JP2023521042A - 操作されたオリゴヌクレオチドを使用する標的化された阻害 - Google Patents

操作されたオリゴヌクレオチドを使用する標的化された阻害 Download PDF

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Abstract

本明細書では、ポリペプチドの発現および活性を選択的に阻害するための操作されたオリゴヌクレオチドが開示される。また、本明細書では、操作されたオリゴヌクレオチドを、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと接触させて、ポリペプチドの発現および活性を選択的に阻害する方法が開示される。

Description

政府支援の陳述
本発明は、米国国立がん研究所により与えられた認可番号Ｕ４３ＣＡ２２１５６７下の政府支援、および米国国立アレルギー感染症研究所により与えられたＳＢＩＲ契約番号ＨＨＳＮ２７２２０１８０００３４Ｃからの支援を受けて行われたものである。政府は本発明における一定の権利を有する。
関連出願の相互参照
本出願は、両出願に共通する全ての主題に対して、２０２０年４月２日に出願された米国仮出願第６３／００４，０４５号の優先権および利益を主張する。前記仮出願の開示内容は参照により全体として本明細書に組み込まれる。
本明細書では、ポリヌクレオチド配列を含み得る、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩が開示される。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、疾患または状態に関連する２種の遺伝子座に由来する少なくとも第１のＲＮＡおよび第２のＲＮＡの少なくとも一部と少なくとも部分的に相補的であり得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩が第１のＲＮＡに少なくとも部分的に結合する場合：操作されたオリゴヌクレオチド中の少なくとも７個の連続した塩基の第１の領域は、第１のＲＮＡ内に含まれる連続した核酸に相補的であり得、操作されたオリゴヌクレオチド中の少なくとも５個の連続した塩基の第２の領域は、第１のＲＮＡ内に含まれる連続した核酸に相補的であり得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩が第２のＲＮＡに少なくとも部分的に結合する場合：操作されたオリゴヌクレオチド中の少なくとも７個の連続した塩基の第１の領域は、第２のＲＮＡ内に含まれる連続したヌクレオチドに相補的であり得、操作されたオリゴヌクレオチド中の少なくとも５個の連続した塩基の第２の領域は、第２のＲＮＡ内に含まれる連続したヌクレオチドに相補的であり得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドの第１のＲＮＡおよび第２のＲＮＡへの結合の予測されるギブス自由エネルギー（ΔＧ）は、個別に、約３７℃および約７．２～約７．６の範囲のｐＨで約－１７～約－３６ｋｃａｌ ｍｏｌ-1の範囲であり得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、合成マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、または低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）であり得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、１個または複数の他の同等な非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）に対して、１個または複数のヌクレオチド挿入、ヌクレオチド欠失、ヌクレオチド置換、またはそのあらゆる組み合わせを含むことが可能である。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡに少なくとも部分的に結合した場合、約３７℃および約７．２～約７．６の範囲のｐＨで、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡに結合する他の同等なｎｃＲＮＡの結合のギブス自由エネルギー（ΔＧ）と比較して、約３７℃および約７．２～約７．６の範囲のｐＨでの結合のΔＧが少なくとも約１０％低い可能性がある。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約５～約５０ヌクレオチド長であり得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、リボース糖を含み得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、デオキシリボース糖を含み得る。いくつかの実施形態では、ｎｃＲＮＡは、ｍｉＲ－３０マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｍｉＲ－２９ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－２６ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－２７ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－１０１ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－１４５ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－２０５ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－３３８ｍｉＲＮＡ、またはｍｉＲ－３７５ｍｉＲＮＡであり得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０７、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号２４５、配列番号２４６、配列番号２４７、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５０、配列番号２５１、配列番号２５２、配列番号２５３、配列番号２５４、配列番号２５５、配列番号２５６、配列番号２５７、配列番号２５８、配列番号２５９、配列番号２６０、配列番号２６１、配列番号２６２、配列番号２６３、配列番号４６５、配列番号６２４、配列番号６２５、配列番号６２６、配列番号６２７、配列番号６２８、配列番号６２９、配列番号６３０、配列番号６３１、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号６３４、配列番号６３５、配列番号６３６、配列番号６３７、配列番号６３８、配列番号６３９、配列番号６４０、配列番号６４１、配列番号６４２、配列番号６４３、配列番号８４０、配列番号８４１、配列番号８４２、配列番号８４３、配列番号８４４、配列番号８４５、配列番号９０１、配列番号９０２、配列番号９０３、配列番号９０４、配列番号９０５、配列番号９０６、配列番号９０７、配列番号９０８、配列番号９０９、配列番号９１０、配列番号９１１、配列番号９１２、配列番号９１３、配列番号９１４、配列番号９１５、配列番号９１６、配列番号９１７、配列番号９１８、配列番号９１９、配列番号９２０、配列番号９２１、配列番号９２２、配列番号９２３、配列番号９２４、配列番号９２５、配列番号９２６、配列番号９２７、配列番号９２８、配列番号９２９、配列番号９３０、配列番号９３１、配列番号９３２、配列番号９３３、配列番号９３４、配列番号９３５、配列番号９３６、配列番号９３７、配列番号９３８、配列番号９３９、配列番号９４０、配列番号９４１、配列番号９４２、配列番号９４３、配列番号９４４、配列番号９４５、配列番号９４６、配列番号９４７、配列番号９４８、または配列番号９４９のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドは、約６．５～約７．６の範囲のｐＨ、約１５℃～約３７℃の範囲の温度で、水溶液中にステムループを含む二次構造を形成し得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、天然に存在する塩基、糖、骨格、またはリン酸結合に対して化学修飾された塩基、化学修飾された糖、化学修飾された骨格またはリン酸結合、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態では、化学修飾は、メチル基、フルオロ基、メトキシエチル基、エチル基、ヒドロキシメチル基、ホルミル基、架橋型核酸、ロックド核酸、カルボン酸またはその塩、ホスホチオネート修飾骨格、メチルホスホネート修飾骨格、アミノアルキル鎖修飾、およびこれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択することができる。いくつかの実施形態では、化学修飾された場合、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、式：（Ｎ）a（ｍＮ）b（Ｎ）cＮＮ；（Ｎ）a（ｍＮ）b（Ｎ）cｓｆＮｓｍＮ；または（ｆＮｍＮ）h（ｍＮ）i（ｆＮｍＮ）jｓｆＮｓｍＮ（式中、各Ｎは独立して、ウラシル、グアニン、アデニン、シトシン、または他の天然ヌクレオチドであってもよく；各ｍＮは独立して２’－Ｏメチル修飾ウラシル、グアニン、アデニン、またはシトシンであってもよく；各ｓは、独立して、ホスホチオネート修飾骨格であってもよく；各ｆＮは、独立して、２’フルオロ修飾ウラシル、グアニン、アデニン、またはシトシンであってもよく；各ａは８～１０であってもよく、各ｂは７～１０であってもよく、各ｃは２～４であってもよく、各ｈは５～７であってもよく、各ｉは０または１であってもよく、各ｊは３～４であり得る）を含み得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３４、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９１、配列番号１９２、配列番号１９３、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８、配列番号１９９、配列番号２００、配列番号２０１、配列番号２０５、配列番号２０６、配列番号２０７、配列番号２０８、配列番号２０９、配列番号２１０、配列番号２１１、配列番号２１２、配列番号２１３、配列番号２１４、配列番号２１５、配列番号２１６、配列番号２１７、配列番号２１８、配列番号２１９、配列番号２２０、配列番号２２１、配列番号２２２、配列番号２２５、配列番号２２６、配列番号２２７、配列番号２２８、配列番号２２９、配列番号２３０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３３、配列番号２３５、配列番号２３６、配列番号２３７、配列番号２３８、配列番号２３９、配列番号２４０、配列番号２４１、配列番号２４２、配列番号２４３、配列番号２６４、配列番号２６５、配列番号２６６、配列番号２６７、配列番号２６８、配列番号２６９、配列番号２７０、配列番号２７１、配列番号２７２、配列番号２７３、配列番号２７４、配列番号２７５、配列番号２７６、配列番号２７７、配列番号２７８、配列番号２７９、配列番号２８０、配列番号２８１、配列番号２８２、配列番号２８３、配列番号２８４、配列番号２８５、配列番号２８６、配列番号２８７、配列番号２８８、配列番号２８９、配列番号２９０、配列番号２９１、配列番号２９２、配列番号２９３、配列番号２９４、配列番号２９５、配列番号２９６、配列番号２９７、配列番号２９８、配列番号２９９、配列番号３００、配列番号３０１、配列番号３０２、配列番号３０３、配列番号３０４、配列番号３０５、配列番号３０６、配列番号３０７、配列番号３０８、配列番号３０９、配列番号３１０、配列番号３１１、配列番号３１２、配列番号３１３、配列番号３１４、配列番号３１５、配列番号３１６、配列番号３１７、配列番号３１８、配列番号３１９、配列番号３２０、配列番号３２１、配列番号３２２、配列番号３２３、配列番号３２４、配列番号３２５、配列番号３２６、配列番号３２７、配列番号３２８、配列番号３２９、配列番号３３０、配列番号３３１、配列番号３３２、配列番号３３３、配列番号３３４、配列番号３３５、配列番号３３６、配列番号３３７、配列番号３３８、配列番号３３９、配列番号３４０、配列番号３４１、配列番号３４２、配列番号３４３、配列番号３４４、配列番号３４５、配列番号３４６、配列番号３４７、配列番号３４８、配列番号３４９、配列番号３５０、配列番号３５１、配列番号３５２、配列番号３
５３、配列番号３５４、配列番号３５５、配列番号３５６、配列番号３５７、配列番号３５８、配列番号３５９、配列番号３６０、配列番号３６１、配列番号３６２、配列番号３６３、配列番号３６４、配列番号３６５、配列番号３６６、配列番号３６７、配列番号３６８、配列番号３６９、配列番号３７０、配列番号３７１、配列番号３７２、配列番号３７３、配列番号３７４、配列番号３７５、配列番号３７６、配列番号３７７、配列番号３７８、配列番号３７９、配列番号３８０、配列番号３８１、配列番号３８２、配列番号３８３、配列番号３８４、配列番号３８５、配列番号３８６、配列番号３８７、配列番号３８８、配列番号３８９、配列番号３９０、配列番号３９１、配列番号３９２、配列番号３９３、配列番号３９４、配列番号３９５、配列番号３９６、配列番号３９７、配列番号３９８、配列番号３９９、配列番号４００、配列番号４０１、配列番号４０２、配列番号４０３、配列番号４０４、配列番号４０５、配列番号４０６、配列番号４０７、配列番号４０８、配列番号４０９、配列番号４１０、配列番号４１１、配列番号４１２、配列番号４１３、配列番号４１４、配列番号４１５、配列番号４１６、配列番号４１７、配列番号４１８、配列番号４１９、配列番号４２０、配列番号４２１、配列番号４２２、配列番号４２３、配列番号４２４、配列番号４２５、配列番号４２６、配列番号４２７、配列番号４２８、配列番号４２９、配列番号４３０、配列番号４３１、配列番号４３２、配列番号４３３、配列番号４３４、配列番号４３５、配列番号４３６、配列番号４３７、配列番号４３８、配列番号４３９、配列番号４４０、配列番号４４１、配列番号４４２、配列番号４４３、配列番号４４５、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号４４９、配列番号４５０、配列番号４５１、配列番号４５２、配列番号４５３、配列番号４５５、配列番号４５６、配列番号４５７、配列番号４５８、配列番号４５９、配列番号４６０、配列番号４６１、配列番号４６２、配列番号４６３、配列番号６２０、配列番号６４４、配列番号６４５、配列番号６４６、配列番号６４７、配列番号６４８、配列番号６４９、配列番号６５０、配列番号６５１、配列番号６５２、配列番号６５３、配列番号６５４、配列番号６５５、配列番号６５６、配列番号６５７、配列番号６５８、配列番号６５９、配列番号６６０、配列番号６６１、配列番号６６２、配列番号６６３、配列番号６６４、配列番号６６５、配列番号６６６、配列番号６６７、配列番号６６８、配列番号６６９、配列番号６７０、配列番号６７１、配列番号６７２、配列番号６７３、配列番号６７４、配列番号６７５、配列番号６７６、配列番号６７７、配列番号６７８、配列番号６７９、配列番号６８０、配列番号６８１、配列番号６８２、配列番号６８３、配列番号６８４、配列番号６８５、配列番号６８６、配列番号６８７、配列番号６８８、配列番号６８９、配列番号６９０、配列番号６９１、配列番号６９２、配列番号６９３、配列番号６９４、配列番号６９５、配列番号６９６、配列番号６９７、配列番号６９８、配列番号６９９、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７０５、配列番号７０６、配列番号７０７、配列番号７０８、配列番号７０９、配列番号７１０、配列番号７１１、配列番号７１２、配列番号７１３、配列番号７１４、配列番号７１５、配列番号７１６、配列番号７１７、配列番号７１８、配列番号７１９、配列番号７２０、配列番号７２１、配列番号７２２、配列番号７２３、配列番号７２４、配列番号７２５、配列番号７２６、配列番号７２７、配列番号７２８、配列番号７２９、配列番号７３０、配列番号７３１、配列番号７３２、配列番号７３３、配列番号７３４、配列番号７３５、配列番号７３６、配列番号７３７、配列番号７３８、配列番号７３９、配列番号７４０、配列番号７４１、配列番号７４２、配列番号７４３、配列番号７４４、配列番号７４５、配列番号７４６、配列番号７４７、配列番号７４８、配列番号７４９、配列番号７５０、配列番号７５１、配列番号７５２、配列番号７５３、配列番号７５４、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、配列番号７５９、配列番号７６０、配列番号７６１、配列番号７６２、配列番号７６３、配列番号７６４、配列番号７６５、配列番号７６６、配列番号７６７、配列番号７６８、配列番号７６９、配列番号７７０、配列番号７７１、配列番号７７２、配列番号７７３、配列番号７７４、配列番号７７５、配列番号７７６、配列番号７７７、配列番号７７８、配列番号７７９、配列番号７８０、配列番号７８１、配列番号７８２、配列番号７８３、配列番号７８４、配列番号７８５、配列番号７８６、配列番号７８７、配列番号７８８、配列番号７８９、配列番号７９０、配列番号７９１、配列番号７９２、配列番号７９３、配列番号７９４、配列番号７９５、配列番号７９６、配列番号７９７、配列番号７９８、配列番号７９９、配列番号８００、配列番号８０１、配列番号８０２、配列番号８０３、配列番号８０４、配列番号８０５、配列番号８０６、配列番号８０７、配列番号８０８、配列番号８０９、配列番号８１０、配列番号８１１、配列番号８１２、配列番号８１３、配列番号８１４、配列番号８１５、配列番号８１６、配列番号８１７、配列番号８１８、配列番号８１９、配列番号８２０、配列番号８２１、配列番号８２２、配列番号８２３、配列番号８２４、配列番号８２５、配列番号８３５、配列番号８３６、配列番号８３７、配列番号８４６、配列番号８４７、配列番号８４８、配列番号８４９、配列番号８５０、配列番号８５１、配列番号８５２、配列番号８５３、配列番号８５４、配列番号８５５、配列番号８５６、配列番号８５７、配列番号８５８、配列番号８５９、配列番号８６０、配列番号８６１、配列番号８６２、配列番号８６３、配列番号８６４、配列番号８６５、配列番号８６６、配列番号８６７、配列番号８６８、配列番号８６９、配列番号８７０、配列番号８７１、配列番号８７２、配列番号８７３、配列番号８７４、配列番号８７５、配列番号８７６、配列番号８７７、配列番号８７８、配列番号８７９、配列番号８８０、配列番号８８１、配列番号８８２、配列番号８８３、配列番号８８４、配列番号８８５、配列番号８８６、配列番号８８７、配列番号８８８、配列番号８８９、配列番号８９０、配列番号８９１、配列番号８９２、配列番号８９３、配列番号８９４、配列番号８９５、配列番号８９６、配列番号８９７、配列番号８９８、または配列番号８９９のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチド配列は、糖、塩基、または骨格の修飾を含み得る。いくつかの実施形態では、修飾は、リンカーを含み得る。いくつかの実施形態では、リンカーは、共有結合性リンカーであり得る。いくつかの実施形態では、リンカーは、切断可能なリンカーであり得る。いくつかの実施形態では、リンカーは、コンジュゲートを含むようにさらに修飾され得る。いくつかの実施形態では、コンジュゲートは、抗体、天然に存在するリガンド、低分子、またはペプチドであり得る。いくつかの実施形態では、コンジュゲートは、薬物またはその塩であり得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドは、グリカンでグリコシル化されているヌクレオチドの塩基を含み得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、ｍＲＮＡ配列を少なくとも部分的に含み得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、（ａ）ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離された哺乳動物細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、（ｂ）ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離された哺乳動物細胞に、ｎｃＲＮＡをトランスフェクトし、（ｃ）同じタイプの哺乳動物細胞である、第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞中に発現するポリペプチドの量を測定することにより決定した時に、等量のｎｃＲＮＡをｍＲＮＡ配列と接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの発現が約１．２分の１以下となるように産生し得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、（ａ）ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離された哺乳動物細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、（ｂ）ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離された哺乳動物細胞に、ｎｃＲＮＡをトランスフェクトし、（ｃ）同じタイプの哺乳動物細胞である、第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞中に発現するポリペプチドからの活性量を測定することにより決定した時に、等量のｎｃＲＮＡをｍＲＮＡ配列と接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの活性が約１．２分の１以下となるように産生し得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、（ａ）ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離された哺乳動物細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、（ｂ）ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離された哺乳動物細胞に、ｎｃＲＮＡをトランスフェクトし、（ｃ）第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞中に発現するポリペプチドの量を測定することにより決定した時に、等量のｎｃＲＮＡを接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの発現が約１．２分の１～約１０分の１となるように産生し得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、（ａ）ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離された哺乳動物細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、（ｂ）ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離された哺乳動物細胞に、ｎｃＲＮＡをトランスフェクトし、（ｃ）第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞中に発現するポリペプチドからの活性量を測定することにより決定した時に、等量のｎｃＲＮＡを接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの活性が約１．２分の１～約１０分の１となるように産生し得る。いくつかの実施形態では、第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞は、ヒト細胞またはマウス細胞であり得る。いくつかの実施形態では、第１の単離された哺乳動物細胞はヒト細胞であってもよく、ヒト細胞は、がん細胞、線維芽細胞、白血球、上皮細胞、扁平上皮細胞、筋芽細胞、筋肉細胞であり得る。いくつかの実施形態では、約２３℃、相対大気湿度約５０％で少なくとも約１カ月の期間、閉鎖した保存容器中で保存する場合、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩の初期量の少なくとも約８０％が残存し得る。いくつかの実施形態では、期間は約１カ月～約１年であり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態はがんを含み得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はがん遺伝子によってコードされ得る。いくつかの実施形態では、がん遺伝子は、ＡＢＬ１、ＡＢＬ２、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＫＴ３、ＡＴＦ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＢＣＬ２、ＢＣＬ３、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＡＲＤ１１、ＣＢＬＢ、ＣＢＬＣ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、ＣＣＮＤ３、ＣＤＸ２、ＣＴＮＮＢ１、ＤＤＢ２、ＢＢＩＴ３、ＢＢＸ６、ＤＥＫ、ＥＧＦＲ、ＥＬＫ４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ３、Ｅ２Ｆ１、ＺＥＢ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ６、ＥＶＩ１、ＥＷＳＲ１、ＦＥＶ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ１ＯＰ、ＦＧＲ２、ＦＵＳ、ＧＯＬＧＡ５、ＧＯＰＣ、ＨＭＧＡ１、ＨＭＧＡ２、ＨＲＡＳ、ＩＲＦ４、ＩＴＧＡ６、ＪＵＮ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＬＣＫ、ＬＭＯ２、ＭＡＦ、ＭＡＦＢ、ＭＡＭＬ２、ＭＤＭ２、ＭＥＴ、ＭＩＴＦ、ＭＬＬ、ＭＰＬ、ＭＹＢ、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＭＹＣＮ、ＮＣＯＡ４、ＮＦＫＢ２、ＮＲ
ＡＳ、ＮＴＲＫ１、ＮＵＰ２１４、ＰＡＸ８、ＰＤＧＦＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＭ１、ＰＬＡＧ１、ＰＰＡＲＧ、ＰＴＰＮ１１、ＲＡＦ１、ＲＥＬ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＳＥＴＤＢ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＭＯ、ＳＳ１８、ＴＣＬ１Ａ、ＴＥＴ２、ＴＦＧ、ＣＤＫ６、ＡＴＧ９Ａ、ＴＬＸ１、ＴＰＲ、ＵＳＰ６、ＣＳＮＫ１Ｇ、ＫＬＦ１７、ＡＲＨＧＡＰ２６、ＲＡＢ１１ＦＩＰ１、ＲＢＪ、ＳＥＲＢＰ１、ＣＴＢＰ１、ＣＲＫＬ、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡＶ、ＬＡＭＣ１、Ｇ６ＰＣ２、ＰＰＰ２Ｒ５Ｅまたはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態では、がん遺伝子は、ＩＴＧＡ６、ＢＣＬ２、ＤＥＫ、ＰＬＡＧ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＭＹＣＮ、ＬＭＯ２、ＰＩＭ１、ＥＧＦＲ、ＩＲＳ１、ＮＴ５Ｅ、ＧＬＤＣ、ＳＯＣＳ１、ＳＴＡＴ１、ＬＯＸ、ＰＤＧＦＲＢ、ＷＮＴ５Ａ、ＣＤ８０、ＣＣＮＡ１、ＴＨＢＳ２、ＩＧＦ１Ｒ、ＡＦＡＰ１Ｌ２、ＣＴＨＲＣ１、ＭＥＴ、ＦＡＰ、ＩＬ１Ａ、ＧＪＡ１、ＭＹＢＬ２またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、多数のＲＮＡ配列のうち、ＩＴＧＡ６、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＥＧＦＲ、ＭＤＴＨまたはそれらのあらゆる組み合わせをコードするＲＮＡ配列に対して選択的であり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態は線維症を含み得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部は、コラーゲンスーパーファミリー遺伝子、血小板由来成長因子遺伝子、ＴＧＦ－βシグナル伝達遺伝子、コラーゲンリモデリング遺伝子、細胞外マトリックスリモデリング遺伝子、Ｗｎｔシグナル伝達遺伝子、肝癌由来成長因子（ＨＤＧＦ）シグナル伝達遺伝子またはそれらのあらゆる組み合わせによってコードされ得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はコラーゲンスーパーファミリー遺伝子によってコードすることができ、コラーゲンスーパーファミリー遺伝子はＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ５Ａ３、ＣＯＬ５Ａ２、ＣＯＬ４Ａ４、ＣＯＬ２１Ａ１、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＬ２２Ａ１、ＣＯＬ８Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＣＯＬ６Ａ２、ＣＯＬ２４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＯＬ４Ａ６、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＬ１６Ａ１、ＣＯＬ１５Ａ１およびこれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部は血小板由来成長因子遺伝子によってコードされ、血小板由来成長因子遺伝子は、ＰＤＧＦＢ、ＰＤＧＦＣ、ＰＤＧＦＲＢ、およびそれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択され得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はＴＧＦ－βシグナル伝達遺伝子によってコードすることができ、ＴＧＦ－βシグナル伝達遺伝子は、ＷＩＳＰ１、ＴＧＦＢ２、またはそれらのあらゆる組み合わせである。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はコラーゲンリモデリング遺伝子によってコードすることができ、コラーゲンリモデリング遺伝子はＬＯＸＬ２である。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部は細胞外マトリックスリモデリング遺伝子によってコードすることができ、細胞外マトリックスリモデリング遺伝子は、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ５Ａ３、ＣＯＬ５Ａ２、ＣＯＬ４Ａ４、ＣＯＬ２１Ａ１、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＬ２２Ａ１、ＣＯＬ８Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＣＯＬ６Ａ２、ＣＯＬ２４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＯＬ４Ａ６、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＬ１６Ａ１、ＣＯＬ１５Ａ１、ＬＯＸＬ２、エラスチン、およびそれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部は、Ｗｎｔシグナル伝達遺伝子によってコードすることができ、Ｗｎｔシグナル伝達遺伝子はＷＩＳＰ１を含む。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はＨＤＧＦシグナル伝達遺伝子によってコードすることができ、ＨＤＧＦシグナル伝達遺伝子はＨＤＧＦを含む。いくつかの実施形態では、疾患または状態はウイルス感染を含み得る。いくつかの実施形態では、ウイルス感染はＨＣＶ遺伝子型１感染であり得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はＨＣＶ遺伝子型１ゲノムにコードされ得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号５８７、配列番号５８８、または配列番号５８９に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、ウイルス感染はコロナウイルス感染であり得る。いくつかの実施形態では、コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２であり得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムにコードされ得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、配列番号５００～配列番号５３１、配列番号８２９、配列番号８３０、または配列番号８３１のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号５００、配列番号５１３、または配列番号５１８に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶであり得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノムにコードされ得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、配列番号４７４～配列番号４９９、配列番号８２６、配列番号８２７、または配列番号８２８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号４７６、配列番号４８１、または配列番号４９５に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、コロナウイルスはＭＥＲＳ－ＣｏＶであり得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はＭＥＲＳ－ＣｏＶゲノムにコードされ得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、配列番号５３２～配列番号５５４のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、コロナウイルスはＣｏＶ－ＨＫＵ１であり得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はＣｏＶ－ＨＫＵ１ゲノムにコードされ得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、配列番号５５５～配列番号５８６のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、ウイルス感染はＨＩＶ感染であり得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部はＨＩＶゲノムによってコードされ得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号４７０に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号４７１、配列番号４７２、または配列番号４７３に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、筋ジストロフィーまたはミオパチーを含む神経筋障害を含み得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、デュシェンヌ筋ジストロフィー（ＤＭＤ）、筋緊張性ジストロフィー（ＭＤ）、顔面肩甲上腕筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）、肢帯型筋ジストロフィー（ＬＧＭＤ）、ベッカー筋ジストロフィー、眼咽頭型筋ジストロフィー、エメリ・ドレフュス筋ジストロフィー、または遠位型筋ジストフィーであり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、遺伝性または自然発生の常染色体優性突然変異に起因し得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部は、ジストロフィン、ＤＭＰＫ、ＣＬＣＮ１、ＣＮＢＰ、Ｄ４Ｚ４リピート、ＤＵＸ４、ＳＭＣＨＤ１、ＤＢＥＴ、ＳＶＩＬ、ＧＡＬ３ＳＴ２、ＦＲＧ１、ＣＡＰＮ３、ＤＹＳＦ、ＬＭＮＡ、ＰＡＢＰＮ１、ＰＹＧＭ、ＭＹＯＤ１、ＭＹＨ７、ＨＮＲＮＰＣ、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＡＣＶＲ１、ＡＳＩＣ２、ＡＴＧ１４、ＡＴＰ１Ａ１、Ｂ３ＧＴＮＬ１、ＢＡＮＦ１、ＢＰＴＦ、ＣＡＳＰ８ＡＰ２、ＣＤＸ４、ＣＥＬＦ２、ＣＨＭＰ７、ＣＫＭＴ１Ｂ、ＣＬＡＳＰ１、ＣＮＯＴ３、ＣＯＬ１５Ａ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＤＣＡＦ１５、ＤＣＮ、ＤＬＸ５、ＤＵＳＰ７、ＤＵＸ１、ＤＵＸ５、ＥＭＩＬＩＮ１、ＥＰＧ５、ＦＡＭ１３Ａ、ＦＢＸ０３、ＦＢＸＬ２２、ＦＭＮＬ３、ＦＲＥＭ２、ＦＲＭＰＤ２、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＧＩＤ４、ＧＪＤ３、ＧＭＰＲ、ＧＮＡＴ１、ＧＯＳＲ１、ＧＰＲＣ６Ａ、ＨＥＲＣ１、ＨＧＦ、ＨＯＯＫ３、ＨＯＸＣ９、ＨＳＰ４０、ＩＲＦ９、ＩＲＸ５、ＩＴＧＡ１０、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡ９、ＫＣＮＣ３、ＫＬＨＬ３、ＫＬＫ６、ＬＡＲＰ６、ＭＡＬＴ１、ＭＡＰ３Ｋ４、ＭＡＰＫ１０、ＭＩＲ４６６１、ＭＩＲ８０７８、ＭＴＳＳ１、ＮＤＵＦＡＦ６、ＮＥＢＬ、ＮＫＸ２、ＮＲ２Ｆ１、ＰＣＩＤ２、ＰＤＥ１０Ａ、ＰＫＤ１Ｌ２、ＰＫＨＤ１、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｂ、ＰＴＰＲＮ２、ＰＹＹ、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＲＢＣＫ１、ＲＦＸ３、ＲＨＢＤＦ２、ＳＣＲＩＢ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＴＤ４、ＳＨＦＬ、ＳＨＨ、ＳＬＣ３７Ａ４、ＳＬＣ９Ａ８、ＳＭＡＤ１、ＳＰＥＦ１、ＳＰＲＥＤ３、ＳＴ３ＧＡＬ６、ＳＴＡＧ１、ＳＵＰＶ３Ｌ１、ＴＢＣ１Ｄ２６、ＴＣＥＡ２、ＴＣＦ３、ＴＭ６ＳＦ１、ＴＭＥＭ１０８、ＴＭＥＭ２５９、ＴＮＦＳＦ４、ＴＮＩＰ１、ＴＲＮＰ１、ＵＳＨ１Ｇ、ＷＲＮＩＰ１、ＸＩＡＰ、ＺＮＦ５７４遺伝子またはそれらのあらゆる組み合わせにコードされ得る。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡは、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号９０１～配列番号９４９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含み得る。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチド中のヌクレオチドの少なくとも１個の塩基は、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡに相補的でなくてもよい。
