JP5149476B2 - ペプチドの多種多様なファミリーのメンバーとしての、遺伝的パッケージの提示ライブラリーを構築する方法 - Google Patents

Description

【０００１】
本発明は、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、そしてこのファミリーの多様性の少なくとも一部を集合的に提示する、遺伝的パッケージのライブラリーを構築することに関する。好ましい実施形態では、提示されるポリペプチドはヒトＦａｂである。
【０００２】
より詳細には、本発明は、一本鎖核酸を選択された位置で切断する方法に関し、この切断された核酸は、本発明のライブラリーの遺伝的パッケージ上に提示されたペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質を少なくとも部分的にコードする。好ましい実施形態では、この遺伝的パッケージは、糸状ファージまたはファージミドである。
【０００３】
本発明はさらに、有用なペプチド、ポリペプチドおよびタンパク質を提示する遺伝的パッケージのライブラリーをスクリーニングする方法、ならびにこのようなスクリーニングによって同定されたペプチド、ポリペプチドおよびタンパク質に関する。
【０００４】
（発明の背景）
ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、そしてこのファミリーの多様性の少なくとも一部を集合的に提示する、遺伝的パッケージのライブラリーを調製することは現在、当該分野において一般的な方法である。多くの通常のライブラリーでは、提示されるペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質は、抗体に関連する。しばしば、これらはＦａｂまたは単鎖抗体である。
【０００５】
一般に、提示されるべきファミリーのメンバーをコードするＤＮＡは、クローニングされて遺伝的パッケージの表面に所望のメンバーを提示するように使用される前に増幅されなければならない。このような増幅は代表的に、正方向プライマーおよび逆方向プライマーを利用する。
【０００６】
このようなプライマーは、増幅されるべきＤＮＡに対してネイティブな配列に対して相補的であり得るか、またはそのＤＮＡの５’末端もしくは３’末端に結合したオリゴヌクレオチドに対して相補的であり得る。増幅されるべきＤＮＡに対してネイティブである配列に相補的であるプライマーは、提示されるべきファミリーのメンバーを偏らせるという点で不利である。ネイティブなＤＮＡ中にこのプライマーに対して実質的に相補的である配列を含むメンバーのみが増幅される。そうでないメンバーはこのファミリーから存在しなくなる。増幅されるメンバーについては、プライマー領域内の何らかの多様性が抑制される。
【０００７】
例えば、欧州特許３６８，６８４ Ｂ１では、使用されるプライマーは、抗体遺伝子のＶ_Ｈ領域の５’末端に存在する。これは、ネイティブなＤＮＡ中の、単一種内で「充分によく保存された」と呼ばれる配列領域にアニーリングする。このようなプライマーは、増幅されるメンバーを、この「保存された」領域を有するメンバーに偏らせる。この領域内の何らかの多様性は失われる。
【０００８】
ヒトの抗体遺伝子が、ＶおよびＪ、またはＶ、ＤおよびＪの組合せ選択、続いて体細胞変異を含むプロセスを通して生じることが一般に受け入れられている。大部分の多様性は相補性決定領域（ＣＤＲ）に生じるが、多様性はまた、より保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）において生じ、そしてこの多様性の少なくともいくつかは、抗原（Ａｇ）に対する特異的結合を付与または増強する。その結果、ライブラリーは、可能な限り多くのＣＤＲおよびＦＲ多様性を含むべきである。
【０００９】
コードするペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の遺伝的パッケージ上での提示のために、増幅されたＤＮＡをクローニングするために、ＤＮＡは、ベクターへの連結のために適切な末端を生じるように切断されなければならない。このような切断は一般に、プライマーに保有された制限エンドヌクレアーゼ認識部位を用いてもたらされる。ＲＮＡの逆転写から生成されるＤＮＡの５’末端にプライマーが存在する場合、このような制限処理は、増幅されたＤＮＡ中に有害な５’非翻訳領域を残す。これらの領域は、クローニングされた遺伝子の発現を妨害し、従って、これらによってコードされるペプチド、ポリペプチドおよびタンパク質の提示を妨害する。
【００１０】
（発明の要旨）
本発明の目的は、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーのメンバーを提示し、そしてこのファミリーの多様性の少なくとも一部を集合的に提示する、遺伝的パッケージのライブラリーを構築するための新規方法を提供することである。これらの方法は、増幅のために用いられるプライマーに相補的であるネイティブな配列を含むＤＮＡには偏っていない。これらの方法はまた、発現に有害であり得る任意の配列が、クローニングおよび提示の前に、増幅されたＤＮＡから除去されることを可能にする。
【００１１】
本発明の別の目的は、一本鎖核酸配列を所望の位置で切断するための方法を提供することであり、この方法は、以下の工程を包含する：
（ｉ）この核酸を一本鎖オリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、このオリゴヌクレオチドは、切断が所望される領域においてこの核酸に機能的に相補的であり、そしてその核酸中の相補体とともに、制限処理の際に所望の位置での核酸の切断をもたらす制限エンドヌクレアーゼ認識部位を形成する配列を含む、工程；および
（ｉｉ）この核酸のみを、この核酸とこのオリゴヌクレオチドとの相補によって形成された認識部位で切断する工程；
接触工程および切断工程は、実質的に一本鎖形態の核酸を維持するに充分な温度で行われ、このオリゴヌクレオチドは、二本の鎖が会合し、その結果、選択された温度および所望の位置で切断が生じ得るのを可能にするに充分に大きな領域にわたってこの核酸に対して機能的に相補的であり、そして切断は、選択された温度で活性である制限エンドヌクレアーゼを用いて行われる。
【００１２】
本発明のさらなる目的は、一本鎖核酸配列を所望の位置で切断するための代替的な方法を提供することであり、この方法は以下の工程を包含する：
（ｉ）この核酸を部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、このオリゴヌクレオチドの一本鎖領域は、切断が所望される領域においてこの核酸に機能的に相補的であり、そしてこのオリゴヌクレオチドの二本鎖領域は、ＩＩ−Ｓ型制限エンドヌクレアーゼ認識部位を有し、その切断部位は、この認識部位から既知の距離に位置する、工程；および
（ｉｉ）この核酸のみを、この核酸とこのオリゴヌクレオチドの一本鎖領域との相補によって形成された切断部位で切断する工程；
接触工程および切断工程は、実質的に一本鎖形態の核酸を維持するに充分な温度で行われ、このオリゴヌクレオチドは、二本の鎖が会合し、その結果、選択された温度および所望の位置で切断が生じ得るのを可能にするに充分に大きな領域にわたってこの核酸に対して機能的に相補的であり、そして切断は、選択された温度で活性である制限エンドヌクレアーゼを用いて行われる。
【００１３】
本発明の別の目的は、ＤＮＡの多様なファミリーのメンバーを含み、そしてこのファミリーの多様性の少なくとも一部を集合的に含む、ＤＮＡ分子を捕獲する方法を提供することである。一本鎖形態のこれらのＤＮＡ分子は、本発明の方法のうちの１つによって切断されている。この方法は、このファミリーの個々の一本鎖ＤＮＡメンバーを、部分的に二重鎖のＤＮＡ複合体に連結することを含む。この方法は以下の工程を包含する：
（ｉ）制限エンドヌクレアーゼで切断された一本鎖核酸配列を、部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、このオリゴヌクレオチドの一本鎖領域は、切断後に残る領域においてこの核酸に対して機能的に相補的であり、このオリゴヌクレオチドの二本鎖領域は、切断後に残っている配列を、発現に適切なリーディングフレームに戻すために必要な任意の配列を含み、そしてこれらの配列の５’側に制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含む、工程；および
（ｉｉ）この部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチド配列のみを、この部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドの二本鎖領域内に含まれる制限エンドヌクレアーゼ認識部位で切断する工程。
【００１４】
本発明の別の目的は、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の多様なファミリーを提示し、そしてこのファミリーの多様性の少なくとも一部を集合的に提示する、ライブラリーを、上記の方法およびＤＮＡを用いて調製することである。
【００１５】
本発明の目的は、これらのライブラリーをスクリーニングして、有用なペプチド、ポリペプチドおよびタンパク質を同定し、そしてこれらの物質をヒトの治療において使用することである。
【００１６】
（用語）
この出願では、以下の用語および略号を用いる：
センス鎖：通常記載されるように、ｄｓ ＤＮＡの上の鎖（ｕｐｐｅｒ ｓｔｒａｎｄ）。センス鎖では、５’−ＡＴＧ−３’はＭｅｔをコードする。
【００１７】
アンチセンス鎖：通常記載されるように、ｄｓ ＤＮＡの下の鎖（ｌｏｗｅｒ ｓｔｒａｎｄ）。アンチセンス鎖では、３’−ＴＡＣ−５’は、センス鎖におけるＭｅｔコドンに対応する。
【００１８】
正方向（ｆｏｒｗａｒｄ）プライマー：「正方向」プライマーは、センス鎖の一部に対して相補的であり、そして新たなアンチセンス鎖分子の合成を開始する。「正方向プライマー」および「下の鎖のプライマー」は等価である。
【００１９】
逆方向（ｂａｃｋｗａｒｄ）プライマー：「逆方向」プライマーは、アンチセンス鎖の一部に対して相補的であり、そして新たなセンス鎖分子の合成を開始する。「逆方向プライマー」および「上の鎖のプライマー」は等価である。
【００２０】
塩基：塩基は、コドンおよび塩基による遺伝子内のそれらの位置として、ベクターまたは遺伝子のいずれかにおけるそれらの位置によって特定される。例えば、「８９．１」は、コドン８９の最初の塩基であり、８９．２は、コドン８９の二番目の塩基である。
【００２１】
Ｓｖ：ストレプトアビジン。
【００２２】
Ａｐ：アンピシリン。
【００２３】
ａｐ^Ｒ：アンピシリン耐性を付与する遺伝子。
【００２４】
ＲＥ：制限エンドヌクレアーゼ。
【００２５】
ＵＲＥ：一般的な制限エンドヌクレアーゼ。
【００２６】
機能的に相補的：２つの配列が、選択された条件下でアニールするように十分に相補的である。
【００２７】
ＲＥＲＳ：制限エンドヌクレアーゼ認識部位。
【００２８】
ＡＡ：アミノ酸。
【００２９】
ＰＣＲ：ポリメラーゼ連鎖反応。
【００３０】
ＧＬＧ：生殖系列遺伝子。
【００３１】
Ａｂ：抗体：免疫グロブリン。この用語はまた、免疫グロブリン結合ドメインに相同である結合ドメインを有する任意のタンパク質をカバーする。この定義内の抗体のいくつかの例は、特に、免疫グロブリンンアイソタイプならびにＦａｂ、Ｆ（ａｂ^１）_２、ｓｃｆｖ、Ｆｖ、ｄＡｂおよびＦｄフラグメント。
【００３２】
Ｆａｂ：Ａｂの軽鎖および重鎖の部分を含む二鎖分子。
【００３３】
ｓｃＦｖ：ＶＨ：：リンカー：：ＶＬまたはＶＬ：：リンカーＶＨのいずれかを含む単鎖Ａｂ。
【００３４】
ｗ．ｔ．：野生型。
【００３５】
ＨＣ：重鎖。
【００３６】
ＬＣ：軽鎖。
【００３７】
ＶＫ：κ軽鎖の可変領域。
【００３８】
ＶＨ：重鎖の可変領域。
【００３９】
ＶＬ：λ軽鎖の可変領域。
【００４０】
本願において、参照される全ての参考文献は、参考として詳細に援用される。
【００４１】
（好ましい実施形態の詳細な説明）
本発明の方法において有用である核酸配列（すなわち、本発明の遺伝子パッケージに関して示される、少なくとも一部の個々のペプチド、ポリペプチドおよびタンパク質）は、天然に存在する配列、合成配列またはその組み合わせであり得る。これらは、ｍＲＮＡ、ＤＮＡまたはｃＤＮＡであり得る。好ましい実施形態において、核酸は抗体をコードする。最も好ましくは、これらはＦａｂをコードする。
【００４２】
本発明において有用な核酸は、天然に多様性であり、合成多様性は、これらの天然に多様性のメンバーに導入され得るか、またはこの多様性は、全体的に合成であり得る。例えば、合成多様性は、抗体遺伝子の１つ以上のＣＤＲに導入され得る。
【００４３】
合成多様性は、例えば、ＴＲＩＭ技術（米国特許第５，８６９，６４４号）の使用を介して作製され得る。ＴＲＩＭ技術は、変化される位置で、どのアミノ酸型が可能で、そしてどんな割合でかを正確に制御することが可能である。ＴＲＩＭ技術において、多様化されるコドンは、三ヌクレオチドの混合物を使用して合成される。これは、任意の組のアミノ酸型が、任意の位置に含まれるのを可能にする。
【００４４】
多様化されたＤＮＡを作製するために使用され得る別の代替法は、混合オリゴヌクレオチド合成である。ＴＲＩＭ技術を用いて、ＡｌａおよびＴｒｐが可能であり得る。混合オリゴヌクレオチド合成を用いて、ＡｌａおよびＴｒｐを含む混合物はまた、ＳｅｒおよびＧｌｙもまた必然的に含む。変性された位置において可能なアミノ酸型は、抗体の構造、または他のペプチド、ファミリーのポリペプチドまたはタンパク質、生殖系列遺伝子において観察された多様性、頻繁に観察される観察された体細胞変異、および変性の所望の領域および型を参照して選択される。
【００４５】
本発明の好ましい実施形態において、ファミリーのペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の少なくとも１つのＣＤＲまたは他の領域の核酸配列は、ｍＲＮＡからの逆転写によって生成されたｃＤＮＡである。より好ましくは、ｍＲＮＡは、関連遺伝子の天然に多様性の組のメンバーを発現する末梢血液細胞、骨髄細胞、脾臓細胞またはリンパ節細胞（例えば、Ｂリンパ球細胞またはプラズマ細胞）から得られ得る。より好ましくは、ｍＲＮＡは、抗体の多様なファミリーをコードする。最も好ましくは、ｍＲＮＡは、少なくとも１つの自己免疫障害または癌に罹患する患者から得られる。好ましくは、自己免疫疾患（例えば、全身性エリテマトーデス、全身性硬化症、慢性関節リウマチ、抗リン脂質症候群および脈管炎）の高い多様性を含むｍＲＮＡが使用される。
【００４６】
本発明の好ましい実施形態において、ｃＤＮＡは、逆転写を使用してｍＲＮＡから生成される。この好ましい実施形態において、ｍＲＮＡは、細胞から分離され、標準的な方法を使用して分解され、その結果、全長（すなわち、キャップされた）ｍＲＮＡのみが残る。次いで、キャップは除去され、そしてｃＤＮＡを生成するために逆転写が使用される。
【００４７】
第１（アンチセンス）鎖の逆転写は、任意の適切なプライマーを用いて任意の様式で行なわれ得る。例えば、ＨＪ ｄｅ Ｈａａｒｄら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２７４（２６）：１８２１８−３０（１９９９）を参照のこと。ｍＲＮＡが抗体をコードする本発明の好ましい実施形態において、抗体遺伝子の定常領域に相補的なプライマーが使用され得る。これらのプライマーは有用である。なぜなら、これらは、抗体のサブクラスに対して偏りを生じないためである。別の実施例において、ポリｄＴプライマーが使用され得る（そして重鎖遺伝子に対して好ましくあり得る）。あるいは、プライマーに相補的な配列は、アンチセンス鎖の末端に付加され得る。
【００４８】
本発明の１つの好ましい実施形態において、逆転写プライマーは、ビオチン化プライマーであり得、従って、ｃＤＮＡ産物がストレプトアビジン（Ｓｖ）ビーズに固定されるのを可能にする。固定化はまた、ａ）遊離アミノ基、ｂ）チオール、ｃ）カルボン酸、またはｄ）不溶性媒体の既知のパートナーに対して強力な結合を形成するように反応し得るＤＮＡにおいて見出されない別の基、のうちの１つを用いて５’末端において標識されたプライマーを使用して行なわれ得る。例えば、遊離アミン（好ましくは、主にアミン）が、ＤＮＡプライマーの５’末端において提供される場合、このアミンは、標準的なアミド形成化学を使用して、ポリマービーズ上のカルボン酸と反応され得る。このような好ましい固定が、逆転写の間に使用される場合、上方鎖ＲＮＡは、固定の前または後に、周知の酵素（例えば、ＲＮＡｓｅＨおよびＲＮＡｓｅＡの組み合わせ）を使用して分解される。
【００４９】
本発明において有用な核酸配列は、一般に、これらがコードするペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質を表示するために使用される前に増幅される。増幅の前に、一本鎖ＤＮＡは、前に記載された方法のいずれかを使用して切断され得る。あるいは、一本鎖ＤＮＡは増幅され得、次いで、これらの方法のうちの１つを使用して切断される。
【００５０】
核酸配列を増幅するための周知の方法のいずれかが、このような増幅のために使用され得る。多様性を最大化し、偏らせない方法が好ましい。核酸配列が、抗体遺伝子に由来する本発明の好ましい実施形態において、本発明は、好ましくは、重鎖および軽鎖遺伝子の定常領域中のプライマーならびにセンス鎖の５’末端に付加された合成配列に対するプライマーを利用する。このような合成配列におけるプライミングは、抗体遺伝子の可変領域内の配列の使用を回避する。これらの可変領域プライミング部位は、まれなサブクラスのいずれかであるか、またはプライミング部位において変異されたＶ遺伝子に対する偏りを生じる。この偏りは、プライマー領域内の多様性の抑制に部分的に起因し、そして多数の変異がプライマーに相補的な領域中に存在する場合のプライミングの欠如に部分的に起因する。本発明において開示された方法は、特定のＶ遺伝子型についての増幅された抗体遺伝子の集団を偏らせない利点を有する。
【００５１】
合成配列は、ＤＮＡ配列を共に連結させるために周知の種々の方法によってＤＮＡ鎖の５’末端に付加され得る。ＲＴキャップ伸長ＣａｐＥｘｔｅｎｔｉｏｎは、１つの好ましい方法である。
【００５２】
ＲＴキャップ伸長（Ｓｍａｒｔ ＲＣＲ^（ＴＭ）に由来する）において、短い重複（上方鎖プライマー（ＵＳＰ−ＧＧＧ）における５’−．．．ＧＧＧ−３’は、下方鎖における３’−ＣＣＣ．．．．５’を補完する）および逆転写酵素を使用して、上方鎖プライマーの逆相補体が、下方鎖に付加される。
【００５３】
本発明の好ましい実施形態において、上方鎖および下方鎖プライマーはまた、ａ）遊離アミノ基、ｂ）チオール、ｃ）カルボン酸、またはｄ）不溶性媒体の既知のパートナーに対して強力な結合を形成するように反応し得るＤＮＡにおいて見出されない別の基、のうちの１つを用いて、５’末端においてビオチン化または標識され得る。次いで、これらは、増幅後の標識された鎖を固定するために使用され得る。固定されたＤＮＡは、一本鎖または二本鎖のいずれかであり得る。
【００５４】
図１は、ＶＨ遺伝子の増幅の概略図を示す。図１、パネルＡは、第１の下方鎖の３’ＵＴＲプライミング合成のポリｄＴ領域に特異的なプライマーを示す。定常領域において結合するプライマーもまた、適切である。パネルＢは、ｍＲＮＡに相補的でない３つのＣによって、その３’末端において伸長した下方鎖を示す。パネルＣは、３’末端のＣＣＣにハイブリダイズする３つのＧＧＧにおける合成上方鎖プライマーのアニーリング、および合成プライマー配列の逆相補体による下方鎖を伸長する逆転写の伸長の結果を示す。パネルＤは、パネルＣの合成プライマーの５’末端を複製する５’ビオチン化合成上方鎖プライマーおよび定常ドメインの部分に相補的な下方鎖プライマーを使用するＰＣＲ増幅の結果を示す。パネルＥは、５’ビオチン化上方鎖プライマーを使用することによって得られた固定二本鎖（ｄｓ）ｃＤＮＡを示す。
【００５５】
図２は、ＶＬ遺伝子の増幅のための同様の概略図を示す。図２、パネルＡは、第１の下方鎖の３’末端プライミング合成の領域またはその近くの定常領域に特異的なプライマーを示す。ポリｄＴ領域において結合するプライマーはまた、適切である。パネルＢは、ｍＲＮＡに相補的でない３つのＣによって、その３’末端において伸長した下方鎖を示す。パネルＣは、３’末端のＣＣＣにハイブリダイズする３つのＧＧＧにおける合成上方鎖プライマーのアニーリング、および合成プライマー配列の逆相補体による下方鎖を伸長する逆転写の伸長の結果を示す。パネルＤは、パネルＣの合成プライマーの５’末端を複製する５’ビオチン化合成上方鎖プライマーおよび定常ドメインの部分に相補的な下方鎖プライマーを使用するＰＣＲ増幅の結果を示す。下方鎖プライマーはまた、有用な制限エンドヌクレアーゼ部位（例えば、ＡｓｃＩ）を含む。パネルＥは、５’ビオチン化上方鎖プライマーを使用することによって得られた固定ｄｓ ｃＤＮＡを示す。
【００５６】
図１および２において、各Ｖ遺伝子は、５’非翻訳領域（ＵＴＲ）および分泌シグナル（これには可変領域が続き、これには定常領域が続き、これには３’非翻訳領域（これは、代表的にはポリＡで終わる）が続く）からなる。逆転写のための最初のプライマーは、定常領域または３’ＵＴＲのポリＡセグメントに対して相補的であり得る。ヒト重鎖遺伝子については、１５Ｔプライマーが好ましい。逆転写酵素は、新しく合成されたＤＮＡの３’末端にいくつかのＣ残基を付加する。ＲＴキャップ伸長は、この特徴を利用する。逆転写反応は、第１に、下方鎖プライマーのみと作動される。約１時間後、プライマーは、ＧＧＧ（ＵＳＰ−ＧＧＧ）で終了し、そして多くのＲＴａｓｅが添加される。これは、下方鎖ｃＤＮＡが、ＵＳＰ−ＧＧＧの逆相補体によって最終ＧＧＧまで伸長されることを引き起こす。付加された合成配列の部分に同一な１つのプライマーおよびセンス鎖の３’末端における既知の配列の領域に相補的な第２のプライマーを使用して、全てのＶ遺伝子は、それらのＶ遺伝子サブクラスに関わらず、増幅される。
【００５７】
増幅後、本発明のＤＮＡは、一本鎖とされる。例えば、この鎖は、ビオチン化プライマーを使用すること、ストレプトアビジン樹脂上のビオチン化産物を捕獲することによって、ＤＮＡを変成することによって、および相補的な鎖を洗い流すことによって、分離され得る。捕獲されたＤＮＡのどの末端が望まれているかに依存して、上方（センス）鎖または下方（アンチセンス）鎖のいずれかを固定することを選択する。
【００５８】
これらのＤＮＡによって（少なくとも部分的に）コードされるポリペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の表示を行なうために、遺伝子パッケージへのクローニングのための一本鎖増幅ＤＮＡを調製し、クローニングおよび発現のために適切な末端を提供するように操作されなければならない。詳細には、任意の５’非翻訳領域および最小のシグナル配列が除去され、そしてインフレームで、表示宿主において機能する適切なシグナル配列によって置換され得る。さらに、可変ドメイン（抗体遺伝子における）の部分は、除去され、そして合成多様性を含む合成セグメントによって置換される。他の遺伝子ファミリーの多様性は、同様に、合成多様性を用いて拡大され得る。
【００５９】
本発明の方法に従って、クローニングのための一本鎖増幅ＤＮＡを操作するための２つの方法が存在する。第１の方法は、以下の工程：
（ｉ）核酸と一本鎖オリゴヌクレオチドとを接触させる工程であって、オリゴヌクレオチドが、切断が望ましい領域における核酸に機能的に相補的であり、そして制限が核酸の切断を所望の位置で生じる制限エンドヌクレアーゼ認識部位を形成する核酸中にその相補体を有する配列を含む、工程；および
（ｉｉ）核酸およびオリゴヌクレオチドの補完によって形成された認識部位のみで核酸を切断する工程；
を包含し、接触および切断工程は、実質的に一本鎖形態で核酸を維持するのに十分な温度で行なわれ、オリゴヌクレオチドは、切断が選択された温度および所望の位置で生じ得るように、２つの鎖が会合するのを可能にするのに十分に大きい領域にわたって核酸と機能的に相補的であり、そして切断は、選択された温度で活性である制限エンドヌクレアーゼを使用して行なわれる。
【００６０】
この第１の方法において、短いオリゴヌクレオチドを、１本鎖ＤＮＡにアニールさせ、現在の局部的なＤＮＡの２本鎖領域内に形成される制限エンドヌクレアーゼ認識部位を切断し得る。特に、１本鎖ＤＮＡの実質的な画分の同じ位置に生じる認識部位は同一である。
