JP2021520349A - Ｒｅｔ変化を有する癌の処置において使用するためのｒｅｔ阻害剤 - Google Patents

Abstract

有効量の選択的ＲＥＴ阻害剤、例えば、化合物１またはその薬学的に許容され得る塩を投与すること（例えば、３００ｍｇ〜４００ｍｇという量の選択的ＲＥＴ阻害剤を１日１回、投与することを含む）による、活性化するＲＥＴ変化を有する癌に罹患した被験体の処置が、本明細書中に開示される。点変異および融合を含むＲＥＴ遺伝子の再編成によって生じるＲＥＴの異常な活性化は、幅広い固形腫瘍における腫瘍の成長および増殖の極めて重要な推進物質として意味づける証拠が増えている。本明細書は、活性化するＲＥＴ変化を有する癌に罹患した被験体を処置するための手段を提供する。

Description

本願は、２０１８年４月３日出願の米国特許仮出願第６２／６５２，２８４号、２０１８年４月１１日出願の米国仮出願第６２／６５６，２９７号、２０１８年４月１３日出願の米国仮出願第６２／６５７，６０５号および２０１８年１０月５日出願の米国仮出願第６２／７４１，６８３号の優先権を主張する。これらの内容は、その全体が参照により本明細書中に援用される。

本開示は、有効量の選択的ＲＥＴ阻害剤、すなわち、１つまたはそれを超えるＲＥＴキナーゼまたはＲＥＴ変化型（ＲＥＴ−ａｌｔｅｒｅｄ）キナーゼを選択的に標的とするように特異的にデザインされた化合物を投与することによって、活性化するＲＥＴ変化を有する癌に罹患した被験体を処置するための方法に関する。本明細書中で使用されるとき、用語「癌に罹患した」は、癌を有していることを意味する。別言すれば、癌に罹患した被験体は、癌を有する。より詳細には、本明細書中に記載される方法は、活性化するＲＥＴ変化を特徴とする癌を有する被験体の処置に関する。いくつかの実施形態において、選択的ＲＥＴ阻害剤は、化合物１またはその薬学的に許容され得る塩である。いくつかの実施形態において、選択的ＲＥＴ阻害剤は、１日１回投与される。いくつかの実施形態において、有効量は、６０ｍｇ〜４００ｍｇ、１００ｍｇ〜４００ｍｇ、３００ｍｇまたは４００ｍｇである。いくつかの実施形態において、有効量は、１日１回投与される、６０ｍｇ〜４００ｍｇ、１００ｍｇ〜４００ｍｇ、３００ｍｇまたは４００ｍｇである。いくつかの実施形態において、癌は、ＲＥＴ変化型固形腫瘍、ＲＥＴ変化型非小細胞肺癌またはＲＥＴ変化型甲状腺癌である。いくつかの実施形態において、癌は、脳腫瘍であり、その脳腫瘍は、非小細胞肺癌に付随する。本開示は、生理学的有効量の、少なくとも１つの影響マーカー（ｅｆｆｅｃｔ ｍａｒｋｅｒ）の持続的ダウンレギュレーションをもたらす選択的ＲＥＴ阻害剤を投与することによって、ＲＥＴ変化型癌を処置する方法にも関する。

レセプターチロシンキナーゼ（ＲＴＫ）であるＲＥＴは、グリア細胞株由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）およびＧＤＮＦファミリーレセプター−α（ＧＦＲα）とともに、いくつかの神経、神経内分泌および尿生殖器の組織タイプの発生、成熟および維持に必要である。しかしながら、ＲＥＴの異常な活性化を、幅広い固形腫瘍における腫瘍の成長および増殖の極めて重要な推進物質として意味づける証拠が増え続けている（Ｍｕｌｌｉｇａｎ ＬＭ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ．１４：１７３−１８６（２０１４））。発癌性のＲＥＴ活性化は、リガンド非依存的腫瘍成長を促進する恒常的に活性なＲＥＴシグナル伝達とともにＲＥＴ融合タンパク質の産生をもたらす、機能獲得変異またはＲＥＴ遺伝子再編成を介して生じる。発癌性のＲＥＴ活性化は、初めに遺伝性および散発性の甲状腺癌において報告され、その後、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）において報告された。

発癌性のＲＥＴ再編成は、ＮＳＣＬＣの１〜２％において識別された（Ｌｉｐｓｏｎ，Ｄ．ら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１８：３８２−３８４（２０１２）；Ｔａｋｅｕｃｈｉ，Ｋ．ら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１８：３７８−３８１（２０１２）；Ｓｔｒａｎｓｋｙ，Ｎ．ら、Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．５：４８４６（２０１４））。これは、腫瘍形成を促進する恒常的に活性なキナーゼを生成する。未分化リンパ腫キナーゼ（ＡＬＫ）再編成およびｃ−ｒｏｓ癌遺伝子（ＲＯＳ）１再編成のＮＳＣＬＣと同様に、ＲＥＴ再編成ＮＳＣＬＣは、通常、腺癌組織像を有し（時折、扁平上皮であるが）、若年の非喫煙患者において生じる。ＲＥＴについての診断試験は、標準治療ではないので、進行性ＮＳＣＬＣを有するＲＥＴ再編成患者は、上皮成長因子レセプター（ＥＧＦＲ）およびＡＬＫが陰性の腺癌に対するＮＣＣＮガイドラインに従って処置される。これには通常、プラチナダブレットを用いた化学療法、またはより最近ではチェックポイント阻害剤を用いた化学療法が含まれるが、特にこれらの薬剤によるＲＥＴ再編成ＮＳＣＬＣにおける臨床応答および全生存期間は、十分に理解されていない。ＮＣＣＮガイドラインによると、治療不応性患者に対する化学療法およびチェックポイント阻害剤以外のその後の治療は、最善の支持療法または臨床試験である。

既知のＲＥＴ再編成ＮＳＣＬＣを有する患者におけるマルチキナーゼＲＥＴ阻害剤（ＭＫＩ）であるカボザンチニブ、バンデタニブ、ソラフェニブおよびアレクチニブを用いた初期の症例報告およびシングルアーム研究によって、臨床活性が証明されたことから、ＲＥＴは、ＮＳＣＬＣにおける妥当な標的であり得ると示唆された。これらの初期の研究では、有望な奏効率（約１２％〜６０％）（Ｈｏｒｉｉｋｅ Ａら、Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ ９３：４３−６（Ｍａｒ．２０１６）；Ｌｉｎ ＪＪら、Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ．１１（１１）：２０２７−３２（Ｎｏｖ．２０１６）；Ｇａｕｔｓｈｉ Ｏら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．３４（ｓｕｐｐｌ；ａｂｓｔｒ ９０１４）（２０１６））が認められたが、応答の持続時間は通常、１年未満である。ＭＫＩ処置は、有意な毒性と関連があり、投与の中断および／または投与の修正を必要としたことから、ＲＥＴを効果的に阻害するために必要な曝露量には限界がある可能性がある。

発癌性のＲＥＴ活性化は、甲状腺癌にも関連する。甲状腺癌は、主に、分化甲状腺癌（ＤＴＣ；症例の約９０％）、髄様甲状腺癌（ＭＴＣ；症例の約５％）および未分化甲状腺癌（症例の＜５％）からなる。ＤＴＣは、甲状腺濾胞細胞から散発性に生じ、乳頭様甲状腺癌（ＰＴＣ）（甲状腺癌の全症例の約８０％）および濾胞性甲状腺癌からなる。対照的に、ＭＴＣは、傍濾胞Ｃ細胞から生じ、遺伝型と散発型の両方がある。発癌性のＲＥＴ活性化は、ＭＴＣとＰＴＣの両方の推進物質として意味づけられている。

ＲＥＴおよび二量体化ドメインをコードする遺伝子が関わる反復性の遺伝子再編成は、成人における散発性乳頭状腫瘍のおよそ５％〜２０％において識別された。キナーゼを活性化するＲＥＴ変異は、遺伝性ＭＴＣのほぼすべての症例（８７％〜９７％）（Ｍａｃｈｅｎｓ Ａら、Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３４９：１５１７−２５（２００３）；Ｍｕｌｌｉｇａｎ ＬＭら、Ｎａｔｕｒｅ ３６３（６４２８）：４５８−６０（１９９３ Ｊｕｎ ３）；Ｍｕｌｌｉｇａｎ ＬＭら、Ｊ Ｉｎｔ Ｍｅｄ．２３８（４）：３４３−３４６（１９９５））および散発性ＭＴＣのおよそ４３％〜６５％（Ｅｌｉｓｅｉ Ｒ．ら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ Ｍｅｔａｂ．９３：６８２−６８７（２００８）；Ｍｏｕｒａ ＭＭら、Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ １００：１７７７−１７８３（２００９））において生じる。これらのＲＥＴ変異は、細胞外ドメインにおいて（主にＣ６３４位において）生じ、それにより、ＲＥＴのリガンド非依存的二量体化および活性化が促進され、また、キナーゼドメイン変異（主にＭ９１８Ｔ、Ａ８８３ＦまたはＶ８０４Ｌ／Ｍ）も生じ、それにより、ＲＥＴの自己活性化およびその結果としての発癌性シグナル伝達を促進する（Ｒｏｍｅｉ Ｃら、Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．１２（４）：１９２−２０２（２０１６ Ａｐｒ．））。

ＰＴＣおよびＭＴＣは両方とも、局在型であるとき、手術で処置される（Ｆａｇｉｎ ＪＡ ＆ Ｗｅｌｌｓ ＳＡ Ｊｒ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．３７５（１１）：１０５４−６７（２０１６ Ｓｅｐ １５））。再発のＰＴＣ患者では、放射性ヨウ素（ＲＡＩ）を用いた除去療法が有効である；しかしながら、患者は、最終的にＲＡＩに不応性となる。ＭＴＣは、濾胞Ｃ細胞から生じるので、ＲＡＩは有効でない。ＲＡＩ不応性のＰＴＣおよびＭＴＣは、進行すると、化学療法に対して応答性が乏しくなり、小分子ＭＫＩによる全身処置が、その両方に対する標準治療となる。ソラフェニブおよびレンバチニブは、進行性および／または症候性のＲＡＩ不応性ＰＴＣに対して承認されたＭＫＩである。カボザンチニブおよびバンデタニブは、進行ＭＴＣに対して承認されたＭＫＩであり、ＲＥＴの変異状態を問わず使用される。甲状腺癌を処置するために使用されるＭＫＩは、多くのキナーゼ（例えば、ＲＡＦ、ＭＥＴ、ＥＧＦＲ、ＶＥＧＦＲ１〜３、ＰＤＧＦＲ、ＲＥＴなど）に対して広い活性を有し、重大な皮膚科学的副作用、心臓血管の副作用および胃腸の副作用に関連する。ゆえに、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｃａｎｃｅｒ ＮｅｔｗｏｒｋのＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｉｎ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｃｎ．ｏｒｇ／ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌｓ／ｐｈｙｓｉｃｉａｎ＿ｇｌｓ／ｆ＿ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ．ａｓｐにおいて入手可能）は、これらの薬物を用いたときの薬物関連の副作用に対しては、慎重なモニタリングならびに投与中断および／または用量修正を推奨している。ＭＫＩ治療で疾患が進行している患者またはＭＫＩ不耐性の患者の場合、有効な治療は無く、ＮＣＣＮガイドラインは、臨床試験への参加を推奨している。

