JP2021100411A - 食道がんの検出キット又はデバイス及び検出方法 - Google Patents
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Abstract
Description
<発明の概要>
すなわち、本発明は、以下の特徴を有する。
(1)食道がんマーカーである、miR−204−3p、miR−1247−3p、miR−6875−5p、miR−6857−5p、miR−6726−5p、miR−3188、miR−8069、miR−4257、miR−1343−3p、miR−7108−5p、miR−6825−5p、miR−7641、miR−3185、miR−4746−3p、miR−6791−5p、miR−6893−5p、miR−4433b−3p、miR−3135b、miR−6781−5p、miR−1908−5p、miR−4792、miR−7845−5p、miR−4417、miR−3184−5p、miR−1225−5p、miR−1231、miR−1225−3p、miR−150−3p、miR−4433−3p、miR−6125、miR−4513、miR−6787−5p、miR−6784−5p、miR−615−5p、miR−6765−3p、miR−5572、miR−6842−5p、miR−8063、miR−6780b−5p、miR−187−5p、miR−128−1−5p、miR−6729−5p、miR−6741−5p、miR−6757−5p、miR−7110−5p、miR−7975、miR−1233−5p、miR−6845−5p、miR−3937、miR−4467、miR−7109−5p、miR−6088、miR−6782−5p、miR−5195−3p、miR−4454、miR−6724−5p、miR−8072、miR−4516、miR−6756−5p、miR−4665−3p、miR−6826−5p、miR−6820−5p、miR−6887−5p、miR−3679−5p、miR−7847−3p、miR−6721−5p、miR−3622a−5p、miR−939−5p、miR−602、miR−7977、miR−6749−5p、miR−1914−3p、miR−4651、miR−4695−5p、miR−6848−5p、miR−1228−3p、miR−642b−3p、miR−6746−5p、miR−3620−5p、miR−3131、miR−6732−5p、miR−7113−3p、miR−23a−3p、miR−3154、miR−4723−5p、miR−3663−3p、miR−4734、miR−6816−5p、miR−4442、miR−4476、miR−423−5p、miR−1249、miR−6515−3p、miR−887−3p、miR−4741、miR−6766−3p、miR−4673、miR−6779−5p、miR−4706、miR−1268b、miR−4632−5p、miR−3197、miR−6798−5p、miR−711、miR−6840−3p、miR−6763−5p、miR−6727−5p、miR−371a−5p、miR−6824−5p、miR−4648、miR−1227−5p、miR−564、miR−3679−3p、miR−2861、miR−6737−5p、miR−4725−3p、miR−6716−5p、miR−4675、miR−1915−3p、miR−671−5p、miR−3656、miR−6722−3p、miR−4707−5p、miR−4449、miR−1202、miR−4649−5p、miR−744−5p、miR−642a−3p、miR−451a、miR−6870−5p、miR−4443、miR−6808−5p、miR−4728−5p、miR−937−5p、miR−135a−3p、miR−663b、miR−1343−5p、miR−6822−5p、miR−6803−5p、miR−6805−3p、miR−128−2−5p、miR−4640−5p、miR−1469、miR−92a−2−5p、miR−3940−5p、miR−4281、miR−1260b、miR−4758−5p、miR−1915−5p、miR−5001−5p、miR−4286、miR−6126、miR−6789−5p、miR−4459、miR−1268a、miR−6752−5p、miR−6131、miR−6800−5p、miR−4532、miR−6872−3p、miR−718、miR−6769a−5p、miR−4707−3p、miR−6765−5p、miR−4739、miR−4525、miR−4270、miR−4534、miR−6785−5p、miR−6850−5p、miR−4697−5p、miR−1260a、miR−4486、miR−6880−5p、miR−6802−5p、miR−6861−5p、miR−92b−5p、miR−1238−5p、miR−6851−5p、miR−7704、miR−149−3p、miR−4689、miR−4688、miR−125a−3p、miR−23b−3p、miR−614、miR−1913、miR−16−5p、miR−6717−5p、miR−3648、miR−3162−5p、miR−1909−3p、miR−8073、miR−6769b−5p、miR−6836−3p、miR−4484、miR−6819−5p及びmiR−6794−5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、食道がんの検出用キット。
(2)miR−204−3pがhsa−miR−204−3pであり、miR−1247−3pがhsa−miR−1247−3pであり、miR−6875−5pがhsa−miR−6875−5pであり、miR−6857−5pがhsa−miR−6857−5pであり、miR−6726−5pがhsa−miR−6726−5pであり、miR−3188がhsa−miR−3188であり、miR−8069がhsa−miR−8069であり、miR−4257がhsa−miR−4257であり、miR−1343−3pがhsa−miR−1343−3pであり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−6825−5pがhsa−miR−6825−5pであり、miR−7641がhsa−miR−7641であり、miR−3185がhsa−miR−3185であり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−6893−5pがhsa−miR−6893−5pであり、miR−4433b−3pがhsa−miR−4433b−3pであり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−6781−5pがhsa−miR−6781−5pであり、miR−1908−5pがhsa−miR−1908−5pであり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−7845−5pがhsa−miR−7845−5pであり、miR−4417がhsa−miR−4417であり、miR−3184−5pがhsa−miR−3184−5pであり、miR−1225−5pがhsa−miR−1225−5pであり、miR−1231がhsa−miR−1231であり、miR−1225−3pがhsa−miR−1225−3pであり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−4433−3pがhsa−miR−4433−3pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−4513がhsa−miR−4513であり、miR−6787−5pがhsa−miR−6787−5pであり、miR−6784−5pがhsa−miR−6784−5pであり、miR−615−5pがhsa−miR−615−5pであり、miR−6765−3pがhsa−miR−6765−3pであり、miR−5572がhsa−miR−5572であり、miR−6842−5pがhsa−miR−6842−5pであり、miR−8063がhsa−miR−8063であり、miR−6780b−5pがhsa−miR−6780b−5pであり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−128−1−5pがhsa−miR−128−1−5pであり、miR−6729−5pがhsa−miR−6729−5pであり、miR−6741−5pがhsa−miR−6741−5pであり、miR−6757−5pがhsa−miR−6757−5pであり、miR−7110−5pがhsa−miR−7110−5pであり、miR−7975がhsa−miR−7975であり、miR−1233−5pがhsa−miR−1233−5pであり、miR−6845−5pがhsa−miR−6845−5pであり、miR−3937がhsa−miR−3937であり、miR−4467がhsa−miR−4467であり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−6088がhsa−miR−6088であり、miR−6782−5pがhsa−miR−6782−5pであり、miR−5195−3pがhsa−miR−5195−3pであり、miR−4454がhsa−miR−4454であり、miR−6724−5pがhsa−miR−6724−5pであり、miR−8072がhsa−miR−8072であり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−6756−5pがhsa−miR−6756−5pであり、miR−4665−3pがhsa−miR−4665−3pであり、miR−6826−5pがhsa−miR−6826−5pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−6887−5pがhsa−miR−6887−5pであり、miR−3679−5pがhsa−miR−3679−5pであり、miR−7847−3pがhsa−miR−7847−3pであり、miR−6721−5pがhsa−miR−6721−5pであり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−939−5pがhsa−miR−939−5pであり、miR−602がhsa−miR−602であり、miR−7977がhsa−miR−7977であり、miR−6749−5pがhsa−miR−6749−5pであり、miR−1914−3pがhsa−miR−1914−3pであり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−4695−5pがhsa−miR−4695−5pであり、miR−6848−5pがhsa−miR−6848−5pであり、miR−1228−3pがhsa−miR−1228−3pであり、miR−642b−3pがhsa−miR−642b−3pであり、miR−6746−5pがhsa−miR−6746−5pであり、miR−3620−5pがhsa−miR−3620−5pであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、miR−6732−5pがhsa−miR−6732−5pであり、miR−7113−3pがhsa−miR−7113−3pであり、miR−23a−3pがhsa−miR−23a−3pであり、miR−3154がhsa−miR−3154であり、miR−4723−5pがhsa−miR−4723−5pであり、miR−3663−3pがhsa−miR−3663−3pであり、miR−4734がhsa−miR−4734であり、miR−6816−5pがhsa−miR−6816−5pであり、miR−4442がhsa−miR−4442であり、miR−4476がhsa−miR−4476であり、miR−423−5pがhsa−miR−423−5pであり、miR−1249がhsa−miR−1249であり、miR−6515−3pがhsa−miR−6515−3pであり、miR−887−3pがhsa−miR−887−3pであり、miR−4741がhsa−miR−4741であり、miR−6766−3pがhsa−miR−6766−3pであり、miR−4673がhsa−miR−4673であり、miR−6779−5pがhsa−miR−6779−5pであり、miR−4706がhsa−miR−4706であり、miR−1268bがhsa−miR−1268bであり、miR−4632−5pがhsa−miR−4632−5pであり、miR−3197がhsa−miR−3197であり、miR−6798−5pがhsa−miR−6798−5pであり、miR−711がhsa−miR−711であり、miR−6840−3pがhsa−miR−6840−3pであり、miR−6763−5pがhsa−miR−6763−5pであり、miR−6727−5pがhsa−miR−6727−5pであり、miR−371a−5pがhsa−miR−371a−5pであり、miR−6824−5pがhsa−miR−6824−5pであり、miR−4648がhsa−miR−4648であり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−564がhsa−miR−564であり、miR−3679−3pがhsa−miR−3679−3pであり、miR−2861がhsa−miR−2861であり、miR−6737−5pがhsa−miR−6737−5pであり、miR−4725−3pがhsa−miR−4725−3pであり、miR−6716−5pがhsa−miR−6716−5pであり、miR−4675がhsa−miR−4675であり、miR−1915−3pがhsa−miR−1915−3pであり、miR−671−5pがhsa−miR−671−5pであり、miR−3656がhsa−miR−3656であり、miR−6722−3pがhsa−miR−6722−3pであり、miR−4707−5pがhsa−miR−4707−5pであり、miR−4449がhsa−miR−4449であり、miR−1202がhsa−miR−1202であり、miR−4649−5pがhsa−miR−4649−5pであり、miR−744−5pがhsa−miR−744−5pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pであり、miR−451aがhsa−miR−451aであり、miR−6870−5pがhsa−miR−6870−5pであり、miR−4443がhsa−miR−4443であり、miR−6808−5pがhsa−miR−6808−5pであり、miR−4728−5pがhsa−miR−4728−5pであり、miR−937−5pがhsa−miR−937−5pであり、miR−135a−3pがhsa−miR−135a−3pであり、miR−663bがhsa−miR−663bであり、miR−1343−5pがhsa−miR−1343−5pであり、miR−6822−5pがhsa−miR−6822−5pであり、miR−6803−5pがhsa−miR−6803−5pであり、miR−6805−3pがhsa−miR−6805−3pであり、miR−128−2−5pがhsa−miR−128−2−5pであり、miR−4640−5pがhsa−miR−4640−5pであり、miR−1469がhsa−miR−1469であり、miR−92a−2−5pがhsa−miR−92a−2−5pであり、miR−3940−5pがhsa−miR−3940−5pであり、miR−4281がhsa−miR−4281であり、miR−1260bがhsa−miR−1260bであり、miR−4758−5pがhsa−miR−4758−5pであり、miR−1915−5pがhsa−miR−1915−5pであり、miR−5001−5pがhsa−miR−5001−5pであり、miR−4286がhsa−miR−4286であり、miR−6126がhsa−miR−6126であり、miR−6789−5pがhsa−miR−6789−5pであり、miR−4459がhsa−miR−4459であり、miR−1268aがhsa−miR−1268aであり、miR−6752−5pがhsa−miR−6752−5pであり、miR−6131がhsa−miR−6131であり、miR−6800−5pがhsa−miR−6800−5pであり、miR−4532がhsa−miR−4532であり、miR−6872−3pがhsa−miR−6872−3pであり、miR−718がhsa−miR−718であり、miR−6769a−5pがhsa−miR−6769a−5pであり、miR−4707−3pがhsa−miR−4707−3pであり、miR−6765−5pがhsa−miR−6765−5pであり、miR−4739がhsa−miR−4739であり、miR−4525がhsa−miR−4525であり、miR−4270がhsa−miR−4270であり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−6785−5pがhsa−miR−6785−5pであり、
