KR20240032998A - 신경근육장애를 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물 - Google Patents

신경근육장애를 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물 Download PDF

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KR20240032998A
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그랜트 벨가드
마르톤 문츠
찰스 마루삭
로버트 플레이스
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마이레큘, 인크.
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Abstract

얼굴-어깨-팔 근육영양장애와 같은 신경근 질환과 관련된 RNA 전사체의 선택적인 억제를 위한 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시된다. 또한, 이들 중 임의의 것을 함유하는 벡터, 이들 중 임의의 것을 함유하는 제약 제형, 및 이들 중 임의의 것을 함유하는 키트가 개시된다. 또한, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드를 얼굴-어깨-팔 근육영양장애와 같은 신경근 질환과 관련된 RNA 전사체와 접촉시켜 폴리펩티드 발현 및 활성을 선택적으로 억제하는 방법이 본원에 개시된다.

Description

신경근육장애를 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물
상호 참조
본 출원은 2021년 7월 14일에 출원된 미국 가출원 제63/221,568호의 이익을 주장하며, 그 전체 개시내용은 본원에 참조로 포함된다.
참조로서 포함
본 명세서에 기재된 모든 간행물, 특허, 및 특허 출원은 각각의 개별 간행물, 특허, 또는 특허 출원이 참조로 포함되는 것으로 구체적 및 개별적으로 나타낸 것과 동일한 정도로 본원에 참조로 포함된다. 참조로 포함된 간행물 및 특허 또는 특허 출원이 본 명세서에 포함된 개시내용과 상충되는 경우, 본 명세서는 임의의 이런 모순되는 자료를 대체하고/하거나 이에 우선하는 것으로 의도된다.
본 개시내용의 특정 양태는 길이가 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드인 nn 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드에 관한 것이며, 여기서 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 서열번호 20,962 내지 42,138 중 어느 하나와 적어도 약 80%, 85%, 90%, 또는 95%의 서열 동일성을 포함한다. 또한, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 길이가 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드일 수 있고, 서열번호 42,006 내지 42,138 중 어느 하나와 적어도 약 80%, 85%, 90%, 또는 95%의 서열 동일성을 포함할 수 있다.
특정 예에서, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 DNA 뉴클레오티드 및 RNA 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 이 올리고뉴클레오티드는 DNA 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 경우에, 올리고뉴클레오티드는 RNA 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 예에서, 올리고뉴클레오티드는 소형 간섭 RNA(siRNA), 마이크로RNA(miRNA), 소형 핵 RNA(snRNA), U 스플라이스솜 RNA(U-RNA), 소형 핵소체 RNA(snoRNA), Piwi-상호작용 RNA(piRNA), 반복 연관 소형 간섭 RNA(rasiRNA), 소형 rDNA 유래 RNA(srRNA), 전달 RNA 유래 소형 RNA(tsRNA), 리보솜 RNA 유래 소형 RNA(rsRNA), 대형 비암호화 RNA 유래 소형 RNA(lncsRNA) 또는 메신저 RNA 유래 소형 RNA(msRNA)이다. 전술한 바와 같은 올리고뉴클레오티드는 특정 경우에 적어도 하나의 잠긴 핵산 핵염기를 포함할 수 있다.
전술한 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 약 45 내지 약 65℃의 예상 용융 온도(Tm)를 갖는 수용액에서 DUX4 암호화 서열에 결합할 수 있으며, 수용액의 pH는 약 7.2 내지 약 7.6 범위이다.
본 개시내용의 또 다른 양태는 i) 전술한 바와 같은 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 접합체(접합체는 올리고뉴클레오티드 및 항체, 항체 단편, 단일 단량체 가변 항체 도메인, 자연 발생 리간드, 소분자, 또는 펩티드를 포함함); 및 선택적으로 iii) i)을 ii)에 연결하는 링커이다.
본 개시내용의 또 다른 양태는 본원에 기술된 접합체 또는 본원에 기술된 올리고뉴클레오티드를 함유하거나 암호화하는 벡터에 관한 것이다. 특정 경우에, 벡터는 바이러스 벡터, 나노입자 벡터, 리포솜 벡터, 엑소좀 벡터, 세포외 소포 벡터, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 벡터는 리포솜 벡터일 수 있다. 벡터는 나노입자 벡터일 수 있다. 벡터는 엑소좀 벡터일 수 있다. 벡터는 세포외 벡터일 수 있다.
본 개시내용의 또 다른 양태는 본원에 기술된 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 본원에 기술된 접합체, 본원에 기술된 벡터, 및 제약상 허용되는 부형제, 희석제, 담체 또는 이들의 조합을 포함하는 제약 조성물에 관한 것이다. 특정 경우에, 제약상 허용되는 부형제는 완충제, 안정화제, 항산화제, 희석제, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 특정 예에서, 제약상 허용되는 희석제는 증류수, 탈이온수, 생리 식염수, 링거 용액, 포도당 용액, 세포 성장 배지, 인산염 완충 식염수(PBS) 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 본원에 기술된 제약 조성물은 단위 투여 형태일 수 있다.
본 개시내용의 또 다른 양태는 본원에 기술된 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 본원에 기술된 접합체, 본원에 기술된 벡터, 또는 본원에 기술된 제약 조성물 및 용기를 포함하는 키트에 관한 것이다. 특정 경우에, 용기는 병, 앰플, 주사기, 백, 상자 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다.
본 개시내용의 또 다른 양태는 대상체에게 치료적 유효량의 본원에 기술된 바와 같은 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체의 질환 또는 병태를 치료하는 방법이다. 질환 또는 병태는 DUX4 매개 질환 또는 병태이다. DUX4 매개 질환 또는 병태는 얼굴-어깨-팔 근육영양장애(facioscapulohumeral muscular dystrophy)이다. 대상체는 이를 필요로 하는 대상체일 수 있다. 대상체는 이를 필요로 하는 인간 대상체일 수 있다.
이 방법에서, 투여는 대상체의 체중 1 kg당 제약 제형 약 0.001 mg 내지 약 10,000 mg의 양으로 이루어진다. 투여는 경구, 비강내, 직장, 국소, 안구내, 근육내, 정맥내, 복강내, 심장내, 피하, 두개내, 척수강내 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다.
방법은 제약 조성물을 사용할 수 있으며, 제약 조성물은 약 1 ml 내지 약 5 ml, 약 5 ml 내지 10 ml, 약 15 ml 내지 약 20 ml, 약 25 ml 내지 약 30 ml, 약 30 ml 내지 약 50 ml, 약 50 ml 내지 약 100 ml, 약 100 ml 내지 150 ml, 약 150 ml 내지 약 200 ml, 약 200 ml 내지 약 250 ml, 약 250 ml 내지 약 300 ml, 약 300 ml 내지 약 350 ml, 약 350 ml 내지 약 400 ml, 약 400 ml 내지 약 450 ml, 약 450 ml 내지 500 ml, 약 500 ml 내지 750 ml, 또는 약 750 ml 내지 1000 ml의 부피로 투여되는 액체 투여 형태이다. 특정 경우에, 제약 조성물은 액체 투여 형태, 고체 투여 형태, 흡입성 투여 형태, 비강내 투여 형태, 리포솜 제형, 알약 형태, 캡슐 형태, 또는 이들의 임의의 조합이다.
특정 경우에, 투여는 전신 투여 또는 국소 투여를 포함한다. 전신 투여는 투여일 수 있고, 전신 투여는 비경구 투여, 정맥내 투여, 피하 투여, 척수강내 투여, 복강내 투여, 근육내 투여, 혈관내 투여, 주입, 경구 투여, 흡입 투여, 십이지장내 투여, 직장 투여, 또는 이들의 임의의 조합 중 적어도 하나를 포함한다.
특정 경우에, 방법은 공동 요법을 동시에 또는 연속적으로 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
본 개시내용의 또 다른 양태는 본원에 기술된 조작된 DUX-4 표적화 올리고뉴클레오티드를 투여하는 방법에 관한 것이며, 여기서 투여 후, 조작된 DUX-4 표적화 올리고뉴클레오티드는 2개의 상이한 내인성 질환 관련 RNA에 선택적으로 혼성화되고, 2개의 상이한 내인성 질환 관련 RNA 중 하나는 제1 유전자좌에서 전사된 DUX4 RNA이고 2개의 상이한 내인성 질환 관련 RNA 중 하나는 제1 유전자좌와 상이한 유전좌에서 전사된다. 또한, 특정 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 제1 유전자좌와 상이한 유전자좌에서 전사된 내인성 질환 관련 RNA에 혼성화하여 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 적어도 10개의 연속 올리고뉴클레오티드가 적어도 하나의 핵염기에 의해 중단된 인접한 염기의 적어도 2개의 상이한 인접 부분에 혼성화한다. 이 방법은 DUX4 매개 질환 또는 병태인 질환 또는 병태를 치료하는 방법일 수 있다. 질환 또는 병태는 얼굴-어깨-팔 근육영양장애일 수 있다. 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 제2 RNA 사이의 혼성화 시 예상 열 융점은 약 40℃ 내지 약 65℃일 수 있다.
본 개시내용의 또 다른 양태는 본원에 기술된 바와 같은 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 본원에 기술된 바와 같은 접합체, 본원에 기술된 바와 같은 벡터, 본원에 기술된 바와 같은 제약 조성물 및 제약상 허용되는 부형제, 희석제 또는 담체를 포함하는 신경근 질환을 치료하는 데 사용하기 위한 조성물이다. 조성물은 신경근 질환이 얼굴-어깨-팔 근육영양장애인 경우에 사용하기 위한 것일 수 있다.
도 1은 FSHD로 이어지는 유전적 변형을 보여준다.
도 2는 D4Z4 영역에서 유래된 교대로 스플라이싱된 DUX4 전사체를 보여준다.
도 3은 FSHD 및 건강한 근육 생검 조직으로부터 교대로 스플라이싱된 DUX4 전사체의 RNA-Seq 데이터로부터의 리드 커버리지의 개략도를 보여준다.
도 4는 고환으로부터 교대로 스플라이싱된 DUX4 전사체의 RNA-Seq 데이터로부터의 리드 커버리지의 개략도를 보여준다.
도 5는 변형되지 않은 올리고에 비해 화학적으로 변형된 항-DUX4 ASO의 혈청 안정성을 보여준다.
도 6a 및 도 6b는 선천적 자극의 감소를 도시한다. 도 6a는 조작된 항-DUX4 ASO에 대한 PBMC 노출 후의 선천적 IFNα 및 TNFα 생성의 감소를 도시한다. 도 6b는 Raw-blue 세포 분석을 통해 조작된 DUX4 ASO에 대한 선천적 면역자극의 감소를 도시한다.
도 7은 3' UTR에서 DUX4에 대한 암호화 서열과 함께 eGFP를 발현하는 안정적인 인간 또는 마우스 근모세포를 사용한 DUX4 ASO HTS 분석 설계를 보여준다.
도 8a 및 도 8b는 DUX4 mRNA의 녹다운을 보여준다. 도 8a는 치료적 ASO가 FSHD 근관에서 DUX4의 강력한 녹다운을 나타냄을 보여준다. 도 8b는 FSHD 근관에서 DUX4 및 DUX4 유도 유전자 ZSCAN4 및 SLC34A2의 녹다운을 보여준다.
도 9는 다중 표적화 ASO에 의한 FSHD 환자 근모세포에서 DUX4 및 DBET RNA 전사체의 동시 녹다운을 보여준다.
도 10은 FSHD 관련 유전자 및 경로를 식별하기 위한 데이터 분석의 도식적 개요를 보여준다.
도 11은 수평 간격으로 분리된 6개의 FSHD 관련 생물학적 기능인 (위에서 아래로) DUX4 조절, 세포외 기질, 세포 주기, 면역/염증 반응, 면역글로불린 및 근육 발달 관련을 나타내는 유전자의 발현을 보여준다.
도 12a 및 도 12b는 확인된 공동 표적에 의한 잠재적 효과에 대한 예시적인 경로를 보여준다. 도 12a는 Xie et al. (18)로부터의 세포 증식에서 Ki-67의 경로 조절을 보여준다. 도 12b는 Elkon et al. (19)로부터의 염증 신호전달에서 IRF5의 유도를 보여준다.
도 13은 환자 생검 샘플에서 IRF5 및 MKI67 RNA 발현을 보여준다.
도 14a 및 도 14b는 다중 표적화 ASO에 의한 공동 표적화 전사체의 검증을 보여준다. 도 14a는 ASO 처리 후의 근모세포를 보여준다. 도 14b는 ASO 처리된 근모세포로부터 얻은 RNA(DUX4, DBET, IRF5 및 MKI67)로부터의 qRT-PCT 결과를 보여준다.
도 15는 본원에 개시된 방법 및 시스템을 보여주는 도면이다.
도 16은 유전 물질을 분석하도록 프로그래밍된 컴퓨터 제어 시스템을 보여준다.
개요
[0002] 얼굴-어깨-팔 근육영양장애(FSHD)는 미국에서 대략 40,000명의 환자가 증상을 나타내는 근육영양장애(MD)의 세 번째로 가장 흔한 형태이다(1, 2). 전체 FSHD 환자의 95%를 차지하는 FSHD 1형(FSHD1)은 염색체 4q35의 D4Z4 반복부 수가 약 100개에서 11개 미만으로 감소한 결과이다(3). FSHD 2형(SHD2)은 후성유전 인자인 SMCHD1(Structural Maintenance of Chromosomes flexible Hinge Domain containing 1)의 기능 상실 돌연변이의 결과이다(3)(도 1). 두 유전적 돌연변이 모두 D4Z4 영역의 저메틸화를 초래하여 D4Z4 내에 암호화된 이중 호메오박스 4 단백질(DUX4) 유전자의 부적절한 발현을 허용한다. DUX4의 비정상적인 발현은 근육 조직에 심각한 독성을 나타내어 근육 기능을 저하시키는 근육 세포의 산화 스트레스와 세포자멸사를 초래한다(4, 5). FSHD는 얼굴, 어깨, 팔, 복부 및 다리 근육의 점진적인 약화를 초래한다. 환자의 약 20%는 결국 휠체어에 의지하게 된다(6). 1~3개의 D4Z4 반복부만 남아 있으면 훨씬 더 심각하고 빠르게 진행되는 장애가 발생하며(7), 종종 소아 발병(8)과 청력 및 시력 상실(9)이 발생한다. DUX4 발현이 근육 조직에서 제거될 수 있다면 FSHD1 및 2의 진행이 중단될 수 있다는 광범위한 과학적 합의가 당해 분야에 존재한다(10~12). 여러 연구에 따르면 RNA 올리고뉴클레오티드 치료제는 DUX4를 직접 억제하여 시험관 내 및 마우스 모델에서 근육 병리를 역전시킬 수 있는 가능성이 있는 것으로 나타났다(13~16). 그러나 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 치료제의 상보적 결합 부위의 보존은 여전히 문제이다.
임의의 장애를 치료하도록 설계된 올리고뉴클레오티드 치료제(ONT)는 질환 전사체의 표적 RNA 결합 부위에 완벽하게 상보적인 경우 표적화된 전사체를 조절하는 데 가장 효과적일 것이다. 또한, 표적화된 결합 서열은 이 장애가 있는 환자들 사이에서 차이가 낮아야 한다. 그렇지 않으면, 표적 결합 부위의 질환 유전자 서열에 SNP 또는 돌연변이가 있는 환자는 치료적 올리고뉴클레오티드와 완벽하게 상보적이지 않아 ONT에 의한 질환 유전자의 완전한 침묵이 이루어지지 않을 수 있다. 본 출원은 처음으로 DUX4 유전자/엑손 내의 보존된 변이체 서열을 결정하는 문제를 해결하고, 임상적으로 중요한 DUX4 변이체를 표적으로 하는 RNA 치료제를 식별하고, 효능과 안정성을 위해 우수한 구조적 변형을 갖춘 RNA 치료제를 생성한다.
일반적으로 수백 내지 수천 명의 개체를 포함하는 서열 데이터베이스는 올리고뉴클레오티드 치료제(ONT)에 대해 고도로 보존된 결합 부위를 선택하는 데 사용된다(20). 그러나 이러한 데이터베이스는 DUX4 유전자의 변이를 정확하게 예측하는 데 사용할 수 없다. DUX4의 보존된 치료적 표적을 찾는 것이 문제다. 해결책 및 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 생성 및 검증이 본원에 개시되어 있다. 대부분의 공개 서열 데이터베이스는 DNA 단편 서열분석 기술을 활용하여 집단으로부터 서열 데이터를 효율적이고 저렴하게 수집한다. 여기에는 클로닝되고, 증폭되고, 서열 분석되는 수백 개 염기 길이의 조각으로 긴 게놈 DNA를 단편화하는 것이 포함된다. 그런 다음 개별 단편을 더 큰 알려진 참조 게놈 서열에 매핑한다. 이 기술은 반복 서열을 정확하게 구별하거나 매핑하는 데 효과적이지 않은 것으로 알려져 있다(21).
DUX4 유전자의 암호화 영역은 염색체 4의 각 D4Z4 반복부에 존재한다. 정상 개체로부터의 DNA는 각 염색체 4에 D4Z4의 11~200개의 복제본을 포함한다(12). 또한, DUX4 함유 D4Z4 반복부는 염색체 10에서 발견된다. 그러나 염색체 10에서 D4Z4 반복부의 결실은 DUX4 암호화 서열의 하류 엑손 3~5가 결여되어 있기 때문에 얼굴-어깨-팔 근육영양장애(FSHD)의 발생과 관련이 없다. 따라서 염색체 10 DUX4 암호화 서열에서 발견되는 서열 변동성은 ONT 설계와 관련이 없다. 또한, D4Z4 유사유전자는 인간 게놈 전체에서도 발견되며(22) D4Z4의 DUX4 서열과 DUX 계열 구성원 DUX1~DUX5를 암호화하는 다른 반복적 DNA 서열 사이에는 상당한 서열 중복이 존재한다(23). 이러한 게놈 복잡성으로 인해 D4Z4 반복부와 중복되는 서열분석된 DNA 단편의 매핑은 제대로 이루어지지 않고, 이들이 어느 게놈 유전자좌에서 유래하는지에 대한 확신이 거의 없다. FSHD 환자의 DUX4 암호화 서열의 변이를 예측할 때 이는 서열 데이터와 나열된 변이가 DUX4의 보존된 서열을 정확하게 예측할 수 있다는 확신이 거의 없는 문제를 야기하는데, 이는 많은 데이터가 FSHD 환자의 염색체 4의 한 복제본에 위치한 질환을 유발하는 단축된 D4Z4 반복부 배열과 관련되지 않은 다른 게놈 위치로부터의 서열 변이에 의해 오염되기 때문이다. 한 가지 논리적인 해결책은 FSHD 환자의 근육 생검으로부터의 RNA 서열 데이터를 사용하는 것이다. 실시예 1에서 볼 수 있듯이, 이 접근법은 DUX4 암호화 서열의 가변성을 예측할 수 있을 만큼 충분한 데이터를 생성하지 않는다.
본 개시내용은 처음으로 DUX4 유전자/엑손 내의 보존된 변이체 서열을 결정하는 문제를 해결하고, 임상적으로 중요한 DUX4 변이체를 표적으로 하는 ONT 치료제를 식별하고, 효능과 안정성을 위해 우수한 구조적 변형을 갖춘 ONT 치료제를 생성한다.
206명의 대상체 중에서 >85% 보존된 DUX4 암호화 서열의 모든 영역을 나타내는 서열이 본원에 개시되어 있다(표 4). 이들 영역을 확인하기 위해, 본 발명자들은 실시예 3에 나타난 바와 같이, 환자의 근육 생검으로부터의 RNA-seq 데이터를 고환 샘플로부터의 RNA-seq와의 결합된 데이터베이스로 결합하여 충분한 리드 카운트가 RNA-seq 데이터에서 확인될 수 있다는 놀라운 발견을 했다. 낮은 수준의 DUX4 발현이 고환의 생식 세포에서 관찰된다는 것이 당업계에 알려져 있지만(24), 고환에서 발현된 DUX4 전사체는 차등적으로 스플라이싱되어 있으며 질환을 유발할 것으로 예상되는 DUX4의 근육 특이적 전사체에 포함된 엑손1, 엑손2 및 엑손3 영역이 부족하다고 보고되었기 때문에, 당업자는 고환 RNA 서열로부터 DUX4 질환 전사체 변이를 예측할 수 있을 것이라고 예상하지 못했을 것이다(25)(도 2). 본 발명자들은 이 두 조직으로부터의 RNA-seq 데이터를 단일 데이터 세트로 결합하여 전체 DUX4 질환 유전자에 걸쳐 충분한 리드 커버리지를 생성하여 85%를 초과하여 보존된 영역을 예측할 수 있었고, 대부분의 환자를 효과적으로 치료할 수 있었다.
상보적 RNA의 절단 및 후속 분해를 위해 RNase H에 의존하는 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO)는 의도한 RNA 표적 외에 많은 RNA를 침묵시킬 수 있고 그렇게 한다(26, 27). 이러한 비표적 RNA는 흔히 표적 외 효과(off-target effect)라고 지칭된다. 갭머 ASO의 경우 이는 올리고뉴클레오티드의 DNA 부분이 부분적으로 상보적인 표적 부위에 결합하고 RNAse H 절단을 유도함으로써 의도하지 않은 RNA 비표적의 분해를 일으킬 때 발생한다. 주의 깊은 서열 분석을 통해 이러한 잠재적인 상호작용 중 많은 부분을 식별할 수 있다. 그러나 단순한 서열 정렬로는 실제 표적을 벗어난 상호작용을 정확하게 예측하지 못하는 경우가 많다. 본 발명자들은 예측을 개선하기 위해 구조적 모티프와 결합 에너지도 고려하는 RNA 치료제에 대한 표적 외 효과를 예측하고 추적하기 위한 데이터 분석 파이프라인을 개발했다(WO 2021203043).
당해 분야의 일반적인 관행은 올리고뉴클레오티드 설계에서 표적 외 효과를 최대한 피하는 것이다. 본원에 기술된 신규한 접근법은 대신 비표적을 전체적으로 살펴보는 것이다. 본 발명자들은 먼저 Toxnet 및 Ingenuity Pathway Analysis(IPA)와 같은 독성 데이터베이스를 통해 예상 표적을 필터링하여 잠재적으로 유해하고 독성을 유발할 수 있는 것들을 찾는다. 본 발명자들은 또한 하위 세트에서 상당히 과발현되거나, 또는 염증, 근육 세포 분열과 같은 알려진 질환 경로 또는 세포 사멸 경로와 관련된 유전자를 찾아 FSHD 환자로부터의 근육 생검에 대한 전사체 프로파일 분석을 통해 질환 경로와 관련될 수 있는 비표적을 고려한다.
이 정보를 통해 합성하고, 시험하고, 검증할 ASO 서열의 우선순위를 지정할 수 있다. 높은 녹다운 잠재력과 높은 질환 관련성을 지닌 비표적을 나타내는 ASO는 qRT-PCR에 의해 분화된 근관에서 생체 외에서 비표적 전사체의 녹다운을 검증하는 데 사용된다.
정의
달리 표시하지 않는 한, 개방형 용어, 예를 들어 "함유하다", "함유하는", "포함하다", "포함하는" 등은 포함하는 것을 의미한다.
단수형("a", "an", 및 "the")은 문맥에서 명백하게 다르게 나타내지 않는 한 복수의 지시대상을 포함하기 위해 본원에서 사용된다. 따라서, 반대로 명시되지 않는 한, 본 출원에 기재된 수치 매개변수는 얻고자 하는 원하는 특성에 따라 달라질 수 있는 근사치이다.
본원에서 사용되는 용어 "약"은 언급된 수치 표시의 플러스 또는 마이너스 5%, 10%, 15% 또는 20%를 의미할 수 있다. 일부 경우에 "약"은 언급된 수치 표시의 플러스 또는 마이너스 15%를 의미할 수 있다. 일부 경우에 "약"은 언급된 수치 표시의 플러스 또는 마이너스 20%를 의미할 수 있다. 생물학적 시스템 또는 과정과 관련하여, 이 용어는 값의 한 자릿수 이내, 5배 이내 또는 2배 이내를 의미할 수 있다. 본 개시내용 및 청구범위에 특정 값이 기술된 경우, 달리 명시되지 않는 한 용어 "약"은 특정 값에 대해 허용 가능한 오류 범위 내에 있음을 의미하는 것으로 가정되어야 한다. 또한 값의 범위 및/또는 하위 범위가 제공되는 경우, 범위 및/또는 하위 범위에는 범위 및/또는 하위 범위의 끝점이 포함될 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "실질적으로"는 주어진 값의 100%에 근접한 값을 지칭할 수 있다. 일부 경우에, 이 용어는 총량의 적어도 약 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.9%, 99.99% 또는 약 100%일 수 있는 양을 지칭할 수 있다.
용어 "상동성"은 참조 서열에 대한 서열의 동일성(%)을 지칭할 수 있다. 실질적인 문제로서, 임의의 특정 서열이 (본원에 기술된 특정 핵산 서열과 상응할 수 있는) 본원에 기술된 임의의 서열과 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일할 수 있든 아니든 이러한 특정 폴리펩티드 서열은 Bestfit 프로그램(Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, 575 Science Drive, Madison, Wis. 53711)과 같은 공지된 컴퓨터 프로그램을 사용하여 통상적으로 결정될 수 있다. 특정 서열이, 예를 들어, 기준 서열과 95% 동일한지를 결정하기 위해 Bestfit 또는 임의의 다른 서열 정렬 프로그램을 이용할 때, 동일성 백분율이 기준 서열의 전장에 대해 계산되고 총 기준 서열의 최대 5%의 상동성에서의 갭이 허용되도록 매개변수가 설정될 수 있다. 본원에 개시된 임의의 서열은 또한 개시된 서열과 약 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.
용어 "올리고뉴클레오티드"는 화학적으로 변형되었는지에 관계없이 DNA, RNA 또는 하이브리드 핵산 서열을 지칭할 수 있으며, 여기서 예를 들어 일반적으로 DNA의 경우에서와 같이 단일 가닥은 표적 RNA 서열에 역상보적으로 결합한다. RNA의 경우, 올리고뉴클레오티드는 전형적으로 miRNA의 경우와 같이 단일 가닥일 수 있으며, 여기서 단일 가닥은 표적 RNA 서열에 역상보적으로 결합한다. 다른 경우에, 예를 들어 전형적으로 siRNA의 경우와 같이, RNA 올리고뉴클레오티드에 관한 것은 이중 가닥일 수 있으며, 여기서 한 가닥은 표적 RNA 서열에 역상보적으로 결합한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 일부 경우에 용어 "표적화" 및 용어 "표적화된"은 상호교환적으로 사용될 수 있으며, 예를 들어 DUX4를 표적화하는 올리고뉴클레오티드는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 DUX4를 표적으로 하는 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 이는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 표적화 서열은 DUX4 전사체에 대해 역상보성을 가질 수 있다. 일부 경우에, 표적화 서열은 DUX4 전사체 및 하나 이상의 추가 유전자좌 또는 이의 전사체에 대해 적어도 부분적인 역상보성을 가질 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "단편"은 전장 서열보다 더 짧을 수 있는 하위 세트인 서열의 일부일 수 있다. 단편은 유전자의 일부일 수 있다. 단편은 펩티드나 단백질의 일부일 수 있다. 단편은 아미노산 서열의 일부일 수 있다. 단편은 올리고뉴클레오티드 서열의 일부일 수 있다. 단편은 길이가 약 20, 30, 40, 50개 미만의 아미노산일 수 있다. 단편은 길이가 약 2, 5, 10, 20, 30, 40, 50개 미만의 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "후성유전 마커"는 핵산 염기의 임의의 공유 결합 변형일 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "투여하다", "투여하는", "투여" 등은 화합물 또는 조성물을 원하는 생물학적 작용 부위로 전달하는 데 사용될 수 있는 방법을 지칭할 수 있다. 용어 "전달"은 영향을 받은 신체 조직이나 부위에 대한 직접적인 적용을 포함할 수 있다.
용어 "대상체", "숙주", "개체" 및 "환자"는 동물, 전형적으로 포유동물을 지칭하기 위해 본원에서 상호교환적으로 사용된다.
본원에서 사용되는 용어 "치료하다", "치료하는" 또는 "치료"는 적어도 부분적으로 다음을 포함할 수 있다: 질환 또는 병태 증상의 경감, 완화 또는 개선; 추가적인 증상의 예방; 증상의 근본적인 원인의 개선 또는 예방; 증상의 재발 방지; 질환 또는 병태의 억제, 예를 들어 질환 또는 병태의 발병의 적어도 부분적인 저지; 질환 또는 병태의 완화; 질환 또는 병태의 퇴행 초래; 질환 또는 병태로 인한 병태의 완화; 또는 예방적, 치료적 또는 둘 다를 통해 질환 또는 병태의 증상의 중단.
본원에서 사용되는 "작용제" 또는 "생물학적 활성제"는 생물학적, 제약적 또는 화학적 화합물 또는 이들 구조 중 임의의 것의 염을 지칭할 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "조직"은 임의의 조직 샘플일 수 있다. 조직은 질환이나 병태가 있는 것으로 의심되거나 확인된 조직일 수 있다.
용어 "포유류 세포"는 임의의 포유동물 세포, 전형적으로 인간 세포를 지칭할 수 있다.
조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드
본원의 개시내용은 선택된 DUX4 표적 위치를 포함하는 RNA 전사체의 치료적 표적화를 제공한다. RNA 의학에는 두 가지 주요 방법이 사용된다: 이중 가닥 RNA 매개 간섭(RNAi) 및 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO). 광범위하게 말하자면, RNAi는 원래의 RNA 표적이 더 작은 조각으로 절단된 후 다른 효소 및 복합체와 함께 RNA를 동등하게 분해하는 리보뉴클레아제를 활성화함으로써 작동할 수 있다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는 Watson-Crick 염기쌍 결합을 통해 표적 핵산에 결합할 수 있으며 입체 장애, 스플라이싱 변경, 표적 분해 개시 또는 기타 사건을 통해 유전자 발현을 억제하거나 변경할 수 있다.
본 개시내용의 특정 양태에서, 올리고뉴클레오티드 치료제(ONT)는 표적화된 전사체를 조절하기 쉬운 임의의 장애를 치료하도록 설계될 수 있다. 특정 양태에서, 치료는 하향조절이 필요한 전사체를 갖는 질환의 표적 RNA 결합 부위와 관련하여 하나 이상의 실질적으로 또는 완벽하게 상보적인 ASO를 사용하여 이루어진다. 일부 경우에 올리고뉴클레오티드 치료제는 주로 DNA이고, 다른 경우에 올리고뉴클레오티드는 주로 RNA이다. 일반적으로 DUX4를 효율적으로 표적화하는 ASO는 융합 전사체에 결합하여 RNAse H를 통해 분해를 유도할 수 있다.
본 개시내용의 다른 양태에서, DUX4 RNA 전사체에 상보적인 서열을 포함하는 siRNA 또는 miRNA와 같은 간섭 RNA는 이러한 표적화된 전사체를 조절하기 쉬운 임의의 장애를 치료하도록 설계될 수 있다. 특정 양태에서, siRNA는 한 가닥이 상보적인 이중 가닥이다. RISC는 miRNA 또는 siRNA의 가이드 가닥을 사용하여 Watson-Crick 염기 쌍을 통해 mRNA 전사체의 상보적인 3'-비번역 영역(3'UTR)을 표적화하여 mRNA 분해와 같은 다양한 방식으로 mRNA 전사체의 유전자 발현을 조절할 수 있게 하여 선택된 mRNA의 단백질 발현을 방지하거나 감소시킨다.
언급된 올리고뉴클레오티드는 miRNA를 포함할 수 있다. 이러한 miRNA는 다음을 수행할 수 있는 하나 이상의 서열 변형, 하나 이상의 화학적 변형 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다: miRNA의 안정성 증진; (선천적 면역 반응을 통해서와 같이) 면역 자극의 실질적 감소 또는 제거; miRNA의 약리학적 활성 개선; miRNA의 다중 표적화 효과 유지; 또는 이들의 임의의 조합.
