量含有足以产生期望的治疗效果的预定数量的治疗活性化合物，与需要的药物载体、运载体或稀释剂相关联。单位剂量形式的实例包括安瓿剂和注射器，以及独立包装的片剂或胶囊剂。单位剂量形式可以按部分施用或其多个施用。多剂量形式是包装在单个容器中的多个相同的单位剂量形式，以按照分离的单位剂量形式施用。多剂量形式的实例包括小瓶、片剂或胶囊剂，或品脱或加仑的瓶子。因此，多剂量形式是在包装中不分开的多个单位剂量。
还可以制备持续释放制品。持续释放制品的适合的实例包括，包含本文提供的化合物的固体疏水聚合物的半透性基质，所述基质处于有形物的形式，例如薄膜，或微囊。持续释放基质的实例包括离子电渗贴片、聚酯、水凝胶(例如，聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)，或聚(乙烯基乙醇))、聚交酯、L-谷氨酸和乙基-L-谷氨酸的共聚物、不可降解的乙烯-醋酸乙烯酯、可降解的乳酸-羟基乙酸共聚物，例如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-羟基乙酸共聚物和亮丙瑞林醋酸盐组成的可注射微球)、和聚－D-(-)-3-羟基丁酸。聚合物例如乙烯-醋酸乙烯酯和乳酸－羟基乙酸允许释放分子超过100天，某些水凝胶在较短的时期内释放蛋白。当封装的化合物在体内保持很长时间时，作为暴露在37℃的潮湿环境的结果，它们可能变性或聚集，导致生物学活性的丧失和可能在它们的结构方面产生变化。取决于涉及的作用机制，为了稳定性可以设计出合理的策略。例如，如果发现聚集机制是通过硫代-二硫化物互换的分子间S-S键形成，可以通过修改巯基残基、从酸性溶液冻干、控制含水量、利用适当的添加剂、和开发特别的聚合物基质组合物来实现稳定。
可以制备剂量形式或组合物，其含有范围在0.005％到100％的活性成分，余量由无毒的载体组成。对于口服施用，药学上可接受的无毒组合物可以通过掺入任何通常采用的赋形剂，例如，药物级别的甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、滑石粉、纤维素衍生物、交联羧甲基纤维素钠、葡萄糖、蔗糖、碳酸镁或糖精钠来形成。这样的组合物包括溶液、悬浮液、片剂、胶囊剂、粉末和持续释放制剂，例如但不限于，植入物和微密封的递送系统，和生物可降解的、生物相容的聚合物，例如，胶原蛋白、乙烯-乙酸乙烯共聚物、聚酐、聚羟基乙酸、聚正酯、聚乳酸及其他。制备这些组合物的方法是本领域技术人员已知的。期待的组合物可以含有约0.001％-100％的活性成分，在某些实施方式中，约0.1-85％或约75-95％。
可以使用保护所述化合物对抗身体的快速消除的载体，例如定时释放制剂或包衣来制备所述FTI或药学上可接受的盐。
所述组合物可以包括其他活性化合物来获得期望的性质组合。本文提供的化合物，或如本文描述的其药学上可接受的盐，还可以与其他药学试剂一起施用，在本领域已知所述药学试剂在治疗上文所指的一种或更多种疾病或医学状况如与氧化应激相关的疾病方面是有价值的。
本文提供的无乳糖组合物可以含有本领域公知的赋形剂，例如，在美国药典(USP)SP(XXI)/NF(XVI)中列出的。一般地，无乳糖组合物含有药学上相容的和药学上可接受数量的活性成分、粘合剂/填料、和润滑剂。示范性的无乳糖剂型含有活性成分、微晶纤维素、预糊化淀粉和硬脂酸镁。
进一步涵盖的是含有本文提供的化合物的无水药物组合物和剂型。例如，作为模拟长期保存的手段添加水(例如，5％)在药学文献中是广泛接受的，以确定制剂在时间上的特征，例如货架寿命或稳定性。参见，例如Jens T.Carstensen,Drug Stability:Principles&Practice,2d.Ed.,Marcel Dekker,NY,NY,1995,pp.379-80。实际上，水和热量加速某些化合物的分解。因而，水对制剂的作用可能是非常重要的，因为水分和/或湿度是在制造、处理、包装、保存、运输和使用制剂中经常遭遇的。
本文提供的无水药物组合物和剂型可以使用无水的或含低水分的成分以及低水分或低湿度条件条件来制备。如果在制造、包装和/或保存期间与水分和/或湿度的实质接触是预期的，包含乳糖和至少一种包含伯胺或叔胺的活性成分的药物组合物和剂型是无水的。
无水的药物组合物应当被制备和保存以使它的无水特性被维持。因而，无水的组合物使用已知防止水暴露的材料来包装，使得它们可以被包括在适合形式的试剂盒中。适合的包装的实例包括但不限于，密封的箔、塑料、单位剂量容器(例如，小瓶)、泡罩包装和条包装。
口服药物剂型是固体、凝胶或液体。所述固体剂型是片剂、胶囊剂、颗粒剂和松散粉末。口服片剂的类型包括压缩的、可咀嚼的锭剂，和可以是肠溶包衣的、包糖衣的或薄膜包衣的片剂。胶囊剂可以是硬胶囊或软胶囊，而颗粒剂和粉末可以以非泡腾的或泡腾的形式与本领域技术人员已知的其他成分组合提供。
在某些实施方式中，所述制剂是固体剂型，例如，胶囊剂或片剂。片剂、丸剂、胶囊剂、锭剂等可以含有任意以下成分，或类似性质的化合物：结合剂、稀释剂、崩解剂、润滑剂、助流剂、甜味剂和调味剂。
结合剂的实例包括微晶纤维素、黄蓍树胶、葡萄糖溶液、阿拉伯胶浆、明胶溶液、蔗糖和淀粉糊。润滑剂包括滑石粉、淀粉、硬脂酸镁或硬脂酸钙、石松和硬脂酸。稀释剂包括，例如，乳糖、蔗糖、淀粉、高岭土、盐、甘露醇和磷酸二钙。助流剂包括但不限于胶体二氧化硅。崩解剂包括交联羧甲基纤维素钠、羟甲基淀粉钠、海藻酸、玉米淀粉、马铃薯淀粉、斑脱土、甲基纤维素、琼脂和羧甲基纤维素。着色剂包括，例如，批准认证的水溶性的FD和C染料、其混合物的任一种；以及悬浮在氧化铝水合物上的水不溶性的FD和C染料。甜味剂包括蔗糖、乳糖、甘露醇和人工甜味剂，例如糖精，以及许多喷雾干燥的调味剂。调味剂包括从植物例如果实提取的天然调味物，以及产生愉悦感的化合物的合成共混物，例如但不限于薄荷和水杨酸甲酯。润湿剂包括单硬脂酸丙二醇酯、单油酸山梨醇酐酯、单月桂酸二甘醇酯和聚氧乙烯月桂醚。催吐的包衣包括脂肪酸、脂肪、蜡、虫胶、氨合虫胶以及苯二甲酸醋酸纤维素。薄膜包衣包括羟乙基纤维素、羧甲基纤维素钠、聚乙二醇4000和苯二甲酸醋酸纤维素。
当剂量单位形式是胶囊剂时，除了上述类型的材料之外，它可以含有液体载体，例如脂肪油。另外，剂量单位形式可以含有各种其他材料，它们修饰剂量单位的外观，例如，糖和其他肠溶试剂的包衣。所述化合物还可以作为酏剂、悬浮液、糖浆、薄片、喷撒剂、咀嚼用胶等的成分施用。除了活性化合物之外，糖浆可以含有蔗糖作为甜味剂，以及某些防腐剂、染料和着色剂和调味剂。
片剂中报道的药学上可接受的载体是结合剂、润滑剂、稀释剂、崩解剂、着色剂、调味剂和润湿剂。由于肠溶包衣，肠溶包衣片剂抵抗胃酸的作用，在中性或碱性的肠内溶解或崩解。糖包衣片剂是压制的片剂，在其上可以涂敷不同层的药学上可接受的物质。薄膜包衣片剂是压制的片剂，其包被有聚合物或其他适合的包衣。多压制片剂是利用早先提及的药学上可接受的物质通过超过一个压制周期制备的压制片。着色剂也可以用于上述剂型中。调味剂和甜味剂被用于压制片剂、包糖衣的、多压制的和咀嚼片剂。调味剂和甜味剂在形成可咀嚼片剂和锭剂中是有用的。
液体口服剂型包括水性溶液、乳剂、悬浮液、从非泡腾颗粒剂重构的溶液和/或悬浮液、以及从泡腾颗粒剂重构的泡腾制品。水性溶液包括，例如，酏剂和糖浆。乳剂是水包油的或油包水的。
酏剂是澄清的、甜味的水醇制品。酏剂中使用的药学上可接受的载体包括溶剂。糖浆是糖类例如蔗糖的浓缩水性溶液，可以含有防腐剂。乳剂是两相系统，其中一种液体以小球形式分散在另一种液体中。乳剂中使用的药学上可接受的载体是非水性液体、乳化试剂和防腐剂。悬浮液使用药学上可接受的悬浮剂和防腐剂。非泡腾颗粒剂中使用的药学上可接受的物质包括稀释剂、甜味剂和润湿剂，其被重构成液体口服剂型。泡腾颗粒剂中使用的药学上可接受的物质包括有机酸和二氧化碳源，其被重构成液体口服剂型。着色剂和调味剂用于上述所有剂型中。
溶剂包括甘油、山梨醇、乙醇和糖浆。防腐剂的实例包括甘油、甲基和对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸、苯甲酸钠和醇类。乳剂中使用的非水性液体的实例包括矿物油和棉籽油。乳化试剂的实例包括明胶、阿拉伯胶、黄芪胶、斑脱土和表面活性剂，例如聚氧乙烯单油酸山梨醇酐酯。悬浮剂包括羧甲基纤维素钠、果胶、黄芪胶、Veegum和阿拉伯胶。稀释剂包括乳糖和蔗糖。甜味剂包括蔗糖、糖浆、甘油和人工甜味剂，例如糖精。润湿剂包括单硬脂酸丙二醇酯、单油酸山梨醇酐酯、单月桂酸二甘醇酯和聚氧乙烯月桂醚。有机酸包括柠檬酸和酒石酸。二氧化碳源包括碳酸氢钠和碳酸钠。着色剂包括批准认证的水溶性的FD和C染料以及其混合物的任一种。调味剂包括从植物例如果实提取的天然调味物，以及产生愉悦味觉的化合物的合成共混物。
对于固体剂型，溶液或悬浮液，例如处于丙烯碳酸酯、植物油或甘油三酯中的，被密封在胶囊中。在美国专利No.4,328,245；4,409,239和4,410,545中公开了这样的溶液以及其制品和封装。对于液体剂型，溶液，例如聚乙二醇中的溶液，可以用足够数量的药学上可接受的液体载体例如水来稀释，以易于测量用于施用。
做为选择，液体或半固体口服制剂可以通过将活性化合物或盐溶解或分散在植物油、甘醇、甘油三酯、丙二醇酯(例如，丙烯碳酸酯)和其他这类载体中，将这些溶液密封在硬胶囊或软胶囊壳中来制备。其他有用的制剂包括但不限于，含有本文提供的化合物的那些，二烃基化的单亚烷基二醇或聚亚烷基二醇，包括但不限于，1,2-二甲氧基甲烷、二甘醇二甲醚、三甘醇二甲醚、四甘醇二甲醚、聚乙二醇-350-二甲醚、聚乙二醇-550-二甲醚、聚乙二醇-750-二甲醚，其中350、550和750是指聚乙二醇的近似平均分子量，以及一种或更多种抗氧化剂，例如，丁基化羟基甲苯(BHT)、丁羟茴醚(BHA)、醅酸丙酯、维生素E、氢醌、伞花内酯、乙醇胺、卵磷脂、脑磷脂、抗坏血酸、苹果酸、山梨醇、磷酸、硫代二丙酸和它的酯，以及二硫代氨基甲酸盐。
其他制剂包括但不限于包括药学上可接受的缩醛的水醇溶液。这些制剂中使用的醇类可以是具有一个或更多个羟基基团的任何药学上可接受的水可混溶溶剂，包括但不限于丙烯甘醇和乙醇。缩醛包括但不限于低级烃基醛的二(低级烃基)缩醛，例如乙醛二乙基缩醛。
在所有实施方式中，片剂和胶囊制剂可以如本领域技术人员已知的进行包被，以修饰或维持活性成分的溶解。因而，例如，它们可以用常规的可肠内消化的包衣来包被，例如水杨酸苯酯、蜡和苯二甲酸醋酸纤维素。
一般特征在于皮下、肌肉内或静脉内注射的胃肠外施用也是本文提供的。注射剂可以按常规形式制备，作为液体溶液或悬浮液，适合于注射剂之前溶解或悬浮在液体中的固体形式，或作为乳剂。适合的赋形剂是，例如，水、盐水、葡萄糖、甘油或乙醇。此外，如果希望，要施用的药物组合物还可以含有微小数量的无毒辅助物质，例如，湿润剂或乳化剂、pH值缓冲剂、稳定剂、溶解度增强剂以及其他这类试剂，例如，乙酸钠、单月桂酸山梨醇酐酯、油酸三乙醇胺酯和环糊精。缓慢释放和持续释放系统的植入，使得维持恒定的剂量水平也是本文期待的。简要地说，本文提供的化合物被分散在固体内基质中，例如，聚甲基丙烯酸甲酯、聚丁基丙烯酸甲酯、增塑的或不增塑的聚氯乙烯、增塑尼龙、增塑聚乙二醇对酞酸酯、天然橡胶、聚异戊二烯、聚异丁烯、聚丁二烯、聚乙烯、乙烯-醋酸乙烯酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、硅酮碳酸盐共聚物、亲水性聚合物，例如，丙烯酸和甲基丙烯酸的酯的水凝胶，胶原蛋白、交联的聚乙烯醇和交联的部分水解的聚乙酸乙烯酯，其由外部的聚合的膜围绕，例如，聚乙烯、聚丙烯、乙烯/丙烯共聚物、乙烯/丙烯酸乙酯共聚物、乙烯/乙烯基乙酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、氯丁橡胶、氯化聚乙烯、聚氯乙烯、与醋酸乙烯脂的氯乙烯共聚物、偏二氯乙烯、乙烯和丙烯、离子聚合物聚对苯二甲酸乙二醇酯、丁基橡胶氯醇橡胶、乙烯/乙烯醇共聚物、乙烯/醋酸乙烯脂/乙烯醇三聚物和乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物，它们在体液中是不溶的。所述化合物在释放速率控制步骤中通过外部的聚合膜扩散。这样的胃肠外组合物中含有的活性化合物的百分比高度取决于它的具体性质，以及化合物的活性和对象的需求。
组合物的胃肠外施用包括静脉内的、皮下的和肌肉内的施用。用于胃肠外施用的制品包括预备用于注射的无菌溶液、无菌的干燥可溶产品，例如，冻干粉末，预备在使用前与溶剂组合，包括皮下的片剂、预备用于注射的无菌悬浮液，预备在使用前与运载体组合的无菌干燥不溶产品，和无菌乳剂。溶液可以是水性或非水性的。
如果静脉内施用，适合的载体包括生理盐水或磷酸盐缓冲盐水(PBS)，以及含有增稠和增溶剂的溶液，例如，葡萄糖、聚乙二醇和聚丙烯乙二醇以及其混合物。
胃肠外制品中使用的药学上可接受的载体包括水性载体、非水性载体、抗微生物剂、等渗试剂、缓冲剂、抗氧化剂、局部麻醉剂、悬浮和分散剂、乳化剂、隔离或螯合剂，以及其他药学上可接受的物质。
水性运载体的实例包括氯化钠注射液、Ringers注射液、等渗葡萄糖注射液、无菌水注射液、葡萄糖和乳酸Ringers注射液。非水性胃肠外运载体包括植物来源的非挥发油、棉籽油、玉米油、芝麻油和花生油。抑菌或抑真菌浓度的抗微生物剂必需添加到被包装在多剂量容器中的胃肠外制品中，它们包括苯酚或甲酚、汞剂、苯甲醇、三氯叔丁醇、甲基和丙基p羟基苯甲酸酯、硫柳汞、苯扎氯铵和苄索氯铵。等渗试剂包括氯化钠和葡萄糖。缓冲剂包括磷酸盐和柠檬酸盐。抗氧化剂包括硫酸氢钠。局部麻醉剂包括盐酸普鲁卡因。悬浮和分散剂包括羧甲基纤维素钠、羟丙基甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。乳化试剂包括聚山梨酯80(80)。金属离子的隔离或螯合剂包括EDTA。药物载体还包括用于水溶性运载体的乙醇、聚乙二醇和丙烯甘醇；以及用于pH值调整的氢氧化钠、盐酸、柠檬酸或乳酸。
调整FTI的浓度使得注射液提供有效数量来产生期望的药理学效果。确切的剂量取决于患者或动物的年龄、体重和状况，这是本领域已知的。单位剂量胃肠外制品包装在安瓿剂、小瓶或带有针头的注射器中。用于胃肠外施用的所有制品必需是无菌的，这是本领域已知的和惯常的。
说明性地，含有FTI的无菌水性溶液的静脉内或动脉内输注是有效的施用方式。另一个实施方式是含有活性物质的无菌的水性或油性溶液或悬浮液，根据需要进行注射来产生期望的药理学效果。
注射剂被设计用于局部和全身施用。一般地，配制治疗有效剂量以含有至少约0.1％w/w直到约90％w/w或更多，例如，超过1％w/w的活性化合物给治疗的组织。活性成分可以立刻施用，或可以分成多个更小的剂量来以间隔时间施用。要理解的是，治疗的精确剂量和持续时间是要治疗的组织的函数，可以利用已知的测试方案，或根据体内或体外测试外推来经验性地确定。要注意到，浓度和剂量值也可以随要治疗的个体年龄而变化。要进一步理解的是，对于任何特定的对象，应当根据个人需要和施用或指导所述制剂施用的人的专业判断来随时间调整具体给药方案，在此阐述的浓度范围仅是示范性的，不意图限制要求权利的制剂的范围或实践。
FTI可以以微粒化的或其他适合的形式悬浮，可以衍生以产生更为可溶的活性产物或产生前体药物。产生的混合物的形式取决于多种因素，包括预期的施用方式以及化合物在选定的载体或运载体中的溶解度。所述有效浓度足以改善病症的症状，并可以经验性地确定。
本文的目标还有冻干粉末，其可以被重构用于作为溶液、乳剂和其他混合物施用。它们还可以被重构和配制成固体或凝胶。
通过将本文提供的FTI或其药学上可接受的盐溶解在适合的溶剂中来制备无菌的冻干粉末。溶剂可以含有赋形剂，其改善所述粉末或由所述粉末制备的重构溶液的稳定性或其他药理学部分。可以使用的赋形剂包括但不限于葡萄糖、山梨糖醇、果糖、玉米糖浆、木糖醇、甘油、葡萄糖、蔗糖或其它合适的试剂。所述溶剂还可以含有缓冲剂，例如，柠檬酸盐、磷酸钠或钾或本领域技术人员已知的其他这类缓冲剂，在一个实施方式中，约中性pH值。在本领域技术人员已知的标准条件下对溶液过滤除菌随后冻干，提供期望的制剂。一般地，产生的溶液分入小瓶中冻干。每个小瓶含有单个剂量(包括但不限于10-100mg或100-500mg)或多个剂量的化合物。冻干的粉末可以保存在适当的条件下，例如约4℃到室温。
用注射用水重构这种冻干粉提供了用于胃肠外施用的制剂。对于重构，约1-50mg、约5-35mg、或约9-30mg的冻干粉末中添加每ml的无菌水或其他适合的载体。精确的数量取决于选定的化合物。这样的数量可以经验性地确定。
如对局部和全身施用描述的制备表面混合物。产生的混合物可以是溶液、悬浮液、乳剂等，被配制为乳膏剂、凝胶、软膏剂、乳剂、溶液、酏剂、洗液、悬浮液、酊剂、糊剂、泡沫、气雾剂、灌洗剂、喷雾剂、栓剂、绷带、皮肤贴片或适合于局部施用的任何其他制剂。
FTI或具有FTI的药物组合物可以被配制为气雾剂用于表面施用，例如，通过吸入(参见，例如，美国专利No.4,044,126、4,414,209和4,364,923，它们描述了用于递送对治疗炎症性疾病特别是哮喘有用的类固醇的气雾剂)。用于向呼吸道施用的这些制剂可以是气雾剂或用于喷雾器的溶液的形式，或作为用于吹入的微细粉末，单独地或与惰性载体如乳糖一起。在这样的情况下，制剂的颗粒将具有小于50微米或小于10微米的直径。
所述FTI或具有FTI的药物组合物可以配制用于局部或表面施用，例如，用于向皮肤和粘膜表面施用，如在眼镜中，以凝胶、乳膏和洗液的形式，用于向眼睛应用，或用于脑池内的或脊柱内的应用。对于穿表皮的递送以及对于向眼或粘膜施用，或对于吸入治疗，局部施用是期待的。也可以施用单独的、或与其他药学上可接受的赋形剂组合的活性化合物的鼻部溶液。这些溶液，特别是为眼科使用的那些，可以配制为具有适当的盐的、0.01％-10％等渗溶液，pH值约5-7。
其他施用途径，例如，穿表皮贴片和直肠施用也是本文期待的。例如，用于直肠施用的药物剂型有直肠栓剂、胶囊剂和片剂，用于全身的作用。本文使用直肠栓剂是指插入直肠的固体实体，其在体温下熔化或软化释放一种或更多种药理学或治疗活性的成分。直肠栓剂中使用的药学上可接受的物质是基质或运载体以及提高熔点的试剂。例如，基质的实例包括可可脂(可可豆油)、甘油明胶、聚乙二醇(聚氧乙二醇)，以及脂肪酸的甘油单酯、甘油二酯和甘油三酯的适当混合物。可以使用各种基质的组合。提高栓剂熔点的试剂包括鲸蜡和蜡。直肠栓剂可以通过压缩方法或通过模制来制备。直肠栓剂的示范性的重量是约2到3克。用于直肠施用的片剂和胶囊剂使用与口服施用相同的药学上可接受的物质和通过相同的制剂方法来制造。
本文提供的FTI或具有FTI的药物组合物通过本领域普通技术人员公知的控制释放手段或递送装置来施用。实例包括但不限于美国专利No.：3,845,770、3,916,899、3,536,809、3,598,123和4,008,719、5,674,533、5,059,595、5,591,767、5,120,548、5,073,543、5,639,476、5,354,556、5,639,480、5,733,566、5,739,108、5,891,474、5,922,356、5,972,891、5,980,945、5,993,855、6,045,830、6,087,324、6,113,943、6,197,350、6,248,363、6,264,970、6,267,981、6,376,461、6,419,961、6,589,548、6,613,358、6,699,500和6,740,634中描述的那些，它们每一个通过引用合并在本文中。这样的剂型可以用于提供FTI的缓慢的或控制的释放，例如，羟丙基甲基纤维素、其他聚合基质、凝胶、渗透膜、渗透系统、多层包衣、微粒、脂质体、微球体或其组合，来提供不同比例的期望的释放分布。本领域普通技术人员已知的适合的控制释放制剂，包括本文描述的那些，可以容易地选择，与本文提供的活性成分一起使用。
所有的控释药物产品的共同目标是相对它们的非控制对应物改善药物治疗。在一个实施方式中，在药物治疗中使用最优涉及的控释制品的特征在于采用最少的药物物质来在最少时间内治愈或控制病症。在某些实施方式中，控释制剂的优点包括延长药物活性、降低给药频率以及提高患者顺应性。另外，控释制剂可以用于影响作用力或其他特征的发起时间，例如，药物的血液水平，因而可以影响副作用(例如，有害的)的发生。
大多数控释制剂被设计以初步释放一定数量的药物(活性成分)，其立即产生期望的治疗效果，并逐渐和持续地释放其他数量的药物以在延长的时间段维持这种水平的治疗效果。为了维持体内这种恒定的药物水平，药物必需以一定速率从剂型释放，其将替换被身体代谢和排出的药物的数量。活性成分的控制释放可以通过各种条件刺激，包括但不限于pH值、温度、酶、水或其他生理条件或化合物。
在某些实施方式中，FTI可以使用静脉内输注、可植入的渗透泵、穿表皮贴片、脂质体或其他施用方式来施用。在一个实施方式中，可以使用泵(参见Sefton,CRCCrit.Ref.Biomed.Eng.14:201(1987)；Buchwald et al.,Surgery 88:507(1980)；Saudeket al.,N.Engl.J.Med.321:574(1989))。在另一个实施方式中，可以使用聚合材料在又一个实施方式中，控释系统可以置于治疗目标附近，因而仅需要全身性剂量的一部分(参见，例如Goodson,Medical Applications of Controlled Release,vol.2,pp.115-138(1984)。
在某些实施方式中，控制释放设被引入对象中接近不适当的免疫活化或肿瘤的位置。在Langer的综述(Science 249:1527-1533(1990))中讨论了其他控释系统。F可以分散在固体内基质中，例如，聚甲基丙烯酸甲酯、聚丁基丙烯酸甲酯、增塑的或不增塑的聚氯乙烯、增塑尼龙、增塑聚乙二醇对酞酸酯、天然橡胶、聚异戊二烯、聚异丁烯、聚丁二烯、聚乙烯、乙烯-醋酸乙烯酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、硅酮碳酸盐共聚物、亲水性聚合物，例如，丙烯酸和甲基丙烯酸的酯的水凝胶，胶原蛋白、交联的聚乙烯醇和交联的部分水解的聚乙酸乙烯酯，其由外部的聚合的膜围绕，例如，聚乙烯、聚丙烯、乙烯/丙烯共聚物、乙烯/丙烯酸乙酯共聚物、乙烯/乙烯基乙酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、氯丁橡胶、氯化聚乙烯、聚氯乙烯、与醋酸乙烯脂的氯乙烯共聚物、偏二氯乙烯、乙烯和丙烯、离子聚合物聚对苯二甲酸乙二醇酯、丁基橡胶氯醇橡胶、乙烯/乙烯醇共聚物、乙烯/醋酸乙烯脂/乙烯醇三聚物和乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物，它们在体液中是不溶的。活性成分然后在释放速率控制步骤中通过外部的聚合膜扩散。这样的胃肠外组合物中含有的活性成分的百分比高度取决于它的具体性质，以及对象的需求。
FTI或FTI的药物组合物可以被包装为含有包装材料、本文提供的化合物或其药学上可接受的盐以及标签的制造物，其被用于治疗、预防或改善癌症的一种或更多种症状或进展，包括血液癌症和实体肿瘤，所述标签表明所述化合物或其药学上可接受的盐被用于治疗、预防或改善癌症的一种或更多种症状或进展，包括血液癌症和实体肿瘤。
本文提供的制造物含有包装材料。用于包装药物产品的包装材料是本领域技术人员公知的。参见，例如，美国专利No.5,323,907、5,052,558和5,033,252。药物包装材料的实例包括但不限于，泡罩包装、瓶子、试管、吸入器、泵、袋子、小瓶、容器、注射器、笔、瓶子，和适合于选定的制剂以及施用和治疗的预期方式的任何包装材料。本文提供的化合物和组合物的各种各样的制剂是期待的。
2.3.给药
在某些实施方式中，治疗有效量的具有FTI的药物组合物被口服施用或胃肠外施用。在某些实施方式中，具有替吡法尼作为活性成分的药物组合物以1直到1500mg/kg每天的数量口服施用，作为单次剂量或分成超过一个剂量，或更特别地，以10到1200mg/kg每天的数量施用。在某些实施方式中，具有替吡法尼作为活性成分的药物组合物以100mg/kg每天、200mg/kg每天、300mg/kg每天、400mg/kg每天、500mg/kg每天、600mg/kg每天、700mg/kg每天、800mg/kg每天、900mg/kg每天、mg/kg每天、1100mg/kg每天、或1200mg/kg每天的数量施用。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，所述FTI以200-500mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以200-1200mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以200mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以300mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以400mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以500mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以700mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以800mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1000mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1100mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1200mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1300mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1400mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，所述FTI以200-1400b.i.d.(即，每天两次)的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以300-1300mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以300-900mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以600mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以700mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以800mgb.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以900mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1000mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1100mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1200mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
本领域的普通技术人员将理解，剂量变化取决于采用的剂型、患者的状况和敏感性、施用途径以及其他因素。确切剂量将由医师根据与要治疗的对象相关的因素决定。调节剂量和施用来提供足够水平的活性成分或维持期望的效果。可以考虑的因素包括疾病状态的严重度，对象的一般健康，对象的年龄、体重和性别，饮食，施用的时间和频率，药物组合，反应敏感性以及对治疗的耐受/响应。在治疗周期内，日剂量可以变化。在某些实施方式中，起始剂量可以在治疗周期内滴定降低。在某些实施方式中，起始剂量可以在治疗周期内滴定提高。最终剂量可以取决于剂量限制性毒性的发生和其他因素。在某些实施方式中，所述FTI以300mg每天的起始剂量施用，逐步升高到400mg、500mg、600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以400mg每天的起始剂量施用，逐步升高到500mg、600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以500mg每天的起始剂量施用，逐步升高到600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天的起始剂量施用，逐步升高到700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以700mg每天的起始剂量施用，逐步升高到800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以800mg每天的起始剂量施用，逐步升高到900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天的起始剂量施用，逐步升高到1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。剂量递增可以一次性进行或分步进行。例如，600mg每天的起始剂量可以逐步升高到1000mg每天的最终剂量，通过在4天过程中每天提高100mg，或通过在2天过程中每天提高200mg，或一次性提高400mg。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，取决于患者响应和其他因素，所述FTI以相对高的起始剂量施用，并滴定降低到较低的剂量。在某些实施方式中，所述FTI以1200mg每天的起始剂量施用，降低到1100mg、1000mg、900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以1100mg每天的起始剂量施用，降低到1000mg、900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以1000mg每天的起始剂量施用，降低到900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天的起始剂量施用，降低到800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以800mg每天的起始剂量施用，降低到700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天的起始剂量施用，降低到500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。所述剂量降低可以一次性进行或分步进行。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。例如，900mg每天的起始剂量可以降低到600mg每天的最终剂量，通过在3天过程中每天降低100mg，或通过一次性降低300mg。
治疗周期可以有不同的长度。在某些实施方式中，治疗周期可以是一周、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月。在某些实施方式中，治疗周期是4周。治疗周期可以有间歇的日程。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有5天给药，随后是9天休息。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有6天给药，随后是8天休息。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有7天给药，随后是7天休息。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有8天给药，随后是6天休息。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有9天给药，随后是5天休息。
在某些实施方式中，在重复的4周周期中，所述FTI每天施用持续4周中的3周。在某些实施方式中，在重复的4周周期中，所述FTI在交替的周施用(一周施用，一周停用)。在某些实施方式中，在重复的4周周期中，所述FTI以300mg b.i.d.口服的剂量施用持续4周中的3周。在某些实施方式中，在重复的4周周期中，所述FTI以600mg b.i.d.口服的剂量施用持续4周中的3周。在某些实施方式中，在重复的4周周期中，所述FTI以900mg b.i.d.口服的剂量在交替的周施用(一周施用，一周停用)。在某些实施方式中，所述FTI以1200mg b.i.d.口服的剂量在交替的周施用(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，所述FTI以1200mg b.i.d.口服的剂量在重复的28天周期的第1-5天和第15-19天施用。
在某些实施方式中，可以采用900mg b.i.d.替吡法尼交替周服用法。根据该服用法，在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天，患者接受900mg po，b.i.d.的起始剂量。在某些实施方式中，患者接受两个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受三个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受四个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受五个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受六个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受七个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受八个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受九个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受十个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受十一个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受十二个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受超过十二个治疗周期。
在没有不可管理的毒性的情况下，对象可以继续接受替吡法尼治疗达12个月。如果对象良好耐受治疗，剂量还可以提高到1200mg b.i.d.。还可以包括逐步的300mg剂量降低来控制治疗相关的、治疗紧急的毒性。
在某些其他实施方式中，在28天治疗周期中，替吡法尼以300mg b.i.d.每天的剂量口服给予持续21天，随后1周休息(21天日程；Cheng DT,et al.,J Mol Diagn.(2015)17(3):251-64)。在某些实施方式中，采用25到1300mg b.i.d.的5天给药，随后9天休息(5天日程；Zujewski J.,J Clin Oncol.,(2000)Feb；18(4):927-41)。在某些实施方式中，采用7天b.i.d.给药，随后7天休息(7天日程；Lara PN Jr.,Anticancer Drugs.,(2005)16(3):317-21；Kirschbaum MH,Leukemia.,(2011)Oct；25(10):1543-7)。在7天日程中，患者可以接受300mg b.i.d.的起始剂量，300mg剂量递增到1800mg b.i.d.的最大计划剂量。在7天日程研究中，患者还可以以达到1600mg b.i.d.的剂量在28天周期的第1-7天和第15-21天接受替吡法尼b.i.d.。
当按照每天两次给药日程施用时，FTI可以抑制哺乳动物肿瘤的生长。每天单次剂量持续一到五天的FTI施用可以产生显著的肿瘤生长抑制持续到至少21天。在某些实施方式中，以50-400mg/kg的剂量范围施用FTI。在某些实施方式中，以200mg/kg施用FTI。具体FTI的给药方案也是本领域公知的(例如，美国专利No.6838467，通过引用将其全部合并在本文中)。例如，化合物阿加来必(WO98/28303)、紫苏醇(WO 99/45712)、SCH-66336(美国专利No.5,874,442)、L778123(WO 00/01691)、2(S)-[2(S)-[2(R)-氨基-3-巯基]丙基氨基-3(S)-甲基]-戊氧基-3-苯基丙酰基-蛋氨酸砜(WO94/10138)、BMS 214662(WO97/30992)、AZD3409；Pfizer化合物A和B(WO 00/12499和WO 00/12498)的适合剂量在上述专利说明书中给出，通过引用将它们合并在本文中，或是本领域技术人员已知的或可以容易确定的。
对于紫苏醇，药物可以每150磅人类患者每天施用1-4g。优选的，每150磅人类患者每天1-2g。根据特定的应用，SCH-66336一般可以以0.1mg到100mg的单位剂量施用，更优选的约1mg到300mg。化合物L778123和1-(3-氯苯基)-4-[1-(4-氰苄基)-5-咪唑基甲基]-2-哌嗪酮可以以约0.1mg/kg体重到约20mg/kg体重每天的数量向人类患者施用，优选的每天0.5mg/kg体重到约10mg/kg体重之间。
Pfizer化合物A和B可以在单独的剂量或分开的(即，多次)剂量中以约0.1mg直到约500mg每天的剂量施用，优选的约1到约100mg每天。治疗化合物通常在单独的或分开的剂量中以约0.01到约10mg每kg体重每天的剂量每天施用。BMS 214662可以在单次剂量或2到4个分开的剂量中以约0.05到200mg/kg/天，优选的小于100mg/kg/天的剂量施用。
2.4.组合治疗
在某些实施方式中，FTI治疗与放疗或放射治疗组合施用。放疗包括使用γ-射线、X-射线，和/或直接递送放射性同位素给肿瘤细胞。其他形式的DNA破坏因素也是期待的，例如，微波、质子束辐射(美国专利No.5,760,395和4,870,287；它们所有通过引用全部合并在本文中)，和UV-照射。最可能的是所有这些因素对DNA、对DNA的前体、对DNA的复制和修复、以及对染色体的组装和维持起到广泛的破坏。
在某些实施方式中，施用治疗有效量的具有FTI的药物组合物，其有效地使宿主中的肿瘤对辐射敏感。(美国专利No.6545020，通过引用将其完全合并在本文中)。辐射可以是电离辐射，特别是gamma辐射。在某些实施方式中，gamma辐射通过线性加速器或通过放射性核素发出。放射性核素对肿瘤的辐射可以是外部的或内部的。
辐射还可以是X-射线辐射。X-射线的剂量范围从50到200伦琴的每日剂量持续延长的时间(3到4周)，到2000到6000伦琴的单次剂量。放射性同位素的剂量范围变化很大，取决于同位素的半衰期、发出的辐射的强度和类型，以及赘生性细胞的摄取。
在某些实施方式中，在辐射肿瘤之前，开始施用药物组合物达到一个月，特别地达到10天或一周。另外，辐射肿瘤被分开，施用药物组合物维持在第一次和最后一次辐射期间之间的间隔中。
FTI的数量、辐射的剂量以及辐射剂量的间歇将取决于一系列参数，例如，肿瘤的类型、它的位置、患者对化疗或放疗的反应，最终由医师或放射科医师就每个单独的病例来确定。
在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括向所述对象施用治疗有效量的第二活性试剂或支持护理治疗。所述第二活性试剂可以是化学治疗剂。化学治疗剂或药物可以通过它在细胞内的活性方式来分类，例如，是否和在什么阶段影响细胞周期。做为选择，试剂可以根据它直接交联DNA的能力、插入DNA的能力、或通过影响核酸合成来诱导染色体和有丝分裂畸变来表征。
