JP2023524592A - Ｋｒａｓ変異をモニタニングする方法 - Google Patents

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Abstract

癌治療の転帰を改善するための方法、組成物及びキット、並びに癌治療に対する対象の応答性を決定するための方法、組成物及びキットが提供される。癌治療は、対象にＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）を投与することを含み得る。【選択図】図７

Description

関連出願の相互参照
本願は、２０２０年５月８日に出願された米国特許出願第６３／０２２，１２９号の優先権の利益を主張するものであり、その内容は全体が本明細書の一部として援用される。
本願は一般に、癌治療に関する。より具体的には、癌治療の有効性を予測及びモニタリングするための方法が提供される。
ポロ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）は、セリン・トレオニンタンパク質キナーゼファミリーの５つのメンバーの中で最もよく特徴付けられたメンバーであり、有糸分裂を介して細胞の進行を強く促進させる。ＰＬＫ１は、細胞周期の有糸分裂（Ｍ）期を通じて、中心体の成熟と紡錘体の組み立ての調節、染色体アームからのコヒーシンの除去、後期促進複合体／サイクロソーム（ＡＰＣ／Ｃ）阻害剤の不活性化、及び有糸分裂終了と細胞質分裂の調節を含む、幾つかの重要な機能を遂行する。ＰＬＫ１は、中心体機能と双極紡錘体の組み立てに重要な役割を果たす。ＰＬＫ１は又、ｐ５３／ＴＰ５３のユビキチン化と続いての分解、ｐ７３／ＴＰ７３を介したアポトーシス促進機能の阻害、及びオーロラキナーゼＡの補因子であるｂｏｒａのリン酸化／分解を引き起こすｐ５３ファミリーの負のレギュレーターとして働く。有糸分裂の様々な段階において、ＰＬＫ１は中心体、動原体及び中心紡錘体に局在する。ＰＬＫ１は有糸分裂のマスターレギュレーターであり、ＡＭＬを含む様々なヒトの癌で異常な過剰発現を見せ、細胞増殖や予後不良に相関している。ＰＬＫ１阻害剤を含む癌治療の臨床効果及び転帰を予測／決定するための方法が必要とされている。
癌治療に対する対象の応答性を決定するための方法、組成物及びキット、癌治療の転帰を改善するための方法、組成物及びキット、並びに癌を治療するための方法、組成物及びキットが提供される。
本明細書に開示されるものとして、癌治療に対する対象の応答性を決定する方法が含まれる。幾つかの実施形態では、癌治療に対する対象の応答性を決定する方法は、癌を有する対象を治療することを含み、その治療は、対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む。本方法は、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することを含む。本方法は、ＫＲＡＳ遺伝子変異に検出された変化に基づいて癌治療に対する対象の応答性を決定することを含む。
幾つかの実施形態では、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することは、（１）対象が癌治療を受けている間、（２）対象が癌治療を受ける前、（３）対象が癌治療を受けた後、又はそれらの組合せに、対象においてＫＲＡＳ遺伝子の１以上の突然変異を検出することを含む。幾つかの実施形態では、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することは、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異を２回以上検出することを含み、任意選択により、その２回以上のうち少なくとも２回は、５、７、１４、２８、又は３５日以内に生じる。
幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異の変化は、（１）対象が癌治療を受けている間のＫＲＡＳ遺伝子変異の変化、（２）対象が癌治療を受ける前から対象が癌治療を受けている間へのＫＲＡＳ遺伝子変異の変化、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することは、ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出することを含む。幾つかの実施形態では、変異体対立遺伝子頻度は、突然変異体対立遺伝子頻度(mutant allelic frequency)（ＭＡＦ）である。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、対象由来のサンプルにおけるＫＲＡＳ変異対立遺伝子の数（例えば総数）として測定され、ＫＲＡＳ遺伝子変異の変化も相応に決定することができる。
幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度は、総突然変異数、平均変異体対立遺伝子頻度、血漿１ｍｌ当たりのＫＲＡＳ変異対立遺伝子の数、又はそれらの組合せにより決定される。幾つかの実施形態では、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することが、対象由来の生物学的サンプル、又はその派生物においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することを含む。幾つかの実施形態では、生物学的サンプルは、体液、全血、血漿、１以上の組織、１以上の細胞、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施形態では、体液は、血液、血漿、尿、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施形態では、生物学的サンプルは、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施形態では、本方法は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又は次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を用いてｃｔＤＮＡを分析することを含み、ＰＣＲは、任意選択により液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）である。
幾つかの実施形態では、対象は、ＰＬＫ１阻害剤治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に１以上の突然変異を有する。幾つかの実施形態では、対象は、ＰＬＫ１阻害剤治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に突然変異を持たない。幾つかの実施形態では、癌は、１以上のＫＲＡＳ変異に関連する癌、例えば、ＫＲＡＳ変異に関連する肺癌（例えば非小細胞肺癌）、大腸癌、前立腺癌、又はそれらの組合せである。
幾つかの実施形態では、対象の応答性を決定することが、対象が治療の応答者であるかどうか、対象が完全回復(complete recover)（ＣＲ）であるかどうか若しくはそれに向かうかどうか、又は対象が部分寛解(partial remission)（ＰＲ）であるかどうか若しくはそれに向かうかどうかを決定することを含む。幾つかの実施形態では、対象の応答性を決定することが、対象の無増悪生存期間(progression-free survival)（ＰＦＳ）を決定することを含む。幾つかの実施形態では、対象の応答性を決定することが、対象が治療に対して部分応答を示すかどうか、対象が治療に対して完全応答を示すかどうか、対象が病勢安定（ＳＤ）を示すかどうか、又は対象が病勢進行（ＰＤ）を示すかどうかを決定することを含む。
幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、サンプルにおいてＫＲＡＳ変異の量を決定すること、サンプルにおける総ＫＲＡＳ量に比例してＫＲＡＳ変異の量を決定すること、又はその両方により測定される。
幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が少なくとも２５％、少なくとも５０％、又は少なくとも７５％の減少であればＰＬＫ１阻害剤による癌治療が維持され、任意選択により、その減少は癌治療のサイクル１の終了時又は癌治療のサイクル２の１日目に検出される。幾つかの実施形態では、癌治療は、少なくとも１か月間、少なくとも３か月間、又は少なくとも６か月間である。幾つかの実施形態では、癌治療は化学療法を含み、ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が癌治療を６か月間受けた後に少なくとも５０％又は少なくとも７５％の減少であれば、癌治療は化学療法を部分的又は完全に除去するように変更される。例えば、ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が７５％未満の減少であれば、付加的癌療法（例えば化学療法）を併用するオンバンセルチブによる癌治療を維持することができ、付加的癌療法（例えば化学療法）を併用するオンバンセルチブによる癌治療は、付加的癌療法（例えば化学療法）を部分的に又は完全に除去することによって変更することができる。
幾つかの実施形態では、本方法は、化学療法の部分的又は完全な除去の後にＫＲＡＳ変異を測定すること、及びＫＲＡＳ変異レベルが化学療法の除去時のＫＲＡＳ変異レベルに比べて増加していれば化学療法を再開することを更に含む。ＫＲＡＳ変異の測定は、化学療法の部分的又は完全な除去の後、例えば、１５日、１か月、２か月、３か月、６か月、１年、２年、３年、又はこれらの値のいずれか２つの間の範囲であり得る。幾つかの実施形態では、この減少は、癌治療のサイクル１の終了時又は癌治療のサイクル２の１日目に検出される。
幾つかの実施形態では、サンプルにおけるＫＲＡＳ変異がサンプルにおけるＫＲＡＳの０．０１％未満又は０．００１％未満に減少していれば、ＰＬＫ１阻害剤による癌治療は維持される。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が５０％未満、２５％未満、又は１０％未満の減少であれば、ＰＬＫ１阻害剤による癌治療は変更又は中止され、任意選択により、この減少は、癌治療のサイクル１の終了時又は癌治療のサイクル２の１日目に検出される。幾つかの実施形態では、癌治療は化学療法を含まず、ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が５０％未満又は７５％未満の減少であれば、癌治療は化学療法を追加するように変更される。幾つかの実施形態では、化学療法はイリノテカンを含み、任意選択により、化学療法はＦＯＬＦＩＲＩである。幾つかの実施形態では、サンプルにおけるＫＲＡＳ変異がサンプルにおけるＫＲＡＳの０．０１％未満又は０．００１％未満に減少しなければ、ＰＬＫ１阻害剤による癌治療は変更又は中止される。
幾つかの実施形態では、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することは、対象がＰＬＫ１阻害剤治療を受けた後に対象に出現した１以上のＫＲＡＳ変異を検出することを含む。
本発明に開示されるものとしては、癌治療の転帰を改善する方法が含まれる。幾つかの実施形態では、癌治療の転帰を改善する方法は、第１のサンプルの第１の時点において、対象のＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出することを含み、第１の時点は対象が癌治療を開始する前、又は癌治療中であり、癌治療は、対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む。本方法は、対象の後に１以上の付加的サンプルにおいて１以上の付加的時点で対象におけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出することを含み、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは癌治療中である。本方法は、第１のサンプルと１以上の付加的サンプルの間のＫＲＡＳの変異体対立遺伝子頻度の違いを決定することを含み、第１のサンプルと比べての、１以上の付加的サンプルのうち少なくとも１つにおける変異体対立遺伝子頻度の減少は、対象が癌治療に応答することを示す。本方法は、対象が癌治療に応答すると示されれば、対象に対する癌治療を継続すること、又は対象が癌治療に応答すると示されなければ、対象に対する癌治療を中止する、及び／若しくは対象に対して異なる癌治療を開始することを含む。幾つかの実施形態では、第１の時点は、対象が癌治療を開始する前である。幾つかの実施形態では、付加的時点のうち少なくとも２つは癌治療中である。
本明細書で開示されるものとしては、癌を治療する方法が含まれる。幾つかの実施形態では、癌を治療する方法は、癌を有する対象を治療することを含み、この治療は、対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む。本方法は、対象が癌治療を受ける前又は癌治療中の第１の時点で得られた対象の第１のサンプルにおけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度又は単位当たりのＫＲＡＳ突然変異体コピー数に比べての、対象が癌治療を開始した後の第２の時点で得られた対象の第２のサンプルにおけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度における減少を決定することを含む。本方法は、前記癌治療を継続することを含む。
幾つかの実施形態では、第１の時点は、癌治療の前又は直前である。幾つかの実施形態では、第１の時点は癌治療中、任意選択により、癌治療の５、７、１４、又は２８日目である。幾つかの実施形態では、１以上の付加的時点は癌治療中であり、任意選択により、癌治療の５、７、１４、２８、又は３５日目である。幾つかの実施形態では、第１の時点及び１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは、癌治療の第１のサイクル中である。幾つかの実施形態では、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは癌治療の第１のサイクル中であり、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは癌治療の第２のサイクル中である。
幾つかの実施形態では、変異体対立遺伝子頻度は、突然変異体対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）である。幾つかの実施形態では、決定工程は、第１のサンプル及び／又は第２のサンプルの単位当たりの突然変異体コピー数の減少を決定することを含み、前記単位は任意選択によりｍｌであり、任意選択により、第１のサンプル及び／又は第２のサンプルは血漿サンプルである。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度は、総突然変異数、平均変異体対立遺伝子頻度、ＫＲＡＳ変異対立遺伝子の数、又はそれらの組合せにより決定される。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出することは、対象由来の生物学的サンプル又はその派生物においてＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出することを含む。
幾つかの実施形態では、生物学的サンプルは、体液、全血、血漿、１以上の組織、１以上の細胞、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施形態では、体液は、血液、血漿、尿、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施形態では、生物学的サンプルは、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、又はそれらの組合せを含む。
幾つかの実施形態では、本方法は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又は次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を用いてｃｔＤＮＡを分析することを含み、ＰＣＲは任意選択により、液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）である。
幾つかの実施形態では、対象は、ＰＬＫ１阻害剤治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に１以上の突然変異を有する。幾つかの実施形態では、対象は、ＰＬＫ１阻害剤治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に突然変異を持たない。幾つかの実施形態では、対象は、１以上の既往癌治療を受けている。
幾つかの実施形態では、癌は、進行性、転移性、難治性、又は再発性である。幾つかの実施形態では、癌は、大腸癌、膵臓癌、白血病、肺癌、又はそれらの組合せである。幾つかの実施形態では、癌は、ＫＲＡＳ変異癌である。幾つかの実施形態では、癌は、大腸癌、任意選択により、転移性大腸癌である。
幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、コドン１２、コドン１３、コドン１８、コドン６１、コドン１１７、コドン１４６、又はそれらの組合せに突然変異を含む。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、コドン１２及び／又はコドン１３に突然変異を含む。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｒ、Ａ１８Ｄ、Ｇ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、Ｋ１１７Ｎ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ａ１４６Ｐ、Ａ１１Ｖ、又はそれらの組合せを含む。
幾つかの実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤は、オンバンセルチブ、ＢＩ２５３６、ボラセルチブ（ＢＩ６７２７）、ＧＳＫ４６１３６４、ＨＭＮ－１７６、ＨＭＮ－２１４、ＡＺＤ１７７５、ＣＹＣ１４０、リゴセルチブ（ＯＮ－０１９１０）、ＭＬＮ０９０５、ＴＫＭ－０８０３０１、ＴＡＫ－９６０、Ｒｏ３２８０、又はそれらの組合せである。幾つかの実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤は、オンバンセルチブである。
ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）は、様々なスケジュールで対象に投与することができる。例えば、対象に、連続的投与スケジュールで、又はＰＬＫ阻害剤の投与から１つの治療サイクル内で１日以上の中断が対象に与えられる投与スケジュールでオンバンセルチブを投与することができる。幾つかの実施形態では、治療は、約２８日のサイクルで毎日のオンバンセルチブの投与を含む。幾つかの実施形態では、治療は、２８日サイクルの最初の２１日間にオンバンセルチブの投与を含み、後の７日は含まない。幾つかの実施形態では、治療は、２８日サイクルの最初の１４日間はオンバンセルチブの投与を含み、後の１４日は含まない。幾つかの実施形態では、治療は、２８日サイクルの１０日間又は１４日間にオンバンセルチブの投与を含む。幾つかの実施形態では、治療は、２８日サイクルの最初の１４日のうち５日間及び次の１４日のうち５日間にオンバンセルチブの投与を含む。幾つかの実施形態では、治療は、２８日サイクルの最初の１４日のうち７日間（例えば１日目～７日目）及び次の１４日のうち７日間（例えば１５日目～２１日目）にオンバンセルチブの投与を含む。幾つかの実施形態では、治療は、６ｍｇ／ｍ2～２４ｍｇ／ｍ2、任意選択により、６ｍｇ／ｍ2～１２ｍｇ／ｍ2又は１２ｍｇ／ｍ2～１８ｍｇ／ｍ2のオンバンセルチブの投与を含む。幾つかの実施形態では、対象の血中におけるオンバンセルチブの最大濃度（Ｃmax）は、約１００ナノモル／Ｌ～約１５００ナノモル／Ｌである。
