JP2020512360A5 - - Google Patents

Download PDF

Info

Publication number
JP2020512360A5
JP2020512360A5 JP2019553219A JP2019553219A JP2020512360A5 JP 2020512360 A5 JP2020512360 A5 JP 2020512360A5 JP 2019553219 A JP2019553219 A JP 2019553219A JP 2019553219 A JP2019553219 A JP 2019553219A JP 2020512360 A5 JP2020512360 A5 JP 2020512360A5
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
group
alkyl
substituted
optionally substituted
groups
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2019553219A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2020512360A (ja
JP7164540B2 (ja
Filing date
Publication date
Application filed filed Critical
Priority claimed from PCT/EP2018/057069 external-priority patent/WO2018177825A1/en
Publication of JP2020512360A publication Critical patent/JP2020512360A/ja
Publication of JP2020512360A5 publication Critical patent/JP2020512360A5/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP7164540B2 publication Critical patent/JP7164540B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Description

本発明は、式21または22:
Figure 2020512360
の化合物を提供し、
式中、Xは、固体支持体、または固体支持体に結合した先行のヌクレオシド(末端5'-OH基)のいずれかであり;塩基は核酸塩基であり;
R5およびR6は独立して、水素、アルキル、シクロ-アルキル、アリール、ヘテロアリール、置換アルキル、置換シクロ-アルキル、置換アリール、および置換ヘテロアリールからなる群より選択されるか、または、R5およびR6は一緒になって、3〜16個の炭素原子を含む複素環を式(I)のN原子と共に形成し;
R1は、水素およびC1〜3アルキルよりなる群より選択され;R9は水素であり;
Rは、アリール、ヘテロアリール、置換アリール、置換ヘテロアリール、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、置換シリル、スルホン、置換スルホン(アリール置換スルホン)、フルオレン、および置換フッ素からなる群より選択され;
R3は、CH2ODMTr、CH2-アルキル-O-DMTr、CH-Me-O-DMTr、CH2OMMTr、CH2-アルキル-O-MMTr、CH(Me)-O-MMTr、CH-Ra-O-DMTrRb、およびCH-Ra-O-MMTrRbからなる群より選択され;
R2は、ハロ、例えば-F、アミノ、アジド、-SH、-CN、-OCN、-CF3、-OCF3、-O(Rm)-アルキル、-S(Rm)-アルキル、-N(Rm)-アルキル、-O(Rm)-アルケニル、-S(Rm)-アルケニル、-N(Rm)-アルケニル;-O(Rm)-アルキニル、-S(Rm)-アルキニル、または-N(Rm)-アルキニル;O-アルキレニル-O-アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、O-アルカリール、O-アラルキル、O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)またはO-CH2C(=O)-N(Rm)(Rn)、-O-(CH2)2OCH3、および-O-CH3からなる群より選択され、ここで各RmおよびRnは独立してH、アミノ保護基または置換もしくは無置換C1〜10アルキルであり;
R4は、アルキル、シクロ-アルキル、シクロ-ヘテロアルキル、O-アルキル、S-アルキル、NH-アルキル、および水素からなる群より選択されるか;
または、R2およびR4は一緒になって、-C(RaRb)-、-C(Ra)=C(Rb)、-C(Ra)=N、O、-Si(Ra)2-、S-、-SO2-、-N(Ra)-、および>C=Zからなる群より選択される1、2、3つの基/原子からなる二価の架橋を示し;
ここで、Raおよび存在する場合にRbはそれぞれ独立して、水素、置換されていてもよいC1〜6-アルキル、置換されていてもよいC2〜6-アルケニル、置換されていてもよいC2〜6-アルキニル、ヒドロキシ、置換されていてもよいC1〜6-アルコキシ、C2〜6-アルコキシアルキル、C2〜6-アルケニルオキシ、カルボキシ、C1〜6-アルコキシカルボニル、C1〜6-アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ-カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ-カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ(C1〜6-アルキル)アミノおよびジ(C1〜6-アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ(C1〜6-アルキル)-アミノ-カルボニルおよびジ(C1〜6-アルキル)-アミノ-カルボニル、アミノ-C1〜6-アルキル-アミノカルボニル、モノ(C1〜6-アルキル)アミノ-C1〜6-アルキル-アミノカルボニルおよびジ(C1〜6-アルキル)アミノ-C1〜6-アルキル-アミノカルボニル、C1〜6-アルキル-カルボニルアミノ、カルバミド、C1〜6-アルカノイルオキシ、スルホノ、C1〜6-アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1〜6-アルキルチオ、ハロゲンより選択され、ここでアリールおよびヘテロアリールは置換されていてもよく、かつここで2つのジェミナルの置換基RaおよびRbは一緒になって、置換されていてもよいメチレン(=CH2)を示してもよく、ここですべてのキラル中心について、不斉基はR配向またはS配向のいずれかで見い出されてもよく;かつ、Zはカルバメート保護基である。