化学治疗剂的实例包括烷化剂，例如，塞替派和环磷酰胺；磺酸烷基酯(alkylsulfonate)，例如，白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮丙啶，例如，苯佐替哌(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥替哌(meturedopa)、和乌瑞替哌(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimine)和甲基蜜胺类(methylamelamine),包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺(trietylenephosphoramide)、三乙撑硫化磷酰胺(triethiylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenin)(特别是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物拓扑替康(topotecan)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素类(cryptophycin)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他丁(dolastatin)；倍癌霉素(duocarmycin)(包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1)；软珊瑚醇(eleutherobin)；水鬼蕉碱(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑制素(spongistatin)；氮芥类，例如，苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌氮芥、异环磷酰胺、甲二氯二乙胺、甲二氯二乙胺氧化物盐酸盐、美法仑、新氮芥(novembichin)、胆甾醇对苯乙酸氮芥(phenesterine)、泼尼氮芥(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracilmustard)；亚硝基脲(nitrosurea)，例如，卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimustine)；抗生素，例如，烯二炔抗生素(例如卡奇霉素(calicheamicin)、特别是卡奇霉素γ1I和卡奇霉素ωI1；达内霉素(dynemicin)，包括达内霉素A；双膦酸盐，，例如，氯屈膦酸盐(clodronate)；埃斯培拉霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素发色团和相关色素蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素(actinomycin)、氨茴霉素(authramycin)、偶氮丝氨酸(azaserine)、争光霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、卡柔比星(carabicin)、洋红霉素(caminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycini)、更生霉素(dactinomycin)、道诺霉素、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-侧氧基-L-正亮氨酸、多柔比星(包括吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星和脱氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(例如，丝裂霉素C)、霉酚酸(mycophenolicacid)、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泼非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、奎那霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑霉素(streptonigrin)、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢药，例如，氨甲蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，例如，迪诺特宁(denopterin)、蝶罗呤(pteropterin)、曲美沙特(trimetrexate)；嘌呤类似物，例如，氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤、噻咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，例如，环胞苷、阿扎胞苷、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷、双脱氧尿苷、脱氧氟尿苷、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷；雄激素，例如，卡芦睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺药，例如，米托坦、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，例如，亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；贝斯布西(bestrabucil)；比生群；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依洛尼塞(elfomithine)；依利醋铵(elliptiniumacetate)；埃博霉素(epothilone)；乙环氧啶(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；蘑菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；类美登素(maytansinoid)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他汀(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinicacid)；2-乙酰肼；丙卡巴肼；PSK多糖复合物；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofuran)；锗螺胺(spirogermanium)；替奴佐酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2-三氯三乙胺；单端孢霉烯(trichothecene)(特别是T-2毒素、粘液霉素A(verracurin A)、杆孢菌素A(roridin A)和蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；加西托星(gacytosine)；阿糖胞苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；类紫杉醇，例如紫杉醇和多西他赛吉西他滨(docetaxelgemcitabine)6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；铂配位络合物，例如，顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨(vinorelbine)；诺消灵(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙；柔红霉素；氨基喋呤；希罗达(xeloda)；伊班膦酸盐(ibandronate)；伊立替康(例如，CPT-11)；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄素，例如，视黄酸；卡培他滨(capecitabine)卡铂、甲基苄肼(procarbazine)、林可霉素(Lincomycin)、吉西他滨、诺维本(navelbine)、反铂(transplatinum)；和以上任一项的药学上可接受的盐、酸或衍生物。
第二活性试剂可以是大分子(例如，蛋白质)或小分子(例如，合成的无机的、有机金属的或有机的分子)。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是DNA-低甲基化试剂、特异性结合癌症抗原的治疗性抗体、造血生长因子、细胞因子、抗癌试剂、抗生素、Cox-2抑制剂、免疫调节试剂、抗胸腺细胞球蛋白、免疫抑制试剂、皮质类固醇或其药理学活性变体或衍生物。
在某些实施方式中，所述第二活性试剂是DNA低甲基化试剂，例如，胞苷类似物(例如，阿扎胞苷)或5-氮脱氧胞嘧啶(例如地西他滨)。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是细胞减灭试剂，包括但不限于Induction、托泊替康(Topotecan)、羟基脲(Hydrea)、PO依托泊苷(PO Etoposide)、来那度胺(Lenalidomide)、LDAC和硫鸟嘌呤(Thioguanine)。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是米托蒽醌、依托泊苷、阿糖胞苷或伐司朴达(Valspodar)。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是米托蒽醌加伐司朴达、依托泊苷加伐司朴达、或阿糖胞苷加伐司朴达。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是伊达比星、氟达拉滨、托泊替康或ara-C。在某些其他实施方式中，所述第二活性试剂是伊达比星加ara-C、氟达拉滨加ara-C、米托蒽醌加ara-C或拓普替康(topotecanplus)加ara-C在某些实施方式中，所述第二活性试剂是奎宁。可以使用上文指出的试剂的其他组合，剂量可以由医师确定。
对于本文描述的任何具体癌症类型，本文描述的治疗或本领域可用的治疗可以与FTI治疗组合使用。例如，可以与FTI组合使用的药物包括由Spectrum Pharmaceuticals销售的贝利司他(belinostat)和普拉曲沙(pralatrexate)Celgene销售的罗米地辛(romidepsin)和Seattle Genetics销售的本妥昔单抗(brentuximab vedotin)(用于ALCL)；可以与FTI组合使用的药物包括Celgene销售的氮胞苷和来那度胺(Lenalidomide)和Otsuka与Johnson&Johnson销售的地西他滨可以与FTI组合用于甲状腺癌的药物包括AstraZeneca的凡德他尼(vandetanib)Bayer的索拉非尼(sorafenib)Exelixis的卡博替尼(cabozantinib)和Eisai的乐伐替尼(lenvatinib)
非细胞毒性治疗，例如，普拉曲沙(tpralatrexate)罗米地辛(romidepsin)和贝利司他(belinostat)也可以与FTI治疗组合。
在某些实施方式中，所述第二活性试剂是免疫治疗试剂。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是抗-PD1抗体或抗-PDL1抗体。
在某些实施方式中，期待的是与FTI组合使用的所述第二活性试剂或第二治疗可以在FTI治疗之前、同时或之后施用。在某些实施方式中，与FTI组合使用的所述第二活性试剂或第二治疗可以在FTI治疗之前施用。在某些实施方式中，与FTI组合使用的所述第二活性试剂或第二治疗可以与FTI治疗同时施用。后某些实施方式中，与FTI组合使用的所述第二活性试剂或第二治疗可以在FTI治疗之后施用。
FTI治疗还可以与骨髓移植组合施用。在某些实施方式中，FTI在骨髓移植之前施用。在其他实施方式中，FTI在骨髓移植之后施用。
3.作为FTI治疗的生物标志物的免疫基因
本文提供的是选择用法尼基转移酶抑制剂(FTI)治疗的癌症患者的方法。本文提供的方法部分地基于以下发现，与天然杀伤细胞(NK细胞)的活性相关的某些基因的基因型和表达水平与FTI治疗的临床效益相关。具体地，KIR基因和HLA基因的基因分型以及生物标志物包括KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM的表达水平可以用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性。如本文提供的，除了个体的生物标志物的表达水平之外，某些生物标志物之间的表达水平的相对比例，例如，KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例，或KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例也可以用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性。因而，本文提供的是根据来自患者的样品中这些生物标志物的基因型或表达水平，预测癌症患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的癌症患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的癌症的方法。本文还提供的是用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性的组合物和试剂盒。
法尼基转移酶(FTase)在Ras蛋白的翻译后修饰中具有关键作用。FTI是一类生物学活性抗癌药物，其抑制大范围的目标蛋白包括Ras的法尼基化。Ras蛋白在细胞生长刺激信号的转导中起到关键作用，ras基因的突变导致蛋白质的永久活化，最终产生不受控的细胞增殖。在所有人类癌症的30％中发现的突变Ras基因的高发生率使得这一途径成为抗癌药物开发的吸引人的目标。干扰Ras功能的一种途径是通过FTI抑制FTase，该酶将15-碳的异戊烯基基团偶联到Ras蛋白。FTI通过抑制FTase阻断Ras活化，最终引起细胞生长延滞。因而，预计FTI将是癌症治疗中有效的治疗试剂。
然而，在过去的临床研究中，在ras突变和对FTI的响应之间没有证明相关性(Karpet al.Blood 97:3361-3369(2001)；和美国专利公开20070048782))。虽然几项早期的临床研究集中于展现了高频率ras突变的癌症，在这些试验中的响应率是令人失望的低的。(Mesa Lancet Oncol 6:279-286(2006)；Rao et al.J Clin Oncol 22:3950-3957(2004))
一种FTI、替吡法尼的早期研究在不良风险的和早期未治疗的AML患者中(CTEP-20II期)、以及在患有复发/难治的AML的AML患者中(INT-17II期)进行。对比最佳支持处理(BSC)的替吡法尼III期研究未能展现总体存活的改善。多个基因/蛋白在文献中已经与FTI的活性相关联(AKAP13,mDIA,etc.)(Raponi et al.Clin Cancer Res.13:2254-60(2007)；Kamasani et al.Cancer Biology&Therapy,6:1418-1423(2007))，来自2项AML研究(CTEP-20，INT-17)的骨髓样品中基因表达分布的分析鉴定出2种基因RASGRP1(T细胞信号转导物)和APTX(DNA修复蛋白)的表达比例是替吡法尼在AML中的活性的潜在生物标志物(Raponiet al.Blood.111:2589-96(2008))。然而，随后利用骨髓胚细胞中的2基因比例作为包含指标的远景研究未能证明替吡法尼在AML中的显著临床效益(Lancet et al.Blood(ASH)120:Abstract 1508(2012))。
本发明鉴定出多个免疫基因作为与FTI治疗的更好预后相关的生物标志物，本文提供了新的方法来选择FTI治疗的患者。不同于早先鉴定的标志物如RASGRP1，其被发现不仅在FTI治疗中、还在其他标准化学治疗中与良好的预后相关，本发明中鉴定的免疫相关生物标志物与FTI治疗的临床效益特异性地相关，而不与其他标准化学治疗的试剂相关。
本文鉴定的生物标志物包括KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、GZMM，以及KIR2DS2的特异性配体HLA-C2。KIR2DS2和HLA-C2的携带者显示了倾向于发生MDS。(Serioet al.,Blood(ASH Annual Meeting Abstracts)2006 108:Abstract 2670；Cook et al.,Blood 2004；103:1521–152)本发明中鉴定的免疫生物标志物都是NK细胞相关基因。FTI如替吡法尼选择性地靶向本文描述的具有特定KIR基因型或表达分布的癌症，这一发现可能至少部分地基于具有特定KIR基因型或表达分布的某些NK细胞诱导自体免疫的机制。这样的NK细胞还可以减量调节抗原呈递，杀死或减量调节某些亚型的T细胞。通过抑制KIR-RAS信号转导，FTI可以调节或抑制NK细胞的活性，通过调节患者自己的免疫系统促使细胞毒性朝向癌细胞。并且，通过抑制KIR-RAS信号转导，FTI可以调节或抑制NK细胞和其他免疫细胞针对正常血液细胞和它们的前体的活性，降低或消除红血细胞或血小板输血、或血液生长因子施用的需要。
3.1.KIR分型和HLA分型
如本文提供的，对象的KIR基因和HLA基因的基因型可以是所述对象响应FTI治疗的可能性的指示。作为KIR2DS2、KIR2DS5或HLA-C2的携带者的癌症患者很可能响应FTI治疗。因而，对癌症患者进行KIR分型，选择性地治疗作为KIR2DS2或KIR2DS5的携带者的那些患者，可以提高癌症患者对FTI治疗的总体响应率。另外，对癌症患者进行HLA分型，选择性地治疗作为HLA-C2的携带者的那些患者，可以进一步提高癌症患者对FTI治疗的总体响应率。
在某些实施方式中，本文提供的是通过向对象施用治疗有效量的FTI来治疗对象的癌症的方法，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者。在某些实施方式中，本文提供的是通过对对象进行KIR分型和向所述对象施用治疗有效量的FTI来治疗对象的癌症的方法，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS5的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2和KIR2DS5两者的携带者。在某些实施方式中，所述对象也不是KIR2DL2的携带者。在某些实施方式中，所述对象也不是KIR2DL5的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2的携带者，而不是KIR2DL2的携带者。在某些其他实施方式中，所述对象是KIR2DS5的携带者，而不是KIR2DL5的携带者。
在某些实施方式中，本文提供的治疗对象的癌症的方法进一步包括对所述对象进行HLA分型，和向作为HLA-C2的携带者的对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2和HLA-C2两者的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS5和HLA-C2两者的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2、KIR2DS5和HLA-C2的携带者。在某些实施方式中，作为HLA-C2携带者的所述对象是HLA-C2/HLA-C2纯合的。在某些实施方式中，所述对象是HLA-C1/HLA-C2杂合的。
在某些实施方式中，本文提供的是通过KIR分型来选择FTI治疗的癌症患者的方法，其中如果所述癌症患者是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，选择所述癌症患者进行FTI治疗。在某些实施方式中，本文提供的是预测癌症患者对FTI治疗的响应可能性的方法，通过KIR分型，如果所述癌症患者是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，确定所述癌症患者可能响应FTI治疗。在某些实施方式中，所述方法进一步包括向所述癌症患者施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS5的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2和KIR2DS5两者的携带者。在某些实施方式中，所述对象也不是KIR2DL2的携带者。在某些实施方式中，所述对象也不是KIR2DL5的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2的携带者，而不是KIR2DL2的携带者。在某些其他实施方式中，所述对象是KIR2DS5的携带者，而不是KIR2DL5的携带者。
在某些实施方式中，本文提供的方法用于选择FTI治疗的癌症患者或预测癌症患者响应FTI治疗的可能性，进一步包括对所述对象进行HLA分型，以及向作为HLA-C2的携带者的所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2和HLA-C2两者的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS5和HLA-C2两者的携带者。在某些实施方式中，所述对象是KIR2DS2、KIR2DS5和HLA-C2的携带者。在某些实施方式中，作为HLA-C2携带者的所述对象是HLA-C2/HLA-C2纯合的。在某些实施方式中，所述对象是HLA-C1/HLA-C2杂合的。
KIR分型的方法是本领域公知的。KIR分型的示范性的方法在WO 2012047985；Lebedeva et al.，Hum Immun.,68(9):789-96(2007)；Gonzalez et al.,Hum Immun.,70(10):858-63(2009)；Yun et al.,Blood(ASH Annual Meeting Abstracts)106:Abstract1407(2005)(还参见Yun et al.,Clin Immunol.123(3):272-280(2007).)；Leung et al.,J Immun.174:6540-6545(2005)；Dinauer et al.,US 2008/0280289(还参见WO 2005/046459选定的部分；以及KIR Genotyping Product Brochure 2004.)；Chen et al.,WO2009/051672中公开。还参见PCT/US2008/011671；Trachtenberg et al,专利申请公开No.US 2008/0213787(还参见WO 2007/041067.)；Houtchens et al.,Immunogenetics.59(7):525-37(2007).；Gomez-Lozano et al.,Tissue Antigens 59(3):184-193(2002)；和Shilling et al.,J Immunol.168:2307-2315(2002)；美国专利Nos.6,723,564、6,111,251、6,104,028、6,558,902、6,706,530、6,423,966、5,777,324、6,569,385、6,500,621、6,300,076和6,258,538；Uhrberg et al.,Immunity 7:753-763(1997)；Gomez-Lozano etal.,Tissue Antigens 59:184-193(2002)；Cook et al.,Hum.Immunology 64:567-571(2003)；Crum et al.,Tissue Antigens 56:313-326(2000)；Middleton et al.,Transplant immunology 10:147-164(2002)；Ross et al.,Nature Biotech.,16:1347-1351(1998)；Fei et al.,Rapid Comm.Mass.Spec.,14:950-959(2000)；Fei et al.,NAR26(11):2827-2828(1998)；Amexis et al.,PNAS 98(21)12097-12102(2001)；Li et al.,Electrophoresis 20:1258-1265(1999)；Buetow et al.,PNAS 98(2)581-584(2001)；Storm et al.,Methods in Mol.Biol.,212:241-262(2003)；Parham,ImmunologyLett.92:11-13(2004)；以及MassARRAYTM Homogenous Mass EXTENDTM(hME)Assay,Application Notes,Bulletin#1021；它们的每一个通过完全引用合并在本文中。
此外，某些可获得的KIR基因分型试剂盒包括，Inno-Train,“KIR-Ready Gene”Product Brochure 9/2005；Miltenyi Biotec,“KIR Typing Kit”Product Brochure2009；Invitrogen,“KIR Genotyping SSP Kit”Product Brochure 11/2006；and TepnelLifecodes,“KIR Genotyping”Product Brochure6/2005，它们的每一个通过完全引用合并在本文中。
本文提供的方法可以通过本文描述的或本领域已知的任何方法来进行。在某些实施方式中，本文提供的是通过KIR分型用FTI治疗对象的癌症的方法，或通过KIR分型选择FTI治疗的癌症患者的方法，其中所述KIR分型通过测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、免疫印迹分析或酶联免疫吸附分析(ELISA)来进行。在某些实施方式中，所述KIR分型通过DNA微阵列进行。在某些实施方式中，所述KIR分型通过ELISA进行。在某些实施方式中，所述KIR分型通过测序进行。在某些实施方式中，所述KIR分型通过下一代测序(NGS)进行。
在某些实施方式中，所述KIR分型可以通过PCR进行。在某些实施方式中，KIR分型可以通过PCR使用序列特异性引物(SSP)来进行。在某些实施方式中，所述SSP包括特异于扩增KIR2DL2、KIR2DL5、KIR2DS2、KIR2DS5或其任何组合的那些。在某些实施方式中，KIR分型可以通过PCR使用序列特异性寡核苷酸探针(SSOP)来进行。在某些实施方式中，KIR分型可以通过PCR使用基于序列的分型(SBT)来进行。在某些实施方式中，KIR分型可以通过DNA微阵列来进行。在某些实施方式中，KIR分型可以通过MS来进行。在某些实施方式中，所述KIR分型可以通过基质辅助激光脱附/电离飞行时间(MALDI-TOF)质谱来进行。本领域的普通技术人员将理解的是，KIR分型可以通过本文描述的或本领域已知的任何方法来进行。
HLA分型的方法是本领域公知的。起初，用于鉴定这些等位基因的最广泛采用的DNA分型方法是限制性片断长度多态性(RFLP)分析。除了限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)之外，另一种途径是PCR扩增的产物与序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSO)来区分HLA等位基因(参见，Tiercy et al.,(1990)Blood Review 4:9-15，通过引用将其全部合并在本文中)。这种方法需要产生目标HLA基因座的PCR产物，然后点印到硝化纤维膜或条上。然后每个膜与序列特异性探针杂交，洗涤，然后取决于检测方法通过暴露于X射线底片或通过比色计分析来进行分析。类似于PCR-SSP方法，探针是针对负责不同HLA等位基因的等位多态性区域来制备的。对于完全的I和II类分型，每个样品必需杂交和探测至少100-200次。PCR-SSO分型的杂交和检测方法包括使用非放射性标记的探针、微量培养板排布，等。(参见，例如，Saiki et al.(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.,U.S.A.86:6230-6234；Erlichet al.(1991)Eur.J.Immunogenet.18(1-2):33-55；Kawasaki et al.(1993)MethodsEnzymol.218:369-381；通过完全引用将它们全部合并在本文中)。.
已经描述利用序列特异性引物扩增(PCR-SSP)的分子分型方法(参见，Olerup andZetterquist(1992)Tissue Antigens 39:225-235)。这种PCR-SSP方法是简单、有用和快速的，因为检测步骤要简单得多。在PCR-SSP中，等位序列特异性引物仅扩增互补的模板等位基因，容许以高分辨力检测遗传变异性。这种方法容许简单地通过PCR后是否存在扩增产物(统称为“扩增子”)来简单地进行HLA类型确定。在PCR-SSP中，检测扩增产物通常通过琼脂糖凝胶电泳，随后对凝胶进行溴化乙锭(EtBr)染色来进行。
另一种HLA分型方法是SSCP—单链构象多态性。简单说，来自不同HLA基因座的单链PCR产物在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)上跑动。根据它们的碱基对组成，单链将迁移到独特的位置。通过与已知的标准物相比较，可以推断分型结果。它可以用于确定真纯合性。
其他HLA分型方法，包括但不限于测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、免疫印迹分析或酶联免疫吸附分析(ELISA)，也可以用于本文提供的方法。在某些实施方式中，所述测序可以是NGS。在美国专利No.6670124、US5468611、US8435740、US8771951和U.S.20130267613中描述了其他方法；通过完全引用将它们合并在本文中。本领域已知的其他不同的HLA分型方法也可以用于本文提供的方法中。
例如，单核苷酸多态性(SNP)分析可以用于HLA分型。SNP分析可以根据HLA-C的位置77以及HLA-B和HLA-B中的位置83的多态性来分类不同的HLA。SNP分析可以遵循厂家提供的等位基因分辨分析方案在Applied Biosystems的HT7900上进行。设计分析引物，使得它们扩增特定HLA类型(例如HLA-C)的全部等位基因，以及含有目标多态性区域的扩增子。两个探针被设计为具有单个错配。每个探针仅结合一组等位基因，在它们的5'末端用6FAM或VIC荧光染料标记。探针还含有沟槽结合物(MGB)，其带有非荧光淬灭剂(NFQ)(Applied Biosystems)。对于HLA-C，正向引物可以是5’-TTGGGACCGGGAGACACAG-3’，反应引物可以是5’-CGATGTAATCCTTGCCGTC-3’。用于HLA-C1和HLA-C2的探针分别可以是6FAM-CCGAGTGAG CCTGC-MGBNFQ和VIC-CCGAGTGAA CCTGC-MGBNFQ。每个分析反应混合物可以含有250nM探针浓度，和20ng基因组DNA，处在来自Applied Biosystems(USA)的1×Taqman基因分型主混合物中。
在某些实施方式中，KIR分型或HLA分型作为FTI治疗的伴随诊断来进行。所述伴随诊断可以在治疗对象的临床位置进行。所述伴随诊断还可以在远离治疗对象的临床位置的位置进行。
在某些实施方式中，KIR分型或HLA分型的方法包括从对象获得样品。所述对象可以是癌症患者。所述样品可以是全血样品、骨髓样品、部分纯化的血液样品、PBMC、或组织活检物。在某些实施方式中，所述样品是来自癌症患者的骨髓样品。在某些实施方式中，所述样品是来自癌症患者的PBMC。在某些实施方式中，所述样品是富集的NK细胞。所述NK细胞可以富集自来自癌症患者的骨髓、全血、或部分纯化的血液。在某些实施方式中，在KIR分型之前所述NK细胞在体外进一步扩增。
3.2.KIR表达和GZMM表达
如本文提供的，来自对象的样品中选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的生物标志物的表达水平可以指示对象响应FTI治疗的可能性。KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平的癌症患者可能响应FTI治疗。KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平的癌症患者可能响应FTI治疗。GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平的癌症患者可能响应FTI治疗。KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平的癌症患者可能响应FTI治疗。KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平的癌症患者可能响应FTI治疗。因而，检测癌症患者中一种或更多种这些生物标志物的表达水平，选择性地治疗满足一个或更多个上述条件的癌症患者，可以提高癌症患者对FTI治疗的总体响应率。
在某些实施方式中，KIR2DL5的表达水平是KIR2DL5A和KIR2DL5B的总表达水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的表达水平是KIR2DL5A的表达水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的表达水平是KIR2DL5B的表达水平。
另外，本文提供的是利用某些生物标志物的表达水平比例来预测对象响应FTI治疗的可能性的方法。例如，KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平(“2DS2/2DL2比例”)的高比例可以表明对象可能响应FTI治疗。类似地，KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平(“2DS5/2DL5比例”)的高比例可以表明对象可能响应FTI治疗。因而，检测癌症患者中这些生物标志物的表达水平，选择性地治疗2DS2/2DL2比例高于参考比例，或2DS5/2DL5比例高于参考比例、或两者的癌症患者，可以提高癌症患者对FTI治疗的总体响应率。
在某些实施方式中，本文提供的是通过向所述对象施用治疗有效量的FTI来治疗癌症的方法，其中
(i)来自所述对象的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)来自所述对象的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)来自所述对象的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)来自所述对象的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或
(v)来自所述对象的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；或其任何组合。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的癌症的方法，通过(a)测定来自所述对象的样品中选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的生物标志物的表达水平，其中
(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或
(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；以及
(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，本文提供的是选择FTI治疗的癌症患者的方法，通过测定来自癌症患者的样品中选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的生物标志物的表达水平，其中如果
(i)来自所述对象的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)来自所述对象的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)来自所述对象的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)来自所述对象的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或
(v)来自所述对象的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；或其任何组合，选择所述癌症患者进行FTI治疗。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中满足五个条件之一：
(i)所述对象或癌症患者的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平(条件1)；
(ii)所述对象或癌症患者的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平(条件2)；
(iii)所述对象或癌症患者的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平(条件3)；
(iv)所述对象或癌症患者的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平(条件4)；以及
(v)所述对象或癌症患者的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平(条件5)。
本领域的普通技术人员将理解，满足五个上述条件的任一项可以表明对象可能响应FTI治疗。因而，每个条件可以独立地充当FTI治疗的患者选择指标，以提高总体响应率。本领域的普通技术人员还将理解，两个或更多个条件的组合也可以充当FTI治疗的患者选择指标，它们比单个条件更有选择性，可以潜在地实现更高的总体响应率。因而，本文还提供的是利用上述条件的任何组合或排列用于FTI治疗的患者选择的方法。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中所述对象或癌症患者满足五个上述条件中的两个，例如，条件1和2、1和3、1和4、1和5、2和3、2和4、2和5、3和4、3和5、或4和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1和2。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1和3。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1和4。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件2和3。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件2和4。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件2和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件3和4。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件3和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件4和5。例如，在某些实施方式中，所述方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中所述对象的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平，并且其中所述对象的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平。对于另一个实例，在某些实施方式中，所述方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中所述对象的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平，并且所述对象的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中所述对象或癌症患者满足五个上述条件中的三个，例如，条件1、2和3；1、2和4；1、2和5；1、3和4；1、3和5；1、4和5；2、3和4；2、3和5；2、4和5；或3、4和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、2和3。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、2和4。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、2和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、3和4。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、3和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、4和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件2、3和4。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件2、3和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件2、4和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件3、4和5。关于实例，在某些其他实施方式中，所述方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中所述对象的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平，所述对象的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平，以及所述对象的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中所述对象或癌症患者满足五个上述条件中的四个，例如，条件1、2、3和4；1、2、3和5；1、2、4和5；1、3、4和5；或2、3、4和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、2、3和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、2、3和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、2、4和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件1、3、4和5。在某些实施方式中，所述对象或癌症患者满足条件2、3、4和5。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中所述对象或癌症患者满足所有五个上述条件，即，其中