幾つかの実施形態では、対象における血中のオンバンセルチブ濃度の経時的プロットの曲線下面積（ＡＵＣ）は、約１０００ナノモル／Ｌ．時間～約４０００００ナノモル／Ｌ．時間である。幾つかの実施形態では、対象における血中のオンバンセルチブが最大濃度に達するまでの時間（Ｔmax）は、約１時間～約５時間である。幾つかの実施形態では、対象における血中のオンバンセルチブの消失半減期（Ｔ1/2）は、約１０時間～約６０時間である。
幾つかの実施形態では、癌治療は、対象に少なくとも１つの付加的癌治療薬又は癌療法を投与することを含む。幾つかの実施形態では、付加的癌治療薬は、ＦＯＬＦＩＲＩ、ベバシズマブ、アビラテロン、ＦＯＬＦＯＸ、抗ＥＧＦＲ薬、ＫＲＡＳ指向性阻害剤、ゲムシタビン、アブラキサン、ナノリポソームイリノテカン、５－ＦＵ、又はそれらの組合せを含み、抗ＥＧＦＲ薬は任意選択によりセツキシマブであり、ＫＲＡＳ指向性阻害剤は、任意選択によりＧ１２Ｃ阻害剤、Ｇ１２Ｄ阻害剤又はそれらの組合せである。幾つかの実施形態では、ＰＬＫ阻害剤と癌治療薬又は癌療法は、同時に又は逐次に併用投与される。
幾つかの実施形態では、癌治療は１以上のサイクルを含み、癌治療の各サイクルの前、間及び／又は後にＫＲＡＳ遺伝子変異又はＫＲＡＳの変異体対立遺伝子頻度の変化が検出される。幾つかの実施形態では、治療の各サイクルは、少なくとも２１日である。幾つかの実施形態では、治療の各サイクルは、約２１日～約２８日である。幾つかの実施形態では、対象はヒトである。
癌を有する対象の治療薬としてのＰＬＫ１阻害剤の使用であって、治療に対する対象の応答性がある方法を用いて決定され、治療転帰がある方法を用いて改善され、対象がある方法を用いて治療され、ＰＬＫ１阻害剤がオンバンセルチブである。
本明細書で開示されるものとしては、癌を有する対象の治療薬としてのＰＬＫ１阻害剤の使用の実施形態が含まれる。幾つかの実施形態では、治療に対する対象の応答性が本開示の何れかの方法を用いて決定される。幾つかの実施形態では、治療転帰が本開示の何れかの方法を用いて改善される。幾つかの実施形態では、対象は、本開示の何れかの方法を用いて治療される。幾つかの実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤は、オンバンセルチブである。
本明細書に開示されているように、癌患者の体液の無細胞ＤＮＡにおけるＫＲＡＳ変異の定期的測定は、治療判断の指針となり得る。本明細書に提供されるものとしては、（ａ）患者の、ＫＲＡＳ変異によって特徴付けられる癌を治療すること、及び（ｂ）患者から体液を定期的に採取し、その体液中の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）におけるＫＲＡＳ変異を測定することを含む方法が含まれる。
又、提供されるものとして、（ａ）患者の、ＫＲＡＳ変異によって特徴付けられる大腸癌を治療すること、及び（ｂ）患者から体液を定期的に採取し、その体液中の無細胞ＤＮＡのＫＲＡＳ変異を測定することを含む方法が含まれ、この治療はＰＬＫ１阻害剤の投与を含む。
図１は、ＫＲＡＳ変異を有する癌細胞に対するＰＬＫ１阻害剤の合成致死の説明である。 図２は、有糸分裂を指示するシグナル伝達経路の説明である。 図３は、ＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブと共にオンバンセルチブ治療を受けている６名の患者の無細胞血漿ＤＮＡにおける変異型ＫＲＡＳを示すグラフである。矢印は、変異型ＫＲＡＳが検出できない第１の時点を示す。 図４Ａは、ＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブと共に１２ｍｇ／ｍ2のオンバンセルチブ治療を受けた５名の患者のＸ線撮影応答を示すグラフである。 図４Ｂは、ＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブと共に１２ｍｇ／ｍ2のオンバンセルチブ治療を受けた７名の患者の応答の持続期間を示すグラフである。 図５は、オンバンセルチブで処置したＫＲＡＳ変異型及び野生型同質遺伝子ＣＲＣ細胞における細胞生存率を示すグラフである。 図６Ａは、ＨＣＴ－１１６ ＫＲＡＳ－突然変異体ＣＲＣ異種移植モデルにおけるイリノテカン及び５－ＦＵを併用するオンバンセルチブの抗腫瘍活性を示すグラフである。 図６Ｂは、ＨＣＴ－１１６ ＫＲＡＳ－突然変異体ＣＲＣ異種移植モデルにおけるイリノテカン及び５－ＦＵを併用するオンバンセルチブの抗腫瘍活性を示すグラフである。 図７は、ＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブを併用するオンバンセルチブの治療スケジュールを示す。 図８Ａは、治療応答及び持続期間を示すグラフである。 図８Ｂは、Ｘ線像応答を示すグラフである。 図９は、２名の患者のＫＲＡＳ変異ＭＡＦ及びベースラインからの腫瘍サイズの変化のグラスを示す。 図１０Ａは、治療応答及び持続期間を示すグラフである。 図１０Ｂは、ベースラインからの腫瘍サイズの変化を示すグラフである。 図１１Ａは、１サイクル後のＫＲＡＳ ＭＡＦ変化率％を示すグラフである。 図１１Ｂは、ＫＲＡＳ ＭＡＦ変化を経時的に示すグラフである。 図１２は、ベースライン時に検出可能な血漿ＫＲＡＳ変異型を有するＥＡＰ参加者のＰＦＳを示す。 図１３は、参加者の治療歴を示す。 図１４Ａは、図１３に示す治療歴を有する参加者のベースライン時、８週目及び１６週目のスキャンを示す。 図１４Ｂは、図１３に示す治療歴を有する参加者のＫＲＡＳ ＭＡＦの減少を伴う腫瘍病変の減少を示す。 図１５は、２名のＥＡＰ参加者の治療歴を示す。 図１６は、実施例３に記載する試験の治療スケジュールを示す。 図１７は、実施例３に記載する試験の有効性を示す。 図１８は、ＳＤ患者及びＰＤ患者で差次的に変異している遺伝子を示す。
以下の詳細な説明では、その一部を構成する添付の図面を参照する。図面において、同様の記号は、文脈が他に指示しない限り、一般に、同様の構成要素を特定する。詳細な説明、図面、及び特許請求の範囲に記載された例示的な実施形態は、限定を意味するものではない。本明細書に提示された主題の趣旨又は範囲から逸脱することなく、他の実施形態が利用可能であり、他の変更を行ってもよい。本明細書で一般的に説明され、図に示されるような本開示の態様は、多種多様な異なる構成で配置、置換、組み合わせ、分離、及び設計され得ることが容易に理解され、その全てが本明細書で明示的に企図され、本開示の一部とされる。
本明細書に言及される全ての特許、公開特許出願、その他の刊行物、及びＧｅｎＢａｎｋ、及びその他のデータベースから得られる配列は、関連技術に関してその全体が本明細書の一部として援用される。
定義
別段の定義がない限り、本明細書で使用される技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の熟練者が一般的に理解しているものと同じ意味を有する。例えば、Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 第2版, J. Wiley & Sons (New York, NY 1994)；Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press (Cold Spring Harbor, NY 1989)を参照。本開示の目的で、次の用語を以下に定義する。
本明細書で使用する場合、「対象」とは、治療、観察又は実験の対象となる動物を指す。「動物」には、魚類、貝類、爬虫類、特に哺乳類等の冷血及び温血脊椎動物並びに無脊椎動物が含まれる。「哺乳類」には、限定されるものではないが、マウス、ラット、ウサギ、モルモット、イヌ、ネコ、ヒツジ、ヤギ、ウシ、ウマ、サル、チンパンジー、類人猿等の霊長類、特にヒトが含まれる。
本明細書で使用する場合、「患者」は、特定の疾患若しくは障害を治癒するか、少なくともその影響を改善するか、又は疾患若しくは障害がそもそも発生しないように予防することを試みるために、医学博士（すなわち、アロパシー医学の医師若しくはオステオパシーの医師）又は獣医学の医師等の医療専門家によって治療される対象を指す。幾つかの実施形態では、患者は、ヒト又は動物である。幾つかの実施形態では、患者は哺乳類である。
本明細書で使用する場合、「投与(“administration” or “administering”)」とは、ある用量の薬学上有効な成分を脊椎動物に与える方法を指す。
本明細書で使用する場合、「用量」とは、有効成分（例えばＣＲＶ４３１を含むシクロスポリン類似体）を合わせた量を指す。
本明細書で使用する場合、「単位用量」とは、単回用量で患者に投与される治療薬の量を指す。
本明細書で使用する場合、「一日用量」又は「一日量」という用語は、２４時間以内に摂取される医薬組成物又は治療薬の合計量を指す。
本明細書で使用する場合、「送達」という用語は、医薬組成物又は治療薬を、その所望の治療効果を安全に達成するために必要に応じて患者の体内に輸送するためのアプローチ、製剤、技術、及びシステムを指す。幾つかの実施形態では、有効量の組成物又は薬剤が、患者の血流中に送達されるように製剤化される。
本明細書で使用する場合、「製剤化(“formulated” or “formulation”)」という用語は、１つ以上の薬学的活性成分を含む異なる化学物質が組み合わされて剤形を形成する方法を指す。幾つかの実施形態では、２つ以上の薬学的活性成分は、単一の剤形又は配合剤に一緒に配合することができ、又は別々に配合し、その後、併せて配合剤とすることができる。徐放性製剤は、長期間にわたって体内で治療薬をゆっくり放出するように設計された製剤であり、即時放出製剤は、短期間に体内で治療薬を迅速に放出するように設計された製剤である。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される」という用語は、示された材料が、治療される疾患又は病態及びそれぞれの投与経路を考慮して、合理的に賢明な医療従事者が患者へのその材料の投与を回避する原因となる特性を有さないことを示す。例えば、このような材料は、本質的に無菌であることが一般的に要求される。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される担体」という用語は、任意の栄養補助剤若しくは組成物、又はその成分を、ある器官、又は身体の一部から別の器官、又は身体の一部へ運搬又は輸送すること、或いは罹患組織又は罹患組織に隣接する組織へ薬剤を送達することに関わる、薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクル、例えば、液体又は固体の増量剤、希釈剤、賦形剤、溶媒又は封入剤を指す。組成物を作製するために担体又は賦形剤を使用することができる。担体又は賦形剤は、薬物又はプロドラッグの投与を容易にするように選択することができる。担体の例としては、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、ラクトース、グルコース、若しくはスクロース等の様々な糖類、又はデンプンタイプ、セルロース誘導体、ゼラチン、植物油、ポリエチレングリコール及び生理学的に適合する溶媒が挙げられる。生理学的に適合する溶媒の例としては、無菌注射水（ＷＦＩ）、生理食塩水、及びデキストロースが挙げられる。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される塩」とは、対イオンがその塩の薬学的用量では患者に無毒な何れの酸又は塩基付加塩も指す。薬学的に許容される塩のホストは、薬学分野で周知である。これらの組成物で本開示の化合物の薬学的に許容される塩が使用される場合、その塩は、好ましくは、無機又は有機酸及び塩基から誘導される。このような酸塩としては、以下のものが含まれる：酢酸塩、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスパラギン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、重硫酸塩、酪酸塩、クエン酸塩、樟脳酸塩、カンファースルホン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、フマル酸塩、ルコヘプタン酸塩(lucoheptanoate)、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシエタンスルホン酸塩、乳酸塩、マレイン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、シュウ酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニル－プロピオン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、コハク酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、トシル酸塩、ウンデカン酸塩、ヒドロハリド（例えば塩酸塩及び臭化水素酸塩）、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、スルファミン酸塩、マロン酸塩、サリチル酸塩、メチレン－ビス－ｂ－ヒドロキシナフトエ酸塩、ゲンチジン酸塩、イセチオン酸塩、ジ－ｐ－トルオイル酒石酸塩、エタンスルホン酸塩、シクロヘキシルスルファミン酸塩、キナ酸塩等。薬学的に許容される塩基付加塩としては、限定されるものではないが、アルカリ金属又はアルカリ土類金属塩基又は従来の有機塩基から誘導されるもの、例えば、トリエチルアミン、ピリジン、ピペリジン、モルホリン、Ｎ－メチルモルホリン、アンモニウム塩、ナトリウム及びカリウム塩等のアルカリ金属塩、カルシウム及びマグネシウム塩等のアルカリ土類金属塩、ジシクロヘキシルアミン塩、Ｎ－メチル－Ｄ－グルカミン等の有機塩基との塩、並びにアルギニン、リシン等のアミノ酸との塩等が挙げられる。
本明細書で使用する場合、「水和物」という用語は、水分子と溶質の分子又はイオンとの組合せによって形成される複合体を指す。本明細書で使用する場合、「溶媒和物」という用語は、溶媒分子と溶質の分子又はイオンとの組合せによって形成される複合体を指す。溶媒は、有機化合物、無機化合物、又は両方の混合物であり得る。溶媒和物は、水和物、ヘミ水和物、チャネル水和物等を含むことを意味する。溶媒の幾つかの例として、限定されるものではないが、メタノール、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、テトラヒドロフラン、ジメチルスルホキシド、及び水が挙げられる。
本明細書で使用する場合、「治療上有効な量」又は「薬学的に有効な量」は、治療効果を有する治療薬の量を指す。単独で、又は１以上の付加的治療薬と組み合わせて投与された場合に治療に有用な薬学的に有効な成分の用量は、治療上有効な量である。従って、本明細書で使用する場合、治療上有効な量は、臨床試験結果及び／又はモデル動物試験により判断して、所望の治療効果を生じる治療薬の量を指す。治療上有効な量は、化合物、疾患、障害又は病態及びその重症度並びに治療される哺乳類の齢、体重等によって異なる。用量は、例えば、１日４回までの分割用量、又は徐放性形態で都合よく投与することができる。
本明細書で使用する場合、「治療(“treat,” “treatment,” or “treating,”)」という用語は、予防目的及び／又は治療目的で治療薬又は医薬組成物を対象に投与することを指す。「予防的処置」という用語は、疾患又は病態の症状をまだ示さないが、特定の疾患又は病態に感受性のある、又はそうでなければそのリスクのある対象を治療することを指し、それにより、治療は、患者が疾患又は状態を発症する可能性を低減する。「治療的処置」という用語は、既に疾患又は病態に罹患している対象に処置を施すことを指す。本明細書で使用する場合、「治療効果」は、疾患又は障害の１以上の症状をある程度緩和する。例えば、治療効果は、対象によって伝えられる主観的不快感の軽減（例えば自記式患者アンケートで指摘された不快感の軽減）によって観察され得る。
本明細書で使用する場合、「予防(“prophylaxis,” “prevent,” “preventing,” “prevention”)」という用語は、臨床病状の発生の確率を低減するための、対象、例えば哺乳類（ヒトを含む）における不顕性病状の予防的処置を指す。本方法は、障害若しくは病態及び／又はその付随する１以上の症状の発症又は再発を部分的に又は完全に遅延又は予防し、或いは対象が障害若しくは病態を獲得若しくは再獲得しないようにし、又は障害若しくは病態又はその付随する１以上の症状を獲得若しくは必要とする対象のリスクを低減することが可能である。対象は、一般集団と比較して臨床的な病状に罹患するリスクを増すことが知られている要因に基づいて、予防療法のために選択される。「予防」療法は、（ａ）一次予防と（ｂ）二次予防に分けることができる。一次予防とは、臨床病状をまだ呈していない対象の治療と定義され、二次予防とは、同一又は類似の臨床病状の２回目の再発を防止することと定義される。
本明細書で使用する場合、「部分応答」及び「部分寛解」という用語はそれぞれ、治療に応答して、例えば腫瘍サイズ及び／又は癌マーカーレベルによって測定されるような、癌状態の改善を指す。幾つかの実施形態では、「部分応答」は、治療に応答して、腫瘍又は腫瘍を示す血液マーカーがサイズ又はレベルを約５０％減少させたことを指す。治療は、限定されるものではないが、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、手術、細胞又は骨髄移植、及び免疫療法を含む、癌に向けられた任意の治療であり得る。腫瘍のサイズは、臨床的又は放射線学的手段によって検出することができる。腫瘍を示すマーカーは、当業者に周知の手段、例えば、ＥＬＩＳＡ又は他の抗体に基づく検査により検出することができる。
本明細書で使用する場合、「完全応答」又は「完全寛解」という用語はそれぞれ、例えば、腫瘍サイズ及び／又は癌マーカーレベルによって測定されるような癌状態が、限定されるものではないが、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、手術、細胞又は骨髄移植、及び免疫療法を含む治療の後に消失したことを指す。腫瘍の存在は、臨床的又は放射線学的手段によって検出することができる。腫瘍を示すマーカーは、当業者に周知の手段、例えば、ＥＬＩＳＡ又は他の抗体に基づく検査により検出することができる。ただし、完全応答の後に再発することもあるため、「完全応答」は必ずしも癌が治癒したことを示すものではない。
本明細書では以下に示す略語を使用する。
ＰＲ＝部分応答
ＳＤ＝病勢安定
ＰＤ＝病勢進行
ＣＸＤ１＝サイクルＸの１日目
ＰＦＳ＝無増悪生存期間
本明細書で開示されるものとしては、癌治療に対する対象の応答性を決定するための方法、組成物及びキット、癌治療の転帰を改善するための方法、組成物及びキット、並びに癌を治療するための方法、組成物及びキットが含まれる。
ＫＲＡＳ
ＫＲＡＳ遺伝子（カーステンラット肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ、ＫＲＡＳ癌原遺伝子、ＧＴＰアーゼ、Ｋ－Ｒａｓ、ＫＲＡＳ２としても知られる）は、有糸分裂を調節するシグナル伝達経路の一部であるＧＴＰアーゼをコードする癌原遺伝子である。