[本発明1001]
(i)オキサザホスホリジンキラル補助ホスホラミダイトモノマーをヌクレオシドの5'-OH基にカップリングする段階、続いて(ii)オキサザホスホリジンキラル補助基のアミン基をカルバメート保護基で保護する段階、および(iii)硫化段階
を含む、立体的に規定された(stereodefined)ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの合成のための方法であって、
カップリング段階(i)の後でかつアミン保護段階(ii)の前または後に硫化段階(iii)を実施する、該方法。
[本発明1002]
前記アミン保護段階の前に硫化段階(iii)を実施する、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記アミン保護段階の後に硫化段階(iii)を実施する、本発明1001または1002の方法。
[本発明1004]
アミン保護段階(ii)の後に実施するキャッピング段階(iv)をさらに含む、本発明1001〜1003のいずれかの方法。
[本発明1005]
硫化段階(iv)の前または後に前記キャッピング段階を実施する、本発明1004の方法。
[本発明1006]
固体支持体上の前記オリゴヌクレオチドを合成する、本発明1001〜1005のいずれかの方法。
[本発明1007]
鎖伸長が完了すると、包括的オリゴヌクレオチド脱保護/前記固体支持体からの切断の最中にアミンカルバメート保護基を除去する、本発明1001〜1006のいずれかの方法。
[本発明1008]
鎖伸長が完了すると、包括的脱保護/前記固体支持体からの切断の前にアミンカルバメート保護基を除去する、本発明1001〜1006のいずれかの方法。
[本発明1009]
アミンカルバメート保護基を除去した後、包括的脱保護/前記固体支持体からの切断の前に前記キラル補助基を除去する、本発明1008の方法。
[本発明1010]
アミンカルバメート保護基を除去した後、包括的脱保護/前記固体支持体からの切断の最中に前記キラル補助基を除去する、本発明1008の方法。
[本発明1011]
アミンカルバメート保護基除去の段階を8時間未満にわたって実施する、本発明1008〜1010のいずれかの方法。
[本発明1012]
アミンカルバメート保護基除去の段階を室温で実施する、本発明1008〜1011のいずれかの方法。
[本発明1013]
段階(i)で用いるオキサザホスホリジンキラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式A:
Figure 2020512360
のものであり、
式中、Xはヌクレオシドの3'酸素であり;
R 1 は、水素およびC 1〜3 アルキルからなる群より選択され;R 9 は水素であり;
Rは、アリール、ヘテロアリール、置換アリール、置換ヘテロアリール、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、置換シリル、スルホン、置換スルホン(アリール置換スルホン)、フルオレン、および置換フッ素からなる群より選択され;
R 5 およびR 6 は独立して、水素、アルキル、シクロ-アルキル、アリール、ヘテロアリール、置換アルキル、置換シクロ-アルキル、置換アリール、および置換ヘテロアリールからなる群より選択されるか、またはR 5 およびR 6 は一緒になって、3〜16個の炭素原子を含む複素環を式AのN原子と共に形成する、本発明1001〜1012のいずれかの方法。
[本発明1014]
前記アミンカルバメート保護基[段階(ii)において言及]が、式:
Figure 2020512360
の置換エチルカルバメート保護基であり、
式中、Nは前記キラル補助基中に存在する窒素であり、かつ、R a 、および任意で、存在する場合にR b は、β脱離による該カルバメート保護基の脱保護を可能にする基、例えば、-CN、-SO 2 R c 、-SiR c 3 、-F、-Cl、-CF 3 、および-CO-R c からなる群より独立して選択される基であり、ここでR c は、水素、置換されていてもよいC 1〜10 アルキル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルケニル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルキニル基、置換されていてもよいC 3〜7 シクロアルキル基、置換されていてもよいC 1〜10 アルキルオキシ基、もしくはアリール基からなる群より独立して選択されるか、
または、R b は、水素、置換されていてもよいC 1〜10 アルキル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルケニル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルキニル基、置換されていてもよいC 3〜7 シクロアルキル基、置換されていてもよいC 1〜10 アルキルオキシ基、もしくはアリール基からなる群より選択される、本発明1001〜1013のいずれかの方法。
[本発明1015]
アミンカルバメート保護基[段階(ii)において言及]が、式:
Figure 2020512360
の置換されていてもよい2'-スルホニルカルバメート保護基であり、
式中、Nは前記キラル補助基中に存在する窒素であり、かつR c は、水素、置換されていてもよいC 1〜10 アルキル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルケニル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルキニル基、置換されていてもよいC 3〜7 シクロアルキル基、置換されていてもよいC 1〜10 アルキルオキシ基、もしくはアリール基からなる群より独立して選択されるか;
または、R b は、水素、置換されていてもよいC 1〜10 アルキル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルケニル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルキニル基、置換されていてもよいC 3〜7 シクロアルキル基、置換されていてもよいC 1〜10 アルキルオキシ基、もしくはアリール基からなる群より選択される基である、本発明1001〜1013のいずれかの方法。