【００６１】
抗体遺伝子に関して、これは、生殖系列（ｇｅｒｍｌｉｎｅ）配列のカタログを用いてなされ得る。例えば、「ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｒｃ−ｃｐｅ．ｃａｍ．ａｃ．ｕｋ／ｉｍｔ−ｄｏｃ／ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ／ｏｋ．ｈｔｍｌ．」を参照のこと。アップデータは、表題「Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ａｎｄ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ」の下でこのサイトから獲得され得る。他のファミリーに関して、類似の比較が存在し、そして切断のための適切な領域を選択するために、および多様性を維持するために用いられ得る。
【００６２】
例えば、表１９５は、５１の公知のヒトＶＨ生殖系列遺伝子のＦＲ３領域のＤＮＡ配列を示す。この領域において、この遺伝子は、表２００に示される制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含む。同じ部位で生殖系列遺伝子の大画分を切断する制限エンドヌクレアーゼは、種々の部位で切断するエンドヌクレアーゼ以上に好ましい。さらに、１本鎖ＤＮＡ上で短いオリゴヌクレオチドが結合する領域（例えば、制限エンドヌクレアーゼ認識部位のいずれかの側面の約１０塩基）内に制限エンドヌクレアーゼのための１つのみの部位が存在することが好ましい。
【００６３】
ＦＲ３における下流を切断する酵素もまた、より好ましい。なぜならば、それは、フレームワークにおける少数の変異を捕捉するからである。このことは、いくつかの場合、有利であり得る。しかし、フレームワークの変異が存在し、そして抗体結合を付与しそして増強することが周知である。本発明は、適切な制限部位の選択により、ＦＲ３の多様性の全てまたは一部を捕捉することを可能とする。従って、この方法はまた、広範囲の多様性を捕捉することを可能とする。
【００６４】
最後に、本発明の方法において、約４５℃と約７５℃との間で活性な制限エンドヌクレアーゼが用いられる。好ましくは、５０℃以上で活性な酵素、より好ましくは、約５５℃で活性な酵素が用いられる。このような温度は、核酸配列が、実質的に１本鎖形態で切断されることを維持する。
【００６５】
表２００に示される、単一の位置で重鎖ＦＲ３生殖系列遺伝子の多くを切断する酵素として、以下が挙げられる：ＭａｅＩＩＩ（２４＠４）、Ｔｓｐ４５Ｉ（２１＠４）、ＨｐｈＩ（４４＠５）、ＢｓａＪＩ（２３＠６５）、ＡｌｕＩ（２３＠４７）、ＢｌｐＩ（２１＠４８）、ＤｄｅＩ（２９＠５８）、ＢｇｌＩＩ（１０＠６１）、ＭｓｌＩ（４４＠７２）、ＢｓｉＥＩ（２３＠７４）、ＥａｅＩ（２３＠７４）、ＥａｇＩ（２３＠７４）、ＨａｅＩＩＩ（２５＠７５）、Ｂｓｔ４ＣＩ（５１＠８６）、ＨｐｙＣＨ４ＩＩＩ（５１＠８６）、ＨｉｎｆＩ（３８＠２）、ＭｌｙＩ（１８＠２）、ＰｌｅＩ（１８＠２）、ＭｎｌＩ（３１＠６７）、ＨｐｙＣＨ４Ｖ（２１＠４４）、ＢｓｍＡＩ（１６＠１１）、ＢｐｍＩ（１９＠１２）、ＸｍｎＩ（１２＠３０）、およびＳａｃＩ（１１＠５１）（使用される表記は、例えば、ＢｓｍＡＩが、ＦＲ３の塩基１１で開始する制限エンドヌクレアーゼ認識部位で１６のＦＲ３生殖系列遺伝子を切断することを意味する）。
【００６６】
ＦＲ３におけるヒト重鎖の切断について、好ましい制限エンドヌクレアーゼは、以下のようなものである：Ｂｓｔ４ＣＩ（またはＴａａＩもしくはＨｐｙＣＨ４ＩＩＩ）、ＢｌｐＩ、ＨｐｙＣＨ４Ｖ、およびＭｓｌＩ。ＡＣＮＧＴ（Ｂｓｔ４ＣＩ、ＴａａＩ、およびＨｐｙＣＨ４ＩＩＩのための制限エンドヌクレアーゼ認識部位）は、全てのヒトＦＲ３生殖系列遺伝子において一致する部位に見出されるため、これらの酵素の１つは、重鎖ＣＤＲ３の多様性の捕捉のために最も好ましい。ＢｌｐＩおよびＨｐｙＣＨ４Ｖは相補的である。ＢｌｐＩは、ＶＨ１およびＶＨ４ファミリーのほとんどのメンバーを切断し、ＨｐｙＣＨ４Ｖは、ＶＨ３、ＶＨ５、ＶＨ６、およびＶＨ７のファミリーのほとんどのメンバーを切断する。両方の酵素ともＶＨ２を切断しないが、これは非常に小さいファミリーであり、３つのメンバーを含むのみである。従って、これらの酵素はまた、本発明の方法の好ましい実施形態において用いられ得る。
【００６７】
制限エンドヌクレアーゼＨｐｙＣＨ４ＩＩＩ、Ｂｓｔ４ＣＩ、およびＴａａＩは全て、５’―ＡＣｎＧＴ―３’を認識し、そしてｎの後の上方のストランドＤＮＡおよびｎに相補的な塩基の前の下方ストランドＤＮＡを切断する。これは、ヒト重鎖上でのこの方法のために最も好ましい制限エンドヌクレアーゼ認識部位である。なぜならば、それは、全ての生殖系列遺伝子において見出されるからである。さらに、制限エンドヌクレアーゼ認識領域（ＡＣｎＧＴ）は、表２０６に示されるような、チロシンコドン（ｔａｙ）およびそれに続くシステインコドン（ｔｇｙ）の第２および第３の塩基に適合する。これらのコドン（特に、成熟抗体遺伝子におけるシステイン）は、高度に保存されている。
【００６８】
表２５０Ｅは、長さ２２塩基（長さ２０の最後の１つを除く）の別個のオリゴヌクレオチドを示す。表２５５Ｃは、１６１７の実際の重鎖抗体遺伝子の分析を示す。これらの中で、１５１１つはこの部位を有し、そして４つの不適合内で候補オリゴヌクレオチドの１つに適合する。８つのオリゴヌクレオチドが、ほとんどの適合の原因であり、表２５０Ｆ．１．に示す。８つのオリゴヌクレオチドは非常に類似しており、その結果、満足のいく切断が、温度、ｐＨ、塩分などを調整することにより、１つのみのオリゴヌクレオチド（例えば、Ｈ４３．７７．９７．１−０２＃１）を用いて達成されるようである。１つまたは２つのオリゴヌクレオチドは、生殖系列遺伝子配列がごくわずかしか異ならない場合であっても、そして特に切断される制限エンドヌクレアーゼ認識領域付近でごくわずかしか異ならない場合、同様に満足し得る。表２５５Ｄは、８つの選択されたオリゴヌクレオチドのみを用いた、１６１７つの実際の重鎖抗体遺伝子の反復分析を示す。これは、１４６３つの配列が、４つの不適合内で少なくとも１つのオリゴヌクレオチドで適合すること、および期待するような部位を有することを示す。７つの配列のみが、この領域内に第２のＨｐｙＣＨ４ＩＩＩ制限エンドヌクレアーゼ認識領域を有する。
【００６９】
適切な制限エンドヌクレアーゼ認識部位を選択する別の説明は、ヒト重鎖のＦＲ１における切断に関する。ＦＲ１における切断は、重鎖のＣＤＲの多様性全体の捕捉を可能にする。
【００７０】
ヒト重鎖ＦＲ１についての生殖系列遺伝子を表２１７に示す。表２２０は、ヒト生殖系列遺伝子ＦＲ１において見出される制限エンドヌクレアーゼ認識部位を示す。好まし部位は、ＢｓｇＩ（ＧＴＧＣＡＧ；３９＠４）、ＢｓｏＦＩ（ＧＣｎｇｃ；４３＠６、１１＠９、２＠３、１＠１２）、ＴｓｅＩ（Ｇｃｗｇｃ；４３＠６、１１＠９、２＠３、１＠１２）、ＭｓｐＡｌＩ（ＣＭＧｃｋｇ；４６＠７、２＠１）、ＰｖｕＩＩ（ＣＡＧｃｔｇ；４６＠７、２＠１）、ＡｌｕＩ（ＡＧｃｔ；４８＠８２＠２）、ＤｄｅＩ（Ｃｔｎａｇ；２２＠５２、９＠４８）、ＨｐｈＩ（ｔｃａｃｃ；２２＠８０）、ＢｓｓＫＩ（Ｎｃｃｎｇｇ；３５＠３９、２＠４０）、ＢｓａＪＩ（Ｃｃｎｎｇｇ；３２＠４０、２＠４１）、ＢｓｔＮＩ（ＣＣｗｇｇ；３３＠４０）、ＳｃｒＦＩ（ＣＣｎｇｇ；３５＠４０、２＠４１）、Ｅｃｏ０１０９Ｉ（ＲＧｇｎｃｃｙ；２２＠４６、１１＠４３）、Ｓａｕ９６Ｉ（Ｇｇｎｃｃ；２３＠４７、１１＠４４）、ＡｖａＩＩ（Ｇｇｗｃｃ；２３＠４７、４＠４４）、ＰｐｕＭＩ（ＲＧｇｗｃｃｙ；２２＠４６、４＠４３）、ＢｓｍＦＩ（ｇｔｃｃｃ；２０＠４８）、ＨｉｎｆＩ（Ｇａｎｔｃ；３４＠１６、２１＠５６、２１＠７７）、ＴｆｉＩ（２１＠７７）、ＭｌｙＩ（ＧＡＧＴＣ；３４＠１６）、ＭｌｙＩ（ｇａｃｔｃ；２１＠５６）、およびＡｌｗＮＩ（ＣＡＧｎｎｎｃｔｇ；２２＠６８）である。より好ましい部位は、ＭｓｐＡＩおよびＰｖｕＩＩである。ＭｓｐＡＩおよびＰｖｕＩＩは、７〜１２での４６つの部位および１〜６での２つの部位を有する。両方の部位での切断を回避するために、１〜６での部位を完全に覆わないオリゴヌクレオチドが用いられる。従って、ＤＮＡは、その部位で切断されない。本発明者らは、ＰｖｕＩＩ部位を超えて３、４、または５塩基延びるＤＮＡが効果的に切断され得ることを示した。
【００７１】
適切な制限エンドヌクレアーゼ認識部位を選択する別の説明は、ヒトκ軽鎖のＦＲ１における切断に関する。表３００は、ヒトκＦＲ１生殖系列を示し、そして表３０２は、一致する部位で実質的に多くのヒトκＦＲ１生殖系列遺伝子において見出される制限エンドヌクレアーゼ認識部位を示す。列挙される制限エンドヌクレアーゼ認識部位の中で、ＢｓｍＡＩおよびＰｆｌＦＩが最も好ましい酵素である。ＢｓｍＡＩ部位は、４０の生殖系列遺伝子の中の３５において塩基１８にて見出される。ＰｆｌＦＩ部位は、４０の生殖系列遺伝子の中の３５において塩基１２にて見出される。
【００７２】
適切な制限エンドヌクレアーゼ認識部位を選択する別の例は、ヒトλ軽鎖のＦＲ１における切断に関する。表４００は、３１の公知のヒトλＦＲ１生殖系列遺伝子配列を示す。表４０５は、ヒトλＦＲ１生殖系列遺伝子において見出される制限エンドヌクレアーゼ認識部位を示す。ＨｉｎｆＩおよびＤｄｅＩが、ＦＲ１におけるヒトλ鎖を切断するための最も好ましい制限エンドヌクレアーゼである。
【００７３】
切断のための１つかまたは複数の適切な部位が選択された後に、１つ以上の短いオリゴヌクレオチドが、１つかまたは組み合わせて、選択された認識部位を機能的に補うために調製される。このオリゴヌクレオチドはまた、増幅された遺伝子の大部分において認識部位に隣接する配列を含む。この隣接配列は、この配列が、選択された部位に特異的な制限エンドヌクレアーゼにより切断されるのに十分に、１本鎖ＤＮＡにアニールすることを可能にする。
【００７４】
このオリゴヌクレオチドの実際の長さおよび配列は、認識部位ならびに接触および切断のために用いられる状態に依存する。この長さは、オリゴヌクレオチドが、２つのストランドが結合し、その結果、選択された温度および所望の位置のみでの切断が生じるのに十分大きな領域にわたって、１本鎖ＤＮＡに機能的に相補性であるために十分でなければならない。
【００７５】
代表的に、本発明の好ましい方法のオリゴヌクレオチドは、約１７〜約３０ヌクレオチド長である。約１７塩基未満では、アニーリングが弱すぎ、そして３０塩基より上では、特異性の喪失が存在し得る。好ましい長さは、１８〜２４塩基である。
【００７６】
この長さのオリゴヌクレオチドは、生殖系列遺伝子の同一の相補体である必要はない。むしろ、生じる数個の不適合が寛容され得る。しかし、好ましくは、１〜３の不適合のみが許容される。このような不適合は、１本鎖ＤＮＡに対するこのオリゴヌクレオチドのアニーリングに逆に影響しない。従って、この２つのＤＮＡは、機能的に相補性であると呼ばれる。
【００７７】
クローニングのために本発明の増幅した１本鎖ＤＮＡを操作するための第２の方法は、以下の工程を包含する：
（ｉ）核酸と部分的に２本鎖のオリゴヌクレオチドを接触される工程であって、このオリゴヌクレオチドの１本鎖領域が、切断が所望される領域においてこの核酸に機能的に相補的であり、そしてこのオリゴヌクレオチドの２本鎖領域が、ＩＩ−Ｓ型制限エンドヌクレアーゼ認識部位を有し、それらの切断部位が、認識部位から既知の距離で配置される、工程；および
（ｉｉ）核酸とオリゴヌクレオチドの１本鎖領域との補完により形成される切断部位のみでこの核酸を切断する工程。
接触工程および切断工程は、この核酸を実質的に１本鎖形態で維持するために十分な温度にて実施され、オリゴヌクレオチドは、２つのストランドが結合し、その結果、選択された温度および所望の位置で切断が生じ得るのに十分に大きな領域にわたってこの核酸に対して機能的に相補性であり、そして切断は、選択された温度で活性な制限エンドヌクレアーゼを用いて実施される。
【００７８】
この第２の方法は、ユニバーサル制限エンドヌクレアーゼ（「ＵＲＥ」）を用いる。ＵＲＥは、部分的に２本鎖オリゴヌクレオチドである。１本鎖部分またはＵＲＥの重複は、１本鎖ＤＮＡにおいて切断されるためにこの配列に対して機能的に相補性であるＤＮＡアダプターからなる。２本鎖部分は、ＩＩ−Ｓ型制限エンドヌクレアーゼ認識部位でからなる。
【００７９】
本発明のＵＲＥ方法は、特異的かつ正確であり、そして相補領域においていくつか（例えば、１〜３）の不適合を寛容し得る（すなわち、それはその領域に対して機能的に相補性である）。さらに、ＵＲＥが用いられる条件が調整され、その結果、増幅されるほとんどの遺伝子が切断され、それらの遺伝子から生成されるライブラリー中の偏りを減少させ得る。
【００８０】
１本鎖ＤＮＡアダプターの配列またはＵＲＥの重複部分は、代表的に、約１４〜２２塩基からなる。しかし、より長いかまたはより短いアダプターが用いられ得る。大きさは、アダプターが１本鎖ＤＮＡの機能的な相補体と結合する能力、ならびにＩＩ−Ｓ型酵素を用いてこのＤＮＡを切断するために用いられる温度にてＵＲＥと１本鎖ＤＮＡを接触させるために用いられる温度に依存する。アダプターは、２つのストランドが結合し、その結果、選択された温度および所望の位置で切断が生じ得るのに十分に大きな領域にわたって１本鎖ＤＮＡに対して機能的に相補性でなければならない。本発明者らは、１４〜１７塩基長、より好ましくは１８〜２０塩基長の１本鎖部分または重複部分を好む。
【００８１】
ＵＲＥを用いて切断のために選択される部位は、好ましくは、増幅されたＤＮＡのファミリーにおいて実質的に保存される部位である。本発明の第１の切断方法と比較する場合、これらの部位は、エンドヌクレアーゼ認識部位である必要がない。しかし、第１の方法のように、選択される部位は、ネイティブのＤＮＡに存在するというよりも合成性であり得る。このような部位は、公知の抗体または遺伝子の他のファミリーの配列に関する参照により選択され得る。例えば、多くの生殖系列遺伝子の配列は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｒｃ−ｃｐｅ．ｃａｍ．ａｃ．ｕｋ／ｉｍｔ−ｄｏｃ／ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ／ｏｋ．ｈｔｍｌにて報告されている。例えば、１つの好ましい部位は、ＦＲ３の末端付近（コドン８９〜コドン９３の第２の塩基）で生じる。ＣＤＲ３は、コドン９５で開始する。
【００８２】
７９のヒト重鎖遺伝子の配列もまた、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅ２／ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ．ｈｔｍｌにて利用可能である。このサイトは、本発明の方法に従うＵＲＥ切断のための適切な配列を同定するために用いられ得る。例えば、表８Ｂを参照のこと。
【００８３】
最も好ましくは、１つ以上の配列が、これらのサイトまたは他の利用可能な配列情報を用いて同定される。これらの配列は、共に、増幅されたＤＮＡの実質的な画分に存在する。例えば、複数の配列が、生殖系列遺伝子における公知の多様性または頻度の高い体細胞変異を可能にするために用いられ得る。合成性の変性配列もまた、用いられ得る。好ましくは、２〜３の不適合のみを有する試験された遺伝子の少なくとも６５％において生じる配列が、選択される。
【００８４】
次いで、ＵＲＥ１本鎖アダプターまたは重複は、選択される領域に相補性であるように作製される。ＵＲＥを使用する条件は、経験的に決定される。これらの条件は、２〜３の不適合のみを有する機能的に相補性の配列を含むＤＮＡの切断を可能にするが、このような配列を欠くＤＮＡの切断を可能にしない。
【００８５】
上記のように、ＵＲＥの二本鎖部分として、ＩＩ−Ｓ型エンドヌクレアーゼ認識部位が挙げられる。一本鎖ＤＮＡを実質的にその形態で保持し、そして一本鎖ＤＮＡが所望される部位で切断されるのを可能にするために、ＵＲＥの一本鎖ＤＮＡアダプター部分が十分な長さでアニーリングすることを可能にするのに必要な温度で活性な任意のＩＩ−Ｓ型酵素が使用され得る。
【００８６】
本発明のＵＲＥ方法での使用のための好ましいＩＩ−Ｓ型酵素は、一本鎖ＤＮＡの非対称的な切断を提供する。とりわけ、表８００にこれらの酵素を列挙する。もっとも好ましいＩＩ−Ｓ型酵素が、ＦｏｋＩである。
【００８７】
好ましいＦｏｋＩを含むＵＲＥが使用される場合、切断を起こすためのいくつかの条件を使用することが好ましい：
１）酵素を活性化するための標的ＤＮＡ全体のＵＲＥの発現が存在するべきである。標的ＤＮＡに対して等モル量しか存在しないＵＲＥは、ｓｓＤＮＡの少ない切断を生じる。なぜなら、利用可能な活性な酵素の量は限られているからである。
【００８８】
２）アクチベーターを使用してＦｏｋＩ酵素の一部を活性化し、切断を生じることなく二量体化させ得る。適切なアクチベーターの例を、表５１０に示す。
【００８９】
３）切断の制限は、４５℃〜７５℃の間の温度、好ましくは５０℃より高い温度、そして最も好ましくは５５℃より高い温度で実施される。
【００９０】
先行技術で使用されているＵＲＥは、１４の塩基の一本鎖セグメント、１０の塩基のステム（ＦｏｋＩ部位を含む）、それに続く１０塩基のステムのパリンドロームを含んだ。このようなＵＲＥを本発明の本方法で使用し得るが、本発明の好ましいＵＲＥはまた、セグメントを含むＦｏｋＩ制限エンドヌクレアーゼ認識部位の間の３〜８塩基（１つのループ）のセグメントも含む。好ましい実施形態において、ステム（ＦｏｋＩ部位を含む）およびそのパリンドロームはまた、１０塩基よりも長い。好ましくは、これらは、１０〜１４塩基長である。これらの「ロリポップ（ｌｏｌｌｉｐｏｐ）」ＵＲＥアダプターの例を表５に示す。
【００９１】
ＵＲＥを使用して、一本鎖ＤＮＡを切断する１つの例としては、ヒト重鎖のＦＲ３領域が挙げられる。表５０８は、示されるＵＲＥ認識配列を有する８４０の全長成熟ヒト重鎖の分析を示す。大部分（７１８／８４０＝０．８５）は、５つのＵＲＥ（ＶＨＳ８８１−１．１、ＶＨＳ８８１−１．２、ＶＨＳ８８１−２．１、ＶＨＳ８８１−４．１、およびＶＨＳ８８１−９．１）を使用して、２以下のミスマッチを認識される。これらのそれぞれは、生殖系列の遺伝子に相補的な２０塩基のアダプター配列、ＦｏｋＩ部位を含む１０塩基のステムセグメント、５つの塩基ループ、および第一のステムセグメントの逆の相補体を有する。これらのアダプターを、単独でまたは組合せて一本鎖アンチセンス重鎖ＤＮＡにアニーリングし、そして例えば、アクチベーターＦＯＫＩａｃｔの存在下でＦｏｋＩを用いて処理することによって、指示された位置でアンチセンス鎖の切断を生じる。
【００９２】
ＵＲＥを使用して一本鎖ＤＮＡを切断する別の例としては、ヒトκ軽鎖のＦＲ１領域が挙げられる。表５１２は、４つの示された１９塩基のプローブ配列による一致についての１８２の全長ヒトκ鎖の分析を示す。９６％の配列は、２以下のミスマッチを有するプローブの１つと一致する。表５１２に示されるＵＲＥアダプターは、κ鎖のセンス鎖の切断のためである。従って、アダプター配列は、生殖系列の遺伝子配列の逆の相補体である。ＵＲＥは、１０塩基のステム、５塩基のループ、ステムの逆の相補体およびその相補配列から構成される。ループは、ここではＴＴＧＴＴを示すが、他の配列が使用され得る。その機能は、ロリポップ単量体の形成が二量体化よりも好まれるように、ステムのパリンドロームを妨げることである。表５１２はまた、センス鎖が切断される場所を示している。
【００９３】
ＵＲＥを使用して一本鎖ＤＮＡを切断する別の例としては、ヒトλ軽鎖が挙げられる。表５１５は、４つの示された１９塩基のプローブを一致させるための１２８のヒトλ軽鎖の分析を示している。３以下のミスマッチを有し、１２８のうちの８８（６９％）の鎖がプローブの１つと一致する。表５１５はまた、これらのプローブに対応するＵＲＥアダプターを示している。これらのアダプターを、λ鎖の上側の鎖ｓｓＤＮＡにアニーリングし、そしてＦＯＫＩａｃｔの存在下、４５℃またはそれより高い温度で、ＦｏｋＩで処理することによって、これらの鎖の特異的かつ正確な切断が生じる。
【００９４】
第一の方法の短いオリゴヌクレオチド配列および第二の方法のＵＲＥが、一本鎖ＤＮＡと接触する条件下で、経験的に決定され得る。この条件は、一本鎖ＤＮＡが、実質的に一本鎖の形態で保持されるようでなければならない。より詳細には、これらの条件は、一本鎖ＤＮＡが、ループを形成しないような条件でなければならず、このループは、それが関係するオリゴヌクレオチド配列もしくはＵＲＥを妨害し得るか、または選択的制限エンドヌクレアーゼによってループ自身が切断の部位を提供し得る。
【００９５】
短いオリゴヌクレオチド（第一の方法）およびＵＲＥ（第二の方法）の効率および特異性は、ＵＲＥアダプター／オリゴヌクレオチドならびに基質ＤＮＡの濃度、温度、ｐＨ、金属イオン濃度、イオン強度、カオトロープ（ｃｈａｏｔｒｏｐｅ）（例えば、尿素およびホルムアミド）の濃度、制限エンドヌクレアーゼ（例えば、ＦｏｋＩ）の濃度、および消化の時間を制御することによって調整され得る。これらの条件は、以下を有する合成オリゴヌクレオチドを用いて最適化され得る：１）標的生殖系列遺伝子配列、２）成熟標的遺伝子配列、または３）幾分関連する非標的配列。目標は、標的配列のほとんどを切断しかつ非標的の最小量を切断することである。
【００９６】
本発明の好ましい実施形態において、一本鎖ＤＮＡは、４５℃〜７５℃の間の温度を使用して、実質的に一本鎖ＤＮＡの形態で維持される。より好ましくは、５０℃〜６０℃の間であり、最も好ましくは５５℃〜６０℃の間の温度が使用される。これらの温度は、ＤＮＡがオリゴヌクレオチドまたはＵＲＥと接触する場合、および本発明の方法を使用してＤＮＡを切断する場合の両方で使用される。
【００９７】
本発明の２つの切断方法は、いくつかの利点を有する。第一の方法は、一本鎖ＤＮＡのファミリーの個々のメンバーを、１つの実質的に保存されたエンドヌクレアーゼ認識部位で単独に切断することを可能にする。この方法はまた、逆転写または増幅プライマーに構築されるエンドヌクレアーゼ認識部位を必要としない。ファミリー中の任意のネイティブな部位または合成部位が使用され得る。
【００９８】
第二の方法は、これらの利点の両方を有する。さらに、ＵＲＥの方法は、一本鎖ＤＮＡが、天然に存在するか、または合成で構築されたエンドヌクレアーゼ認識部位を有さない位置で切断されることを可能にする。
【００９９】
最も重要なことは、両方の切断方法が、多様性を最大にするように５’および３’プライマーの使用を可能にし、次いでクローニングおよびディスプレイの前に所望でないか、または有害な配列を除去するような切断を可能にする。
【０１００】
増幅されたＤＮＡを、本発明の方法の１つを使用して切断した後、このＤＮＡはクローニングのために調製される。これは、部分的に二重鎖の合成ＤＮＡアダプター（この末端配列は、特定の切断部位に基づいており、増幅されたＤＮＡは、この部位で切断される）を使用することによってなされる。
【０１０１】
合成ＤＮＡは、切断された一本鎖ＤＮＡに連結される場合、ＤＮＡが、所望のペプチド、ポリペプチドまたは遺伝子パッケージの表面タンパク質をディスプレイするように正確なリーディングフレームに発現されることを可能にするように設計される。好ましくは、アダプターの二本鎖部分は、ペプチド、ポリペプチドまたは切断部位までのタンパク質のファミリーのアミノ酸配列の特徴をコードするいくつかのコドン配列を含む。ヒト重鎖について、好ましくは、３〜２３のフレームワークのアミノ酸を使用して、切断されたＤＮＡの発現に必要な配列を提供する。
【０１０２】
好ましくは、アダプターの二本鎖部分は、約１２〜１００塩基長である。より好ましくは、約２０〜１００塩基が使用される。アダプターの二本鎖領域はまた、好ましくは、ＤＮＡを適切なディスプレイベクター（または多様性を保存するために使用されるレシピエントベクター）にクローニングするために有用な少なくとも１つのエンドヌクレアーゼ認識部位を含む。このエンドヌクレアーゼ制限部位は、ＤＮＡ配列を伸長するために使用される生殖系列遺伝子配列に対してネイティブであり得る。これはまた、ネイティブな生殖系列遺伝子配列に対して縮重した配列を使用して構築され得る。または、これは全合成であり得る。
【０１０３】