また、本明細書では、約５ヌクレオチド～約５０ヌクレオチドのポリヌクレオチド配列を含み得る、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩が開示される。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、第１の領域、第１の領域に隣接する第２の領域、および第２の領域に隣接する第３の領域を含み得、領域が５’から３’まで次の順序：第１の領域、第２の領域、および第３の領域で配置されており；操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩がｍＲＮＡ配列に結合している場合、第１の領域および第３の領域はｍＲＮＡ配列に相補的であり、第２の領域はｍＲＮＡ配列に相補的ではない少なくとも一つの塩基を含む。いくつかの実施形態では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、３７℃および約７．２のｐＨでｍＲＮＡ配列に結合する他の同等のオリゴヌクレオチドの結合のギブス自由エネルギー（ΔＧ）と比較して、約３７℃および約７．２のｐＨでのｍＲＮＡ配列への結合について決定した時に、少なくとも約１０％低い結合のΔＧを含み得、他の同等のオリゴヌクレオチドは、ｍＲＮＡ配列と相補的でない操作されたオリゴヌクレオチド内で少なくとも１個の塩基を欠失している。
また、本明細書ではＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９、および９０１～９４９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を有するポリヌクレオチド配列を含み得る、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩であって、ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、（ａ）ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離されたヒト細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、（ｂ）ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離されたヒト細胞に、ｍｉＲ－２９またはｍｉＲ－３０オリゴヌクレオチドをトランスフェクトし、（ｃ）第１の単離されたヒト細胞および第２の単離されたヒト細胞中に発現するポリペプチドの量を測定することにより決定した時に、ヒト細胞中に自然に存在する等量のｍｉＲ－２９もしくはｍｉＲ－３０オリゴヌクレオチド、またはその塩を接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの発現が約１．２分の１以下となるように産生する、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩が開示される。いくつかの実施形態では、構造および化学は、未修飾配列または同等のｎｃＲＮＡと比較して、天然ヌクレアーゼに対して１００倍以上の安定性を付与するように最適化され得る。
また、本明細書では、ポリヌクレオチド配列を含み得る操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩であって、本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩の少なくとも一部と少なくとも部分的に相補的であり得る、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩が開示される。いくつかの実施形態では、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩は約５～約５０ヌクレオチド長であり得る。いくつかの実施形態では、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩はリボース糖を含み得る。いくつかの実施形態では、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩はデオキシリボース糖を含み得る。いくつかの実施形態では、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号１５５、配列番号１５６、配列番号１５７、配列番号１５８、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６４、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７、配列番号１６８、配列番号１６９、または配列番号４６６のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドは、ステムループを含む二次構造を形成し得る。いくつかの実施形態では、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩は、天然に存在する塩基、糖、骨格、またはリン酸結合に対して化学修飾された塩基、化学修飾された糖、化学修飾された骨格またはリン酸結合、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態では、化学修飾は、メチル基、フルオロ基、メトキシエチル基、エチル基、ヒドロキシメチル基、ホルミル基、カルボン酸またはその塩、ホスホチオネート修飾骨格、メチルホスホネート修飾骨格、アミノアルキル鎖修飾、およびこれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択され得る。いくつかの実施形態では、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩は、化学修飾された場合、式：ＣＡＰ－ｍＮｍＮｍＮ（Ｎ）kｍＮｍＮｍＮ（式中、ＣＡＰは、５’－末端メチル基（５’－Ｏメチル）またはアミノ炭素６鎖（５’－アミノＣ６）のようなアルキルアミノ基から選択することができ；各Ｎは独立してウラシル、グアニン、アデニンまたはシトシンであってもよく；各ｍＮは独立して２’－Ｏ－メチル修飾ウラシル、グアニン、アデニン、またはシトシンであってもよく；各ｋは１２～１９であり得る）を含み得る。いくつかの実施形態では、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１７０、配列番号１７１、配列番号１７２、配列番号１７３、配列番号１７４、配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７、配列番号１７８、配列番号１７９、配列番号１８０、配列番号１８１、配列番号１８２、配列番号１８３、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２２３、配列番号２２４、配列番号２３４、配列番号２４４、配列番号４４４、配列番号４５４、配列番号４６４、配列番号８３８、配列番号８３９、または配列番号９００のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有し得る。いくつかの実施形態では、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩は糖修飾を含み得る。いくつかの実施形態では、糖修飾はグリコシル化塩基を含み得る。いくつかの実施形態では、構造および化学は、未修飾配列または同等のｎｃＲＮＡと比較して、天然ヌクレアーゼに対して１００倍以上の安定性を付与するように最適化され得る。
また、本明細書では、（ａ）本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩を含む第１の鎖、および（ｂ）第１の鎖の少なくとも一部に相補的な配列を有する本明細書に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩を含む第２の鎖を含み得る核酸構築物が開示される。
また、本明細書では、本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチドもしくはその塩、または本明細書に記載の核酸構築物を含み得るベクターが開示される。いくつかの実施形態では、ベクターは、リポソーム、ナノ粒子、またはそれらのあらゆる組み合わせで存在し得る。いくつかの実施形態では、ベクターはウイルスベクターであり得る。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターであり得る。
また、本明細書では、本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチドもしくはその塩、本明細書に記載の核酸構築物、または本明細書に記載のベクターを含み得る単離された細胞が開示される。
また、本明細書では、（ａ）本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチドもしくはその塩、本明細書に記載の核酸構築物、または本明細書に記載のベクターと、（ｂ）薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体とを含み得る、医薬組成物が開示される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は単位用量形態であり得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物はカプセル化され得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物は液体の形態であり得る。
また、本明細書では、治療的有効量の本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチドもしくはその塩、本明細書に記載の核酸構築物、本明細書に記載のベクター、または本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与する工程を含み得る、それを必要とする対象を処置する方法が開示される。いくつかの実施形態では、投与は、静脈内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、眼窩内注射、皮下注射、またはそれらのあらゆる組み合わせによるものであり得る。いくつかの実施形態では、投与は、経口、耳介、眼球、直腸、またはそれらのあらゆる組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、方法は、対象への第２の療法を含む第２の投与をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、投与および第２の投与は同時的であり得る。いくつかの実施形態では、投与および第２の投与は逐次的であり得る。いくつかの実施形態では、対象は、疾患または状態を有するか、または発症する危険性があり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態はがんであり得る。いくつかの実施形態では、がんは、頭部がん、頸部がん、皮膚がん、子宮頸がん、前立腺がん、またはそれらのあらゆる組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態はウイルス感染であり得る。いくつかの実施形態では、ウイルス感染は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２感染、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ感染、ＣｏＶ－ＨＫＵ１感染、ＨＩＶ感染、またはＨＣＶ感染であり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態は線維症であり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態は筋ジストロフィーであり得る。いくつかの実施形態では、対象は哺乳動物であり得る。いくつかの実施形態では、哺乳動物はヒトであり得る。いくつかの実施形態では、対象が、診断検査によって疾患または状態であると診断され得る。いくつかの実施形態では、診断検査は、画像化法、血球数分析、組織病理学的分析、バイオマーカー分析、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。
また、本明細書では、本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩、本明細書に記載の核酸構築物、または本明細書に記載のベクターを、単離された細胞または単離された組織と接触させることを含み得る方法が開示される。
また、本明細書では、容器内の本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩、容器内の本明細書に記載の核酸構築物、容器内の本明細書に記載のベクター、または容器内の本明細書に記載の医薬組成物を含み得る、本明細書に記載のキットが開示される。
参照による組込み
本明細書で言及されている全ての出版物、特許、および特許出願は、個々の出版物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個別に示されている場合と同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。参照により組み込まれる出版物および特許または特許出願が、本明細書に含まれる開示と矛盾する範囲において、本明細書は、そのような矛盾する材料に取って代わることおよび／または優先することが意図される。
例示的な実施形態の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲に具体的に説明されている。特徴および利点のより良好な理解は、例示的な実施形態の原理が利用される例示的な実施形態を説明する以下の詳細な説明、およびその添付図面を参照することによって得られるであろう。
天然のｍｉＲ－３０ガイド鎖配列、および操作されたファミリーメンバーの例を示す図である。 天然のｍｉＲ－３０パッセンジャー鎖の配列、および操作されたファミリーメンバーの例を示す図である。 ＩＴＧＡ６、ＳＥＲＰＩＮＥ１、およびＥＧＦＲ転写産物の３’ＵＴＲにおける天然ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ配列と標的部位との間の自由エネルギー（ΔＧ）およびハイブリダイゼーションを示す図である。 １３位に「Ｇ」挿入を含む操作されたファミリーＧ００７－３０（配列番号３９）とＩＴＧＡ６、ＳＥＲＰＩＮＥ１、およびＥＧＦＲ標的部位との間の自由エネルギー（ΔＧ）およびハイブリダイゼーションを示す図である。 Ｇ００７－３０に見られるものと同じ「Ｇ」挿入を１３位に含む模倣体が、選択された発がん性標的の改善されたノックダウンを実証し得ることを示す図である。 ＭＴＤＨ ３’ＵＴＲにおけるｍｉＲ－３０－５ｐ標的部位を模式的に可視化した図である。 がん細胞株におけるｍｉＲ－３０模倣体の抗腫瘍活性を示す図である。 ｍｉＲ－３０模倣体による、がん関連ｍｉＲ－３０標的部位を含むルシフェラーゼレポーターを、その３’ＵＴＲでノックダウンすることを示す図である。 異なる遺伝的背景を持つ追加の細胞株における、天然のｍｉＲ－３０ａおよび模範的な操作された模倣体の抗腫瘍活性を示す図である。 異なる組織学および遺伝的背景を有する追加のがん細胞株における、操作されたｍｉＲ－３０模倣体のパネルの抗腫瘍活性を示す図である。 核酸マーカー（Ｍ）と、模倣二重鎖、ガイド鎖、分解断片（≦ｎ－１）Ｃからなるサンプルを分離した尿素－ＰＡＧＥの一例を示す図である。 ヒト血清中における、操作されたｍｉＲ－３０ ｍｉＲＮＡ模倣体の二重鎖安定性を示す図である。 パッセンジャー鎖の配列と、模倣構造を変化させる化学修飾を有する操作された模倣二重鎖の構造を示す図である。 ヒト血清中における、操作されたｍｉＲ－３０ ｍｉＲＮＡ模倣体の例示的な二重鎖安定性を示す図である。 パッセンジャー鎖の配列、および模倣構造を変化させる化学修飾を有する操作された模倣二重鎖の模範的な構造を示す図である。 がん細胞株における典型的な操作されたｍｉＲ－３０模倣体の抗腫瘍活性を示す図である。 種々の構造を有するガイド鎖が同一である操作されたｍｉＲ－３０模倣体によるルシフェラーゼレポーターのノックダウンを示す図である。 ガイド鎖の５’末端に対して行うことができる２つの平滑末端化修飾の構造を示す図である。 ５’修飾された、平滑末端化したガイド鎖を有する模倣体の抗腫瘍活性を示す図である。 典型的な操作されたｍｉＲ－３０模倣体二重鎖の構造を示す図である。 がん細胞株における典型的な操作されたｍｉＲ－３０模倣体の抗腫瘍活性を示す図である。 種々の構造を有するがガイド鎖が同一である典型的な操作されたｍｉＲ－３０模倣体によるルシフェラーゼレポーターのノックダウンを示す図である。 典型的な操作された模倣体Ｍ３０－０４３の改善された抗がん活性およびサイレンシングを示す図である。 典型的な操作された模倣体Ｍ３０－０４３によるルシフェラーゼ活性のノックダウンを示す図である。 ＰＢＭＣを操作されたｍｉＲ－３０模倣体に曝露した後に、ＴＮＦαの生得的産生が減少することを示す図である。 ＰＢＭＣを操作されたｍｉＲ－３０模倣体に曝露した後に、ＩＦＮαの生得的産生が減少することを示す図である。 シスプラチン耐性がん細胞株の産生を示す図である。 シスプラチン耐性がん細胞株における操作されたｍｉＲ－３０模倣体の活性の保存を示す図である。 操作されたｍｉＲ－３０模倣体処理によるシスプラチンに対する耐性細胞株の再感受性を示す図である。 操作されたｍｉＲ－３０模倣体処理による、ＥＧＦＲ阻害剤セツキシマブに対するがん細胞株の感作を示す図である。 操作されたｍｉＲ－３０模倣体による同所性ＨＮＳＣＣ腫瘍における抗腫瘍活性のルシフェラーゼイメージを示す図である。 操作されたｍｉＲ－３０模倣体による同所性ＨＮＳＣＣ腫瘍におけるルシフェラーゼ活性の定量化を示す図である。 皮下ＨＮＳＣＣマウスモデルにおける、操作されたｍｉＲ－３０模倣体Ｍ３０－０４０の抗腫瘍活性を示す図である。 局所的処置を伴う操作されたｍｉＲ－３０模倣体Ｍ３０－０４８による同所性ＨＮＳＣＣ腫瘍における抗腫瘍活性のルシフェラーゼイメージを示す図である。 局所的処置を伴う操作されたｍｉＲ－３０模倣体Ｍ３０－０４８による同所性ＨＮＳＣＣ腫瘍におけるルシフェラーゼ活性の定量化を示す図である。 天然のｍｉＲ－２９ガイド鎖配列、および操作されたファミリーメンバーの例を示す図である。 ヒト宿主細胞遺伝子ＴＥＴ－１、および操作されたｍｉＲ－２９模倣体による改良された予測結合を模式的に可視化した図である。 ルシフェラーゼ細胞株において、操作されたｍｉＲ－２９模倣体が天然のｍｉＲ－２９ｂと比較して同等以上のノックダウン活性を有し得ることを示す図である。 天然のｍｉＲ－２９ｂ－１二重鎖、および操作されたｍｉＲ－２９模倣体の配列および構造を示す図である。 ヒト血清中における天然および操作されたｍｉＲ－２９ ｍｉＲＮＡ模倣体の二重鎖安定性を示す図である。 典型的な操作されたｍｉＲ－２９模倣体の配列および構造を示す図である。 ヒト血清中の典型的な操作されたｍｉＲ－２９ ｍｉＲＮＡ模倣体の二重鎖安定性を示す図である。 天然のｍｉＲ－２９ａ二重鎖および典型的な操作されたｍｉＲ－２９ａ模倣体の配列および構造を示す図である。 天然のｍｉＲ－２９ｂ二重鎖および典型的な操作されたｍｉＲ－２９ｂ模倣体の配列および構造を示す図である。 ｍｉＲ－２９ａおよびｍｉＲ－２９ｂの典型的な操作された模倣体によるルシフェラーゼノックダウン活性の改善を示す図である。 ｍｉＲ－２９の操作された模倣体が、自然免疫刺激を減少させることを示す図である。 ＨＩＶ－１ ＮＥＦ ＲＮＡに結合する天然および操作されたｍｉＲ－２９－３ｐガイド鎖を模式的に可視化した図である。 典型的な操作されたｍｉＲ－２９模倣体によるＨＩＶ－１複製の阻害を示す図である。 ｍｉＲ－２９の操作された模倣体によるＨＩＶ－１関連宿主ｍＲＮＡの改善されたノックダウンを示す図である。 天然および操作されたｍｉＲ－２９－３ｐガイド鎖による、ＳＡＲＳ－ＣｏＶウイルスゲノムの予測される標的部位への結合の自由エネルギーの計算値を示す図である。 天然および操作されたｍｉＲ－３０－５ｐガイド鎖によるＳＡＲＳ－ＣｏＶウイルスゲノムの予測される標的部位への結合の自由エネルギーの計算値を示す図である。 天然および操作されたｍｉＲ－２９－３ｐガイド鎖による、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムの予測される標的部位への結合の自由エネルギーの計算値を示す図である。 天然および操作されたｍｉＲ－３０－５ｐガイド鎖によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムの予測される標的部位への結合の自由エネルギーの計算値を示す図である。 典型的な操作されたｍｉＲ－２９およびｍｉＲ－３０模倣体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス複製の阻害を示す図である。 天然および操作されたｍｉＲ－２９－３ｐガイド鎖によるＨＣＶ－１ウイルスゲノムの予測される標的部位への結合の自由エネルギーの計算値を示す図である。 正常細胞株およびがん細胞株における抗がんの操作された人工ｍｉＲＮＡ模倣体ＥＮＧ－ｍｉＲ－１の殺細胞活性を示す図である。 多標的化ＡＳＯによるＦＳＨＤ患者の筋芽細胞におけるＤＵＸ４およびＤＢＥＴ ＲＮＡ転写産物の同時ノックダウンを示す図である。 本明細書に開示される方法およびシステムを示す図である。 本明細書で提供される方法を実施するためにプログラムされるか、または他の方法で構成されるコンピュータ制御システムを示す図である。
配列表
本明細書または添付の配列表に記載された、あらゆる核酸およびアミノ酸の配列は、米国特許法施行規則１．８２２に定義されるように、ヌクレオチド塩基およびアミノ酸の標準文字略号を用いて表示される。
配列番号１～３７は、典型的な成熟ｍｉＲＮＡのヌクレオチド配列である。
配列番号３８～４５、５２～８９、および６２４～８２５は、修飾されたｍｉＲ－３０ガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号４６～５１、９０～９９、および９００は、修飾されたｍｉＲ－３０パッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号１００～１５４、６２０、および８３５～８３７は、修飾されたｍｉＲ－２９ガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号１５５～１８３および８３８～８３９は、修飾されたｍｉＲ－２９パッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号１８４～２０１は、修飾されたｍｉＲ－２６ガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号２０２～２０４は、修飾されたｍｉＲ－２６パッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号２０５～２２２は、修飾されたｍｉＲ－２７ガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号２２３～２２４は、修飾されたｍｉＲ－２７パッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号２２５～２３３は、修飾されたｍｉＲ－１０１ガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号２３４は、修飾されたｍｉＲ－１０１パッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号２３５～２４３は、修飾されたｍｉＲ－１４５ガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号２４４は、修飾されたｍｉＲ－１４５パッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号２４５～４４３および８４０～８９９は、修飾されたｍｉＲ－２０５ガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号４４４は、修飾されたｍｉＲ－２０５パッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号４４５～４５３は、修飾されたｍｉＲ－３３８ガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号４５４は、修飾されたｍｉＲ－３３８パッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号４５５～４６３は、修飾されたｍｉＲ－３７５ガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号４６４は、修飾されたｍｉＲ－３７５パッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号４６５は、操作されたガイド鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号４６６は、操作されたパッセンジャー鎖ヌクレオチド配列である。
配列番号９０１～９４９は、アンチセンスヌクレオチド配列である。
配列番号４６７～６１９、６２１～６２３、８２６～８３４、９５０～１１２０は、標的ヌクレオチド配列である。
詳細な説明
定義
別途明示しない限り、非限定用語、例えば「含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」、「含有すること（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」等とは、「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」を意味する。
本明細書において使用される場合、単数形の「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈上明確に指示されない限り、複数の参照を含むように使用される。従って、反対の指示がない限り、本出願に記載された数値パラメータは、得ようとする所望の特性によって変化し得る近似値である。
本明細書で使用される場合、「約」または「およそ」という用語は、当業者によって決定される特定の値に対する許容誤差範囲内を意味し得、これは、値が測定または決定される方法、例えば、測定システムの限界に部分的に依存するであろう。例えば、「約」は、当技術分野における実施ごとに、プラスマイナス１０％を意味し得る。あるいは、「約」は、所定の値のプラスもしくはマイナス２０％、プラスもしくはマイナス１０％、プラスもしくはマイナス５％、またはプラスもしくはマイナス１％の範囲を意味し得る。あるいは、特に生物システムまたはプロセスに関しては、この用語は、ある値の１桁以内、５倍以内、または２倍以内を意味し得る。本出願および特許請求の範囲に特定の値が記載されている場合、特に示さない限り、特定の値について許容される誤差範囲内を意味する「約」という用語が想定されるべきである。また、値の範囲および／または部分的な範囲が提供される場合、範囲および／または部分的な範囲は、範囲および／または部分的な範囲の終点を含み得る。
本明細書で使用される場合、「実質的に」という用語は、所定の値の１００％に近づく値を意味し得る。いくつかの例では、この用語は、総量の少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％であり得る量を意味し得る。いくつかの例では、この用語は、総量の約１００％であり得る量を意味し得る。
「相同性」という用語は、参照配列に対する配列の％同一性を意味し得る。実際問題として、あらゆる特定の配列が本明細書に記載のあらゆる配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であり得るか（これは本明細書に記載の特定の核酸配列に対応し得る）、このような特定のポリペプチド配列は、伝統的な方法で、Ｂｅｓｔｆｉｔプログラム（Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix、Genetics Computer Group, University Research Park、575 Science Drive, Madison, Wis. 53711)等の公知のコンピュータプログラムを使用して決定し得る。Ｂｅｓｔｆｉｔまたは他の配列アラインメントプログラムを使用して、特定の配列が例えば参照配列と９５％同一であるかどうかを決定する場合、パラメータは、同一性の割合が参照配列の全長にわたって計算され、参照配列全体の５％までの相同性のギャップが許容されるように設定し得る。
例えば、特定の実施形態では、参照配列（クエリー配列、すなわち、本明細書に記載の配列）と対象配列との間の同一性は、グローバル配列アラインメントとも呼ばれ、Ｂｒｕｔｌａｇら（Comp. App. Biosci. 6:237-245 (1990))のアルゴリズムに基づいてＦＡＳＴＤＢコンピュータプログラムを使用して決定し得る。いくつかの例では、ＦＡＳＴＤＢアミノ酸アラインメントで使用される、同一性が狭く解釈される特定の実施形態のパラメータは、以下を含み得る：スコアリングスキーム＝ＰＡＭ（認知変異率）０、ｋ－タプル＝２、ミスマッチペナルティ＝１、連結ペナルティ＝２０、ランダム化グループ長さ＝０、カットオフスコア＝１、ウインドウサイズ＝配列長、ギャップペナルティ＝５、ギャップサイズペナルティ＝０．０５，ウィンドウズサイズ＝５００または対象配列の長さのいずれか短い方。本実施形態によれば、対象配列が、内部欠失ではなく、Ｎ末端またはＣ末端の欠失によりクエリー配列より短い場合、ＦＡＳＴＤＢプログラムがグローバルな同一性パーセントを計算する際に対象配列のＮ末端およびＣ末端の切断について理由が説明されないことを考慮して、結果に手動補正を行い得る。クエリー配列に対してＮ末端およびＣ末端で切断された対象配列については、対応する対象残基と一致／アラインしない、対象配列のＮ末端およびＣ末端に横たわるクエリー配列の残基数を、クエリー配列の全塩基に対するパーセントとして計算することにより、同一性パーセントを修正し得る。残基が一致／アラインしているかどうかの判断は、ＦＡＳＴＤＢ配列アラインメントの結果で判断し得る。次いで、このパーセントを、指定されたパラメータを使用してＦＡＳＴＤＢプログラムによって計算された同一性パーセントから減算して、最終的な同一性パーセントスコアに到達させ得る。この最終的な同一性パーセントスコアは、本実施形態の目的に使用し得る。いくつかの例では、クエリー配列と一致／アラインしていない対象配列のＮ末端およびＣ末端に対する残基のみが、同一性パーセントスコアを手動で調整する目的のために考慮される。すなわち、対象配列の最も遠くにあるＮ末端およびＣ末端残基の外側のクエリー残基位置のみが、この手動補正のために考慮される。例えば、９０個の残基の対象配列は、１００残基のクエリー配列とアラインして、同一性パーセントを決定し得る。欠失は対象配列のＮ末端で発生するため、ＦＡＳＴＤＢアラインメントはＮ末端の最初の１０個の残基の一致／アラインメントを示さない。この１０個の対になっていない残基は配列の１０％（Ｎ末端およびＣ末端の一致しない残基数／クエリー配列の総残基数）に相当するので、ＦＡＳＴＤＢプログラムにより計算された同一性パーセントスコアから１０％を減算する。残りの９０個の残基が完全に一致した場合、最終的な同一性パーセントは９０％となる。別の例では、９０個の残基の対象配列と１００個の残基のクエリー配列を比較する。この場合には、欠失は内部欠失であるため、対象配列のＮ末端またはＣ末端には、クエリー配列と一致しない／アラインしない残基はない。この場合、ＦＡＳＴＤＢで計算された同一性パーセントは手動で補正されない。再度、ＦＡＳＴＤＢのアラインメントで表示される、対象配列のＮ末端およびＣ末端の外側で、クエリー配列と一致しない／アラインしない残基位置のみを手動で補正する。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、本明細書に記載のあらゆる配列番号のオリゴヌクレオチドに対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、本明細書に記載の配列番号のいずれか１つのオリゴヌクレオチドの少なくとも１０個の連続した塩基に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の配列同一性を有し得る。
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例えば、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９、および９０１～９４９のいずれか１つのオリゴヌクレオチドに対して、少なくとも約８０％の配列同一性を有し得る。例えば、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９、および９０１～９４９のいずれか１つのオリゴヌクレオチドに対して、少なくとも約９０％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９、および９０１～９４９のいずれか１つのオリゴヌクレオチドに対して、約８０％～１００％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９、および９０１～９４９のいずれか１つのオリゴヌクレオチドに対して、約８５％～１００％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９、および９０１～９４９のいずれか１つの少なくとも約１０個の連続した塩基に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９、および９０１～９４９のいずれか１つの少なくとも約１０個の連続した塩基に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、１００～１２６、２４５～２６３、４６５、６２４～６４３、８４０～８４５、および９０１～９４９、またはそれらのあらゆる組み合わせのいずれか１つに対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。
いくつかの例では、第２の鎖は、配列番号６～１１、１５～１８、２１～２３、２６～２７、２９、３１、３３、３５、３７、４６～５１、９０～９９、１５５～１８３、２０２～２０４、２２３～２２４、２３４～２４４、４４４、４５４、４６４、４６６、８３８～８３９、またはそれらのあらゆる組み合わせのいずれか１つに対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、第２の鎖は、配列番号５１、９５～９９、またはそれらのあらゆる組み合わせのいずれか１つに対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。
例えば、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号５８７、配列番号５８８、配列番号５８９、配列番号５００、配列番号５１３、配列番号５１８、配列番号４７６、配列番号４８１または配列番号４９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチドに対して、少なくとも約８０％の配列同一性を有し得る。例えば、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号５８７、配列番号５８８、配列番号５８９、配列番号５００、配列番号５１３、配列番号５１８、配列番号４７６、配列番号４８１、または配列番号４９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチドに対して、少なくとも約９０％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号５８７、配列番号５８８、配列番号５８９、配列番号５００、配列番号５１３、配列番号５１８、配列番号４７６、配列番号４８１または配列番号４９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチドに対して、約８０％～１００％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号５８７、配列番号５８８、配列番号５８９、配列番号５００、配列番号５１３、配列番号５１８、配列番号４７６、配列番号４８１、または配列番号４９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチドに対して、約８５％～１００％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号５８７、配列番号５８８、配列番号５８９、配列番号５００、配列番号５１３、配列番号５１８、配列番号４７６、配列番号４８１、または配列番号４９５のいずれか１つの少なくとも約１０個の連続した塩基に対して、少なくとも８０％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号５８７、配列番号５８８、配列番号５８９、配列番号５００、配列番号５１３、配列番号５１８、配列番号４７６、配列番号４８１または配列番号４９５のいずれか１つの少なくとも約１０個の連続した塩基に対して、少なくとも８５％の配列同一性を有し得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約３７℃および約７．２のｐＨで、ＲＮＡ配列への結合の少なくとも約１％、２％、５％、７％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、または２０％低いギブス自由エネルギー（ΔＧ）を有し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０℃でＲＮＡ配列に結合し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約６．６、６．７、６．８、６．９、７．０、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、または７．８のｐＨでＲＮＡ配列と結合し得る。
本明細書で使用される場合、「投与する」、「投与すること」、「投与」等の用語は、生物学的作用の所望の部位への化合物または組成物の送達を可能にするために使用し得る方法を意味し得る。送達は、身体の影響する組織または領域に直接適用することを含み得る。送達は、実質内注射、くも膜下腔内注射、心室内注射、または嚢内注射を含み得る。本明細書で提供される組成物は、あらゆる方法によって投与され得る。投与方法は、吸入、動脈内注射、脳室内注射、嚢内注射、筋肉内注射、眼窩内注射、実質内注射、腹腔内注射、髄腔内注射、くも膜下腔内注射、静脈内注射、脳室内注射、定位注射、皮下注射、またはこれらのあらゆる組み合わせによることが可能である。送達としては、非経口投与（静脈内、皮下、くも膜下腔内、腹腔内、筋肉内、血管内または注入を含む）、経口投与、吸入投与、十二指腸内投与、直腸投与等が挙げられる。送達は、皮膚等の表面の外面への局所投与（ローション、クリーム、軟膏等）を含み得る。いくつかの例では、対象は、管理者が存在しない場合でも組成物を投与され得る。いくつかの例では、対象は、医療専門家（例えば、医師、看護師、医師助手、用務員、ホスピス職員等）の監督下で組成物を投与し得る。いくつかの例では、医療専門家が組成物を投与し得る。いくつかの例では、美容の専門家が組成物を投与し得る。