서열 목록에 있는 것을 포함하나 이에 제한되지 않는 본원에 제공된 핵산 서열은 변형된 핵염기를 갖는 핵산을 포함하나 이에 제한되지 않는 천연 또는 변형된 RNA 및/또는 DNA의 임의의 조합을 함유하는 핵산을 포함하도록 의도된다. 추가 예로서 제한 없이, 핵염기 서열 "ATCGATCG"를 갖는 올리고뉴클레오티드는, RNA 염기를 포함하는 화합물, 예컨대 서열 "AUCGAUCG"를 갖는 화합물 및 일부 DNA 염기 및 일부 RNA 염기, 예컨대 "AUCGATCG"를 갖는 화합물 및 기타 변형된 또는 자연 발생 염기를 갖는 올리고머 화합물을 포함하나 이에 제한되지 않는, 변형되거나 변형되지 않은 이러한 핵염기 서열을 갖는 임의의 올리고머 화합물을 포함한다. 마찬가지로, 서열 "AUCGAUCG"를 갖는 RNA 전사체는 "ATCGATCG"와 같은 임의의 상응하는 DNA 서열을 포함한다. 본원의 핵산 서열은 또한 개시된 서열과 적어도 약 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 동일성을 포함하는 서열을 포함한다.
특정 경우에, 올리고뉴클레오티드 구성체는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제1 가닥 및 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 적어도 일부에 상보적인 서열을 포함하는 제2 가닥을 포함할 수 있다. 제2 가닥은 제1 가닥의 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 이상에 상보적일 수 있다. 제2 가닥은 제1 가닥의 적어도 약 5, 10, 15, 또는 20개의 인접한 염기에 상보적일 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 5' 말단 또는 3' 말단과 같은 말단 돌출부를 포함할 수 있다. 제1 가닥, 제2 가닥 또는 이들의 조합은 하나 이상의 화학적 변형을 포함할 수 있다. 제1 가닥, 제2 가닥 또는 이들의 조합의 염기 중 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%가 화학적 변형을 포함할 수 있다. 제1 가닥, 제2 가닥 또는 이들의 조합은 하나 이상의 당 변형을 포함할 수 있다. 제1 가닥, 제2 가닥 또는 이들의 조합의 염기 중 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%가 당 변형을 포함할 수 있다. 당 변형은 글리코실화된 염기를 포함할 수 있다. 일부 경우에 뉴클레오티드의 염기는 글리칸으로 글리코실화될 수 있다. 제1 가닥, 제2 가닥 또는 이들의 조합은 화학적 변형 및 당 변형을 갖는 염기의 조합을 포함할 수 있다.
일부 경우에, 본원에 기술된 올리고뉴클레오티드, 예컨대, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 길이가 약 5 내지 약 50개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 길이가 약 5 내지 약 40개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 길이가 약 5 내지 약 30개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 길이가 약 5 내지 약 25개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 길이가 약 5 내지 약 60개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 길이가 약 5 내지 약 80개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 길이가 약 5 내지 약 100개의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 길이가 약 5 내지 약 200개의 뉴클레오티드일 수 있다.
특정 다른 경우에, 간섭 RNA는 포유동물 세포에서 다른 생체분자의 발현 또는 기능을 조절하는 게놈에서 발현되는 짧은 비암호화 RNA 서열을 포함하는 조절 비암호화 RNA(ncRNA)일 수 있다. ncRNA는 일반적으로 길이가 200개 미만의 뉴클레오티드이며 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있고 비선형 2차 또는 3차 구조를 형성할 수 있다. ncRNA는 외인성 유래 소형 간섭 RNA(siRNA), 마이크로RNA(miRNA), 소형 핵 RNA(snRNA), U 스플라이스솜 RNA(U-RNA), 소형 핵소체 RNA(snoRNA), Piwi-상호작용 RNA(piRNA), 반복 연관 소형 간섭 RNA(rasiRNA), 소형 rDNA 유래 RNA(srRNA), 전달 RNA 유래 소형 RNA(tsRNA), 리보솜 RNA 유래 소형 RNA(rsRNA), 대형 비암호화 RNA 유래 소형 RNA(lncsRNA) 또는 메신저 RNA 유래 소형 RNA(msRNA)를 포함할 수 있다.
DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 DNA, RNA 또는 이들의 혼합물을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 복수의 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 경우에 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 인공 핵산 유사체를 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 DNA를 포함할 수 있고, 무세포 DNA, cDNA, 태아 DNA, 바이러스 DNA 또는 모체 DNA를 포함할 수 있다. 일부 경우에 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 shRNA 또는 siRNA, ncRNA 모방체, 짧은 헤어핀 RNA(shRNA), 다이서 의존성 siRNA(di-siRNA), 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO), 갭머, 믹스머, 이중 가닥 RNA(dsRNA), 단일 가닥 RNAi(ssRNAi), DNA 유도 RNA 간섭(ddRNAi), RNA 활성화 올리고뉴클레오티드(RNAa) 또는 엑손 스키핑 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 완전 합성 miRNA를 포함할 수 있다. 완전 합성 miRNA는 ncRNA에서 유래되거나 이를 기반으로 하는 것이 아닌 miRNA이다. 대신, 완전 합성 miRNA는 다수의 잠재적 표적 서열의 분석을 기반으로 할 수 있거나, 또는 ncRNA가 아닌 단리된 천연 비암호화 서열을 기반으로 할 수 있다.
변형된 올리고뉴클레오티드
일부 경우에, 제2 가닥은 뉴클레오티드의 화학적으로 변형된 염기를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 제2 가닥의 염기의 하위 세트, 예를 들어 약 1% 내지 약 5%의 염기, 약 1% 내지 약 10%의 염기, 약 1% 내지 약 20%의 염기, 약 1% 내지 약 30%의 염기, 약 1% 내지 약 40%의 염기, 약 1% 내지 약 50%의 염기, 약 1% 내지 약 60%의 염기, 약 1% 내지 약 70%의 염기, 약 1% 내지 약 80%의 염기, 또는 약 1% 내지 약 90%의 염기, 또는 그 이상이 화학적으로 변형될 수 있다. 본원에 기술된 제2 가닥은 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드에 대해 본원에 기술된 것과 동일한 방식으로 화학적으로 변형될 수 있다.
올리고뉴클레오티드는 당 변형을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 복수의 당 변형을 포함할 수 있다. 당 변형은 포도당 또는 이의 유도체를 포함할 수 있다. 당 변형은 리보스 또는 데옥시리보스를 포함할 수 있다. 당 변형은 단당류, 이당류, 삼당류 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
일부 경우에, 리보뉴클레오티드 또는 데옥시뉴클레오티드, 예컨대, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 백본을 형성하는 염기 성분, 당(리보스) 성분, 포스페이트 성분, 또는 이들의 임의의 조합은 본원에 기술된 바와 같은 화학적 변형에 의해 변형될 수 있다.
DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 화학적 변형을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 복수의 화학적 변형을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 말단 단부와 같은 올리고뉴클레오티드의 일부 내에 복수의 화학적 변형을 포함할 수 있다. 화학적 변형은 메틸기, 플루오로기, 메톡시에틸기, 에틸기, 아미드기, 에스테르기, 이들 중 임의의 것 중 하나 초과, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 화학적 변형은 예를 들어 아세틸화, 메틸화, 하이드록실화 등에 의해 화학적으로 변경된 임의의 천연 발생 또는 비천연 발생 구아노신, 우리딘, 아데노신, 티미딘 또는 시티딘을 포함한, 화학적으로 변형된 뉴클레오티드, 예컨대, 구아노신, 우리딘, 아데노신, 티미딘 또는 시토신을 포함할 수 있으며, 1-메틸-아데노신, 1-메틸-구아노신, 1-메틸-이노신, 2,2-디메틸-구아노신, 2,6-디아미노퓨린, 2'-아미노-2'-데옥시아데노신, 2'-아미노-2'-데옥시시티딘, 2'-아미노-2'-데옥시구아노신, 2'-아미노-2'-데옥시우리딘, 2-아미노-6-클로로퓨리네리보사이드, 2-아미노퓨리네리보사이드, 2'-아라아데노신, 2'-아라시티딘, 2'-아라우리딘, 2'-아지도-2'-데옥시아데노신, 2'-아지도-2'-데옥시시티딘, 2'-아지도-2'-데옥시구아노신, 2'-아지도-2'-데옥시우리딘, 2-클로로아데노신, 2'-플루오로-2 '-데옥시아데노신, 2'-플루오로-2'-데옥시시티딘, 2'-플루오로-2'-데옥시구아노신, 2'-플루오로-2'-데옥시우리딘, 2'-플루오로티미딘, 2-메틸-아데노신, 2-메틸-구아노신 , 2-메틸-티오-N6-이소펜네닐-아데노신, 2'-O-메틸-2-아미노아데노신, 2'-O-메틸-2'-데옥시아데노신, 2'-O-메틸-2'-데옥시시티딘, 2' -O-메틸-2'-데옥시구아노신, 2,-O-메틸-2'-데옥시우리딘, 2'-O-메틸-5-메틸우리딘, 2'-O-메틸이노신, 2'-O-메틸슈도우리딘, 2-티오시티딘, 2-티오시티딘, 3-메틸-시티딘, 4-아세틸-시티딘, 4-티오우리딘, 5-(카르복시하이드록시메틸)-우리딘, 5,6-디하이드로우리딘, 5-아미노알릴시티딘, 5-아미노알릴-데옥시우리딘, 5-브로모우리딘, 5-카르복시메틸아미노메틸-2-티오우라실, 5-카르복시메틸아미노메틸-우라실, 5-클로로-아라-시토신, 5-플루오로우리딘, 5-요오도우리딘, 5-메톡시카르보닐메틸-우리딘, 5-메톡시-우리딘, 5-메틸-2-티오우리딘, 6-아자시티딘, 6-아자우리딘, 6-클로로-7-데아자-구아노신, 6-클로로퓨린리보사이드, 6-머캅토-구아노신, 6-메틸-머캅토퓨린-리보사이드, 7-데아자-2'-데옥시-구아노신, 7-데아자아데노신, 7-메틸-구아노신, 8-아자아데노신, 8-브로모-아데노신, 8-브로모-구아노신, 8-머캅토-구아노신, 8-옥소구아노신, 벤즈이미다졸-리보사이드, 베타-D-만노실-퀘오신, 디하이드로-우리딘, 이노신, N1-메틸아데노신, N6-([6-아미노헥실] 카르바모일메틸)-아데노신, N6-이소펜테닐-아데노신, N6-메틸-아데노신, N7-메틸-잔토신, N-우라실-5-옥시아세트산 메틸 에스테르, 퓨로마이신, 퀘오신, 우라실-5-옥시아세트산, 우라실-5-옥시아세트산 메틸 에스테르, 와이부톡소신, 잔토신, 자일로-아데노신, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 이러한 변이체의 제조는 예를 들어 미국 특허 US 4,373,071, US 4,401 ,796, US 4,415,732, US 4,458,066, US 4,500,707, US 4,668,777, US 4,973,679, US 5,047,524, US 5,132,418, US 5,153,319, US 5,262,530 또는 US 5,700,642로부터 당업자에게 공지되어 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드, 예컨대, 2-아미노-6-클로로퓨린리보시드-5'-트리포스페이트, 2-아미노퓨린-리보시드-5'-트리포스페이트, 2-아미노아데노신-5'-트리포스페이트, 2'-아미노-2'-데옥시시티딘-트리포스페이트, 2-티오시티딘-5'-트리포스페이트, 2-티오우리딘-5'-트리포스페이트, 2'-플루오로티미딘-5'-트리포스페이트, 2'-O-메틸 이노신-5'-트리포스페이트 4-티오우리딘-5'-트리포스페이트, 5-아미노알릴시티딘-5'-트리포스페이트, 5-아미노알릴우리딘-5'-트리포스페이트, 5-브로모시티딘-5'-트리포스페이트, 5-브로모우리딘-5'-트리포스페이트, 5-브로모-2'-데옥시시티딘-5'-트리포스페이트, 5-브로모-2'-데옥시우리딘-5'-트리포스페이트, 5-요오도시티딘-5'-트리포스페이트, 5-요오도-2'-데옥시시티딘-5'-트리포스페이트, 5-요오도우리딘-5'-트리포스페이트, 5-요오도-2'-데옥시우리딘-5'-트리포스페이트, 5-메틸시티딘-5'-트리포스페이트, 5-메틸우리딘-5'-트리포스페이트, 5-프로피닐-2'-데옥시시티딘-5'-트리포스페이트, 5-프로피닐-2'-데옥시우리딘-5'-트리포스페이트, 6-아자시티딘-5'-트리포스페이트, 6-아자우리딘-5'-트리포스페이트, 6-클로로퓨린리보시드-5'-트리포스페이트, 7-데아자아데노신-5'-트리포스페이트, 7-데아자구아노신-5'-트리포스페이트, 8-아자아데노신-5'-트리포스페이트, 8-아지도아데노신-5'-트리포스페이트, 벤즈이미다졸-리보시드-5'-트리포스페이트, N1-메틸아데노신-5'-트리포스페이트, N1-메틸구아노신-5'-트리포스페이트, N6-메틸아데노신-5'-트리포스페이트, O6-메틸구아노신-5'-트리포스페이트, 슈도우리딘-5'-트리포스페이트, 또는 퓨로마이신-5'-트리포스페이트, 잔토신-5'-트리포스페이트, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드, 예컨대, 피리딘-4-온 리보뉴클레오시드, 5-아자-우리딘, 2-티오-5-아자-우리딘, 2-티오우리딘, 4-티오-슈도우리딘, 2-티오-슈도우리딘, 5-하이드록시우리딘, 3-메틸우리딘, 5-카르복시메틸-우리딘, 1-카르복시메틸-슈도우리딘, 5-프로피닐-우리딘, 1-프로피닐-슈도우리딘, 5-타우리노메틸우리딘, 1-타우리노메틸-슈도우리딘, 5-타우리노메틸-2-티오-우리딘, 1-타우리노메틸-4-티오-우리딘, 5-메틸-우리딘, 1-메틸-슈도우리딘, 4-티오-1-메틸-슈도우리딘, 2-티오-l-메틸-슈도우리딘, 1-메틸-1-데아자-슈도우리딘, 2-티오-1-메틸-1-데아자-슈도우리딘, 디하이드로우리딘, 디하이드로슈도우리딘, 2-티오-디하이드로우리딘, 2-티오-디하이드로슈도우리딘, 2-메톡시우리딘, 2-메톡시-4-티오-우리딘, 4-메톡시-슈도우리딘, 4-메톡시-2-티오-슈도우리딘, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드, 예컨대, 5-아자-시티딘, 슈도이소시티딘, 3-메틸-시티딘, N4-아세틸시티딘, 5-포르밀시티딘, N4-메틸시티딘, 5-하이드록시메틸시티딘, 1-메틸-슈도이소시티딘, 피롤로-시티딘, 피롤로-슈도이소시티딘, 2-티오-시티딘, 2-티오-5-메틸-시티딘, 4-티오-슈도이소시티딘, 4-티오-1-메틸-슈도이소시티딘, 4-티오-1-메틸-1-데아자-슈도이소시티딘, 1 -메틸-1-데아자-슈도이소시티딘, 제불라린, 5-아자-제불라린, 5-메틸-제불라린, 5-아자-2-티오-제불라린, 2-티오-제불라린, 2-메톡시-시티딘, 2-메톡시-5-메틸-시티딘, 4-메톡시-슈도이소시티딘, 4-메톡시-1-메틸-슈도이소시티딘, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드, 예컨대, 2-아미노퓨린, 6-디아미노퓨린, 7-데아자-아데닌, 7-데아자-8-아자-아데닌, 7-데아자-2-아미노퓨린, 7-데아자-8-아자-2-아미노퓨린, 7-데아자-2, 6-디아미노퓨린, 7-데아자-8-아자-2, 6-디아미노퓨린, 1-메틸아데노신, N6-메틸아데노신, N6-이소펜테닐아데노신, N6-(시스-하이드록시이소펜테닐)아데노신, 2-메틸티오-N6-(시스-하이드록시이소펜테닐) 아데노신, N6-글리시닐카르바모일아데노신, N6-트레오닐카르바모일아데노신, 2-메틸티오-N6-트레오닐 카르바모일아데노신, N6,N6-디메틸아데노신, 7-메틸아데닌, 2-메틸티오-아데닌, 2-메톡시-아데닌, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드, 예컨대, 이노신, 1-메틸-이노신, 와이오신, 와이부토신, 7-데아자-구아노신, 7-데아자-8-아자-구아노신, 6-티오-구아노신, 6-티오-7-데아자-구아노신, 6-티오-7-데아자-8-아자-구아노신, 7-메틸-구아노신, 6-티오-7-메틸-구아노신, 7-메틸이노신, 6-메톡시-구아노신, 1-메틸구아노신, N2-메틸구아노신, N2,N2-디메틸구아노신, 8-옥소-구아노신, 7-메틸-8-옥소-구아노신, 1-메틸-6-티오-구아노신, N2-메틸-6-티오-구아노신, N2,N2-디메틸-6-티오-구아노신, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드, 예컨대, 6-아자-시티딘, 2-티오-시티딘, 알파-티오-시티딘, 슈도-이소-시티딘, 5-아미노알릴-우리딘, 5-요오도-우리딘, N1-메틸-슈도우리딘, 5,6-디하이드로우리딘, 알파-티오-우리딘, 4-티오-우리딘, 6-아자-우리딘, 5-하이드록시-우리딘, 데옥시-티미딘, 5-메틸-우리딘, 피롤로-시티딘, 이노신, 알파-티오-구아노신, 6-메틸-구아노신, 5-메틸-시티딘, 8-옥소-구아노신, 7-데아자-구아노신, N1-메틸-아데노신, 2-아미노-6-클로로-퓨린, N6-메틸-2-아미노-퓨린, 슈도-이소-시티딘, 6-클로로-퓨린, N6-메틸-아데노신, 알파-티오-아데노신, 8-아지도-아데노신, 7-데아자-아데노신, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 2' 위치에서 화학적으로 변형될 수 있는 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 화학적으로 변형된 올리고뉴클레오티드는 2' 탄소 원자에 치환기를 포함할 수 있고, 치환기는 할로겐, 알콕시 기, 수소, 아릴옥시 기, 아미노 기 또는 아미노알콕시 기, 예컨대 2'-수소(2'-데옥시), 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸, 2'-플루오로, 2' 메톡시에틸, 2'-플루오로, 잠긴 핵산(LNA), 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드에 대한 또 다른 화학적 변형(예컨대 뉴클레오티드의 2' 위치와 관련된 것)은 잠긴 핵산(LNA) 뉴클레오티드, 에틸렌 가교 핵산(ENA) 뉴클레오티드, (S)-제한된 에틸(cEt) 뉴클레오티드, 가교 핵산(BNA) 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다. 백본 변형은 변형된 뉴클레오티드의 당을 바람직한 북부 형태로 고정시킬 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 표적 서열에 이러한 유형의 변형이 존재하면 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 서열이 표적 부위에 더 강력하고 더 빠르게 결합할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 화학적으로 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있으며, 여기서 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드에 통합될 수 있는 포스페이트 백본은 변형될 수 있다. 백본의 하나 이상의 포스페이트 기는 예를 들어, 산소 원자 중 하나 이상을 다른 치환체로 대체함으로써 변형될 수 있다. 추가로, 변형된 뉴클레오티드는 비변형 포스페이트 모이어티를 본원에 기술된 변형된 포스페이트로 완전히 대체하는 것을 포함할 수 있다. 변형된 포스페이트 기의 예는 포스포로티오에이트, 메틸포스포네이트, 포스포로셀레네이트, 보라노 포스페이트, 보라노 포스페이트 에스테르, 수소 포스포네이트, 포스포로아미데이트, 알킬 포스포네이트, 아릴 포스포네이트 또는 포스포트리에스테르를 포함할 수 있다. 또한 포스페이트 링커는 연결 산소를 질소(가교 포스포로아미데이트), 황(가교 포스포로티오에이트) 및 탄소(가교 메틸렌-포스포네이트)로 대체하여 변형될 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 당 변형을 포함할 수 있다. 당 변형은 링커와 같은 접합체를 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 링커 기를 포함할 수 있다. DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 항체, 단백질, 지질, 앱타머, 소분자, 약물 또는 이들의 임의의 조합에 연결될 수 있다. 링커는 공유 결합을 형성할 수 있다. DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 링커를 통해 제2 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 하나 이상의 올리고뉴클레오티드에 연결될 수 있다. 일부 경우에, 링커는 절단 가능한 링커일 수 있다. 일부 경우에, 링커는 아지드 링커를 포함할 수 있다. DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 글리칸으로 글리코실화된 뉴클레오티드의 염기를 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 유기 염기가 결여된 뉴클레오티드와 같은 무염기 부위를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 무염기 뉴클레오티드는 리보스의 2' 위치와 같이 본원에 기술된 화학적 변형을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 리보스의 2' C 원자는 치환기, 예컨대, 할로겐, 알콕시 기, 수소, 아릴옥시 기, 아미노 기 또는 아미노알콕시 기, 일부 경우에는 2'-수소(2'-데옥시), 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 또는 2'-플루오로로 치환될 수 있다. 일부 경우에, 무염기 부위 뉴클레오티드는 구조 1A 또는 1B를 포함할 수 있다:
d스페이서(1A) r스페이서(1B)
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 "5'-캡" 구조의 첨가에 의해 변형될 수 있다. 5'-캡은 성숙한 miRNA의 5'-말단을 '캡'할 수 있는 변형된 뉴클레오티드 개체와 같은 개체일 수 있다. 5'-캡은 전형적으로 변형된 뉴클레오티드, 특히 구아닌 뉴클레오티드의 유도체에 의해 형성될 수 있다. 일부 경우에, 5'-캡은 5'-5'-트리포스페이트 연결을 통해 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 5'-말단에 연결될 수 있다. 5'-캡은 메틸화될 수 있다. 예를 들어, m7GpppN(여기서 N은 RNA의 5'-말단과 같은 5'-캡을 운반하는 핵산의 말단 5' 뉴클레오티드일 수 있음). 5'-캡 구조는 글리세릴, 역전 데옥시 무염기 잔기(모이어티), 4',5' 메틸렌 뉴클레오티드, 1-(베타-D-에리트로푸라노실) 뉴클레오티드, 4'-티오 뉴클레오티드, 카르보시클릭 뉴클레오티드, 1,5-언하이드로헥시톨 뉴클레오티드, L-뉴클레오티드, 알파-뉴클레오티드, 변형 염기 뉴클레오티드, 트레오-펜토푸라노실 뉴클레오티드, 비환형 3',4'-세코 뉴클레오티드, 비환형 3,4-디하이드록시부틸 뉴클레오티드, 비환형 3,5 디하이드록시펜틸 뉴클레오티드, 3'-3'-역전 뉴클레오티드 모이어티, 3'-3'-역전 무염기 모이어티, 3'-2'-역전 뉴클레오티드 모이어티, 3'-2'-역전 무염기 모이어티, 1,4-부탄디올 포스페이트, 3'-포스포르아미데이트, 헥실포스페이트, 아미노헥실 포스페이트, 3'-포스페이트, 3'포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 또는 가교 또는 비가교 메틸포스포네이트 모이어티를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 변형된 5'-캡 구조는 CAP1(m7G의 인접한 뉴클레오티드의 리보스의 메틸화), CAP2(m7G의 하류에 있는 두 번째 뉴클레오티드의 리보스의 메틸화), CAP3(m7G 하류의 세 번째 뉴클레오티드의 리보스의 메틸화), CAP4(m7G 하류의 네 번째 뉴클레오티드의 리보스의 메틸화), ARCA(항-역방향 CAP 유사체, 변형된 ARCA(예를 들어, 포스포티오에이트 변형된 ARCA), 이노신, N1-메틸-구아노신, 2'-플루오로-구아노신, 7-데아자-구아노신, 8-옥소-구아노신, 2-아미노-구아노신, LNA-구아노신, 또는 2-아지도-구아노신을 포함할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 메틸 기, 하이드록시메틸 기, 탄소 원자, 산소 원자 또는 이들의 임의의 조합을 핵산 서열의 하나 이상의 염기에 첨가하는 것을 포함할 수 있는 공유 변형을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 공유 변형은 산소 원자 또는 이들의 조합과 같은 핵산 서열과 연관된 분자의 산화 상태를 변화시키는 것을 포함할 수 있다. 공유 변형은 시토신, 티민, 우라실, 아데닌, 구아닌 또는 이들의 조합과 같은 임의의 염기에서 발생할 수 있다. 일부 경우에, 후성적 변형은 산화 또는 환원을 포함할 수 있다. 핵산 서열은 하나 이상의 후성적으로 변형된 염기를 포함할 수 있다. 후성적으로 변형된 염기는 시토신, 우라실, 티민, 아데닌 또는 구아닌과 같은 임의의 염기를 포함할 수 있다. 후성적으로 변형된 염기는 메틸화 염기, 하이드록시메틸화 염기, 포르밀화 염기, 또는 카르복실산 함유 염기 또는 이의 염을 포함할 수 있다. 후성적으로 변형된 염기는 5-메틸화 시토신(5-mC)과 같은 5-메틸화 염기를 포함할 수 있다. 후성적으로 변형된 염기는 5-하이드록시메틸화 시토신(5-hmC)과 같은 5-하이드록시메틸화 염기를 포함할 수 있다. 후성적으로 변형된 염기는 5-포르밀화 시토신(5-fC)과 같은 5-포르밀화 염기를 포함할 수 있다. 후성적으로 변형된 염기는 5-카르복실화 염기 또는 이의 염, 예컨대 5-카르복실화 시토신(5-caC)을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 후성적으로 변형된 염기는 활성화된 기(mTAG)의 메틸트랜스퍼라제 유도 전달을 포함할 수 있다.
후성적으로 변형된 염기는 퓨린(예컨대, 구조 1)의 하나 이상의 염기 또는 피리미딘(예컨대, 구조 2)의 하나 이상의 염기를 포함할 수 있다. 후성적 변형은 임의의 위치 중 하나 이상에서 발생할 수 있다. 예를 들어, 후성적 변형은 구조 1에 나타낸 바와 같이 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9를 포함하는 퓨린의 하나 이상의 위치에서 발생할 수 있다. 일부 경우에, 후성적 변형은 구조 2에 나타낸 바와 같이 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6을 포함하는 피리미딘의 하나 이상의 위치에서 발생할 수 있다.
구조 1 구조 2
핵산 서열은 후성적으로 변형된 염기를 포함할 수 있다. 핵산 서열은 복수의 후성적으로 변형된 염기를 포함할 수 있다. 핵산 서열은 CG 부위, CpG 섬, 또는 이들의 조합 내에 위치하는 후성적으로 변형된 염기를 포함할 수 있다. 핵산 서열은 메틸화 염기, 하이드록시메틸화 염기, 포르밀화 염기, 카르복실산 함유 염기 또는 이의 염, 이들 중 복수 또는 이들의 임의의 조합과 같은 다양한 후성적으로 변형된 염기를 포함할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 화학적으로 변형된 경우 표 1에 나타낸 바와 같이 가이드 패턴 1, 가이드 패턴 2 또는 가이드 패턴 3의 식을 가질 수 있다.
화학적 변형 식
패턴 서열 (5'-3')
1 {N}*{N}*(n*)a{N}*{N}
2 {N}*{N}*(n*)b{N}*n*{N}*{N}
3 {N}*{N}*{N}*(n*)b{N}*{N}*{N}
4 {N}*{N}*n*{N}*(n*)c{N}*{N}*n*n*{N}*{N}
5 <N>*<N>*<N>*<N>*(n*)d<N>*<N>*<N>*<N>
6 CAP-{N}*{N}*(n*)a{N}*{N}
7 CAP-{N}{N}(n*)en{N}{N}
8 CAP-{N}mp{N}(n*)en{N}mp{N}
9 CAP-{N}*{N}*{N}*(n*)b{N}*{N}*{N}
10 CAP-<N>*<N>*<N>*<N>*(n*)d<N>*<N>*<N>*<N>
표 4에 나타난 바와 같이, N 및 n은 임의의 천연 또는 비천연 뉴클레오티드일 수 있고; {N}은 LNA일 수 있고; [N]은 BNA일 수 있고; <N>은 2'-메틸옥시에틸 변형 우라실, 구아닌, 아데닌 또는 시토신일 수 있고; *는 포스포티오네이트 변형 백본일 수 있고; mp는 메틸포스포네이트 변형 백본일 수 있고; CAP는 5'-말단 메틸 기(5'-OMethyl) 또는 아미노-탄소 6 사슬(5'-Amino C6)과 같은 알킬아미노 기일 수 있고; a는 10 내지 26일 수 있고; b는 8 내지 24일 수 있고; c는 4 내지 20일 수 있고; d는 5 내지 22일 수 있고; e는 9 내지 25일 수 있다.일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드는 천연 염기 또는 당에 비해 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 염기 또는 당에 대한 화학적 변형을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 복수의 화학적 변형과 같은 하나 초과의 화학적 변형을 포함할 수 있다. DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 염기의 일부 또는 당의 일부는 하나 이상의 화학적 변형을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 염기 또는 당의 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 이상이 화학적으로 변형될 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 조작되거나 변형되어 복수의 RNA 서열 중에서 RNA 서열에 대한 특이성을 증가시킬 수 있다. DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 변형되어 복수의 RNA 서열 중에서 RNA 서열에 대한 특이성을 유의하게 증가시킬 수 있다. 증가된 특이성은 조작되지 않을 수 있는 필적하는 올리고뉴클레오티드와 비교될 수 있거나, 다른 방식으로 조작되거나 변형될 수 있는 필적하는 올리고뉴클레오티드와 비교될 수 있다. 특이성은 필적하는 올리고뉴클레오티드와 비교하여 적어도 약 2%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상만큼 증가될 수 있다. DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 조작되거나 변형되어 제2 RNA 서열과 비교하여 제1 RNA 서열에 대한 특이성을 증가시킬 수 있다.
DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 연구 및 발굴
표적 DUX4 변이체를 확인하기 위해 참조 서열(질의 서열, 즉 본원에 기술된 서열)과 전체 서열 정렬이라고도 지칭되는 대상 서열 사이의 동일성을 Brutlag et al. (Comp. App. Biosci. 6:237-245 (1990))의 알고리즘에 기반한 FASTDB 컴퓨터 프로그램을 사용하여 결정할 수 있다. 일부 경우에, FASTDB 아미노산 정렬에 사용되는, 동일성이 좁게 해석되는 특정 양태에 대한 매개변수는 다음을 포함할 수 있다: 채점 방식=PAM(허용된 돌연변이 백분율) 0, k-튜플=2, 불일치 페널티=1, 결합 페널티=20, 무작위화 그룹 길이=0, 컷오프 점수=1, 창 크기=서열 길이, 갭 페널티=5, 갭 크기 페널티=0.05, 창 크기=500 또는 대상 서열의 길이 중 더 짧은 것. 내부 결실 때문이 아닌 N-말단 또는 C-말단 결실로 인해 대상 서열이 질의 서열보다 짧은 경우, FASTDB 프로그램이 전체 동일성 백분율을 계산할 때 대상 서열의 N-말단 및 C-말단 절단을 고려하지 않는다는 점을 고려하여 결과를 수동으로 수정할 수 있다. 질의 서열에 비해 N-말단과 C-말단이 절단된 대상 서열의 경우, 상응하는 대상 잔기와 일치/정렬되지 않는, 대상 서열의 N-말단과 C-말단 측면에 있는 질의 서열의 잔기 수를 계산하여 질의 서열의 전체 염기의 백분율로서 동일성 백분율을 수정할 수 있다. 잔기의 일치/정렬 여부는 FASTDB 서열 정렬 결과에 따라 결정될 수 있다. 그런 다음 지정된 매개변수를 사용하여 FASTDB 프로그램에 의해 계산된 동일성 백분율에서 이 백분율을 빼서 최종 동일성 백분율 점수에 도달할 수 있다. 이 최종 백분율 동일성 점수는 이 양태의 목적으로 사용될 수 있다. 일부 경우에, 질의 서열과 일치/정렬되지 않는 대상 서열의 N-말단 및 C-말단에 대한 잔기만이 동일성 백분율 점수를 수동으로 조정하기 위한 목적으로 고려된다. 즉, 대상 서열의 가장 먼 N-말단 및 C-말단 잔기 외부의 질의 잔기 위치만 이 수동적인 수정에 고려된다. 예를 들어, 90개 잔기의 대상 서열을 100개 잔기의 질의 서열과 정렬하여 동일성 백분율을 결정할 수 있다. 결실은 대상 서열의 N-말단에서 발생하므로 FASTDB 정렬은 N-말단의 처음 10개 잔기의 일치/정렬을 나타내지 않는다. 짝을 이루지 않은 10개의 잔기는 서열의 10%(일치하지 않는 N-말단 및 C-말단의 잔기 수/질의 서열의 총 잔기 수)를 나타내므로 FASTDB 프로그램에 의해 계산된 동일성 백분율 점수에서 10%를 뺀다. 나머지 90개 잔기가 완벽하게 일치하는 경우 최종 동일성 백분율은 90%가 된다. 또 다른 예에서, 90개 잔기의 대상 서열을 100개 잔기의 질의 서열과 비교한다. 이번에는 결실이 내부 결실이므로 대상 서열의 N-말단 또는 C-말단에는 질의와 일치/정렬되지 않는 잔기가 없다. 이 경우 FASTDB에서 계산된 동일성 백분율은 수동으로 수정되지 않는다. 다시 한 번, FASTDB 정렬에 표시되는 대상 서열의 N-말단 및 C-말단 단부 외부에 있는 잔기 위치(질의 서열과 일치/정렬되지 않음)만 수동으로 수정된다.
