JP4967745B2 - 生体高分子分析装置、生体高分子の分析方法、遺伝子の発現解析方法、及び抗原の検出方法 - Google Patents
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Description
次に、標識DNAをDNAチップ上に添加すると、標識DNAが相補的なプローブDNAとハイブリダイズすることによりDNAチップ上に固定される。
〔1〕生体高分子分析チップの全体構成
図1は、本発明の第1の実施形態に係る生体高分子分析チップ1の概略平面図であり、図2は、図1のII−II矢視断面図である。図3は図1のIII部拡大図であり、図4は図3のIV−IV矢視断面図である。この生体高分子分析チップ1は、DNAを検出するDNAチップである。
この生体高分子分析チップ1は、図1、図2に示すように、撮像装置2は、固体撮像デバイス10と、隔壁40と、分子フィルター50と、スポット60とを備える。
ここで、図1〜図4を用いて固体撮像デバイス10について説明する。図2に示すように、固体撮像デバイス10は、透明基板11と、ボトムゲート絶縁膜13と、トップゲート絶縁膜21と、保護絶縁膜23と、保護絶縁膜25とを積層してなる。これらの層間に、複数のボトムゲートライン12a、ソースライン18a、ドレインライン19a、トップゲートライン22a、電極ライン24a及び、フォトセンサ20を形成するボトムゲート電極12、半導体膜14、チャネル保護膜15、不純物半導体膜16,17、ソース電極18、ドレイン電極19、トップゲート電極22、電極24が設けられている。
なお、図1では8行×8列の64個のフォトセンサ20,20,…を備えるマトリクス状の二次元アレイを示すが、その数は任意であり、さらに多くの行及び列を有していてもよい。
隔壁40は保護絶縁膜25上に密着され、固体撮像デバイス10の受光面にウェル42を形成する。隔壁40は不透明であり、フォトセンサ20に隣接するウェル42から光が入ることを防いでいる。
分子フィルター50は、図2に示すように、固体撮像デバイス10の上部に配置され、外周部で隔壁40に固定されている。分子フィルター50は例えば接着剤で接着することにより、隔壁40へ固定することができる。分子フィルター50により、ウェル42内の空間が上下に仕切られている。
図1、図2に示すように、分子フィルター50の上面にはスポット60が形成されている。各スポット60は、プローブとなる既知の塩基配列のcDNA(プローブDNA61)や抗体等の溶液をウェル42内に滴下し、乾燥して形成される。以下ではプローブとして既知の塩基配列のcDNAを用いた場合について説明する。
生体高分子分析チップ1を分析装置70にセッティングして生体高分子分析チップ1を用いるので、分析装置70について図5を用いて説明する。図5は分析装置70の構成を示すブロック図である。
なお、図5では2行×2列の4個のフォトセンサ20,20,…のみが記載されているが、その数は任意であり、さらに多くの行及び列を有していてもよい。
また、制御装置80は注入装置79を駆動し、分析装置70にセットされた生体高分子分析チップ1の各ウェル42に、後述する化学発光基質91を固定した固定体90を含む溶液を滴下する。
上記生体高分子分析チップ1で分析する試料としては、DNAを用いることができる。試料となるDNAとしては、任意の細胞検体内で発現しているmRNAを抽出し、逆転写酵素を用いて得られたcDNAを用いることができる。cDNAは例えばアルカリホスファターゼやペルオキシダーゼ等、後述する化学発光基質の反応の触媒として機能する酵素で標識する。
酵素標識DNAを検出するのに用いる化学発光基質について説明する。化学発光基質としては、酵素標識DNAの標識に用いられた酵素を触媒として利用した化学反応により励起状態の蛍光物質を生成するものを用いることができる。
具体的には、例えばアルカリホスファターゼの基質となるジオキセタン系の誘導体や、ペルオキシダーゼの基質となるルミノール系の化合物を用いることができる。
以下、酵素標識DNA62をプローブDNA61とハイブリダイゼーションさせる方法について図7、図8を用いて説明する。