「対象」、「宿主」、「個体」、および「患者」という用語は本明細書において互換的に使用され、動物、典型的には哺乳動物を意味する。あらゆる適切な哺乳動物は、本明細書に記載の組成物（例えば、操作されたオリゴヌクレオチド）を投与され得るか、または本明細書に記載の方法によって処置され得る。哺乳動物の非限定的な例としては、ヒト、非ヒト霊長類（例えば、類人猿、テナガザル、チンパンジー、オランウータン、サル、マカク等）、飼育動物（例えば、イヌおよびネコ）、家畜（例えば、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ）および実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、モルモット）が挙げられる。哺乳動物は、あらゆる年齢またはあらゆる発達段階であってもよく、例えば、哺乳動物は、新生児、乳児、思春期、成人または子宮内胎児であってもよい。いくつかの実施形態では、哺乳動物はヒトであってもよい。ヒトは、約１、２、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００歳超であり得る。ヒトは、約１、２、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００歳未満であり得る。哺乳動物は、オスであってもメスであってもよい。いくつかの実施形態では、対象はヒトであり得る。いくつかの実施形態では、対象は、疾患または状態を有することが疑われている可能性がある。対象は、がん、線維症の状態、またはウイルス感染症患者等の状態または疾患の処置を受けている患者等であり得る。対象は、がん等の状態または疾患を発症する危険性がある素因を有している場合がある。対象は、がん患者等の状態または疾患から寛解している場合がある。対象は、健康であってもよい。
「哺乳動物細胞」という用語は、あらゆる哺乳動物細胞、典型的には、ヒト細胞を意味し得る。いくつかの実施形態では、ヒト細胞は、頭頸部の細胞、皮膚細胞、子宮頸部細胞、前立腺細胞、幹細胞、骨細胞、血液細胞、筋肉細胞、脂肪細胞、神経細胞、内皮細胞、精子細胞、卵細胞、がん細胞、バリア細胞、ホルモン分泌細胞、外分泌細胞、上皮細胞、口腔細胞、感覚伝達細胞、自律神経細胞、末梢神経細胞、中枢神経細胞、分泌細胞、バリア細胞、筋肉細胞、心筋細胞、白血球細胞、生殖細胞、ナース細胞、腎細胞、またはそれらのあらゆる組み合わせであり得る。
本明細書で使用される場合、がんとは、身体の一部で異常な細胞が無秩序に分裂することに起因する疾患を意味する。それらの細胞は、国立がん研究所（https://www.cancer.gov/types）により維持されているリストから選択された種々のタイプのものであってもよい。
本明細書で使用される場合、がんの「処置」は、症状の頻度および／または重症度の低減、症状および／またはその根本原因の除去、ならびに損傷の改善または矯正の１種または複数種を含み得る。例えば、がんの処置としては、例えば、がんに罹患している哺乳動物が経験する疼痛を緩和すること、および／またはがんの退行または消失を引き起こすことを含み得る。また、処置することは、倦怠感の軽減、がんの副作用を止めること、腫瘍の軽減、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。処置は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７および８４０～８９９の操作されたオリゴヌクレオチド、またはこれらのあらゆる組み合わせを投与することを含み得る。本明細書で使用される場合、線維症、瘢痕化、またはその両方の「処置」は、症状の頻度および／または重症度の低減、症状および／またはその根本原因の除去、ならびに損傷の改善または矯正の１種または複数種を含み得る。例えば、線維症の処置としては、例えば、肺線維症に罹患している哺乳動物が経験する息切れを緩和すること、および／または線維症の退行もしくは消失を引き起こすことを含み得る。また、処置することは、倦怠感の軽減、線維化または瘢痕化の副作用を止めること、線維化組織の軽減、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。処置は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、６２０、６２４～８２５、および８３５～８３７の操作されたオリゴヌクレオチド、またはこれらのあらゆる組み合わせを投与することを含み得る。本明細書で使用される場合、ウイルス感染の「処置」は、症状の頻度および／または重症度の低減、症状および／またはその根本原因の除去、感染性疾患の除去、ならびに損傷の改善または矯正の１種または複数種を含み得る。例えば、ウイルス感染症の処置は、例えば、ウイルス感染症に罹患している哺乳動物が経験する咳を緩和すること、および／またはウイルス感染症の退行または消失を引き起こすことを含み得る。処置としては、倦怠感の軽減、ウイルス感染症の副作用を止めること、ウイルス感染症の軽減、またはそれらのあらゆる組み合わせも挙げられ得る。処置は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、６２０、６２４～８２５、および８３５～８３７の操作されたオリゴヌクレオチド、またはこれらのあらゆる組み合わせを投与することを含み得る。
本明細書で使用される場合、筋ジストロフィーの「処置」は、症状の頻度および／または重症度の低減、症状および／またはその根本原因の除去、ならびに損傷の改善または矯正の１種または複数種を含み得る。例えば、筋ジストロフィーの処置としては、例えば、筋ジストロフィーに罹患した哺乳動物が経験する筋力低下を緩和すること、および／または筋力低下の退行もしくは消失を引き起こすことを含み得る。また、処置としては、倦怠感の軽減、筋緊張を止めること、筋肉痛の軽減、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。処置は、配列番号１２～１４、３０、１００～１５４、２３５～２４３、６２０、８３５～８３７、および９０１～９４９の操作されたオリゴヌクレオチド、またはそれらのあらゆる組み合わせを投与することを含み得る。
Figure 2023521042000021
Figure 2023521042000022
調節性非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）は、ゲノム中で発現する短い非コードＲＮＡ配列を含み、哺乳動物細胞における他の生体分子の発現または機能を調節する。ｎｃＲＮＡは一般的に２００ヌクレオチド未満の長さであり、一本鎖または二本鎖であり得、非線形の二次構造または三次構造を形成し得る。ｎｃＲＮＡは、外因性由来の低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、小核ＲＮＡ（Ｕ－ＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、Ｐｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、反復関連低分子干渉ＲＮＡ（ｒａｓｉＲＮＡ）、低分子ｒＤＮＡ由来ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ由来低分子ＲＮＡ（ｔｓＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ由来低分子ＲＮＡ（ｒｓＲＮＡ）、長鎖非コードＲＮＡ由来低分子ＲＮＡ（ｌｎｃｓＲＮＡ）、またはメッセンジャーＲＮＡ由来低分子ＲＮＡ（ｍｓＲＮＡ）を含み得る。
操作されたオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡまたはＲＮＡを含み得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、複数のヌクレオチドを含み得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、人工核酸類似体を含み得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡを含み得、無細胞ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、胎児ＤＮＡ、ウイルスＤＮＡ、または母体ＤＮＡを含み得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、ｓｈＲＮＡ、またはｓｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ模倣体、小ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、ダイサー依存性ｓｉＲＮＡ（ｄｉ－ｓｉＲＮＡ）、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）、ギャップマー、ミックスマー、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、一本鎖ＲＮＡｉ、（ｓｓＲＮＡｉ）、ＤＮＡ指向性ＲＮＡ干渉（ｄｄＲＮＡｉ）、ＲＮＡ活性化オリゴヌクレオチド（ＲＮＡａ）、またはエクソンスキッピングオリゴヌクレオチドを含み得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、完全合成ｍｉＲＮＡを含み得る。完全合成ｍｉＲＮＡは、ｎｃＲＮＡに由来しない、またはｎｃＲＮＡをベースとしないものである。代わりに、完全合成ｍｉＲＮＡは、複数の潜在的な標的配列の分析に基づくか、またはｎｃＲＮＡではない単離された天然の非コード配列に基づく場合がある。完全合成ｍｉＲＮＡの一例は、Ｅ１－００１である（表４）。
診断検査は、画像化法、血球数解析、組織病理学的解析、バイオマーカー解析、生検、磁気共鳴画像法、理学的検査、尿検査、超音波検査、遺伝子検査、肝機能検査、陽電子放出断層撮影法、Ｘ線検査、血清検査、血管造影法、心電図検査、内視鏡検査、診断用ポリメラーゼ連鎖反応検査（ＰＣＲ）、パップスメア、ヘマトクリット検査、皮膚アレルギー検査、尿検査、大腸検査、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、顕微鏡分析、骨髄検査、迅速診断検査、妊娠検査、内臓機能検査、毒性検査、感染症検査、体液検査またはそれらの組み合わせを含み得る。
医薬組成物は、第１の有効成分を含み得る。第１の有効成分は、本明細書に記載されるような操作されたオリゴヌクレオチドを含み得る。医薬組成物は、単位用量形態で製剤化し得る。医薬組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体を含み得る。医薬組成物は、第２の操作されたオリゴヌクレオチドのような、第２、第３、または第４の有効成分を含み得る。
本明細書に記載される組成物は賦形剤を含み得る。賦形剤は、ｐＨ剤（組成物の成分の酸化または劣化を最小限に抑制するため）、安定化剤（組成物の成分の改変または分解を防ぐため）、緩衝剤（温度安定性を高めるため）、可溶化剤（タンパク質可溶性を高めるため）、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。賦形剤は、界面活性剤、糖、アミノ酸、酸化防止剤、塩、非イオン性界面活性剤、可溶化剤、トリグリセリド、アルコール、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得る。賦形剤は、炭酸ナトリウム、酢酸塩、クエン酸塩、リン酸塩、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、ソルビトール、スクロース、トレハロース、ポリソルベート８０、リン酸ナトリウム、スクロース、リン酸二ナトリウム、マンニトール、ポリソルベート２０、ヒスチジン、クエン酸塩、アルブミン、水酸化ナトリウム、グリシン、クエン酸ナトリウム、トレハロース、アルギニン、酢酸ナトリウム、酢酸塩、ＨＣｌ、エデト酸二ナトリウム、レシチン、グリセリン、キサンタンゴム、大豆イソフラボン、ポリソルベート８０、エチルアルコール、水、テプレノンまたはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。賦形剤は、Handbook of Pharmaceutical Excipients, American Pharmaceutical Association (1986) に記載されている賦形剤であり得る。
本明細書に開示される組成物の投与または処理は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００日連続して、または連続しない処置期間の間実施し得る。いくつかの例では、処置期間は、約１～約３０日、約２～約３０日、約３～約３０日、約４～約３０日、約５～約３０日、約６～約３０日、約７～約３０日、約８～約３０日、約９～約３０日、約１０～約３０日、約１１～約３０日、約１２～約３０日、約１３～約３０日、約１４～約３０日、約１５日～約３０日、約１６日～約３０日、約１７日～約３０日、約１８日～約３０日、約１９日～約３０日、約２０日～約３０日、約２１日～約３０日、約２２日～約３０日、約２３日～約３０日、約２４日～約３０日、約２５日～約３０日、約２６日～約３０日、約２７日～約３０日、約２８日～約３０日または約２９日～約３０日であってもよい。
本明細書に開示される組成物の投与または処理は、少なくとも約１週間、少なくとも約１カ月、少なくとも約１年、少なくとも約２年、少なくとも約３年、少なくとも約４年、少なくとも約５年、少なくとも約６年、少なくとも約７年、少なくとも約８年、少なくとも約９年、少なくとも約１０年、少なくとも約１５年、少なくとも約２０年またはそれ以上の処置期間の間実施し得る。投与は、対象の生涯にわたって繰り返し行ってもよく、例えば、対象の生涯にわたって１カ月に１回または１年に１回行い得る。投与は、少なくとも約１年、５年、１０年、１５年、２０年、２５年、３０年、またはそれ以上、月に１回または年に１回等、対象の生涯のかなりの期間にわたって繰り返して実施し得る。
本明細書に開示される組成物の投与または処理は、１日に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４回実施し得る。いくつかの例では、本明細書に開示される組成物の投与または処理は、週に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１回実施し得る。いくつかの例では、本明細書に開示される組成物の投与または処理は、１カ月に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９または９０回実施し得る。
いくつかの例では、組成物は、単回投与として、または分割投与として投与／処理され得る。いくつかの例では、本明細書に記載される組成物は、第１の時点および第２の時点で投与され得る。いくつかの例では、組成物は、１時間、２時間、４時間、８時間、１２時間、１６時間、２０時間、１日、２日、４日、７日、２週間、４週間、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１年またはそれ以上の投与期間の差で第１の投与を他方に先行して投与するよう投与し得る。
いくつかの例では、ｍＲＮＡ配列と接触させた場合に修飾を含む操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、修飾を欠く等量の他の同等のオリゴヌクレオチドをｍＲＮＡ配列に接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によってコードされるポリペプチド活性が低くなるように産生し得る。いくつかの例では、より低い活性は、約１．２分の１以下となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．５分の１以下となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．７分の１以下となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約２．０分の１以下となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５分の１となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．２分の１～約２．０分の１となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．１分の１～約１．５分の１となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．１分の１～約２．５分の１となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．２分の１～約３．０分の１となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．２分の１～約１０分の１以下となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１４分の１以下となる可能性がある。いくつかの例では、より低い発現は、約１８分の１以下となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．２、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０分の１となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．２分の１～約１４分の１となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．１分の１～約２０分の１となる可能性がある。いくつかの例では、より低い活性は、約１．２分の１～約３０分の１となる可能性がある。
いくつかの例では、室内に置かれた密閉容器に一定期間貯蔵された場合、修飾体を含む操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩の初期量の少なくとも約８０％が残存しているであろう。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、初期量の少なくとも約７０％が残存する。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、初期量の少なくとも約９０％が残存する。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％が残存する。いくつかの例では、操作されたヌクレオチドは、少なくとも約６０％～少なくとも約８０％であり得る。いくつかの例では、操作されたヌクレオチドは、少なくとも約８０％～少なくとも約９９％であり得る。いくつかの例では、貯蔵期間は、少なくとも１カ月であり得る。いくつかの例では、貯蔵期間は、少なくとも約３カ月であり得る。いくつかの例では、貯蔵期間は、少なくとも約１年であり得る。いくつかの例では、貯蔵期間は、少なくとも約１、２、４、６、８、１２、１８、２４、３６、４８または６０カ月であり得る。いくつかの例では、貯蔵期間は、少なくとも約１カ月～少なくとも約１年であり得る。いくつかの例では、貯蔵期間は、少なくとも約６カ月～少なくとも約２年であり得る。いくつかの例では、貯蔵期間は、少なくとも約１カ月～少なくとも約５年であり得る。
本明細書で使用される場合、「組織」という用語は、あらゆる組織のサンプルであり得る。組織は、疾患または状態を有することが疑われるか、または有することが確認された組織であり得る。組織は、実質的に健康であるか、実質的に良性であるか、または実質的に疾患または状態を有しないサンプルであり得る。組織は、組織生検、組織切除、吸引（細針吸引等）、組織洗浄、細胞診標本、体液、またはそれらの組み合わせのような、対象から除去された組織であり得る。組織は、がん細胞、腫瘍細胞、非がん性細胞、またはそれらの組み合わせを含み得る。組織は、血液サンプル（無細胞ＤＮＡサンプル等）を含み得る。組織は、遺伝子組換えされ得るサンプルであり得る。
いくつかの例では、疾患または状態は、ウイルス感染、線維症の状態、がん、筋ジストロフィー、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの例では、疾患または状態は、ウイルス感染を含み得る。ウイルス感染は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ感染、ＣｏＶ－ＨＫＵ１感染、ＨＩＶ感染、ＨＣＶ感染、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得る。ウイルス感染はコロナウイルス感染を含み得る。コロナウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＣｏＶ－ＨＫＵ１、またはＭＥＲＳ－ＣｏＶであり得る。いくつかの例では、ウイルス感染は、ＨＣＶ遺伝子型１感染を含み得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノム、ＭＥＲＳ－ＣｏＶゲノム、ＣｏＶ－ＨＫＵ１ゲノム、ＨＩＶゲノム、またはそれらのあらゆる組み合わせによってコードされ得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡ配列に対して選択的であり得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列は、配列番号５００～５３１、８２９～８３１（表６）、配列番号４７４～４９９、８２６～８２８（表６）、配列番号５３２～５５４（表６）、配列番号５５５～５８６（表６）のＲＮＡ配列、またはそれらのあらゆる組み合わせに対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、対象はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に罹患する可能性があり、ＲＮＡ配列は、配列番号５００～５３１、８２９～８３１（表６）のＲＮＡ配列に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、対象はＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染に罹患する可能性があり、ＲＮＡ配列は、配列番号４７４～４９９、８２６～８２８（表６）のＲＮＡ配列に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、対象はＭＥＲＳ－ＣｏＶ感染に罹患する可能性があり、ＲＮＡ配列は、配列番号５３２～５５４（表６）のＲＮＡ配列に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、対象はＣｏＶ－ＨＫＵ１感染に罹患する可能性があり、ＲＮＡ配列は、配列番号５５５～５８６（表６）のＲＮＡ配列に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、ＨＩＶゲノムにコードされ得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列は、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号４７０に対して、少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、ウイルス感染は、ＨＩＶ感染であり得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列は、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号４７１、配列番号４７２、または配列番号４７３に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の配列同一性を有し得る。
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本明細書に開示されるような状態または疾患としては、がん、神経障害、線維症疾患、瘢痕化疾患、または自己免疫疾患を挙げることができる。
いくつかの例では、疾患または状態は、神経障害を含み得る。いくつかの例では、神経障害は、後天性てんかん様失語症、急性散在性脳脊髄炎、副腎白質ジストロフィー、脳梁欠損症、認知障害、アイカルディ症候群、アレキサンダー病、アルパース病、交互片麻痺、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症（運動ニューロン疾患を参照）、無脳症、アンジェルマン症候群、血管腫症、無酸素症、失語症、失行症、くも膜嚢胞、くも膜炎、アーノルド・キアリ奇形、動静脈形成異常、アスペルガー症候群、血管拡張性運動失調症、注意欠陥多動性障害、自閉症、聴覚処理障害、自律神経失調症、背部痛、バッテン病、ベーチェット病、ベル麻痺、良性本態性眼瞼痙攣、良性巣状筋萎縮症、良性頭蓋内圧亢進症、両側前頭頂多裂症、ビンズワンガー病、眼瞼痙攣、ブロッホ・サルツベルガー症候群、腕神経叢損傷、脳膿瘍、脳障害、脳損傷、脳腫瘍、ブラウン・セカール症候群、カナバン病、手根管症候群（ＣＴＳ）、灼熱痛、中枢性疼痛症候群、橋中心髄鞘融解、中心核ミオパシー、頭部の障害、脳動脈瘤、脳動脈硬化、脳萎縮、脳巨大症、脳性麻痺、シャルコー・マリー・トゥース病、キアリ奇形、舞踏病、慢性炎症性脱髄性多発神経炎（ＣＩＤＰ）、慢性疼痛、慢性局所疼痛症候群、コフィン・ローリー症候群、持続性植物状態を含む昏睡、先天性顔面神経麻痺、大脳皮質基底膜変性症、頭蓋動脈炎、頭蓋骨癒合症、クロイツフェルト・ヤコブ病、累積外傷障害、クッシング症候群、細胞質性封入体症（ＣＩＢＤ）、サイトメガロウイルス感染症、ダンディ・ウォーカー症候群、ドーソン病、ド・モルシア症候群、デジェリン・クランプケ麻痺、デジェリン・ソッタス病、睡眠相後退症候群、認知症、皮膚筋炎、神経性運動障害、糖尿病性神経障害、びまん性硬化症、自律神経障害、計算障害、書字障害、難読症、ジストニア、早期小児てんかん性脳症、エンプティセラ症候群、脳炎、脳瘤、脳三叉神経領域血管腫症、便失禁、てんかん、アーブ麻痺、紅痛症、本態性振戦、ファブリー病、ファール症候群、失神、家族性痙性麻痺、熱性けいれん、フィッシャー症候群、フリードライヒ失調症、ＦＡＲＴ症候群、ゴーシェ病、ゲルストマン症候群、巨大細胞動脈炎、巨大細胞封入体症、グロボイド細胞白質ジストロフィー、灰白質異所形成、ギランバレー症候群、ＨＴＬＶ－１関連脊髄症、ハラーホルデン・スパッツ病、頭部外傷、頭痛、半顔面痙攣、遺伝性痙性対麻痺、遺伝性多発神経炎性失調、耳性帯状疱疹、帯状疱疹、平山症候群、全前脳胞症、ハンチントン病、水無脳症、水頭症、コルチゾン過剰症、低酸素症、免疫介在性脳脊髄炎、封入体筋炎、色素失調症、小児フィタン酸蓄積病、小児レフアム病、乳児けいれん、炎症性ミオパシー、頭蓋内嚢胞、頭蓋内圧亢進症、ジュベール症候群、カーンズ・セイル症候群、ケネディ病、キンズボーン症候群、クリペル・フェイル症候群、クラッベ病、クーゲルベルグ・ウェランダー病、クル病、ラフォラ病、ランバート・イートン筋無力症候群、ランドー・クレフナー症候群、外側髄（ワレンバーグ）症候群、学習障害、リー病、レノックス・ガストー症候群、レッシュ－ナイハン症候群、白質ジストロフィー、レビー小体型認知症、滑脳症、ロックイン症候群、ルー・ゲーリッグ病、腰部椎間板症、ライム病-神経学的後遺症、マッハ・ド・ジョセフ病（脊髄小脳失調症3型）、大脳髄症、メイプルシロップ尿症、巨大脳髄症、メルカーソン－ローゼンタール症候群、メニエール病、髄膜炎、メンケス病、異染性白質ジストロフィー、小頭症、片頭痛、ミラー・フィッシャー症候群、軽度の脳卒中、ミトコンドリア筋症、メビウス症候群、モノメリック筋萎縮症、運動ニューロン疾患、運動能力障害、モヤモヤ病、ムコ多糖症、多発脳梗塞性認知症、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症、多系統萎縮症、筋ジストロフィー、筋痛性脳脊髄炎、重症筋無力症、ミエリン破砕性びまん性硬化症、乳幼児のミオクロニー性脳症、ミオクローヌス、ミオパシー、筋管ミオパシー、先天性筋硬直症、ナルコレプシー、神経線維腫症、神経遮断薬悪性症候群、ＡＩＤＳの神経症状、狼瘡の神経学的後遺症、神経筋強直症、神経細胞セロイドリポフスチン症、神経細胞移動障害、ニーマン・ピック病、非２４時間睡眠覚醒症候群、非言語性学習障害、オシュリ・ヴァン・マクロード症候群、後頭神経痛、潜在性脊椎癒合不全、大田原症候群、オリーブ端小脳萎縮症、眼球クローヌス・ミオクローヌス症候群、視神経炎、起立性低血圧、使いすぎ症候群、反復視、知覚過敏、パーキンソン病、先天性筋緊張症、腫瘍随伴性疾患、発作性攻撃、パリーロンバーグ症候群、ロンバーグ症候群、ペリザエウス－メルツバッハー病、周期性麻痺、末梢性ニューロパシー、持続性植物状態、汎発性神経疾患、光くしゃみ反射、フィタン酸貯蔵病、ピック病、圧迫された神経、下垂体腫瘍、ＰＭＧ、ポリオ、多少脳回、多発性筋炎、孔脳症、ポリオ後症候群、帯状疱疹後神経痛（ＰＨＮ）、麻疹後脳脊髄炎、起立性低血圧、プラダー・ウィリー症候群、原発性側索硬化症、プリオン病、ロンバーグ症候群としても知られている進行性片側顔面萎縮症、進行性多巣性白質脳症、進行性硬化性ポリジオジストロフィー、進行性核上性麻痺、偽脳腫瘍、ラムゼイ・ハント症候群（Ｉ型およびＩＩ型）、ラスムッセン脳炎、反射性交感神経性ジストロフィー症候群、レフスム病、反復運動障害、反復性ストレス傷害、下肢静止不能症候群、レトロウイルス関連脊髄症、レット症候群、ライ症候群、ロンバーグ症候群、狂犬病、舞踏病、サンドホフ病、統合失調症（Ｓｃｈｙｔｓｏｐｈｒｅｎｉａ）、シルダー病、裂脳症、感覚統合機能障害、中隔視神経異形成症、揺さぶられっ子症候群、帯状疱疹、シャイ・ドレーガー症候群、シェーグレン症候群、睡眠時無呼吸症候群、睡眠病、スナチエイション（Ｓｎａｔｉａｔｉｏｎ）、ソトス症候群、痙性、二分脊椎、脊髄損傷、脊髄腫瘍、脊髄性筋萎縮症、脊柱管狭窄症、スティール－リチャードソン－オルゼウスキー症候群、進行性核上性麻痺を参照、脊髄小脳性運動失調、全身硬直症候群、脳卒中、スタージ・ウェーバー症候群、亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症、表在性鉄沈着症、シデナム舞踏病、失神、共感覚、脊髄空洞症、遅発性ジスキネジア、テイ－サックス病、側頭動脈炎、脊髄切断症候群、トムセン病、胸郭出口症候群、疼痛性チック、トッド麻痺、トゥレット症候群、一過性虚血発作、感染性海綿状脳症、横断性脊髄炎、外傷性脳損傷、振戦、三叉神経痛、熱帯性痙性対麻痺、トリパノソーマ症、結節性硬化症、側頭動脈炎を含む血管炎、フォン・ヒッペル・リンダウ病（ＶＨＬ）、Ｖｉｌｉｕｉｓｋ脊髄炎（ＶＥ）、ワレンベルグ症候群、ウェルドニッヒ・ホフマン病、ウエスト症候群、むち打ち症、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、Ｘ連鎖性脊椎・球筋萎縮症、およびゼルウィガー症候群を含み得る。神経障害は、運動障害、例えば多系統萎縮症（ＭＳＡ）を含み得る。
いくつかの例では、疾患または状態は、自己免疫疾患を含み得る。いくつかの例では、自己免疫疾患は、急性播種性脳脊髄炎（ＡＤＥＭ）、急性壊死性出血性白質脳炎、アジソン病、無ガンマグロブリン血症、アレルギー性喘息、アレルギー性鼻炎、円形脱毛症、アミロイドーシス、強直性脊椎炎、抗ＧＢＭ／抗ＴＢＭ腎炎、抗リン脂質症候群（ＡＰＳ）、自己免疫性再生不良性貧血、自己免疫性自律神経障害、自己免疫性肝炎、自己免疫性高脂血症、自己免疫性免疫不全症、自己免疫性内耳炎（ＡＩＥＤ）、自己免疫性心筋炎、自己免疫性膵臓炎、自己免疫性網膜症、自己免疫性血小板減少性紫斑病（ＡＴＰ）、自己免疫性甲状腺疾患、軸索性および神経性の神経障害、バロ病、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、キャッスルマン病、セリアック病（非熱帯性）、シャーガス病、慢性疲労症候群、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー（ＣＩＤＰ）、慢性再発性多巣性骨髄炎（ＣＲＭＯ）、チャーグ・ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡／良性粘膜類天疱瘡、クローン病、コーガン症候群、寒冷凝集素病、先天性心ブロック、コックスサック性心筋炎、クレスト病、本態性混合型クリオグロブリン血症、脱髄性神経障害、皮膚筋炎、デービック病（視神経脊髄炎）、円板状狼瘡、ドレスラー症候群、子宮内膜症、好酸球性筋膜炎、結節性紅斑、実験的アレルギー性脳脊髄炎、エヴァン症候群、線維筋痛症、線維素性肺胞炎、巨細胞性動脈炎（側頭動脈炎）、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、グレイブ病、ギランバレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノック・ショナイン紫斑病、妊娠性ヘルペス、低ガンマグロブリン血症、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、ＩｇＡ腎症、免疫調節性リポ蛋白質、封入体筋炎、インスリン依存性糖尿病（１型）、間質性膀胱炎、若年性関節炎、若年性糖尿病、川崎症候群、ランバート・イートン症候群、白血球破砕性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、木質性結膜炎、線状ＩｇＡ病（ＬＡＤ）、ループス（ＳＬＥ）、ライム病、メニエール病、顕微鏡的多発性血管炎、混合性結合組織病（ＭＣＴＤ）、ムーレン潰瘍、ミュシャ・ハーベルマン病、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、ナルコレプシー、視神経脊髄炎（デビック病）、好中球減少症、眼球瘢痕性類天疱瘡、視神経炎、回帰性リウマチ、ＰＡＮＤＡＳ（連鎖球菌に関連した小児自己免疫性精神神経疾患）、傍腫瘍性小脳変性症、発作性夜間ヘモグロビン尿症（ＰＮＨ）、パリー・ロンベルグ症候群、パーソンナージ・ターナー症候群、ｐａｒｓ ｐｌａｎｔｉｓ（末梢性ぶどう膜炎）、天疱瘡、末梢神経障害、動静脈性脳脊髄炎、悪性貧血、ＰＯＥＭＳシンドローム、結節性多発動脈炎、Ｉ型、ＩＩ型およびＩＩＩ型多腺性自己免疫症候群、リウマチ性多発筋痛、多発性筋炎、心筋梗塞後症候群、心膜切開後症候群、プロゲステロン皮膚炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、乾癬、乾癬性関節炎、特発性肺線維症、壊疽性膿皮症、純粋赤血球無形成症、レイノー現象、反射性交感神経性ジストロフィー、ライター症候群、再発性多発性軟骨炎、下肢静止不能症候群、後腹膜の線維化、リウマチ熱、リウマチ性関節炎、サルコイドーシス、シュミット症候群、強膜炎、強皮症、スロッグレン症候群、精子および精巣自己免疫症、スティッフパーソン症候群、亜急性細菌性心内膜炎（ＳＢＥ）、交感神経性眼症、高安動脈炎、側頭動脈炎／巨細胞動脈、血小板減少性紫斑病（ＴＰＰ）、トロサ・ハント症候群、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、未分化結合組織病（ＵＣＴＤ）、ぶどう膜炎、血管炎、小水疱性皮膚症、白斑、もしくはヴェゲナー肉芽腫症、または、慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、カドミウム性心筋症、心筋炎、自己免疫性多発性内分泌症候群Ｉ型（ＡＰＳ－Ｉ）、嚢胞性線維症血管炎、後天性副甲状腺機能低下症、冠動脈疾患、落葉状天疱瘡、尋常性天疱瘡、ラスムッセン脳炎、自己免疫性胃炎、インスリン低血糖症候群（平田病）、Ｂ型インスリン抵抗性、表皮肥厚、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、悪性貧血、治療抵抗性ライム関節炎、多発ニューロパシー、脱髄病、アトピー性皮膚炎、自己免疫性甲状腺機能低下症、白斑、甲状腺関連眼症、自己免疫性セリアック病、ＡＣＴＨ欠乏症、皮膚筋炎、シェーグレン症候群、全身性硬化症、進行性全身性硬化症、限局性強皮症、原発性抗リン脂質症候群、慢性特発性蕁麻疹、結合組織症候群、壊死性糸球体腎炎、および半月体形成性糸球体腎炎（ＮＣＧＮ）、全身性血管炎、レイノー症候群、慢性肝疾患、臓器リーシュマニア症、自己免疫性Ｃ１欠乏症、膜増殖性糸球体腎炎（ＭＰＧＮ）、凝固時間の延長、免疫不全症、アテローム性動脈硬化症、神経障害、腫瘍随伴性天疱瘡、腫瘍随伴性スティッフマン症候群、腫瘍随伴性脳脊髄炎、亜急性自律神経障害、がん関連網膜症、傍腫瘍性オプソクローヌス・ミオクローヌス失調症、下部運動ニューロン症候群、およびランバート・イートン筋無力症候群を含み得る。
いくつかの例では、疾患または状態は、エイズ、炭疽菌、ボツリヌス中毒、ブルセラ症、軟性下疳、クラミジア感染症、コレラ、コクシジオイデス症、クリプトスポリジウム症、サイクロスポリア症、ジフテリア、エーリキア症、アルボウイルス脳炎、腸管出血性大腸菌、ジアルジア症、淋病、デング熱、ヘモフィルス・インフルエンザ、ハンセン病（らい病）、ハンタウイルス肺症候群、溶血性尿毒症症候群、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、ヒト免疫不全ウイルス、レジオネラ症、リステリア症、ライム病、マラリア、麻疹髄膜炎菌感染症、おたふくかぜ、百日ぜき（百日ぜき）、ペスト、麻痺性小児骨髄炎、鸚鵡病、Ｑ熱、狂犬病、ロッキー山発疹熱、風疹、先天性風疹症候群、赤痢、天然痘、溶連菌感染症（侵襲性Ａ群）、溶連菌性毒性ショック症候群、溶連菌性肺炎、梅毒、破傷風、毒素ショック症候群、旋毛虫症、結核、野兎病、腸チフス熱、バンコマイシン中間耐性黄色ブドウ球菌、水痘、黄熱病、変異型クロイツフェルト・ヤコブ病（ｖＣＪＤ）、エボラ出血熱、エキノコックス症、ヘンドラウイルス感染、ヒトサル痘、Ａ型インフルエンザ、Ｂ型インフルエンザ、Ｈ５Ｎ１、ラッサ熱、マーグル出血熱、ニパウイルス、オニョン熱、リフトバレー熱、ヘルペス、ＨＩＶ、ＨＣＶ遺伝子型１、ＨＣＶ遺伝子型２、ＨＣＶ遺伝子型３、ＨＣＶ遺伝子型４、ＨＣＶ遺伝子型５、ＨＣＶ遺伝子型６、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＣＯＶＩＤ－１９）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ（ＳＡＲＳ）、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ（ＭＥＲＳ）、２２９Ｅコロナウイルス、ＮＬ６３コロナウイルス、ＯＣ４３コロナウイルス、ＣｏＶ－ＨＫＵ１（ＨＫＵ１）、アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ベネズエラ馬脳炎、およびウエストナイルウイルスを含み得る。
いくつかの例では、疾患または状態は、線維化疾患、瘢痕化疾患またはその両方を含み得る。いくつかの例では、線維症疾患または瘢痕化疾患は、肺線維症、嚢胞性線維症、特発性肺線維症、放射線誘発性線維症、心筋線維症、橋渡し線維症、肝硬変、グリオーシス、動脈硬化、関節線維症、クローン病、デュプイトレン拘縮、ケロイド、縦隔線維症、骨髄線維症、ペイロニー病、腎性全身線維症、進行性巨大線維症、後腹膜線維症、強皮症/全身性硬化症、癒着性被膜炎を含み得る。
いくつかの例では、疾患または状態はがんを含み得る。いくつかの例では、がんは、甲状腺がん、副腎皮質がん、肛門がん、再生不良性貧血、胆管がん、膀胱がん、骨がん、骨転移、中枢神経系（ＣＮＳ）がん、末梢神経系（ＰＮＳ）がん、乳がん、キャッスルマン病、子宮頸がん、小児非ホジキンリンパ腫、リンパ腫、結腸および直腸がん、子宮内膜がん、食道がん、ユーイングファミリー腫瘍（例えば、ユーイング肉腫）、眼球がん、胆嚢がん、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、妊娠性絨毛膜疾患、毛様細胞白血病、ホジキン病、カポジ肉腫、腎臓がん、喉頭がんおよび下咽頭がん、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、小児白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、肝臓がん、肺がん、肺カルチノイド腫瘍、非ホジキンリンパ腫、男性乳がん、悪性中皮腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔および副鼻腔がん、鼻咽頭がん、神経芽腫、口腔および中咽頭がん、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、陰茎がん、下垂体腫瘍、前立腺がん、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺がん、肉腫（成人の軟部組織がん）、メラノーマ皮膚がん、非黒色腫皮膚がん、胃がん、精巣がん、胸腺がん、子宮がん（例えば、子宮肉腫）、膣がん、外陰部がん、またはワルデンシュトレーム・マクログロブリン血症を含み得る。いくつかの例では、がんは、米国国立がん研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）（https://www.cancer.gov/types）が維持するリストから選択し得る。