miR−6850−5pがhsa−miR−6850−5pであり、miR−4697−5pがhsa−miR−4697−5pであり、miR−1260aがhsa−miR−1260aであり、miR−4486がhsa−miR−4486であり、miR−6880−5pがhsa−miR−6880−5pであり、miR−6802−5pがhsa−miR−6802−5pであり、miR−6861−5pがhsa−miR−6861−5pであり、miR−92b−5pがhsa−miR−92b−5pであり、miR−1238−5pがhsa−miR−1238−5pであり、miR−6851−5pがhsa−miR−6851−5pであり、miR−7704がhsa−miR−7704であり、miR−149−3pがhsa−miR−149−3pであり、miR−4689がhsa−miR−4689であり、miR−4688がhsa−miR−4688であり、miR−125a−3pがhsa−miR−125a−3pであり、miR−23b−3pがhsa−miR−23b−3pであり、miR−614がhsa−miR−614であり、miR−1913がhsa−miR−1913であり、miR−16−5pがhsa−miR−16−5pであり、miR−6717−5pがhsa−miR−6717−5pであり、miR−3648がhsa−miR−3648であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−1909−3pがhsa−miR−1909−3pであり、miR−8073がhsa−miR−8073であり、miR−6769b−5pがhsa−miR−6769b−5pであり、miR−6836−3pがhsa−miR−6836−3pであり、miR−4484がhsa−miR−4484であり、miR−6819−5pがhsa−miR−6819−5pであり、及び、miR−6794−5pがhsa−miR−6794−5pである、(1)に記載のキット。
(3)前記核酸が、下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(1)又は(2)に記載のキット。
(4)前記キットが、別の食道がんマーカーであるmiR−575及びmiR−24−3pからなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む、(1)〜(3)のいずれかに記載のキット。
(5)miR−575がhsa−miR−575であり、miR−24−3pがhsa−miR−24−3pである、(4)に記載のキット。
(6)前記核酸が、下記の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号116及び676で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(4)又は(5)に記載のキット。
(7)前記キットが、別の食道がんマーカーである、miR−675−5p、miR−486−3p、miR−6777−5p、miR−4497、miR−296−3p、miR−6738−5p、miR−4731−5p、miR−6889−5p、miR−6786−5p、miR−92a−3p、miR−4294、miR−4763−3p、miR−6076、miR−663a、miR−760、miR−4667−5p、miR−6090、miR−4730、miR−7106−5p、miR−3196、miR−5698、miR−6087、miR−4665−5p、miR−8059及びmiR−6879−5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む、(1)〜(6)のいずれかに記載のキット。
(8)miR−675−5pがhsa−miR−675−5pであり、miR−486−3pがhsa−miR−486−3pであり、miR−6777−5pがhsa−miR−6777−5pであり、miR−4497がhsa−miR−4497であり、miR−296−3pがhsa−miR−296−3pであり、miR−6738−5pがhsa−miR−6738−5pであり、miR−4731−5pがhsa−miR−4731−5pであり、miR−6889−5pがhsa−miR−6889−5pであり、miR−6786−5pがhsa−miR−6786−5pであり、miR−92a−3pがhsa−miR−92a−3pであり、miR−4294がhsa−miR−4294であり、miR−4763−3pがhsa−miR−4763−3pであり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−663aがhsa−miR−663aであり、miR−760がhsa−miR−760であり、miR−4667−5pがhsa−miR−4667−5pであり、miR−6090がhsa−miR−6090であり、miR−4730がhsa−miR−4730であり、miR−7106−5pがhsa−miR−7106−5pであり、miR−3196がhsa−miR−3196であり、miR−5698がhsa−miR−5698であり、miR−6087がhsa−miR−6087であり、miR−4665−5pがhsa−miR−4665−5pであり、miR−8059がhsa−miR−8059であり、及び、miR−6879−5pがhsa−miR−6879−5pである、(7)に記載のキット。
(9)前記核酸が、下記の(k)〜(o)に示すポリヌクレオチド:
(k)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(o)前記(k)〜(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(7)又は(8)に記載のキット。
(10)前記キットが、(1)又は(2)に記載のすべての食道がんマーカーから選択される少なくとも2つのポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な少なくとも2つの核酸を含む、(1)から(9)のいずれかに記載のキット。
(11)食道がんマーカーである、miR−204−3p、miR−1247−3p、miR−6875−5p、miR−6857−5p、miR−6726−5p、miR−3188、miR−8069、miR−4257、miR−1343−3p、miR−7108−5p、miR−6825−5p、miR−7641、miR−3185、miR−4746−3p、miR−6791−5p、miR−6893−5p、miR−4433b−3p、miR−3135b、miR−6781−5p、miR−1908−5p、miR−4792、miR−7845−5p、miR−4417、miR−3184−5p、miR−1225−5p、miR−1231、miR−1225−3p、miR−150−3p、miR−4433−3p、miR−6125、miR−4513、miR−6787−5p、miR−6784−5p、miR−615−5p、miR−6765−3p、miR−5572、miR−6842−5p、miR−8063、miR−6780b−5p、miR−187−5p、miR−128−1−5p、miR−6729−5p、miR−6741−5p、miR−6757−5p、miR−7110−5p、miR−7975、miR−1233−5p、miR−6845−5p、miR−3937、miR−4467、miR−7109−5p、miR−6088、miR−6782−5p、miR−5195−3p、miR−4454、miR−6724−5p、miR−8072、miR−4516、miR−6756−5p、miR−4665−3p、miR−6826−5p、miR−6820−5p、miR−6887−5p、miR−3679−5p、miR−7847−3p、miR−6721−5p、miR−3622a−5p、miR−939−5p、miR−602、miR−7977、miR−6749−5p、miR−1914−3p、miR−4651、miR−4695−5p、miR−6848−5p、miR−1228−3p、miR−642b−3p、miR−6746−5p、miR−3620−5p、miR−3131、miR−6732−5p、miR−7113−3p、miR−23a−3p、miR−3154、miR−4723−5p、miR−3663−3p、miR−4734、miR−6816−5p、miR−4442、miR−4476、miR−423−5p、miR−1249、miR−6515−3p、miR−887−3p、miR−4741、miR−6766−3p、miR−4673、miR−6779−5p、miR−4706、miR−1268b、miR−4632−5p、miR−3197、miR−6798−5p、miR−711、miR−6840−3p、miR−6763−5p、miR−6727−5p、miR−371a−5p、miR−6824−5p、miR−4648、miR−1227−5p、miR−564、miR−3679−3p、miR−2861、miR−6737−5p、miR−4725−3p、miR−6716−5p、miR−4675、miR−1915−3p、miR−671−5p、miR−3656、miR−6722−3p、miR−4707−5p、miR−4449、miR−1202、miR−4649−5p、miR−744−5p、miR−642a−3p、miR−451a、miR−6870−5p、miR−4443、miR−6808−5p、miR−4728−5p、miR−937−5p、miR−135a−3p、miR−663b、miR−1343−5p、miR−6822−5p、miR−6803−5p、miR−6805−3p、miR−128−2−5p、miR−4640−5p、miR−1469、miR−92a−2−5p、miR−3940−5p、miR−4281、miR−1260b、miR−4758−5p、miR−1915−5p、miR−5001−5p、miR−4286、miR−6126、miR−6789−5p、miR−4459、miR−1268a、miR−6752−5p、miR−6131、miR−6800−5p、miR−4532、miR−6872−3p、miR−718、miR−6769a−5p、miR−4707−3p、miR−6765−5p、miR−4739、miR−4525、miR−4270、miR−4534、miR−6785−5p、miR−6850−5p、miR−4697−5p、miR−1260a、miR−4486、miR−6880−5p、miR−6802−5p、miR−6861−5p、miR−92b−5p、miR−1238−5p、miR−6851−5p、miR−7704、miR−149−3p、miR−4689、miR−4688、miR−125a−3p、miR−23b−3p、miR−614、miR−1913、miR−16−5p、miR−6717−5p、miR−3648、miR−3162−5p、miR−1909−3p、miR−8073、miR−6769b−5p、miR−6836−3p、miR−4484、miR−6819−5p及びmiR−6794−5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、食道がんの検出用デバイス。
