JP2023526278A - 組み換え受容体を発現しているドナーバッチ細胞を産生するための方法 - Google Patents

組み換え受容体を発現しているドナーバッチ細胞を産生するための方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2023526278A
JP2023526278A JP2022569014A JP2022569014A JP2023526278A JP 2023526278 A JP2023526278 A JP 2023526278A JP 2022569014 A JP2022569014 A JP 2022569014A JP 2022569014 A JP2022569014 A JP 2022569014A JP 2023526278 A JP2023526278 A JP 2023526278A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
cells
cell
composition
enriched
donor
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2022569014A
Other languages
English (en)
Inventor
ネーサン イー
ライアン ラーソン
カルビン チャン
サラ クーパー
ジェフリー テオ
ダニエル コセット
コハナ ルーバ
Original Assignee
ジュノー セラピューティクス インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by ジュノー セラピューティクス インコーポレイテッド filed Critical ジュノー セラピューティクス インコーポレイテッド
Publication of JP2023526278A publication Critical patent/JP2023526278A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/14—Blood; Artificial blood
    • A61K35/17—Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • A61K38/177—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • A61K38/1774—Immunoglobulin superfamily (e.g. CD2, CD4, CD8, ICAM molecules, B7 molecules, Fc-receptors, MHC-molecules)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4631—Chimeric Antigen Receptors [CAR]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4632—T-cell receptors [TCR]; antibody T-cell receptor constructs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464402—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/464411—Immunoglobulin superfamily
    • A61K39/464412—CD19 or B4
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464402—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/464416—Receptors for cytokines
    • A61K39/464417—Receptors for tumor necrosis factors [TNF], e.g. lymphotoxin receptor [LTR], CD30
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70521—CD28, CD152
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70596—Molecules with a "CD"-designation not provided for elsewhere
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/715—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons
    • C07K14/7151—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons for tumor necrosis factor [TNF], for lymphotoxin [LT]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/31—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterized by the route of administration
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/38—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the dose, timing or administration schedule
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
    • A61K2239/48—Blood cells, e.g. leukemia or lymphoma
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2500/00—Specific components of cell culture medium
    • C12N2500/30—Organic components
    • C12N2500/32—Amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/20—Cytokines; Chemokines
    • C12N2501/23—Interleukins [IL]
    • C12N2501/2302—Interleukin-2 (IL-2)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/20—Cytokines; Chemokines
    • C12N2501/23—Interleukins [IL]
    • C12N2501/2307—Interleukin-7 (IL-7)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/20—Cytokines; Chemokines
    • C12N2501/23—Interleukins [IL]
    • C12N2501/2315—Interleukin-15 (IL-15)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/50—Cell markers; Cell surface determinants
    • C12N2501/51—B7 molecules, e.g. CD80, CD86, CD28 (ligand), CD152 (ligand)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/50—Cell markers; Cell surface determinants
    • C12N2501/515—CD3, T-cell receptor complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2510/00—Genetically modified cells

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

複数のドナーからのものなどの、CD57陰性および／またはCD27陽性T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を産生する方法が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）などの組み換え受容体により操作されている。複数の異なるドナーに由来するCD57陰性および／またはCD27陽性T細胞が濃縮されたT細胞を含有する操作T細胞組成物もまた、本明細書に提供され、これには、T細胞が組み換え受容体（例えばCAR）により操作されているかまたは組み換え受容体（例えばCAR）を発現する組成物が含まれる。養子療法に操作T細胞組成物を使用する方法もまた提供され、これにはがん免疫療法、例えば同種療法、または組成物が投与される対象にT細胞が由来しない1つもしくは複数の対象への投与と関連するものが含まれる。TIFF2023526278000015.tif98128

