JP6158833B2 - ベータ−カテニン関連疾患を処置するための有機組成物 - Google Patents
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Description
表1に示すものは、様々なベータ−カテニンRNAi 二重鎖のニックネーム;未改変センスおよびアンチセンス配列ならびに配列番号;例示の改変センスおよびアンチセンス配列ならびに配列番号;ならびにベータ−カテニン遺伝子内のRNAi剤の位置である。
ベータ−カテニンに対する様々なRNAi剤を、表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に開示する。
特定の具体的な一実施形態では、本開示は、アンチセンス鎖を含む標的遺伝子ベータ−カテニンの阻害のためのRNAi剤を含む組成物であって、アンチセンス鎖が、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖中のアンチセンス鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤のアンチセンス鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む組成物に関する。
特定の具体的な一実施形態では、本開示は、第1鎖と第2鎖とを含む標的遺伝子ベータ−カテニンの阻害のためのRNAi剤を含む組成物であって、第1鎖および第2鎖が、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤の第1鎖および第2鎖とそれぞれ0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む組成物に関する。これらの様々な実施形態では、RNAi剤は、標的遺伝子ベータ−カテニンの阻害用である。
特定の具体的な一実施形態では、本開示は、個体においてベータ−カテニン関連疾患を処置する方法であって、本明細書に開示するRNAi剤の任意の1または複数を含む治療有効量の組成物を個体に投与するステップを含む方法に関する。この方法の一実施形態では、RNAi剤は、少なくともアンチセンス鎖を含み、ここで、アンチセンス鎖は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤のアンチセンス鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む。一実施形態では、RNAi剤は、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、ここで、センス鎖は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤のセンス鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む。一実施形態では、RNAi剤は、第1鎖と第2鎖とを含み、ここで、第1鎖は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤の第1鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む。一実施形態では、RNAi剤は、第1鎖と第2鎖とを含み、ここで、第1鎖の配列は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤の第1鎖の配列を含む。一実施形態では、RNAi剤は、第1鎖と第2鎖とを含み、ここで、第1鎖の配列は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤の第1鎖の配列である。これらの様々な実施形態では、RNAi剤は、標的遺伝子ベータ−カテニンの阻害用である。
特定の具体的な一実施形態では、本開示は、個体においてベータ−カテニン遺伝子の発現を阻害する方法であって、本開示のRNAi剤の任意の1または複数を含む治療有効量の組成物を個体に投与するステップを含む方法に関する。一実施形態では、RNAi剤は、少なくともアンチセンス鎖を含み、かつ/またはセンス鎖とアンチセンス鎖とを含み、ここで、アンチセンス鎖は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤のアンチセンス鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む。一実施形態では、RNAi剤は、センス鎖とアンチセンス鎖とを含み、ここで、アンチセンス鎖は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤のアンチセンス鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む。一実施形態では、RNAi剤は、第1鎖と第2鎖とを含み、ここで、第1鎖の配列は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤の第1鎖の配列を含む。一実施形態では、RNAi剤は、第1鎖と第2鎖とを含み、ここで、第1鎖の配列は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤の第1鎖の配列である。
特定の具体的な一実施形態では、本開示は、本開示のRNAi剤の任意の1または複数を含む組成物に関する。一実施形態では、RNAi剤は、少なくともアンチセンス鎖を含み、かつ/またはセンス鎖とアンチセンス鎖とを含み、ここで、アンチセンス鎖は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤のアンチセンス鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含み、組成物は、薬学的に有効な製剤中にある。一実施形態では、RNAi剤は、第1鎖と第2鎖とを含み、ここで、第1鎖の配列は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤の第1鎖の配列と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含み、組成物は、薬学的に有効な製剤中にある。一実施形態では、RNAi剤は、第1鎖と第2鎖とを含み、ここで、第1鎖の配列は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤の第1鎖の配列を含み、組成物は、薬学的に有効な製剤中にある。一実施形態では、RNAi剤は、第1鎖と第2鎖とを含み、ここで、第1鎖の配列は、本明細書に示し、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する具体的な二重鎖から選択されるベータ−カテニンに対するRNAi剤の第1鎖の配列であり、組成物は、薬学的に有効な製剤中にある。
ベータ−カテニンに対するRNAi剤の様々な具体的な実施形態を、本明細書に開示する。本開示は、表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に示す例示の改変配列、ならびに対応する未改変配列およびその他の改変配列(例えば改変および未改変バリアント)を包含する。本開示の具体的な実施形態は、表1に列挙するRNAi剤のいずれかと0、1、2または3nt(ヌクレオチド)またはbp[塩基対(複数可)]異なる(例えば0、1、2または3のミスマッチを有する)配列を含むRNAi剤、ならびにその改変および未改変バリアントを含む。以下にさらに詳細に記載するように、ミスマッチは、本明細書において、2つの配列を最大限に整列させて比較した場合の塩基配列(例えばGの代わりにA)または長さの違いと定義される。さらに、以下により詳細に記載するように、「未改変バリアント」は、塩基配列が同一であるが、いずれの塩基も改変されていないバリアントのことをいう。これは、例えば、野生型ベータ−カテニンmRNAまたは遺伝子の対応する部分を含む。「改変バリアント」は、ヌクレオチド、糖、リン酸もしくは骨格への1もしくは複数の改変(または1またはより少ないまたは異なる改変)、ならびに/または1もしくは複数の部分の付加を含有するが、塩基配列への変化、置換、付加または欠失がない。特定の配列およびその改変または未改変バリアントは、それらの間で0のミスマッチを有する。
簡便のために、明細書、実施例および添付の特許請求の範囲において用いるあるいくつかの用語および句の意味を、以下に示す。本明細書の他の部分における用語の使用と、この項に示すその定義との間に明らかな矛盾があるならば、この項の定義が勝る。
本開示の様々な特定の具体的な実施形態を、以下に記載する。
「ベータ−カテニン」により、カドヘリン結合タンパク質ベータ1;CTNNB1;CTNNB;CTNNB;CTNB1;FLJ25606;OMIM:116806;MGI:88276HomoloGene:1434;OTTHUMP00000209288;DKFZp686D02253;HGNC:2514;Entrez Gene:1499;Ensembl:ENSG00000168036;UniProtKB:P35222;GC03P040551;GC03P041054;またはGC03P041201とも称する遺伝子、mRNAおよび/もしくはタンパク質、またはタンパク質をコードする任意の核酸を意味する。Krausら、1994. Genomics 23: 272〜4頁を参照されたい。
同じタンパク質をコードする3つのヒト転写バリアントが、この遺伝子について見出されている:NP_001091679.1;NP_001091680.1;およびNP_001895.1。ヒトベータ−カテニンのアミノ酸およびヌクレオチド配列は、遺伝子座NM_001098209(受託NM_001098209 XM_001133660 XM_001133664 XM_001133673 XM_001133675;バージョンNM_001098209.1 GI:148233337);遺伝子座NM_001098210(受託NM_001098210;バージョンNM_001098210.1 GI:148227671);および遺伝子座NM_001904(受託NM_001904 XM_942045 XM_945648 XM_945650 XM_945651 XM_945652 XM_945653 XM_945654 XM_945655 XM_945657;バージョンNM_001904.3 GI:148228165)に示される。
ヒト AGGATACAGCGGCTTCTGCGCGACTTATAAGAGCTCCTTGTGCGGCGCCATTTTAAGCCT 60
カニクイザル −−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−CGCCATTTTAAGCCT 15
***************
ヒト CTCGGTCTGTGGCAGCAGCGTTGGCCCGGCCCCGGGAGCGGAGAGCGAGGGGAGGCGGAG 120
カニクイザル CTTGGTCTGTGGCAGCCGTGTTGGCCCGGCCCCGAGAGCGGAGAGCGAGGGGAGGCGGAG 75
** ************* * *************** *************************
ヒト ACGGAGGAAGGTCTGAGGAGCAGCTTCAGTCCCCGCCGAGCCGCCACCGCAGGTCGAGGA 180