アダプターの一本鎖部分は、一本鎖ＤＮＡにおける切断領域に相補的である。このオーバーラップは、約２塩基〜約１５塩基までであり得る。オーバーラップがより長くなるにつれて、連結がより効率的になるようである。オーバーラップについて好ましい長さは、７〜１０である。これは、領域における多様性が捕捉され得るようにこの領域のいくつかのミスマッチを可能にする。
【０１０４】
一本鎖領域または部分的二重鎖のアダプターのオーバーラップが有利である。なぜなら、これは、ＤＮＡが選択された部位で切断されることを可能にするが、捕捉される他のフラグメントは切断されないからである。このようなフラグメントは、適切な抗体に折り畳まれず、そして非特異的粘着性であるらしい遺伝子コード配列を有するライブラリーを汚染する。
【０１０５】
本発明の方法における部分的二重鎖のアダプターの使用の１つの例示としては、このようなアダプターを上記のように、５’−ＡＣｎＧＴ−３’において、ＨｐｙＣＨ４ＩＩＩ、Ｂｓｔ４ＣＩまたはＴａａＩを使用して切断されるヒトＦＲ３領域に連結する工程を包含する。
【０１０６】
表２５０Ｆ．２は、切断された下側の鎖であるＤＮＡに連結するためにアダプターの二本鎖部分の下側の鎖を示している。ＨｐｙＣＨ４ＩＩＩ部位は、右（表２０６に示されるような）に対して非常に遠いので、ＡｆｌＩＩ部位およびＸｂａＩ部位を含む配列が、付加され得る。部分的に二重鎖のアダプターのこの下側の鎖部分（Ｈ４３．ＸＡＥｘｔ）は、ＸｂａＩおよびＡｆｌＩＩ部位の両方を組込む。アダプターの二重鎖部分の上側の鎖は、いずれの部位も有さない（Ｈ４３．ＸＡＥｘｔのＸｂａＩおよびＡｆｌＩＩ部位に逆のセグメントにおける計画されたミスマッチのため）が、Ｈ４３．ＸＡＥｘｔに非常に強固アニーリングする。Ｈ４３ＡＥｘｔは、ＡｆｌＩＩ部位のみを含み、そして上側鎖Ｈ４３．ＡＢｒ１およびＨ４３．ＡＢｒ２（これは、ＡｆｌＩＩ部位を破壊するために意図的な変更を有する）とともに使用される。
【０１０７】
連結後に、所望の捕獲されたＤＮＡは、さらにＰＣＲ増幅され得、所望である場合、好ましい実施形態において、抗体遺伝子の下流の定常領域に対するプライマー、およびアダプターの二本鎖領域の部分に対するプライマーを使用する。これらのプライマーはまた、増幅されたＤＮＡのクローニングに使用するための制限エンドヌクレアーゼ部位を保有する。
【０１０８】
部分的な二本鎖アダプターの一本鎖増幅ＤＮＡへの連結、およびおそらく増幅の後、複合体ＤＮＡは、選択された５’側および３’側エンドヌクレアーゼ認識部位で切断される。
【０１０９】
クローニングに有用な切断部位は、カセットが挿入されるファージまたはファージミドおよび抗体遺伝子におけるその利用可能な部位に依存する。表１は、７５のヒト軽鎖についての制限エンドヌクレアーゼのデータを提供する。表２は、７９のヒト重鎖についての対応するデータを示す。各表において、エンドヌクレアーゼは、切断の頻度が増す順番で並べられている。これらの表において、Ｎｃｈは、酵素によって切断される鎖の数であり、Ｎｓは、部位の数（いくつかの鎖は１より多い部位を有する）である。
【０１１０】
この分析から、ＳｆｉＩ、ＮｏｔＩ、ＡｆｌＩＩ、ＡｐａＬＩおよびＡｓｃＩが非常に適切である。ＳｆｉＩおよびＮｏｔＩは、好ましくは、重鎖ディスプレイセグメントを挿入するためのｐＣＥＳ１において使用される。ＡｐａＬＩおよびＡｓｃＩは、好ましくは、軽鎖ディスプレイセグメントを挿入するためにｐＣＥＳ１において使用される。
【０１１１】
ＢｓｔＥＩＩ部位は、生殖系列ＪＨ遺伝子の９７％に生じる。再配列されたＶ遺伝子において、重鎖遺伝子の５４／７９（６８％）のみが、ＢｓｔＥＩＩ部位を含み、そしてこれらの７／６１が、２つの部位を含む。従って、４７／７９（５９％）が、１つのＢｓｔＥＩＩ部位を含む。ＢｓｔＥＩＩを使用することの代替策は、ＪＨ末端でのＵＲＥを介する切断、およびＣＨ１の部分をコードする合成オリゴヌクレオチドへの連結である。
【０１１２】
本発明の方法を使用するＤＮＡ配列のファミリーを調製する１つの例として、ヒトＣＤＲ３多様性を捕捉することが挙げられる。上記のように、種々の自己免疫の患者からのｍＲＮＡは、ｃＤＮＡへ逆転写される。ｍＲＮＡが分解された後、ｃＤＮＡを固定化し、そして短いオリゴヌクレオチドを使用してｃＤＮＡ上流のＣＤＲ３を切断する。次いで、部分的に二重鎖の合成ＤＮＡアダプターは、ＤＮＡにアニーリングされ、そしてこのＤＮＡは、アダプターに対するプライマーおよび定常領域（ＦＲ４の後）に対するプライマーを使用して増幅される。次いで、ＤＮＡはＢｓｔＥＩＩ（ＦＲ４中）および部分的二本鎖アダプター（例えば、ＸｂａＩおよびＡｆｌＩＩ（ＦＲ３中））に適切な制限エンドヌクレアーゼを使用して切断される。次いで、ＤＮＡは合成ＶＨ骨格（例えば、３〜２３）に連結される。
【０１１３】
ＵＲＥ方法を使用して切断された一本鎖ＤＮＡを調製する１つの例として、ヒトκ鎖が挙げられる。この鎖のセンス鎖の切断部位は、表５１２に示される。オリゴヌクレオチドｋａｐｅｘｔＵＲＥは、オリゴヌクレオチド（ｋａＢＲ０１ＵＲ、ｋａＢＲ０２ＵＲ、ｋａＢＲ０３ＵＲ、およびｋａＢＲ０４ＵＲ）にアニーリングされて部分的二重鎖ＤＮＡを形成する。次いで、このＤＮＡは、切断された可溶性のκ鎖に連結される。次いで、連結産物は、プライマーｋａｐｅｘｔＵＲＥＰＣＲおよびＣＫＦｏｒｅＡｓｃ（これは、Ｃκ末端後のＡｓｃＩ部位に挿入する）を使用して増幅される。次いで、この産物は、ＡｐａＬＩおよびＡｓｃＩを用いて切断され、そして同様にレシピエントベクターを切断するために連結される。
【０１１４】
別の例としては、表５１５に示される切断が挙げられる。切断後、エクステンダー（ｅｘｔｅｎｄｅｒ）（ＯＮ＿ＬａｍＥｘ１３３）オリゴヌクレオチドおよび４つのブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）オリゴヌクレオチド（ＯＮ＿ＬａｍＢ１−１３３、ＯＮ＿ＬａｍＢ２−１３３、ＯＮ＿ＬａｍＢ３−１３３およびＯＮ＿ＬａｍＢ４−１３３）は、アニーリングされて部分的二重鎖ＤＮＡを形成する。このＤＮＡは、切断されたλ鎖センス鎖に連結される。連結後、ＤＮＡは、ＯＮ＿Ｌａｍ１３３ＰＣＲおよびλ定常ドメインに特異的な前進プライマー（例えば、ＣＬ２ＦｏｒｅＡｓｃまたはＣＬ７ＦｏｒｅＡｓｃ（表１３０））を用いて増幅される。
【０１１５】
ヒト重鎖において、ＦＲ４のほとんど全ての遺伝子は、ヒト重鎖Ｖ遺伝子の非常に大きな画分中の定常位置で生じるＢｓｔＥＩＩ部位で切断され得る（下流、すなわち、ＣＤＲ３のセンス鎖の３’末端へ向かって）。次いで、ＣＤＲ３の多様性のみが捕捉される場合、ＦＲ３中の部位が、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３の多様性が所望される場合、ＦＲ２中の部位が、またはＣＤＲの多様性全てが所望される場合、ＦＲ１中の部位が必要である。これらの部位は、好ましくは、部分的二重鎖のアダプターの一部として挿入される。
【０１１６】
本発明の好ましいプロセスは、軽鎖または重鎖のいずれかのクローニングを可能にする部位を有するレシピエントベクターを提供することである。このようなベクターは、周知であり、当該分野で広く使用される。本発明に従った好ましいファージ提示ベクターは、ファージＭＡＬＩＡ３である。これは、遺伝子ＩＩＩにおいて提示する。ファージＭＡＬＩＡ３の配列を、表１２０Ａ（注釈付）および表１２０Ｂ（要約）に示す。
【０１１７】
軽鎖または重鎖の選択された領域をコードするＤＮＡを、軽鎖または重鎖のいずれかを非常に稀にしか切断しないエンドヌクレアーゼを使用してベクターに移入し得る。例えば、軽鎖は、ＡｐａＬＩおよびＡｓｃＩによって捕捉される。重鎖遺伝子は、好ましくは、ＳｆｉＩ、ＮｃｏＩ、ＸｂａＩ、ＡｆｌＩＩ、ＢｓｔＥＩＩ、ＡｐａＩおよびＮｏｔＩ部位を有するレシピエントベクターにクローニングされる。軽鎖は、好ましくは、ＡｐａＬＩ−ＡｓｃＩフラグメントとしてライブラリー中に移される。重鎖は、好ましくは、ＳｆｉＩ−ＮｏｔＩフラグメントとしてライブラリーに移される。
【０１１８】
最も好ましくは、この提示は、Ｍ１３ファージの誘導体の表面上に有される。最も好ましいベクターは、Ｍ１３の全ての遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、および提示カセットを含む。好ましいベクターは、遺伝子の多様なファミリーのメンバーの導入および切除を可能にする制限部位をカセットとして提供される。好ましいベクターは、ファージを増幅させるために使用される増殖条件下での再編成に対して安定である。
【０１１９】
本発明の別の実施形態において、本発明の方法によって捕捉される多様性は、ＩＩＩタンパク質上にペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質を提示するファスミドベクター（例えば、ｐＣＥＳ１）において提示され得る。このようなベクターはまた、他のベクターまたはファージを使用する引き続く提示のための多様性を保存するために使用され得る。
【０１２０】
別の実施形態において、提示の様式は、３つの可能性のあるアンカードメインに対する短いリンカーを介し得る。Ｍ１３ ＩＩＩ（「ＩＩＩスタンプ」）の最終部分である１つのアンカードメイン、全長ＩＩＩ成熟タンパク質である第二のアンカー、およびＭ１３ ＶＩＩＩ成熟タンパク質である第三のアンカー。
【０１２１】
ＩＩＩスタンプフラグメントは、ファージに構築するためのＭ１３ ＩＩＩを十分に含むが、感染性の媒介に関するドメインを含まない。野生型のＩＩＩおよびＶＩＩＩタンパク質が存在することから、このファージは、抗体遺伝子を除去しないようであるが、非常に低い増殖の利点のみを受けるこれらのセグメントを欠失する。各々のアンカードメインのために、このＤＮＡは野生型のＡＡ配列をコードするが、非常に高い程度で野生型のＤＮＡ配列とは異なる。これは、提示アンカーと野生型遺伝子（これもまた存在する）との間の相同組換えの可能性を非常に減少させる。
【０１２２】
最も好ましくは、本発明は、抗生物質耐性遺伝子（例えば、アンピシリン耐性遺伝子）および提示カセットを保有する完全なファージを使用する。野生型ｉｉｉおよびｖｉｉｉ遺伝子が存在することから、野生型タンパク質もまた存在する。この提示カセットは、調節可能なプロモーター（例えば、Ｐ_ＬａｃＺ）から転写される。調節可能なプロモーターの使用は、対応する野生型コートタンパク質に対する融合提示遺伝子の比を制御することを可能にする。この比は、ファージ（またはファスミド）粒子当たりの提示融合の平均コピー数を決定する。
【０１２３】
本発明の別の局面は、糸状ファージ上にペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質（および特にＦａｂ）を提示する方法である。最も好ましい実施形態において、この方法は、ＦＡＢを提示し、以下を包含する：
ａ）以下のエレメントをコードするＤＮＡの断片の送達を捕捉するカセットを得る工程：
Ｐ_ｒｅｇ：：ＲＢＳ１：：ＳＳ１：：ＶＬ：：ＣＬ：：停止：：ＲＢＳ２：：ＳＳ２：：ＶＨ：：ＣＨ１：：リンカー：：アンカー：：停止：：、
ここで、Ｐ_ｒｅｇは、調節可能なプロモーターであり、ＰＢＳ１は、第一のリボソーム結合部位であり、ＳＳ１は、宿主株において作動可能なシグナル配列であり、ＶＬは、軽鎖可変領域の種々のセットのメンバーであり、ＣＬは、軽鎖定常領域であり、停止は、１以上の停止コドンであり、ＰＢＳ２は、第二のリボソーム結合部位であり、ＳＳ２は、宿主株において作動可能な第二のシグナル配列であり、ＶＨは、重鎖可変領域の種々のセットのメンバーであり、ＣＨ１は、抗体重鎖の第一の定常領域であり、リンカーは、１〜約５０残基のアミノ酸の配列であり、アンカーは、糸状ファージ粒子に構築されるタンパク質であり、そして停止は、１以上の停止コドンの第二の例である；ならびに
ｂ）ファージの生存性を最大化し、そしてこのカセットまたはその部分の欠失の可能性を最小化するためにファージゲノム内にカセットを配置する工程。
【０１２４】
上記の好ましいカセット中のアンカータンパク質をコードするＤＮＡは、同じ（または密接に関連する）アミノ酸配列（ファージのコートタンパク質の１つに見出されるような）をコードするが、別個のＤＮＡ配列を有するように設計される。これは、野生型遺伝子との望まない相同組換えを防止する。さらに、このカセットは、遺伝子間領域に配置されるべきである。提示カセットの配置および方向は、ファージの挙動に影響し得る。
【０１２５】
本発明の１つの実施形態において、転写ターミネーターは、上記の提示カセットの第二の停止（例えば、Ｔｒｐ）の後に配置され得る。これは、提示カセットとファージ抗体提示ベクター（ＰＡＤＶ）中の他の遺伝子との間の相互作用を減少させる。
【０１２６】
本発明の方法の別の実施形態において、このファージまたはファージミドは、Ｆａｂ以外のタンパク質を、他のタンパク質遺伝子で置換することによって、上記のＦａｂ部分を提示し得る。
【０１２７】
種々の宿主を、本発明の提示ファージまたはファージミドの増殖のために使用し得る。このような宿主は、当該分野で周知である。好ましい実施形態において、Ｆａｂが提示される場合、好ましい宿主は３０℃で増殖し、そしてＲｅｃＡ⁻（望まない遺伝子組み換えを減少させるため）およびＥｎｄＡ⁻（ＲＦ ＤＮＡの回収を容易化するため）であり得る。エレクトロポレーションによって容易に形質転換される宿主株もまた好ましい。
【０１２８】
ＸＬ１−Ｂｌｕｅ ＭＲＦ’は、これらの好ましさのほとんどを満足させるが、３０℃ではあまり増殖しない。ＸＬ１−Ｂｌｕｅ ＭＲＦ’は、３８℃でゆっくりと増殖し、従って、許容可能な宿主である。ＴＧ−１はまた、中間宿主としてより好ましいが、ＲｅｃＡ^＋およびＥｎｄＡ^＋である。ＸＬ１−Ｂｌｕｅ ＭＲＦ’は、ライブラリーの最終構築の前の多様性を蓄積するために使用される中間宿主としてより好ましい。
【０１２９】
提示後、本発明のライブラリーを、周知かつ慣用的に使用される技術を使用してスクリーニングし得る。次いで、選択されたペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質を、疾患を処置するために使用し得る。一般に、治療または薬学的組成物における使用のためのペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質を、選択されるライブラリーのメンバーから所望のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質をコードするＤＮＡを単離することによって生成する。次いで、このＤＮＡを、慣用的な方法において使用して、適切な宿主細胞、好ましくは、哺乳動物細胞（例えば、ＣＨＯ細胞）においてコードされるペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質を生成する。単離後、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質を、単独でか、または疾患を処置するための治療において薬学的に受容可能な組成物と共に使用する。
【０１３０】
（実施例）
（実施例１：ＢｓｍＡＩを用いるκ鎖の捕捉）
ヒトκ鎖ｍＲＮＡのレパートリーを、種々の自己免疫疾患を有する患者の集団から単離した総ＲＮＡまたはポリ（Ａ＋）ＲＮＡを仔ウシ腸ホスファターゼで処理して、例えば、リボソームＲＮＡ、フラグメント化ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡおよびゲノムＤＮＡを有する全ての分子から５’−リン酸を除去することによって調製した。全長のｍＲＮＡ（保護的７−メチルキャップ構造を含む）は、影響されない。次いで、ＲＮＡを、タバコ酸ピロホスファターゼで処理して、５’−一リン酸基を残して全長のｍＲＮＡからキャップ構造を除去する。
【０１３１】
全長のｍＲＮＡを、５’末端でアダプターによって改変し、次いで、逆転写し、そしてＧｅｎｅｒＲＡＣＥ^ＴＭ方法およびキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して増幅した。アダプターに相補的な５’ビオチン化プライマー、および構築物の領域の一部に相補的な３’プライマーを使用した。
【０１３２】
上方の鎖の５’末端にビオチンを結合した約２マイクログラム（μｇ）のヒトκ鎖（Ｉｇκ）遺伝子ＲＡＣＥ材料を、２００マイクロリットル（μＬ）のＳｅｒａｄｙｎ磁気ビーズ上に固定した。下方の鎖を、２アリコートの２００μＬの０．１Ｍ ＮａＯＨ（ｐＨ１３）で、第一のアリコートについて３分間、次いで第二のアリコートについて３０秒間、ＤＮＡを洗浄することによって除去した。これらのビーズを、２００μＬの１０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．５）１００ｍＭ ＮａＣｌで中和した。表５２５に示した短いオリゴヌクレオチドを、１００μＬのＮＥＢ緩衝液２（５０ｍＭ ＮａＣｌ、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１０ｍＭ ＭｇＣｌ_２、１ｍＭ ジチオトレイトール ｐＨ７．９）中に４０倍モル過剰に、乾燥ビーズに添加した。この混合物を、９５℃で５分間インキュベートし、次いで、３０分かけて５５℃まで冷却した。過剰なオリゴヌクレオチドを、ＮＥＢ緩衝液３（１００ｍＭ ＮａＣｌ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１０ｍＭ ＭｇＣｌ_２、１ｍＭ ジチオトレイトール ｐＨ７．９）で２回洗浄して除去した。１０単位のＢｓｍＡＩ（ＮＥＢ）を、ＮＥＢ緩衝液３に添加し、そして５５℃で１時間インキュベートした。切断された下流のＤＮＡを、収集し、そしてＱｉａｇｅｎ ＰＣＲ精製カラムで精製した（図３および図４）。
【０１３３】
部分的に二本鎖のアダプターを、表５２５に示したオリゴヌクレオチドを使用して調製した。このアダプターを、１０００単位のＴ４ ＤＮＡリガーゼ（ＮＥＢ）と共に１００倍モル過剰に一本鎖ＤＮＡに添加し、そして１６℃で一晩インキュベートした。過剰なオリゴヌクレオチドを、Ｑｉａｇｅｎ ＰＣＲ精製カラムで除去した。この連結材料を、表５２５に示したプライマーｋａｐＰＣＲｔ１およびｋａｐｆｏｒを使用するＰＣＲによって、表５３０に示したプログラムで１０サイクル増幅した。
【０１３４】
可溶性ＰＣＲ産物を、ゲルで泳動し、そして予測されるような約７００ｎのバンドを示した（図５および図６）。このＤＮＡを、酵素ＡｐａＬＩおよびＡｓｃＩで切断し、ゲル精製し、そして同様に切断したベクターｐＣＥＳ１に連結した。正確なサイズの挿入物の存在を、図１５に示したように、いくつかのクローンでＰＣＲによってチェックした。
【０１３５】
表５００は、この手順によって捕捉されたκ軽鎖のＤＮＡ配列を示す。表５０１は、この手順によって捕捉された第二の配列を示す。最も近い架橋配列は、配列５’−ａｇｃｃａｃｃ−３’に相補的であったが、捕捉された配列は５’−Ｔｇｃｃａｃｃ−３’と読め、これは、重複領域中にいくつかのミスマッチを寛容したことを示す。
【０１３６】
（実施例２：Ｖ−３−２３ ＶＨフレームワークにおける合成ＣＤＲ１およびＣＤＲ２の多様性の構築）
合成相補性決定基領域（ＣＤＲ）１および２の多様性を、二段階のプロセスで３−２３ ＶＨフレームワークにおいて構築した：第一に、３−２３ ＶＨフレームワークを含むベクターを構築し、次いで、合成ＣＤＲ１および２を、構築してこのベクター中にクローニングした。
【０１３７】
Ｖ３−２３フレームワークの構築のために、重複する８つのオリゴおよび２つのＰＣＲプライマー（表６００に示した長いオリゴヌクレオチド：ＴＯＰＦＲ１Ａ、ＢＯＴＦＲ１Ｂ、ＢＯＴＦＲ２、ＢＯＴＦＲ３、Ｆ０６、ＢＯＴＦＲ４、ＯＮ−ｖｇＣ１、およびＯＮ−ｖｇＣ２ならびにプライマー：ＳＦＰＲＥＭＴおよびＢＯＴＰＣＲＰＲＩＭ）を、Ｖ３２３ ＶＨのＧｅｎｂａｎｋの配列に基づいて設計した。この設計は、表６００に示されるような、各々のフレームワークにおける少なくとも１つの有用な制限部位を取り込んだ。表６００において、合成された断片を太字として示し、重複する領域に下線を付し、そして各末端でのＰＣＲプライマー領域に下線を付した。これら８つのオリゴの混合物を、２０μｌのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）反応中の２．５μＭの最終濃度で組み合わせた。このＰＣＲ混合物は、２００μＭ ｄＮＴＰ、２．５ｍＭ ＭｇＣｌ_２、０．０２Ｕ Ｐｆｕ Ｔｕｒｂｏ^ＴＭＤＮＡポリメラーゼ、１Ｕ Ｑｉａｇｅｎ ＨｏｔＳｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡ ポリメラーゼ、および１×Ｑｉａｇｅｎ ＰＣＲ緩衝液を含んだ。このＰＣＲプログラムは、９４℃で３０秒、５５℃で３０秒、および７２℃で３０秒の１０サイクルからなった。次いで、１００μｌ ＰＣＲ反応における最初のＰＣＲからの１０倍希釈の２．５μｌを使用して、構築されたＶ３−２３ ＤＮＡ配列を増幅した。このＰＣＲ反応は、２００μＭ ｄＮＴＰ、２．５ｍＭ ＭｇＣｌ_２、０．０２Ｕ Ｐｆｕ Ｔｕｒｂｏ^ＴＭＤＮＡポリメラーゼ、１Ｕ Ｑｉａｇｅｎ ＨｏｔＳｔａｒｔ Ｔａｑ ＤＮＡ ポリメラーゼ、１×Ｑｉａｇｅｎ ＰＣＲ緩衝液、および１μＭの濃度での２つの外側のプライマー（ＳＦＰＲＭＥＴおよびＢＯＴＰＣＲＰＲＩＭ）を含んだ。このＰＣＲプログラムは、９４℃で３０秒、５５℃で３０秒、および７２℃で６０秒の２３サイクルからなった。このＶ３−２３ ＶＨ ＤＮＡ配列を、設計し、そしてＳｆｉＩおよびＢｓｔＥＩＩ制限エンドヌクレアーゼ部位を使用してｐＣＥＳ１（ファスミドベクター）にクローニングした（本明細書中で記載した全ての制限酵素は、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ、Ｂｅｖｅｒｌｙ、ＭＡによって供給され、そして製造業者の指示通りに使用した）。
【０１３８】
ＣＤＲ１／ＣＤＲ２多様性のクローニング前に、スタッファー（ｓｔｕｆｆｅｒ）配列（表６１０および表６２０に示す）を、ｐＣＥＳ１に導入してＣＤＲ１／ＣＤＲ２配列（ＢｓｐＥＩ制限酵素部位とＸｂａＩ制限酵素部位との間の９００塩基）およびＣＤＲ３配列（ＡｆｌＩＩとＢｓｔＥＩＩとの間の３５８塩基）を置換した。新規のベクターは、ｐＣＥＳ５であり、そしてその配列を、表６２０に与える。ＣＤＲの代わりにスタッファーを有することは、親配列がライブラリーにおいて過剰に提示される危険性を回避する。このＣＤＲ１−２スタッファーは、ＢｇｌＩＩ、Ｂｓｕ３６Ｉ、ＢｃｌＩ、ＸｃｍＩ、ＭｌｕＩ、ＰｖｕＩＩ、ＨｐａＩおよびＨｉｎｃＩＩについての制限部位、ベクターｐＣＥＳ５内に独自である、強調された領域を含む。ＣＤＲ３を置換するこのスタッファーは、独自の制限エンドヌクレアーゼ部位、ＲｓｒＩＩを含む。このスタッファー配列は、Ｅ．ｃｏｌｉのペニシリン遺伝子由来のフラグメントである。
【０１３９】
ＣＤＲ１およびＣＤＲ２多様性の構築のために、ＣＤＲ１／２および隣接領域をコードする４つの重複オリゴヌクレオチド（表６００および表６３０に示したＯＮ−ｖｇＣ１、ＯＮ＿Ｂｒ１２、ＯＮ＿ＣＤ２Ｘｂａ、およびＯＮ−ｖｇＣ２）を設計した。これら４つのオリゴの混合物を、４０μｌ ＰＣＲ反応物中２．５μＭの最終濃度で組み合わせた。４つのオリゴのうち２つは、ＣＤＲ１およびＣＤＲ２に位置する、変化させた配列を含んだ。このＰＣＲ混合物は、２００μＭ ｄＮＴＰ、２．５Ｕ Ｐｗｏ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｒｏｃｈｅ）、および２ｍＭ ＭｇＳＯ_４を含む１×Ｐｗｏ ＰＣＲ緩衝液を含んだ。このＰＣＲプログラムは、９４℃で３０秒、６０℃で３０秒、および７２℃で６０秒の１０サイクルからなった。これは、１００μｌ ＰＣＲ反応物中の２．５μｌの混合物を使用して、増幅されたＣＤＲ１／２ ＤＮＡ配列を構築した。このＰＣＲ反応物は、２００μＭ ｄＮＴＰ、２．５Ｕ Ｐｗｏ ＤＮＡポリメラーゼ、２ｍＭ ＭｇＳＯ_４を含む１×Ｐｗｏ ＰＣＲ緩衝液、および１μＭの濃度で２つの外側のプライマーを含んだ。このＰＣＲプログラムは、９４℃で３０秒、６０℃で３０秒、および７２℃で６０秒の１０サイクルからなった。これらの変化された配列を、消化し、そしてＣＤＲ１／２スタッファーの代わりにＶ３−２３フレームワーク中にクローニングした。
【０１４０】
本発明者らは、約７×１０^７の独立形質転換体を得た。この多様性に、本発明者らは、ドナー集団または合成ＤＮＡのいずれかからＣＤＲ３多様性をクローニングし得る。
【０１４１】
上記は、本発明の原理を例示するのみであり、そして本発明の範囲および精神から逸脱することなく当業者によって種々の改変がなされ得ることが理解される。
【０１４２】
【表１】