活性化ＲＥＴが発癌性の疾患推進因子であるという強力な遺伝的証拠および前臨床的証拠、利用可能な選択的ＲＥＴ阻害剤が無いこと、ＲＥＴ変化型腫瘍を有する多くの患者が予後不良であることを考えると、ＲＥＴ変化型腫瘍を処置するための選択的ＲＥＴ阻害剤に対する適切な安全性、曝露量および耐容性を有する投与量および投与スケジュールを特定する必要性が残されている。

Ｍｕｌｌｉｇａｎ ＬＭ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ．１４：１７３−１８６（２０１４） Ｌｉｐｓｏｎ，Ｄ．ら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１８：３８２−３８４（２０１２） Ｔａｋｅｕｃｈｉ，Ｋ．ら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１８：３７８−３８１（２０１２） Ｓｔｒａｎｓｋｙ，Ｎ．ら、Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．５：４８４６（２０１４） Ｈｏｒｉｉｋｅ Ａら、Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ ９３：４３−６（Ｍａｒ．２０１６） Ｌｉｎ ＪＪら、Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ．１１（１１）：２０２７−３２（Ｎｏｖ．２０１６） Ｇａｕｔｓｈｉ Ｏら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．３４（ｓｕｐｐｌ；ａｂｓｔｒ ９０１４）（２０１６） Ｍａｃｈｅｎｓ Ａら、Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３４９：１５１７−２５（２００３） Ｍｕｌｌｉｇａｎ ＬＭら、Ｎａｔｕｒｅ ３６３（６４２８）：４５８−６０（１９９３ Ｊｕｎ ３） Ｍｕｌｌｉｇａｎ ＬＭら、Ｊ Ｉｎｔ Ｍｅｄ．２３８（４）：３４３−３４６（１９９５） Ｅｌｉｓｅｉ Ｒ．ら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ Ｍｅｔａｂ．９３：６８２−６８７（２００８） Ｍｏｕｒａ ＭＭら、Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ １００：１７７７−１７８３（２００９） Ｒｏｍｅｉ Ｃら、Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．１２（４）：１９２−２０２（２０１６ Ａｐｒ．） Ｆａｇｉｎ ＪＡ ＆ Ｗｅｌｌｓ ＳＡ Ｊｒ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．３７５（１１）：１０５４−６７（２０１６ Ｓｅｐ １５） Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｃａｎｃｅｒ ＮｅｔｗｏｒｋのＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｉｎ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｃｎ．ｏｒｇ／ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌｓ／ｐｈｙｓｉｃｉａｎ＿ｇｌｓ／ｆ＿ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ．ａｓｐ

ＲＥＴを選択的に阻害する小分子化合物は、活性化するＲＥＴ変化を有する癌を処置するための望ましい手段である。小分子の１つが、（１Ｓ，４Ｒ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−（６−（４−フルオロ−１Ｈ−ピラゾール−１−イル）ピリジン−３−イル）エチル）−１−メトキシ−４−（４−メチル−６−（（５−メチル−１Ｈ−ピラゾール−３−イル）アミノ）ピリミジン−２−イル）シクロヘキサンカルボキサミド（化合物１）である。化合物１は、以下の化学構造：

（化合物１）
を有する。
２０１７年３月に、化合物１（ＢＬＵ−６６７としても知られる）は、米国において、甲状腺癌、非小細胞肺癌および他の進行固形腫瘍を有する患者を処置するための第Ｉ相臨床試験に入った（ＮＣＴ０３０３７３８５）。ＷＯ２０１７／０７９１４０（参照により本明細書中に援用される）には、化合物１の合成が記載されており（化合物例１３０）、ＲＥＴキナーゼを阻害、制御および／または調節する、この分子の治療活性も開示されている（アッセイ、７２〜７４頁の実施例１０）。

図１Ａ、１Ｂおよび１Ｃは、ＬＣ２／ａｄ（図１Ａ）、ＭＺ−ＣＲＣ−１（図１Ｂ）およびＴＴ（図１Ｃ）細胞におけるＤＵＳＰ６およびＳＰＲＹ４の発現に対する化合物１の影響を示している一連の棒グラフである。

図２は、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ ＮＳＣＬＣ ＰＤＸモデルにおける、ＭＡＰＫ標的遺伝子であるＤＵＳＰ６およびＳＰＲＹ４の発現の持続的な減少を示している棒グラフである。

図３は、操作されたＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ Ｖ８０４Ｌ細胞株から作製されたカボザンチニブ耐性腫瘍モデルにおける化合物１のインビボ抗腫瘍活性を示しているグラフである。

図４Ａは、腫瘍サイズならびにカルシトニンおよびＣＥＡ（癌胎児抗原）のレベルが化合物１による処置の経過に伴って減少することを示しているグラフである。ＲＥＴ変異ＭＴＣ患者（ＲＥＴ Ｌ６２９Ｐ、Ｄ６３１＿Ｒ６３５ＤＥＬＩＮＳＧ、Ｖ６３７Ｒ ＭＴＣ）を、１日１回の６０ｍｇで処置し、次いで、１日１回の３００ｍｇまで連続的な用量漸増を行った。図４Ｂは、ベースライン時（上）、および腫瘍成長の迅速な減少を示している化合物１による処置の８週間後（下）の、図４Ａと同じＲＥＴ変異ＭＴＣ患者のＣＴスキャンである。 図４Ｃは、腫瘍サイズならびにカルシトニンおよびＣＥＡのレベルが、１日１回の３００ｍｇの化合物１による処置の経過に伴って、ＲＥＴ Ｍ９１８Ｔ変異ＭＴＣを有する患者において減少することを示しているグラフである。図４Ｄは、ベースライン時（上）および化合物１による処置の２４週間後（下）の、図４Ｃの腫瘍のＲＥＴ Ｍ９１８Ｔ変異患者のＣＴスキャンである。 図４Ｅは、処置中のＭＴＣ患者由来の血漿中のＲＥＴ Ｍ９１８ＴレベルのｃｔＤＮＡ解析を示しているグラフである。処置前および処置後の腫瘍生検は、化合物１による処置の２８日後に、ＤＵＳＰ６のｍＲＮＡ発現の９３％低下およびＳＰＲＹ４のｍＲＮＡ発現の８６％低下を明らかにした。

図５Ａは、１日１回の２００ｍｇの化合物１による処置の経過に伴う、肺腫瘍ならびにＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴおよびＴＰ５３のｃｔＤＮＡ減少を示しているグラフであり； 図５Ｂは、ベースライン時（上）および化合物１による処置の３２週間後（下）の腫瘍を示しているＣＴスキャンである。

図６Ａは、平均血漿中濃度（ｎｇ／ｍＬ） 対 時間（時）を示しているグラフであり；図６Ｂは、ＤＵＳＰ６およびＳＰＲＹ４の平均遺伝子発現レベルのベースラインからのパーセント変化を示している棒グラフである。

図７Ａは、サイクル２の１日目に計測された、患者におけるＣＥＡの用量依存的減少を示している棒グラフである。図７Ｂは、サイクル２の１日目に計測された、患者におけるカルシトニンの用量依存的減少を示している棒グラフである。

図８は、第Ｉ相臨床研究における患者の最大腫瘍減少（ベースラインからの直径変化の合計パーセント）を示しているウォーターフォールプロットである。データカットオフ：２０１８年４月６日。

図９Ａは、化合物１による処置前のベースライン時の脳ＣＴスキャンである。図９Ｂは、化合物１による処置の８週間後の脳ＣＴスキャンである。

図１０は、ＲＥＴ変化型ＮＳＣＬＣにおける患者奏効率を示しているチャートである。データカットオフ：２０１８年４月６日。

図１１Ａは、化合物１による処置前のベースライン時のＣＴスキャンである。図１１Ｂは、化合物１による処置の８週間後のＣＴスキャンである。 図１１Ｃは、化合物１による処置前のベースライン時のＣＴスキャンである。図１１Ｄは、化合物１による処置の８週間後のＣＴスキャンである。

図１２は、髄様甲状腺癌患者における奏効率が用量および治療の持続時間に伴って上昇することを示しているグラフである。詳細には、このグラフは、８〜２４＋週間にわたって化合物１を６０〜２００ｍｇで１日１回および３００／４００ｍｇで１日１回、投与した場合の奏効率を示している。

図１３は、ベースライン時（ＢＳＬ）、および１日１回、４００ｍｇの化合物１による処置を行った５ヶ月間後のＣＴスキャンである。

省略形および定義
以下の省略形および用語は、全体にわたって、示される意味を有する：

「化合物１」は、（１Ｓ，４Ｒ）−Ｎ−（（Ｓ）−１−（６−（４−フルオロ−１Ｈ−ピラゾール−１−イル）ピリジン−３−イル）エチル）−１−メトキシ−４−（４−メチル−６−（（５−メチル−１Ｈ−ピラゾール−３−イル）アミノ）ピリミジン−２−イル）シクロヘキサンカルボキサミド：

（化合物１）である。

本明細書中で使用されるとき、「ＤＯＲ」は、奏効期間を意味する。

本明細書中で使用されるとき、「ＰＤ」は、進行病態を意味する。

本明細書中で使用されるとき、「ＳＤ」は、安定病態を意味する。

本明細書中で使用されるとき、「ＣＲ」は、完全奏効を意味する。

本明細書中で使用されるとき、「ＯＲＲ」は、全奏効率を意味する。

本明細書中で使用されるとき、「ＣＢＲ」は、臨床的有用率を意味する。

本明細書中で使用されるとき、「ＰＦＳ」は、無増悪生存期間を意味する。

本明細書中で使用されるとき、「融合」は、２つの遺伝子がインフレームのコード配列と連結され、キメラタンパク質をもたらす、染色体転座に起因するタンパク質である。いくつかの実施形態において、融合は、１つのタンパク質のキナーゼドメインが別の遺伝子の二量体化ドメインと融合する染色体転座である。

本明細書中で使用されるとき、「ＲＥＴ変化型癌」は、腫瘍形成を推進する、活性化する、トランスフェクション中の再編成（ｒｅａｒｒａｎｇｅｄ ｄｕｒｉｎｇ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ）（ＲＥＴ）の変化を有する癌である。活性化するＲＥＴ変化の非限定的な例としては、変異、融合およびコピー数変化が挙げられる。

本明細書中で使用されるとき、「ＲＥＴ融合」は、遺伝子再編成である。ＲＥＴ再編成によって、ＲＥＴキナーゼドメインと別のタンパク質の二量体化ドメインとが並置する融合タンパク質が生成され、それにより、恒常的に活性化された二量体が形成し、腫瘍形成が推進される。

