JP2885081B2 - エンテロトキシン産生性のウェルシュ菌を検出するためのオリゴヌクレオチドおよびそれを用いた検出法 - Google Patents
エンテロトキシン産生性のウェルシュ菌を検出するためのオリゴヌクレオチドおよびそれを用いた検出法Info
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Description
中毒検査、もしくは下痢症検査におけるエンテロトキシ
ン産生性ウェルシュ菌、およびウェルシュ菌のエンテロ
トキシン遺伝子の検出に関するものである。
条件が悪くなると芽胞を形成する。また自然界(土壌、
下水、河川等)にも広く分布し、ヒトや家畜の腸管内常
在菌でもある。これらの理由からか、ウェルシュ菌食中
毒の原因食品としては、獣肉、魚介類の調理食品が加熱
調理された後、不適切に放置されたものが多い。
者の糞便および食品が主な検体となる。これらの検体中
からウェルシュ菌を検出し、同定する場合には、嫌気条
件下で増菌培養および分離培養を行い、得られた菌コロ
ニ−数個について生化学性状試験を行う。
養段階に要する時間は、それぞれ18〜48時間であ
り、総所要時間にすると5〜6日となり、非常に長時間
である。しかもウェルシュ菌は自然界に広く分布するの
で、食中毒検査の原因菌であるとするには、ウェルシュ
菌の検出知見だけでは不十分である。さらに患者糞便か
らのエンテロトキシン検出、分離菌のエンテロトキシン
産生検査、血清型別および推定原因食品中の菌数測定等
の知見が必要であり、検査に費やす時間と労力は極めて
大きいと言える。したがって、現在のウェルシュ菌検査
法では、迅速性および簡便性に欠け、実効的でなかっ
た。
中毒・下痢症にかかる検査に簡便、迅速、かつ高感度な
ウェルシュ菌の検査法を提供することを目的とする。
のエンテロトキシン遺伝子に選択的にハイブリダイズす
るオリゴヌクレオチドを作製し、このオリゴヌクレオチ
ドをプライマーとして遺伝子増幅に用い、ウェルシュ菌
の食中毒病原因子であるエンテロトキシンを産生する菌
のみを選択的に検出することを特徴としている。
在するエンテロトキシン産生性のウェルシュ菌(entero
toxin producing clostridium perfringens)のエンテロ
トキシン遺伝子をコードするヌクレオチド配列を標的と
し、そのヌクレオチド配列と相補的となるように化学合
成されたオリゴヌクレオチドであって、合成ヌクレオチ
ドが以下の配列のいずれかからなるオリゴヌクレオチ
ド、 (5')d-TCTGAGGATTTAAAAACACC-
(3')(a;配列番号1) (5')d-ACCCTCAGTAGGTTCAAGTC-
(3')(b;配列番号2) (5')d-ATGAAACAGGTACCTTTAGCC-
(3')(c;配列番号3) (5')d-GGTAATATCTCTGATGATGGAT
-(3')(d;配列番号4) (5')d-TAACTCATACCCTTGGACTC-
(3')(e;配列番号5) (5')d-GAACCTTGATCAATATTTCC-
(3')(f;配列番号6) (5')d-GTAGCAGCAGCTAAATCAAGG-
(3')(g;配列番号7) (5')d-AGTCCAAGGGTATGAGTTAG-
(3')(h;配列番号8) (5')d-CCATCACCTAAGGACTGTTC-
(3')(i;配列番号9) または対応する相補的配列からなることを特徴とする。
rase Chain Reaction 法(以下、PCR法と略する;Sc
ience 230, 1350(1985) )をもとに行っている。この方
法は、ある特定のヌクレオチド配列領域(本発明の場合
は、ウェルシュ菌のエンテロトキシン遺伝子の塩基配列