ＫＲＡＳの幾つかの突然変異はこのタンパク質を活性化し、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、若年性骨髄単球性白血病（ＪＭＭＬ）、胃癌、大腸癌、膵臓癌及び肺癌等の癌に関連がある。変異型ＫＲＡＳを有する癌は、急速な増殖を示す場合が多い。ＫＲＡＳ遺伝子の突然変異は、コドン１２、コドン１３、コドン１８、コドン６１、コドン１１７、及びコドン１４６に見出されている。ＫＲＡＳ遺伝子の最も一般的な活性化突然変異はコドン１２及び１３に見られ、限定されるものではないが、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ及びＧ１２Ｃを含む。ＫＲＡＳ変異の限定されない例としては、Ａ１８Ｄ、Ｑ６１Ｈ、及びＫ１１７Ｎが挙げられる。本明細書で使用する場合、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、例えば、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｒ、Ａ１８Ｄ、Ｇ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、Ｋ１１７Ｎ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ａ１４６Ｐ、Ａ１１Ｖ、又はそれらの組合せを含み得る。
ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃを標的とする薬剤は開発中であるが、他の突然変異により活性化されたＫＲＡＳを標的とする薬剤は現在入手できない。ＫＲＡＳ変異を有する癌を標的とする努力は、ＫＲＡＳと同じシグナル伝達経路を有するタンパク質を阻害することに集中している。ＫＲＡＳ変異腫瘍細胞が腫瘍増殖を駆動するために必要な遺伝子を特定するために、ゲノムワイドＲＮＡｉスクリーニングが完了した。同定された遺伝子の中にはＰＬＫ１があり、ＰＬＫ１の阻害はＫＲＡＳ変異を有する癌に対する合成致死であると仮定された。合成致死とは、２つ以上の遺伝子の発現の欠損の組合せが細胞死をもたらすが、これらの遺伝子の１つだけが欠損しても細胞死に至らないというものである。現在の状況では、図１に示すように、野生型ＫＲＡＳを有する細胞、例えば、非癌細胞においてＰＬＫ１を阻害すると、細胞は生存維持する。しかし、ＫＲＡＳ変異を有する癌細胞でＰＬＫ１を阻害すると、細胞死が起こる。
ＫＲＡＳ変異を有し、治療に耐性のある腫瘍が治療中に出現することがある。この耐性は、特に転移性大腸がん（ｍＣＲＣ）の抗ＥＧＦＲ治療でよく見られ、野生型ＫＲＡＳで標準治療の抗ＥＧＦＲ治療（例えばセツキシマブ及び／又はパニツムマブ）を受けているｍＣＲＣ患者の最大５０％がＫＲＡＳ変異を有する耐性腫瘍を生じる。このような患者には二次治療の選択肢が必要とされる。又、治療に対する応答の早期予測因子として、変異型ＫＲＡＳの有病率の存在の迅速な評価を可能にするＫＲＡＳアッセイの必要もある。本明細書に開示される方法、組成物及びキットは、癌、例えば大腸癌を治療するために使用することができる。大腸癌（ＣＲＣ）は、ＫＲＡＳ変異と関連している場合が多い。大腸癌の標準的な化学療法は、現在、ロイコボリン（フォリン酸）、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、及びイリノテカンの組合せであるＦＯＬＦＩＲＩである。ベバシズマブはＦＯＬＦＩＲＩと併用される場合が多いが、この組合せの転移性ＣＲＣ（ｍＣＲＣ）に対する応答率は４％に過ぎない。
ＰＬＫ阻害剤、投与及び薬物動態
ポロ様キナーゼ（ＰＬＫ）は、保存性の高い５つのセリン／トレオニンタンパク質キナーゼのファミリーである。ＰＬＫ１は有糸分裂のマスターレギュレーターであり、有糸分裂への移行、中心体の成熟、双極紡錘体の形成、染色体の分離、及び細胞質分裂を含む、細胞周期のいくつかのステップに関与している。ＰＬＫ１は、固形腫瘍及び血液悪性腫瘍において過剰発現していることが示されている。ＰＬＫ１の阻害は、癌細胞のＧ２－Ｍ期停止とそれに続くアポトーシスを誘導し、有望な標的治療法として浮上したものである。ＰＬＫ１阻害剤の限定されない例としては、オンバンセルチブ、ＢＩ２５３６、ボラセルチブ（ＢＩ６７２７）、ＧＳＫ４６１３６４、ＨＭＮ－１７６、ＨＭＮ－２１４、ＡＺＤ１７７５、ＣＹＣ１４０、リゴセルチブ（ＯＮ－０１９１０）、ＭＬＮ０９０５、ＴＫＭ－０８０３０１、ＴＡＫ－９６０、Ｒｏ３２８０及びこれらの任意の組合せが挙げられる。
オンバンセルチブ（ＰＣＭ－０７５、ＮＭＳ－１２８６９３７、ＮＭＳ－９３７、米国特許第８，９２７，５３０号に記載されている「式（Ｉ）の化合物」としても知られる；ＩＵＰＡＣ名 １－（２－ヒドロキシエチル）－８－｛［５－（４－メチルピペラジン－１－イル）－２－（トリフルオロメトキシ）フェニル］アミノ｝－４，５－ジヒドロ－１Ｈ－ピラゾロ［４，３－ｈ］キナゾリン－３－カルボキサミド）は、選択的ＡＴＰ競合ＰＬＫ１阻害剤である。生化学アッセイでは、他のＰＬＫメンバーも含む２９６のキナーゼのパネルで、ＰＬＫ１に対するオンバンセルチブの高い特異性が証明されている。オンバンセルチブは、固形及び血液両方の悪性腫瘍のモデルで強力なｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏ抗腫瘍活性を有する。例えば、オンバンセルチブは、増殖アッセイにおいて、固形並びに血液腫瘍の両方に由来する多数の細胞株で低ナノモル活性を有する高い効力を示す。オンバンセルチブは、臨床試験に移行するための、経口経路により投与される初めてのＰＬＫ１特異的ＡＴＰ競合阻害剤であり、種々の前臨床モデルにおいて証明された抗腫瘍活性を有する。
Figure 2023524592000002
 オンバンセルチブ
オンバンセルチブはマウスに経口投与した後、十分に忍容される用量で、癌細胞株において有糸分裂の細胞周期停止とそれに続くアポトーシスを引き起こし、ＰＬＫ１関連の明確な作用機序により異種移植腫瘍の増殖を阻害する。更に、オンバンセルチブは、承認済みのイリノテカン等の細胞障害性薬剤との併用療法において、ＨＴ２９ヒト結腸腺癌異種移植片の腫瘍退縮が各剤単独と比較して増強され、シタラビンとの併用療法では、播種性ＡＭＬモデルの動物の生存期間の延長を示すといった活性を示す。オンバンセルチブは、齧歯類及び非齧歯類種において有利な薬理パラメーターと良好な経口バイオアベイラビリティを有すると共に、様々な投与レジメンを用いた異なる非臨床モデルで抗腫瘍活性が証明されており、投与スケジュールの高い柔軟度を提供できる可能性があり、臨床現場での研究が期待されている。オンバンセルチブは、ＰＬＫ１に対する高い選択性、経口投与が可能なこと、及び約２４時間の半減期を含め、これまでのＰＬＫ阻害剤に優る幾つかの利点を備えている。
オンバンセルチブの第１相用量漸増試験は、米国の単一試験施設において、進行性／転移性固形腫瘍を有する成人対象で実施された。本試験の主要目的は、進行性／転移性固形腫瘍を有する成人対象におけるオンバンセルチブの最大耐容量（ＭＴＤ）を決定することであった。本試験の第２の目的は、抗腫瘍活性を定義することであった。この試験では、２４ｍｇ／ｍ2の推奨第２相用量が設定され、評価可能な１６人の患者のうち５人が病勢安定を示した。
進行性／転移性固形腫瘍を有する患者におけるオンバンセルチブの第１相ヒト初回投与用量漸増試験では、主要な用量制限毒性として好中球減少症及び血小板減少症が確認された。これらの血液学的毒性は、本剤の作用機序に基づいて予測され、可逆的で３週間以内に回復が見られるものであった。オンバンセルチブの半減期は２０～３０時間と設定された。オンバンセルチブの経口バイオアベイラビリティとその短い半減期は、毒性を最小とし、治療域を改善する可能性のある、便利で制御された柔軟な投与スケジュールの機会を提供する。ベースラインゲノムプロファイリング、血漿中の突然変異体対立遺伝子画分の連続モニタリング、及び循環芽球におけるＰＬＫ１阻害の程度を含む薬力学及びバイオマーカー研究は、臨床応答に関連するバイオマーカーを特定するために行われ、２０２１年１月１３日に出願された“Circulating Tumor DNA as a Biomarker for Leukemia Treatment”と題されるＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２１／０１３２８７に記載され、その内容は全体が本明細書の一部として援用される。
本開示の癌治療は、１サイクル、２サイクル、又はそれを超えるサイクルで所望の期間での、癌を有する対象へのＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の投与を含み得る。各サイクルの所望の期間は、独立に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれを超える日数であり得る。サイクルは、例えば、少なくとも２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、又はそれを超える日数であり得る。例えば、治療の単一のサイクルは、１サイクル（例えば少なくとも２１日サイクル（例えば２１～２８日））中、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、又はそれを超える日数のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）投与を含み得る。幾つかの実施形態では、治療は、１サイクル（例えば少なくとも２１日サイクル（例えば２１～２８日））中、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、若しくはこれらの値の何れか２つの間の範囲の間、又は少なくともその間の、ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の投与を含み得る。治療の単一サイクル中のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の投与は、連続的であってもよいし、又は１以上の間隔（例えば１日若しくは２日の休薬）を設けてもよい。幾つかの実施形態では、治療は、２１～２８日サイクル中、５日間のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の投与を含む。幾つかの実施形態では、１サイクルにおけるＰＬＫ１阻害剤の投与期間は、１以上の他のサイクルのＰＬＫ１阻害剤投与の期間と異なっていてもよい。例えば、ＰＬＫ１阻害剤は、第１のサイクルでは１０日間（例えば２８日サイクルのうち最初の１４日のうち１～５日間及び後の１４日のうち１～５日間）、そして第２のサイクルでは１４日間（例えば２８日サイクルの最初の１４日のうち１～７日間及び後の１４日のうち１～７日間）対象に投与することができる。これらのサイクルのそれぞれの長さは異なり得る。例えば、サイクル１は２８日であり得、サイクル２は２１日であり得る。
本明細書に開示される癌治療は、例えば、一日用量として１２ｍｇ／ｍ2～９０ｍｇ／ｍ2、又はおおよそその範囲でのＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の投与を含み得る。例えば、治療は、８ｍｇ／ｍ2、１０ｍｇ／ｍ2、１２ｍｇ／ｍ2、１４ｍｇ／ｍ2、１５ｍｇ／ｍ2、１６ｍｇ／ｍ2、１８ｍｇ／ｍ2、２０ｍｇ／ｍ2、２３ｍｇ／ｍ2、２７ｍｇ／ｍ2、３０ｍｇ／ｍ2、３５ｍｇ／ｍ2、４０ｍｇ／ｍ2、４５ｍｇ／ｍ2、５０ｍｇ／ｍ2、５５ｍｇ／ｍ2、６０ｍｇ／ｍ2、６５ｍｇ／ｍ2、７０ｍｇ／ｍ2、８０ｍｇ／ｍ2、８５ｍｇ／ｍ2、９０ｍｇ／ｍ2、又はおおよそその値、これらの値の何れか２つの間の範囲、又は８ｍｇ／ｍ2～９０ｍｇ／ｍ2の何れかの値のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の毎日の投与を含み得る。幾つかの実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の一日用量は、対象に関して、治療中、又は治療の単一のサイクル（例えば第１のサイクル、第２のサイクル、第３のサイクル、及びそれ以降のサイクル）中に調整（例えばその範囲での増量又は減量）することができる。幾つかの実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の一日用量は、１２ｍｇ／ｍ2、１５ｍｇ／ｍ2、１８ｍｇ／ｍ2、又は２４ｍｇ／ｍ2である。幾つかの実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の一日用量は、１５ｍｇ／ｍ2である。治療の各サイクルのＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の一日用量は異なる場合がある。例えば、第１のサイクルのＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の一日用量は１２ｍｇ／ｍ2であり得、第２のサイクルのＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の一日用量は、例えば１５ｍｇ／ｍ2に増量することができる。幾つかの実施形態では、第２のサイクルのＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の一日用量は、その後例えば１８ｍｇ／ｍ2に増量することができる。
ＰＬＫ１阻害剤が単独で又は１以上の付加的癌治療薬（例えばＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブ）と組み合わせて投与される場合の対象の血中のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の最大濃度（Ｃmax）は（治療中又は治療後）は、約１００ナノモル／Ｌ～約１５００ナノモル／Ｌであり得る。例えば、ＰＬＫ１阻害剤が単独で又は１以上の付加的癌治療薬（例えばＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブ）と組み合わせて投与される場合の対象の血中のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）のＣmaxは、１００ナノモル／Ｌ、２００ナノモル／Ｌ、３００ナノモル／Ｌ、４００ナノモル／Ｌ、５００ナノモル／Ｌ、６００ナノモル／Ｌ、７００ナノモル／Ｌ、８００ナノモル／Ｌ、９００ナノモル／Ｌ、１０００ナノモル／Ｌ、１１００ナノモル／Ｌ、１２００ナノモル／Ｌ、１３００ナノモル／Ｌ、１４００ナノモル／Ｌ、１５００ナノモル／Ｌ、又はおおよそその値、これらの値の何れか２つの間の範囲、又は２００ナノモル／Ｌ～１５００ナノモル／Ｌの何れかの値であり得る。
ＰＬＫ１阻害剤が単独で又は１以上の付加的癌治療薬（例えばＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブ）と組み合わせて投与される場合の対象の血中のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）濃度の経時的プロットの曲線下面積（ＡＵＣ）（例えば投与後最初の２４時間のＡＵＣ0-24）は、約１０００ナノモル／Ｌ．時間～約４０００００ナノモル／Ｌ．時間であり得る。例えば、ＰＬＫ１阻害剤が単独で又は１以上の付加的癌治療薬（例えばＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブ）と組み合わせて投与される場合の対象の血中のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）濃度の経時的プロットのＡＵＣ（例えば投与後最初の２４時間のＡＵＣ0-24）は、１０００ナノモル／Ｌ．時間、５０００ナノモル／Ｌ．時間、１００００ナノモル／Ｌ．時間、１５０００ナノモル／Ｌ．時間、２００００ナノモル／Ｌ．時間、２５０００ナノモル／Ｌ．時間、３００００ナノモル／Ｌ．時間、３５０００ナノモル／Ｌ．時間、４００００ナノモル／Ｌ．時間、又はおおよそその値、これらの値の何れか２つの間の範囲、又は１０００ナノモル／Ｌ．時間～４０００００ナノモル／Ｌ．時間の何れかの値であり得る。
ＰＬＫ１阻害剤が単独で又は１以上の付加的癌治療薬（例えばＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブ）と組み合わせて投与される場合の対象の血中のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）が最大濃度に達するまでの時間（Ｔmax）は、約１時間～約５時間であり得る。例えば、ＰＬＫ１阻害剤が単独で又は１以上の付加的癌治療薬（例えばＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブ）と組み合わせて投与される場合の対象の血中のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）が最大濃度に達するまでの時間（Ｔmax）は、約、１時間、１．５時間、２時間、２．５時間、３時間、３．５時間、４時間、４．５時間、５時間、又はおおよそその値、これらの値の何れか２つの間の範囲、又は１時間～５時間の何れかの値であり得る。
ＰＬＫ１阻害剤が単独で又は１以上の付加的癌治療薬（例えばＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブ）と組み合わせて投与される場合の対象の血中のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の消失半減期（Ｔ1/2）は、約１０時間～約６０時間であり得る。例えば、ＰＬＫ１阻害剤が単独で又は１以上の付加的癌治療薬（例えばＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブ）と組み合わせて投与される場合の対象の血中のＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）の消失半減期（Ｔ1/2）は、１０時間、１５時間、２０時間、２５時間、３０時間、３５時間、４０時間、４５時間、５０時間、５５時間、６０時間、又はおおよそその値、これらの値の何れか２つの間の範囲、又は１０時間～６０時間の何れかの値であり得る。
ＫＲＡＳ変異の検出
ＫＲＡＳ変異は、着目する対象（例えば大腸癌を有する対象、対象は大腸癌の部分寛解状態であるか、又は対象は大腸癌の疑いがある）由来の生物学的サンプル（限定されるものではないが体液（例えば血液サンプル）を含む）において検出することができる。例えば、これらの突然変異は、血液サンプルの血漿画分、血清画分、又はその両方から得られた循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、ＰＢＭＣ、又はそれらの組合せにおいて検出することができる。幾つかの実施形態では、身体サンプルは、全血、血清、血漿、脳脊髄液、滑液、リンパ液、腹水、間質性又は細胞外液、細胞間隙の液体（歯肉溝滲出液、骨髄、胸腔滲出液、脳脊髄液、唾液、粘液、痰、精液、汗、尿、又はそれらの任意の組合せを含む）である。幾つかの実施形態では、ＣＴＣ及び／又はｃｔＤＮＡは、血液及びその画分から得られる。サンプルは、対象から最初に単離された形態であってもよいし、或いは細胞等の成分を除去若しくは付加するため、又はある成分を別の成分に対して濃縮するために更なる処理を施されたものであってもよい。よって、幾つかの実施形態では、ｃｔＤＮＡを含有する血漿又は血清を分析することが有利であり得る。サンプルは、対象から単離又は取得すること、及びサンプル分析場所に輸送することができる。サンプルは、望ましい温度、例えば、室温、４℃、－２０℃、及び／又は－８０℃で保存及び輸送され得る。サンプルは、サンプル分析場所で対象から単離又は取得することができる。対象は、ヒト、哺乳類、動物、伴侶動物、介助動物、又はペットであり得る。対象は、癌又は検出可能な癌症状を持たなくてもよい。対象は、１以上の癌療法、例えば、化学療法、抗体、ワクチン又は生物製剤のうち何れか１以上で治療されていてもよい。対象は寛解状態である場合がある。対象は、癌を有する又は任意の癌関連の遺伝子変異／傷害を有する疑いがある場合がある。
