JP4991745B2 - 糖尿病の有無等を判定する方法 - Google Patents
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Description
(a)被験者xに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルxを得る工程、
(b)工程(a)で得られた発現プロファイルxを、非糖尿病の被験者yに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程(a)と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルyと比較する工程、及び
(c)工程(b)で、発現プロファイルxが発現プロファイルyと有意に異なる場合に、被験者xが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、下記(A−1)乃至(A−50)の遺伝子群に含まれていることを特徴とする方法に関する:
(A−1)仮想タンパク質LOC54103(登録番号:AL079277)
(A−2)ロイシンリッチ繰返し神経単位3(登録番号:AB060967)
(A−3)13キロダルトンの分化関連タンパク質(登録番号:BC005936)
(A−4)エモパミル結合関連タンパク質,Δ8−Δ7ステロールイソメラーゼ関連タンパク質(登録番号:AF243433)
(A−5)グリコシルトランスフェラーゼAD−017(登録番号:NM_018446)
(A−6)過酸化レドキシン3(登録番号:NM_006793)
(A−7)IgEのFcフラグメント,高親和性I,α−ポリペプチドの受容体(登録番号:NM_002001)
(A−8)シグナルペプチダーゼ12キロダルトン(登録番号:ENSG00000114902)
(A−9)オクタマー結合含有非POUドメイン(登録番号:L32558)
(A−10)NP220核タンパク質(登録番号:AF273049)
(A−11)仮想タンパク質FLJ10652(登録番号:NM_018169)
(A−12)クロモゾーム14のオープンリーディングフレーム109(登録番号:AL080118)
(A−13)アポトーシス関連タンパク質3(登録番号:NM_004632)
(A−14)AUT様1システインエンドペプチダーゼ(S.cerevisiae)(登録番号:ENSG00000125703)
(A−15)組換えタンパク質REC14(登録番号:AF309553)
(A−16)エステラーゼD/ホルミルグルタチオンヒドロラーゼ(登録番号:AF112219)
(A−17)膜貫通タンパク質14B(登録番号:NM_030969)
(A−18)Myc関連タンパク質(登録番号:AF083244)
(A−19)真核細胞の翻訳開始因子(elF)2A(登録番号:AF212241)
(A−20)B細胞リンカー(登録番号:ENSG00000095585)
(A−21)リンパ球抗原86(登録番号:NM_004271)
(A−22)リンゴ酸デヒドロゲナーゼ1,NAD(可溶性)(登録番号:ENSG00000014641)
(A−23)推定される膜タンパク質(登録番号:AF070626)
(A−24)E1Aで誘導された遺伝子の細胞性リプレッサ(登録番号:NM_003851)
(A−25)エクスポーチン1(CRM1ホモログ,酵母)(登録番号:NM_003400)
(A−26)グルタミルプロリルtRNAシンセターゼ(登録番号:NM_004446)
(A−27)ソーティングネキシン13(登録番号:AL353943)
(A−28)仮想DKFZp451J1719(登録番号:AF116608)
(A−29)ACN9ホモログ(S.cerevisiae)(登録番号:AF201933)
(A−30)アナプラスチックリンフォーマキナーゼ(Ki−1)(登録番号:D45915)
(A−31)中心体タンパク質1(登録番号:NM_007018)
(A−32)リガチン(登録番号:AF220417)
(A−33)エイティーピーアーゼ,水素輸送,リソソーム付属タンパク質2(登録番号:AF248966)
(A−34)膜内タンパク質,ミトコンドリア性(ミトフィリン)(登録番号:NM_006839)
(A−35)タンパク質チロシンフォスファターゼ,非受容体タイプ12(登録番号:NM_002835)
(A−36)ピルビン酸デヒドロゲナーゼ(リポアミド)β(登録番号:M34479)
(A−37)unc−50ホモログ(C.elegans)(登録番号:AF077038)
(A−38)仮想タンパク質FLJ20003(登録番号:NM_017615)
(A−39)仮想タンパク質KIAA1109(登録番号:AB029032)
(A−40)タビー様タンパク質3(登録番号:NM_003324)
(A−41)二重特異性ホスファターゼ5(登録番号:NM_004419)
(A−42)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ7(登録番号:BC005365)
(A−43)B細胞抑制因子α中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の核因子(登録番号:NM_020529)
(A−44)ぞうげ質マトリクス酸性リンタンパク質(登録番号:NM_004407)
(A−45)クルッペル様因子5(腸)(登録番号:NM_001730)
(A−46)イヅロネート2−スルファターゼ(ハンター症候群)(登録番号:NM_006123)
(A−47)CD83抗原(活性化されたBリンパ球,免疫グロブリンのスーパーファミリー)(登録番号:NM_004233)
(A−48)リングフィンガータンパク質121(登録番号:NM_018320)
(A−49)コアプロモーター因子結合タンパク質(登録番号:NM_001300)及び
(A−50)血清/糖質コルチコイドで調節されたキナーゼ(登録番号:NM_005627)。
(a)被験者xに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルxを得る工程、
(b)工程(a)で得られた発現プロファイルxを、非糖尿病の被験者yに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程(a)と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群についての発現プロファイルyと比較する工程、及び
(c)工程(b)で、発現プロファイルxが発現プロファイルyと有意に異なる場合に、被験者xが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、MAPキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びp38MAPKシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群(以下、「MAPK遺伝子群」ということがある)に含まれていることを特徴とする方法に関する。
(B−1)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ6(登録番号:Aff. ID 1552631_a_at)
(B−2)リボソームタンパク質S6キナーゼ,90キロダルトン,ポリペプチド2(登録番号:Aff. ID 1557970_s_at)
(B−3)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ2(登録番号:Aff. ID 1565130_at)
(B−4)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ2(登録番号:Aff. ID 201460_at)
(B−5)v−jun肉腫ウイルス17癌遺伝子ホモログ(鳥類)(登録番号:Aff. ID 201464_x_at)
(B−6)B細胞抑制因子α中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の核因子(登録番号:Aff. ID 201502_s_at)
(B−7)v−rafネズミ肉腫3611ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 201895_at)
(B−8)Rapグアニンヌクレオチド交換因子(GEF)2(登録番号:Aff. ID 203096_s_at)
(B−9)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ3(登録番号:Aff. ID 203514_at)
(B−10)ELK1,ETS癌遺伝子ファミリーのメンバー(登録番号:Aff. ID 203617_x_at )
(B−11)CCAAT/増強剤結合タンパク質(C/EBP),α(登録番号:Aff. ID 204039_at)
(B−12)TNF受容体関連因子2(登録番号:Aff. ID 204413_at)
(B−13)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ4(登録番号:Aff. ID 204707_s_at)
(B−14)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ5(登録番号:Aff. ID 204756_at)
(B−15)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ14(登録番号:Aff. ID 205192_at)
(B−16)v−rafネズミ肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログB1(登録番号:Aff. ID 206044_s_at)
(B−17)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ10(登録番号:Aff. ID 206362_x_at)