カニクイザル ACGGAGGAAGGTCCGAGGAGCAGCTTCAGTCCTCGCCGAGCCGCCACCGCAGGTCGAGGA 135
************* ****************** ***************************
ヒト CGGTCGGACTCCCGCGGCGGGAGGAGCCTGTTCCCCTGAGGGTATTTGAAGTATACCATA 240
カニクイザル CGGTCGGACTCCCGCGACGGGAGGAGCCTGTTCCCCTGAGGGTATTTGAAGTATACCATA 195
**************** *******************************************
ヒト CAACTGTTTTGAAAATCCAGCGTGGACAATGGCTACTCAAGCTGATTTGATGGAGTTGGA 300
カニクイザル CAACTGTTTTGAAAATCCAGCGTGGACAATGGCTACTCAAGCTGATTTGATGGAGTTGGA 255
************************************************************
ヒト CATGGCCATGGAACCAGACAGAAAAGCGGCTGTTAGTCACTGGCAGCAACAGTCTTACCT 360
カニクイザル CATGGCCATGGAACCAGACAGAAAAGCGGCTGTTAGTCACTGGCAGCAACAGTCTTACCT 315
************************************************************
ヒト GGACTCTGGAATCCATTCTGGTGCCACTACCACAGCTCCTTCTCTGAGTGGTAAAGGCAA 420
カニクイザル GGACTCTGGAATCCATTCTGGTGCCACTACCACAGCTCCTTCTCTGAGTGGTAAAGGCAA 375
************************************************************
ヒト TCCTGAGGAAGAGGATGTGGATACCTCCCAAGTCCTGTATGAGTGGGAACAGGGATTTTC 480
カニクイザル TCCTGAGGAAGAGGATGTGGATACCTCCCAAGTCCTGTATGAGTGGGAACAGGGATTTTC 435
************************************************************
ヒト TCAGTCCTTCACTCAAGAACAAGTAGCTGATATTGATGGACAGTATGCAATGACTCGAGC 540
カニクイザル TCAGTCCTTCACTCAAGAACAAGTAGCTGATATTGATGGACAGTATGCAATGACTCGAGC 495
************************************************************
ヒト TCAGAGGGTACGAGCTGCTATGTTCCCTGAGACATTAGATGAGGGCATGCAGATCCCATC 600
カニクイザル TCAGAGGGTACGAGCTGCTATGTTCCCTGAGACATTAGATGAGGGCATGCAGATCCCATC 555
************************************************************
ヒト TACACAGTTTGATGCTGCTCATCCCACTAATGTCCAGCGTTTGGCTGAACCATCACAGAT 660
カニクイザル TACACAGTTTGATGCTGCTCATCCCACTAATGTCCAGCGTTTGGCTGAACCATCACAGAT 615
************************************************************
ヒト GCTGAAACATGCAGTTGTAAACTTGATTAACTATCAAGATGATGCAGAACTTGCCACACG 720
カニクイザル GCTGAAACATGCAGTTGTAAACTTGATTAACTATCAAGATGATGCAGAACTTGCCACACG 675
************************************************************
ヒト TGCAATCCCTGAACTGACAAAACTGCTAAATGACGAGGACCAGGTGGTGGTTAATAAGGC 780
カニクイザル TGCAATCCCTGAACTGACAAAACTGCTAAATGATGAGGACCAGGTGGTGGTTAATAAGGC 735
********************************* **************************
ヒト TGCAGTTATGGTCCATCAGCTTTCTAAAAAGGAAGCTTCCAGACACGCTATCATGCGTTC 840
カニクイザル TGCAGTTATGGTCCATCAGCTTTCTAAAAAGGAAGCTTCCAGACACGCTATCATGCGTTC 795
************************************************************
ヒト TCCTCAGATGGTGTCTGCTATTGTACGTACCATGCAGAATACAAATGATGTAGAAACAGC 900
カニクイザル TCCTCAGATGGTGTCTGCTATTGTACGTACCATGCAGAATACAAATGATGTAGAAACAGC 855
************************************************************
ヒト TCGTTGTACCGCTGGGACCTTGCATAACCTTTCCCATCATCGTGAGGGCTTACTGGCCAT 960
カニクイザル TCGTTGTACCGCTGGGACCTTGCATAACCTTTCCCATCATCGGGAGGGCTTGTTGGCCAT 915
****************************************** ******** *******
ヒト CTTTAAGTCTGGAGGCATTCCTGCCCTGGTGAAAATGCTTGGTTCACCAGTGGATTCTGT 1020
カニクイザル CTTTAAGTCTGGAGGCATTCCTGCCCTGGTGAAAATGCTTGGTTCACCAGTGGATTCTGT 975
************************************************************
ヒト GTTGTTTTATGCCATTACAACTCTCCACAACCTTTTATTACATCAAGAAGGAGCTAAAAT 1080
カニクイザル GTTGTTTTATGCCATTACAACTCTCCACAACCTTTTATTACATCAAGAAGGAGCTAAAAT 1035
************************************************************
ヒト GGCAGTGCGTTTAGCTGGTGGGCTGCAGAAAATGGTTGCCTTGCTCAACAAAACAAATGT 1140
カニクイザル GGCAGTGCGTTTAGCTGGCGGGCTACAGAAAATGGTTGCCTTGCTCAACAAAACAAACGT 1095
****************** ***** ******************************** **
ヒト TAAATTCTTGGCTATTACGACAGACTGCCTTCAAATTTTAGCTTATGGCAACCAAGAAAG 1200
カニクイザル TAAATTCTTGGCTATTACGACAGACTGCCTTCAGATTTTAGCATATGGCAACCAAGAAAG 1155
********************************* ******** *****************
ヒト CAAGCTCATCATACTGGCTAGTGGTGGACCCCAAGCTTTAGTAAATATAATGAGGACCTA 1260
カニクイザル CAAGCTGATCATACTGGCTAGTGGTGGACCCCAAGCTTTAGTAAATATAATGAGGACCTA 1215
****** *****************************************************
ヒト TACTTACGAAAAACTACTGTGGACCACAAGCAGAGTGCTGAAGGTGCTATCTGTCTGCTC 1320
カニクイザル TACTTATGAGAAACTACTGTGGACCACAAGCAGAGTGCTGAAGGTGCTATCCGTCTGCTC 1275
****** ** ***************************************** ********
ヒト TAGTAATAAGCCGGCTATTGTAGAAGCTGGTGGAATGCAAGCTTTAGGACTTCACCTGAC 1380
カニクイザル TAGTAATAAGCCAGCTATTGTAGAAGCTGGTGGAATGCAAGCTTTAGGACTTCACCTGAC 1335
************ ***********************************************
ヒト AGATCCAAGTCAACGTCTTGTTCAGAACTGTCTTTGGACTCTCAGGAATCTTTCAGATGC 1440
カニクイザル AGATCCAAGTCAACGTCTTGTTCAGAACTGTCTTTGGACTCTCAGGAATCTTTCAGATGC 1395
************************************************************
ヒト TGCAACTAAACAGGAAGGGATGGAAGGTCTCCTTGGGACTCTTGTTCAGCTTCTGGGTTC 1500
カニクイザル TGCAACTAAACAGGAAGGGATGGAAGGTCTCCTTGGGACTCTTGTTCAGCTTCTGGGTTC 1455
************************************************************
ヒト AGATGATATAAATGTGGTCACCTGTGCAGCTGGAATTCTTTCTAACCTCACTTGCAATAA 1560
カニクイザル AGATGATATAAATGTGGTCACCTGTGCAGCTGGAATTCTTTCTAACCTCACTTGCAATAA 1515
************************************************************
ヒト TTATAAGAACAAGATGATGGTCTGCCAAGTGGGTGGTATAGAGGCTCTTGTGCGTACTGT 1620
カニクイザル TTATAAGAATAAGATGATGGTCTGCCAAGTGGGTGGTATAGAGGCTCTTGTGCGTACTGT 1575
********* **************************************************
ヒト CCTTCGGGCTGGTGACAGGGAAGACATCACTGAGCCTGCCATCTGTGCTCTTCGTCATCT 1680
カニクイザル CCTTCGGGCTGGTGACAGGGAAGACATCACTGAGCCTGCCATCTGTGCTCTTCGTCATCT 1635