無細胞核酸は、細胞内に含まれていない若しくはそうでなければ細胞に結合されていない核酸、又は言い換えれば、無傷細胞を除去した後にサンプルに残った核酸である。無細胞核酸としては、ＤＮＡ、ＲＮＡ、及びそれらのハイブリッドが挙げられ、ゲノムＤＮＡ、ミトコンドリアＤＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、循環ＲＮＡ（ｃＲＮＡ）、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、核小体低分子ＲＮＡ(small nucleolar RNA)（ｓｎｏＲＮＡ）、Ｐｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、ロングノンコーディングＲＮＡ（ｌｏｎｇ ｎｃＲＮＡ）、又はこれらの何れかのフラグメントが含まれる。無細胞核酸は、二本鎖、一本鎖、又はそれらのハイブリッドであり得る。無細胞核酸は、分泌又は細胞死過程、例えば、細胞壊死及びアポトーシスを介して体液中に放出され得る。幾つかの無細胞核酸、例えばｃｔＤＮＡは、癌細胞から体液中に放出される。健康な細胞から放出されるものもある。ｃｆＤＮＡは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ細胞溶解工程を行う必要なく体液から得ることができるため、ゲノム分析に非侵襲的選択肢を与える。本明細書で提供されるものとして、臨床転帰予測／判定のために体液（例えば末梢血）中で無細胞核酸（例えばｃｔＤＮＡ）を検出及び／又は分析するための方法、組成物、キット及びシステムが含まれる。これらの方法は、単細胞及び無細胞核酸の併用分析を含み得る。本明細書で提供されるものとして、治療モニタリング、及び最小／分子残存疾患の決定のために全血（例えば血漿及び／又は血清）のｃｔＤＮＡを利用する方法が含まれる。
ＣＴＣ由来のｃｔＤＮＡ又は核酸を検出及び分析するために種々のアッセイ（例えばシークエンシングアッセイ）が使用できる。本明細書で提供される方法は、着目する対象（例えば大腸癌を有する対象）の血液（例えば血漿及び／又は血清）からのｃｔＤＮＡの分離及び分析、分子バーコードの使用及びリードアウトとしてのシークエンシングの採用を含む。この方法は、無傷の細胞除去血液から血漿及びｃｔＤＮＡを単離することを含み得る。この方法は、血漿を生成するための遠心分離、及び血漿からの核酸の抽出、次いで、バーコーディングによるライブラリープレップ、シークエンシング、及びその後の解析を含み得る。ｃｔＤＮＡは、例えば、既知の方法によって血漿サンプルから得ることができ、限定されるものではないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）及び次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を含む方法によって分析することができる。幾つかの実施形態では、ｃｔＤＮＡは、液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）を用いて分析される。
ｃｔＤＮＡは、１以上のタイプの突然変異、例えば、生殖細胞系突然変異、体細胞突然変異、又はその両方を有し得る。生殖細胞系突然変異は、対象の生殖細胞系ＤＮＡに存在する突然変異を指す。対象由来のｃｔＤＮＡは、１以上の遺伝子の１以上の突然変異、例えば、ＫＲＡＳ変異を有し得る。体細胞突然変異は、対象の体細胞、例えば癌細胞に由来する突然変異を指す。幾つかの実施形態では、突然変異は、大腸癌に関連するＫＲＡＳ変異であり得る。
増幅前の生物学的サンプル（例えば血漿又は血清）中のｃｔＤＮＡの例示的な量は、約１ｆｇ～約１μｇ、例えば１ｐｇ～２００ｎｇ、１ｎｇ～１００ｎｇ、１０ｎｇ～１０００ｎｇの範囲である。例えば、この量は、約６００ｎｇまで、約５００ｎｇまで、約４００ｎｇまで、約３００ｎｇまで、約２００ｎｇまで、約１００ｎｇまで、約５０ｎｇまで、又は約２０ｎｇまでの無細胞核酸分子であり得る。この量は、少なくとも１ｆｇ、少なくとも１０ｆｇ、少なくとも１００ｆｇ、少なくとも１ｐｇ、少なくとも１０ｐｇ、少なくとも１００ｐｇ、少なくとも１ｎｇ、少なくとも１０ｎｇ、少なくとも１００ｎｇ、少なくとも１５０ｎｇ、又は少なくとも２００ｎｇの無細胞核酸分子であり得る。この量は、１フェムトグラム（ｆｇ）、１０ｆｇ、１００ｆｇ、１ピコグラム（ｐｇ）、１０ｐｇ、１００ｐｇ、１ｎｇ、１０ｎｇ、１００ｎｇ、１５０ｎｇ、又は２００ｎｇまでのｃｔＤＮＡ分子であり得る。この方法は、１フェムトグラム（ｆｇ）～２００ｎｇのｃｔＤＮＡを得ることを含み得る。ｃｔＤＮＡは、約１００～５００ヌクレオチドの例示的サイズ分布を持ち得、１１０～約２３０ヌクレオチドの分子は分子の約９０％を占め、約１６８ヌクレオチドのモードと２４０～４４０ヌクレオチドの範囲の第２のマイナーピークが存在する。
ｃｔＤＮＡは、溶液中に見られるようなｃｔＤＮＡを無傷細胞及び体液の他の非水溶性成分から分離する分画又は分割工程によって体液（例えば血漿）から単離することができる。分割には、遠心分離又は濾過等の技術を含み得る。或いは、体液中の細胞を溶解させ、無細胞核酸と細胞性核酸を一緒に処理することもできる。一般に、緩衝液の添加及び洗浄工程の後、核酸はアルコールで沈殿させることができる。更に、夾雑物又は塩類を除去するために、シリカベースのカラム等のクリーンアップ工程を用いてもよい。このような処理の後、サンプルは、二本鎖ＤＮＡ及び一本鎖ＤＮＡを含む様々な形態の核酸を含み得る。幾つかの実施形態では、一本鎖ＤＮＡは、二本鎖形態に変換され得るので、後続の処理及び分析工程に含まれる。
幾つかの実施形態では、複雑なゲノム材料に最初に存在する分子特性（例えばエピジェネティック又は他のタイプの構造）情報の損失を低減又は排除しながら複雑なゲノム材料を分析するための方法、試薬、組成物、及びシステムが提供される。幾つかの実施形態では、分子タグを使用して、ｃｔＤＮＡを追跡し、遺伝子改変（例えばＳＮＶ、インデル、遺伝子融合及びコピー数変異）を決定することができる。ｃｔＤＮＡを検出及び分析するための方法は、単離されたｃｆＮＡに関する１以上のシークエンシングアッセイから生成された配列リードから得られる１以上の変異体特性を、真の癌関連変異体、未確定の潜在能を持つクローン造血(clonal hematopoiesis of indeterminate potential)（ＣＨＩＰ）関連変異体、及び／又は起源不明の突然変異として分類することを含み得る。本方法は、単離されたｃｔＤＮＡに対する１以上のシークエンシングアッセイから生成された配列リードから得られる１以上の変異体特性の分類に基づいて、予測スコア、ＭＲＤスコア、及び／又は効力スコアを調節することを含み得る。
本明細書に開示される方法、組成物、キット及びシステムは、異なるタイプの対象に適用することができる。例えば、対象は、癌治療を受ける対象、癌寛解（例えば部分寛解）時の対象、１以上の癌治療を受けた対象、又は癌を有する疑いのある対象であり得る。対象は、ステージＩの癌、ステージＩＩの癌、ステージＩＩＩの癌、及び／又はステージＩＶの癌を有し得る。癌は、固形癌、例えば、転移性大腸癌（ｍＣＲＣ）を含む大腸癌を含み得る。癌は、ＫＲＡＳ変異を有する場合も有さない場合もある。本明細書に開示される方法は、対象に治療的介入を施すことを含み得る。治療的介入は、異なる治療的介入、抗体、養子Ｔ細胞療法、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法、抗体－薬物複合体、サイトカイン療法、癌ワクチン、チェックポイント阻害剤、放射線療法、手術、化学療法剤、又はそれらの任意の組合せを含み得る。治療的介入は、対象が早期癌を有する時点で投与され得、ここで、治療的介入は、治療的介入が後の時点で対象に投与される場合よりも効果的である。
本明細書に開示されるように、癌治療の有効性及び／又は臨床的ベネフィット等の有用な情報は、複数の血漿サンプル、例えば（ａ）治療前又は治療時に採取した血漿、及び（ｂ）治療開始後に少なくとも１回採取した血漿からｃｔＤＮＡを評価することによって得ることができる。これらの実施形態では、２回目以降のサンプルは、大腸癌が再発したかどうかを判定するために、治療開始後の任意の時点、例えば、初回の治療ラウンドの後、複数の治療ラウンドの後、又は大腸癌がもはや検出されなくなった後に採取することができる。複数の血漿サンプルが骨髄及び末梢血細胞と共に評価された実施例を参照されたい。幾つかの実施形態では、治療後に採取された血液サンプル（例えば血漿）は、初回の治療ラウンドの後、例えば、治療開始後、少なくとも１０、１５、２０、２１、２８、若しくは３５日、又はそれらの数値の間若しくは外側の日数で採取される。
ｃｔＤＮＡを分析することは、１以上のマーカー（例えば変異体／突然変異体対立遺伝子を含むｃｔＤＮＡ）についてｃｔＤＮＡを分析することを含み得る。例えば、ｃｔＤＮＡは、癌（例えば大腸癌）を有する対象における変異体対立遺伝子頻度(variant allele frequency)（ＶＡＦ）、平均ＶＡＦの変化、総変異量、及び／又は新しいＫＲＡＳ変異の発生を評価するために分析することができる。対象は、癌治療のために選択される対象、癌治療を受けている対象、又は癌治療を受けた対象であり得る。幾つかの実施形態では、ｃｔＤＮＡ分析は、ｃｔＤＮＡ中のＫＲＡＳ変異の量を測定する。幾つかの実施形態では、ｃｔＤＮＡ分析は、ｃｔＤＮＡ中のＫＲＡＳ遺伝子の突然変異体対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）を測定する。本明細書に開示される方法について、対象からのｃｔＤＮＡを分析することは、ｃｔＤＮＡにおける変異体対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を検出することを含み得、異なる時点におけるＶＡＦの変化は、対象を癌治療に応答するとして示し得る。
本明細書に記載されるように、治療中のＭＡＦの減少、例えば、治療前のＭＡＦと第１の治療サイクルの後のＭＡＦとを比較する場合、臨床応答を示す又は予測する。例えば、ＫＲＡＳのｃｔＤＮＡ ＭＡＦの減少は、肯定的な臨床転帰を示し得る。ＫＲＡＳのＭＡＦの減少は、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、又はこれらの値の任意の２つの間の数もしくは範囲であり得る。ＫＲＡＳのＭＡＦの減少は、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、又は少なくともおおよそその割合であり得る。ＭＡＦの決定は、癌（例えば大腸癌）の治療の有効性及び将来の治療を決定するために、本明細書に記載のｃｔＤＮＡ分析のための方法、組成物、キット及びシステムにおいて使用することができる。幾つかの実施形態では、これらの方法は、例えば、治療中にＭＡＦの減少が見られる場合に治療を継続するか、又は例えば、治療中にＭＡＦの減少がない場合に治療を変更するかを決定するために使用することができる。
癌治療の有効性を決定するため及び／又は転帰を改善するための方法
本明細書で開示されるものとしては、癌治療の臨床転帰を予測／決定する、癌治療をモニタリングする、癌治療に対する対象の応答性を予測／決定する、対象の癌状態を決定する、及び癌治療の転帰を改善するための方法、組成物、キット、及びシステムが含まれる。治療は、対象にＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）を投与することを含む。例えば、治療は、ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）と１以上の癌治療薬（例えばＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブ）を用いた併用治療であり得る。
これらの方法、組成物、キット及びシステムは、癌治療の指針を得、治療推奨を提供し、患者にとって不必要な効果のない治療を低減又は回避するために使用することができる。例えば、ｃｔＤＮＡ及び／又はＣＴＣは、本開示のＰＬＫ１阻害剤の投与を含む癌治療に対する臨床転帰を予測／決定するため、併用治療をモニタリングするため、治療に対する対象の応答性を予測／決定するため、対象における癌の状態を決定するため、癌治療転帰を改善するため、癌治療の指針を得るため、癌治療の推奨を提供するため、及び／又は効果のない癌治療の低減若しくは回避のために分析することができる。ｃｔＤＮＡは、癌治療の臨床転帰を予測／決定するため、癌治療をモニタリングするため、癌治療に対する対象の応答性を予測／決定するため、対象における癌の状態を決定するため、癌治療転帰を改善するため、癌治療の指針を得るため、治療推奨を提供するため、及び／又は効果のない癌治療を低減若しくは回避するために分析することができる。ｃｔＤＮＡのこのような分析は、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２１／０１３２８７号に記載されており、その内容は全体が本明細書の一部として援用される。
ＫＲＡＳ遺伝子変異を決定する（例えばＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を決定する）第１の時点は、例えば、癌治療の前又は直前（すなわち、投与前）であり得る。１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは、癌治療の例えば少なくとも１サイクル（例えば第１のサイクル、第２のサイクル、第３のサイクル、又は以降の何れかのサイクル）の終了時、又は終了直前、又は終了後であり得る。幾つかの実施形態では、癌治療のサイクルは、癌治療の第１のサイクルである。幾つかの実施形態では、第１の時点は、癌治療の第１のサイクルの前又は直前である。幾つかの実施形態では、１以上の付加的時点は、治療の第２のサイクル、第３のサイクル、第４のサイクル、及び／又は第５のサイクルの終了時、又は終了直前である。幾つかの実施形態では、１以上の付加的時点は、癌治療の第２のサイクル、第３のサイクル、第４のサイクル、及び／又は第５のサイクルの後である。幾つかの実施形態では、癌治療の第１のサイクルは、癌治療の第２のサイクルの直前（例えば１日、２日、３日、４日、又は５日）である。幾つかの実施形態では、この方法は、対象が癌治療に応答すると示されれば、対象に対する癌治療を継続することを含む。幾つかの実施形態では、この方法は、対象が癌治療に応答すると示されなければ、対象に対する癌治療を中止すること、及び／又は対象に異なる治療を開始することを含む。
幾つかの実施形態では、第１の時点は、癌治療（例えば併用治療）の前又は直前であり、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは、治療の少なくとも１サイクルの終了時又は終了後である。幾つかの実施形態では、併用治療のサイクルは、治療の第１のサイクルである。幾つかの実施形態では、第１の時点は、治療の第１のサイクルの前又は直前であり、１以上の付加的時点は、治療の第２のサイクルの終了時又は終了後である。幾つかの実施形態では、併用治療の第１のサイクルは、治療の第２のサイクルの直前である。幾つかの実施形態では、この方法は、対象が癌治療に応答すると示されれば、対象に治療を継続することを含む。幾つかの実施形態では、この方法は、対象が癌治療に応答すると示されなければ、対象に併用治療を中止すること、及び／又は対象に異なる治療を開始することを含む。
第１のサンプルは、様々な時点、例えば、治療前又は治療中の対象に由来するｃｔＤＮＡ及び／又はＣＴＣを含み得る。幾つかの実施形態では、第１のサンプルは、治療前（例えば治療の第１のサイクルの直前）の対象に由来するｃｔＤＮＡ及び／又はＣＴＣを含む。幾つかの実施形態では、第１のサンプルは、治療の第２のサイクルの前（例えば治療の第１のサイクルの完了後、治療の第２のサイクルの直前）の対象に由来するｃｔＤＮＡ及び／又はＣＴＣを含む。付加的サンプルは、治療中及び／又は治療後の対象に由来するｃｔＤＮＡ及び／又はＣＴＣを含み得る。幾つかの実施形態では、付加的サンプルは、治療の終了の直前及び／又は治療後の対象に由来するｃｔＤＮＡを含む。幾つかの実施形態では、付加的サンプルは、治療の第１のサイクル、第２のサイクル、第３のサイクル、第４のサイクル、及び／又は第５のサイクルの終了直前及び／又は終了後の対象に由来するｃｔＤＮＡ及び／又はＣＴＣを含む。
幾つかの実施形態は、ｃｔＤＮＡのＫＲＡＳ変異の変異体対立遺伝子頻度を検出することを含む。幾つかの実施形態では、ｃｔＤＮＡを分析することは、第１のサンプルにおいて第１の時点で対象から得られたｃｔＤＮＡで変異体対立遺伝子頻度を検出すること、１以上の付加的サンプルにおいて１以上の付加的時点で対象から得られたｃｔＤＮＡのＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出すること、及び第１のサンプルと１以上の付加的サンプルのうち少なくとも１つの間のｃｔＤＮＡの変異体対立遺伝子頻度の違いを決定することを含み、第１のサンプルに比べての、付加的サンプルにおけるＫＲＡＳの変異体対立遺伝子頻度の増加が、対象がその癌治療の応答者でないことを示す。幾つかの実施形態では、この方法は、対象が癌治療に対して非応答者であることが示されれば、その癌治療を中止すること、及び／又は対象に付加的癌治療を開始することを含む。付加的治療は、現行治療又は既往治療と同じであっても異なっていてもよい。
ｃｔＤＮＡにおけるＫＲＡＳ変異の変異体対立遺伝子頻度は、例えば、第１のサンプル及び１以上の付加的サンプルのそれぞれにおけるｃｔＤＮＡのＫＲＡＳ変異の総突然変異数、又は第１のサンプル及び１以上の付加的サンプルのそれぞれにおけるＫＲＡＳ変異の平均変異体対立遺伝子頻度、又は第１のサンプル及び１以上の付加的サンプル（例えば血漿サンプル）のそれぞれにおける１ｍｌ当たりのＫＲＡＳ変異対立遺伝子の数によって決定することができる。ｃｔＤＮＡは、例えば、ＰＣＲ、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、及び／又は液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）を用いて分析することができる。本明細書に開示されるサンプルは、例えば、対象の全血、対象の血漿、対象の血清、又はそれらの組合せに由来し得る。幾つかの実施形態では、ｃｔＤＮＡは、対象の全血、対象の血漿、対象の血清、又はそれらの組合せに由来する。
幾つかの実施形態では、この方法は、治療前の対象のｃｔＤＮＡを分析することを含む。幾つかの実施形態では、治療は、１以上のサイクルを含み、ｃｔＤＮＡは、治療の各サイクルの前、間及び後に分析される。治療の各サイクルは、少なくとも２１日であり得る。幾つかの実施形態では、治療の各サイクルは、約２１日～約２８日である。幾つかの実施形態では、対象はヒトである。
本明細書で開示されるものとしては、癌治療に対する対象の応答性を決定する方法であって、癌を有する対象を治療すること、この治療は対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む；対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出すること、及びＫＲＡＳ遺伝子変異に検出された変化に基づいて癌治療に対する対象の応答性を決定することを含む方法が含まれる。対象におけるＫＲＡＳ遺伝子変異の変化は、（１）対象が癌治療を受けている間、（２）対象が癌治療を受ける前、（３）対象が癌治療を受けた後、又はそれらの組合せに、対象におけるＫＲＡＳ遺伝子の１以上の突然変異を検出することにより決定される。例えば、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、対象にＰＬＫ１阻害剤が投与される直前（すなわち、投与前）に対象において検出することができ、癌治療の第１のサイクル中に再び（１回又は複数回）検出することができる。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、癌治療の第１のサイクルの終了時に検出することができる。