(B−18)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ6(登録番号:Aff. ID 207121_s_at)
(B−19)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ3(登録番号:Aff. ID 207667_s_at)
(B−20)MADSボックス転写増強剤因子2,ポリペプチドA(ミオサイト増強剤因子2A)(登録番号:Aff. ID 208328_s_at)
(B−21)v−fosFBJネズミ骨肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 209189_at)
(B−22)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ7(登録番号:Aff. ID 209951_s_at)
(B−23)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ13(登録番号:Aff. ID 210058_at)
(B−24)v−Ha−rasハーベイラット肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 212983_at)
(B−25)成長因子受容体結合タンパク質2(登録番号:Aff. ID 215075_s_at)
(B−26)MAPキナーゼ相互作用セリン/トレオニンキナーゼ2(登録番号:Aff. ID 218205_s_at)
(B−27)細胞分裂サイクル42(GTP結合タンパク質,25キロダルトン)(登録番号:Aff. ID 1556931_at)
(B−28)ホスフォリパーゼA2,VI群(細胞質ゾル,カルシウム非依存性)(登録番号:Aff. ID 204691_x_at)
(B−29)DNA損傷誘導性転写3(登録番号:Aff. ID 209383_at)
(B−30)早期成長応答1(登録番号:Aff. ID 201693_s_at)及び
(B−31)神経成長因子,βポリペプチド(登録番号:Aff. ID 206814_at)。
(a)被験者xに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルxを得る工程、
(b)工程(a)で得られた発現プロファイルxを、非糖尿病の被験者yに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程(a)と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群についての発現プロファイルyと比較する工程、及び
(c)工程(b)で、発現プロファイルxが発現プロファイルyと有意に異なる場合に、被験者xが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ユビキノン生合成系及びATP合成系に属する遺伝子群(以下、「OXPHOS遺伝子群」ということがある)に含まれていることを特徴とする方法に関する。
(C−1)無機ピロホスファターゼ2(登録番号:Aff. ID 1554499_s_at)
(C−2)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質4,18キロダルトン(NADHコエンザイムQリダクターゼ)(登録番号:Aff. ID 1555057_at)
(C−3)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットd(登録番号:Aff. ID 1555998_at)
(C−4)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,Oサブユニット(オリゴマイシン感受性付与タンパク質)(登録番号:Aff. ID 1564482_at)
(C−5)BCL2様1(登録番号:Aff. ID 1569067_at)
(C−6)1含有TatD ディーエヌアーゼドメイン(登録番号:Aff. ID 1569230_at)
(C−7)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,αサブユニット,イソフォーム1,心筋(オリゴマイシン感受性付与タンパク質)(登録番号:Aff. ID 1569891_at)
(C−8)ATPアーゼ,水素輸送,リソソーム9キロダルトン,V0サブユニットe///ATPアーゼ,水素輸送,リソソーム9キロダルトン,V0サブユニットe(登録番号:Aff. ID 200096_s_at)
(C−9)スーパーオキシドディスムーターゼ1,可溶性(アミオトロフィック・ラテラル・スクレロシス1(大人))(登録番号:Aff. ID 200642_at)
(C−10)ユビキノール−チトクロームcリダクターゼコアタンパク質II(登録番号:Aff. ID 200883_at)
(C−11)チトクロームcオキシダーゼサブユニットVIaポリペプチド1(登録番号:Aff. ID 200925_at)
(C−12)チトクロームcオキシダーゼサブユニットVIIc(登録番号:Aff. ID 201134_x_at)
(C−13)チトクロームcオキシダーゼサブユニットVIc(登録番号:Aff. ID 201754_at)
(C−14)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質2,49キロダルトン(NADHコエンザイムQリダクターゼ)(登録番号:Aff. ID 201966_at)
(C−15)ユビキノール−チトクロームcリダクターゼヒンジタンパク質(登録番号:Aff. ID 202233_s_at)
(C−16)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットF6(登録番号:Aff. ID 202325_s_at)
(C−17)ATPアーゼ,水素輸送,リソソーム42キロダルトン,V1サブユニットC,イソフォーム1(登録番号:Aff. ID 202872_at)
(C−18)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス,3,12キロダルトン(登録番号:Aff. ID 203371_s_at)
(C−19)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1,サブコンプレックス不明,1,6キロダルトン(登録番号:Aff. ID 203478_at)
(C−20)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス,5,16キロダルトン(登録番号:Aff. ID 203621_at)
(C−21)チトクロームcオキシダーゼサブユニットVa(登録番号:Aff. ID 203663_s_at)
(C−22)COX10ホモログ,チトクロームcオキシダーゼアッセンブリータンパク質,ヘムA:ファーネシルトランスフェラーゼ(酵母)(登録番号:Aff. ID 203858_s_at)
(C−23)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1αサブコンプレックス,アッセンブリー因子1(登録番号:Aff. ID 204125_at)
(C−24)プログラムされた細胞死8(アポトーシス誘導因子)(登録番号:Aff. ID 205512_s_at)
(C−25)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,γポリペプチド1(登録番号:Aff. ID 205711_x_at)
(C−26)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットc(サブユニット9)イソフォーム3(登録番号:Aff. ID 207507_s_at)
(C−27)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットc(サブユニット9)イソフォーム2(登録番号:Aff. ID 207552_at)
(C−28)ATPアーゼ,水素輸送,リソソーム34キロダルトン,V1サブユニットD(登録番号:Aff. ID 208898_at)
(C−29)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットc(サブユニット9)イソフォーム1(登録番号:Aff. ID 208972_s_at)
(C−30)非カップリングタンパク質2(ミトコンドリア,プロトンキャリア)(登録番号:Aff. ID 208997_s_at)
(C−31)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質7,20キロダルトン(NADHコエンザイムQリダクターゼ)///NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質7,20キロダルトン(NADHコエンザイムQリダクターゼ)(登録番号:Aff. ID 211752_s_at)
(C−32)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットb,イソフォーム1///ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットb,イソフォーム1(登録番号:Aff. ID 211755_s_at)
(C−33)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,Oサブユニット(オリゴマイシン感受性付与タンパク質)(登録番号:Aff. ID 216954_x_at)
(C−34)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,εサブユニット(登録番号:Aff. ID 217801_at)
(C−35)ピロホスファターゼ(無機)(登録番号:Aff. ID 217848_s_at)