本明細書に開示されるような状態または疾患は、過増殖性障害を含み得る。悪性過増殖性障害は、低リスク群および中～高リスク群のようなリスク群に層別化し得る。過増殖性障害としては、がん、過形成、または腫瘍が挙げられ得るが、これらに限定されない。いくつかの例では、過増殖性がんは、乳腺の管状組織内の腺管癌、髄様癌、コロイド癌腫、管状癌、および炎症性乳がん等の乳がん；卵巣内腺癌、および卵巣から腹腔内へ移行した腺癌等の卵巣上皮性腫瘍を含む卵巣がん；子宮がん；扁平上皮癌や腺癌等の上皮性子宮頸癌等の子宮頸がん；腺癌、または骨に浸潤している腺癌から選択される前立腺がん等の前立腺がん；膵管組織中の類上皮癌腫、および膵管中の腺癌等の膵臓がん；膀胱の移行細胞癌、尿路上皮癌（移行細胞の癌腫）、膀胱を覆っている尿路上皮細胞の腫瘍、扁平上皮細胞癌、腺癌、および小細胞がん等の膀胱がん；急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、毛球性白血病、骨髄異形成、骨髄増殖性疾患、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、肥満細胞症、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、多発性骨髄腫（ＭＭ）、および骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）等の白血病；骨がん；扁平上皮細胞癌、腺癌、大細胞未分化癌に分類され得る非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、および小細胞肺がん等の肺がん；基底細胞癌、黒色腫、扁平上皮癌に発展することもある皮膚疾患であり得る扁平上皮細胞癌および光線性角化症等の皮膚がん；眼球網膜芽細胞腫；皮膚または眼内（眼球）黒色腫；原発性肝がん（肝臓で始まるがん）；腎臓がん；びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、Ｂ細胞性免疫芽球性リンパ腫、小型非切れ込み細胞性リンパ腫等の自己免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）関連リンパ腫；カポジ肉腫；Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、肝細胞癌等のウイルス誘発性がん；ヒトリンパ球向性ウイルス１型（ＨＴＬＶ－１）と成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫；およびヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）と子宮頸がん；グリオーマ（星細胞腫、退形成性星細胞腫、多形性膠芽腫）、オリゴデンドログリオーマ、上衣腫、髄膜腫、リンパ腫、神経鞘腫、髄芽腫を含む、原発性脳腫瘍等の中枢神経系（ＣＮＳ）がん；音響神経腫、神経線維腫や神経鞘腫等の悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、悪性線維性細胞腫、悪性線維性組織球腫、悪性髄膜腫、悪性中皮腫、悪性混合ミュラー腫瘍等の末梢神経系（ＰＮＳ）がん；下咽頭がん、喉頭がん、上咽頭がん、中咽頭がん等の口腔がんおよび中咽頭がん；リンパ腫、胃間葉系腫瘍、カルチノイド腫瘍等の胃がん；セミノーマと非セミノーマを含む胚細胞腫瘍（ＧＣＴ）、ライディッヒ細胞腫瘍とセルトリ細胞腫瘍を含む生殖腺間質腫瘍等の精巣がん；胸腺腫、胸腺癌腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、カルチノイド、カルチノイド腫瘍等の胸腺がん；直腸がん；および結腸がんであり得る。いくつかの例では、本開示の方法によって層別化、分類、特徴付け、または診断される疾患は、例えば濾胞腺腫、ヒュルトレ細胞腺腫、リンパ球性甲状腺炎、および甲状腺過形成が挙げられるがこれらに限定されない良性甲状腺障害等の甲状腺障害を含むが、これに限定されない可能性がある。いくつかの例では、本開示の方法によって層別化、分類、特徴付け、または診断される疾患は、例えば濾胞癌、甲状腺乳頭癌の濾胞変異体、髄質癌、および乳頭癌等の悪性甲状腺障害を含むが、これらに限定されない可能性がある。
本開示の状態または疾患は、遺伝的障害を含み得る。遺伝的障害は、遺伝子または染色体の異常に起因する疾患であり得る。遺伝的障害は、単一遺伝的障害と多因子性および多遺伝的（複合）障害の２つのカテゴリーに分類され得る。単一遺伝的障害は、１種の変異した遺伝子の結果である可能性がある。単一遺伝的障害の遺伝としては、常染色体優性遺伝、常染色体劣性遺伝、Ｘ連鎖優性遺伝、Ｘ連鎖劣性遺伝、Ｙ連鎖遺伝、ミトコンドリア遺伝等が挙げられ得るが、これらに限定されるものではない。いくつかの例では、常染色体優性障害に罹患するためには、遺伝子の変異したコピーが１個必要である。常染色体優性障害の例としては、ハンチントン病、神経線維腫症１、マルファン症候群、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸がん、または遺伝性多発性外骨腫が挙げられるが、これらに限定されない。常染色体劣性障害では、対象が常染色体劣性障害に罹患するために、遺伝子の２個のコピーが変異し得る。この種の障害の例としては、嚢胞性線維症、鎌状赤血球症（部分鎌状赤血球症でもある）、テイ－サックス病、ニーマン－ピック病、または脊髄性筋萎縮症を挙げることができるが、これらに限定されない。Ｘ連鎖性優性疾患は、Ｘ連鎖性低リン血性くる病等の、Ｘ染色体上の遺伝子の変異に起因する疾患である。レット症候群、２型脳下垂体、アイカルディ症候群等のＸ連鎖性優性疾患は、致死的である可能性がある。また、Ｘ連鎖性劣性疾患も、Ｘ染色体上の遺伝子の変異に起因する。この種の障害の例としては、血友病Ａ、デュシェンヌ筋ジストロフィー、赤緑色覚異常、筋ジストロフィー、男性型脱毛症を挙げることができるが、これらに限定されない。Ｙ連鎖障害は、Ｙ染色体の変異に起因する。例としては、男性不妊症および耳介多毛症を挙げることができるが、これらに限定されない。ミトコンドリア遺伝の遺伝的障害は、母性遺伝としても知られており、レーバー遺伝性視神経症のようなミトコンドリアＤＮＡの遺伝子に適用され得る。
また、遺伝的障害は、複合型、多因子型、多遺伝子型の場合がある。多因子遺伝性疾患は、複数の遺伝子の影響に加え、生活習慣および環境因子との組み合わせと関連している可能性がある。複雑な遺伝的障害は、家族内で群発することがあるが、明確な遺伝のパターンを有していない。多因子性または多遺伝性疾患としては、心臓病、糖尿病、喘息、自閉症、多発性硬化症等の自己免疫疾患、がん、繊毛虫症、口蓋裂、高血圧、炎症性腸疾患、精神遅滞、肥満を挙げることができる。
他の遺伝的障害は、１ｐ３６欠失症候群、２１－ヒドロキシラーゼ欠損症、２２ｑ１１．２欠失症候群、無セルロプラスミン血症、軟骨無発生症、ＩＩ型、軟骨無形成症、急性間欠性ポルフィリン症、アデニルコハク酸リアーゼ欠損症、副腎白質ジストロフィー、アレキサンダー病、アルカプトン尿症、アルファ－１アンチトリプシン欠損症、アルストレム症候群、アルツハイマー病（１型、２型、３型および４型）、エナメル質形成不全症、筋萎縮性側索硬化症、筋萎縮性側索硬化症２型、筋萎縮性側索硬化症４型、筋萎縮性側索硬化症４型、アンドロゲン不応症、貧血、アンジェルマン症候群、アペール症候群、失調性－血管拡張症、ベア・スティーブンソン・カティスジロータ症候群、ベンジャミン症候群、ベータサラセミア、ビオチミダーゼ欠損症、バート・ホッグ・デュベ症候群、膀胱がん、ブルーム症候群、骨疾患、乳がん、弯曲肢異形成症、カナバン病、がん、セリアック病、慢性肉芽腫性疾患（ＣＧＤ）、シャルコー・マリー・トゥース病、シャルコー・マリー・トゥース病１型、シャルコー・マリー・トゥース病４型、シャルコー・マリー・トゥース病２型、シャルコー・マリー・トゥース病４型、コケイン症候群、コフィン・ローリー症候群、コラーゲン異常症ＩＩ型およびＸＩ型、結腸直腸がん、先天性精索静脈瘤欠如症、先天性両側性精管欠乏症、先天性糖尿病、先天性赤芽球性ポルフィリン症、先天性心疾患、先天性甲状腺機能低下症、結合組織病、カウデン症候群、猫鳴き症候群、クローン病、線維硬化症、クルーゾン症候群、クルーゾン皮膚骨格症候群、嚢胞性線維症、デ・グルーチー症候群、退行性神経疾患、デント病、発達障害、ディ・ジョージ症候群、遠位型脊髄性筋萎縮症Ｖ型、ダウン症候群、小人症、エーラスダンロス症候群、エーラスダンロス症候群関節軟骨症型、エーラスダンロス症候群古典型、エーラスダンロス症候群皮膚鞘胞型、エーラスダンロス症候群脊椎側彎症型、血管型、骨髄性ロトポルフィリン症、ファブリー病、顔面の傷害・障害、第Ｖ因子ライデン血栓症、家族性腺腫性ポリポーシス、家族性自律神経障害、ファンコニー貧血、ＦＧ症候群、脆弱Ｘ症候群、フリードライヒ失調症、フリードライヒ失調症、Ｇ６ＰＤ欠損症、ガラクトース血症、ゴーシェ病（１型、２型および３型）、遺伝性脳障害、グリシン脳症、２型ヘモクロマトーシス、４型ヘモクロマトーシス、ハーレクイン魚鱗癬、頭部および脳の奇形、聴覚障害と聴覚消失、小児の聴覚障害、ヘモクロマトーシス（新生児、２型、３型）、血友病、骨髄肝性ポルフィリン症、遺伝性コプロポルフィリン症、遺伝性多発性外骨腫、圧迫性神経麻痺の遺伝性神経障害、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸がん、ホモシスチン尿症、ハンチントン病、ハッチンソン・ギルフォード・プロジェリア症候群、高シュウ酸尿、原発性、高フェニルアラニン血症、低軟骨形成症、軟骨低形成、ｉｄｉｃ１５、色素失調症、幼児性ゴーシェ病、小児期発症の上行性遺伝性痙性麻痺、不妊症、ジャクソン－ワイス症候群、ジュベール症候群、若年性原発性側索硬化症、ケネディ病、クラインフェルター症候群、クニースト異形成、クラッベ病、学習障害、レッシュ－ナイハン症候群、白質ジストロフィー、リ・フラウメニ症候群、リポ蛋白リパーゼ欠損症、家族性男性生殖器障害、マルファン症候群、マクーン－オルブライト症候群、マクラウド症候群、地中海熱、家族性メンケス病、メンケス症候群、代謝異常、メトヘモグロビン血症ベータ－グロビン型、メトヘモグロビン血症、先天性メトヘモグロビン血症、メチルマロン酸血症、ミクロ症候群、小頭症、運動障害、モワット・ウィルソン症候群、ムコ多糖症（ＭＰＳＩ）、ミューンケ症候群、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型およびベッカー型筋ジストロフィー（Ｍｕｓｃｕｌａｒ ｄｙｓｔｒｏｐｈｙ，Ｄｕｃｈｅｎｎｅ ａｎｄ Ｂｅｃｋｅｒ ｔｙｐｅ）、デュシェンヌ型およびベッカー型筋ジストロフィー（ｍｕｓｃｕｌａｒ ｄｙｓｔｒｏｐｈｙ，Ｄｕｃｈｅｎｎｅ ａｎｄ Ｂｅｃｋｅｒ ｔｙｐｅｓ）、筋緊張性ジストロフィー、筋緊張性ジストロフィー１型および２型、新生児ヘモクロマトーシス、神経線維腫症、神経線維腫症１、神経線維腫症２、神経線維腫症Ｉ型、神経線維腫症ＩＩ型、神経系疾患、神経筋障害、ニーマン・ピック病、非ケトン性高グリシン血症、非症候性難聴、非症候性難聴常染色体劣性遺伝、ヌーナン症候群、骨形成不全症（Ｉ型およびＩＩＩ型）、耳介骨格系形成不全症、パントテン酸キナーゼ関連神経変性症、パタウ症候群（トリソミー１３）、ペンドレッド症候群、ポイツ・イェガース症候群、ファイファー症候群、フェニルケトン尿症、ポルフィリン症、晩発性皮膚ポルフィリン症、プラダー・ウィリー症候群、原発性肺高血圧症、プリオン病、早老症、プロピオン酸血症、プロテインＣ欠損症、プロテインＳ欠損症、疑似ゴーシェ病、弾性線維性仮性黄色腫、網膜の障害、網膜芽細胞腫、網膜芽細胞腫ＦＡ－フリードライヒ運動失調症、レット症候群、ルビンシュタイン－タイビ症候群、サンドホフ病、感覚・自律神経障害ＩＩＩ型、鎌状赤血球貧血、骨格筋の再生、皮膚の色素沈着障害、スミス・レムリ・オピッツ症候群、言語障害、コミュニケーション障害、脊髄性筋萎縮症、脊髄球脊髄性筋萎縮症、脊髄小脳性運動失調症、脊椎骨端骨異形成症、ストラドウィック型、先天性棘突起骨格異形成症、スティクラー症候群、スティクラー症候群ＣＯＬ２Ａ１、テイ－サックス病、テトラヒドロビオプテリン欠損症、チアミン反応性巨赤芽球性貧血、糖尿病、感音性難聴を伴う致死性異形成、甲状腺の疾患、トゥレット症候群、トリーチャー・コリンズ症候群、トリプルＸ症候群、結節性硬化症、ターナー症候群、アッシャー症候群、異型ポルフィリン症、フォン・ヒッペル・リンダウ病、ヴァールデンブルグ症候群、ヴァイセンバッハ・ツヴァイミュラー症候群、ウィルソン病、ウォルフ－ヒルシュホーン症候群、色素性乾皮症、Ｘ連鎖性重症複合免疫不全症、Ｘ連鎖性鉄芽球性貧血、またはＸ連鎖性脊髄球筋萎縮症を含み得るが、これらに限定されない可能性がある。
本明細書で使用される場合、第２の療法としては、化学療法、放射線、骨髄移植、免疫療法、ホルモン療法、凍結療法、外科的処置（腫瘍切除等）またはそれらのあらゆる組み合わせを挙げることができる。第２の療法は、低分子等の医薬組成物の投与を含み得る。第２の療法は、例えば、インターフェロン、オセルタミビル、リバビリン、ダクラタスビル、ソホスブビル、ベルパタスビル、ボキシラプレスビル、レンデシビル、インドメタシン、またはそれらのあらゆる組み合わせのような１種または複数種の抗ウイルス剤等の医薬組成物の投与を含み得る。第２の療法は、１種または複数種の抗生物質等の医薬組成物の投与を含み得る。第２の療法は、筋弛緩剤、抗うつ剤、ステロイド、オピオイド、大麻ベースの治療薬、アセトアミノフェン、非ステロイド性抗炎症剤、神経障害性薬剤、大麻、プロゲスチン、プロゲステロン、またはそれらのあらゆる組み合わせの投与を含み得る。神経障害性薬剤は、ガバペンチンを含み得る。非ステロイド性抗炎症剤は、ナプロキセン、イブプロフェン、ＣＯＸ－２阻害剤、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。第２の療法は、生物学的薬剤の投与、細胞療法、再生医療療法、組織工学的アプローチ、幹細胞移植、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。第２の療法は、医療処置を含み得る。医療処置は、硬膜外注射（ステロイド注射等）、鍼治療、運動、理学療法、超音波、外科的療法、カイロプラクティック操作、整骨操作、化学的髄核融解術、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得る。第２の療法は、呼吸補助装置または操作された呼吸器の使用を含み得る。第２の療法は、タンパク質、幹細胞、臍帯血細胞、臍帯組織、組織、またはそれらのあらゆる組み合わせ等の再生療法または免疫療法を実施することを含み得る。第２の療法はバイオシミラーを含み得る。
本明細書で使用される場合、「断片」という用語は、配列の一部分であり、完全長配列よりも短くなってもよい部分集合であり得る。断片は、遺伝子の一部であり得る。断片は、ペプチドまたはタンパク質の一部であり得る。断片は、アミノ酸配列の一部であり得る。断片は、オリゴヌクレオチド配列の一部であり得る。断片は、長さが約２０、３０、４０、５０アミノ酸未満であり得る。断片は、長さが約２、５、１０、２０、３０、４０、５０オリゴヌクレオチド未満であり得る。
本明細書に記載される組成物および方法は、１種または複数種の標的の改善されたノックダウン（少なくとも部分的または完全に）を通じて治療効果を改善し得るガイド鎖に対する変異または修飾を特定する方法を含む。パッセンジャー鎖に対する配列修飾も、本明細書に記載される。１つまたは複数の両鎖に対する化学修飾も、本明細書に記載される。本明細書に記載の構築物または模倣体は、複数のｍＲＮＡ標的のうち好ましいｍＲＮＡ標的に対する標的認識を抑制し得る、ガイド鎖における１つまたは複数の配列変更を含み得る。そのような構築物または模倣体は、安定性を高め、免疫刺激を少なくとも部分的に低減または排除し、薬理活性を改善し、１つまたは複数のポリ標的効果を保持し、またはそれらのあらゆる組み合わせであり得る。
本明細書に記載の組成物および方法は、同等のｍｉＲ（例えば、ｍｉＲ－３０、ｍｉＲ－２９、ｍｉＲ－２６、ｍｉＲ－２７、ｍｉＲ－１０１、ｍｉＲ－１４５、ｍｉＲ－２０５、ｍｉＲ－３３８、およびｍｉＲ－３７５等）と比較して、安定性、安全性、および／または活性が改善されたｍｉＲ模倣体（例えば、ｍｉＲ－３０、ｍｉＲ－２９、ｍｉＲ－２６、ｍｉＲ－２７、ｍｉＲ－１０１、ｍｉＲ－１４５、ｍｉＲ－２０５、ｍｉＲ－３３８、およびｍｉＲ－３７５模倣体）を含み得る。
模倣体は、知能設計、１種または複数種の化学修飾パターンのテスト、模倣体の相補性を向上させ、または模倣体の二重鎖構造を変更し得るパッセンジャー鎖の配列変異、および活性に利益をもたらし得るガイド鎖への配列変異を用いて特定し得る。いくつかの例では、ガイド鎖の配列変異は、天然のガイド配列の使用を超えて、模倣体を使用することに移行し得る。例えば、配列の変更により、臨床標的等の好ましい下流標的に向けてガイド鎖の活性を調整し得る。
ｍｉＲＮＡは配列類似性に基づいてファミリーに分類されるため、変異配列は「非天然」または「人工」のｍｉＲＮＡファミリーメンバーであり得る。
マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）のｍｉＲ－３０ファミリーは、ヒトでは５種のファミリーメンバー（すなわち、ｍｉＲ－３０ａ、ｍｉＲ－３０ｂ、ｍｉＲ－３０ｃ－１、ｍｉＲ－３０ｃ－２、ｍｉＲ－３０ｄ、およびｍｉＲ－３０ｅ）を含み得る。このファミリーは、いくつかのタイプのがんにおいて腫瘍抑制活性を有しており、線維化、瘢痕化、またはその両方を抑制し得る。例えば、ｍｉＲ－３０の発現制御は、再発性頭頸部がん患者の予後不良と関連する可能性がある。このように、ｍｉＲ－３０ファミリーは、ｍｉＲＮＡ補充療法のための理想的な候補である。しかしながら、ｍｉＲ－３０模倣体を新規薬剤候補として開発するには、治療的適用のための薬理学的障壁、すなわち（ｉ）生体液中に存在する様々なヌクレアーゼによって容易に分解されてしまうという、もともと有している代謝不安定性；（ｉｉ）インビボで毒性をもたらし得る自然免疫応答を引き起こす細胞受容体（すなわちＴＬＲファミリー、ＲＩＧ－Ｉ様受容体、その他のＲＮＡセンサー）の天然のリガンドとなりうる配列パターン（例えばＣｐＧモチーフ）および構造を含んでいること；（ｉｉｉ）天然のｍｉＲＮＡ配列が模倣体に本質的に最適化されていない可能性があるため、効力および／または有効性に関する薬理作用が乏しいこと；（ｉｖ）病的または標的組織へのインビボでの送達；（ｖ）またはそれらのあらゆる組み合わせを克服することを含み得る。
マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）のｍｉＲ－２９ファミリーは、ヒトでは４種のファミリーメンバー（すなわち、ｍｉＲ－２９ａ、ｍｉＲ－２９ｂ－１、ｍｉＲ－２９ｂ－２、およびｍｉＲ－２９ｃ）を含み得る。このファミリーは、何種類かのがんにおける腫瘍抑制活性、抗ウイルス活性と、線維化抑制活性、瘢痕化抑制活性またはその両方の抑制活性とを有し得る。例えば、ｍｉＲ－２９の過剰発現は、細胞培養におけるＣ型肝炎ウイルスの存在量を減少させることと関連し得る。このように、ｍｉＲ－２９ファミリーはｍｉＲＮＡ補充療法にとって理想的な候補である。しかしながら、ｍｉＲ－２９模倣体を新規薬剤候補として開発するには、治療的適用のための薬理学的障壁、すなわち（ｉ）生体液中に存在する様々なヌクレアーゼによって容易に分解されてしまうという、もともと有している代謝不安定性；（ｉｉ）インビボで毒性をもたらし得る自然免疫応答を引き起こす細胞受容体（すなわちＴＬＲファミリー、ＲＩＧ－Ｉ様受容体、その他のＲＮＡセンサー）の天然のリガンドとなりうる配列パターン（例えばＣｐＧモチーフ）および構造を含んでいること；（ｉｉｉ）天然のｍｉＲＮＡ配列が模倣体に本質的に最適化されていない可能性があるため、効力および／または有効性に関する薬理作用が乏しいこと；（ｉｖ）病的または標的組織へのインビボでの送達；（ｖ）またはそれらのあらゆる組み合わせを克服することを含み得る。
さらに、高度な化学修飾および／またはｓｉＲＮＡ設計に基づく従来の修飾パターンの導入により、複数の転写産物をサイレンシングする多面的効果が低下し、ｍｉＲＮＡ模倣活性に悪影響を及ぼすことがある。化学修飾は、下流の天然標的の配列認識を変化させ得る。「ｍｉＲＮＡのような」オフターゲット効果を低減し、意図した標的に対するｓｉＲＮＡの特異性を向上させるためには望ましいことであるが、複数の転写産物を意図的に標的として開発されたｍｉＲＮＡ模倣体には望ましくない場合がある。
オリゴヌクレオチドは糖修飾を含み得る。オリゴヌクレオチドは、複数の糖修飾を含み得る。糖修飾は、グルコースまたはその誘導体を含み得る。糖修飾は、リボースまたはデオキシリボースを含み得る。糖修飾は、単糖、二糖、三糖、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。
オリゴヌクレオチドは、化学修飾を含み得る。オリゴヌクレオチドは、複数の化学修飾を含み得る。オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの一部、例えば末端に複数の化学修飾を含み得る。化学修飾は、メチル基、フルオロ基、メトキシエチル基、エチル基、アミド基、エステル基、これらのうちのいずれか１種以上、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得る。化学修飾は、１－メチル－アデノシン、１－メチル－グアノシン、１－メチル－イノシン、２，２－ジメチル－グアノシン、２，６－ジアミノプリン、２’－アミノ－２’－デオキシアデノシン、２’－アミノ－２’－デオキシシチジン、２’－アミノ－２’－デオキシグアノシン、２’－アミノ－２’－デオキシウリジン、２－アミノ－６－クロロプリネリボシド、２－アミノプリン－リボシド、２’－アラアデノシン、２’－アラシチジン、２’－アラウリジン、２’－アジド－２’－デオキシアデノシン、２’－アジド－２’－デオキシシチジン、２’－アジド－２’－デオキシグアノシン、２’－アジド－２’－デオキシウリジン、２－クロロアデノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシアデノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシシチジン、２’－フルオロ－２’－デオキシグアノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシウリジン、２’－フルオロチミジン、２－メチル－アデノシン、２－メチル－グアノシン、２－メチル－チオ－Ｎ６－イソペネニル－アデノシン、２’－Ｏ－メチル－２－アミノアデノシン、２’－Ｏ－メチル－２’－デオキシアデノシン、２’－０－メチル－２’－デオキシシチジン、２’－０－メチル－２’－デオキシグアノシン、２,－０－メチル－２’－デオキシウリジン、２’－Ｏ－メチル－５－メチルウリジン、２’－Ｏ－メチルイノシン、２’－Ｏ－メチルプソイドウリジン、２－チオシチジン、２－チオ－シチジン、３－メチル－シチジン、４－アセチル－シチジン、４－チオウリジン、５－（カルボキシヒドロキシメチル）－ウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、５－アミノアリルシチジン、５－アミノアリル－デオキシウリジン、５－ブロモウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオ－ウラシル、５－カルボキシメチルアモノメチル－ウラシル、５－クロロ－ａｒａ－シトシン、５－フルオロ－ウリジン、５－ヨードウリジン、５－メトキシカルボニルメチル－ウリジン、５－メトキシ－ウリジン、５－メチル－２－チオ－ウリジン、６－アザシチジン、６－アザウリジン、６－クロロ－７－デアザ－グアノシン、６－クロロプリネリボシド、６－メルカプト－グアノシン、６－メチル－メルカプトプリン－リボシド、７－デアザ－２’－デオキシ－グアノシン、７－デアザアデノシン、７－メチル－グアノシン、８－アザアデノシン、８－ブロモ－アデノシン、８－ブロモ－グアノシン、８－メルカプト－グアノシン、８－オキソグアノシン、ベンズイミダゾールリボシド、ベータ－Ｄ－マンノシル－ケオシン、ジヒドロウリジン、イノシン、Ｎ１－メチルアデノシン、Ｎ６－（［６－アミノヘキシル］カルバモイルメチル）－アデノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデノシン、Ｎ６－メチルアデノシン、Ｎ７－メチルキサントシン、Ｎ－ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、ピューロマイシン、ケオシン、ウラシル－５－オキシ酢酸、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、ワイブトキソシン、キサントシン、キシロアデノシンまたはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、天然の塩基または糖に対して、操作されたオリゴヌクレオチドの塩基または糖への化学修飾のような化学修飾を含み得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、複数の化学修飾のような、１以上の化学修飾を含み得る。操作されたオリゴヌクレオチドの塩基の一部または糖の一部は、１個または複数の化学修飾を含み得る。いくつかの例では、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれ以上の、操作されたオリゴヌクレオチドの塩基または糖を化学修飾し得る。
いくつかの例では、リボヌクレオチド（または、いくつかの例ではデオキシヌクレオチド）は、本明細書に記載の化学修飾によって、操作されたオリゴヌクレオチドの骨格を形成する塩基成分、糖（リボース）成分、リン酸成分、またはそれらのあらゆる組み合わせ等を修飾し得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、複数のＲＮＡ配列のうちのＲＮＡ配列に対する特異性を増大させるように操作または修飾し得る。操作されたオリゴヌクレオチドは、複数のＲＮＡ配列のうちのＲＮＡ配列に対する特異性を著しく増大させるように修飾し得る。増大した特異性は、操作されていない同等のオリゴヌクレオチドと比較し、または異なる方法で操作または修飾された同等のオリゴヌクレオチドと比較し得る。特異性は、同等のオリゴヌクレオチドと比較して、少なくとも約２％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上で増大し得る。操作されたオリゴヌクレオチドは、第２のＲＮＡ配列と比較して第１のＲＮＡ配列に対する特異性を増大させるように操作または修飾し得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の疾患または状態に関与する遺伝子、例えば、がん遺伝子をコードするＲＮＡ配列に対して選択的であり得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、複数のＲＮＡ配列のうち、がん遺伝子をコードするＲＮＡ配列に対して選択的であり得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、複数のＲＮＡ配列のうち、がん遺伝子等の遺伝子をコードするＲＮＡ配列に対して特異性が増大している場合がある。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、複数のＲＮＡ配列のうち、ＩＴＧＡ６、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＥＧＦＲ、またはそれらのあらゆる組み合わせをコードするＲＮＡ配列に対して選択的であり得る。
本明細書で使用される化学修飾ヌクレオチドは、グアノシン、ウリジン、アデノシン、チミジンまたはシトシンであり得、限定を意味するものではないが、例えばアセチル化、メチル化、ヒドロキシル化等によって化学的に変化した、あらゆる天然に存在し、または天然に存在しないグアノシン、ウリジン、アデノシン、チミジンまたはシチジン、例えば、１－メチル－アデノシン、１－メチル－グアノシン、１－メチル－イノシン、２，２－ジメチル－グアノシン、２，６－ジアミノプリン、２’－アミノ－２’－デオキシアデノシン、２’－アミノ－２’－デオキシシチジン、２’－アミノ－２’－デオキシグアノシン、２’－アミノ－２’－デオキシウリジン、２－アミノ－６－クロロプリネリボシド、２－アミノプリン－リボシド、２’－アラアデノシン、２’－アラシチジン、２’－アラウリジン、２’－アジド－２’－デオキシアデノシン、２’－アジド－２’－デオキシシチジン、２’－アジド－２’－デオキシグアノシン、２’－アジド－２’－デオキシウリジン、２－クロロアデノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシアデノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシシチジン、２’－フルオロ－２’－デオキシグアノシン、２’－フルオロ－２’－デオキシウリジン、２’－フルオロチミジン、２－メチル－アデノシン、２－メチル－グアノシン、２－メチル－チオ－Ｎ６－イソペネニル－アデノシン、２’－Ｏ－メチル－２－アミノアデノシン、２’－Ｏ－メチル－２’－デオキシアデノシン、２’－Ｏ－メチル－２’－デオキシシチジン、２’－Ｏ－メチル－２’－デオキシグアノシン、２’－Ｏ－メチル－２’－デオキシウリジン、２’－Ｏ－メチル－５－メチルウリジン、２’－Ｏ－メチルイノシン、２’－Ｏ－メチルプソイドウリジン、２－チオシチジン、２－チオ－シチジン、３－メチル－シチジン、４－アセチル－シチジン、４－チオウリジン、５－（カルボキシヒドロキシメチル）－ウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、５－アミノアリルシチジン、５－アミノアリル－デオキシウリジン、５－ブロモウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオ－ウラシル、５－カルボキシメチルアモノメチル－ウラシル、５－クロロ－ａｒａ－シトシン、５－フルオロ－ウリジン、５－ヨードウリジン、５－メトキシカルボニルメチル－ウリジン、５－メトキシ－ウリジン、５－メチル－２－チオ－ウリジン、６－アザシチジン、６－アザウリジン、６－クロロ－７－デアザ－グアノシン、６－クロロプリネリボシド、６－メルカプト－グアノシン、６－メチル－メルカプトプリン－リボシド、７－デアザ－２’－デオキシ－グアノシン、７－デアザアデノシン、７－メチル－グアノシン、８－アザアデノシン、８－ブロモ－アデノシン、８－ブロモ－グアノシン、８－メルカプト－グアノシン、８－オキソグアノシン、ベンズイミダゾールリボシド、ベータ－Ｄ－マンノシル－ケオシン、ジヒドロウリジン、イノシン、Ｎ１－メチルアデノシン、Ｎ６－（［６－アミノヘキシル］カルバモイルメチル）－アデノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデノシン、Ｎ６－メチルアデノシン、Ｎ７－メチル－キサントシン、Ｎ－ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、ピューロマイシン、ケオシン、ウラシル－５－オキシ酢酸、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、ウィブトキソシン、キサントシンまたはキシロ－アデノシンであり得る。このようなバリアントの調製は、例えば米国特許第４，３７３，０７１号、同第４，４０１，７９６号、同第４，４１５，７３２号、同第４，４５８，０６６号、同第４，５００，７０７号、同第４，６６８，７７７号、同第４，９７３，６７９号、同第５，０４７，５２４号、同第５，１３２，４１８号、同第５，１５３，３１９号、同第５，２６２，５３０号または同第５，７００，６４２号から当業者に周知である。
いくつかの例では、操作されたヌクレオチドは、２－アミノ－６－クロロプリンリボシド－５’－三リン酸、２－アミノプリンリボシド－５’－三リン酸、２－アミノアデノシン－５－トリホスフェート、２’－アミノ－２’－デオキシシチジン－トリホスフェート、２－チオシチジン－５’－トリホスフェート、２－チオウリジン－５’－トリホスフェート、２’－フルオロチミジン－５’－トリホスフェート、２’－Ｏ－メチル－イノシン－５’－トリホスフェート、４－チオウリジン－５’－トリホスフェート、５－アミノアリルシチジン－５’－トリホスフェート、５－アミノアリルウリジン－５’－トリホスフェート、５－ブロモシチジン－５’－トリホスフェート、５－ブロモウリジン－５’－トリホスフェート、５－ブロモ－２’－デオキシシチジン－５’－トリホスフェート、５－ブロモ－２’－デオキシウリジン－５’－トリホスフェート、５－ヨードシチジン－５’－トリホスフェート、５－ヨード－２’－デオキシシチジン－５’－トリホスフェート、５－ヨードウリジン－５’－トリホスフェート、５－ヨード－２’－デオキシウリジン－５’－トリホスフェート、５－メチルシチジン－５’－トリホスフェート、５－メチルウリジン－５’－トリホスフェート、５－プロピニル－２’－デオキシシチジン－５’－トリホスフェート、５－プロピニル－２’－デオキシウリジン－５’－トリホスフェート、６－アザシチジン－５’－トリホスフェート、６－アザウリジン－５’－トリホスフェート、６－クロロプリネリボシド－５’－トリホスフェート、７－デアザアデノシン－５’－トリホスフェート、７－デアザグアノシン－５’－トリホスフェート、８－アザアデノシン－５’－トリホスフェート、８－アジドアデノシン－５’－トリホスフェート、ベンゾイミダゾール－リボシド－５’－トリホスフェート、Ｎ１－メチルアデノシン－５’－トリホスフェート、Ｎ１－メチルグアノシン－５’－トリホスフェート、Ｎ６－メチルアデノシン－５’－トリホスフェート、０６－メチルグアノシン－５’－トリホスフェート、プソイドウリジン－５’－トリホスフェート、ピューロマイシン－５’－トリホスフェート、キサントシン－５’－トリホスフェート、またはそれらのあらゆる組み合わせ等の化学修飾ヌクレオチドを含み得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、ピリジン－４－オンリボヌクレオシド、５－アザ－ウリジン、２－チオ－５－アザ－ウリジン、２－チオウリジン、４－チオ－プソイドウリジン、２－チオ－プソイドウリジン、５－ヒドロキシウリジン、３－メチルウリジン、５－カルボキシメチル－ウリジン、１－カルボキシメチル－プソイドウリジン、５－プロピニル－ウリジン、１－プロピニル－プソイドウリジン、５－タウリノメチルウリジン、１－タウリノメチル－プソイドウリジン、５－タウリノメチル－２－チオ－ウリジン、１－タウリノメチル－４－チオ－ウリジン、５－メチル－ウリジン、１－メチル－プソイドウリジン、４－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、ジヒドロウリジン、ジヒドロプソイドウリジン、２－チオ－ジヒドロウリジン、２－チオ－ジヒドロプソイドウリジン、２－メトキシウリジン、２－メトキシ－４－チオ－ウリジン、４－メトキシ－プソイドウリジン、４－メトキシ－２－チオ－プソイドウリジン、またはそれらのあらゆる組み合わせ等の化学修飾ヌクレオチドを含み得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、５－アザ－シチジン、シュードイソシチジン、３－メチル－シチジン、Ｎ４－アセチルシチジン、５－ホルミルシチジン、Ｎ４－メチルシチジン、５－ヒドロキシメチルシチジン、１－メチル－プソイドイソシチジン、ピロロ－シチジン、ピロロ－プソイドイソシチジン、２－チオ－シチジン、２－チオ－５－メチル－シチジン、４－チオ－プソイドイソシチジン、４－チオ－１－メチル－プソイドイソシチジン、４－チオ－１－メチル－１－デアザ－プソイドイソシチジン、１－メチル－１－デアザ－プソイドイソシチジン、ゼブラリン、５－アザ－ゼブラリン、５－メチル－ゼブラリン、５－アザ－２－チオ－ゼブラリン、２－チオ－ゼブラリン、２－メトキシ－シチジン、２－メトキシ－５－メチル－シチジン、４－メトキシ－プソイドイソシチジン、４－メトキシ－１－メチル－プソイドイソシチジン、またはそれらのあらゆる組み合わせ等の化学修飾ヌクレオチドを含み得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、２－アミノプリン、２，６－ジアミノプリン、７－デアザ－アデニン、７－デアザ－８－アザ－アデニン、７－デアザ－２－アミノプリン、７－デアザ－８－アザ－２－アミノプリン、７－デアザ－２、６－ジアミノプリン、７－デアザ－８－アザ－２、６－ジアミノプリン、１－メチルアデノシン、Ｎ６－メチルアデノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデノシン、Ｎ６－（ｃｉｓ－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－（ｃｉｓ－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、Ｎ６－グリシニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６－トレオニルカルバモイルアデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－トレオニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６－ジメチルアデノシン、７－メチルアデニン、２－メチルチオ－アデニン、２－メトキシ－アデニン、またはそれらのあらゆる組み合わせ等の化学修飾ヌクレオチドを含み得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、イノシン、１－メチル－イノシン、ワイオシン、ワイブトシン、７－デアザグアノシン、７－デアザ－８－アザグアノシン、６－チオ－グアノシン、６－チオ－７－デアザ－グアノシン、６－チオ－７－デアザ－８－アザ－グアノシン、７－メチル－グアノシン、６－チオ－７－メチル－グアノシン、７－メチルイノシン、６－メトキシ－グアノシン、１－メチルグアノシン、Ｎ２－メチルグアノシン、Ｎ２，Ｎ２－ジメチルグアノシン、８－オキソ－グアノシン、７－メチル－８－オキソ－グアノシン、１－メチル－６－チオ－グアノシン、Ｎ２－メチル－６－チオ－グアノシン、Ｎ２，Ｎ２－ジメチル－６－チオ－グアノシン、またはそれらのあらゆる組み合わせ等の化学修飾ヌクレオチドを含み得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、６－アザ－シチジン、２－チオ－シチジン、アルファ－チオ－シチジン、プソイド－イソ－シチジン、５－アミノアリル－ウリジン、５－ヨード－ウリジン、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、アルファ－チオ－ウリジン、４－チオ－ウリジン、６－アザ－ウリジン、５－ヒドロキシ－ウリジン、デオキシ－チミジン、５－メチル－ウリジン、ピロロ－シチジン、イノシン、アルファ－チオ－グアノシン、６－メチル－グアノシン、５－メチル－シトジン、８－オキソ－グアノシン、７－デアザ－グアノシン、Ｎ１－メチル－アデノシン、２－アミノ－６－クロロ－プリン、Ｎ６－メチル－２－アミノ－プリン、プソイド－イソ－シチジン、６－クロロ－プリン、Ｎ６－メチル－アデノシン、アルファ－チオ－アデノシン、８－アジド－アデノシン、７－デアザ－アデノシン、またはそれらのあらゆる組み合わせ等の化学修飾ヌクレオチドを含み得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、２’位で化学修飾され得る、化学修飾されたヌクレオチドを含み得る。化学修飾されたオリゴヌクレオチドは、２’炭素原子において置換基を含むことが可能であり、この置換基は、ハロゲン、アルコキシ基、水素、アリールオキシ基、アミノ基またはアミノアルコキシ基、例えば２’－水素（２’－デオキシ）、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル、２’－フルオロ、２’メトキシエチル、２’－フルオロ、ロックド核酸またはそのあらゆる組み合わせを含み得る。