まず、作業者が、酵素標識DNA62を含有した溶液(以下、酵素標識DNA溶液という)を各ウェル42内に注入する。酵素標識DNA溶液を注入する前に各ウェル42内に酵素標識DNA62が泳動するためのバッファー溶液が入れられていてもよく、酵素標識DNA溶液自体が泳動用のバッファー溶液を兼ねていてもよい。なお、酵素標識DNA溶液を各ウェル42内のスポット60,60,…に順次又は同時に滴下してもよい。このとき、酵素標識DNA62が一本鎖となるように酵素標識DNA溶液は加熱されている。
その後、ウェル42内の酵素標識DNA溶液を洗浄用バッファー溶液で洗い流し、酵素標識DNAのうちプローブDNA61とハイブリダイズしなかったものをウェル42内から除去する。
酵素標識DNA62の検出方法について図9を用いて説明する。
スポット60のプローブDNA61に酵素標識DNA62がハイブリダイズしたウェル42に化学発光基質91を固定した固定体90を含む溶液を注入すると、酵素標識DNA62を標識する酵素63により化学発光基質91が加水分解され、不安定な中間体を経て励起状態の蛍光体92が生成される(図9)。
次に、制御装置80は、振盪器78を制御して分析台71を振盪させる。
なお、図10に示すように、プローブDNA61を隔壁40の側面に固定してもよい。隔壁40にプローブDNA61を固定することで、蛍光体92が透過する分子フィルター50の有効面積を大きくすることができる。
上記実施形態においては、生体高分子分析チップ1で分析する試料として、検体内で発現しているmRNAから逆転写酵素により合成されたDNAを用いたが、検体内で発現している特定のタンパク質または糖鎖等を抗原と結合する抗体(以下、プローブ抗体という)をプローブとして用いてもよい。
プローブ抗体64にサンプル溶液中の抗原65が結合するのに充分な時間が経過した後、ウェル42内のサンプル溶液をバッファー溶液で洗い流し、サンプル溶液中の抗原65のうちプローブ抗体64と結合しなかったものをウェル42内から除去する。
以後、〔10〕サンプルの検出と同様にして、各ウェル42に化学発光基質を含む溶液を注入し、分析装置70による光量データの計測動作を行う。
<変形例3>
なお、図12に示すように、プローブ抗体64を隔壁40の側面に固定してもよい。隔壁40にプローブ抗体64を固定することで、蛍光体92が透過する分子フィルター50の有効面積を大きくすることができる。
次に、本発明の第2の実施形態について説明する。なお、〔2〕固体撮像デバイス、〔3〕隔壁、〔4〕分子フィルター、〔5〕スポット、〔7〕酵素標識DNA、〔9〕ハイブリダイゼーション、については、第1の実施形態と同様であるので、同符号を付して説明を割愛する。
図13は本発明の第2の実施形態に係る分析装置170の構成を示すブロック図である。なお、第1実施形態における分析装置70と同様の構成については、下2桁に同符号を付して説明を割愛する。
本実施形態に係る分析装置170は、電磁石178R,178Lをさらに備える。電磁石178R,178Lは制御装置180により制御され、後述するようにウェル142内の磁場を変動させる。
本実施の形態においても、第1の実施の形態と同様の化学発光基質を用いることができるが、本実施の形態においては、固定体90の代わりに磁性粒子190の表面に化学発光基質を固定させたものを用いる。化学発光基質91は磁性粒子190の表面の吸着力により、磁性粒子190の表面に固定される。磁性粒子190は、固定体90と同程度、あるいはそれ以上の大きさである。
次に、本実施の形態に係る分析装置170を用いた酵素標識DNAの検出方法について図14〜図16を用いて説明する。図14は本実施の形態に係る分析装置170を用いた酵素標識DNAの検出方法を示す説明図であり、図15は制御装置180によるウェル42内の攪拌動作を示すフローチャートであり、図16は制御装置180による電極ライン24a及び電磁石178R,178Lに印加する電圧を示すタイミングチャートである。