(C−36)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1,サブコンプレックス不明,2,14.5キロダルトン(登録番号:Aff. ID 218101_s_at)
(C−37)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1 αサブコンプレックス,8,19キロダルトン(登録番号:Aff. ID 218160_at)
(C−38)ユビキノール−チトクロームcリダクターゼ複合体(7.2キロダルトン)(登録番号:Aff. ID 218190_s_at)
(C−39)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1,βサブコンプレックス,2,8キロダルトン(登録番号:Aff. ID 218200_s_at)
(C−40)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1,βサブコンプレックス,4,15キロダルトン(登録番号:Aff. ID 218226_s_at)
(C−41)無機ピロホスファターゼ2(登録番号:Aff. ID 220741_s_at)及び
(C−42)KIAA1387タンパク質///KIAA1387タンパク質(登録番号:Aff. ID 224474_x_at)。
(A)被験糖尿病患者の治療開始前と治療開始後に採取したヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得る工程、
(B)工程(A)で測定された治療開始前の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと治療開始後の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルとを比較する工程、及び
(C)治療開始後の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルが治療開始前の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと有意に異なり、糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失又は低減した場合に治療効果があったと判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、下記(D−1)乃至(D−50)の遺伝子群に含まれていることを特徴とする方法に関する:
(D−1)フォークヘッドボックスP1(登録番号:NM_016477)
(D−2)CD24抗原(小細胞肺癌クラスター4抗原)(登録番号:NM_013230)
(D−3)リボソームタンパク質L29(登録番号:NM_000992)
(D−4)真核細胞翻訳延長因子1Δ(グアニンヌクレオチド交換タンパク質)(登録番号:NM_032378)
(D−5)ELK3,ETS−ドメインタンパク質(SRF付属タンパク質2)(登録番号:NM_005230)
(D−6)核受容体サブファミリー3,C群,メンバー1(糖質コルチコイド受容体)(登録番号:NM_000176)
(D−7)ニューロテンシン受容体1(高親和性)(登録番号:NM_002531)
(D−8)内在性膜タンパク質2A(登録番号:NM_004867)
(D−9)真正小歯ホモログ2(Drosophila)(登録番号:NM_021728)
(D−10)エステラーゼ2A(登録番号:NM_033440)
(D−11)外部ミトコンドリア膜トランスロカーゼ22ホモログ(酵母)(登録番号:NM_020243)
(D−12)エンドスルフィンα(登録番号:NM_004436)
(D−13)CD226抗原(登録番号:NM_006566)
(D−14)一時受容体ポテンシャル陽イオンチャンネル,サブファミリーV,メンバー4(登録番号:NM_021625)
(D−15)ADP−リボシレーション因子相互作用タンパク質2(アーファプチン2)(登録番号:NM_012402)
(D−16)ブラジキニン受容体B2(登録番号:NM_000623)
(D−17)リボソームタンパク質S3(登録番号:NM_001005)
(D−18)コンタクチン関連タンパク質様2(登録番号:NM_014141)
(D−19)ミオシン,光ポリペプチドキナーゼ(登録番号:NM_005965)
(D−20)ジペプチダーゼ1(腎性)(登録番号:NM_004413)
(D−21)卵黄黄斑ジストロフィー(ベスト病,bestrophin)(登録番号:AF057170)
(D−22)ケモカイン(C−Cモチーフ)リガンド5(登録番号:NM_002985)
(D−23)1−アシルグリセロール−3−ホスフェート O−アシルトランスフェラーゼ1(リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼα)(登録番号:NM_032741)
(D−24)ジンクフィンガータンパク質,サブファミリー1A,4(Eos)(登録番号:NM_022465)
(D−25)ベンゾジアゼピン受容体(周囲)(登録番号:NM_000714)
(D−26)KIAA0174遺伝子産物(登録番号:NM_014761)
(D−27)死亡率因子4様2(登録番号:NM_012286)
(D−28)セリン(又はシステイン)プロテイナーゼ阻害因子,クレードB(オボアルブミン),メンバー13(登録番号:NM_012397)
(D−29)IKサイトカイン,HLA IIのダウンレギュレーター(登録番号:AL050296)
(D−30)リポ多糖誘導TNF因子(登録番号:NM_004862)
(D−31)ARF結合タンパク質1含有ゴルジ関連γアダプチンイーヤ(登録番号:NM_013365)
(D−32)一時受容体ポテンシャル陽イオンチャンネル,サブファミリーM,メンバー5(登録番号:NM_014555)
(D−33)高移動性群ヌクレオソーム結合ドメイン1(登録番号:NM_004965)
(D−34)サイクリンT1(登録番号:NM_001240)
(D−35)v−maf筋腱膜繊維肉腫癌遺伝子ホモログ(鳥類)(登録番号:NM_005360)
(D−36)配列相同性18,メンバーBを伴うファミリー(登録番号:AF223467)
(D−37)DNA結合2の阻害因子,優性陰性ヘリックス−ループ−ヘリックスタンパク質(登録番号:NM_002166)
(D−38)TAF11 RNAポリメラーゼII,TATAボックス結合タンパク質(TBP)関連因子,28キロダルトン(登録番号:ENSG00000064995)
(D−39)カドヘリン11,2型,OB−カドヘリン(骨芽細胞)(登録番号:D21255)
(D−40)甲状腺ホルモン受容体,α(赤芽球症白血病ウイルス(v−erb−a)癌遺伝子ホモログ,鳥類)(登録番号:X55005)
(D−41)ジンクフィンガータンパク質160(登録番号:X78928)
(D−42)ホスフォリパーゼA2,X群(登録番号:ENSG00000069764)
(D−43)仮想タンパク質FLJ23120(登録番号:AK026773)
(D−44)ホスフォイノシチド−3−キナーゼ,クラス2,γポリペプチド(登録番号:AJ000008)
(D−45)仮想タンパク質IMAGE:4215339(登録番号:AC005328)
(D−46)カテプシンE(登録番号:AJ250716)
(D−47)ケモカイン(Cモチーフ)受容体1(登録番号:NM_005283)
(D−48)細胞分裂のデディケーター9(登録番号:ENSG00000088387)
(D−49)リングフィンガータンパク質39(登録番号:AF238317)及び
(D−50)クロモゾーム17オープンリーディングフレーム28(登録番号:AL137556)。
(A)被験糖尿病患者の治療開始前と治療開始後に採取したヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得る工程、
(B)工程(A)で測定された治療開始前の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと治療開始後の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルとを比較する工程、及び
(C)治療開始後の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルが治療開始前の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと有意に異なり、糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失又は低減した場合に治療効果があったと判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、MAPキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びp38MAPKシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群(以下、「MAPK遺伝子群」ということがある)に含まれていることを特徴とする方法に関する。
(E−1)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ11(登録番号:Aff. ID 1558984_at)
(E−2)CREB結合タンパク質(ルビンシュタイン−タイビ症候群)(登録番号:Aff. ID 1559295_at)
(E−3)p21/Cdc42/Rac1活性化キナーゼ1(STE20ホモログ,酵母)(登録番号:Aff. ID 1565772_at)
(E−4)TNFRSF1A関連ビアデスドメイン(登録番号:Aff. ID 1729_at)
(E−5)転写1のシグナルトランスデユーサー及びアクチベーター,91キロダルトン(登録番号:Aff. ID 200887_s_at)