모든 상이한 OTN 위치를 평가하기 위해 DUX4 유전자 chr4:190,173,774~190,185,942에 걸쳐 참조 서열에서 1 bp 슬라이딩을 사용하여 15 bp, 16 bp, 17 bp, 18 bp, 19 및 20 bp 크기의 창을 생성했다. 각 창에 대해 참조의 역보체(안티센스) 서열도 보고되었으므로 OTN 설계에 직접 사용할 수 있다. 모든 샘플의 RNA-Seq BAM 파일을 Pysamstats v1.1.2 도구 https://github.com/alimanfoo/pysamstats를 사용하여 단일 BAM 파일로 병합하였으며, 사용자 정의 Python 스크립트를 사용하여 병합된 BAM 파일에서 각 게놈 위치에서의 참조 염기 빈도 및 리드 정도를 얻었다. 평균 커버리지는 창의 각 염기를 커버하는 평균 리드 개수로 정의되었다. 보존 수준이 가장 낮은 염기를 나타내는 각 OTN 창에 대해 최소 보존 점수를 계산하였다. 가장 가까운 이웃 모델을 사용하여 기본 매개변수를 사용하여 Primer3 v2.4.0 R 도구(39)를 사용하여 생성된 OTN/표적 RNA 이중체에 대한 평균 용융 온도(Tm)를 계산하였다. 두 가지 용융 온도(TM) 값을 SantaLucia 1998(40) 및 Owczarzy et al. 2004 (41)이 정의한 상이한 염 수정 식을 기반으로 보고하였다. 그런 다음 이 데이터를 DUX4 15~20 bp 길이의 OTN 및 OTN 결합 부위에 대해 필터링했는데, 평균 범위는 >50, 최소 보존률은 연구의 개체 중 >85%, 평균 TM은 45~65℃였다. DNA 형태로 표시되는 모든 결과 OTN 서열 및 쌍을 이루는 DUX4 표적 부위 서열은 서열번호 1 내지 2X,XXX를 포함하는 서열 목록 파일로 제출된다. 이들은 DUX4 매개 장애를 치료하기 위해 OTN을 개발하려는 임의의 노력에 대해 귀중한 자원을 대표하므로 본 발명자들은 이들을 본 개시내용에 포함시켰다. 이러한 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 화학적으로 변형된 경우 또는 화학적으로 변형되지 않은 경우 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나와 적어도 90%의 서열 동일성을 가질 수 있다. 특정 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나의 올리고뉴클레오티드와 적어도 약 80%의 서열 동일성을 포함할 수 있다. 예를 들어, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나의 올리고뉴클레오티드와 적어도 약 90%의 서열 동일성을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나의 올리고뉴클레오티드와 약 80% 내지 100%의 서열 동일성을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나의 올리고뉴클레오티드와 약 85% 내지 100%의 서열 동일성을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나의 적어도 약 10개의 인접한 염기와 적어도 80%의 서열 동일성을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나의 적어도 약 10개의 인접한 염기와 적어도 85%의 서열 동일성을 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나 또는 이들의 임의의 조합과 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 동일성을 포함할 수 있다.
또한 분석을 통해 화학적 변형이 없는 것(서열번호 41,923 내지 41,982)과 화학적 변형이 있는 것(서열번호 41,983 내지 42,115)(모두 DNA 형태로 표시됨)으로 표 2에 제시된 바와 같이 다수의 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드를 생성하는 능력을 제공하였다. 화학적으로 변형된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 관련하여, 표 2에 제시된 바와 같이, {N}은 LNA일 수 있고; [N]은 BNA일 수 있으며; (N)은 2'-메틸옥시에틸 변형 우라실, 구아닌, 아데닌 또는 시토신일 수 있으며; *는 포스포티오네이트 변형 백본일 수 있으며; mp는 메틸포스포네이트 변형 백본일 수 있으며; 아미노 C6-는 5' 아미노-탄소 6 사슬일 수 있다. 또한, 표 2에 제시된 특정 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 xml 파일에도 제출된 표 3에 제시된 바와 같이 표적 DUX4 mRNA의 다수의 하위 서열과 상호작용할 수 있었다. 또한, 화학적으로 변형된 임의의 올리고뉴클레오티드는 활성을 유지하면서 표에 표시되지 않더라도 5' 아미노-탄소 6 사슬로 합성될 수 있다. 추가 표적화된 RNA는 변형되지 않은 올리고뉴클레오티드 서열 옆에만 나열되며, 여전히 해당 서열에 의해 표적화되더라도 동일한 서열의 화학적으로 변형된 버전에 대해서는 반복되지 않는다.
추가적인 질환 관련 RNA와 혼성화되는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드
올리고 서열 (5'-3') 서열번호 추가적인 표적화된 RNA 서열번호
AS-DX-001 GCCATCGCGGGTAGCC 41923
AS-DX-002 TGTCGGGAGGGCCATC 23534 42274; 42482; 42169; 42566
AS-DX-003 TCCAAACGAGTCTCCG 41924 42885
AS-DX-004 GATTCTGAAACCAGAT 41925 42331; 42600
AS-DX-005 GCGGGCGCCCTGCCAC 41926 42178; 42790; 42711; 42539; 42406; 42161; 42507; 42817; 42196; 42390; 42563; 42167; 42504; 42426; 42464
AS-DX-006 TCATCCAGCAGCAGGC 41927 42694; 42734; 42493; 42284; 42481; 42636; 42352; 42705; 42147; 42235; 42775; 42219; 42752; 42633; 42758; 42166; 42559; 42733; 42651; 42413; 42581; 42479; 42827; 42595; 42365; 42260; 42230; 42866; 42144; 42725; 42143; 42678; 42362; 42172; 42206; 42173; 42884; 42832; 42141; 42480; 42590; 42151; 42168; 42236; 42321; 42248; 42586; 42767; 42485
AS-DX-007 TAGCCAGCCAGGTGTT 23789 42287; 42359; 42577; 42157; 42728; 42856; 42848; 42443; 42524; 42202
AS-DX-008 CAGCGTCGGAAGGTGG 23942 42154; 42244; 42676
AS-DX-009 TAGACAGCGTCGGAAG 23946
AS-DX-010 ATAGGATCCACAGGGA 23981 42214; 42806; 42215; 42432; 42813; 42412; 42392; 42502
AS-DX-011 TCTATAGGATCCACAG 41928 42689
AS-DX-012 GCACTAATCATCCAGG 25364 42841; 42774; 42176; 42746
AS-DX-014 CAGCGTCGGAAGGTG 21509 42429; 42210; 42619; 42617; 42153; 42242; 42675
AS-DX-015 CCTAGACAGCGTCGGAAGGT 38051
AS-DX-018 ATAGGATCCACAGGGAGG 30389 42760; 42492
AS-DX-019 CGGCTCTGGGATCCCCGG 41929 42310; 42826; 42744
AS-DX-020 GCAGTTCTCCGCGGAG 41930 42290; 42707; 42250; 42343; 42171; 42148
AS-DX-021 GGGGCGGAGACACGCCC 41931 42295; 42648; 42715; 42717
AS-DX-022 AGAAGGCAGGAATCCCAG 30245 42688; 42687; 42685; 42686; 42307; 42592; 42275; 42584; 42663; 42188
AS-DX-023 GCAGGAATCCCAGGCCGG 41932 42386; 42306; 42421
AS-DX-024 CTCCGCGGAGTGGAGT 41933 42289; 42149; 42878; 42783; 42661; 42423
AS-DX-025 GGAGTCTCTCACCGGGCC 41934 42308
AS-DX-026 AGAGGCCAGCGAGCTCCC 41935 42221; 42329; 42773; 42197; 42621
AS-DX-027 GGCTCTGGGATCCCCGGG 41936 42309; 42454; 42824; 42743; 42763
AS-DX-028 CAGAGAGGCCAGCGAGCT 30302 42811; 42672; 42330; 42340; 42175; 42371
AS-DX-029 GACAGCGTCGGAAGGTGG 30341
AS-DX-030 GTAACTCTAATCCAGGTT 30365
AS-DX-031 GACATTCAGCCAGAAT 23921 42401; 42703; 42770; 42568; 42508; 42328; 42450
AS-DX-032 ACAAGGGCACAGAGAGGC 30310 42868; 42254; 42194; 42554
AS-DX-033 GAGCTCCCTTGCACGTCA 41937
AS-DX-034 CCGTCCAACCCCGCGTC 41938
AS-DX-035 CCTAAAGCTCCTCCAGCA 30205 42253; 42302; 42536
AS-DX-036 GCGAGGCGGCCTCTTCCG 41939 42297
AS-DX-037 GCCTCCAGCTCCCCCGGG 41940 42296; 42793; 42472; 42785; 42348; 42189; 42673; 42227; 42203; 42851; 42198
AS-DX-038 GGTGTCGGGAGGGCCAT 41941 42483; 42589; 42394
AS-DX-039 GCCTCAGCTGGCGTGA 23626 42797; 42666; 42427; 42357; 42660; 42653; 42858; 42531
AS-DX-040 CTGGGCCAGCCGTTCTCT 41942 42370
AS-DX-041 GGGCCAGCCGTTCTCTGG 41943 42269
AS-DX-042 GCTCCGGAATGCCGAT 41944 42538; 42548
AS-DX-043 CAATTTCAGGCTTTTTCT 30435
AS-DX-044 TGCCTACAGAAGGCTTTG 31124
AS-DX-045 ATCTCTGCACTCATCACA 30402 42276
AS-DX-046 CTGATCACCGAAGTTCTG 41945
AS-DX-048 CCAGGAGATGTAACTCTA 30368 42761; 42518
AS-DX-049 GAAAGAGAGGCCACCGCC 30221 42303
AS-DX-050 GTAGCCAGCCAGGTGTTC 41946 42304; 42579; 42778; 42490
AS-DX-051 GCCCCTCCGTAGCCAGCC 41947 42305; 42265; 42762; 42231
AS-DX-052 TGCTGTCCGAGGGTGTCG 30092
AS-DX-053 AGGGGTGCTTCCAGCGAG 30179 42298; 42342
AS-DX-054 TTCTTCCTCGCTGAGGGG 30183 42299; 42894
AS-DX-055 CGGTATTCTTCCTCGCTG 30188 42300; 42789
AS-DX-056 TCCTCCAGCAGAGCCCGG 41948 42301; 42588; 42140; 42842; 42810; 42614
AS-DX-057 CCTGGGCCGGCTCTGGGA 41949 42311; 42540; 42545; 42513
AS-DX-058 TGCTGGTACCTGGGCCGG 41950 42312; 42350
AS-DX-059 TCTATAGGATCCACAGGG 30392
AS-DX-060 GGGCATTTTAATATATCTCTGAACT 41951
AS-DX-061 TATCTTCTGAACTAATCATCCA 41952
AS-DX-062 CAGGAGATGTAACTCTAATCCAG 41953
AS-DX-063 CTCTCACCGGGCCTAGACCTAGAAG 41954
AS-DX-064 TGCGCACTGCGCGCAGGTCTAGCCA 41955
AS-DX-065 ACTGCGCGCAGGTCTAGCCAGGAAG 41956
AS-DX-066 CGGGGTGCGCACTGCGCGCAGGTCT 41957
AS-DX-067 TGCGCACTGCGCGCAGGTCTAGCCAGGAAG 41958
AS-DX-068 ACTGCGCGCAGGTCTAGCCAGGAAGCGGGC 41959
AS-DX-069 ACCCGACCCCGTCCCAACCCCGCGT 41960
AS-DX-070 TGGGCTGGTGGAGAGGCAG 41961 42521; 42185; 42246; 42313; 42765; 42186; 42658; 42434; 42505; 42501; 42551; 42478; 42320; 42821; 42585; 42809; 42187; 42745; 42356; 42456; 42247; 42256; 42615; 42682; 42668; 42451; 42835; 42557; 42662; 42691; 42537; 42820; 42861; 42876; 42611; 42634; 42748; 42530
AS-DX-071 TTCCTCTCTCCATCTCTGC 41962
AS-DX-072 TTGTCCCGGAGGAAACCGC 41963
AS-DX-073 AATCACGCCTCCGTCGTCC 41964
AS-DX-074 TTCCCTGCATGTTTCCGGGTGCCCG 41965
AS-DX-075 CTTCCCTGCATGTTTCCGG 41966
AS-DX-076 TGTGGCTCTCGTTCATTTC 41967
AS-DX-077 CTCCGTGGGAGTCTTGAGTGTGCCA 41968
AS-DX-078 TGGAACTGAACCTCCGTGG 41969
AS-DX-079 TGGTGGTGGTGGTGGTGGT 41970
AS-DX-080 CACCCCTTCATGAATGGCGCC 41971
AS-DX-081 ACAGGCTCCACCCCTTCATG 41972
AS-DX-082 TTCCGCTCAAAGCAGGCCTC 41973
AS-DX-083 AAAGCGATCCTTCTCAAAGGCTCGG 41974
AS-DX-084 CCTGCGCGGGCGCCCTGCCGC 41975
AS-DX-085 TATCTCTGAACTAATCATC 41976
AS-DX-086 AGCGCCTGGCGGCGGAACGCAGACC 41977
AS-DX-087 ATCTCTGCCCGCCTTCCCTCCCGCC 41978
AS-DX-088 AAACCAGATCTGAATCCTGGAC 41979
AS-DX-089 TTTCTAGGAGAGGTTGCGCCTG 41980
AS-DX-090 AGCGTCGGAAGGTGG 21508 42228; 42428; 42495; 42332; 42462; 42420; 42152; 42241; 42860; 42674
AS-DX-091 AGATCCCCTCTGCC 41981
AS-DX-094 ACAGCGTCGGAAGGTG 23943 42620; 42618; 42677
AS-DX-095 GACAGCGTCGGAAGGT 23944 42596
AS-DX-096 AGACAGCGTCGGAAGG 23945
AS-DX-097 CCTAGACAGCGTCGGAAGGTAG 41982
AS-DX-098 CAGGAATCCCAGGCCG 41983 42875; 42288; 42460; 42572; 42608; 42833; 42630; 42437; 42262; 42598; 42338; 42323
AS-DX-099 CAGGAATCCCAGGCC 21371 42389; 42874; 42280; 42207; 42459; 42318; 42637; 42327; 42607; 42533; 42560; 42251; 42799; 42881; 42629; 42436; 42532; 42337; 42553; 42739; 42322; 42571; 42155
AS-DX-100 CGGCTCTGGGATCCCCGGGA 41984 42316
AS-DX-101 GGCTCTGGGATCCCCG 41985 42655; 42291; 42453; 42425; 42837; 42681; 42731; 42679; 42801; 42823; 42335; 42603; 42218; 42825; 42379; 42604; 42610; 42742; 42385; 42486
AS-DX-102 GGCTCTGGGATCCCC 41986 42654; 42282; 42520; 42452; 42836; 42680; 42730; 42461; 42510; 42587; 42800; 42822; 42334; 42580; 42602; 42258; 42529; 42474; 42270; 42264; 42351; 42766; 42764; 42399; 42377; 42609; 42622; 42718; 42484
AS-DX-104 TAGACAGCGTCGGAAGGTGG 38049 42732; 42333; 42245; 42564; 42339; 42419
AS-DX-105 GAGCTCCCTTGCACGTCAGC 41987
AS-DX-106 AGCTCCCTTGCACGTC 23896 42447; 42830
AS-DX-107 GAGCTCCCTTGCACGT 23897 42448; 42494; 42180; 42388; 42150
AS-DX-108 GAGCTCCCTTGCACG 21469 42445; 42782; 42852; 42867; 42179; 42387; 42569; 42525; 42380; 42383
AS-DX-109 CGTAGCCAGCCAGGTGTTCC 41988 42314
AS-DX-111 TAGCCAGCCAGGTGT 21339 42565; 42854; 42279; 42819; 42528; 42358; 42719; 42326; 42818; 42403; 42576; 42794; 42628; 42156; 42407; 42416; 42727; 42366; 42798; 42855; 42871; 42641; 42325; 42415; 42888; 42847; 42164; 42408; 42142; 42205; 42638; 42526; 42442; 42729; 42523; 42201; 42575
AS-DX-112 CTTCTATAGGATCCACAGGG 38106 42594
AS-DX-113 ATGCCCAGGAAAGAATGGCA 41989
AS-DX-114 CAAAGACAGACAGAGGTA 41990 42704; 42768; 42240; 42163; 42441
AS-DX-116 GTCCTAAAGCTCCTCCA 26770 42294; 42623; 42336; 42803; 42431; 42583; 42750
AS-DX-117 TCCTAAAGCTCCTCCAG 26769 42293; 42162; 42535; 42780; 42467; 42430; 42582; 42183; 42208
AS-DX-118 GGGATGCCTTGCATCTG 26720 42292; 42578; 42324; 42349; 42395
AS-DX-119 GAAACCAGATCTGAATC 41991 42368; 42547; 42400
AS-DX-120 GGGTCCAAACGAGTCTC 41992 42542; 42268; 42747
AS-DX-121 GCTGCAGAAACTCCGG 41993 42285; 42519; 42190; 42723; 42319; 42192; 42616
AS-DX-122 TGTTCCCCGCGAAAGA 23783 42286; 42220
AS-DX-123 GTGACATATCTCTGCA 23998 42807; 42804; 42409
AS-DX-124 CATATCTCTGCACTCA 23994 42740; 42229; 42889; 42652
AS-DX-125 GACATATCTCTGCACT 23996 42373; 42487; 42139
AS-DX-126 GGGGTCCAAACGAGTC 41994 42466; 42541; 42438; 42165; 42266; 42522
AS-DX-127 TACAGGGGATATTGTG 41995 42708; 42457; 42828
AS-DX-128 AGCAGGGCGGTCTGG 41996 42814; 42211; 42515; 42701; 42381; 42422; 42642; 42497; 42665; 42839; 42639; 42859; 42720; 42831; 42690; 42433; 42702; 42375; 42272; 42781
AS-DX-129 AGCTGCCCCGGCTTG 41997 42864; 42517; 42277; 42791; 42367; 42751; 42237; 42612; 42393; 42439; 42382; 42862; 42458; 42887; 42863; 42573; 42417; 42396; 42667; 42543; 42405; 42613; 42391; 42722; 42670; 42372; 42170
AS-DX-130 CCCAGGAAAGAAAGG 41998 42659; 42815; 42281; 42212; 42769; 42374; 42599; 42354; 42880; 42632; 42700; 42200; 42886; 42656; 42753; 42857; 42488; 42759; 42625; 42273; 42344; 42816; 42204
AS-DX-131 GGTGAGCCCCGGCCGG 41999 42754; 42812; 42402; 42506; 42222; 42404; 42471; 42341; 42145; 42469; 42850; 42556; 42883; 42840; 42756; 42873; 42195; 42893; 42671
AS-DX-132 GCAGACCAGGGCGCC 42000 42435; 42278; 42411; 42792; 42749; 42591; 42397; 42737; 42199; 42721; 42193; 42347; 42870; 42346; 42552; 42424; 42500; 42364; 42259; 42146; 42624; 42779; 42473; 42263; 42738; 42360; 42355; 42626; 42503; 42414; 42217; 42475; 42890; 42605; 42845; 42555; 42834; 42440; 42788; 42376; 42879; 42697; 42249; 42786; 42261; 42849
AS-DX-133 CCTGGGCCGGCTCTG 42001 42516; 42699; 42891; 42664; 42213; 42283; 42574; 42239; 42398; 42713; 42544; 42838; 42224; 42511; 42514; 42477; 42378; 42877; 42882; 42706; 42496; 42561; 42698; 42449; 42787; 42635; 42512; 42191; 42209; 42363; 42361; 42683; 42869; 42692; 42550; 42892; 42232
AS-DX-134 AGAAGGCAGGAATCCCAGGC 37973 42315
AS-DX-135 CGGGTGCCTGGCCCTTC 42002 42772; 42795; 42509; 42796; 42468; 42865; 42716; 42606; 42418
AS-DX-136 CCAGCTCCTCCCGGGC 42003 42724; 42736; 42696; 42695; 42177; 42498; 42712; 42465; 42225; 42234; 42646; 42643; 42345; 42843; 42741; 42567; 42714; 42238; 42872; 42353; 42784; 42647; 42649; 42601; 42223; 42369; 42755; 42657; 42562; 42257; 42463; 42455; 42627; 42771; 42645; 42777; 42846; 42158; 42226; 42255; 42243; 42159; 42776; 42499; 42593; 42631; 42644; 42470; 42735; 42489; 42233; 42640; 42597; 42384; 42491; 42710; 42669; 42252; 42527; 42549; 42267; 42476; 42684; 42216; 42174; 42184; 42853; 42693; 42271; 42709
AS-DX-137 TTGTGACATATCTCTGCA 30411 42808; 42805; 42410; 42844
AS-DX-138 CTCCCTTGCACGTCA 21466 42444; 42160; 42317; 42726; 42757
AS-DX-139 GCTCCCTTGCACGTCA 23895 42446; 42181; 42829; 42570
AS-DX-140 AGCTCCCTTGCACGTCA 26881 42182
AS-DX-141 CGAGCTCCCTTGCACGTCAG 42004
AS-DX-142 AAGCGATCCTTCTCAA 42005 42650; 42546; 42534; 42558; 42802
AS-DX-001-1 {G}*{C}*c*a*t*c*g*c*g*g*g*t*a*g*{C}*{C} 42006
AS-DX-001-2 아미노 C6-{G}*{C}*c*a*t*c*g*c*g*g*g*t*a*g*{C}*{C} 42007
AS-DX-002-1 {T}*{G}*t*c*g*g*g*a*g*g*g*c*c*a*{T}*{C} 42008
AS-DX-002-2 아미노 C6-{T}{G}t*5mec*g*g*g*a*g*g*g*5mec*5mec*a{T}{C} 42009
AS-DX-002-3 아미노 C6-{T}mp{G}t*c*g*g*g*a*g*g*g*c*c*a{T}mp{C} 42010
AS-DX-002-4 아미노 C6-[T]*[G]*t*c*g*g*g*a*g*g*g*c*c*a*[T]*[C] 42011
AS-DX-003-1 {T}*{C}*c*a*a*a*c*g*a*g*t*c*t*c*{C}*{G} 42012
AS-DX-003-2 아미노 C6-{T}*{C}*c*a*a*a*c*g*a*g*t*c*t*c*{C}*{G} 42013
AS-DX-004-1 {G}*{A}*t*t*c*t*g*a*a*a*c*c*a*g*{A}*{T} 42014
AS-DX-004-2 아미노 C6-{G}*{A}*t*t*c*t*g*a*a*a*c*c*a*g*{A}*{T} 42015
AS-DX-005-1 {G}*{C}*g*g*g*c*g*c*c*c*t*g*c*c*{A}*{C} 42016
AS-DX-005-2 아미노 C6-{G}*{C}*g*g*g*c*g*c*c*c*t*g*c*c*{A}*{C} 42017
AS-DX-006-1 {T}*{C}*a*t*c*c*a*g*c*a*g*c*a*g*{G}*{C} 42018
AS-DX-006-2 아미노 C6-{T}*{C}*a*t*c*c*a*g*c*a*g*c*a*g*{G}*{C} 42019
AS-DX-007-1 {T}*{A}*g*c*c*a*g*c*c*a*g*g*t*g*{T}*{T} 42020
AS-DX-007-2 아미노 C6-{T}*{A}*g*c*c*a*g*c*c*a*g*g*t*g*{T}*{T} 42021
AS-DX-007-3 {T}*mA*{G}*c*c*a*g*c*c*a*g*g*t*{G}*mU*{T} 42022
AS-DX-008-1 {C}*{A}*g*c*g*t*c*g*g*a*a*g*g*t*{G}*{G} 42023
AS-DX-008-2 아미노 C6-{C}*{A}*g*c*g*t*c*g*g*a*a*g*g*t*{G}*{G} 42024
AS-DX-009-1 {T}*{A}*g*a*c*a*g*c*g*t*c*g*g*a*{A}*{G} 42025
AS-DX-009-2 아미노 C6-{T}*{A}*g*a*c*a*g*c*g*t*c*g*g*a*{A}*{G} 42026
AS-DX-010-1 {A}*{T}*a*g*g*a*t*c*c*a*c*a*g*g*{G}*{A} 42027
AS-DX-010-2 아미노 C6-{A}*{T}*a*g*g*a*t*c*c*a*c*a*g*g*{G}*{A} 42028
AS-DX-010-3 아미노 C6-[A]*[T]*a*g*g*a*t*c*c*a*c*a*g*g*[G]*[A] 42029
AS-DX-011-1 {T}*{C}*t*a*t*a*g*g*a*t*c*c*a*c*{A}*{G} 42030
AS-DX-011-2 아미노 C6-{T}*{C}*t*a*t*a*g*g*a*t*c*c*a*c*{A}*{G} 42031
AS-DX-012-1 {G}*{C}*a*c*t*a*a*t*c*a*t*c*c*a*{G}*{G} 42032
AS-DX-012-2 아미노 C6-{G}*{C}*a*c*t*a*a*t*c*a*t*c*c*a*{G}*{G} 42033
AS-DX-014-1 {C}*{A}*{G}*c*g*t*c*g*g*a*a*g*{G}*{T}*{G} 42034
AS-DX-014-2 아미노 C6-{C}*{A}*{G}*c*g*t*c*g*g*a*a*g*{G}*{T}*{G} 42035
AS-DX-015-1 (C)*(C)*(T)*(A)*(G)*a*c*a*g*c*g*t*c*g*g*(A)*(A)*(G)*(G)*(T) 42036
AS-DX-015-2 아미노 C6-(C)*(C)*(T)*(A)*(G)*a*c*a*g*c*g*t*c*g*g*(A)*(A)*(G)*(G)*(T) 42037
AS-DX-015-3 {C}*{C}*t*{A}*g*a*c*a*g*c*g*t*c*g*{G}*{A}*a*g*{G}*{T} 42038
AS-DX-018-1 {A}*{T}*{A}*g*g*a*t*c*c*a*c*a*g*g*g*{A}*{G}*{G} 42039
AS-DX-018-2 {A}*{T}*a*g*g*a*t*c*c*a*c*a*g*g*{G}*a*{G}*{G} 42040
AS-DX-019-1 {C}*{G}*{G}*c*t*c*t*g*g*g*a*t*c*c*c*{C}*{G}*{G} 42041
AS-DX-021-1 {G}*{G}*{G}*g*c*g*g*a*g*a*c*a*c*g*{C}*{C}*{C} 42042
AS-DX-022-1 {A}*{G}*{A}*a*g*g*c*a*g*g*a*a*t*c*c*{C}*{A}*{G} 42043
AS-DX-023-1 {G}*{C}*{A}*g*g*a*a*t*c*c*c*a*g*g*c*{C}*{G}*{G} 42044
AS-DX-023-2 {G}*{C}*a*{G}*g*a*a*t*c*c*c*a*g*g*c*c*mG*{G} 42045
AS-DX-023-3 {G}*{C}*mA*g*g*a*a*t*c*c*c*a*g*g*c*{C}*mG*{G} 42046
AS-DX-025-1 {G}*{G}*{A}*g*t*c*t*c*t*c*a*c*c*g*g*{G}*{C}*{C} 42047
AS-DX-026-1 {A}*{G}*{A}*g*g*c*c*a*g*c*g*a*g*c*t*{C}*{C}*{C} 42048
AS-DX-027-1 {G}*{G}*{C}*t*c*t*g*g*g*a*t*c*c*c*c*{G}*{G}*{G} 42049
AS-DX-027-2 {G}*mG*c*{T}*c*t*g*g*g*a*t*c*c*c*c*g*{G}*{G} 42050
AS-DX-027-3 {G}*mG*{C}*t*c*t*g*g*g*a*t*c*c*c*c*mG*mG*{G} 42051
AS-DX-027-4 {G}{G}{C}*t*c*t*g*g*g*a*t*c*c*c*c*{G}{G}{G} 42052
AS-DX-028-1 {C}*{A}*{G}*a*g*a*g*g*c*c*a*g*c*g*a*{G}*{C}*{T} 42053
AS-DX-029-1 {G}*{A}*{C}*a*g*c*g*t*c*g*g*a*a*g*g*{T}*{G}*{G} 42054
AS-DX-029-2 아미노 C6-{G}*{A}*{C}*a*g*5mec*g*t*5mec*g*g*a*a*g*g*{T}*{G}*{G} 42055
AS-DX-030-1 {G}*{T}*{A}*a*c*t*c*t*a*a*t*c*c*a*g*{G}*{T}*{T} 42056
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AS-DX-032-1 {A}*{C}*{A}*a*g*g*g*c*a*c*a*g*a*g*a*{G}*{G}*{C} 42058
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AS-DX-033-4 {G}*{A}*g*{C}*{T}*c*c*c*t*t*g*c*a*c*g*t*mC*{A} 42062
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AS-DX-036-1 {G}*{C}*{G}*a*g*g*c*g*g*c*c*t*c*t*t*{C}*{C}*{G} 42065
AS-DX-037-1 {G}*{C}*{C}*t*c*c*a*g*c*t*c*c*c*c*c*{G}*{G}*{G} 42066
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AS-DX-041-1 {G}*{G}*{G}*c*c*a*g*c*c*g*t*t*c*t*c*{T}*{G}*{G} 42069
AS-DX-043-1 {C}*{A}*a*t*t*t*c*a*g*g*c*t*t*t*{T}*t*{C}*{T} 42070
AS-DX-044-1 {T}*{G}*{C}*c*t*a*c*a*g*a*a*g*g*c*t*{T}*{T}*{G} 42071
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AS-DX-045-2 {A}*mU*{C}*t*c*t*g*c*a*c*t*c*a*t*c*{A}*mC*{A} 42073
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AS-DX-048-1 {C}*{C}*a*g*g*a*g*a*t*g*t*a*a*c*{T}*c*{T}*{A} 42075
AS-DX-049-1 {G}*{A}*{A}*a*g*a*g*a*g*g*c*c*a*c*c*{G}*{C}*{C} 42076
AS-DX-050-1 {G}*{T}*{A}*g*c*c*a*g*c*c*a*g*g*t*g*{T}*{T}*{C} 42077
AS-DX-050-2 {G}*mU*{A}*g*c*c*a*g*c*c*a*g*g*t*g*mU*{T}*{C} 42078
AS-DX-050-3 {G}*mU*a*g*c*c*a*g*c*c*a*g*g*t*mG*t*{T}*{C} 42079
AS-DX-050-4 {G}{T}{A}*g*c*c*a*g*c*c*a*g*g*t*g*{T}{T}{C} 42080
AS-DX-051-1 {G}*{C}*{C}*c*c*t*c*c*g*t*a*g*c*c*a*{G}*{C}*{C} 42081
AS-DX-052-1 {T}*{G}*{C}*t*g*t*c*c*g*a*g*g*g*t*g*{T}*{C}*{G} 42082
AS-DX-053-1 {A}*{G}*{G}*g*g*t*g*c*t*t*c*c*a*g*c*{G}*{A}*{G} 42083
AS-DX-054-1 {T}*{T}*{C}*t*t*c*c*t*c*g*c*t*g*a*g*{G}*{G}*{G} 42084
AS-DX-055-1 {C}*{G}*{G}*t*a*t*t*c*t*t*c*c*t*c*g*{C}*{T}*{G} 42085
AS-DX-056-1 {T}*{C}*{C}*t*c*c*a*g*c*a*g*a*g*c*c*{C}*{G}*{G} 42086
AS-DX-057-1 {C}*{C}*{T}*g*g*g*c*c*g*g*c*t*c*t*g*{G}*{G}*{A} 42087
AS-DX-058-1 {T}*{G}*{C}*t*g*g*t*a*c*c*t*g*g*g*c*{C}*{G}*{G} 42088
AS-DX-059-1 {T}*{C}*{T}*a*t*a*g*g*a*t*c*c*a*c*a*{G}*{G}*{G} 42089
AS-DX-059-2 {T}*{C}*t*{A}*t*a*g*g*a*t*c*c*a*c*a*g*{G}*{G} 42090
AS-DX-059-3 [아미노 C6-]{T}*{C}*{T}*a*t*a*g*g*a*t*c*c*a*c*a*{G}*{G}*{G} 42091
AS-DX-094-1 {A}*mC*{A}*g*c*g*t*c*g*g*a*a*g*{G}*mU*{G} 42092
AS-DX-098-1 {C}*mA*{G}*g*a*a*t*c*c*c*a*g*g*{C}*mC*{G} 42093
AS-DX-099-1 {C}*mA*{G}*g*a*a*t*c*c*c*a*g*{G}*mC*{C} 42094
AS-DX-100-1 {C}*mG*g*{C}*t*c*t*g*g*g*a*t*c*c*{C}*{C}*g*g*{G}*{A} 42095
AS-DX-101-1 {G}*{G}*c*t*c*t*g*g*g*a*t*c*c*mC*mC*{G} 42096
AS-DX-102-1 {G}*{G}*c*t*c*t*g*g*g*a*t*c*mC*mC*{C} 42097
AS-DX-104-1 {T}{A}*g*{A}*c*a*g*c*g*t*c*g*g*a*a*{G}*{G}*t*{G}*{G} 42098
AS-DX-105-1 {G}*mA*{G}*c*t*c*c*c*t*t*g*c*a*c*g*{T}*{C}*a*{G}*{C} 42099
AS-DX-106-1 {A}*mG*{C}*t*c*c*c*t*t*g*c*a*c*{G}*mU*{C} 42100
AS-DX-106-2 {A}*{G}*c*t*c*c*c*t*t*g*c*a*c*g*{T}*{C} 42101
AS-DX-107-1 {G}*mA*{G}*c*t*c*c*c*t*t*g*c*a*{C}*mG*{T} 42102
AS-DX-108-1 {G}*mA*{G}*c*t*c*c*c*t*t*g*c*{A}*mC*{G} 42103
AS-DX-109-1 {C}*{G}*t*{A}*g*c*c*a*g*c*c*a*g*g*{T}*mG*t*t*{C}*{C} 42104
AS-DX-111-1 {T}*mA*{G}*c*c*a*g*c*c*a*g*g*{T}*mG*{T} 42105
AS-DX-112-1 {C}*{T}*t*c*{T}*{A}*t*a*g*g*a*t*c*c*a*c*a*{G}*{G}*{G} 42106
AS-DX-112-2 (T)*(T)*(C)*(T)*a*t*a*g*g*a*t*c*c*a*c*a*(G)*(G)*(G)*(C) 42107
AS-DX-113-1 {A}*{T}*g*c*c*c*a*g*g*a*a*a*g*a*{A}*mU*g*g*{C}*{A} 42108
AS-DX-114-1 {C}*mA*{A}*a*g*a*c*a*g*a*c*a*g*a*{G}*G*{T}*{A} 42109
AS-DX-116-1 {G}*mU*c*{C}*t*a*a*a*g*c*t*c*c*t*mC*{C}*{A} 42110
AS-DX-117-1 t*{C}*c*t*a*a*a*g*c*t*c*c*t*c*{C}*mA*{G} 42111
AS-DX-118-1 {G}*{G}*g*{A}*{T}*g*c*c*t*t*g*c*a*t*c*{T}*{G} 42112
AS-DX-119-1 {G}*{A}*{A}*a*c*c*a*g*a*t*c*t*g*{A}*a*{T}*{C} 42113
AS-DX-120-1 {G}*{G}*{G}*t*c*c*a*a*a*c*g*a*g*{T}*c*{T}*{C} 42114
AS-DX-121-1 {G}*mC*{T}*g*c*a*g*a*a*a*c*t*c*{C}*mG*{G} 42115
AS-DX-122-1 {T}*mG*{T}*t*c*c*c*c*g*c*g*a*a*{A}*{G}*{A} 42116
AS-DX-123-1 {G}*{T}*{G}*a*c*a*t*a*t*c*t*c*t*{G}*{C}*{A} 42117
AS-DX-124-1 {C}*{A}*mU*a*t*c*t*c*t*g*c*a*c*mU*{C}*{A} 42118
AS-DX-125-1 {G}*{A}*c*a*t*a*t*c*t*c*t*g*{C}*a*{C}*{T} 42119
AS-DX-126-1 {G}*{G}*{G}*g*t*c*c*a*a*a*c*g*a*mG*{T}*{C} 42120
AS-DX-127-1 {T}*mA*{C}*a*g*g*g*g*a*t*a*t*t*{G}*mU*{G} 42121
AS-DX-128-1 {A}*mG*mC*a*g*g*g*c*g*g*t*c*mU*mG*{G} 42122
AS-DX-129-1 {A}*mG*{C}*t*g*c*c*c*c*g*g*c*t*mU*{G} 42123
AS-DX-130-1 {C}*mC*{C}*a*g*g*a*a*a*g*a*a*{A}*mG*{G} 42124
AS-DX-131-1 {G}*{G}*mU*g*a*g*c*c*c*c*g*g*c*c*{G}*{G} 42125
AS-DX-132-1 {G}*{C}*a*g*a*c*c*a*g*g*g*c*g*{C}*{C} 42126
AS-DX-133-1 {C}*{C}*mU*g*g*g*c*c*g*g*c*t*{C}*mU*{G} 42127
AS-DX-133-2 {C}*{C}*t*g*g*g*c*c*g*g*c*t*c*{T}*{G} 42128
AS-DX-134-1 (A)*(G)*(A)*(A)*g*g*c*a*g*g*a*a*t*c*c*c*(A)*(G)*(G)*(C) 42129
AS-DX-134-2 {A}*{G}*{A}*a*g*g*c*a*g*g*a*a*t*c*c*c*mA*{G}*mG*{C} 42130
AS-DX-135-1 {C}*{G}*g*g*t*g*c*c*t*g*g*c*c*mC*t*{T}*{C} 42131
AS-DX-136-1 {C}*{C}*a*g*c*t*c*c*t*c*c*c*g*g*mG*{C} 42132
AS-DX-137-1 {T}*{T}*g*t*g*a*c*a*t*a*t*c*t*c*t*{G}*mC*{A} 42133
AS-DX-138-1 {C}*mU*{C}*c*c*t*t*g*c*a*c*g*{T}*mC*{A} 42134
AS-DX-139-1 {G}*mC{T}*c*c*c*t*t*g*c*a*c*g*{T}*mC*{A} 42135
AS-DX-140-1 {A}*{G}*c*{T}*c*c*c*t*t*g*c*a*c*g*{T}*mC*{A} 42136
AS-DX-141-1 (C)*(G)*(A)*(G)*c*t*c*c*c*t*t*g*c*a*c*g*(T)*(C)*(A)*(G) 42137
AS-DX-142-1 {A}*mA*{G}*c*g*a*t*c*c*t*t*c*t*{C}*mA*{A} 42138
표 2의 가장 오른쪽 열에는 나열된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드에 부분적으로 상보적이지만 다른 유전자좌에서 유래하는 RNA가 있다. 인간 전사체(Human RNA Refseq 릴리스 205, 2021년 3월)에 대한 본 발명자들의 올리고뉴클레오티드 서열을 빠르게 정렬할 수 있는 GGGenome(https://gggenome.dbcls.jp/)의 수정된 스크립트를 사용함. 이 스크립트는 DUX4를 표적화하는 가능한 각 올리고뉴클레오티드에 부분적으로 상보적인 모든 전사체를 식별했는데, 이들은 4개 이하의 불일치, 돌출부, 삽입 또는 삭제를 포함하고, 적어도 7개의 인접 염기 길이의 상보성 영역 2개 또는 적어도 10개의 인접 염기 길이의 1개 영역을 포함한다. 이들 상호작용은 또한 약 40℃ 내지 약 65℃의 예상 TM을 가질 수 있다.