(12)miR−204−3pがhsa−miR−204−3pであり、miR−1247−3pがhsa−miR−1247−3pであり、miR−6875−5pがhsa−miR−6875−5pであり、miR−6857−5pがhsa−miR−6857−5pであり、miR−6726−5pがhsa−miR−6726−5pであり、miR−3188がhsa−miR−3188であり、miR−8069がhsa−miR−8069であり、miR−4257がhsa−miR−4257であり、miR−1343−3pがhsa−miR−1343−3pであり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−6825−5pがhsa−miR−6825−5pであり、miR−7641がhsa−miR−7641であり、miR−3185がhsa−miR−3185であり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−6893−5pがhsa−miR−6893−5pであり、miR−4433b−3pがhsa−miR−4433b−3pであり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−6781−5pがhsa−miR−6781−5pであり、miR−1908−5pがhsa−miR−1908−5pであり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−7845−5pがhsa−miR−7845−5pであり、miR−4417がhsa−miR−4417であり、miR−3184−5pがhsa−miR−3184−5pであり、miR−1225−5pがhsa−miR−1225−5pであり、miR−1231がhsa−miR−1231であり、miR−1225−3pがhsa−miR−1225−3pであり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−4433−3pがhsa−miR−4433−3pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−4513がhsa−miR−4513であり、miR−6787−5pがhsa−miR−6787−5pであり、miR−6784−5pがhsa−miR−6784−5pであり、miR−615−5pがhsa−miR−615−5pであり、miR−6765−3pがhsa−miR−6765−3pであり、miR−5572がhsa−miR−5572であり、miR−6842−5pがhsa−miR−6842−5pであり、miR−8063がhsa−miR−8063であり、miR−6780b−5pがhsa−miR−6780b−5pであり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−128−1−5pがhsa−miR−128−1−5pであり、miR−6729−5pがhsa−miR−6729−5pであり、miR−6741−5pがhsa−miR−6741−5pであり、miR−6757−5pがhsa−miR−6757−5pであり、miR−7110−5pがhsa−miR−7110−5pであり、miR−7975がhsa−miR−7975であり、miR−1233−5pがhsa−miR−1233−5pであり、miR−6845−5pがhsa−miR−6845−5pであり、miR−3937がhsa−miR−3937であり、miR−4467がhsa−miR−4467であり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−6088がhsa−miR−6088であり、miR−6782−5pがhsa−miR−6782−5pであり、miR−5195−3pがhsa−miR−5195−3pであり、miR−4454がhsa−miR−4454であり、miR−6724−5pがhsa−miR−6724−5pであり、miR−8072がhsa−miR−8072であり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−6756−5pがhsa−miR−6756−5pであり、miR−4665−3pがhsa−miR−4665−3pであり、miR−6826−5pがhsa−miR−6826−5pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−6887−5pがhsa−miR−6887−5pであり、miR−3679−5pがhsa−miR−3679−5pであり、miR−7847−3pがhsa−miR−7847−3pであり、miR−6721−5pがhsa−miR−6721−5pであり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−939−5pがhsa−miR−939−5pであり、miR−602がhsa−miR−602であり、miR−7977がhsa−miR−7977であり、miR−6749−5pがhsa−miR−6749−5pであり、miR−1914−3pがhsa−miR−1914−3pであり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−4695−5pがhsa−miR−4695−5pであり、miR−6848−5pがhsa−miR−6848−5pであり、miR−1228−3pがhsa−miR−1228−3pであり、miR−642b−3pがhsa−miR−642b−3pであり、miR−6746−5pがhsa−miR−6746−5pであり、miR−3620−5pがhsa−miR−3620−5pであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、miR−6732−5pがhsa−miR−6732−5pであり、miR−7113−3pがhsa−miR−7113−3pであり、miR−23a−3pがhsa−miR−23a−3pであり、miR−3154がhsa−miR−3154であり、miR−4723−5pがhsa−miR−4723−5pであり、miR−3663−3pがhsa−miR−3663−3pであり、miR−4734がhsa−miR−4734であり、miR−6816−5pがhsa−miR−6816−5pであり、miR−4442がhsa−miR−4442であり、miR−4476がhsa−miR−4476であり、miR−423−5pがhsa−miR−423−5pであり、miR−1249がhsa−miR−1249であり、miR−6515−3pがhsa−miR−6515−3pであり、miR−887−3pがhsa−miR−887−3pであり、miR−4741がhsa−miR−4741であり、miR−6766−3pがhsa−miR−6766−3pであり、miR−4673がhsa−miR−4673であり、miR−6779−5pがhsa−miR−6779−5pであり、miR−4706がhsa−miR−4706であり、miR−1268bがhsa−miR−1268bであり、miR−4632−5pがhsa−miR−4632−5pであり、miR−3197がhsa−miR−3197であり、miR−6798−5pがhsa−miR−6798−5pであり、miR−711がhsa−miR−711であり、miR−6840−3pがhsa−miR−6840−3pであり、miR−6763−5pがhsa−miR−6763−5pであり、miR−6727−5pがhsa−miR−6727−5pであり、miR−371a−5pがhsa−miR−371a−5pであり、miR−6824−5pがhsa−miR−6824−5pであり、miR−4648がhsa−miR−4648であり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−564がhsa−miR−564であり、miR−3679−3pがhsa−miR−3679−3pであり、miR−2861がhsa−miR−2861であり、miR−6737−5pがhsa−miR−6737−5pであり、miR−4725−3pがhsa−miR−4725−3pであり、miR−6716−5pがhsa−miR−6716−5pであり、miR−4675がhsa−miR−4675であり、miR−1915−3pがhsa−miR−1915−3pであり、miR−671−5pがhsa−miR−671−5pであり、miR−3656がhsa−miR−3656であり、miR−6722−3pがhsa−miR−6722−3pであり、miR−4707−5pがhsa−miR−4707−5pであり、miR−4449がhsa−miR−4449であり、miR−1202がhsa−miR−1202であり、miR−4649−5pがhsa−miR−4649−5pであり、miR−744−5pがhsa−miR−744−5pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pであり、miR−451aがhsa−miR−451aであり、miR−6870−5pがhsa−miR−6870−5pであり、miR−4443がhsa−miR−4443であり、miR−6808−5pがhsa−miR−6808−5pであり、miR−4728−5pがhsa−miR−4728−5pであり、miR−937−5pがhsa−miR−937−5pであり、miR−135a−3pがhsa−miR−135a−3pであり、miR−663bがhsa−miR−663bであり、miR−1343−5pがhsa−miR−1343−5pであり、miR−6822−5pがhsa−miR−6822−5pであり、miR−6803−5pがhsa−miR−6803−5pであり、miR−6805−3pがhsa−miR−6805−3pであり、miR−128−2−5pがhsa−miR−128−2−5pであり、miR−4640−5pがhsa−miR−4640−5pであり、miR−1469がhsa−miR−1469であり、miR−92a−2−5pがhsa−miR−92a−2−5pであり、miR−3940−5pがhsa−miR−3940−5pであり、miR−4281がhsa−miR−4281であり、miR−1260bがhsa−miR−1260bであり、miR−4758−5pがhsa−miR−4758−5pであり、miR−1915−5pがhsa−miR−1915−5pであり、miR−5001−5pがhsa−miR−5001−5pであり、miR−4286がhsa−miR−4286であり、miR−6126がhsa−miR−6126であり、miR−6789−5pがhsa−miR−6789−5pであり、miR−4459がhsa−miR−4459であり、miR−1268aがhsa−miR−1268aであり、miR−6752−5pがhsa−miR−6752−5pであり、miR−6131がhsa−miR−6131であり、miR−6800−5pがhsa−miR−6800−5pであり、miR−4532がhsa−miR−4532であり、miR−6872−3pがhsa−miR−6872−3pであり、miR−718がhsa−miR−718であり、miR−6769a−5pがhsa−miR−6769a−5pであり、miR−4707−3pがhsa−miR−4707−3pであり、miR−6765−5pがhsa−miR−6765−5pであり、miR−4739がhsa−miR−4739であり、miR−4525がhsa−miR−4525であり、
miR−4270がhsa−miR−4270であり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−6785−5pがhsa−miR−6785−5pであり、miR−6850−5pがhsa−miR−6850−5pであり、miR−4697−5pがhsa−miR−4697−5pであり、miR−1260aがhsa−miR−1260aであり、miR−4486がhsa−miR−4486であり、miR−6880−5pがhsa−miR−6880−5pであり、miR−6802−5pがhsa−miR−6802−5pであり、miR−6861−5pがhsa−miR−6861−5pであり、miR−92b−5pがhsa−miR−92b−5pであり、miR−1238−5pがhsa−miR−1238−5pであり、miR−6851−5pがhsa−miR−6851−5pであり、miR−7704がhsa−miR−7704であり、miR−149−3pがhsa−miR−149−3pであり、miR−4689がhsa−miR−4689であり、miR−4688がhsa−miR−4688であり、miR−125a−3pがhsa−miR−125a−3pであり、miR−23b−3pがhsa−miR−23b−3pであり、miR−614がhsa−miR−614であり、miR−1913がhsa−miR−1913であり、miR−16−5pがhsa−miR−16−5pであり、miR−6717−5pがhsa−miR−6717−5pであり、miR−3648がhsa−miR−3648であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−1909−3pがhsa−miR−1909−3pであり、miR−8073がhsa−miR−8073であり、miR−6769b−5pがhsa−miR−6769b−5pであり、miR−6836−3pがhsa−miR−6836−3pであり、miR−4484がhsa−miR−4484であり、miR−6819−5pがhsa−miR−6819−5pであり、及び、miR−6794−5pがhsa−miR−6794−5pである、(11)に記載のデバイス。
(13)前記核酸が、下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(11)又は(12)に記載のデバイス。
(14)前記デバイスが、別の食道がんマーカーである、miR−575及びmiR−24−3pからなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む、(11)〜(13)のいずれかに記載のデバイス。
(15)、miR−575がhsa−miR−575であり、miR−24−3pがhsa−miR−24−3pである、(14)に記載のデバイス。
(16)前記核酸が、下記の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号116及び676で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(14)又は(15)に記載のデバイス。
(17)前記デバイスが、別の食道がんマーカーである、miR−675−5p、miR−486−3p、miR−6777−5p、miR−4497、miR−296−3p、miR−6738−5p、miR−4731−5p、miR−6889−5p、miR−6786−5p、miR−92a−3p、miR−4294、miR−4763−3p、miR−6076、miR−663a、miR−760、miR−4667−5p、miR−6090、miR−4730、miR−7106−5p、miR−3196、miR−5698、miR−6087、miR−4665−5p、miR−8059及びmiR−6879−5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む、(11)〜(16)のいずれかに記載のデバイス。
(18)miR−675−5pがhsa−miR−675−5pであり、miR−486−3pがhsa−miR−486−3pであり、miR−6777−5pがhsa−miR−6777−5pであり、miR−4497がhsa−miR−4497であり、miR−296−3pがhsa−miR−296−3pであり、miR−6738−5pがhsa−miR−6738−5pであり、miR−4731−5pがhsa−miR−4731−5pであり、miR−6889−5pがhsa−miR−6889−5pであり、miR−6786−5pがhsa−miR−6786−5pであり、miR−92a−3pがhsa−miR−92a−3pであり、miR−4294がhsa−miR−4294であり、miR−4763−3pがhsa−miR−4763−3pであり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−663aがhsa−miR−663aであり、miR−760がhsa−miR−760であり、miR−4667−5pがhsa−miR−4667−5pであり、miR−6090がhsa−miR−6090であり、miR−4730がhsa−miR−4730であり、miR−7106−5pがhsa−miR−7106−5pであり、miR−3196がhsa−miR−3196であり、miR−5698がhsa−miR−5698であり、miR−6087がhsa−miR−6087であり、miR−4665−5pがhsa−miR−4665−5pであり、miR−8059がhsa−miR−8059であり、及び、miR−6879−5pがhsa−miR−6879−5pである、(17)に記載のデバイス。
(19)前記核酸が、下記の(k)〜(o)に示すポリヌクレオチド:
(k)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(o)前記(k)〜(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(17)又は(18)に記載のデバイス。