(i)来自所述对象的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)来自所述对象的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)来自所述对象的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)来自所述对象的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；并且
(v)来自所述对象的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平。
除了单独的生物标志物的表达水平之外，两种生物标志物之间的表达水平比例也可以充当FTI治疗的患者选择的指标以提高响应率。在某些实施方式中，本文提供的是通过向所述对象施用治疗有效量的FTI来治疗癌症的方法，其中
(i)来自所述对象的样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例(2DS2/2DL2比例)高于参考2DS2/2DL2比例；或
(ii)来自所述样品的样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例(2DS5/2DL5比例)高于参考2DS5/2DL5比例。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的癌症的方法，通过测定来自所述对象的样品中KIR2DS2和KIR2DL2的表达水平、或KIR2DS5和KIR2DL5的表达水平，其中
(i)所述样品中2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例；或
(ii)所述样品中2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例；和向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，本文提供的是选择FTI治疗的癌症患者的方法，通过测定来自癌症患者的样品中KIR2DS2和KIR2DL2的表达水平、或KIR2DS5和KIR2DL5的表达水平，其中如果
(i)所述样品中2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例；或
(ii)所述样品中2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例；选择所述癌症患者进行FTI治疗，和向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例。在某些实施方式中，本发明方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例。在某些实施方式中，本发明的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例，并且来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例。
在某些实施方式中，本文提供的选择FTI治疗的癌症患者的方法还可以基于单独的生物标志物的表达水平以及生物标志物之间的表达水平比例。在某些实施方式中，本发明的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例，并且所述对象或癌症患者满足关于生物标志物的单独表达水平的五个上述条件的至少一个。在某些实施方式中，本发明的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例，并且所述对象或癌症患者满足关于生物标志物的单独表达水平的五个上述条件的至少一个。在某些实施方式中，本发明的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中来自来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例，和来自来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例，并且所述对象或癌症患者满足关于生物标志物的单独表达水平的五个上述条件的至少一个。
在某些实施方式中，KIR2DL5的表达水平是KIR2DL5A和KIR2DL5B的总表达水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的表达水平是KIR2DL5A的表达水平.在某些实施方式中，KIR2DL5的表达水平是KIR2DL5B的表达水平。因而，在某些实施方式中，所述2DS5/2DL5比例是KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5A和KIR2DL5B的总表达水平的比例。在某些实施方式中，所述2DS5/2DL5比例是KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5A的表达水平的比例。在某些实施方式中，所述2DS5/2DL5比例是KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5B的表达水平的比例。
重申，根据单个生物标志物的表达水平选择FTI治疗的对象或癌症患者的五个条件包括：条件1：所述对象或癌症患者的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平。条件2：所述对象或癌症患者的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；条件3：所述对象或癌症患者的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；条件4：所述对象或癌症患者的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；条件5：所述对象或癌症患者的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平。这些条件的任何组合或排列可以用于进一步与基于表达比例(2DS2/2DL2比例和2DS2/2DL2比例)的指标之一或两者组合，作为FTI治疗的患者选择的指标。
例如，在某些实施方式中，本文提供的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例，并且所述对象的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平。例如，在某些实施方式中，本文提供的方法包括用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者，其中来自所述对象或癌症患者的样品中的2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例，并且所述对象的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平。本领域的普通技术人员将理解，本发明的范围不限于这些示范性的组合，包括如本文描述的FTI治疗患者选择的单独指标的任何组合或排列。
如本文公开的，KIR基因型、HLA基因型以及某些NK细胞相关基因的表达分布可以用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性。因而，本文提供的是选择FTI治疗的癌症患者的方法，或用FTI治疗患者的方法，包括首先对所述患者进行KIR分型，或测定本文鉴定的生物标志物的表达分布，来评估所述患者是否可能响应治疗。所述方法可以进一步包括对所述患者进行HLA分型。本领域的普通技术人员将理解，这些方法可以作为FTI治疗的患者选择指标独立地使用。另外，所述方法还可以与其他患者分层方法联合使用，来进一步提高患者群体对FTI治疗的响应率。例如，在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括测定ras基因的突变状态，当所述患者具有如下文更详细描述的特定ras突变，例如K-Ras突变、N-Ras突变或H-Ras突变时，选择患者进行FTI治疗。在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括测定ras基因的突变状态，当所述患者具有野生型K-ras和野生型N-ras时，选择患者进行FTI治疗。在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括测定ras基因的突变状态，当所述患者具有H-Ras突变时选择患者进行FTI治疗。在其他实施方式中，本文提供的方法可以进一步包括使用RASGRP1和APTX之间的2基因比例作为FTI治疗的另外的患者选择指标(美国专利No.7,932,036，通过引用将其完全合并在本文中)。本文描述的或本领域已知的方法可以用于测定ras基因的突变状态或其他生物标志物如RASGRP1或APTX的表达。在某些实施方式中，ras基因的突变状态例如H-ras可以通过NGS来测定。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括测定生物标志物的表达水平。在某些实施方式中，生物标志物的表达水平可以是所述生物标志物的蛋白质水平。在某些实施方式中，生物标志物的表达水平可以是所述生物标志物的RNA水平。测定蛋白质水平或基因的RNA水平的本文描述的或本领域已知的任何方法可以用于测定本发明中的生物标志物的表达水平。
检测或定量mRNA水平的示范性的方法包括但不限于基于PCR的方法、Northern印迹、核糖核酸酶保护分析，等。mRNA序列(例如，生物标志物的mRNA，如CRBN或CAP、或其片段)可以用于制备至少部分互补的探针。然后，使用任何适合的分析，例如基于PCR的方法、Northern印迹、试纸条分析等，所述探针可以用于检测样品中的mRNA序列。
用于定量样品中mRNA表达的本领域已知的通用方法包括northern印迹和原位杂交(Parker&Barnes,Methods in Molecular Biology 106:247-283(1999))；RNAse保护分析(Hod,Biotechniques 13:852-854(1992))；和聚合酶链式反应(PCR)(Weis et ah,Trends in Genetics 8:263-264(1992))。做为选择，可以使用能识别特定双链体的抗体，所述双链体包括DNA双链体、RNA双链体，和DNA-RNA杂交双链体或DNA-蛋白质双链体。基于测序的基因表达分析的典型方法包括基因表达的连续分析(Serial Analysis of GeneExpression，SAGE)，和通过大规模平行标记测序(massively parallel signaturesequencing，MPSS)的基因表达分析。
敏感和灵活的定量方法是PCR。PCR方法的实例可以在文献中找到。PCR分析的实例可以在美国专利No.6,927,024中找到，通过引用将它全部合并在本文中。RT-PCR方法的实例可以在美国专利No.7,122,799中找到，通过引用将它全部合并在本文中。荧光原位PCR的方法在美国专利No.7,186,507中描述，通过引用将它全部合并在本文中。
然而要注意的是，其他核酸扩增方案(即，PCR之外的)也可以用于本文描述的核酸分析方法。例如，适合的扩增方法包括连接酶链式反应(参见，例如，Wu&Wallace,Genomics4:560-569,1988)；链转移分析(参见，例如，Walker et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:392-396,1992；美国专利No.5,455,166)；以及几种基于转录的扩增系统，包括美国专利No.5,437,990；5,409,818；和5,399,491中描述的方法；转录扩增系统(TAS)(Kwoh et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:1173-1177,1989)；和自持的序列复制(3SR)(Guatelli etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:1874-1878,1990；WO 92/08800)。做为选择，可以使用将探针扩增到可检测水平的方法，例如，Q-复制酶扩增(Kramer&Lizardi,Nature 339:401-402,1989；Lomeli et al.,Clin.Chem.35:1826-1831,1989)。例如，Abramson and Myersin Current Opinion in Biotechnology 4:41-47(1993)提供了对已知扩增方法的综述。
mRNA可以从起始组织样品中分离。mRNA提取的一般方法是本领域公知的，在分子生物学的标准教科书中公开，包括Ausubel et al.,Current Protocols of MolecularBiology,John Wiley and Sons(1997)。特别地，RNA分离可以使用来自商业厂家例如Qiagen的纯化试剂盒、缓冲液组和蛋白酶，根据厂家的说明书来进行。例如，培养物中细胞的总RNA可以使用Qiagen RNeasy迷你柱进行分离。其他商业上可获得的RNA分离试剂盒包括全DNA和RNA纯化试剂盒(Madison,Wis.)，和Paraffin Block RNA分离试剂盒(Ambion,Inc.)。来自组织样品的总RNA可以使用RNAStat-60(Tel-Test)分离。从肿瘤制备的RNA可以通过例如氯化铯密度梯度离心来分离。
在某些实施方式中，通过PCR的基因表达分布的第一个步骤是RNA模板向cDNA的逆转录，随后是在PCR反应中指数扩增。在其他实施方式中，可以使用组合的逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)反应，例如，美国专利No.5,310,652；5,322,770；5,561,058；5,641,864和5,693,517中描述的。两个常用的逆转录酶是禽成髓细胞瘤病毒逆转录酶(AMV-RT)和莫洛尼鼠类白血病病毒逆转录酶(MMLV-RT)。取决于环境和表达分布的目标，逆转录步骤一般使用特异性引物、随机六聚体、或寡－dT引物来启动。例如，可以利用GENEAMPTM RNA PCR试剂盒(Perkin Elmer,Calif,USA)按照厂家的说明书的指导将提取的RNA逆转录。然后得来的cDNA可被用作随后的PCR反应中的模板。
在某些实施方式中，实时逆转录-PCR(qRT-PCR)可以用于RNA目标的检测和定量(Bustin,et al.,2005,Clin.Sci.,109:365-379)。基于qRT-PCR的方法可以在例如美国专利No.7,101,663中找到，通过引用将其全部合并在本文中。实时PCR的仪器，例如，AppliedBiosystems 7500，试剂例如TaqMan Sequence Detection chemistry都是商业上可获得的。
例如，可以根据厂家的指导使用Gene Expression Assays。这些试剂盒是用于人类、小鼠和大鼠mRNA转录产物的快速可靠检测和定量的预先配置的基因表达分析。可以使用如美国专利No.5,210,015；5,487,972和5,804,375；以及Holland et al.,1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:7276-7280中描述的或5'-核酸酶分析。PCR一般利用Taq或Tth聚合酶的5'-核酸酶活性来水解与其目标扩增子结合的杂交探针，但是可以使用具有相当5'核酸酶活性的任何酶。两种寡核苷酸引物用于产生PCR反应典型的扩增子。设计苷酸或探针以检测位于两个PCR引物之间的核苷酸序列。所述探针是不可通过Taq DNA聚合酶延伸的，并用报告荧光染料和淬灭荧光染料标记。当两种染料处于探针上紧密靠近时，来自报告染料的任何激光诱导的发射被淬灭染料淬灭。在扩增反应期间，Taq DNA聚合酶以模板依赖性方式裂解探针。产生的探针片段在溶液中分离，来自所释放的报告染料的信号远离了第二荧光团的淬灭效应。从每个合成的新分子释放一个分子的报告染料，检测未淬灭的报告染料提供了定量解释数据的基础。
任何适合于检测降解产物的方法可以用于5'核酸酶分析中。通常，检测探针用两种荧光染料标记，其中的一种能够淬灭另一种染料的荧光。染料附着到探针上，优选地一个附着于5'末端，另一个附着于内部位点，从而当探针处于非杂交状态时发生淬灭，并且DNA聚合酶的5'到3'核酸外切酶活性对探针的裂解发生于两个染料之间。
扩增引起探针在染料之间裂解，伴随着淬灭的消除，和来自起初被淬灭染料的可观测荧光的提高。通过测量反应荧光的提高来监视降解产物的积累。美国专利No.5,491,063和5,571,673描述了检测伴随扩增发生的探针降解的方法，通过引用都合并在本文中。5'-核酸酶分析数据最初可以表示为Ct，或阈值循环。如上文讨论的，在每个周期期间记录荧光值，代表扩增反应中到达该点扩增的产物数量。当荧光信号首次被记录为具有统计显着性时的点是阈值循环(Ct)。
为了最小化误差和样品与样品间变异的效应，通常使用内标准物进行PCR。理想的内标准物在不同的组织间以恒定水平表达，并且不受实验处理的影响。正常化基因表达模式的最常用的RNA是持家基因甘油醛-3-磷酸-脱氢酶(GAPDH)和P-肌动蛋白的mRNA。
基于要扩增的基因中存在的内含子序列设计PCR引物和探针。在这个实施方式中，引物/探针设计的第一个步骤是勾划基因内的内含子序列。这可以通过公众可获得的软件如Kent,W.,Genome Res.12(4):656-64(2002)开发的DNA BLAT软件，或通过包括其变体的BLAST软件来进行。随后的步骤遵循PCR引物和探针设计的充分确立的方法。
为了避免非特异性信号，在设计引物和探针时重要的是掩蔽内含子之内的重复序列。通过使用可由Baylor College of Medicine在线获得的Repeat Masker程序可以容易地实现这一点，该软件针对重复元件的库筛选DNA序列，并返回掩蔽了重复元件的查询序列。掩蔽的内含子序列然后可以用于设计引物和探针序列，使用任何商业上或公众可获得的引物/探针设计程序包，例如，Primer Express(Applied Biosystems)；MGB assay-by-design(Applied Biosystems)；Primer3((Rozen and Skaletsky(2000)针对普通用户和生物学程序员的WWW上的Primer3。见：Krawetz S,Misener S(eds)Bioinformatics Methodsand Protocols:Methods in Molecular Biology.Humana Press,Totowa,N.J.,pp 365-386)。
PCR引物设计中考虑的因素包括引物长度、熔解温度(Tm)和G/C含量，特异性，互补引物序列以及3'-末端序列。一般地，最佳的PCR引物长度一般是17-30个碱基，含有约20-80％，例如约50-60％的G+C碱基。50到80℃之间，例如，约50到70℃的Tm一般是优选的。PCR引物和探针设计的进一步的指导参见，例如，Dieffenbach et ah,"General Concepts forPCR Primer Design"in:PCR Primer,A Laboratory Manual,Cold Spring HarborLaboratory Press,New York,1995,pp.133-155；Innis and Gelfand,"Optimization ofPCRs"in:PCR Protocols,A Guide to Methods and Applications,CRC Press,London,1994,pp.5-11；以及Plasterer,T.N.Primerselect:Primer and probe design.MethodsMol.Biol.70:520-527(1997)，它们的全部内容通过引用明确地合并在本文中。
例如，示范性的PCR程序是50℃2分钟、95℃10分钟，40个循环的95℃15秒然后60℃1分钟。为了确定与超过阈值的特定扩增子积累相关的荧光信号时的循环数(CT)，可以分析数据，例如，利用比较CT相对数量计算方法，使用7500实时PCR系统序列检测(7500Real-Time PCR System Sequence Detection)软件v1.3。使用这种方法，输出被表示为表达水平的倍数变化。在某些实施方式中，可以选择软件自动地确定的阈值水平。在某些实施方式中，阈值水平被设置为高于基线，但足够低以处于扩增曲线的指数生长区之内。
RNA-Seq也称为全转录组鸟枪测序(Whole Transcriptome Shotgun Sequencing，WTSS)，是指使用高通量测序技术对cDNA进行测序，以获得有关样品RNA含量的信息。描述RNA-Seq的公开文献包括：Wang et al.,Nature Reviews Genetics 10(1):57-63(January2009)；Ryan et al.BioTechniques 45(1):81-94(2008)；以及Maher et al.,Nature 458(7234):97-101(January 2009)；通过引用将它们全部合并在本文中。
使用微阵列技术也可以鉴定或确认差异基因表达。在这种方法中，将感兴趣的多核苷酸序列(包括cDNA和寡核苷酸)在微芯片衬底上成板或阵列。然后将阵列序列与来自感兴趣的细胞或组织的特异性DNA探针杂交。
在微阵列技术的实施方式中，cDNA克隆的PCR扩增出的插入物以紧密的阵列施加到基底上。优选的至少10,000个核苷酸序列施加到基底上。以各自10,000个元件固定在微芯片上的微阵列基因适合于在严格条件下杂交。荧光标记的DNA探针可以通过提取自感兴趣组织的RNA的逆转录掺入荧光核苷酸来产生。施用到芯片上的标记的cDNA探针特异性地与阵列上的每个DNA斑点杂交。在严紧洗涤以除去非特异性结合的探针之后，通过共聚焦激光镜检术或通过另外的检测方法例如CCD照相机来扫描芯片。每个阵列单元的杂交的定量可供评定相应的mRNA丰度。利用双色荧光，产生自两个RNA来源的被分别标记的cDNA探针成对地与阵列杂交。因而同时地测定来自相应于每个指定基因的两个来源的转录产物的相对丰度。杂交的小型化规模提供了对大量基因的表达模式的方便和快速的评估。这种方法已经显示了具有检测每个细胞中表达几个拷贝的稀有转录产物所要求的敏感性，以及可再现地检测至少约两倍表达水平差异所要求的敏感性(Schena et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93(2):106-149(1996))。可以通过商售的设备、按照厂家的说明书，例如通过利用Affymetrix GENCHIPTM技术或Incyte的微阵列技术来进行微阵列分析。
基因表达系列分析(SAGE)是一种容许同时和定量分析大量基因转录产物的方法，不需要为每个转录产物提供单独的杂交探针。首先，生成一个短序列标签(约10-14bp)，其含有足够的信息来唯一地识别转录产物，只要标签是从每个转录产物内的独特位置获得的。然后，将许多转录产物连接在一起形成长的连续分子，可以对其进行测序，同时揭示多个标签的身份。可通过确定单个标签的丰度并鉴定与每个标签相应的基因来定量评估任何转录产物群体的表达模式。更多细节参见，例如，Velculescu et ah,Science 270:484-487(1995)；and Velculescu et al,Cell 88:243-51(1997)。
MassARRAY(Sequenom，San Diego，Calif.)技术是一种利用质谱(MS)进行检测的自动化、高通量的基因表达分析方法。根据这种方法，在分离RNA、逆转录和PCR扩增之后，cDNA进行引物延伸。纯化cDNA衍生的引物延伸产物，并将其分配在预装有MALTI-TOF MS样品制备所需组分的芯片阵列上。通过分析所获质谱中的峰区域来定量反应中存在的各种cDNA。
mRNA水平还可以通过基于杂交的分析来测量。典型的mRNA分析方法可以包括步骤1)获得表面结合的目标探针；2)在足以提供特异性结合的条件下使mRNA的群体与表面结合的探针杂交，(3)杂交后洗涤来除去杂交中未结合的核酸；和(4)检测杂交的mRNA。取决于特定的应用，在这些步骤中的每一步中使用的试剂和使用的条件可以不同。
可以使用任何适合的分析平台来测定样品中的mRNA水平。例如，分析可以是试纸条、膜、芯片、盘、测试条、过滤器、微球体、玻片、多孔板或光纤的形式。分析系统可以具有固相支持物，与mRNA相应的核酸附着在其上。固相支持物可以是例如，塑料、硅、金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀物、凝胶、聚合物、片层、球体、多糖、毛细管、薄膜、平板或玻片。可以制备分析成分，并包装在一起作为用于检测mRNA的试剂盒。
如果希望，可以标记核酸来产生标记的mRNA的群体。一般地，可以使用本领域公知的方法来标记样品(例如，使用DNA连接酶，末端转移酶，或通过标记RNA主干，等；参见，例如Ausubel,et al.,Short Protocols in Molecular Biology,3rd ed.,Wiley&Sons1995and Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Third Edition,2001Cold Spring Harbor,N.Y.)。在某些实施方式中，所述样品用荧光标签来标记。示范性的荧光染料包括但不限于占吨染料、荧光素染料、罗丹明染料、异硫氰酸荧光素(FITC)、6羰基荧光素(FAM)、6羧基-2’,4’,7’,4,7-六氯荧光素(HEX)、6羧基4’,5’二氯2’,7’二甲氧基荧光素(JOE或J)、N,N,N’,N’四甲基6羧基罗丹明(TAMRA或T)、6羧基X罗丹明(ROX或R)、5羧基罗丹明6G(R6G5或G5)、6羧基罗丹明6G(R6G6或G6)和罗丹明110；花青染料，例如，Cy3、Cy5和Cy7染料；Alexa染料，例如，Alexa-氟-555；香豆素、二乙基氨基香豆素、伞形酮；苯酰亚胺染料，例如Hoechst 33258；菲啶染料，例如Texas Red；乙锭染料；吖啶染料；咔唑染料；吩恶嗪染料；卟啉染料；聚甲炔染料、BODIPY染料、氮萘染料、Pyrene、氯三嗪基荧光素、R110、曙红、JOE、R6G、四甲基罗丹明、Lissamine、ROX、萘酚荧光素，等。
杂交可以在杂交条件下进行，其可以按需要变化严格度。典型的条件足以在互补的结合元件之间，即，在表面结合的目标探针和样品中的互补mRNA之间，在固体表面上产生探针/目标复合物。在某些实施方式中，可以采用严格杂交条件。
杂交一般在严格杂交条件下进行。在Kallioniemi et al.,Science 258:818-821(1992)和WO 93/18186中描述了标准杂交技术(例如，在足以提供样品中的目标mRNA与探针的特异性结合的条件下)。一般技术的几个指南是可获得的，例如Tijssen,Hybridizationwith Nucleic Acid Probes,Parts I and II(Elsevier,Amsterdam 1993)。适合于原位杂交的技术的说明，参见Gall et al.Meth.Enzymol.,21:470-480(1981)；and Angerer etal.in Genetic Engineering:Principles and Methods(Setlow and Hollaender,Eds.)Vol 7,pgs 43-65(Plenum Press,New York 1985)。适当的条件，包括温度、盐浓度、多核苷酸浓度、杂交时间、洗涤条件的严格度等的选择将取决于实验设计，包括样品来源、捕获试剂的同一性、预期的互补程度等，可以作为本领域普通技术人员的常规实验问题来确定。普通技术人员将容易地认识到，可以利用可选择但可比较的杂交和洗涤条件来提供相似严格度的条件。
在mRNA杂交过程之后，一般对表面结合的多核苷酸进行洗涤来除去未结合的核酸。洗涤可以使用任何方便的洗涤方案来进行，其中洗涤条件一般是严格的，如上所述。然后使用标准技术检测目标mRNA与探针的杂交。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括使用本文描述的或本领域已知的方法之一测定选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的一种或更多种生物标志物的mRNA水平。在一个实施方式中，所述方法包括测定来自对象样品的KIR2DS2mRNA水平。在一个实施方式中，所述方法包括测定来自对象样品的KIR2DL2mRNA水平。在一个实施方式中，所述方法包括测定来自对象样品的KIR2DS5mRNA水平。在一个实施方式中，所述方法包括测定来自对象样品的KIR2DL5mRNA水平。在一个实施方式中，所述方法包括测定来自对象样品的GZMM mRNA水平。
在某些实施方式中，KIR2DL5的mRNA水平是KIR2DL5A和KIR2DL5B的总mRNA水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的mRNA水平是KIR2DL5A的mRNA水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的mRNA水平是KIR2DL5B的mRNA水平。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括测定选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的两种或更多种生物标志物的mRNA水平。在某些实施方式中，所述方法包括测定三种或更多种这些生物标志物的mRNA水平。在某些实施方式中，所述方法包括测定四种或更多种这些生物标志物的mRNA水平。在某些实施方式中，所述方法包括测定全部五种这些生物标志物的mRNA水平。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括测定来自对象或癌症患者的样品中KIR2DS2和KIR2DL2的mRNA水平，和计算KIR2DS2的mRNA水平与KIR2DL2的mRNA水平的比例(2DS2/2DL2mRNA比例)。在某些实施方式中，所述方法进一步包括测定来自对象或癌症患者的样品中KIR2DS5和KIR2DL5的mRNA水平，和计算KIR2DS5的mRNA水平与KIR2DL5的mRNA水平的比例(2DS5/2DL5mRNA比例)。在某些实施方式中，所述方法进一步包括测定来自对象或癌症患者的样品中KIR2DS2和KIR2DL2的mRNA水平，和来自对象或癌症患者的样品中KIR2DS5和KIR2DL5的mRNA水平，以及计算2DS2/2DL2mRNA比例和2DS5/2DL5mRNA比例两者。
在某些实施方式中，选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的一种或更多种生物标志物的mRNA水平是通过qPCR、RT-PCR、RNA-seq、微阵列分析、SAGE、MassARRAY技术或FISH来测定的。在某些实施方式中，选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的一种或更多种生物标志物的mRNA水平是通过qPCR或RT-PCR测定的。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括测定选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的一种或更多种生物标志物的蛋白质水平。所述生物标志物的蛋白质水平可以通过多种免疫组织化学(IHC)方法或其他免疫分析方法来检测。
组织切片的IHC染色已经被证明是评估或检测样品中蛋白存在的可靠方法。免疫组织化学技术利用抗体来在原位探测和显现细胞的抗原，一般通过生色的或荧光的方法。因而，特异于每种标志物的抗体或抗血清，优选的多克隆抗血清，最优选的单克隆抗体被用于检测表达。如下文更详细讨论的，通过直接标记抗体自身，例如，使用放射性标签、荧光标签、半抗原标签如生物素、或酶例如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶，可以检测抗体。做为选择，使用未标记的初级抗体连接标记的二级抗体，包括特异于所述初级抗体的抗血清、多克隆抗血清或单克隆抗体。免疫组织化学方案和试剂盒是本领域公知的，并且是商业上可获得的。玻片制备和IHC处理的自动化系统是商业上可获得的。BenchMark XT系统是这种自动化系统的一个实例。
标准的免疫学和免疫分析过程可以在Basic and Clinical Immunology(Stites&Terr eds.,7th ed.1991)中找到。此外，免疫分析可以以几种配置的任一种来进行，它们在Enzyme Immunoassay(Maggio,ed.,1980)；和Harlow&Lane,supra中有广泛的综述。一般免疫分析的综述，也参见Methods in Cell Biology:Antibodies in Cell Biology,volume37(Asai,ed.1993)；Basic and Clinical Immunology(Stites&Ten,eds.,7th ed.1991)。
检测生物标志物的蛋白质水平的常用分析包括非竞争性分析，例如，夹心分析，和竞争性分析。一般地，可以使用例如ELISA分析的分析。ELISA分析是本领域已知的，例如，用于分析各种组织和样品，包括血液、血浆、血清或骨髓。
利用这种分析形式的大量免疫分析技术是可获得的，参见例如，美国专利No.4,016,043、4,424,279和4,018,653，通过完全引用将它们合并在本文中。这些包括非竞争型的、以及传统的竞争性结合分析中的单位点和双位点或“夹心”分析。这些分析还包括标记的抗体与目标生物标志物的直接结合。夹心分析是常用的分析。夹心分析技术有许多变体。例如，在典型的正向分析中，未标记的抗体被固定在固体基底上，使要测试的样品与该结合的分子接触。在适合的孵育期，持续足以容许抗体-抗原复合物形成的时间之后，用能产生可检测信号的报告分子标记的、特异于抗原的第二抗体被添加并孵育，时间足够容许形成抗体-抗原-标记抗体的另一种复合物。洗去任何未反应的材料，通过观察报告分子产生的信号确认抗原的存在。通过简单观察可见信号，结果可以是定性的，或通过与含有已知数量的生物标志物的对照样品比较，结果可以被定量。
正向分析的变体包括平行分析(simultaneous assay)，其中样品和标记抗体同时地添加到所述结合的抗体中。这些技术是本领域技术人员公知的，包括任何微小的变化，这些将是显而易见的。在典型的正向夹心分析中，具有对生物标志物的特异性的第一抗体与固体表面共价地或被动地结合。所述固体表面可以是玻璃或聚合物，最常用的聚合物是纤维素、聚丙烯酰胺、尼龙、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。固相支持物的形式可以是试管、珠子、微量培养板的圆盘、或适合于进行免疫分析的任何其他表面。结合过程是本领域公知的，一般由共价交联结合或物理吸附组成，在制备测试样品时洗涤聚合物-抗体复合物。然后将要测试的样品的等分量加入固相复合物中，在适合的条件(例如，室温到40℃，例如25℃到32℃之间，包含端值)下孵育一定时间(例如，2-40分钟，或如果更方便，过夜)足以容许抗体中存在的任何亚基的结合。在孵育期之后，抗体亚基固相进行洗涤并干燥，与特异于生物标志物的一部分的第二抗体孵育。第二抗体连接到报告分子，报告分子用于指示第二抗体与分子标志物的结合。
在某些实施方式中，流式细胞计(FACS)可以用于检测生物标志物的蛋白质水平。表面蛋白(例如KIR)可以使用针对具体生物标志物的抗体来检测。流式细胞计检测并报告荧光标记的抗体的强度，其指明了生物标志物的表达水平。通过将通透化的细胞染色，也可以观察非荧光的细胞质蛋白。染色剂可以是能够与某些分子结合的荧光化合物，或是结合所选分子的荧光团标记的抗体。
可选择的方法涉及固定样品中的目标生物标志物，然后使固定的目标暴露于特异性抗体，特异性抗体可以或可以不用报告分子标记。取决于目标的数量和报告分子信号的强度，通过用抗体直接标记，可以检测被结合的目标。做为选择，使特异于第一抗体的第二标记抗体暴露于目标-第一抗体复合物，来形成目标-第一抗体-第二抗体的三级复合物。该复合物通过标记的报告分子发射的信号来检测。
对于酶免疫分析来说，将酶结合到第二抗体，一般通过戊二醛或高碘酸的方式。然而容易认识到的是，存在各种不同的结合技术，它们是熟练的技术人员容易获得的。常用的酶包括辣根过氧化酶、葡萄糖氧化酶、beta-半乳糖苷酶和碱性磷酸酶，以及本文讨论的其他酶。与这些具体的酶一同使用的底物一般根据在被相应的酶水解时产生可检测的颜色改变来选择。适合的酶的实例包括碱性磷酸酶和过氧化物酶。还可能的是采用荧光底物，其产生荧光产物而不是上文提及的生色底物。在所有情况中，将酶标记的抗体添加到第一抗体-分子标志物复合物，容许结合，然后洗去过量的试剂。然后将含有合适底物的溶液添加到抗体-抗原-抗体的复合物中。所述底物将与连接到第二抗体的酶反应，产生定性的可见信号，其可以被进一步定量，通常是光谱光度地定量，来得到样品中存在的生物标记物数量的指示。作为选择，荧光化合物例如荧光素和罗丹明，可以化学偶联到抗体而不改变它们的结合能力。在通过特定波长的光线照射被活化时，荧光团标记的抗体吸收光能，诱导分子中的可激发状态，随后在可被光学显微镜可视检测的特征颜色上发射光线。在EIA中，容许荧光标记的抗体与第一抗体-分子标志物复合物结合。在洗去未结合的试剂之后，剩余的三级复合物然后暴露于合适波长的光下，观察到的荧光表明存在目标分子标志物。免疫荧光和EIA技术都是本领域中充分确立的，并在本文中论述。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括使用本文描述的或本领域已知的方法之一测定来自对象或癌症患者的样品中选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的一种或更多种生物标志物的蛋白质水平。在一个实施方式中，所述方法包括测定来自对象或癌症患者的样品中的KIR2DS2蛋白质水平。在一个实施方式中，本发明的方法包括测定来自对象或癌症患者的样品中的KIR2DL2蛋白质水平。在一个实施方式中，所述方法包括测定来自对象或癌症患者的样品中的KIR2DS5蛋白质水平。在一个实施方式中，所述方法包括测定来自对象或癌症患者的样品中的KIR2DL5蛋白质水平。在一个实施方式中，所述方法包括测定来自对象或癌症患者的样品中的GZMM蛋白质水平。
在某些实施方式中，所述KIR2DL5的蛋白质水平是KIR2DL5A和KIR2DL5B的总蛋白质水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的蛋白质水平是KIR2DL5A的蛋白质水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的蛋白质水平是KIR2DL5B的蛋白质水平。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括测定两种或更多种这些生物标志物的蛋白质水平。在某些实施方式中，所述方法包括测定三种或更多种这些生物标志物的蛋白质水平。在某些实施方式中，所述方法包括测定四种或更多种这些生物标志物的蛋白质水平。在某些实施方式中，所述方法包括测定五种这些生物标志物的蛋白质水平。