************************************************************
ヒト GACCAGCCGACACCAAGAAGCAGAGATGGCCCAGAATGCAGTTCGCCTTCACTATGGACT 1740
カニクイザル GACCAGCCGACACCAAGAAGCAGAGATGGCCCAGAATGCAGTTCGCCTTCACTATGGACT 1695
************************************************************
ヒト ACCAGTTGTGGTTAAGCTCTTACACCCACCATCCCACTGGCCTCTGATAAAGGCTACTGT 1800
カニクイザル ACCAGTTGTGGTTAAGCTCTTACACCCACCATCCCACTGGCCTCTGATAAAGGCTACTGT 1755
************************************************************
ヒト TGGATTGATTCGAAATCTTGCCCTTTGTCCCGCAAATCATGCACCTTTGCGTGAGCAGGG 1860
カニクイザル TGGATTGATTCGAAATCTTGCCCTTTGTCCAGCAAATCATGCACCTTTGCGTGAGCAGGG 1815
****************************** *****************************
ヒト TGCCATTCCACGACTAGTTCAGTTGCTTGTTCGTGCACATCAGGATACCCAGCGCCGTAC 1920
カニクイザル TGCCATTCCACGACTAGTTCAGTTGCTTGTTCGTGCACATCAGGATACCCAGCGCCGTAC 1875
************************************************************
ヒト GTCCATGGGTGGGACACAGCAGCAATTTGTGGAGGGGGTCCGCATGGAAGAAATAGTTGA 1980
カニクイザル GTCCATGGGTGGGACACAGCAGCAATTTGTGGAGGGGGTCCGCATGGAAGAAATAGTTGA 1935
************************************************************
ヒト AGGTTGTACCGGAGCCCTTCACATCCTAGCTCGGGATGTTCACAACCGAATTGTTATCAG 2040
カニクイザル AGGTTGTACTGGAGCCCTTCACATCCTAGCTCGGGATGTTCACAACCGAATTGTAATCAG 1995
********* ******************************************** *****
ヒト AGGACTAAATACCATTCCATTGTTTGTGCAGCTGCTTTATTCTCCCATTGAAAACATCCA 2100
カニクイザル AGGACTAAATACCATTCCATTGTTTGTGCAGCTGCTTTATTCTCCCATTGAAAACATCCA 2055
************************************************************
ヒト AAGAGTAGCTGCAGGGGTCCTCTGTGAACTTGCTCAGGACAAGGAAGCTGCAGAAGCTAT 2160
カニクイザル AAGAGTAGCTGCAGGGGTCCTCTGTGAACTTGCTCAGGACAAGGAAGCTGCAGAAGCGAT 2115
********************************************************* **
ヒト TGAAGCTGAGGGAGCCACAGCTCCTCTGACAGAGTTACTTCACTCTAGGAATGAAGGTGT 2220
カニクイザル TGAAGCTGAGGGAGCCACAGCTCCTCTGACAGAGTTACTTCACTCTAGGAATGAAGGTGT 2175
************************************************************
ヒト GGCGACATATGCAGCTGCTGTTTTGTTCCGAATGTCTGAGGACAAGCCACAAGATTACAA 2280
カニクイザル GGCGACGTATGCAGCTGCTGTTTTGTTCCGAATGTCTGAGGACAAGCCACAAGATTACAA 2235
****** *****************************************************
ヒト GAAACGGCTTTCAGTTGAGCTGACCAGCTCTCTCTTCAGAACAGAGCCAATGGCTTGGAA 2340
カニクイザル GAAACGGCTTTCAGTTGAGCTGACCAGCTCTCTCTTCAGAACGGAGCCAATGGCTTGGAA 2295
****************************************** *****************
ヒト TGAGACTGCTGATCTTGGACTTGATATTGGTGCCCAGGGAGAACCCCTTGGATATCGCCA 2400
カニクイザル TGAGACTGCGGATCTTGGACTTGATATTGGTGCCCAGGGAGAACCCCTTGGATATCGCCA 2355
********* **************************************************
ヒト GGATGATCCTAGCTATCGTTCTTTTCACTCTGGTGGATATGGCCAGGATGCCTTGGGTAT 2460
カニクイザル GGATGATCCTAGCTATCGTTCTTTTCACTCTGGTGGATATGGCCAGGATGCCTTGGGTAT 2415
************************************************************
ヒト GGACCCCATGATGGAACATGAGATGGGTGGCCACCACCCTGGTGCTGACTATCCAGTTGA 2520
カニクイザル GGACCCCATGATGGAACATGAGATGGGTGGCCACCACCCTGGTGCTGACTATCCAGTTGA 2475
************************************************************
ヒト TGGGCTGCCAGATCTGGGGCATGCCCAGGACCTCATGGATGGGCTGCCTCCAGGTGACAG 2580
カニクイザル TGGGCTGCCAGATCTGGGACATGCCCAGGACCTCATGGATGGGCTGCCTCCAGGTGATAG 2535
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ヒト CAATCAGCTGGCCTGGTTTGATACTGACCTGTAAATCATCCTTTAG−−−−−−−−−−−−−− 2626
カニクイザル CAATCAGCTGGCCTGGTTTGATACTGACCTGTAAATCATCCTTTAGCTGTATTGTCTGAA 2595
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ヒト −−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
カニクイザル CTTGCATTGTGATTGGCCTGTAGAGTTGCTGAGAGGGCTCGAGGGGTGGGCTGGTATCTC 2655
ヒト −−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
カニクイザル AGAAAGTGCCTGACACACTAACCAAGCTGAGTTTCCTATGGGAACAATTGAAGTAAACTT 2715
ヒト −−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−GAGTAACAATACAAATGGATTTTGGGAGTGACTCA 2661
カニクイザル TTTGTTCTGGTCCTTTTTGGTCGAGGAGTAACAATACAAATGGATTTTGGGAGTGACTCA 2775
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ヒト AGAAGTGAAGAATGCACAAGAATGGATCACAAGATGGAATTTATCAAACCCTAGCCTTGC 2721
カニクイザル AGAAGTGAAGAATGCACAAGAATGGATCACAAGATGGAATTTATCAAACCCTAGCCTTGC 2835
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ヒト TTGTTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGAATATCTGTAATGGTACTGACTTTGCTTGC 2781
カニクイザル TTGTTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGAATATCTGTAATGGTACTGACTTTGCTTGC 2895
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ヒト TTTGAAGTAGCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAGTAACTGTTTTTTAAGTCT 2841
カニクイザル TTTGAAGTAGCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAGTAACTGTTTTTTAAGTCT 2955
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ヒト CTCGTAGTGTTAAGTTATAGTGAATACTGCTACAGCAATTTCTAATTTTTAAGAATTGAG 2901
カニクイザル CTCGTAGTGTTAAGTTATAGTGAATACTGCTACAGCAATTTCTAATTTTTAAGAATTGAG 3015
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ヒト TAATGGTGTAGAACACTAATTCATAATCACTCTAATTAATTGTAATCTGAATAAAGTGTA 2961
カニクイザル TAATGGTGTAGAACACTAATTCATAATCACTCTAAT−AATTGTAATCTGAATAAAGTGTA 3074
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ヒト ACAATTGTGTAGCCTTTTTGTATAAAATAGACAAATAGAAAATGGTCCAATTAGTTTCCT 3021
カニクイザル ACA−TTGTGTAGCCTTTTTGTATAAAATAGACAAATAGAAAATGGTCCAATTAGTTTCCT 3133
*** ********************************************************
ヒト TTTTAATATGCTTAAAATAAGCAGGTGGATCTATTTCATGTTTTTGATCAAAAACT−−AT 3079