【０１４３】
【表２】

【０１４４】
【表３】

【０１４５】
【表４】

【０１４６】
【表５】

【０１４７】
【表６】

【０１４８】
【表７】

【０１４９】
【表８】

【０１５０】
【表９】

【０１５１】
【表１０】

【０１５２】
【表１１】

【０１５３】
【表１２】

【０１５４】
【表１３】

【０１５５】
【表１４】

【０１５６】
【表１５】

【０１５７】
【表１６】

【０１５８】
【表１７】

【０１５９】
【表１８】

【０１６０】
【表１９】

【０１６１】
【表２０】

【０１６２】
【表２１】

【０１６３】
【表２２】

【０１６４】
【表２３】

【０１６５】
【表２４】

【０１６６】
【表２５】

【０１６７】
【表２６】

【０１６８】
【表２７】

【０１６９】
【表２８】

【配列表】
SEQUENCE LISTING
<110> DYAX CORPORATION
<120> METHODS OF CONSTRUCTING DISPLAY LIBRARIES OF GENETIC
PACKAGES FOR MEMBERS OF A DIVERSE FAMILY OF PEPTIDES
<130> F102N96Q34
<140> JP 2001-577464
<141> 2001-04-17
<150> 60/198,069
<151> 2000-04-17
<160> 428
<170> PatentIn Ver. 2.1
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<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 23
gagtctcact gagccacatc cgtgcacgga tgtg 34
<210> 24
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 24
gctcagtgag actc 14
<210> 25
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 25
gtgtattact gtgc 14
<210> 26
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 26
gtatattact gtgc 14
<210> 27
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 27
gtgtattact gtaa 14
<210> 28
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 28
gtgtattact gtac 14
<210> 29
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 29
ttgtattact gtgc 14
<210> 30
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 30
ttgtatcact gtgc 14
<210> 31
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 31
acatattact gtgc 14
<210> 32
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 32
acgtattact gtgc 14
<210> 33
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 33
atgtattact gtgc 14
<210> 34
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Primer
<400> 34
tggaagaggc acgttctttt cttt 24
<210> 35
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Primer
<400> 35
aaagaaaaga acgtgcctct tcca 24
<210> 36
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Primer
<400> 36
acactctccc ctgttgaagc tctt 24
<210> 37
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Primer
<400> 37
tgaacattct gtaggggcca ctg 23
<210> 38
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Primer
<400> 38
agagcattct gcaggggcca ctg 23
<210> 39
<211> 51
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Primer
<400> 39
accgcctcca ccgggcgcgc cttattaaca ctctcccctg ttgaagctct t 51
<210> 40
<211> 50
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Primer
<400> 40
accgcctcca ccgggcgcgc cttattatga acattctgta ggggccactg 50
<210> 41
<211> 50
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Primer
<400> 41
accgcctcca ccgggcgcgc cttattaaga gcattctgca ggggccactg 50
<210> 42
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 42
agggtcacca tgaccaggga cacgtccatc agcacagcct acatggagct gagcaggctg 60
agatctgacg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 43
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 43
agagtcacca ttaccaggga cacatccgcg agcacagcct acatggagct gagcagcctg 60
agatctgaag acacggctgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 44
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 44
agagtcacca tgaccaggaa cacctccata agcacagcct acatggagct gagcagcctg 60
agatctgagg acacggccgt gtattactgt gcgagagg 98
<210> 45
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 45
agagtcacca tgaccacaga cacatccacg agcacagcct acatggagct gaggagcctg 60
agatctgacg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 46
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 46
agagtcacca tgaccgagga cacatctaca gacacagcct acatggagct gagcagcctg 60
agatctgagg acacggccgt gtattactgt gcaacaga 98
<210> 47
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 47
agagtcacca ttaccaggga caggtctatg agcacagcct acatggagct gagcagcctg 60
agatctgagg acacagccat gtattactgt gcaagata 98
<210> 48
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 48
agagtcacca tgaccaggga cacgtccacg agcacagtct acatggagct gagcagcctg 60
agatctgagg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 49
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 49
agagtcacca ttaccaggga catgtccaca agcacagcct acatggagct gagcagcctg 60
agatccgagg acacggccgt gtattactgt gcggcaga 98
<210> 50
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 50
agagtcacga ttaccgcgga cgaatccacg agcacagcct acatggagct gagcagcctg 60
agatctgagg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 51
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 51
agagtcacga ttaccgcgga caaatccacg agcacagcct acatggagct gagcagcctg 60
agatctgagg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 52
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 52
agagtcacca taaccgcgga cacgtctaca gacacagcct acatggagct gagcagcctg 60
agatctgagg acacggccgt gtattactgt gcaacaga 98
<210> 53
<211> 100
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 53
aggctcacca tcaccaagga cacctccaaa aaccaggtgg tccttacaat gaccaacatg 60
gaccctgtgg acacagccac atattactgt gcacacagac 100
<210> 54
<211> 100
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 54
aggctcacca tctccaagga cacctccaaa agccaggtgg tccttaccat gaccaacatg 60
gaccctgtgg acacagccac atattactgt gcacggatac 100
<210> 55
<211> 100
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 55
aggctcacca tctccaagga cacctccaaa aaccaggtgg tccttacaat gaccaacatg 60
gaccctgtgg acacagccac gtattactgt gcacggatac 100
<210> 56
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 56
cgattcacca tctccagaga caacgccaag aactcactgt atctgcaaat gaacagcctg 60
agagccgagg acacggctgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 57
<211> 100
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 57
cgattcacca tctccagaga caacgccaag aactccctgt atctgcaaat gaacagtctg 60
agagctgagg acacggcctt gtattactgt gcaaaagata 100
<210> 58
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 58
cgattcacca tctccaggga caacgccaag aactcactgt atctgcaaat gaacagcctg 60
agagccgagg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 59
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 59
cgattcacca tctccagaga aaatgccaag aactccttgt atcttcaaat gaacagcctg 60
agagccgggg acacggctgt gtattactgt gcaagaga 98
<210> 60
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 60
agattcacca tctcaagaga tgattcaaaa aacacgctgt atctgcaaat gaacagcctg 60
aaaaccgagg acacagccgt gtattactgt accacaga 98
<210> 61
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 61
cgattcacca tctccagaga caacgccaag aactccctgt atctgcaaat gaacagtctg 60
agagccgagg acacggcctt gtatcactgt gcgagaga 98
<210> 62
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 62
cgattcacca tctccagaga caacgccaag aactcactgt atctgcaaat gaacagcctg 60
agagccgagg acacggctgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 63
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 63
cggttcacca tctccagaga caattccaag aacacgctgt atctgcaaat gaacagcctg 60
agagccgagg acacggccgt atattactgt gcgaaaga 98
<210> 64
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 64
cgattcacca tctccagaga caattccaag aacacgctgt atctgcaaat gaacagcctg 60
agagctgagg acacggctgt gtattactgt gcgaaaga 98
<210> 65
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 65
cgattcacca tctccagaga caattccaag aacacgctgt atctgcaaat gaacagcctg 60
agagctgagg acacggctgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 66
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 66
cgattcacca tctccagaga caattccaag aacacgctgt atctgcaaat gaacagcctg 60
agagctgagg acacggctgt gtattactgt gcgaaaga 98
<210> 67
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 67
cgattcacca tctccagaga caattccaag aacacgctgt atctgcaaat gaacagcctg 60
agagccgagg acacggctgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 68
<211> 100
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 68
cgattcacca tctccagaga caacagcaaa aactccctgt atctgcaaat gaacagtctg 60
agaactgagg acaccgcctt gtattactgt gcaaaagata 100
<210> 69
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 69
cgattcacca tctccagaga caatgccaag aactcactgt atctgcaaat gaacagcctg 60
agagacgagg acacggctgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 70
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 70
agattcacca tctcaagaga tggttccaaa agcatcgcct atctgcaaat gaacagcctg 60
aaaaccgagg acacagccgt gtattactgt actagaga 98
<210> 71
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 71
cgattcacca tctccagaga caattccaag aacacgctgt atcttcaaat gaacagcctg 60
agagccgagg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 72
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 72
agattcacca tctccagaga caattccaag aacacgctgt atcttcaaat gggcagcctg 60
agagctgagg acatggctgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 73
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 73
agattcacca tctccagaga caattccaag aacacgctgt atcttcaaat gaacagcctg 60
agagctgagg acacggctgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 74
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 74
agattcacca tctcaagaga tgattcaaag aactcactgt atctgcaaat gaacagcctg 60
aaaaccgagg acacggccgt gtattactgt gctagaga 98
<210> 75
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 75
aggttcacca tctccagaga tgattcaaag aacacggcgt atctgcaaat gaacagcctg 60
aaaaccgagg acacggccgt gtattactgt actagaca 98
<210> 76
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 76
cgattcacca tctccagaga caacgccaag aacacgctgt atctgcaaat gaacagtctg 60
agagccgagg acacggctgt gtattactgt gcaagaga 98
<210> 77
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 77
agattcacca tctccagaga caattccaag aacacgctgc atcttcaaat gaacagcctg 60
agagctgagg acacggctgt gtattactgt aagaaaga 98
<210> 78
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 78
cgagtcacca tatcagtaga caagtccaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
accgccgcgg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 79
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 79
cgagtcacca tgtcagtaga cacgtccaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
accgccgtgg acacggccgt gtattactgt gcgagaaa 98
<210> 80
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 80
cgagttacca tatcagtaga cacgtctaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
actgccgcgg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 81
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 81
cgagtcacca tatcagtaga caggtccaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
accgccgcgg acacggccgt gtattactgt gccagaga 98
<210> 82
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 82
cgagttacca tatcagtaga cacgtccaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
actgccgcag acacggccgt gtattactgt gccagaga 98
<210> 83
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 83
cgagttacca tatcagtaga cacgtctaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
actgccgcgg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 84
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 84
cgagtcacca tatcagtaga cacgtccaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
accgccgcgg acacggctgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 85
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 85
cgagtcacca tatccgtaga cacgtccaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
accgccgcag acacggctgt gtattactgt gcgagaca 98
<210> 86
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 86
cgagtcacca tatcagtaga cacgtccaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
accgctgcgg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 87
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 87
cgagtcacca tatcagtaga cacgtccaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
accgctgcgg acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 88
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 88
cgagtcacca tatcagtaga cacgtccaag aaccagttct ccctgaagct gagctctgtg 60
accgccgcag acacggccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 89
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 89
caggtcacca tctcagccga caagtccatc agcaccgcct acctgcagtg gagcagcctg 60
aaggcctcgg acaccgccat gtattactgt gcgagaca 98
<210> 90
<211> 96
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 90
cacgtcacca tctcagctga caagtccatc agcactgcct acctgcagtg gagcagcctg 60
aaggcctcgg acaccgccat gtattactgt gcgaga 96
<210> 91
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 91
cgaataacca tcaacccaga cacatccaag aaccagttct ccctgcagct gaactctgtg 60
actcccgagg acacggctgt gtattactgt gcaagaga 98
<210> 92
<211> 98
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 92
cggtttgtct tctccttgga cacctctgtc agcacggcat atctgcagat ctgcagccta 60
aaggctgagg acactgccgt gtattactgt gcgagaga 98
<210> 93
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 93
agttctccct gcagctgaac tc 22
<210> 94
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 94
cactgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 95
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 95
ccctgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 96
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 96
ccgcctacct gcagtggagc ag 22
<210> 97
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 97
cgctgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 98
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 98
cggcatatct gcagatctgc ag 22
<210> 99
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 99
cggcgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 100
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 100
ctgcctacct gcagtggagc ag 22
<210> 101
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 101
tcgcctatct gcaaatgaac ag 22
<210> 102
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 102
agttctccct gcagctgaac tc 22
<210> 103
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 103
ttctccctgc agctgaactc 20
<210> 104
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 104
ttctccctgc agctgaac 18
<210> 105
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 105
cgctgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 106
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 106
ctgtatctgc aaatgaacag 20
<210> 107
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 107
ctgtatctgc aaatgaac 18
<210> 108
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 108
cactgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 109
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 109
ccgcctacct gcagtggagc ag 22
<210> 110
<211> 42
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 110
cgcttcacta agtctagaga caactctaag aatactctct ac 42
<210> 111
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 111
ttgcagatga acagcttaag g 21
<210> 112
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 112
caagtagaga gtattcttag agttgtctct agacttagtg aagcg 45
<210> 113
<211> 54
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 113
cgcttcacta agtctagaga caactctaag aatactctct acttgcagct gaac 54
<210> 114
<211> 54
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 114
cgcttcacta agtctagaga caactctaag aatactctct acttgcaaat gaac 54
<210> 115
<211> 54
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 115
cgcttcacta agtctagaga caactctaag aatactctct acttgcagtg gagc 54
<210> 116
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 116
cgcttcacta agtctagaga c 21
<210> 117
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 117
acatggagct gagcagcctg ag 22
<210> 118
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 118
acatggagct gagcaggctg ag 22
<210> 119
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 119
acatggagct gaggagcctg ag 22
<210> 120
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 120
acctgcagtg gagcagcctg aa 22
<210> 121
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 121
atctgcaaat gaacagcctg aa 22
<210> 122
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 122
atctgcaaat gaacagcctg ag 22
<210> 123
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 123
atctgcaaat gaacagtctg ag 22
<210> 124
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 124
atctgcagat ctgcagccta aa 22
<210> 125
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 125
atcttcaaat gaacagcctg ag 22
<210> 126
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 126
atcttcaaat gggcagcctg ag 22
<210> 127
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 127
ccctgaagct gagctctgtg ac 22
<210> 128
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 128
ccctgcagct gaactctgtg ac 22
<210> 129
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 129
tccttacaat gaccaacatg ga 22
<210> 130
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 130
tccttaccat gaccaacatg ga 22
<210> 131
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 131
acatggagct gagcagcctg ag 22
<210> 132
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 132
ccctgaagct gagctctgtg ac 22
<210> 133
<211> 54
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 133
cgcttcacta agtctagaga caactctaag aatactctct acttgcagat gaac 54
<210> 134
<211> 60
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 134
cgcttcactc agtctagaga taacagtaaa aatactttgt acttgcagct gagcagcctg 60
<210> 135
<211> 60
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 135
cgcttcactc agtctagaga taacagtaaa aatactttgt acttgcagct gagctctgtg 60
<210> 136
<211> 52
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 136
tcagctgcaa gtacaaagta tttttactgt tatctctaga ctgagtgaag cg 52
<210> 137
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 137
cgcttcactc agtctagaga taac 24
<210> 138
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 138
ccgtgtatta ctgtgcgaga ga 22
<210> 139
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 139
ctgtgtatta ctgtgcgaga ga 22
<210> 140
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 140
ccgtgtatta ctgtgcgaga gg 22
<210> 141
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 141
ccgtgtatta ctgtgcaaca ga 22
<210> 142
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 142
ccatgtatta ctgtgcaaga ta 22
<210> 143
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 143
ccgtgtatta ctgtgcggca ga 22
<210> 144
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 144
ccacatatta ctgtgcacac ag 22
<210> 145
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 145
ccacatatta ctgtgcacgg at 22
<210> 146
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 146
ccacgtatta ctgtgcacgg at 22
<210> 147
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 147
ccttgtatta ctgtgcaaaa ga 22
<210> 148
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 148
ctgtgtatta ctgtgcaaga ga 22
<210> 149
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 149
ccgtgtatta ctgtaccaca ga 22
<210> 150
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 150
ccttgtatca ctgtgcgaga ga 22
<210> 151
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 151
ccgtatatta ctgtgcgaaa ga 22
<210> 152
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 152
ctgtgtatta ctgtgcgaaa ga 22
<210> 153
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 153
ccgtgtatta ctgtactaga ga 22
<210> 154
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 154
ccgtgtatta ctgtgctaga ga 22
<210> 155
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 155
ccgtgtatta ctgtactaga ca 22
<210> 156
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 156
ctgtgtatta ctgtaagaaa ga 22
<210> 157
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 157
ccgtgtatta ctgtgcgaga aa 22
<210> 158
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 158
ccgtgtatta ctgtgccaga ga 22
<210> 159
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 159
ctgtgtatta ctgtgcgaga ca 22
<210> 160
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 160
ccatgtatta ctgtgcgaga ca 22
<210> 161
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 161
ccatgtatta ctgtgcgaga 20
<210> 162
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 162
ccgtgtatta ctgtgcgaga g 21
<210> 163
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 163
ctgtgtatta ctgtgcgaga g 21
<210> 164
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 164
ccgtgtatta ctgtgcgaga g 21
<210> 165
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 165
ccgtatatta ctgtgcgaaa g 21
<210> 166
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 166
ctgtgtatta ctgtgcgaaa g 21
<210> 167
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 167
ctgtgtatta ctgtgcgaga c 21
<210> 168
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 168
ccatgtatta ctgtgcgaga c 21
<210> 169
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 169
ccatgtatta ctgtgcgaga 20
<210> 170
<211> 94
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 170
ggtgtagtga tctagtgaca actctaagaa tactctctac ttgcagatga acagctttag 60
ggctgaggac actgcagtct actattgtgc gaga 94
<210> 171
<211> 94
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 171
ggtgtagtga tctagtgaca actctaagaa tactctctac ttgcagatga acagctttag 60
ggctgaggac actgcagtct actattgtgc gaaa 94
<210> 172
<211> 85
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 172
atagtagact gcagtgtcct cagcccttaa gctgttcatc tgcaagtaga gagtattctt 60
agagttgtct ctagatcact acacc 85
<210> 173
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 173
ggtgtagtga tctagagaca ac 22
<210> 174
<211> 55
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 174
ggtgtagtga aacagcttta gggctgagga cactgcagtc tactattgtg cgaga 55
<210> 175
<211> 55
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 175
ggtgtagtga aacagcttta gggctgagga cactgcagtc tactattgtg cgaaa 55
<210> 176
<211> 46
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 176
atagtagact gcagtgtcct cagcccttaa gctgtttcac tacacc 46
<210> 177
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 177
ggtgtagtga aacagcttaa gggctg 26
<210> 178
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 178
cacatccgtg ttgttcacgg atgtg 25
<210> 179
<211> 88
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 179
aatagtagac tgcagtgtcc tcagccctta agctgttcat ctgcaagtag agagtattct 60
tagagttgtc tctagactta gtgaagcg 88
<210> 180
<211> 95
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 180
cgcttcacta agtctagaga caactctaag aatactctct acttgcagat gaacagctta 60
agggctgagg acactgcagt ctactattgt gcgag 95
<210> 181
<211> 95
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 181
cgcttcacta agtctagaga caactctaag aatactctct acttgcagat gaacagctta 60
agggctgagg acactgcagt ctactattgt acgag 95
<210> 182
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 182
cgcttcacta agtctagaga caac 24
<210> 183
<211> 419
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: V3-23
<400> 183
ctgtctgaac ggcccagccg gccatggccg aagttcaatt gttagagtct ggtggcggtc 60
ttgttcagcc tggtggttct ttacgtcttt cttgcgctgc ttccggattc actttctctt 120
cgtacgctat gtcttgggtt cgccaagctc ctggtaaagg tttggagtgg gtttctgcta 180
tctctggttc tggtggcagt acttactatg ctgactccgt taaaggtcgc ttcactatct 240
ctagagacaa ctctaagaat actctctact tgcagatgaa cagcttaagg gctgaggaca 300
ctgcagtcta ctattgcgct aaagactatg aaggtactgg ttatgctttc gacatatggg 360
gtcaaggtac tatggtcacc gtctctagtg cctccaccaa gggcccatcg gtcttcccc 419
<210> 184
<211> 136
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: V3-23
<400> 184
Ala Gln Pro Ala Met Ala Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly
1 5 10 15
Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly
20 25 30
Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly
35 40 45
Lys Gly Leu Glu Trp Val Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr
50 55 60
Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn
65 70 75 80
Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp
85 90 95
Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Lys Asp Tyr Glu Gly Thr Gly Tyr Ala
100 105 110
Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser Ala Ser
115 120 125
Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
130 135
<210> 185
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 185
ctgtctgaac ggcccagccg 20
<210> 186
<211> 83
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 186
ctgtctgaac ggcccagccg gccatggccg aagttcaatt gttagagtct ggtggcggtc 60
ttgttcagcc tggtggttct tta 83
<210> 187
<211> 54
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 187
gaaagtgaat ccggaagcag cgcaagaaag acgtaaagaa ccaccaggct gaac 54
<210> 188
<211> 42
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 188
agaaacccac tccaaacctt taccaggagc ttggcgaacc ca 42
<210> 189
<211> 94
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 189
agtgtcctca gcccttaagc tgttcatctg caagtagaga gtattcttag agttgtctct 60
agagatagtg aagcgacctt taacggagtc agca 94
<210> 190
<211> 81
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 190
gcttaagggc tgaggacact gcagtctact attgcgctaa agactatgaa ggtactggtt 60
atgctttcga catatggggt c 81
<210> 191
<211> 75
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 191
ggggaagacc gatgggccct tggtggaggc actagagacg gtgaccatag taccttgacc 60
ccatatgtcg aaagc 75
<210> 192
<211> 47
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 192
gcttccggat tcactttctc ttacatgtgg gttcgccaag ctcctgg 47
<210> 193
<211> 53
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 193
ggtttggagt gggtttctat ctctggtggc acttatgctg actccgttaa agg 53
<210> 194
<211> 9472
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: MALIA3
<400> 194
aatgctacta ctattagtag aattgatgcc accttttcag ctcgcgcccc aaatgaaaat 60
atagctaaac aggttattga ccatttgcga aatgtatcta atggtcaaac taaatctact 120
cgttcgcaga attgggaatc aactgttaca tggaatgaaa cttccagaca ccgtacttta 180
gttgcatatt taaaacatgt tgagctacag caccagattc agcaattaag ctctaagcca 240
tccgcaaaaa tgacctctta tcaaaaggag caattaaagg tactctctaa tcctgacctg 300
tctttcgggc ttcctcttaa tctttttgat gcaatccgct ttgcttctga ctataatagt 360
cagggtaaag acctgatttt tgatttatgg tcattctcgt tttctgaact gtttaaagca 420
tttgaggggg attcaatgaa tatttatgac gattccgcag tattggacgc tatccagtct 480
aaacatttta ctattacccc ctctggcaaa acttcttttg caaaagcctc tcgctatttt 540
ggtttttatc gtcgtctggt aaacgagggt tatgatagtg ttgctcttac tatgcctcgt 600
aattcctttt ggcgttatgt atctgcatta gttgaatgtg gtattcctaa atctcaactg 660
atgaatcttt ctacctgtaa taatgttgtt ccgttagttc gttttattaa cgtagatttt 720
tcttcccaac gtcctgactg gtataatgag ccagttctta aaatcgcata aggtaattca 780
caatgattaa agttgaaatt aaaccatctc aagcccaatt tactactcgt tctggtgttt 840
ctcgtcaggg caagccttat tcactgaatg agcagctttg ttacgttgat ttgggtaatg 900
aatatccggt tcttgtcaag attactcttg atgaaggtca gccagcctat gcgcctggtc 960
tgtacaccgt tcatctgtcc tctttcaaag ttggtcagtt cggttccctt atgattgacc 1020
gtctgcgcct cgttccggct aagtaacatg gagcaggtcg cggatttcga cacaatttat 1080
caggcgatga tacaaatctc cgttgtactt tgtttcgcgc ttggtataat cgctgggggt 1140
caaagatgag tgttttagtg tattctttcg cctctttcgt tttaggttgg tgccttcgta 1200
gtggcattac gtattttacc cgtttaatgg aaacttcctc atgaaaaagt ctttagtcct 1260
caaagcctct gtagccgttg ctaccctcgt tccgatgctg tctttcgctg ctgagggtga 1320
cgatcccgca aaagcggcct ttaactccct gcaagcctca gcgaccgaat atatcggtta 1380
tgcgtgggcg atggttgttg tcattgtcgg cgcaactatc ggtatcaagc tgtttaagaa 1440
attcacctcg aaagcaagct gataaaccga tacaattaaa ggctcctttt ggagcctttt 1500
tttttggaga ttttcaacgt gaaaaaatta ttattcgcaa ttcctttagt tgttcctttc 1560
tattctcaca gtgcacagtc tgtcgtgacg cagccgccct cagtgtctgg ggccccaggg 1620
cagagggtca ccatctcctg cactgggagc agctccaaca tcggggcagg ttatgatgta 1680
cactggtacc agcagcttcc aggaacagcc cccaaactcc tcatctatgg taacagcaat 1740
cggccctcag gggtccctga ccgattctct ggctccaagt ctggcacctc agcctccctg 1800
gccatcactg ggctccaggc tgaggatgag gctgattatt actgccagtc ctatgacagc 1860
agcctgagtg gcctttatgt cttcggaact gggaccaagg tcaccgtcct aggtcagccc 1920
aaggccaacc ccactgtcac tctgttcccg ccctcctctg aggagctcca agccaacaag 1980
gccacactag tgtgtctgat cagtgacttc tacccgggag ctgtgacagt ggcctggaag 2040
gcagatagca gccccgtcaa ggcgggagtg gagaccacca caccctccaa acaaagcaac 2100
aacaagtacg cggccagcag ctatctgagc ctgacgcctg agcagtggaa gtcccacaga 2160
agctacagct gccaggtcac gcatgaaggg agcaccgtgg agaagacagt ggcccctaca 2220
gaatgttcat aataaaccgc ctccaccggg cgcgccaatt ctatttcaag gagacagtca 2280
taatgaaata cctattgcct acggcagccg ctggattgtt attactcgcg gcccagccgg 2340
ccatggccga agttcaattg ttagagtctg gtggcggtct tgttcagcct ggtggttctt 2400
tacgtctttc ttgcgctgct tccggattca ctttctcttc gtacgctatg tcttgggttc 2460
gccaagctcc tggtaaaggt ttggagtggg tttctgctat ctctggttct ggtggcagta 2520
cttactatgc tgactccgtt aaaggtcgct tcactatctc tagagacaac tctaagaata 2580
ctctctactt gcagatgaac agcttaaggg ctgaggacac tgcagtctac tattgcgcta 2640
aagactatga aggtactggt tatgctttcg acatatgggg tcaaggtact atggtcaccg 2700
tctctagtgc ctccaccaag ggcccatcgg tcttccccct ggcaccctcc tccaagagca 2760
cctctggggg cacagcggcc ctgggctgcc tggtcaagga ctacttcccc gaaccggtga 2820
cggtgtcgtg gaactcaggc gccctgacca gcggcgtcca caccttcccg gctgtcctac 2880
agtctagcgg actctactcc ctcagcagcg tagtgaccgt gccctcttct agcttgggca 2940
cccagaccta catctgcaac gtgaatcaca agcccagcaa caccaaggtg gacaagaaag 3000
ttgagcccaa atcttgtgcg gccgctcatc accaccatca tcactctgct gaacaaaaac 3060
tcatctcaga agaggatctg aatggtgccg cagatatcaa cgatgatcgt atggctggcg 3120
ccgctgaaac tgttgaaagt tgtttagcaa aaccccatac agaaaattca tttactaacg 3180
tctggaaaga cgacaaaact ttagatcgtt acgctaacta tgagggttgt ctgtggaatg 3240
ctacaggcgt tgtagtttgt actggtgacg aaactcagtg ttacggtaca tgggttccta 3300
ttgggcttgc tatccctgaa aatgagggtg gtggctctga gggtggcggt tctgagggtg 3360
gcggttctga gggtggcggt actaaacctc ctgagtacgg tgatacacct attccgggct 3420
atacttatat caaccctctc gacggcactt atccgcctgg tactgagcaa aaccccgcta 3480
atcctaatcc ttctcttgag gagtctcagc ctcttaatac tttcatgttt cagaataata 3540
ggttccgaaa taggcagggg gcattaactg tttatacggg cactgttact caaggcactg 3600
accccgttaa aacttattac cagtacactc ctgtatcatc aaaagccatg tatgacgctt 3660
actggaacgg taaattcaga gactgcgctt tccattctgg ctttaatgaa gatccattcg 3720
tttgtgaata tcaaggccaa tcgtctgacc tgcctcaacc tcctgtcaat gctggcggcg 3780
gctctggtgg tggttctggt ggcggctctg agggtggtgg ctctgagggt ggcggttctg 3840
agggtggcgg ctctgaggga ggcggttccg gtggtggctc tggttccggt gattttgatt 3900
atgaaaagat ggcaaacgct aataaggggg ctatgaccga aaatgccgat gaaaacgcgc 3960
tacagtctga cgctaaaggc aaacttgatt ctgtcgctac tgattacggt gctgctatcg 4020
atggtttcat tggtgacgtt tccggccttg ctaatggtaa tggtgctact ggtgattttg 4080
ctggctctaa ttcccaaatg gctcaagtcg gtgacggtga taattcacct ttaatgaata 4140
atttccgtca atatttacct tccctccctc aatcggttga atgtcgccct tttgtcttta 4200
gcgctggtaa accatatgaa ttttctattg attgtgacaa aataaactta ttccgtggtg 4260
tctttgcgtt tcttttatat gttgccacct ttatgtatgt attttctacg tttgctaaca 4320
tactgcgtaa taaggagtct taatcatgcc agttcttttg ggtattccgt tattattgcg 4380
tttcctcggt ttccttctgg taactttgtt cggctatctg cttacttttc ttaaaaaggg 4440
cttcggtaag atagctattg ctatttcatt gtttcttgct cttattattg ggcttaactc 4500
aattcttgtg ggttatctct ctgatattag cgctcaatta ccctctgact ttgttcaggg 4560
tgttcagtta attctcccgt ctaatgcgct tccctgtttt tatgttattc tctctgtaaa 4620
ggctgctatt ttcatttttg acgttaaaca aaaaatcgtt tcttatttgg attgggataa 4680
ataatatggc tgtttatttt gtaactggca aattaggctc tggaaagacg ctcgttagcg 4740
ttggtaagat tcaggataaa attgtagctg ggtgcaaaat agcaactaat cttgatttaa 4800
ggcttcaaaa cctcccgcaa gtcgggaggt tcgctaaaac gcctcgcgtt cttagaatac 4860
cggataagcc ttctatatct gatttgcttg ctattgggcg cggtaatgat tcctacgatg 4920
aaaataaaaa cggcttgctt gttctcgatg agtgcggtac ttggtttaat acccgttctt 4980
ggaatgataa ggaaagacag ccgattattg attggtttct acatgctcgt aaattaggat 5040
gggatattat ttttcttgtt caggacttat ctattgttga taaacaggcg cgttctgcat 5100
tagctgaaca tgttgtttat tgtcgtcgtc tggacagaat tactttacct tttgtcggta 5160
ctttatattc tcttattact ggctcgaaaa tgcctctgcc taaattacat gttggcgttg 5220
ttaaatatgg cgattctcaa ttaagcccta ctgttgagcg ttggctttat actggtaaga 5280
atttgtataa cgcatatgat actaaacagg ctttttctag taattatgat tccggtgttt 5340
attcttattt aacgccttat ttatcacacg gtcggtattt caaaccatta aatttaggtc 5400
agaagatgaa attaactaaa atatatttga aaaagttttc tcgcgttctt tgtcttgcga 5460
ttggatttgc atcagcattt acatatagtt atataaccca acctaagccg gaggttaaaa 5520
aggtagtctc tcagacctat gattttgata aattcactat tgactcttct cagcgtctta 5580
atctaagcta tcgctatgtt ttcaaggatt ctaagggaaa attaattaat agcgacgatt 5640
tacagaagca aggttattca ctcacatata ttgatttatg tactgtttcc attaaaaaag 5700
gtaattcaaa tgaaattgtt aaatgtaatt aattttgttt tcttgatgtt tgtttcatca 5760
tcttcttttg ctcaggtaat tgaaatgaat aattcgcctc tgcgcgattt tgtaacttgg 5820
tattcaaagc aatcaggcga atccgttatt gtttctcccg atgtaaaagg tactgttact 5880
gtatattcat ctgacgttaa acctgaaaat ctacgcaatt tctttatttc tgttttacgt 5940
gctaataatt ttgatatggt tggttcaatt ccttccataa ttcagaagta taatccaaac 6000
aatcaggatt atattgatga attgccatca tctgataatc aggaatatga tgataattcc 6060
gctccttctg gtggtttctt tgttccgcaa aatgataatg ttactcaaac ttttaaaatt 6120
aataacgttc gggcaaagga tttaatacga gttgtcgaat tgtttgtaaa gtctaatact 6180
tctaaatcct caaatgtatt atctattgac ggctctaatc tattagttgt ttctgcacct 6240
aaagatattt tagataacct tcctcaattc ctttctactg ttgatttgcc aactgaccag 6300
atattgattg agggtttgat atttgaggtt cagcaaggtg atgctttaga tttttcattt 6360
gctgctggct ctcagcgtgg cactgttgca ggcggtgtta atactgaccg cctcacctct 6420
gttttatctt ctgctggtgg ttcgttcggt atttttaatg gcgatgtttt agggctatca 6480
gttcgcgcat taaagactaa tagccattca aaaatattgt ctgtgccacg tattcttacg 6540
ctttcaggtc agaagggttc tatctctgtt ggccagaatg tcccttttat tactggtcgt 6600
gtgactggtg aatctgccaa tgtaaataat ccatttcaga cgattgagcg tcaaaatgta 6660
ggtatttcca tgagcgtttt tcctgttgca atggctggcg gtaatattgt tctggatatt 6720
accagcaagg ccgatagttt gagttcttct actcaggcaa gtgatgttat tactaatcaa 6780
agaagtattg ctacaacggt taatttgcgt gatggacaga ctcttttact cggtggcctc 6840
actgattata aaaacacttc tcaagattct ggcgtaccgt tcctgtctaa aatcccttta 6900
atcggcctcc tgtttagctc ccgctctgat tccaacgagg aaagcacgtt atacgtgctc 6960
gtcaaagcaa ccatagtacg cgccctgtag cggcgcatta agcgcggcgg gtgtggtggt 7020
tacgcgcagc gtgaccgcta cacttgccag cgccctagcg cccgctcctt tcgctttctt 7080
cccttccttt ctcgccacgt tcgccggctt tccccgtcaa gctctaaatc gggggctccc 7140
tttagggttc cgatttagtg ctttacggca cctcgacccc aaaaaacttg atttgggtga 7200
tggttcacgt agtgggccat cgccctgata gacggttttt cgccctttga cgttggagtc 7260
cacgttcttt aatagtggac tcttgttcca aactggaaca acactcaacc ctatctcggg 7320
ctattctttt gatttataag ggattttgcc gatttcggaa ccaccatcaa acaggatttt 7380
cgcctgctgg ggcaaaccag cgtggaccgc ttgctgcaac tctctcaggg ccaggcggtg 7440
aagggcaatc agctgttgcc cgtctcactg gtgaaaagaa aaaccaccct ggatccaagc 7500
ttgcaggtgg cacttttcgg ggaaatgtgc gcggaacccc tatttgttta tttttctaaa 7560
tacattcaaa tatgtatccg ctcatgagac aataaccctg ataaatgctt caataatatt 7620
gaaaaaggaa gagtatgagt attcaacatt tccgtgtcgc ccttattccc ttttttgcgg 7680
cattttgcct tcctgttttt gctcacccag aaacgctggt gaaagtaaaa gatgctgaag 7740
atcagttggg cgcacgagtg ggttacatcg aactggatct caacagcggt aagatccttg 7800
agagttttcg ccccgaagaa cgttttccaa tgatgagcac ttttaaagtt ctgctatgtc 7860
atacactatt atcccgtatt gacgccgggc aagagcaact cggtcgccgg gcgcggtatt 7920
ctcagaatga cttggttgag tactcaccag tcacagaaaa gcatcttacg gatggcatga 7980
cagtaagaga attatgcagt gctgccataa ccatgagtga taacactgcg gccaacttac 8040
ttctgacaac gatcggagga ccgaaggagc taaccgcttt tttgcacaac atgggggatc 8100
atgtaactcg ccttgatcgt tgggaaccgg agctgaatga agccatacca aacgacgagc 8160
gtgacaccac gatgcctgta gcaatgccaa caacgttgcg caaactatta actggcgaac 8220
tacttactct agcttcccgg caacaattaa tagactggat ggaggcggat aaagttgcag 8280
gaccacttct gcgctcggcc cttccggctg gctggtttat tgctgataaa tctggagccg 8340
gtgagcgtgg gtctcgcggt atcattgcag cactggggcc agatggtaag ccctcccgta 8400
tcgtagttat ctacacgacg gggagtcagg caactatgga tgaacgaaat agacagatcg 8460
ctgagatagg tgcctcactg attaagcatt ggtaactgtc agaccaagtt tactcatata 8520
tactttagat tgatttaaaa cttcattttt aatttaaaag gatctaggtg aagatccttt 8580
ttgataatct catgaccaaa atcccttaac gtgagttttc gttccactgt acgtaagacc 8640
cccaagcttg tcgactgaat ggcgaatggc gctttgcctg gtttccggca ccagaagcgg 8700
tgccggaaag ctggctggag tgcgatcttc ctgaggccga tactgtcgtc gtcccctcaa 8760
actggcagat gcacggttac gatgcgccca tctacaccaa cgtaacctat cccattacgg 8820
tcaatccgcc gtttgttccc acggagaatc cgacgggttg ttactcgctc acatttaatg 8880
ttgatgaaag ctggctacag gaaggccaga cgcgaattat ttttgatggc gttcctattg 8940
gttaaaaaat gagctgattt aacaaaaatt taacgcgaat tttaacaaaa tattaacgtt 9000
tacaatttaa atatttgctt atacaatctt cctgtttttg gggcttttct gattatcaac 9060
cggggtacat atgattgaca tgctagtttt acgattaccg ttcatcgatt ctcttgtttg 9120
ctccagactc tcaggcaatg acctgatagc ctttgtagat ctctcaaaaa tagctaccct 9180
ctccggcatg aatttatcag ctagaacggt tgaatatcat attgatggtg atttgactgt 9240
ctccggcctt tctcaccctt ttgaatcttt acctacacat tactcaggca ttgcatttaa 9300
aatatatgag ggttctaaaa atttttatcc ttgcgttgaa ataaaggctt ctcccgcaaa 9360
agtattacag ggtcataatg tttttggtac aaccgattta gctttatgct ctgaggcttt 9420
attgcttaat tttgctaatt ctttgccttg cctgtatgat ttattggatg tt 9472
<210> 195
<211> 20
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: MALIA3
<400> 195
Met Lys Lys Leu Leu Phe Ala Ile Pro Leu Val Val Pro Phe Tyr Ser
1 5 10 15
His Ser Ala Gln
20
<210> 196
<211> 368
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: MALIA3
<400> 196
Met Lys Tyr Leu Leu Pro Thr Ala Ala Ala Gly Leu Leu Leu Leu Ala
1 5 10 15
Ala Gln Pro Ala Met Ala Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly
20 25 30
Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly
35 40 45
Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly
50 55 60
Lys Gly Leu Glu Trp Val Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr
65 70 75 80
Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn
85 90 95
Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp
100 105 110
Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Lys Asp Tyr Glu Gly Thr Gly Tyr Ala
115 120 125
Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser Ala Ser
130 135 140
Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr
145 150 155 160
Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro
165 170 175
Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val
180 185 190
His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser
195 200 205
Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile
210 215 220
Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val
225 230 235 240
Glu Pro Lys Ser Cys Ala Ala Ala His His His His His His Ser Ala
245 250 255
Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Asn Gly Ala Ala Asp Ile
260 265 270
Asn Asp Asp Arg Met Ala Ser Gly Ala Ala Glu Thr Val Glu Ser Cys
275 280 285
Leu Ala Lys Pro His Thr Glu Ile Ser Phe Thr Asn Val Trp Lys Asp
290 295 300
Asp Lys Thr Leu Asp Arg Tyr Ala Asn Tyr Glu Gly Cys Leu Trp Asn
305 310 315 320
Ala Thr Gly Val Val Val Cys Thr Gly Asp Glu Thr Gln Cys Tyr Gly
325 330 335
Thr Trp Val Pro Ile Gly Leu Ala Ile Pro Glu Asn Glu Gly Gly Gly
340 345 350
Ser Glu Gly Gly Gly Ser Glu Gly Gly Gly Ser Glu Gly Gly Gly Thr
355 360 365