を有する領域)を検出する場合、その領域の両端の一方
は+鎖を、他方は−鎖をそれぞれ認識してハイブリダイ
ゼーションするようなオリゴヌクレオチドを用意し、そ
れを熱変性により1本鎖状態にした試料核酸に対し、鋳
型依存性ヌクレオチド重合反応のプライマーとして機能
させ、生成した2本鎖核酸を再び1本鎖に分離し、再び
同様な反応を起こさせる。この一連の操作を繰り返すこ
とで、2つのプライマーに挟まれた領域は検出できるま
でにコピー数が増大してくる。このPCR法に用いる試
薬は、上記オリゴヌクレイチド、4種のヌクレオチド
(dATP, dCTP, dGTP, dTTP)、耐熱性DNAポリメラー
ゼを少なくとも含んでいる必要があり、本発明はこれら
試薬のキットをも提供する。
便、尿、血液、組織ホモジェネートなど、また、食品材
料でもよい。これら材料をPCRの試料としてもちいる
には、材料中に存在する菌体から核酸成分を遊離させる
操作が前処理として必要となる。しかし、プライマーが
ハイブリダイズできる核酸が数分子から数十分子以上存
在すればPCRは進むので、検査材料を溶菌酵素、界面
活性剤、アルカリ等で短時間処理するだけでPCRを進
行させるに十分な核酸量を持った試料液が調製できる。
ゴヌクレオチドは、選択性や検出感度および再現性から
考えて、10塩基以上、望ましくは15塩基以上の長さ
を持ったヌクレオチド断片で、化学合成あるいは天然の
どちらでもよい。また、プライマーは、特に検出用とし
て標識されていなくてもよい。
エンテロトキシン遺伝子のヌクレオチド配列における増
幅領域は、50塩基から2, 000塩基、望ましくは、
100塩基から1, 000塩基となればよい。鋳型依存
性ヌクレオチド重合反応には、耐熱性DNAポリメラー
ゼを用いているが、この酵素の起源については90〜9
5℃の温度で活性を保持していれば、どの生物種由来で
もよい。
をハイブリダイズさせるアニーリング操作の温度は37
〜65℃、重合反応は50〜75℃で、これを1サイク
ルとしたPCRを20から42サイクル行って増幅させ
る。
ガロースゲル電気泳動にかけることで、増幅されたヌク
レオチド断片の存在、およびその長さを確認できる。そ
の結果から検体中にプライマーが認識すべき配列を持っ
たヌクレオチドが存在しているかどうか判定することが
できる。この判定は、そのままエンテロトキシン遺伝子
をもつウェルシュ菌の有無を判定するものとなる。増幅
されたヌクレオチド断片の検出には、その他の電気泳動
法やクロマトグラフィーも有効である。さらに、臭化エ
チジウムによる核酸染色による検出でも良い。
のプライマーとして機能させる遺伝子増幅技術により、
ウェルシュ菌のエンテロトキシン遺伝子を検出するもの
である。
菌株保存機関から分与された総計11株を用いた。各菌
株の培養は、GAMブイヨン(日水製薬)、37℃、嫌
気的条件下で1晩行った。各菌株培養液を10mMトリ
ス−塩酸緩衝液pH7. 5(以下TE緩衝液)で10倍
に希釈し、95℃で10分間の加熱処理を行った後、こ
れらを遠心し、その上清を検体とした。
enhoek, 56:181-190(1989)に記載されたウェルシュ菌の
エンテロトキシン遺伝子の塩基配列から、請求項第1項
に示した各配列を選び、それと同じ配列を持つオリゴヌ
クレオチドを化学合成した。化学合成は、サイクロンプ
ラスDNA合成装置(ミリジェン/バイオリサーチ社
製)を用い、β−シアノエチルフォスホアミダイト法に
より行った。合成したオリゴヌクレオチドの精製はC18
逆相カラムを用いた高速液体クロマトグラフィーで行っ
た。
μl、10x反応用緩衝液3μl,dNTP溶液4. 8
μl、プライマー(1) 1. 0μl、プライマー(2) 1.