カニクイザル TTTTAATATGCTTAAAATAAGCAGGTGGATCTATTTCATGTTTTTGATCAAAAACTTTAT 3193
******************************************************** **
ヒト TTGGGATATGTATGGGTAGGGTAAATCAGTAAGAGGTGTTATTTGGAACCTTGTTTTGGA 3139
カニクイザル TTGGGATATGTATGGGTAGGGTAAATCAGTAAGAGGTGTTATTTGGAACCTTGTTTTGGA 3253
************************************************************
ヒト CAGTTTACCAGTTGCCTTTTATCCCAAAGTTGTTGTAACCTGCTGTGATACGATGCTTCA 3199
カニクイザル CAGTTTACCAGTTGCCTTTTATCCCAAAGTTGTTGTAACCTGCTGTGATACAATGCTTCA 3313
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ヒト AGAGAAAATGCGGTTATAAAAAATGGTTCAGAATTAAACTTTTAATTCATTCGATTG 3256
カニクイザル AGAGAAAATGCGGTTATAAAAAATGGTTCAGAA−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−− 3346
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ヒト (配列番号4112)
カニクイザル (配列番号4113)
本開示は、ベータ−カテニンに対するRNAi剤の様々な実施形態を包含する。
簡便のために、明細書、実施例および添付の特許請求の範囲において用いるあるいくつかの用語および句の意味を以下に示す。本明細書の他の部分における用語の使用と、この文書に示すその定義との間に明らかな矛盾があるならば、この文書の定義が勝る。
一実施形態では、本開示は、ベータ−カテニン遺伝子(またはその一部分)をコードするmRNAに相補的なベータ−カテニンRNAi剤もしくはその他のアンチセンス核酸、またはsiRNA(RNAi剤)の少なくとも一方の鎖をコードするコードする組換え発現ベクター、または以下に定義するようにRNAi剤として機能できるアンチセンス核酸を含む組成物に関する。
ベータ−カテニンに対するRNAi剤の様々な具体的な実施形態を、本明細書に開示する。例示の配列を、表1、2および3に示す。本開示の具体的な実施形態は、表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙するRNAi剤のいずれかと0、1、2または3nt(ヌクレオチド)またはbp[塩基対(複数可)]異なる(例えば0、1、2または3のミスマッチを有する)配列を含むRNAi剤ならびにその改変および未改変バリアントを含む。
本開示は、表1、2および3に開示するもののような未改変配列および例示の改変配列の両方を包含する。
A22S26
A22 a 全てのUAは2’−OMe−U Aおよび全てのCAは2’−OMe−C A
S26 a 全てのUは2’−OMe−Uおよび全てのCは2’−OMe−C
全ての3’突出は2’−OMe−U 2’−OMe−U
A25S27
A25 a wtRNA
S27 a wtRNA
全ての3’突出は2’−OMe−U 2’−OMe−U
A48S26
A48 a 全てのUAは2’−OMe−U Aおよび全てのCAは2’−OMe−C A、最初の5’−NはDNA
S26 a 全てのUは2’−OMe−Uおよび全てのCは2’−OMe−C
全ての3’突出は2’−OMe−U 2’−OMe−U
A51S26
A51 a 全てのUは2’−OMe−Uおよび1位、2位および14位以外の全てのCは2’−OMe−C
S26 a 全てのUは2’−OMe−Uおよび全てのCは2’−OMe−C
全ての3’突出は2’−OMe−U 2’−OMe−U
A52S36
A52 a 3位、7位、10位および13位にて2’−OMe−N、18位および19位にて2’−MOE−N
S36 a 4位、8位、12位および15位にて2’−OMe−N、1位、2位、18位および19位にて2’−MOE−N
全ての3’突出は2’−OMe−U 2’−OMe−U
A53S37
A53 a 3位、7位、10位、13位、18位および19位にて2’−MOE−N
S37 a 1位、2位、4位、8位、12位、15位、18位および19位にて2’−MOE−N
全ての3’突出は2’−OMe−U 2’−OMe−U
A54S36
A54 a 3位、7位、10位および13位にて2’−OMe−N、18位および19位にて2’−MOE−N、1位にてDNA
S36 a 4位、8位、12位および15位にて2’−OMe−N、1位、2位、18位および19位にて2’−MOE−N
全ての3’突出は2’−OMe−U 2’−OMe−U
A55S36
A55 a 3位、7位、10位および13位にて2’−OMe−N、18位および19位にて2’−MOE−N
1位にて2’−F−N
S36 a 4位、8位、12位および15位にて2’−OMe−N、1位、2位、18位および19位にて2’−MOE−N
全ての3’突出は2’−OMe−U 2’−OMe−U
RNA干渉(RNAi)は、2本鎖RNA(dsRNA)と同じ配列を含有するメッセンジャーRNA(mRNA)を分解するためのdsRNAを用いる、転写後標的化遺伝子サイレンシング技術である。RNAiのプロセスは、リボヌクレアーゼIII(ダイサー)が、より長いdsRNAをsiRNAとよばれるより短い断片に切断するときに生じる。ダイサーにより生成されたsiRNA(小型干渉RNA)は、典型的に約21から23ヌクレオチドの長さであり、約19塩基対の二重鎖を含む(しかし、人工的siRNAまたはRNAi剤は、より短く、かつ/または平滑末端であり得、かつ/または1もしくは複数のエンドキャップを含む)。より小型のRNAセグメントは、次いで、標的mRNAの分解を媒介する。ダイサーは、翻訳制御に関与する保存構造の前駆RNAからの21および22ヌクレオチドの小分子RNA(stRNA)の切り出しにも関与する。Hutvagnerら、2001 Science 293: 834頁。RNAi応答は、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)と通常よばれるエンドヌクレアーゼ複合体も特徴とし、これは、RNAi剤のアンチセンス鎖に相補的な1本鎖mRNAの切断を媒介する。標的RNAの切断は、siRNA二重鎖のアンチセンス鎖に相補的な領域の中ごろで生じる。
様々な実施形態では、RNAi剤は、第1鎖と第2鎖、例えばセンス鎖とアンチセンス鎖とを含む。場合によって、二重鎖の一方または両方の端は、本明細書において「突出」という対形成していないヌクレオチドを含有する。
本開示のRNAi剤は、遺伝子ベータ−カテニンをコードするmRNAを標的にする(例えば該mRNAと特異的に結合する、該mRNAにアニールするなど)。ベータ−カテニンに特異的なRNAi剤の使用は、ベータ−カテニン活性、レベルおよび/または発現および/または細胞分布/区画化の減少、例えば標的遺伝子または標的配列の「ノックダウン」または「ノックアウト」をもたらす。特に、一実施形態では、ベータ−カテニンの過剰発現または過剰活動を特徴とする疾患状態の場合、ベータ−カテニンに対するRNAi剤の投与は、ベータ−カテニン活性の正常なレベル、豊富さまたは細胞分布を回復するように十分にベータ−カテニン遺伝子をノックダウンする。
用語「2本鎖RNA」または「dsRNA」は、本明細書で用いる場合、第1鎖と第2鎖とを含むRNAi剤、例えば、2つの逆平行で実質的に相補的な核酸鎖(これを、標的RNAに関して「センス」および「アンチセンス」の向きを有するという)を含む、ハイブリダイズした二重鎖領域を有するRNA分子または分子の複合体を含む組成物のことをいう。mRNA標的に関するアンチセンス鎖は、「ガイド」鎖ともいい、センス鎖は、「パッセンジャー」鎖ともいう。パッセンジャー鎖は、以下の少なくとも1または複数を含むことができる:他方の鎖と比較して1または複数の余分のヌクレオチド(例えばバルジまたは1ntループ)、他方の鎖と比較してのニック、ギャップなど。様々な実施形態では、第1鎖は、センス鎖であり、第2鎖は、アンチセンス鎖である。その他の実施形態では、第1鎖は、アンチセンス鎖であり、第2鎖は、センス鎖である。
ベータ−カテニンを標的にする例示的なRNAi剤は、本明細書に示すベータ−カテニン遺伝子に対応するmRNAと結合するものを含む。ベータ−カテニンに対する例示的なRNAi剤を、表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に示す。
細胞における特定のタンパク質の発現を下方モジュレートするためのRNAi剤またはアンチセンス核酸を含む組成物の使用は、当該技術分野において公知である。RNAi剤は、別の核酸(例えばmRNA)のコード鎖に相補的でかつ該コード鎖と水素結合できる配列を含む。よって、様々な実施形態では、本開示のRNAi剤は、本明細書、例えば表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に示す任意の配列を標的にする(例えば該配列に相補的である、該配列と特異的に水素結合できるなど)任意のRNAi剤を包含する。
RNAi剤は、核酸がアンチセンスの向きでサブクローニングされた発現ベクターを用いて細胞内で生物学的に生成できる(すなわち、挿入された核酸から転写されたRNAは、対象の標的核酸に対してアンチセンスの向きにある)。RNAi剤は、核酸がshRNA構築物としてサブクローニングされた発現ベクターを用いて生物学的に生成することもできる(例えば、挿入された核酸から転写されたRNAは、対象の標的核酸に対してアンチセンスの向きの第1領域と、ループまたはヒンジを含む第2領域と、対象の標的核酸に対してセンスの向きの第3領域とを有し、ここで、転写産物の第1および第3領域は、好ましくは互いにハイブリダイズして、ステム−ループ構造を形成する。
本開示のRNAi剤は、当該技術分野において既知の任意の手段により送達または導入できる(例えばin vitroで細胞に、試験動物に、またはヒトに)。
本明細書で用いる場合、「医薬組成物」は、薬学的有効量の1または複数のベータ−カテニンRNAi剤と、薬学的に許容される担体と、場合によって、RNAi剤と相乗的に働くさらなる疾患処置とを含む。さらなる疾患処置は、ベータ−カテニンに対するさらなるRNAi剤(複数可)、および/または別の遺伝子に対するさらなるRNAi剤(複数可)であり得る。本明細書で用いる場合、「薬理学的有効量」、「治療有効量」または単に「有効量」は、意図する薬理学的、治療的または防止的な結果を生じるために有効なRNAi剤の量のことをいう。例えば、疾患または障害と関連する測定可能なパラメータの少なくとも10%の低減がある場合に、ある臨床的処置が効果的であるとみなされるならば、その疾患または障害の処置のための薬物の治療有効量は、そのパラメータの少なくとも10%の低減をもたらすために必要な量である。本実施形態では、ベータ−カテニンを標的にするRNAi剤の治療有効量は、ベータ−カテニンタンパク質のレベルを少なくとも10%低減できる。さらなる実施形態では、疾患または障害と関連する測定可能なパラメータの少なくとも15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90または95%の低減がある場合に、ある臨床的処置は、効果的であるとみなされ、その疾患または障害の処置のための薬物の治療有効量は、そのパラメータの、それぞれ少なくとも15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90または95%の低減をもたらすために必要な量である。