(E−6)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ2(登録番号:Aff. ID 201460_at)
(E−7)v−jun肉腫ウイルス17癌遺伝子ホモログ(鳥類)(登録番号:Aff. ID 201464_x_at)
(E−8)v−rafネズミ肉腫3611ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 201895_at)
(E−9)v−myc骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子ホモログ(鳥類)(登録番号:Aff. ID 202431_s_at)
(E−10)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ3(登録番号:Aff. ID 202787_s_at)
(E−11)変換成長因子,β1(カムラチ−エンゲルマン病)(登録番号:Aff. ID 203084_at)
(E−12)Rapグアニンヌクレオチド交換因子(GEF)2(登録番号:Aff. ID 203097_s_at)
(E−13)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ4(登録番号:Aff. ID 203265_s_at)
(E−14)リボソームタンパク質S6キナーゼ,90キロダルトン,ポリペプチド1(登録番号:Aff. ID 203379_at)
(E−15)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ3(登録番号:Aff. ID 203514_at)
(E−16)ELK1,ETS癌遺伝子ファミリーのメンバー(登録番号:Aff. ID 203617_x_at)
(E−17)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ4(登録番号:Aff. ID 204707_s_at)
(E−18)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ10(登録番号:Aff. ID 204813_at)
(E−19)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ10(登録番号:Aff. ID 206362_x_at)
(E−20)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ7(登録番号:Aff. ID 207292_s_at)
(E−21)v−fosFBJネズミ骨肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 209189_at)
(E−22)B細胞中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の抑制剤,キナーゼβ(登録番号:Aff. ID 209341_s_at)
(E−23)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ13(登録番号:Aff. ID 210058_at)
(E−24)v−Ha−rasハーベイラット肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 212983_at)
(E−25)成長因子受容体結合タンパク質2(登録番号:Aff. ID 215075_s_at)
(E−26)MAPキナーゼ相互作用セリン/トレオニンキナーゼ2(登録番号:Aff. ID 218205_s_at)
(E−27)高移動性群ヌクレオソーム結合ドメイン1(登録番号:Aff. ID 200943_at)
(E−28)DNA損傷誘導性転写3(登録番号:Aff. ID 209383_at)及び
(E−29)グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質),qポリペプチド(登録番号:Aff. ID 202615_at)。
(i)t値の絶対値が6以上の(A−1)及び/又は(A−2)を含むように、(A−1)乃至(A−50)の中から遺伝子を選択する、
(ii)t値の絶対値が5.5以上の(A−1)乃至(A−6)及び(A−50)の7遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(A−1)乃至(A−50)の中から遺伝子を選択する、もしくは
(iii)t値の絶対値が5.0以上の(A−1)乃至(A−31)及び(A−45)乃至(A−50)の37遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(A−1)乃至(A−50)の中から遺伝子を選択することができる。
(i)p値が1×10―3以下の(B−6)、(B−7)、(B−22)及び(B−29)の4遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(B−1)乃至(B−31)の中から遺伝子を選択する、もしくは
(ii)p値が1×10―2以下の(B−2)、(B−4)、(B−5)、(B−6)、(B−7)、(B−11)、(B−13)、(B−15)、(B−16)、(B−21)、(B−22)、(B−24)、(B−25)、(B−26)、(B−29)及び(B−30)の16遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(B−1)乃至(B−31)の中から遺伝子を選択することができる。
(i)p値が1×10―3以下の(C−1)、(C−6)、(C−10)、(C−21)、(C−25)、(C−26)、(C−29)、(C−37)、(C−38)及び(C−39)の10遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(C−1)乃至(C−42)の中から遺伝子を選択する、もしくは
(ii)p値が1×10―2以下の(C−1)、(C−6)、(C−7)、(C−9)、(C−10)、(C−15)、(C−16)、(C−19)、(C−20)、(C−21)、(C−22)、(C−24)、(C−25)、(C−26)、(C−27)、(C−28)、(C−29)、(C−30)、(C−32)、(C−33)、(C−34)、(C−37)、(C−38)、(C−39)、(C−40)及び(C−41)の26遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(C−1)乃至(C−42)の中から遺伝子を選択することができる。
(i)t値の絶対値が7以上の(D−1)及び/又は(D−2)を含むように、(D−1)乃至(D−50)の中から遺伝子を選択する、
(ii)t値の絶対値が6.5以上の(D−1)乃至(D−10)の10遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(D−1)乃至(D−50)の中から遺伝子を選択する、もしくは
(iii)t値の絶対値が6.0以上の(D−1)乃至(D−18)及び(D−44)乃至(D−50)の25遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(D−1)乃至(D−50)の中から遺伝子を選択することができる。
(i)p値が1×10―3以下の(E−6)、(E−14)、(E−22)、(E−27)及び(E−29)の5遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(E−1)乃至(E−29)の中から遺伝子を選択する、もしくは
(ii)p値が1×10―2以下の(E−1)、(E−6)、(E−9)、(E−12)、(E−13)、(E−14)、(E−16)、(E−19)、(E−20)、(E−21)、(E−22)、(E−24)、(E−25)、(E−27)、(E−28)及び(E−29)の16遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、(E−1)乃至(C−29)の中から遺伝子を選択することができる。
1.対象
糖尿病患者57名(2型糖尿病患者:49名;1型糖尿病患者:8名)と、健常者16名を対象とした。これらの対象者の血液の生化学検査結果を、臨床背景として表1に示す。なお、血液の生化学検査の方法は、臨床的に一般的に行われている方法を採用した。
(2−1)末梢血白血球からのRNAの調製
(2−1−1)Micro RNA Isolation Kit(Stratagene)及びRNeasy Mini Spin Column(QIAGEN)を用いる方法
(i)採血した血液(ヘパリン添加)10mlをフィコール−ハイパーク法(密度勾配遠心分離法)に供し、末梢血白血球を分取した。
(i)パクスジーンRNA真空採血管(QIAGEN;cat#762105)に、全血2.5mlを採取した。
(株)DNAチップ研究所において作製された約3万の遺伝子に対応するオリゴヌクレオチド・プローブ(センス鎖)が搭載されたマイクロ・チップ(AceGene(登録商標)Human Oligo Chip 30K)を用い、遺伝子発現量の解析を行った。具体的には、次の手順で行った。
2.で得られたデータ(すべての検体についての測定された全遺伝子の発現量)を用いて、発現プロファイルの類似性をもとにクラスター分類を行った。結果の詳細は示さないが、糖尿病の症例と健常者、さらには糖尿病の治療前後に大きく分類された。
実施例1で遺伝子発現量を測定した約3万種の遺伝子の発現量データを、BRB−ArrayToolsソフトウエアで解析し、糖尿病患者と健常者との間で発現に有意差(P<0.00001;亢進又は減弱)が見られる遺伝子(t値の絶対値で上位50番まで)を選択した。それらを表3に示す。