(20)前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスである、(11)〜(19)のいずれかに記載のデバイス。
(21)前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、(20)に記載のデバイス。
(22)前記デバイスが、(11)又は(12)に記載のすべての食道がんマーカーから選択される少なくとも2つのポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な少なくとも2つの核酸を含む、(11)〜(21)のいずれかに記載のデバイス。
(23)(1)〜(10)のいずれかに記載のキット又は(11)〜(22)のいずれかに記載のデバイスを用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定された発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを用いて被験体が食道がんに罹患していること、又は食道がんに罹患していないことをin vitroで評価することを含む、食道がんの検出方法。
(24)前記被験体が、ヒトである、(23)に記載の方法。
(25)前記検体が、血液、血清又は血漿である、(23)又は(24)に記載の方法。
<用語の定義>
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
1.食道がんの標的核酸
本発明の上記定義の食道がん検出用の核酸プローブ又はプライマーを使用して、食道がん又は食道がん細胞の存在及び/又は不存在を検出するための、食道がんマーカーとしての主要な標的核酸には、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−1247−3p、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−6857−5p、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−3188、hsa−miR−8069、hsa−miR−4257、hsa−miR−1343−3p、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−6825−5p、hsa−miR−7641、hsa−miR−3185、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−4433b−3p、hsa−miR−3135b、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−4792、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−4417、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−1225−5p、hsa−miR−1231、hsa−miR−1225−3p、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−4433−3p、hsa−miR−6125、hsa−miR−4513、hsa−miR−6787−5p、hsa−miR−6784−5p、hsa−miR−615−5p、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−5572、hsa−miR−6842−5p、hsa−miR−8063、hsa−miR−6780b−5p、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−7110−5p、hsa−miR−7975、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−6845−5p、hsa−miR−3937、hsa−miR−4467、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−6088、hsa−miR−6782−5p、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−4454、hsa−miR−6724−5p、hsa−miR−8072、hsa−miR−4516、hsa−miR−6756−5p、hsa−miR−4665−3p、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−6887−5p、hsa−miR−3679−5p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−6721−5p、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−939−5p、hsa−miR−602、hsa−miR−7977、hsa−miR−6749−5p、hsa−miR−1914−3p、hsa−miR−4651、hsa−miR−4695−5p、hsa−miR−6848−5p、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−642b−3p、hsa−miR−6746−5p、hsa−miR−3620−5p、hsa−miR−3131、hsa−miR−6732−5p、hsa−miR−7113−3p、hsa−miR−23a−3p、hsa−miR−3154、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−3663−3p、hsa−miR−4734、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−4442、hsa−miR−4476、hsa−miR−423−5p、hsa−miR−1249、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−887−3p、hsa−miR−4741、hsa−miR−6766−3p、hsa−miR−4673、hsa−miR−6779−5p、hsa−miR−4706、hsa−miR−1268b、hsa−miR−4632−5p、hsa−miR−3197、hsa−miR−6798−5p、hsa−miR−711、hsa−miR−6840−3p、hsa−miR−6763−5p、hsa−miR−6727−5p、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−6824−5p、hsa−miR−4648、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−564、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−2861、hsa−miR−6737−5p、hsa−miR−4725−3p、hsa−miR−6716−5p、hsa−miR−4675、hsa−miR−1915−3p、hsa−miR−671−5p、hsa−miR−3656、hsa−miR−6722−3p、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−4449、hsa−miR−1202、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−642a−3p、hsa−miR−451a、hsa−miR−6870−5p、hsa−miR−4443、hsa−miR−6808−5p、hsa−miR−4728−5p、hsa−miR−937−5p、hsa−miR−135a−3p、hsa−miR−663b、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−6822−5p、hsa−miR−6803−5p、hsa−miR−6805−3p、hsa−miR−128−2−5p、hsa−miR−4640−5p、hsa−miR−1469、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−4281、hsa−miR−1260b、hsa−miR−4758−5p、hsa−miR−1915−5p、hsa−miR−5001−5p、hsa−miR−4286、hsa−miR−6126、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−4459、hsa−miR−1268a、hsa−miR−6752−5p、hsa−miR−6131、hsa−miR−6800−5p、hsa−miR−4532、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−718、hsa−miR−6769a−5p、hsa−miR−4707−3p、hsa−miR−6765−5p、hsa−miR−4739、hsa−miR−4525、hsa−miR−4270、hsa−miR−4534、hsa−miR−6785−5p、hsa−miR−6850−5p、hsa−miR−4697−5p、hsa−miR−1260a、hsa−miR−4486、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−6802−5p、hsa−miR−6861−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6851−5p、hsa−miR−7704、hsa−miR−149−3p、hsa−miR−4689、hsa−miR−4688、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−23b−3p、hsa−miR−614、hsa−miR−1913、hsa−miR−16−5p、hsa−miR−6717−5p、hsa−miR−3648、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−1909−3p、hsa−miR−8073、hsa−miR−6769b−5p、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−4484、hsa−miR−6819−5p、及びhsa−miR−6794−5pからなる群から選択される少なくとも1つのmiRNAを用いることができる。さらにこれらのmiRNAと組み合わせることができる他の食道がんマーカー、すなわち、hsa−miR−575及びhsa−miR−24−3pからなるmiRNAも標的核酸として好ましく用いることができる。さらにこれらのmiRNAと組み合わせることができる他の食道がんマーカー、すなわち、hsa−miR−675−5p、hsa−miR−486−3p、hsa−miR−6777−5p、hsa−miR−4497、hsa−miR−296−3p、hsa−miR−6738−5p、hsa−miR−4731−5p、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−6786−5p、hsa−miR−92a−3p、hsa−miR−4294、hsa−miR−4763−3p、hsa−miR−6076、hsa−miR−663a、hsa−miR−760、hsa−miR−4667−5p、hsa−miR−6090、hsa−miR−4730、hsa−miR−7106−5p、hsa−miR−3196、hsa−miR−5698、hsa−miR−6087、hsa−miR−4665−5p、hsa−miR−8059及びhsa−miR−6879−5pからなる群から選択される少なくとも1つのmiRNAも標的核酸として好ましく用いることができる。
2.食道がんの検出用の核酸プローブ又はプライマー
本発明においては、上記の食道がんマーカーとしての標的核酸に特異的に結合可能な核酸を、食道がんを検出又は診断するための核酸、例えば核酸プローブ又はプライマーとして用いることができる。
(a)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
(f)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号116及び676で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
(k)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(o)前記(k)〜(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
3.食道がん検出用キット又はデバイス
本発明はまた、食道がんマーカーである標的核酸を測定するための、本発明において核酸プローブ又はプライマーとして使用可能なポリヌクレオチド(これには、変異体、断片、又は誘導体を含みうる。;以下、検出用ポリヌクレオチドと称することがある)の1つ又は複数を含む食道がん検出用キット又はデバイスを提供する。
場合により測定に使用しうる追加の標的核酸は、以下のB群から選択される。
(B群)hsa−miR−575及びhsa−miR−24−3p
場合によりさらに測定に使用しうる追加の標的核酸は、以下のC群から選択される。
(C群)hsa−miR−675−5p、hsa−miR−486−3p、hsa−miR−6777−5p、hsa−miR−4497、hsa−miR−296−3p、hsa−miR−6738−5p、hsa−miR−4731−5p、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−6786−5p、hsa−miR−92a−3p、hsa−miR−4294、hsa−miR−4763−3p、hsa−miR−6076、hsa−miR−663a、hsa−miR−760、hsa−miR−4667−5p、hsa−miR−6090、hsa−miR−4730、hsa−miR−7106−5p、hsa−miR−3196、hsa−miR−5698、hsa−miR−6087、hsa−miR−4665−5p、hsa−miR−8059及びhsa−miR−6879−5p
本発明のキット又はデバイスは、上記の食道がんマーカーである標的核酸と特異的に結合可能な核酸、好ましくは、上記2に記載したポリヌクレオチド類から選択される1又は複数のポリヌクレオチド又はその変異体等を含む。