ベータ−カテニンに対するRNAi剤を含む医薬組成物のさらなる成分を、送達、安定性、効力または免疫原性の低減を助けるために加えることができる。
ベータ−カテニンを含む医薬組成物は、頬側、吸入(吹送法および深い吸入を含む)、経鼻、経口、非経口、インプラント、硬膜外、動脈内、関節内、嚢内、心臓内、脳室内、頭蓋内、皮内、筋内、眼窩内、点眼、腹腔内、脊髄内、胸骨内、くも膜下腔内、静脈内、くも膜下、嚢下、皮下、表皮下、経内皮、経気管、経血管、直腸、舌下、局部、および/または膣経路による注射または注入により投与できる。これは、注射、注入、経皮パッチまたは当該技術分野において既知の任意のその他の方法によることができる。製剤は、粉末、噴霧、エアゾール、顆粒にし、またはその他の方法で送達のために適当に調製することができる。液体であるならば、投与は、緩慢または急速投与によるものであってよいが、当該技術分野において知られるいくつかの状況下では、急速投与注射は、腎臓を通して物質の喪失を導くことがある。
当該技術分野において既知の任意の方法を用いて、ベータ−カテニンRNAi剤により誘導または変更されたベータ−カテニン活性、レベル、細胞分布および/または発現の変化を測定できる。測定は、RNAi剤の投与の前、投与中および投与後の複数の時点で行って、RNAi剤の効果を決定できる。
本開示は、ベータ−カテニンに対するRNAi剤と、様々なベータ−カテニン関連疾患を処置するためのヒトおよび非ヒト動物へのRNAi剤の投与とを包含する。
本明細書に記載するベータ−カテニンに対するRNAi剤は、ヒトまたは非ヒト動物に投与できる医薬組成物に処方できる。これらの組成物は、1または複数のRNAi剤と、場合によって、ベータ−カテニン関連疾患を処置するために有用なさらなる処置とを含むことができる。これらは、早期/防止的処置の一部として投与でき、治療有効投与量で投与できる。医薬組成物は、薬学的担体を含むことができ、当該技術分野において既知の任意の方法により投与できる。本開示のこれらの様々な態様を、以下にさらに詳細に記載する。
ベータ−カテニン関連疾患の処置は、よって、ベータベータ−カテニンRNAi剤を含み、場合によって、方法(または手順)および/またはさらなる組成物(例えば作用剤またはさらなるRNAi剤)であり得るさらなる処置をさらに含む、様々な処置を含むことができる。
れ、商品名Votrient(登録商標)の下でGlaxoSmithKlineにより販売)、イマチニブおよびイマチニブメシル酸塩(商品名Gilvec(登録商標)およびGleevec(登録商標)の下でNovartisにより販売)、メゲストロール(酢酸メゲストロールとしても知られ、商品名Megace(登録商標)の下で販売)、モテサニブ(N−(2,3−ジヒドロ−3,3−ジメチル−1H−インドール−6−イル)−2−[(4−ピリジニルメチル)アミノ]−3−ピリジンカルボキサミド、PCTパンフレット第WO02/066470号に記載される)、パシレオチド(SOM230としても知られ、PCTパンフレット第WO02/010192号に記載される)、ソラフェニブ(商品名Nexavar(登録商標)の下で販売)、ネララビン((2R,3S,4R,5R)−2−(2−アミノ−6−メトキシ−プリン−9−イル)−5−(ヒドロキシメチル)オキソラン−3,4−ジオール、商品名Arranon(登録商標)およびAtriance(登録商標)の下でGlaxoSmithKlineにより販売)、ネラチニブ(HKI−272、(2E)−N−[4−[[3−クロロ−4−[(ピリジン−2−イル)メトキシ]フェニル]アミノ]−3−シアノ−7−エトキシキノリン−6−イル]−4−(ジメチルアミノ)ブタ−2−エナミドとしても知られ、PCTパンフレット第WO05/028443号に記載される)、ニロチニブ塩酸塩(商品名Tasigna(登録商標)の下でNovartisにより販売)、ニルタミド(商品名Nilandron(登録商標)およびAnandron(登録商標)の下で販売)、ビカルタミド(商品名Casodex(登録商標)の下で販売)、フルタミド(商品名Fulexin(商標)の下で販売)、N−メチル−2−[[3−[(E)−2−ピリジン−2−イルエテニル]−1H−インダゾール−6−イル]スルファニル]ベンズアミド、AG013736としても知られ、PCTパンフレット第WO01/002369号に記載される、オクトレオチド(オクトレオチド酢酸塩としても知られ、商品名Sandostatin(登録商標)およびSandostatin LAR(登録商標)の下で販売)、オダナカチブ(MK−0822、N−(1−シアノシクロプロピル)−4−フルオロ−N2−{(1S)−2,2,2−トリフルオロ−1−[4’−(メチルスルホニル)ビフェニル−4−イル]エチル}−L−ロイシンアミドとしても知られ、Lanzhou Chon Chemicals,ACC Corp.およびChemieTekから入手可能であり、PCTパンフレット第WO03/075836号に記載される)、オプレルベキン(商品名Neumega(登録商標)の下でPfizer/Wyethにより販売)、オキサリプラチン(商品名Eloxatin(登録商標)の下でSanofi−Aventisにより販売され、米国特許第4,169,846号に記載される)、パリフェルミン(商品名Kepivance(登録商標)の下でAmgenにより販売)、パミドロネート(商品名Aredia(登録商標)の下で販売)、ゾレドロン酸(商品名Zometa(登録商標)の下で販売)、パニツムマブ(商品名Vectibix(登録商標)の下でAmgenにより販売)、ペントスタチン(商品名Nipent(登録商標)の下で販売)、ペルツズマブ(商標Omnitarg(登録商標)の下でGenentechにより販売)、ラロキシフェン(商品名Evista(登録商標)の下で販売)、リツキシマブ(商標Riuxan(登録商標)およびMabThera(登録商標)の下でGenentech/Rocheにより販売)、ロミプロスチム(商品名Nplate(登録商標)の下でAmgenにより販売)、タモキシフェン(商品名Novaldex(登録商標)の下で販売)、タネスピマイシン(17−アリルアミノ−17−デメトキシゲルダナマイシン、KOS−953および17−AAGとしても知られ、SIGMAから入手可能であり、米国特許第4,261,989号に記載される)、テモゾロミド(商品名Temodar(登録商標)およびTemodal(登録商標)の下でSchering−Plough/Merckにより販売)、ダクチノマイシン(アクチノマイシン−Dとしても知られ、商品名Cosmegen(登録商標)の下で販売)、メルファラン(L−PAM、L−サルコリシンおよびフェニルアラニンマスタードとしても知られ、商品名Alkeran(登録商標)の下で販売)、アルトレタミン(ヘキサメチルメラミン(HMM)としても知られ、商品名Hexalen(登録商標)の下で販売)、カルムスチン(商品名BiCNU(登録商標)の下で販売)、ベンダムスチン(商品名Treanda(登録商標)の下で販売)、ブスルファン(商品名Busulfex(登録商標)およびMyleran(登録商標)の下で販売)、カルボプラチン(商品名Paraplatin(登録商標)の下で販売)、ロムスチン(CCNUとしても知られ、商品名CeeNU(登録商標)の下で販売)、シスプラチン(CDDPとしても知られ、商品名Platinol(登録商標)およびPlatinol(登録商標)−AQの下で販売)、クロラムブシル(商品名Leukeran(登録商標)の下で販売)、シクロホスファミド(商品名Cytoxan(登録商標)およびNeosar(登録商標)の下で販売)、ダカルバジン(DTIC、DICおよびイミダゾールカルボキサミドとしても知られ、商品名DTIC−Dome(登録商標)の下で販売)、アルトレタミン(ヘキサメチルメラミン(HMM)としても知られ、商品名Hexalen(登録商標)の下で販売)、イホスファミド(商品名Ifex(登録商標)の下で販売)、プロカルバジン(商品名Matulane(登録商標)の下で販売)、メクロレタミン(ナイトロジェンマスタード、ムスチンおよびメクロロエタミン(mechloroethamine)塩酸塩としても知られ、商品名Mustargen(登録商標)の下で販売)、ストレプトゾシン(商品名Zanosar(登録商標)の下で販売)、チオテパ(チオホスホアミド、TESPAおよびTSPAとしても知られ、商品名Thioplex(登録商標)の下で販売、テムシロリムス(商品名Torisel(登録商標)の下でPfizerにより販売)、リダフォロリムス(正式にはデフェロリムス(deferolimus)として知られ、(1R,2R,4S)−4−[(2R)−2[(1R,9S,12S,15R,16E,18R,19R,21R,23S,24E,26E,28Z,30S,32S,35R)−1,18−ジヒドロキシ−19,30−ジメトキシ−15,17,21,23,29,35−ヘキサメチル−2,3,10,14,20−ペンタオキソ−11,36−ジオキサ−4−アザトリシクロ[30.3.1.04,9]ヘキサトリアコンタ−16,24,26,28−テトラエン−12−イル]プロピル]−2−メトキシシクロヘキシル ジメチルホスフィネート、AP23573およびMK8669としても知られ、PCTパンフレット第WO03/064383に記載される)、エベロリムス(商品名Afinitor(登録商標)の下でNovartisにより販売)、トレミフェン(商品名Fareston(登録商標)の下で販売)、トシツモマブ(商標Bexxar(登録商標)の下でGlaxoSmithKlineにより販売)、オファツムマブ(商標Arzerra(登録商標)の下でGlaxoSmithKlineにより販売)、トレメリムマブ(IgG2モノクローナル抗体、Pfizerから入手可能であり、以前はチシリムマブ、CP−675,206として知られる)、イピリムマブ(CTLA−4抗体、MDX−010、CAS No.477202−00−9としても知られる)、ビンブラスチン(ビンブラスチン硫酸塩、ビンカロイコブラスチンおよびVLBとしても知られ、商品名Alkaban−AQ(登録商標)およびVelban(登録商標)の下で販売)、ビンクリスチン(ビンクリスチン硫酸塩、LCRおよびVCRとしても知られ、商品名Oncovin(登録商標)およびVincasar Pfs(登録商標)の下で販売)、ビノレルビン(商品名Navelbine(登録商標)の下で販売)、ボニノスタット(Voninostat)(商品名Zolinza(登録商標)の下でMerckにより販売)、キサリプロデン(SR57746、1−[2−(2−ナフチル)エチル]−4−[3−(トリフルオロメチル)フェニル]−1,2,3,6−テトラヒドロピリジンとしても知られ、米国特許第5,266,573号に記載される)、XL−518(GDC−0973、Cas No.1029872−29−4としても知られ、ACC Corp.