実施例1で測定された遺伝子発現量を用い、糖尿病患者(57検体)と健常者(16検体)の実施例2で選択された50遺伝子の発現量を、各種アルゴリズム(複合共変予測(compound covariate predictor)、対角線形判別分析(diagonal linear discriminant analysis)、1−最近隣法(1−nearest neighbor)、3−最近隣法(3‐nearest neighbors)、最近隣セントロイド(nearest Centroid)、サポート・ベクター・マシーンズ (support vector machines))により統計処理し、検体を2群(糖尿病である群と健常者の群)に分けた。その結果を、実際の状況(糖尿病患者か健常者か)と照らし合わせ、正解率を求めた。結果を表4に示す。これは、教師付き学習法による診断予測確率の算出に相当する。
実施例1で遺伝子発現量を測定した約3万種の遺伝子の発現量データを、BRB−ArrayToolsソフトウエアで解析し、糖尿病の治療(血糖コントロール)前後で有意(P<0.00001)に発現変動する遺伝子(t値の絶対値で上位50番まで)を選択した。それらを表5に示す。
実施例1で測定された遺伝子発現量を用い、糖尿病患者の治療開始前と治療開始後の実施例4で選択された50遺伝子の発現量を、各種アルゴリズム(複合共変予測(compound covariate predictor)、対角線形判別分析(diagonal linear discriminant analysis)、1−最近隣法(1−nearest neighbor)、3−最近隣法(3‐nearest neighbors)、最近隣セントロイド(nearest Centroid)、サポート・ベクター・マシーンズ (support vector machines))により統計処理し、検体を2群(糖尿病の治療開始前の群と治療開始後の群)に分けた。その結果を、実際の状況(糖尿病の治療開始前か治療開始後か)と照らし合わせ、正解率を求めた。結果を表6に示す。これは、教師付き学習法に相当する。
AceGene(登録商標)Human Oligo Chip 30Kに搭載されているオリゴヌクレオチドを有する遺伝子のそれぞれを、何れのパスウェイに属するかで分類した(ある遺伝子が、2種以上のパスウェイに属する場合もある)。なお、本発明者等が535のヒト遺伝子セットをスクリーニングしたところ、それらの遺伝子セットは、285の BioCarta pathways、101のKEGG pathways、そして149の遺伝子セットのひとつ又は複数に含まれていた。
実施例1で得られたデータを、MAPPFinderソフトウェアで解析した。
MAPK遺伝子群中、MAPPFinderでカバーしている遺伝子各々について、全検体のデータの平均値が0、分散が1となるようにデータを標準化した後、その標準化後の値について、糖尿病患者群と健常者群それぞれについて平均値と分散とを求め、次いで糖尿病患者群における平均値(X)を健常者群における平均値(Y)で除した。
MAPK遺伝子群中、MAPPFinderでカバーしている遺伝子各々について、全検体のデータの平均値が0、分散が1となるようにデータを標準化した後、その標準化後の値について、糖尿病の治療開始前群と治療開始後群それぞれについて平均値と分散とを求め、次いで治療開始後群における平均値を治療開始前群における平均値で除した。
OXPHOS遺伝子群中、MAPPFinderでカバーしている遺伝子各々について、全検体のデータの平均値が0、分散が1となるようにデータを標準化した後、その標準化後の値について、糖尿病患者群と健常者群それぞれについて平均値と分散とを求め、次いで糖尿病患者群における平均値(X)を健常者群における平均値(Y)で除した。
OXPHOS遺伝子群中、MAPPFinderでカバーしている遺伝子各々について、全検体のデータの平均値が0、分散が1となるようにデータを標準化した後、その標準化後の値について、糖尿病の治療開始前群と治療開始後群それぞれについて平均値と分散とを求め、次いで治療開始後群における平均値を治療開始前群における平均値で除した。
これらの経路に属する遺伝子群の発現動態をより明解にするために、BRB−ArrayToolsソフトウエアを用い、MAPK遺伝子群(82遺伝子)とOXPHOS遺伝子群(70遺伝子)について、各検体における各遺伝子の発現量を標準化し、症例(糖尿病患者、健常者、治療前の糖尿病患者及び治療後の糖尿病患者)ごとに平均化したスコア(症例ごとのMAPK平均セントロイド(MAPK mean Centroid)と、症例ごとのOXPHOS平均セントロイド(OXPHOS mean Centroid))を求めた。
実施例8において症例ごとのMAPK平均セントロイドの算出に使用した、検体ごとのMAPK平均セントロイドと、糖尿病の病態(肥満(BMI値)、空腹時血糖値(空腹時血漿グルコース)、グリコヘモグロビン量)との相関の有無を、ピヤソンのrによって求めた。
(1)先に示したように、表7に示されたMAPK遺伝子群(82遺伝子)は、全体として、糖尿病患者と健常者とでは発現量に有意差があり、また、治療の前後でも有意差があった。一方、表8に示すOXPHOS遺伝子群(70遺伝子)は、全体として、糖尿病患者と健常者とでは発現量に有意差があった。そこで、より少ない種類の遺伝子を用いて発現プロファイルを得た場合でも、同様の有意差が見られるか否かを検討した。
(1)MAPK遺伝子群の利用
実施例1に記載の方法で、被験者1名の白血球RNAに由来するMAPK遺伝子82種(表7に記載されたもの;但し、実施例8に記載したように、測定データは99種である)の遺伝子発現量を測定した。次いで、実施例8におけるデータを利用して、この被験者の各遺伝子の発現量を標準化した。その標準化後のデータを用い、この被験者のMAPK平均セントロイドを算出したところ、0.176であった。従って、この被験者は糖尿病であると判定した。この判定は正しかった。
実施例1に記載の方法で、上記(1)と同じ被験者の白血球に由来するOXPHOS遺伝子70種(表8に記載されたもの;但し、実施例8に記載したように、測定データは77種である)の遺伝子発現量を測定した。次いで、実施例8におけるデータを利用して、この被験者の各遺伝子の発現量を標準化した。その標準化後のデータを用い、この被験者のOXPHOS平均セントロイドを算出したところ、−0.507であった。従って、この被験者は糖尿病であると判定した。この判定は正しかった。
実施例11(1)において測定を行った被験者について、血糖をコントロールする治療を施した後、同様の方法でMAPK平均セントロイドを算出した。その結果は、−0.361であった。このデータより、この被験者においては治療効果があがっていると判定された。実際、血糖値等の臨床パラメータからも、糖尿病が軽快していることが確かめられた。
Claims (5)
- 以下の配列番号又はデータベースの登録番号で表される遺伝子からなる群から選択される少なくとも10以上の遺伝子を含む、被験者xが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定するための遺伝子セット:
(A−1)仮想タンパク質LOC54103(登録番号:AL079277)(配列番号1)
(A−2)ロイシンリッチ繰返し神経単位3(登録番号:AB060967)(配列番号2)
(A−3)13キロダルトンの分化関連タンパク質(登録番号:BC005936)(配列番号3)
(A−4)エモパミル結合関連タンパク質,Δ8−Δ7ステロールイソメラーゼ関連タンパク質(登録番号:AF243433)(配列番号4)
(A−5)グリコシルトランスフェラーゼAD−017(登録番号:NM_018446)(配列番号5)
(A−6)過酸化レドキシン3(登録番号:NM_006793)(配列番号6)
(A−7)IgEのFcフラグメント,高親和性I,α−ポリペプチドの受容体(登録番号:NM_002001)(配列番号7)
(A−8)シグナルペプチダーゼ12キロダルトン(登録番号:ENSG00000114902)(配列番号8)
(A−9)オクタマー結合含有非POUドメイン(登録番号:L32558)(配列番号9)
(A−10)NP220核タンパク質(登録番号:AF273049)(配列番号10)
(A−11)仮想タンパク質FLJ10652(登録番号:NM_018169)(配列番号11)
(A−12)クロモゾーム14のオープンリーディングフレーム109(登録番号:AL080118)(配列番号12)
(A−13)アポトーシス関連タンパク質3(登録番号:NM_004632)(配列番号13)
(A−14)AUT様1システインエンドペプチダーゼ(S.cerevisiae)(登録番号:ENSG00000125703)(配列番号14)
(A−15)組換えタンパク質REC14(登録番号:AF309553)(配列番号15)
(A−16)エステラーゼD/ホルミルグルタチオンヒドロラーゼ(登録番号:AF112219)(配列番号16)
(A−17)膜貫通タンパク質14B(登録番号:NM_030969)(配列番号17)
(A−18)Myc関連タンパク質(登録番号:AF083244)(配列番号18)
(A−19)真核細胞の翻訳開始因子(elF)2A(登録番号:AF212241)(配列番号19)
(A−20)B細胞リンカー(登録番号:ENSG00000095585)(配列番号20)
(A−21)リンパ球抗原86(登録番号:NM_004271)(配列番号21)
(A−22)リンゴ酸デヒドロゲナーゼ1,NAD(可溶性)(登録番号:ENSG00000014641)(配列番号22)
(A−23)推定される膜タンパク質(登録番号:AF070626)(配列番号23)
(A−24)E1Aで誘導された遺伝子の細胞性リプレッサ(登録番号:NM_003851)(配列番号24)
(A−25)エクスポーチン1(CRM1ホモログ,酵母)(登録番号:NM_003400)(配列番号25)
(A−26)グルタミルプロリルtRNAシンセターゼ(登録番号:NM_004446)(配列番号26)
(A−27)ソーティングネキシン13(登録番号:AL353943)(配列番号27)
(A−28)仮想DKFZp451J1719(登録番号:AF116608)(配列番号28)