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2020年5月13日に出願され、「PROCESS FOR PRODUCING DONOR-BATCHED CELLS EXPRESSING A RECOMBINANT RECEPTOR」と題された米国仮出願第63/024,505号に対する優先権を主張し、その内容は、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み入れられる。
配列表の参照による組み入れ
本出願は、電子形式の配列表と共に出願されている。配列表は、2021年5月12日に作成された735042023840SeqList.TXTと題されたファイルとして提供され、そのサイズは72,208バイトである。配列表の電子形式の情報は、その全体が参照により組み入れられる。
分野
本開示は、いくつかの局面では、例えば複数のドナーから、CD57陰性および／またはCD27陽性T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を産生する方法に関する。いくつかの態様では、T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）などの組み換え受容体により操作されている。複数の異なるドナーに由来する、CD57陰性および／またはCD27陽性T細胞が濃縮されたT細胞を含有する操作T細胞組成物（中のT細胞が組み換え受容体（例えばCAR）により操作されているまたはそれを発現する組成物を含む）もまた、本開示に含まれる。がん免疫療法に関するものを含む養子療法において、例えば同種療法のために、または1つもしくは複数の対象への投与のために、操作T細胞組成物（中のT細胞は、組成物が投与される対象に由来しない）を使用する方法もまた、提供される。
背景
疾患および状態を処置するために様々な細胞療法が利用可能である。キメラ抗原受容体などの組み換え受容体により遺伝子操作された、T細胞などの免疫細胞を伴う方法が、細胞療法に含まれる。しかし場合によっては、既存の方法のうちいくつかは、インビボで低い一貫性、効力、または残留性を有する細胞集団を結果として生じる場合がある。罹患対象への細胞療法としての投与に関連するものを含む、そのような細胞組成物を製造および／または操作するための改良法が必要である。
概要
（A）複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各々の操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからのドナー試料からのCD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を含み、該T細胞が、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む、工程；および（B）複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、複数のT細胞組成物の各々は、（a）個別ドナーからのドナー試料からCD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程；および（b）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD57枯渇細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程である、またはそれを含む、プロセスによって生成される。いくつかの態様では、工程（b）の前に、方法は、CD57枯渇T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程を含む。
（A）複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各々の操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからのドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を含み、該T細胞が、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む、工程；および（B）複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法もまた、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、複数のT細胞組成物の各々は、（a）個別ドナーからのドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程；および（b）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD27濃縮細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程である、またはそれらを含むプロセスによって生成される。いくつかの態様では、工程（b）の前に、方法は、CD27濃縮T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程を含む。
いくつかの態様では、方法は、（c）導入することに続いて、操作された細胞を最大96時間インキュベートする工程をさらに含む。いくつかの態様では、インキュベートする工程は、37°±2℃または約37°±2℃の温度で実行される。いくつかの態様では、インキュベートする工程は、インキュベートする工程の開始時の細胞数と比較して、細胞が拡大増殖されない、または実質的に拡大増殖されない条件下で実行される。いくつかの態様では、方法は、（c）操作T細胞組成物を、該組成物中のT細胞の拡大増殖のための条件下で培養する工程をさらに含む。
いくつかの態様では、CD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択することは、（i）個別ドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57表面陰性（CD57-）細胞のうち一方を選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成すること；ならびに（ii）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57-細胞のうち他方について選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成することを含む。いくつかの態様では、CD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択することは、（i）個別ドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27表面陽性細胞（CD27+）のうち一方を選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成すること；ならびに（ii）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27+細胞のうち他方について選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成することを含む。いくつかの態様では、T細胞マーカーはCD3である。いくつかの態様では、T細胞マーカーはCD4である。いくつかの態様では、T細胞マーカーはCD8である。いくつかの態様では、T細胞表面マーカーは、CD4およびCD8である。
いくつかの態様では、方法は、本明細書に提供される任意の方法の1つまたは複数の工程の前または途中に、T細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でTRACの発現をノックアウトする工程をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、本明細書に提供される任意の方法の1つまたは複数の工程の前または途中に、内在性主要組織適合複合体（MHC）またはその構成成分の発現をノックアウトする工程をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、本明細書に提供される任意の方法の1つまたは複数の工程の前または途中に、内在性T細胞受容体（TCR）またはその構成成分の発現をノックアウトする工程をさらに含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されている。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分の発現についてノックアウト（KO）されている。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、内在性T細胞受容体（TCR）またはその構成成分の発現についてノックアウト（KO）されている。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）またはその構成成分；および（ii）内在性T細胞受容体（TCR）またはその構成成分の発現についてノックアウト（KO）されている。いくつかの態様では、MHCまたはその構成成分はベータ-2-ミクログロブリン（β2M）である。いくつかの態様では、内在性TCRはT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）である。
いくつかの態様では、方法は、CD3表面陰性（CD3-）である操作T細胞組成物の細胞を選択する工程をさらに含む。いくつかの態様では、CD3-である操作T細胞組成物の細胞を選択する工程は、細胞を、CD3に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合していない細胞を回収し、それにより、負の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物の細胞は、CD3表面陰性（CD3-）である細胞について選択される。いくつかの態様では、操作T細胞組成物の細胞は、CD3-表面陰性である。
態様のいずれかのいくつかでは、（a）個別ドナーからのドナー試料から、CD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程；（b）CD57枯渇T細胞集団を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、（1）CD57枯渇T細胞集団の細胞における（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でTRACの発現をノックアウトすること；ならびに（2）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入することであって、任意で、異種核酸が、内在性MHCおよび／または内在性TCRをコードする遺伝子の座位に挿入される、導入することを含み；（1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することを、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行することができる、工程；（c）複数の異なるドナーについて工程（a）および（b）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに（d）複数の異なる個別ドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせる工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。態様のいずれかのいくつかでは、（a）個別ドナーからのドナー試料から、CD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程；（b）CD57枯渇T細胞集団を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、（1）CD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現をノックアウトすること；ならびに（2）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入することを含み；（1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することを、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行することができる、工程；（c）複数の異なるドナーについて工程（a）および（b）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに（d）複数の異なる個別ドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせる工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、MHCまたはその構成成分はベータ-2-ミクログロブリン（β2M）である。いくつかの態様では、内在性TCRはT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）である。いくつかの態様では、異種核酸は、内在性MHCおよび／または内在性TCRをコードする遺伝子の座位に挿入されている。いくつかの態様では、異種核酸は、内在性MHCをコードする遺伝子の座位に挿入されている。いくつかの態様では、異種核酸は、内在性TCRをコードする遺伝子の座位に挿入されている。
態様のいずれかのいくつかでは、（a）個別ドナーからのドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程；（b）CD27濃縮T細胞集団を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、（1）CD27濃縮T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現をノックアウトすること；ならびに（2）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD27濃縮T細胞集団の細胞に導入することを含み；（1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することを、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行することができる、工程；（c）複数の異なるドナーについて工程（a）および（b）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに（d）複数の異なる個別ドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせる工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、MHCまたはその構成成分はベータ-2-ミクログロブリン（β2M）である。いくつかの態様では、内在性TCRはT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）である。いくつかの態様では、異種核酸は、内在性MHCおよび／または内在性TCRをコードする遺伝子の座位に挿入されている。いくつかの態様では、異種核酸は、内在性MHCをコードする遺伝子の座位に挿入されている。いくつかの態様では、異種核酸は、内在性TCRをコードする遺伝子の座位に挿入されている。
いくつかの態様では、方法は、複数の異なるドナーの個別ドナーごとに繰り返される。
いくつかの態様では、方法は、CD3表面陰性（CD3-）である操作T細胞組成物の細胞を選択する工程をさらに含む。いくつかの態様では、CD3-である操作T細胞組成物の細胞を選択する工程は、細胞をCD3に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合していない細胞を回収し、それにより、負の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物の細胞は、CD3表面陰性（CD3-）である細胞について選択される。いくつかの態様では、操作T細胞組成物の細胞はCD3-表面陰性である。
いくつかの態様では、組み合わせることの前に、複数の操作T細胞組成物の各々が、凍結保存され、かつ解凍されている。
いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、75％超もしくは約75％超のCD3+/CD57-細胞、80％超もしくは約80％超のCD3+/CD57-細胞、85％超もしくは約85％超のCD3+/CD57-細胞、90％超もしくは約90％超のCD3+/CD57-細胞、または95％超もしくは約95％超のCD3+/CD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、75％超または約75％超のCD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、80％超または約80％超のCD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、85％超または約85％超のCD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、90％超または約90％超のCD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、95％超または約95％超のCD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、40％超もしくは約40％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、45％超もしくは約45％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、50％超もしくは約50％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、60％超もしくは約60％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、65％超もしくは約65％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、または70％超もしくは約70％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、40％超または約40％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、45％超または約45％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、50％超または約50％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、55％超または約55％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、60％超または約60％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、65％超または約65％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、70％超または約70％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、75％超または約75％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、80％超または約80％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。
いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、75％超または約75％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、80％超または約80％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、85％超または約85％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、90％超または約90％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、95％超または約95％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、40％超または約40％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、45％超または約45％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、50％超または約50％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、55％超または約55％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、60％超または約60％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、65％超または約65％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、70％超または約70％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、75％超または約75％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、独立して、80％超または約80％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。
いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、1：2または約1：2～2：1または約2：1の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、約1：1の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。
いくつかの態様では、方法は、ノックアウトすることの前に、CD57枯渇T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、ノックアウトすることの前に、CD27濃縮T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程をさらに含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することは、同時に実行される。いくつかの態様では、ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することは、いずれかの順序で順次に実行される。
態様のいずれかのいくつかでは、（a）複数の異なるドナーからのドナー試料から、（i）T細胞マーカー表面陽性細胞および（ii）CD57表面陰性（CD57-）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；ならびに（b）細胞の濃縮された集団から、（i）T細胞マーカー表面陽性細胞および（ii）CD57-細胞のうち他方を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。
態様のいずれかのいくつかでは、（a）複数の異なるドナーからのドナー試料から、（i）T細胞マーカー表面陽性細胞、および（ii）CD27表面陽性（CD27+）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；ならびに（b）細胞の濃縮された集団から、（i）T細胞マーカー表面陽性細胞および（ii）CD27+細胞のうち他方を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、T細胞マーカーはCD3である。いくつかの態様では、T細胞マーカーはCD4である。いくつかの態様では、T細胞マーカーはCD8である。いくつかの態様では、T細胞表面マーカーは、CD4およびCD8である。
いくつかの態様では、ドナー試料は、複数の異なるドナーからの細胞を含むプールされた試料であって、それによって方法は、プールされたCD57枯渇T細胞集団を産生する。いくつかの態様では、ドナー試料は、個別ドナーからの試料であり、工程（i）および（ii）は、複数の異なるドナーからのドナー試料ごとに別々に繰り返され、それによって方法は、個別ドナーごとにCD57枯渇T細胞集団を産生する。いくつかの態様では、方法は、個別ドナーごとにCD57枯渇T細胞集団を一緒に組み合わせて、プールされたCD57枯渇T細胞集団を産生する工程をさらに含む。
いくつかの態様では、ドナー試料は、複数の異なるドナーからの細胞を含むプールされた試料であって、それによって方法は、プールされたCD27濃縮T細胞集団を産生する。いくつかの態様では、ドナー試料は、個別ドナーからの試料であり、工程（i）および（ii）は、複数の異なるドナーからのドナー試料ごとに別々に繰り返され、それによって方法は、個別ドナーごとにCD27濃縮T細胞集団を産生する。いくつかの態様では、方法は、個別ドナーごとにCD27濃縮T細胞集団を一緒に組み合わせて、プールされたCD27濃縮T細胞集団を産生する工程をさらに含む。
いくつかの態様では、T細胞マーカーはCD3である。いくつかの態様では、T細胞マーカーはCD4である。いくつかの態様では、T細胞マーカーはCD8である。いくつかの態様では、T細胞表面マーカーは、CD4およびCD8である。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、ドナー試料からCD57表面陰性（CD57-）であるT細胞について選択する工程である、またはそれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法であって、ドナー試料が、複数の異なるドナーからヒトT細胞が濃縮され、それにより、プールされたCD57枯渇T細胞集団を生成する、プール細胞集団である方法が、本明細書に提供される。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、（a）ドナー試料からCD57表面陰性（CD57-）であるT細胞について選択する工程であって、ドナー試料が、個別ドナーからのヒトT細胞について濃縮され、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する、工程；（b）複数の異なる個別ドナーについて工程（a）を繰り返す工程；および（c）個別ドナーの各々からのCD57枯渇T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD57枯渇T細胞集団を生成する、工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、ドナー試料からT細胞について選択する工程である、またはそれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法であって、ドナー試料が、複数の異なるドナーからCD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮され、それにより、プールされたCD57枯渇T細胞集団を生成する、プールされた細胞集団である方法が、本明細書に提供される。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、（a）ドナー試料からT細胞について選択する工程であって、試料が、個別ドナーからCD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮され、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する、工程；（b）複数の異なるドナーについて工程（a）を繰り返す工程；および（c）個別ドナーの各々からのCD57枯渇T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD57枯渇T細胞集団を生成する工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、ドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）であるT細胞について選択する工程である、またはそれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法であって、ドナー試料が、複数の異なるドナーからのヒトT細胞が濃縮された、プールされた細胞集団であり、それにより、プールされたCD27濃縮T細胞集団を生成する方法が、本明細書に提供される。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、（a）ドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）であるT細胞について選択する工程であって、ドナー試料が個別ドナーからのヒトT細胞について濃縮され、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程；（b）複数の異なる個別ドナーについて工程（a）を繰り返す工程、および（c）個別ドナーの各々からのCD27濃縮T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD27濃縮T細胞集団を生成する工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、ドナー試料からT細胞について選択する工程であって、ドナー試料が、複数の異なるドナーから、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮された、プールされた細胞集団であり、それにより、プールされたCD27濃縮T細胞集団を生成する、工程である、またはそれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、（a）ドナー試料からT細胞について選択する工程であって、試料が個別ドナーからのCD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞について濃縮され、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する、工程；（b）複数の異なるドナーについて工程（a）を繰り返す工程；および（c）個別ドナーの各々からのCD27濃縮T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD27濃縮T細胞集団を生成する工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、CD3+ T細胞について選択することによって得られる。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、CD4+ T細胞および／またはCD8+ T細胞について選択することによって得られる。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、CD4+ T細胞について選択することによって得られる。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、CD8+ T細胞について選択することによって得られる。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、85％超または約85％超のCD3+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、90％超または約90％超のCD3+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、95％超または約95％超のCD3+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、1：2または約1：2～2：1または約2：1の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、約1：1の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、T細胞について選択する工程は、CD3+ T細胞について選択することである、またはそれを含む。いくつかの態様では、T細胞について選択する工程は、CD4+ T細胞および／またはCD8+ T細胞について選択することである、またはそれを含む。いくつかの態様では、CD57-ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料は、CD57- T細胞について選択することによって得られる。
いくつかの態様では、（a）CD57枯渇T細胞集団の細胞は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されており；かつ／または（b）方法は、CD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でTRACの発現をノックアウトする工程をさらに含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団の細胞は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現についてノックアウト（KO）されている。いくつかの態様では、方法は、CD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現をノックアウトする工程をさらに含む。いくつかの態様では、（a）プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されており；かつ／または（b）方法は、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトする工程をさらに含む。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現についてノックアウト（KO）されている。いくつかの態様では、方法は、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現をノックアウトする工程をさらに含む。
いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団の細胞は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現についてノックアウト（KO）されている。いくつかの態様では、方法は、CD27濃縮T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現をノックアウトする工程をさらに含む。いくつかの態様では、プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現についてノックアウト（KO）されている。いくつかの態様では、方法は、プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現をノックアウトする工程をさらに含む。
いくつかの態様では、内在性MHCまたはその構成成分はβ2Mである。いくつかの態様では、内在性TCRはTRACである。
いくつかの態様では、方法は、CD3表面陰性（CD3-）であるノックアウトされた細胞を選択する工程をさらに含む。いくつかの態様では、CD3-であるノックアウトされた細胞を選択する工程は、細胞をCD3に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合していない細胞を回収し、それにより、負の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、ノックアウトされた細胞は、CD3表面陰性（CD3-）である細胞について選択される。いくつかの態様では、ノックアウトされた細胞は、CD3-表面陰性である。
いくつかの態様では、（a）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドが、CD57枯渇T細胞集団の細胞に導入され；かつ／または（b）方法が、CD57枯渇T細胞集団の細胞に組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入する工程をさらに含み、それにより方法は、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドは、CD57枯渇T細胞集団の細胞に導入され、それにより、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、方法は、CD57枯渇T細胞集団の細胞に、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程をさらに含む。いくつかの態様では、（a）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドが、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入され；かつ／または（b）方法が、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞に、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入する工程をさらに含み、それにより方法は、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドは、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入され、それにより、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、方法は、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞に、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程をさらに含む。
いくつかの態様では、ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することは、同時に実行される。いくつかの態様では、ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することは、いずれかの順序で順次に実行される。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD57枯渇T細胞集団の細胞がノックアウトされる前、および／または該細胞に異種核酸が導入される前に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD57枯渇T細胞集団の細胞がノックアウトされる前に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD57枯渇T細胞集団の細胞が異種核酸に導入される前に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD57枯渇T細胞集団の細胞がノックアウトされ、該細胞に異種核酸が導入される前に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD57枯渇T細胞の細胞がノックアウトされ、および／または該細胞に異種核酸が導入された後に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD57枯渇T細胞集団の細胞がノックアウトされた後に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD57枯渇T細胞集団の細胞に異種核酸が導入された後に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD57枯渇T細胞集団の細胞がノックアウトされ、該細胞に異種核酸が導入された後に行われる。
いくつかの態様では、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドは、CD27濃縮T細胞集団の細胞に導入され、それにより、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、方法は、CD27濃縮T細胞集団の細胞に組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入する工程をさらに含み、それにより方法は、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、（a）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドは、プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞に導入され；（b）方法は、プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞に組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入し、それにより方法は、操作T細胞組成物を生成する工程をさらに含む。
いくつかの態様では、ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することは、同時に実行される。いくつかの態様では、ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することは、いずれかの順序で順次に実行される。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD27濃縮T細胞集団の細胞がノックアウトされる前、および／または該細胞に異種核酸が導入される前に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD27濃縮T細胞集団の細胞がノックアウトされる前に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD27濃縮T細胞集団の細胞が異種核酸に導入される前に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD27濃縮T細胞集団の細胞がノックアウトされ、該細胞に異種核酸が導入される前に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD27濃縮T細胞集団の細胞がノックアウトされ、かつ／または該細胞に異種核酸が導入された後に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD27濃縮T細胞集団の細胞がノックアウトされた後に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD27濃縮T細胞集団の細胞に異種核酸が導入された後に行われる。いくつかの態様では、組み合わせることは、CD27濃縮T細胞集団の細胞がノックアウトされ、該細胞に異種核酸が導入された後に行われる。
（i）ドナー試料から、（a）CD3表面陽性（CD3+）、またはCD4表面陽性（CD4+）および／もしくはCD8表面陽性（CD8+）細胞、ならびに（b）CD57表面陰性（CD57-）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；（ii）細胞の濃縮された集団から、（a）CD3+、またはCD4+および／もしくはCD8+細胞、ならびに（b）CD57-細胞のうち他方を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程；（iii）CD57枯渇T細胞集団の細胞を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程；（iv）刺激された細胞を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、（1）刺激された細胞における、（a）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（b）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトすること；ならびに（2）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、刺激された細胞に、任意で、TRACをコードする遺伝子の座位に導入することを含み；（1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することを、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行することができる、工程；（v）操作T細胞組成物を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程であって、任意で、増殖または拡大増殖を促進する条件下で細胞を培養することをさらに含む、工程；（vi）複数の異なるドナーについて工程（i）～（v）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに（vii）複数の異なるドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせる工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法もまた、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD57+ T細胞の頻度の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度は、ドナー試料中CD57+ T細胞の頻度の約35未満である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD57+ T細胞の頻度の約30％未満である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD57+ T細胞の頻度の約25％未満である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD57+ T細胞の頻度の約20％未満である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD57+ T細胞の頻度の約10％未満である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD5+ T細胞の頻度の約50％未満である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD5+ T細胞の頻度の約1％未満である。
いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団は、約20％未満のCD57+ T細胞、約15％未満のCD57+ T細胞、約10％未満のCD57+ T細胞、約5％未満のCD57+ T細胞、約1％未満のCD57+ T細胞、または約0.1％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団は、約20％未満のCD57+ T細胞、約15％未満のCD57+ T細胞、約10％未満のCD57+ T細胞、約5％未満のCD57+ T細胞、約1％未満のCD57+ T細胞、または約0.1％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団は、約20％未満のCD57+ T細胞、約15％未満のCD57+ T細胞、約10％未満のCD57+ T細胞、約5％未満のCD57+ T細胞、約1％未満のCD57+ T細胞、または約0.1％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団は、約5％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団は、約5％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団は、約5％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団は、CD57+ T細胞を含まない、または本質的に含まない。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団は、CD57+ T細胞を含まない、または本質的に含まない。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団は、CD57+ T細胞を含まない、または本質的に含まない。
（i）ドナー試料から、（a）CD3表面陽性（CD3+）、またはCD4表面陽性（CD4+）および／もしくはCD8表面陽性（CD8+）細胞、ならびに（b）CD27表面陽性（CD27+）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；（ii）細胞の濃縮された集団から、（a）CD3+、またはCD4+および／もしくはCD8+細胞、ならびに（b）CD27+細胞のうち他方を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程；（iii）CD27濃縮T細胞集団中のT細胞を活性化する条件下で該集団の細胞を刺激する工程；（iv）刺激された細胞を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、（1）刺激された細胞における、（a）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分；および／または（b）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現をノックアウトすること；ならびに（2）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、刺激された細胞に導入することを含み；（1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することを、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行することができる、工程；（v）操作T細胞組成物を最大96時間インキュベートする工程；（vi）複数の異なるドナーについて工程（i）～（v）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに（vii）複数の異なるドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせる工程である、またはそれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法もまた、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約35％未満である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約30％未満である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約25％未満である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約20％未満である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約10％未満である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD5+ T細胞の頻度の約50％未満である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約1％未満である。
いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団は、約20％未満のCD27- T細胞、約15％未満のCD27- T細胞、約10％未満のCD27- T細胞、約5％未満のCD27- T細胞、約1％未満のCD27- T細胞、または約0.1％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団は、約20％未満のCD27- T細胞、約15％未満のCD27- T細胞、約10％未満のCD27- T細胞、約5％未満のCD27- T細胞、約1％未満のCD27- T細胞、または約0.1％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、プールされたCD27濃縮T細胞集団は、約20％未満のCD27- T細胞、約15％未満のCD27- T細胞、約10％未満のCD27- T細胞、約5％未満のCD27- T細胞、約1％未満のCD27- T細胞、または約0.1％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団は、約5％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団は、約5％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、プールされたCD27濃縮T細胞集団は、約5％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団は、CD27- T細胞を含まない、または本質的に含まない。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団は、CD27- T細胞を含まない、または本質的に含まない。いくつかの態様では、プールされたCD27濃縮T細胞集団は、CD27- T細胞を含まない、または本質的に含まない。
いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、ナイーブT細胞のマーカーを含む。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、CD27、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAである、またはそれらを含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、CD27および／またはKi67の発現において低いCVを示す。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、CD27の発現において低いCVを示す。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、Ki67の発現において低いCVを示す。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、CD27の発現において低いCVを示す。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、Ki67の発現において低いCVを示す。
いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞は、ドナー試料の細胞と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、ナイーブT細胞のマーカーを含む。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAである、またはそれらを含む。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、Ki67である、またはそれを含む。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、CCR7である、またはそれを含む。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、CD45RAである、またはそれを含む。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、CD28である、またはそれを含む。
いくつかの態様では、ドナー試料は、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物である、またはそれを含む。
いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約2つもしくは約2つの異なるドナー、少なくとも約5つもしくは約5つの異なるドナー、少なくとも約10もしくは約10の異なるドナー、少なくとも約15もしくは約15の異なるドナー、少なくとも約20もしくは約20の異なるドナー、少なくとも約25もしくは約25の異なるドナー、少なくとも約50もしくは約50の異なるドナー、または少なくとも約100もしくは約100の異なるドナー、または前記のいずれかの間の任意の範囲を含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、5つ～25のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、25～50のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、50～100のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、100％未満のヒト白血球抗原（HLA）がマッチする、約90％未満のHLAがマッチする、約80％未満のHLAがマッチする、約70％未満のHLAがマッチする、約60％未満のHLAがマッチする、または約50％未満のHLAがマッチする、2つ以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、100％のHLAがマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む。いくつかの態様では、ドナー試料が個別ドナーから得られた時点で、該個別ドナーは健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない。いくつかの態様では、個別ドナーからドナー試料が得られた時点で、該個別ドナーは、疾患または状態を有する。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも1つのドナーを含み、このドナーは、ドナー試料が該少なくとも1つのドナーから得られた時点で健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも1つのドナーを含み、このドナーは、ドナー試料が該少なくとも1つのドナーから得られた時点で疾患または状態を有する。いくつかの態様では、ドナー試料が異なるドナーの各々から得られた時点で、複数の異なるドナーのうちの各々のドナーが健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない。
いくつかの態様では、選択することは、免疫親和性に基づく選択である、またはそれを含む。いくつかの態様では、免疫親和性に基づく選択は、T細胞を、CD57に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合していない細胞を回収し、それにより、負の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、選択することは、免疫親和性に基づく選択である、またはそれを含む。いくつかの態様では、免疫親和性に基づく選択は、T細胞を、CD27に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合した細胞を回収し、それにより、正の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、免疫親和性に基づく選択は、T細胞を、CD3、CD4、またはCD8に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合した細胞を回収し、それにより、正の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、免疫親和性に基づく選択は、T細胞を、CD3に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合した細胞を回収し、それにより、正の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、免疫親和性に基づく選択は、T細胞を、CD4に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合した細胞を回収し、それにより、正の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、免疫親和性に基づく選択は、T細胞を、CD8に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合した細胞を回収し、それにより、正の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、抗体は、固体表面に固定化されている。いくつかの態様では、固体表面は磁性粒子である。いくつかの態様では、抗体は、アフィニティークロマトグラフィーマトリックスに固定化されているまたは結び付いている。いくつかの態様では、抗体は、接触している間に、マトリックスに固定化された結合試薬と可逆結合を形成し、それによって抗体がクロマトグラフィーに可逆的に結合することが可能な1種または複数種の結合パートナーをさらに含む。いくつかの態様では、結合試薬は、結合パートナーに可逆的に結合するストレプトアビジンムテインである。
いくつかの態様では、（a）方法は、CD57枯渇T細胞集団および／もしくはプールされたCD57枯渇T細胞集団を凍結保存する工程をさらに含み；かつ／または（b）CD57枯渇T細胞集団および／もしくはプールされたCD57枯渇T細胞集団は、凍結保護物質と共に製剤化される。いくつかの態様では、方法は、CD57枯渇T細胞集団を凍結保存する工程をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、プールされたCD57枯渇T細胞集団を凍結保存する工程をさらに含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団は、凍結保護物質と共に製剤化される。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団は、凍結保護物質と共に製剤化される。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団は、後続の工程の前に解凍される。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団は、後続の工程の前に解凍される。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団は、後続の工程の前に解凍される。
いくつかの態様では、方法は、CD27濃縮T細胞集団を凍結保存する工程をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、プールされたCD27濃縮T細胞集団を凍結保存する工程をさらに含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団は、凍結保護物質と共に製剤化される。いくつかの態様では、プールされたCD27濃縮T細胞集団は、凍結保護物質と共に製剤化される。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団は、後続の工程の前に解凍される。いくつかの態様では、プールされたCD27濃縮T細胞集団は、後続の工程の前に解凍される。
いくつかの態様では、内在性MHCもしくはその構成成分は、MHCクラスIタンパク質またはその構成成分である、またはそれを含む。いくつかの態様では、内在性MHCまたはその構成成分はβ2Mを含む。いくつかの態様では、内在性TCRまたはその構成成分は、TRACおよび／またはT細胞受容体ベータ定常部（TRBC）を含む。いくつかの態様では、内在性TCRまたはその構成成分はTRACを含む。いくつかの態様では、内在性TCRまたはその構成成分はTRBCを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞に、内在性β2M遺伝子および／または内在性TRAC遺伝子によってコードされる産物の発現を低減する、またはそれらを破壊する、作用物質を導入することを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞に、内在性β2M遺伝子によってコードされる産物の発現を低減する、またはそれを破壊する、作用物質を導入することを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞に、内在性TRAC遺伝子によってコードされる産物の発現を低減する、またはそれを破壊する、作用物質を導入することを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞に、β2Mおよび／またはTRACの発現および／または活性を低減する作用物質を導入することを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞に、β2Mの発現および／または活性を低減する作用物質を導入することを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞に、TRACの発現および／または活性を低減する作用物質を導入することを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞にジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TAL-エフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、またはCRISPR-Cas9の組み合わせを導入することを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞にジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）を導入することを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞にTAL-エフェクターヌクレアーゼ（TALEN）を導入することを含む。いくつかの態様では、ノックアウトすることは、細胞に、CRISPR-Casの組み合わせを導入することを含む。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、方法のいずれかによって産生される細胞に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程をさらに含む、CD57枯渇T細胞集団を遺伝子操作する方法が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、遺伝子操作することは、細胞を選択する1つまたは複数の工程の前に行われる。いくつかの態様では、操作されたT細胞のCD57+ T細胞が枯渇されない方法と比較して、操作されたT細胞は、組み換え受容体の発現において低いCVを示す。
提供される態様のいずれかのいくつかでは、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、方法のいずれかによって産生される細胞に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成することをさらに含む、CD27濃縮T細胞集団を遺伝子操作する方法が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、遺伝子操作することは、細胞を選択する1つまたは複数の工程の前に行われる。いくつかの態様では、操作されたT細胞のCD27- T細胞が枯渇されない方法と比較して、操作されたT細胞は、組み換え受容体の発現において低いCVを示す。
いくつかの態様では、導入することは、異種ポリヌクレオチドを含むウイルスベクターによる異種ポリヌクレオチドの標的指向性挿入を含む。いくつかの態様では、ウイルスベクターはアデノ随伴ウイルス（AAV）ベクターである。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、β2M遺伝子またはTRAC遺伝子の遺伝子座に挿入されている。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、β2M遺伝子の遺伝子座に挿入されている。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、TRAC遺伝子の遺伝子座に挿入されている。
いくつかの態様では、方法は、導入することに続いて、操作された細胞を最大96時間インキュベートする工程をさらに含む。いくつかの態様では、インキュベートする工程は、37°±2℃または約37°±2℃の温度で実行される。いくつかの態様では、導入する工程に続いて、インキュベートする工程は、最大72時間実行される。いくつかの態様では、導入する工程に続いて、インキュベートする工程は、最大48時間実行される。いくつかの態様では、導入する工程に続いて、インキュベートする工程は、最大24時間実行される。いくつかの態様では、インキュベートする工程は、CD57枯渇T細胞および／またはプールされたCD57枯渇T細胞のゲノムへのウイルスベクターの組み込みを結果として生じる。いくつかの態様では、インキュベートする工程は、CD57枯渇T細胞のゲノムへのウイルスベクターの組み込みを結果として生じる。いくつかの態様では、インキュベートする工程は、プールされたCD57枯渇T細胞のゲノムへのウイルスベクターの組み込みを結果として生じる。いくつかの態様では、インキュベートする工程は、CD27濃縮T細胞のゲノムへのウイルスベクターの組み込みを結果として生じる。いくつかの態様では、インキュベートする工程は、プールされたCD27濃縮T細胞のゲノムへのウイルスベクターの組み込みを結果として生じる。
いくつかの態様では、方法は、増殖または拡大増殖を促進する条件下で細胞を培養する工程をさらに含む。いくつかの態様では、培養する工程は、1種または複数種の組み換えサイトカインの存在下で実行される。いくつかの態様では、1種または複数種の組み換えサイトカインは、IL-2、IL-7およびIL-15のうち1種または複数種である。
いくつかの態様では、方法は、該方法によって産生された細胞を採集または収集する工程をさらに含む。いくつかの態様では、採集または収集する工程は、閾値数の細胞が方法によって産生された時点で実行される。いくつかの態様では、閾値数に達するまでの時間は、CD57+ T細胞を枯渇させる工程を含まない方法よりも短い。いくつかの態様では、閾値数に達するまでの時間は、CD27- T細胞を枯渇させる工程を含まない方法よりも短い。いくつかの態様では、（a）方法は、凍結保護物質の存在下で凍結保存のために採集もしくは収集された細胞を製剤化する工程をさらに含み；かつ／または（b）採集もしくは収集された細胞は、薬学的に許容される賦形剤の存在下で製剤化される。いくつかの態様では、方法は、採集または収集された細胞を凍結保護物質の存在下で凍結保存のために製剤化する工程をさらに含む。いくつかの態様では、採集または収集された細胞は、薬学的に許容される賦形剤の存在下で製剤化される。
いくつかの態様では、組み換え受容体は、疾患または状態の細胞または組織に関連する、特異的な、および／または発現される標的抗原に結合することが可能である。いくつかの態様では、疾患または状態は、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである。いくつかの態様では、疾患または状態は、腫瘍またはがんである。いくつかの態様では、標的抗原は腫瘍抗原である。いくつかの態様では、標的抗原は、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9；CAIXまたはG250としても知られる）、がん精巣抗原、がん／精巣抗原1B（CTAG；NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られる）、がん胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られる）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、がん胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG；5T4としても知られる）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1；TYRP1またはgp75としても知られる）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2；ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしても知られる）、血管内皮細胞増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮細胞増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原またはユニバーサルタグに関連する抗原および／またはビオチン化分子および／またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子より選択される。いくつかの態様では、組み換え受容体は、機能的非TCR抗原受容体もしくはTCR、またはその抗原結合断片である、またはそれを含有する。いくつかの態様では、組み換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様では、組み換え受容体は、抗原結合ドメイン、スペーサーおよび／またはヒンジ領域を含む細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、共刺激シグナル伝達領域を含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含む。いくつかの態様では、細胞外ドメインは、scFvを含む抗原結合ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン、T細胞において一次活性化シグナルを誘導することが可能なシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）構成成分のシグナル伝達ドメイン、および／または免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインである、またはそれらを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3鎖の細胞内シグナル伝達ドメインである、またはそれを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3-ゼータ（CD3ζ）鎖またはそのシグナル伝達部分である、またはそれを含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、CD28、4-1BBもしくはICOSの細胞内シグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、CD28の細胞内シグナル伝達ドメインまたはそのシグナル伝達部分を含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、4-1BBの細胞内シグナル伝達ドメインまたはそのシグナル伝達部分を含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、ICOSの細胞内シグナル伝達ドメインまたはそのシグナル伝達部分を含む。
いくつかの態様では、方法によって産生されるT細胞は、疾患または状態を有する少なくとも1つの対象への投与のためのものである。いくつかの態様では、T細胞の少なくとも一部分は、少なくとも1つの対象に対して同種である。いくつかの態様では、疾患または状態は、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである。いくつかの態様では、疾患または状態は、腫瘍またはがんである。いくつかの態様では、方法によって産生されるT細胞は、1つまたは複数の単位用量として投与用に製剤化されており、細胞は、少なくとも約100単位用量の細胞、少なくとも約200単位用量の細胞、少なくとも約300単位用量の細胞、少なくとも約400単位用量の細胞、少なくとも約500単位用量の細胞、少なくとも約600単位用量、または少なくとも約1,000単位用量の細胞を含有する。いくつかの態様では、方法によって産生されるT細胞は、1つまたは複数の単位用量として投与用に製剤化されており、細胞は、約100単位用量～約1000単位用量、約100単位用量～約500単位用量、約100単位用量～約200単位用量、約250単位用量～約500単位用量、または約500単位用量～1000単位用量を含有する。いくつかの態様では、方法によって産生されるT細胞は、少なくとも2つの対象、少なくとも5つの対象、少なくとも10の対象、少なくとも25の対象、少なくとも50の対象、少なくとも100の対象、少なくとも200の対象、少なくとも500の対象、または少なくとも1,000の対象への投与のためのものである。いくつかの態様では、方法によって産生されるT細胞は、約2つの対象～1000の対象、約5つの対象～500の対象、約10の対象～約200の対象、約20の対象～約150の対象、または約25の対象～約50の対象への投与のためのものである。いくつかの態様では、単位用量は、約1000万～7500万個／ミリリットルの細胞数／細胞濃度を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、5.0×106～1×109、5.0×106～5.0×108、5.0×106～2.5×108、5.0×106～1.0×108、5.0×106～7.5×107、1×107～1×109、1×107～5.0×108、1×107～2.5×108、1×107～1.0×108、1.0×107～7.5×107、1.0×107～5.0×107、1.0×107～2.5×107、1.5×107～2.25×107、2.5×107～1.0×109、または2.5×107～7.5×108個、および約5.0×106～1×109、約5.0×106～5.0×108、約5.0×106～2.5×108、約5.0×106～1.0×108、約5.0×106～7.5×107、約1×107～1×109、約1×107～5.0×108、約1×107～2.5×108、約1×107～1.0×108、約1.0×107～7.5×107、約1.0×107～5.0×107、約1.0×107～2.5×107、約1.5×107～2.25×107、約2.5×107～1.0×109、または約2.5×107～7.5×108個の細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、5.0×106～1×109、1.0×107～1.0×109、2.5×107～1×109、5.0×107～1.0×109、7.5×107～1.0×109、1.0×108～1.0×109、5.0×107～7.5×108、5×107～5.0×108、5×107～2.5×108、5.0×107～1.0×108、または5.0×107～7.5×107個、および約5.0×106～1×109、約1.0×107～1.0×109、約2.5×107～1×109、約5.0×107～1.0×109、約7.5×107～1.0×109、約1.0×108～1.0×109、約5.0×107～7.5×108、約5×107～5.0×108、約5×107～2.5×108、約5.0×107～1.0×108、または約5.0×107～7.5×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約5.0×106個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.5×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約3.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約4.5×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約6.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約8.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.5×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約3.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約4.5×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約6.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約8.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.0×109個の組み換え受容体発現細胞を含有する。
いくつかの態様では、方法は、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞を、集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激し、それにより、刺激されたT細胞集団を生成する工程をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、CD57枯渇T細胞集団の細胞を、集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激し、それにより、刺激されたT細胞集団を生成する工程をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞を、集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激し、それにより、刺激されたT細胞集団を生成する工程をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、CD27濃縮T細胞集団の細胞を、集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激し、それにより、刺激されたT細胞集団を生成する工程をさらに含む。いくつかの態様では、方法は、プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞を、集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激し、それにより、刺激されたT細胞集団を生成する工程をさらに含む。
いくつかの態様では、刺激する条件は、刺激試薬の存在を含み、刺激試薬は、TCR複合体の1種または複数種の構成成分の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメイン、および1種または複数種の共刺激分子の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化することが可能である。いくつかの態様では、刺激試薬は、（i）TCR複合体のメンバーに特異的に結合する、任意で、CD3に特異的に結合する一次作用物質、および（ii）T細胞共刺激分子に特異的に結合する二次作用物質であって、任意で、共刺激分子がCD28、CD137（4-1-BB）、OX40またはICOSより選択される、二次作用物質を含有する。いくつかの態様では、一次作用物質および二次作用物質の少なくとも一方は、抗体またはその抗原結合断片である、またはそれを含む。いくつかの態様では、一次作用物質は、抗CD3抗体またはその抗原結合断片であり、二次作用物質は、抗CD28抗体またはその抗原結合断片である。いくつかの態様では、抗原結合性断片は、Fab断片、Fv断片、および単鎖Fv断片（scFv）からなる群より選択される一価抗体断片である。いくつかの態様では、抗原結合性断片はFabである。いくつかの態様では、抗原結合性断片はscFvである。いくつかの態様では、一次作用物質および二次作用物質は、複数種のストレプトアビジン分子またはストレプトアビジンムテイン分子を含むオリゴマー粒子試薬の表面に可逆的に結合されている。いくつかの態様では、ストレプトアビジン分子またはストレプトアビジンムテイン分子は、ビオチン、アビジン、ビオチン類似体もしくはビオチンムテイン、アビジン類似体もしくはアビジンムテイン、および／またはそれらの生物学的に活性な断片に結合する、または結合することが可能である。いくつかの態様では、一次作用物質は、抗CD3 Fabを含有する。いくつかの態様では、二次作用物質は、抗CD28 Fabを含有する。いくつかの態様では、一次作用物質は、抗CD3 Fabを含有し、二次作用物質は、抗CD28 Fabを含有する。
いくつかの態様では、方法は、T細胞から刺激試薬を分離する工程をさらに含み、分離する工程は、T細胞を物質と接触させることを含み、該物質は、一次および二次作用物質とオリゴマー粒子試薬との間の結合を解消する（reverse）ことが可能である。いくつかの態様では、物質は、結合パートナーを含まない、および／または競合作用物質である。いくつかの態様では、物質は、ストレプトアビジン結合ペプチド、ビオチンもしくはその生物学的に活性な断片、またはビオチン類似体もしくはその生物学的に活性な断片である、またはそれを含む。いくつかの態様では、物質は、ビオチンまたはビオチン類似体である、またはそれを含む。いくつかの態様では、刺激する条件は、1種または複数種の組み換えサイトカインの存在を含む。いくつかの態様では、刺激する条件は、組み換えIL-2、IL-7およびIL-15のうち1種または複数種の存在を含む。いくつかの態様では、（a）方法は、刺激されたT細胞を凍結保護物質の存在下で凍結保存のために製剤化する工程をさらに含み；かつ／または（b）刺激されたT細胞は、凍結保護物質の存在下で製剤化される。いくつかの態様では、方法は、刺激されたT細胞を凍結保護物質の存在下で凍結保存のために製剤化する工程をさらに含む。いくつかの態様では、刺激されたT細胞は、凍結保護物質の存在下で製剤化される。
本明細書に提供される方法のいずれかによって産生されるT細胞集団を含有する組成物が、本明細書に提供される。
CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されているT細胞の集団を含有する、ドナープールからのT細胞を含有する組成物が、本明細書に提供され、細胞の該集団は、複数の異なるドナーからのものであり、複数の異なるドナーは、100％のヒト白血球抗原（HLA）がマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む。
いくつかの態様では、T細胞は、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む。いくつかの態様では、組成物中のCD57+ T細胞の頻度は、組成物中の総T細胞の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である。いくつかの態様では、組成物中のCD57+ T細胞の頻度は、組成物中の総T細胞の約20％未満である。いくつかの態様では、組成物は、約20％未満のCD57+ T細胞、約15％未満のCD57+ T細胞、約10％未満のCD57+ T細胞、約5％未満のCD57+ T細胞、約1％未満のCD57+ T細胞、または約0.1％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、約15％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、約10％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、約5％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、約1％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、約0.1％未満のCD57+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、CD57+ T細胞を含まない、または本質的に含まない。いくつかの態様では、組成物は、75％超または約75％超のCD3+/CD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、80％超または約80％超のCD3+/CD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、85％超または約85％超のCD3+/CD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、90％超または約90％超のCD3+/CD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、95％超または約95％超のCD3+/CD57-細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、40％超または約40％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、45％超または約45％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、50％超または約50％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、55％超または約55％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、60％超または約60％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、65％超または約65％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、70％超または約70％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。
いくつかの態様では、組成物は、40％超または約40％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、45％超または約45％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、50％超または約50％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、55％超または約55％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、60％超または約60％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、65％超または約65％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、70％超または約70％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、75％超または約75％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含有する。
CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されたT細胞の集団を含有する、ドナープールからのT細胞を含有する組成物もまた、本明細書に提供され、該細胞の集団は、複数の異なるドナーからのものであり、複数の異なるドナーは、100％のヒト白血球抗原（HLA）がマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む。
いくつかの態様では、T細胞は、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む。いくつかの態様では、組成物中のCD27-T細胞の頻度は、組成物中の総T細胞の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である。いくつかの態様では、組成物は、約15％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、約10％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、約5％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、約1％未満のCD27-細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、約0.1％未満のCD27- T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、CD27- T細胞を含まない、または本質的に含まない。いくつかの態様では、組成物は、75％超または約75％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、80％超または約80％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、85％超または約85％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、90％超または約90％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、95％超または約95％超のCD27+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、40％超または約40％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、45％超または約45％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、50％超または約50％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、55％超または約55％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、60％超または約60％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、65％超または約65％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物は、70％超または約70％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含有する。
いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、1：2または約1：2から2：1または約2：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、複数の操作T細胞組成物の各々は、約1：1の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含有する。
いくつかの態様では、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞集団と比較して、組成物の細胞は、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも、少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、ナイーブT細胞のマーカーである、またはそれを含む。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、CD27、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、CD27および／またはKi67の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、CD27の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、Ki67の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、CD27およびKi67の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも、少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも、少なくとも20％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも、少なくとも40％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも、少なくとも60％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも、少なくとも80％低い。
いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、ナイーブT細胞のマーカーである、またはそれを含む。いくつかの態様では、1種または複数種の分子は、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、Ki67の発現において低い変動係数（CV）を示す。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも20％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも40％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも60％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも80％低い。
いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約2つもしくは約2つの異なるドナー、少なくとも約5つもしくは約5つの異なるドナー、少なくとも約10もしくは約10の異なるドナー、少なくとも約15もしくは約15の異なるドナー、少なくとも約20もしくは約20の異なるドナー、少なくとも約25もしくは約25の異なるドナー、少なくとも約50もしくは約50の異なるドナー、または少なくとも約100もしくは約100の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約2つの異なるドナー、約5つの異なるドナー、約10の異なるドナー、約15の異なるドナー、約20の異なるドナー、約25の異なるドナー、約50の異なるドナー、または約100の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約2つの異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約5つの異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約10の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約20の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約25の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約50の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約100の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、25未満または約25未満のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、100％未満のヒト白血球抗原（HLA）がマッチする、約90％未満のHLAがマッチする、約80％未満のHLAがマッチする、約70％未満のHLAがマッチする、約60％未満のHLAがマッチする、または約50％未満のHLAがマッチする、2つ以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、100％のHLAがマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む。いくつかの態様では、細胞が少なくとも1つのドナーから得られた時点で、複数の異なるドナーは健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない該少なくとも1つのドナーを含む。いくつかの態様では、細胞が少なくとも1つのドナーから得られた時点で、複数の異なるドナーは、疾患または状態を有する該少なくとも1つのドナーを含む。いくつかの態様では、細胞が異なるドナーの各々から得られた時点で、複数の異なるドナーのうちの各々のドナーは健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない。
いくつかの態様では、T細胞は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウトされたT細胞を含む。いくつかの態様では、T細胞は、内在性主要組織適合複合体（MHC）またはその構成成分の発現についてノックアウトされたT細胞を含む。いくつかの態様では、T細胞は、内在性T細胞受容体（TCR）またはその構成成分の発現についてノックアウトされたT細胞を含む。いくつかの態様では、T細胞は、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）またはその構成成分；および（ii）内在性T細胞受容体（TCR）またはその構成成分の発現についてノックアウトされたT細胞を含む。いくつかの態様では、内在性MHCは、MHCクラスIタンパク質またはその構成成分である、またはそれを含む。いくつかの態様では、内在性MHCは、ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）である、またはそれを含む。いくつかの態様では、内在性TCRまたはその構成成分は、T細胞受容体アルファ定常部（TRAC）および／またはT細胞受容体ベータ定常部（TRBC）である、またはそれを含む。いくつかの態様では、内在性TCRまたはその構成成分は、T細胞受容体アルファ定常部（TRAC）である、またはそれを含む。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、β2M遺伝子またはTRAC遺伝子の遺伝子座に挿入されている。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、TRAC遺伝子の遺伝子座に挿入されている。
いくつかの態様では、方法は、CD3表面陰性（CD3-）であるノックアウトされたT細胞を選択する工程をさらに含む。いくつかの態様では、CD3-であるノックアウトされたT細胞を選択する工程は、細胞を、CD3に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合していない細胞を回収し、それにより、負の選択をもたらすことを含む。いくつかの態様では、ノックアウトされたT細胞は、CD3表面陰性（CD3-）である細胞について選択される。いくつかの態様では、ノックアウトされたT細胞は、CD3-表面陰性である。
いくつかの態様では、組成物は、凍結保護物質を含有する。いくつかの態様では、組成物は、薬学的に許容される賦形剤を含有する。
いくつかの態様では、組み換え受容体は、疾患または状態の細胞または組織に関連する、特異的である、および／または発現される標的抗原に結合することが可能である。いくつかの態様では、疾患または状態は、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである。いくつかの態様では、標的抗原は腫瘍抗原である。いくつかの態様では、標的抗原は、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9；CAIXまたはG250としても知られる）、がん精巣抗原、がん／精巣抗原1B（CTAG；NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られる）、がん胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られる）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、がん胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG；5T4としても知られる）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1；TYRP1またはgp75としても知られる）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2；ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしても知られる）、血管内皮細胞増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮細胞増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原またはユニバーサルタグに関連する抗原および／またはビオチン化分子および／またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子より選択される。いくつかの態様では、標的抗原はCD19である。
いくつかの態様では、組み換え受容体は、機能的非TCR抗原受容体もしくはTCR、またはその抗原結合断片である、またはそれを含む。いくつかの態様では、組み換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様では、組み換え受容体は、抗原結合ドメイン、スペーサーおよび／またはヒンジ領域を含む細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、共刺激シグナル伝達領域を含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含有する。いくつかの態様では、細胞外ドメインは、scFvを含む抗原結合ドメインを含有する。いくつかの態様では、細胞外ドメインは、scFvである抗原結合ドメインを含有する。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン、T細胞において一次活性化シグナルを誘導することが可能なシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）構成成分のシグナル伝達ドメイン、および／または免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインである、またはそれらを含有する。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3鎖の細胞内シグナル伝達ドメインである、またはそれを含有する。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3-ゼータ（CD3ζ）鎖またはそのシグナル伝達部分である、またはそれを含有する。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、CD28、4-1BBもしくはICOSの細胞内シグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含有する。
いくつかの態様では、組成物は、疾患または状態を有する対象の処置のためのものである。いくつかの態様では、疾患または状態は、がんまたは腫瘍である。いくつかの態様では、組成物の細胞は、1つまたは複数の単位用量として投与用に製剤化されており、細胞は、少なくとも約100単位用量の細胞、少なくとも約200単位用量の細胞、少なくとも約300単位用量の細胞、少なくとも約400単位用量の細胞、少なくとも約500単位用量の細胞、少なくとも約600単位用量、または少なくとも約1,000単位用量の細胞を含有する。いくつかの態様では、方法によって産生されるT細胞は、1つまたは複数の単位用量として投与用に製剤化されており、細胞は、約100単位用量～約1000単位用量、約100単位用量～約500単位用量、約100単位用量～約200単位用量、約250単位用量～約500単位用量、または約500単位用量～1000単位用量を含有する。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも2つの対象、少なくとも5つの対象、少なくとも10の対象、少なくとも25の対象、少なくとも50の対象、少なくとも100の対象、少なくとも200の対象、少なくとも500の対象、または少なくとも1,000の対象への投与のためのものである。いくつかの態様では、方法によって産生されるT細胞は、約2つの対象～1000の対象、約5つの対象～500の対象、約10の対象～約200の対象、約20の対象～約150の対象、または約25の対象～約50の対象への投与のためのものである。
いくつかの態様では、単位用量は、細胞約1000万～7500万個／ミリリットルを含有する。いくつかの態様では、単位用量は、5.0×106～1×109、5.0×106～5.0×108、5.0×106～2.5×108、5.0×106～1.0×108、5.0×106～7.5×107、1×107～1×109、1×107～5.0×108、1×107～2.5×108、1×107～1.0×108、1.0×107～7.5×107、1.0×107～5.0×107、1.0×107～2.5×107、1.5×107～2.25×107、2.5×107～1.0×109、または2.5×107～7.5×108個、および約5.0×106～1×109、約5.0×106～5.0×108、約5.0×106～2.5×108、約5.0×106～1.0×108、約5.0×106～7.5×107、約1×107～1×109、約1×107～5.0×108、約1×107～2.5×108、約1×107～1.0×108、約1.0×107～7.5×107、約1.0×107～5.0×107、約1.0×107～2.5×107、約1.5×107～2.25×107、約2.5×107～1.0×109、または約2.5×107～7.5×108個の細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、5.0×106～1×109、1.0×107～1.0×109、2.5×107～1×109、5.0×107～1.0×109、7.5×107～1.0×109、1.0×108～1.0×109、5.0×107～7.5×108、5×107～5.0×108、5×107～2.5×108、5.0×107～1.0×108、または5.0×107～7.5×107個、および約5.0×106～1×109、約1.0×107～1.0×109、約2.5×107～1×109、約5.0×107～1.0×109、約7.5×107～1.0×109、約1.0×108～1.0×109、約5.0×107～7.5×108、約5×107～5.0×108、約5×107～2.5×108、約5.0×107～1.0×108、または約5.0×107～7.5×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約5.0×106個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約5.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約5.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.0×109個の組み換え受容体発現細胞を含有する。
本明細書に提供される任意の組成物を収容する容器が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、容器はバッグである。いくつかの態様では、容器はフリージングバッグである。いくつかの態様では、容器に組成物が、15mL～150mL、20mL～100mL、20mL～80mL、20mL～60mL、20mL～40mL、40mL～100mL、40mL～80mL、40mL～60mL、60mL～100mL、60mL～80mL、もしくは80mL～100mL、または約15mL～150mL、約20mL～100mL、約20mL～80mL、約20mL～60mL、約20mL～40mL、約40mL～100mL、約40mL～80mL、約40mL～60mL、約60mL～100mL、約60mL～80mL、もしくは約80mL～100mL（両端の値を含む）；または少なくとも15mLもしくは少なくとも約15mL、少なくとも20mLもしくは少なくとも約20mL、少なくとも30mLもしくは少なくとも約30mL、少なくとも40mLもしくは少なくとも約40mL、少なくとも50mLもしくは少なくとも約50mL、少なくとも60mLもしくは少なくとも約60mL、少なくとも70mLもしくは少なくとも約70mL、少なくとも80mLもしくは少なくとも約80mL、または少なくとも90mLもしくは少なくとも約90mL；および／または100mL以下である体積まで充填されている。いくつかの態様では、容器に組成物が、1mL～10mLもしくは約1mL～10mL、または約2mL～5mLである体積まで充填されている。いくつかの態様では、容器に組成物が、0.1cm-1～100cm-1；1cm-1～50cm-1、1cm-1～20cm-1、1cm-1～10cm-1、1cm-1～7cm-1、1cm-1～6cm-1、1cm-1～3cm-1、1cm-1～2cm-1、2cm-1～20cm-1、2cm-1～10cm-1、2cm-1～7cm-1、2cm-1～6cm-1、2cm-1～3cm-1、3cm-1～20cm-1、3cm-1～10cm-1、3cm-1～7cm-1、3cm-1～6cm-1、6cm-1～20cm-1、6cm-1～10cm-1、6cm-1～7cm-1、7cm-1～20cm-1、7cm-1～10cm-1、もしくは7cm-1～20cm-1、または約0.1cm-1～100cm-1；約1cm-1～50cm-1、約1cm-1～20cm-1、約1cm-1～10cm-1、約1cm-1～7cm-1、約1cm-1～6cm-1、約1cm-1～3cm-1、約1cm-1～2cm-1、約2cm-1～20cm-1、約2cm-1～10cm-1、約2cm-1～7cm-1、約2cm-1～6cm-1、約2cm-1～3cm-1、約3cm-1～20cm-1、約3cm-1～10cm-1、約3cm-1～7cm-1、約3cm-1～6cm-1、約6cm-1～20cm-1、約6cm-1～10cm-1、約6cm-1～7cm-1、約7cm-1～20cm-1、約7cm-1～10cm-1、もしくは約7cm-1～20cm-1（両端の値を含む）である；または3cm-1、4cm-1、5cm-1、6cm-1、7cm-1、10cm-1、15cm-1、もしくは20cm-1である、約3cm-1、4cm-1、5cm-1、6cm-1、7cm-1、10cm-1、15cm-1、もしくは20cm-1である、または少なくとも3cm-1、4cm-1、5cm-1、6cm-1、7cm-1、10cm-1、15cm-1、もしくは20cm-1である、表面積対体積比まで充填されている。
疾患または状態を有するまたは有する疑いがある対象に、本明細書に提供される組成物のいずれかを投与する工程である、またはそれを含む、処置の方法であって、組成物のT細胞が対象に由来しない、方法が、本明細書に提供される。
本明細書に提供される組成物のいずれかを、疾患または状態を有するまたは有する疑いがある対象に投与する工程である、またはそれを含む処置の方法であって、組成物のT細胞の少なくとも一部分が対象に由来しない、方法もまた、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、組成物のT細胞の100％未満は、対象のT細胞とHLAが同一である。いくつかの態様では、疾患または状態は、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである。いくつかの態様では、疾患または状態はがんである。
疾患または障害を処置するための本明細書に提供される任意の組成物の使用もまた、本明細書に提供される。いくつかの態様では、疾患または状態は、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである。いくつかの態様では、疾患または状態は、がんまたは腫瘍である。
図1A～1Dは、初代ヒトT細胞のための例示的な製造プロセス、または細胞の形質導入を行わない類似のプロセスにおける刺激の開始後約240時間にわたり7人の異なるドナー（ドナーA～G）から得られたCD8+ T細胞の中の総細胞数（図1A）、拡大増殖の倍率（図1B）、生存率（図1C）およびKi67+細胞の率（細胞周期の進入に関連するマーカー；図1D）を示す。 図2Aは、初代ヒトT細胞のための例示的なプロセスにおける刺激の開始後約216時間にわたる様々な時点でのCD57およびKi67発現についてのフローサイトメトリー分析を示す。図2Bは、3人の異なるドナー（ドナーA～C）における刺激および培養の間の細胞集団におけるCD57+細胞のパーセンテージを示す。図2Cは、刺激および培養の間の細胞集団におけるCD57+細胞またはCD57-細胞の間のKi67+細胞のパーセンテージを示す。図2Dは、3人の異なるドナー（ドナーA～C）における刺激および培養の間のCD4+細胞集団中のCD57+細胞のパーセンテージを示す。図2Eは、刺激後のドナー細胞組成物からの細胞上のCD57およびKi67の発現を経時的に示す。1つのドナー細胞組成物の細胞は、採取基準に到達するまでに8日を要した（「採取まで8d」）一方で、別のドナー細胞組成物の細胞は、採取基準に到達するまでに7日だけを要した（「採取まで7d」）。図2Fは、図2Eに記載されるドナー細胞組成物からの細胞上のCD45RAおよびCD27の発現を示す。 図3Aは、初代ヒトT細胞のための例示的な製造プロセスにおける刺激および培養の間の細胞集団中のCD57+細胞およびCD57-細胞の間のCD69およびCD25の発現（活性化に関連するマーカー）についてのフローサイトメトリー分析を示す。図3Bは、T細胞分化表現型（例えば、ナイーブ様T細胞、エフェクターT（TEFF）細胞、メモリーT細胞、セントラルメモリーT細胞（TCM）、エフェクターメモリーT（TEM）細胞、エフェクターメモリーRA T（TEMRA）細胞）に関連する様々な表面マーカーの発現、およびCD57またはKi67の発現についての階層的クラスタリング分析を示す。各々の行は、個別のドナーからの細胞集団を表し、列は、T細胞分化表現型に関連するマーカーまたはマーカーの組み合わせを表す。 図4Aは、CD57+細胞とCD57-細胞との混合物を以下の頻度：（1）100％のCD57+細胞；（2）75％のCD57+細胞；（3）25％のCD57+細胞；および（4）0％のCD57+細胞で含有する用量設定された細胞組成物について例示的な製造プロセスにおいて刺激の開始後約240時間にわたる総細胞数(左パネル)および生存している細胞のパーセンテージ(右パネル)を示す。例示的な採取基準を左パネルに破線で表示する。図4Bは、用量設定された細胞組成物の刺激および培養における、刺激試薬の存在下での細胞クラスタリングを示す、刺激の開始の48時間後での細胞培養ウェルの画像を示す。図4Cは、用量設定された細胞組成物の刺激および培養における、刺激の開始の12時間および48時間後での培養培地中に存在するIL-2の量（μg/mL）を示す。 図5Aおよび5Bは、CD57+ T細胞（図5A）、CD27+CD28+ T細胞（図5B）のパーセンテージを示す。図5Cは、CD57+細胞が枯渇されなかった（非枯渇）、またはCD57+細胞が枯渇された（枯渇）、4つの異なるドナー細胞組成物についてのCD27の発現を示す。図5Dは、枯渇されたおよび枯渇されなかったCD3+ドナー細胞組成物におけるKi67発現を示す。図5Eは、CD57+細胞が枯渇された（枯渇）またはCD57+細胞が枯渇されなかった（非枯渇）、ドナーから得られた初代CD8+細胞についての採取までの培養持続時間（刺激の開始から採取基準に到達した時点まで）を示す。図5Fは、刺激後の枯渇および非枯渇ドナー細胞組成物中の経時的なT細胞の総数を示す。図5Gは、CD57+細胞が枯渇した（枯渇）またはCD57+細胞が枯渇していない（非枯渇）ドナー細胞組成物における形質導入後のキメラ抗原受容体（CAR）を発現している細胞のパーセンテージを示す。 図6Aは、例示的な製造プロセスを用いて、キメラ抗原受容体（CAR）を発現するように細胞を操作するための、非ホジキンリンパ腫（NHL）患者から得られたCD4+およびCD8+ T細胞におけるCD57+ T細胞のパーセンテージを示す箱ひげ図を示す。箱は四分位範囲を表し、ひげは、データセットの全域を表す。図6Bは、NHL患者から得られた様々な細胞集団中のCD57+CD8+細胞のパーセンテージとKi67+細胞のパーセンテージとの間の関係を示す。図6Cは、T細胞分化表現型（例えば、ナイーブ様T細胞、エフェクターT（TEFF）細胞、メモリーT細胞、セントラルメモリーT細胞（TCM）、ターミナルエフェクター細胞）に関連する様々な表面マーカーの発現、およびNHL患者から得られた細胞集団中のCD57の発現についての階層的クラスタリング分析を示す。各々の行は、個別の患者を表し、列は、T細胞分化表現型に関連するマーカーまたはマーカーの組み合わせを表す。図6Dは、CD27およびCD45RAの発現状態によって群分けされた細胞集団のサブセット中のKi67を発現している生きたCD57+細胞のパーセンテージを示す。図6Eは、CD27およびCD45RAの発現によってソートされた細胞集団のサブセット中の生きたCD8+CD57+細胞のパーセンテージ（左パネル）、ならびにCD27およびCD45RAの発現によってソートされた細胞集団のサブセット中の生きたCD4+CD57+細胞のパーセンテージ（右パネル）を示す。 治療用アウトプットT細胞組成物（例えば、医薬品）中のセントラルメモリー／ナイーブ様CD4+ T細胞のパーセンテージと、採取基準を達成するための集団倍加数との間の関係を示す(Spearman ρ：-0.54；p値：<0.001）。治療用アウトプットT細胞組成物（例えば、医薬品）中のCD8+ T細胞について類似の結果が観察された。 図8Aは、作製プロセスの拡大増殖工程の間の高（細胞0.35×106個/mL）および低（細胞0.05×106個/mL）播種密度についての採取基準に到達するまでの集団倍加数を示す。図8Bは、作製プロセスの拡大増殖工程の間の播種密度の関数としてのアウトプット治療用組成物中のCD27+CAR+CD8+ T細胞のパーセンテージを示す。図8Cは、アウトプットT細胞組成物中のセントラルメモリーT細胞の量に及ぼすプロセス持続期間の影響を示す。 図9A～9Dは、ある特定の閾値レベルを超えるまたは下回る、CD4+ CAR+ T細胞の中（無増悪生存期間について図9A、奏効持続期間について図9C）およびCD8+ CAR+ T細胞の中（無増悪生存期間について図9B、奏効持続期間について図9D）のCCR7+CD27+ CAR+ T細胞のパーセンテージを含有する組成物を投与された群に分けられた、CAR+ T細胞組成物を投与された対象についてのKaplan-Meier生存曲線を示す。 CD8+/CAR+ T細胞における「高い」または「低い」集団倍加数（PDL）を有する患者についての最適スプリット(optimal-split)ログランク検定に基づくPFS曲線を示す。低いPDLは<6のPDLを指し、>6のPDLは高いPDLを指す。 NHL患者由来の濃縮されたCD4+（左パネル）およびCD8+（右パネル）インプット組成物中のCD27+CD28+ T細胞のパーセンテージを示す。 濃縮されたCD4+インプット組成物中のエフェクターメモリーT細胞のパーセンテージと、採取基準を達成するために必要な集団倍加数との間の関係を示す（Spearman ρ:0.43；p値：<0.001）。濃縮されたCD8+インプット組成物について類似の結果が観察された。 図13A～Dは、様々な非拡大増殖および拡大増殖操作プロセスを含む製造運転の途中および後の総生存細胞（図13A）、生存率（図13B）、および表現型（図13Cおよび13D）を示す。 様々な非拡大増殖および拡大増殖操作プロセスを含む製造運転の途中および後のCD4+およびCD8+細胞集団中のCD57+細胞のパーセンテージを示す。 ドナー1およびドナー2からのCD57+漸増組成物における活性化時（上図）および形質導入後（下図）のCD4+およびCD8+の細胞内区画におけるカスパーゼ3陰性、CD27陽性（Cas3-CD27+）細胞の頻度を示す。左列：CD4+ 細胞；右列：CD8+ 細胞。NT：CD57漸増なし。 図16および17は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD57+漸増組成物からのCD4+（図16Aおよび17A）およびCD8+（図16Bおよび17B）の細胞のCCR7/CD45RA表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD57+漸増細胞％；NT：CD57漸増なし。 図16および17は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD57+漸増組成物からのCD4+（図16Aおよび17A）およびCD8+（図16Bおよび17B）の細胞のCCR7/CD45RA表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD57+漸増細胞％；NT：CD57漸増なし。 図18および19は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD57+漸増組成物からのCD4+（図18Aおよび19A）およびCD8+（図18Bおよび19B）の細胞のCD27/CD28表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD57+漸増細胞％；NT：CD57漸増なし。 図18および19は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD57+漸増組成物からのCD4+（図18Aおよび19A）およびCD8+（図18Bおよび19B）の細胞のCD27/CD28表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD57+漸増細胞％；NT：CD57漸増なし。 図20および21は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD57+漸増組成物からのCD4+（図20Aおよび21A）およびCD8+（図20Bおよび21B）の細胞のCD27/CD57表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD57+漸増細胞％；NT：CD57漸増なし。 図20および21は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD57+漸増組成物からのCD4+（図20Aおよび21A）およびCD8+（図20Bおよび21B）の細胞のCD27/CD57表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD57+漸増細胞％；NT：CD57漸増なし。 ドナー1およびドナー2からのCD57+漸増インプット組成物に由来する形質導入細胞組成物におけるCD4+：CD8+比を示す。NT：CD57漸増なし。 ドナー1およびドナー2からのCD27+漸増組成物における活性化時（上図）および形質導入後（下図）のCD4+およびCD8+の細胞内区画におけるカスパーゼ3陰性、CD57陽性（Cas3-CD57+）細胞の頻度を示す。左列：CD4+ 細胞；右列：CD8+ 細胞。NT：CD27漸増なし。 図24および25は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD27+漸増組成物からのCD4+（図24Aおよび25A）およびCD8+（図24Bおよび25B）の細胞のCCR7/CD45RA表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD27+漸増細胞％；NT：CD27漸増なし。 図24および25は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD27+漸増組成物からのCD4+（図24Aおよび25A）およびCD8+（図24Bおよび25B）の細胞のCCR7/CD45RA表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD27+漸増細胞％；NT：CD27漸増なし。 図26および27は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD27+漸増組成物からのCD4+（図26Aおよび27A）およびCD8+（図26Bおよび27B）の細胞のCD27/CD28表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD27+漸増細胞％；NT：CD27漸増なし。 図26および27は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD27+漸増組成物からのCD4+（図26Aおよび27A）およびCD8+（図26Bおよび27B）の細胞のCD27/CD28表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD27+漸増細胞％；NT：CD27漸増なし。 図28および29は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD27+漸増組成物からのCD4+（図28Aおよび29A）およびCD8+（図28Bおよび29B）の細胞のCD27/CD57表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD27+漸増細胞％；NT：CD27漸増なし。 図28および29は、それぞれ、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のドナー1およびドナー2のCD27+漸増組成物からのCD4+（図28Aおよび29A）およびCD8+（図28Bおよび29B）の細胞のCD27/CD57表現型の頻度を示す。Aph：アフェレーシス試料；％：CD27+漸増細胞％；NT：CD27漸増なし。 ドナー1およびドナー2からのCD27+漸増インプット組成物に由来する形質導入細胞組成物におけるCD4+：CD8+比を示す。NT：CD27漸増なし。 図31Aおよび31Bは、それぞれ、選択前（B）、CD27もCD57も選択していない（NS）、CD27+ 細胞を濃縮した（CD27）、またはCD57+ 細胞を枯渇させた（CD57）組成物における活性化時（上図）および形質導入後（下図）のCD4+/CD8+の細胞内区画におけるCD27陽性（CD27+）またはCD57陽性（CD57+）の細胞の頻度を示す。左列：CD4+ 細胞；右列：CD8+ 細胞。 図32Aおよび32Bは、活性化時（上図）および形質導入後（下図）のCD4+（図32A）およびCD8+（図32B）の細胞のCCR7/CD45RA表現型の頻度を示す。Ｂ：選択前；NS：CD27もCD57も選択していない；CD27：CD27+ 細胞を濃縮した；CD57：CD57+ 細胞を枯渇させた。 CD57枯渇細胞集団におけるCD57およびCD3の発現（上図）、ならびに純度、枯渇度、および収率（下図）を示す。 CD27濃縮細胞集団におけるCD27およびCD3の発現（上図）、ならびに純度、枯渇度、および収率（下図）を示す。 CD27、またはCD27およびCD3のいずれかを濃縮した細胞集団におけるCD27およびCD3の発現（上の図）、ならびにCD27およびCD3を濃縮した細胞集団における純度、枯渇度、および収率（下図）を示す。 CD3枯渇細胞集団におけるTCRおよびCD3の発現（上図）、ならびに純度、枯渇度、および収率（下図）を示す。
詳細な説明
複数の異なるドナー（またはドナープール）からCD57陰性（CD57-）T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を調製するための方法が、本明細書において提供される。また、提供される方法によって生成される組成物を含む、CD57- 細胞が濃縮された操作T細胞であって、複数の異なるドナーからのT細胞を含有する組成物も提供される。また、複数の異なるドナー（またはドナープール）からCD27陽性（CD27+）T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を調製するための方法も、本明細書において提供される。また、提供される方法によって生成される組成物を含む、CD27+ 細胞が濃縮された操作T細胞であって、複数の異なるドナーからのT細胞を含有する組成物も提供される。いくつかの態様では、操作T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）等の組換え受容体を発現するように遺伝的に操作される。いくつかの局面では、本明細書において提供される方法は、出発ドナー試料、例えば、白血球除去またはアフェレーシスの試料等と比較してCD57+ T細胞の頻度が低下した組成物を生成するために、細胞を選択、単離、濃縮、刺激、活性化、遺伝的に操作（例えば、細胞を組換え受容体で操作および／または免疫遺伝子をノックアウト）、および／またはインキュベートもしくは拡大することを含む。いくつかの局面では、本明細書において提供される方法は、出発ドナー試料、例えば、白血球除去またはアフェレーシスの試料等と比較してCD27- T細胞の頻度が低下した組成物を生成するために、細胞を選択、単離、濃縮、刺激、活性化、遺伝的に操作（例えば、細胞を組換え受容体で操作および／または免疫遺伝子をノックアウト）、および／またはインキュベートもしくは拡大することを含む。
いくつかの態様では、提供される方法は、複数の個々のドナーから組換え受容体（例えば、CAR）を発現するように操作された、CD57- 細胞が濃縮されたT細胞の組成物を別々に調製または生成することを含み得る。別々の方法は、個々の各ドナーから組換え受容体（例えばCAR）を発現するCD57- T細胞を含有する組成物を生成するために、CD57- T細胞が濃縮されたT細胞を選択する、T細胞を刺激または活性化する、細胞を遺伝的に操作（例えば、細胞を組換え受容体で操作および／または免疫遺伝子をノックアウト）する、および／または細胞をインキュベートもしくは拡大することを含み得る。いくつかの態様では、提供される方法は、複数の個々のドナーから組換え受容体（例えば、CAR）を発現するように操作された、CD27+ 細胞が濃縮されたT細胞の組成物を別々に調製または生成することを含み得る。別々の方法は、個々の各ドナーから組換え受容体（例えばCAR）を発現するCD27+ T細胞を含有する組成物を生成するために、CD27+ T細胞が濃縮されたT細胞を選択する、T細胞を刺激または活性化する、細胞を遺伝的に操作（例えば、細胞を組換え受容体で操作および／または免疫遺伝子をノックアウト）する、および／または細胞をインキュベートもしくは拡大することを含み得る。いくつかの局面では、操作組成物は、個々のドナーからの細胞の試料、集団、または組成物から作製される。いくつかの局面では、個々のドナーからの操作組成物を、1人または複数の他の個々のドナーからの操作組成物と組み合わせて、複数の異なるドナーからのプール操作組成物を生成する。複数の個々のドナーからの細胞の試料、集団、または組成物は、プール操作組成物を創出するために操作後の任意の時点で組み合わせてよい。
いくつかの態様では、提供される方法は、操作細胞組成物を生成する任意の1つまたは複数の工程に関連して、複数のドナーからの細胞をプールするかまたは組み合わせて単一の組成物にすることを含み得る。いくつかの態様では、方法は、複数のドナーから組換え受容体（例えばCAR）を発現するCD57- T細胞を含有するプール組成物を生成するために、CD57- T細胞が濃縮されたT細胞を選択する、T細胞を刺激または活性化する、細胞を遺伝的に操作（例えば、細胞を組換え受容体で操作および／または免疫遺伝子をノックアウト）する、および／または細胞をインキュベートもしくは拡大することを含み得る。方法では、CD57- T細胞が濃縮されたT細胞を選択する工程、T細胞を刺激または活性化する工程、細胞を遺伝的に操作（例えば、細胞を組換え受容体で操作および／または免疫遺伝子をノックアウト）する工程、および／または細胞をインキュベートもしくは拡大する工程のうちのいずれか1つまたは複数においてまたはその前に、プロセスにおける後続工程のために複数のドナーからの細胞を組み合わせることができる。いくつかの態様では、方法は、複数のドナーから組換え受容体（例えばCAR）を発現するCD27+ T細胞を含有するプール組成物を生成するために、CD27+ T細胞が濃縮されたT細胞を選択する、T細胞を刺激または活性化する、細胞を遺伝的に操作（例えば、細胞を組換え受容体で操作および／または免疫遺伝子をノックアウト）する、および／または細胞をインキュベートもしくは拡大することを含み得る。方法では、CD27+ T細胞が濃縮されたT細胞を選択する工程、T細胞を刺激または活性化する工程、細胞を遺伝的に操作（例えば、細胞を組換え受容体で操作および／または免疫遺伝子をノックアウト）する工程、および／または細胞をインキュベートもしくは拡大する工程のうちのいずれか1つまたは複数においてまたはその前に、プロセスにおける後続工程のために複数のドナーからの細胞を組み合わせることができる。いくつかの局面では、複数の異なるドナーからの細胞の試料、集団、または組成物から操作組成物が作製され、それにより、プール操作組成物が作製される。複数の異なる個々のドナーからの細胞の試料、集団、または組成物は、遺伝子操作前、操作中、または操作後の任意の時点で組み合わせてよい。いくつかの局面では、複数の異なる個々のドナーからの細胞の試料、集団、または組成物を遺伝子操作前または操作中に組み合わせる。
具体的な態様は、例えば複数のドナーから操作T細胞、例えばキメラ抗原受容体（CAR）を発現する操作T細胞を作製するための既存の方法が、T細胞の集団または組成物が増殖または拡大する工程、段階、または相を含み得ることを企図している。しかし、場合によっては、集団または組成物の一部が増殖も拡大も全く示さないことがあり、または場合によっては、拡大が緩徐であるため、操作プロセスの完了に余分な日数を要することもある。更に、場合によっては、特定のドナーからの集団または組成物が増殖も拡大も全く示さないことがあり、または場合によっては、別のドナーに由来するものよりも拡大が緩徐であるため、操作プロセスの完了に余分な日数を要することもある。いくつかの局面では、これにより、それらが生成される異なる個々のドナー対象間で相当なばらつきを呈する操作T細胞（例えば、CAR T細胞）の組成物が生じる場合がある。
いくつかの局面では、複数のドナーに由来する操作細胞組成物を作製または製造するための既存の方法またはプロセスを含む、操作細胞組成物を作製または製造するための既存の方法またはプロセスからは、製造プロセスにおける不均質性が生じる場合がある。いくつかの局面では、メモリT細胞に関連する表現型が臨床転帰に影響を及ぼすことがある（例えば、Fraietta et al., Nat Med.2018; 24(5):563-571；およびLarson et al., Cancer Res.2018; 78(13 Suppl):Abstract nr 960を参照)。場合によっては、初期メモリT細胞の表現型を呈する細胞を濃縮することにより、操作細胞組成物の製造を改善することができる（例えば、Singh et al., Sci Trans Med.2016; 8(320):320ra3を参照)。
提供される方法および組成物は、これら課題に対処する。提供される方法および組成物は、少なくとも部分的には、複数のドナーからの濃縮CD57- T細胞から作製される、CD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を目的とする。いくつかの局面では、操作T細胞組成物を生成するために使用される濃縮CD57- T細胞組成物は、例えばT細胞を刺激または操作するためのプロセス中に増殖および拡大を受けるより一貫した能力を含む、異なるT細胞組成物間でより一貫した特徴を呈する。提供される方法および組成物はまた、少なくとも部分的には、複数のドナーからの濃縮CD27+ T細胞から作製される、CD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を目的とする。いくつかの局面では、操作T細胞組成物を生成するために使用される濃縮CD27+ T細胞組成物は、例えばT細胞を刺激または操作するためのプロセス中に増殖および拡大を受けるより一貫した能力を含む、異なるT細胞組成物間でより一貫した特徴を呈する。CD57（HNK1およびLEU7としても知られている）は、TおよびNKのリンパ球の表面上で発現し得るベータ-1,3-グルクロン酸転移酵素である。いくつかの局面では、CD57の発現、例えば、表面発現は、TおよびNKの細胞の成熟し、エフェクター分化した亜集団と関連している。いくつかの局面では、CD57の発現は、特定の局面では持続的な増殖および細胞生存に影響を与える可能性がある、共刺激受容体であるCD28およびCD27の発現を欠くT細胞または T細胞集団に対応する。具体的な局面では、CD57の発現は、増殖能が低いかまたは低下した細胞を同定することもできる。いくつかの局面では、CD57+CD28- 細胞集団は、CD57- 細胞集団と比較して短縮されたテロメア長および低下した増殖能を示し得る（Strioga, Pasukoniene, & Characiejus, Immunol.(2011)に概説)。対照的に、CD27（TNFRSF7としても知られている）CD27は、より若く、健常なドナーにおいてより強く発現する傾向があり（van Lier et al., J. Immunol.(1987) 139(5):1589-96)、CD27+ T細胞の含有量が多いほど、処置した患者における免疫療法の転帰が良好であるという相関がある(Worel et al., Blood (2019) 134 (Suppl. 1):1935)。また、CD27は、CD57マーカーと反比例の関係を有する（Kared et al., Cancer Immunol. Immunother. (2016) 65(4):441-52)。したがって、細胞組成物中のCD27+ 細胞を濃縮することにより、組成物中のCD57+ 細胞の頻度を低下または実質的に低下させ得ることが、本明細書において企図される。
具体的な態様は、遺伝子操作プロセスにおいて使用される出発細胞材料（例えば、ドナー試料）または本明細書において記載される製造プロセスにおいて記載される任意の他の工程によって生成された細胞からCD57+ T細胞の頻度を低下させることによって、より高い増殖能を有する細胞が濃縮されることを企図する。いくつかの局面では、CD57+ T細胞の陰性選択は、拡大する態勢がより優れた細胞を予め濃縮することによって製造の成功および薬物製品の一貫性を改善する。例えば、CD57+ 細胞の陰性選択により、CD27+ 細胞を予め濃縮することができ、一方、CD27+ 細胞の陽性選択により、CD57- 細胞を予め濃縮することができる。更に、いくつかの態様では、細胞の集団または組成物で増大した増殖能を呈する細胞を濃縮すると、エフェクター細胞の分化の程度を低下させる場合があり、このことは、自己の状況では対象間のまたは同種の状況（CD27+、CCR7+ T細胞）ではバッチ間の標的生成物プロファイルの一貫性の改善を支援するはずである。
いくつかの態様では、方法は、代替プロセスよりも迅速かつ効率的であり得る方式で、同種細胞療法を含む細胞療法に好適な遺伝的に操作されたT細胞組成物を作製または生成するプロセスに関連して使用される。特定の態様では、本明細書において提供される方法は、代替のプロセスから可能になり得るものよりも広い対象の集団からの操作T細胞の組成物の作製または生成について高い成功率を有する。したがって、いくつかの局面では、細胞療法のための操作T細胞組成物を作製するための提供される方法の速度および効率は、いくつかの代替法によって可能になり得るものよりも広い対象の集団に対する自己療法等の細胞療法処置の計画および調整をより容易にすることが可能である。いくつかの局面では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）の枯渇は、下流のプロセスにおける細胞集団の一貫性を改善すること等により、有利であることが企図される。同様に、CD27+ 細胞（例えば、CD27+ T細胞）の選択も、CD57+ 細胞の頻度の低下および／または下流のプロセスにおける細胞集団の一貫性の改善等により、有利であることが企図される。例えば、CD57+ 細胞を枯渇させると、増殖能が低いかまたは低下した細胞を枯渇させることができ、その結果、枯渇組成物が細胞増殖速度の一貫性の改善を呈したことが本明細書において観察される。別の例として、CD27+ 細胞を濃縮すると、増殖能が高いかまたは増大した細胞を濃縮することができ、その結果、濃縮組成物は細胞増殖速度の一貫性の改善を呈した。関連して、細胞増殖速度の一貫性を改善することで、細胞集団が収集基準に達するのに必要な期間の一貫性を改善することができる。キメラ抗原受容体（CAR）をコードしているベクターを細胞集団に形質導入する前にCD57+ 細胞を枯渇させると、形質導入細胞のCAR発現の一貫性を改善できることが、本明細書において更に観察される。
いくつかの局面では、例えば、CD57+ T細胞を除去するかまたはCD57+ T細胞が少量であることについてスクリーニングすることによって、増殖能が改善されたインカミング（incoming）ドナー細胞を予め選択すると、細胞療法を作製するためのプロセスで使用される細胞数に対するプロセス制御を改善することができる。特定の態様では、CD57の発現は、成長の遅延または不良を呈する細胞を示すバイオマーカーとして機能し得る。逆に、CD27の発現は、成長の改善または増加を呈する細胞を示すバイオマーカーとして機能することができる。したがって、提供される態様のいくつかは、細胞を刺激、遺伝的に操作、または拡大するためのプロセスの前にCD57+ 細胞を選択的に除去するために、1つまたは複数の選択試薬またはプロセス工程を利用する方法を目的とする。いくつかの局面では、CD27+ 細胞を選択することによってCD57+ 細胞を除去または低減することができる。いくつかの局面では、そのような試薬およびプロセス工程は、CD8+およびCD4+の選択戦略と併用してよい。例えば、いくつかの態様では、CD8+またはCD4+を選択するための任意の工程の前に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ 細胞を除去または枯渇させるために、CD57+ 細胞の選択が採用される。CD8+またはCD4+を選択するための任意の工程の前に細胞の試料、組成物、または集団中のCD27+ 細胞を濃縮するおよび／またはCD57+ 細胞の頻度を低下させるために、CD27+ 細胞の選択を採用してよい。例えば、いくつかの態様では、CD8+またはCD4+を選択するための任意の工程の前に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ T細胞を除去または枯渇させ、それにより、CD57枯渇集団を作製するために、CD57+ T細胞の選択が採用される。いくつかの局面では、CD8+またはCD4+を選択するための任意の工程の前等に（陽性選択に対立するものとして）陰性選択によってCD57+ 細胞を枯渇させることが有利である場合がある。いくつかの局面では、CD8+またはCD4+を選択するための任意の工程の前等に陰性選択によってCD57+ 細胞を枯渇させると、CD57選択工程で使用される1つまたは複数の試薬または溶液によってCD57枯渇集団が汚染される可能性が低下する。いくつかの局面では、そのような試薬およびプロセス工程は、CD3+選択戦略と併用してよい。例えば、いくつかの態様では、CD3+を選択するための任意の工程の前に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ 細胞を除去または枯渇させるために、CD57+ 細胞の選択が採用される。CD3+を選択するための任意の工程の前に細胞の試料、組成物、または集団中のCD27+ 細胞を濃縮するおよび／またはCD57+ 細胞の頻度を低下させるために、CD27+ 細胞の選択を採用してよい。例えば、いくつかの態様では、CD3+を選択するための任意の工程の前に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ T細胞を除去または枯渇させ、それにより、CD57枯渇集団を作製するために、CD57+ T細胞の選択が採用される。いくつかの局面では、CD3+を選択するための任意の工程の前等に（陽性選択に対立するものとして）陰性選択によってCD57+ 細胞を枯渇させることが有利である場合がある。いくつかの局面では、CD3+を選択するための任意の工程の前等に陰性選択によってCD57+ 細胞を枯渇させると、CD57選択工程で使用される1つまたは複数の試薬または溶液によってCD57枯渇集団が汚染される可能性が低下する。
例えば、いくつかの態様では、予めCD27+ 細胞を枯渇させたおよび／またはCD27+ 細胞を濃縮した細胞組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団）の遺伝子操作に続いてCD3+ 細胞を除去または枯渇させるために、CD3+ 細胞の枯渇が採用される。具体的な態様では、CD27濃縮および／またはCD57枯渇のT細胞集団を、例えば第E.2章に記載されているT細胞受容体（TCR）またはその構成要素をコードしている1つまたは複数の遺伝子を破壊するための遺伝子操作に供する。いくつかの態様では、TCR複合体の形成およびCD3の細胞表面発現を破壊するためにT細胞受容体α定常TRAC領域をノックアウトし、その結果、TRACのノックアウトに成功した細胞は、CD3の細胞表面発現を呈しなくなる。したがって、TRACノックアウトに供されたCD57枯渇および／またはCD27濃縮の組成物中のCD3+ 細胞を枯渇させると、依然としてCD3を発現している非編集細胞が確実に除去されるであろう。
いくつかの態様では、CD8+またはCD4+を選択するための任意の工程の後に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ T細胞を除去または枯渇させるために、CD57+ T細胞の選択が採用される。同様に、いくつかの態様では、CD8+またはCD4+を選択するための任意の工程の後に細胞の試料、組成物、または集団からCD27+ 細胞を濃縮するおよび／またはCD57+ T細胞の頻度を低下させるために、CD27+ T細胞の選択が採用される。いくつかの局面では、そのような試薬およびプロセス工程は、CD3+選択戦略と併用してよい。例えば、いくつかの態様では、CD3+を選択するための任意の工程の前に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ T細胞を除去または枯渇させるために、CD57+ T細胞の選択が採用される。いくつかの態様では、CD3+を選択するための任意の工程の後に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ T細胞を除去または枯渇させるために、CD57+ T細胞の選択が採用される。いくつかの態様では、カラム等においてCD57+ 細胞に結合するCD57指向性磁気ビーズを用いてCD57+ 細胞を選択または除去すると、次いで、カラムの素通り画分（非結合画分）は、CD57+枯渇細胞源、例えば、CD57- T細胞が濃縮された細胞の集団を含有するであろう。いくつかの態様では、カラム等においてCD57+ T細胞に結合するCD57指向性磁気ビーズを用いてCD57+ T細胞を選択または除去すると、次いで、カラムの素通り画分（非結合画分）は、CD57+枯渇細胞源、例えば、CD57- T細胞が濃縮された細胞の集団を含有するであろう。いくつかの態様では、カラム等においてCD27+ T細胞に結合するCD27指向性磁気ビーズまたは他の試薬を用いてCD27+ T細胞を選択または濃縮すると、次いで、カラムの素通り画分（非結合画分）は、CD27+濃縮細胞集団の溶出前に廃棄され得るCD27- 細胞集団を含有するであろう。
いくつかの態様では、CD3+を選択するための任意の工程の後に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ T細胞を除去または枯渇させるために、CD57+ T細胞の選択が採用される。同様に、いくつかの態様では、CD3+を選択するための任意の工程の後に細胞の試料、組成物、または集団からCD27+ 細胞を濃縮するおよび／またはCD57+ T細胞の頻度を低下させるために、CD27+ T細胞の選択が採用される。いくつかの局面では、そのような試薬およびプロセス工程は、CD3+選択戦略と併用してよい。例えば、いくつかの態様では、CD3+を選択するための任意の工程の前に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ T細胞を除去または枯渇させるために、CD57+ T細胞の選択が採用される。いくつかの態様では、CD3+を選択するための任意の工程の後に細胞の試料、組成物、または集団からCD57+ T細胞を除去または枯渇させるために、CD57+ T細胞の選択が採用される。いくつかの態様では、カラム等においてCD57+ 細胞に結合するCD57指向性磁気ビーズを用いてCD57+ 細胞を選択または除去すると、次いで、カラムの素通り画分（非結合画分）は、CD57+枯渇細胞源、例えば、CD57- T細胞が濃縮された細胞の集団を含有するであろう。いくつかの態様では、カラム等においてCD57+ T細胞に結合するCD57指向性磁気ビーズを用いてCD57+ T細胞を選択または除去すると、次いで、カラムの素通り画分（非結合画分）は、CD57+枯渇細胞源、例えば、CD57- T細胞が濃縮された細胞の集団を含有するであろう。いくつかの態様では、カラム等においてCD27+ T細胞に結合するCD27指向性磁気ビーズまたは他の試薬を用いてCD27+ T細胞を選択または濃縮すると、次いで、カラムの素通り画分（非結合画分）は、CD27+濃縮細胞集団の溶出前に廃棄され得るCD27- 細胞集団を含有するであろう。
具体的な態様は、CD57+ T細胞は増殖しにくいので、いくつかの既存のエクスビボにおけるT細胞の活性化または拡大のプロトコルでは、例えばプロセスの最初の48時間後等の時間量の後にCD57+ T細胞の存在が減少する可能性が高いことを企図している。いくつかの局面では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）は、そのようなプロセスの間に死滅するか、またはロバストな拡大が可能な細胞のサブセットによってその頻度が減少する。同じプロセスによって、CD27+ 細胞等のロバストな拡大が可能な細胞のサブセットの頻度を高めることができる。しかし、このようなプロセス中にCD57+ T細胞が自然に減少する場合もあるが、自然の減少では、高い増殖能を呈する細胞（例えば、CD57- 細胞）がプロセスに入る量が制御されない。したがって、いくつかの局面では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）は、生存可能ではあるが増殖性の低い細胞であるので、プロセスに入る全出発細胞数に寄与する。したがって、いくつかの態様では、CD57+ T細胞を除去するかまたは試料、組成物、もしくは集団におけるCD57+ T細胞の含有量が低いことを確認することの利点は、CD57- T細胞、例えば、増殖する能力を有する細胞が、インカミング材料において少数集団を構成することはないと保証されることである。CD27+ 細胞の濃縮により、CD27-および／またはCD57+の細胞がインカミング材料において少数集団を構成することはないと保証することもできる。したがって、いくつかの態様では、CD57+ T細胞の低頻度または増殖細胞の割合の低下を保証することにより、プロセス時間の延長、細胞分化の増加、および／または操作プロセス中に収集基準を満たさないことに関連するインシデンスを低減することができる。
いくつかの局面では、提供される態様は、細胞療法のための組換え受容体発現T細胞を含有する組成物を作製するための製造プロセス等のT細胞組成物を操作するためのプロセス中に、多くの細胞が、抗CD3／抗CD8抗体の存在下における細胞のインキュベーション等の刺激後にCD25およびCD69を含むT細胞の刺激または活性化に関連するマーカーを発現またはアップレギュレートするという所見に基づいている。いくつかの局面では、Ki67の発現に基づいて示されるように、細胞のサブセットのみが細胞周期に入ることが観察される。場合によっては、Ki67+ 細胞はCD27およびCD28を発現している細胞を主に含むが、Ki67-集団は、CD57+ 細胞が濃縮され、CD27-CD28-表現型を呈することが観察された。いくつかの局面では、CD57+ 細胞は、刺激または活性化に関連する表現型を呈し、製造プロセスの初期段階全体を通じて持続することが本明細書において観察された。いくつかの局面では、CD57+T細胞の頻度は、刺激後およそ48時間後に減少し、これは、典型的にはT細胞の拡大および生存率の上昇と同期していた。いくつかの局面では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）等の特定の種類の細胞は、成長因子および／または活性化試薬を使用し続けている間、刺激または培養中にそれほどまたは全く拡大を呈さず、その結果、プロセスおよび生成物が不均一になった。
いくつかの局面では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）を選択し、刺激前に様々な比でCD57- 細胞（例えば、CD57+ T細胞）と組み合わせた場合、刺激前の細胞組成物（例えば、インプット組成物）中のCD57+ 細胞の頻度はより長いプロセス期間と関連していることが観察された。いくつかの局面では、CAR+ T細胞を含有する組成物等の細胞組成物は、組成物中のT細胞の95％以上、例えば100％がCD57+ T細胞である場合、拡大も増殖もしないことも観察された。より低頻度のCD57+ T細胞を含有するインカミング組成物からは、より一貫したCD4+：CD8+比に加えて1：1により近いCD4+：CD8+比を呈する操作細胞組成物が得られることも、本明細書において観察される。
いくつかの局面では、CD27+ T細胞は、操作T細胞を作製するための製造プロセス中の細胞の拡大に寄与することができるが、CD57+ 細胞、例えば、CD57+ T細胞）は、一般に拡大せず、操作細胞組成物（例えば、投与用細胞組成物）中の細胞に最小限の寄与しかしないことが観察された。このように、CD57+ T細胞の存在は、製造プロセスに影響を及ぼし得、また、培養および／または拡大中等のプロセスにおけるばらつきおよび他の細胞組成物の属性に寄与することも観察された。いくつかの局面では、本明細書において提供される通り、本明細書において提供される方法の工程のいずれかの前、中、または前に、例えば、細胞の刺激前等の製造プロセスの初期にCD57+ T細胞を選択的に枯渇させると、操作細胞組成物の一貫性、品質、および効力を改善することができる。代替的なアプローチとして、本明細書において提供される方法の工程のいずれかの前、中、または前にCD27+ 細胞を選択的に濃縮すると、操作細胞組成物の一貫性、品質、および効力を改善することができる。
したがって、いくつかの態様では、提供される方法は、複数のドナーに由来する細胞療法を含む細胞療法を作製するためのプロセス期間を減少させるので、特定の局面では、製造スケジュールの一貫性を改善することができる。更に、いくつかの局面では、細胞療法のための操作組成物を作製するための提供される方法の速度および効率は、いくつかの代替法によって可能になり得るものよりも広い対象の集団に対する自己療法等の細胞療法処置の計画および調整をより容易にすることができる。いくつかの局面では、提供される操作細胞およびそのような細胞を生成する方法は、養子細胞療法に関連するコストを削減すると同時に、そのような手順の一貫性およびアベイラビリティも増大させることができる。
いくつかの態様では、提供される操作細胞、組成物、および方法は、細胞を投与し得る対象（例えば、患者）のHLAのタイプまたはサブタイプに関係なく使用することができ、これは、いくつかの局面では、より多種多様なレシピエントに「既製品」を送達することを可能にすることができる。いくつかの態様では、提供される組成物および方法を使用して、疾患または障害を処置するために操作された同種細胞を使用する養子細胞療法を提供することができる。場合によっては、同種細胞を使用することで、特定の利点を提供することができる。いくつかの態様では、既知の安全性および有効性のプロファイルを有する細胞を、より多種多様な患者に対して調製することができる。例えば、健常ドナーから細胞を得、病状が重すぎて遺伝子操作に好適な細胞を提供し得ない対象に送達することができる。場合によっては、対象が特定の養子細胞療法レジメンに通常使用される細胞または細胞型に欠陥または疾患を有していることがあり、その結果、健常ドナーからの細胞を使用して疾患細胞を置換または補完することができる。場合によっては、同種細胞を操作または投与する能力により事前に細胞を調製することが可能になり、患者に送達する前に必要な時間を短縮することができる。場合によっては、操作同種細胞は、移植片対宿主病または宿主対移植片病を引き起こすより低いリスクを提示し得る。
特定の態様では、提供される方法は、細胞療法に有用な細胞、例えば、操作T細胞の集団または組成物を作製するプロセス中の任意の時点で（例えば、開始時）、非増殖性細胞の少なくとも一部を成功裏に除去する。いくつかの局面では、非増殖性細胞の少なくとも一部は、本明細書において提供される方法のいずれかにおける任意の工程の前、中、または後に除去され得る。いくつかの局面では、これは、開始もしくはそのようなプロセスの前にCD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）を選出することを通して、またはCD57+ T細胞を全くもしくは少ししか含有しない細胞の組成物もしくは集団のみがそのようなプロセスに使用され、プロセスの成功、例えば、細胞療法において使用するのに好適な細胞集団が成功裏に作製される割合もしくは頻度を改善することを保証するためにスクリーニングすることによって達成される。いくつかの局面では、これは、開始もしくはそのようなプロセスの前にCD27+ 細胞（例えば、CD27+ T細胞）を濃縮することを通して、またはCD27+ T細胞含有量の高い細胞の組成物もしくは集団のみがそのようなプロセスに使用されることを保証するためにスクリーニングすることによって達成される。
いくつかの態様では、ドナー試料からCD57+ 細胞を枯渇させる。いくつかの態様では、ドナー試料は、個々のドナーからのものである。いくつかの態様では、ドナー試料は、複数の異なるドナーからの細胞を含むプール細胞集団である。いくつかの局面では、CD57+ 細胞の枯渇は、遺伝的に操作することを含むそのようなプロセスの別の工程の前にCD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）を選出することを通して達成される。いくつかの態様では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）を選出することは、T細胞を刺激する前に実施される。いくつかの態様では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+T細胞）を選出することは、細胞を刺激した後に実施される。いくつかの態様では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）を選出することは、細胞を遺伝的に操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）する前に実施される。いくつかの態様では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）を選出することは、個々のドナーからのドナー試料に対して実施される。いくつかの態様では、次いで、複数の異なる個々のドナーからのCD57+ 細胞を枯渇させた個々のドナー試料の各々を組み合わせて、プールドナー細胞集団を生成する。いくつかの態様では、CD57+ T細胞を枯渇させる前に、複数の異なる個々のドナーからの個々のドナー試料の各々を組み合わせ、その結果、プールドナー試料はCD57+ 細胞が枯渇している。
いくつかの態様では、ドナー試料からCD27+ 細胞を濃縮する。いくつかの局面では、CD27+ 細胞の濃縮は、遺伝的に操作することを含むそのようなプロセスの別の工程の前にCD27+ 細胞（例えば、CD27+ T細胞）を選択することを通して達成される。いくつかの態様では、CD27+ 細胞（例えば、CD27+ T細胞）の選択は、T細胞を刺激する前に実施される。いくつかの態様では、CD27+ 細胞（例えば、CD27+ T細胞）の選択は、細胞を刺激した後に実施される。いくつかの態様では、CD27+ 細胞（例えば、CD27+ T細胞）の選択は、細胞を遺伝的に操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）する前に実施される。いくつかの態様では、CD27+ 細胞（例えば、CD27+ T細胞）の選択は、個々のドナーからのドナー試料に対して実施される。いくつかの態様では、次いで、複数の異なる個々のドナーからのCD27+ 細胞が濃縮された個々のドナー試料の各々を組み合わせて、プールドナー細胞集団を生成する。いくつかの態様では、CD27+ T細胞を濃縮する前に、複数の異なる個々のドナーからの個々のドナー試料の各々を組み合わせ、その結果、プールドナー試料はCD27+ 細胞が濃縮されている。
いくつかの態様では、提供される方法は、細胞療法として使用するために必要な数のT細胞を得るために、例えば増殖、培養、または拡大から収集までの間の、細胞の倍加の必要な期間および数を減少させる。したがって、理論に束縛されることを望むものではないが、いくつかの態様は、提供される方法が、改善された増殖能を呈する十分な数のインカミングドナー細胞、例えば、ドナー試料からの細胞を増加させるかまたは確認することを企図している。
いくつかの態様では、濃縮されたCD57- T細胞の集団から作製された細胞療法は、代替プロセスから作製された細胞療法よりも分化の程度が低いT細胞を含有する。特定の態様では、細胞療法の細胞分化の低減により、（例えば、代替プロセス、例えば、可変量のCD57+ T細胞を含有する細胞の集団から作製された細胞療法と比較して）提供されるプロセスによって作製される細胞療法間の一貫性が改善する。特定の態様では、複数の異なるドナーに由来する細胞療法を含む細胞療法の細胞分化の低減により、細胞療法の製品品質プロファイルが改善する。
具体的な局面は、CD57が、T細胞に加えてNKおよびNKTの細胞でも発現し、これらの細胞は全て、生体試料、例えば白血球除去材料中に存在し得ることを企図している。したがって、いくつかの態様では、CD57+ 細胞（例えば、CD57+ T細胞）に対する陰性選択により、残留非T細胞が減少し、T細胞の純度が改善する。したがって、提供される方法は、刺激、形質導入、または拡大等によって加工されるT細胞集団の純度を高めることに加えて、得られる細胞療法のT細胞純度も高める。
本出願で言及される特許文書、科学論文、およびデータベースを含む全ての刊行物は、全ての目的のために、各個々の刊行物が参照により個々に組み入れられるのと同じ程度に、その全体が参照により組み入れられる。本明細書において記載される定義が、参照により本明細書に組み入れられる特許、出願、公開出願、およびその他の刊行物に記載されている定義に反しているかまたは矛盾している場合、本明細書において記載される定義が、参照により本明細書に組み入れられる定義に優先する。
本明細書において使用される表題は、構造化する目的のためだけのものであり、本明細書において記載される発明主題を限定すると解釈されるべきではない。
I. 組換え受容体で遺伝的に操作された濃縮CD57- T細胞の組成物
複数の異なるドナーからの操作T細胞組成物およびそれを生成する方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個々のドナーからのドナー試料からCD57について表面陰性である（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を含有し、T細胞が、組み換え受容体で遺伝的に操作されたT細胞を含む工程；および複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープール操作T細胞組成物を生成する工程であるかまたは含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個々のドナーからのドナー試料からCD27について表面陽性である（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を含有し、T細胞が、組み換え受容体で遺伝的に操作されたT細胞を含む工程；および複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープール操作T細胞組成物を生成する工程であるかまたは含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、遺伝的に操作された組成物のT細胞は、同じ組換え受容体で操作される。いくつかの態様では、操作T細胞組成物における組換え受容体を発現している各T細胞は、同じ組換え受容体を発現する。
いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、個々のドナーから作製される。いくつかの態様では、個々のドナーから作製された操作T細胞組成物を、個々のドナーから作製された1つまたは複数の他の操作T細胞組成物と組み合わせて、複数の異なるドナーからのプール操作T細胞組成物を構成する。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、複数の異なるドナーから作製される。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからのドナー試料を組み合わせてプールドナー試料を作製し、プールドナー試料を操作して、複数の異なるドナーからの操作T細胞組成物を作製する。
いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約2人もしくは約2人の異なるドナー、少なくとも約5人もしくは約5人の異なるドナー、少なくとも約10人もしくは約10人の異なるドナー、少なくとも約15人もしくは約15人の異なるドナー、少なくとも約20人もしくは約20人の異なるドナー、少なくとも約25人もしくは約25人の異なるドナー、少なくとも約50人もしくは約50人の異なるドナー、または少なくとも約100人もしくは約100人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約2人または約2人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約5人または約5人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約10人または約10人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約15人または約15人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約20人または約20人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約25人または約25人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約50人または約50人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約100人または約100人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約25人未満の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約50人未満の異なるドナーを含む。
いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、100％未満のヒト白血球抗原（HLA）が適合する、約90％未満のHLAが適合する、約80％未満のHLAが適合する、約70％未満のHLAが適合する、約60％未満のHLAが適合する、または約50％未満のHLAが適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、100％未満のヒト白血球抗原（HLA）が適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、90％未満のヒト白血球抗原（HLA）が適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、80％未満のヒト白血球抗原（HLA）が適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、70％未満のヒト白血球抗原（HLA）が適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、60％未満のヒト白血球抗原（HLA）が適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、50％未満のヒト白血球抗原（HLA）が適合する2人以上のドナーを含む。
いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも1人のドナーから細胞が得られた時点で健常であるかまたは疾患もしくは状態を有する疑いのない少なくとも1人のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも1人のドナーから細胞が得られた時点で疾患または状態を有する少なくとも1人のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーの各ドナーは、異なるドナーの各々から細胞が得られた時点で健常であるかまたは疾患もしくは状態を有する疑いはない。
いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮された細胞の集団を含むドナープールからのT細胞を含み、細胞の集団は、複数の異なるドナーからのものであり、複数の異なるドナーは、100％ヒト白血球抗原（HLA）が適合するわけではない少なくとも2人のドナーを含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮された細胞の集団を含むドナープールからのT細胞を含み、細胞の集団は、複数の異なるドナーからのものであり、複数の異なるドナーは、100％ヒト白血球抗原（HLA）が適合するわけではない少なくとも2人のドナーを含む。いくつかの態様では、T細胞は、組換え受容体で遺伝的に操作されたT細胞を含む。
いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、（a）個々のドナーからの試料からCD57について表面陰性である（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を作製し、（b）組換え受容体をコードしている異種核酸をCD57枯渇細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を作製することによって生成される。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、（a）個々のドナーからの試料からCD27について表面陽性である（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を作製し、（b）組換え受容体をコードしている異種核酸をCD27濃縮細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を作製することによって生成される。
いくつかの態様では、組換え受容体は、疾患または状態の細胞または組織に関連する、に特異的である、および／またはで発現する標的抗原に結合することができる。いくつかの態様では、疾患または状態は、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくは癌である。いくつかの態様では、標的抗原は、腫瘍抗原である。いくつかの態様では、標的抗原は、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9、CAIXまたはG250としても知られている）、癌精巣抗原、癌／精巣抗原1B（CTAG、NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られている）、癌胎児抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮成長因子タンパク質（EGFR）、III型上皮成長因子受容体変異（EGFRvIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られている）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、ルイスY、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソセリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG、5T4としても知られている）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1、TYRP1またはgp75としても知られている）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2、ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼ、またはDCTとしても知られている）、血管内皮成長因子受容体（VEGFR）、血管内皮成長因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原、あるいはユニバーサルタグ、および／またはビオチン化分子、および／またはHIV、HCV、HBV、もしくは他の病原体によって発現される分子に関連する抗原の中から選択される。
いくつかの態様では、組換え受容体は、機能性非TCR抗原受容体もしくはTCR、またはそれらの抗原結合断片であるかまたは含む。いくつかの態様では、組換え受容体は、キメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様では、組換え受容体は、抗原結合ドメイン、スペーサー、および／またはヒンジ領域を含む細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、ならびに共刺激シグナル伝達領域を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞外ドメインは、scFvを含む抗原結合ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン、T細胞において一次活性化シグナルを誘導することができるシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）構成要素のシグナル伝達ドメイン、および／または免疫受容体チロシン活性化モチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインであるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3鎖、任意でCD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分であるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインまたはそのシグナル伝達部分である。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、CD28、4-1BB、もしくはICOSの細胞内シグナル伝達ドメイン、またはそれらのシグナル伝達部分を含む。いくつかの態様では、共刺激シグナル伝達領域は、4-1BBの細胞内シグナル伝達ドメインまたはそのシグナル伝達部分を含む。
特定の態様では、操作T細胞組成物は、生T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞、および／またはCD8+ T細胞であるかまたは含む。具体的な態様では、操作T細胞組成物の細胞は、生T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞、および／もしくはCD8+ T細胞、または前述のいずれかの組合せであるかまたは含む。様々な態様では、操作T細胞組成物の細胞は、生CD57- T細胞、CD57-CD3+ T細胞、CD57-CD4+ T細胞、CD57-CD8+ T細胞、または前述のいずれかの組み合わせであるかまたは含む。様々な態様では、操作T細胞組成物の細胞は、生CD27+ T細胞、CD27+CD3+ T細胞、CD27+CD4+ T細胞、CD27+CD8+ T細胞、または前述のいずれかの組み合わせであるかまたは含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、CD4+およびCD8+のT細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、1：5または約1：5から、5：1または約5：1のCD4+ T細胞のCD8+ T細胞に対する比を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、1：3または約1：3から、3：1または約3：1のCD4+ T細胞のCD8+ T細胞に対する比を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、1：2または約1：2から、2：1または約2：1のCD4+ T細胞のCD8+ T細胞に対する比を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、約1：1のCD4+ T細胞のCD8+ T細胞に対する比を含む。
いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、75％超または75％超または約75％超のCD3+/CD57- 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、80％超または約80％超のCD3+/CD57- 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、85％超または約85％超のCD3+/CD57- 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞は、90％超または約90％超のCD3+/CD57- 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、75％もしくは約75％のCD3+/CD57- 細胞を含むかまたはそれより多い。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、40％超もしくは約40％超、または40％超もしくは約40％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、45％超または約45％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、50％超または約50％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、55％超または約55％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、55％超または約55％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、60％超または約60％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、65％超または約65％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、70％超または約70％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+ 細胞を含む。
いくつかの態様では、組成物におけるCD57+ T細胞の頻度は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD57+ T細胞の頻度の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしく0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしく0.1％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD57+ T細胞の頻度は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD57+ T細胞の頻度の約30％未満または約30％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD57+ T細胞の頻度は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD57+ T細胞の頻度の約20％未満または約20％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD57+ T細胞の頻度は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD57+ T細胞の頻度の約10％未満または約10％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD57+ T細胞の頻度は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD57+ T細胞の頻度の約5％未満または約5％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD57+ T細胞の頻度は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD57+ T細胞の頻度の約1％未満または約1％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD57+ T細胞の頻度は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD57+ T細胞の頻度の約0.1％未満または約0.1％である。
いくつかの態様では、組成物は、約20％未満のCD57+ T細胞、約15％未満のCD57+ T細胞、約10％未満のCD57+ T細胞、約5％未満のCD57+ T細胞、約1％未満のCD57+ T細胞、または約0.1％未満のCD57+ T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約20％未満のCD57+ T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約15％未満のCD57+ T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約10％未満のCD57+ T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約5％未満のCD57+ T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約1％未満のCD57+ T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約0.1％未満のCD57+ T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、CD57+ T細胞を含まないかまたは本質的に含まない。
いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、1つまたは複数の分子の発現においてより低い変動係数（CV）を呈する。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも20％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも40％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも60％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも80％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも90％低い。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、CD27、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAを含む。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、CD27、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および、／またはCD45RAである。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、CD27である。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、Ki67である。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、CD27および／またはKi67の発現においてより低い変動係数（CV）を呈する。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、CD27の発現においてより低い変動係数（CV）を呈する。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、Ki67の発現においてより低い変動係数（CV）を呈する。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、CD27およびKi67の発現においてより低い変動係数（CV）を呈する。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも20％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも40％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも60％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも80％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも90％低い。
いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、75％超または75％超または約75％超のCD3+/CD27+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、80％超または約80％超のCD3+/CD27+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、85％超または約85％超のCD3+/CD27+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞は、90％超または約90％超のCD3+/CD27+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、75％もしくは約75％のCD3+/CD27+ 細胞を含むかまたはそれより多い。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、40％超もしくは約40％超または40％超もしくは約40％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、45％超または約45％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、50％超または約50％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、55％超または約55％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、55％超または約55％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、60％超または約60％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、65％超または約65％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+ 細胞を含む。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、70％超または約70％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+ 細胞を含む。
いくつかの態様では、組成物におけるCD27- T細胞の頻度は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD27- T細胞の頻度の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしく0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしく0.1％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD27- T細胞の頻度は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD27- T細胞の頻度の約30％未満または約30％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD27- T細胞の頻度は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD27- T細胞の頻度の約20％未満または約20％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD27- T細胞の頻度は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD27- T細胞の頻度の約10％未満または約10％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD27- T細胞の頻度は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD27- T細胞の頻度の約5％未満または約5％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD27- T細胞の頻度は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD27- T細胞の頻度の約1％未満または約1％である。いくつかの態様では、組成物におけるCD27- T細胞の頻度は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団におけるCD27- T細胞の頻度の約0.1％未満または約0.1％である。
いくつかの態様では、組成物は、約20％未満のCD27- T細胞、約15％未満のCD27- T細胞、約10％未満のCD27- T細胞、約5％未満のCD27- T細胞、約1％未満のCD27- T細胞、または約0.1％未満のCD27- T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約20％未満のCD27- T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約15％未満のCD27- T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約10％未満のCD27- T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約5％未満のCD27- T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約1％未満のCD27- T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、約0.1％未満のCD27- T細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、CD27- T細胞を含まないかまたは本質的に含まない。
いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、1つまたは複数の分子の発現においてより低い変動係数（CV）を呈する。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より約20％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より約40％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より約60％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より約80％低い。いくつかの態様では、組成物の細胞の変動係数（CV）は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団より約90％低い。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、ナイーブT細胞のマーカーを含む。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAである。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、CD28である。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、CD45RAである。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、Ki67である。いくつかの態様では、組成物の細胞は、CD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、Ki67の発現においてより低い変動係数（CV）を呈する。
いくつかの態様では、組成物のT細胞は、（i）内因性主要組織適合性複合体（MHC）もしくはその構成要素、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内因性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成要素、任意でT細胞受容体アルファ定常（TRAC）の発現がノックアウトされたT細胞を含む。いくつかの態様では、内因性MHCは、MHCクラスIタンパク質またはその構成要素であり、含む。いくつかの態様では、内因性MHCは、ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）を含む。いくつかの態様では、内因性TCRまたはその構成要素は、T細胞受容体アルファ定常（TRAC）および／またはT細胞受容体ベータ定常（TRBC）を含む。いくつかの態様では、内因性TCRまたはその構成要素は、T細胞受容体アルファ定常（TRAC）を含む。いくつかの態様では、組成物のT細胞は、（i）ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）T細胞受容体アルファ定常（TRAC）の発現がノックアウトされたT細胞を含む。いくつかの態様では、組成物のT細胞は、（i）ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および（ii）T細胞受容体アルファ定常（TRAC）の発現がノックアウトされたT細胞を含む。いくつかの態様では、組換え受容体をコードしている異種ポリヌクレオチドは、TRAC遺伝子座に挿入される。
いくつかの態様では、組成物は、疾患または状態を有する対象を処置するためのものである。いくつかの態様では、組成物は、疾患または状態を有する対象の処置において使用するためのものである。いくつかの態様では、組成物は、疾患または状態を処置するための医薬の製造において使用するためのものである。いくつかの態様では、疾患または状態は、癌または腫瘍である。
いくつかの態様では、組成物の細胞は、1または複数の単位用量として投与するために製剤化され、細胞は、少なくとも約100単位用量の細胞、少なくとも約200単位用量の細胞、少なくとも約300単位用量の細胞、少なくとも約400単位用量の細胞、少なくとも約500単位用量の細胞、少なくとも約600単位用量、または少なくとも約1,000単位用量もしくは少なくとも約1,000単位用量の細胞を含む。いくつかの態様では、単位用量は、1ミリリットル当たり約1000万～7500万個の細胞を含む。いくつかの態様では、単位用量は、5.0×106～2.25×107個、5.0×106～2.0×107個、5.0×106～1.5×107個、5.0×106～1.0×107個、5.0×106～7.5×106個、7.5×106～2.25×107個、7.5×106～2.0×107個、7.5×106～1.5×107個、7.5×106～1.0×107個、1.0×107～2.25×107個、1.0×107～2.0×107個、1.0×107～1.5×107個、1.5×107～2.25×107個、1.5×107～2.0×107個、または2.0×107～2.25×107個、および約5.0×106～2.25×107個、約5.0×106～2.0×107個、約5.0×106～1.5×107個、約5.0×106～1.0×107個、約5.0×106～7.5×106個、約7.5×106～2.25×107個、約7.5×106～2.0×107個、約7.5×106～1.5×107個、約7.5×106～1.0×107個、約1.0×107～2.25×107個、約1.0×107～2.0×107個、約1.0×107～1.5×107個、約1.5×107～2.25×107個、約1.5×107～2.0×107個、または約2.0×107～2.25×107個の細胞、任意で、5.0×106～2.25×107個、5.0×106～2.0×107個、5.0×106～1.5×107個、5.0×106～1.0×107個、5.0×106～7.5×106個、7.5×106～2.25×107個、7.5×106～2.0×107個、7.5×106～1.5×107個、7.5×106～1.0×107個、1.0×107～2.25×107個、1.0×107～2.0×107個、1.0×107～1.5×107個、1.5×107～2.25×107個、1.5×107～2.0×107個、または2.0×107～2.25×107個、および約5.0×106～2.25×107個、約5.0×106～2.0×107個、約5.0×106～1.5×107個、約5.0×106～1.0×107個、約5.0×106～7.5×106個、約7.5×106～2.25×107個、約7.5×106～2.0×107個、約7.5×106～1.5×107個、約7.5×106～1.0×107個、約1.0×107～2.25×107個、約1.0×107～2.0×107個、約1.0×107～1.5×107個、約1.5×107～2.25×107個、約1.5×107～2.0×107個、もしくは約2.0×107～2.25×107個の組み換え受容体発現細胞を含む。いくつかの態様では、組成物は、容器に含まれる。いくつかの態様では、単位用量は、約5.0×106個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.5×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約3.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約4.5×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約6.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約8.0×107個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.5×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約3.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約4.5×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約6.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約8.0×108個の組み換え受容体発現細胞を含有する。いくつかの態様では、単位用量は、約1.0×109個の組み換え受容体発現細胞を含有する。
いくつかの態様では、容器は、袋、任意で冷凍袋である。いくつかの態様では、組成物は、15mL～150mLもしくは約15mL～150mL、20mL～100mLもしくは約20mL～100mL、20mL～80mLもしくは約20mL～80mL、20mL～60mLもしくは約20mL～60mL、20mL～40mLもしくは約20mL～40mL、40mL～100mLもしくは約40mL～100mL、40mL～80mLもしくは約40mL～80mL、40mL～60mLもしくは約40mL～60mL、60mL～100mLもしくは約60mL～100mL、60mL～80mLもしくは約60mL～80mL、または80mL～100mLもしくは約80mL～100mL（両端の値を含む）；あるいは少なくとも15mLもしくは少なくとも約15mL、少なくとも20mLもしくは少なくとも約20mL、少なくとも30mLもしくは少なくとも約30mL、少なくとも40mLもしくは少なくとも約40mL、少なくとも50mLもしくは少なくとも約50mL、少なくとも60mLもしくは少なくとも約60mL、少なくとも70mLもしくは少なくとも約70mL、少なくとも80mLもしくは少なくとも約80mL、または少なくとも90mLもしくは少なくとも約90mL；ならびに／あるいは100mL以下の体積まで組成物が充填された冷凍袋に含まれる。
いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも2人の対象、少なくとも5人の対象、少なくとも10人の対象、少なくとも25人の対象、少なくとも50人の対象、少なくとも100人の対象、少なくとも200人の対象、少なくとも500人の対象、または少なくとも1,000人の対象に投与するためのものである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも2人の対象に投与するためのものである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも5人の対象に投与するためのものである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも10人の対象に投与するためのものである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも25人の対象に投与するためのものである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも50人の対象に投与するためのものである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも100人の対象に投与するためのものである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも200人の対象に投与するためのものである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも500人の対象に投与するためのものである。いくつかの態様では、組成物の細胞は、少なくとも1,000人の対象に投与するためのものである。
いくつかの態様では、組成物は、凍結保護物質を含む。いくつかの態様では、組成物は、薬学的に許容される賦形剤を含む。
II.組換え受容体で遺伝的に操作された濃縮CD57- T細胞の組成物を生成する方法
いくつかの態様では、提供される方法は、組換え受容体で操作された濃縮細胞、例えばCD57- T細胞の1つまたは複数の組成物を作製するために、生体試料（例えば、ドナー試料）から細胞または細胞の集団を単離、選択、または濃縮することを含む。いくつかの態様では、提供される方法は、組換え受容体で操作された濃縮細胞、例えばCD27+ T細胞の1つまたは複数の組成物を作製するために、生体試料（例えば、ドナー試料）から細胞または細胞の集団を単離、選択、または濃縮することを含む。いくつかの態様では、提供される方法は、同種源から得られたもの等の生体試料（例えば、ドナー試料）から細胞またはその集団を単離することを含む。いくつかの態様では、同種源は、1人または複数のドナー、例えば1人または複数のドナーである。いくつかの態様では、1人または複数のドナーは、特定の疾患も状態も有していない、または細胞療法を必要としていない、または細胞療法が投与される予定がない。
いくつかの態様では、（A）複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個々のドナーからのドナー試料からCD57について表面陰性である（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を含み、T細胞が、組み換え受容体で遺伝的に操作されたT細胞を含む工程；および（B）複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープール操作T細胞組成物を生成する工程であるかまたはこれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、複数のT細胞組成物の各々は、（a）個々のドナーからのドナー試料からCD57について表面陰性である（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を作製する工程；および（b）組換え受容体をコードしている異種核酸をCD57枯渇細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を作製する工程であるかまたはこれらを含むプロセスによって作製される。いくつかの態様では、（A）複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個々のドナーからのドナー試料からCD27について表面陽性である（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を含み、T細胞が、組み換え受容体で遺伝的に操作されたT細胞を含む工程；および（B）複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープール操作T細胞組成物を生成する工程であるかまたはこれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、複数のT細胞組成物の各々は、（a）個々のドナーからのドナー試料からCD27について表面陽性である（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を作製する工程；および（b）組換え受容体をコードしている異種核酸をCD27濃縮細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を作製する工程ことであるかまたはこれらを含むプロセスによって作製される。いくつかの態様では、操作T細胞組成物中のT細胞によって発現される組換え受容体は、同じ組換え受容体である。いくつかの局面では、組換え受容体を発現する操作T細胞組成物中の各T細胞は、同じ組換え受容体を発現する。
いくつかの局面では、（a）個々のドナーからのドナー試料からCD57について表面陰性である（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を作製する工程；（b）CD57枯渇T細胞集団を遺伝的に操作し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程であって、遺伝子操作が、（1）CD57枯渇T細胞集団の細胞における（i）内因性主要組織適合性複合体（MHC）もしくはその構成要素、任意で、ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内因性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成要素、任意で、TRACの発現をノックアウトすること；ならびに（2）組換え受容体をコードしている異種核酸を、ノックアウトされたT細胞組成物の細胞に、CD57枯渇T細胞集団の細胞に導入することであって、任意で、異種核酸が内因性MHCおよび／または内因性TCRをコードしている遺伝子の座位に挿入されることであるかまたはこれらを含み；（1）におけるノックアウトおよび（2）における導入が、同時に実行されてもよく、いずれかの順序で逐次実行されてもよい工程；（c）複数の異なるドナーについて工程（a）および（b）を繰り返して、複数の操作T細胞組成物を生成する工程であって、各操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個々のドナーからの細胞から作製される工程；ならびに（d）複数の異なる個々のドナーからの複数の操作T細胞組成物を組み合わせる工程であるかまたはこれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。
いくつかの局面では、（a）個々のドナーからのドナー試料からCD27について表面陽性である（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を作製する工程；（b）CD27濃縮T細胞集団を遺伝的に操作し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程であって、遺伝子操作が、（1）CD27濃縮T細胞集団の細胞における（i）内因性主要組織適合性複合体（MHC）もしくはその構成要素、任意で、ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内因性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成要素、任意で、TRACの発現をノックアウトすること；ならびに（2）組換え受容体をコードしている異種核酸を、ノックアウトされたT細胞組成物の細胞に、CD27濃縮T細胞集団の細胞に導入することであって、任意で、異種核酸が内因性MHCおよび／または内因性TCRをコードしている遺伝子の座位に挿入されることであるかまたはこれらを含み；（1）におけるノックアウトおよび（2）における導入が、同時に実行されてもよく、いずれかの順序で逐次実行されてもよい工程；（c）複数の異なるドナーについて工程（a）および（b）を繰り返して、複数の操作T細胞組成物を生成する工程であって、各操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個々のドナーからの細胞から作製される工程；ならびに（d）複数の異なる個々のドナーからの複数の操作T細胞組成物を組み合わせる工程であるかまたはこれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。
いくつかの局面では、（a）複数の異なるドナーからのドナー試料から、（i）T細胞マーカーについて表面陽性である細胞および（ii）CD57について表面陰性である（CD57-）細胞のうちの一方を選択し、それにより、細胞の濃縮集団を作製する工程；ならびに（b）細胞の濃縮集団から、（i）T細胞マーカーの細胞表面および（ii）CD57- 細胞のうちの他方を選択し、それにより、CD57枯渇集団を生成する工程であるかまたはこれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの局面では、ドナー試料は、複数の異なるドナーからの細胞を有するプール試料であり、それによって、方法は、プールCD57枯渇T細胞集団を生成する。いくつかの局面では、（a）複数の異なるドナーからのドナー試料から、（i）T細胞マーカーについて表面陽性である細胞および（ii）CD27について表面陽性である（CD27+）細胞のうちの一方を選択し、それにより、細胞の濃縮集団を作製する工程；ならびに（b）細胞の濃縮集団から、（i）T細胞マーカーについて表面陽性である細胞および（ii）CD27+ 細胞のうちの他方を選択し、それにより、CD27濃縮集団を生成する工程であるかまたはこれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの局面では、ドナー試料は、複数の異なるドナーからの細胞を有するプール試料であり、それによって、方法は、プールCD27濃縮T細胞集団を生成する。
いくつかの局面では、ドナー試料からCD57について表面陰性である（CD57-）T細胞を選択する工程であって、ドナー試料が複数の異なるドナーからヒトT細胞が濃縮されたプール細胞集団であり、それにより、プールCD57枯渇T細胞集団を作製する工程であるかまたはこれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの局面では、ドナー試料からT細胞を選択する工程であって、ドナー試料が、複数の異なるドナーからCD57について表面陰性である（CD57）ヒトT細胞が濃縮されたプール細胞集団であり、それにより、プールCD57枯渇T細胞集団を作製する工程であるかまたはこれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの局面では、ドナー試料からCD27について表面陽性である（CD27+）T細胞を選択する工程であって、ドナー試料が複数の異なるドナーからのヒトT細胞が濃縮されたプール細胞集団であり、それにより、プールCD27濃縮T細胞集団を作製する工程であるかまたはこれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの局面では、ドナー試料からT細胞を選択する工程であって、ドナー試料が複数の異なるドナーからのCD27について表面陽性であるヒトT細胞が濃縮されたプール細胞集団であり、それにより、プールCD27濃縮T細胞集団を作製する工程であるかまたはこれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。
いくつかの局面では、（a）ドナー試料からCD57について表面陰性である（CD57-）T細胞を選択する工程であって、ドナー試料が、個々のドナーからヒトT細胞が濃縮されており、それにより、CD57枯渇T細胞集団を作製する工程；（b）複数の異なる個々のドナーについて工程（a）を繰り返す工程；ならびに（c）個々の各ドナーからの各CD57枯渇T細胞集団を組み合わせ、それにより、プールCD57枯渇T細胞集団を作製する工程であるかまたはこれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの局面では、（a）ドナー試料からT細胞を選択する工程であって、試料が、個々のドナーからCD57について表面陰性である（CD57-）ヒトT細胞が濃縮されており、それにより、CD57枯渇T細胞集団を作製する工程；（b）複数の異なるドナーについて工程（a）を繰り返す工程；ならびに（c）個々の各ドナーからの各CD57枯渇T細胞集団を組み合わせ、それにより、プールCD57枯渇T細胞集団を作製する工程であるかまたはこれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。
いくつかの局面では、（a）ドナー試料からCD27について表面陽性である（CD27+）T細胞を選択する工程であって、ドナー試料が、個々のドナーからヒトT細胞が濃縮されており、それにより、CD27濃縮T細胞集団を作製する工程；（b）複数の異なる個々のドナーについて工程（a）を繰り返す工程；ならびに（c）個々の各ドナーからの各CD27濃縮T細胞集団を組み合わせ、それにより、プールCD27濃縮T細胞集団を作製する工程であるかまたはこれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの局面では、（a）ドナー試料からT細胞を選択する工程であって、試料が、個々のドナーからCD27について表面陽性である（CD27+）ヒトT細胞が濃縮されており、それにより、CD27濃縮T細胞集団を作製する工程；（b）複数の異なるドナーについて工程（a）を繰り返す工程；ならびに（c）個々の各ドナーからの各CD27濃縮T細胞集団を組み合わせ、それにより、プールCD27濃縮T細胞集団を作製する工程であるかまたはこれを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。
また、（i）ドナー試料から、（a）CD3（CD3+）、CD4（CD4+）、および／またはCD8（CD8+）について表面陽性である細胞、ならびに（b）CD57について表面陰性である（CD57-）細胞のうちの一方を選択し、それにより、細胞の濃縮集団を作製する工程；（ii）細胞の濃縮集団から、（a）CD3+、CD4+、および／またはCD8+ 細胞、ならびに（b）CD57- 細胞のうちの他方を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を作製する工程；（iii）CD57枯渇T細胞集団の細胞を刺激条件下で刺激する工程；（iv）刺激された細胞における（a）内因性主要組織適合性複合体（MHC）もしくはその構成要素、任意で、ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（b）内因性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成要素、任意で、T細胞受容体アルファ定常（TRAC）の発現をノックアウトする工程；（v）組換え受容体をコードしている異種ポリヌクレオチドを、ノックアウトされた細胞に、任意で、TRACをコードしている遺伝子の座位に導入し、それにより、操作T細胞集団を作製する工程；（vi）操作細胞を最長96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程；ならびに（vii）細胞を、増殖または拡大を促進する条件下で培養する工程であるかまたはこれらを含み、ドナー試料が個々のドナーに由来する試料であり、複数のドナー試料をプールCD57枯渇T細胞組成物に組み合わせる前に、複数の異なるドナーからの各ドナー試料について工程（i）～（vii）のいずれかを別々に繰り返す、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法も、本明細書において提供される。
また、（i）ドナー試料から、（a）CD3（CD3+）、CD4（CD4+）、および／またはCD8（CD8+）について表面陽性である細胞、ならびに（b）CD27について表面陽性（CD27+）である細胞のうちの一方を選択し、それにより、細胞の濃縮集団を作製する工程；（ii）細胞の濃縮集団から、（a）CD3+、CD4+、および／またはCD8+ 細胞、ならびに（b）CD27+ 細胞のうちの他方を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を作製する工程；（iii）CD27濃縮T細胞集団の細胞を刺激条件下で刺激する工程；（iv）刺激された細胞における（a）内因性主要組織適合性複合体（MHC）もしくはその構成要素、任意で、ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（b）内因性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成要素、任意で、T細胞受容体アルファ定常（TRAC）の発現をノックアウトする工程；（v）組換え受容体をコードしている異種ポリヌクレオチドを、ノックアウトされた細胞に、任意で、TRACをコードしている遺伝子の座位に導入し、それにより、操作T細胞集団を作製する工程；（vi）操作細胞を最長96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程；ならびに（vii）細胞を、増殖または拡大を促進する条件下で培養する工程であるかまたはこれらを含み、ドナー試料が個々のドナーに由来する試料であり、複数のドナー試料をプールCD27濃縮T細胞組成物に組み合わせる前に、複数の異なるドナーからの各ドナー試料について工程（i）～（vii）のいずれかを別々に繰り返す、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法も、本明細書において提供される。
いくつかの局面では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、遺伝的に操作される。いくつかの局面では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、遺伝的に操作される。いくつかの態様では、遺伝子遺伝子操作は、組換え受容体をコードしている異種ポリペプチドを、集団の細胞に導入することを含む。いくつかの態様では、遺伝子の遺伝子操作は、1つまたは複数の分子、例えば、1つまたは複数の遺伝子座の標的破壊等による遺伝子破壊を更に含む。いくつかの態様では、遺伝的に破壊された細胞は、「ノックアウト」されたといわれる。異種ポリペプチドの導入および遺伝子破壊（例えば、ノックアウト）は同時に実施される。いくつかの態様では、異種ポリペプチドの導入および遺伝子破壊（例えば、ノックアウト）は、いずれかの順序で逐次実施される。いくつかの態様では、異種ポリペプチドは、T細胞の破壊された（例えば、ノックアウトされた）遺伝子座に導入される。
A. ドナー
いくつかの態様では、1人または複数のドナー試料の単離、選択、または濃縮から作製された操作組成物は、ドナーのHLAのタイプまたはサブタイプに関係なく使用することができる。いくつかの態様では、1人または複数のドナー試料の単離、選択、または濃縮から作製された操作組成物は、操作組成物を投与することができる対象のHLAのタイプまたはサブタイプに関係なく使用することができる。その操作組成物は、ドナーおよび／または対象のHLAのタイプまたはサブタイプに関係なく使用でき、いくつかの局面では、より多種多様なレシピエントに「既製品」を送達することを可能にし得る。いくつかの態様では、提供される組成物および方法を使用して、疾患または障害を治療するために操作された同種細胞を用いた養子細胞療法を提供することができる。場合によっては、同種細胞を使用することで、特定の利点を提供することができる。いくつかの態様では、既知の安全性および有効性のプロファイルを有する細胞を、より多種多様な患者に対して調製することができる。例えば、健常ドナーから細胞を得、病状が重すぎて遺伝子操作に好適な細胞を提供することができない対象に送達することができる。場合によっては、対象が特定の養子細胞療法レジメンに通常使用される細胞または細胞型において欠陥または疾患を有していることがあり、その結果、健常ドナーからの細胞を使用して疾患細胞を置換または補完することができる。場合によっては、同種細胞を操作または投与する能力により、事前に細胞を調製することができ、患者に送達する前に必要な時間を短縮することができる。場合によっては、操作同種細胞は、移植片対宿主病または宿主対移植片病を引き起こすより低いリスクを提示し得る。
いくつかの局面では、ドナー試料は、個々のドナーからの試料である。いくつかの局面では、複数の異なる個々のドナーからの試料を組み合わせてドナー試料にする。いくつかの局面では、ドナー試料は、複数の異なる個々のドナーからの試料からのものである。いくつかの局面では、ドナー試料は、複数の異なるドナーからのものである。いくつかの局面では、個々のドナーは、ヒトである。いくつかの局面では、複数の異なるドナーの各々は、ヒトである。いくつかの局面では、複数の異なるドナーは、ヒトドナーである。
いくつかの局面では、個々のドナーは、そのために細胞を単離、加工、および／または操作する、養子細胞療法等の特定の処置的介入を必要とする患者ではない。いくつかの局面では、複数の異なるドナーの各個々のドナーは、そのために細胞を単離、加工、および／または操作する、養子細胞療法等の特定の処置的介入を必要とする患者ではない。いくつかの局面では、複数の異なるドナーは、そのために細胞を単離、加工、および／または操作する、養子細胞療法等の特定の処置的介入を必要とする患者ではない。
いくつかの局面では、個々のドナーは、そのために細胞を単離、加工、および／または操作する、養子細胞療法等の特定の処置的介入を必要とする患者である。いくつかの局面では、複数の異なるドナーの各個々のドナーは、そのために細胞を単離、加工、および／または操作する、養子細胞療法等の特定の処置的介入を必要とする患者である。いくつかの局面では、複数の異なるドナーは、そのために細胞を単離、加工、および／または操作する、養子細胞療法等の特定の処置的介入を必要とする患者である。
いくつかの局面では、濃縮細胞、例えばCD57- T細胞の作製された操作組成物は、対象の処置において使用するためのものである。いくつかの局面では、濃縮細胞、例えばCD27+ T細胞の作製された操作組成物は、対象の処置において使用するためのものである。いくつかの態様では、対象は、ドナーではない。いくつかの態様では、対象は、複数の異なるドナーのうちの1人ではない。いくつかの態様では、組成物のT細胞は、対象に由来するものではない。いくつかの態様では、組成物のT細胞の少なくとも一部は、対象に由来するものではない。いくつかの態様では、組成物のT細胞の100％未満が、対象のT細胞とHLA同一である。いくつかの態様では、組成物のT細胞の少なくとも一部が、対象に対して同種である。いくつかの態様では、組成物のT細胞は全て、対象に対して同種である。
いくつかの局面では、濃縮細胞、例えばCD57- T細胞の作製された操作組成物は、対象の処置において使用するためのものである。いくつかの局面では、濃縮細胞、例えばCD27+ T細胞の作製された操作組成物は、対象の処置において使用するためのものである。いくつかの態様では、対象は、ドナーである。いくつかの態様では、対象は、複数の異なるドナーのうちの1人である。いくつかの態様では、組成物のT細胞の少なくとも一部は、対象に由来するものではない。いくつかの態様では、組成物のT細胞の100％未満が、対象のT細胞とHLA同一である。いくつかの態様では、組成物のT細胞の少なくとも一部が、対象に対して同種である。
いくつかの態様では、試料（例えば、ドナー試料）は、個々のドナーからの初代ヒトT細胞を含む。いくつかの態様では、複数の異なる個々のドナーからの各試料（例えば、ドナー試料）を組み合わせる。いくつかの態様では、試料（例えば、ドナー試料）は、複数の異なるドナーからの初代ヒトT細胞を含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも約2人もしくは約2人の異なるドナー、少なくとも約5人もしくは約5人の異なるドナー、少なくとも約10人もしくは約10人の異なるドナー、少なくとも約15人もしくは約15人の異なるドナー、少なくとも約20人もしくは約20人の異なるドナー、少なくとも約25人もしくは約25人の異なるドナー、少なくとも約50人もしくは約50人の異なるドナー、または少なくとも約100人もしくは約100人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約2人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数のドナーは、約5人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約10人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約15人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約20人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約25人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約30人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約40人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約50人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約60人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約80人の異なるドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約100人の異なるドナーを含む。
いくつかの態様では、1人または複数のドナーは、ヒト白血球抗原（HLA）の適合について判断される。HLAの適合は、分解能のレベルおよびどのHLA座位（例えば「マーカー」）を評価するかに依存する。場合によっては、約6個のマーカー～約12個のマーカーを評価して、HLAの適合を判定する。例えば、評価され得る10個のHLAマーカーは、HLA-A、-B、-C、-DRB1、および-DQB1の座位である。このような場合、2人の個人が全ての座位を共有している場合（例えば、10/10）、100％ HLA適合となる。例えば、評価され得る8個のHLAマーカーは、HLA-A、-B、-C、および-DRB1の座位である。このような場合、2人の個人が全ての座位を共有している場合（例えば、8/8）、100％ HLA適合となる。Tiercy, Haematologica. 2016; 101(6):680-7。
いくつかの態様では、ドナーは、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または少なくとも12個のHLAマーカーについて判断される。いくつかの態様では、1人または複数のドナーは、1人または複数の他のドナーとのHLA適合について判断され、100％ HLA適合とは、適合について判断されるドナーが、判断される各HLAマーカーについて適合することを示す（例えば、6/6、8/8、10/10、または12/12のマーカー）。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、100％未満のヒト白血球抗原（HLA）が適合する、約90％未満のHLAが適合する、約80％未満のHLAが適合する、約70％未満のHLAが適合する、約60％未満のHLAが適合する、または約50％未満のHLAが適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、100％未満のヒト白血球抗原（HLA）が適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約90％未満のHLAが適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約80％未満のHLAが適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約70％未満のHLAが適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約60％未満のHLAが適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、約50％未満のHLAが適合する2人以上のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、100％ HLA適合するわけではない少なくとも2人のドナーを含む。
いくつかの態様では、個々のドナーは、個々のドナーからドナー試料が得られた時点で健常であるかまたは疾患もしくは状態を有する疑いはない。いくつかの態様では、複数の異なる個々のドナーの各個々のドナーは、個々のドナーからドナー試料が得られた時点で健常であるかまたは疾患もしくは状態を有する疑いはない。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも1人のドナーからドナー試料が得られた時点で健常であるかまたは疾患もしくは状態を有する疑いのない最小1人のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、複数の異なるドナーからドナー試料が得られた時点で健常であるかまたは疾患もしくは状態を有する疑いはない。いくつかの態様では、個々のドナーは、個々のドナーからドナー試料が得られた時点で疾患または状態を有する。いくつかの態様では、各個々のドナーは、個々のドナーからドナー試料が得られた時点で疾患または状態を有する。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、少なくとも1人のドナーからドナー試料が得られた時点で疾患または状態を有する少なくとも1人のドナーを含む。いくつかの態様では、複数の異なるドナーは、ドナーからドナー試料が得られた時点で健常であるかまたは疾患もしくは状態を有する疑いはない。
いくつかの態様では、個体は、個体からの試料中のCD57および／またはCD27を発現するT細胞の頻度に基づいて、ドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体は、試料中のT細胞のうちのCD57+ 細胞の頻度が低いことに基づいて、ドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD57- 細胞の頻度が、約50％未満、約40％未満、約30％未満、約2％未満、または約10％未満である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD57- 細胞の頻度が、約0％～約50％または約0％～約30％である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD57- 細胞の頻度が約50％未満である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD57- 細胞の頻度が約40％未満である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD57- 細胞の頻度が約30％未満である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD57- 細胞の頻度が約20％未満である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD57- 細胞の頻度が約10％未満である場合、個体はドナーとして選択される。
いくつかの態様では、個体は、試料中のT細胞のうちのCD27+ 細胞の頻度が高いことに基づいて、ドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD27+ 細胞の頻度が、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、または少なくとも約90％である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD27+ 細胞の頻度が、約50％～約100％または約70％～約100％である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD27+ 細胞の頻度が少なくとも約50％である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD27+ 細胞の頻度が少なくとも約60％である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD27+ 細胞の頻度が少なくとも約70％である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD27+ 細胞の頻度が少なくとも約80％である場合、個体はドナーとして選択される。いくつかの態様では、個体からの試料中のT細胞のうちのCD27+ 細胞の頻度が少なくとも約90％である場合、個体はドナーとして選択される。
B. 試料および細胞の調製
具体的な態様では、提供される方法は、濃縮細胞、例えばCD57- T細胞の1つまたは複数の集団（CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）を作製するために生体試料から細胞を単離、選択、または濃縮することに関連して使用される。具体的な態様では、提供される方法は、濃縮細胞、例えばCD27+ T細胞の1つまたは複数の集団（CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）を作製するために生体試料から細胞を単離、選択、または濃縮することに関連して使用される。いくつかの態様では、提供される方法は、特定の疾患も状態も有していない、または細胞療法を必要としていない、または細胞療法が投与される予定のないもの等の1人または複数のドナーから得られたかまたは由来するドナー試料等の生体試料（例えば、ドナー試料）から細胞またはその集団を単離することを含む。
いくつかの局面では、ドナー試料は、個々のドナーからの試料である。いくつかの局面では、複数の異なる個々のドナーからの試料を組み合わせてドナー試料にする。いくつかの局面では、ドナー試料は、複数の異なる個々のドナーからの試料からのものである。いくつかの局面では、ドナー試料は、複数の異なるドナーからのものである。いくつかの局面では、個々のドナーは、ヒトである。いくつかの局面では、複数の異なるドナーの各々は、ヒトである。いくつかの局面では、複数の異なるドナーは、ヒトドナーである。
いくつかの局面では、濃縮細胞、例えばCD57- T細胞の作製された1つまたは複数の集団（CD57枯渇 T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、対象の処置において使用するためのものである。いくつかの局面では、濃縮細胞、例えばCD27+ T細胞の作製された1つまたは複数の集団（CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、対象の処置において使用するためのものである。いくつかの態様では、対象は、ドナーではない。いくつかの局面では、対象は、ヒト、例えば、そのために細胞を単離、加工、および／または操作する、養子細胞療法等の特定の処置的介入を必要とする患者である対象である。したがって、いくつかの態様における細胞は、初代細胞、例えば、初代ヒト細胞である。
いくつかの態様では、試料（例えば、ドナー試料）は、個々のドナーからの初代ヒトT細胞を含む。いくつかの態様では、複数の異なる個々のドナーからの各試料（例えば、ドナー試料）を組み合わせる。いくつかの態様では、試料（例えば、ドナー試料）は、複数の異なるドナーからの初代ヒトT細胞を含む。
試料は、組織、体液、およびドナーから直接採取された他の試料を含む。生体試料は、生物学的供給源から直接得られる試料、または処理される試料であることができる。生体試料は、限定されないが、体液、例えば、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗、組織および臓器の試料を含み、これらに由来する処理済み試料も含む。
いくつかの局面では、試料は、血液もしくは血液由来試料であるか、またはアフェレーシスもしくは白血球アフェレーシス産物であるかまたはそれに由来する。例示的な試料は、全血、末梢血単核細胞（PBMC）、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、腸関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、大腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸部、精巣、卵巣、扁桃腺もしくは他の臓器、および/またはそれらに由来する細胞を含む。試料は、細胞療法、例えば、養子細胞療法の状況下では、自己および同種の供給源由来の試料を含む。いくつかの態様では、試料は同種の供給源（例えば、ドナー）由来である。いくつかの態様では、試料は自家の供給源（例えば、ドナー）由来である。いくつかの態様では、試料は、全血試料、バフィーコート試料、末梢血単核細胞（PBMC）試料、未分画のT細胞試料、リンパ球試料、白血球試料、アフェレーシス産物、もしくは白血球アフェレーシス産物であるか、またはそれらを含む。
いくつかの例では、ドナーの循環血液由来の細胞は、例えば、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得られる。試料は、いくつかの局面では、T細胞、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球細胞、赤血球細胞、および/または血小板を含むリンパ球を含有し、いくつかの局面では、赤血球細胞および血小板以外の細胞を含有する。
いくつかの態様では、ドナーから収集された血液細胞は、例えば、血漿画分を除去するために、かつ、後続の処理工程のために細胞を適切な緩衝液または培地に入れるために、洗浄される。いくつかの態様では、細胞は、リン酸緩衝食塩水（PBS）で洗浄される。いくつかの態様では、洗浄溶液は、カルシウムおよび/またはマグネシウムおよび/または多くのもしくはあらゆる二価カチオンを欠く。いくつかの局面では、洗浄工程は、製造業者の指示に従って、半自動化された「フロースルー」遠心分離機（例えば、Cobe 2991細胞プロセッサ、Baxter）によって達成される。いくつかの局面では、洗浄工程は、製造業者の指示に従って、接線流濾過（TFF）によって達成される。いくつかの態様では、細胞は、洗浄後、例えば、Ca++/Mg++を含まないPBSなどの多種多様な生体適合性緩衝液に再懸濁される。ある特定の態様では、血液細胞試料の成分が除去され、細胞が培養培地に直接再懸濁される。
いくつかの態様では、細胞を含有する試料（例えば、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物のようなドナー試料）は、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシスの間に添加されたヘパリンなどの1つまたは複数の抗凝固剤を除去するために洗浄される。
いくつかの態様では、細胞を含有する試料（例えば、全血試料、バフィーコート試料、末梢血単核細胞（PBMC）試料、未分画T細胞試料、リンパ球試料、白血球細胞試料、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物のようなドナー試料）は、凍結保存および/または凍結保護（例えば、凍結）され、次いで、細胞の集団の単離、選択、活性化、刺激、破壊（例えば、ノックアウト）、操作（例えば、ノックイン）、形質導入、トランスフェクション、インキュベーション、培養、採取、製剤化、および/または製剤化された細胞集団の対象への投与のための任意の工程の前に融解され、任意で洗浄される。
いくつかの態様では、対象由来の自己末梢血単核細胞（PBMC）を含有する試料（例えば、ドナー試料）は、適切な製造品質を確保するのに適した方法において収集される。一局面では、PBMCを含有する試料（例えば、ドナー試料）は、分画された全血に由来する。いくつかの態様では、ドナー由来の全血は、白血球アフェレーシスによって、遠心力を使用し、細胞表現型間の密度差を利用して分画され、このとき、自己単核細胞（MNC）が優先的に濃縮される一方で、赤血球細胞などの他の細胞表現型は、収集された細胞組成物において低減される。いくつかの態様では、自己血漿がMNC収集の間に同時に収集され、それは、いくつかの局面では、白血球アフェレーシス産物の安定性の拡大を可能にすることができる。一局面では、自己血漿が白血球アフェレーシス産物に加えられ、白血球アフェレーシス産物マトリックスの緩衝能が改善される。いくつかの局面では、白血球アフェレーシス産物を生成するために処理される全血の総体積は、2L、4L、6L、8L、10L、12L、14L、16L、18Lもしくは20Lであるかまたは約2L、4L、6L、8L、10L、12L、14L、16L、18Lもしくは20Lであるか、あるいは、前述のいずれかの間の任意の値である。いくつかの態様では、収集された自己血漿の体積は、10mL、50mL、100mL、150mL、200mL、250mLもしくは300mL以上であるかまたは約10mL、50mL、100mL、150mL、200mL、250mLもしくは300mL以上であるか、あるいは、前述のいずれかの間の体積である。いくつかの態様では、白血球アフェレーシス産物は、白血球アフェレーシス収集完了の約48時間以内に、手順、例えば、プロセス内凍結保存のための洗浄および製剤化に供される。いくつかの態様では、白血球アフェレーシス産物は、例えば、白血球アフェレーシス収集完了の約2時間、6時間、12時間、18時間、24時間、36時間または48時間以内に、1つまたは複数の洗浄工程に供される。いくつかの局面では、1つまたは複数の洗浄工程は、白血球アフェレーシス収集中の抗凝固剤、白血球アフェレーシス産物中に蓄積され得る細胞廃棄物、残留血小板および/または細胞残屑を除去する。いくつかの態様では、1つまたは複数の緩衝液交換は、1つまたは複数の洗浄工程の間に実施される。いくつかの態様では、試料はアフェレーシス産物であるか、またはアフェレーシス産物を含む。いくつかの態様では、試料は白血球アフェレーシス産物であるか、または白血球アフェレーシス産物を含む。
特定の態様では、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物は、以下に記載されるように、凍結保存および/または凍結保護（例えば、凍結）され、次いで、細胞の濃縮、選択、または単離工程（例えば、T細胞の選択または単離工程）に供される前に融解される。いくつかの態様では、凍結保存および/または凍結保護されたアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物がT細胞の選択または単離工程に供された後、追加の凍結保存および/または凍結保護工程が、細胞の集団を活性化、刺激、破壊（例えば、ノックアウト）、操作（例えば、ノックイン）、形質導入、トランスフェクション、インキュベーション、培養、採取、製剤化、および/または製剤化された細胞集団を対象に投与する工程などのいずれかの後続の工程の最中または間に実施されることはない。例えば、融解された凍結保存および/または凍結保護されたアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物から選択されたT細胞は、T細胞活性化/刺激または形質導入などの下流プロセスのために融解され、任意で洗浄される前に、再び凍結保存および/または凍結保護されることはない。
特定の態様では、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物は、凍結保存溶液または緩衝液中に、5×106個の細胞/mL、10×106個の細胞/mL、20×106個の細胞/mL、30×106個の細胞/mL、40×106個の細胞/mL、50×106個の細胞/mL、60×106個の細胞/mL、70×106個の細胞/mL、80×106個の細胞/mL、90×106個の細胞/mL、100×106個の細胞/mL、110×106個の細胞/mL、120×106個の細胞/mL、130×106個の細胞/mL、140×106個の細胞/mLもしくは150×106個の細胞/mL、約5×106個の細胞/mL、10×106個の細胞/mL、20×106個の細胞/mL、30×106個の細胞/mL、40×106個の細胞/mL、50×106個の細胞/mL、60×106個の細胞/mL、70×106個の細胞/mL、80×106個の細胞/mL、90×106個の細胞/mL、100×106個の細胞/mL、110×106個の細胞/mL、120×106個の細胞/mL、130×106個の細胞/mL、140×106個の細胞/mLもしくは150×106個の細胞/mL、または少なくとも5×106個の細胞/mL、10×106個の細胞/mL、20×106個の細胞/mL、30×106個の細胞/mL、40×106個の細胞/mL、50×106個の細胞/mL、60×106個の細胞/mL、70×106個の細胞/mL、80×106個の細胞/mL、90×106個の細胞/mL、100×106個の細胞/mL、110×106個の細胞/mL、120×106個の細胞/mL、130×106個の細胞/mL、140×106個の細胞/mLもしくは150×106個の細胞/mL、あるいは前述のいずれかの間の任意の値の密度で、凍結保存および/または凍結保護（例えば、凍結）される。いくつかの態様では、凍結保存溶液または緩衝液は、例えば、DMSO溶液（任意でヒト血清アルブミン（HSA）を含む）または他の好適な細胞凍結培地であるかそれを含有する。
特定の態様では、凍結保存および/または凍結保護されたアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物がバンクされ（例えば、試料を凍結する前のT細胞選択を伴わない）、これにより、いくつかの局面では、後続の製造工程にさらに多くの柔軟性を与えることができる。いくつかの局面では、凍結保存および/または凍結保護されたアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物は、産物の処理において各々個別にまたは組み合わせて使用することができる複数の凍結保存容器（バッグなど）に分割される。例えば、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物中の生存細胞の総数が15×109個未満の細胞であるとき、凍結保存および/または凍結保護されたアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物は、4個の凍結保存容器（バッグなど）に分割される。いくつかの態様では、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物中の生存細胞の総数が15～30×109個の細胞であるとき、凍結保存および/または凍結保護されたアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物は、8個の凍結保存容器（バッグなど）に分割される。
一局面では、選択前に細胞をバンクすることにより、下流プロセスの細胞収量が増加し、細胞を早期にバンクすることは、それらの健康が向上し、製造成功基準を満たすのがさらに容易になる場合があることを意味し得る。別の局面では、一旦融解されると、凍結保存および/または凍結保護されたアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物は、1つまたは複数の異なる選択方法に供することができる。このアプローチの利点は、とりわけ、試料のドナーおよび/または別のレシピエントなどにおける対象の疾患または病状の治療のための細胞療法の細胞の利用可能性、有効性および/または他の側面を強化することである。
いくつかの態様では、ドナーは、対象でもある、および／またはドナーは、疾患もしくは状態を有するかもしくは有する疑いがある。いくつかの態様では、ドナーは、個々のドナーである。いくつかの態様では、個々のドナーは、疾患または状態を有するかまたは有する疑いがある。いくつかの態様では、ドナーは、複数の異なるドナーである。いくつかの態様では、または複数の異なるドナーのうちの少なくとも1人のドナーは、疾患もしくは状態を有するかまたは有する疑いがある。いくつかの態様では、試料（例えば、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシス試料のようなドナー試料）は、ドナーが何らかの疾患または病状と診断された後の時点で、細胞選択の前に、または事前の細胞選択を伴わず（例えば、クロマトグラフィーによる選択などの事前のT細胞選択を伴わず）収集され、凍結保存および/または凍結保護される。いくつかの局面では、凍結保存の時期はまた、疾患もしくは病状に対する任意の初期治療、疾患もしくは病状に対する治療のために標識された任意の標的化治療もしくは任意の治療、または放射線および/または化学療法以外の任意の治療のうちの1つもしくは複数をドナーが受ける前である。いくつかの態様では、試料は、疾患の初期治療後の疾患の最初の再発の後、および対象が疾患のためのその後の治療を受ける前に収集される。初期治療および/またはその後の治療は、細胞療法以外の療法であり得る。いくつかの態様では、収集された細胞は、初期治療および/またはその後の治療後の細胞療法に使用されてもよい。一局面では、事前の細胞選択を伴わず凍結保存および/または凍結保護された試料（例えば、ドナー試料）は、クロスオーバーして後に治療を必要とし得る無作為化臨床試験の非治療患者に関連するものなどの初期費用の削減に役立ち得る。
いくつかの態様では、ドナーは、対象でもある、および／またはドナーは、疾患もしくは状態を有するかもしくは有する疑いがある。いくつかの態様では、ドナーは、個々のドナーである。いくつかの態様では、個々のドナーは、疾患または状態を有するかまたは有する疑いがある。いくつかの態様では、ドナーは、複数の異なるドナーである。いくつかの態様では、複数の異なるドナーのうちの少なくとも1人のドナーは、疾患もしくは状態を有するかまたは有する疑いがある。いくつかの態様では、試料（例えば、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシス試料のようなドナー試料）は、疾患の第2選択治療後および対象が疾患のためのその後の治療を受ける前の疾患の第2の再発後の時点で、細胞選択の前に、または事前の細胞選択を伴わず（例えば、クロマトグラフィーによる選択などの事前のT細胞選択を伴わず）収集され、凍結保存および/または凍結保護される。いくつかの態様では、患者は、例えば、特定の危険因子を評価することによって、第2選択治療の後に再発する可能性が高いと識別される。いくつかの態様では、危険因子は、ダブルヒットリンパ腫、原発性の難治性がん、または活性化B細胞リンパ腫などの疾患タイプおよび/または遺伝的特質に基づく。いくつかの態様では、危険因子は、第1選択治療後の早期再発、または治療後の他の予後不良指標（例えば、IPI（国際予後指数）＞2）などの臨床像に基づく。
いくつかの態様では、ドナーは、対象でもある、および／またはドナーは、疾患もしくは状態を有するかもしくは有する疑いがある。いくつかの態様では、ドナーは、個々のドナーである。いくつかの態様では、個々のドナーは、疾患または状態を有するかまたは有する疑いがある。いくつかの態様では、ドナーは、複数の異なるドナーである。いくつかの態様では、複数の異なるドナーのうちの少なくとも1人のドナーは、疾患もしくは状態を有するかまたは有する疑いがある。いくつかの態様では、試料（例えば、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシス試料のようなドナー試料）は、ドナーが何らかの疾患と診断される前の時点で、細胞選択の前に、または事前の細胞選択を伴わず（例えば、クロマトグラフィーによる選択などの事前のT細胞選択を伴わず）収集され、凍結保存および/または凍結保護される。いくつかの局面では、ドナーは、何らかの疾患を発症するリスクがあると判定されてもよい。いくつかの局面では、ドナーは、健康な対象であり得る。ある特定の場合では、ドナーは、何らかの疾患を発症するリスクまたは何らかの疾患と診断されるリスクがあると考えられることがなくても、細胞療法が人生のさらに後の段階で必要とされる場合に、細胞をバンクまたは保存することを選択してもよい。いくつかの態様では、ドナーは、遺伝子変異、遺伝子異常、遺伝子破壊、家族歴、タンパク質異常（タンパク質産生および/またはプロセシングの欠陥など）、および何らかの疾患を発症するリスクを高め得るライフスタイルの選択などの因子に基づいて、何らかの疾患を発症するリスクがあると考えられる場合がある。いくつかの態様では、細胞は、予防薬として収集される。
いくつかの態様では、細胞の凍結保存および/または凍結保護された試料（例えば、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシス試料のようなドナー試料）、例えば、事前の細胞選択に供されていない（例えば、クロマトグラフィーによる選択などの事前のT細胞選択を伴わない）細胞の試料は、12時間超、24時間超、36時間超もしくは48時間超または12時間、24時間、36時間もしくは48時に等しい期間、あるいは、0.5日超、1日超、1.5日超もしくは2日超または0.5日、1日、1.5日もしくは2日に等しい期間にわたり貯蔵またはバンクされる。いくつかの態様では、試料は、1週間超、2週間超、3週間超もしくは4週間超または1週間、2週間、3週間もしくは4週間に等しい期間にわたり貯蔵またはバンクされる。いくつかの態様では、試料は、長期貯蔵または長期バンクされる。いくつかの局面では、試料は、1カ月超、2カ月超、3カ月超、4カ月超、5カ月超、6カ月超、7カ月超、8カ月超、9カ月超、10カ月超、11カ月超、1年超、2年超、3年超、4年超、5年超、6年超、7年超、8年超、9年超、10年超、11年超、12年超、13年超、14年超、15年超、16年超、17年超、18年超、19年超、20年超、25年超、30年超、35年超、40年超もしくはそれ以上、または1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年、13年、14年、15年、16年、17年、18年、19年、20年、25年、30年、35年、40年もしくはそれ以上に等しい期間にわたり貯蔵される。
いくつかの態様では、ドナーから採取されたアフェレーシスまたは白血球アフェレーシス試料（例えば、ドナー試料）は、冷却環境で貯蔵施設または処理施設に輸送され、かつ/または、貯蔵施設で極低温保存されるか、処理施設で処理される。いくつかの態様では、ドナーは個別のドナーである。いくつかの態様では、ドナーは複数の異なるドナーである。いくつかの態様では、試料（例えば、ドナー試料）は、輸送前に、例えば、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞および/またはCD8+ T細胞などのT細胞を選択することによって処理される。いくつかの態様では、そのような処理は、試料（例えば、ドナー試料）を輸送後および極低温保存する前に実施される。いくつかの態様では、処理は、極低温保存に続いて試料（例えば、ドナー試料）を融解した後に実施される。
いくつかの態様では、ドナーは、対象でもある、および／またはドナーは、疾患もしくは状態を有するかもしくは有する疑いがある。いくつかの態様では、ドナーは、個々のドナーである。いくつかの態様では、個々のドナーは、疾患または状態を有するかまたは有する疑いがある。いくつかの態様では、ドナーは、複数の異なるドナーである。いくつかの態様では、複数の異なるドナーのうちの少なくとも1人のドナーは、疾患もしくは状態を有するかまたは有する疑いがある。ドナー、ひいてはその細胞が、疾患に対する広範囲な治療を受けていない段階、および/あるいは、疾患もしくは病状の発症またはその診断の前の段階で、ドナーがその細胞を貯蔵することを可能にすることによって、そのような細胞は、1回または複数回の治療の後に採取された細胞と比較して、細胞療法における使用に対して特定の利点を有し得る。例えば、1回または複数回の治療の前に採取された細胞の方が、数回の治療を受けた細胞よりも健康であり得る、高いレベルの特定の細胞活性を示し得る、迅速に増殖し得る、および/または遺伝子操作に対して受容的であり得る。本明細書に記載される態様による利点の別の例には、利便性が含まれ得る。例えば、細胞療法に必要とされる前にドナーの細胞を収集し、任意で処理し、貯蔵することにより、レシピエントが後にそれらを必要とする場合に、細胞は容易に利用可能となる。これにより、アフェレーシス検査室の容量が増加し、技術者がアフェレーシス収集プロセスの予定を決める際の柔軟性が高まる。
いくつかの態様では、ドナー試料は、細胞を選択、インキュベート、活性化、刺激、操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）、形質導入、トランスフェクト、培養、拡大、収集、および／または製剤化する任意の工程の前に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。アフェレーシス試料などの試料由来の細胞を極低温保存および処理するための例示的な方法およびシステムには、WO2018170188に記載されているものが含まれ得る。いくつかの態様では、本方法およびシステムは、患者が細胞療法を必要とする前にアフェレーシスを収集する工程、次いで、組換え受容体（例えば、CAR）を用いて細胞（例えば、T細胞）を操作するプロセスで後に使用するために、アフェレーシス試料を凍結保存する工程を伴う。場合によっては、そのようなプロセスは、本明細書に記載されるプロセスを含むことができる。いくつかの態様では、ドナー（例えば、個別のドナーまたは複数の異なるドナー）からアフェレーシス試料（例えば、ドナー試料）が収集され、その後のT細胞選択、細胞の集団の活性化、刺激、破壊（例えば、ノックアウト）、操作（例えば、ノックイン）、形質導入、トランスフェクション、インキュベーション、培養、採取、製剤化、および/または製剤化された細胞集団の対象への投与の前に凍結保存される。そのような例では、凍結保存されたアフェレーシス試料（例えば、ドナー試料）は、試料（例えば、ドナー試料）を本明細書に記載されるいずれかなどの1つまたは複数の選択工程に供する前に融解される。
いくつかの態様では、細胞の凍結保存および/または凍結保護された試料（例えば、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシス試料のようなドナー試料）、例えば、事前の細胞選択に供されていない（例えば、クロマトグラフィーによる選択などの事前のT細胞選択を伴わない）細胞の試料は、細胞療法のための細胞集団、例えば、CAR+ T細胞を含有するT細胞集団を製造するための下流プロセスに使用する前に融解される。いくつかの態様では、そのような細胞の凍結保存および/または凍結保護された試料（例えば、アフェレーシス試料または白血球アフェレーシス試料のようなドナー試料）は、CAR+ T細胞療法などの操作されたT細胞療法のための、本明細書において提供されるプロセスに関連して使用される。特定の例では、採取/製剤化工程の前またはその間に、凍結保存のさらなる工程は行われない。
いくつかの態様では、凍結保存および/または凍結保護されたアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物（例えば、ドナー試料）が融解される。いくつかの態様では、融解された細胞組成物は、希釈（例えば、無血清培地による）および/または洗浄（例えば、無血清培地による）に供され、このことは、場合によっては、不要なまたは望ましくない成分を除去または低減させることができる。場合によっては、希釈および/または洗浄は、融解された試料中に含有される、別の面で細胞の生存率、収量、長期室温曝露時の回収率に負の影響を及ぼし得る、凍結保護物質、例えば、DMSOの存在を除去または低減する。いくつかの態様では、希釈および/または洗浄は、参照により本明細書に組み入れられるPCT/US2018/064627に記載されるように、無血清培地への、融解された凍結保存産物の培地交換を可能にする。
いくつかの態様では、無血清培地は、1つまたは複数のサプリメントが補充された基礎培地（例えば、OpTmizer（商標）T-Cell Expansion Basal Medium（ThermoFisher））を含む。いくつかの態様では、1つまたは複数のサプリメントは、無血清である。いくつかの態様では、無血清培地は、例えば追加のサプリメント（例えば、OpTmizer（商標）T-Cell Expansion Supplement（ThermoFisher））によって提供される、細胞（例えば、T細胞）の維持、拡大増殖および/または活性化のための1つまたは複数の追加の成分が補充された基礎培地を含む。いくつかの態様では、無血清培地はさらに、血清代替サプリメント、例えば、免疫細胞血清代替物、例えば、CTS（商標）Immune Cell Serum Replacement（ThermoFisher、#A2596101）、またはSmith et al. Clin Transl Immunology. 2015 Jan; 4(1): e31に記載されている免疫細胞血清代替物を含む。いくつかの態様では、無血清培地はさらに、L-グルタミンなどのアミノ酸の遊離形態を含む。いくつかの態様では、無血清培地はさらに、L-グルタミンのジペプチド形態（例えば、L-アラニル-L-グルタミン）、例えば、Glutamax（商標）（ThermoFisher）中のジペプチドを含む。いくつかの態様では、無血清培地はさらに、1つまたは複数の組換えサイトカイン、例えば、組換えヒトIL-2、組換えヒトIL-7、および/または組換えヒトIL-15を含む。
C. CD57- T細胞の選択および／またはCD57+ T細胞の枯渇
いくつかの態様では、CD57-濃縮集団（プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団）は、生体試料（例えば、ドナー試料）から得られる。具体的な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、生体試料（例えば、ドナー試料）から選択、単離、または濃縮される。いくつかの態様では、ドナー試料は、個々のドナーからの試料である。いくつかの態様では、ドナー試料は、複数の異なるドナーからの細胞を含む。いくつかの態様では、それぞれ異なる個々のドナーからの複数の試料を組み合わせて、ドナー試料を生成する。
いくつかの態様では、ドナー試料は、個々のドナーに由来する。いくつかの態様では、個々のドナーからのドナー試料のCD57- T細胞を濃縮して、CD57枯渇T細胞集団を生成する。いくつかの態様では、複数の異なる個々のドナーからのCD57枯渇T細胞集団を組み合わせて、プールCD57枯渇T細胞集団を生成する。いくつかの態様では、ドナー試料は、複数の異なるドナーに由来する。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからのドナー試料のCD57- T細胞を濃縮して、プールCD57- T細胞集団を生成する。
具体的な態様では、CD57+ T細胞は、生体試料（例えば、ドナー試料）から除去、分離、または枯渇される。特定の態様では、少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％、または99.9％のCD57+ T細胞が、ドナー試料から除去、分離、または枯渇される。
具体的な態様では、ドナー試料からCD57- T細胞を選択、単離、または濃縮する前に、ドナー試料から細胞のサブセット、例えばT細胞のサブセットを選択、単離、または濃縮する。いくつかの態様では、細胞、例えば、T細胞のサブセットは、濃縮CD57- T細胞の集団から選択、単離、または濃縮される。
いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前のドナー試料のCD57+ T細胞の50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％しか含有しない、約50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％しか含有しない、または50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％未満しか含有しない。特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、ドナー試料のCD57+ T細胞の20％しか含有しない、約20％しか含有しない、または20％未満しか含有しない。特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、ドナー試料のCD57+ T細胞の5％しか含有しない、約5％しか含有しない、または5％未満しか含有しない。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前のドナー試料のCD57+ T細胞の1％しか含有しない、約1％しか含有しない、または1％未満しか含有しない。様々な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、ドナー試料のCD57+ T細胞の0.1％しか含有しない、約0.1％しか含有しない、または0.1％未満しか含有しない。特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、ドナー試料のCD57+ T細胞の0.01％しか含有しない、約0.01％しか含有しない、または0.01％未満しか含有しない。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団におけるCD57+ T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD57+ T細胞の頻度の35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満である。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、3％未満もしくは約3％未満、2％未満もしくは約2％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満のCD57+ T細胞しか含まない。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、CD57+ T細胞を含まないかまたは本質的に含まない。
いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、ドナー試料の細胞と比較して、1つまたは複数の分子の発現においてより低い変動係数（CV）を呈する。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、CD27、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAである。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、CD27である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団の細胞は、CD27の発現においてより低いCVを呈する。
具体的な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団の細胞は、例えば選択、単離、または濃縮の前のドナー試料の細胞よりも分化していない。特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、ドナー試料より高い頻度のナイーブ様細胞を含有する。特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前のドナー試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いナイーブ様細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いナイーブ様細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いナイーブ様細胞を含む。いくつかの態様では、ナイーブ様細胞は、ナイーブT細胞またはセントラルメモリT細胞を含む。いくつかの態様では、ナイーブ様細胞は、1つまたは複数の表面マーカーについて陽性であるかまたは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／またはCD45RO+のT細胞を含み得る。いくつかの局面では、細胞はCD27+である。いくつかの局面では、細胞はCD28+である。いくつかの局面では、細胞はCCR7+である。具体的な局面では、CCR7は、ナイーブまたはナイーブ様のT細胞（例えば、CCR7+CD45RA+またはCCR7+CD27+）およびセントラルメモリT細胞（CCR7+CD45RA-）によって発現される。特定の態様では、ナイーブ様T細胞またはナイーブ様T細胞上で発現するマーカーについて表面陽性であるT細胞はCCR7+CD45RA+であり、この場合、細胞はCD27+またはCD27-である。特定の態様では、ナイーブ様T細胞またはナイーブ様T細胞上で発現するマーカーについて表面陽性であるT細胞はCD27+CCR7+であり、この場合、細胞はCD45RA+またはCD45RA-である。特定の態様では、ナイーブ様T細胞またはナイーブ様T細胞上で発現するマーカーについて表面陽性であるT細胞はCD62L-CCR7+である。特定の態様では、ナイーブ様細胞は、分化の初期段階にある細胞（例えば、CCR7+CD27+である細胞）を含む。
特定の態様では、セントラルメモリT細胞は、様々な分化状態にある細胞を含んでいてよく、特定の細胞マーカーについて陽性であるかもしくは高発現（例えば、表面発現）する、および／または他の細胞マーカーについて陰性であるかもしくは低発現（例えば、表面発現）することを特徴とし得る。いくつかの局面では、低分化細胞、例えばセントラルメモリ細胞は、より長期間生存し、それほど急速には消耗せず、それにより、持続性および耐久性が増大する。いくつかの局面では、CAR-T細胞療法等の細胞療法に対する応答者では、セントラルメモリ遺伝子の発現が増加している。例えば、Fraietta et al. (2018) Nat Med. 24(5):563-571を参照。いくつかの局面では、セントラルメモリT細胞は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、および／またはCD127について陽性であるかまたは高発現することを特徴する。いくつかの局面では、セントラルメモリT細胞は、CD45RAおよび／またはグランザイムBについて陰性であるかまたは低発現することを特徴する。特定の態様では、セントラルメモリT細胞またはセントラルメモリT細胞上で発現するマーカーについて表面陽性であるT細胞は、CCR7+CD45RA-である。
具体的な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD27+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD27+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD27+ T細胞を含む。具体的な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD28+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD28+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD28+ T細胞を含む。様々な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD25+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD25+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD25+ T細胞を含む。特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCCR7+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCCR7+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCCR7+ T細胞を含む。特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD45RA+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD45RA+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD45RA+ T細胞を含む。
特定の態様では、ドナー試料からCD57- T細胞を選択、単離、または濃縮する前に、ドナー試料からT細胞、例えばCD3+ T細胞を選択、単離、または濃縮する。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団からT細胞、例えばCD3+ T細胞を選択、単離、または濃縮する。具体的な態様では、T細胞、例えばCD3+ T細胞の選択、単離、または濃縮は、ドナー試料からの細胞の陽性選択を伴う。
いくつかの態様では、ドナー試料、細胞組成物、または細胞集団からCD57+ 細胞を選択、単離、または濃縮し、それにより、単離または選択されたCD57+ 細胞、ならびにプールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団を生成する。
特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団からCD3+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD3+ T細胞の集団および濃縮CD57- 細胞の非選択集団を作製する。特定の態様では、濃縮CD57- 細胞の非選択集団からCD3+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD3+ T細胞の集団を作製する。様々な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団からCD3+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD3+ T細胞の集団およびCD57- 細胞が濃縮された非選択集団を作製し、次いで、濃縮CD57- 細胞の非選択集団からCD4+またはCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD4+ T細胞またはCD57-CD8+ T細胞の集団を作製する。
特定の態様では、ドナー試料からCD57- T細胞を選択、単離、または濃縮する前に、ドナー試料からT細胞のサブセット、例えばCD4+またはCD8+のT細胞を選択、単離、または濃縮する。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団からT細胞のサブセット、例えばCD4+またはCD8+のT細胞を選択、単離、または濃縮する。具体的な態様では、T細胞のサブセット、例えばCD4+またはCD8+のT細胞を選択、単離、または濃縮することは、試料からの細胞の陽性選択を伴う。
いくつかの態様では、スドナーアンプル（sdonor ample）、細胞組成物、または細胞集団からCD57+ 細胞を選択、単離、または濃縮し、それにより、単離または選択されたCD57+ 細胞、ならびにプールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団を生成する。特定の態様では、生体試料からCD57+ 細胞を選択、単離、または濃縮し、それにより、単離または選択されたCD57+ 細胞、ならびにプールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団を生成する。
具体的な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団からCD4+T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団およびCD57- 細胞が濃縮された非選択集団を作製する。特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団および濃縮CD57- 細胞の非選択集団を作製する。特定の態様では、濃縮CD57- 細胞の非選択集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団を作製する。具体的な態様では、濃縮CD57- 細胞の非選択集団からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団を作製する。