0μl、および耐熱性DNAポリメラーゼ0. 15μl
を加えて、全量30μlの反応液を調製した。この反応
液の入った容器にミネラルオイル(SIGMA 社製)を50
μl加え、反応液上に重層した。各使用した溶液の内
容、およびプライマー(1) と(2) の組合せは、次のとお
りである。
s-HCl pH8.3, 15mM MgCl2 ,0.1%(w/V) ゼラチン dNTP溶液: dATP, dCTP, dGTP, dTTPを混合させたも
ので各終濃度が1.25mM プライマー(1) および(2): 前述した化学合成精製品の
水溶液(濃度3.75 OD/ml)。
品を下表のとおりに組合せて使用した。
(5 unit/ml; PerkinElmer Cetus 社製)。
1サイクル(所要時間5.7 分)とし、これを35サイク
ル(総所要時間約3時間)行った。これらの操作は、D
NAサーマルサイクラー(Perkin Elmer Cetus社製)に
上記反応条件をプログラムして行った。
め、アガロースゲル電気泳動を以下のように行った。
し、臭化エチジウム(0.5 μl/ml)を含むものを用い
た。泳動の条件は定電圧100V、30分で行った。操
作方法ならびに他の条件は、Maniatis等著 Molecular C
loning 第2版(1989)に記載されている技法で行っ
た。反応液の他に分子量マーカーの泳動も同時に行い、
相対移動度の比較によりヌクレオチド断片の長さを算出
した。
1の上段が、プライマー(b) +(g)の組み合わせ、下段
がプライマー(c) +(g) の組み合わせである。図中、M
は分子量マーカー、レーン1〜13は、各々1;ATCC 1
2925、2;ATCC 12924、3;ATCC 12922、4;ATCC 129
20、5;ATCC 12916、6;ATCC 12915、7;ATCC 1291
8、8;ATCC 12919、9;ATCC 12921、10;JCM 1296
11;JCM 1416、12;JCM 1382、13;TE(ネガ
ティブコントロール)を示す。
ヌクレオチドプローブを用いて、Tadaらの方法(Tada,
J. et al., Mol. Cell. Probe. 6, 477(1992))に準じ
て行った。
sive Latex Agglutination;RPLA)試験 市販のウェルシュ菌エンテロトキシン検出用RPLAキ
ット(PET−RPLA「生研」デンカ生研製)を購入
し、付属の使用説明書に従い、検体を調製して試験を行
った。
は、すでに塩基配列が決定されており、本発明のオリゴ
ヌクレオチド、すなわち、プライマーがPCRにより増
幅させるヌクレオチドの大きさは容易に推定できる。そ
れによるとプライマー(a) と(f) の組合せでは、473
塩基(または473塩基対)の長さのヌクレオチドが増
幅されてくるはずである。
の長さが一致した場合、このプライマーの組合せは、エ
ンテロトキシン遺伝子中の標的としている領域を正しく
増幅しており、かつ、当該菌株はエンテロトキシン遺伝
子を有していると判断した。
す。さらに、各プライマーの組合せにより増幅されたヌ
クレオチドが、目的とするウェルシュ菌エンテロトキシ
ン遺伝子の一部の領域であることをサザンハイブリダイ
ゼーション試験で確認した。試験結果を図2に示す。図
2は、図1と対応しており、図2中の上段が、プライマ
ー(b) +(g) の組み合わせ、下段がプライマー(c) +
(g) の組み合わせで、図中、Mは分子量マーカー、レー
ン1〜13は、各々1;ATCC 12925、2;ATCC 12924、
3;ATCC 12922、4;ATCC 12920、5;ATCC 12916、
6;ATCC 12915、7;ATCC 12918、8;ATCC 12919、
9;ATCC 12921、10;JCM 1296 11;JCM 1416、1
2;JCM 1382、13;TE(ネガティブコントロール)
を示す。
シュ菌エンテロトキシン遺伝子を正しく増幅し、その遺
伝子をもつウェルシュ菌を正確に検出していることを示
している。
ン遺伝子をもつウェルシュ菌に対して、選択的なものか
どうかを確かめるため、ウェルシュ菌以外の主なClostr
idium 属菌および臨床検査において検査対象となるウェ
ルシュ菌以外の下痢症菌等の遺伝子について、本発明の