次に、制御装置180は、右側の電磁石178Rに通電を開始する(ステップS5)。その後、制御装置180は、記憶装置182に記憶されたカウント数Tを一定時間毎に1減じた値に書き換える(ステップS6)。これをT=0となるまで繰り返す(ステップS7→No)。
T=0となったら(ステップS7→Yes)、制御装置180は、右側の電磁石178Rへの通電を停止する(ステップS8)。
次に、制御装置180は、左側の電磁石178Lに通電を開始する(ステップS10)。その後、制御装置180は、記憶装置182に記憶されたカウント数Tを一定時間毎に1減じた値に書き換える(ステップS11)。これをT=0となるまで繰り返す(ステップS12→No)。
T=0となったら(ステップS12→Yes)、制御装置180は、左側の電磁石178Lへの通電を停止する(ステップS13)。
M=0となったら(ステップS15→Yes)、制御装置180は電極ドライバ173を駆動して電極ライン24aに正電圧を印加するのを停止し(ステップS16)、攪拌動作を終了する。
なお、変形例1と同様、図17に示すように、プローブDNA61を隔壁40の側面に固定してもよい。隔壁40にプローブDNA61を固定することで、蛍光体92が透過する分子フィルター50の有効面積を大きくすることができる。
また、変形例2と同様、図18に示すように、プローブ抗体64を用いてスポット60を形成した生体高分子分析チップ1を用いて抗原65の検出を行ってもよい。
また、変形例3と同様、図19に示すように、プローブ抗体64を隔壁40の側面に固定してもよい。隔壁40にプローブ抗体64を固定することで、蛍光体92が透過する分子フィルター50の有効面積を大きくすることができる。
図20は本実施形態の変形例に係る分析装置270の構成を示すブロック図である。なお、第2実施形態における分析装置170と同様の構成については、下2桁に同符号を付して説明を割愛する。
本変形例においては、固体撮像デバイス210の左右に電磁石278R,278Lが設けられているほか、前側に電磁石278Fが、後側に電磁石278Bが設けられている。
なお、電磁石278R,278L,278F,278Bに1つずつ順番に電圧を印加してもよいし、2つずつ交互に電圧を印加してもよい。
例えば、上記実施の形態では、プローブとして既知の塩基配列の一本鎖DNAや抗体を用いたが、その他の既知の生体高分子や低分子等を用いてもよい。例えば、抗原となるペプチドやタンパク、糖鎖、低分子リガンド、既知の細胞等を用いてもよい。
20 フォトセンサ(光電変換素子)
40 隔壁
42 ウェル
50 分子フィルター
60 スポット
61 プローブDNA(プローブ)
62 酵素標識DNA
63,67 酵素
64 プローブ抗体(プローブ)
65 抗原
66 酵素標識抗体
70,170,270 分析装置(生体高分子分析装置)
178R,178L,278R,278L,278F,278B 電磁石
90 固定体
91 化学発光基質
92 蛍光体
190 磁性粒子
Claims (12)
- 受光面を上方向に向けて設けられた光電変換素子を有する撮像装置と、
前記撮像装置の受光面側に固定され、内部に、固定体又は磁性粒子で固定された化学発光基質から、前記固定体又は磁性粒子からの固定が解除されるとともに励起状態で且つ帯電された蛍光物質を生成する化学反応の触媒として機能する酵素で標識した生体高分子を含む溶液、及び前記化学発光基質が固定された前記固定体又は前記化学発光基質が固定された前記磁性粒子を含む溶液が注入されるウェルと、
前記ウェル内を上下に仕切り、前記蛍光物質が透過可能であり、前記固定体又は前記磁性粒子を透過させない分子フィルターと、
前記ウェル内の前記分子フィルターよりも上部に固定されるプローブと、
前記光電変換素子の受光面側に配置され、前記分子フィルターを介して前記蛍光物質を電気的に引き寄せる電極と、
を備えることを特徴とする生体高分子分析装置。 - 前記ウェルを囲繞するように配置された複数の電磁石をさらに備えることを特徴とする請求項1に記載の生体高分子分析装置。
- 前記プローブは既知の塩基配列を有する一本鎖DNAであることを特徴とする請求項1または2に記載の生体高分子分析装置。