本明細書中で使用されるとき、「ＲＥＴ融合タンパク質」は、遺伝子再編成の結果である。

本明細書中で使用されるとき、「ＲＥＴ活性化変異」は、リガンド非依存的で恒常的なＲＥＴキナーゼ活性化を促進し、それにより腫瘍形成が推進される、ＲＥＴキナーゼにおける変異を意味する。例えば、ＲＥＴ変異は、細胞外のシステイン残基に生じることがあり（例えば、Ｃ６２０ＲまたはＣ６３４Ｒ／Ｗ）、それにより、異常なレセプター二量体化が引き起こされるか、またはＲＥＴ変異は、細胞内のキナーゼドメインに生じることがある。

本明細書中で使用されるとき、「ＲＥＴ阻害剤」は、ＲＥＴキナーゼの活性を阻害する化合物である。ＲＥＴキナーゼは、野生型ＲＥＴキナーゼおよび／または１つもしくはそれを超えるＲＥＴ変化型キナーゼ（例えば、ＲＥＴ融合、ＲＥＴ変異またはＲＥＴコピー数変化）である。

ＲＥＴ阻害剤の例としては、化合物１、ＬＯＸＯ−２９２（セルペルカチニブ（ｓｅｌｐｅｒｃａｔｉｎｉｂ））、カボザンチニブ、バンデタニブ、アレクチニブ、ソラフェニブ、レンバチニブ（ｌｅｖａｔｉｎｉｂ）、ポナチニブ、ドビチニブ、スニチニブ、フォレチニブ（ｆｏｒｅｔｉｎｉｂ）、シトラバチニブ（ｓｉｔｒａｖａｔｉｎｉｂ）、ＤＳ−５０１０（ＢＯＳ１７２７３８）およびＲＸＤＸ−１０５が挙げられるが、これらに限定されない。

いくつかの実施形態において、ＲＥＴ阻害剤は、他のキナーゼも阻害し得る。本明細書中で使用されるとき、「マルチキナーゼＲＥＴ阻害剤」は、野生型ＲＥＴキナーゼを阻害し、かつ少なくとも１つの他のキナーゼも等しくまたは野生型ＲＥＴキナーゼよりも強く阻害する化合物である。マルチキナーゼＲＥＴ阻害剤の例としては、カボザンチニブ；バンデタニブ；アレクチニブ；ソラフェニブ；レンバチニブ、ポナチニブ；ドビチニブ；スニチニブ；フォレチニブ；シトラバチニブ；ＤＳ−５０１０；およびＲＸＤＸ−１０５が挙げられる。

本明細書中で使用されるとき、用語「選択的ＲＥＴ阻害剤」は、ＲＥＴキナーゼを選択的に阻害する化合物を意味する。ＲＥＴキナーゼには、ＲＥＴ野生型キナーゼおよび／または１つもしくはそれを超えるＲＥＴ変化型キナーゼ（例えば、ＲＥＴ融合、ＲＥＴ変異またはＲＥＴコピー数変化）が含まれ得る。ＲＥＴキナーゼに対する選択的ＲＥＴ阻害剤の阻害活性は、他の多くのキナーゼ（例えば、ＫＤＲ、ＶＥＧＦＲ−２、ＡＢＬ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ２、ＨＥＲ２、ＩＧＦＩＲ、ＪＡＫＩ、ＫＩＴ、ＭＥＴ、ＡＫＴＩ、ＭＥＫｌ）に対する阻害活性と比べると、ＩＣ_５０値に関して、より強い（すなわち、ＩＣ_５０値はナノモル濃度以下である）。効力は、公知の生化学的アッセイを用いて計測され得る。選択的ＲＥＴ阻害剤の例としては、化合物１およびセルペルカチニブが挙げられる。

本明細書中で使用されるとき、用語「被験体」または「患者」とは、本開示の方法によって処置される生物のことを指す。そのような生物としては、哺乳動物（例えば、マウス、サル、ウマ、ウシ、ブタ、イヌ、ネコなど）、いくつかの実施形態では、ヒトが挙げられるが、これらに限定されない。

多くの癌は、異常なＲＥＴ発現と関連している（Ｋａｔｏら、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３（８）：１９８８−９７（２０１７））。本明細書中で使用される「癌」の非限定的な例としては、肺癌、頭頸部癌、消化器癌、乳癌、皮膚癌、尿生殖器癌、婦人科癌、血液癌、中枢神経系（ＣＮＳ）癌、末梢神経系癌、子宮体癌、直腸結腸癌、骨癌、肉腫、スピゾイド（ｓｐｉｔｚｏｉｄ）新生物、腺扁平上皮癌腫、褐色細胞腫（ＰＣＣ）、肝細胞癌腫、多発性内分泌腫瘍症（ＭＥＮ２ＡおよびＭＥＮ２Ｂ）および炎症性筋線維芽腫瘍が挙げられる。他の例については、Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ １４：１７３−８６（２０１４）を参照のこと。

癌のさらなる非限定的な例としては、血管周囲細胞腫、分化甲状腺癌腫、未分化甲状腺癌腫、肺癌肉腫、尿管尿路上皮癌腫、子宮癌肉腫、基底細胞癌腫、メルケル細胞癌腫、非定型肺癌腫、ファロピウス管腺癌、卵巣上皮癌腫、唾液腺腺癌、髄膜腫、十二指腸腺癌、子宮頸部腺癌、副腎癌腫、食道胃接合部癌腫、皮膚扁平上皮癌腫、膵管腺癌、前立腺腺癌、食道腺癌、子宮内膜腺癌、卵巣漿液性癌腫、原発部位不明の癌腫、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌腫、肺扁平上皮癌腫、結腸直腸腺癌、頭頸部扁平上皮癌腫および胃腺癌が挙げられる。

いくつかの実施形態において、癌は、肝胆管癌腫である。いくつかの実施形態において、癌は、十二指腸腺癌である。いくつかの実施形態において、癌は、子宮類内膜腺癌（ｕｔｅｒｕｓ ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ ｅｎｄｏｍｅｔｒｉｏｉｄ）である。

いくつかの実施形態において、ＭＥＮ２Ａは、褐色細胞腫および副甲状腺過形成に関連する。

いくつかの実施形態において、ＭＥＮ２Ｂは、粘膜神経腫、褐色細胞腫、腸管神経節性神経腫およびマルファン体型（ｍａｒｆａｎｏｉｄ ｈａｂｉｔｕｓ）に関連する。

いくつかの実施形態において、肺癌は、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肺腺癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、細気管支肺細胞癌腫および中皮腫から選択される。いくつかの実施形態において、肺癌は、ＳＣＬＣである。いくつかの実施形態において、肺癌は、ＮＳＣＬＣである。

いくつかの実施形態において、頭頸部癌は、甲状腺癌および唾液腺癌から選択される。いくつかの実施形態において、甲状腺癌は、甲状腺乳頭癌腫（ＰＴＣ）、転移性乳頭様甲状腺癌、髄様甲状腺癌（ＭＴＣ）、乳頭様甲状腺癌のびまん性硬化型および甲状腺癌腫から選択される。いくつかの実施形態において、癌は、家族性髄様甲状腺癌である。いくつかの実施形態において、甲状腺癌は、ＰＴＣである。いくつかの実施形態において、甲状腺癌は、ＭＴＣである。

いくつかの実施形態において、消化器癌は、食道癌、食道胃癌、消化管間質腫瘍（例えば、イマチニブ耐性消化管間質腫瘍）、小腸癌、びまん性胃癌および膨大部癌腫から選択される。

いくつかの実施形態において、乳癌は、転移性乳癌である。いくつかの実施形態において、皮膚癌は、黒色腫または非黒色腫である。

いくつかの実施形態において、尿生殖器癌は、結腸癌、転移性結腸癌、膀胱癌、腎細胞癌腫（ＲＣＣ）、前立腺癌、肝胆道癌、肝内胆管癌、副腎皮質癌腫、膵癌および膵管腺癌から選択される。

いくつかの実施形態において、婦人科癌は、子宮肉腫、胚細胞性腫瘍、子宮頸癌、直腸癌、精巣癌および卵巣癌から選択される。いくつかの実施形態において、血液癌は、白血病、二次性急性骨髄性白血病を伴う原発性骨髄線維症、骨髄形成異常（ＭＤＳ）、非ホジキンリンパ腫、慢性骨髄性白血病、フィラデルフィア染色体陽性急性リンパ芽球性白血病および慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）から選択される。

いくつかの実施形態において、末梢神経系癌は、傍神経節腫である。いくつかの実施形態において、子宮体癌は、子宮内膜腺癌である。いくつかの実施形態において、肉腫は、軟部組織肉腫である。

いくつかの実施形態において、中枢神経系（ＣＮＳ）癌は、肺癌に付随する脳腫瘍および神経膠腫から選択される。

肺癌は、転移が生じた症例の約４０パーセントが脳に広がると知られている。肺癌の場合、これは、この疾患のステージ４であるとみなされ、脳転移した場合の平均生存時間は、通常、１年未満である。脳に転移した肺癌は、比較的予後不良であり、例えば、化学療法薬。脳転移は、多くの理由により、処置が困難である。患者が初めて症候を示す時までに、すでに複数の病変を有することが多い。脳転移は、非常に悪性度が高い傾向がある。脳は、有害物質の侵入を減少させる多くの防御を有する。詳細には、血液脳関門は、多くの薬剤、例えば、化合物が脳に入るのを妨げる。処置の選択肢が、周辺の正常組織を損傷する恐れがあり、生活の質に対して著しい影響を及ぼす恐れがある。特に、安全な用量かつ良い耐容性で投与でき、脳転移を処置するために脳に侵入する化合物を提供する必要性がある。

いくつかの実施形態において、癌は、肺癌に付随する脳転移である。

いくつかの実施形態において、癌は、「ＲＥＴ変化型癌」であり、これは、本明細書中で使用されるとき、その癌が活性化するＲＥＴ変化を有することを意味する。いくつかの実施形態において、ＲＥＴ変化型癌は、ＲＥＴ変異またはＲＥＴ遺伝子再編成を有する。いくつかの実施形態において、ＲＥＴ変化型癌は、ＲＥＴ変化型固形腫瘍である。

本明細書中で使用されるとき、用語「有効量」とは、有益なまたは所望の結果をもたらすのに十分な、選択的ＲＥＴ阻害剤（例えば、化合物１またはその薬学的に許容され得る塩）の量のことを指す。有益なまたは所望の結果は、治療的な利点もしくは結果、または生理学的な利点もしくは結果であり得る。有効量は、１回もしくはそれを超える投与、１回もしくはそれを超える適用、または１つもしくはそれを超える投与量で投与され得、特定の製剤または投与経路に限定されると意図されていない。

本明細書中で使用されるとき、用語「治療有効量」とは、被験体において有益なまたは所望の治療結果をもたらすのに十分な、選択的阻害剤（例えば、化合物１またはその薬学的に許容され得る塩）の量のことを指す。治療有効量は、それを必要とする被験体に、１回もしくはそれを超える投与、１回もしくはそれを超える適用、または１つもしくはそれを超える投与量で投与され得、特定の製剤または投与経路に限定されると意図されていない。いくつかの実施形態において、治療有効量は、所望の安全性、曝露量および耐容性を提供する。治療有効量、すなわち、化合物の投与にとって正しい用量を選択することは、臨床で使用するための薬学的薬物の開発において必須の工程である。投与量に関して十分な情報が無ければ、医師は特定の薬物を患者に処方することは不可能である。ゆえに、正確な薬物投与量を決定することは、臨床研究においてのみ答えることができる重大な問題である。安全かつ予測可能な投与を可能にする用量および投与頻度を特定できなければ、その化合物は、医学的に有用なまたは商業的に実現可能な医薬品にはなり得ない。