から入手可能);セルメチニブ(5−[(4−ブロモ−2−クロロフェニル)アミノ]−4−フルオロ−N−(2−ヒドロキシエトキシ)−1−メチル−1H−ベンズイミダゾール−6−カルボキサミド、AZD6244またはARRY142886としても知られ、PCTパンフレット第WO2003077914号に記載される);2−[(2−クロロ−4−ヨードフェニル)アミノ]−N−(シクロプロピルメトキシ)−3,4−ジフルオロ−ベンズアミド(CI−1040またはPD184352としても知られ、PCTパンフレット第WO2000035436号に記載される);N−[(2R)−2,3−ジヒドロキシプロポキシ]−3,4−ジフルオロ−2−[(2−フルオロ−4−ヨードフェニル)アミノ]−ベンズアミド(PD0325901としても知られ、PCTパンフレット第WO2002006213号に記載される);2,3−ビス[アミノ[(2−アミノフェニル)チオ]メチレン]−ブタンジニトリル(U0126としても知られ、米国特許第2,779,780号に記載される);N−[3,4−ジフルオロ−2−[(2−フルオロ−4−ヨードフェニル)アミノ]−6−メトキシフェニル]−1−[(2R)−2,3−ジヒドロキシプロピル]−シクロプロパンスルホンアミド(RDEA119またはBAY869766としても知られ、PCTパンフレット第WO2007014011号に記載される);(3S,4R,5Z,8S,9S,11E)−14−(エチルアミノ)−8,9,16−トリヒドロキシ−3,4−ジメチル−3,4,9,19−テトラヒドロ−1H−2−ベンゾキサシクロテトラデシン−1,7(8H)−ジオン](E6201としても知られ、PCTパンフレット第WO2003076424号に記載される);2’−アミノ−3’−メトキシフラボン(PD98059としても知られ、Biaffin GmbH&Co.,KG、Germanyから入手可能);AS−703026(CAS No.1204531−26−9);AZD−8330(ARRY−424704またはARRY−704、CAS No.1204531−17−8としても知られる);ARRY−438162(CAS No.1073666−70−2);GSK−1120212(CAS No.1204531−25−8);RO−4987665(CAS No.1204531−24−7);ならびにTAK−733;骨吸収抑制薬、ビスホスホネート、骨形成促進薬、カルシトニン、カルシウム、カルシウム塩、エストロゲン類似体、ラロキシフェン、RANKL阻害剤、フッ化ナトリウム、ラネリック酸ストロンチウム、テリパラチドならびにビタミンDを含む。
本開示のRNAi剤は、それを必要とする患者に対して治療有効量の投与量で投与される。
特定の実施形態では、本開示は、1または複数のベータ−カテニンRNAi剤を含む組成物を包含する。一実施形態では、本開示は、センス鎖とアンチセンス鎖とを含むRNAi剤を含む。一実施形態では、アンチセンス鎖は、表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙するRNAi剤のアンチセンス鎖の配列からなるか、該配列から本質的になるか、または該配列を含む。一実施形態では、アンチセンス鎖は、表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙する任意のRNAi剤のアンチセンス鎖の配列から0、1、2または3のミスマッチを有する少なくとも15の連続したntの配列からなるか、該配列から本質的になるかまたは該配列を含む。一実施形態では、アンチセンス鎖は、表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙するRNAi剤のアンチセンス鎖の配列からなり、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10ヌクレオチドをさらに含む。一実施形態では、アンチセンス鎖は、表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9に列挙するRNAi剤のアンチセンス鎖の配列から0、1、2または3のミスマッチを有する配列からなり、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10ヌクレオチドをさらに含む。
別の特定の実施形態では、RNAi剤は、表1に列挙するRNAi剤のいずれか、ならびにその改変および未改変バリアントを含む。
本開示の様々な実施形態では、本開示は、HeLa細胞において10または0.1nMのin vitro濃度にてベータ−カテニン遺伝子の少なくとも約40、50、60、70、80、90または95%のノックダウン(それぞれ約60、50、40、30、20、10または5%以下の残存遺伝子活性)を示すRNAi剤を含む。
本開示の様々な実施形態では、組成物は、0.1nMにて120時間で≦0.30、≦0.20または≦0.10の倍数変化(0.1nMの濃度にて120時間でHeLa細胞においてそれぞれ少なくとも70、80または90%のベータ−カテニン遺伝子ノックダウンを示す)ができる1または複数のRNAi剤を含む。これらのレベルの活性が可能なRNAi剤を、本明細書の表に開示する。
本開示の様々な実施形態では、組成物は、HeLa細胞において低濃度でベータ−カテニンの50%遺伝子ノックダウン(EC50)を媒介できる1または複数のRNAi剤を含む。本明細書で列挙するRNAi剤の多くについて、推定EC50を算出した。細胞を10nM、1nM、0.1nM、0.01nMおよび0.001nMのRNAi剤で処理し、データを曲線に当てはめた。記載するEC50は、HeLa細胞においてベータ−カテニンの50%遺伝子ノックダウンをもたらすと予期される、利用可能なデータから算出した推定EC50である。本開示の様々な実施形態では、組成物は、HeLa細胞において100、75、50、25、10、5、2.5、1、0.75、0.5、0.25、0.2、0.12、0.1、0.09、0.08、0.07、0.06、0.05、0.04、0.03または0.02nM以下で50%遺伝子ノックダウン(EC50)を媒介できる1または複数のRNAi剤を含む。これらのレベルの活性が可能なRNAi剤を、本明細書の表に開示する。
一実施形態では、本開示は、センス鎖とアンチセンス鎖とを含むRNAi剤の任意の1または複数を含む組成物であって、アンチセンス鎖が、表1、2、3、4、5、6、7、8および/または9からの任意のRNAi剤ならびにその改変および未改変バリアントのアンチセンス鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む組成物に関する。
一実施形態では、本開示は、第1鎖と第2鎖とを含むRNAi剤であって、第1鎖が、表1、2、3、4、5、6、7、8および/もしくは9からの任意のRNAi剤の第1鎖の配列と0、1、2もしくは3nt異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含むRNAi剤またはその改変もしくは未改変バリアントを含む。
一実施形態では、本開示は、表1、2、3、4、5、6、7、8および/もしくは9の任意のRNAiのアンチセンス鎖の配列と0、1、2もしくは3nt異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含むアンチセンス鎖、ならびに/または表1、2、3、4、5、6、7、8および/もしくは9の任意のRNAiのセンス鎖の配列と0、1、2もしくは3nt異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含むセンス鎖を含むRNAi剤ならびにその改変および未改変バリアントを含む。
様々な実施形態では、本開示は、以下の1または複数を含む組成物に関する。
様々な実施形態では、本開示は、以下の1または複数を含む組成物に関する。
様々な実施形態では、本開示は、以下に関する。
本開示の様々な実施形態では、RNAi剤は、表1、2、3、4、5、6、7、8および/もしくは9からの任意のRNAi剤またはその改変もしくは未改変バリアントのアンチセンス鎖の配列から0、1、2または3のミスマッチを有する少なくとも15の連続したヌクレオチドの配列からなるアンチセンス鎖を含み、ここで、アンチセンス鎖は、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10以上のnt(またはその任意の範囲、例えば0〜1、1〜2、1〜3、1〜4、1〜5、1〜6、1〜7、1〜8、1〜9、1〜10、2〜3、2〜4または2〜5ntなど)を場合によってさらに含む。
本開示の様々な実施形態では、本開示は、オーバーラップ配列を有するRNAi剤の群に関する。したがって、本開示は、群中のそれぞれのRNAi剤が、同じ群中の他のそれぞれのRNAi剤と少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19以上のヌクレオチドオーバーラップするRNAi剤の群を包含する。一実施形態では、オーバーラップは、少なくとも12ntである。オーバーラップする配列の群を、表4に示す。
冠詞「a」および「an」は、本明細書および特許請求の範囲で用いる場合、1または1より多く(少なくとも1)の冠詞の文法的目的物のことをいう。
バイオインフォマティックス
転写産物
RNAi剤の設計を行って、ヒトベータ−カテニン遺伝子(CTNNB1)を標的にするRNAi剤を同定する。設計は、NCBI(National Center for Biotechnology Information)RefseqコレクションからのCTNNB1転写産物NM_001098210.1を用いる。全てのRNAi剤二重鎖は、3つ全てのヒトCTNNB1転写産物(NM_001098210.1、NM_001098209.1およびNM_001904.3)と100%同一性を有するように設計する。
全ての可能性がある19マーの予測される特異性を、それぞれの配列から予測する。CTNNB1 RNAi剤を、FASTAアルゴリズムを用いて、ヒトトランスクリプトーム(ヒトNCBI Refseqセット内でNM_およびXM_記録のセットとして定義される)に対する網羅的な検索において用いる。perlスクリプト「parseFasta.pl」を次いで用いて、アラインメントを解析し、siRNAと任意の可能性がある「オフターゲット」転写産物との間のミスマッチの位置および数に基づくスコアを得る。オフターゲットスコアに重みづけをして、分子の5’端から2〜9位のsiRNAの「シード」領域における違いを強調する。FASTA検索からのそれぞれのオリゴ転写産物対は、個別のミスマッチスコア;2.8と数える2〜9位におけるミスマッチ、1.2と数える切断部位10〜11位におけるミスマッチおよび1.0と数える領域12〜19におけるミスマッチを合計することによりミスマッチスコアを得る。さらなるオフターゲット予測は、それぞれのオリゴの3つの異なるシード由来ヘキサマーに由来するヘプタマーおよびオクトマー(octomers)の頻度を比較することにより行う。5’開始に対して2〜7位からのヘキサマーを用いて、2つのヘプタマーと1つのオクトマーを創出する。「ヘプタマー1」は、ヘキサマーに3’Aを付加することにより創出する。ヘプタマー2は、ヘキサマーに5’Aを付加することにより創出する。オクトマーは、ヘキサマーの5’端および3’端の両方にAを付加することにより創出する。ヒト3’UTRome(コード領域の端、「CDS」が明確に規定されている、NCBIのRefseqデータベースからのトランスクリプトームの部分配列と定義される)中のオクトマーおよびヘプタマーの頻度は、予め計算する。オクトマー頻度の範囲からの中央値を用いて、オクトマー頻度をヘプタマー頻度に対して正規化する。「mirSeedScore」を、次いで、((3×正規化オクトマーカウント)+(2×ヘプタマー2カウント)+(1×ヘプタマー1カウント))の合計を計算することにより計算する。
