JP2020537499A5

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Publication number: JP2020537499A5
Application number: JP2020514986A
Authority: JP
Filing date: 2018-09-14
Publication date: 2021-10-21
Anticipated expiration: 2038-09-14

Claims

クラウディング剤、
二重ハプテン脱離基を含むオリゴヌクレオチドプローブ、および
ヌクレアーゼ酵素
を含むリコンビナーゼポリメラーゼ増幅組成物であって、
ヌクレアーゼが、ホルムアミドピリミジンＤＮＡグリコシラーゼであってもよい、組成物。
（ｉ）クラウディング剤が、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、フィコール、またはデキストランを含む、
（ｉｉ）クラウディング剤が、少なくとも１ｋＤａ、少なくとも２ｋＤａ、少なくとも３ｋＤａ、少なくとも４ｋＤａ、少なくとも５ｋＤａ、少なくとも６ｋＤａ、少なくとも８ｋＤａ、または少なくとも１０ｋＤａの分子量を有する、及び／又は
（ｉｉｉ）クラウディング剤が、少なくとも１５％ｖ／ｖの濃度、少なくとも１２％ｖ／ｖの濃度、少なくとも１０％ｖ／ｖの濃度、少なくとも８％ｖ／ｖの濃度、少なくとも６％ｖ／ｖの濃度、少なくとも５％ｖ／ｖの濃度、少なくとも４％ｖ／ｖの濃度、または少なくとも３％ｖ／ｖの濃度で組成物中に存在する、請求項１に記載の組成物であって、
クラウディング剤は、３ｋＤａの分子量を有するＰＥＧであってもよく、かつ該ＰＥＧが６．５％ｖ／ｖの濃度であってもよい、組成物。
クラウディング剤が、２０℃で５ｍＰａ／ｓ以下、４ｍＰａ／ｓ以下、３ｍＰａ／ｓ以下、２ｍＰａ／ｓ以下、または１ｍＰａ／ｓ以下の粘度プロファイルを有する、請求項１又は２に記載の組成物であって、
クラウディング剤が、２０℃で３ｍＰａ／ｓ以下の粘度を有するＰＥＧであってもよい、請求項１又は２に記載の組成物。
オリゴヌクレオチドプローブが、オリゴヌクレオチドに脱離基を結合させる塩基を欠くｄＲ−Ｏ−［Ｃ］ｎヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。
二重ハプテンを有するオリゴヌクレオチドプローブが、相補的ヌクレオチド配列にハイブリダイズする際にホルムアミドピリミジンＤＮＡグリコシラーゼにより切断されると、二重ハプテン脱離基を放出する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
二重ハプテン脱離基が、異なるエピトープを有する２つの免疫原性基を含む、請求項１に記載の組成物であって、
免疫原性基が、蛍光基、酵素またはそのフラグメント、ペプチドまたはそのフラグメント、ビオチンを含んでもよく、
好ましくは、免疫原性基が、ビオチン、フルオレセイン、ジゴキシゲニンまたはジニトロフェニルを含む群から選択される、請求項１に記載の組成物。
前記オリゴヌクレオチドプローブが、エキソヌクレアーゼにより切断可能であり、かつ前記オリゴヌクレオチドが、切断されると前記二重ハプテン脱離基を放出する、請求項１に記載の組成物であって、
前記エキソヌクレアーゼが、エキソヌクレアーゼＩＩＩであってもよい、請求項１に記載の組成物。
前記オリゴヌクレオチドプローブが、構造式５’Ｘ（ｎ）_ａＬ（ｎ）_ｂＨ（ｎ）_ｃＢ３’（式中、ｎはヌクレオチドであり、ａ、ｂおよびｃは整数であり、Ｘは５’ヘキシルであり、ＨはＴＨＦ残基であり、ＢはＣ３スペーサーであり、Ｌは複数のハプテンを含む分枝修飾因子である）を有する、請求項７に記載の組成物であって、
（ｉ）前記ハプテンが、ＤＮＰ、ＦＡＭ、およびビオチンからなる群から選択されてもよく、
（ｉｉ）前記オリゴヌクレオチドプローブが、ハプテン間のホスホロチオエート結合を含んでもよく、及び／又は
（ｉｉｉ）前記Ｃ３スペーサーが、プロパノールであってもよい、請求項７に記載の組成物。
（ｉ）