具体的な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団およびCD57- 細胞が濃縮された非選択集団を作製し、次いで、濃縮CD57- 細胞の非選択集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団を作製する。様々な態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団およびCD57- 細胞が濃縮された非選択集団を作製し、次いで、濃縮CD57- 細胞の非選択集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団を作製する。
具体的な態様では、（1）ドナー試料からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD4+ T細胞の集団およびCD4- 細胞が濃縮された非選択集団を作製し；（2）濃縮CD4- 細胞の非選択集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD8+ T細胞の集団を作製し；そして、（3）濃縮CD4+およびCD8+ T細胞集団からCD57+ T細胞を枯渇させて、濃縮CD57-CD4+およびCD57-CD8+ T細胞の集団を作製する。具体的な態様では、（1）ドナー試料からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD8+ T細胞の集団およびCD8- 細胞が濃縮された非選択集団を作製し；（2）濃縮CD4- 細胞の非選択集団からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD4+ T細胞の集団を作製し；そして、（3）濃縮CD4+およびCD8+ T細胞集団からCD57+ T細胞を枯渇させて、濃縮CD57-CD4+およびCD57-CD8+ T細胞の集団を作製する。
具体的な態様では、ドナー試料からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、CD4+ T細胞の濃縮集団を作製し、次いで、CD4+ T細胞の濃縮集団からCD57+ 細胞を除去し、それにより、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団を作製する。具体的な態様では、ドナー試料からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、CD8+ T細胞の濃縮集団を作製し、次いで、CD8+ T細胞の濃縮集団からCD57+ 細胞を除去し、それにより、濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団を作製する。
いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、単離、選択、および／または濃縮の後に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。具体的な態様では、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団は、単離、選択、および／または濃縮の後に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。特定の態様では、濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団は、単離、選択、および／または濃縮の後に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。特定の態様では、濃縮CD57-CD3+ T細胞の集団は、単離、選択、および／または濃縮の後に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、細胞の集団をインキュベート、活性化、刺激、操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）、形質導入、トランスフェクト、培養、拡大、収集、および／または製剤化する任意の工程の前に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。具体的な態様では、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団は、細胞の集団をインキュベート、活性化、刺激、操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）、形質導入、トランスフェクト、培養、拡大、収集、および／または製剤化する任意の工程の前に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。いくつかの態様では、濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団は、細胞の集団をインキュベート、活性化、刺激、操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）、形質導入、トランスフェクト、培養、拡大、収集、および／または製剤化する任意の工程の前に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。いくつかの態様では、濃縮CD57-CD3+ T細胞の集団は、細胞の集団をインキュベート、活性化、刺激、操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）、形質導入、トランスフェクト、培養、拡大、収集、および／または製剤化する任意の工程の前に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。具体的な態様では、1つまたは複数の凍結保護されたインプット組成物は、例えば、-80℃または約-80℃で、12時間～7日、24時間～120時間、または2日～5日保存される。具体的な態様では、1つまたは複数の凍結保護されたインプット組成物は、-80℃または約-80℃で、10日、9日、8日、7日、6日、または5日、4日、3日、2日、または1日未満の時間量にわたって保存される。いくつかの態様では、1つまたは複数の凍結保護されたインプット組成物は、-70℃もしくは-80℃または約-70℃もしくは-80℃で、3日未満、例えば約2日間保存される。
いくつかの態様では、1つまたは複数の特定の細胞型または細胞集団に言及するときの「枯渇」または「除去」は、例えば、集団もしくは細胞によって発現されるマーカーに基づく陰性選択によって、または枯渇させる細胞集団もしくは細胞上に存在しないマーカーに基づく陽性選択によって、組成物中の細胞の総数もしくは組成物の体積と比較して、または他の細胞型と比べて、細胞型または集団の数または百分率を減少させることを指す。一般に、枯渇または除去という用語は、組成物から細胞、細胞型、または集団を完全に除去することを必要とするものではない。
いくつかの態様では、1つまたは複数の特定の細胞型または細胞集団に言及するときの「濃縮」は、例えば、集団もしくは細胞によって発現されるマーカーに基づく陽性選択によって、または枯渇させる細胞集団もしくは細胞上に存在しないマーカーに基づく陰性選択によって、組成物中の細胞の総数もしくは組成物の体積と比較して、または他の細胞型と比べて、細胞型または集団の数または百分率を増加させることを指す。一般に、濃縮という用語は、組成物から他の細胞、細胞型、または集団を完全に除去することを必要とするものではなく、そのように濃縮された細胞が濃縮組成物中に100％またはほぼ100％存在することを必要とするものでもない。
いくつかの局面では、細胞療法、例えば養子細胞療法のためにヒトドナー等のドナーから得られた細胞集団または細胞組成物は、低成長または遅い成長しか呈することができず、その結果、治療用組成物を作製するための細胞の収集についての閾値（例えば、収集基準）に達しない（例えば、成長しない）、または治療用組成物を作製するための細胞の収集についての閾値（例えば、収集基準）に指定の期間内には達しない（例えば、成長が遅い）。いくつかの局面では、そのような細胞集団のいくつかは、閾値の値を上回る頻度のCD57+等、高頻度のCD57+細胞を含有することができる。他の局面では、細胞療法、例えば養子細胞療法のためにヒトドナー等のドナーから得られた細胞集団または細胞組成物は、成長を呈さないまたは遅い成長しか呈さない集団と比較して、改善された成長を呈することができる。いくつかの局面では、そのような細胞集団または細胞組成物は、閾値の値より低い頻度のCD57+細胞等、低頻度のCD57+細胞を含有することができる。いくつかの局面では、改善された成長を呈する細胞集団または細胞組成物は、CD27+、CD28+、および／またはCCR7+等のナイーブ様またはセントラルメモリ様の表現型に関連する表現型を呈するかまたはマーカーを発現することができる。いくつかの態様では、提供される方法は、ヒトからのドナー試料（例えば、白血球除去またはアフェレーシスの試料）中のT細胞間でCD57+ T細胞の発現がばらつくかまたは不均一であり、このことから、いくつかの局面では、同じ製造プロセスを使用したとしても、複数の異なるドナーから養子細胞療法において使用するために生成された操作T細胞組成物の表現型および機能においてばらつきが生じる場合があるという所見に基づいている。具体的な態様では、提供される方法は、ドナー試料からCD57- T細胞を選択、単離、または濃縮することにより、例えば、ドナー試料からCD57+ T細胞を除去、分離、または枯渇させることにより、このようなばらつきを制御または低減する。次いで、対象への投与時に拡大および持続する能力等の特定の生成物の属性および特徴も改善しつつ、生成物間のばらつきを最小限に抑えるために、このような細胞を、細胞療法のための細胞を操作または製造するためのプロセスで使用することができる。
D. CD27+ T細胞の選択および／またはCD27- T細胞の枯渇
いくつかの態様では、CD27+濃縮集団（プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団）は、生体試料（例えば、ドナー試料）から得られる。具体的な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、生体試料（例えば、ドナー試料）から選択、単離、または濃縮される。いくつかの態様では、ドナー試料は、個々のドナーからの試料である。いくつかの態様では、ドナー試料は、複数の異なるドナーからの細胞を含む。いくつかの態様では、それぞれ異なる個々のドナーからの複数の試料を組み合わせて、ドナー試料を生成する。
いくつかの態様では、ドナー試料は、個々のドナーに由来する。いくつかの態様では、個々のドナーからのドナー試料のCD27+ T細胞を濃縮して、CD27濃縮T細胞集団を生成する。いくつかの態様では、複数の異なる個々のドナーからのCD27濃縮T細胞集団を組み合わせて、プールCD27濃縮T細胞集団を生成する。いくつかの態様では、ドナー試料は、複数の異なるドナーに由来する。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからのドナー試料のCD27+ T細胞を濃縮して、プールCD27+ T細胞集団を生成する。
具体的な態様では、CD27- T細胞は、生体試料（例えば、ドナー試料）から除去、分離、または枯渇される。特定の態様では、少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％、または99.9％のCD27- T細胞が、ドナー試料から除去、分離、または枯渇される。
具体的な態様では、ドナー試料からCD27+ T細胞を選択、単離、または濃縮する前に、ドナー試料から細胞のサブセット、例えばT細胞のサブセットを選択、単離、または濃縮する。いくつかの態様では、細胞、例えば、T細胞のサブセットは、濃縮CD27+ T細胞の集団から選択、単離、または濃縮される。
いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前のドナー試料のCD27- T細胞の50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％しか含有しない、約50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％しか含有しない、または50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％未満しか含有しない。具体的な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、ドナー試料のCD27- T細胞の20％しか含有しない、約20％しか含有しない、または20％未満しか含有しない。特定の態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、ドナー試料のCD27- T細胞の5％しか含有しない、約5％しか含有しない、または5％未満しか含有しない。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前のドナー試料のCD27-+ T細胞の1％しか含有しない、約1％しか含有しない、または1％未満しか含有しない。様々な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、ドナー試料のCD27- T細胞の0.1％しか含有しない、約0.1％しか含有しない、または0.1％未満しか含有しない。具体的な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、ドナー試料のCD27- T細胞の0.01％、約0.01％、または0.01％未満しか含有しない。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団におけるCD27- T細胞の頻度は、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満である。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、3％未満もしくは約3％未満、2％未満もしくは約2％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満しかCD27- T細胞を含まない。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、CD27- T細胞を含まないかまたは本質的に含まない。
いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、ドナー試料の細胞と比較して、1つまたは複数の分子の発現においてより低い変動係数（CV）を呈する。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAである。いくつかの態様では、1つまたは複数の分子は、Ki67である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団の細胞は、Ki67の発現においてより低いCVを呈する。
具体的な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団の細胞は、例えば選択、単離、または濃縮の前のドナー試料の細胞よりも分化していない。特定の態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、ドナー試料より高い頻度のナイーブ様細胞を含有する。特定の態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前のドナー試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いナイーブ様細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いナイーブ様細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いナイーブ様細胞を含む。いくつかの態様では、ナイーブ様細胞は、ナイーブT細胞またはセントラルメモリT細胞を含む。いくつかの態様では、ナイーブ様細胞は、1つまたは複数の表面マーカーについて陽性であるかまたは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／またはCD45RO+のT細胞を含み得る。いくつかの局面では、細胞はCD28+である。いくつかの局面では、細胞はCCR7+である。具体的な局面では、CCR7は、ナイーブまたはナイーブ様のT細胞（例えば、CCR7+CD45RA+またはCCR7+CD27+）およびセントラルメモリT細胞（CCR7+CD45RA-）によって発現される。特定の態様では、ナイーブ様T細胞またはナイーブ様T細胞上で発現するマーカーについて表面陽性であるT細胞はCCR7+CD45RA+であり、この場合、細胞はCD27+またはCD27-である。特定の態様では、ナイーブ様T細胞またはナイーブ様T細胞上で発現するマーカーについて表面陽性であるT細胞はCD27+CCR7+であり、この場合、細胞はCD45RA+またはCD45RA-である。特定の態様では、ナイーブ様T細胞またはナイーブ様T細胞上で発現するマーカーについて表面陽性であるT細胞はCD62L-CCR7+である。特定の態様では、ナイーブ様細胞は、分化の初期段階にある細胞（例えば、CCR7+CD27+である細胞）を含む。
特定の態様では、セントラルメモリT細胞は、様々な分化状態にある細胞を含んでいてよく、特定の細胞マーカーについて陽性であるかもしくは高発現（例えば、表面発現）する、および／または他の細胞マーカーについて陰性であるかもしくは低発現（例えば、表面発現）することを特徴とし得る。いくつかの局面では、低分化細胞、例えばセントラルメモリ細胞は、より長期間生存し、それほど急速には消耗せず、それにより、持続性および耐久性が増大する。いくつかの局面では、CAR- T細胞療法等の細胞療法に対する応答者では、セントラルメモリ遺伝子の発現が増加している。例えば、Fraietta et al.(2018) Nat Med.24(5):563-571を参照。いくつかの局面では、セントラルメモリT細胞は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、および／またはCD127について陽性であるかまたは高発現することを特徴とする。いくつかの局面では、セントラルメモリT細胞は、CD45RAおよび／またはグランザイムBについて陰性であるかまたは低発現することを特徴とする。特定の態様では、セントラルメモリT細胞またはセントラルメモリT細胞上で発現するマーカーについて表面陽性であるT細胞は、CCR7+CD45RA-である。
具体的な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍少ないCD57+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍少ないCD57+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍少ないCD57+ T細胞を含む。具体的な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD28+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD28+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD28+ T細胞を含む。様々な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD25+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD25+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD25+ T細胞を含む。特定の態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCCR7+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCCR7+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCCR7+ T細胞を含む。特定の態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、例えば選択、単離、または濃縮の前の生体試料より25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD45RA+ T細胞を含む、約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD45RA+ T細胞を含む、あるいは少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍、または少なくとも約25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、もしくは10倍多いCD45RA+ T細胞を含む。
特定の態様では、ドナー試料からCD27+ T細胞を選択、単離、または濃縮する前に、ドナー試料からT細胞、例えばCD3+ T細胞を選択、単離、または濃縮する。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団からT細胞、例えばCD3+ T細胞を選択、単離、または濃縮する。具体的な態様では、T細胞、例えばCD3+ T細胞の選択、単離、または濃縮は、ドナー試料からの細胞の陽性選択を伴う。
いくつかの態様では、ドナー試料、細胞組成物、または細胞集団からCD27-細胞を選択、単離、または濃縮し、それにより、単離または選択されたCD27-細胞、ならびにプールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団を生成する。
特定の態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団からCD3+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD3+ T細胞の集団および濃縮CD27+細胞の非選択集団を作製する。特定の態様では、濃縮CD27+細胞の非選択集団からCD3+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD3+ T細胞の集団を作製する。様々な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団からCD3+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD3+ T細胞の集団およびCD27+細胞が濃縮された非選択集団を作製し、次いで、濃縮CD27+細胞の非選択集団からCD4+またはCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD4+ T細胞またはCD27+CD8+ T細胞の集団を作製する。
特定の態様では、ドナー試料からCD27+ T細胞を選択、単離、または濃縮する前に、ドナー試料からT細胞のサブセット、例えばCD4+またはCD8+のT細胞を選択、単離、または濃縮する。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団からT細胞のサブセット、例えばCD4+またはCD8+のT細胞を選択、単離、または濃縮する。具体的な態様では、T細胞のサブセット、例えばCD4+またはCD8+のT細胞を選択、単離、または濃縮することは、試料からの細胞の陽性選択を伴う。
いくつかの態様では、ドナー試料、細胞組成物、または細胞集団からCD27-細胞を選択、単離、または濃縮し、それにより、単離または選択されたCD27-細胞、ならびにプールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団を生成する。特定の態様では、生体試料からCD27-細胞を選択、単離、または濃縮し、それにより、単離または選択されたCD27-細胞、ならびにプールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団を生成する。
具体的な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団およびCD27+細胞が濃縮された非選択集団を作製する。特定の態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団および濃縮CD27+細胞の非選択集団を作製する。特定の態様では、濃縮CD27+細胞の非選択集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団を作製する。具体的な態様では、濃縮CD27+細胞の非選択集団からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団を作製する。
具体的な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団およびCD27+細胞が濃縮された非選択集団を作製し、次いで、濃縮CD27+細胞の非選択集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団を作製する。様々な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団およびCD27+細胞が濃縮された非選択集団を作製し、次いで、濃縮CD27+細胞の非選択集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団を作製する。
具体的な態様では、（1）ドナー試料からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD4+ T細胞の集団およびCD4-細胞が濃縮された非選択集団を作製し；（2）濃縮CD4-細胞の非選択集団からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD8+ T細胞の集団を作製し；そして、（3）濃縮CD4+およびCD8+ T細胞集団からCD27+ T細胞を濃縮、選択、または単離して、濃縮CD27+CD4+およびCD57-CD8+ T細胞の集団を作製する。具体的な態様では、（1）ドナー試料からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD8+ T細胞の集団およびCD8-細胞が濃縮された非選択集団を作製し；（2）濃縮CD4-細胞の非選択集団からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD4+ T細胞の集団を作製し；そして、（3）濃縮CD4+およびCD8+ T細胞集団からCD27+ T細胞を濃縮、選択、または単離して、濃縮CD27+CD4+およびCD57-CD8+ T細胞の集団を作製する。
具体的な態様では、ドナー試料からCD4+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、CD4+ T細胞の濃縮集団を作製し、次いで、CD4+ T細胞の濃縮集団からCD27+細胞を選択、濃縮、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団を作製する。具体的な態様では、ドナー試料からCD8+ T細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、CD8+ T細胞の濃縮集団を作製し、次いで、CD8+ T細胞の濃縮集団からCD27+細胞を濃縮、選択、または単離し、それにより、濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団を作製する。
いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、単離、選択、および／または濃縮の後に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。具体的な態様では、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団は、単離、選択、および／または濃縮の後に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。特定の態様では、濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団は、単離、選択、および／または濃縮の後に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。特定の態様では、濃縮CD27+CD3+ T細胞の集団は、単離、選択、および／または濃縮の後に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、細胞の集団をインキュベート、活性化、刺激、操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）、形質導入、トランスフェクト、培養、拡大、収集、および／または製剤化する任意の工程の前に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。具体的な態様では、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団は、細胞の集団をインキュベート、活性化、刺激、操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）、形質導入、トランスフェクト、培養、拡大、収集、および／または製剤化する任意の工程の前に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。いくつかの態様では、濃縮CD27+-CD8+ T細胞の集団は、細胞の集団をインキュベート、活性化、刺激、操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）、形質導入、トランスフェクト、培養、拡大、収集、および／または製剤化する任意の工程の前に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。いくつかの態様では、濃縮CD27+CD3+ T細胞の集団は、細胞の集団をインキュベート、活性化、刺激、操作（例えば、ノックアウトおよび／またはノックイン）、形質導入、トランスフェクト、培養、拡大、収集、および／または製剤化する任意の工程の前に、凍結、例えば、凍結保存および／または凍結保護される。具体的な態様では、1つまたは複数の凍結保護されたインプット組成物は、例えば、-80℃または約-80℃で、12時間～7日、24時間～120時間、または2日～5日保存される。具体的な態様では、1つまたは複数の凍結保護されたインプット組成物は、-80℃または約-80℃で、10日、9日、8日、7日、6日、または5日、4日、3日、2日、または1日未満の時間量にわたって保存される。いくつかの態様では、1つまたは複数の凍結保護されたインプット組成物は、-70℃もしくは-80℃または約-70℃もしくは-80℃で、3日未満、例えば約2日間保存される。
いくつかの態様では、1つまたは複数の特定の細胞型または細胞集団に言及するときの「枯渇」または「除去」は、例えば、集団もしくは細胞によって発現されるマーカーに基づく陰性選択によって、または枯渇させる細胞集団もしくは細胞上に存在しないマーカーに基づく陽性選択によって、組成物中の細胞の総数もしくは組成物の体積と比較して、または他の細胞型と比べて、細胞型または集団の数または百分率を減少させることを指す。一般に、枯渇または除去という用語は、組成物から細胞、細胞型、または集団を完全に除去することを必要とするものではない。
いくつかの態様では、1つまたは複数の特定の細胞型または細胞集団に言及するときの「濃縮」は、例えば、集団もしくは細胞によって発現されるマーカーに基づく陽性選択によって、または枯渇させる細胞集団もしくは細胞上に存在しないマーカーに基づく陰性選択によって、組成物中の細胞の総数もしくは組成物の体積と比較して、または他の細胞型と比べて、細胞型または集団の数または百分率を増加させることを指す。一般に、濃縮という用語は、組成物から他の細胞、細胞型、または集団を完全に除去することを必要とするものではなく、そのように濃縮された細胞が濃縮組成物中に100％またはほぼ100％存在することを必要とするものでもない。
いくつかの局面では、細胞療法、例えば養子細胞療法のためにヒトドナー等のドナーから得られた細胞集団または細胞組成物は、低成長または遅い成長しか呈することができず、その結果、治療用組成物を作製するための細胞の収集についての閾値（例えば、収集基準）に達しない（例えば、成長しない）、または治療用組成物を作製するための細胞の収集についての閾値（例えば、収集基準）に指定の期間内には達しない（例えば、成長が遅い）。いくつかの局面では、そのような細胞集団のいくつかは、閾値の値を上回る頻度のCD27-等、高頻度のCD27-細胞を含有することができる。他の局面では、細胞療法、例えば養子細胞療法のためにヒトドナー等のドナーから得られた細胞集団または細胞組成物は、成長を呈さないまたは遅い成長しか呈さない集団と比較して、改善された成長を呈することができる。いくつかの局面では、そのような細胞集団または細胞組成物は、閾値の値より低い頻度のCD27-細胞等、低頻度のCD27-細胞を含有することができる。いくつかの局面では、改善された成長を呈する細胞集団または細胞組成物は、CD27+、CD28+、および／またはCCR7+等のナイーブ様またはセントラルメモリ様の表現型に関連する表現型を呈するかまたはマーカーを発現することができる。いくつかの態様では、提供される方法は、ヒトからのドナー試料（例えば、白血球除去またはアフェレーシスの試料）中のT細胞間でCD57+ T細胞の発現がばらつくかまたは不均一であり、このことから、いくつかの局面では、同じ製造プロセスを使用したとしても、複数の異なるドナーから養子細胞療法において使用するために生成された操作T細胞組成物の表現型および機能においてばらつきが生じる場合があるという所見に基づいている。具体的な態様では、提供される方法は、ドナー試料からCD27+ T細胞を選択、単離、または濃縮することにより、例えば、ドナー試料からCD27+ T細胞を濃縮、選択、または単離することにより、このようなばらつきを制御または低減する。次いで、対象への投与時に拡大および持続する能力等の特定の生成物の属性および特徴も改善しつつ、生成物間のばらつきを最小限に抑えるために、このような細胞を、細胞療法のための細胞を操作または製造するためのプロセスで使用することができる。
1. 細胞の選択
いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団の選択、単離、または濃縮は、1つまたは複数の調製および／または非アフィニティーベースの細胞分離の工程を含む。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団の選択、単離、または濃縮は、1つまたは複数の調製および／または非アフィニティーベースの細胞分離の工程を含む。いくつかの例では、例えば、不要な成分を除去する、所望の成分を濃縮する、特定の試薬に対して感受性である細胞を溶解または除去するために、細胞を洗浄、遠心分離、および／または1つもしくは複数の試薬の存在下でインキュベートする。いくつかの例では、細胞は、密度、接着特性、サイズ、特定の成分に対する感受性および／または抵抗性等の1つまたは複数の特性に基づいて分離される。いくつかの態様では、方法は、赤血球を溶解し、PercollまたはFicollの勾配を通して遠心分離することによって末梢血から白血球を調製する等、密度に基づく細胞分離方法を含む。特定の態様では、選択、単離、および濃縮のための方法、技術、および試薬は、例えば、国際公開公報第2013124474号および同第2015164675号に記載されており、これらはその全体が参照により本明細書に組み入れられる。
特定の態様では、CD57-細胞は、1つまたは複数の選択工程を伴うプロセスまたは手順で単離、濃縮、または選択される。いくつかの態様では、1つまたは複数の選択工程は、陰性選択であるかまたは伴う。特定の態様では、CD57-細胞は、CD57+細胞の分離または除去によって単離、濃縮、または選択される。特定の態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、集団からのCD57+細胞の陰性選択によって得られる。特定の態様では、CD27+細胞は、1つまたは複数の選択工程を伴うプロセスまたは手順で単離、濃縮、または選択される。いくつかの態様では、1つまたは複数の選択工程は、陰性選択であるかまたは伴う。特定の態様では、CD27+細胞は、CD27-細胞の分離または除去によって単離、濃縮、または選択される。特定の態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCd27濃縮T細胞集団は、集団からのCD27-細胞の陰性選択によって得られる。
特定の態様では、二価抗体を使用して、CD57+細胞を密度の大きな細胞またはビーズに連結させる。特定の態様では、二価抗体を使用して、CD27-細胞を密度の大きな細胞またはビーズに連結させる。この技術、または除去するために標的細胞、例えばCD57+またはCD27-のT細胞を密度勾配に共役させる他の類似または好適な技術は、赤血球（例えば、RosetteSep（商標）STEMCELL Technologies）で最も多く使用されている。
いくつかの態様では、選択工程の少なくとも一部は、細胞を選択試薬と共にインキュベートすることを含む。例えば、1つまたは複数の指定の分子、例えば表面マーカー、例えば表面タンパク質、細胞内マーカー、または核酸等の細胞内または細胞上での発現または存在に基づいて1つまたは複数の異なる細胞型を選択するための1つまたは複数の選択試薬を使用して実施し得る選択方法の一部としての、1つまたは複数の選択試薬とのインキュベーション。特定の態様では、そのような表面タンパク質は、CD57、CD4、またはCD8を含み得る。特定の態様では、そのような表面タンパク質は、CD27、CD4、またはCD8を含み得る。特定の態様では、そのような表面タンパク質は、CD57を含み得る。特定の態様では、そのような表面タンパク質は、CD27を含み得る。特定の態様では、そのような表面タンパク質は、CD4および／またはCD8を含み得る。特定の態様では、そのような表面タンパク質は、CD3を含み得る。いくつかの態様では、このようなマーカーに基づいて分離するための1つまたは複数の選択試薬を使用する任意の公知の方法を使用してよい。いくつかの態様では、1つまたは複数の選択試薬は、親和性または免疫親和性ベースの分離である分離をもたらす。例えば、選択は、いくつかの局面では、細胞の発現、または1つもしくは複数のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの発現レベルに基づいて細胞および細胞集団を分離するための1つまたは複数の試薬と共にインキュベートすることを含み、例えば、このようなマーカーに特異的に結合する抗体または結合パートナーと共にインキュベートし、続いて、一般には洗浄工程を行い、そして、抗体または結合パートナーに結合していない細胞から抗体または結合パートナーに結合している細胞を分離することによる。いくつかの態様では、細胞を分離するための1つまたは複数の試薬は、CD4、CD8、もしくはCD57に結合するかもしくは認識する抗体もしくはその抗原結合断片であるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞を分離するための1つまたは複数の試薬は、CD4、CD8、もしくはCD27に結合するかもしくは認識する抗体もしくはその抗原結合断片であるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞を分離するための1つまたは複数の試薬は、CD57に結合するかもしくは認識する抗体もしくはその抗原結合断片であるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞を分離するための1つまたは複数の試薬は、CD27に結合するかもしくは認識する抗体もしくはその抗原結合断片であるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞を分離するための1つまたは複数の試薬は、CD4もしくはCD8に結合するかもしくは認識する抗体もしくはその抗原結合断片であるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞を分離するための1つまたは複数の試薬は、CD3に結合するかもしくは認識する抗体もしくはその抗原結合断片であるかまたは含む。
そのようなプロセスのいくつかの局面では、ある体積の細胞が、ある量の所望の親和性に基づく選択試薬と混合される。免疫親和性に基づく選択は、分離される細胞と、細胞上のマーカー、例えば、固体表面の抗体または他の結合パートナー、例えば、粒子に特異的に結合する分子との間の有利なエネルギー的な相互作用をもたらす任意のシステムまたは方法を使用して行うことができる。いくつかの態様では、方法は、細胞のマーカーに特異的な選択剤（例えば抗体）によってコーティングされたビーズ、例えば、磁性ビーズなどの粒子を使用して行われる。粒子（例えばビーズ）は、エネルギー的に有利な相互作用を促進するために一定の細胞密度と粒子（例えばビーズ）との比で、チューブまたはバッグなどの容器内の細胞とともに、振盪または混合しながら、インキュベートまたは混合することができる。他の場合では、方法は、選択の全部または一部が、例えば、遠心回転下で、遠心チャンバの内部キャビティ内で行われる、細胞の選択を含む。いくつかの態様では、細胞と、選択試薬、例えば、免疫親和性に基づく選択試薬とのインキュベーションは、遠心チャンバ内で行われる。特定の態様では、単離または分離は、国際特許出願公開番号WO2009/072003またはUS20110003380A1に記載されているシステム、デバイスまたは装置を使用して行われる。一例では、システムは、国際公開番号WO2016/073602に記載されているシステムである。
いくつかの態様では、遠心チャンバのキャビティ内でそのような選択工程またはその一部（例えば、抗体被覆粒子、例えば、磁性ビーズとのインキュベーション）を行うことによって、使用者は、様々な溶液の体積、処理中の溶液の追加、およびそのタイミングなどの特定のパラメータを制御することができ、これは、他の利用可能な方法と比較して利点を提供することができる。例えば、インキュベーション中にキャビティ内の液体の体積を減少させる機能により、キャビティ内の細胞の総数に影響を与えることなく、選択に使用される粒子（例えばビーズ試薬）の濃度、ひいては溶液の化学ポテンシャルを増加させることができる。これにより、処理されている細胞と選択に使用される粒子との間の対の相互作用を強化することができる。いくつかの態様では、例えば、本明細書において記載されるシステム、回路および制御と関連する場合にチャンバ内でインキュベーション工程を行うことにより、使用者はインキュベーション中の所望の時間に溶液を撹拌することができ、これにより、相互作用を改善することもできる。
いくつかの態様では、細胞と選択試薬とのインキュベーションを含む選択工程の少なくとも一部は、遠心チャンバ内で行われる。そのようなプロセスのいくつかの局面では、ある体積の細胞と、製造業者の指示に従って同一の数の細胞および/または体積の細胞を選択するためにチューブまたは容器内で同様の選択を行う際に通常使用される量よりもはるかに少ない量の所望の親和性に基づく選択試薬とが混合される。いくつかの態様では、製造業者の指示に従って、同一の数の細胞および/または同一の体積の細胞について、チューブまたは容器ベースのインキュベーションでの細胞の選択に使用される同一の選択試薬の量の5％以下、10％以下、15％以下、20％以下、25％以下、50％以下、60％以下、70％以下、または80％以下である単数または複数の選択試薬の量が使用される。
いくつかの態様では、選択、例えば、細胞の免疫親和性に基づく選択のために、チャンバのキャビティ内で、濃縮および/または枯渇が望まれる細胞上の表面マーカーに特異的に結合するが、集団中の他の細胞上の表面マーカーには結合しない分子、例えば、ポリマーまたは表面、例えばビーズ、例えば磁性ビーズ、例えば、CD4およびCD8に特異的なモノクローナル抗体に結合した磁性ビーズなどの足場に任意で結合した抗体などの選択試薬を含む選択緩衝液も含有する集団中で細胞がインキュベートされる。いくつかの態様において、細胞の選択、例えばイムノアフィニティーベースの選択の場合、細胞は、チャンバのキャビティ中、選択バッファーをも含有する集団中で、選択試薬、例えば、濃縮する、および／または枯渇させることが望まれる細胞上の表面マーカーに特異的に結合するが、集団中の他の細胞上の表面マーカーには結合しない分子、例えば、任意で、ポリマーまたは表面などの足場、例えばビーズ、例えば磁気ビーズ、例えばCD3に特異的なモノクローナル抗体に結合した磁気ビーズに結合している抗体とともにインキュベートされる。いくつかの態様では、記載されるように、振盪または回転させながらチューブ内で選択が行われる場合に、同一の数の細胞または同一の体積の細胞を選択するのとほぼ同じまたは類似の効率を達成するのに通常使用されるか、必要であろう選択試薬の量と比較して、実質的にそれよりも少ない量（例えば、その量の5％以下、10％以下、20％以下、30％以下、40％以下、50％以下、60％以下、70％以下もしくは80％以下）で、チャンバのキャビティ内で細胞に選択試薬が加えられる。いくつかの態様では、インキュベーションは、細胞および選択試薬に選択緩衝液を加えることにより行われて、例えば、10mL～200mL、例えば、少なくとも10mL、少なくとも20mL、少なくとも30mL、少なくとも40mL、少なくとも50mL、少なくとも60mL、少なくとも70mL、少なくとも80mL、少なくとも90mL、少なくとも100mL、少なくとも150mLもしくは少なくとも200mL、または少なくとも約10mL、少なくとも約20mL、少なくとも約30mL、少なくとも約40mL、少なくとも約50mL、少なくとも約60mL、少なくとも約70mL、少なくとも約80mL、少なくとも約90mL、少なくとも約100mL、少なくとも約150mLもしくは少なくとも約200mL、または約10mL、約20mL、約30mL、約40mL、約50mL、約60mL、約70mL、約80mL、約90mL、約100mL、約150mLもしくは約200mL、または10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mLもしくは200mLの試薬のインキュベーションにより標的体積を達成する。いくつかの態様では、選択緩衝液および選択試薬は、細胞に加える前に予め混合される。いくつかの態様では、選択緩衝液および選択試薬は、細胞に別個に加えられる。いくつかの態様では、選択インキュベーションは、エネルギー的に有利な相互作用を促進するのを助け、それにより、高い選択効率を達成しながら比較的少ない全体的な選択試薬の使用を可能にし得る、周期的な穏やかな混合条件により行われる。
いくつかの態様では、選択試薬とのインキュベーションの総持続時間は、5分～6時間または約5分～6時間、例えば、30分～3時間、例えば、少なくとも30分、少なくとも60分、少なくとも120分もしくは少なくとも180分、または少なくとも約30分、少なくとも約60分、少なくとも約120分もしくは少なくとも約180分である。
いくつかの態様では、インキュベーションは、一般に、スピンの存在下などの混合条件下で、一般に、細胞をペレット化するのに使用される速度よりも遅い速度などの比較的低い力または速度で、例えば、600rpm～1700rpmまたは約600rpm～1700rpm（例えば、600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm、または約600rpm、約1000rpm、もしくは約1500rpmもしくは約1700rpm、または少なくとも600rpm、少なくとも1000rpm、もしくは少なくとも1500rpmもしくは少なくとも1700rpm）で、例えば、80g～100gまたは約80g～約100g（例えば、80g、85g、90g、95gもしくは100g、または約80g、約85g、約90g、約95gもしくは約100g、または少なくとも80g、少なくとも85g、少なくとも90g、少なくとも95gもしくは少なくとも100g）の試料またはチャンバもしくは他の容器の壁でのRCFで行われる。いくつかの態様では、スピンは、静止期間が後に続くこのような低速でのスピンの繰り返される間欠期を使用して、例えば、1秒間、2秒間、3秒間、4秒間、5秒間、6秒間、7秒間、8秒間、9秒間または10秒間のスピンおよび/または静止、例えば、約1秒または2秒のスピンの後に約5秒間、約6秒間、約7秒間または約8秒間静止することを使用して行われる。
いくつかの態様では、そのようなプロセスは、チャンバが一体化されている完全閉鎖系内で行われる。いくつかの態様では、このプロセス（およびいくつかの局面ではまた、アフェレーシス試料などの細胞を含有する試料を洗浄する先行する洗浄工程などの1つまたは複数の追加の工程）は、自動プログラムを使用して、細胞、試薬および他の成分を適当な時間にチャンバに引き込み、押し出し、遠心分離を行って、単一の閉鎖系で洗浄および結合工程を完了するように、自動的に行われる。
いくつかの態様では、細胞および選択試薬および/または試薬のインキュベーションおよび/または混合の後、インキュベートされた細胞は、特定の単数または複数の試薬の有無に基づいて細胞を選択するために分離される。いくつかの態様では、分離は、細胞と選択試薬とのインキュベーションが行われたのと同じ閉鎖系内で行われる。いくつかの態様では、選択試薬とのインキュベーション後、選択試薬が結合した細胞を含むインキュベートされた細胞は、細胞の免疫親和性に基づく分離のための系に移される。いくつかの態様では、免疫親和性に基づく分離のための系は、磁気分離カラムであるか、それを含む。
そのような分離工程は、抗体または結合パートナーなどの試薬と結合した細胞がその後の使用のために保持される陽性選択、および/または抗体または結合パートナーなどの試薬に結合していない細胞が保持される陰性選択に基づくことができる。いくつかの例では、両画分がその後の使用のために保持される。いくつかの局面では、所望の集団以外の細胞が発現させるマーカーに基づいて分離が最もよく行われるように、異種集団内の細胞型を特異的に同定する陰性選択が、抗体が利用可能でない場合に特に有用であり得る。
いくつかの態様では、プロセス工程は、例えば、親和性に基づく選択を行うことができる系または装置を使用する、インキュベートされた細胞の陰性選択および/または陽性選択をさらに含む。いくつかの態様では、単離は、陽性選択による特定の細胞集団の濃縮、または陰性選択による特定の細胞集団の枯渇によって行われる。いくつかの態様では、陽性選択または陰性選択は、それぞれ陽性または陰性に選択された細胞に発現した、または比較的高いレベル（マーカーhigh）で発現（マーカー＋）した1つまたは複数の表面マーカーに特異的に結合する1つもしくは複数の抗体または他の結合剤と細胞をインキュベートすることによって達成される。
分離は、特定の細胞集団、または特定のマーカーを発現する細胞の100％の濃縮または除去をもたらす必要はない。例えば、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞の陽性選択または濃縮は、そのような細胞の数または割合を増加させることを示すが、マーカーを発現しない細胞が完全な不在をもたらす必要はない。同様に、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞の陰性選択、除去、または枯渇は、そのような細胞の数または割合を減少させることを示すが、そのような細胞いずれもが完全に除去される必要はない。
いくつかの例では、複数回の分離工程が行われ、この分離工程では、1つの工程から陽性または陰性に選択された画分が、後続の陽性選択または陰性選択などの別の分離工程に供される。いくつかの例では、単一の分離工程によって、陰性選択の標的となるマーカーにそれぞれ特異的な複数の抗体または結合パートナーとともに細胞をインキュベートすることなどによって、複数のマーカーを同時に発現する細胞を枯渇させることができる。同様に、様々な細胞型に発現された複数の抗体または結合パートナーとともに細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞型を同時に陽性に選択することができる。特定の態様では、分離工程は繰り返され、およびまたは2回以上行われ、この分離工程では、1つの工程から陽性または陰性に選択された画分が、繰り返される陽性選択または陰性選択などの同じ分離工程に供される。いくつかの例では、例えば、選択された細胞の純度を高めるため、および/または陰性に選択された画分から陰性に選択された細胞をさらに除去する、および/または枯渇させるために、単一の分離工程が繰り返され、および/または2回以上行われる。特定の態様では、1つまたは複数の分離工程は、2回、3回、4回、5回、6回、7回、8回、9回、10回、または10回超行われる。特定の態様では、1つまたは複数の選択工程は、1回～10回、1回～5回または3回～5回行われ、および/または繰り返される。
例えば、いくつかの局面において、T細胞の特定の部分集団、例えば、1つまたは複数の表面マーカーに陽性である、またはそれらを高レベルで発現する細胞、例えばCD3+、CD4+、CD8またはCD57+ T細胞が、陽性または陰性選択技術によって単離される。いくつかの局面において、T細胞の特定の部分集団、例えば、1つまたは複数の表面マーカーに陽性であるかまたはそれらを高レベルで発現する細胞、例えばCD3+、CD4+、CD8+またはCD27- T細胞が、陽性または陰性選択技術によって単離される。いくつかの態様において、そのような細胞は、そのようなマーカーに特異的に結合する1つまたは複数の抗体または結合パートナーとのインキュベーションによって選択される。いくつかの態様において、抗体または結合パートナーは、選択を実施するための固体支持体またはマトリックス、例えば磁気ビーズまたは常磁性ビーズに例えば直接的または間接的に結合していることができる。例えば、いくつかの態様において、CD4 Microbeads、CD8 MicrobeadsまたはCD57 Microbeads（Miltenyl Biotec）を用いてCD4+ T細胞、CD8+ T細胞またはCD57+ T細胞を、選択、例えば陽性選択し得る。例えば、いくつかの態様において、CD4 Microbeads、CD8 Microbeads、またはCD27 Microbeads（Miltenyl Biotec）を用いてCD4+ T細胞、CD8+ T細胞またはCD27- T細胞を、選択、例えば陽性選択し得る。例えば、いくつかの態様において、CD3 Microbeads（Miltenyl Biotec）を用いてCD3+ T細胞を、選択、例えば陽性選択し得る。
ある特定の態様において、CD57-細胞は、CD57発現に陽性の細胞の陰性選択によってPBMC試料から分離される。ある特定の態様において、CD27+細胞は、CD27発現に陰性の細胞の陰性選択によってPBMC試料から分離される。様々な態様において、T細胞は、非T細胞、例えばB細胞、単球または他の白血球上に発現するマーカー、例えばCD14の陰性選択によってPBMC試料から分離される。いくつかの局面において、CD3+選択工程を使用して、T細胞を非T細胞から分離する。そのようなCD3+集団は、CD4+もしくはCD8+および／または1つまたは複数のナイーブ様、メモリーおよび／またはエフェクターT細胞部分集団上に発現する、または相対的に高度に発現するマーカーの陽性または陰性選択により、部分集団へとさらに分類することができる。いくつかの局面において、CD4+またはCD8+選択工程を使用して、CD4+ヘルパーおよびCD8+細胞傷害性T細胞を分離する。そのようなCD4+およびCD8+集団は、1つまたは複数のナイーブ様、メモリーおよび／またはエフェクターT細胞部分集団上に発現する、または相対的に高度に発現するマーカーの陽性または陰性選択により、部分集団へとさらに分類することができる。
いくつかの態様において、CD8+細胞は、例えば、CD57の表面発現に基づく陽性または陰性選択により、CD57-T細胞をさらに濃縮または枯渇される。特定の態様において、CD4+細胞は、例えば、CD57の表面発現に基づく陽性または陰性選択により、CD57- T細胞をさらに濃縮または枯渇される。特定の態様において、CD3+細胞は、例えば、CD57の表面発現に基づく陽性または陰性選択により、CD57- T細胞をさらに濃縮または枯渇される。いくつかの態様において、CD8+細胞は、例えば、CD27の表面発現に基づく陽性または陰性選択により、CD27+ T細胞をさらに濃縮または枯渇される。特定の態様において、CD4+細胞は、例えば、CD27の表面発現に基づく陽性または陰性選択により、CD27+ T細胞をさらに濃縮または枯渇される。特定の態様において、CD3+細胞は、例えば、CD27の表面発現に基づく陽性または陰性選択により、CD27+ T細胞をさらに濃縮または枯渇される。
いくつかの態様において、CD8+細胞は、例えば、それぞれの部分集団と関連した表面抗原に基づく陽性または陰性選択により、ナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリーおよび／またはセントラルメモリー幹細胞をさらに濃縮または枯渇される。いくつかの態様において、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、効能を高める、例えば、いくつかの局面においてはそのような部分集団において特にロバストである、投与後の長期生存率、拡大増殖および／または生着を改善するために実施される。Terakura et al., (2012) Blood.1:72-82; Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701を参照すること。いくつかの態様において、TCM濃縮CD8+ T細胞をCD4+ T細胞と合わせることが効能をさらに増強する。
いくつかの局面において、CD8+細胞集団または部分集団を調製するときに使用される同じCD4発現ベースの選択工程が、CD4+細胞集団または部分集団を生成するためにも使用されて、CD4ベース分離からの陽性または陰性の両分画が保持され、任意で1つまたは複数のさらなる陽性または陰性選択工程ののち、方法の後続の工程に使用される。いくつかの態様において、CD4+細胞集団の選択とCD8+細胞集団の選択とは同時に実施される。いくつかの態様において、CD4+細胞集団およびCD8+細胞集団の選択はいずれかの順序で順次に実施される。いくつかの態様において、細胞を選択する方法は、米国特許出願公開第20170037369号に記載されている方法を含むことができる。いくつかの態様において、選択されたCD4+細胞集団および選択されたCD8+細胞集団は、選択ののち、合わされてもよい。いくつかの局面において、選択されたCD4+細胞集団および選択されたCD8+細胞集団は、本明細書に記載されるようなバイオリアクターバッグ中で合わされてもよい。
様々な態様において、ドナー試料、例えばPBMCまたは他の白血球の試料がCD57+ T細胞の選択に付され、そこで、濃縮されたCD57-細胞を含有する陰性分画が保持される。いくつかの態様において、CD57-細胞を濃縮された陰性分画はCD3+ T細胞の選択に付され、そこで陽性分画が保持される。特定の態様において、CD57-細胞を濃縮された陰性分画からCD8+ T細胞が選択される。いくつかの態様において、CD57-細胞を濃縮された陰性分画はCD8+ T細胞の選択に付され、そこで、陰性と陽性の両分画が保持される。特定の態様において、陰性分画からCD4+ T細胞が選択される。特定の態様において、CD57-細胞を濃縮された陰性分画はCD4+ T細胞の選択に付され、そこで、陰性と陽性の両分画が保持される。特定の態様において、陰性分画からCD8+ T細胞が選択される。
様々な態様では、ドナー試料、例えば、PBMCまたは他の白血球細胞の試料をCD27- T細胞の選択に供し、濃縮CD27+細胞を含有する陰性画分を保持する。いくつかの態様では、CD27+細胞を濃縮した陰性画分をCD3+ T細胞の選択に供し、陽性画分を保持する。特定の態様では、CD27+細胞を濃縮した陰性画分からCD8+ T細胞を選択する。いくつかの態様では、CD27+細胞を濃縮した陰性画分をCD8+ T細胞の選択に供し、陰性画分および陽性画分の両方を保持する。特定の態様では、陰性画分からCD4+ T細胞を選択する。具体的な態様では、CD27+細胞を濃縮した陰性画分から、CD4+ T細胞の選択に供し、陰性画分および陽性画分の両方を保持する。特定の態様では、陰性画分からCD8+ T細胞を選択する。
いくつかの局面において、分離される細胞のインキュベートされた試料または集団（例えば、ドナー試料）は、小さな磁化性または磁気応答性物質、例えば磁気応答性粒子または微粒子、例えば常磁性ビーズ（例えばDynalbeadsまたはMACS（登録商標）ビーズ）を含有する選択試薬とともにインキュベートされる。磁気応答性物質、例えば粒子は一般に、分離することが望まれる、例えば陰性または陽性選択することが望まれる細胞または細胞集団上に存在する分子、例えば表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば抗体に直接的または間接的に付着している。いくつかの局面において、選択物質は、常磁性ビーズおよびCD3、CD4、CD8、またはCD57に結合するかまたはそれらを認識する付着した抗体またはその抗原結合断片である、またはそれを含む。いくつかの局面において、選択物質は、常磁性ビーズおよびCD3、CD4、CD8、またはCD27に結合するかまたはそれらを認識する付着した抗体またはその抗原結合断片である、またはそれを含む。いくつかの態様において、選択物質はCD3、CD4、CD8またはCD57 MACS（登録商標）マイクロビーズである。いくつかの態様において、選択物質はCD3、CD4、CD8、またはCD27 MACS（登録商標）マイクロビーズである。
いくつかの態様では、磁性粒子または磁性ビーズは、抗体または他の結合パートナーなどの特異的結合メンバーに結合した磁気応答性材料を含む。磁気分離法に使用される多くの周知の磁気応答性材料が公知であり、例えば、参照により本明細書に組み入れられるMoldayの米国特許第4,452,773号、および欧州特許明細書EP 452342 Bに記載の磁性粒子である。Owenの米国特許第4,795,698号およびLibertiらの米国特許第5,200,084号に記載されているものなどのコロイドサイズの粒子を用いてもよい。
インキュベーションは、一般に、抗体もしくは結合パートナー、または分子、例えば、磁性粒子もしくは磁性ビーズに付着しているそのような抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する二次抗体もしくは他の試薬が、試料内の細胞に存在する場合に細胞表面分子に特異的に結合する条件下で行われる。
特定の態様では、磁気応答性粒子は、一次抗体もしくは他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素またはストレプトアビジンでコーティングされる。特定の態様では、磁性粒子は、1つまたは複数のマーカーに特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着している。特定の態様では、ビーズではなく細胞を一次抗体または結合パートナーにより標識し、次いで、細胞型特異的二次抗体または他の結合パートナー（例えばストレプトアビジン）によりコーティングされた磁性粒子を加える。特定の態様では、ストレプトアビジンによりコーティングされた磁性粒子は、ビオチン化一次抗体またはビオチン化二次抗体と併せて使用される。
いくつかの局面では、磁場に試料を置き、磁気応答性粒子または磁化可能粒子を付着させた細胞を磁石に引きつけて、未標識細胞から分離する手順で分離が達成される。陽性選択の場合、磁石に引きつけられる細胞が保持される。陰性選択の場合、引きつけられない細胞（未標識細胞）が保持される。いくつかの局面では、陽性選択および陰性選択の組み合わせは、同じ選択工程の間に行われ、ここで、陽性および陰性の画分は保持され、さらに処理されるか、追加の分離工程に供される。
いくつかの態様では、親和性に基づく選択は、磁気活性化細胞選別（MACS）（Miltenyi Biotech, Auburn, CA）によるものである。磁気活性化細胞選別（MACS）、例えば、CliniMACSシステムでは、それに付着した磁化粒子を有する細胞の高純度選択が可能である。特定の態様では、MACSは、外部磁場の印加後に非標的種および標的種が連続的に溶出されるモードで動作する。すなわち、磁化粒子に付着した細胞は、付着していない種が溶出されている間、適所に保持される。次いで、この最初の溶出工程が完了した後、磁場に閉じ込められて溶出が妨げられた種は、それらを溶出し、回収することができるように何らかの方法で解放される。特定の態様では、非標的細胞は標識され、不均一な細胞集団から枯渇させられる。様々な態様において、選択物質は、CD3、CD4、CD8、またはCD57 MACS（登録商標）マイクロビーズである。特定の態様では、非標的細胞は標識され、不均一な細胞集団から枯渇させられる。様々な態様において、選択物質は、CD3、CD4、CD8、またはCD27 MACS（登録商標）マイクロビーズである。
いくつかの態様において、アフィニティー試薬の最適以下の収率濃度とは、細胞を試薬とともにインキュベートし、試薬に結合した細胞を回収または分離することを含む所与の選択または濃縮において結合した細胞の最適または最大収率を達成するために使用されるかまたは求められる濃度よりも低い濃度である（「収率」は、例えば、試薬によって標的化される、または試薬が特異性を示す、または試薬が特異性を示し、結合することができるマーカーを有する、インキュベーション中の細胞の総数に対する、そのような回収または選択された細胞の数である）。最適以下の収率濃度とは一般に、そのようなプロセスまたは工程において、試薬に結合した細胞を回収したとき、結合した細胞、例えばCD57+、CD4+、またはCD8+ T細胞の総数よりも少ない、例えば70％以下の収率を達成する試薬の濃度または量である。最適以下の収率濃度とは一般に、そのようなプロセスまたは工程において、試薬に結合した細胞を回収したとき、結合した細胞、例えばCD27-、CD4+、またはCD8+ T細胞の総数よりも少ない、例えば70％以下の収率を達成する試薬の濃度または量である。いくつかの態様において、最適以下の収率濃度とは一般に、そのようなプロセスまたは工程において、試薬に結合した細胞を回収したとき、結合した細胞、例えばCD3+ T細胞の総数よりも少ない、例えば70％以下の収率を達成する試薬の濃度または量である。いくつかの態様において、50％もしくは約50％以下、45％もしくは約45％以下、40％もしくは約40％以下、30％もしくは約30％以下、または25％もしくは約25％以下の収率が最適以下濃度のアフィニティー試薬によって達成される。濃度は、細胞1個あたり粒子もしくは表面の数もしくは質量および／または細胞1個あたり作用物質（例えば抗体、例えば抗体断片）の分子の質量の数に換算して表され得る。
いくつかの態様において、例えば、CD57+、CD4+またはCD8+ T細胞へのアフィニティーを有する2つ以上の選択試薬のそれぞれまたは1つもしくは複数の場合に最適以下収率濃度で操作するとき、そのような試薬の1つまたは複数は、その試薬によって認識される細胞タイプの比を、他のそのような試薬によって認識される細胞タイプと比べて偏らせるために、他のそのような試薬の1つまたは複数よりも高い濃度で使用される。いくつかの態様において、例えば、CD57+、CD3+、CD4+またはCD8+ T細胞へのアフィニティーを有する2つ以上の選択試薬のそれぞれまたは1つもしくは複数の場合に最適以下収率濃度で操作するとき、そのような試薬の1つまたは複数は、その試薬によって認識される細胞タイプの比を、他のそのような試薬によって認識される細胞タイプと比べて偏らせるために、他のそのような試薬の1つまたは複数よりも高い濃度で使用される。いくつかの態様では、例えば、CD27-、CD4+、またはCD8+のT細胞に対して親和性を有する2つまたはそれより多い選択試薬の各々または1つもしくは複数にとって最適以下の収率濃度で運用する場合、その試薬によって認識される細胞型の比をその他（1つまたは複数）によって認識される細胞型（1つまたは複数）と比較して偏らせるために、そのような試薬のうちの1つまたは複数を他のそのような試薬（1つまたは複数）のうちの1つまたは複数より高い濃度で使用する。いくつかの態様では、例えば、CD27-、CD3+、CD4+、またはCD8+のT細胞に対して親和性を有する2つまたはそれより多い選択試薬の各々または1つもしくは複数にとって最適以下の収率濃度で運用する場合、その試薬によって認識される細胞型の比をその他（1つまたは複数）によって認識される細胞型（1つまたは複数）と比較して偏らせるために、そのような試薬のうちの1つまたは複数を他のそのような試薬（1つまたは複数）のうちの1つまたは複数より高い濃度で使用する。例えば、比を偏らせることが望まれるマーカーに特異的に結合する試薬は、どれほど大きく比を増大させることが望まれるかに依存して、他と比べて半分、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍またはより多く増大させた濃度（例えば、細胞1個あたり作用物質または質量）で含まれ得る。いくつかの態様において、最適以下範囲で、および／または試薬の飽和を達成するのに十分な細胞を用いて操作するとき、イムノアフィニティー試薬の量は、濃縮される細胞のおおよその収率に比例する。特定の態様において、濃縮または選択された細胞、例えばCD57-、CD4+またはCD8+ T細胞を含有する生成された集団の所望の比に依存するイムノアフィニティー試薬の適切な量または濃度は、慣例的に決定することができる。特定の態様において、濃縮または選択された細胞、例えばCD27+、CD4+またはCD8+ T細胞を含有する生成された集団の所望の比に依存するイムノアフィニティー試薬の適切な量または濃度は、慣例的に決定することができる。特定の態様において、濃縮または選択された細胞、例えばCD3+ T細胞を含有する生成された集団の所望の比に依存するイムノアフィニティー試薬の適切な量または濃度は、慣例的に決定することができる。
いくつかの態様において、分離および／または単離工程は、国際公開公報第2015/164675号に記載されているように、イムノアフィニティー試薬が例えばペプチドリガンド相互作用を介してストレプトアビジンムテインと可逆的に結合している磁気ビーズを使用して実施される。そのような磁気ビーズの例がStreptamers（登録商標）である。いくつかの態様において、分離および／または工程は、磁気ビーズ、例えばMiltenyi Biotecから市販されている磁気ビーズを使用して実施される。
いくつかの態様において、磁気応答性粒子は、その後にインキュベート、培養および／または操作される細胞に付着したまま残され；いくつかの局面において、粒子は、患者への投与のために細胞に付着したまま残される。いくつかの態様において、磁化性または磁気応答性粒子は細胞から除去される。磁化性粒子を細胞から除去する方法は公知であり、例えば、競合する非標識抗体、磁化性粒子または切断可能なリンカーに結合した抗体などの使用を含む。いくつかの態様において、磁化性粒子は生分解性である。
いくつかの態様において、単離および／または選択は、濃縮されたT細胞、例えばCD57-T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞および／またはCD8+ T細胞の1つまたは複数の集団を生じさせる。いくつかの態様において、単離および／または選択は、濃縮されたT細胞、例えばCD27+T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞および／またはCD8+ T細胞の1つまたは複数の集団を生じさせる。いくつかの態様において、濃縮されたT細胞の2つ以上の別々の集団が、単一のドナー試料から単離、選択、濃縮または取得される。いくつかの態様において、別々の集団は、同じ個体のドナーから収集、収穫および／または取得された別々のドナー試料から単離、選択、濃縮および／または取得される。
ある特定の態様において、単離および／または選択は、CD57-CD3+ T細胞を少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％または100％もしくは約100％含む濃縮されたT細胞（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／または貯蔵CD57枯渇T細胞集団）の1つまたは複数の集団を生じさせる。特定の態様において、貯蔵CD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は本質的にCD57-CD3+ T細胞からなる。
ある特定の態様において、単離および／または濃縮は、CD57-CD4+ T細胞を少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％または100％もしくは約100％含む濃縮されたCD4+ T細胞の集団を生じさせる。特定の態様において、CD4+ T細胞のインプット組成物は、CD8+ T細胞を40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満しか含有しない、および／またはCD8+ T細胞を含有しない、および／またはCD8+ T細胞を含まない、もしくは実質的に含まない。いくつかの態様において、濃縮されたT細胞の集団は本質的にCD57-CD4+ T細胞からなる。
特定の態様では、単離および／または濃縮の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD57-CD8+ T細胞を含む濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団が得られる。特定の態様では、CD8+ T細胞の集団は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD4+ T細胞しか含有しない、および／またはCD4+ T細胞を含有しない、および／またはCD4+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、CD57-CD8+ T細胞から本質的になる。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、CD57-CD4+ T細胞から本質的になる。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、CD57-CD3+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、単離および／または選択の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD27+CD3+ T細胞を含む濃縮T細胞の1つまたは複数の集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）が得られる。具体的な態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、CD27-CD3+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、単離および／または濃縮の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD27+CD4+ T細胞を含む濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団が得られる。特定の態様では、CD4+ T細胞のインプット組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD8+ T細胞しか含まない、および／またはCD8+ T細胞を含有しない、および／またはCD8+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、濃縮T細胞の集団は、CD27+CD4+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、単離および／または濃縮の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD27+CD8+ T細胞を含む濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団が得られる。特定の態様では、CD8+ T細胞の集団は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD4+ T細胞しか含有しない、および／またはCD4+ T細胞を含有しない、および／またはCD4+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、CD27+CD8+ T細胞から本質的になる。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、CD27+CD4+ T細胞から本質的になる。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、CD27+CD3+ T細胞から本質的になる。
a.クロマトグラフィーによる細胞選択
本明細書において提供される方法の局面では、ドナー試料の細胞、例えばT細胞は、クロマトグラフィー単離によって、例えば、アフィニティークロマトグラフィーまたはゲル浸透クロマトグラフィーを含むカラムクロマトグラフィーによって選択される。いくつかの態様では、細胞、例えばCD57- T細胞は、クロマトグラフィー単離によって、例えば、アフィニティークロマトグラフィーまたはゲル浸透クロマトグラフィーを含むカラムクロマトグラフィーによって単離、選択、または濃縮される。いくつかの態様では、方法では、単離、選択、または濃縮される細胞（例えば、CD57+細胞）等の標的細胞の表面上に位置する受容体分子（例えば、CD57）に結合する受容体結合試薬を採用する。いくつかの態様では、細胞、例えばCD27+ T細胞は、クロマトグラフィー単離によって、例えば、アフィニティークロマトグラフィーまたはゲル浸透クロマトグラフィーを含むカラムクロマトグラフィーによって単離、選択、または濃縮される。いくつかの態様では、方法では、単離、選択、または濃縮される細胞（例えば、CD27+細胞）等の標的細胞の表面上に位置する受容体分子（例えば、CD27）に結合する受容体結合試薬を採用する。そのような方法は、（トレースレス（traceless））細胞アフィニティークロマトグラフィー技術（CATCH）として記載されている場合もあり、その全体が参照により本明細書に組み入れられる国際公開公報第2013124474号および同第2015164675号に記載の方法または技術のいずれかを含んでいてよい。具体的な態様では、CD57+細胞は、クロマトグラフィー単離によって陰性選択される。具体的な態様では、CD27+細胞は、クロマトグラフィー単離によって陰性選択される。
いくつかの態様では、標的細胞（例えば、CD57+細胞）は、細胞表面上に受容体分子を有するかまたは発現しており、その結果、単離、選択、または濃縮される細胞が、少なくとも1つの共通の特異的受容体分子（例えば、CD57）の存在によって区別される。いくつかの態様では、標的細胞（例えば、CD27-細胞）は、細胞表面上に受容体分子を有するかまたは発現しており、その結果、単離、選択、または濃縮される細胞が、少なくとも1つの共通の特異的受容体分子（例えば、CD27）の存在によって区別される。いくつかの態様では、標的細胞を含有するドナー試料は、受容体分子を持たない追加の細胞を含有していてもよい。例えば、いくつかの態様では、T細胞は、複数の細胞型、例えば、赤血球またはB細胞を含有するドナー試料から単離、濃縮、およびまたは選定される。特定の態様では、CD57+細胞は、複数の細胞型、例えば、赤血球またはB細胞を含有するドナー試料から単離、濃縮、およびまたは選択され、それにより、単離CD57+細胞および細胞の非選択集団、例えば、濃縮CD57- T細胞の集団が提供される。特定の態様では、CD27-細胞は、複数の細胞型、例えば、赤血球またはB細胞を含有するドナー試料から単離、濃縮、およびまたは選択され、それにより、単離CD27-細胞および細胞の非選択集団、例えば、濃縮CD27+ T細胞の集団が提供される。
いくつかの態様において、受容体結合試薬は、クロマトグラフィーカラムに含まれる、例えばクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）に直接的または間接的に結合している。いくつかの態様において、受容体結合試薬は、試料（例えば、ドナー試料）がカラムに加えられるとき、クロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）上に存在する。いくつかの態様において、受容体結合試薬は、試薬、例えば本明細書に記載されるアフィニティー試薬を介して間接的にクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）に結合することができる。いくつかの態様において、アフィニティー試薬はカラムの固定相に共有結合的または非共有結合的に結合している。いくつかの態様において、アフィニティー試薬はクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）に可逆的に固定化される。場合によっては、アフィニティー試薬は、共有結合を介してクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）に固定化される。いくつかの局面において、アフィニティー試薬は非共有結合的にクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）に可逆的に固定化される。
いくつかの態様において、受容体結合試薬は、試料がクロマトグラフィーカラム（例えば固定相）に加えられるとき、例えば、クロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）上に直接的（例えば共有結合的または非共有結合的）またはアフィニティー試薬を介して間接的に結合した状態で存在し得る。したがって、試料（例えば、ドナー試料）が添加されると、標的細胞は、受容体結合試薬と結合し、カラムのクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）上に固定化することができる。あるいはまた、いくつかの態様において、受容体結合試薬が試料（例えば、ドナー試料）に加えられることもできる。このようにして、受容体結合試薬は試料（例えば、ドナー試料）中の標的細胞（例えばT細胞）に結合し、その後、試料を、アフィニティー試薬を含むクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）に加えることができ、そこで、すでに標的細胞に結合している受容体結合試薬がアフィニティー試薬に結合し、それにより、標的細胞をクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）上に固定化する。いくつかの態様において、受容体結合試薬は、例えば本明細書に記載されるように、受容体結合試薬に含まれる、本明細書に記載されるような結合パートナーCを介して、本明細書に記載されるようなアフィニティー試薬に結合する。
いくつかの局面において、受容体結合試薬が試料（例えば、ドナー試料）に加えられる。特定の態様において、受容体結合試薬は、細胞、例えば標的細胞の表面上の受容体分子に特異的に結合する結合部位Bを有する。いくつかの局面において、受容体結合試薬はまた、アフィニティー試薬の結合部位Zに特異的かつ可逆的に結合することができる結合パートナーCを含む。例えば、特定の局面において、CD57に結合するかまたはCD57を認識する受容体結合試薬が試料（例えば、ドナー試料）に加えられ、それが、結合部位BにおけるCD57発現に関して陽性の細胞の表面上のCD57に結合する。特定の局面において、CD27に結合するかまたはCD27を認識する受容体結合試薬が試料（例えば、ドナー試料）に加えられ、それが、結合部位BにおけるCD27発現に関して陽性の細胞の表面上のCD27に結合する。
ある特定の局面において、アフィニティー試薬はまた、結合パートナーCと結合し、それにより、受容体結合試薬の多量体化を提供することができる2つ以上の結合部位Zを含み得る。したがって、本明細書において使用されるこのアフィニティー試薬は多量体化試薬であるともいえる。アフィニティー試薬は、例えば、ストレプトアビジン、ストレプトアビジンムテイン、アビジン、アビジンムテインまたはそれらの混合物であり得る。いくつかの局面において、様々なクロマトグラフィーマトリックスが様々なアフィニティー試薬に結合され、分離のための多成分系を形成するカラムへと積層され得る。
いくつかの態様において、2つ以上の受容体結合試薬が、例えばアフィニティー試薬上に存在する1つまたは複数の結合部位Zを介してアフィニティー試薬と会合する、例えばアフィニティー試薬に可逆的または不可逆的に結合する。場合によっては、これは、結果的に、受容体結合試薬が互いに近く配置されて、細胞表面分子（例えば選択マーカー）（の少なくとも2つのコピー）を有する標的分子が、その特定の分子（例えば選択マーカー）に結合することができる受容体結合試薬と接触するならばアビディティー効果が生じることができるようにする。
いくつかの態様において、同じである、すなわち、同じ選択マーカー結合特異性を有する2つ以上の異なる受容体結合試薬がアフィニティー試薬に可逆的に結合することができる。いくつかの態様において、異なる選択マーカーに結合する少なくとも2つの異なる受容体結合試薬、場合によっては3つまたは4つの異なる受容体結合試薬を使用することが可能である。いくつかの局面において、少なくとも2つの受容体結合試薬それぞれが、異なる分子（例えば選択マーカー）、例えば第一の分子、第二の分子などに結合することができる。場合によっては、異なる分子（例えば選択マーカー）、例えば細胞表面分子は同じ標的細胞上に存在することができる。他の場合において、異なる分子（例えば選択マーカー）、例えば細胞表面分子は、同じ細胞集団中に存在する異なる標的細胞上に存在することができる。場合によっては、それぞれがさらなる異なる結合部位を含有する、第三、第四などの受容体結合試薬が同じ試薬と可逆的に会合することもできる。
いくつかの態様において、2つ以上の異なる受容体結合試薬は同じ結合パートナーCを含有する。いくつかの態様において、2つ以上の異なる受容体結合試薬は異なる結合パートナーを含有する。いくつかの局面において、第一の受容体結合試薬は、アフィニティー試薬上に存在する結合部位Z1に特異的に結合することができる結合パートナーC1を有することができ、第二の受容体結合試薬は、アフィニティー試薬上に存在する結合部位Z1または結合部位Z2に特異的に結合することができる結合パートナーC2を有することができる。したがって、いくつかの例において、アフィニティー試薬によって含まれる複数の結合部位Zは、受容体結合試薬によって含まれる、それぞれ結合パートナーC1およびC2に可逆的に結合することができる結合部位Z1およびZ2を含む。いくつかの態様において、C1とC2は同じである、および／またはZ1とZ2は同じである。他の局面において、複数の結合部位Zの1つまたは複数は異なることができる。他の例において、複数の結合パートナーCの1つまたは複数は異なってもよい。結合パートナーCそれぞれが結合部位Zの1つと相互作用する、例えばそれに特異的に結合することができる限り、結合部位Zを含有するアフィニティー試薬と適合性である様々な結合パートナーCの任意の組み合わせを選択することは当業者の技能レベルの範囲内である。
ある特定の態様において、試料、例えば細胞および受容体結合試薬（例えば抗体）を含有するドナー試料は、付着または固定化されたアフィニティー試薬（例えば結合試薬）を含有するクロマトグラフィーマトリックスに装填される、またはそれと接触させられる。特定の局面において、アフィニティー試薬は、受容体結合試薬の結合パートナーCに特異的に結合する複数の結合部位Zを有する。特定の局面において、受容体結合試薬は、結合パートナーCと結合部位Zとの間の相互作用によってアフィニティー試薬に結合する。したがって、いくつかの態様において、細胞、例えば標的細胞は、アフィニティー試薬の1つまたは複数の結合部位Zと、クロマトグラフィーマトリックス上の受容体結合試薬の結合部位Zとによって形成される複合体を介して固定化される。さらなる局面において、細胞、例えば標的細胞は、例えば、クロマトグラフィーマトリックスから残りの試料をすすぎ洗い、解放または洗浄することにより、試料（例えば、ドナー試料）から枯渇させ得る。特定の局面において、受容体結合試薬は、細胞を含有する試料に含まれてもよく、例えば試料をクロマトグラフィーマトリックスに加える前に、付着したアフィニティーまたは多量体化試薬への結合のために、クロマトグラフィーマトリックスにアプライされ、または接触させられてもよい。
いくつかの態様では、例えば陰性選択によって、試料（例えば、ドナー試料）から標的細胞を除去または分離するために、クロマトグラフィーマトリックスを使用する。例えば、特定の態様では、試料（例えば、CD57+細胞およびCD57-細胞を含有するドナー試料を、CD57に結合するおよびまたは認識する受容体結合試薬と接触させるかまたは共にインキュベートする。特定の態様では、試料（例えば、ドナー試料）および受容体結合試薬をマトリックスにロードし、そこで、いくつかの局面では、固定化または付着したアフィニティー試薬、受容体結合試薬、およびCD57+ T細胞によって複合体が形成される。いくつかの態様では、結合していない細胞をクロマトグラフィーマトリックスから除去またはリンスし、それにより、結合しているCD57+細胞を除去して、CD57-細胞が濃縮された試料、例えば集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）を提供する。例えば、特定の態様では、試料（例えば、CD27-細胞およびCD27+細胞を含有するドナー試料を、CD27に結合するおよびまたは認識する受容体結合試薬と接触させるかまたは共にインキュベートする。特定の態様では、試料（例えば、ドナー試料）および受容体結合試薬をマトリックスにロードし、そこで、いくつかの局面では、固定化または付着したアフィニティー試薬、受容体結合試薬、およびCD27- T細胞によって複合体が形成される。いくつかの態様では、結合していない細胞をクロマトグラフィーマトリックスから除去またはリンスし、それにより、結合しているCD27-細胞を除去して、CD27+細胞が濃縮された試料、例えば集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）を提供する。
ある特定の態様において、クロマトグラフィーマトリックスを使用して、例えば陽性選択によって試料（例えば、ドナー試料）から標的細胞を単離、選択または濃縮する。例えば、いくつかの態様において、CD4+またはCD8+ T細胞および他の細胞、例えば非T細胞免疫細胞を含有する試料が、CD4またはCD8に結合する、および／またはそれを認識する受容体結合試薬と接触させられる、またはそれとともにインキュベートされる。特定の態様において、試料および受容体結合試薬はマトリックスに装填され、そこで、いくつかの局面において、固定化された、または付着したアフィニティー試薬と、受容体結合試薬と、CD4+またはCD8+ T細胞とによって複合体が形成される。特定の態様において、結合しない細胞をクロマトグラフィーマトリックスから除去またはすすぎ洗いする。特定の態様において、固定化されたCD4+またはCD8+細胞は、競合試薬の添加によって、例えば複合体を破壊することによって除去または解放され得る。いくつかの局面において、したがって、分離、解放または溶離されたCD4+またはCD8+ T細胞は、CD4+またはCD8+ T細胞を濃縮された細胞の試料、組成物または集団である。
ある特定の態様において、クロマトグラフィーマトリックスを使用して、例えば陽性選択によって試料（例えば、ドナー試料）から標的細胞を単離、選択または濃縮する。例えば、いくつかの態様において、CD3+ T細胞および他の細胞、例えば非T細胞免疫細胞を含有する試料が、CD3に結合する、および／またはCD3を認識する受容体結合試薬と接触させられる、またはそれとともにインキュベートされる。特定の態様において、試料および受容体結合試薬はマトリックスに装填され、そこで、いくつかの局面において、固定化された、または付着したアフィニティー試薬と、受容体結合試薬と、CD3+ T細胞とによって複合体が形成される。特定の態様において、結合しない細胞をクロマトグラフィーマトリックスから除去またはすすぎ洗いする。特定の態様において、固定化されたCD3+細胞は、競合試薬の添加によって、例えば複合体を破壊することによって除去または解放され得る。いくつかの局面において、したがって、分離、解放または溶離されたCD3+ T細胞は、CD3+ T細胞を濃縮された細胞の試料、組成物または集団である。
いくつかの局面において、競合試薬がクロマトグラフィーカラムに装填される。いくつかの態様において、結合パートナーCと結合部位Zとの間に形成される可逆的結合は競合試薬によって破壊することができる。特定の態様において、競合試薬は、アフィニティー試薬の結合部位Zに結合することができる結合部位を有する。いくつかの態様において、競合試薬は、1つまたは複数の結合部位Zに関し、結合パートナーCとの結合を求めて競合することができるビオチン、ビオチン誘導体もしくは類似体またはストレプトアビジン結合ペプチドであることができる。特定の態様において、競合試薬は、アフィニティー試薬とで複合体を形成し、それにより、クロマトグラフィーマトリックス上に固定化される。いくつかの態様において、結合パートナーCと競合試薬とは異なり、競合試薬は、1つまたは複数の結合部位Zに関し、結合パートナーのアフィニティーに比べ、より高い結合アフィニティーを示す。本明細書に提供される方法のいずれかの特定の局面において、標的細胞（例えばT細胞）をクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）から切り離すために、アフィニティー試薬への選択物質（例えば受容体結合物質）の結合を破壊するための、クロマトグラフィーカラムの固定相への競合試薬の添加は求められない。
この競合的結合の結果として、結合パートナーCおよび結合部位Zにおける受容体結合試薬とアフィニティー試薬との間の結合が置き換えられる。特定の態様において、アフィニティー試薬、受容体結合試薬および細胞、例えば標的細胞を含有する付着した複合体とともに競合試薬をクロマトグラフィーマトリックスに添加または装填すると、細胞がクロマトグラフィーマトリックスから溶離する。いくつかの局面において、受容体結合試薬は、結合部位Bにおける細胞の受容体分子に対して低いアフィニティーを有し、受容体結合試薬は、競合試薬の存在下、細胞から分離するようになっている。したがって、いくつかの態様において、結合した受容体結合分子を含まない、または本質的に含まない細胞、例えば標的細胞がクロマトグラフィーマトリックスから溶離する。
いくつかの態様において、第一のクロマトグラフィーカラムの溶離物から、細胞、例えば標的細胞、競合試薬および受容体結合試薬を含む溶離試料が収集される。特定の態様において、溶離試料は、アフィニティークロマトグラフィーマトリックスであると同時にゲル透過マトリックスとしても働くことができる適当な固定相を有する第二のクロマトグラフィーカラムに装填される。特定の態様において、アフィニティークロマトグラフィーマトリックスは、その上に固定化されたアフィニティー試薬を有する。いくつかの局面において、受容体結合試薬および競合試薬は、アフィニティー試薬上の結合部位Zに結合し、それにより、クロマトグラフィーカラム上に固定化される。その結果、特定の局面において、単離された標的細胞を含有する溶離試料は、受容体結合試薬および競合試薬が枯渇している。したがって、いくつかの局面において、任意の反応を含まない標的細胞は、今や、さらに使用される、例えば、本明細書に記載される方法のいずれかによって処理されるための状態にある。
いくつかの態様において、細胞、例えば試料（例えば、ドナー試料）の標的細胞は、例えば、クロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）から残りの試料をすすぎ洗い、解放または洗浄することにより、試料から枯渇させ得る。いくつかの態様において、1つまたは複数（例えば2つ、3つ、4つ、5つ、6つ）の洗浄工程を使用して、結合しない細胞およびデブリをクロマトグラフィーマトリックス（例えば固定相）から除去する。いくつかの態様において、少なくとも2つの洗浄工程が実施される。いくつかの態様において、試料は、1つまたは複数の洗浄工程が実施される前に少なくとも5、10、15、16、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100もしく120分間または約5、10、15、16、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100もしくは120分間、マトリックスに浸透することを許される。いくつかの態様において、洗浄工程は、試料がクロマトグラフィーカラム（例えば固定相）に加えられたのち5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100もしくは120分間、約5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100もしくは120分間または少なくとも5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100もしくは120分間、実施される。いくつかの態様において、洗浄工程は、試料がクロマトグラフィーカラム（例えば固定相）に加えられたのち5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55もしくは60分間、約5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55もしくは60分間または少なくとも5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55もしくは60分間、実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち120、100、90、80、70、60、55、50、45、40、35、30、25、20、15、10もしくは5分以内または約120、100、90、80、70、60、55、50、45、40、35、30、25、20、15、10もしくは5分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち60、55、50、45、40、35、30、25、20、15、10もしくは5分以内または約60、55、50、45、40、35、30、25、20、15、10もしくは5分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち5～60分以内または約5～60分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち5～50分以内または約5～50分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち5～40分以内または約5～40分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち5～30分以内または約5～30分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち5～20分以内または約5～20分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち5～10分以内または約5～10分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち10～60分以内または約10～60分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち20～60分以内または約20～60分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち30～60分以内または約30～60分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち40～60分以内または約40～60分以内に実施される。いくつかの態様において、1つまたは複数の洗浄工程は、クロマトグラフィーカラム（例えば固定相）への試料の添加ののち50～60分以内または約50～60分以内に実施される。
いくつかの態様では、1つの工程から陽性または陰性選択された画分が別の選択工程、例えば後続の陽性または陰性選択に供される、複数回の細胞選択工程が行われる。ある特定の態様では、選択、単離および濃縮のための方法、技法および試薬が、例えば、PCT出願番号WO2015164675に記載されており、この特許は、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる。
いくつかの態様では、試料（例えば、ドナー試料）から標的細胞（例えば、CD57- T細胞）を単離するために、単回の選択工程を使用することができる。いくつかの態様では、試料（例えば、ドナー試料）から標的細胞（例えば、CD27+ T細胞）を単離するために、単回の選択工程を使用することができる。いくつかの態様では、単回の選択工程は、単一のクロマトグラフィーカラム上で実施することができる。いくつかの例では、単回の選択工程は、複数のマーカーを発現する細胞を同時に枯渇させることができる。同様に、複数の細胞タイプを同時に陽性選択することができる。ある特定の態様では、選択工程は、1回超繰り返され、およびまたは、実施され、この場合、1つの工程から陽性または陰性選択された画分は、同じ選択工程、例えば繰り返しの陽性または陰性選択に供される。いくつかの例では、単回の選択工程は、1回超繰り返され、および/または、実施されることで、例えば、選択された細胞の純度を増加させ、かつ/または、陰性選択された画分から陰性選択された細胞をさらに除去および/もしくは枯渇させる。ある特定の態様では、1つまたは複数の選択工程は、2回、3回、4回、5回、6回、7回、8回、9回、10回、または10回超実施される。ある特定の態様では、1つまたは複数の選択工程は、1～10回、1～5回、または3～5回実施および/または繰り返される。いくつかの態様では、2回の選択工程が実施される。
細胞選択は、1つまたは複数のクロマトグラフィーカラムを使用して実施され得る。いくつかの態様では、1つまたは複数のクロマトグラフィーカラムは、閉鎖系に含まれる。いくつかの態様では、閉鎖系は、自動化された閉鎖系であり、例えば、最低限のユーザー（例えば、ヒト）インプットを必要とするかまたは全く必要ない。いくつかの態様では、細胞選択は、連続的に実施される（例えば、連続選択技法）。いくつかの態様では、1つまたは複数のクロマトグラフィーカラムが連続的に配置される。例えば、第1のカラムは、カラムのアウトプット（例えば、溶出液）を、例えば連結管を介して、第2のクロマトグラフィーカラムに供給できるように配向され得る。いくつかの態様では、複数のクロマトグラフィーカラムが連続的に配置され得る。いくつかの態様では、細胞選択は、後続の工程が先の工程からの陰性および/または陽性画分をさらなる選択に供する、連続の陽性および陰性選択工程を行うことによって成し遂げられ得る。この場合、プロセス全体は、同じ管または管セット内で行われる。
いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）は、第1の選択がCD4+またはCD8+の一方の集団を濃縮するために達成され、第1の選択から選択されなかった細胞を第2の選択のための細胞源として使用してCD4+またはCD8+の他方の集団を濃縮する、連続選択に供される。いくつかの態様では、さらなる1回または複数回の選択を、CD4+またはCD8+の一方または両方の集団の亜集団、例えば、セントラルメモリーT（TCM）細胞、ナイーブT細胞および/または1つもしくは複数の表面マーカーに対して陽性またはそれを高レベルで発現する細胞（例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+および/またはCD45RO+）を濃縮するために達成することができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）は、第1の選択がCD3+集団を濃縮するために達成され、選択された細胞を第2の選択のための細胞源として使用してCD3+集団を濃縮する、連続選択に供される。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）は、第1の選択が第1の固定相（例えば、第1のクロマトグラフカラム内）上でCD3+集団を濃縮するために達成され、未結合細胞を含有するフロースルーを第2の選択のための細胞源として使用して第2の固定相（例えば、第2のクロマトグラフカラム内）上でCD3+集団を濃縮する、連続選択であって、第1の固定相と第2の固定相は連続的に配置される連続選択に供される。いくつかの態様では、さらなる1回または複数回の選択を、CD3+集団の亜集団、例えば、セントラルメモリーT（TCM）細胞、ナイーブT細胞および/または1つもしくは複数の表面マーカーに対して陽性またはそれを高レベルで発現する細胞（例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+および/またはCD45RO+）を濃縮するために達成することができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）は、第1の選択がCD3+集団を濃縮するために達成され、選択された細胞を第2の選択のための細胞源として使用してCD4+集団を濃縮する、連続選択に供される。いくつかの態様では、さらなる1回または複数回の選択を、CD3+CD4+集団の亜集団、例えば、セントラルメモリーT（TCM）細胞、ナイーブT細胞および/または1つもしくは複数の表面マーカーに対して陽性またはそれを高レベルで発現する細胞（例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+および/またはCD45RO+）を濃縮するために達成することができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）は、第1の選択がCD3+集団を濃縮するために達成され、選択された細胞を第2の選択のための細胞源として使用してCD8+集団を濃縮する、連続選択に供される。いくつかの態様では、さらなる1回または複数回の選択を、CD3+CD8+集団の亜集団、例えば、セントラルメモリーT（TCM）細胞、ナイーブT細胞および/または1つもしくは複数の表面マーカーに対して陽性またはそれを高レベルで発現する細胞（例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+および/またはCD45RO+）を濃縮するために達成することができる。いくつかの局面では、T細胞の特定の亜集団（例えば、CD3+細胞）、例えば、1つまたは複数の表面マーカーに対して陽性またはそれを高レベルで発現する細胞（例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+および/またはCD45RO+ T細胞）が、陽性または陰性の連続選択技法によって選択されることが想定される。
いくつかの態様において、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）は順次選択に付され、その場合、第一の選択が、CD57-集団を濃縮するために実施され、選択された細胞が、CD3+集団を濃縮するための第二の選択のための細胞のソースとして使用される。いくつかの態様において、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）は順次選択に付され、その場合、第一の選択が、第一の固定相上で（例えば第一のクロマトグラフカラム中で）CD57-集団を濃縮するために実施され、結合しない細胞を含有するフロースルーが、第二の固相上で（例えば第二のクロマトグラフカラム中で）CD3+集団を濃縮するための第二の選択のための細胞のソースとして使用され、第一および第二の固定相は順次に配置されている。いくつかの態様において、CD57-集団の部分集団、例えばセントラルメモリーT（TCM）細胞、ナイーブT細胞および／または1つまたは複数の表面マーカーに関して陽性である、またはそれらを高いレベルで発現する細胞、例えばCD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+および／またはCD45RO+を濃縮するためのさらなる選択を実施することができる。いくつかの態様において、標的細胞を含有する試料は順次選択に付され、その場合、第一の選択が、CD57-集団を濃縮するために実施され、選択された細胞が、CD3+集団を濃縮するための第二の選択のための細胞のソースとして使用される。いくつかの態様において、CD57-CD3+集団の部分集団、例えばセントラルメモリーT（TCM）細胞、ナイーブT細胞および／または1つまたは複数の表面マーカーに関して陽性である、またはそれらを高いレベルで発現する細胞、例えばCD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+および／またはCD45RO+を濃縮するためのさらなる選択を実施することができる。いくつかの局面において、T細胞（例えばCD57-細胞）の特定の部分集団、例えば、1つまたは複数の表面マーカーに関して陽性である、またはそれらを高いレベルで発現する細胞、例えばCD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+および／またはCD45RO+ T細胞は陽性または陰性順次選択技術によって選択されることが考慮される。
いくつかの態様では、CD27+集団を濃縮するために第1の選択を行い、選択された細胞を、CD3+集団を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用する逐次選択に、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を供する。いくつかの態様では、（例えば、第1のクロマトグラフカラムにおける）第1の固定相においてCD27+集団を濃縮するために第1の選択を行い、非結合細胞を含有する素通り画分を、（例えば、第2のクロマトグラフカラムにおける）第2の固定相においてCD3+集団を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用し、第1および第2の固定相を逐次配置する逐次選択に、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を供する。いくつかの態様では、CD27+集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、CD27+集団を濃縮するために第1の選択を行い、選択された細胞を、CD3+集団を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用する逐次選択に、標的細胞を含有する試料を供する。いくつかの態様では、CD27+CD3+集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの局面では、T細胞の指定の亜集団（例えば、CD27+細胞）、例えば、1つまたは複数の表面マーカーについて陽性であるかまたは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／またはCD45RO+のT細胞を、陽性または陰性の逐次選択技術によって選択することが企図される。
いくつかの態様では、CD3+集団を濃縮するために第1の選択を行い、選択された細胞を、CD57-集団を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用する逐次選択に、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料（csampleis）を供する。いくつかの態様では、（例えば、第1のクロマトグラフカラムにおける）第1の固定相においてCD3+集団を濃縮するために第1の選択を行い、非結合細胞を含有する素通り画分を、（例えば、第2のクロマトグラフカラムにおける）第2の固定相においてCD57-集団を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用し、第1および第2の固定相を逐次配置する逐次選択に、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を供する。いくつかの態様では、CD3+集団を濃縮するために第1の選択を行い、選択された細胞を、CD27+集団を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用する逐次選択に、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料（csampleis）を供する。いくつかの態様では、（例えば、第1のクロマトグラフカラムにおける）第1の固定相においてCD3+集団を濃縮するために第1の選択を行い、非結合細胞を含有する素通り画分を、（例えば、第2のクロマトグラフカラムにおける）第2の固定相においてCD27+集団を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用し、第1および第2の固定相を逐次配置する逐次選択に、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を供する。いくつかの態様では、CD3+集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行ってもよい。いくつかの態様では、CD3+集団を濃縮するために第1の選択を行い、選択された細胞を、CD57-集団を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用する逐次選択に、標的細胞を含有する試料を供する。いくつかの態様では、CD3+CD57-集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行ってもよい。いくつかの局面では、T細胞の指定の亜集団（例えば、CD57-細胞）、例えば、1つまたは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／またはCD45RO+のT細胞を、陽性または陰性の逐次選択技術によって選択することが企図される。いくつかの態様では、CD3+集団を濃縮するために第1の選択を行い、選択された細胞を、CD27+集団を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用する逐次選択に、標的細胞を含有する試料を供する。いくつかの態様では、CD3+CD27+集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行ってもよい。いくつかの局面では、T細胞の指定の亜集団（例えば、CD27+-細胞）、例えば、1つまたは複数の表面マーカーについて陽性であるかまたは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／またはCD45RO+のT細胞を、陽性または陰性の逐次選択技術によって選択することが企図される。
いくつかの態様では、細胞選択は並行して実施される（例えば、並列選択技術）。いくつかの態様では、1本または複数のクロマトグラフィーカラムを並列に配置する。例えば、2本またはそれより多いカラムを、例えば試料が最初のカラムを通過する必要なく試料を各カラムに添加することができるチューブを介して、試料（例えば、ドナー細胞試料）が同時に2本またはそれより多いカラムにロードされるように、配置してよい。例えば、並行選択技術を用いて、例えば、プロセス全体が同じチューブまたはチューブセットで実行される閉鎖系で、陽性および／または陰性の選択工程を同時に実行することにより、細胞選択を達成し得る。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）は、試料を2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムにロードし、各カラムで細胞集団の選択を行う並行選択に供される。
いくつかの態様では、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、CD57-、CD3+、CD4+、またはCD8+の集団の選択が個々に行われる。いくつかの態様では、アフィニティークロマトグラフィーまたはゲル浸透クロマトグラフィーを含む2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで独立して、同じ細胞集団の選択が行われる。例えば、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、CD57-細胞の選択を行ってよい。いくつかの態様では、アフィニティークロマトグラフィーまたはゲル浸透クロマトグラフィーを含む2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで独立して、異なる細胞集団の選択が行われる。例えば、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで独立して、CD57-細胞、CD4+細胞、CD3+および／またはCD8+細胞の選択を行ってよい。いくつかの態様では、例えば逐次選択技術を使用して更なる1つまたは複数の選択を行って、並列選択を介して選択された1つまたは全ての細胞集団の亜集団を濃縮することができる。例えば、選択された細胞を、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+について更に選択してもよい。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を、2本またはそれより多いカラムにおいてCD57-集団を濃縮するために並列選択が行われる並列選択に供する。いくつかの態様では、CD57-集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を、2本またはそれより多いカラムにおいて独立してCD57-集団およびCD3+集団を濃縮するための選択が行われる並列選択に供する。いくつかの態様では、CD57-およびCD3+の集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を、2本またはそれより多いカラムにおいて独立してCD57-集団およびCD4+集団を濃縮するための選択が行われる並列選択に供する。いくつかの態様では、CD57-およびCD4+の集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を、CD57-集団およびCD8+集団を濃縮するために並列選択が行われる並列選択に供する。いくつかの態様では、CD57-およびCD8+の集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を、CD4+集団およびCD8+集団を濃縮するために並列選択が行われる並列選択に供する。いくつかの態様では、CD4+およびCD8+の集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの局面では、T細胞の指定の亜集団（例えば、CD3+、CD4+、CD8+のT細胞）、例えば、1つまたは複数の表面マーカーについて陽性であるかまたは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／またはCD45RO+のT細胞を、陽性または陰性の並行選択技術によって選択することが企図される。いくつかの態様では、逐次選択技術と並列選択技術を併用することができる。
いくつかの態様では、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、CD27+、CD3+、CD4+、またはCD8+の集団の選択が個々に行われる。いくつかの態様では、アフィニティークロマトグラフィーまたはゲル浸透クロマトグラフィーを含む2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで独立して、同じ細胞集団の選択が行われる。例えば、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、CD27+細胞の選択を行ってよい。いくつかの態様では、アフィニティークロマトグラフィーまたはゲル浸透クロマトグラフィーを含む2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで独立して、異なる細胞集団の選択が行われる。例えば、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで独立して、CD27+細胞、CD4+細胞、CD3+および／またはCD8+細胞の選択を行ってよい。いくつかの態様では、例えば逐次選択技術を使用して更なる1つまたは複数の選択を行って、並列選択を介して選択された1つまたは全ての細胞集団の亜集団を濃縮することができる。例えば、選択された細胞を、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+について更に選択してもよい。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を、2本またはそれより多いカラムにおいてCD27+集団を濃縮するために並列選択が行われる並列選択に供する。いくつかの態様では、CD27+集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を、2本またはそれより多いカラムにおいて独立してCD27+集団およびCD3+集団を濃縮するための選択が行われる並列選択に供する。いくつかの態様では、CD27+およびCD3+の集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を、2本またはそれより多いカラムにおいて独立してCD27+集団およびCD4+集団を濃縮するための選択が行われる並列選択に供する。いくつかの態様では、CD27+およびCD4+の集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）を、CD27+集団およびCD8-集団を濃縮するために並列選択が行われる並列選択に供する。いくつかの態様では、CD27+およびCD8+の集団の亜集団、例えば、セントラルメモリT（TCM）細胞、ナイーブT細胞、および／または1つもしくは複数の表面マーカーについて陽性であるかもしくは高レベルで発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／もしくはCD45RO+を濃縮するために、更に1つまたは複数の選択を行うことができる。
いくつかの態様では、並列選択のために2本のカラムを使用する。いくつかの態様では、2本のカラムで同じ細胞型（例えば、同じ選択マーカー）を選択する。いくつかの態様では、2本のカラムでそれぞれCD57- T細胞を選択する。いくつかの態様では、2つのカラムでそれぞれCD27+ T細胞を選択する。いくつかの態様では、2本のカラムで異なる細胞型（例えば、異なる選択マーカー）を選択する。いくつかの態様では、2本のカラムのうちの一方でCD57- T細胞を選択し、2本のカラムのうちの他方でCD3+細胞を選択する。いくつかの態様では、2本のカラムのうちの一方でCD27+ T細胞を選択し、2本のカラムのうちの他方でCD3+細胞を選択する。
いくつかの態様では、1つまたは複数の選択工程は、1つもしくは複数の時点で、または操作細胞組成物を創出するためのプロセスの特定の工程に続いて実行される。いくつかの態様では、選択工程は、例えば、操作細胞組成物を更に精製、指定の細胞サブタイプを選択、生細胞を選択、操作細胞を選択、および／または細胞の比、総数、もしくは濃度を調整するための複数の選択工程を含む。いくつかの態様では、選択工程は、インキュベーションの前に実施される。いくつかの態様では、選択工程は、収集および回収の前に実施される。
いくつかの態様では、細胞組成物は、個々のドナーからのものである。いくつかの態様では、個々のドナーからの各細胞組成物は、複数の個々のドナーからプール細胞組成物を生成するために組み合わされている。いくつかの態様では、細胞組成物は、複数の異なるドナーからのものである。いくつかの局面では、個々のドナーに由来する細胞組成物を各々別々に、1つもしくは複数の時点でまたは操作細胞組成物を創出するためのプロセスの特定の工程に続いて1つまたは複数の追加の選択工程に供し、次いで、組み合わせてプール細胞組成物を創出する。
いくつかの局面では、そのような方法（例えば、選択工程）は、本明細書において提供される刺激および／または操作された細胞組成物から複数の異なる細胞集団が濃縮および／または単離される逐次選択を採用することによって、閉鎖系等の単一のプロセスの流れによって達成される。刺激および／または操作された細胞組成物は、個々のドナーに由来する。いくつかの態様では、刺激および／または操作された細胞組成物は、複数の異なるドナーに由来する。いくつかの局面では、同じ容器または容器セット、例えばチューブセットで分離または単離を実行することは、陽性および陰性の選択工程を逐次実行し、後続の工程で前の工程からの陰性および／または陽性の画分を更なる選択に供し、プロセス全体を同じチューブまたはチューブセットで実行することによって達成される。一態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、CD4+またはCD8+の集団の一方を濃縮するために第1の選択を行い、第1の選択からの非選択細胞をCD4+またはCD8+の集団の他方を濃縮するための第2の選択のための細胞源として使用する逐次選択に供する。いくつかの態様では、CD4+またはCD8+の集団の一方または両方の亜集団、例えば、CD57-細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、CD4+またはCD8+の集団の一方または両方の亜集団、例えば、CD27-細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、生細胞についての逐次選択に供する。いくつかの態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物中の細胞の比または総数を、制御または調整する。
いくつかの局面では、そのような方法（例えば、選択工程）は、本明細書において提供される刺激および／または操作された細胞物から複数の異なる細胞集団が濃縮および／または単離される逐次選択を採用することによって、閉鎖系等の単一のプロセスの流れによって達成される。いくつかの局面では、同じ容器または容器セット、例えばチューブセットで分離または単離を実行することは、陰性および陽性の選択工程を逐次実行し、後続の工程で前の工程からの陰性および／または陽性の画分を更なる選択に供し、プロセス全体を同じチューブまたはチューブセットで実行することによって達成される。一態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、CD57+集団を除去するために第1の選択が行われる逐次選択に供する。いくつかの態様では、CD4+またはCD8+の集団の一方または両方、例えば、CD57-CD4+またはCD57-CD8+の細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。一態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、CD27-集団を除去するために第1の選択が行われる逐次選択に供する。いくつかの態様では、CD4+またはCD8+の集団の一方または両方、例えば、CD27+CD4+またはCD27+CD8+の細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、生細胞についての逐次選択に供する。いくつかの態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞のアウトプット組成物中の細胞の比または総数を、制御または調整する。
一態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、CD3+集団を濃縮するために第1の選択が行われる逐次選択に供する。いくつかの態様では、CD3+集団の亜集団、例えば、CD57-細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、生細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行ってよい。いくつかの態様では、生存しているCD57-CD3+細胞の亜集団、例えばCD3+CD57-CD4+またはCD57-CD3+CD8+の細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、CD3+集団の亜集団、例えば、CD27+細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、生細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行ってよい。いくつかの態様では、生存しているCD27+CD3+細胞の亜集団、例えば、CD27+CD3+CD4+またはCD27+CD3+CD8+の細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、生細胞を選択することは、刺激および／もしくは操作された細胞またはその亜集団の組成物から死細胞を除去することを含むかまたはからなる。
一態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、CD57+細胞を除去するために第1の選択が行われる逐次選択に供する。いくつかの態様では、CD57-集団の亜集団、例えば、CD4+および／またはCD8+の細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。一態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、CD27-細胞を除去するために第1の選択が行われる逐次選択に供する。いくつかの態様では、CD27+集団の亜集団、例えば、CD4+および／またはCD8+の細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、生細胞を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、生細胞を選択することは、刺激および／もしくは操作された細胞またはその亜集団のアウトプット組成物から死細胞を除去することを含むかまたはからなる。
いくつかの態様では、この章において開示される方法（例えば、選択工程）は、逐次選択技術を使用して実行する必要はない。いくつかの態様では、この章において開示される方法（例えば、選択工程）は、逐次選択技術を並列選択技術と併用して実行され得る。いくつかの態様では、選択工程では、逐次選択を採用しない、または閉鎖系もしくは同じチューブを使用する容器のセットでは行えない逐次選択を採用してもよい。いくつかの態様では、選択工程は、例えば、単一のクロマトグラフィーカラムを使用して単一工程で遂行される。いくつかの態様では、選択工程は、並列選択施術を用いて遂行される。例えば、選択工程は、例えばプロセス全体が同じチューブまたはチューブセットで実行される閉鎖系で、陽性および／または陰性の選択工程を同時に実行することにより達成される。いくつかの態様では、標的細胞を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物は、刺激および／または操作された細胞の組成物を2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムにロードし、各カラムで細胞集団の選択を行う並行選択に供する。いくつかの態様では、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、CD57-、CD3+、CD4+、またはCD8+の集団の選択が個々に行われる。いくつかの態様では、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、同じ細胞集団の選択が行われる。例えば、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、CD57-細胞の選択を行ってよい。いくつかの態様では、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、CD27+、CD3+、CD4+、またはCD8+の集団の選択が個々に行われる。いくつかの態様では、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、同じ細胞集団の選択が行われる。例えば、2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで、CD27+細胞の選択を行ってよい。いくつかの態様では、アフィニティークロマトグラフィーまたはゲル浸透クロマトグラフィーを含む2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで独立して、同じ細胞集団の選択が行われる。いくつかの態様では、アフィニティークロマトグラフィーまたはゲル浸透クロマトグラフィーを含む2本またはそれより多いクロマトグラフィーカラムで独立して、異なる細胞集団の選択が行われる。いくつかの態様では、並行選択を介して選択された1つまたは全ての細胞集団の亜集団を濃縮するために、更なる1つまたは複数の選択を行うことができる。いくつかの態様では、標的細胞（例えば、CD57-細胞）を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、CD4+集団およびCD8+集団またはCD3+集団を濃縮するために並行選択が行われる並行選択に供する。いくつかの態様では、標的細胞（例えば、CD27+細胞）を含有する刺激および／または操作された細胞の組成物を、CD4+集団およびCD8+集団またはCD3+集団を濃縮するために並行選択が行われる並行選択に供する。
いくつかの態様では、本明細書において記載される選択作用物質で標識されたビーズを用いて選択工程を実行することができ、第1の選択工程からの陽性および陰性の画分を保持し、続いて、例えば、第2の選択作用物質で標識されたビーズを使用することによってまたは上記の通り陽性画分をカラムクロマトグラフィーに供することによって、第2の選択マーカーを濃縮するために陽性画分を更に陽性選択することができる。いくつかの態様では、1つまたは複数の選択工程は、本明細書において記載されるカラムクロマトグラフィーを用いて実行される。いくつかの態様では、選択工程は、ビーズ分離およびカラムクロマトグラフィーを含む1つまたは複数の方法を用いて遂行される。いくつかの態様では、選択は、カラムクロマトグラフィーを用いて遂行される。
いくつかの局面では、単一のまたは同じ単離もしくは分離用の容器または容器セット、例えば、単一のカラムもしくはカラムセットおよび／または同じチューブもしくはチューブセットにおける、あるいは同じ分離マトリックスまたは媒体または試薬、例えば、同一の磁気マトリックス、アフィニティー標識された固体支持体、または抗体もしくは他の結合パートナーを使用する複数の集団の単離は、例えば、コスト、時間、複雑さ、試料の取り扱いの必要性、資源、試薬、もしくは装置の使用を低減する等の、単離を合理化する特徴を含む。いくつかの局面では、このような特徴は、方法に関連するコスト、効率、時間、および／もしくは複雑さを最小化する、ならびに／または感染、汚染、および／もしくは温度変化によって引き起こされる害等の細胞生成物に対する潜在的な害を回避する点で有利である。本明細書において提供される方法は、オンカラム刺激と組み合わせた細胞選択の前または後の両方で、標的集団を濃縮するための複数の選択工程を可能にする。
本明細書において提供される方法は、更に、成功裏に刺激および／または操作された細胞組成物の選択および濃縮を可能にする。例えば、いくつかの態様では、組み換え受容体（例えば、CAR、TCR）を発現している刺激細胞を同定するために、上記の逐次選択、並列選択、または単一選択の手順を使用してよい。いくつかの態様では、組み換え受容体（例えば、CAR）を発現している細胞は、亜集団細胞、例えば、CD4+CAR+ T細胞、CD8+CAR+ T細胞、および／または生細胞を更に濃縮することができる。いくつかの態様では、選択工程により、組み換え受容体（例えば、CAR、TCR）および／またはその亜集団を発現している細胞の比、濃度、または総数を制御または調整することが可能になる。
一般に、固定相（例えば選択樹脂）の結合能力は、特定の数の標的部分、例えばT細胞などの標的細胞を選択するためにどれほど多くの固定相が必要であるのかに影響する。結合能力、例えば、固定相（例えば選択樹脂）1mLあたり固定化することができる標的細胞の数を使用して、1つまたは複数のカラム上に捕捉される標的細胞の数を決定または制御することができる。1つまたは複数のクロマトグラフィーカラムを、本明細書に開示されるオンカラム細胞選択および刺激に使用することができる。複数のカラムが使用される場合、それらは、順次、並行、またはそれらの適当な組み合わせで配置することができる。したがって、固定相（例えば選択樹脂）の結合能力を使用して、単一カラム手法における試薬量または多カラム手法における各カラムの試薬量を標準化することができる。
いくつかの態様において、本明細書において使用される、固定相の結合能力とは、過剰量の標的細胞が固定相に装填されたとき所与の溶媒および細胞濃度条件で固定相に結合した標的細胞の最大数である。いくつかの態様において、結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞（例えばT細胞）1億±2500万個または約1億±2500万個である。いくつかの態様において、本明細書に開示される固定相（例えば選択樹脂）の静的結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞約7500万～約1億2500万個の範囲である。1つの局面において、本明細書において使用される固定相の、オンカラム細胞選択および刺激の場合の結合能力は静的結合能力である。いくつかの態様において、静的結合能力とは、例えば所与の溶媒および細胞濃度条件で固定相上に固定化することができる細胞の最大量である。いくつかの態様において、本明細書に開示される固定相（例えば選択樹脂）の静的結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞約5000万～約1億個である。いくつかの態様において、静的結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞（例えばT細胞）1億±2500万個または約1億±2500万個である。いくつかの態様において、本明細書に開示される固定相（例えば選択樹脂）の静的結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞約7500万～約1億2500万個の範囲である。いくつかの態様において、固定相（例えば選択樹脂）の静的結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞約1000万～約2000万個、約2000万～約3000万個、約3000万～約4000万個、約4000万～約5000万個、約5000万～約6000万個、約6000万～約7000万個、約7000万～約8000万個、約8000万～約9000万個、約9000万～約1億個、約1億1000万～約1億2000万個、約1億2000万～約1億3000万個、約1億3000万～約1億4000万個、約1億4000万～約1億5000万個、約1億5000万～約1億6000万個、約1億6000万～約1億7000万個、約1億7000万～約1億8000万個、約1億8000万～約1億9000万個または約1億9000万～約2億個である。
いくつかの態様において、本明細書において使用される、固定相の結合能力とは、結合しない標的細胞の有意なブレイクスルーが起こる前に所与の流れ条件下で固定相に結合する標的細胞の数である。1つの局面において、本明細書において使用される固定相の、オンカラム細胞選択の場合の結合能力は動的結合能力、すなわち、試料アプライ中の充填されたクロマトグラフィーカラム中の動作条件下での結合能力である。いくつかの態様において、動的結合能力は、既知の濃度の標的細胞を含有する試料を装填し、フロースルーをモニターすることによって測定され、標的細胞は、結合しない標的細胞がカラム中を流れる前に固定相を特定のブレイクポイントに結合する。いくつかの態様において、動的結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞（例えばT細胞）1億±2500万個または約1億±2500万個である。いくつかの態様において、本明細書に開示される固定相（例えば選択樹脂）の動的結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞7500万～1億2500万個または約7500万～約1億2500万個である。いくつかの態様において、本明細書に開示される固定相（例えば選択樹脂）の動的結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞約5000万～約1億個の範囲である。いくつかの態様において、固定相（例えば選択樹脂）の動的結合能力は、固定相1mLあたり標的細胞約1000万～約2000万個、約2000万～約3000万個、約3000万～約4000万個、約4000万～約5000万個、約5000万～約6000万個、約6000万～約7000万個、約7000万～約8000万個、約8000万～約9000万個、約9000万～約1億万個、約1億1000万～約1億2000万個、約1億2000万～約1億3000万個、約1億3000万～約1億4000万個、約1億4000万～約1億5000万個、約1億5000万～約1億6000万個、約1億6000万～約1億7000万個、約1億7000万～約1億8000万個、約1億8000万～約1億9000万個または約1億9000万～約2億個である。
いくつかの態様において、固定相は20mLである。いくつかの態様において、固定相は、細胞20億±5億個の結合能力を有する。
一般に、クロマトグラフィー法は流体クロマトグラフィー、通常は液体クロマトグラフィーである。いくつかの局面において、細胞、例えば標的細胞を含有する流体試料が、例えば重力流によって、またはクロマトグラフィーマトリックスを含有するカラムの一端にあるポンプによってアプライされ、流体試料がカラムの他端からカラムを出るフロースルーモードで、クロマトグラフィーを実施することができる。加えて、単離される細胞を含有する流体試料が、例えばピペットチップ内に充填されたクロマトグラフィーマトリックスを含有するカラムの一端にあるピペットによってアプライされ、流体試料がカラムの他端でクロマトグラフィーマトリックス／ピペットチップに出入りする「アップ＆ダウン」モードで、クロマトグラフィーを実施することもできる。あるいはまた、クロマトグラフィーは、クロマトグラフィー材料（固定相）が、細胞を含有する試料とともに、例えば振とう、回転または例えばピペットによる流体試料の度重なる接触および除去の下、インキュベートされるバッチモードで実施されることもできる。
いくつかの局面において、本発明に関連して、細胞のクロマトグラフィー単離に適している限り、任意の材料をクロマトグラフィーマトリックスとして用い得る。特定の局面において、適当なクロマトグラフィー材料は、充填されたクロマトグラフィーカラム中、細胞単離および／または細胞分離に所望の条件下で使用されるとき、細胞生存能力にとって少なくとも無害または本質的に無害である、例えば有害ではない。いくつかの局面において、分離される試料およびその中に含まれる成分の場所は変化するが、クロマトグラフィーマトリックスは既定の場所、通常は既定の位置にとどまる。したがって、いくつかの局面において、クロマトグラフィーマトリックスは「固定相」である。
通常、それぞれのクロマトグラフィーマトリックスは固相または半固相の形態を有するが、単離／分離される標的細胞を含有する試料は流体相である。クロマトグラフィー分離を達成するために使用される移動相も同じく流体相である。クロマトグラフィーマトリックスは、粒子状物質（任意の適当なサイズおよび形の）であってもよく、または紙基材またはメンブレンをはじめとするモノリシッククロマトグラフィー材料（実施例セクションを参照）であってもよい。したがって、クロマトグラフィーは、カラムクロマトグラフィーと平面クロマトグラフィーの両方であってもよい。標準的なクロマトグラフィーカラムに加えて、双方向流を可能にするカラムまたはピペットチップを、本明細書に記載されるような細胞のカラムベース／フロースルーモードベースのクロマトグラフィー分離に使用することもできる。したがって、場合によっては、ピペットチップまたは双方向流を可能にするカラムもまた、本方法において有用なクロマトグラフィーカラムに包含される。いくつかの局面において、粒子状のマトリックス材料が使用され、粒子状のマトリックス材料は、例えば、約5μm～約200μmまたは約5μm～約400μmまたは約5μm～約600μmの平均粒径を有し得る。いくつかの局面において、平面クロマトグラフィーが使用され、マトリックス材料は、平面クロマトグラフィーに適した任意の材料、例えば従来のセルロースベースまたは有機ポリマーベースのメンブレン（例えば紙メンブレン、ニトロセルロースメンブレン、ポリフッ化ビニリデン（PVDF）メンブレン）またはシリカコートされたガラスプレートであり得る。1つの態様において、クロマトグラフィーマトリックス／固定相は、非磁性材料または非磁化性材料である。
いくつかの局面において、クロマトグラフィーマトリックス／固定相は、非磁性材料または非磁化性材料である。そのような材料としては、誘導体化シリカまたは架橋ゲルがある。架橋ゲル（通常、ビーズ形態で製造される）は、架橋多糖類などの天然ポリマーに基づき得る。多糖類マトリックスの例は、アガロースゲル（例えば、様々なビーズおよび細孔径で市販されている、Superflow（商標）アガロースまたはSuperflow（商標）Sepharose（登録商標）などのSepharose（登録商標）材料）または架橋デキストランのゲルを含むが、これに限定されない。さらなる例は、いずれもGE HealthcareからSephadex（登録商標）またはSuperdex（登録商標）として市販されている（様々なビーズサイズおよび様々な細孔径で）、デキストランが共有結合している粒子状架橋アガロースマトリックスである。このようなクロマトグラフィー材料の別の例が、同じくGE Healthcareから様々なビーズおよび細孔径で市販されているSephacryl（登録商標）である。
いくつかの態様において、架橋ゲルはまた、自然界には存在しないポリマークラスなどの合成ポリマーに基づき得る。適当な例は、アガロースゲルまたは架橋デキストランのゲルを含むが、これに限定されない。架橋ゲルはまた、合成ポリマー、すなわち、自然界には存在しないポリマークラスに基づき得る。通常、細胞分離のためのクロマトグラフィー固定相が基づくそのような合成ポリマーは、極性モノマー単位を有する、ひいてはそれ自体が極性であるポリマーである。したがって、場合によっては、そのような極性ポリマーは親水性である。疎油性とも呼ばれる親水性の分子は、いくつかの局面において、水分子とで双極子－双極子相互作用を形成することができる部分を含有する。一般に、親油性とも呼ばれる疎水性の分子は、水から分離する傾向を有する。
好適な合成高分子の実例は、ポリアクリルアミド、スチレン-ジビニルベンゼンゲルおよびアクリラートとジオールまたはアクリルアミドとジオールの共重合体である。実例は、Fractogel（登録商標）として市販されているポリメタクリラートゲルである。さらなる例は、Toyopearl（登録商標）として市販されているエチレングリコールとメタクリラートの共重合体である。いくつかの態様では、クロマトグラフィー固定相はまた、天然および合成高分子成分、例えば、多糖とアガロースまたは多糖とN,N'-メチレンビスアクリルアミドの複合マトリックスまたは複合材料または共重合体、例えば、ポリアクリルアミド/アガロース複合材料を含み得る。デキストランとN,N'-メチレンビスアクリルアミドの共重合体の実例は、上述のSephacryl（登録商標）シリーズの材料である。誘導体化シリカは、合成高分子または天然高分子にカップリングされたシリカ粒子を含み得る。そのような態様の例は、多糖グラフトシリカ、ポリビニルピロリドングラフトシリカ、ポリエチレンオキシドグラフトシリカ、ポリ（2-ヒドロキシエチルアスパルトアミド）シリカおよびポリ（N-イソプロピルアクリルアミド）グラフトシリカを含むが、それらに限定されない。
本発明において利用されるクロマトグラフィーマトリックスは、いくつかの態様では、例えば、本明細書に記載されるような除去カートリッジにおいて使用されるときの、ゲル濾過（サイズ排除としても知られている）マトリックスである。ゲル濾過は、分離されるべき細胞との相互作用を少なくとも本質的に受けないように設計されるという特性を特徴とし得る。よって、ゲル濾過マトリックスは、本明細書において定義されているような細胞または他の生物学的実体の主にそれらのサイズに基づく分離を可能にする。それぞれのクロマトグラフィーマトリックスは、典型的には、上述したような粒子状多孔質材料である。クロマトグラフィーマトリックスは、ある特定の排除限界を有し得、その限界は、典型的には分子量に関して定義され、その分子量を超える分子は、細孔への侵入が完全に遮断される。サイズ排除限界を定義するそれぞれの分子量は、単離されるべき標的細胞（または生物学的実体）の重量に対応する重量を下回るように選択され得る。そのような態様では、標的細胞は、サイズ排除クロマトグラフィーマトリックスの細孔への侵入が妨げられる。同様に、アフィニティークロマトグラフィーマトリックスである固定相は、選択された標的細胞のサイズよりも小さいサイズである細孔を有し得る。例証的な態様では、アフィニティークロマトグラフィーマトリックスおよび/またはゲル濾過マトリックスは、0～約500nmの平均細孔サイズを有する。
受容体結合分子または競合試薬などの試料（例えば、ドナー試料）中に存在する他の成分は、細孔の排除限界を下回るサイズを有し得、これは、サイズ排除クロマトグラフィーマトリックスの細孔に侵入することができる。細孔容積に部分的にまたは完全に侵入することができるそのような成分のうち、その細孔容積によりアクセスできないより大きな分子が通常最初に溶出し、最も小さい分子が最後に溶出する。いくつかの態様では、サイズ排除クロマトグラフィーマトリックスの排除限界は、標的細胞の最大幅を下回るように選択される。よって、細孔容積にアクセス可能な成分は、通常、標的細胞よりも長く、サイズ排除クロマトグラフィーマトリックスの中に/上に残留するだろう。したがって、標的細胞は、試料の他の物質/成分から別々にクロマトグラフィーカラムの溶出液中に回収され得る。それゆえ、受容体結合試薬、またはあてはまる場合、競合試薬などの成分は、標的細胞よりも遅い時点で、ゲル濾過マトリックスから溶出する。ゲル浸透マトリックスが、結合部位、例えば、試料中に存在する受容体結合試薬および/または競合試薬などの試薬に結合可能である結合部位Zを含む親和性試薬（通常、その上に共有結合により結合されている）を含む場合、この分離の効果は、さらに高まるだろう。受容体結合試薬および/または競合試薬は、親和性試薬の結合部位Zに結合し、それにより、ゲル浸透マトリックス上に固定される。この方法は、通常、本発明おいて使用されるような除去カートリッジにおいて行われ、いくつかの態様では、本発明に係る方法、組み合わせおよびキットは、そのようなゲル濾過マトリックスを含むおよび/または利用する。それぞれの方法において、したがって、細胞は、サイズに基づいて分離される。
本発明において利用されるクロマトグラフィーマトリックスはまた、磁気により誘引可能な物質、例えば、1つまたは複数の磁気により誘引可能な粒子または磁性流体を含み得る。それぞれの磁気により誘引可能な粒子は、標的細胞に結合可能である結合部位を有する多量体化試薬または親和性試薬を含み得る。磁気により誘引可能な粒子は、反磁性、強磁性、常磁性または超常磁性の材料を含有し得る。超常磁性の材料は、永久磁化を生じることなく、誘導された磁場によって磁場に反応する。酸化鉄系の磁気粒子は、例えば、Dynal BiotechからDynabeads（登録商標）として、Miltenyi Biotecから磁気MicroBeadsとして、CPG Inc.から磁気多孔性ガラスビーズとして、ならびに様々な他の供給元、例えば、少し例を挙げれば、Roche Applied Science、BIOCLON、BioSource International Inc.、micromod、AMBION、Merck、Bangs Laboratories、Polysciences、またはNovagen Inc.から市販されている。超常磁性のCoおよびFeCoならびに強磁性のCoナノ結晶系の磁性ナノ粒子は、例えば、Hutten, A. et al.（J. Biotech. (2004), 112, 47-63）によって記載されている。しかしながら、いくつかの態様では、本発明において利用されるクロマトグラフィーマトリックスは、いかなる磁気により誘引可能な物質も有しない。
受容体結合試薬
上記のように、ある特定の局面において、本明細書に提供される方法は受容体結合試薬を用いる。いくつかの態様において、このセクションに記載されるような試薬は受容体結合試薬である。いくつかの態様において、受容体結合試薬は、細胞の表面上の分子、例えば細胞表面分子に結合する。いくつかの例において、細胞表面分子は選択マーカーである。いくつかの態様において、受容体結合試薬は、試料中の細胞の1つまたは複数によって発現される選択マーカーに特異的に結合することができる。いくつかの態様において、分子、例えば細胞表面分子または細胞表面受容体への特異的結合とは、本開示を通して、必ずしも、試薬がそのような分子だけに結合することを意味しない。例えば、ある分子に特異的に結合する試薬は、例えばイムノアッセイ、BIAcore（登録商標）、KinExA 3000計器（Sapidyne Instruments, Boise, ID）または他のアッセイによって測定されるように、一般にはずっと低いアフィニティーで他の分子にも結合し得る。場合によっては、特定の結合条件下、標的分子に結合する試薬の能力は、そのアフィニティーまたはアビディティーが、十分な統計的サイズのランダムなペプチドまたはポリペプチドの集合に対する同じ作用物質の平均アフィニティーまたはアビディティーの少なくとも5倍、例えば少なくとも10、20、30、40、50、100、250または500倍、またはさらには少なくとも1000倍の大きさであるような能力である。
いくつかの態様において、細胞、例えば標的細胞（例えばT細胞）は、細胞表面上に分子、例えば選択マーカーを有して、または発現して、選択される細胞が、少なくとも1つの共通の特異的分子（例えば選択マーカー）の存在によって決定されるようになっている。いくつかの態様において、標的細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）はまた、その分子（例えば選択マーカー）を欠くさらなる細胞を含有する場合もある。例えば、いくつかの態様において、T細胞は、複数の細胞タイプ、例えば赤血球またはB細胞を含有する試料（例えば、ドナー試料）から選択され得る。選択マーカーおよび受容体分子は、細胞表面分子を指すために本明細書中で互換可能に使用され得る。
いくつかの態様において、細胞表面、例えば標的細胞表面に位置する受容体分子は、本発明の方法におけるクロマトグラフィー分離プロセス中に細胞表面に共有結合的または非共有結合的に結合したまま残る限り、任意の分子であり得る。受容体分子は、受容体結合試薬が向けられ得る分子である。いくつかの態様において、受容体はペプチドまたはタンパク質、例えば膜受容体タンパク質である。いくつかの態様において、受容体は、脂質、多糖類、または核酸である。タンパク質である受容体は、表在性膜タンパク質または内在性膜タンパク質であり得る。それは、いくつかの態様において、膜にまたがる1つまたは複数のドメインを有し得る。特定の態様において、受容体分子は、免疫細胞の表面タンパク質、例えばCD4、CD8、またはCD57である。特定の態様において、受容体分子は、免疫細胞の表面タンパク質、例えばCD4、CD8、またはCD27である。場合によっては、T細胞の場合、受容体分子はCD3である。場合によっては、T細胞の場合、受容体分子はCD4またはCD8である。いくつかの態様において、受容体分子は、所望の細胞集団または部分集団、例えば、血液細胞、例えばリンパ球（例えばT細胞、CD57- T細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞）の集団または部分集団を決定する抗原であり得る。いくつかの態様において、受容体分子は、所望の細胞集団または部分集団、例えば、血液細胞、例えばリンパ球（例えばT細胞、CD27+ T細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞）の集団または部分集団を決定する抗原であり得る。
いくつかの局面において、細胞表面分子、例えば選択マーカーは、所望の細胞集団または部分集団、例えば、血液細胞、例えばリンパ球（例えばT細胞、Tヘルパー細胞、例えばCD57- T細胞、CD3+ T細胞、CD8+ T細胞、CD4+Tヘルパー細胞、B細胞、またはナチュラルキラー細胞）、単球または幹細胞、例えばCD34陽性末梢幹細胞またはNanogもしくはOct-4発現幹細胞の集団または部分集団を決定する抗原であり得る。いくつかの局面において、細胞表面分子、例えば選択マーカーは、所望の細胞集団または部分集団、例えば、血液細胞、例えばリンパ球（例えばT細胞、Tヘルパー細胞、例えば、CD27+ T細胞、CD3+ T細胞、CD8+ T細胞、CD4+Tヘルパー細胞、B細胞、またはナチュラルキラー細胞）、単球または幹細胞、例えばCD34陽性末梢幹細胞またはNanogもしくはOct-4発現幹細胞の集団または部分集団を決定する抗原であり得る。いくつかの態様において、選択マーカーは、T細胞またはT細胞のサブセットの表面に発現するマーカー、例えばCD57、CD25、CD28、CD62L、CCR7、CD27、CD127、CD3、CD4、CD8、CD45RA、および／またはCD45ROであってよい。T細胞の例は、CMV特異的CD8+Tリンパ球、細胞傷害性T細胞、メモリーT細胞、および制御性T細胞（Treg）などの細胞を含む。Tregの例はCD4 CD25 CD45RA Treg細胞を含み、メモリーT細胞の例はCD62L CD8+特異的セントラルメモリーT細胞を含む。
いくつかの態様では、受容体結合試薬は、結合部位Bを有するか含有する。ある特定の態様では、結合部位Bは、一価である。いくつかの局面では、一価の結合部位Bは、一価の抗体断片もしくは免疫グロブリン様機能を有するタンパク質性結合分子、アプタマーまたはMHC分子であるかそれを含有する。一価の抗体断片の例は、Fab断片、Fv断片、および二価の単鎖Fv断片を含む単鎖Fv断片（scFv）を含むが、それらに限定されない。（組換え）抗体断片の例は、Fab断片、Fv断片、単鎖Fv断片（scFv）、二価抗体断片、例えば（Fab)2'-断片、ダイアボディ、トリアボディ（Iliades, P., et al., FEBS Lett (1997) 409, 437-441）、デカボディ（Stone, E., et al., Journal of Immunological Methods (2007) 318, 88-94）および他のドメイン抗体（Holt, L.J., et al., Trends Biotechnol. (2003), 21, 11, 484-490）である。いくつかの態様では、受容体分子結合試薬の1つまたは複数の結合部位は、「デュオカリン（duocalin）」としても知られている二量体リポカリンムテインなどの二価のタンパク質性人工結合分子であり得る。いくつかの態様では、受容体結合試薬は、単一の第2結合部位を有し得、すなわち、それは、一価であり得る。一価の受容体結合試薬の例は、一価抗体断片、抗体様結合特性を有するタンパク質性結合分子またはMHC分子を含むが、それらに限定されない。
好適なタンパク質性結合分子のなおさらなる例は、EGF様ドメイン、Kringleドメイン、フィブロネクチンI型ドメイン、フィブロネクチンII型ドメイン、フィブロネクチンIII型ドメイン、PANドメイン、G1aドメイン、SRCRドメイン、Kunitz/Bovine膵臓トリプシンインヒビタードメイン、テンダミスタット（tendamistat）、Kazal型セリンプロテアーゼインヒビタードメイン、Trefoil（P型）ドメイン、フォン・ビルブラント因子C型ドメイン、アナフィラトキシン様ドメイン、CUBドメイン、チログロブリンI型リピート、LDL-受容体クラスAドメイン、Sushiドメイン、Linkドメイン、トロンボスポンジンI型ドメイン、免疫グロブリンドメインもしくは免疫グロブリン様ドメイン（例えば、ドメイン抗体またはラクダ重鎖抗体）、C型レクチンドメイン、MAMドメイン、フォン・ビルブラント因子A型ドメイン、ソマトメジンBドメイン、WAP型4ジスルフィドコアドメイン、F5/8 C型ドメイン、ヘモペキシンドメイン、SH2ドメイン、SH3ドメイン、ラミニン型EGF様ドメイン、C2ドメイン、「カッパボディ（Kappabodies）」（Ill.et al, Protein Eng. (1997) 10, 949-57を参照のこと、いわゆる「ミニボディ（minibody）」（Martin et al., EMBO J (1994) 13, 5303-5309）、ダイアボディ（Holliger et al., PNAS USA (1993) 90, 6444-6448を参照のこと）、いわゆる「Janusis」（Traunecker et al., EMBO J (1991) 10, 3655-3659、またはTraunecker et al., Int J Cancer (1992) Suppl 7, 51-52を参照のこと）、ナノボディ、マイクロボディ、アフィリン、アフィボディ、ノッチン、ユビキチン、ジンクフィンガータンパク質、自己蛍光タンパク質またはロイシンリッチリピートタンパク質である。抗体様機能を有する核酸分子の例は、アプタマーである。アプタマーは、規定の3次元モチーフに折り畳まれ、所与の標的構造に対して高親和性を示す。
特定の局面では、受容体結合タンパク質は、結合パートナーCを含有する。いくつかの局面では、受容体結合試薬に含まれる結合パートナーCは、例えば、炭化水素系（高分子を含む）であり得、窒素、リン、硫黄、炭素、ハロゲン、または擬ハロゲン基を含み得る。その結合パートナーは、アルコール、有機酸、無機酸、アミン、ホスフィン、チオール、ジスルフィド、アルカン、アミノ酸、ペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、タンパク質、核酸、脂質、糖、オリゴ糖、または多糖であり得る。さらなる例として、その結合パートナーは、カチオン、アニオン、ポリカチオン、ポリアニオン、ポリカチオン、電解質、高分子電解質、カーボンナノチューブまたはカーボンナノフォームでもあり得る。一般に、そのような結合パートナーは、多量体化試薬の結合部位に対して他の物質よりも高い親和性を有する。それぞれの結合パートナーの例は、クラウンエーテル、免疫グロブリン、その断片および抗体様機能を有するタンパク質性結合分子を含むが、それらに限定されない。
いくつかの態様では、受容体結合試薬に含まれる結合パートナーCは、ビオチンを含み、親和性試薬は、ビオチンに可逆的に結合するストレプトアビジン類似体またはアビジン類似体を含む。いくつかの態様では、受容体結合試薬に含まれる結合パートナーCは、ストレプトアビジンまたはアビジンに可逆的に結合するビオチン類似体を含み、親和性試薬は、それぞれのビオチン類似体に可逆的に結合するストレプトアビジン、アビジン、ストレプトアビジン類似体またはアビジン類似体を含む。いくつかの態様では、受容体結合試薬に含まれる結合パートナーCは、ストレプトアビジンまたはアビジン結合ペプチドを含み、親和性試薬は、それぞれのストレプトアビジンまたはアビジン結合ペプチドに可逆的に結合するストレプトアビジン、アビジン、ストレプトアビジン類似体またはアビジン類似体を含む。
いくつかの態様において、受容体結合試薬に含まれる結合パートナーはストレプトアビジン結合ペプチドを含み得る。いくつかの態様において、ペプチド配列は、SEQ ID NO：78に記載された配列に含有されるような、一般式His-Pro-Xaa（式中、Xaaは、グルタミン、アスパラギンまたはメチオニンである）の配列を含有する。いくつかの態様において、ペプチド配列は、SEQ ID NO：79に記載されるような、SEQ ID NO：69に記載された一般式を有する。一例において、ペプチド配列はTrp-Arg-His-Pro-Gln-Phe-Gly-Gly（Strep-tag（登録商標）とも呼ばれる。SEQ ID NO：75に記載）である。一例において、ペプチド配列はAla-Trp-Arg-His-Pro-Gln-Phe-Gly-Gly（Strep-tag（登録商標）とも呼ばれる。SEQ ID NO：90に記載）である。一例において、ペプチド配列は、例えば米国特許第6,103,493号に記載され、商品名Strep-Tactin（登録商標）の下で市販されているTrp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys（Strep-tag（登録商標）IIとも呼ばれる。SEQ ID NO：69に記載）である。ストレプトアビジン結合ペプチドは、例えば、例えば米国特許第5,506,121号に記載されている、「Strep-tag（登録商標）」などの単一ペプチドであってもく、または国際公開公報第02/077018号または米国特許第7,981,632号に記載されている、2つ以上の個々の結合分子の順次配置を有するストレプトアビジン結合ペプチドであってもよい。
いくつかの態様において、受容体結合試薬の結合パートナーCは、アフィニティータグとして当業者には公知の部分を含む。そのような態様において、アフィニティー試薬は、アフィニティータグに結合することが知られている対応する結合パートナー、例えば抗体または抗体断片を含む。公知のアフィニティータグのいくつかの実例として、受容体結合試薬に含まれる結合パートナーとしては、ジニトロフェノールもしくはジゴキシゲニン、オリゴヒスチジン、ポリヒスチジン、免疫グロブリンドメイン、マルトース結合タンパク質、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ（GST）、キチン結合タンパク質（CBP）もしくはチオレドキシン、カルモジュリン結合ペプチド（CBP）、FLAG'ペプチド、HAタグ、VSV-Gタグ、HSVタグ、T7エピトープ、マルトース結合タンパク質（MBP）、単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Dの配列のHSVエピトープ、配列の転写因子c-mycの「myc」エピトープ、V5タグまたはグルタチオン-S-トランスフェラーゼ（GST）がある。そのような態様において、アフィニティー試薬の1つまたは複数の結合部位（この場合は抗体または抗体断片）と抗原との間で形成される複合体は、遊離抗原、すなわち遊離ペプチド（エピトープタグ）または遊離タンパク質（例えばMBPまたはCBP）を加えることにより、競合的に破壊することができる。アフィニティータグはまた、オリゴヌクレオチドタグであってもよい。そのようなオリゴヌクレオチドタグは、例えば、アフィニティー試薬に結合した、またはアフィニティー試薬に含まれる、相補的配列を有するオリゴヌクレオチドにハイブリダイズするために使用されてもよい。
国際公開公報第2013/011011号（その内容全体が、あらゆる目的のために参照により本明細書に組み入れらる）に準じて、受容体結合試薬と標的細胞上の受容体分子との間の結合の強度は、受容体結合試薬を介するアフィニティー試薬への標的細胞の結合の可逆性にとって必ずしも必須ではない。むしろ、結合の強さにかかわらず、すなわち、結合部位Bを介する受容体結合試薬と受容体分子との間の結合の平衡解離定数（KD）が、低アフィニティー、例えば約10-3～約10-7MのKD範囲にあるのか、高アフィニティー、例えば約10-7～約1×10-10MのKD範囲にあるのかにかかわらず、結合部位Bを介する受容体結合試薬と受容体分子との結合の解離が十分な速さで起こる限り、標的細胞を可逆的に染色することができる。これに関して、結合部位Bを介する受容体結合試薬と受容体分子との間の結合の解離速度定数（k0ff）は、約3×10-5sec-1以上の値を有し得る（この解離速度定数は、受容体結合試薬の結合部位Bと標的細胞の表面上の受容体分子との間で形成される複合体の解離反応を特徴づける定数である）。受容体結合試薬の結合部位Bと標的細胞の表面上の受容体分子との間の解離反応の解離速度定数（kon）は、任意の値を有し得る。受容体分子と受容体結合試薬との間で十分に可逆的な結合を保証するためには、約3×10-5sec-1以上、約5×10-5sec-1以上、例えば約1×10-4sec-1以上、5×10-4sec-1以上、1×10-3sec-1以上、5×10-3sec-1以上、1×10-2sec-1以上、1×10-1sec-1以上、または5×10-1sec-1以上の値を有するように結合平衡のk0ff値を選択することが有利である。本明細書において使用される運動学的および熱力学的定数の値は、大気圧、すなわち1.013バールおよび室温、すなわち25℃の条件を指すということが留意されよう。
いくつかの態様において、受容体結合試薬は、受容体分子に特異的に結合することができる単一の（一価の）結合部位Bを有する。いくつかの態様において、受容体結合試薬は、受容体分子に結合することができる少なくとも2つの（すなわち、3つ、4つ、または5つの同一の結合部位Bを含む複数の結合部位B）を有する。これらの態様のいずれにおいても、結合部位B（のそれぞれ）を介する受容体分子の結合は、約3×10-5sec-1以上のkoff値を有し得る。したがって、受容体結合試薬は、一価（例えば、一価の抗体断片または一価の人工結合分子（タンパク質性またはその他の）、例えばリポカリンファミリーのポリペプチドに基づくムテイン（「Anticalin（登録商標）とも知られる）であってもよく、または二価分子、例えば両方の結合部位が保持されている抗体または断片、例えばF(ab'）2断片であってもよい。いくつかの態様において、koff速度が3×10-5sec-1以上であるならば、受容体分子は多価分子、例えば五量体IgE分子であってもよい。いくつかの態様において、Fabは抗CD57 Fabである。特定の態様において、Fabは抗CD4 Fabである。いくつかの態様において、Fabは抗CD8 Fabである。
本発明のいくつかの態様において、本明細書に記載される可逆的細胞アフィニティークロマトグラフィー技術によって生物学的物質の（トレースレス）単離を提供するものは、少なくとも結合部位Bを介する受容体結合試薬と標的細胞上の受容体細胞との結合のkoff速度（3×10-5sec-1以上の）ではなく、分子レベル上である。むしろ、例えば米国特許第7,776,562号または国際公開公報第02/054065に記載されているように、受容体分子と結合受容体結合試薬の結合部位Bとの間の低アフィニティー結合が、固定化されたアフィニティー試薬によって媒介されるアビディティー効果とともに、標的細胞の可逆的かつトレースレスな単離を可能にする。これらの態様において、アフィニティー試薬の2つ以上の結合部位Zと、少なくとも2つの受容体結合試薬の結合パートナーCとの間で、複合体を形成することができ、標的細胞の可逆的固定化およびその後のアフィニティークロマトグラフィーマトリックスからの溶離を可能にする（競合物質の添加によるものであり、これが結合パートナーCと結合部位Zとの間に形成された結合（複合体）を破壊し、次いで標的細胞からの受容体結合試薬の解離を招く）。上述したように、そのような低い結合アフィニティーは、結合部位Bを介する受容体結合試薬と標的細胞表面上の受容体分子との間の結合の場合、約1.0×10-3M～約1.0×10-7Mの範囲の解離定数（KD）を特徴とし得る。
いくつかの態様において、選択マーカーはCD57であってよく、受容体結合物質はCD57に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD57に特異的に結合する受容体結合物質は、抗CD57抗体、抗CD57抗体の二価抗体断片、抗CD57抗体の一価抗体断片、および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD57結合分子からなる群より選択され得る。いくつかの態様において、選択物質は抗CD57 Fab断片を含む。
いくつかの態様において、選択マーカーはCD27であってよく、受容体結合物質はCD27に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD27に特異的に結合する受容体結合物質は、抗CD27抗体、抗CD27抗体の二価抗体断片、抗CD27抗体の一価抗体断片、および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD27結合分子からなる群より選択され得る。いくつかの態様において、選択物質は抗CD27 Fab断片を含む。
いくつかの態様において、選択マーカーはCD4であってよく、受容体結合物質はCD4に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD4に特異的に結合する受容体結合物質は、抗CD4抗体、抗CD4抗体の二価抗体断片、抗CD4抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD4結合分子からなる群より選択され得る。いくつかの態様において、抗CD4抗体、例えば二価抗体断片または一価抗体断片（例えばCD4 Fab断片）は、抗体13B8.2またはCD4への特異的結合を保持する13B8.2の機能的に活性な変異体から誘導することができる。例えば、抗体13B8.2またはm13B8.2の例示的な変異体は、米国特許第7,482,000号、米国特許出願第2014/0295458号または国際公開公報第2013/124474号；およびBes, C, et al. J Biol Chem 278, 14265-14273 (2003)に記載されている。「m13B8.2」と呼ばれる変異体Fab断片は、米国特許第7,482,000号に記載されているように、CD4結合マウス抗体13B8.2の可変ドメインと、重鎖のためのタイプガンマの定常ヒトCH1ドメインおよびタイプカッパの定常ヒト軽鎖ドメインを含有する定常ドメインとを有する。いくつかの態様において、抗CD4抗体、例えば抗体13B8.2の変異体は、可変軽鎖中のアミノ酸置換H91A、可変軽鎖中のアミノ酸置換Y92A、可変重鎖中のアミノ酸置換H35Aおよび／または可変重鎖中のアミノ酸置換R53A（いずれもKabatナンバリングによる）を含有する。いくつかの局面において、m13B8.2中の13B8.2 Fab断片の可変ドメインと比べ、軽鎖の91位（SEQ ID NO：96の93位）のHis残基がAlaに変異し、重鎖の53位（SEQ ID NO：95の55位）のArg残基がAlaに変異している。いくつかの態様において、抗CD4またはその断片に可逆的に結合している試薬は、市販されているか、または市販されている試薬から誘導される（例えば、カタログNo.6-8000-206または6-8000-205または6-8002-100；IBA GmbH, Gottingen, Germany）。いくつかの態様において、受容体結合物質は抗CD4 Fab断片を含む。いくつかの態様において、抗CD4 Fab断片は、SEQ ID NO：95によって記載された配列を有する可変重鎖と、SEQ ID NO：96によって記載された配列を有する可変軽鎖とを含む。いくつかの態様において、抗CD4 Fab断片は、SEQ ID NO：95によって記載された配列を有する可変重鎖のCDRと、SEQ ID NO：96によって記載された配列を有する可変軽鎖のCDRとを含む。
いくつかの態様において、選択マーカーはCD8であってよく、受容体結合物質はCD8に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD8に特異的に結合する受容体結合物質は、抗CD8抗体、抗CD8抗体の二価抗体断片、抗CD8抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD8結合分子からなる群より選択され得る。いくつかの態様において、抗CD8抗体、例えば二価抗体断片または一価抗体断片（例えばCD8 Fab断片）は、抗体OKT8（例えばATCC CRL-8014）またはCD8への特異的結合を保持するその機能的に活性な変異体から誘導することができる。いくつかの態様において、抗CD8またはその断片に可逆的に結合している試薬は、市販されているか、または市販されている試薬から誘導される（例えば、カタログNo.6-8003または6-8000-201；IBA GmbH, Gottingen, Germany）。いくつかの態様において、受容体結合物質は抗CD8 Fab断片を含む。いくつかの態様において、抗CD8 Fab断片は、SEQ ID NO：97によって記載された配列を有する可変重鎖と、SEQ ID NO：98によって記載された配列を有する可変軽鎖とを含む。いくつかの態様において、抗CD8 Fab断片は、SEQ ID NO：97によって記載された配列を有する可変重鎖のCDRと、SEQ ID NO：98によって記載された配列を有する可変軽鎖のCDRとを含む。
いくつかの態様において、選択マーカーはCD3であってよく、受容体結合物質はCD3に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD3に特異的に結合する受容体結合物質は、抗CD3抗体、抗CD3抗体の二価抗体断片、抗CD3抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD3結合分子からなる群より選択され得る。いくつかの態様において、抗CD3抗体、例えば二価抗体断片または一価抗体断片（例えばCD3 Fab断片）は、抗体OKT3（例えばATCC CRL-8001；例えば、Stemberger et al. PLoS One. 2012; 7(4): e35798を参照）またはCD3への特異的結合を保持するその機能的に活性な変異体から誘導することができる。いくつかの態様において、抗CD3またはその断片に可逆的に結合している試薬は、市販されている、または市販されている試薬から誘導される（例えば、カタログNo.6-8000-201、6-8001-100；IBA GmbH, Gottingen, Germany）。いくつかの態様において、受容体結合物質は抗CD3 Fab断片を含む。いくつかの態様において、抗CD3 Fab断片は、SEQ ID NO：93によって記載された配列を有する可変重鎖と、SEQ ID NO：94によって記載された配列を有する可変軽鎖とを含む。いくつかの態様において、抗CD3 Fab断片は、SEQ ID NO：93によって記載された配列を有する可変重鎖のCDRと、SEQ ID NO：94によって記載された配列を有する可変軽鎖のCDRとを含む。
上記例のいずれにおいても、二価抗体断片は、(Fab)2'断片または二価一本鎖Fv断片であってよく、一方一価抗体断片は、Fab断片、Fv断片および一本鎖Fv断片（scFv）からなる群より選択され得る。上記例のいずれにおいても、抗体様結合特性を有するタンパク質性結合分子は、アプタマー、リポカリンファミリーのポリペプチドに基づくムテイン、グルボディ、アンキリン足場に基づくタンパク質、結晶足場に基づくタンパク質、アドネクチンおよびアビマーであり得る。
特定の態様では、クロマトグラフィー単離による単離および／または選択の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD57-CD3+ T細胞を含む濃縮T細胞の1つまたは複数の集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）が得られる。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、CD57-CD3+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、クロマトグラフィー単離による単離および／または選択の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD27+CD3+ T細胞を含む濃縮T細胞の1つまたは複数の集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）が得られる。具体的な態様では、Cd27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、CD27+CD3+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、クロマトグラフィー単離による単離および／または濃縮の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD57-CD4+ T細胞を含む濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団が得られる。特定の態様では、CD4+ T細胞のインプット組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD8+ T細胞しか含まない、および／またはCD8+ T細胞を含有しない、および／またはCD8+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、CD57-CD4+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、クロマトグラフィー単離による単離および／または濃縮の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD27+CD4+ T細胞を含む濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団が得られる。特定の態様では、CD4+ T細胞のインプット組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD8+ T細胞しか含まない、および／またはCD8+ T細胞を含有しない、および／またはCD8+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、CD27+CD4+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、クロマトグラフィー単離による単離および／または濃縮の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD57-CD8+ T細胞を含む濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団が得られる。特定の態様では、CD8+ T細胞の集団は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD4+ T細胞しか含有しない、および／またはCD4+ T細胞を含有しない、および／またはCD4+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、CD57-CD8+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、クロマトグラフィー単離による単離および／または濃縮の結果、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD27+CD8+ T細胞を含む濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団が得られる。特定の態様では、CD8+ T細胞の集団は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD4+ T細胞しか含有しない、および／またはCD4+ T細胞を含有しない、および／またはCD4+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、CD27+CD8+ T細胞から本質的になる。
2. 選択される組成物
特定の態様では、提供されたCD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団を、T細胞を刺激、活性化、操作（例えば、ノックインおよび／またはノックアウト）、形質導入、培養、または拡大するための方法に関連して使用して、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、例えば、1つまたは複数の免疫細胞を含有するドナー細胞集団等の生体試料（例えば、ドナー試料）の単離、選択、または濃縮から得られる。
いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団は、個々のドナーからのものである。いくつかの態様では、個々のドナーからのCD57枯渇T細胞集団を、少なくとも1つの他の個々のドナーからのCD57枯渇T細胞集団と組み合わせて、プールCD57枯渇T細胞集団を生成する。いくつかの態様では、複数の個々のドナーからの各CD57枯渇T細胞集団を組み合わせて、プールCD57枯渇T細胞集団を生成する。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団は、複数の異なるドナーからのものである。
いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満または約10％、5％、1％、もしくは0.1％未満のCD57+ T細胞しか含有しない。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、ドナー試料中に存在していたCD57+ T細胞の頻度の25％、20％、15％、10％、もしくは5％未満または約25％、20％、15％、10％、もしくは5％未満を含有する。特定の態様では、集団のCD4+ T細胞の少なくとも85％、90％、95％、または99％が、CD57-CD4+ T細胞である。具体的な態様では、集団のCD8+ T細胞の少なくとも85％、90％、95％、または99％が、CD57-CD8+ T細胞である。具体的な態様では、集団のCD3+ T細胞の少なくとも85％、90％、95％、または99％が、CD57-CD3+ T細胞である。
特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、生T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞、および／もしくはCD8+ T細胞であるかまたは含む。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団の細胞は、生T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞、および／もしくはCD8+ T細胞、または前述のいずれかの組み合わせであるかあるいは含む。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団の細胞は、生CD57- T細胞、CD57-CD3+ T細胞、CD57-CD4+ T細胞、CD57-CD8+ T細胞、または前述のいずれかの組み合わせであるかあるいは含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、CD4+およびCD8+のT細胞を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、1：5または約1：5から、5：1または約5：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、1：3または約1：3から、3：1または約3：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、1：2または約1：2から、2：1または約2：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比を含む。
特定の態様では、T細胞の濃縮は、生体試料からCD57+細胞を選択または除去し、次いで、CD57について陰性選択された集団からCD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を別々に選択して、例えば、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団および濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団を作製することを含む。いくつかの態様では、これら集団は、別々にしたままであり、例えば、その後別々に凍結保護し、保存する、および／または組み換え受容体を発現するように別々に操作する。具体的な態様では、例えば、1：1のCD57-CD4+ T細胞対CD57-CD8+ T細胞の比で、別々の集団を組み合わせる。
いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、75％超もしくは約75％超または75％超もしくは約75％超のCD3+/CD57-細胞を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、80％超または約80％超のCD3+/CD57-細胞を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、85％超または約85％超のCD3+/CD57-細胞を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、90％超または約90％超のCD3+/CD57-細胞を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、75％もしくは約75％のCD3+/CD57-細胞を含むかまたはそれより多い。
具体的な態様は、細胞を含有する試料、集団、または組成物におけるCD57発現の量、例えば、CD57+ T細胞の量を、任意の好適な公知の手段によって測定できることを企図する。いくつかの態様では、試料、集団、または組成物におけるCD57発現を測定して、試料、集団、または組成物におけるCD57+細胞、例えばCD57+ T細胞の量、頻度、または百分率を測定、評価、または決定する。特定の態様では、試料、集団、または組成物におけるCD57発現を測定して、試料、集団、または組成物におけるCD57+細胞、例えばCD57+ T細胞の量、頻度、または百分率を測定、評価、または決定する。
いくつかの態様では、より高い百分率のCD57+細胞を有する細胞組成物では、増殖性拡大が可能な細胞の百分率がより低くなり得る。場合によっては、より高い百分率のCD57+細胞を有する操作細胞組成物は、増殖能の低下と関連しており、細胞療法用の操作T細胞組成物を生成するための製造プロセスにおいてプロセス時間が延長される、閾値細胞数を達成するための倍加時間が長くなる、細胞分化が増加する、および／または収集基準を満たさなくなることがある。
また、いくつかの局面では、拡大可能な細胞の集団を同定するための方法であって、集団におけるCD57+細胞の頻度を測定する工程を含み、CD57+細胞の頻度が閾値頻度を下回る場合、細胞の集団は拡大可能であると同定される方法も提供される。任意のそのような態様のいくつかでは、閾値頻度は、35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満である百分率である。任意のそのような態様のいくつかでは、拡大可能な集団は、増殖または拡大を促進する条件下における4、5、6、7、または8日以内の培養で少なくとも2倍、4倍、8倍、もしくは16倍または少なくとも約2倍、4倍、8倍、もしくは16倍拡大する。
また、いくつかの局面では、T細胞の集団の拡大能力を判定するための方法であって、T細胞の集団におけるCD57発現に関連する形質の値を測定する工程を含み、形質の値が形質の閾値の値より低いまたはおよそ形質の閾値の値より低い場合、T細胞の集団は拡大可能であると判定される場合である方法も提供される。
いくつかの態様では、閾値閾値の値は、i）複数の参照T細胞集団における、CD57発現に関連する形質の平均または中央の測定値より25％、20％、15％、10％、もしくは5％、約25％、20％、15％、10％、もしくは5％、または25％、20％、15％、10％、もしくは5％以内下回り、および／あるいは平均もしくは中央の測定値よりまたはおよそ平均もしくは中央の測定値より1標準偏差だけ下回る；ii）複数の参照T細胞集団のうちの集団におけるCD57発現に関連する形質の最低測定値を下回り、任意で、最低測定値を50％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内下回る；iii）複数の参照T細胞組成物からの試料の65％、75％、80％、85％超から算出されたCD57発現に関連する形質の平均または中央の測定値を下回り；複数の参照T細胞集団は、T細胞の増殖または拡大を促進する条件下で培養したときに拡大しなかった複数の集団であり、任意で、4、5、6、7または8日以内の培養で細胞が少なくとも2倍、4倍、8倍、もしくは16倍または少なくとも約2倍、4倍、8倍、もしくは16倍拡大しなかった集団である。
いくつかの態様では、形質は、全T細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞において発現するCD57ポリペプチドのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、細胞集団中に存在するCD57+ T細胞、CD57+CD4+ T細胞、またはCD57+CD8+ T細胞の頻度、百分率、または量である。いくつかの態様では、形質は、CD3+ T細胞で発現するCD57ポリペプチドのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、細胞集団中に存在するCD57+CD3+ T細胞T細胞の頻度、百分率、または量である。いくつかの態様では、形質は、細胞集団におけるT細胞中に存在するCD57 mRNAのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、CD57をコードしている遺伝子（B3GAT1）のクロマチンアクセシビリティのレベルまたは量である。
特定の態様では、提供されたCD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団を、T細胞を刺激、活性化、操作（例えば、ノックインおよび／またはノックアウト）、形質導入、培養、または拡大するための方法に関連して使用して、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、例えば、1つまたは複数の免疫細胞を含有するドナー細胞集団等の生体試料（例えば、ドナー試料）の単離、選択、または濃縮から得られる。
いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団は、個々のドナーからのものである。いくつかの態様では、個々のドナーからのCD27濃縮T細胞集団を、少なくとも1つの他の個々のドナーからのCD27濃縮T細胞集団と組み合わせて、プールCD27濃縮T細胞集団を生成する。いくつかの態様では、複数の個々のドナーからの各CD27濃縮T細胞集団を組み合わせて、プールCD27濃縮T細胞集団を生成する。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団は、複数の異なるドナーからのものである。
いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満または約10％、5％、1％、もしくは0.1％未満のCD27- T細胞を含有する。具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、ドナー試料中に存在していたCD27- T細胞の頻度の25％、20％、15％、10％、もしくは5％未満または約25％、20％、15％、10％、もしくは5％未満を含有する。特定の態様では、集団のCD4+ T細胞の少なくとも85％、90％、95％、または99％が、CD27+CD4+ T細胞である。具体的な態様では、集団のCD8+ T細胞の少なくとも85％、90％、95％、または99％が、CD27+CD8+ T細胞である。具体的な態様では、集団のCD3+ T細胞の少なくとも85％、90％、95％、または99％が、CD27+CD3+ T細胞である。
特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、生T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞、および／もしくはCD8+ T細胞であるかまたは含む。具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団の細胞は、生T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞、および／もしくはCD8+ T細胞、または前述のいずれかの組み合わせであるかあるいは含む。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団の細胞は、生CD27+ T細胞、CD27+CD3+ T細胞、CD27+CD4+ T細胞、CD27+CD8+ T細胞、または前述のいずれかの組み合わせであるかあるいは含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、CD4+およびCD8+のT細胞を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、1：5または約1：5から、5：1または約5：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、1：3または約1：3から、3：1または約3：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、1：2または約1：2から、2：1または約2：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比を含む。
特定の態様では、T細胞の濃縮は、生体試料からCD27-細胞を選択または除去し、次いで、CD27について陰性選択された集団からCD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を別々に選択して、例えば、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団および濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団を作製することを含む。いくつかの態様では、これらの集団は、別々にしたままであり、例えば、その後別々に凍結保護し、保存する、および／または組み換え受容体を発現するように別々に操作する。具体的な態様では、例えば、1：1のCD27+CD4+ T細胞対CD27+CD8+ T細胞の比で、別々の集団を組み合わせる。
いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、75％超もしくは約75％超または75％超もしくは約75％超のCD3+／CD27+細胞を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、80％超または約80％超のCD3+／CD27+細胞を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、85％超または約85％超のCD3+／CD27+細胞を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、90％超または約90％超のCD3+／CD27+細胞を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、75％もしくは約75％のCD3+／CD27+細胞を含むかまたはそれより多い。
具体的な態様は、細胞を含有する試料、集団、または組成物におけるCD27発現の量、例えば、CD27+ T細胞の量を、任意の好適な公知の手段によって測定できることを企図する。いくつかの態様では、試料、集団、または組成物におけるCD27発現を測定して、試料、集団、または組成物におけるCD27-細胞、例えばCD27- T細胞の量、頻度、または百分率を測定、評価、または決定する。いくつかの態様では、試料、集団、または組成物におけるCD27発現を測定して、試料、集団、または組成物におけるCD27-細胞、例えばCD27- T細胞の量、頻度、または百分率を測定、評価、または決定する。
いくつかの態様では、より高い百分率のCD27-細胞を有する細胞組成物では、増殖性拡大が可能な細胞の百分率がより低くなり得る。場合によっては、より高い百分率のCD27-細胞を有する操作細胞組成物は、増殖能の低下と関連しており、細胞療法用の操作T細胞組成物を生成するための製造プロセスにおいてプロセス時間が延長される、閾値細胞数を達成するための倍加時間が長くなる、細胞分化が増加する、および／または収集基準を満たさなくなることがある。
また、いくつかの局面では、拡大可能な細胞の集団を同定するための方法であって、集団におけるCD27-細胞の頻度を測定する工程を含み、CD27-細胞の頻度が閾値頻度を下回る場合、細胞の集団は拡大可能であると同定される方法も提供される。任意のそのような態様のいくつかでは、閾値頻度は、35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満である百分率である。任意のそのような態様のいくつかでは、拡大可能な集団は、増殖または拡大を促進する条件下における4、5、6、7、または8日以内の培養で少なくとも2倍、4倍、8倍、もしくは16倍または少なくとも約2倍、4倍、8倍、もしくは16倍拡大する。
また、いくつかの局面では、T細胞の集団の拡大能力を判定するための方法であって、T細胞の集団におけるCD27発現に関連する形質の値を測定する工程を含み、形質の値が形質の閾値の値より低いまたはおよそ形質の閾値の値より低い場合、T細胞の集団は拡大可能であると判定される場合である方法も提供される。
いくつかの態様では、閾値閾値の値は、i）複数の参照T細胞集団における、CD27発現に関連する形質の平均または中央の測定値を25％、20％、15％、10％、もしくは5％、約25％、20％、15％、10％、もしくは5％、または25％、20％、15％、10％、もしくは5％以内下回る、および／あるいは平均もしくは中央の測定値よりまたはおよそ平均もしくは中央の測定値より1標準偏差だけ下回る；ii）複数の参照T細胞集団のうちの集団におけるCD27発現に関連する形質の最低測定値を下回り、任意で、最低測定値を50％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内下回る；iii）複数の参照T細胞組成物からの試料の65％、75％、80％、85％超から算出されたCD27発現に関連する形質の平均または中央の測定値を下回り；複数の参照T細胞集団は、T細胞の増殖または拡大を促進する条件下で培養したときに拡大しなかった複数の集団であり、任意で、4、5、6、7または8日以内の培養で細胞が少なくとも2倍、4倍、8倍、もしくは16倍または少なくとも約2倍、4倍、8倍、もしくは16倍拡大しなかった集団である。
いくつかの態様では、形質は、全T細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞において発現するCD27ポリペプチドのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、細胞集団中に存在するCD27- T細胞、CD27-CD4+ T細胞、またはCD27-CD8+ T細胞の頻度、百分率、または量である。いくつかの態様では、形質は、CD3+ T細胞で発現するCD27ポリペプチドのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、細胞集団中に存在するCD27-CD3+ T細胞T細胞の頻度、百分率、または量である。いくつかの態様では、形質は、細胞集団におけるT細胞中に存在するCD27 mRNAのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、CD27をコードしている遺伝子（CD27）のクロマチンアクセシビリティのレベルまたは量である。
いくつかの態様では、方法は、T細胞の集団における1つまたは複数の第2の遺伝子産物の発現に関連する第2の形質の第2の値を測定する工程を更に含み、形質の値が形質の閾値の値より小さいまたはおよそ形質の閾値より小さい場合、および第2の形質の第2の値が第2の形質の閾値より大きいまたはおよそ第2の形質の閾値より大きい場合、集団は拡大可能である。
いくつかの態様では、第2の遺伝子産物は、ナイーブ様T細胞に関連するマーカーである。いくつかの態様では、1つまたは複数の第2の遺伝子産物は、CD27、CD28、CCR7、またはCD45RAから選択される。いくつかの態様では、1つまたは複数の第2の遺伝子産物は、CD27およびCD28である。
特定の態様では、陰性発現、例えば、CD57またはCD57-の陰性発現は、例えば、抗体染色を伴う技術等の標準的な技術を使用して検出したとき、バックグラウンド発現のレベルと等しいかまたはそれより少ない発現である。特定の態様では、陰性発現、例えば、CD27またはCD27+の陰性発現は、例えば、抗体染色を伴う技術等の標準的な技術を使用して検出したとき、バックグラウンド発現のレベルと等しいかまたはそれより少ない発現である。特定の態様では、陰性発現は、免疫組織化学的検査、免疫蛍光、またはフローサイトメトリーベースの技術等であるがそれらに限定されるわけではない、タンパク質または遺伝子の発現を評価するための好適な技術によって検出したとき、バックグラウンド発現のレベルと等しいかまたはそれより少ない。いくつかの態様では、例えば、特定のタンパク質の陽性発現は、バックグラウンドを上回る量、レベル、または濃度のタンパク質の表面発現であるかまたは含む。具体的な態様では、例えば、特定のタンパク質の陰性発現は、バックグラウンドのまたはそれを下回る量、レベル、または濃度のタンパク質の表面発現であるかまたは含む。
特定の態様では、本明細書において提供される方法は、例えば、タンパク質または遺伝子（例えば、CD57）について陽性または陰性の発現を有する試料、組成物、または集団中の細胞を定量するために、試料、集団、または組成物における1つまたは複数のタンパク質または遺伝子（例えば、CD57）の発現を評価、測定、判定、および／または定量する1つまたは複数の工程を含む。特定の態様では、本明細書において提供される方法は、例えば、タンパク質または遺伝子（例えば、CD27）について陽性または陰性の発現を有する試料、組成物、または集団中の細胞を定量するために、試料、集団、または組成物における1つまたは複数のタンパク質または遺伝子（例えば、CD27）の発現を評価、測定、判定、および／または定量する1つまたは複数の工程を含む。このような工程は、タンパク質、表面タンパク質、mRNA、または遺伝子のアクセシビリティ、例えばエピジェネティック遺伝子のアクセシビリティのレベルの測定等、発現に関連する任意の好適な形質の評価、測定、判定、および／または定量を含み得る。
いくつかの態様では、タンパク質（例えば、CD57）の発現は、細胞の表面上で発現するタンパク質、または遺伝子によってコードされているタンパク質のレベル、量、または濃度を評価、測定、判定、および／または定量することであるかまたは含む。いくつかの態様では、タンパク質（例えば、CD27）の発現は、細胞の表面上で発現するタンパク質、または遺伝子によってコードされているタンパク質のレベル、量、または濃度を評価、測定、判定、および／または定量することであるかまたは含む。具体的な態様では、タンパク質（例えば、CD57）の発現は、タンパク質の表面発現、例えば、細胞の表面上のタンパク質のレベル、量、または濃度を評価、測定、判定、および／または定量することによって評価される。具体的な態様では、タンパク質（例えば、CD27）の発現は、タンパク質の表面発現、例えば、細胞の表面上のタンパク質のレベル、量、または濃度を評価、測定、判定、および／または定量することによって評価される。具体的な態様では、タンパク質の表面発現について陽性である細胞、例えば、表面タンパク質の測定に使用される技術のバックグラウンドシグナルより大きい、より大きい量、濃度、または密度の表面上のタンパク質を有する細胞の量、頻度、または百分率。具体的な態様では、タンパク質（例えば、CD57）の表面発現は、免疫組織化学的検査、免疫蛍光、またはフローサイトメトリーベースの技術によって測定される。具体的な態様では、タンパク質（例えば、CD27）の表面発現は、免疫組織化学的検査、免疫蛍光、またはフローサイトメトリーベースの技術によって測定される。いくつかの態様では、タンパク質の表面発現について陽性である細胞の量、頻度、または百分率は、免疫組織化学的検査、免疫蛍光、またはフローサイトメトリーベースの技術等の好適な公知の技術によって求められる。
具体的な態様では、試料、組成物、または集団におけるタンパク質発現、例えば表面発現について陰性または陽性である細胞の量、頻度、または百分率は、フローサイトメトリーによって求められる。いくつかの態様では、タンパク質は、CD3、CD4、CD8、CD25、CD27、CD28、CD57、CCR7、またはCD45RAである。具体的な態様では、タンパク質は、CD57である。具体的な態様では、タンパク質は、CD27である。
具体的な態様では、試料、集団、または組成物におけるタンパク質（例えば、CD57）の発現は、タンパク質のレベル、量、または濃度を評価、測定、判定、および／または定量するための任意の好適な方法であるかまたは含む。具体的な態様では、試料、集団、または組成物におけるタンパク質（例えば、CD27）の発現は、タンパク質のレベル、量、または濃度を評価、測定、判定、および／または定量するための任意の好適な方法であるかまたは含む。そのような方法には、イムノアッセイ、核酸ベースまたはタンパク質ベースのアプタマー技術、HPLC（高精度液体クロマトグラフィー）、ペプチドシーケンシング（エドマン分解シーケンシングまたは任意でHPLCに連結された質量分析（MS/MS等））、および前述のいずれかのマイクロアレイ適応（核酸、抗体、またはタンパク質-タンパク質（すなわち、非抗体）アレイを含む）を用いた検出が含まれるが、それらに限定されるわけではない。いくつかの態様では、イムノアッセイは、例えば、抗体または抗原結合抗体断片の遺伝子産物への結合を検出することにより、免疫学的反応に基づいてタンパク質を検出する方法またはアッセイであるかまたは含む。イムノアッセイには、定量的免疫細胞化学的または免疫組織化学的検査、ELISA（直接、間接、サンドイッチ、競合、多重、およびポータブルのELISAを含む（例えば、米国特許第7,510,687号を参照）、ウェスタンブロッティング（1次元、2次元、またはより高次元のブロッティングまたは他のクロマトグラフィー手段を含み、任意でペプチドシーケンシングを含む）、エンザイムイムノアッセイ（EIA）、RIA（ラジオイムノアッセイ）、およびSPR（表面プラズモン共鳴）が含まれるが、それらに限定されるわけではない。
特定の態様では、タンパク質またはその対応する遺伝子の発現は、タンパク質（例えば、CD57）をコードしているmRNA（またはmRNAに由来するcDNA産物）を測定することによって、測定、評価、または定量される。特定の態様では、タンパク質またはその対応する遺伝子の発現は、タンパク質（例えば、CD27）をコードしているmRNA（またはmRNAに由来するcDNA産物）を測定することによって、測定、評価、または定量される。具体的な態様では、mRNA（または対応するcDNA）の量またはレベルは、逆転写酵素（rt）PCR、ドロップレットデジタルPCR、リアルタイムおよび定量PCR法（例えば、TAQMAN（登録商標）、分子ビーコン、LIGHTUP（商標）、SCORPION（商標）、SIMPLEPROBES（登録商標）を含む；例えば、米国特許第5,538,848号、同第5,925,517号、同第6,174,670号、同第6,329,144号、同第6,326,145号、および同第6,635,427号を参照）を含む（PCR）；ノーザンブロッティング；例えば逆転写の産物および誘導体のサザンブロッティング；ブロットアレイ、マイクロアレイ、またはインサイチュー合成アレイを含むアレイベースの方法；ならびに、シーケンシング、例えば、合成によるシーケンシング、パイロシーケンシング、ジデオキシシーケンシング、もしくはライゲーションによるシーケンシング、またはShendure et al., Nat. Rev. Genet.5:335-44 (2004) もしくはNowrousian, Euk. Cell 9(9): 1300-1310 (2010)で論じられているもの等の任意の他の公知のアッセイ方法（HELICOS（登録商標）、ROCHE（登録商標）454、ILLUMINA（登録商標）／SOLEXA（登録商標）、ABI SOLiD（登録商標）、POLONATOR（登録商標）シーケンシング等の指定のプラットフォームを含む）の任意の好適な手段によって評価、測定、判定、および／または定量される。いくつかの態様では、mRNAの発現は、RNAシーケンシング（RNA-Seq）等の次世代シーケンシング法によって判定される。RNAシーケンシング法は、最も一般的なDNAシーケンシングプラットフォーム（HiSeqシステム（Illumina）、454 Genome Sequencer FLXシステム（Roche）、Applied Biosystems SOLiD（Life Technologies）、IonTorrent（Life Technologies））に適応している。これらプラットフォームでは、最初にRNAをcDNAに逆転写する必要がある。逆に、1分子シーケンサーHeliScope（Helicos BioSciences）は、RNAをシーケンシングのためのテンプレートとして使用することができる。
いくつかの態様では、タンパク質またはその対応する遺伝子の発現は、タンパク質のエピジェネティック解析であるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞の集団を、遺伝子のアクセシビリティ、例えば、CD57をコードしているB3GAT1のアクセシビリティについて評価する。いくつかの態様では、タンパク質またはその対応する遺伝子の発現は、タンパク質のエピジェネティック解析であるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞の集団を、遺伝子のアクセシビリティ、例えば、CD27をコードしているCD27遺伝子のアクセシビリティについて評価する。エピジェネティック解析は、クロマチンのアクセシビリティについて調べるためのシーケンシングを用いたトランスポザーゼアクセシブルクロマチンアッセイ（ATAC-seq）を含むがこれに限定されるわけではない任意の好適な公知の手段によって実施してよい。
いくつかの態様では、濃縮CD57-細胞の集団（例えば、プールCD57枯渇T細胞集団、CD57枯渇T細胞集団、および／または操作T細胞組成物）は、25％、20％、15％、12％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％、約25％、20％、15％、12％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％、あるいは25％、20％、15％、12％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％未満または約25％、20％、15％、12％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％未満のCD57+ T細胞しか含有しない。特定の態様では、濃縮CD57-細胞の集団は、CD57+細胞を本質的に含まない。具体的な態様では、濃縮CD57-細胞の集団は、20％未満または約20％未満のCD57+細胞しか含有しない。特定の態様では、濃縮CD57-細胞の集団は、10％未満または約10％未満のCD57+細胞しか含有しない。いくつかの態様では、濃縮CD57-細胞の集団は、5％未満または約5％未満のCD57+細胞しか含有しない。様々な態様では、濃縮CD57-細胞の集団は、1％、0.1％、もしくは0.01％未満または約1％、0.1％、もしくは0.01％未満のCD57+細胞しか含有しない。
特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD57- T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD57- T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD57- T細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも99％、99.9％、もしくは99.99％または少なくとも約99％、99.9％、もしくは99.99％のCD57- T細胞を含有する。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD57- T細胞である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD57-CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも70％または少なくとも約70％のCD57-CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD57-CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD57-CD3+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも99％、99.9％、もしくは99.99％または少なくとも約99％、99.9％、もしくは99.99％のCD57-CD3+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD57-CD3+ T細胞である。
いくつかの態様では、濃縮CD27+細胞の集団（例えば、プールCD27濃縮T細胞集団、CD27濃縮T細胞集団、および／または操作T細胞組成物）は、25％、20％、15％、12％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％、約25％、20％、15％、12％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％、あるいは25％、20％、15％、12％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％未満または約25％、20％、15％、12％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％未満のCD27- T細胞しか含有しない。特定の態様では、濃縮CD27+細胞の集団は、CD27-細胞を本質的に含まない。具体的な態様では、濃縮CD27+細胞の集団は、20％未満または約20％未満のCD27-細胞しか含有しない。特定の態様では、濃縮CD27+細胞の集団は、10％未満または約10％未満のCD27-細胞しか含有しない。いくつかの態様では、濃縮CD27+細胞の集団は、5％未満または約5％未満のCD27-細胞しか含有しない。様々な態様では、濃縮CD27+細胞の集団は、1％、0.1％、もしくは0.01％未満または約1％、0.1％、もしくは0.01％未満のCD27-細胞しか含有しない。
特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD27+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD27+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD27+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも99％、99.9％、もしくは99.99％または少なくとも約99％、99.9％、もしくは99.99％のCD27+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD27+細胞である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD27+CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも70％または少なくとも約70％のCD27+CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD27+CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD27+CD3+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも99％、99.9％、もしくは99.99％または少なくとも約99％、99.9％、もしくは99.99％のCD27+CD3+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD27+CD3+ T細胞である。
具体的な態様では、濃縮CD57- T細胞の集団（例えば、プールCD57枯渇T細胞集団、CD57枯渇T細胞集団、および／または操作T細胞組成物）の細胞は、生細胞であるかまたは含む。具体的な態様では、濃縮CD27+ T細胞の集団（例えば、プールCD27濃縮T細胞集団、CD27濃縮T細胞集団、および／または操作T細胞組成物）の細胞は、生細胞であるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞生存率は、色素取り込みアッセイ（例えば、カルセインAMアッセイ）、XTT細胞生存率アッセイ、および色素排除アッセイ（例えば、トリパンブルー、エオシン、またはプロピジウムの色素排除アッセイ）を含み得るがこれらに限定されるわけではないアッセイを用いて評価される。具体的な態様では、生細胞は、1つまたは複数のアポトーシスマーカー、例えば、アネキシンVまたは活性カスパーゼ3の陰性発現を有する。いくつかの態様では、生細胞は、カスパーゼもしくは活性カスパーゼ、例えば、カスパーゼ2、カスパーゼ3、カスパーゼ6、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、もしくはカスパーゼ10、Bcl-2ファミリーのメンバー、例えば、Bax、Bad、およびBid、アネキシンV、またはTUNELの染色を含み得るがこれらに限定されるわけではない1つまたは複数のアポトーシスマーカーの発現について陰性である。具体的な態様では、生細胞は、活性カスパーゼ3陰性である。特定の態様では、生細胞は、アネキシンV陰性である。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団の細胞の少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも97％もしくは少なくとも約97％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％が、生細胞である。いくつかの態様では、生細胞は、生CD3+、生CD4+、生CD8+、生CD57-、生CD57-CD3+、生CD57-CD4+、もしくは生CD57-CD8+のT細胞、または前述のいずれかの組み合わせであるかまたは含む。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団の細胞の少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも97％もしくは少なくとも約97％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％が、生細胞である。いくつかの態様では、生細胞は、生CD3+、生CD4+、生CD8+、生CD27+-、生CD27+CD3+、生CD27+CD4+、もしくは生CD27+CD8+のT細胞、または前述のいずれかの組み合わせであるかまたは含む。いくつかの態様では、生細胞は、活性カスパーゼ3陰性である。具体的な態様では、生細胞は、アネキシンV陰性である。
特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD57-CD4+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD57-CD4+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも90％または少なくとも約90％のCD57- T細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD57-CD4+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD57-CD4+ T細胞である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD57-CD8+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD57-CD8+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも90％または少なくとも約90％のCD57-CD8+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD57-CD8+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD57-CD8+ T細胞である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD57-CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD57-CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも90％または少なくとも約90％のCD57-CD3+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD57-CD3+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD57-CD3+ T細胞である。
特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD27+CD4+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD27+CD4+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも90％または少なくとも約90％のCD27+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD27+CD4+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD27+CD4+ T細胞である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD27+CD8+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD27+CD8+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも90％または少なくとも約90％のCD27+CD8+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD27+CD8+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD27+CD8+ T細胞である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、または少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％もしくは少なくとも約60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、99.5％、99.9％、99.99％、あるいは100％または約100％のCD27+CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも80％または少なくとも約80％のCD27+CD3+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも90％または少なくとも約90％のCD27+CD3+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも95％または少なくとも約95％のCD27+CD3+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団の細胞の全てまたは本質的に全てが、CD27+CD3+ T細胞である。
具体的な態様では、濃縮CD57-細胞の集団の細胞の頻度は、ナイーブ様細胞である。いくつかの態様では、ナイーブ様T細胞は、細胞がナイーブであるおよび／またはナイーブ様細胞であることを示す1つまたは複数のマーカーの発現について陽性であるT細胞である。特定の態様では、ナイーブ様T細胞は、T細胞におけるナイーブまたはナイーブ様の状態に関連するマーカーの発現について陽性である細胞である。具体的な態様では、ナイーブ様T細胞は、細胞がナイーブではないおよび／またはナイーブ様細胞ではないことを示す1つまたは複数のマーカーの発現について陰性であるT細胞である。特定の態様では、T細胞における非ナイーブまたは非ナイーブ様の状態は、例えば、エフェクターT（TEFF）細胞、メモリT細胞、セントラルメモリT細胞（TCM）、エフェクターメモリT（TEM）細胞、およびこれらの組み合わせを含むが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、ナイーブ様T細胞は、細胞がナイーブであるおよび／もしくはナイーブ様細胞であることを示す、ならびに／またはT細胞におけるナイーブもしくはナイーブ様の状態に関連する少なくとも1つまたはそれより多いマーカーの発現について陽性である。いくつかの態様では、マーカーは、細胞表面上で発現する。特定の態様では、ナイーブ様T細胞は、細胞が非ナイーブであるおよび／または非ナイーブ様細胞である、ならびに／またはT細胞における非ナイーブもしくは非ナイーブ様の状態に関連することを示す少なくとも1つまたはそれより多いマーカーの発現について陰性である。
T細胞がナイーブであるおよび／もしくはナイーブ様T細胞であることを示す、ならびに／またはT細胞におけるナイーブもしくはナイーブ様の状態に関連するマーカーは、CD27、CD28、CD45RA、CD62L、および／またはCCR7を含むが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様のCD4+および／またはCD8+のT細胞は、CD27、CD28、CD45RA、および／またはCCR7の発現について陽性である。特定の態様では、ナイーブ様T細胞は、CD27、CD28、CD45RA、および／またはCCR7のうちの1つまたは複数の表面発現について陽性である。いくつかの態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様のCD4+および／またはCD8+のT細胞は、CD62Lの発現について陰性である。いくつかの態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様CD3+ T細胞は、CD62Lの発現について陰性である。いくつかの態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様のCD3+、CD4+、および／またはCD8+のT細胞は、CD62Lの発現について陰性である。
細胞が非ナイーブおよび／もしくは非ナイーブ様のT細胞であることを示す、ならびに／またはT細胞における非ナイーブもしくは非ナイーブ様の状態に関連するマーカーは、CD25、CD45RO、CD56、KLRG1、および／またはCD95を含むが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様のCD4+および／またはCD8+のT細胞は、CD25、CD45RO、CD56、および／またはKLRG1の発現について陰性である。具体的な態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様のCD4+および／またはCD8+のT細胞は、非ナイーブまたは非ナイーブ様の細胞に関連するマーカーの低発現を有する。いくつかの態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様CD3+ T細胞は、CD25、CD45RO、CD56、および／またはKLRG1の発現について陰性である。具体的な態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様CD3+ T細胞は、非ナイーブまたは非ナイーブ様の細胞に関連するマーカーの低発現を有する。具体的な態様では、ナイーブ様T細胞は、CD95の低発現を有する。特定の態様では、ナイーブ様T細胞は、CD25、CD45RO、CD56、および／またはKLRG1のうちの1つまたは複数の表面発現について陰性である。
いくつかの態様では、非ナイーブまたは非ナイーブ様の細胞に関連するマーカーの低発現は、非ナイーブ様細胞である細胞、ならびに／あるいは細胞が非ナイーブおよび／もしくは非ナイーブ様のT細胞であることを示すならびに／またはT細胞における非ナイーブもしくは非ナイーブ様の状態に関連する1つまたは複数のマーカーについて陽性である細胞におけるマーカーの発現より少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、または少なくとも99％少ない発現であるかまたは含む。特定の態様では、非ナイーブまたは非ナイーブ様の細胞に関連するマーカーの低発現は、エフェクターT（TEFF）細胞、メモリT細胞、セントラルメモリT細胞（TCM）、および／またはエフェクターメモリT（TEM）細胞におけるマーカーの発現より少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、または少なくとも99％少ない発現であるかまたは含む。
いくつかの態様では、細胞が非ナイーブおよび／もしくは非ナイーブ様T細胞であることを示す、ならびに／またはT細胞における非ナイーブもしくは非ナイーブ様の状態に関連するマーカーは、1つまたは複数のサイトカインを含む。例えば、特定の態様では、非ナイーブまたは非ナイーブ様のT細胞は、IL-2、IFN-γ、IL-4、およびIL-10のうちの1つまたは複数の発現および／または生成について陰性である。いくつかの態様では、1つまたは複数のサイトカインは、分泌される。具体的な態様では、1つまたは複数のサイトカインは、例えば、分泌を防止、阻害、または低減する作用物質による処理中または後に、非ナイーブ様T細胞によって内部発現される。
特定の態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様CD57- T細胞は、CD45RAおよびCCR7の発現、例えば、表面発現について陽性である。特定の態様では、ナイーブ様T細胞、例えば、ナイーブ様CD27+ T細胞は、CD45RAおよびCCR7の発現、例えば、表面発現について陽性である。具体的な態様では、ナイーブ様CD4+ T細胞は、CD45RAおよびCCR7の発現、例えば、表面発現について陽性である。いくつかの態様では、ナイーブ様CD8+ T細胞は、CD45RAおよびCCR7の発現、例えば、表面発現について陽性である。いくつかの態様では、ナイーブ様CD3+ T細胞は、CD45RAおよびCCR7の発現、例えば、表面発現について陽性である。具体的な態様では、ナイーブ様T細胞は、CD45RA、CD27、およびCCR7の発現、例えば、表面発現について陽性であり、CD45ROの発現、例えば、表面発現について陰性である。具体的な態様では、ナイーブ様CD4+ T細胞は、CD45RA、CD27、およびCCR7の発現、例えば、表面発現について陽性であり、CD45ROの発現、例えば、表面発現について陰性である。いくつかの態様では、ナイーブ様CD8+ T細胞は、CD45RA、CD27、およびCCR7の発現、例えば、表面発現について陽性であり、CD45ROの発現、例えば、表面発現について陰性である。いくつかの態様では、ナイーブ様CD3+ T細胞は、CD45RA、CD27、およびCCR7の発現、例えば、表面発現について陽性であり、CD45ROの発現、例えば、表面発現について陰性である。
特定の態様では、濃縮CD57- T細胞の集団（例えば、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団）は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CD25発現について陽性であるT細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD57-CD25+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％～60％もしくは約10％～60％、20％～50％もしくは約20％～50％、または25％～40％もしくは約25％～40％（両端の値を含む）のCD25+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％～60％もしくは約10％～60％、20％～50％もしくは約20％～50％、または25％～40％もしくは約25％～40％（両端の値を含む）のCD57-CD25+ T細胞を含有する。
特定の態様では、濃縮CD27+ T細胞の集団（例えば、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団）は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CD25発現について陽性であるT細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD27+CD25+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％～60％もしくは約10％～60％、20％～50％もしくは約20％～50％、または25％～40％もしくは約25％～40％（両端の値を含む）のCD25+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％～60％もしくは約10％～60％、20％～50％もしくは約20％～50％、または25％～40％もしくは約25％～40％（両端の値を含む）のCD27+CD25+ T細胞を含有する。
特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CD27発現について陽性であるT細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD57-CD27+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％～60％もしくは約10％～60％、20％～50％もしくは約20％～50％、または25％～40％もしくは約25％～40％（両端の値を含む）のCD27+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％～60％もしくは約10％～60％、20％～50％もしくは約20％～50％、または25％～40％もしくは約25％～40％（両端の値を含む）のCD57-CD27+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも25％または少なくとも約25％のCD27+ T細胞を含有する。
特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CD57発現について陰性であるT細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD57-CD27+ T細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％～60％もしくは約10％～60％、20％～50％もしくは約20％～50％、または25％～40％もしくは約25％～40％（両端の値を含む）のCD57- T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％～60％もしくは約10％～60％、20％～50％もしくは約20％～50％、または25％～40％もしくは約25％～40％（両端の値を含む）のCD57-CD27+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも25％または少なくとも約25％のCD57- T細胞を含有する。
具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CD28発現について陽性であるT細胞を含有する。様々な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD57-CD28+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD28+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD57-CD28+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも25％または少なくとも約25％のCD28+ T細胞を含有する。
具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CD28発現について陽性であるT細胞を含有する。様々な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD27+CD28+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD28+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD27+CD28+ T細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも25％または少なくとも約25％のCD28+ T細胞を含有する。
いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CCR7発現について陽性であるT細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD57-CCR7+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCCR7+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD57-CCR7+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも25％または少なくとも約25％のCCR7+ T細胞を含有する。
いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CCR7発現について陽性であるT細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD27+CCR7+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCCR7+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD27+CCR7+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも25％または少なくとも約25％のCCR7+ T細胞を含有する。
いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CD45RA発現について陽性であるT細胞を含有する。特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD57-CD45RA+ T細胞を含有する。来る（come）態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD45RA+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD57-CD45RA+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも25％または少なくとも約25％のCD45RA+ T細胞を含有する。
いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％の、CD45RA発現について陽性であるT細胞を含有する。特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％、あるいは少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％または少なくとも約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％のCD27+CD45RA+ T細胞を含有する。来る（come）態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD45RA+ T細胞を含有する。具体的な態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、5％もしくは約5％から50％もしくは約50％、5％もしくは約5％から35％もしくは約35％、または10％もしくは約10％から25％もしくは約25％（両端の値を含む）のCD27+CD45RA+ T細胞を含有する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも25％または少なくとも約25％のCD45RA+ T細胞を含有する。
いくつかの態様では、枯渇集団（例えば、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団）におけるナイーブ様細胞の頻度は、生体試料中のナイーブ様細胞の頻度またはおおよその頻度より少なくとも10％、20％、30％、40％、もしくは50％または少なくとも約10％、20％、30％、40％、もしくは50％高い。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団におけるCD25+ T細胞、CD27+ T細胞、CD28+ T細胞、CCR7+ T細胞、またはCD45RA+ T細胞のうちの1つまたは複数の頻度は、生体試料におけるそれぞれの細胞の頻度またはおおよその頻度より少なくとも10％、20％、30％、40％、もしくは50％または少なくとも約10％、20％、30％、40％、もしくは50％高い。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも15％、20％、25％、30％、35％、もしくは40％または少なくとも約15％、20％、25％、30％、35％、もしくは40％のCD27+ T細胞を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも10％、15％、20％、25％、25％、30％、35％、もしくは40％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、25％、30％、35％、もしくは40％のCD28+ T細胞を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％もしくは80％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％もしくは80％のCD27+CD28+ T細胞を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも70％もしくは80％または少なくとも約70％もしくは80％のCD27+CD28+ T細胞を含む。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、少なくとも10％、15％、20％、もしくは25％または少なくとも約10％、15％、20％、もしくは25％のCCR7+ T細胞を含む。
いくつかの態様では、枯渇集団（例えば、プールCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団）におけるナイーブ様細胞の頻度は、生体試料中のナイーブ様細胞の頻度またはおおよその頻度より少なくとも10％、20％、30％、40％、もしくは50％または少なくとも約10％、20％、30％、40％、もしくは50％高い。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団におけるCD25+ T細胞、CD27+ T細胞、CD28+ T細胞、CCR7+ T細胞、またはCD45RA+ T細胞のうちの1つまたは複数の頻度は、生体試料におけるそれぞれの細胞の頻度またはおおよその頻度より少なくとも10％、20％、30％、40％、もしくは50％または少なくとも約10％、20％、30％、40％、もしくは50％高い。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも15％、20％、25％、30％、35％、もしくは40％または少なくとも約15％、20％、25％、30％、35％、もしくは40％のCD27+ T細胞を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも10％、15％、20％、25％、25％、30％、35％、もしくは40％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、25％、30％、35％、もしくは40％のCD28+ T細胞を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％もしくは80％または少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％もしくは80％のCD27+CD28+ T細胞を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも70％もしくは80％または少なくとも約70％もしくは80％のCD27+CD28+ T細胞を含む。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、少なくとも10％、15％、20％、もしくは25％または少なくとも約10％、15％、20％、もしくは25％のCCR7+ T細胞を含む。
特定の態様では、選択された細胞組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、遺伝子操作に用いるための細胞、例えば、遺伝的に操作されるかまたは遺伝的に操作された細胞を生成するためのプロセスを経る細胞の集団を含む。特定の態様では、細胞を、組み換え受容体をコードしている核酸で処理するか、接触させるか、または共にインキュベートする。特定の態様では、インプット組成物は、T細胞、生T細胞、CD57- T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、および／またはそれらの亜集団を含有する。
特定の態様では、選択された細胞組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、遺伝子操作に用いるための細胞、例えば、遺伝的に操作されるかまたは遺伝的に操作された細胞を生成するためのプロセスを経る細胞の集団を含む。特定の態様では、細胞を、組み換え受容体をコードしている核酸で処理するか、接触させるか、または共にインキュベートする。特定の態様では、インプット組成物は、T細胞、生T細胞、CD27+ T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、および／またはそれらの亜集団を含有する。
いくつかの態様では、細胞生存率は、色素取り込みアッセイ（例えば、カルセインAMアッセイ）、XTT細胞生存率アッセイ、および色素排除アッセイ（例えば、トリパンブルー、エオシン、またはプロピジウムの色素排除アッセイ）を含み得るが、これらに限定されるわけではないアッセイを用いて評価される。具体的な態様では、生細胞は、1つまたは複数のアポトーシスマーカー、例えば、アネキシンVまたは活性カスパーゼ3の陰性発現を有する。いくつかの態様では、生細胞は、カスパーゼもしくは活性カスパーゼ、例えば、カスパーゼ2、カスパーゼ3、カスパーゼ6、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、もしくはカスパーゼ10、Bcl-2ファミリーのメンバー、例えば、Bax、Bad、およびBid、アネキシンV、またはTUNELの染色を含み得るがこれらに限定されるわけではない1つまたは複数のアポトーシスマーカーの発現について陰性である。具体的な態様では、生細胞は、活性カスパーゼ3陰性である。特定の態様では、生細胞は、アネキシンV陰性である。
いくつかの態様では、インプット組成物は、濃縮CD57- T細胞、例えば、生CD57- T細胞の集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）を含む。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD57- T細胞、例えば生CD57- T細胞である。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD57- T細胞、例えば生CD57- T細胞である。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD57- T細胞、例えば生CD57- T細胞である。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、CD57- T細胞、例えば生CD57- T細胞から本質的になる。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団は、CD57- T細胞、例えば、生CD57- T細胞から本質的になる。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団は、CD57- T細胞、例えば、生CD57- T細胞から本質的になる。
特定の態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、濃縮CD3+ T細胞が濃縮された細胞の集団である。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD3+ T細胞である細胞であるかまたは含む。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD3+ T細胞である細胞であるかまたは含む。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、CD3+ T細胞から本質的になる。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD57-、例えば、生CD57- T細胞である細胞CD3+ T細胞であるかまたは含む。
特定の態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、濃縮CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞が濃縮された細胞、例えば、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞の集団である。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD3+ T細胞（CD4+およびCD8+のT細胞）である細胞であるかまたは含む。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD4+およびCD8+のT細胞である細胞であるかまたは含む。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、CD4+およびCD8+のT細胞から本質的になる。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD57-、例えば、生CD57- T細胞である細胞CD3+ T細胞（CD4+およびCD8+の細胞）であるかまたは含む。
特定の態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、濃縮CD4+ T細胞の集団である。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD4+ T細胞である。いくつかの態様では、インプット集団は、CD4+ T細胞から本質的になる。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD57-、例えば、生CD57- T細胞である細胞CD4+ T細胞であるかまたは含む。
特定の態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、濃縮CD8+ T細胞の集団である。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD8+ T細胞である。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、CD8+ T細胞から本質的になる。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD57-、例えば、生CD57- T細胞である細胞CD8+ T細胞であるかまたは含む。
いくつかの態様では、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団からの細胞と濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団からの細胞とを混合、組み合わせ、および／またはプールして、CD57-CD4+ T細胞およびCD57-CD8+ T細胞を含有するインプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）を作製する。特定の態様では、濃縮CD57-CD4+ T細胞およびCD57-CD8+ T細胞の集団を、プール、混合、および／または組み合わせた後に、細胞を刺激する、例えば、細胞を刺激条件下で培養する。具体的な態様では、濃縮CD57-CD4+およびCD57-CD8+ T細胞の集団を凍結、例えば凍結保存し、解凍した後に、濃縮CD57-CD4+およびCD57-CD8+ T細胞の集団をプール、混合、および／または組み合わせる。
特定の態様では、濃縮CD57-CD4+細胞の集団からの細胞を濃縮CD57-CD8+細胞の集団からの細胞と混合、プール、および／または組み合わせることによって、インプット集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）を生成する、作製する、または作る。特定の態様では、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団は、少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、または99.9％のCD57-CD4+ T細胞を含有する。具体的な態様では、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団は、100％のCD57-CD4+ T細胞を含有するか、または約100％のCD57-CD4+ T細胞を含有する。特定の態様では、濃縮T細胞の集団は、20％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD57-CD8+ T細胞を含むかもしくは含有する、および／またはCD57-CD8+ T細胞を含有しない、および／またはCD57-CD8+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、細胞の集団は、CD57-CD4+ T細胞から本質的になる。特定の態様では、濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団は、少なくとも75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、もしくは99.9％のCD57-CD8+ T細胞を含有するか、または100％もしくは約100％のCD57-CD8+ T細胞を含有する。特定の態様では、濃縮CD57-CD8+ T細胞の集団は、20％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD57-CD4+ T細胞を含むかもしくは含有する、および／またはCD57-CD4+ T細胞を含有しない、および／またはCD57-CD4+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、細胞の集団は、CD57-CD8+ T細胞から本質的になる。
いくつかの態様では、インプット組成物は、濃縮CD27+ T細胞、例えば、生CD27+ T細胞の集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）を含む。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD27+ T細胞、例えば生CD27+ T細胞である。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD27+ T細胞、例えば生CD27+ T細胞である。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD27+ T細胞、例えば生CD27+ T細胞である。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、CD27+ T細胞、例えば生CD27+ T細胞から本質的になる。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団は、CD27+ T細胞、例えば、生CD27+ T細胞から本質的になる。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団は、CD27+ T細胞、例えば、生CD27+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、濃縮CD3+ T細胞が濃縮された細胞の集団である。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD3+ T細胞である細胞であるかまたは含む。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD3+ T細胞である細胞であるかまたは含む。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、CD3+ T細胞から本質的になる。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD27+である細胞CD3+ T細胞、例えば、生CD27+ T細胞であるかまたは含む。
特定の態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、濃縮CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞が濃縮された細胞、例えば、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞の集団である。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD3+ T細胞（CD4+およびCD8+のT細胞）である細胞であるかまたは含む。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD4+およびCD8+のT細胞である細胞であるかまたは含む。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、CD4+およびCD8+のT細胞から本質的になる。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD27+、例えば、生CD27+ T細胞である細胞CD3+ T細胞（CD4+およびCD8+の細胞）であるかまたは含む。
特定の態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、濃縮CD4+ T細胞の集団である。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD4+ T細胞である。いくつかの態様では、インプット集団は、CD4+ T細胞から本質的になる。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD27+、例えば、生CD27+ T細胞である細胞CD4+ T細胞であるかまたは含む。
特定の態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、濃縮CD8+ T細胞の集団である。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）の細胞の少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％が、CD8+ T細胞である。いくつかの態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、CD8+ T細胞から本質的になる。具体的な態様では、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％の、CD27+、例えば、生CD27+ T細胞である細胞CD8+ T細胞であるかまたは含む。
いくつかの態様では、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団からの細胞と濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団からの細胞とを混合、組み合わせ、および／またはプールして、CD27+CD4+ T細胞およびCD27+CD8+ T細胞を含有するインプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）を作製する。特定の態様では、濃縮CD27+CD4+ T細胞およびCD27+CD8+ T細胞の集団をプール、混合、および／または組み合わせた後に、細胞を刺激する、例えば、細胞を刺激条件下で培養する。具体的な態様では、濃縮CD27+CD4+およびCD27+CD8+ T細胞の集団を凍結、例えば凍結保存し、解凍した後に、濃縮CD27+CD4+およびCD27+CD8+ T細胞の集団をプール、混合、および／または組み合わせる。
特定の態様では、濃縮CD27+CD4+細胞の集団からの細胞を濃縮CD27+CD8+細胞の集団からの細胞と混合、プール、および／または組み合わせることによって、インプット集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）を生成する、作製する、または作る。特定の態様では、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団は、少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、または99.9％のCD27+CD4+ T細胞を含有する。具体的な態様では、濃縮CD27+CD4+ T細胞の集団は、100％のCD27+CD4+ T細胞を含有するか、または約100％のCD27+CD4+ T細胞を含有する。特定の態様では、濃縮T細胞の集団は、20％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD27+CD8+ T細胞を含むかもしくは含有する、および／またはCD27+CD8+ T細胞を含有しない、および／またはCD27+CD8+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、細胞の集団は、CD27+CD4+ T細胞から本質的になる。特定の態様では、濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団は、少なくとも75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、もしくは99.9％のCD27+CD8+ T細胞を含有するか、または100％もしくは約100％のCD27+CD8+ T細胞を含有する。特定の態様では、濃縮CD27+CD8+ T細胞の集団は、20％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD27+CD4+ T細胞を含むかもしくは含有する、および／またはCD27+CD4+ T細胞を含有しない、および／またはCD27+CD4+ T細胞を含まないかもしくは実質的に含まない。いくつかの態様では、細胞の集団は、CD27+CD8+ T細胞から本質的になる。
特定の態様では、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を、1：10～10：1、1：5～5：1、4：1～1：4、1：3～3：1、2：1～1：2、1.5：1～1：1.5、1.25：1～1：1.25、1.2：1～1：1.2、1.1：1～1：1.1、または約1：1もしくは1：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比でプール、混合、および／または組み合わせる。具体的な態様では、生CD4+ T細胞および生CD8+ T細胞を、1：10～10：1、1：5～5：1、4：1～1：4、1：3～3：1、2：1～1：2、1.5：1～1：1.5、1.25：1～1：1.25、1.2：1～1：1.2、1.1：1～1：1.1、または約1：1もしくは1：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比でプール、混合、および／または組み合わせる。
具体的な態様では、インプット組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、700×106個、800×106個、900×106個、1,000×106個、1,100×106個、もしくは1,200×106個、約50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、700×106個、800×106個、900×106個、1,000×106個、1,100×106個、もしくは1,200×106個、または少なくとも50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、700×106個、800×106個、900×106個、1,000×106個、1,100×106個、もしくは1,200×106個の量のT細胞、例えば生T細胞、生CD3+ T細胞、または生CD4+およびCD8+混合T細胞を有する。具体的な態様では、インプット組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、約50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、または少なくとも50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個の量のCD4+ T細胞、例えば、生CD4+ T細胞を有する。特定の態様では、インプット組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、約50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、または少なくとも50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個の量のCD8+ T細胞、例えば、生CD8+ T細胞を有する。具体的な態様では、インプット組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、700×106個、800×106個、900×106個、1,000×106個、1,100×106個、もしくは1,200×106個、約50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、700×106個、800×106個、900×106個、1,000×106個、1,100×106個、もしくは1,200×106個、または少なくとも50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、700×106個、800×106個、900×106個、1,000×106個、1,100×106個、もしくは1,200×106個の量のT細胞、例えば生T細胞、生CD3+ T細胞、または生CD4+およびCD8+混合T細胞を有する。具体的な態様では、インプット組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、約50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、または少なくとも50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個の量のCD4+ T細胞、例えば、生CD4+ T細胞を有する。特定の態様では、インプット組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、約50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、または少なくとも50×106個、100×106個、150×106個、200×106個、250×106個、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個の量のCD8+ T細胞、例えば、生CD8+ T細胞を有する。いくつかの態様では、細胞の量は、同じ組成物中で一緒にプール、混合、および／または組み合わせられた生CD4+ T細胞および生CD8+ T細胞の量である。そのような態様では、CD4+およびCD8+のT細胞は、1：3～3：1、2：1～1：2、1.5：1～1：1.5、1.25：1～1.25、1.2：1～1：1.2、1.1：1～1：1.1、または約1：1もしくは1：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比で存在する。いくつかの態様では、細胞の量は、約1：1または1：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比で一緒にプール、混合、および／または組み合わせられた生CD4+ T細胞および生CD8+ T細胞の量である。
具体的な態様では、インプット組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、300×106個～600×106個または約300×106個～600×106個の量のT細胞、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。具体的な態様では、インプット組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、300×106個～600×106個または約300×106個～600×106個の量のT細胞、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、300×106個または約300×106個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、400×106個または約400×106個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、500×106個または約500×106個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、600×106個または約600×106個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、700×106個または約700×106個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、800×106個または約800×106個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、900×106個または約900×106個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、100×107個または約100×107個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、110×107個または約110×107個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。いくつかの態様では、インプット集団は、120×107個または約120×107個の量の、例えば、生CD3+細胞または生CD4+および生CD8+混合細胞（例えば、1：1または約1：1の比で混合）を有する。
特定の態様では、インプット組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）が、最高で目標数（2n）までまたは最高でおよそ目標数（2n）までのT細胞、例えば、生T細胞、生CD3+ T細胞、または生CD4+およびCD8+混合T細胞を有するように、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞をプール、混合、および／または組み合わせる。特定の態様では、インプット組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）が、最高で目標数（2n）までまたは最高でおよそ目標数（2n）までのT細胞、例えば、生T細胞、生CD3+ T細胞、または生CD4+およびCD8+混合T細胞を有するように、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞をプール、混合、および／または組み合わせる。濃縮CD4+ T細胞を含む組成物が少なくともn個のCD4+ T細胞を含み、濃縮CD8+ T細胞を含む組成物（例えば、CD4+ T細胞組成物と同じドナーに由来、例えば、ドナーからの同じアフェレーシスまたは白血球除去の試料に由来）が少なくともn個のCD8+ T細胞を含む特定の態様では、CD4+ T細胞組成物からのCD4+ T細胞n個とCD8+ T細胞組成物からのCD8+ T細胞n個とをプール、混合、および／または組み合わせて（すなわち、1：1のCD4+対CD8+比）、目標数（2n）のT細胞を含有するインプット組成物を作製する。濃縮CD4+ T細胞を含む組成物がn個以下の（例えば、より少ない）CD4+ T細胞を含み、濃縮CD8+ T細胞を含む組成物（例えば、CD4+ T細胞組成物と同じドナーに由来、例えば、ドナーからの同じアフェレーシスまたは白血球除去の試料に由来）がn個以下の（例えば、より少ない）CD8+ T細胞を含む特定の態様では、CD4+ T細胞組成物の全細胞とCD8+ T細胞組成物の全細胞とをプール、混合、および／または組み合わせて、インプット組成物を作製する。これら態様では、インプット組成物は、目標数（2n）より少ないT細胞を含有する場合がある。濃縮CD4+ T細胞を含む組成物がn個より少ないCD4+ T細胞を含有し、濃縮CD8+ T細胞を含む組成物（例えば、CD4+ T細胞組成物と同じドナーに由来、例えば、ドナーからの同じアフェレーシスまたは白血球除去の試料に由来）がn個より多いCD8+ T細胞を含有するかまたは逆の場合の特定の態様では、インプット組成物が最高で目標数（2n）までのT細胞を含有するように、CD4+またはCD8+のT細胞組成物の細胞を使用して別の細胞型を補う。前述の態様のいずれかにおいて、目標数2nは、300×106個、350×106個、400×106個、450×106個、500×106個、550×106個、600×106個、700×106個、800×106個、900×106個、1,000×106個、1,100×106個、または1,200×106個であってよい。
特定の態様では、濃縮CD4+ T細胞を含む組成物からの450×106個のCD4+ T細胞および濃縮CD8+ T細胞を含む組成物（例えば、CD4+ T細胞組成物と同じドナーに由来、例えば、ドナーからの同じアフェレーシスまたは白血球除去の試料に由来）からの450×106個のCD8+ T細胞をプール、混合、および／または組み合わせて、900×106個のCD4+およびCD8+のT細胞を含有するインプット組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）を作製する。特定の態様では、濃縮CD4+ T細胞を含む組成物からの450×106個のCD4+ T細胞および濃縮CD8+ T細胞を含む組成物（例えば、CD4+ T細胞組成物と同じドナーに由来、例えば、ドナーからの同じアフェレーシスまたは白血球除去の試料に由来）からの450×106個のCD8+ T細胞をプール、混合、および／または組み合わせて、900×106個のCD4+およびCD8+のT細胞を含有するインプット組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）を作製する。特定の態様では、濃縮CD4+ T細胞を含む組成物が450×106個より少ないCD4+ T細胞を含有し、濃縮CD8+ T細胞を含む組成物（例えば、CD4+ T細胞組成物と同じドナーに由来、例えば、ドナーからの同じアフェレーシスまたは白血球除去の試料に由来）が450×106個より少ないCD8+ T細胞を含有するとき、CD4+ T細胞組成物の全細胞とCD8+ T細胞組成物の全細胞とをプール、混合、および／または組み合わせて、インプット組成物を作製する。特定の態様では、組成物のいずれかが450×106個より少ないCD4+またはCD8+の細胞を含有するが、他方の組成物が450×106個より多いCD8+細胞またはCD4+細胞を含有するとき、最高で900×106個までのCD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を組み合わせてインプット組成物を作製する。インプット組成物中のCD4+およびCD8+のT細胞の合計数は、900×106個未満であってもよい。言い換えれば、刺激に供される最高で目標数（2n）までのT細胞、例えば、最高で900×106個までのT細胞を含むインプット組成物を作製するために、濃縮CD4+ T細胞を含む組成物の細胞を使用して濃縮CD8+ T細胞を含む組成物を補ってもよく、逆もまた同様である。
上記の態様では、細胞の選択、単離、分離、濃縮、および／または精製のプロセスは、選択される組成物（例えば、プールCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団）の調製の文脈で論じられているが、本明細書において開示される細胞の選択、単離、分離、濃縮、および／または精製のプロセスは、後続の工程のいずれか（例えば、活性化、刺激、操作、形質導入、トランスフェクション、インキュベーション、培養、収集、製剤化、および／または製剤化した細胞集団の対象への投与）の途中、前、または工程間に任意の好適な組み合わせおよび／または順序で使用できることが理解されるべきである。例えば、T細胞の選択、単離、分離、濃縮、および／または精製の工程は、T細胞の活性化／刺激とT細胞の形質導入との間に実施してよい。別の例では、T細胞の選択、単離、分離、濃縮、および／または精製の工程は、T細胞の形質導入後であるが、細胞を収集する前、回収する前、および／または製剤化する前に実施してよい。具体例では、T細胞の選択、単離、分離、濃縮、および／または精製の工程は、純化または浄化の工程として細胞を収集する直前に行ってよい。いくつかの態様では、クロマトグラフィーによるT細胞の選択工程は、T細胞の活性化／刺激とT細胞の形質導入との間に実施される。いくつかの態様では、クロマトグラフィーによるT細胞の選択工程は、T細胞の形質導入後であるが、細胞を収集する前、回収する前、および／または製剤化する前に実施される。いくつかの態様では、クロマトグラフィーによるT細胞の選択工程は、細胞を収集する直前に実施される。更に、本明細書において開示される細胞の選択、単離、分離、濃縮、および／または精製のプロセスは、複数の異なる個々のドナーからのCD57枯渇T細胞集団を組み合わせてプールCD57枯渇T細胞集団を創出する任意の工程の途中、前、または工程間に使用できることが理解されるべきである。また、本明細書において開示される細胞の選択、単離、分離、濃縮、および／または精製のプロセスは、複数の異なる個々のドナーからのCD27濃縮T細胞集団を組み合わせてプールCD27濃縮T細胞集団を創出する任意の工程の途中、前、または工程間に使用できることも理解されるべきである。