<210> 197
<211> 152
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: MALIA3
<400> 197
Ser Gly Asp Phe Asp Tyr Glu Lys Met Ala Asn Ala Asn Lys Gly Ala
1 5 10 15
Met Thr Glu Asn Ala Asp Glu Asn Ala Leu Gln Ser Asp Ala Lys Gly
20 25 30
Lys Leu Asp Ser Val Ala Thr Asp Tyr Gly Ala Ala Ile Asp Gly Phe
35 40 45
Ile Gly Asp Val Ser Gly Leu Ala Asn Gly Asn Gly Ala Thr Gly Asp
50 55 60
Phe Ala Gly Ser Asn Ser Gln Met Ala Gln Val Gly Asp Gly Asp Asn
65 70 75 80
Ser Pro Leu Met Asn Asn Phe Arg Gln Tyr Leu Pro Ser Leu Pro Gln
85 90 95
Ser Val Glu Cys Arg Pro Phe Val Phe Ser Ala Gly Lys Pro Tyr Glu
100 105 110
Phe Ser Ile Asp Cys Asp Lys Ile Asn Leu Phe Arg Gly Val Phe Ala
115 120 125
Phe Leu Leu Tyr Val Ala Thr Phe Met Tyr Val Phe Ser Thr Phe Ala
130 135 140
Asn Ile Leu Arg Asn Lys Glu Ser
145 150
<210> 198
<211> 15
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: MALIA3
<400> 198
Met Pro Val Leu Leu Gly Ile Pro Leu Leu Leu Arg Phe Leu Gly
1 5 10 15
<210> 199
<211> 335
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: MALIA3
<400> 199
Lys Thr Leu Val Ser Val Gly Lys Ile Gln Asp Lys Ile Val Ala Gly
1 5 10 15
Cys Lys Ile Ala Thr Asn Leu Asp Leu Arg Leu Gln Asn Leu Pro Gln
20 25 30
Val Gly Arg Phe Ala Lys Thr Pro Arg Val Leu Arg Ile Pro Asp Lys
35 40 45
Pro Ser Ile Ser Asp Leu Leu Ala Ile Gly Arg Gly Asn Asp Ser Tyr
50 55 60
Asp Glu Asn Lys Asn Gly Leu Leu Val Leu Asp Glu Cys Gly Thr Trp
65 70 75 80
Phe Asn Thr Arg Ser Trp Asn Asp Lys Glu Arg Gln Pro Ile Ile Asp
85 90 95
Trp Phe Leu His Ala Arg Lys Leu Gly Trp Asp Ile Ile Phe Leu Val
100 105 110
Gln Asp Leu Ser Ile Val Asp Lys Gln Ala Arg Ser Ala Leu Ala Glu
115 120 125
His Val Val Tyr Cys Arg Arg Leu Asp Arg Ile Thr Leu Pro Phe Val
130 135 140
Gly Thr Leu Tyr Ser Leu Ile Thr Gly Ser Lys Met Pro Leu Pro Lys
145 150 155 160
Leu His Val Gly Val Val Lys Tyr Gly Asp Ser Gln Leu Ser Pro Thr
165 170 175
Val Glu Arg Trp Leu Tyr Thr Gly Lys Asn Leu Tyr Asn Ala Tyr Asp
180 185 190
Thr Lys Gln Ala Phe Ser Ser Asn Tyr Asp Ser Gly Val Tyr Ser Tyr
195 200 205
Leu Thr Pro Tyr Leu Ser His Gly Arg Tyr Phe Lys Pro Leu Asn Leu
210 215 220
Gly Gln Lys Met Lys Leu Thr Lys Ile Tyr Leu Lys Lys Phe Ser Arg
225 230 235 240
Val Leu Cys Leu Ala Ile Gly Phe Ala Ser Ala Phe Thr Tyr Ser Tyr
245 250 255
Ile Thr Gln Pro Lys Pro Glu Val Lys Lys Val Val Ser Gln Thr Tyr
260 265 270
Asp Phe Asp Lys Phe Thr Ile Asp Ser Ser Gln Arg Leu Asn Leu Ser
275 280 285
Tyr Arg Tyr Val Phe Lys Asp Ser Lys Gly Lys Leu Ile Asn Ser Asp
290 295 300
Asp Leu Gln Lys Gln Gly Tyr Ser Leu Thr Tyr Ile Asp Leu Cys Thr
305 310 315 320
Val Ser Ile Lys Lys Gly Asn Ser Asn Glu Ile Val Lys Cys Asn
325 330 335
<210> 200
<211> 10
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: MALIA3
<400> 200
Met Lys Leu Leu Asn Val Ile Asn Phe Val
1 5 10
<210> 201
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 201
actatctcta gagacaactc taagaatact ctctacttgc agatgaacag cttaagggct 60
gaggacactg cagtctacta ttgcgctaaa 90
<210> 202
<211> 30
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 202
Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn
1 5 10 15
Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Lys
20 25 30
<210> 203
<211> 90
<212> DNA
<213> Consensus sequence
<220>
<221> modified_base
<222> (3)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (9)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (12)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (21)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (30)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (51)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (57)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (60)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (69)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (72)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (75)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<220>
<221> modified_base
<222> (87)
<223> a, t, c, g, other or unknown
<400> 203
acnathtcnc gngayaaytc naaraayacn ttrtayttrc aratgaaytc nttrcgngcn 60
gargayacng cngtntayta ytgygcnaar 90
<210> 204
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 204
caggtgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggata caccttcacc 90
<210> 205
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 205
caggtccagc ttgtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60
tcctgcaagg cttctggata caccttcact 90
<210> 206
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 206
caggtgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggata caccttcacc 90
<210> 207
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 207
caggttcagc tggtgcagtc tggagctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggtta cacctttacc 90
<210> 208
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 208
caggtccagc tggtacagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtc 60
tcctgcaagg tttccggata caccctcact 90
<210> 209
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 209
cagatgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaaga ctgggtcctc agtgaaggtt 60
tcctgcaagg cttccggata caccttcacc 90
<210> 210
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 210
caggtgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60
tcctgcaagg catctggata caccttcacc 90
<210> 211
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 211
caaatgcagc tggtgcagtc tgggcctgag gtgaagaagc ctgggacctc agtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggatt cacctttact 90
<210> 212
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 212
caggtgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctgggtcctc ggtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggagg caccttcagc 90
<210> 213
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 213
caggtgcagc tggtgcagtc tggggctgag gtgaagaagc ctgggtcctc ggtgaaggtc 60
tcctgcaagg cttctggagg caccttcagc 90
<210> 214
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 214
gaggtccagc tggtacagtc tggggctgag gtgaagaagc ctggggctac agtgaaaatc 60
tcctgcaagg tttctggata caccttcacc 90
<210> 215
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 215
cagatcacct tgaaggagtc tggtcctacg ctggtgaaac ccacacagac cctcacgctg 60
acctgcacct tctctgggtt ctcactcagc 90
<210> 216
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 216
caggtcacct tgaaggagtc tggtcctgtg ctggtgaaac ccacagagac cctcacgctg 60
acctgcaccg tctctgggtt ctcactcagc 90
<210> 217
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 217
caggtcacct tgaaggagtc tggtcctgcg ctggtgaaac ccacacagac cctcacactg 60
acctgcacct tctctgggtt ctcactcagc 90
<210> 218
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 218
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cacctttagt 90
<210> 219
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 219
gaagtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtacagc ctggcaggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cacctttgat 90
<210> 220
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 220
caggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtcaagc ctggagggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 221
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 221
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtacagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 222
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 222
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtaaagc ctggggggtc ccttagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cactttcagt 90
<210> 223
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 223
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggt gtggtacggc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cacctttgat 90
<210> 224
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 224
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ctggtcaagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 225
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 225
gaggtgcagc tgttggagtc tgggggaggc ttggtacagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cacctttagc 90
<210> 226
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 226
caggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc gtggtccagc ctgggaggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 227
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 227
caggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc gtggtccagc ctgggaggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 228
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 228
caggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc gtggtccagc ctgggaggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 229
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 229
caggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc gtggtccagc ctgggaggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cgtctggatt caccttcagt 90
<210> 230
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 230
gaagtgcagc tggtggagtc tgggggagtc gtggtacagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt cacctttgat 90
<210> 231
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 231
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtacagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 232
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 232
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtacagc cagggcggtc cctgagactc 60
tcctgtacag cttctggatt cacctttggt 90
<210> 233
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 233
gaggtgcagc tggtggagac tggaggaggc ttgatccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctgggtt caccgtcagt 90
<210> 234
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 234
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 235
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 235
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtccagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccgtcagt 90
<210> 236
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 236
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtccagc ctggagggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 237
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 237
gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtccagc ctggggggtc cctgaaactc 60
tcctgtgcag cctctgggtt caccttcagt 90
<210> 238
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 238
gaggtgcagc tggtggagtc cgggggaggc ttagttcagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt 90
<210> 239
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 239
gaggtgcagc tggtggagtc tcggggagtc ttggtacagc ctggggggtc cctgagactc 60
tcctgtgcag cctctggatt caccgtcagt 90
<210> 240
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 240
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcggggac cctgtccctc 60
acctgcgctg tctctggtgg ctccatcagc 90
<210> 241
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 241
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcggacac cctgtccctc 60
acctgcgctg tctctggtta ctccatcagc 90
<210> 242
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 242
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcacagac cctgtccctc 60
acctgcactg tctctggtgg ctccatcagc 90
<210> 243
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 243
cagctgcagc tgcaggagtc cggctcagga ctggtgaagc cttcacagac cctgtccctc 60
acctgcgctg tctctggtgg ctccatcagc 90
<210> 244
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 244
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcacagac cctgtccctc 60
acctgcactg tctctggtgg ctccatcagc 90
<210> 245
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 245
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcacagac cctgtccctc 60
acctgcactg tctctggtgg ctccatcagc 90
<210> 246
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 246
caggtgcagc tacagcagtg gggcgcagga ctgttgaagc cttcggagac cctgtccctc 60
acctgcgctg tctatggtgg gtccttcagt 90
<210> 247
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 247
cagctgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcggagac cctgtccctc 60
acctgcactg tctctggtgg ctccatcagc 90
<210> 248
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 248
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcggagac cctgtccctc 60
acctgcactg tctctggtgg ctccatcagt 90
<210> 249
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 249
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcggagac cctgtccctc 60
acctgcactg tctctggtgg ctccgtcagc 90
<210> 250
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 250
caggtgcagc tgcaggagtc gggcccagga ctggtgaagc cttcggagac cctgtccctc 60
acctgcgctg tctctggtta ctccatcagc 90
<210> 251
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 251
gaggtgcagc tggtgcagtc tggagcagag gtgaaaaagc ccggggagtc tctgaagatc 60
tcctgtaagg gttctggata cagctttacc 90
<210> 252
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 252
gaagtgcagc tggtgcagtc tggagcagag gtgaaaaagc ccggggagtc tctgaggatc 60
tcctgtaagg gttctggata cagctttacc 90
<210> 253
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 253
caggtacagc tgcagcagtc aggtccagga ctggtgaagc cctcgcagac cctctcactc 60
acctgtgcca tctccgggga cagtgtctct 90
<210> 254
<211> 90
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 254
caggtgcagc tggtgcaatc tgggtctgag ttgaagaagc ctggggcctc agtgaaggtt 60
tcctgcaagg cttctggata caccttcact 90
<210> 255
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 255
agttctccct gcagctgaac tc 22
<210> 256
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 256
cactgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 257
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 257
ccctgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 258
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 258
ccgcctacct gcagtggagc ag 22
<210> 259
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 259
cgctgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 260
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 260
cggcatatct gcagatctgc ag 22
<210> 261
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 261
cggcgtatct gcaaatgaac ag 22
<210> 262
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 262
ctgcctacct gcagtggagc ag 22
<210> 263
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Probe
<400> 263
tcgcctatct gcaaatgaac ag 22
<210> 264
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 264
acatggagct gagcagcctg ag 22
<210> 265
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 265
acatggagct gagcaggctg ag 22
<210> 266
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 266
acatggagct gaggagcctg ag 22
<210> 267
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 267
acctgcagtg gagcagcctg aa 22
<210> 268
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 268
atctgcaaat gaacagcctg aa 22
<210> 269
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 269
atctgcaaat gaacagcctg ag 22
<210> 270
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 270
atctgcaaat gaacagtctg ag 22
<210> 271
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 271
atctgcagat ctgcagccta aa 22
<210> 272
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 272
atcttcaaat gaacagcctg ag 22
<210> 273
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 273
atcttcaaat gggcagcctg ag 22
<210> 274
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 274
ccctgaagct gagctctgtg ac 22
<210> 275
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 275
ccctgcagct gaactctgtg ac 22
<210> 276
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 276
tccttacaat gaccaacatg ga 22
<210> 277
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 277
tccttaccat gaccaacatg ga 22
<210> 278
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 278
ccgtgtatta ctgtgcgaga ga 22
<210> 279
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 279
ctgtgtatta ctgtgcgaga ga 22
<210> 280
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 280
ccgtgtatta ctgtgcgaga gg 22
<210> 281
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 281
ccgtgtatta ctgtgcaaca ga 22
<210> 282
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 282
ccatgtatta ctgtgcaaga ta 22
<210> 283
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 283
ccgtgtatta ctgtgcggca ga 22
<210> 284
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 284
ccacatatta ctgtgcacac ag 22
<210> 285
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 285
ccacatatta ctgtgcacgg at 22
<210> 286
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 286
ccacgtatta ctgtgcacgg at 22
<210> 287
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 287
ccttgtatta ctgtgcaaaa ga 22
<210> 288
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 288
ctgtgtatta ctgtgcaaga ga 22
<210> 289
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 289
ccgtgtatta ctgtaccaca ga 22
<210> 290
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 290
ccttgtatca ctgtgcgaga ga 22
<210> 291
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 291
ccgtatatta ctgtgcgaaa ga 22
<210> 292
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 292
ctgtgtatta ctgtgcgaaa ga 22
<210> 293
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 293
ccgtgtatta ctgtactaga ga 22
<210> 294
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 294
ccgtgtatta ctgtgctaga ga 22
<210> 295
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 295
ccgtgtatta ctgtactaga ca 22
<210> 296
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 296
ctgtgtatta ctgtaagaaa ga 22
<210> 297
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 297
ccgtgtatta ctgtgcgaga aa 22
<210> 298
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 298
ccgtgtatta ctgtgccaga ga 22
<210> 299
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 299
ctgtgtatta ctgtgcgaga ca 22
<210> 300
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 300
ccatgtatta ctgtgcgaga ca 22
<210> 301
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 301
ccatgtatta ctgtgcgaga aa 22
<210> 302
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 302
gacatccaga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 303
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 303
cagtctgtgc tgactcagcc accctcggtg tctgaagccc ccaggcagag ggtcaccatc 60
tcctgt 66
<210> 304
<211> 668
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: h3401-h2
<400> 304
agtgcacaag acatccagat gacccagtct ccagccaccc tgtctgtgtc tccaggggaa 60
agggccaccc tctcctgcag ggccagtcag agtgttagta acaacttagc ctggtaccag 120
cagaaacctg gccaggttcc caggctcctc atctatggtg catccaccag ggccactgat 180
atcccagcca ggttcagtgg cagtgggtct gggacagact tcactctcac catcagcaga 240
ctggagcctg aagattttgc agtgtattac tgtcagcggt atggtagctc accggggtgg 300
acgttcggcc aagggaccaa ggtggaaatc aaacgaactg tggctgcacc atctgtcttc 360
atcttcccgc catctgatga gcagttgaaa tctggaactg cctctgttgt gtgcctgctg 420
aataacttct atcccagaga ggccaaagta cagtggaagg tggataacgc cctccaatcg 480
ggtaactccc aggagagtgt cacagagcag gacagcaagg acagcaccta cagcctcagc 540
agcaccctga cgctgagcaa agcagactac gagaaacaca aagtctacgc ctgcgaagtc 600
acccatcagg gcctgagctc gcctgtcaca aagagcttca acaaaggaga gtgtaagggc 660
gaattcgc 668
<210> 305
<211> 223
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: h3401-h2
<400> 305
Ser Ala Gln Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Val
1 5 10 15
Ser Pro Gly Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val
20 25 30
Ser Asn Asn Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Val Pro Arg
35 40 45
Leu Leu Ile Tyr Gly Ala Ser Thr Arg Ala Thr Asp Ile Pro Ala Arg
50 55 60
Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg
65 70 75 80
Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Arg Tyr Gly Ser
85 90 95
Ser Pro Gly Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105 110
Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln
115 120 125
Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr
130 135 140
Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser
145 150 155 160
Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr
165 170 175
Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys
180 185 190
His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro
195 200 205
Val Thr Lys Ser Phe Asn Lys Gly Glu Cys Lys Gly Glu Phe Ala
210 215 220
<210> 306
<211> 700
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: h3401-d8 KAPPA
<400> 306
agtgcacaag acatccagat gacccagtct cctgccaccc tgtctgtgtc tccaggtgaa 60
agagccaccc tctcctgcag ggccagtcag gtgtctccag gggaaagagc caccctctcc 120
tgcaatcttc tcagcaactt agcctggtac cagcagaaac ctggccaggc tcccaggctc 180
ctcatctatg gtgcttccac cggggccatt ggtatcccag ccaggttcag tggcagtggg 240
tctgggacag agttcactct caccatcagc agcctgcagt ctgaagattt tgcagtgtat 300
ttctgtcagc agtatggtac ctcaccgccc actttcggcg gagggaccaa ggtggagatc 360
aaacgaactg tggctgcacc atctgtcttc atcttcccgc catctgatga gcagttgaaa 420
tctggaactg cctctgttgt gtgcccgctg aataacttct atcccagaga ggccaaagta 480
cagtggaagg tggataacgc cctccaatcg ggtaactccc aggagagtgt cacagagcag 540
gacaacaagg acagcaccta cagcctcagc agcaccctga cgctgagcaa agtagactac 600
gagaaacacg aagtctacgc ctgcgaagtc acccatcagg gccttagctc gcccgtcacg 660
aagagcttca acaggggaga gtgtaagaaa gaattcgttt 700
<210> 307
<211> 222
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: h3401-d8 KAPPA
<400> 307
Ser Ala Gln Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Val
1 5 10 15
Ser Pro Gly Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asn Leu
20 25 30
Leu Ser Asn Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg
35 40 45
Leu Leu Ile Tyr Gly Ala Ser Thr Gly Ala Ile Gly Ile Pro Ala Arg
50 55 60
Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser
65 70 75 80
Leu Gln Ser Glu Asp Phe Ala Val Tyr Phe Cys Gln Gln Tyr Gly Thr
85 90 95
Ser Pro Pro Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr
100 105 110
Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu
115 120 125
Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Pro Leu Asn Asn Phe Tyr Pro
130 135 140
Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly
145 150 155 160
Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Asn Lys Asp Ser Thr Tyr
165 170 175
Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Val Asp Tyr Glu Lys His
180 185 190
Glu Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val
195 200 205
Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys Lys Lys Glu Phe Val
210 215 220
<210> 308
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 308
gctgtgtatt actgtgcgag cacatccgtg ttgttcacgg atgtg 45
<210> 309
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 309
gccgtgtatt actgtgcgag cacatccgtg ttgttcacgg atgtg 45
<210> 310
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 310
gccgtatatt actgtgcgag cacatccgtg ttgttcacgg atgtg 45
<210> 311
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 311
gccgtgtatt actgtacgag cacatccgtg ttgttcacgg atgtg 45
<210> 312
<211> 45
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 312
gccatgtatt actgtgcgag cacatccgtg ttgttcacgg atgtg 45
<210> 313
<211> 88
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 313
aatagtagac tgcagtgtcc tcagccctta agctgttcat ctgcaagtag agagtattct 60
tagagttgtc tctagactta gtgaagcg 88
<210> 314
<211> 95
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 314
cgcttcacta agtctagaga caactctaag aatactctct acttgcagat gaacagctta 60
agggctgagg acactgcagt ctactattgt gcgag 95
<210> 315
<211> 95
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 315
cgcttcacta agtctagaga caactctaag aatactctct acttgcagat gaacagctta 60
agggctgagg acactgcagt ctactattgt acgag 95
<210> 316
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 316
cgcttcacta agtctagaga caac 24
<210> 317
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 317
cacatccgtg ttgttcacgg atgtgggagg atggagactg ggtc 44
<210> 318
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 318
cacatccgtg ttgttcacgg atgtgggaga gtggagactg agtc 44
<210> 319
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 319
cacatccgtg ttgttcacgg atgtgggtgc ctggagactg cgtc 44
<210> 320
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 320
cacatccgtg ttgttcacgg atgtgggtgg ctggagactg cgtc 44
<210> 321
<211> 34
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 321
cctctactct tgtcacagtg cacaagacat ccag 34
<210> 322
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 322
cctctactct tgtcacagtg 20
<210> 323
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 323
ggaggatgga ctggatgtct tgtgcactgt gacaagagta gagg 44
<210> 324
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 324
ggagagtgga ctggatgtct tgtgcactgt gacaagagta gagg 44
<210> 325
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 325
ggtgcctgga ctggatgtct tgtgcactgt gacaagagta gagg 44
<210> 326
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 326
ggtggctgga ctggatgtct tgtgcactgt gacaagagta gagg 44
<210> 327
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 327
cacatccgtg ttgttcacgg atgtggatcg actgtccagg agac 44
<210> 328
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 328
cacatccgtg ttgttcacgg atgtggactg tctgtcccaa ggcc 44
<210> 329
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 329
cacatccgtg ttgttcacgg atgtggactg actgtccagg agac 44
<210> 330
<211> 44
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 330
cacatccgtg ttgttcacgg atgtggaccc tctgccctgg ggcc 44
<210> 331
<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 331
cctctgactg agtgcacaga gtgctttaac ccaaccggct agtgttagcg gttccccgg 59
<210> 332
<211> 69
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 332
cctctgactg agtgcacaga gtgctttaac ccaaccggct agtgttagcg gttccccggg 60
acagtcgat 69
<210> 333
<211> 69
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 333
cctctgactg agtgcacaga gtgctttaac ccaaccggct agtgttagcg gttccccggg 60
acagacagt 69
<210> 334
<211> 69
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 334
cctctgactg agtgcacaga gtgctttaac ccaaccggct agtgttagcg gttccccggg 60
acagtcagt 69
<210> 335
<211> 70
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 335
cctctgactg agtgcacaga gtgctttaac ccaaccggct agtgttagcg gtstccccgg 60
ggcagagggt 70
<210> 336
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 336
cctctgactg agtgcacaga gtgc 24
<210> 337
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 337
gggaggatgg agactgggtc 20
<210> 338
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 338
gggaagatgg agactgggtc 20
<210> 339
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 339
gggagagtgg agactgagtc 20
<210> 340
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 340
gggtgcctgg agactgcgtc 20
<210> 341
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 341
gggtggctgg agactgcgtc 20
<210> 342
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 342
gggagtctgg agactgggtc 20
<210> 343
<211> 50
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 343
gggaggatgg agactgggtc atctggatgt cttgtgcact gtgacagagg 50
<210> 344
<211> 50
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 344
gggaagatgg agactgggtc atctggatgt cttgtgcact gtgacagagg 50
<210> 345
<211> 50
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 345
gggagagtgg agactgggtc atctggatgt cttgtgcact gtgacagagg 50
<210> 346
<211> 50
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 346
gggtgcctgg agactgggtc atctggatgt cttgtgcact gtgacagagg 50
<210> 347
<211> 50
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 347
gggtggctgg agactgggtc atctggatgt cttgtgcact gtgacagagg 50
<210> 348
<211> 50
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 348
gggagtctgg agactgggtc atctggatgt cttgtgcact gtgacagagg 50
<210> 349
<211> 42
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 349
cctctgtcac agtgcacaag acatccagat gacccagtct cc 42
<210> 350
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 350
cctctgtcac agtgcacaag ac 22
<210> 351
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 351
acactctccc ctgttgaagc tctt 24
<210> 352
<211> 912
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 352
tccggagctt cagatctgtt tgcctttttg tggggtggtg cagatcgcgt tacggagatc 60
gaccgactgc ttgagcaaaa gccacgctta actgctgatc aggcatggga tgttattcgc 120
caaaccagtc gtcaggatct taacctgagg ctttttttac ctactctgca agcagcgaca 180
tctggtttga cacagagcga tccgcgtcgt cagttggtag aaacattaac acgttgggat 240
ggcatcaatt tgcttaatga tgatggtaaa acctggcagc agccaggctc tgccatcctg 300
aacgtttggc tgaccagtat gttgaagcgt accgtagtgg ctgccgtacc tatgccattt 360
gataagtggt acagcgccag tggctacgaa acaacccagg acggcccaac tggttcgctg 420
aatataagtg ttggagcaaa aattttgtat gaggcggtgc agggagacaa atcaccaatc 480
ccacaggcgg ttgatctgtt tgctgggaaa ccacagcagg aggttgtgtt ggctgcgctg 540
gaagatacct gggagactct ttccaaacgc tatggcaata atgtgagtaa ctggaaaaca 600
cctgcaatgg ccttaacgtt ccgggcaaat aatttctttg gtgtaccgca ggccgcagcg 660
gaagaaacgc gtcatcaggc ggagtatcaa aaccgtggaa cagaaaacga tatgattgtt 720
ttctcaccaa cgacaagcga tcgtcctgtg cttgcctggg atgtggtcgc acccggtcag 780
agtgggttta ttgctcccga tggaacagtt gataagcact atgaagatca gctgaaaatg 840
tacgaaaatt ttggccgtaa gtcgctctgg ttaacgaagc aggatgtgga ggcgcataag 900
gagtcgtcta ga 912
<210> 353
<211> 6680
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: pCES5
<400> 353
gacgaaaggg cctcgtgata cgcctatttt tataggttaa tgtcatgata ataatggttt 60
cttagacgtc aggtggcact tttcggggaa atgtgcgcgg aacccctatt tgtttatttt 120
tctaaataca ttcaaatatg tatccgctca tgagacaata accctgataa atgcttcaat 180
aatattgaaa aaggaagagt atgagtattc aacatttccg tgtcgccctt attccctttt 240
ttgcggcatt ttgccttcct gtttttgctc acccagaaac gctggtgaaa gtaaaagatg 300
ctgaagatca gttgggtgcc cgagtgggtt acatcgaact ggatctcaac agcggtaaga 360
tccttgagag ttttcgcccc gaagaacgtt ttccaatgat gagcactttt aaagttctgc 420
tatgtggcgc ggtattatcc cgtattgacg ccgggcaaga gcaactcggt cgccgcatac 480
actattctca gaatgacttg gttgagtact caccagtcac agaaaagcat cttacggatg 540
gcatgacagt aagagaatta tgcagtgctg ccataaccat gagtgataac actgcggcca 600
acttacttct gacaacgatc ggaggaccga aggagctaac cgcttttttg cacaacatgg 660
gggatcatgt aactcgcctt gatcgttggg aaccggagct gaatgaagcc ataccaaacg 720
acgagcgtga caccacgatg cctgtagcaa tggcaacaac gttgcgcaaa ctattaactg 780
gcgaactact tactctagct tcccggcaac aattaataga ctggatggag gcggataaag 840
ttgcaggacc acttctgcgc tcggcccttc cggctggctg gtttattgct gataaatctg 900
gagccggtga gcgtgggtct cgcggtatca ttgcagcact ggggccagat ggtaagccct 960
cccgtatcgt agttatctac acgacgggga gtcaggcaac tatggatgaa cgaaatagac 1020
agatcgctga gataggtgcc tcactgatta agcattggta actgtcagac caagtttact 1080
catatatact ttagattgat ttaaaacttc atttttaatt taaaaggatc taggtgaaga 1140
tcctttttga taatctcatg accaaaatcc cttaacgtga gttttcgttc cactgagcgt 1200
cagaccccgt agaaaagatc aaaggatctt cttgagatcc tttttttctg cgcgtaatct 1260
gctgcttgca aacaaaaaaa ccaccgctac cagcggtggt ttgtttgccg gatcaagagc 1320
taccaactct ttttccgaag gtaactggct tcagcagagc gcagatacca aatactgtcc 1380
ttctagtgta gccgtagtta ggccaccact tcaagaactc tgtagcaccg cctacatacc 1440
tcgctctgct aatcctgtta ccagtggctg ctgccagtgg cgataagtcg tgtcttaccg 1500
ggttggactc aagacgatag ttaccggata aggcgcagcg gtcgggctga acggggggtt 1560
cgtgcataca gcccagcttg gagcgaacga cctacaccga actgagatac ctacagcgtg 1620
agcattgaga aagcgccacg cttcccgaag ggagaaaggc ggacaggtat ccggtaagcg 1680
gcagggtcgg aacaggagag cgcacgaggg agcttccagg gggaaacgcc tggtatcttt 1740
atagtcctgt cgggtttcgc cacctctgac ttgagcgtcg atttttgtga tgctcgtcag 1800
gggggcggag cctatggaaa aacgccagca acgcggcctt tttacggttc ctggcctttt 1860
gctggccttt tgctcacatg ttctttcctg cgttatcccc tgattctgtg gataaccgta 1920
ttaccgcctt tgagtgagct gataccgctc gccgcagccg aacgaccgag cgcagcgagt 1980
cagtgagcga ggaagcggaa gagcgcccaa tacgcaaacc gcctctcccc gcgcgttggc 2040
cgattcatta atgcagctgg cacgacaggt ttcccgactg gaaagcgggc agtgagcgca 2100
acgcaattaa tgtgagttag ctcactcatt aggcacccca ggctttacac tttatgcttc 2160
cggctcgtat gttgtgtgga attgtgagcg gataacaatt tcacacagga aacagctatg 2220
accatgatta cgccaagctt tggagccttt tttttggaga ttttcaacgt gaaaaaatta 2280
ttattcgcaa ttcctttagt tgttcctttc tattctcaca gtgcacaggt ccaactgcag 2340
gtcgacctcg agatcaaacg tggaactgtg gctgcaccat ctgtcttcat cttcccgcca 2400
tctgatgagc agttgaaatc tggaactgcc tctgttgtgt gcctgctgaa taacttctat 2460
cccagagagg ccaaagtaca gtggaaggtg gataacgccc tccaatcggg taactcccag 2520
gagagtgtca cagagcagga cagcaaggac agcacctaca gcctcagcag caccctgacg 2580
ctgagcaaag cagactacga gaaacacaaa gtctacgcct gcgaagtcac ccatcagggc 2640
ctgagttcac cggtgacaaa gagcttcaac aggggagagt gttaataagg cgcgccaatt 2700
ctatttcaag gagacagtca taatgaaata cctattgcct acggcagccg ctggattgtt 2760
attactcgcg gcccagccgg ccatggccga agttcaattg ttagagtctg gtggcggtct 2820
tgttcagcct ggtggttctt tacgtctttc ttgcgctgct tccggagctt cagatctgtt 2880
tgcctttttg tggggtggtg cagatcgcgt tacggagatc gaccgactgc ttgagcaaaa 2940
gccacgctta actgctgatc aggcatggga tgttattcgc caaaccagtc gtcaggatct 3000
taacctgagg ctttttttac ctactctgca agcagcgaca tctggtttga cacagagcga 3060
tccgcgtcgt cagttggtag aaacattaac acgttgggat ggcatcaatt tgcttaatga 3120
tgatggtaaa acctggcagc agccaggctc tgccatcctg aacgtttggc tgaccagtat 3180
gttgaagcgt accgtagtgg ctgccgtacc tatgccattt gataagtggt acagcgccag 3240
tggctacgaa acaacccagg acggcccaac tggttcgctg aatataagtg ttggagcaaa 3300
aattttgtat gaggcggtgc agggagacaa atcaccaatc ccacaggcgg ttgatctgtt 3360
tgctgggaaa ccacagcagg aggttgtgtt ggctgcgctg gaagatacct gggagactct 3420
ttccaaacgc tatggcaata atgtgagtaa ctggaaaaca cctgcaatgg ccttaacgtt 3480
ccgggcaaat aatttctttg gtgtaccgca ggccgcagcg gaagaaacgc gtcatcaggc 3540
ggagtatcaa aaccgtggaa cagaaaacga tatgattgtt ttctcaccaa cgacaagcga 3600
tcgtcctgtg cttgcctggg atgtggtcgc acccggtcag agtgggttta ttgctcccga 3660
tggaacagtt gataagcact atgaagatca gctgaaaatg tacgaaaatt ttggccgtaa 3720
gtcgctctgg ttaacgaagc aggatgtgga ggcgcataag gagtcgtcta gagacaactc 3780
taagaatact ctctacttgc agatgaacag cttaagtctg agcattcggt ccgggcaaca 3840
ttctccaaac tgaccagacg acacaaacgg cttacgctaa atcccgcgca tgggatggta 3900
aagaggtggc gtctttgctg gcctggactc atcagatgaa ggccaaaaat tggcaggagt 3960
ggacacagca ggcagcgaaa caagcactga ccatcaactg gtactatgct gatgtaaacg 4020
gcaatattgg ttatgttcat actggtgctt atccagatcg tcaatcaggc catgatccgc 4080
gattacccgt tcctggtacg ggaaaatggg actggaaagg gctattgcct tttgaaatga 4140
accctaaggt gtataacccc cagaagctag cctgcggctt cggtcaccgt ctcaagcgcc 4200
tccaccaagg gcccatcggt cttccccctg gcaccctcct ccaagagcac ctctgggggc 4260
acagcggccc tgggctgcct ggtcaaggac tacttccccg aaccggtgac ggtgtcgtgg 4320
aactcaggcg ccctgaccag cggcgtccac accttcccgg ctgtcctaca gtcctcagga 4380
ctctactccc tcagcagcgt agtgaccgtg ccctccagca gcttgggcac ccagacctac 4440
atctgcaacg tgaatcacaa gcccagcaac accaaggtgg acaagaaagt tgagcccaaa 4500
tcttgtgcgg ccgcacatca tcatcaccat cacggggccg cagaacaaaa actcatctca 4560
gaagaggatc tgaatggggc cgcatagact gttgaaagtt gtttagcaaa acctcataca 4620
gaaaattcat ttactaacgt ctggaaagac gacaaaactt tagatcgtta cgctaactat 4680
gagggctgtc tgtggaatgc tacaggcgtt gtggtttgta ctggtgacga aactcagtgt 4740
tacggtacat gggttcctat tgggcttgct atccctgaaa atgagggtgg tggctctgag 4800
ggtggcggtt ctgagggtgg cggttctgag ggtggcggta ctaaacctcc tgagtacggt 4860
gatacaccta ttccgggcta tacttatatc aaccctctcg acggcactta tccgcctggt 4920
actgagcaaa accccgctaa tcctaatcct tctcttgagg agtctcagcc tcttaatact 4980
ttcatgtttc agaataatag gttccgaaat aggcagggtg cattaactgt ttatacgggc 5040
actgttactc aaggcactga ccccgttaaa acttattacc agtacactcc tgtatcatca 5100
aaagccatgt atgacgctta ctggaacggt aaattcagag actgcgcttt ccattctggc 5160
tttaatgagg atccattcgt ttgtgaatat caaggccaat cgtctgacct gcctcaacct 5220
cctgtcaatg ctggcggcgg ctctggtggt ggttctggtg gcggctctga gggtggcggc 5280
tctgagggtg gcggttctga gggtggcggc tctgagggtg gcggttccgg tggcggctcc 5340
ggttccggtg attttgatta tgaaaaaatg gcaaacgcta ataagggggc tatgaccgaa 5400
aatgccgatg aaaacgcgct acagtctgac gctaaaggca aacttgattc tgtcgctact 5460
gattacggtg ctgctatcga tggtttcatt ggtgacgttt ccggccttgc taatggtaat 5520
ggtgctactg gtgattttgc tggctctaat tcccaaatgg ctcaagtcgg tgacggtgat 5580
aattcacctt taatgaataa tttccgtcaa tatttacctt ctttgcctca gtcggttgaa 5640
tgtcgccctt atgtctttgg cgctggtaaa ccatatgaat tttctattga ttgtgacaaa 5700
ataaacttat tccgtggtgt ctttgcgttt cttttatatg ttgccacctt tatgtatgta 5760
ttttcgacgt ttgctaacat actgcgtaat aaggagtctt aataagaatt cactggccgt 5820
cgttttacaa cgtcgtgact gggaaaaccc tggcgttacc caacttaatc gccttgcagc 5880
acatccccct ttcgccagct ggcgtaatag cgaagaggcc cgcaccgatc gcccttccca 5940
acagttgcgc agcctgaatg gcgaatggcg cctgatgcgg tattttctcc ttacgcatct 6000
gtgcggtatt tcacaccgca tataaattgt aaacgttaat attttgttaa aattcgcgtt 6060
aaatttttgt taaatcagct cattttttaa ccaataggcc gaaatcggca aaatccctta 6120
taaatcaaaa gaatagcccg agatagggtt gagtgttgtt ccagtttgga acaagagtcc 6180
actattaaag aacgtggact ccaacgtcaa agggcgaaaa accgtctatc agggcgatgg 6240
cccactacgt gaaccatcac ccaaatcaag ttttttgggg tcgaggtgcc gtaaagcact 6300
aaatcggaac cctaaaggga gcccccgatt tagagcttga cggggaaagc cggcgaacgt 6360
ggcgagaaag gaagggaaga aagcgaaagg agcgggcgct agggcgctgg caagtgtagc 6420
ggtcacgctg cgcgtaacca ccacacccgc cgcgcttaat gcgccgctac agggcgcgta 6480
ctatggttgc tttgacgggt gcagtctcag tacaatctgc tctgatgccg catagttaag 6540
ccagccccga cacccgccaa cacccgctga cgcgccctga cgggcttgtc tgctcccggc 6600
atccgcttac agacaagctg tgaccgtctc cgggagctgc atgtgtcaga ggttttcacc 6660
gtcatcaccg aaacgcgcga 6680
<210> 354
<211> 286
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: pCES5
<400> 354
Met Ser Ile Gln His Phe Arg Val Ala Leu Ile Pro Phe Phe Ala Ala
1 5 10 15
Phe Cys Leu Pro Val Phe Ala His Pro Glu Thr Leu Val Lys Val Lys
20 25 30
Asp Ala Glu Asp Gln Leu Gly Ala Arg Val Gly Tyr Ile Glu Leu Asp
35 40 45
Leu Asn Ser Gly Lys Ile Leu Glu Ser Phe Arg Pro Glu Glu Arg Phe
50 55 60
Pro Met Met Ser Thr Phe Lys Val Leu Leu Cys Gly Ala Val Leu Ser
65 70 75 80
Arg Ile Asp Ala Gly Gln Glu Gln Leu Gly Arg Arg Ile His Tyr Ser
85 90 95
Gln Asn Asp Leu Val Glu Tyr Ser Pro Val Thr Glu Lys His Leu Thr
100 105 110
Asp Gly Met Thr Val Arg Glu Leu Cys Ser Ala Ala Ile Thr Met Ser
115 120 125
Asp Asn Thr Ala Ala Asn Leu Leu Leu Thr Thr Ile Gly Gly Pro Lys
130 135 140
Glu Leu Thr Ala Phe Leu His Asn Met Gly Asp His Val Thr Arg Leu
145 150 155 160
Asp Arg Trp Glu Pro Glu Leu Asn Glu Ala Ile Pro Asn Asp Glu Arg
165 170 175
Asp Thr Thr Met Pro Val Ala Met Ala Thr Thr Leu Arg Lys Leu Leu
180 185 190
Thr Gly Glu Leu Leu Thr Leu Ala Ser Arg Gln Gln Leu Ile Asp Trp
195 200 205
Met Glu Ala Asp Lys Val Ala Gly Pro Leu Leu Arg Ser Ala Leu Pro
210 215 220
Ala Gly Trp Phe Ile Ala Asp Lys Ser Gly Ala Gly Glu Arg Gly Ser
225 230 235 240
Arg Gly Ile Ile Ala Ala Leu Gly Pro Asp Gly Lys Pro Ser Arg Ile
245 250 255
Val Val Ile Tyr Thr Thr Gly Ser Gln Ala Thr Met Asp Glu Arg Asn
260 265 270
Arg Gln Ile Ala Glu Ile Gly Ala Ser Leu Ile Lys His Trp
275 280 285
<210> 355
<211> 138
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: pCES5
<400> 355
Met Lys Lys Leu Leu Phe Ala Ile Pro Leu Val Val Pro Phe Tyr Ser
1 5 10 15
His Ser Ala Gln Val Gln Leu Gln Val Asp Leu Glu Ile Lys Arg Gly
20 25 30
Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln
35 40 45
Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr
50 55 60
Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser
65 70 75 80
Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr
85 90 95
Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys
100 105 110
His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro
115 120 125
Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
130 135
<210> 356
<211> 48
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: pCES5
<400> 356
Met Lys Tyr Leu Leu Pro Thr Ala Ala Ala Gly Leu Leu Leu Leu Ala
1 5 10 15
Ala Gln Pro Ala Met Ala Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly
20 25 30
Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly
35 40 45