本明細書中で使用されるとき、用語「生理的有効量」とは、被験体において有益なまたは所望の生理学的結果をもたらすのに十分な、選択的阻害剤（例えば、化合物１またはその薬学的に許容され得る塩）の量のことを指す。生理学的結果は、被験体における少なくとも１つの影響マーカーの持続的ダウンレギュレーションであり得る。

本明細書中で使用されるとき、用語「処置する」には、任意の効果、例えば、症状、疾患、障害などの改善をもたらす、緩和、低減、調節、回復もしくは解消、またはそれらの症候の回復が含まれる。

本明細書中で使用されるとき、「影響マーカー」は、ＤＵＳＰ６のｍＲＮＡ発現、ＳＰＲＹ４のｍＲＮＡ発現、ＣＥＡ、カルシトニン、ＫＩＦ５ＢのｃｔＤＮＡまたはＴＰ５３のｃｔＤＮＡを意味する。

本開示のいくつかの実施形態の例としては、以下が挙げられる：
１．活性化する、トランスフェクションの間の再編成（ＲＥＴ）の変化を有する癌に罹患した被験体を処置する方法であって、前記方法は、３００〜４００ｍｇという治療有効量の化合物１またはその薬学的に許容され得る塩を１日１回、前記被験体に投与する工程を含む、方法。
２．投与される前記量が、３００ｍｇである、実施形態１に記載の方法。
３．投与される前記量が、４００ｍｇである、実施形態１または２に記載の方法。
４．前記癌が、甲状腺乳頭癌腫（ＰＴＣ）、髄様甲状腺癌（ＭＴＣ）、褐色細胞腫（ＰＣＣ）、膵管腺癌、多発性内分泌腫瘍症（ＭＥＮ２ＡおよびＭＥＮ２Ｂ）、転移性乳癌、精巣癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）、直腸結腸癌、卵巣癌、炎症性筋線維芽腫瘍および唾液腺癌から選択される、実施形態１〜３のいずれか１つに記載の方法。
５．前記癌が、食道癌、皮膚癌（非黒色腫）、子宮体癌、頭頸部癌、膀胱癌、前立腺癌、血液癌、白血病、軟部組織肉腫、腎細胞癌腫（ＲＣＣ）、非ホジキンリンパ腫、肝胆道癌、副腎皮質癌腫、骨髄形成異常（ＭＤＳ）、子宮肉腫、胚細胞性腫瘍、子宮頸癌、中枢神経系癌、骨癌、膨大部癌腫、消化管間質腫瘍、小腸癌、中皮腫、直腸癌、傍神経節腫および肝内胆管癌から選択される、実施形態１〜３のいずれか１つに記載の方法。
６．前記癌が、腺癌、スピゾイド新生物、肺腺癌、腺扁平上皮癌腫、結腸癌、転移性結腸癌、転移性乳頭様甲状腺癌、乳頭様甲状腺癌のびまん性硬化型、二次性急性骨髄性白血病を伴う原発性骨髄線維症、びまん性胃癌、甲状腺癌腫および細気管支肺細胞癌腫から選択される、実施形態１〜３のいずれか１つに記載の方法。
７．前記癌が、肝胆道癌、膨大部癌腫、小腸癌、肝内胆管癌、転移性結腸癌、肺癌に付随する脳腫瘍、肺癌に付随する脳転移および後腹膜（ｒｅｔｒｏｐｅｎｔｏｎｅａｌ）傍神経節腫から選択される、実施形態１〜３のいずれか１つに記載の方法。
８．前記癌が、髄様甲状腺癌（ＭＴＣ）および非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）から選択される、実施形態１〜３のいずれか１つに記載の方法。
９．前記癌が、散発性ＭＴＣ、転移性ＲＥＴ変化型ＮＳＣＬＣ、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）不応性ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ ＮＳＣＬＣおよびＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ ＮＳＣＬＣから選択される、実施形態８に記載の方法。
１０．前記癌が、肺癌に付随する脳腫瘍から選択される、実施形態１〜３のいずれか１つに記載の方法。
１１．前記脳腫瘍が、脳転移である、実施形態１０に記載の方法。
１２．前記活性化するＲＥＴ変化が、ＲＥＴ変異またはＲＥＴ遺伝子再編成（融合）を含む、実施形態１〜１１のいずれか１つに記載の方法。
１３．前記活性化するＲＥＴ変化が、ＲＥＴ変異である、実施形態１〜１１のいずれか１つに記載の方法。
１４．前記ＲＥＴ変異が、点変異である、実施形態１２または１３に記載の方法。
１５．前記ＲＥＴ変異が、耐性変異である、実施形態１２〜１４のいずれか１つに記載の方法。
１６．前記ＲＥＴ変化が、表１から選択されるＲＥＴ変異である、実施形態１２〜１５のいずれか１つに記載の方法。
１７．前記ＲＥＴ変異が、Ｖ８０４Ｍ、Ｍ９１８Ｔ、Ｃ６３４ＲまたはＣ６３４Ｗである、実施形態１２〜１６のいずれか１つに記載の方法。
１８．前記癌が、ＲＥＴ変化型髄様甲状腺癌（ＭＴＣ）である、実施形態１〜４、８、９および１２〜１６のいずれか１つに記載の方法。
１９．前記癌が、家族性ＭＴＣである、実施形態１８に記載の方法。
２０．前記癌が、散発性ＭＴＣである、実施形態１８に記載の方法。
２１．前記癌が、Ｍ９１８Ｔ変異を有するＭＴＣである、実施形態１〜３および１２〜１９のいずれか１つに記載の方法。
２２．前記癌が、Ｃ６３４Ｒ変異を有するＭＴＣである、実施形態１〜３および１２〜１９のいずれか１つに記載の方法。
２３．前記癌が、Ｖ８０４Ｍ変異を有するＭＴＣである、実施形態１〜３および１２〜１９のいずれか１つに記載の方法。
２４．前記癌が、傍神経節腫である、実施形態１〜３、６および１２〜１６のいずれか１つに記載の方法。
２５．前記癌が、後腹膜傍神経節腫である、実施形態２４に記載の方法。
２６．前記傍神経節腫が、Ｒ７７Ｈ変異を有する、実施形態１〜３、６、１２〜１６、２４および２５のいずれか１つに記載の方法。
２７．前記活性化するＲＥＴ変化が、遺伝子再編成（融合）である、実施形態１〜１１のいずれか１つに記載の方法。
２８．前記活性化するＲＥＴ変化が、表２から選択されるＲＥＴ融合パートナーとの融合である、実施形態２７に記載の方法。
２９．前記融合が、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ、ＫＩＡＡ１４６８−ＲＥＴまたはＮＣＯＡ４−ＲＥＴである、実施形態２７または２８に記載の方法。
３０．前記癌が、ＲＥＴ変化型ＮＳＣＬＣである、実施形態１〜４および２７〜２９のいずれか１つに記載の方法。
３１．前記癌が、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ融合を有するＮＳＣＬＣである、実施形態３０に記載の方法。
３２．前記癌が、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合を有するＮＳＣＬＣである、実施形態３０に記載の方法。
３３．前記癌が、ＫＩＡＡ１４６８−ＲＥＴ融合を有するＮＳＣＬＣである、実施形態３０に記載の方法。
３４．前記癌が、ＦＩＳＨ陽性と識別されたＲＥＴ融合を有するＮＳＣＬＣである、実施形態３０に記載の方法。
３５．前記ＲＥＴ変化が、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ Ｖ８０４Ｌ（カボザンチニブ耐性）である、実施形態２９または３０に記載の方法。
３６．前記ＲＥＴ変化が、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ Ｖ８０４Ｍ（ポナチニブ耐性）である、実施形態２９または３０に記載の方法。
３７．前記癌が、ＲＥＴ変化型ＰＴＣである、実施形態１〜４および２７〜２９のいずれか１つに記載の方法。
３８．前記癌が、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合を有するＰＴＣである、実施形態３７に記載の方法。
３９．前記癌が、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合を有するＰＴＣである、実施形態３７に記載の方法。
４０．前記癌が、ＲＥＴ変化型肝内胆管癌腫である、実施形態１〜３および２７〜２９のいずれか１つに記載の方法。
４１．前記癌が、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合を有する肝内胆管癌腫である、実施形態４０に記載の方法。
４２．前記被験体が、マルチキナーゼＲＥＴ阻害剤による事前の処置を受けていない、実施形態１〜４１のいずれか１つに記載の方法。
４３．前記被験体が、マルチキナーゼＲＥＴ阻害剤による１つまたはそれを超える事前の処置を受けた、実施形態１〜４１のいずれか１つに記載の方法。
４４．前記マルチキナーゼＲＥＴ阻害剤が、レンバチニブ、バンデタニブ、カボザンチニブおよびＲＸＤＸ−１０５から選択される、実施形態４３に記載の方法。
４５．前記被験体が、白金による事前の処置を受けていない、実施形態１〜４１のいずれか１つに記載の方法。
４６．前記被験体が、白金による事前の処置を受けた、実施形態１〜４１のいずれか１つに記載の方法。
４７．前記被験体が、選択的ＲＥＴ阻害剤による事前の処置を受けた、実施形態１〜４１のいずれか１つに記載の方法。
４８．前記被験体が、事前の化学療法を受けていない、実施形態１〜４７のいずれか１つに記載の方法。
４９．前記被験体が、事前の化学療法を受けた、実施形態１〜４７のいずれか１つに記載の方法。
５０．前記事前の化学療法が、カルボプラチン、ペメトレキセド、アブラキサン、シスプラチン、ベバシズマブおよびそれらの組み合わせから選択される、実施形態４９に記載の方法。
５１．前記被験体が、事前の免疫療法を受けていない、実施形態１〜４２のいずれか１つに記載の方法。
５２．前記被験体が、事前の免疫療法を受けた、実施形態１〜４２のいずれか１つに記載の方法。
５３．前記事前の免疫療法が、イピリムマブ、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ４７３６およびそれらの組み合わせから選択される、実施形態５２に記載の方法。
５４．ＲＥＴ変化型肺癌に付随する脳腫瘍に罹患した被験体を処置する方法であって、前記方法は、治療有効量の化合物１またはその薬学的に許容され得る塩を前記被験体に投与する工程を含む、方法。
５５．前記脳腫瘍が、脳転移である、実施形態５４に記載の方法。
５６．活性化するＲＥＴ変異を有する癌に罹患した被験体を処置する方法であって、生理的有効量のＲＥＴ阻害剤を前記被験体に投与する工程を含み、前記ＲＥＴ阻害剤の投与は、前記被験体における少なくとも１つの影響マーカーの持続的ダウンレギュレーションに関連する、方法。
５７．前記ＲＥＴ阻害剤が、経口的に投与される、実施形態５６に記載の方法。
５８．前記ＲＥＴ阻害剤が、化合物１またはその薬学的に許容され得る塩である、実施形態５６または５７に記載の方法。
５９．前記影響マーカーが、ＤＵＳＰ６のｍＲＮＡ発現、ＳＰＲＹ４のｍＲＮＡ発現、癌胎児抗原レベルおよびカルシトニンレベルから選択される、実施形態５６〜５８のいずれか１つに記載の方法。
６０．前記影響マーカーが、ＫＩＦ５ＢのｃｔＤＮＡレベルまたはＴＰ５３のｃｔＤＮＡレベルである、実施形態５６〜５８のいずれか１つに記載の方法。
６１．前記被験体に投与される前記量が、少なくとも１つの影響マーカーの９５％超のダウンレギュレーションをもたらす、実施形態５６〜５９のいずれか１つに記載の方法。
６２．前記被験体に投与される前記量が、少なくとも１つの影響マーカーの、９４％超、９３％超、９２％超、９１％超、９０％超、８９％超、８８％超、８７％超、８６％超 ８５％超、８０％超、７５％超、７０％超、６５％超、６０％超、５５％超または５０％超のダウンレギュレーションをもたらす、実施形態５６〜５９のいずれか１つに記載の方法。
６３．前記被験体に投与される前記量が、少なくとも１つの影響マーカーの８９％超、８８％超、８７％超、８６％超、８５％超、８０％超、７５％超または７０％超のダウンレギュレーションをもたらす、実施形態６１に記載の方法。
６４．少なくとも２つの影響マーカーが、ダウンレギュレートされる、実施形態５６〜５９のいずれか１つに記載の方法。