いくつかの態様では、選択された組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、細胞を刺激する、例えば、細胞を刺激条件下で培養する前に、例えば無血清培地による1つまたは複数の希釈および／または洗浄の工程に供される。いくつかの態様では、選択された組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、細胞を刺激する、例えば、細胞を刺激条件下で培養する前に、例えば無血清培地による1つまたは複数の希釈および／または洗浄の工程に供される。いくつかの態様では、希釈および／または洗浄の工程により、参照により本明細書に組み入れられるPCT/US2018/064627に記載されているもの等の無血清培地への培地交換が可能になる。
いくつかの態様では、無血清培地は、1つまたは複数のサプリメントを補充した基本培地（例えば、OpTmizer（商標）T-Cell Expansion Basal Medium（ThermoFisher））を含む。いくつかの態様では、1つまたは複数のサプリメントは、無血清である。いくつかの態様では、無血清培地は、例えば追加のサプリメント（例えば、OpTmizer（商標）T-Cell Expansion Supplement（ThermoFisher））によって提供される、細胞（例えば、T細胞）の維持、拡大、および／または活性化のための1つまたは複数の追加成分が補充された基本培地を含む。いくつかの態様では、無血清培地は、血清代替サプリメント、例えば、免疫細胞血清代替物、例えば、ThermoFisher、#A2596101、CTS（商標）Immune Cell Serum Replacement、またはSmith et al. Clin Transl Immunology. 2015 Jan; 4(1): e31に記載されている免疫細胞血清代替物を更に含む。いくつかの態様では、無血清培地は、L-グルタミン等のアミノ酸の遊離型を更に含む。いくつかの態様では、無血清培地は、Glutamax（商標）（ThermoFisher）中のジペプチド等のL-グルタミンのジペプチド形態（例えば、L-アラニル-L-グルタミン）を更に含む。いくつかの態様では、無血清培地は、組み換えヒトIL-2、組み換えヒトIL-7、および／または組み換えヒトIL-15等の1つまたは複数の組み換えサイトカインを更に含む。
いくつかの態様では、選択された組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、出発試料、例えばPBMCまたは白血球除去試料等のドナー試料から作製されたCD57-CD8+ T細胞が濃縮された集団を、出発試料、例えばドナー試料から作製されたCD57-CD4+ T細胞が濃縮された集団と混合、組み合わせ、および／またはプールすることによって作製される。いくつかの態様では、CD57-CD4+ T細胞が濃縮された集団は、出発試料（例えば、ドナー試料）からCD8+ T細胞が濃縮された集団を作製するプロセス中に作製されるCD8陰性画分から作製される。具体的な態様では、選択された組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、1：1または約1：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比を有し、細胞を刺激する、例えば、細胞を刺激条件下で培養する前に、例えば、PCT/US2018/064627に記載されている無血清培地による1つまたは複数の洗浄工程に供される。いくつかの態様では、1つまたは複数の洗浄工程により、アルブミンを含有するPBS／EDTAバッファから無血清培地への培地交換が可能になり、これは、細胞の刺激にも使用される。
いくつかの態様では、選択された組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、出発試料、例えばPBMCまたは白血球除去試料等のドナー試料から作製されたCD27+CD8+ T細胞が濃縮された集団を、出発試料、例えばドナー試料から作製されたCD27+CD4+ T細胞が濃縮された集団と混合、組み合わせ、および／またはプールすることによって作製される。いくつかの態様では、CD27+CD4+ T細胞が濃縮された集団は、出発試料（例えば、ドナー試料）からCD8+ T細胞が濃縮された集団を作製するプロセス中に作製されるCD8陰性画分から作製される。具体的な態様では、選択された組成物（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）は、1：1または約1：1のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞の比を有し、細胞を刺激する、例えば、細胞を刺激条件下で培養する前に、例えば、PCT／US2018／064627に記載されている無血清培地による1つまたは複数の洗浄工程に供される。いくつかの態様では、1つまたは複数の洗浄工程により、アルブミンを含有するPBS／EDTAバッファから無血清培地への培地交換が可能になり、これは、細胞の刺激にも使用される。
E. 濃縮CD57-細胞の集団の遺伝子操作
複数の異なるドナーからの操作T細胞組成物およびそれを生成する方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個々のドナーからのドナー試料からCD57について表面陰性である（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を含有し、T細胞が、組み換え受容体で遺伝的に操作されたT細胞を含む工程；および複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープール操作T細胞組成物を生成する工程であるかまたはこれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個々のドナーからのドナー試料からCD27について表面陽性である（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を含有し、T細胞が、組み換え受容体で遺伝的に操作されたT細胞を含む工程；および複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープール操作T細胞組成物を生成する工程であるかまたはこれらを含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、遺伝的に操作された組成物のT細胞は、同じ組み換え受容体で操作される。いくつかの態様では、操作T細胞組成物における組み換え受容体を発現している各T細胞は、同じ組み換え受容体を発現する。
いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、個々のドナーから作製される。いくつかの態様では、個々のドナーから作製された操作T細胞組成物を、個々のドナーから作製された1つまたは複数の他の操作T細胞組成物と組み合わせて、複数の異なるドナーからのプール操作T細胞組成物を構成する。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、複数の異なるドナーから作製される。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからのドナー試料を組み合わせてプールドナー試料を作製し、プールドナー試料を操作して、複数の異なるドナーからの操作T細胞組成物を作製する。
提供される方法の中には、T細胞の1つまたは複数の集団、例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団を遺伝的に操作する（例えば、ノックインおよび／またはノックアウトする）のための方法がある。また、提供される方法の中には、T細胞の1つまたは複数の集団、例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団を遺伝的に操作する（例えば、ノックインおよび／またはノックアウトする）のための方法もある。本明細書において開示される遺伝子操作プロセスは、プールT細胞組成物を創出するために、複数の異なる個々のドナーからの細胞集団を組み合わせる任意の工程の途中、前、後、または工程間に使用することができる。いくつかの局面では、遺伝子操作は、複数の個々のドナーからの細胞組成物を組み合わせる任意の工程の前に実施される。例えば、個々のドナーからの細胞集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団）に対して遺伝子操作を実施してよく、その後、個々のドナーからの操作細胞組成物を、1つまたは複数の他の個々のドナーからの操作細胞組成物と組み合わせて、プール操作組成物を生成することができる。いくつかの局面では、遺伝子操作は、複数の個々のドナーからの細胞組成物を組み合わせた後に実施される。例えば、複数の異なるドナーからの細胞集団（例えば、プールCD57枯渇T細胞集団）に対して遺伝子操作を実施して、プール操作組成物を生成することができる。
いくつかの態様では、細胞集団を遺伝子的に操作する方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、遺伝的に操作される細胞集団は、CD57枯渇T細胞集団またはプールCD57枯渇T細胞集団である。いくつかの態様では、遺伝的に操作される細胞集団は、CD27濃縮T細胞集団またはプールCD27濃縮T細胞集団である。いくつかの態様では、遺伝子操作は、組み換え受容体をコードしている異種ポリヌクレオチドを細胞の集団に導入することを含む。いくつかの局面では、遺伝子操作は、細胞の集団において1つまたは複数の分子（例えば、遺伝子座またはその一部）を破壊する（例えば、ノックアウトする）ことであるかまたは含む。いくつかの態様では、遺伝子操作は、組み換え受容体をコードしている異種ポリヌクレオチドを細胞の集団に導入し、1つまたは複数の分子（例えば、遺伝子座またはその一部）を破壊する（例えば、ノックアウトする）ことを含む。いくつかの態様では、遺伝子操作は、ノックアウトされた遺伝子座またはその一部に標的挿入（例えば、ノックイン）によって異種ポリヌクレオチドを導入することであるかまたは含む。いくつかの局面では、異種ポリヌクレオチドの導入を破壊（例えば、ノックアウト）と同時に実施する。いくつかの局面では、異種ポリヌクレオチドの導入および破壊を、いずれかの順序で逐次的に実施する。いくつかの局面では、異種ポリヌクレオチドは、キメラ抗原受容体（CAR）である組み換え受容体をコードしている。いくつかの態様では、破壊された分子（例えば、遺伝子座またはその一部）にCARをノックインする。いくつかの局面では、キメラ抗原受容体（CAR）をTRAC座またはその一部にノックインする。
いくつかの態様では、導入は、本明細書、例えばセクションII.Dにおいて提供される遺伝子操作のための任意の方法によって実施される。いくつかの局面では、提供される方法は、ウイルスベクターが細胞のゲノムに組み込まれるのを可能にする条件下で、形質導入されたT細胞をインキュベートすることを含み得る。
いくつかの態様では、T細胞の集団、例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、例えば、本明細書、例えばセクションIII.Eにおいて記載される任意の刺激条件等の集団のT細胞を活性化する条件下で集団の細胞を刺激することによって、刺激または活性化される。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団は、遺伝子操作の前に刺激または活性化される。
いくつかの態様では、T細胞の集団、例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、例えば、本明細書、例えばセクションIII.Eにおいて記載される任意の刺激条件等の集団のT細胞を活性化する条件下で集団の細胞を刺激することによって、刺激または活性化される。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団は、遺伝子操作の前に刺激または活性化される。
提供される方法は、操作された細胞を、細胞の集団を拡大する目的で更に培養することのない方法を含み得る。例えば、いくつかの局面では、収集される細胞は、インキュベーションまたは培養の開始時の生細胞の総数と比較してインキュベーションまたは培養の終了時に生細胞の総量が増加するいかなるインキュベーションも培養も経ていない。いくつかの態様では、収集される細胞は、インキュベーションまたは培養のプロセスの開始時と比較して該インキュベーションまたは培養のプロセスの終了時に生細胞の総数を増加（例えば、拡大）させる目的のいかなるインキュベーションまたは培養の工程も明示的には経ていない。いくつかの態様では、拡大をもたらし得る条件下で細胞をインキュベートまたは培養するが、インキュベーションまたは培養の条件は、細胞集団を拡大する目的で実行されるものではない。いくつかの態様では、収集される細胞は、拡大工程を含まないプロセスで製造されたにもかかわらず、拡大を経ている場合もある。いくつかの態様では、拡大工程を含まない製造プロセスは、非拡大または最小拡大のプロセスと称される。「非拡大」プロセスは、「最小拡大」プロセスと称されることもある。いくつかの態様では、非拡大または最小拡大のプロセスでは、プロセスが拡大のための工程を含まないにもかかわらず、拡大を経た細胞が生じる場合がある。いくつかの態様では、収集される細胞は、全体として細胞集団の拡大を低減、抑制、最小化、または排除するように設計された培地組成物を含むインキュベーションまたは培養の工程を経ている場合がある。いくつかの態様では、回収、収集、または製剤化された細胞は、バイオリアクター内でまたはインキュベーションもしくは培養の全てもしくは一部のために細胞が揺動、回転、振盪、もしくは灌流される条件下で実施されたインキュベーションも培養も予め経ていない。
特定の態様では、操作T細胞組成物を培養する、例えば、一定の時間量にわたってまたは拡大についての閾値限界が達成されるまでT細胞の分裂、成長、または拡大を促進するかまたは可能にする条件下で培養する。いくつかの局面では、培養は、本明細書、例えばセクションII.Fにおいて記載される任意の方法によって実施される。
具体的な態様では、CD57- T細胞の1つまたは複数の初期集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）から遺伝的に操作されたT細胞組成物を作製するための方法が本明細書において提供される。具体的な態様では、CD27+ T細胞の1つまたは複数の初期集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）から遺伝的に操作されたT細胞組成物を作製するための方法が本明細書において提供される。いくつかの態様では、初期集団は、個々のドナーに由来する。いくつかの態様では、個々のドナーからの初期集団を、少なくとも1人の他の個々のドナーからの初期集団と組み合わせて、複数の異なるドナーからのプール初期集団を生成する。いくつかの態様では、初期集団は、複数の異なるドナーに由来する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団を、集団のT細胞を活性化する条件下で刺激し、それにより、刺激集団を作製する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団を、集団のT細胞を活性化する条件下で刺激し、それにより、刺激集団を作製する。いくつかの態様では、刺激集団は、個々のドナーに由来する。いくつかの態様では、個々のドナーからの刺激集団を、1人または複数の他の個々のドナーからの刺激組成物と組み合わせて、複数のドナーからの刺激組成物を生成する。いくつかの態様では、刺激集団は、複数の異なるドナーに由来する。特定の態様では、刺激条件下での細胞の刺激、例えば、培養は、2日未満の時間量等の設定もしくは一定の時間量、または18時間～30時間の時間量にわたって実施される。いくつかの局面では、刺激試薬による刺激は、20時間±4時間または約20時間±4時間実行される。
特定の態様では、異種ポリヌクレオチドを刺激集団の細胞に導入し、それにより、形質転換集団を作製する。具体的な態様では、例えば、組み換えタンパク質をコードしている異種もしくは組み換えのポリヌクレオチドの組み込みを可能にするのにまたは組み換えタンパク質の発現を可能にするのに十分な時間量にわたって、細胞の遺伝子操作中または後のいずれかに細胞をインキュベートする。特定の態様では、18時間超または4日未満の時間量等の設定または一定の時間量、例えば72時間±6時間にわたって、細胞をインキュベートする。提供される態様のいずれかでは、導入は、刺激試薬で刺激された後の細胞に対して実行され得る。いくつかの態様では、操作工程は、刺激試薬を細胞に添加、培養、または接触したときから30時間以内等、刺激が開始されたまたは始まったときから設定時間量以内に開始されるまたは始まる。具体的な態様では、操作工程は、刺激試薬を細胞に添加、培養、または接触した18時間～30時間、例えば、20時間±4時間後に開始されるまたは始まる。
具体的な態様では、次いで、形質転換集団を、例えば設定時間量にわたってまたは閾値の拡大が達成されるまで拡大し、それにより、拡大集団を得る。いくつかの態様では、形質転換集団は、個々のドナーに由来する。いくつかの態様では、個々のドナーからの形質転換集団を、1人または複数の他の個々のドナーからの形質転換集団と組み合わせて、複数のドナーからの形質転換集団を生成する。いくつかの態様では、形質転換集団は、複数の異なるドナーに由来する。具体的な態様では、形質転換集団または拡大集団を収集または回収し、任意で、例えば対象に投与するためまたは凍結保存するために製剤化する。いくつかの態様では、集団は、CD57-CD4+ T細胞およびCD57-CD8+ T細胞であるかまたは含有する。いくつかの態様では、集団は、CD57-CD3+ T細胞であるかまたは含有する。いくつかの態様では、集団は、CD27+CD4+ T細胞およびCD27+CD8+ T細胞であるかまたは含有する。いくつかの態様では、集団は、CD27+CD3+ T細胞であるかまたは含有する。
特定の態様では、濃縮T細胞の集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、組み換え受容体を発現する濃縮T細胞の操作組成物を作製するためのプロセスの任意の段階または工程の前、中、または後に、収集し、凍結保護のために製剤化し、0℃未満、-20℃未満、あるいは-70Cもしくは-80℃または-70Cもしくは-80℃未満で凍結（例えば、凍結保護）および／または保存してよい。いくつかの態様では、濃縮T細胞の集団は、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団である。いくつかの態様では、細胞は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10日未満の時間量、または1、2、3、4、5、6、7、8週間未満の時間、または少なくとも1、2、3、4、5、6、7、もしくは8週間の時間量、または8週間超にわたって保存してよい。保存後、濃縮T細胞の集団を解凍することができ、プロセスにおける同じ時点から処理を再開することができる。いくつかの態様では、濃縮T細胞の初期集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）は、更なる処理、例えば、刺激条件下でインキュベートする前に、凍結保護され、保存される。いくつかの態様では、濃縮T細胞の初期集団は、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団である。具体的な態様では、操作T細胞の培養および／または製剤化された組成物は、例えば自己細胞療法として対象に投与される前に、凍結保護され、保存される。
特定の態様では、本明細書において提供される方法は、細胞を刺激し、次いで、組み換え受容体、例えばCARをコードしているポリヌクレオチドを、例えばノックアウトされた遺伝子座またはその一部において細胞に導入（例えば、ノックイン）するための工程を含むプロセスによって操作細胞を作製するプロセスに関連して使用される。いくつかの態様では、遺伝子操作は、1つまたは複数の遺伝子座またはその一部を破壊する（例えば、ノックアウトする）ことを更に含む。具体的な態様では、18時間から30時間、例えば約24時間刺激を実施し、その後、ポリヌクレオチドの導入を実施する。特定の態様では、ポリヌクレオチドの導入を始めた後3日以内に、細胞を収集または回収して、例えば、凍結保存のために製剤化するかまたは対象に投与する。いくつかの態様では、収集または回収された細胞は、個々のドナーに由来する。いくつかの態様では、個々のドナーから収集または回収された細胞を1人または複数の他の個々のドナーから収集または回収された細胞と組み合わせて、複数の異なるドナーからの収集または回収細胞を生成する。いくつかの態様では、収集または回収細胞は、複数の異なるドナーに由来する。様々な態様では、刺激条件下でのインキュベーションを始めた後4日以内に、細胞を収集または回収して、例えば、凍結保存のために製剤化するかまたは対象に投与する。いくつかの態様では、製剤化集団は、個々のドナーに由来する。いくつかの態様では、個々のドナーからの製剤化集団を1人または複数の他の個々のドナーからの製剤化集団と組み合わせて、複数の異なるドナーからの製剤化集団を生成する。いくつかの態様では、製剤化集団は、複数の異なるドナーに由来する。
特定の態様では、2つの初期CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団から遺伝的に操作されたT細胞組成物を作製するための方法が、本明細書において提供される。いくつかの態様では、濃縮CD57- T細胞の2つの集団を刺激条件下で別々にインキュベートし、それにより、2つの別々の刺激集団を作製する。特定の態様では、2つの初期CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団から遺伝的に操作されたT細胞組成物を作製するための方法が本明細書において提供される。いくつかの態様では、濃縮CD27+ T細胞の2つの集団を刺激条件下で別々にインキュベートし、それにより、2つの別々の刺激集団を作製する。特定の態様では、異種ポリヌクレオチドを2つの別々の刺激集団の細胞に導入し、それにより、2つの別々の形質転換集団を作製する。特定の態様では、次いで、2つの別々の形質転換集団を、例えば設定時間量にわたってまたは閾値の拡大が達成されるまで拡大し、それにより、2つの別々の拡大集団を得る。具体的な態様では、2つの別々の形質転換集団または2つの別々の拡大集団を収集または回収し、任意で、例えば対象に投与するためまたは凍結保存するために製剤化する。具体的な態様では、2つの別々の集団は、同じ生体試料、または同じ個々のドナーからの異なる生体試料を起源とするかまたは由来する。具体的な態様では、2つの別々の集団は、異なるドナーからの異なる生体試料を起源とするかまたは由来する。いくつかの態様では、2つの別々の集団は、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団およびCD57-CD8+ T細胞の別の集団であるかまたは含有する。いくつかの態様では、2つの別々の集団は、濃縮CD57-CD4+ T細胞の集団およびCD27+CD8+ T細胞の別の集団であるかまたは含有する。
また、T細胞の増殖または拡大を促進する条件、例えば、本明細書、例えばセクションII.Fにおいて記載される任意のそのような条件下でのインキュベーションまたは培養中等に拡大または増殖が可能な細胞の集団を同定するための方法も提供される。いくつかの態様では、そのような方法は、集団中のCD57+細胞の頻度を測定することであるかまたは含み、CD57+細胞の頻度が閾値頻度を下回る場合、集団は拡大可能である。いくつかの態様では、そのような方法は、集団中のCD27-細胞の頻度を測定することであるかまたは含み、CD27-細胞の頻度が閾値頻度を下回る場合、集団は拡大可能である。いくつかの態様では、閾値頻度は、30％、25％、20％、15％、10％、5％、または1％未満である。いくつかの態様では、閾値は、20％であるかまたは約20％である。いくつかの態様では、拡大可能な集団は、増殖または拡大を促進する条件下で培養中、10、11、12、13、または14日以内に少なくとも2倍、3倍、4倍、または5倍拡大する。特定の態様では、拡大可能な集団は、培養、例えば、本明細書、例えばセクションII.Fにおいて提供される培養中、11日以内に少なくとも4倍拡大する。
いくつかの態様では、方法は、T細胞の集団のCD57発現に関連する形質の値を測定することであるかまたは含み、T細胞の集団は、形質の値が形質の閾値の値より小さい場合、拡大細胞療法が可能である。いくつかの態様では、形質は、用量の全T細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞中に存在するCD57によってコードされているポリペプチドのレベルまたは量である。特定の態様では、形質は、用量の全T細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞の表面上に存在するCD57によってコードされているポリペプチドのレベルまたは量であり、具体的な態様では、形質は、CD57の発現について陽性である、存在するT細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞の頻度、百分率、または量である。いくつかの態様では、形質は、T細胞中に存在する第2の遺伝子のmRNAのレベルまたは量である。具体的な態様では、CD57のアクセシビリティのレベルまたは量。
特定の態様では、閾値の値は、複数の参照T細胞集団における、CD57発現に関連する形質の平均または中央の測定値より25％、20％、15％、10％、もしくは5％、約25％、20％、15％、10％、もしくは5％、または25％、20％、15％、10％、もしくは5％以内下回る、および／あるいは平均または中央の測定値より1標準偏差だけ下回る。特定の態様では、閾値の値は、複数の参照T細胞集団のうちの集団におけるCD57発現に関連する形質の最低測定値を下回り、任意で、最低測定値を50％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内下回る。いくつかの態様では、閾値は、複数の参照T細胞組成物からの試料の65％、75％、80％、85％超から算出されたCD57発現に関連する形質の平均または中央の測定値を下回る。
いくつかの態様では、方法は、T細胞の集団のCD27発現に関連する形質の値を測定することであるかまたは含み、T細胞の集団は、形質の値が形質の閾値の値より大きい場合、拡大細胞療法が可能である。いくつかの態様では、形質は、用量の全T細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞中に存在するCD27によってコードされているポリペプチドのレベルまたは量である。特定の態様では、形質は、用量の全T細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞の表面上に存在するCD27によってコードされているポリペプチドのレベルまたは量であり、具体的な態様では、形質は、CD27の発現について陽性である、存在するT細胞、CD4+ T細胞、またはCD8+ T細胞の頻度、百分率、または量である。いくつかの態様では、形質は、T細胞中に存在する第2の遺伝子のmRNAのレベルまたは量である。具体的な態様では、CD27のアクセシビリティのレベルまたは量。
特定の態様では、閾値の値は、複数の参照T細胞集団における、CD27発現に関連する形質の平均または中央の測定値を25％、20％、15％、10％、もしくは5％、約25％、20％、15％、10％、もしくは5％、または25％、20％、15％、10％、もしくは5％以内上回る、および／あるいは平均または中央の測定値より1標準偏差だけ上回る。特定の態様では、閾値の値は、複数の参照T細胞集団のうちの集団におけるCD27発現に関連する形質の最低測定値を上回り、任意で、最高測定値を50％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内上回る。いくつかの態様では、閾値は、複数の参照T細胞組成物からの試料の65％、75％、80％、85％超から算出されたCD27発現に関連する形質の平均または中央の測定値を上回る。
具体的な態様では、複数の参照T細胞集団は、T細胞の増殖または拡大を促進する条件下で培養したときに拡大しなかった、任意で、培養、例えば、本明細書、例えばセクションIII.Cにおいて記載されるような培養の10、11、12、13、または14日以内に細胞が少なくとも3倍、4倍、または5倍拡大しなかった複数の集団である。いくつかの態様では、参照T細胞集団は、培養の11日以内に少なくとも4倍拡大しなかった。
いくつかの態様では、操作T細胞組成物またはT細胞の拡大集団が、閾値の数のT細胞、生細胞、操作T細胞、もしくは生操作T細胞、または閾値の濃度のT細胞、生細胞、操作T細胞、もしくは生操作T細胞を含むようになった時間またはその後に収集を実施する。いくつかの態様では、刺激を始めた後4、5、6もしくは7日以内または約4、5、6もしくは7日以内に、T細胞、生T細胞、操作T細胞、または生操作T細胞の閾値の数または濃度に到達する。
いくつかの態様では、操作T細胞または拡大T細胞の集団の複数の組成物のうち、該複数の少なくとも70％、80％、90％、もしくは95％または少なくとも約70％、80％、90％、もしくは95％、あるいは少なくとも70％、80％、90％、もしくは95％または少なくとも約70％、80％、90％、もしくは95％において刺激を始めた後5もしくは6日または約5もしくは6日以内に、T細胞、生T細胞、操作T細胞、または生操作T細胞の閾値の数または濃度に到達する。いくつかの態様では、刺激を始めた後2、3、4、もしくは5集団倍加以内、または約2、3、4、もしくは5集団倍加以内に、T細胞、生T細胞、操作T細胞、または生操作T細胞の閾値の数または濃度に到達する。
いくつかの態様では、方法は、第2の遺伝子の発現に関連する形質の値を測定することも含み、その結果、CD57発現に関連する形質の値が閾値の値より小さい場合および第2の遺伝子の発現に関連する形質が第2の閾値より大きい場合、操作組成物等の組成物は拡大可能である。いくつかの態様では、第2の遺伝子は、CD25、CD27、CD28、CCR7、またはCD45RA等であるがこれらに限定されるわけではないナイーブ様細胞のマーカーである。いくつかの態様では、第2の遺伝子は、CD27をコードしている。
いくつかの態様では、方法は、第2の遺伝子の発現に関連する形質の値を測定することも含み、その結果、CD27発現に関連する形質の値が閾値の値より大きい場合および第2の遺伝子の発現に関連する形質が第2の閾値より大きい場合、操作組成物等の組成物は拡大可能である。いくつかの態様では、第2の遺伝子は、CD25、CD28、CCR7、またはCD45RA等であるがこれらに限定されるわけではないナイーブ様細胞のマーカーである。
1. 組み換え受容体の遺伝子操作
CD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を調製する方法が、本明細書において提供される。また、方法によって生成されるCD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物も本明細書において提供される。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、CD57-濃縮集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）を遺伝的に操作することによって生成される。いくつかの態様では、個々のドナーからのCD57枯渇T細胞集団を遺伝的に操作して、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、個々のドナーからのCD57枯渇T細胞集団を遺伝的に操作し、次いで、1人または複数の他の個々のドナーの遺伝的に操作されたT細胞組成物と組み合わせて、複数のドナーからのドナープール操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、複数のドナーからのプールCD57枯渇T細胞集団を遺伝的に操作して、複数のドナーからのドナープール操作T細胞組成物を生成する。
いくつかの態様では、遺伝子操作は、組み換え受容体をコードしている異種核酸をCD57枯渇細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を作製することを含む。いくつかの態様では、遺伝子操作は、組み換え受容体をコードしている異種核酸をプールCD57枯渇細胞集団に導入し、それにより、ドナープール操作T細胞組成物を作製することを含む。
また、CD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を調製する方法も、本明細書において提供される。また、方法によって生成されるCD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物も本明細書において提供される。いくつかの態様では、操作T細胞組成物は、CD27+濃縮集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）を遺伝的に操作することによって生成される。いくつかの態様では、個々のドナーからのCD27濃縮T細胞集団を遺伝的に操作して、操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、個々のドナーからのCD27濃縮T細胞集団を遺伝的に操作し、次いで、1人または複数の他の個々のドナーの遺伝的に操作されたT細胞組成物と組み合わせて、複数のドナーからのドナープール操作T細胞組成物を生成する。いくつかの態様では、複数のドナーからのプールCD27濃縮T細胞集団を遺伝的に操作して、複数のドナーからのドナープール操作T細胞組成物を生成する。
いくつかの態様では、遺伝子操作は、組み換え受容体をコードしている異種核酸をCD27濃縮細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を作製することを含む。いくつかの態様では、遺伝子操作は、組み換え受容体をコードしている異種核酸をプールCD27濃縮細胞集団に導入し、それにより、ドナープール操作T細胞組成物を作製することを含む。
組み換え受容体をコードしているポリヌクレオチド、例えば、異種または組み換えのポリヌクレオチドの細胞への導入は、多数の公知のベクターのいずれかを用いて実行してもよい。このようなベクターは、アデノ随伴、レンチウイルス、およびガンマレトロウイルスの系を含むウイルスを含む。例示的な方法は、ウイルス、例えば、アデノ随伴、レトロウイルス、またはレンチウイルスの形質導入を介するものを含む、受容体をコードしている異種ポリヌクレオチドを移入させるためのものを含む。いくつかの態様では、刺激細胞の集団を、例えば組み換え受容体をコードしている異種または組み換えのポリヌクレオチドを導入するように遺伝的に操作し、それにより、形質転換細胞の集団（本明細書では細胞の形質転換集団とも称される）を作製する。
具体的な態様では、細胞は、本明細書、例えばセクションIII.Eにおいて提供される方法のいずれか等により細胞が刺激条件下で刺激、活性化、および／またはインキュベートされた後に遺伝的に操作、形質転換、または形質導入される。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団を、集団のT細胞を活性化する条件下で刺激した後に遺伝子操作する。いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団を、集団のT細胞を活性化する条件下で刺激した後に遺伝子操作する。いくつかの態様では、プールCD57枯渇T細胞集団を、集団のT細胞を活性化する条件下で刺激した後に遺伝子操作する。具体的な態様では、1つまたは複数の刺激集団は、CD57- T細胞が予め濃縮されている。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団を、集団のT細胞を活性化する条件下で刺激した後に遺伝子操作する。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団を、集団のT細胞を活性化する条件下で刺激した後に遺伝子操作する。いくつかの態様では、プールCD27濃縮T細胞集団を、集団のT細胞を活性化する条件下で刺激した後に遺伝子操作する。具体的な態様では、1つまたは複数の刺激集団は、CD27+ T細胞が予め濃縮されている。具体的な態様では、1つまたは複数の刺激集団は、CD3+、CD4+、および／またはCD8+のT細胞のうちの1つまたは複数が予め濃縮されている。
特定の態様では、遺伝子操作のための方法は、集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）の1つまたは複数の細胞を、組み換えタンパク質、例えば組み換え受容体をコードしているポリヌクレオチドに接触または導入することによって実行される。特定の態様では、集団は、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団である。特定の態様では、核酸分子またはポリヌクレオチドは、細胞に対して異種である。特定の態様では、異種ポリヌクレオチドは、細胞に対してネイティブではない。特定の態様では、異種ポリヌクレオチドは、それが送達される任意のベクター、例えばウイルスベクターに対してネイティブではない。特定の態様では、異種異種ポリヌクレオチドは、細胞によってネイティブには発現されないタンパク質、例えば組み換えタンパク質をコードしている。具体的な態様では、異種核酸ポリヌクレオチドは、導入前の細胞には見られない核酸配列であるかまたは含有する。
いくつかの態様では、細胞、例えば刺激細胞は、操作される、例えば、形質導入されるかまたは形質導入アジュバントの存在下で操作される。例示的な形質導入アジュバントは、ポリカチオン、フィブロネクチン、またはフィブロネクチン由来の断片もしくはバリアント、およびレトロネクチンを含むが、これらに限定されるわけではない。特定の態様では、細胞は、ポリカチオン、フィブロネクチン、またはフィブロネクチン由来の断片もしくはバリアント、および／またはレトロネクチンの存在下で操作される。具体的な態様では、細胞は、ポリブレン、DEAE-デキストラン、硫酸プロタミン、ポリ-L-リジン、またはカチオン性リポソームであるポリカチオンの存在下で操作される。具体的な態様では、細胞は、硫酸プロタミンの存在下で操作される。
いくつかの態様では、遺伝子操作、例えば形質導入は、無血清培地中で実行される。いくつかの態様では、無血清培地は、規定または十分に規定された細胞培養培地である。特定の態様では、無血清培地は、阻害作用物質および／または成長因子を除去するために処理された、例えば濾過された制御培養培地である。いくつかの態様では、無血清培地は、タンパク質を含有する。特定の態様では、無血清培地は、血清アルブミン、加水分解物、成長因子、ホルモン、キャリアタンパク質、および／または接着因子を含有していてよい。
具体的な態様では、細胞は、1つまたは複数のサイトカインの存在下で操作される。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、組み換えサイトカインである。具体的な態様では、1つまたは複数のサイトカインは、ヒト組み換えサイトカインである。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、T細胞が発現するおよび／またはT細胞に対して内因性の受容体に結合するおよび／または結合することができる。具体的な態様では、1つまたは複数のサイトカインは、サイトカインの4-アルファ-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーであるかまたは含む。いくつかの態様では、サイトカインの4-アルファ-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーは、インターロイキン-2（IL-2）、インターロイキン-4（IL-4）、インターロイキン-7（IL-7）、インターロイキン9（IL-9）、インターロイキン12（IL-12）、インターロイキン15（IL-15）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）、および顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）を含むが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様では、1つまたは複数のサイトカインは、IL-15であるかまたは含む。具体的な態様では、1つまたは複数のサイトカインは、IL-7であるかまたは含む。具体的な態様では、1つまたは複数のサイトカインは、組み換えIL-2であるかまたは含む。
いくつかの態様では、細胞は、刺激中に存在していたのと同じまたは類似の培地の存在下で遺伝的に操作、形質転換、または形質導入される。いくつかの態様では、細胞は、遺伝子破壊中に存在していたのと同じまたは類似の培地の存在下で遺伝的に操作、形質転換、または形質導入される。特定の態様では、細胞は、刺激中に存在する培地と同じ濃度で同じサイトカインを有する培地中で遺伝的に破壊、操作、形質転換、または形質導入される。
いくつかの態様では、細胞は、刺激中に存在していたのと同じまたは類似の培地の存在下で、遺伝的に操作、形質転換、または形質導入される。いくつかの態様では、細胞は、刺激中に存在する培地と同じサイトカインを有する培地中で遺伝的に操作、形質転換、または形質導入される。特定の態様では、細胞は、刺激中に存在する培地と同じ濃度で同じサイトカインを有する培地中で遺伝的に操作、形質転換、または形質導入される。
a. 標的組み込み（例えば、ノックイン）
本明細書において提供される態様のいくつかでは、異種ポリヌクレオチドが、CD57-濃縮集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）の細胞に導入される。本明細書において提供される態様のいくつかでは、異種ポリヌクレオチドが、CD27+濃縮集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）の細胞に導入される。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、組み換え受容体をコードしている。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、標的挿入（例えば、ノックイン）により導入される。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、破壊された（例えば、ノックアウトされた）遺伝子座等の遺伝子座またはその一部に挿入（例えば、ノックイン）される。
相同組換え修復（HDR）を、細胞の遺伝子操作、例えばノックインに利用することができる。いくつかの態様では、細胞は、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団である。いくつかの態様では、細胞は、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団である。いくつかの態様では、遺伝子操作（例えば、ノックイン）は、導入遺伝子、例えば、組み換え受容体をコードしている核酸配列を含有するテンプレートポリヌクレオチドの指定の部分を、ゲノム内の特定の箇所、例えば、TRACおよび／またはβ2Mの座に標的組み込みすることを含む。いくつかの態様では、遺伝子破壊（例えば、DNA切断）および1つまたは複数の相同性アームを含有する（例えば、遺伝子破壊の周囲の配列に相同の核酸配列を含有する）テンプレートポリヌクレオチドの存在がHDRを誘導または指示することができ、相同配列がDNA修復のためのテンプレートとして作用する。遺伝子破壊の周囲の内因性遺伝子配列とテンプレートポリヌクレオチドに含まれる5'および／または3'相同性アームとの間の相同性に基づいて、細胞DNA修復機構は、テンプレートポリヌクレオチドを使用してDNA切断を修復し、遺伝子破壊の部位で遺伝情報を再合成し、それにより、遺伝子破壊の部位またはその近傍においてテンプレートポリヌクレオチド中の導入遺伝子配列を有効に挿入するかまたは組み込むことができる。いくつかの態様では、例えば、TRACおよび／またはβ2Mの座における遺伝子破壊は、本明細書において記載される標的遺伝子破壊を作製するための方法のいずれかによって作製することができる。
また、ポリヌクレオチド、例えば、本明細書において記載されるテンプレートポリヌクレオチドも提供される。いくつかの態様では、内因性TRACおよび／またはβ2Mの座に組み換え受容体、例えば組み換えTCRの一部をコードしている導入遺伝子配列を標的化するために、提供されるポリヌクレオチドを、例えばHDRを伴う、本明細書において記載される方法において採用することができる。いくつかの態様では、内因性TRAC座に組み換え受容体、例えば、組み換えTCRの一部をコードしている導入遺伝子配列を標的化するために、提供されるポリヌクレオチドを、例えばHDRを伴う、本明細書において記載される方法において採用することができる。
いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、組み換え受容体またはその一部（例えば、組み換え受容体の1つまたは複数の鎖、領域、またはドメイン）をコードしている導入遺伝子（外因性または異種の核酸配列）、ならびに例えば内因性TRACおよび／またはβ2Mの座における内因性ゲノム部位またはその近傍における配列と相同である相同性配列（例えば、相同性アーム）を含有するポリヌクレオチドであるかまたは含む。いくつかの局面では、テンプレートポリヌクレオチドは、線状DNA断片として導入されるか、またはベクターに含まれる。いくつかの局面では、遺伝子破壊を誘導するための工程および標的組み込みのための工程（例えば、テンプレートポリヌクレオチドの導入による）は、同時にまたは逐次的に実施される。
（i）相同組換え修復（HDR）
いくつかの態様では、相同組換え修復（HDR）は、ゲノム中の1つまたは複数の標的部位、例えば、TRACおよび／またはβ2Mの座における1つまたは複数の核酸配列、例えば、導入遺伝子配列の標的組み込みまたは挿入のために利用することができる。いくつかの態様では、相同組換え修復（HDR）は、ゲノム中の1つまたは複数の標的部位、例えば、TRAC座における1つまたは複数の核酸配列、例えば、導入遺伝子配列の標的組み込みまたは挿入のために利用することができる。いくつかの態様では、ヌクレアーゼ誘導型HDRを使用して、標的配列を変化させる、特定の標的箇所に導入遺伝子を組み込む、および／または特定の標的遺伝子における変異を編集もしくは修復することができる。
外因的に提供されるテンプレートポリヌクレオチド（ドナーポリヌクレオチドまたはテンプレート配列とも称される）を用いたHDRによって、標的部位における核酸配列を変化させることができる。例えば、テンプレートポリヌクレオチドは、テンプレートポリヌクレオチド内に含有されている導入遺伝子の挿入等の標的配列の変化を提供する。いくつかの態様では、相同組み換えのためのテンプレートとしてプラスミドまたはベクターを使用することができる。いくつかの態様では、相同組み換えのためのテンプレートとして線状DNA断片を使用することができる。いくつかの態様では、標的配列とテンプレートポリヌクレオチドとの間の相同組換え修復の代替方法（例えば、一本鎖アニーリング）によって標的配列を変化させるためのテンプレートとして、一本鎖テンプレートポリヌクレオチドを使用することができる。テンプレートポリヌクレオチドによってもたらされる標的配列の変化は、ヌクレアーゼ、例えば、CRISPR/Cas9等の標的ヌクレアーゼによる切断に依存する。ヌクレアーゼによる切断は、二本鎖切断または2つの一本鎖切断を含み得る。
いくつかの態様では、「組み換え」は、2つのポリヌクレオチド間で遺伝情報を交換するプロセスを指す。いくつかの態様では、「相同組み換え（HR）」は、例えば、相同組換え修復機構を介した細胞内における二本鎖切断の修復中に行われる、このような交換の特殊な形態を指す。このプロセスは、ヌクレオチド配列の相同性を必要とし、標的DNA（すなわち、二本鎖切断を経験したもの、例えば、内因性遺伝子における標的部位）の修復の鋳型にするためのテンプレートポリヌクレオチドを使用し、そして、テンプレートポリヌクレオチドから標的への遺伝情報の移行を引き起こすので「非交叉遺伝子変換」または「短路遺伝子変換」として様々に知られている。いくつかの態様では、このような移行は、切断された標的とテンプレートポリヌクレオチドとの間に形成されるヘテロ二重鎖DNAのミスマッチ修正、および／または標的の一部となる遺伝情報を再合成するためにテンプレートポリヌクレオチドが使用される「合成依存性鎖アニーリング」、および／または関連するプロセスを伴い得る。このような特殊なHRでは、テンプレートポリヌクレオチドの配列の一部または全部が標的ポリヌクレオチドに組み入れられるように、標的分子の配列が変化することが多い。
いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチド、例えば、導入遺伝子を含有するポリヌクレオチドは、相同性非依存的機構を介して細胞のゲノムに組み込まれる。方法は、細胞のゲノムに二本鎖切断（DSB）を創出し、ヌクレアーゼを用いてテンプレートポリヌクレオチド分子を切断することを含み、その結果、テンプレートポリヌクレオチドがDSBの部位に組み込まれる。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、非相同性依存的方法（例えば、NHEJ）を介して組み込まれる。インビボにおいて切断されたら、DSBの箇所において細胞のゲノムに標的を定めた方式でテンプレートポリヌクレオチドが組み込まれ得る。テンプレートポリヌクレオチドは、DSBの創出に用いられるヌクレアーゼのうちの1つまたは複数について同じ標的部位のうちの1つまたは複数を含み得る。したがって、テンプレートポリヌクレオチドは、そこに組み込まれることが望まれる内因性遺伝子を切断するために使用される同じヌクレアーゼのうちの1つまたは複数によって切断され得る。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、DSBを誘導するために使用されるヌクレアーゼとは異なるヌクレアーゼ標的部位を含む。本明細書において記載される通り、標的部位または標的位置の遺伝子破壊は、ZFN、TALEN、CRISPR/Cas9系、またはTtAgoヌクレアーゼ等の任意の機構によって創出することができる。
いくつかの態様では、（1）1つの二本鎖切断、（2）2つの一本鎖切断、（3）標的部位の両側に切断が生じた2つの二本鎖切断、（4）標的部位の両側に二本鎖切断および2つの一本鎖切断が生じた1つの二本鎖切断および2つの一本鎖切断、（5）標的部位の両側に一対の一本鎖切断が生じた4つの一本鎖切断、または（6）1つの一本鎖切断の後にヌクレアーゼによってDNA修復機構が誘導され得る。いくつかの態様では、一本鎖テンプレートポリヌクレオチドが使用され、代替HDRによって標的部位を変化させることができる。
テンプレートポリヌクレオチドによってもたらされる標的部位の変化は、ヌクレアーゼ分子による切断に依存する。ヌクレアーゼによる切断は、ニック、二本鎖切断、または例えば標的部位におけるDNAの各鎖に1つずつの2つの一本鎖切断を含み得る。標的部位に切断が導入された後、切断端が切除されて、一本鎖突出DNA領域が生じる。
古典的なHDRでは、標的部位と相同な配列を含む二本鎖テンプレートポリヌクレオチドが導入され、これが、標的部位に直接組み入れられるか、または導入遺伝子を挿入するためもしくは標的部位の配列を修正するためのテンプレートとして使用される。切断部での切除後、ダブルホリデイジャンクションモデル（または二本鎖切断修復、DSBR、経路）または合成依存性鎖アニーリング（SDSA）経路等の様々な経路によって修復が進行し得る。
ダブルホリデイジャンクションモデルでは、標的部位の2つの一本鎖突出によるテンプレートポリヌクレオチドにおける相同配列への鎖の侵入が生じ、その結果、2つのホリデイジャンクションを有する中間体が形成される。ジャンクションは、切除によって生じたギャップを埋めるように侵入した鎖の末端から新たなDNAが合成されるにつれて移動する。新たに合成されたDNAの末端が切除された末端にライゲーションされ、ジャンクションが回復した結果、標的部位における挿入、例えば、テンプレートポリヌクレオチ中の導入遺伝子の挿入が行われる。ジャンクションが回復した際、テンプレートポリヌクレオチドとの交叉が生じる場合がある。
SDSA経路では、一本鎖突出が1つだけテンプレートポリヌクレオチドに侵入し、侵入した鎖の末端から新たなDNAが合成されて、切除によって生じたギャップが埋まる。次いで、新たに合成されたDNAが残りの一本鎖突出とアニーリングし、新たなDNAが合成されてギャップが埋まり、鎖がライゲーションされて改変DNA二重鎖が生成される。
代替HDRでは、一本鎖テンプレートポリヌクレオチド、例えばテンプレートポリヌクレオチドが導入される。所望の標的部位を変化させるための標的部位におけるニック、一本鎖切断、または二本鎖切断がヌクレアーゼ分子によって媒介され、切断部で切除が生じて一本鎖突出が現れる。DNAの標的部位を修正または変化させるためのテンプレートポリヌクレオチドの配列の組み入れは、典型的には、本明細書において記載されるようなSDSA経路によって行われる。
いくつかの態様では、一本鎖アニーリング（SSA）、一本鎖切断修復（SSBR）、ミスマッチ修復（MMR）、塩基除去修復（BER）、ヌクレオチド除去修復（NER）、鎖内架橋（ICL）、損傷乗り越え合成（TLS）、エラーフリー複製後修復（PRR）等の他のDNA修復経路が、ヌクレアーゼによって創出される二本鎖または一本鎖の切断を修復するために細胞によって採用され得る。
（ii）遺伝子破壊（例えば、DNA鎖切断）の配置
標的組み込みの結果、導入遺伝子がゲノム中の指定の遺伝子または座に組み込まれる。導入遺伝子は、ゲノム中の少なくとも1つの標的部位のうちの1つまたはその近傍であればどこにでも組み込むことができる。いくつかの態様では、導入遺伝子は、少なくとも1つの標的部位のうちの1つまたはその近傍、例えば、切断の部位の上流または下流300、250、200、150、100、50、10、5、4、3、2、1、またはそれより少ない塩基対以内、例えば標的部位のいずれかの側の100、50、10、5、4、3、2、1塩基対以内、例えば標的部位のいずれかの側の50、10、5、4、3、2、1塩基対以内に組み込まれる。いくつかの態様では、導入遺伝子を含む組み込まれた配列は、いかなるベクター配列（例えば、ウイルスベクター配列）も含まない。いくつかの態様では、組み込まれた配列は、ベクター配列（例えば、ウイルスベクター配列）の一部を含む。
鎖の二本鎖切断または鎖の一方における一本鎖切断は、所望の領域が変化するように、例えば、導入遺伝子の挿入または変異の修正が生じるように、標的組み込みのための部位に十分に近くなければならない。いくつかの態様では、距離は、10、25、50、100、200、300、350、400、または500ヌクレオチド以下である。いくつかの態様では、末端切除中にエキソヌクレアーゼによって媒介される除去に供される領域内で切断されるように、切断が標的組み込みのための部位に十分に近くなければならないと考えられる。いくつかの態様では、切断イベント、例えば二本鎖または一本鎖の切断が、変化が望まれる領域、例えば標的挿入のための部位の1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200、300、350、400、または500ヌクレオチド以内に位置付けられるように、標的ドメインが構成される。切断、例えば二本鎖または一本鎖の切断は、変化が望まれる領域、例えば標的挿入のための部位の上流または下流に位置付けられ得る。いくつかの態様では、切断は、変化が望まれる領域内、例えば、少なくとも2つの変異ヌクレオチドによって規定される領域内に位置付けられる。いくつかの態様では、切断は、変化が望まれる領域のすぐ隣に、例えば、標的組み込みのための部位のすぐ上流または下流に位置付けられる。
いくつかの態様では、一本鎖切断は、第2のgRNA分子によって位置付けられた追加の一本鎖切断を伴う。例えば、切断イベント、例えば2つの一本鎖切断が、標的組み込みのための部位の1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200、300、350、400、または500ヌクレオチド以内に位置付けられるように、標的ドメインが構成される。いくつかの態様では、第1および第2のgRNA分子は、Cas9ニッカーゼを導くときに、一本鎖切断が、所望の領域を変化させるのに十分な程度互いに近い、第2のgRNAによって位置付けられた追加の一本鎖切断を伴うように構成される。いくつかの態様では、第1および第2のgRNA分子は、例えばCas9がニッカーゼである場合、該第2のgRNAによって位置付けられた一本鎖切断が、該第1のgRNA分子によって位置付けられた切断の10、20、30、40、または50ヌクレオチド以内にあるように構成される。いくつかの態様では、2つのgRNA分子は、例えば本質的に二本鎖切断を模倣して、異なる鎖上の同じ位置または互いに数ヌクレオチド以内に切断を位置付けるように構成される。
gRNA（単分子（またはキメラ）またはモジュールgRNA）およびCas9ヌクレアーゼが、HDRによって媒介される導入遺伝子の挿入または修正を誘導する目的で二本鎖切断を誘導するいくつかの態様では、切断部位は、標的組み込みのための部位から0～200bp（例えば、0～175、0～150、0～125、0～100、0～75、0～50、0～25、25～200、25～175、25～150、25～125、25～100、25～75、25～50、50～200、50～175、50～150、50～125、50～100、50～75、75～200、75～175、75～150、75～125、75～100bp）離れている。いくつかの態様では、切断部位は、標的組み込みのための部位から0～100bp（例えば、0～75、0～50、0～25、25～100、25～75、25～50、50～100、50～75、または75～100bp）離れている。
いくつかの態様では、ニッカーゼを使用して突出を有する切断を作製することによって、HDRを促進することができる。いくつかの態様では、突出の一本鎖の性質は、例えばNHEJとは対照的に、細胞がHDRによって切断を修復する可能性を高めることができる。
具体的には、いくつかの態様では、第1のニッカーゼに第1の標的部位を標的とさせる第1のgRNAと、第2のニッカーゼに第1の標的部位とは反対のDNA鎖上にあり、第1のニックからずれている第2の標的部位を標的とさせる第2のgRNAとを選択することによって、HDRが促進される。いくつかの態様では、ヌクレオチドが変化しないように、予め選択されたヌクレオチド、例えばコード領域のヌクレオチドから十分に離して切断イベントを位置付けるように、gRNA分子の標的ドメインが構成される。いくつかの態様では、エクソン配列の変化または不要なスプライシングイベントを回避するために、イントロン／エクソンの境界または天然に存在するスプライスシグナルから十分に離してイントロン切断イベントを位置付けるように、gRNA分子の標的ドメインが構成される。いくつかの態様では、内因性遺伝子の欠失もしくはノックアウトを可能にするおよび／または少なくとも1つの標的部位のうちの1つもしくはその近傍での導入遺伝子のインフレーム組み込みを可能にするために初期エクソン内に位置付けられるように、gRNA分子の標的ドメインが構成される。
いくつかの態様では、二本鎖切断は、第2のgRNA分子によって位置付けられた追加の二本鎖切断を伴う場合がある。いくつかの態様では、二本鎖切断は、第2のgRNA分子および第3のgRNA分子によって位置付けられた2つの追加の一本鎖切断を伴う場合がある。
いくつかの態様では、2つのgRNA、例えば、独立して、単分子（またはキメラ）またはモジュールgRNAは、標的組み込みのための部位の両側に二本鎖切断が位置付けられるように構成される。
（iii）テンプレートポリヌクレオチド
内因性DNAにおける1つまたは複数の標的部位またはその近傍の配列と相同性を有するテンプレートポリヌクレオチドを使用して、標的DNAの構造を変化させる、例えば、導入遺伝子を標的挿入することができる。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、標的挿入のために、導入遺伝子、例えば組み換え受容体をコードしている核酸配列に隣接する相同性配列（例えば、相同性アーム）を含有する。いくつかの態様では、相同性配列は、TRACおよび／またはβ2M座のうちの1つまたは複数に導入遺伝子を標的化する。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、相同性アーム間に追加の配列（コードまたは非コードの配列）、例えば、プロモーターおよび／もしくはエンハンサー等の調節配列、スプライスドナーおよび／もしくはアクセプターの部位、配列内リボソーム進入部位（IRES）、リボソームスキッピングエレメント（例えば、2Aペプチド）をコードしている配列、マーカーおよび／もしくはSAの部位、ならびに／または1つもしくは複数の追加の導入遺伝子等を含む。
テンプレートポリヌクレオチドにおける関心対象の配列は、プロモーターの有無にかかわらず、機能的ポリペプチドをコードしている1つまたは複数の配列（例えば、cDNA）を含み得る。
いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドに含有される導入遺伝子は、細胞表面受容体（例えば、組み換え受容体）またはその鎖、抗体、抗原、酵素、成長因子、核受容体、ホルモン、リンホカイン、サイトカイン、レポーター、本明細書のいずれかおよび本明細書の組み合わせの機能的断片または機能的バリアントをコードしている配列を含む。導入遺伝子は、がん療法において有用な1つまたは複数のタンパク質、例えば、1つまたは複数のキメラ抗原受容体（CAR）および／または組み換えT細胞受容体（TCR）をコードしていてよい。いくつかの態様では、導入遺伝子は、本明細書においてセクションIVに記載される組み換え受容体のいずれか、またはその任意の鎖、領域、および／もしくはドメインをコードしていてよい。いくつかの態様では、導入遺伝子は、組み換えT細胞受容体（TCR）、またはその任意の鎖、領域、および／もしくはドメインをコードしている。
（iv）テンプレートポリヌクレチドの送達
いくつかの態様では、ポリヌクレオチド、例えば、キメラ受容体をコードしているテンプレートポリヌクレオチド等のポリヌクレオチドは、ヌクレオチド形態で、例えば、ポリヌクレオチドまたはベクターとして細胞に導入される。具体的な態様では、ポリヌクレオチドは、キメラ受容体またはその一部をコードしている導入遺伝子を含有する。
いくつかの態様では、標的遺伝的破壊を誘導することができる1つまたは複数の作用物質、例えばヌクレアーゼおよび／またはgRNAに加えて、テンプレートポリヌクレオチドが、操作のために細胞内に導入される。いくつかの態様では、標的遺伝子破壊を誘導することができる1つまたは複数の作用物質が細胞に導入される前に、同時に、または後に、1つまたは複数のテンプレートポリヌクレオチドが送達され得る。いくつかの態様では、1つまたは複数のテンプレートポリヌクレオチドは、作用物質と同時に送達される。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、作用物質の前、例えば、作用物質の1～60分（またはその間の任意の時間）前、作用物質の1～24時間（またはその間の任意の時間）前、または作用物質の24時間超前を含むがこれらに限定されるわけではない、作用物質の数秒～数時間～数日前に送達される。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、作用物質の後、作用物質の送達直後を含む作用物質の数秒～数時間～数日後、例えば、作用物質の送達の30秒～4時間または約30秒～4時間、例えば、約30秒、1分、2分、3分、4分、5分、6分、6分、8分、9分、10分、15分、20分、30分、40分、50分、60分、90分、2時間、3時間、もしくは4時間後、および／または好ましくは、作用物質の送達後4時間以内に送達される。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、作用物質の送達の4時間超後に送達される。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、例えば、作用物質の後1秒～60分（またはその間の任意の時間）以内、作用物質の1～4時間（またはその間の任意の時間）後、または作用物質の4時間超後を含むがこれらに限定されるわけではない、作用物質の後に送達される。
いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、標的遺伝的破壊を誘導することができる1つまたは複数の作用物質、例えば、ヌクレアーゼおよび／またはgRNAと同じ送達系を使用して送達され得る。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、標的遺伝的破壊を誘導することができる1つまたは複数の作用物質、例えば、ヌクレアーゼおよび／またはgRNAと異なる同じ送達系を使用して送達され得る。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、1つまたは複数の作用物質と同時に送達される。他の態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、1つまたは複数の作用物質の送達の前または後の異なる時点で送達される。標的遺伝子破壊を誘導することができる1つまたは複数の作用物質、例えば、ヌクレアーゼおよび／またはgRNAにおける核酸を送達のための本明細書において記載される送達方法のいずれかを使用して、テンプレートポリヌクレオチドを送達することができる。
いくつかの態様では、1つまたは複数の作用物質およびテンプレートポリヌクレオチドは、同じフォーマットまたは方法で送達される。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数の作用物質およびテンプレートポリヌクレオチドは、両方ともベクター、例えば、ウイルスベクターに含まれる。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、Cas9およびgRNAと同じベクター骨格、例えば、AAVゲノム、プラスミドDNAにコードされる。いくつかの局面では、1つまたは複数の作用物質およびテンプレートポリヌクレオチドは、異なるフォーマットであり、例えば、Cas9-gRNA作用物質についてはリボ核酸-タンパク質複合体（RNP）、そして、テンプレートポリヌクレオチドについては線状DNAであるが、これらは同じ方法を使用して送達される。いくつかの局面では、1つまたは複数の作用物質およびテンプレートポリヌクレオチドは、異なるフォーマットであり、例えば、Cas9-gRNA作用物質についてはリボ核酸-タンパク質複合体（RNP）であり、テンプレートポリヌクレオチドは、AAVベクターに含有され、RNPは、物理的送達方法（例えば、エレクトロポレーション）を用いて送達され、テンプレートポリヌクレオチドは、AAVウイルス調製品の形質導入を介して送達される。いくつかの局面では、テンプレートポリヌクレオチドは、1つまたは複数の作用物質の送達の直後、例えば、送達後約1、2、3、4、5、10、20、30、40、50、または60分以内に送達される。
いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、線状もしくは環状の核酸分子、例えば、線状もしくは環状のDNAまたは線状のRNAであり、核酸分子を細胞内に送達するための本明細書において記載される方法のいずれかを用いて送達することができる。
具体的な態様では、ポリヌクレオチド、例えば、テンプレートポリヌクレオチドは、ヌクレオチドの形態で、例えば、非ウイルスベクターとしてまたは非ウイルスベクター内で、細胞に導入される。いくつかの態様では、非ウイルスベクターは、例えば、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、一過性の細胞の圧縮もしくは圧搾（例えば、Lee, et al.(2012) Nano Lett 12: 6322-27に記載）、脂質媒介性トランスフェクション、ペプチド媒介性送達、例えば細胞浸透ペプチド、またはそれらの組み合わせ等であるがこれらに限定されるわけではない、遺伝子送達のための任意の好適なおよび／または公知の非ウイルス法による形質導入および／またはトランスフェクションに好適なポリヌクレオチド、例えば、DNAまたはRNAポリヌクレオチドであるかまたは含む。いくつかの態様では、非ウイルスポリヌクレオチドは、非ウイルス法等の本明細書において記載される非ウイルス法によって、細胞に送達される。
いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチド配列は、ゲノムDNAにおける関心対象の領域と相同ではない配列を含有するベクター分子に含まれ得る。いくつかの態様では、ウイルスは、DNAウイルス（例えば、dsDNAまたはssDNAのウイルス）である。いくつかの態様では、ウイルスは、RNAウイルス（例えば、ssRNAまたはdsRNAのウイルス）である。例示的なウイルスベクター／ウイルスは、例えば、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（AAV）、ワクシニアウイルス、ポックスウイルス、および単純ヘルペスウイルス、または本明細書における他の箇所に記載されるウイルスのいずれかを含む。
いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、例えば、シミアンウイルス40（SV40）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するベクター等の組み換え感染性ウイルス粒子を用いて細胞に移入され得る。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、組み換えレンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えば、ガンマレトロウイルスベクター（例えば、Koste et al. (2014) Gene Therapy 2014 Apr 3. doi: 10.1038/gt.2014.25; Carlens et al. (2000) Exp Hematol 28(10): 1137-46; Alonso-Camino et al. (2013) Mol Ther Nucl Acids 2, e93; Park et al., Trends Biotechnol. 2011 November 29(11): 550-557を参照のこと）、またはHIV-1由来のレンチウイルスベクターを用いてT細胞に移入される。
いくつかの態様では、レトロウイルスベクターは、長い末端反復配列（LTR）を有し、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（MoMLV）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（MPSV）、マウス胚性幹細胞ウイルス（MESV）、マウス幹細胞ウイルス（MSCV）、または脾フォーカス形成ウイルス（SFFV）に由来するレトロウイルスベクターである。ほとんどのレトロウイルスベクターは、マウスレトロウイルスに由来する。いくつかの態様では、レトロウイルスは、任意の鳥類または哺乳類の細胞源に由来するものを含む。レトロウイルスは、典型的には、両種指向性であり、すなわち、ヒトを含むいくつかの種の宿主細胞に感染することが可能である。一態様では、発現させる遺伝子は、レトロウイルスのgag、pol、および／またはenvの配列に取って代わる。多数の実例となるレトロウイルス系が記載されている（例えば、米国特許第5,219,740号；同第6,207,453号；同第5,219,740号；Miller and Rosman (1989) BioTechniques 7:980-990；Miller, A. D. (1990) Human Gene Therapy 1:5-14；Scarpa et al. (1991) Virology 180:849-852; Burns et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:8033-8037；およびBoris-Lawrie and Temin (1993) Cur. Opin. Genet. Develop. 3:102-109)。
いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドおよびヌクレアーゼは、例えば、AAVベクター（例えば、AAV6）等の同じベクター上に存在し得る。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、AAVベクターを使用して送達され、標的遺伝子破壊を誘導することができる1つまたは複数の作用物質、例えばヌクレアーゼおよび／またはgRNAは、異なる形態として、例えば、ヌクレアーゼおよび／またはgRNAをコードしているmRNAとして送達される。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドおよびヌクレアーゼは、同じ種類の方法、例えば、ウイルスベクターを用いて送達されるが、別々のベクター上に存在する。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、遺伝的破壊を誘導することができる作用物質、例えば、ヌクレアーゼおよび／またはgRNAとは異なる送達系で送達される。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、インビボでベクター骨格から切り取られ、例えば、それはgRNA認識配列に隣接する。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチドは、Cas9およびgRNAと別個のポリヌクレオチド分子上に存在する。いくつかの態様では、Cas9およびgRNAは、リボ核タンパク質（RNP）複合体の形態で導入され、テンプレートポリヌクレオチドは、例えばベクター中のポリヌクレオチド分子として、または線状核酸分子、例えば線状DNAとして導入される。送達のための種類または核酸およびベクターは、本明細書において記載されるもののいずれかを含む。
b. 形質導入
いくつかの態様では、細胞を遺伝的に操作することは、ポリヌクレオチド、例えば異種ポリヌクレオチドを形質導入によって細胞に導入することであるかまたは含む。いくつかの態様では、細胞は、個々のドナーからのものである。いくつかの態様では、細胞は、複数の異なるドナーからのものである。いくつかの態様では、細胞にウイルスベクターが形質導入される。いくつかの態様では、ウイルスは、アデノ随伴ウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えば、ガンマレトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターである。レンチウイルスによる形質導入方法は公知である。例示的な方法は、例えば、Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701; Cooper et al. (2003) Blood. 101:1637-1644; Verhoeyen et al. (2009) Methods Mol Biol. 506: 97-114；およびCavalieri et al. (2003) Blood. 102(2): 497-505に記載されている。
いくつかの態様では、形質導入は、集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールCD57枯渇T細胞集団）の1つまたは複数の細胞を、組み換えタンパク質、例えば組み換え受容体をコードしている核酸分子と接触させることによって実行される。いくつかの態様では、形質導入は、集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールCD27濃縮T細胞集団）の1つまたは複数の細胞を、組み換えタンパク質、例えば組み換え受容体をコードしている核酸分子と接触させることによって実行される。いくつかの態様において、接触は、遠心分離、例えばスピノキュレーション（例えば遠心接種）によって実施することができる。そのような方法は、国際公開公報第2016/073602号に記載されている方法のいずれかを含む。例示的な遠心チャンバとしては、Biosafe SAによって製造販売されているもの、例えばSepax（登録商標）およびSepax（登録商標）2システムとで使用するためのもの、例えばA-200/FおよびA-200遠心チャンバならびにそのようなシステムとで使用するための様々なキットがある。例示的なチャンバ、システムならびに処理機器およびキャビネットは、例えば、米国特許第6,123,655号、米国特許第6,733,433号および米国特許出願公開第2008/0171951号および国際公開公報第00/38762号に記載されている。これらそれぞれの内容が全体として参照により本明細書に組み入れられる。そのようなシステムとで使用するための例示的なキットとしては、BioSafe SAによって製品名CS-430.1、CS-490.1、CS-600.1またはCS-900.2の下で販売されている使い捨てキットがあるが、それらに限定されない。
いくつかの態様において、提供される方法は、組換え受容体をコードするポリヌクレオチドを含有するウイルスベクターを、300×106個、約300×106個または300×106個未満の細胞、例えば刺激された細胞集団の生存T細胞に形質導入することと関連して使用される。特定の態様において、100×106個または約100×106個の細胞、例えば刺激された細胞集団の生存T細胞が形質導入される。
いくつかの態様において、形質導入は無血清培地中で実施される。いくつかの態様において、形質導入はIL-2、IL-7およびIL-15の存在下で実施される。特定の態様において、細胞、例えば刺激された細胞集団の細胞は、CD4+ T細胞またはCD8+ T細胞である細胞を少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％または少なくとも95％含有する。いくつかの態様において、形質導入は、24～48時間、36～12時間、18～30時間、または24時間もしくは約24時間、実施される。特定の態様において、形質導入工程は、インキュベーション、例えば刺激条件下でのインキュベーションの出発または開始から2日以内、36時間以内または30時間以内に開始される。
いくつかの態様では、システムには、本明細書または国際公開番号WO2016/073602に記載されているような遠心チャンバシステムと共にまたはそれに関連して行うことができる1つまたは複数の処理工程など、システム内で実施される形質導入工程および1つまたは複数の様々な他の処理工程の局面を操作、自動化、制御および/またはモニタリングするための装置を含む他の装置が含まれ、および/またはシステムは、それに関連して配置される。いくつかの態様では、この装置は、キャビネット内に含有される。いくつかの態様では、装置は、制御回路を含有するハウジング、遠心分離機、カバー、モータ、ポンプ、センサ、ディスプレイおよびユーザインターフェースを含むキャビネットを含む。例示的なデバイスは、米国特許第6,123,655号、米国特許第6,733,433号および米国特許第2008/0171951号に記載されている。
いくつかの態様では、システムは、一連の容器、例えば、バッグ、チューブ、ストップコック、クランプ、コネクタおよび遠心分離チャンバを含む。いくつかの態様では、バッグなどの容器は、同じ容器または別個の容器、例えば、同じバッグまたは別個のバッグ内に、形質導入されるべき細胞とウイルスベクター粒子とを含有する、バッグなどの1つまたは複数の容器を含む。いくつかの態様では、システムはさらに、本方法の間に構成成分および/または集団を希釈、再懸濁および/または洗浄するためにチャンバおよび/または他の構成成分に引き込まれる媒体、例えば、希釈剤および/または洗浄溶液を含有する、バッグなどの1つまたは複数の容器を含む。容器は、システム内の1つまたは複数の位置、例えば、投入ライン、希釈剤ライン、洗浄ライン、廃棄物ラインおよび/または排出ラインに対応する位置に接続することができる。
いくつかの態様では、チャンバは、その回転軸の周りなどでチャンバの回転を達成可能である遠心分離機と関連付けられる。回転は、細胞の形質導入に関連するインキュベーションの前、その間および/もしくはその後に、および/または他の処理工程のうちの1つもしくは複数において行われ得る。したがって、いくつかの態様では、様々な処理工程の1つまたは複数が、回転下で、例えば、特定の力で行われる。チャンバは、典型的には垂直方向またはほぼ垂直方向に回転可能であり、その結果、チャンバは遠心分離中に垂直に位置し、側壁および軸は垂直またはほぼ垂直であり、端壁は水平またはほぼ水平である。
いくつかの態様では、集団をキャビティに提供する前に、細胞を含有する集団およびウイルスベクター粒子を含有する集団および任意で空気を組み合わせるか混合することができる。いくつかの態様では、細胞を含有する集団およびウイルスベクター粒子を含有する集団および任意で空気を別個に提供し、キャビティ内で組み合わせて混合する。いくつかの態様では、細胞を含有する集団、ウイルスベクター粒子を含有する集団および任意で空気を任意の順序で内部キャビティに提供することができる。そのようないくつかの態様のいずれかにおいて、細胞およびウイルスベクター粒子を含有する集団は、遠心チャンバの内部または外部で組み合わされているまたは混合されているかどうか、かつ/または、細胞およびウイルスベクター粒子が、遠心チャンバに一緒にまたは別個に、例えば同時または連続して提供されるかどうかにかかわらず、一度一緒に組み合わされるかまたは混合されたインプット組成物である。
いくつかの態様では、空気などの気体の体積の取り込みは、形質導入法での回転など、細胞およびウイルスベクター粒子をインキュベートする前に行われる。いくつかの態様では、空気などの気体の体積の取り込みは、形質導入法での回転など、細胞およびウイルスベクター粒子のインキュベーションの間に行われる。
いくつかの態様では、形質導入集団を構成する細胞またはウイルスベクター粒子の液体体積、および任意で空気の体積は、所定の体積であることができる。体積は、システムに関連する回路にプログラムされた体積および/またはその回路によって制御された体積であることができる。
いくつかの態様では、形質導入集団、および任意で空気などの気体の取り込みは、所望または所定の体積がチャンバの内部キャビティに取り込まれるまで、手動、半自動および/または自動で制御される。いくつかの態様では、システムに関連付けられたセンサは、遠心分離チャンバに出入りする液体および/または気体を、その色、流量および/または密度などを介して検出することができ、関連する回路と通信して、そのような所望または所定の体積の取り込みが達成されるまで、必要に応じて取り込みを停止または続行させることができる。いくつかの局面では、気体（例えば、空気）ではなくシステム内の液体のみを検出するようにプログラムされているかそれが可能であるセンサを作製して、取り込みを停止することなく、空気などの気体をシステムに通過させることができる。いくつかのそのような態様では、空気などの気体の取り込みが望まれている間、非透明なチューブ片をセンサ近くのラインに配置することができる。いくつかの態様では、空気などの気体の取り込みを手動で制御することができる。
提供される方法の局面では、遠心分離チャンバの内部キャビティが高速回転に供される。いくつかの態様では、回転は、液体インプット組成物および任意で空気の取り込みの前に、それと同時に、それに続いて、またはそれと断続的に達成される。いくつかの態様では、回転は、液体インプット組成物および任意で空気の取り込みに続いて達成される。いくつかの態様では、回転は、内部キャビティの側壁の内面でのおよび/または細胞の表面層での200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、1000g、1100g、1500、1600g、1800g、2000g、2200g、2500g、3000g、3200g、3500gもしくは4000g、または約200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、1000g、1100g、1500、1600g、1800g、2000g、2200g、2500g、3000g、3200g、3500gもしくは4000g、または少なくとも200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、1000g、1100g、1500、1600g、1800g、2000g、2200g、2500g、3000g、3200g、3500gもしくは4000g、または少なくとも約200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、1000g、1100g、1500、1600g、1800g、2000g、2200g、2500g、3000g、3200g、3500gもしくは4000gの相対遠心力での遠心チャンバの遠心分離によるものである。いくつかの態様では、回転は、1200g超もしくは約1200g超、1400g超もしくは約1400g超、1600g超もしくは約1600g超、1800g超もしくは約1800g超、2000g超もしくは約2000g超、2400g超もしくは約2400g超、2800g超もしくは約2800g超、3000g超もしくは約3000g超、または3200g超もしくは約3200g超などによる、1100g超または約1100gである力での遠心分離によるものである。特定の態様では、遠心分離による回転は、600g～800gの間の力での回転である。特定の態様では、遠心分離による回転は、693gまたは約693gの力での回転である。いくつかの態様では、遠心分離による回転は、1600gであるかまたは約1600gである力での回転である。
いくつかの態様では、チャンバのキャビティ内の空気などの気体は、チャンバから排出される。いくつかの態様では、空気などの気体は、閉鎖系の一部として遠心チャンバと動作可能に連結された容器に排出される。いくつかの態様では、容器は、空いている、または空の容器である。いくつかの態様では、チャンバのキャビティ内の気体などの空気は、無菌の管路を介してチャンバの内部キャビティに動作可能に接続されたフィルターを通して排出される。いくつかの態様では、空気は、手動、半自動または自動プロセスを使用して排出される。いくつかの態様では、チャンバのキャビティから、インキュベートされた細胞およびウイルスベクター粒子を含有するアウトプット集団、例えば、形質導入が開始された細胞またはウイルスベクターにより形質導入された細胞を圧搾する前に、それと同時に、それと断続的に、またはそれに続いて、チャンバから空気が排出される。
いくつかの態様では、形質導入および/または他のインキュベーションは、連続的または半連続的なプロセスとして、またはその一部として実施される。いくつかの態様では、連続的なプロセスは、インキュベーションの少なくとも一部の間、例えば遠心分離しながら、細胞およびウイルスベクター粒子、例えば形質導入組成物の連続的な取り込み（単一の既存の組成物として、または同じ容器、例えばキャビティに連続的に引き込み、それによってその部分を混合することによって）、ならびに/または、液体の連続的な圧搾もしくは排除、および任意で容器からの気体（例えば、空気）の排出を伴う。いくつかの態様では、連続的な取り込みおよび連続的な圧搾は、少なくとも部分的に同時に行われる。いくつかの態様では、連続的な取り込みは、インキュベーションの一部の間に、例えば、遠心分離の一部の間に行われ、連続的な圧搾は、インキュベーションの別の部分の間に行われる。2つは交互に行われ得る。したがって、連続的な取り込みおよび圧搾により、インキュベーションを行いながら、試料のさらに大きな全体積を処理する、例えば形質導入することができる。
いくつかの態様では、インキュベーションは、連続的なプロセスの一部であり、本方法は、インキュベーションの少なくとも一部の間に、キャビティへの形質導入組成物の連続的な取り込みをチャンバの回転の間およびインキュベーションの一部の間に達成する工程、液体の連続的な圧搾を達成する工程、および任意で、チャンバの回転の間に、少なくとも1つの開口部を通じてキャビティから気体（例えば、空気）を排出する工程を含む。
いくつかの態様では、半連続的なインキュベーションは、キャビティへの組成物の取り込み、インキュベーション、キャビティからの液体の圧搾、および任意で、アウトプット容器などへのキャビティからの気体（例えば、空気）の排出、次いで、さらに多くの細胞および処理のための他の試薬、例えばウイルスベクター粒子を含有する後続の（例えば、第2、第3などの）組成物の取り込み、ならびにプロセスの反復を交互に達成することによって行われる。例えば、いくつかの態様では、インキュベーションは、半連続的なプロセスの一部であり、本方法は、インキュベーションの前に、少なくとも1つの開口部を通じた形質導入組成物のキャビティへの取り込みを達成する工程、インキュベーションに続いて、キャビティからの流体の圧搾を達成する工程；細胞およびウイルスベクター粒子を含む別の形質導入組成物の内部キャビティへの取り込みを達成する工程；ならびに別の形質導入組成物中の細胞がベクターにより形質導入される条件下で、内部キャビティ内で別の形質導入組成物をインキュベートする工程を含む。このプロセスは、いくつかの追加ラウンドにわたり反復的に継続され得る。この点で、半連続的または連続的な方法は、さらに大きな体積および/または数の細胞の産生を可能にし得る。
いくつかの態様では、形質導入インキュベーションの一部は、遠心チャンバ内で実施され、回転または遠心分離を含む条件下で実施される。
特定の態様では、ウイルスベクターによる細胞の形質導入は、細胞およびウイルス粒子を含有する混合物のスピノキュレーション、例えば、遠心分離であるかそれを含む。いくつかの態様では、細胞およびウイルス粒子を含有する組成物は、一般に、細胞をペレット化するために使用される速度よりも遅い速度、例えば、600rpm～1700rpmまたは約600rpm～1700rpm（例えば、600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm、または約600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm、または少なくとも600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm）などの比較的低い力または速度で回転させることができる。いくつかの態様では、回転は、例えば、チャンバまたはキャビティの内壁または外壁で測定した場合、100g～4000gまたは約100g～4000g（例えば、100g、200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、900g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3500g、または約100g、200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、900g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3500g、または少なくとも100g、200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、900g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3500g、または少なくとも約100g、200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、900g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3500g）の力、例えば、相対遠心力で行われる。
いくつかの態様では、細胞は、ウイルスベクターと共に、100g～4000g、200g～1,000g、500g～1200g、1000g～2000g、600g～800g、1200g～1800gもしくは1500g～1800gまた約100g～4000g、200g～1,000g、500g～1200g、1000g～2000g、600g～800g、1200g～1800gもしくは1500g～1800gの力、例えば、相対遠心力でスピノキュレートされる。ある特定の態様では、細胞は、ウイルスベクター粒子と共に、100g、200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、900g、1000g、1200g、1500g、1600g、2000g、2500g、3000g、3200gもしくは3500g、少なくとも100g、200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、900g、1000g、1200g、1500g、1600g、2000g、2500g、3000g、3200gもしくは3500g、または約100g、200g、300g、400g、500g、600g、700g、800g、900g、1000g、1200g、1500g、1600g、2000g、2500g、3000g、3200gもしくは3500gでスピノキュレートされる。いくつかの態様では、細胞は、ウイルスベクターにより692gまたは約692gの力で形質導入される。特定の態様では、細胞は、ウイルスベクターにより1600gまたは約1600gの力で形質導入される。いくつかの態様では、力は、内部キャビティの側壁の内面でのおよび/または細胞の表面層での力である。
ある特定の態様では、細胞は、スピノキュレートされる、例えば、細胞およびウイルスベクターを含有する細胞組成物は、5分間超または約5分間、例えば、10分間超もしくは約10分間、15分間超もしくは約15分間、20分間超もしくは約20分間、30分間超もしくは約30分間、45分間超もしくは約45分間、60分間超もしくは約60分間、90分間超もしくは約90分間、または120分間超もしくは約120分間；あるいは、5分～120分、30分～90分、15分～60分、15分～45分、30分～60分、もしくは45分～60分、または約5分～120分、30分～90分、15分～60分、15分～45分、30分～60分、もしくは45分～60分（両端の値を含む）にわたり回転される。いくつかの態様では、細胞は、ウイルスベクターと共に30分間または約30分間スピノキュレートされる。ある特定の態様では、細胞は、ウイルスベクターと共に60分間または約60分間スピノキュレートされる。
いくつかの態様では、形質導入の方法は、形質導入組成物および任意で空気を、遠心チャンバ内で、5分間超もしくは約5分間、例えば、10分間超もしくは約10分間、15分間超もしくは約15分間、20分間超もしくは約20分間、30分間超もしくは約30分間、45分間超もしくは約45分間、60分間超もしくは約60分間、90分間超もしくは約90分間、または120分間超もしくは約120分間にわたりスピノキュレーション、例えば、回転または遠心分離することを含む。いくつかの態様では、形質導入組成物および任意で空気は、5分を超えるが60分以下、45分以下、30分以下または15分以下にわたり遠心チャンバ内で回転または遠心分離される。特定の態様では、形質導入は、60分間または約60分間にわたり回転または遠心分離することを含む。
いくつかの態様では、形質導入の方法は、形質導入組成物および任意で空気を、遠心チャンバ内で、10分～60分、15分～60分、15分～45分、30分～60分、もしくは45分～60分、または約10分～60分、約15分～60分、約15分～45分、約30分～60分、もしくは約45分～60分（両端の値を含む）にわたり、かつ、内部キャビティの側壁の内面でおよび/または細胞の表面層で1000g、1100g、1200g、1400g、1500g、1600g、1800g、2000g、2200g、2400g、2800g、3200gもしくは3600g、約1000g、1100g、1200g、1400g、1500g、1600g、1800g、2000g、2200g、2400g、2800g、3200gもしくは3600g、または1000g、1100g、1200g、1400g、1500g、1600g、1800g、2000g、2200g、2400g、2800g、3200gもしくは3600gの力で回転または遠心分離することを含む。特定の態様では、形質導入の方法は、形質導入組成物、例えば、細胞およびウイルスベクター粒子を、1600gまたは約1600gで60分間または約60分間にわたり回転または遠心分離することを含む。
c. ウイルスベクター粒子
いくつかの態様では、組換え核酸は、細胞（例えば、CD57枯渇T細胞集団の細胞および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞）に、組換え感染性ウイルス粒子、例えば、シミアンウイルス40（SV40）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するベクターなどを使用して、移入または導入される。いくつかの態様では、組換え核酸は、細胞（例えば、CD27濃縮T細胞集団の細胞および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞）に、組換え感染性ウイルス粒子、例えば、シミアンウイルス40（SV40）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するベクターなどを使用して、移入または導入される。いくつかの態様では、組換え核酸は、組換えレンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えばガンマ-レトロウイルスベクターを使用してT細胞に移送される（例えば、Koste et al. (2014) Gene Therapy 2014 Apr 3. doi: 10.1038/gt.2014.25; Carlens et al. (2000) Exp Hematol 28(10): 1137-46; Alonso-Camino et al. (2013) Mol Ther Nucl Acids 2, e93; Park et al., Trends Biotechnol. 2011 November 29(11): 550-557を参照のこと）。
いくつかの態様では、レトロウイルスベクター、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（MoMLV）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（MPSV）、マウス胚性幹細胞ウイルス（MESV）、マウス幹細胞ウイルス（MSCV）または脾フォーカス形成ウイルス（SFFV）に由来するレトロウイルスベクターは、長末端反復配列（LTR）を有する。ほとんどのレトロウイルスベクターは、マウスレトロウイルスに由来する。いくつかの態様では、レトロウイルスは、任意の鳥類または哺乳類の細胞源に由来するものを含む。レトロウイルスは、典型的には両種指向性であり、これは、ヒトを含む数種の宿主細胞に感染可能であることを意味する。一態様では、発現されるべき遺伝子は、レトロウイルスのgag、polおよび/またはenv配列と置き換わる。多数の例示的なレトロウイルス系が記載されている（例えば、米国特許第5,219,740号；第6,207,453号；第5,219,740号；Miller and Rosman (1989) Bio Techniques 7:980-990；Miller, A. D. (1990) Human Gene Therapy 1:5-14；Scarpa et al. (1991) Virology 180:849-852；Burns et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:8033-8037；およびBoris-Lawrie and Temin (1993) Cur. Opin. Genet. Develop. 3:102-109）。
ウイルスベクターゲノムは、典型的には、パッケージング細胞株または産生細胞株にトランスフェクトできるプラスミドの形態で構築される。そのような例のいずれでも、組換え受容体などの組換えタンパク質をコードする核酸は、一般にウイルスゲノムの非必須領域などのウイルスベクターの領域に挿入または配置される。いくつかの態様では、核酸は、ある特定のウイルス配列の代わりにウイルスゲノムに挿入されて、複製欠損であるウイルスを産生する。
多種多様な公知の方法のいずれかを使用して、ゲノムがウイルスベクターゲノムのRNAコピーを含有するレトロウイルス粒子を産生することができる。いくつかの態様では、少なくとも2つの成分（第1に、構造タンパク質と、ウイルスベクター粒子を生成するのに必要な酵素とを包含するパッケージングプラスミド、第2に、ウイルスベクターそれ自体、すなわち、導入されるべき遺伝物質）がウイルスベースの遺伝子送達系の作製に関与する。これらの成分の一方または両方の設計に、バイオセーフティのためのセーフガードを導入することができる。
いくつかの態様では、パッケージングプラスミドは、エンベロープタンパク質以外のHIV-1などのあらゆるレトロウイルスタンパク質を含有することができる（Naldini et al., 1998）。他の態様では、ウイルスベクターは、病原性に関連するものなどの追加のウイルス遺伝子、例えば、HIVの一次トランスアクチベーターであるvpr、vif、vpuおよびnef、ならびに/またはTatを欠損し得る。いくつかの態様では、HIVベースのレンチウイルスベクターなどのレンチウイルスベクターは、親ウイルスの3つの遺伝子、gag、polおよびrevのみを含み、これにより、組換えによる野生型ウイルスの再構成の可能性が減少するか排除される。
いくつかの態様では、ウイルスベクターゲノムは、ウイルスベクターゲノムから転写されたウイルスゲノムRNAをウイルス粒子にパッケージングするのに必要なあらゆる成分を含有するパッケージング細胞株に導入される。あるいは、ウイルスベクターゲノムは、関心対象の1つまたは複数の配列、例えば組換え核酸に加えて、ウイルス成分をコードする1つまたは複数の遺伝子を含み得る。ただし、いくつかの局面では、標的細胞内でのゲノムの複製を防ぐために、複製に必要な内因性ウイルス遺伝子が除去され、パッケージング細胞株に別個に提供される。
いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、粒子を生成するために必要な成分を含有する1つまたは複数のプラスミドベクターによりトランスフェクトされる。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、LTR、シス作用パッケージング配列および関心対象の配列、すなわちCARなどの抗原受容体をコードする核酸を含む、ウイルスベクターゲノムを含有するプラスミドと；Gag、polおよび/またはrevなどのウイルスの酵素的および/または構造的成分をコードする1つまたは複数のヘルパープラスミドによりトランスフェクトされる。いくつかの態様では、レトロウイルスベクター粒子を生成する様々な遺伝的成分を分離するために複数のベクターが利用される。いくつかのそのような態様では、パッケージング細胞に別個のベクターを提供することにより、普通なら複製能力のあるウイルスを生成する可能性がある組換え事象の可能性が減少する。いくつかの態様では、あらゆるレトロウイルス成分を有する単一のプラスミドベクターを使用することができる。
標的細胞に感染可能であるウイルス粒子を形成するためにパッケージング細胞が使用される。そのような細胞には、アデノウイルスをパッケージングできる293細胞が含まれる。遺伝子療法において使用されるウイルスベクターは、通常、ウイルス粒子に核酸ベクターをパッケージングする産生細胞株によって生成される。ベクターは、典型的には、パッケージングとその後の宿主または標的細胞への組み込み（適用可能な場合）に必要な最小のウイルス配列を含有し、他のウイルス配列は、発現させようとするタンパク質、例えばCas9をコードする発現カセットによって置換されている。例えば、遺伝子療法において使用されるAAVベクターは、典型的には、パッケージングおよび宿主または標的細胞における遺伝子発現に必要なAAVゲノム由来の逆方向末端反復（ITR）配列のみを保有する。欠損しているウイルス機能は、パッケージング細胞株によってトランスに供給される。この後、ウイルスDNAは、他のAAV遺伝子（すなわち、repおよびcap）をコードするがITR配列を欠いているヘルパープラスミドを含有する、細胞株中にパッケージされる。該細胞株にはまた、ヘルパーとしてのアデノウイルスも感染する。ヘルパーウイルスは、ヘルパープラスミドからのAAVベクターの複製およびAAV遺伝子の発現を促進する。ヘルパープラスミドは、ITR配列の欠如のために、わずかな量でしかパッケージされない。アデノウイルスの混入は、例えば、AAVよりもアデノウイルスがより影響を受ける加熱処理によって低減させることができる。
いくつかの態様では、レンチウイルスベクター粒子などのレトロウイルスベクター粒子は、宿主細胞の形質導入効率を高めるために偽型化される。例えば、いくつかの態様では、レンチウイルスベクター粒子などのレトロウイルスベクター粒子は、VSV-G糖タンパク質を用いて偽型化され、これにより、広い細胞宿主範囲が提供され、形質導入できる細胞タイプを拡大する。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、例えば、シンドビスウイルスエンベロープ、GALVまたはVSV-Gなどの異種指向性、ポリトロピックまたは両種指向性のエンベロープを含むように、非天然エンベロープ糖タンパク質をコードするプラスミドまたはポリヌクレオチドによりトランスフェクトされる。
いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、ウイルスゲノムRNAをレンチウイルスベクター粒子にパッケージングするためにトランスで必要とされる、ウイルス調節タンパク質および構造タンパク質を含む成分を提供する。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、レンチウイルスタンパク質を発現して機能的なレンチウイルスベクター粒子を産生することができる、任意の細胞株であり得る。いくつかの局面では、好適なパッケージング細胞株は、293細胞（ATCC CCL X）、293T細胞、HeLA細胞（ATCC CCL 2）、D17細胞（ATCC CCL 183）、MDCK細胞（ATCC CCL 34）、BHK細胞（ATCC CCL-10）およびCf2Th細胞（ATCC CRL 1430）を含む。
いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、ウイルスタンパク質を安定に発現する。例えば、いくつかの局面では、gag、pol、revおよび/または他の構造遺伝子を含有するが、LTRおよびパッケージング成分を含まないパッケージング細胞株を構築することができる。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、異種タンパク質をコードする核酸分子および/またはエンベロープ糖タンパク質をコードする核酸を含有するウイルスベクターゲノムと共に、1つまたは複数のウイルスタンパク質をコードする核酸分子により一過性にトランスフェクトされ得る。
いくつかの態様では、ウイルスベクターおよびパッケージングプラスミドおよび/またはヘルパープラスミドは、トランスフェクションまたは感染を介してパッケージング細胞株に導入される。パッケージング細胞株は、ウイルスベクターゲノムを含有するウイルスベクター粒子を産生する。トランスフェクションまたは感染のための方法は周知である。非限定的な例は、リン酸カルシウム、DEAE-デキストランおよびリポフェクション法、エレクトロポレーションおよびマイクロインジェクションを含む。
組換えプラスミドならびにレトロウイルスLTRおよびパッケージング配列を特別な細胞株に（例えば、リン酸カルシウム沈殿によって）導入すると、パッケージング配列は、組換えプラスミドのRNA転写物をウイルス粒子にパッケージングすることを可能にし得、その後、これが培養培地に分泌され得る。次いで、いくつかの態様では、組換えレトロウイルスを含有する培地を収集し、任意で濃縮し、遺伝子導入に使用する。例えば、いくつかの局面では、パッケージング細胞株へのパッケージングプラスミドおよび導入ベクターのコトランスフェクションの後、ウイルスベクター粒子が培養培地から回収され、当業者が使用している標準的な方法によって滴定される。
いくつかの態様では、レンチウイルスベクターなどのレトロウイルスベクターは、レンチウイルス粒子の生成を可能にするプラスミドの導入により、例示的なHEK 293T細胞株などのパッケージング細胞株内で産生させることができる。いくつかの態様では、パッケージング細胞は、gagおよびpolをコードするポリヌクレオチドにより、ならびに抗原受容体（例えば、CAR）などの組換え受容体をコードするポリヌクレオチドによりトランスフェクトされ、かつ/または、前記ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、revタンパク質をコードするポリヌクレオチドにより任意でおよび/または追加でトランスフェクトされ、かつ/または、前記ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、VSV-Gなどの非天然エンベロープ糖タンパク質をコードするポリヌクレオチドにより任意でおよび/または追加でトランスフェクトされ、かつ/または、前記ポリヌクレオチドを含有する。いくつかのそのような態様では、細胞、例えばHEK 293T細胞のトランスフェクションの約2日後、細胞上清は、組換えレンチウイルスベクターを含有し、これを回収し、滴定することができる。
回収および/または産生されたレトロウイルスベクター粒子を使用し、記載されるような方法を使用して標的細胞を形質導入することができる。標的細胞に入ると、ウイルスRNAは逆転写され、核に輸送され、宿主ゲノムに安定して組み込まれる。ウイルスRNAの組み込みの1日後または2日後に、組換えタンパク質、例えば、CARなどの抗原受容体の発現を検出することができる。
d. ウイルスベクターとのインキュベーション
特定の態様において、細胞（例えば、濃縮されたCD57- T細胞）の形質転換または形質導入は、例えばウイルスベクターの存在下で細胞をインキュベートする1つまたは複数の工程である、またはそれらを含む。特定の態様において、細胞（例えば、濃縮されたCD27+ T細胞）の形質転換または形質導入は、例えばウイルスベクターの存在下で細胞をインキュベートする1つまたは複数の工程である、またはそれらを含む。いくつかの態様において、細胞、例えば形質転換された細胞集団の細胞は、細胞を遺伝子操作、形質転換、形質導入またはトランスフェクトした後、インキュベートされる。
ある特定の態様において、インキュベーションは、静的条件下、例えば遠心分離、振とう、回転、揺動または灌流、例えば培地の連続的または半連続的灌流を含まない条件下で実施される。いくつかの態様において、インキュベーションの開始前または開始後まもなく、例えば5、15または30分以内に、細胞は、容器、例えばバッグまたはバイアルに移され（例えば無菌条件下で移され）、インキュベーターに入れられる。
いくつかの態様において、インキュベーションは無血清培地中で実施される。いくつかの態様において、無血清培地は既知組成培地である。特定の態様において、無血清培地は、処理されている、例えば阻害因子および／または成長因子を除去するためにろ過されている制御された培地である。いくつかの態様において、無血清培地はタンパク質を含有する。特定の態様において、無血清培地は、血清アルブミン、加水分解物、成長因子、ホルモン、担体タンパク質および／または接着因子を含有し得る。
条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオンおよび／または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体および細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質の1つまたは複数を含むことができる。
いくつかの態様において、インキュベーションの少なくとも一部分は、例えば、国際公開公報第2016/073602号に記載されているように、遠心チャンバの内部キャビティ中、例えば遠心回転下で実施される。
いくつかの態様において、細胞および任意で異種または組換えポリペプチド、例えばウイルスベクターは、インキュベーションのための容器の中に移される。いくつかの態様において、容器はバイアルである。特定の態様において、容器はバッグである。いくつかの態様において、細胞および任意で異種または組換えポリペプチドは、密閉または無菌条件下で容器の中に移される。いくつかの態様において、容器、例えばバイアルまたはバッグは、その後、インキュベーションの全部または一部分の間、インキュベーターに入れられる。特定の態様において、インキュベーターは、16℃、約16℃もしくは少なくとも16℃、24℃、約24℃もしくは少なくとも24℃または35℃、約35℃もしくは少なくとも35℃にセットされる。いくつかの態様において、インキュベーターは、37℃、約37℃または37℃±2℃、±1℃、±0.5℃もしくは±0.1℃にセットされる。
特定の態様において、細胞は、1つまたは複数のサイトカインの存在下でインキュベートされる。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインは組換えサイトカインである。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインはヒト組換えサイトカインである。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインは、T細胞によって発現される、および／またはT細胞に内在性である受容体に結合する、および／または結合することができる。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインは、4－アルファヘリックスバンドルファミリーのサイトカインのメンバーである、またはそれを含む。いくつかの態様において、4－アルファヘリックスバンドルファミリーのサイトカインのメンバーとしては、インターロイキン-2（IL-2）、インターロイキン-4（IL-4）、インターロイキン-7（IL-7）、インターロイキン-9（IL-9）、インターロイキン12（IL-12）、インターロイキン15（IL-15）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）および顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）があるが、それらに限定されない。いくつかの態様において、1つまたは複数のサイトカインはIL-15である、またはIL-15を含む。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインはIL-7である、またはIL-7を含む。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインは組換えIL-2である、または組換えIL-2を含む。
いくつかの態様において、細胞は、組換えサイトカインの非存在下でインキュベートされる。
いくつかの態様において、インキュベーションの全部または一部分は基礎培地中で実施される。いくつかの態様において、基礎培地は平衡塩類溶液（例えばPBS、DPBS、HBSS、EBSS）である。いくつかの態様において、基礎培地は、ダルベッコ改変イーグル培地（DMEM）、最小必須培地（MEM）、イーグル基礎培地（BME）、F-10、F-12、RPMI-1640、グラスゴー最小必須培地（GMEM）、アルファ最小必須培地（アルファMEM）、イスコーブ改変ダルベッコ培地およびM199から選択される。いくつかの態様において、基礎培地は複合培地（例えばRPMI-1640、IMDM）である。いくつかの態様において、基礎培地はOpTmizer（商標）CTS（商標）T-Cell Expansion Basal Medium（ThermoFisher）である。
いくつかの態様において、基礎培地は、無機塩、糖、アミノ酸ならびに任意でビタミン、有機酸および／またはバッファーもしくは他の周知の細胞培養栄養素の混合物を含有する。栄養素に加えて、培地はpHおよび浸透圧を維持するのにも役立つ。いくつかの局面において、基礎培地の試薬は、細胞成長、増殖および／または拡大増殖を支持する。多種多様な市販の基礎培地が当業者に周知であり、ダルベッコ改変イーグル培地（DMEM）、ロズウェルパーク記念研究所培地（RPMI）、イスコーブ改変ダルベッコ培地およびハム培地がある。いくつかの態様において、基礎培地はイスコーブ改変ダルベッコ培地、RPMI-1640またはα-MEMである。
ある特定の態様において、基礎培地はさらなる添加物を補充される。いくつかの態様において、基礎培地はさらなる添加物を補充されない。細胞培地への添加物としては、栄養素、糖、例えばブドウ糖、アミノ酸、ビタミンまたはATPおよびNADHなどの添加物があるが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、細胞は、異種ポリヌクレオチド、例えばウイルスベクターとともにインキュベートされる。ある特定の態様において、細胞は、ポリヌクレオチド、例えばウイルスベクターとともに、18時間、約18時間もしくは少なくとも18時間、24時間、約24時間もしくは少なくとも24時間、30時間、約30時間もしくは少なくとも30時間、36時間、約36時間もしくは少なくとも36時間、40時間、約40時間もしくは少なくとも40時間、48時間、約48時間もしくは少なくとも48時間、54時間、約54時間もしくは少なくとも54時間、60時間、約60時間もしくは少なくとも60時間、72時間、約72時間もしくは少なくとも72時間、84時間、約84時間もしくは少なくとも84時間、96時間、約96時間もしくは少なくとも96時間または96時間を超える期間、インキュベートされる。特定の態様において、総インキュベーション期間は、12時間、約12時間もしくは少なくとも12時間、18時間、約18時間もしくは少なくとも18時間、24時間、約24時間もしくは少なくとも24時間、30時間、約30時間もしくは少なくとも30時間、36時間、約36時間もしくは少なくとも36時間、42時間、約42時間もしくは少なくとも42時間、48時間、約48時間もしくは少なくとも48時間、54時間、約54時間もしくは少なくとも54時間、60時間、約60時間もしくは少なくとも60時間、72時間、約72時間もしくは少なくとも72時間、84時間、約84時間もしくは少なくとも84時間、96時間、約96時間もしくは少なくとも96時間、108時間、約108時間もしくは少なくとも108時間または120時間、約120時間もしくは少なくとも120時間である。特定の態様において、インキュベーションは、120時間、約120時間もしくは120時間以内、108時間、約108時間もしくは108時間以内、96時間、約96時間もしくは96時間以内、84時間、約84時間もしくは84時間以内、72時間、約72時間もしくは72時間以内、60時間、約60時間もしくは60時間以内、54時間、約54時間もしくは54時間以内、48時間、約48時間もしくは48時間以内、42時間、約42時間もしくは42時間以内、36時間、約36時間もしくは36時間以内、30時間、約30時間もしくは30時間以内、24時間、約24時間もしくは24時間以内、18時間、約18時間もしくは18時間以内または12時間、約12時間もしくは12時間以内に完了する。いくつかの態様において、総インキュベーション期間は、12時間～120時間もしくは約12時間～120時間、18時間～96時間もしくは約18時間～96時間、24時間～72時間もしくは約24時間～72時間または24時間～48時間もしくは約24時間～48時間である。いくつかの態様において、総インキュベーション期間は、1時間～48時間もしくは約1時間～48時間、4時間～36時間もしくは約4時間～36時間、8時間～30時間もしくは約8時間～30時間または12時間～24時間もしくは約12時間～24時間（両端の値を含む）である。
2. 遺伝子破壊（ノックアウト）
特定の態様では、細胞（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）が遺伝子破壊される。特定の態様では、細胞（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団）が遺伝子破壊される。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、1つまたは複数の関心対象の分子の発現を、例えば、該分子をコードする遺伝子を動作不能にすることまたは該分子をコードする遺伝子の機能喪失をもたらす核酸（例えば、DNA）の永続的変化を引き起こすことによって、破壊することであるか、またはそれを含む。一部の態様では、1つまたは複数の関心対象の分子の発現を破壊することは、1つもしくは複数の分子または1つもしくは複数の分子をコードする遺伝子を「ノックアウトすること」と称される。
いくつかの態様では、CD57枯渇T細胞集団は、1つまたは複数の関心対象の分子がノックアウトされる。いくつかの態様では、プールされたCD57枯渇T細胞集団は、1つまたは複数の関心対象の分子がノックアウトされる。いくつかの態様では、CD27濃縮T細胞集団は、1つまたは複数の関心対象の分子がノックアウトされる。いくつかの態様では、プールされたCD27濃縮T細胞集団は、1つまたは複数の関心対象の分子がノックアウトされる。特定の態様では、関心対象の分子は、免疫応答を誘発または刺激する際に関与する免疫遺伝子である。いくつかの態様では、免疫遺伝子は、主要組織適合性複合体（MHC）、T細胞受容体（TCR）もしくはその成分、またはベータ2-ミクログロブリン（ベータ2m）をコードする1つもしくは複数の遺伝子である。
中でも、提供される方法は、T細胞の1つまたは複数の集団、例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団を遺伝子操作する（例えば、破壊するまたは「ノックアウトする」）ための方法である。また、中でも、提供される方法は、T細胞の1つまたは複数の集団、例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団を遺伝子操作する（例えば、破壊するまたは「ノックアウトする」）ための方法である。複数の異なる個別のドナーからの細胞集団を組み合わせる任意の工程の途中、その前、その後、またはその間に、本明細書に開示される遺伝子操作プロセスを使用して、プールされたT細胞組成物を作製することができる。いくつかの局面では、遺伝子操作すること（例えば、ノックアウトすること）は、複数の個別のドナーからの細胞組成物を組み合わせる任意の工程の前に実施される。例えば、遺伝子操作すること（例えば、ノックアウトすること）は、個別のドナーからの細胞集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団）に対して行ってもよく、そして、個別のドナーからの細胞組成物を、その後、1つまたは複数の他の個別のドナーからの操作された細胞組成物と組み合わせて、プールされた操作組成物を生産してもよい。いくつかの態様では、細胞集団は、CD27濃縮T細胞集団である。いくつかの局面では、遺伝子操作すること（例えば、ノックアウトすること）は、複数の個別のドナーからの細胞組成物を組み合わせることに続いて実施される。例えば、遺伝子操作すること（例えば、ノックアウトすること）は、複数の異なるドナーからの細胞集団（例えば、プールされたCD57枯渇T細胞集団）に対して行って、プールされた操作組成物を生産してもよい。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからの細胞集団は、プールされたCD27濃縮T細胞集団である。
いくつかの態様では、破壊すること（例えば、ノックアウトすること）は、細胞集団への異種ポリヌクレオチドの導入と同時に実施される。いくつかの態様では、破壊すること（例えば、ノックアウトすること）および細胞集団への異種ポリヌクレオチドの導入は、いずれかの順序で逐次的に行われる。
いくつかの態様では、遺伝子破壊は、主要組織適合性複合体（MHC）をコードする1つもしくは複数の遺伝子および／またはT細胞受容体（TCR）もしくはその成分をコードする1つもしくは複数の遺伝子において誘発される1つまたは複数の標的化遺伝子破壊（例えば、ノックアウト）を含む。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、T細胞受容体（TCR）またはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子において誘発される1つまたは複数の標的化遺伝子破壊（例えば、ノックアウト）を含む。いくつかの態様では、標的化遺伝子破壊は、TCRα定常ドメイン（TCRα定常領域としても知られている；ヒトではTRACによってコードされる）および／またはTCRβ定常ドメイン（TCRβ定常領域としても知られている；ヒトではTRBCによってコードされる）をコードする遺伝子の1つまたは複数において誘発される。いくつかの態様では、標的化遺伝子破壊は、TRAC遺伝子座において誘発される。いくつかの態様では、標的化遺伝子破壊は、TRBC遺伝子座において誘発される。
いくつかの態様では、遺伝子破壊は、主要組織適合性複合体（MHC）またはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子において誘発される1つまたは複数の標的化遺伝子破壊（例えば、ノックアウト）を含む。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、MHCクラスI分子またはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子において誘発される1つまたは複数の標的化遺伝子破壊（例えば、ノックアウト）を含む。いくつかの態様では、MHCクラスI分子は、ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）である。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、内因性ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）遺伝子において誘発される1つまたは複数の標的化遺伝子破壊を含む。いくつかの態様では、標的化遺伝子破壊は、β2M遺伝子座において誘発される。
いくつかの態様では、遺伝子破壊は、内因性TRCアルファ定常遺伝子（TRAC）および内因性ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）遺伝子において誘発される1つまたは複数の標的化遺伝子破壊を含む。いくつかの態様では、標的化遺伝子破壊は、TRAC遺伝子座およびβ2M遺伝子座において誘発される。
いくつかの態様では、標的化遺伝子破壊は、DNA切断またはニックをもたらす。いくつかの態様では、DNA切断の部位で、細胞のDNA修復機構の作用は、ノックアウト、挿入、ミスセンスまたはフレームシフト変異、例えば二対立遺伝子フレームシフト変異、遺伝子の全部または一部の欠失をもたらすことができる。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、遺伝子またはその部分の1つまたは複数のエクソンを、例えば、第1または第2のエクソン内を標的とすることができる。いくつかの態様では、少なくとも1つの標的部位の1つに近い領域の配列に特異的に結合またはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸が、標的化破壊に使用される。いくつかの局面では、破壊のHDRのための外因性テンプレートポリヌクレオチドの非存在下で、標的化遺伝子破壊は、遺伝子のエクソン内で欠失、変異およびまたは挿入をもたらす。いくつかの態様では、テンプレートポリヌクレオチド、例えば、組換え受容体をコードする核酸配列および相同配列を含むテンプレートポリヌクレオチドを、遺伝子破壊の部位またはその近くでの組換え受容体コード配列のHDRによる標的化組み込みのために導入することができる（本明細書のセクションI.B.を参照のこと）。
いくつかの態様では、遺伝子破壊は、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質を導入することによって行われる。いくつかの態様では、そのような作用物質は、遺伝子に特異的に結合またはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸を含む。いくつかの態様では、作用物質は、様々な成分、例えばDNA標的化タンパク質およびヌクレアーゼまたはRNAガイドヌクレアーゼを含む、融合タンパク質を含む。いくつかの態様では、作用物質は、例えば、TRAC遺伝子および／またはβ2M遺伝子において、1つまたは複数の標的場所を標的とすることができる。
いくつかの態様では、遺伝子破壊は、標的部位（「標的位置」、「標的DNA配列」もしくは「標的場所」とも称され、かつ／または、そのようなものとしても知られる）で起こる。いくつかの態様では、標的部位は、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質、例えば、標的部位を特定するgRNAと複合体化されたCas9分子によって改変される標的DNA（例えば、ゲノムDNA）上の部位であるか、またはそれを含む。例えば、いくつかの態様では、標的部位は、開裂またはDNA切断が起こる、例えば、内因性TRACおよび／またはβ2M遺伝子座の、DNA中の場所を含み得る。いくつかの局面では、HDRによる核酸配列の組み込みは、標的部位または標的配列でまたはその近くで起こり得る。いくつかの態様では、標的部位は、1つまたは複数のヌクレオチドが付加されるDNA上の、2つのヌクレオチド、例えば、隣接するヌクレオチドの間の部位であることができる。標的部位は、テンプレートポリヌクレオチドによって変化させられる1つまたは複数のヌクレオチドを含み得る。いくつかの態様では、標的部位は、標的配列（例えば、gRNAが結合する配列）内にある。いくつかの態様では、標的部位は、標的配列の上流または下流にある。
いくつかの態様では、細胞は、内因性TRAC遺伝子の発現および／または表面発現を低減させる作用物質を含む。いくつかの態様では、siRNAまたはshRNAなどの阻害性核酸が、TRAC発現を抑制するために使用される。いくつかの態様では、細胞は、内因性β2M遺伝子の発現および／または表面発現を低減させる作用物質を含む。いくつかの態様では、siRNAまたはshRNAなどの阻害性核酸が、β2M発現を抑制するために使用される。β2M分子および／またはTRAC分子の細胞発現を抑制するために、siRNAまたはshRNAなどのRNA干渉技術を使用することを含め、阻害性核酸を含む阻害性作用物質を使用する方法は、十分に当業者の水準の範囲内にある。siRNAまたはshRNA試薬などの市販の試薬は、容易に入手可能である。
いくつかの態様では、細胞は、本明細書に、例えば、セクションIII.Eに提供される方法のいずれかによるなどで、細胞が、刺激された、活性化された、および／または集団中のT細胞を活性化するための条件下で刺激された後、遺伝子破壊される。特定の態様では、1つまたは複数の刺激された集団は、以前に、CD57- T細胞が濃縮されていた。特定の態様では、1つまたは複数の刺激された集団は、以前に、CD27+ T細胞が濃縮されていた。特定の態様では、1つまたは複数の刺激された集団は、以前に、CD3+、CD4+、および／またはCD8+ T細胞の1つまたは複数が濃縮されていた。いくつかの態様では、任意でCD3+、CD4+、および／またはCD8+ T細胞の1つまたは複数が濃縮されている、刺激された細胞は、個別のドナーに由来する。いくつかの態様では、任意でCD3+、CD4+、および／またはCD8+ T細胞の1つまたは複数が濃縮されている、刺激された細胞は、個別のドナーに由来し、1つまたは複数の他の個別のドナーからの刺激された細胞と組み合わせて、複数の異なるドナーからの刺激された細胞を産生する。いくつかの態様では、任意でCD3+、CD4+、および／またはCD8+ T細胞の1つまたは複数が濃縮されている、刺激された細胞は、複数のドナーに由来する。
a. 内因性β2MおよびTRAC遺伝子における標的部位
いくつかの態様では、細胞（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞）は、内因性MHCタンパク質および／または内因性ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）タンパク質の細胞における低減された発現および／または表面発現を含む。いくつかの態様では、細胞（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞）は、内因性MHCタンパク質および／または内因性ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）タンパク質の細胞における低減された発現および／または表面発現を含む。いくつかの態様では、β2Mは、MHCクラスIの一成分であり、いくつかの場合には、細胞表面でのMHCクラスI分子の安定した発現に必要であり得るので、β2Mを標的とすることは、操作された細胞におけるMHCクラスI発現の広範な低減または排除を提供するまたはさらに提供することができる。
いくつかの態様では、細胞は、β2Mをコードする遺伝子の破壊、またはその発現を低減させる作用物質を含むか、またはそれを追加で含むことができる。いくつかの態様では、β2Mを抑制または破壊するために、遺伝子編集法が使用される。β2M遺伝子のノックアウトにCRISPR系を使用する方法は、当技術分野において公知である。CRISPRを介したβ2M遺伝子のノックアウトのための市販のキット、gRNAベクターおよびドナーベクターもまた、容易に入手可能である。例えば、β2M遺伝子のノックアウトのための市販の試薬は、例えば、GeneCopoeiaから入手可能である（例えば、カタログ番号HTN215171を参照のこと）。
いくつかの態様では、遺伝子破壊は、TCRαをコードする内因性遺伝子座を標的とする。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、TCRα定常ドメインをコードする遺伝子（ヒトではTRAC）を標的とする。
いくつかの態様では、「T細胞受容体」または「TCR」（内因性TCRを含む）は、可変αおよびβ鎖（それぞれ、TCRαおよびTCRβとしても知られている）もしくは可変γおよびδ鎖（それぞれ、TCRγおよびTCRβとしても知られている）またはその抗原結合部分を含有し、MHC分子に結合しているペプチドに特異的に結合可能である、分子である。いくつかの態様では、TCRは、αβ形態である。典型的には、αβおよびγδ形態で存在するTCRは、一般に構造的に類似しているが、それらを発現するT細胞は、異なる解剖学的場所または機能を有し得る。典型的には、1つのT細胞は、1種類のTCRを発現する。TCRは、細胞表面上に、または可溶性形態で見いだされ得る。一般に、TCRは、T細胞（またはTリンパ球）の表面上に見いだされ、そこで、一般に、主要組織適合性複合体（MHC）分子に結合している抗原の認識に関与する。
いくつかの態様では、TCRは、可変ドメインおよび定常ドメイン（定常領域としても知られている）、膜貫通ドメインおよび／または短い細胞質尾部を含有することができる（例えば、Janeway et al., Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 3rd Ed., Current Biology Publications, p. 4:33, 1997を参照のこと）。いくつかの態様では、TCR鎖は、1つまたは複数の定常ドメインを含有する。例えば、所与のTCR鎖（例えば、TCRα鎖またはTCRβ鎖）の細胞外部分は、2つの免疫グロブリン様ドメイン、例えば、可変ドメイン（例えば、VαまたはVβ；典型的には、Kabatの番号付け、Kabat et al., "Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th ed.に基づいて、アミノ酸1～116）、および細胞膜に隣接する定常ドメイン（例えば、α鎖定常ドメインもしくはTCR Cα、典型的には、Kabatの番号付けに基づいて鎖の117～259位、またはβ鎖定常ドメインもしくはTCR Cβ、典型的には、Kabatに基づいて鎖の117～295位）を含有することができる。例えば、いくつかの場合には、2つの鎖によって形成されるTCRの細胞外部分は、2つの膜近位定常ドメインおよび2つの膜遠位可変ドメインを含有する。
いくつかの態様では、内因性TCR Cαは、TRAC遺伝子（IMGT命名法）によってコードされる。ある特定の態様では、遺伝子破壊は、TRAC遺伝子座を、その近くを、またはその内部を標的とする。特定の態様では、遺伝子破壊は、TRAC遺伝子座のオープンリーディングフレームを、その近くを、またはその内部を標的とする。ある特定の態様では、遺伝子破壊は、TCRα定常ドメインをコードするオープンリーディングフレームを、その近くを、またはその内部を標的とする。
いくつかの局面では、テンプレートポリヌクレオチド内の導入遺伝子（例えば、外因性核酸配列）は、標的部位および／または相同性アームの場所をガイドするために使用することができる。いくつかの局面では、遺伝子破壊の標的部位は、HDRに使用されるテンプレートポリヌクレオチドおよび／または相同性アームを設計するためのガイドとして使用することができる。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、導入遺伝子配列（例えば、組換えTCRまたはその一部分をコードする）の標的化組み込みの所望の部位の近くを標的とすることができる。いくつかの局面では、標的部位は、TRACおよび／またはβ2M遺伝子座のオープンリーディングフレームのエクソン内にある。いくつかの局面では、標的部位は、TRAC遺伝子座のオープンリーディングフレームのエクソン内にある。いくつかの局面では、標的部位は、β2M遺伝子座のオープンリーディングフレームのエクソン内にある。いくつかの局面では、標的部位は、TRACおよび／またはβ2M遺伝子座のオープンリーディングフレームのイントロン内にある。いくつかの局面では、標的部位は、TRAC遺伝子座のオープンリーディングフレームのイントロン内にある。いくつかの局面では、標的部位は、β2M遺伝子座のオープンリーディングフレームのイントロン内にある。
いくつかの態様では、遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、コード領域の開始部分（例えば、初期コード領域、例えば、開始コドンから500bp以内、または残りのコード配列、例えば、開始コドンから最初の500bpの下流）を、またはその極めて近くを標的とする。いくつかの態様では、遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、関心対象の遺伝子、例えば、TRACおよび／またはβ2Mの初期コード領域を、転写開始部位の直後、コード配列の第1のエクソン内、または転写開始部位の500bp以内（例えば、500、450、400、350、300、250、200、150、100または50bp未満）、または開始コドンの500bp以内（例えば、500、450、400、350、300、250、200、150、100または50bp未満）の配列を含め、標的とする。
いくつかの態様では、標的部位は、内因性TRAC遺伝子座のエクソン内にある。ある特定の態様では、標的部位は、内因性TRAC遺伝子座のイントロン内にある。いくつかの局面では、標的部位は、TRAC遺伝子座の調節または制御エレメント、例えば、プロモーター、5'非翻訳領域（UTR）または3'UTR内にある。ある特定の態様では、標的部位は、内因性TRAC遺伝子座のオープンリーディングフレーム内にある。特定の態様では、標的部位は、TRAC遺伝子座のオープンリーディングフレーム内のエクソン内にある。
いくつかの態様では、標的部位は、内因性β2M遺伝子座のエクソン内にある。ある特定の態様では、標的部位は、内因性β2M遺伝子座のイントロン内にある。いくつかの局面では、標的部位は、β2M遺伝子座の調節または制御エレメント、例えば、プロモーター、5'非翻訳領域（UTR）または3' UTR内にある。ある特定の態様では、標的部位は、内因性β2M遺伝子座のオープンリーディングフレーム内にある。特定の態様では、標的部位は、β2M遺伝子座のオープンリーディングフレーム内のエクソン内にある。
特定の態様では、遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、関心対象の遺伝子または遺伝子座、例えば、TRACおよび／またはβ2Mのオープンリーディングフレームを、またはその内部を標的とする。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、関心対象の遺伝子または遺伝子座のオープンリーディングフレーム内のイントロンを、またはその内部を標的とする。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、関心対象の遺伝子または遺伝子座のオープンリーディングフレーム内のエクソン内を標的とする。
特定の態様では、遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、イントロンを、またはその内部を標的とする。ある特定の態様では、遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、エクソンを、またはその内部を標的とする。いくつかの態様では、遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、関心対象の遺伝子、例えば、TRACおよび／またはβ2Mのエクソンを、またはその内部を標的とする。
いくつかの態様では、遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、TRAC遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座のエクソン内を標的とする。ある特定の態様では、遺伝子破壊は、TRAC遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座の第1のエクソン、第2のエクソン、第3のエクソン、または第4のエクソン内である。特定の態様では、遺伝子破壊は、TRAC遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座の第1のエクソン内である。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、TRAC遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座中の第1のエクソンの5'末端から500塩基対（bp）以内下流である。特定の態様では、遺伝子破壊は、エクソン1の最も5'側のヌクレオチド～エクソン1の最も3'側のヌクレオチドの上流の間である。ある特定の態様では、遺伝子破壊は、TRAC遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座中の第1のエクソンの5'末端から400bp、350bp、300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、または50bp以内下流である。特定の態様では、遺伝子破壊は、TRAC、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座中の第1のエクソンの5'末端から1bp～400bp、50～300bp、100bp～200bp、または100bp～150bp（それぞれ両端の値を含む）下流である。ある特定の態様では、遺伝子破壊は、TRAC遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座中の第1のエクソンの5'末端から100bp～150bp（両端の値を含む）下流である。
いくつかの態様では、遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、β2M遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座のエクソン内を標的とする。ある特定の態様では、遺伝子破壊は、β2M遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座の第1のエクソン、第2のエクソン、第3のエクソン、または第4のエクソン内である。特定の態様では、遺伝子破壊は、β2M遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座の第1のエクソン内である。いくつかの態様では、遺伝子破壊は、β2M遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座中の第1のエクソンの5'末端から500塩基対（bp）以内下流である。特定の態様では、遺伝子破壊は、エクソン1の最も5'側のヌクレオチド～エクソン1の最も3'側のヌクレオチドの上流の間である。ある特定の態様では、遺伝子破壊は、β2M遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座中の第1のエクソンの5'末端から400bp、350bp、300bp、250bp、200bp、150bp、100bp、または50bp以内下流である。特定の態様では、遺伝子破壊は、β2M、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座中の第1のエクソンの5'末端から1bp～400bp、50～300bp、100bp～200bp、または100bp～150bp（それぞれ両端の値を含む）下流である。ある特定の態様では、遺伝子破壊は、β2M遺伝子、オープンリーディングフレーム、または遺伝子座中の第1のエクソンの5'末端から100bp～150bp（両端の値を含む）下流である。
b. 遺伝子破壊の方法
いくつかの局面では、遺伝子を抑制または破壊する方法は、遺伝子の破壊、例えば、ノックアウト、挿入、ミスセンスもしくはフレームシフト変異、例えば二対立遺伝子フレームシフト変異、遺伝子の全部もしくは一部、例えば、1つもしくは複数のエクソンもしくはその部分の欠失、および／またはノックインをもたらすことによって行われる。いくつかの局面では、分子または遺伝子の破壊は、遺伝子編集、例えば、破壊の標的とされる領域にある遺伝子に特異的に結合またはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸を使用した、遺伝子編集によって行われる。いくつかの局面では、破壊は、遺伝子内、例えば遺伝子のエクソン内に欠失、変異およびまたは挿入をもたらす。いくつかの局面では、破壊と異種ポリヌクレオチドの導入は、同時に実施される。いくつかの局面では、破壊と異種ポリヌクレオチドの導入は、いずれかの順序で逐次的に実施される。
遺伝子破壊を起こすための方法は、本明細書に記載されるものを含め、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質、例えば、内因性DNA中の標的部位または標的位置に遺伝子破壊、開裂および／または二本鎖切断（DSB）もしくはニックを誘発するために操作された系の使用を伴うことができ、その結果、非相同末端結合（NHEJ）などのエラーが生じるプロセスによる切断の修復または修復テンプレートHDRを使用した修復が、標的部位もしくは位置でまたはその近くで、遺伝子のノックアウトおよび／または関心対象の配列（例えば、キメラ受容体の一部分をコードする外因性核酸配列または導入遺伝子）の挿入をもたらすことができる。また、本明細書に提供される方法において使用するための、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質も提供される。いくつかの局面では、1つまたは複数の作用物質は、導入遺伝子配列の相同組換え修復（HDR）媒介標的化組み込みのために、本明細書に提供されるテンプレートヌクレオチドと組み合わせて使用することができる。
いくつかの態様では、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質は、ゲノム中の特定の部位または位置、例えば、標的部位または標的位置に特異的に結合またはハイブリダイズするDNA結合タンパク質またはDNA結合核酸を含む。いくつかの局面では、TCRをコードする内因性遺伝子の標的化遺伝子破壊、例えば、DNA切断または開裂は、キメラまたは融合タンパク質のような、遺伝子編集ヌクレアーゼと結合したまたは複合体化されたタンパク質または核酸を使用して達成される。いくつかの局面では、主要組織適合性複合体（MHC）をコードする内因性遺伝子の標的化遺伝子破壊、例えば、DNA切断または開裂は、キメラまたは融合タンパク質のような、遺伝子編集ヌクレアーゼと結合したまたは複合体化されたタンパク質または核酸を使用して達成される。いくつかの態様では、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質は、RNAガイドヌクレアーゼ、またはDNA標的化タンパク質とヌクレアーゼを含む融合タンパク質を含む。
いくつかの態様では、作用物質は、様々な成分、例えば、RNAガイドヌクレアーゼ、またはDNA標的化タンパク質とヌクレアーゼを含む融合タンパク質を含む。いくつかの態様では、標的化遺伝子破壊は、エンドヌクレアーゼなどのヌクレアーゼに融合された1つまたは複数のジンクフィンガータンパク質（ZFP）または転写活性化因子様エフェクター（TALE）などのDNA結合タンパク質を含む、DNA標的化分子を使用して行われる。いくつかの態様では、標的化遺伝子破壊は、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列核酸（CRISPR）関連ヌクレアーゼ（Cas）系（Casおよび／またはCfp1を含む）などのRNAガイドヌクレアーゼを使用して行われる。いくつかの態様では、標的化遺伝子破壊は、DNA結合標的化ヌクレアーゼおよび遺伝子編集ヌクレアーゼ、例えばジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）および転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、ならびにRNAガイドヌクレアーゼ、例えばCRISPR関連ヌクレアーゼ（Cas）系、具体的には、少なくとも1つの標的部位、遺伝子の配列またはその一部分を標的とするように設計されている系を含めた、配列特異的または標的化ヌクレアーゼなどの遺伝子破壊を誘発可能な作用物質を使用して行われる。例示的なZFN、TALE、およびTALENは、例えば、Lloyd et al., Frontiers in Immunology, 4(221): 1-7 (2013)に記載されている。
ジンクフィンガータンパク質（ZFP）、転写活性化因子様エフェクター（TALE）、およびCRISPR系の結合ドメインは、例えば、天然に存在するZFPまたはTALEタンパク質の認識ヘリックス領域の操作（1つまたは複数のアミノ酸の変更）を介して、所定のヌクレオチド配列に結合するように「操作する」ことができる。操作されたDNA結合タンパク質（ZFPまたはTALE）は、天然に存在しないタンパク質である。設計の合理的基準には、既存のZFPおよび／またはTALEの設計および結合データの情報を記憶するデータベース内の情報を処理するための置換規則およびコンピューター処理アルゴリズムの適用が含まれる。例えば、米国特許第6,140,081号；第6,453,242号；および第6,534,261号を参照されたい；またWO 98/53058；WO 98/53059；WO 98/53060；WO 02/016536およびWO 03/016496ならびに米国公報第20110301073号も参照されたい。
いくつかの態様では、1つまたは複数の作用物質は、例えば、関心対象の遺伝子、例えば、TRACおよび／またはβ2Mで、またはその近くで、少なくとも1つの標的部位を特異的に標的とする。いくつかの態様では、作用物質は、標的部位に特異的に結合する、それを認識する、またはそれにハイブリダイズする、ZFN、TALENまたはCRISPR/Cas9の組み合わせを含む。いくつかの態様では、CRISPR/Cas9系は、特異的開裂をガイドするための操作されたcrRNA/tracr RNA（「単一ガイドRNA」）を含む。いくつかの態様では、作用物質は、アルゴノート（Argonaute）系に基づくヌクレアーゼ（例えば、T. thermophilus（T.サーモフィルス）に由来し、「TtAgo」としても知られる（Swarts et al. (2014) Nature 507(7491): 258-261）を含む。本明細書に記載されるヌクレアーゼ系のいずれかを使用した標的化開裂を活用して、導入遺伝子の配列、例えば、組換え受容体をコードする核酸配列を、特定の標的場所（例えば、内因性TCR遺伝子にある）に、HDRまたはNHEJ媒介プロセスのいずれかを使用して挿入することができる。
いくつかの態様では、「ジンクフィンガーDNA結合タンパク質」（または結合ドメイン）は、亜鉛イオンの配位を通じてその構造が安定化される結合ドメイン内のアミノ酸配列の領域である1つまたは複数のジンクフィンガーを通じて配列特異的様式でDNAに結合する、タンパク質またはより大きなタンパク質内のドメインである。ジンクフィンガーDNA結合タンパク質という用語は、しばしば、ジンクフィンガータンパク質またはZFPと略される。中でも、ZFPは、個々のフィンガーのアセンブリによって生成される、典型的には9～18ヌクレオチドの長さの、特定のDNA配列を標的とする人工ZFPドメインである。ZFPには、単一フィンガードメインが、およそ30アミノ酸長であり、亜鉛を介して単一ベータターンの2つのシステインと配位した2つの不変のヒスチジン残基を含有しかつ2つ、3つ、4つ、5つまたは6つのフィンガーを有するアルファヘリックスを含有する、ZFPが含まれる。一般に、ZFPの配列特異性は、ジンクフィンガー認識ヘリックス上の4つのヘリックス位置（－1、2、3、および6）でアミノ酸置換を行うことによって変化させてもよい。したがって、例えば、ZFPまたはZFP含有分子は、天然には存在せず、例えば、最適な標的部位に結合するように操作されている。
いくつかの場合には、DNA標的化分子は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）を形成するようにDNA開裂ドメインに融合されたジンクフィンガーDNA結合ドメインであるか、またはそれを含む。例えば、融合タンパク質は、少なくとも1つのIIS型制限酵素由来の開裂ドメイン（または開裂ハーフドメイン）および1つまたは複数のジンクフィンガー結合ドメイン（操作されていても、いなくてもよい）を含む。いくつかの場合には、開裂ドメインは、IIS型制限エンドヌクレアーゼFokIに由来し、FokIは、一般に、一方の鎖上でその認識部位から9ヌクレオチドで、他方の鎖上でその認識部位から13ヌクレオチドで、DNAの二本鎖切断を触媒する。例えば、米国特許第5,356,802号；第5,436,150号および第5,487,994号；Li et al. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:4275-4279；Li et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:2764-2768；Kim et al. (1994a) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:883-887；Kim et al. (1994b) J. Biol. Chem. 269: 978-982を参照されたい。いくつかの遺伝子特異的な操作されたジンクフィンガーが市販されている。例えば、何千もの標的を特異的に標的とするジンクフィンガーを提供する、ジンクフィンガー構築のためのCompoZrと呼ばれるプラットフォームが利用可能である。例えば、Gaj et al., Trends in Biotechnology, 2013, 31(7), 397-405を参照されたい。場合によって、市販のジンクフィンガーが使用されるか、または特別設計される。
いくつかの態様では、1つまたは複数の標的部位（例えば、TRACおよび／またはβ2M遺伝子内の）を、操作されたZFNによる遺伝子破壊の標的とすることができる。
転写活性化因子様エフェクター（TALE）は、キサントモナス（Xanthomonas）という細菌種由来のタンパク質であり、複数の反復配列を含み、各反復は、核酸標的配列の各ヌクレオチド塩基に特異的である12および13位の2残基（RVD）を含む。類似したモジュラー塩基対塩基核酸結合特性（MBBBD）を有する結合ドメインも、種々の細菌種に由来し得る。新しいモジュラータンパク質は、TAL反復よりも配列多様性を示すという利点を有する。いくつかの態様では、異なるヌクレオチドの認識に関連するRVDは、Cを認識するためのHD、Tを認識するためのNG、Aを認識するためのNI、GまたはAを認識するためのNN、A、C、GまたはTを認識するためのNS、Tを認識するためのHG、Tを認識するためのIG、Gを認識するためのNK、Cを認識するためのHA、Cを認識するためのND、Cを認識するためのHI、Gを認識するためのHN、Gを認識するためのNA、GまたはAを認識するためのSNおよびTを認識するためのYG、Aを認識するためのTL、AまたはGを認識するためのVTおよびAを認識するためのSWである。いくつかの態様では、重要なアミノ酸12および13を、ヌクレオチドA、T、C、およびGに対するそれらの特異性をモジュレートするために、特に、この特異性を増強するために、他のアミノ酸残基に変異させることができる。
いくつかの態様では、「TALE DNA結合ドメイン」または「TALE」は、1つまたは複数のTALE反復ドメイン／単位を含むポリペプチドである。各々が反復可変2残基（RVD）を含む反復ドメインは、TALEがその同族標的DNA配列に結合する際に関与する。単一の「反復単位」（「反復」とも称される）は、典型的には、33～35アミノ酸長であり、天然に存在するTALEタンパク質内の他のTALE反復配列と少なくともある程度の配列相同性を示す。TALEタンパク質を、反復単位内の標準または非標準のRVDを使用して、標的部位に結合するように設計してもよい。例えば、米国特許第8,586,526号および第9,458,205号を参照されたい。
いくつかの態様では、「TALE-ヌクレアーゼ」（TALEN）は、典型的には転写活性化因子様エフェクター（TALE）に由来する核酸結合ドメインと核酸標的配列を開裂するヌクレアーゼ触媒ドメインを含む融合タンパク質である。触媒ドメインは、例えばI-TevI、ColE7、NucA およびFok-Iのような、ヌクレアーゼドメインまたはエンドヌクレアーゼ活性を有するドメインを含む。特定の態様では、TALEドメインは、例えばI-CreIおよびI-OnuIのようなメガヌクレアーゼ、またはその機能的バリアントに融合させることができる。いくつかの態様では、TALENは、単量体TALENである。単量体TALENは、WO2012138927に記載されている操作されたTAL反復とI-TevIの触媒ドメインとの融合などの、特異的な認識および開裂に二量体化を必要としないTALENである。TALENは、遺伝子標的化および遺伝子改変について記載されており、かつ使用されている（例えば、Boch et al. (2009) Science 326(5959): 1509-12.；Moscou and Bogdanove (2009) Science 326(5959): 1501；Christian et al. (2010) Genetics 186(2): 757-61；Li et al. (2011) Nucleic Acids Res 39(1): 359-72を参照のこと）。
いくつかの態様では、TRAC遺伝子を、操作されたTALENによる遺伝子破壊の標的とすることができる。いくつかの態様では、β2M遺伝子を、操作されたTALENによる遺伝子破壊の標的とすることができる。いくつかの態様では、TRAC遺伝子およびβ2M遺伝子を、操作されたTALENによる遺伝子破壊の標的とすることができる。
いくつかの態様では、「TtAgo」は、遺伝子サイレンシングに関与すると考えられている原核生物のアルゴノートタンパク質である。TtAgoは、サーマス・サーモフィルス（Thermus thermophilus）という細菌に由来する。例えば、Swarts et al, (2014) Nature 507(7491): 258-261、Sheng et al., (2013) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111, 652）を参照されたい。「TtAgo系」は、例えばTtAgo酵素による開裂のためのガイドDNAを含めた、必要とされるすべての成分のことである。
いくつかの態様では、操作されたジンクフィンガータンパク質、TALEタンパク質またはCRISPR/Cas系は、天然には見いだされず、それらの生産は、主として、ファージディスプレイ、相互作用トラップまたはハイブリッド選択などの実験的なプロセスからもたらされる。例えば、米国特許第5,789,538号；米国特許第5,925,523号；米国特許第6,007,988号；米国特許第6,013,453号；米国特許第6,200,759号；WO 95/19431；WO 96/06166；WO 98/53057；WO 98/54311；WO 00/27878；WO 01/60970；WO 01/88197およびWO 02/099084を参照されたい。
ジンクフィンガーおよびTALE DNA結合ドメインは、例えば、天然に存在するジンクフィンガータンパク質の認識ヘリックス領域の操作（1つまたは複数のアミノ酸の変更）を介して、またはDNA結合に関与するアミノ酸（反復可変2残基またはRVD領域）の操作によって、所定のヌクレオチド配列に結合するように操作することができる。それゆえ、操作されたジンクフィンガータンパク質またはTALEタンパク質は、天然に存在しないタンパク質である。ジンクフィンガータンパク質およびTALEを操作するための方法の非限定的な例は、設計および選択である。設計されたタンパク質は、その設計／組成が主に合理的基準に起因する、天然に存在しないタンパク質である。設計の合理的基準には、既存のZFPまたはTALEの設計（標準および非標準RVD）および結合データの情報を記憶するデータベース内の情報を処理するための置換規則およびコンピューター処理アルゴリズムの適用が含まれる。例えば、米国特許第9,458,205号；第8,586,526号；第6,140,081号；第6,453,242号；および第6,534,261号を参照されたい；また、WO 98/53058；WO 98/53059；WO 98/53060；WO 02/016536およびWO 03/016496も参照されたい。
ゲノムDNAの標的化開裂のための様々な方法および組成物が記載されている。そのような標的化開裂事象は、例えば、標的化変異誘発を誘発するため、細胞のDNA配列の標的化欠失を誘発するため、および所定の染色体遺伝子座での標的化組換えを促進するために使用することができる。例えば、米国特許第9,255,250号；第9,200,266号；第9,045,763号；第9,005,973号；第9,150,847号；第8,956,828号；第8,945,868号；第8,703,489号；第8,586,526号；第6,534,261号；第6,599,692号；第6,503,717号；第6,689,558号；第7,067,317号；第7,262,054号；第7,888,121号；第7,972,854号；第7,914,796号；第7,951,925号；第8,110,379号；第8,409,861号；米国特許公報20030232410；20050208489；20050026157；20050064474；20060063231；20080159996；201000218264；20120017290；20110265198；20130137104；20130122591；20130177983；20130196373；20140120622；20150056705；20150335708；20160030477および20160024474を参照されたく、それらの開示は、参照によりその全体が組み入れられる。
また、遺伝子破壊を導入可能な1つまたは複数の作用物質も提供される。また、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質の1つまたは複数の成分をコードするポリヌクレオチド（例えば、核酸分子）も提供される。
いくつかの態様では、遺伝子抑制は、遺伝子の発現を選択的に阻止または抑制するために使用できる、RNA干渉物質である阻害性核酸分子を使用して達成される。例えば、遺伝子抑制は、RNA干渉（RNAi）、低分子干渉RNA（siRNA）、低分子ヘアピン（shRNA）、アンチセンス、および／またはリボザイムによって行うことができる。いくつかの態様では、RNA干渉物質はまた、限定されないが天然に存在するmiRNA先駆体またはmiRNA様RNAの設計された先駆体と同一のRNA種を含む、細胞内プロセシングを受けてshRNAを産生できる他のRNA種を含むこともできる。
いくつかの態様では、RNA干渉物質は、RNAi機序を通じて遺伝子発現の阻害を媒介することが当技術分野において公知である分子に特有の構造を有する少なくとも一部分は二本鎖のRNA、またはもう一方の鎖にハイブリダイズしてそのような構造を形成する少なくとも部分的に相補的な部分を含むRNA鎖である。RNAが、互いにハイブリダイズする相補的領域を含有する場合、RNAは、自己ハイブリダイズすると言われる。いくつかの態様では、RNA干渉物質などの阻害性核酸は、標的遺伝子と実質的に相補的である部分を含む。いくつかの態様では、転写物を標的とするRNA干渉物質はまた、転写物をコードしてその合成を指令する遺伝子も標的とすると見なすことができる。いくつかの態様では、標的領域は、RNA干渉物質のアンチセンス鎖とハイブリダイズする標的転写物の領域であることができる。いくつかの態様では、標的転写物は、RNA干渉による阻害の標的である任意のRNAであることができる。
いくつかの態様では、RNA干渉物質は、次の場合に、転写物と転写物をコードする遺伝子を「標的とする」と見なされる：（1）RNAi物質が、約15～29ヌクレオチド長の領域、例えば、少なくともおよそ15、およそ17、およそ18、またはおよそ19ヌクレオチド長の領域にわたり転写物に対して少なくともおよそ80％、およそ85％、およそ90％、およそ91％、およそ92％、およそ93％、およそ94％、およそ95％、およそ96％、およそ97％、およそ98％、およそ99％、またはおよそ100％相補的である部分（例えば、鎖）を含む場合；および／または（2）RNAi物質の一方の鎖の一連の15ヌクレオチドと転写物の15ヌクレオチド部分とによって形成される二重鎖のTmが、典型的に哺乳動物細胞の細胞質または核内に見いだされる条件（温度を除く）下、RNA干渉物質の同じ15ヌクレオチドとその正確な相補体とによって形成されるだろう二重鎖のTmよりもおよそ15℃以下低いまたはおよそ10℃以下低い場合；および／または（3）転写物の安定性が、RNA干渉物質の非存在下と比較して、RNA干渉物質の存在下で低下する場合。
いくつかの態様では、RNA干渉物質は、任意で、1つまたは複数のヌクレオチド類似体または修飾を含む。当業者であれば、RNAi物質が、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、ヌクレオチド類似体、修飾されたヌクレオチドまたは骨格などを含むことができることを認識するだろう。いくつかの態様では、RNA干渉物質は、転写後に修飾され得る。いくつかの態様では、RNA干渉物質は、約15～29ヌクレオチド長の二重鎖部分を含み、任意で二重鎖内に1つまたは複数のミスマッチまたは未対合ヌクレオチドを有する構造を形成するようにハイブリダイズまたは自己ハイブリダイズする、1つまたは複数の鎖を含有することができる。
いくつかの態様では、「低分子干渉RNA」（siRNA）という用語は、約15～29ヌクレオチド長の二本鎖部分を含み、任意でいずれか一方の鎖または両方の鎖上に一本鎖オーバーハング（例えば、1～6ヌクレオチド長）をさらに含む、核酸のことを指す。いくつかの態様では、二本鎖部分は、17～21ヌクレオチド長、例えば、19ヌクレオチド長であることができる。いくつかの態様では、オーバーハングは、各鎖の3'末端上に存在し、約2～4ヌクレオチドまたはおよそ2～4ヌクレオチドの長さであることができ、DNAまたはヌクレオチド類似体から構成され得る。siRNAは、一緒にハイブリダイズする2本のRNA鎖から形成されても、あるいは、より長い二本鎖RNAからまたは低分子ヘアピンRNAなどの自己ハイブリダイズする部分を含む単一のRNA鎖から生成されてもよい。当業者であれば、2本のsiRNA鎖によって形成される二重鎖中に1つまたは複数のミスマッチまたは未対合ヌクレオチドが存在できることを理解するだろう。いくつかの態様では、siRNAの一方の鎖（「アンチセンス」または「ガイド」鎖）は、標的核酸、例えば、mRNA転写物とハイブリダイズする部分を含む。いくつかの態様では、アンチセンス鎖は、約15～29ヌクレオチド、時に17～21ヌクレオチド、例えば、19ヌクレオチドにわたって標的と完全に相補的であり、このことは、siRNAが、この長さにわたって1つのミスマッチもなく、標的転写物にハイブリダイズすることを意味する。しかしながら、当業者であれば、siRNA鎖と標的転写物との間で形成される二重鎖中に1つまたは複数のミスマッチまたは未対合ヌクレオチドが存在する場合があることを理解するだろう。
いくつかの態様では、低分子ヘアピンRNA（shRNA）は、RNAiを媒介するのに十分に長い（典型的には、15～29ヌクレオチド長の）二重鎖構造を形成するようにハイブリダイズされるまたはハイブリダイズ可能な少なくとも2つの相補的部分と、二重鎖を形成する2つの配列の末端をつなぐループを形成する、典型的にはおよそ1～10ヌクレオチド長の少なくとも1つの一本鎖部分とを含む、核酸分子である。いくつかの態様では、該構造は、オーバーハングをさらに含み得る。いくつかの態様では、shRNAの自己相補的部分のハイブリダイゼーションによって形成される二重鎖は、siRNAのものと類似の特性を有していてもよく、いくつかの場合には、shRNAは、保存された細胞RNAi機構によってsiRNAにプロセシングされ得る。したがって、shRNAは、siRNAの先駆体であることができ、同様に標的転写物の発現を阻害可能であることができる。いくつかの態様では、shRNAは、標的核酸、例えば、mRNA転写物とハイブリダイズする部分を含み、約15～29ヌクレオチド、時に17～21ヌクレオチド、例えば、19ヌクレオチドにわたって標的と完全に相補的であることができる。しかしながら、当業者であれば、shRNA鎖と標的転写物との間で形成される二重鎖中に1つまたは複数のミスマッチまたは未対合ヌクレオチドが存在する場合があることを理解するだろう。
c. 遺伝子破壊のための作用物質の送達
いくつかの態様では、ヒトにおけるTRACおよび／またはβ2Mをコードする内因性遺伝子の標的化遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質、例えば、Cas9および／またはgRNA成分を、細胞（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞）に、細胞への導入もしくは移入のための多数の公知の送達法もしくは媒体のいずれか、例えば、レンチウイルス送達ベクターを使用して、またはCas9分子およびgRNAを送達するための公知の方法もしくは媒体のいずれかを使用して、送達または導入することによって行われる。いくつかの態様では、ヒトにおけるTRACおよび／またはβ2Mをコードする内因性遺伝子の標的化遺伝子破壊、例えば、DNA切断は、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質、例えば、Cas9および／またはgRNA成分を、細胞（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞）に、細胞への導入もしくは移入のための多数の公知の送達法もしくは媒体のいずれか、例えば、レンチウイルス送達ベクターを使用して、またはCas9分子およびgRNAを送達するための公知の方法もしくは媒体のいずれかを使用して、送達または導入することによって行われる。例示的な方法は、例えば、Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701；Cooper et al. (2003) Blood. 101:1637-1644；Verhoeyen et al. (2009) Methods Mol Biol. 506: 97-114；およびCavalieri et al. (2003) Blood. 102(2): 497-505に記載されている。いくつかの態様では、遺伝子破壊、例えば、DNA切断を誘発可能な1つまたは複数の作用物質の1つまたは複数の成分をコードする核酸配列が、細胞に、例えば、本明細書に記載されるまたは公知である細胞に核酸を導入するための任意の方法によって導入される。いくつかの態様では、CRISPRガイドRNAおよび／またはCas9酵素などの遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質の成分をコードするベクターを、細胞に送達することができる。
いくつかの態様では、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質、例えば、Cas9/gRNAである1つまたは複数の作用物質は、リボヌクレオタンパク質（RNP）複合体として細胞に導入される。RNP複合体は、リボヌクレオチドの配列、例えばRNAまたはgRNA分子と、タンパク質、例えばCas9タンパク質またはそのバリアントとを含む。例えば、Cas9タンパク質は、Cas9タンパク質と標的配列を標的とするgRNA分子とを含むRNP複合体として、例えば、エレクトロポレーションまたは他の物理的送達法を使用して送達される。いくつかの態様では、RNPは、エレクトロポレーションまたは他の物理的手段、例えば、パーティクルガン、リン酸カルシウムトランスフェクション、細胞圧縮または細胞スクイージングを介して、細胞に送達される。いくつかの態様では、RNPは、追加の送達作用物質（例えば、低分子作用物質、脂質など）の必要なく、細胞の原形質膜を通過することができる。いくつかの態様では、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質、例えば、CRISPR/Cas9の、RNPとしての送達は、標的化破壊が、例えばRNPが導入された細胞において、細胞後代へ作用物質の伝播なしに一過性に起こるという利点を提供する。例えば、RNPによる送達は、作用物質がその後代へ受け継がれることを最小限に止め、それにより、後代におけるオフターゲット遺伝子破壊の機会を低減させる。そのような場合、遺伝子破壊および導入遺伝子の組み込みは、後代細胞によって受け継がれ得るが、オフターゲット遺伝子破壊をさらに導入する可能性がある作用物質それ自体が後代細胞に伝えられることはない。
遺伝子破壊を誘発可能な作用物質および成分、例えば、Cas9分子およびgRNA分子は、例えば、WO 2015/161276；US 2015/0056705、US 2016/0272999、US 2017/0211075；またはUS 2017/0016027に記載されている多種多様な送達法および製剤を使用して、多種多様な形態で、標的細胞に導入することができる。該送達法および製剤は、本明細書に記載される方法の前または後の工程で、テンプレートポリヌクレオチドおよび／または他の作用物質を細胞に送達するために使用することができる。
いくつかの態様では、Cas9分子および／もしくはgRNA分子をコードするDNA、またはCas9分子および／もしくはgRNA分子を含むRNP複合体を、公知の方法によってまたは本明細書に記載されるように細胞に送達することができる。例えば、Cas9をコードするおよび／またはgRNAをコードするDNAは、例えば、ベクター（例えば、ウイルスまたは非ウイルスベクター）、非ベクターベースの方法（例えば、裸のDNAまたはDNA複合体を使用する）、またはそれらの組み合わせによって送達することができる。いくつかの態様では、作用物質および／またはその成分を含有するポリヌクレオチドが、ベクター（例えば、ウイルスベクター／ウイルスまたはプラスミド）よって送達される。ベクターは、本明細書に記載されるいずれであってもよい。
いくつかの局面では、ガイド配列と組み合わされた（および任意でガイド配列と複合体化された）CRISPR酵素（例えば、Cas9ヌクレアーゼ）が細胞に送達される。例えば、CRISPR系の1つまたは複数のエレメントは、I型、II型、またはIII型CRISPR系に由来する。例えば、CRISPR系の1つまたは複数のエレメントは、化膿性連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）または髄膜炎菌（Neisseria meningitides）などの内因性CRISPR系を含む特定の生物に由来する。
いくつかの態様では、Cas9ヌクレアーゼ（例えば、黄色ブドウ球菌または化膿性連鎖球菌由来のmRNAによってコードされる、例えばpCW-Cas9、Addgene #50661、Wang et al. (2014) Science, 3:343-80-4；またはApplied Biological Materials（ABM；Canada）からカタログ番号K002、K003、K005もしくはK006として入手可能なヌクレアーゼもしくはニッカーゼレンチウイルスベクター）および標的遺伝子（例えば、ヒトのTRACおよび／またはβ2M）に特異的なガイドRNAが、細胞に導入される。いくつかの態様では、特定の遺伝子、例えばTRACおよび／またはβ2M遺伝子中の標的部位を標的とする標的化ドメイン配列であるかまたはそれを含むgRNA配列が、設計または特定される。CRISPRゲノム編集のためのゲノムワイドgRNAデータベースが公的に利用可能であり、これは、ヒトゲノムまたはマウスゲノム中の遺伝子の構成的エクソンを標的とする例示的な単一ガイドRNA（sgRNA）配列を含む（例えば、genescript.com/gRNA-database.htmlを参照のこと；また、Sanjana et al. (2014) Nat. Methods, 11:783-4も参照のこと）。いくつかの局面では、gRNA配列は、非標的部位または位置へのオフターゲット結合が最小限である配列であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様では、作用物質および／またはその成分を含有するポリヌクレオチドまたはRNP複合体は、非ベクターベースの方法（例えば、裸のDNAまたはDNA複合体を使用する）によって送達される。例えば、DNAまたはRNAまたはタンパク質またはそれらの組み合わせ、例えば、リボヌクレオタンパク質（RNP）複合体は、例えば、有機的に修飾されたシリカもしくはシリケート（Ormosil）、エレクトロポレーション、一過性の細胞圧縮もしくは細胞スクイージング（例えば、Lee, et al. (2012) Nano Lett 12: 6322-27, Kollmannsperger et al (2016) Nat Comm 7, 10372 doi:10.1038/ncomms10372).に記載されているような）、遺伝子銃、ソノポレーション、マグネトフェクション、脂質媒介トランスフェクション、デンドリマー、無機ナノ粒子、リン酸カルシウム、またはそれらの組み合わせによって送達することができる。
いくつかの態様では、エレクトロポレーションを介した送達は、細胞とCas9および／もしくはgRNAをコードするDNAまたはRNP複合体とをカートリッジ、チャンバーまたはキュベット内で混合し、規定の持続時間および振幅の1回または複数回の電気インパルスを印可することを含む。いくつかの態様では、エレクトロポレーションを介した送達は、装置（例えば、ポンプ）に接続された容器内で、細胞がCas9および／またはgRNAをコードするDNAと混合され、混合物が、その装置からカートリッジ、チャンバーまたはキュベットに送られ、規定の持続時間および振幅の1回または複数回の電気インパルスが印可され、その後、細胞が第2の容器に送達されるシステムを使用して実施される。
いくつかの態様では、送達媒体は、非ウイルスベクターである。いくつかの態様では、非ウイルスベクターは、無機ナノ粒子である。例示的な無機ナノ粒子としては、例えば、磁性ナノ粒子（例えば、Fe3MnO2）およびシリカが挙げられる。ナノ粒子の外表面は、正に荷電したポリマー（例えば、ポリエチレンイミン、ポリリジン、ポリセリン）とコンジュゲートすることができ、これにより、ペイロードの付着（例えば、コンジュゲーションまたは捕捉）が可能になる。いくつかの態様では、非ウイルスベクターは、有機ナノ粒子である。例示的な有機ナノ粒子としては、例えば、ポリエチレングリコール（PEG）で被覆された中性ヘルパー脂質と共にカチオン性脂質を含有するSNALPリポソーム、および脂質で被覆されたたプロタミン-核酸複合体が挙げられる。例示的な脂質および／またはポリマーは公知であり、提供される態様において使用することができる。
いくつかの態様では、媒体は、ナノ粒子およびリポソーム、例えば、細胞特異的抗原、モノクローナル抗体、単鎖抗体、アプタマー、ポリマー、糖および細胞透過性ペプチドの標的細胞アップデートを増大するための標的化修飾を有する（例えば、US 2016/0272999に記載されている）。いくつかの態様では、媒体は、融合性およびエンドソーム不安定化ペプチド／ポリマーを使用する。いくつかの態様では、媒体は、酸誘発性のコンフォメーション変化を受ける（例えば、カーゴのエンドソーム脱出を加速するために）。いくつかの態様では、刺激開裂性ポリマーが、例えば、細胞内コンパートメントにおける放出のために使用される。例えば、還元細胞環境で開裂するジスルフィドベースの陽イオン性ポリマーを使用することができる。
いくつかの態様では、送達媒体は、生物学的な非ウイルス送達媒体である。いくつかの態様では、媒体は、弱毒化細菌（例えば、天然または人工的に操作されて、侵入性であるが発症を防ぐように弱毒化されており、導入遺伝子を発現する（例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Listeria monocytogenes）、ある種のサルモネラ（Salmonella）株、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Bifidobacterium longum）、および改変された大腸菌（Escherichia coli））、特定の細胞を標的とするために栄養的および組織特異的指向性を有する細菌、標的細胞特異性を変えるために改変された表面タンパク質を有する細菌）である。いくつかの態様では、媒体は、遺伝子改変されたバクテリオファージ（例えば、大きなパッケージング容量、低い免疫原性を有し、哺乳動物プラスミド維持配列を含有し、組み込まれた標的化リガンドを有する、操作されたファージ）である。いくつかの態様では、媒体は、哺乳動物ウイルス様粒子である。例えば、改変されたウイルス粒子を生成することができる（例えば、「空」の粒子の精製、それに続く、エクスビボでの所望のカーゴとのウイルスの組み立てによって）。媒体はまた、標的化リガンドを組み込むように操作して、標的組織特異性を変更することもできる。いくつかの態様では、媒体は、生物学的リポソームである。例えば、生物学的リポソームは、ヒト細胞に由来するリン脂質系粒子、例えば、対象に由来する球状構造へと分解された赤血球である赤血球ゴースト（例えば、組織標的化を、様々な組織もしくは細胞特異的リガンドの付着によって達成することができる）、または分泌性エキソソーム-エンドサイトーシス起源の対象由来膜結合ナノベシクル（30～100nm）（例えば、様々な細胞型から産生させることができ、それゆえ、標的化リガンドの必要なく細胞に取り込まれ得る）である。
いくつかの態様では、Cas9分子および／またはgRNA分子をコードするRNAを、細胞、例えば、本明細書に記載される標的細胞に、公知の方法によってまたは本明細書に記載されるように送達することができる。例えば、Cas9をコードするおよび／またはgRNAをコードするRNAは、例えば、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、一過性の細胞圧縮もしくは細胞スクイージング（例えば、Lee, et al. (2012) Nano Lett 12: 6322-27に記載されているような）、脂質媒介トランスフェクション、ペプチド媒介送達、またはそれらの組み合わせによって送達することができる。
いくつかの態様では、エレクトロポレーションを介した送達は、細胞とCas9分子および／またはgRNA分子をコードするRNAとをカートリッジ、チャンバーまたはキュベット内で混合し、規定の持続時間および振幅の1回または複数回の電気インパルスを印可することを含む。いくつかの態様では、エレクトロポレーションを介した送達は、装置（例えば、ポンプ）に接続された容器内で、細胞がCas9分子および／またはgRNA分子をコードするRNAと混合され、混合物が、その装置からカートリッジ、チャンバーまたはキュベットに送られ、規定の持続時間および振幅の1回または複数回の電気インパルスが印可され、その後、細胞が第2の容器に送達されるシステムを使用して実施される。
いくつかの態様では、Cas9分子を、公知の方法によってまたは本明細書に記載されるように細胞に送達することができる。例えば、Cas9タンパク質分子は、例えば、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、一過性の細胞圧縮もしくは細胞スクイージング（例えば、Lee, et al. (2012) Nano Lett 12: 6322-27に記載されているような）、脂質媒介トランスフェクション、ペプチド媒介送達、またはそれらの組み合わせによって送達することができる。送達は、gRNAをコードするDNAまたはgRNAによって起こり得る。
いくつかの態様では、エレクトロポレーションを介した送達は、細胞をgRNA分子ありまたはなしでCas9分子とカートリッジ、チャンバーまたはキュベット内で混合し、規定の持続時間および振幅の1回または複数回の電気インパルスを印可することを含む。いくつかの態様では、エレクトロポレーションを介した送達は、装置（例えば、ポンプ）に接続された容器内で、細胞がgRNA分子ありまたはなしでCas9分子と混合され、混合物が、その装置からカートリッジ、チャンバーまたはキュベットに送られ、規定の持続時間および振幅の1回または複数回の電気インパルスが印可され、その後、細胞が第2の容器に送達されるシステムを使用して実施される。
いくつかの態様では、作用物質および／またはその成分を含有するポリヌクレオチドは、ベクターと非ベクターベースの方法の組み合わせによって送達される。例えば、ビロソームは、不活化ウイルス（例えば、HIVまたはインフルエンザウイルス）と組み合わせたリポソームを含み、それは、ウイルス法またはリポソーム法のいずれか単独よりも効率的な遺伝子移入をもたらすことができる。
いくつかの態様では、1を超える作用物質またはその成分が細胞に送達される。例えば、いくつかの態様では、ゲノム中の2つ以上の場所、例えば、TRACおよび／またはβ2M遺伝子座の遺伝子破壊を誘発可能な作用物質が、細胞に送達される。いくつかの態様では、作用物質およびその成分は、1つの方法を使用して送達される。例えば、いくつかの態様では、TRACおよび／またはβ2M遺伝子座の遺伝子破壊を誘発するための作用物質は、遺伝子破壊のための成分をコードするポリヌクレオチドとして送達される。いくつかの態様では、1つのポリヌクレオチドが、TRACおよび／またはβ2M遺伝子座を標的とする作用物質をコードすることができる。いくつかの態様では、2つ以上の異なるポリヌクレオチドが、TRACおよび／またはβ2M遺伝子座を標的とする作用物質をコードすることができる。いくつかの態様では、遺伝子破壊を誘発可能な作用物質は、リボヌクレオタンパク質（RNP）複合体として送達することができ、2つ以上の異なるRNP複合体は、混合物として一緒に、または別々に送達することができる。
いくつかの態様では、遺伝子破壊を誘発可能な1つまたは複数の作用物質および／またはその成分（例えば、Cas9分子成分および／またはgRNA分子成分）以外の1つまたは複数の核酸分子、例えば、HDR指向組み込みのためのテンプレートポリヌクレオチド（例えば、本明細書のセクションI.B.に記載される）が送達される。いくつかの態様では、核酸分子、例えば、テンプレートポリヌクレオチドは、Cas系の成分の1つまたは複数と同時に送達される。いくつかの態様では、核酸分子は、Cas系の成分の1つまたは複数が送達される前または後（例えば、約1分、5分、10分、15分、30分、1時間、2時間、3時間、6時間、9時間、12時間、1日、2日、3日、1週間、2週間、または4週間未満前または後）に送達される。いくつかの態様では、核酸分子、例えば、テンプレートポリヌクレオチドは、Cas系の成分の1つまたは複数、例えば、Cas9分子成分および／またはgRNA分子成分と異なる手段によって送達される。核酸分子、例えば、テンプレートポリヌクレオチドは、本明細書に記載される送達法のいずれかによって送達することができる。例えば、核酸分子、例えば、テンプレートポリヌクレオチドは、ウイルスベクター、例えば、レトロウイルスまたはレンチウイルスによって送達することができ、Cas9分子成分および／またはgRNA分子成分は、エレクトロポレーションによって送達することができる。いくつかの態様では、核酸分子、例えば、テンプレートポリヌクレオチドは、1つまたは複数の導入遺伝子、例えば、組換えTCR、組換えCARおよび／または他の遺伝子産物をコードする導入遺伝子を含む。
d. CD3+ T細胞の枯渇
いくつかの態様では、CD57枯渇および／またはCD27濃縮T細胞集団（例えば、T細胞集団またはプールされたT細胞集団）は、T細胞受容体（TCR）またはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子がノックアウトされる。いくつかの態様では、1つまたは複数の遺伝子は、T細胞受容体アルファ定常（TRAC）である。いくつかの態様では、TRACノックアウトは、TCR複合体の形成を妨害し、それによりCD3細胞表面発現を妨害し、その結果、TRACがノックアウトされた細胞は、CD3の細胞表面発現を示さない。いくつかの態様では、TRACがノックアウトされたCD57枯渇および／またはCD27濃縮T細胞集団は、本明細書に記載される方法のいずれかによるCD3+細胞の枯渇に供される。いくつかの態様では、CD3+細胞の枯渇は、CD3をなお発現するCD57枯渇および／またはCD27濃縮T細胞集団の非編集細胞を除去する。本明細書において、CD3+細胞がCD3陰性選択によってT細胞集団から枯渇され、CD3- T細胞の純度が＞99％のT細胞集団が産生され得ることが観察される。そのような方法は、結果として得られたT細胞集団が、同種異系の対象に投与された場合に、TCR媒介移植片対宿主病（GvHD）を引き起こさない可能性を低下させ得る。
いくつかの態様では、CD3枯渇集団（CD3枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD3枯渇T細胞集団）は、TCRまたはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子がノックアウトされているCD57枯渇および／またはCD27濃縮T細胞集団からCD3+細胞を枯渇させることによって得られる。例えば、いくつかの態様では、TCRまたはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子（例えば、TRAC）がノックアウトされたCD57枯渇T細胞集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）について、CD3+細胞が枯渇される。いくつかの態様では、TCRまたはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子（例えば、TRAC）がノックアウトされたCD27濃縮T細胞集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団またはプールされたCD27濃縮T細胞集団）について、CD3+細胞が枯渇される。
いくつかの態様では、個別のドナーからのドナー試料について、CD57- T細胞が濃縮され、TCRまたはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子（例えば、TRAC）がノックアウトされ、ノックアウトされたCD57枯渇T細胞集団を産生し、その後、CD3+細胞が枯渇される（CD3枯渇T細胞集団）。いくつかの態様では、複数の異なる個別のドナーからのTCRまたはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子（例えば、TRAC）がノックアウトされたCD57枯渇T細胞集団を組み合わせて、プールされたノックアウトCD57枯渇T細胞集団を産生し、その後、CD3+細胞が枯渇される（プールされたCD3枯渇T細胞集団）。いくつかの態様では、ドナー試料は、複数の異なるドナーに由来する。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからのドナー試料について、CD57- T細胞が濃縮され、TCRまたはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子（例えば、TRAC）がノックアウトされ、プールされたノックアウトCD57- T細胞集団を産生する。
特定の態様では、CD3+ T細胞が、ノックアウトされたCD57枯渇T細胞集団から除去、分離または枯渇される。ある特定の態様では、少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％、または99.9％のCD3+ T細胞が、ノックアウトされたCD57枯渇T細胞集団から除去、分離または枯渇される。
いくつかの態様では、CD3枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD3枯渇T細胞集団は、例えば、選択、単離または濃縮の前の、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団のCD3+ T細胞の50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％を含有する、約50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％を含有する、または50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団のCD3+ T細胞の20％を含有する、約20％を含有する、または20％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団のCD3+ T細胞の5％を含有する、約5％を含有する、または5％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団のCD3+ T細胞の1％を含有する、約1％を含有する、または1％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団のCD3+ T細胞の0.1％を含有する、約0.1％を含有する、または0.1％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団のCD3+ T細胞の0.01％を含有する、約0.01％を含有する、または0.01％未満を含有する。いくつかの態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団中のCD3+ T細胞の頻度は、プールされたCD57枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団中のCD3+ T細胞の頻度の35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満である。いくつかの態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD57枯渇T細胞集団は、CD3+ T細胞を3％未満もしくは約3％未満、2％未満もしくは約2％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。いくつかの態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、CD3+ T細胞を含まないまたは本質的に含まない。
いくつかの態様では、個別のドナーからのドナー試料について、CD27+ T細胞が濃縮され、TCRまたはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子（例えば、TRAC）がノックアウトされ、ノックアウトされたCD27濃縮T細胞集団を産生し、その後、CD3+細胞が枯渇される（CD3枯渇T細胞集団）。いくつかの態様では、複数の異なる個別のドナーからのTCRまたはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子（例えば、TRAC）がノックアウトされたCD27濃縮T細胞集団を組み合わせて、プールされたノックアウトCD27濃縮T細胞集団を産生し、その後、CD3+細胞が枯渇される（プールされたCD3枯渇T細胞集団）。いくつかの態様では、ドナー試料は、複数の異なるドナーに由来する。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからのドナー試料について、CD27+ T細胞が濃縮され、TCRまたはその成分をコードする1つまたは複数の遺伝子（例えば、TRAC）がノックアウトされ、プールされたノックアウトCD27+ T細胞集団を産生する。
特定の態様では、CD3+ T細胞が、ノックアウトされたCD27濃縮T細胞集団から除去、分離または枯渇される。ある特定の態様では、少なくとも25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％、または99.9％のCD3+ T細胞が、ノックアウトされたCD27濃縮T細胞集団から除去、分離または枯渇される。
いくつかの態様では、CD3枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD3枯渇T細胞集団は、例えば、選択、単離または濃縮の前の、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団のCD3+ T細胞の50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％を含有する、約50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％を含有する、または50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.1％、0.01％、もしくは0.001％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団のCD3+ T細胞の20％を含有する、約20％を含有する、または20％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団のCD3+ T細胞の5％を含有する、約5％を含有する、または5％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団のCD3+ T細胞の1％を含有する、約1％を含有する、または1％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団のCD3+ T細胞の0.1％を含有する、約0.1％を含有する、または0.1％未満を含有する。特定の態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、プールされたCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団のCD3+ T細胞の0.01％を含有する、約0.01％を含有する、または0.01％未満を含有する。いくつかの態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団中のCD3+ T細胞の頻度は、プールされたCD27濃縮T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団中のCD3+ T細胞の頻度の35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満である。いくつかの態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD27濃縮T細胞集団は、CD3+ T細胞を3％未満もしくは約3％未満、2％未満もしくは約2％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。いくつかの態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、CD3+ T細胞を含まないまたは本質的に含まない。
いくつかの態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、単離、選択および／または濃縮の後に、凍結される、例えば、凍結保存されるおよび／または凍結保護される。特定の態様では、濃縮されたCD3- CD4+ T細胞の集団は、単離、選択および／または濃縮の後に、凍結される、例えば、凍結保存されるおよび／または凍結保護される。ある特定の態様では、濃縮されたCD3- CD8+ T細胞の集団は、単離、選択および／または濃縮の後に、凍結される、例えば、凍結保存されるおよび／または凍結保護される。いくつかの態様では、プールされたCD3枯渇T細胞集団および／またはCD3枯渇T細胞集団は、該細胞集団を増大する、採取する、および／または製剤化する任意の工程前に、凍結される、例えば、凍結保存されるおよび／または凍結保護される。特定の態様では、濃縮されたCD3-CD4+ T細胞の集団は、該細胞集団を培養する、増大する、採取する、および／または製剤化する任意の工程前に、凍結される、例えば、凍結保存されるおよび／または凍結保護される。いくつかの態様では、濃縮されたCD3-CD8+ T細胞の集団は、該細胞集団を培養する、増大する、採取する、および／または製剤化する任意の工程前に、凍結される、例えば、凍結保存されるおよび／または凍結保護される。
特定の態様では、1つまたは複数の凍結保護されたインプット組成物は、例えば、-80℃でまたは約-80℃で、12時間～7日間、24時間～120時間、または2日間～5日間貯蔵される。特定の態様では、1つまたは複数の凍結保護されたインプット組成物は、-80℃でまたは約-80℃で、10日、9日、8日、7日、6日、または5日、4日、3日、2日、または1日未満の時間貯蔵される。いくつかの態様では、1つまたは複数の凍結保護されたインプット組成物は、-70℃もしくは-80℃でまたは約-70℃もしくは-80℃で、3日未満、例えば約2日間貯蔵される。
いくつかの態様では、1つまたは複数の特定の細胞型または細胞集団について言及する場合の「枯渇させる」または「除去する」は、細胞型または集団の数または割合を、例えば、組成物中のもしくは組成物の容積中の細胞の総数と比較して、または他の細胞型と比べて、例えば、集団もしくは細胞によって発現されるマーカーに基づく陰性選択によって、または枯渇させようとする細胞集団もしくは細胞上に存在しないマーカーに基づく陽性選択によって減少させることを指す。一般に、枯渇させるまたは除去するという用語は、組成物からの、細胞、細胞型または集団の完全な除去を必要としない。いくつかの態様では、CD3+細胞は、セクション II.Dに記載される方法のいずれかによって枯渇される。
3. 遺伝子操作された細胞の例示的な特徴
特定の態様では、提供される方法は、CD57- T細胞が濃縮された遺伝子操作されたT細胞の組成物を産生する。いくつかの態様では、提供される方法は、CD27+ T細胞が濃縮された遺伝子操作されたT細胞の組成物を産生する。いくつかの態様では、操作されたT細胞組成物は、個別のドナーからのものである。いくつかの態様では、個別のドナーからの操作されたT細胞組成物を、1つまたは複数の他の個別のドナーからの操作されたT細胞組成物と組み合わせて、複数の異なるドナーからのプールされた操作T細胞組成物を産生する。いくつかの態様では、操作されたT細胞組成物は、複数の異なるドナーからのプールされた操作T細胞組成物である。
いくつかの態様では、提供される細胞および方法には、β2Mの発現が排除または低減され、これが、いくつかの場合にMHCクラスIの低減された表面発現をもたらし得るものが含まれる。いくつかの態様では、β2Mの発現を調節する調節分子または遺伝子の発現を、細胞における低減、破壊、欠失または排除の標的とする。いくつかの場合には、β2M遺伝子の発現を抑制、破壊、欠失または排除する作用物質を使用して、β2M遺伝子を直接標的とする。いくつかの態様では、提供される細胞および方法は、β2Mが抑制または破壊されていない参照または対応する細胞と比較して、50％、40％、30％、20％、10％、5％以下またはそれより少ない、内因性β2M発現を有する細胞を含む。いくつかの態様では、複数の細胞について、β2Mが低減または破壊される。いくつかの局面では、組成物中の細胞の少なくとも20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％、または少なくとも約20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％が、β2Mまたはβ2Mの発現を調節する調節分子もしくは遺伝子の遺伝子破壊または発現低減を含有する、組成物が提供される。いくつかの態様では、β2Mの発現を調節する遺伝子またはβ2M遺伝子が破壊される。いくつかの態様では、組成物中の1つまたは複数の細胞（例えば、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％もしくはそれ以上より多い、または約50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％もしくはそれ以上より多い）が、遺伝子破壊を含有し、内因性β2M遺伝子またはβ2Mの発現を調節する調節分子を発現せず、連続したβ2M遺伝子またはβ2Mの発現を調節する調節分子の遺伝子を含有せず、かつ／または、β2Mまたはβ2Mの発現を調節する調節分子を発現しない。いくつかの態様では、組成物中の1つまたは複数の細胞（例えば、細胞組成物中の細胞の少なくとも約50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％、または約50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％より多い）について、β2M遺伝子またはβ2Mの発現を調節する調節分子の遺伝子の両対立遺伝子がノックアウトまたは破壊される、すなわち、そのような割合の細胞で二対立遺伝子欠失を含む。
いくつかの態様では、提供される細胞および方法には、TRACの発現が排除または低減され、これが、いくつかの場合にTCRの低減された表面発現をもたらし得るものが含まれる。いくつかの態様では、TRACの発現を調節する調節分子または遺伝子の発現を、細胞における低減、破壊、欠失または排除の標的とする。いくつかの場合には、TRAC遺伝子の発現を抑制、破壊、欠失または排除する作用物質を使用して、TRAC遺伝子を直接標的とする。いくつかの態様では、提供される細胞および方法は、TRACが抑制または破壊されていない参照または対応する細胞と比較して、50％、40％、30％、20％、10％、5％以下またはそれより少ない、内因性TRAC発現を有する細胞を含む。いくつかの態様では、複数の細胞について、TRACが低減または破壊される。いくつかの局面では、組成物中の細胞の少なくとも20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％、または少なくとも約20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％が、TRACまたはTRACの発現を調節する調節分子もしくは遺伝子の遺伝子破壊または発現低減を含有する、組成物が提供される。いくつかの態様では、TRACの発現を調節する遺伝子またはTRAC遺伝子が破壊される。いくつかの態様では、組成物中の1つまたは複数の細胞（例えば、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％もしくはそれ以上より多い、または約50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％もしくはそれ以上より多い）が、遺伝子破壊を含有し、内因性TRAC遺伝子またはTRACの発現を調節する調節分子を発現せず、連続したTRAC遺伝子またはTRACの発現を調節する調節分子の遺伝子を含有せず、かつ／または、TRACまたはTRACの発現を調節する調節分子を発現しない。いくつかの態様では、組成物中の1つまたは複数の細胞（例えば、細胞組成物中の細胞の少なくとも約50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％、または約50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％より多い）について、TRAC遺伝子またはTRACの発現を調節する調節分子の遺伝子の両対立遺伝子がノックアウトまたは破壊される、すなわち、そのような割合の細胞で二対立遺伝子欠失を含む。
いくつかの態様では、提供される細胞および方法には、CD3の細胞表面発現が排除または低減され、これが、いくつかの場合にTCRの低減された表面発現をもたらし得るものが含まれる。いくつかの態様では、提供される細胞および方法は、CD3+細胞が枯渇されていない参照または対応する細胞集団と比較して、約50％、40％、30％、20％、10％、5％より少ない、CD3の細胞表面発現を示す細胞を有する細胞集団を含む。いくつかの態様では、複数の細胞について、CD3細胞表面発現が低減または排除される。いくつかの局面では、組成物中の細胞の少なくとも20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％、または少なくとも約20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％がCD3を発現しない、組成物が提供される。
標的遺伝子のノックダウンまたはノックアウトを検証または確認するための多種多様な公知の方法のいずれを採用することができる。例示的なそのような方法としては、ノーザンブロッティング、RT-PCRもしくはqRT-PCRを含むPCR、増殖アッセイ、レポーターアッセイまたはタンパク質検出法（例えば、コードされたタンパク質の表面染色についてのフローサイトメトリー）が挙げられるが、それらに限定されない。
いくつかの態様では、発現のレベルまたは度合いは、標準的な手順を介して判定することができる。調節分子または遺伝子が抑制されたまたは破壊された程度、ならびにMHCおよび／またはTCR分子（またはMHC分子のすべての対立遺伝子もしくはハプロタイプ）の発現が影響を受けたまたは低減された程度を経験的に判定または確認することは、当業者の水準の範囲内である。いくつかの態様では、免疫親和性試薬を使用して、細胞を選択または特定することができる。いくつかの態様では、特定のMHCおよび／またはTRC発現がフローサイトメトリーによって確認される。いくつかの場合には、一般に1を超えるMHC対立遺伝子、例えば特定の1つまたは複数のMHCクラスを認識する、広範に反応性またはモノモルフィックな（monomorphic）抗体を使用することができる。いくつかの局面では、1つまたは複数の対立遺伝子特異的抗体を使用することができる。細胞によって発現される特定の内因性MHCおよび／または望ましいMHC検出の特異性に応じて特定の抗体を選択することは、当業者の水準の範囲内である。抗HLA抗体を含む様々な抗MHC抗体が、当技術分野において周知であり、商業的および私的供給元から入手可能である。様々な抗TCR抗体が当技術分野において周知であり、商業的および私的供給元から入手可能である。
F. 刺激
CD57-濃縮T細胞集団、例えばCD57枯渇T細胞集団またはプールされたCD57枯渇T細胞集団を刺激するための方法が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、個別のドナーからのCD57枯渇T細胞集団を刺激して、刺激されたT細胞集団を産生する。いくつかの態様では、個別のドナーからの刺激されたCD57枯渇T細胞集団を、1つまたは複数の他の個別のドナーからの刺激されたCD57枯渇T細胞集団と組み合わせて、複数の異なるドナーからの刺激されたT細胞集団を産生する。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからのプールされたCD57枯渇T細胞集団を刺激して、複数の異なるドナーからの刺激されたT細胞集団を産生する。
また、CD27+濃縮T細胞集団、例えば、CD27濃縮T細胞集団またはプールされたCD27濃縮T細胞集団を刺激するための方法も、本明細書に提供される。いくつかの態様では、個別のドナーからのCD27濃縮T細胞集団を刺激して、刺激されたT細胞集団を産生する。いくつかの態様では、個別のドナーからの刺激されたCD27濃縮T細胞集団を、1つまたは複数の他の個別のドナーからの刺激されたCD27濃縮T細胞集団と組み合わせて、複数の異なるドナーからの刺激されたT細胞集団を産生する。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからのプールされたCD27濃縮T細胞集団を刺激して、複数の異なるドナーからの刺激されたT細胞集団を産生する。
いくつかの態様では、提供される方法は、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞を組成物のT細胞を活性化するための条件下で刺激することに関連して使用される。いくつかの態様では、提供される方法は、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞を組成物のT細胞を活性化するための条件下で刺激することに関連して使用される。いくつかの態様では、刺激条件には、細胞（例えば、CD4+またはCD8+ T細胞）において、シグナル、例えば、TCRおよび／もしくは共受容体から発生したシグナルを、活性化もしくは刺激する、および／または活性化もしくは刺激可能である条件が含まれる。いくつかの態様では、刺激条件には、細胞を、刺激試薬、例えば、細胞においてシグナルを活性化もしくは刺激する、および／または活性化もしくは刺激可能である試薬と共におよび／またはその存在下で、培養する、カルチベートする、インキュベートする、活性化する、繁殖させる1つまたは複数の工程が含まれる。いくつかの態様では、刺激試薬は、TCRおよび／または共受容体を刺激および／または活性化する。特定の態様では、刺激試薬は、セクションII.E.1に記載される試薬である。
ある特定の態様では、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団は、細胞を遺伝子操作する（例えば、ノックインするおよび／またはノックアウトする）、例えば、セクションII.Dに提供される技術などによって細胞をトランスフェクトするおよび／または形質導入する前に、刺激条件下でインキュベートされる。特定の態様では、濃縮されたCD57- T細胞の1つまたは複数の集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）は、1つまたは複数の組成物が生体試料（例えば、ドナー試料）から単離、選択、濃縮または取得された後に、刺激条件下でインキュベートされる。特定の態様では、濃縮されたCD57- T細胞の1つまたは複数の集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）は、以前に凍結保存かつ貯蔵されており、インキュベーション前に融解される。いくつかの態様では、融解された集団は、個別のドナーに由来する。いくつかの態様では、個別のドナーからの融解された集団を、1つまたは複数の他の個別のドナーからの融解された集団と組み合わせて、複数のドナーからの融解された集団を産生する。いくつかの態様では、融解された集団は、複数の異なるドナーに由来する。
ある特定の態様では、濃縮されたCD57- T細胞の1つまたは複数の集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）は、濃縮されたCD57- T細胞の2つの別個の集団であるか、またはそれを含む。特定の態様では、濃縮T細胞の2つの別個の組成物、例えば、同じ生体試料（例えば、ドナー試料）から選択、単離および／または濃縮された濃縮T細胞の2つの別個の組成物は、刺激条件下で別々にインキュベートされる。ある特定の態様では、2つの別個の組成物は、濃縮されたCD57- CD4+ T細胞の組成物を含む。特定の態様では、2つの別個の組成物は、濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の組成物を含む。特定の態様では、2つの別個の組成物は、濃縮されたCD57- CD3+ T細胞の組成物を含む。いくつかの態様では、濃縮されたCD57- CD4+ T細胞および濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の2つの別個の組成物は、刺激条件下で別々にインキュベートされる。いくつかの態様では、濃縮T細胞の単一組成物が、刺激条件下でインキュベートされる。ある特定の態様では、単一組成物は、濃縮されたCD57- CD4+ T細胞の組成物である。ある特定の態様では、単一組成物は、濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の組成物である。ある特定の態様では、単一組成物は、濃縮されたCD57- CD3+ T細胞の組成物である。いくつかの態様では、単一組成物は、インキュベーション前に別個の組成物から組み合わされた、濃縮されたCD57-CD4+およびCD57- CD8+ T細胞の組成物である。
いくつかの態様では、提供される方法は、濃縮されたCD57- T細胞の集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）を刺激することであるか、またはそれを含む。ある特定の態様では、提供される方法は、濃縮されたCD57-CD4+ T細胞の集団を刺激するための1つまたは複数の工程を含む。特定の態様では、提供される方法は、濃縮されたCD57-CD8+ T細胞の集団を刺激するための1つまたは複数の工程を含む。ある特定の態様では、濃縮されたCD57- CD4+ T細胞の集団および濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の集団は、刺激条件、例えば、セクションII.Eなどの本明細書に記載される任意の刺激条件下で細胞をインキュベートすることなどによって刺激される。特定の態様では、刺激条件は、刺激試薬の存在であるか、またはそれを含む。ある特定の態様では、濃縮されたCD57- CD4+ T細胞および濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の別個の集団は、別々に刺激される。特定の態様では、濃縮されたCD57- CD4+ T細胞および濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の別個の集団は、濃縮されたCD57- CD4+ T細胞およびCD57- CD8+ T細胞の組み合わせ組成物が刺激されるように、刺激する前に、組み合わせるまたは混合される。
ある特定の態様では、T細胞を刺激するための方法またはプロセスは、例えば濃縮されたCD57-CD4+ T細胞の集団および濃縮されたCD57-CD8+ T細胞の集団を生成するために、ドナー試料からCD57+細胞を選択または除去し、次いで、CD57について陰性選択された集団からCD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を別々に選択することを含む。ある特定の態様では、濃縮されたCD57-CD4+ T細胞および濃縮されたCD57-CD8+ T細胞の別個の集団は、刺激条件下で別々にインキュベートされる。特定の態様では、濃縮されたCD57-CD4+ T細胞および濃縮されたCD57-CD8+ T細胞の別個の集団、例えば、刺激条件下で別々にインキュベートされたものを、組み合わせる。いくつかの態様では、刺激することは、刺激試薬の存在を含む。ある特定の態様では、刺激試薬は、抗CD3および抗CD28抗体コンジュゲート常磁性ビーズであるか、またはそれを含む。特定の態様では、刺激試薬は、可逆的に結合された抗CD3および抗CD28 Fabを有するストレプトアビジンムテインオリゴマー粒子であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD57- CD4+ T細胞の集団は、CD57- CD4+ T細胞を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD57- CD4+ T細胞の組成物は、CD57発現に陽性またはCD4発現に陰性であるT細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。
ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の集団は、CD57- CD8+ T細胞を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD57- CD4+ T細胞の組成物は、CD57発現に陽性またはCD8発現に陰性であるT細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の組成物は、CD57発現に陽性またはCD8発現に陰性であるT細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。
ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD57- CD3+ T細胞の集団は、CD57- CD3+ T細胞を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD57- CD3+ T細胞の組成物は、CD57発現に陽性またはCD3発現に陰性であるT細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。
ある特定の態様では、濃縮されたCD57-CD4+およびCD57-CD8+ T細胞の別個の組成物は、単一組成物に組み合わせて、刺激条件下でインキュベートされる。ある特定の態様では、濃縮されたCD57-CD4+および濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の別個の刺激された組成物は、インキュベーションを実施および／または完了した後に、単一組成物に組み合わせる。
ある特定の態様では、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団は、細胞を遺伝子操作する（例えば、ノックインするおよび／またはノックアウトする）、例えば、セクションII.Dに提供される技術などによって細胞をトランスフェクトするおよび／または形質導入する前に、刺激条件下でインキュベートされる。特定の態様では、濃縮されたCD27+ T細胞の1つまたは複数の集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団）は、1つまたは複数の組成物が生体試料（例えば、ドナー試料）から単離、選択、濃縮または取得された後に、刺激条件下でインキュベートされる。特定の態様では、濃縮されたCD27+ T細胞の1つまたは複数の集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団）は、以前に凍結保存かつ貯蔵されており、インキュベーション前に融解される。いくつかの態様では、融解された集団は、個別のドナーに由来する。いくつかの態様では、個別のドナーからの融解された集団を、1つまたは複数の他の個別のドナーからの融解された集団と組み合わせて、複数のドナーからの融解された集団を産生する。いくつかの態様では、融解された集団は、複数の異なるドナーに由来する。
ある特定の態様では、濃縮されたCD27+ T細胞の1つまたは複数の集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団）は、濃縮されたCD27+ T細胞の2つの別個の集団であるか、またはそれを含む。特定の態様では、濃縮T細胞の2つの別個の組成物、例えば、同じ生体試料（例えば、ドナー試料）から選択、単離および／または濃縮された濃縮T細胞の2つの別個の組成物は、刺激条件下で別々にインキュベートされる。ある特定の態様では、2つの別個の組成物は、濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞の組成物を含む。特定の態様では、2つの別個の組成物は、濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の組成物を含む。特定の態様では、2つの別個の組成物は、濃縮されたCD27+ CD3+ T細胞の組成物を含む。いくつかの態様では、濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞および濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の2つの別個の組成物は、刺激条件下で別々にインキュベートされる。いくつかの態様では、濃縮T細胞の単一組成物が、刺激条件下でインキュベートされる。ある特定の態様では、単一組成物は、濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞の組成物である。ある特定の態様では、単一組成物は、濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の組成物である。ある特定の態様では、単一組成物は、濃縮されたCD27+ CD3+ T細胞の組成物である。いくつかの態様では、単一組成物は、インキュベーション前に別個の組成物から組み合わされた、濃縮されたCD27+CD4+およびCD27+ CD8+ T細胞の組成物である。
いくつかの態様では、提供される方法は、濃縮されたCD27+ T細胞の集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団）を刺激することであるか、またはそれを含む。ある特定の態様では、提供される方法は、濃縮されたCD27+CD4+ T細胞の集団を刺激するための1つまたは複数の工程を含む。特定の態様では、提供される方法は、濃縮されたCD27+CD8+ T細胞の集団を刺激するための1つまたは複数の工程を含む。ある特定の態様では、濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞の集団および濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の集団は、刺激条件、例えば、セクションII.Eなどの本明細書に記載される任意の刺激条件下で細胞をインキュベートすることなどによって刺激される。特定の態様では、刺激条件は、刺激試薬の存在であるか、またはそれを含む。ある特定の態様では、濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞および濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の別個の集団は、別々に刺激される。特定の態様では、濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞および濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の別個の集団は、濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞およびCD27+ CD8+ T細胞の組み合わせ組成物が刺激されるように、刺激する前に、組み合わせるまたは混合される。
ある特定の態様では、T細胞を刺激するための方法またはプロセスは、例えば濃縮されたCD27+CD4+ T細胞の集団および濃縮されたCD27+CD8+ T細胞の集団を生成するために、ドナー試料からCD27-細胞を選択または除去し、次いで、CD27について陰性選択された集団からCD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を別々に選択することを含む。ある特定の態様では、濃縮されたCD27+CD4+ T細胞および濃縮されたCD27+CD8+ T細胞の別個の集団は、刺激条件下で別々にインキュベートされる。特定の態様では、濃縮されたCD27+CD4+ T細胞および濃縮されたCD27+CD8+ T細胞の別個の集団、例えば、刺激条件下で別々にインキュベートされたものを、組み合わせる。いくつかの態様では、刺激することは、刺激試薬の存在を含む。ある特定の態様では、刺激試薬は、抗CD3および抗CD28抗体コンジュゲート常磁性ビーズであるか、またはそれを含む。特定の態様では、刺激試薬は、可逆的に結合された抗CD3および抗CD28 Fabを有するストレプトアビジンムテインオリゴマー粒子であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞の集団は、CD27+ CD4+ T細胞を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞の組成物は、CD27発現に陰性またはCD4発現に陰性であるT細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。
ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の集団は、CD27+ CD8+ T細胞を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞の組成物は、CD27発現に陰性またはCD8発現に陰性であるT細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の組成物は、CD27発現に陰性またはCD8発現に陰性であるT細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。
ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD27+ CD3+ T細胞の集団は、CD27+ CD3+ T細胞を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD27+ CD3+ T細胞の組成物は、CD27発現に陰性またはCD3発現に陰性であるT細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含む。
ある特定の態様では、濃縮されたCD27+CD4+およびCD27+CD8+ T細胞の別個の組成物は、単一組成物に組み合わせて、刺激条件下でインキュベートされる。ある特定の態様では、濃縮されたCD27+CD4+および濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の別個の刺激された組成物は、インキュベーションを実施および／または完了した後に、単一組成物に組み合わせる。
いくつかの態様では、刺激条件下でのインキュベーションは、刺激条件、例えば、集団中の細胞の増殖、増大、活性化および／もしくは生存を誘導するように、抗原曝露を模倣するように、ならびに／または遺伝子操作のために（例えば、組換え抗原受容体の導入のために）細胞をプライミングするように設計された条件の存在下でのインキュベーションによるものを含む、培養、カルチベーション、刺激、活性化、繁殖を含むことができる。特定の態様では、刺激条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、および／または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質の1つまたは複数を含むことができる。
いくつかの局面では、刺激および／または刺激条件下でのインキュベーションは、Riddellらの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al. (2012) J Immunother. 35(9): 651-660、Terakuraet al. (2012) Blood.1:72-82、および／またはWang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの態様では、CD57- T細胞（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）は、培養開始組成物に、非分裂末梢血単核細胞（PBMC）などのフィーダー細胞を（例えば、結果として得られた細胞集団が、増大させようとする初期集団中の各Tリンパ球に対して少なくとも約5、10、20、もしくは40またはそれ以上のPBMCフィーダー細胞を含有するように）添加し；培養物をインキュベートする（例えば、T細胞の数を増大させるのに十分な時間）ことによって増大される。いくつかの態様では、CD27+ T細胞（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団）は、培養開始組成物に、非分裂末梢血単核細胞（PBMC）などのフィーダー細胞を（例えば、結果として得られた細胞集団が、増大させようとする初期集団中の各Tリンパ球に対して少なくとも約5、10、20、もしくは40またはそれ以上のPBMCフィーダー細胞を含有するように）添加し；培養物をインキュベートする（例えば、T細胞の数を増大させるのに十分な時間）ことによって増大される。いくつかの局面では、非分裂フィーダー細胞は、ガンマ線照射PBMCフィーダー細胞を含むことができる。いくつかの態様では、PBMCに、細胞分裂を防止するために約3000～3600radの範囲のガンマ線が照射される。いくつかの局面では、フィーダー細胞は、T細胞の集団の添加前に、培養培地に添加される。
いくつかの態様において、刺激条件は、ヒトTリンパ球の成長に適した温度、例えば、少なくとも約25℃、一般に少なくとも約30℃、一般に37℃または約37℃を含む。いくつかの態様において、培養中、例えば37℃から35℃への温度シフトが実施される。任意で、インキュベーションはさらに、非分裂性のEBV形質転換リンパ芽球様細胞（LCL）をフィーダー細胞として加えることを含み得る。LCLに対し、約6000～10,000radの範囲のガンマ線を照射することができる。LCLフィーダー細胞は、いくつかの局面において、任意の適当な量で、例えば、少なくとも約10：1のLCLフィーダー細胞：初期Tリンパ球の比で提供される。
特定の態様において、刺激条件は、細胞を刺激試薬とともにインキュベート、培養および／または培養（cultivate）することを含む。特定の態様において、刺激試薬は、セクションIII.A.1に記載された試薬である。特定の態様において、刺激試薬はビーズを含有する、または含む。特定の態様において、刺激試薬は、オリゴマー試薬、例えばオリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬を含有する、または含む。特定の態様において、刺激条件下での細胞のインキュベーション、培養および／または培養（cultivation）の出発および／または開始は、細胞が刺激試薬と接触する、および／または刺激試薬とともにインキュベートされると、起こる。特定の態様において、細胞は、細胞を遺伝子操作する、例えば組換えポリヌクレオチドを例えば形質導入またはトランスフェクションによって細胞に導入する前、その最中および／またはその後でインキュベートされる。いくつかの態様において、濃縮されたT細胞の組成物は、3：1もしくは約3：1、2.5：1もしくは約2.5：1、2：1もしくは約2：1、1.5：1もしくは約1.5：1、1.25：1もしくは約1.25：1、1.2：1もしくは約1.2：1、1.1：1もしくは約1.1：1、1：1もしくは約1：1、0.9：1もしくは約0.9：1、0.8：1もしくは約0.8：1、0.75：1もしくは約0.75：1、0.67：1もしくは約0.67：1、0.5：1もしくは約0.5：1、0.3：1もしくは約0.3：1または0.2：1もしくは約0.2：1の刺激試薬および／またはビーズ：細胞の比でインキュベートされる。特定の態様において、刺激試薬および／またはビーズ：細胞の比は、2.5：1～0.2：1、2：1～0.5：1、1.5：1～0.75：1、1.25：1～0.8：1、1.1：1～0.9：1である。特定の態様において、刺激試薬および／またはビーズ：細胞の比は約1：1または1：1である。
いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり0.01μg、約0.01μgもしくは少なくとも0.01μg、0.02μg、約0.02μgもしくは少なくとも0.02μg、0.03μg、約0.03μgもしくは少なくとも0.03μg、0.04μg、約0.04μgもしくは少なくとも0.04μg、0.05μg、約0.05μgもしくは少なくとも0.05μg、0.1μg、約0.1μgもしくは少なくとも0.1μg、0.2μg、約0.2μgもしくは少なくとも0.2μg、0.3μg、約0.3μgもしくは少なくとも0.3μg、0.4μg、約0.4μgもしくは少なくとも0.4μg、0.5μg、約0.5μgもしくは少なくとも0.5μg、0.75μg、約0.75μgもしくは少なくとも0.75μg、1μg、約1μgもしくは少なくとも1μg、2μg、約2μgもしくは少なくとも2μg、3μg、約3μgもしくは少なくとも3μg、4μg、約4μgもしくは少なくとも4μg、5μg、約5μgもしくは少なくとも5μg、6μg、約6μgもしくは少なくとも6μg、7μg、約7μgもしくは少なくとも7μg、8μg、約8μgもしくは少なくとも8μg、9μg、約9μgもしくは少なくとも9μg、または10μg、約10μgもしくは少なくとも10μgの刺激試薬の存在下で刺激される。いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり4μgまたは約4μgの刺激試薬の存在下で刺激される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり0.8μgまたは約0.8μgの刺激試薬の存在下で刺激される。
ある特定の態様において、細胞、例えばインプット集団の細胞は、刺激条件下、例えば刺激試薬の存在下、0.01×106個/mL、約0.01×106個/mLもしくは少なくとも0.01×106個/mL、0.1×106個/mL、約0.1×106個/mLもしくは少なくとも0.1×106個/mL、0.5×106個/mL、約0.5×106個/mLもしくは少なくとも0.5×106個/mL、1.0×106個/mL、約1.0×106個/mLもしくは少なくとも1.0×106個/mL、1.5×106個/mL、約1.5×106個/mLもしくは少なくとも1.5×106個/mL、2.0×106個/mL、約2.0×106個/mLもしくは少なくとも2.0×106個/mL、2.5×106個/mL、約2.5×106個/mLもしくは少なくとも2.5×106個/mL、3.0×106個/mL、約3.0×106個/mLもしくは少なくとも3.0×106個/mL、4.0×106個/mL、約4.0×106個/mLもしくは少なくとも4.0×106個/mL、5.0×106個/mL、約5.0×106個/mLもしくは少なくとも5.0×106個/mL、10×106個/mL、約10×106個/mLもしくは少なくとも10×106個/mL、または50×106個/mL、約50×106個/mLもしくは少なくとも50×106個/mLの密度で刺激される、または刺激に付される、例えば培養される。特定の態様において、細胞、例えばインプット集団の細胞は、刺激条件下、例えば刺激試薬の存在下、3.0×106個/mL、約3.0×106個/mLもしくは少なくとも3.0×106個/mLの密度で刺激される、または刺激に付される、例えば培養される。特定の態様において、インプットの細胞は生存細胞である。
いくつかの態様において、組成物または細胞は、刺激条件または刺激物質の存在下でインキュベートされる。そのような条件は、集団中の細胞の増殖、拡大増殖、活性化および／または生存を誘導する、抗原曝露を模倣する、および／または遺伝子操作に備えて、例えば組換え抗原受容体の導入に備えて細胞をプライミングするように設計された条件を含む。例示的な刺激試薬が以下に記載される。
いくつかの態様において、1つまたは複数の刺激条件または刺激物質の存在下でのインキュベーションの少なくとも一部分は、例えば国際公開公報第2016/073602号に記載されているように、遠心チャンバの内部キャビティ中、例えば遠心回転下で実施される。いくつかの態様において、遠心チャンバ中で実施されるインキュベーションの少なくとも一部分は、刺激および／または活性化を誘導するための試薬との混合を含む。いくつかの態様において、細胞、例えば選択された細胞が遠心チャンバ中で刺激条件または刺激物質と混合される。そのようなプロセスのいくつか局面において、一定量の細胞が、細胞培養プレートまたは他のシステム中で類似の刺激を実施するとき通常に用いられるよりもはるかに少ない量の1つまたは複数の刺激条件または刺激物質と混合される。
いくつかの態様において、刺激物質は、選択が遠心チャンバ中、例えばチューブまたはバッグ中、混合なしで定期的な振とうまたは回転とともに実施されるとき、同じ数の細胞または同じ量の細胞のほぼ同じまたは類似の選択効率を達成するために通常使用される、または必要であろう刺激物質の量と比べて実質的に少ない（例えば、その量の5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％または80％以下である）量で、チャンバのキャビティ中の細胞に加えられる。いくつかの態様において、インキュベーションは、細胞および刺激物質へのインキュベーションバッファーの添加とともに実施されて、例えば、10mL～200mL、例えば少なくとも10mLもしくは約少なくとも10mlもしくは約10mlもしくは10ml、少なくとも20mLもしくは約少なくとも20mlもしくは約20mlもしくは20ml、少なくとも30mLもしくは約少なくとも30mlもしくは約30mlもしくは30ml、少なくとも40mLもしくは約少なくとも40mlもしくは約40mlもしくは40ml、少なくとも50mLもしくは約少なくとも50mlもしくは約50mlもしくは50ml、少なくとも60mLもしくは約少なくとも60mlもしくは約60mlもしくは60ml、少なくとも70mLもしくは約少なくとも70mlもしくは約70mlもしくは70ml、少なくとも80mLもしくは約少なくとも80mlもしくは約80mlもしくは80ml、少なくとも90mLもしくは約少なくとも90mlもしくは約90mlもしくは90ml、少なくとも100mLもしくは約少なくとも100mlもしくは約100mlもしくは100ml、少なくとも150mLもしくは約少なくとも150mlもしくは約150mlもしくは150ml、または少なくとも200mLもしくは約少なくとも200mlもしくは約200mlもしくは200mlの試薬のインキュベーションで目標量を達成する。いくつかの態様において、インキュベーションバッファーおよび刺激物質は細胞への添加の前に事前混合される。いくつかの態様において、インキュベーションバッファーおよび刺激物質は別々に細胞に加えられる。いくつかの態様において、刺激インキュベーションは、定期的な静かな混合条件で実施され、それが、細胞の刺激および活性化を達成しながらも、エネルギー的に好ましい相互作用の促進を支援し、それにより、より少ない全刺激物質の使用を許すことができる。
いくつかの態様において、インキュベーションは一般に、混合条件下、例えば、一般に比較的低い力または速度、例えば細胞をペレット化するために使用される速度よりも低い速度、例えば600rpm～1700rpmまたは約600rpm～約1700rpm（例えば、600rpmもしくは約600rpmもしくは少なくとも600rpm、1000rpmもしくは約1000rpmもしくは少なくとも1000rpmまたは1500rpmもしくは約1500rpmもしくは少なくとも1500rpmまたは1700rpmもしくは約1700rpmもしくは少なくとも1700rpm）のスピンの存在下、例えば試料またはチャンバもしくは他の容器の壁におけるRCF80g～100gまたは約80g～100g（例えば80gもしくは約80gもしくは少なくとも80g、85gもしくは約85gもしくは少なくとも85g、90gもしくは約90gもしくは少なくとも90g、95gもしくは約95gもしくは少なくとも95gまたは100gもしくは約100gもしくは少なくとも100g）で実施される。いくつかの態様において、スピンは、そのような低速でのスピンののち休止期間、例えばスピンおよび／または1、2、3、4、5、6、7、8、9または10秒間の休止、例えば約1または2秒間のスピンののち約5、6、7または8秒間の休止の繰り返し間隔を使用して実施される。
いくつかの態様において、例えば刺激物質とのインキュベーションの全持続期間は、1時間～96時間もしくは約1時間～96時間、1時間～72時間もしくは約1時間～72時間、1時間～48時間もしくは約1時間～48時間、4時間～36時間もしくは約4時間～36時間、8時間～30時間もしくは約8時間～30時間または12時間～24時間もしくは約12時間～24時間、例えば少なくとも6時間もしくは約少なくとも6時間、少なくとも12時間もしくは約少なくとも12時間、少なくとも18時間もしくは約少なくとも18時間、少なくとも24時間もしくは約少なくとも24時間、36時間もしくは約少なくとも36時間または72時間もしくは約少なくとも72時間である。いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、1時間～48時間もしくは約1時間～48時間、4時間～36時間もしくは約4時間～36時間、8時間～30時間もしくは約8時間～30時間または12時間～24時間もしくは約12時間～24時間（両端の値を含む）である。
いくつかの態様において、刺激、例えば刺激条件下での細胞の培養は、48時間、約48時間もしくは48時間未満、42時間、約42時間もしくは42時間未満、36時間、約36時間もしくは36時間未満、30時間、約30時間もしくは30時間未満、24時間、約24時間もしくは24時間未満、22時間、約22時間もしくは22時間未満、20時間、約20時間もしくは20時間未満、18時間、約18時間もしくは18時間未満、16時間、約16時間もしくは16時間未満または12時間、約12時間もしくは12時間未満、実施される。いくつかの態様において、刺激、例えば刺激条件下での細胞の培養は、20±4時間または16時間～24時間もしくは約16時間～24時間、実施される。特定の態様において、刺激、例えば刺激条件下での細胞の培養は、36時間～12時間もしくは約36時間～12時間、30時間～18時間もしくは約30時間～18時間または24時間もしくは約24時間または22時間もしくは約22時間、実施される。いくつかの態様において、刺激、例えば刺激条件下での細胞の培養は、2日、約2日もしくは2日未満または1日、約1日もしくは1日未満、実施される。
特定の態様では、選択された集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）の50×106、100×106、150×106、200×106、250×106、300×106、350×106、400×106、450×106、500×106、550×106、600×106、700×106、800×106、900×106、もしくは1,000×106個、約50×106、100×106、150×106、200×106、250×106、300×106、350×106、400×106、450×106、500×106、550×106、600×106、700×106、800×106、900×106、もしくは1,000×106個、または少なくとも50×106、100×106、150×106、200×106、250×106、300×106、350×106、400×106、450×106、500×106、550×106、600×106、700×106、800×106、900×106、もしくは1,000×106個の量の細胞が、刺激されるかまたは刺激に供される、例えば、刺激条件下で培養される。特定の態様では、刺激される、例えば、刺激条件下で培養される選択された集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）の量は、50×106もしくは約50×106個の細胞、100×106もしくは約100×106個の細胞、150×106もしくは約150×106個の細胞、200×106もしくは約200×106個の細胞、250×106もしくは約250×106個の細胞、300×106もしくは約300×106個の細胞、350×106もしくは約350×106個の細胞、400×106もしくは約400×106個の細胞、450×106もしくは約450×106個の細胞、500×106もしくは約500×106個の細胞、550×106もしくは約550×106個の細胞、600×106もしくは約600×106個の細胞、700×106もしくは約700×106個の細胞、800×106もしくは約800×106個の細胞、900×106もしくは約900×106個の細胞、または1,000×106もしくは約1,000×106個の細胞、または前述のいずれかの間の任意の値である。特定の態様では、選択された集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）の900×106または約900×106個の量の細胞が刺激される、例えば、刺激条件下で培養される。いくつかの態様では、選択された集団は、CD27枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD27枯渇T細胞集団である。いくつかの態様では、選択された集団は、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団である。
特定の態様では、選択された組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）は、生存CD4+ T細胞と生存CD8+ T細胞を、1：10～10：1、1：5～5：1、4：1～1：4、1：3～3：1、2：1～1：2、1.5：1～1：1.5、1.25：1～1：1.25、1.2：1～1：1.2、1.1：1～1：1.1、または約1：1、または1：1の生存CD4+ T細胞対生存CD8+ T細胞の比で含む。特定の態様では、選択された組成物（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）は、生存CD4+ T細胞と生存CD8+ T細胞を、約1：1または1：1の生存CD4+ T細胞対生存CD8+ T細胞の比で含む。特定の態様では、選択された集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）の450×106または約450×106個の量のCD4+細胞が刺激される、例えば、刺激条件下で培養される。特定の態様では、選択された集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）の450×106または約450×106個の量のCD8+細胞が刺激される、例えば、刺激条件下で培養される。特定の態様では、選択された集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）の450×106または約450×106個の量のCD4+ T細胞および450×106または約450×106個の量のCD8+ T細胞が刺激される、例えば、刺激条件下で培養される。いくつかの態様では、選択された集団は、CD27枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD27枯渇T細胞集団である。いくつかの態様では、選択された集団は、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団である。
特定の態様では、刺激条件は、濃縮T細胞の組成物を、1つまたは複数のサイトカインと共におよび／またはその存在下でインキュベートすること、培養すること、および／またはカルチベートすることを含む。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、組換えサイトカインである。いくつかの態様では、1つまたは複数のサイトカインは、ヒト組換えサイトカインである。ある特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、T細胞によって発現されるおよび／またはT細胞に対して内因性である受容体に結合するおよび／または結合可能である。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、サイトカインの4-アルファ-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーであるか、またはそれを含む。いくつかの態様では、サイトカインの4-アルファ-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーとしては、インターロイキン-2（IL-2）、インターロイキン-4（IL-4）、インターロイキン-7（IL-7）、インターロイキン-9（IL-9）、インターロイキン12（IL-12）、インターロイキン15（IL-15）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）、および顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）が挙げられるが、それらに限定されない。いくつかの態様では、1つまたは複数のサイトカインは、IL-15であるか、またはそれを含む。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、IL-7であるか、またはそれを含む。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、IL-2であるか、またはそれを含む。
ある特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインの量または濃度は、国際単位（IU）を用いて測定および／または定量される。国際単位は、ビタミン、ホルモン、サイトカイン、ワクチン、血液製剤、および類似した生物活性物質を定量するために使用され得る。いくつかの態様では、IUは、特定の重量および強度の国際参照標準（例えば、ヒトIL-2についてのWHO第1国際標準、86/504）と比較した、生物学的調製物の効力の測定単位であるか、またはそれを含む。国際単位は、公開されておりかつ国際的な共同研究活動から得られた生物活性単位を報告するための唯一認められている標準化された方法である。特定の態様では、サイトカインの集団、試料または供給源についてのIUは、類似のWHO標準品を用いた製品比較試験によって得られ得る。例えば、いくつかの態様では、ヒト組換えIL-2、IL-7、またはIL-15の集団、試料または供給源のIU/mgは、WHO標準IL-2製品（NIBSCコード：86/500）、WHO標準IL-17製品（NIBSCコード：90/530）およびWHO標準IL-15製品（NIBSCコード：95/554）とそれぞれ比較される。
いくつかの態様では、IU/mg単位の生物活性は、(ng/ml単位のED50)-1×106と等しい。特定の態様では、組換えヒトIL-2またはIL-15のED50は、CTLL-2細胞を用いる細胞増殖（XTT切断）の半値刺激に必要な濃度と等しい。ある特定の態様では、組換えヒトIL-7のED50は、PHA活性化ヒト末梢血リンパ球の増殖のための半値刺激に必要な濃度と等しい。IL-2についてのアッセイおよびIUの算出に関する詳細は、Wadhwa et al., Journal of Immunological Methods (2013), 379 (1-2): 1-7；およびGearing and Thorpe, Journal of Immunological Methods (1988), 114 (1-2): 3-9において考察されており；IL-15についてのアッセイおよびIUの算出に関する詳細は、Soman et al. Journal of Immunological Methods (2009) 348 (1-2): 83-94において考察されている。
いくつかの態様では、細胞、例えば、選択された細胞、例えばCD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団は、1IU/mL～1,000IU/mL、10IU/mL～50IU/mL、50IU/mL～100IU/mL、100IU/mL～200IU/mL、100IU/mL～500IU/mL、250IU/mL～500IU/mL、または500IU/mL～1,000IU/mLの濃度のサイトカイン、例えば、組換えヒトサイトカインの存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。いくつかの態様では、細胞は、CD27枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD27枯渇T細胞集団である。いくつかの態様では、選択された細胞は、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団である。
いくつかの態様では、細胞、例えば、選択された細胞は、1IU/mL～500IU/mL、10IU/mL～250IU/mL、50IU/mL～200IU/mL、50IU/mL～150IU/mL、75IU/mL～125IU/mL、100IU/mL～200IU/mL、または10IU/mL～100IU/mLの濃度の組換えIL-2、例えば、ヒト組換えIL-2の存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。特定の態様では、細胞、例えば、インプット集団の細胞は、50IU/mL、60IU/mL、70IU/mL、80IU/mL、90IU/mL、100IU/mL、110IU/mL、120IU/mL、130IU/mL、140IU/mL、150IU/mL、160IU/mL、170IU/mL、180IU/mL、190IU/mL、もしくは100IU/mL、または約50IU/mL、60IU/mL、70IU/mL、80IU/mL、90IU/mL、100IU/mL、110IU/mL、120IU/mL、130IU/mL、140IU/mL、150IU/mL、160IU/mL、170IU/mL、180IU/mL、190IU/mL、もしくは100IU/mLの濃度の組換えIL-2の存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。いくつかの態様では、細胞、例えば、選択された細胞は、100IU/mLまたは約100IU/mLの組換えIL-2、例えば、ヒト組換えIL-2の存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。
いくつかの態様では、細胞、例えば、選択された細胞は、100IU/mL～2,000IU/mL、500IU/mL～1,000IU/mL、100IU/mL～500IU/mL、500IU/mL～750IU/mL、750IU/mL～1,000IU/mL、または550IU/mL～650IU/mLの濃度の組換えIL-7、例えば、ヒト組換えIL-7の存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。特定の態様では、細胞、例えば、選択された細胞は、50IU/mL、100IU/mL、150IU/mL、200IU/mL、250IU/mL、300IU/mL、350IU/mL、400IU/mL、450IU/mL、500IU/mL、550IU/mL、600IU/mL、650IU/mL、700IU/mL、750IU/mL、800IU/mL、750IU/mL、750IU/mL、750IU/mL、もしくは1,000IU/mL、または約50IU/mL、100IU/mL、150IU/mL、200IU/mL、250IU/mL、300IU/mL、350IU/mL、400IU/mL、450IU/mL、500IU/mL、550IU/mL、600IU/mL、650IU/mL、700IU/mL、750IU/mL、800IU/mL、750IU/mL、750IU/mL、750IU/mL、もしくは1,000IU/mLの濃度のIL-7の存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。特定の態様では、細胞、例えば、選択された細胞は、600IU/mLまたは約600IU/mLの組換えIL-7、例えば、ヒト組換えIL-7の存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。
いくつかの態様では、細胞、例えば、選択された細胞は、1IU/mL～500IU/mL、10IU/mL～250IU/mL、50IU/mL～200IU/mL、50IU/mL～150IU/mL、75IU/mL～125IU/mL、100IU/mL～200IU/mL、または10IU/mL～100IU/mLの濃度の組換えIL-15、例えば、ヒト組換えIL-15の存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。特定の態様では、細胞、例えば、選択された集団の細胞は、50IU/mL、60IU/mL、70IU/mL、80IU/mL、90IU/mL、100IU/mL、110IU/mL、120IU/mL、130IU/mL、140IU/mL、150IU/mL、160IU/mL、170IU/mL、180IU/mL、190IU/mL、もしくは200IU/mL、または約50IU/mL、60IU/mL、70IU/mL、80IU/mL、90IU/mL、100IU/mL、110IU/mL、120IU/mL、130IU/mL、140IU/mL、150IU/mL、160IU/mL、170IU/mL、180IU/mL、190IU/mL、もしくは200IU/mLの濃度の組換えIL-15の存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。いくつかの態様では、細胞、例えば、選択された細胞は、100IU/mLまたは約100IU/mLの組換えIL-15、例えば、ヒト組換えIL-15の存在下で刺激されるかまたは刺激に供される。
特定の態様では、細胞、例えば、選択された集団からの細胞は、IL-2、IL-7、および／またはIL-15の存在下の刺激条件下で刺激されるかまたは刺激に供される。いくつかの態様では、IL-2、IL-7、および／またはIL-15は、組換え体である。ある特定の態様では、IL-2、IL-7、および／またはIL-15は、ヒトである。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、ヒト組換えIL-2、IL-7、および／またはIL-15であるか、またはそれを含む。ある特定の態様では、細胞は、組換えIL-2、IL-7、およびIL-15の存在下の刺激条件下で刺激されるかまたは刺激に供される。ある特定の態様では、細胞は、100IU/mLまたは約100IU/mLの組換えIL-2、600IU/mLまたは約600IU/mLの組換えIL-7、および100IU/mLまたは約100IU/mLの組換えIL-15の存在下の刺激条件下で刺激されるかまたは刺激に供される。
条件は、特定の培地、温度、酸素含有量、二酸化炭素含有量、時間、作用物質、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオンおよび/または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、ならびに細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質の1つまたは複数を含むことができる。
いくつかの局面では、刺激は、Riddellらの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al. (2012） J Immunother. 35 (9): 651-660、Terakura et al. (2012) Blood. 1:72-82、および/またはWang et al. (2012) J Immunother. 35 (9):689-701に記載されているものなどの技術に従って行われる。
いくつかの態様では、刺激は、無血清培地中で実施される。いくつかの態様では、無血清培地は、規定されたおよび/または正確に規定された細胞培養培地である。ある特定の態様では、無血清培地は、処理されている、例えば、阻害物質および/または成長因子を除去するために濾過されている、制御された培養培地である。いくつかの態様では、無血清培地は、タンパク質を含有する。ある特定の態様では、無血清培地は、血清アルブミン、加水分解物、成長因子、ホルモン、担体タンパク質および/または付着因子を含有し得る。
いくつかの態様では、刺激は、本明細書またはPCT/US2018/064627に記載される無血清培地中で実施される。いくつかの態様では、無血清培地は、1つまたは複数のサプリメントが補充された基礎培地（例えば、OpTmizer（商標）T-Cell Expansion Basal Medium（ThermoFisher））を含む。いくつかの態様では、1つまたは複数のサプリメントは、無血清である。いくつかの態様では、無血清培地は、例えば追加のサプリメント（例えば、OpTmizer（商標）T-Cell Expansion Supplement（ThermoFisher））によって提供される、細胞（例えば、T細胞）の維持、拡大増殖および/または活性化のための1つまたは複数の追加の成分が補充された基礎培地を含む。いくつかの態様では、無血清培地はさらに、血清代替サプリメント、例えば、免疫細胞血清代替物、例えば、CTS（商標）Immune Cell Serum Replacement（ThermoFisher、#A2596101）、またはSmith et al. Clin Transl Immunology. 2015 Jan; 4(1): e31に記載されている免疫細胞血清代替物を含む。いくつかの態様では、無血清培地はさらに、L-グルタミンなどのアミノ酸の遊離形態を含む。いくつかの態様では、無血清培地はさらに、L-グルタミンのジペプチド形態（例えば、L-アラニル-L-グルタミン）、例えば、Glutamax（商標）（ThermoFisher）中のジペプチドを含む。いくつかの態様では、無血清培地はさらに、1つまたは複数の組換えサイトカイン、例えば、組換えヒトIL-2、組換えヒトIL-7、および/または組換えヒトIL-15を含む。いくつかの態様では、1つまたは複数の刺激条件または刺激試薬の存在下での刺激の少なくとも一部は、例えば、国際公開番号WO2016/073602（参照により組み入れられる）に記載されているような遠心回転下で、遠心チャンバの内部キャビティ内で行われる。いくつかの態様では、遠心チャンバ内で実施される刺激の少なくとも一部は、刺激および/または活性化を誘導するための単数または複数の試薬と混合することを含む。いくつかの態様では、選択された細胞などの細胞は、遠心チャンバ内で刺激条件または刺激剤と混合される。そのようなプロセスのいくつかの局面では、細胞培養プレートまたは他のシステムで同様の刺激を行う際に通常利用されているよりもはるかに少ない量の1つまたは複数の刺激条件または刺激剤と一定体積の細胞が混合される。
いくつかの態様では、刺激は、一般に、スピンの存在下などの混合条件下で、一般に、細胞をペレット化するのに使用される速度よりも遅い速度などの比較的低い力または速度で、例えば、600rpm～1700rpmまたは約600rpm～1700rpm（例えば、600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm、または約600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm、または少なくとも600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm）で、例えば、80g～100gまたは約80g～100g（例えば、80g、85g、90g、95gもしくは100g、または約80g、85g、90g、95gもしくは100g、または少なくとも80g、85g、90g、95gもしくは100g）の試料またはチャンバもしくは他の容器の壁でのRCFで行われる。いくつかの態様では、スピンは、このような低速でのスピンの後に静止期間が続く反復インターバルを使用して、例えば、1秒間、2秒間、3秒間、4秒間、5秒間、6秒間、7秒間、8秒間、9秒間または10秒間のスピンおよび/または静止、例えば、約1秒または2秒のスピンとその後の約5秒間、約6秒間、約7秒間または約8秒間の静止を使用して行われる。
ある特定の態様では、刺激は、静的条件、例えば、培地の遠心分離、振盪、回転、揺動、または灌流、例えば、連続もしくは半連続灌流を伴わない条件下で実施される。いくつかの態様では、開始の前またはその直後、例えば、5分、15分または30分以内に、バッグまたはバイアルなどの容器に細胞が移送され（例えば、無菌条件下で移送され）、インキュベーター内に入れられる。特定の態様では、インキュベーターは、16℃、24℃もしくは35℃、約16℃、24℃もしくは35℃、または少なくとも16℃、24℃もしくは35℃に設定される。いくつかの態様では、インキュベーターは、37℃、約37℃、または37℃±2℃、±1℃、±0.5℃もしくは±0.1℃に設定される。特定の態様では、静的条件下での刺激は、インキュベーター内に置かれた細胞培養バッグ中で実施される。いくつかの態様では、培養バッグは、単球（存在するならば）のバッグ表面への付着を可能にするシングルウェブのポリオレフィンガス透過性フィルムから構成される。
特定の局面において、方法は、細胞の表面上の分子（細胞表面分子）に結合することができる少なくとも1つの試薬（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）が試薬（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）と可逆的に会合している可逆系を用いる。場合によっては、試薬は、試薬（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）に可逆的に結合することができる複数の結合部位を含有する。場合によっては、試薬（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）は多量体化試薬である。いくつかの態様において、少なくとも1つの試薬（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）は、分子のエピトープまたは領域に特異的に結合することができる少なくとも1つの結合部位Bを含有し、また、試薬（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）の少なくとも1つの結合部位Zに特異的に結合する結合パートナーCを含有する。場合によっては、結合パートナーCと少なくとも1つの結合部位Zとの間の結合相互作用は非共有結合的相互作用である。いくつかの態様において、結合パートナーCと少なくとも1つの結合部位Zとの間の結合相互作用、例えば非共有結合的相互作用は可逆性である。
いくつかの態様において、可逆的会合は、少なくとも1つの結合部位Zにも結合することができる結合部位であるかまたはそれを含有する物質、例えば競合試薬の存在下で媒介されてもよい。一般に、物質（例えば競合試薬）は、試薬中に存在する結合部位Zへのより高い結合アフィニティーのせいで、および／または結合パートナーCよりも高い濃度で存在するせいで、競合相手として作用することができ、それにより、試薬から結合パートナーCを分離および／または解離させる。いくつかの態様において、少なくとも1つの結合部位Zへの物質（例えば競合試薬）のアフィニティーは、少なくとも1つの結合部位Zへの作用物質（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）の結合パートナーCのアフィニティーよりも高い。したがって、場合によっては、試薬の結合部位Zと試薬（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）の結合パートナーCとの間の結合は、試薬（例えば競合試薬）の添加によって破壊することができ、それにより、試薬（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）と試薬（例えばアフィニティー試薬または刺激試薬）との会合を可逆性にする。
このような可逆系に使用することができる試薬は当技術分野において記載され、公知である。例えば、米国特許第5,168,049号；第5,506,121号；第6,103,493号；第7,776,562号；第7,981,632号；第8,298,782号；第8,735,540号；第9,023,604号；ならびにPCT出願国際公開公報第2013/124474号および国際公開公報第2014/076277号を参照すること。可逆的相互作用を形成することができる試薬および結合パートナーならびにそのような結合を逆にすることができる物質（例えば競合物質）の非限定的な例が以下に記載される。
いくつかの態様において、刺激は、例えば形質導入の前に、細胞の活性化および／または増殖を生じさせる。
1. 刺激試薬
特定の態様では、刺激条件は、細胞を刺激試薬と共にインキュベートすること、培養すること、および/または培養することを含む。ある特定の態様では、刺激試薬は、ビーズを含有するかそれを含む。ある特定の態様では、細胞が刺激試薬とインキュベートされるかまたは接触すると刺激の開始が起こる。特定の態様では、刺激試薬は、オリゴマー試薬、例えば、ストレプトアビジンムテインオリゴマーを含有するかそれを含む。特定の態様では、刺激試薬は、TCR複合体の1つまたは複数の成分の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインおよび/あるいは1つまたは複数の共刺激分子の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化するおよび/または活性化可能である。
いくつかの態様では、刺激条件または刺激試薬は、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化可能である1つまたは複数の作用物質、例えば、リガンドを含む。いくつかの態様では、本明細書において想定されるような作用物質は、RNA、DNA、タンパク質（例えば、酵素）、抗原、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、抗体断片、炭水化物、脂質レクチン、または所望の標的に対して親和性を有する任意の他の生体分子を含むことができるが、それらに限定されない。いくつかの態様では、所望の標的は、T細胞受容体および/またはT細胞受容体の成分である。ある特定の態様では、所望の標的は、CD3である。ある特定の態様では、所望の標的は、T細胞共刺激分子、例えば、CD28、CD137（4-1-BB）、OX40またはICOSである。公知の多種多様な方法によって、1つまたは複数の作用物質をビーズに直接または間接的に付着させてもよい。付着は、共有、非共有、静電または疎水性であり得、例えば、化学的手段、機械的手段または酵素的手段を含む多種多様な付着手段によって達成され得る。いくつかの態様では、作用物質は、抗体またはその抗原結合断片、例えばFabである。いくつかの態様では、ビーズに直接付着している別の生体分子（例えば、抗ビオチン抗体）を介して、生体分子（例えば、ビオチン化抗CD3抗体）をビーズに間接的に付着させてもよい。
いくつかの態様では、刺激試薬は、ビーズ（例えば、常磁性ビーズ）に付着しておりかつ細胞（例えば、T細胞）上の以下の巨大分子の1つまたは複数に特異的に結合する1つまたは複数の作用物質（例えば、抗体）を含有する：CD2、CD3、CD4、CD5、CD8、CD25、CD27、CD28、CD29、CD31、CD44、CD45RA、CD45RO、CD54（ICAM-1）、CD127、MHCI、MHCII、CTLA-4、ICOS、PD-1、OX40、CD27L（CD70）、4-1BB（CD137）、4-1BBL、CD30L、LIGHT、IL-2R、IL-12R、IL-1R、IL-15R；IFN-ガンマR、TNF-アルファR、IL-4R、IL-10R、CD18/CDl la（LFA-1）、CD62L（L-セレクチン）、CD29/CD49d（VLA-4）、Notchリガンド（例えば、Delta様1/4、Jagged 1/2など）、CCR1、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR7およびCXCR3、またはこれらの巨大分子もしくはその断片に対する対応するリガンドを含むその断片。いくつかの態様では、ビーズに付着された作用物質（例えば、抗体）は、細胞（例えば、T細胞）上の以下の巨大分子の1つまたは複数に特異的に結合する：CD28、CD62L、CCR7、CD27、CD127、CD3、CD4、CD8、CD45RAおよび/またはCD45RO。
いくつかの態様では、ビーズに付着された作用物質の1つまたは複数は、抗体である。抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体（免疫グロブリンFc領域を有する完全長抗体を含む）、ポリエピトープ特異性を有する抗体組成物、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体、ダイアボディおよび単鎖分子）、ならびに抗体断片（例えば、Fab、F(ab')2、およびFv）を含むことができる。いくつかの態様では、刺激試薬は、抗体断片（抗原結合断片を含む）、例えば、Fab、Fab’-SH、Fv、scFv、または（Fab’)2断片である。IgG、IgM、IgA、IgDおよびIgE定常領域を含め、本明細書において想定される抗体に、任意のアイソタイプの定常領域を使用することができ、そのような定常領域は任意のヒトまたは動物種（例えば、ネズミ種）から得ることができることが認識される。
いくつかの態様では、作用物質は、T細胞受容体の1つまたは複数の成分に結合するおよび/またはそれを認識する抗体である。特定の態様では、作用物質は、抗CD3抗体である。ある特定の態様では、作用物質は、共受容体に結合するおよび/またはそれを認識する抗体である。いくつかの態様では、刺激試薬は、抗CD28抗体を含む。いくつかの態様において、刺激試薬は抗CD28抗体および抗CD3抗体を含む。いくつかの態様において、刺激試薬は1つまたは複数の刺激物質を含む。いくつかの態様において、刺激試薬は一次および二次刺激物質を含む。いくつかの態様において、第一の刺激物質は、例えば本明細書に記載されるような抗CD3抗体またはその抗原結合断片であり、第二の刺激物質は、例えば本明細書に記載されるような抗CD28抗体またはその抗原結合断片である。いくつかの態様において、第一の刺激物質は、例えば本明細書に記載されるような抗CD3 Fabであり、第二の刺激物質は、例えば本明細書に記載されるような抗CD28 Fabである。
いくつかの態様において、細胞、例えばインプット組成物の細胞は、3：1もしくは約3：1、2.5：1もしくは約2.5：1、2：1もしくは約2：1、1.5：1もしくは約1.5：1、1.25：1もしくは約1.25：1、1.2：1もしくは約1.2：1、1.1：1もしくは約1.1：1、1：1もしくは約1：1、0.9：1もしくは約0.9：1、0.8：1もしくは約0.8：1、0.75：1もしくは約0.75：1、0.67：1もしくは約0.67：1、0.5：1もしくは約0.5：1、0.3：1もしくは約0.3：1または0.2：1もしくは約0.2：1の刺激試薬：細胞の比の存在下で刺激される。特定の態様において、刺激試薬：細胞の比は、2.5：1～0.2：1、2：1～0.5：1、1.5：1～0.75：1、1.25：1～0.8：1、1.1：1～0.9：1である。特定の態様において、刺激試薬：細胞の比は約1：1または1：1である。特定の態様において、刺激試薬：細胞の比は約0.3：1または0.3：1である。特定の態様において、刺激試薬：細胞の比は約0.2：1または0.2：1である
いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり0.01μg、約0.01μgもしくは少なくとも0.01μg、0.02μg、約0.02μgもしくは少なくとも0.02μg、0.03μg、約0.03μgもしくは少なくとも0.03μg、0.04μg、約0.04μgもしくは少なくとも0.04μg、0.05μg、約0.05μgもしくは少なくとも0.05μg、0.1μg、約0.1μgもしくは少なくとも0.1μg、0.2μg、約0.2μgもしくは少なくとも0.2μg、0.3μg、約0.3μgもしくは少なくとも0.3μg、0.4μg、約0.4μgもしくは少なくとも0.4μg、0.5μg、約0.5μgもしくは少なくとも0.5μg、0.75μg、約0.75μgもしくは少なくとも0.75μg、1μg、約1μgもしくは少なくとも1μg、2μg、約2μgもしくは少なくとも2μg、3μg、約3μgもしくは少なくとも3μg、4μg、約4μgもしくは少なくとも4μg、5μg、約5μgもしくは少なくとも5μg、6μg、約6μgもしくは少なくとも6μg、7μg、約7μgもしくは少なくとも7μg、8μg、約8μgもしくは少なくとも8μg、9μg、約9μgもしくは少なくとも9μgまたは10μg、約10μgもしくは少なくとも10μgの刺激試薬の存在下で刺激される。いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり4μgまたは約4μgの存在下で刺激される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり3μgまたは約3μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり2.5μgまたは約2.5μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり2μgまたは約2μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1.8μgまたは約1.8μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1.6μgまたは約1.6μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1.4μgまたは約1.4μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1.2μgまたは約1.2μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1μgまたは約1μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり0.8μgまたは約0.8μgの存在下で刺激される。様々な態様において、細胞は、細胞106個あたり0.8μgまたは約0.8μgの存在下で刺激される。
いくつかの態様において、刺激試薬は細胞表面の分子に結合し、刺激試薬と分子との間のこの結合が、細胞中で刺激シグナルを誘導、送達または変調することができる。場合によっては、細胞表面分子（例えば受容体）はシグナル伝達分子である。いくつかのそのような場合において、刺激試薬は、1つまたは複数の標的細胞（例えばT細胞）によって発現されるシグナル伝達分子に特異的に結合することができる。場合によっては、刺激試薬は、受容体などの細胞表面分子に結合すると、細胞（例えばT細胞）中で刺激シグナルを誘導または送達することができる任意の作用物質である。いくつかの態様において、刺激シグナルは免疫刺激性であることができ、その場合、刺激物質は、細胞（例えばT細胞）による免疫応答に関与する、またはそれを刺激するシグナルを誘導、送達または変調する、例えば、免疫細胞増殖もしくは拡大増殖、免疫細胞活性化、免疫細胞分化、サイトカイン分泌、細胞傷害活性または免疫細胞の1つまたは複数の他の機能的活性を増大させることができる。いくつかの態様において、刺激シグナルは抑制性であることができ、その場合、刺激試薬は、免疫応答に関与する、またはそれを抑制する刺激シグナルを細胞（例えばT細胞）中で誘導、送達または変調する、例えば、免疫細胞増殖もしくは拡大増殖、免疫細胞活性化、免疫細胞分化、サイトカイン分泌、細胞傷害活性または免疫細胞の1つまたは複数の他の機能的活性を抑制または低下させることができる。