(1)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(2)配列番号116及び676で表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(3)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(1)配列番号1、85、138、166、666、及び668(マーカー:hsa−miR−4739、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−3162−5p、及びhsa−miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、85、98、138、166、及び666(マーカー:hsa−miR−4739、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−6779−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4723−5p、及びhsa−miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、85、138、155、166、及び666(マーカー:hsa−miR−4739、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−4459、及びhsa−miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、5、85、138、166、及び666(マーカー:hsa−miR−4739、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−6726−5p、及びhsa−miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号1、35、85、138、166、及び666(マーカー:hsa−miR−4739、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−6765−3p、及びhsa−miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号22で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、22、85、138、166、及び666(マーカー:hsa−miR−4739、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4723−5p、及びhsa−miR−6717−5p)の組み合わせ
(2)配列番号22、32、121、133、166、及び666(マーカー:hsa−miR−4739、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−671−5p、hsa−miR−6787−5p、hsa−miR−6808−5p、及びhsa−miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、22、126、138、166、及び666(マーカー:hsa−miR−4739、hsa−miR−1202、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−204−3p、及びhsa−miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、22、121、155、166、及び666(マーカー:hsa−miR−4739、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−671−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4459、及びhsa−miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号22、32、109、121、666、及び667(マーカー:hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−671−5p、hsa−miR−3648、hsa−miR−6787−5p、hsa−miR−6824−5p、及びhsa−miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号85で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号85、138、166、185、666、及び669マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−125a−3p、miR−4723−5p、miR−1909−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号85、138、166、185、666、及び676(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−125a−3p、miR−4723−5p、miR−6717−5p、及びmiR−24−3p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号85、138、166、177、185、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−125a−3p、miR−4723−5p、miR−6861−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号85、138、166、185、666、及び667(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−3648、miR−125a−3p、miR−4723−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号33、85、138、166、185、及び666(マーカー:miR−6784−5p、miR−4739、miR−1343−5p、miR−125a−3p、miR−4723−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号109で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号109、121、126、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−6824−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、85、109、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−204−3p、miR−4723−5p、miR−6824−5p、miR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、109、121、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、miR−6824−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号109、126、138、166、666、及び676(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−6824−5p、miR−6717−5p、及びmiR−24−3p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号109、126、138、166、202、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−6824−5p、miR−6076、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
更に、非限定的に、配列番号121で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、121、138、166、666、及び668(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、miR−3162−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、33、121、138、166、及び666(マーカー:miR−6784−5p、miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、85、121、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、miR−4723−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、121、138、166、179、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、miR−1238−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号1、121、138、166、177、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、miR−6861−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号126で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号32、109、126、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−6787−5p、miR−6824−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、85、126、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−204−3p、miR−4723−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、109、126、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−204−3p、miR−6824−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号22、109、126、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−7845−5p、miR−6824−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号109、126、138、157、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−6752−5p、miR−1343−5p、miR−6824−5p、及びmiR−6717−5p)の組み合わせ
更に、非限定的に、配列番号133で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号126、133、138、166、666、及び672(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−6808−5p、miR−6836−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号126、133、138、166、666、(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−6808−5p、及びmiR−6717−5p、)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号109、126、133、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド−5p、miR−6824−5p、miR−6808−5p、及びmiR−6717−5p)の組み合わせ
(4)配列番号126、133、138、166、666、及び673(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−4484、miR−6808−5p、及びmiR−6717−5p)の組み合わせ
(5)配列番号126、133、138、166、666、及び675(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−6794−5p、miR−6808−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号138で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、85、138、166、666、及び669(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−204−3p、miR−4723−5p、miR−1909−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号8、85、138、166、185、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−125a−3p、miR−4723−5p、miR−4257、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、35、121、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、miR−6765−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、121、126、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1202、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号1、121、138、166、666、及び672(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、miR−6836−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号166で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、85、138、166、666、及び672(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−204−3p、miR−4723−5p、miR−6836−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号56、85、138、166、185、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−125a−3p、miR−6724−5p、miR−4723−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、32、121、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、miR−6787−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、22、121、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−7845−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号5、85、138、166、185、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−125a−3p、miR−4723−5p、miR−6726−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号666で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、121、138、157、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−6752−5p、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、85、133、138、166、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−204−3p、miR−4723−5p、miR−6808−5p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、121、138、166、185、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−204−3p、miR−125a−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、121、138、166、666、及び667(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−671−5p、miR−3648、miR−204−3p、及びmiR−6717−5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号85、138、166、185、及び666(マーカー:miR−4739、miR−1343−5p、miR−125a−3p、miR−4723−5p、及びmiR−6717−5p、)の組み合わせ