オーバーラップsiRNA
上で列挙したsiRNAのいくつかは、配列中で互いにオーバーラップする。以下の表は、RNAi剤の群を編集したものを示し、ここで、群のそれぞれのメンバーは、同じ群のそれぞれの他のメンバーと少なくとも12ntオーバーラップする。センス鎖のオーバーラップの12ntの部分と、アンチセンス鎖のオーバーラップの12ntの部分とを示す。よって、例えば、AD−26022とAD−26204とは、センス鎖においてCCUGUUCCCCUG(配列番号1319)の配列およびアンチセンス鎖においてCAGGGGAACAGG(配列番号2714)の配列の共通の技術的特徴を共有する。もちろん、オーバーラップの12ntの部分だけを示していることに注意されたい。RNAi剤の多くの群は、12ntを超えてオーバーラップする。遺伝子内の位置も示す。
ベータ−カテニンRNAi剤配列の選択
本明細書に列挙する479のセンスおよび479のアンチセンスCTNNB1由来RNAi剤オリゴを合成して、二重鎖を形成する。
合成:
ベータ−カテニン配列は、MerMade192合成機で、1μmolのスケールで合成する。
センス鎖中の全てのピリミジン(シトシンおよびウリジン)を、対応する2’−O−メチル塩基(2’O−メチルCおよび2’−O−メチルU)で置き換える
アンチセンス鎖において、リボAヌクレオシドの隣(5’位に向かう)のピリミジン(CおよびU)を、それらの対応する2−O−メチルヌクレオシドで置き換える
センス配列およびアンチセンス配列の両方の3’端にて2塩基dTdT伸長を導入する。この2塩基突出は、ホスホジエステル連結を有する
配列ファイルをテキストファイルに変換して、MerMade192合成ソフトウェアにロードするために適合するようにする
合成した配列を、96ウェルプレート中で、第1ステップにおいてメチルアミン、および第2ステップにおいてトリエチルアミン3HFを用いて切断および脱保護する。このようにして得られる粗配列は、アセトン:エタノールミックスを用いて沈殿させ、ペレットを、0.02M酢酸ナトリウム緩衝液に再懸濁する。それぞれの配列からの試料をLC−MSにより分析し、得られる質量データにより、配列のアイデンティティーが確認される。試料の選択されたセットは、IEXクロマトグラフィーによっても分析する。
プロセスにおける次のステップは、精製である。全ての配列を、Source15Qカラムを用いてAKTAエクスプローラ精製システムで精製する。精製は、カラムおよび60℃に設定したライン内緩衝液ヒータを用いて行う。全長配列に相当する単一ピークを溶出物中に回収し、その後、イオン交換クロマトグラフィーにより純度について分析する。
in vitroスクリーニング:
本明細書に列挙し(実施例1)、かつ実施例2に記載するようにして合成したRNAi剤を、in vitro活性について試験する。
HeLa細胞(ATCC、Manassas、VA)を、37℃にて5%CO2の雰囲気中、10%FBS、ストレプトマイシンおよびグルタミン(ATCC)を補ったイーグル最少必須培地(EMEM、ATCC)中で集密付近まで成長させた後、トリプシン処理によりプレートから遊離させる。96ウェルプレートにおいて、ウェルあたり10μlのOpti−MEMと0.2μlのリポフェクタミンRNAiMax(Invitrogen、Carlsbad、CA.cat#13778−150)とともに、ウェルあたり5μlのOpti−MEMを5μlのRNAi剤二重鎖に加えることにより、リバーストランスフェクションを行い、室温にて15分間インキュベートする。24時間にて行うアッセイのために、約2×104のHeLa細胞を含有する抗生物質を含まない80μlの完全成長培地を、次いで、RNAi剤混合物に加える。120時間にて行うアッセイのために、約2×104のHeLa細胞を含有する抗生物質を含まない80μlの完全成長培地を、次いで、RNAi剤混合物に加える。細胞を24または48時間インキュベートした後に、RNA精製する。単一用量実験を10nMおよびいくつかの場合では0.1nMの最終二重鎖濃度で行い、用量応答実験は、10、1、0.5、0.1、0.05、0.01、0.005、0.001、0.0005、0.0001、0.00005、0.00001nMの最終二重鎖濃度にて行う。
細胞を採集し、140μlの溶解/結合溶液中で溶解させ、次いで、1分間、850rpmにてEppendorf Thermomixer(混合速度は、プロセスを通して同じである)を用いて混合する。20マイクロリットルの磁性ビーズおよび溶解/結合エンハンサー混合物を細胞可溶化液に加え、5分間混合する。磁性ビーズを、磁性スタンドを用いて捕捉し、ビーズを乱さないようにして上清を取り除く。上清を取り除いた後に、磁性ビーズを洗浄溶液1(イソプロパノール添加)で洗浄し、1分間混合する。ビーズを再び捕捉し、上清を取り除く。ビーズを、次いで、150μlの洗浄溶液2(エタノール添加)で洗浄し、捕捉して、上清を取り除く。50μlのDNアーゼ混合物(MagMax turbo DNアーゼ緩衝液およびTurbo DNアーゼ)を、次いで、ビーズに加え、これらを10から15分間混合する。混合後、100μlのRNA再結合溶液を加え、3分間混合する。上清を取り除き、磁性ビーズを150μlの洗浄溶液2で再び洗浄し、1分間混合し、上清を完全に取り除く。磁性ビーズを2分間混合して乾燥させた後に、RNAを50μlの水で溶出する。
反応あたり2μlの10×緩衝液、0.8μlの25×dNTP、2μlのランダムプライマー、1μlの逆転写酵素、1μlのRNアーゼ阻害剤および3.2μlのH2Oのマスターミックスを、10μlのトータルRNAに加える。cDNAは、Bio−Rad C−1000またはS−1000サーマルサイクラー(Hercules、CA)を用いて、以下のステップ:25℃10分、37℃120分、85℃5秒、4℃保持を用いて作製する。
2μlのcDNAを、MicroAmp Optical96ウェルプレート(Applied Biosystems cat#4326659)において、ウェルあたり1μlの18S TaqManプローブ(Applied Biosystems Cat#4319413E)、1ulのβ−カテニンTaqManプローブ(Applied Biosystems cat#HS00170025_m1)および10μlのTaqManユニバーサルPCRマスターミックス(Applied Biosystems Cat#4324018)を含有するマスターミックスに加える。リアルタイムPCRを、ΔΔCt(RQ)アッセイを用いて、ABI 7900HTリアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems)において行う。それぞれの二重鎖は、2回の独立したトランスフェクションにおいて試験し、それぞれのトランスフェクションは、まとめの表においてそうでないと記載しない限り、2重にアッセイする。
ベータ−カテニンを標的にするさらなる二重鎖(表3に列挙)を、in vitroでHeLa細胞に対して試験した。48時間の結果を測定した;二重鎖濃度は、6nM、3nMおよび1.5nMであった。この表中のデータは、残存遺伝子活性を表し、したがって、Set1 254 A22 S26は、HeLa細胞において48時間、6nMにて4.9%の残存遺伝子活性(例えば95.1%遺伝子ノックダウン)を示した。
様々な実施形態では、ベータ−カテニンに対する好ましいRNAi剤は、ベータ−カテニンに対して特異的であり、かつ実質的にオフターゲット効果を示さないものである。よって、リードの選択を継続するために、ベータ−カテニンに対する様々なRNAi剤を、ほとんどまたは全くベータ−カテニンを生成しない株化細胞に対して試験する。これらのいわゆる「非感受性株化細胞」の生存率を大きく低減しないベータ−カテニンRNAi剤は、ほとんどまたは全くオフターゲット効果を有さないと考えられる。用いた「非感受性」株化細胞は、NCI−H28およびRKOである。NCI−H28は、ベータ−カテニン遺伝子が欠失している中皮腫株化細胞であり、RKOは、ベータ−カテニン発現が低いかまたはない結腸直腸株化細胞である。
さらなるスクリーニングを、以前の実施例で示すようにベータ−カテニン発現をin vitroで低減でき、ベータ−カテニンに依存しない株化細胞の生存率を大きく低減しなかったベータ−カテニンに対する35のRNAi剤に対して行う。
実施形態1に記載の組成物は、センス鎖とアンチセンス鎖とを含むRNAi剤を含む組成物であり、ここで、アンチセンス鎖は、表1に示すベータ−カテニンに特異的なRNAi剤のアンチセンス鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む。
a)ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−アデニン−3’(5’−ua−3’)ジヌクレオチド;および/または
b)5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−グアニン−3’(5’−ug−3’)ジヌクレオチド;および/または
c)5’−シチジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−シチジン−アデニン−3’(5’−ca−3’)ジヌクレオチド;および/または
d)5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−ウリジン−3’(5’−uu−3’)ジヌクレオチド
を含む、実施形態1に記載の組成物。
2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−O−メチル、2’−O−メトキシエチル(2’−O−MOE)、2’−O−アミノプロピル(2’−O−AP)、2’−O−ジメチルアミノエチル(2’−O−DMAOE)、2’−O−ジメチルアミノプロピル(2’−O−DMAP)、2’−O−ジメチルアミノエチルオキシエチル(2’−O−DMAEOE)および2’−O−N−メチルアセトアミド(2’−O−NMA)からなる群から選択される2’−改変を含む、実施形態1に記載の組成物。
ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−アデニン−3’(5’−ua−3’)ジヌクレオチド;および/または5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−グアニン−3’(5’−ug−3’)ジヌクレオチド;および/または
5’−シチジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−シチジン−アデニン−3’(5’−ca−3’)ジヌクレオチド;および/または
5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−ウリジン−3’(5’−uu−3’)ジヌクレオチド
を含む、実施形態2に記載の組成物。
2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−O−メチル、2’−O−メトキシエチル(2’−O−MOE)、2’−O−アミノプロピル(2’−O−AP)、2’−O−ジメチルアミノエチル(2’−O−DMAOE)、2’−O−ジメチルアミノプロピル(2’−O−DMAP)、2’−O−ジメチルアミノエチルオキシエチル(2’−O−DMAEOE)および2’−O−N−メチルアセトアミド(2’−O−NMA)