いくつかの態様において、刺激試薬は一次刺激物質を含む。いくつかの態様において、一次刺激物質は、試料の選択された細胞の表面上の受容体分子に結合する。したがって、場合によっては、一次刺激物質は刺激シグナルを送達、誘導または変調する。いくつかの局面において、一次刺激物質による刺激シグナルの送達、誘導または変調が細胞の刺激を実施する。したがって、場合によっては、一次刺激物質は、刺激シグナルを細胞に送達し、または一次活性化シグナルを細胞に提供し、それにより、細胞を刺激および／または活性化する。いくつかの態様において、一次刺激物質はさらに、選択マーカーのダウンレギュレーションを誘導する。本明細書において使用されるダウンレギュレーションは、より早い時点と比べたときの、選択マーカーの発現、例えば細胞表面発現の減少を包含し得る。
いくつかの態様において、標的細胞（例えばT細胞）はTCR/CD3複合体および共刺激分子、例えばCD28を含む。この場合、一次刺激物質はTCR/CD3複合体に結合し、それにより、T細胞中で刺激シグナル（例えば一次シグナル、例えば一次活性化シグナル）を送達し、二次刺激物質は共刺激CD28分子に結合する。特定の局面において、一次刺激物質および／または二次刺激物質はさらに、選択マーカー（例えば、標的細胞（例えばT細胞）を固定化するために使用される選択マーカー）のダウンレギュレーションを誘導する。
いくつかの態様において、一次刺激物質は、細胞、例えばT細胞中でTCR/CD3複合体関連刺激シグナル（例えば一次シグナル）を送達する。いくつかの態様において、一次刺激物質は、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ、すなわちITAMを含有する分子に特異的に結合する。いくつかの局面において、一次刺激物質はCD3に特異的に結合する。場合によっては、CD3に特異的に結合する一次刺激物質は、抗CD3抗体、抗CD3抗体の二価抗体断片、抗CD3抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD3結合分子からなる群より選択され得る。二価抗体断片は、F(ab')2断片または二価一本鎖Fv断片であり得るが、一価抗体断片は、Fab断片、Fv断片および一本鎖Fv断片（scFv）からなる群より選択され得る。場合によっては、抗体様結合特性を有するタンパク質性CD3結合分子は、アプタマー、リポカリンファミリーのポリペプチドに基づくムテイン、グルボディ、アンキリン足場に基づくタンパク質、結晶足場に基づくタンパク質、アドネクチンおよびアビマーであり得る。
いくつかの態様において、抗CD3 Fab断片は、ハイブリドーマ細胞株OKT3（ATCC（登録商標）CRL-8001（商標）；また、米国特許第4,361,549号を参照）によって産生されたCD3結合モノクローナル抗体に由来することができる。抗CD3抗体OKT3の重鎖の可変ドメインおよび軽鎖の可変ドメインは、Arakawa et al J. Biochem. 120, 657-662 (1996)に記載されており、それぞれSEQ ID NO：93および94に記載されたアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、抗CD3 Fabは、それぞれSEQ ID NO：93および94に記載された重鎖および軽鎖のCDRを含む。
いくつかの態様において、刺激物質は二次刺激物質を含む。いくつかの態様において、二次刺激物質は、細胞表面上分子などの細胞表面上の分子、例えば受容体分子に結合する。いくつかの態様において、二次刺激物質は、第一の刺激物質と結合した分子を通して送達される刺激シグナルを増強、減衰または修飾することができる。いくつかの態様において、二次刺激物質は、刺激シグナル、例えば第二の、またはさらなる刺激シグナルを送達、誘導または変調する。いくつかの局面において、二次刺激物質は、一次刺激物質によって誘発された刺激シグナルを増強または強化する。いくつかの態様において、二次刺激物質は、アクセサリー分子に結合する、および／または細胞中でアクセサリーまたは二次刺激シグナルを刺激または誘導することができる。いくつかの局面において、二次刺激物質は、共刺激分子に結合する、および／または共刺激シグナルを提供する。
いくつかの態様において、二次刺激物質を含むことができる刺激物質は、共刺激分子、アクセサリー分子、サイトカイン受容体、ケモカイン受容体、免疫チェックポイント分子またはTNFファミリーもしくはTNF受容体ファミリーのメンバーであることができる第二の分子に結合する、例えば特異的に結合する。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞上の分子はCD28であり得、二次刺激物質はCD28に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD28に特異的に結合する二次刺激物質は、抗CD28抗体、抗CD28抗体の二価抗体断片、抗CD28抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD28結合分子からなる群より選択され得る。二価抗体断片は、F(ab')2断片または二価一本鎖Fv断片であり得、一価抗体断片は、Fab断片、Fv断片および一本鎖Fv断片（scFv）からなる群より選択され得る。抗体様結合特性を有するタンパク質性CD28結合分子は、アプタマー、リポカリンファミリーのポリペプチドに基づくムテイン、グルボディ、アンキリン足場に基づくタンパク質、結晶足場に基づくタンパク質、アドネクチンおよびアビマーであり得る。
いくつかの態様において、抗CD28 Fab断片は、抗体CD28.3（合成一本鎖Fv構築物としてGenBankアクセッション番号AF451974.1の下で寄託；また、Vanhove et al, BLOOD, 15 July 2003, Vol. 102, No. 2, pages 564-570を参照）に由来することができ、その可変重鎖および軽鎖はそれぞれSEQ ID NO：91および92を含む。いくつかの態様において、抗CD28 Fabは、それぞれSEQ ID NO：91および92に記載された可変重鎖および軽鎖のCDRを含む。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞上の分子はCD90であり、二次刺激物質はCD90に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD90に特異的に結合する二次刺激物質は、抗CD90抗体、抗CD90抗体の二価抗体断片、抗CD90抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD90結合分子からなる群より選択され得る。抗体または抗原結合断片は、当技術分野において公知の任意のものに由来することができる。例えば、抗CD90抗体G7（Biolegend, cat. no. 105201）を参照すること。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞上の分子はCD95であり、二次刺激物質はCD95に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD95に特異的に結合する二次刺激物質は、抗CD95抗体、抗CD95抗体の二価抗体断片、抗CD95抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD95結合分子からなる群より選択され得る。抗体または抗原結合断片は、当技術分野において公知の任意のものに由来することができる。例えば、いくつかの局面において、抗CD90抗体は、モノクローナルマウス抗ヒトCD95 CH11（Upstate Biotechnology, Lake Placid, NY）であってもよく、またはPaulsen et al. Cell Death & Differentiation 18.4 (2011): 619-631に記載されているような抗CD95 mAb 7C11または抗APO-1であってもよい。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞またはB細胞上の分子はCD137であり得、二次刺激物質はCD137に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD137に特異的に結合する二次刺激物質は、抗CD137抗体、抗CD137抗体の二価抗体断片、抗CD137抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD137結合分子からなる群より選択され得る。抗体または抗原結合断片は、当技術分野において公知の任意のものに由来することができる。例えば、抗CD137抗体は、Taraban et al. Eur J Immunol. 2002 Dec;32(12):36l7-27に記載されているようなLOB12、IgG2aまたはLOB12.3、IgG1であることができる。また、例えばUS6569997、US6303121、Mittler et al. Immunol Res. 2004;29(1-3):197-208を参照すること。
いくつかの態様において、細胞、例えばB細胞上の分子はCD40であり得、二次刺激物質はCD40に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD40に特異的に結合する二次刺激物質は、抗CD40抗体、抗CD40抗体の二価抗体断片、抗CD40抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD40結合分子からなる群より選択され得る。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞上の分子はCD40L（CD154）であり得、二次刺激物質はCD40Lに特異的に結合する。いくつかの局面において、CD40Lに特異的に結合する二次刺激物質は、抗CD40L抗体、抗CD40L抗体の二価抗体断片、抗CD40L抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD40L結合分子からなる群より選択され得る。抗体または抗原結合断片は、当技術分野において公知の任意のものに由来することができる。例えば、抗CD40L抗体は、いくつかの局面において、Blair et al. JEM vol. 191 no. 4651-660に記載されているようなHu5C8であることができる。また、例えば国際公開公報第1999061065号、US20010026932、US7547438、国際公開公報第2001056603号を参照すること。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞上の分子は誘導性T細胞共刺激因子（ICOS）であり得、二次刺激物質はICOSに特異的に結合する。いくつかの局面において、ICOSに特異的に結合する二次刺激物質は、抗ICOS抗体、抗ICOS抗体の二価抗体断片、抗ICOS抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性ICOS結合分子からなる群より選択され得る。抗体または抗原結合断片は、当技術分野において公知の任意のものに由来することができる。例えばUS20080279851およびDeng et al. Hybrid Hybridomics. 2004 Jun;23(3):176-82を参照すること。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞上の分子はT細胞活性化リンカー（LAT）であり得、二次刺激物質はLATに特異的に結合する。いくつかの局面において、LATに特異的に結合する二次刺激物質は、抗LAT抗体、抗LAT抗体の二価抗体断片、抗LAT抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性LAT結合分子からなる群より選択され得る。抗体または抗原結合断片は、当技術分野において公知の任意のものに由来することができる。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞上の分子はCD27であり得、二次刺激物質はCD27に特異的に結合する。いくつかの局面において、CD27に特異的に結合する二次刺激物質は、抗CD27抗体、抗CD27抗体の二価抗体断片、抗CD27抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性CD27結合分子からなる群より選択され得る。抗体または抗原結合断片は、当技術分野において公知の任意のものに由来することができる。例えば国際公開公報第2008051424号を参照すること。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞上の分子はOX40であり得、二次刺激物質はOX40に特異的に結合する。いくつかの局面において、OX40に特異的に結合する二次刺激物質は、抗OX40抗体、抗OX40抗体の二価抗体断片、抗OX40抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性OX40結合分子からなる群より選択され得る。抗体または抗原結合断片は、当技術分野において公知の任意のものに由来することができる。例えば国際公開公報第2013038191号、Melero et al. Clin Cancer Res. 2013 Mar 1;19(5):1044-53を参照すること。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞上の分子はHVEMであり得、二次刺激物質はHVEMに特異的に結合する。いくつかの局面において、HVEMに特異的に結合する二次刺激物質は、抗HVEM抗体、抗HVEM抗体の二価抗体断片、抗HVEM抗体の一価抗体断片および抗体様結合特性を有するタンパク質性HVEM結合分子からなる群より選択され得る。抗体または抗原結合断片は、当技術分野において公知の任意のものに由来することができる。例えば国際公開公報第2006054961号、国際公開公報第2007001459号、Park et al. Cancer Immunol Immunother. 2012 Feb;61(2):203-14を参照すること。
上記例のいずれにおいても、二価抗体断片は、(Fab)2'断片または二価一本鎖Fv断片であり得、一価抗体断片は、Fab断片、Fv断片および一本鎖Fv断片（scFv）からなる群より選択され得る。上記例のいずれにおいても、抗体様結合特性を有するタンパク質性結合分子は、アプタマー、リポカリンファミリーのポリペプチドに基づくムテイン、グルボディ、アンキリン足場に基づくタンパク質、結晶足場に基づくタンパク質、アドネクチンおよびアビマーであり得る。
いくつかの局面において、刺激物質は、標的細胞の表面に発現する分子を特異的に標的化し、その場合、分子は、TCR、キメラ抗原受容体または免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ、すなわちITAMを含む分子である。例えば、標的細胞の表面に発現する分子は、T細胞もしくはB細胞抗原受容体複合体、CD3鎖、CD3ゼータ、T細胞受容体もしくはB細胞受容体の抗原結合部分またはキメラ抗原受容体から選択される。場合によっては、刺激物質はペプチド：MHCクラスI複合体を標的化する。
いくつかの態様において、刺激物質は、標的細胞の表面に発現する分子のHisタグ付き細胞外ドメインに結合する。場合によっては、刺激物質は、ニッケル添加トリスNTA（His-STREPPERまたはHis/Strep-tag（登録商標）II Adapterとも呼ばれる）と結合したペプチド配列Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys（Strep-tag（登録商標）IIとも呼ばれる。SEQ ID NO：69に記載）を含有する。いくつかの態様において、Hisタグ付けされている、標的細胞の表面に発現する分子はCD19である。
いくつかの態様において、刺激物質は、組換え受容体、例えばCARの抗体部分に特異的に結合する。場合によっては、組換え受容体の抗体部分は、免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部分、例えばヒンジ領域、例えばIgG4ヒンジ領域および／またはCH1/CLおよび／またはFc領域を含む。いくつかの態様において、定常領域または部分は、ヒトIgG、例えばIgG4またはIgG1のそれである。場合によっては、試薬は、IgG4スペーサーを認識するαIgGを添加されている。
いくつかの態様において、所望の標的はT細胞受容体および／またはT細胞受容体の成分である。特定の態様において、所望の標的はCD3である。特定の態様において、所望の標的はT細胞共刺激分子、例えばCD28、CD137（4-1-BB）、0X40またはICOSである。
いくつかの態様において、例えば、刺激物質が刺激試薬または受容体結合試薬に結合していない場合、刺激物質は抗体、二価抗体断片、F(ab)2または二価一本鎖Fv断片である。いくつかの態様において、刺激物質が試薬に結合していない場合、刺激物質は結合パートナーCを含まない。
a. ビーズ試薬
ある特定の態様では、刺激試薬は、細胞（例えば、T細胞）を活性化および/または拡大増殖可能である1つまたは複数の作用物質（例えば、生体分子）にコンジュゲートまたは連結された粒子（例えば、ビーズ）を含有する。いくつかの態様では、1つまたは複数の作用物質は、ビーズに結合している。いくつかの態様では、ビーズは、生体適合性であり、すなわち、生物学的使用に適した材料から構成される。いくつかの態様では、ビーズは、培養細胞、例えば培養T細胞に対して非毒性である。いくつかの態様では、ビーズは、作用物質と細胞との間の相互作用を可能にする方法で作用物質を付着可能である任意の粒子であり得る。
いくつかの態様では、刺激試薬は、ビーズと、細胞の表面上の巨大分子と直接相互作用する1つまたは複数の作用物質とを含有する。ある特定の態様では、ビーズ（例えば、常磁性ビーズ）は、細胞上の1つまたは複数の巨大分子（例えば、1つまたは複数の細胞表面タンパク質）に特異的な1つまたは複数の作用物質（例えば、抗体）を介して、細胞と相互作用する。ある特定の態様では、ビーズ（例えば、常磁性ビーズ）は、一次抗体（例えば、抗ビオチン抗体）または他の生体分子などの本明細書に記載される第1の作用物質で標識され、次いで、二次抗体（例えば、ビオチン化抗CD3抗体）または他の第2の生体分子（例えば、ストレプトアビジン）などの第2の作用物質が加えられ、それにより、二次抗体または他の第2の生体分子が、粒子上のそのような一次抗体または他の生体分子に特異的に結合する。
いくつかの態様では、ビーズは、約0.001μm超、約0.01μm超、約0.1μm超、約1.0μm超、約10μm超、約50μm超、約100μm超または約1000μm超かつ約1500μm以下の直径を有する。いくつかの態様では、ビーズは、約1.0μm～約500μm、約1.0μm～約150μm、約1.0μm～約30μm、約1.0μm～約10μm、約1.0μm～約5.0μm、約2.0μm～約5.0μm、または約3.0μm～約5.0μmの直径を有する。いくつかの態様では、ビーズは、約3μm～約5μmの直径を有する。いくつかの態様では、ビーズは、少なくとも0.001μm、0.01μm、0.1μm、0.5μm、1.0μm、1.5μm、2.0μm、2.5μm、3.0μm、3.5μm、4.0μm、4.5μm、5.0μm、5.5μm、6.0μm、6.5μm、7.0μm、7.5μm、8.0μm、8.5μm、9.0μm、9.5μm、10μm、12μm、14μm、16μm、18μmもしくは20μm、または少なくとも約0.001μm、0.01μm、0.1μm、0.5μm、1.0μm、1.5μm、2.0μm、2.5μm、3.0μm、3.5μm、4.0μm、4.5μm、5.0μm、5.5μm、6.0μm、6.5μm、7.0μm、7.5μm、8.0μm、8.5μm、9.0μm、9.5μm、10μm、12μm、14μm、16μm、18μmもしくは20μm、または約0.001μm、0.01μm、0.1μm、0.5μm、1.0μm、1.5μm、2.0μm、2.5μm、3.0μm、3.5μm、4.0μm、4.5μm、5.0μm、5.5μm、6.0μm、6.5μm、7.0μm、7.5μm、8.0μm、8.5μm、9.0μm、9.5μm、10μm、12μm、14μm、16μm、18μmもしくは20μmの直径を有する。ある特定の態様では、ビーズは、4.5μmまたは約4.5μmの直径を有する。ある特定の態様では、ビーズは、2.8μmまたは約2.8μmの直径を有する。
いくつかの態様では、ビーズは、0.001g/cm3超、0.01g/cm3超、0.05g/cm3超、0.1g/cm3超、0.5g/cm3超、0.6g/cm3超、0.7g/cm3超、0.8g/cm3超、0.9g/cm3超、1g/cm3超、1.1g/cm3超、1.2g/cm3超、1.3g/cm3超、1.4g/cm3超、1.5g/cm3超、2g/cm3超、3g/cm3超、4g/cm3超、または5g/cm3超の密度を有する。いくつかの態様では、ビーズは、約0.001g/cm3～約100g/cm3、約0.01g/cm3～約50g/cm3、約0.1g/cm3～約10g/cm3、約0.1g/cm3～約.5g/cm3、約0.5g/cm3～約1g/cm3、約0.5g/cm3～約1.5g/cm3、約1g/cm3～約1.5g/cm3、約1g/cm3～約2g/cm3、または約1g/cm3～約5g/cm3の間の密度を有する。いくつかの態様では、ビーズは、約0.5g/cm3、約0.5g/cm3、約0.6g/cm3、約0.7g/cm3、約0.8g/cm3、約0.9g/cm3、約1.0g/cm3、約1.1g/cm3、約1.2g/cm3、約1.3g/cm3、約1.4g/cm3、約1.5g/cm3、約1.6g/cm3、約1.7g/cm3、約1.8g/cm3、約1.9g/cm3、または約2.0g/cm3の密度を有する。ある特定の態様では、ビーズは、約1.6g/cm3の密度を有する。特定の態様では、ビーズまたは粒子は、約1.5g/cm3の密度を有する。ある特定の態様では、粒子は、約1.3g/cm3の密度を有する。
ある特定の態様では、複数のビーズが均一な密度を有する。ある特定の態様では、均一な密度は、平均ビーズ密度の10％未満、5％未満または1％未満の密度標準偏差を含む。
いくつかの態様では、ビーズは、ビーズ表面またはその近くに、作用物質にカップリング、結合またはコンジュゲートすることができる少なくとも1つの材料を含有する。いくつかの態様では、ビーズは、表面官能化されている、すなわち、結合分子、例えばポリヌクレオチドまたはポリペプチドと共有結合を形成することができる官能基を含む。特定の態様では、ビーズは、表面に露出したカルボキシル基、アミノ基、ヒドロキシル基、トシル基、エポキシ基および/またはクロロメチル基を含む。特定の態様では、ビーズは、表面に露出したアガロースおよび/またはセファロースを含む。特定の態様では、ビーズ表面は、結合分子を結合または付着することができる付着刺激試薬を含む。特定の態様では、生体分子はポリペプチドである。いくつかの態様では、ビーズは、表面に露出したプロテインA、プロテインGまたはビオチンを含む。
いくつかの態様では、ビーズは、磁場内で反応する。いくつかの態様では、ビーズは磁性ビーズである。いくつかの態様では、磁性ビーズは常磁性である。特定の態様では、磁性ビーズは超常磁性である。特定の態様では、ビーズは、磁場に曝露されない限り、いかなる磁性特性も示さない。
特定の態様では、ビーズは、磁性コア、常磁性コアまたは超常磁性コアを含む。いくつかの態様では、磁性コアは金属を含有する。いくつかの態様では、金属は、限定されることなく、鉄、ニッケル、銅、コバルト、ガドリニウム、マンガン、タンタル、亜鉛、ジルコニウムまたはそれらの任意の組み合わせであり得る。特定の態様では、磁性コアは、金属酸化物（例えば酸化鉄）、フェライト（例えば、マンガンフェライト、コバルトフェライト、ニッケルフェライトなど）、ヘマタイトおよび金属合金（例えばCoTaZn）を含む。いくつかの態様では、磁性コアは、フェライト、金属、金属合金、酸化鉄または二酸化クロムのうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様では、磁性コアは、元素状鉄またはその化合物を含む。いくつかの態様では、磁性コアは、マグネタイト（Fe3O4）、マグヘマイト（γFe2O3）またはグレイジャイト（Fe3S4）のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様では、内部コアは酸化鉄（例えばFe3O4）を含む。
特定の態様では、ビーズは、表面官能化コートまたはコーティングによって覆われた磁性コア、常磁性コアおよび/または超常磁性コアを含有する。いくつかの態様では、コートは、限定されることなく、ポリマー、多糖、シリカ、脂肪酸、タンパク質、炭素、アガロース、セファロースまたはそれらの組み合わせを含むことができる材料を含有することができる。いくつかの態様では、ポリマーは、ポリエチレングリコール、ポリ（乳酸-コ-グリコール酸）、ポリグルタルアルデヒド、ポリウレタン、ポリスチレンまたはポリビニルアルコールであり得る。特定の態様では、外側コートまたは外側コーティングはポリスチレンを含む。特定の態様では、外側コーティングは表面官能化されている。
いくつかの態様では、刺激試薬は、金属酸化物コア（例えば酸化鉄コア）およびコートを含有するビーズを含み、金属酸化物コアは、少なくとも1つの多糖（例えばデキストラン）を含み、コートは、少なくとも1つの多糖（例えばアミノデキストラン）、少なくとも1つのポリマー（例えばポリウレタン）およびシリカを含む。いくつかの態様では、金属酸化物コアはコロイド状酸化鉄コアである。特定の態様では、1つまたは複数の作用物質は、抗体またはその抗原結合断片を含む。特定の態様では、1つまたは複数の作用物質は、抗CD3抗体および抗CD28抗体を含む。いくつかの態様では、刺激試薬は、抗CD3抗体、抗CD28抗体および抗ビオチン抗体を含む。いくつかの態様では、刺激試薬は抗ビオチン抗体を含む。いくつかの態様では、ビーズは、約3μm～約10μmの直径を有する。いくつかの態様では、ビーズは、約3μm～約5μmの直径を有する。特定の態様では、ビーズは、約3.5μmの直径を有する。
いくつかの態様では、刺激試薬は、金属酸化物コア（例えば酸化鉄内部コア）およびコート（例えば保護コート）を含むビーズに付着する1つまたは複数の作用物質を含み、コートはポリスチレンを含む。特定の態様では、ビーズは、常磁性（例えば超常磁性）鉄コア、例えば、マグネタイト（Fe3O4）および/またはマグヘマイト（γFe2O3）cおよびポリスチレンコートまたはコーティングを含むコアを含む単分散、常磁性（例えば超常磁性）ビーズである。いくつかの態様では、ビーズは非多孔性である。いくつかの態様では、ビーズは、1つまたは複数の作用物質が付着する官能化表面を含有する。特定の態様では、1つまたは複数の作用物質は、表面でビーズに共有結合している。いくつかの態様では、1つまたは複数の作用物質は、抗体またはその抗原結合断片を含む。いくつかの態様では、1つまたは複数の作用物質は、抗CD3抗体および抗CD28抗体を含む。いくつかの態様では、1つまたは複数の作用物質は、抗CD3抗体および/または抗CD28抗体、および標識抗体（例えばビオチン化抗体）、例えば、標識抗CD3抗体または標識抗CD28抗体に結合することができる抗体またはその抗原断片を含む。特定の態様では、ビーズは、約1.5g/cm3の密度および約1m2/g～約4m2/gの表面積を有する。特定の態様では、ビーズは、約4.5μmの直径および約1.5g/cm3の密度を有する単分散超常磁性ビーズである。いくつかの態様では、ビーズは、約2.8μmの平均直径および約1.3g/cm3の密度を有する単分散超常磁性ビーズである。
いくつかの態様では、濃縮T細胞の集団は、ビーズ：細胞の比が3:1、2.5:1、2:1、1.5:1、1.25:1、1.2:1、1.1:1、1:1、0.9:1、0.8:1、0.75:1、0.67:1、0.5:1、0.3:1もしくは0.2:1、または約3:1、約2.5:1、約2:1、約1.5:1、約1.25:1、約1.2:1、約1.1:1、約1:1、約0.9:1、約0.8:1、約0.75:1、約0.67:1、約0.5:1、約0.3:1もしくは約0.2:1で刺激試薬とともにインキュベートされる。特定の態様では、ビーズ：細胞の比は、2.5:1～0.2:1、2:1～0.5:1、1.5:1～0.75:1、1.25:1～0.8:1、1.1:1～0.9:1である。特定の態様では、ビーズ：細胞の比は、約1:1または1:1である。
b. オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬
特定の態様では、刺激試薬は、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化することができる1つまたは複数の作用物質、例えばリガンドにコンジュゲート、結合または付着するオリゴマー試薬、例えばストレプトアビジンムテイン試薬を含有する。いくつかの態様では、1つまたは複数の作用物質は、特定の結合部位（例えば結合部位Z）でオリゴマー試薬に結合することができる付着した結合ドメインまたは結合パートナー（例えば結合パートナーC）を有する。いくつかの態様では、複数の作用物質が、オリゴマー試薬に可逆的に結合している。様々な態様では、オリゴマー試薬は、特定の態様では結合ドメイン（例えば結合パートナーC）で複数の作用物質に可逆的に結合している複数の特定の結合部位を有する。いくつかの態様では、結合した作用物質の量は、競合試薬、例えば、特定の結合部位（例えば結合部位Z）に結合することもできる試薬の存在下で低減されるか減少する。
いくつかの態様では、オリゴマー刺激試薬は、少なくとも1つの作用物質（例えば、T細胞などの細胞内でシグナルを生成することができる作用物質）がオリゴマー試薬に会合する、例えば、可逆的に会合する可逆的な系であるか、それらを含む。オリゴマー刺激試薬の非限定的な例は、例えばその内容全体が参照により本明細書に組み込まれる国際公開PCT出願番号WO2018/197949に見出すことができる。いくつかの態様では、試薬は、作用物質に結合する、例えば、可逆的に結合することができる複数の結合部位を含む。場合によっては、試薬は、T細胞などの細胞内でシグナルを生成することができる少なくとも1つの付着した作用物質を有するオリゴマー粒子試薬である。いくつかの態様では、作用物質は、分子のエピトープまたは領域に特異的に結合することができる少なくとも1つの結合部位、例えば結合部位Bを含み、試薬の少なくとも1つの結合部位、例えば、試薬の結合部位Zに特異的に結合する、本明細書において結合パートナーCとも呼ばれる結合パートナーも含む。いくつかの態様では、結合パートナーCと少なくとも1つの結合部位Zとの間の結合相互作用は、非共有相互作用である。場合によっては、結合パートナーCと少なくとも1つの結合部位Zとの間の結合相互作用は、共有相互作用である。いくつかの態様では、結合パートナーCと少なくとも1つの結合部位Zとの間の非共有相互作用などの結合相互作用は、可逆的である。
そのような可逆的な系でオリゴマー試薬として使用され得る物質は公知であり、例えば、米国特許第5,168,049号、米国特許第5,506,121号、米国特許第6,103,493号、米国特許第7,776,562号、米国特許第7,981,632号、米国特許第8,298,782号、米国特許第8,735,540号、米国特許第9,023,604号ならびに国際公開PCT出願番号WO2013/124474および国際公開PCT出願番号WO2014/076277を参照されたい。可逆的相互作用を形成することができる試薬および結合パートナーの非限定的な例、ならびにそのような結合を逆にすることができる物質（例えば競合試薬）は、以下に記載される。
いくつかの態様では、オリゴマー試薬は、ストレプトアビジン、ストレプトアビジンムテインもしくは類似体、アビジン、アビジンムテインもしくは類似体（ニュートラアビジンなど）またはそれらの混合物のオリゴマーであり、そのようなオリゴマー試薬は、作用物質の結合ドメインと可逆的に会合するための1つまたは複数の結合部位（例えば結合パートナーC）を含む。いくつかの態様では、作用物質の結合ドメインは、ビオチン、ビオチン誘導体もしくは類似体、またはストレプトアビジン、ストレプトアビジンムテインもしくは類似体、アビジンもしくはアビジンムテインもしくは類似体に特異的に結合することができるストレプトアビジン結合ペプチドもしくは他の分子であり得る。
特定の態様では、1つまたは複数の作用物質（例えば、T細胞などの細胞内でシグナルを生成することができる作用物質）は、オリゴマー試薬上に存在する複数の特定の結合部位（例えば結合部位Z）などを介して、オリゴマー試薬と会合する、例えば可逆的に結合している。場合によっては、これにより、作用物質によって結合されるか認識される細胞表面分子（の少なくとも2コピー）を有する標的細胞が作用物質と接触する場合にアビディティー効果が生じることができるように、作用物質が互いに密接に配置される。
いくつかの態様では、オリゴマー試薬は、ストレプトアビジンオリゴマー、ストレプトアビジンムテインオリゴマー、ストレプトアビジン類似体オリゴマー、アビジンオリゴマー、アビジンムテインもしくはアビジン類似体（ニュートラアビジンなど）から構成されるオリゴマー、またはそれらの混合物である。特定の態様では、オリゴマー試薬は、作用物質の結合ドメイン（例えば結合パートナーC）に結合することができる特定の結合部位を含む。いくつかの態様では、結合ドメインは、ビオチン、ビオチン誘導体もしくは類似体、またはストレプトアビジン、ストレプトアビジンムテインもしくは類似体、アビジンもしくはアビジンムテインもしくは類似体に特異的に結合することができるストレプトアビジン結合ペプチドもしくは他の分子であり得る。本明細書に提供される方法は、オリゴマー試薬が、オリゴヒスチジンアフィニティタグ、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ、カルモジュリンもしくはその類似体、カルモジュリン結合ペプチド（CBP）、FLAGペプチド、HAタグ、マルトース結合タンパク質（MBP）、HSVエピトープ、mycエピトープ、および/またはビオチン化キャリアタンパク質に結合することができる分子を含み得ることを、さらに企図している。
いくつかの態様では、ストレプトアビジンは、野生型ストレプトアビジン、ストレプトアビジンムテインまたは類似体、例えばストレプトアビジン様ポリペプチドであり得る。同様に、いくつかの局面では、アビジンには、野生型アビジンまたはアビジンのムテインもしくは類似体、例えばニュートラアビジン、典型的にはさらに中性のpiを示し、天然のアビジンの代替として利用可能な修飾アルギニンを有する脱グリコシル化アビジンが含まれる。一般に、脱グリコシル化された中性形態のアビジンには、例えば、Sigma Aldrichを通じて入手可能な「Extravidin」、またはThermo ScientificもしくはInvitrogenから入手可能な「NeutrAvidin」などの市販形態が含まれる。
いくつかの態様では、試薬は、ストレプトアビジンまたはストレプトアビジンムテインもしくは類似体である。いくつかの態様では、野生型ストレプトアビジン（wt-ストレプトアビジン）は、Argarana et al, Nucleic Acids Res. 14（1986）1871-1882（SEQ ID NO:66）によって開示されたアミノ酸配列を有する。一般に、ストレプトアビジンは、4つの同一のサブユニットの四量体として天然に存在し、すなわち、それはホモ四量体であり、各サブユニットは、ビオチン、ビオチン誘導体または類似体またはビオチン模倣体に対する単一の結合部位を含む。ストレプトアビジンサブユニットの例示的な配列は、SEQ ID NO:66に記載のアミノ酸の配列であるが、そのような配列はまた、他のストレプトマイセス（Streptomyces）種由来のそのホモログに存在する配列を含み得る。特に、ストレプトアビジンの各サブユニットはビオチンに対して強い結合親和性を示し、その平衡解離定数（KD）は約10-14Mであり得る。場合によっては、ストレプトアビジンは、4つの結合部位のうちの1つのみが機能的である一価の四量体（Howarth et al.（2006）Nat.Methods,3:267-73;Zhang et al.（2015）Biochem.Biophys.Res.Commun.,463:1059-63））、4つの結合部位のうちの2つが機能的である二価の四量体（Fairhead et al.（2013）J. Mol. Biol., 426: 199-214）として存在し得るか、単量体または二量体の形態で存在し得る（Wu et al.（2005）J. Biol. Chem., 280:23225-31; Lim et al.（2010）Biochemistry, 50:8682-91）。
いくつかの態様では、ストレプトアビジンは、野生型または未修飾ストレプトアビジン、例えば、ストレプトマイセス種由来のストレプトアビジン、またはビオチン、ビオチン誘導体もしくは類似体もしくはビオチン模倣体の結合部位を含む少なくとも1つの機能性サブユニットを含む、例えば、一般にSEQ ID NO:66に記載のストレプトマイセス・アビジニイ（Streptomyces avidinii）由来の野生型ストレプトアビジンの少なくとも1つの機能性サブユニットもしくはその機能的に活性な断片を含むその機能的に活性な断片などの任意の形態であり得る。例えば、いくつかの態様では、ストレプトアビジンは、N末端および/またはC末端で短縮される野生型ストレプトアビジンの断片を含むことができる。そのような最小のストレプトアビジンには、SEQ ID NO:66のアミノ酸位置10～16の領域でN末端で始まり、SEQ ID NO:66のアミノ酸位置133～142の領域でC末端で終わる任意のものが含まれる。いくつかの態様では、ストレプトアビジンの機能的に活性な断片は、SEQ ID NO:67に記載のアミノ酸の配列を含む。いくつかの態様では、SEQ ID NO:67に記載されるようなストレプトアビジンは、SEQ ID NO:66に記載の番号付けによりAla13に対応する位置にN末端メチオニンをさらに含むことができる。ストレプトアビジンまたはストレプトアビジンムテインにおける残基の位置への言及は、SEQ ID NO:66における残基の番号付けに関するものである。
ストレプトアビジンまたはストレプトアビジンムテインの例は、例えば、WO86/02077、DE19641876 Al、US6,022,951、WO98/40396またはWO96/24606に記載されている。ストレプトアビジンムテインの例は公知であり、例えば、米国特許第5,168,049号、米国特許第5,506,121号、米国特許第6,022,951号、米国特許第6,156,493号、米国特許第6,165,750号、米国特許第6,103,493号もしくは米国特許第6,368,813号または国際公開PCT出願番号WO2014/076277を参照されたい。
いくつかの態様では、ストレプトアビジンムテインは、未修飾または野生型ストレプトアビジンの一部ではないアミノ酸を含むことができるか、野生型または未修飾ストレプトアビジンの一部のみを含むことができる。いくつかの態様では、ストレプトアビジンムテインは、未修飾または野生型ストレプトアビジンのサブユニットと比較して、例えば、SEQ ID NO:66に記載の野生型ストレプトアビジンサブユニット、またはSEQ ID NO:67に記載されるようなその機能的に活性な断片と比較して、別のアミノ酸置換（substitution）（置換（replacement））を有し得る少なくとも1つのサブユニットを含む。
いくつかの態様において、結合ドメインに関するストレプトアビジンまたはストレプトアビジンムテインの平衡解離定数（KD）は、1×10-4M、5×10-4M、1×10-5M、5×10-5M、1×10-6M、5×10-6Mまたは1×10-7M未満であるが、一般に、1×10-13M、1×10-12Mまたは1×10-11Mよりも大きい。例えば、米国特許第5,506,121号に開示されているようなペプチド配列（Strep-tags）がビオチン類似体として作用し、ストレプトアビジンの場合に、例えば約10-4～10-5MのKDの結合アフィニティーを実証することができる。場合によっては、結合アフィニティーは、ストレプトアビジン分子内で変異を作ることによってさらに改善することができる。例えば米国特許第6,103,493号またはPCT国際公開公報第2014/076277号を参照すること。いくつかの態様において、結合アフィニティーは、公知の方法、例えば本明細書に記載されるいずれかによって測定することができる。
いくつかの態様において、試薬、例えばストレプトアビジンまたはストレプトアビジンムテインは、作用物質（例えば受容体結合物質または選択物質）中に存在する結合パートナーCであることができるペプチドリガンド結合パートナーに対して結合アフィニティーを示す。いくつかの態様において、ペプチド配列は、SEQ ID NO：83に記載された配列に含有されるような一般式His-Pro-Xaa（式中、Xaaはグルタミン、アスパラギンまたはメチオニンである）の配列を含有する。いくつかの態様において、ペプチド配列は、SEQ ID NO：74に記載されるような、SEQ ID NO：83に記載された一般式を有する。一例において、ペプチド配列はTrp-Arg-His-Pro-Gln-Phe-Gly-Glyである（Strep-tag（登録商標）とも呼ばれる。SEQ ID NO：75に記載）。一例において、ペプチド配列はTrp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lysである（Strep-tag（登録商標）IIとも呼ばれる。SEQ ID NO：69に記載）。いくつかの態様において、ペプチドリガンドは、少なくとも2つのストレプトアビジン結合分子の連続配置を含有し、2つの分子の間の距離は少なくとも0かつ50アミノ酸以下であり、一方の結合分子は3～8のアミノ酸を有し、少なくとも配列His-Pro-Xaa（式中、Xaaはグルタミン、アスパラギンまたはメチオニンである）を含有し、他方の結合分子は、SEQ ID NO：84に記載されるような同じまたは異なるストレプトアビジンペプチドリガンドを有する（例えばPCT国際公開公報第02/077018号；米国特許第7,981,632号を参照）。いくつかの態様において、ペプチドリガンドは、SEQ ID NO：76または77のいずれかに記載された式を有する配列を含有する。いくつかの態様において、ペプチドリガンドは、SEQ ID NO：70～73または78～79のいずれかに記載されたアミノ酸の配列を有する。大部分の場合、これらすべてのストレプトアビジン結合ペプチドは同じ結合部位、すなわちストレプトアビジンのビオチン結合部位に結合する。そのようなストレプトアビジン結合ペプチドの1つまたは複数が結合パートナーC、例えばC1およびC2として使用されるならば、結合パートナーCを介して1つまたは複数の作用物質に結合した多量体化試薬および／またはオリゴマー粒子試薬は通常、1つまたは複数のストレプトアビジンムテインで構成される。
いくつかの態様において、ストレプトアビジンムテインは、米国特許第6,103,493号に記載されている変異体である。いくつかの態様において、ストレプトアビジンムテインは、SEQ ID NO：66に記載されるような野生型ストレプトアビジンのアミノ酸配列に基づいてアミノ酸44～53位の領域内に少なくとも1つの変異を含有する。いくつかの態様において、ストレプトアビジンムテインは、1つまたは複数の残基44、45、46および／または47に変異を含有する。いくつかの態様において、ストレプトアビジンムテインは、野生型ストレプトアビジンの44位のGluの、疎水性脂肪族アミノ酸、例えばVal、Ala、IleまたはLeuによる置換、45位の任意のアミノ酸の、脂肪族アミノ酸、例えば46位の疎水性脂肪族アミノ酸による置換および／または47位のValの、塩基性アミノ酸、例えばArgまたはLys、一般にはArgによる置換を含有する。いくつかの態様において、Alaは46位にある、および／またはArgは47位にある、および／またはValもしくはIleは44位にある。いくつかの態様において、ストレプトアビジン変異体は、野生型ストレプトアビジンのアミノ酸配列に基づいて残基Va144-Thr45-Ala46-Arg47を含有し、例えばSEQ ID NO：80またはSEQ ID NO：81もしくは82（ストレプトアビジン変異体1、SAM1としても知られる）またはSEQ ID NO：86もしくはSEQ ID NO：87に記載されたアミノ酸の配列を含有する例示的なストレプトアビジンムテインに記載される。いくつかの態様において、ストレプトアビジンムテインは、野生型ストレプトアビジンのアミノ酸配列に基づいて残基ILe44-Gly45-Ala46-Arg47を含有し、SEQ ID NO：85、68、または73（SAM2としても知られる）に記載されたアミノ酸の配列を含有する例示的なストレプトアビジンムテインに記載される。場合によっては、そのようなストレプトアビジンムテインは、例えば米国特許第6,103,493号に記載され、商品名Strep-Tactin（登録商標）の下で市販されている。いくつかの態様において、ムテインストレプトアビジンは、SEQ ID NO：86またはSEQ ID NO：87に記載されたアミノ酸の配列を含有する。特定の態様において、分子は、SEQ ID NO：67、81、68、86、88、82または73のいずれかに記載された配列を含む、四量体としてモノマーあたり20の第一級アミン（1つのN末端アミンを含む）および4つのリシンを含有する分子である、ストレプトアビジンの四量体またはストレプトアビジンムテインである。
いくつかの態様において、ストレプトアビジンムテインは、ペプチドリガンド（Trp-Arg-His-Pro-Gln-Phe-Gly-Gly；Strep-tag（登録商標）とも呼ばれる。SEQ ID NO：75に記載）の場合で、3.7×10-5Mであるかまたは3.7×10-5M未満である、および／またはペプチドリガンド（Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys；Strep-tag（登録商標）IIとも呼ばれる。SEQ ID NO：69に記載）の場合で、7.1×10-5Mであるかまたは7.1×10-5M未満である、および／または、SEQ ID NO：69、76～78、70～72、74、75、83、84のいずれかに記載されたペプチドリガンドのいずれかの場合で、7.0×10-5M、5.0×10-5M、1.0×10-5M、5.0×10-6M、1.0×10-6M、5.0×10-7M、もしくは1.0×10-7Mであるかまたは7.0×10-5M、5.0×10-5M、1.0×10-5M、5.0×10-6M、1.0×10-6M、5.0×10-7M、もしくは1.0×10-7M未満であり、かつ一般に1×10-13M、1×10-12Mまたは1×10-11Mよりも大きい平衡解離定数（KD）を特徴とする結合アフィニティーを示す。
いくつかの態様において、結果的に得られるストレプトアビジンムテインは、ペプチドリガンド（Trp-Arg-His-Pro-Gln-Phe-Gly-Gly；Strep-tag（登録商標）とも呼ばれる。SEQ ID NO：75に記載）の場合で、2.7×104M-1であるかまたは2.7×104M-1より大きく、および／またはペプチドリガンド（Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys；Strep-tag（登録商標）IIとも呼ばれる。SEQ ID NO：69に記載）の場合で、1.4×104M-1であるかまたは1.4×104M-1より大きく、および／または、SEQ ID NO：69、76～78、70～72、74、75、83、84のいずれかに記載されたペプチドリガンドのいずれかの場合で、1.43×104M-1、1.67×104M-1、2×104M-1、3.33×104M-1、5×104M-1、1×105M-1、1.11×105M-1、1.25×105M-1、1.43×105M-1、1.67×105M-1、2×105M-1、3.33×105M-1、5×105M-1、1×106M-1、1.11×106M-1、1.25×106M-1、1.43×106M-1、1.67×106M-1、2×106M-1、3.33×106M-1、5×106M-1、1×107M-1であるか、または1.43×104M-1、1.67×104M-1、2×104M-1、3.33×104M-1、5×104M-1、1×105M-1、1.11×105M-1、1.25×105M-1、1.43×105M-1、1.67×105M-1、2×105M-1、3.33×105M-1、5×105M-1、1×106M-1、1.11×106M-1、1.25×106M-1、1.43×106M-1、1.67×106M-1、2×106M-1、3.33×106M-1、5×106M-1、1×107M-1より大きく、かつ一般に1×1013M-1、1×1012M-1または1×1011M-1よりも小さい平衡会合定数（KA）を特徴とする結合アフィニティーを示す。
特定の態様において、本明細書に提供されるものは、複数のストレプトアビジンまたはストレプトアビジンムテイン四量体で構成された、および／またはそれらを含有するオリゴマー粒子試薬である。特定の態様において、本明細書に提供されるオリゴマー粒子試薬は、1つまたは複数の作用物質、例えば刺激物質および／または選択物質に可逆的に結合する、または可逆的に結合することができる複数の結合部位を含有する。いくつかの態様において、オリゴマー粒子は、70nm～125nmの半径（両端の値を含む）、例えば平均半径；1×107g/mol～1×109g/molの分子量（両端の値を含む）；および／または1,000～5,000のストレプトアビジンもしくはストレプトアビジンムテイン四量体（両端の値を含む）を有する。いくつかの態様において、オリゴマー粒子試薬は、1つまたは複数の作用物質、例えば、細胞表面上の分子、例えば受容体に結合する作用物質に結合、例えば可逆的に結合している。特定の態様において、1つまたは複数の作用物質は、本明細書中、例えばセクションII.C.3に記載された作用物質である。いくつかの態様において、作用物質は、抗CD3および／または抗CD28抗体またはそれらの抗原結合断片、例えば結合パートナー、例えばストレプトアビジン結合ペプチド、例えばStrep-tag（登録商標）IIを含有する抗体またはその抗原断片である。特定の態様において、1つまたは複数の作用物質は、結合パートナー、例えばストレプトアビジン結合ペプチド、例えばStrep-tag（登録商標）IIを含有する抗CD3および／または抗CD28 Fabである。
いくつかの態様において、本明細書に提供されるものは、複数のストレプトアビジンまたはストレプトアビジンムテイン四量体で構成された、および／またはそれらを含有するオリゴマー粒子試薬である。特定の態様において、本明細書に提供されるオリゴマー粒子試薬は、1つまたは複数の作用物質、例えば刺激物質および／または選択物質に可逆的に結合する、または可逆的に結合することができる複数の結合部位を含有する。いくつかの態様において、オリゴマー粒子は、80nm～120nmの半径（両端の値を含む）、例えば平均半径；7.5×106g/mol～2×108g/molの分子量（両端の値を含む）、例えば平均分子量；および／または500～10,000のストレプトアビジンもしくはストレプトアビジンムテイン四量体の量、例えば平均量（両端の値を含む）を有する。いくつかの態様において、オリゴマー粒子試薬は、1つまたは複数の作用物質、例えば、細胞表面上の分子、例えば受容体に結合する作用物質に結合、例えば可逆的に結合している。特定の態様において、1つまたは複数の作用物質は、本明細書中、例えばセクションII.C.3に記載された作用物質である。いくつかの態様において、作用物質は、抗CD3および／または抗CD28 Fab、例えば、結合パートナー、例えばストレプトアビジン結合ペプチド、例えばStrep-tag（登録商標）IIを含有するFabである。特定の態様において、1つまたは複数の作用物質は、結合パートナー、例えばストレプトアビジン結合ペプチド、例えばStrep-tag（登録商標）IIを含有する抗CD3および／または抗CD28 Fabである。
いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり0.01μg、約0.01μgもしくは少なくとも0.01μg、0.02μg、約0.02μgもしくは少なくとも0.02μg、0.03μg、約0.03μgもしくは少なくとも0.03μg、0.04μg、約0.04μgもしくは少なくとも0.04μg、0.05μg、約0.05μgもしくは少なくとも0.05μg、0.1μg、約0.1μgもしくは少なくとも0.1μg、0.2μg、約0.2μgもしくは少なくとも0.2μg、0.3μg、約0.3μgもしくは少なくとも0.3μg、0.4μg、約0.4μgもしくは少なくとも0.4μg、0.5μg、約0.5μgもしくは少なくとも0.5μg、0.75μg、約0.75μgもしくは少なくとも0.75μg、1μg、約1μgもしくは少なくとも1μg、2μg、約2μgもしくは少なくとも2μg、3μg、約3μgもしくは少なくとも3μg、4μg、約4μgもしくは少なくとも4μg、5μg、約5μgもしくは少なくとも5μg、6μg、約6μgもしくは少なくとも6μg、7μg、約7μgもしくは少なくとも7μg、8μg、約8μgもしくは少なくとも8μg、9μg、約9μgもしくは少なくとも9μg、または10μg、約10μgもしくは少なくとも10μgのオリゴマー刺激試薬の存在下で刺激される。いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり4μgまたは約4μgの存在下で刺激される。いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり3μgまたは約3μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり2.75μgまたは約2.75μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり2.5μgまたは約2.5μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり2.25μgまたは約2.25μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。いくつかの態様において、細胞は、細胞106個あたり2μgまたは約2μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1.8μgまたは約1.8μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1.6μgまたは約1.6μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1.4μgまたは約1.4μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1.2μgまたは約1.2μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり1μgまたは約1μgの存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、細胞は、細胞106個あたり0.8μgまたは約0.8μgの存在下で刺激される。特定の局面において、4μgのオリゴマー刺激試薬は、3μgのオリゴマー粒子および1μgの付着した作用物質、例えば0.5μgの抗CD3 Fabおよび0.5μgの抗CD28 Fabである、またはそれらを含む。いくつかの態様において、細胞は、オリゴマー試薬10×108個もしくは約10×108個、9×108個もしくは約9×108個、8×108個もしくは約8×108個、7×108個もしくは約7×108個、6×108個もしくは約6×108個、5×108個もしくは約5×108個、4×108個もしくは約4×108個、3×108個もしくは約3×108個、2×108個もしくは約2×108個、1×108個もしくは約1×108個の存在下で刺激される、または刺激に付される。いくつかの態様において、細胞は、オリゴマー試薬7×108個もしくは約7×108個、6×108個もしくは約6×108個、5×108個もしくは約5×108個、4×108個もしくは約4×108個、3×108個もしくは約3×108個の存在下で刺激される、または刺激に付される。いくつかの態様において、細胞は、オリゴマー試薬7×108個もしくは約7×108個～3×108個もしくは約3×108個の存在下で刺激される、または刺激に付される。いくつかの態様において、細胞は、オリゴマー試薬6×108個もしくは約6×108個～4×108個もしくは約4×108個の存在下で刺激される、または刺激に付される。いくつかの態様において、細胞は、オリゴマー試薬6×108個もしくは約6×108個～5×108個もしくは約5×108個の存在下で刺激される、または刺激に付される。いくつかの態様において、細胞は、オリゴマー試薬5×108個もしくは約5×108個の存在下で刺激される、または刺激に付される。
いくつかの態様において、試料の細胞、例えば選択された細胞は、3：1もしくは約3：1、2.5：1もしくは約2.5：1、2：1もしくは約2：1、1.5：1もしくは約1.5：1、1.25：1もしくは約1.25：1、1.2：1もしくは約1.2：1、1.1：1もしくは約1.1：1、1：1もしくは約1：1、0.9：1もしくは約0.9：1、0.8：1もしくは約0.8：1、0.75：1もしくは約0.75：1、0.67：1もしくは約0.67：1、0.5：1もしくは約0.5：1、0.3：1もしくは約0.3：1または0.2：1もしくは約0.2：1のオリゴマー試薬：細胞の比の存在下で刺激される、または刺激に付される。特定の態様において、オリゴマー試薬：細胞の比は、2.5：1～0.2：1、2：1～0.5：1、1.5：1～0.75：1、1.25：1～0.8：1、1.1：1～0.9：1である。特定の態様において、オリゴマー試薬：細胞の比は約1：1または1：1である。特定の態様において、オリゴマー試薬：細胞の比は約0.3：1または0.3：1である。特定の態様において、オリゴマー試薬：細胞の比は約0.2：1または0.2：1である。
ある特定の局面において、オリゴマー試薬内で、オリゴマー粒子：付着した作用の質量比は約3：1である。特定の局面において、オリゴマー試薬内で、オリゴマー粒子：付着した抗CD3 Fab：付着した抗CD28 Fabの質量比は約3：0.5：0.5である。特定の局面において、4μgのオリゴマー試薬は、3μgのオリゴマー粒子および1μgの付着した作用物質、例えば0.5μgの抗CD3 Fabおよび0.5μgの抗CD28 Fabである、またはそれらを含む。他の例において、細胞106個あたり1.2μgのオリゴマー試薬は、細胞106個あたり0.9μgのオリゴマー粒子および0.3μgの付着した作用物質、例えば0.15μgの抗CD3 Fabおよび0.15μgの抗CD28 Fabである、またはそれらを含む。いくつかの態様において、オリゴマー試薬は無血清培地に加えられ、刺激は、無血清培地中、例えばPCT/US2018/064627に記載されているように実施される。
いくつかの態様において、無血清培地は、1つまたは複数のサプリメントを添加された基礎培地（例えばOpTmizer（商標）T-Cell Expansion Basal Medium（ThermoFisher）を含む。いくつかの態様において、1つまたは複数のサプリメントは無血清である。いくつかの態様において、無血清培地は、細胞（例えばT細胞）の維持、拡大増殖および／または活性化のための1つまたは複数のさらなる成分、例えばさらなるサプリメント（例えばOpTmizer（商標）T-Cell Expansion Supplement（ThermoFisher））によって提供される1つまたは複数のさらなる成分を添加された基礎培地を含む。いくつかの態様において、無血清培地はさらに、血清代替サプリメント、例えば免疫細胞血清代替品、例えばThermoFisher、#A2596101、CTS（商標）Immune Cell Serum ReplacementまたはSmith et al. Clin Transl Immunology. 2015 Jan; 4(1):e31に記載されている免疫細胞血清代替品を含む。いくつかの態様において、無血清培地はさらに、遊離形態のアミノ酸、例えばL-グルタミンを含む。いくつかの態様において、無血清培地はさらに、ジペプチド形態のL-グルタミン（例えばL-アラニル-L-グルタミン）、例えばGlutamax（商標）（ThermoFisher）中のジペプチドを含む。いくつかの態様において、無血清培地はさらに、1つまたは複数の組換えサイトカイン、例えば組換えヒトIL-2、組換えヒトIL-7および／または組換えヒトIL-15を含む。
2. 刺激試薬の除去
いくつかの態様において、刺激試薬は、細胞を収集、採取または製剤化する前に細胞または細胞集団から除去または分離される。いくつかの態様において、刺激試薬は、インキュベーション、例えば本明細書中、例えばセクションI.Dに記載されたインキュベーションの後または最中に、細胞または細胞集団から除去または分離される。特定の態様において、細胞または細胞集団は、インキュベーション後かつ細胞を収集、採取または製剤化する工程の前に、刺激試薬を除去するためのプロセス、処置、工程または技術を受ける。特定の態様において、細胞または細胞集団は、インキュベーション後、刺激試薬を除去するためのプロセス、処置、工程または技術を受ける。いくつかの局面において、刺激試薬がインキュベーション中に細胞から分離または除去されるとき、細胞は、インキュベーションの残り期間中、分離または除去の前と同じインキュベーション条件に戻される。
ある特定の態様において、刺激試薬は細胞から除去および／または分離される。理論によって拘束されることを望まないが、特定の態様は、刺激試薬と細胞との間の結合および／または会合が、いくつかの状況において、インキュベーション中に時間とともに低減し得ると考える。特定の態様において、刺激試薬と細胞との間の結合および／または会合を低減するために、1つまたは複数の作用物質を添加し得る。特定の態様において、細胞培養条件の変化、例えば作用物質の添加が、刺激試薬と細胞との間の結合および／または会合を低減し得る。したがって、いくつかの態様において、刺激試薬は、細胞とは別に、例えば、細胞をインキュベーション、細胞培養システムおよび／または溶液から除去することもなく、インキュベーション、細胞培養システムおよび／または溶液から除去され得る。
ある特定の態様において、刺激試薬は、一定期間後に細胞から分離および／または除去される。特定の態様において、期間は、刺激の開始からの期間である。特定の態様において、インキュベーションの開始は、細胞が刺激試薬および／または刺激試薬を含有する培地もしくは溶液と接触した時点またはその付近と見なされる。特定の態様において、刺激試薬は、刺激の開始から120時間もしくは約120時間、108時間もしくは約108時間、96時間もしくは約96時間、84時間もしくは約84時間、72時間もしくは約72時間、60時間もしくは約60時間、48時間もしくは約48時間、36時間もしくは約36時間、24時間もしくは約24時間または12時間もしくは約12時間以内に細胞から除去または分離される。特定の態様において、刺激試薬は、刺激が開始されたのち48時間もしくは約48時間で細胞から除去または分離される。特定の態様において、刺激試薬は、刺激が開始されたのち72時間もしくは約72時間で細胞から除去または分離される。いくつかの態様において、刺激試薬は、刺激が開始されたのち96時間もしくは約96時間で細胞から除去または分離される。
a. ビーズ試薬の除去
ある特定の態様において、ビーズ刺激試薬、例えば抗CD3／抗CD28抗体結合常磁性ビーズは細胞または細胞集団から分離または除去される。細胞から刺激試薬（例えば、ビーズ粒子または磁化性粒子などの粒子である、またはそれを含有する刺激試薬）を除去する方法は公知である。いくつかの態様において、例えば、刺激試薬の一次抗体に結合し、細胞上のその抗原に対するそのアフィニティーを変化させ、それによって穏やかな分離を可能にする、非標識抗体などの競合抗体を使用することができる。場合によっては、分離後、競合抗体は粒子（例えばビーズ粒子）と会合したまま残り得るが、未反応の抗体は洗い流され、または洗い流され得、細胞は抗体を単離、選択、濃縮および／または活性化しない。そのような試薬の例がDETACaBEAD（Friedl et al. 1995；Entschladen et al. 1997）である。いくつかの態様において、粒子（例えばビーズ粒子）は、切断可能なリンカー（例えばDNAリンカー）の存在下で除去することができ、それにより、粒子結合抗体はリンカー（例えばCELLection、Dynal）に結合する。場合によっては、リンカー領域は、例えばDNアーゼまたは他の解放バッファーの添加によって単離後に細胞から粒子（例えばビーズ粒子）を除去するための切断可能な部位を提供する。いくつかの態様において、細胞からの粒子（例えばビーズ粒子）の解放のために他の酵素的方法を用いることもできる。いくつかの態様において、粒子（例えばビーズ粒子または磁化性粒子）は生分解性である。
いくつかの態様において、刺激試薬は、磁性、常磁性および／または超常磁性であり、および／または磁性、常磁性および／または超常磁性であるビーズを含有し、刺激試薬は、細胞を磁場に曝露することによって細胞から除去され得る。磁場を発生させるための磁石を含有する適当な装置の例は、DynaMag CTS（Thermo Fisher）、Magnetic Separator（Takara）およびEasySep Magnet（Stem Cell Technologies）を含む。
特定の態様において、刺激試薬は、提供される方法の完了の前に、例えば、本明細書に提供される方法によって製造された操作された細胞を採取、収集および／または製剤化する前に、細胞から除去または分離される。いくつかの態様において、刺激試薬は、細胞を操作、例えば形質導入またはトランスフェクトする前に、細胞から除去および／または分離される。
いくつかの態様において、刺激ビーズ試薬、例えば刺激磁気ビーズ試薬は、細胞を採取、収集および／または製剤化する前に、細胞または細胞集団から除去または分離される。いくつかの態様において、刺激ビーズ試薬、例えば刺激磁気ビーズ試薬は、インキュベーション、例えば本明細書中、例えばセクションI-Dに記載されたインキュベーションの最中または後に、磁場への曝露によって細胞または細胞集団から除去または分離される。特定の態様において、細胞または細胞集団は、インキュベーション後かつ細胞を収集、採取または製剤化する工程の前に、刺激ビーズ試薬、例えば刺激磁気ビーズ試薬を除去するために磁場に曝露される。特定の態様において、細胞または細胞集団は、インキュベーション後に、刺激ビーズ試薬、例えば刺激磁気ビーズ試薬を除去するための磁場に曝露される。いくつかの局面において、刺激ビーズ試薬がインキュベーション中に細胞または細胞集団から分離または除去されるとき、細胞または細胞集団は、インキュベーションの残り期間中、磁場への曝露の前と同じインキュベーション条件に戻される。
特定の態様において、刺激ビーズ試薬、例えば刺激磁気ビーズ試薬は、インキュベーションから120時間もしくは約120時間、108時間もしくは約108時間、96時間もしくは約96時間、84時間もしくは約84時間、72時間もしくは約72時間、60時間もしくは約60時間、48時間もしくは約48時間、36時間もしくは約36時間、24時間もしくは約24時間または12時間もしくは約12時間以内に、例えば磁場への曝露によって細胞から除去または分離される。特定の態様において、刺激ビーズ試薬、例えば刺激磁気ビーズ試薬は、72時間もしくは約72時間のインキュベーションの後、例えば磁場への曝露によって細胞から除去または分離される。特定の態様において、刺激ビーズ試薬、例えば刺激磁気ビーズ試薬は、96時間もしくは約96時間のインキュベーションの後、例えば磁場への曝露によって細胞から除去または分離される。
b. オリゴマー試薬の除去
いくつかの態様において、インキュベートされたT細胞の集団は、競合物質のような物質をT細胞に加えて刺激物質のシグナル伝達を妨害する、例えば減らす、および／または終わらせる、本明細書に提供される方法のいずれかにしたがって製造または生成された。いくつかの態様において、インキュベートされたT細胞の集団は、物質、例えば競合物質、例えばビオチンまたはビオチン類似体、例えばD-ビオチンの存在を含有する。いくつかの態様において、物質、例えば競合物質、例えばビオチンまたはビオチン類似体、例えばD-ビオチンは、インキュベーション中に物質が外から加えられずに培養されたT細胞の参照集団または調製物中の物質の量の少なくとも1.5倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも100倍、少なくとも1000倍またはより多い量で存在する。いくつかの態様において、培養されたT細胞の集団中の物質、例えば競合物質、例えばビオチンまたはビオチン類似体、例えばD-ビオチンの量は、10μM～100μMもしくは約10μM～100μM、100μM～1mMもしくは約100μM～1mM、100μM～500μMもしくは約100μM～500μMまたは10μM～100μMもしくは約10μM～100μMである。いくつかの態様において、10μMもしくは約10μMのビオチンまたはビオチン類似体、例えばD-ビオチンが、オリゴマー刺激試薬を細胞または細胞集団から分離または除去するために細胞または細胞集団に加えられる。
ある特定の態様において、1つまたは複数の作用物質（例えばTCRおよび／または補助受容体を刺激または活性化する作用物質）は、例えば、オリゴマー試薬上に存在する複数の特定の結合部位（例えば結合部位Z）を介して、オリゴマー試薬と会合する、例えば可逆的に結合する。場合によっては、これは、結果的に、作用物質が互いに近く配置されて、作用物質と結合する、または作用物質によって認識される細胞表面分子（の少なくとも2つのコピー）を有する標的細胞が作用物質と接触させられるならばアビディティー作用が生じることができるようにする。いくつかの局面において、受容体結合試薬は、結合部位Bにおける細胞の受容体分子に対して低いアフィニティーを有して、受容体結合試薬は、競合試薬の存在下で細胞から解離するようになる。したがって、いくつかの態様において、作用物質は、競合試薬の存在下、細胞から除去される。
いくつかの態様において、オリゴマー刺激試薬は、可逆的に付着した抗CD3および抗CD28 Fabを有するストレプトアビジンムテインオリゴマーである。いくつかの態様において、Fabは、例えばストレプトアビジンムテインオリゴマーへの可逆的付着を可能にするストレプトアビジン結合ドメインを含有する。場合によっては、抗CD3および抗CD28 Fabは互いに近く配置されて、CD3および／またはCD28を発現するT細胞が、Fabを可逆的に付着させたオリゴマー刺激試薬と接触させられるならばアビディティー作用が生じることができるようにする。いくつかの局面において、Fabは、CD3およびCD28に対して低いアフィニティーを有して、Fabは、競合物質、例えばビオチンまたはビオチン変異体もしくはビオチン類似体の存在下で細胞から解離するようになる。したがって、いくつかの態様において、Fabは、競合試薬、例えばD-ビオチンの存在下、細胞から除去される、または解離する。
いくつかの態様において、刺激オリゴマー試薬、例えば刺激オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬は、細胞を収集、採取または製剤化する前に細胞または細胞集団から除去または分離される。いくつかの態様において、刺激オリゴマー試薬、例えば刺激オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬は、インキュベーション、例えば本明細書中、例えばセクションI.Dに記載されたインキュベーションの後または最中に、競合試薬、例えばビオチンまたはビオチン類似体、例えばD-ビオチンへの接触または曝露により、細胞または細胞集団から除去または分離される。特定の態様において、細胞または細胞集団は、インキュベーション後かつ細胞を収集、採取または製剤化する工程の前に、刺激オリゴマー試薬、例えば刺激オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬を除去するために、競合試薬、例えばビオチンまたはビオチン類似体、例えばD-ビオチンに接触させられる、または曝露される。特定の態様において、細胞または細胞集団は、インキュベーション後、刺激オリゴマー試薬、例えば刺激オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬を除去するために、競合試薬、例えばビオチンまたはビオチン類似体、例えばD-ビオチンに接触させられる、または曝露される。いくつかの局面において、刺激オリゴマー試薬、例えば刺激オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬がインキュベーション中に競合試薬、例えばビオチンまたはビオチン類似体、例えばD-ビオチンへの接触または曝露によって細胞から分離または除去されるとき、細胞は、インキュベーションの残り期間中、分離または除去の前と同じインキュベーション条件に戻される。
いくつかの態様において、細胞は、オリゴマー刺激試薬を細胞から除去または分離するために、0.01μM、約0.01μMもしくは少なくとも0.01μM、0.05μM、約0.05μMもしくは少なくとも0.05μM、0.1μM、約0.1μMもしくは少なくとも0.1μM、0.5μM、約0.5μMもしくは少なくとも0.5μM、1μM、約1μMもしくは少なくとも1μM、2μM、約2μMもしくは少なくとも2μM、3μM、約3μMもしくは少なくとも3μM、4μM、約4μMもしくは少なくとも4μM、5μM、約5μMもしくは少なくとも5μM、10μM、約10μMもしくは少なくとも10μM、100μM、約100μMもしくは少なくとも100μM、500μM、約500μMもしくは少なくとも500μM、0.01μM、約0.01μMもしくは少なくとも0.01μM、1mM、約1mMもしくは少なくとも1mMまたは10mM、約10mMもしくは少なくとも10mMの競合試薬と接触させられる。様々な態様において、細胞は、可逆的に付着した抗CD3および抗CD28 Fabを有する刺激ストレプトアビジンムテインオリゴマーを細胞から除去または分離するために、0.01μM、約0.01μMもしくは少なくとも0.01μM、0.05μM、約0.05μMもしくは少なくとも0.05μM、0.1μM、約0.1μMもしくは少なくとも0.1μM、0.5μM、約0.5μMもしくは少なくとも0.5μM、1μM、約1μMもしくは少なくとも1μM、2μM、約2μMもしくは少なくとも2μM、3μM、約3μMもしくは少なくとも3μM、4μM、約4μMもしくは少なくとも4μM、5μM、約5μMもしくは少なくとも5μM、10μM、約10μMもしくは少なくとも10μM、100μM、約100μMもしくは少なくとも100μM、500μM、約500μMもしくは少なくとも500μM、0.01μM、約0.01μMもしくは少なくとも0.01μM、1mM、約1mMもしくは少なくとも1mMまたは10mM、約10mMもしくは少なくとも10mMのビオチンまたはビオチン類似体、例えばD-ビオチンと接触させられる。
特定の態様において、刺激オリゴマー試薬、例えば刺激オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬は、例えば刺激オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬の存在下でのインキュベーションから120時間もしくは約120時間、108時間もしくは約108時間、96時間もしくは約96時間、84時間もしくは約84時間、72時間もしくは約72時間、60時間もしくは約60時間、48時間もしくは約48時間、36時間もしくは約36時間、24時間もしくは約24時間または12時間もしくは約12時間以内に細胞から除去または分離される。特定の態様において、刺激試薬は、例えば刺激オリゴマー試薬の存在下でのインキュベーションから48時間もしくは約48時間後に細胞から除去または分離される。特定の態様において、刺激オリゴマー試薬、例えば刺激オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬は、インキュベーションから72時間もしくは約72時間後に細胞から除去または分離される。いくつか定の態様において、刺激オリゴマー試薬、例えば刺激オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬は、インキュベーションから96時間もしくは約96時間で細胞から除去または分離される。
G. 培養
特定の態様では、本明細書に提供される操作されたT細胞の組成物を生成するためのプロセスは、例えば異種ポリヌクレオチドを細胞に導入した後、任意の培養工程または細胞がインビトロ増大もしくは増殖を受ける工程に関連して実施される。いくつかの態様では、個別のドナーからの操作されたT細胞組成物が培養される。いくつかの態様では、個別のドナーからの培養された操作T細胞組成物は、1つまたは複数の他の個別のドナーからの培養された操作T細胞組成物と組み合わせて、複数の異なるドナーからの培養されたプールされた操作T細胞組成物を産生する。いくつかの態様では、複数の異なるドナーからのプールされた操作T細胞組成物が培養される。
いくつかの態様では、提供される方法は、細胞を培養するための、例えば、増殖または増大を促進する条件下で細胞を培養するための、1つまたは複数の工程を含む。いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作する工程、例えば、形質導入もしくはトランスフェクションによって組換えポリペプチドを細胞に導入する工程および／または1つもしくは複数の関心対象の分子をノックアウトする工程に続いて、増殖または増大を促進する条件下で培養される。特定の態様では、細胞は、細胞が刺激条件下でインキュベートされ、組換えポリヌクレオチド、例えば、組換え受容体をコードするポリヌクレオチドで形質導入またはトランスフェクションされた後に、培養される。特定の態様では、細胞は、細胞が刺激条件下でインキュベートされ、関心対象の1つまたは複数の分子の発現が破壊され、組換えポリヌクレオチド、例えば、組換え受容体をコードするポリヌクレオチドで形質導入またはトランスフェクションされた後に、培養される。したがって、いくつかの局面では、濃縮T細胞の形質導入された集団の細胞が、培養される。特定の態様では、1つまたは複数の形質導入された集団は、以前にCD57+ T細胞が枯渇されているかまたはそれから分離されている。特定の態様では、1つまたは複数の形質導入された集団は、以前にCD27- T細胞が枯渇されているかまたはそれから分離されている。いくつかの局面では、1つまたは複数の形質導入された集団は、個別のドナーに由来する。いくつかの局面では、個別のドナーからの形質導入された集団は、1つまたは複数の他の個別のドナーの形質導入された集団と組み合わせて、複数の異なるドナーからの形質導入された集団を産生する。いくつかの局面では、1つまたは複数の形質導入された集団は、複数の異なるドナーに由来する。
いくつかの態様では、本明細書に提供される操作されたT細胞の組成物を生成するためのプロセスは、異種ポリヌクレオチドを細胞に導入した後、培養工程または細胞がインビトロ増大または増殖を受ける工程を必要としない。いくつかの態様では、操作された細胞組成物を生成または製造するためのプロセスまたは方法は、培養工程、例えば、治療用組成物中の操作された細胞の数を増大させるための培養工程を含まない。
ある特定の態様では、操作されたT細胞の1つまたは複数の集団は、濃縮T細胞の2つの別個の集団であるか、またはそれを含む。いくつかの態様では、2つの別個の集団は、個別のドナーに由来する。いくつかの態様では、2つの別個の集団は、複数の異なるドナーに由来するか、またはそれぞれ複数の異なるドナーに由来する。特定の態様では、濃縮T細胞の2つの別個の集団、例えば、同じ生体試料から選択、単離および／または濃縮された濃縮T細胞の2つの別個の集団は、刺激条件下で別々に培養される。
ある特定の態様では、2つの別個の集団は、濃縮されたCD4+ T細胞、例えば、濃縮されたCD57- CD4+ T細胞の集団を含む。特定の態様では、2つの別個の集団は、濃縮されたCD8+ T細胞、例えば、濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の集団を含む。いくつかの態様では、濃縮されたCD4+ T細胞および濃縮されたCD8+ T細胞の2つの別個の集団、例えば、濃縮されたCD57- CD4+ T細胞および濃縮されたCD57- CD8+ T細胞の2つの別個の集団は、例えば増殖および／または増大を促進する条件下で、別々に培養される。いくつかの態様では、濃縮T細胞の単一集団、例えば、CD57- CD4+ T細胞およびCD57- CD8+ T細胞を含むまたは含有する単一集団が、培養される。ある特定の態様では、単一集団は、濃縮されたCD4+ T細胞の集団である。いくつかの態様では、単一集団は、培養前に別個の集団から組み合わされた、濃縮されたCD4+およびCD8+ T細胞の集団である。
いくつかの態様では、培養される（例えば、増殖および／または増大を促進する条件下で）濃縮されたCD4+ T細胞（例えば、CD57- CD4+ T細胞）の集団は、CD4+ T細胞（例えば、CD57- CD4+ T細胞）を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。いくつかの態様では、該集団は、組換え受容体を発現するおよび／または組換えポリヌクレオチドで形質導入もしくはトランスフェクトされているCD4+ T細胞（例えば、CD57- CD4+ T細胞）を少なくとも30％もしくは少なくとも約30％、少なくとも40％もしくは少なくとも約40％、少なくとも50％もしくは少なくとも約50％、少なくとも60％または少なくとも約60％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。ある特定の態様では、培養される濃縮されたCD4+ T細胞（例えば、CD57- CD4+ T細胞）の集団は、CD8+ T細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含み、かつ／または、CD8+ T細胞を含有せず、かつ／または、CD8+ T細胞を含まないもしくは実質的に含まない。
いくつかの態様では、培養される（例えば、増殖および／または増大を促進する条件下で）濃縮されたCD8+ T細胞の集団は、CD8+ T細胞（例えば、CD57- CD8+ T細胞）を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。特定の態様では、該集団は、組換え受容体を発現するおよび／または組換えポリヌクレオチドで形質導入もしくはトランスフェクトされているCD8+ T細胞（例えば、CD57- CD8+ T細胞）を少なくとも30％もしくは少なくとも約30％、少なくとも40％もしくは少なくとも約40％、少なくとも50％もしくは少なくとも約50％、少なくとも60％または少なくとも約60％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％、または100％もしくは約100％含む。ある特定の態様では、刺激条件下でインキュベートされる濃縮されたCD8+ T細胞の集団は、CD4+ T細胞を40％未満もしくは約40％未満、35％未満もしくは約35％未満、30％未満もしくは約30％未満、25％未満もしくは約25％未満、20％未満もしくは約20％未満、15％未満もしくは約15％未満、10％未満もしくは約10％未満、5％未満もしくは約5％未満、1％未満もしくは約1％未満、0.1％未満もしくは約0.1％未満、または0.01％未満もしくは約0.01％未満含み、かつ／または、CD4+ T細胞を含有せず、かつ／または、CD4+ T細胞を含まないもしくは実質的に含まない。
ある特定の態様では、2つの別個の集団は、濃縮されたCD4+ T細胞、例えば、濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞の集団を含む。特定の態様では、2つの別個の集団は、濃縮されたCD8+ T細胞、例えば、濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の集団を含む。いくつかの態様では、濃縮されたCD4+ T細胞および濃縮されたCD8+ T細胞の2つの別個の集団、例えば、濃縮されたCD27+ CD4+ T細胞および濃縮されたCD27+ CD8+ T細胞の2つの別個の集団は、例えば増殖および／または増大を促進する条件下で、別々に培養される。いくつかの態様では、濃縮T細胞の単一集団、例えば、CD27+ CD4+ T細胞およびCD27+ CD8+ T細胞を含むまたは含有する単一集団が、培養される。ある特定の態様では、単一集団は、濃縮されたCD4+ T細胞の集団である。いくつかの態様では、単一集団は、培養前に別個の集団から組み合わされた、濃縮されたCD4+およびCD8+ T細胞の集団である。
いくつかの態様において、例えば増殖および／または拡大増殖を促進する条件下で培養される濃縮されたCD4+ T細胞（例えばCD27+CD4+ T細胞）の集団は、CD4+ T細胞（例えばCD27+CD4+ T細胞）を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％または100％もしくは約100％含む。いくつかの態様において、集団は、組換え受容体を発現する、および／または組換えポリヌクレオチドを形質導入もしくはトランスフェクトされたCD4+ T細胞（例えばCD27+CD4+ T細胞）を少なくとも30％もしくは少なくとも約30％、少なくとも40％もしくは少なくとも約40％、少なくとも50％もしくは少なくとも約50％、少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％または100％もしくは約100％含む。特定の態様において、培養される濃縮されたCD4+ T細胞（例えばCD27+CD4+ T細胞）の集団は、CD8+ T細胞を40％もしく約40％未満、35％もしくは約35％未満、30％もしくは約30％未満、25％もしくは約25％未満、20％もしくは約20未満、15％もしくは約15％未満、10％もしくは約10％未満、5％もしくは約5％未満、1％もしくは約1％未満、0.1％もしくは約0.1％未満または0.01％もしくは約0.01未満しか含まない、および／またはCD8+ T細胞を含有しない、および／またはCD8+ T細胞を含まない、もしくは実質的に含まない。
いくつかの態様において、例えば増殖および／または拡大増殖を促進する条件下で培養される濃縮されたCD8+ T細胞の集団は、CD8+ T細胞（例えばCD27+CD8+ T細胞）を少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％または100％もしくは約100％含む。特定の態様において、集団は、組換え受容体を発現する、および／または組換えポリヌクレオチドを形質導入もしくはトランスフェクトされたCD8+ T細胞（例えばCD27+CD8+ T細胞）を少なくとも30％もしくは少なくとも約30％、少なくとも40％もしくは少なくとも約40％、少なくとも50％もしくは少なくとも約50％、少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、少なくとも99.5％もしくは少なくとも約99.5％、少なくとも99.9％もしくは少なくとも約99.9％または100％もしくは約100％含む。特定の態様において、刺激条件下で培養される濃縮されたCD8+ T細胞の集団は、CD4+ T細胞を40％もしく約40％未満、35％もしくは約35％未満、30％もしくは約30％未満、25％もしくは約25％未満、20％もしくは約20未満、15％もしくは約15％未満、10％もしくは約10％未満、5％もしくは約5％未満、1％もしくは約1％未満、0.1％もしくは約0.1％未満または0.01％もしくは約0.01未満しか含まない、および／またはCD4+ T細胞を含有しない、および／またはCD4+ T細胞を含まない、もしくは実質的に含まない。
いくつかの態様において、培養は、初代免疫細胞、例えばヒトTリンパ球の成長に適した温度、例えば少なくとも25℃もしくは少なくとも約25℃、一般に少なくとも30℃もしくは少なくとも約30℃および一般に37℃もしくは約37℃を含む条件下で実施される。いくつかの態様において、濃縮されたT細胞の集団は、25～38℃、例えば30～37℃、例えば37℃±2℃もしくは約37℃±2℃の温度でインキュベートされる。いくつかの態様において、インキュベーションは、培養、例えば培養（cultivation）または拡大増殖が細胞の所望のまたは閾値の密度、濃度、数または用量を生じさせるまでの期間、実施される。いくつかの態様において、培養は、24時間超もしくは約24時間超または約24時間もしくは24時間、48時間超もしくは約48時間超または約48時間もしくは48時間、72時間超もしくは約72時間超または約72時間もしくは72時間、96時間超もしくは約96時間超または約96時間もしくは96時間、5日超もしくは約5日超または約5日もしくは5日、6日超もしくは約6日超または約6日もしくは6日、7日超もしくは約7日超または約7日もしくは7日、8日超もしくは約8日超または約8日もしくは8日、9日超もしくは約9日超または約9日もしくは9日の期間、またはそれ以上である。
いくつかの態様において、細胞は、培養の開始時における細胞の量、濃度または密度と比べて少なくとも50％、少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも100％もしくは少なくとも約100％、少なくとも150％もしくは少なくとも約150％、少なくとも1倍もしくは少なくとも約1倍、少なくとも2倍もしくは少なくとも約2倍、少なくとも3倍もしくは少なくとも約3倍、少なくとも4倍もしくは少なくとも約4倍、少なくとも5倍もしくは少なくとも約5倍、少なくとも10倍もしくは少なくとも約10倍、少なくとも20倍もしくは少なくとも約20倍、少なくとも50倍もしくは少なくとも約50倍の大きさである量、濃度または密度である拡大増殖閾値を達成するために培養される。
実施例に記載するように、集団倍加の数は、治療用T細胞組成物（例えばアウトプット組成物）で治療された患者における無増悪生存期間の確率と逆相関する。したがって、いくつかの態様において、集団倍加の数は1、2、3、4、5、6、8、9または10集団倍加以下である。いくつかの態様において、集団倍加の数は1、2、3、4、5または6集団倍加以下である。いくつかの態様において、ナイーブ様および／またはセントラルメモリーT細胞を少なくとも55％もしくは少なくとも約55％、少なくとも60％もしくは少なくとも約60％、少なくとも65％もしくは少なくとも約65％、少なくとも70％もしくは少なくとも約70％、少なくとも75％もしくは少なくとも約75％、少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも91％もしくは少なくとも約91％、少なくとも92％もしくは少なくとも約92％、少なくとも93％もしくは少なくとも約93％、少なくとも94％もしくは少なくとも約94％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも96％もしくは少なくとも約96％、少なくとも97％もしくは少なくとも約97％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％または少なくとも99％もしくは少なくとも約99％含むT細胞組成物（例えば操作されたCD4+、CD+8 T細胞）を拡大増殖させることによって集団倍加数の減少（例えば6以下）が達成される。いくつかの態様において、CD57+ T細胞を45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％または1％以下しか含まないT細胞組成物（例えば操作されたCD4+、CD+8 T細胞）を拡大増殖させることによって集団倍加数の減少（例えば6以下）が達成される。いくつかの態様において、0.05×10^6個/mL、0.1×10^6個/mL、0.15×10^6個/mL、0.2×10^6個/mL、0.25×10^6個/mL、0.3×10^6個/mL、0.35×10^6個/mL、0.4×10^6個/mL、0.45×10^6個/mLよりも高い播種密度を使用することによって集団倍加数の減少（例えば6以下）が達成される。
条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオンおよび／または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体および細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質の1つまたは複数を含むことができる。
特定の態様において、CD57- T細胞が濃縮された操作されたT細胞の組成物は1つまたは複数のサイトカインの存在下で培養される。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインは組換えサイトカインである。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインはヒト組換えサイトカインである。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインは、T細胞によって発現される、および／またはT細胞に内在性である受容体に結合する、および／または結合することができる。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインは、4－アルファヘリックスバンドルファミリーのサイトカインのメンバーである、またはそれを含む。いくつかの態様において、4－アルファヘリックスバンドルファミリーのサイトカインのメンバーとしては、インターロイキン-2（IL-2）、インターロイキン-4（IL-4）、インターロイキン-7（IL-7）、インターロイキン-9（IL-9）、インターロイキン12（IL-12）、インターロイキン15（IL-15）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）および顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）があるが、それらに限定されない。いくつかの態様において、1つまたは複数のサイトカインはIL-15である、またはIL-15を含む。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインはIL-7である、またはIL-7を含む。特定の態様において、1つまたは複数のサイトカインは組換えIL-2である、または組換えIL-2を含む。
いくつかの局面において、インキュベーションは、Riddellらへの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al. (2012) J Immunother. 35(9): 651-660、Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82および／またはWang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701に記載されているものなどの技術にしたがって実施される。
いくつかの態様において、培養の少なくとも一部分は、例えば国際公開公報第2016/073602号に記載されているように、遠心チャンバの内部キャビティ中、例えば遠心回転下で実施される。いくつかの態様において、遠心チャンバ中で実施されるインキュベーションの少なくとも一部分は、刺激および／または活性化を誘導するための試薬との混合を含む。いくつかの態様において、細胞、例えば選択された細胞が遠心チャンバ中で刺激条件または刺激物質と混合される。そのようなプロセスのいくつか局面において、一定量の細胞が、細胞培養プレートまたは他のシステム中で類似の刺激を実施するとき通常に用いられるよりもはるかに少ない量の1つまたは複数の刺激条件または物質と混合される。
いくつかの態様において、インキュベーションは、例えば、10mL～2,000mL、例えば少なくとも10mLもしくは約少なくとも10mLもしくは約10mLもしくは10mL、少なくとも20mLもしくは約少なくとも20mLもしくは約20mLもしくは20mL、少なくとも30mLもしくは約少なくとも30mLもしくは約30mLもしくは30mL、少なくとも40mLもしくは約少なくとも40mLもしくは約40mLもしくは40mL、少なくとも50mLもしくは約少なくとも50mLもしくは約50mLもしくは50mL、少なくとも60mLもしくは約少なくとも60mLもしくは約60mLもしくは60mL、少なくとも70mLもしくは約少なくとも70mLもしくは約70mLもしくは70mL、少なくとも80mLもしくは約少なくとも80mLもしくは約80mLもしくは80mL、少なくとも90mLもしくは約少なくとも90mLもしくは約90mLもしくは90mL、少なくとも100mLもしくは約少なくとも100mLもしくは約100mLもしくは100mL、少なくとも150mLもしくは約少なくとも150mLもしくは約150mLもしくは150mL、少なくとも200mLもしくは約少なくとも200mLもしくは約200mLもしくは200mL、少なくとも300mLもしくは約少なくとも300mLもしくは約300mLもしくは300mL、少なくとも400mLもしくは約少なくとも400mLもしくは約400mLもしくは400mL、少なくとも500mLもしくは約少なくとも500mLもしくは約500mLもしくは500mL、少なくとも600mLもしくは約少なくとも600mLもしくは約600mLもしくは600mL、少なくとも700mLもしくは約少なくとも700mLもしくは約700mLもしくは700mL、少なくとも800mLもしくは約少なくとも800mLもしくは約800mLもしくは800mL、少なくとも900mLもしくは約少なくとも900mLもしくは約900mLもしくは900mL、少なくとも1000mLもしくは約少なくとも1000mLもしくは約1000mLもしくは1000mL、少なくとも1200mLもしくは約少なくとも1200mLもしくは約1200mLもしくは1200mL、少なくとも1400mLもしくは約少なくとも1400mLもしくは約1400mLもしくは1400mL、少なくとも1600mLもしくは約少なくとも1600mLもしくは約1600mLもしくは1600mL、少なくとも1800mLもしくは約少なくとも1800mLもしくは約1800mLもしくは1800mL、少なくとも2000mLもしくは約少なくとも2000mLもしくは約2000mLもしくは2000mL、少なくとも2200mLもしくは約少なくとも2200mLもしくは約2200mLもしくは2200mLまたは少なくとも2400mLもしくは約少なくとも2400mLもしくは約2400mLもしくは2400mLの目標量を達成するために、細胞および刺激物質への培養バッファーの添加とともに実施される。いくつかの態様において、インキュベーションバッファーおよび刺激物質は細胞への添加の前に混合される。いくつかの態様において、刺激インキュベーションは、定期的な静かな混合条件で実施され、それが、細胞の刺激および活性化を達成しながらも、エネルギー的に好ましい相互作用の促進を支援し、それにより、より少ない全刺激物質の使用を許すことができる。
いくつかの態様において、インキュベーションは一般に、混合条件下、例えば、一般に比較的低い力または速度、例えば細胞をペレット化するために使用される速度よりも低い速度、例えば600rpm～1700rpmまたは約600rpm～1700rpm（例えば、600rpmもしくは約600rpmもしくは少なくとも600rpm、1000rpmもしくは約1000rpmもしくは少なくとも1000rpmまたは1500rpmもしくは約1500rpmもしくは少なくとも1500rpmまたは1700rpmもしくは約1700rpmもしくは少なくとも1700rpm）のスピンの存在下、例えば試料またはチャンバもしくは他の容器の壁におけるRCF80g～100gまたは約80g～100g（例えば80gもしくは約80gもしくは少なくとも80g、85gもしくは約85gもしくは少なくとも85g、90gもしくは約90gもしくは少なくとも90g、95gもしくは約95gもしくは少なくとも95gまたは100gもしくは約100gもしくは少なくとも100g）で実施される。いくつかの態様において、スピンは、そのような低速でのスピンののち休止期間、例えばスピンおよび／または1、2、3、4、5、6、7、8、9または10秒間の休止、例えば約1または2秒間のスピンののち約5、6、7または8秒間の休止の繰り返し間隔を使用して実施される。
特定の態様において、培養は閉鎖系中で実施される。特定の態様において、培養は、閉鎖系中、無菌条件下で実施される。特定の態様において、培養は、提供されるシステムの1つまたは複数の工程と同じ閉鎖系中で実施される。いくつかの態様において、濃縮されたT細胞の集団は閉鎖系から取り出され、培養のためのバイオリアクターに入れられる、および／またはそれに接続される。培養に適したバイオリアクターの例は、GE Xuri W25、GE Xuri W5、Sartorius BioSTAT RM 20|50、Finesse SmartRocker Bioreactor SystemsおよびPall XRS Bioreactor Systemsを含むが、それらに限定されない。いくつかの態様において、バイオリアクターは、培養工程の少なくとも一部分中、細胞を灌流および／または混合するために使用される。
いくつかの態様において、混合は、揺動および／またはモーショニングである、またはそれらを含む。場合によっては、バイオリアクターは、モーショニングまたは揺動に供することができ、それが、いくつかの局面において、酸素移動を増すことができる。バイオリアクターのモーショニングとしては、バイオリアクターの水平軸に沿う回転、バイオリアクターの垂直軸に沿う回転、バイオリアクターの傾斜した水平軸に沿う揺動またはそれらの任意の組み合わせがあるが、それに限定されない。いくつかの態様において、インキュベーションの少なくとも一部分は揺動とともに実施される。揺動速度および揺動角は、所望のかく拌を達成するように調節され得る。いくつかの態様において、揺動角は、20°、19°、18°、17°、16°、15°、14°、13°、12°、11°、10°、9°、8°、7°、6°、5°、4°、3°、2°または1°である。特定の態様において、揺動角は6～16°である。他の態様において、揺動角は7～16°である。他の態様において、揺動角は8～12°である。いくつかの態様において、揺動速度は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40rpmである。いくつかの態様において、揺動速度は4～12rpm、例えば4～6rpm（両端の値を含む）である。
いくつかの態様において、バイオリアクターは、0.01L/分、約0.01L/分もしくは少なくとも0.01L/分、0.05L/分、約0.05L/分もしくは少なくとも0.05L/分、0.1L/分、約0.1L/分もしくは少なくとも0.1L/分、0.2L/分、約0.2L/分もしくは少なくとも0.2L/分、0.3L/分、約0.3L/分もしくは少なくとも0.3L/分、0.4L/分、約0.4L/分もしくは少なくとも0.4L/分、0.5L/分、約0.5L/分もしくは少なくとも0.5L/分、1.0L/分、約1.0L/分もしくは少なくとも1.0L/分、1.5L/分、約1.5L/分もしくは少なくとも1.5L/分または2.0L/分、約2.0L/分もしくは少なくとも2.0L/分または2.0L/分超の一定空気流で37℃または37℃付近の温度および5％または5％付近のC02レベルを維持する。特定の態様において、培養の少なくとも一部分は、灌流、例えば、例えば培養の開始時に対するタイミングおよび／または培養される細胞の密度に依存して290ml／日、580ml／日および／または1160ml／日での灌流とともに実施される。いくつかの態様において、細胞培養拡大増殖の少なくとも一部分は、揺動、例えば5°～10°、例えば6°の角度、一定の揺動速度、例えば5～15RPM、例えば6RMPまたは10RPMの揺動速度での揺動とともに実施される。
いくつかの態様において、培養工程の少なくとも一部分は、一定の灌流下、例えば低い一定速度での灌流下で実施される。いくつかの態様において、灌流は、液体、例えば使用済み培地の流出および新鮮な培地の流入である、またはそれらを含む。特定の態様において、灌流は使用済み培地を新鮮な培地で置き換える。いくつかの態様において、培養の少なくとも一部分は、100ml／日もしくは約100ml／日もしくは少なくとも100ml／日、200ml／日もしくは約200ml／日もしくは少なくとも200ml／日、250ml／日もしくは約250ml／日もしくは少なくとも250ml／日、275ml／日もしくは約275ml／日もしくは少なくとも275ml／日、290ml／日もしくは約290ml／日もしくは少なくとも290ml／日、300ml／日もしくは約300ml／日もしくは少なくとも300ml／日、350ml／日もしくは約350ml／日もしくは少なくとも350ml／日、400ml／日もしくは約400ml／日もしくは少なくとも400ml／日、450ml／日もしくは約450ml／日もしくは少なくとも450ml／日、500ml／日もしくは約500ml／日もしくは少なくとも500ml／日、550ml／日もしくは約550ml／日もしくは少なくとも550ml／日、575ml／日もしくは約575ml／日もしくは少なくとも575ml／日、580ml／日もしくは約580ml／日もしくは少なくとも580ml／日、600ml／日もしくは約600ml／日もしくは少なくとも600ml／日、650ml／日もしくは約650ml／日もしくは少なくとも650ml／日、700ml／日もしくは約700ml／日もしくは少なくとも700ml／日、750ml／日もしくは約750ml／日もしくは少なくとも750ml／日、800ml／日もしくは約800ml／日もしくは少なくとも800ml／日、850ml／日もしくは約850ml／日もしくは少なくとも850ml／日、900ml／日もしくは約900ml／日もしくは少なくとも900ml／日、950ml／日もしくは約950ml／日もしくは少なくとも950ml／日、1000ml／日もしくは約1000ml／日もしくは少なくとも1000ml／日、1100ml／日もしくは約1100ml／日もしくは少なくとも1100ml／日、1160ml／日もしくは約1160ml／日もしくは少なくとも1160ml／日、1200ml／日もしくは約1200ml／日もしくは少なくとも1200ml／日、1400ml／日もしくは約1400ml／日もしくは少なくとも1400ml／日、1500ml／日もしくは約1500ml／日もしくは少なくとも1500ml／日、1600ml／日もしくは約1600ml／日もしくは少なくとも1600ml／日、1800ml／日もしくは約1800ml／日もしくは少なくとも1800ml／日、2000ml／日もしくは約2000ml／日もしくは少なくとも2000ml／日、2200ml／日もしくは約2200ml／日もしくは少なくとも2200ml／日または2400ml／日もしくは約2400ml／日もしくは少なくとも2400ml／日の定速での灌流下で実施される。
ある特定の態様では、細胞療法において使用するための提供される方法から生成された操作されたT細胞組成物は、活性でありかつ増大し、かつ／または、対象に投与された際にインビボで活性化および増大可能である。特定の態様では、細胞は、インビボ有効性、活性および／または増大を示すかまたはそれに関連する特徴および／または特性を呈する。例えば、いくつかの態様では、そのような特徴または特性は、対象へのインビボ投与後の活性化、増殖および／または増大に関連するタンパク質、例えば表面タンパク質の発現を含み得る。
ある特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞組成物は、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも大きなCD25発現を有する。いくつかの態様では、提供される方法によって生成または産生された操作されたT細胞組成物の細胞は、代替および／または例示的なプロセスによって生成または産生されたT細胞よりも大きなCD25発現を有する。いくつかの態様では、提供されるプロセスによって生成された集団のT細胞の少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％が、CD25染色に陽性であり、例えば、検出可能な量のCD25を発現する。特定の態様では、操作されたT細胞組成物は、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞の組成物よりも大きな頻度のCD25陽性細胞を含有する。いくつかの態様では、該組成物の細胞は、例えば、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞と比較して、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍多くのCD25を発現する。
ある特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞の組成物は、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも大きなCD27発現を有する。特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された操作された組成物のT細胞は、代替および／または例示的なプロセスによって生成または産生されたT細胞よりも大きなCD27発現を有する。ある特定の態様では、提供されるプロセスによって生成された組成物のT細胞の少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％が、CD27染色に陽性であり、例えば、検出可能な量のCD27を発現する。特定の態様では、該組成物は、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞の組成物よりも大きな頻度のCD27陽性細胞を含有する。いくつかの態様では、該組成物の細胞は、例えば、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞と比較して、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍多くのCD27を発現する。ある特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞組成物は、CD27発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。ある特定の態様では、操作されたT細胞組成物は、CD27発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。
ある特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞の組成物は、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27-T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低いCD57発現を有する。特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された操作された組成物のT細胞は、代替および／または例示的なプロセスによって生成または産生されたT細胞よりも大きなCD57発現を有する。ある特定の態様では、提供されるプロセスによって生成された組成物のT細胞の少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％が、CD57染色に陰性であり、例えば、検出可能な量のCD57を発現しない。特定の態様では、該組成物は、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞の組成物よりも大きな頻度のCD57陰性細胞を含有する。いくつかの態様では、該組成物の細胞は、例えば、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞と比較して、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍少ないCD57を発現する。ある特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞組成物は、CD57発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27-T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。ある特定の態様では、操作されたT細胞組成物は、CD57発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27- T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。
いくつかの態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞は、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも大きなKi67発現を有する。ある特定の態様では、操作されたT細胞組成物は、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも大きなKi67発現を有する。いくつかの態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞は、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27- T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも大きなKi67発現を有する。ある特定の態様では、操作されたT細胞組成物は、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27- T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも大きなKi67発現を有する。特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された組成物のT細胞は、代替および／または例示的なプロセスによって生成または産生されたT細胞よりも大きなKi67発現を有する。ある特定の態様では、提供されるプロセスによって生成された組成物のT細胞の少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％が、Ki67染色に陽性であり、例えば、検出可能な量のKi67を発現する。特定の態様では、該組成物は、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞の組成物よりも大きな頻度のKi67陽性細胞を含有する。いくつかの態様では、該組成物の細胞は、例えば、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞と比較して、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍多くのKi67を発現する。ある特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作された組成物は、Ki67発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。ある特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作された組成物は、Ki67発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27- T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。
いくつかの態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞組成物は、組換え受容体（例えば、キメラ抗原受容体；CAR）発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。いくつかの態様では、操作されたT細胞組成物は、組換え受容体（例えば、キメラ抗原受容体；CAR）発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。いくつかの態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞組成物は、組換え受容体（例えば、キメラ抗原受容体；CAR）発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27- T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。いくつかの態様では、操作されたT細胞組成物は、組換え受容体（例えば、キメラ抗原受容体；CAR）発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27- T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。いくつかの態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞の組成物は、遺伝子操作（例えば、ノックイン）によって細胞に導入された組換え受容体発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。いくつかの態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞の組成物は、遺伝子操作（例えば、ノックイン）によって細胞に導入された組換え受容体発現の変動係数（CV）が、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27- T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも低い。
特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞の組成物は、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD57+ T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも大きなCD28発現を有する。特定の態様では、提供される方法によって生成または産生された、例えば、細胞療法において使用するための、操作されたT細胞の組成物は、代替および／または例示的なプロセス（例えば、より高頻度のCD27- T細胞を含有するT細胞の集団を刺激する、操作するおよび／または培養するプロセス）によって生成または産生された細胞よりも大きなCD28発現を有する。いくつかの態様では、提供される方法によって生成または産生された組成物のT細胞は、代替および／または例示的なプロセスによって生成または産生されたT細胞よりも大きなCD28発現を有する。ある特定の態様では、提供されるプロセスによって生成された組成物のT細胞の少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％が、CD28染色に陽性であり、例えば、検出可能な量のCD28を発現する。特定の態様では、該組成物は、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞の組成物よりも大きな頻度のCD28陽性細胞を含有する。いくつかの態様では、該組成物の細胞は、例えば、代替および／または例示的なプロセスによって産生または生成された細胞と比較して、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍多くのCD28を発現する。
ある特定の態様では、提供される方法は、細胞療法での使用に適した操作されたT細胞の組成物を成功裏に生成または産生することに関連して使用される。いくつかの態様では、組成物は、組成物の細胞が培養中に目的の細胞数、密度および／または増大を達成した場合、成功裏に生成される。
H. 細胞の採取、収集、および製剤化
いくつかの態様では、細胞療法および／または操作された細胞を製造、生成または産生するための1つまたは複数の処理工程（例えば、遠心チャンバーおよび／または閉鎖系で行われる）は、細胞の製剤化、例えば、培養（例えば、培養および増大）の前もしくは後の提供される処理工程ならびに／または記載されるような1つもしくは複数の他の処理工程から得られる、遺伝子操作された細胞の製剤化を含み得る。いくつかの態様では、細胞の製剤化に関連する提供される方法は、形質導入された細胞、例えば、閉鎖系において上述した処理工程を使用して形質導入および／または増大された細胞を処理することを含む。いくつかの態様では、形質導入された細胞は、個別のドナーからのものである。いくつかの態様では、個別のドナーからの形質導入された細胞は、1つまたは複数の他の個別のドナーの形質導入された細胞と組み合わせて、複数の異なるドナーからの形質導入された細胞を産生する。いくつかの態様では、形質導入された細胞は、複数の異なるドナーからのものである。いくつかの態様では、増大された細胞は、個別のドナーからのものである。いくつかの態様では、個別のドナーからの増大された細胞は、1つまたは複数の他の個別のドナーからの増大された細胞と組み合わせて、複数の異なるドナーからの増大された細胞を産生する。いくつかの態様では、増大された細胞は、複数の異なるドナーに由来する。
いくつかの態様では、刺激試薬は、製剤化する前に、細胞から除去および／または分離される。特定の態様では、刺激試薬は、培養の後に、細胞から除去および／または分離される。ある特定の態様では、刺激剤は、例えば増殖および／または増大を促進する条件下での培養に続いてかつ培養された細胞を製剤化する前に、細胞から除去および／または分離される。ある特定の態様では、刺激試薬は、本明細書に、例えば、セクションIII.A.1に記載される刺激試薬である。特定の態様では、刺激試薬は、本明細書に、例えば、セクションIII.A.2に記載されるように、細胞から除去および／または分離される。
いくつかの態様では、細胞は、培養中に閾細胞数、密度および／または増大が達成された後、0日～10日、0～5日、2日～7日、0.5日～4日、または1日～3日で製剤化される。ある特定の態様では、細胞は、培養中に閾細胞数、密度および／または増大が達成された後、12時間、18時間、24時間、1日、2日、もしくは3日で、または12時間、18時間、24時間、1日、2日、もしくは3日で、または約12時間、18時間、24時間、1日、2日、もしくは3日で、または12時間、18時間、24時間、1日、2日、もしくは3日以内に製剤化される。いくつかの態様では、細胞は、培養中に閾細胞数、密度および／または増大が達成された後、1日以内または約1日以内に製剤化される。
ある特定の態様では、刺激の開始から細胞を収集、採取または製剤化するまでの時間は、36時間、42時間、48時間、54時間、60時間、72時間、84時間、96時間、108時間、もしくは120時間であるか、約36時間、42時間、48時間、54時間、60時間、72時間、84時間、96時間、108時間、もしくは120時間であるか、または36時間、42時間、48時間、54時間、60時間、72時間、84時間、96時間、108時間、もしくは120時間未満である。ある特定の態様では、刺激の開始から細胞を収集、採取または製剤化するまでの時間は、1.5日、2日、3日、4日、もしくは5日であるか、約1.5日、2日、3日、4日、もしくは5日であるか、または1.5日、2日、3日、4日、もしくは5日未満である。いくつかの態様では、操作された細胞を生成するための、刺激の開始から細胞を収集、採取または製剤化するまでの時間は、36時間～120時間、48時間～96時間、もしくは48時間～72時間、または約36時間～120時間、48時間～96時間、もしくは48時間～72時間（両端の値を含む）、あるいは、1.5日～5日、2日～4日、もしくは2日～3日、または約1.5日～5日、2日～4日、もしくは2日～3日（両端の値を含む）である。特定の態様では、インキュベーションの開始から細胞を採取、収集または製剤化するまでの時間は、48時間、72時間、もしくは96時間であるか、約48時間、72時間、もしくは96時間であるか、または48時間、72時間、もしくは96時間未満である。特定の態様では、インキュベーションの開始から細胞を採取、収集または製剤化するまでの時間は、2日、3日、もしくは4日であるか、約2日、3日、もしくは4日であるか、または2日、3日、もしくは4日未満である。特定の態様では、インキュベーションの開始から細胞を採取、収集または製剤化するまでの時間は、48時間±6時間、72時間±6時間、または96時間±6時間である。特定の態様では、インキュベーションの開始から細胞を採取、収集または製剤化するまでの時間は、96時間もしくは4日であるか、または約96時間もしくは4日である。
ある特定の態様では、細胞は、少なくとも組み込まれたベクターがゲノム中で検出されたときに、採取または収集される。いくつかの態様では、細胞は、安定した2倍体ゲノム当たりの組み込みベクターコピー数（iVCN）の前に、採取または収集される。特定の態様では、細胞は、組み込まれたベクターがゲノム中で検出された後であるが安定した2倍体ゲノム当たりのiVCNが達成される前に、採取または収集される。いくつかの態様では、採取または収集された細胞は、個別のドナーからのものである。いくつかの態様では、個別のドナーからの採取または収集された細胞は、1つまたは複数の他の個別のドナーからの採取または収集された細胞と組み合わせて、複数の異なるドナーからの採取または収集された細胞を産生する。いくつかの態様では、採取または収集された細胞は、複数の異なるドナーからのものである。
いくつかの態様では、細胞は、iVCNが二倍体ゲノム当たり5.0、4.0、3.0、2.5、2.0、1.75、1.5、1.25、1.2、1.1、1.0、0.9、0.8、0.75、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3もしくは0.25コピーに達する、約5.0、4.0、3.0、2.5、2.0、1.75、1.5、1.25、1.2、1.1、1.0、0.9、0.8、0.75、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3もしくは0.25コピーに達する、または少なくとも5.0、4.0、3.0、2.5、2.0、1.75、1.5、1.25、1.2、1.1、1.0、0.9、0.8、0.75、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3もしくは0.25コピーに達する前に採取または収集される。特定の態様では、細胞は、iVCNが二倍体ゲノム当たり1.0コピーまたは約1.0コピーに達する前に採取または収集される。いくつかの態様では、細胞は、iVCNが二倍体ゲノム当たり0.5コピーまたは約0.5コピーに達する前に収集または採取される。
ある特定の態様では、細胞は、1回、2回、3回、4回、5回、6回、8回、10回、20回もしくはそれ以上の細胞集団の細胞倍加、例えば、インキュベートの間に行われる倍加の前に、約1回、2回、3回、4回、5回、6回、8回、10回、20回もしくはそれ以上の細胞集団の細胞倍加、例えば、インキュベートの間に行われる倍加の前に、または少なくとも1回、2回、3回、4回、5回、6回、8回、10回、20回もしくはそれ以上の細胞集団の細胞倍加、例えば、インキュベートの間に行われる倍加の前に採取される。
特定の態様では、細胞は、細胞の総数、例えば、インキュベートされた細胞またはインキュベーションを受けた細胞の総数が、インプット集団の細胞の数、例えば、刺激試薬と接触させた細胞の総数の1、2、3、4、5、6、8、10、20倍もしくは20倍より多くを超える前または約1、2、3、4、5、6、8、10、20倍もしくは20倍より多くを超える前の時間に採取または収集される。いくつかの態様では、細胞は、インキュベートされた細胞の総数が、形質転換、形質導入またはスピノキュレートされた細胞の総数、例えば、ウイルスベクターと接触させた細胞の総数の1、2、3、4、5、6、8、10、20倍もしくは20倍より多くを超える前または約1、2、3、4、5、6、8、10、20倍もしくは20倍より多くを超える前の時間に採取または収集される。ある特定の態様では、細胞は、T細胞、生存T細胞、CD3+ T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、CARを発現するT細胞、または前記のいずれかの組み合わせである。特定の態様では、細胞は、細胞の総数がインプット集団の細胞の総数を超える前の時間に採取または収集される。様々な態様では、細胞は、生存CD3+ T細胞の総数がインプット集団の生存CD3+細胞の総数を超える前の時間に採取または収集される。特定の態様では、細胞は、細胞の総数が、形質転換、形質導入またはスピノキュレートされた細胞の細胞総数を超える前の時間に採取または収集される。様々な態様では、細胞は、生存CD3+ T細胞の総数が、形質転換、形質導入またはスピノキュレートされた細胞の生存CD3+細胞の総数を超える前の時間に採取または収集される。様々な態様では、細胞は、生存CD4+細胞およびCD8+細胞の総数が、インプット集団の生存CD4+細胞およびCD8+細胞の総数を超える前の時間に採取または収集される。特定の態様では、細胞は、細胞の総数が、形質転換、形質導入またはスピノキュレートされた細胞の細胞総数を超える前の時間に採取または収集される。様々な態様では、細胞は、生存CD4+細胞およびCD8+細胞の総数が、形質転換、形質導入またはスピノキュレートされた細胞の生存CD4+細胞およびCD8+細胞の総数を超える前の時間に採取または収集される。
いくつかの態様では、細胞療法および／または操作された細胞を製造、生成または生産するための提供される方法は、インキュベート、操作および培養、ならびに／または記載されるような1つもしくは複数の他の処理工程の前または後に、提供される処理工程から生じる遺伝子操作された細胞の製剤化などの細胞の製剤化を含み得る。いくつかの態様では、細胞の製剤化に関連する提供される方法は、閉鎖系において、上述した処理工程を使用して形質導入および／または拡大増殖された細胞などの形質導入細胞を処理することを含む。いくつかの態様では、組換え抗原受容体（例えば、CARまたはTCR）で操作された細胞を含む細胞の用量は、薬学的組成物または製剤などの組成物または製剤として提供される。そのような組成物は、提供される方法に従って、例えば、疾患、病態および障害の予防もしくは治療において、または検出、診断および予後判定法において使用することができる。
いくつかの場合において、培養（culturing）、例えば培養（cultivation）および拡大増殖、ならびに／または記載されるような1つもしくは複数の他の処理工程の前または後に、提供される処理工程から生じる遺伝子操作された細胞の製剤化などの細胞の製剤化を含み得る細胞療法および／または操作された細胞を製造、生成または生産するための1つまたは複数の工程（例えば、遠心チャンバおよび／または閉鎖系において行われる）において、細胞が処理される。いくつかの場合において、細胞は、単回単位用量投与または複数回用量投与などの投薬のための量で製剤化することができる。いくつかの態様では、細胞の製剤化に関連する提供される方法は、閉鎖系において、上述した処理工程を使用して形質導入および／または拡大増殖された細胞などの形質導入細胞を処理することを含む。
ある特定の態様では、濃縮されたT細胞の1つまたは複数の組成物が製剤化される。特定の態様では、濃縮されたT細胞の1つまたは複数の組成物は、1つまたは複数の組成物が操作および／または培養された後に製剤化される。特定の態様では、1つまたは複数の組成物は、インプット組成物である。いくつかの態様では、1つまたは複数のインプット組成物は、あらかじめ凍結保存および貯蔵されており、インキュベーションの前に融解される。
ある特定の態様では、製剤化された細胞は、アウトプット細胞である。いくつかの態様では、製剤化された細胞は、個別のドナーに由来する。いくつかの態様では、個別のドナーからの製剤化された細胞は、1つまたは複数の他の個別のドナーからの製剤化された細胞と組み合わせて、複数の異なるドナーからの製剤化された細胞を産生する。いくつかの態様では、製剤化された細胞は、複数の異なるドナーに由来する。いくつかの態様では、濃縮されたT細胞の製剤化された組成物は、濃縮されたT細胞のアウトプット組成物である。特定の態様では、製剤化されたCD4+ T細胞および製剤化されたCD8+ T細胞は、アウトプットCD4+ T細胞およびアウトプットCD8+ T細胞である。特定の態様では、製剤化された細胞組成物、例えば、濃縮されたCD4+細胞およびCD8+細胞の製剤化された組成物は、アウトプット細胞組成物、例えば、濃縮されたCD4+細胞およびCD8+細胞のアウトプット組成物である。
いくつかの態様では、細胞は、バッグまたはバイアルなどの容器中に製剤化することができる。いくつかの態様では、細胞は、細胞が培養中に閾値細胞数、密度に達した後、および／または拡大増殖が達成された後、0日～10日、0～5日、2日～7日、0.5日～4日、または1日～3日に製剤化される。ある特定の態様では、細胞は、培養中に閾値細胞数、密度、および／または拡大増殖が達成された後、12時間、18時間、24時間、1日、2日もしくは3日目に、または約12時間、18時間、24時間、1日、2日もしくは3日目に、または12時間、18時間、24時間、1日、2日もしくは3日以内に製剤化される。いくつかの態様では、細胞は、培養中に閾値細胞数、密度、および／または拡大増殖が達成された後、1日以内または約1日以内に製剤化される。
ある特定の態様では、細胞は、例えば、閾値がいつ達成されるかにかかわらず、細胞が培養中のより早い時点で製剤化された場合よりも低い活性化状態で採取されるように、最小期間または最小時間培養される。いくつかの態様では、細胞は、培養中に閾値細胞数、密度、および／または拡大増殖が達成された後、0日～3日、例えば、0～3日、1～2日、1日もしくは約1日、2日もしくは約2日、または3日もしくは約3日目に培養される。ある特定の態様では、細胞は、製剤化の前に閾値細胞数、密度、および／または拡大増殖に達し、最小時間または最小期間の間、引き続き培養される。いくつかの態様では、閾値に達した細胞は、1日～14日、2日～7日もしくは3日～6日の最小時間または最小期間、あるいは、2日、3日、4日、5日、6日、7日もしくは7日超、または約2日、3日、4日、5日、6日、7日もしくは7日超の最小培養時間または最小培養期間などの最小期間および／または最小時間培養されるまで、製剤化されない。いくつかの態様では、最小培養時間または最小培養期間は、3日～6日である。
いくつかの態様において、細胞は、いくつかの局面では、薬学的に許容される担体または賦形剤を含みうる薬学的に許容される緩衝液中に配合される。いくつかの態様において、処理は、対象への投与のために薬学的に許容されるかまたは望ましい媒体または配合緩衝液への媒体の交換を含む。いくつかの態様において、処理する段階は、形質導入および/または拡大増殖された細胞を洗浄して、1つまたは複数の任意の薬学的に許容される担体または賦形剤を含みうる薬学的に許容される緩衝液の中に細胞を置き換える段階を伴うことができる。薬学的に許容される担体または賦形剤を含むそのような薬学的形態の例は、細胞および組成物を対象に投与するために許容される形態に関連して以下に記述される任意のものでありうる。いくつかの態様における薬学的組成物は、疾患または状態を処置または予防するのに有効な量、例えば治療上有効または予防上有効な量の細胞を含有する。
「薬学的に許容される担体」は、対象にとって無毒性である、活性成分以外の、薬学的配合物中の成分をいう。薬学的に許容される担体は、緩衝液、賦形剤、安定剤、または保存料を含むが、これらに限定されることはない。
いくつかの局面において、担体の選択は、一部には特定の細胞によって、および/または投与方法によって決定される。したがって、種々の適当な配合物が存在する。例えば、薬学的組成物は保存料を含みうる。適当な保存料としては、例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、および塩化ベンザルコニウムが挙げられうる。いくつかの局面において、2つまたはそれ以上の保存料の混合物が用いられる。保存料またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.0001重量％から約2重量％の量で存在する。担体は、例えばRemington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)によって記述されている。薬学的に許容される担体は一般に、用いられる投与量および濃度でレシピエントに無毒性であり、以下のものが含まれるが、これらに限定されることはない: リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸などの緩衝剤; アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤; 保存料(塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール、メチルもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、3-ペンタノールおよびm-クレゾールなど); 低分子量(約10残基未満)ポリペプチド; 血清アルブミン、ゼラチンもしくは免疫グロブリンなどのタンパク質; ポリビニルピロリドンなどの親水性重合体; グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンもしくはリジンなどのアミノ酸; 単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノースもしくはデキストリンを含む他の炭水化物; EDTAなどのキレート剤; スクロース、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトールなどの糖類; ナトリウムなどの塩形成対イオン; 金属錯体(例えばZn-タンパク質錯体); ならびに/またはポリエチレングリコール(PEG)などの非イオン界面活性剤。
いくつかの局面において緩衝剤が組成物に含まれる。適当な緩衝剤としては、例えばクエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウム、ならびに他のさまざまな酸および塩が挙げられる。いくつかの局面において、2つまたはそれ以上の緩衝剤の混合物が用いられる。緩衝剤またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.001重量％～約4重量％の量で存在する。投与可能な薬学的組成物を調製するための方法は公知である。例示的な方法は、例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Lippincott Williams & Wilkins; 21st ed. (May 1, 2005)においてより詳細に記述されている。
配合物は水溶液を含むことができる。配合物または組成物はまた、各活性が互いに悪影響を及ぼさない場合、細胞で処置される特定の適応症、疾患、または状態に有用な2つ以上の活性成分、好ましくは細胞に補完的な活性を有するものを含有しうる。そのような活性成分は、意図される目的に有効な量で組み合わせて適当に存在する。したがって、いくつかの態様において、薬学的組成物は、化学療法剤、例えばアスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、メトトレキサート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン、および/またはビンクリスチンのような他の薬学的に活性な作用物質または薬物をさらに含む。
いくつかの態様において組成物は、いくつかの局面では、選択されたpHに緩衝されうる、滅菌液体調製物、例えば等張水溶液、懸濁液、乳濁液、分散液、または粘性組成物として提供される。液体組成物は担体を含むことができ、担体は、例えば水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール(例えばグリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール)およびそれらの適当な混合物を含む溶媒または分散媒体であることができる。滅菌注射溶液は、適当な担体、希釈剤、または賦形剤、例えば滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどとの混合物などの溶媒中に細胞を組み込むことによって調製することができる。組成物は、所望される投与経路および製剤に依存して、湿潤剤、分散剤または乳化剤(例えばメチルセルロース)、pH緩衝剤、ゲル化または増粘添加剤、保存料、香味剤、および/または着色剤のような補助物質を含有することができる。いくつかの局面において標準的なテキストを参考にして適当な調製物を調製してもよい。
抗菌保存料、抗酸化剤、キレート剤、および緩衝液を含む、組成物の安定性および無菌性を高めるさまざまな添加剤を添加することができる。微生物の作用の防止は、さまざまな抗菌剤および抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、およびソルビン酸によって確実にすることができる。注射可能な薬学的形態の持続的吸収は、吸収を遅延させる作用物質、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンの使用によってもたらすことができる。
いくつかの態様において、配合緩衝液は凍結保存料を含有する。いくつかの態様において、細胞は、5％～20％ DMSO溶液または5％～10％ DMSO溶液のような、1.0％～30％ DMSO溶液を含有する凍結保存溶液で配合される。いくつかの態様において、凍結保存溶液は、例えば、20％ DMSOおよび8％ヒト血清アルブミン(HSA)を含有するPBS、または他の適当な細胞凍結培地であるか、またはそれを含有する。いくつかの態様において、凍結保存溶液は、例えば、少なくともまたは約7.5％ DMSOであるか、またはそれを含有する。いくつかの態様において、処理段階は、形質導入および/または拡大増殖された細胞を洗浄して、凍結保存料溶液中の細胞と置き換える段階を伴うことができる。いくつかの態様において、細胞は、12.5％、12.0％、11.5％、11.0％、10.5％、10.0％、9.5％、9.0％、8.5％、8.0％、7.5％、7.0％、6.5％、6.0％、5.5％もしくは5.0％ DMSOまたは約12.5％、12.0％、11.5％、11.0％、10.5％、10.0％、9.5％、9.0％、8.5％、8.0％、7.5％、7.0％、6.5％、6.0％、5.5％もしくは5.0％ DMSO、あるいは1％～15％、6％～12％、5％～10％または6％～8％ DMSOの終濃度を有する培地および/または溶液の中で、凍結、例えば、凍結保存または凍結保護される。特定の態様において、細胞は、例えば、5.0％、4.5％、4.0％、3.5％、3.0％、2.5％、2.0％、1.5％、1.25％、1.0％、0.75％、0.5％もしくは0.25％ HSAまたは約5.0％、4.5％、4.0％、3.5％、3.0％、2.5％、2.0％、1.5％、1.25％、1.0％、0.75％、0.5％もしくは0.25％ HSA、あるいは0.1％～-5％、0.25％～4％、0.5％～2％または1％～2％ HSAの終濃度を有する培地および/または溶液の中で、凍結、例えば、凍結保存または凍結保護される。
特定の態様において、濃縮されたT細胞、例えば、刺激され、操作され、および/または培養されたT細胞の組成物は、配合され、凍結保存され、その後にある量の時間の間、貯蔵される。ある種の態様において、配合された凍結保存細胞は、細胞が注入のために放出されるまで貯蔵される。特定の態様において、配合された凍結保存細胞は、1日～6ヶ月、1ヶ月～3ヶ月、1日～14日、1日～7日、3日～6日、6ヶ月～12ヶ月、または12ヶ月よりも長い間貯蔵される。いくつかの態様において、細胞は1日、2日、3日、4日、5日、6日もしくは7日間、約1日、2日、3日、4日、5日、6日もしくは7日間、または1日、2日、3日、4日、5日、6日もしくは7日未満の間、凍結保存および貯蔵される。ある種の態様において、貯蔵後に細胞は融解され、対象に投与される。ある種の態様において、細胞は5日間または約5日間貯蔵される。
いくつかの態様において、配合は、培養細胞または拡大増殖細胞のような、細胞の洗浄、希釈または濃縮を含む1つまたは複数の処理段階を用いて実行される。いくつかの態様において、処理は、所与の用量またはその一部での投与のための細胞の数を含む単位用量形態組成物のような、所望の濃度または数への細胞の希釈または濃度を含むことができる。いくつかの態様において、処理段階は、容量低減を含み、それにより、必要に応じて細胞の濃度を増加させることができる。いくつかの態様において、処理段階は、容量追加を含み、それにより、必要に応じて細胞の濃度を減少させることができる。いくつかの態様において、処理は、形質導入および/または拡大増殖された細胞にある量の配合緩衝液を加えることを含む。いくつかの態様において、配合緩衝液の容量は、少なくとも50 mL、100 mL、200 mL、300 mL、400 mL、500 mL、600 mL、700 mL、800 mL、900 mL、もしくは1000 mL、または少なくとも約50 mL、100 mL、200 mL、300 mL、400 mL、500 mL、600 mL、700 mL、800 mL、900 mL、もしくは1000 mL、または約50 mL、100 mL、200 mL、300 mL、400 mL、500 mL、600 mL、700 mL、800 mL、900 mL、もしくは1000 mL、または50 mL、100 mL、200 mL、300 mL、400 mL、500 mL、600 mL、700 mL、800 mL、900 mL、もしくは1000 mLのような、10 mL～1000 mLまたは約10 mL～1000 mLである。
いくつかの態様において、細胞組成物を配合するためのそのような処理段階は、閉鎖システムで実行される。そのような処理段階の例は、Sepax（登録商標）またはSepax 2（登録商標）細胞処理システムを伴う使用のためのものを含む、Biosafe SAによって製造され販売されている遠心分離チャンバのような、細胞処理システムに関連する1つまたは複数のシステムまたはキットと組み合わせた遠心分離チャンバを用いて実施されうる。例示的なシステムおよび方法は、国際公開WO2016/073602に記述されている。いくつかの態様において、方法は、上述の態様のいずれかにおいて、遠心分離チャンバの内部キャビティからの、薬学的に許容される緩衝液などの配合緩衝液中に配合された細胞の成果組成物である配合化組成物の取り出しを行うことを含む。いくつかの態様において、配合化組成物の取り出しは、閉鎖システムの一部として遠心分離チャンバと機能的に連結されているバッグなどの容器に対するものである。いくつかの態様において、バッグなどの容器は、アウトプットラインまたはアウトプット位置でシステムに接続されている。
いくつかの態様において、遠心分離チャンバまたは細胞処理システムに関連するものなどの閉鎖システムは、チューブラインの各端部に、ポートと接続された多方向のチューブマニホールドを含む多ポートアウトプットキットを含み、配合化組成物の取り出しのために、ポートに1つまたは複数の容器を接続することができる。いくつかの局面において、所望の数または複数のアウトプット容器、例えばバッグを、少なくとも3、4、5、6、7、8つまたはそれ以上のような、1つまたは複数、一般には2つまたはそれ以上の多ポートアウトプットのポートに、滅菌して接続することができる。例えば、いくつかの態様において、1つまたは複数の容器、例えばバッグをポートに取り付けることができ、または全ポートよりも少ないポートに取り付けることができる。したがって、いくつかの態様において、システムは、アウトプット組成物の複数のアウトプットバッグ内への取り出しを行うことができる。
いくつかの局面において、単回投与量の投与または複数回投与量の投与などの投与量の投与の量で、細胞は複数のアウトプットバッグの1つまたは複数に取り出すことができる。例えば、いくつかの態様において、アウトプットバッグはそれぞれ、所与の用量またはその分割量で投与するための細胞数を含有しうる。したがって、いくつかの局面において、各バッグは、投与のための単回用量を含んでいても、2つのアウトプットバッグ、または3つのアウトプットバッグのような、複数のアウトプットバッグのうちの2つ以上が、総合して投与のための1用量を構成するように、所望の用量の分割量を含有していてもよい。
したがって、容器、例えばアウトプットバッグは、一般に、投与される細胞、例えばその1つまたは複数のその単位用量を含む。単位用量は、対象に投与されるべき細胞の量もしくは数、または投与されるべき細胞の数の2倍(もしくはそれ以上)でありうる。それは、対象に投与される細胞の最低の用量または最低可能用量でありうる。
いくつかの態様において、容器、例えば、バッグの各々は、単位用量の細胞を個別に含む。したがって、いくつかの態様において、各容器は、同じ、またはほぼ同じ、もしくは実質的に同じ数の細胞を含む。いくつかの態様において、各単位用量は、少なくともまたは少なくとも約1×106、2×106、5×106、1×107、5×107、または1×108個の操作された細胞、全細胞、T細胞、またはPBMCを含む。いくつかの態様において、各バッグの配合化細胞組成物の容量は、10 mL～100 mL、例えば少なくともまたは少なくとも約20 mL、30 mL、40 mL、50 mL、60 mL、70 mL、80 mL、90 mLもしくは100 mLである。
いくつかの態様において、この方法によって産生されたそのような細胞、またはそのような細胞を含む組成物は、疾患または状態を処置するために対象に投与される。
特定の態様では、提供される方法は、細胞療法に適したCD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を成功裏に生成または産生する確率または可能性を少なくとも80％、少なくとも81％、少なくとも82％、少なくとも83％、少なくとも84％、少なくとも85％、少なくとも86％、少なくとも87％、少なくとも88％、少なくとも89％、少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％有する。ある特定の態様では、確率または可能性は、85％～100％、90％～95％、または92％～94％である。ある特定の態様では、提供される方法は、濃縮されたCD57- T細胞のドナー試料または集団の少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも81％、少なくとも82％、少なくとも83％、少なくとも84％、少なくとも85％、少なくとも86％、少なくとも87％、少なくとも88％、少なくとも89％、少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％から、細胞療法に適したCD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を成功裏に生成または産生する。
特定の態様では、提供される方法は、細胞療法に適したCD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を成功裏に生成または産生する確率または可能性を少なくとも80％、少なくとも81％、少なくとも82％、少なくとも83％、少なくとも84％、少なくとも85％、少なくとも86％、少なくとも87％、少なくとも88％、少なくとも89％、少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％有する。ある特定の態様では、確率または可能性は、85％～100％、90％～95％、または92％～94％である。ある特定の態様では、提供される方法は、濃縮されたCD27+ T細胞のドナー試料または集団の少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも81％、少なくとも82％、少なくとも83％、少なくとも84％、少なくとも85％、少なくとも86％、少なくとも87％、少なくとも88％、少なくとも89％、少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％から、細胞療法に適したCD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物を成功裏に生成または産生する。
ある種の態様において、刺激の開始から細胞を回収、収集、または配合することまでの、操作された細胞を作製するための提供されるプロセスの総持続時間は、36時間、42時間、48時間、54時間、60時間、72時間、84時間、96時間、108時間、もしくは120時間であるか、約36時間、約42時間、約48時間、約54時間、約60時間、約72時間、約84時間、約96時間、約108時間、もしくは約120時間であるか、または36時間未満、42時間未満、48時間未満、54時間未満、60時間未満、72時間未満、84時間未満、96時間未満、108時間未満、もしくは120時間未満である。ある種の態様において、刺激の開始から細胞を回収、収集、または配合することまでの、操作された細胞を作製するための提供されるプロセスの総持続時間は、1.5日、2日、3日、4日、もしくは5日であるか、約1.5日、約2日、約3日、約4日、もしくは約5日であるか、または1.5日未満、2日未満、3日未満、4日未満、もしくは5日未満である。いくつかの態様において、刺激の開始から細胞を回収、収集、または配合することまでの、操作された細胞を作製するための提供されるプロセスの総持続時間は、36時間～120時間もしくは約36時間～約120時間、48時間～96時間もしくは約48時間～約96時間、または48時間～72時間もしくは約48時間～約72時間（両端の値を含む）、または、1.5日～5日もしくは約1.5日～約5日、2日～4日もしくは約2日～約4日、または2日～3日もしくは約2日～約3日（両端の値を含む）である。特定の態様において、インキュベーションの開始から細胞の回収、収集、または配合まで測定される場合の、提供されるプロセスを完了するための時間量は、48時間、72時間、もしくは96時間であるか、約48時間、約72時間、もしくは約96時間であるか、または48時間未満、72時間未満、もしくは96時間未満であるか、または2日、3日、もしくは4日であるか、約2日、約3日、もしくは約4日であるか、または2日未満、3日未満、もしくは4日未満である。特定の態様において、インキュベーションの開始から細胞の収集、回収、または配合まで測定される場合の、提供されるプロセスを完了するための時間量は、48時間±6時間、72時間±6時間、または96時間±6時間である。
いくつかの態様において、インキュベーションは、刺激の開始後、24時間～120時間もしくは約24時間～約120時間、36時間～108時間もしくは約36時間～約108時間、48時間～96時間もしくは約48時間～約96時間、または48時間～72時間もしくは約48時間～約72時間（両端の値を含む）で完了される。いくつかの態様において、インキュベーションは、刺激の開始から120時間、約120時間、もしくは120時間以内、108時間、約108時間、もしくは108時間以内、96時間、約96時間、もしくは96時間以内、72時間、約72時間、もしくは72時間以内、48時間、約48時間、もしくは48時間以内、または36時間、約36時間、もしくは36時間以内で完了される。特定の態様において、インキュベーションは、24時間±6時間後、48時間±6時間後、または72時間±6時間後で完了される。いくつかの態様において、インキュベーションは、刺激の開始後、1日～5日もしくは約1日～約5日、1.5日～4.5日もしくは約1.5日～約4.5日、2日～4日もしくは約2日～約4日、または2日～3日もしくは約2日～約3日（両端の値を含む）で完了される。いくつかの態様において、インキュベーションは、刺激の開始から5日、約5日、もしくは5日以内、4日、約4日、もしくは4日以内、3日、約3日、もしくは3日以内、2日、約2日、もしくは2日以内、または1.5日、約1.5日、もしくは1.5日以内で完了される。
いくつかの態様において、全プロセスは、濃縮されたT細胞、例えば、CD4+およびCD8+ T細胞またはCD3+細胞の単一の集団を用いて行われる。ある種の態様において、プロセスは、濃縮されたT細胞(例えば、CD4およびCD8細胞)の2つ以上の選択された集団を用いて行われ、これらの選択された集団は、濃縮されたT細胞の単一のアウトプット集団を作製または産生するために、プロセス前および/またはプロセス中に組み合わされる。いくつかの態様において、濃縮されたT細胞は、操作されたT細胞、例えば、組み換え受容体を発現するように形質導入されたT細胞であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、操作されたT細胞の組成物は、(i)T細胞のインプット集団またはT細胞を含有するインプット集団を、刺激条件下で、18時間～30時間または約18時間～約30時間（両端の値を含む）インキュベートすること、(ii)組み換え受容体をコードする異種または組み換えポリヌクレオチドを、刺激された集団のT細胞内に導入すること、(iii)細胞をインキュベートすること、および次いで、(iv)インキュベートされた細胞を回収または収集することによって作製される。
いくつかの態様において、細胞は、刺激条件下のインキュベーションを開始した後36時間～108時間以内または1.5日～4.5日以内に回収または収集される。特定の態様において、細胞は、形質転換された(例えば、遺伝子操作された、形質導入された、またはトランスフェクトされた)T細胞が、24～48時間または1～2日のスパン内で20％よりも大きく増加も減少もしない、ゲノムあたりの安定な組み込み型ベクターのコピー数(iVCN)を達成した後、48時間または2日内に回収または収集される。いくつかの態様において、細胞集団の測定されたiVCNが、該集団において測定された総ベクターコピー数(VCN)の20％、15％、10％、もしくは5％以内、または約20％、約15％、約10％、もしくは約5％以内である場合に、組み込みは安定と見なされる。特定の態様は、安定な組み込みを達成するために、ウイルスベクターが細胞と接触または細胞に導入された後、細胞を48時間、60時間、72時間、1日、2日、もしくは3日間、約48時間、約60時間、約72時間、約1日、約2日、もしくは約3日間、または少なくとも48時間、少なくとも60時間、少なくとも72時間、少なくとも1日、少なくとも2日、もしくは少なくとも3日間インキュベートしなければならないことを企図している。いくつかの態様において、安定な組み込みは、インキュベーションの72時間以内または約72時間で行われる。いくつかの態様において、細胞は、形質転換されたT細胞の総数がインプット集団の細胞の総数またはそれ未満である時点で回収または収集される。様々な態様において、細胞は、インプット集団の細胞が3、2、または1回を超えて倍加する前の時点で回収または収集される。
ある種の態様において、操作されたT細胞の組成物は、(i)T細胞を含むインプット集団を、刺激試薬、例えば、本明細書に記載される刺激試薬の存在下の刺激条件下で、18～30時間（両端の値を含む）インキュベートすること、(ii)例えば、刺激されたT細胞をウイルスベクターの存在下でスピノキュレートすることによって、刺激されたT細胞に組み換え受容体をコードするウイルスベクターを形質導入すること、(iii)形質導入されたT細胞を静的条件下で、18時間～96時間または18時間～96時間（両端の値を含む）インキュベートすること、および(iv)形質転換された集団のT細胞を、刺激条件下のインキュベーションが開始された後36時間～108時間または約36時間～約108時間内に収集することによって作製される。
いくつかの態様において、提供される方法に関連したプロセスは、代替プロセスと比較される。例えば、いくつかの態様において、本明細書において提供される方法は、細胞を拡大増殖させるための工程を含む代替プロセスと比較される。特定の態様において、代替プロセスは、1つまたは複数の特定の局面では異なり得るが、その他の点で、提供される方法に関連するプロセスと類似または同一の特徴、局面、工程、段階、試薬および/または条件を含む。いくつかの態様において、代替プロセスは、提供される方法に関連するプロセスに類似し、例えば、拡大増殖を欠如するまたは拡大増殖を含まないが、非限定的に以下のうちの1つまたは複数を含む具合が異なる: 異なる試薬および/もしくは培地配合; インキュベーション、形質導入、トランスフェクション、および/もしくは培養中の血清の存在; インプット集団の異なる細胞構成、例えば、CD4+とCD8+ T細胞の比; 異なる刺激条件および/もしくは異なる刺激試薬; 刺激試薬と細胞の異なる比; 異なるベクターおよび/もしくは形質導入方法; 細胞をインキュベート、形質導入、および/もしくはトランスフェクトするための異なるタイミングもしくは順序; インキュベーションもしくは形質導入中に存在する1つもしくは複数の組み換えサイトカインの欠如もしくは差異(例えば、異なるサイトカインもしくは異なる濃度)、または細胞を収集もしくは回収するための異なるタイミング。
いくつかの態様において、ドナー試料からのインプット細胞(例えば、CD4+またはCD8+ T細胞)の単離、濃縮、および/または選択から、操作された細胞が回収、配合、および/または凍結保護される時間まで測定される場合の、提供されるプロセスを完了するために必要な持続時間または時間量は、48時間、72時間、96時間、120時間、2日、3日、4日、5日、7日、もしくは10日、約48時間、約72時間、約96時間、約120時間、約2日、約3日、約4日、約5日、約7日、もしくは約10日、または48時間未満、72時間未満、96時間未満、120時間未満、2日未満、3日未満、4日未満、5日未満、7日未満、もしくは10日未満である。いくつかの態様において、単離、選択、または濃縮された細胞は、刺激の前に凍結保護されず、かつインプット細胞の単離、濃縮、および/または選択から(アウトプット細胞が回収、配合、および/または凍結保護される時間まで測定される場合の、提供されるプロセスを完了するために必要な持続時間または時間量は、48時間、72時間、96時間、120時間、2日、3日、4日、もしくは5日、または約48時間、約72時間、約96時間、約120時間、約2日、約3日、約4日、もしくは約5日、または48時間未満、72時間未満、96時間未満、120時間未満、2日未満、3日未満、4日未満、もしくは5日未満である。
ある特定の態様では、提供されるプロセスは、生体試料（例えば、ドナー試料）から単離、濃縮または選択された細胞、例えば、CD4+およびCD8+ T細胞またはCD3+細胞の集団に対して実施される。いくつかの局面では、提供される方法は、個別のドナーまたは複数の異なるドナーからドナー試料が収集されてから、他の方法またはプロセスと比較して短縮された時間内で、操作されたT細胞の組成物を産生または生成することができる。いくつかの態様では、提供される方法は、ドナー試料、または濃縮、単離もしくは選択された細胞が刺激または形質導入工程の前に凍結保存および貯蔵される任意のまたはすべての時間を含め、個別のドナーまたは複数の異なるドナーからドナー試料が収集されてから、操作されたT細胞が収集、採取または製剤化される（例えば、凍結保存または投与のため）まで、10日、9日、8日、7日、6日、5日、4日、3日、2日以内、または約10日、9日、8日、7日、6日、5日、4日、3日、2日以内、あるいは、120時間、96時間、72時間、もしくは48時間以内、または約120時間、96時間、72時間、もしくは48時間以内で、操作されたT細胞を産生または生成することができる。特定の態様では、提供される方法は、ドナー試料、または濃縮、単離もしくは選択された細胞が刺激または形質導入工程の前に凍結保存および貯蔵される任意のまたはすべての時間を含め、個別のドナーまたは複数の異なるドナーからドナー試料が収集されてから、操作されたT細胞が収集、採取または製剤化されるまで、6日～8日または約6日～8日（両端の値を含む）以内で、操作されたT細胞を産生または生成することができる。
III. 組換えタンパク質をコードする異種ポリヌクレオチド
いくつかの態様では、提供される方法は、CD57-細胞が濃縮された集団（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団）の細胞に異種ポリヌクレオチドを導入することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、個別のドナーからのCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入される。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、複数の異なるドナーからのプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入される。
いくつかの態様では、提供される方法は、CD27+細胞が濃縮された集団（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団）の細胞に異種ポリヌクレオチドを導入することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、個別のドナーからのCD27濃縮T細胞集団の細胞に導入される。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、複数の異なるドナーからのプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞に導入される。
いくつかの態様では、提供される方法は、1つまたは複数の標的分子の発現が破壊（例えば、ノックアウト）されている細胞の集団に異種ポリヌクレオチドを導入することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、組換えタンパク質をコードする。そのような組換えタンパク質は、組換え受容体、例えばセクションIII.Aに記載されるいずれかを含み得る。組換えタンパク質をコードするポリヌクレオチド、例えば、異種または組換えポリヌクレオチドの細胞への導入は、多数の公知のベクターのいずれを使用して行ってもよい。そのようなベクターとしては、アデノ随伴およびレンチウイルスならびにガンマレトロウイルス系を含むウイルスが挙げられる。例示的な方法としては、ウイルス、例えば、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルスまたはレンチウイルスによる形質導入を介したものを含めた、受容体をコードする異種ポリヌクレオチドの移入のための方法が挙げられる。いくつかの態様では、刺激された細胞の集団は、組換え受容体をコードする異種または組換えポリヌクレオチドを導入するなどのために遺伝子操作（例えば、ノックイン）され、それにより、形質導入細胞の集団（本明細書において細胞の形質導入集団とも称される）を生成する。いくつかの態様では、刺激された細胞の集団は、組換え受容体をコードする異種または組換えポリヌクレオチドを遺伝子破壊（例えば、ノックアウト）された遺伝子座またはその部分に導入するなどのために遺伝子操作（例えば、ノックイン）され、それにより、形質導入細胞の集団（本明細書において細胞の形質導入集団とも称される）を生成する。
ある特定の態様では、組換えタンパク質、例えば組換え受容体をコードするポリヌクレオチドが、細胞に導入される。ある特定の態様では、ポリヌクレオチドまたは核酸分子は、細胞に対して異種である。特定の態様では、異種ポリヌクレオチドは、細胞に対して天然ではない。ある特定の態様では、異種核酸分子または異種ポリヌクレオチドは、タンパク質、例えば、細胞によって天然に発現されない組換えタンパク質をコードする。特定の態様では、異種核酸分子またはポリヌクレオチドは、接触または導入の前に細胞に見いだされない核酸配列であるか、またはそれを含有する。
特定の態様では、異種ポリヌクレオチドは、組換えタンパク質をコードする。ある特定の態様では、組換えタンパク質は、組換え受容体である。いくつかの態様では、組換えタンパク質は、組換え抗原受容体、例えば、組換えTCR受容体またはキメラ抗原受容体（CAR）である。
A. 組換え受容体
いくつかの態様では、1つまたは複数の組換え受容体を発現するまたは発現するように操作されている、操作された細胞、例えばCD57- T細胞（例えば、CD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物）が提供される。いくつかの態様では、CD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物は、個別のドナーからのものである。いくつかの態様では、個別のドナーからのCD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物は、1つまたは複数の他の個別のドナーからのCD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物と組み合わせて、複数の異なるドナーからのプールされた操作T細胞組成物を産生する。いくつかの態様では、CD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物は、複数の異なるドナーからのものである。
いくつかの態様では、1つまたは複数の組換え受容体を発現するまたは発現するように操作されている、操作された細胞、例えばCD27+ T細胞（例えば、CD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物）が提供される。いくつかの態様では、CD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物は、個別のドナーからのものである。いくつかの態様では、個別のドナーからのCD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物は、1つまたは複数の他の個別のドナーからのCD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物と組み合わせて、複数の異なるドナーからのプールされた操作T細胞組成物を産生する。いくつかの態様では、CD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物は、複数の異なるドナーからのものである。
中でも、受容体は、抗原受容体およびその1つまたは複数の成分を含有する受容体である。組換え受容体は、キメラ受容体、例えば、リガンド結合ドメインまたはその結合断片および細胞内シグナル伝達ドメインまたは領域を含有するもの、機能的な非TCR抗原受容体、キメラ抗原受容体（CAR）、T細胞受容体（TCR）、例えば、組換えまたはトランスジェニックTCR、キメラ自己抗体受容体（CAAR）、ならびに前述のいずれかの成分を含み得る。CARなどの組換え受容体は、一般に、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分に、いくつかの局面ではリンカーおよび／または膜貫通ドメインを介して連結された、細胞外抗原（またはリガンド）結合ドメインを含む。いくつかの態様では、操作された細胞は、異なる成分、ドメインまたは領域を含有する2つ以上の受容体を発現する。いくつかの局面では、2つ以上の受容体は、組換え受容体の特異性、活性、抗原（またはリガンド）結合、機能および／または発現の空間的または時間的な調節または制御を可能にする。
1. キメラ抗原受容体（CAR)
提供される方法および使用のいくつかの態様では、キメラ抗原受容体などのキメラ受容体は、所望の抗原（例えば、腫瘍抗原）に対する特異性を提供するリガンド結合ドメイン（例えば、抗体または抗体断片）と細胞内シグナル伝達ドメインとを組み合わせた1つまたは複数のドメインを含有する。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次活性化シグナルまたは一次シグナルを提供する、T細胞刺激または活性化ドメインなどの刺激または活性化細胞内ドメイン部分である。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、エフェクター機能を容易にする共刺激シグナル伝達ドメインを含有するか追加で含有する。いくつかの態様では、キメラ受容体は、免疫細胞内に遺伝子操作されたとき、T細胞活性を調節することができ、いくつかの場合において、T細胞の分化または恒常性を調節することができ、それによって、養子細胞療法において使用するなどのためのインビボでの寿命、生存および／または持続性が改善された遺伝子操作された細胞がもたらされる。
CARを含む例示的な抗原受容体、ならびにそのような受容体を操作および細胞に導入するための方法は、例えば、国際特許出願公開番号WO200014257、WO2013126726、WO2012/129514、WO2014031687、WO2013/166321、WO2013/071154、WO2013/123061、米国特許出願公開番号US2002131960、US2013287748、US20130149337、米国特許第6,451,995号、第7,446,190号、第8,252,592号、第8,339,645号、第8,398,282号、第7,446,179号、第6,410,319号、第7,070,995号、第7,265,209号、第7,354,762号、第7,446,191号、第8,324,353号、および第8,479,118号、ならびに欧州特許出願番号EP2537416に記載されているもの、ならびに／またはSadelain et al., Cancer Discov. 2013 April; 3(4): 388-398; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338; Turtle et al., Curr. Opin. Immunol., 2012 October; 24(5): 633-39; Wu et al., Cancer, 2012 March 18(2): 160-75に記載されているものを含む。いくつかの局面では、抗原受容体は、米国特許第7,446,190号に記載されているようなCAR、および国際特許出願公開番号WO/2014055668 A1に記載されているものを含む。CARの例は、WO2014031687、US 8,339,645、US 7,446,179、US 2013/0149337、米国特許第7,446,190号、米国特許第8,389,282号、Kochenderfer et al., 2013, Nature Reviews Clinical Oncology, 10, 267-276 (2013)；Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701；およびBrentjens et al., Sci Transl Med. 2013 5(177)などの前述の刊行物のいずれかに開示されているようなCARを含む。また、WO2014031687、US 8,339,645、US 7,446,179、US 2013/0149337、米国特許第7,446,190号、および米国特許第8,389,282号も参照されたい。
CARなどのキメラ受容体は、一般に、細胞外抗原結合ドメイン、例えば、抗体分子の一部、一般に、抗体の可変重（VH）鎖領域および／または可変軽（VL）鎖領域、例えば、scFv抗体断片を含む。
いくつかの態様では、受容体の標的となる抗原は、ポリペプチドである。いくつかの態様では、それは、炭水化物または他の分子である。いくつかの態様では、抗原は、正常または非標的細胞または組織と比較して、疾患または病態の細胞、例えば、腫瘍細胞または病原性細胞上に選択的に発現されるか過剰発現される。他の態様では、抗原は、正常細胞上に発現され、かつ／または、操作された細胞上に発現される。
いくつかの態様では、受容体の標的となる抗原は、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9；CAIXまたはG250としても公知）、がん精巣抗原、がん／精巣抗原1B（CTAG；NY-ESO-1およびLAGE-2としても公知）、がん胎児抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮成長因子タンパク質（EGFR）、III型上皮成長因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体相同体5またはFCRH5としても公知）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、ルイスY、メラノーマ関連抗原（MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソセリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG；5T4としても公知）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1；TYRP1またはgp75としても公知）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2；ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしても公知）、血管内皮成長因子受容体（VEGFR）、血管内皮成長因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原、またはユニバーサルタグに関連する抗原、および／またはビオチン化分子、および／またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子であるかそれを含む。受容体の標的となる抗原は、いくつかの態様では、多数の公知のB細胞マーカーのいずれかなど、B細胞悪性腫瘍に関連する抗原を含む。いくつかの態様では、抗原は、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79bまたはCD30であるかそれを含む。
いくつかの態様では、抗原は、病原体特異的もしくは病原体発現抗原であるかそれを含む。いくつかの態様では、抗原は、ウイルス抗原（例えば、HIV、HCV、HBVなど由来のウイルス抗原）、細菌抗原、および／または寄生虫抗原である。
いくつかの態様では、抗原または抗原結合ドメインは、CD19である。いくつかの態様では、scFvは、CD19に特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含有する。いくつかの態様では、CD19に結合する抗体または抗体断片は、FMC63およびSJ25C1などのマウス由来抗体である。いくつかの態様では、抗体または抗体断片は、例えば、米国特許公開番号US 2016/0152723に記載されるようなヒト抗体である。
いくつかの態様では、scFvは、FMC63に由来する。FMC63は、一般に、ヒト起源のCD19を発現するNalm-1およびNalm-16細胞に対して産生されるマウスモノクローナルIgG1抗体のことを指す（Ling, N. R., et al. (1987). Leucocyte typing III. 302）。いくつかの態様では、FMC63抗体は、SEQ ID NO：38および39にそれぞれ示されるCDRH1およびH2、およびSEQ ID NO：40または54に示されるCDRH3、およびSEQ ID NO：35に示されるCDRL1、およびSEQ ID NO：36または55に示されるCDR L2、およびSEQ ID NO：37または56に示されるCDR L3を含む。いくつかの態様では、FMC63抗体は、SEQ ID NO：41のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（VH）およびSEQ ID NO：42のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（VL）を含む。
いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：35のCDRL1配列、SEQ ID NO：36のCDRL2配列およびSEQ ID NO：37のCDRL3配列を含有する可変軽鎖、ならびに／またはSEQ ID NO：38のCDRH1配列、SEQ ID NO：39のCDRH2配列およびSEQ ID NO：40のCDRH3配列を含有する可変重鎖を含む。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：41に示される可変重鎖領域およびSEQ ID NO：42に示される可変軽鎖領域を含む。いくつかの態様では、可変重鎖および可変軽鎖は、リンカーによって接続される。いくつかの態様では、リンカーは、SEQ ID NO：58に示される。いくつかの態様では、scFvは、順番に、VH、リンカー、およびVLを含む。いくつかの態様では、scFvは、順番に、VL、リンカー、およびVHを含む。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：43に示されるヌクレオチドの配列またはSEQ ID NO：43に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％もしくは99％の配列同一性を示す配列によってコードされる。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：43に示されるアミノ酸の配列またはSEQ ID NO：43に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％もしくは99％の配列同一性を示す配列を含む。
いくつかの態様では scFvは、SJ25C1に由来する。SJ25C1は、ヒト起源のCD19を発現するNalm-1およびNalm-16細胞に対して産生されるマウスモノクローナルIgG1抗体である（Ling, N. R., et al. (1987). Leucocyte typing III. 302）。いくつかの態様では、SJ25C1抗体は、SEQ ID NO：47～49にそれぞれ示されるCDRH1、H2およびH3、ならびにSEQ ID NO：44～46にそれぞれ示されるCDRL1、L2およびL3配列を含む。いくつかの態様では、SJ25C1抗体は、SEQ ID NO：50のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（VH）およびSEQ ID NO：51のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（VL）を含む。
いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：44のCDRL1配列、SEQ ID NO：45のCDRL2配列およびSEQ ID NO：46のCDRL3配列を含有する可変軽鎖、ならびに／またはSEQ ID NO：47のCDRH1配列、SEQ ID NO：48のCDRH2配列およびSEQ ID NO：49のCDRH3配列を含有する可変重鎖を含む。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：50に示される可変重鎖領域およびSEQ ID NO：51に示される可変軽鎖領域を含む。いくつかの態様では、可変重鎖および可変軽鎖は、リンカーによって接続される。いくつかの態様では、リンカーは、SEQ ID NO：52に示される。いくつかの態様では、scFvは、順番に、VH、リンカー、およびVLを含む。いくつかの態様では、scFvは、順番に、VL、リンカー、およびVHを含む。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：53に示されるアミノ酸の配列またはSEQ ID NO：53に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％もしくは99％の配列同一性を示す配列を含む。
いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、抗体または抗体断片を含有する細胞外部分を含む。いくつかの局面では、キメラ抗原受容体は、抗体または断片を含有する細胞外部分および細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、抗体または断片は、scFvを含む。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えば、CARの抗体部分はさらに、ヒンジ領域、例えば、IgG4ヒンジ領域、ならびに／またはCH1/CLおよび／もしくはFc領域などの免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部を含む。いくつかの態様では、定常領域または部分は、IgG4またはIgG1などのヒトIgGのものである。いくつかの局面では、定常領域の部分は、抗原認識成分、例えば、scFvと膜貫通ドメインとの間のスペーサー領域として役立つ。スペーサーは、スペーサーの非存在下と比較して、抗原結合後の細胞の応答性の増加を提供する長さのものであることができる。例示的なスペーサーは、Hudecek et al. (2013) Clin. Cancer Res., 19:3153、国際特許出願公開番号WO2014031687、米国特許第8,822,647号または公開出願番号US2014/0271635に記載されているものを含むが、それらに限定されない。
いくつかの態様では、定常領域または部分は、IgG4またはIgG1などのヒトIgGのものである。いくつかの態様では、スペーサーは、配列ESKYGPPCPPCP（SEQ ID NO：1に示される）を有し、SEQ ID NO：2に示される配列によってコードされる。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：3に示される配列を有する。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：4に示される配列を有する。いくつかの態様では、定常領域または部分は、IgDのものである。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：5に示される配列を有する。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：1、3、4または5のいずれかに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列を有する。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：27～34に示される配列を有する。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：27～34のいずれかに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列を有する。
いくつかの態様では、抗原受容体は、細胞外ドメインに直接または間接的に連結された細胞内ドメインを含む。いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインを連結する膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ITAMを含む。例えば、いくつかの局面では、抗原認識ドメイン（例えば、細胞外ドメイン）は、一般に、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分、例えば、CARの場合にはTCR複合体などの抗原受容体複合体を経由する活性化を模倣し、かつ／または別の細胞表面受容体を介してシグナル伝達する、シグナル伝達成分に連結されている。いくつかの態様では、キメラ受容体は、細胞外ドメイン（例えば、scFv）と細胞内シグナル伝達ドメインとの間で連結または融合された膜貫通ドメインを含む。したがって、いくつかの態様では、抗原結合成分（例えば、抗体）は、1つまたは複数の膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインに連結される。
一態様では、受容体（例えば、CAR）中のドメインの1つに天然に会合する膜貫通ドメインが使用される。いくつかの場合、膜貫通ドメインは、同じまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへのかかるドメインの結合を回避して、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限に抑えるように選択されるかまたはアミノ酸置換によって改変される。
膜貫通ドメインは、いくつかの態様では、天然起源または合成起源のいずれかに由来する。起源が天然である場合、ドメインは、いくつかの局面では、任意の膜結合または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域は、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154に由来するものを含む（すなわち、これらの少なくとも膜貫通領域を含む）。あるいは、膜貫通ドメインは、いくつかの態様では、合成である。いくつかの局面では、合成膜貫通ドメインは、ロイシンおよびバリンなどの主に疎水性の残基を含む。いくつかの局面では、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンのトリプレットが、合成膜貫通ドメインの各末端に見られる。いくつかの態様では、連結は、リンカー、スペーサー、および／または膜貫通ドメインによる。いくつかの局面では、膜貫通ドメインは、CD28の膜貫通部分を含有する。
いくつかの態様では、細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインは、直接的または間接的に連結することができる。いくつかの態様では、細胞外ドメインおよび膜貫通は、本明細書に記載されるいずれかなどのスペーサーによって連結される。いくつかの態様では、受容体は、CD28細胞外部分などの膜貫通ドメインが由来する分子の細胞外部分を含有する。
中でも、細胞内シグナル伝達ドメインは、天然抗原受容体を経由するシグナル、共刺激受容体と組み合わせてこのような受容体を経由するシグナル、および／または共刺激受容体単独を経由するシグナルを模倣もしくは近似するものである。いくつかの態様では、短いオリゴペプチドまたはポリペプチドリンカー、例えば、グリシンおよびセリンを含有するもの、例えばグリシン-セリンダブレットなどの2～10アミノ酸長のリンカーが存在し、CARの膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間に連結を形成する。
T細胞活性化は、いくつかの局面では、2つのクラスの細胞質シグナル伝達配列：TCRを経由する抗原依存性一次活性化を開始する配列（一次細胞質シグナル伝達配列）、および抗原非依存的に作用して二次または共刺激シグナルを提供する配列（二次細胞質シグナル伝達配列）によって媒介されると説明されている。いくつかの局面では、CARは、そのようなシグナル伝達成分の一方または両方を含む。
受容体、例えば、CARは、一般に、少なくとも1つの細胞内シグナル伝達成分を含む。いくつかの局面では、CARは、TCR複合体の一次活性化を調節する一次細胞質シグナル伝達配列を含む。刺激的に作用する一次細胞質シグナル伝達配列は、免疫受容体活性化チロシンモチーフまたはITAMとして公知のシグナル伝達モチーフを含有し得る。ITAMを含有する一次細胞質シグナル伝達配列の例は、CD3ゼータ鎖、FcRガンマ、CD3ガンマ、CD3デルタおよびCD3イプシロンに由来するものを含む。いくつかの態様では、CAR中の細胞質シグナル伝達分子は、細胞質シグナル伝達ドメイン、その一部、またはCD3ゼータに由来する配列を含有する。
いくつかの態様では、受容体は、T細胞活性化および細胞傷害性を媒介するTCR CD3鎖（例えば、CD3ゼータ鎖）などのTCR複合体の細胞内成分を含む。したがって、いくつかの局面では、抗原結合部分は、1つまたは複数の細胞シグナル伝達モジュールに連結される。いくつかの態様では、細胞シグナル伝達モジュールは、CD3膜貫通ドメイン、CD3細胞内シグナル伝達ドメインおよび／または他のCD膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様では、受容体、例えば、CARはさらに、Fc受容体γ、CD8、CD4、CD25またはCD16などの1つまたは複数の追加の分子の一部を含む。例えば、いくつかの局面では、CARまたは他のキメラ受容体は、CD3ゼータ（CD3ζ)またはFc受容体γとCD8、CD4、CD25またはCD16との間のキメラ分子を含む。
いくつかの態様では、CARまたは他のキメラ受容体と連結すると、受容体の細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫細胞、例えば、CARを発現するように操作されたT細胞の正常なエフェクター機能または応答の少なくとも1つを活性化する。例えば、いくつかの状況では、CARは、サイトカインまたは他の因子の分泌など、細胞傷害活性またはTヘルパー活性などのT細胞の機能を誘導する。いくつかの態様では、抗原受容体成分または共刺激分子の切断型細胞内シグナル伝達ドメイン部分は、例えばそれがエフェクター機能のシグナルを伝達するならば、無傷の免疫刺激鎖の代わりに使用される。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメイン（1つまたは複数）は、T細胞受容体（TCR）の細胞質配列を含み、いくつかの局面では、また、自然状況下でそのような受容体と協調して抗原受容体結合後にシグナル伝達を開始するように作用する共受容体の細胞質配列も含む。
天然TCRに関連して、完全活性化は、一般に、TCRを経由するシグナル伝達だけでなく、共刺激シグナルも必要とする。したがって、いくつかの態様では、完全活性化を促進するために、二次または共刺激シグナルを発生するための成分もCARに含まれる。他の態様では、CARは、共刺激シグナルを発生するための成分を含まない。いくつかの局面では、追加のCARが同じ細胞において発現され、二次または共刺激シグナルを発生するための成分を提供する。
いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、T細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含有する。いくつかの態様では、CARは、CD28、4-1BB、OX40、DAP10およびICOSなどの共刺激受容体のシグナル伝達ドメインおよび／または膜貫通部分を含む。いくつかの局面では、同じCARは、活性化成分と共刺激成分の両方を含む。いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、T細胞共刺激分子またはその機能性変種に由来する細胞内ドメインを、例えば膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間に含有する。いくつかの局面では、T細胞共刺激分子は、CD28または41BBである。
いくつかの態様では、活性化ドメインは、1つのCAR内に含まれるのに対し、共刺激成分は、別の抗原を認識する別のCARにより提供される。いくつかの態様では、CARは、両方とも同じ細胞上に発現される、活性化または刺激CAR、共刺激CARを含む（WO2014/055668を参照のこと）。いくつかの局面では、細胞は、1つまたは複数の刺激または活性化CARおよび／または共刺激CARを含む。いくつかの態様では、細胞はさらに、疾患または病態に関連するものおよび／またはそれに特異的なもの以外の抗原を認識するCARなどの阻害性CAR（iCAR、Fedorov et al., Sci. Transl. Medicine, 5(215) (December, 2013)を参照のこと）を含み、それによって、疾患を標的とするCARを経由して送達される活性化シグナルが、阻害性CARがそのリガンドに結合することにより減衰または阻害されて、例えばオフターゲット効果を減少させる。
ある特定の態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3（例えば、CD3ゼータ）細胞内ドメインに連結されたCD28膜貫通およびシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータ細胞内ドメインに連結されたキメラCD28およびCD137（4-1BB、TNFRSF9）共刺激ドメインを含む。
いくつかの態様では、CARは、細胞質部分に1つまたは複数、例えば、2つ以上の共刺激ドメインおよび活性化ドメイン、例えば、一次活性化ドメインを包含する。例示的なCARは、CD3ゼータ、CD28および4-1BBの細胞内成分を含む。
いくつかの態様では、抗原受容体はさらに、CARまたは他の抗原受容体を発現するマーカーおよび／または細胞を含み、受容体を発現する細胞の形質導入または操作を確認するために使用され得る細胞表面マーカーなどの代理マーカーをさらに含む。いくつかの局面では、マーカーは、CD34、NGFR、または上皮成長因子受容体の全部または一部（例えば、短縮型）、例えば、そのような細胞表面受容体の短縮型バージョン（例えば、tEGFR）を含む。いくつかの態様では、マーカーをコードする核酸は、切断可能なリンカー配列、例えばT2Aなどのリンカー配列をコードするポリヌクレオチドに機能的に連結される。例えば、マーカー、および任意でリンカー配列は、公開特許出願第WO2014031687号に開示されているようないずれかであり得る。例えば、マーカーは、任意でT2A切断可能リンカー配列などのリンカー配列に連結された短縮型EGFR（tEGFR）であり得る。
短縮型EGFR（例えばtEGFR）の例示的なポリペプチドは、SEQ ID NO：7もしくは16に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：7もしくは16に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。例示的なT2Aリンカー配列は、SEQ ID NO：6もしくは17に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：6もしくは17に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、マーカーは、T細胞上に天然では見られない、もしくはT細胞の表面上に天然では見られない分子、例えば、細胞表面タンパク質、またはその一部である。いくつかの態様では、分子は、非自己分子、例えば、非自己タンパク質、すなわち、細胞が養子移入される宿主の免疫系によって「自己」として認識されないものである。
いくつかの態様では、マーカーは、治療機能を果たさず、かつ／または、例えば成功裏に操作された細胞を選択するための、遺伝子操作のマーカーとして使用されること以外の効果をもたらさない。他の態様では、マーカーは、治療用分子またはそれ以外の何らかの所望の効果を奏する分子、例えば、細胞がインビボで遭遇するリガンド、例えば、養子移入時およびリガンドとの遭遇時に細胞の応答を増強するおよび／または減弱させる共刺激分子または免疫チェックポイント分子であり得る。
いくつかの場合において、CARは、第1世代、第2世代および／または第3世代のCARと称される。いくつかの局面では、第1世代のCARは、抗原結合時にCD3鎖誘導シグナルのみを提供するものである；いくつかの局面では、第2世代のCARは、そのようなシグナルと共刺激シグナルを提供するもの、例えばCD28またはCD137などの共刺激受容体由来の細胞内シグナル伝達ドメインを含むものである；いくつかの局面では、第3世代のCARは、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを含むものである。
例えば、いくつかの態様では、CARは、抗体、例えば、抗体断片、CD28の膜貫通部分またはその機能性変種であるかそれを含有する膜貫通ドメイン、ならびにCD28のシグナル伝達部分またはその機能性変種およびCD3ゼータのシグナル伝達部分またはその機能性変種を含有する細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。いくつかの態様では、CARは、抗体、例えば、抗体断片、CD28の膜貫通部分またはその機能性変種であるかそれを含有する膜貫通ドメイン、ならびに4-1BBのシグナル伝達部分またはその機能性変種およびCD3ゼータのシグナル伝達部分またはその機能性変種を含有する細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。いくつかのそのような態様では、受容体はさらに、ヒトIg分子などのIg分子の一部、例えばIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジを含有するスペーサー、例えば、ヒンジのみのスペーサーを含む。
いくつかの態様では、組換え受容体（例えば、CAR）の膜貫通ドメインは、ヒトCD28の膜貫通ドメイン（例えば、アクセッション番号P01747.1）またはその変種、例えば、SEQ ID NO：8に示されるアミノ酸の配列またはSEQ ID NO：8に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む膜貫通ドメインであるかそれを含む；いくつかの態様では、組換え受容体の膜貫通ドメイン含有部分は、SEQ ID NO：9に示されるアミノ酸の配列、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％以上もしくは約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％以上の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、組換え受容体（例えば、CAR）の細胞内シグナル伝達成分は、ヒトCD28の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたは機能性変種またはその一部、例えば、天然CD28タンパク質の186～187位にLLからGGへの置換を有するドメインを含有する。例えば、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：10もしくは11に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：10もしくは11に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列を含むことができる。いくつかの態様では、細胞内ドメインは、4-1BBの細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン（例えば、アクセッション番号Q07011.1）または機能性変種またはその一部、例えば、SEQ ID NO：12に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：12に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、組換え受容体（例えば、CAR）の細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD3ゼータ刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性変種、例えば、ヒトCD3ζのアイソフォーム3（アクセッション番号：P20963.2）の112 AA細胞質ドメインまたは米国特許第7,446,190号または米国特許第8,911,993号に記載されているようなCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。例えば、いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：13、14もしくは15に示されるようなアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：13、14もしくは15に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの局面では、スペーサーは、SEQ ID NO：1に示されるヒンジのみのスペーサーなど、IgGのヒンジ領域のみ、例えばIgG4またはIgG1のヒンジのみを含有する。他の態様では、スペーサーは、任意でCH2および／またはCH3ドメインに連結された、Igヒンジ、例えば、IgG4由来ヒンジであるかそれを含有する。いくつかの態様では、スペーサーは、CH2およびCH3ドメインに連結された、SEQ ID NO：4に示されるようなIgヒンジ、例えば、IgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、CH3ドメインのみに連結された、SEQ ID NO：3に示されるようなIgヒンジ、例えば、IgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、グリシン-セリンリッチ配列または公知の可動性リンカーなどの他の可動性リンカーであるかそれを含む。
例えば、いくつかの態様では、CARは、抗体、例えばscFvsを含めた抗体断片、スペーサー、例えば、免疫グロブリン分子の一部、例えば重鎖分子のヒンジ領域および／または1つもしくは複数の定常領域を含有する、スペーサー、例えば、Igヒンジ含有スペーサー、CD28由来膜貫通ドメインの全部または一部を含有する膜貫通ドメイン、CD28由来細胞内シグナル伝達ドメイン、ならびにCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、CARは、抗体または断片、例えばscFv、スペーサー、例えばIgヒンジ含有スペーサーのいずれか、CD28由来膜貫通ドメイン、4-1BB由来細胞内シグナル伝達ドメイン、およびCD3ゼータ由来シグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの態様では、そのようなCAR構築物をコードする核酸分子はさらに、T2Aリボソームスキップエレメントをコードする配列および／またはtEGFR配列を、例えば、CARをコードする配列の下流に含む。いくつかの態様では、配列は、SEQ ID NO：6もしくは17に示されるT2Aリボソームスキップエレメント、またはSEQ ID NO：6もしくは17に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列をコードする。いくつかの態様では、抗原受容体（例えば、CAR）を発現するT細胞はまた、短縮型EGFR（EGFRt）を非免疫原性選択エピトープとして発現するように生成することもでき（例えば、同じ構築物から2つのタンパク質を発現するためにT2Aリボソームスイッチによって分離されたCARとEGFRtをコードする構築物の導入によって）、これはその後、そのような細胞を検出するためのマーカーとして使用することができる（例えば、米国特許第8,802,374号を参照のこと）。いくつかの態様では、配列は、SEQ ID NO：7もしくは16に示されるtEGFR配列、またはSEQ ID NO：7もしくは16に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはより大きな配列同一性を示すアミノ酸の配列をコードする。いくつかの場合において、T2Aなどのペプチドは、リボソームに2AエレメントのC末端でのペプチド結合の合成をスキップさせることができ（リボソームスキッピング）、2A配列の末端と次の下流ペプチドとの間の分離をもたらす（例えば、de Felipe. Genetic Vaccines and Ther. 2：13 (2004)およびdeFelipe et al. Traffic 5:616-626 (2004)を参照のこと）。多くの2Aエレメントが公知である。本明細書において開示される方法および核酸において使用できる2A配列の例は、限定されることなく、米国特許公開番号20070116690に記載されているような、口蹄疫ウイルス由来の2A配列（F2A、例えば、SEQ ID NO：21）、ウマ鼻炎Aウイルス由来の2A配列（E2A、例えば、SEQ ID NO：20）、トセア・アシグナ（Thosea asigna）ウイルス由来の2A配列（T2A、例えば、SEQ ID NO：6または17）、およびブタテスコウイルス-1由来の2A配列（P2A、例えば、SEQ ID NO：18または19）。
対象に投与される細胞によって発現されるCARなどの組換え受容体は、一般に、処置されている疾患もしくは病態またはその細胞において発現される、それに関連するおよび／またはそれに特異的な分子を認識するか、それに特異的に結合する。分子、例えば、抗原に特異的に結合すると、受容体は、一般に、ITAM伝達シグナルなどの免疫刺激シグナルを細胞内に送達し、それによって疾患または病態を標的とする免疫応答を促進する。例えば、いくつかの態様では、細胞は、疾患または病態の細胞または組織によって発現されるか疾患または病態に関連する抗原に特異的に結合するCARを発現する。
2. T細胞受容体（TCR）
いくつかの態様では、提供される方法、使用、製造品または組成物に関連して使用される操作された細胞、例えばCD57- T細胞（例えば、CD57- T細胞が濃縮された操作T細胞組成物）は、標的ポリペプチド、例えば、腫瘍、ウイルスまたは自己免疫タンパク質の抗原のペプチドエピトープまたはT細胞エピトープを認識するT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合部分を発現する細胞である。
いくつかの態様では、提供される方法、使用、製造品または組成物に関連して使用される操作された細胞、例えばCD527+ T細胞（例えば、CD27+ T細胞が濃縮された操作T細胞組成物）は、標的ポリペプチド、例えば、腫瘍、ウイルスまたは自己免疫タンパク質の抗原のペプチドエピトープまたはT細胞エピトープを認識するT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合部分を発現する細胞である。
いくつかの態様では、「T細胞受容体」または「TCR」は、可変α鎖およびβ鎖（それぞれ、TCRαおよびTCRβとしても知られる）もしくは可変γ鎖およびδ鎖（それぞれ、TCRαおよびTCRβとしても知られる）、またはその抗原結合部分を含み、かつMHC分子に結合されたペプチドに特異的に結合することができる分子である。いくつかの態様では、TCRはαβ型である。典型的には、αβ型およびγδ型で存在するTCRは一般に構造的に類似しているが、それらを発現するT細胞は異なる解剖学的位置または機能をもつ可能性がある。TCRは細胞の表面上に、または可溶性の形態で存在し得る。一般に、TCRはT細胞（またはTリンパ球）の表面に見られ、そこでは一般的に主要組織適合性複合体（MHC）分子に結合した抗原の認識に関与している。
特に明記しない限り、用語「TCR」は、完全なTCRだけでなく、その抗原結合部分または抗原結合断片を包含すると理解されるべきである。いくつかの態様では、TCRは、αβ型またはγδ型のTCRを含めて、インタクトまたは完全長のTCRである。いくつかの態様では、TCRは完全長のTCRに満たない抗原結合部分であるが、それは、MHC-ペプチド複合体に結合するなど、MHC分子に結合した特定のペプチドに結合する。いくつかの場合には、TCRの抗原結合部分または断片は、完全長またはインタクトのTCRの構造ドメインの一部のみを含んでいてよいが、完全なTCRが結合するMHC-ペプチド複合体などのペプチドエピトープに結合することができる。いくつかの場合には、抗原結合部分は、特定のMHC-ペプチド複合体に結合するための結合部位を形成するのに十分なTCRの可変ドメイン、例えば、TCRの可変α鎖および可変β鎖、を含む。通常、TCRの可変鎖は、ペプチド、MHC、および/またはMHC-ペプチド複合体の認識に関与する相補性決定領域を含有する。
いくつかの態様では、TCRの可変ドメインは超可変ループまたは相補性決定領域（CDR）を含み、これらは一般に、抗原認識ならびに結合能および結合特異性に対する主要な寄与因子である。いくつかの態様では、TCRの1つのCDRまたはその組み合わせは、所与のTCR分子の抗原結合部位の全てまたは実質的に全てを形成する。TCR鎖の可変領域内の様々なCDRは一般に、フレームワーク領域（FR）によって分離されており、このFRは通常、CDRと比較して、TCR分子間でより少ない可変性（変動性）を示す（例えば、Jores et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. U.S.A. 87:9138, 1990; Chothia et al., EMBO J. 7:3745, 1988を参照されたい；また、Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003も参照されたい）。いくつかの態様では、CDR3は、抗原結合または特異性に関与する主要なCDRであるか、または抗原認識にとって、および/またはペプチド-MHC複合体のプロセシングされたペプチド部分との相互作用にとって、所与のTCR可変領域の3つのCDRの中で最も重要である。ある状況下では、α鎖のCDR1は、特定の抗原ペプチドのN末端部分と相互作用することができる。ある状況下では、β鎖のCDR1は、該ペプチドのC末端部分と相互作用することができる。ある状況下では、CDR2は、MHC-ペプチド複合体のMHC部分との相互作用またはMHC部分の認識に最も強く寄与するか、またはそれに関与する主要なCDRである。いくつかの態様では、β鎖の可変領域は、さらなる超可変領域（CDR4またはHVR4）を含むことができ、これは一般に、スーパー抗原の結合に関与し、抗原認識には関与しない（Kotb (1995) Clinical Microbiology Reviews, 8:411-426）。
いくつかの態様では、TCRはまた、定常ドメイン、膜貫通ドメイン、および/または短い細胞質テイルを含むことができる（例えば、Janeway et al., Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 3rd Ed., Current Biology Publications, p. 4:33, 1997を参照されたい）。いくつかの局面では、TCRの各鎖は、1つのN末端免疫グロブリン可変ドメイン、1つの免疫グロブリン定常ドメイン、膜貫通領域、およびC末端の短い細胞質テイルを保有することができる。いくつかの態様では、TCRは、シグナル伝達を媒介するのに関与するCD3複合体の不変タンパク質と会合する。
いくつかの態様では、TCR鎖は1つまたは複数の定常ドメインを含む。例えば、所与のTCR鎖（例えば、α鎖またはβ鎖）の細胞外部分は、2つの免疫グロブリン様ドメイン、例えば、可変ドメイン（例えば、VαまたはVβ；典型的にはKabatナンバリング（Kabat et al., “Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th ed.）に基づいてアミノ酸1-116）、および細胞膜に隣接する定常ドメイン（例えば、α鎖定常ドメインつまりCα、典型的にはKabatナンバリングに基づいて117-259位、またはβ鎖定常ドメインつまりCβ、典型的にはKabatナンバリングに基づいて117-295位）を含むことができる。例えば、場合により、2本の鎖によって形成されるTCRの細胞外部分は、2つの膜近位定常ドメインと、2つの膜遠位可変ドメインを含み、その可変ドメインにはそれぞれCDRが含まれる。TCRの定常ドメインは短い接続配列を含んでもよく、その場合には、システイン残基がジスルフィド結合を形成し、それによってTCRの2本の鎖を連結する。いくつかの態様では、TCRは、α鎖とβ鎖のそれぞれに追加のシステイン残基をもつことができ、その結果、TCRは定常ドメインに2つのジスルフィド結合を含むようになる。
いくつかの態様では、TCR鎖は膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様では、膜貫通ドメインは正に帯電している。いくつかの場合には、TCR鎖は細胞質テイルを含む。場合によっては、この構造は、TCRを、CD3およびそのサブユニットなどの他の分子と会合させることができる。例えば、膜貫通領域と共に定常ドメインを含むTCRは、該タンパク質を細胞膜に固定して、CD3シグナル伝達装置または複合体の不変サブユニットと会合し得る。CD3シグナル伝達サブユニット（例えば、CD3γ、CD3δ、CD3ε、およびCD3ζ鎖）の細胞内テイルは、TCR複合体のシグナル伝達能力に関与する1つまたは複数の免疫受容活性化チロシンモチーフつまりITAMを含む。
いくつかの態様において、TCRは、2つの鎖αおよびβ(もしくは任意でγおよびδ)のヘテロ二量体の場合があるか、または一本鎖TCR構築物の場合がある。いくつかの態様において、TCRは、1つまたは複数のジスルフィド結合などにより連結された、2つの別々の鎖(αおよびβ鎖またはγおよびδ鎖)を含むヘテロ二量体である。
いくつかの態様において、TCRは、実質的に完全長コード配列が容易に入手可能なVα、β鎖の配列などの公知のTCR配列から作製することができる。細胞起源からV鎖配列を含む完全長TCR配列を得るための方法は、周知である。いくつかの態様において、TCRをコードする核酸は、様々な起源から、例えば、1つもしくは複数の所与の細胞内の、もしくは該細胞から単離された、TCRをコードする核酸のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅、または公的に入手可能なTCR DNA配列の合成により、得ることができる。
いくつかの態様において、TCRは、生物学的供給源から、例えば細胞から、例えばT細胞(例えば細胞傷害性T細胞)、T細胞ハイブリドーマ、または他の公表されている供給源から得られる。いくつかの態様において、T細胞はインビボで単離された細胞から得ることができる。いくつかの態様において、TCRは、胸腺で選択されたTCRである。いくつかの態様において、TCRはネオエピトープ拘束性TCRである。いくつかの態様において、T細胞は、培養したT細胞ハイブリドーマまたはクローンであることができる。いくつかの態様において、TCRまたはその抗原結合部分もしくはその抗原結合フラグメントは、TCRの配列の知識から合成的に作製することができる。
いくつかの態様において、TCRは、標的ポリペプチド抗原またはその標的T細胞エピトープに対する候補TCRのライブラリーのスクリーニングから同定または選択されたTCRから作製される。TCRライブラリーは、PBMC、脾臓または他のリンパ器官に存在する細胞を含む、対象から単離されたT細胞からのVαおよびVβのレパートリーの増幅によって作製することができる。場合によっては、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)からT細胞を増幅することができる。いくつかの態様において、TCRライブラリーは、CD4+またはCD8+細胞から作製することができる。いくつかの態様において、TCRは、正常または健常な対象のT細胞源、すなわち正常TCRライブラリーから増幅することができる。いくつかの態様において、TCRは、罹患した対象のT細胞源、すなわち罹患TCRライブラリーから増幅することができる。いくつかの態様において、縮重プライマーは、ヒトから得られたT細胞などの試料におけるRT-PCRなどによって、VαおよびVβの遺伝子レパートリーを増幅するために使用される。いくつかの態様において、scTvライブラリーは、ナイーブVαおよびVβライブラリーから組み立てることができ、その際、増幅産物がリンカーによって分離されるようにクローン化されるか、または組み立てられる。対象および細胞の供給源に応じて、該ライブラリーはHLAアレル特異的であることができる。あるいは、いくつかの態様において、TCRライブラリーは、親または足場TCR分子の変異誘発または多様化によって作製することができる。いくつかの局面では、TCRは、例えばα鎖またはβ鎖の、変異誘発などによる定方向進化に供される。いくつかの局面では、TCRのCDR内の特定の残基が変更される。いくつかの態様において、選択されたTCRは、親和性成熟によって改変することができる。いくつかの態様において、ペプチドに対するCTL活性を評価するためのスクリーニングなどによって、抗原特異的T細胞が選択される場合がある。いくつかの局面では、TCR、例えば抗原特異的T細胞上に存在するTCRは、結合活性などによって、例えば、抗原に対する特定の親和性または結合力によって、選択される場合がある。
いくつかの態様において、TCRまたはその抗原結合部分は、改変または操作されたものである。いくつかの態様において、変更された特性を有するTCR、例えば、特定のMHC-ペプチド複合体に対する親和性がより高いTCRを作製するために、定方向進化法が用いられる。いくつかの態様において、定方向進化は、以下を含むがそれに限定されるわけではないディスプレイ法によって達成される: 酵母ディスプレイ(Holler et al. (2003) Nat Immunol, 4, 55-62; Holler et al. (2000) Proc Natl Acad Sci U S A, 97, 5387-92)、ファージディスプレイ(Li et al. (2005) Nat Biotechnol, 23, 349-54)、またはT細胞ディスプレイ(Chervin et al. (2008) J Immunol Methods, 339, 175-84)。いくつかの態様において、ディスプレイアプローチは、公知の親または基準TCRを操作または改変することを含む。例えば、いくつかの場合には、野生型TCRが、CDRの1個または複数の残基を変異させた変異誘発TCRを産生するためのテンプレートとして使用することができ、所望の標的抗原に対するより高い親和性などの、望ましい変更特性を備える変異体が選択される。
いくつかの態様において、関心対象のTCRの産生または作製に使用するための標的ポリペプチドのペプチドは、公知であるか、または容易に同定することができる。いくつかの態様において、TCRまたは抗原結合部分の作製に使用するために適したペプチドは、関心対象の標的ポリペプチド、例えば、下記の標的ポリペプチドにおけるHLA拘束性モチーフの存在に基づき決定することができる。いくつかの態様において、ペプチドは、利用可能なコンピュータ予測モデルを用いて同定される。いくつかの態様において、MHCクラスI結合部位を予測するために、そのようなモデルは、ProPred1(Singh and Raghava (2001) Bioinformatics 17(12):1236-1237、およびSYFPEITHIを含むが、それに限定されるわけではない(Schuler et al. (2007) Immunoinformatics Methods in Molecular Biology, 409(1): 75-93 2007を参照されたい)。いくつかの態様において、MHC拘束性エピトープは、HLA-A0201であり、これは、白人全体の約39～46％に発現され、したがって、TCRまたは他のMHC-ペプチド結合分子の調製に使用するために選ばれてふさわしいMHC抗原を意味する。
コンピュータ予測モデルを使用したHLA-A0201結合モチーフならびにプロテアソームおよび免疫プロテアソームの切断部位は当業者に公知である。MHCクラスI結合部位を予測するために、そのようなモデルは、ProPred1（Singh and Raghava, ProPred: prediction of HLA-DR binding sites. BIOINFORMATICS 17(12):1236-1237 2001により詳細に記載されている）、およびSYFPEITHI（Schuler et al. SYFPEITHI, Database for Searching and T-Cell Epitope Prediction. in Immunoinformatics Methods in Molecular Biology, vol 409(1): 75-93 2007を参照のこと）を含むが、それらに限定されない。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合部分は、結合特性などの1つまたは複数の性質が変更されている、組換え生産された天然タンパク質またはその変異型であり得る。いくつかの態様では、TCRは、ヒト、マウス、ラットまたは他の哺乳動物などの様々な動物種の1つに由来し得る。TCRは、細胞結合型でも可溶型でもよい。いくつかの態様では、提供される方法の目的のために、TCRは、細胞の表面上に発現される細胞結合型である。
いくつかの態様では、TCRは、完全長TCRである。いくつかの態様では、TCRは、抗原結合部分である。いくつかの態様では、TCRは、二量体TCR（dTCR）である。いくつかの態様では、TCRは、一本鎖TCR（sc-TCR）である。いくつかの態様では、dTCRまたはscTCRは、WO 03/020763、WO 04/033685、WO2011/044186に記載されているような構造を有する。
いくつかの態様では、TCRは、膜貫通配列に対応する配列を含有する。いくつかの態様では、TCRは、細胞質配列に対応する配列を含有する。いくつかの態様では、TCRは、CD3とTCR複合体を形成可能である。いくつかの態様では、dTCRまたはscTCRを含むTCRのいずれかを、T細胞の表面上に活性TCRを生じるシグナル伝達ドメインに連結することができる。いくつかの態様では、TCRは、細胞の表面上に発現される。
いくつかの態様では、dTCRは、TCRα鎖可変領域配列に対応する配列がTCRα鎖定常領域細胞外配列に対応する配列のN末端に融合している第1のポリペプチド、およびTCRβ鎖可変領域配列に対応する配列がTCRβ鎖定常領域細胞外配列に対応する配列のN末端に融合している第2のポリペプチドを含有し、第1および第2のポリペプチドは、ジスルフィド結合によって連結されている。いくつかの態様では、結合は、天然の二量体αβTCR中に存在する天然の鎖間ジスルフィド結合に対応し得る。いくつかの態様では、鎖間ジスルフィド結合は、天然のTCR中には存在しない。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数のシステインをdTCRポリペプチド対の定常領域細胞外配列に組み込むことができる。いくつかの場合において、天然および非天然の両方のジスルフィド結合が望ましいことがあり得る。いくつかの態様では、TCRは、膜に固定するための膜貫通配列を含有する。
いくつかの態様では、dTCRは、可変αドメイン、定常αドメインおよび定常αドメインのC末端に付着した第1の二量体化モチーフを含有するTCRα鎖、ならびに可変βドメイン、定常βドメインおよび定常βドメインのC末端に付着した第1の二量体化モチーフを含むTCR β鎖を含有し、第1および第2の二量体化モチーフは、容易に相互作用して、第1の二量体化モチーフ中のアミノ酸と第2の二量体化モチーフ中のアミノ酸との間に共有結合を形成し、TCRα鎖とTCRβ鎖を一緒に連結する。
いくつかの態様では、TCRは、scTCRである。典型的には、scTCRは、公知の方法を使用して生成することができる。例えば、Soo Hoo, W. F. et al. PNAS (USA) 89, 4759 (1992); Wulfing, C. and Pluckthun, A., J. Mol. Biol. 242, 655 (1994); Kurucz, I. et al. PNAS (USA）90 3830 (1993)；国際公開PCT番号WO 96/13593、WO 96/18105、WO99/60120、WO99/18129、WO 03/020763、WO2011/044186；およびSchlueter, C. J. et al. J. Mol. Biol. 256, 859 (1996)を参照されたい。いくつかの態様では、scTCRは、TCR鎖の会合を容易にするために導入された非天然ジスルフィド鎖間結合を含有する（例えば、国際公開PCT番号WO 03/020763を参照のこと）。いくつかの態様では、scTCRは、そのC末端に融合した異種ロイシンジッパーが鎖の会合を促進する、非ジスルフィド連結された短縮型TCRである（例えば、国際公開PCT番号WO99/60120を参照のこと）。いくつかの態様では、scTCRは、ペプチドリンカーを介してTCRβ可変ドメインに共有結合により連結されたTCRα可変ドメインを含有する（例えば、国際公開PCT番号WO99/18129を参照のこと）。
いくつかの態様では、scTCRは、TCRα鎖可変領域に対応するアミノ酸配列によって構成される第1のセグメント、TCRβ鎖定常ドメイン細胞外配列に対応するアミノ酸配列のN末端に融合したTCRβ鎖可変領域配列に対応するアミノ酸配列によって構成される第2のセグメント、および第1のセグメントのC末端を第2のセグメントのN末端に連結するリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、scTCRは、α鎖細胞外定常ドメイン配列のN末端に融合したα鎖可変領域配列によって構成される第1のセグメント、ならびに配列β鎖細胞外定常および膜貫通配列のN末端に融合したβ鎖可変領域配列によって構成される第2のセグメント、および任意で第1のセグメントのC末端を第2のセグメントのN末端に連結するリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、scTCRは、β鎖細胞外定常ドメイン配列のN末端に融合したTCRβ鎖可変領域配列によって構成される第1のセグメント、ならびに配列α鎖細胞外定常および膜貫通配列のN末端に融合したα鎖可変領域配列によって構成される第2のセグメント、および任意で第1のセグメントのC末端を第2のセグメントのN末端に連結するリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、第1および第2のTCRセグメントを連結するscTCRのリンカーは、TCRの結合特異性を保持しながら、単一ポリペプチド鎖を形成可能な任意のリンカーであることができる。いくつかの態様では、リンカー配列は、例えば、式-P-AA-P-を有してよく、式中、Pはプロリンであり、AAはアミノ酸配列を表し、アミノ酸はグリシンおよびセリンである。いくつかの態様では、第1および第2のセグメントは、その可変領域配列がそのような結合のために配向されるように対合される。したがって、いくつかの場合において、リンカーは、第1のセグメントのC末端と第2のセグメントのN末端との間、またはその逆の間の距離を橋渡しするのに十分な長さを有するが、scTCRの標的リガンドへの結合を遮断または低減するほど長くない。いくつかの態様では、リンカーは、10～45個または約10～45個のアミノ酸、例えば10～30個のアミノ酸または26～41個のアミノ酸残基、例えば、29、30、31または32個のアミノ酸を含有することができる。いくつかの態様では、リンカーは、式-PGGG-(SGGGG)5-P-を有し、式中、Pはプロリンであり、Gはグリシンであり、Sはセリンである（SEQ ID NO：22）。いくつかの態様では、リンカーは、配列
Figure 2023526278000002
を有する。
いくつかの態様では、scTCRは、α鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基をβ鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基に連結する共有ジスルフィド結合を含有する。いくつかの態様では、天然TCR中の鎖間ジスルフィド結合は存在しない。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数のシステインを、scTCRポリペプチドの第1および第2のセグメントの定常領域細胞外配列に組み込むことができる。いくつかの場合において、天然および非天然の両方のジスルフィド結合が望ましいことがあり得る。
導入された鎖間ジスルフィド結合を含有するdTCRまたはscTCRのいくつかの態様では、天然のジスルフィド結合は存在しない。いくつかの態様では、天然の鎖間ジスルフィド結合を形成する天然のシステインの1つまたは複数は、セリンまたはアラニンなどの別の残基に置換される。いくつかの態様では、導入されるジスルフィド結合は、第1および第2のセグメント上の非システイン残基をシステインに変異させることによって形成することができる。TCRの例示的な非天然ジスルフィド結合は、国際公開PCT番号WO2006/000830に記載されている。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、標的抗原に対して10-5～10-12 Mまたは約10-5～10-12 Mならびにその中のすべての個々の値および範囲の平衡結合定数で親和性を示す。いくつかの態様では、標的抗原は、MHC-ペプチド複合体またはリガンドである。
いくつかの態様では、α鎖およびβ鎖などのTCRをコードする核酸（1つまたは複数）は、PCR、クローニングまたは他の好適な手段によって増幅させ、好適な発現ベクター（1つまたは複数）にクローニングすることができる。発現ベクターは、任意の好適な組換え発現ベクターであることができ、任意の好適な宿主を形質転換またはトランスフェクトするために使用することができる。好適なベクターは、プラスミドおよびウイルスなどの、増殖および拡大増殖のため、または発現のため、またはその両方のために設計されたものを含む。
いくつかの態様では、ベクターは、pUCシリーズ（Fermentas Life Sciences）、pBluescriptシリーズ（Stratagene, LaJolla, Calif.）、pETシリーズ（Novagen, Madison, Wis.）、pGEXシリーズ（Pharmacia Biotech, Uppsala, Sweden）、またはpEXシリーズ（Clontech, Palo Alto, Calif.）のベクターであることができる。いくつかの場合において、λG10、λGT11、λZapII（Stratagene）、λEMBL4、およびλNM1149などのバクテリオファージベクターも使用することができる。いくつかの態様では、植物発現ベクターを使用することができ、pBI01、pBI101.2、pBI101.3、pBI121およびpBIN19（Clontech）を含む。いくつかの態様では、動物発現ベクターは、pEUK-Cl、pMAMおよびpMAMneo（Clontech）を含む。いくつかの態様では、レトロウイルスベクターなどのウイルスベクターが使用される。
いくつかの態様では、組換え発現ベクターは、標準的な組換えDNA技術を使用して調製することができる。いくつかの態様では、ベクターは、適宜におよびベクターがDNAベースであるかRNAベースであるかを考慮に入れて、ベクターが導入されるべき宿主の種類（例えば、細菌、真菌、植物または動物）に特異的な転写および翻訳開始および終止コドンなどの調節配列を含有することができる。いくつかの態様では、ベクターは、TCRまたは抗原結合部分（または他のMHC－ペプチド結合分子）をコードするヌクレオチド配列に機能的に連結された非天然プロモーターを含有することができる。いくつかの態様では、プロモーターは、非ウイルスプロモーターまたはウイルスプロモーター、例えばサイトメガロウイルス（CMV）プロモーター、SV40プロモーター、RSVプロモーター、およびマウス幹細胞ウイルスの長い末端反復配列中に見られるプロモーターであることができる。他の公知のプロモーターも想定される。
いくつかの態様では、TCRをコードするベクターを生成するために、関心対象のTCRを発現するT細胞クローンから単離された全cDNAからα鎖およびβ鎖をPCR増幅し、発現ベクターにクローニングする。いくつかの態様では、α鎖およびβ鎖は、同じベクターにクローニングされる。いくつかの態様では、α鎖およびβ鎖は、異なるベクターにクローニングされる。いくつかの態様では、生成されたα鎖およびβ鎖は、レトロウイルスベクター、例えば、レンチウイルスベクターに組み込まれる。
いくつかの態様では、提供される方法は、疾患または病態を有する対象に、組換え抗原受容体を発現する細胞を投与することを伴う。いくつかの態様では、組み換え抗原受容体を発現する細胞は複数の異なるドナー由来である。いくつかの態様では、細胞は対象に対し同種である。遺伝子操作された成分、例えば、組換え受容体、例えば、CARまたはTCRの導入のための様々な方法が周知であり、提供される方法および組成物と共に使用してもよい。例示的な方法は、ウイルス、例えば、レトロウイルスまたはレンチウイルスによる形質導入、トランスポゾンおよびエレクトロポレーションを介した方法を含め、受容体をコードする核酸の移入のための方法を含む。
中でも、受容体を発現し、かつ、提供される方法によって投与される細胞は、操作された細胞である。遺伝子操作することは、一般に、レトロウイルス形質導入、トランスフェクションまたは形質転換などによる、細胞を含有する組成物への組換えまたは操作された成分をコードする核酸の導入を伴う。
3. キメラ自己抗体受容体（CAAR)
いくつかの態様では、中でも、提供される方法、使用、製造品および組成物に関連して使用される操作された細胞によって発現される組換え受容体は、キメラ自己抗体受容体（CAAR）である。いくつかの態様では、CAARは、自己抗体に特異的である。いくつかの態様では、CAARを発現する細胞、例えば、CAARを発現するように操作されたT細胞を使用して、自己抗体を発現する細胞に特異的に結合させてそれを殺傷することができるが、正常な抗体を発現する細胞にそうすることはできない。いくつかの態様では、CAARを発現する細胞を使用して、自己免疫疾患などの自己抗原の発現に関連する自己免疫疾患を処置することができる。いくつかの態様では、CAARを発現する細胞は、最終的に自己抗体を産生して自己抗体をその細胞表面上に提示するB細胞を標的とすることができ、治療的介入のためにこれらのB細胞を疾患特異的標的としてマークすることができる。いくつかの態様では、CAARを発現する細胞を使用して、抗原特異的なキメラ自己抗体受容体を使用して疾患を引き起こすB細胞を標的とすることによって、自己免疫疾患における病原性B細胞を効率的に標的化および殺傷することができる。いくつかの態様では、組換え受容体は、CAAR、例えば、米国特許出願公開番号US 2017/0051035に記載されているいずれかである。
いくつかの態様では、CAARは、自己抗体結合ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達領域を含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達領域は、細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン、T細胞において一次活性化シグナルを誘導可能なシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）成分のシグナル伝達ドメイン、および／または免疫受容体活性化チロシンモチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインであるかそれを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達領域は、二次または共刺激シグナル伝達領域（二次細胞内シグナル伝達領域）を含む。
いくつかの態様では、自己抗体結合ドメインは、自己抗原またはその断片を含む。自己抗原の選択は、標的とされる自己抗体のタイプに依存し得る。例えば、自己抗原は、特定の疾患状態、例えば、自己抗体媒介性自己免疫疾患などの自己免疫疾患に関連する、B細胞などの標的細胞上の自己抗体を認識するので、それを選択してもよい。いくつかの態様では、自己免疫疾患は、尋常性天疱瘡（PV）を含む。例示的な自己抗原は、デスモグレイン1（Dsg1）およびDsg3を含む。
4. 多重標的化
いくつかの態様では、提供される方法、使用、製造品および組成物に関連して使用される細胞は、多重標的化戦略（例えば、各々が異なる抗原の同じものを認識し、典型的には各々が異なる細胞内シグナル伝達成分を含む、2つ以上の遺伝子操作された受容体の細胞上での発現）を利用する細胞を含む。そのような多重標的化戦略は、例えば、国際特許出願公開番号WO 2014055668 A1（活性化CARと共刺激CARの組み合わせであって、例えば、オフターゲット細胞、例えば正常細胞上に個々に存在するが処置されるべき疾患または病態の細胞上にしか一緒に存在しない2つの異なる抗原を標的とする、活性化CARと共刺激CARの組み合わせについて説明している）およびFedorov et al., Sci. Transl. Medicine, 5(215) (2013)（活性化CARと阻害性CARを発現する細胞、例えば、活性化CARが正常細胞または非疾患細胞と処置されるべき疾患または病態の細胞の両方に発現される一方の抗原に結合し、阻害性CARが正常細胞または処置が望ましくない細胞上にしか発現されない別の抗原に結合する、細胞について説明している）に記載されている。
例えば、いくつかの態様では、細胞は、一般に第1の受容体によって認識される抗原、例えば第1の抗原への特異的結合時に、細胞に対して活性化または刺激シグナルを誘導可能である、第1の遺伝子操作された抗原受容体（例えば、CARまたはTCR）を発現する受容体を含む。いくつかの態様では、細胞はさらに、一般に第2の受容体によって認識される第2の抗原への特異的結合時に、免疫細胞に対して共刺激シグナルを誘導可能である、第2の遺伝子操作された抗原受容体（例えば、CARまたはTCR）、例えば、キメラ共刺激受容体を含む。いくつかの態様では、第1の抗原および第2の抗原は同じである。いくつかの態様では、第1の抗原および第2の抗原は異なる。
いくつかの態様では、第1および／または第2の遺伝子操作された抗原受容体（例えば、CARまたはTCR）は、細胞に対して活性化シグナルを誘導可能である。いくつかの態様では、受容体は、ITAMまたはITAM様モチーフを含有する細胞内シグナル伝達成分を含む。いくつかの態様では、第1の受容体によって誘導される活性化は、細胞におけるシグナル伝達もしくはタンパク質発現の変化を伴い、結果として、ITAMリン酸化および／もしくはITAM媒介性シグナル伝達カスケードの開始などの免疫応答の開始、免疫シナプスの形成および／もしくは結合した受容体付近の分子（例えば、CD4またはCD8など）のクラスター化、NF-κBおよび／もしくはAP-1などの1つもしくは複数の転写因子の活性化、ならびに／またはサイトカインなどの因子の遺伝子発現、増殖および／もしくは生存の誘導をもたらす。
いくつかの態様では、第1および／または第2の受容体は、CD28、CD137（4-1BB）、OX40、および／またはICOSなどの共刺激受容体の細胞内シグナル伝達ドメインまたは領域を含む。いくつかの態様では、第1および第2の受容体は、異なる共刺激受容体の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一態様では、第1の受容体は、CD28共刺激シグナル伝達領域を含有し、第2の受容体は、4-1BB共刺激シグナル伝達領域を含有する（逆もまた同様）。
いくつかの態様では、第1および／または第2の受容体は、ITAMまたはITAM様モチーフを含有する細胞内シグナル伝達ドメインと共刺激受容体の細胞内シグナル伝達ドメインの両方を含む。
いくつかの態様では、第1の受容体は、ITAMまたはITAM様モチーフを含有する細胞内シグナル伝達ドメインを含有し、第2の受容体は、共刺激受容体の細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。同じ細胞において誘導される活性化シグナルと組み合わせる共刺激シグナルは、免疫応答、例えば、増加した遺伝子発現、サイトカインおよび他の因子の分泌、ならびに細胞殺傷などのT細胞媒介性エフェクター機能などのロバストで持続した免疫応答をもたらすものである。
いくつかの態様では、第1の受容体単独の連結も第2の受容体単独の連結も、ロバストな免疫応答を誘導しない。いくつかの局面では、1つの受容体だけが連結される場合、細胞は、抗原に対して寛容もしくは非応答となるかまたは阻害され、かつ／または、細胞は、増殖するようにもしくは因子を分泌するようにもしくはエフェクター機能を実行するように誘導されることはない。しかしながら、いくつかのそのような態様では、第1および第2の抗原を発現する細胞の遭遇時など、複数の受容体が連結するとき、例えば、1つまたは複数のサイトカインの分泌、増殖、持続、および／または標的細胞の細胞傷害性殺傷などの免疫エフェクター機能の実行によって示されるような、完全な免疫活性化または刺激などの所望の応答が達成される。
いくつかの態様では、2つの受容体はそれぞれ、一方の受容体によるその抗原への結合が細胞を活性化するかまたは応答を誘導するが、第2の阻害性受容体によるその抗原への結合がその応答を抑制または減少させるシグナルを誘導するように、細胞に対して活性化シグナルおよび阻害シグナルを誘導する。例は、活性化CARと阻害性CARまたはiCARの組み合わせである。例えば、活性化CARが、疾患または病態において発現されるが正常な細胞上にも発現される抗原に結合し、阻害性受容体が、正常な細胞上に発現されるが疾患または病態の細胞上には発現されない別個の抗原に結合する、戦略を使用してもよい。
いくつかの態様では、特定の疾患または病態に関連する抗原が、一過性（例えば、遺伝子改変と関連した刺激時）または恒久的のいずれかで、非疾患細胞上に発現されるおよび／または操作された細胞それ自体上に発現される場合に、多重標的化戦略が利用される。そのような場合、2つの別々のかつ個々に特異的な抗原受容体の連結を要求することによって、特異性、選択性および／または効力が改善され得る。
いくつかの態様では、複数の抗原、例えば、第1および第2の抗原は、標的とされる細胞、組織または疾患もしくは病態、例えば、がん細胞上に、発現される。いくつかの局面では、細胞、組織、疾患または病態は、多発性骨髄腫または多発性骨髄腫細胞である。いくつかの態様では、複数の抗原の1つまたは複数は、一般に、細胞療法で標的とすることが望ましくない細胞、例えば、正常もしくは非疾患の細胞もしくは組織、および／または操作された細胞自体上にも発現される。そのような態様では、細胞の応答を達成するために複数の受容体の連結を要求することによって、特異性および／または効力が達成される。
B. 遺伝子操作のための核酸、ベクター、および方法
いくつかの態様において、細胞、例えば、濃縮されたCD57- T細胞の集団の細胞（例えば、CD57枯渇T細胞集団および／または貯蔵CD57枯渇T細胞集団）は、組み換え受容体を発現するように遺伝子操作される。いくつかの態様において、細胞、例えば、濃縮されたCD27+ T細胞の集団の細胞（例えば、CD27濃縮T細胞集団および／または貯蔵CD27濃縮T細胞集団）は、組み換え受容体を発現するように遺伝子操作される。いくつかの態様において、操作は、組み換え受容体またはその部分もしくは構成成分をコードする1つまたは複数のポリヌクレオチドを導入することによって行われる。組み換え受容体をコードするポリヌクレオチド、ならびにそのような核酸および/またはポリヌクレオチドを含むベクターまたは構築物もまた提供される。
いくつかの態様において、組み換え受容体をコードするポリヌクレオチドは、組み換え受容体の発現を制御するように機能的に連結された少なくとも1つのプロモーターを含む。いくつかの例では、該ポリヌクレオチドは、組み換え受容体の発現を制御するように機能的に連結された2つ、3つ、またはそれ以上のプロモーターを含む。いくつかの態様において、ポリヌクレオチドは、必要に応じて、および該ポリヌクレオチドがDNAベースかRNAベースかを考慮して、ポリヌクレオチドが導入されることになる宿主(例えば、細菌、真菌、植物または動物)のタイプに特異的な調節配列、例えば転写および翻訳の開始および終止コドンを含むことができる。いくつかの態様において、ポリヌクレオチドは、プロモーター、エンハンサー、イントロン、ポリアデニル化シグナル、Kozakコンセンサス配列、配列内リボソーム進入部位(IRES)、2A配列、およびスプライスアクセプターまたはドナーなどの調節/制御エレメントを含むことができる。いくつかの態様において、ポリヌクレオチドは、組み換え受容体および/または1つもしくは複数の付加的なポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に機能的に連結される非ネイティブなプロモーターを含むことができる。いくつかの態様において、プロモーターは、RNA pol I、pol IIまたはpol IIIプロモーターの中より選択される。いくつかの態様において、プロモーターは、RNAポリメラーゼII(例えば、CMV、SV40初期領域またはアデノウイルス主後期プロモーター)によって認識される。別の態様において、プロモーターは、RNAポリメラーゼIII(例えば、U6またはH1プロモーター)によって認識される。いくつかの態様において、プロモーターは、非ウイルスプロモーターまたはウイルスプロモーター、例えばサイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、SV40プロモーター、RSVプロモーター、およびマウス幹細胞ウイルスの長末端反復に見られるプロモーターであることができる。その他の公知のプロモーターも考えられる。
いくつかの態様において、プロモーターは、構成的プロモーターであるか、またはそれを含む。例示的な構成的プロモーターは、例えば、シミアンウイルス40初期プロモーター(SV40)、サイトメガロウイルス前初期プロモーター(CMV)、ヒトユビキチンCプロモーター(UBC)、ヒト伸長因子1αプロモーター(EF1α)、マウスホスホグリセリン酸キナーゼ1プロモーター(PGK)、およびCMV初期エンハンサー結合型ニワトリβ-アクチンプロモーター(CAGG)を含む。いくつかの態様において、構成的プロモーターは、合成または改変されたプロモーターである。いくつかの態様において、プロモーターは、MNDプロモーター、骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサーを有する改変されたMoMuLV LTRのU3領域を含む合成プロモーターであるか、またはそれを含む(Challita et al. (1995) J. Virol. 69(2):748-755を参照されたい)。いくつかの態様において、プロモーターは、組織特異的プロモーターである。別の態様において、プロモーターはウイルスプロモーターである。別の態様において、プロモーターは非ウイルスプロモーターである。いくつかの態様において、例示的なプロモーターは、ヒト伸長因子1アルファ(EF1α)プロモーターもしくはその改変された形態またはMNDプロモーターを含むことができるが、それに限定されるわけではない。
別の態様において、プロモーターは、調節されたプロモーター(例えば、誘導性プロモーター)である。いくつかの態様において、プロモーターは、誘導性プロモーターまたは抑制性(repressible)プロモーターである。いくつかの態様において、プロモーターは、Lacオペレーター配列、テトラサイクリンオペレーター配列、ガラクトースオペレーター配列もしくはドキシサイクリンオペレーター配列を含むか、またはその類似体であるか、またはLacリプレッサーもしくはテトラサイクリンリプレッサー、もしくはその類似体によって結合もしくは認識され得る。いくつかの態様において、ポリヌクレオチドは、調節エレメント、例えばプロモーターを含まない。
いくつかの場合には、組み換え受容体をコードする核酸配列は、シグナルペプチドをコードするシグナル配列を含む。ある局面では、シグナル配列は、ネイティブなポリペプチドに由来するシグナルペプチドをコードし得る。他の局面では、シグナル配列は、異種または非ネイティブなシグナルペプチドを、例えば、SEQ ID NO:24に示されるヌクレオチド配列によってコードされる、SEQ ID NO:25に示されるGMCSFRアルファ鎖の例示的なシグナルペプチドをコードし得る。場合によっては、組み換え受容体、例えばキメラ抗原受容体(CAR)をコードする核酸配列は、シグナルペプチドをコードするシグナル配列を含む。それに限定されるわけではない例示的なシグナルペプチドとして、例えば、SEQ ID NO:24に示されるヌクレオチド配列によってコードされる、SEQ ID NO:25に示されるGMCSFRアルファ鎖シグナルペプチド、またはSEQ ID NO:26に示されるCD8アルファシグナルペプチドが挙げられる。
いくつかの態様において、ポリヌクレオチドは、1つまたは複数の付加的なポリペプチド、例えば、1つもしくは複数のマーカーおよび/または1つもしくは複数のエフェクター分子をコードする核酸配列を含む。いくつかの態様において、1つまたは複数のマーカーは、形質導入マーカー、代用マーカーおよび/または選択マーカーを含む。例えば、1つまたは複数の付加的なポリペプチドをコードする、導入された付加的な核酸配列の中には、移植された細胞の生存率および/または機能を促進することなどによって治療の有効性を改善することができる核酸配列; 例えば、インビボでの生存率または局在を評価するための、細胞の選択および/または評価のための遺伝的マーカーを提供する核酸配列; 例えば、Lupton S. D. et al., Mol. and Cell Biol., 11:6 (1991); およびRiddell et al., Human Gene Therapy 3:319-338 (1992)に記載されているような、インビボで細胞を陰性選択に感受性にすることによって安全性を改善する核酸配列が含まれる; 優性陽性選択マーカーと陰性選択マーカーとの融合に由来する二機能性選択融合遺伝子の使用について記載しているWO1992008796およびWO1994028143、ならびに米国特許第6,040,177号も参照されたい。
いくつかの態様において、マーカーは形質導入マーカーまたは代用マーカーである。形質導入マーカーまたは代用マーカーは、ポリヌクレオチド、例えば組み換え受容体をコードするポリヌクレオチドが導入された細胞を検出するために使用することができる。いくつかの態様において、形質導入マーカーは、細胞の改変を示すかまたは確認することができる。いくつかの態様において、代用マーカーは、細胞表面上に組み換え受容体、例えばCAR、と共発現するようにされたタンパク質である。特定の態様において、そのような代用マーカーは、活性をほとんどまたはまったく持たないように修飾された表面タンパク質である。ある特定の態様において、代用マーカーは、組み換え受容体をコードする同じポリヌクレオチド上にコードされる。いくつかの態様において、組み換え受容体をコードする核酸配列は、任意で、内部リボソーム進入部位(IRES)によって、または自己切断ペプチドもしくはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド、例えば2A配列、をコードする核酸によって分離された、マーカーをコードする核酸配列に機能的に連結される。外来性マーカー遺伝子を、いくつかの場合には操作された細胞に関連して利用して、細胞の検出または選択を可能にし、場合によっては細胞除去および/または細胞自殺も促進する場合がある。
例示的な代用マーカーは、細胞表面ポリペプチドのトランケート形態を含むことができ、例えば、該トランケート形態は、非機能的であり、シグナルもしくは細胞表面ポリペプチドの完全長形態によって通常は伝達されるシグナルを伝達しないか、伝達できず、かつ/または内部移行しないか、内部移行できない。例示的なトランケート型細胞表面ポリペプチドには、成長因子または他の受容体のトランケート形態、例えば、トランケート型ヒト上皮成長因子受容体2(tHER2)、トランケート型上皮成長因子受容体(tEGFR、SEQ ID NO:7もしくは16に示される例示的なtEGFR配列)、または前立腺特異的膜抗原(PSMA)もしくはその改変形態、例えばトランケート型PSMA(tPSMA)が含まれる。いくつかの局面では、tEGFRは、抗体セツキシマブ(Erbitux(登録商標))または他の治療用抗EGFR抗体もしくは結合分子によって認識されるエピトープを含む場合があり、これらの抗体または分子を、tEGFR構築物およびコードされる外因性タンパク質で操作された細胞を同定もしくは選択するために、かつ/またはコードされる外因性タンパク質を発現する細胞を排除もしくは分離するために使用することができる。米国特許第8,802,374号およびLiu et al., Nature Biotech. 2016 April; 34(4): 430-434)を参照されたい。いくつかの局面では、マーカー、例えば、代用マーカーには、全部または一部(例えば、トランケート形態)のCD34、NGFR、CD19もしくはトランケート型CD19、例えばトランケート型非ヒトCD19が含まれる。トランケート型EGFR(例えばtEGFR)についての例示的なポリペプチドは、SEQ ID NO: 7もしくは16に示されるアミノ酸配列またはSEQ ID NO: 7もしくは16に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、マーカーは、検出可能なタンパク質、例えば蛍光タンパク質、例えば緑色蛍光タンパク質(GFP)、強化緑色蛍光タンパク質(EGFP)、例えばスーパーフォールドGFP(sfGFP)、赤色蛍光タンパク質(RFP)、例えばtdTomato、mCherry、mStrawberry、AsRed2、DsRedまたはDsRed2、シアン色蛍光タンパク質(CFP)、青緑色蛍光タンパク質(BFP)、強化青色蛍光タンパク質(EBFP)、および黄色蛍光タンパク質(YFP)、ならびにそれらの変異体、例えば、蛍光タンパク質の種変異体、単量体変異体、コドン最適化、安定化および/または強化変異体などであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、マーカーは、酵素、例えばルシフェラーゼ、大腸菌(E. coli)由来のlacZ遺伝子、アルカリホスファターゼ、分泌型胚性アルカリホスファターゼ(SEAP)、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)であるか、またはそれを含む。例示的な発光レポーター遺伝子には、ルシフェラーゼ(luc)、β-ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)、β-グルクロニダーゼ(GUS)またはそれらの変異体が含まれる。いくつかの局面では、酵素の発現は、酵素の発現および機能的活性の際に検出することができる基質の添加によって検出することができる。
いくつかの態様において、マーカーは選択マーカーである。いくつかの態様において、選択マーカーは、外因性の薬剤または薬物に対する耐性を付与するポリペプチドであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、選択マーカーは抗生物質耐性遺伝子である。いくつかの態様において、選択マーカーは、哺乳動物細胞に抗生物質耐性を付与する抗生物質耐性遺伝子である。いくつかの態様において、選択マーカーは、ピューロマイシン耐性遺伝子、ハイグロマイシン耐性遺伝子、ブラスチシジン耐性遺伝子、ネオマイシン耐性遺伝子、ジェネティシン耐性遺伝子、もしくはゼオシン耐性遺伝子、またはその改変形態であるか、またはそれを含む。
本明細書に記載の組み換え受容体および/または付加的なポリペプチドはいずれも、組み換え受容体をコードする1つまたは複数の核酸配列を任意の組み合わせ、配向または配置で含む1つまたは複数のポリヌクレオチドによってコードされ得る。例えば、1、2、3またはそれ以上のポリヌクレオチドが、1、2、3またはそれ以上の異なるポリペプチド、例えば組み換え受容体もしくはその部分もしくは構成成分、および/または1つもしくは複数の付加的なポリペプチド、例えばマーカーおよび/もしくはエフェクター分子をコードすることができる。いくつかの態様において、1つのポリヌクレオチドは、組み換え受容体、例えばCAR、またはその部分もしくは構成成分をコードする核酸配列、および1つまたは複数の付加的なポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの態様において、1つのベクターまたは構築物は、組み換え受容体、例えばCAR、またはその部分もしくは構成成分をコードする核酸配列、および1つまたは複数の付加的なポリペプチドをコードする核酸配列を含む別のベクターまたは構築物を含む。いくつかの態様において、組み換え受容体をコードする核酸配列および1つまたは複数の付加的なポリペプチドをコードする核酸配列は、2つの異なるプロモーターに機能的に連結される。いくつかの態様において、組み換え受容体をコードする核酸は、1つまたは複数の付加的なポリペプチドをコードする核酸の上流に存在する。いくつかの態様において、組み換え受容体をコードする核酸は、1つまたは複数の付加的なポリペプチドをコードする核酸の下流に存在する。
特定の場合において、1つのポリヌクレオチドは、2つ以上の異なるポリペプチド鎖、例えば、組み換え受容体および1つまたは複数の付加的なポリペプチド、例えば、マーカーおよび/またはエフェクター分子をコードする核酸配列を含む。いくつかの態様において、2つ以上の異なるポリペプチド鎖を、例えば、組み換え受容体および1つまたは複数の付加的なポリペプチドを、コードする核酸配列は、2つの別々のポリヌクレオチドに存在する。例えば、2つの別々のポリヌクレオチドが提供され、各々を、細胞における発現のために細胞内に個別に移入または導入することができる。いくつかの態様において、マーカーをコードする核酸配列および組み換え受容体をコードする核酸配列は、細胞のゲノム内の異なる位置に存在するか、またはその位置に挿入される。いくつかの態様において、マーカーをコードする核酸配列および組み換え受容体をコードする核酸配列は、2つの異なるプロモーターに機能的に連結される。
ポリヌクレオチドが第1および第2核酸配列を含む態様などのいくつかの態様において、異なるポリペプチド鎖の各々をコードするコード配列は、同じまたは異なることができるプロモーターに機能的に連結することができる。いくつかの態様において、核酸分子は、2つ以上の異なるポリペプチド鎖の発現を駆動するプロモーターを含むことができる。いくつかの態様において、そのような核酸分子はマルチシストロニック(バイシストロニックまたはトリシストロニック; 例えば、米国特許第6,060,273号を参照)であることができる。いくつかの態様において、組み換え受容体をコードする核酸配列および1つまたは複数の付加的なポリペプチドをコードする核酸配列は、同じプロモーターに機能的に連結され、任意で、内部リボソーム進入部位(IRES)によって、または自己切断ペプチドもしくはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド、例えば2Aエレメントをコードする核酸によって分離される。例えば、例示的なマーカー、および任意でリボソームスキッピング配列は、PCT公報番号WO2014031687に開示されるいずれかであることができる。
いくつかの態様において、転写ユニットは、IRESを含むバイシストロニックなユニットとして操作することができ、IRESは、単一のプロモーターからのメッセージによる遺伝子産物(例えば、組み換え受容体および付加的なポリペプチドをコードする)の共発現を可能にする。あるいは場合によっては、単一のオープンリーディングフレーム(ORF)に、自己切断ペプチド(例えば、2A配列)またはプロテアーゼ認識部位(例えば、フューリン)をコードする配列によって互いに分離された2個または3個の遺伝子(例えば、マーカーをコードする、および組み換え受容体をコードする)を含むRNAの発現を、単一のプロモーターが指令する場合がある。したがって、該ORFは、翻訳中(2Aの場合)または翻訳後に、個々のタンパク質にプロセシングされる、単一のポリペプチドをコードする。場合によっては、T2Aなどのペプチドは、2AエレメントのC末端でのペプチド結合の合成をリボソームにスキップさせることができ(リボソームスキッピング)、これは2A配列の該末端と下流の次のペプチドの間の分離につながる(例えば、de Felipe, Genetic Vaccines and Ther. 2:13 (2004)およびde Felipe et al. Traffic 5:616-626 (2004)を参照されたい)。様々な2Aエレメントが知られている。本明細書に開示される方法およびシステムで使用できる2A配列の例は、非限定的に、米国特許出願公開第20070116690号に記載されるような、口蹄疫ウイルス(F2A、例えばSEQ ID NO: 21)、ウマ鼻炎ウイルスA(E2A、例えばSEQ ID NO: 20)、ゾセア アシグナ(Thosea asigna)ウイルス(T2A、例えばSEQ ID NO: 6または17)、およびブタテッショウウイルス-1(P2A、例えばSEQ ID NO: 18または19)由来の2A配列である。
いくつかの態様において、組み換え受容体をコードするポリヌクレオチドおよび/または付加的なポリペプチドは、ベクター中に含まれるか、または1つもしくは複数のベクター中にクローニングすることができる。いくつかの態様において、1つまたは複数のベクターを使用して、宿主細胞、例えば、操作のための細胞を形質転換またはトランスフェクトすることができる。例示的なベクターは、導入、増殖および拡大増殖のためもしくは発現のため、または両方のために設計されたベクター、例えばプラスミドおよびウイルスベクターを含む。いくつかの局面では、ベクターは発現ベクター、例えば、組み換え発現ベクターである。いくつかの態様において、標準的な組み換えDNA技法を用いて組み換え発現ベクターを調製することができる。
いくつかの態様において、ベクターは、pUCシリーズ(Fermentas Life Sciences)、pBluescriptシリーズ(Stratagene, LaJolla, Calif.)、pETシリーズ(Novagen, Madison, Wis.)、pGEXシリーズ(Pharmacia Biotech, Uppsala, Sweden)、またはpEXシリーズ(Clontech, Palo Alto, Calif.)のベクターであることができる。場合によっては、バクテリオファージベクター、例えばλG10、λGT11、λZapII(Stratagene)、λEMBL4、およびλNM1149もまた、使用することができる。いくつかの態様において、植物発現ベクターを使用することができ、それらは、pBI01、pBI101.2、pBI101.3、pBI121およびpBIN19(Clontech)を含む。いくつかの態様において、動物発現ベクターは、pEUK-Cl、pMAMおよびpMAMneo(Clontech)を含む。
いくつかの態様において、ベクターは、ウイルスベクター、例えばレトロウイルスベクターである。いくつかの態様において、組み換え受容体および/または付加的なポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、レトロウイルスもしくはレンチウイルスベクターを介して、またはトランスポゾンを介して細胞内に導入される(例えば、Baum et al. (2006) Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy. 13:1050-1063; Frecha et al. (2010) Molecular Therapy 18:1748-1757; およびHackett et al. (2010) Molecular Therapy 18:674-683を参照されたい)。
いくつかの態様では、1つまたは複数のポリヌクレオチドは、組換え感染性ウイルス粒子、例えば、シミアンウイルス40（SV40）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するベクターなどを使用して、細胞に導入される。特定の態様では、ベクターは、AAVベクターである。ある特定の態様では、AAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7またはAAV8ベクターの中から選択される。いくつかの態様では、AAVベクターは、AAV2またはAAV6ベクターである。いくつかの態様では、作用物質を含有するポリヌクレオチドおよび／またはテンプレートポリヌクレオチドは、組換えAAVによって送達される。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチド（例えば、組換え受容体をコードする）は、組換えAAVによって送達される。いくつかの態様では、（i）作用物質を含有するポリヌクレオチドおよび／またはテンプレートポリヌクレオチドと（ii）異種ポリヌクレオチド（例えば、組換え受容体をコードする）は、組換えAAVによって送達される。いくつかの態様では、（i）作用物質を含有するポリヌクレオチドおよび／またはテンプレートポリヌクレオチドと（ii）異種ポリヌクレオチド（例えば、組換え受容体をコードする）は、同じ組換えAAVによって送達される。いくつかの態様では、AAVは、そのゲノムを、宿主細胞、例えば、本明細書に記載されるような標的細胞のゲノムに組み込むことができる。
いくつかの態様では、1つまたは複数のポリヌクレオチドは、組換えレンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えばガンマ-レトロウイルスベクターを使用してT細胞に導入される（例えば、Koste et al. (2014) Gene Therapy 2014 Apr 3. doi: 10.1038/gt.2014.25；Carlens et al. (2000) Exp Hematol 28(10): 1137-46；Alonso-Camino et al. (2013) Mol Ther Nucl Acids 2, e93；Park et al., Trends Biotechnol. 2011 November 29(11): 550-557を参照のこと）。
いくつかの態様において、ベクターはレトロウイルスベクターである。いくつかの局面では、レトロウイルスベクター、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス(MoMLV)、骨髄増殖性肉腫ウイルス(MPSV)、マウス胚性幹細胞ウイルス(MESV)、マウス幹細胞ウイルス(MSCV)、脾フォーカス形成ウイルス(SFFV)、またはアデノ随伴ウイルス(AAV)由来のレトロウイルスベクターは、は長末端反復配列(LTR)を有する。大部分のレトロウイルスベクターは、マウスレトロウイルスに由来する。いくつかの態様において、レトロウイルスには、任意の鳥類細胞または哺乳動物細胞供給源に由来するものが含まれる。レトロウイルスは典型的に広宿主性であり、広宿主性とは、それらが、ヒトを含むいくつかの種の宿主細胞に感染する能力を有することを意味する。1つの態様において、発現されるべき遺伝子でレトロウイルスのgag、pol、および/またはenv配列を置き換える。実例となるレトロウイルス系がいくつか記載されている(例えば、米国特許第5,219,740号; 同第6,207,453号; 同第5,219,740号; Miller and Rosman (1989) BioTechniques 7:980-990; Miller, A. D. (1990) Human Gene Therapy 1:5-14; Scarpa et al. (1991) Virology 180:849-852; Burns et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:8033-8037; およびBoris-Lawrie and Temin (1993) Cur. Opin. Genet. Develop. 3:102-109。レンチウイルス形質導入の方法は公知である。例示的な方法は、例えば、Wang et al. (2012) J. Immunother. 35 (9): 689-701; Cooper et al. (2003) Blood. 101:1637-1644; Verhoeyen et al. (2009) Methods Mol Biol. 506:97-114; およびCavalieri et al. (2003) Blood. 102(2): 497-505に記載されている。いくつかの態様において、組み換え受容体をコードするポリヌクレオチドおよび/または1つもしくは複数の付加的なポリペプチドは、培養細胞を含有する集団中に、例えばレトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換により、導入される。
いくつかの態様において、1つまたは複数のポリヌクレオチドは、エレクトロポレーションを用いてT細胞内に導入される(例えば、Chicaybam et al, (2013) PLoS ONE 8(3): e60298およびVan Tedeloo et al. (2000) Gene Therapy 7(16): 1431-1437を参照されたい)。いくつかの態様において、組み換え核酸は転位を介してT細胞内に導入される(例えば、Manuri et al. (2010) Hum Gene Ther 21(4): 427-437; Sharma et al. (2013) Molec Ther Nucl Acids 2, e74; およびHuang et al. (2009) Methods Mol Biol 506: 115-126を参照されたい)。遺伝物質、例えば、ポリヌクレオチドおよび/またはベクターを免疫細胞内に導入して発現させる他の方法には、リン酸カルシウムトランスフェクション(例えば、Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York. N.Y.に記載されている)、プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介トランスフェクション; タングステン粒子促進微小粒子衝撃法(tungsten particle-facilitated microparticle bombardment)(Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990)); およびリン酸ストロンチウムDNA共沈(Brash et al., Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987))および例えば、国際特許出願公開番号WO2014055668、および米国特許第7,446,190号に記載される他のアプローチが含まれる。
いくつかの態様において、組み換え受容体および/または付加的なポリペプチドをコードする1つまたは複数のポリヌクレオチドまたはベクターは、拡大増殖の最中または後のいずれかに細胞内に、例えばT細胞内に導入され得る。ポリヌクレオチドまたはベクターのこの導入は、例えば任意の適切なレトロウイルスベクターを用いて行うことができる。次に、結果として生じた遺伝子操作細胞を、最初の刺激(例えば抗CD3/抗CD28刺激)から開放し、次いで、(例えば、新規に導入された受容体を介して)第2のタイプの刺激で刺激することができる。この第2のタイプの刺激には、ペプチド/MHC分子、遺伝的に導入された受容体(例えばCARの天然抗原および/もしくはリガンド)の同族(架橋)リガンド、または(例えば、受容体内の定常領域を認識することによって)新規受容体のフレームワーク内に直接結合する任意のリガンド(抗体など)の形態の抗原刺激が含まれ得る。例えば、Cheadle et al, "Chimeric antigen receptors for T-cell based therapy" Methods Mol Biol. 2012; 907:645-66またはBarrett et al., Chimeric Antigen Receptor Therapy for Cancer Annual Review of Medicine Vol. 65: 333-347 (2014)を参照されたい。
場合によっては、細胞、例えばT細胞が活性化されることを必要としないベクターが、使用され得る。いくつかのそのような場合には、細胞は、活性化の前に選択および/または形質導入され得る。したがって、細胞は、細胞の培養の前または後に、場合によっては培養と同時または少なくともその一部分の最中に操作され得る。
C. 遺伝子操作のための細胞および細胞の調製
いくつかの態様では、操作された細胞、例えば、遺伝子操作されたまたは改変された細胞、および細胞を操作する方法が提供される。いくつかの態様では、細胞の1つまたは複数の遺伝子座が遺伝子破壊される（例えば、ノックアウトされる）。いくつかの態様では、TRACの遺伝子座および／またはその一部分ならびにβ2Mの遺伝子座またはその一部分が、細胞においてノックアウトされる。いくつかの態様では、細胞は、TRACおよびβ2Mがノックアウトされる。いくつかの態様では、1つまたは複数のポリヌクレオチド（例えば、組換え受容体および／または追加のポリペプチド、例えば本明細書に記載されるいずれかをコードする）が、操作のために細胞に導入される（例えば、ノックインされる）。いくつかの局面では、ポリヌクレオチドおよび／またはその部分は、異種である、すなわち、細胞または細胞から得られる試料に通常は存在せず、例えば、操作されている細胞および／またはそのような細胞が由来する生物において普通は見いだされない、別の生物または細胞から得られるものである。いくつかの態様では、核酸配列は、複数の異なる細胞型由来の様々なドメインをコードする核酸のキメラ組み合わせを含む核酸配列を含め、自然界に見いだされないまたは自然界に見いだされる核酸配列から改変されている核酸配列のような、天然には存在しないものである。
いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドの破壊および導入は、同時に実施される。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドの破壊および導入は、いずれかの順序で逐次的に実施される。いくつかの態様では、異種ヌクレオチドは、細胞において破壊されている遺伝子座またはその部分にノックインされる。いくつかの態様では、異種ポリヌクレオチドは、ノックアウトされているTRAC遺伝子座にノックインされる。
細胞は、一般に、哺乳動物細胞などの真核細胞であり、典型的には、ヒト細胞である。いくつかの態様では、細胞は、血液、骨髄、リンパ、またはリンパ系臓器に由来し、自然免疫または適応免疫の細胞などの免疫系の細胞、例えば、リンパ球、典型的にはT細胞および／またはNK細胞を含む、骨髄系細胞またはリンパ系細胞である。他の例示的な細胞としては、幹細胞、例えば、人工多能性幹細胞（iPSC）を含む多分化能性および多能性幹細胞が挙げられる。細胞は、典型的には、初代細胞、例えば、個別のドナーもしくは複数のドナーから直接単離されたもの、および／または個別のドナーもしくは複数の異なるドナーから単離されて凍結されたものである。いくつかの態様では、細胞には、T細胞または他の細胞型の1つまたは複数のサブセット、例えば全T細胞集団、CD4+細胞、CD8+細胞、およびその亜集団、例えば、機能、活性化状態、成熟度、分化、増大、再循環、局在化および／もしくは持続能についての潜在能、抗原特異性、抗原受容体のタイプ、特定の臓器もしくは区画における存在、マーカーもしくはサイトカイン分泌プロファイル、ならびに／または分化の程度によって規定されるものが含まれる。処置しようとする対象に関して、細胞は、同種異系および／または自己由来であり得る。いくつかの態様では、細胞は、処置しようとする対象に関して同種異系である。該方法の中には、既製の方法が含まれる。いくつかの局面では、例えば既製の技術のために、細胞は、多能性および／または多分化能性であり、例えば、iPSCなどの幹細胞である。いくつかの態様では、該方法は、個別のドナーまたは複数の異なるドナーから細胞を単離すること、細胞を調製、処理、培養および／または操作すること、ならびに凍結保存前または後に細胞を対象に再導入することを含む。いくつかの態様では、対象は、ドナーである。いくつかの態様では、対象は、ドナーではない。
中でも、T細胞ならびに／またはCD4+および／もしくはCD8+ T細胞の亜型および亜集団は、ナイーブT（TN）細胞、エフェクターT細胞（TEFF）、メモリーT細胞およびそれらの亜型、例えば、幹細胞メモリーT（TSCM）、セントラルメモリーT（TCM）、エフェクターメモリーT（TEM）、または高度に分化したエフェクターメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）、未熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連インバリアントT（MAIT）細胞、天然に存在するかつ適応性の制御性T（Treg）細胞、ヘルパーT細胞、例えば、TH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞ヘルパーT細胞、アルファ／ベータT細胞、およびデルタ／ガンマT細胞である。
いくつかの態様では、細胞は、ナチュラルキラー（NK）細胞である。いくつかの態様では、細胞は、単球または顆粒球、例えば、骨髄系細胞、マクロファージ、好中球、樹状細胞、マスト細胞、好酸球、および／または好塩基球である。
いくつかの態様では、細胞は、そのコード遺伝子が遺伝子破壊（例えば、ノックアウト）されている、1つまたは複数の分子を発現しない。いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作（例えば、ノックイン）を介して導入された1つまたは複数の核酸を含み、それにより、そのような核酸の組換え産物または遺伝子操作された産物を発現する。いくつかの態様では、核酸は、異種である、すなわち、細胞または細胞から得られる試料に通常は存在せず、例えば、操作されている細胞および／またはそのような細胞が由来する生物において普通は見いだされない、別の生物または細胞から得られるものである。いくつかの態様では、核酸は、複数の異なる細胞型由来の様々なドメインをコードする核酸のキメラ組み合わせを含む核酸を含め、自然界に見いだされない核酸のような、天然には存在しないものである。
いくつかの態様では、操作された細胞の調製は、1つまたは複数の培養工程および／または調製工程を含む。CARなどのトランスジェニック受容体をコードする核酸の導入のための細胞は、試料、例えば、生体試料、例えば、個別のドナーまたは複数の異なるドナーから得られたものまたはそれに由来するものから単離してもよい。いくつかの態様では、細胞が単離されるドナーは、疾患もしくは状態を有するもの、または細胞療法を必要とするもの、または細胞療法が施行されるものである。いくつかの態様では、細胞が単離される複数の異なるドナーの少なくとも1名は、疾患もしくは状態を有するもの、または細胞療法を必要とするもの、または細胞療法が施行されるものである。対象は、いくつかの態様では、特定の治療介入、例えば、そのために細胞が単離、処理および／または操作されている養子細胞療法を必要とする、ヒトである。
したがって、細胞は、いくつかの態様では、初代細胞、例えば、初代ヒト細胞である。試料としては、組織、流体、および対象から直接採取された他の試料だけでなく、分離、遠心、遺伝子操作（例えば、ウイルスベクターによる形質導入）、洗浄および／またはインキュベーションなどの1つまたは複数の処理工程から得られる試料（例えば、ドナー試料）も含まれる。生体試料（例えば、ドナー試料）は、生物学的供給源から直接得られた試料、または処理された試料であることができる。生体試料としては、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗などの体液、組織および臓器試料が、これらに由来する処理された試料を含め挙げられるが、それらに限定されない。いくつかの局面では、ドナー試料は、個別のドナーに由来する試料である。いくつかの局面では、個別のドナーからのドナー試料は、ドナー試料または1つもしくは複数の他の個別のドナーと組み合わせて、複数の異なるドナーからのドナー試料を産生する。いくつかの局面では、ドナー試料は、複数の異なるドナーに由来する。
いくつかの局面では、細胞が由来するまたは単離される試料は、血液もしくは血液由来試料であるか、またはアフェレーシスもしくは白血球アフェレーシス産物であるかそれに由来する。例示的な試料としては、全血、末梢血単核細胞（PBMC）、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、消化管に関連するリンパ系組織、粘膜に関連するリンパ系組織、脾臓、他のリンパ系組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸部、精巣、卵巣、扁桃腺、もしくは他の臓器、および／またはこれらに由来する細胞が挙げられる。試料（例えば、ドナー試料）は、細胞療法、例えば、養子細胞療法との関連で、自己由来および同種異系の供給源からの試料を含む。ドナー試料は、細胞療法、例えば、養子細胞療法との関連で、同種異系の供給源からの試料を含む。
いくつかの態様では、細胞は、細胞株、例えば、T細胞株に由来する。細胞は、いくつかの態様では、異種供給源、例えば、マウス、ラット、非ヒト霊長類、およびブタから得られる。
いくつかの態様では、細胞の単離は、1つまたは複数の調製工程および／または非親和性ベースの細胞分離工程を含む。いくつかの例では、細胞は、例えば不要な成分を除去する、所望の成分を濃縮する、特定の試薬に感受性の細胞を溶解または除去するために、洗浄、遠心分離、および／または1つもしくは複数の試薬の存在下でインキュベートされる。いくつかの例では、細胞は、密度、付着性、サイズ、感受性、および／または特定の成分に対する耐性などの1つまたは複数の性質に基づいて分離される。
いくつかの例では、対象の循環血液由来の細胞は、例えば、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得られる。試料は、いくつかの局面では、T細胞を含むリンパ球、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球、および／または血小板を含有し、いくつかの局面では、赤血球および血小板以外の細胞を含有する。
いくつかの態様では、個別のドナーまたは複数の異なるドナーから収集された血球は、例えば血漿画分を除去するため、その後の処理工程のために細胞を適切な緩衝液または培地に入れるために洗浄される。いくつかの態様では、細胞は、リン酸緩衝食塩水（PBS）で洗浄される。いくつかの態様では、洗浄溶液は、カルシウムおよび／またはマグネシウムおよび／または多くのもしくはすべての二価カチオンを含まない。いくつかの局面では、洗浄工程は、製造業者の指示に従って半自動「フロースルー」遠心分離機（例えば、Cobe 2991細胞プロセッサ、Baxter）によって成し遂げられる。いくつかの局面では、洗浄工程は、製造業者の指示に従って接線流ろ過（TFF）によって成し遂げられる。いくつかの態様では、細胞は、洗浄後に、例えばCa++/Mg++を含まないPBSなどの様々な生体適合性緩衝液に再懸濁される。ある特定の態様では、血球試料の成分が除去され、細胞が培地に直接再懸濁される。