幾つかの実施形態では、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することは、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異を２回以上検出することを含む。例えば、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、癌治療の１日目、２日目、３日目、５日目、７日目、１０日目、１１日目、１２日目、１３日目、１４日目、１５日目、１６日目、１７日目、１８日目、１９日目、２０日目、２１日目、２２日目、２３日目、２４日目、２５日目、２６日目、２７日目、２８日目、又はこれらの値の何れか２つの間の数値又は範囲において独立に２回、３回、４回、５回、及び毎回検出することができる。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異の検出は、癌治療又は癌治療の第１のサイクルの５、７、１４又は２８日目に行う。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、癌治療中に毎日検出される。
ＫＲＡＳ遺伝子変異の変化は、対象が癌治療を受けている間のＫＲＡＳ遺伝子変異の変化、対象が癌治療を受ける前から対象が癌治療を受けている間のＫＲＡＳ遺伝子変異の変化、又はそれらの組合せであり得るか、又はそれを含み得る。例えば、対象のＫＲＡＳ遺伝子変異は、対象がその癌治療の受容を開始した後の変化（投与前と比較した場合）であり得る。幾つかの実施形態では、対象は、癌治療中に異なるＫＲＡＳ遺伝子変異又はＫＲＡＳの異なる変異体対立遺伝子頻度を生じる。変異体対立遺伝子頻度は、例えば、突然変異体対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）であり得る。ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度は、総突然変異数、平均変異体対立遺伝子頻度、サンプル（例えば血漿サンプル）の単位（例えばｍｌ）当たりのＫＲＡＳ変異対立遺伝子の数、又はその両方により決定することができる。幾つかの実施形態では、対象は、ＰＬＫ１阻害剤治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に１以上の突然変異を有する。幾つかの実施形態では、対象は、ＰＬＫ１阻害剤治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に突然変異を有さない。ＫＲＡＳ変異は、限定されるものではないが、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｒ、Ａ１８Ｄ、Ｇ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、Ｋ１１７Ｎ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ａ１４６Ｐ、Ａ１１Ｖ、又はそれらの組合せを含む。
幾つかの実施形態では、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することは、対象由来の生物学的サンプル、又はその派生物においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することを含む。生物学的サンプルは、体液、全血、血漿、１以上の組織、１以上の細胞、又はそれらの組合せであり得るか、又はそれを含み得る。体液は、血液、血漿、尿、又はそれらの組合せであり得るか、又はそれを含み得る。生物学的サンプルは、ｃｔＤＮＡ、ＣＴＣ、又はそれらの組合せを含み得る。
本明細書に記載の方法では、対象の応答性を決定することは、対象が治療の応答者であるかどうか、対象が完全回復（ＣＲ）であるかどうか若しくはそれに向かうかどうか、又は対象が部分寛解（ＰＲ）であるかどうか若しくはそれに向かうかどうかを決定することを含む。幾つかの実施形態では、対象の応答性を決定することは、対象が治療に対して部分応答を示すかどうか、対象が治療に対して完全応答を示すかどうか、対象が病勢安定（ＳＤ）を示すかどうか、又は対象が病勢進行（ＰＤ）を示すかどうかを決定することを含む。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、サンプル中の総ＫＲＡＳ量に比例してＫＲＡＳ変異の量を決定することにより測定される。
例えば、ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が少なくとも２５％、少なくとも５０％、又は少なくとも７５％の減少であれば、ＰＬＫ１阻害剤による癌治療を維持することができる。このような減少は、例えば、癌治療のサイクル１の終了時又は癌治療のサイクル２の１日目に検出することができる。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳのＭＡＦに少なくとも５０％の減少があれば、その癌治療が維持される。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳのＭＡＦに少なくとも７５％の減少があれば、その癌治療が維持される。幾つかの実施形態では、サンプルにおけるＫＲＡＳ変異がサンプル中０．０１％未満又は０．００１％未満のＫＲＡＳに減少していれば、ＰＬＫ１阻害剤による癌治療が維持される。
ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が５０％未満、２５％未満、又は１０％未満の減少であれば、ＰＬＫ１阻害剤による癌治療を変更又は中止することができる。このような減少は、例えば、癌治療のサイクル１の終了時又は癌治療のサイクル２の１日目に検出することができる。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳのＭＡＦの減少が５０％未満であれば、その癌治療は変更又は中止される。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳのＭＡＦの減少が２５％未満であれば、その癌治療は変更又は中止される。幾つかの実施形態では、サンプルにおけるＫＲＡＳ変異がサンプルにおける０．０１％未満又は０．００１％未満のＫＲＡＳに減少していなければ、ＰＬＫ１阻害剤による癌治療は変更又は中止される。幾つかの実施形態では、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することは、対象がＰＬＫ１阻害剤治療を受けた後に対象に出現した１以上のＫＲＡＳ変異を検出することを含む。
本明細書で開示されるものとしては又、癌治療の転帰を改善する方法が含まれる。この方法は、第１のサンプルにおいて第１の時点で対象におけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出すること、ここで、第１の時点は対象が癌治療を開始する前、又は癌治療中であり、癌治療は対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む；対象の後に１以上の付加的サンプルにおいて１以上の付加的時点で対象におけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出すること、ここで、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは癌治療中である；第１のサンプルと１以上の付加的サンプルの間のＫＲＡＳの変異体対立遺伝子頻度の違いを決定すること、ここで、第１のサンプルと比べての、１以上の付加的サンプルのうち少なくとも１つにおける変異体対立遺伝子頻度の減少は、対象が癌治療に応答することを示す；及び対象が癌治療に応答すると示されれば、対象に対する癌治療を継続すること、又は対象が癌治療に応答すると示されなければ、対象に対する癌治療を中止する、及び／若しくは対象に対して異なる癌治療を開始することを含む。第１の時点は、対象が癌治療を開始する前であり得る。幾つかの実施形態では、付加的時点のうち少なくとも２つは癌治療中である。
本明細書で開示されるものとしては又、癌を治療する方法であって、癌を有する対象を治療すること、ここで、治療は対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む；対象が癌治療を受ける前又は癌治療中の第１の時点で得られた対象の第１のサンプルにおけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度に比べての、対象が癌治療を受容し始めた後の第２の時点で得られた対象の第２のサンプルにおけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度における減少を決定すること；及びその癌治療を継続することを含む方法が含まれる。幾つかの実施形態では、第１の時点は、癌治療の前又は直前である。幾つかの実施形態では、第１の時点は、癌治療中である。例えば、第１の時点は、癌治療の１日目、２日目、３日目、５日目、７日目、１０日目、１１日目、１２日目、１３日目、１４日目、１５日目、１６日目、１７日目、１８日目、１９日目、２０日目、２１日目、２２日目、２３日目、２４日目、２５日目、２６日目、２７日目、２８日目である。幾つかの実施形態では、第１の時点は、癌治療の５、７、１４、又は２８日目である。
幾つかの実施形態では、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは癌治療中である。例えば、第１の時点は、癌治療の１日目、２日目、３日目、５日目、７日目、１０日目、１１日目、１２日目、１３日目、１４日目、１５日目、１６日目、１７日目、１８日目、１９日目、２０日目、２１日目、２２日目、２３日目、２４日目、２５日目、２６日目、２７日目、２８日目である。幾つかの実施形態では、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは、癌治療の５、７、１４、又は２８日目である。幾つかの実施形態では、１以上の付加的時点は癌治療中である。例えば、第１の時点は、癌治療の１日目、２日目、３日目、５日目、７日目、１０日目、１１日目、１２日目、１３日目、１４日目、１５日目、１６日目、１７日目、１８日目、１９日目、２０日目、２１日目、２２日目、２３日目、２４日目、２５日目、２６日目、２７日目、２８日目である。幾つかの実施形態では、１以上の付加的時点は、癌治療の５、７、１４、又は２８日目である。幾つかの実施形態では、第１の時点及び１以上の付加的時点のうちの少なくとも１つは、癌治療の第１のサイクル中である。幾つかの実施形態では、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは、癌治療の第１のサイクル中であり、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは、癌治療の第２のサイクル中である。
本明細書に開示されるように、変異体対立遺伝子頻度は、幾つかの実施形態では、突然変異体対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）である。ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度は、例えば、総突然変異数、平均変異体対立遺伝子頻度、サンプル（例えば血漿サンプル）の単位（例えばｍｌ）当たりのＫＲＡＳ変異対立遺伝子の数、又はそれらの任意の組合せにより決定することができる。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出することは、対象由来の生物学的サンプル、又はその派生物におけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出することを含む。生物学的サンプルは、体液、全血、血漿、１以上の組織、１以上の細胞、又はそれらの組合せであり得るか、又はそれを含み得る。幾つかの実施形態では、体液は、血液、血漿、尿、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施形態では、生物学的サンプルは、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳのＭＡＦを決定するために、液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又は次世代シークエンシング（ＮＧＳ）が使用される。
対象は、ＰＬＫ１阻害剤治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に１以上の突然変異を有し得る。幾つかの実施形態では、対象は、ＰＬＫ１阻害剤治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に突然変異を有さない。幾つかの実施形態では、対象は、１以上の既往事前癌治療を受けている。癌は、進行性、転移性、難治性、又は再発性であり得る。癌は、大腸癌（例えば転移性大腸癌）、膵臓癌、白血病、肺癌、又はそれらの組合せであり得る。
ＫＲＡＳ遺伝子変異は、コドン１２、コドン１３、コドン１８、コドン６１、コドン１１７、コドン１４６、又はそれらの組合せの突然変異であり得るか、又はそれを含み得る。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子変異は、コドン１２及び／又はコドン１３に突然変異を含む。ＫＲＡＳ遺伝子変異の限定されない例としては、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｒ、Ａ１８Ｄ、Ｇ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、Ｋ１１７Ｎ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ａ１４６Ｐ、Ａ１１Ｖ、又はそれらの組合せが挙げられる。
幾つかの実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤はオンバンセルチブである。幾つかの実施形態では、治療は、２８日サイクルで１０日間のオンバンセルチブの投与を含む。例えば、治療は、２８日サイクルで最初の１４日のうち５日間及び後の１４日のうち５日間にオンバンセルチブの投与を含み得る。幾つかの実施形態では、癌治療は対象に、限定されるものではないが、ＦＯＬＦＩＲＩ、ベバシズマブ、アビラテロン、又はそれらの組合せを含む少なくとも１つの付加的癌治療薬又は癌療法を投与することを含む。幾つかの実施形態では、ＰＬＫ阻害剤及び癌治療薬又は癌療法は、同時に又は逐次に併用投与される。
幾つかの実施形態では、癌治療は１以上のサイクルを含み、ＫＲＡＳ遺伝子変異又はＫＲＡＳの変異体対立遺伝子頻度の変化は、白血病治療の各サイクルの前、間及び／又は後に検出される。治療の各サイクルは、少なくとも２１日、例えば、約２１日～約２８日であり得る。
本明細書に開示されるように、癌患者の、例えば体液中のｃｔＤＮＡの、１以上のＫＲＡＳ変異の定期的測定は、患者に投与される治療の有効性の早期指標を提供することができる。本明細書に提供される例は、ＫＲＡＳ変異を有する転移性大腸癌に対して、オンバンセルチブによるＰＬＫ１阻害は、標準治療ＦＯＲＦＩＲＩ及びベバシズマブとの併用で有効な治療であることを示した。特定の理論に縛られるものではないが、ＫＲＡＳ突然変異体は有糸分裂ストレスを受け、ＰＬＫ１への干渉がストレス過多と腫瘍細胞死をもたらすような特定の方法でこのストレスを悪化させていると考えられる。図２に示すように、ＫＲＡＳ突然変異体及びＰＬＫ１阻害の両方は、有糸分裂が起こるために重要な後期促進複合体（ＡＰＣ／Ｃ）をブロックする。ＡＰＣ／Ｃ複合体は、中期から後期の移行を媒介する上で重要である。ＰＬＫ１阻害剤治療によるＡＰＣ／Ｃの二重のブロックが、図１に示されるようなＫＲＡＳ突然変異体癌細胞への合成致死を引き起こすと考えられている。
この併用療法により、血漿中無細胞ＤＮＡ中の変異型ＫＲＡＳは、治療開始１か月以内（場合によっては１週間以内）に検出レベル（変異型ＫＲＡＳ０．００１％）未満にまで減少した（図３）。この減少は、それらの患者におけるＸ線像応答と相関していた（図４Ａ）。これらの所見から、癌患者のｃｔＤＮＡ中のＫＲＡＳ変異を定期的に測定することは、治療効果の迅速な判定に有用であることが立証される。
本明細書では、（ａ）ＫＲＡＳ変異を特徴とする癌患者を治療すること、及び（ｂ）定期的に患者から体液を採取し、体液中の無細胞ＤＮＡのＫＲＡＳ変異を測定することを含む方法が提供される。
これらの方法は、ＫＲＡＳ変異を特徴とする何れの癌の治療を評価するためにも有用である。非限定的な例としては、白血病、肺癌、大腸癌、及び膵臓癌が挙げられる。幾つかの実施形態では、癌は大腸癌である。それらの実施形態の幾つかでは、癌は、転移性大腸癌である。幾つかの実施形態では、癌は、１以上のＫＲＡＳ変異に関連する癌である。
ＫＲＡＳ変異を特徴とする癌の何れの治療も、これらの方法を用いて評価することができる。限定されない例としては、手術、化学療法、放射線療法（外照射療法、定位放射線療法、術中放射線療法、及び近接照射療法を含む）、骨髄移植、免疫療法、標的薬物療法、冷凍焼灼療法、又はラジオ波焼灼療法が挙げられる。癌が大腸癌である場合、治療の例としては、手術、ラジオ波焼灼療法、冷凍焼灼療法、放射線療法、化学療法（カペシタビン、５－ＦＵ、イリノテカン、オキサリプラチン、トリフルリジン／チピラシルを含む投薬を含む）、標的療法（例えば、ベバシズマブ、レゴラフェニブ、ｚｉｖ－アフリバーセプト、又はラムシルマブを使用する抗血管新生両方；例えば、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、又はイピリムマブを使用する免疫療法；及びＰＬＫ１阻害剤を含む）が挙げられる。
幾つかの実施形態では、治療は、ＰＬＫ１阻害剤の投与を含む。限定されない例としては、オンバンセルチブ、ＢＩ２５３６、ボラセルチブ（ＢＩ６７２７）、ＧＳＫ４６１３６４、ＨＭＮ－１７６、ＨＭＮ－２１４、ＡＺＤ１７７５、ＣＹＣ１４０、リゴセルチブ（ＯＮ－０１９１０）、ＭＬＮ０９０５、ＴＫＭ－０８０３０１、ＴＡＫ－９６０又はＲｏ３２８０が挙げられる。様々な実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤はオンバンセルチブである。
核酸を有すると予想される何れの体液もこれらの方法に利用することができる。体液の限定されない例としては、末梢血、血清、血漿、尿、リンパ液、羊水、及び脳脊髄液が挙げられる。様々な実施形態では、体液は、血液、血漿又は尿である。
この方法は、現在知られている又は後に発見されるＫＲＡＳ変異を有する任意の癌を有する患者に適用することができる。ＫＲＡＳ変異は、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ａ、又はＧ１２Ｒであり得る。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、Ａ１８Ｄ、Ｑ６１Ｈ、又はＫ１１７Ｎである。
オンバンセルチブ、ＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブによるｍＣＲＣの治療を記載している本明細書に提供される実施例１に示されるように、ＫＲＡＳ突然変異体は、治療開始１週間以内に検出不能（ＫＲＡＳ０．００１％未満）となり得る。これらの方法において、サンプルは、治療の開始に関して何れの時点で採取してもよい。幾つかの実施形態では、サンプルは、治療の開始前、又は開始時に採取される。幾つかの実施形態では、サンプルは、治療開始後に２回以上、例えば、治療投与後１以内に少なくとも２回採取される。幾つかの実施形態では、サンプルは、治療開始後１週間以内に採取される。幾つかの実施形態では、少なくとも２サンプルの体液が治療開始１か月以内に採取される。更なる実施形態では、サンプルは、治療開始から１か月以内に採取される。オンバンセルチブ、ＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブによるｍＣＲＣの治療を記載する本明細書の実施例に示されるように、ＫＲＡＳ突然変異体は、治療開始１週間以内に検出不能（ＫＲＡＳ０．００１％未満）となり得る。