在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括测定来自对象或癌症患者的样品中KIR2DS2和KIR2DL2的蛋白质水平，并计算KIR2DS2的蛋白质水平与KIR2DL2的蛋白质水平的比例(2DS2/2DL2蛋白质比例)。kir2dl5某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括测定来自对象或癌症患者的样品中KIR2DS5和KIR2DL5的蛋白质水平，并计算KIR2DS5的蛋白质水平与KIR2DL5的蛋白质水平的比例(2DS5/2DL5蛋白质比例)。在某些实施方式中，所述方法进一步包括测定来自对象或癌症患者的样品中KIR2DS2和KIR2DL2的蛋白质水平，以及来自对象或癌症患者的样品中KIR2DS5和KIR2DL5的蛋白质水平，并计算2DS2/2DL2蛋白质比率和2DS5/2DL5蛋白质比率两者。
在某些实施方式中，选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的一种或更多种生物标志物的蛋白质水平通过免疫印迹(Western印迹)、ELISA、免疫组织化学、流式细胞计、细胞计珠子阵列或质谱法来测定。在某些实施方式中，选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的一种或更多种生物标志物的蛋白质水平通过ELISA来测定。
3.3.样品
在某些实施方式中，KIR分型、HLA分型的方法，或测定一种或更多种生物标志物的mRNA水平或蛋白质水平的方法进一步包括从对象获得样品。所述对象可以是哺乳动物，例如，人类。所述对象可以是雄性或磁性，可以是成年、幼儿或婴儿。所述对象可以是患者。所述对象可以是癌症患者。可以在癌症(例如，淋巴瘤、MDS或白血病)的主动期期间，或在癌症无活性时分析样品。在某些实施方式中，可以从对象获得超过一个样品。
在某些实施方式中，KIR分型、HLA分型的方法，或测定一种或更多种生物标志物的mRNA水平或蛋白质水平的方法作为FTI治疗的伴随诊断来进行。所述伴随诊断可以在治疗对象的临床位置进行。所述伴随诊断还可以在远离治疗对象的临床位置的位置进行。
在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品包括来自对象的体液。体液的非限制性实例包括血液(例如，外周全血、外周血)、血浆、骨髓、羊水、房水、胆汁、淋巴、月经、血清、尿液、围绕脑部和脊髓的脑脊液、围绕骨关节的滑液。
在一个实施方式中，所述样品是骨髓样品。获得骨髓样品的过程是本领域公知的，包括但不限于骨髓穿刺活组织检查和骨髓抽吸术。骨髓具有液体部分和更为固体的部分。在骨髓穿刺活组织检查中，采集固体部分的样品。在骨髓抽吸术中，采集液体部分的样品。骨髓穿刺活组织检查和骨髓抽吸术可以同时进行，称为骨髓检查。
在某些实施方式中，所述样品是血液样品。血液样品可以使用如Innis et al,editors,PCR Protocols(Academic Press,1990)中描述的常规技术获得。白细胞可以使用常规技术或商业上可获得的试剂盒，例如RosetteSep试剂盒(Stein Cell Technologies,Vancouver,Canada)从血液样品中分离。白细胞的亚群，例如，单核细胞、NK细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞或淋巴细胞，可以使用常规技术进一步分离，例如磁活化的细胞分选(MACS)(Miltenyi Biotec,Auburn,California)或荧光活化的细胞分选(FACS)(BectonDickinson,San Jose,California)。
在一个实施方式中，所述血液样品是约0.1mL到约10.0mL，约0.2mL到约7mL，约0.3mL到约5mL，约0.4mL到约3.5mL，或约0.5mL到约3mL。在另一个实施方式中，所述血液样品是约0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、6.0、7.0、8.0、9.0或10.0mL。
在某些实施方式中，当前的方法中使用的样品包括活检物(例如，肿瘤活检物)。所述活检物可以来自任何器官或组织，例如，皮肤、肝脏、肺、心脏、结肠、肾脏、骨髓、牙齿、淋巴结、毛发、脾脏、脑、乳房或其他器官。本领域技术人员已知的任何活检技术可以用于从对象分离样品，例如，开口活检、闭合活检、核心活检、切取活检、切除活检、或细针头穿刺活检。
在一个实施方式中，本文提供的方法中使用的样品在所述对象接受疾病或失调的治疗之前从所述对象获得。在另一个实施方式中，所述样品在所述对象接受疾病或失调的治疗期间从所述对象获得。后另一个实施方式中，所述样品后所述对象接受疾病或失调的治疗之后从所述对象获得。在各种实施方式中，所述治疗包括向所述对象施用FTI。
在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品包括多个细胞。这样的细胞可以包括任何类型的细胞，例如，干细胞、血细胞(例如，PBMC)、淋巴细胞、NK细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞、免疫细胞、或肿瘤或癌细胞。在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品包括来自对象或癌症患者的血液样品或骨髓样品的多个富集的NK细胞。具体的细胞群体可以使用商业上可获得的抗体的组合来获得(例如，Quest Diagnostic(San JuanCapistrano,Calif.)；Dako(Denmark))。
在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品来自患病组织，例如，来自患有癌症(例如，淋巴瘤、MDS、或白血病)的个体。在某些实施方式中。在某些实施方式中，所述细胞可以获自肿瘤或癌细胞或肿瘤组织，例如，肿瘤活检物或肿瘤外植体。在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的细胞的数量可以从单个细胞到约109个细胞。在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的细胞的数量是约1x 104、5x 104、1x 105、5x 105、1x 106、5x106、1x 107、5x 107、1x 108或5x 108个。
可以监视从对象采集的细胞的数量和类型，例如，通过使用标准的细胞检测技术测量形态学和细胞表面标志物方面的改变，例如，流式细胞计、细胞分选、免疫细胞化学(例如，用组织特异性或细胞标志物特异性的抗体染色)、荧光活化的细胞分选(FACS)、磁活化的细胞分选(MACS)，通过使用光学或共焦显微镜来检查细胞的形态，和/或通过使用本领域公知的技术如PCR和基因表达分布来测量基因表达的改变。也可以使用这些技术来鉴定对于一种或更多种特定标志物为阳性的细胞。荧光活化的细胞分选(FACS)是基于颗粒的荧光性质用于分离颗粒包括细胞的公知的方法(Kamarch,1987,Methods Enzymol,151:150-165)。单独的颗粒中荧光部分的激光激发产生小的电荷，容许正电和负电颗粒从混合物中电磁分离。在一个实施方式中，细胞表面标志物特异性抗体或配体用不同的荧光标签来标记。细胞通过细胞分选仪处理，容许根据它们结合所用抗体的能力来分离细胞。FACS分选的颗粒可以直接沉积到96孔或384孔平板的单个孔中以便于分离和克隆。
在某些实施方式中，细胞的子集可以用于本文提供的方法中。分选和分离特定细胞群体的方法是本领域公知的，可以基于细胞大小、形态、或细胞内或细胞外的标志物。这样的方法包括，但不限于，流式细胞计、流式分选、FACS、基于珠子的分离，例如磁性细胞分选、基于大小的分离(例如，筛分、障碍物阵列、或过滤)、在微流设备中分选、基于抗体的分离、沉降、亲和吸附、亲和提取、密度梯度离心、激光捕获显微解离，等。在某些实施方式中，所述样品包括通过本文描述的或本领域已知的一种或更多种方法分选的富集NK细胞。在一个实施方式中，在进行KIR分型、HLA分型或选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的一种或更多种生物标志物的表达水平分析之前，富集的NK细胞进一步在体外扩增。
所述样品可以是全血样品、骨髓样品、部分纯化的血液样品、PBMC、或组织活检物。在某些实施方式中，所述样品是来自癌症患者的骨髓样品。在某些实施方式中，所述样品是来自癌症患者的PBMC。在某些实施方式中，所述样品是来自骨髓、全血或部分纯化的血液的富集的NK细胞。在某些实施方式中，所述NK细胞在体外进一步扩增。从对象获得样品的方法和制备样品用于测定一种或更多种生物标志物的mRNA水平或蛋白质水平的方法是本领域公知的。
3.4.参考水平和参考比例
本文提供的是用治疗有效量的FTI治疗对象或选择FTI治疗的癌症患者的方法，基于KIR分型、选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的一种或更多种单个生物标志物的表达水平(mRNA水平或蛋白质水平)、或生物标志物之间的表达水平的比例之一或两者(2DS2/2DL2比例；2DS5/2DL5比例)。在某些实施方式中，如果癌症患者是KIR2DS2或KIR2DS5、或两者的携带者，选择所述癌症患者进行FTI治疗。在某些实施方式中，如果
(i)来自所述对象的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)来自所述对象的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)来自所述对象的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)来自所述对象的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；
(v)来自所述对象的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；
(vi)来自所述对象的样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例高于KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的参考比例；或
(vii)来自所述对象的样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例高于KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的参考比例；或(i)-(vii)的任何组合，选择癌症患者进行FTI治疗。
本文提供的方法可以进一步包括测定选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的每个单独生物标志物的参考表达水平，或生物标志物的表达水平之间的参考比例，包括参考2DS2/2DL2比例和参考2DS5/2DL5比例。在某些实施方式中，生物标志物的参考表达水平是来自健康个体的样品中所述生物标志物的表达水平，或来自一个或多个健康个体的多个样品中所述生物标志物的平均或中值表达水平。在某些实施方式中，生物标志物的参考表达水平是来自2、3、5、10、15、20、30、40、50或更多健康个体的样品中生物标志物的平均表达水平。在某些实施方式中，生物标志物的参考表达水平是来自2、3、5、10、15、20、30、40、50或更多健康个体的样品中生物标志物的中值表达水平。
在某些实施方式中，KIR2DS2的参考表达水平是来自健康个体的样品中KIR2DS2的表达水平，或来自一个或多个健康个体的多个样品中KIR2DS2的平均或中值表达水平。在某些实施方式中，KIR2DL2的参考表达水平是来自健康个体的样品中KIR2DL2的表达水平，或来自一个或多个健康个体的多个样品中KIR2DL2的平均或中值表达水平。在某些实施方式中，KIR2DS5的参考表达水平是来自健康个体的样品中KIR2DS5的表达水平，或来自一个或多个健康个体的多个样品中KIR2DS5的平均或中值表达水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的参考表达水平是来自健康个体的样品中KIR2DL5的表达水平，或来自一个或多个健康个体的多个样品中KIR2DL5的平均或中值表达水平。在某些实施方式中，GZMM的参考表达水平是来自健康个体的样品中GZMM的表达水平，或来自一个或多个健康个体的多个样品中GZMM的平均或中值表达水平。
在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括测定两种生物标志物的表达水平之间的参考比例，例如，2DS2/2DL2参考表达比例，或2DS5/2DL5参考表达比例。在某些实施方式中，生物标志物的参考表达比例是来自健康个体的样品中所述生物标志物的表达比例，或来自一个或多个健康个体的多个样品中所述生物标志物的平均或中值表达比例。在某些实施方式中，两种生物标志物的参考表达比例是来自2、3、5、10、15、20、30、40、50或更多健康个体的样品中生物标志物的平均表达比例。在某些实施方式中，两种生物标志物的参考表达比例是来自2、3、5、10、15、20、30、40、50或更多健康个体的样品中生物标志物的中值表达比例。
在某些实施方式中，参考2DS2/2DL2比例是来自健康个体的样品中的2DS2/2DL2比例，或来自一个或多个健康个体的多个样品中的平均或中值2DS2/2DL2比例。在某些实施方式中，参考2DS5/2DL5比例是来自健康个体的样品中的2DS5/2DL5，或来自一个或多个健康个体的多个样品中的平均或中值2DS5/2DL5。
在某些实施方式中，生物标志物的参考表达水平或两种生物标志物的表达水平之间的参考比例可以基于来自早先临床试验的数据的统计分析来确定，包括一组患者的结果，即，患者对FTI治疗的响应性，以及患者组的生物标志物的表达水平或生物标志物之间表达水平的比例。当用于预测患者对特定治疗的响应性，或针对特定治疗将患者分层时，许多统计方法是本领域公知的，以测定一种或更多种生物标志物的参考水平(或称为“截断值”)。
本发明的一种方法包括分析本文鉴定的生物标志物的基因表达分布，其区分应答者和非应答者，以确定一种或更多种生物标志物的参考表达水平。应答者和非应答者之间的比较可以使用Mann-Whitney U检验、卡方检验、或Fisher's Exact检验来进行。描述性统计学的分析和比较可以使用SigmaStat软件(Systat Software,Inc.,San Jose,CA,USA)进行。
在某些实施方式中，可以采用分类和回归树(CART)分析来确定参考水平。CART分析基于二元递归分区算法，并且允许发现复杂的预测变量相互作用，这对于更传统的方法例如多重线性回归可能是不明显的。二元递归分区是指所述分析是：1)二元的，意味着有两个可能的结果变量，即“响应者”和“无响应者”，具有将患者分成两组的效果；2)递归的，意味着分析可以被多次执行；和3)分区的，意味着整个数据集可以分成多个部分。这种分析还具有消除性能不佳的预测变量的能力。可以使用Salford Predictive Modeler v6.6(Salford Systems,San Diego,CA,USA)构建分类树。
本发明的物品是对于预测癌症患者对FTI治疗的响应性有用的基因表达分布的呈现，其被化为可被自动读取的介质，例如计算机可读介质(磁性的、光学的，等)。所述物品还可以包括在这种介质中用于评定基因表达分布的说明。例如，所述物品可以包括具有计算机指令的CD-ROM，所述计算机指令用于比较如上所述的基因表达分布。所述物品还可以具有数字性记录在其中的基因表达分布，从而它们可以与来自患者样品的基因表达数据相比较。做为选择，所述分布可以以不同的表现形式记录。聚类算法例如，在上述“OMNIVIZ”和“TREE VIEW”计算机程序中整合的那些，可以最好地辅助这样的数据的可视化。
接受者操作子特征(ROC)分析可以被用来确定参考表达水平或参考表达比例，或者测试各个基因和/或多基因分类器的总体预测价值。ROC分析的综述可以在Soreide,JClin Pathol 10.1136(2008)中找到，通过完全引用合并在本文中。
从训练集的ROC曲线可以确定参考水平以确保高敏感性和高特异性两者。为了确定需要多少生物标志物包括在预测子中，可以使用留一交叉验证(LOOCV)。记录基于不同数量的基因的“留一”样本的响应值。可以根据错分类差错率、敏感性、特异性、度量两个预测组的Kaplan-Meier曲线的分离的p值来评估具有不同数量基因的预测子的性能。
可以使用Geman et al.(2004)首先引入的Top Scoring Pair(TSP)算法。实质上，该算法根据类别C1到C2之中的样本中事件频率方面的绝对差(Dij)排列所有基因对(基因i和j)，其中基因i具有比基因j更高的表达值。在存在多个最高评分配对(top scoringpairs)(都有相同的Dij)的情况下，选择根据二级排名评分的最高配对，所述二级排名评分衡量在一对基因之内从一个类到另一个类发生基因表达水平反转的量级。所有样本中绝对Dij>2倍的具有最高频率的最高配对(top pair)将被选为候选配对。然后可以在独立的测试数据集中评估候选配对。留一交叉验证(LOOCV)可以在训练数据集中进行，来评估算法运行得如何。可以根据最大错分类差错率评估预测子的性能。所有统计分析可以使用R(RDevelopment Core Team,2006)进行。
对于确定参考水平有用的方法和统计工具的综述可以在James Westgard,Ph.D.,Basic Methods Validation,3d edition(2008)中找到，通过引用将其完全合并在本文中。具体参考第9章(“How is reportable range of a method determined”)和第15章(“Howis a reference interval verified”)。
临床可报告范围(CRR)是一种方法可以测量的被分析物值的范围，容许用于扩展直接分析测量范围的样品稀释、浓缩或其他预处理。按照Dr.Westgard的Basic MethodsValidation中提供的，要进行的实验通常称为“线性实验”，虽然技术上不要求方法提供线性响应，除非使用两点刻度法。这个范围还可以称为方法的“线性范围”、“分析范围”、或“工作范围”。
通过检查线性图形来评估可报告范围。所述检查可以涉及在线性范围内人工画出经过点的直线部分的最佳直线，画出经过所有点的点到点的线然后与最佳直线比较，或拟合经过点的回归线。在某些指南中建议了更复杂的统计计算，例如用于评估分析方法的线性性的Clinical Laboratory Standards Institute(CLSI)’s EP-6方案。但是公认的是，可报告范围可以从“可视”评估中充分地确定，即，通过人工画出拟合系列中的最低点的最佳直线。临床实验室标准协会(Clinical Laboratory Standards Institute，CLSI)建议最少至少4个、优选的5个不同水平的浓度。可以使用超过5个，特别是如果可报告范围的上限需要最大化时，但是5个的水平是方便的，并且通常总是足够的。
一般通过分析从满足仔细定义的指标的个体获得的样本(参考样品组)来建立参考区间。例如临床化学国际联合会(International Federation of Clinical Chemistry，IFCC)的参考值和CLSI理论专家团(Expert Panel on Theory of Reference Values andthe CLSI)的方案描述了全面系统的过程，其使用仔细选择的参考样品组来建立参考区间。这些方案一般需要每组(或子群体)最小120个参考个体，所述每个组需要被表征。
CLSI Approved Guideline C28-A2描述了实验室验证所建立的参考区间向单个实验室转移的不同方式，包括1.预言判断，其中实验室简单回顾提交的信息，主观验证参考区间适用于采用实验室的患者人群和检测方法；2.用20个样品验证，其中通过采集和分析来自20个个体的样本进行实验验证，所述20个个体代表参考样品群体；3.用60个样品估计，其中通过从60个个体采集和分析样本来进行实验验证，所述60个个体代表参考样品群体，估计试剂的参考区间，利用统计学公式比较两个群体的平均值和标准偏差，与声明的或报告的区间相比较；和4.根据比较方法进行计算，其中在观察到的方法偏差和所用分析方法之间展现的数学关系的基础上，人们可以调整或校正声明的或报告的参考区间。
本领域的普通技术人员将理解，本文公开的生物标志物的参考表达水平以及两种生物标志物之间的参考比例可以通过本文提供的或本领域已知的其他方法来确定。
因而，在某些实施方式中，本文提供的方法包括
a)确定选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、GZMM构成的组的生物标志物的参考表达水平；和
b)向癌症患者施用治疗有效量的FTI，如果
(i)来自所述癌症患者的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)来自所述癌症患者的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)来自所述癌症患者的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)来自所述癌症患者的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或
(v)来自所述癌症患者的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；或(i)-(v)的任何组合。
在某些实施方式中，KIR2DL5的表达水平是KIR2DL5A和KIR2DL5B的总表达水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的表达水平是KIR2DL5A的表达水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的表达水平是KIR2DL5B的表达水平。
因而，在某些实施方式中，本文提供的方法包括
a)确定选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、GZMM构成的组的生物标志物的参考mRNA水平；和
b)向癌症患者施用治疗有效量的FTI，如果
(i)来自所述癌症患者的样品中KIR2DS2的mRNA水平高于KIR2DS2的参考mRNA水平；
(ii)来自所述癌症患者的样品中KIR2DL2的mRNA水平低于KIR2DL2的参考mRNA水平；
(iii)来自所述癌症患者的样品中KIR2DS5的mRNA水平高于KIR2DS5的参考mRNA水平；
(iv)来自所述癌症患者的样品中KIR2DL5的mRNA水平低于KIR2DL5的参考mRNA水平；或
(v)来自所述癌症患者的样品中GZMM的mRNA水平高于GZMM的参考mRNA水平；或(i)-(v)的任何组合。
在某些实施方式中，KIR2DL5的mRNA水平是KIR2DL5A和KIR2DL5B的总mRNA水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的mRNA水平是KIR2DL5A的mRNA水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的mRNA水平是KIR2DL5B的mRNA水平。
因而，在某些实施方式中，本文提供的方法包括
a)确定选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5、GZMM构成的组的生物标志物的参考蛋白质水平；和
b)向癌症患者施用治疗有效量的FTI，如果
(i)来自所述癌症患者的样品中KIR2DS2的蛋白质水平高于KIR2DS2的参考蛋白质水平；
(ii)来自所述癌症患者的样品中KIR2DL2的蛋白质水平低于KIR2DL2的参考蛋白质水平；
(iii)来自所述癌症患者的样品中KIR2DS5的蛋白质水平高于KIR2DS5的参考蛋白质水平；
(iv)来自所述癌症患者的样品中KIR2DL5的蛋白质水平低于KIR2DL5的参考蛋白质水平；或
(v)来自所述癌症患者的样品中GZMM的蛋白质水平高于GZMM的参考蛋白质水平；或(i)-(v)的任何组合。
在某些实施方式中，所述KIR2DL5的蛋白质水平是KIR2DL5A和KIR2DL5B的总蛋白质水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的蛋白质水平是KIR2DL5A的蛋白质水平。在某些实施方式中，KIR2DL5的蛋白质水平是KIR2DL5B的蛋白质水平。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括
a)确定参考2DS2/2DL2比例，或参考2DS5/2DL5比例；和
b)向癌症患者施用治疗有效量的FTI，如果
(i)来自所述癌症患者的样品中的2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例；或
(ii)来自所述癌症患者的样品中的2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例；或(i)和(ii)两者。
在某些实施方式中，所述2DS2/2DL2比例是KIR2DS2mRNA水平与KIR2DL2mRNA水平的比例。在某些实施方式中，所述2DS2/2DL2比例是KIR2DS2蛋白质水平与KIR2DL2蛋白质水平的比例。在某些实施方式中，所述2DS5/2DL5比例是KIR2DS5mRNA水平与KIR2DL5mRNA水平的比例。在某些实施方式中，所述2DS5/2DL5比例是KIR2DS5蛋白质水平与KIR2DL5蛋白质水平的比例。
3.5.癌症
本文提供的是用FTI治疗对象的癌症的方法，以及选择FTI治疗的癌症患者的方法。所述癌症可以是造血癌症或实体肿瘤。本文还提供的是用FTI治疗对象的前恶变状况的方法，以及选择FTI治疗的具有前恶变状况的患者的方法。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的造血癌症的方法，或选择FTI治疗的癌症患者的方法。血液癌症是血液或骨髓的癌症。血液(或血原性)癌症的实例包括白血病、淋巴瘤和骨髓增生异常综合症(MDS)。
白血病是指血液形成组织的恶性赘生物。例如在美国专利No.7,393,862和2002年5月17日提交的美国临时专利申请60/380,842中描述了白血病的各种形式，通过引用将它们完全合并在本文中。虽然报告了病毒在动物中引起几种形式的白血病，在人类中白血病的原因很大程度上是未知的。The Merck Manual,944-952(17th ed.1999)。向恶性肿瘤的转变一般在单个细胞中发生，经过两个或更多个步骤和随后的增殖与克隆扩增。在某些白血病中，特定的染色体转位已经被鉴定为具有一致的白血病的细胞形态和特定的临床特征(例如，慢性粒细胞性白血病中的9和22转位，以及急性早幼粒细胞白血病中的15和17转位)。急性白血病主要是未分化的细胞群体，慢性白血病是更成熟的细胞形式。
急性白血病被分为成淋巴细胞性(ALL)和非成淋巴细胞性(ANLL)类型。The MerckManual,946-949(17th ed.1999)。它们可以根据French-American-British(FAB)分类法或根据它们的类型和分化程度，通过它们的形态和细胞化学表现进一步细分。使用特异性B细胞和T细胞以及骨髓-抗原单克隆抗体对于分类是最有帮助的。ALL主要是儿童期疾病，其是通过实验室发现和骨髓检查确立的。ANLL也称为急性髓性白血病或AML，在所有年龄发生，是成年人中更为常见的急性白血病；它是通常与辐射作为致病因素相关的形式。在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗AML患者的方法，或选择FTI治疗的患者的方法。
治疗AML患者的标准过程通常包括2个化学治疗(化疗)阶段：缓解诱导(或诱导)和巩固(缓解后治疗)。第一部分治疗(缓解诱导)的目的在于除去尽可能多的白血病细胞。治疗的强度可以取决于人的年龄和健康。密集的化学治疗通常给予60岁以下的人。健康的更年长的患者可以受益于类似的或稍微低强度的治疗。年长得多或不健康的人不适合于密集化学治疗。
在更年轻的患者中，例如，低于60岁的，诱导经常涉及用2种化疗药物治疗，阿糖胞苷(ara-C)和蒽环类药物，例如道诺比星(道诺霉素)或伊达比星。有时也给予第三种药物，克拉屈滨(Leustatin，2-CdA)。所述化疗通常在医院给予并持续约一周。在白血病波及脑或脊髓的罕有病例中，化疗也可以给予到脑脊液(CSF)中。也可以使用放射治疗。
如果实现缓解，诱导被认为是成功的。然而，某些患者中的AML难以诱导。在响应诱导的患者中，给予进一步的治疗试图破坏其余白血病细胞，并帮助预防复发，这称为巩固。对于较年轻的患者，巩固疗法的主要选择是：几个周期的高剂量阿糖胞苷(ara-C)化疗(有时称为HiDAC)；同种异体(供体)干细胞移植；和自体干细胞移植。
慢性白血病被描述为淋巴细胞性的(CLL)或髓细胞性的(CML)。The MerckManual,949-952(17th ed.1999)。CLL的特征在于血液、骨髓和淋巴器官中成熟淋巴细胞的出现。CLL的标志是持续的、完全的淋巴细胞增多(>5,000/μL)以及骨髓中淋巴细胞的提高。大多数CLL患者还有带B细胞特征的淋巴细胞的克隆扩增。CLL是中年或老年的疾病。在CML中，特征是血液、骨髓、肝脏、脾脏和其他器官中分化的所有阶段的粒细胞占主导。在就诊的有症状患者中，总白细胞(WBC)计数通常约200,000/μL，但可以达到1,000,000/μL。CML是相对容易诊断的，因为存在费城染色体。已知骨髓基质细胞支持CLL疾病进展和对化学治疗的抗性。破坏CLL细胞与间质细胞之间的相互作用是CLL化学治疗的另一个靶点。
另外，其他形式的CLL包括幼淋巴细胞白血病(PLL)、大颗粒淋巴细胞(LGL)白血病、毛细胞白血病(HCL)。PLL中的癌细胞类似于正常细胞，称为B淋巴细胞的幼淋巴细胞未成熟形式(B-PLL)或T淋巴细胞的幼淋巴细胞未成熟形式(T-PLL)。B-PLL和T-PLL都倾向于比普通类型的CLL更具侵袭性。LGL的癌细胞是大的，具有T细胞或NK细胞的特征。大多数LGL白血病是生长缓慢的，但是少数是更有侵袭性的。HCL是另一种淋巴细胞癌症，倾向于缓慢进展，占全部白血病的约2％。癌细胞是B淋巴细胞的一种类型，但是不同于CLL中所见的那些。
慢性单核细胞性白血病(CMML)被造血肿瘤的2008世界卫生组织分类法分类为骨髓增生异常/骨髓增殖性赘生物。CMML患者在他们的血液中有高数量的单核细胞(至少1,000个每mm3)。已经在白细胞计数水平区分了两种类型——骨髓增生异常和骨髓增殖性的(阈值13G/L)。通常，单核细胞计数更高得多，也导致他们的总白细胞计数变得非常高。通常在骨髓中存在异常细胞，但是胚细胞的数量低于20％。约15％到30％的CMML患者接着发生急性骨髓性白血病。CMML的诊断依靠骨髓中的形态学、组织病理学和染色体异常的组合。Mayo预后模型将CMML患者分为三个风险组，基于：提高的绝对单核细胞计数，循环胚细胞的存在，血红蛋白<10gm/dL和血小板100×109/L。低、中和高风险组的中位生存期分别是32个月、18.5个月和10个月。Groupe Francophone des(GFM)评分将CMML患者分为三个风险组，基于：年龄>65岁，WBC>15×109/L，贫血，血小板<100×109/L，和ASXL1突变状态。中位随访2.5年后，存活期从低风险组的未触及，到高风险组的14.4个月。
淋巴瘤是指起源于淋巴系统的癌症。淋巴瘤的特征在于淋巴细胞—B淋巴细胞(B细胞淋巴瘤)、T淋巴细胞(T细胞淋巴瘤)和天然杀伤细胞(NK细胞淋巴瘤)的恶性赘生物。淋巴瘤一般起始于淋巴结或器官中淋巴组织的集结，包括但不限于胃或肠。在某些情况下淋巴瘤可能牵涉骨髓和血液。淋巴瘤可以从一个位置传播到身体的其他部分。
例如，在美国专利No.7,468,363中描述了各种形式的淋巴瘤的治疗，通过引用将其完全合并在本文中。此类淋巴瘤包括但不限于霍奇金淋巴瘤，非霍奇金淋巴瘤，皮肤B细胞淋巴瘤，活化的B细胞淋巴瘤，弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，套细胞淋巴瘤(MCL)，滤泡性淋巴瘤(FL；包括但不限于FL I级，FL II级)，滤泡中心淋巴瘤，转化的淋巴瘤，中分化淋巴瘤，中间淋巴细胞性淋巴瘤(ILL)，弥漫性低分化淋巴瘤(PDL)，中心细胞淋巴瘤，弥漫性小裂细胞淋巴瘤(DSCCL)，外周T细胞淋巴瘤(PTCL)，皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)和外套带淋巴瘤和低级别滤泡性淋巴瘤。
非霍奇金淋巴瘤(NHL)是美国的男性和女性中第五大常见癌症，估计2007年有63,190个新病例和18,660例死亡。Jemal A,et al.,CA Cancer J Clin 2007；57(1):43-66。发生NHL的可能性随年龄提高，在老年人中NHL的发生率在过去十年稳定增加，随着美国人口老龄化趋势引起了担忧Id.Clarke C A,et al.,Cancer 2002；94(7):2015-2023。
DLBCL占非霍奇金淋巴瘤的约三分之一。虽然某些DLBCL患者被传统化学治疗治愈，其他患者死于该疾病。抗癌药物引起淋巴细胞的快速和持续降低，可能是通过在成熟的T细胞和B细胞中直接诱导细胞凋亡。参见K.Stahnke.et al.,Blood 2001,98:3066-3073。已经显示绝对淋巴细胞计数(ALC)是滤泡性非霍奇金淋巴瘤的预后因素，最近的结果表明ALC在诊断中是DLBCL中的重要预后因子。
DLBCL根据其基因分布模式可分为不同的分子亚型：生发中心B细胞样DLBCL(GCB-DLBCL)，活化B细胞样DLBCL(ABC-DLBCL)和原发纵隔B细胞淋巴瘤(PMBL)或未分类的类型。这些亚型的特征在于存活、化疗响应性和信号传导途径依赖性，特别是NF-κB途径方面的不同差异。参见D.Kim et al.,Journal of Clinical Oncology,2007ASCO Annual MeetingProceedings Part I.Vol 25,No.18S(June 20Supplement),2007:8082。参见Bea S,etal.,Blood 2005；106:3183-90；Ngo V.N.et al.,Nature 2011；470:115-9。这种差异促使人们寻求DLBCL中更有效的和亚型特异性的治疗策略。除了急性和慢性分类之外，赘生物还根据导致这种紊乱的细胞分类成前体或外周。参见，例如，美国专利公开No.2008/0051379，其公开内容通过引用完全合并在本文中。前体赘生物包括ALL和成淋巴细胞性淋巴瘤，在它们分化成T细胞或B细胞之前在淋巴细胞中出现。外周的赘生物是已经分化成T细胞或B细胞在淋巴细胞中出现的那些。此类外周赘生物包括但不限于B细胞CLL、B细胞幼淋巴细胞性白血病、淋巴浆细胞性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、粘膜相关淋巴组织的结外边缘区B细胞淋巴瘤、结节边缘区淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤、毛细胞白血病、浆细胞瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)和伯基特淋巴瘤。在超过百分之95的CLL病例中，克隆扩增的是B细胞谱系。参见Cancer:Principles&Practice of Oncology(3rd Edition)(1989)(pp.1843-1847)。在小于百分之5的CLL病例中，肿瘤细胞具有T细胞表型。尽管有这些分类，正常的血细胞生成的病理性损伤是所有白血病的标志。
PTCL由一组罕见的但通常为侵袭性的(快速生长)、发育自成熟T细胞的NHL组成。PTCL合在一起占据了所有NHL病例的约百分之4到10，相应于美国每年2,800-7,200名患者的发生率。通过一些估计，PTCL的发生率显著地增长，发生率的提高可能受老龄化人口的驱动。根据它们不同的临床差异，PTCL被细分类为各种亚型，一般每一种都被认为是独立的疾病。大多数这些亚型是罕见的；PTCL的三种最常见的亚型没有特别说明，间变性大细胞淋巴瘤或ALCL，以及血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤，合在一起占美国所有PTCL的约70％。ALCL可以是皮肤ALCL或全身性ALCL。
对于大多数PTCL亚型，第一线的治疗方案一般是组合化学治疗，例如，CHOP(环磷酰胺、多柔比星、长春新碱、泼尼松)、EPOCH(依托泊苷、长春新碱、多柔比星、环磷酰胺、泼尼松)，或其他多药物方案。对于第一线治疗复发或难治的患者一般在称为GND的方案中用吉西他滨组合其他化学治疗包括长春瑞滨和多柔比星来治疗，或其他化疗方案，例如DHAP(地塞米松、阿糖胞苷、顺铂)或ESHAP(依托泊苷、甲泼尼龙、阿糖胞苷和顺铂)。
由于患有PTCL的大多数患者将会复发，一些肿瘤学家建议给予高剂量化学治疗，随后对良好响应他们的起始化学治疗的一些患者进行自体干细胞移植。近来，被批准用于复发或难治性PTCL的非细胞毒性治疗，例如，普拉曲沙罗米地辛和贝利司他与相对低的客观响应率(25-27％总体响应率，或ORR)和相对短期的响应(8.2-9.4个月)相关联。因而，治疗复发性/难治性PTCL仍然是显著未满足的医学需求。
多发性骨髓瘤(MM)是骨髓中浆细胞的癌症。通常，浆细胞产生抗体并在免疫功能中起到关键作用。然而，这些细胞的不受控生长引起骨骼疼痛和骨折、贫血、感染和其他并发症。多发性骨髓瘤是第二常见的血液恶性肿瘤，然而多发性骨髓瘤的确切病因仍然是未知的。多发性骨髓瘤产生血液、尿液和器官中的高水平蛋白质，包括但不限于M-蛋白和其他免疫球蛋白(抗体)、白蛋白和beta-2-微球蛋白。M-蛋白是单克隆蛋白的缩写，也称为副蛋白(paraprotein)，是一种由骨髓瘤浆细胞产生的特别异常的蛋白质，可以在患有多发性骨髓瘤的几乎所有患者的血液和尿液中发现。
骨骼的症状，包括骨骼疼痛，是多发性骨髓瘤的临床最显著的症状之一。恶性的浆细胞释放破骨细胞刺激因子(包括IL-1、IL-6和TNF)，它们导致钙从骨骼中溶浸引起溶解性病变；血钙过多是另一种症状。破骨细胞刺激因子，也称为细胞因子，可以防止骨髓瘤细胞的细胞凋亡或死亡。百分之五十的患者在诊断时具有可放射性检测的骨髓瘤相关的骨骼病变。多发性骨髓瘤的其他常见的临床症状包括多发性神经病、贫血、超高粘度、感染和肾机能不全。
已知骨髓基质细胞支持多发性骨髓瘤疾病进展和对化学治疗的抗性。破坏多发性骨髓瘤细胞与间质细胞之间的相互作用是多发性骨髓瘤化学治疗的另一个靶点。
骨髓增生异常综合症(MDS)是指各种组别的造血干细胞失调。MDS的特征可以在于具有受损的形态和成熟的细胞性骨髓(造血功能障碍)、无效的血细胞生成或造血作用，导致血细胞计数低或血细胞减少症，以及来自无效血细胞生产的发展到急性骨髓性白血病的高风险。参见he Merck Manual 953(17th ed.1999)and List et al.,1990,JClin.Oncol.8:1424。
作为一组具有显著发病率和死亡率的造血干细胞恶性肿瘤，MDS是高度异质的疾病，在患者中症状的严重度和疾病进展可能差异很大。当前评估风险分层和治疗选择的标准临床工具是修正的国际预后评分系统(International Prognostic Scoring System)或IPSS-R。基于细胞遗传学、骨髓中胚细胞(未分化的血细胞)的百分比、血红蛋白水平以及血小板和嗜中性细胞计数，IPSS-R将患者区分为五个风险组(极低、低、中间、高、非常高)。WHO还建议通过del(5q)异常来对MDS患者分层。
根据ACS，美国MDS的一年发生率大约13,000名患者，其大部分是60岁或以上的。在美国估计的发病率超过60,000名患者。大约75％的患者被分入极低、低和中间的IPSS-R风险类别，一起称为较低风险MDS。
起初的造血干细胞损伤可能来自病因例如但不限于细胞毒性化学治疗、辐射、病毒、化学暴露以及遗传倾向性。克隆突变体主导了骨髓，抑制健康干细胞。在MDS的早期阶段，血细胞减少症的主要原因是提高的程序性细胞死亡(细胞凋亡)。随着疾病进展和转变为白血病，基因突变很少发生，白血病细胞的增殖压倒了健康骨髓。疾病过程是不同的，某些病例表现为惰性疾病，而其他的表现为侵袭性的，伴有转变为急性形式白血病的非常短的临床过程。
国际血液学家群体，French-American-British(FAB)合作小组将MDS失调分类为五个亚组，将它们与AML区分。The Merck Manual 954(17th ed.1999)；Bennett J.M.,etal.,Ann.Intern.Med.1985October,103(4):620-5；and Besa E.C.,Med.Clin.NorthAm.1992May,76(3):599–617。在所有亚型中发现患者的骨髓细胞中基础的三系发育异常改变(trilineage dysplastic chang)。