いくつかの態様では、本方法は、密度に基づく細胞分離方法、例えば、赤血球を溶解することによる末梢血からの白血球の調製、およびパーコールまたはフィコール勾配による遠心分離を含む。
いくつかの態様では、単離方法は、表面マーカー、例えば、表面タンパク質、細胞内マーカーまたは核酸などの1つまたは複数の特異的分子の細胞における発現または存在に基づく異なる細胞タイプの分離を含む。いくつかの態様では、そのようなマーカーに基づく任意の公知の分離方法が使用され得る。いくつかの態様では、分離は、親和性または免疫親和性に基づく分離である。例えば、単離は、いくつかの局面では、1つまたは複数のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの細胞での発現または発現レベルに基づく細胞および細胞集団の分離、例えば、そのようなマーカーに特異的に結合する抗体または結合パートナーとのインキュベーション、続いて一般に、洗浄工程および抗体または結合パートナーに結合していない細胞からの抗体または結合パートナーに結合した細胞の分離によるものを含む。
そのような分離工程は、試薬に結合した細胞をさらなる使用のために保持する陽性選択、および／または抗体もしくは結合パートナーに結合しなかった細胞を保持する陰性選択に基づき得る。いくつかの例では、両方の画分をさらなる使用のために保持する。いくつかの局面では、陰性選択は、分離が、所望の集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づいて最も良好に行われるように、異種集団において細胞タイプを特異的に同定する抗体が利用可能でない場合に特に有用であり得る。
分離は、特定の細胞集団または特定のマーカーを発現する細胞の100％の濃縮または除去をもたらす必要はない。例えば、マーカーを発現する細胞などの特定のタイプの細胞の陽性選択または濃縮は、そのような細胞の数または割合を増加させることを指すが、マーカーを発現しない細胞の完全な非存在をもたらす必要はない。同様に、マーカーを発現する細胞などの特定のタイプの細胞の陰性選択、除去または枯渇は、そのような細胞の数または割合を減少させることを指すが、そのような細胞すべての完全な除去をもたらす必要はない。
いくつかの例では、1回の工程から陽性または陰性選択された画分が、その後の陽性選択または陰性選択などの別の分離工程に供される、複数回の分離工程が行われる。いくつかの例では、各々が陰性選択の標的となるマーカーに特異的な複数の抗体または結合パートナーと共に細胞をインキュベートすることなどによって、複数のマーカーを同時に発現する細胞を単一の分離工程で枯渇させることができる。同様に、様々な細胞タイプ上に発現された複数の抗体または結合パートナーと共に細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞タイプを同時に陽性選択することができる。
例えば、いくつかの局面では、T細胞の特定の亜集団、例えば、1つまたは複数の表面マーカーに陽性であるかそれを高レベルに発現する細胞、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および／またはCD45RO+ T細胞が、陽性選択技法または陰性選択技法によって単離される。
例えば、CD3+、CD28+ T細胞は、抗CD3／抗CD28コンジュゲート磁気ビーズ（例えば、DYNABEADS（登録商標）M-450 CD3/CD28 T Cell Expander）を使用して陽性選択することができる。
いくつかの態様では、単離は、陽性選択による特定の細胞集団の濃縮によって、または陰性選択による特定の細胞集団の枯渇によって行われる。いくつかの態様では、陽性選択または陰性選択は、それぞれ陽性選択または陰性選択される細胞上に発現している（マーカー+）または比較的高レベルで発現している（マーカーhigh）1つまたは複数の表面マーカーに特異的に結合する1つまたは複数の抗体または他の結合作用物質と共に、細胞をインキュベートすることによって成し遂げられる。
いくつかの態様では、T細胞は、B細胞、単球、または他の白血球などの非T細胞上に発現されるマーカー（例えばCD14）の陰性選択によって、PBMC試料（例えば、個別のドナー由来または複数の異なるドナー由来）から分離される。いくつかの局面では、CD4+ヘルパーT細胞とCD8+細胞傷害性T細胞を分離するために、CD4+またはCD8+選択工程が使用される。そのようなCD4+集団およびCD8+集団はさらに、1つまたは複数のナイーブT細胞亜集団、メモリーT細胞亜集団、および／またはエフェクターT細胞亜集団上に発現されるマーカーまたは比較的高度に発現されるマーカーに関する陽性選択または陰性選択によって亜集団に選別することができる。
いくつかの態様では、CD8+細胞は、ナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、および／またはセントラルメモリー幹細胞について、それぞれの亜集団に関連する表面抗原に基づく陽性選択または陰性選択などによって、さらに濃縮するか枯渇させる。いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、いくつかの局面ではそのような亜集団では特にロバストである、投与後の長期生存、拡大増殖および／または定着を改善するためなどの有効性を増加させるために行われる。Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82; Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9): 689-701を参照されたい。いくつかの態様では、TCM濃縮CD8+ T細胞およびCD4+ T細胞を組み合わせることによって、有効性がさらに増強される。
諸態様において、メモリーT細胞は、CD8+末梢血リンパ球のCD62L+サブセットとCD62L-サブセットの両方に存在する。抗CD8抗体および抗CD62L抗体を使用するなどして、PBMCを、CD62L-CD8+画分および／またはCD62L+CD8+画分について濃縮または枯渇させることができる。
いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3および／またはCD127の陽性発現または高い表面発現に基づく；いくつかの局面では、それは、CD45RAおよび／またはグランザイムBを発現または高度に発現する細胞の陰性選択に基づく。いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、CD27および／またはCD127の陽性発現または高い表面発現に基づく。いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD62L、CCR7、CD28および／またはCD27の陽性発現または高い表面発現に基づく。いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CCR7、CD28、および／またはCD27の陽性発現または高い表面発現に基づく。いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD28およびCD27の陽性発現または高い表面発現に基づく。いくつかの局面では、TCM細胞が濃縮されたCD8+集団の単離は、CD4、CD14、CD45RAを発現する細胞の枯渇、およびCD62Lを発現する細胞の陽性選択または濃縮によって行われる。いくつかの局面では、TCM細胞が濃縮されたCD8+集団の単離は、CD4、CD14、CD45RAを発現する細胞の枯渇、ならびにCD27およびCD28を発現する細胞の陽性選択または濃縮によって行われる。一局面では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD4発現に基づいて選択される細胞の陰性画分から出発して行われ、それが、CD14およびCD45RAの発現に基づく陰性選択およびCD62Lに基づく陽性選択に供される。そのような選択は、いくつかの局面では、同時に行われ、他の局面では、逐次的にいずれかの順序で行われる。いくつかの局面では、CD8+細胞集団または亜集団の調製に使用したものと同じCD4発現に基づく選択工程を、CD4+細胞集団または亜集団を生成するためにも使用することで、CD4に基づく分離からの陽性画分および陰性画分の両方が保持され、任意で1つまたは複数のさらなる陽性選択工程または陰性選択工程後に、本方法の後続の工程において使用される。
特定の一例では、PBMCの試料または他の白血球試料（例えば、個別のドナー由来または複数の異なるドナー由来などのドナー試料）は、CD4+細胞の選択に供され、その場合、陰性画分および陽性画分の両方が保持される。次いで、陰性画分は、CD14およびCD45RAまたはCD19の発現に基づく陰性選択、およびCD62LまたはCCR7などのセントラルメモリーT細胞に特有のマーカーに基づく陽性選択に供され、この場合、陽性選択および陰性選択はいずれかの順序で行われる。
CD4+ Tヘルパー細胞は、細胞表面抗原を有する細胞集団を特定することによって、ナイーブ細胞、セントラルメモリー細胞およびエフェクター細胞に選別される。CD4+リンパ球は、標準的方法によって得ることができる。いくつかの態様では、ナイーブCD4+ Tリンパ球は、CD45RO-、CD45RA+、CD62L+、CD4+ T細胞である。いくつかの態様では、セントラルメモリーCD4+細胞は、CD62L+およびCD45RO+である。いくつかの態様では、エフェクター CD4+細胞は、CD62L-およびCD45RO-である。
一例として、CD4+細胞を陰性選択によって濃縮するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的には、CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DRおよびCD8に対する抗体を含む。いくつかの態様では、陽性選択および／または陰性選択のための細胞の分離を可能にするために、抗体または結合パートナーは、磁気ビーズまたは常磁性ビーズなどの固形支持体またはマトリックスに結合される。例えば、いくつかの態様では、細胞および細胞集団は、免疫磁気（または親和性磁気）分離技法を使用して分離または単離される（Methods in Molecular Medicine, vol. 58: Metastasis Research Protocols, Vol. 2: Cell Behavior In Vitro and In Vivo, p 17-25 Edited by: S. A. Brooks and U. Schumacher（著作権）Humana Press Inc., Totowa, NJに概説されている）。
いくつかの局面では、分離されるべき細胞の試料（例えば、個別のドナー由来または複数の異なるドナー由来などのドナー試料）または集団は、小さな磁化可能材料または磁気応答材料、例えば、常磁性ビーズなどの磁気応答粒子または微粒子（例えば、DynabeadsまたはMACSビーズなど）と共にインキュベートされる。磁気応答の材料、例えば、粒子は、一般に、分離が望まれる、例えば、陰性選択または陽性選択することが望まれる1つの細胞、複数の細胞または細胞の集団上に存在する分子、例えば、表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば、抗体に直接的または間接的に付着する。
いくつかの態様では、磁気粒子または磁気ビーズは、抗体または他の結合パートナーなどの特異的結合メンバーに結合した磁気応答材料を含む。磁気分離法において使用される周知の磁気応答材料が数多くある。好適な磁気粒子は、Moldayの米国特許第4,452,773号、および欧州特許明細書EP 452342 Bに記載されているものを含み、これらの文献は参照により本明細書に組み入れられる。Owenの米国特許第4,795,698号およびLibertiらの米国特許第5,200,084号に記載されているものなどのコロイドサイズの粒子が他の例である。
インキュベーションは、一般に、磁気粒子または磁気ビーズに付着している抗体もしくは結合パートナー、またはそのような抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する分子、例えば二次抗体または他の試薬が、試料内の細胞上に細胞表面分子が存在していれば、それに特異的に結合する条件下で行われる。
いくつかの局面では、試料が磁場に置かれると、磁気応答粒子または磁化可能粒子が付着している細胞は磁石に引き付けられ、非標識細胞から分離されるであろう。陽性選択の場合は、磁石に引き付けられた細胞が保持される；陰性選択の場合は、磁石に引き付けられなかった細胞（非標識細胞）が保持される。いくつかの局面では、陽性選択と陰性選択の組み合わせが同じ選択工程中に実施され、この場合、陽性画分および陰性画分が保持され、さらに処理されるかさらなる分離工程に供される。
ある特定の態様では、磁気応答粒子は、一次抗体もしくは他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素またはストレプトアビジン中にコートされる。ある特定の態様では、磁気粒子は、1つまたは複数のマーカーに特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着する。ある特定の態様では、ビーズではなく細胞が一次抗体または結合パートナーで標識され、次いで、細胞タイプに特異的な二次抗体または他の結合パートナー（例えば、ストレプトアビジン）でコートされた磁気ビーズが加えられる。ある特定の態様では、ストレプトアビジンでコートされた磁気粒子が、ビオチン化された一次抗体または二次抗体と併用される。
いくつかの態様では、磁気応答粒子は、その後にインキュベート、培養および／または操作されるべき細胞に付着したままにされる；いくつかの局面では、該粒子は、患者に投与するために細胞に付着したままにされる。いくつかの態様では、磁化可能または磁気応答粒子は、細胞から除去される。細胞から磁化可能粒子を除去するための方法は、公知であり、例えば、競合する非標識抗体、および切断可能なリンカーにコンジュゲートされた磁化可能粒子または抗体の使用を含む。いくつかの態様では、磁化可能粒子は、生分解性である。
いくつかの態様では、親和性に基づく選択は、磁気活性化細胞ソーティング（MACS)（Miltenyi Biotec, Auburn, CA）を介したものである。磁気活性化細胞ソーティング（MACS）システムは、磁化粒子が付着している細胞の高純度選択が可能である。ある特定の態様では、MACSは、外部磁場の適用後に非標的種と標的種とが逐次的に溶出されるモードで作動する。すなわち、磁化粒子に付着している細胞はその場に保持され、一方、付着していない種は溶出される。次いで、この第1の溶出工程が完了した後、磁場に捕らわれて溶出が妨げられていた種が、溶出して回収され得るような何らかの方法で遊離される。ある特定の態様では、非標的細胞が標識され、不均一な細胞集団から枯渇される。
ある特定の態様では、単離または分離は、本方法の単離、細胞調製、分離、処理、インキュベーション、培養および／または製剤工程の1つまたは複数を行うシステム、デバイスまたは装置を使用して行われる。いくつかの局面では、例えばエラー、ユーザー操作および／または汚染を最小限に抑えるために、該システムを使用して、これらの工程の各々を閉鎖環境または無菌環境において行う。一例として、該システムは、国際特許出願公開番号WO2009/072003またはUS 20110003380に記載されているようなシステムである。
いくつかの態様では、該システムまたは装置は、単離、処理、操作および製剤化工程の1つまたは複数、例えば、すべてを、統合型もしくは内臓型のシステム中、および／または自動的もしくはプログラム可能に行う。いくつかの局面では、該システムまたは装置は、ユーザーに処理、単離、操作および製剤化工程をプログラム、制御、その結果を判断、および／またはその様々な局面を調整させる、システムまたは装置と通信するコンピュータおよび／またはコンピュータープログラムを含む。
いくつかの局面では、分離および／または他の工程は、例えば、閉鎖された無菌系における臨床規模レベルでの細胞の自動分離のために、CliniMACSシステム（Miltenyi Biotec）を使用して行われる。構成部品は、統合型マイクロコンピュータ、磁気分離ユニット、蠕動ポンプ、および様々なピンチ弁を含むことができる。統合型コンピュータは、いくつかの局面では、機器のすべての構成部品を制御し、標準化されたシーケンスで反復手順を実行するようにシステムに指示する。磁気分離ユニットは、いくつかの局面では、可動永久磁石および選択カラム用のホルダを含む。蠕動ポンプは、チュービングセット全体の流速を制御し、ピンチ弁と共に、システムを通る緩衝液の制御された流れと細胞の継続的懸濁を確実にする。
CliniMACSシステムは、いくつかの局面では、無菌非発熱性溶液中で供給される抗体結合磁化可能粒子を使用する。いくつかの態様では、磁気粒子による細胞の標識化後、過剰の粒子を除去するために細胞が洗浄される。次いで、細胞調製バッグがチュービングセットに接続され、次にそのチュービングセットが緩衝液を含有するバッグおよび細胞収集バッグに接続される。チュービングセットは、組み立て済みの無菌チュービング（プレカラムおよび分離カラムを含む）からなり、1回限りの使い捨て用である。分離プログラムの開始後に、システムは自動で細胞試料を分離カラムに適用する。標識細胞はカラム内に保持され、一方、非標識細胞は一連の洗浄工程によって除去される。いくつかの態様では、本明細書に記載される方法と共に使用するための細胞集団は標識されておらず、カラム中に保持されない。いくつかの態様では、本明細書に記載される方法と共に使用するための細胞集団は、標識されており、カラム中に保持される。いくつかの態様では、磁場の除去後に、本明細書に記載される方法と共に使用するための細胞集団がカラムから溶出され、細胞収集バッグ内に収集される。
ある特定の態様では、分離および／または他の工程は、CliniMACS Prodigyシステム（Miltenyi Biotec）を使用して行われる。CliniMACS Prodigyシステムは、いくつかの局面では、遠心分離による細胞の自動洗浄および分画を可能にする細胞処理ユニットを装備している。CliniMACS Prodigyシステムはまた、ソース細胞産物の巨視的層を識別することによって最適な細胞分画終点を決定する搭載カメラおよび画像認識ソフトウェアを含むこともできる。例えば、末梢血は、赤血球、白血球および血漿層へと自動的に分離される。CliniMACS Prodigyシステムはまた、例えば細胞の分化および拡大増殖、抗原負荷および長期細胞培養などの細胞培養プロトコルを遂行する統合型細胞培養チャンバを含むこともできる。投入口は、培地の無菌的取り出しおよび補充を可能にし、統合型顕微鏡を使用して細胞をモニタリングすることができる。例えば、Klebanoff et al. (2012) J Immunother. 35(9): 651-660、Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82、およびWang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701を参照されたい。
いくつかの態様では、本明細書に記載される細胞集団は、複数の細胞表面マーカーについて染色された細胞が流体流で運ばれるフローサイトメトリーを介して、収集され、濃縮される（または枯渇される）。いくつかの態様では、本明細書に記載される細胞集団は、分取スケール（FACS）ソーティングを介して、収集され、濃縮される（または枯渇される）。ある特定の態様では、本明細書に記載される細胞集団は、FACSに基づく検出システムと組み合わせた微小電気機械システム（MEMS）チップの使用によって、収集され、濃縮される（または枯渇される）（例えば、WO 2010/033140、Cho et al. (2010) Lab Chip 10, 1567-1573；およびGodin et al. (2008) J Biophoton. 1(5):355-376を参照のこと）。どちらの場合も、細胞を複数のマーカーで標識することができ、明確に規定されたT細胞サブセットの高純度の単離が可能となる。
いくつかの態様では、抗体または結合パートナーは、陽性選択および／または陰性選択のための分離が容易となるように、1つまたは複数の検出可能マーカーで標識される。例えば、分離は、蛍光標識抗体への結合に基づき得る。いくつかの例では、1つまたは複数の細胞表面マーカーに特異的な抗体または他の結合パートナーの結合に基づく細胞の分離は、例えばフローサイトメトリー検出システムと組み合わせた、分取スケール（FACS）および／または微小電気機械システム（MEMS）チップを含む蛍光活性化細胞ソーティング（FACS）などによって流体流中で行われる。そのような方法は、複数のマーカーに基づく陽性選択および陰性選択を同時に可能にする。
いくつかの態様では、調製法は、単離、インキュベーションおよび／または操作の前または後のいずれかに、細胞を凍結、例えば、凍結保存するための工程を含む。いくつかの態様では、凍結およびその後の融解工程は、細胞集団中の顆粒球を除去し、かつ、ある程度まで単球を除去する。いくつかの態様では、細胞は、例えば血漿および血小板を除去するための洗浄工程の後に、凍結溶液中に懸濁される。いくつかの局面では、多様な公知の凍結溶液およびパラメータのいずれを使用してもよい。一例は、20％ DMSOおよび8％ヒト血清アルブミン（HSA）を含有するPBS、または他の好適な細胞凍結媒体を使用することを伴う。次いで、これは、DMSOおよびHSAの終濃度がそれぞれ10％および4％になるように培地で1：1希釈される。次いで、細胞は、一般に、1℃／分の速度で-80℃に凍結され、液体窒素保存タンクの気相中に保存される。
いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作の前またはそれに関連してインキュベートおよび／または培養される。インキュベーション工程は、培養（culture）、培養（cultivation）、刺激、活性化、および／または増殖を含むことができる。インキュベーションおよび／または操作は、ユニット、チャンバ、ウェル、カラム、チューブ、チュービングセット、バルブ、バイアル、培養ディッシュ、バッグ、または細胞を培養（culture）もしくは培養する（cultivating）ための他の容器などの培養槽中で行われ得る。いくつかの態様では、集団または細胞は、刺激条件または刺激作用物質の存在下でインキュベートされる。そのような条件は、集団中の細胞の増殖、拡大増殖、活性化、および／または生存を誘導するように、抗原曝露を模倣するように、かつ／または、遺伝子操作のため、例えば組換え抗原受容体の導入のため細胞をプライミングするように、設計された条件を含む。
条件は、特定の媒体、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、および／または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質の1つまたは複数を含むことができる。
いくつかの態様では、刺激条件または刺激作用物質は、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化可能である1つまたは複数の作用物質、例えば、リガンドを含む。いくつかの局面では、作用物質は、T細胞におけるTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードを有効にするか開始する。そのような作用物質は、抗体、例えば、TCRに特異的なもの、例えば抗CD3を含むことができる。いくつかの態様では、刺激条件は、共刺激受容体を刺激可能である1つまたは複数の作用物質、例えばリガンド、例えば、抗CD28を含む。いくつかの態様では、そのような作用物質および／またはリガンドは、ビーズなどの固体支持体に結合していてもよく、および／または1つもしくは複数のサイトカインであってもよい。任意で、拡大増殖法はさらに、抗CD3および／または抗CD28抗体を培養培地に（例えば、少なくとも約0.5ng/mlの濃度で）加える工程を含み得る。いくつかの態様では、刺激作用物質は、IL-2、IL-15および／またはIL-7を含む。いくつかの局面では、IL-2濃度は、少なくとも約10ユニット/mLである。
いくつかの局面では、インキュベーションは、米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al. (2012) J Immunother. 35(9): 651-660、Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82、および／またはWang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701に記載されているものなどの技術に従って行われる。
いくつかの態様では、培養開始集団に、フィーダー細胞、例えば非分裂末梢血単核細胞（PBMC）を（例えば、得られた細胞集団が、拡大増殖されるべき初期集団中のTリンパ球毎に少なくとも約5、10、20、もしくは40またはそれより多いPBMCフィーダー細胞を含有するように）添加し；培養物を（例えば、T細胞数が拡大増殖するのに十分な時間）インキュベートすることによって、T細胞が拡大増殖される。いくつかの局面では、非分裂フィーダー細胞は、ガンマ照射PBMCフィーダー細胞を含むことができる。いくつかの態様では、細胞分裂を防止するために、PBMCに、約3000～3600radの範囲のガンマ線が照射される。いくつかの局面では、T細胞集団の添加の前に、フィーダー細胞が培養培地に添加される。
いくつかの態様では、刺激条件は、ヒトTリンパ球の成長に適した温度、例えば、少なくともセ氏約25度、一般に少なくとも約30度、一般にセ氏37度またはセ氏約37度を含む。任意で、インキュベーションはさらに、非分裂のEBV形質転換リンパ芽球様細胞（LCL）をフィーダー細胞として加えることを含み得る。LCLに、約6000～10,000radの範囲のガンマ線を照射することができる。LCLフィーダー細胞は、いくつかの局面では、任意の好適な量で、例えば、少なくとも約10：1のLCLフィーダー細胞と初期Tリンパ球の比で提供される。
いくつかの態様では、抗原特異的T細胞、例えば、抗原特異的CD4+ T細胞および／またはCD8+ T細胞は、ナイーブまたは抗原特異的Tリンパ球を抗原で刺激することによって得られる。例えば、サイトメガロウイルス抗原に対する抗原特異的T細胞株またはクローンは、感染対象からT細胞を単離して、細胞を同じ抗原でインビトロ刺激することによって生成することができる。
IV. 薬学的組成物および製剤
いくつかの態様では、本明細書に開示される製造プロセスのいずれかによって生成される治療用組成物（例えば、治療用T細胞組成物）、例えば、CD57- T細胞が濃縮された操作された（組換え受容体を発現する）T細胞を含有するアウトプット組成物が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、本明細書に開示される製造プロセスのいずれかによって生成される治療用組成物（例えば、治療用T細胞組成物）、例えば、CD27+ T細胞が濃縮された操作された（組換え受容体を発現する）T細胞を含有するアウトプット組成物が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、治療用組成物は、個別のドナーからのものである。いくつかの態様では、個別のドナーからの治療用組成物は、1つまたは複数の他の個別のドナーからの治療用組成物と組み合わせて、複数の異なるドナーからの治療用組成物を産生する。いくつかの態様では、治療用組成物は、複数の異なるドナーからのものである。
いくつかの態様では、本明細書に開示される特徴のいずれか1つまたは複数を有する治療用組成物（例えば、治療用T細胞組成物）が本明細書において提供される。いくつかの態様では、組換え抗原受容体、例えばCARまたはTCRで操作された細胞を含む細胞の用量は、薬学的組成物または製剤などの組成物または製剤として提供される。そのような組成物は、提供される方法および／または提供される製造品または組成物に従って、例えば、疾患、病態および障害の予防もしくは治療において、または検出、診断および予後判定法において使用することができる。
いくつかの態様では、治療用T細胞組成物は、組換え受容体を発現するCD4+ T細胞および組換え受容体を発現するCD8+ T細胞を含有し、組成物中の総受容体+/CD8+細胞の少なくとも80％がCD57-であり、組成物中の総受容体+/CD4+細胞の少なくとも80％がCD57-である。いくつかの態様では、治療用T細胞組成物は、組換え受容体を発現するCD4+ T細胞および組換え受容体を発現するCD8+ T細胞を含有し、組成物中の総受容体+/CD8+細胞の少なくとも80％がCD27+であり、組成物中の総受容体+/CD4+細胞の少なくとも80％がCD27+である。いくつかの態様では、治療用T細胞組成物は、組成物中の細胞の少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも96％もしくは少なくとも約96％、少なくとも97％もしくは少なくとも約97％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、約100％、または100％がCD4+ T細胞およびCD8+ T細胞である、治療用T細胞組成物である。
いくつかの態様では、治療用T細胞組成物は、組換え受容体を発現するCD3+ T細胞を含み、組成物中の総受容体+/CD3+細胞の少なくとも80％がCD57-である。いくつかの態様では、治療用T細胞組成物は、組換え受容体を発現するCD3+ T細胞を含み、組成物中の総受容体+/CD3+細胞の少なくとも80％がCD27+である。いくつかの態様では、治療用T細胞組成物は、組成物中の細胞の少なくとも80％もしくは少なくとも約80％、少なくとも85％もしくは少なくとも約85％、少なくとも90％もしくは少なくとも約90％、少なくとも95％もしくは少なくとも約95％、少なくとも96％もしくは少なくとも約96％、少なくとも97％もしくは少なくとも約97％、少なくとも98％もしくは少なくとも約98％、少なくとも99％もしくは少なくとも約99％、約100％、または100％がCD3+ T細胞である、治療用T細胞組成物である。
いくつかの態様では、治療用T細胞組成物は、規定された比のCD4 T細胞およびCD8 T細胞を含有する。いくつかの態様では、組成物中の受容体+/CD4+ T細胞と受容体+/CD8+ T細胞の比は、約1：3～約3：1であり、例えば、1：1または約1：1である。
いくつかの態様では、組換え受容体は、セクションIII.Aに記載されるようないずれかである。いくつかの態様では、組換え受容体は、疾患、障害または病態の細胞または組織に関連する、それに特異的な、および／またはその上に発現される標的タンパク質に結合可能である。いくつかの態様では、組換え受容体は、キメラ抗原受容体（CAR）である。
一部の態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、10×106個または約10×106個の細胞から、200×106個または約200×106個の細胞である。いくつかの態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、10×106個または約10×106個の細胞から、100×106個または約100×106個の細胞である。いくつかの態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、10×106個または約10×106個の細胞から、70×106個または約70×106個の細胞である。いくつかの態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、10×106個または約10×106個の細胞から、50×106個または約50×106個の細胞である。いくつかの態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、50×106個または約50×106個の細胞から、200×106個または約200×106個の細胞である。いくつかの態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、50×106個または約50×106個の細胞から、100×106個または約100×106個の細胞である。いくつかの態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、50×106個または約50×106個の細胞から、70×106個または約70×106個の細胞である。いくつかの態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、70×106個または約70×106個の細胞から、200×106個または約200×106個の細胞である。いくつかの態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、70×106個または約70×106個の細胞から、100×106個または約100×106個の細胞である。いくつかの態様では、提供される治療用組成物中の生存T細胞の数は、100×106個または約100×106個の細胞から、200×106個または約200×106個の細胞である。いくつかの局面では、組成物の容量は、1.0mL～10mLである。いくつかの態様では、容量は、2mLもしくは約2mL、3mLもしくは約3mL、4mLもしくは約4mL、5mLもしくは約5mL、6mLもしくは約6mL、7mLもしくは約7mL、8mLもしくは約8mL、9mLもしくは約9mL、または10mLもしくは約10mL、または前述のいずれかの間の任意の値である。
用語「薬学的製剤」は、その中に含有される活性成分の生物学的活性が有効になるような形態でありかつ製剤が投与される対象に対して許容されない毒性である追加の成分を含有しない、調製物のことを指す。
「薬学的に許容される担体」は、対象に無毒である、活性成分以外の薬学的製剤中の成分のことを指す。薬学的に許容される担体は、緩衝剤、賦形剤、安定剤、または保存料を含むが、これらに限定されない。
いくつかの局面では、担体の選択は、一部には、特定の細胞もしくは作用物質によっておよび／または投与方法によって決定される。したがって、多様な好適な製剤がある。例えば、薬学的組成物は、保存料を含有することができる。好適な保存料は、例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、および塩化ベンザルコニウムを含み得る。いくつかの局面では、2つ以上の保存料の混合物が使用される。保存料またはその混合物は、典型的には、全組成物の重量に対して約0.0001％～約2％の量で存在する。担体は、例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)に記載されている。薬学的に許容される担体は、一般に、用いられる投与量および濃度でレシピエントに無毒であり、緩衝液、例えば、リン酸塩、クエン酸塩、および他の有機酸；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化物質；保存料（例えば、オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルアルコールもしくはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルパラベンもしくはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；3-ペンタノール；およびm-クレゾール）；低分子量（約10残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む、単糖、二糖、および他の炭水化物；キレート剤、例えば、EDTA；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール；塩を形成する対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体（例えば、Zn-タンパク質錯体）；ならびに／または非イオン性界面活性剤、例えば、ポリエチレングリコール（PEG）を含むが、それらに限定されない。
緩衝化剤が、いくつかの局面では、組成物に含まれる。好適な緩衝化剤は、例えば、クエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウム、ならびに様々な他の酸および塩を含む。いくつかの局面では、2つ以上の緩衝化剤の混合物が使用される。緩衝化剤またはその混合物は、典型的には、全組成物の重量に対して約0.001％～約4％の量で存在する。投与可能な薬学的組成物を調製するための方法は公知である。例示的な方法は、例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Lippincott Williams & Wilkins; 21st ed. (May 1, 2005)により詳細に記載されている。
製剤または組成物はまた、細胞または作用物質で予防または治療されている特定の適応症、疾患または病態に有用な1つ超の活性成分を含有してもよく、この場合、それぞれの活性は、互いに悪影響を及ぼさない。そのような活性成分は、意図する目的に有効な量で組み合わされて適切に存在する。したがって、いくつかの態様では、薬学的組成物はさらに、他の薬学的に活性な作用物質または薬物、例えば化学療法剤、例えば、アスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア、メトトレキセート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン、ビンクリスチンなどを含む。いくつかの態様では、作用物質または細胞は、塩、例えば、薬学的に許容される塩の形態で投与される。好適な薬学的に許容される酸付加塩は、塩酸、臭化水素酸、リン酸、メタリン酸、硝酸および硫酸などの鉱酸、ならびに、酒石酸、酢酸、クエン酸、リンゴ酸、乳酸、フマル酸、安息香酸、グリコール酸、グルコン酸、コハク酸およびアリールスルホン酸などの有機酸、例えばp-トルエンスルホン酸に由来するものを含む。
薬学的組成物は、いくつかの態様では、疾患または病態を治療または予防するのに有効な量、例えば治療有効量または予防有効量で作用物質または細胞を含有する。治療有効性または予防有効性は、いくつかの態様では、処置される対象を定期的に評価することによってモニタリングされる。数日またはより長期にわたる繰り返し投与については、病態に応じて、所望の疾患症状の抑制が起こるまで処置が繰り返される。しかしながら、他の投薬レジメンが有用である場合もあり、かつ、これを決定することができる。組成物の単回ボーラス投与によって、組成物の複数回ボーラス投与によって、または組成物の連続注入投与によって、所望の投与量を送達することができる。
作用物質または細胞を、任意の好適な手段によって、例えば、ボーラス注入によって、注射、例えば、静脈内もしくは皮下注射、眼内注射、眼周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、結膜下（subconjectval、subconjuntival）注射、テノン嚢下注射、眼球後注射、眼球周囲注射、または強膜近傍後方送達によって投与することができる。いくつかの態様では、これらは、非経口、肺内、および鼻腔内、局所処置が望ましい場合は病巣内投与によって投与される。非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与を含む。いくつかの態様では、所与の用量は、細胞または作用物質の単回ボーラス投与によって投与される。いくつかの態様では、それは、例えば3日以内の期間にわたる、細胞または作用物質の複数回ボーラス投与によって、または、細胞または作用物質の連続注入投与によって投与される。
疾患の予防または治療のために、適切な投与量は、処置されるべき疾患のタイプ、作用物質（1つまたは複数）のタイプ、細胞または組換え受容体のタイプ、疾患の重症度および経過、作用物質または細胞が予防目的で投与されるか治療目的で投与されるか、以前の療法、対象の病歴および作用物質または細胞に対する応答、ならびに主治医の判断に依存し得る。組成物は、いくつかの態様では、一度または一連の処置にわたって対象に適切に投与される。
細胞または作用物質は、標準的な投与技術、製剤、および／またはデバイスを使用して投与され得る。組成物の保存および投与のための、製剤およびデバイス、例えばシリンジおよびバイアルが提供される。細胞に関して、投与は、自家のものであっても異種のものであってもよい。例えば、免疫応答性細胞または前駆細胞を、ある対象から得て、同じ対象または異なる適合性の対象に投与することができる。末梢血由来の免疫応答性細胞またはそれらの子孫（例えば、インビボ、エクスビボまたはインビトロ由来）を、カテーテル投与を含む局所注射、全身注射、局所注射、静脈内注射、または非経口投与を介して投与することができる。治療用組成物（例えば、神経毒性の症状を処置または改善する遺伝子改変された免疫応答性細胞または作用物質を含有する薬学的組成物）を投与するとき、それは、一般に、注射用単位剤形（溶液、懸濁液、エマルジョン）で製剤化される。
製剤は、経口、静脈内、腹腔内、皮下、経肺、経皮、筋肉内、鼻腔内、頬側、舌下、または坐剤投与のための製剤を含む。いくつかの態様では、作用物質または細胞集団は、非経口投与される。用語「非経口」は、本明細書において使用される場合、静脈内、筋肉内、皮下、直腸、腟、および腹腔内投与を含む。いくつかの態様では、作用物質または細胞集団は、静脈内、腹腔内、または皮下注射による末梢全身送達を使用して対象に投与される。
組成物は、いくつかの態様では、無菌液体調製物、例えば、等張性水溶液、懸濁液、エマルジョン、分散液、または粘性組成物として提供され、これらは、いくつかの局面では、選択されたpHに緩衝化されてもよい。液体調製物は、通常、ゲル、他の粘性組成物、および固体組成物よりも調製しやすい。加えて、液体組成物は、投与に、とりわけ、注射による投与にいくらかより便利である。他方で、粘性組成物を、特定の組織とのより長い接触期間をもたらすように適切な粘性の範囲内で製剤化することができる。液体組成物または粘性組成物は、例えば、水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール）およびそれらの好適な混合物を含有する、溶媒または分散媒であることができる、担体を含むことができる。
無菌注射液は、溶媒中に、例えば、滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどの好適な担体、希釈剤または賦形剤と混合された溶媒中に作用物質または細胞を取り入れることによって、調製することができる。
インビボ投与に使用されるべき製剤は、一般に無菌のものである。無菌は、例えば滅菌濾過膜で濾過することによって、容易に達成され得る。
V. 処置の方法
処置の方法、例えば、本明細書に記載される操作された細胞または操作された細胞を含有する組成物のいずれかを投与することを含む処置の方法が、本明細書において提供される。いくつかの局面では、また、本明細書に記載される操作された細胞または操作された細胞を含有する組成物のいずれかを、対象、例えば、疾患または障害を有する対象に投与する方法が提供される。いくつかの局面では、また、疾患または障害の処置のための、本明細書に記載される操作された細胞または操作された細胞を含有する組成物のいずれかの使用が提供される。いくつかの局面では、また、疾患または障害の処置のための医薬の製造のための、本明細書に記載される操作された細胞または操作された細胞を含有する組成物のいずれかの使用が提供される。いくつかの局面では、また、疾患もしくは障害の処置において使用するための、または疾患もしくは障害を有する対象への投与のための、本明細書に記載される操作された細胞または操作された細胞を含有する組成物のいずれかが提供される。
養子細胞療法のための細胞の投与法は、公知であり、提供される方法および組成物に関連して使用され得る。例えば、養子T細胞療法は、例えば、Gruenbergらの米国特許出願公報番号2003/0170238；Rosenbergの米国特許第4,690,915号；Rosenberg (2011) Nat Rev Clin Oncol. 8(10): 577-85に記載されている。例えば、Themeli et al. (2013) Nat Biotechnol. 31(10): 928-933; Tsukahara et al. (2013) Biochem Biophys Res Commun 438(1): 84-9; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338を参照されたい。
いくつかの態様では、対象、例えば、疾患または障害を有するか有する疑いのある対象に、少量または減少量のCD57+ T細胞を有する細胞療法が投与される。特定の態様では、細胞療法におけるCD57+細胞の量または頻度は、投与の前に測定される。ある特定の態様では、細胞療法は、CD57+ T細胞を50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％もしくは1％未満、または約50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％もしくは1％未満有する。ある特定の態様では、細胞療法におけるCD57+細胞の量または頻度が測定され、細胞療法が、CD57+ T細胞を50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％もしくは1％未満、または約50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％もしくは1％未満有する場合に、細胞療法が対象に投与される。いくつかの態様では、細胞療法は、CD57+ T細胞を25％未満または約25％未満有する。特定の態様では、細胞療法は、CD57+ T細胞を10％未満または約10％未満有する。ある特定の態様では、細胞療法は、CD57+ T細胞を閾値量未満または約閾値量未満有する。
特定の態様では、対象、例えば、疾患または障害を有するか有する疑いのある対象に、CD57発現に陽性の少量もしくは減少量のT細胞またはCD57発現に関連する少量もしくは減少量の形質（trait）を有する細胞療法が投与される。いくつかの態様では、CD57発現に関連する形質は、細胞療法を対象に投与する前に、細胞療法の細胞において測定される。特定の態様では、CD57発現に関連する形質が細胞療法において測定され、細胞療法がCD57発現に関連する形質を閾値未満有する場合に、細胞療法が対象に投与される。
いくつかの態様では、対象、例えば、疾患または障害を有するかそれを有すると疑われる対象に、低量または減量のCD27- T細胞を有する細胞療法が施行される。特定の態様では、細胞療法におけるCD27-細胞の量または頻度は、投与前に測定される。ある特定の態様では、細胞療法は、CD27- T細胞を50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、もしくは1％未満、または約50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、もしくは1％未満有する。ある特定の態様では、細胞療法におけるCD27-細胞の量または頻度が測定され、そして、細胞療法がCD27- T細胞を50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、もしくは1％未満、または約50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、もしくは1％未満有する場合に、細胞療法が対象に施行される。いくつかの態様では、細胞療法は、CD27- T細胞を25％未満または約25％未満有する。特定の態様では、細胞療法は、CD27- T細胞を10％未満または約10％未満有する。ある特定の態様では、細胞療法は、CD27- T細胞を閾値量未満または約閾値量未満を有する。
特定の態様では、対象、例えば、疾患または障害を有するかそれを有すると疑われる対象に、低量もしくは減量のCD27発現に陰性のT細胞または大量もしくは増量のCD27発現に関連する形質を有する細胞療法が施行される。いくつかの態様では、CD27発現に関連する形質は、細胞療法を対象に施行する前に、細胞療法の細胞において測定される。特定の態様では、CD27発現に関連する形質が細胞療法において測定され、そして、細胞療法が閾値以下のCD27発現に関連する形質を有する場合に、細胞療法が対象に施行される。
特定の態様では、閾値は、所定値である。いくつかの態様では、閾値は、実験的に導出される。いくつかの態様では、閾値は、複数の細胞療法において測定された形質の代表値（average）、中央値、または平均値（mean）である。いくつかの態様では、閾値は、複数の細胞療法、例えば、参照細胞療法の測定から実験的に導出される。いくつかの態様では、参照細胞療法は、T細胞の参照組成物、例えば、組換え受容体を発現するT細胞を含むT細胞組成物である。特定の態様では、T細胞、例えば、組換え受容体を発現するT細胞の参照組成物は、対象への投与の前に測定される。
特定の態様では、参照細胞療法または参照T細胞組成物は、同じ疾患、障害または病態を処置するための細胞療法をさらに受けた対象群の中からの、T細胞、例えば、組換え受容体を発現するT細胞を含めたT細胞を含む細胞療法の組成物である。いくつかの態様では、参照細胞療法または参照T細胞組成物は、部分奏効または疾患進行をさらに呈した対象に投与されたT細胞組成物である。
いくつかの態様では、CD57発現に関連する形質は、総T細胞、総CD4+ T細胞または総CD8+ T細胞中に存在するCD57ポリペプチドのレベルまたは量である。特定の態様では、形質は、該用量の総T細胞、CD4+ T細胞またはCD8+ T細胞中に存在するCD57ポリペプチドのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、総T細胞、CD4+ T細胞またはCD8+ T細胞の表面上に存在するCD57ポリペプチドのレベルまたは量である。様々な態様では、形質は、CD57+ T細胞、CD57+CD4+ T細胞またはCD57+CD8+ T細胞の頻度、割合または量である。ある特定の態様では、形質は、該用量のT細胞中に存在するCD57 mRNAのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、CD57をコードする遺伝子（B3GAT1）のアクセシビリティのレベルまたは量である。
いくつかの態様では、CD57発現に関連する形質は、総CD3+ T細胞中に存在するCD57ポリペプチドのレベルまたは量である。特定の態様では、形質は、該用量の総CD3+ T細胞中に存在するCD57ポリペプチドのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、総CD3+ T細胞の表面上に存在するCD57ポリペプチドのレベルまたは量である。様々な態様では、形質は、CD57+CD3+ T細胞の頻度、割合または量である。ある特定の態様では、形質は、該用量のT細胞中に存在するCD57 mRNAのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、CD57をコードする遺伝子（B3GAT1）のアクセシビリティのレベルまたは量である。
特定の態様では、閾値は、複数の参照細胞療法または参照T細胞組成物中のCD57発現に関連する形質の測定値の代表値、平均値または中央値の75％、60％、50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％以下であるか、約75％、60％、50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％以下であるか、または、75％、60％、50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％以下以内であるか、または、その1％未満以下以内である。量は、形質の測定値の代表値、平均値または中央値未満の標準偏差の1以下、2分の1、3分の1、4分の1、5分の1、6分の1、8分の1、または10分の1である。特定の態様では、閾値は、複数の参照T細胞組成物または参照細胞療法の中からの一組成物中のCD57発現に関連する形質の最低測定値以下である。いくつかの態様では、閾値は、複数の参照細胞療法または参照T細胞組成物の中で測定された形質の最低測定値の50％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％以下以内または約50％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％以下以内、またはその1％未満以下以内である。ある特定の態様では、閾値は、参照T細胞組成物または参照細胞療法中の頻度の中から算出されたCD57発現に関連する形質の測定値の代表値、中央値または平均値以下である。いくつかの態様では、閾値は、複数の参照T細胞組成物から得られた測定値の25％、33％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％、約25％、33％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％、または少なくとも25％、33％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％の代表、中央または平均測定値である。
いくつかの態様では、CD27発現に関連する形質は、総T細胞、総CD4+ T細胞または総CD8+ T細胞中に存在するCD27ポリペプチドのレベルまたは量である。特定の態様では、形質は、該用量の総T細胞、CD4+ T細胞またはCD8+ T細胞中に存在するCD27ポリペプチドのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、総T細胞、CD4+ T細胞またはCD8+ T細胞の表面に存在するCD27ポリペプチドのレベルまたは量である。様々な態様では、形質は、CD27- T細胞、CD27-CD4+ T細胞またはCD27-CD8+ T細胞の頻度、割合または量である。ある特定の態様では、形質は、該用量のT細胞中に存在するCD27 mRNAのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、CD27をコードする遺伝子のアクセシビリティのレベルまたは量である。
いくつかの態様では、CD27発現に関連する形質は、総CD3+ T細胞中に存在するCD27ポリペプチドのレベルまたは量である。特定の態様では、形質は、該用量の総CD3+ T細胞中に存在するCD27ポリペプチドのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、総CD3+ T細胞の表面に存在するCD27ポリペプチドのレベルまたは量である。様々な態様では、形質は、CD27-CD3+ T細胞の頻度、割合または量である。ある特定の態様では、形質は、該用量のT細胞中に存在するCD27 mRNAのレベルまたは量である。いくつかの態様では、形質は、CD27をコードする遺伝子のアクセシビリティのレベルまたは量である。
特定の態様では、閾値は、複数の参照細胞療法または参照T細胞組成物中のCD27発現に関連する形質の測定値の平均（average）、平均値（mean）または中央値（median）を75％、60％、50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％上回るか、約75％、60％、50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％上回るか、もしくは75％、60％、50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％以内上回るか、または、1％未満以内上回る。該量は、形質の測定値の平均、平均値または中央値よりも1、2分の1、3分の1、4分の1、5分の1、6分の1、8分の1、または10分の1標準偏差高く上回る。特定の態様では、閾値は、複数の参照T細胞組成物または参照細胞療法の中からの一組成物中のCD27発現に関連する形質の最高測定値を上回る。いくつかの態様では、閾値は、複数の参照細胞療法または参照T細胞組成物の中で測定された形質の最高測定値を50％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％以内、または約50％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％以内上回るか、または、1％超以内上回る。ある特定の態様では、閾値は、参照T細胞組成物または参照細胞療法における頻度の中から算出されたCD27発現に関連する形質の測定値の平均、中央値または平均値を上回る。いくつかの態様では、閾値は、複数の参照T細胞組成物から得られた測定値の25％、33％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、もしくは95％、約25％、33％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、もしくは95％、または少なくとも25％、33％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、もしくは95％の測定値の平均、中央値または平均値である。
特定の態様では、CD57発現に関連する形質は、細胞療法を対象に投与する前に、細胞療法において測定される。いくつかの態様では、測定値は、対象が完全奏効を経験しないリスク、確率または可能性を評価するために使用される。ある特定の態様では、測定値は、対象が細胞療法の投与後に部分奏効または疾患進行の転帰を経験するリスク、確率または可能性を評価するために使用される。特定の態様では、形質の値が形質の閾値を超えた場合に、対象は、細胞療法の投与後に完全奏効を経験することに失敗するリスク、可能性または確率の増加を有すると判定される。いくつかの態様では、形質の値が形質の閾値を超えた場合に、対象は、細胞療法の投与後に部分奏効または疾患進行を経験するリスク、可能性または確率の増加を有すると判定される。いくつかの態様では、閾値は、本明細書に記載されるCD57に関連する形質の任意の閾値である。
特定の態様では、CD27発現に関連する形質は、細胞療法を対象に施行する前に、細胞療法において測定される。いくつかの態様では、測定値は、対象が完全奏効を得られないリスク、確率または可能性を評価するために使用される。ある特定の態様では、測定値は、対象が細胞療法の施行後に部分奏効または病勢進行結果を得るリスク、確率または可能性を評価するために使用される。特定の態様では、対象は、細胞療法の施行後、形質の値が形質の閾値未満である場合、完全奏効を得ることができないリスク、可能性または確率が増加したと判定される。いくつかの態様では、対象は、細胞療法の施行後、形質の値が形質の閾値未満である場合、部分奏効または病勢進行を得るリスク、可能性または確率が増加したと判定される。いくつかの態様では、閾値は、本明細書に記載されるCD27に関連する形質の任意の閾値である。
いくつかの態様では、細胞療法の投与後に完全奏効を達成することに失敗するリスクが増加したと見なされた対象は、その細胞療法の一用量の投与後に50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％未満、もしくは10％より少ない、または約50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％未満、もしくは10％より少ない頻度でさらに完全奏効を達成する。いくつかの態様では、完全奏効を達成することに失敗するリスクが増加したと見なされた対象は、その細胞療法の一用量の投与後に20％未満の頻度でさらに完全奏効を達成する。様々な態様では、完全奏効を達成することに失敗するリスクが増加したと見なされた対象は、その細胞療法の一用量の投与後に0％または約0％の頻度でさらに完全奏効を達成する。
ある特定の態様では、細胞療法の投与後に部分奏効または疾患進行の転帰を達成するリスクが増加したと見なされた対象は、その細胞療法の一用量の投与後に50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％未満、もしくは10％より少ない、または約50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％未満、もしくは10％より少ない頻度でさらに完全奏効を達成する。様々な態様では、部分奏効または疾患進行の転帰を達成するリスクが増加したと見なされた対象は、その細胞療法の一用量の投与後に20％未満の頻度でさらに完全奏効を達成する。様々な態様では、部分奏効または疾患進行の転帰応答を達成するリスクが増加したと見なされた対象は、その細胞療法の一用量の投与後に0％または約0％の頻度でさらに完全奏効を達成する。
特定の態様では、完全奏効を達成することに失敗するリスクが増加したと見なされた対象は、例えば、対象がさらに完全奏効を達成する可能性または確率を向上させるために、用量の増加した細胞療法を受ける。いくつかの態様では、部分奏効または疾患進行の転帰を達成するリスクが増加したと見なされた対象は、例えば、対象がさらに完全奏効を達成する可能性または確率を向上させるために、用量の増加した細胞療法を受ける。
処置される疾患または状態は、抗原の発現が疾患状態または障害の病因に関連する、および/または関与する、例えばそのような疾患、状態または障害を引き起こすか、悪化させるか、またはそれに他の方法で関与する任意のものであることができる。例示的な疾患および状態は、悪性腫瘍もしくは細胞の形質転換(例えば、がん)、自己免疫疾患もしくは炎症性疾患、または、例えば細菌の、ウイルスのもしくはその他の病原体によって引き起こされる、感染性疾患に関連する疾患または状態を含むことができる。処置することができるさまざまな疾患および状態に関連する抗原を含む例示的な抗原は、上述されている。特定の態様において、キメラ抗原受容体またはトランスジェニックTCRは、疾患または状態に関連する抗原に特異的に結合する。
疾患、症状および障害の中には、固形腫瘍、血液悪性腫瘍、および黒色腫を含み、限局性および転移性腫瘍を含む腫瘍、感染性疾患、例えばウイルスまたは他の病原体(例えばHIV、HCV、HBV、CMV、HPV)による感染、および寄生虫症、ならびに自己免疫疾患および炎症性疾患がある。いくつかの態様において、疾患、障害または状態は、腫瘍、がん、悪性腫瘍、新生物、または他の増殖性疾患もしくは障害である。そのような疾患には、白血病、リンパ腫、例えば、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、急性リンパ性(またはリンパ芽球性)白血病(ALL)、慢性リンパ性白血病(CLL)、ヘアリー細胞白血病(HCL)、小リンパ球性リンパ腫(SLL)、マントル細胞リンパ腫(MCL)、辺縁帯リンパ腫、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫(HL)、非ホジキンリンパ腫(NHL)、未分化大細胞型リンパ腫(ALCL)、濾胞性リンパ腫、難治性濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)および多発性骨髄腫(MM)が含まれるが、それに限定されるわけではない。いくつかの態様において、疾患または状態は、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、成人ALL、慢性リンパ芽球性白血病(CLL)、非ホジキンリンパ腫(NHL)、およびびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)の中より選択されるB細胞悪性腫瘍である。いくつかの態様において、疾患または状態はNHLであり、NHLは、侵攻性NHL、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、NOS(デノボおよびインドレントから形質転換)、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫(PMBCL)、T細胞/組織球豊富型大細胞型B細胞リンパ腫(TCHRBCL)、バーキットリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(MCL)、および/または濾胞性リンパ腫(FL)、任意で濾胞性リンパ腫グレード3B(FL3B)からなる群より選択される。
いくつかの態様において、疾患または状態は、感染性の疾患または状態であり、例えば、ウイルス性、レトロウイルス性、細菌性、および原虫性感染症、免疫不全ウイルス、サイトメガロウイルス(CMV)、エプスタイン-バーウイルス(EBV)、アデノウイルス、BKポリオーマウイルスをであるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、疾患または状態は、自己免疫性または炎症性の疾患または症状であり、例えば、関節リウマチ(RA)などの関節炎、I型糖尿病、全身性エリテマトーデス(SLE)、炎症性腸疾患、乾癬、強皮症、自己免疫性甲状腺疾患、グレーブス病、クローン病、多発性硬化症、喘息、および/または移植に関連する疾患もしくは状態である。
いくつかの態様において、疾患または障害に関連する抗原は、αvβ6インテグリン(avb6インテグリン)、B細胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9(CA9、別名CAIXまたはG250)、がん精巣抗原、がん/精巣抗原1B(CTAG、別名NY-ESO-1およびLAGE-2)、がん胎児性抗原(CEA)、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、上皮成長因子タンパク質(EGFR)、トランケート型上皮成長因子タンパク質(tEGFR)、タイプIII上皮成長因子受容体変異(EGFR vIII)、上皮糖タンパク質2(EPG-2)、上皮糖タンパク質40(EPG-40)、エフリンB2、エフリン受容体A2(EPHa2)、エストロゲン受容体、Fc受容体様5(FCRL5; 別名Fc受容体ホモログ5またはFCRH5)、胎児アセチルコリン受容体(胎児AchR)、葉酸結合タンパク質(FBP)、葉酸受容体α、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2(OGD2)、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100(gp100)、グリピカン-3(GPC3)、Gタンパク質共役受容体5D(GPRC5D)、Her2/neu(受容体型チロシンキナーゼerb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二量体、ヒト高分子量黒色腫関連抗原(HMW-MAA)、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1(HLA-A1)、ヒト白血球抗原A2(HLA-A2)、IL-22受容体α(IL-22Rα)、IL-13受容体α2(IL-13Rα2)、キナーゼ挿入ドメイン受容体(kdr)、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子(L1-CAM)、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA(LRRC8A)、Lewis Y、黒色腫関連抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン(MSLN)、c-Met、マウスサイトメガロウイルス(CMV)、ムチン1(MUC1)、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD(NKG2D)リガンド、メラン(melan)A(MART-1)、神経細胞接着分子(NCAM)、がん胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原(PRAME)、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1)、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質(TPBG、別名5T4)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72)、チロシナーゼ関連タンパク質1(TRP1、別名TYRP1またはgp75)、チロシナーゼ関連タンパク質2(TRP2、別名ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCT)、血管内皮細胞増殖因子受容体(VEGFR)、血管内皮細胞増殖因子受容体2(VEGFR2)、Wilms Tumor 1(WT-1)、病原体特異的もしくは病原体発現抗原、またはユニバーサルタグに関連する抗原、および/またはビオチン化分子、および/またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子であるか、またはそれを含む。いくつかの態様における該受容体によって標的づけられる抗原には、B細胞悪性腫瘍に関連する抗原、例えば、いくつかの公知のB細胞マーカーのいずれかが含まれる。いくつかの態様において、抗原は、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79bまたはCD30であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、抗原は、病原体特異抗原または病原体発現抗原、例えばウイルス抗原(例えば、HIV、HCV、HBV由来のウイルス抗原)、細菌抗原、および/または寄生虫抗原であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメント(例えば、scFvまたはVHドメイン)は、CD19などの抗原を特異的に認識する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、CD19に特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントに由来するか、またはその変異体である。いくつかの態様において、細胞療法、例えば養子T細胞療法は、細胞療法を受ける予定の対象から、またはそのような対象に由来する試料から細胞が単離され、かつ／またはその他の方法で調製される自家移植によって行われる。したがって、いくつかの局面において、細胞は、処置および細胞を必要とする対象、例えば患者に由来し、単離および処理後に同じ対象に投与される。
いくつかの態様では、細胞療法、例えば、養子T細胞療法は、細胞療法を受ける予定であるかまたは細胞療法を最終的に受ける対象以外の少なくとも1名のドナー、例えば、個別のドナーまたは複数のドナーから細胞が単離されるおよび／またはそれ以外の方法で調製される、同種異系移入によって行われる。そのような態様では、細胞はその後、同じ種の対象に投与される。いくつかの態様では、個別のドナーまたは複数のドナーと対象は、遺伝的に同一である。いくつかの態様では、個別のドナーまたは複数のドナーと対象は、遺伝的に類似する。いくつかの態様では、対象は、個別のドナーまたは複数のドナーと同じHLAクラスまたはスーパータイプを発現する。
いくつかの態様では、細胞療法、例えば、養子T細胞療法は、細胞療法を受ける予定であるかまたは細胞療法を最終的に受ける対象以外の少なくとも1名のドナー、例えば、個別のドナーまたは複数の異なるドナーから細胞が単離されるおよび／またはそれ以外の方法で調製される、同種異系移入によって行われる。そのような態様では、細胞はその後、個別のドナーまたは複数の異なるドナーと同じ種の対象に投与される。いくつかの態様では、対象に投与される細胞は、対象に由来しない。いくつかの態様では、対象に投与される細胞の少なくとも一部分は、対象に由来しない。いくつかの態様では、複数の異なるドナーの少なくとも2名は、互いに遺伝的に同一ではない。いくつかの態様では、複数の異なるドナーの少なくとも2名は、互いに遺伝的に類似しない。いくつかの態様では、複数の異なるドナーの少なくとも2名は、互いに同じHLAクラスまたはスーパータイプを発現しない。いくつかの態様では、複数の異なるドナーの少なくとも1名は、対象と遺伝的に同一ではない。いくつかの態様では、複数の異なるドナーの少なくとも1名は、対象と遺伝的に類似しない。いくつかの態様では、複数の異なるドナーの少なくとも1名は、対象と同じHLAクラスまたはスーパータイプを発現しない。いくつかの態様では、個別のドナーは、対象と遺伝的に同一ではない。いくつかの態様では、個別のドナーは、対象と遺伝的に類似しない。いくつかの態様では、個別のドナーは、対象と同じHLAクラスまたはスーパータイプを発現しない。
細胞は、任意の適切な手段によって投与することができ、例えば、ボーラス注入によって、注射、例えば静脈内または皮下注射、眼内注射、眼周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、結膜下（subconjectval）注射、結膜下（subconjuntival）注射、テノン嚢下注射、球後注射、球周囲注射、または後強膜近傍（posterior juxtascleral）送達によって投与される。いくつかの態様では、それらは、非経口、肺内、および鼻腔内、局所治療が望ましい場合は病変内投与によって投与される。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。いくつかの態様では、投与量は、細胞の単回ボーラス投与によって投与される。いくつかの態様では、それは、例えば3日以内の期間にわたる、細胞の複数回ボーラス投与によって、または細胞の連続注入投与によって投与される。いくつかの態様では、細胞用量の投与または任意の追加の療法、例えば、リンパ球除去療法、介入療法および/または併用療法は、外来通院による送達を介して行われる。
疾患の予防または治療の場合、適切な投与量は、治療する疾患のタイプ、細胞または組換え受容体のタイプ、疾患の重症度および経過、細胞が予防または治療目的で投与されるか、以前の治療、対象の病歴および細胞に対する反応、ならびに主治医の裁量に依存し得る。組成物および細胞は、いくつかの態様では、一度にまたは一連の治療にわたって対象に適切に投与される。
いくつかの態様において、細胞は、併用処置の一部として、例えば、別の治療的介入、例えば抗体または操作された細胞または受容体または作用物質など、例えば細胞毒性剤または治療剤などと同時に、または任意の順序で逐次的に、投与される。細胞はいくつかの態様において、1種または複数種の付加的な治療剤と、または別の治療的介入と関連して、同時にまたは任意の順序で逐次的に共投与される。状況によっては、細胞は、細胞集団が1種もしくは複数種の付加的な治療剤の効果を増強するように、またはその逆になるように、十分に近い時間内に別の治療法と共投与される。いくつかの態様において、細胞は、1種または複数種の付加的な治療剤の前に投与される。いくつかの態様において、細胞は、1種または複数種の付加的な治療剤の後に投与される。いくつかの態様において、1種または複数種の付加的な作用物質には、例えば持続性を増強するための、IL-2などのサイトカインが含まれる。いくつかの態様において、本方法は、化学療法剤の投与を含む。
いくつかの態様では、前記方法は、例えば投与前に腫瘍組織量を減らすための、化学療法剤、例えばコンディショニング化学療法剤、の投与を含む。
いくつかの局面における免疫枯渇（例えば、リンパ球除去）療法による対象のプレコンディショニングは、養子細胞療法（ACT）の効果を改善することができる。
したがって、いくつかの態様では、該方法は、細胞療法を開始する前に、プレコンディショニング剤、例えばリンパ球除去剤または化学療法剤（例えば、シクロホスファミド、フルダラビン、またはそれらの組み合わせ）を対象に投与することを含む。例えば、細胞療法の開始の少なくとも2日前に、例えば少なくとも3、4、5、6、または7日前に、プレコンディショニング剤を対象に投与することができる。いくつかの態様では、細胞療法の開始の7日よりも前までに、例えば6、5、4、3、または2日よりも前までに、プレコンディショニング剤を対象に投与する。
いくつかの態様では、対象は、20mg/kg～100mg/kgまたは約20mg/kg～約100mg/kg、例えば40mg/kg～80mg/kgまたは約40mg/kg～約80mg/kgの用量のシクロホスファミドでプレコンディショニングされる。いくつかの局面では、対象は60mg/kgまたは約60mg/kgのシクロホスファミドでプレコンディショニングされる。いくつかの態様では、シクロホスファミドは、単回投与されるか、または毎日、隔日、または3日ごとの投与など、複数回投与される。いくつかの態様では、シクロホスファミドは、1日1回、1日または2日間投与される。いくつかの態様では、リンパ球除去剤がシクロホスファミドを含む場合、対象はシクロホスファミドを約または100mg/m2～500mg/m2、例えば200mg/m2～400mg/m2もしくは約200mg/m2～400mg/m2または250mg/m2～350mg/m2もしくは約250mg/m2～350mg/m2（両端の値を含む）の用量で投与される。ある場合には、対象は約300mg/m2のシクロホスファミドを投与される。いくつかの態様では、シクロホスファミドは、単回投与されるか、または毎日、隔日、または3日ごとの投与など、複数回投与される。いくつかの態様では、シクロホスファミドは、例えば1～5日間、例えば3～5日間、毎日投与される。ある場合には、対象は、細胞療法を開始する前に、約300mg/m2のシクロホスファミドを3日間毎日投与される。
いくつかの態様では、リンパ球除去剤がフルダラビンを含む場合、対象はフルダラビンを1mg/m2～100mg/m2または約1mg/m2～約100mg/m2、例えば、10mg/m2～75mg/m2、15mg/m2～50mg/m2、20mg/m2～40mg/m2、もしくは24mg/m2～35mg/m2、または約10mg/m2～約75mg/m2、約15mg/m2～約50mg/m2、約20mg/m2～約40mg/m2、もしくは約24mg/m2～約35mg/m2（両端の値を含む）の用量で投与される。ある場合には、対象は約30mg/m2のフルダラビンを投与される。いくつかの態様では、フルダラビンは、単回投与されるか、または毎日、隔日、または3日ごとの投与など、複数回投与される。いくつかの態様では、フルダラビンは、例えば1～5日間、例えば3～5日間、毎日投与される。ある場合には、対象は、細胞療法を開始する前に、約30mg/m2のフルダラビンを3日間毎日投与される。
いくつかの態様では、リンパ球除去剤は、シクロホスファミドとフルダラビンの組み合わせなどの、薬剤の組み合わせを含む。したがって、薬剤の組み合わせは、上記のような任意の用量または投与スケジュールでのシクロホスファミドと、上記のような任意の用量または投与スケジュールでのフルダラビンを含み得る。例えば、いくつかの局面では、対象は、初回投与またはその後の投与の前に、60mg/kg（約2g/m2）のシクロホスファミドおよび3～5回の25mg/m2のフルダラビンを投与される。
細胞の投与後、操作された細胞集団の生物学的活性はいくつかの態様において、例えばいくつかの公知の方法のいずれかによって測定される。評価するパラメータには、例えばイメージングによるインビボでの、または例えばELISAもしくはフローサイトメトリーによるエクスビボでの、抗原に対する操作されたT細胞もしくは天然T細胞または他の免疫細胞の特異的結合が含まれる。ある特定の態様において、標的細胞を破壊する操作された細胞の能力は、例えばKochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32(7): 689-702 (2009) およびHerman et al. J. Immunological Methods, 285(1): 25-40 (2004) に記載されている細胞傷害性アッセイなどの、任意の公知の適切な方法を用いて測定され得る。ある特定の態様において、細胞の生物学的活性は、CD107a、IFNγ、IL-2、およびTNFなどの1種または複数種のサイトカインの発現および／または分泌をアッセイすることによって測定される。いくつかの局面において、生物学的活性は、腫瘍量または腫瘍負荷量の減少などの臨床転帰を評価することによって測定される。
ある特定の態様において、操作された細胞は、それらの治療有効性または予防有効性が増加するように、いくつもの方法でさらに改変される。例えば、集団によって発現される操作されたCARまたはTCRは、ターゲティング部分に直接的に、またはリンカーを介して間接的にコンジュゲートされ得る。化合物、例えばCARまたはTCRをターゲティング部分にコンジュゲートする実践は、公知である。例えば、Wadwa et al., J. Drug Targeting 3:1 1 1 (1995) および米国特許第5,087,616号を参照されたい。
いくつかの態様では、細胞は、併用療法の一部として、例えば、抗体、遺伝子操作された細胞もしくは受容体、または薬剤（例えば、細胞傷害薬または治療薬）などの、別の治療的介入と同時に、または任意の順序で連続して、投与される。いくつかの態様における細胞は、1つ以上の追加の治療薬と一緒に、または別の治療的介入に関連して、同時にまたは任意の順序で連続して、共投与される。ある状況では、細胞は、細胞集団が1つ以上の追加の治療薬の効果を増強するかまたはその逆であるように時間的に十分に接近して、別の療法と共投与される。ある態様では、細胞を1つ以上の追加の治療薬の前に投与する。ある態様では、細胞を1つ以上の追加の治療薬の後に投与する。いくつかの態様では、1つ以上の追加の治療薬は、例えば持続性を高めるために、IL-2などのサイトカインを含む。
A. 投薬
いくつかの態様では、1回量の細胞は、提供される方法、および/または提供される製造物品もしくは組成物に従って、対象に投与される。いくつかの態様では、該用量のサイズまたは投与のタイミングは、対象における特定の疾患または症状に応じて決定される。場合によっては、提供される明細記述を考慮して、特定の疾患のための該用量のサイズまたは投与のタイミングを経験的に決定することができる。
いくつかの態様において、組み換え抗原受容体、例えばCARまたはTCRで操作された細胞を含む細胞の用量は、薬学的組成物または配合物のような、組成物または配合物として提供される。そのような組成物は、例えば疾患、状態および障害の予防もしくは処置で、検出、診断および予後診断の方法で、提供される方法、および/または提供される製造物品もしくは組成物によって用いることができる。
いくつかの態様では、該用量の細胞は、2×105細胞/kgまたは約2×105細胞/kgから、2×106細胞/kgまたは約2×106細胞/kg、例えば、4×105細胞/kgもしくは約4×105細胞/kgから、1×106細胞/kgもしくは約1×106細胞/kg、または6×105細胞/kgもしくは約6×105細胞/kgから、約8×105細胞/kgもしくは約8×105細胞/kgを含む。いくつかの態様では、該用量の細胞は、対象の体重1キログラムあたり2×105以下の細胞（例えば、CAR発現細胞などの抗原発現細胞）（細胞/kg）を含み、例えば、3×105細胞/kg以下もしくは約3×105細胞/kg以下、4×105細胞/kg以下もしくは約4×105細胞/kg以下、5×105細胞/kg以下もしくは約5×105細胞/kg以下、6×105細胞/kg以下もしくは約6×105細胞/kg以下、7×105細胞/kg以下もしくは約7×105細胞/kg以下、8×105細胞/kg以下もしくは約8×105細胞/kg以下、9×105細胞/kg以下もしくは約9×105細胞/kg以下、1×106細胞/kg以下もしくは約1×106細胞/kg以下、または2×106細胞/kg以下もしくは約2×106細胞/kg以下を含む。いくつかの態様では、該用量の細胞は、対象の体重1キログラムあたり少なくとも2×105または少なくとも約2×105または2×105または約2×105の細胞（例えば、CAR発現細胞などの抗原発現細胞）（細胞/kg）を含み、例えば、少なくとも3×105細胞/kgもしくは少なくとも約3×105細胞/kgもしくは3×105細胞/kgもしくは約3×105細胞/kg、少なくとも4×105細胞/kgもしくは少なくとも約4×105細胞/kgもしくは4×105細胞/kgもしくは約4×105細胞/kg、少なくとも5×105細胞/kgもしくは少なくとも約5×105細胞/kgもしくは5×105細胞/kgもしくは約5×105細胞/kg、少なくとも6×105細胞/kgもしくは少なくとも約6×105細胞/kgもしくは6×105細胞/kgもしくは約6×105細胞/kg、少なくとも7×105細胞/kgもしくは少なくとも約7×105細胞/kgもしくは7×105細胞/kgもしくは約7×105細胞/kg、少なくとも8×105細胞/kgもしくは少なくとも約8×105細胞/kgもしくは8×105細胞/kgもしくは約8×105細胞/kg、少なくとも9×105細胞/kgもしくは少なくとも約9×105細胞/kgもしくは9×105細胞/kgもしくは約9×105細胞/kg、少なくとも1×106細胞/kgもしくは少なくとも約1×106細胞/kgもしくは1×106細胞/kgもしくは約1×106細胞/kg、または少なくとも2×106細胞/kgもしくは少なくとも約2×106細胞/kgもしくは2×106細胞/kgもしくは約2×106細胞/kgを含む。
特定の態様において、細胞、または細胞のサブタイプの個々の集団は、対象に、約100万～約1000億個の細胞の範囲、および/または対象の体重1キログラムあたりの細胞のその量で投与され、例えば、100万～約500億個の細胞(例えば、約500万個の細胞、約1000万個の細胞、約1500万個の細胞、約2000万個の細胞、約2500万個の細胞、約5億個の細胞、約10億個の細胞、約50億個の細胞、約200億個の細胞、約300億個の細胞、約400億個の細胞、または前述の値のいずれか2つによって定義された範囲)、例えば約1000万～約1000億個の細胞(例えば、約2000万個の細胞、約3000万個の細胞、約4000万個の細胞、約6000万個の細胞、約7000万個の細胞、約8000万個の細胞、約9000万個の細胞、約100億個の細胞、約250億個の細胞、約500億個の細胞、約750億個の細胞、約900億個の細胞、または前述の値のいずれか2つによって定義された範囲)、場合によっては約1億個の細胞～約500億個の細胞(例えば、約1億2000万個の細胞、約2億5000万個の細胞、約3億5000万個の細胞、約4億5000万個の細胞、約6億5000万個の細胞、約8億個の細胞、約9億個の細胞、約30億個の細胞、約300億個の細胞、約450億個の細胞)またはこれらの範囲の間の任意の値および/または対象の体重1キログラムあたりで投与される。投与量は、疾患もしくは障害および/または患者および/または他の処置に特有の属性に応じて変化し得る。
いくつかの態様において、細胞用量が対象の体表面積または体重に結び付けられないまたは基づかないように、細胞用量は一律の細胞用量または固定された細胞用量である。
いくつかの態様において、例えば、対象がヒトである場合、該用量は、約5×108未満の総組み換え受容体(例えば、CAR)発現細胞、T細胞、または末梢血単核細胞(PBMC)を含み、例えば、約1×106～5×108の範囲のそのような細胞を含み、例えば、2×106、5×106、1×107、5×107、1×108、もしくは5×108、または前述の値のいずれか2つの間の範囲のそのような総細胞を含む。
いくつかの態様において、遺伝子操作された細胞の用量は、1×105～5×108もしくは約1×105～約5×108の総CAR発現T細胞、1×105～2.5×108もしくは約1×105～約2.5×108の総CAR発現T細胞、1×105～1×108もしくは約1×105～約1×108の総CAR発現T細胞、1×105～5×107もしくは約1×105～約5×107の総CAR発現T細胞、1×105～2.5×107もしくは約1×105～約2.5×107の総CAR発現T細胞、1×105～1×107もしくは約1×105～約1×107の総CAR発現T細胞、1×105～5×106もしくは約1×105～約5×106の総CAR発現T細胞、1×105～2.5×106もしくは約1×105～約2.5×106の総CAR発現T細胞、1×105～1×106もしくは約1×105～約1×106の総CAR発現T細胞、1×106～5×108もしくは約1×106～約5×108の総CAR発現T細胞、1×106～2.5×108もしくは約1×106～約2.5×108の総CAR発現T細胞、1×106～1×108もしくは約1×106～約1×108の総CAR発現T細胞、1×106～5×107もしくは約1×106～約5×107の総CAR発現T細胞、1×106～2.5×107もしくは約1×106～約2.5×107の総CAR発現T細胞、1×106～1×107もしくは約1×106～約1×107の総CAR発現T細胞、1×106～5×106もしくは約1×106～約5×106の総CAR発現T細胞、1×106～2.5×106もしくは約1×106～約2.5×106の総CAR発現T細胞、2.5×106～5×108もしくは約2.5×106～約5×108の総CAR発現T細胞、2.5×106～2.5×108もしくは約2.5×106～約2.5×108の総CAR発現T細胞、2.5×106～1×108もしくは約2.5×106～約1×108の総CAR発現T細胞、2.5×106～5×107もしくは約2.5×106～約5×107の総CAR発現T細胞、2.5×106～2.5×107もしくは約2.5×106～約2.5×107の総CAR発現T細胞、2.5×106～1×107もしくは約2.5×106～約1×107の総CAR発現T細胞、2.5×106～5×106もしくは約2.5×106～約5×106の総CAR発現T細胞、5×106～5×108もしくは約5×106～約5×108の総CAR発現T細胞、5×106～2.5×108もしくは約5×106～約2.5×108の総CAR発現T細胞、5×106～1×108もしくは約5×106～約1×108の総CAR発現T細胞、5×106～5×107もしくは約5×106～約5×107の総CAR発現T細胞、5×106～2.5×107もしくは約5×106～約2.5×107の総CAR発現T細胞、5×106～1×107もしくは約5×106～約1×107の総CAR発現T細胞、1×107～5×108もしくは約1×107～約5×108の総CAR発現T細胞、1×107～2.5×108もしくは約1×107～約2.5×108の総CAR発現T細胞、1×107～1×108もしくは約1×107～約1×108の総CAR発現T細胞、1×107～5×107もしくは約1×107～約5×107の総CAR発現T細胞、1×107～2.5×107もしくは約1×107～約2.5×107の総CAR発現T細胞、2.5×107～5×108もしくは約2.5×107～約5×108の総CAR発現T細胞、2.5×107～2.5×108もしくは約2.5×107～約2.5×108の総CAR発現T細胞、2.5×107～1×108もしくは約2.5×107～約1×108の総CAR発現T細胞、2.5×107～5×107もしくは約2.5×107～約5×107の総CAR発現T細胞、5×107～5×108もしくは約5×107～約5×108の総CAR発現T細胞、5×107～2.5×108もしくは約5×107～約2.5×108の総CAR発現T細胞、5×107～1×108もしくは約5×107～約1×108の総CAR発現T細胞、1×108～5×108もしくは約1×108～約5×108の総CAR発現T細胞、1×108～2.5×108もしくは約1×108～約2.5×108の総CAR発現T細胞、または2.5×108～5×108もしくは約2.5×108～約5×108の総CAR発現T細胞を含む。
いくつかの態様において、遺伝子操作された細胞の用量は、少なくとも1×105もしくは少なくとも約1×105のCAR発現細胞、少なくとも2.5×105もしくは少なくとも約2.5×105のCAR発現細胞、少なくとも5×105もしくは少なくとも約5×105のCAR発現細胞、少なくとも1×106もしくは少なくとも約1×106のCAR発現細胞、少なくとも2.5×106もしくは少なくとも約2.5×106のCAR発現細胞、少なくとも5×106もしくは少なくとも約5×106のCAR発現細胞、少なくとも1×107もしくは少なくとも約1×107のCAR発現細胞、少なくとも2.5×107もしくは少なくとも約2.5×107のCAR発現細胞、少なくとも5×107もしくは少なくとも約5×107のCAR発現細胞、少なくとも1×108もしくは少なくとも約1×108のCAR発現細胞、少なくとも2.5×108もしくは少なくとも約2.5×108のCAR発現細胞、または少なくとも5×108もしくは少なくとも約5×108のCAR発現細胞を含む。
いくつかの態様において、細胞療法は、1×105～5×108もしくは約1×105～約5×108（両端の値を含む）の総組み換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞(PBMC)、5×105～1×107もしくは約5×105～約1×107の総組み換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞(PBMC)、または1×106～1×107もしくは約1×106～約1×107の総組み換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞(PBMC)の数の細胞を含む用量の投与を含む。いくつかの態様において、細胞療法は、少なくとも1×105もしくは少なくとも約1×105の総組み換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞(PBMC)、例えば少なくとも1×106もしくは少なくとも1×106、少なくとも1×107もしくは少なくとも約1×107、少なくとも1×108もしくは少なくとも約1×108のそのような細胞の細胞数を含む細胞の用量の投与を含む。いくつかの態様において、その数は、CD3+またはCD8+の総数を基準にし、場合によっては、組み換え受容体発現(例えば、CAR+)細胞の総数をも基準にする。いくつかの態様において、細胞療法は、1×105～5×108または約1×105～約5×108のCD3+もしくはCD8+総T細胞またはCD3+もしくはCD8+組み換え受容体発現細胞、5×105～1×107または約5×105～約1×107のCD3+もしくはCD8+総T細胞またはCD3+もしくはCD8+組み換え受容体発現細胞、あるいは1×106～1×107または約1×106～約1×107のCD3+もしくはCD8+総T細胞またはCD3+もしくはCD8+組み換え受容体発現細胞の数の細胞（両端の値を含む）を含む用量の投与を含む。いくつかの態様において、細胞療法は、1×105～5×108もしくは約1×105～5×108の総CD3+/CAR+もしくはCD8+/CAR+細胞、5×105～1×107もしくは約5×105～約1×107の総CD3+/CAR+もしくはCD8+/CAR+細胞、または1×106～1×107もしくは約1×106～約1×107の総CD3+/CAR+もしくはCD8+/CAR+細胞（両端の値を含む）の数の細胞を含む用量の投与を含む。
いくつかの態様において、該用量のT細胞は、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞またはCD4+およびCD8+ T細胞を含む。
いくつかの態様において、例えば、対象がヒトである場合、CD4+およびCD8+ T細胞を含む用量の中を含む、該用量のCD8+ T細胞は、約1×106から5×108の間の総組み換え受容体(例えば、CAR)発現CD8+細胞を含み、例えば、約5×106～1×108の範囲そのような細胞、例えば、1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、もしくは5×108のそのような総細胞、または前述の値のいずれか2つの間の範囲のものを含む。いくつかの態様において、患者は複数回の投与を受け、各用量または総用量は前述の値のいずれかの範囲内であることができる。いくつかの態様において、細胞の該用量は、1×107～0.75×108もしくは約1×107～約0.75×108の総組み換え受容体発現CD8+ T細胞、1×107～2.5×107もしくは約1×107～約2.5×107の総組み換え受容体発現CD8+ T細胞、1×107～0.75×108もしくは約1×107～約0.75×108の総組み換え受容体発現CD8+ T細胞（両端の値を含む）の投与を含む。いくつかの態様において、細胞の該用量は、1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、もしくは5×108、または約1×107、約2.5×107、約5×107、約7.5×107、約1×108、もしくは約5×108の総組み換え受容体発現CD8+ T細胞の投与を含む。
いくつかの態様では、細胞、例えば組換え受容体発現T細胞の用量は、対象に1回量として投与されるか、または2週間、1ヶ月、3ヶ月、6ヶ月、1年またはそれ以上の期間内に1回だけ投与される。
養子細胞療法との関係において、所定の「用量」の投与は、単一の組成物としての細胞の所定の量もしくは数の投与および/または中断のない単回投与（例えば、単回注射または連続注入としての投与）を包含し、さらに、分割用量または複数の組成物としての細胞の所定の量もしくは数の投与（特定の期間、例えば3日以内の期間にわたって、複数の個別の組成物または注入として提供される）を包含する。したがって、いくつかの状況では、該用量は、単一時点で投与または開始される、指定された数の細胞の単回投与または連続投与である。しかしながら、状況によっては、該用量は、1日1回3日間もしくは2日間など、3日以内の期間にわたる複数回の注射または注入として、あるいは1日にわたる複数回の注入により投与される。
したがって、いくつかの局面では、該用量の細胞は単一の薬学的組成物として投与される。いくつかの態様では、該用量の細胞は複数の組成物（集合的に該用量の細胞を含有する）として投与される。
いくつかの態様では、用語「分割用量」は、2日以上にわたって投与されるように分割された用量を指す。このタイプの投薬は、本方法により包含され、1回量であるとみなされる。
したがって、細胞の用量は、分割用量として、例えば経時的に投与される分割用量として、投与され得る。例えば、いくつかの態様では、該用量を2日間または3日間にわたって対象に投与することができる。代表的な分割投与法には、初日に該用量の25％を投与し、2日目に該用量の残り75％を投与することが含まれる。他の態様では、該用量の33％を初日に投与して、残り67％を2日目に投与してもよい。いくつかの局面では、該用量の10％を初日に投与し、該用量の30％を2日目に投与し、該用量の60％を3日目に投与する。いくつかの態様では、分割用量が3日を超えて広がることはない。
いくつかの態様では、該用量の細胞は、例えば第1および第2の、任意でそれ以上の、複数の組成物または溶液の投与によって投与され、各組成物または溶液は該用量の一部の細胞を含有する。いくつかの局面では、それぞれが異なる細胞の集団および/またはサブタイプを含有する複数の組成物は、任意で一定期間内に、別々にまたは独立して投与される。例えば、細胞の集団またはサブタイプは、それぞれCD8+およびCD4+ T細胞、および/またはそれぞれCD8+およびCD4+濃縮集団、例えば、それぞれが組換え受容体を発現するように遺伝子操作された細胞を個別に含むCD4+および/またはCD8+ T細胞、を含むことができる。いくつかの態様では、該用量の投与は、1回量のCD8+ T細胞または1回量のCD4+ T細胞を含む第1の組成物の投与と、該用量のCD4+ T細胞およびCD8+ T細胞の他方を含む第2の組成物の投与を含む。
いくつかの態様では、前記組成物または用量の投与、例えば、複数の細胞組成物の投与は、細胞組成物の別々の投与を含む。いくつかの局面では、別々の投与は、同時に、または任意の順序で連続して行われる。いくつかの態様では、該用量は第1の組成物および第2の組成物を含み、第1の組成物と第2の組成物を0～12時間間隔で、0～6時間間隔で、または0～2時間間隔で投与する。いくつかの態様では、第1の組成物の投与開始と第2の組成物の投与開始を、2時間以内、1時間以内、30分以内、15分以内、10分以内、または5分以内の間隔で行う。いくつかの態様では、第1の組成物の投与の開始および/または完了と、第2の組成物の投与の完了および/または開始を、2時間以内、1時間以内、30分以内、15分以内、10分以内、または5分以内の間隔で行う。
いくつかの態様では、第1の組成物、例えば、該用量の第1の組成物は、CD4+ T細胞を含む。いくつかの態様では、第1の組成物、例えば、該用量の第1の組成物は、CD8+ T細胞を含む。いくつかの態様では、第1の組成物は、第2の組成物の前に投与される。
いくつかの態様では、細胞の該用量または組成物は、規定されたまたは目標の比率の組換え受容体を発現するCD4+細胞と組換え受容体を発現するCD8+細胞、および/またはCD4+細胞とCD8+細胞を含み、この比は、任意で約1：1であるか、または約1：3～約3：1であり、例えば約1：1である。いくつかの局面では、異なる細胞集団の目標のまたは所望の比率（例えば、CD4+：CD8+比またはCAR+ CD4+：CAR+ CD8+比、例えば1：1）での組成物または用量の投与は、該集団の一方を含む細胞組成物の投与、次いで該集団の他方を含む別個の細胞組成物の投与を含み、その場合、該投与を、目標もしくは所望の比率またはおよそ目標もしくは所望の比率で行う。いくつかの局面では、規定された比率での細胞の用量または組成物の投与は、T細胞療法の拡大増殖、持続性および/または抗腫瘍活性の改善につながる。
いくつかの態様では、対象は、細胞の複数回の用量、例えば、2回以上の用量または複数回の連続用量を受け取る。いくつかの態様では、2回の用量が対象に投与される。いくつかの態様では、対象は連続用量を受け取り、例えば、初回用量の約4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20または21日後に2回目の用量を投与される。いくつかの態様では、初回用量の後に複数回の連続用量が投与され、その連続用量の投与後に1回または複数回の追加の用量が投与されるようにする。いくつかの局面では、追加の用量で対象に投与される細胞の数は、初回用量および/または連続用量と同じであるか、または同様である。いくつかの態様では、1回または複数回の追加の用量は、前の用量よりも多い。
いくつかの局面では、初回用量および/または連続用量のサイズは、以下のような、1つまたは複数の基準に基づいて決定される：以前の治療（例えば化学療法）に対する対象の反応、対象における疾病負荷、例えば、腫瘍の量、大きさ、サイズ、または転移の程度、範囲、もしくはタイプ、ステージ、および/または毒性の結果（例えば、CRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍崩壊症候群、神経毒性）を発症する対象の可能性もしくは発生率、ならびに/または投与される細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主免疫反応。
いくつかの局面では、初回用量の投与と連続用量の投与との間の期間は、約9～約35日、約14～約28日、または15～27日である。いくつかの態様では、連続用量の投与は、初回用量の投与から約14日以上で約28日未満の時点である。いくつかの局面では、初回用量と連続用量との間の期間は、約21日である。いくつかの態様では、その連続用量の投与後に、1回または複数回の追加の用量、例えば連続用量が投与される。いくつかの局面では、1回または複数回の追加の連続用量は、前回の用量の投与から少なくとも約14日で約28日未満に投与される。いくつかの態様では、追加の用量は、前回の投与から約14日未満に投与され、例えば、前回の投与の4、5、6、7、8、9、10、11、12、または13日後に投与される。いくつかの態様では、用量は、前回の投与から約14日未満には投与されず、かつ/または前回の投与から約28日を超えて投与されない。
いくつかの態様では、細胞、例えば組換え受容体発現細胞、の用量は、T細胞の初回用量およびT細胞の連続用量を含む2回の用量（例えば、2回量）を含み、ここで、初回の用量と2回目の用量の一方または両方は、T細胞の分割用量の投与を含む。
いくつかの態様では、細胞の前記用量は一般に、疾病負荷を軽減するのに効果的な、十分な量である。
いくつかの態様では、前記細胞は、細胞もしくは細胞タイプ（複数可）の所望の用量もしくは数、および/または細胞タイプの所望の比率を含む、所望の投与量で投与される。したがって、いくつかの態様での細胞の投与量は、細胞の総数（または体重1kgあたりの数）、および個々の集団またはサブタイプの所望の比、例えばCD4+対CD8+比、に基づいている。いくつかの態様では、細胞の投与量は、個々の集団中の細胞のまたは個々の細胞タイプの所望の総数（または体重1kgあたりの数）に基づいている。いくつかの態様では、投与量は、例えば、総細胞の所望の数、所望の比率、個々の集団中の細胞の所望の総数などの、そのような特徴の組み合わせに基づいている。
いくつかの態様では、細胞の集団またはサブタイプ、例えばCD8+およびCD4+ T細胞は、総細胞の所望の用量（例えば、T細胞の所望の用量）の許容差（tolerated difference）で、または許容差の範囲内で投与される。いくつかの局面では、所望の用量は、細胞の所望の数、または細胞が投与される対象の体重の単位あたりの細胞の所望の数、例えば細胞数/kgである。いくつかの局面では、所望の用量は、細胞の最小数または体重の単位あたりの細胞の最小数であるか、それを上回る数である。いくつかの局面では、所望の用量で投与される総細胞の中で、個々の集団またはサブタイプは、所望の出力比（例えば、CD4+対CD8+比）で、またはそれに近い比率で存在し、例えば、そのような比率の一定の許容差または誤差の範囲内で存在する。
いくつかの態様では、前記細胞は、細胞の個々の集団またはサブタイプの1つまたは複数の所望の用量（例えば、CD4+細胞の所望の用量および/またはCD8+細胞の所望の用量）の許容差の範囲内で投与される。いくつかの局面では、所望の用量は、サブタイプまたは集団の細胞の所望の数、または細胞が投与される対象の体重の単位あたりのそのような細胞の所望の数、例えば細胞数/kgである。いくつかの局面では、所望の用量は、集団またはサブタイプの細胞の最小数、あるいは体重の単位あたりの集団またはサブタイプの細胞の最小数であるか、それを上回る数である。
したがって、いくつかの態様では、投与量は、総細胞の所望の固定用量および所望の比率に基づき、かつ/または個々のサブタイプもしくはサブ集団の1つまたは複数、例えばそれぞれ、の所望の固定用量に基づく。こうして、いくつかの態様では、投与量は、T細胞の所望の固定もしくは最小用量およびCD4+対CD8+細胞の所望の比率に基づき、かつ/またはCD4+および/またはCD8+細胞の所望の固定もしくは最小用量に基づく。
いくつかの態様では、細胞は、複数の細胞集団またはサブタイプ、例えばCD4+およびCD8+細胞またはサブタイプの所望の出力比の許容範囲内で投与される。いくつかの局面では、所望の比は、特定の比であるか、ある範囲の比であり得る。例えば、いくつかの態様では、所望の比（例えば、CD4+対CD8+細胞の比）は、5：1もしくは約5：1から、5：1もしくは約5：1（すなわち約1：5より大きくかつ約5：1未満）、1：3もしくは約1：3から、3：1もしくは約3：1（すなわち約1：3より大きくかつ約3：1未満）、例えば、2：1もしくは約2：1から、1：5もしくは約1：5（すなわち約1：5より大きくかつ約2：1未満）、例えば、5：1、4.5：1、4：1、3.5：1、3：1、2.5：1、2：1、1.9：1、1.8：1、1.7：1、1.6：1、1.5：1、1.4：1、1.3：1、1.2：1、1.1：1、1：1、1：1.1、1：1.2、1：1.3、1：1.4、1：1.5、1：1.6、1：1.7、1：1.8、1：1.9、1：2、1：2.5、1：3、1：3.5、1：4、1：4.5、もしくは1：5、または約5：1、約4.5：1、約4：1、約3.5：1、約3：1、約2.5：1、約2：1、約1.9：1、約1.8：1、約1.7：1、約1.6：1、約1.5：1、約1.4：1、約1.3：1、約1.2：1、約1.1：1、約1：1、約1：1.1、約1：1.2、約1：1.3、約1：1.4、約1：1.5、約1：1.6、約1：1.7、約1：1.8、約1：1.9、約1：2、約1：2.5、約1：3、約1：3.5、約1：4、約1：4.5、もしくは約1：5である。いくつかの局面では、許容差は、所望の比の約1％、約2％、約3％、約4％、約5％、約10％、約15％、約20％、約25％、約30％、約35％、約40％、約45％、約50％以内である（これらの範囲内の任意の値を含む）。
特定の態様では、細胞の数および/または濃度は、組換え受容体（例えば、CAR）発現細胞の数を指す。他の態様では、細胞の数および/または濃度は、投与される全ての細胞、T細胞、または末梢血単核細胞（PBMC）の数または濃度を指す。
いくつかの局面では、用量のサイズは、以下のような、1つまたは複数の基準に基づいて決定される：以前の治療（例えば化学療法）に対する対象の反応、対象における疾病負荷、例えば、腫瘍の量、大きさ、サイズ、または転移の程度、範囲、もしくはタイプ、ステージ（病期）、および/または毒性の結果（例えば、CRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍崩壊症候群、神経毒性）を発症する対象の可能性もしくは発生率、ならびに/または投与される細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主免疫反応。
いくつかの態様では、前記方法はまた、キメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞の1回または複数回の追加の用量を投与し、かつ/またはリンパ球除去療法を施す工程を含み、かつ/または該方法の1つまたは複数の工程は繰り返される。ある態様では、1回または複数回の追加の用量は、初期用量と同じである。ある態様では、1回または複数回の追加の用量は、初期用量と異なり、例えば、初期用量よりも高く、例えば、初期用量よりも2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍またはそれ以上高いか、または初期用量よりも低く、例えば、初期用量よりも2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍またはそれ以上低い。いくつかの態様では、1回または複数回の追加の用量の投与は、初期治療または以前の治療に対する対象の反応、対象における疾病負荷、例えば、腫瘍の量、大きさ、サイズ、または転移の程度、範囲、もしくはタイプ、ステージ（病期）、および/または毒性の結果（例えば、CRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍崩壊症候群、神経毒性）を発症する対象の可能性もしくは発生率、ならびに/または投与される細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主免疫反応に基づいて決定される。
VI. 製造品およびキット
また、提供される方法を実施する際に有用な製造品、システム、装置、およびキットが提供される。また、（i）CD57、CD3、CD4および／またはCD8に特異的な細胞の免疫親和性に基づく選択のための1つまたは複数の試薬；ならびに（ii）本明細書に記載される任意の方法を実施するための1つまたは複数の試薬の使用説明書を含む、製造品が提供される。
また、（i）CD57、CD3、CD4および／またはCD8に特異的な細胞の免疫親和性に基づく選択のための1つまたは複数の試薬；（ii）TCR複合体の1つまたは複数の成分の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインおよび1つまたは複数の共刺激分子の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化可能な1つまたは複数の刺激試薬；ならびに（iii）本明細書に記載される任意の方法を実施するための1つまたは複数の試薬の使用説明書を含む、製造品も提供される。
任意のそのような態様のいくつかでは、免疫親和性に基づく選択のための試薬は、CD57、CD3、CD4もしくはCD8に特異的に結合可能な抗体であるか、またはそれを含む。任意のそのような態様のいくつかでは、免疫親和性に基づく選択のための試薬は、CD57に特異的に結合可能な抗体であるか、またはそれを含む。任意のそのような態様のいくつかでは、抗体は、磁性粒子上に固定されるか、またはアフィニティークロマトグラフィーマトリックス上に固定されるもしくは付着される。
また、（i）CD27、CD3、CD4および／またはCD8に特異的な細胞の免疫親和性に基づく選択のための1つまたは複数の試薬；ならびに（ii）本明細書に記載される任意の方法を実施するための1つまたは複数の試薬の使用説明書を含む、製造品も提供される。
また、（i）CD27、CD3、CD4および／またはCD8に特異的な細胞の免疫親和性に基づく選択のための1つまたは複数の試薬；（ii）TCR複合体の1つまたは複数の成分の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインおよび1つまたは複数の共刺激分子の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化可能な1つまたは複数の刺激試薬；ならびに（iii）本明細書に記載される任意の方法を実施するための1つまたは複数の試薬の使用説明書を含む、製造品が提供される。
任意のそのような態様のいくつかにおいて、免疫親和性に基づく選択のための試薬は、CD27、CD3、CD4またはCD8に特異的に結合可能な抗体であるかそれを含む。任意のそのような態様のいくつかにおいて、免疫親和性に基づく選択のための試薬は、CD27に特異的に結合可能な抗体であるかそれを含む。任意のそのような態様のいくつかにおいて、抗体は、磁気粒子上に固定されるか、またはアフィニティークロマトグラフィーマトリックス上に固定されるかそれに付着される。
任意のそのような態様のいくつかにおいて、刺激試薬は、（i）TCR複合体のメンバーに特異的に結合する、任意でCD3に特異的に結合する、一次作用物質、および（ii）T細胞共刺激分子であって、任意でCD28、CD137（4-1-BB）、OX40またはICOSから選択される共刺激分子に特異的に結合する、二次作用物質を含む。任意のそのような態様のいくつかにおいて、一次作用物質および二次作用物質の一方または両方は、抗体またはその抗原結合断片を含む。任意のそのような態様のいくつかにおいて、一次作用物質および二次作用物質は、抗体を含み、任意で、刺激試薬は、抗CD3抗体および抗CD28抗体またはその抗原結合断片とのインキュベーションを含む。任意のそのような態様のいくつかにおいて、一次作用物質および二次作用物質は、固体支持体の表面上に存在するかそれに付着される。任意のそのような態様のいくつかにおいて、固体支持体は、ビーズ、任意で常磁性ビーズであるかそれを含む。任意のそのような態様のいくつかにおいて、一次作用物質および二次作用物質は、複数のストレプトアビジンまたはストレプトアビジンムテイン分子を含むオリゴマー粒子試薬の表面上に可逆的に結合される。
また、（i）本明細書に記載される任意の組成物；および（ii）組成物を対象に投与するための説明書を含む、製造品が提供される。
いくつかの態様では、製造品またはキットは、1つまたは複数の容器、典型的には複数の容器と、パッケージング材料と、1つもしくは複数の容器および／またはパッケージング上にまたはそれに付随するラベルまたは添付文書（一般に、使用説明書、例えば、特定の細胞の免疫親和性に基づく選択、例えば、CD57、CD3、CD4および／またはCD8を発現する細胞の陽性または陰性選択のための試薬の説明書、ならびに本明細書に提供される方法のいずれかを行うための、例えば、細胞療法のための治療用組成物などの組成物を生成するためにT細胞を操作するための説明書を含む）とを含む。いくつかの態様では、製造品またはキットは、1つまたは複数の容器、典型的には複数の容器と、パッケージング材料と、1つもしくは複数の容器および／またはパッケージング上にまたはそれに付随するラベルまたは添付文書（一般に、使用説明書、例えば、特定の細胞の免疫親和性に基づく選択、例えば、CD27、CD3、CD4および／またはCD8を発現する細胞の陽性または陰性選択のための試薬の説明書、ならびに本明細書に提供される方法のいずれかを行うための、例えば、細胞療法のための治療用組成物などの組成物を生成するためにT細胞を操作するための説明書を含む）とを含む。いくつかの局面では、提供される製造品は、細胞を、例えば製造プロセスの1つまたは複数の工程で、刺激および／または培養するための試薬、例えば、セクションIIおよびセクションIIIの任意の工程に記載される任意の試薬を含有する。
また、組換え受容体を発現する操作された細胞またはその組成物、例えば本明細書に提供される方法を使用して生成されたものと、任意で使用説明書、例えば、投与の説明書とを含有する、製造品およびキットが提供される。いくつかの態様では、該説明書は、細胞療法を受ける前に、対象が、疾患または障害を処置するための組換え受容体を発現する操作された細胞の投与後に応答するおよび／またはある程度もしくはレベルの応答を示す可能性が高いかその疑いが高いかの指示を出す、またはそれを評価するための方法を指定する。いくつかの局面では、製造品は、操作された細胞の用量または組成物を含有することができる。
本明細書に提供される製造品は、包装材料を含有する。提供される材料を包装する際に使用するための包装材料は、当業者に周知である。例えば、米国特許第5,323,907号、第5,052,558号および第5,033,252号（その各々がその全体で本明細書に組み入れられる）を参照されたい。包装材料の例は、ブリスターパック、ボトル、チューブ、吸入器、ポンプ、バッグ、バイアル、容器、シリンジ、使い捨て実験用品、例えば、ピペットチップおよび／またはプラスチックプレートもしくはボトルを含むが、それらに限定されない。製造品またはキットは、材料の分注を容易にするまたはハイスループットもしくは大規模での使用を容易にする、例えば、ロボット設備での使用を容易にするデバイスを含むことができる。典型的には、包装は、その中に含有される組成物と非反応性である。
いくつかの態様では、試薬および／または細胞組成物は、別々に包装される。いくつかの態様では、各容器は、単一区画を有することができる。いくつかの態様では、製造品またはキットの他の成分は、別々に包装されるか、単一区画に一緒に包装される。
VII. 定義
特に定義されない限り、本明細書で用いられる専門用語、表記、ならびに他の技術用語および科学用語または用語法は全て、特許請求される主題が関係する技術分野の当業者によって一般に理解されているものと同じ意味を有することが意図される。場合によっては、一般に理解されている意味を有する用語を、明確にするためにおよび／またはすぐに参照できるように本明細書において定義するが、本明細書にそのような定義を含めることは、当技術分野において一般に理解されているものとの実質的な相違を表すと必ずしも解釈されるべきではない。
本明細書で用いられる場合、単数形「1つの (a)」、「1つの (an)」、および「その」は、特に文脈によって明白に指示されていない限り、その対象物の複数形も含む。例えば、「1つの (a)」または「1つの (an)」は、「少なくとも1つの」または「1つまたは複数の」を意味する。本明細書に記載される局面および変形は、局面および変形「からなる」ならびに／または局面および変形「から本質的になる」を含むと理解される。
本開示を通して、特許請求される主題の様々な局面は、範囲形式で提示される。範囲形式での記載は、単に便宜上および簡潔化のためであり、特許請求される主題の範囲に対する確固たる限定として解釈されるべきでないことが、理解されるべきである。したがって、範囲の記載は、可能な部分範囲およびその範囲内の個々の数値を全て具体的に開示していると見なされるべきである。例えば、ある値域が提供される場合、その範囲の上限値と下限値の間の各介在値、およびその規定範囲内の任意の他の規定値または介在値が、特許請求される主題内に包含されることが理解される。これらのより小さな範囲の上限値および下限値は、独立的にそのより小さな範囲内に含まれてよく、これらもまた、規定範囲における任意の具体的に除外される限界値に従って、特許請求される主題内に包含される。規定範囲が限界値の一方または両方を含む場合、それら含まれた限界値の一方または両方を除外する範囲もまた、特許請求される主題内に含まれる。このことは、範囲の幅とは無関係に適用される。
本明細書で用いられる「約」という用語は、明白な各値に関する通常の誤差範囲を指す。本明細書において「約」のついた値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータそのものに向けられた態様を含む（および記載する）。例えば、「約X」に言及する記載は「X」の記載を含む。特定の態様において、「約X」は、Xの±25％、±10％、±5％、±2％、±1％、±0.1％、または±0.01％の値を指す。
本明細書で使用する場合、ヌクレオチドまたはアミノ酸の位置が、配列表に示されるような開示された配列中のヌクレオチドまたはアミノ酸の位置に「対応する」という記載は、GAPアルゴリズムなどの標準的なアラインメントアルゴリズムを用いて同一性を最大化するように開示された配列とアラインメントさせたときに同定される、ヌクレオチドまたはアミノ酸の位置を指す。配列同士をアラインメントさせることにより、例えば保存された同一のアミノ酸残基をガイドとして用いて、対応する残基を同定することができる。一般的に、対応する位置を同定するために、アミノ酸の配列は、最上位のマッチが得られるようにアラインメントされる（例えば、Computational Molecular Biology, Lesk, A.M.編, Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D.W.編, Academic Press, New York, 1993; Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A.M., and Griffin, H.G.編, Humana Press, New. Jersey, 1994; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; およびSequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J.編, M Stockton Press, New York, 1991; Carrillo et al. (1988) SIAM J Applied Math 48: 1073を参照されたい）。
本明細書で用いられる「ベクター」という用語は、それが連結されている別の核酸を増殖させることができる核酸分子を指す。本用語は、自己複製核酸構造としてのベクター、およびそれが導入された宿主細胞のゲノム中に組み込まれたベクターを含む。ある特定のベクターは、それらが機能的に連結されている核酸の発現を指示することができる。そのようなベクターは、本明細書において「発現ベクター」と称される。ベクターには、ウイルスベクター、例えばガンマレトロウイルスベクターといったレトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクターなどが含まれる。
「宿主細胞」、「宿主細胞株」、および「宿主細胞培養物」という用語は互換的に使用され、外因性核酸が導入された細胞を指し、そのような細胞の子孫も含む。宿主細胞には「形質転換体」および「形質転換細胞」が含まれ、これには初代形質転換細胞、および継代数に関係なくそれらに由来する子孫が含まれる。子孫は、核酸の内容が親細胞と完全に一致していなくてもよく、変異を含有してもよい。元の形質転換細胞においてスクリーニングまたは選択されたものと同じ機能または生物学的活性を有する変異体子孫も、本明細書に含まれる。
本明細書で用いられる場合、細胞または細胞の集団が特定マーカーに関して「陽性」であるという記述は、特定マーカー、典型的には表面マーカーが、細胞上または細胞中に検出可能な程度に存在することを指す。表面マーカーに言及する場合、本用語は、フローサイトメトリーによって、例えばマーカーに特異的に結合する抗体で染色し該抗体を検出することによって、検出される表面発現の存在を指し、この場合、染色は、アイソタイプ一致対照を他の点では同一の条件下で用いて同じ手順を行って検出される染色を実質的に上回るレベルで、および／またはそのマーカーに関して陽性であることが公知である細胞のレベルと実質的に類似するレベルで、および／またはそのマーカーに関して陰性であることが公知である細胞のレベルよりも実質的に高いレベルで、フローサイトメトリーによって検出可能である。
本明細書で用いられる場合、細胞または細胞の集団が特定マーカーに関して「陰性」であるという記述は、特定マーカー、典型的には表面マーカーが、細胞上または細胞中に実質的に検出可能な程度に存在しないことを指す。表面マーカーに言及する場合、本用語は、フローサイトメトリーによって、例えばマーカーに特異的に結合する抗体で染色し該抗体を検出することによって、検出される表面発現の非存在を指し、この場合、染色は、アイソタイプ一致対照を他の点では同一の条件下で用いて同じ手順を行って検出される染色を実質的に上回るレベルで、および／またはそのマーカーに関して陽性であることが公知である細胞のレベルよりも実質的に低いレベルで、および／またはそのマーカーに関して陰性であることが公知である細胞のレベルと比較して実質的に類似するレベルで、フローサイトメトリーによって検出されない。
本明細書で使用する場合、アミノ酸配列（参照ポリペプチド配列）に関して使用するときの「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」および「同一性パーセント」とは、配列をアラインメントさせて、必要に応じて、最大の配列同一性パーセントを達成するためにギャップを導入した後、保存的置換を配列同一性の一部とみなさないで、参照ポリペプチド配列のアミノ酸残基と同一である候補配列（例えば、対象の抗体または断片）のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定するためのアラインメントは、様々な公知の方法で、例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGNまたはMegalign（DNASTAR社）ソフトウェアなどの公開されているコンピュータソフトウェアを使用して、達成することができる。比較される配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するために必要とされるアルゴリズムを含めて、配列をアラインメントするための適切なパラメータを決定することができる。
アミノ酸の置換は、ポリペプチド中のあるアミノ酸を別のアミノ酸で置き換えることを含む。置換は、保存的アミノ酸置換であっても、非保存的アミノ酸置換であってもよい。アミノ酸の置換は、対象となる結合分子（例えば抗体）に導入されるか、または所望の活性（例えば、抗原結合の保持/改善、免疫原性の低下、またはADCCもしくはCDCの改善）についてスクリーニングされる産物に導入することができる。
アミノ酸は一般に、次の共通の側鎖特性に従ってグループに分けることができる：
（1）疎水性：ノルロイシン、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
（2）中性親水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
（3）酸性：Asp、Glu；
（4）塩基性：His、Lys、Arg；
（5）鎖の向きに影響を与える残基：Gly、Pro；
（6）芳香族：Trp、Tyr、Phe。
いくつかの態様では、保存的置換には、これらのクラスのうちのあるクラスのメンバーを同じクラスの別のメンバーと交換することが含まれる。いくつかの態様では、非保存的アミノ酸置換には、これらのクラスのうちのあるクラスのメンバーを別のクラスのメンバーと交換することが含まれる。
本明細書で使用する場合、組成物は、細胞を含めて、2つ以上の産物、物質、または化合物の任意の混合物を指す。それは、溶液、懸濁液、液体、粉末、ペースト、水性、非水性、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
本明細書で使用する場合、「対象」は、哺乳動物、例えばヒトまたは他の動物であり、典型的にはヒトである。
VIII. 例示的な態様
提供される態様としては以下がある。
1. （a）複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各々の操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからのドナー試料からのCD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を含み、該T細胞が、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む、工程；および
（b）複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
2. 複数の操作T細胞組成物の各々が、
（i）個別ドナーからのドナー試料からCD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成すること；および
（ii）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD57枯渇細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成すること
を含むプロセスによって生成される、態様1記載の方法。
3. 工程（ii）の前に、CD57枯渇T細胞集団を、該集団におけるT細胞を活性化する条件下で刺激する工程を含む、態様2記載の方法。
4. （iii）導入することに続いて、操作T細胞組成物の細胞を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程をさらに含む、態様2または3記載の方法。
5. インキュベートする工程の開始時の細胞数と比較して、細胞が拡大増殖されない、または実質的に拡大増殖されない条件下で、インキュベートする工程が実行される、態様4記載の方法。
6. （iii）操作T細胞組成物の細胞を、該組成物中のT細胞の拡大増殖のための条件下で培養する工程をさらに含む、態様2または態様3記載の方法。
7. CD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択することが、
（1）個別ドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57表面陰性（CD57-）細胞のうち一方を選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成すること；ならびに
（2）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57-細胞のうち他方について選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成すること
を含む、態様2～6のいずれか記載の方法。
8. T細胞マーカーがCD3である、態様7記載の方法。
9. T細胞マーカーがCD4である、態様7または態様8記載の方法
10. T細胞マーカーがCD8である、態様7～9のいずれか記載の方法。
11. T細胞表面マーカーが、CD4およびCD8である、態様7～10のいずれか記載の方法。
12. 前記方法の1つまたは複数の工程の前または途中に、CD57枯渇集団および／または操作T細胞組成物のT細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトする工程をさらに含む、態様1～11のいずれか記載の方法。
13. 複数の操作T細胞組成物のT細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）、および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されている、態様1～12のいずれか記載の方法。
14. （a）個別ドナーからのドナー試料からCD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程；
（b）CD57枯渇T細胞集団を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、
（1）CD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトすること；ならびに
（2）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入することであって、任意で異種核酸が、内在性MHCもしくはその構成成分および／または内在性TCRもしくはその構成成分をコードする遺伝子の座位に挿入される、導入すること
を含み、
（1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することが、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行される、工程；
（c）複数の異なるドナーについて工程（a）および（b）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに
（d）複数の異なる個別ドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
15. 複数の異なるドナーの個別ドナーごとに繰り返される、態様1～14のいずれか記載の方法。
16. 組み合わせることの前に、複数の操作T細胞組成物の各々が、凍結保存され、かつ解凍されている、態様1～15のいずれか記載の方法。
17. CD57枯渇T細胞集団が、75％超もしくは約75％超のCD3+/CD57-細胞、80％超もしくは約80％超のCD3+/CD57-細胞、85％超もしくは約85％超のCD3+/CD57-細胞、90％超もしくは約90％超のCD3+/CD57-細胞、または95％超もしくは約95％超のCD3+/CD57-細胞を含む、態様1～16のいずれか記載の方法。
18. 複数の操作T細胞組成物の各々が、独立して、40％超もしくは約40％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、45％超もしくは約45％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、50％超もしくは約50％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、60％超もしくは約60％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、65％超もしくは約65％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、または70％超もしくは約70％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、任意で、40％超もしくは約40％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、45％超もしくは約45％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、50％超もしくは約50％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、60％超もしくは約60％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、65％超もしくは約65％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞、または70％超もしくは約70％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含む、態様1～17のいずれか記載の方法。
19. 複数の操作T細胞組成物の各々が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含む、態様1～18のいずれか記載の方法。
20. 複数の操作T細胞組成物の各々が、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様19記載の方法。
21. 複数の操作T細胞組成物の各々が、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様19記載の方法。
22. ノックアウトすることの前に、CD57枯渇T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程をさらに含む、態様12～21のいずれか記載の方法。
23. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、同時に実行される、態様12～22のいずれか記載の方法。
24. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、いずれかの順序で順次に実行される、態様12～22のいずれか記載の方法。
25. （1）複数の異なるドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57表面陰性（CD57-）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；ならびに
（2）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57-細胞のうち他方を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
26. ドナー試料が、複数の異なるドナーからの細胞を含むプールされた試料であり、それによって前記方法が、プールされたCD57枯渇T細胞集団を産生する、態様25記載の方法。
27. ドナー試料が、個別ドナーからの試料であり、工程（1）および（2）が、複数の異なるドナーからのドナー試料ごとに別々に繰り返され、それによって前記方法が、個別ドナーごとにCD57枯渇T細胞集団を産生する、態様25記載の方法。
28. 個別ドナーごとにCD57枯渇T細胞集団を一緒に組み合わせて、プールされたCD57枯渇T細胞集団を産生する工程をさらに含む、態様27記載の方法。
29. T細胞マーカーがCD3である、態様25～28のいずれか記載の方法。
30. T細胞マーカーがCD4である、態様25～29のいずれか記載の方法。
31. T細胞マーカーがCD8である、態様25～30のいずれか記載の方法。
32. T細胞表面マーカーが、CD4およびCD8である、態様25～31のいずれか記載の方法。
33. ドナー試料からCD57表面陰性（CD57-）であるT細胞について選択し、それにより、プールされたCD57枯渇T細胞集団を生成する工程を含み、ドナー試料が、複数の異なるドナーからのヒトT細胞が濃縮された、プールされた細胞集団である、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
34. （a）ドナー試料からCD57表面陰性（CD57-）であるT細胞について選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程であって、ドナー試料が個別ドナーからのヒトT細胞について濃縮される、工程；
（b）複数の異なる個別ドナーについて工程（a）を繰り返す工程；および
（c）個別ドナーの各々からCD57枯渇T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD57枯渇T細胞集団を生成する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
35. ドナー試料からT細胞について選択し、それにより、プールされたCD57枯渇T細胞集団を生成する工程を含み、ドナー試料が、複数の異なるドナーからのCD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮された、プールされた細胞集団である、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
36. （a）ドナー試料からT細胞について選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程であって、試料が、個別ドナーからのCD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞について濃縮される、工程；
（b）複数の異なるドナーについて工程（a）を繰り返す工程；および
（c）個別ドナーの各々からCD57枯渇T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD57枯渇T細胞集団を生成する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
37. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD3+ T細胞について選択することによって得られる、態様33～36のいずれか記載の方法。
38. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD4+ T細胞および／またはCD8+ T細胞について選択することによって得られる、態様33～37のいずれか記載の方法。
39. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、85％超または約85％超のCD3+ T細胞を含む、態様33～38のいずれか記載の方法。
40. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、90％超または約90％超のCD3+ T細胞を含む、態様33～39のいずれか記載の方法。
41. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、95％超または約95％超のCD3+ T細胞を含む、態様33～40のいずれか記載の方法。
42. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含む、態様33～41のいずれか記載の方法。
43. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様42記載の方法。
44. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様42記載の方法。
45. T細胞について選択することが、CD3+ T細胞について選択することを含む、態様33～44のいずれか記載の方法。
46. T細胞について選択することが、CD4+ T細胞および／またはCD8+ T細胞について選択することを含む、態様33～45のいずれか記載の方法。
47. CD57-ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD57- T細胞について選択することによって得られる、態様35～46のいずれか記載の方法。
48. （a）CD57枯渇T細胞集団の細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されており；かつ／または
（b）方法が、CD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でTRACの発現をノックアウトする工程をさらに含む、
態様27～32、34、および36～47のいずれか記載の方法。
49. （a）プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されており；かつ／または
（b）方法が、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトする工程をさらに含む、態様26および28～47のいずれか記載の方法。
50. （a）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドが、CD57枯渇T細胞集団の細胞に導入され；かつ／または
（b）方法が、CD57枯渇T細胞集団の細胞に組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入する工程をさらに含み、
それにより方法が、操作T細胞組成物を生成する、
態様27～32、34、および36～48のいずれか記載の方法。
51. （a）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドが、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入され；かつ／または
（b）方法が、プールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞に組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入する工程をさらに含み、
それにより方法が、操作T細胞組成物を生成する、
態様26、28～47、および49のいずれか記載の方法。
52. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、同時に実行される、態様50または態様51記載の方法。
53. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、いずれかの順序で順次に実行される、態様50または態様51記載の方法。
54. 組み合わせることが、CD57枯渇T細胞集団の細胞がノックアウトされる前、および／または該細胞に異種核酸が導入される前に行われる、態様48～53のいずれか記載の方法。
55. 組み合わせることが、CD57枯渇T細胞の細胞がノックアウトされた後、および／または該細胞に異種核酸が導入された後に行われる、態様48～53のいずれか記載の方法。
56. （i）ドナー試料から、（a）CD3表面陽性（CD3+）、またはCD4表面陽性（CD4+）および／もしくはCD8表面陽性（CD8+）細胞、ならびに（b）CD57表面陰性（CD57-）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；
（ii）細胞の濃縮された集団から、（a）CD3+、またはCD4+および／もしくはCD8+細胞、ならびに（b）CD57-細胞のうち他方を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程；
（iii）CD57枯渇T細胞集団の細胞を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程；
（iv）刺激された細胞を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、
（1）刺激された細胞における、（a）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（b）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトすること；ならびに
（2）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、刺激された細胞に、任意で、TRACをコードする遺伝子の座位に導入すること
を含み；
（1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することを、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行することができる、工程；
（v）操作T細胞組成物を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程であって、任意で、増殖または拡大増殖を促進する条件下で細胞を培養することをさらに含む、工程；
（vi）複数の異なるドナーについて工程（i）～（v）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに
（vii）複数の異なるドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせる工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
57. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度が、ドナー試料中のCD57+ T細胞の頻度の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である、態様2～56のいずれか記載の方法。
58. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度が、ドナー試料中のCD57+ T細胞の頻度の約20％未満である、態様2～57のいずれか記載の方法。
59. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団が、約20％未満のCD57+ T細胞、約15％未満のCD57+ T細胞、約10％未満のCD57+ T細胞、約5％未満のCD57+ T細胞、約1％未満のCD57+ T細胞、または約0.1％未満のCD57+ T細胞を含む、態様2～58のいずれか記載の方法。
60. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団が、約5％未満のCD57+ T細胞を含む、態様2～59のいずれか記載の方法。
61. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団が、CD57+ T細胞を含まない、または本質的に含まない、態様2～60のいずれか記載の方法。
62. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞が、ドナー試料の細胞と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す、態様2～61のいずれか記載の方法。
63. 1種または複数種の分子が、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、CD27、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAを含む、態様62記載の方法。
64. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞が、ドナー試料の細胞と比較して、CD27および／またはKi67の発現において低いCVを示す、態様2～63のいずれか記載の方法。
65. （a）複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各々の操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからのドナー試料からのCD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を含み、該T細胞が、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む、工程；および
（b）複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
66. 複数の操作T細胞組成物の各々が、
（i）個別ドナーからのドナー試料から、CD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成すること；および
（ii）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD27濃縮T細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成すること
を含むプロセスによって生成される、態様65記載の方法。
67. 工程（ii）の前に、CD27濃縮T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程を含む、態様66記載の方法。
68. （iii）導入することに続いて、操作T細胞組成物の細胞を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程をさらに含む、態様66または態様67記載の方法。
69. インキュベートする工程の開始時の細胞数と比較して、細胞が拡大増殖されない、または実質的に拡大増殖されない条件下で、インキュベートする工程が実行される、態様68記載の方法。
70. （iii）操作T細胞組成物の細胞を、該組成物中のT細胞の拡大増殖のための条件下で培養する工程をさらに含む、態様66または態様67記載の方法。
71. CD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択することが、
（1）個別ドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27表面陽性（CD27+）細胞のうち一方を選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成すること；ならびに
（2）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27+細胞のうち他方について選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成すること
を含む、態様66～70のいずれか記載の方法。
72. T細胞マーカーがCD3である、態様71記載の方法。
73. T細胞マーカーがCD4である、態様71または態様72記載の方法。
74. T細胞マーカーがCD8である、態様71～73のいずれか記載の方法。
75. T細胞表面マーカーが、CD4およびCD8である、態様71～74のいずれか記載の方法。
76. 前記方法の1つまたは複数の工程の前または途中に、CD27濃縮集団および／または操作T細胞組成物のT細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトする工程をさらに含む、態様65～75のいずれか記載の方法。
77. 複数の操作T細胞組成物のT細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されている、態様65～76のいずれか記載の方法。
78. （a）個別ドナーからのドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程；
（b）CD27濃縮T細胞集団を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、
（1）CD27濃縮T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトすること；ならびに
（2）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD27濃縮T細胞集団の細胞に導入することであって、任意で異種核酸が、内在性MHCもしくはその構成成分および／または内在性TCRもしくはその構成成分をコードする遺伝子の座位に挿入される、導入すること
を含み；
（1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することが、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行される、工程；
（c）複数の異なるドナーについて工程（a）および（b）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに
（d）複数の異なる個別ドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
79. 複数の異なるドナーの個別ドナーごとに繰り返される、態様65～78のいずれか記載の方法。
80. 組み合わせることの前に、複数の操作T細胞組成物の各々が、凍結保存され、かつ解凍されている、態様65～79のいずれか記載の方法。
81. CD27濃縮T細胞集団が、75％超もしくは約75％超のCD3+/CD27+細胞、80％超もしくは約80％超のCD3+/CD27+細胞、85％超もしくは約85％超のCD3+/CD27+細胞、90％超もしくは約90％超のCD3+/CD27+細胞、または95％超もしくは約95％超のCD3+/CD27+細胞を含む、態様65～80のいずれか記載の方法。
82. 複数の操作T細胞組成物の各々が、独立して、40％超もしくは約40％超のCD27+組み換え受容体+細胞、45％超もしくは約45％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、50％超もしくは約50％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、60％超もしくは約60％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、65％超もしくは約65％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、または70％超もしくは約70％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、任意で、40％超もしくは約40％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞、45％超もしくは約45％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞、50％超もしくは約50％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞、60％超もしくは約60％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞、65％超もしくは約65％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞、または70％超もしくは約70％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞を含む、態様65～81のいずれか記載の方法。
83. 複数の操作T細胞組成物の各々が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含む、態様65～82のいずれか記載の方法。
84. 複数の操作T細胞組成物の各々が、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様83記載の方法。
85. 複数の操作T細胞組成物の各々が、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様83または態様84記載の方法。
86. ノックアウトすることの前に、CD27濃縮T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程をさらに含む、態様76～85のいずれか記載の方法。
87. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、同時に実行される、態様76～86のいずれか記載の方法。
88. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、いずれかの順序で順次に実行される、態様76～86のいずれか記載の方法。
89. （i）複数の異なるドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27表面陽性（CD27+）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；ならびに
（ii）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27+ 細胞のうち他方を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
90. ドナー試料が、複数の異なるドナーからの細胞を含むプールされた試料であり、それによって前記方法が、プールされたCD27濃縮T細胞集団を産生する、態様89記載の方法。
91. ドナー試料が、個別ドナーからの試料であり、工程（a）および（b）が、複数の異なるドナーからのドナー試料ごとに別々に繰り返され、それによって前記方法が、個別ドナーごとにCD27濃縮T細胞集団を産生する、態様89記載の方法。
92. CD27濃縮T細胞集団を個別ドナーごとに一緒に組み合わせて、プールされたCD27濃縮T細胞集団を産生する工程をさらに含む、態様91記載の方法。
93. T細胞マーカーがCD3である、態様89～92のいずれか記載の方法。
94. T細胞マーカーがCD4である、態様89～93のいずれか記載の方法。
95. T細胞マーカーがCD8である、態様89～94のいずれか記載の方法。
96. T細胞表面マーカーが、CD4およびCD8である、態様89～95のいずれか記載の方法。
97. ドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）であるT細胞について選択し、それにより、プールされたCD27濃縮T細胞集団を生成する工程を含み、ドナー試料が、複数の異なるドナーからのヒトT細胞が濃縮された、プールされた細胞集団である、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
98. （a）ドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）であるT細胞について選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程であって、ドナー試料が個別ドナーからのヒトT細胞について濃縮される、工程；
（b）複数の異なる個別ドナーについて工程（a）を繰り返す工程；および
（c）個別ドナーの各々からのCD27濃縮T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD27濃縮T細胞集団を生成する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
99. ドナー試料からT細胞について選択し、それにより、プールされたCD27濃縮T細胞集団を生成する工程を含み、ドナー試料が、複数の異なるドナーからCD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮された、プールされた細胞集団である、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
100. （a）ドナー試料からのT細胞について選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程であって、試料が、個別ドナーからのCD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞ついて濃縮される、工程；
（b）複数の異なるドナーについて工程（a）を繰り返す工程；および
（c）個別ドナーの各々からのCD27濃縮T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD27濃縮T細胞集団を生成する工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
101. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD3+ T細胞について選択することによって得られる、態様97～100のいずれか記載の方法。
102. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD4+ T細胞および／またはCD8+ T細胞について選択することによって得られる、態様97～101のいずれか記載の方法。
103. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、85％超または約85％超のCD3+ T細胞を含む、態様97～102のいずれか記載の方法。
104. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、90％超または約90％超のCD3+ T細胞を含む、態様97～103のいずれか記載の方法。
105. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、95％超または約95％超のCD3+ T細胞を含む、態様97～104のいずれか記載の方法。
106. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含む、態様97～105のいずれか記載の方法。
107. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様106記載の方法。
108. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様106または態様107記載の方法。
109. T細胞について選択することが、CD3+ T細胞について選択することを含む、態様97～108のいずれか記載の方法。
110. T細胞について選択することが、CD4+および／またはCD8+ T細胞について選択することを含む、態様97～109のいずれか記載の方法。
111. CD27+ ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD27+ T細胞について選択することによって得られる、態様97～110のいずれか記載の方法。
112. （a）CD27濃縮T細胞集団の細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されており；かつ／または
（b）方法が、CD27濃縮T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でTRACの発現をノックアウトする工程をさらに含む、
態様91～96、98、および100～111のいずれか記載の方法。
113. （a）プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されており；かつ／または
（b）方法が、プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトする工程をさらに含む、
態様90および92～111のいずれか記載の方法。
114. （a）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドが、CD27濃縮T細胞集団の細胞に導入され；かつ／または
（b）方法が、CD27濃縮T細胞集団の細胞に、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入する工程をさらに含み、それにより方法が、操作T細胞組成物を生成する、
態様91～96、98、および100～112のいずれか記載の方法。
115. （a）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドが、プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞に導入され；かつ／または
（b）方法が、プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞に、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入する工程をさらに含み、
それにより方法が、操作T細胞組成物を生成する、
態様90、92～111、および113のいずれか記載の方法。
116. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、同時に実行される、態様114または態様115記載の方法。
117. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、いずれかの順序で順次に実行される、態様114または態様115記載の方法。
118. 組み合わせることが、CD27濃縮T細胞集団の細胞がノックアウトされる前および／または該細胞に異種核酸が導入される前に行われる、態様112～117のいずれか記載の方法。
119. 組み合わせることが、CD27濃縮T細胞の細胞がノックアウトされた後および／または該細胞に異種核酸が導入された後に行われる、態様112～117のいずれか記載の方法。
120. （i）ドナー試料から、（a）CD3表面陽性（CD3+）、またはCD4表面陽性（CD4+）および／もしくはCD8表面陽性（CD8+）細胞、ならびに（b）CD27表面陽性（CD27+）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；
（ii）細胞の濃縮された集団から、（a）CD3+、またはCD4+および／もしくはCD8+細胞、ならびに（b）CD27+細胞のうち他方を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程；
（iii）CD27濃縮T細胞集団の細胞を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程；
（iv）刺激された細胞を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、
（1）刺激された細胞における、（a）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（b）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトすること；ならびに
（2）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、刺激された細胞、任意で、TRACをコードする遺伝子の座位に導入すること
を含み；
（1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することを、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行することができる、工程；
（v）操作T細胞組成物を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程であって、任意で、増殖または拡大増殖を促進する条件下で細胞を培養することをさらに含む、工程；
（vi）複数の異なるドナーについて工程（i）～（v）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに
（vii）複数の異なるドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせる工程
を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
121. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度が、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である、態様66～120のいずれか記載の方法。
122. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度が、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約20％未満である、態様66～121のいずれか記載の方法。
123. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団が、約20％未満のCD27- T細胞、約15％未満のCD27- T細胞、約10％未満のCD27- T細胞、約5％未満のCD27- T細胞、約1％未満のCD27- T細胞、または約0.1％未満のCD27- T細胞を含む、態様66～122のいずれか記載の方法。
124. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団が、約5％未満のCD27- T細胞を含む、態様66～123のいずれか記載の方法。
125. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団が、CD27- T細胞を含まない、または本質的に含まない、態様66～124のいずれか記載の方法。
126. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞が、ドナー試料の細胞と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す、態様66～125のいずれか記載の方法。
127. 1種または複数種の分子が、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、CD57、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAを含む、態様126記載の方法。
128. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞が、ドナー試料の細胞と比較して、CD57および／またはKi67の発現において低いCVを示す、態様66～127のいずれか記載の方法。
129. ドナー試料が、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物を含む、態様1～128のいずれか記載の方法。
130. 複数の異なるドナーが、少なくとも約2つもしくは約2つの異なるドナー、少なくとも約5つもしくは約5つの異なるドナー、少なくとも約10もしくは約10の異なるドナー、少なくとも約15もしくは約15の異なるドナー、少なくとも約20もしくは約20の異なるドナー、少なくとも約25もしくは約25の異なるドナー、少なくとも約50もしくは約50の異なるドナー、または少なくとも約100もしくは約100の異なるドナー、または前記のいずれかの間の任意範囲を含む、態様1～129のいずれか記載の方法。
131. 複数の異なるドナーが、5つ～25のドナーを含む、態様1～130のいずれか記載の方法。
132. 複数の異なるドナーが、100％未満のヒト白血球抗原（HLA）がマッチする、約90％未満のHLAがマッチする、約80％未満のHLAがマッチする、約70％未満のHLAがマッチする、約60％未満のHLAがマッチする、または約50％未満のHLAがマッチする、2つ以上のドナーを含む、態様1～131のいずれか記載の方法。
133. 複数の異なるドナーが、100％のHLAがマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む、態様1～132のいずれか記載の方法。
134. ドナー試料が個別ドナーから得られた時点で、該個別ドナーが健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない、態様1～24、27～34、36～88、91～98、および100～133のいずれか記載の方法。
135. ドナー試料が個別ドナーから得られた時点で、個別ドナーが疾患または状態を有する、態様1～24、27～34、36～88、91～98、および100～133のいずれか記載の方法。
136. ドナー試料が少なくとも1つのドナーから得られた時点で、複数の異なるドナーが、健康な、または疾患もしくは状態を有する疑いがない、該少なくとも1つのドナーを含む、態様1～135のいずれか記載の方法。
137. ドナー試料が少なくとも1つのドナーから得られた時点で、複数の異なるドナーが、疾患または状態を有する該少なくとも1つのドナーを含む、態様1～136のいずれか記載の方法。
138. ドナー試料が異なるドナーの各々から得られた時点で、複数の異なるドナーのうちの各々のドナーが健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない、態様1～136のいずれか記載の方法。
139. 選択することが、免疫親和性に基づく選択を含む、態様2～64および66～138のいずれか記載の方法。
140. 免疫親和性に基づく選択が、T細胞を、CD57に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合していない細胞を回収し、それにより、負の選択をもたらすことを含む、態様139記載の方法。
141. 免疫親和性に基づく選択が、T細胞を、CD3、CD4、またはCD8に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、抗体に結合した細胞を回収し、それにより、正の選択をもたらすことを含む、態様139または態様140記載の方法。
142. 抗体が、固体表面に固定化されており、任意で、固体表面が磁性粒子である、態様140または態様141記載の方法。
143. 抗体が、アフィニティークロマトグラフィーマトリックスに固定化されている、またはそれに結び付いている、態様140または態様141記載の方法。
144. 抗体が、マトリックス上に固定化された結合試薬と可逆結合を形成することが可能な1種または複数種の結合パートナーをさらに含み、それによって、接触の途中に抗体がクロマトグラフィーマトリックスに可逆的に結合される、態様143記載の方法。
145. 結合試薬が、結合パートナーに可逆的に結合するストレプトアビジンムテインである、態様144記載の方法。
146. （a）方法が、CD57枯渇T細胞集団および／もしくはプールされたCD57枯渇T細胞集団を凍結保存する工程をさらに含み、任意で、CD57枯渇T細胞集団および／もしくはプールされたCD57枯渇T細胞集団が後続の工程の前に解凍され；かつ／または
（b）CD57枯渇T細胞集団および／もしくはプールされたCD57枯渇T細胞集団が、凍結保護物質と共に製剤化され、任意で、後続の工程の前に解凍される、
態様2～64および129～145のいずれか記載の方法。
147. （a）方法が、CD27濃縮T細胞集団および／もしくはプールされたCD27濃縮T細胞集団を凍結保存する工程をさらに含み、任意で、CD27濃縮T細胞集団および／もしくはプールされたCD27濃縮T細胞集団が、後続の工程の前に解凍され；かつ／または
（b）CD27濃縮T細胞集団および／もしくはプールされたCD27濃縮T細胞集団が、凍結保護物質と共に製剤化され、任意で、後続の工程の前に解凍される、
態様66～145のいずれか記載の方法。
148. 内在性MHCまたはその構成成分が、MHCクラスIタンパク質またはその構成成分を含む、態様12～24、48～64、76～88、および112～147のいずれか記載の方法。
149. 内在性MHCまたはその構成成分が、β2Mを含む、態様12～24、48～64、76～88、および112～148のいずれか記載の方法。
150. 内在性TCRまたはその構成成分が、TRACおよび／またはT細胞受容体ベータ定常部（TRBC）を含む、態様12～24、48～64、76～88、および112～149のいずれか記載の方法。
151. 内在性TCRもしくはその構成成分が、TRACを含む、態様12～24、48～64、76～88、および112～150のいずれか記載の方法。
152. ノックアウトすることが、細胞に、内在性β2M遺伝子および／または内在性TRAC遺伝子によってコードされる、またはそれを破壊する産物の発現を低減する作用物質を導入することを含む、態様12～24、48～64、76～88、および112～151のいずれか記載の方法。
153. ノックアウトすることが、細胞に、β2Mおよび／またはTRACの発現および／または活性を低減する作用物質を導入することを含む、態様12～24、48～64、76～88、および112～152のいずれか記載の方法。
154. ノックアウトすることが、細胞にジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TAL-エフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、またはCRISPR-Cas9の組み合わせを導入することを含む、態様12～24、48～64、76～88、および112～153のいずれか記載の方法。
155. 組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、態様24～49、57～64、および129～146のいずれか記載の細胞に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程をさらに含む、CD57枯渇T細胞集団を遺伝子操作する方法。
156. 遺伝子操作することが、細胞を選択する工程のうち1つまたは複数の前に行われる、態様2～24、50～64、および121～155のいずれか記載の方法。
157. 操作されたT細胞のCD57+ T細胞が枯渇されない方法と比較して、操作されたT細胞が、組み換え受容体の発現において低いCVを示す、態様1～24、50～64、および121～156のいずれか記載の方法。
158. 組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、態様88～113、121～145、および147のいずれか記載の細胞に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程をさらに含む、CD27濃縮T細胞集団を遺伝子操作する方法。
159. 遺伝子操作することが、細胞を選択する1つまたは複数の工程の前に行われる、態様66～88および114～158のいずれか記載の方法。
160. 操作されたT細胞のCD27- T細胞が枯渇されない方法と比較して、操作されたT細胞が、組み換え受容体の発現において低いCVを示す、態様65～88、114～154、158、および159のいずれか記載の方法。
161. 導入する工程が、異種ポリヌクレオチドを含むウイルスベクターによる異種ポリヌクレオチドの標的指向性挿入を含む、態様2～24、50～64、および66～160のいずれか記載の方法。
162. ウイルスベクターがアデノ随伴ウイルス（AAV）ベクターである、態様161記載の方法。
163. 異種ポリヌクレオチドが、β2M遺伝子またはTRAC遺伝子の遺伝子座に挿入される、態様2～24、50～64、および66～162のいずれか記載の方法。
164. 異種ポリヌクレオチドが、TRAC遺伝子の遺伝子座に挿入される、態様2～24および50～95のいずれか記載の方法。
165. 導入することに続いて、操作された細胞を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程をさらに含む、態様2、3、6～24、50～55、57～64、66、67、70～88、114～119、および121～164のいずれか記載の方法。
166. 導入する工程に続いて、インキュベートする工程が、最大72時間実行される、態様56、120、または165記載の方法。
167. 導入する工程に続いて、インキュベートする工程が、最大48時間実行される、態様56、120、または165記載の方法。
168. 導入する工程に続いて、インキュベートする工程が、最大24時間実行される、態様56、120、または165記載の方法。
169. インキュベートする工程が、結果として、CD57枯渇T細胞および／またはプールされたCD57枯渇T細胞のゲノムへのウイルスベクターの組み込みを生じる、態様4～13、56～64、121～154、および165～168のいずれか記載の方法。
170. インキュベートする工程が、結果として、CD27濃縮T細胞および／またはプールされたCD27濃縮T細胞のゲノムへのウイルスベクターの組み込みを生じる、態様68～77、120～154、および165～169のいずれか記載の方法。
171. 増殖または拡大増殖を促進する条件下で細胞を培養する工程をさらに含む、態様14～24、50～56、57～64、68～88、および121～171のいずれか記載の方法。
172. 培養する工程が、任意で、IL-2、IL-7およびIL-15の1種または複数種を含む、1種または複数種の組み換えサイトカインの存在下で実行される、態様171記載の方法。
173. 前記方法によって産生された細胞を採集または収集する工程をさらに含む、態様2～172のいずれか記載の方法。
174. 閾値数の細胞が方法によって産生された時点で、採集または収集する工程が実行される、態様173記載の方法。
175. 閾値数に達するまでの時間が、CD57+ T細胞を枯渇させる工程を含まない方法よりも短い、態様174記載の方法。
176. （a）前記方法が、採集もしくは収集された細胞を凍結保護物質の存在下で凍結保存のために製剤化する工程をさらに含み；かつ／または
（b）採集もしくは収集された細胞が、薬学的に許容される賦形剤の存在下で製剤化される、
態様173～175のいずれか記載の方法。
177. 組み換え受容体が、疾患または状態の細胞または組織に関連する、特異的である、および／または発現される、標的抗原に結合することが可能である、態様1～24、50～88、および114～176のいずれか記載の方法。
178. 疾患または状態が、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、態様177記載の方法。
179. 標的抗原が腫瘍抗原である、態様177または態様178記載の方法。
180. 標的抗原が、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9；CAIXまたはG250としても知られる）、がん精巣抗原、がん／精巣抗原1B（CTAG；NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られる）、がん胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られる）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、がん胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG；5T4としても知られる）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1；TYRP1またはgp75としても知られる）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2；ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしても知られる）、血管内皮細胞増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮細胞増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原またはユニバーサルタグに関連する抗原および／またはビオチン化分子および／またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子より選択される、態様177～179のいずれか記載の方法。
181. 組み換え受容体が、機能的非TCR抗原受容体もしくはTCR、またはそれらの抗原結合断片である、またはそれを含む、態様1～24、50～88、および114～180のいずれか記載の方法。
182. 組み換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、態様1～24、50～88、および114～181のいずれか記載の方法。
183. 組み換え受容体が、抗原結合ドメイン、スペーサーおよび／またはヒンジ領域を含む細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、共刺激シグナル伝達領域を含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含む、態様1～24、50～88、および114～182のいずれか記載の方法。
184. 細胞外ドメインが、scFvを含む抗原結合ドメインを含む、態様183記載の方法。
185. 細胞内シグナル伝達ドメインが、一次シグナル伝達ドメイン、T細胞において一次活性化シグナルを誘導することが可能なシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）構成成分のシグナル伝達ドメイン、および／または免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインである、またはそれらを含む、態様183または184記載の方法。
186. 細胞内シグナル伝達ドメインが、CD3鎖、任意でCD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインまたはそのシグナル伝達部分である、またはそれを含む、態様183～185のいずれか記載の方法。
187. 共刺激シグナル伝達領域が、CD28、4-1BBもしくはICOSの細胞内シグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む、態様183～186のいずれか記載の方法。
188. 前記方法によって産生されるT細胞が、疾患または状態を有する少なくとも1つの対象への投与のためのものであり、任意で、T細胞の少なくとも一部分が、該少なくとも1つの対象に対して同種である、態様1～187のいずれか記載の方法。
189. 疾患または状態が、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、態様188記載の方法。
190. 疾患または状態が、腫瘍またはがんである、態様188または態様189記載の方法。
191. 前記方法によって産生されるT細胞が、1つまたは複数の単位用量として投与用に製剤化され、該細胞が、少なくとも約100単位用量の細胞、少なくとも約200単位用量の細胞、少なくとも約300単位用量の細胞、少なくとも約400単位用量の細胞、少なくとも約500単位用量の細胞、少なくとも約600単位用量、または少なくとも約1,000単位用量の細胞を含む、態様188～190のいずれか記載の方法。
192. 前記方法によって産生されるT細胞が、少なくとも2つの対象、少なくとも5つの対象、少なくとも10の対象、少なくとも25の対象、少なくとも50の対象、少なくとも100の対象、少なくとも200の対象、少なくとも500の対象、または少なくとも1,000の対象への投与のためのものである、態様188～191のいずれか記載の方法。
193. 単位用量が、約1000万個～7500万個／ミリリットルの細胞数／細胞濃度を含む、態様191または態様192のいずれか記載の方法。
194. 単位用量が、5.0×106～1×109、5.0×106～5.0×108、5.0×106～2.5×108、5.0×106～1.0×108、5.0×106～7.5×107、1×107～1×109、1×107～5.0×108、1×107～2.5×108、1×107～1.0×108、1.0×107～7.5×107、1.0×107～5.0×107、1.0×107～2.5×107、1.5×107～2.25×107、2.5×107～1.0×109、または2.5×107～7.5×108個、および約5.0×106～1×109、約5.0×106～5.0×108、約5.0×106～2.5×108、約5.0×106～1.0×108、約5.0×106～7.5×107、約1×107～1×109、約1×107～5.0×108、約1×107～2.5×108、約1×107～1.0×108、約1.0×107～7.5×107、約1.0×107～5.0×107、約1.0×107～2.5×107、約1.5×107～2.25×107、約2.5×107～1.0×109、または約2.5×107～7.5×108個、任意で、5.0×106～1×109、1.0×107～1.0×109、2.5×107～1×109、5.0×107～1.0×109、7.5×107～1.0×109、1.0×108～1.0×109、5.0×107～7.5×108、5×107～5.0×108、5×107～2.5×108、5.0×107～1.0×108、または5.0×107～7.5×107個の組み換え受容体発現細胞、および約5.0×106～1×109、約1.0×107～1.0×109、約2.5×107～1×109、約5.0×107～1.0×109、約7.5×107～1.0×109、約1.0×108～1.0×109、約5.0×107～7.5×108、約5×107～5.0×108、約5×107～2.5×108、約5.0×107～1.0×108、または約5.0×107～7.5×107個の組み換え受容体発現細胞を含む、態様191～193のいずれか記載の方法。
195. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞を、集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激し、それにより、刺激されたT細胞集団を生成する工程をさらに含む、態様2、4～21、23～55、57～64、および121～194のいずれか記載の方法。
197. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞を、集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激し、それにより、刺激されたT細胞集団を生成する工程をさらに含む、態様66、68～85、87～119、および121～194のいずれか記載の方法。
198. 刺激する条件が、刺激試薬の存在を含み、刺激試薬が、TCR複合体の1種または複数種の構成成分の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインおよび1種または複数種の共刺激分子の1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化することが可能である、態様3～13、22～24、56～64、67～77、86～88、および120～196記載の方法。
199. 刺激試薬が、（i）TCR複合体のメンバーに特異的に結合する、任意で、CD3に特異的に結合する一次作用物質、および（ii）T細胞共刺激分子に特異的に結合する二次作用物質であって、任意で、共刺激分子が、CD28、CD137（4-1-BB）、OX40またはICOSより選択される、二次作用物質を含む、態様198のいずれか記載の方法。
200. 一次および二次作用物質のうち少なくとも一方が、抗体またはその抗原結合断片を含む、態様199記載の方法。
201. 一次作用物質が、抗CD3抗体またはその抗原結合断片であり、二次作用物質が、抗CD28抗体またはその抗原結合断片である、態様199または態様200記載の方法。
202. 抗原結合性断片が、Fab断片、Fv断片、および単鎖Fv断片（scFv）からなる群より選択される一価抗体断片である、態様200または態様201記載の方法。
203. 一次作用物質および二次作用物質が、複数のストレプトアビジン分子またはストレプトアビジンムテイン分子を含むオリゴマー粒子試薬の表面に可逆的に結合される、態様199～202のいずれか記載の方法。
204. ストレプトアビジン分子またはストレプトアビジンムテイン分子が、ビオチン、アビジン、ビオチン類似体もしくはビオチンムテイン、アビジン類似体もしくはアビジンムテイン、および／またはそれらの生物学的に活性な断片に結合するまたは結合することが可能である、態様203記載の方法。
205. 一次作用物質が、抗CD3 Fabを含み、二次作用物質が、抗CD28 Fabを含む、態様199～204のいずれか記載の方法。
206. T細胞から刺激試薬を分離する工程をさらに含み、分離する工程が、T細胞を物質と接触させることを含み、該物質が、一次および二次作用物質とオリゴマー粒子試薬との結合を解消することが可能である、態様198～205のいずれか記載の方法。
207. 物質が、遊離の結合パートナーである、および／または競合作用物質である、態様206記載の方法。
208. 物質が、ストレプトアビジン結合ペプチド、ビオチンもしくはその生物学的に活性な断片、またはビオチン類似体もしくはその生物学的に活性な断片である、またはそれを含む、態様206または態様207記載の方法。
209. 物質が、ビオチンまたはビオチン類似体である、またはそれを含む、態様208記載の方法。
210. 刺激する条件が、1種または複数種の組み換えサイトカインの存在を含む、態様195～209のいずれか記載の方法。
211. 刺激する条件が、組み換えIL-2、IL-7およびIL-15のうち1種または複数種の存在を含む、態様195～210のいずれか記載の方法。
212. （a）方法が、凍結保護物質の存在下で刺激されたT細胞を凍結保存のために製剤化する工程をさらに含み；かつ／または
（b）刺激されたT細胞が、凍結保護物質の存在下で製剤化される、
態様195～244のいずれか記載の方法。
213. 態様1～212のいずれか記載の方法によって産生されたT細胞集団を含む組成物。
214. CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されたT細胞の集団を含む、ドナープールからのT細胞を含む組成物であって、該細胞の集団が、複数の異なるドナーからのものであり、複数の異なるドナーが、100％のヒト白血球抗原（HLA）がマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む、組成物。
215. T細胞が、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む、態様214記載の組成物。
216. 前記組成物中のCD57+ T細胞の頻度が、組成物中の総T細胞の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である、態様213～215のいずれか記載の組成物。
217. 前記組成物中のCD57+ T細胞の頻度が、組成物中の総T細胞の約20％未満である、態様213～216のいずれか記載の組成物。
218. 約20％未満のCD57+ T細胞、約15％未満のCD57+ T細胞、約10％未満のCD57+ T細胞、約5％未満のCD57+ T細胞、約1％未満のCD57+ T細胞、または約0.1％未満のCD57+ T細胞を含む、態様213～217のいずれか記載の組成物。
219. 約5％未満のCD57+ T細胞を含む、態様213～218のいずれか記載の組成物。
220. CD57+ T細胞を含まない、または本質的に含まない、態様213～219のいずれか記載の組成物。
221. 75％超または約75％超のCD3+/CD57-細胞を含む、態様213～220のいずれか記載の組成物。
222. 80％超または約80％超のCD3+/CD57-細胞を含む、態様213～220のいずれか記載の組成物。
223. 85％超または約85％超のCD3+/CD57-細胞を含む、態様213～220のいずれか記載の組成物。
224. 90％超または約90％超のCD3+/CD57-細胞を含む、態様213～220のいずれか記載の組成物。
225. 95％超または約95％超のCD3+/CD57-細胞を含む、態様213～220のいずれか記載の組成物。
226. 40％超または約40％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含む、態様213～225のいずれか記載の組成物。
227. 45％超または約45％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含む、態様213～225のいずれか記載の組成物。
228. 50％超または約50％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含む、態様213～225のいずれか記載の組成物。
229. 55％超または約55％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含む、態様213～225のいずれか記載の組成物。
230. 55％超または約55％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含む、態様213～225のいずれか記載の組成物。
231. 60％超または約60％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含む、態様213～225のいずれか記載の組成物。
232. 65％超または約65％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含む、態様213～225のいずれか記載の組成物。
233. 70％超または約70％超のCD3+/CD57-/組み換え受容体+細胞を含む、態様213～225のいずれか記載の組成物。
234. 複数の操作T細胞組成物の各々が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含む、態様213～233のいずれか記載の組成物。
235. 複数の操作T細胞組成物の各々が、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様234記載の組成物。
236. 複数の操作T細胞組成物の各々が、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様234記載の組成物。
237. 前記組成物の細胞が、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞集団と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す、態様213～236のいずれか記載の組成物。
238. 前記組成物の細胞の変動係数（CV）が、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い、態様237記載の組成物。
239. 1種または複数種の分子が、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、CD27、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAを含む、態様237または態様238記載の組成物。
240. 前記組成物の細胞が、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞集団と比較して、CD27および／またはKi67の発現において低い変動係数（CV）を示す、態様213～239のいずれか記載の組成物。
241. 前記組成物の細胞の変動係数（CV）が、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い、態様240記載の組成物。
242. CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されたT細胞集団を含む、ドナープールからのT細胞を含む組成物であって、該細胞集団が、複数の異なるドナーからのものであり、複数の異なるドナーが、100％のヒト白血球抗原（HLA）がマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む、組成物。
243. T細胞が、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む、態様242記載の組成物。
244. 前記組成物中のCD27- T細胞の頻度が、組成物中の総T細胞の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である、態様213、242、および243のいずれか記載の組成物。
245. 前記組成物中のCD27- T細胞の頻度が、組成物中の総T細胞の約20％未満である、態様213および242～244のいずれか記載の組成物。
246. 約20％未満のCD27- T細胞、約15％未満のCD27- T細胞、約10％未満のCD27- T細胞、約5％未満のCD27- T細胞、約1％未満のCD27- T細胞、または約0.1％未満のCD27- T細胞を含む、態様213および242～245のいずれか記載の組成物。
247. 約5％未満のCD27- T細胞を含む、態様213および242～246のいずれか記載の組成物。
248. CD27- T細胞を含まない、または本質的に含まない、態様213および242～247のいずれか記載の組成物。
249. 75％超もしくは約75％超のCD3+/CD27+細胞を含む、態様213および242～248のいずれか記載の組成物。
250. 80％超または約80％超のCD3+/CD27+細胞を含む、態様213および242～248のいずれか記載の組成物。
251. 85％超または約85％超のCD3+/CD27+細胞を含む、態様213および242～248のいずれか記載の組成物。
252. 90％超または約90％超のCD3+/CD27+細胞を含む、態様213および242～248のいずれか記載の組成物。
253. 95％超または約95％超のCD3+/CD27+細胞を含む、態様213および242～248のいずれか記載の組成物。
254. 40％超または約40％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞を含む、態様213および242～253のいずれか記載の組成物。
255. 45％超または約45％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞を含む、態様213および242～253のいずれか記載の組成物。
256. 50％超または約50％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞を含む、態様213および242～253のいずれか記載の組成物。
257. 55％超または約55％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞を含む、態様213および242～253のいずれか記載の組成物。
258. 55％超または約55％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞を含む、態様213および242～253のいずれか記載の組成物。
259. 60％超または約60％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞を含む、態様213および242～253のいずれか記載の組成物。
260. 65％超または約65％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞を含む、態様213および242～253のいずれか記載の組成物。
261. 70％超または約70％超のCD3+/CD27+/組み換え受容体+細胞を含む、態様213および242～253のいずれか記載の組成物。
262. 複数の操作T細胞組成物の各々が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含む、態様213および242～261のいずれか記載の組成物。
263. 複数の操作T細胞組成物の各々が、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様262記載の組成物。
264. 複数の操作T細胞組成物の各々が、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、態様262記載の組成物。
265. 前記組成物の細胞が、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞集団と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示す、態様213および242～264のいずれか記載の組成物。
266. 前記組成物の細胞の変動係数（CV）が、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い、態様265記載の組成物。
267. 1種または複数種の分子が、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAを含む、態様265または態様266記載の組成物。
268. 前記組成物の細胞が、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞集団と比較して、Ki67の発現において低い変動係数（CV）を示す、態様213および242～267のいずれか記載の組成物。
269. 前記組成物の細胞の変動係数（CV）が、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い、態様268記載の組成物。
270. 複数の異なるドナーが、少なくとも約2つもしくは約2つの異なるドナー、少なくとも約5つもしくは約5つの異なるドナー、少なくとも約10もしくは約10の異なるドナー、少なくとも約15もしくは約15の異なるドナー、少なくとも約20もしくは約20の異なるドナー、少なくとも約25もしくは約25の異なるドナー、少なくとも約50もしくは約50の異なるドナー、または少なくとも約100もしくは約100の異なるドナーを含む、態様214～269のいずれか記載の組成物。
271. 複数の異なるドナーが、25未満または約25未満のドナーを含む、態様214～270のいずれか記載の組成物。
272. 複数の異なるドナーが、100％未満のヒト白血球抗原（HLA）がマッチする、約90％未満のHLAがマッチする、約80％未満のHLAがマッチする、約70％未満のHLAがマッチする、約60％未満のHLAがマッチする、または約50％未満のHLAがマッチする、2つ以上のドナーを含む、態様214～271のいずれか記載の組成物。
273. 複数の異なるドナーが、100％のHLAがマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む、態様214～272のいずれか記載の組成物。
274. 細胞が少なくとも1つのドナーから得られた時点で、複数の異なるドナーが、健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない、該少なくとも1つのドナーを含む、態様214～273のいずれか記載の組成物。
275. 複数の異なるドナーが、細胞が少なくとも1つのドナーから得られた時点で疾患または状態を有する該少なくとも1つのドナーを含む、態様214～274のいずれか記載の組成物。
276. 細胞が異なるドナーの各々から得られた時点で、複数の異なるドナーのうちの各々のドナーが健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない、態様214～274のいずれか記載の組成物。
277. T細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウトされたT細胞を含む、態様214～276のいずれか記載の組成物。
278. 内在性MHCが、MHCクラスIタンパク質またはその構成成分を含む、態様277記載の組成物。
279. 内在性MHCが、ベータ-2-ミクログロブリン（β2M）を含む、態様277または態様278記載の組成物。
280. 内在性TCRまたはその構成成分が、T細胞受容体アルファ定常部（TRAC）および／またはT細胞受容体ベータ定常部（TRBC）を含む、態様277～279のいずれか記載の組成物。
281. 内在性TCRまたはその構成成分が、T細胞受容体アルファ定常部（TRAC）を含む、態様277～280のいずれか記載の組成物。
282. 異種ポリヌクレオチドが、β2M遺伝子またはTRAC遺伝子の遺伝子座に挿入されている、態様277～281のいずれか記載の組成物。
283. 異種ポリヌクレオチドが、TRAC遺伝子の遺伝子座に挿入されている、態様277～282のいずれか記載の組成物。
284. 凍結保護物質を含む、態様213～283のいずれか記載の組成物。
285. 薬学的に許容される賦形剤を含む、態様213～284のいずれか記載の組成物。
286. 組み換え受容体が、疾患または状態の細胞または組織に関連する、特異的である、および／または発現される標的抗原に結合することが可能である、態様214～241および243～285のいずれか記載の組成物。
287. 疾患または状態が、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、態様286記載の組成物。
288. 標的抗原が腫瘍抗原である、態様286または態様287記載の組成物。
289. 標的抗原が、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9；CAIXまたはG250としても知られる）、がん精巣抗原、がん／精巣抗原1B（CTAG；NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られる）、がん胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られる）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、がん胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG；5T4としても知られる）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1；TYRP1またはgp75としても知られる）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2；ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしても知られる）、血管内皮細胞増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮細胞増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原またはユニバーサルタグに関連する抗原および／またはビオチン化分子および／またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子より選択される、態様286～288のいずれか記載の組成物。
290. 組み換え受容体が、機能的非TCR抗原受容体もしくはTCR、またはそれらの抗原結合断片である、またはそれを含む、態様214～241および243～289のいずれか記載の組成物。
291. 組み換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、態様214～241および243～290のいずれか記載の組成物。
292. 組み換え受容体が、抗原結合ドメイン、スペーサーおよび／またはヒンジ領域を含む細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、共刺激シグナル伝達領域を含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含む、態様214～241および243～291のいずれか記載の組成物。
293. 細胞外ドメインが、scFvを含む抗原結合ドメインを含む、態様292記載の組成物。
294. 細胞内シグナル伝達ドメインが、一次シグナル伝達ドメイン、T細胞において一次活性化シグナルを誘導することが可能なシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）構成成分のシグナル伝達ドメイン、および／または免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインである、またはそれらを含む、態様292または態様293記載の組成物。
295 細胞内シグナル伝達ドメインが、CD3鎖、任意でCD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインまたはそのシグナル伝達部分である、またはそれを含む、態様292～294のいずれか記載の組成物。
296. 共刺激シグナル伝達領域が、CD28、4-1BBもしくはICOSの細胞内シグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む、態様292～295のいずれか記載の組成物。
297. 疾患または状態を有する対象の処置のための、態様212～296のいずれか記載の組成物。
298. 疾患または状態が、がんまたは腫瘍である、態様297記載の組成物。
299. 前記組成物の細胞が、1つまたは複数の単位用量として投与用に製剤化されており、細胞が、少なくとも約100単位用量の細胞、少なくとも約200単位用量の細胞、少なくとも約300単位用量の細胞、少なくとも約400単位用量の細胞、少なくとも約500単位用量の細胞、少なくとも約600単位用量、または少なくとも約1,000単位用量の細胞を含む、態様212～298のいずれか記載の組成物。
300. 前記組成物の細胞が、少なくとも2つの対象、少なくとも5つの対象、少なくとも10の対象、少なくとも25の対象、少なくとも50の対象、少なくとも100の対象、少なくとも200の対象、少なくとも500の対象、または少なくとも1,000の対象への投与のためのものである、態様212～299のいずれか記載の組成物。
301. 単位用量が、約1000万～7500万個／ミリリットルの細胞を含む、態様299または態様300記載の組成物。
302. 単位用量が、5.0×106～1×109、5.0×106～5.0×108、5.0×106～2.5×108、5.0×106～1.0×108、5.0×106～7.5×107、1×107～1×109、1×107～5.0×108、1×107～2.5×108、1×107～1.0×108、1.0×107～7.5×107、1.0×107～5.0×107、1.0×107～2.5×107、1.5×107～2.25×107、2.5×107～1.0×109、または2.5×107～7.5×108個、および約5.0×106～1×109、約5.0×106～5.0×108、約5.0×106～2.5×108、約5.0×106～1.0×108、約5.0×106～7.5×107、約1×107～1×109、約1×107～5.0×108、約1×107～2.5×108、約1×107～1.0×108、約1.0×107～7.5×107、約1.0×107～5.0×107、約1.0×107～2.5×107、約1.5×107～2.25×107、約2.5×107～1.0×109、または約2.5×107～7.5×108個、任意で、5.0×106～1×109、1.0×107～1.0×109、2.5×107～1×109、5.0×107～1.0×109、7.5×107～1.0×109、1.0×108～1.0×109、5.0×107～7.5×108、5×107～5.0×108、5×107～2.5×108、5.0×107～1.0×108、または5.0×107～7.5×107個、および約5.0×106～1×109、約1.0×107～1.0×109、約2.5×107～1×109、約5.0×107～1.0×109、約7.5×107～1.0×109、約1.0×108～1.0×109、約5.0×107～7.5×108、約5×107～5.0×108、約5×107～2.5×108、約5.0×107～1.0×108、または約5.0×107～7.5×107個の組み換え受容体発現細胞を含む、態様299～301のいずれか記載の組成物。
303. 態様212～302のいずれか記載の組成物を含む容器。
304. 容器が、バッグ、任意でフリージングバッグであり、容器に組成物が、
15mL～150mL、20mL～100mL、20mL～80mL、20mL～60mL、20mL～40mL、40mL～100mL、40mL～80mL、40mL～60mL、60mL～100mL、60mL～80mL、もしくは80mL～100mL、または約15mL～150mL、約20mL～100mL、約20mL～80mL、約20mL～60mL、約20mL～40mL、約40mL～100mL、約40mL～80mL、約40mL～60mL、約60mL～100mL、約60mL～80mL、もしくは約80mL～100mL（両端の値を含む）；または
少なくとも15mLもしくは少なくとも約15mL、少なくとも20mLもしくは少なくとも約20mL、少なくとも30mLもしくは少なくとも約30mL、少なくとも40mLもしくは少なくとも約40mL、少なくとも50mLもしくは少なくとも約50mL、少なくとも60mLもしくは少なくとも約60mL、少なくとも70mLもしくは少なくとも約70mL、少なくとも80mLもしくは少なくとも約80mL、または少なくとも90mLもしくは少なくとも約90mL；および／または
100mL以下
である体積まで充填されている、態様303記載の容器。
305. 容器に組成物が、
0.1cm-1～100cm-1；1cm-1～50cm-1、1cm-1～20cm-1、1cm-1～10cm-1、1cm-1～7cm-1、1cm-1～6cm-1、1cm-1～3cm-1、1cm-1～2cm-1、2cm-1～20cm-1、2cm-1～10cm-1、2cm-1～7cm-1、2cm-1～6cm-1、2cm-1～3cm-1、3cm-1～20cm-1、3cm-1～10cm-1、3cm-1～7cm-1、3cm-1～6cm-1、6cm-1～20cm-1、6cm-1～10cm-1、6cm-1～7cm-1、7cm-1～20cm-1、7cm-1～10cm-1、もしくは7cm-1～20cm-1、または約0.1cm-1～100cm-1；約1cm-1～50cm-1、約1cm-1～20cm-1、約1cm-1～10cm-1、約1cm-1～7cm-1、約1cm-1～6cm-1、約1cm-1～3cm-1、約1cm-1～2cm-1、約2cm-1～20cm-1、約2cm-1～10cm-1、約2cm-1～7cm-1、約2cm-1～6cm-1、約2cm-1～3cm-1、約3cm-1～20cm-1、約3cm-1～10cm-1、約3cm-1～7cm-1、約3cm-1～6cm-1、約6cm-1～20cm-1、約6cm-1～10cm-1、約6cm-1～7cm-1、約7cm-1～20cm-1、約7cm-1～10cm-1、もしくは約7cm-1～20cm-1（両端の値を含む）である；または
3cm-1、4cm-1、5cm-1、6cm-1、7cm-1、10cm-1、15cm-1、もしくは20cm-1である、約3cm-1、4cm-1、5cm-1、6cm-1、7cm-1、10cm-1、15cm-1、もしくは20cm-1である、または少なくとも3cm-1、4cm-1、5cm-1、6cm-1、7cm-1、10cm-1、15cm-1、もしくは20cm-1である、表面積対体積比まで充填されている、態様303または態様304記載の容器。
306. 態様212～302のいずれか記載の組成物を、疾患または状態を有するまたは有する疑いがある対象に投与する工程を含む、処置の方法であって、組成物のT細胞が、対象に由来しない、方法。
307. 態様212～302のいずれか記載の組成物を、疾患または状態を有するまたは有する疑いがある対象に投与する工程を含む、処置の方法であって、組成物のT細胞の少なくとも一部分が、対象に由来しない、方法。
308. 前記組成物のT細胞の100％未満が、対象のT細胞とHLAが同一である、態様306または態様307記載の方法。
309. 疾患または状態が、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、態様306～308のいずれか記載の方法。
310. 疾患または状態が、がんである、態様306～309のいずれか記載の方法。
311. 疾患または状態を有するまたは有する疑いがある対象における疾患または障害を処置するための医薬の製造のための、態様212～302のいずれか記載の組成物の使用であって、組成物のT細胞が、対象に由来しない、またはT細胞の少なくとも一部分が対象に由来しない、使用。
312. 疾患または状態が、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、態様311記載の使用。
313. 疾患または状態が、がんまたは腫瘍である、態様311または態様312記載の使用。
314. 疾患または状態を有するまたは有する疑いがある対象における疾患または障害を処置することに使用するための組成物であって、組成物のT細胞が対象に由来しない、またはT細胞の少なくとも一部分が対象に由来しない、態様112～302のいずれか記載の組成物。
315. 疾患または状態が、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患または腫瘍もしくはがんである、態様314記載の使用のための組成物。
316. 疾患または状態が、がんまたは腫瘍である、態様314または態様315記載の使用のための組成物。
IX. 実施例
以下の実施例は、例証を目的としてのみ含まれるものであって、本発明の範囲を限定することは意図されていない。
実施例1：T細胞を操作するためのプロセス中の、異なるドナーに由来する細胞集団の間のT細胞の拡大増殖、細胞生存率および細胞周期進入の変動性の評価
7人の異なる例示的なドナー（ドナーA～G）からCD8+ T細胞を得て、刺激、CAR構築物をコードするレンチウイルスベクターでの形質導入、および拡大増殖のための培養を伴う製造プロセスによってキメラ抗原受容体（CAR）を発現するように操作するか、または刺激および培養のための類似のプロセスに供した。刺激および培養された細胞における細胞の拡大増殖、細胞生存率および細胞周期進入を評価した。
操作された細胞組成物を生成するために、ヒトドナー白血球アフェレーシス試料から免疫親和性に基づく濃縮によってCD8+細胞を単離し、凍結保存した。その後、凍結保存した細胞組成物を融解し、抗CD3／抗CD28抗体コンジュゲート常磁性ビーズおよび組み換えサイトカイン（例えば、IL-2、IL-7およびIL-15）の存在下の刺激条件下で細胞をおよそ24時間インキュベートすることによって刺激した。次いで、4人のドナー（ドナーD～G）由来の細胞を、キメラ抗原受容体（CAR）をコードする核酸を含有するウイルス調製物で形質導入した。形質導入後、細胞を、セ氏37度のインキュベーター内、組み換えサイトカイン（例えば、IL-2、IL-7およびIL-15）の存在下で培養し、培地を毎日補充した。3人のドナー（ドナーA～C）由来の細胞は、形質導入に供さず、刺激後に組み換えサイトカインの存在下で培養した。
刺激の開始後およそ最大240時間総細胞数についてドナー細胞をモニタリングし、経時的な拡大増殖倍率を判定した。生存率を評価し、細胞を、細胞分裂の指標となるマーカー（Ki67）について染色し、刺激の開始後72時間目にフローサイトメトリーによって分析した。
図1A～1Dに示すように、異なるドナー由来のCD8+ T細胞間で、T細胞の拡大増殖（図1Aおよび1B）、細胞生存率（図1C）およびKi67の発現（細胞周期進入関連マーカー；図1D）の変動性を観察した。
実施例2：細胞製造中のドナー由来細胞の刺激後のCD57+集団およびCD57-集団の特性評価
CD57+細胞およびCD57-細胞の表現型を、キメラ抗原受容体（CAR）を発現するように細胞を操作するために例示的な細胞製造プロセス中に特性評価した。
3人の異なる例示的なドナー（ドナーA～C）由来のCD8+ T細胞およびCD4+ T細胞を、実施例1に記載したものと類似しているが細胞の形質導入のない例示的なプロセスに供した。刺激の開始直前と刺激の開始後およそ最大216時間の刺激中の様々な時点で、細胞の試料を収集した。フローサイトメトリーによる分析のために、活性化に関連するマーカー（CD25およびCD69）、増殖能に関連するマーカー（CD57）、細胞分裂に関連するマーカー（Ki67）、およびT細胞分化表現型（例えば、ナイーブ様T細胞、エフェクターT（TEFF）細胞、メモリーT細胞、セントラルメモリーT細胞（TCM）、エフェクターメモリーT（TEM）細胞、エフェクターメモリーRA T（TEMRA）細胞）に関連する様々な表面マーカーを含む様々なマーカーについて細胞を染色した。階層クラスタリング分析を実施して、CD57発現、Ki67発現およびT細胞分化表現型の間の関連性を評価した。
図2A～2Cに示すように、刺激の開始時にドナー細胞集団中にCD57+ T細胞が存在しており、CD57+細胞の割合は、刺激および培養の間に集団中で低下した（図2Aおよび2Bを参照のこと）。CD57+ T細胞の頻度は、刺激開始のおよそ48時間後に減少し、それは、一般に、T細胞の拡大増殖および生存率の増加と同時に起こった。刺激後、Ki67の発現に基づき、CD8+ T細胞の一部だけが細胞周期に進入した。Ki-67の発現は、刺激後、CD57+細胞間で実質的に増加しなかった。比較して、Ki67+細胞の割合は、CD57-細胞間で実質的に増加した（図2Aおよび2Cを参照のこと）。CD8+細胞区画と対照的に、CD4+細胞間で、刺激の開始時にCD57+細胞が低レベルで存在しており、CD57+細胞の割合は、刺激および培養プロセスの終わりに近づくにつれて増加した（図2D）。この結果は、CD8+細胞区画がCD4+細胞区画よりも均質であり得るという観察と一致する。
注目すべきことに、ドナー由来の組成物は、例示的な採取用閾値細胞数（採取基準）に達するのに必要な時間に変動があることを示し、これは、様々な免疫表現型マーカーの発現の変動に対応した。あるドナー由来の組成物は、採取基準に達するのに7日の培養時間しか必要なかった。対照的に、別のドナー由来の組成物は、採取基準に達するのに8日の培養時間を要した。2つのドナー組成物間のCD57発現、Ki67発現、CD45RA発現およびCD27発現の分析（フローサイトメトリーによって判定したところ）を図2Eおよび2Fに示す。刺激直前の時間を表す時点t=0から開始して発現を分析した。図2Eに示すように、すべての評価時点で、採取基準に達するのに7日（「採取まで7日」、上段に示す）を要したドナー細胞組成物と比較して、採取基準に達するのに8日（「採取まで8日」、下段に示す）を要したドナー細胞組成物において実質的により高いCD57発現が観察された。図2Fに示すように、評価されたすべての時点で、7日を要する組成物由来の細胞は、8日を要する組成物由来の細胞と比較して、CD27+CD45RA+の頻度がより高いことを示した。8日を要する組成物由来の細胞は、すべての評価時点でCD27+細胞の頻度が実質的に低いことを示した。これらの観察は、出発材料中のCD27+細胞がより高頻度であることを示す細胞組成物が、培養プロセスの終了時にそのような細胞がより良好な拡大増殖およびより高頻度であることを示すという知見と一致する。
図3Aに示すように、CD57+ T細胞は、刺激後、活性化の指標となるマーカー（CD69およびCD25）を発現することが観察された。CD57+細胞は、活性化に関連する表現型を示し、早期のプロセス段階を通して持続した。階層クラスタリング分析は、CD57+およびKi67- T細胞が、CD57-およびKi67+細胞（図3C）と比較して、より分化したエフェクター細胞集団に関連する表現型特性を呈した（図3B）ことを示した。Ki67+集団は主に、CD27+CD28+であった細胞を含み、Ki67-集団は、CD57+細胞が濃縮されており、CD27-CD28-表現型に対応した。
結果は、CD57+ T細胞が、刺激可能でありながら、より最終分化した細胞および低減した増殖能に関連する表現型を示したという観察と一致した。いくつかの局面では、CD27+ T細胞は、CAR T細胞製造プロセス中の拡大増殖される細胞の大部分に寄与することが観察された。比較して、CD57+ T細胞は、拡大増殖せず、最後の製造されたCAR T細胞組成物中の細胞に対する寄与は小さかった。いくつかの局面では、低減した増殖能を示し得る細胞集団中のCD57+細胞の存在は、T細胞製造プロセスを受けている細胞集団の変動および不均質性に寄与し得る。
実施例3：ドナーのインプット組成物中のCD57+細胞の頻度ならびに細胞の拡大増殖、生存率、刺激試薬およびサイトカインに対する効果
ドナーが一致したCD57+細胞およびCD57-細胞を含有するインプット組成物を特定の比で混合し、例示的な製造プロセスに供した。細胞組成物の細胞の拡大増殖および生存率を評価した。
ドナー対象から得られたCD8+ T細胞の組成物から、免疫親和性に基づく濃縮によるCD57+細胞の陽性選択によって、CD57+CD8+ T細胞およびCD57-CD8+ T細胞を単離した。単離した集団の純度をフローサイトメトリーによって判定した。製造プロセスに対するCD57+ T細胞の異なる頻度の影響を評価するために、刺激する前に、単離したCD57+集団とCD57-集団を混合することによってCD57+細胞を以下の頻度で含有するインプット組成物を生成した：（1）CD57+細胞を100％；（2）CD57+細胞を75％；（3）CD57+細胞を25％；および（4）CD57+細胞を0％。異なる漸増インプット組成物を、抗CD3／抗CD28抗体コンジュゲートビーズおよび組換えサイトカインとのインキュベーションによる刺激ならびにCARをコードする核酸を含有するウイルス調製物での形質導入を含む、実施例1に記載したものと類似した例示的なCAR発現細胞用製造プロセスに供した。刺激の開始後およそ最大288時間総細胞数および生存率について細胞を経時的にモニタリングした。刺激の開始後48時間目に細胞培養プレートのウェルの画像を得て、刺激試薬の存在下で細胞クラスタリングについて評価した。培養培地中のIL-2の濃度を、刺激の開始後24時間目および48時間目に評価した。
図4Aに示すように、CD57+細胞をより高頻度で含有するインプット組成物は、CD57+細胞をより低い頻度で含有するインプット組成物と比較して、より遅い細胞拡大増殖を示し、例示的な採取用閾値細胞数（採取基準、左パネルに線で示す）に達するのにより長い培養時間を要し、より低い細胞生存率を示した。CD57+細胞を100％含有する組成物において非常に低い拡大増殖が観察されたか、拡大増殖は観察されなかった。一般に、インプット組成物中のCD57+細胞の頻度は、採取基準に達するのに必要な培養期間と関連することが観察された。図4Bに示すように、CD57+細胞をより高頻度で含有するインプット組成物はまた、刺激試薬（抗CD3／抗CD28抗体コンジュゲート常磁性ビーズ）の存在下で48時間目に細胞クラスターを形成し、このことは、細胞が刺激に対して応答性であったことを実証している。刺激の開始後24時間目および48時間目に、CD57+細胞をより低い頻度で含有するインプット組成物の培養物と比較して、培養培地中のIL-2の濃度が、CD57+細胞をより高頻度で含有するインプット組成物の培養物中でより低かったことが観察された（図4C）。
結果は、インプット組成物中のCD57+細胞の頻度が総細胞拡大増殖および細胞生存率に影響を及ぼし得るという観察と一致した。CD57+細胞がより高頻度であるインプット組成物は、採取基準に達するのにより長い培養時間を要した。いくつかの局面では、刺激試薬を使用して刺激および占有が可能であったCD57+細胞は、この培養条件中に存在するIL-2を消費し、培養物中の細胞数に寄与することが観察された。これは、CD57+細胞の存在が、製造プロセス中、集団中の他の細胞に影響を及ぼし得ることを示し、そのため、異なるドナーに由来する細胞集団においてCD57+細胞を枯渇させることは、異なるドナー由来の細胞集団内および細胞集団間で必要な培養時間を短縮し、かつそのばらつきを低減し得る。
実施例4： ドナー細胞組成物由来のCD57+細胞の枯渇および培養期間に対する効果
CD57+細胞が枯渇したインプット組成物を例示的な製造プロセスに供し、採取基準に達する前の細胞の表現型および培養期間を評価した。
4人の異なる対象からCD8+細胞を得て、それぞれ2つのアームに分けた。一方のアームでは、細胞組成物からCD57+細胞を枯渇させてインプット組成物（枯渇）を生成し、フローサイトメトリーによって純度を評価した。もう一方のアームでは、CD8+細胞を、CD57+細胞の枯渇のないインプット組成物（非枯渇）として使用した。枯渇インプット組成物および非枯渇インプット組成物を、抗CD3／抗CD28抗体コンジュゲートビーズおよび組換えサイトカインとのインキュベーションによる刺激、CARをコードする核酸を含有するウイルス調製物での形質導入ならびに拡大増殖の条件下での培養を含む、実施例1に記載したものと類似した例示的なウイルス形質導入によるCAR発現細胞用製造プロセスに供した。刺激の開始直前に、細胞組成物の試料をKi67、CD3、CD57、CD27およびCD28について染色した。枯渇培養物および非枯渇培養物の例示的な採取基準に達する期間を評価した。採取基準は、およそ10倍の細胞の拡大増殖を意味した。
図5Aに示すように、非枯渇インプット組成物は、様々な頻度のCD57細胞を示した。図5Bに示すように、CD27+ CD28+細胞の頻度は、非枯渇インプット組成物と比較して、枯渇インプット組成物間でより高かく、より一貫していた。4人の異なるドナーの非枯渇および枯渇インプット組成物間のCD27発現についてのフロープロットを図5Cに示す。図5Cの左パネルは、4人のドナーからの非枯渇試料由来のCD8+ T細胞が、様々なCD27発現度を呈したことを示す。対照的に、図5Cの右パネルに示すように、インプット組成物からのCD8+CD57+細胞の枯渇は、同様に一貫したCD27発現から明らかなように、ドナー全体にわたって出発材料の一貫性を改善した。まとめると、これらの結果は、出発ドナー白血球アフェレーシス試料中のナイーブ様細胞またはセントラルメモリー細胞の異なるドナー細胞集団内および集団間の変動を、CD57+細胞を枯渇させることによって改善することができることを実証する。
T細胞の増殖および成長のマーカーであるKi67の発現を、刺激の開始後72時間目に、ドナーインプット組成物中の総CD3+ T細胞間で評価した。図5Dに示すように、Ki67発現は、非枯渇ドナーインプット組成物と比較して、枯渇ドナーインプット組成物間でより高く、かつばらつきが少なかった。
図5Eに示すように、採取までの培養期間（刺激の開始から採取基準に達する時間まで）は、一般に、非枯渇ドナーインプット組成物と比較して、枯渇ドナーインプット組成物間でより短く、より一貫していた。1人の例示的なドナー由来の細胞の拡大増殖を、刺激後の様々な日の総T細胞によって評価して、図5Fに示す。結果から、刺激後の複数の時点で、非枯渇ドナーインプット組成物から拡大増殖された細胞の総数よりも枯渇ドナーインプット組成物から拡大増殖された細胞の総数が高いことが観察されたことが示される（図5F）。これらの知見は、枯渇ドナー集団が、分化細胞および総細胞の数がより多いことから、採取基準までの期間がより短いことを示し得るという観察と一致する。
枯渇ドナー細胞および非枯渇ドナー細胞を例示的なキメラ抗原受容体（CAR）で形質導入した後、CAR発現細胞の割合を評価した。図5Gに示すように、枯渇ドナー組成物間のCAR発現細胞の割合は、非枯渇ドナー組成物間の抗CD19 CAR発現細胞の割合よりも一貫していた。この結果は、CD57+細胞の枯渇が、異なるドナー由来のものを含む、T細胞によるCAR発現の一貫性を改善し得るという観察と一致する。
まとめると、結果は、CD57+細胞の選択された枯渇が、ドナー細胞集団の拡大増殖を改善し、採取基準に達するのに必要な培養期間を減少させたという観察と一致した。さらに、この知見は、CD57+細胞の枯渇が、異なるドナー由来の出発材料（例えば、CD27+細胞）間で細胞の表現型の変動を低下させ得ることを示す。いくつかの局面では、複数のドナー由来のインプット組成物間のCD57+ T細胞の存在および頻度の変動は、CAR T細胞製造プロセスに影響を及ぼし得、かつ、培養期間および細胞組成物の性質に変動をもたらし得る。いくつかの局面では、複数のドナー由来のインプット組成物中のCD57+ T細胞の枯渇は、プロセス制御および製造されたCAR T 細胞組成物の一貫性を改善することができる。
実施例5：非ホジキンリンパ腫（NHL）患者の末梢血中のCD57+CD8+ T細胞の頻度
非ホジキンリンパ腫（NHL）患者の末梢血由来の細胞を、CD57+発現およびT細胞分化表現型に関連する様々な表面マーカーについて評価した。
臨床試験中のNHL患者からの白血球アフェレーシス試料由来のCD4+細胞およびCD8+細胞の別個の組成物を、免疫親和性に基づく濃縮によって単離し、凍結保存した。その後、単離された各細胞組成物に由来する細胞を融解し、抗CD3／抗CD28抗体コンジュゲート常磁性ビーズおよび組換えサイトカイン（例えば、IL-2、IL-7およびIL-15）の存在下の刺激条件下で細胞を別々に48時間インキュベートすることによって刺激した。刺激の開始後48時間目に、フローサイトメトリーによる分析のために、系統（CD4およびCD8）、増殖能（CD57）、細胞分裂（Ki67）、およびT細胞分化表現型（例えば、ナイーブ様T細胞、エフェクターT（TEFF）細胞、メモリーT細胞、セントラルメモリーT（TCM）細胞）に関連するマーカーを含む様々なマーカーについて、細胞組成物由来の試料を染色した。階層クラスタリングを実施して、CD57+発現とT細胞分化表現型に関連する多様なマーカーとの間の関連性を評価した。
図6Aに示すように、インプット組成物中のCD57+細胞の頻度は、異なるNHL患者由来のCD8+細胞集団間で変動した。図6Bに示すように、刺激の開始後48時間目に、CD57+CD8+細胞の割合とKi67+細胞の割合との間に一般的な逆相関が観察された。図6Cに示すように、階層クラスタリングは、メモリーT細胞およびエフェクターT細胞分化表現型によって識別されたクラスターを示し、これらの表現型クラスターは、CD57+ T細胞の頻度が高いか低いかのいずれかで試料をさらにクラスタリングした。
異なるドナーインプット組成物由来のCD57+細胞の分析は、異なるT細胞分化免疫表現型を有する細胞間でKi67発現が変動したことを明らかにした。図6Dに示すように、Ki67を発現する生CD57+細胞の割合は、CD27-CD45RA+細胞において最も低く、CD27-CD45RA-細胞、CD27+CD45RA+およびCD27+CD45RA-細胞においてより高かった。
別個のCD4+およびCD8+ドナー細胞組成物をKi67、CD27、CD45RAおよびCD57の発現について分析した。図6Eに示すように、CD8+CD57+細胞の割合の大半はCD27-CD45RA+であり、このことは、これらのT細胞が最終分化エフェクターメモリーRA（TEMRA）T細胞であったことを示している。CD4+CD57+細胞のかなりの割合はCD27-CD45RA-であり、これらの細胞がエフェクターメモリー（EM）T細胞であることと一致する。これらの知見は、CD57+ T細胞が、様々な免疫表現型の分化したエフェクターT細胞であることを実証している。
結果は、NHL対象間の末梢循環中のCD57+ T細胞の頻度が様々であるという観察と一致した。異なるドナーから生成された細胞組成物の知見（先の実施例に記載されているとおり）と同様に、高いCD57発現は、低減した増殖能を有するより分化した細胞の指標となる表現型と関連することが観察された。
実施例6：倍加数および細胞分化と患者応答との関係性
CD19に特異的なキメラ抗原受容体（CAR）を発現する自家T細胞を含有する例示的な治療用T細胞組成物を生成した。抗CD19 CARは、ネズミ抗体に由来する抗CD19 scFv（FMC63に由来する可変領域）、免疫グロブリン由来スペーサー、CD28に由来する膜貫通ドメイン、4-1BBに由来する共刺激領域、およびCD3ゼータ細胞内シグナル伝達ドメインを含有した。
再発・難治性非ホジキンリンパ腫（NHL）を有する対象に投与するための細胞組成物を生成するために、対象から白血球アフェレーシスを介して自家細胞を単離した。白血球アフェレーシス試料を、CAR発現細胞の生成のためのプロセスに供した。プロセスは、自動洗浄を使用した細胞の洗浄とCD4+ T細胞およびCD8+ T細胞の精製のための免疫親和性に基づく選択を伴い、CD8+細胞が濃縮された組成物（中央値99％、四分位範囲（IQR）98～100％、細胞はCD8+であった）とCD4+細胞が濃縮された組成物（中央値99％、IQR 99～100％、細胞はCD4+であった）の2つを生じた。
濃縮されたCD4+組成物およびCD8+組成物の細胞を、抗CD3／抗CD28抗体コンジュゲート常磁性ビーズで活性化し、次いで、これらを別々に、4-1BB共刺激ドメインを有する抗CD19 CARをコードするベクターを用いたレンチウイルス形質導入に供した。CARは、ネズミ抗体に由来する抗CD19 scFv、免疫グロブリンスペーサー、CD28に由来する膜貫通ドメイン、4-1BBに由来する共刺激領域、およびCD3ゼータ細胞内シグナル伝達ドメインを含有した。次いで、形質導入された集団を別々に、細胞拡大増殖のために組換えIL-2およびIL-15サイトカイン（および追加でCD4+ T細胞組成物用に組換えIL-7）の存在下でインキュベートした。拡大増殖の条件下でのインキュベーションは、揺動運動バイオリアクター内で約4倍の拡大増殖の閾値に達するまで行った。拡大増殖されたCD8+細胞およびCD4+細胞を別々に製剤化および凍結保存し、投与の前に保存した。ロット間および／または異なる患者、例えば異なる患者属性を有する患者に由来する細胞組成物間の細胞健常性の指標となるパラメータにおける変動を最小限に抑えるために、細胞をロット全体で一定の体積に保った。細胞産物は、狭い範囲の生存細胞濃度を示した（一対象群についての細胞組成物の評価に基づく、CD8+：中央値31×106個の細胞/mL、IQR 28～40×106個の細胞/mL、N=38；CD4+：中央値35×106個の細胞/mL、IQR 31～40×106、N=36）。
生成されたT細胞組成物を、後述するように再発・難治性非ホジキンリンパ腫（NHL）を有する対象への投与に使用した。
A. 治療用T細胞組成物の例示的な属性
後述する再発・難治性非ホジキンリンパ腫（NHL）を有する対象への投与に使用する生成された治療用T細胞組成物を、フローサイトメトリーを使用してCCR7およびCD27について評価した。また、代理マーカーとして使用されるCD4および短縮型受容体の表面発現レベルも評価した。
生成された各治療用組成物について、また、生成された細胞組成物の倍加数を、アクリジンオレンジ（AO）およびヨウ化プロピジウム（PI）またはDAPIのいずれかを用いた二重蛍光染色によって、総有核細胞数（TNC）に基づき、次式を使用して決定した：
Figure 2023526278000003
図7は、治療用組成物の生産プロセスにおける倍加数とCD4+CAR+細胞のCD27+細胞の割合との間の相関関係を示す。CD8+ T細胞について類似の結果が観察された。結果は、一般に、治療用T細胞組成物を生成するためのプロセス中のより低い倍加数とCD27+細胞のレベルの増加が関連することを示す。理論に拘束されることを望まないが、結果は、操作されたT細胞の生産プロセスにおけるCD27+細胞の割合の増加が、プロセス中の限定された倍加によって影響され得るという観察と一致する。
上述したものと実質的に同じプロセスにおける拡大増殖工程中のプロセス内播種密度をモデリングした研究は、比較的高い播種密度（例えば、0.35×106個の細胞/mLまたはより大きい）が、より低い播種密度（例えば、0.05×106個の細胞/mLまたはより小さい）と比較して、採取基準に達する集団倍加数を低下させる見込みがあることを実証した（図8A）。モデリングは、比較的高い播種密度（図8B）またはより短いプロセス期間（図8C）がまた、より低い播種密度またはより長いプロセス期間と比較して、アウトプット治療用T細胞組成物（例えば、薬品）中のCD27に陽性のCD8+CAR+ T細胞の割合を増加させる見込みがあることも明らかにした。これらのデータは、拡大増殖工程の開始時の細胞のより高い播種密度またはより短いプロセス期間が、操作された治療用T細胞組成物中のセントラルメモリー細胞の割合の増加をもたらし得るという知見と一致する。
B. 抗CD19 CAR+ T細胞組成物の投与
上述した治療用CAR+ T細胞組成物を、臨床試験中の再発または難治性（R/R）侵攻型非ホジキンリンパ腫（NHL）を有する対象に投与した。具体的には、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）、デノボもしくはインドレントリンパ腫からの形質転換型（NOS）、高悪性度B細胞リンパ腫（ダブル／トリプルヒットを含む）、慢性リンパ性白血病（CLL）または辺縁帯リンパ腫（MZL）から形質転換したDLBCL、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫（PMBCL）および濾胞性リンパ腫グレード3b（FLG3B）を含めたR/R NHLの成人対象のコホートに、抗CD19 CAR発現T細胞組成物を投与した。フルコホート内の対象（不良パフォーマンスステータス（ECOG 2）、辺縁帯リンパ腫（MZL）および／または慢性リンパ性白血病（CLL、リヒター）から形質転換したDLBCLを有する対象を除く、かつ、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫（PMBCL）、および濾胞性リンパ腫グレード3b（FLG3B）を有する対象（コアコホート）を除く）のコアサブセットについて転帰を別々に評価した。コアコホートは、DLBCL、NOSおよび形質転換型濾胞性リンパ腫（tFL）または高悪性度B細胞リンパ腫（ダブル／トリプルヒット）またはDLBCL組織学を有するMYCとBCL2および／もしくはBCL6の再構成を伴う高悪性度B細胞リンパ腫（ダブル／トリプルヒット）を有しかつ米国東海岸癌臨床試験グループパフォーマンスステータス（ECOG PS）が0または1である対象を含めた。この実施例において提示された時点での分析は、抗CD19 CAR発現細胞が投与されたフルコホートの合計91人の対象の評価に基づいた（88人（コアコホートから65人）が応答について評価され、91人（コアコホートから67人）が安全性について評価された）。
抗CD19 CAR発現細胞を含有する凍結保存された細胞組成物を静脈内投与の前に融解した。およそ1：1の目標比で別々に投与される製剤化されたCD4+ CAR+細胞集団および製剤化されたCD8+ CAR+集団を投与することによって、治療用T細胞用量を規定の細胞組成物として投与した。対象に、以下のように、CAR発現T細胞の単回用量または二倍用量を投与した（各単回用量は、それぞれ、CD4+ CAR発現T細胞およびCD8+ CAR発現T細胞の別々の注入を介する）：5×107個の総CAR発現T細胞を含有する用量レベル1（DL1）の単回用量、または1×108個の総CAR発現T細胞を含有する用量レベル2（DL2）の単回用量。いくつかの場合において、対象に、各用量がおよそ14日空けて投与されるDL1の二倍用量を投与し、1日目および14日目に投与した（投薬過誤が原因で不注意にも2用量スケジュールにより2回のDL2用量を受けた1人の対象を含む）。DL1およびDL2で投与された組成物についての用量レベルおよびT細胞サブセットの目標数を表E1に示す。そのコアコホートにおいて、34人の対象にDL1を投与し、27人の対象にDL2を投与した。
（表Ｅ１）抗CD19 CAR T細胞を含有する細胞組成物についての目標用量レベルおよびT細胞サブセットの数
Figure 2023526278000004
表E2は、2つの用量レベルでのフルコホートおよびコアコホートについての全奏効および安全性転帰を示す。完全奏効（CR）を示した52％の対象を含め、客観的奏効率（ORR）は74％であった。任意のグレードのサイトカイン放出症候群（CRS）の発生率は35％で、1％が重度CRSであり；任意のグレードの神経毒性（NT）の発生率は19％で、1％が重度NTであった。
（表Ｅ２）CAR+細胞投与後の奏効および安全性
Figure 2023526278000005
a DL1D（用量レベル1、2用量スケジュール）で処置され、類似の転帰を有する4人の患者
b PD、死亡または28日間の再分類検査の事象を有する患者を含む。1人の患者については利用可能な再分類検査がなかった。
c 適合CAR発現細胞産物の少なくとも1用量をデータスナップショット日の28日前に受けたまたは死亡したすべての対象を含む。
C. 抗CD19 CAR発現T細胞の細胞属性と応答との間の関連性
治療用組成物中のCAR+ T細胞のある特定の表現型属性と臨床応答転帰に関連するパラメータとの間の関係性を評価した。組成物中のメモリー表現型と機能との間の相関関係を、セントラルメモリーサブセット組成と観察されたCAR+細胞のインビボ拡大増殖ピーク（ρ=0.42、P=0.002）および無増悪生存率（PFS)（カプランマイヤー生存推定値、P=0.0164）との間の正の相関関係に変換した。図9A～9Dは、CAR+ T細胞組成物を投与した対象についてのカプランマイヤー生存曲線を、CD4+ CAR+ T細胞間（無増悪生存率について図9A、応答期間について図9C）およびCD8+ CAR+ T細胞間（無増悪生存率について図9B、応答期間について図9D）である特定の閾値レベルを上回るまたは下回る頻度のCCR7+CD27+ CAR+ T細胞を含有する組成物が投与された群に分割して示す。組成物中のCCR7+CD27+メモリー細胞の頻度がより高いこととより長い無増悪生存率が相関していることが観察された。
単変量解析は、治療用T細胞組成物の生産プロセス中のT細胞集団倍加（PDL）と非ホジキンリンパ腫（NHL）患者における無増悪生存率（PFS）の確率との間の逆の相関関係を明らかにした。図10は、CD8+CAR+ T細胞中のPDLの数が「多い」（>6 PDL）または「少ない」（<6 PDL）患者の最適分割ログランク検定に基づいたPFS曲線を示す。この結果は、治療用T細胞組成物の生産プロセスにおけるT細胞の集団倍加数を制限し得る因子が、永続性のある無増悪生存率を示す対象の可能性を改善し得るという知見と一致する。
実施例7：治療用細胞組成物の生産プロセスにおける選択された（インプット）細胞組成物の特徴の評価
実施例6に記載のプロセスによって抗CD19 CARで操作する前に、再発・難治性非ホジキンリンパ腫（NHL）を有する対象から選択されたT細胞の表現型属性を評価した。複数の対象由来のヒト末梢血単核細胞（PBMC）の白血球アフェレーシスから免疫親和性に基づく濃縮によって、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を選択した。そのような選択されたT細胞の組成物（遺伝子操作する前、「操作前組成物」と称される）を、C-Cケモカイン受容体タイプ7（CCR7）、CD27およびCD45RAを含め、エフェクターメモリーまたはセントラルメモリー細胞サブタイプなどのある特定のT細胞サブタイプの指標となる細胞表面マーカーの発現について評価した。CD4またはCD8の表面発現も評価した。
濃縮されたCD4+組成物およびCD8+組成物（例えば、インプット組成物）の評価は、セントラルメモリーT細胞サブセット上に存在するようなナイーブ様マーカーに陽性のT細胞（例えば、CD27+CD28+ T細胞）の割合が、NHL患者間で大きく変動したことを明らかにした（図11）。これらのデータは、CAR+ T細胞治療用T細胞組成物を生成するために使用される選択された（インプット）T細胞組成物において、患者間でセントラルメモリーT細胞サブセットのT細胞不均質性が存在することを示す。
選択された（インプット）T細胞組成物を使用して、実質的に実施例6に記載したようにCD4+およびCD8+治療用T細胞組成物を生成した。また、実施例6に記載したように総有核細胞数（TNC）に基づき、生成された細胞組成物の倍加数も決定した。選択された（インプット）T細胞組成物中の細胞の表現型属性と治療用組成物の生産プロセスにおける倍加数との間の相関関係を判断した。図12に示すように、濃縮されたCD4+（インプット）組成物中のCD45RAおよびCCR7の陰性染色（CD45RA-CCR7-）によって特定されたエフェクターメモリーCD4+ T細胞の割合がより高いことと、治療用T細胞組成物の生産中の集団倍加数が正に相関した。類似の結果がCD8+ T細胞について観察された。
上記結果は、操作されたT細胞組成物の生産プロセスにおいて使用されるインプット組成物中のエフェクターメモリーT細胞の割合を低下させることおよび／またはナイーブ様もしくはセントラルメモリー細胞サブセットのマーカーに陽性のT細胞を濃縮することを含むアプローチを支持している。上記結果と一致して、そのようなアプローチは、患者間変動性を低下させる、操作された治療用T細胞組成物の生産プロセスにおける集団倍加数を減少させるおよび／または対象が永続性のあるPFSを示し得る可能性を増加させるなど、操作された治療用T細胞組成物の1つまたは複数の特徴を改善し得る。
実施例8：非拡大増殖および拡大増殖操作プロセスの動力学
ヒトT細胞（CD4+およびCD8+）を、キメラ抗原受容体（CAR）を用いて、拡大増殖のための培養工程を含まなかったプロセス（非拡大増殖コホート）および拡大増殖のための培養工程を含めたプロセス（拡大増殖コホート）を含む多様な製造プロセスによって操作した。様々なプロセスによる製造ラン中および製造ラン後に生産された細胞の合成解析を行った。操作されたT細胞組成物を生産するための製造ランは、実施例8に記載されるような大規模ランならびに後述するようなプロセスを含めた。製造ランはまた、製造ランと実質的に同じに行われたが細胞の操作プロセスにおいてより少数のT細胞を使用した縮小モデル（SDM）も含んだ。一般に、縮小製造ランは、表E3に記載のプロセスアクティビティを共有した。
分析されたプロセスでは、抗CD19 CARまたは抗BCMA CARのいずれかでT細胞を操作した。例示的な抗CD19 CARは、ネズミ抗体FMC63に由来する抗CD19 scFv、免疫グロブリンスペーサー、CD28に由来する膜貫通ドメイン、4-1BBに由来する共刺激領域、およびCD3ゼータ細胞内シグナル伝達ドメインを含有した。ベクターはまた、T2A配列によってCAR構築物から分離されたCAR発現の代理マーカーとして役立つ短縮型受容体分子もコードした。例示的な抗BCMA CARは、BCMAに特異的なscFv抗原結合ドメイン、CD28膜貫通領域、4-1BB共刺激シグナル伝達領域、およびCD3ゼータ由来細胞内シグナル伝達ドメインを含有した。ベクターはまた、T2A配列によってCAR構築物から分離されたCAR発現の代理マーカーとして役立つ短縮型受容体分子もコードした。
プロセスは、抗CD3／抗CD28常磁性ビーズまたは抗CD3／抗CD28 Fabコンジュゲートオリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬のいずれかでT細胞を刺激することを含めた。オリゴマー試薬は、STREP-TACTIN（登録商標）M2と称されるストプトアビジンムテインのポリマー（SEQ ID NO：73に示されるアミノ酸のムテイン配列を含有するストプトアビジンホモテトラマー（国際公開出願番号WO2018/197949））を含有した。ストレプトアビジンムテインはまた、米国特許第6,103,493号およびVoss and Skerra (1997) Protein Eng., 1:975-982、およびArgarana et al. (1986) Nucleic Acids Research, 1871-1882に記載されている。刺激作用物質（抗CD3および抗CD28 Fab断片）を、オリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬への可逆的結合によって多量体化した。抗CD3および抗CD28 Fab断片を、各Fab断片に融合したストプトアビジンペプチド-結合パートナーを介してストレプトアビジンムテインオリゴマーに可逆的に結合させた。抗CD3 Fab断片は、ハイブリドーマ細胞株OKT3（ATCC（登録商標）CRL-8001（商標）；米国特許第4,361,549号も参照のこと）によって生産されたCD3結合モノクローナル抗体に由来し、Arakawa et al J. Biochem. 120, 657-662 (1996)に記載の抗CD3抗体OKT3の重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含有した。これらの配列は、SEQ ID NO：93および94にそれぞれ示される。抗CD28 Fab断片は、抗体CD28.3（GenBankアクセッション番号AF451974.1の合成単鎖Fv構築物として寄託；Vanhove et al., BLOOD, 15 July 2003, Vol. 102, No. 2, pages 564-570も参照のこと）に由来し、SEQ ID NO：91および92にそれぞれ示される抗CD28抗体CD28.3の重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含有した。Fab断片は個々に、その重鎖のカルボキシ末端で、アミノ酸
Figure 2023526278000006
の配列を有する2つのストレプトアビジン結合モジュールの連続配置を含有するストプトアビジンペプチド結合配列に融合された。ペプチドタグ化Fab断片を組換え生産した（国際特許出願公開番号WO 2013/011011およびWO 2013/124474を参照されたい）。ペプチドタグ化抗CD3および抗CD28のオリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬への結合は、D-ビオチンの添加によって分断するか解くことができる。D-ビオチンは、ストレプトアビジンムテイン上の結合パートナーへの結合に関して試薬上のstrepタグと競合し、それによって結合を分断する。
製造ランの途中の様々な時間および終了時に細胞を収集し、計数し、CD4、CD8、CCR7、CD27およびCD45RAを含む表面マーカーを認識する抗体で染色した後フローサイトメトリーによって生存率を評価した。
（表Ｅ３）
Figure 2023526278000007
A. T細胞操作プロセス
出発細胞供給源（凍結保存されたアフェレーシスまたは新鮮アフェレーシス）、オリゴマー刺激試薬の濃度および刺激に使用される細胞数を含め様々な特徴が異なる種々の非拡大増殖プロセスを使用して生産されたT細胞組成物を比較した。拡大増殖のために細胞をさらに培養したT細胞組成物も生産した。健常ドナーまたは患者ドナーに対してプロセスを行った。
1. 非拡大増殖プロセス
ヒトドナーから白血球アフェレーシス試料を収集し、洗浄した。凍結保存しなかった白血球アフェレーシス試料から、免疫親和性に基づく選択によってCD4+細胞およびCD8+細胞を直接選択した。選択後、別々のCD4+ T細胞組成物およびCD8+ T細胞組成物を凍結保存し、次いで融解し、次いで、選択したCD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を生存CD4+ T細胞：生存CD8+ T細胞比1：1で混合して、インプット組成物を生産した。混合したインプット細胞組成物由来の約600×106個の細胞（約300×106個のCD4+および300×106個のCD8+）を、この実施例で上述したとおり生成した0.8μg/1×106個の細胞の抗CD3／抗CD28 Fabコンジュゲートオリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬とのインキュベーションによって刺激した。基本培地（例えば、CTS（商標）OpTmizer basal media, Thermo Fisher）、T細胞サプリメント（例えば、2.6％ OpTmizer（登録商標）T-cell Expansion Supplement, Thermo Fisher）、免疫細胞血清代替品（例えば、2.5％ CTS（商標）Immune Cell Serum Replacement）、2mM L-グルタミン、ジペプチド形態のL-グルタミン（例えば、1.0％ Glutamax（商標）, Thermo Fisher）、組換え100IU/mL IL-2、組換え600IU/mL IL-7、および組換え100IU/mL IL-15を含有する無血清完全培地中で18～30時間（24±6時間）刺激を行った。刺激後、最大300×106個の細胞を、例示的な抗BCMA CARまたは例示的な抗CD19 CARのいずれかをコードするレンチウイルスベクターを用いたスピノキュレーションによって形質導入した。
スピノキュレーション後、細胞を、2mMグルタミンを含むが組換えサイトカインを添加していない基本培地（例えば、CTS（商標）OpTmizer basal media, Thermo Fisher）中で洗浄して、最大約0.75×106個の細胞/mLの密度で再懸濁し、約37.0℃のインキュベーター内でインキュベートした。刺激の開始の約48時間±6時間後（インキュベーションを開始した約24時間後）、1.0mM D-ビオチンを加え、細胞と混合して、オリゴマーストレプトアビジン試薬から抗CD3 Fab試薬および抗CD28 Fab試薬を解離させた。細胞を追加で約48時間（刺激の開始の約96時間±6時間後またはプロセスの5日目まで）さらにインキュベートし、次いで、凍結保護物質と共に製剤化した。
別のプロセスでは、ヒトドナーから白血球アフェレーシス試料を収集し、洗浄して凍結保存した。凍結保存した白血球アフェレーシス試料を融解し、免疫親和性に基づく選択によって各試料からCD4+細胞およびCD8+細胞の別個の組成物を選択し、次いで、生存CD4+ T細胞：生存CD8+ T細胞比が変動した最大約900×106個の生存CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞のインプット組成物を生産することを目標に、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を混合した。混合したインプット細胞組成物を、この実施例で上述したとおり生成した1.2μg/1×106個の細胞の抗CD3／抗CD28 Fabコンジュゲートオリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬（この場合、オリゴマー刺激試薬1.2μgは、オリゴマー粒子0.9μgおよび抗CD3 Fab 0.15μgおよび抗CD28 Fab 0.15μgを含む）とのインキュベーションによって刺激した。上述した同じ無血清完全培地中で16～24時間（20±4時間）刺激を行った。刺激後、最大約600×106個の細胞を、CAR（この場合、上述した同じ例示的な抗BCMA CARまたは例示的な抗CD19 CAR）をコードするレンチウイルスベクターを用いたスピノキュレーションによって形質導入した。この研究では、より高濃度のオリゴマーストレプトアビジンムテイン試薬とインキュベートした細胞は、改善された形質導入効率を示した（データ示さず）。このプロセスではスピノキュレーション後、細胞を、2mMグルタミンおよび2.6％ T細胞サプリメント（例えば、2.6％ OpTmizer（登録商標）supplement, Thermofisher）を含むが組換えサイトカインを添加していない基本培地（(例えば、CTS（商標）OpTmizer basal media, Thermo Fisher）中で洗浄して、0.75×106個の細胞/mLの密度で再懸濁し、約37.0℃のインキュベーター内でインキュベートした。刺激の開始の約48時間±6時間後（インキュベーションを開始した約24時間後）、1.0mM D-ビオチンを加え、細胞と混合して、オリゴマーストレプトアビジン試薬から抗CD3 Fab試薬および抗CD28 Fab試薬を解離させた。細胞を追加で約48時間（刺激の開始の約96時間±6時間後またはプロセスの5日目まで）さらにインキュベートし、次いで、凍結保護物質と共に製剤化した。
2. 拡大増殖プロセス
一プロセスでは、上述した非拡大増殖プロセスによって抗CD19 CAR T細胞を操作した。
別のプロセスでは、ヒト白血球アフェレーシス試料からCD4+細胞およびCD8+細胞の別個の組成物を選択し、クライオ凍結した。その後、選択した細胞組成物を融解し、生存CD4+ T細胞：生存CD8+ T細胞比1：1で混合した。混合した組成物のおよそ300×106個のT細胞（150×106個のCD4および150×106個のCD8+ T細胞）を、組換えIL-2、IL-7およびIL-15を含有する無血清培地中、抗CD3抗体および抗CD28抗体が付着した常磁性ポリスチレンコートビーズの存在下、ビーズ：細胞比1：1で18～30時間刺激した。インキュベーションに続いて、刺激した細胞組成物由来のおよそ100×106個の生存細胞を、組換えIL-2、IL-7およびIL-15を含有する無血清培地中で濃縮した。細胞を、例示的なCAR（この場合、上述した例示的な抗BCMA CAR）をコードするレンチウイルスベクターを用いたおよそ1600gで60分間のスピノキュレーションによって形質導入した。スピノキュレーション後、細胞を組換えIL-2、IL-7およびIL-15を含有する無血清培地中に再懸濁し、約37℃で約18～30時間インキュベートした。次いで、細胞を、バイオリアクター（例えば、揺動運動バイオリアクター）に移すことによる拡大増殖のために、インキュベーション工程および形質導入工程中に使用した2倍の濃度のIL-2、IL-7およびIL-15を含有する例示的な無血清培地約500mL中で培養した。一定の生存細胞密度に達したら、かん流を開始し、その際、継続的に混合しながら半連続かん流によって培地を交換した。翌日、バイオリアクター内で約3×106個の細胞/mLの閾値細胞密度に達するまで細胞を培養し、この密度は、典型的には6～7日の拡大増殖を含む過程で生じた。磁場に曝露させることによって、抗CD3および抗CD28抗体コンジュゲート常磁性ビーズを細胞組成物から除去した。次いで、細胞を収集し、製剤化して、凍結保存した。
B. プロセス測定基準
総生細胞（図13A）および生存率（図13B）などのプロセス測定基準を製造ラン中にモニタリングした。図13Aに示すように、5日目の時点で最小の細胞拡大増殖が観察され、5日目以降ロバストな拡大増殖が始まった。図13Bは、製造ラン中の細胞生存率の初期の減少を示し、プロセスの5日目以降、細胞が拡大増殖を開始したときに増加し始めた。
製造ラン中の異なる時点でのメモリー／分化表現型の比較の結果を図13C（CD5RAおよびCCR7発現による）および図13D（CD27およびCCR7発現による）に示す。示すように、製造ラン中早期の細胞の評価から、約5日目の細胞は、プロセス中のより早期（例えば1日目または2日目）の細胞またはプロセス中のより後期（例えば9日目）の細胞の両方と比較して、CCR7+CD45RA-細胞またはCCR7+CD27+細胞などのより分化の少ない細胞タイプが実質的により濃縮されていたことが示された。CD57+細胞の数を製造プロセスの期間にわたって分析した。図14に示すように、CD8+CD57+細胞の数は、製造プロセスの過程を通して減少した一方で、CD4+CD57+細胞の数は全体を通して低いままであった。
理論に拘束されることを望むものではないが、結果は、例示的な製造プロセスが、ドナー細胞組成物中のCD57+細胞の数を低減させ、それにより、異なるドナーに由来する細胞組成物内のまたは間の変動性を低減させ得ることを示している。
実施例9：ドナーインプット組成物中の細胞のCD57+またはCD27+頻度の漸増（titration）、ならびに形質導入、免疫表現型および遺伝子編集に及ぼす効果
健常ヒトドナーから得られた白血球アフェレーシス試料を、CD4またはCD8表面陽性（CD4+またはCD8+）細胞の免疫親和性に基づく選択に供して、CD4+およびCD8+細胞を含有するT細胞組成物を生成した。いくつかの場合には、選択したCD4+および／またはCD8+ T細胞組成物を、リガンド結合ビーズによるCD57またはCD27表面陽性（CD57+またはCD27+）細胞のさらなる免疫親和性に基づく選択に供して、CD57+またはCD27+細胞の濃縮された集団を得た。次いで、CD4+およびCD8+細胞を含有するT細胞組成物に、CD57+またはCD27+細胞の濃縮集団を漸増させ、規定の割合のCD57+またはCD27+細胞を含有する最終インプット組成物を得て、形質導入、免疫表現型および遺伝子編集に及ぼすCD57+またはCD27+頻度の効果を評価した。CD4+およびCD8+選択のみを受けたインプット組成物（漸増なし；NT）は、対照として利用した。
A. CD57+頻度の漸増
2名の健常ヒトドナー（ドナー1およびドナー2）からの選択されたCD8+ T細胞組成物に、様々な量のCD57+細胞の濃縮集団を上述したように漸増させ、CD8+ T細胞の0％、25％、50％、75％または100％がCD57+であるドナーCD8+ T細胞組成物を産生した。各ドナーからの選択されたCD4+ T細胞組成物については、CD57+細胞を完全に枯渇させた。次いで、ドナーからのCD57漸増CD8+ T細胞組成物の各々を、同じドナーからのCD57枯渇CD4+ T細胞組成物と組み合わせて、CD4+およびCD8+ T細胞を含む各ドナーのインプット組成物（CD8+ T細胞の0％、25％、50％、75％または100％がCD57+である）を産生した。CD57+細胞の漸増は、フローサイトメトリーによって確認した。上述したように、CD4+およびCD8+細胞を含有するように生成されたインプット組成物（CD4+またはCD8+のいずれのT細胞組成物もCD57+選択または漸増に供しなかった（「NT」））は、対照として利用した。
CD4+およびCD8+細胞を含有するインプット組成物を、抗CD3/抗CD28試薬で刺激し、抗CD19 CARをコードする核酸を含有するウイルス調製物で形質導入した。いくつかの場合には、抗CD3/抗CD28試薬による刺激（活性化）後、細胞を遺伝子編集にも供した。細胞増大のために組換えIL-2、IL-7およびIL-15サイトカインとさらにインキュベーションした後、ドナー組成物を、免疫表現型、CD4：CD8比、CAR発現、ならびに刺激時および／または形質導入後の遺伝子編集効率について評価した。
両ドナーからの組成物の免疫表現型を、刺激の直前（「活性化時」）およびCARによる形質導入後（「形質導入後」）に評価した。刺激の直前のドナー組成物中のCD8+CD27+細胞のパーセントは、漸増CD57+細胞のパーセントと同時点で逆相関することが分かったが、この効果は、形質導入組成物において正常化した（図15；NT：CD57漸増なし；左カラムはCD4+細胞を示し、右カラムはCD8+細胞を示す）。加えて、CD4+およびCD8+細胞内コンパートメントにおけるCD45RA/CCR7、CD27/CD28およびCD57/CD27免疫表現型の頻度を、両ドナーにおいて刺激の直前および形質導入後に評価した（図16～21；Aph：アフェレーシス試料；％：CD57+漸増細胞のパーセント；NT：CD57漸増なし）。メモリーT細胞に関連する免疫表現型は、インプット組成物では様々だったにもかかわらず、形質導入細胞組成物ではCD57+細胞の枯渇の増加と共に正常化することが観察された。さらに、CD57漸増組成物中のCD57頻度は、CARを形質導入したCD3+の割合に影響を及ぼさなかった。
ドナー1からの形質導入細胞組成物中のCD4+細胞対CD8+細胞の比を分析した。図22（NT：CD57漸増なし）に示しているように、インプット組成物中のCD57+細胞の割合がより低い形質導入集団は、CD4+細胞とCD8+細胞の比を1：1により近く維持することが観察されたが、CD4：CD8比は、CD57+細胞の頻度の増加と共に偏った。
結果はまた、健常ドナー間またはCD57漸増組成物の間で、刺激後に遺伝子編集に成功したCD3+細胞の割合に実質的な差がないことも示した。
本明細書に記載される知見は、ドナー細胞組成物のCD57+頻度を、例えば、ドナーインプット組成物においてCD57-細胞を濃縮するかまたはより低いCD57+頻度を有するドナーを選択するかのいずれかによって低減させると、形質導入または遺伝子編集の効率を損なうことなく、形質導入CAR T細胞組成物の免疫表現型および目的のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞比（1：1）が改善されることを示している。
B. CD27+頻度の漸増
2名の健常ドナー（ドナー1およびドナー2）からの選択されたCD8+およびCD4+ T細胞組成物に、上述したように、様々な量のCD27+細胞の濃縮集団を別々に漸増させ、CD8+またはCD4+ T細胞の0％、25％、50％、75％または100％がCD27+である別個のドナーCD8+およびCD4+ T細胞組成物を産生した。次いで、同じドナーからのCD27漸増CD8+ T細胞組成物およびCD27漸増CD4+ T細胞組成物を組み合わせて、CD4+およびCD8+ T細胞を含む各ドナーのインプット組成物（総CD4+およびCD8+ T細胞の30％、80％もしくは100％（ドナー1）、または25％、50％、75％もしくは100％（ドナー2）がCD27+である）を産生した。漸増は、フローサイトメトリーによって確認した。上述したように、CD4+およびCD8+細胞を含有するように生成されたインプット組成物（CD4+またはCD8+のいずれのT細胞組成物もCD27+選択または漸増に供しなかった（「NT」））は、対照として利用した。
CD4+およびCD8+細胞を含有するインプット組成物を、抗CD3/抗CD28試薬で刺激し、抗CD19 CARをコードする核酸を含有するウイルス調製物で形質導入した。いくつかの場合には、抗CD3/抗CD28試薬による刺激（活性化）後、細胞を遺伝子編集にも供した。細胞増大のために組換えIL-2、IL-7およびIL-15サイトカインとさらにインキュベーションした後、ドナー組成物を、免疫表現型、CD4：CD8比、CAR発現、ならびに刺激時および／または形質導入後の遺伝子編集効率について評価した。
両ドナーからの組成物の免疫表現型を、刺激の直前（「活性化時」）およびCARによる形質導入後に評価した。刺激の直前のドナー組成物中のCD27+細胞のパーセントは、CD57+細胞のパーセントと同時点で逆相関することが分かったが、この効果は、形質導入組成物において正常化した（図23；NT：CD27漸増なし；左カラムはCD4+細胞を示し、右カラムはCD8+細胞を示す）。加えて、CD4+およびCD8+細胞内コンパートメントにおけるCD45RA/CCR7、CD27/CD28およびCD57/CD27免疫表現型の頻度を、両ドナーにおいて刺激の直前および形質導入後に評価した（図24～29；Aph：アフェレーシス試料；％：CD27+漸増細胞のパーセント；NT：CD27漸増なし）。メモリーT細胞に関連する免疫表現型は、インプット組成物では様々だったにもかかわらず、形質導入細胞組成物ではCD27+頻度の増加と共に正常化することが観察された。さらに、CD27漸増組成物中のCD27頻度は、CARを形質導入したCD3+の割合に影響を及ぼさなかった。両ドナーからの形質導入細胞組成物中のCD4+細胞対CD8+細胞の比も分析した（図30；C：対照）。
結果はまた、ドナー間またはCD27漸増組成物の間で、刺激後に遺伝子編集に成功したCD3+細胞の割合に実質的な差がないことも示した。
本明細書に記載される知見は、ドナー細胞組成物のCD27+頻度を、例えば、ドナーインプット組成物においてCD27+細胞を濃縮するかまたはより高いCD27+頻度を有するドナーを選択するかのいずれかによって増加させると、形質導入または下流の遺伝子編集の効率を損なうことなく、形質導入CAR T細胞組成物の免疫表現型が改善されることを示している。
実施例10：CD57+細胞枯渇対CD27+細胞選択の比較
健常ヒトドナーから得られた白血球アフェレーシス試料を、CD4またはCD8表面陽性（CD4+またはCD8+）細胞の免疫親和性に基づく選択に供して、CD4+およびCD8+細胞を含有するT細胞組成物を生成した。別々に選択されたCD4+およびCD8+ T細胞組成物を、さらなる免疫親和性に基づく選択に供して、CD57に表面陽性（CD57+；陰性選択を介して）の細胞を枯渇させるかまたはCD27に表面陽性（CD27+）の細胞を濃縮した。形質導入、免疫表現型および遺伝子編集に及ぼすCD57枯渇またはCD27濃縮の効果を評価した。CD4+およびCD8+選択のみを受けたインプット組成物（選択なし；NS）は、対照として利用した。
3名の異なる健常ヒトドナーからの白血球アフェレーシス試料中のCD4+およびCD8+ T細胞の内因性CD27+およびCD57+頻度を、CD57枯渇またはCD27濃縮前に分析した（表E4）。
（表Ｅ４）ドナー白血球アフェレーシス試料中のCD27+およびCD57+頻度
Figure 2023526278000008
各ドナーからの別個のCD4+およびCD8+ T細胞組成物のCD57枯渇またはCD27濃縮に続いて、同じドナーに由来するCD4+およびCD8+組成物を組み合わせて、抗CD3/抗CD28試薬で刺激し、抗CD19 CARをコードする核酸を含有するウイルス調製物で形質導入した。細胞増大のために組換えIL-2、IL-7およびIL-15サイトカインとさらにインキュベーションした後、ドナー組成物を、免疫表現型、CD4：CD8比、CAR発現、ならびに刺激時および／または形質導入後の遺伝子編集効率について評価した。
両ドナーからの組成物の免疫表現型を、刺激の直前（「活性化時」）およびCARによる形質導入後に評価した。CD27濃縮（図31A）とCD57枯渇（図31B）は共に、刺激の直前のインプット組成物において、CD27+細胞の頻度を増加させ、CD57+細胞の頻度を減少させることが観察され、いくつかの場合には、形質導入後もCD27+細胞の頻度を増加させるように見えた。加えて、CD4+およびCD8+細胞内コンパートメントにおけるCD45RA/CCR7免疫表現型の頻度を、3名のドナーすべてで刺激の直前および形質導入後に評価した（図32Aおよび32B；B：選択前；NS：CD27またはCD57選択なし）。CD57枯渇および／またはCD27濃縮は、特にドナー1および2（白血球アフェレーシス試料がより低頻度のCD27+細胞およびより高頻度のCD57+細胞を有する）において、形質導入細胞組成物におけるメモリーT細胞免疫表現型（CCR7+およびCCR7+CD45RA+）を示す細胞の割合を増加させることが観察された。さらに、CD27濃縮とCD57枯渇のどちらも、抗CD19 CARを形質導入したCD3+細胞の割合に影響を与えないことが観察された。
いくつかの場合に、CD57枯渇組成物とCD27濃縮組成物を遺伝子編集にも供した。結果はまた、ドナーの間またはCD27濃縮組成物とCD57枯渇組成物との間で、遺伝子編集されたCD3+細胞の割合に実質的な差がないことも示した。
本明細書に記載される知見は、CD27+細胞の濃縮とCD27+細胞の枯渇は共に、CAR形質導入および遺伝子編集と適合可能であると観察されたことを示している。
実施例11：非磁性イムノアフィニティーカラムクロマトグラフィーに基づく細胞選択
健常ヒトドナーから得られた白血球アフェレーシス試料を、アフィニティークロマトグラフィーによるCD57+細胞の枯渇またはCD27+および／もしくはCD3+細胞の濃縮に供し、得られた組成物の純度、枯渇および収率を評価した。
A. 白血球アフェレーシス試料からのCD57-、CD27+、および／またはCD3+細胞の選択
アフィニティークロマトグラフィーシステムを用いて、CD57-細胞（陰性選択を介して）、CD27+細胞（陽性選択を介して）、および／またはCD3+細胞（陽性選択を介して）を選択した。このシステムは、サイズが規定されたポリスチレンビーズ上に共有結合で固定されたストレプトアビジンムテインマルチマー骨格分子（Strep-Tactin（登録商標）M2；SEQ ID NO:73）（「選択マトリックス」）を含んでいる。CD57、CD27またはCD3を標的とするFab断片を個別に、その重鎖のカルボキシ末端でTwin Strep-Tag（登録商標）（SEQ ID NO:79）に融合させた。ペプチドでタグ化したFab断片を、ペプチドタグを介して選択マトリックスに結合させた。各選択において、ヒトドナーからの試料を、選択マトリックスが充填されたカラム上にロードし、未結合細胞（すなわち、標的分子を発現しない細胞）は結合しないで通過した。選択マトリックスを洗浄して、残存する捕捉された非標的細胞を除去した。D-ビオチン含有バッファー（ストレプトアビジンムテインマルチマー上のビオチン結合部位にFab断片に打ち勝ち結合する）をカラムに流し、結合している細胞を遊離させることによって、選択マトリックスに結合している細胞集団（すなわち、標的分子を発現する細胞）を溶離させた。溶離させた細胞の表面に残っている残存Fab断片を洗浄により除いた。
CD57枯渇細胞集団は、CD57標的ペプチドタグ化のFab断片を有する選択マトリックスを含有するカラム上に白血球アフェレーシス試料をロードし、カラムを通過した未結合細胞（すなわち、CD57-細胞）を収集することによる、陰性選択によって得た。図33Aに示しているように、得られたCD57枯渇細胞集団において、白血球アフェレーシス試料からのCD57+のおよそ90％が捕捉され、およそ0.5～1％のCD57+細胞を含有していた。
同様に、CD27濃縮細胞集団は、CD27標的ペプチドタグ化のFab断片を有する選択マトリックスを含有するカラム上に白血球アフェレーシス試料をロードすることによる、陽性選択によって得た。カラムを通過した細胞を廃棄物として捨て、結合している細胞（すなわち、CD27+細胞）をD-ビオチン含有バッファーで溶離させた。溶離させたCD27濃縮細胞集団は、結果として、95％の純度、90％の枯渇および65％の収率であった（図33B）。
また、免疫親和性に基づく選択を、2つの異なるマーカーに陽性である細胞の連続選択について評価した。CD27標的ペプチドタグ化のFab断片を有する選択マトリックスを含有する第1のカラム上に白血球アフェレーシス試料をロードし、陽性選択によってCD27濃縮集団としてCD27+細胞を収集した。次いで、CD3標的ペプチドタグ化のFab断片を有する選択マトリックスを含有する第2のカラム上にCD27濃縮集団をロードし、陽性選択によってCD27+CD3+細胞を収集した。収集したCD27+CD3+集団は、95％の純度を有することが分かった（図33C）。
実施例12：遺伝子編集された細胞のCD3枯渇
ヒトドナー由来の白血球アフェレーシス試料からT細胞を単離し、CRISPR/CARアプローチを使用して遺伝子編集して、細胞表面の内因性TCR受容体を破壊した（例えば、T細胞受容体アルファ定常（TRAC）領域のノックアウトによって）。完全ノックアウトを成し得た細胞では、TCR複合体の形成およびCD3の細胞表面発現が破壊される。完全ノックアウトを成し得なかったすべての細胞を除去するために、遺伝子編集した細胞集団を、実施例11に記載のアフィニティークロマトグラフィーシステムを使用したCD3枯渇に供した。
CD3を陰性選択することによってTCR-CD3-細胞を単離した。遺伝子編集した細胞を、CD3標的ペプチドタグ化のFab断片を有する選択マトリックスを含有するカラム上にロードし、カラムを通過した未結合細胞（すなわち、TCR-CD3-細胞）を、TCRが完全にノックアウトされた細胞集団として収集した。図34に示しているように、収集した細胞は、TCR-CD3-細胞の純度が＞99％に達することが観察された。いくつかの局面では、CD3枯渇は、細胞表面での内因性TCR受容体の発現が破壊された細胞を含め、同種異系ドナーからの細胞が、例えば治療目的で、対象に提供されるプロセスにおいて行われる。
本発明は、例えば、本発明の様々な局面を例証するために提供される特定の開示された態様に範囲が限定されるものと意図されない。記載された組成物および方法に対する様々な改変は、本明細書における説明および教示から明らかになるであろう。そのような変形は、本開示の真の範囲および趣旨から逸脱することなく実践することができ、本開示の範囲内に含まれるものと意図される。
配列
Figure 2023526278000009
Figure 2023526278000010
Figure 2023526278000011
Figure 2023526278000012
Figure 2023526278000013
Figure 2023526278000014