サンプルにおけるＫＲＡＳ変異は、現在知られている又は後に発見される任意の方法によって測定することができる。限定されない例としては、任意のＰＣＲ及び任意の次世代シークエンシング（ＮＧＳ）法が挙げられる。幾つかの実施形態では、その方法は、液滴デジタルＰＣＲである。それらの方法では、サンプルにおけるＫＲＡＳ突然変異体の任意のパラメーター、例えば、特定の体積の体液中の総ＫＲＡＳ突然変異体、又はサンプル中の総ＫＲＡＳの量に比例したＫＲＡＳ突然変異体の量を測定することが可能である（実施例の通り）。
本明細書に開示される方法、組成物及びキットは、治療決定を行う、例えば、治療を維持するか、又は治療を変更するかを決定するために利用され得る。治療推奨を指示するサンプルにおけるＫＲＡＳ突然変異体の特定のレベルは、過度の実験を行うことなく、任意の特定の治療及び癌について決定することができ、任意に、推奨に影響し得る任意の他の特定の要因、例えば、患者が服用する他の薬物との潜在的相互作用、治療の効果又は耐性に影響し得る他の患者の障害を考慮に入れることができる。
これらの方法の幾つかの実施形態では、（ｉ）サンプルにおけるＫＲＡＳ変異が、サンプルにおけるＫＲＡＳの設定割合未満まで減少していれば、治療が維持され、又は（ｉｉ）サンプルにおけるＫＲＡＳ変異が、サンプルにおけるＫＲＡＳの設定割合未満まで減少していなければ、治療が変更される。これらの実施形態において、治療を維持することと変更することとの間の閾値であるサンプルにおけるＫＲＡＳの割合は、任意の数の要因、例えば、アッセイの感度及び他の患者での過去の結果を考慮することによって決定することができる。様々な実施形態において、治療の変更が示される割合を上回る減少は、０．１％、０．０５％、０．０１％、０．００５％、０．００１％、又はこれらの割合の間若しくは外側の任意の割合である。幾つかの実施形態では、割合は０．０１％であり、他の実施形態では、割合は０．００１％である。
本方法が治療を変更すべきであることを示す場合、変更された治療は、上述の何れかの治療を含み得る。
これらの方法の幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、患者が野生型ＫＲＡＳを有する癌に対して治療された後、癌の耐性腫瘍において出現した。これらの実施形態の幾つかでは、癌はｍＣＲＣである。
キット
本明細書で開示されるものとしては、癌治療に対する対象の応答性を決定するためのキット、癌治療の転帰を改善するためのキット、及び癌を治療するためのキットが含まれる。このキットは、幾つかの実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）又はその薬学的に許容される塩、溶媒和物、その立体異性体、及び本明細書に開示される１以上の方法に関する工程のうち１以上を実施するための説明を提供するマニュアルを含む。
幾つかの実施形態では、キットは、ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）又はその薬学的に許容される塩、溶媒和物、その立体異性体、及び癌治療に対する対象の応答性を決定するために本明細書に開示される方法の１以上の工程を実施するための説明を提供するマニュアルを含む。例えば、この方法は、癌を有する対象を治療すること、ここで、治療は、対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む；対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出すること、及びＫＲＡＳ遺伝子変異に検出された変化に基づいて癌治療に対する対象の応答性を決定することを含み得る。幾つかの実施形態では、対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することは、（１）対象が癌治療を受けている間、（２）対象が癌治療を受ける前、（３）対象が癌治療を受けた後、又はそれらの組合せに、対象においてＫＲＡＳ遺伝子の１以上の突然変異を検出することを含む。ＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することは、ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度、例えば、ＫＲＡＳ遺伝子のＭＡＦを検出することを含み得る。ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が少なくとも２５％、少なくとも５０％、又は少なくとも７５％の減少であれば、ＰＬＫ１阻害剤による癌治療を維持することができる。幾つかの実施形態では、この減少は癌治療のサイクル１の終了時又は癌治療のサイクル２の１日目に検出される。ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が５０％未満、２５％未満、又は１０％未満の減少であれば、ＰＬＫ１阻害剤による癌治療を例えば変更又は中止することができる。幾つかの実施形態では、この減少は、癌治療のサイクル１の終了時又は癌治療のサイクル２の１日目に検出される。
幾つかの実施形態では、キットは、ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）又はその薬学的に許容される塩、溶媒和物、その立体異性体、及び癌治療の転帰を改善するために本明細書に開示される方法のうち１以上の工程を実施するための説明を提供するマニュアルを含む。例えば、この方法は、第１のサンプルにおいて第１の時点で対象におけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出すること、ここで、第１の時点は、対象が癌治療を開始する前、又は癌治療中であり、癌治療は、対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む；対象の後に１以上の付加的サンプルにおいて１以上の付加的時点で対象におけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出すること、ここで、１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは癌治療中である；第１のサンプルと１以上の付加的サンプルの間のＫＲＡＳの変異体対立遺伝子頻度の違いを決定すること、ここで、第１のサンプルに比べての、１以上の付加的サンプルのうち少なくとも１つにおける変異体対立遺伝子頻度の減少は、対象が癌治療に応答していることを示す；及び対象が癌治療に応答するとして示されれば、対象に癌治療を継続すること、又は対象が癌治療に応答するとして示されなければ、対象に対する癌治療を中止する、及び／又は対象に異なる癌治療を開始することを含み得る。第１の時点は、例えば、対象が癌治療を開始する前であり得る。幾つかの実施形態では、付加的時点のうち少なくとも２つは、癌治療中である。幾つかの実施形態では、キットは、ＰＬＫ１阻害剤（例えばオンバンセルチブ）又はその薬学的に許容される塩、溶媒和物、その立体異性体、及び癌を治療するために本明細書に開示される方法のうち１以上の工程を実施するための説明を提供するマニュアルを含む。例えば、この方法は、癌を有する対象を治療すること、ここで、治療は、対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む；対象が癌治療を受ける前又は癌治療中の第１の時点で得られた対象の第１のサンプルにおけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度に比べての、対象が癌治療の受容を開始した後の第２の時点に得られた対象の第２のサンプルにおけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度の減少を決定すること；及び癌治療を継続することを含み得る。ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出することは、例えば、ＫＲＡＳ遺伝子のＭＡＦを検出することであり得る。ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度は、総突然変異数、平均変異体対立遺伝子頻度、サンプル（例えば血漿サンプル）の単位（例えばｍｌ）当たりのＫＲＡＳ変異対立遺伝子の数、又はその任意の組合せにより決定され得る。
ＫＲＡＳ遺伝子変異は、コドン１２、コドン１３、コドン１８、コドン６１、コドン１１７、コドン１４６、又はそれらの組合せに突然変異を、例えば、コドン１２及び／又はコドン１３に突然変異を含み得る。ＫＲＡＳ遺伝子変異の限定されない例としては、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｒ、Ａ１８Ｄ、Ｇ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、Ｋ１１７Ｎ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ａ１４６Ｐ、Ａ１１Ｖ、又はそれらの組合せが挙げられる。
説明は、ＰＬＫ１阻害剤を９ｍｇ／ｍ2～９０ｍｇ／ｍ2、例えば、９ｍｇ／ｍ2～２４ｍｇ／ｍ2で投与することを含み得る。例えば、説明は、ＰＬＫ１阻害剤を１２ｍｇ／ｍ2、１５ｍｇ／ｍ2、又は１８ｍｇ／ｍ2で投与することに関するものであり得る。
本明細書で提供される幾つかの実施形態は、（ａ）ＫＲＡＳ変異を特徴とする癌に関して患者を治療すること、及び（ｂ）患者から体液を定期的に採取し、体液中の無細胞ＤＮＡのＫＲＡＳ変異を測定することを含む方法を提供する。癌は、白血病、肺癌、大腸癌（例えば転移性大腸癌）、又は膵臓癌であり得る。幾つかの実施形態では、治療は、限定されるものではないが、オンバンセルチブ、ＢＩ２５３６、ボラセルチブ（ＢＩ６７２７）、ＧＳＫ４６１３６４、ＨＭＮ－１７６、ＨＭＮ－２１４、ＡＺＤ１７７５、ＣＹＣ１４０、リゴセルチブ（ＯＮ－０１９１０）、ＭＬＮ０９０５、ＴＫＭ－０８０３０１、ＴＡＫ－９６０、及びＲｏ３２８０のうち１以上を含むポロ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）阻害剤の投与を含む。幾つかの実施形態では、ＰＬＫ１阻害剤は、オンバンセルチブである。体液は、血液、血漿又は尿であり得る。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ａ、又はＧ１２Ｒである。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ又はＧ１２Ｃである。ＫＲＡＳ変異は、例えば、治療開始１か月以内に採取される少なくとも２サンプルの体液において測定することができる。ＫＲＡＳ変異は、例えば、サンプル中の総ＫＲＡＳ量に対する割合で、ＫＲＡＳ変異の量を決定することによって測定することができる。
幾つかの実施形態では、（ｉ）サンプルにおけるＫＲＡＳ変異がサンプルにおけるＫＲＡＳの０．０１％未満に減少していれば、治療を変更することができ、又は（ｉｉ）サンプルにおけるＫＲＡＳ変異がサンプル中のＫＲＡＳの０．０１％未満に減少していなければ、治療が維持され、又は（ｉ）と（ｉｉ）の両方である。幾つかの実施形態では、（ｉ）サンプルにおけるＫＲＡＳ変異がサンプルにおけるＫＲＡＳの０．００１％未満に減少していれば、治療を維持することができ、又は（ｉｉ）サンプルにおけるＫＲＡＳ変異がサンプルにおけるＫＲＡＳの０．００１％未満に減少していなければ、治療は維持され、又は（ｉ）と（ｉｉ）の両方である。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ変異の減少は、治療開始１か月以内に採取されるサンプルで決定される。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、患者が野生型ＫＲＡＳを有する癌に関して治療された後に癌の耐性腫瘍において出現した。癌は転移性大腸癌であり得る。
提供するものには又、ＫＲＡＳ変異を特徴とする大腸癌（例えば転移性大腸癌）に関して患者を治療すること、及び（ｂ）患者から体液を定期的に採取し、体液中の無細胞ＤＮＡのＫＲＡＳ変異を測定することを含む方法が含まれ、その治療はＰＬＫ１阻害剤、例えば、オンバンセルチブの投与を含む。幾つかの実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、患者が野生型ＫＲＡＳを有する癌に関して治療された後に癌の耐性腫において出現した。
上述の実施形態の幾つかの態様を以下の実施例で更に詳細に開示するが、これらは本開示の範囲を何ら限定するものではない。
実施例１
転移性大腸癌患者の無細胞ＤＮＡにおけるＫＲＡＳ変異の測定
臨床試験ＮＣＴ０３８２９４１０（Ｋｒａｓ変異を有する転移性大腸癌患者の第２選択治療のためのオンバンセルチブとＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブの併用（Onvansertib in Combination With FOLFIRI and Bevacizumab for Second Line Treatment of Metastatic Colorectal Cancer Patients with a Kras Mutation）は、ＫＲＡＳ変異を有する転移性大腸癌を有する成人患者における第２選択治療としてのＦＯＬＦＩＲＩ＋アバスチンを併用する、各２８日サイクルの各１４日コースの１～５日目における、連続５日間毎日経口投与するオンバンセルチブの安全性と有効性を判定するための第１ｂ／２相試験である。参加者は、組織学的に確認された転移性及び切除不能な疾患を有し、過去にベバシズマブを併用する又は併用しないフルオロピリミジン及びオキサリプラチンの治療に奏功しなかったか、又は不耐性であることを要する。
患者由来の血漿における無細胞ＤＮＡ中のＫＲＡＳは、液滴デジタルＰＣＲ（ＢｉｏＲａｄ）を用いて定期的に定量し、変異ＫＲＡＳであるＫＲＡＳの割合を決定した。このアッセイの感度の下限は０．００１％変異ＫＲＡＳであった。
６名の患者で５つの異なるＫＲＡＳ突然変異体が検出され、これはＣＲＣのＫＲＡＳ変異の９０％を超え、５つのＫＲＡＳ変異体は全て、治療の第１サイクル（オンバンセルチブ用量水準１２及び１５ｍｇ／ｍ2）内に減少した。
用量水準１（オンバンセルチブ１２ｍｇ／ｍ2）では、４名の患者がベースライン時点で検出可能なＫＲＡＳ変異型ｃｔＤＮＡを有しており、４名の患者の全てで、治療の第１サイクル内ではＫＲＡＳは検出不能であり、この後にＸ線検査で腫瘍の萎縮が観察され、本発明の方法の予測価値を裏付けるものであった。
用量水準２（オンバンセルチブ１５ｍｇ／ｍ2）では、これまでに治療を受けた２名の患者がベースライン時点で検出可能なＫＲＡＳ変異型ｃｔＤＮＡを有しており、１名の患者では、治療の第１サイクル内でＫＲＡＳは検出不能であった。
血漿中ＫＲＡＳ変異レベルの減少は、治療応答（その後のＸ線検査で確認）の早期マーカーであると主張されている（Ｔｉｅら、２０１５年）。しかしながら、「非応答」の群は、応答を示した群よりも平均ＫＲＡＳレベルが高かったものの、その差は統計的に有意ではなかった（Ｔｉｅらの表２）。本データでは、応答者の変異型ＫＲＡＳが検出不可能なレベル（０．００１％未満）までの大幅な減少を示すのに対し、Ｔｉｅらの応答者は変異型ＫＲＡＳが最低０．２％であり、一方、「非応答」群のサンプルは０．３％と低かった。それでも、Ｔｉｅらは、血漿中の変異型ＫＲＡＳの減少が１０倍未満であれば「無応答」と相関し、１０倍を超えれば治療に対する陽性応答と相関することを示している。
実施例２
転移性大腸癌患者のＫＲＡＳ変異
ＫＲＡＳ変異転移性大腸癌（ｍＣＲＣ）を有する患者の第２選択治療として、オンバンセルチブとＦＯＬＦＩＲＩ及びベバシズマブの併用の第１ｂ／２相試験を実施した。
ＫＲＡＳ変異転移性大腸癌（ｍＣＲＣ）では、安全かつ有効な第２選択治療が必要とされている。ＫＲＡＳはＣＲＣ患者の５０％で変異しており、現在までのところ、ＫＲＡＳ変異の大部分は創薬不能と考えられており、ＲＡＳ療法は成功をみていない。抗ファルネシル阻害剤とＲＡＳの下流エフェクターの阻害剤は全く効力を示さないか、又は限られた効力しか示さず、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ（ＣＲＣにおけるＫＲＡＳ変異の８％を占める）の共有結合阻害剤はＣＲＣにおいて限られた活性しか示していない。第２選択治療（化学療法±標的薬）は予後不良であり、ＯＲＲは約５％、ＰＦＳは約５．７か月、ＯＳは約１１．２か月である。第３選択又はそれ以降の治療の転帰も不良であり、ＫＲＡＳ変異患者に対して承認されている療法は、レゴラフェニブ及びトリフルリジン／チピラシル（ＴＡＳ－１０２）であり、無増悪生存期間（ＰＦＳ）中央値は２～３か月、全生存期間中央値は６～９か月である。更に、ＫＲＡＳを阻害する代替戦略として、変異型ＫＲＡＳの合成致死パートナー（すなわち、ＫＲＡＳ変異型細胞では必須だが野生型細胞では必須でないタンパク質）の標的化が含まれる。
経口かつ高選択性のＰＬＫ１阻害剤であるオンバンセルチブは、ＫＲＡＳ変異ＣＲＣに対する有望な治療選択肢である。有糸分裂の重要なレギュレーターであるＰＬＫ１は、ＣＲＣにおいて過剰発現しており、不良な臨床パラメーターと関連している。ゲノムワイドＲＮＡｉスクリーニングにより、ＰＬＫ１阻害がＣＲＣ細胞の変異型ＫＲＡＳと合成致死となることが確認され、ＫＲＡＳ変異細胞はＰＬＫ１の阻害に過敏であり、オンバンセルチブは野生型（ＷＴ）細胞よりも変異型ＫＲＡＳ細胞においてより著明な有糸分裂停止及び細胞死を誘導することが示された（図５は、オンバンセルチブ処理したＫＲＡＳ変異細胞及びＷＴ同型ＣＲＣ細胞の細胞生存率を示す。図５では、ＤＬＤ－１細胞は、ＤＭＳＯ又はオンバンセルチブで７２時間処理した。細胞生存率は、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒＧｌｏで測定された。２元配置ＡＮＯＶＡ、ｐ＜０．０００１）。更に、図６Ａ～６Ｂに示すように、オンバンセルチブは、ＨＣＴ－１１６ ＫＲＡＳ突然変異体異種移植モデルにおいて、単剤として強力な抗腫瘍活性を誘導し、イリノテカン及び５－ＦＵとの併用で相乗効果を示した。図６Ａ及び図６Ｂにおいて、太いバーは治療を表し、データａは平均腫瘍体積±ＳＥＭとして表され、ＴＧＩは腫瘍増殖阻害を指す。
第１ｂ／２相試験
研究デザイン及び目的
主な適格基準： （１）転移性及び切除不能なＣＲＣ、（２）原発腫瘍又は転移巣にＫＲＡＳ変異がある、（３）オキサリプラチンに基づく化学療法に奏功しなかったか、又は不耐性である、（４）第１選択療法又は維持療法６か月未満に進行がある、及び（５）ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ変異及びＭＳＩ－Ｈ／ｄＭＭＲが陰性であること。
試験デザイン： 第１ｂ相：３名の患者の連続コホートでオンバンセルチブの用量漸増（１２、１５、１８ｍｇ／ｍ2）、第１サイクル（２８日）に用量制限毒性（ＤＬＴ）評価。第２相：拡大コホートｔのＭＴＤ又はＲＰ２Ｄ。
有効性評価項目：（１）主要評価項目：少なくとも１サイクルの治療を受けた患者における客観的奏効率（ＯＲＲ）、（２）副次評価項目：無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び液体生検により評価したＫＲＡＳ対立遺伝子量の減少。
治療スケジュールを図７に示す。
結果
２０２０年５月４日時点で、合計１２名の患者が試験に登録されている（表１）。オンバンセルチブ＋ＦＯＬＦＩＲＩ／ベバシズマブの併用療法で安全性が実証された。オンバンセルチブ１２及び１５ｍｇ／ｍ2の用量水準は安全性がクリアされ、オンバンセルチブ１８ｍｇ／ｍ2では、３名のうち１名の患者は５ＦＵボーラスに関連すると思われるＤＬＴ－Ｇ４好中球減少が生じ、更に３名を追加登録した。グレード３～４の有害事象は全て２．５週間以内に回復し、治療中止には至らなかった。
Figure 2023524592000003
有効性： オンバンセルチブ＋ＦＯＬＦＩＲＩ／ベバシズマブで予備的な有効性が実証された。評価可能な９名の患者のうち、８名（８９％）に臨床効果があり、４名（４４％）に部分奏効（ＰＲ）、４名（４４％）に病勢安定（ＳＤ）、２名にＰＲが確認され、１名（０２－００５）が根治手術の成功に至り、奏功は持続的であると見られ、（１）現在までのＰＦＳ中央値は６か月を超え、（２）６名が治療継続中である。図８Ａは、治療応答及び持続期間の結果を示し、図８Ｂは、Ｘ線像応答の結果を示している。