又は
（ｉｉ）

（式中、ＲはＯＨまたは−ＮＨ（ＣＨ２）_６ＯＨである）
を含む組成物。
（ｉ）

又は
（ｉｉ）

（式中、ＤＭＴｒはジメトキシトリチルである）
を含む組成物。
（式中、ハプテン１およびハプテン２は請求項１０に記載の免疫原性基であり、
Ｚは（ｉ）アノマー炭素原子でβ立体配置を有する、ＲＮＡまたはＤＮＡオリゴヌクレオチド各々における脱塩基リボースまたはデオキシリボース環のＣｌ’；（ｉｉ）ＤＮＡまたはＲＮＡオリゴヌクレオチドに結合するように構成されたホスホロアミダイト化合物：から選択され、
かつＺがＤＮＡまたはＲＮＡホスホロアミダイトである場合、ハプテン１およびハプテン２の反応基はピバロイル、ｔｅｒｔ−ブチルベンゾイル、アシル、ベンゾイル、またはイソブチリルで保護されてもよく、
Ｒは水素、または直鎖もしくは分枝Ｃ１〜Ｃ６アルキルを表し、
Ｘ１、Ｘ２およびＸ４は結合基であり、それは独立に不在であり得るか、または１つ以上の−Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）−もしくは−ＮＲ−基により中断され得る直鎖若しくは分枝Ｃ１〜Ｃ１２アルキルであってもよく、
Ｘ３は直鎖または分枝Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり、かつ
Ｘ５は、１つ以上の−Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）−または−ＮＲ−基により中断されてもよい直鎖または分枝Ｃ１〜Ｃ１２アルキルである）
を含む組成物。
（ｉ）試料適用領域、
（ｉｉ）前記試料適用領域下流にありかつそれと流体連通している試薬領域であって、標的核酸を増幅するための乾燥ＲＰＡ試薬組成物、増幅された標的核酸産物に特異的な結合剤および検出分子を含む、試薬領域であって、乾燥されたＲＰＡ試薬組成物が、クラウディング剤、リコンビナーゼ、ポリメラーゼ、ヌクレアーゼ、二重ハプテンプローブおよび検出分子を含んでもよく、好ましくは、二重ハプテンプローブが、ビオチンとカルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）のまたはビオチンとジニトロフェニル（ＤＮＰ）のコンジュゲートを含む、試薬領域、
（ｉｉｉ）前記試薬領域の下流にありかつそれと流体連通している少なくとも１つの試験領域であって、前記増幅された標的核酸産物に特異的な固定化捕捉分子を含む、試験領域であって、増幅された標的核酸に特異的な固定化捕捉分子が、抗ＦＡＭ捕捉分子または抗ＤＮＰ捕捉分子からなる群から選択されてもよく、好ましくは抗ＦＡＭまたは抗ＤＮＰが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、およびＦＡＢ、ＳｃＦｖ、ＦｖまたはＤＡＢを含むこれらの機能的結合フラグメントからなる群から独立に選択される、試薬領域ならびに
（ｉｖ）前記試験領域の下流にあるコントロール領域
を含む、ラテラルフローストリップ
を含む、装置。
（ｉ）検出分子が、金ゾル、銀ゾル、ラテックスゾル、セルロースナノビーズ、またはカーボンナノストリング、および抗ビオチン捕捉分子からなる群から選択される、
（ｉｉ）コントロール領域が、ラテラルフローストリップの正確な操作を示す結合領域を含む、又は、
（ｉｉｉ）コントロール領域が、抗マウス抗体捕捉ラインを含む、
請求項１２に記載の装置。
（ｉ）目的の標的核酸を含有することが疑われる試料を、前記標的核酸を増幅するためのＲＰＡ試薬、前記標的核酸に相補的な核酸配列および共有結合された二重ハプテン脱離基を含むオリゴヌクレオチドプローブ、ならびにヌクレアーゼと接触させることであって、ＲＰＡ試薬は、ラテラルフローストリップの試料適用領域上に位置してもよく、
（ｉｉ）前記標的核酸を増幅して標的核酸産物を生成することと、
（ｉｉｉ）前記標的核酸にハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドプローブから切断された遊離二重ハプテン部分を検出することにより前記標的核酸産物を検出すること
を含む、増幅産物を検出する方法。
（ｉ）標的核酸を含有することが疑われる試料をラテラルフローストリップに適用することと、
（ｉｉ）前記試料をラテラルフローストリップの試薬領域上に乾燥された標的核酸を増幅するためのＲＰＡ試薬混合物と接触させることと、
（ｉｉｉ）増幅産物を、存在する場合、ラテラルフローストリップの試験領域上で検出すること
を含む方法。