プライマーが反応するかどうかを調べた。方法は検体の
調製法を除いて、実施例1で示したものと同じである。
地に接種し、37℃、好気的、または嫌気的条件下で終
夜培養を行った(このうち嫌気的条件下で培養した菌株
は、全てのClostridium 属菌、Campylobacter jejuni、
Campylobacter coli、Bacteroides fragilis、Bacteroid
es vulgatus、およびLactobacillus ac idophilus であ
る)。各菌株培養液0. 5mlから遠心操作により、菌
体を回収し、TE緩衝液で菌体を1回洗浄した。
5に溶解したN- アセチルムラミニダーゼ溶液、および
アクロモペプチダーゼ溶液を各終濃度が50μg/m
l、および1mg/mlとなるように加え、37℃で1
0分間処理し、溶菌した。TE緩衝液飽和でさせたフェ
ノールおよびクロロフォルムからなる混合液(混合比
1:1)を溶菌液に加えて、よく撹拌した。
を行って、核酸成分を沈澱させた。この沈澱物を1ml
のTE緩衝液に溶かして検体とした。また、ヒト胎盤由
来DNA(Human placenta DNA)は、1μg/mlの濃
度のものを調製し、これも同様にPCRを行わせた。
結果を示す。表中のプライマーの全ての組合せは、下痢
症菌DNAをはじめとする種々のDNAについて、それ
らのDNAを増幅することはなかった。したがって、本
発明のプライマーはウェルシュ菌のエンテロトキシン遺
伝子と選択的に反応するものと断言できる。
ースゲル電気泳動法を前述の条件で行えば、100塩基
(または100塩基対)以下の長さのヌクレオチドであ
れば、5から10塩基(塩基対)、また、100から5
00塩基(塩基対)の範囲のヌクレオチドであれば、1
0から20塩基(塩基対)のヌクレオチドの長さの違い
を区別可能である。さらに、アクリルアミドなどをゲル
材に用いると、ヌクレオチドの長さの測定精度を向上さ
せることができるので、ウェルシュ菌エンテロトキシン
遺伝子の選択的検出における信頼度は、さらに高まるも
のと考えられる。
よびウェルシュ菌の食中毒病原因子であるエンテロトキ
シン遺伝子を標的とするプライマーを用いたことによ
り、エンテロトキシン遺伝子を有する菌の検出におい
て、遺伝子増幅作用による高い検出感度と、2つ、ある
いは、それ以上の数のプライマーで反応が規定されるこ
とによる高い選択性とが得られる。また、検出感度が高
いので、多量の検体を必要とせず、検体の前処理も簡便
で済む。本発明における実施例では、反応時間3時間、
検出にかかる操作が30分であった。そのうえ、検出に
アガロースゲル電気泳動法と臭化エチジウムによる核酸
染色法を用いることで、プライマー等を標識せずに検出
が行える。しかも増幅されたヌクレオチドの長さを確認
できるので、試験結果の信頼性は高いものとなる。
発見患者の迅速・適切な治療および防疫措置のために、
遅滞のない正確な結果が要求される。また、本発明は、
ウェルシュ菌の食中毒病原因子であるエンテロトキシン
をコードしている遺伝子を選択的に検出するものであ
る。したがって、本発明により、食中毒起因菌としての
ウェルシュ菌の検出を迅速かつ正確に行うことが可能と
なる。
TC
GCC
GGAT
CTC
TCC
AGG
AG
TC
4、3;ATCC 12922、4;ATCC 12920、5;ATCC 1291
6、6;ATCC 12915、7;ATCC 12918、8;ATCC 1291
9、9;ATCC 12921、10;JCM 1296 11;JCM 141
6、12;JCM 1382、13;TE(ネガティブコントロ
ール)
Claims (3)
- 【請求項1】検体中に存在するエンテロトキシン産生性
のウェルシュ菌(enterotoxin producing clostridium
perfringens)のエンテロトキシン遺伝子をコードするヌ
クレオチド配列を標的とし、そのヌクレオチド配列と相
補的となるように化学合成されたオリゴヌクレオチドで
あって、合成ヌクレオチドが以下の配列のいずれかから
なるオリゴヌクレオチド、 (5')d-TCTGAGGATTTAAAAACACC-
(3')(a;配列番号1) (5')d-ACCCTCAGTAGGTTCAAGTC-