特征在于骨髓中百分之五或更少的成髓细胞的难治性贫血有两个亚组：(1)难治性贫血(RA)和；(2)伴有环化的铁粒幼红细胞的RA(RARS)，形态上定义为15％的红细胞样细胞具有异常环化的铁粒幼红细胞，反映了线粒体中异常的铁积累。两组都有延长的临床过程以及发展到急性白血病的低发生率。Besa E.C.,Med.Clin.North Am.1992May,76(3):599–617。
具有大于百分之五成髓细胞的难治性贫血有两个亚组：(1)具有过量胚细胞的RA(RAEB)，定义为6–20％的成髓细胞，和(2)转化中的RAEB(RAEB-T)，具有21–30％的成髓细胞。成髓细胞的百分比越高，临床过程越短，疾病越接近急性髓性白血病。患者从早期转到更为晚期的阶段表面这些亚型仅仅是疾病的阶段而不是不同的疾病。具有三系发育异常、大于30％成髓细胞，进展到急性白血病的患有MDS的中年以上患者常常被认为具有不良的预后，因为他们对化学治疗的响应率低于新生的急性骨髓性白血病患者。MDS的第五种类型，最难以分类的类型，是CMML。这种亚型可以具有任何百分比的成髓细胞，但是表现为1000/dL或更高的单核细胞增多。它可能与脾肿大相关。这种亚型与骨髓增生性失调重叠，可能具有中间的临床过程。它不同于典型的CML，特征在于阴性的Ph染色体。
MDS主要是中年以上的人的疾病，中位发作在七十岁。这些患者的中位年龄为65岁，年龄范围从生命的第三个十年到80岁或更老。该综合征可以在任何年龄组发生，包括儿科群体。用烷化剂、有或者没有放疗的恶性肿瘤治疗中存活的患者高发生率发生MDS或次级急性白血病。约60-70％的患者没有明显暴露或MDS病因，被分类为原发性MDS患者。
MDS的治疗基于疾病的阶段以及主导疾病过程特定阶段的疾病机制。在具有不良预后或晚期MDS的患者中已经使用骨髓移植。Epstein and Slease,1985,Surg.Ann.17:125。治疗MDS的可选择的方法是使用造血生长因子或细胞因子来刺激接受者中的血细胞发育。Dexter,1987,J.Cell Sci.88:1；Moore,1991,Annu.Rev.Immunol.9:159；and BesaE.C.,Med.Clin.North Am.1992May,76(3):599–617。在美国专利No.7,189,740中描述了使用免疫调节化合物治疗MDS，通过引用将其全部合并在本文中。
治疗选择分为三类，包括支持性护理、低强度治疗和高强度治疗。支持性护理包括使用红血细胞和血小板输血，以及造血细胞因子如红细胞生成刺激剂或集落刺激因子来改善血液计数。低强度治疗包括低甲基化试剂，例如氮胞苷和地西他滨生物反应修饰物，例如来那度胺和免疫抑制治疗，例如，环孢霉素A或抗胸腺细胞球蛋白。高强度治疗包括化学治疗剂，例如，伊达比星、氮胞苷、氟达拉滨和托泊替康，以及造血干细胞移植，或HSCT。
国家综合癌症网络(National Comprehensive Cancer Network)或NCCN指南建议，低风险患者(IPSS-R组，非常低，低，中)接受支持治疗或低强度治疗，其主要治疗目标是血液学改善或HI。NCCN指南建议更高风险的患者(IPSS-R组，高，非常高)接受更为攻击性的高强度治疗。在某些情况下，高风险患者不能耐受化学治疗，可以选择较低强度的方案。尽管有当前可用的疗法，大部分MDS患者缺乏有效的疗法，NCCN指南建议将临床试验作为另外的治疗选择。MDS的治疗仍然是未满足的需求，需要开发新的疗法。
因而，在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的造血癌症的方法，或选择FTI治疗的造血癌症患者的方法，其中所述造血癌症患者是KIR2DS2的携带者或KIR2DS5的携带者，或是这两者；或其中
(i)来自所述造血癌症患者的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)来自所述造血癌症患者的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)来自所述造血癌症患者的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)来自所述造血癌症患者的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；
(v)来自所述造血癌症患者的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；
(vi)来自所述造血癌症患者的样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例高于KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的参考比例；或
(vii)来自所述造血癌症患者的样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例高于KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的参考比例；或(i)-(vii)的任何组合。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的造血癌症的方法，或选择FTI治疗的造血癌症患者的方法。血液癌症包括白血病，包括急性白血病(如急性淋巴细胞性白血病，急性髓细胞性白血病，急性骨髓性白血病以及成髓细胞、早幼粒细胞，骨髓单核细胞，单核细胞和红细胞白血病)，慢性白血病(如慢性髓细胞性(粒细胞性)白血病慢性粒性白血病、慢性myeloic白血病和慢性淋巴细胞性白血病)，慢性骨髓单核细胞白血病，青少年骨髓单核细胞白血病，真性红细胞增多症，NK细胞白血病，淋巴瘤，NK细胞淋巴瘤，霍奇金病，非霍奇金淋巴瘤(惰性和高级别形式)，多发性骨髓瘤，外周T细胞淋巴瘤，皮肤T细胞淋巴瘤，瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症，重链病，骨髓发育不良综合征，非致死性骨髓化生，家族性红细胞淋巴组织细胞增多症，毛细胞白血病和脊髓发育不良。
在某些实施方式中，本文提供的方法要治疗的造血癌症是AML、MDS、CMML、NK细胞淋巴瘤、NK细胞白血病、CTCL、PTCL、CML。在某些实施方式中，所述造血癌症是AML。在某些实施方式中，所述造血癌症是MDS。在某些实施方式中，所述MDS是较低风险MDS。在某些实施方式中，所述造血癌症是MCMML。所述CMML可以是低风险CMML，中间风险CMML，或高风险CMML。所述CMML可以是骨髓增生异常CMML或骨髓增殖性CMML。在某些实施方式中，所述CMML是NRAS/KRAS野生型CMML。在某些实施方式中，所述造血癌症是NK淋巴瘤。在某些实施方式中，所述造血癌症是NK白血病。在某些实施方式中，所述造血癌症是CTCL。在某些实施方式中，所述造血癌症是PTCL。在某些实施方式中，所述PTCL是难治性或复发的PTCL。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗患者的MDS的方法，或选择FTI治疗的MDS患者的方法，其中所述MDS患者是KIR2DS2、KIR2DS5或HLA-C2、或其任何组合的携带者；或其中
(i)来自所述MDS患者的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)来自所述MDS患者的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)来自所述MDS患者的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)来自所述MDS患者的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；
(v)来自所述MDS患者的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；
(vi)来自所述MDS患者的样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例高于KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的参考比例；或
(vii)来自所述MDS患者的样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例高于KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的参考比例；或其任何组合。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的较低风险MDS的方法，或选择FTI治疗的较低风险MDS患者的方法，其中所述较低风险MDS患者是KIR2DS2、KIR2DS5或HLA-C2、或其任何组合的携带者；或其中
(i)来自所述MDS患者的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)来自所述MDS患者的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)来自所述MDS患者的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)来自所述MDS患者的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；
(v)来自所述MDS患者的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；
(vi)来自所述较低风险MDS患者的样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例高于KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的参考比例；或
(vii)来自所述较低风险MDS患者的样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例高于KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的参考比例；或其任何组合。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗患者的AML的方法，或选择FTI治疗的AML患者的方法，其中所述AML患者是KIR2DS2、KIR2DS5或HLA-C2、或其任何组合的携带者；或其中
(i)来自所述AML患者的样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)来自所述AML患者的样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)来自所述AML患者的样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)来自所述AML患者的样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；
(v)来自所述AML患者的样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；
(vi)来自所述AML患者的样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例高于KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的参考比例；或
(vii)来自所述AML患者的样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例高于KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的参考比例；或其任何组合。
在某些实施方式中，所述AML患者处在缓解诱导之后。在某些实施方式中，所述AML患者处在移植之后。在某些实施方式中，所述AML患者超过60岁，否则或不适合症状缓解诱导。在某些实施方式中，所述AML患者超过65、70或75岁。在某些实施方式中，所述AML患者是标准化学治疗难治的。在某些实施方式中，所述AML患者是复发的患者。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗实体肿瘤的方法。实体肿瘤是组织的异常团块，其通常不含有囊肿或液体区域。实体肿瘤可以是良性的或恶性的。不同类型实体肿瘤按照形成它们的细胞类型来命名(例如，肉瘤、癌和淋巴瘤)。本发明的方法治疗的实体肿瘤实例可以是肉瘤和癌，包括纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨肉瘤和其他肉瘤，滑膜瘤，间皮瘤，尤因氏瘤，平滑肌肉瘤，横纹肌肉瘤，结肠癌，淋巴恶性肿瘤，胰腺癌，乳腺癌，肺癌，卵巢癌，前列腺癌，肝细胞癌，鳞状细胞癌，基底细胞癌，腺癌，汗腺癌，甲状腺髓样癌，乳头状甲状腺癌，嗜铬细胞瘤皮脂腺癌，乳头状癌，乳头状腺癌，髓样癌，支气管癌，肾细胞癌，肝细胞瘤，胆管癌，恶性合胞体瘤，Wilms瘤，子宫颈癌症，睾丸肿瘤，精原细胞瘤，膀胱癌，黑素瘤和CNS肿瘤(例如，胶质瘤(例如，脑干胶质瘤和混合性胶质瘤)、成胶质细胞瘤(也称为多形性胶质母细胞瘤)星形细胞瘤，CNS淋巴瘤，胚组织瘤，成神经管细胞瘤，许旺氏细胞瘤，颅咽管瘤，室管膜瘤，松果体瘤，成血管细胞瘤，听神经瘤，寡枝神经胶质细胞瘤，脑膜瘤，成神经细胞瘤，成视网膜细胞瘤和脑转移瘤)。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗实体肿瘤的方法，其中所述实体肿瘤是恶性黑色素瘤、肾上腺癌、乳腺癌、肾脏细胞癌、胰腺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)或未知原发的癌。通常向患有各种类型和阶段的实体肿瘤的患者施用的药物包括但不限于，西乐葆、依托泊苷、环磷酰胺、多西他赛、卡培他滨、IFN、他莫昔芬、IL-2、GM-CSF，或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的实体肿瘤可以是甲状腺癌、头颈癌、尿路上皮癌、唾液腺癌、上消化道的癌症、膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌、脑癌、胃癌、前列腺癌、肺癌、结肠癌、皮肤癌、肝癌和胰腺癌。在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的膀胱癌可以是转移细胞癌。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的实体肿瘤可以选自由癌瘤、黑素瘤、肉瘤或慢性肉芽肿病构成的组。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的前恶变状况可以是光化性唇炎，巴雷特氏食管，萎缩性胃炎，原位导管癌，先天性角化不全，侧索性吞咽困难，扁平苔藓，口腔粘膜下纤维化，太阳弹性组织增生症，宫颈发育不良，息肉，粘膜白斑病，粘膜红斑病，鳞状上皮内病变，前恶变失调或前恶变免疫增殖性失调。
3.6.示范性的FTI和剂量
在某些实施方式中，所述治疗对象的癌症的方法包括对所述对象进行KIR分型，和向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，或KIR2DS2和KIR2DS5两者的携带者。在某些实施方式中，所述对象还是HLA-C2的携带者。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的其他FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述治疗对象的癌症的方法包括测定来自所述对象的样品中生物标志物的表达水平，其中所述生物标志物选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组，以及向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼，其中
(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或
(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；或(i)-(v)的任何组合。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的其他FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
另外，所述治疗对象的癌症的方法包括测定来自所述对象的样品中KIR2DS2和KIR2DL2，或KIR2DS5和KIR2DL5的表达水平，和向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼，其中
(i)所述样品中2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例；或
(ii)所述样品中的2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例；或(i)和(ii)两者。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的其他FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述治疗对象的血液癌症的方法包括对所述对象进行KIR分型，和向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，或KIR2DS2和KIR2DS5两者的携带者。在某些实施方式中，所述对象还是HLA-C2的携带者。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的其他FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述治疗对象的血液癌症的方法包括测定来自所述对象的样品中生物标志物的表达水平，其中所述生物标志物选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组，以及向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼，其中
(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或
(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；或(i)-(v)的任何组合。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的其他FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述治疗对象的血液癌症的方法包括测定来自所述对象的样品中KIR2DS2和KIR2DL2，或KIR2DS5和KIR2DL5的表达水平，和向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼，其中
(i)所述样品中2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例；或
(ii)所述样品中的2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例；或(i)和(ii)两者。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的其他FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述治疗对象的较低风险MDS的方法包括对所述对象进行KIR分型，和向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，或KIR2DS2和KIR2DS5两者的携带者。在某些实施方式中，所述对象还是HLA-C2的携带者。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的其他FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述治疗对象的较低风险MDS的方法包括测定来自所述对象的样品中生物标志物的表达水平，其中所述生物标志物选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组，以及向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼，其中
(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或
(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；或(i)-(v)的任何组合。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的其他FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
此外，所述治疗对象的较低风险MDS的方法包括测定来自所述对象的样品中KIR2DS2和KIR2DL2，或KIR2DS5和KIR2DL5的表达水平，和向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼，其中
(i)所述样品中2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例；或
(ii)所述样品中的2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例；或(i)和(ii)两者。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的其他FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述FTI口服地、胃肠外地、直肠地或表面地施用。在某些实施方式中，所述FTI口服施用。
在某些实施方式中，替吡法尼口服地、胃肠外地、直肠地或表面地施用。在某些实施方式中，替吡法尼口服施用。
在某些实施方式中，所述FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI每天两次施用。在某些实施方式中，FTI以200-1200mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天两次的剂量施用。
在某些实施方式中，替吡法尼以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼每天两次施用。在某些实施方式中，替吡法尼以200-1200mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以600mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以900mg每天两次的剂量施用。
在某些实施方式中，在治疗周期中施用FTI。在某些实施方式中，所述FTI在交替的周中施用。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天施用。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。
在某些实施方式中，在治疗周期中施用替吡法尼。在某些实施方式中，替吡法尼在交替的周中施用。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天施用。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。
在某些实施方式中，施用所述FTI至少3个周期。在某些实施方式中，施用所述FTI至少6个周期。在某些实施方式中，施用所述FTI达到12个周期。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用持续至少三个周期。
在某些实施方式中，施用替吡法尼至少3个周期。在某些实施方式中，施用替吡法尼至少6个周期。在某些实施方式中，施用替吡法尼FTI达到12个周期。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用持续至少三个周期。
在某些实施方式中，所述治疗对象较低风险MDS的方法包括对所述对象进行KIR分型，和向所述对象施用替吡法尼，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，或KIR2DS2和KIR2DS5两者的携带者，以及其中所述替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。在某些实施方式中，所述对象还是HLA-C2的携带者。
在某些实施方式中，所述治疗对象的较低风险MDS的方法包括测定来自所述对象的样品中生物标志物的表达水平，其中所述生物标志物选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组，以及向所述对象施用替吡法尼，其中
(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；或
(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；或(i)-(v)的任何组合；以及其中替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。
此外，所述治疗对象的较低风险MDS的方法包括测定来自所述对象的样品中KIR2DS2和KIR2DL2，或KIR2DS5和KIR2DL5的表达水平，和向所述对象施用替吡法尼，其中
(i)所述样品中2DS2/2DL2比例高于参考2DS2/2DL2比例；或
(ii)所述样品中2DS5/2DL5比例高于参考2DS5/2DL5比例；或(i)和(ii)两者；以及其中替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。
3.7.试剂盒
在某些实施方式中，本文提供的是用于对对象进行KIR分型的试剂盒。在某些实施方式中，所述试剂盒包括特异性结合一种或更多种KIR基因的基因组DNA、cDNA或mRNA的一种或更多种探针。所述KIR基因可以包括KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIRDL5或其任何组合。在某些实施方式中，所述试剂盒可以进一步包括用于HLA分型的试剂。所述用于HLA分型的试剂可以是特异性结合一种或更多种HLA基因的基因组DNA、cDNA或mRNA的一种或更多种探针。所述HLA基因可以包括HLA-C1、HLA-C2，或这两者。
在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括洗涤溶液。在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包含用于基因组DNA分离的试剂或纯化手段、检测手段，以及阳性和阴性对照。在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括使用所述试剂盒的指导。在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括FTI或具有FTI的药物组合物。所述试剂盒可以被调整适应家庭使用、临床使用或研究使用。
在某些实施方式中，本文提供的是用于检测一种或更多种生物标志物的mRNA水平的试剂盒。所述一种或更多种生物标志物选自由可以包括KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIRDL5和GZMM构成的组在某些实施方式中，所述试剂盒包括特异性结合一种或更多种生物标志物的mRNA的一种或更多种探针。在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括洗涤溶液。在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括用于进行杂交分析的试剂、mRNA分离或纯化手段、检测手段，以及阳性和阴性对照。在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括使用所述试剂盒的指导。在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括FTI或具有FTI的药物组合物。所述试剂盒可以被调整适应家庭使用、临床使用或研究使用。
在某些实施方式中，本文提供的是用于检测一种或更多种生物标志物的蛋白质水平的试剂盒。所述一种或更多种生物标志物选自由可以包括KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIRDL5和GZMM构成的组在某些实施方式中，所述试剂盒包括包被有识别蛋白生物标志物的抗体的试纸条，洗涤溶液，用于进行分析的试剂，蛋白质分离或纯化手段，检测手段，以及阳性和阴性对照。在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括使用所述试剂盒的说明书。在某些实施方式中，所述试剂盒进一步包括FTI或具有FTI的药物组合物。所述试剂盒可以被调整适应家庭使用、临床使用或研究使用。
本文提供的试剂盒可以采用，例如，试纸条、膜、芯片、盘、测试条、过滤器、微球体、玻片、多孔板或光纤的形式。试剂盒的固相支持物可以是例如，塑料、硅、金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀物、凝胶、聚合物、片层、球体、多糖、毛细管、薄膜、平板或玻片。所述样品可以是例如血液样品、骨髓样品、细胞培养物、细胞系组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物液体、尿液样品、或皮肤样品。所述生物样品可以是，例如，淋巴结活检物、骨髓活检物、或外周血肿瘤细胞的样品。
在某些实施方式中，本文提供的试剂盒包括用于进行RT-PCR、qPCR、深度测序、NGS或微阵列的一种或更多种容器和成分。在某些实施方式中，本文提供的试剂盒采用通过流式细胞计或免疫荧光来检测生物标志物表达的手段。在其他实施方式中，生物标志物的表达通过基于ELISA的方法或本领域已知的其他类似方法来测量。
在某些实施方式中，本文提供的试剂盒包括用于分离蛋白质的成分。在另一个具体的实施方式中，所述药物或分析试剂盒包括，处于容器中的，FTI或具有FTI的药物组合物，并进一步包括，在一个或更多个容器的，用于进行流式细胞计或ELISA的成分。
在某些实施方式中，本文提供的是用于测量生物标志物的试剂盒，提供了测量本文提供的生物标志物的某些基因的存在、所述基因或基因的子集(例如，一个、两个、三个、四个、五个或更多个基因)的一种或更多种基因产物的丰度所必需的材料。这样的试剂盒可以包括测量DNA、RNA或蛋白质所需的材料和试剂。在某些实施方式中，这样的试剂盒包括微阵列，其中所述微阵列包含寡核苷酸和/或DNA和/或RNA片段，它们与本文提供的生物标志物的一个或更多个基因或基因子集的一种或更多种DNA或mRNA转录产物、或其任何组合杂交。在某些实施方式中，这样的试剂盒可以包括用于对基因或基因子集的DNA、RNA产物、或RNA产物的cDNA拷贝进行PCR的引物。在某些实施方式中，这样的试剂盒可以包括PCR的引物以及定量PCR的探针。在某些实施方式中，这样的试剂盒可以包括多个引物和多个探针，其中某些探针具有不同的荧光团，以允许多重扩增基因产物的多个产物或多个基因产物。在某些实施方式中，这样的试剂盒可以进一步包括用于从分离自样品的RNA合成cDNA的材料和试剂。在某些实施方式中，这样的试剂盒可以包括特异于本文提供的生物标志物的基因或基因子集的蛋白质产物的抗体。这样的试剂盒可以另外包括用于从生物样品分离RNA和/或蛋白质的材料和试剂。在某些实施方式中，这样的试剂盒可以包括嵌入在计算机可读介质上的计算机程序产品，用于预测患者在临床上是否对FTI敏感。在某些实施方式中，所述试剂盒可以包括嵌入在计算机可读介质上的计算机程序产品以及说明书。
在某些实施方式中，试剂盒用于测量本文提供的生物标志物的基因或基因子集的一种或更多种核酸序列的表达。在具体的实施方式中，这样的试剂盒测量与本文提供的生物标志物的基因或基因子集相关的一种或更多种核酸序列的表达。根据这一实施方式，所述试剂盒可以包含材料和试剂，它们对于测量本文提供的生物标志物的基因或基因子集的特定核酸序列产物的表达是必需的。例如，微阵列或RT-PCR试剂盒可以为具体情况产生，并仅含有测量本文提供的生物标志物的基因或基因子集的特定RNA转录产物水平所必需的试剂和材料，以预测患者的血液癌症在临床上是否对化合物敏感。做为选择，在某些实施方式中，所述试剂盒可以包含材料和试剂，它们不限于为测量本文提供的生物标志物的任何特定基因的特定核酸序列表达所需的那些。例如，在某些实施方式中，所述试剂盒包含为测量本文提供的1、2、3、4或5个生物标志物的表达水平所必需的材料和试剂，以及为测量本文提供的生物标志物的基因之外至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少15个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个、至少45个、至少50个或更多个基因所必需的试剂和材料。在其他实施方式中，所述试剂盒含有为测量本文提供的生物标志物的至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个或更多个基因，以及非本文提供的生物标志物的基因的1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225、250、300、350、400、450或更多个基因，或非本文提供的生物标志物的基因的1-10、1-100、1-150、1-200、1-300、1-400、1-500、1-1000、25-100、25-200、25-300、25-400、25-500、25-1000、100-150、100-200、100-300、100-400、100-500、100-1000或500-1000个基因的表达水平所必需的试剂和材料。
对于核酸微阵列试剂盒，所述试剂盒一般包括附着于固相支持物表面的探针。在一个这样的实施方式中，探针可以是寡核苷酸或长度更长的探针，包括长度150个核苷酸到800个核苷酸的探针。所述探针可以附着可检测标记。在具体的实施方式中，所述探针特异于本文提供的生物标志物的一个或更多个基因产物。微阵列试剂盒可以包括进行所述分析和方法的说明书，用于解释和分析来自分析的进行的数据。在具体的实施方式中，所述试剂盒包括说明书，用于预测患者的血液癌症在临床上是否对FTI敏感。所述试剂盒还可以包含杂交试剂和/或检测探针与目标核酸序列杂交时产生的信号所必需的试剂。一般地，微阵列试剂盒的材料和试剂处在一个或多个容器中。试剂盒的每种成分一般处于它自己的适合的容器中。
在某些实施方式中，核酸微阵列试剂盒包括为测量本文提供的生物标志物的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或更多个鉴定基因或其组合的表达水平所必需的材料和试剂，以及为测量本文提供的生物标志物的基因之外至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少15个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个、至少45个、至少50个或更多个基因的表达水平所必需的试剂和材料。在其他实施方式中，核酸微阵列试剂盒含有为测量本文提供的生物标志物的至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少15个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个、至少45个、至少50个或更多个基因或其任何组合，和不是本文提供的生物标志物的1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225、250、300、350、400、450或更多个基因，或不是本文提供的生物标志物的1-10、1-100、1-150、1-200、1-300、1-400、1-500、1-1000、25-100、25-200、25-300、25-400、25-500、25-1000、100-150、100-200、100-300、100-400、100-500、100-1000或500-1000个基因的表达水平所必需的试剂和材料。
对于定量PCR，所述试剂盒可以包括特异于特定核酸序列的预先选择的引物。定量PCR试剂盒还可以包括适合于扩增核酸的酶(例如，聚合酶，如Taq)，以及用于扩增的反应混合物所需的脱氧核苷酸和缓冲液。定量PCR试剂盒还可以包括特异于核酸序列的探针，所述核酸序列与状况相关或是状况的指示。所述探针可以用荧光团标记。所述探针还可以用淬灭剂分子标记。在某些实施方式中，定量PCR试剂盒还可以包括适合于逆转录RNA的成分，包括酶(例如，逆转录酶，如AMV、MMLV等)和用于逆转录的引物，以及逆转录反应所需的脱氧核苷酸和缓冲液。定量PCR试剂盒的每种成分一般处于它自己的适合的容器中。因而，这些试剂盒一般包括适合于每种单独的试剂、酶、引物和探针的不同的容器。进一步的，所述定量PCR试剂盒可以包括进行所述分析和方法的说明书，用于解释和分析来自分析的进行的数据。在具体的实施方式中，所述试剂盒含有说明书，用于预测患者的血液癌症在临床上是否对化合物敏感。
对于基于抗体的试剂盒，试剂盒可以包括，例如：(1)结合感兴趣的多肽或蛋白质的第一抗体(其可以或可以不附着于支持物)；以及，任选地，(2)结合所述多肽或蛋白质或所述第一抗体的第二种不同的抗体，并且其连接到可检测标记物(例如，荧光标记物、放射性同位素或酶)。第一抗体可以附着到固相支持物。在具体的实施方式中，所述目标多肽或蛋白质是本文提供的生物标志物。基于抗体的试剂盒还可以包含用于进行免疫沉淀的珠子。基于抗体的试剂盒的每种成分一般处于它自己的适合的容器中。因而，这些试剂盒一般包括适合于每种抗体的不同的容器。进一步的，基于抗体的试剂盒可以包括进行所述分析和方法的说明书，用于解释和分析来自分析的进行的数据。在具体的实施方式中，所述试剂盒含有说明书，用于预测患者的血液癌症在临床上是否对FTI敏感。
在某些实施方式中，本文提供的试剂盒包括本文提供的FTI，或具有FTI的药学组合物。试剂盒可以进一步包括其他活性试剂，包括但不限于本文公开的那些，例如，DNA低甲基化试剂、特异性结合癌症抗原的治疗性抗体、造血生长因子、细胞因子、抗癌试剂、抗生素、Cox-2抑制剂、免疫调节试剂、抗胸腺细胞球蛋白、免疫抑制试剂、或皮质类固醇。
本文提供的试剂盒可以进一步包括用于施用所述FTI或其他活性成分的设备。这样的设备的实例包括但不限于注射器、滴注袋、贴片和吸入器。
试剂盒可以进一步包括用于移植的细胞或血液，以及可用于施用一种或更多种活性成分的药学上可接受的运载体。例如，如果以必需重构用于胃肠外施用的固体形式提供活性成分，所述试剂盒可以包括适合的运载体的密封容器，所述活性成分可以在其中溶解以形成适合于胃肠外施用的无颗粒的无菌溶液。药学上可接受的运载体的实例包括但不限于：USP注射用水；水性运载体，例如但不限于，氯化钠注射液、Ringer’s注射液、葡萄糖注射液、葡萄糖和氯化钠注射液、乳酸化Ringer’s注射液；水可混溶的运载体，例如但不限于，乙醇、聚乙二醇和聚丙烯乙二醇；以及非水性运载体，例如但不限于，玉米油、棉籽油、花生油、芝麻油、油酸乙酯、豆蔻酸异丙酯和苯甲酸苄酯。
在本文提供的方法和试剂盒的某些实施方式中，固相支持物被用于纯化蛋白质，标记样品，或进行固相分析。适合于进行本文公开的方法的固相的实例包括珠子、颗粒、胶体、单界面、试管、多孔平板、微量滴定板、玻片、膜、凝胶和电极。当所述固相是颗粒材料(例如珠子)时，在一个实施方式中，它分布在多孔平板的孔中以允许并行处理所述固相支持物。
本公开的试剂盒可以包括辅助试剂。在某些实施方式中，所述辅助试剂可以是二级抗体、检测试剂、检测缓冲液、固定缓冲液、稀释缓冲液、洗涤缓冲液，或其任何组合。
二级抗体可以是单克隆抗体或多克隆抗体。二级抗体可以来源于任何哺乳动物，包括牛、小鼠、大鼠、仓鼠、山羊、骆驼、鸡、兔和其他。二级抗体可以包括，例如，抗人IgA抗体、抗人IgD抗体、抗人IgE抗体、抗人IgG抗体、或抗人IgM抗体。二级抗体可以结合到酶(例如，辣根过氧化酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、荧光素酶，等)或染料(例如，比色染料、荧光染料、荧光共振能量传递(FRET)染料)、时间分辨(TR)-FRET染料，等)。在某些实施方式中，所述二级抗体是多克隆兔抗人IgG抗体，其是结合了HRP的。