Claims (132)

  1. （a）複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各々の操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからのドナー試料からのCD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を含み、該T細胞が、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む、工程；および
    （b）複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
  2. 複数の操作T細胞組成物の各々が、
    （i）個別ドナーからのドナー試料からCD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程；および
    （ii）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD57枯渇細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程
    を含むプロセスによって生成される、請求項1記載の方法。
  3. 工程（ii）の前に、CD57枯渇T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程を含む、請求項2記載の方法。
  4. （iii）導入することに続いて、操作T細胞組成物の細胞を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程
    をさらに含む、請求項2または請求項3記載の方法。
  5. インキュベートする工程の開始時の操作T細胞組成物の細胞数と比較して、操作T細胞組成物の細胞が拡大増殖されない、または実質的に拡大増殖されない条件下で、インキュベートする工程が実行される、請求項4記載の方法。
  6. （iii）操作T細胞組成物の細胞を、該組成物中のT細胞の拡大増殖のための条件下で培養する工程
    をさらに含む、請求項2または請求項3記載の方法。
  7. CD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択することが、
    （1）個別ドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57表面陰性（CD57-）細胞のうち一方を選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成すること；ならびに
    （2）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57-細胞のうち他方について選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成すること
    を含む、請求項2～6のいずれか一項記載の方法。
  8. 前記方法の1つまたは複数の工程の前または途中に、CD57枯渇集団および／または操作T細胞組成物のT細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトする工程
    をさらに含む、請求項1～7のいずれか一項記載の方法。
  9. 複数の操作T細胞組成物のT細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されている、請求項1～8のいずれか一項記載の方法。
  10. 複数の異なるドナーの個別ドナーごとに繰り返される、請求項1～9のいずれか一項記載の方法。
  11. （a）個別ドナーからのドナー試料から、CD57表面陰性（CD57-）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程；
    （b）CD57枯渇T細胞集団を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、
    （1）CD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現をノックアウトすること；ならびに
    （2）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入することであって、任意で異種核酸が、内在性MHCもしくはその構成成分および／または内在性TCRもしくはその構成成分をコードする遺伝子の座位に挿入される、導入すること
    を含み、
    任意で、内在性TCRまたはその構成成分がT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）であり；
    （1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することが、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行される、工程；
    （c）複数の異なるドナーについて工程（a）および（b）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに
    （d）複数の異なる個別ドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
  12. 組み合わせることの前に、複数の操作T細胞組成物の各々が、凍結保存され、かつ解凍されている、請求項1～11のいずれか一項記載の方法。
  13. CD57枯渇T細胞集団が、75％超もしくは75％超もしくは約75％超のCD3+/CD57-細胞、80％超もしくは約80％超のCD3+/CD57-細胞、85％超もしくは約85％超のCD3+/CD57-細胞、90％超もしくは約90％超のCD3+/CD57-細胞、または95％超もしくは約95％超のCD3+/CD57-細胞を含む、請求項2～12のいずれか一項記載の方法。
  14. 複数の操作T細胞組成物の各々が、独立して、40％超もしくは40％超もしくは約40％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、45％超もしくは約45％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、50％超もしくは約50％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、60％超もしくは約60％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、65％超もしくは約65％超のCD57-/組み換え受容体+細胞、または70％超もしくは約70％超のCD57-/組み換え受容体+細胞を含む、請求項1～13のいずれか一項記載の方法。
  15. 複数の操作T細胞組成物の各々が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含み、任意で、複数の操作T細胞組成物の各々が、1：5もしくは約1：5から5：1もしくは約5：1の間、または1：3もしくは約1：3から3：1もしくは約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、請求項1～14のいずれか一項記載の方法。
  16. ノックアウトすることの前に、CD57枯渇T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程
    をさらに含む、請求項8～15のいずれか一項記載の方法。
  17. （i）複数の異なるドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57表面陰性（CD57-）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；ならびに
    （ii）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD57-細胞のうち他方を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法であって、
    （1）ドナー試料が、複数の異なるドナーからの細胞を含むプールされた試料であり、それによって該方法が、プールされたCD57枯渇T細胞集団を産生する；または
    （2）ドナー試料が、個別ドナーからの試料であり、工程（i）および（ii）が、複数の異なるドナーからのドナー試料ごとに別々に繰り返され、それによって該方法が、個別ドナーごとにCD57枯渇T細胞集団を産生する、
    方法。
  18. （2）の方法が、個別ドナーごとにCD57枯渇T細胞集団を一緒に組み合わせて、プールされたCD57枯渇T細胞集団を産生する工程をさらに含む、請求項17記載の方法。
  19. T細胞マーカーがCD3である、請求項7～10、17および18のいずれか一項記載の方法。
  20. T細胞マーカーがCD4および／またはCD8である、請求項7～10および17～19のいずれか一項記載の方法。
  21. （a）（i）ドナー試料からCD57表面陰性（CD57-）であるT細胞について選択する工程であって、ドナー試料が、個別ドナーからのヒトT細胞について濃縮され；または
    （ii）ドナー試料からT細胞について選択する工程であって、ドナー試料が、個別ドナーからのCD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞について濃縮され、
    それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する、工程；
    （b）複数の異なる個別ドナーについて工程（a）を繰り返す工程；および
    （c）個別ドナーの各々からCD57枯渇T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD57枯渇T細胞集団を生成する工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
  22. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD3+ T細胞について選択することによって得られ、任意で、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、85％超もしくは約85％超のCD3+ T細胞、90％超もしくは約90％超のCD3+ T細胞、または95％超もしくは約95％超のCD3+ T細胞を含む、請求項21記載の方法。
  23. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD4+ T細胞および／もしくはCD8+ T細胞について選択することによって得られ；かつ／またはヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含む、請求項21または請求項22記載の方法。
  24. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含み、任意で、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、請求項21～23のいずれか一項記載の方法。
  25. （a）CD57枯渇T細胞集団の細胞またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されており；かつ／または
    （b）前記方法が、CD57枯渇T細胞集団の細胞またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意で、TRACの発現をノックアウトする工程をさらに含む、
    請求項17～24のいずれか一項記載の方法。
  26. （a）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドが、CD57枯渇T細胞集団の細胞もしくはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞に導入され；かつ／または
    （b）前記方法が、CD57枯渇T細胞集団の細胞もしくはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞に、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入する工程をさらに含み、
    それにより前記方法が、操作T細胞組成物を生成する、
    請求項17～25のいずれか一項記載の方法。
  27. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行される、請求項26記載の方法。
  28. 組み合わせることが、
    CD57枯渇T細胞集団の細胞がノックアウトされる前および／もしくは該細胞に異種核酸が導入される前に；または
    CD57枯渇T細胞の細胞がノックアウトされた後および／もしくは該細胞に異種核酸が導入された後に
    行われる、請求項25～27のいずれか一項記載の方法。
  29. （i）ドナー試料から、（a）CD3表面陽性（CD3+）、またはCD4表面陽性（CD4+）および／もしくはCD8表面陽性（CD8+）細胞、ならびに（b）CD57表面陰性（CD57-）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；
    （ii）細胞の濃縮された集団から、（a）CD3+、またはCD4+および／もしくはCD8+細胞、ならびに（b）CD57-細胞のうち他方を選択し、それにより、CD57枯渇T細胞集団を生成する工程；
    （iii）CD57枯渇T細胞集団の細胞を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程；
    （iv）刺激された細胞を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、
    （1）刺激された細胞における、（a）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（b）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトすること；ならびに
    （2）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、刺激された細胞に、任意で、TRACをコードする遺伝子の座位に導入すること
    を含み；
    （1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することを、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行することができる、工程；
    （v）操作T細胞組成物を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程であって、任意で、増殖または拡大増殖を促進する条件下で細胞を培養することをさらに含む、工程；
    （vi）複数の異なるドナーについて工程（i）～（v）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに
    （vii）複数の異なるドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせる工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
  30. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団中のCD57+ T細胞の頻度が、ドナー試料中のCD57+ T細胞の頻度の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である、請求項2～29のいずれか一項記載の方法。
  31. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団が、約20％未満のCD57+ T細胞、約15％未満のCD57+ T細胞、約10％未満のCD57+ T細胞、約5％未満のCD57+ T細胞、約1％未満のCD57+ T細胞、または約0.1％未満のCD57+ T細胞を含む、請求項2～30のいずれか一項記載の方法。
  32. CD57枯渇T細胞集団および／またはプールされたCD57枯渇T細胞集団の細胞が、ドナー試料の細胞と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示し；1種または複数種の分子が、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、CD27、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAを含む、請求項2～31のいずれか一項記載の方法。
  33. （a）複数の異なるドナーから複数の操作T細胞組成物を得る工程であって、各々の操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからのドナー試料からのCD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を含み、該T細胞が、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む、工程；および
    （b）複数の操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
  34. 複数の操作T細胞組成物の各々が、
    （i）個別ドナーからのドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程；および
    （ii）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD27濃縮細胞集団に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程
    を含むプロセスによって生成される、請求項33記載の方法。
  35. 工程（ii）の前に、CD27濃縮T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程を含む、請求項34記載の方法。
  36. （iii）導入することに続いて、操作T細胞組成物の細胞を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程
    をさらに含む、請求項34または請求項35記載の方法。
  37. インキュベートする工程の開始時の操作T細胞組成物の細胞数と比較して、操作T細胞組成物の細胞が拡大増殖されない、または実質的に拡大増殖されない条件下で、インキュベートする工程が実行される、請求項36記載の方法。
  38. （iii）操作T細胞組成物の細胞を、該組成物中のT細胞の拡大増殖のための条件下で培養する工程をさらに含む、請求項34または請求項35記載の方法。
  39. CD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択することが、
    （1）個別ドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27表面陽性（CD27+）細胞のうち一方を選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成すること；ならびに
    （2）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27+細胞のうち他方について選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成すること
    を含む、請求項34～38のいずれか一項記載の方法。
  40. 前記方法の1つまたは複数の工程の前または途中に、CD27濃縮集団および／または操作T細胞組成物のT細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトする工程
    をさらに含む、請求項33～39のいずれか一項記載の方法。
  41. 複数の操作T細胞組成物のT細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されている、請求項33～40のいずれか一項記載の方法。
  42. 複数の異なるドナーの個別ドナーごとに繰り返される、請求項33～41のいずれか一項記載の方法。
  43. （a）個別ドナーからのドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）T細胞が濃縮されたT細胞を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程；
    （b）CD27濃縮T細胞集団を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、
    （1）CD27濃縮T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分の発現をノックアウトすること；ならびに
    （2）組み換え受容体をコードする異種核酸をCD27濃縮T細胞集団の細胞に導入することであって、任意で異種核酸が、内在性MHCもしくはその構成成分および／または内在性TCRもしくはその構成成分をコードする遺伝子の座位に挿入される、導入すること
    を含み、
    任意で内在性TCRまたはその構成成分がT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）であり；
    （1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することが、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行される、工程；
    （c）複数の異なるドナーについて工程（a）および（b）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに
    （d）複数の異なる個別ドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせて、ドナープールされた操作T細胞組成物を産生する工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
  44. 組み合わせることの前に、複数の操作T細胞組成物の各々が、凍結保存され、かつ解凍されている、請求項33～43のいずれか一項記載の方法。
  45. CD27濃縮T細胞集団が、75％超もしくは75％超もしくは約75％超のCD3+/CD27+細胞、80％超もしくは約80％超のCD3+/CD27+細胞、85％超もしくは約85％超のCD3+/CD27+細胞、90％超もしくは約90％超のCD3+/CD27+細胞、または95％超もしくは約95％超のCD3+/CD27+細胞を含む、請求項33～44のいずれか一項記載の方法。
  46. 複数の操作T細胞組成物の各々が、独立して、40％超もしくは40％超もしくは約40％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、45％超もしくは約45％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、50％超もしくは約50％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、55％超もしくは約55％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、60％超もしくは約60％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、65％超もしくは約65％超のCD27+/組み換え受容体+細胞、または70％超もしくは約70％超のCD27+/組み換え受容体+細胞を含む、請求項33～45のいずれか一項記載の方法。
  47. 複数の操作T細胞組成物の各々が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含み、任意で、複数の操作T細胞組成物の各々が、1：5もしくは約1：5から5：1もしくは約5：1の間、または1：3もしくは約1：3から3：1もしくは約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、請求項33～46のいずれか一項記載の方法。
  48. ノックアウトすることの前に、CD27濃縮T細胞集団を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程
    をさらに含む、請求項40～47のいずれか一項記載の方法。
  49. （i）複数の異なるドナーからのドナー試料から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27表面陽性（CD27+）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；ならびに
    （ii）細胞の濃縮された集団から、（a）T細胞マーカー表面陽性細胞および（b）CD27+細胞のうち他方を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法であって、
    （1）ドナー試料が、複数の異なるドナーからの細胞を含むプールされた試料であり、それによって該方法が、プールされたCD27濃縮T細胞集団を産生する；または
    （2）ドナー試料が、個別ドナーからの試料であり、工程（i）および（ii）が、複数の異なるドナーからのドナー試料ごとに別々に繰り返され、それによって該方法が、個別ドナーごとにCD27濃縮T細胞集団を産生する、
    方法。
  50. （2）の方法が、各個別ドナーからのCD27濃縮T細胞集団を一緒に組み合わせて、プールされたCD27濃縮T細胞集団を産生する工程をさらに含む、請求項49記載の方法。
  51. T細胞マーカーがCD3である、請求項39～43、49、および50のいずれか一項記載の方法。
  52. T細胞マーカーがCD4および／またはCD8である、請求項39～43および49～51のいずれか一項記載の方法。
  53. （a）（i）ドナー試料からCD27表面陽性（CD27+）であるT細胞について選択する工程であって、ドナー試料が、個別ドナーからのヒトT細胞について濃縮され；または（ii）ドナー試料からT細胞について選択する工程であって、ドナー試料が、個別ドナーからのCD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞について濃縮され、
    それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する、工程；
    （b）複数の異なる個別ドナーについて工程（a）を繰り返す工程；および
    （c）個別ドナーの各々からのCD27濃縮T細胞集団の各々を組み合わせ、それにより、プールされたCD27濃縮T細胞集団を生成する工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
  54. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD3+ T細胞について選択することによって得られ、任意で、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、85％超もしくは約85％超のCD3+ T細胞、90％超もしくは約90％超のCD3+ T細胞、または95％超もしくは約95％超のCD3+ T細胞を含む、請求項53記載の方法。
  55. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD4+ T細胞および／もしくはCD8+ T細胞について選択することによって得られ；かつ／またはヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含む、請求項53または請求項54記載の方法。
  56. ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含み、任意で、ヒトT細胞が濃縮されたドナー試料が、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、請求項53～55のいずれか一項記載の方法。
  57. （a）（i）CD27濃縮T細胞集団または（ii）プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウト（KO）されており；かつ／または
    （b）前記方法が、（i）CD27濃縮T細胞集団または（ii）プールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞における、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でTRACの発現をノックアウトする工程をさらに含む、
    請求項49～56のいずれか一項記載の方法。
  58. （a）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドが、CD27濃縮T細胞集団の細胞もしくはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞に導入され；かつ／または
    （b）前記方法が、CD27濃縮T細胞集団の細胞またはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞に、組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入する工程をさらに含み、
    それにより前記方法が、操作T細胞組成物を生成する、請求項49～57のいずれか一項記載の方法。
  59. ノックアウトすることおよび異種核酸を導入することが、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行される、請求項58記載の方法。
  60. 組み合わせることが、
    CD27濃縮T細胞集団の細胞がノックアウトされる前および／もしくは該細胞に異種核酸が導入される前に；または
    CD27濃縮T細胞の細胞がノックアウトされた後および／もしくは該細胞に異種核酸が導入された後に
    行われる、請求項57～59のいずれか一項記載の方法。
  61. （i）ドナー試料から、（a）CD3表面陽性（CD3+）、またはCD4表面陽性（CD4+）および／もしくはCD8表面陽性（CD8+）細胞、ならびに（b）CD27表面陽性（CD27+）細胞のうち一方について選択し、それにより、細胞の濃縮された集団を生成する工程；
    （ii）細胞の濃縮された集団から、（a）CD3+、またはCD4+および／もしくはCD8+細胞、ならびに（b）CD27+細胞のうち他方を選択し、それにより、CD27濃縮T細胞集団を生成する工程；
    （iii）CD27濃縮T細胞集団の細胞を、該集団中のT細胞を活性化する条件下で刺激する工程；
    （iv）刺激された細胞を遺伝子操作し、それにより、操作T細胞組成物を産生する工程であって、遺伝子操作することが、
    （1）刺激された細胞における、（a）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（b）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現をノックアウトすること；ならびに
    （2）組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、刺激された細胞に、任意で、TRACをコードする遺伝子の座位に導入すること
    を含み；
    （1）におけるノックアウトすることおよび（2）における導入することを、同時にまたはいずれかの順序で順次に実行することができる、工程；
    （v）操作T細胞組成物を最大96時間、任意で37°±2℃または約37°±2℃の温度でインキュベートする工程であって、任意で、増殖または拡大増殖を促進する条件下で細胞を培養することをさらに含む、工程；
    （vi）複数の異なるドナーについて工程（i）～（v）を繰り返して、複数のドナー操作T細胞組成物を産生する工程であって、各ドナー操作T細胞組成物が、複数の異なるドナーの個別ドナーからの細胞から生成される、工程；ならびに
    （vii）複数の異なるドナーからの複数のドナー操作T細胞組成物を組み合わせる工程
    を含む、ドナープールからT細胞組成物を調製する方法。
  62. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団中のCD27- T細胞の頻度が、ドナー試料中のCD27- T細胞の頻度の約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％未満、または約35％、30％、20％、10％、5％、1％、もしくは0.1％である、請求項34～61のいずれか一項記載の方法。
  63. CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団が、約20％未満のCD27- T細胞、約15％未満のCD27- T細胞、約10％未満のCD27- T細胞、約5％未満のCD27- T細胞、約1％未満のCD27- T細胞、または約0.1％未満のCD27- T細胞を含む、請求項34～62のいずれか一項記載の方法。
  64. （i）CD27濃縮T細胞集団および／またはプールされたCD27濃縮T細胞集団の細胞が、ドナー試料の細胞と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示し；かつ（ii）1種または複数種の分子が、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、CD57、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／またはCD45RAを含む、請求項33～63のいずれか一項記載の方法。
  65. ドナー試料が、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物を含む、請求項1～64のいずれか一項記載の方法。
  66. 複数の異なるドナーが、少なくとも約2つもしくは約2つの異なるドナー、少なくとも約5つもしくは約5つの異なるドナー、少なくとも約10もしくは約10の異なるドナー、少なくとも約15もしくは約15の異なるドナー、少なくとも約20もしくは約20の異なるドナー、少なくとも約25もしくは約25の異なるドナー、少なくとも約50もしくは約50の異なるドナー、または少なくとも約100もしくは約100の異なるドナー、または前記のいずれかの間の任意の範囲を含む、請求項1～65のいずれか一項記載の方法。
  67. 複数の異なるドナーが、5～25のドナーを含む、請求項1～66のいずれか一項記載の方法。
  68. 複数の異なるドナーが、100％未満のヒト白血球抗原（HLA）がマッチする、約90％未満のHLAがマッチする、約80％未満のHLAがマッチする、約70％未満のHLAがマッチする、約60％未満のHLAがマッチする、または約50％未満のHLAがマッチする、2つ以上のドナーを含む、請求項1～67のいずれか一項記載の方法。
  69. ドナー試料が個別ドナーから得られた時点で、該個別ドナーが健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない；かつ／または
    ドナー試料が異なるドナーの各々から得られた時点で、複数の異なるドナーのうちの各々のドナーが健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない、
    請求項1～68のいずれか一項記載の方法。
  70. 選択することが、免疫親和性に基づく選択を含み、任意で、免疫親和性に基づく選択が、T細胞を、CD57に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、かつ抗体に結合していない細胞を回収し、それにより、負の選択をもたらすことを含む、請求項2～32および65～69のいずれか一項記載の方法。
  71. 選択することが、免疫親和性に基づく選択を含み、任意で、免疫親和性に基づく選択が、T細胞を、CD27に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、かつ抗体に結合した細胞を回収し、それにより、正の選択をもたらすことを含む、請求項34～69のいずれか一項記載の方法。
  72. 免疫親和性に基づく選択が、T細胞を、CD3、CD4、またはCD8に特異的に結合することが可能な抗体と接触させ、かつ抗体に結合した細胞を回収し、それにより、正の選択をもたらすことを含む、請求項70または請求項71記載の方法。
  73. ノックアウトすることが、細胞にジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）、TAL-エフェクターヌクレアーゼ（TALEN）、またはCRISPR-Casの組み合わせを導入することを含む、請求項8～16、25～32、40～48、および57～72のいずれか一項記載の方法。
  74. 組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、請求項16～25、30～32、48～57、および62～72のいずれか一項記載の細胞に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程
    をさらに含む、CD57枯渇T細胞集団を遺伝子操作する方法。
  75. 操作されたT細胞のCD57+ T細胞が枯渇されない方法と比較して、操作されたT細胞が、組み換え受容体の発現において低いCVを示す、請求項1～16、26～32、および65～74のいずれか一項記載の方法。
  76. 組み換え受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを、請求項48～57および62～72のいずれか一項記載の細胞に導入し、それにより、操作T細胞組成物を生成する工程
    をさらに含む、CD27濃縮T細胞集団を遺伝子操作する方法。
  77. 操作されたT細胞のCD27+ T細胞が濃縮されない方法と比較して、操作されたT細胞が、組み換え受容体の発現において低いCVを示す、請求項33～48、58～73、および76のいずれか一項記載の方法。
  78. 導入する工程が、異種ポリヌクレオチドを含むウイルスベクターによる異種ポリヌクレオチドの標的指向性挿入を含み、任意で、ウイルスベクターがアデノ随伴ウイルス（AAV）ベクターである、請求項2～16、26～32、34～48、および58～77のいずれか一項記載の方法。
  79. 異種ポリヌクレオチドが、β2M遺伝子またはTRAC遺伝子の遺伝子座に挿入され、任意で、異種ポリヌクレオチドが、TRAC遺伝子の遺伝子座に挿入される、請求項2～16、26～32、34～48、および58～78のいずれか一項記載の方法。
  80. 組み換え受容体が、疾患または状態の細胞または組織に関連する、特異的である、および／または発現される標的抗原に結合することが可能である、請求項1～16、26～48、および58～79のいずれか一項記載の方法。
  81. 標的抗原が腫瘍抗原である、請求項80記載の方法。
  82. 標的抗原が、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9；CAIXまたはG250としても知られる）、がん精巣抗原、がん／精巣抗原1B（CTAG；NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られる）、がん胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られる）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、がん胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG；5T4としても知られる）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1；TYRP1またはgp75としても知られる）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2；ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしても知られる）、血管内皮細胞増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮細胞増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原またはユニバーサルタグに関連する抗原および／またはビオチン化分子および／またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子より選択される、請求項80または請求項81記載の方法。
  83. 組み換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、請求項1～16、26～48、および58～82のいずれか一項記載の方法。
  84. 組み換え受容体が、抗原結合ドメイン、スペーサー、および／またはヒンジ領域を含む細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、共刺激シグナル伝達領域を含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含む、請求項1～16、26～48、および58～83のいずれか一項記載の方法。
  85. 細胞外ドメインが、scFvを含む抗原結合ドメインを含む、請求項84記載の方法。
  86. 細胞内シグナル伝達ドメインが、一次シグナル伝達ドメイン、T細胞において一次活性化シグナルを誘導することが可能なシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）構成成分のシグナル伝達ドメイン、および／または免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインである、またはそれらを含む、請求項84または85記載の方法。
  87. 細胞内シグナル伝達ドメインが、CD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインまたはそのシグナル伝達部分である、またはそれを含む、請求項84～86のいずれか一項記載の方法。
  88. 共刺激シグナル伝達領域が、CD28、4-1BB、もしくはICOSの細胞内シグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む、請求項84～87のいずれか一項記載の方法。
  89. 前記方法によって産生されるT細胞が、疾患または状態を有する少なくとも1つの対象への投与のためのものであり、任意で、T細胞の少なくとも一部分が、該少なくとも1つの対象に対して同種である、請求項1～88のいずれか一項記載の方法。
  90. 疾患または状態が、腫瘍またはがんである、請求項89記載の方法。
  91. 前記方法によって産生されるT細胞が、1つまたは複数の単位用量として投与用に製剤化され、該細胞が、少なくとも約100単位用量の細胞、少なくとも約200単位用量の細胞、少なくとも約300単位用量の細胞、少なくとも約400単位用量の細胞、少なくとも約500単位用量の細胞、少なくとも約600単位用量、または少なくとも約1,000単位用量の細胞を含む、請求項89または請求項90記載の方法。
  92. 前記方法によって産生されるT細胞が、少なくとも2つの対象、少なくとも5つの対象、少なくとも10の対象、少なくとも25の対象、少なくとも50の対象、少なくとも100の対象、少なくとも200の対象、少なくとも500の対象、または少なくとも1,000の対象への投与のためのものである、請求項89～91のいずれか一項記載の方法。
  93. 請求項1～92のいずれか一項記載の方法によって産生されたT細胞集団を含む、組成物。
  94. CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されたT細胞集団を含む、ドナープールからのT細胞を含む組成物であって、該細胞集団が、複数の異なるドナーからのものであり、複数の異なるドナーが、100％のヒト白血球抗原（HLA）がマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む、組成物。
  95. CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されたT細胞集団を含む、ドナープールからのT細胞を含む組成物であって、該細胞集団が、複数の異なるドナーからのものであり、複数の異なるドナーが、100％のヒト白血球抗原（HLA）がマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む、組成物。
  96. T細胞が、組み換え受容体により遺伝子操作されたT細胞を含む、請求項94または請求項95記載の組成物。
  97. 約20％未満のCD57+ T細胞、約15％未満のCD57+ T細胞、約10％未満のCD57+ T細胞、約5％未満のCD57+ T細胞、約1％未満のCD57+ T細胞、もしくは約0.1％未満のCD57+ T細胞を含む、またはCD57+ T細胞を含まない、もしくは本質的に含まない、請求項93、94、および96のいずれか一項記載の組成物。
  98. 約20％未満のCD27- T細胞、約15％未満のCD27- T細胞、約10％未満のCD27- T細胞、約5％未満のCD27- T細胞、約1％未満のCD27- T細胞、もしくは約0.1％未満のCD27- T細胞を含む、またはCD27- T細胞を含まない、もしくは本質的に含まない、請求項93、95、および96のいずれか一項記載の組成物。
  99. 複数の操作T細胞組成物の各々が、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞を含む、93～98のいずれか一項記載の組成物。
  100. 複数の操作T細胞組成物の各々が、1：5または約1：5から5：1または約5：1の間、任意で、1：3または約1：3から3：1または約3：1の間の比のCD4+ T細胞対CD8+ T細胞を含む、請求項99記載の組成物。
  101. 前記組成物の細胞が、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）を示し、任意で、（a）前記組成物の細胞の変動係数（CV）が、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、もしくは少なくとも80％低く、かつ／または（b）1種もしくは複数種の分子が、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、CD27、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／もしくはCD45RAを含む、請求項93、94、および96～100のいずれか一項記載の組成物。
  102. 前記組成物の細胞が、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、CD27および／またはKi67の発現において低い変動係数（CV）を示し、任意で、前記組成物の細胞の変動係数（CV）が、CD57表面陰性（CD57-）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い、請求項93、94、および96～101のいずれか一項記載の組成物。
  103. 前記組成物の細胞が、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、1種または複数種の分子の発現において低い変動係数（CV）示し、任意で、（a）前記組成物の細胞の変動係数（CV）が、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、もしくは少なくとも80％低く、かつ／または（b）1種もしくは複数種の分子が、ナイーブT細胞のマーカー、任意で、Ki67、CD25、CD28、CCR7、および／もしくはCD45RAを含む、請求項93および95～100のいずれか一項記載の組成物。
  104. 前記組成物の細胞が、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団と比較して、Ki67の発現において低い変動係数（CV）を示し、任意で、前記組成物の細胞の変動係数（CV）が、CD27表面陽性（CD27+）であるヒトT細胞が濃縮されていない細胞の集団よりも少なくとも20％低い、少なくとも40％低い、少なくとも60％低い、または少なくとも80％低い、請求項93、95～100、および103のいずれか一項記載の組成物。
  105. 複数の異なるドナーが、少なくとも約2つもしくは約2つの異なるドナー、少なくとも約5つもしくは約5つの異なるドナー、少なくとも約10もしくは約10の異なるドナー、少なくとも約15もしくは約15の異なるドナー、少なくとも約20もしくは約20の異なるドナー、少なくとも約25もしくは約25の異なるドナー、少なくとも約50もしくは約50の異なるドナー、または少なくとも約100もしくは約100の異なるドナーを含む、請求項94～104のいずれか一項記載の組成物。
  106. 複数の異なるドナーが、25未満または約25未満のドナーを含む、請求項94～105のいずれか一項記載の組成物。
  107. 複数の異なるドナーが、100％のHLAがマッチするわけではない少なくとも2つのドナーを含む、請求項94～106のいずれか一項記載の組成物。
  108. 異なるドナーの各々から細胞が得られた時点で、複数の異なるドナーのうちの各々のドナーが健康である、または疾患もしくは状態を有する疑いがない、請求項94～107のいずれか一項記載の組成物。
  109. T細胞が、（i）内在性主要組織適合複合体（MHC）もしくはその構成成分、任意でベータ-2-ミクログロブリン（β2M）；および／または（ii）内在性T細胞受容体（TCR）もしくはその構成成分、任意でT細胞受容体アルファ定常部（TRAC）の発現についてノックアウトされたT細胞を含む、請求項94～108のいずれか一項記載の組成物。
  110. 異種ポリヌクレオチドが、TRAC遺伝子の遺伝子座に挿入されている、請求項109記載の組成物。
  111. 薬学的に許容される賦形剤を含む、請求項93～110のいずれか一項記載の組成物。
  112. 組み換え受容体が、疾患または状態の細胞または組織に関連する、特異的である、および／または発現される標的抗原に結合することが可能である、請求項96～111のいずれか一項記載の組成物。
  113. 疾患または状態が、感染性の疾患もしくは障害、自己免疫疾患、炎症性疾患、または腫瘍もしくはがんである、請求項112記載の組成物。
  114. 標的抗原が腫瘍抗原である、請求項112または請求項113記載の組成物。
  115. 標的抗原が、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9；CAIXまたはG250としても知られる）、がん精巣抗原、がん／精巣抗原1B（CTAG；NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られる）、がん胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られる）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、がん胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG；5T4としても知られる）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1；TYRP1またはgp75としても知られる）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2；ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしても知られる）、血管内皮細胞増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮細胞増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原またはユニバーサルタグに関連する抗原および／またはビオチン化分子および／またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体によって発現される分子より選択される、請求項112～114のいずれか一項記載の組成物。
  116. 組み換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、請求項96～115のいずれか一項記載の組成物。
  117. 組み換え受容体が、抗原結合ドメイン、スペーサー、および／またはヒンジ領域を含む細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、共刺激シグナル伝達領域を含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含む、請求項96～116のいずれか一項記載の組成物。
  118. 細胞外ドメインが、scFvを含む抗原結合ドメインを含む、請求項117記載の組成物。
  119. 細胞内シグナル伝達ドメインが、一次シグナル伝達ドメイン、T細胞における一次活性化シグナルを誘導することが可能なシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）構成成分のシグナル伝達ドメイン、および／または免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインである、またはそれらを含む、請求項117または請求項118記載の組成物。
  120. 細胞内シグナル伝達ドメインが、CD3-ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインまたはそのシグナル伝達部分である、またはそれを含む、請求項117～119のいずれか一項記載の組成物。
  121. 共刺激シグナル伝達領域が、CD28、4-1BB、もしくはICOSの細胞内シグナル伝達ドメイン、またはそのシグナル伝達部分を含む、請求項117～120のいずれか一項記載の組成物。
  122. 任意で、疾患または状態ががんまたは腫瘍である、疾患または状態を有する対象の処置のための、請求項93～121のいずれか一項記載の組成物。
  123. 前記組成物の細胞が、1つまたは複数の単位用量として投与用に製剤化されており、細胞が、少なくとも約100単位用量の細胞、少なくとも約200単位用量の細胞、少なくとも約300単位用量の細胞、少なくとも約400単位用量の細胞、少なくとも約500単位用量の細胞、少なくとも約600単位用量、または少なくとも約1,000単位用量の細胞を含む、請求項93～122のいずれか一項記載の組成物。
  124. 前記組成物の細胞が、少なくとも2つの対象、少なくとも5つの対象、少なくとも10の対象、少なくとも25の対象、少なくとも50の対象、少なくとも100の対象、少なくとも200の対象、少なくとも500の対象、または少なくとも1,000の対象への投与のためのものである、請求項93～123のいずれか一項記載の組成物。
  125. 凍結保護物質を含む、請求項93～124のいずれか一項記載の組成物。
  126. 請求項93～125のいずれか一項記載の組成物を含む、容器。
  127. 疾患または状態を有するまたは有する疑いがある対象に、請求項93～125のいずれか一項記載の組成物を投与する工程を含む、処置の方法であって、前記組成物のT細胞が、対象に由来しない、または前記組成物のT細胞の少なくとも一部分が対象に由来しない、方法。
  128. 前記組成物のT細胞の100％未満が、対象のT細胞とHLAが同一である、請求項127記載の方法。
  129. 疾患または状態ががんである、請求項127または請求項128記載の方法。
  130. 疾患または状態を有するまたは有する疑いがある対象における疾患または障害を処置するための医薬の製造のための、請求項93～125のいずれか一項記載の組成物の使用であって、前記組成物のT細胞が、対象に由来しない、またはT細胞の少なくとも一部分が対象に由来しない、使用。
  131. 疾患または状態が、がんまたは腫瘍である、請求項130記載の使用。
  132. 疾患または状態を有するまたは有する疑いがある対象における疾患または障害を処置することにおける使用のための、請求項93～125のいずれか一項記載の組成物であって、組成物のT細胞が、対象に由来しないか、またはT細胞の少なくとも一部分が対象に由来せず、任意で、疾患または状態が、がんまたは腫瘍である、組成物。
JP2022569014A 2020-05-13 2021-05-12 組み換え受容体を発現しているドナーバッチ細胞を産生するための方法 Pending JP2023526278A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202063024505P 2020-05-13 2020-05-13
US63/024,505 2020-05-13
PCT/US2021/032108 WO2021231661A2 (en) 2020-05-13 2021-05-12 Process for producing donor-batched cells expressing a recombinant receptor