FSHD와 관련이 있고 추가로 표적화에 도움이 될 수 있는 다른 전사체가 무엇인지 이해하기 위해, 본 발명자들은 샘플 처리, 마이크로어레이 및 RNAseq에 의한 전사체 프로파일링, 및 중요한 환자 정보에 대한 엄격한 표준을 사용하여 10개 연구의 데이터베이스를 모아 정리하였다. 본 발명자들은 공개된 데이터 세트 중에서 또는 자체 RNA-seq 분석을 사용하여 FSHD 근육과 대조군 근육에서 일반적으로 상향조절되는 유전자를 식별했다. 흥미롭게도 클러스터는 임상 중증도 점수(즉, 경증, 중등도 또는 중증 질환)와 잘 일치한다. 본 발명자들의 분석을 뒷받침하면서, 도 11에 표시된 것처럼 더 큰 메타 분석에 포함된 샘플의 하위 세트로부터의 유사한 분석을 통해 유사한 결과를 얻었다. 이 분석을 통해 본 발명자들은 각 유전자와 함께 이러한 조절 장애에 대한 뒷받침 증거 및 임의의 관련 임상 상관관계를 유지하면서 FSHD에서 상향조절된 유전자의 데이터베이스를 만들었다. 이 데이터베이스로부터 GO 경로 분석(12)을 활용하여 경로 강화 분석을 수행했다. 상위 상향조절 경로에는 염증 반응 및 기타 면역 조절 경로, 세포 증식, 세포 주기 조절이 포함된다.
추가적인 표적화된 RNA는 상향조절되거나 다르게는 질환과 관련되는 전사체를 나타내며 DUX4 외에도 녹다운에 도움이 될 수 있다.
또한, 추가 유전자의 다수의 mRNA 하위 서열은 FSHD와 관련된다. 예를 들어, AS-DX-007(서열번호 23,789)은 FSHD와 관련된 세 가지 공동 표적, 예를 들어 DBET, MKI67 및 IRF5를 표적화하는 것으로 예상된다. DBET는 D4Z4 반복부의 개방 및 DUX4의 발현과 관련된 비암호화 RNA이다(38). MKI67은 상향조절된 FSHD 근육 조직인 Ki-67 단백질을 암호화하며 근육 섬유 세포 증식 및 손상의 DUX4 유도에 관여할 수 있다. (도 12a). IRF5(인터페론 조절 인자 5)는 여러 염증 신호에 의해 상향조절되는 전사 인자를 암호화하며, TNF와 같은 여러 사이토카인의 발현 및 세포내 인터페론 반응의 유도를 초래한다(도 12b). 이들 유전자(DUX4 자체의 유전자 포함)의 mRNA의 전사체 내의 표적 하위서열은 RNA 형태로 제시된 표 3으로 본원에 제공된다.
유전자 명칭 부위 서열 서열
번호 		유전자 명칭 부위 서열 서열
번호
A4GNT 1 AGTGCAGGATATGTT 42116 LINC00661 1 CAGCCGGGGCAGCA 42494
ABCA7 1 CCTGGCTCTGCTGGAGGA 42117 LINC01275 1 TACAGTCACATCTCCTGG 42495
ABCB1 1 TCCTCCTGCTGGATGA 42118 LINC01602 1 CCGGAGTTTCTGCC 42496
ABCB9 1 ACCCCTGGCTGGCA 42119 LINC01605 1 GGGGATCCCATAACC 42497
ABCB9 2 GCCTGCTGCTGGGA 42120 LINC01615 1 CTGCCTCTCCTCCATCCAA 42498
ABCD2 1 GCCTTGCTGGATGA 42121 LINC02391 1 GCCTGTTTGGACCCC 42499
ABHD15 1 CCCGCCGGGGCTCTCC 42122 LINC02725 1 ACACCTGGCTCCTA 42500
ABHD2 1 GGAGCCTGGTCTGC 42123 LINC02725 2 AACACCTGGCTCCTA 42501
ABTB1 1 GCCCTGCTGGATGA 42124 LINC02802 1 GGGGCAAGGGAGCTC 42502
ACE 1 CACCGCGGAGAATGC 42125 LINC02904 1 AACCTGGCTGGCTT 42503
ACOT6 1 ACTGACTCCGCGGAG 42126 LINGO3 1 GCGCTGGAGGAGCTGG 42504
ACOXL 1 ACATGAAGGGAGCTC 42127 LMF1 1 CCACCTGGCTGGCAA 42505
ACP3 1 GGCTGCTGCTGGATGA 42128 LMX1A 1 AGGGATCCCAGAGTC 42506
ACTL10 1 CCACCTTCCGACT 42129 LOC100507403 1 CTCCCTCTCCACCCCCA 42507
ACTL10 2 CACCTTCCGACTG 42130 LOC101927533 1 TCAGCAGCTGAGGC 42508
ACTL10 3 CCACCTTCCGACTG 42131 LOXL2 1 GGCCTGGGATTCG 42509
ADAM28 1 AGCCTGGGATTACTG 42132 LPIN2 1 GGCCTGGGATCCCTC 42510
ADAM32 1 ACACCTGGCTTCTA 42133 LPIN2 2 TTGAGAAGGATGCTT 42511
ADAM32 2 AACACCTGGCTTCTA 42134 LRP10 1 CAGGAGGAGCTTTAGGG 42512
ADAMTS12 1 GCCCAGAGGAGCTGG 42135 LRP10 2 TCAGGAGGAGCTTTAGG 42513
ADAMTS8 1 GCGCGGGAGGAGCGGG 42136 LRRC8A 1 CTGCCTCTCCACGCACA 42514
ADAMTSL3 1 TGACGTGCAAGCGG 42137 LRRN2 1 CTCGGCATTCCGAAGC 42515
ADCY3 1 GCGGCCGGGCGCCCGC 42138 LRRN2 2 GGGGAGGGCGCCCGC 42516
ADGRA1 1 CTGGAGGAGCTTCAGA 42139 LRRN4 1 TCCCAGACCCGCCCAGG 42517
ADGRA2 1 GACCTCTGCTGTCTTTG 42140 LUZP1 1 GACTGTTTGGACCCA 42518
ADGRD1 1 ACACCTGGCTGCTG 42141 LUZP1 2 GTGACTGTTTGGACCC 42519
ADGRD1 2 GCCTCTTTGGACCCC 42142 LYPD1 1 CAGCCGGGGCAGCC 42520
ADGRE5 1 GCCTTCTGCTGGATGA 42143 LZTS1 1 CAGGCCGGCCCAGA 42521
ADGRL3 1 GCGGCCGGGCGCCCGC 42144 LZTS1 2 TCCCAGGCCGGCCCAGA 42522
ADGRL3 2 GGCTGCTGCTGGAGA 42145 MAB21L4 1 TTGAGAAGGATCCTC 42523
AFAP1L2 1 GAGGCCCTCCCGGCA 42146 MAFB 1 TATTCAGACTGGTTTC 42524
AFF3 1 CAAGCCGGGGAGCG 42147 MAN1C1 1 AACGCATTCCGGAGC 42525
AFF3 2 CCCGCGGAGAACGC 42148 MANSC4 1 GCCCGGGAGGAGCGG 42526
AJUBA 1 GCCTGCTGCTGGACGG 42149 MAP3K12 1 CTGGGCCGGCCCAGG 42527
ALPP 1 GCTGCTGCTGGAGA 42150 MAP3K12 2 CTGGCTCCACCAGCCCA 42528
ANGPTL6 1 GCCCGGGAGGCGCGGG 42151 MAP3K8 1 GGCGCCCTGGTTCC 42529
ANKRD50 1 CGCTCGTGGCCTCTCTG 42152 MAP3K8 2 TGCCTGGGATTCTG 42530
ANKS1B 1 CCTGATGATTAGTGA 42153 MARCHF4 1 TCCTTCTGTGCCCTTGT 42531
ANKS3 1 GCGGGGAGGAGCTGG 42154 MAST3 1 CGCGCCCTGGTCGGC 42532
ANKS3 2 CTGGAGGGCGCCCGC 42155 MAST3 2 CCGGCCGGGGCCGCC 42533
ANTXR2 1 AGTGCAAGGGACTC 42156 MAST3 3 CAGCCTCTCCCCCAGCCCC 42534
ANTXR2 1 AGTGCAAGGGACTC 42157 MAST4 1 TTGAGAAGGATGCTA 42535
ANXA4 1 TGACGTGCAAGAGC 42158 MBD2 1 TCCTGCTGGTGGATGA 42536
ANXA4 2 TGACGTGCAAGAGCT 42159 MCEMP1 1 GGCTGGGATTCCG 42537
APLP1 1 CTGGAGGAGCGTAGGA 42160 MCTP1 1 CAGAGCCGGCGCGG 42538
ARAP1 1 GCCCCGGAGGAGCTGC 42161 MEFV 1 ACCCTGGAGGAGCTGG 42539
ARHGEF34P 1 GTGCTCTCACCAGCCCA 42162 MEG3 1 GGGGCAGGGCGCCCAC 42540
ARHGEF35 1 ATGCTCTCACCAGCCCA 42163 MEG3 2 CCACCTTCCGAGCCTCCA 42541
ARHGEF5 1 GTGCTCTCACCAGCCCA 42164 MEGF11 1 ACTCCTGGCTGGCTG 42542
ARID3C 1 TTTGGATTCCTGCCTTCT 42165 MEGF11 2 GATGGCCCTCCCTAA 42543
ARL5C 1 CCCGGGGGAGCGGAGC 42166 MFHAS1 1 GCCCTGGAGGAGCTGG 42544
ARSJ 1 CCGGAGTTTCTGCGGA 42167 MGAM 1 TTTCTGCTGAATGTC 42545
ASAP1 1 CAGAGCCGGCAAGG 42168 MGAT1 1 CGGGCAAGGGAGCC 42546
ASB7 1 CTGGAGTTTCTGCAC 42169 MGAT1 2 TGCGGGCAAGGGAGC 42547
ASCL5 1 GGCGCCCTGGCTGA 42170 MICALL2 1 GGCCTGGGATTCTC 42548
ASF1B 1 CCCTCTCTGTGCCCTGGT 42171 MICALL2 2 CGGCCTGGGAGCCTG 42549
ASIC2 1 CCGGCCGGGGCCGCC 42172 MINK1 1 CAAGACGGGGCAGCT 42550
ASIC2 2 GGGCGGGCGCCCGC 42173 MIR9-3HG 1 CAGCGCCGGCCCAGC 42551
ASIC2 3 GGGAGCTGCTGGCCCT 42174 MIS18A 1 ACACCTGGCTGGTTC 42552
ATG16L2 1 CTCAGGGGAGCTGGAGGC 42175 MKI67 1 AGACCTGGCTGGCTT 42553
ATL3 1 GGGGCCTGGTCTGC 42176 MKI67 2 AAGACCTGGCTGGCTT 42554
ATP2A3 1 GCTTCTTTCCTGGG 42177 MKI67 3 CAGTTGAAGGCATCCC 42555
ATP8A2 1 ACACCTGGCTGCTA 42178 MKI67 4 GAAGACCTGGCTGGCTTC 42556
ATP8A2 2 CACACCTGGCTGCTA 42179 MMEL1 1 AGGGATCCCAGAGGC 42557
ATP8B2 1 CCCGGGGGAGCGGGGC 42180 MMEL1 2 GCTGCTGCTGGTGA 42558
ATXN7L1 1 CCTTTCTGTCCTGGG 42181 MMRN2 1 CTGGAGGAGCTTTAA 42559
B3GNT3 1 ACCCTGGCTGGCCA 42182 MMRN2 2 TGGAGGAGCTTTAAC 42560
B3GNT3 2 TCCTGCTGCTGGTGA 42183 MRTFA 1 CTGGGATTCCTGCTTGT 42561
BARX1 1 GGCCTGGGATGCCCG 42184 MST1R 1 CTGCCTCTTCTCAGCCCA 42562
BCAS4 1 CTGGAGGAGCATTAGA 42185 MTUS2 1 GCCTGCTGCTGATTA 42563
BCL11A 1 CAGGCCGGCCCAGC 42186 MUC16 1 GGGGATCCCACAGTC 42564
BOC 1 CACCTTCCGAACTG 42187 MX1 1 CAGGGATCTGCTGGAGGA 42565
BTG3-AS1 1 GCAGCCGCCCTGCT 42188 MYEOV 1 ATGGCCCTCCCAACC 42566
C1orf52 1 TCTCTCTTTCCTGGG 42189 MYH10 1 GCGCTGCTGGATGA 42567
C2CD4D-AS1 1 CGGCGCCGGCCCAGG 42190 MYO1F 1 GGGCCCTGGTCTTC 42568
C2CD4D-AS1 2 TCCCTGTGGATTCTCT 42191 MYO1F 2 CTGGGATACTGCCTTCT 42569
C9orf47 1 TCCCTGTGGATTCAT 42192 MYO3A 1 GCCCGGGAGGGGTGG 42570
CA9 1 GCCCGGGAGGCCTGG 42193 MYOCD 1 CCCTGGGTTCCTATAGAAG 42571
CACNA1I 1 GGCGCCCGGGTCTGC 42194 NCCRP1 1 GCTGCTGCTGGAGGA 42572
CADPS2 1 CGGGGATCCCCGAGCA 42195 NCOA7 1 ACCTTCCGACACTTC 42573
CALHM3 1 GCCTGCTGCTGGCTGC 42196 NDN 1 GCCCGAGGAGCTGG 42574
CAMK1D 1 TCTTTCGCGGGGAAGA 42197 NDOR1 1 CGGCCTGGGAGTCTG 42575
CAPN5 1 GGGAGCTGCTGGCCTCA 42198 NEAT1 1 CCCTCCTTTCCTGGG 42576
CBLB 1 CCAGCCGGGGCTCCCC 42199 NEK11 1 ATCTGGTTTCAGAC 42577
CCDC115 1 GACCTGGAGGAGCTGG 42200 NEUROG2 1 GCCCGGGAGGAGCCAG 42578
CCDC160 1 CGGAGCCGGCCCGG 42201 NFATC2 1 GGGGTCCCAGAGCC 42579
CCDC185 1 GCCCCGGAGGAGCTGG 42202 NFATC2 2 AGGGGTCCCAGAGCC 42580
CCDC88C 1 GCTCCGGAGGAGCTGG 42203 NHS 1 CGGGGATCCCGGAGGC 42581
CCDC88C 2 TCCGGAGGAGCTGGAGGC 42204 NIBAN2 1 GGCACCCTGGTCTGT 42582
CCNJL 1 CCACCTTCCGAGCC 42205 NINL 1 GGAGGGCCAGCACCCG 42583
CD101 1 TGAGTGCAGAGTATC 42206 NIPAL4 1 GGCCTGGCATTCCTG 42584
CD93 1 TCCGGCTGCTGGATGA 42207 NIPAL4 2 GGGCCTGGCATTCCTG 42585
CDC14B 1 GGCTGGCTCAGAGGGGC 42208 NLRC5 1 GGGGATCCCACAGCC 42586
CDCA2 1 CAAGCCGGCCCAGC 42209 NLRC5 2 GGGGGATCCCACAGCC 42587
CDK5R2 1 GCCCGGGCGAGCTGG 42210 NOD2 1 CTGCCTCCCACCAGTCTA 42588
CELSR3 1 GCCAGGAGGAGCTGG 42211 NOL4L 1 CAACGGGGCAGCT 42589
CELSR3 2 GTCTGCTGCTGGATGG 42212 NOLC1 1 GAAGCGGGGCAGCT 42590
CENATAC-DT 1 GCCTGCTGCTGATGC 42213 NOS3 1 CAGGGCTCTGCTGGAGCA 42591
CEP170B 1 CAAGCCGGGGACT 42214 NOS3 2 CTGCCTCTGCTCCAGCCCC 42592
CEP170B 2 GCCCGGGAGGAGCAGA 42215 NOTCH3 1 CCGACTTTCTGCAGC 42593
CFAP157 1 GAGAGCCGGCCCAGC 42216 NPIPA7 1 CACCTTCCGAGTG 42594
CFAP300 1 TACCTCTTCTGTCTTTA 42217 NPIPA7 2 CACCTTCCGAGTGT 42595
CHD5 1 CCACCTTCCGAAGCT 42218 NPIPA8 1 CACCTTCCGAGTG 42596
CHD5 2 CACCTTCCGAAGCTC 42219 NPIPA8 2 CACCTTCCGAGTGT 42597
CHD5 3 GCCCGGGAGGGGTGG 42220 NRP2 1 GGGAGCTGTGGCCTCT 42598
CHD5 4 CCACCTTCCGAAGCTC 42221 NTRK3 1 GTGAATCCCAGAGCC 42599
CHD5 5 CCACCTTCCGAAGCTCCTG 42222 NUPR2 1 AGGAGGAGCTTTACGAC 42600
CHP1P2 1 CTCCTGTCCACCAGCCCT 42223 NYNRIN 1 GGGGCCCTGGTCTGG 42601
CHRNB4 1 CTGCCTCTCCATCACCA 42224 NYNRIN 2 GCTTTCTTTCCTGGT 42602
CHST11 1 GCCTGCTGCTGGGTA 42225 OAS3 1 GGCGCCCTGGCCGC 42603
CHST15 1 GGCTCCTGGTCTGC 42226 ODAD1 1 GCGGGAGGAGCTGG 42604
CHST8 1 CGCCGCGGAGAACCGC 42227 OR13J1 1 ACACCTGGCTGTA 42605
CIITA 1 GGCTGGGATTCCTA 42228 OS9 1 GGCCTGGGATCCCTG 42606
CLIP2 1 GCCCAGGAGGAGCTGG 42229 OS9 2 GGGCCTGGGATCCCTG 42607
CMAHP 1 TGCTGGAGGAGCATCAGG 42230 OSBPL5 1 GTCCAGGAGGAGCTGG 42608
CNDP2 1 CCCTCTCTGAGCCCTTGT 42231 OSBPL8 1 CCGTTCTTTCCTGGA 42609
CNKSR3 1 GACCTGGAGGAGCTGG 42232 OTOG 1 GCCTGCTGCTGGGA 42610
CNTNAP1 1 CTGCCTCTCCCCCATCCTA 42233 P2RX1 1 CCACCCCTCCACCAGCCCA 42611
CNTROB 1 GCCCTGGAGGAGCTGT 42234 P3H1 1 CAGCCCGGCCCAGG 42612
COL12A1 1 GGGGATCCCAGAACA 42235 PABPC1L 1 GCATGCTGCTGGAGA 42613
COL23A1 1 GGCGCCCTGGACGC 42236 PAK3 1 GGCCTGGGATTTG 42614
COL23A1 2 GCCTGCTGCTGGGTGT 42237 PALS2 1 ACACCTGGCTGCTG 42615
COL4A1 1 GGGCCCTGGTCTTC 42238 PAPPA 1 CCAGACCGCCCGGT 42616
COL4A1 2 CTCCTGGGATTCCTG 42239 PAQR5 1 GCCCGGGAGGAGTGT 42617
COL5A3 1 GCCTCCCTGGTCTGC 42240 PAQR8 1 TCACCTGGCTGGCTG 42618
COL5A3 2 TGGGATCCCAGGGCC 42241 PATL2 1 CCACCGCCCTGCT 42619
COL5A3 3 GGCTGGCGAGGAGGGGC 42242 PCDHA2 1 GACCGGGAGGAGCTGT 42620
COL6A3 1 AACTCGTTTGGACCCT 42243 PCDHA4 1 GACCGGGAGGAGCTGT 42621
COL6A3 2 GACCAGGAGGAGCTGG 42244 PCDHA5 1 GACCGGGAGGAGCTGT 42622
COL6A3 3 GAACTCGTTTGGACCC 42245 PCDHB2 1 GACCGGGAGGAGCTGT 42623
COL6A5 1 CCAGAGAACGGTGGCAC 42246 PCDHB6 1 GACCGGGAGGAGCTGT 42624
COL8A1 1 TGGGATCCCAGGCC 42247 PCDHB6 2 TGGCGGGTCTCCGCCCC 42625
CORO1A 1 GCCAGGGAGGAGCTGG 42248 PCDHGA5 1 GCCGGAGGAGCTGG 42626
CPNE4 1 CCAGACCGCCGGCT 42249 PCED1B-AS1 1 GTGGAAGGATCGCTT 42627
CPNE9 1 CCCTCTTTCCTGGG 42250 PCOLCE2 1 GCCTGCTGCTGGCTGC 42628
CREB3L1 1 GATGCCCTCCCGAA 42251 PCSK5 1 GGAGTGCAGAGATTG 42629
CRX 1 CTGGGTCCCTGCCTTCT 42252 PCSK9 1 TCCACCAGCTGAGGC 42630
CYP4F3 1 TGTGATGAGTCTGAGAT 42253 PDCD4-AS1 1 TGGGATCCCAGAACC 42631
DBET 1 CAAGCCGGGGCAGCT 42254 PDCD4-AS1 2 CTGGGATCCCAGAACC 42632
DBET 2 GGCGCCCTGGTCTGC 42255 PDK3 1 TCTTTCTTTCCTGAG 42633
DBET 3 ACACCTGGCTGGCTA 42256 PDZD4 1 GGCCTGGAGGAGCTGG 42634
DBET 4 GGCCTGGGATTCCTG 42257 PEAK3 1 GTCCCTCTCCACCAACCCA 42635
DBET 5 CCATTCTTTCCTGGG 42258 PEG3 1 GCTTCTTTCCTGGG 42636
DBET 6 GGGGATCCCAGAGCC 42259 PFN1 1 TCACGCCAGCTGAGGT 42637
DBET 7 CAGAGCCGGCCCAGG 42260 PGR 1 ACTCCACTCCTGGAG 42638
DBET 8 GCCTGCTGCTGGATGA 42261 PIK3R5 1 CTGCTCTCCACCAGCTCT 42639
DBET 9 CCGGAGTTTCTGCAGC 42262 PIK3R5-DT 1 ATGGGATGCCTGCCTTCT 42640
DBET 10 TCTTTCGCGGGGAACA 42263 PIK3R6 1 CAGGCCGGCCCAGT 42641
DBET 11 AACACCTGGCTGGCTA 42264 PIRT 1 CCAGACCGCCAGCT 42642
DBET 12 CGGCCTGGGATTCCTG 42265 PKHD1 1 TAGCCAGCTGAGGC 42643
DBET 13 ACTCCACACCGCGGAG 42266 PLA2G6 1 CAGCGGGGCAGCT 42644
DBET 14 CACCGCGGAGAACTGC 42267 PLA2G6 2 CTGCCTCTGCCCCAGCCCC 42645
DBET 15 CGGGGATCCCAGAGCC 42268 PLCB3 1 CCCCGGGAGAGCTGG 42646
DBET 16 CAGATGCAAGGCATCCC 42269 PLEKHA6 1 CAGGTCGGGGCAGCT 42647
DBET 17 CTGGAGGAGCTTTAGGA 42270 PLEKHB2 1 CCGGCCGGGGCCCGCC 42648
DBET 18 TGGAGGAGCTTTAGGAC 42271 PLEKHD1 1 AGCTCCTGGCCTCTCTG 42649
DBET 19 GGGCGTGTCTCCGCCCC 42272 PLEKHG3 1 CCAGGGGGAGCTGGTGGC 42650
DBET 20 CCCGGGGGAGCTGGAGGC 42273 PLPP4 1 ACACCTTCCGACACT 42651
DBET 21 CGGAAGAGGCGCCTCGC 42274 PLPP4 2 CACCTTCCGACACTG 42652
DBET 22 CTCGCTGGAAGCACCCCT 42275 PLPP4 3 ACACCTTCCGACACTG 42653
DBET 23 CCCCTCAGCGAGGAAGAA 42276 PLPP4 4 CACCTTCCGACACTGG 42654
DBET 24 CAGCGAGGAAGAATACCG 42277 PLXDC2 1 ACCTGCTGCTGGATGA 42655
DBET 25 CCGGGCTCTGCTGGAGGA 42278 PMEL 1 CGGGGATCCCGGAGCT 42656
DBET 26 TGCTGGAGGAGCTTTAGG 42279 PMEPA1 1 CGGAATCCCAGAGCC 42657
DBET 27 GGCGGTGGCCTCTCTTTC 42280 PMEPA1 1 CGGAATCCCAGAGCC 42658
DBET 28 GAACACCTGGCTGGCTAC 42281 PML 1 CTGCCTCCTCCAGCCCA 42659
DBET 29 GGCTGGCTACGGAGGGGC 42282 POLR2H 1 CCGAGCCGGCCCAGG 42660
DBET 30 CCGGCCTGGGATTCCTGC 42283 POLR2H 2 GCCCGGGAGGGGCGGG 42661
DBET 31 CTGGGATTCCTGCCTTCT 42284 POM121L10P 1 CTGGGATCCTGCCTTCA 42662
DBET 32 GGCCGGTGAGAGACTCC 42285 POM121L1P 1 CTGGGATCCTGCCTTCA 42663
DBET 33 CCCGGGGATCCCAGAGCC 42286 POM121L4P 1 CTGGGATCCTGCCTTCA 42664
DBET 34 CCGGGGATCCCAGAGCCG 42287 POM121L8P 1 CTGGGATCCTGCCTTCA 42665
DBET 35 TCCCAGAGCCGGCCCAGG 42288 PON1 1 CTGTGGATCCTGAGA 42666
DBET 36 CCGGCCCAGGTACCAGCA 42289 PPAN-P2RY11 1 CCTGGCCGCCCTGCT 42667
DBET 37 CTGCCTCTCCACCAGCCCA 42290 PPOX 1 CTGTTCCACCAGCCCA 42668
DBET 38 GGAACACCTGGCTGGCTACG 42291 PPP1R15A 1 CAGGGCCGGCCCAGG 42669
DBET 39 GCCTGGGATTCCTGCCTTCT 42292 PPP1R15A 2 GCCCAGGAGGAGCTGA 42670
DBET 40 TCCCGGGGATCCCAGAGCCG 42293 PPT2-EGFL8 1 GCTGCTGCTGGAGGA 42671
DBH-AS1 1 GGACTGCAAGGGAG 42294 PRAMEF34P 1 GCCCTGGAGGAGCTGC 42672
DCAKD 1 GGCCTGGGATACCTT 42295 PRAMEF36P 1 GCCCTGGAGGAGCTGC 42673
DDR2 1 ACTGAGTTTCTGCAGC 42296 PRDM16 1 GGCGCCCTGGGCTGC 42674
DDR2 2 GTGCCTCTCCACCACCGA 42297 PRKCB 1 CAGAGCCGGCGCAGG 42675
DDX11 1 TCCTGTGCTGGATGA 42298 PRKY 1 CCGGGCCGGCCCAGG 42676
DENND2A 1 GGCCTGGGATTCTG 42299 PROK1 1 GCTCTCTTTCCTGGG 42677
DENND2A 2 AGGCCTGGGATTCTG 42300 PROSER3 1 CCAGGCCGCCCTGCT 42678
DGKI 1 CAGTCAAGGCATCCC 42301 PRR3 1 CCGACCGCCCTGT 42679
DGKQ 1 ACCCTGGCTGGCTC 42302 PRR5L 1 GTTCTGGCTGAAGTC 42680
DIPK2B 1 ACAACTGGCTGGCTT 42303 PRSS23 1 TAACTTGTCTGTCTTTG 42681
DLG2 1 GGCCTGGGATTCAG 42304 PRUNE2 1 GTCTGCTGCTGGTGA 42682
DLGAP2 1 ATTCGGCTGAATGTC 42305 PTPN9 1 CGAGCCGGCCCCGG 42683
DLX1 1 CGGAGCTCGCGGCCTCT 42306 PTPRN2 1 CTCGCGGAGAACGGC 42684
DLX1 2 AGCTCGCGGCCTCTTTG 42307 PYHIN1 1 CACAATATCCCCTGTG 42685
DLX4 1 ATCTGGTTTCAGAAC 42308 RAB31 1 GCCCGGGAGGAGCCGG 42686
DNAAF11 1 CCACCTTCCGTCCT 42309 RAB37 1 ACCAGGGAGGAGCTGG 42687
DNAH1 1 CCACCTTCAAGCTGTCTT 42310 RAB39A 1 GGGCGGGCGCCCGC 42688
DNAH10 1 GGGGATCCCAGGGCC 42311 RAPGEF4 1 GTCCGGGAGGAGCGGG 42689
DNAH10 2 TGGGGATCCCAGGGCC 42312 RASAL3 1 CGGGCCGGCCCAGG 42690
DNAH14 1 TGGAGGAGCTTTAAAC 42313 RASAL3 2 GCGCTGGAGGAGCTGG 42691
DNAH2 1 CGCCTGGGATTCTG 42314 RASGRP2 1 GGGCGTGCCCGCCCC 42692
DNAH2 1 CGCCTGGGATTCTG 42315 RASSF1 1 GAAGGGCCGCACCCG 42693
DNAH2 2 CCACACCTACGCTGTCTA 42316 RASSF1 2 GTGCGTGTCCCCGCCCC 42694
DOCK11 1 AGCTCACTGGCCTCTCAG 42317 RBP1 1 GGCGGTCCCAGAGCC 42695
DPF1 1 CCGGCCGGGGCTCAGC 42318 RCVRN 1 CCACCTGGCTGGCTG 42696
DPP9-AS1 1 CTCGCTGGAAGCCCCCT 42319 RELB 1 CCAGACCGCCGGCT 42697