別の化学修飾（ヌクレオチドの２’位を含むもの等）は、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）ヌクレオチド、（Ｓ）拘束エチルｃＥｔヌクレオチド、架橋核酸（ＢＮＡ）またはそれらのあらゆる組み合わせであり得る。骨格の修飾は、修飾ヌクレオチドの糖を好ましいノーザンコンフォメーションに固定し得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドの標的配列におけるそのタイプの修飾の存在は、標的配列の標的部位へのより強く、かつより速い結合を可能にする。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の化学修飾ヌクレオチドを含む場合があり、操作されたオリゴヌクレオチドに組み込まれ得るリン酸骨格が修飾され得る。骨格の１個または複数のリン酸基は、例えば、１個または複数の酸素原子を異なる置換基で置換することによって、修飾され得る。さらに、修飾ヌクレオチドは、本明細書に記載されるように、非修飾リン酸部分の修飾リン酸への完全な置換を含み得る。修飾リン酸基の例としては、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホロセレネート、ボラノホスフェート、ボラノホスフェートエステル、ホスホン酸水素、ホスホロアミデート、アルキルホスホネート、アリールホスホネートまたはホストリエステルを含み得る。リン酸リンカーは、連結酸素を窒素（架橋ホスホロアミデート）、硫黄（架橋ホスホロチオエート）および炭素（架橋メチレンホスホネート）に置換することによっても修飾し得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、糖修飾を含み得る。糖修飾は、リンカーのようなコンジュゲートを含み得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、１個または複数のリンカー基を含み得る。操作されたオリゴヌクレオチドは、抗体、タンパク質、脂質、アプタマー、低分子、薬物、またはそれらのあらゆる組み合わせに連結し得る。リンカーは、共有結合を形成し得る。操作されたオリゴヌクレオチドは、リンカーを介して第２の操作されたオリゴヌクレオチド等の１個または複数の操作されたオリゴヌクレオチドに連結し得る。いくつかの例では、リンカーは、切断可能なリンカーであってもよい。いくつかの例では、リンカーは、アジドリンカーを含み得る。操作されたオリゴヌクレオチドは、グリカンでグリコシル化されたヌクレオチドの塩基を含み得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、有機塩基を欠失するヌクレオチド等の脱塩基部位を含み得る。いくつかの例では、脱塩基ヌクレオチドは、リボースの２’位等において、本明細書に記載の化学修飾を含み得る。いくつかの例では、リボースの２’Ｃ原子は、ハロゲン、アルコキシ基、水素、アリールオキシ基、アミノ基またはアミノアルコキシ基等の置換基で置換される可能性があり、いくつかの例では、２’－水素（２’－デオキシ）、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチルまたは２’－フルオロから選択される。いくつかの例では、脱塩基部位ヌクレオチドは、構造１Ａまたは構造１Ｂを含み得る。
Figure 2023521042000035
ｄスペーサー（ｄＳｐａｃｅｒ）（１Ａ） ｒスペーサー（ｒＳｐａｃｅｒ）（１Ｂ）
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドは、「５’－ＣＡＰ」構造の付加によって修飾され得る。５’－キャップは、成熟ｍｉＲＮＡの５’－末端に「キャップ」し得る、修飾ヌクレオチドの実体等の実体であってもよい。５’－キャップは、典型的には、修飾ヌクレオチド、特にグアニンヌクレオチドの誘導体によって形成され得る。いくつかの例では、５’－キャップは、５’－５１－トリホスフェート結合を介して、操作されたオリゴヌクレオチドの５’－末端に連結し得る。５’－キャップは、例えばｍ７ＧｐｐｐＮ（式中、Ｎは、ＲＮＡの５’－末端等、５’－キャップを輸送する核酸の末端５’－ヌクレオチドであり得る）のようにメチル化し得る。５’－キャップ構造は、グリセリル、逆位デオキシ脱塩基残基（部分）、４’，５’メチレンヌクレオチド、１－（ベータ－Ｄ－エリスロフラノシル）ヌクレオチド、４’－チオヌクレオチド、炭素環式ヌクレオチド、１，５－アンヒドロヘキシトールヌクレオチド、Ｌ－ヌクレオチド、アルファ－ヌクレオチド、修飾塩基ヌクレオチド、スレオペントフラノシルヌクレオチド、非環式３’，４’－セコヌクレオチド、非環式３，４－ジヒドロキシブチルヌクレオチド、非環状３，５ジヒドロキシペンチルヌクレオチド、３’－３’－逆位ヌクレオチド部分、３’－３’－逆位脱塩基部分、３’－２’－逆位ヌクレオチド部分、３’－２’－逆位脱塩基部分、１，４－ブタンジオールホスフェート、３’－ホスホルアミダイト、ヘキシルホスフェート、アミノヘキシルホスフェート、３’－ホスフェート、３’ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、または架橋もしくは非架橋メチルホスホン酸部分を含み得る。いくつかの例では、修飾された５’－ＣＡＰ構造は、ＣＡＰ１（ｍ７Ｇの隣接ヌクレオチドのリボースのメチル化）、ＣＡＰ２（ｍ７Ｇの下流の第２のヌクレオチドのリボースのメチル化）、ＣＡＰ３（ｍ７Ｇの下流の第３のヌクレオチドのリボースのメチル化）、ＣＡＰ４（ｍ７Ｇの下流の第４のヌクレオチドのリボースのメチル化）、ＡＲＣＡ（アンチリバースＣＡＰ類似体、修飾ＡＲＣＡ（例えば、ホストチオエート修飾ＡＲＣＡ）、イノシン、Ｎ１－メチルグアノシン、２’－フルオログアノシン、７－デアザグアノシン、８－オキソグアノシン、２－アミノグアノシン、ＬＮＡ－グアノシン、または２－アジドグアノシンを含み得る。
本明細書で使用される場合、「後成的マーカー」という用語は、核酸塩基のあらゆる共有結合修飾であり得る。いくつかの例では、共有結合修飾は、核酸配列の１または複数の塩基にメチル基、ヒドロキシメチル基、炭素原子、酸素原子、またはそれらのあらゆる組み合わせを付加することを含み得る。いくつかの例では、共有結合修飾は、酸素原子等の核酸配列に関連する分子の酸化状態を変更すること、またはそれらの組み合わせを含み得る。共有結合修飾は、シトシン、チミン、ウラシル、アデニン、グアニン、またはそれらの組み合わせ等の、あらゆる塩基で起こり得る。いくつかの例では、後成的修飾は、酸化または還元を含み得る。核酸配列は、１個または複数の後成的に修飾された塩基を含み得る。後成的に修飾された塩基は、シトシン、ウラシル、チミン、アデニン、またはグアニン等のあらゆる塩基を含み得る。後成的に修飾された塩基は、メチル化塩基、ヒドロキシメチル化塩基、ホルミル化塩基、もしくはカルボン酸含有塩基、またはその塩を含み得る。後成的に修飾された塩基は、５－メチル化塩基、例えば、５－メチル化シトシン（５－ｍＣ）を含み得る。後成的に修飾された塩基は、５－ヒドロキシメチル化シトシン（５－ｈｍＣ）のような５－ヒドロキシメチル化塩基を含み得る。後成的に修飾された塩基は、５－ホルミル化シトシン（５－ｆＣ）のような５－ホルミル化塩基を含み得る。後成的に修飾された塩基は、５－カルボキシル化シトシン（５－ｃａＣ）のような５－カルボキシル化塩基またはその塩を含み得る。いくつかの例では、後成的に修飾された塩基は、活性化基のメチルトランスフェラーゼ指向性転移（ｍＴＡＧ）を含み得る。
後成的に修飾された塩基は、１個もしくは複数の塩基またはプリン（例えば、構造１）、または１個もしくは複数のピリミジン塩基（例えば、構造２）を含み得る。後成的修飾は、あらゆる位置のうちの１または複数の位置で起こり得る。例えば、後成的修飾は、構造１に示されるように、位置１、２、３、４、５、６、７、８、９を含むプリンの１または複数の位置で起こり得る。いくつかの例では、後成的修飾は、構造２に示されるように、位置１、２、３、４、５、６を含むピリミジンの１または複数の位置で起こり得る。
Figure 2023521042000036
 構造1
Figure 2023521042000037
構造2
核酸配列は、後成的に修飾された塩基を含んでいてもよい。核酸配列は、複数の後成的に修飾された塩基を含んでいてもよい。核酸配列は、ＣＧサイト、ＣｐＧアイランド、またはそれらの組み合わせの中に配置された後成的修飾塩基が含まれる場合がある。核酸配列は、メチル化塩基、ヒドロキシメチル化塩基、ホルミル化塩基、カルボン酸含有塩基またはその塩等の種々の後成的修飾塩基、これらのいずれかの複数、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの例では、化学修飾された場合、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、表７に示すような、式のガイドパターン１、ガイドパターン２、またはガイドパターン３であり得る。
Figure 2023521042000038
化学修飾された場合、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号５２～８９、１２７～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２６４～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、６２０、６４４～８２５、８３５～８３７および８４６～８９９のいずれか１つに対して、少なくとも９０％の配列同一性を有し得る。
いくつかの例では、ベクターは、インビトロ設定、インビボ設定、またはそれらのあらゆる組み合わせで、ｍｉＲ送達に使用され得る。いくつかの例では、ベクターは、哺乳動物、または特定の器官、または特定の細胞、またはそれらのあらゆる組み合わせに標的化し得るが、それらに限定されない。ベクターは、本明細書に記載されるあらゆる組成物を含み得る。いくつかの例では、ベクターは、ｍｉＲ－３０ファミリー構築物および第２のｍｉＲ－２９ファミリー構築物、またはｍｉＲ－３０ファミリー構築物および第２のｍｉＲ－３０ファミリー構築物、またはｍｉＲ－２９ファミリー構築物および第２のｍｉＲ－２９ファミリー構築物、またはそれらのあらゆる組み合わせ等、２種以上の組成物を含み得る。いくつかの例では、ベクターは、リポソーム、ナノ粒子またはそれらのあらゆる組み合わせで構成され得る。リポソームは、単層リポソーム、多層リポソーム、アーキオソーム、ニオソーム、ノバソーム、クリプトソーム、エマルソーム、ベソソーム、またはこれらのいずれかの誘導体、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得るが、これらに限定されない。ナノ粒子は、生体高分子ナノ粒子、アルギン酸ナノ粒子、キサンタンガムナノ粒子、セルロースナノ粒子、デンドリマー、高分子ミセル、ポリプレックス、無機ナノ粒子、ナノクリスタル、金属ナノ粒子、量子ドット、タンパク質ナノ粒子、多糖類ナノ粒子、またはこれらのいずれかの誘導体、またはこれらの組み合わせを含み得るが、これらに限定されない。いくつかの例では、ベクターは、レトロウイルス、レンチウイルス、コロナウイルス、アルファウイルス、フラビウイルス、ラブドウイルス、モービルウイルス、ピコルナウイルス、コクサッキーウイルス、もしくはピコルナウイルスまたはこれらのいずれかの部分、もしくはこれらのいずれかの断片、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得るが、これらに限定されないＲＮＡウイルスベクターであり得る。いくつかの例では、ベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、アデノウイルス、ハイブリッドアデノウイルス系、ヘパドナウイルス、パルボウイルス、パピローマウイルス、ポリオーマウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、これらのいずれかの部分、もしくはこれらのいずれかの断片、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得るが、これらに限定されない、ＤＮＡウイルスベクターであり得る。
組成物および方法は、本明細書に記載され、ｍｉＲ模倣体を含み得る。そのようなｍｉＲ模倣体は、ｍｉＲ模倣体の安定性を高め；免疫刺激（例えば、自然免疫応答を介する）を実質的に低減または消失し；ｍｉＲ模倣体の薬理活性を改善し；ｍｉＲ模倣体のポリ標的効果を保持し；またはそれらのあらゆる組み合わせを可能にする、１または複数の配列修飾、１または複数の化学修飾、またはそれらの組み合わせを含み得る。ガイド鎖の配列変化を含む、操作されたｍｉＲファミリーメンバーは、２つ以上の臨床標的に対して標的認識を偏らせ得る。
本明細書で使用される場合、「バイオシミラー」または「バイオシミラー製剤」は、基準製剤として知られるＦＤＡ承認済みの生物学的製剤と実質的に類似しており、基準製剤との安全性および有効性の点で臨床的に意味のある差異がないことの提示に基づいて認可された生物学的製剤を意味し得る。バイオシミラー製剤においては、臨床的に不活性な成分におけるわずかな差異のみが許容される場合がある。承認された基準製剤／生物学的製剤の「バイオシミラー」とは、（ａ）臨床的に不活性な成分におけるわずかな差異にかかわらず、生物学的製剤が基準製剤と非常に類似していることを示す分析試験、（ｂ）動物試験（毒性評価を含む）、および／または（ｃ）基準製剤が認可され、使用が意図され、生物学的製剤の認可が求められる１以上の適切な使用条件における安全性、純度および効力を示すのに十分な臨床試験（免疫原性、薬物動態または薬力学の評価を含む）から得られたデータに基づいて基準製剤と類似する生物学的製剤を意味する。いくつかの実施形態では、バイオシミラー生物学的製剤および基準製剤は、提案された添付文書において処方、推奨、または提案された使用条件について同じ作用機序を利用するが、その作用機序が基準製剤について知られている範囲に限られる。いくつかの実施形態では、生物学的製剤について提案された添付文書で処方、推奨、または提案されている使用の条件は、基準製剤について以前に承認されているものである。いくつかの実施形態では、生物学的製剤の投与経路、剤形、および／または力価は、基準製剤のものと同じである。いくつかの実施形態では、生物学的製剤が製造、加工、包装、または保持される施設は、生物学的製剤が安全であり、純粋であり、かつ効力を有し続けることを保証するように設計された基準を満たしている場合がある。基準製剤は、米国、欧州、または日本のうちの少なくとも１ケ国で承認されていればよい。いくつかの実施形態では、バイオシミラー製剤を投与されたヒト対象の応答率は、基準製剤を投与されたヒト対象の応答率の５０％～１５０％であり得る。例えば、バイオシミラー製剤を投与されたヒト対象の応答率は、基準製剤を投与したヒト対象の応答率の５０％～１００％、５０％～１１０％、５０％～１２０％、５０％～１３０％、５０％～１４０％、５０％～１５０％、６０％～１００％、６０％～１１０％、６０％～１２０％、６０％～１３０％、６０％～１４０％、６０％～１５０％、７０％～１００％、７０％～１１０％、７０％～１２０％、７０％～１３０％、７０％～１４０％、７０％～１５０％、８０％～１００％、８０％～１１０％、８０％～１２０％、８０％～１３０％、８０％～１４０％、８０％～１５０％、９０％～１００％、９０％～１１０％、９０％～１２０％、９０％～１３０％、９０％～１４０％、９０％～１５０％、１００％～１１０％、１００％～１２０％、１００％～１３０％、１００％～１４０％、１００％～１５０％、１１０％～１２０％、１１０％～１３０％、１１０％～１４０％、１１０％～１５０％、１２０％～１３０％、１２０％～１４０％、１２０％～１５０％、１３０％～１４０％、１３０％～１５０％、または１４０％～１５０％であり得る。いくつかの実施形態では、バイオシミラー製剤および基準製剤は、提案された添付文書で処方、推奨、または提案された使用条件に対して同じメカニズムまたは作用メカニズムを利用し得るが、そのメカニズムまたは作用メカニズムは基準製剤について知られている範囲のみに限定される。バイオシミラー医薬品の承認を得るためには、構造、機能、動物毒性、薬物動態、薬力学、免疫原性、臨床安全性および有効性の試験およびデータが必要となる場合がある。バイオシミラーは、フォローオン生物学的製剤または後発生物学的製剤としても公知であり得る。いくつかの実施形態では、バイオシミラー製剤は、臨床的に不活性な成分がわずかに異なっているにもかかわらず、基準製剤と実質的に類似している場合がある。
本明細書で使用される場合、「互換性のある生物学的製剤」は、ＦＤＡ承認された基準製剤のバイオシミラーを意味する場合があり、互換性のための追加の基準を満たす場合がある。いくつかの実施形態では、互換性のある生物学的製剤は、例えば、あらゆる所与の対象において基準製剤と同じ臨床結果をもたらし得る。いくつかの実施形態では、互換性のある製剤は、同じ量の同じ活性成分を含んでいてもよく、同等の薬物動態特性を有していてもよく、同じ臨床的に重要な特性を有していてもよく、基準化合物と同じ方法で投与されてもよい。いくつかの実施形態では、互換性のある製剤は、互換性に関する追加の基準を満たすバイオシミラー製剤であり得る。いくつかの実施形態では、互換性のある製剤は、基準製剤の全ての認可された使用条件において、基準製剤と同じ臨床結果をもたらし得る。いくつかの実施形態では、互換性のある製剤は、基準製剤を処方した医療提供者の介入なしに、薬剤師によって基準製剤に置換され得る。いくつかの実施形態では、個体に複数回投与される場合、生物学的製剤および基準製剤の使用を交互に実施すること、または切り替えることの安全性または効能の低下という観点でのリスクは、そのような交互または切り替えなしに基準製剤を使用するリスクより大きくはない。いくつかの実施形態では、互換性のある製剤は、規制当局が承認した製剤であり得る。いくつかの実施形態では、互換性のある製剤を投与されたヒト対象の応答率は、基準製剤を投与されたヒト対象の応答率の８０％～１２０％であり得る。例えば、互換性のある製剤を投与されたヒト対象の応答率は、基準製剤を投与されたヒト対象の応答率の８０％～１００％、８０％～１１０％、８０％～１２０％、９０％～１００％、９０％～１１０％、９０％～１２０％、１００％～１１０％、１００％～１２０％、または１１０％～１２０％であり得る。
いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、がん遺伝子によってコードされ得る。がん遺伝子は、ＡＢＬ１、ＡＢＬ２、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＫＴ３、ＡＴＦ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＢＣＬ２、ＢＣＬ３、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＡＲＤ１１、ＣＢＬＢ、ＣＢＬＣ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、ＣＣＮＤ３、ＣＤＸ２、ＣＴＮＮＢ１、ＤＤＢ２、ＢＢＩＴ３、ＢＢＸ６、ＤＥＫ、ＥＧＦＲ、ＥＬＫ４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ３、Ｅ２Ｆ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ６、ＥＶＩ１、ＥＷＳＲ１、ＦＥＶ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ１ＯＰ、ＦＧＲ２、ＦＵＳ、ＧＯＬＧＡ５、ＧＯＰＣ、ＨＭＧＡ１、ＨＭＧＡ２、ＨＲＡＳ、ＩＲＦ４、ＩＴＧＡ６、ＪＵＮ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＬＣＫ、ＬＭＯ２、ＭＡＦ、ＭＡＦＢ、ＭＡＭＬ２、ＭＤＭ２、ＭＥＴ、ＭＩＴＦ、ＭＬＬ、ＭＰＬ、ＭＹＢ、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＭＹＣＮ、ＮＣＯＡ４、ＮＦＫＢ２、ＮＲＡＳ、ＮＴＲＫ１、ＮＵＰ２１４、ＰＡＸ８、ＰＤＧＦＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＭ１、ＰＬＡＧ１、ＰＰＡＲＧ、ＰＴＰＮ１１、ＲＡＦ１、ＲＥＬ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＭＯ、ＳＳ１８、ＴＣＬ１Ａ、ＴＥＴ２、ＴＦＧ、ＴＬＸ１、ＴＰＲ、ＵＳＰ６、またはそのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの例では、がん遺伝子は、ＩＴＧＡ６、ＢＣＬ２、ＤＥＫ、ＰＬＡＧ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＭＹＣＮ、ＬＭＯ２、ＰＩＭ１、ＥＧＦＲ、ＩＲＳ１、ＮＴ５Ｅ、ＥＧＦＲ、ＧＬＤＣ、ＳＯＣＳ１、ＳＴＡＴ１、ＬＯＸ、ＰＤＧＦＲＢ、ＷＮＴ５Ａ、ＣＤ８０、ＣＣＮＡ１、ＴＨＢＳ２、ＩＧＦ１Ｒ、ＡＦＡＰ１Ｌ２、ＣＴＨＲＣ１、ＭＥＴ、ＦＡＰ、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＩＬ１Ａ、ＧＪＡ１、ＭＹＢＬ２、ＣＤＫ６、ＡＴＧ９Ａ、ＳＥＴＤＢ１またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの例では、本明細書に記載されるような操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、複数のＲＮＡ配列のうちの１または複数の特定のＲＮＡ配列に対して選択的であり得る。例えば、本明細書に記載されるような操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、複数の他のＲＮＡ配列と比較して、ＡＢＬ１、ＡＢＬ２、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＴＦ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＢＣＬ２、ＢＣＬ３、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＡＲＤ１１、ＣＢＬＢ、ＣＢＬＣ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、ＣＣＮＤ３、ＣＤＸ２、ＣＴＮＮＢ１、ＤＤＢ２、ＢＢＩＴ３、ＢＢＸ６、ＤＥＫ、ＥＧＦＲ、ＥＬＫ４、ＥＲＢＢ２、ＥＴＶ４、ＥＴＶ６、ＥＶＩ１、ＥＷＳＲ１、ＦＥＶ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ１ＯＰ、ＦＧＲ２、ＦＵＳ、ＧＯＬＧＡ５、ＧＯＰＣ、ＨＭＧＡ１、ＨＭＧＡ２、ＨＲＡＳ、ＩＲＦ４、ＩＴＧＡ６、ＪＵＮ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＬＣＫ、ＬＭＯ２、ＭＡＦ、ＭＡＦＢ、ＭＡＭＬ２、ＭＤＭ２、ＭＥＴ、ＭＩＴＦ、ＭＬＬ、ＭＰＬ、ＭＹＢ、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＭＹＣＮ、ＮＣＯＡ４、ＮＦＫＢ２、ＮＲＡＳ、ＮＴＲＫ１、ＮＵＰ２１４、ＰＡＸ８、ＰＤＧＦＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＭ１、ＰＬＡＧ１、ＰＰＡＲＧ、ＰＴＰＮ１１、ＲＡＦ１、ＲＥＬ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＭＯ、ＳＳ１８、ＴＣＬ１Ａ、ＴＥＴ２、ＴＦＧ、ＴＬＸ１、ＴＰＲ、ＵＳＰ６の１種または複数種に対して選択的であり得る。
ＲＮＡ配列の一部は、ＲＮＡ配列の塩基の少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％であり得る。
いくつかの例では、疾患または状態は線維症を含み得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、コラーゲンスーパーファミリー遺伝子、血小板由来成長因子遺伝子、ＴＧＦ－βシグナル伝達遺伝子、コラーゲンリモデリング遺伝子、細胞外マトリックスリモデリング遺伝子、Ｗｎｔシグナル伝達遺伝子、肝細胞腫由来成長因子（ＨＤＧＦ）シグナル伝達遺伝子、またはこれらのあらゆる組み合わせによってコードされ得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ５Ａ３、ＣＯＬ５Ａ２、ＣＯＬ４Ａ４、ＣＯＬ２１Ａ１、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＬ２２Ａ１、ＣＯＬ８Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＣＯＬ６Ａ２、ＣＯＬ２４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＯＬ４Ａ６、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＬ１６Ａ１、ＣＯＬ１５Ａ１、またはこれらのあらゆる組み合わせによってコードされ得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、ＰＤＧＦＢ、ＰＤＧＦＣ、またはＰＤＧＦＲＢ等の血小板由来成長因子遺伝子によってコードされ得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、ＴＧＦ－βシグナル伝達遺伝子（例えば、ＷＩＳＰ１またはＴＧＦＢ２）によりコードされ得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、コラーゲンリモデリング遺伝子（例えば、ＬＯＸＬ２）によりコードされ得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、細胞外マトリックスリモデリング遺伝子（例えば、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ５Ａ３、ＣＯＬ５Ａ２、ＣＯＬ４Ａ４、ＣＯＬ２１Ａ１、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＬ２２Ａ１、ＣＯＬ８Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＣＯＬ６Ａ２、ＣＯＬ２４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＯＬ４Ａ６、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＬ１６Ａ１、ＣＯＬ１５Ａ１、ＬＯＸＬ２またはエラスチン）によりコードされ得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、Ｗｎｔシグナル伝達遺伝子（例えば、ＷＩＳＰ１）によりコードされ得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、ＨＤＧＦシグナル伝達遺伝子（例えば、ＨＤＧＦ）によりコードされ得る。一部は、ＲＮＡ配列塩基の少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％であり得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約５～約５０ヌクレオチド長であり得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約５～約４０ヌクレオチド長であり得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約５～約３０ヌクレオチド長であり得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約５～約２５ヌクレオチド長であり得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約５～約６０ヌクレオチド長であり得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約５～約８０ヌクレオチド長であり得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約５～約１００ヌクレオチド長であり得る。いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、約５～約２００ヌクレオチド長であり得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、等量の他の同等のオリゴヌクレオチドをｍＲＮＡ配列と接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によってコードされるポリペプチドの発現が、約１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、３、４、５、６、７、８、９、１０分の１以下となるように産生し得る。より低い発現は、約１．２分の１～約１０分の１の発現であり得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、等量の他の同等のオリゴヌクレオチドをｍＲＮＡ配列と接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によってコードされるポリペプチドの活性が、少なくとも約１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、３、４、５、６、７、８、９、１０分の１以下となるように産生し得る。より低い活性は、約１．２分の１～約１０分の１の活性であり得る。
いくつかの例では、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩を、約２１～約２５℃（例えば、約２１、２２、２３、２４、２５℃）で、約４５％～約５５％（例えば、約４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％）の相対大気湿度で、少なくとも約１カ月間、２カ月間、３カ月間、４カ月間、５カ月間、６カ月間、室内に置かれた密閉容器内に貯蔵し得る場合、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩の初期量の少なくとも約７０％、７％、８０％、８５％、９０％、９５％が残存する。いくつかの例では、期間は、約１カ月～約１年であり得る。いくつかの例では、期間は、約１カ月～約２年であり得る。いくつかの例では、期間は、約１カ月～約６カ月であり得る。いくつかの例では、期間は、約１カ月～約３年であり得る。いくつかの例では、期間は、約１カ月～約９カ月であり得る。
疾患または状態は、ＳＡＲＳウイルス感染、Ｃｏｖｉｄ－１９ウイルス感染、またはＨＣＶ遺伝子型１感染等のウイルス感染を含み得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、コロナウイルスゲノム（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、またはＣｏＶ－ＨＫＵ１ゲノム）中にコードされ得る。ＲＮＡ配列は、配列番号５００～５３１、８２９～８３１（表６）、配列番号４７４～４９９、８２６～８２８（表６）、配列番号５３２～５５４（表６）または配列番号５５５～５８６（表６）に記載の配列に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列は、配列番号４７６、配列番号４８１、または配列番号４９５に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。ＲＮＡ配列は、配列番号４７６、配列番号４８１、または配列番号４９５に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有する、少なくとも約５、１０、１５、２０個の連続した塩基を含み得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、ＨＣＶ遺伝子型１ゲノムにコードされ得る。ＲＮＡ配列は、配列番号：５８７、配列番号：５８８、または配列番号：５８９に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。ＲＮＡ配列は、配列番号５８７、配列番号５８８、または配列番号５８９に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有する、少なくとも約５、１０、１５、２０個の連続した塩基を含み得る。いくつかの例では、ＲＮＡ配列の少なくとも一部は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムにコードされる。ＲＮＡ配列は、配列番号５００、配列番号５１３、または配列番号５１８に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有し得る。ＲＮＡ配列は、配列番号５００、配列番号５１３、または配列番号５１８に対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％の配列同一性を有する、少なくとも約５、１０、１５、２０個の連続した塩基を含み得る。
操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９および９０１～９４９、またはそれらのあらゆる組み合わせのいずれか１つに対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の配列同一性を有し得る。操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９、および９０１～９４９、またはそれらのあらゆる組み合わせのいずれか１つに対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の配列同一性を有する、少なくとも約５、１０、１５、２０個の連続した塩基を含み得る。
ポリペプチド発現の変化、例えば、より低い発現またはより高い発現は、本明細書に記載の方法によって測定し得る。例えば、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をｍＲＮＡ配列と接触させ、細胞内に自然に存在する等量のｍｉＲ－２９またはｍｉＲ－３０オリゴヌクレオチドを接触させて比較し得る。発現の変化は、（ａ）ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離された細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドをトランスフェクトし、（ｂ）ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離された細胞に、ｍｉＲ－２９またはｍｉＲ－３０オリゴヌクレオチドをトランスフェクトし、（ｃ）第１の単離された細胞および単離された第２の細胞中で発現したポリペプチドの量を測定することにより、測定し得る。
核酸構築物は、操作されたオリゴヌクレオチドを含む第１の鎖と、操作されたオリゴヌクレオチドの少なくとも一部に相補的な配列を含む第２の鎖とを含み得る。第２の鎖は、第１の鎖の少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれ以上と相補的であり得る。第２の鎖は、第１の鎖の少なくとも約５、１０、１５、または２０個の連続した塩基と相補的であり得る。核酸構築物は、５’末端または３’末端のような末端オーバーハングを含み得る。第１の鎖、第２の鎖、またはそれらの組み合わせは、１個または複数の化学修飾を含み得る。第１の鎖、第２の鎖またはそれらの組み合わせの塩基の少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％は、化学修飾を含み得る。第１の鎖、第２の鎖またはそれらの組み合わせは、１個または複数の糖修飾を含み得る。第１の鎖、第２の鎖またはそれらの組み合わせの塩基の少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％は、糖修飾を含み得る。糖修飾は、グリコシル化された塩基を含み得る。いくつかの例では、ヌクレオチドの塩基は、グリカンでグリコシル化され得る。第１の鎖、第２の鎖、またはそれらの組み合わせは、化学修飾を有する塩基、および糖修飾を有する塩基の組み合わせを含み得る。
いくつかの例では、本明細書に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドは、配列番号６～１１、１５～１８、２１～２３、２６～２７、２９、３１、３３、３５、３７、４６～５１、９０～９９、１５５～１８３、２０２～２０４、２２３～２２４、２３４、２４４、４４４、４５４、４６４、４６６、８３８～８３９および９００、またはそれらのあらゆる組み合わせのいずれか１つに対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の配列同一性を有し得る。本明細書に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドは、配列番号６～１１、１５～１８、２１～２３、２６～２７、２９、３１、３３、３５、３７、４６～５１、９０～９９、１５５～１８３、２０２～２０４、２２３～２２４、２３４、２４４、４４４、４５４、４６４、４６６、８３８～８３９、および９００、またはそれらのあらゆる組み合わせのいずれか１つに対して、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上の配列同一性を有する、少なくとも約５、１０、１５、２０個の連続した塩基を有し得る。
いくつかの例では、第２の鎖は、ヌクレオチドの化学修飾された塩基を含み得る。いくつかの例では、第２の鎖の塩基のサブセットは、約１％～約５％の塩基、約１％～約１０％の塩基、約１％～約２０％の塩基、約１％～約３０％の塩基、約１％～約４０％の塩基、約１％～約５０％の塩基、約１％～約６０％の塩基、約１％～約７０％の塩基、約１％～約８０％の塩基、もしくは約１％～約９０％、またはそれ以上の塩基等を、化学修飾し得る。
本明細書に記載の第２の鎖は、操作されたオリゴヌクレオチドについて本明細書に記載の方法と同じ方法で化学修飾し得る。いくつかの例では、第２の鎖は、化学修飾される場合、配列番号５１、９５～９９のいずれか１つに対して、少なくとも９０％の配列同一性を有し得る。
操作されたオリゴヌクレオチド、核酸構築物、またはそれらのあらゆる組み合わせを送達するために、ベクターを使用し得る。ベクターは、二本鎖ＤＮＡまたは一本鎖ＤＮＡ等のＤＮＡを含み得る。ベクターはＲＮＡを含み得る。いくつかの例では、ＲＮＡは塩基修飾を含み得る。ベクターは、組換えベクターを含み得る。ベクターは、天然に存在するベクターから修飾されたベクターであり得る。ベクターは、天然に存在しないベクターの少なくとも一部を含み得る。あらゆるベクターを利用し得る。いくつかの例では、ベクターは、ウイルスベクター、リポソーム、ナノ粒子、エキソソーム、細胞外小胞、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの例では、ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター（ＡＡＶ）、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、これらのいずれかの一部、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの例では、ナノ粒子ベクターは、ポリマー系ナノ粒子、アミノ脂質系ナノ粒子、金属ナノ粒子（金系ナノ粒子等）、これらのいずれかの一部、またはこれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの例では、ベクターは、ＡＡＶベクターを含み得る。ベクターは、修飾されたＶＰ１タンパク質を含むように修飾し得る（例えば、ＶＰ１タンパク質を含むように修飾されたＡＡＶベクター）。ＡＡＶは、ＡＡＶ１血清型、ＡＡＶ２血清型、ＡＡＶ３血清型、ＡＡＶ４血清型、ＡＡＶ５血清型、ＡＡＶ６血清型、ＡＡＶ７血清型、ＡＡＶ８血清型、ＡＡＶ９血清型、これらのいずれかの誘導体、またはこれらのあらゆる組み合わせ等の血清型を含み得る。