(3')(b;配列番号2) (5')d-ATGAAACAGGTACCTTTAGCC-
(3')(c;配列番号3) (5')d-GGTAATATCTCTGATGATGGAT
-(3')(d;配列番号4) (5')d-TAACTCATACCCTTGGACTC-
(3')(e;配列番号5) (5')d-GAACCTTGATCAATATTTCC-
(3')(f;配列番号6) (5')d-GTAGCAGCAGCTAAATCAAGG-
(3')(g;配列番号7) (5')d-AGTCCAAGGGTATGAGTTAG-
(3')(h;配列番号8) (5')d-CCATCACCTAAGGACTGTTC-
(3')(i;配列番号9) または対応する相補的配列からなることを特徴とするオ
リゴヌクレオチド。 - 【請求項2】 請求項第1項に記載のオリゴヌクレオチ
ド、4種のヌクレオチド(dATP, dCTP, dGTP, dTTP)、
耐熱性DNAポリメラーゼを少なくとも含むウェルシュ
菌検出用試薬キット。 - 【請求項3】 請求項第1項に記載された配列のうち、
少なくとも1つを有するオリゴヌクレオチドを鎖長反応
のプライマーとして機能させ、標的ヌクレオチド配列を
選択的に増幅させることを特徴とする方法であって、 (1) 検体中の1本鎖状態の標的ヌクレオチド配列にプラ
イマーをハイブリダイズさせ、4種のヌクレオチドの重
合反応により鎖長反応を行わせ、 (2) 得られた2本鎖の標的ヌクレオチド配列を1本鎖に
分離した場合、その相補鎖は他方のプライマーによる鎖
長反応の鋳型として機能し、 (3) これら2種のプライマーによるハイブリダイゼ−シ
ョンを繰り返すことにより、特定のヌクレオチド配列が
増幅され、増幅されたヌクレオチド断片を検出し、 (4) その結果、前記検体中に認識されるべき配列が存在
しているか否かを判定することでエンテロトキシン産生
性ウェルシュ菌の検出を行うことを含む方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP6203649A JP2885081B2 (ja) | 1994-08-29 | 1994-08-29 | エンテロトキシン産生性のウェルシュ菌を検出するためのオリゴヌクレオチドおよびそれを用いた検出法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP6203649A JP2885081B2 (ja) | 1994-08-29 | 1994-08-29 | エンテロトキシン産生性のウェルシュ菌を検出するためのオリゴヌクレオチドおよびそれを用いた検出法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH0856697A JPH0856697A (ja) | 1996-03-05 |
JP2885081B2 true JP2885081B2 (ja) | 1999-04-19 |
Family
ID=16477549
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP6203649A Expired - Lifetime JP2885081B2 (ja) | 1994-08-29 | 1994-08-29 | エンテロトキシン産生性のウェルシュ菌を検出するためのオリゴヌクレオチドおよびそれを用いた検出法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP2885081B2 (ja) |
-
1994
- 1994-08-29 JP JP6203649A patent/JP2885081B2/ja not_active Expired - Lifetime
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
Infect.Immunol.61(8)p.3429−3439(1993) |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JPH0856697A (ja) | 1996-03-05 |
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