JP7467457B2 - 立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成における活性化物質としてのピリジニウム塩 - Google Patents
立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成における活性化物質としてのピリジニウム塩 Download PDFInfo
- Publication number
- JP7467457B2 JP7467457B2 JP2021528931A JP2021528931A JP7467457B2 JP 7467457 B2 JP7467457 B2 JP 7467457B2 JP 2021528931 A JP2021528931 A JP 2021528931A JP 2021528931 A JP2021528931 A JP 2021528931A JP 7467457 B2 JP7467457 B2 JP 7467457B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- alkyl
- pyridinium
- formula
- group
- aryl
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 239000012190 activator Substances 0.000 title claims description 100
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims description 81
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 title claims description 31
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 title claims description 30
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title description 111
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical class C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 title description 39
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 190
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 claims description 137
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 126
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims description 126
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 claims description 125
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 115
- 230000008878 coupling Effects 0.000 claims description 113
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 claims description 113
- 239000000178 monomer Substances 0.000 claims description 87
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 69
- -1 cyano, silyl Chemical group 0.000 claims description 69
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims description 68
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 68
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 62
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 62
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims description 60
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 58
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-O pyridinium Chemical compound C1=CC=[NH+]C=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-O 0.000 claims description 56
- 239000002904 solvent Substances 0.000 claims description 48
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 claims description 46
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims description 45
- UQZZQHGRZPTZME-UHFFFAOYSA-N oxazaphospholidine Chemical compound C1CPNO1 UQZZQHGRZPTZME-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 40
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 39
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 38
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 36
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 claims description 35
- 150000002367 halogens Chemical group 0.000 claims description 35
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 claims description 32
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 claims description 30
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 claims description 28
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 claims description 27
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 26
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 26
- AOJFQRQNPXYVLM-UHFFFAOYSA-N pyridin-1-ium;chloride Chemical group [Cl-].C1=CC=[NH+]C=C1 AOJFQRQNPXYVLM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 26
- BBFCIBZLAVOLCF-UHFFFAOYSA-N pyridin-1-ium;bromide Chemical group Br.C1=CC=NC=C1 BBFCIBZLAVOLCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 25
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 claims description 23
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 claims description 23
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 22
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 claims description 18
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 claims description 17
- 125000001181 organosilyl group Chemical group [SiH3]* 0.000 claims description 15
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 claims description 14
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 claims description 14
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 claims description 12
- 230000000707 stereoselective effect Effects 0.000 claims description 12
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 claims description 11
- XVMSFILGAMDHEY-UHFFFAOYSA-N 6-(4-aminophenyl)sulfonylpyridin-3-amine Chemical compound C1=CC(N)=CC=C1S(=O)(=O)C1=CC=C(N)C=N1 XVMSFILGAMDHEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- 150000003457 sulfones Chemical group 0.000 claims description 9
- 125000006704 (C5-C6) cycloalkyl group Chemical group 0.000 claims description 6
- 125000005362 aryl sulfone group Chemical group 0.000 claims description 6
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 claims description 6
- LXBGSDVWAMZHDD-UHFFFAOYSA-N 2-methyl-1h-imidazole Chemical compound CC1=NC=CN1 LXBGSDVWAMZHDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- XLSZMDLNRCVEIJ-UHFFFAOYSA-N methylimidazole Natural products CC1=CNC=N1 XLSZMDLNRCVEIJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 81
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 43
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 43
- MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 1-methyl-1H-imidazole Chemical compound CN1C=CN=C1 MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 38
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 38
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical group [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 31
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 31
- 125000006615 aromatic heterocyclic group Chemical group 0.000 description 28
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 28
- 125000001570 methylene group Chemical group [H]C([H])([*:1])[*:2] 0.000 description 25
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 24
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 23
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 22
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 21
- 239000002585 base Substances 0.000 description 20
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 19
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 18
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 15
- 125000004183 alkoxy alkyl group Chemical group 0.000 description 14
- JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N dichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)Cl JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 238000006642 detritylation reaction Methods 0.000 description 13
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 12
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 12
- 239000013058 crude material Substances 0.000 description 12
- 238000006177 thiolation reaction Methods 0.000 description 12
- 238000001946 ultra-performance liquid chromatography-mass spectrometry Methods 0.000 description 12
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 11
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 11
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 11
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 11
- 230000008569 process Effects 0.000 description 11
- XGDRLCRGKUCBQL-UHFFFAOYSA-N 1h-imidazole-4,5-dicarbonitrile Chemical compound N#CC=1N=CNC=1C#N XGDRLCRGKUCBQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 10
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 9
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 description 9
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 description 9
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 9
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 9
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 9
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 9
- YWVYZMVYXAVAKS-UHFFFAOYSA-N pyridin-1-ium;trifluoromethanesulfonate Chemical compound C1=CC=[NH+]C=C1.[O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F YWVYZMVYXAVAKS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 8
- IWYHWZTYVNIDAE-UHFFFAOYSA-N 1h-benzimidazol-1-ium;trifluoromethanesulfonate Chemical compound OS(=O)(=O)C(F)(F)F.C1=CC=C2NC=NC2=C1 IWYHWZTYVNIDAE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 8
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 8
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 8
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 8
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 description 8
- 125000002485 formyl group Chemical group [H]C(*)=O 0.000 description 8
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 8
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 8
- 238000005987 sulfurization reaction Methods 0.000 description 8
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 7
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 7
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical group [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 description 7
- 229960005215 dichloroacetic acid Drugs 0.000 description 7
- HPNMFZURTQLUMO-UHFFFAOYSA-N diethylamine Chemical compound CCNCC HPNMFZURTQLUMO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 7
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 7
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 7
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 7
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 7
- 229920001285 xanthan gum Polymers 0.000 description 7
- KMEMIMRPZGDOMG-UHFFFAOYSA-N 2-cyanoethoxyphosphonamidous acid Chemical class NP(O)OCCC#N KMEMIMRPZGDOMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- ITQTTZVARXURQS-UHFFFAOYSA-N 3-methylpyridine Chemical compound CC1=CC=CN=C1 ITQTTZVARXURQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- KAESVJOAVNADME-UHFFFAOYSA-N Pyrrole Chemical compound C=1C=CNC=1 KAESVJOAVNADME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 125000003302 alkenyloxy group Chemical group 0.000 description 6
- 125000004453 alkoxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 6
- 125000004448 alkyl carbonyl group Chemical group 0.000 description 6
- 239000000908 ammonium hydroxide Substances 0.000 description 6
- FKGZYFHAFBWWPJ-UHFFFAOYSA-N 1-phenyl-1h-imidazol-1-ium;trifluoromethanesulfonate Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F.C1=NC=C[NH+]1C1=CC=CC=C1 FKGZYFHAFBWWPJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 description 5
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 description 5
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 description 5
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 5
- 125000001436 propyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 5
- 239000011593 sulfur Chemical group 0.000 description 5
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 5
- KJUGUADJHNHALS-UHFFFAOYSA-N 1H-tetrazole Chemical compound C=1N=NNN=1 KJUGUADJHNHALS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- GXGKKIPUFAHZIZ-UHFFFAOYSA-N 5-benzylsulfanyl-2h-tetrazole Chemical compound C=1C=CC=CC=1CSC=1N=NNN=1 GXGKKIPUFAHZIZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000005915 C6-C14 aryl group Chemical group 0.000 description 4
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 4
- 125000000852 azido group Chemical group *N=[N+]=[N-] 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 150000001721 carbon Chemical group 0.000 description 4
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 4
- 125000001188 haloalkyl group Chemical group 0.000 description 4
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 4
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 4
- 239000000047 product Substances 0.000 description 4
- NRTYMEPCRDJMPZ-UHFFFAOYSA-N pyridine;2,2,2-trifluoroacetic acid Chemical compound C1=CC=NC=C1.OC(=O)C(F)(F)F NRTYMEPCRDJMPZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 125000006413 ring segment Chemical group 0.000 description 4
- PXQLVRUNWNTZOS-UHFFFAOYSA-N sulfanyl Chemical group [SH] PXQLVRUNWNTZOS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 150000003536 tetrazoles Chemical class 0.000 description 4
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 4
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000002023 trifluoromethyl group Chemical group FC(F)(F)* 0.000 description 4
- 125000004178 (C1-C4) alkyl group Chemical group 0.000 description 3
- 125000001731 2-cyanoethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C([H])([H])C#N 0.000 description 3
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 description 3
- PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N Fluorine Chemical compound FF PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N Propanedioic acid Natural products OC(=O)CC(O)=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 3
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 3
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 description 3
- 150000001540 azides Chemical class 0.000 description 3
- 125000003917 carbamoyl group Chemical group [H]N([H])C(*)=O 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 3