DSCAML1 1 CACCGCGGAGAACGC 42320 RELL2 1 GGCGCCCTGGCCCGC 42698
DZIP1L 1 TCTTCCTTTCCTGGG 42321 RGPD6 1 CAAGCCGGGGAGCG 42699
ECEL1 1 GCCTGGAGGAGCTGG 42322 RGS11 1 CCTGAGTTTCTGCGGC 42700
EDNRB 1 CGCGCCCTGGTTGC 42323 RHCG 1 GCCCAGAGGAGCTGG 42701
EFCC1 1 GGCGCCCTGGCTGC 42324 RHPN2 1 ACCTGCTGCTGGAGA 42702
EFCC1 2 CCTGGGGGAGCTGGAGGC 42325 RIMS4 1 TGCATGCAAGGGAG 42703
EGFL6 1 CAGTGCAAGGCATCAC 42326 RIPK4 1 AGACCTGGCTGGCCA 42704
EGR1 1 CCGGCCCAGGTCAGCA 42327 RIPK4 2 AAGACCTGGCTGGCCA 42705
ELF3 1 GGGGATCCCAAGCA 42328 RNASE10 1 AACCTGGCTGGCCA 42706
ENC1 1 GCTGCTGCTGGAGA 42329 RNF212 1 GGCGGTCCCAGAGCC 42707
ENOX1 1 GCCCGGGAGGAGCGG 42330 RNF212 2 CGGCGGTCCCAGAGCC 42708
EPHA2 1 CCTTGCTTTCCTGGG 42331 RPS2P32 1 CCACCTTGGATGCTGTCTC 42709
EPHB4 1 GGCGCCCTGGACTCC 42332 RTEL1 1 GCTGCTGCTGGAGA 42710
EPHB4 2 CTCCCTCCACCAGCTCA 42333 RTEL1-TNFRSF6B 1 GCTGCTGCTGGAGA 42711
EPSTI1 1 TCCGCCAGCTGAAGC 42334 RTN1 1 GCCCTGAGGAGCTGG 42712
ERICH3 1 ACACCTGGCTGGGTA 42335 RTN4RL2 1 GCCCTGGAGGAGCTGG 42713
ERICH3 2 AACACCTGGCTGGGTA 42336 RUSC1 1 GGACCCTGGTCTGC 42714
ESPN 1 GGCGCCCTGGCAGC 42337 S1PR5 1 TGCGCCTGGTCTGC 42715
EVC2 1 CCGGGCCGGCCCAGG 42338 SAMD3 1 GGCAGGGATTCCTG 42716
EXOC3L1 1 GCTGCTGCTGGCTGA 42339 SASH1 1 TGGTGCAGAGATACG 42717
EXOC3L2 1 CGAGCCGGCCCGGG 42340 SBNO2 1 GCCCGAGAGGAGCTGG 42718
EZR 1 GGCGCCCTGGTTTGT 42341 SCN5A 1 CGGGGATCCAGAGCC 42719
EZR 2 GCTGCTGCTGGATA 42342 SCN5A 2 CCCGGGGATCCAGAGCC 42720
F11R 1 CCACCTGGCTGGCA 42343 SCN5A 3 CCGGGGATCCAGAGCCC 42721
FAM171A2 1 CCAGGCGGGGCAGCT 42344 SDC3 1 CTGGCCCCACCAGCCCA 42722
FAM205A 1 GATTCAGATGGTTTC 42345 SDK1-AS1 1 CCTGGATAATTAGTGC 42723
FAM83D 1 GCTCTGGAGGAGCTGG 42346 SDK1-AS1 2 GAGACTCTTTTGGACCA 42724
FAM83G 1 AGAAACGCTGGCCCAG 42347 SEMA4C 1 GTCCCTCTCCCCAGCCCA 42725
FANCB 1 AGCTCGCGGGCTCTCTG 42348 SEMA5B 1 GTCGCCCTGGTCTGA 42726
FAS 1 CAGGCGGGGCAGCT 42349 SERPINE1 1 TGGAGGACCTTTAGGTC 42727
FAT1 1 AGTGCAGAGATTGC 42350 SEZ6 1 CAGCGGGGCAGCT 42728
FAT2 1 CCTGCTTTCCTGGG 42351 SH3TC1 1 GCCTGCTGCTGGGA 42729
FAT3 1 CCGCCGCCCTGCT 42352 SHANK1 1 TCTGTCTTTCCTGGG 42730
FAT3 2 GGCGCCCTGGTGC 42353 SHE 1 CCGGCCGGGGCCCCC 42731
FBLIM1 1 GCGGATCCCAGAGCC 42354 SHISA7 1 GCCCAGAGGAGCTGG 42732
FBLIM1 2 CAAGCCGGCCCAGC 42355 SHROOM1 1 CCGGCCGGGGTCCCC 42733
FBLIM1 3 GGCGGATCCCAGAGCC 42356 SIGLEC5 1 TGCTGCAAGGGAG 42734
FBXO24 1 CGGAAGGGAGCTC 42357 SIRPB1 1 GCCTGCTGCTGGAAA 42735
FBXO41 1 CCCGCCGCCCTGCT 42358 SKI 1 CCTCTTTCCTGGG 42736
FCGBP 1 CAAGCCGGGGCAGGT 42359 SKI 2 CCTCCCTGTGGGTCCGAT 42737
FER1L6 1 CTGCAAGGGAGCC 42360 SLA 1 GAGAGTTACATCCCTGG 42738
FGD5 1 GCCCGGGAGGAGCTGA 42361 SLC12A3 1 GGCTGGCAGGGAGGGGC 42739
FGF2 1 CGGGGATCCCGGCC 42362 SLC18B1 1 CCCGGGGACCCAGAGTC 42740
FKBP9P1 1 CCGGCCTGATTCCTGC 42363 SLC26A8 1 TGGGATCCCAGCGCC 42741
FKBPL 1 CGTGCAAGGGGCAC 42364 SLC28A3 1 CTCCCTCCCCACCAGCCCC 42742
FKBPL 2 ACGTGCAAGGGGCAC 42365 SLC36A1 1 GAGGATCCCAGACCC 42743
FLG-AS1 1 GGCCTGGGATTTG 42366 SLC39A11 1 GCCTGCTGCTGATCA 42744
FLI1 1 GGGCAGGGCGCTCGC 42367 SLC41A2 1 TACGTCTGTCTGTCTTTG 42745
FLNB 1 CAAGCCGGGGGCT 42368 SLC46A2 1 GCTTTCTTTCCTGAG 42746
FLNB 2 TCACTGTGGATCCTAA 42369 SLC7A14 1 ATTCTGGCTGACTGTG 42747
FLRT1 1 CAACCGGGGCAGCA 42370 SLC8A2 1 TCCCGGGAGGAGCGG 42748
FOSL2 1 ATGGCCCTCCCAAGACC 42371 SLC8B1 1 TAAGGGCCAGGCCCCG 42749
FOXF1 1 GAGCTGCAAGGCATCCC 42372 SLC9B2 1 GGGAGCTCGCTGGTCCT 42750
FRAT2 1 CAAGCCGGGGCACG 42373 SLCO1C1 1 CCTGGATGATTTTGC 42751
FRMD8 1 GGCGCCCTGGTGTGC 42374 SMAP2 1 ACCTGCTGCTGGAGGA 42752
FRMD8 2 CAAGCCGGCCCAAG 42375 SMPD3 1 GCCGGGAGGAGCGGG 42753
GAL3ST1 1 GAGGGTCCCAGAGCC 42376 SORCS3 1 GGCCGGAGGAGCTGG 42754
GALNS 1 CATTCAGATTGGTTTC 42377 SORCS3 2 GAAATCTGGCTGGCTAC 42755
GANC 1 TTTCTGGCTGAATGCC 42378 SOWAHD 1 GGCGCCCTGGGTGC 42756
GAS6-AS1 1 CCGGCCGGGGCCCC 42379 SOX17 1 CTGGAGGAGCTAAGGA 42757
GAS7 1 CCACCTGGCTGGCA 42380 SOX4 1 CCGCCGCCCTGCT 42758
GASK1A 1 CCGGCCGGGGCACC 42381 SPATA6L 1 CTCAAGGGAGCTC 42759
GASK1B 1 CAAGCCGGGGCAGCT 42382 SPATC1 1 AGCCACTCCGCGGAG 42760
GASK1B 2 GTGGCAGGGCTCCGGC 42383 SPOCD1 1 GACCAGGAGGAGCTGG 42761
GCK 1 ACACCTGGCTGGA 42384 SPOCD1 2 CCAGGAGGAGCTGGAGGC 42762
GCKR 1 ACACCTGGCTGCA 42385 SPTBN2 1 GGCCCCTGGTCTGC 42763
GDF11 1 TGCAGAGAATGTCAC 42386 SPTBN2 2 GAGAGCCGGCCCAGC 42764
GDF11 2 TGCAGAGAATGTCACAG 42387 SRGAP2 1 GGCGCCCTGGCTTC 42765
GFOD2 1 GGCGCCCTGGACTCC 42388 SRP19 1 CAGCGAGGAAGAAACCT 42766
GJA1 1 TCCCTGTGTATCCTAT 42389 SSBP4 1 GGGCAGGGCGCCGGC 42767
GJA3 1 CCCTGCTGCTGGATGG 42390 SSPOP 1 CCAGCCGGGGCAGCT 42768
GJD4 1 GCCGACCTGGTCTGC 42391 SSPOP 2 GGCCCCCTGGTCTGT 42769
GLB1 1 ATACTGGCTGGCTA 42392 SSPOP 3 CCCGGGGGAGCTGGGGC 42770
GNAI3 1 GCACCTGGCTGGCAA 42393 SSTR2 1 ACACCTGGCTTCTA 42771
GNAO1 1 CAAGCCGGGGAGCC 42394 ST20-AS1 1 GCAGGGCCAGGCCCCG 42772
GNAZ 1 CAAGGGCAGGCACCCG 42395 STAC2 1 GAAGGGCCAGGACCAG 42773
GNAZ 2 CCACCTTGAGCTGTCTC 42396 STARD5 1 TGACGCCAGCTGATGC 42774
GPC2 1 CCACCTTCCGAGGCC 42397 STARD9 1 AGACCTGGCTGGCCA 42775
GPC6 1 TCGGCCTAGGATTCCTGC 42398 STARD9 2 GGCCTGGGATGCTG 42776
GPR146 1 CCACCGCCCTGCT 42399 STRC 1 TGGGATCCCAGACC 42777
GPR146 2 ACTCCACTCCGAGAG 42400 STRC 2 CTGGGATCCCAGACC 42778
GPR150 1 AGCGCCCTGGTCGGC 42401 STX2 1 GTGGAAGGATCGCTT 42779
GPR158 1 CGGAGATCCCAGAGAC 42402 SV2B 1 GGGAGGAGCTTAGGAC 42780
GPR160 1 GTGGAGGGCGCCCGG 42403 SYNDIG1L 1 TGCAGAGAATGTCAC 42781
GPR37 1 TCCGCCAGCTGAGC 42404 SYNDIG1L 2 TGCAGAGAATGTCACCA 42782
GPX2 1 GCCCTTCCGACGCT 42405 SYNE3 1 TCCCATGGATCCTAT 42783
GPX2 2 CCCTTCCGACGCTA 42406 SYNGAP1 1 TGCAGAGTATGTCAC 42784
GRHL1 1 CTGGGAAGCTTTAGGA 42407 SYNGAP1 2 TGCAGAGTATGTCACCA 42785
GRHL1 2 TGGGAAGCTTTAGGAC 42408 SYNGR3 1 CTGCCTCTCCACCTGCACC 42786
GRIA1 1 TCACTGTGGATCCAT 42409 TAF5 1 CCGGGCTGCTGGAGGA 42787
H2BC8 1 CCAGACCGCCGTGCG 42410 TAL1 1 AGCCGCTGGCCTCTCTC 42788
HAL 1 CTCCCTCTCCACCAGCGCA 42411 TAPT1-AS1 1 CCGGCCGGGGCACC 42789
HECW2-AS1 1 AGGCCCTGGTCTGC 42412 TBC1D32 1 TCCAGTGGATCCTAT 42790
HHAT 1 GTCCTGGGATTCCTG 42413 TCAM1P 1 CCAGACCTCCCTGCT 42791
HHAT 2 TGTCCTGGGATTCCTG 42414 TCAM1P 2 CCTTCCTTTCCTGGG 42792
HIP1R 1 GACGTTTGGACCCC 42415 TCF7 1 CCTTTCTTTCCTTGG 42793
HMX1 1 CCACCCGGGGCAGCT 42416 TEAD2 1 ATGGCAGGGCGCCCC 42794
HOMER3 1 GGAGCCCTGGTCTCC 42417 TEKT4 1 GCAGCTGGCTGGCTA 42795
HOXC11 1 TCCTCTTTCTGTCTTTG 42418 TEKT4P2 1 GCAGCTGGCTGGCTA 42796
HPGD 1 AAACCTGGCTGGCA 42419 TEPSIN 1 CTTCCTCTCCACCATCCA 42797
HPGD 2 AAAACCTGGCTGGCA 42420 TESK2 1 CTGCCTCCCACCAGACCC 42798
HRAT92 1 GGACGTGCAAGGGG 42421 TESMIN 1 CGGGATCCCAGAGCT 42799
HRAT92 2 CGTGCAAGGGGCGC 42422 TESMIN 2 CCGGGATCCCAGAGCT 42800
HRAT92 3 GGACGTGCAAGGGGC 42423 TESMIN 3 CCCCGGGATCCCAGAGCT 42801
HRAT92 4 GACGTGCAAGGGGCG 42424 TFAP2B 1 CGGGGATCCAGAGCT 42802
HRAT92 5 ACGTGCAAGGGGCGC 42425 TFAP2B 2 CCGGGGATCCAGAGCTG 42803
HS6ST2 1 CGAGCCGGCCCGGG 42426 TFR2 1 GCCTGCTGCTGGTGC 42804
HSF2BP 1 GTTCTGGCTGAAGTC 42427 TGFB2 1 GACAGTATCCCCTGTA 42805
HTR3C 1 CTCCACTGCACCAGCCCA 42428 TGFBR3 1 AGAGGTGCAAGGGAGC 42806
ICAM2 1 CGGGATCCCAGAGCT 42429 TGFBR3 2 GAGGTGCAAGGGAGCG 42807
ICAM2 2 CCGGGATCCCAGAGCT 42430 TGM5 1 CCAGACCGCCCAGCT 42808
ICAM2 3 CCCGGGATCCCAGAGCT 42431 TIE1 1 CCCTGCTGCTGGAGA 42809
IFFO1 1 GCCAGGAGGAGCTGG 42432 TINAGL1 1 CGGCCTGGGATCCAG 42810
IFFO2 1 CTGCCTCTCCACCACA 42433 TLE3 1 GGCGCCCTGGGCAGC 42811
IFI16 1 CACAATATCCCCTGTG 42434 TLNRD1 1 GTGTCTCTCCACCAGCCCC 42812
IGFBP7 1 AAAGCCGGGGCAGCA 42435 TMEM106A 1 TGGGATCCCAGACC 42813
IGFBPL1 1 GGCCTGGGATTCTG 42436 TMEM106A 2 CTGGGATCCCAGACC 42814
IGFBPL1 2 TGGCCTGGGATTCTG 42437 TMEM165 1 CCGAGCCGGCCCGGG 42815
IGSF10 1 GGGGATCCCAAACC 42438 TMPRSS13 1 CCAGACCCCCTGCT 42816
IGSF3 1 CCACCTTCCGCCT 42439 TNFRSF12A 1 CCAGCCGGGGCTCGCC 42817
IGSF8 1 GCCCGGGAGGTGCTGG 42440 TNFRSF21 1 CCTGGATGATTGTGC 42818
IKZF1 1 GTGGCAGGGCGCGCGC 42441 TNKS1BP1 1 CAGGGCCTGCTGGAGGA 42819
IL1R1 1 GGCCGGGAGGAGCCGG 42442 TOR4A 1 GCCGCGAGGAGCTGG 42820
ILDR2 1 GTCTGTTTGGACCCC 42443 TPK1 1 TGCAGTGATATGTCACAA 42821
INAVA 1 CTGGAGGAGCTGAGGA 42444 TPSD1 1 GGCCCCTGGTCTGC 42822
INKA2 1 GAAGGGCCAGGCAGCAG 42445 TRAF1 1 GCCAGGAGGAGCTGG 42823
INSRR 1 CCGCGGGGCTCACC 42446 TRAF5 1 ACACCTGGCTGTA 42824
INSRR 2 GTCCTGGAGGAGCTGG 42447 TRAF5 2 AACACCTGGCTGTA 42825
INSYN1 1 CCGGCCGGGGCCCCC 42448 TRERF1 1 AGCACCCTGGTCTGC 42826
IQGAP3 1 CCCGGTGGAGCTGGAGGA 42449 TRIM56 1 CCGGCCGGGGCTCAGC 42827
IRS2 1 GGCGCCCTGGGCGGC 42450 TRIM56 2 CCTGGTGGAGCTGGAGGC 42828
ITGA6 1 GGTGCTCCCAGAGCC 42451 TRIM62 1 CTGCAAGGGAGTC 42829
ITGAL 1 GGCGCCCTGGTTTTC 42452 TRIM67 1 GCCCGGGAGGCGCGGG 42830
ITGAX 1 GTCCAGGAGGAGCTGG 42453 TSPAN10 1 AGCCTGGCTGGCTA 42831
ITIH5 1 CAGAGCCGGCTCAGA 42454 TSPAN13 1 ACACCTGTCTGGCTA 42832
ITIH5 2 CTGCCTCTCCCCACCCT 42455 TSPAN13 2 GACACCTGTCTGGCTA 42833
KANK4 1 GCTGCTGCTGGAGA 42456 TSPAN14 1 CCTTTCTTTCCCAGG 42834
KCNC3 1 GCCTGCTGCTGGATGA 42457 TTC22 1 CCAGCCAGCTGAGGC 42835
KCNC4 1 CCCTGCTGCTGGATGA 42458 TTC34 1 CGAGCCGCCCTGCT 42836
KCNF1 1 GAAGGCCCTCCCGGCA 42459 TTC6 1 CCACCTTCCGAGCG 42837
KCNF1 2 AAGGCCCTCCCGGCACC 42460 TTLL10-AS1 1 CAGCCTCTCCACCTGCACA 42838
KCNG2 1 GGGAATCCCAGAGCC 42461 TUBB2A 1 CCAGCCGGGGCAGCC 42839
KCNG2 2 GCCTGCTGTGGATGA 42462 TUBB2B 1 CCAGCCGGGGCAGCC 42840
KCNG2 3 GGGGAATCCCAGAGCC 42463 TUBBP5 1 CCAGCCGGGGCAGCC 42841
KCNJ15 1 TGTGCAGAATATGTC 42464 TULP1 1 GAGGGCCAGGCACCCA 42842
KCNK10 1 TCTTTCTTTCCTTGG 42465 UBXN10 1 GCTGCTGCTGGTGA 42843
KCTD1 1 GCCGGGGAGGAGCTGG 42466 UCK2 1 CTGAAGGGAGCTC 42844
KCTD1 2 GAACACCCGGCTGGCCAC 42467 UCK2 2 ACCTCTCTTGCCCTTGT 42845
KCTD15 1 GCCGGGAGGAGCGG 42468 UNC13A 1 CAGAGCCGGCCCGG 42846
KCTD15 2 CCTCCCTTGGATCCTT 42469 UNC45A 1 GGCGCCCTGGCGGC 42847
KIAA0319 1 GCTGCTGCTGGTGA 42470 VANGL1 1 CCACCTGGCTGGCA 42848
KIAA0895L 1 AGGCAAGGGAGCTC 42471 VAV2 1 GCCTGGAGGAGCTGG 42849
KIAA1522 1 CCACCTTCCGACCCC 42472 VAV3 1 CCGGCCGGGGCGCACG 42850
KIAA1549L 1 CAGGAGCCGGCCCGGG 42473 VSTM4 1 GGCCTGGGATTCCTT 42851
KIF26A 1 GCAGCCGCCCTGCT 42474 VSTM4 2 AGGCCTGGGATTCCTT 42852
KIF5C 1 GCCCTGGAGGAGCTGG 42475 VSTM4 3 CGCCTCTCCACCAGCACC 42853
KLC3 1 GCCCTGAGGAGCTGG 42476 VWC2 1 CCGGCCGGCCCAGG 42854
KLF16 1 GGCGCCCTGGTGC 42477 VWC2 2 ACCCCTCCGCGGAG 42855
KLF16 2 CTCCTCTCCACCACCCCC 42478 VWF 1 GGCGCCCTGGCCAGC 42856
KLHL14 1 TCCCTGTGGACCGAT 42479 WASF2 1 CCTTCTTTCCTGGA 42857
KLK10 1 GGCCCCCTGGTCTGT 42480 WDR43 1 TGCCTGGGATTCCTG 42858
KRT86 1 GTGGCAGGGCGCCAC 42481 WNT7A 1 CAGAGCCGGCCCGA 42859
KRTAP2-1 1 CTCCTCTCCACAGCCCA 42482 WWC1 1 CCAGCCGGGGCTCCC 42860
LAMA4 1 CTGGCGGGGCTCACC 42483 WWC1 2 GCCTGCTGCTGAGGA 42861
LAMA5 1 GTGGCAGGGCCACGC 42484 WWOX 1 CGGGTCTCGTTTGGA 42862
LAMC2 1 ATTCTGGCTGATGTG 42485 XCR1 1 CCTTTCTTTCCTAGT 42863
LCNL1 1 GGAGGGCCAGGCCCCG 42486 YEATS2 1 CAGCCGGGGCAGGT 42864
LDLR 1 TGGGATCCCAGGCC 42487 YPEL2 1 AACCTGGCTGGTA 42865
LEFTY2 1 CTGAGCCGGCCCCGG 42488 ZC3H12B 1 CGAGTGCAGAGCTATG 42866
LIMK1 1 CAGAGCCGGCCCAGC 42489 ZC3H12D 1 AGCGCCTGGTCTGC 42867
LIMK1 2 GCCCAGAGCCGGCCCAGC 42490 ZDHHC8P1 1 CTGGCCGGCCCAGG 42868
LINC00319 1 CACAGCCGGCCCAGC 42491 ZFP14 1 CAGAGCCGCCCAGG 42869
LINC00528 1 GCAGGCCGCCCTGCT 42492 ZFP69 1 GCGGCCGGGGCTCACA 42870
LINC00540 1 CGGGCCGGCCCAGG 42493 ZNF831 1 CCCCTCAGAGAGGAAGAA 42871
DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 RNA 표적 상호작용의 결과
일부 경우에, DUX4 mRNA 서열과 접촉할 때 변형을 포함하는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 DUX4 mRNA 서열의 변형이 결여된 동등한 양의 다른 필적하는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 접촉시키는 것과 비교하여 DUX4 mRNA 서열에 의해 암호화된 폴리펩티드의 더 낮은 활성을 생성할 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 적어도 약 1.2배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 적어도 약 1.5배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 적어도 약 1.7배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 적어도 약 2.0배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 약 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2.0, 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 약 1.2배 내지 약 2.0배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 약 1.1배 내지 약 1.5배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 약 1.1배 내지 약 2.5배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 약 1.2배 내지 약 3.0배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 적어도 약 1.2배 내지 약 10배 더 낮은 발현일 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 적어도 약 14배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 발현은 적어도 약 18배 더 낮은 발현일 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 약 1.2, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 약 1.2배 내지 약 14배일 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 약 1.1배 내지 약 20배 더 낮을 수 있다. 일부 경우에, 더 낮은 활성은 약 1.2배 내지 약 30배 더 낮을 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 mRNA 서열과 접촉할 때 mRNA 서열을 갖는 동등한 양의 다른 필적하는 올리고뉴클레오티드와 접촉시키는 것과 비교하여 mRNA 서열에 의해 암호화된 폴리펩티드의 적어도 약 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10배 더 낮은 발현을 생성할 수 있다. 더 낮은 발현은 약 1.2배 내지 약 10배 더 낮은 발현일 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 mRNA 서열과 접촉할 때 mRNA 서열을 갖는 동등한 양의 다른 필적하는 올리고뉴클레오티드와 접촉시키는 것과 비교하여 mRNA 서열에 의해 암호화된 폴리펩티드의 적어도 약 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10배 더 낮은 활성을 생성할 수 있다. 더 낮은 활성은 약 1.2배 내지 약 10배 더 낮은 활성일 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 생리학적 염 및 pH에서 적어도 약 45 내지 65℃의 예상 열 용융 온도를 포함할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 RNA 서열과 약 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 또는 40℃에서 결합할 수 있다. 일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 RNA 서열과 약 6.6, 6.7, 6.8, 6.9, 7.0, 7.1, 7.2, 7.3, 7.4, 7.5, 7.6, 7.7 또는 7.8의 pH에서 결합할 수 있다.
대상체
일부 양태에서, 대상체는 조작된 DUX4 표적화 핵산(예를 들어 올리고뉴클레오티드의 형태)을 포함하는 본원에 기술된 조성물을 수용할 수 있거나 본원에 기술된 방법에 의해 치료되는 포유동물을 포함할 수 있다. 이러한 포유동물의 예에는 인간, 비인간 영장류(예: 유인원, 긴팔원숭이, 침팬지, 오랑우탄, 원숭이, 마카크 등), 가축(예: 개 및 고양이), 농장 동물(예: 말, 소, 염소, 양, 돼지) 및 실험 동물(예: 마우스, 래트, 토끼, 기니피그)이 포함될 수 있다. 포유동물은 임의의 연령 또는 임의의 발달 단계일 수 있으며, 예를 들어 포유동물은 신생아, 유아, 청소년, 성체 또는 자궁 내일 수 있다. 포유류는 수컷 또는 암컷일 수 있다. 일부 경우에, 인간은 약 1일 내지 약 7일, 약 1주 내지 약 5주, 1개월 내지 12개월, 1세 내지 약 6세, 5세 내지 약 15세, 14세 내지 약 30세, 25세 내지 약 50세, 40세 내지 약 75세, 70세 내지 약 100세, 85세 내지 약 110세 또는 약 100세 내지 약 130세일 수 있다.
일부 경우에, 대상체는 이전에 질환 또는 병태를 진단받은 적이 없을 수 있다. 일부 경우에, 대상체는 질환 또는 병태를 진단받았을 수 있다. 일부 경우에, 대상체는 질환 또는 병태에 대한 최종 진단을 받지 못했을 수 있다. 대상체는 질환 또는 병태가 발생할 위험이 있을 수 있다(예컨대 적어도 부분적으로 유전적 변이에 기반함). 대상체는 진단 테스트를 받았을 수 있다. 진단 테스트에는 영상 절차, 혈구 수 분석, 조직 병리학 분석, 바이오마커 분석 또는 이들의 임의의 조합이 포함될 수 있다.