[本発明1016]
アミンカルバメート保護基[段階(ii)において言及]が、
Figure 2020512360
からなる群より選択され、ここで、Nは前記キラル補助基中に存在するNであり、かつR d は、水素、置換されていてもよいC 1〜10 アルキル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルケニル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルキニル基、置換されていてもよいC 3〜7 シクロアルキル基、置換されていてもよいC 1〜10 アルキルオキシ基、またはアリール基からなる群より選択される、本発明1001〜1013のいずれかの方法。
[本発明1017]
段階(ii)が、前記カルバメート保護基による前記キラル補助基の窒素の置換を可能にする条件下で、カルバメート前駆体と段階(i)で提供されるカップリングしたアミン含有キラル補助ホスホラミダイトモノマーとを反応させることを含む、本発明1001〜1016のいずれかの方法。
[本発明1018]
前記カルバメート前駆体が、
Figure 2020512360
からなる群より選択され、ここで、R d が、水素、置換されていてもよいC 1〜10 アルキル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルケニル基、置換されていてもよいC 2〜6 アルキニル基、置換されていてもよいC 3〜7 シクロアルキル基、置換されていてもよいC 1〜10 アルキルオキシ基、またはアリール基からなる群より選択され、かつR'が、
Figure 2020512360
からなる群より選択される脱離基などの脱離基である、本発明1017の方法。
[本発明1020]
前記オキサザホスホリジンキラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式1または2:
Figure 2020512360
のものである、本発明1001〜1019のいずれかの方法:
式中、塩基は核酸塩基であり;
R 5 およびR 6 は独立して、水素、アルキル、シクロ-アルキル、アリール、ヘテロアリール、置換アルキル、置換シクロ-アルキル、置換アリール、および置換ヘテロアリールからなる群より選択されるか、またはR 5 およびR 6 は一緒になって、3〜16個の炭素原子を含む複素環を式(I)のN原子と共に形成し;
R 1 は、水素およびC 1〜3 アルキルからなる群より選択され;R 9 は水素であり;
Rは、アリール、ヘテロアリール、置換アリール、置換ヘテロアリール、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、置換シリル、スルホン、置換スルホン(アリール置換スルホン)、フルオレン、および置換フッ素からなる群より選択され;
R 3 は、CH 2 ODMTr、CH 2 -アルキル-O-DMTr、CH-Me-O-DMTr、CH 2 OMMTr、CH 2 -アルキル-O-MMTr、CH(Me)-O-MMTr、CH-R a -O-DMTrR b 、およびCH-R a -O-MMTrR b からなる群より選択され;
R 2 は、ハロ、例えば-F、アミノ、アジド、-SH、-CN、-OCN、-CF 3 、-OCF 3 、-O(R m )-アルキル、-S(R m )-アルキル、-N(R m )-アルキル、-O(R m )-アルケニル、-S(R m )-アルケニル、-N(R m )-アルケニル;-O(R m )-アルキニル、-S(R m )-アルキニル、または-N(R m )-アルキニル;O-アルキレニル-O-アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、O-アルカリール、O-アラルキル、O(CH 2 ) 2 SCH 3 、O-(CH 2 ) 2 -O-N(R m )(R n )またはO-CH 2 C(=O)-N(R m )(R n )、-O-(CH 2 ) 2 OCH 3 、および-O-CH 3 からなる群より選択され、ここで各R m およびR n は独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは無置換C 1〜10 アルキルであり;
R 4 は、アルキル、シクロ-アルキル、シクロ-ヘテロアルキル、O-アルキル、S-アルキル、NH-アルキル、および水素からなる群より選択されるか;
または、R 2 およびR 4 は一緒になって、-C(R a R b )-、-C(R a )=C(R b )、-C(R a )=N、O、-Si(R a )2-、S-、-SO 2 -、-N(R a )-、および>C=Zからなる群より選択される1、2、3つの基/原子からなる二価の架橋を示し;
ここでR a および存在する場合にR b はそれぞれ独立して、水素、置換されていてもよいC 1〜6 -アルキル、置換されていてもよいC 2〜6 -アルケニル、置換されていてもよいC 2〜6 -アルキニル、ヒドロキシ、置換されていてもよいC 1〜6 -アルコキシ、C 2〜6 -アルコキシアルキル、C 2〜6 -アルケニルオキシ、カルボキシ、C 1〜6 -アルコキシカルボニル、C 1〜6 -アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ-カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ-カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ(C 1〜6 -アルキル)アミノおよびジ(C 1〜6 -アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ(C 1〜6 -アルキル)-アミノ-カルボニルおよびジ(C 1〜6 -アルキル)-アミノ-カルボニル、アミノ-C 1〜6 -アルキル-アミノカルボニル、モノ(C 1〜6 -アルキル)アミノ-C 1〜6 -アルキル-アミノカルボニルおよびジ(C 1〜6 -アルキル)アミノ-C 1〜6 -アルキル-アミノカルボニル、C 1〜6 -アルキル-カルボニルアミノ、カルバミド、C 1〜6 -アルカノイルオキシ、スルホノ、C 1〜6 -アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C 1〜6 -アルキルチオ、ハロゲンより選択され、ここでアリールおよびヘテロアリールは置換されていてもよく、かつここで2つのジェミナルの置換基R a およびRbは一緒になって、置換されていてもよいメチレン(=CH 2 )を示してもよく、ここですべてのキラル中心について、不斉基はR配向またはS配向のいずれかで見い出されてもよい。