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2023526278A true JP2023526278A (ja) 2023-06-21

Family

ID=76250479

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2022569014A Pending JP2023526278A (ja) 2020-05-13 2021-05-12 組み換え受容体を発現しているドナーバッチ細胞を産生するための方法

Country Status (6)

Country Link
US (1) US20230181641A1 (ja)
EP (1) EP4150057A2 (ja)
JP (1) JP2023526278A (ja)
KR (1) KR20230022868A (ja)
CN (1) CN115835873A (ja)
WO (1) WO2021231661A2 (ja)

Family Cites Families (142)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4361549A (en) 1979-04-26 1982-11-30 Ortho Pharmaceutical Corporation Complement-fixing monoclonal antibody to human T cells, and methods of preparing same
US4452773A (en) 1982-04-05 1984-06-05 Canadian Patents And Development Limited Magnetic iron-dextran microspheres
DE3583940D1 (de) 1984-10-02 1991-10-02 Harry M Meade Herstellung von streptavidinaehnlichen polypeptiden.
US4795698A (en) 1985-10-04 1989-01-03 Immunicon Corporation Magnetic-polymer particles
US5219740A (en) 1987-02-13 1993-06-15 Fred Hutchinson Cancer Research Center Retroviral gene transfer into diploid fibroblasts for gene therapy
US6303121B1 (en) 1992-07-30 2001-10-16 Advanced Research And Technology Method of using human receptor protein 4-1BB
ES2067018T3 (es) 1988-12-28 1995-03-16 Stefan Miltenyi Procedimiento y materiales para la separacion en alto gradiente magnetico de materiales biologicos.
US5200084A (en) 1990-09-26 1993-04-06 Immunicon Corporation Apparatus and methods for magnetic separation
CA2096222C (en) 1990-11-13 1998-12-29 Stephen D. Lupton Bifunctional selectable fusion genes
US5487994A (en) 1992-04-03 1996-01-30 The Johns Hopkins University Insertion and deletion mutants of FokI restriction endonuclease
US5436150A (en) 1992-04-03 1995-07-25 The Johns Hopkins University Functional domains in flavobacterium okeanokoities (foki) restriction endonuclease
US5356802A (en) 1992-04-03 1994-10-18 The Johns Hopkins University Functional domains in flavobacterium okeanokoites (FokI) restriction endonuclease
DE4228458A1 (de) 1992-08-27 1994-06-01 Beiersdorf Ag Multicistronische Expressionseinheiten und deren Verwendung
DE4237113B4 (de) 1992-11-03 2006-10-12 "Iba Gmbh" Peptide und deren Fusionsproteine, Expressionsvektor und Verfahren zur Herstellung eines Fusionsproteins
AU6953394A (en) 1993-05-21 1994-12-20 Targeted Genetics Corporation Bifunctional selectable fusion genes based on the cytosine deaminase (cd) gene
US5925517A (en) 1993-11-12 1999-07-20 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
US6140466A (en) 1994-01-18 2000-10-31 The Scripps Research Institute Zinc finger protein derivatives and methods therefor
CA2681922C (en) 1994-01-18 2012-05-15 The Scripps Research Institute Zinc finger protein derivatives and methods therefor
GB9824544D0 (en) 1998-11-09 1999-01-06 Medical Res Council Screening system
JP4118327B2 (ja) 1994-08-20 2008-07-16 ゲンダック・リミテッド Ｄｎａ認識のための結合タンパク質におけるまたはそれに関連する改良
US5827642A (en) 1994-08-31 1998-10-27 Fred Hutchinson Cancer Research Center Rapid expansion method ("REM") for in vitro propagation of T lymphocytes
WO1996013593A2 (en) 1994-10-26 1996-05-09 Procept, Inc. Soluble single chain t cell receptors
WO1996018105A1 (en) 1994-12-06 1996-06-13 The President And Fellows Of Harvard College Single chain t-cell receptor
US5789538A (en) 1995-02-03 1998-08-04 Massachusetts Institute Of Technology Zinc finger proteins with high affinity new DNA binding specificities
WO1996024606A1 (en) 1995-02-09 1996-08-15 University Of Washington Modified-affinity streptavidin
WO1997011183A1 (en) 1995-04-11 1997-03-27 Trustees Of Boston University Streptavidin mutants
DE19608753C1 (de) 1996-03-06 1997-06-26 Medigene Gmbh Transduktionssystem und seine Verwendung
US6451995B1 (en) 1996-03-20 2002-09-17 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Single chain FV polynucleotide or peptide constructs of anti-ganglioside GD2 antibodies, cells expressing same and related methods
EP0912250B1 (en) 1996-04-24 1999-11-03 Claude Fell Cell separation system for biological fluids like blood
SE506700C2 (sv) 1996-05-31 1998-02-02 Mikael Kubista Sond och förfaranden för analys av nukleinsyra
ATE295427T1 (de) 1996-06-04 2005-05-15 Univ Utah Res Found Überwachung der hybridisierung während pcr
US5925523A (en) 1996-08-23 1999-07-20 President & Fellows Of Harvard College Intraction trap assay, reagents and uses thereof
DE19641876B4 (de) 1996-10-10 2011-09-29 Iba Gmbh Streptavidinmuteine
US6368813B1 (en) 1997-03-14 2002-04-09 The Trustees Of Boston University Multiflavor streptavidin
GB9710807D0 (en) 1997-05-23 1997-07-23 Medical Res Council Nucleic acid binding proteins
GB9710809D0 (en) 1997-05-23 1997-07-23 Medical Res Council Nucleic acid binding proteins
JP2001519143A (ja) 1997-10-02 2001-10-23 スノル・モレキュラー・コーポレーション 可溶性の一本鎖ｔ細胞レセプタータンパク質
IL139344A0 (en) 1998-05-19 2001-11-25 Avidex Ltd Soluble t cell receptor
ES2249907T3 (es) 1998-05-23 2006-04-01 Leiden University Medical Center Anticuerpos de union cd40 y peptidos ctl para el tratamiento de tumores.
GB9812768D0 (en) 1998-06-13 1998-08-12 Zeneca Ltd Methods
WO2000014257A1 (en) 1998-09-04 2000-03-16 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Fusion receptors specific for prostate-specific membrane antigen and uses thereof
US6140081A (en) 1998-10-16 2000-10-31 The Scripps Research Institute Zinc finger binding domains for GNN
US6410319B1 (en) 1998-10-20 2002-06-25 City Of Hope CD20-specific redirected T cells and their use in cellular immunotherapy of CD20+ malignancies
WO2000038762A1 (en) 1998-12-24 2000-07-06 Biosafe S.A. Blood separation system particularly for concentrating hematopoietic stem cells
US6534261B1 (en) 1999-01-12 2003-03-18 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of endogenous gene expression in cells using zinc finger proteins
US6599692B1 (en) 1999-09-14 2003-07-29 Sangamo Bioscience, Inc. Functional genomics using zinc finger proteins
US6453242B1 (en) 1999-01-12 2002-09-17 Sangamo Biosciences, Inc. Selection of sites for targeting by zinc finger proteins and methods of designing zinc finger proteins to bind to preselected sites
ATE309536T1 (de) 1999-12-06 2005-11-15 Sangamo Biosciences Inc Methoden zur verwendung von randomisierten zinkfingerprotein-bibliotheken zur identifizierung von genfunktionen
AU3662101A (en) 2000-02-01 2001-08-14 Tanox Inc Cd40-binding apc-activating molecules
WO2001059450A2 (en) 2000-02-08 2001-08-16 Sangamo Biosciences, Inc. Cells expressing zinc finger protein for drug discovery
US20020061512A1 (en) 2000-02-18 2002-05-23 Kim Jin-Soo Zinc finger domains and methods of identifying same
AU2001263155A1 (en) 2000-05-16 2001-11-26 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for interaction trap assays
US20020131960A1 (en) 2000-06-02 2002-09-19 Michel Sadelain Artificial antigen presenting cells and methods of use thereof
CA2417986C (en) 2000-08-11 2013-11-26 University Of Utah Research Foundation Single-labeled oligonucleotide probes
JP2002060786A (ja) 2000-08-23 2002-02-26 Kao Corp 硬質表面用殺菌防汚剤
AU2001297703B2 (en) 2000-11-07 2006-10-19 City Of Hope CD19-specific redirected immune cells
US7067317B2 (en) 2000-12-07 2006-06-27 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of angiogenesis with zinc finger proteins
EP1227321A1 (en) 2000-12-28 2002-07-31 Institut für Bioanalytik GmbH Reversible MHC multimer staining for functional purification of antigen-specific T cells
DE10113776B4 (de) 2001-03-21 2012-08-09 "Iba Gmbh" Isoliertes streptavidinbindendes, kompetitiv eluierbares Peptid, dieses umfassendes Fusionspeptid, dafür codierende Nukleinsäure, Expressionsvektor, Verfahren zur Herstellung eines rekombinanten Fusionsproteins und Verfahren zum Nachweis und/oder zur Gewinnung des Fusionsproteins
GB0108491D0 (en) 2001-04-04 2001-05-23 Gendaq Ltd Engineering zinc fingers
US7070995B2 (en) 2001-04-11 2006-07-04 City Of Hope CE7-specific redirected immune cells
US20090257994A1 (en) 2001-04-30 2009-10-15 City Of Hope Chimeric immunoreceptor useful in treating human cancers
US20040224385A1 (en) 2001-08-20 2004-11-11 Barbas Carlos F Zinc finger binding domains for cnn
DE60203125T2 (de) 2001-08-31 2006-04-06 Avidex Ltd., Abingdon Löslicher t zell rezeptor
US7939059B2 (en) 2001-12-10 2011-05-10 California Institute Of Technology Method for the generation of antigen-specific lymphocytes
US7262054B2 (en) 2002-01-22 2007-08-28 Sangamo Biosciences, Inc. Zinc finger proteins for DNA binding and gene regulation in plants
AU2003251286B2 (en) 2002-01-23 2007-08-16 The University Of Utah Research Foundation Targeted chromosomal mutagenesis using zinc finger nucleases
US20030232410A1 (en) 2002-03-21 2003-12-18 Monika Liljedahl Methods and compositions for using zinc finger endonucleases to enhance homologous recombination
ITCZ20020002A1 (it) 2002-04-11 2003-10-13 Parco Scient E Tecnologico Del Dispositivo e metodo per il rilevamento simultaneo di differenti anticorpi e antigeni in campioni clinici, alimentari ed ambientali
US7446190B2 (en) 2002-05-28 2008-11-04 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Nucleic acids encoding chimeric T cell receptors
WO2007001459A2 (en) 2004-11-15 2007-01-04 Washington University Compositions and methods for modulating lymphocyte activity
FR2841905B1 (fr) 2002-07-05 2004-09-03 Centre Nat Rech Scient Fragments fab mutants de l'anticorps anti-cd4 chimere 13b8.2 et leurs applications
CA2497913C (en) 2002-09-05 2014-06-03 California Institute Of Technology Use of chimeric nucleases to stimulate gene targeting
NZ539225A (en) 2002-10-09 2006-09-29 Avidex Ltd Single chain recombinant T cell receptors
US20050129671A1 (en) 2003-03-11 2005-06-16 City Of Hope Mammalian antigen-presenting T cells and bi-specific T cells
US7888121B2 (en) 2003-08-08 2011-02-15 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for targeted cleavage and recombination
US8409861B2 (en) 2003-08-08 2013-04-02 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted deletion of cellular DNA sequences
US7972854B2 (en) 2004-02-05 2011-07-05 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for targeted cleavage and recombination
ATE475669T1 (de) 2004-06-29 2010-08-15 Immunocore Ltd Einen modifizierten t-zellen-rezeptor exprimierende zellen
US20080131962A1 (en) 2006-05-25 2008-06-05 Sangamo Biosciences, Inc. Engineered cleavage half-domains
CA2579677A1 (en) 2004-09-16 2006-03-30 Sangamo Biosciences, Inc. Compositions and methods for protein production
BRPI0419117A (pt) 2004-11-12 2007-12-11 Genentech Inc ácido nucléico isolado, vetor, célula hospedeira, processo para produção, polipeptìdeo isolado, molécula quimérica, anticorpo, anticorpo isolado, composição de interesse, artigo de fabricação, método de alìvio de uma disfunção imune relacionada, método para determinar a presença de um polipeptìdeo em uma amostra suspeita de conter dito polipeptìdeo, método de diagnóstico de uma doença imune relacionada em um mamìfero, método de alìvio de linfoma em um mamìfero em necessidade deste, método de alìvio de doença inflamatória de intestino em um mamìfero em necessidade deste e método de alìvio de rejeição de células transplantadas em um mamìfero
RU2410125C2 (ru) 2005-03-23 2011-01-27 Биосейф С.А. Комплексная система для сбора, обработки и трансплантации клеточных субпопуляций, включая зрелые стволовые клетки, для регенеративной медицины
US7951925B2 (en) 2006-05-25 2011-05-31 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for gene inactivation
GB0620894D0 (en) 2006-10-20 2006-11-29 Univ Southampton Human immune therapies using a CD27 agonist alone or in combination with other immune modulators
EP3357338A1 (en) 2007-03-30 2018-08-08 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Constitutive expression of costimulatory ligands on adoptively transferred t lymphocytes
WO2008133938A2 (en) 2007-04-26 2008-11-06 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted integration into the ppp1r12c locus
JP5575636B2 (ja) 2007-05-07 2014-08-20 メディミューン，エルエルシー 抗ｉｃｏｓ抗体ならびに、腫瘍、移植および自己免疫疾患の治療におけるその使用
ES2640216T3 (es) 2007-12-07 2017-11-02 Miltenyi Biotec Gmbh Sistemas y métodos para procesamiento de células
US8479118B2 (en) 2007-12-10 2013-07-02 Microsoft Corporation Switching search providers within a browser search box
EP2281050B1 (en) 2008-04-14 2014-04-02 Sangamo BioSciences, Inc. Linear donor constructs for targeted integration
JP5173594B2 (ja) 2008-05-27 2013-04-03 キヤノン株式会社 管理装置、画像形成装置及びそれらの処理方法
KR101759586B1 (ko) 2008-08-22 2017-07-19 상가모 테라퓨틱스, 인코포레이티드 표적화된 단일가닥 분할 및 표적화된 통합을 위한 방법 및 조성물
EP2331566B1 (en) 2008-08-26 2015-10-07 City of Hope Method and compositions for enhanced anti-tumor effector functioning of t cells
KR101803737B1 (ko) 2008-12-04 2017-12-01 상가모 테라퓨틱스, 인코포레이티드 징크 핑거 뉴클레아제를 이용한 랫트의 유전체 편집
WO2011044186A1 (en) 2009-10-06 2011-04-14 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Human single-chain t cell receptors
EP3527585B1 (en) 2009-11-03 2022-02-16 City of Hope Truncated epiderimal growth factor receptor (egfrt) for transduced t cell selection
US8956828B2 (en) 2009-11-10 2015-02-17 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted disruption of T cell receptor genes using engineered zinc finger protein nucleases
EP2660318A1 (en) 2010-02-09 2013-11-06 Sangamo BioSciences, Inc. Targeted genomic modification with partially single-stranded donor molecules
CN102939377B (zh) 2010-04-26 2016-06-08 桑格摩生物科学股份有限公司 使用锌指核酸酶对Rosa位点进行基因组编辑
AU2011256838B2 (en) 2010-05-17 2014-10-09 Sangamo Therapeutics, Inc. Novel DNA-binding proteins and uses thereof
CA2993567C (en) 2010-07-21 2022-06-28 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for modification of a t-cell receptor gene
WO2012012695A2 (en) * 2010-07-23 2012-01-26 Fred Hutchinson Cancer Research Center A method for the treatment of obesity
KR20230133410A (ko) 2010-12-09 2023-09-19 더 트러스티스 오브 더 유니버시티 오브 펜실바니아 암을 치료하기 위한 키메릭 항원 수용체 변형 t 세포의 용도
BR112013024395B1 (pt) 2011-03-23 2021-10-26 Fred Hutchinson Cancer Research Center Composições adotivas de imunoterapia celular e método para fabricação da dita composição
US20140115726A1 (en) 2011-04-05 2014-04-24 Cellectis New tale-protein scaffolds and uses thereof
US8398282B2 (en) 2011-05-12 2013-03-19 Delphi Technologies, Inc. Vehicle front lighting assembly and systems having a variable tint electrowetting element
CN107843730B (zh) 2011-07-18 2021-08-20 Iba生命科学股份有限公司 使靶细胞可逆染色的方法
GB201116092D0 (en) 2011-09-16 2011-11-02 Bioceros B V Antibodies and uses thereof
EP3498833B1 (en) 2011-09-21 2023-08-16 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for regulation of transgene expression
EP2771457B1 (en) 2011-10-27 2017-11-22 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for modification of the hprt locus
MX359234B (es) 2011-11-11 2018-09-20 Hutchinson Fred Cancer Res Inmunoterapia de celulas t objetivadas en ciclina a1 para cancer.
US9458205B2 (en) 2011-11-16 2016-10-04 Sangamo Biosciences, Inc. Modified DNA-binding proteins and uses thereof
AU2013221672B2 (en) 2012-02-13 2017-11-09 Seattle Children's Hospital D/B/A Seattle Children's Research Institute Bispecific chimeric antigen receptors and therapeutic uses thereof
WO2013126726A1 (en) 2012-02-22 2013-08-29 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Double transgenic t cells comprising a car and a tcr and their methods of use
US10228312B2 (en) 2012-02-23 2019-03-12 Juno Therapeutics Gmbh Chromatographic isolation of cells and other complex biological materials
BR112014027374B1 (pt) 2012-05-03 2022-05-31 Fred Hutchinson Cancer Research Center Método para gerar um receptor de células t (tcr) com afinidade aumentada
KR102135239B1 (ko) 2012-08-20 2020-07-17 프레드 헛친슨 켄서 리서치 센터 세포 면역요법을 위한 방법 및 조성물
CN104853766A (zh) 2012-10-02 2015-08-19 纪念斯隆-凯特琳癌症中心 用于免疫疗法的组合物和方法
EP2906684B8 (en) 2012-10-10 2020-09-02 Sangamo Therapeutics, Inc. T cell modifying compounds and uses thereof
JP6475630B2 (ja) 2012-11-16 2019-02-27 イーベーアー ゲーエムベーハー ストレプトアビジン突然変異タンパク質およびそれらを使用する方法
AU2013355327A1 (en) 2012-12-05 2015-06-11 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for regulation of metabolic disorders
TWI654206B (zh) 2013-03-16 2019-03-21 諾華公司 使用人類化抗－ｃｄ１９嵌合抗原受體治療癌症
CN116083487A (zh) 2013-05-15 2023-05-09 桑格摩生物治疗股份有限公司 用于治疗遗传病状的方法和组合物
US9890393B2 (en) 2013-05-29 2018-02-13 Cellectis Methods for engineering T cells for immunotherapy by using RNA-guided CAS nuclease system
EP3071686B1 (en) * 2013-11-22 2020-07-22 Cellectis SA Method for generating batches of allogeneic t-cells with averaged potency
SG11201608701QA (en) 2014-04-18 2016-11-29 Editas Medicine Inc Crispr-cas-related methods, compositions and components for cancer immunotherapy
EP3647412A1 (en) 2014-04-23 2020-05-06 Juno Therapeutics, Inc. Methods for isolating, culturing, and genetically engineering immune cell populations for adoptive therapy
CN113604491A (zh) 2014-05-02 2021-11-05 宾夕法尼亚大学董事会 嵌合自身抗体受体t细胞的组合物和方法
US11110154B2 (en) 2014-05-08 2021-09-07 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for treating Huntington's Disease
US9816074B2 (en) 2014-07-25 2017-11-14 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for modulating nuclease-mediated genome engineering in hematopoietic stem cells
WO2016019144A2 (en) 2014-07-30 2016-02-04 Sangamo Biosciences, Inc. Gene correction of scid-related genes in hematopoietic stem and progenitor cells
TWI751102B (zh) 2014-08-28 2022-01-01 美商奇諾治療有限公司 對ｃｄ１９具專一性之抗體及嵌合抗原受體
PT3757206T (pt) 2014-11-05 2024-05-21 Juno Therapeutics Inc Métodos de transdução e processamento de células
EP3322297A4 (en) 2015-07-13 2019-04-17 Sangamo Therapeutics, Inc. RELEASE METHOD AND COMPOSITIONS FOR NUCLEASE-DERIVED GENOMINE ENGINEERING
CA3008413A1 (en) 2015-12-18 2017-06-22 Sangamo Therapeutics, Inc. Targeted disruption of the t cell receptor
CN108118029A (zh) * 2016-11-30 2018-06-05 深圳宾德生物技术有限公司 高抗癌活性t细胞的筛选方法和应用
AU2018234640B2 (en) 2017-03-14 2024-03-14 Juno Therapeutics, Inc. Methods for cryogenic storage
MA49288A (fr) 2017-04-27 2020-03-04 Juno Therapeutics Gmbh Reactifs particulaires oligomères et leurs méthodes d'utilisation
CN112203680A (zh) * 2017-12-08 2021-01-08 朱诺治疗学股份有限公司 用于细胞疗法的表型标记和相关方法
BR112021008738A2 (pt) * 2018-11-06 2021-11-03 Juno Therapeutics Inc Processo para produzir células t geneticamente construídas

Also Published As

Publication number Publication date
EP4150057A2 (en) 2023-03-22
WO2021231661A2 (en) 2021-11-18
WO2021231661A3 (en) 2022-02-10
US20230181641A1 (en) 2023-06-15
KR20230022868A (ko) 2023-02-16
CN115835873A (zh) 2023-03-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20220364055A1 (en) Methods of making chimeric antigen receptor-expressing cells
EP3877054B1 (en) Process for producing genetically engineered t cells
KR20220105664A (ko) Bcma 및 cd19에 결합하는 키메라 항원 수용체 및 이의 용도
KR20210057730A (ko) 조작 세포 및 이의 조성물 생성 방법
JP2022512872A (ja) 細胞の選択および刺激のための方法ならびにそのための装置
US20230256017A1 (en) Methods of making chimeric antigen receptor-expressing cells
JP2021505168A (ja) 操作されたｔ細胞の組成物を製造するための方法
AU2021225949A1 (en) Methods of making chimeric antigen receptor-expressing cells
JP2021505615A (ja) 細胞療法および関連方法のための表現型マーカー
KR20220101641A (ko) 세포 선택 및/또는 자극 장치 및 사용 방법
US20230181641A1 (en) Process for producing donor-batched cells expressing a recombinant receptor
AU2022330406A1 (en) Methods of making chimeric antigen receptor–expressing cells
WO2023230581A1 (en) Methods of manufacturing t cell therapies

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20221221

RD04 Notification of resignation of power of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424

Effective date: 20230821