バイオマーカー分析： 治療の第１サイクルにおける血漿中ＫＲＡＳ突然変異体の変化は、腫瘍退縮の高い予測因子であることが判明した（図９）。９名の患者のうち８名は、ベースライン時にｃｔＤＮＡ分析によってＫＲＡＳ突然変異が検出された（ｄｄＰＣＲ及びＮＧＳを用いて検出）。５名の患者は、第１サイクルでＫＲＡＳ突然変異体が非検出レベルまで減少し、その後８週目に腫瘍が退縮した（Ｃ３Ｄ１）。
２０２０年１１月４日時点で合計１５名の患者が試験に登録されている（表２）。３＋３用量漸増デザインにより、併用療法の安全性を評価し、オンバンセルチブの最大耐容量（ＭＴＤ）及び推奨第２相用量（ＲＰ２Ｄ）を特定した。
Figure 2023524592000004
第１ｂ相安全性評価： 安全性は、オンバンセルチブ＋ＦＯＬＦＩＲＩ／ベバシズマブの併用療法で実証されており、忍容性は良好であった。最も一般的な治療起因性有害事象（ＡＥ）を表３に示す。オンバンセルチブに起因する重大な毒性又は予期せぬ毒性はなかった。４名の患者が５－ＦＵボーラスに起因するＤＬＴを示し、１名は１２ｍｇ／ｍ2の用量水準でＧ４好中球減少熱を、３名は１８ｍｇ／ｍ2の用量水準でＧ４好中球減少を示し、１８ｍｇ／ｍ2の用量水準はＭＴＤを超過した。この用量水準での安全性を更に検討するために、１５ｍｇ／ｍ2で３名の患者を追加登録中である。（１）全ＡＥのうちＧ３／Ｇ４はわずか９％（１７／１９２）であり、（２）２名を超える患者で報告されたＧ３／Ｇ４ ＡＥは好中球減少のみであり（ｎ＝８）、これらは投与遅延、成長因子の補助及び／又は５－ＦＵボーラスの中止で管理され、好中球減少による試験を離脱した患者はいなかった。
Figure 2023524592000005
第１ｂ相予備的有効性： 有効性の評価が可能な１２名の患者（８週間の治療を完了し、Ｘ線検査を行った患者、又は治療中に８週間以内に進行した患者）のうち、５名（４２％）で部分奏効（ＰＲ）が達成され、４名でＰＲが確認され、１名で治癒的手術が行われ、１名でＰＲが確認されず、治療に関連しないＡＥのためにＰＲ後に試験を離脱した。更に、８名（６７％）の患者が、６か月を超える持続的な奏効を示した（データカットオフ日時点で６．１～１３．７か月の範囲）。図１０Ａは、治療奏功と期間を示し、図１０Ｂは、ベースラインからの腫瘍サイズの変化を示す。
ＫＲＡＳの突然変異体対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）バイオマーカー分析： ベースライン（第１サイクルの１日目、投与前）及び治療中（第２～９サイクルの１日目）にデジタル液滴ＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）によりＫＲＡＳ ＭＡＦを測定した。１２名のうち１０人の患者は、ベースライン時にｄｄＰＣＲによりＫＲＡＳ変異体が検出された（全員がＮＧＳによりＫＲＡＳ変異が検出された）。ＣＲＣで最も一般的な３つのＫＲＡＳ変異を含む、種々のＫＲＡＳ変異体で臨床応答が見られた。ＰＲを達成した患者は、治療の第１サイクルの後に血漿中の変異型ＫＲＡＳに最大の減少を示した。治療の第１サイクルの後のＫＲＡＳ ＭＡＦの最大の変化は、ＰＲを達成した患者に見られ（－７８％～－１００％の範囲）、一方、進行した２名の患者では、ＫＲＡＳ ＭＡＦの減少はより緩やかであった（－５５％及び－２６％）。更に、ＰＲ及びＳＤの患者は、早期ＰＤの患者よりも治療中のＫＲＡＳ ＭＡＦが低い傾向があった。図１１Ａは、１サイクル後の％ＫＲＡＳ ＭＡＦ変化を示し、図１１Ｂは、ＫＲＡＳ ＭＡＦの経時的変化を示す。
エキスパンドアクセスプログラム（ＥＡＰ）
主要適格基準： （１）ＫＲＡＳ変異が確認された転移性及び切除不能ＣＲＣ、（２）ＦＯＬＦＩＲＩ既往を含む複数系統の標準全身療法で不奏効であったか又は進行が見られた、（３）参加者が臨床試験の対象でない。
治療： 参加者は、オンバンセルチブ（１５ｍｇ／ｍ2）＋ＦＯＬＦＩＲＩ＋ベバシズマブを受け、５－ＦＵボーラスを廃止する選択肢もあった。治療スケジュールは図７に示す通りであった。２０２１年３月１０日時点で、ＥＡＰ２２施設で４３名の参加者が登録され、治療を受けた。
安全性： オンバンセルチブとＦＯＬＦＩＲＩ＋ベバシズマブの併用は、治療参加者（Ｎ＝４３）の何れにおいても、これまでに重篤な有害事象（ＳＡＥ）が報告されず、忍容性が良好であった。
評価可能なＥＡＰ参加者における臨床的有用性のアクセス： ２０２１年３月１０日の時点で２０名の参加者が少なくとも１回の治療中のＸ線検査を受け、臨床的有用性について評価された。全ての参加者は、３系統の既往治療の中央値を示し、７０％がＥＡＰに登録する前に進行を示した。参加者のＥＡＰでのＰＦＳ中央値は５．６か月（９５％ＣＩ：２．７－ＮＲ）であり、１１名が治療を継続した。参加者のベースライン特性を表４に示す。
Figure 2023524592000006
血漿中のＫＲＡＳ突然変異体の変化は、臨床的有用性と相関することが判明した。ＫＲＡＳ突然変異体対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）は、ベースライン時とサイクル１終了時にデジタル液滴ＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）により測定した。２０名のうち１６名の参加者は、ベースライン時にｄｄＰＣＲによりＫＲＡＳ変異体が検出された。ＫＲＡＳ ＭＡＦに５０％を超える減少が見られた参加者（ｎ＝１０）は、減少が５０％未満であった参加者（ｎ＝６）と比較してＰＦＳが有意に増加し、ＫＲＡＳ ＭＡＦの早期変化が臨床的有用性の予測因子であることが裏付けられた。図１２は、ベースライン時に血漿ＫＲＡＳ突然変異体が検出可能な参加者のＰＦＳを示す。
ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ転移性Ｓ状結腸癌を有する６１歳女性がＥＡＰに参加した。この参加者は、ＦＯＬＦＩＲＩ＋Ｂｅｖ（図１３）を含む数系統の既往治療を受けていた。２０２０年１０月に、この参加者は治験薬で進行し、肺転移が増大した。２０２０年１１月に、この参加者はＥＡＰに登録し、オンバンセルチブ１５ｍｇ／ｍ2＋ＦＯＬＦＩＲＩ＋ベバシズマブの投与を受けた。オンバンセルチブ＋ＦＯＬＦＩＲＩ＋ベバシズマブ併用に対する臨床的有用性及び奏効が示された。図１４Ａに示すように、８週のスキャンは、多数の肺転移のサイズの縮小を示し（多くは壊死しているように見える）、１６週のスキャンは、肺転移のサイズの更なる縮小を示す（多くは壊死しているように見え続けている）。又、腫瘍病変の減少は、ＫＲＡＳ ＭＡＦの１．４％から０％（検出不能）への減少とＣＥＡの２４．４から４．６ｎｇ／ｍＬへの減少（図１４Ｂ）を伴うことが判明した。
ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ転移性大腸癌を有する４９歳男性とＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ転移性大腸癌を有する５６歳女性がＥＡＰに参加した。ＥＡＰ実施前：両名ともイリノテカンに基づくレジメンで進行していた（図１５）。ＥＡＰによる臨床効果：両者とも持続的病勢安定がそれぞれ８か月（ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ ｍＣＲＣの４９歳男性）及び７か月（ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ ｍＣＲＣの５６歳女性）継続し、臨床的有用性を示している。
ＥＡＰにおけるオンバンセルチブ＋ＦＯＬＦＩＲＩ＋ベバシズマブによる治療は、これまでにＳＡＥが報告されておらず、良好な忍容性を示した。２０２１年３月１０日のカットオフ日時点で、３種類以上の既往治療を受けた２０名の参加者の臨床的有用性を評価した。無増悪生存期間（ＰＦＳ）中央値は５．６か月で、１１名が治療を継続している（２～３か月の過去の制御とは顕著な対比）。前治療歴の多い参加者及びＥＡＰ登録前にイリノテカンに基づくレジメンで進行した参加者で臨床的有用性が認められた。血漿中のＫＲＡＳ突然変異体の変化は、臨床的有用性と相関することが判明した。ＫＲＡＳ突然変異体対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）が５０％を超えて減少した参加者は、減少が５０％未満の参加者と比較して、ＰＦＳが有意に増加していた。
実施例３
転移性去勢抵抗性前立腺癌（ｍＣＲＰＣ）患者におけるＫＲＡＳ変異
ｍＣＲＰＣ患者において、オンバンセルチブとアビラテロン及びプレドニゾンの併用の第２相試験を実施した。投与群Ａ、Ｂ及びＣの処置スケジュールを図１６に示す。２０２１年１月１１日時点の登録状況を表５に示す。
Figure 2023524592000007
主要な適格基準： ２回のＰＳＡ上昇と定義されるアビラテロン耐性の初期徴候；１回の上昇が０．３ｎｇ／ｍＬ以上で、１週間の間隔があること。
主要な除外基準： （１）エンザルタミド又はアパルタミドによる治療歴、及び（２）急速進行疾患又は疾患進行に関連する重大な症状
有効性エンドポイント：主要評価項目： 治療１２週間後のＰＳＡ低下又は安定化（ベースラインに比べて２５％を下回るＰＳＡ上昇）として評価される病勢制御。副次的評価項目：ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１基準によるＸ線像応答、ＰＳＡ増悪までの時間、及びＸ線造影応答までの時間。
相関研究： 循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、保存組織、及び循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を解析し、応答バイオマーカーを同定する。
ベースライン特性： 表６に示す。
Figure 2023524592000008
安全性評価： 最も頻度の高いグレード３及び４の有害事象（ＡＥ）は、オンバンセルチブの作用機序に関連した、予測されたオンターゲットの可逆的な血液学的事象（貧血、好中球減少、血小板減少及び白血球減少）であった。血液学的ＡＥは可逆的であり、投与遅延、減量及び／又は成長因子の補助によって効果的に管理された。表７に、治療した患者に最も多い（患者の１０％以上）治療起因性有害事象を示す。
Figure 2023524592000009
有効性： 結果を表８及び図１７に示す。１９名（５３％）の患者が、アビラテロン抵抗性に関連する少なくとも１つのＡＲ変異（ＡＲ－Ｖ７発現、ＡＲ変異Ｔ８７８Ａ及び／又はＡＲの増幅）を有していた。５名（２６％）の患者は１２週時点で病勢が管理されており、８名（４２％）の患者は１２週時点においてＸ線像で安定した病勢であった。
Figure 2023524592000010
ベースライン時にＣＴＣ数が好ましくない（５個以上／血液７．５ｍＬ）１０名の患者を１２週間の治療の後に再分析したところ、（１）５名（５０％）の患者はＣＴＣが８０％以上減少し、そのうち４名は好ましいＣＴＣレベルに転換し、３名はＣＴＣが検出できず、（２）治療期間の中央値はＣＴＣ減少患者（ｎ＝５）では９．２か月であり、ＣＴＣ増加患者（ｎ＝５）では４．９か月であった。投与群Ａ（ｎ＝１７）と投与群Ｂ（ｎ＝１２）は同等の有効性を示し、主要評価項目に達した患者はそれぞれ２９％と２５％であり、１２週時点のＳＤ患者は５３％と４２％であった。より継続的な投与スケジュールである投与群Ｃ（ｎ＝８）では、主要評価項目到達率が６３％、１２週時点のＳＤが７５％と、これまでのところ高い奏効率を示している。又、３つの投与群の全てにおいて、ＡＲ変異を有する患者で有効性が認められた。オンバンセルチブ＋アビラテロンの併用は、好ましくないＣＴＣから好ましいＣＴＣへの転換を誘導し、この転換は持続的な奏効と相関していた。
バイオマーカー分析： 循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）ゲノムプロファイリングを実施され、ベースラインの液体生検から単離されたｃｔＤＮＡの変異プロファイリングがＧｕａｒｄａｎｔプラットフォームを用いて実施された。３３名の患者が解析され、１５４の遺伝子において合計３７９の体細胞変異体が同定され、患者当たりの変異体の数の中央値は９［１～５４］であった。ＳＤ患者とＰＤ患者で差次的に変異した遺伝子が解析され、このうち１８名の患者は１２週目にＳＤを示し（４４の遺伝子がＳＤ患者でのみ変異していた、図１８）、１５名の患者が１２週目又はそれ以前にＰＤを示した（５９の遺伝子がＰＤ患者でのみ変異していた、図１８）。
遺伝子リストエンリッチメント解析ツール（Ｅｎｒｉｃｈｒ）を用いて、ＳＤ又はＰＤ患者の何れかにおいてのみ変異した遺伝子リストとＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＭＳｉｇＤＢ）のホールマーク遺伝子セットとを比較した。解析は、ＳＤ患者ではＧ２／Ｍチェックポイント、Ｅ２Ｆ標的、ＤＮＡ修復に濃縮を示したが、ＰＤ患者ではそうではないことを示し、このことは細胞周期の調節及びＤＮＡ損傷応答経路におけるＰＬＫ１の役割と一致している。ＳＤ患者で濃縮されている経路を表９に示し、ＰＤ患者で濃縮されている経路を表１０に示す。
Figure 2023524592000011
Figure 2023524592000012
ｃｔＤＮＡ解析は、１２週の時点でＳＤに到達した患者と１２週又はそれ以前に進行した患者のベースラインのゲノムプロファイルの違いを明らかにした。ＳＤ患者にのみ存在する変異は、オンバンセルチブに対する感受性及び併用療法の有効性を高める可能性がある細胞周期及びＤＮＡ修復経路に関連していた。本明細書に記載される結果は、アビラテロンに早期耐性を示す患者のサブセットは、ＰＬＫ１関連経路への依存度が高く、その結果、ＰＬＫ１阻害に対してより脆弱であることを示唆している。
実施例４
化学療法を決定するためのＫＲＡＳ変異のモニタリング
ＫＲＡＳのモニタリングは、ＰＬＫ阻害剤（例えばオンバンセルチブ）を用いた癌治療において、化学療法を維持、除去、再追加、又は変更するかどうかを決定する有効な手段であると思われる。例えば、オンバンセルチブを用いて治療中の癌患者におけるＫＲＡＳ変異のモニタリングに基づき、患者が受けている治療から化学療法を除去したり、再度治療に追加したりすることができる。
患者は、癌治療のためにオンバンセルチブ、イリノテカン、５－ＦＵ及びベバシズマブを受けている。この患者は、スキャンによる腫瘍の縮小とＫＲＡＳの減少（例えば、Ｃ２Ｄ１においてベースラインからＫＲＡＳ変異が７５％以上減少）を含む良好な臨床応答を示している。患者をモニタリングし、６か月の時点でＫＲＡＳが７５％以上のままであり、患者が安定を留めている場合、イリノテカンを除去し、患者にオンバンセルチブと経口５－ＦＵ（ベバシズマブ併用又は併用なし）の維持療法を行い、ＫＲＡＳについてはモニタリングを継続する。イリノテカンを除去した後、患者のＫＲＡＳ変異がベースラインの７５％未満に戻れば、イリノテカンを再投与し、患者はイリノテカン＋５－ＦＵ療法に戻ることになる。このモニタリング方法には、倦怠感を含む様々な副作用を引き起こすイリノテカンを患者に「休薬」させることができるという利点がある。
従前に記載した実施形態の少なくとも幾つかにおいて、ある実施形態で使用される１以上の要素は、置き換えが技術的に実行できないものでない限り、別の実施形態で互換的に使用することができる。当業者には、特許請求される主題の範囲から逸脱することなく、上記の方法及び構造に対して様々な他の省略、追加及び変更を行うことができることが理解されるであろう。そのような全ての修正及び変更は、添付の請求項によって定義されるように、主題の範囲に入ることが意図される。
本明細書における実質的に任意の複数形及び／又は単数形の用語の使用に関して、当業者は、文脈及び／又は用途に適切であるように、複数形から単数形へ及び／又は単数形から複数形へ変換することができる。様々な単数／複数の並べ換えは、明瞭化のために本明細書に明示的に記載されることがある。本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「a」、「an」、及び「the」は、文脈が明らかにそうでないことを示さない限り、複数形の指示対象を含む。本明細書において、「又は」という場合には、別段の記載がない限り、「及び／又は」を包含することを意図する。
一般に、本明細書、特に添付の特許請求の範囲（例えば、特許請求の範囲の本体）において使用される用語は、一般に「オープンの」用語として意図されることが当業者には理解されるであろう（例えば、用語「含む」は「限定されるものではないが含む」と解釈されるべきであり、用語「有する」は「少なくとも有する」と解釈されるべきであり、用語「包含する」は「限定されるものではないが包含する」と解釈されるべきである等）。導入された請求項記載の特定の番号が意図される場合、そのような意図は請求項において明示的に記載され、そのような記載がない場合、そのような意図は存在しないことが当業者には更に理解されるであろう。例えば、理解を助けるために、以下の添付の特許請求の範囲は、請求項の記載を導入するための導入句「少なくとも１つ」及び「１以上」の使用を含み得る。しかしながら、そのような句の使用は、たとえ同じ請求項が、導入句「１以上」又は「少なくとも１つ」及び「a」又は「an」等の不定冠詞（例えば、「a」及び／又は「an」は、「少なくとも１つ」又は「１以上」を意味すると解釈されるべきである）を含む場合であっても、不定冠詞「a」又は「an」による請求項の記載の導入が、そのような導入された請求項の記載を含む任意の特定の請求項を１つのこのような記載を含む実施形態のみに限定することを意味すると解釈されるべきでなく、請求項の記載を導入するために使用される定冠詞の使用についても同じことが言える。更に、導入された請求項の記載の特定の数が明示的に記載されている場合でも、当業者は、そのような記載は少なくとも記載された数を意味すると解釈されるべきであることを認識するであろう（例えば、他の修飾語を含まない「２つの記載」の裸の記載は、少なくとも２つの記載、又は２つ以上の記載を意味する）。更に、「Ａ、Ｂ、及びＣのうち少なくとも１つ等」に類似する慣用が使用される場合、一般に、そのような構成は、当業者にその慣用を理解させる意味で意図される（例えば、限定されるものではないが、「Ａ、Ｂ、及びＣのうちの少なくとも１つを有するシステム」は、Ａ単独、Ｂ単独、Ｃ単独、ＡとＢ、ＡとＣ、ＢとＣ、及び／又はＡとＢとＣを有するシステム等を含むであろう）。「Ａ、Ｂ、又はＣのうちの少なくとも１つ等」に類似する慣用が使用される場合、一般に、そのような構成は、当業者に慣用を理解させる意味で意図される（例えば、「Ａ、Ｂ、又はＣのうちの少なくとも１つを有するシステム」は、限定されるものではないが、Ａ単独、Ｂ単独、Ｃ単独、ＡとＢ、ＡとＣ、ＢとＣ、及び／又はＡとＢとＣ等を有するシステムを含むであろう）。説明であれ特許請求の範囲であれ、又は図面であれ、２つ以上の代替的な用語を提示する実質的に任意の離接語及び／又は離接句は、用語の一方、用語の何れか、又は両方の用語を含む可能性を企図すると理解されるべきであることが、当業者に更に理解されるであろう。
更に、本開示の特徴又は態様がマーカッシュ群の観点で記載される場合、当業者は、本開示がそれによってマーカッシュ群の任意の個々のメンバー又はメンバーのサブグループの観点からも記載されることを認識するであろう。
当業者に理解されるように、書面による説明を提供する観点等のありとあらゆる目的のために、本明細書に開示される全ての範囲は、そのありとあらゆる可能性のある下位範囲及び下位範囲の組合せも包含する。任意の列挙された範囲は、同じ範囲を少なくとも等しい半分、３分の１、４分の１、５分の１、１０分の１等に分解することが十分に記述され可能であると容易に認識することができる。限定されない例として、本明細書に述べられる各範囲は、下３分の１、中３分の１、及び上３分の１等に容易に分解することができる。又、当業者には理解されるように、「まで」、「少なくとも」、「より大きい」、「未満」等の全ての言語は、言及された数を含み、その後、上述したように下位範囲に分解できる範囲を指す。最後に、当業者に理解されるように、範囲は各個の部材を含む。従って、例えば、１～３個の物品を有する群は、１、２、又は３個の物品を有する群を指す。同様に、１～５個の物品を有する群は、１、２、３、４、又は５個の物品を有する群を指す等である。