- 前記プローブは特定の抗原と結合する抗体であることを特徴とする請求項1または2に記載の生体高分子分析装置。
- 請求項1に記載の生体高分子分析装置を用いた生体高分子の分析方法であって、
前記酵素で標識した生体高分子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、
その後、前記化学発光基質が固定された前記固定体又は前記磁性粒子を含む溶液を前記ウェル内に注入して前記蛍光物質を生成し、
前記電極に前記蛍光物質を引き寄せるように電圧を印加し、
前記分子フィルターを透過した前記蛍光物質より放出される光の有無を前記光電変換素子により検出することを特徴とする生体高分子の分析方法。 - 請求項2に記載の生体高分子分析装置を用いた生体高分子の分析方法であって、
前記酵素で標識した生体高分子を含む溶液を前記ウェル内に注入し、
その後、前記化学発光基質が固定された前記磁性粒子を含む溶液を前記ウェル内に注入して前記蛍光物質を生成し、
その後、前記複数の電磁石に適宜電圧を印加して磁界を交互に発生させる過程を経て、
前記分子フィルターを透過した前記蛍光物質より放出される光の有無を前記光電変換素子により検出することを特徴とする生体高分子の分析方法。 - 請求項1に記載の生体高分子分析装置を用いた遺伝子の発現解析方法であって、
既知の塩基配列を有する一本鎖DNAを前記プローブとして前記分子フィルターよりも上部に設け、
次に、任意の細胞内から抽出されたRNAを鋳型として作成され、前記化学発光基質から前記分子フィルターを透過可能な励起状態の蛍光物質を生成する化学反応の触媒として機能する酵素で標識された酵素標識DNAを含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、
次に、前記プローブに溶液内の酵素標識DNAの一部をハイブリダイズさせ、
その後、前記化学発光基質が固定された前記固定体又は前記化学発光基質が固定された前記磁性粒子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、
その後、前記ウェルを振盪する過程を経て、
前記分子フィルターを透過した前記蛍光物質より放出される蛍光を前記光電変換素子により検出することを特徴とする遺伝子の発現解析方法。 - 請求項1に記載の生体高分子分析装置を用いた遺伝子の発現解析方法であって、
既知の塩基配列を有する一本鎖DNAを前記プローブとして前記分子フィルターよりも上部に設け、
次に、任意の細胞内から抽出されたRNAを鋳型として作成され、前記化学発光基質から前記分子フィルターを透過可能な励起状態の蛍光物質を生成する化学反応の触媒として機能する酵素で標識された酵素標識DNAを含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、
次に、前記プローブに溶液内の酵素標識DNAの一部をハイブリダイズさせ、
その後、前記化学発光基質が固定された前記固定体又は前記化学発光基質が固定された前記磁性粒子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、
その後、前記ウェルを振盪する過程と、前記電極に前記蛍光物質を引き寄せるように電圧を印加する過程とを経て、
前記分子フィルターを透過した前記蛍光物質より放出される蛍光を前記光電変換素子により検出することを特徴とする遺伝子の発現解析方法。 - 請求項2に記載の生体高分子分析装置を用いた遺伝子の発現解析方法であって、
既知の塩基配列を有する一本鎖DNAを前記プローブとして前記分子フィルターよりも上部に設け、
次に、任意の細胞内から抽出されたRNAを鋳型として作成され、前記化学発光基質から前記分子フィルターを透過可能な励起状態の蛍光物質を生成する化学反応の触媒として機能する酵素で標識された酵素標識DNAを含む溶液を前記ウェル内に注入し、
次に、前記プローブに溶液内の酵素標識DNAの一部をハイブリダイズさせ、
その後、前記化学発光基質が固定された前記磁性粒子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、