<210> 357
<211> 28
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: pCES5
<400> 357
Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu
1 5 10 15
Ser Leu Ser Ile Arg Ser Gly Gln His Ser Pro Thr
20 25
<210> 358
<211> 129
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: pCES5
<400> 358
Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys
1 5 10 15
Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr
20 25 30
Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser
35 40 45
Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser
50 55 60
Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr
65 70 75 80
Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys
85 90 95
Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Ala Ala Ala His His His His His His
100 105 110
Gly Ala Ala Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Asn Gly Ala
115 120 125
Ala

<210> 359
<211> 404
<212> PRT
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: pCES5
<400> 359
Thr Val Glu Ser Cys Leu Ala Lys Pro His Thr Glu Asn Ser Phe Thr
1 5 10 15
Asn Val Trp Lys Asp Asp Lys Thr Leu Asp Arg Tyr Ala Asn Tyr Glu
20 25 30
Gly Cys Leu Trp Asn Ala Thr Gly Val Val Val Cys Thr Gly Asp Glu
35 40 45
Thr Gln Cys Tyr Gly Thr Trp Val Pro Ile Gly Leu Ala Ile Pro Glu
50 55 60
Asn Glu Gly Gly Gly Ser Glu Gly Gly Gly Ser Glu Gly Gly Gly Ser
65 70 75 80
Glu Gly Gly Gly Thr Lys Pro Pro Glu Tyr Gly Asp Thr Pro Ile Pro
85 90 95
Gly Tyr Thr Tyr Ile Asn Pro Leu Asp Gly Thr Tyr Pro Pro Gly Thr
100 105 110
Glu Gln Asn Pro Ala Asn Pro Asn Pro Ser Leu Glu Glu Ser Gln Pro
115 120 125
Leu Asn Thr Phe Met Phe Gln Asn Asn Arg Phe Arg Asn Arg Gln Gly
130 135 140
Ala Leu Thr Val Tyr Thr Gly Thr Val Thr Gln Gly Thr Asp Pro Val
145 150 155 160
Lys Thr Tyr Tyr Gln Tyr Thr Pro Val Ser Ser Lys Ala Met Tyr Asp
165 170 175
Ala Tyr Trp Asn Gly Lys Phe Arg Asp Cys Ala Phe His Ser Gly Phe
180 185 190
Asn Glu Asp Pro Phe Val Cys Glu Tyr Gln Gly Gln Ser Ser Asp Leu
195 200 205
Pro Gln Pro Pro Val Asn Ala Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly
210 215 220
Gly Gly Ser Glu Gly Gly Gly Ser Glu Gly Gly Gly Ser Glu Gly Gly
225 230 235 240
Gly Ser Glu Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly Ser Gly Asp Phe
245 250 255
Asp Tyr Glu Lys Met Ala Asn Ala Asn Lys Gly Ala Met Thr Glu Asn
260 265 270
Ala Asp Glu Asn Ala Leu Gln Ser Asp Ala Lys Gly Lys Leu Asp Ser
275 280 285
Val Ala Thr Asp Tyr Gly Ala Ala Ile Asp Gly Phe Ile Gly Asp Val
290 295 300
Ser Gly Leu Ala Asn Gly Asn Gly Ala Thr Gly Asp Phe Ala Gly Ser
305 310 315 320
Asn Ser Gln Met Ala Gln Val Gly Asp Gly Asp Asn Ser Pro Leu Met
325 330 335
Asn Asn Phe Arg Gln Tyr Leu Pro Ser Leu Pro Gln Ser Val Glu Cys
340 345 350
Arg Pro Tyr Val Phe Gly Ala Gly Lys Pro Tyr Glu Phe Ser Ile Asp
355 360 365
Cys Asp Lys Ile Asn Leu Phe Arg Gly Val Phe Ala Phe Leu Leu Tyr
370 375 380
Val Ala Thr Phe Met Tyr Val Phe Ser Thr Phe Ala Asn Ile Leu Arg
385 390 395 400
Asn Lys Glu Ser