[本発明1021]
R 4 およびR 2 が水素である、本発明1017の方法。
[本発明1022]
前記キラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式3または4:
Figure 2020512360
のものであり、
式中、塩基は核酸塩基であり、かつR、R 1 、R 3 、R 5 、R 6 、およびR 9 は本発明1016において定義するとおりである、本発明1017の方法。
[本発明1023]
前記キラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式5または6:
Figure 2020512360
のものであり、
式中、塩基は核酸塩基であり、かつR、R 1 、R 3 、R 5 、R 6 、およびR 9 は本発明1016において定義するとおりである、本発明1017の方法。
[本発明1024]
前記キラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式7または8:
Figure 2020512360
のものであり、
式中、塩基は核酸塩基であり、かつR、R 1 、R 3 、R 5 、R 6 、およびR 9 は本発明1016において定義するとおりである、本発明1017の方法。
[本発明1025]
カップリング段階(i)が、アセトニトリルおよび芳香族複素環式溶媒と任意で活性化物質とを含むアセトニトリル溶媒組成物中で行われる、本発明1001〜1021のいずれかの方法。
[本発明1026]
前記芳香族複素環式溶媒が、20℃の水中で4〜7または7〜17のpKaを有する、本発明1025の方法。
[本発明1027]
前記芳香族複素環式溶媒が芳香族複素環式塩基である、本発明1025または1026の方法。
[本発明1028]
前記芳香族複素環式溶媒が芳香族複素環式酸である、本発明1025〜1027のいずれかの方法。
[本発明1029]
前記芳香族複素環式溶媒が、ピリジン、2-ピコリン、4-ピコリン、3-ピコリン、ルチジン、およびピロールからなる群より選択される、本発明1025〜1028のいずれかの方法。
[本発明1030]
アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)が約0.1%〜約50%(v/v)である、本発明1025〜1029のいずれかの方法。
[本発明1031]
アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)が、約0.5%〜約10%、例えば約1%〜約5%、例えば約2〜3%、例えば約2.5%である、本発明1025〜1030のいずれかの方法。
[本発明1032]
前記活性化物質がN-メチルイミダゾールを含む、本発明1025〜1031のいずれかの方法。
[本発明1033]
前記溶媒組成物が、0.01〜約1M N-メチルイミダゾール、例えば約0.1M N-メチルイミダゾールの濃度でN-メチルイミダゾールを含む、本発明1025〜1032のいずれかの方法。
[本発明1034]
前記活性化物質が、4,5-ジシアノイミダゾール(DCI)、テトラゾール、または5-(ベンジルチオ)-1H-テトラゾールを含む、本発明1025〜1033のいずれかの方法。
[本発明1035]
前記溶媒組成物が、約0.5〜約2M DCI(または本発明1011の他の活性化物質)、例えば約1M DCM(または本発明1011の他の活性化物質)を含む、本発明1025〜1034のいずれかの方法。
[本発明1036]
カップリング段階、硫化段階、および保護段階の本発明1001〜1016のいずれかの(i)、(ii)、および(iii)をそれぞれが含む少なくとも2回の合成サイクルを含む、本発明1001〜1035のいずれかの方法。
[本発明1037]
前記方法によって合成した前記オリゴヌクレオチドがLNAオリゴヌクレオチドである、本発明1001〜1036のいずれかの方法。
[本発明1038]
最も3'側のヌクレオシドがLNAヌクレオシドである、本発明1037の方法。
[本発明1039]
包括的脱保護および固体支持体からの切断の段階を、8時間未満、例えば約4時間の時間で実施する、本発明1038の方法。
[本発明1040]
(a)固体支持体または該固体支持体に結合した先行のヌクレオシドのいずれかに結合したブロックされた末端-OH基(末端5'-OH基)を含む該固体支持体を提供する段階、
(b)該末端-OH基を非ブロック化する段階、
(c)前記本発明のいずれかの方法を実施する段階、
(d)任意で、段階(a)〜(c)を1回または複数回のさらなるサイクル数繰り返す段階(鎖伸長)、
(e)前記カルバメート保護基を除去する段階、
(f)前記キラル補助基を除去する段階、
(g)前記オリゴヌクレオチドを該固体支持体から切断する段階
を含み、
段階(e)、(f)、および(g)を連続してもしくは同時に実施するか、または、該キラル補助基を除去する段階および該固体支持体から切断する段階の前に段階(e)を実施する、本発明1001〜1039のいずれかの方法。
[本発明1041]
立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの合成の最中にオリゴヌクレオチドの鎖切断を防止するための、キラル補助基におけるカルバメート直交保護基の使用。
[本発明1042]
式21または22:
Figure 2020512360
の化合物:
式中、Xは、固体支持体、または該固体支持体に結合した先行のヌクレオシド(末端5'-OH基)のいずれかであり;塩基は核酸塩基であり;R、R 1 、R 3 、R 5 、R 6 、およびR 9 は本発明1016において定義するとおりであり、かつZは前記本発明のいずれかのカルバメート保護基である。
[本発明1043]
前記カルバメート保護基が、21の基からなる群より選択される、本発明1042の化合物。
[本発明1044]
R 2 およびR 4 が、水素であるか、または本発明1018、1019、もしくは1020のいずれかのキラル補助モノマーにおいて示すとおりである、本発明1042または1043の化合物。