表１．ＲＥＴ点変異

表１におけるＲＥＴ点変異のいくつかは、米国特許出願公開第２０１４／０２７２９５１号；Ｋｒａｍｐｉｔｚら、Ｃａｎｃｅｒ １２０：１９２０−３１（２０１４）；Ｌａｔｔｅｙｅｒら、Ｊ Ｃｌｉｎ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．Ｍｅｔａｂ．１０１（３）：１０１６−２２（２０１６）；Ｓｉｌｖａら、Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ ４９．２：３６６−７２（２０１５）；Ｊｏｖａｎｏｖｉｃら、Ｐｒｉｌｏｚｉ ３６（１）：９３−１０７（２０１５）；Ｑｉら、Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ６（３２）：３３９９３−４００３（２０１５）；Ｋｉｍら、ＡＣＴＡ ＥＮＤＯＣＲＩＮＯＬＯＧＩＣＡ−ＢＵＣＨＡＲＥＳＴ １１．２，１８９−１９４，（２０１５）；Ｃｅｃｃｈｉｒｉｎｉら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，１４：２６０９−１２（１９９７）；Ｋａｒｒａｓｃｈら、Ｅｕｒ．Ｔｈｙｒｏｉｄ Ｊ ５（１）：７３−７７（２０１６）；Ｓｃｏｌｌｏら、Ｅｎｄｏｃｒ．Ｊ ６３：８７−９１（２０１６）；およびＷｅｌｌｓら、Ｔｈｙｒｏｉｄ ２５：５６７−６１０（２０１５）において論じられている。

Ｒ５２５ＷおよびＡ５１３Ｄは、Ｓ８９１Ａとともに作用することにより、発癌活性を高め得る。

表２．ＲＥＴ融合

表２におけるＲＥＴ融合のいくつかは、Ｇｒｕｂｂｓら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ Ｍｅｔａｂ，１００：７８８−９３（２０１５）；Ｈａｌｋｏｖａら、Ｈｕｍａｎ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ ４６：１９６２−６９（２０１５）；米国特許第９，２９７，０１１号；米国特許第９，２１６，１７２号；Ｌｅ Ｒｏｌｌｅら、Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ６（３０）：２８９２９−３７（２０１５）；Ａｎｔｏｎｅｓｃｕら、Ａｍ Ｊ Ｓｕｒｇ Ｐａｔｈｏｌ ３９（７）：９５７−６７（２０１５）；米国特許出願公開第２０１５／０１７７２４６号；米国特許出願公開第２０１５／００５７３３５号；日本特許出願公開第２０１５／１０９８０６Ａ号；中国特許出願公開第１０５２５５９２７Ａ号；Ｆａｎｇら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｈｏｒａｃｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ １１．２（２０１６）：Ｓ２１−Ｓ２２；欧州特許出願公開第ＥＰ３０３７５４７Ａ１号；Ｌｅｅら、Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ＤＯＩ：１０．１８６３２／ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．９１３７，ｅ−ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔｉｎｇ，２０１６；Ｓａｉｔｏら、Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ １０７：７１３−２０（２０１６）；Ｐｉｒｋｅｒら、Ｔｒａｎｓｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，４（６）：７９７−８００（２０１５）；およびＪｏｕｎｇら、Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ ６９（１）：４５−５３（２０１６）において論じられている。

当業者は、被験体が、例えば、変異、例えば、融合、欠失、挿入、転座、フレームシフト、重複、点変異および／または再編成を有する、ＲＥＴが変化した細胞、癌、遺伝子または遺伝子産物を有するか否かを、例えば、ハイブリダイゼーションベースの方法、増幅ベースの方法、マイクロアレイ解析、フローサイトメトリー解析、ＤＮＡ配列決定、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、プライマー伸長、ＰＣＲ、インサイチュハイブリダイゼーション、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション、ドットブロットおよびサザンブロットから選択される方法を用いて判断し得る。

融合を検出するために、原発腫瘍サンプルが、被験体から収集され得る。そのサンプルは処理され、当該分野で公知の手法を用いて核酸が単離され、その核酸が、当該分野で公知の方法を用いて配列決定される。次いで、配列は、個々のエキソンにマッピングされ、転写発現の尺度（例えば、ＲＰＫＭ、すなわち、マッピングされた１００万個のリードあたりの１キロベースあたりのリード数）が定量される。生の配列およびエキソンアレイのデータは、ＴＣＧＡ、ＩＣＧＣおよびＮＣＢＩ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｏｍｎｉｂｕｓ（ＧＥＯ）などの情報源から入手可能である。所与のサンプルについて、個々のエキソン座標は、遺伝子識別子情報を用いて注釈が付けられ、キナーゼドメインに属するエキソンには、フラグが立てられる。次いで、それらのエキソンレベルは、全腫瘍サンプルにわたってｚ−スコア正規化される。

次に、３’エキソンとは有意に異なるレベルで５’エキソンが発現される遺伝子が特定される。スライディングフレームを用いて、個々のサンプル内の染色体切断点（ｂｒｅａｋｐｏｉｎｔ）を特定する。詳細には、各反復において、染色体切断点を徐々にずらすことによって、遺伝子を５’と３’領域とに分割し、ｔ統計量を用いて、それらの２つの領域間の発現の差異（もしあれば）を計測する。ｔ統計量が最大の染色体切断点を、見込みのある融合染色体切断点として選択する。本明細書中で使用されるとき、「染色体切断点」は、２つの異なる遺伝子が融合される境界である。それは時折、「融合点」と称される。５’と３’との間でエキソン発現の差が最大である位置は、推定融合染色体切断点である。数千の腫瘍サンプルが、この様式で迅速にプロファイルされ得、融合候補のリスト（ｔ統計量によってランク付けられた）が生成され得る。次いで、上位の候補が検証され得、そして生のＲＮＡ−ｓｅｑデータセットを調べ、融合を支持するキメラ対および／または分割リード（ｓｐｌｉｔ ｒｅａｄｓ）を特定することによって、融合パートナーが特定され得る。次いで、候補融合が、下記に記載されるように実験によって確認され得る。

あるいは、Ｗａｎｇ Ｌら、Ｇｅｎｅｓ Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ Ｃａｎｃｅｒ ５１（２）：１２７−３９（２０１２）．ｄｏｉ：１０．１００２／ｇｃｃ．２０９３７，Ｅｐｕｂ ２０１１ Ｏｃｔ ２７；およびＳｕｅｈａｒａ Ｙら、Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１８（２４）：６５９９−６０８（２０１２）．ｄｏｉ：１０．１１５８／１０７８−０４３２．ＣＣＲ−１２−０８３８，Ｅｐｕｂ ２０１２ Ｏｃｔ １０に記載されている方法を用いることもできる。

分子標的治療の薬力学的評価を臨床試験に含めることによって、薬物の開発プロセスを合理化できると提唱されている（Ｔａｎ ＤＳら、Ｃａｎｃｅｒ Ｊ １５（５）：４０６−２０（２００９）；Ｓａｒｋｅｒ Ｄ ＆ Ｗｏｒｋｍａｎ Ｐ．Ａｄｖ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ９６：２１３−６８（２００７））。薬力学的バイオマーカーは、イマチニブおよびゲフィチニブをはじめとしたキナーゼ阻害剤の臨床開発に首尾よく利用されている（Ｓａｒｋｅｒ Ｄ ＆ Ｗｏｒｋｍａｎ Ｐ．Ａｄｖ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ９６：２１３−６８（２００７）；Ｂａｓｅｌｇａ Ｊら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２３（２３）：５３２３−３３（２００５）；Ｄｒｕｋｅｒ ＢＪら、Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３４４（１４）：１０３１−７（２００１））。本明細書中に記載されるように、化合物１は、ＲＥＴおよびＳＨＣの活性化を用量依存的に阻害し、この阻害は、ＲＥＴによって推進される前臨床モデルにわたってＤＵＳＰ６およびＳＰＲＹ４の転写の阻害を反映したことから、これらの転写物が、ＲＥＴ阻害活性に対するバイオマーカーとして役立ち得ることが示唆された。これらのマーカーの橋渡し能力が本研究において確立され、本研究において、化合物１での処置によって誘導されたＭＴＣ腫瘍の縮小が、腫瘍組織内におけるＤＵＳＰ６およびＳＰＲＹ４発現の効率的な阻害に関連した。本出願人の知るかぎりでは、これは、臨床の状況における、マルチターゲットのまたは選択的な小分子阻害剤によるＲＥＴ標的結合の初めての証明である。これらの影響マーカーは、効果的なＲＥＴ阻害に必要とされる最適な用量およびスケジュールをより正確に定義するために使用され得る。

化合物１は、単独で投与されることも可能であるが、いくつかの実施形態では、化合物１は、化合物１が１つまたはそれを超える薬学的に許容され得る賦形剤またはキャリアと組み合わされる薬学的製剤として投与され得る。化合物１は、ヒトまたは獣医学において使用するための任意の好都合な方法での投与のために製剤化され得る。ある特定の実施形態において、医薬品に含められる化合物は、それ自体が活性であってもよいし、例えば、生理学的状況において、活性な化合物に変換されることが可能な、プロドラッグであってもよい。

句「薬学的に許容され得る」は、適切な医学的判断の範囲内であって、過剰な毒性、刺激作用、アレルギー反応または他の問題もしくは合併症なしにヒトおよび動物の組織と接触させて使用するのに適しており、合理的なベネフィット／リスク比に見合う、それらの化合物、材料、組成物および／または剤形のことを言及するために本明細書中で使用される。