- 125000001559 cyclopropyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C1([H])* 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- NIHNNTQXNPWCJQ-UHFFFAOYSA-N fluorene Chemical compound C1=CC=C2CC3=CC=CC=C3C2=C1 NIHNNTQXNPWCJQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 3
- 125000005347 halocycloalkyl group Chemical group 0.000 description 3
- 125000005843 halogen group Chemical group 0.000 description 3
- BLTAPEIEHGWKKN-UHFFFAOYSA-N methanesulfonate;pyridin-1-ium Chemical compound CS(O)(=O)=O.C1=CC=NC=C1 BLTAPEIEHGWKKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 125000004184 methoxymethyl group Chemical group [H]C([H])([H])OC([H])([H])* 0.000 description 3
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 3
- 125000006245 phosphate protecting group Chemical group 0.000 description 3
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 3
- 125000000168 pyrrolyl group Chemical group 0.000 description 3
- 125000003107 substituted aryl group Chemical group 0.000 description 3
- 125000000446 sulfanediyl group Chemical group *S* 0.000 description 3
- 125000001412 tetrahydropyranyl group Chemical group 0.000 description 3
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 3
- GLPNNMNPIIXAIN-UHFFFAOYSA-N (7,7-dimethyl-3-oxo-4-bicyclo[2.2.1]heptanyl)methanesulfonate;pyridin-1-ium Chemical compound C1=CC=[NH+]C=C1.C1CC2(CS([O-])(=O)=O)C(=O)CC1C2(C)C GLPNNMNPIIXAIN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000006273 (C1-C3) alkyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000229 (C1-C4)alkoxy group Chemical group 0.000 description 2
- SDTORDSXCYSNTD-UHFFFAOYSA-N 1-methoxy-4-[(4-methoxyphenyl)methoxymethyl]benzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1COCC1=CC=C(OC)C=C1 SDTORDSXCYSNTD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 2,6-dimethylpyridine Chemical compound CC1=CC=CC(C)=N1 OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N 2-Aminoethan-1-ol Chemical compound NCCO HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XQCZBXHVTFVIFE-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4-hydroxypyrimidine Chemical compound NC1=NC=CC(O)=N1 XQCZBXHVTFVIFE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 2-aminopurine Chemical compound NC1=NC=C2N=CNC2=N1 MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HBJGQJWNMZDFKL-UHFFFAOYSA-N 2-chloro-7h-purin-6-amine Chemical compound NC1=NC(Cl)=NC2=C1NC=N2 HBJGQJWNMZDFKL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BSKHPKMHTQYZBB-UHFFFAOYSA-N 2-methylpyridine Chemical compound CC1=CC=CC=N1 BSKHPKMHTQYZBB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ONSASHBHHZNQQZ-UHFFFAOYSA-N 2-pyrrolidin-1-ium-1-ylacetonitrile;trifluoromethanesulfonate Chemical compound N#CC[NH+]1CCCC1.[O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F ONSASHBHHZNQQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FKNQCJSGGFJEIZ-UHFFFAOYSA-N 4-methylpyridine Chemical compound CC1=CC=NC=C1 FKNQCJSGGFJEIZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 5-bromouracil Chemical compound BrC1=CNC(=O)NC1=O LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UJBCLAXPPIDQEE-UHFFFAOYSA-N 5-prop-1-ynyl-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound CC#CC1=CNC(=O)NC1=O UJBCLAXPPIDQEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VKKXEIQIGGPMHT-UHFFFAOYSA-N 7h-purine-2,8-diamine Chemical compound NC1=NC=C2NC(N)=NC2=N1 VKKXEIQIGGPMHT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 8-[3-(1-cyclopropylpyrazol-4-yl)-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-5-yl]-3-methyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-2-one Chemical class C1(CC1)N1N=CC(=C1)C1=NNC2=C1N=C(N=C2)N1C2C(N(CC1CC2)C)=O HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M Bromide Chemical compound [Br-] CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N Bromine atom Chemical compound [Br] WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-M Fluoride anion Chemical compound [F-] KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N Fumaric acid Chemical compound OC(=O)\C=C\C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N 0.000 description 2
- AEMRFAOFKBGASW-UHFFFAOYSA-N Glycolic acid Chemical compound OCC(O)=O AEMRFAOFKBGASW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 2
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 2
- WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N Lithium Chemical compound [Li] WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N Methanesulfonic acid Chemical compound CS(O)(=O)=O AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-N Pyruvic acid Chemical compound CC(=O)C(O)=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005864 Sulphur Chemical group 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003282 alkyl amino group Chemical group 0.000 description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 2
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 2
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 2
- 125000005129 aryl carbonyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000005161 aryl oxy carbonyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000004104 aryloxy group Chemical group 0.000 description 2
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 2
- 125000001584 benzyloxycarbonyl group Chemical group C(=O)(OCC1=CC=CC=C1)* 0.000 description 2
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000000484 butyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 2
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000001995 cyclobutyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])(*)C1([H])[H] 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 125000001028 difluoromethyl group Chemical group [H]C(F)(F)* 0.000 description 2
- XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-N dimethylselenoniopropionate Natural products CCC(O)=O XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 2
- 125000004216 fluoromethyl group Chemical group [H]C([H])(F)* 0.000 description 2
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 2
- 150000004820 halides Chemical class 0.000 description 2
- 125000005223 heteroarylcarbonyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000005553 heteroaryloxy group Chemical group 0.000 description 2
- 125000005226 heteroaryloxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000001183 hydrocarbyl group Chemical group 0.000 description 2
- XMBWDFGMSWQBCA-UHFFFAOYSA-N hydrogen iodide Chemical compound I XMBWDFGMSWQBCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000007529 inorganic bases Chemical class 0.000 description 2
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 238000000111 isothermal titration calorimetry Methods 0.000 description 2
- 229910052744 lithium Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 2