Claims (43)

  1. (i)オキサザホスホリジンキラル補助ホスホラミダイトモノマーをヌクレオシドの5'-OH基にカップリングする段階、続いて(ii)オキサザホスホリジンキラル補助基のアミン基をカルバメート保護基で保護する段階、および(iii)硫化段階
    を含む、立体的に規定された(stereodefined)ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの合成のための方法であって、
    カップリング段階(i)の後でかつアミン保護段階(ii)の前または後に硫化段階(iii)を実施する、該方法。
  2. 前記アミン保護段階の前に硫化段階(iii)を実施する、請求項1に記載の方法。
  3. 前記アミン保護段階の後に硫化段階(iii)を実施する、請求項1記載の方法。
  4. アミン保護段階(ii)の後に実施するキャッピング段階(iv)をさらに含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
  5. 硫化段階(iii)の前または後に前記キャッピング段階を実施する、請求項4に記載の方法。
  6. 固体支持体上で前記オリゴヌクレオチドを合成する、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
  7. 鎖伸長が完了すると、包括的オリゴヌクレオチド脱保護/前記固体支持体からの切断の最中にアミンカルバメート保護基を除去する、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
  8. 鎖伸長が完了すると、包括的脱保護/前記固体支持体からの切断の前にアミンカルバメート保護基を除去する、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
  9. アミンカルバメート保護基を除去した後、包括的脱保護/前記固体支持体からの切断の前に前記キラル補助基を除去する、請求項8に記載の方法。
  10. アミンカルバメート保護基を除去した後、包括的脱保護/前記固体支持体からの切断の最中に前記キラル補助基を除去する、請求項8に記載の方法。
  11. アミンカルバメート保護基除去の段階を8時間未満にわたって実施する、請求項8〜10のいずれか一項に記載の方法。
  12. アミンカルバメート保護基除去の段階を室温で実施する、請求項8〜11のいずれか一項に記載の方法。
  13. 段階(i)で用いるオキサザホスホリジンキラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式A:
    Figure 2020512360
    のものであり、
    式中、
    Xはヌクレオシドの3'酸素であり;
    R1は、水素およびC1〜3アルキルからなる群より選択され;
    R9は水素であり;
    Rは、アリール、ヘテロアリール、置換アリール、置換ヘテロアリール、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、置換シリル、スルホン、置換スルホン(アリール置換スルホン)、フルオレン、および置換フッ素からなる群より選択され;
    R5およびR6は独立して、水素、アルキル、シクロ-アルキル、アリール、ヘテロアリール、置換アルキル、置換シクロ-アルキル、置換アリール、および置換ヘテロアリールからなる群より選択されるか、またはR5およびR6は一緒になって、3〜16個の炭素原子を含む複素環を式AのN原子と共に形成する、
    請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記アミンカルバメート保護基[段階(ii)において言及]が、式:
    Figure 2020512360
    の置換エチルカルバメート保護基であり、
    式中、
    Nは前記キラル補助基中に存在する窒素であり、かつ、
    Ra、および任意で、存在する場合にRbは、β脱離による該カルバメート保護基の脱保護を可能にする基、例えば、-CN、-SO2Rc、-SiRc 3、-F、-Cl、-CF3、および-CO-Rcからなる群より独立して選択される基であり、ここでRcは、水素、置換されていてもよいC1〜10アルキル基、置換されていてもよいC2〜6アルケニル基、置換されていてもよいC2〜6アルキニル基、置換されていてもよいC3〜7シクロアルキル基、置換されていてもよいC1〜10アルキルオキシ基、およびアリール基からなる群より独立して選択されるか、または、
    Rbは、水素、置換されていてもよいC1〜10アルキル基、置換されていてもよいC2〜6アルケニル基、置換されていてもよいC2〜6アルキニル基、置換されていてもよいC3〜7シクロアルキル基、置換されていてもよいC1〜10アルキルオキシ基、およびアリール基からなる群より選択される、
    請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
  15. アミンカルバメート保護基[段階(ii)において言及]が、式:
    Figure 2020512360
    の置換されていてもよい2'-スルホニルカルバメート保護基であり、
    式中、
    Nは前記キラル補助基中に存在する窒素であり、かつ
    Rcは、水素、置換されていてもよいC1〜10アルキル基、置換されていてもよいC2〜6アルケニル基、置換されていてもよいC2〜6アルキニル基、置換されていてもよいC3〜7シクロアルキル基、置換されていてもよいC1〜10アルキルオキシ基、およびアリール基からなる群より独立して選択される請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
  16. アミンカルバメート保護基[段階(ii)において言及]が、
    Figure 2020512360
    からなる群より選択され、ここで、
    Nは前記キラル補助基中に存在するNであり、かつ
    Rdは、水素、置換されていてもよいC1〜10アルキル基、置換されていてもよいC2〜6アルケニル基、置換されていてもよいC2〜6アルキニル基、置換されていてもよいC3〜7シクロアルキル基、置換されていてもよいC1〜10アルキルオキシ基、およびアリール基からなる群より選択される、
    請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