医薬組成物は、操作されたオリゴヌクレオチド、核酸構築物、ベクター、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。医薬組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体をさらに含み得る。医薬組成物は、単位用量形態で製剤化し得る。医薬組成物は、単一の活性成分で製剤化し得る。医薬組成物は、カプセル化し得る。医薬組成物は、液体として、またはゲル等の半固体として、または固体として製剤化し得る。医薬組成物は、溶液として製剤化し得る。医薬組成物は、注射剤として製剤化し得る。医薬組成物は、皮下インプラントとして製剤化し得る。医薬組成物は、移植可能なものとし得る。医薬組成物は、経口送達用として製剤化し得る。
処置を必要とする対象は、疾患または状態のために処置される場合がある。処置は、前処置、予防処置、または予防的処置であってもよい。処置は、本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチド、核酸構築物、ベクター、または医薬組成物を、処置を必要とする対象に投与することを含み得る。投与は、経口、耳介、眼球、直腸、またはそれらのあらゆる組み合わせ等の１種以上の送達経路を介した送達を含み得る。投与としては、静脈内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、眼窩内注射、皮下注射、またはそれらのあらゆる組み合わせによる送達が挙げられる。処置は、単一の用量で送達される２種以上の操作されたオリゴヌクレオチドを含み得る。送達は、１回の注射で、または同時に２回の別々の注射で２種以上の操作されたオリゴヌクレオチドを送達するような同時的送達であり得る。送達は、分、時間、日、週、または月等の期間によって分離され得る第１の用量および第２の用量の送達等、逐次的であり得る。
処置は、第２の療法または併用療法を含み得る。がんの処置の場合、第２の療法は、放射線療法、化学療法、免疫療法、手術、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。ウイルス感染症の処置の場合、第２の療法は、免疫療法、抗ウイルス剤、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。線維症の処置の場合、第２の療法は、ライフスタイルの変更、臓器移植、酸素療法、臓器リハビリテーション、医薬組成物、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。第２の療法の投与は、同時的であり得るか、または分、時間、日、週、もしくは月等の期間によって分離される等逐次的であり得る。
いくつかの例では、対象は、以前に疾患または状態であると診断されたことがない可能性がある。いくつかの例では、対象は、疾患または状態であると診断されている可能性がある。いくつかの例では、対象は、疾患または状態の確定診断を受けていない可能性がある。いくつかの例では、対象は、以前に疾患または状態に罹患していた可能性がある。対象は寛解している可能性がある。対象は、疾患または状態を発症するリスクがある（例えば、少なくとも部分的に以前の状態、 ライフスタイル要因、遺伝子変異、またはそれらのあらゆる組み合わせに基づく）可能性がある。対象は、診断検査を受けたことがある可能性がある。診断検査は、画像化法、血球数分析、組織病理学的分析、バイオマーカー分析、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。いくつかの例では、疾患または状態は、線維症または関連する状態であり得る。場合によっては、疾患または状態は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２感染、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ感染、ＣｏＶ－ＨＫＵ１感染、ＨＩＶ感染、ＨＣＶ感染、またはそれらのあらゆる組み合わせ等のウイルス感染症であり得る。いくつかの例では、疾患または状態は、頭部がん、頸部がん、皮膚がん、子宮頸がん、前立腺がん、またはそれらのあらゆる組み合わせ等のがんであり得る。
方法は、インビボまたはインビトロ送達方法を含み得る。方法は、インビボの細胞等の細胞を、本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチド、核酸構築物、ベクター、または医薬組成物と接触させることを含み得る。方法は、単離され精製された細胞（例えば、インビトロの細胞）等の細胞を、本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチド、核酸構築物、ベクター、または医薬組成物と接触させることを含み得る。方法は、インビボ組織または単離されたインビトロ組織等の組織を、本明細書に記載の操作されたオリゴヌクレオチド、核酸構築物、ベクター、または医薬組成物と接触させることを含み得る。
キットは、容器内の操作されたオリゴヌクレオチド、容器内の核酸構築物、容器内のベクター、容器内の医薬組成物を含み得る。キットは、容器内の２種以上の操作されたオリゴヌクレオチド、容器内の２種以上のベクター、容器内の２種以上の核酸構築物、または容器内の２種以上の医薬組成物を含み得る。キットは、複数の容器を含み得、各容器は、１種または複数種の操作されたオリゴヌクレオチド、または核酸構築物、またはベクター、または医薬組成物を含む。キットは、操作されたオリゴヌクレオチド、核酸構築物、ベクター、または医薬組成物を保存するための賦形剤、または希釈剤、または緩衝剤、または液体、またはゲル状の媒体を含み得る。キットは、操作されたオリゴヌクレオチド、核酸構築物、ベクター、または医薬組成物の対象へのインビボ送達のための賦形剤、または希釈剤、または緩衝剤、または液体、またはゲル状の媒体を含み得る。賦形剤、または希釈剤、または緩衝液、または液体、またはゲル状の媒体は、操作されたオリゴヌクレオチド（または核酸構築物、またはベクター、または医薬組成物）を収容する容器に含有させてもよく、または別の容器に収容してもよい。キットは、注射器または針等の送達用ベヒクルを含み得る。キットは、下流分析のための１種または複数種の試薬を含み得る。
図１Ａ～１Ｂを参照すると、この図は、天然のｍｉＲ－３０ガイド鎖およびパッセンジャー鎖配列、ならびに操作されたファミリーメンバーの例を示す。図１Ａは、ＨＮＳＣＣにおいて腫瘍抑制活性を有し得る、ヒトにおいて見出される全ての天然のｍｉＲ－３０ファミリーメンバー（すなわち、ｍｉＲ－３０ａ－ｅ－５ｐ）の配列を示す。ｍｉＲ－３０ａ－５ｐと比較して、異なるファミリーメンバー間の配列の変動を、薄い灰色で強調している。１３位のグアニジン塩基（濃い灰色で強調）は、操作されたファミリーメンバーのサブセットを含む非天然配列の付加であり、医薬品開発において天然配列よりも有益である可能性があることが示されている。本発明者らは、この配列修飾をオリゴヌクレオチドのサブセットで実施した。図１Ｂは、ヒトｍｉＲ－３０ａ二重鎖に見出される成熟ｍｉＲ－３０ａ－３ｐパッセンジャー鎖の配列を示す。ガイド鎖と組み合わせて使用して、部分的にｍｉＲ－３０ａ模倣体二重鎖のライブラリーを作出し得る、非天然のパッセンジャー鎖配列（配列番号６および４６～５１）の例を列挙する。ｍｉＲ－３０ａ－３ｐからの配列の変化を、灰色で強調している。操作された配列の修飾は、二重鎖の構造、ならびにヌクレアーゼに対する安定性および効力等の生化学的特性を変更するために実施し得る。
図２Ａ～２Ｃを参照すると、この図は、発がん性ｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおける同族標的部位とのガイド鎖相互作用の模式的な視覚化を示す。図２Ａは、ＩＴＧＡ６、ＳＥＲＰＩＮＥ１、およびＥＧＦＲ転写産物の３’ＵＴＲにおける天然ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ配列と標的部位との間の自由エネルギー（ΔＧ）およびハイブリダイゼーションを、ソフトウェアＲＮＡ ｈｙｂｒｉｄ ２．２を使用して予測し得ることを示す。図２Ｂは、１３位に「Ｇ」挿入を含む操作されたファミリーＧ００７－３０（配列番号３９）とＩＴＧＡ６、ＳＥＲＰＩＮＥ１、およびＥＧＦＲ標的部位との間の自由エネルギー（ΔＧ）およびハイブリダイゼーションを示す。予測される自由エネルギーが低く、相補性が高いことから、標的認識が向上すると推測され得ることに留意されたい。図２Ｃは、Ｇ００７－３０に見られるような、１３位に同じ「Ｇ」挿入を含む模倣体が、選択された発がん性標的の改善されたノックダウンを示し得ることを示す。Ｍ３０－０２１およびＭ３０－０３７二重鎖は、それぞれガイド鎖Ｇ０３９－３０（配列番号６８）およびＧ０１１－３０（配列番号５５）から構成され、特定の化学修飾を有する天然ｍｉＲ－３０ａ配列を含む。Ｍ３０－０４０は操作されたガイド鎖Ｇ０３２－３０（配列番号６５）から構成され、Ｍ３０－０４８はガイド鎖Ｇ１３２－３０（配列番号８８）から構成され、それらはいずれもＧ００７－３０「Ｇ」の挿入を有するが化学修飾のパターンが異なっている。ＵＭ－ＳＣＣ－４７細胞を６ウェルプレートにプレーティングし、１５ｎＭの指定された操作されたｍｉＲ－３０模倣体で７２時間トランスフェクトした。処理後、ウェルから総ＲＮＡを収集し、ＲＴ－ｑＰＣＲを実施して、ＩＴＧＡ６、ＳＥＲＰＩＮＥ１、およびＥＧＦＲの発現を確認した。ＨＰＲＴ１は内因性標準化対照として機能し、発現レベルを陰性対照（Ｎｅｇ Ｃｏｎ）トランスフェクションに対して標準化した。いずれの場合も、「Ｇ」を挿入したＭ３０－０４０は、Ｍ３０－０２１およびＭ３０－０３７（天然ガイド鎖配列）よりも標的とされるがん遺伝子のノックダウン効果が高く、同様に「Ｇ」を挿入したＭ３０－０４８と同等以上の標的とされるがん遺伝子のノックダウン効果を示した。
図３を参照すると、この図は、ＭＴＤＨ ３’ＵＴＲ内のｍｉＲ－３０－５ｐ標的部位の模式的な視覚化を示す。そのコーディングドメインおよびその３’ＵＴＲ内の３個の実験的に検証されたｍｉＲ－３０－５ｐ標的部位（灰色で示す）を含むＭＴＤＨ ｍＲＮＡの説明を示す。天然のｍｉＲ－３０ａ－５ｐおよびＭＴＤＨ標的部位のハイブリダイゼーション、ならびにｍｉＲ－３０－５ｐについて、および示された全ての操作されたガイド鎖の自由エネルギー（ΔＧ）の計算値は、ソフトウェアＲＮＡｈｙｂｒｉｄ ２．２(https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid) を用いて計算した。また、３個の標的部位全てにわたる自由エネルギーの純和（ＮＥＴ）およびそれらの平均化されたΔＧ（Ａｖｇ．）を示す。全ての人工ガイド鎖は、天然のｍｉＲ－３０－５ｐファミリーメンバーよりもハイブリダイゼーションに対する正味の計算自由エネルギーと平均自由エネルギーが低く、標的認識が向上していると推測されることに留意されたい。
表８を参照すると、この表は、ＥＧＦＲ、ＩＧＦ１Ｒ、ＭＥＴおよびＩＲＳ１遺伝子転写産物の３’ＵＴＲ部位への天然および模倣ｍｉＲ－３０ファミリーガイド鎖の標的認識に関する自由エネルギー要求量の計算値を示す。ｍｉＲ－３０模倣体の例示的なガイド鎖構築物は、これらのがん遺伝子の改善された塩基対形成および低Ｇ標的化を予測したＧ００７－３０（配列番号３９）およびＧ０６４－３０（配列番号４３）を含むことが示されている。
Figure 2023521042000039
図４Ａ～４Ｄを参照すると、この図は、新規ｍｉＲ－３０－５ｐ模倣体を形成するためにハイブリダイズした操作されたオリゴヌクレオチドが、がん細胞株において同等または改善された抗腫瘍活性を有し得ることを示す。図４Ａは、ＵＭ－ＳＣＣ－１、ＵＭ－ＳＣＣ－４７、およびＵＭ－ＳＣＣ－１０９細胞を９６ウェルプレートにプレーティングし、プレーティングの６時間後にＲＮＡｉｍａｘ剤を使用して１５ｎＭの模倣体で５日間トランスフェクションしたことを示す。処理後、細胞生存率をＸＴＴアッセイにより評価した。全てのデータは、模倣体の非存在下で処理した細胞（１００％生存率と指定）に対する平均±ＳＥＭを表す。全ての模倣体は独特の化学修飾パターンを有し得、修飾されたパッセンジャー鎖のうちの１種を有し得る。模倣体は、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ（天然）またはｍｉＲ－Ｇ－３０－５ｐ誘導体（操作された）を含むガイド配列に基づいて分離される。各模倣体の抗腫瘍活性は、統計学的に、各細胞系で細胞生存度または等価物を自然な二重ｍｉＲ－３０ａに下げることの改良であり得る（Ｐ＜０．０５）。図４Ｂは、その３’非翻訳領域（ＵＴＲ）内にがん関連ｍｉＲ－３０標的部位を含むルシフェラーゼレポーターを過剰発現するように遺伝的に操作したＵＭ－ＳＣＣ－１のサブライン（ＵＭ－ＳＣＣ－１luc）の処理後のルシフェラーゼ活性を示す。ＵＭ－ＳＣＣ－１luc細胞を９６ウェルプレートにプレーティングし、プレーティングの６時間後にＲＮＡｉｍａｘ剤を用いて１５ｎＭの模倣体で３日間トランスフェクトしてから、細胞溶解およびルシフェラーゼアッセイを行った。図４Ｃは、種々の遺伝的背景を有する追加の細胞株における、天然のｍｉＲ－３０ａおよび模範的な操作された模倣体、Ｍ３０－０４３およびＭ３０－０４６の抗腫瘍活性を示す。示されたがん細胞株を９６ウェルプレートにプレーティングし、プレーティングの６時間後にＲＮＡｉｍａｘ剤を用いて２５ｎＭの模倣体で５日間トランスフェクトした。処理後、ＸＴＴアッセイにより細胞生存率を評価した。Ｎｅｇ Ｃｏｎ処理と比較した統計的有意性（Ｐ＜０．０１）を示す。図４Ｄは、種々の組織学および遺伝的背景を有する追加のがん細胞株における、操作されたｍｉＲ－３０模倣体のパネルのさらなる抗腫瘍活性を示す。示されたがん細胞株を９６ウェルプレートにプレーティングし、プレーティングの６時間後にＲＮＡｉｍａｘ剤を用いて２５ｎＭの模倣体で５日間トランスフェクトした。処理後、細胞生存率をＸＴＴアッセイにより評価した。Ｎｅｇ Ｃｏｎ処理と比較した統計的有意性（Ｐ＜０．０１）を示す。全てのデータは、最低３回の独立した実験からの平均±ＳＥＭとして表す。
図５Ａ～５Ｂを参照すると、この図は、操作された模倣体二重鎖の化学修飾および構造的修飾が、生物学的ヌクレアーゼに対するガイド鎖および二重鎖の安定性を改善し得ることを示す。図５Ａは、核酸マーカー（Ｍ）と、模倣体二重鎖、ガイド鎖および分解断片（≦ｎ－１）を含むサンプルとを分離する尿素ＰＡＧＥの例を示す。図５Ｂは、１０％ヒト血清中、３７℃で指示された時間の長さだけインキュベートした１０ｕＭの操作されたｍｉＲ－３０－５ｐ模倣体を示す。各時点における二重鎖安定性は、変性尿素ＰＡＧＥによって可視化した。例外的な例として、Ｍ３０－０４０の１ヌクレオチドの内部バルジを除去すると、７日間（１６８時間）まで生物学的ヌクレアーゼに対してＭ３０－０４４模倣体二重鎖が安定化することが示された。
図６Ａ～６Ｂを参照すると、この図は、模倣体の配列および構造の改変が安定性を改善し得ることを示す。図６Ａは、同一の高安定性の操作されたガイド鎖、Ｇ０３２－３０（配列番号６５）を、模倣体の構造を変化させる配列および化学修飾を有するパッセンジャー鎖とともに二重鎖中に有する操作された模倣体、Ｍ３０－０２５、Ｍ３０－０４０、およびＭ３０－０４４を示す。Ｍ３０－０４４の設計図は、模倣体安定性をさらに高め得る設計上の特徴を組み入れたものであることが示されている。太字の塩基は２’－Ｏ－メチル修飾を含み、小文字の塩基は２’－フルオロ置換を含み、「ｐｓ」はホスホチオエート骨格を示し、（アミノＣ６）はアミノ炭素６鎖の付加を示す。図６Ｂは、模倣体を１０％ヒト血清中、３７℃で、指示された時間、インキュベートしたことを示す。各時点における二重鎖安定性は、変性尿素ＰＡＧＥによって可視化した。安定性が向上した模倣体は、模倣体が生物学的流体中のヌクレアーゼに直接曝露される場合があり、送達が追加の遮蔽利益をもたらさない、コンジュゲーションベース送達システムでの使用に好ましく用いられ得る。Ｍ３０－０４０は、図４Ｂで以前に示されたように、Ｍ３０－０２５またはＭ３０－０４４と比較して、抗腫瘍活性に優れている。
図７Ａ～７Ｃを参照すると、この図は、模倣体の構造および活性に対する配列変化の影響を示す。図７Ａは、模倣体；Ｍ３０－０３３、Ｍ３０－０３４、およびＭ３０－０４０の配列を示す。全てのガイド鎖は、同様の化学修飾を有する（図示せず）。パッセンジャー鎖についても同様である。Ｍ３０－０３３およびＭ３０－０３４は、天然のｍｉＲ－３０ａ－５ｐガイド配列を含む高安定なガイド鎖Ｇ０４２－３０（配列番号６９）から構成されている。Ｍ３０－０４０は、Ｇ０４２－３０と同一の化学修飾を有するＧ０３２－３０（配列番号６５）から構成されるが、１３位（灰色で強調）に「Ｇ」が挿入されている。Ｍ３０－０３３はＭ３０－０４０と同様の構造（すなわち、内部バルジ）を保持しており、Ｍ３０－０３４はＭ３０－０４０と同じパッセンジャー鎖を有する。図７Ｂは、上記のように、１５ｎＭのＭ３０－０３３、Ｍ３０－０３４、Ｍ３０－０４０、または陰性対照（Ｎｅｇ Ｃｏｎ）で５日間トランスフェクトした６種のＨＮＳＣＣ細胞株のパネルを示す。細胞生存率は、ＸＴＴアッセイによって評価した。モック処理は、模倣体の非存在下でトランスフェクトした。全てのデータは、３回の独立した実験からの平均±ＳＥＭで表す。Ｍ３０－０３３（＊）およびＭ３０－０４３（＃）と比較した細胞生存率のＭ３０－０４０減少における統計的改善（Ｐ＜０．０１）を、二元的ｔ検定により判定した。図７Ｃは、その３’ＵＴＲ内にｍｉＲ－３０標的部位を含むルシフェラーゼレポーターを過剰発現するように遺伝的に操作したＵＭ－ＳＣＣ－１lucの１５ｎＭ処理後のルシフェラーゼ活性を示す。全てのデータは、３回の独立した実験からの平均±ＳＥＭで表す。まとめると、Ｍ３０－０４０は、細胞生存率およびルシフェラーゼノックダウン活性が、大幅に低下していることを示す。
図８Ａ～８Ｂを参照すると、この図は、ｍｉＲ－３０模倣体、Ｍ３０－０４０の抗腫瘍活性が、ＲＮＡ－誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）へのガイド鎖の組み込みに依存することを示す。図８Ａは、ガイド鎖の５’末端に対してなされ得る２種の修飾の構造を示す。図８Ａは、ガイド鎖の５’末端に対してなされ得る２種の修飾の構造を示す。この実験では、ガイド鎖の５’末端メチル基（５’－Ｏメチル）またはアミノ炭素６鎖（５’－アミノＣ６）修飾のいずれかでＭ３０－０４０の２種のバリアントを合成し、それぞれ模倣体５’ＯＭｅ Ｍ３０－０４０および５’アミノＣ６ Ｍ３０－０４０と呼ぶ。細胞内リン酸化およびその後のＲＩＳＣエフェクターによる認識を遮断することで、ガイド鎖中の５’－ヒドロキシル末端の化学修飾により、少なくともｓｉＲＮＡ二重鎖との関連において活性が減弱し得る。図８Ｂは、１５ｎＭの各模倣体で処理したＵＭ－ＳＣＣ－１およびＡ４３１がん細胞を示し、細胞生存率は、上記のように５日目にＸＴＴアッセイによって評価した。いずれの５’－末端修飾も、インビトロでのＭ３０－０４０の抗がん剤細胞活性を妨害する。
図９Ａ～９Ｃを参照すると、この図は、活性が改善された操作されたｍｉＲ－３０模倣体の開発経路の一例を示す。図９Ａでは、模倣体Ｍ３０－０３７およびＭ３０－０４３の配列および構造は、それぞれガイド鎖Ｇ０１１－３０（配列番号５５）およびＧ１２９－３０（配列番号８６）から構成され、図示されるように化学修飾を受けた天然ｍｉＲ－３０ａの配列を含む。ガイド鎖Ｇ１３０－３０（配列番号８７）およびＧ１３２－３０（配列番号８８）からそれぞれ構成され、操作された配列を含む操作された模倣体Ｍ３０－０４６およびＭ３０－０４８についても配列および構造が示されている。その化学修飾パターンは、下流転写産物の多標的化活性を保持するように設計された。３’末端修飾パターンおよび模倣体のバルジ構造等、活性向上をもたらす特性の積み重ねを組み入れたＭ３０－０４８の設計図が示されている。太字の塩基は２’－Ｏ－メチル修飾を含み、小文字の塩基は２’－フルオロ置換を含み、「ｐｓ」はホスホチオエート骨格を示し、（アミノＣ６）はアミノ炭素６鎖の付加を示す。図９Ｂは、１５ｎＭの指示された模倣体または陰性対照（Ｎｅｇ Ｃｏｎ）で５日間トランスフェクトされたがん細胞株のパネルにおける抗腫瘍活性を示す。細胞生存率は、ＸＴＴアッセイによって評価した。モック処理は、模倣体の非存在下でトランスフェクトした。全てのデータは、少なくとも３回の独立した実験からの平均±ＳＥＭで表す。図９Ｃは、上記のようなＵＭ－ＳＣＣ－１lucの１５ｎＭ処理後のルシフェラーゼ活性を示す。全てのデータは、３回の独立した実験からの平均±ＳＥＭで表す。
図１０Ａ～１０Ｂを参照すると、図１０Ａは、化学修飾された天然のｍｉＲ－３０ａ配列を含むｍｉＲ－３０模倣体であるガイド鎖Ｇ１２９－３０（配列番号８６）から構成される操作された模倣体Ｍ３０－０４３の抗がん活性およびサイレンシングが改善されたことを示す。未修飾の天然ｍｉＲ－３０ａと比較して、Ｍ３０－０４３は７種のＨＮＳＣＣ細胞株のパネルにおいて、インビトロで７．５ｎＭで細胞生存率に対する活性が改善した。ｍｉＲ－３０ａ処置と比較した統計的有意性（Ｐ＜０．０５）が示されている。図１０Ｂは、その３’ＵＴＲ内にｍｉＲ－３０標的部位を含むルシフェラーゼレポーターを過剰発現するように遺伝子操作されたＵＭ－ＳＣＣ－１のサブライン（ＵＭ－ＳＣＣ－１luc）の１５ｎＭ処理後のルシフェラーゼ活性を示す。モックサンプルはＡＰＩ非存在下でトランスフェクトした。全てのデータは、３回の独立した実験からの平均±ＳＥＭで表す。
図１１Ａ～１１Ｂを参照すると、この図は、操作されたｍｉＲ－３０模倣体の自然免疫賦活が低下したことを示す。ヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）（約２～６×１０5細胞）を丸底９６ウェルプレートにプレーティングし、ＲＮＡｉＭＡＸ試薬で４８時間、１３３ｎＭ濃度の指示された模倣体でトランスフェクトした。上清培地中のＴＮＦ－α（図１１Ａ）およびＩＦＮ－α（図１１Ｂ）のレベルを、ＥＬＩＳＡによって定量した。ポリ（ｄＡ：ｄＴ）オリゴヌクレオチドは、免疫賦活のための陽性対照として機能した。化学修飾されていないＲＮＡ二重鎖（Ｎｏｎ－ｍｏｄ）のトランスフェクションは、模倣体の免疫賦活の可能性を示した。ベースラインを確立するために、模倣体非存在下で処理した細胞を使用した。
図１２Ａ～１２Ｄを参照すると、この図は、インビトロで組み合わせて操作された模倣体、Ｍ３０－０４０で処理した場合の、承認された治療薬、シスプラチンおよびセツキシマブに対してがん細胞が感作されたことを示す。図１２Ａは、ＵＭ－ＳＣＣ－１および－４６がん細胞を、シスプラチンに対して耐性のサブラインを作出するために、３カ月以上、段階的に増大するマイクロ用量のシスプラチンの存在下で培養したことを示す。細胞毒性を評価する用量反応曲線は、親細胞株と比較して、シスプラチンに対する耐性が強化されていることを示した。図１２Ｂは、親細胞株およびシスプラチン耐性細胞株を、１５ｎＭのＭ３０－０４０または非特異的対照模倣体（Ｎｅｇ Ｃｏｎ）で、上記のように５日間トランスフェクトしたことを示す。相対的細胞数は、ＸＴＴによって定量した。データは、モックトランスフェクション処理に対して標準化されている。図１２Ｃは、１５ｎＭのＭ３０－０４０で４８時間トランスフェクトされ、その後、それぞれのＩＣ５０濃度（Ｃｉｓ ＩＣ５０）のシスプラチンで処理された親ＵＭ－ＳＣＣ－１および－４６細胞を組み合わせた処理を示す。相対的細胞数は、トランスフェクション後５日目にＸＴＴによって定量化した。図１２Ｄは、別のがん細胞株、ＵＭ－ＳＣＣ－４７を、１５ｎＭのＭ３０－０４０で４８時間トランスフェクトし、その後、指示された濃度のセツキシマブで処置したことを示す。Ｍ３０－０４０の前処理により、ＵＭ－ＳＣＣ－４７細胞がセツキシマブに対して感作されている可能性がある。
図１３Ａ～１３Ｃを参照すると、この図は、同所性ＨＮＳＣＣ腫瘍における抗腫瘍活性を示す。図１３Ａは、雌のＳＣＩＤマウスの口腔の左側の口底にＵＭ－ＳＣＣ－１Lucサブラインを移植したことを示す。腫瘍を移植した１４日後、ＩＰ注射によりＤ－ルシフェリンを１５０ｍｇ／ｋｇで投与することにより、インビボ画像化システム（ＩＶＩＳ）を使用して、生きた動物における生物発光をモニタリングした。動物を、ＮＯＶ３４０（ＰＭＩＤ：２４８３２１０７）ＬＮＰ調合模倣体Ｍ３０－０３７およびＭ３０－０４０または空のＮＯＶ３４０ ＬＮＰ対照とともに、３ｍｇ／ｋｇで３用量、週２回の静脈内注射（ＩＶ）によって処置した。画像は、最初の投与前の０日目および試験の１３日目における、各処置群の一対の麻酔をかけた動物からの腫瘍生物発光を示す。図１３Ｂは、生物発光を、示された時点で各動物について定量し、平均輝度±ＳＥＭをプロットして、腫瘍成長曲線を生成したことを示す。図に示すように、処方された模倣体を、週２回の投与で３回連続投与した。図１３Ｃでは、雌ＳＣＩＤマウスの右脇腹にＵＭ－ＳＣＣ－１０９腫瘍を移植し、約１５０ｍｍ３に成長させ、その後、週２回投与のスケジュールで６回投与するために、ＮＯＶ３４０配合Ｍ３０－０４０または空ＮＯＶ３４０ ＬＮＰ対照を３ｍｇ／ｋｇで静脈内注射（ＩＶ）で処置した。腫瘍成長曲線は、各時点での腫瘍体積を計算することによってプロットした。有意な成長遅延が、Ｍ３０－０４０処理で観察された。
図１４Ａ～１４Ｂを参照すると、この図は、操作された模倣体Ｍ３０－０４８により腫瘍を局所的処置したことを示す。図１４Ａは、雌のＳＣＩＤマウスの口腔の左側の口底にＵＭ－ＳＣＣ－１Lucサブラインを移植したことを示す。腫瘍を移植した１４日後、ＩＰ注射によりＤ－ルシフェリンを１５０ｍｇ／ｋｇで投与することにより、インビボ画像化システム（ＩＶＩＳ）を使用して、生きた動物における生物発光をモニタリングした。ＡｔｅｌｏＧｅｎｅ（登録商標）ローカルキット（ｋｏｋｅｎ）を用いて、操作された模倣体、Ｍ３０－０４８または陰性対照模倣体（Ｎｅｇ．Ｃｏｎ．）をアテロコラーゲンゲルに処方した。動物に、１．５ｍｇ／ｋｇまたは３ｍｇ／ｋｇのＭ３０－０４８または３ｍｇ／ｋｇの陰性対照模倣体の単回処理で処理し、ルシフェラーゼのサイレンシングを９６時間モニターした。図１４Ｂは、両方の用量で９６時間までに完全にサイレンシングされているルシフェラーゼシグナルの定量化を示す。
図１５を参照すると、この図は、天然のｍｉＲ－２９ガイド鎖配列、および操作されたファミリーメンバーの例を示す。ヒトに見出される天然のｍｉＲ－２９ファミリーメンバー（すなわち、ｍｉＲ－２９ａ－ｃ－３ｐ）の配列を示す。ｍｉＲ－２９ｃ－３ｐと比較して、異なるファミリーメンバー間の配列の違いを灰色で強調している。操作されたファミリーメンバーのサブセットを含む天然に存在しない配列の例としては、（ｉ）ｍｉＲ－２９ａ－３ｐとｍｉＲ－２９ｂ－３ｐの間にもとから存在する差異を組み合わせたハイブリッド配列（Ｈｙｂｒｉｄ）；（ｉｉ）１４位および／または１５位にそれぞれＡからＧおよび／またはＵからＧ塩基への変異（Ｍｕｔａｔｉｏｎ）；（ｉｉｉ）１５位へのグアニジン塩基挿入（Ｉｎｓｅｒｔ）；および（ｉｖ）変異および塩基挿入を組み合わせた配列でｍｉＲ－２９ｂ－３ｐ（Ｍｕｔ．＋Ｉｎｓｅｒｔ．）またはハイブリッド配列（Ｈｙｂｒｉｄ＋Ｍｕｔ．＋Ｉｎｓｅｒｔ．）を挙げることができる。天然に存在しない配列変化は薄い灰色で強調している。３’末端を１－２ｎｔトリミングして、追加のバリアントを構成していることも示している。
図１６を参照すると、この図は、後成的修飾因子であり、潜伏ＨＩＶウイルスのがんおよび再活性化に関与するヒト宿主細胞遺伝子の概略的視覚化を示す。そのコーディングドメインと、その３‘ＵＴＲ内の３つの実験的に検証されたｍｉＲ－２９標的部位（灰色で示される）を含むＴＥＴ１ ｍＲＮＡの図を示す。天然のｍｉＲ－２９ｂ－３ｐおよびＴＥＴ１標的部位とのハイブリダイゼーション、ならびにｍｉＲ－２９－３ｐおよび示された人工ガイド鎖の自由エネルギー（ΔＧ）の計算値は、ソフトウェアＲＮＡｈｙｂｒｉｄ ２．２（https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid）を用いて計算した。３個全ての標的部位の自由エネルギーの正味の合計（ＮＥＴ）、および平均したΔＧ（Ａｖｇ．）も示している。全ての人工ガイド鎖は、天然のｍｉＲ－２９ｂ－３ｐよりもハイブリダイゼーションに対する正味の自由エネルギーと平均の自由エネルギーの計算値が低くなり、標的認識が向上していると推測され得ることに留意されたい。図２２に示すＮＥＦの例と同様に、図１６に示す操作されたｍｉＲ－２９ガイド鎖は、対応する本明細書に記載の修飾を欠く天然ｍｉＲＮＡ配列よりも低い予測自由エネルギー（ΔＧ）、高い特異性、および高い相補性で、ＴＥＴ１宿主タンパク質を発現するｍＲＮＡを結合および阻害するために使用することが可能である。ＴＥＴ１は、がんおよびウイルス感染症等多くの疾患において重要な役割を果たしているので、操作されたｍｉＲ－２９ガイド鎖は、ＴＥＴ１への標的化を向上させることにより、治療薬としての特性が向上する可能性があることを示す。
図１７を参照すると、この図は、ｍｉＲ－２９模倣体が天然のｍｉＲ－２９ｂ－１と比較して同等またはより大きなノックダウン活性を有し得ることを示す。その３’ＵＴＲ内にｍｉＲ－２９標的部位を含むルシフェラーゼレポーターを過剰発現するように遺伝子操作したＨＥＫ細胞（）の安定サブラインのルシフェラーゼ活性。ＨＥＫluc細胞を９６ウェルプレートにプレーティングし、プレーティングの６時間後にＲＮＡｉｍａｘ剤を用いて１５ｎＭの模倣体を３日間トランスフェクトした後、細胞溶解およびルシフェラーゼアッセイを行った。モック処理を、模倣体の非存在下でトランスフェクトした。全てのデータは、トランスフェクションの７２時間後の３回の独立した実験からの平均±ＳＥＭとして表す。
図１８Ａ～１８Ｂを参照すると、この図は、パッセンジャー鎖の修飾が、ガイド鎖に対する化学修飾がない場合の模倣体の安定性に影響を与えることを示す。図１８Ａは、天然のｍｉＲ－２９ｂ－１二重鎖と、それらのパッセンジャー鎖（トップ鎖）がアミノ炭素６鎖（アミノＣ６）５’－キャップを有する両端に３つの末端２’Ｏ－メチルヌクレオチド（太字）を含む模倣体Ｍ２９－００４およびＭ２９－０１２の配列の比較を示す。Ｍ２９－０１２では、配列を変えることにより二重鎖の相補性が向上した。いくつかの例では、化学修飾は、ガイド鎖のいずれに対しても実施し得る。図１８Ｂは、パッセンジャー鎖の化学修飾パターンと組み合わせた二重鎖バルジが減少することにより、ガイド鎖の追加の化学修飾がない場合、二重鎖安定性の改善に寄与することを示す。５μＭのｍｉＲ－２９ｂ－１およびｍｉＲ－２９模倣体を、１０％ヒト血清中、３７℃で、指示された時間インキュベートした。二重鎖安定性について、指定された時点で、変性尿素ＰＡＧＥにより可視化した。
図１９Ａ～１９Ｂを参照すると、この図は、化学修飾によりｍｉＲ－２９模倣体の安定性を向上し得ることを示す。図１９Ａは、ヒトヌクレアーゼに対して安定化させるための化学修飾を有する例示的な操作されたｍｉＲ－２９模倣体の配列および構造を示す。図１９Ｂは、ｍｉＲ－２９模倣体を、１０％ヒト血清中、３７℃で、指示された時間インキュベートしたことを示す。各時点での二重鎖安定性を、変性尿素ＰＡＧＥによって可視化した。バンドがない時点、または顕著に不鮮明である時点は、それぞれ、サンプル時点の欠落または使用者のローディングエラーである。
図２０Ａ～２０Ｃを参照すると、この図は、天然のｍｉＲ－２９ａ－３ｐおよびｍｉＲ－２９ｂ－３ｐのノックダウン活性を改善し得るパッセンジャー鎖の修飾を示す。図２０Ａは、パッセンジャー鎖組成によって異なる、天然のｍｉＲ－２９ａ二重鎖と、模倣体Ｍ２９－０２３およびＭ２９－００２との配列比較を示す。３種全ての二重鎖は、修飾されていない、天然のｍｉＲ－２９ａ－３ｐガイド鎖配列を含む。太字の塩基は２’－Ｏ－メチルを含む。示されたパッセンジャー鎖についての５’末端のアミノ炭素６鎖（アミノＣ６）修飾についても示される。図２０Ｂは、天然のｍｉＲ－２９ｂ二重鎖と模倣体Ｍ２９－００７およびＭ２９－００８との配列比較を示す。３種全ての二重鎖は、同じ未修飾の天然のｍｉＲ－２９ｂ－３ｐガイド鎖配列を含む。図２０Ｃは、その３’ＵＴＲ内にｍｉＲ－２９標的部位を含むルシフェラーゼレポーターを過剰発現するように遺伝子操作したＨＥＫ細胞（ＨＥＫluc）の安定サブラインを１５ｎＭの天然のｍｉＲ－２９ａ、天然のｍｉＲ－２９ｂ、およびｍｉＲ－２９模倣体で処理した後のルシフェラーゼ活性を示す。全てのデータは、トランスフェクション後７２時間の細胞をアッセイした３回の独立した実験からの平均±ＳＥＭとして表す。天然のｍｉＲ－２９ａ－３ｐ（２９ａ－３ｐ）またはｍｉＲ－２９ｂ－３ｐ（２９ｂ－３ｐ）のいずれかを含む模倣体のノックダウン活性は、ガイド鎖を修飾したパッセンジャー鎖とハイブリダイズすることによって、天然のｍｉＲ－２９ａおよびｍｉＲ－２９ｂ二重鎖よりも改善され得る。
図２１を参照すると、この図は、操作されたｍｉＲ－２９模倣体に対する自然免疫賦活が低下したことを示す。ヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）（約２×１０5細胞）を丸底９６ウェルプレートにプレーティングし、１３３ｎＭ濃度の示された模倣体を、ＲＮＡｉＭＡＸ試薬で４８時間トランスフェクトした。上清中のＩＦＮ－αおよびＴＮＦ－αのレベルは、ＥＬＩＳＡによって定量した。ポリ（ｄＡ：ｄＴ）オリゴヌクレオチドおよび強い刺激効果が知られている非修飾ＲＮＡ二重鎖（Ｐｏｓ Ｃｏｎ）は、免疫賦活の陽性対照として機能した。化学修飾されていないｍｉＲ－２９ａおよびｍｉＲ－２９ｂ二重鎖（Ｎｏｎ－ｍｏｄ）を用いたトランスフェクションは、化学修飾を含む表示例の模倣体の比較対照として機能した。模倣体の非存在下で処理した細胞は、ベースラインを確立するように機能した。
図２２Ａ～２２Ｂを参照すると、この図は、ウイルスタンパク質（ＮＥＦ）をコードし、ＨＩＶの抗ウイルス標的であり得るＨＩＶウイルスＲＮＡ転写産物の概略的な視覚化を示す。図２２Ａは、ソフトウェアＲＮＡｈｙｂｒｉｄ ２．２（https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid）を用いて計算した、自由エネルギー（ΔＧ）、およびＮＥＦのウイルス転写産物におけるその同族標的部位と天然ｍｉＲ－２９ｂ－３ｐとの間のハイブリダイゼーションを示す。例えば、ハイブリッド配列（Ｇ００３－２９）および／または他の非天然の変化（Ｇ００４－２９、Ｇ０２０－２９、Ｇ０２７－２９、およびＧ０３１－２９）からなる人工ｍｉＲ－２９ガイド鎖は、予測自由エネルギー（ΔＧ）がより低く、相補性がより高くなり、標的認識が向上したことが推測され得る。本明細書で示されるように、向上した標的認識は、標的ＲＮＡに対する操作されたオリゴヌクレオチドの結合のギブス自由エネルギーの減少をもたらし得、複数の他のＲＮＡ配列のうち標的ＲＮＡに対する操作されたオリゴヌクレオチドの特異性の増加をもたらし得、またはこれらの特徴の組合せをもたらし得る。したがって、図２２Ａに示す操作されたｍｉＲ－２９ガイド鎖は、対応する本明細書に記載の修飾を欠く天然ｍｉＲＮＡ配列よりも低い予測自由エネルギー（ΔＧ）、高い特異性、および高い相補性で、ＮＥＦウイルスタンパク質を発現するｍＲＮＡを結合し阻害するために使用し得る。したがって、操作されたｍｉＲ－２９ガイド鎖は、図２２Ｂに示されるように、ＨＩＶウイルスまたはＮＥＦウイルスタンパク質を表示する他のウイルスに対して強力な抗ウイルス活性を示し得る。３*１０4個のＣＤ４＋ヒトｔ－細胞を、１００ｎＭの対照、Ｍ２９－０１２またはＭ２９－０２８模倣体のいずれかでトランスフェクトした。トランスフェクションの２４時間後の細胞を、ＮＥＦ遺伝子にクローニングされたＧＦＰレポーター巣を含むｐＮＬ４－ＨＩＶに感染させた。フローサイトメトリーにより感染後３６時間目に測定した相対的なＧＦＰ発現は、Ｍ２９－０１２およびＭ２９－０２８で前処理した細胞で有意に減少していた。
図２３Ａ～２３Ｃを参照すると、この図は、ｍｉＲ－２９ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２９ｂ－３ｐ、Ｍ２９－００２、Ｍ２９－０２３、およびＭ２９－０２８によるＨＩＶ複製および潜伏に関連するｍＲＮＡのノックダウンを示す。１ｘ１０5個のＪｕｒｋａｔ ｔ－細胞を６ウェルプレート中の１ｍＬの培地にプレーティングし、直ちに１００ｎＭの対照、天然のｍｉＲ－２９ａ、天然のｍｉＲ－２９ｂ、またはｍｉＲ－２９模倣体で７２時間処理し、トランスフェクション剤に処方した。細胞を回収し、総ＲＮＡをｄｉｒｅｃｔｚｏｌキットにより精製した。逆転写後、ｍｉＲ－２９標的遺伝子Ｔｅｔ３（図２３Ａ）、サイクリンＴ１（図２３Ｂ）、およびＤＮＭＴ３Ａ（図２３Ｃ）の相対的発現を定量ＲＴ－ＰＣＲにより評価した。値は、３回の生物学的複製の平均を表し、エラーバーはＳＥＭを表す。＊は、両側スチューデントＴ－検定によるｐ値＜０．０５を示す。全ての場合において、操作された模倣体ｍｉＲ－２９は、天然のｍｉＲＮＡよりも標的とされるｍＲＮＡのノックダウンが改善されている。
図２４Ａ～２４Ｂを参照すると、この図は、ＳＡＲＳウイルス転写産物に対する模倣体ｍｉＲ－２９（図２４Ａ）およびｍｉＲ－３０（図２４Ｂ）ファミリーガイド鎖の標的認識に関する自由エネルギー要求量の計算値を示す。ｍｉＲ－２９模倣体の例示的なガイド鎖構築物を示す。ｍｉＲ－２９ガイド配列、例えば配列番号１２または配列番号１０３、およびｍｉＲ－３０ガイド配列、例えば配列番号８６または配列番号８８は、ＳＡＲＳウイルスに対する抗ウイルス活性を有し得る。
図２５Ａ～２５Ｃを参照すると、この図は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス転写産物に対する模倣体ｍｉＲ－２９（図２５Ａ）およびｍｉＲ－３０（図２５Ｂ）ファミリーガイド鎖の標的認識に関する自由エネルギー要求量の計算値を示す。選択したガイド鎖および３種の予測される標的との間のハイブリダイゼーションおよび結合自由エネルギー（ΔＧ）は、ソフトウェアＲＮＡｈｙｂｒｉｄ ２．２（https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid）を用いて計算した。３個の標的部位全てにわたる自由エネルギーの純和（ＮＥＴ）およびそれらの平均化されたΔＧ（Ａｖｇ．）をも示す。図２５Ｃは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－誘導細胞死に対する例示的な操作されたｍｉＲ－２９（Ｍ２９－０２８）およびｍｉＲ－３０模倣体（Ｍ３０－０４３およびＭ３０－４８）の保護効果を実証する。５ｘ１０3のＶｅｒｏ細胞を２９ウェルプレートにプレーティングし、プレーティングの６時間後に２５ｎＭの対照、Ｍ２９－０２８、Ｍ３０－０４３またはＭ３０－０４８模倣体でトランスフェクトし、２４時間後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＭＯＩ ０．０３）に感染させた。さらに７２時間後、細胞を、ウイルスｔｏｘｇｌｏアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて、ウイルス誘発性細胞変性効果についてアッセイした。Ｍ２９－０２８、Ｍ３０－４３またはＭ３０－０４８のいずれかでの前処置により、ウイルス誘導性細胞死が約３０～４０％減少するという結果が得られた。ｍｉＲ－２９ガイド配列、例えば配列番号１０２または配列番号１０９、およびｍｉＲ－３０ガイド配列、例えば配列番号８６または配列番号８８は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに対する抗ウイルス活性を有し得る。
図２６を参照すると、この図は、ＨＣＶ遺伝子型１転写産物に対する模倣体ｍｉＲ－２９ファミリーガイド鎖の標的認識に関する自由エネルギー要求量の計算値を示す。ｍｉＲ－２９模倣体の例示的なガイド鎖構築物を示す。ｍｉＲ－２９ガイド配列、例えば配列番号１２、１３、１０２、１０３、１１２、１１５、１１９、１１７、１０５、１１０、１０９、１００は、ＨＣＶ遺伝子型１に対して抗ウイルス活性を有し得る。
ｍｉＲ－２９、ｍｉＲ－３０、またはｍｉＲ－２６ファミリーの抗ウイルス特性は、そのゲノム内に標的部位を含むか、または類似の宿主遺伝子転写産物（例えばＴＥＴ１、ＴＥＴ２、ＴＥＴ３等）に依存する他のＲＮＡベースのウイルス間でも保存されている可能性もある。シード配列の相補性に基づき、ＳＡＲＳおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルスのゲノム転写産物中には、それぞれ２６個および３２個の標的部位の候補になる。３種の例示的な標的とされる部位に関する自由エネルギー（ΔＧ）の計算値は、人工ファミリーメンバーの多くが、ＳＡＲＳ（図２４）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（図２５）の両方のゲノム転写産物において天然のｍｉＲ－２９ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２９ｂ－３ｐまたはｍｉＲ－３０ａ－５ｐよりも結合能が改善され得ることを示した。同様に、人工ファミリーメンバーもまた、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）ゲノムにおける３種の候補標的部位にわたって計算上の結合が改善されたことを示した（図２６）。人工ファミリーメンバーを含む模倣体は、ＲＮＡベースのウイルスの感染を治療または予防する際に、幅広い作用の抗ウイルス特性を有し得る。