- NSPJNIDYTSSIIY-UHFFFAOYSA-N methoxy(methoxymethoxy)methane Chemical compound COCOCOC NSPJNIDYTSSIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000005699 methyleneoxy group Chemical group [H]C([H])([*:1])O[*:2] 0.000 description 2
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 2
- 150000007530 organic bases Chemical class 0.000 description 2
- 125000000962 organic group Chemical group 0.000 description 2
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 2
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 2
- 125000001147 pentyl group Chemical group C(CCCC)* 0.000 description 2
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 2
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 2
- BJDYCCHRZIFCGN-UHFFFAOYSA-N pyridin-1-ium;iodide Chemical group I.C1=CC=NC=C1 BJDYCCHRZIFCGN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000003254 radicals Chemical class 0.000 description 2
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 2
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 2
- YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-N salicylic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1O YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 2
- 125000005017 substituted alkenyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000005415 substituted alkoxy group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000547 substituted alkyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000004426 substituted alkynyl group Chemical group 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 125000000472 sulfonyl group Chemical group *S(*)(=O)=O 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 2
- JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N toluene-4-sulfonic acid Chemical compound CC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N trans-butenedioic acid Natural products OC(=O)C=CC(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000000025 triisopropylsilyl group Chemical group C(C)(C)[Si](C(C)C)(C(C)C)* 0.000 description 2
- GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N trimethylamine Chemical compound CN(C)C GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 description 2
- QBYIENPQHBMVBV-HFEGYEGKSA-N (2R)-2-hydroxy-2-phenylacetic acid Chemical compound O[C@@H](C(O)=O)c1ccccc1.O[C@@H](C(O)=O)c1ccccc1 QBYIENPQHBMVBV-HFEGYEGKSA-N 0.000 description 1
- 125000000008 (C1-C10) alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004454 (C1-C6) alkoxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004916 (C1-C6) alkylcarbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000006700 (C1-C6) alkylthio group Chemical group 0.000 description 1
- 125000006619 (C1-C6) dialkylamino group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004209 (C1-C8) alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003088 (fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-VOTSOKGWSA-M .beta-Phenylacrylic acid Natural products [O-]C(=O)\C=C\C1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-VOTSOKGWSA-M 0.000 description 1
- 125000004973 1-butenyl group Chemical group C(=CCC)* 0.000 description 1
- RRQYJINTUHWNHW-UHFFFAOYSA-N 1-ethoxy-2-(2-ethoxyethoxy)ethane Chemical compound CCOCCOCCOCC RRQYJINTUHWNHW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GPAAEZIXSQCCES-UHFFFAOYSA-N 1-methoxy-2-(2-methoxyethoxymethoxymethoxy)ethane Chemical compound COCCOCOCOCCOC GPAAEZIXSQCCES-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000006017 1-propenyl group Chemical group 0.000 description 1
- CDAISMWEOUEBRE-LKPKBOIGSA-N 1D-chiro-inositol Chemical group O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O CDAISMWEOUEBRE-LKPKBOIGSA-N 0.000 description 1
- 125000004206 2,2,2-trifluoroethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C(F)(F)F 0.000 description 1
- YQTCQNIPQMJNTI-UHFFFAOYSA-N 2,2-dimethylpropan-1-one Chemical group CC(C)(C)[C]=O YQTCQNIPQMJNTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004974 2-butenyl group Chemical group C(C=CC)* 0.000 description 1
- 125000004777 2-fluoroethyl group Chemical group [H]C([H])(F)C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 description 1
- QWYTUBPAXJYCTH-UHFFFAOYSA-N 2-trimethylsilylethyl carbamate Chemical compound C[Si](C)(C)CCOC(N)=O QWYTUBPAXJYCTH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 3-azaniumyl-2-hydroxypropanoate Chemical compound NCC(O)C(O)=O BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004975 3-butenyl group Chemical group C(CC=C)* 0.000 description 1
- 125000004172 4-methoxyphenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(OC([H])([H])[H])=C([H])C([H])=C1* 0.000 description 1
- GONFBOIJNUKKST-UHFFFAOYSA-N 5-ethylsulfanyl-2h-tetrazole Chemical compound CCSC=1N=NNN=1 GONFBOIJNUKKST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZLAQATDNGLKIEV-UHFFFAOYSA-N 5-methyl-2-sulfanylidene-1h-pyrimidin-4-one Chemical compound CC1=CNC(=S)NC1=O ZLAQATDNGLKIEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QNNARSZPGNJZIX-UHFFFAOYSA-N 6-amino-5-prop-1-ynyl-1h-pyrimidin-2-one Chemical compound CC#CC1=CNC(=O)N=C1N QNNARSZPGNJZIX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZZOKVYOCRSMTSS-UHFFFAOYSA-N 9h-fluoren-9-ylmethyl carbamate Chemical compound C1=CC=C2C(COC(=O)N)C3=CC=CC=C3C2=C1 ZZOKVYOCRSMTSS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O Ammonium Chemical compound [NH4+] QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 108020000948 Antisense Oligonucleotides Proteins 0.000 description 1
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 239000005711 Benzoic acid Substances 0.000 description 1
- FENPYOFIQFTMRH-UHFFFAOYSA-N C(Sn1ncnn1)c1ccccc1 Chemical compound C(Sn1ncnn1)c1ccccc1 FENPYOFIQFTMRH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000005947 C1-C6 alkylsulfonyloxy group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000882 C2-C6 alkenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003320 C2-C6 alkenyloxy group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003601 C2-C6 alkynyl group Chemical group 0.000 description 1
- DCERHCFNWRGHLK-UHFFFAOYSA-N C[Si](C)C Chemical compound C[Si](C)C DCERHCFNWRGHLK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-SREVYHEPSA-N Cinnamic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-SREVYHEPSA-N 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N Dextrotartaric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N 0.000 description 1
- LCGLNKUTAGEVQW-UHFFFAOYSA-N Dimethyl ether Chemical compound COC LCGLNKUTAGEVQW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005977 Ethylene Substances 0.000 description 1
- PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N L-N-acetyl-Cysteine Chemical compound CC(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 235000010624 Medicago sativa Nutrition 0.000 description 1
- 240000004658 Medicago sativa Species 0.000 description 1
- 229940122938 MicroRNA inhibitor Drugs 0.000 description 1
- HTLZVHNRZJPSMI-UHFFFAOYSA-N N-ethylpiperidine Chemical compound CCN1CCCCC1 HTLZVHNRZJPSMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N Nitric acid Chemical compound O[N+]([O-])=O GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IWYDHOAUDWTVEP-UHFFFAOYSA-N R-2-phenyl-2-hydroxyacetic acid Natural products OC(=O)C(O)C1=CC=CC=C1 IWYDHOAUDWTVEP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108091027967 Small hairpin RNA Proteins 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N Tartaric acid Natural products [H+].[H+].[O-]C(=O)C(O)C(O)C([O-])=O FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004308 acetylcysteine Drugs 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 125000000641 acridinyl group Chemical group C1(=CC=CC2=NC3=CC=CC=C3C=C12)* 0.000 description 1
- 125000004423 acyloxy group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005083 alkoxyalkoxy group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004457 alkyl amino carbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002877 alkyl aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003806 alkyl carbonyl amino group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005278 alkyl sulfonyloxy group Chemical group 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000006620 amino-(C1-C6) alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005096 aminoalkylaminocarbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N ammonia Natural products N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003725 azepanyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002785 azepinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 125000003785 benzimidazolyl group Chemical group N1=C(NC2=C1C=CC=C2)* 0.000 description 1
- 125000000499 benzofuranyl group Chemical group O1C(=CC2=C1C=CC=C2)* 0.000 description 1
- 235000010233 benzoic acid Nutrition 0.000 description 1
- 125000005874 benzothiadiazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001164 benzothiazolyl group Chemical group S1C(=NC2=C1C=CC=C2)* 0.000 description 1
- 125000003354 benzotriazolyl group Chemical group N1N=NC2=C1C=CC=C2* 0.000 description 1
- 125000004541 benzoxazolyl group Chemical group O1C(=NC2=C1C=CC=C2)* 0.000 description 1
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 235000013877 carbamide Nutrition 0.000 description 1
- 125000000609 carbazolyl group Chemical group C1(=CC=CC=2C3=CC=CC=C3NC12)* 0.000 description 1
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 235000013985 cinnamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229930016911 cinnamic acid Natural products 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000582 cycloheptyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000113 cyclohexyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000640 cyclooctyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000001511 cyclopentyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C1([H])[H] 0.000 description 1
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 1
- 125000005959 diazepanyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002576 diazepinyl group Chemical group N1N=C(C=CC=C1)* 0.000 description 1
- 125000004852 dihydrofuranyl group Chemical group O1C(CC=C1)* 0.000 description 1
- 125000005050 dihydrooxazolyl group Chemical group O1C(NC=C1)* 0.000 description 1
- 125000005043 dihydropyranyl group Chemical group O1C(CCC=C1)* 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- HPYNZHMRTTWQTB-UHFFFAOYSA-N dimethylpyridine Natural products CC1=CC=CN=C1C HPYNZHMRTTWQTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000005982 diphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])(*)C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N disiloxane Chemical class [SiH3]O[SiH3] KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 1
- CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M ethanesulfonate Chemical compound CCS([O-])(=O)=O CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 description 1
- 125000001301 ethoxy group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])O* 0.000 description 1
- 150000002220 fluorenes Chemical class 0.000 description 1
- 125000006419 fluorocyclopropyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000012458 free base Substances 0.000 description 1
- 239000001530 fumaric acid Substances 0.000 description 1
- 235000011087 fumaric acid Nutrition 0.000 description 1
- 125000002541 furyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 1
- 230000008570 general process Effects 0.000 description 1
- 125000003187 heptyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000592 heterocycloalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000625 hexosyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004051 hexyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000002632 imidazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002636 imidazolinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002883 imidazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- PNDPGZBMCMUPRI-UHFFFAOYSA-N iodine Chemical compound II PNDPGZBMCMUPRI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 125000001977 isobenzofuranyl group Chemical group C=1(OC=C2C=CC=CC12)* 0.000 description 1
- 125000000959 isobutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000000904 isoindolyl group Chemical group C=1(NC=C2C=CC=CC12)* 0.000 description 1
- 125000000555 isopropenyl group Chemical group [H]\C([H])=C(\*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- JJWLVOIRVHMVIS-UHFFFAOYSA-N isopropylamine Chemical compound CC(C)N JJWLVOIRVHMVIS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002183 isoquinolinyl group Chemical group C1(=NC=CC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 125000001786 isothiazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003965 isoxazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000842 isoxazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 159000000003 magnesium salts Chemical class 0.000 description 1
- VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N maleic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N 0.000 description 1
- 239000011976 maleic acid Substances 0.000 description 1