薬学的に許容され得るキャリアの例としては、（１）糖（例えば、ラクトース、グルコースおよびスクロース）；（２）デンプン（例えば、コーンスターチおよびジャガイモデンプン）；（３）セルロースおよびその誘導体（例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロースおよび酢酸セルロース）；（４）トラガント末；（５）麦芽；（６）ゼラチン；（７）タルク；（８）賦形剤（例えば、カカオバターおよび坐剤用ワックス）；（９）油（例えば、落花生油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油）；（１０）グリコール（例えば、プロピレングリコール）；（１１）ポリオール（例えば、グリセリン、ソルビトール、マンニトールおよびポリエチレングリコール）；（１２）エステル（例えば、オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチル）；（１３）寒天；（１４）緩衝剤（例えば、水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウム）；（１５）アルギン酸；（１６）発熱物質非含有水；（１７）等張食塩水；（１８）リンガー溶液；（１９）エチルアルコール；（２０）リン酸緩衝液；（２１）シクロデキストリン（例えば、Ｃａｐｔｉｓｏｌ（登録商標））；および（２２）薬学的製剤において使用される他の適合性の無毒性物質が挙げられる。

薬学的に許容され得る酸化防止剤の例としては、（１）水溶性の酸化防止剤（例えば、アスコルビン酸、塩酸システイン、重硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウムなど）；（２）油溶性の酸化防止剤（例えば、パルミチン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、レシチン、没食子酸プロピル、アルファ−トコフェロールなど）；および（３）金属キレート剤（例えば、クエン酸、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ソルビトール、酒石酸、リン酸など）が挙げられる。

固形剤形（例えば、カプセル剤、錠剤、丸剤、糖衣錠、散剤、顆粒剤など）は、１つまたはそれを超える薬学的に許容され得るキャリア、例えば、クエン酸ナトリウムもしくはリン酸二カルシウム、および／または以下のいずれかを含み得る：（１）充填剤または増量剤（例えば、デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトールおよび／またはケイ酸）；（２）結合剤（例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギネート、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロースおよび／またはアカシア）；（３）保湿剤（例えば、グリセロール）；（４）崩壊剤（例えば、寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモデンプンまたはタピオカデンプン、アルギン酸、ある特定のシリケートおよび炭酸ナトリウム）；（５）溶解遅延剤（例えば、パラフィン）；（６）吸収促進剤（例えば、四級アンモニウム化合物）；（７）湿潤剤（例えば、セチルアルコールおよびモノステアリン酸グリセロール）；（８）吸収剤（例えば、カオリンおよびベントナイト粘土）；（９）潤滑剤（例えば、タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウムおよびそれらの混合物）；および（１０）着色剤。

液体剤形には、薬学的に許容され得るエマルジョン、マイクロエマルジョン、液剤、懸濁剤、シロップ剤およびエリキシル剤が含まれ得る。活性成分に加えて、液体剤形は、当該分野で通常使用される不活性な希釈剤（例えば、水または他の溶媒）、可溶化剤および乳化剤（例えば、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３−ブチレングリコール）、油（特に、綿実油、ラッカセイ油、トウモロコシ油、胚芽油、オリーブ、ヒマシ油およびゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、ポリエチレングリコール、およびソルビタンの脂肪酸エステル、ならびにそれらの混合物を含み得る。

懸濁剤は、活性な化合物に加えて、懸濁化剤、例えば、エトキシ化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトールおよびソルビタンエステル、微結晶性セルロース、メタ水酸化アルミニウム、ベントナイト、寒天およびトラガント、ならびにそれらの混合物を含み得る。

軟膏、ペースト、クリームおよびゲルは、活性な化合物に加えて、賦形剤、例えば、動物性脂肪および植物性脂肪、油、ろう、パラフィン、デンプン、トラガント、セルロース誘導体、ポリエチレングリコール、シリコーン、ベントナイト、ケイ酸、タルクならびに酸化亜鉛またはそれらの混合物を含み得る。

散剤およびスプレー剤は、活性な化合物に加えて、賦形剤、例えば、ラクトース、タルク、ケイ酸、水酸化アルミニウム、ケイ酸カルシウムおよびポリアミド粉末、またはこれらの物質の混合物を含み得る。スプレー剤はさらに、クロロフルオロハイドロカーボンなどの通例の噴射剤、ならびにブタンおよびプロパンなどの揮発性非置換炭化水素を含み得る。

化合物１の局所投与用または経皮投与用の剤形としては、パウダー、スプレー、軟膏、ペースト、クリーム、ローション、ゲル、液剤、パッチおよび吸入剤が挙げられる。活性な化合物は、薬学的に許容され得るキャリア、および必要とされ得る任意の保存剤、緩衝剤または噴射剤と、滅菌条件下で混合され得る。

化合物１が、医薬としてヒトおよび動物に投与されるとき、それは、それ自体で投与され得るか、または例えば、０．１〜９９．５％（例えば、０．５〜９０％）の活性成分を薬学的に許容され得るキャリアとともに含む薬学的組成物として投与され得る。

上記製剤は、局所的に、経口的に、経皮的に、直腸に、経膣的に、非経口的に（ｐａｒｅｎｔａｌｌｙ）、鼻腔内に、肺内に、眼内に、静脈内、筋肉内に、動脈内に、髄腔内に、嚢内に、皮内に、腹腔内に、皮下に、表皮下に、または吸入によって、投与され得る。

本開示は、さらなる限定と解釈されるべきでない以下の実施例によってさらに例証される。本願全体にわたって引用されるすべての参考文献の内容は、明確に、参照により本明細書中に援用される。

実施例１：ＤＵＳＰ６およびＳＰＲＹ４の発現解析
細胞を記載の化合物で７時間処置した後、１％β−メルカプトエタノールを含むＢｕｆｆｅｒ ＲＬＴ（ＱＩＡＧＥＮ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）で溶解した。全ＲＮＡを、Ｒｎｅａｓｙ Ｐｌｕｓ Ｍｉｎｉキット（ＱＩＡＧＥＮ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を製造者の指示書に従って用いて単離した。ファーストストランドｃＤＮＡを、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＶＩＬＯ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を製造者の指示書に従って用いて合成した。リアルタイムｑＰＣＲをＶｉｉＡ ７ Ｒｅａｌ Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）において行った。ｑＲＴ−ＰＣＲのために、参照遺伝子グルクロニダーゼベータ（ＧＵＳＢ）の発現量を用いて、標的遺伝子ＤＵＳＰ６、ＳＰＲＹ４およびグリコーゲンシンターゼキナーゼ３ベータ（ＧＳＫ３Ｂ）の発現量を正規化した。反復したｑＲＴ−ＰＣＲ反応を各サンプルについて解析し、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲソフトウェア（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）が、各サンプルにおける参照遺伝子ＧＵＳＢの平均発現量に対してＤＵＳＰ６、ＳＰＲＹ４またはＧＳＫ３Ｂの平均発現量を正規化した。図１Ａ〜１Ｃは、Ｌ２Ｃ／ａｄ細胞（図１Ａ）、ＭＺ−ＣＲＣ−１細胞（図１Ｂ）またはＴＴ ＭＴＣ細胞（図１Ｃ）を化合物１またはカボザンチニブで処置した７時間後の、ＲＥＴ経路の標的ＤＵＳＰ６およびＳＰＲＹ４ならびにＡＫＴ経路の標的ＧＳＫ３Ｂの相対的な転写物発現量を示している。図２は、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ ＮＳＣＬＣ ＰＤＸからのＤＵＳＰ６、ＳＰＲＹ４およびＧＳＫ３Ｂの相対的な転写物発現量を示している。最後の投与から記載の時間（時）だけ経過した後に腫瘍を収集した。データは、平均値＋ＳＤである。^＊Ｐ＜０．０５、^＊＊Ｐ＜０．０１、^＊＊＊Ｐ＜０．００１、両側スチューデントｔ検定。ＳＤ、標準偏差。
実施例２：ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ Ｂａ／Ｆ３細胞の作製およびＥＮＵ突然変異誘発アッセイ

抗ＦＬＡＧ抗体によって融合を免疫検出するのを容易にするカルボキシル末端のＦＬＡＧエピトープを伴う発現を最大にするために、ヒトＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴバリアント１のアミノ酸配列をコードするＤＮＡをレンチウイルスベクター内のドキシサイクリン誘導性プロモーター下に配置した。レンチウイルスによって媒介される遺伝子導入を用いて、Ｂａ／Ｆ３細胞においてＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴを発現させ、ＩＬ−３の中止によってＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ依存性細胞を選択し、イムノブロット解析によってＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ融合タンパク質の発現を確認した。Ｖ８０４置換を有するＢａ／Ｆ３細胞を作製するために、ＥＮＵで一晩、ＷＴ ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ Ｂａ／Ｆ３細胞において突然変異誘発し、６つの濃度のＭＫＩ（ポナチニブ、レゴラフェニブ、カボザンチニブまたはバンデタニブ）の存在下において２週間にわたって９６ウェルプレートにプレーティングした。選択した濃度は、各化合物について２×〜６４×の増殖ＩＣ_５０にわたった：１２５ｎＭ〜４μｍｏｌ／Ｌのカボザンチニブ、２０〜６４０ｎＭのポナチニブ、および２５０ｎＭ〜８μｍｏｌ／Ｌのバンデタニブ。耐性クローンからゲノムＤＮＡを単離し、Ｓａｎｇｅｒ配列決定を用いて、置換を有するクローンを特定した。図３は、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ Ｖ８０４Ｌ Ｂａ／Ｆ３同種移植片における化合物１の抗腫瘍活性をカボザンチニブと比べて示している。
実施例３：第Ｉ相試験

進行ＲＥＴ変化型ＮＳＣＬＣ、ＭＴＣおよび他の固形腫瘍における化合物１の最大耐用量、安全性プロファイル、薬物動態および予備的な抗腫瘍活性を規定するための第Ｉ相ファースト・イン・ヒューマン試験（ＮＣＴ０３０３７３８５）を開始した。治験登録の前に、化合物１による処置、ならびに安全性および有効性の潜在的な予測バイオマーカーを特徴付ける探索バイオマーカー解析のための血液および腫瘍サンプルの収集に対して、すべての患者から書面によるインフォームドコンセントを得た。成人患者（≧１８歳）は、０〜２というＥａｓｔｅｒｎ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ Ｇｒｏｕｐのパフォーマンスステータス、ならびに十分な骨髄、肝臓、腎臓および心臓の機能とともに、切除不能な進行固形腫瘍を有していなければならなかった。化合物１を、Ｂａｙｅｓｉａｎ Ｏｐｔｉｍａｌ Ｉｎｔｅｒｖａｌ Ｄｅｓｉｇｎを用いて４週間サイクルにおいて１日１回、経口的に投与した。≧１２０ｍｇの投与レベルでは、ＲＥＴ変化が実証されていることを、追加的に治験登録に要求した。有害事象を、Ｃｏｍｍｏｎ Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ａｄｖｅｒｓｅ Ｅｖｅｎｔｓ（ＣＴＣＡＥ）に従ってグレード分けした。コンピュータ断層撮影によるＸ線応答を、ＲＥＣＩＳＴバージョン１．１（Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ ４５：２２８−２４７（２００９））で評価した。血漿中のｃｔＤＮＡレベルを、ＰｌａｓｍａＳＥＬＥＣＴ（商標）−Ｒ６４ ＮＧＳパネル（Ｐｅｒｓｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ）を用いて評価した。ＭＴＣ患者における血清カルシトニンレベルを、ＥＬＩＳＡ（Ｍｅｄｐａｃｅ，Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，ＯＨ）によって計測した。腫瘍ＤＵＳＰ６／ＳＰＲＹ４レベルを、ｑＲＴ−ＰＣＲ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＭＤ，Ｐｏｒｔｌａｎｄ，ＯＲ）によって解析した。
症例研究