配列番号５００～５３１、８２９～８３１（表６）は、ＣＯＶＩＤ－１９コロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）ゲノムＲＮＡ中のｍｉＲ－２９標的配列を示す。例えば、配列番号５００または配列番号５０２で示されるＣＯＶＩＤ－１９ゲノムの標的配列は、１種以上のｍｉＲ－２９構築物等、本明細書に記載される１種または複数種の構築物によって標的とされ得る。
配列番号４７４～４９９、８２６～８２８（表６）は、ＳＡＲＳコロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）ゲノムＲＮＡ中のｍｉＲ－２９標的配列を示している。例えば、配列番号４７４または配列番号４７５で示されるＳＡＲＳゲノムの標的配列は、１種以上のｍｉＲ－２９構築物等、本明細書に記載される１種または複数種の構築物によって標的とされ得る。
配列番号５３２～５５４（表６）は、ＭＥＲＳコロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）ゲノムＲＮＡにおけるｍｉＲ－２９の標的配列を示す。例えば、配列番号５３５または配列番号５３７で示されるＭＥＲＳゲノムの標的配列は、１種以上のｍｉＲ－２９構築物等、本明細書に記載される１種または複数種の構築物によって標的とされ得る。
配列番号５５５～５８６（表６）は、ＨＫＵ１コロナウイルス（ＣｏＶ－ＨＫＵ１）ゲノムＲＮＡ中のｍｉＲ－２９標的配列を示す。例えば、配列番号５５６または配列番号５６６で示されるＨＫＵ１ゲノムの標的配列は、１種以上のｍｉＲ－２９構築物等、本明細書に記載される１種または複数種の構築物によって標的とされ得る。
表９および図２７を参照すると、この図は、類似の天然ｎｃＲＮＡを有しない、操作された人工抗がんｍｉＲＮＡ模倣体Ｅ１－００１を示す。Ｅ１－００１、Ｇ００１－Ｅ１のガイド鎖は、いくつかの発がん性ｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおける単一および複数の部位を標的とするように操作されている。表９は、発がん性ｍＲＮＡにおける標的とされる部位に対するＧ００１－Ｅ１ガイド鎖の標的認識に関する自由エネルギー要求量の計算値を示している。ハイブリダイゼーションおよび結合自由エネルギー（ΔＧ）は、ソフトウェアＲＮＡｈｙｂｒｉｄ ２．２(https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid)を使用して計算した。図２７は、線維芽細胞、網膜色素上皮細胞株（ＲＰＥ－１）またはヒト口腔ケラチノサイト（ＨＯＫ）細胞を含む正常な非がん性細胞における、操作された人工ｍｉＲＮＡ Ｅ１－００１の活性を示す。また、遺伝的背景の異なる種々のがん細胞株の処理も行った。示された細胞株を９６ウェルプレートにプレーティングし、プレーティングの６時間後にＲＮＡｉｍａｘ剤を用いて７．５ｎＭ Ｅ１－００１で５日間トランスフェクトした。処理後、細胞生存率をＸＴＴアッセイで評価した。陰性対照ｍｉＲＮＡ処理と比較した統計的有意性（Ｐ＜０．０１）が示される。全てのデータは、最低３回の独立した実験からの平均±ＳＥＭとして表す。がん細胞株は、非がん細胞よりも有意に感受性が高い。
Figure 2023521042000040
表１０を参照すると、この表は、ＺＥＢ１（配列番号５９０）、Ｅ２Ｆ１（配列番号５９１）、ＨＥＲ３（配列番号５９２）、およびＳＨＩＰ２（配列番号５９３）遺伝子転写産物の３’ＵＴＲにおけるがん関連ＲＮＡに対する操作されたｍｉＲ－２０５ガイド鎖と予測される結合の自由エネルギーとを示す。予測される自由エネルギー（ΔＧ）が低いほど、標的認識が向上していると推測する。標的ＨＥＲ３（ＰＭＩＤ：１９２７６３７３）はがんの成長を促進するがん遺伝子であり、ＳＨＩＰ２（ＰＭＩＤ：１９０３３４５８）はがんの成長を抑制するがん抑制因子である。例示的なガイド鎖Ｇ０１６－２０５（配列番号２６０）およびＧ０１１－２０５（配列番号２５５）を操作し、ＨＥＲ３の標的化が強く、ＳＨＩＰ２の標的化が弱いと予測される。
Figure 2023521042000041
表１１を参照すると、この表は、組織の瘢痕化および線維化に関連する可能性のあるｍｉＲ－２９模倣体標的遺伝子を示す。ヒトゲノム内の下流標的遺伝子候補の分析により、コラーゲンスーパーファミリー内のほとんどのメンバーを含む、組織の瘢痕化と線維化に関与し得る多くの遺伝子の濃縮が同定された。ｍｉＲ－２９模倣体は、さらに線維化／瘢痕化病態の治療薬としての可能性を有している。
Figure 2023521042000042
図２８を参照すると、この図は、多標的化アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）によるＦＳＨＤ患者の筋芽細胞におけるＤＵＸ４およびＤＢＥＴ ＲＮＡ転写産物の同時ノックダウンを示す。ＡＳ－ＤＸ－１０はＤＵＸ４転写産物のみを標的とし、一方、ＡＳ－ＤＸ－２５、－３７、－５５はＤＵＸ４およびＤＢＥＴの両転写産物を標的としている。不死化した１５Ａｂｉｃ筋芽細胞を１２ウェルプレートにプレーティングし、その翌日に、トランスフェクション剤ＲＮＡｉＭＡＸを用いて、対照または標的化ＡＳＯを５０ｎＭでトランスフェクトした。プレーティングの１日後に分化培地を加え、筋芽細胞形成およびＤＵＸ４の発現を誘導した。トランスフェクションの７２時間後に細胞を溶解し、ウェルから全ＲＮＡを採取し、ＲＴ－ｑＰＣＲを行い、ＤＵＸ４またはＤＢＥＴ転写産物の発現を検出した。ＡＳＯのＡＳ－ＤＸ－２５、－３７、－５５はＤＵＸ４およびＤＢＥＴの両転写産物をノックダウンし、ＡＳ－ＤＸ－１０はＤＵＸ４のみをノックダウンした。
いくつかの例では、図３０に示すように、遺伝物質を含むサンプル２０２は、ヒト対象等の対象２０１から取得し得る。サンプル２０２は、アッセイを行う等、本明細書に記載の１種または複数種の方法に供され得る。いくつかの例では、アッセイは、配列決定（例えば、ナノポア配列決定）、ジェノタイピング、ハイブリダイゼーション、増幅、標識、またはそれらのあらゆる組み合わせを含み得る。方法から得られた１または複数の結果を、プロセッサ２０４に入力し得る。サンプルの識別、対象の識別、サンプルのタイプ、基準物、または他の情報等の１または複数の入力パラメータをプロセッサ２０４に入力し得る。アッセイからの１または複数の測定基準は、プロセッサが変性椎間板疾患の診断または治療に対する推奨等の結果を生成し得るように、プロセッサ２０４に入力され得る。プロセッサは、結果、入力パラメータ、測定基準、基準物、またはそれらのあらゆる組み合わせを、ビジュアルディスプレイまたはグラフィカルユーザーインターフェース等のディスプレイ２０５に送信し得る。プロセッサ２０４は、（ｉ）結果、入力パラメータ、測定基準、またはそれらのあらゆる組み合わせをサーバ２０７に送信し、（ｉｉ）結果、入力パラメータ、測定基準、またはそれらのあらゆる組み合わせをサーバ２０７から受信し、（ｉｉｉ）またはそれらを送信および受信し得る。
コンピュータ制御システム
本開示は、本開示の方法を実施するようにプログラムされたコンピュータ制御システムを提供する。図２９は、がん治療薬または抗ウイルス治療薬等の治療効果に対する種々の構築物の有効性を予測または確認するようにプログラムされるか、または他の方法で構成されたコンピュータシステム１０１を示す。コンピュータシステム１０１は、例えば、種々の治療標的に対する構築物のモデリングまたは同定、構築物の有効性または安定性のモデリング、またはそれらのあらゆる組み合わせ等、本開示の種々の態様を調節し得る。コンピュータシステム１０１は、ユーザーの電子デバイス、または電子デバイスに関して遠隔に位置するコンピュータシステムであり得る。電子デバイスは、モバイル電子デバイスであり得る。
コンピュータシステム１０１は、中央処理ユニット（ＣＰＵ、本明細書では「プロセッサ」および「コンピュータプロセッサ」とも称される）１０５を備え、それはシングルコアもしくはマルチコアプロセッサ、または並列処理のための複数のプロセッサであり得る。コンピュータシステム１０１は、メモリまたはメモリ場所１１０（例えば、ランダムアクセスメモリ、リードオンリーメモリ、フラッシュメモリ）、電子記憶装置１１５（例えば、ハードディスク）、１または複数の他のシステムと通信するための通信インターフェース１２０（例えば、ネットワークアダプター）、および周辺機器１２５、例えばキャッシュ、他のメモリ、データストレージおよび／または電子ディスプレイアダプター類をも備える。メモリ１１０、記憶装置１１５、インターフェース１２０および周辺機器１２５は、コミュニケーションバス（実線）、例えばマザーボードを介してＣＰＵ１０５と通信している。記憶装置１１５は、データを記憶するためのデータ記憶装置（またはデータリポジトリ）であり得る。コンピュータシステム１０１は、通信インターフェース１２０の支援によりコンピュータネットワーク（「ネットワーク」）１３０に動作可能に連結され得る。ネットワーク１３０は、インターネット、インターネットおよび／またはエクストラネット、またはインターネットと通信しているイントラネットおよび／またはエクストラネットであり得る。ネットワーク１３０は、ある例では、電気通信および／またはデータネットワークである。ネットワーク１３０は、１種または複数種のコンピュータサーバーを含み得、それによって、分散コンピューティング、例えばクラウドコンピューティングが可能となり得る。ネットワーク１３０は、ある例では、コンピュータシステム１０１によって支援されて、ピアツーピアネットワークを実行し得、それによって、コンピュータシステム１０１に接続された機器がクライアントまたはサーバとして動作することが可能となり得る。
ＣＰＵ１０５は、プログラムまたはソフトウェアで具現化し得る一連の機械可読命令を実行し得る。命令は、メモリ場所、例えばメモリ１１０に記憶され得る。命令はＣＰＵ１０５に出すことができ、それは次に、本開示の方法を実行するようにＣＰＵ１０５をプログラムまたは他の形で構成し得る。ＣＰＵ１０５によって行われる操作の例としては、フェッチ、デコード、実行、およびライトバック等があり得る。
ＣＰＵ１０５は、回路、例えば集積回路の一部であり得る。システム１０１の１または複数の他のコンポーネントを回路に含み得る。いくつかの例では、回路は、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）である。
記憶装置１１５は、ファイル、例えばドライバー、ライブラリーおよび保存プログラムを記憶し得る。記憶装置１１５は、ユーザーデータ、例えば、ユーザー選択およびユーザープログラムを記憶し得る。コンピュータシステム１０１は、いくつかの例では、コンピュータシステム１０１に対して外部である、例えばイントラネットまたはインターネットを介してコンピュータシステム１０１と通信しているリモートサーバー上にある１個または複数の追加のデータ記憶装置を含み得る。
コンピュータシステム１０１は、ネットワーク１３０を介して１または複数のリモートコンピュータシステムと通信し得る。例えば、コンピュータシステム１０１は、ユーザーのリモートコンピュータシステムと通信し得る。リモートコンピュータシステムの例には、パーソナルコンピュータ（例えば、ポータブルＰＣ）、スレートもしくはタブレットＰＣ（例えば、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ｉＰａｄ、Ｓａｍｓｕｎｇ（登録商標）Ｇａｌａｘｙ Ｔａｂ）、電話、スマートフォン（例えば、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ｉＰｈｏｎｅ、アンドロイド対応機器、Ｂｌａｃｋｂｅｒｒｙ（登録商標））、または携帯情報端末等が挙げられる。ユーザーは、ネットワーク１３０を介してコンピュータシステム１０１にアクセスし得る。
本明細書に記載の方法は、コンピュータシステム１０１の電子記憶場所に、例えばメモリ１１０または電子記憶装置１１５等に記憶された機械（例えば、コンピュータプロセッサ）実行可能コードによって実行し得る。機械実行可能コードもしくは機械可読コードは、ソフトウェアの形で提供し得る。使用時に、そのコードはプロセッサ１０５によって実行し得る。場合により、そのコードは、記憶装置１１１５から検索し、プロセッサ１０５によって即時にアクセスできるようにメモリ１１０に記憶させ得る。状況によっては、電子記憶装置１１５を除外し得、機械実行可能命令をメモリ１１０に記憶させる。
そのコードは、コードを実行するように調整されたプロセッサを有する機械によって使用するために、プリコンパイルおよび構成し得るか、または実行時間中にコンパイルし得る。当該コードは、そのコードがプレコンパイル方式またはアズコンパイルド（ａｓ－ｃｏｍｐｉｌｅｄ）方式で実行することを可能にするように選択可能なプログラミング言語で供給され得る。
コンピュータシステム１０１等、本明細書で提供されるシステムおよび方法の態様は、プログラミングに具体化し得る。本技術の各種態様は、代表的には機械（またはプロセッサ）実行可能コードおよび／またはある種の機械可読媒体に保持されたもしくはその中に具体化された関連データの形態をとる、「製品」または「製造品」と考えられ得る。機械実行可能コードは、メモリ（例えば、読み出し専用メモリ、ランダムアクセスメモリ、フラッシュメモリ）またはハードディスク等の電子記憶装置に記憶され得る。
「記憶」タイプの媒体は、コンピュータ、プロセッサ等の有形メモリ、または様々な半導体メモリ、テープドライブ、ディスクドライブ等のその関連モジュールのいずれかまたは全てを含み得、これらは、ソフトウェアプログラミングのためにいつでも非一時的記憶を提供し得る。ソフトウェアの全てまたは一部は時には、インターネットまたは他の様々な電気通信ネットワークを通じて通信され得る。例えば、そのような通信は、あるコンピュータまたはプロセッサから別のコンピュータまたはプロセッサへの、例えば、管理サーバまたはホストコンピュータからアプリケーションサーバのコンピュータプラットフォームへの、ソフトウェアのロードを可能にし得る。したがって、ソフトウェア要素を保持し得る別の種類の媒体は、ローカルデバイス間の物理的インターフェースにわたって、有線および光地上ネットワークを通じて、ならびに、各種エアリンクにわたって使用されているような光波、電波および電磁波を含む。このような波を保持する物理的要素、例えば有線または無線リンク、光リンク等もまた、ソフトウェアを保持する媒体とみなされ得る。本明細書で使用される場合、非一時的で有形の「記憶」媒体に限定されていない限り、コンピュータまたは機械「可読媒体」等の用語は、実行のためにプロセッサに命令を与えることに関与するあらゆる媒体を意味する。
それゆえに、コンピュータ実行可能コード等の機械可読媒体は、有形記憶媒体、搬送波媒体、または物理的伝送媒体を含むがこれらに限定されない、多くの形態を取り得る。不揮発性の記憶媒体としては、例えば、図面に示されるデータベース等を実装するために使用され得るもの等、コンピュータ等の記憶装置のいずれか等の光ディスクまたは磁気ディスクが挙げられる。揮発性の記憶媒体としては、そのようなコンピュータプラットフォームのメインメモリ等のダイナミックメモリが挙げられる。有形の伝送媒体としては、同軸ケーブル；コンピュータシステム内のバスを構成するワイヤを含む、銅線および光ファイバーが挙げられる。搬送波伝送媒体は、電気信号もしくは電磁信号の形態、または、無線（ＲＦ）データ通信および赤外線（ＩＲ）データ通信時に発生するもの等の、音波もしくは光波の形態を取り得る。したがって、コンピュータ可読媒体の一般的な形態としては、例えばフロッピーディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、あらゆる他の磁気媒体、ＣＤ－ＲＯＭ、ＤＶＤもしくはＤＶＤ－ＲＯＭ、あらゆる他の光媒体、パンチカード紙テープ、孔パターンを有するあらゆる他の物理的記憶媒体、ＲＡＭ、ＲＯＭ、ＰＲＯＭおよびＥＰＲＯＭ、ＦＬＡＳＨ－ＥＰＲＯＭ、あらゆる他のメモリチップもしくはカートリッジ、データもしくは命令を搬送する搬送波、そのような搬送波を搬送するケーブルもしくはリンク、または、コンピュータがプログラミングコードおよび／もしくはデータを読み取ることができるあらゆる他の媒体等がある。これらの形態のコンピュータ可読媒体の多くが、実行のために、１またはそれ以上の命令の１またはそれ以上のシーケンスをプロセッサに搬送することに関与し得る。
コンピュータシステム１０１は、例えば、１つまたは複数の結果（即時結果または以前の方法からのアーカイブされた結果）、１つまたは複数のユーザー入力、ライブラリーまたはデータベースからの基準値またはその派生物、またはそれらのあらゆる組み合わせを提供するためのユーザーインターフェース（ＵＩ）１４０を構成する電子ディスプレイ１３５を含むか、またはそれと通信可能である。ＵＩの例としては、グラフィカルユーザーインターフェース（ＧＵＩ）およびウェブベースユーザーインターフェースが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
本開示の方法およびシステムは、１またはそれ以上のアルゴリズムによって実行され得る。アルゴリズムは、中央処理ユニット１０５による実行時にソフトウェアによって実行され得る。アルゴリズムは、例えば、１個または複数の構築物の治療効果、安定性、または他の属性を最適化するために、教師あり学習を介して最適化された構築物を決定し得る。
本明細書では、例示的な実施形態を示し、説明してきたが、そのような実施形態は、例示的なものにすぎない。例示的な実施形態に対して、多数の変形、変更、および置換を行い得る。本明細書に記載された実施形態に対する様々な代替案を採用し得ることを理解すべきである。

Claims (119)

  1. ポリヌクレオチド配列を含む操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩であって、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、疾患または状態に関連する２種の遺伝子座に由来する少なくとも第１のＲＮＡおよび第２のＲＮＡの少なくとも一部と少なくとも部分的に相補的であり、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩が第１のＲＮＡに少なくとも部分的に結合する場合、操作されたオリゴヌクレオチド中の少なくとも７個の連続した塩基の第１の領域は、第１のＲＮＡ内に含まれる連続した核酸に相補的であり、操作されたオリゴヌクレオチド中の少なくとも５個の連続した塩基の第２の領域は、第１のＲＮＡ内に含まれる連続した核酸に相補的であり、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩が第２のＲＮＡに少なくとも部分的に結合する場合、操作されたオリゴヌクレオチド中の少なくとも７個の連続した塩基の第１の領域は、第２のＲＮＡ内に含まれる連続したヌクレオチドに相補的であり、操作されたオリゴヌクレオチド中の少なくとも５個の連続した塩基の第２の領域は、第２のＲＮＡ内に含まれる連続したヌクレオチドに相補的であり、操作されたオリゴヌクレオチドの第１のＲＮＡおよび第２のＲＮＡへの結合の予測されるギブス自由エネルギー（ΔＧ）は、個別に、約３７℃および約７．２～約７．６の範囲のｐＨで約－１７～約－３６ｋｃａｌ ｍｏｌ-1の範囲である、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  2. アンチセンスオリゴヌクレオチド、合成マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、または低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）である、請求項１に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  3. １個または複数の他の同等な非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）に対して、１個または複数のヌクレオチド挿入、ヌクレオチド欠失、ヌクレオチド置換、またはそのあらゆる組み合わせを含む、請求項１に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  4. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡに少なくとも部分的に結合した場合、約３７℃および約７．２～約７．６の範囲のｐＨで、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡに結合する他の同等なｎｃＲＮＡの結合のギブス自由エネルギー（ΔＧ）と比較して、約３７℃および約７．２～約７．６の範囲のｐＨでの結合のΔＧが少なくとも約１０％低い、請求項３に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  5. 約５～約５０ヌクレオチド長である、請求項１～４のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  6. リボース糖を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  7. デオキシリボース糖を含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  8. ｎｃＲＮＡが、ｍｉＲ－３０マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｍｉＲ－２９ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－２６ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－２７ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－１０１ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－１４５ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－２０５ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ－３３８ｍｉＲＮＡ、またはｍｉＲ－３７５ｍｉＲＮＡである、請求項４～７のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  9. ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１０７、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１０、配列番号１１１、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号２４５、配列番号２４６、配列番号２４７、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５０、配列番号２５１、配列番号２５２、配列番号２５３、配列番号２５４、配列番号２５５、配列番号２５６、配列番号２５７、配列番号２５８、配列番号２５９、配列番号２６０、配列番号２６１、配列番号２６２、配列番号２６３、配列番号４６５、配列番号６２４、配列番号６２５、配列番号６２６、配列番号６２７、配列番号６２８、配列番号６２９、配列番号６３０、配列番号６３１、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号６３４、配列番号６３５、配列番号６３６、配列番号６３７、配列番号６３８、配列番号６３９、配列番号６４０、配列番号６４１、配列番号６４２、配列番号６４３、配列番号８４０、配列番号８４１、配列番号８４２、配列番号８４３、配列番号８４４、配列番号８４５、配列番号９０１、配列番号９０２、配列番号９０３、配列番号９０４、配列番号９０５、配列番号９０６、配列番号９０７、配列番号９０８、配列番号９０９、配列番号９１０、配列番号９１１、配列番号９１２、配列番号９１３、配列番号９１４、配列番号９１５、配列番号９１６、配列番号９１７、配列番号９１８、配列番号９１９、配列番号９２０、配列番号９２１、配列番号９２２、配列番号９２３、配列番号９２４、配列番号９２５、配列番号９２６、配列番号９２７、配列番号９２８、配列番号９２９、配列番号９３０、配列番号９３１、配列番号９３２、配列番号９３３、配列番号９３４、配列番号９３５、配列番号９３６、配列番号９３７、配列番号９３８、配列番号９３９、配列番号９４０、配列番号９４１、配列番号９４２、配列番号９４３、配列番号９４４、配列番号９４５、配列番号９４６、配列番号９４７、配列番号９４８、または配列番号９４９のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、請求項１～８のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  10. 操作されたオリゴヌクレオチドが、約６．５～約７．６の範囲のｐＨ、約１５℃～約３７℃の範囲の温度で、水溶液中にステムループを含む二次構造を形成する、請求項１～９のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  11. 天然に存在する塩基、糖、骨格、またはリン酸結合に対して化学修飾された塩基、化学修飾された糖、化学修飾された骨格またはリン酸結合、またはそれらのあらゆる組み合わせを含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  12. 化学修飾が、メチル基、フルオロ基、メトキシエチル基、エチル基、ヒドロキシメチル基、ホルミル基、架橋型核酸、ロックド核酸、カルボン酸またはその塩、ホスホチオネート修飾骨格、メチルホスホネート修飾骨格、アミノアルキル鎖修飾、およびこれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択される、請求項１１に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  13. 化学修飾された場合、
    式：
    （Ｎ）a（ｍＮ）b（Ｎ）cＮＮ；
    （Ｎ）a（ｍＮ）b（Ｎ）cｓｆＮｓｍＮ；または
    （ｆＮｍＮ）h（ｍＮ）i（ｆＮｍＮ）jｓｆＮｓｍＮ（式中、
    各Ｎは独立して、ウラシル、グアニン、アデニン、シトシン、または他の天然ヌクレオチドであり；
    各ｍＮは独立して２’－Ｏメチル修飾ウラシル、グアニン、アデニン、またはシトシンであり；
    各ｓは独立して、ホスホチオネート修飾骨格であり；
    各ｆＮは独立して、２’フルオロ修飾ウラシル、グアニン、アデニン、またはシトシンであり；
    各ａは８～１０であり、各ｂは７～１０であり、各ｃは２～４であり、各ｈは５～７であり、各ｉは０または１であり、各ｊは３～４である）
    を含む、請求項１１または１２に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  14. ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９、配列番号１２７、配列番号１２８、配列番号１２９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３４、配列番号１３５、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１３９、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４５、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１８４、配列番号１８５、配列番号１８６、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号１８９、配列番号１９０、配列番号１９１、配列番号１９２、配列番号１９３、配列番号１９４、配列番号１９５、配列番号１９６、配列番号１９７、配列番号１９８、配列番号１９９、配列番号２００、配列番号２０１、配列番号２０５、配列番号２０６、配列番号２０７、配列番号２０８、配列番号２０９、配列番号２１０、配列番号２１１、配列番号２１２、配列番号２１３、配列番号２１４、配列番号２１５、配列番号２１６、配列番号２１７、配列番号２１８、配列番号２１９、配列番号２２０、配列番号２２１、配列番号２２２、配列番号２２５、配列番号２２６、配列番号２２７、配列番号２２８、配列番号２２９、配列番号２３０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３３、配列番号２３５、配列番号２３６、配列番号２３７、配列番号２３８、配列番号２３９、配列番号２４０、配列番号２４１、配列番号２４２、配列番号２４３、配列番号２６４、配列番号２６５、配列番号２６６、配列番号２６７、配列番号２６８、配列番号２６９、配列番号２７０、配列番号２７１、配列番号２７２、配列番号２７３、配列番号２７４、配列番号２７５、配列番号２７６、配列番号２７７、配列番号２７８、配列番号２７９、配列番号２８０、配列番号２８１、配列番号２８２、配列番号２８３、配列番号２８４、配列番号２８５、配列番号２８６、配列番号２８７、配列番号２８８、配列番号２８９、配列番号２９０、配列番号２９１、配列番号２９２、配列番号２９３、配列番号２９４、配列番号２９５、配列番号２９６、配列番号２９７、配列番号２９８、配列番号２９９、配列番号３００、配列番号３０１、配列番号３０２、配列番号３０３、配列番号３０４、配列番号３０５、配列番号３０６、配列番号３０７、配列番号３０８、配列番号３０９、配列番号３１０、配列番号３１１、配列番号３１２、配列番号３１３、配列番号３１４、配列番号３１５、配列番号３１６、配列番号３１７、配列番号３１８、配列番号３１９、配列番号３２０、配列番号３２１、配列番号３２２、配列番号３２３、配列番号３２４、配列番号３２５、配列番号３２６、配列番号３２７、配列番号３２８、配列番号３２９、配列番号３３０、配列番号３３１、配列番号３３２、配列番号３３３、配列番号３３４、配列番号３３５、配列番号３３６、配列番号３３７、配列番号３３８、配列番号３３９、配列番号３４０、配列番号３４１、配列番号３４２、配列番号３４３、配列番号３４４、配列番号３４５、配列番号３４６、配列番号３４７、配列番号３４８、配列番号３４９、配列番号３５０、配列番号３５１、配列番号３５２、配列番号３５３、配列番号３５４、配列番号３５５、配列番号３５６、配列番号３５７、配列番号３５８、配列番号３５９、配列番号３６０、配列番号３６１、配列番号３６２、配列番号３６３、配列番号３６４、配列番号３６５、配列番号３６６、配列番号３６７、配列番号３６８、配列番号３６９、配列番号３７０、配列番号３７１、配列番号３７２、配列番号３７３、配列番号３７４、配列番号３７５、配列番号３７６、配列番号３７７、配列番号３７８、配列番号３７９、配列番号３８０、配列番号３８１、配列番号３８２、配列番号３８３、配列番号３８４、配列番号３８５、配列番号３８６、配列番号３８７、配列番号３８８、配列番号３８９、配列番号３９０、配列番号３９１、配列番号３９２、配列番号３９３、配列番号３９４、配列番号３９５、配列番号３９６、配列番号３９７、配列番号３９８、配列番号３９９、配列番号４００、配列番号４０１、配列番号４０２、配列番号４０３、配列番号４０４、配列番号４０５、配列番号４０６、配列番号４０７、配列番号４０８、配列番号４０９、配列番号４１０、配列番号４１１、配列番号４１２、配列番号４１３、配列番号４１４、配列番号４１５、配列番号４１６、配列番号４１７、配列番号４１８、配列番号４１９、配列番号４２０、配列番号４２１、配列番号４２２、配列番号４２３、配列番号４２４、配列番号４２５、配列番号４２６、配列番号４２７、配列番号４２８、配列番号４２９、配列番号４３０、配列番号４３１、配列番号４３２、配列番号４３３、配列番号４３４、配列番号４３５、配列番号４３６、配列番号４３７、配列番号４３８、配列番号４３９、配列番号４４０、配列番号４４１、配列番号４４２、配列番号４４３、配列番号４４５、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号４４９、配列番号４５０、配列番号４５１、配列番号４５２、配列番号４５３、配列番号４５５、配列番号４５６、配列番号４５７、配列番号４５８、配列番号４５９、配列番号４６０、配列番号４６１、配列番号４６２、配列番号４６３、配列番号６２０、配列番号６４４、配列番号６４５、配列番号６４６、配列番号６４７、配列番号６４８、配列番号６４９、配列番号６５０、配列番号６５１、配列番号６５２、配列番号６５３、配列番号６５４、配列番号６５５、配列番号６５６、配列番号６５７、配列番号６５８、配列番号６５９、配列番号６６０、配列番号６６１、配列番号６６２、配列番号６６３、配列番号６６４、配列番号６６５、配列番号６６６、配列番号６６７、配列番号６６８、配列番号６６９、配列番号６７０、配列番号６７１、配列番号６７２、配列番号６７３、配列番号６７４、配列番号６７５、配列番号６７６、配列番号６７７、配列番号６７８、配列番号６７９、配列番号６８０、配列番号６８１、配列番号６８２、配列番号６８３、配列番号６８４、配列番号６８５、配列番号６８６、配列番号６８７、配列番号６８８、配列番号６８９、配列番号６９０、配列番号６９１、配列番号６９２、配列番号６９３、配列番号６９４、配列番号６９５、配列番号６９６、配列番号６９７、配列番号６９８、配列番号６９９、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７０５、配列番号７０６、配列番号７０７、配列番号７０８、配列番号７０９、配列番号７１０、配列番号７１１、配列番号７１２、配列番号７１３、配列番号７１４、配列番号７１５、配列番号７１６、配列番号７１７、配列番号７１８、配列番号７１９、配列番号７２０、配列番号７２１、配列番号７２２、配列番号７２３、配列番号７２４、配列番号７２５、配列番号７２６、配列番号７２７、配列番号７２８、配列番号７２９、配列番号７３０、配列番号７３１、配列番号７３２、配列番号７３３、配列番号７３４、配列番号７３５、配列番号７３６、配列番号７３７、配列番号７３８、配列番号７３９、配列番号７４０、配列番号７４１、配列番号７４２、配列番号７４３、配列番号７４４、配列番号７４５、配列番号７４６、配列番号７４７、配列番号７４８、配列番号７４９、配列番号７５０、配列番号７５１、配列番号７５２、配列番号７５３、配列番号７５４、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、配列番号７５９、配列番号７６０、配列番号７６１、配列番号７６２、配列番号７６３、配列番号７６４、配列番号７６５、配列番号７６６、配列番号７６７、配列番号７６８、配列番号７６９、配列番号７７０、配列番号７７１、配列番号７７２、配列番号７７３、配列番号７７４、配列番号７７５、配列番号７７６、配列番号７７７、配列番号７７８、配列番号７７９、配列番号７８０、配列番号７８１、配列番号７８２、配列番号７８３、配列番号７８４、配列番号７８５、配列番号７８６、配列番号７８７、配列番号７８８、配列番号７８９、配列番号７９０、配列番号７９１、配列番号７９２、配列番号７９３、配列番号７９４、配列番号７９５、配列番号７９６、配列番号７９７、配列番号７９８、配列番号７９９、配列番号８００、配列番号８０１、配列番号８０２、配列番号８０３、配列番号８０４、配列番号８０５、配列番号８０６、配列番号８０７、配列番号８０８、配列番号８０９、配列番号８１０、配列番号８１１、配列番号８１２、配列番号８１３、配列番号８１４、配列番号８１５、配列番号８１６、配列番号８１７、配列番号８１８、配列番号８１９、配列番号８２０、配列番号８２１、配列番号８２２、配列番号８２３、配列番号８２４、配列番号８２５、配列番号８３５、配列番号８３６、配列番号８３７、配列番号８４６、配列番号８４７、配列番号８４８、配列番号８４９、配列番号８５０、配列番号８５１、配列番号８５２、配列番号８５３、配列番号８５４、配列番号８５５、配列番号８５６、配列番号８５７、配列番号８５８、配列番号８５９、配列番号８６０、配列番号８６１、配列番号８６２、配列番号８６３、配列番号８６４、配列番号８６５、配列番号８６６、配列番号８６７、配列番号８６８、配列番号８６９、配列番号８７０、配列番号８７１、配列番号８７２、配列番号８７３、配列番号８７４、配列番号８７５、配列番号８７６、配列番号８７７、配列番号８７８、配列番号８７９、配列番号８８０、配列番号８８１、配列番号８８２、配列番号８８３、配列番号８８４、配列番号８８５、配列番号８８６、配列番号８８７、配列番号８８８、配列番号８８９、配列番号８９０、配列番号８９１、配列番号８９２、配列番号８９３、配列番号８９４、配列番号８９５、配列番号８９６、配列番号８９７、配列番号８９８、または配列番号８９９のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、請求項１１～１３のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  15. 操作されたオリゴヌクレオチド配列が、糖、塩基、または骨格の修飾を含む、請求項１１に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  16. 修飾がリンカーを含む、請求項１５に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  17. リンカーが共有結合性リンカーである、請求項１６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  18. リンカーが、切断可能なリンカーである、請求項１６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  19. リンカーは、コンジュゲートを含むようにさらに修飾されている、請求項１６～１８のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  20. コンジュゲートが、抗体、天然に存在するリガンド、低分子、またはペプチドである、請求項１９に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  21. コンジュゲートが、薬物またはその塩である、請求項１９に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  22. 操作されたオリゴヌクレオチドが、グリカンでグリコシル化されているヌクレオチドの塩基を含む、請求項１～２１のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  23. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、ｍＲＮＡ配列を少なくとも部分的に含む、請求項１～２２のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  24. ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、
    ａ． ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離された哺乳動物細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、
    ｂ． ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離された哺乳動物細胞に、ｎｃＲＮＡをトランスフェクトし、
    ｃ． 同じタイプの哺乳動物細胞である、第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞中に発現するポリペプチドの量を測定すること