- 229960002510 mandelic acid Drugs 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 229940098779 methanesulfonic acid Drugs 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-UHFFFAOYSA-N methyl p-hydroxycinnamate Natural products OC(=O)C=CC1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CPZBTYRIGVOOMI-UHFFFAOYSA-N methylsulfanyl(methylsulfanylmethoxy)methane Chemical compound CSCOCSC CPZBTYRIGVOOMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 1
- 125000002950 monocyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002757 morpholinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001624 naphthyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229910017604 nitric acid Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000000371 nucleobase group Chemical group 0.000 description 1
- 229940127073 nucleoside analogue Drugs 0.000 description 1
- 125000002347 octyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000005985 organic acids Nutrition 0.000 description 1
- 125000001715 oxadiazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 235000006408 oxalic acid Nutrition 0.000 description 1
- 125000005961 oxazepanyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000160 oxazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002971 oxazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000007800 oxidant agent Substances 0.000 description 1
- FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N papa-hydroxy-benzoic acid Natural products OC(=O)C1=CC=C(O)C=C1 FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 125000004193 piperazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003386 piperidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229920000768 polyamine Polymers 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 150000003141 primary amines Chemical class 0.000 description 1
- 235000019260 propionic acid Nutrition 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 125000004219 purine nucleobase group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000561 purinyl group Chemical group N1=C(N=C2N=CNC2=C1)* 0.000 description 1
- 125000003373 pyrazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003072 pyrazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003226 pyrazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002098 pyridazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- ZDYVRSLAEXCVBX-UHFFFAOYSA-N pyridinium p-toluenesulfonate Chemical compound C1=CC=[NH+]C=C1.CC1=CC=C(S([O-])(=O)=O)C=C1 ZDYVRSLAEXCVBX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004076 pyridyl group Chemical group 0.000 description 1
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 description 1
- 125000000714 pyrimidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000719 pyrrolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229940107700 pyruvic acid Drugs 0.000 description 1
- 125000002294 quinazolinyl group Chemical group N1=C(N=CC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- IUVKMZGDUIUOCP-BTNSXGMBSA-N quinbolone Chemical compound O([C@H]1CC[C@H]2[C@H]3[C@@H]([C@]4(C=CC(=O)C=C4CC3)C)CC[C@@]21C)C1=CCCC1 IUVKMZGDUIUOCP-BTNSXGMBSA-N 0.000 description 1
- 125000002943 quinolinyl group Chemical group N1=C(C=CC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 125000001567 quinoxalinyl group Chemical group N1=C(C=NC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 125000004621 quinuclidinyl group Chemical group N12C(CC(CC1)CC2)* 0.000 description 1
- 230000007115 recruitment Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 108010052833 ribonuclease HI Proteins 0.000 description 1
- 229960004889 salicylic acid Drugs 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 150000003335 secondary amines Chemical class 0.000 description 1
- 125000000467 secondary amino group Chemical group [H]N([*:1])[*:2] 0.000 description 1
- 125000003808 silyl group Chemical group [H][Si]([H])([H])[*] 0.000 description 1
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 description 1
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- CYFLXLSBHQBMFT-UHFFFAOYSA-N sulfamoxole Chemical group O1C(C)=C(C)N=C1NS(=O)(=O)C1=CC=C(N)C=C1 CYFLXLSBHQBMFT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000475 sulfinyl group Chemical group [*:2]S([*:1])=O 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 235000002906 tartaric acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011975 tartaric acid Substances 0.000 description 1
- 125000004213 tert-butoxy group Chemical group [H]C([H])([H])C(O*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N tert-butyl(dimethyl)silicon Chemical compound C[Si](C)C(C)(C)C ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001981 tert-butyldimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([H])(C([H])([H])[H])[*]C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000005931 tert-butyloxycarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(OC(*)=O)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 150000003512 tertiary amines Chemical class 0.000 description 1
- 125000001302 tertiary amino group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003718 tetrahydrofuranyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004853 tetrahydropyridinyl group Chemical group N1(CCCC=C1)* 0.000 description 1
- 125000005958 tetrahydrothienyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004632 tetrahydrothiopyranyl group Chemical group S1C(CCCC1)* 0.000 description 1
- 125000003831 tetrazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 125000001113 thiadiazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001984 thiazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000335 thiazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001544 thienyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005190 thiohydroxy group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004568 thiomorpholinyl group Chemical group 0.000 description 1
- ZEMGGZBWXRYJHK-UHFFFAOYSA-N thiouracil Chemical compound O=C1C=CNC(=S)N1 ZEMGGZBWXRYJHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000005208 trialkylammonium group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004306 triazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001425 triazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- ITMCEJHCFYSIIV-UHFFFAOYSA-M triflate Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F ITMCEJHCFYSIIV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 125000000876 trifluoromethoxy group Chemical group FC(F)(F)O* 0.000 description 1
- 125000000026 trimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([*])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- YFTHZRPMJXBUME-UHFFFAOYSA-N tripropylamine Chemical compound CCCN(CCC)CCC YFTHZRPMJXBUME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000391 vinyl group Chemical group [H]C([*])=C([H])[H] 0.000 description 1