대상체는 신경근 질환과 같은 질환 또는 병태에 대해 치료를 받는 환자와 같은 환자일 수 있다. 일부 경우에, 대상체는 신경근 장애와 같은 질환 또는 병태가 발생할 위험이 있는 성향이 있을 수 있다. 대상체는 신경근 장애와 같은 병태 또는 질환으로부터 관해 중에 있을 수 있다. 대상체는 건강할 수 있다.
일부 양태에서, 대상체는 이를 필요로 하는 대상체일 수 있다. 일부 양태에서, 대상체는 얼굴-어깨-팔 근육영양장애(FSHD)와 같은 질환을 가질 수 있으며, 치료는 예를 들어 얼굴-어깨-팔 근육영양장애(FSHD)을 앓고 있는 포유동물이 경험하는 근육 약화의 완화 및/또는 근육 약화의 퇴행 또는 사라짐을 포함할 수 있다.
투여 및 치료
일부 양태에서, 본원에 개시된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 대상체를 치료하는 데 사용될 수 있어서, 치료 결과가 다음과 같을 수 있다: 불쾌감 감소, 에너지 증가, 체중 증가, 체중 감소, 근육량 증가, 신체 유연성 증가, 자세 증가, 이동 범위 증가, 근긴장 중지, 근육통의 완화 또는 이들의 임의의 조합.
이를 필요로 하는 대상체는 질환 또는 병태에 대해 치료를 받을 수 있다. 치료는 사전 처치, 예방적 처치, 또는 방지적 처치일 수 있다. 치료에는 본원에 기술된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 핵산 구성체, 벡터 또는 제약 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 것이 포함될 수 있다.
치료에는 환자들 사이에서 고도로 보존되고 출원 시 제출된 XML 서열 목록 파일의 서열번호 20,962 내지 41,922 및/또는 표 2에 제시된 바와 같은 서열번호 41,923 내지 42,115 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 조작된 DUX-4 표적화된 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것이 포함될 수 있다.
전달은 영향을 받은 신체 조직이나 부위에 대한 직접적인 적용을 포함할 수 있다. 전달에는 실질 주사, 척추강내 주사, 뇌실내 주사 또는 수조내 주사가 포함될 수 있다. 본원에 제공된 조성물은 임의의 방법으로 투여될 수 있다. 투여 방법은 흡입, 동맥내 주사, 뇌실내 주사, 수조내 주사, 근육내 주사, 안와내 주사, 실질내 주사, 복강내 주사, 척수내 주사, 척수강내 주사, 정맥내 주사, 뇌실내 주사, 정위 주사, 피하 주사 또는 이들의 임의의 조합에 의한 방법일 수 있다. 전달은 비경구 투여(정맥내, 피하, 척수강내, 복강내, 근육내, 혈관내 또는 주입 포함), 경구 투여, 흡입 투여, 십이지장내 투여, 직장 투여를 포함할 수 있다. 전달은 피부와 같은 표면의 외부 표면에 대한 국소 투여(예컨대, 로션, 크림, 연고)를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 대상체는 감독 없이 조성물을 투여할 수 있다. 일부 경우에, 대상체는 의료 전문가(예를 들어, 의사, 간호사, 의사 보조원, 잡역부, 호스피스 직원 등)의 감독 하에 조성물을 투여할 수 있다. 일부 경우에, 의료 전문가가 제약 제형을 투여할 수 있다. 일부 경우에, 얼굴-어깨-팔 근육영양장애와 같은 신경근 질환의 치료는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물, 올리고뉴클레오티드를 포함하는 벡터, 또는 아래에 기술되는 제약 제형을 사용함으로써 이루어진다. 또한, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드를 포함하는 벡터, 또는 아래에 기술되는 제약 제형을 사용하여 의약품을 제조할 수 있다. 의약품은 얼굴-어깨-팔 근육영양장애의 치료 또는 예방에 사용될 수 있다.
투여 방법은 생체 내 또는 시험관 내 전달 방법을 포함할 수 있다. 방법은 생체 내 세포와 같은 세포를 본원에 기술된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 핵산 구성체, 벡터 또는 제약 조성물과 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 방법은 단리되고 정제된 세포(예컨대, 시험관 내 세포)와 같은 세포를 본원에 기술된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 핵산 구성체, 벡터 또는 제약 조성물과 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 방법은 생체 내 조직 또는 단리된 시험관 내 조직과 같은 조직을 본원에 기술된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 핵산 구성체, 벡터 또는 제약 조성물과 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다.
치료는 단일 용량으로 전달되는 1종 초과의 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 전달은 단일 주사로 또는 동시에 2회의 개별 주사로 1종 초과의 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드를 전달하는 것과 같은 동시 전달일 수 있다. 전달은 분, 시간, 일, 주 또는 개월과 같은 일정 기간에 의해 분리될 수 있는 제1 용량과 제2 용량의 전달과 같이 순차적일 수 있다.
본 개시내용의 특정 양태는 인간 세포에 대한 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 투여에 관한 것이다. 인간 세포는 두경부 조직의 세포, 피부 세포, 자궁 경부 세포, 전립선 세포, 줄기 세포, 뼈 세포, 혈액 세포, 근육 세포, 지방 세포, 신경 세포, 내피 세포, 정자 세포, 난자 세포, 암세포, 장벽 세포, 호르몬 분비 세포, 외분비 분비 세포, 상피 세포, 구강 세포, 감각 변환기 세포, 자율 신경 세포, 말초 뉴런 세포, 중추 신경 뉴런 세포, 분비 세포, 심근 세포, 백혈구, 생식 세포, 영양 세포, 신장 세포 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다.
조직은 실질적으로 건강하거나, 실질적으로 양성이거나, 또는 질환 또는 병태가 실질적으로 없을 수 있는 샘플일 수 있다. 조직은 조직 생검, 조직 절제물, 흡인물(예컨대, 미세한 바늘 흡인물), 조직 세척물, 세포학 표본, 체액 또는 이들의 임의의 조합과 같이 대상체로부터 제거된 조직일 수 있다. 조직은 암성 세포, 종양 세포, 비암성 세포, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 조직은 혈액 샘플(예: 무세포 DNA 샘플)을 포함할 수 있다. 조직은 유전적으로 변형될 수 있는 샘플일 수 있다.
치료는 얼굴-어깨-팔 근육영양장애와 같은 신경근 질환과 관련된 병태의 치료를 포함할 수 있다. 치료는 불쾌감 감소, 에너지 증가, 체중 증가, 체중 감소, 근육량 증가, 신체 유연성 증가, 자세 증가, 이동 범위 증가, 근긴장 중지, 근육통의 완화 또는 이들의 임의의 조합을 초래할 수 있다.
본 개시내용의 특정 양태는 벡터를 이용한 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 올리고뉴클레오티드의 전달에 관한 것이다. 벡터는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 핵산 구성체, 또는 이들의 임의의 조합을 전달하는 데 사용될 수 있다. 벡터는 이중 가닥 DNA 또는 단일 가닥 DNA와 같은 DNA를 포함할 수 있다. 벡터는 RNA를 포함할 수 있다. 일부 경우에, RNA는 염기 변형을 포함할 수 있다. 벡터는 재조합 벡터를 포함할 수 있다. 벡터는 자연 발생 벡터로부터 변형된 벡터일 수 있다. 벡터는 비천연 발생 벡터의 적어도 일부를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 벡터는 바이러스 벡터, 리포솜, 나노입자, 엑소좀, 세포외 소포, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 바이러스 벡터는 아데노바이러스 벡터, 아데노 관련 바이러스 벡터(AAV), 렌티바이러스 벡터, 레트로바이러스 벡터, 이들 중 임의의 것의 일부 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 나노입자 벡터는 중합체 기반 나노입자, 아미노지질 기반 나노입자, 금속성 나노입자(예: 금 기반 나노입자), 이들 중 임의의 것의 일부 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 벡터는 AAV 벡터를 포함할 수 있다. 벡터는 변형된 VP1 단백질을 포함하도록 변형될 수 있다(예: VP1 단백질을 포함하도록 변형된 AAV 벡터). AAV는 혈청형, 예컨대 AAV1 혈청형, AAV2 혈청형, AAV3 혈청형, AAV4 혈청형, AAV5 혈청형, AAV6 혈청형, AAV7 혈청형, AAV8 혈청형, AAV9 혈청형, 이들 중 임의의 것의 유도체, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
특정 양태에서, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드로서 기능하도록 의도된 올리고뉴클레오티드의 전달은 리포솜 전달을 통해 이루어진다. 특정 경우에, 리포솜은 양으로 하전된 리포솜일 수 있다. 특정 경우에, 리포솜은 음으로 하전된 리포솜일 수 있다. 다른 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 전달은 폴리머 전달이다. 다른 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 전달은 덴드리머 매개 전달이다. 다른 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 전달은 미세주사, 전기천공, 초음파, 유전자총 또는 유체역학 응용을 통해 이루어진다. 다른 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드의 전달은 나노입자와의 접합 또는 회합을 통해 이루어진다.
제약 제형
일부 양태에서, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 표적을 전달하기 위한 매우 다양한 제약 제형이 사용될 수 있다.
제약 제형은 제약상 허용되는 부형제, 희석제, 담체 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다.
제약 제형의 담체는 특정 경우에 고체 담체일 수 있으며 젖당, 테라 알바, 자당, 탈크, 젤라틴, 한천, 펙틴, 아카시아, 스테아르산 마그네슘, 스테아르산 등을 포함할 수 있다. 다른 경우에, 담체는 액체 담체이고 인산염 완충 식염수 용액, 시럽, 오일, 땅콩유, 올리브유, 물, 유제, 습윤제, 멸균 용액 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
제약 제형에 관한 일부 양태에서, 제약 제형은 제약상 허용되는 희석제를 포함할 수 있다. 희석제는 예를 들어 멸균 증류수, 탈이온수, 생리 식염수, 링거 용액, 포도당 용액, 세포 성장 배지, 인산염 완충 식염수(PBS) 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
제약 제형에 관한 일부 양태에서, 제약 제형은 부형제를 포함할 수 있다. 부형제와 관련된 경우, 부형제는 pH 작용제, 안정화제, 완충제, 가용화제, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 부형제는 계면활성제, 당, 아미노산, 항산화제, 염, 비이온성 계면활성제, 가용화제, 트리글리세리드, 알코올, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 부형제는 탄산나트륨, 아세트산염, 시트르산염, 인산염, 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 인간 혈청 알부민(HSA), 소르비톨, 자당, 트레할로스, 폴리소르베이트 80, 인산나트륨, 자당, 인산이나트륨, 만니톨, 폴리소르베이트 20, 히스티딘, 구연산염, 알부민, 수산화나트륨, 글리신, 구연산나트륨, 트레할로스, 아르기닌, 아세트산나트륨, 아세트산염, HCl, 에데트산이나트륨, 레시틴, 글리세린, 잔탄 고무, 대두 이소플라본, 폴리소르베이트 80, 에틸 알코올, 물, 테프레논 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 부형제는 Handbook of Pharmaceutical Excipients, American Pharmaceutical Association(1986)에 설명된 부형제일 수 있다.
본 개시내용에는 본원에 기술된 조성물의 제약상 허용되는 염을 비롯한 염이 포함될 수 있다. 충분히 산성이거나 충분히 염기성이거나 두 작용기를 모두 보유할 수 있는 본 개시내용의 화합물 또는 조성물은 다수의 무기 염기, 무기산 또는 유기산 중 임의의 것과 반응하여 염을 형성할 수 있다. 대안적으로, 4차 질소를 갖는 것과 같이 본질적으로 하전된 화합물을 함유하는 조성물은 적절한 반대이온, 예를 들어 브롬화물, 염화물 또는 불화물, 특히 브롬화물과 같은 할로겐화물과의 염을 형성할 수 있다.
제약 조성물은 제1 활성 성분을 포함할 수 있다. 제1 활성 성분은 본원에 기술된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 제약 조성물은 단위 용량 형태로 제형화될 수 있다. 제약 조성물은 제약상 허용되는 부형제, 희석제 또는 담체를 포함할 수 있다. 제약 조성물은 제2 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 같은 제2, 제3 또는 제4 활성 성분을 포함할 수 있다.
일부 경우에, 변형을 포함하는 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염은 일정 기간 동안 방 안에 놓인 폐쇄된 용기에 저장될 경우 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염의 초기 양의 적어도 약 80%로 남아 있을 것이다. 일부 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 초기 양의 적어도 약 70%로 남아 있을 것이다. 일부 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 초기 양의 적어도 약 90%로 남아 있을 것이다. 일부 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 99%로 남아 있을 것이다. 일부 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 적어도 약 60% 내지 약 적어도 80%일 수 있다. 일부 경우에, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 적어도 약 80% 내지 적어도 약 99%일 수 있다. 일부 경우에, 저장 기간은 적어도 1개월일 수 있다. 일부 경우에, 저장 기간은 적어도 약 3개월일 수 있다. 일부 경우에, 저장 기간은 적어도 약 1년일 수 있다. 일부 경우에, 저장 기간은 적어도 약 1, 2, 4, 6, 8, 12, 18, 24, 36, 48 또는 60개월일 수 있다. 일부 경우에, 저장 기간은 적어도 약 1개월 내지 약 적어도 1년일 수 있다. 일부 경우에, 저장 기간은 적어도 약 6개월 내지 적어도 약 2년일 수 있다. 일부 경우에, 저장 기간은 적어도 약 1개월 내지 적어도 약 5년일 수 있다.
일부 양태에서, 제약 조성물은 적합한 단위 용량으로 대상체에게 투여될 수 있다. 제약 조성물은 단위 투여 형태일 수 있다. 일부 경우에, 단위 용량은 특정 구성의 활성 성분과 불활성 성분, 희석제 또는 부형제의 특정 혼합물과 함께 사용하기 위해 시판되고, 전달될 특정 용량으로 배분되는 형태의 의약 완제품을 의미할 수 있다. 일부 경우에, FDA가 단위 용량을 "포장" 또는 "조제"로 구분하지만 단위 용량에는 재사용이 불가능한 포장이 포함될 수도 있다. 1 초과의 단위 용량은 함께 포장된 개별 의약 완제품을 의미할 수 있거나, 또는 여러 약물 및/또는 용량을 포함하는 단일 의약 완제품을 의미할 수 있다. 일부 경우에, 용어 단위 용량은 때때로 제약 조성물을 포함하는 입자 및 관련된 임의의 혼합물을 지칭할 수도 있다. 일부 경우에, 단위 용량 유형이 약물 전달을 위한 투여 경로와 전달되는 물질(들)에 따라 달라질 수 있다. 일부 양태에서, 투여는 정맥내, 복강내, 동맥내, 종양간, 피하, 근육내, 비강내, 국소, 경구 또는 피내 투여를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 투여는 흡입 투여를 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 투여 요법은 주치의 및 임상적 요인에 의해 결정될 수 있다. 일부 양태에서, 대상체에 대한 투여량은 대상체의 사이즈, 체표면적, 연령, 성별, 전반적인 건강 상태, 투여할 화합물, 투여 시간 및 경로, 동시에 투여되는 다른 약물, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 여러 요인에 따라 다를 수 있다. 일부 양태에서, 용량 범위는 0.001 내지 1000 μg을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 용량은 이러한 범위보다 낮거나 높을 수 있다. 일부 양태에서, 제약 조성물의 정기적인 투여로서의 요법은 1 μg 내지 10 mg 범위일 수 있다. 일부 양태에서, 제약 조성물의 정기적인 투여로서의 요법은 1일, 1주 또는 1개월당 102 단위 내지 1012 단위 범위일 수 있다. 일부 경우에, 단위는 벡터 또는 ASO일 수 있다. 일부 양태에서, 요법이 연속 주입을 포함하는 경우, 이는 각각 분당 체중 1 kg당 1 μg 내지 10,000 mg의 제약 조성물 또는 조작된 폴리뉴클레오티드 또는 조작된 폴리뉴클레오티드를 암호화하는 DNA 또는 조작된 폴리뉴클레오티드를 함유하거나 암호화하는 벡터의 범위일 수 있다. 일부 경우에, 범위는 체중 1 kg당 1 mg 내지 체중 1 kg당 1000 mg이다. 일부 양태에서, 주기적인 평가에 의해 진행이 모니터링될 수 있다.
본 개시내용의 일부 양태에서, 제약 조성물이 액체인 경우, 이는 예컨대, 약 1 ml 내지 약 5 ml, 약 5 ml 내지 10 ml, 약 15 ml 내지 약 20 ml, 약 25 ml 내지 약 30 ml, 약 30 ml 내지 약 50 ml, 약 50 ml 내지 약 100 ml, 약 100 ml 내지 150 ml, 약 150 ml 내지 약 200 ml, 약 200 ml 내지 약 250 ml, 약 250 ml 내지 약 300 ml, 약 300 ml 내지 약 350 ml, 약 350 ml 내지 약 400 ml, 약 400 ml 내지 약 450 ml, 약 450 ml 내지 500 ml, 약 500 ml 내지 750 ml, 또는 약 750 ml 내지 1000 ml의 액체 용량 형태로 투여될 수 있다.
일부 양태에서, 본원에 기술된 조성물은 이를 필요로 하는 대상체에게 1일 이상 투여될 수 있다. 일부 양태에서, 투여는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 또는 약 31일 동안 있을 수 있다. 일부 양태에서, 투여는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 또는 약 24개월 동안 있을 수 있다. 일부 양태에서, 투여는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 약 50년 이상 동안 있을 수 있다. 일부 경우에, 투여는 평생 동안 있을 수 있다. 일부 양태에서, 본원에 기술된 제약 조성물은, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20일 이상 투여될 수 있다. 일부 경우에, 본원에 기술된 조성물은 연속적인 날 또는 비연속적인 날에 투여될 수 있다. 일부 경우에, 본원에 기술된 조성물은 1일 1회를 초과하여 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 경우에, 본원에 기술된 조성물이 1일 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10회 이상 대상체에게 투여될 수 있다.
일부 양태에서, 본원에 개시된 바와 같은 조성물의 사용 방법이 본원에 개시된다. 일부 양태에서, 일일 경구 투여 요법은 총 체중의 킬로그램당 약 0.1 밀리그램(mg/kg) 내지 약 80 mg/kg, 약 0.2 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 또는 약 0.5 mg/kg 내지 약 15 mg/kg일 수 있다. 일부 양태에서, 일일 비경구 투여 요법은 총 체중의 약 0.1 mg/kg 내지 약 10,000 mg/kg, 약 0.2 mg/kg 내지 약 5,000 mg/kg, 또는 약 0.5 mg/kg 내지 약 10,000 mg/kg을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 일일 국소 투여 요법은 약 0.1 mg 내지 약 500 mg일 수 있다. 일부 양태에서, 일일 투여 요법은 1일 약 0.01 mg/kg 내지 약 1,000 mg/kg일 수 있다. 일부 양태에서, 조성물의 개별 투여량의 최적의 양 및 간격은 치료되는 병태의 특성 및 정도, 투여 형태, 경로 및 부위, 및 치료되는 특정 대상체에 의해 결정될 수 있으며, 이러한 최적은 바람직하게는 본원에 기술된 방법에 의해 결정된다. 일부 양태에서, 정의된 일수 동안 1일당 제공되는 조성물의 용량 수는 치료 결정 테스트의 통상적인 과정을 사용하여 당업자에 의해 확인될 수 있다. 일부 양태에서, 투여 요법은 주치의 및 다른 임상적 요인에 의해 결정될 수 있다. 일부 양태에서, 임의의 한 대상체에 대한 투여량은 여러 요인에 따라 달라질 수 있다. 일부 양태에서, 투여량에 영향을 미치는 요인은 대상체의 사이즈, 체표면적, 연령, 투여할 특정 화합물, 성별, 투여 시간 및 경로, 전반적인 건강, 동시에 투여되는 다른 약물 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 주기적인 평가에 의해 진행이 모니터링될 수 있다.
제약 제형이 투여될 수 있으며, 일일 경구 투여 요법은 총 체중의 킬로그램당 약 0.1 밀리그램(mg/kg) 내지 약 80 mg/kg, 약 0.2 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 또는 약 0.5 mg/kg 내지 약 15 mg/kg일 수 있다. 일부 양태에서, 일일 비경구 투여 요법은 총 체중의 약 0.1 mg/kg 내지 약 10,000 mg/kg, 약 0.2 mg/kg 내지 약 5,000 mg/kg, 또는 약 0.5 mg/kg 내지 약 10,000 mg/kg을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 일일 국소 투여 요법은 약 0.1 mg 내지 약 500 mg일 수 있다. 일부 양태에서, 일일 투여 요법은 1일 약 0.01 mg/kg 내지 약 1,000 mg/kg일 수 있다. 일부 양태에서, 조성물의 개별 투여량의 최적의 양 및 간격은 치료되는 병태의 특성 및 정도, 투여 형태, 경로 및 부위, 및 치료되는 특정 대상체에 의해 결정될 수 있으며, 이러한 최적은 바람직하게는 본원에 기술된 방법에 의해 결정된다. 일부 양태에서, 정의된 일수 동안 1일당 제공되는 조성물의 용량 수는 치료 결정 테스트의 통상적인 과정을 사용하여 당업자에 의해 확인될 수 있다. 일부 양태에서, 투여 요법은 주치의 및 다른 임상적 요인에 의해 결정될 수 있다. 일부 양태에서, 임의의 한 대상체에 대한 투여량은 여러 요인에 따라 달라질 수 있다. 일부 양태에서, 투여량에 영향을 미치는 요인은 대상체의 사이즈, 체표면적, 연령, 투여할 특정 화합물, 성별, 투여 시간 및 경로, 전반적인 건강, 동시에 투여되는 다른 약물 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 주기적인 평가에 의해 진행이 모니터링될 수 있다.
RNA 전사체의 일부를 포함하는 RNA에 혼성화하도록 구성된 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드(여기서 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나의 올리고뉴클레오티드와 적어도 70%의 서열 동일성을 포함함), 상기 올리고뉴클레오티드를 암호화하거나 포함하는 벡터, 및 제약상 허용되는 부형제, 희석제 또는 담체를 포함하는 신경근 질환을 치료 또는 예방하기 위한 조성물 또는 제형이 본원에서 사용될 수 있다. 일부 경우에, 신경근 질환은 얼굴-어깨-팔 근육영양장애이다. 다른 양태에서, 얼굴-어깨-팔 근육영양장애의 치료 및 예방을 위한 의약품의 제조에서 RNA 전사체의 일부를 포함하는 RNA에 혼성화하도록 구성된 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드(여기서 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 서열번호 41,923 내지 42,115 중 임의의 하나의 올리고뉴클레오티드와 적어도 70%의 서열 동일성을 포함함) 및 제약상 허용되는 부형제, 희석제 또는 담체의 용도를 필요로 할 수 있다.
공동 요법
일부 양태에서, 공동 요법과 조합하여 대상체에게 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염을 투여하는 방법이 본원에 개시된다. 일부 양태에서, 하나 이상의 추가 공동 요법이 동시에 투여될 수 있다. 일부 양태에서, 하나 이상의 추가 치료제가 연속적으로 투여될 수 있다. 일부 경우에, 공동 요법은 면역요법, 호르몬 요법, 냉동 요법, 수술 절차 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 공동 요법은 소분자와 같은 제약 조성물의 투여를 포함할 수 있다. 공동 요법은 하나 이상의 항생제와 같은 제약 조성물의 투여를 포함할 수 있다. 공동 요법은 근육 이완제, 항우울제, 스테로이드, 오피오이드, 대마초 기반 치료제, 아세트아미노펜, 비스테로이드성 항염증제, 신경병증제, 대마초, 프로게스틴, 프로게스테론 또는 이들의 임의의 조합의 투여를 포함할 수 있다. 신경병증제는 가바펜틴을 포함할 수 있다. 비스테로이드성 항염증제는 나프록센, 이부프로펜, COX-2 억제제 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 제2 치료법은 생물학적 제제의 투여, 세포 치료법, 재생 의학 요법, 조직 공학 접근법, 줄기 세포 이식 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 공동 요법은 의료 절차를 포함할 수 있다. 의료 절차는 경막외 주사(예: 스테로이드 주사), 침술, 운동, 물리 치료, 초음파, 수술 요법, 카이로프랙틱 처치, 정골요법 처치, 화학핵용해술 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 공동 요법은 호흡 보조 장치 또는 인공호흡기의 사용을 포함할 수 있다. 공동 요법은 재생 요법 또는 단백질, 줄기 세포, 제대혈 세포, 제대 조직, 조직, 또는 이들의 임의의 조합과 같은 면역요법의 투여를 포함할 수 있다. 제2 치료법은 항염증 화합물 또는 항섬유증 화합물, 예컨대 피르페니돈, 닌테다닙, 토실리주맙, 마이코페놀레이트 모페틸/마이코페놀산 프레드니손, 아자티오프린 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 제2 치료법은 바이오시밀러를 포함할 수 있다.
일부 양태에서, 공동 요법이 약제인 경우, 약제는 고정 용량 복합 약물의 형태로 제약 조성물에 포함된다.
일부 경우에, 공동치료 용량 요법은 약 1주, 약 2주, 약 3주, 약 4주, 약 6주, 약 7주, 약 8주, 약 9주, 약 10주, 또는 약 12주의 지속기간 동안 투여될 수 있다. 일부 경우에, 용량 요법은 약 1개월, 약 2개월, 약 3개월, 약 4개월, 약 6개월, 약 7개월, 약 8개월, 약 9개월, 약 10개월, 또는 약 12개월의 지속기간 동안 투여될 수 있다. 일부 경우에, 용량 요법은 약 1년, 약 2년 또는 약 3년 초과의 지속기간 동안 투여될 수 있다.
일부 양태에서, 본원에 개시된 공동 요법 조성물의 사용 방법이 본원에 개시된다. 일부 양태에서, 일일 경구 투여 요법은 총 체중의 킬로그램당 약 0.1 밀리그램(mg/kg) 내지 약 80 mg/kg, 약 0.2 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 또는 약 0.5 mg/kg 내지 약 15 mg/kg일 수 있다. 일부 양태에서, 일일 비경구 투여 요법은 총 체중의 약 0.1 mg/kg 내지 약 10,000 mg/kg, 약 0.2 mg/kg 내지 약 5,000 mg/kg, 또는 약 0.5 mg/kg 내지 약 10,000 mg/kg을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 일일 국소 투여 요법은 약 0.1 mg 내지 약 500 mg일 수 있다. 일부 양태에서, 일일 투여 요법은 1일 약 0.01 mg/kg 내지 약 1,000 mg/kg일 수 있다. 일부 양태에서, 조성물의 개별 투여량의 최적의 양 및 간격은 치료되는 병태의 특성 및 정도, 투여 형태, 경로 및 부위, 및 치료되는 특정 대상체에 의해 결정될 수 있으며, 이러한 최적은 바람직하게는 본원에 기술된 방법에 의해 결정된다. 일부 양태에서, 정의된 일수 동안 1일당 제공되는 조성물의 용량 수는 치료 결정 테스트의 통상적인 과정을 사용하여 당업자에 의해 확인될 수 있다. 일부 양태에서, 투여 요법은 주치의 및 다른 임상적 요인에 의해 결정될 수 있다. 일부 양태에서, 임의의 한 대상체에 대한 투여량은 여러 요인에 따라 달라질 수 있다. 일부 양태에서, 투여량에 영향을 미치는 요인은 대상체의 사이즈, 체표면적, 연령, 투여할 특정 화합물, 성별, 투여 시간 및 경로, 전반적인 건강, 동시에 투여되는 다른 약물 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 주기적인 평가에 의해 진행이 모니터링될 수 있다.
일부 양태에서, 본원에 기술된 공동 요법은 이를 필요로 하는 대상체에게 1일 이상 투여될 수 있다. 일부 양태에서, 투여는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 또는 약 31일 동안 있을 수 있다. 일부 양태에서, 투여는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 또는 약 24개월 동안 있을 수 있다. 일부 양태에서, 투여는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 약 50년 이상 동안 있을 수 있다. 일부 경우에, 투여는 평생 동안 있을 수 있다. 일부 양태에서, 본원에 기술된 제약 조성물은 , 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20일 이상 투여될 수 있다. 일부 경우에, 본원에 기술된 조성물은 연속적인 날 또는 비연속적인 날에 투여될 수 있다. 일부 경우에, 본원에 기술된 조성물은 1일 1회를 초과하여 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 경우에, 본원에 기술된 조성물이 1일 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10회 이상 대상체에게 투여될 수 있다.
일부 양태에서, 약제의 정기적인 투여로서의 요법은 1 μg 내지 10 mg 범위일 수 있다. 일부 양태에서, 제약 조성물의 정기적인 투여로서의 요법은 1일, 1주 또는 1개월당 102 단위 내지 1010 단위 범위일 수 있다. 일부 양태에서, 요법이 연속 주입을 포함하는 경우, 이는 또한 1 μg 내지 10,000 mg의 약제 범위일 수 있다. 일부 경우에, 범위는 체중 1 kg당 1 mg 내지 체중 1 kg당 1000 mg이다. 일부 양태에서, 주기적인 평가에 의해 진행이 모니터링될 수 있다.
키트
키트는 용기 내의 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 용기 내의 핵산 구성체, 용기 내의 벡터, 용기 내의 제약 조성물을 포함할 수 있다. 키트는 용기 내의 1종 초과의 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 용기 내의 1종 초과의 벡터, 용기 내의 1종 초과의 핵산 구성체, 또는 용기 내의 1종 초과의 제약 조성물을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 용기는 플라스틱, 유리 또는 금속 용기일 수 있다. 용기는 주사기, 바이알, 앰플, 백, 병 등을 포함할 수 있다.
키트는 복수의 용기를 포함할 수 있으며, 각 용기는 1종 이상의 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 또는 핵산 구성체, 또는 벡터, 또는 제약 조성물을 포함한다. 키트는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 핵산 구성체, 벡터 또는 제약 조성물의 저장을 위한 부형제 또는 희석제 또는 완충제 또는 액체 또는 겔형 매체를 포함할 수 있다. 키트는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 핵산 구성체, 벡터 또는 제약 조성물의 대상체로의 생체 내 전달을 위한 부형제 또는 희석제 또는 완충제 또는 액체 또는 겔형 매체를 포함할 수 있다. 부형제 또는 희석제 또는 완충제 또는 액체 또는 겔형 매체는 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드(또는 핵산 구성체 또는 벡터 또는 제약 조성물)를 수용하는 용기에 포함되거나 별도의 용기에 수용될 수 있다. 키트는 주사기나 바늘과 같은 전달 수단을 포함할 수 있다. 키트는 다운스트림 분석을 위한 하나 이상의 시약을 포함할 수 있다.
일부 경우에, DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염이 약 21 내지 약 25℃(예컨대 약 21, 22, 23, 24, 25℃) 및 약 45% 내지 약 55%(예컨대 약 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%)의 상대 대기 습도에서 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월의 기간 동안 방 안에 놓인 폐쇄된 용기 내에 저장될 수 있을 경우, 초기 양의 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염의 초기 양의 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%가 남아 있다. 일부 경우에, 기간은 약 1개월 내지 약 1년일 수 있다. 일부 경우에, 기간은 약 1개월 내지 약 2년일 수 있다. 일부 경우에, 기간은 약 1개월 내지 약 6개월일 수 있다. 일부 경우에, 기간은 약 1개월 내지 약 3년일 수 있다. 일부 경우에, 기간은 약 1개월 내지 약 9개월일 수 있다.
진단
일부 경우에, 방법은 대상체를 질환에 걸린 것으로 진단하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 경우에, 진단은 생체 외 진단을 사용하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 경우에, 생체 외 진단은 동반 진단일 수 있다. 다른 경우에, 진단은 생체 내 진단을 포함할 수 있다.