本领域已知的任何检测试剂可以被包括在本公开内容的试剂盒中。在某些实施方式中，所述检测试剂是比色检测试剂、荧光检测试剂、或化学发光检测试剂。在某些实施方式中，所述比色检测试剂包括PNPP(p-硝基苯基磷酸盐)、ABTS(2,2'-连氮基-双(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸))或OPD(o-间苯二胺)。在某些实施方式中，所述荧光检测试剂包括QuantaBluTM或QuantaRedTM(Thermo Scientific,Waltham,MA)。在某些实施方式中，所述发光检测试剂包括鲁米诺或萤光素。在某些实施方式中，所述检测试剂包括触发物(例如，H2O2)和追踪物(例如，异鲁米诺-轭合物)。
本领域已知的任何检测缓冲液可以被包括在本公开内容的试剂盒中。在某些实施方式中，所述检测缓冲液是柠檬酸盐-磷酸盐缓冲液(例如，约pH 4.2)。
本领域已知的任何停止溶液可以被包括在本公开内容的试剂盒中。本公开内容的停止溶液终止或延迟所述检测试剂和相应的分析信号的进一步发生。停止溶液可以包括，例如，低pH值缓冲液(例如，甘氨酸-缓冲液，pH 2.0)、离液试剂(例如，氯化胍，十二烷基硫酸钠(SDS))或还原剂(例如，二硫苏糖醇，巯基乙醇)，等。
在某些实施方式中，所述辅助试剂是固定试剂，其可以是本领域已知的任何固定试剂，包括共价和非共价的固定试剂。共价固定试剂可以包括任何化学或生物学试剂，其可以用于将肽或核酸共价固定在表面上。共价固定试剂可以包括，例如，羧基-胺反应基团(例如，碳二亚胺，如EDC或DCC)、胺反应基团(例如，N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)酯、亚氨酸酯)、巯基反应性交联剂(例如，马来酰亚胺、乙酰基卤、吡啶基二硫化物)、羰基反应性交联剂基团(例如，酰肼、烷氧基胺)、光反应性交联剂(例如，芳基叠氮化物、二氮化合物)、或化学选择连接基团(例如，Staudinger反应对)。非共价固定试剂包括可以用于将肽或核酸非共价固定在表面上的任何化学或生物学试剂，例如，亲和标签(例如，生物素)或捕获试剂(例如，链霉抗生物素蛋白或抗标签抗体，例如，抗-His6或抗-Myc抗体)。
本公开的试剂盒可以包括固定试剂的组合。这样的组合包括，例如，EDC和NHS，其可以用于例如将本公开内容的蛋白质固定在表面，如羧化葡聚糖基质上(例如，BIAcoreTMCM5芯片或基于葡聚糖的珠子上)。固定试剂的组合可以保存为预混的试剂组合，或组合中的一种或更多种固定试剂与其他固定试剂分开保存。
本领域已知大量洗涤缓冲液，例如基于三(羟甲基)氨基甲烷(Tris)的缓冲液(例如，Tris缓冲盐水，TBS)或磷酸盐缓冲液(例如，磷酸盐缓冲盐水，PBS)。洗涤缓冲液可以包括洗涤剂，例如，离子的或非离子型洗涤剂。在某些实施方式中，洗涤缓冲液是包括(例如，约0.05％)的PBS缓冲液(例如，约pH 7.4)。
本领域已知的任何稀释缓冲液可以被包括在本公开内容的试剂盒中。稀释缓冲液可以包括载体蛋白(例如，牛血清白蛋白、BSA)和洗涤剂(例如，)。在某些实施方式中，稀释缓冲液是包括BSA(例如，约1％BSA)和(例如，约0.05％)的PBS(例如，约pH 7.4)。
在某些实施方式中，本公开内容的试剂盒包括用于自动化分析系统的清洗试剂。自动化分析系统可以包括任何厂家的系统。在某些实施方式中，所述自动化分析系统包括，例如，BIO-FLASHTM、BEST 2000TM、DS2TM、ELx50WASHER、ELx800WASHER和ELx800READER。清洗试剂可以包括本领域已知的任何清洗试剂。
注意的是，上文列出的实施方式的任何组合，例如，对于一种或更多种试剂，例如，无限制地，核酸引物、固相支持物等，相对于本文提供的任何各种方法和/或试剂盒也是期待的。
4.野生型K-Ras和N-Ras作为FTI治疗的生物标志物
本文提供的是选择用FTI治疗的癌症患者的方法，其部分地基于以下发现，Ras中的突变状态与FTI的临床效益相关，可以用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性。因而，本文提供的是根据来自患者的样品中Ras的突变状态，预测癌症患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的癌症患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的癌症的方法。
4.1.Ras突变状态
在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras、N-Ras、或这两者的突变状态治疗对象的癌症的方法。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中Ras突变的存在或缺乏，其中所述Ras突变包括K-Ras突变或N-Ras突变，以及随后(b)如果所述样品被确定缺乏K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中K-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定缺乏K-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中N-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定缺乏N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型N-Ras。
在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KA-Ras突变。在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KB-Ras突变。在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KA-Ras突变和KB-Ras突变的组合。所述K-Ras突变可以包括在选自KA-Ras、KB-Ras或两者的G12、G13和Q61构成的组的密码子处的突变。在某些实施方式中，所述KA-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61K、Q61H、Q61L、Q61P、Q61R和A146V构成的组的突变。在某些实施方式中，所述KB-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61K、Q61H、Q61L、Q61P、Q61R和A146V构成的组的突变。
在某些实施方式中，所述Ras突变是N-Ras突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括在选自由G12、G13、G15、G60和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括在选自由G12、G13和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12F、G12S、G12A、G12V、G12R、G13C、G13R、G13A、G13D、G13V、G15W、G60E、Q61P、Q61L、Q61R、Q61K、Q61H和Q61E构成的组的至少一个突变。
在某些实施方式中，所述样品被确定不具有K-Ras的G12、G13和Q61处的氨基酸取代，并且还不具有N-Ras的G12、G13和Q61处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述样品被确定不具有任何K-Ras突变或任何N-Ras突变。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，所述H-Ras突变是在选自由G12、G13和Q61构成的组的密码子处的突变。在某些实施方式中，所述H-Ras突变可以是选自由氨基酸取代G12R、G12V、G13C、G13R、Q61L和Q61R构成的组的突变。
在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras和N-Ras的突变状态治疗对象的癌症的方法，其包括(a)确定来自所述对象的样品中K-Ras突变和N-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品不具有任何K-Ras突变或任何N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述方法包括如果所述样品具有野生型K-Ras和野生型N-Ras，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述方法进一步包括确定H-Ras的突变状态，和随后如果所述对象的样品不具有任何K-Ras突变或任何N-Ras突变，但具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。
本文提供的是根据来自患者的样品中Ras的突变状态，预测癌症患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的癌症患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的癌症的方法。在某些实施方式中，所述方法包括在开始治疗之前确定来自所述对象的样品中Ras突变的存在或缺乏。不具有K-Ras突变或N-Ras突变的肿瘤或癌症表明患者将可能响应FTI治疗。在某些实施方式中，根据缺乏K-Ras突变或N-Ras突变来选择患者进行FTI治疗。在某些实施方式中，根据缺乏K-Ras突变和N-Ras突变来选择患者进行FTI治疗。在某些实施方式中，根据存在H-Ras突变来进一步选择患者。Ras的突变状态可以在核酸或蛋白质水平检测。在某些实施方式中，通过分析获自所述样品的核酸来确定Ras突变状态。在某些实施方式中，通过分析获自所述样品的蛋白质来确定Ras突变状态。
可以用于本文提供的方法的技术包括原位杂交(Stoler,Clin.Lab.Med.12:215-36(1990))、利用放射性同位素或荧光团标记的探针；聚合酶链式反应(PCR)；定量Southern印迹、斑点印迹和其他测定单个基因的技术。在某些实施方式中，选择用于基因扩增评估的探针或引物是高度特异的，以避免检测紧密相关的同源基因。做为选择，可以使用能识别特定双链体的抗体，所述双链体包括DNA双链体、RNA双链体，和DNA-RNA杂交双链体或DNA-蛋白质双链体。所述抗体随后可以标记，当双链体结合到表面上时可以进行分析，从而在表面上形成双链体时，可以检测与双链体结合的抗体的存在。
在某些实施方式中，通过分析获自所述样品的核酸来确定Ras突变状态。所述核酸可以是来自测试对象的mRNA或基因组DNA分子。通过分析核酸来测定Ras突变状态的方法是本领域公知的。在某些实施方式中，所述方法包括测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片断长度多态性(RFLP)分析。在某些实施方式中，使用标准测序方法确定RNA突变状态，包括，例如，Sanger测序、下一代测序(NGS)。在某些实施方式中，所述Ras突变状态使用MS来确定。
在某些实施方式中，所述方法包括通过PCR扩增来自样品的Ras核酸来确定Ras突变的存在或缺乏。例如，PCR技术和可以使用的引物对是本领域技术人员公知的。(例如Chang et al.,Clinical Biochemistry,43(2010),296-301；WO2015144184)。例如，使用两对外显子2和3的通用引物，多重PCR可以用于扩增N-Ras、H-Ras或K-Ras基因的外显子2的密码子12和13以及外显子3的密码子61。例如，可以使用以下引物：
SEQ ID NO 外显子 引物序列
21 2 5'-CYKRBKDRMRATGACKGARTAYAARCTKGTGGT-3'
22 2 5'-ACCTCTATDGTKGGRTCRTATTC-3'
23 3 5'-CAGGATTCYTACMGRAARCARGT-3'
24 4 5'-TTKATGGCAAAYACACAVAGRAAGC-3'
如本文使用的，根据IUPAC符号表示法使用字母，例如，“Y”表示嘧啶，“K”表示酮，例如G或C，“R”表示嘌呤，“B”C、G或T，“D”表示A、G、或T，“M”表示A、C，“V”表示A、C或G。
在多重PCR扩增之后，使用PCR-MTM Clean Up System(Viogenebiotek Co.,Sunnyvale,CA,USA)，产物可以进行纯化来除去引物和未掺入的脱氧核苷酸三磷酸。纯化的DNA然后可以在0.5×TBE中的1％琼脂糖凝胶上半定量，通过用溴化乙锭染色来显现。产物然后可以使用Chang et al.,Clinical Biochemistry 43(2010),296-301中公开的引物进行引物延伸分析，例如，以下的：
可以在含有1.5μl纯化的PCR产物、以及4μl的ABIPRISM SNaPshot Multiplex试剂盒(Applied Biosystems,Foster City,CA)中采用针对密码子12、13或61的各种浓度的探针(例如，0.03-0.6μΜ)，所述试剂盒含有DNA聚合酶和荧光标记的双脱氧核酸三磷酸(ddNTPs)(RGG标记的双脱氧核苷三磷酸、TAMRA标记的双脱氧核苷三磷酸、ROX标记的双脱氧核苷三磷酸和R110标记的双脱氧核苷三磷酸)。每10μl化合物然后可以进行25次单碱基延伸循环，由96℃10秒的变性步骤，和55℃35秒的退火和延伸组成。在循环延伸之后，未掺入的荧光ddNTPs然后可以与1μl的虾碱性磷酸酶(United States BiochemicalCo.,Cleveland,USA)在37℃孵育1小时，随后在75℃酶钝化15分钟。然后可以在毛细管电泳平台上通过自动化毛细管电泳分辨引物延伸反应产物，例如，14μl的Hi-DiTM甲酰胺(Applied Biosystems)和0.28μl的GeneScanTM-Size标准物(AppliedBiosystems)添加到6μι的引物延伸产物中。然后，例如，所有样品可以根据厂家的说明书使用GeneScanTM3.1(Applied Biosystems)在ABI Prism 310DNA Genetic Analyzer(AppliedBiosystems)上分析。
本文提供的是选择可能受益于FIT治疗的癌症患者的方法，包括通过从患者的肿瘤样品扩增Ras核酸并对扩增的核酸测序确定Ras突变的存在或缺乏。相应地，Ras核酸可以使用上文公开的引物扩增并测序。例如，可以通过上文公开的PCR扩增K-Ras、N-Ras和H-Ras核酸，随后使用用于测序的例如TOPO TA Cloning Kit(Invitrogen)进行亚克隆。
在上述发明方法中，RAS核酸可以通过本领域的技术人员已知的任何方法从患者的肿瘤样品中获得。例如，任何商业试剂盒可以用于从肿瘤样品分离基因组DNA或mRNA，例如，Qlamp DNA mini试剂盒或RNeasy mini试剂盒(Qiagen,Hilden,Germany)。例如，如果从患者的肿瘤样品分离mRNA，可以根据本领域已知的任何技术，在本文公开的方法之前进行cDNA合成。
例如，要从肿瘤分离的核酸可以是例如基因组DNA、总RNA、mRNA或聚(A)+mRNA之一。例如，如果从患者的肿瘤样品分离了mRNA，该mRNA(总mRNA或聚(A)+mRNA)可以根据先有技术充分确立的技术用于cDNA合成，例如，在商业cDNA合成试剂盒中提供的那些，如III First Strand合成试剂盒。然后可以通过例如PCR的方式进一步扩增cDNA，随后通过例如Sanger测序或热测序进行测序，来确定RAS基因，例如H-RAS、N-RAS或KRAS的密码子12和13的核苷酸序列。做为选择，例如，PCR产物还可以亚克隆到TA TOPO克隆载体中用于测序。用于确定Ras突变的不存在或存在的测序之外的其他技术可以用于本文提供的方法，例如，单核苷酸引物延伸(SNPE)(PLoS One.2013Aug 21；8(8):e72239)；DNA微阵列，质谱(MS)(例如，基质辅助的激光脱附/电离飞行时间(MALDI-TOF)质谱)，单核苷酸多态性(SNP)，变性高性能液相色谱(DHPLC)，或限制性片断长度多态性(RFLP)分析。
例如，单核苷酸多态性(SNP)分析可以用于测定样品中的Ras突变状态。SNP分析可以在Applied Biosystems的HT7900上进行，遵循厂家提供的等位基因分辨分析方案。Ras突变状态还可以通过DHPLC或RFLP，或本领域已知的任何其他方法来确定。Bowen et al.,Blood,106:2113-2119(2005)；Bowen et al.,Blood,101:2770-2774(2003)；Nishikawa etal.,Clin Chim Acta.,318:107-112(2002)；Lin SY et al.,Am J Clin Pathol.100:686-689(1993)；O’Leary JJ et al.,J Clin Pathol.51:576-582(1998)。
在某些实施方式中，通过分析获自所述样品的蛋白质来确定Ras突变状态。突变Ras蛋白可以通过多种免疫组织化学(IHC)方法或本领域已知的其他免疫分析方法来检测。组织切片的IHC染色已经被证明是评估或检测样品中蛋白存在的可靠方法。免疫组织化学技术利用抗体来在原位探测和显现细胞的抗原，一般通过生色的或荧光的方法。因而，特异性靶向突变的K-Ras或N-Ras的抗体或抗血清，优选的多克隆抗血清，最优选的单克隆抗体可以用于检测表达。如下文更详细讨论的，通过直接标记抗体自身，例如，使用放射性标签、荧光标签、半抗原标签如生物素、或酶例如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶，可以检测抗体。做为选择，使用未标记的初级抗体连接标记的二级抗体，包括特异于所述初级抗体的抗血清、多克隆抗血清或单克隆抗体。免疫组织化学方案和试剂盒是本领域公知的，并且是商业上可获得的。玻片制备和IHC处理的自动化系统是商业上可获得的。BenchMarkXT系统是这种自动化系统的一个实例。
标准的免疫学和免疫分析过程可以在Basic and Clinical Immunology(Stites&Terr eds.,7th ed.1991)中找到。此外，免疫分析以几种架构的任一种来进行，它们在Enzyme Immunoassay(Maggio,ed.,1980)；和上文的Harlow&Lane中广泛地综述。一般免疫分析的综述，还参见Methods in Cell Biology:Antibodies in Cell Biology,volume 37(Asai,ed.1993)；Basic and Clinical Immunology(Stites&Ten,eds.,7th ed.1991)。
检测K-Ras突变或N-Ras突变的分析包括非竞争性分析，例如，夹心分析，和竞争性分析。一般地，可以使用例如ELISA分析的分析。ELISA分析是本领域已知的，例如，用于分析各种组织和样品，包括血液、血浆、血清或骨髓。
利用这种分析形式的大量免疫分析技术是可获得的，参见例如，美国专利No.4,016,043、4,424,279和4,018,653，通过完全引用将它们合并在本文中。这些包括非竞争型的、以及传统的竞争性结合分析中的单位点和双位点或“夹心”分析。这些分析还包括标记的抗体直接结合目标突变Ras蛋白。夹心分析是常用的分析。夹心分析技术有许多变体。例如，在典型的正向分析中，未标记的抗体被固定在固体基底上，使要测试的样品与该结合的分子接触。在适合的孵育期，持续足以容许抗体-抗原复合物形成的时间之后，用能产生可检测信号的报告分子标记的、特异于抗原的第二抗体被添加并孵育，时间足够容许形成抗体-抗原-标记抗体的另一种复合物。洗去任何未反应的材料，通过观察报告分子产生的信号确认抗原的存在。通过简单观察可见信号，结果可以是定性的，或通过与对照样品比较，结果可以被定量。
正向分析的变体包括平行分析(simultaneous assay)，其中样品和标记抗体同时地添加到所述结合的抗体中。这些技术是本领域技术人员公知的，包括任何微小的变化，这些将是显而易见的。在典型的正向夹心分析中，具有对突变ras蛋白质的特异性的第一抗体与固体表面共价地或被动地结合。所述固体表面可以是玻璃或聚合物，最常用的聚合物是纤维素、聚丙烯酰胺、尼龙、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。固相支持物的形式可以是试管、珠子、微量培养板的圆盘、或适合于进行免疫分析的任何其他表面。结合过程是本领域公知的，一般由共价交联结合或物理吸附组成，在制备测试样品时洗涤聚合物-抗体复合物。然后将要测试的样品的等分量加入固相复合物中，在适合的条件(例如，室温到40℃，例如25℃到32℃之间，包含端值)下孵育一定时间(例如，2-40分钟，或如果更方便，过夜)足以容许抗体中存在的任何亚基的结合。在孵育期之后，抗体亚基固相进行洗涤并干燥，与特异于突变Ras蛋白质的一部分的第二抗体孵育。第二抗体连接到报告分子，报告分子用于指示第二抗体与突变Ras蛋白质的结合。
在某些实施方式中，利用特异性靶向突变K-Ras或N-Ras的抗体，流式细胞计(FACS)可以用于检测突变的K-Ras或N-Ras。流式细胞计检测并报告荧光标记的抗体的强度，其指明了突变K-Ras或N-Ras的存在。通过将通透化的细胞染色，也可以观察非荧光的细胞质蛋白。染色剂可以是能够与某些分子结合的荧光化合物，或是结合所选分子的荧光团标记的抗体。
可选择的方法涉及固定样品中的目标Ras蛋白，然后使固定的目标暴露于突变体特异性抗体，特异性抗体可以或可以不用报告分子标记。取决于目标的数量和报告分子信号的强度，通过用抗体直接标记，可以检测被结合的目标。做为选择，使特异于第一抗体的第二标记抗体暴露于目标-第一抗体复合物，来形成目标-第一抗体-第二抗体的三级复合物。该复合物通过标记的报告分子发射的信号来检测。
对于酶免疫分析来说，将酶结合到第二抗体，一般通过戊二醛或高碘酸的方式。然而容易认识到的是，存在各种不同的结合技术，它们是熟练的技术人员容易获得的。常用的酶包括辣根过氧化酶、葡萄糖氧化酶、beta-半乳糖苷酶和碱性磷酸酶，以及本文讨论的其他酶。与这些具体的酶一同使用的底物一般根据在被相应的酶水解时产生可检测的颜色改变来选择。适合的酶的实例包括碱性磷酸酶和过氧化物酶。还可能的是采用荧光底物，其产生荧光产物而不是上文提及的生色底物。在所有情况中，将酶标记的抗体添加到第一抗体-分子标志物复合物，容许结合，然后洗去过量的试剂。然后将含有合适底物的溶液添加到抗体-抗原-抗体的复合物中。所述底物将与连接到第二抗体的酶反应，产生定性的可见信号，其可以被进一步定量，通常是光谱光度地定量，来得到样品中存在的突变Ras蛋白的数量的指示。作为选择，荧光化合物例如荧光素和罗丹明，可以化学偶联到抗体而不改变它们的结合能力。在通过特定波长的光线照射被活化时，荧光团标记的抗体吸收光能，诱导分子中的可激发状态，随后在可被光学显微镜可视检测的特征颜色上发射光线。在EIA中，容许荧光标记的抗体与第一抗体-分子标志物复合物结合。在洗去未结合的试剂之后，剩余的三级复合物然后暴露于合适波长的光下，观察到的荧光表明存在目标分子标志物。免疫荧光和EIA技术都是本领域中充分确立的，并在本文中论述。
在某些实施方式中，确定Ras突变状态作为FTI治疗的伴随诊断来进行。所述伴随诊断可以在治疗对象的临床位置进行。所述伴随诊断还可以在远离治疗对象的临床位置的位置进行。
本领域的普通技术人员将理解，基于来自所述患者的样品中Ras的突变状态，本文提供的方法用于预测癌症患者对FTI患者的响应性，FTI治疗的癌症患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的癌症的方法。用于测定Ras的突变状态的本文描述的或本领域已知的任何方法可以应用于所述方法中。
4.2.样品
在某些实施方式中，本文提供的方法包括从所述对象获得样品。本文提供的方法中使用的样品包括来自对象的体液。体液的非限制性实例包括血液(例如，外周全血、外周血)、血浆、骨髓、羊水、房水、胆汁、淋巴、月经、血清、尿液、围绕脑部和脊髓的脑脊液、围绕骨关节的滑液。
在一个实施方式中，所述样品是骨髓样品。获得骨髓样品的过程是本领域公知的，包括但不限于骨髓穿刺活组织检查和骨髓抽吸。骨髓具有液体部分和更为固体的部分。在骨髓穿刺活组织检查中，采集固体部分的样品。在骨髓抽吸术中，采集液体部分的样品。骨髓穿刺活组织检查和骨髓抽吸术可以同时进行，称为骨髓检查。
在某些实施方式中，所述样品是血液样品。血液样品可以使用如Innis et al,editors,PCR Protocols(Academic Press,1990)中描述的常规技术获得。白细胞可以使用常规技术或商业上可获得的试剂盒，例如RosetteSep试剂盒(Stein Cell Technologies,Vancouver,Canada)从血液样品中分离。白细胞的亚群，例如，单核细胞、NK细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞或淋巴细胞，可以使用常规技术进一步分离，例如磁活化的细胞分选(MACS)(Miltenyi Biotec,Auburn,California)或荧光活化的细胞分选(FACS)(BectonDickinson,San Jose,California)。
在一个实施方式中，所述血液样品是约0.1mL到约10.0mL，约0.2mL到约7mL，约0.3mL到约5mL，约0.4mL到约3.5mL，或约0.5mL到约3mL。在另一个实施方式中，所述血液样品是约0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、6.0、7.0、8.0、9.0或10.0mL。
在某些实施方式中，当前的方法中使用的样品包括活检物(例如，肿瘤活检物)。所述活检物可以来自任何器官或组织，例如，皮肤、肝脏、肺、心脏、结肠、肾脏、骨髓、牙齿、淋巴结、毛发、脾脏、脑、乳房或其他器官。本领域技术人员已知的任何活检技术可以用于从对象分离样品，例如，开口活检、闭合活检、核心活检、切取活检、切除活检、或细针头穿刺活检。
在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品包括多个细胞。这样的细胞可以包括任何类型的细胞，例如，干细胞、血细胞(例如，PBMC)、淋巴细胞、NK细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞、免疫细胞、或肿瘤或癌细胞。具体的细胞群体可以使用商业上可获得的抗体的组合来获得(例如，Quest Diagnostic(San Juan Capistrano,Calif.)；Dako(Denmark))。
在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品来自患病组织，例如，来自患有癌症(例如，淋巴瘤、MDS、或白血病)的个体。在某些实施方式中。在某些实施方式中，所述细胞可以获自肿瘤或癌细胞或肿瘤组织，例如，肿瘤活检物或肿瘤外植体。在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的细胞的数量可以从单个细胞到约109个细胞。在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的细胞的数量是约1x 104、5x 104、1x 105、5x 105、1x 106、5x106、1x 107、5x 107、1x 108、or 5x 108个。
可以监视从对象采集的细胞的数量和类型，例如，通过使用标准的细胞检测技术测量形态学和细胞表面标志物方面的改变，例如，流式细胞计、细胞分选、免疫细胞化学(例如，用组织特异性或细胞标志物特异性的抗体染色)、荧光活化的细胞分选(FACS)、磁活化的细胞分选(MACS)，通过使用光学或共焦显微镜来检查细胞的形态，和/或通过使用本领域公知的技术如PCR和基因表达分布来测量基因表达的改变。也可以使用这些技术来鉴定对于一种或更多种特定标志物为阳性的细胞。荧光活化的细胞分选(FACS)是基于颗粒的荧光性质用于分离颗粒包括细胞的公知的方法(Kamarch,1987,Methods Enzymol,151:150-165)。单独的颗粒中荧光部分的激光激发产生小的电荷，容许正电和负电颗粒从混合物中电磁分离。在一个实施方式中，细胞表面标志物特异性抗体或配体用不同的荧光标签来标记。细胞通过细胞分选仪处理，容许根据它们结合所用抗体的能力来分离细胞。FACS分选的颗粒可以直接沉积到96孔或384孔平板的单个孔中以便于分离和克隆。
在某些实施方式中，细胞的子集可以用于本文提供的方法中。分选和分离特定细胞群体的方法是本领域公知的，可以基于细胞大小、形态、或细胞内或细胞外的标志物。这样的方法包括，但不限于，流式细胞计、流式分选、FACS、基于珠子的分离，例如磁性细胞分选、基于大小的分离(例如，筛分、障碍物阵列、或过滤)、在微流设备中分选、基于抗体的分离、沉降、亲和吸附、亲和提取、密度梯度离心、激光捕获显微解离，等。
所述样品可以是全血样品、骨髓样品、部分纯化的血液样品、或PBMC。所述样品可以是组织活检物或肿瘤活检物。在某些实施方式中，所述样品是来自癌症患者的骨髓样品。在某些实施方式中，所述样品是来自癌症患者的PBMC。
4.3癌症
本文提供的是根据K-Ras突变和N-Ras突变的缺乏用FTI治疗对象的癌症的方法，以及选择FTI治疗的癌症患者的方法。所述癌症可以是造血癌症或实体肿瘤。本文还提供的是根据K-Ras突变和N-Ras突变的缺乏用FTI治疗对象的前恶变状况的方法，以及选择FTI治疗的具有前恶变状况的患者的方法。
在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras突变和N-Ras突变的缺乏用FTI治疗实体肿瘤的方法。实体肿瘤是通常不包含囊肿或液体区域的异常的组织肿块。实体肿瘤可以是良性的或恶性的。不同类型的实体肿瘤用形成它们的细胞的类型命名(例如，肉瘤、癌和淋巴瘤)。本发明的方法治疗的实体肿瘤实例可以是肉瘤和癌，包括纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨肉瘤和其他肉瘤，滑膜瘤，间皮瘤，尤因氏瘤，平滑肌肉瘤，横纹肌肉瘤，结肠癌，淋巴恶性肿瘤，胰腺癌，乳腺癌，肺癌，卵巢癌，前列腺癌，肝细胞癌，鳞状细胞癌，基底细胞癌，腺癌，汗腺癌，甲状腺髓样癌，乳头状甲状腺癌，嗜铬细胞瘤皮脂腺癌，乳头状癌，乳头状腺癌，髓样癌，支气管癌，肾细胞癌，肝细胞瘤，胆管癌，恶性合胞体瘤，Wilms瘤，子宫颈癌症，睾丸肿瘤，精原细胞瘤，膀胱癌，黑素瘤和CNS肿瘤(例如，(例如，脑干胶质瘤和混合性胶质瘤)、成胶质细胞瘤(也称为多形性胶质母细胞瘤)星形细胞瘤，CNS淋巴瘤，胚组织瘤，成神经管细胞瘤，许旺氏细胞瘤，颅咽管瘤，室管膜瘤，松果体瘤，成血管细胞瘤，听神经瘤，寡枝神经胶质细胞瘤，脑膜瘤，成神经细胞瘤，成视网膜细胞瘤和脑转移瘤)。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras突变和N-Ras突变的缺乏用FTI治疗实体肿瘤的方法，其中所述实体肿瘤是恶性黑色素瘤、肾上腺癌、乳腺癌、肾细胞癌症、胰腺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)或未知原发的癌。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。通常向患有各种类型或阶段的实体肿瘤的患者施用的药物包括但不限于，西乐葆、依托泊苷、环磷酰胺、多西他赛、卡培他滨、IFN、他莫昔芬、IL-2、GM-CSF、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的实体肿瘤可以是甲状腺癌、头颈癌症、尿路上皮癌症、唾液腺癌、上消化道的癌症、膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌、脑癌、胃癌、前列腺癌、肺癌、结肠癌、皮肤癌、肝癌和胰腺癌。在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的膀胱癌可以是转移细胞癌。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的实体肿瘤可以选自由癌瘤、黑素瘤、肉瘤或慢性肉芽肿病构成的组。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的前恶变状况可以是光化性唇炎，巴雷特氏食管，萎缩性胃炎，原位导管癌，先天性角化不全，侧索性吞咽困难，扁平苔藓，口腔粘膜下纤维化，太阳弹性组织增生症，宫颈发育不良，息肉，粘膜白斑病，粘膜红斑病，鳞状上皮内病变，前恶变失调或前恶变免疫增殖性失调。
在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras突变和N-Ras突变的缺乏用FTI治疗对象的造血癌症的方法，以及选择FTI治疗的癌症患者的方法。血液癌症是血液或骨髓的癌症。血液(或血原性)癌症的实例包括骨髓增殖的赘生物(MPN)骨髓增生异常综合症(MDS)、白血病和淋巴瘤。在某些实施方式中，所述癌症是急性骨髓性白血病(AML)、天然杀伤细胞淋巴瘤(NK淋巴瘤)、天然杀伤细胞白血病(NK白血病)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、青少年单核细胞性白血病(JMML)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)、慢性粒细胞性白血病(CML)或慢性单核细胞性白血病(CMML)。在某些实施方式中，所述癌症是CMML。在某些实施方式中，所述癌症是JMML。
在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras突变和N-Ras突变的缺乏用FTI治疗对象的CMML的方法，或选择FTI治疗的CMML患者的方法。CMML被造血肿瘤的2008世界卫生组织分类法分类为骨髓增生异常/骨髓增殖性赘生物。所述CMML可以是骨髓增生异常性CMML或骨髓增殖性CMML。CMML患者在他们的血液中具有高数量的单核细胞(至少1,000个每mm3)。已经在白细胞计数水平区分了两种类型——骨髓增生异常性和骨髓增殖性的(阈值13G/L)。通常，单核细胞计数更高得多，也导致他们的总白细胞计数变得非常高。通常在骨髓中存在异常细胞，但是胚细胞的数量低于20％。约15％到30％的CMML患者接着发生急性骨髓性白血病。CMML的诊断依靠骨髓中的形态学、组织病理学和染色体异常的组合。Mayo预后模型将CMML患者分为三个风险组，基于：提高的绝对单核细胞计数，循环胚细胞的存在，血红蛋白<10gm/dL和血小板<100×109/L.。低、中和高风险组的中位生存期分别是32个月、18.5个月和10个月。Groupe Francophone des(GFM)评分将CMML患者分为三个风险组，基于：年龄>65岁，WBC>15×109/L，贫血，血小板<100×109/L，和ASXL1突变状态。中位随访2.5年后，存活期从低风险组的未触及，到高风险组的14.4个月。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的CMML的方法，通过确定来自所述对象的样品中K-Ras突变和N-Ras突变的存在或缺乏，和如果所述样品被确定缺乏K-Ras突变和缺乏N-Ras突变，随后向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的CMML的方法，通过确定来自所述对象的样品中K-Rthes突变的存在或缺乏，和如果所述样品被确定缺乏K-Rthes突变，随后向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的CMML的方法，通过确定来自所述对象的样品中N-Ras突变的存在或缺乏，和如果所述样品被确定缺乏N-Ras突变，随后向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型N-Ras。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的CMML的方法，通过确定来自所述对象的样品中K-Ras突变和N-Ras突变的存在或缺乏，和如果所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras，随后向所述对象施用替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的MDS的方法，或选择FTI治疗的MDS患者的方法。MDS是指多种组的造血干细胞失调。MDS的特征可以在于具有受损的形态和成熟的细胞性骨髓(造血功能障碍)、无效的血细胞生成或造血作用，导致血细胞计数低或血细胞减少症(包括贫血、白血球减少和血小板减少)，以及来自无效血细胞生产的发展到急性骨髓性白血病的高风险。参见The Merck Manual 953(17th ed.1999)and List etal.,1990,J Clin.Oncol.8:1424。
MDS可以分成许多亚型，至少取决于(1)骨髓或血液中是否存在数量提高的胚细胞，这些胚细胞构成了骨髓或血液的多少百分比；2)骨髓是在仅一种类型的血细胞(单系发育异常)还是在超过一种类型的血细胞(多系发育异常)中显示异常生长(发育异常)；和3)骨髓细胞中是否存在染色体异常，如果有，异常是那种或哪几种类型。MDS还可以根据癌细胞的表面标志物来分类。根据世界卫生组织，MDS亚型包括伴有单系发育异常的难治性血细胞减少症(RCUD)，也称为难治性贫血、难治性中性粒细胞减少、或难治性血小板减少；具有环形铁粒幼红细胞的难治性贫血(RARS)；伴有多系发育异常的难治性血细胞减少症(RCMD)，其包括RCMD-RS，如果多系发育异常和环形铁粒幼红细胞都存在；具有过量胚细胞-1的难治性贫血(RAEB-1)和具有过量胚细胞-2的难治性贫血(RAEB-2)(这些亚型意味着患者在他们的骨髓中具有至少百分之5(RAEB-1)或至少百分之10(RAEB-2)、但小于百分之20的胚细胞)；与染色体5的孤立的异常相关的MDS[del(5q)]；和不可分类的MDS(MDS-U)。
作为一组具有显著发病率和死亡率的造血干细胞恶性肿瘤，MDS是高度异质的疾病，在患者中症状的严重度和疾病进展可能差异很大。当前评估风险分层和治疗选择的标准临床工具是修正的国际预后评分系统(International Prognostic Scoring System)或IPSS-R。基于细胞遗传学、骨髓中胚细胞(未分化的血细胞)的百分比、血红蛋白水平以及血小板和嗜中性细胞计数，IPSS-R将患者区分为五个风险组(极低、低、中间、高、非常高)。WHO还建议通过del(5q)异常来对MDS患者分层。
根据ACS，美国MDS的一年发生率大约13,000名患者，其大部分是60岁或以上的。在美国估计的发病率超过60,000名患者。大约75％的患者被分入极低、低和中间的IPSS-R风险类别，一起称为较低风险MDS。
起初的造血干细胞损伤可能来自病因例如但不限于细胞毒性化学治疗、辐射、病毒、化学暴露以及遗传倾向性。克隆突变体主导了骨髓，抑制健康干细胞。在MDS的早期阶段，血细胞减少症的主要原因是提高的程序性细胞死亡(细胞凋亡)。随着疾病进展和转变为白血病，基因突变很少发生，白血病细胞的增殖压倒了健康骨髓。疾病过程是不同的，某些病例表现为惰性疾病，而其他的表现为侵袭性的，伴有转变为急性形式白血病的非常短的临床过程。
国际血液学家群体，French-American-British(FAB)合作小组将MDS失调分类为五个亚组，将它们与AML区分。The Merck Manual 954(17th ed.1999)；Bennett J.M.,etal.,Ann.Intern.Med.1985October,103(4):620-5；and Besa E.C.,Med.Clin.NorthAm.1992May,76(3):599–617。在所有亚型中发现患者的骨髓细胞中基础的三系发育异常改变(trilineage dysplastic chang)。
特征在于骨髓中百分之五或更少的成髓细胞的难治性贫血有两个亚组：(1)难治性贫血(RA)和；(2)伴有环化的铁粒幼红细胞的RA(RARS)，形态上定义为15％的红细胞样细胞具有异常环化的铁粒幼红细胞，反映了线粒体中异常的铁积累。两组都有延长的临床过程以及发展到急性白血病的低发生率。Besa E.C.,Med.Clin.North Am.1992May,76(3):599–617。
具有大于百分之五成髓细胞的难治性贫血有两个亚组：(1)具有过量胚细胞的RA(RAEB)，定义为6–20％的成髓细胞，和(2)转化中的RAEB(RAEB-T)，具有21–30％的成髓细胞。成髓细胞的百分比越高，临床过程越短，疾病越接近急性髓性白血病。患者从早期转到更为晚期的阶段表面这些亚型仅仅是疾病的阶段而不是不同的疾病。具有三系发育异常、大于30％成髓细胞，进展到急性白血病的患有MDS的中年以上患者常常被认为具有不良的预后，因为他们对化学治疗的响应率低于新生的急性骨髓性白血病患者。MDS的第五种类型，最难以分类的类型，是CMML。这种亚型可以具有任何百分比的成髓细胞，但是表现为1000/dL或更高的单核细胞增多。它可能与脾肿大相关。这种亚型与骨髓增生性失调重叠，可能具有中间的临床过程。它不同于典型的CML，特征在于阴性的Ph染色体。