- 229920002554 vinyl polymer Polymers 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
- C07H1/02—Phosphorylation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/20—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
- C07H19/213—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids containing cyclic phosphate
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Description
本発明は、立体的に規定された（stereodefined）オリゴヌクレオチドを調製するための新規プロセスに関する。
治療用物質としての合成オリゴヌクレオチドの使用は、この数十年の間に顕著な進歩を示し、RNase H活性化ギャップマー、スプライススイッチングオリゴヌクレオチド、マイクロRNA阻害剤、siRNAまたはアプタマーを含む、多様なメカニズムによって作用する分子の開発につながっている（S. T. Crooke, Antisense drug technology : principles, strategies, and applications, 2nd ed. ed., Boca Raton, FL : CRC Press, 2008（非特許文献1））。
LNA（ロックド核酸）モノマーの合成は、Wengelらによって最初に報告された（Singh, S. K.; Nielsen, P., Koshkin, A. A. and Wengel, J. Chem. Commun., 1998, 455（非特許文献2））。
Nathsuhisa Okaらは、Org. Lett., Vol. 11, No. 4, 2009（非特許文献3）においてホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの合成を記載している。Okaらによって記載された合成は、固体支持体上で行われ、様々なカップリング活性化物質を試験している。Okaらは、N-フェニルイミダゾリウムトリフレートが最良の活性化物質であることを示している。残念ながら、Okaらは、ロックド核酸（LNA）などの立体的に規定されたホスホロチオエート修飾オリゴヌクレオチドの合成を探求しなかった。
MaoJun Guoらは、Bioorg. Med. Chem. Lett. 8 (1998) 2539-2544（非特許文献4）において活性化物質として1H-テトラゾールを用いた2'-O-メチル-ホスホロチオテートオリゴヌクレオチドの合成を記載している。残念ながら、Guoらは、立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの合成に対する指針を提供していない。
文献を再調査すると、立体的に規定された修飾オリゴヌクレオチドの合成については乏しいままであることが明らかである。しかし、本発明者らは、立体的に規定されたオリゴヌクレオチドがより良い薬理学的特性を有するオリゴヌクレオチドにつながると考えている。それらの化学構造により、オリゴヌクレオチドは本質的に、多くの立体中心を、特にそれらのヌクレオシド間連結のリン酸原子上に有する。これらの立体中心は、所与のオリゴヌクレオチドが実際にはオリゴヌクレオチド立体異性体の混合物であることを意味する。本発明者らは、オリゴヌクレオチド立体異性体の所与の混合物の薬理学的特性を、混合物中の他のものよりも優れた薬理学的特性を有する立体異性体を選択することによって改善し得ることに気が付いた。したがって、本発明者らは、他のものよりも好ましい薬理学的特性を有する立体異性体を合成および/または選択することに興味を持っている。
しかし、オリゴヌクレオチドの合成を促進するための様々な試みにもかかわらず、立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチド、特にLNA（ロックド核酸）などの立体的に規定されたロックドホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの高収率での合成が依然として必要とされている。
本発明者らは、ピリジニウム酸性塩をカップリング活性化物質として用いる、立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチド、特にロックドホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを高収率で調製するためのプロセスを見出したことに驚いた。当技術分野における本発明によるプロセスのさらなる重要な改善を以下に概説する。
S. T. Crooke, Antisense drug technology : principles, strategies, and applications, 2nd ed. ed., Boca Raton, FL : CRC Press, 2008
Singh, S. K.; Nielsen, P., Koshkin, A. A. and Wengel, J. Chem. Commun., 1998, 455
Nathsuhisa Oka et al., Org. Lett., Vol. 11, No. 4, 2009
MaoJun Guo et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 8 (1998) 2539-2544
1つの局面において、本発明は、ピリジニウム酸性塩をカップリング活性化物質として用いて、立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチド、特に立体的に規定されたロックドホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを相対的高収率で調製するための方法に関する。
別の局面において、本発明は、ピリジニウム酸性塩活性化物質を用いる立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製のための、ピリジニウム酸性塩活性化物質、溶媒、およびモノマーを含む組成物に関する。
さらに別の局面において、本発明は、立体的に規定された修飾ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製における、カップリング活性化物質としてのピリジニウム酸性塩の使用に関する。
定義
「アルキル」なる用語は、単独または組み合わせで、1～8つの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖アルキル基、特に1～6つの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖アルキル基、特に1～4つの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖アルキル基を意味する。直鎖および分枝鎖C1～C8アルキル基の例は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、tert-ブチル、異性ペンチル、異性ヘキシル、異性ヘプチルおよび異性オクチル、特にメチル、エチル、プロピル、ブチルおよびペンチルである。アルキルの特定の例は、メチル、エチルおよびプロピルである。
「アルキル」なる用語は、単独または組み合わせで、1～8つの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖アルキル基、特に1～6つの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖アルキル基、特に1～4つの炭素原子を有する直鎖または分枝鎖アルキル基を意味する。直鎖および分枝鎖C1～C8アルキル基の例は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、tert-ブチル、異性ペンチル、異性ヘキシル、異性ヘプチルおよび異性オクチル、特にメチル、エチル、プロピル、ブチルおよびペンチルである。アルキルの特定の例は、メチル、エチルおよびプロピルである。
「シクロアルキル」なる用語は、単独または組み合わせで、3～8つの炭素原子を有するシクロアルキル環、特に3～6つの炭素原子を有するシクロアルキル環を意味する。シクロアルキルの例は、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチルおよびシクロオクチル、特にシクロプロピルおよびシクロブチルである。「シクロアルキル」の特定の例は、シクロプロピルである。
「アルコキシ」なる用語は、単独または組み合わせで、「アルキル」なる用語が前に与えられた意味を有する式 アルキル-O-の基、例えば、メトキシ、エトキシ、n-プロポキシ、イソプロポキシ、n-ブトキシ、イソブトキシ、sec-ブトキシおよびtert-ブトキシを意味する。特定の「アルコキシ」はメトキシおよびエトキシである。メトキシエトキシは「アルコキシアルコキシ」の特定の例である。
「オキシ」なる用語は、単独または組み合わせで、-O-基を意味する。
「アルケニル」なる用語は、単独または組み合わせで、オレフィン結合および8つまで、好ましくは6つまで、特に好ましくは4つまでの炭素原子を含む直鎖または分枝炭化水素残基を意味する。アルケニル基の例は、1-プロペニル、2-プロペニル、イソプロペニル、1-ブテニル、2-ブテニル、3-ブテニルおよびイソブテニルである。
「アルキニル」なる用語は、単独または組み合わせで、三重結合および8つまで、特に2つの炭素原子を含む直鎖または分枝炭化水素残基を意味する。
「ハロゲン」または「ハロ」なる用語は、単独または組み合わせで、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素、特にフッ素、塩素または臭素、特にフッ素を意味する。「ハロ」なる用語は、別の基との組み合わせで、この基の少なくとも1つのハロゲンによる置換、特に1～5つのハロゲン、特に1～4つのハロゲン、すなわち1、2、3、または4つのハロゲンによる置換を示す。
「ハロアルキル」なる用語は、単独または組み合わせで、少なくとも1つのハロゲンで置換された、特に1～5つのハロゲン、特に1～3つのハロゲンで置換されたアルキル基を示す。ハロアルキルの例には、モノフルオロ-、ジフルオロ-またはトリフルオロ-メチル、-エチルまたは-プロピル、例えば3,3,3-トリフルオロプロピル、2-フルオロエチル、2,2,2-トリフルオロエチル、フルオロメチルまたはトリフルオロメチルが含まれる。フルオロメチル、ジフルオロメチルおよびトリフルオロメチルは特定の「ハロアルキル」である。
「ハロシクロアルキル」なる用語は、単独または組み合わせで、少なくとも1つのハロゲンで置換された、特に1～5つのハロゲン、特に1～3つのハロゲンで置換された、前述で定義されたとおりのシクロアルキル基を示す。「ハロシクロアルキル」の特定の例は、ハロシクロプロピル、特にフルオロシクロプロピル、ジフルオロシクロプロピルおよびトリフルオロシクロプロピルである。
「ヒドロキシル」および「ヒドロキシ」なる用語は、単独または組み合わせで、-OH基を意味する。
「チオヒドロキシル」および「チオヒドロキシ」なる用語は、単独または組み合わせで、-SH基を意味する。
「カルボニル」なる用語は、単独または組み合わせで、-C(O)-基を意味する。
「カルボキシ」または「カルボキシル」なる用語は、単独または組み合わせで、-COOH基を意味する。
「アミノ」なる用語は、単独または組み合わせで、一級アミノ基（-NH2）、二級アミノ基（-NH-）、または三級アミノ基（-N-）を意味する。
「アルキルアミノ」なる用語は、単独または組み合わせで、1つまたは2つの前述で定義されたとおりのアルキル基で置換された前述で定義されたとおりのアミノ基を意味する。
「スルホニル」なる用語は、単独または組み合わせで、-SO2基を意味する。
「スルフィニル」なる用語は、単独または組み合わせで、-SO-基を意味する。
「スルファニル」なる用語は、単独または組み合わせで、-S-基を意味する。
「シアノ」なる用語は、単独または組み合わせで、-CN基を意味する。
「アジド」なる用語は、単独または組み合わせで、-N3基を意味する。
「ニトロ」なる用語は、単独または組み合わせで、NO2基を意味する。
「ホルミル」なる用語は、単独または組み合わせで、-C(O)H基を意味する。
「カルバモイル」なる用語は、単独または組み合わせで、-C(O)NH2基を意味する。
「カルバミド」なる用語は、単独または組み合わせで、-NH-C(O)-NH2基を意味する。
「アリール」なる用語は単独または組み合わせで、6～10個の炭素環原子を含む一価芳香族炭素環式単環式または二環式環系であって、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルコキシアルキル、アルケニルオキシ、カルボキシル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、およびホルミルより独立して選択される1～3つの置換基で置換されていてもよい、一価芳香族炭素環式単環式または二環式環系を示す。アリールの例には、フェニルおよびナフチル、特にフェニルが含まれる。
「ヘテロアリール」なる用語は単独または組み合わせで、1、2、3、または4個のヘテロ原子を含み残りの環原子が炭素である、5～12個の環原子の一価芳香族複素環式単環式または二環式環系であって、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルコキシアルキル、アルケニルオキシ、カルボキシル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、およびホルミルより独立して選択される1～3つの置換基で置換されていてもよい、N、O、およびSより選択される、一価芳香族複素環式単環式または二環式環系を示す。ヘテロアリールの例には、ピロリル、フラニル、チエニル、イミダゾリル、オキサゾリル、チアゾリル、トリアゾリル、オキサジアゾリル、チアジアゾリル、テトラゾリル、ピリジニル、ピラジニル、ピラゾリル、ピリダジニル、ピリミジニル、トリアジニル、アゼピニル、ジアゼピニル、イソキサゾリル、ベンゾフラニル、イソチアゾリル、ベンゾチエニル インドリル、イソインドリル、イソベンゾフラニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾキサゾリル、ベンゾイソキサゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾイソチアゾリル、ベンゾオキサジアゾリル、ベンゾチアジアゾリル、ベンゾトリアゾリル、プリニル、キノリニル、イソキノリニル、キナゾリニル、キノキサリニル、カルバゾリル、またはアクリジニルが含まれる。