진단 테스트는 영상화 절차, 혈구 수 분석, 조직 병리학 분석, 바이오마커 분석, 생검, 자기 공명 영상 절차, 신체 검사, 소변 검사, 초음파 촬영 절차, 유전자 검사, 간 기능 검사, 양전자 방출 단층촬영술, X선, 혈청학, 혈관조영술, 심전도술, 내시경검사, 진단적 중합효소 연쇄 반응 검사(PCR), 세포진검사, 헤마토크리트 검사, 피부 알레르기 검사, 소변 검사, 대장내시경 검사, ELISA(효소 결합 면역흡착 분석), 현미경 분석, 골수 검사, 신속 진단 검사, 임신 검사, 장기 기능 검사, 독성학 검사, 전염병 검사, 체액 검사 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
컴퓨터 제어 시스템
본 개시내용은 본 개시내용의 방법을 구현하도록 프로그래밍된 컴퓨터 제어 시스템을 제공한다. 도 15는 FSHD의 치료와 같은 치료 효과에 대한 다양한 구성체의 효능을 예측하거나 확인하도록 프로그래밍되거나 달리 구성된 컴퓨터 시스템(101)을 도시한다. 컴퓨터 시스템(101)은 예를 들어, 다양한 치료 표적에 대한 구성체의 모델링 또는 식별, 구성체의 효능 또는 안정성 모델링, 또는 이들의 임의의 조합과 같은 본 개시내용의 다양한 양태를 조절할 수 있다. 컴퓨터 시스템(101)은 사용자의 전자 장치일 수 있거나, 또는 전자 장치에 대해 원격에 위치한 컴퓨터 시스템일 수 있다. 전자 장치는 모바일 전자 장치일 수 있다.
컴퓨터 시스템(101)은 단일 코어 또는 멀티 코어 프로세서, 또는 병렬 처리를 위한 복수의 프로세서일 수 있는 중앙 처리 장치(CPU, 또한 본원에서 "프로세서" 및 "컴퓨터 프로세서")(105)를 포함한다. 컴퓨터 시스템(101)은 또한 메모리 또는 메모리 위치(110)(예를 들어, 랜덤 액세스 메모리, 읽기 전용 메모리, 플래시 메모리), 전자 저장 장치(115)(예를 들어, 하드 디스크), 하나 이상의 다른 시스템과 통신하기 위한 통신 인터페이스(120)(예를 들어, 네트워크 어댑터), 및 캐시, 기타 메모리, 데이터 저장 장치 및/또는 전자 디스플레이 어댑터와 같은 주변 장치(125)를 포함한다. 메모리(110), 저장 장치(115), 인터페이스(120) 및 주변 장치(125)는 마더보드와 같은 통신 버스(실선)를 통해 CPU(105)와 통신한다. 저장 장치(115)는 데이터를 저장하는 데이터 저장 장치(또는 데이터 저장소)일 수 있다. 컴퓨터 시스템(101)은 통신 인터페이스(120)의 도움으로 컴퓨터 네트워크("네트워크")(130)에 작동 가능하게 결합될 수 있다. 네트워크(130)는 인터넷, 인터넷 및/또는 엑스트라넷, 또는 인터넷과 통신하는 인트라넷 및/또는 엑스트라넷일 수 있다. 일부 경우에, 네트워크(130)는 원거리통신 및/또는 데이터 네트워크이다. 네트워크(130)는 클라우드 컴퓨팅과 같은 분산 컴퓨팅을 가능하게 할 수 있는 하나 이상의 컴퓨터 서버를 포함할 수 있다. 네트워크(130)는 일부 경우에 컴퓨터 시스템(101)의 도움으로 개인간 네트워크를 구현할 수 있으며, 이는 컴퓨터 시스템(101)에 결합된 장치가 클라이언트 또는 서버로 동작할 수 있게 할 수 있다.
CPU(105)는 프로그램이나 소프트웨어로 구현될 수 있는 일련의 기계 판독 가능 명령어를 실행할 수 있다. 명령어는 메모리(110)와 같은 메모리 위치에 저장될 수 있다. 명령어는 CPU(105)로 전달될 수 있으며, 이는 본 개시내용의 방법을 구현하기 위해 CPU(105)를 후속적으로 프로그래밍하거나 구성할 수 있다. CPU(105)에 의해 수행되는 동작의 예는 호출(fetch), 해석(decode), 실행(execute) 및 기록(writeback)을 포함할 수 있다.
CPU(105)는 집적 회로와 같은 회로의 일부일 수 있다. 시스템(101)의 하나 이상의 다른 구성요소가 회로에 포함될 수 있다. 일부 경우에, 회로는 ASIC(주문형 집적 회로)이다.
저장 장치(115)는 드라이버, 라이브러리 및 저장된 프로그램과 같은 파일을 저장할 수 있다. 저장 장치(115)는 사용자 데이터, 예를 들어 사용자 선호도, 사용자 프로그램을 저장할 수 있다. 일부 경우에 컴퓨터 시스템(101)은 인트라넷 또는 인터넷을 통해 컴퓨터 시스템(101)과 통신하는 원격 서버에 위치하는 것과 같이 컴퓨터 시스템(101) 외부에 있는 하나 이상의 추가 데이터 저장 장치를 포함할 수 있다.
컴퓨터 시스템(101)은 네트워크(130)를 통해 하나 이상의 원격 컴퓨터 시스템과 통신할 수 있다. 예를 들어, 컴퓨터 시스템(101)은 사용자의 원격 컴퓨터 시스템과 통신할 수 있다. 원격 컴퓨터 시스템의 예는 개인용 컴퓨터(예: 휴대용 PC), 슬레이트 또는 태블릿 PC(예: 애플(Apple®) 아이패드, 삼성(Samsung®) 갤럭시 탭), 전화기, 스마트폰(예: 애플(Apple®) 아이폰, 안드로이드 지원 장치, 블랙베리(Blackberry®)) 또는 개인용 디지털 보조 장치를 포함한다. 사용자는 네트워크(130)를 통해 컴퓨터 시스템(101)에 접속할 수 있다.
본원에 기술된 방법은 예를 들어 메모리(110) 또는 전자 저장 장치(115)와 같은 컴퓨터 시스템(101)의 전자 저장 위치에 저장된 기계(예: 컴퓨터 프로세서) 실행 가능 코드를 통해 구현될 수 있다. 기계 실행 가능 또는 기계 판독 가능 코드는 소프트웨어 형태로 제공될 수 있다. 사용 중에 코드는 프로세서(105)에 의해 실행될 수 있다. 일부 경우에, 코드는 저장 장치(1115)로부터 검색되어 프로세서(105)에 의한 즉시 액세스를 위해 메모리(110)에 저장될 수 있다. 일부 상황에서는 전자 저장 장치(115)가 배제될 수 있으며 기계 실행 가능 명령어가 메모리(110)에 저장된다.
코드는 코드를 실행하도록 조정된 프로세서가 있는 기계와 함께 사용하기 위해 사전 컴파일되고 구성될 수 있거나 런타임 중에 컴파일될 수 있다. 코드는 코드가 사전 컴파일된 방식 또는 컴파일된 방식으로 실행될 수 있도록 선택될 수 있는 프로그래밍 언어로 제공될 수 있다.
컴퓨터 시스템(101)과 같이 본원에 제공된 시스템 및 방법의 양태는 프로그래밍으로 구현될 수 있다. 본 기술의 다양한 양태는 일반적으로 기계(또는 프로세서) 실행 가능 코드 및/또는 기계 판독 가능 매체 유형으로 전달되거나 구현되는 관련 데이터 형태의 "제품" 또는 "제조품"으로 간주될 수 있다. 기계 실행 가능 코드는 메모리(예: 읽기 전용 메모리, 랜덤 액세스 메모리, 플래시 메모리) 또는 하드 디스크와 같은 전자 저장 장치에 저장될 수 있다. "저장소" 유형 매체는 컴퓨터, 프로세서 등의 유형 메모리 또는 다양한 반도체 메모리, 테이프 드라이브, 디스크 드라이브 등과 같은 관련 모듈 중 임의의 것 또는 모두를 포함할 수 있으며, 이는 소프트웨어 프로그래밍을 위해 언제든지 비일시적 저장소를 제공할 수 있다. 소프트웨어의 전체 또는 일부는 때때로 인터넷이나 기타 다양한 원거리통신 네트워크를 통해 전달될 수 있다. 예를 들어, 이러한 통신을 통해 한 컴퓨터 또는 프로세서에서 다른 컴퓨터 또는 프로세서로, 예를 들어 관리 서버 또는 호스트 컴퓨터에서 응용 서버의 컴퓨터 플랫폼으로 소프트웨어를 로드할 수 있다. 따라서, 소프트웨어 요소를 보유할 수 있는 또 다른 유형의 매체는 유선 및 광학 지상 네트워크 및 다양한 에어 링크를 통해 로컬 장치 간의 물리적 인터페이스에 걸쳐 사용되는 것과 같은, 광학, 전기 및 전자기파를 포함한다. 유무선 링크, 광학 링크 등과 같이 이러한 파동을 전달하는 물리적 요소도 소프트웨어를 보유하는 매체로 간주될 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 비일시적, 유형의 "저장" 매체로 제한되지 않는 한, 컴퓨터 또는 기계의 "판독 가능 매체"와 같은 용어는 실행을 위해 프로세서에 명령어를 제공하는 데 참여하는 임의의 매체를 지칭한다.
따라서, 컴퓨터 실행 가능 코드와 같은 기계 판독 가능 매체는 유형의 저장 매체, 반송파 매체 또는 물리적 전송 매체를 포함하지만 이에 제한되지 않는 여러 형태를 취할 수 있다. 비휘발성 저장 매체는 예를 들어, 도면에 도시된 데이터베이스 등을 구현하는 데 사용될 수 있는 것과 같은 임의의 컴퓨터(들) 등의 임의의 저장 장치와 같은 광학 또는 자기 디스크를 포함한다. 휘발성 저장 매체는 이러한 컴퓨터 플랫폼의 메인 메모리와 같은 동적 메모리를 포함한다. 유형의 전송 매체는 동축 케이블; 컴퓨터 시스템 내의 버스를 포함하는 전선을 포함한 구리선 및 광섬유를 포함한다. 반송파 전송 매체는 전기 또는 전자기 신호, 또는 무선 주파수(RF) 및 적외선(IR) 데이터 통신 중에 생성되는 것과 같은 음향 또는 광파의 형태를 취할 수 있다. 따라서 컴퓨터 판독 가능 매체의 일반적인 형태는 예를 들어, 다음을 포함한다: 플로피 디스크, 유연성 디스크, 하드 디스크, 자기 테이프, 임의의 기타 자기 매체, CD-ROM, DVD 또는 DVD-ROM, 임의의 기타 광학 매체, 펀치 카드 종이 테이프, 구멍 패턴이 있는 임의의 기타 물리적 저장 매체, RAM, ROM, PROM 및 EPROM, FLASH-EPROM, 임의의 기타 메모리 칩 또는 카트리지, 데이터 또는 명령어를 전송하는 반송파, 이러한 반송파를 전송하는 케이블 또는 링크, 또는 컴퓨터가 프로그래밍 코드 및/또는 데이터를 판독할 수 있는 임의의 기타 매체. 이러한 형태의 컴퓨터 판독 가능 매체 중 다수는 실행을 위해 하나 이상의 명령어의 하나 이상의 시퀀스를 프로세서에 전달하는 것과 관련될 수 있다.
컴퓨터 시스템(101)은 예를 들어 하나 이상의 결과(즉각적인 결과 또는 이전 방법으로부터의 보관된 결과), 하나 이상의 사용자 입력, 라이브러리 또는 데이터베이스로부터의 참조 값 또는 이의 파생물, 또는 이들의 임의의 조합을 제공하기 위한 사용자 인터페이스(UI)(140)를 포함하는 전자 디스플레이(135)를 포함하거나 이와 통신할 수 있다. UI의 예는 그래픽 사용자 인터페이스(GUI) 및 웹 기반 사용자 인터페이스를 제한 없이 포함한다.
일부 경우에, 도 15에 도시된 바와 같이, 유전 물질을 포함하는 샘플(202)은 인간 대상체와 같은 대상체(201)로부터 획득될 수 있다. 샘플(202)은 분석 수행과 같이 본원에 기술된 하나 이상의 방법을 거칠 수 있다. 일부 경우에, 분석은 서열분석(예: 나노기공 서열분석), 유전자형 분석, 혼성화, 증폭, 표지화 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 방법으로부터의 하나 이상의 결과가 프로세서(204)에 입력될 수 있다. 샘플 식별, 대상체 식별, 샘플 유형, 참조 또는 기타 정보와 같은 하나 이상의 입력 매개변수가 프로세서(204)에 입력될 수 있다. 분석으로부터 하나 이상의 측정항목이 프로세서(204)에 입력되어 프로세서가 신경근 질환 진단 또는 치료 권장 사항과 같은 결과를 생성할 수 있다. 프로세서는 결과, 입력 매개변수, 측정항목, 참조 또는 이들의 임의의 조합을 시각적 디스플레이 또는 그래픽 사용자 인터페이스와 같은 디스플레이(205)에 전송할 수 있다. 프로세서(204)는 (i) 결과, 입력 매개변수, 측정항목 또는 이들의 임의의 조합을 서버(207)에 전송할 수 있거나, (ii) 서버(207)로부터 결과, 입력 매개변수, 측정항목 또는 이들의 임의의 조합을 수신할 수 있거나, (iii) 또는 이들의 조합을 수행할 수 있다.
본 개시내용의 방법 및 시스템은 하나 이상의 알고리즘을 통해 구현될 수 있다. 알고리즘은 중앙 처리 장치(105)에 의해 실행될 때 소프트웨어를 통해 구현될 수 있다. 예를 들어, 알고리즘은 지도 학습을 통해 최적화된 구성체를 결정하여 치료 효능, 안정성 또는 하나 이상의 구성체의 다른 속성을 최적화할 수 있다.
실시예
실시예 1: 골격근 샘플로부터의 DUX4 서열
총 95개 골격근 샘플의 RNA-seq 데이터로부터 분석을 수행하였는데, 이 중 70개는 FSHD 환자로부터, 25개는 건강한 개체로부터 유래되었다. 사용된 샘플은 공개적으로 사용 가능한 세 가지 데이터 세트에서 유래되었다: Yao et al. 2014 (28) Wong et al. 2020 (17) 및 Wang et al. 2019 (29). 이 분석의 결과는 도 3에 도시되어 있다. 그러나 이 접근법은 DUX4가 서열 샘플당 1 또는 2개의 리드만 식별될 정도로 낮은 수준으로 발현된다는 사실로 인해 DUX4 암호화 서열에 대해 대부분의 환자에서 RNA 서열 변이를 예측하기에 충분한 데이터를 생성하는 데 성공하지 못했다. 개체 간의 서열 변이를 확실하게 예측하려면 일반적으로 샘플당 50 내지 100x의 리드 카운트가 필요하다. 엑손 1에 위치한 DUX4의 작은 영역만이 이 기준을 충족했다.
실시예 2: 고환 샘플로부터의 DUX4 서열
이 부정적인 가설을 테스트하기로 결정하고 206명의 고환 샘플의 RNA-seq 데이터(30)를 분석하였다. 예상외로, 이 데이터 세트는 이 서열에 걸쳐 117X의 평균 커버리지를 가는, 근육 특이적 전사체의 엑손 1,2,3에 걸친 변이를 예측하는 데 충분했다(도 4). 이 데이터 세트로부터 본 발명자들은 85%를 초과하여 보존된 DUX4 암호화 서열의 여러 영역을 생성할 수 있었으며, 이는 접근법의 가능성을 보여주었다. 그러나 DUX4의 여러 영역은 아마도 스플라이스 이소형의 차이로 인해 보존을 정확하게 예측할 만큼 충분한 커버리지를 여전히 갖지 못했다.
실시예 3: 결합된 근육 및 고환 샘플 데이터베이스로부터의 DUX4 서열.
이 문제를 해결하기 위해, 본 발명자들은 매우 독특하고 전례 없는 접근법을 취하여 근육 RNA-seq와 고환 RNA-seq를 하나의 병합된 데이터 세트로 결합하고 분석을 수행했다. 이 최종 분석을 위해 GTEX에서 486개의 고환 샘플을 얻을 수 있었고 실시예 1로부터의 95개의 골격근 샘플을 활용하였다. 이 최종 분석으로 DUX4 유전자의 97% 이상에 대해 >50x의 리드 커버리지를 산출하는 최상의 데이터를 생성하여, 환자 간에 85%를 초과하여 보존된 DUX4 표적 부위 및 OTN 쌍을 정확하게 예측할 수 있었다(표 4). 전술한 바와 같이 DNA 형태로 표시되는 모든 결과 OTN 서열 및 쌍을 이루는 DUX4 표적 부위 서열은 서열번호 1 내지 41,922를 포함하는 xml 파일로 제출된다. 이 데이터는 FSHD 환자의 대다수에서 보존되어 있는 DUX4 서열의 15~25개 염기의 적합한 스트레치를 확인하고 OTN 약물 개발을 위해 선택하는 데 유용할 것이다.
보존된 DUX4 영역
190173724-190173916, 190173917-190173950, 190173951-190174011, 190174012-190174073, 190174074-190174231, 190174232-190174291, 190174292-190174343, 190174344-190174517, 190174518-190174941, 190174942-190175068, 190175069-190175149, 190175150-190175197, 190175198-190175218, 190175219-190175285, 190175286-190175414, 190175415-190175588, 190175589-190175654, 190175655-190175713, 190175714-190175816, 190175817-190175918, 190175919-190176359, 190176360-190176589, 190176590-190178325, 190178326-190178341, 190178342-190178384, 190178385-190178402, 190178403-190178458, 190178459-190178528, 190178529-190178585, 190178586-190178886, 190178887-190179164, 190179165-190179573, 190179574-190179602, 190179603-190179746, 190179747-190179926, 190179927-190180010, 190180011-190180125, 190180126-190180225, 190180226-190181024, 190181025-190181092, 190181093-190181112, 190181113-190181219, 190181220-190181254, 190181255-190181291, 190181292-190181441, 190181442-190181625, 190181626-190181656, 190181657-190181909, 190181910-190181954, 190181955-190182178, 190182179-190182208, 190182209-190182254, 190182255-190182357, 190182358-190182437, 190182438-190183539, 190183540-190183738, 190183739-190183811, 190183812-190183834, 190183835-190184392, 190184393-190184588, 190184589-190184611, 190184612-190184807, 190184808-190184858, 190184859-190185155, 190185156-190185731, 190185732-190185762, 190185763-190185826, 190185827-190185947.
표 4와 관련하여 염색체 4q35의 DUX4를 암호화하는 인접 서열은 개체 간에 85%를 초과하여 보존되어 있으며 FSHD 치료를 위해 DUX4를 표적화하는 ONT의 표적 부위 역할을 할 수 있다. DUX4의 DNA 서열과 나열된 좌표는 Ensemble 릴리스 101(GRCh38.p13)과 일치한다.
도 1을 참조하면, 이 도면은 FSHD로 이어지는 유전자 변형을 도시한다. FSHD에서 1형은 염색체 4q35의 D4Z4 반복부의 약 100개에서 11개 미만의 반복부로의 결실로 인해 염색질이 열리고 DUX4가 발현된 결과이다. FSHD 2형은 후성적 인자 SMCHD1의 기능 상실 돌연변이로 인한 4q35의 D4Z4 반복부의 탈메틸화, 염색질 개방 및 DUX4 발현의 결과이다.
도 2를 참조하면, 이 도면은 D4Z4 영역에서 유래한 교대로 스플라이싱된 DUX4 전사체를 보여준다. ENST00000616166.1, ENST00000569241.5 및 ENST00000570263.5는 근육 조직에서 발현될 경우 FSHD와 연관된다. 전사체 ENST00000565211.1, ENST00000563716.5 및 ENST00000564366.1은 일반적으로 다른 조직에서 발현되며 이 장애와 연관되지 않는다. 예를 들어 ENST00000563716.5는 고환에서 발현된다.
도 3을 참조하면, 이 도면은 FSHD 및 건강한 근육 생검 조직에서 교대로 스플라이싱된 DUX4 전사체의 RNA-Seq 데이터로부터의 리드 커버리지를 보여준다.
도 4를 참조하면, 이 도면은 고환으로부터 교대로 스플라이싱된 DUX4 전사체의 RNA-Seq 데이터로부터의 리드 커버리지를 보여준다. 교대로 스플라이싱된 DUX 전사체 ENST00000616166.1, ENST00000569241.5 및 ENST00000570263.5는 근육 조직에서 발현될 경우 FSHD와 연관된다.
도 5를 참조하면, 이 도면은 DUX4 표적화된 ASO의 화학적 변형이 생물학적 뉴클레아제에 대한 ASO 안정성을 개선할 수 있음을 보여준다. DUX4 표적화된 ASO를 표시된 시간 동안 37℃에서 10% 인간 혈청에서 배양하였다. 각 시점의 ASO 안정성을 우레아-PAGE를 변성시켜 시각화하였다. 비변형 올리고는 반감기가 매우 낮은 변형되지 않은 DNA 핵산의 예를 보여주고, 음성 대조군 올리고는 DUX4를 표적으로 하지 않지만 유사한 화학적 변형이 있는 ASO를 보여주며, 다른 패널은 DUX4를 표적으로 하는 화학적으로 조작된 ASO를 보여준다. 예외적인 예는 7일(168시간)까지 생물학적 뉴클레아제에 대한 안정성을 나타낸다.
표 5를 참조하면, 이 표는 생물학적 뉴클레아제에 대해 DUX4를 표적으로 하는 화학적으로 변형된 ASO의 계산된 반감기를 보여준다. DUX4 ASO를 다양한 시점에서 37℃에서 10% 인간 혈청에서 배양하고, 우레아-PAGE를 통해 시각화하였다. 각 시점에서 농도측정을 수행하였고, 각 시점에서의 ASO 안정성을 식 N (T) =N 0 (1/2) t/t (1/2) 을 기반으로 계산하고 평균을 구했다. 식에서, N (T) 는 시점 t에서의 신호이고, N 0 는 뉴클레아제와 함께 배양하기 전 시작 시의 신호이고, t(1/2)는 반감기이다. 비변형은 화학적으로 변형되지 않은 RNA를 지칭하고 음성 대조군 올리고는 화학적으로 변형되었지만 DUX4를 표적으로 하지 않는 ASO를 지칭한다.
인간 혈청 반감기
ASO ID 반감기(시간) ASO ID 반감기(시간)
비변형 0.05 AS-DX-059-1 >720
음성 대조군 올리고 >720 AS-DX-098-1 427
AS-DX-001 119 AS-DX-099-1 >720
AS-DX-002-1 15 AS-DX-027-2 >720
AS-DX-002-2 291 AS-DX-027-3 >720
AS-DX-005-1 63 AS-DX-027-4 >720
AS-DX-008-1 124 AS-DX-100-01 >720
AS-DX-010-1 150 AS-DX-101-01 >720
AS-DX-010-2 505 AS-DX-102-01 >720
AS-DX-011-1 282 AS-DX-103-01 >720
AS-DX-012-1 700 AS-DX-105-01 353
AS-DX-015-1 336 AS-DX-033-2 601
AS-DX-101-1 139 AS-DX-033-3 >720
AS-DX-102-1 238 AS-DX-107-1 433
AS-DX-103-1 77 AS-DX-108-1 334
AS-DX-104-1 108 AS-DX-50-3 >720
AS-DX-105-1 45 AS-DX-50-4 >720
AS-DX-106-1 256 AS-DX-110-1 668
AS-DX-107-1 128 AS-DX-111-1 540
AS-DX-108-1 118 AS-DX-59-2 611
AS-DX-120-1 111 AS-DX-112-1 >720
AS-DX-007-1 >720 AS-DX-59-3 >720
AS-DX-016-1 >720
AS-DX-018-1 387
AS-DX-023-1 339
AS-DX-025-1 857
AS-DX-027-1 487
AS-DX-028-1 221
AS-DX-029-1 377
AS-DX-030-1 538
AS-DX-033-1 198
AS-DX-038-1 174
AS-DX-040-1 322
AS-DX-041-1 >720
AS-DX-050-1 350
AS-DX-052-1 91
AS-DX-057-1 401
도 6a를 참조하면, 이 도면은 조작된 DUX4 ASO에 대한 선천적 면역자극의 감소를 보여준다. 인간 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)(약 2~6 x 105개 세포)를 둥근 바닥 96웰 플레이트에 플레이팅하고 133 nM 농도의 표시된 ASO에서 RNAiMAX 시약을 사용하여 48시간 동안 형질감염시켰다. 상청액 배지의 IFN-α(왼쪽 축) 및 TNF-α(오른쪽 축) 수준을 6명의 환자에 대해 ELISA에 의해 정량화하였다. 폴리(dA:dT)(양성 대조군 #1) 및 면역자극 올리고뉴클레오티드(양성 대조군 #2)가 면역자극에 대한 양성 대조군 역할을 했다. 올리고뉴클레오티드가 없는 RNAiMAX는 기준선 음성 대조군(기준선) 역할을 한 반면, DUX4를 표적으로 하지 않는 비면역자극성 RNA를 사용한 형질감염(음성 대조군)은 낮은 면역자극을 나타냈다.
도 6b를 참조하면, 이 도면은 Raw-Blue 세포 분석(Invivogen, raw-sp)을 통해 조작된 DUX4 ASO에 대한 선천적 면역자극의 감소를 추가로 보여준다. 간략하게, 세포를 10% FBS(Thermo, 10082147)가 포함된 DMEM(Thermo, 11965092) 내 U 바닥 96웰 플레이트(Thermo, 163320)에 150 uL 중 100,000개 세포/웰로 플레이팅했다. 24시간 후, OptiMEM(Thermo, 31985088) 22.34 uL를 10 uM ASO(웰당) 2.66 uL 및 리포펙타민 1 uL(웰당)와 혼합한다. 그런 다음 리포펙타민/ASO 혼합물을 Raw Cells의 각 웰에 첨가하여 최종 ASO 농도를 133 nM로 만든다. 폴리(dA:dT)(Invivogen, tlrl-patn) @ 1~10 ng/mL, CpG(invivogen, tlrl-1585) @ 133 nM을 양성 대조군으로 사용한다. 세포를 형질감염/ASO 혼합물과 함께 37도/5% CO2에서 1일 동안 배양한다. 배양 후, 플레이트를 300 xg에서 5분 동안 부드럽게 회전시킨 후 각 웰에서 20 uL를 수집하고 새로운 96웰 평판 플레이트(VWR, 29442-056)에 첨가한다. QUANTI-Blue(Invivogen, rep-qbs) 180 uL를 각 웰의 상청액에 첨가하고 37도/5% CO2에서 30m~6시간 동안 배양한다. Cytation 5(Biotek)를 사용하여 620~655 nm에서 흡광도를 판독한다. 데이터는 6개의 반복 웰의 평균을 나타내고 오차 막대는 표준 편차를 나타낸다.
도 7을 참조하면, DUX4 ASO HTS 분석 설계. 3' UTR의 DUX4에 대한 암호화 서열을 사용하여 eGFP를 발현하는 안정적인 인간 또는 마우스 근모세포. 이 구성체의 구성적 발현은 강력한 편재적 발현을 위해 CMV에 의해 유도된다. eGFP-UTR-DUX4 전사체를 암호화하는 방해받지 않는 mRNA가 전사되고 eGFP 서열이 번역된다. 독성 DUX4 단백질의 번역은 eGFP 서열 끝에 있는 정지 코돈과 DUX4에 대한 시작 코돈의 돌연변이에 의해 방지된다. DUX4를 효율적으로 표적화하는 ASO는 융합 전사체에 결합하고 RNAse H 또는 RISC를 통해 분해를 유도하여 GFP 단백질 발현을 방지할 수 있다. DUX4 표적화된 ASO의 효능을 비교하는 재현 가능한 결과를 효율적으로 생성하기 위해 플레이트 판독기 또는 영상 분석에 의해 분석한 실험적 ASO와 비교하여, 처리되지 않은 세포 및 음성 대조군 형질감염에서 처리 후 형광의 감소가 관찰될 수 있다. 불멸화 마우스 근모세포주 C2C12와 불멸화 인간 FSHD 근모세포주 15Abic에서의 두 가지 리포터 분석법을 개발하였다.
표 6을 참조하면, 이 표는 안정적인 DUX4 GFP 리포터 스크리닝 분석의 녹다운을 표시한다. 검은색 벽의 투명 바닥 96 웰 플레이트에 10,000개의 15Abic 안정 세포 또는 1500개의 C2C12 안정 세포를 각각의 배지 중에 플레이팅한다. 부착 후 다음날, 리포펙타민(Lipofectamine™) RNAiMAX 형질감염 시약(13778075, Thermo Fisher Scientific)을 사용하여 세포를 형질감염시킨다. 각 웰에 대해 리포펙타민(Lipofectamine®) RNAiMAX 0.20 μL/웰을 Opti-MEM 5 μL와 혼합하고 5분 동안 배양했다. 그런 다음 Opti-MEM에 동일한 부피의 20x ASO를 첨가하여 두 형질감염 혼합물의 총 부피가 10 μL/웰이 되도록 하고 총 웰 부피 200 μL 중 ASO의 최종 농도가 c2c12 세포의 경우 12.5 nM, 또는 15Abic 세포의 경우 25 nM이 되도록 한다. ASO-Opti-MEM 혼합물을 실온에서 15분 동안 배양하였다. 이어서, 생성된 형질감염 시약 혼합물 10 μL를 각 실험 웰에 첨가하였다. 6시간 후 일반 세포 배양 배지를 각 웰에 첨가한 후 플레이트를 37℃에서 72~96시간 동안 배양했다. 그런 다음 배지를 판독을 위해 L-글루타민과 피루브산나트륨이 각각 4 mM 및 1 mM로 보충된 50 μL의 FluoroBrite DMEM 배지(A1896701, Thermo Fisher Scientific)로 교체했다. 각 웰의 형광 강도를 Cytation 5 세포 영상화 다중모드 판독기(Biotek Instruments)에서 390+10 nm 여기 및 510+10 nm 방출에서 측정하였다. 형광 측정 후 무혈청 FluoroBrite DMEM을 제거하고 100 μL의 일반 배지를 각 웰에 첨가한 다음 WST-8을 사용하여 세포 생존능/세포 수를 측정했다. 세포 생존능 측정은 제조업체의 프로토콜을 따랐다. 간략하게는, WST-8(ab228554, Abcam) 10 μL를 후속하여 각 웰에 첨가하고 플레이트를 진동시켜 시약을 고르게 분포시켰다. 그런 다음 플레이트를 세포 밀도 및 세포 유형에 따라 30분에서 3시간 동안 인큐베이터에 다시 넣었다. 세포 생존능을 측정하기 위해 460 nm에서 흡광도를 Cytation 5에서 측정했다. 각 웰에 대한 GFP 측정치를 WST-8 세포 수로 정규화한다. 표의 값은 6개 반복구 웰의 평균 GFP 발현을 나타내며 음성 대조군 ASO를 사용한 처리의 비율로 표시된다.
올리고뉴클레오티드 치료법을 사용한 GFP-DUX4 리포터의 녹다운.