  17. 段階(ii)が、前記カルバメート保護基による前記キラル補助基の窒素の置換を可能にする条件下で、カルバメート前駆体と段階(i)で提供されるカップリングしたアミン含有キラル補助ホスホラミダイトモノマーとを反応させることを含む、請求項1〜16のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記カルバメート前駆体が、
    Figure 2020512360
    からなる群より選択され、ここで、
    Rdが、水素、置換されていてもよいC1〜10アルキル基、置換されていてもよいC2〜6アルケニル基、置換されていてもよいC2〜6アルキニル基、置換されていてもよいC3〜7シクロアルキル基、置換されていてもよいC1〜10アルキルオキシ基、およびアリール基からなる群より選択され、かつ
    R'が、
    Figure 2020512360
    からなる群より選択される脱離基などの脱離基である、
    請求項17に記載の方法。
  19. 前記オキサザホスホリジンキラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式1または2:
    Figure 2020512360
    のものである、請求項1〜18のいずれか一項に記載の方法:
    式中、
    塩基は核酸塩基であり;
    R5およびR6は独立して、水素、アルキル、シクロ-アルキル、アリール、ヘテロアリール、置換アルキル、置換シクロ-アルキル、置換アリール、および置換ヘテロアリールからなる群より選択されるか、またはR5およびR6は一緒になって、3〜16個の炭素原子を含む複素環を式(I)のN原子と共に形成し;
    R1は、水素およびC1〜3アルキルからなる群より選択され;
    R9は水素であり;
    Rは、アリール、ヘテロアリール、置換アリール、置換ヘテロアリール、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、置換シリル、スルホン、置換スルホン(アリール置換スルホン)、フルオレン、および置換フッ素からなる群より選択され;
    R3は、CH2ODMTr、CH2-アルキル-O-DMTr、CH-Me-O-DMTr、CH2OMMTr、CH2-アルキル-O-MMTr、CH(Me)-O-MMTr、CH-Ra-O-DMTrRb、およびCH-Ra-O-MMTrRbからなる群より選択され;
    R2は、ハロ、例えば-F、アミノ、アジド、-SH、-CN、-OCN、-CF3、-OCF3、-O(Rm)-アルキル、-S(Rm)-アルキル、-N(Rm)-アルキル、-O(Rm)-アルケニル、-S(Rm)-アルケニル、-N(Rm)-アルケニル;-O(Rm)-アルキニル、-S(Rm)-アルキニル、または-N(Rm)-アルキニル;O-アルキレニル-O-アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、O-アルカリール、O-アラルキル、O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)またはO-CH2C(=O)-N(Rm)(Rn)、-O-(CH2)2OCH3、および-O-CH3からなる群より選択され、ここで各RmおよびRnは独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは無置換C1〜10アルキルであり;
    R4は、アルキル、シクロ-アルキル、シクロ-ヘテロアルキル、O-アルキル、S-アルキル、NH-アルキル、および水素からなる群より選択されるか;または、
    R2およびR4は一緒になって、-C(RaRb)-、-C(Ra)=C(Rb)、-C(Ra)=N、O、-Si(Ra)2-、S-、-SO2-、-N(Ra)-、および>C=Zからなる群より選択される1、2、3つの基/原子からなる二価の架橋を示し;
    ここでRaおよび存在する場合にRbはそれぞれ独立して、水素、置換されていてもよいC1〜6-アルキル、置換されていてもよいC2〜6-アルケニル、置換されていてもよいC2〜6-アルキニル、ヒドロキシ、置換されていてもよいC1〜6-アルコキシ、C2〜6-アルコキシアルキル、C2〜6-アルケニルオキシ、カルボキシ、C1〜6-アルコキシカルボニル、C1〜6-アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ-カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ-カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ(C1〜6-アルキル)アミノおよびジ(C1〜6-アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ(C1〜6-アルキル)-アミノ-カルボニルおよびジ(C1〜6-アルキル)-アミノ-カルボニル、アミノ-C1〜6-アルキル-アミノカルボニル、モノ(C1〜6-アルキル)アミノ-C1〜6-アルキル-アミノカルボニルおよびジ(C1〜6-アルキル)アミノ-C1〜6-アルキル-アミノカルボニル、C1〜6-アルキル-カルボニルアミノ、カルバミド、C1〜6-アルカノイルオキシ、スルホノ、C1〜6-アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1〜6-アルキルチオ、ハロゲンより選択され、ここでアリールおよびヘテロアリールは置換されていてもよく、かつここで2つのジェミナルの置換基RaおよびRbは一緒になって、置換されていてもよいメチレン(=CH2)を示してもよく、ここですべてのキラル中心について、不斉基はR配向またはS配向のいずれかで見い出されてもよい。
  20. R4およびR2が水素である、請求項19に記載の方法。
  21. 前記キラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式3または4:
    Figure 2020512360
    のものであり、式中、塩基は核酸塩基であり、かつR、R1、R3、R5、R6、およびR9は請求項19において定義するとおりである、請求項19に記載の方法。
  22. 前記キラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式5または6:
    Figure 2020512360
    のものであり、式中、塩基は核酸塩基であり、かつR、R1、R3、R5、R6、およびR9は請求項19において定義するとおりである、請求項19に記載の方法。
  23. 前記キラル補助ホスホラミダイトモノマーが、式7または8:
    Figure 2020512360
    のものであり、式中、塩基は核酸塩基であり、かつR、R1、R3、R5、R6、およびR9は請求項19において定義するとおりである、請求項19に記載の方法。
  24. カップリング段階(i)が、アセトニトリルおよび芳香族複素環式溶媒と任意で活性化物質とを含むアセトニトリル溶媒組成物中で行われる、請求項1〜23のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記芳香族複素環式溶媒が、20℃の水中で4〜7または7〜17のpKaを有する、請求項24に記載の方法。
  26. 前記芳香族複素環式溶媒が芳香族複素環式塩基である、請求項24または25に記載の方法。
  27. 前記芳香族複素環式溶媒が芳香族複素環式酸である、請求項24または25に記載の方法。
  28. 前記芳香族複素環式溶媒が、ピリジン、2-ピコリン、4-ピコリン、3-ピコリン、ルチジン、およびピロールからなる群より選択される、請求項24〜27のいずれか一項に記載の方法。
  29. アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)が約0.1%〜約50%(v/v)である、請求項24〜28のいずれか一項に記載の方法。
  30. アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)が、約0.5%〜約10%、例えば約1%〜約5%、例えば約2〜3%、例えば約2.5%である、請求項24〜29のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記活性化物質がN-メチルイミダゾールを含む、請求項24〜30のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記溶媒組成物が、0.01〜約1M N-メチルイミダゾール、例えば約0.1M N-メチルイミダゾールの濃度でN-メチルイミダゾールを含む、請求項24〜31のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記活性化物質が、4,5-ジシアノイミダゾール(DCI)、テトラゾール、または5-(ベンジルチオ)-1H-テトラゾールを含む、請求項24〜32のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記溶媒組成物が、約0.5〜約2M DCI(または請求項11に記載の他の活性化物質)、例えば約1M DCM(または請求項11に記載の他の活性化物質)を含む、請求項24〜33のいずれか一項に記載の方法。
  35. 請求項1〜34のいずれか一項に記載のカップリング段階、硫化段階、および保護段階、(i)、(ii)、および(iii)をそれぞれが含む少なくとも2回の合成サイクルを含む、請求項1〜34のいずれか一項に記載の方法。
  36. 前記方法によって合成した前記オリゴヌクレオチドがLNAオリゴヌクレオチドである、請求項1〜35のいずれか一項に記載の方法。
  37. 最も3'側のヌクレオシドがLNAヌクレオシドである、請求項36に記載の方法。
  38. 包括的脱保護および固体支持体からの切断の段階を、8時間未満、例えば約4時間の時間で実施する、請求項37に記載の方法。
  39. (a)固体支持体または該固体支持体に結合した先行のヌクレオシドのいずれかに結合したブロックされた末端-OH基(末端5'-OH基)を含む該固体支持体を提供する段階、
    (b)該末端-OH基を非ブロック化する段階、
    (c)請求項1〜38のいずれか一項に記載の方法を実施する段階、
    (d)任意で、段階(a)〜(c)を1回または複数回のさらなるサイクル数繰り返す段階(鎖伸長)、
    (e)前記カルバメート保護基を除去する段階、
    (f)前記キラル補助基を除去する段階、
    (g)前記オリゴヌクレオチドを該固体支持体から切断する段階
    を含み、
    段階(e)、(f)、および(g)を連続してもしくは同時に実施するか、または、該キラル補助基を除去する段階および該固体支持体から切断する段階の前に段階(e)を実施する、法。
  40. 立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの合成の最中にオリゴヌクレオチドの鎖切断を防止するための、キラル補助基におけるカルバメート直交保護基の使用。
  41. 式21または22:
    Figure 2020512360
    の化合物:
    式中、
    Xは、固体支持体、または該固体支持体に結合した先行のヌクレオシド(末端5'-OH基)のいずれかであり;
    塩基は核酸塩基であり;
    R、R1、R3、R5、R6、およびR9は請求項19において定義するとおりであり、かつ
    Zは請求項1〜40のいずれか一項に記載のカルバメート保護基である。
  42. 前記カルバメート保護基が、21の基からなる群より選択される、請求項41に記載の化合物。
  43. R2およびR4が、水素であるか、または請求項19に記載のキラル補助モノマーにおいて示すとおりである、請求項41または42に記載の化合物。
JP2019553219A 2017-03-29 2018-03-20 立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製のための直交保護基 Active JP7164540B2 (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP17163506.3 2017-03-29
EP17163506 2017-03-29
PCT/EP2018/057069 WO2018177825A1 (en) 2017-03-29 2018-03-20 Orthogonal protecting groups for the preparation of stereodefined phosphorothioate oligonucleotides