(A−29)ACN9ホモログ(S.cerevisiae)(登録番号:AF201933)(配列番号29)
(A−30)アナプラスチックリンフォーマキナーゼ(Ki−1)(登録番号:D45915)(配列番号30)
(A−31)中心体タンパク質1(登録番号:NM_007018)(配列番号31)
(A−32)リガチン(登録番号:AF220417)(配列番号32)
(A−33)エイティーピーアーゼ,水素輸送,リソソーム付属タンパク質2(登録番号:AF248966)(配列番号33)
(A−34)膜内タンパク質,ミトコンドリア性(ミトフィリン)(登録番号:NM_006839)(配列番号34)
(A−35)タンパク質チロシンホスファターゼ,非受容体タイプ12(登録番号:NM_002835)(配列番号35)
(A−36)ピルビン酸デヒドロゲナーゼ(リポアミド)β(登録番号:M34479)(配列番号36)
(A−37)unc−50ホモログ(C.elegans)(登録番号:AF077038)(配列番号37)
(A−38)仮想タンパク質FLJ20003(登録番号:NM_017615)(配列番号38)
(A−39)仮想タンパク質KIAA1109(登録番号:AB029032)(配列番号39)
(A−40)タビー様タンパク質3(登録番号:NM_003324)(配列番号40)
(A−41)二重特異性ホスファターゼ5(登録番号:NM_004419)(配列番号41)
(A−42)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ7(登録番号:BC005365)(配列番号42)
(A−43)B細胞抑制因子α中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の核因子(登録番号:NM_020529)(配列番号43)
(A−44)ぞうげ質マトリクス酸性リンタンパク質(登録番号:NM_004407)(配列番号44)
(A−45)クルッペル様因子5(腸)(登録番号:NM_001730)(配列番号45)
(A−46)イヅロネート2−スルファターゼ(ハンター症候群)(登録番号:NM_006123)(配列番号46)
(A−47)CD83抗原(活性化されたBリンパ球,免疫グロブリンのスーパーファミリー)(登録番号:NM_004233)(配列番号47)
(A−48)リングフィンガータンパク質121(登録番号:NM_018320)(配列番号48)
(A−49)コアプロモーター因子結合タンパク質(登録番号:NM_001300)及び(配列番号49)
(A−50)血清/糖質コルチコイドで調節されたキナーゼ(登録番号:NM_005627)(配列番号50)。 - 以下の配列番号又はデータベースの登録番号で表される遺伝子からなる群から選択される少なくとも10以上の遺伝子を含む、被験者xが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定するための遺伝子セット:
(B−1)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ6(登録番号:Aff. ID 1552631_a_at)(配列番号51)
(B−2)リボソームタンパク質S6キナーゼ,90キロダルトン,ポリペプチド2(登録番号:Aff. ID 1557970_s_at)(配列番号52)
(B−3)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ2(登録番号:Aff. ID 1565130_at)(配列番号53)
(B−4)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ2(登録番号:Aff. ID 201460_at)(配列番号54)
(B−5)v−jun肉腫ウイルス17癌遺伝子ホモログ(鳥類)(登録番号:Aff. ID 201464_x_at)(配列番号55)
(B−6)B細胞抑制因子α中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の核因子(登録番号:Aff. ID 201502_s_at)(配列番号56)
(B−7)v−rafネズミ肉腫3611ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 201895_at)(配列番号57)
(B−8)Rapグアニンヌクレオチド交換因子(GEF)2(登録番号:Aff. ID 203096_s_at)(配列番号58)
(B−9)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ3(登録番号:Aff. ID 203514_at)(配列番号59)
(B−10)ELK1,ETS癌遺伝子ファミリーのメンバー(登録番号:Aff. ID 203617_x_at )(配列番号60)
(B−11)CCAAT/増強剤結合タンパク質(C/EBP),α(登録番号:Aff. ID 204039_at)(配列番号61)
(B−12)TNF受容体関連因子2(登録番号:Aff. ID 204413_at)(配列番号62)
(B−13)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ4(登録番号:Aff. ID 204707_s_at)(配列番号63)
(B−14)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ5(登録番号:Aff. ID 204756_at)(配列番号64)
(B−15)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ14(登録番号:Aff. ID 205192_at)(配列番号65)
(B−16)v−rafネズミ肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログB1(登録番号:Aff. ID 206044_s_at)(配列番号66)
(B−17)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ10(登録番号:Aff. ID 206362_x_at)(配列番号67)
(B−18)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ6(登録番号:Aff. ID 207121_s_at)(配列番号68)
(B−19)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ3(登録番号:Aff. ID 207667_s_at)(配列番号69)
(B−20)MADSボックス転写増強剤因子2,ポリペプチドA(ミオサイト増強剤因子2A)(登録番号:Aff. ID 208328_s_at)(配列番号70)
(B−21)v−fosFBJネズミ骨肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 209189_at)(配列番号71)
(B−22)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ7(登録番号:Aff. ID 209951_s_at)(配列番号72)
(B−23)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ13(登録番号:Aff. ID 210058_at)(配列番号73)
(B−24)v−Ha−rasハーベイラット肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 212983_at)(配列番号74)
(B−25)成長因子受容体結合タンパク質2(登録番号:Aff. ID 215075_s_at)(配列番号75)
(B−26)MAPキナーゼ相互作用セリン/トレオニンキナーゼ2(登録番号:Aff. ID 218205_s_at)(配列番号76)
(B−27)細胞分裂サイクル42(GTP結合タンパク質,25キロダルトン)(登録番号:Aff. ID 1556931_at)(配列番号77)
(B−28)ホスフォリパーゼA2,VI群(細胞質ゾル,カルシウム非依存性)(登録番号:Aff. ID 204691_x_at)(配列番号78)
(B−29)DNA損傷誘導性転写3(登録番号:Aff. ID 209383_at)(配列番号79)
(B−30)早期成長応答1(登録番号:Aff. ID 201693_s_at)(配列番号80)及び
(B−31)神経成長因子,βポリペプチド(登録番号:Aff. ID 206814_at)(配列番号81)。 - 以下の配列番号又はデータベースの登録番号で表される遺伝子からなる群から選択される少なくとも10以上の遺伝子を含む、被験者xが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定するための遺伝子セット:
(C−1)無機ピロホスファターゼ2(登録番号:Aff. ID 1554499_s_at)(配列番号82)
(C−2)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質4,18キロダルトン(NADHコエンザイムQリダクターゼ)(登録番号:Aff. ID 1555057_at)(配列番号83)
(C−3)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットd(登録番号:Aff. ID 1555998_at)(配列番号84)
(C−4)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,Oサブユニット(オリゴマイシン感受性付与タンパク質)(登録番号:Aff. ID 1564482_at)(配列番号85)
(C−5)BCL2様1(登録番号:Aff. ID 1569067_at)(配列番号86)
(C−6)1含有TatD ディーエヌアーゼドメイン(登録番号:Aff. ID 1569230_at)(配列番号87)