患者１は、複数のＲＥＴ変異（Ｌ６２９Ｐ、Ｄ６３１＿Ｒ６３５ＤＥＬＩＮＳＧおよびＶ６３７Ｒ）を有する散発性ＭＴＣを有する２７歳の患者であった。この患者は、化合物１による処置の開始前にチロシンキナーゼ阻害剤で処置されたことがなく、緊急の気管開口術および広範囲の手術（甲状腺全摘出術、気管周囲郭清術（ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｃｋ ｄｉｓｓｅｃｔｉｏｎ）、レベル１〜４の両側頸部郭清術、胸腺全摘出術および胸骨正中切開術を含む）を要する非常に侵襲性の疾患を有していた。術後経過は、乳び胸を併発した。集学的な医学的コンセンサスは、頸部への放射線治療に反対し、再ステージ分類スキャンは、気管および食道の浸潤を伴う左傍気管疾患ならびに肺および肝臓への転移性疾患を示した。ＶＥＧＦＲ関連毒性（創傷治癒不良を含み得、かつ瘻孔形成および出血のリスクを高め得る）の関連リスクを考えると、この患者に対しては、ＦＤＡが承認した、ＭＴＣに対する２つのマルチキナーゼ薬（バンデタニブおよびカボザンチニブ）は適切であるとはみなされなかった（ＣＡＰＲＥＬＳＡ（バンデタニブ）［添付文書］．Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ：Ｓａｎｏｆｉ Ｇｅｎｚｙｍｅ；２０１６；ＣＯＭＥＴＲＩＱ（カボザンチニブ）［添付文書］．Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ：Ｅｘｅｌｉｘｉｘ，Ｉｎｃ．；２０１８）。ゆえに、この患者を化合物１の臨床試験に登録し、第２の用量レベル（６０ｍｇ、ＱＤ）で処置を開始した。注目すべきことに、化合物１による治療の２８日後に、血清腫瘍マーカーであるカルシトニンが＞９０％減少した（図４Ａ）。８週間後、標的病変は、１９％減少した。化合物１を２００ｍｇＱＤまで連続的に用量漸増させた後、この患者は、Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ（ＲＥＣＩＳＴ）バージョン１．１によると、＞３０％の腫瘍減少という部分奏効を達成した（図４Ｂ）。続いて、この患者において化合物１を３００ｍｇＱＤまで段階的に増加させたところ、１０ヶ月後に部分奏効が確認された（４７％という最大減少）。全体的に見て、癌胎児抗原（ＣＥＡ）レベルは、この期間にわたって５７％低下した。化合物１での処置によって健康状態が改善されたことにより、患者の気管切開チューブを取り外すことが可能となり、処置前の数キログラムの体重減少の後、ベースラインの体重に戻った。化合物１は、１１ヶ月間の継続処置を通じて耐容性が高く、薬物関連の有害事象は、白血球のグレード１の一時的な減少のみであり、薬物の中断または用量の修正なしに回復した。２０１８年４月１３日現在、この患者は依然、治療中である。

患者２は、散発性ＲＥＴ Ｍ９１８Ｔ変異ＭＴＣを有する５６歳であり、バンデタニブに反応を示し、その後、バンデタニブを服用し、化合物１の３００ｍｇＱＤによる治療を開始した。早期の臨床活性シグナルが、化合物１による処置の最初の数週間以内に現れた：２８日後に、血清カルシトニンが＞９０％低下し、ＣＥＡが７５％減少した（図４Ｃ）。ＲＥＴ Ｍ９１８Ｔの循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）は、２８日後に４７％減少し、５６日後に検出不能となった。処置前および処置の２８日後に収集された対での腫瘍生検は、ＤＵＳＰ６のｍＲＮＡ発現の９３％減少およびＳＰＲＹ４のｍＲＮＡ発現の８６％減少を示したことから、腫瘍内でのＲＥＴ経路の阻害が確認された（図４Ｅ）。重要なことに、これらの活性の示唆は、８週間後の、ＲＥＣＩＳＴ１．１に従ったＸ線応答（−３５％）によって確認された（図４Ｄ）。この患者は、投与中断なく、化合物１による処置に対して十分な耐容性を示した；薬物関連の有害事象は、グレード１の悪心および高リン酸血症であった。この患者は、８ヶ月後も治療を継続しており、２０１８年４月１３日現在、部分奏効（最大４７％の減少）が確認された。

患者３は、転移性ＲＥＴ変化型ＮＳＣＬＣを有する３７歳の患者であり、シスプラチン、ペメトレキセドおよびベバシズマブを服用しており、ＦＩＳＨ解析による腫瘍組織検査においてＲＥＴ融合について陽性であった。この患者に、２００ｍｇＱＤの化合物１による処置を開始し、ベースライン時のｃｔＤＮＡ解析は、カノニカルなＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ融合およびＴＰ５３変異の同時発生を明らかにした。処置の８週間後における最初のＸ線評価において、腫瘍減少（−２５％）が顕著であり、それは、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴおよびＴＰ５３のｃｔＤＮＡレベルの同時低下と相関した（図５Ａ）。この患者は、１６週間後の２回目のＸ線評価において部分奏効を示し（図５Ｂ）、１０ヶ月間にわたる処置を継続しており、２０１８年４月１３日現在、部分奏効が確認されている。上に記載されたＭＴＣ患者で観察されたように、化合物１は、耐容性がよく、すべての薬物関連の有害事象がグレード１であり、それには、便秘（解消）、皮膚乾燥、発疹および白血球減少が含まれた。

患者４は、ＮＳＣＬＣを有する６９歳の患者であり、以前に肺切除腎摘出術および胸膜ドレナージを受けていた。この患者に、４００ｍｇＱＤの化合物１による処置を開始した。ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ ＮＳＣＬＣ脳転移に対して腫瘍減少が顕著であった（図９）。詳細には、頭蓋内抗腫瘍活性のエビデンスが、この患者において認められた。ベースライン時に、この患者は、脳内におよそ６ｍｍの転移性病変を有したが、それが処置中の８週間後に消散したとみられた。８週間後の評価時に、この患者は、安定病態を有すると判断された。

患者５は、局所進行性のＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ ＮＳＣＬＣを有する７４歳の喫煙経験者であった。この患者のＣＴスキャンを図１１Ａ〜１１Ｄに示す。この患者には、シスプラチンおよびペメトレキセドによる化学放射線同時併用療法を施し、次いで、カルボプラチンおよびｎａｂ−パクリタキセルで処置したが、結局、進行した。腫瘍組織の次世代シーケンシングならびにＦＩＳＨが、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ融合を明らかにしたため、この患者は、バンデタニブとエベロリムスとの併用レジメンを試験する臨床試験に登録された（ＮＣＴ０１５８２１９１）。この患者は、部分奏効を示したが、１１サイクルの後に行われた再ステージ分類スキャンは進行性の病態を示し、いっそうの呼吸困難およびパフォーマンスステータスの悪化という臨床症状を伴った。そして、この患者は、化合物１の第１相治験に登録された。化合物１（３００ｍｇＱＤ）による処置の１６週間後、この患者は、腫瘍体積の３４％減少（図１１Ｃおよび１１Ｄ）ならびに呼吸困難およびパフォーマンスステータスの改善を伴う部分奏効を示した。化合物１は、処置全体にわたって耐容性がよく、この患者は、２０１８年４月１３日現在、薬物関連の有害事象を示さなかった。

患者６は、硬化型ＰＴＣ（ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合）を有する２３歳女性であり、診断以来、酸素補給を必要とするびまん性の症候性肺転移を６年前に示した。この患者は、ソラフェニブおよびレンバチニブを服用していた。この患者は、１日１回の４００ｍｇの化合物１による処置を開始した。図１３は、化合物１による処置の５ヶ月後の腫瘍減少を示している。５ヶ月以内に、この患者は、室内の空気で過ごせるようになった。
ｃｔＤＮＡレベルの計測

影響マーカーの一例である血漿中のｃｔＤＮＡ（例えば、ＫＩＦ５ＢまたはＴＰ５３のｃｔＤＮＡ）のレベルは、ＰｌａｓｍａＳＥＬＥＣＴ（商標）−Ｒ６４ ＮＧＳパネル（Ｐｅｒｓｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ）を用いて評価され得る。ＰｌａｓｍａＳＥＬＥＣＴ（商標）６４は、循環腫瘍ＤＮＡを、癌における遺伝子変化について解析する。詳細には、ＰｌａｓｍａＳＥＬＥＣＴ（商標）６４は、６４個の十分特徴付けられた癌遺伝子の標的化パネルを評価する。無細胞ＤＮＡを血漿から抽出し、低存在量サンプルＤＮＡに対応できる自社の方法を用いて調製する。次いで、サンプルを、自社の捕捉プロセスおよび高カバレッジの次世代シーケンシングを用いて処理する。
定常状態血漿中濃度、ＲＥＴ ＩＣ_９０および脳ＩＣ_９０（予測値）

３０〜６００ｍｇの化合物１を１日１回、経口的に投与された患者から所定の時点において血液サンプルを収集した。血漿サンプルを、検証済みの液体クロマトグラフィー−タンデム質量分析（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）方法を用いて、化合物１について解析した。血漿中の化合物１濃度−時間データを、Ｐｈｏｅｎｉｘ ＷｉｎＮｏｎｌｉｎ（著作権）（Ｖｅｒｓｉｏｎ ６．４，Ｃｅｒｔａｒａ Ｌ．Ｐ．）またはＧｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍ（Ｖｅｒｓｉｏｎ７．０２）を用いてグラフにした。図６Ａは、定常状態における化合物１の血漿中濃度−時間プロファイルを示している。ＲＥＴ ＩＣ_９０および脳ＩＣ_９０（予測値）は、動物におけるＰＫおよびＰＤデータに基づく予想および外挿に基づく。

１日に２回（ＢＩＤ）の投与スケジュールも、第Ｉ相臨床試験の一部として調べた。ＢＩＤ投与スケジュールは、３００ｍｇの総１日量（朝に２００ｍｇ、晩に１００ｍｇ）から開始した。合計９人の患者をＢＩＤ用量漸増に登録した：４人の患者が３００ｍｇの総１日量（朝の２００ｍｇ、晩の１００ｍｇ）から開始し、５人の患者が、２００ｍｇの総１日量（１００ｍｇＢＩＤ）から開始した。３００ｍｇの総１日量で登録された最初の４人の患者のうち、２人の患者が、グレード３の高血圧という用量制限毒性（ＤＬＴ）を示したことから、その後、用量を１００ｍｇＢＩＤまで段階的に減少させた。１００ｍｇＢＩＤの５人の患者のうち２人（グレード３の高血圧を有した１人の患者、およびグレード３の腫瘍崩壊症候群を有した１人の患者を含む）が、ＤＬＴを示した。全体的な安全性、曝露量および耐容性に基づくと、ＱＤが、優れた投与スケジュールであり、用量拡大のために選択された。