本発明のキット又はデバイスには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチド(これには、変異体、断片又は誘導体を包含しうる。)に加えて、食道がん検出を可能とする既知のポリヌクレオチド又は将来見出されるであろうポリヌクレオチドも含めることができる。
4.食道がんの検出方法
本発明はさらに、上記「3.食道がん検出用キット又はデバイス」で説明した本発明のキット又はデバイス(本発明で使用可能な上記の核酸を含む。)を用いて、検体中の、以下の群1から選択される、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−1247−3p、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−6857−5p、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−3188、hsa−miR−8069、hsa−miR−4257、hsa−miR−1343−3p、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−6825−5p、hsa−miR−7641、hsa−miR−3185、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−4433b−3p、hsa−miR−3135b、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−4792、hsa−miR−7845−5p、hsa−miR−4417、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−1225−5p、hsa−miR−1231、hsa−miR−1225−3p、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−4433−3p、hsa−miR−6125、hsa−miR−4513、hsa−miR−6787−5p、hsa−miR−6784−5p、hsa−miR−615−5p、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−5572、hsa−miR−6842−5p、hsa−miR−8063、hsa−miR−6780b−5p、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−7110−5p、hsa−miR−7975、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−6845−5p、hsa−miR−3937、hsa−miR−4467、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−6088、hsa−miR−6782−5p、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−4454、hsa−miR−6724−5p、hsa−miR−8072、hsa−miR−4516、hsa−miR−6756−5p、hsa−miR−4665−3p、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−6887−5p、hsa−miR−3679−5p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−6721−5p、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−939−5p、hsa−miR−602、hsa−miR−7977、hsa−miR−6749−5p、hsa−miR−1914−3p、hsa−miR−4651、hsa−miR−4695−5p、hsa−miR−6848−5p、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−642b−3p、hsa−miR−6746−5p、hsa−miR−3620−5p、hsa−miR−3131、hsa−miR−6732−5p、hsa−miR−7113−3p、hsa−miR−23a−3p、hsa−miR−3154、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−3663−3p、hsa−miR−4734、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−4442、hsa−miR−4476、hsa−miR−423−5p、hsa−miR−1249、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−887−3p、hsa−miR−4741、hsa−miR−6766−3p、hsa−miR−4673、hsa−miR−6779−5p、hsa−miR−4706、hsa−miR−1268b、hsa−miR−4632−5p、hsa−miR−3197、hsa−miR−6798−5p、hsa−miR−711、hsa−miR−6840−3p、hsa−miR−6763−5p、hsa−miR−6727−5p、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−6824−5p、hsa−miR−4648、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−564、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−2861、hsa−miR−6737−5p、hsa−miR−4725−3p、hsa−miR−6716−5p、hsa−miR−4675、hsa−miR−1915−3p、hsa−miR−671−5p、hsa−miR−3656、hsa−miR−6722−3p、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−4449、hsa−miR−1202、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−642a−3p、hsa−miR−451a、hsa−miR−6870−5p、hsa−miR−4443、hsa−miR−6808−5p、hsa−miR−4728−5p、hsa−miR−937−5p、hsa−miR−135a−3p、hsa−miR−663b、hsa−miR−1343−5p、hsa−miR−6822−5p、hsa−miR−6803−5p、hsa−miR−6805−3p、hsa−miR−128−2−5p、hsa−miR−4640−5p、hsa−miR−1469、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−4281、hsa−miR−1260b、hsa−miR−4758−5p、hsa−miR−1915−5p、hsa−miR−5001−5p、hsa−miR−4286、hsa−miR−6126、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−4459、hsa−miR−1268a、hsa−miR−6752−5p、hsa−miR−6131、hsa−miR−6800−5p、hsa−miR−4532、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−718、hsa−miR−6769a−5p、hsa−miR−4707−3p、hsa−miR−6765−5p、hsa−miR−4739、hsa−miR−4525、hsa−miR−4270、hsa−miR−4534、hsa−miR−6785−5p、hsa−miR−6850−5p、hsa−miR−4697−5p、hsa−miR−1260a、hsa−miR−4486、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−6802−5p、hsa−miR−6861−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6851−5p、hsa−miR−7704、hsa−miR−149−3p、hsa−miR−4689、hsa−miR−4688、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−23b−3p、hsa−miR−614、hsa−miR−1913、hsa−miR−16−5p、hsa−miR−6717−5p、hsa−miR−3648、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−1909−3p、hsa−miR−8073、hsa−miR−6769b−5p、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−4484、hsa−miR−6819−5p及びhsa−miR−6794−5pから選択される食道がん由来の遺伝子の発現量、並びに場合により、以下の群2から選択される、hsa−miR−575及びhsa−miR−24−3pから選択される食道がん由来の遺伝子の発現量、並びに場合により、以下の群3から選択される、hsa−miR−675−5p、hsa−miR−486−3p、hsa−miR−6777−5p、hsa−miR−4497、hsa−miR−296−3p、hsa−miR−6738−5p、hsa−miR−4731−5p、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−6786−5p、hsa−miR−92a−3p、hsa−miR−4294、hsa−miR−4763−3p、hsa−miR−6076、hsa−miR−663a、hsa−miR−760、hsa−miR−4667−5p、hsa−miR−6090、hsa−miR−4730、hsa−miR−7106−5p、hsa−miR−3196、hsa−miR−5698、hsa−miR−6087、hsa−miR−4665−5p、hsa−miR−8059及びhsa−miR−6879−5pから選択される食道がん由来の遺伝子の発現量、の1つ以上で表される食道がん由来の遺伝子の発現量、をin vitroで測定し、さらに、食道がんの罹患が疑われる被験体と、健常体(非食道がん患者を含む)とから採取した血液、血清、血漿等の検体について、検体中の上記遺伝子の発現量と、健常体の対照発現量とを用いて、例えば、両発現量を比較して、当該検体中の標的核酸の発現量に差がある場合、被験体が、食道がんに罹患していると評価することを含む、食道がんの検出方法を提供する。
(a)被験体由来の検体を、in vitroで、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと接触させるステップ、
(b)検体中の標的核酸の発現量を、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブ又はプライマーとして用いて測定するステップ、
(c)(b)の結果をもとに、当該被験体中の食道がん(細胞)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
miR−4486がhsa−miR−4486であり、miR−6880−5pがhsa−miR−6880−5pであり、miR−6802−5pがhsa−miR−6802−5pであり、miR−6861−5pがhsa−miR−6861−5pであり、miR−92b−5pがhsa−miR−92b−5pであり、miR−1238−5pがhsa−miR−1238−5pであり、miR−6851−5pがhsa−miR−6851−5pであり、miR−7704がhsa−miR−7704であり、miR−149−3pがhsa−miR−149−3pであり、miR−4689がhsa−miR−4689であり、miR−4688がhsa−miR−4688、miR−125a−3pがhsa−miR−125a−3pであり、miR−23b−3pがhsa−miR−23b−3pであり、miR−614がhsa−miR−614であり、miR−1913がhsa−miR−1913であり、miR−16−5pがhsa−miR−16−5pであり、miR−6717−5pがhsa−miR−6717−5pであり、miR−3648がhsa−miR−3648であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−1909−3pがhsa−miR−1909−3pであり、miR−8073がhsa−miR−8073であり、miR−6769b−5pがhsa−miR−6769b−5pであり、miR−6836−3pがhsa−miR−6836−3pであり、miR−4484がhsa−miR−4484であり、miR−6819−5pがhsa−miR−6819−5pであり、及び、miR−6794−5pがhsa−miR−6794−5pである。