(C−7)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,αサブユニット,イソフォーム1,心筋(オリゴマイシン感受性付与タンパク質)(登録番号:Aff. ID 1569891_at)(配列番号88)
(C−8)ATPアーゼ,水素輸送,リソソーム9キロダルトン,V0サブユニットe///ATPアーゼ,水素輸送,リソソーム9キロダルトン,V0サブユニットe(登録番号:Aff. ID 200096_s_at)(配列番号89)
(C−9)スーパーオキシドディスムーターゼ1,可溶性(アミオトロフィック・ラテラル・スクレロシス1(大人))(登録番号:Aff. ID 200642_at)(配列番号90)
(C−10)ユビキノール−チトクロームcリダクターゼコアタンパク質II(登録番号:Aff. ID 200883_at)(配列番号91)
(C−11)チトクロームcオキシダーゼサブユニットVIaポリペプチド1(登録番号:Aff. ID 200925_at)(配列番号92)
(C−12)チトクロームcオキシダーゼサブユニットVIIc(登録番号:Aff. ID 201134_x_at)(配列番号93)
(C−13)チトクロームcオキシダーゼサブユニットVIc(登録番号:Aff. ID 201754_at)(配列番号94)
(C−14)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質2,49キロダルトン(NADHコエンザイムQリダクターゼ)(登録番号:Aff. ID 201966_at)(配列番号95)
(C−15)ユビキノール−チトクロームcリダクターゼヒンジタンパク質(登録番号:Aff. ID 202233_s_at)(配列番号96)
(C−16)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットF6(登録番号:Aff. ID 202325_s_at)(配列番号97)
(C−17)ATPアーゼ,水素輸送,リソソーム42キロダルトン,V1サブユニットC,イソフォーム1(登録番号:Aff. ID 202872_at)(配列番号98)
(C−18)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス,3,12キロダルトン(登録番号:Aff. ID 203371_s_at)(配列番号99)
(C−19)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1,サブコンプレックス不明,1,6キロダルトン(登録番号:Aff. ID 203478_at)(配列番号100)
(C−20)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1βサブコンプレックス,5,16キロダルトン(登録番号:Aff. ID 203621_at)(配列番号101)
(C−21)チトクロームcオキシダーゼサブユニットVa(登録番号:Aff. ID 203663_s_at)(配列番号102)
(C−22)COX10ホモログ,チトクロームcオキシダーゼアッセンブリータンパク質,ヘムA:ファーネシルトランスフェラーゼ(酵母)(登録番号:Aff. ID 203858_s_at)(配列番号103)
(C−23)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1αサブコンプレックス,アッセンブリー因子1(登録番号:Aff. ID 204125_at)(配列番号104)
(C−24)プログラムされた細胞死8(アポトーシス誘導因子)(登録番号:Aff. ID 205512_s_at)(配列番号105)
(C−25)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,γポリペプチド1(登録番号:Aff. ID 205711_x_at)(配列番号106)
(C−26)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットc(サブユニット9)イソフォーム3(登録番号:Aff. ID 207507_s_at)(配列番号107)
(C−27)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットc(サブユニット9)イソフォーム2(登録番号:Aff. ID 207552_at)(配列番号108)
(C−28)ATPアーゼ,水素輸送,リソソーム34キロダルトン,V1サブユニットD(登録番号:Aff. ID 208898_at)(配列番号109)
(C−29)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットc(サブユニット9)イソフォーム1(登録番号:Aff. ID 208972_s_at)(配列番号110)
(C−30)非カップリングタンパク質2(ミトコンドリア,プロトンキャリア)(登録番号:Aff. ID 208997_s_at)(配列番号111)
(C−31)NADH デヒドロゲナーゼ(ユビキノン)Fe−Sタンパク質7,20キロダルトン(NADHコエンザイムQリダクターゼ)///NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキ ノン)Fe−Sタンパク質7,20キロダルトン(NADHコエンザイムQリダクターゼ)(登録番号:Aff. ID 211752_s_at)(配列番号112)
(C−32)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットb,イソフォーム1///ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF0複合体,サブユニットb,イソフォーム1(登録番号:Aff. ID 211755_s_at)(配列番号113)
(C−33)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,Oサブユニット(オリゴマイシン感受性付与タンパク質)(登録番号:Aff. ID 216954_x_at)(配列番号114)
(C−34)ATPシンターゼ,水素輸送,ミトコンドリアF1複合体,εサブユニット(登録番号:Aff. ID 217801_at)(配列番号115)
(C−35)ピロホスファターゼ(無機)(登録番号:Aff. ID 217848_s_at)(配列番号116)
(C−36)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1,サブコンプレックス不明,2,14.5キロダルトン(登録番号:Aff. ID 218101_s_at)(配列番号117)
(C−37)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1 αサブコンプレックス,8,19キロダルトン(登録番号:Aff. ID 218160_at)(配列番号118)
(C−38)ユビキノール−チトクロームcリダクターゼ複合体(7.2キロダルトン)(登録番号:Aff. ID 218190_s_at)(配列番号119)
(C−39)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1,βサブコンプレックス,2,8キロダルトン(登録番号:Aff. ID 218200_s_at)(配列番号120)
(C−40)NADHデヒドロゲナーゼ(ユビキノン)1,βサブコンプレックス,4,15キロダルトン(登録番号:Aff. ID 218226_s_at)(配列番号121)
(C−41)無機ピロホスファターゼ2(登録番号:Aff. ID 220741_s_at)(配列番号122)及び
(C−42)KIAA1387タンパク質///KIAA1387タンパク質(登録番号:Aff. ID 224474_x_at)(配列番号123)。 - 以下の配列番号又はデータベースの登録番号で表される遺伝子からなる群から選択される少なくとも10以上の遺伝子を含む、2型糖尿病患者における治療効果の有無を判定するための遺伝子セット:
(D−1)フォークヘッドボックスP1(登録番号:NM_016477)(配列番号124)
(D−2)CD24抗原(小細胞肺癌クラスター4抗原)(登録番号:NM_013230)(配列番号125)
(D−3)リボソームタンパク質L29(登録番号:NM_000992)(配列番号126)
(D−4)真核細胞翻訳延長因子1Δ(グアニンヌクレオチド交換タンパク質)(登録番号:NM_032378)(配列番号127)
(D−5)ELK3,ETS−ドメインタンパク質(SRF付属タンパク質2)(登録番号:NM_005230)(配列番号128)
(D−6)核受容体サブファミリー3,C群,メンバー1(糖質コルチコイド受容体)(登録番号:NM_000176)(配列番号129)
(D−7)ニューロテンシン受容体1(高親和性)(登録番号:NM_002531)(配列番号130)
(D−8)内在性膜タンパク質2A(登録番号:NM_004867)(配列番号131)
(D−9)真正小歯ホモログ2(Drosophila)(登録番号:NM_021728)(配列番号132)
(D−10)エステラーゼ2A(登録番号:NM_033440)(配列番号133)
(D−11)外部ミトコンドリア膜トランスロカーゼ22ホモログ(酵母)(登録番号:NM_020243)(配列番号134)
(D−12)エンドスルフィンα(登録番号:NM_004436)(配列番号135)
(D−13)CD226抗原(登録番号:NM_006566)(配列番号136)
(D−14)一時受容体ポテンシャル陽イオンチャンネル,サブファミリーV,メンバー4(登録番号:NM_021625)(配列番号137)
(D−15)ADP−リボシレーション因子相互作用タンパク質2(アーファプチン2)(登録番号:NM_012402)(配列番号138)
(D−16)ブラジキニン受容体B2(登録番号:NM_000623)(配列番号139)