本明細書では様々な態様及び実施形態を開示したが、他の側面及び実施形態は当業者には明らかであろう。本明細書に開示された様々な態様及び実施形態は、例示を目的とするものであり、限定を意図するものではなく、真の範囲及び趣旨は、以下の特許請求の範囲によって示される。

Claims (78)

  1. 癌治療に対する対象の応答性を決定する方法であって、
    癌を有する対象を治療すること、ここで、前記治療は前記対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む；
    前記対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出すること、及び
    ＫＲＡＳ遺伝子変異に検出された変化に基づいて、前記癌治療に対する前記対象の応答性を決定すること
    を含む、方法。
  2. 前記対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することが、（１）前記対象が前記癌治療を受けている間に、（２）前記対象が前記癌治療を受ける前に、（３）前記対象が前記癌治療を受けた後、又はそれらの組合せに、前記対象におけるＫＲＡＳ遺伝子の１以上の突然変異を検出することを含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することが、前記対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異を２回以上検出すること、及び任意選択により、その２回以上のうち少なくとも２回が５、７、１４、２８、又は３５日以内に生じることを含む、請求項１又は２に記載の方法。
  4. ＫＲＡＳ遺伝子変異の変化が、（１）前記対象が前記癌治療を受けている間のＫＲＡＳ遺伝子変異の変化、（２）前記対象が前記癌治療を受ける前から前記対象が前記癌治療を受けている間へのＫＲＡＳ遺伝子変異の変化、又はそれらの組合せを含む、請求項１～３の何れか一項に記載の方法。
  5. ＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することが、ＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出することを含む、請求項１～４の何れか一項に記載の方法。
  6. 前記変異体対立遺伝子頻度が突然変異体対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）である、請求項５に記載の方法。
  7. ＫＲＡＳ遺伝子の前記変異体対立遺伝子頻度が、総突然変異数、平均変異体対立遺伝子頻度、血漿１ｍｌ当たりのＫＲＡＳ変異対立遺伝子の数、又はそれらの組合せにより決定される、請求項４～６の何れか一項に記載の方法。
  8. 前記対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することが、前記対象由来の生物学的サンプル、又はその派生物においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することを含む、請求項１～７の何れか一項に記載の方法。
  9. 前記生物学的サンプルが体液、全血、血漿、１以上の組織、１以上の細胞、又はそれらの組合せを含む、請求項８に記載の方法。
  10. 前記体液が血液、血漿、尿、又はそれらの組合せを含む、請求項９に記載の方法。
  11. 前記生物学的サンプルが循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、又はそれらの組合せを含む、請求項８～１０の何れか一項に記載の方法。
  12. 前記ｃｔＤＮＡを、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又は次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を用いて分析することを含み、前記ＰＣＲは任意選択により液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）である、請求項１１に記載の方法。
  13. 前記対象が前記ＰＬＫ１阻害剤による前記治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に１以上の突然変異を有する、請求項１～１２の何れか一項に記載の方法。
  14. 前記対象が前記ＰＬＫ１阻害剤による前記治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に突然変異を持たない、請求項１～１２の何れか一項に記載の方法。
  15. 前記対象の応答性を決定することが、前記対象が前記治療の応答者であるかどうか、前記対象が完全回復（ＣＲ）であるかどうか若しくはそれに向かうかどうか、又は前記対象が部分寛解（ＰＲ）であるかどうか若しくはそれに向かうかどうかを決定することを含む、請求項１～１４の何れか一項に記載の方法。
  16. 前記対象の応答性を決定することが、前記対象の無増悪生存期間（ＰＦＳ）を決定することを含む、請求項１～１４の何れか一項に記載の方法。
  17. 前記対象の応答性を決定することが、前記対象が前記治療に対して部分応答を示すかどうか、前記対象が前記治療に対して完全応答を示すかどうか、前記対象が病勢安定（ＳＤ）を示すかどうか、又は前記対象が病勢進行（ＰＤ）を示すかどうかを決定することを含む、請求項１～１４の何れか一項に記載の方法。
  18. 前記ＫＲＡＳ変異が、前記サンプルにおいてＫＲＡＳ変異の量を決定すること、前記サンプルにおける総ＫＲＡＳ量に比例してＫＲＡＳ変異の量を決定すること、又はその両方により測定される、請求項１～１７の何れか一項に記載の方法。
  19. ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が少なくとも２５％、少なくとも５０％、又は少なくとも７５％の減少であれば前記ＰＬＫ１阻害剤による前記癌治療が維持され、任意選択により、前記減少は前記癌治療のサイクル１の終了時又は前記癌治療のサイクル２の１日目に検出される、請求項６～１８の何れか一項に記載の方法。
  20. 前記癌治療が少なくとも１か月、少なくとも３か月、又は少なくとも６か月間である、請求項６～１９の何れか一項に記載の方法。
  21. 前記癌治療が化学療法を含み、前記癌治療を６か月間受けた後にＫＲＡＳのＭＡＦの変化が少なくとも５０％又は少なくとも７５％の減少であれば、前記化学療法を部分的又は完全に除去するように前記癌治療が変更される、請求項６～２０の何れか一項に記載の方法。
  22. 前記化学療法の部分的又は完全な除去の後にＫＲＡＳ変異を測定すること、及びＫＲＡＳ変異レベルが前記化学療法除去時のＫＲＡＳ変異レベルに比べて増加していれば前記化学療法を再開することを更に含む、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記減少が前記癌治療のサイクル１の終了時又は前記癌治療のサイクル２の１日目に検出される、請求項１９～２０の何れか一項に記載の方法。
  24. 前記サンプルにおけるＫＲＡＳ変異が前記サンプルにおけるＫＲＡＳの０．０１％未満又は０．００１％未満に減少していれば前記ＰＬＫ１阻害剤による前記癌治療が維持される、請求項１～１８の何れか一項に記載の方法。
  25. ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が５０％未満、２５％未満、又は１０％未満の減少であれば前記ＰＬＫ１阻害剤による前記癌治療が変更又は中止され、任意選択により、前記減少は前記癌治療又はサイクル１の終了時又は前記癌治療のサイクル２の１日目に検出される、請求項６～１８の何れか一項に記載の方法。
  26. 前記癌治療が前記化学療法を含まず、ＫＲＡＳのＭＡＦの変化が５０％未満又は７５％未満の減少であれば前記癌治療は前記化学療法を追加するように変更される、請求項６～１８の何れか一項に記載の方法。
  27. 前記化学療法がイリノテカンを含み、任意選択により、前記化学療法はＦＯＬＦＩＲＩである、請求項２１、２２及び２６の何れか一項に記載の方法。
  28. 前記サンプルにおけるＫＲＡＳ変異が前記サンプルにおけるＫＲＡＳの０．０１％未満又は０．００１％未満に減少していなければ前記ＰＬＫ１阻害剤による前記癌治療が維持される、請求項１～１８の何れか一項に記載の方法。
  29. 前記対象においてＫＲＡＳ遺伝子変異の変化を検出することが、前記対象が前記ＰＬＫ１阻害剤による前記治療を受けた後に現れる１以上のＫＲＡＳ変異を検出することを含む、請求項１～２８の何れか一項に記載の方法。
  30. 癌治療の転帰を改善する方法であって、
    第１のサンプルにおいて第１の時点で対象におけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出すること、ここで、前記第１の時点は前記対象が前記癌治療を開始する前、又は前記癌治療中であり、前記癌治療は前記対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む；
    前記対象の後に１以上の付加的サンプルにおいて１以上の付加的時点で前記対象におけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度を検出すること、ここで、前記１以上の付加的時点のうち少なくとも１つは前記癌治療中である；
    前記第１のサンプルと前記１以上の付加的サンプルの間のＫＲＡＳの変異体対立遺伝子頻度の違いを決定すること、ここで、前記第１のサンプルと比べての、前記１以上の付加的サンプルのうち少なくとも１つにおける前記変異体対立遺伝子頻度の減少は、前記対象が前記癌治療に応答することを示す；及び
    前記対象が前記癌治療に応答すると示されれば、前記対象に対する前記癌治療を継続すること、又は前記対象が前記癌治療に応答すると示されなければ、前記対象に対する前記癌治療を中止する、及び／若しくは前記対象に対して異なる癌治療を開始すること
    を含む、方法。
  31. 前記第１の時点が、前記対象が前記癌治療を開始する前である、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記付加的時点のうち少なくとも２つが前記癌治療中である、請求項３０～３１の何れか一項に記載の方法。
  33. 癌を治療する方法であって、
    癌を有する対象を治療すること、ここで、前記治療は前記対象にＰＬＫ１阻害剤を投与することを含む；
    前記対象が前記癌治療を受ける前又は前記癌治療中の第１の時点で得られた前記対象の第１のサンプルにおけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度又は単位当たりのＫＲＡＳ変異体コピー数に比べての、前記対象が前記癌治療を受容し始めた後の第２の時点で得られた前記対象の第２のサンプルにおけるＫＲＡＳ遺伝子の変異体対立遺伝子頻度における減少を決定すること；及び
    前記癌治療を継続すること
    を含む、方法。
  34. 前記第１の時点が前記癌治療の前又は直前である、請求項３０～３３の何れか一項に記載の方法。
  35. 前記第１の時点が前記癌治療中、任意選択により、前記癌治療の５、７、１４、又は２８日目である、請求項３０～３３の何れか一項に記載の方法。
  36. 前記１以上の付加的時点が前記癌治療中、任意選択により、前記癌治療の５、７、１４、２８、又は３５日目である、請求項３０～３５の何れか一項に記載の方法。
  37. 前記第１の時点及び前記１以上の付加的時点のうち少なくとも１つが前記癌治療の第１のサイクル中である、３０～３６の何れか一項に記載の方法。
  38. 前記１以上の付加的時点のうち少なくとも１つが前記癌治療の第１のサイクル中であり、前記１以上の付加的時点のうち少なくとも１つが前記癌治療の第２のサイクル中である、請求項３０～３７の何れか一項に記載の方法。
  39. 前記変異体対立遺伝子頻度が突然変異体対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）である、３０～３８の何れか一項に記載の方法。
  40. 前記決定工程が前記第１のサンプル及び／又は前記第２のサンプルの単位当たりの突然変異体コピー数の減少を決定することを含み、前記単位は任意選択によりｍｌであり、任意選択により、前記第１のサンプル及び／又は前記第２のサンプルは血漿サンプルである、方法。
  41. 前記ＫＲＡＳ遺伝子の前記変異体対立遺伝子頻度が総突然変異数、平均変異体対立遺伝子頻度、ＫＲＡＳ変異対立遺伝子の数、又はそれらの組合せにより決定される、請求項３０～４０の何れか一項に記載の方法。
  42. ＫＲＡＳ遺伝子の前記変異体対立遺伝子頻度を検出することが、前記対象由来の生物学的サンプル、又はその派生物におけるＫＲＡＳ遺伝子の前記変異体対立遺伝子頻度を検出することを含む、請求項１～４０の何れか一項に記載の方法。
  43. 前記生物学的サンプルが体液、全血、血漿、１以上の組織、１以上の細胞、又はそれらの組合せを含む、請求項４２に記載の方法。
  44. 前記体液が血液、血漿、尿、又はそれらの組合せを含む、請求項４３に記載の方法。
  45. 前記生物学的サンプルが循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、又はそれらの組合せを含む、請求項４２～４４の何れか一項に記載の方法。
  46. ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又は次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を用いてｃｔＤＮＡを分析することを含み、前記ＰＣＲは任意選択により、液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）である、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記対象が前記ＰＬＫ１阻害剤による前記治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に１以上の突然変異を有する、請求項１～４６の何れか一項に記載の方法。
  48. 前記対象が前記ＰＬＫ１阻害剤による前記治療を受ける前にＫＲＡＳ遺伝子に突然変異を持たない、請求項１～４６の何れか一項に記載の方法。
  49. 前記対象が１以上の既往癌治療を受けている、請求項１～４８の何れか一項に記載の方法。
  50. 前記癌が進行性、転移性、難治性、又は再発性である、請求項１～４９の何れか一項に記載の方法。
  51. 前記癌が大腸癌、膵臓癌、白血病、肺癌、又はそれらの組合せである、請求項１～５０の何れか一項に記載の方法。
  52. 前記癌がＫＲＡＳ変異癌である、請求項１～５１の何れか一項に記載の方法。
  53. 前記癌が大腸癌、任意選択により、転移性大腸癌である、請求項１～５２の何れか一項に記載の方法。
  54. 前記ＫＲＡＳ遺伝子変異がコドン１２、コドン１３、コドン１８、コドン６１、コドン１１７、コドン１４６、又はそれらの組合せに突然変異を含む、請求項１～５３の何れか一項に記載の方法。
  55. 前記ＫＲＡＳ遺伝子変異がコドン１２及び／又はコドン１３に突然変異を含む、請求項１～５３の何れか一項に記載の方法。
  56. 前記ＫＲＡＳ遺伝子変異がＧ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｒ、Ａ１８Ｄ、Ｇ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、Ｋ１１７Ｎ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ａ１４６Ｐ、Ａ１１Ｖ、又はそれらの組合せを含む、請求項１～５３の何れか一項に記載の方法。
  57. 前記ＰＬＫ１阻害剤がオンバンセルチブ、ＢＩ２５３６、ボラセルチブ（ＢＩ６７２７）、ＧＳＫ４６１３６４、ＨＭＮ－１７６、ＨＭＮ－２１４、ＡＺＤ１７７５、ＣＹＣ１４０、ｒｉｇｏｓｅｒｔｉｂ（ＯＮ－０１９１０）、ＭＬＮ０９０５、ＴＫＭ－０８０３０１、ＴＡＫ－９６０、Ｒｏ３２８０、又はそれらの組合せである、請求項１～５６の何れか一項に記載の方法。
  58. 前記ＰＬＫ１阻害剤がオンバンセルチブである、請求項１～５６の何れか一項に記載の方法。
  59. 前記治療が２８日サイクルで毎日オンバンセルチブの投与を含む、請求項５８に記載の方法。
  60. 前記治療が２８日サイクルの最初の２１日間にオンバンセルチブの投与を含み、後の７日には含まない、請求項５８に記載の方法。
  61. 前記治療が２８日サイクルの１０日間にオンバンセルチブの投与を含む、請求項５８に記載の方法。
  62. 前記治療が２８日サイクルの最初の１４日のうち５日間及び次の１４日のうち５日間にオンバンセルチブの投与を含む、請求項５８に記載の方法。
  63. 前記治療が６ｍｇ／ｍ2～２４ｍｇ／ｍ2、任意選択により６ｍｇ／ｍ2～１２ｍｇ／ｍ2又は１２ｍｇ／ｍ2～１８ｍｇ／ｍ2のオンバンセルチブの投与を含む、請求項５８～６２の何れか一項に記載の方法。
  64. 前記対象の血中におけるオンバンセルチブの最大濃度（Ｃmax）が約１００ナノモル／Ｌ～約１５００ナノモル／Ｌである、請求項５８～６３の何れか一項に記載の方法。
  65. 前記対象の血中におけるオンバンセルチブ濃度の経時的プロットの曲線下面積（ＡＵＣ）が約１０００ナノモル／Ｌ．時間～約４０００００ナノモル／Ｌ．時間である、請求項５８～６４の何れか一項に記載の方法。
  66. 前記対象の血中におけるオンバンセルチブが最大濃度に達するまでの時間（Ｔmax）が約１時間～約５時間である、請求項５８～６５の何れか一項に記載の方法。
  67. 前記対象の血中におけるオンバンセルチブの消失半減期（Ｔ1/2）が約１０時間～約６０時間である、請求項５８～６６の何れか一項に記載の方法。
  68. 前記癌治療が前記対象に少なくとも１つの付加的癌治療薬又は癌療法を投与することを含む、請求項１～６７の何れか一項に記載の方法。
  69. 前記付加的癌治療薬がＦＯＬＦＩＲＩ、ベバシズマブ、アビラテロン、ＦＯＬＦＯＸ、抗ＥＧＦＲ薬、ＫＲＡＳ指向性阻害剤、ゲムシタビン、アブラキサン、ナノリポソームイリノテカン、５－ＦＵ、又はそれらの組合せを含み、前記抗ＥＧＦＲ薬は任意選択によりセツキシマブであり、前記ＫＲＡＳ指向性阻害剤は任意選択によりＧ１２Ｃ阻害剤、Ｇ１２Ｄ阻害剤又はそれらの組合せである、請求項６８に記載の方法。
  70. 前記ＰＬＫ阻害剤及び前記癌治療薬又は前記癌療法が同時に又は逐次に併用投与される、請求項６８又は６９に記載の方法。
  71. 前記癌治療が１以上のサイクルを含み、癌治療の各サイクルの前、間及び／又は後に、ＫＲＡＳ遺伝子変異又はＫＲＡＳの変異体対立遺伝子頻度の変化が検出される、請求項１～７０の何れか一項に記載の方法。
  72. 前記治療の各サイクルが少なくとも２１日である、請求項７１に記載の方法。
  73. 前記治療の各サイクルが約２１日～約２８日である、請求項７１に記載の方法。
  74. 前記対象がヒトである、請求項１～７３の何れか一項に記載の方法。
  75. 癌を有する対象の治療薬としてのＰＬＫ１阻害剤の使用であって、前記治療に対する前記対象の応答性が請求項１～２９の何れか一項に記載の方法を用いて決定される、使用。
  76. 癌を有する対象の治療薬としてのＰＬＫ１阻害剤の使用であって、治療転帰が請求項３０～３２及び３４～７４の何れか一項に記載の方法を用いて改善される、使用。
  77. 癌を有する対象の治療薬としてのＰＬＫ１阻害剤の使用であって、前記対象が請求項３３～７４の何れか一項に記載の方法を用いて治療される、使用。
  78. 前記ＰＬＫ１阻害剤がオンバンセルチブである、請求項７５～７７の何れか一項に記載の使用。
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