(a)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
本発明の方法ではさらに、miR−575及びmiR−24−3pからなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を用いることができる。
(f)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号116及び676で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
(k)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(o)前記(k)〜(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである。
(a)被験体の検体から調製されたRNA又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチド(cDNA)を、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと結合させるステップ、
(b)当該ポリヌクレオチドに結合した検体由来のRNA又は当該RNAから合成されたcDNAを、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブとして用いるハイブリダイゼーションによって、あるいは、上記ポリヌクレオチドをプライマーとして用いる定量RT−PCRによって測定するステップ、
(c)上記(b)の測定結果に基づいて、食道がん(由来の遺伝子の発現)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
(a)食道がん患者由来の食道がん由来遺伝子を含む組織及び/又は健常体由来の食道がん由来遺伝子を含まない組織であることが既に知られている検体中の標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えば、DNAチップ)を用いて測定するステップ、
(b)(a)で測定された発現量の測定値から、上記の式1〜3、5及び6の判別式を作成するステップ、
(c)被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を、本発明による診断(検出)用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えば、DNAチップ)を用いて測定し、(b)で作成した判別式にそれらを代入して、得られた結果に基づいて検体が食道がん由来の標的遺伝子の発現を含むこと及び/又は含まないことを決定又は評価する、あるいはその発現量を健常体由来の対照と比較し評価する、ステップ、
を含むことができる。ここで、式1〜3、5及び6の式中のxは説明変数であり、上記2節に記載したポリヌクレオチド類から選択されるポリヌクレオチド又はその断片を測定することによって得られる値を含み、具体的には本発明の食道がん患者と健常体を判別するための説明変数は、例えば、下記の(1)〜(3)より選択される遺伝子発現量である。
(1)配列番号1〜115、117〜189、及び、666〜675のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される食道がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
(2)配列番号116及び676で表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される食道がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
(3)配列番号190〜214のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される食道がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
[参考例1]
<食道がん患者と健常体検体の採取>
インフォームドコンセントを得た、健常体100人と食道がん以外の原発がんが認められていない食道がん患者34人(ステージIBが3例、ステージIIAが1例、ステージIIBが5例、ステージIIIAが4例、ステージIIIBが7例、ステージIIICが2例、また治療後に病理検査を実施しステージ分類した検体(yp)として、ypステージIAが1例、ypステージIIAが3例、ypステージIIBが2例、ypステージIIIAが5例、ypステージIIICが1例)からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、学習検体群とした。同様に、インフォームドコンセントを得た健常体50人と食道がん以外の原発がんが認められていない食道がん患者16人(ステージIIAが3例、ステージIIIAが2例、ステージIIICが2例、また治療後に病理検査を実施しステージ分類した検体(yp)として、ypステージ0が1例、ypステージIAが1例、ypステージIIAが2例、ypステージIIIAが2例、ypステージIIIBが1例、ypステージIIICが1例、ypステージIVが1例)からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、テスト検体群とした。
<totalRNAの抽出>
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と食道がん患者50人の合計200人からそれぞれ得られた血清300μLから、3D−Gene(登録商標)RNA extraction reagent from liquid sample kit(東レ株式会社)中のRNA抽出用試薬を用いて、同社の定めるプロトコールに従ってtotal RNAを得た。
<遺伝子発現量の測定>
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と食道がん患者50人の合計200人の血清から得たtotal RNAに対して、3D−Gene(登録商標) miRNA Labeling kit(東レ株式会社)を用いて同社が定めるプロトコール(ver2.20)に基づいてmiRNAを蛍光標識した。オリゴDNAチップとして、miRBase release 20に登録されているmiRNAの中で、2,555種のmiRNAと相補的な配列を有するプローブを搭載した3D−Gene(登録商標) Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用い、同社が定めるプロトコールに基づいてストリンジェントな条件で、total RNA中のmiRNAとDNAチップ上のプローブとのハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーション後の洗浄を行った。DNAチップを3D−Gene(登録商標)スキャナー(東レ株式会社)を用いてスキャンし、画像を取得して3D−Gene(登録商標)Extraction(東レ株式会社)にて蛍光強度を数値化した。数値化された蛍光強度を、底が2の対数値に変換して遺伝子発現量とし、ブランク値の減算を行い、欠損値は各DNAチップにおける遺伝子発現量の最小値の対数値から0.1を減算した値で置換した。その結果、食道がん患者50人の血清及び健常体150人の血清に対する、網羅的なmiRNAの遺伝子発現量を得た。数値化されたmiRNAの遺伝子発現量を用いた計算及び統計解析は、R言語3.0.2(R Development Core Team(2013).R:A language and environment for statistical computing.R Foundation for Statistical Computing,URL http://www.R−project.org/.)及びMASSパッケージ7.3−30(Venables,W.N.&Ripley,B.D.(2002)Modern Applied Statistics with S.Fourth Edition.Springer,New York.ISBN 0−387−95457−0)を用いて実施した。
[参考例2]
<食道がん以外のがんの検体の採取>
他の臓器にがんが認められていない、インフォームドコンセントを得た、膵臓がん患者69人、胆道がん患者66人、大腸がん患者30人、胃がん患者33人、肝がん患者32人、及び、膵胆道良性疾患患者15人からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の食道がん患者34人と健常体103人と合わせて学習検体群とした。
[実施例1]
<学習検体群の検体を用いた遺伝子マーカーの選定とテスト検体群の検体を用いた単独の遺伝子マーカーの食道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、学習検体群から食道がんを健常体と判別するための遺伝子マーカーを選定し、学習検体群とは独立したテスト検体群の検体において選定した遺伝子マーカーについてそれぞれ単独での食道がん判別性能を評価する方法を検討した。
[実施例2]
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組合せによる食道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、実施例1で選定された遺伝子マーカーを組合せて食道がん判別性能を評価する方法を検討した。具体的には、実施例1において選択された配列番号1〜189で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドのいずれのうち、新規に見出された配列番号1〜115、117〜189で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値をのうちいずれか2種の組み合わせ17,766通りについてフィッシャーの判別分析を行い、食道がんの存在の有無を判別する判別式を構築した。次に、上記で作成した判別式を用いてテスト検体群における精度、感度、特異度を算出し、選定されたポリヌクレオチドの判別性能を独立した検体で検証した。
<全検体を用いた場合の遺伝子マーカーの選定と獲られた遺伝子マーカーの食道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、上記実施例1及び実施例2で用いた学習検体群及びテスト検体群の検体を統合し全検体を用いて、遺伝子マーカーの選定、及びその食道がん判別性能評価を行った。
<テスト検体群の検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組み合わせによる食道がん特異的な判別性能の評価方法>
本実施例では、実施例1で選定された遺伝子マーカーを使用して、及び、参考例2に記載した学習検体群を対象として、実施例1に記載の方法と同様の方法で、食道がん患者と、健康体、膵臓がん患者、胆道がん患者、大腸がん患者、胃がん患者、肝がん患者及び膵胆道良性疾患患者からなる対照群との血清中のmiRNAの遺伝子発現量の比較を行い、診断用遺伝子を選択した。その結果新たに選択された配列番号666〜676で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを配列番号1〜214で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドとさらに組合せて膵臓がん特異的な判別性能を評価する方法を検討した。
<既存血中腫瘍マーカーの食道がん判別性能>
上記の参考例で得た学習検体群とテスト検体群について、既存の食道がん腫瘍マーカーCEA及びSCCの血中濃度を測定した。これらの腫瘍マーカーは、原則、非特許文献3に記載される基準値(CEAは5ng/mL、SCCは1.5ng/mL)よりも血中濃度が高いとがんの疑いがあるとされる。したがって、各検体毎にCEAの血中濃度が基準値を超えているか否かを確認し、その結果が食道がん患者をがんと判定しているか見定め、学習検体群及びテスト検体群における各既存マーカーの感度を算出した。この結果を表5に示した。CEAの感度は学習検体群において12.1%、テスト検体群においては18.8%しかなく、一方、SCCの感度は学習検体群において36.4%、テスト検体群においては37.5%に留まり、いずれのマーカーも食道がんの検出には有用でないことが分かった(表5−1、表5−2)。
Claims (9)
- 食道がんマーカーであるmiR−4257又はその前駆体のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅するプライマーを含む、食道がんの検出用キットであって、
前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択される、前記キット:
(a)配列番号8で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号8で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(c)配列番号8で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号8で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド又は該相補的な塩基配列において17以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチド又はその断片と高ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。 - 前記キットが、別の食道がんマーカーである、miR−1247−3p、miR−6875−5p、miR−6857−5p、miR−6726−5p、miR−3188、miR−8069、miR−1343−3p、miR−7108−5p、miR−6825−5p、miR−7641、miR−3185、miR−4746−3p、miR−6791−5p、miR−6893−5p、miR−4433b−3p、miR−3135b、miR−6781−5p、miR−1908−5p、miR−4792、miR−7845−5p、miR−4417、miR−3184−5p、miR−1225−5p、miR−1231、miR−1225−3p、miR−150−3p、miR−4433−3p、miR−6125、miR−4513、miR−6787−5p、miR−6784−5p、miR−615−5p、miR−6765−3p、miR−5572、miR−6842−5p、miR−8063、miR−6780b−5p、miR−187−5p、miR−128−1−5p、miR−6729−5p、miR−6741−5p、miR−6757−5p、miR−7110−5p、miR−7975、miR−1233−5p、miR−6845−5p、miR−3937、miR−4467、miR−7109−5p、miR−6088、miR−6782−5p、miR−5195−3p、miR−4454、miR−6724−5p、miR−8072、miR−4516、miR−6756−5p、miR−4665−3p、miR−6826−5p、miR−6820−5p、miR−6887−5p、miR−3679−5p、miR−7847−3p、miR−6721−5p、miR−3622a−5p、miR−939−5p、miR−602、miR−7977、miR−6749−5p、miR−1914−3p、miR−4651、miR−4695−5p、miR−6848−5p、miR−1228−3p、miR−642b−3p、miR−6746−5p、miR−3620−5p、miR−3131、miR−6732−5p、miR−7113−3p、miR−23a−3p、miR−3154、miR−4723−5p、miR−3663−3p、miR−4734、miR−6816−5p、miR−4442、miR−4476、miR−423−5p、miR−1249、miR−6515−3p、miR−887−3p、miR−4741、miR−6766−3p、miR−4673、miR−6779−5p、miR−4706、miR−1268b、miR−4632−5p、miR−3197、miR−6798−5p、miR−711、miR−6840−3p、miR−6763−5p、miR−6727−5p、miR−371a−5p、miR−6824−5p、miR−4648、miR−1227−5p、miR−564、miR−3679−3p、miR−2861、miR−6737−5p、miR−4725−3p、miR−6716−5p、miR−4675、miR−1915−3p、miR−671−5p、miR−3656、miR−6722−3p、miR−4707−5p、miR−4449、miR−1202、miR−4649−5p、miR−744−5p、miR−642a−3p、miR−451a、miR−6870−5p、miR−4443、miR−6808−5p、miR−4728−5p、miR−937−5p、miR−135a−3p、miR−663b、miR−1343−5p、miR−6822−5p、miR−6803−5p、miR−6805−3p、miR−128−2−5p、miR−4640−5p、miR−1469、miR−92a−2−5p、miR−3940−5p、miR−4281、miR−1260b、miR−4758−5p、miR−1915−5p、miR−5001−5p、miR−4286、miR−6126、miR−6789−5p、miR−4459、miR−1268a、miR−6752−5p、miR−6131、miR−6800−5p、miR−4532、miR−6872−3p、miR−718、miR−6769a−5p、miR−4707−3p、miR−6765−5p、miR−4739、miR−4525、miR−4270、miR−4534、miR−6785−5p、miR−6850−5p、miR−4697−5p、miR−1260a、miR−4486、miR−6880−5p、miR−6802−5p、miR−6861−5p、miR−92b−5p、miR−1238−5p、miR−6851−5p、miR−7704、miR−149−3p、miR−4689、miR−4688、miR−125a−3p、miR−23b−3p、miR−614、miR−1913、miR−16−5p、miR−6717−5p、miR−3648、miR−3162−5p、miR−1909−3p、miR−8073、miR−6769b−5p、miR−6836−3p、miR−4484、miR−6819−5p及びmiR−6794−5p、miR−575、miR−24−3p、miR−675−5p、miR−486−3p、miR−6777−5p、miR−4497、miR−296−3p、miR−6738−5p、miR−4731−5p、miR−6889−5p、miR−6786−5p、miR−92a−3p、miR−4294、miR−4763−3p、miR−6076、miR−663a、miR−760、miR−4667−5p、miR−6090、miR−4730、miR−7106−5p、miR−3196、miR−5698、miR−6087、miR−4665−5p、miR−8059及びmiR−6879−5p、並びにそれらの前駆体からなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項1に記載のキットであって、
前記核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーが、下記の(f)〜(j)のいずれかに示すポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択される、前記キット:
(f)配列番号2〜7、9〜214及び666〜676のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号2〜7、9〜214、及び666〜676のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(h)配列番号2〜7、9〜214、及び666〜676のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号2〜7、9〜214、及び666〜676のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド又は17以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチド又はその断片と高ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。 - 食道がんマーカーである、miR−4257のポリヌクレオチド又はその前駆体と特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーを含む、食道がんの検出用デバイスであって、
前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(a)〜(e)のいずれかに示すポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択される、前記検出用デバイス:
(a)配列番号8で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号8で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(c)配列番号8で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号8で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド又は該相補的な塩基配列において17以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチド又はその断片と高ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。 - 前記デバイスが、別の食道がんマーカーである、miR−1247−3p、miR−6875−5p、miR−6857−5p、miR−6726−5p、miR−3188、miR−8069、miR−1343−3p、miR−7108−5p、miR−6825−5p、miR−7641、miR−3185、miR−4746−3p、miR−6791−5p、miR−6893−5p、miR−4433b−3p、miR−3135b、miR−6781−5p、miR−1908−5p、miR−4792、miR−7845−5p、miR−4417、miR−3184−5p、miR−1225−5p、miR−1231、miR−1225−3p、miR−150−3p、miR−4433−3p、miR−6125、miR−4513、miR−6787−5p、miR−6784−5p、miR−615−5p、miR−6765−3p、miR−5572、miR−6842−5p、miR−8063、miR−6780b−5p、miR−187−5p、miR−128−1−5p、miR−6729−5p、miR−6741−5p、miR−6757−5p、miR−7110−5p、miR−7975、miR−1233−5p、miR−6845−5p、miR−3937、miR−4467、miR−7109−5p、miR−6088、miR−6782−5p、miR−5195−3p、miR−4454、miR−6724−5p、miR−8072、miR−4516、miR−6756−5p、miR−4665−3p、miR−6826−5p、miR−6820−5p、miR−6887−5p、miR−3679−5p、miR−7847−3p、miR−6721−5p、miR−3622a−5p、miR−939−5p、miR−602、miR−7977、miR−6749−5p、miR−1914−3p、miR−4651、miR−4695−5p、miR−6848−5p、miR−1228−3p、miR−642b−3p、miR−6746−5p、miR−3620−5p、miR−3131、miR−6732−5p、miR−7113−3p、miR−23a−3p、miR−3154、miR−4723−5p、miR−3663−3p、miR−4734、miR−6816−5p、miR−4442、miR−4476、miR−423−5p、miR−1249、miR−6515−3p、miR−887−3p、miR−4741、miR−6766−3p、miR−4673、miR−6779−5p、miR−4706、miR−1268b、miR−4632−5p、miR−3197、miR−6798−5p、miR−711、miR−6840−3p、miR−6763−5p、miR−6727−5p、miR−371a−5p、miR−6824−5p、miR−4648、miR−1227−5p、miR−564、miR−3679−3p、miR−2861、miR−6737−5p、miR−4725−3p、miR−6716−5p、miR−4675、miR−1915−3p、miR−671−5p、miR−3656、miR−6722−3p、miR−4707−5p、miR−4449、miR−1202、miR−4649−5p、miR−744−5p、miR−642a−3p、miR−451a、miR−6870−5p、miR−4443、miR−6808−5p、miR−4728−5p、miR−937−5p、miR−135a−3p、miR−663b、miR−1343−5p、miR−6822−5p、miR−6803−5p、miR−6805−3p、miR−128−2−5p、miR−4640−5p、miR−1469、miR−92a−2−5p、miR−3940−5p、miR−4281、miR−1260b、miR−4758−5p、miR−1915−5p、miR−5001−5p、miR−4286、miR−6126、miR−6789−5p、miR−4459、miR−1268a、miR−6752−5p、miR−6131、miR−6800−5p、miR−4532、miR−6872−3p、miR−718、miR−6769a−5p、miR−4707−3p、miR−6765−5p、miR−4739、miR−4525、miR−4270、miR−4534、miR−6785−5p、miR−6850−5p、miR−4697−5p、miR−1260a、miR−4486、miR−6880−5p、miR−6802−5p、miR−6861−5p、miR−92b−5p、miR−1238−5p、miR−6851−5p、miR−7704、miR−149−3p、miR−4689、miR−4688、miR−125a−3p、miR−23b−3p、miR−614、miR−1913、miR−16−5p、miR−6717−5p、miR−3648、miR−3162−5p、miR−1909−3p、miR−8073、miR−6769b−5p、miR−6836−3p、miR−4484、miR−6819−5p、miR−6794−5p、miR−575、miR−24−3p、miR−675−5p、miR−486−3p、miR−6777−5p、miR−4497、miR−296−3p、miR−6738−5p、miR−4731−5p、miR−6889−5p、miR−6786−5p、miR−92a−3p、miR−4294、miR−4763−3p、miR−6076、miR−663a、miR−760、miR−4667−5p、miR−6090、miR−4730、miR−7106−5p、miR−3196、miR−5698、miR−6087、miR−4665−5p、miR−8059及びmiR−6879−5p、並びにそれらの前駆体からなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項3に記載のデバイスであって、
前記核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーが、下記の(f)〜(j)のいずれかに示すポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択される、前記デバイス:
(f)配列番号2〜7、9〜214、及び666〜676のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号2〜7、9〜214、及び666〜676のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(h)配列番号2〜7、9〜214、及び666〜676のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は17以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号2〜7、9〜214、及び666〜676のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド又は17以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチド又はその断片と高ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。 - 前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスである、請求項3又は4に記載のデバイス。
- 前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、請求項5に記載のデバイス。
- 請求項1又は2に記載のキット又は請求項3〜6のいずれか1項に記載のデバイスを用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定された被験体の発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを比較して、被験体の発現量が健常体の発現量よりも低いときに、その被験体が食道がんに罹患していることをin vitroで評価する、食道がんの検出を補助する方法。
- 前記被験体が、ヒトである、請求項7に記載の方法。
- 前記検体が、血液、血清又は血漿である、請求項7又は8に記載の方法。
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