(D−17)リボソームタンパク質S3(登録番号:NM_001005)(配列番号140)
(D−18)コンタクチン関連タンパク質様2(登録番号:NM_014141)(配列番号141)
(D−19)ミオシン,光ポリペプチドキナーゼ(登録番号:NM_005965)(配列番号142)
(D−20)ジペプチダーゼ1(腎性)(登録番号:NM_004413)(配列番号143)
(D−21)卵黄黄斑ジストロフィー(ベスト病,bestrophin)(登録番号:AF057170)(配列番号144)
(D−22)ケモカイン(C−Cモチーフ)リガンド5(登録番号:NM_002985)(配列番号145)
(D−23)1−アシルグリセロール−3−ホスフェート O−アシルトランスフェラーゼ1(リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼα)(登録番号:NM_032741)(配列番号146)
(D−24)ジンクフィンガータンパク質,サブファミリー1A,4(Eos)(登録番号:NM_022465)(配列番号147)
(D−25)ベンゾジアゼピン受容体(周囲)(登録番号:NM_000714)(配列番号148)
(D−26)KIAA0174遺伝子産物(登録番号:NM_014761)(配列番号149)
(D−27)死亡率因子4様2(登録番号:NM_012286)(配列番号150)
(D−28)セリン(又はシステイン)プロテイナーゼ阻害因子,クレードB(オボアルブミン),メンバー13(登録番号:NM_012397)(配列番号151)
(D−29)IKサイトカイン,HLA IIのダウンレギュレーター(登録番号:AL050296)(配列番号152)
(D−30)リポ多糖誘導TNF因子(登録番号:NM_004862)(配列番号153)
(D−31)ARF結合タンパク質1含有ゴルジ関連γアダプチンイーヤ(登録番号:NM_013365)(配列番号154)
(D−32)一時受容体ポテンシャル陽イオンチャンネル,サブファミリーM,メンバー5(登録番号:NM_014555)(配列番号155)
(D−33)高移動性群ヌクレオソーム結合ドメイン1(登録番号:NM_004965)(配列番号156)
(D−34)サイクリンT1(登録番号:NM_001240)(配列番号157)
(D−35)v−maf筋腱膜繊維肉腫癌遺伝子ホモログ(鳥類)(登録番号:NM_005360)(配列番号158)
(D−36)配列相同性18,メンバーBを伴うファミリー(登録番号:AF223467)(配列番号159)
(D−37)DNA結合2の阻害因子,優性陰性ヘリックス−ループ−ヘリックスタンパク質(登録番号:NM_002166)(配列番号160)
(D−38)TAF11 RNAポリメラーゼII,TATAボックス結合タンパク質(TBP)関連因子,28キロダルトン(登録番号:ENSG00000064995)(配列番号161)
(D−39)カドヘリン11,2型,OB−カドヘリン(骨芽細胞)(登録番号:D21255)(配列番号162)
(D−40)甲状腺ホルモン受容体,α(赤芽球症白血病ウイルス(v−erb−a)癌遺伝子ホモログ,鳥類)(登録番号:X55005)(配列番号163)
(D−41)ジンクフィンガータンパク質160(登録番号:X78928)(配列番号164)
(D−42)ホスフォリパーゼA2,X群(登録番号:ENSG00000069764)(配列番号165)
(D−43)仮想タンパク質FLJ23120(登録番号:AK026773)(配列番号166)
(D−44)ホスフォイノシチド−3−キナーゼ,クラス2,γポリペプチド(登録番号:AJ000008)(配列番号167)
(D−45)仮想タンパク質IMAGE:4215339(登録番号:AC005328)(配列番号168)
(D−46)カテプシンE(登録番号:AJ250716)(配列番号169)
(D−47)ケモカイン(Cモチーフ)受容体1(登録番号:NM_005283)(配列番号170)
(D−48)細胞分裂のデディケーター9(登録番号:ENSG00000088387)(配列番号171)
(D−49)リングフィンガータンパク質39(登録番号:AF238317)(配列番号172)及び
(D−50)クロモゾーム17オープンリーディングフレーム28(登録番号:AL137556)(配列番号173)。 - 以下の配列番号又はデータベースの登録番号で表される遺伝子からなる群から選択される少なくとも10以上の遺伝子を含む、2型糖尿病患者における治療効果の有無を判定するための遺伝子セット:
(E−1)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ11(登録番号:Aff. ID 1558984_at)(配列番号174)
(E−2)CREB結合タンパク質(ルビンシュタイン−タイビ症候群)(登録番号:Aff. ID 1559295_at)(配列番号175)
(E−3)p21/Cdc42/Rac1活性化キナーゼ1(STE20ホモログ,酵母)(登録番号:Aff. ID 1565772_at)(配列番号176)
(E−4)TNFRSF1A関連ビアデスドメイン(登録番号:Aff. ID 1729_at)(配列番号177)
(E−5)転写1のシグナルトランスデユーサー及びアクチベーター,91キロダルトン(登録番号:Aff. ID 200887_s_at)(配列番号178)
(E−6)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ2(登録番号:Aff. ID 201460_at)(配列番号179)
(E−7)v−jun肉腫ウイルス17癌遺伝子ホモログ(鳥類)(登録番号:Aff. ID 201464_x_at)(配列番号180)
(E−8)v−rafネズミ肉腫3611ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 201895_at)(配列番号181)
(E−9)v−myc骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子ホモログ(鳥類)(登録番号:Aff. ID 202431_s_at)(配列番号182)
(E−10)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ3(登録番号:Aff. ID 202787_s_at)(配列番号183)
(E−11)変換成長因子,β1(カムラチ−エンゲルマン病)(登録番号:Aff. ID 203084_at)(配列番号184)
(E−12)Rapグアニンヌクレオチド交換因子(GEF)2(登録番号:Aff. ID 203097_s_at)(配列番号185)
(E−13)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ4(登録番号:Aff. ID 203265_s_at)(配列番号186)
(E−14)リボソームタンパク質S6キナーゼ,90キロダルトン,ポリペプチド1(登録番号:Aff. ID 203379_at)(配列番号187)
(E−15)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ3(登録番号:Aff. ID 203514_at)(配列番号188)
(E−16)ELK1,ETS癌遺伝子ファミリーのメンバー(登録番号:Aff. ID 203617_x_at)(配列番号189)
(E−17)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ4(登録番号:Aff. ID 204707_s_at)(配列番号190)
(E−18)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ10(登録番号:Aff. ID 204813_at)(配列番号191)
(E−19)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ10(登録番号:Aff. ID 206362_x_at)(配列番号192)
(E−20)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ7(登録番号:Aff. ID 207292_s_at)(配列番号193)
(E−21)v−fosFBJネズミ骨肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 209189_at)(配列番号194)
(E−22)B細胞中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の抑制剤,キナーゼβ(登録番号:Aff. ID 209341_s_at)(配列番号195)
(E−23)マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ13(登録番号:Aff. ID 210058_at)(配列番号196)
(E−24)v−Ha−rasハーベイラット肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ(登録番号:Aff. ID 212983_at)(配列番号197)
(E−25)成長因子受容体結合タンパク質2(登録番号:Aff. ID 215075_s_at)(配列番号198)
(E−26)MAPキナーゼ相互作用セリン/トレオニンキナーゼ2(登録番号:Aff. ID 218205_s_at)(配列番号199)
(E−27)高移動性群ヌクレオソーム結合ドメイン1(登録番号:Aff. ID 200943_at)(配列番号200)
(E−28)DNA損傷誘導性転写3(登録番号:Aff. ID 209383_at)(配列番号201)及び
(E−29)グアニンヌクレオチド結合タンパク質(Gタンパク質),qポリペプチド(登録番号:Aff. ID 202615_at)(配列番号202)。
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