その後、前記複数の電磁石に適宜電圧を印加して磁界を交互に発生させる過程を経て、
前記分子フィルターを透過した前記蛍光物質より放出される蛍光を前記光電変換素子により検出することを特徴とする遺伝子の発現解析方法。 - 請求項1に記載の生体高分子分析装置を用いた抗原の検出方法であって、
特定の抗原と結合する抗体を前記プローブとして前記分子フィルターよりも上部に設け、
次に、任意の抗原を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、前記プローブに溶液内の特定の抗原とを結合させ、
次いで、前記プローブに結合しなかった抗原を除去するとともに、前記プローブと同一の抗原の異なる抗原決定基と結合し、前記化学発光基質から前記分子フィルターを透過可能な励起状態の前記蛍光物質を生成する化学反応の触媒として機能する酵素で標識された第二の抗体である前記生体高分子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、前記プローブに結合した特定の抗原に第二の抗体を結合させ、
その後、前記化学発光基質が固定された前記固定体又は前記化学発光基質が固定された前記磁性粒子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、
その後、前記ウェルを振盪する過程を経て、
前記分子フィルターを透過した前記蛍光物質より放出される蛍光を前記光電変換素子により検出することを特徴とする抗原の検出方法。 - 請求項1に記載の生体高分子分析装置を用いた抗原の検出方法であって、
特定の抗原と結合する抗体を前記プローブとして前記分子フィルターよりも上部に設け、
次に、任意の抗原を含む溶液を前記ウェル内に注入し、前記プローブに溶液内の特定の抗原とを結合させ、
次いで、前記プローブに結合しなかった抗原を除去するとともに、前記プローブと同一の抗原の異なる抗原決定基と結合し、前記化学発光基質から前記分子フィルターを透過可能な励起状態の前記蛍光物質を生成する化学反応の触媒として機能する酵素で標識された第二の抗体である前記生体高分子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、前記プローブに結合した特定の抗原に第二の抗体を結合させ、
その後、前記化学発光基質が固定された前記固定体又は前記化学発光基質が固定された前記磁性粒子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、
その後、前記ウェルを振盪する過程と、前記電極に前記蛍光物質を引き寄せるように電圧を印加する過程とを経て、
前記分子フィルターを透過した前記蛍光物質より放出される蛍光を前記光電変換素子により検出することを特徴とする抗原の検出方法。 - 請求項2に記載の生体高分子分析装置を用いた抗原の検出方法であって、
特定の抗原と結合する抗体を前記プローブとして前記分子フィルターよりも上部に設け、
次に、任意の抗原を含む溶液を前記ウェル内に注入し、前記プローブに溶液内の特定の抗原とを結合させ、
次いで、前記プローブに結合しなかった抗原を除去するとともに、前記プローブと同一の抗原の異なる抗原決定基と結合し、前記化学発光基質から前記分子フィルターを透過可能な励起状態の前記蛍光物質を生成する化学反応の触媒として機能する酵素で標識された第二の抗体である前記生体高分子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、前記プローブに結合した特定の抗原に第二の抗体を結合させ、
その後、前記化学発光基質が固定された前記磁性粒子を含む前記溶液を前記ウェル内に注入し、
その後、前記複数の電磁石に適宜電圧を印加して磁界を交互に発生させる過程を経て、
前記分子フィルターを透過した前記蛍光物質より放出される蛍光を前記光電変換素子により検出することを特徴とする抗原の検出方法。
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