からなる群から選択される1または複数の2’−改変を含む、実施形態2に記載の組成物。
実施形態6に記載の組成物は、センス鎖とアンチセンス鎖とを含むRNAi剤を含む組成物であり、ここで、アンチセンス鎖は、表1に示すベータ−ENaCに特異的なRNAi剤のアンチセンス鎖と0、1、2または3ヌクレオチド異なる少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む。
a)ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−アデニン−3’(5’−ua−3’)ジヌクレオチド;および/または
b)5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−グアニン−3’(5’−ug−3’)ジヌクレオチド;および/または
c)5’−シチジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−シチジン−アデニン−3’(5’−ca−3’)ジヌクレオチド;および/または
d)5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−ウリジン−3’(5’−uu−3’)ジヌクレオチド
を含む、実施形態6に記載の組成物。
2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−O−メチル、2’−O−メトキシエチル(2’−O−MOE)、2’−O−アミノプロピル(2’−O−AP)、2’−O−ジメチルアミノエチル(2’−O−DMAOE)、2’−O−ジメチルアミノプロピル(2’−O−DMAP)、2’−O−ジメチルアミノエチルオキシエチル(2’−O−DMAEOE)および2’−O−N−メチルアセトアミド(2’−O−NMA)からなる群から選択される2’−改変を含む、実施形態6に記載の組成物。
ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−アデニン−3’(5’−ua−3’)ジヌクレオチド;および/または5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−グアニン−3’(5’−ug−3’)ジヌクレオチド;および/または
5’−シチジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−シチジン−アデニン−3’(5’−ca−3’)ジヌクレオチド;および/または
5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−ウリジン−3’(5’−uu−3’)ジヌクレオチド
を含む、実施形態7に記載の組成物。
2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−O−メチル、2’−O−メトキシエチル(2’−O−MOE)、2’−O−アミノプロピル(2’−O−AP)、2’−O−ジメチルアミノエチル(2’−O−DMAOE)、2’−O−ジメチルアミノプロピル(2’−O−DMAP)、2’−O−ジメチルアミノエチルオキシエチル(2’−O−DMAEOE)および2’−O−N−メチルアセトアミド(2’−O−NMA)
からなる群から選択される1または複数の2’−改変を含む、実施形態7に記載の組成物。
ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−アデニン−3’(5’−ua−3’)ジヌクレオチド;および/または5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−グアニン−3’(5’−ug−3’)ジヌクレオチド;および/または
5’−シチジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−シチジン−アデニン−3’(5’−ca−3’)ジヌクレオチド;および/または
5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−ウリジン−3’(5’−uu−3’)ジヌクレオチド
を含む、実施形態10に記載の組成物。
2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−O−メチル、2’−O−メトキシエチル(2’−O−MOE)、2’−O−アミノプロピル(2’−O−AP)、2’−O−ジメチルアミノエチル(2’−O−DMAOE)、2’−O−ジメチルアミノプロピル(2’−O−DMAP)、2’−O−ジメチルアミノエチルオキシエチル(2’−O−DMAEOE)および2’−O−N−メチルアセトアミド(2’−O−NMA)
からなる群から選択される1または複数の2’−改変を含む、実施形態10に記載の組成物。
ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−アデニン−3’(5’−ua−3’)ジヌクレオチド;および/または5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−グアニン−3’(5’−ug−3’)ジヌクレオチド;および/または
5’−シチジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−シチジン−アデニン−3’(5’−ca−3’)ジヌクレオチド;および/または
5’−ウリジンが2’−改変ヌクレオチドである少なくとも1つの5’−ウリジン−ウリジン−3’(5’−uu−3’)ジヌクレオチド
を含む、実施形態11に記載の組成物。
2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−O−メチル、2’−O−メトキシエチル(2’−O−MOE)、2’−O−アミノプロピル(2’−O−AP)、2’−O−ジメチルアミノエチル(2’−O−DMAOE)、2’−O−ジメチルアミノプロピル(2’−O−DMAP)、2’−O−ジメチルアミノエチルオキシエチル(2’−O−DMAEOE)および2’−O−N−メチルアセトアミド(2’−O−NMA)
からなる群から選択される1または複数の2’−改変を含む、実施形態11に記載の組成物。
Claims (18)
- センス鎖とアンチセンス鎖とを含むベータ−カテニンに特異的なRNAi剤を含む組成物であって、アンチセンス鎖が、配列番号6121又は配列番号5685で示されるアンチセンス鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む、組成物。
- ベータ−カテニンに対する第2のRNAi剤をさらに含む、請求項1に記載の組成物。
- RNAi剤が、少なくとも1つの改変骨格および/または少なくとも1つの2’−改変ヌクレオチドを含む、請求項1に記載の組成物。
- RNAi剤が、診断用化合物、レポーター基、架橋剤、ヌクレアーゼ耐性付与部分、天然または異常核酸塩基、親脂性分子、コレステロール、脂質、レクチン、ステロイド、ウバオール、ヘシゲニン、ジオスゲニン、テルペン、トリテルペン、サルササポゲニン、フリーデリン、エピフリーデラノール由来リトコール酸、ビタミン、炭水化物、デキストラン、プルラン、キチン、キトサン、合成炭水化物、オリゴ乳酸15マー、天然ポリマー、低分子量または中分子量ポリマー、イヌリン、シクロデキストリン、ヒアルロン酸、タンパク質、タンパク質結合剤、インテグリンターゲティング分子、ポリカチオン、ペプチド、ポリアミン、模倣ペプチドおよび/またはトランスフェリンから選択される1または複数の作用剤にライゲーションされる、請求項1に記載の組成物。
- RNAi剤のセンス鎖が、配列番号6100又は配列番号5026で示されるヌクレオチドの少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む、請求項1に記載の組成物。
- ベータ−カテニンに対する第2のRNAi剤を含む、請求項5に記載の組成物。
- RNAi剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖が、それぞれホスホロチオエートおよび/または2’−改変ヌクレオチドを含む、請求項5に記載の組成物。
- RNAi剤が、診断用化合物、レポーター基、架橋剤、ヌクレアーゼ耐性付与部分、天然または異常核酸塩基、親脂性分子、コレステロール、脂質、レクチン、ステロイド、ウバオール、ヘシゲニン、ジオスゲニン、テルペン、トリテルペン、サルササポゲニン、フリーデリン、エピフリーデラノール由来リトコール酸、ビタミン、炭水化物、デキストラン、プルラン、キチン、キトサン、合成炭水化物、オリゴ乳酸15マー、天然ポリマー、低分子量または中分子量ポリマー、イヌリン、シクロデキストリン、ヒアルロン酸、タンパク質、タンパク質結合剤、インテグリンターゲティング分子、ポリカチオン、ペプチド、ポリアミン、模倣ペプチドおよび/またはトランスフェリンから選択される1または複数の作用剤にライゲーションされる、請求項5に記載の組成物。
- 個体においてベータ−カテニン関連疾患を処置するための医薬組成物であって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含むRNAi剤を含む治療有効量の組成物を含み、アンチセンス鎖が、配列番号6121又は配列番号5685で示されるアンチセンス鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む、医薬組成物。
- ベータ−カテニン関連疾患が、大腸腺腫症、結腸直腸癌、基底細胞癌腫、乳癌、腎癌、ウイルムス腫瘍、髄芽腫、卵巣癌、副腎皮質腫瘍、胃癌、肝癌、黒色腫、膵癌、前立腺癌、腎癌、異所性歯牙および味覚乳頭、皮膚癌、石灰化上皮腫、組織非形成性甲状腺癌腫および子宮癌肉腫、部分的無歯症、骨粗鬆症、老化、変性疾患、褥瘡、ならびに慢性創傷および創傷治癒障害から選択される、請求項9に記載の医薬組成物。
- 大腸腺腫症、結腸直腸癌、基底細胞癌腫、乳癌、腎癌、ウイルムス腫瘍、髄芽腫、卵巣癌、副腎皮質腫瘍、胃癌、肝癌、黒色腫、膵癌、前立腺癌、腎癌、異所性歯牙および味覚乳頭、皮膚癌、石灰化上皮腫、組織非形成性甲状腺癌腫および子宮癌肉腫、部分的無歯症、骨粗鬆症、老化、変性疾患、褥瘡および/または慢性創傷および創傷治癒障害のためのさらなる処置と共に用いるための、請求項9に記載の医薬組成物。
- ベータ−カテニンに対するさらなるRNAi剤を含む、請求項11に記載の医薬組成物。
- 個体においてベータ−カテニン遺伝子の発現を阻害するための医薬組成物であって、センス鎖とアンチセンス鎖とを含むRNAi剤を含む治療有効量の組成物を含み、アンチセンス鎖が、配列番号6121又は配列番号5685で示されるアンチセンス鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドを含む、医薬組成物。
- 薬学的に有効な製剤中の請求項1〜8のいずれか1項に記載の組成物。
- 治療有効量の請求項1に記載の組成物を個体に投与するステップを含む、個体においてベータ−カテニン関連疾患を処置する方法において用いるための、請求項1に記載の組成物。
- ベータ−カテニン関連疾患の処置のための医薬の製造における、請求項1に記載の組成物の使用。
- 全てのピリミジンが、2’O−メチル−改変ヌクレオチドである、請求項1に記載の組成物。
- 全てのピリミジンが、2’O−メチル−改変ヌクレオチドである、請求項5に記載の組成物。
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