<210> 360
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 360
gacatccaga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 361
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 361
gacatccaga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 362
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 362
gacatccaga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 363
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 363
gacatccaga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 364
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 364
gacatccaga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 365
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 365
aacatccaga tgacccagtc tccatctgcc atgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgt 69
<210> 366
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 366
gacatccaga tgacccagtc tccatcctca ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgt 69
<210> 367
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 367
gacatccaga tgacccagtc tccatcctca ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgt 69
<210> 368
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 368
gccatccagt tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 369
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 369
gccatccagt tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 370
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 370
gacatccaga tgacccagtc tccatcttcc gtgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgt 69
<210> 371
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 371
gacatccaga tgacccagtc tccatcttct gtgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgt 69
<210> 372
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 372
gacatccagt tgacccagtc tccatccttc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 373
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 373
gccatccgga tgacccagtc tccattctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 374
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 374
gccatccgga tgacccagtc tccatcctca ttctctgcat ctacaggaga cagagtcacc 60
atcacttgt 69
<210> 375
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 375
gtcatctgga tgacccagtc tccatcctta ctctctgcat ctacaggaga cagagtcacc 60
atcagttgt 69
<210> 376
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 376
gccatccaga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 377
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 377
gacatccaga tgacccagtc tccttccacc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc 60
atcacttgc 69
<210> 378
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 378
gatattgtga tgacccagac tccactctcc ctgcccgtca cccctggaga gccggcctcc 60
atctcctgc 69
<210> 379
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 379
gatattgtga tgacccagac tccactctcc ctgcccgtca cccctggaga gccggcctcc 60
atctcctgc 69
<210> 380
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 380
gatgttgtga tgactcagtc tccactctcc ctgcccgtca cccttggaca gccggcctcc 60
atctcctgc 69
<210> 381
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 381
gatgttgtga tgactcagtc tccactctcc ctgcccgtca cccttggaca gccggcctcc 60
atctcctgc 69
<210> 382
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 382
gatattgtga tgacccagac tccactctct ctgtccgtca cccctggaca gccggcctcc 60
atctcctgc 69
<210> 383
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 383
gatattgtga tgacccagac tccactctct ctgtccgtca cccctggaca gccggcctcc 60
atctcctgc 69
<210> 384
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 384
gatattgtga tgactcagtc tccactctcc ctgcccgtca cccctggaga gccggcctcc 60
atctcctgc 69
<210> 385
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 385
gatattgtga tgactcagtc tccactctcc ctgcccgtca cccctggaga gccggcctcc 60
atctcctgc 69
<210> 386
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 386
gatattgtga tgacccagac tccactctcc tcacctgtca cccttggaca gccggcctcc 60
atctcctgc 69
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<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 387
gaaattgtgt tgacgcagtc tccaggcacc ctgtctttgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgc 69
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<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 388
gaaattgtgt tgacgcagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgc 69
<210> 389
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 389
gaaatagtga tgacgcagtc tccagccacc ctgtctgtgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgc 69
<210> 390
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 390
gaaatagtga tgacgcagtc tccagccacc ctgtctgtgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgc 69
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<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
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gaaattgtgt tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgc 69
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<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 392
gaaattgtgt tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgc 69
<210> 393
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 393
gaaattgtaa tgacacagtc tccagccacc ctgtctttgt ctccagggga aagagccacc 60
ctctcctgc 69
<210> 394
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 394
gacatcgtga tgacccagtc tccagactcc ctggctgtgt ctctgggcga gagggccacc 60
atcaactgc 69
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<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 395
gaaacgacac tcacgcagtc tccagcattc atgtcagcga ctccaggaga caaagtcaac 60
atctcctgc 69
<210> 396
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<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 396
gaaattgtgc tgactcagtc tccagacttt cagtctgtga ctccaaagga gaaagtcacc 60
atcacctgc 69
<210> 397
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<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 397
gaaattgtgc tgactcagtc tccagacttt cagtctgtga ctccaaagga gaaagtcacc 60
atcacctgc 69
<210> 398
<211> 69
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Kappa FR1 GLGs
<400> 398
gatgttgtga tgacacagtc tccagctttc ctctctgtga ctccagggga gaaagtcacc 60
atcacctgc 69
<210> 399
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<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 399
cagtctgtgc tgacgcagcc gccctcagtg tctggggccc cagggcagag ggtcaccatc 60
tcctgc 66
<210> 400
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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cagtctgtgc tgactcagcc accctcagcg tctgggaccc ccgggcagag ggtcaccatc 60
tcttgt 66
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<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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cagtctgtgc tgactcagcc accctcagcg tctgggaccc ccgggcagag ggtcaccatc 60
tcttgt 66
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<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 402
cagtctgtgt tgacgcagcc gccctcagtg tctgcggccc caggacagaa ggtcaccatc 60
tcctgc 66
<210> 403
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 403
cagtctgccc tgactcagcc tccctccgcg tccgggtctc ctggacagtc agtcaccatc 60
tcctgc 66
<210> 404
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 404
cagtctgccc tgactcagcc tcgctcagtg tccgggtctc ctggacagtc agtcaccatc 60
tcctgc 66
<210> 405
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 405
cagtctgccc tgactcagcc tgcctccgtg tctgggtctc ctggacagtc gatcaccatc 60
tcctgc 66
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<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
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<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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cagtctgccc tgactcagcc tccctccgtg tccgggtctc ctggacagtc agtcaccatc 60
tcctgc 66
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<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 407
cagtctgccc tgactcagcc tgcctccgtg tctgggtctc ctggacagtc gatcaccatc 60
tcctgc 66
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<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 408
tcctatgagc tgactcagcc accctcagtg tccgtgtccc caggacagac agccagcatc 60
acctgc 66
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<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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tcctatgagc tgactcagcc actctcagtg tcagtggccc tgggacagac ggccaggatt 60
acctgt 66
<210> 410
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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tcctatgagc tgacacagcc accctcggtg tcagtgtccc caggacaaac ggccaggatc 60
acctgc 66
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<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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tcctatgagc tgacacagcc accctcggtg tcagtgtccc taggacagat ggccaggatc 60
acctgc 66
<210> 412
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 412
tcttctgagc tgactcagga ccctgctgtg tctgtggcct tgggacagac agtcaggatc 60
acatgc 66
<210> 413
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 413
tcctatgtgc tgactcagcc accctcagtg tcagtggccc caggaaagac ggccaggatt 60
acctgt 66
<210> 414
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 414
tcctatgagc tgacacagct accctcggtg tcagtgtccc caggacagac agccaggatc 60
acctgc 66
<210> 415
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
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<400> 415
tcctatgagc tgatgcagcc accctcggtg tcagtgtccc caggacagac ggccaggatc 60
acctgc 66
<210> 416
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 416
tcctatgagc tgacacagcc atcctcagtg tcagtgtctc cgggacagac agccaggatc 60
acctgc 66
<210> 417
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 417
ctgcctgtgc tgactcagcc cccgtctgca tctgccttgc tgggagcctc gatcaagctc 60
acctgc 66
<210> 418
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 418
cagcctgtgc tgactcaatc atcctctgcc tctgcttccc tgggatcctc ggtcaagctc 60
acctgc 66
<210> 419
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 419
cagcttgtgc tgactcaatc gccctctgcc tctgcctccc tgggagcctc ggtcaagctc 60
acctgc 66
<210> 420
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 420
cagcctgtgc tgactcagcc accttcctcc tccgcatctc ctggagaatc cgccagactc 60
acctgc 66
<210> 421
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 421
caggctgtgc tgactcagcc ggcttccctc tctgcatctc ctggagcatc agccagtctc 60
acctgc 66
<210> 422
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 422
cagcctgtgc tgactcagcc atcttcccat tctgcatctt ctggagcatc agtcagactc 60
acctgc 66
<210> 423
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 423
aattttatgc tgactcagcc ccactctgtg tcggagtctc cggggaagac ggtaaccatc 60
tcctgc 66
<210> 424
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 424
cagactgtgg tgactcagga gccctcactg actgtgtccc caggagggac agtcactctc 60
acctgt 66
<210> 425
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 425
caggctgtgg tgactcagga gccctcactg actgtgtccc caggagggac agtcactctc 60
acctgt 66
<210> 426
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 426
cagactgtgg tgacccagga gccatcgttc tcagtgtccc ctggagggac agtcacactc 60
acttgt 66
<210> 427
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 427
cagcctgtgc tgactcagcc accttctgca tcagcctccc tgggagcctc ggtcacactc 60
acctgc 66
<210> 428
<211> 66
<212> DNA
<213> Unknown Organism
<220>
<223> Description of Unknown Organism: Lambda FR1 GLG
sequence
<400> 428
caggcagggc tgactcagcc accctcggtg tccaagggct tgagacagac cgccacactc 60
acctgc 66
【図面の簡単な説明】
【図１】 図１は、ＶＨ配列に特異的なプライマーを用いることなくＶＨ遺伝子を増幅するために用いられ得る種々の方法の模式図である。
【図２】 図２は、ＶＬ配列を用いることなくＶＬ遺伝子を増幅するために用いられ得る種々の方法の模式図である。
【図３】 図３は、実施例２からの切断されたκＤＮＡのゲル分析を示す。
【図４】 図４は、実施例２からの切断されたκＤＮＡのゲル分析を示す。
【図５】 図５は、実施例２からの増幅されたκＤＮＡのゲル分析を示す。
【図６】 図６は、実施例２からの、ゲル精製された増幅されたκＤＮＡを示す。

Claims (22)

1. 核酸を調製するための方法であって、該核酸は、免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントの多種多様なファミリーのメンバーを提示し、そして、該ファミリーの少なくとも一部を集合的に提示する遺伝的パッケージの収集物によって発現され、そして、該提示された免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントは、該核酸によって少なくとも部分的にコードされ、該方法は、以下の工程：
   （ｉ）定常領域の一部をコードする配列に対して相補的なプライマーと、核酸に結合された合成配列に対して相補的なプライマーを用いて、該核酸を増幅する工程；
   （ｉｉ）該増幅した核酸を一本鎖にする工程；
   （ｉｉｉ）該増幅した一本鎖核酸を、一本鎖オリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、該一本鎖オリゴヌクレオチドは、切断が所望される領域において該一本鎖核酸に対して相補的であり、該一本鎖核酸と該一本鎖オリゴヌクレオチドとが会合して、該一本鎖核酸の部分的に二本鎖の領域を形成し、該部分的に二本鎖の領域は制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含む、工程；および
   （ｉｖ）該制限エンドヌクレアーゼ認識部位で、該核酸を切断する工程であって、該切断工程は、制限エンドヌクレアーゼを該部分的に二本鎖の領域に接触させる工程を含み、該制限エンドヌクレアーゼは、該制限エンドヌクレアーゼ認識部位に特異的であり、そして、該切断は、該核酸から全ての望ましくない５’ヌクレオチドを除去する、工程；
   を包含し、該接触工程および該切断工程は、４５℃と７５℃の間の温度で行われ、ここで、該一本鎖核酸と該一本鎖オリゴヌクレオチドとが会合して、該一本鎖核酸の部分的に二本鎖の領域を形成し、該一本鎖核酸の残部は一本鎖であり、該制限エンドヌクレアーゼは、４５℃と７５℃の間の選択された温度で活性である、方法。
2. 核酸を調製するための方法であって、該核酸は、免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントの多種多様なファミリーのメンバーを提示し、そして、該ファミリーの少なくとも一部を集合的に提示する遺伝的パッケージの収集物によって発現され、そして、該提示された免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントは、該核酸によって少なくとも部分的にコードされ、該方法は、以下の工程：
   （ｉ）核酸を一本鎖にする工程；
   （ｉｉ）該一本鎖核酸を、一本鎖オリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、該一本鎖オリゴヌクレオチドは、切断が所望される領域において該一本鎖核酸に対して相補的であり、該一本鎖核酸と該一本鎖オリゴヌクレオチドとが会合して、該一本鎖核酸の部分的に二本鎖の領域を形成し、該部分的に二本鎖の領域は制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含む、工程；および
   （ｉｉｉ）該制限エンドヌクレアーゼ認識部位で、該核酸を切断する工程であって、該切断工程は、制限エンドヌクレアーゼを該部分的に二本鎖の領域に接触させる工程を含み、該制限エンドヌクレアーゼは、該制限エンドヌクレアーゼ認識部位に特異的であり、そして、該切断は、該核酸から全ての望ましくない５’ヌクレオチドを除去する、工程；
   を包含し、該接触工程および該切断工程は、４５℃と７５℃の間の温度で行われ、ここで、該一本鎖核酸と該一本鎖オリゴヌクレオチドとが会合して、該一本鎖核酸の部分的に二本鎖の領域を形成し、該一本鎖核酸の残部は一本鎖であり、該制限エンドヌクレアーゼは、４５℃と７５℃の間の選択された温度で活性である、方法。
3. 核酸を調製するための方法であって、該核酸は、免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントの多種多様なファミリーのメンバーを提示し、そして、該ファミリーの少なくとも一部を集合的に提示する遺伝的パッケージの収集物によって発現され、そして、該提示された免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントは、該核酸によって少なくとも部分的にコードされ、該方法は、以下の工程：
   （ｉ）定常領域の一部をコードする配列に対して相補的なプライマーと、核酸に結合された合成配列に対して相補的なプライマーを用いて、該核酸を増幅する工程；
   （ｉｉ）該増幅した核酸を一本鎖にする工程；
   （ｉｉｉ）該増幅した一本鎖核酸を、部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、該オリゴヌクレオチドの一本鎖領域は、切断が所望される領域において該核酸に対して相補的であり、そして該オリゴヌクレオチドの二本鎖領域は、ＩＩ−Ｓ型制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含み、該切断部位は、該核酸の切断が所望される該認識部位から既知の距離に位置しており、該一本鎖核酸と該部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドの該一本鎖領域とが会合して、部分的に二本鎖の領域を形成し、該部分的に二本鎖の領域は制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含む、工程；および
   （ｉｖ）該ＩＩ−Ｓ型切断部位で、該核酸を切断する工程であって、該切断工程は、制限エンドヌクレアーゼを該オリゴヌクレオチドの該二本鎖領域上の該制限エンドヌクレアーゼ認識部位に接触させる工程を含み、該制限エンドヌクレアーゼは、該制限エンドヌクレアーゼ認識部位に特異的であり、そして、該切断は、該核酸から全ての望ましくない５’ヌクレオチドを除去する、工程；
   を包含し、該接触工程および該切断工程は、４５℃と７５℃の間の温度で行われ、ここで、該一本鎖核酸と該部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドの該一本鎖領域とが会合して、該一本鎖核酸の部分的に二本鎖の領域を形成し、該一本鎖核酸の残部は一本鎖であり、該制限エンドヌクレアーゼは、４５℃と７５℃との間の選択された温度で活性である、方法。
4. 核酸を調製するための方法であって、該核酸は、免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントの多種多様なファミリーのメンバーを提示し、そして、該ファミリーの少なくとも一部を集合的に提示する遺伝的パッケージの収集物によって発現され、そして、該提示された免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントは、該核酸によって少なくとも部分的にコードされ、該方法は、以下の工程：
   （ｉ）核酸を一本鎖にする工程；
   （ｉｉ）該一本鎖核酸を、部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、該オリゴヌクレオチドの一本鎖領域は、切断が所望される領域において該核酸に対して相補的であり、そして該オリゴヌクレオチドの二本鎖領域は、ＩＩ−Ｓ型制限エンドヌクレアーゼ認識部位を有し、該切断部位は、該核酸の切断が所望される該認識部位から既知の距離に位置しており、該一本鎖核酸と該部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドの一本鎖領域とが会合して、部分的に二本鎖の領域を形成し、該部分的に二本鎖の領域は制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含む、工程；および
   （ｉｉｉ）該ＩＩ−Ｓ型切断部位で、該核酸を切断する工程であって、該切断工程は、制限エンドヌクレアーゼを該オリゴヌクレオチドの該二本鎖領域に接触させる工程を含み、該制限エンドヌクレアーゼは、該制限エンドヌクレアーゼ認識部位に特異的であり、そして、該切断は、該核酸から全ての望ましくない５’ヌクレオチドを除去する、工程；
   を包含し、該接触工程および該切断工程は、４５℃と７５℃の間の温度で行われ、ここで、該一本鎖核酸と該部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドの一本鎖領域とが会合して、該一本鎖核酸の部分的に二本鎖の領域を形成し、該一本鎖核酸の残部は一本鎖であり、該制限エンドヌクレアーゼは、４５℃と７５℃との間の選択された温度で活性である、方法。
5. ライブラリーを作製するための方法であって、該方法は、以下の工程：
   （ａ）多種多様なファミリーのメンバーを少なくとも部分的にコードする核酸の収集物を調製する工程であって、該調製は、以下の工程：
   （ｉ）定常領域の一部をコードする配列に対して相補的なプライマーと、核酸に結合された合成配列に対して相補的なプライマーを用いて、該核酸の収集物を増幅する工程；
   （ｉｉ）該増幅した核酸を一本鎖にする工程；
   （ｉｉｉ）該増幅した一本鎖核酸を、一本鎖オリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、該一本鎖オリゴヌクレオチドは、切断が所望される領域において該一本鎖核酸に対して相補的であり、該一本鎖核酸と該一本鎖オリゴヌクレオチドとが会合して、該一本鎖核酸の部分的に二本鎖の領域を形成し、該部分的に二本鎖の領域は制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含む、工程；および
   （ｉｖ）該制限エンドヌクレアーゼ認識部位で、該核酸を切断する工程であって、該切断工程は、制限エンドヌクレアーゼを該部分的に二本鎖の領域に接触させる工程を含み、該制限エンドヌクレアーゼは、該制限エンドヌクレアーゼ認識部位に特異的であり、そして、該切断は、該核酸から全ての望ましくない５’ヌクレオチドを除去する、工程；
   を包含し、該接触工程および該切断工程は、４５℃と７５℃の間の温度で行われ、ここで、該一本鎖核酸と該一本鎖オリゴヌクレオチドとが会合して、該一本鎖核酸の部分的に二本鎖の領域を形成し、該一本鎖核酸の残部は一本鎖であり、該制限エンドヌクレアーゼは、４５℃と７５℃との間の選択された温度で活性である、工程；ならびに
   （ｂ）免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントの多種多様なファミリーのメンバーを提示し、そして、該ファミリーの少なくとも一部を集合的に提示する遺伝的パッケージの収集物によって、工程（ａ）の核酸の収集物を発現させる工程であって、該提示された免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントが、該遺伝的パッケージの表面上で該切断された核酸によって少なくとも部分的にコードされ、そして、該ファミリーの多様性の少なくとも一部を集合的に提示する、工程
   を包含する、方法。
6. ライブラリーを作製するための方法であって、該方法は、以下の工程：
   （ａ）多種多様なファミリーのメンバーを少なくとも部分的にコードする核酸の収集物を調製する工程であって、該調製は、以下の工程：
   （ｉ）定常領域の一部をコードする配列に対して相補的なプライマーと、核酸に結合された合成配列に対して相補的なプライマーを用いて、該核酸の収集物を増幅する工程；
   （ｉｉ）該増幅した核酸を一本鎖にする工程；
   （ｉｉｉ）該増幅した一本鎖核酸を、部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、該オリゴヌクレオチドの一本鎖領域は、切断が所望される領域において該核酸に対して相補的であり、該オリゴヌクレオチドの二本鎖領域は、ＩＩ−Ｓ型制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含み、該切断部位は、該核酸の該切断が所望される該認識部位から既知の距離に位置し、該一本鎖核酸と該部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドの該一本鎖領域とが会合して部分的に二本鎖の領域を形成し、該部分的に二本鎖の領域は、制限エンドヌクレアーゼ切断部位を含む、工程；および
   （ｉｖ）該ＩＩ−Ｓ型切断部位で、該核酸を切断する工程であって、該切断工程は、制限エンドヌクレアーゼを該オリゴヌクレオチドの該二本鎖領域上の該制限エンドヌクレアーゼ認識部位に接触させる工程を含み、該制限エンドヌクレアーゼは、該制限エンドヌクレアーゼ認識部位に特異的であり、そして、該切断は、該核酸から全ての望ましくない５’ヌクレオチドを除去する、工程；
   を包含し、該接触工程および該切断工程は、４５℃と７５℃の間の温度で行われ、ここで、該一本鎖核酸と該部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドの一本鎖領域とが会合して、該一本鎖核酸の部分的に二本鎖の領域を形成し、該一本鎖核酸の残部は一本鎖であり、該制限エンドヌクレアーゼは、４５℃と７５℃との間の選択された温度で活性である、工程；ならびに
   （ｂ）免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントの多種多様なファミリーのメンバーを提示し、そして、該ファミリーの少なくとも一部を集合的に提示する遺伝的パッケージの収集物によって、工程（ａ）の核酸の収集物を発現させる工程であって、該提示された免疫グロブリンまたはその機能的フラグメントが、該遺伝的パッケージの表面上で該切断された核酸によって少なくとも部分的にコードされ、そして、該ファミリーの多様性の少なくとも一部を集合的に提示する、工程
   を包含する、方法。
7. 前記免疫グロブリンが、Ｆａｂまたは単鎖Ｆｖを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
8. 前記免疫グロブリンが、重鎖の少なくとも部分を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
9. 前記重鎖の少なくとも一部がヒトである、請求項８に記載の方法。
10. 前記免疫グロブリンが、ＦＲ１の少なくとも一部を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
11. 前記ＦＲ１の少なくとも一部がヒトである、請求項１０に記載の方法。
12. 前記免疫グロブリンが、軽鎖の少なくとも一部を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
13. 前記軽鎖の少なくとも一部がヒトである、請求項１２に記載の方法。
14. 前記核酸の少なくとも一部が、少なくとも１つの自己免疫疾患または癌に罹患した患者由来である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
15. 前記自己免疫疾患が、狼瘡、エリテマトーデス、全身性硬化症、慢性関節リウマチ、抗リン脂質症候群、または脈管炎からなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
16. 前記核酸の少なくとも一部が、末梢血球、骨髄細胞、脾臓細胞またはリンパ節細胞からなる群から単離される、請求項１４に記載の方法。
17. 前記温度が５５℃と６０℃の間である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
18. 前記一本鎖オリゴヌクレオチドの長さが、１７塩基と３０塩基との間である、請求項１、２および５のいずれか１項に記載の方法。
19. 前記制限エンドヌクレアーゼが、ＭａｅＩＩＩ、Ｔｓｐ４５１、ＨｐｈＩ、ＢｓａＪＩ、ＡｌｕＩ、ＢｌｐＩ、ＤｄｅＩ、ＢｇｌＩＩ、ＭｓｌＩ、ＢｓｉＥＩ、ＥａｅＩ、ＥａｇＩ、ＨａｅＩＩＩ、Ｂｓｔ４ＣＩ、ＨｐｙＣＨ４ＩＩＩ、ＨｉｎｆＩ、ＭｌｙＩ、ＰｌｅＩ、ＭｎｌＩ、ＨｐｙＣＨ４Ｖ、ＢｓｍＡＩ、ＢｐｍＩ、ＸｍｎＩ、およびＳａｃＩからなる群から選択される、請求項１、２および５のいずれか１項に記載の方法。
20. 前記部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドの前記一本鎖領域の長さが、１４塩基と２２塩基との間である、請求項３、４および６のいずれか１項に記載の方法。
21. 前記部分的に二本鎖のオリゴヌクレオチドの前記二本鎖領域の長さが、幹およびそのパリンドロームによって形成される１０塩基対と１４塩基対との間である、請求項３、４および６のいずれか１項に記載の方法。
22. 前記ＩＩ−Ｓ型制限エンドヌクレアーゼが、ＡａｒＩＣＡＣ、ＡｃｅＩＩＩ、Ｂｂｒ７Ｉ、ＢｂｖＩ、ＢｂｖＩＩ、Ｂｃｅ８３１、ＢｃｅＡＩ、ＢｃｅｆＩ、ＢｃｉＶＩ、ＢｆｉＩ、ＢｉｎＩ、ＢｓｃＡＩ、ＢｓｅＲＩ、ＢｓｍＦＩ、ＢｓｐＭＩ、ＥｃｉＩ、Ｅｃｏ５７Ｉ、ＦａｕＩ、ＦｏｋＩ、ＧｓｕＩ、ＨｇａＩ、ＨｐｈＩ、ＭｂｏＩＩ、ＭｌｙＩ、ＭｍｅＩ、ＭｎｌＩ、ＰｌｅＩ、ＲｌｅＡＩ、ＳｆａＮＩ、ＳｓｐＤ５Ｉ、Ｓｔｈｌ３２Ｉ、ＳｔｓＩ、ＴａｑＩＩ、Ｔｔｈ１１１ＩＩ、またはＵｂａＰＩを含む群から選択される、請求項３、４および６のいずれか１項に記載の方法。

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