    により決定した時に、等量のｎｃＲＮＡをｍＲＮＡ配列と接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの発現が約１．２分の１以下となるように産生する、請求項２３に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  25. ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、
    ａ． ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離された哺乳動物細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、
    ｂ． ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離された哺乳動物細胞に、ｎｃＲＮＡをトランスフェクトし、
    ｃ． 同じタイプの哺乳動物細胞である、第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞中に発現するポリペプチドからの活性量を測定すること
    により決定した時に、等量のｎｃＲＮＡをｍＲＮＡ配列と接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの活性が約１．２分の１以下となるように産生する、請求項２３に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  26. ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、
    ａ． ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離された哺乳動物細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、
    ｂ． ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離された哺乳動物細胞に、ｎｃＲＮＡをトランスフェクトし、
    ｃ． 第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞中に発現するポリペプチドの量を測定すること
    により決定した時に、等量のｎｃＲＮＡを接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの発現が約１．２分の１～約１０分の１となるように産生する、請求項２４に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  27. ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、
    ａ． ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離された哺乳動物細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、
    ｂ． ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離された哺乳動物細胞に、ｎｃＲＮＡをトランスフェクトし、
    ｃ． 第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞中に発現するポリペプチドからの活性量を測定すること
    により決定した時に、等量のｎｃＲＮＡを接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの活性が約１．２分の１～約１０分の１となるように産生する、請求項２５に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  28. 第１の単離された哺乳動物細胞および第２の単離された哺乳動物細胞が、ヒト細胞またはマウス細胞である、請求項２４～２７のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  29. 第１の単離された哺乳動物細胞がヒト細胞であり、ヒト細胞が、がん細胞、線維芽細胞、白血球、上皮細胞、扁平上皮細胞、筋芽細胞、筋肉細胞である、請求項２８に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  30. 約２３℃、相対大気湿度約５０％で少なくとも約１カ月の期間、閉鎖した保存容器中で保存する場合、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩の初期量の少なくとも約８０％が残存する、請求項１～２９のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  31. 期間が約１カ月～約１年である、請求項３０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  32. 疾患または状態ががんを含む、請求項１～３１のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  33. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部ががん遺伝子によってコードされている、請求項３２に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  34. がん遺伝子が、ＡＢＬ１、ＡＢＬ２、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＫＴ３、ＡＴＦ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＢＣＬ２、ＢＣＬ３、ＢＣＬ６、ＢＣＲ、ＢＲＡＦ、ＣＡＲＤ１１、ＣＢＬＢ、ＣＢＬＣ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、ＣＣＮＤ３、ＣＤＸ２、ＣＴＮＮＢ１、ＤＤＢ２、ＢＢＩＴ３、ＢＢＸ６、ＤＥＫ、ＥＧＦＲ、ＥＬＫ４、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ３、Ｅ２Ｆ１、ＺＥＢ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ６、ＥＶＩ１、ＥＷＳＲ１、ＦＥＶ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ１ＯＰ、ＦＧＲ２、ＦＵＳ、ＧＯＬＧＡ５、ＧＯＰＣ、ＨＭＧＡ１、ＨＭＧＡ２、ＨＲＡＳ、ＩＲＦ４、ＩＴＧＡ６、ＪＵＮ、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＬＣＫ、ＬＭＯ２、ＭＡＦ、ＭＡＦＢ、ＭＡＭＬ２、ＭＤＭ２、ＭＥＴ、ＭＩＴＦ、ＭＬＬ、ＭＰＬ、ＭＹＢ、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＭＹＣＮ、ＮＣＯＡ４、ＮＦＫＢ２、ＮＲＡＳ、ＮＴＲＫ１、ＮＵＰ２１４、ＰＡＸ８、ＰＤＧＦＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＭ１、ＰＬＡＧ１、ＰＰＡＲＧ、ＰＴＰＮ１１、ＲＡＦ１、ＲＥＬ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＳＥＴＤＢ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＭＯ、ＳＳ１８、ＴＣＬ１Ａ、ＴＥＴ２、ＴＦＧ、ＣＤＫ６、ＡＴＧ９Ａ、ＴＬＸ１、ＴＰＲ、ＵＳＰ６、ＣＳＮＫ１Ｇ、ＫＬＦ１７、ＡＲＨＧＡＰ２６、ＲＡＢ１１ＦＩＰ１、ＲＢＪ、ＳＥＲＢＰ１、ＣＴＢＰ１、ＣＲＫＬ、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡＶ、ＬＡＭＣ１、Ｇ６ＰＣ２、ＰＰＰ２Ｒ５Ｅまたはそれらのあらゆる組み合わせを含む、請求項３３に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  35. がん遺伝子が、ＩＴＧＡ６、ＢＣＬ２、ＤＥＫ、ＰＬＡＧ１、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＭＹＣＮ、ＬＭＯ２、ＰＩＭ１、ＥＧＦＲ、ＩＲＳ１、ＮＴ５Ｅ、ＧＬＤＣ、ＳＯＣＳ１、ＳＴＡＴ１、ＬＯＸ、ＰＤＧＦＲＢ、ＷＮＴ５Ａ、ＣＤ８０、ＣＣＮＡ１、ＴＨＢＳ２、ＩＧＦ１Ｒ、ＡＦＡＰ１Ｌ２、ＣＴＨＲＣ１、ＭＥＴ、ＦＡＰ、ＩＬ１Ａ、ＧＪＡ１、ＭＹＢＬ２またはそれらのあらゆる組み合わせを含む、請求項３３に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  36. 多数のＲＮＡ配列のうち、ＩＴＧＡ６、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＥＧＦＲ、ＭＤＴＨまたはそれらのあらゆる組み合わせをコードするＲＮＡ配列に対して選択的である、請求項３３に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  37. 疾患または状態が線維症を含む、請求項１～３１のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  38. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部が、コラーゲンスーパーファミリー遺伝子、血小板由来成長因子遺伝子、ＴＧＦ－βシグナル伝達遺伝子、コラーゲンリモデリング遺伝子、細胞外マトリックスリモデリング遺伝子、Ｗｎｔシグナル伝達遺伝子、肝癌由来成長因子（ＨＤＧＦ）シグナル伝達遺伝子またはそれらのあらゆる組み合わせによってコードされている、請求項３７に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  39. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がコラーゲンスーパーファミリー遺伝子によってコードされ、コラーゲンスーパーファミリー遺伝子がＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ５Ａ３、ＣＯＬ５Ａ２、ＣＯＬ４Ａ４、ＣＯＬ２１Ａ１、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＬ２２Ａ１、ＣＯＬ８Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＣＯＬ６Ａ２、ＣＯＬ２４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＯＬ４Ａ６、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＬ１６Ａ１、ＣＯＬ１５Ａ１およびこれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択される、請求項３８に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  40. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部が血小板由来成長因子遺伝子によってコードされ、血小板由来成長因子遺伝子が、ＰＤＧＦＢ、ＰＤＧＦＣ、ＰＤＧＦＲＢ、およびそれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択される、請求項３８に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  41. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がＴＧＦ－βシグナル伝達遺伝子によってコードされ、ＴＧＦ－βシグナル伝達遺伝子が、ＷＩＳＰ１、ＴＧＦＢ２、またはそれらのあらゆる組み合わせである、請求項３８に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  42. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がコラーゲンリモデリング遺伝子によってコードされ、コラーゲンリモデリング遺伝子がＬＯＸＬ２である、請求項３８に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  43. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部が細胞外マトリックスリモデリング遺伝子によってコードされ、細胞外マトリックスリモデリング遺伝子がＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ５Ａ３、ＣＯＬ５Ａ２、ＣＯＬ４Ａ４、ＣＯＬ２１Ａ１、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ１、ＣＯＬ１９Ａ１、ＣＯＬ５Ａ１、ＣＯＬ２２Ａ１、ＣＯＬ８Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＣＯＬ６Ａ２、ＣＯＬ２４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ３、ＣＯＬ４Ａ６、ＣＯＬ２５Ａ１、ＣＯＬ１６Ａ１、ＣＯＬ１５Ａ１、ＬＯＸＬ２、エラスチン、およびそれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択される、請求項３８に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  44. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部が、Ｗｎｔシグナル伝達遺伝子によってコードされ、Ｗｎｔシグナル伝達遺伝子がＷＩＳＰ１を含む、請求項３８に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  45. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がＨＤＧＦシグナル伝達遺伝子によってコードされ、ＨＤＧＦシグナル伝達遺伝子がＨＤＧＦを含む、請求項３８に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  46. 疾患または状態がウイルス感染を含む、請求項１～３１のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  47. ウイルス感染がＨＣＶ遺伝子型１感染である、請求項４６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  48. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がＨＣＶ遺伝子型１ゲノムにコードされている、請求項４７に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  49. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号５８７、配列番号５８８、または配列番号５８９に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項４７または４８に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  50. ウイルス感染が、コロナウイルス感染である、請求項４６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  51. コロナウイルスがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、請求項５０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  52. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムにコードされている、請求項５０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  53. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、配列番号５００～配列番号５３１、配列番号８２９、配列番号８３０、または配列番号８３１のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項５１または５２に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  54. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号５００、配列番号５１３、または配列番号５１８に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項５１または５２に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  55. コロナウイルスがＳＡＲＳ－ＣｏＶである、請求項５０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  56. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノムにコードされている、請求項５０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  57. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、配列番号４７４～配列番号４９９、配列番号８２６、配列番号８２７、または配列番号８２８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項５５または５６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  58. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号４７６、配列番号４８１、または配列番号４９５に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項５５または５６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  59. コロナウイルスがＭＥＲＳ－ＣｏＶである、請求項５０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  60. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がＭＥＲＳ－ＣｏＶゲノムにコードされている、請求項５０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  61. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、配列番号５３２～配列番号５５４のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項５９または６０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  62. コロナウイルスがＣｏＶ－ＨＫＵ１である、請求項５０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  63. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がＣｏＶ－ＨＫＵ１ゲノムにコードされている、請求項５０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  64. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、配列番号５５５～配列番号５８６のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項６２または６３に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  65. ウイルス感染がＨＩＶ感染である、請求項４６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  66. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部がＨＩＶゲノムによってコードされている、請求項４６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  67. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号４７０に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項６５または６６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  68. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号４７１、配列番号４７２、または配列番号４７３に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項６５または６６に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  69. 疾患または状態が、筋ジストロフィーまたはミオパチーを含む神経筋障害を含む、請求項１～３１のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  70. 疾患または状態が、デュシェンヌ筋ジストロフィー（ＤＭＤ）、筋緊張性ジストロフィー（ＭＤ）、顔面肩甲上腕筋ジストロフィー（ＦＳＨＤ）、肢帯型筋ジストロフィー（ＬＧＭＤ）、ベッカー筋ジストロフィー、眼咽頭型筋ジストロフィー、エメリ・ドレフュス筋ジストロフィー、または遠位型筋ジストフィーである、請求項６９に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  71. 疾患または状態が、遺伝性または自然発生の常染色体優性突然変異に起因する、請求項６９または７０に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  72. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡの少なくとも一部が、ジストロフィン、ＤＭＰＫ、ＣＬＣＮ１、ＣＮＢＰ、Ｄ４Ｚ４リピート、ＤＵＸ４、ＳＭＣＨＤ１、ＤＢＥＴ、ＳＶＩＬ、ＧＡＬ３ＳＴ２、ＦＲＧ１、ＣＡＰＮ３、ＤＹＳＦ、ＬＭＮＡ、ＰＡＢＰＮ１、ＰＹＧＭ、ＭＹＯＤ１、ＭＹＨ７、ＨＮＲＮＰＣ、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＡＣＶＲ１、ＡＳＩＣ２、ＡＴＧ１４、ＡＴＰ１Ａ１、Ｂ３ＧＴＮＬ１、ＢＡＮＦ１、ＢＰＴＦ、ＣＡＳＰ８ＡＰ２、ＣＤＸ４、ＣＥＬＦ２、ＣＨＭＰ７、ＣＫＭＴ１Ｂ、ＣＬＡＳＰ１、ＣＮＯＴ３、ＣＯＬ１５Ａ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＤＣＡＦ１５、ＤＣＮ、ＤＬＸ５、ＤＵＳＰ７、ＤＵＸ１、ＤＵＸ５、ＥＭＩＬＩＮ１、ＥＰＧ５、ＦＡＭ１３Ａ、ＦＢＸ０３、ＦＢＸＬ２２、ＦＭＮＬ３、ＦＲＥＭ２、ＦＲＭＰＤ２、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＧＩＤ４、ＧＪＤ３、ＧＭＰＲ、ＧＮＡＴ１、ＧＯＳＲ１、ＧＰＲＣ６Ａ、ＨＥＲＣ１、ＨＧＦ、ＨＯＯＫ３、ＨＯＸＣ９、ＨＳＰ４０、ＩＲＦ９、ＩＲＸ５、ＩＴＧＡ１０、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡ９、ＫＣＮＣ３、ＫＬＨＬ３、ＫＬＫ６、ＬＡＲＰ６、ＭＡＬＴ１、ＭＡＰ３Ｋ４、ＭＡＰＫ１０、ＭＩＲ４６６１、ＭＩＲ８０７８、ＭＴＳＳ１、ＮＤＵＦＡＦ６、ＮＥＢＬ、ＮＫＸ２、ＮＲ２Ｆ１、ＰＣＩＤ２、ＰＤＥ１０Ａ、ＰＫＤ１Ｌ２、ＰＫＨＤ１、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｂ、ＰＴＰＲＮ２、ＰＹＹ、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＲＢＣＫ１、ＲＦＸ３、ＲＨＢＤＦ２、ＳＣＲＩＢ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＴＤ４、ＳＨＦＬ、ＳＨＨ、ＳＬＣ３７Ａ４、ＳＬＣ９Ａ８、ＳＭＡＤ１、ＳＰＥＦ１、ＳＰＲＥＤ３、ＳＴ３ＧＡＬ６、ＳＴＡＧ１、ＳＵＰＶ３Ｌ１、ＴＢＣ１Ｄ２６、ＴＣＥＡ２、ＴＣＦ３、ＴＭ６ＳＦ１、ＴＭＥＭ１０８、ＴＭＥＭ２５９、ＴＮＦＳＦ４、ＴＮＩＰ１、ＴＲＮＰ１、ＵＳＨ１Ｇ、ＷＲＮＩＰ１、ＸＩＡＰ、ＺＮＦ５７４遺伝子またはそれらのあらゆる組み合わせにコードされている、請求項６９～７１のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  73. 第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡが、ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号９０１～配列番号９４９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む、請求項６９～７２のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  74. 約５ヌクレオチド～約５０ヌクレオチドのポリヌクレオチド配列を含む操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩であって、
    操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、第１の領域、第１の領域に隣接する第２の領域、および第２の領域に隣接する第３の領域を含み、領域が５’から３’まで次の順序：第１の領域、第２の領域、および第３の領域で配置されており；
    操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩がｍＲＮＡ配列に結合している場合、第１の領域および第３の領域はｍＲＮＡ配列に相補的であり、第２の領域はｍＲＮＡ配列に相補的ではない少なくとも一つの塩基を含み；
    操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩は、３７℃および約７．２のｐＨでｍＲＮＡ配列に結合する他の同等のオリゴヌクレオチドの結合のギブス自由エネルギー（ΔＧ）と比較して、約３７℃および約７．２のｐＨでのｍＲＮＡ配列への結合について決定した時に、少なくとも約１０％低い結合のΔＧを含み、他の同等のオリゴヌクレオチドが、ｍＲＮＡ配列と相補的でない操作されたオリゴヌクレオチド内で少なくとも１個の塩基を欠失している、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  75. ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号１～５、１２～１４、１９～２０、２４～２５、２８、３０、３２、３４、３６、３８～４５、５２～８９、１００～１５４、１８４～２０１、２０５～２２２、２２５～２３３、２３５～２４３、２４５～４４３、４４５～４５３、４５５～４６３、４６５、６２０、６２４～８２５、８３５～８３７、８４０～８９９、および９０１～９４９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩であって、ｍＲＮＡ配列と接触させた場合、
    ａ． ｍＲＮＡ配列を含む第１の単離されたヒト細胞に、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩をトランスフェクトし、
    ｂ． ｍＲＮＡ配列を含む第２の単離されたヒト細胞に、ｍｉＲ－２９またはｍｉＲ－３０オリゴヌクレオチドをトランスフェクトし、
    ｃ． 第１の単離されたヒト細胞および第２の単離されたヒト細胞中に発現するポリペプチドの量を測定すること
    により決定した時に、ヒト細胞中に自然に存在する等量のｍｉＲ－２９もしくはｍｉＲ－３０オリゴヌクレオチド、またはその塩を接触させた場合と比較して、ｍＲＮＡ配列によりコードされるポリペプチドの発現が約１．２分の１以下となるように産生する、操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  76. 構造および化学が、未修飾配列または同等のｎｃＲＮＡと比較して、天然ヌクレアーゼに対して１００倍以上の安定性を付与するように最適化されている、請求項１～７５のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  77. ポリヌクレオチド配列を含む操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩であって、請求項１～７６のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩の少なくとも一部と少なくとも部分的に相補的である、操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  78. 約５～約５０ヌクレオチド長である、請求項７７に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  79. リボース糖を含む、請求項７７または７８に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  80. デオキシリボース糖を含む、請求項７７～７９のいずれか１項に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  81. ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号１５５、配列番号１５６、配列番号１５７、配列番号１５８、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６１、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６４、配列番号１６５、配列番号１６６、配列番号１６７、配列番号１６８、配列番号１６９、または配列番号４６６のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、請求項７７～８０のいずれか１項に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  82. 操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドが、ステムループを含む二次構造を形成する、請求項７７～８１のいずれか１項に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  83. 天然に存在する塩基、糖、骨格、またはリン酸結合に対して化学修飾された塩基、化学修飾された糖、化学修飾された骨格またはリン酸結合、またはそれらのあらゆる組み合わせを含む、請求項７７～８２のいずれか１項に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  84. 化学修飾が、メチル基、フルオロ基、メトキシエチル基、エチル基、ヒドロキシメチル基、ホルミル基、カルボン酸またはその塩、ホスホチオネート修飾骨格、メチルホスホネート修飾骨格、アミノアルキル鎖修飾、およびこれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択される、請求項８３に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  85. 化学修飾された場合、
    式：ＣＡＰ－ｍＮｍＮｍＮ（Ｎ）kｍＮｍＮｍＮ（式中、
    ＣＡＰは、５’－末端メチル基（５’－Ｏメチル）またはアミノ炭素６鎖（５’－アミノＣ６）のようなアルキルアミノ基から選択され；
    各Ｎは独立してウラシル、グアニン、アデニンまたはシトシンであり；
    各ｍＮは独立して２’－Ｏ－メチル修飾ウラシル、グアニン、アデニン、またはシトシンであり；
    各ｋは１２～１９である）
    を含む、請求項８３または８４に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  86. ＢＬＡＳＴペアワイズ配列アラインメントアルゴリズムによって決定した時に、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１７０、配列番号１７１、配列番号１７２、配列番号１７３、配列番号１７４、配列番号１７５、配列番号１７６、配列番号１７７、配列番号１７８、配列番号１７９、配列番号１８０、配列番号１８１、配列番号１８２、配列番号１８３、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、配列番号２２３、配列番号２２４、配列番号２３４、配列番号２４４、配列番号４４４、配列番号４５４、配列番号４６４、配列番号８３８、配列番号８３９、または配列番号９００のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、請求項８３～８５のいずれか１項に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  87. 糖修飾を含む、請求項７７～８６のいずれか１項に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  88. 糖修飾がグリコシル化塩基を含む、請求項８７に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  89. 構造および化学が、未修飾配列または同等のｎｃＲＮＡと比較して、天然ヌクレアーゼに対して１００倍以上の安定性を付与するように最適化されている、請求項７７～８８のいずれか１項に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩。
  90. （ａ）請求項１～７５のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩を含む第１の鎖、および（ｂ）第１の鎖の少なくとも一部に相補的な配列を有する請求項７７～８９のいずれか１項に記載の操作されたパッセンジャーオリゴヌクレオチドまたはその塩を含む第２の鎖を含む核酸構築物。
  91. 請求項１～７６のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドもしくはその塩、または請求項９０に記載の核酸構築物を含むベクター。
  92. リポソーム、ナノ粒子、またはそれらのあらゆる組み合わせで存在する、請求項９１に記載のベクター。
  93. ウイルスベクターである、請求項９１に記載のベクター。
  94. ウイルスベクターがアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである、請求項９３に記載のベクター。
  95. 請求項１～７６のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドもしくはその塩、請求項９０に記載の核酸構築物、または請求項９１～９４のいずれか１項に記載のベクターを含む単離された細胞。
  96. （ａ）請求項１～７６のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドもしくはその塩、請求項９０に記載の核酸構築物、または請求項９１～９４のいずれか１項に記載のベクターと、（ｂ）薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体とを含む、医薬組成物。
  97. 単位用量形態である、請求項９６に記載の医薬組成物。
  98. カプセル化されている、請求項９６または９７に記載の医薬組成物。
  99. 液体の形態である、請求項９６～９８のいずれか１項に記載の医薬組成物。
  100. 治療的有効量の請求項１～７６のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドもしくはその塩、請求項９０に記載の核酸構築物、請求項９１～９４のいずれか１項に記載のベクター、または請求項９６～９９のいずれか１項に記載の医薬組成物を対象に投与する工程を含む、それを必要とする対象を処置する方法。
  101. 投与が、静脈内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、眼窩内注射、皮下注射、またはそれらのあらゆる組み合わせによるものである、請求項１００に記載の方法。
  102. 投与が、経口、耳介、眼球、直腸、またはそれらのあらゆる組み合わせである、請求項１００に記載の方法。
  103. 対象への第２の療法を含む第２の投与をさらに含む、請求項１００～１０２のいずれか１項に記載の方法。
  104. 投与および第２の投与が同時的である、請求項１０３に記載の方法。
  105. 投与および第２の投与が逐次的である、請求項１０３に記載の方法。
  106. 対象が、疾患または状態を有するか、または発症する危険性がある、請求項１００～１０５のいずれか１項に記載の方法。
  107. 疾患または状態ががんである、請求項１０６に記載の方法。
  108. がんが、頭部がん、頸部がん、皮膚がん、子宮頸がん、前立腺がん、またはそれらのあらゆる組み合わせである、請求項１０７に記載の方法。
  109. 疾患または状態がウイルス感染である、請求項１０６に記載の方法。
  110. ウイルス感染が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２感染、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ感染、ＣｏＶ－ＨＫＵ１感染、ＨＩＶ感染、またはＨＣＶ感染である、請求項１０９に記載の方法。
  111. 疾患または状態が線維症である、請求項１０６に記載の方法。
  112. 疾患または状態が筋ジストロフィーである、請求項１０６に記載の方法。
  113. 対象が哺乳動物である、請求項１００～１１２のいずれか１項に記載の方法。
  114. 哺乳動物がヒトである、請求項１１３に記載の方法。
  115. 対象が、診断検査によって疾患または状態であると診断されている、請求項１００～１１４のいずれか１項に記載の方法。
  116. 診断検査が、画像化法、血球数分析、組織病理学的分析、バイオマーカー分析、またはそれらのあらゆる組み合わせを含む、請求項１１５に記載の方法。
  117. 請求項１～７６のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩、請求項９０に記載の核酸構築物、または請求項９１～９４のいずれか１項に記載のベクターを、単離された細胞または単離された組織と接触させることを含む方法。
  118. 容器内の請求項１～７６のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチドまたはその塩、容器内の請求項９０に記載の核酸構築物、請求項９１～９４のいずれか１項に記載のベクター、または容器内の請求項９６～９９のいずれか１項に記載の医薬組成物を含むキット。
  119. 操作されたオリゴヌクレオチド中のヌクレオチドの少なくとも１個の塩基が、第１のＲＮＡまたは第２のＲＮＡと相補的でない、請求項１～７６のいずれか１項に記載の操作されたオリゴヌクレオチド。
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