MDS主要是中年以上的人的疾病，中位发作在七十岁。这些患者的中位年龄为65岁，年龄范围从生命的第三个十年到80岁或更老。该综合征可以在任何年龄组发生，包括儿科群体。用烷化剂、有或者没有放疗的恶性肿瘤治疗中存活的患者高发生率发生MDS或次级急性白血病。约60-70％的患者没有明显暴露或MDS病因，被分类为原发性MDS患者。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的MPN的方法，或选择FTI治疗的MPN患者的方法。MPN是一种影响血液细胞形成的疾病。在所有的MPN形式中，骨髓中的干细胞发生遗传缺陷(称为后天缺损)，这使它们异常地生长和存活。这引起骨髓(细胞过多的骨髓)和血流中异常高数量的血细胞。有时在MPN中，异常的干细胞引起骨髓中的瘢痕，称为骨髓纤维化。骨髓纤维化可能导致低水平的血细胞，特别是低水平的红血细胞(贫血)。在MPN中，异常的干细胞还可以在脾脏中生长，引起脾脏肿大(脾肿大)，在骨髓外部其他位置生长，引起其他器官的肿大。
基于受影响的细胞，存在几种类型的慢性MPN。MPN的三种典型类型包括真性红细胞增多(PV)，其中存在过多的RBC；原发性血小板增多症(ET)，其中存在过多的血小板；原发性骨髓纤维化(PMF)，其中纤维和胚细胞(异常干细胞)在骨髓中累积。其他类型的MPN包括：慢性粒细胞白血病，其中白细胞过多；慢性嗜中性粒细胞白血病，其中嗜中性粒细胞过多；慢性嗜酸细胞性白血病，没有特别说明，其中嗜酸性粒细胞过多(嗜酸粒细胞增多症)；肥大细胞病(mastocytosis)，也称为肥大细胞病(mast cell disease)，其中肥大细胞过多，是如皮肤和消化器官的组织中发现的一种免疫系统细胞，而不是在血液中；骨髓和淋巴赘生物，具有嗜酸性粒细胞增多和PDGFRA，PDGFRB和FGFR1基因异常；和其他不可分类的骨髓增殖性赘生物。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的白细胞的方法，或选择FTI治疗的白血病患者的方法。白血病是指血液形成组织的恶性赘生物。例如在美国专利No.7,393,862和2002年5月17日提交的美国临时专利申请60/380,842中描述了白血病的各种形式，通过引用将它们完全合并在本文中。虽然报告了病毒在动物中引起几种形式的白血病，人类中白血病的原因很大程度上是未知的。The Merck Manual,944-952(17th ed.1999)。向恶性肿瘤的转变一般在单个细胞中发生，经过两个或更多个步骤和随后的增殖与克隆扩增。在某些白血病中，特定的染色体转位已经被鉴定为具有一致的白血病的细胞形态和特定的临床特征(例如，慢性粒细胞性白血病中的9和22转位，以及急性早幼粒细胞白血病中的15和17转位)。急性白血病主要是未分化细胞群体，慢性白血病是更成熟的细胞形式。
急性白血病被分为成淋巴细胞性(ALL)和非成淋巴细胞性(ANLL)类型。The MerckManual,946-949(17th ed.1999)。它们可以根据French-American-British(FAB)分类法或根据它们的类型和分化程度，通过它们的形态和细胞化学表现进一步细分。使用特异性B细胞和T细胞以及骨髓-抗原单克隆抗体对于分类是最有帮助的。ALL主要是儿童期疾病，其是通过实验室发现和骨髓检查确立的。ANLL也称为急性髓性白血病或AML，在所有年龄发生，是成年人中更为常见的急性白血病；它是通常与辐射作为致病因素相关的形式。在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗AML患者的方法，或选择FTI治疗的患者的方法。
治疗AML患者的标准过程通常包括2个化学治疗(化疗)阶段：缓解诱导(或诱导)和巩固(缓解后治疗)。第一部分治疗(缓解诱导)的目的在于除去尽可能多的白血病细胞。治疗的强度可以取决于人的年龄和健康。密集的化学治疗通常给予60岁以下的人。健康的更年长的患者可以受益于类似的或稍微低强度的治疗。年长得多或不健康的人不适合于密集化学治疗。
在更年轻的患者中，例如，低于60岁的，诱导经常涉及用2种化疗药物治疗，阿糖胞苷(ara-C)和蒽环类药物，例如道诺比星(道诺霉素)或伊达比星。有时也给予第三种药物，克拉屈滨(Leustatin，2-CdA)。所述化疗通常在医院给予并持续约一周。在白血病波及脑或脊髓的罕有病例中，化疗也可以给予到脑脊液(CSF)中。同样可以使用放射治疗。
如果实现缓解，诱导被认为是成功的。然而，某些患者中的AML难以诱导。在响应诱导的患者中，给予进一步的治疗试图破坏其余白血病细胞，并帮助预防复发，这称为巩固。对于较年轻的患者，巩固疗法的主要选择是：几个周期的高剂量阿糖胞苷(ara-C)化疗(有时称为HiDAC)；同种异体(供体)干细胞移植；和自体干细胞移植。
慢性白血病被描述为淋巴细胞性的(CLL)或髓细胞性的(CML)。The MerckManual,949-952(17th ed.1999)。CLL的特征在于血液、骨髓和淋巴器官中成熟淋巴细胞的出现。CLL的标志是持续的、绝对的淋巴细胞增多(>5,000/μL)，和骨髓中淋巴细胞的提高。大多数CLL患者还有带B细胞特征的淋巴细胞的克隆扩增。CLL是中年或老年的疾病。在CML中，特征是血液、骨髓、肝脏、脾脏和其他器官中分化的所有阶段的粒细胞占主导。在就诊的有症状患者中，总白细胞(WBC)计数通常约200,000/μL，但可以达到1,000,000/μL。CML是相对容易诊断的，因为存在费城染色体。已知骨髓基质细胞支持CLL疾病进展和对化学治疗的抗性。破坏CLL细胞与间质细胞之间的相互作用是CLL化学治疗的另一个靶点。
此外，其他形式的CLL包括幼淋巴细胞白血病(PLL)，大颗粒淋巴细胞(LGL)白血病，毛细胞白血病(HCL)。PLL中的癌细胞类似于正常细胞，称为B淋巴细胞的幼淋巴细胞未成熟形式(B-PLL)或T淋巴细胞的幼淋巴细胞未成熟形式(T-PLL)。B-PLL和T-PLL都倾向于比普通类型的CLL更具侵袭性。LGL的癌细胞是大的，具有T细胞或NK细胞的特征。大多数LGL白血病是生长缓慢的，但是少数是更有侵袭性的。HCL是另一种淋巴细胞癌症，倾向于缓慢进展，占全部白血病的约2％。癌细胞是B淋巴细胞的一种类型，但是不同于CLL中所见的那些。
青少年单核细胞性白血病(JMML)是影响大部分是4岁和以下的儿童的严重的慢性白血病。在诊断时患者的平均年龄是2岁。世界卫生组织将JMML分类为混合的骨髓增生异常和骨髓增生性疾病。JMML涵盖了之前称为青少年慢性粒细胞性白血病(JCML)、婴儿期慢性单核细胞性白血病和婴儿单体7综合征的诊断。
淋巴瘤是指起源于淋巴系统的癌症。淋巴瘤的特征在于淋巴细胞——B淋巴细胞(B细胞淋巴瘤)、T淋巴细胞(T细胞淋巴瘤)和天然杀伤细胞(NK细胞淋巴瘤)的恶性赘生物。淋巴瘤一般起始于淋巴结或器官中淋巴组织的集结，包括但不限于胃或肠。在某些情况下淋巴瘤可能牵涉骨髓和血液。淋巴瘤可以从一个位置传播到身体的其他部分。
例如，在美国专利No.7,468,363中描述了各种形式的淋巴瘤的治疗，通过引用将其完全合并在本文中。此类淋巴瘤包括但不限于霍奇金淋巴瘤，非霍奇金淋巴瘤，皮肤B细胞淋巴瘤，活化的B细胞淋巴瘤，弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，套细胞淋巴瘤(MCL)，滤泡性淋巴瘤(FL；包括但不限于FL I级，FL II级)，滤泡中心淋巴瘤，转化的淋巴瘤，中分化淋巴瘤，中间淋巴细胞性淋巴瘤(ILL)，弥漫性低分化淋巴瘤(PDL)，中心细胞淋巴瘤，弥漫性小裂细胞淋巴瘤(DSCCL)，外周T细胞淋巴瘤(PTCL)，皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)和外套带淋巴瘤和低级别滤泡性淋巴瘤。
非霍奇金淋巴瘤(NHL)是美国的男性和女性中第五大常见癌症，估计2007年有63,190个新病例和18,660例死亡。Jemal A,et al.,CA Cancer J Clin 2007；57(1):43-66。发生NHL的可能性随年龄提高，在老年人中NHL的发生率在过去十年稳定增加，随着美国人口老龄化趋势引起了担忧Id.Clarke C A,et al.,Cancer 2002；94(7):2015-2023。
DLBCL占非霍奇金淋巴瘤的约三分之一。虽然某些DLBCL患者被传统化学治疗治愈，其他患者死于该疾病。抗癌药物引起淋巴细胞的快速和持续降低，可能是通过在成熟的T细胞和B细胞中直接诱导细胞凋亡。参见K.Stahnke.et al.,Blood 2001,98:3066-3073。已经显示绝对淋巴细胞计数(ALC)是滤泡性非霍奇金淋巴瘤的预后因素，最近的结果表明ALC在诊断中是DLBCL中的重要预后因子。
DLBCL根据其基因分布模式可分为不同的分子亚型：生发中心B细胞样DLBCL(GCB-DLBCL)，活化B细胞样DLBCL(ABC-DLBCL)和原发纵隔B细胞淋巴瘤(PMBL)或未分类的类型。这些亚型的特征在于存活、化疗响应性和信号传导途径依赖性，特别是NF-κB途径方面的不同差异。参见D.Kim et al.,Journal of Clinical Oncology,2007ASCO Annual MeetingProceedings Part I.Vol 25,No.18S(June 20Supplement),2007:8082。参见Bea S,etal.,Blood 2005；106:3183-90；Ngo V.N.et al.,Nature 2011；470:115-9。这种差异促使人们寻求DLBCL中更有效的和亚型特异性的治疗策略。除了急性和慢性分类之外，赘生物还根据导致这种紊乱的细胞分类成前体或外周的。参见，例如，美国专利公开No.2008/0051379，其公开内容通过引用完全合并在本文中。前体赘生物包括ALL和成淋巴细胞性淋巴瘤，在它们分化成T细胞或B细胞之前在淋巴细胞中出现。外周的赘生物是已经分化成T细胞或B细胞在淋巴细胞中出现的那些。此类外周赘生物包括但不限于B细胞CLL、B细胞幼淋巴细胞性白血病、淋巴浆细胞性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、粘膜相关淋巴组织的结外边缘区B细胞淋巴瘤、结节边缘区淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤、毛细胞白血病、浆细胞瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)和伯基特淋巴瘤。在超过百分之95的CLL病例中，克隆扩增的是B细胞谱系。参见Cancer:Principles&Practice of Oncology(3rd Edition)(1989)(pp.1843-1847)。在小于百分之5的CLL病例中，肿瘤细胞具有T细胞表型。尽管有这些分类，正常的血细胞生成的病理性损伤是所有白血病的标志。
PTCL由一组罕见的但通常为侵袭性的(快速生长)、发育自成熟T细胞的NHL组成。PTCL合在一起占据了所有NHL病例的约百分之4到10，相应于美国每年2,800-7,200名患者的发生率。通过一些估计，PTCL的发生率显著地增长，发生率的提高可能受老龄化人口的驱动。根据它们不同的临床差异，PTCL被细分类为各种亚型，一般每一种都被认为是独立的疾病。大多数这些亚型是罕见的；PTCL的三种最常见的亚型没有特别说明，间变性大细胞淋巴瘤或ALCL，以及血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤，合在一起占美国所有PTCL的约70％。ALCL可以是皮肤ALCL或全身性ALCL。
对于大多数PTCL亚型，第一线的治疗方案一般是组合化学治疗，例如，CHOP(环磷酰胺、多柔比星、长春新碱、泼尼松)、EPOCH(依托泊苷、长春新碱、多柔比星、环磷酰胺、泼尼松)，或其他多药物方案。对于第一线治疗复发或难治的患者一般在称为GND的方案中用吉西他滨组合其他化学治疗包括长春瑞滨和多柔比星来治疗，或其他化疗方案，例如DHAP(地塞米松、阿糖胞苷、顺铂)或ESHAP(依托泊苷、甲泼尼龙、阿糖胞苷和顺铂)。
由于患有PTCL的大多数患者将会复发，一些肿瘤学家建议给予高剂量化学治疗，随后对良好响应他们的起始化学治疗的一些患者进行自体干细胞移植。近来，被批准用于复发或难治性PTCL的非细胞毒性治疗，例如，普拉曲沙罗米地辛和贝利司他与相对低的客观响应率(25-27％总体响应率，或ORR)和相对短期的响应(8.2-9.4个月)相关联。因而，治疗复发性/难治性PTCL仍然是显著未满足的医学需求。
多发性骨髓瘤(MM)是骨髓中浆细胞的癌症。通常，浆细胞产生抗体并在免疫功能中起到关键作用。然而，这些细胞的不受控生长引起骨骼疼痛和骨折、贫血、感染和其他并发症。多发性骨髓瘤是第二常见的血液恶性肿瘤，然而多发性骨髓瘤的确切病因仍然是未知的。多发性骨髓瘤产生血液、尿液和器官中的高水平蛋白质，包括但不限于M-蛋白和其他免疫球蛋白(抗体)、白蛋白和beta-2-微球蛋白。M-蛋白是单克隆蛋白的缩写，也称为副蛋白(paraprotein)，是一种由骨髓瘤浆细胞产生的特别异常的蛋白质，可以在患有多发性骨髓瘤的几乎所有患者的血液和尿液中发现。
骨骼的症状，包括骨骼疼痛，是多发性骨髓瘤的临床最显著的症状之一。恶性的浆细胞释放破骨细胞刺激因子(包括IL-1、IL-6和TNF)，它们导致钙从骨骼中溶浸引起溶解性病变；血钙过多是另一种症状。破骨细胞刺激因子，也称为细胞因子，可以防止骨髓瘤细胞的细胞凋亡或死亡。百分之五十的患者在诊断时具有可放射性检测的骨髓瘤相关的骨骼病变。多发性骨髓瘤的其他常见的临床症状包括多发性神经病、贫血、超高粘度、感染和肾机能不全。
已知骨髓基质细胞支持多发性骨髓瘤疾病进展和对化学治疗的抗性。破坏多发性骨髓瘤细胞与间质细胞之间的相互作用是多发性骨髓瘤化学治疗的另一个靶点。
在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中Ras的突变状态，预测MDS患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的MDS患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的MDS的方法。在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中Ras的突变状态，预测MPN患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的MDS患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的MPN的方法。在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中Ras的突变状态，预测AML患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的AML患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的AML的方法。在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中Ras的突变状态，预测JMML患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的JMML患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的JMML的方法。
在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中Ras的突变状态，预测CMML患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的CMML患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的CMML的方法。在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras、N-Ras或两者的突变状态治疗对象的CMML的方法。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中Ras突变的存在或缺乏，其中所述Ras突变包括K-Ras突变或N-Ras突变，和随后(b)如果所述样品被确定缺乏K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述样品被确定不具有任何K-Ras突变或任何N-Ras突变。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中K-Ras和N-Ras的突变状态，预测CMML患者对替吡法尼的响应性的方法，替吡法尼治疗的CMML患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的替吡法尼治疗对象的CMML的方法。在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras、N-Ras或两者的突变状态治疗对象的CMML的方法。本文提供的方法包括(a)确定来自患有CMML的对象的样品中Ras突变的存在或缺乏，其中所述Ras突变包括K-Ras突变或N-Ras突变，和随后(b)如果所述样品被确定缺乏K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述样品被确定不具有任何K-Ras突变或任何N-Ras突变。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
4.4.示范性的FTI和剂量
在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras、N-Ras或两者的突变状态治疗对象的癌症的方法。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中Ras突变的存在或缺乏，其中所述Ras突变包括K-Ras突变或N-Ras突变，和随后(b)如果所述样品被确定缺乏K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的另一种FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras、N-Ras或两者的突变状态治疗对象的血液癌症的方法。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中Ras突变的存在或缺乏，其中所述Ras突变包括K-Ras突变或N-Ras突变，和随后(b)如果所述样品被确定缺乏K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的另一种FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，本文提供的是根据K-Ras、N-Ras或两者的突变状态治疗对象的CMML的方法。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中Ras突变的存在或缺乏，其中所述Ras突变包括K-Ras突变或N-Ras突变，和随后(b)如果所述样品被确定缺乏K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的另一种FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述FTI口服、胃肠外、直肠或表面地施用。在某些实施方式中，所述FTI口服施用。在某些实施方式中，替吡法尼口服、胃肠外、直肠或表面地施用。在某些实施方式中，替吡法尼口服施用。
在某些实施方式中，所述FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI每天两次施用。在某些实施方式中，FTI以200-1200mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼每天两次施用。在某些实施方式中，替吡法尼以200-1200mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以600mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以900mg每天两次的剂量施用。
在某些实施方式中，所述FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI每天两次施用。在某些实施方式中，FTI以200-1200mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼在治疗周期中施用。在某些实施方式中，替吡法尼在交替的周中施用。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天施用。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。
在某些实施方式中，所述FTI施用至少3个周期。在某些实施方式中，所述FTI施用至少6个周期。在某些实施方式中，所述FTI施用达到12个周期。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用持续至少三个周期。在某些实施方式中，替吡法尼施用至少3个周期。在某些实施方式中，替吡法尼施用至少6个周期。在某些实施方式中，替吡法尼施用达到12个周期。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用持续至少三个周期。
在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中K-Ras的突变状态用治疗有效量的替吡法尼治疗对象的CMML的方法。在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的CMML的方法，包括(a)确定来自所述对象的样品具有野生型K-Ras，和随后(b)在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量向所述对象施用替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中N-Ras的突变状态用治疗有效量的替吡法尼治疗对象的CMML的方法。在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的CMML的方法，包括(a)确定来自所述对象的样品具有野生型N-Ras，和随后(b)在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量向所述对象施用替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据来自患者的样品中K-Ras和N-Ras的突变状态用治疗有效量的替吡法尼治疗对象的CMML的方法。在某些实施方式中，本文提供的是治疗对象的CMML的方法，包括(a)确定来自所述对象的样品具有野生型K-Ras和K-Ras，和随后(b)在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量向所述对象施用替吡法尼。
5.突变H-Ras作为FTI治疗的生物标志物
5.1.H-ras突变状态
H-Ras蛋白质涉及响应于生长因子刺激调节细胞分裂。生长因子通过结合跨越细胞质膜的细胞表面受体起作用。一旦被活化，受体刺激细胞质中的信号转导事件，蛋白质和第二信使依赖该过程从细胞外部发送信号至细胞核，并指示细胞生长和分裂。H-Ras定位在质膜中，是许多信号转导途径的早期参与者。H-Ras作为分子性开/闭开关，一旦它被打开，它征募并活化受体信号增殖所必需的蛋白质。在某些肿瘤中，H-ras或它的上游效应物的突变导致它永久打开，引起下游的生长和增殖信号持续活化，驱动肿瘤细胞生长。通过抑制H-Ras的蛋白质法尼基化和随后的膜定位，从而将H-Ras关闭，FTI起作用防止依赖于这些信号转导途径的细胞的异常生长和增殖。
FTI如替吡法尼防止蛋白质法尼基化，法尼基化是一种称为异戊二烯化的蛋白质修饰，与其他的蛋白质修饰一起，容许H-Ras的膜定位，在此H-Ras可以接受并传送涉及癌症起始和发展的细胞外信号。在体内和体外，FTI如替吡法尼可以阻断H-Ras法尼基化和随后的膜定位，并抑制致癌的、H-Ras驱动的细胞转化。K-Ras和N-Ras类似地利用蛋白质法尼基化，它们也可以利用同样引起膜定位的相关异戊二烯化途径。同时，H-Ras膜定位完全取决于蛋白质法尼基化。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的癌症可以具有H-Ras突变。在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的癌症可以是具有H-Ras突变的实体肿瘤。所述具有H-Ras突变的实体肿瘤可以是上文描述的任何实体肿瘤。在某些实施方式中，所述实体肿瘤可以是具有H-Ras突变的甲状腺癌、头颈癌症、尿路上皮癌、膀胱癌症或唾液腺癌。本文提供的或本领域已知的方法可以用于确定ras基因的突变状态。在某些实施方式中，ras基因的突变状态可以通过基于NGS的分析来确定。在某些实施方式中，ras基因的突变状态可以通过基于定性PCR的分析来确定。基于定性PCR的分析在技术上可以类似于已经开发和由FDA批准用于K-Ras的基于PCR的分析。在某些实施方式中，ras基因的突变状态可以以FTI治疗，例如替吡法尼治疗的伴随诊断的形式来确定。所述伴随诊断可以在患者接受替吡法尼治疗的临床位置，或在远离的位置进行。
本文提供的是根据H-Ras突变的存在选择进行FTI治疗的癌症患者的方法。这些方法部分地基于以下发现，H-Ras突变与FTI治疗的临床效益相关，因而可以用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性。因而，本文提供的是根据来自患者的样品中H-Ras突变的存在，预测癌症患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的癌症患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的癌症的方法。所述癌症可以是造血癌症或实体肿瘤。在某些实施方式中，所述癌症是实体肿瘤。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在治疗对象的癌症的方法。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定癌症患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，所述H-Ras突变可以是在选自由G12、G13和Q61构成的组的密码子处的突变。在某些实施方式中，所述H-Ras突变可以是选自由氨基酸取代G12R、G12V、G13C、G13R、Q61L和Q61R构成的组的突变。在某些实施方式中，所述突变可以是引起H-Ras蛋白质活化的其他密码子处的突变。
在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括(a)确定来自所述对象的样品中K-Ras突变和N-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品不具有K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述方法包括如果所述样品具有野生型K-Ras和野生型N-Ras，向所述对象施用治疗有效量的FTI。
在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KA-Ras突变。在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KB-Ras突变。在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KA-Ras突变和KB-Ras突变的组合。所述K-Ras突变可以包括在选自KA-Ras、KB-Ras或两者的G12、G13和Q61构成的组的密码子处的突变。在某些实施方式中，所述KA-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61K、Q61H、Q61L、Q61P、Q61R和A146V构成的组的突变。在某些实施方式中，所述KB-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61K、Q61H、Q61L、Q61P、Q61R和A146V构成的组的突变。
在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括在选自由G12、G13、G15、G60和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括在选自由G12、G13和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12F、G12S、G12A、G12V、G12R、G13C、G13R、G13A、G13D、G13V、G15W、G60E、Q61P、Q61L、Q61R、Q61K、Q61H和Q61E构成的组的至少一个突变。
在某些实施方式中，所述样品被确定不具有K-Ras的G12、G13和Q61处的氨基酸取代，并且也不具有N-Ras的G12、G13和Q61处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述样品被确定不具有任何K-Ras突变或任何N-Ras突变。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变、K-Ras突变和N-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，但是没有K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定癌症患者具有H-Ras突变和野生型K-Ras和野生型N-Ras，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
本文提供的是根据H-Ras突变的存在用FTI治疗对象的癌症的方法，和选择FTI治疗的癌症患者的方法。所述癌症可以是造血癌症或实体肿瘤。本文还提供的是根据H-Ras突变状态用FTI治疗对象的前恶变状况的方法，以及选择FTI治疗的具有前恶变状况的患者的方法。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在用FTI治疗对象的癌症的方法，或选择FTI治疗的癌症患者的方法。所述癌症可以是造血癌症或实体肿瘤。所述癌症可以与人乳头状瘤病毒相关(HPV+或HPV阳性)或不与HPV相关(HPV-或HPV阴性)。
本文提供的是根据来自患者的样品中H-Ras突变的存在，预测癌症患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的癌症患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的癌症的方法。H-Ras的突变可以在核酸或蛋白质水平检测。在某些实施方式中，所述H-Ras突变状态通过分析获自所述样品的核酸来确定。在某些实施方式中，所述H-Ras突变状态通过分析获自所述样品的蛋白质来确定。
在某些实施方式中，所述H-Ras突变状态通过分析获自所述样品的核酸来确定。所述核酸可以是来自测试对象的mRNA或基因组DNA分子。通过分析核酸来确定Ras突变状态的方法是本领域公知的。在某些实施方式中，所述方法包括测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片断长度多态性(RFLP)分析。在某些实施方式中，所述Ras突变状态通过标准测序方法来确定，包括，例如，Sanger测序、下一代测序(NGS)。在某些实施方式中，所述Ras突变状态使用MS确定。
在某些实施方式中，所述H-Ras突变状态通过分析获自所述样品的蛋白质来确定。突变的Ras H-蛋白可以通过多种免疫组织化学(IHC)方法，免疫印迹分析、酶联免疫吸附分析(ELISA)或本领域已知的其他免疫分析方法来检测。
酶联免疫吸附分析将理解，用于分析Ras突变的本文描述的或本领域已知的任何方法可以用于确定H-Ras突变的存在或缺乏。
5.2.样品
在某些实施方式中，本文提供的方法包括从所述对象获得样品。在某些实施方式中，所述样品是肿瘤样品。在某些实施方式中，当前的方法中使用的样品包括活检物(例如，肿瘤活检物)。所述活检物可以来自任何器官或组织，例如，皮肤、肝脏、肺、心脏、结肠、肾脏、骨髓、牙齿、淋巴结、毛发、脾脏、脑、乳房或其他器官。本领域技术人员已知的任何活检技术可以用于从对象分离样品，例如，开口活检、闭合活检、核心活检、切取活检、切除活检、或细针头穿刺活检。
本文提供的方法中使用的样品包括来自对象的体液。体液的非限制性实例包括血液(例如，外周全血、外周血)、血浆、骨髓、羊水、房水、胆汁、淋巴、月经、血清、尿液、围绕脑部和脊髓的脑脊液、围绕骨关节的滑液。
在一个实施方式中，所述样品是骨髓样品。获得骨髓样品的过程是本领域公知的，包括但不限于骨髓穿刺活组织检查和骨髓抽吸。骨髓具有液体部分和更为固体的部分。在骨髓穿刺活组织检查中，采集固体部分的样品。在骨髓抽吸术中，采集液体部分的样品。骨髓穿刺活组织检查和骨髓抽吸术可以同时进行，称为骨髓检查。
在某些实施方式中，所述样品是血液样品。血液样品可以使用如Innis et al,editors,PCR Protocols(Academic Press,1990)中描述的常规技术获得。白细胞可以使用常规技术或商业上可获得的试剂盒，例如RosetteSep试剂盒(Stein Cell Technologies,Vancouver,Canada)从血液样品中分离。白细胞的亚群，例如，单核细胞、NK细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞或淋巴细胞，可以使用常规技术进一步分离，例如磁活化的细胞分选(MACS)(Miltenyi Biotec,Auburn,California)或荧光活化的细胞分选(FACS)(BectonDickinson,San Jose,California)。
在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品包括多个细胞。这样的细胞可以包括任何类型的细胞，例如，干细胞、血细胞(例如，PBMC)、淋巴细胞、NK细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞、免疫细胞、或肿瘤或癌细胞。具体的细胞群体可以使用商业上可获得的抗体的组合来获得(例如，Quest Diagnostic(San Juan Capistrano,Calif.)；Dako(Denmark))。
在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品来自患病组织，例如，来自患有癌症(例如，头颈癌症、唾液腺肿瘤、或甲状腺瘤)的个体。在某些实施方式中。在某些实施方式中，所述细胞可以获自肿瘤或癌细胞或肿瘤组织，例如，肿瘤活检物或肿瘤外植体。在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的细胞的数量可以从单个细胞到约109个细胞。在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的细胞的数量是约1x 104、5x 104、1x 105、5x 105、1x 106、5x 106、1x 107、5x 107、1x 108、或5x 108个。
可以监视从对象采集的细胞的数量和类型，例如，通过使用标准的细胞检测技术测量形态学和细胞表面标志物方面的改变，例如，流式细胞计、细胞分选、免疫细胞化学(例如，用组织特异性或细胞标志物特异性的抗体染色)、荧光活化的细胞分选(FACS)、磁活化的细胞分选(MACS)，通过使用光学或共焦显微镜来检查细胞的形态，和/或通过使用本领域公知的技术如PCR和基因表达分布来测量基因表达的改变。也可以使用这些技术来鉴定对于一种或更多种特定标志物为阳性的细胞。荧光活化的细胞分选(FACS)是基于颗粒的荧光性质用于分离颗粒包括细胞的公知的方法(Kamarch,1987,Methods Enzymol,151:150-165)。单独的颗粒中荧光部分的激光激发产生小的电荷，容许正电和负电颗粒从混合物中电磁分离。在一个实施方式中，细胞表面标志物特异性抗体或配体用不同的荧光标签来标记。细胞通过细胞分选仪处理，容许根据它们结合所用抗体的能力来分离细胞。FACS分选的颗粒可以直接沉积到96孔或384孔平板的单个孔中以便于分离和克隆。
在某些实施方式中，细胞的子集可以用于本文提供的方法中。分选和分离特定细胞群体的方法是本领域公知的，可以基于细胞大小、形态、或细胞内或细胞外的标志物。这样的方法包括，但不限于，流式细胞计、流式分选、FACS、基于珠子的分离，例如磁性细胞分选、基于大小的分离(例如，筛分、障碍物阵列、或过滤)、在微流设备中分选、基于抗体的分离、沉降、亲和吸附、亲和提取、密度梯度离心、激光捕获显微解离，等。
5.3.癌症
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在用FTI治疗对象的造血癌症的方法，或选择FTI治疗的癌症患者的方法。在某些实施方式中，所述造血癌症是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HPV阴性的造血癌症患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。
血液癌症是血液或骨髓的癌症。血液(或血原性)癌症的实例包括骨髓增殖性赘生物(MPN)、骨髓增生异常综合症(MDS)、白血病和淋巴瘤。在某些实施方式中，所述癌症是急性骨髓性白血病(AML)、天然杀伤细胞淋巴瘤(NK淋巴瘤)、天然杀伤细胞白血病(NK白血病)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、青少年单核细胞性白血病(JMML)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)、慢性粒细胞性白血病(CML)或慢性单核细胞性白血病(CMML)。在某些实施方式中，所述癌症是CMML。在某些实施方式中，所述癌症是JMML。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在用FTI治疗实体肿瘤的方法。在某些实施方式中，所述实体肿瘤是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HPV阴性的实体肿瘤患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。
实体肿瘤是组织的异常团块，其通常不含有囊肿或液体区域。实体肿瘤可以是良性的或恶性的。不同类型实体肿瘤按照形成它们的细胞类型来命名(例如，肉瘤、癌和淋巴瘤)。本发明的方法治疗的实体肿瘤可以是肉瘤和癌，包括头颈癌、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨肉瘤和其他肉瘤，滑膜瘤，间皮瘤，尤因氏瘤，平滑肌肉瘤，横纹肌肉瘤，结肠癌，淋巴恶性肿瘤，胰腺癌，乳腺癌，肺癌，卵巢癌，前列腺癌，肝细胞癌，鳞状细胞癌，基底细胞癌，腺癌，汗腺癌，甲状腺髓样癌，乳头状甲状腺癌，嗜铬细胞瘤皮脂腺癌，乳头状癌，乳头状腺癌，髓样癌，支气管癌，肾细胞癌，肝细胞瘤，胆管癌，恶性合胞体瘤，Wilms瘤，子宫颈癌症，睾丸肿瘤，精原细胞瘤，膀胱癌，黑素瘤和CNS肿瘤(例如，胶质瘤(例如，脑干胶质瘤和混合性胶质瘤)、成胶质细胞瘤(也称为多形性胶质母细胞瘤)星形细胞瘤，CNS淋巴瘤，胚组织瘤，成神经管细胞瘤，许旺氏细胞瘤，颅咽管瘤，室管膜瘤，松果体瘤，成血管细胞瘤，听神经瘤，寡枝神经胶质细胞瘤，脑膜瘤，成神经细胞瘤，成视网膜细胞瘤和脑转移瘤)。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在用FTI治疗实体肿瘤的方法，其中所述实体肿瘤是甲状腺癌、头颈癌、唾液腺癌、恶性黑色素瘤、肾上腺癌、乳腺癌、肾脏细胞癌、胰腺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)或未知原发的癌。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。通常向患有各种类型和阶段的实体肿瘤的患者施用的药物包括但不限于，西乐葆、依托泊苷、环磷酰胺、多西他赛、卡培他滨、IFN、他莫昔芬、IL-2、GM-CSF，或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的实体肿瘤可以是甲状腺癌、头颈癌、尿路上皮癌、唾液腺癌、上消化道的癌症、膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌、脑癌、胃癌、前列腺癌、肺癌、结肠癌、皮肤癌、肝癌和胰腺癌。在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的膀胱癌可以是转移细胞癌。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的实体肿瘤可以选自由癌瘤、黑素瘤、肉瘤或慢性肉芽肿病构成的组。