C2C12 GFP 리포터 분석
15Abic GFP 리포터 분석
ASO 명칭 평균 FC ASO 명칭 평균 FC
음성 대조군 0.99 음성 대조군 1.00
AS-DX-001-1 0.86 AS-DX-015-1 0.81
AS-DX-002-1 0.78 AS-DX-015-3 0.62
AS-DX-003-1 0.93 AS-DX-018-1 0.65
AS-DX-004-1 0.86 AS-DX-028-1 0.77
AS-DX-005-1 0.88 AS-DX-029-1 0.65
AS-DX-006-1 0.96 AS-DX-030-1 0.63
AS-DX-008-1 0.84 AS-DX-033-1 0.54
AS-DX-009-1 0.70 AS-DX-050-1 0.81
AS-DX-010-1 0.59 AS-DX-052-1 0.71
AS-DX-011-1 0.54 AS-DX-059-1 0.39
AS-DX-012-1 0.67 AS-DX-102-1 0.80
AS-DX-015-1 0.66 AS-DX-094-1 0.60
AS-DX-015-3 0.41 AS-DX-104-1 0.37
AS-DX-018-1 0.54 AS-DX-033-2 0.82
AS-DX-019-1 0.84 AS-DX-033-3 0.70
AS-DX-021-1 0.99 AS-DX-105-1 0.83
AS-DX-022-1 0.85 AS-DX-106-1 0.84
AS-DX-023-1 0.53 AS-DX-059-2 0.39
AS-DX-025-1 0.57 AS-DX-112-1 0.47
AS-DX-026-1 0.55 AS-DX-114-1 0.77
AS-DX-027-1 0.33 AS-DX-116-1 0.69
AS-DX-028-1 0.55 AS-DX-117-1 0.70
AS-DX-029-1 0.53 AS-DX-118-1 0.79
AS-DX-030-1 0.56 AS-DX-119-1 0.64
AS-DX-032-1 0.80 AS-DX-120-1 0.78
AS-DX-033-1 0.53 AS-DX-122-1 0.53
AS-DX-034-1 0.89 AS-DX-123-1 0.40
AS-DX-035-1 0.87 AS-DX-124-1 0.44
AS-DX-036-1 1.03 AS-DX-125-1 0.41
AS-DX-037-1 0.87 AS-DX-126-1 0.62
AS-DX-038-1 0.53 AS-DX-031-1 0.37
AS-DX-040-1 0.48 AS-DX-128-1 0.42
AS-DX-041-1 0.43 AS-DX-129-1 0.60
AS-DX-043-1 0.83 AS-DX-130-1 0.51
AS-DX-044-1 0.75 AS-DX-131-1 0.96
AS-DX-045-1 0.59 AS-DX-132-1 0.86
AS-DX-046-1 0.97 AS-DX-133-1 0.45
AS-DX-018-2 0.82 AS-DX-133-2 0.40
AS-DX-048-1 0.84 AS-DX-134-2 0.88
AS-DX-049-1 0.89 AS-DX-135-1 0.80
AS-DX-050-1 0.98 AS-DX-136-1 0.61
AS-DX-051-1 0.66 AS-DX-137-1 0.69
AS-DX-052-1 0.59 AS-DX-045-2 0.63
AS-DX-054-1 0.86 AS-DX-138-1 0.67
AS-DX-055-1 0.87 AS-DX-139-1 0.66
AS-DX-057-1 0.67 AS-DX-106-2 0.71
AS-DX-058-1 0.72 AS-DX-140-1 0.79
AS-DX-059-1 0.27 MRC-2107 0.64
AS-DX-023-2 0.60
AS-DX-023-3 0.39
AS-DX-098-1 0.62
AS-DX-099-1 0.55
AS-DX-027-2 0.55
AS-DX-027-3 0.68
AS-DX-027-4 0.56
AS-DX-100-1 0.50
AS-DX-094-1 0.44
AS-DX-104-1 0.34
AS-DX-033-2 0.42
AS-DX-033-3 0.18
AS-DX-105-1 0.29
AS-DX-106-1 0.50
AS-DX-107-1 0.30
AS-DX-108-1 0.23
AS-DX-059-2 0.50
AS-DX-112-1 0.50
AS-DX-113-1 0.58
AS-DX-059-3 0.20
AS-DX-116-1 0.90
AS-DX-117-1 0.89
AS-DX-118-1 0.94
AS-DX-119-1 0.63
AS-DX-120-1 0.78
AS-DX-128-1 0.62
AS-DX-129-1 0.70
AS-DX-130-1 0.94
AS-DX-131-1 0.84
AS-DX-132-1 0.63
AS-DX-133-1 0.56
AS-DX-133-2 0.75
AS-DX-134-1 0.74
AS-DX-134-2 0.77
AS-DX-135-1 0.88
AS-DX-137-1 0.52
AS-DX-045-2 0.91
AS-DX-139-1 0.76
AS-DX-106-2 0.82
AS-DX-140-1 0.53
AS-DX-033-4 0.69
AS-DX-141-1 0.59
AS-DX-112-2 0.54
AS-DX-142-1 0.72
MRC-2107 0.71
도 8a를 참조하면, 이 도면은 치료적 ASO가 FSHD 근관에서 DUX4의 강력한 녹다운을 나타냄을 보여준다. 불멸화된 FSHD 근모세포를 80%의 컨플루언스로 플레이팅하고 24시간 후에 리포펙타민 RNAimax(Thermo)가 포함된 50 nM 또는 25 nM의 대조군 또는 항-DUX4 ASO로 형질감염시킨 후 24시간 배양하였다. 그런 다음 총 RNA 수집 및 qRT-PCR을 수행하기 전에 세포를 96시간 동안 DUX4 양성 FSHD 근관으로 분화시켰다. GAPDH는 내부 대조군으로 사용되었다. 값은 각각 3회의 기술적 반복을 포함하는 2회의 실험의 평균을 나타내고, 오차 막대는 두 용량 모두에 대한 스튜던트 t-검정에 의한 SEM *p<0.05를 나타낸다.
도 8b 및 표 7을 참조하면 FSHD 근모세포에서 DUX4 및 DUX4 유도 유전자 ZSCAN4 및 SLC34A2의 녹다운을 표시한다. 15Abic 또는 C6 세포를 12개의 24 웰 세포 배양 플레이트에 웰당 150,000개 세포의 밀도로 인간 근원성 전구체 세포(hMPC) 배지에 플레이팅하였다. hMPC 배지는 RoosterBasal™-MSC 500 mL, RoosterBooster™-MSC(KT-001, RoosterBio) 10 mL, 소태아혈청(10082147, Thermo Fisher) 91 mL 및 100 mM 피루브산나트륨(11360070, Thermo Fisher) 50 mL로 구성된다. hMPC 배지에 세포를 플레이팅한 후 3일 후에 배지를 500 mL RoosterBasal™-MSC, 10 mL RoosterBooster™-MSC, 11.4 mL의 말 혈청(16050130, Thermo Fisher) 및 50 mL의 100 mM 피루브산나트륨으로 구성된 hMPC 분화 배지로 교체하였다. hMPC 배지에 세포를 플레이팅한 후 10일 후(hMPC 분화 배지에 세포를 플레이팅한 후 7일 후), 제조업체의 지시에 따라 1 mL의 웰 부피 중 0.875 μL의 리포펙타민(Lipofectamine™) RNAiMAX 형질감염 시약(13778075, Thermo Fisher) 및 3.125 nM 또는 6.5 nM ASO를 사용하여 세포를 정방향 형질감염시켰다. 형질감염 5일 후 세포를 350 μL의 완충액 RLT(79216, Qiagen)에 용해시켰다. 제조업체의 지시에 따라 Direct-zol-96 RNA 키트(R2056, Zymo Research)를 사용하여 RNA를 추출했다. 정제된 RNA 농도를 제조업체의 지시에 따라 NanoDrop 1000(Thermo Fisher)을 사용하여 결정하였다. cDNA를 ezDNase™ 효소 키트(18091150, Thermo Fisher)가 포함된 SuperScript™ IV First-Strand 합성 시스템에 대한 제조업체의 지시에 따라 다음과 같이 수정하여 생성하였다. 게놈 DNA를 소화한 후 1 μL의 110 μM 디티오트레이톨을 첨가했다. 1 μL의 50 μM 고정된 올리고 d(T)20를 역전사 동안 프라이머로 사용하였다. cDNA 생성 후 qPCR을 수행하여 3개의 표적 유전자: DUX4-fl(DUX4-전장), SLC34A2 및 ZSCAN4와 하나의 대조군 유전자: RPL13A를 정량화했다. 이중 ??치된 PrimeTime qPCR 프로브 및 프라이머(정방향 프라이머, 역방향 프라이머 및 프로브가 분석을 구성함)를 사용하여 다중화된 프로브 기반 qPCR 반응을 수행했다. 간략하게, 96웰 플레이트의 각 웰에 PrimeTime® 유전자 발현 마스터 믹스(1055772, Integrated DNA Technologies) 10 μL를 각각의 총 부피가 20 μL가 되도록 하는 물의 양과 함께 cDNA 100 ng 및 각 20X 분석물(DUX4-fl, SLC34A2, ZSCAN4, RPL13A) 0.25 μL와 혼합하였다. LightCycler 96(Roche Diagnostics)을 사용하여 열 사이클링 및 플레이트 판독을 수행했다. 사이클링 조건은 다음과 같았다. 95℃에서 180초 동안 중합효소 활성화, 95℃에서 15초 동안 변성, 60℃에서 60초 동안 어닐링/신장을 수행하고, 변성 및 어닐링/신장 단계를 40사이클 동안 반복한다. 각 사이클 후 어닐링/연장 단계가 끝날 때 형광을 판독했다. 주기 임계값을 LightCycler 96 소프트웨어를 사용하여 자동으로 결정하였다. 표적 유전자의 정규화된 상대 발현을 Taylor et al., 2019 (“The Ultimate qPCR Experiment: Producing Publication Quality, Reproducible Data the First Time”)에 설명된 방법에 따라 계산하였다. 그런 다음 세 가지 표적 유전자의 발현을 함께 추가하고, 음성 대조군 ASO와 관련하여 표적 유전자의 정규화된 상대 복합 녹다운을 설명하는 막대 차트를 생성했다.
[표 7]
DUX4 표적화된 ODN을 사용한 3.125 nM 처리 후 DUX4 및 DUX4 조절된 유전자 ZSCAN4 및 SLC34A2의 녹다운에 대한 qRT-PCR.
표 8을 참조하면, 이 표는 DUX4 표적화된 ASO에 대한 HepG2 간 세포의 LD-50 값을 표시한다. HEPG2 세포(HB-8065, ATCC, Manassas, VA)를 10% FBS(FBS, 16000044, Thermo Fisher Scientific) 및 1X 페니실린-스트렙토마이신(15140122, Thermo Fisher Scientific)이 보충된 DMEM(10-013-CV, Corning Inc.)에서 성장시켰다. 세포를 가습 인큐베이터에서 5% CO2에서 37℃에서 성장시켰다. 96웰 플레이트에서 5,000개의 세포를 항생제 없이 180 μL의 배지에 플레이팅한다. 플레이팅한 직후, 리포펙타민(Lipofectamine™) RNAiMAX 형질감염 시약(13778075, Thermo Fisher Scientific)을 사용하여 세포를 형질감염시킨다. ASO의 100 nM 형질감염을 위해 0.4 μL/웰의 RNAiMAX를 10 μL의 Opti-MEM에 희석한 다음 Opti-MEM 중 10 μL의 1 μM ASO(10x 최종 배양 부피)와 합하고 실온에서 15분 동안 배양한다. 100 nM 복합체를 연속적으로 1:2로 희석하여 더 낮은 용량의 ASO를 생성한다. 더 높은 농도는 ASO의 농도는 높이되 세포 독성을 유발하지 않고 사용할 수 있는 최고 용량인 RNAiMAX를 웰당 0.4 μL로 유지하여 제조된다. 그런 다음 적절하게 희석된 ASO/RNAiMAX 복합체 20 μL를 복합체 형성 후 30분 이내에 각 웰에 첨가한다. 플레이트를 부드럽게 진동시켜 형질감염 시약을 웰에 고르게 분포시킨 다음 인큐베이터로 되돌려 놓았다. 세포를 37℃에서 72~96시간 동안 처리한다. 처리 후 형질감염 배지를 제거하고 100 μL의 신선한 배지를 각 웰에 첨가하고 WST-8 분석을 수행하여 세포 생존능/세포 수를 측정한다. 세포 생존능 측정은 제조업체의 프로토콜을 따랐다. 간략하게는, WST-8(ab228554, Abcam) 10 μL를 각 웰에 첨가하고 플레이트를 진동시켜 시약을 고르게 분포시켰다. 그런 다음 플레이트를 90분 동안 인큐베이터에 다시 넣었다. 다음으로 460 nm에서의 흡광도를 Cytation 5에서 측정하였다. 세포가 포함된 웰에서 무세포 웰(배지 및 WST8 시약만 포함된 웰)의 평균 배경 세포 생존능 측정값을 빼서 데이터를 분석했다. 세포 생존능은 Opti-mem만으로 모의 형질감염된 웰에 대한 정규화에 의해 계산한다. 치사 용량 50(LD50) 농도 값은 이 목적을 위해 설계된 맞춤형 엑셀 매크로를 사용하여 용량 곡선으로부터 외삽한다.
DUX4 표적 ASO에 대한 HepG2 간 세포의 치사 용량 50 값.
ASO 명칭 IC50 ASO 명칭 IC50
음성 대조군 ASO >300 AS-DX-059-1 283.17
AS-DX-007-1 >300 AS-DX-027-2 38.66
AS-DX-015-1 >300 AS-DX-027-4 38.91
AS-DX-015-3 153.17 AS-DX-100-1 96.77
AS-DX-018-1 67.84 AS-DX-033-2 177.65
AS-DX-023-1 31.11 AS-DX-033-3 52.43
AS-DX-025-1 53.00 AS-DX-105-1 51.96
AS-DX-027-1 10.30 AS-DX-106-1 60.38
AS-DX-028-1 50.22 AS-DX-107-1 88.52
AS-DX-029-1 42.15 AS-DX-108-1 112.89
AS-DX-030-1 >300 AS-DX-050-2 113.08
AS-DX-033-1 53.84 AS-DX-050-3 >300
AS-DX-038-1 >300 AS-DX-050-4 >300
AS-DX-040-1 68.18 AS-DX-109-1 105.82
AS-DX-041-1 40.99 AS-DX-007-3 >300
AS-DX-050-1 96.11 AS-DX-111-1 >300
AS-DX-052-1 >300 AS-DX-059-2 >300
AS-DX-057-1 42.42 AS-DX-112-1 >300
AS-DX-058-1 14.50 AS-DX-059-3 >300
도 9를 참조하면, 이 도면은 다중 표적화된 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO)에 의한 FSHD 환자 근모세포에서 DUX4 및 DBET RNA 전사체의 동시 녹다운을 보여준다. AS-DX-10은 DUX4 전사체만을 표적화하는 반면, AS-DX-25, AS-DX-37 및 AS-DX-55는 DUX4 및 DBET 전사체를 모두 표적화한다. 불멸화된 15Abic 근모세포를 12웰 플레이트에 플레이팅하고 다음날 형질감염 시약 RNAiMAX를 사용하여 50 nM의 대조군 또는 표적화된 ASO로 형질감염시켰다. 플레이팅 1일 후 분화 배지를 첨가하여 근모세포 형성 및 DUX4 발현을 유도했다. 형질감염 72시간 후 세포를 용해시키고 웰로부터 총 RNA를 수집하고 RT-qPCR을 수행하여 DUX4 또는 DBET 전사체의 발현을 결정했다. ASO AS-DX-25, AS-DX-37 및 AS-DX-55는 DUX4 및 DBET 전사체를 모두 녹다운시키는 반면, AS-DX-10은 DUX4만을 녹다운시킨다.
실시예 4: MC-DX4 비표적 분석 및 ASO 표적 서열에 대한 검증
비표적 전사체 식별
DUX4 암호화 유전자(ENSG00000258389.2)의 모든 잠재적인 역보체 ASO 위치(15 bp에서 20 bp)를 DUX4 영역 chr4:190,173,774-190,185,942에 걸쳐 참조 서열에서 1 bp 슬라이딩으로 생성하였다. 인간 전사체(Human RNA Refseq 릴리스 205, 2021년 3월)에 대한 본 발명자들의 올리고뉴클레오티드 서열의 신속한 정렬을 위해 GGGenome(https://gggenome.dbcls.jp/)의 수정된 스크립트를 사용하였다. 이 스크립트는 DUX4를 표적화하는 가능한 각 ASO에 대해 부분적으로 상보적인 모든 전사체를 식별했다. 그런 다음 알고리즘을 사용하여 이러한 히트를 분석하여 가능성이 높은 비표적을 식별한다. 이들은 최대 3개의 불일치, 갭 또는 돌출부를 함유할 수 있지만(WO 2021203043), 구조적 형태, 친화도 및 전사체 발현과 관련된 일련의 다른 원칙을 따라야 한다. 이러한 필터를 사용하더라도 위양성이거나 상황에 따라 달라질 가능성이 있는 예상되는 비표적 전사체가 여전히 많으며, 시험관 내 및 생체 내 실험 테스트를 통해 검증해야 한다.
잠재적인 양성 FSHD 관련 표적에 대한 비표적 상호작용 필터링
환자 분리 및 유전자 발현 분석은 질병 생물학을 이해하기 위한, 개시된 데이터 분석 전략의 중요한 부분이다. 이는 근육 조직과 환자 세포로부터의 RNA 발현 패턴을 보고하는 문헌으로부터 사용 가능한 데이터 세트를 수집하는 것부터 시작된다. 본 발명자들은 샘플 처리, 마이크로어레이 및 RNAseq에 의한 전사체 프로파일링, 및 중요한 환자 정보에 대한 엄격한 표준을 사용하여 10개 연구의 데이터베이스를 모아 정리하였다. 이러한 10개 연구는 다음을 포함한다: Genes with increased expression in myoblasts overexpressing DUX4 (Tsumagari et. al. 2011(31), Pakula et. al. 2013, (32) Geng et. al. 2012 (33), and Mitsuhashi et. al. 2021 (34)); Microarray Studies for human muscle biopsies (Winokur et. al. 2003 (35), and Rahimov et. al. 2012 (36)); 및 RNA-seq profiles (Yao et al. 2014(28), Wong et al. 2020(17), and Wang et al. 2019 (29)). 이러한 연구의 한 가지 단점은 환자 수가 적고 통계적 검증력이 부족한 점이다. 이 문제를 극복하기 위해, 본 발명자들은 통계적 검증력과 환자의 임상 속성과의 상관 관계를 도출하는 능력을 개선하기 위해 이용 가능한 데이터를 사용하여 세 가지 RNA-seq 연구로부터 새로운 데이터 세트를 만들었다. 도 10은 본 발명자들의 데이터 세트와 본 발명자들의 분석의 개요를 보여준다.
먼저, 본 발명자들은 공개된 데이터 세트 중에서 또는 본 발명자들의 자체 RNA-seq 분석을 사용하여 FSHD 근육과 대조군 근육에서 일반적으로 상향조절되는 유전자를 식별했다. 본 발명자들은 또한 주성분 분석 및 계층적 클러스터링을 활용하여 환자를 그룹으로 분리하고 대조군 샘플과 이들 그룹 간의 발현 패턴을 비교했다. 흥미롭게도 클러스터는 임상 중증도 점수(즉, 경증, 중등도 또는 중증 질환)와 잘 일치한다. 이 분석을 뒷받침하면서, 도 11에 표시된 것처럼 더 큰 메타 분석에 포함된 샘플의 하위 세트로부터의 유사한 분석을 통해 유사한 결과를 얻었다. 이 분석을 통해 본 발명자들은 각 유전자와 함께 이러한 조절 장애에 대한 뒷받침 증거 및 임의의 관련 임상 상관관계를 유지하면서 FSHD에서 상향조절된 유전자의 데이터베이스를 만들었다. 이 데이터베이스로부터 본 발명자들은 GO 경로 분석(37)을 활용하여 경로 강화 분석을 수행했다. 상위 상향조절 경로에는 염증 반응 및 기타 면역 조절 경로, 세포 증식, 세포 주기 조절, 및 섬유증이 포함된다.
FSHD 관련 유전자 및 경로의 이러한 데이터베이스를 모아 정리한 후, 이 목록에 대해 본 발명자들의 확인된 잠재적인 비표적 상호작용을 필터링하였다. FSHD 관련 유전자 또는 공동 표적과 일치하는 잠재적인 비표적 상호작용은 표 2의 가장 오른쪽 열에 표시된다. 예를 들어, AS-DX-007은 FSHD와 관련된 세 가지 공동 표적, DBET, MKI67 및 IRF5를 표적화하는 것으로 예상된다. DBET는 D4Z4 반복부의 개방 및 DUX4의 발현과 관련된 비암호화 RNA이다(38). MKI67은 상향조절된 FSHD 근육 조직에서 본 발명자들이 검출한 Ki-67 단백질을 암호화하며 근육 섬유 세포 증식 및 손상의 DUX4 유도에 관여할 수 있다(도 12a). IRF5(인터페론 조절 인자 5)는 여러 염증 신호에 의해 상향조절되는 전사 인자를 암호화하며, TNF와 같은 여러 사이토카인의 발현 및 세포내 인터페론 반응의 유도를 초래한다(도 12b). 본 분석은 또한 경증 및 중증 FSHD에서 이들 유전자의 증가된 발현을 입증했다(도 13).
잠재적인 음성 독성 관련 상호작용에 대한 비표적 상호작용 필터링
피하는 것이 바람직할 수 있는 독성과 연관될 수 있는 잠재적인 비표적 상호작용을 식별하기 위해, 본 발명자들은 동료 검토 간행물을 축적하는 Ingenuity 지식 데이터베이스와 Tox net으로부터의 독성 관련 유전자 발현 데이터 세트 및 비표적 유전자를 잠재적인 독성과 연관시키는 기타 데이터베이스를 활용하였다. 본 발명자들은 또한 go-경로 분석에 의해 근육 분화, 발달 및 기능과 관련된 유전자를 식별했다. 본 발명자들은 올리고뉴클레오티드 서열을 필터링하고, IPA 독성 지식 기반 또는 go 경로와 일치하는 비표적 상호작용을 확인했다.예를 들어, NR4A1은 간 및 신장 세포 사멸 및 섬유증, 그리고 근육 세포 분화와 관련이 있다.
qRT-PCR에 의한 공동 표적 상호작용 검증
비표적 상호작용을 검증하기 위해 FSHD 근모세포주 15Abic을 사용하였다. 2.5e5개의 15abic 근모세포를 6웰 플레이트에 플레이팅했다. 24시간 후 복제 배지를 제거하고 분화 배지 2 mL와 적절한 ASO RNAimax 복합체를 함유한 optimum 250 μL를 첨가하여 각 ASO의 최종 농도가 50 nM이 되도록 하였다. ASO 처리는 형광 음성 대조군 ASO, 양성 대조군으로 DUX4만을 표적으로 하는 AS-DX-015-1, 또는 DBET, IRF5 및 MKI67을 공동 표적으로 할 수 있는 AS-DX-007-1 또는 AS-DX-050-1을 포함하였다. 형질감염 시작 시, 분화 배지를 세포에 첨가하여 근관으로의 융합 및 DUX4 발현을 유도했다. 도 14a를 참조하면, 형질감염 후 48시간 후에 최적화된 조건에서 형광 ASO의 거의 100%의 형질감염 효율을 나타낸다. 형질감염 96시간 후, 세포 형태에 의해 근관 융합을 관찰하고 총 RNA를 수집하였다. cDNA를 생성하고, DUX4 및 공동 표적 유전자에 대해 qRT-PCR을 수행하였다. 도 14b를 참조하면, 그래프는 3개의 생물학적 반복구 웰의 평균을 표시하고, 오차 막대는 평균의 표준 오차를 나타낸다. *는 양측 스튜던트 t-검정에 의한 p-값 <0.05를 나타낸다. 모든 ASO에 대해 DUX4의 강력한 녹다운이 관찰되었으며 AS-DX-007-1 및 AS-DX-050-1에서 공동 표적의 유의한 녹다운이 관찰되었다.
본 개시내용의 바람직한 양태가 본원에 도시되고 설명되었지만, 이러한 양태는 단지 예로서 제공된다. 다양한 변형, 변경 및 치환이 일어날 수 있다. 본원에 기술된 본 개시내용의 양태에 대한 다양한 대안이 본 개시내용을 실시하는 데 사용될 수 있음을 이해해야 한다. 다음의 청구범위는 본 발명의 범주를 정의하고자 하는 것으로, 이러한 청구범위 내의 방법과 구조 및 그 균등물은 청구범위에 포함된다.
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Claims (42)

  1. 올리고뉴클레오티드로서, 길이가 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드이고, 서열번호 20,962 내지 42,138 중 어느 하나와 적어도 약 80%, 85%, 90%, 또는 95%의 서열 동일성을 포함하는, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드.
  2. 제1항에 있어서, 길이가 약 15 내지 약 25개의 뉴클레오티드이고, 서열번호 42,006 내지 42,138 중 어느 하나와 적어도 약 80%, 85%, 90%, 또는 95%의 서열 동일성을 포함하는, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드.
  3. 제1항에 있어서, 개체 중에서 85%를 초과하여 보존된 DUX4 RNA의 결합 부위에 상보적인, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드.
  4. 제2항에 있어서, DNA 뉴클레오티드 및 RNA 뉴클레오티드를 포함하는, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드.
  5. 제1항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 DNA 뉴클레오티드를 포함하는, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드.
  6. 제1항에 있어서, RNA 뉴클레오티드를 포함하는, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드.
  7. 제6항에 있어서, 소형 간섭 RNA(siRNA), 마이크로RNA(miRNA), 소형 핵 RNA(snRNA), U 스플라이스솜 RNA(U-RNA), 소형 핵소체 RNA(snoRNA), Piwi-상호작용 RNA(piRNA), 반복 연관 소형 간섭 RNA(rasiRNA), 소형 rDNA 유래 RNA(srRNA), 전달 RNA 유래 소형 RNA(tsRNA), 리보솜 RNA 유래 소형 RNA(rsRNA), 대형 비암호화 RNA 유래 소형 RNA(lncsRNA) 또는 메신저 RNA 유래 소형 RNA(msRNA) 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO), 갭머, 믹스머, 이중 가닥 RNA(dsRNA), 단일 가닥 RNAi, (ssRNAi), DNA 유도 RNA 간섭(ddRNAi), RNA 활성화 올리고뉴클레오티드(RNAa), 또는 엑손 스키핑 올리고뉴클레오티드인, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드.
  8. 제1항에 있어서, 잠긴 핵산 핵염기, 2'O메틸 핵염기, 또는 2'메톡시에틸 핵염기로 구성되는 목록으로부터 선택되는 적어도 하나의 핵염기를 포함하는, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드.
  9. 제2항에 있어서, 약 45 내지 약 65℃의 예상 용융 온도(Tm)를 갖는 수용액에서 DUX4 암호화 서열에 결합하고, 수용액의 pH는 약 7.2 내지 약 7.6 범위인, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드.
  10. i) 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드; ii) 항체, 항체 단편, 단일 단량체 가변 항체 도메인, 자연 발생 리간드, 소분자, 또는 펩티드; 및 선택적으로 iii) i)을 ii)에 연결하는 링커를 포함하는 접합체.
  11. 제1항 내지 제9항의 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드를 함유하거나 암호화하는 벡터.
  12. 제11항에 있어서, 바이러스 벡터, 나노입자 벡터, 리포솜 벡터, 엑소좀 벡터, 세포외 소포 벡터, 또는 이들의 조합을 포함하는, 벡터.
  13. 제12항에 있어서, 리포솜 벡터인, 벡터.
  14. 제12항에 있어서, 나노입자 벡터인, 벡터.
  15. 제12항에 있어서, 엑소좀 벡터인, 벡터.
  16. 제12항에 있어서, 세포외 소포 벡터인, 벡터.
  17. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 제10항의 접합체, 제11항 내지 제16항 중 어느 한 항의 벡터, 및 제약상 허용되는 부형제, 희석제, 담체, 또는 이들의 조합을 포함하는 제약 조성물.
  18. 제17항에 있어서, 제약상 허용되는 부형제를 포함하고, 제약상 허용되는 부형제는 완충제, 안정화제, 항산화제, 동결보호제, 동결건조제, 희석제, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는, 제약 조성물.
  19. 제17항에 있어서, 제약상 허용되는 희석제를 포함하고, 제약상 허용되는 희석제는 증류수, 탈이온수, 생리 식염수, 링거 용액, 포도당 용액, 세포 성장 배지, 인산염 완충 식염수(PBS) 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는, 제약 조성물.
  20. 제17항에 있어서, 단위 용량 형태인, 제약 조성물.
  21. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 제10항의 접합체, 제11항 내지 제1516항 중 어느 한 항의 벡터, 또는 제17항 내지 제20항 중 어느 한 항의 제약 조성물 및 용기를 포함하는 키트.
  22. 제21항에 있어서, 용기는 병, 앰플, 주사기, 백, 상자 또는 이들의 조합을 포함하는, 키트.
  23. 대상체의 질환 또는 병태를 치료하는 방법으로서, 제17항 내지 제20항 중 어느 한 항의 제약 조성물의 치료적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  24. 제23항에 있어서, 질환 또는 병태는 DUX4 매개 질환 또는 병태인, 방법.
  25. 제24항에 있어서, DUX4 매개 질환 또는 병태는 얼굴-어깨-팔 근육영양장애인, 방법.
  26. 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체는 이를 필요로 하는, 방법.
  27. 제26항에 있어서, 이를 필요로 하는 대상체는 이를 필요로 하는 인간 대상체인, 방법.
  28. 제23항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 투여는 대상체의 체중 1 kg당 제약 제형 약 0.001 mg 내지 약 10,000 mg의 양으로 이루어지는, 방법.
  29. 제23항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 투여는 경구, 비강내, 직장, 국소, 안구내, 근육내, 정맥내, 복강내, 심장내, 피하, 두개내, 척수강내 또는 이들의 임의의 조합인, 방법.
  30. 제29항에 있어서, 제약 조성물은 약 1 ml 내지 약 5 ml, 약 5 ml 내지 10 ml, 약 15 ml 내지 약 20 ml, 약 25 ml 내지 약 30 ml, 약 30 ml 내지 약 50 ml, 약 50 ml 내지 약 100 ml, 약 100 ml 내지 150 ml, 약 150 ml 내지 약 200 ml, 약 200 ml 내지 약 250 ml, 약 250 ml 내지 약 300 ml, 약 300 ml 내지 약 350 ml, 약 350 ml 내지 약 400 ml, 약 400 ml 내지 약 450 ml, 약 450 ml 내지 500 ml, 약 500 ml 내지 750 ml, 또는 약 750 ml 내지 1000 ml의 부피로 투여되는 액체 투여 형태를 포함하는, 방법.
  31. 제23항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 제약 조성물은 액체 투여 형태, 고체 투여 형태, 흡입성 투여 형태, 비강내 투여 형태, 리포솜 제형, 알약 형태, 캡슐 형태, 겔, 또는 이들의 임의의 조합인, 방법.
  32. 제23항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 투여는 전신 또는 국소 투여를 포함하는, 방법.
  33. 제32항에 있어서, 전신 투여를 포함하고, 전신 투여는 비경구 투여, 정맥내 투여, 피하 투여, 척수강내 투여, 복강내 투여, 근육내 투여, 혈관내 투여, 주입, 경구 투여, 흡입 투여, 십이지장내 투여, 안구 투여, 파부 투여, 직장 투여, 또는 이들의 임의의 조합 중 적어도 하나를 포함하는, 방법.
  34. 제23항에 있어서, 공동 요법을 동시에 또는 연속적으로 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  35. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조작된 DUX-4 표적화 올리고뉴클레오티드를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법으로서, 투여 후, 조작된 DUX-4 표적화 올리고뉴클레오티드는 2개의 상이한 내인성 질환 관련 RNA에 선택적으로 혼성화되고, 2개의 상이한 내인성 질환 관련 RNA 중 하나는 제1 유전자좌에서 전사된 DUX4 RNA이고 2개의 상이한 내인성 질환 관련 RNA 중 하나는 제1 유전자좌와 상이한 유전좌에서 전사되는, 방법.
  36. 제35항에 있어서, 2개의 상이한 내인성 질환 관련 RNA 중 두 번째는 서열번호 42139 내지 42894로부터 선택되는, 방법.
  37. 제35항에 있어서, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드는 제1 유전자좌와 상이한 유전자좌에서 전사된 내인성 질환 관련 RNA에 혼성화하여, 혼성화 시 결합 부위에 4개 이하의 불일치, 돌출부, 삽입 또는 삭제가 존재하고, 생성된 이중체는 적어도 7개의 인접 핵염기 길이의 상보성 영역 2개 또는 적어도 10개의 인접 핵염기 길이의 1개 영역을 함유하는, 방법.
  38. 제35항에 있어서, DUX4 매개 질환 또는 병태인 질환 또는 병태를 치료하는 방법인, 방법.
  39. 제37항에 있어서, DUX4 매개 질환 또는 병태는 얼굴-어깨-팔 근육영양장애인, 방법.
  40. 제8항에 있어서, 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드와 제2 RNA 사이의 혼성화 시 예상 열 융점은 약 40℃ 내지 약 65℃인, 방법.
  41. 신경근 질환을 치료하는 데 사용하기 위한 조성물로서, 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항의 조작된 DUX4 표적화 올리고뉴클레오티드, 제9항의 접합체, 제11항 내지 제16항 중 어느 한 항의 벡터, 제17항 내지 제20항 중 어느 한 항의 제약 조성물 및 제약상 허용되는 부형제, 희석제, 또는 담체를 포함하는, 사용하기 위한 조성물.
  42. 제41항에 있어서, 신경근 질환은 얼굴-어깨-팔 근육영양장애인, 사용하기 위한 조성물.
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