本明細書中で言及されたすべての刊行物および特許は、その全体が参照により本明細書に援用される。

Claims (64)

1. 活性化する、トランスフェクションの間の再編成（ＲＥＴ）の変化を有する癌に罹患した被験体を処置する方法であって、前記方法は、３００〜４００ｍｇという治療有効量の化合物１またはその薬学的に許容され得る塩を１日１回、前記被験体に投与する工程を含む、方法。
2. 投与される前記量が、３００ｍｇである、請求項１に記載の方法。
3. 投与される前記量が、４００ｍｇである、請求項１または２に記載の方法。
4. 前記癌が、甲状腺乳頭癌腫（ＰＴＣ）、髄様甲状腺癌（ＭＴＣ）、褐色細胞腫（ＰＣＣ）、膵管腺癌、多発性内分泌腫瘍症（ＭＥＮ２ＡおよびＭＥＮ２Ｂ）、転移性乳癌、精巣癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）、直腸結腸癌、卵巣癌、炎症性筋線維芽腫瘍および唾液腺癌から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
5. 前記癌が、食道癌、皮膚癌（非黒色腫）、子宮体癌、頭頸部癌、膀胱癌、前立腺癌、血液癌、白血病、軟部組織肉腫、腎細胞癌腫（ＲＣＣ）、非ホジキンリンパ腫、肝胆道癌、副腎皮質癌腫、骨髄形成異常（ＭＤＳ）、子宮肉腫、胚細胞性腫瘍、子宮頸癌、中枢神経系癌、骨癌、膨大部癌腫、消化管間質腫瘍、小腸癌、中皮腫、直腸癌、傍神経節腫および肝内胆管癌から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
6. 前記癌が、腺癌、スピゾイド新生物、肺腺癌、腺扁平上皮癌腫、結腸癌、転移性結腸癌、転移性乳頭様甲状腺癌、乳頭様甲状腺癌のびまん性硬化型、二次性急性骨髄性白血病を伴う原発性骨髄線維症、びまん性胃癌、甲状腺癌腫および細気管支肺細胞癌腫から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
7. 前記癌が、肝胆道癌、膨大部癌腫、小腸癌、肝内胆管癌、転移性結腸癌、肺癌に付随する脳腫瘍、肺癌に付随する脳転移および後腹膜傍神経節腫から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
8. 前記癌が、髄様甲状腺癌（ＭＴＣ）および非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
9. 前記癌が、散発性ＭＴＣ、転移性ＲＥＴ変化型ＮＳＣＬＣ、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）不応性ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ ＮＳＣＬＣおよびＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ ＮＳＣＬＣから選択される、請求項８に記載の方法。
10. 前記癌が、肺癌に付随する脳腫瘍から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
11. 前記脳腫瘍が、脳転移である、請求項１０に記載の方法。
12. 前記活性化するＲＥＴ変化が、ＲＥＴ変異またはＲＥＴ遺伝子再編成（融合）を含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
13. 前記活性化するＲＥＴ変化が、ＲＥＴ変異である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
14. 前記ＲＥＴ変異が、点変異である、請求項１２または１３に記載の方法。
15. 前記ＲＥＴ変異が、耐性変異である、請求項１２〜１４のいずれか１項に記載の方法。
16. 前記ＲＥＴ変化が、表１から選択されるＲＥＴ変異である、請求項１２〜１５のいずれか１項に記載の方法。
17. 前記ＲＥＴ変異が、Ｖ８０４Ｍ、Ｍ９１８Ｔ、Ｃ６３４ＲまたはＣ６３４Ｗである、請求項１２〜１６のいずれか１項に記載の方法。
18. 前記癌が、ＲＥＴ変化型髄様甲状腺癌（ＭＴＣ）である、請求項１〜４、８、９および１２〜１６のいずれか１項に記載の方法。
19. 前記癌が、家族性ＭＴＣである、請求項１８に記載の方法。
20. 前記癌が、散発性ＭＴＣである、請求項１８に記載の方法。
21. 前記癌が、Ｍ９１８Ｔ変異を有するＭＴＣである、請求項１〜３および１２〜１９のいずれか１項に記載の方法。
22. 前記癌が、Ｃ６３４Ｒ変異を有するＭＴＣである、請求項１〜３および１２〜１９のいずれか１項に記載の方法。
23. 前記癌が、Ｖ８０４Ｍ変異を有するＭＴＣである、請求項１〜３および１２〜１９のいずれか１項に記載の方法。
24. 前記癌が、傍神経節腫である、請求項１〜３、６および１２〜１６のいずれか１項に記載の方法。
25. 前記癌が、後腹膜傍神経節腫である、請求項２４に記載の方法。
26. 前記傍神経節腫が、Ｒ７７Ｈ変異を有する、請求項１〜３、６、１２〜１６、２４および２５のいずれか１項に記載の方法。
27. 前記活性化するＲＥＴ変化が、遺伝子再編成（融合）である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
28. 前記活性化するＲＥＴ変化が、表２から選択されるＲＥＴ融合パートナーとの融合である、請求項２７に記載の方法。
29. 前記融合が、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ、ＫＩＡＡ１４６８−ＲＥＴまたはＮＣＯＡ４−ＲＥＴである、請求項２７または２８に記載の方法。
30. 前記癌が、ＲＥＴ変化型ＮＳＣＬＣである、請求項１〜４および２７〜２９のいずれか１項に記載の方法。
31. 前記癌が、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ融合を有するＮＳＣＬＣである、請求項３０に記載の方法。
32. 前記癌が、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合を有するＮＳＣＬＣである、請求項３０に記載の方法。
33. 前記癌が、ＫＩＡＡ１４６８−ＲＥＴ融合を有するＮＳＣＬＣである、請求項３０に記載の方法。
34. 前記癌が、ＦＩＳＨ陽性と識別されたＲＥＴ融合を有するＮＳＣＬＣである、請求項３０に記載の方法。
35. 前記ＲＥＴ変化が、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ Ｖ８０４Ｌ（カボザンチニブ耐性）である、請求項２９または３０に記載の方法。
36. 前記ＲＥＴ変化が、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ Ｖ８０４Ｍ（ポナチニブ耐性）である、請求項２９または３０に記載の方法。
37. 前記癌が、ＲＥＴ変化型ＰＴＣである、請求項１〜４および２７〜２９のいずれか１項に記載の方法。
38. 前記癌が、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ融合を有するＰＴＣである、請求項３７に記載の方法。
39. 前記癌が、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合を有するＰＴＣである、請求項３７に記載の方法。
40. 前記癌が、ＲＥＴ変化型肝内胆管癌腫である、請求項１〜３および２７〜２９のいずれか１項に記載の方法。
41. 前記癌が、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ融合を有する肝内胆管癌腫である、請求項４０に記載の方法。
42. 前記被験体が、マルチキナーゼＲＥＴ阻害剤による事前の処置を受けていない、請求項１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
43. 前記被験体が、マルチキナーゼＲＥＴ阻害剤による１つまたはそれを超える事前の処置を受けた、請求項１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
44. 前記マルチキナーゼＲＥＴ阻害剤が、レンバチニブ、バンデタニブ、カボザンチニブおよびＲＸＤＸ−１０５から選択される、請求項４３に記載の方法。
45. 前記被験体が、白金による事前の処置を受けていない、請求項１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
46. 前記被験体が、白金による事前の処置を受けた、請求項１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
47. 前記被験体が、選択的ＲＥＴ阻害剤による事前の処置を受けた、請求項１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
48. 前記被験体が、事前の化学療法を受けていない、請求項１〜４７のいずれか１項に記載の方法。
49. 前記被験体が、事前の化学療法を受けた、請求項１〜４７のいずれか１項に記載の方法。
50. 前記事前の化学療法が、カルボプラチン、ペメトレキセド、アブラキサン、シスプラチン、ベバシズマブおよびそれらの組み合わせから選択される、請求項４９に記載の方法。
51. 前記被験体が、事前の免疫療法を受けていない、請求項１〜４２のいずれか１項に記載の方法。
52. 前記被験体が、事前の免疫療法を受けた、請求項１〜４２のいずれか１項に記載の方法。
53. 前記事前の免疫療法が、イピリムマブ、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ４７３６およびそれらの組み合わせから選択される、請求項５２に記載の方法。
54. ＲＥＴ変化型肺癌に付随する脳腫瘍に罹患した被験体を処置する方法であって、前記方法は、治療有効量の化合物１またはその薬学的に許容され得る塩を前記被験体に投与する工程を含む、方法。
55. 前記脳腫瘍が、脳転移である、請求項５４に記載の方法。
56. 活性化するＲＥＴ変異を有する癌に罹患した被験体を処置する方法であって、生理的有効量のＲＥＴ阻害剤を前記被験体に投与する工程を含み、前記ＲＥＴ阻害剤の投与は、前記被験体における少なくとも１つの影響マーカーの持続的ダウンレギュレーションに関連する、方法。
57. 前記ＲＥＴ阻害剤が、経口的に投与される、請求項５６に記載の方法。
58. 前記ＲＥＴ阻害剤が、化合物１またはその薬学的に許容され得る塩である、請求項５６または５７に記載の方法。
59. 前記影響マーカーが、ＤＵＳＰ６のｍＲＮＡ発現、ＳＰＲＹ４のｍＲＮＡ発現、癌胎児抗原レベルおよびカルシトニンレベルから選択される、請求項５６〜５８のいずれか１項に記載の方法。
60. 前記影響マーカーが、ＫＩＦ５ＢのｃｔＤＮＡレベルまたはＴＰ５３のｃｔＤＮＡレベルである、請求項５６〜５８のいずれか１項に記載の方法。
61. 前記被験体に投与される前記量が、少なくとも１つの影響マーカーの９５％超のダウンレギュレーションをもたらす、請求項５６〜５９のいずれか１項に記載の方法。
62. 前記被験体に投与される前記量が、少なくとも１つの影響マーカーの、９４％超、９３％超、９２％超、９１％超、９０％超、８９％超、８８％超、８７％超、８６％超 ８５％超、８０％超、７５％超、７０％超、６５％超、６０％超、５５％超または５０％超のダウンレギュレーションをもたらす、請求項５６〜５９のいずれか１項に記載の方法。
63. 前記被験体に投与される前記量が、少なくとも１つの影響マーカーの８９％超、８８％超、８７％超、８６％超、８５％超、８０％超、７５％超または７０％超のダウンレギュレーションをもたらす、請求項６１に記載の方法。
64. 少なくとも２つの影響マーカーが、ダウンレギュレートされる、請求項５６〜５９のいずれか１項に記載の方法。

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