Publications (3)

Publication Number Publication Date
JP2020512360A JP2020512360A (ja) 2020-04-23
JP2020512360A5 true JP2020512360A5 (ja) 2021-04-08
JP7164540B2 JP7164540B2 (ja) 2022-11-01

Family

ID=61899189

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2019553219A Active JP7164540B2 (ja) 2017-03-29 2018-03-20 立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製のための直交保護基

Country Status (6)

Country Link
US (1) US11591362B2 (ja)
EP (1) EP3601309A1 (ja)
JP (1) JP7164540B2 (ja)
KR (1) KR20190135494A (ja)
CN (1) CN110475784A (ja)
WO (1) WO2018177825A1 (ja)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019002237A1 (en) 2017-06-28 2019-01-03 Roche Innovation Center Copenhagen A/S METHOD OF MULTIPLE COUPLING AND OXIDATION
JP7297320B2 (ja) 2017-12-01 2023-06-26 ザ テキサス エイ・アンド・エム ユニヴァーシティ システム アンジェルマン症候群アンチセンス治療
JP7467457B2 (ja) 2018-11-22 2024-04-15 ロシュ イノベーション センター コペンハーゲン エーエス 立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成における活性化物質としてのピリジニウム塩
WO2020191252A1 (en) * 2019-03-20 2020-09-24 Wave Life Sciences Ltd. Technologies useful for oligonucleotide preparation
WO2020212301A1 (en) * 2019-04-16 2020-10-22 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Novel process for preparing nucleotide p(v) monomers

Family Cites Families (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6465628B1 (en) 1999-02-04 2002-10-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Process for the synthesis of oligomeric compounds
US6492171B2 (en) 2000-05-16 2002-12-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of TERT expression
WO2005092909A1 (ja) 2004-03-25 2005-10-06 Toudai Tlo, Ltd. 立体規則性の高いリボヌクレオチド類縁体及びデオキシリボヌクレオチド類縁体の製造法
CA2640171C (en) 2006-01-27 2014-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-modified bicyclic nucleic acid analogs
CA3042781C (en) 2006-04-03 2021-10-19 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Pharmaceutical composition comprising anti-mirna antisense oligonucleotides
EP2623599B1 (en) 2007-10-04 2019-01-02 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Micromirs
DK2285819T3 (da) 2008-04-04 2013-12-02 Isis Pharmaceuticals Inc Oligomere forbindelser omfattende neutralt bundne, terminale bicykliske nukleosider
DK2356129T3 (da) 2008-09-24 2013-05-13 Isis Pharmaceuticals Inc Substituerede alpha-L-bicykliske nukleosider
BRPI0923225A2 (pt) * 2008-12-02 2016-10-04 Chiralgen Ltd metodo para sintese de acidos nucleicos modificados no atomo de fosforo
KR101885383B1 (ko) 2009-07-06 2018-08-03 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 신규한 핵산 프로드러그 및 그의 사용 방법
JP5868324B2 (ja) 2010-09-24 2016-02-24 株式会社Wave Life Sciences Japan 不斉補助基
EP4219516A3 (en) * 2012-07-13 2024-01-10 Wave Life Sciences Ltd. Chiral control
KR102372122B1 (ko) 2016-03-18 2022-03-07 로슈 이노베이션 센터 코펜하겐 에이/에스 아실-보호된 l-lna-구아노신 단량체
WO2017194498A1 (en) * 2016-05-12 2017-11-16 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Enhanced coupling of stereodefined oxazaphospholidine phosphoramidite monomers to nucleoside or oligonucleotide
WO2017198775A1 (en) * 2016-05-18 2017-11-23 Eth Zurich Stereoselective synthesis of phosphorothioate oligoribonucleotides

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2020512360A5 (ja)
JP7097820B2 (ja) ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドへの、立体的に規定されたオキサザホスホリジンホスホルアミダイト単量体のカップリングの増大法
JP7492829B2 (ja) 多重カップリングおよび酸化の方法
KR102372122B1 (ko) 아실-보호된 l-lna-구아노신 단량체
JP4945129B2 (ja) フルオラス担体およびそれを用いたオリゴヌクレオチド誘導体の製造方法
CN112533892B (zh) 烷氧基苯基衍生物、核苷保护体和核苷酸保护体、寡核苷酸制造方法以及取代基除去方法
JP7164540B2 (ja) 立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製のための直交保護基
JP2008526918A5 (ja)
JP2011184318A (ja) リボヌクレシドh−ボラノホスホネート
WO2022009959A1 (ja) 核酸オリゴマーの製造方法
CZ20022930A3 (cs) Způsob výroby fosfonothioátových triesterů
WO2021153047A1 (ja) 核酸オリゴマーの製造方法
JP2008532946A5 (ja)
WO2006094963A1 (en) Synthesis of oligonucleotides
US11667660B2 (en) Pyridinium salts as activators in the synthesis of stereodefined oligonucleotides
WO2021193954A1 (ja) 核酸オリゴマーの製造方法
CA2892919A1 (en) Process for making reverse transcriptase inhibitors
WO2006095739A1 (ja) リボヌクレオシドの2’水酸基の脱保護方法
CA2685515A1 (en) Synthesis of oligonucleotides
KR20240082343A (ko) 정제 디클로로아세트산의 제조 방법
JP7298866B2 (ja) 核酸合成用固相担体及びそれを用いた核酸の製造方法
WO2022064908A1 (ja) 核酸オリゴマーの製造方法
CN117980285A (zh) 纯化二氯乙酸的制造方法
JP6322376B2 (ja) リン酸エステルアミド類の製造方法
US20100081802A1 (en) Synthesis of Phosphitylated Compounds Using a Quaternary Heterocyclic Activator