在某些实施方式中，本文提供的方法治疗的前恶变状况可以是光化性唇炎，巴雷特氏食管，萎缩性胃炎，原位导管癌，先天性角化不全，侧索性吞咽困难，扁平苔藓，口腔粘膜下纤维化，太阳弹性组织增生症，宫颈发育不良，息肉，粘膜白斑病，粘膜红斑病，鳞状上皮内病变，前恶变失调或前恶变免疫增殖性失调。
在某些实施方式中，本文提供的是根据对象中H-Ras突变的存在用FTI治疗对象的实体肿瘤的方法和选择FTI治疗的实体肿瘤患者的方法，其中所述实体肿瘤是甲状腺癌、头颈癌、或唾液腺癌。在某些实施方式中，所述实体肿瘤是头颈鳞状细胞癌(HNSCC)。在某些实施方式中，所述实体肿瘤是唾液腺癌。
头颈鳞状细胞癌(NHSCC)是在世界范围内第六常见的癌症，在世界范围内每年约650,000个病例和200,000例死亡，在美国每年约54,000例新病例。它在中亚也是最常见的癌症。
HNSCC具有两种不同的病因和相应的肿瘤类型。第一种亚型与吸烟和饮酒相关，与人乳头状瘤病毒无关(HPV-或HPV阴性)。第二种亚型与高风险HPV感染相关(HPV+或HPV阳性)。第二种亚型很大程度上限于口咽癌。HPV+肿瘤是不同的实体，具有较好的预后，可能需要不同的治疗。
主要比例的HNSCC，特别是口咽癌，是由HPV感染引起的。高风险HPV亚型16占据HNSCC的所有HPV+肿瘤中的85％。P16可以用作HNSCC中HPV感染的替代标志物，特别是在口咽中。更为精确的HPV测试是可获得的，基于E6/E7检测(Liang C,et al.Cancer Res.2012；72:5004-5013)。
HPV+HNSCC显示了比HPV-HNSCC显著更低的EGFR表达水平。EGFR扩增仅在HPV-HNSCC中发生。高EGFR基因拷贝数和蛋白质表达与晚期HNSCC中的不良临床结局相关。
当前，复发性/转移性HNSCC的第一线治疗包括任选地与抗EGFR抗体治疗(例如，西妥昔单抗，帕尼单抗，阿法替尼)组合的基于铂的双联体(例如，顺铂/5-FU或卡铂/紫杉醇)。第二线的治疗包括紫杉烷、甲氨蝶呤和/或西妥昔单抗。抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗(嵌合的IgG1)或帕尼单抗(Panitumumab)可以作为单一试剂使用，与化学治疗(例如，铂/5-FU、顺铂)，或与放射治疗一起使用。尽管HNSCC中EGFR表达水平高，西妥昔单抗的单试剂响应率仅为13％，SD率为33％，目前尚无预测性生物标志物可用。
用于HNSCC的开发中的药物包括靶向PI3K途径的那些：BKM120(buparlisib)+西妥昔单抗、BYL719+西妥昔单抗、替西罗莫司(Temsirolimus)+西妥昔单抗、Rigosertib+西妥昔单抗；靶向MET途径的那些：Tivantinib+西妥昔单抗、Ficlatuzumab+西妥昔单抗；靶向EGFR/HER3途径的那些：Afatinib+西妥昔单抗+紫杉醇、Patritumab；靶向FGFR途径的那些：BGJ398；靶向CDK4/6–细胞周期途径的那些：Palbociclib、LEE011；RTK抑制剂：安罗替尼(Anlotinib)以及化疗：口服阿扎胞苷。HNSCC的更新的治疗选择包括免疫治疗，例如抗PD1或抗PDL1抗体。
虽然利用手术、放射、化学放射和诱导化疗对局部和局部区域疾病实现了高治愈率，复发性/转移性疾病的存活率仍然非常低，需要更好的治疗选择。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在治疗对象的HNSCC的方法。在某些实施方式中，所述HNSCC可以是HPV阴性的HNSCC。在某些实施方式中，所述HNSCC可以是复发性/反复性HNSCC。在某些实施方式中，所述HNSCC可以是转移性HNSCC。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HNSCC患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在治疗对象的唾液腺癌的方法。在某些实施方式中，所述唾液腺癌可以是晚期唾液腺癌。在某些实施方式中，所述唾液腺癌可以是转移性唾液腺癌。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定唾液腺癌患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在治疗对象的甲状腺癌的方法。在某些实施方式中，所述甲状腺癌可以是复发性/反复性甲状腺癌。在某些实施方式中，所述甲状腺癌可以是转移性甲状腺癌。在某些实施方式中，所述甲状腺癌可以是晚期甲状腺癌。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HNSCC患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
5.4.示范性的FTI和剂量
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在用替吡法尼治疗对象的癌症的方法，或选择替吡法尼治疗的癌症患者的方法。在某些实施方式中，所述方法包括用本文描述的或本领域已知的另一种FTI治疗所述对象。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述FTI口服、胃肠外、直肠或表面地施用。在某些实施方式中，所述FTI口服施用。在某些实施方式中，替吡法尼口服、胃肠外、直肠或表面地施用。在某些实施方式中，替吡法尼口服施用。
在某些实施方式中，所述FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI每天两次施用。在某些实施方式中，所述FTI以200-1200mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼每天两次施用。在某些实施方式中，替吡法尼以200-1200mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以600mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以900mg每天两次的剂量施用。
在某些实施方式中，所述FTI在治疗周期中施用。在某些实施方式中，所述FTI在交替的周中施用。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天施用。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。在某些实施方式中，替吡法尼在治疗周期中施用。在某些实施方式中，替吡法尼在交替的周中施用。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天施用。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。
在某些实施方式中，所述FTI施用至少3个周期。在某些实施方式中，所述FTI施用至少6个周期。在某些实施方式中，所述FTI施用达到12个周期。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用持续至少三个周期。在某些实施方式中，替吡法尼施用至少3个周期。在某些实施方式中，替吡法尼施用至少6个周期。在某些实施方式中，替吡法尼施用达到12个周期。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用持续至少三个周期。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在用替吡法尼治疗对象的HNSCC的方法。在某些实施方式中，所述HNSCC可以是HPV阴性的HNSCC。在某些实施方式中，所述HNSCC可以是复发性/反复性HNSCC。在某些实施方式中，所述HNSCC可以是转移性HNSCC。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HNSCC患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在用替吡法尼治疗对象的唾液腺癌的方法。在某些实施方式中，所述唾液腺癌可以是晚期唾液腺癌。在某些实施方式中，所述唾液腺癌可以是转移性唾液腺癌。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定唾液腺癌患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的另一种FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，本文提供的是根据H-Ras突变的存在用替吡法尼治疗对象的甲状腺癌的方法。在某些实施方式中，所述甲状腺癌可以是复发性/反复性甲状腺癌。在某些实施方式中，所述甲状腺癌可以是转移性甲状腺癌。在某些实施方式中，所述甲状腺癌可以是晚期甲状腺癌。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HNSCC患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的另一种FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HNSCC患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用替吡法尼，其中所述替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。在某些实施方式中，所述HNSCC患者具有复发的/难治的HNSCC。在某些实施方式中，所述HNSCC患者具有HPV阴性的HNSCC。
在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定唾液腺癌患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用替吡法尼，其中所述替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。
在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定甲状腺癌患者具有H-Ras突变，和随后(b)向所述对象施用替吡法尼，其中所述替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括向具有带H-Ras突变的实体肿瘤的患者施用第二治疗。在某些实施方式中，所述第二治疗是化疗，例如，顺铂、5-FU、卡铂、紫杉醇、或基于铂的双联体(例如，顺铂/5-FU或卡铂/紫杉醇)。在某些实施方式中，所述第二治疗是抗EGFR抗体治疗(例如，西妥昔单抗、Panitumumab、Afatinib)。在某些实施方式中，所述第二治疗是紫杉烷、甲氨蝶呤和/或西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述第二治疗是放射治疗。在某些实施方式中，所述第二治疗包括靶向PI3K途径的那些：BKM120(buparlisib)+西妥昔单抗、BYL719+西妥昔单抗、替西罗莫司(Temsirolimus)+西妥昔单抗、Rigosertib+西妥昔单抗；靶向MET途径的那些：Tivantinib+西妥昔单抗、Ficlatuzumab+西妥昔单抗；靶向EGFR/HER3途径的那些：Afatinib+西妥昔单抗+紫杉醇、Patritumab；靶向FGFR途径的那些：BGJ398；靶向CDK4/6–细胞周期途径的那些：Palbociclib、LEE011；RTK抑制剂：安罗替尼(Anlotinib)以及化疗：口服阿扎胞苷。在某些实施方式中，所述第二治疗是免疫治疗，例如抗-PD1抗体或抗-PDL1抗体。
6.实施例
要理解的是，还可以在本文提供的本发明的定义内提供实质上不影响本发明的各种实施方式的活性的修改。因而，以下实施例意图说明而不是限制本发明。本文提及的所有参考文献通过引用完全合并在本文中。
实施例I
鉴定与替吡法尼的临床效益相关的免疫学生物标志物
来自两项AML研究的骨髓样品中基因表达分布的分析以及多个细胞系中的替吡法尼IC50数据显示，多种免疫相关基因，特别是NK细胞相关基因与替吡法尼的更好的预后相关。虽然这些基因中的一些看起来对于替吡法尼治疗不是特异性的，其他基因包括KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM与替吡法尼的临床效益特异性相关，而不与其他非FTI化疗试剂例如阿糖胞苷和米托蒽醌相关。
当前的研究使用了骨髓样品的全局基因表达分析产生的微阵列数据，所述骨髓样品是在研究FTI替吡法尼的效力和安全性的两项临床研究中采集的。一项临床研究在患有早先未治疗的AML的65岁以上成年患者中进行，另一项在复发的和难治性AML中进行。早先公开了这些研究的临床结果(Lancet et al.,Blood 109:1387-1394(2007)；Harousseauet al.,Blood 9:9(2007)；Raponi et al.,Clin.Cancer Res.13:2254-2260(2007))，基因分布数据可在NCBI的Gene Expression Omnibus(GEO,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中公众获得，可通过GEO系列登记号GSE8970和GSE5122访问。
如中描述的，在用替吡法尼之前从同意的患者采集BM样品，就地处理单核细胞。从细胞样品提取总RNA，进行质量控制，并进一步加工用于微阵列分析。从同一样品分离DNA。分析样品的全局基因表达，和/或特定基因的定量聚合酶链式反应(QPCR)。
在临床研究报告中报道了对替吡法尼的响应，被定义为具有完全缓解(CR)、部份缓解(PR)或血液学改善(HI)的患者。PR和HI患者作为应答者被包括，因为早先显示了他们与实现CR的患者有类似的存活效益。简要地说，CR被定义为显示了所有细胞系有小于5％的正常成熟的成髓细胞，绝对嗜中性细胞计数(ANC)至少109个/L(1000个/μL)和血小板计数100×109个/L(100 000个/μL)的BM。PR被定义为ANC和血小板回复到上述水平，但具有5％到19％的BM胚细胞，以及BM胚细胞百分比距离基线有大于50％的降低。HI与PR定义相同，指示ANC恢复到0.5至1×109个/L(500至1000个/μL)，血小板计数恢复到20至100×109个/L(20000到100 000个/μL)。进行性疾病(PD)被定义为任一以下的：BM胚细胞百分比距离基线有超过50％提高(如果基线小于5％，超过5％的胚细胞，如果基线是5％到10％，超过10％的胚细胞，以及如果基线是10％到20％，超过20％的胚细胞)；循环胚细胞超过过50％的提高；在至少2个连续时刻新出现循环胚细胞；或骨髓外白血病的发展。稳定的疾病(SD)被定义为不满足CR、PR、HI或PD指标的任何响应。
Kaplan Meier曲线用于研究生物标志物值与临床效益之间的关系。鉴定出多个NK细胞相关基因，在某些替吡法尼患者中观察到长时间的响应，以及NK细胞中RAS介导的信号转导的作用支持了，AML患者对替吡法尼治疗的响应性可能来自免疫细胞的骨髓浸润。
1.KIR2DS5表达水平与替吡法尼的临床效益的相关性
如附图1A所示，KIR2DS5的表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的结局相关。当基于不同的临床反应对患者分类时，发现的是，PD患者在KIR2DS5表达连续群(continuum)的下端聚簇；CR患者在KIR2DS5表达连续群的上端聚簇；HI和SD患者在CR和PD组之间聚簇。
另外，在KIR2DS5的表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的PFS之间鉴定出强相关性(附图1B)。KIR2DS5表达水平处在最高(第4)四分位的患者与其余患者相比具有统计学上显著更长的PFS。该相关性支持了可以根据KIR2DS5的表达水平选择进行替吡法尼治疗的AML患者以提高响应治疗的可能性。
2.KIR2DS2与KIR2DL2的表达比例与替吡法尼的临床效益之间的特异相关性
如附图2A和2B中显示，KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例(2DS2/2DL2比例)与替吡法尼治疗的AML患者的PFS(附图2A)和OS(附图2B)两者强烈相关。如所显示的，2DS2/2DL2比例处在最高(第4)四分位的患者与其他患者群体相比具有统计学上显著更长的PFS(中值＝431天)和OS(中值＝750天)。
另外，2DS2/2DL2比例与临床效益之间的相关性特异于替吡法尼，其他非FTI化疗试剂例如阿糖胞苷和米托蒽醌没有观察到相关性(Chemotherapy data from Metzeler KHet al.,Blood,112:4193-201(2008))。如附图3A和3B以及下表所示，用高剂量阿糖胞苷和米托蒽醌治疗的AML患者的生存概率在最高五分位2DS2/2DL2比例的患者与其他患者之间是无区别的。
2DS2/2DL2比例与替吡法尼的临床效益之间的特异相关性支持了，可以根据2DS2/2DL2比例选择进行替吡法尼治疗的AML患者以提高对治疗的总体响应。
3.KIR2DS5与KIR2DL5的表达比例与替吡法尼的临床效益之间的特异相关性
如附图4A所示，KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5A的表达水平的比例(2DS5/2DL5比例)与替吡法尼治疗的AML患者的PFS和OS都强烈相关。如所显示的，2DS5/2DL5A比例处在最高(第4)四分位的患者与其他患者群体相比具有统计学上显著更长的PFS和OS。
另外，2DS5/2DL5比例与临床效益之间的相关性特异于替吡法尼，其他非FTI化疗试剂例如阿糖胞苷和米托蒽醌没有观察到相关性(Chemotherapy data from Metzeler KHet al.,Blood,112:4193-201(2008))(附图4B)。如附图4B所示，用大剂量阿糖胞苷和米托蒽醌治疗的AML患者的生存概率在不同2DS5/2DL5比例的患者中没有区别。
2DS5/2DL5比例与替吡法尼的临床效益之间的特异相关性支持了，可以根据2DS5/2DL5比例选择进行替吡法尼治疗的AML患者以提高对治疗的总体响应。
4.GZMM表达水平与替吡法尼的临床效益的特异相关性
如附图5所示，GZMM的表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的结局相关。当根据不同的临床响应分类患者时，发现PD患者在GZMM表达连续群的下端聚簇，具有四个群体(CR、HI、SD和PD)之中最低的GZMM中位表达水平。CR患者在GZMM表达连续群的上端聚簇，在四个群体中具有最高的GZMM中位表达水平。
另外，在GZMM的表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的OS和PFS之间也鉴定出强相关性(附图6A)。GZMM表达水平处在最高(第4)四分位的患者与其余患者相比具有统计学上显著更长的OS和PFS。GZMM表达水平与临床效益之间的相关性特异于替吡法尼，其他非FTI化疗试剂，例如，阿糖胞苷和米托蒽醌没有观察到相关性(附图6B)。该特异相关性支持了可以根据GZMM的表达水平选择进行替吡法尼治疗的AML患者以提高对治疗的总体响应的可能性。
5.KIR2DS2表达水平与替吡法尼的临床效益的特异相关性
如附图7A所示，KIR2DS2的表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的结局相关。在KIR2DS2的表达水平与用替吡法尼治疗的AML患者的OS之间鉴定出强相关性(附图7A)。KIR2DS2表达水平处在最高(第4)四分位的患者与其余患者相比具有统计学上显著更长的OS(附图7A和附图7B，左上画面)。
如附图7B和下表所示，KIR2DS2的表达与临床效益强烈相关，包括完全响应率和存活终点。处在KIR2DS2表达的上部(第4)四分位的患者具有564天的中位存活，而处在KIR2DS2表达的第1-第3四分位的患者具有153天的中位存活。相比之下，在参与德国AML合作小组1999研究(AMLCG 1999)的51例早先未治疗的老年(>65岁)AML患者中，在NK细胞标志物包括KIR2DS2的表达与来自化疗的临床效益之间没有鉴定出相关性(附图7B，右侧画面)。先前的2期临床试验中用替吡法尼治疗的34例早先未治疗的不良风险老年AML患者中，25人患有在先的MDS。这种特异相关性支持了可以根据KIR2DS2的表达水平选择进行替吡法尼治疗的癌症患者以提高对AML和MDS治疗的响应可能。
实施例II
A.替吡法尼临床试验的AML患者的分层。
可以进行临床试验，其包括KIR分型作为患者纳入指标的部分。例如，可以在大于60岁或不适合标准化疗，或患有难治性或复发的AML的AML患者中进行替吡法尼治疗的研究。
在AML患者进入临床试验之前，从患者获得骨髓样品或血液样品。所述样品然后进行微阵列分析。根据厂家的指导(Qiagen)从Trizol处理的骨髓的样品分离DNA。分析样品的全局基因表达和特定基因的定量聚合酶链式反应(QPCR)，包括KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5和KIR2DL5。此外，微阵列分析提供患者的KIR基因的基因型。如果患者被鉴定为KIR2DS2基因的携带者或KIR2DS5基因的携带者，则容许患者进行替吡法尼试验。示范性的纳入指标可以是如下的：
-AML诊断的病理确认(>＝20％的骨髓胚细胞)
-ECOG表现状态0或1
-患者必须能给予告知同意
-SGOT和SGPT＝<2.5x正常界限(1级)
-血清肌酸酐＝<1.5x正常界限(1级)
-AML(任何以下的)：
->＝70岁的成年人中新诊断的AML
->＝60岁的成年人中来自MDS的新诊断的AML
-活检证明的复发或难治的AML
->＝30,000个白血病胚细胞/μL的白细胞过多
-骨髓活检确认的KIR2DS2或KIR2DS5的携带者。
示范性的给药方案可以是：在第1-21天患者接受口服(PO)的600mg替吡法尼每天两次(B.I.D.)。在没有疾病进展或不可接受的毒性的情况下疗程每28天重复。
完全缓解(CR)率和部份缓解(PR)率可以是试验的主要结局度量。
B.替吡法尼临床试验的MDS患者以免疫细胞标志物作为第二终点
可以进行临床试验，其包括KIR分型作为患者纳入指标的部分。例如，可以在患有MDS，或具体地，患有较低风险MDS的AML患者中进行替吡法尼治疗的研究。研究的主要终点是根据成年人骨髓增生异常/骨髓增殖性赘生物国际工作组指标或相关的响应评估系统的输血独立性。第二终点可以包括免疫细胞标志物的分析，特别是NK细胞标志物，例如KIR2DS2、KIR2DS5、KIR2DL2、KIR2DL5和GZMM。
当患有较低风险MDS的患者进入临床试验时，从所述患者获得骨髓样品或血液样品。所述样品然后进行微阵列分析。根据厂家的指导(Qiagen)从Trizol处理的骨髓的样品分离DNA。分析样品的全局基因表达和特定基因的定量聚合酶链式反应(QPCR)，，例如，KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM。此外，微阵列分析提供患者的KIR基因的基因型。
示范性的给药方案可以是：在第1-21天患者接受口服(PO)的600mg替吡法尼每天两次(B.I.D.)。在没有疾病进展或不可接受的毒性的情况下疗程每28天重复。
还可以使用伴随诊断测试来辅助患有较低风险MDS的患者群体中替吡法尼临床试验的患者选择。可以使用本文描述的或本领域已知的检测NK细胞中KIR基因存在或缺乏的遗传学分析。也可以使用如本文描述的(例如，基于PCR的分析)或本领域已知的测定生物标志物表达水平的分析，可以确定用于患者选择的最佳生物标志物筛截指标用于后续临床研究。
实施例III
CMML患者的个体化治疗判断
可以采用以下过程来确定CMML患者是否适合于FTI治疗，例如，替吡法尼治疗。
在治疗前从患者采集BM样品，就地处理单核细胞。使用Trizol试剂盒(Qiagen,Santa Clarita,CA)从细胞样品提取总RNA。通过在Agilent Bioanalyzer(Agilent,PaloAlto,CA)上评估核糖体带的存在来确定RNA质量。质量良好的样品进一步处理用于微阵列分析。
对于每份样品，根据厂家的说明书使用High Capacity cDNA ReverseTranscription试剂盒(Applied Biosystems,Foster City,CA)将1g总RNA(通过OD260测定的)进行逆转录。样品然后可以在25℃孵育10分钟，然后37℃孵育30分钟以获得最佳RNA转化。使用ABI Prism 7900HT序列检测系统(Applied Biosystems)进行QPCR，所有样品运行三次。每个反应含有5μL含有尿嘧啶-N-糖基化酶(Applied Biosystems)的TaqmanUniversal PCR Master Mix，4.5μL cDNA模板和0.5μL20X Assay on Demand GeneExpression Assay Mix(Applied Biosystems)或9pmol正向和反向引物以及2.5pmol探针，总反应体积10μL。选择所有引物和荧光素亚酰胺(FAM)荧光探针集以产生少于100个核苷酸的扩增子，从而允许扩增来自降解的RNA样品的转录产物。设计引物和探针用于KIR2DS2和KIR2DL2的特异性扩增。所有引物集跨越外显子边界，因此特异性扩增mRNA转录产物而不是基因组DNA。
然后使用本领域已知的方法(例如，Ma et al.,Cancer Cell,5:607-616(2004)，通过引用将其完全合并在本文中)计算KIR2DS2/KIR2DL2表达比例。通过从样品组中减去平均Ct，除以标准偏差，然后计算每个基因的正常化的Ct值的差，将原始Ct值正常化。
如本文描述的，KIR2DS2/KIR2DL2的参考表达比例可以通过统计分析来确定。如附图2A和2B(上文实施例I和II)所示，例如，参考表达比例可以是将2DS2/2DL2比例处于最高(第4)四分位的患者与其余患者区分的表达比例。因而，如果CMML患者的2DS2/2DL2比例被确定高于所述参考比例(即，CMML患者的2DS2/2DL2比例处于最高的(第4)四分位中)，不阻止患者接受替吡法尼治疗，然后开具替吡法尼治疗的处方。另一方面，如果确定CMML患者的2DS2/2DL2比例低于参考比例，则不建议使用替吡法尼治疗。
如果向CMML患者开具替比法尼治疗，则CMML患者可以同时接受肿瘤学家认为合适的另一种治疗，例如电离辐射或第二种活性剂或支持护理治疗。所述第二活性试剂可以是DNA低甲基化试剂，例如，阿扎胞苷或地西他滨。
实施例IV
野生型K-RAS/N-RAS状态的骨髓和淋巴样细胞系中替吡法尼的IC50更低
如下表所示，多个骨髓和淋巴样细胞系中的替吡法尼IC50数据分析显示，带有密码子12、13和/或61N-Ras或K-Ras突变的细胞系对替吡法尼有抗性，而不带有这些突变的细胞系，包括具有野生型N-Ras和K-Ras的那些细胞对替吡法尼治疗更为敏感。
骨髓和淋巴样细胞系的替吡法尼IC50
数据来自癌症的药物过敏性基因组学(Genomics of Drug Sensitivity inCancer，“GDSC”)。
实施例V
用替吡法尼治疗的带有N-Ras/K-Ras野生型肿瘤状态的MDS/CMML患者中持久的响 应
患有MDS的二十一位患者在1期剂量递增研究中用替吡法尼治疗。替吡法尼每天两次施用(8周的3周施用/1周停用方案)(起始剂量，300mg口服每天两次；总量600mg)。
在20名可评价患者中的6名(30％)观察到客观响应3HI、2PR和1CR。如下文表2所示，带有野生型N-RAS和K-Ras的MDS患者更可能具有持久的响应(Kurzrock et al.,Blood,102(13):4527-34(2003))。
*患者以600mg/d的总日剂量开始，但是剂量在2周后降低。
RAEB：具有过量胚细胞的难治性贫血。
实施例VI
用替吡法尼治疗的具有N-Ras野生型状态的AML患者中延长的PFS和更高的响应率
CTEP-20是在早先未治疗的老年AML患者或不适合的AML患者中替吡法尼的2期临床试验。(Raponi et al.,Blood 111:2589-96(2008))。
对32名患者测定N-Ras基因状态。如附图8所示，与具有突变N-RAS的患者(PFS＝65天)相比，具有野生型N-RAS的AML患者(PFS＝157天)中观察到更好的PFS的趋势。如附图9所示，具有野生型N-Ras的患者(43％ORR)与具有突变N-Ras的患者(27％ORR)相比具有更高的响应率。因而，可以根据RAS基因的突变状态选择进行替吡法尼治疗的AML患者以提高治疗的响应性。
实施例VII
根据RAS突变状态分层的CMML患者中的替吡法尼临床试验
这个实施例描述了替吡法尼的2期临床研究，其主要目的是就骨髓增生增生异常/骨髓增殖国际工作组(MDS/MPN IWG)指标的客观响应率(ORR)而言，评估替吡法尼在患有慢性骨髓单核细胞白血病(CMML)的对象和在疾病为KRAS/NRAS野生型的CMML对象中的抗肿瘤活性。第二目标包括获得替比法尼对CR率的、完全细胞遗传学缓解、部分缓解、骨髓反应和临床效益的影响；响应的持续时间；1年的PFS比率，1年的存活比率；根据美国国立癌症研究所通用术语标准关于有害事件的4.03版(NCI CTCAE v 4.03)的有害事件(AE)分布。
这一2期研究研究了在患有CMML的对象中就替吡法尼的ORR而言的抗肿瘤活性。达到20名合格的对象加入研究，根据对象的KRAS和/或NRAS突变状态，回顾性地分层到两个层次之一中(大约每层10名对象)。第一层可以包括具有肿瘤KRAS和NRAS野生型状态的对象。第二层可以包括具有肿瘤KRAS突变、NRAS突变或双突变状态的对象。
对象可以在28天周期的交替的周中(第1-7天和第15-21天)以每天两次(b.i.d.)随食物口服900mg的起始剂量接受替吡法尼施用持续7天。根据研究者的判断，如果对象在900mg剂量水平没有经历剂量限制性毒性，替吡法尼的剂量可以增加到1200mg b.i.d.。发生与替吡法尼有关且持续≥14天的严重有害事件(SAE)或≥2级的治疗紧急有害事件(TEAE)的对象将不会经历剂量递增。还可以容许逐步的300mg剂量降低来控制治疗相关的、治疗紧急的毒性。
在没有不可管理的毒性的情况下，对象可以继续接受替吡法尼治疗直到疾病进展。如果观察到完全响应，替吡法尼的治疗可以在响应开始后维持至少6个月。
疾病评估(骨髓、血液学和生活质量评估)可以在筛查时进行，和在第2、4、6个周期和此后大约每12周(第9、12、15个周期，等)期间的第22天就诊(±5天)时进行。血液学评估，包括外周血评估和输血要求评估，可在筛查时进行，以及至少每月进行，直至疾病进展。在第1周期第1天之前4周内已经进行骨髓抽吸/活检证实其诊断的对象中，筛查骨髓抽吸/活检对于开始治疗是不必要的，并且可以提供完成研究目标的样品。如果骨髓抽吸对于按日程的疾病评估是不适当的，可以进行骨髓活检。如果研究员认为必需，可以进行其他疾病或血液学评估。尽可能保持疾病和血液学评估的时间独立于潜在的治疗周期延迟。
实施例VIII
CMML患者的个体化治疗判断
可以采用以下过程来确定CMML患者是否适合于FTI治疗，例如，替吡法尼治疗。
DNA主要可以从CMML出现时患者的骨髓细胞(单核细胞或淡黄层)或外周血中提取。通过DNA测序，在ABI 3100测序仪(Applied Biosystems,Foster City,CA)上使用引物适应的链终止方法确定N-Ras和K-Ras的突变状态。当直接测序为阴性时，克隆(OriginalTA Cloning Kit；Invitrogen,Groningen,the Netherlands)PCR产物并测序。
如果CMML患者被确定为在K-Ras或N-Ras的密码子12、13和61处没有任何突变，或如果CMML患者被确定具有野生型K-Ras和N-Ras，以及如果所述患者另外未被阻碍接受替吡法尼治疗，开具替吡法尼治疗的处方。另一方面，如果CMML患者被确定具有引起N-Ras或K-Ras活化的N-Ras或K-Ras突变，不建议替吡法尼治疗。
如果向CMML患者开具替比法尼治疗，则CMML患者可以同时接受肿瘤学家认为合适的另一种治疗，例如电离辐射或第二种活性剂或支持护理治疗。所述第二活性试剂可以是DNA低甲基化试剂，例如，阿扎胞苷或地西他滨。
实施例IX
根据HRAS突变分层的实体肿瘤患者中的替吡法尼临床试验
启动2期临床试验，在具有已知的HRAS突变的晚期肿瘤的治疗中使用替吡法尼。临床试验设计包括纳入2组各18名患者。组1纳入独立于甲状腺组织学、具有HRAS突变的恶性甲状腺瘤的对象。组2纳入满足合格标准、具有不同于甲状腺癌的非血液学HRAS突变肿瘤的任何患者。
这些临床试验被设计以包括两个阶段，第一个阶段包括11名可评估的患者，第二阶段包括另外7名克评估的患者，如果在第一阶段在组中观察到一个或没有客观响应，该组不会进行到第二阶段。如果在18名对象的组中观察到至少4例响应，临床试验被认为是阳性的。主要终点是客观响应率，根据实体肿瘤1.1版标准的响应评估标准(需要确认响应)进行肿瘤响应评估。
根据该方案，在28天周期的交替的周(第1-7天和第15-21天)中以每天两次(b.i.d.)随食物口服900mg的起始剂量，将替吡法尼施用给纳入的患者持续7天。根据研究者的判断，如果对象在900mg剂量水平没有经历剂量限制性毒性，替吡法尼的剂量可以增加到1200mg b.i.d.。发生与替吡法尼有关且持续≥14天的严重有害事件(SAE)或≥2级的治疗紧急有害事件(TEAE)的对象将不会经历剂量递增。还可以容许逐步的300mg剂量降低来控制治疗相关的、治疗紧急的毒性。
四名可评估的患者纳入第一组(带有HRAS突变的恶性甲状腺瘤的患者)，11名可评估的患者纳入第二组(具有HRAS突变的、不同于甲状腺癌的非血液学恶性肿瘤的患者)。在第二组中，这些患者中的三人具有复发/难治的头颈癌，这三人中的两人经历了被确认的客观部分响应(PR)，第三名患者经历了疾病稳定超过个六个月(>8个月)。所有三名头颈癌患者是HPV阴性的。所有头颈癌患者维持了研究。在3周期治疗之后在两名PR患者中观察到响应，一人六个周期，另一人三个周期。另外，五名被纳入的患者患有带HRAS突变的唾液腺癌，他们中的三人经历了疾病稳定超过六个月(>7个月、9个月和>11个月)。组2进行到试验的第二阶段，每个试验方案纳入另外七名患者。
实施例X
实体肿瘤患者的个体化治疗判断
可以采用以下过程来确定患有实体肿瘤的患者是否适合于FTI治疗，例如，替吡法尼治疗。所述患者可以患有甲状腺瘤。所述患者可以患有唾液肿瘤。所述患者还可以患有头颈肿瘤。所述头颈肿瘤可以是头颈肿瘤鳞状细胞癌。
可以从患者的肿瘤样品提取DNA。通过DNA测序，在ABI 3100测序仪(AppliedBiosystems,Foster City,CA)上使用引物适应的链终止方法确定H-Ras的突变状态。当直接测序为阴性时，克隆(Original TA Cloning Kit；Invitrogen,Groningen,theNetherlands)PCR产物并测序。
如果患有实体肿瘤的患者被确定具有H-Ras的密码子12、13和61处的突变，或引起H-Ras活化的其他突变，以及如果所述患者不被另外阻碍接受替吡法尼治疗，开具替吡法尼治疗的处方。另一方面，如果患者被确定不具有引起H-Ras活化的任何突变，或具有野生型H-Ras，不建议替吡法尼治疗。
如果向患者开具替比法尼治疗，则患者可以同时接受肿瘤学家认为合适的另一种治疗，例如电离辐射或第二种活性剂或支持护理治疗。在头颈鳞状细胞癌患者中，其他治疗可以是抗EGFR抗体治疗、抗PD1/PDL1治疗。

Claims (21)

1.一种治疗对象的实体肿瘤的方法，包括
(a)确定来自所述对象的样品中H-Ras突变的存在或缺乏，和随后
(b)如果所述样品被确定具有H-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的法尼基转移酶抑制剂(FTI)。
2.权利要求1的方法，其中所述H-Ras突变包含选自由G12、G13、Q61和其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。
3.权利要求1的方法，其中所述癌症是选自以下构成的组的实体肿瘤：肝细胞癌、头颈癌、唾液腺肿瘤、甲状腺瘤、尿路上皮癌、乳腺癌、黑素瘤、胃癌、胰腺癌和肺癌。
4.一种治疗对象的癌症的方法，包括
(a)确定来自所述对象的样品中Ras突变的存在或缺乏，所述Ras突变包含K-Ras突变或N-Ras突变，和随后
(b)如果所述样品被确定缺乏所述K-Ras突变或所述N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的法尼基转移酶抑制剂(FTI)。
5.权利要求4的方法，其中所述样品具有野生型K-Ras。
6.权利要求4的方法，其中所述样品具有野生型N-Ras。
7.权利要求4的方法，其中所述样品是肿瘤活检物。
8.权利要求4的方法，其中所述体液样品是血液样品、血清样品或骨髓样品。
9.权利要求4的方法，其中所述癌症是骨髓增殖性赘生物(MPN)、骨髓增生异常综合症(MDS)、慢性单核细胞性白血病(CMML)、急性骨髓性白血病(AML)、天然杀伤细胞淋巴瘤(NK淋巴瘤)、天然杀伤细胞白血病(NK白血病)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)、慢性粒细胞性白血病(CML)或实体肿瘤。
10.权利要求9的方法，其中所述癌症是CMML。
11.一种治疗对象的癌症的方法，包括
(a)对所述对象进行KIR分型，其中所述对象是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，和
(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。
12.权利要求11的方法，其中所述对象是KIR2DS2的携带者。
13.权利要求11的方法，其中所述对象是KIR2DS5的携带者。
14.权利要求11的方法，进一步包括对所述对象进行HLA分型，其中所述对象是HLA-C2的携带者。
15.一种治疗对象的癌症的方法，包括
(a)测定来自所述对象的样品中选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组的生物标志物的表达水平，其中
(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；
(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；
(vi)KIR2DS2的表达水平与所述样品中KIR2DL2的表达水平的比例高于参考比例；或
(vii)KIR2DS5的表达水平与所述样品中KIR2DL5的表达水平的比例高于参考比例；以及
(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。
16.权利要求15的方法，其中所述样品是血液样品或骨髓样品。
17.权利要求11的方法，其中所述癌症是急性骨髓性白血病(AML)、骨髓增生异常综合症(MDS)、慢性单核细胞性白血病(CMML)、天然杀伤细胞淋巴瘤(NK淋巴瘤)、天然杀伤细胞白血病(NK白血病)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)、慢性粒细胞性白血病(CML)或实体肿瘤。
18.权利要求11的方法，其中所述癌症是较低风险MDS。
19.权利要求1的方法，其中所述FTI是替吡法尼。
20.一种用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性的试剂盒，包括至少一种用于对所述癌症患者进行KIR分型的试剂，和辅助试剂，其中如果所述癌症患者是KIR2DS2或KIR2DS5的携带者，所述癌症患者被预测响应FTI治疗。
21.一种用于预测癌症患者对FTI治疗的响应性的试剂盒，包括用于测定来自所述癌症患者的样品中至少一种生物标志物的表达的至少一种试剂，和辅助试剂，其中所述生物标志物选自由KIR2DS2、KIR2DL2、KIR2DS5、KIR2DL5和GZMM构成的组；其中如果出现以下情况，所述癌症患者被预测为响应FTI治疗
(i)所述样品中KIR2DS2的表达水平高于KIR2DS2的参考表达水平；
(ii)所述样品中KIR2DL2的表达水平低于KIR2DL2的参考表达水平；
(iii)所述样品中KIR2DS5的表达水平高于KIR2DS5的参考表达水平；
(iv)所述样品中KIR2DL5的表达水平低于KIR2DL5的参考表达水平；
(v)所述样品中GZMM的表达水平高于GZMM的参考表达水平；
(vi)所述样品中KIR2DS2的表达水平与KIR2DL2的表达水平的比例高于参考比例；或
(vii)所述样品中KIR2DS5的表达水平与KIR2DL5的表达水平的比例高于参考比例。
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