「ヘテロシクリル」なる用語は単独または組み合わせで、N、O、およびSより選択される1、2、3、または4個の環ヘテロ原子を含み残りの環原子が炭素である、4～12個、特に4～9個の環原子の一価飽和または部分不飽和単環式または二環式環系であって、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルコキシアルキル、アルケニルオキシ、カルボキシル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、およびホルミルより独立して選択される1～3つの置換基で置換されていてもよい、一価飽和または部分不飽和単環式または二環式環系を示す。単環式飽和ヘテロシクリルの例は、アゼチジル、ピロリジニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、チアゾリジニル、ピペリジニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、ピペラジニル、モルホリニル、チオモルホリニル、1,1-ジオキソチオモルホリン-4-イル、アゼパニル、ジアゼパニル、ホモピペラジニル、またはオキサゼパニルである。二環式飽和ヘテロシクロアルキルの例は、8-アザビシクロ[3.2.1]オクチル、キヌクリジニル、8-オキサ-3-アザビシクロ[3.2.1]オクチル、9-アザ-ビシクロ[3.3.1]ノニル、3-オキサ-9-アザビシクロ[3.3.1]ノニル、または3-チア-9-アザビシクロ[3.3.1]ノニルである。部分不飽和ヘテロシクロアルキルの例は、ジヒドロフリル、イミダゾリニル、ジヒドロオキサゾリル、テトラヒドロピリジニル、またはジヒドロピラニルである。
「シリル」なる用語は、水素原子の1つまたは複数が有機基によって置き換えられている、-SiH3基または任意の類似の基を意味する。そのような類似の基の例は-SiMe(Ph)2である。「C1～4-アルキルおよびC6～14アリールより選択される1つまたは複数の置換基によって置換されたシリル」なる表現は、水素原子の1つまたは複数が、C1～4-アルキルおよびC6～14アリールより選択される有機基で置き換えられている、シリル基を意味する。
「薬学的に許容される塩」なる用語は、生物学的にもそれ以外にも有害ではない、遊離塩基または遊離酸の生物学的有効性および特性を保持している塩を意味する。塩は、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸、特に塩酸などの無機酸、および酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、コハク酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、p-トルエンスルホン酸、サリチル酸、N-アセチルシステインなどの有機酸と形成される。加えて、これらの塩は、遊離酸に無機塩基または有機塩基を添加することにより調製してもよい。無機塩基由来の塩には、ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム塩が含まれるが、それらに限定されない。有機塩基由来の塩には、一級、二級、および三級アミン、天然置換アミンを含む置換アミン、環状アミンならびに塩基性イオン交換樹脂、例えばイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミン、エタノールアミン、リジン、アルギニン、N-エチルピペリジン、ピペリジン、ポリアミン樹脂の塩が含まれるが、それらに限定されない。本発明のオリゴヌクレオチドは、双性イオンの形態で存在することもできる。本発明の特に好ましい薬学的に許容される塩は、ナトリウム、リチウム、カリウムおよびトリアルキルアンモニウム塩である。
「保護基」なる用語は、単独または組み合わせで、化学反応を別の無保護の反応性部位で選択的に実施し得るように、多官能性化合物の反応性部位を選択的にブロックする基を意味する。保護基は除去することができる。例示的保護基はアミノ保護基、カルボキシ保護基またはヒドロキシ保護基である。
「リン酸保護基」は、リン酸基の保護基である。リン酸保護基の例は2-シアノエチルおよびメチルである。リン酸保護基の特定の例は2-シアノエチルである。
「ヒドロキシル保護基」はヒドロキシル基の保護基であり、チオール基を保護するためにも用いる。ヒドロキシル保護基の例はアセチル（Ac）、ベンゾイル（Bz）、ベンジル（Bn）、β-メトキシエトキシメチルエーテル（MEM）、ジメトキシトリチル（またはビス-(4-メトキシフェニル)フェニルメチル）（DMT）、トリメトキシトリチル（またはトリス-(4-メトキシフェニル)フェニルメチル）（TMT）、メトキシメチルエーテル（MOM）、メトキシトリチル［(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル（MMT）、p-メトキシベンジルエーテル（PMB）、メチルチオメチルエーテル、ピバロイル（Piv）、テトラヒドロピラニル（THP）、テトラヒドロフラン（THF）、トリチルまたはトリフェニルメチル（Tr）、シリルエーテル（例えば、トリメチルシリル（TMS）、tert-ブチルジメチルシリル（TBDMS）、トリ-イソ-プロピルシリルオキシメチル（TOM）およびトリイソプロピルシリル（TIPS）エーテル）、メチルエーテルおよびエトキシエチルエーテル（EE）である。ヒドロキシル保護基の特定の例はDMTおよびTMT、特にDMTである。
「チオヒドロキシル保護基」はチオヒドロキシル基の保護基である。チオヒドロキシル保護基の例は「ヒドロキシル保護基」のものである。
出発材料または本発明の化合物のうちの1つが、1つまたは複数の反応段階の反応条件下で安定でないか、または反応性である、1つまたは複数の官能基を含む場合、適切な保護基（例えば、''Protective Groups in Organic Chemistry'' by T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 3rd Ed., 1999, Wiley, New Yorkに記載のとおり）を、当技術分野において周知の方法を適用して、重大な段階の前に導入することができる。そのような保護基は、文献に記載の標準の方法を用いて、合成の後のステージで除去することができる。保護基の例は、tert-ブトキシカルボニル（Boc）、9-フルオレニルメチルカルバメート（Fmoc）、2-トリメチルシリルエチルカルバメート（Teoc）、カルボベンジルオキシ（Cbz）、およびp-メトキシベンジルオキシカルボニル（Moz）である。
本明細書に記載の化合物は、いくつかの不斉中心を含み得、光学的に純粋な鏡像異性体、例えばラセミ体などの鏡像異性体の混合物、ジアステレオ異性体の混合物、ジアステレオ異性ラセミ体またはジアステレオ異性ラセミ体の混合物の形態で存在し得る。
オリゴヌクレオチド
本明細書において用いられる「オリゴヌクレオチド」なる用語は、一般に当業者によって理解されるとおり、2つまたはそれ以上の共有結合ヌクレオシドを含む分子と定義される。このような共有結合ヌクレオシドは、核酸分子またはオリゴマーと呼んでもよい。オリゴヌクレオチドは一般に、固相化学合成と、続く精製によって実験室で作製する。オリゴヌクレオチドの配列に言及する場合、言及は共有結合ヌクレオチドまたはヌクレオシドの、核酸塩基部分の配列もしくは順序、またはその改変に対してなされる。本発明のオリゴヌクレオチドは、人工的であり、化学合成し、かつ典型的には精製または単離する。本発明のオリゴヌクレオチドは、1つまたは複数の修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドを含んでもよい。
本明細書において用いられる「オリゴヌクレオチド」なる用語は、一般に当業者によって理解されるとおり、2つまたはそれ以上の共有結合ヌクレオシドを含む分子と定義される。このような共有結合ヌクレオシドは、核酸分子またはオリゴマーと呼んでもよい。オリゴヌクレオチドは一般に、固相化学合成と、続く精製によって実験室で作製する。オリゴヌクレオチドの配列に言及する場合、言及は共有結合ヌクレオチドまたはヌクレオシドの、核酸塩基部分の配列もしくは順序、またはその改変に対してなされる。本発明のオリゴヌクレオチドは、人工的であり、化学合成し、かつ典型的には精製または単離する。本発明のオリゴヌクレオチドは、1つまたは複数の修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドを含んでもよい。
アンチセンスオリゴヌクレオチド
本明細書において用いられる「アンチセンスオリゴヌクレオチド」なる用語は、標的核酸に、特に標的核酸上の連続配列にハイブリダイズすることによって、標的遺伝子の発現を調節することができるオリゴヌクレオチドと定義される。アンチセンスオリゴヌクレオチドは本質的に二本鎖ではなく、したがってsiRNAでもshRNAでもない。好ましくは、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは一本鎖である。本発明の一本鎖オリゴヌクレオチドは、自己内または自己間相補性の程度がオリゴヌクレオチドの全長にわたって50％未満であるかぎり、ヘアピンまたは分子間二本鎖構造（同じオリゴヌクレオチドの2つの分子間の二本鎖）を形成し得ることが理解される。
本明細書において用いられる「アンチセンスオリゴヌクレオチド」なる用語は、標的核酸に、特に標的核酸上の連続配列にハイブリダイズすることによって、標的遺伝子の発現を調節することができるオリゴヌクレオチドと定義される。アンチセンスオリゴヌクレオチドは本質的に二本鎖ではなく、したがってsiRNAでもshRNAでもない。好ましくは、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは一本鎖である。本発明の一本鎖オリゴヌクレオチドは、自己内または自己間相補性の程度がオリゴヌクレオチドの全長にわたって50％未満であるかぎり、ヘアピンまたは分子間二本鎖構造（同じオリゴヌクレオチドの2つの分子間の二本鎖）を形成し得ることが理解される。
連続ヌクレオチド配列
「連続ヌクレオチド配列」なる用語は、標的核酸と相補的であるオリゴヌクレオチドの領域を指す。この用語は、本明細書において用語「連続核酸塩基配列」および用語「オリゴヌクレオチドモチーフ配列」と交換可能に使用される。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドのすべてのヌクレオチドは連続ヌクレオチド配列を構成する。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、F-G-F'ギャップマー領域などの連続ヌクレオチド配列を含み、かつ、さらなるヌクレオチド、例えば、連続ヌクレオチド配列に官能基を結合するために使用し得るヌクレオチドリンカー領域を、任意に含んでもよい。ヌクレオチドリンカー領域は、標的核酸と相補的であってもよいか、または相補的でなくてもよい。
「連続ヌクレオチド配列」なる用語は、標的核酸と相補的であるオリゴヌクレオチドの領域を指す。この用語は、本明細書において用語「連続核酸塩基配列」および用語「オリゴヌクレオチドモチーフ配列」と交換可能に使用される。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドのすべてのヌクレオチドは連続ヌクレオチド配列を構成する。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、F-G-F'ギャップマー領域などの連続ヌクレオチド配列を含み、かつ、さらなるヌクレオチド、例えば、連続ヌクレオチド配列に官能基を結合するために使用し得るヌクレオチドリンカー領域を、任意に含んでもよい。ヌクレオチドリンカー領域は、標的核酸と相補的であってもよいか、または相補的でなくてもよい。
ヌクレオチド
ヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドの構成要素であり、本発明の目的のために、天然および非天然ヌクレオチドの両方を含む。本質的に、DNAおよびRNAヌクレオチドなどのヌクレオチドは、リボース糖部分、核酸塩基部分、および1つまたは複数のリン酸基（ヌクレオシドには存在しない）を含む。ヌクレオシドおよびヌクレオチドは交換可能に「単位」または「モノマー」と呼ぶこともある。
ヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドの構成要素であり、本発明の目的のために、天然および非天然ヌクレオチドの両方を含む。本質的に、DNAおよびRNAヌクレオチドなどのヌクレオチドは、リボース糖部分、核酸塩基部分、および1つまたは複数のリン酸基（ヌクレオシドには存在しない）を含む。ヌクレオシドおよびヌクレオチドは交換可能に「単位」または「モノマー」と呼ぶこともある。
修飾ヌクレオシド
本明細書において用いられる「修飾ヌクレオシド」または「ヌクレオシド修飾」なる用語は、同等のDNAまたはRNAヌクレオシドに比べて、糖部分または（核酸）塩基部分の1つまたは複数の修飾の導入によって修飾されたヌクレオシドを指す。好ましい態様において、修飾ヌクレオシドは修飾された糖部分を含む。修飾ヌクレオシドなる用語は、本明細書において「ヌクレオシド類縁体」または修飾「単位」もしくは修飾「モノマー」なる用語と交換可能に用いてもよい。非修飾DNAまたはRNA糖部分を有するヌクレオシドは、本明細書においてDNAまたはRNAヌクレオシドと呼ぶ。DNAまたはRNAヌクレオシドの塩基領域に修飾を伴うヌクレオシドは、ワトソン-クリック塩基対形成を可能にするならば、なお一般にDNAまたはRNAと呼ぶ。
本明細書において用いられる「修飾ヌクレオシド」または「ヌクレオシド修飾」なる用語は、同等のDNAまたはRNAヌクレオシドに比べて、糖部分または（核酸）塩基部分の1つまたは複数の修飾の導入によって修飾されたヌクレオシドを指す。好ましい態様において、修飾ヌクレオシドは修飾された糖部分を含む。修飾ヌクレオシドなる用語は、本明細書において「ヌクレオシド類縁体」または修飾「単位」もしくは修飾「モノマー」なる用語と交換可能に用いてもよい。非修飾DNAまたはRNA糖部分を有するヌクレオシドは、本明細書においてDNAまたはRNAヌクレオシドと呼ぶ。DNAまたはRNAヌクレオシドの塩基領域に修飾を伴うヌクレオシドは、ワトソン-クリック塩基対形成を可能にするならば、なお一般にDNAまたはRNAと呼ぶ。
核酸塩基
核酸塩基なる用語は、核酸ハイブリダイゼーションにおいて水素結合を形成する、ヌクレオシドおよびヌクレオチドに存在するプリン（例えば、アデニンおよびグアニン）およびピリミジン（例えば、ウラシル、チミン、およびシトシン）部分を含む。本発明の文脈において、核酸塩基なる用語は、天然の核酸塩基とは異なり得るが、核酸ハイブリダイゼーション中に機能する、修飾核酸塩基も含む。この文脈において、「核酸塩基」は、アデニン、グアニン、シトシン、チミジン、ウラシル、キサンチン、およびヒポキサンチンなどの天然核酸塩基、ならびに非天然変種の両方を指す。そのような変種は、例えば、Hirao et al (2012) Accounts of Chemical Research vol 45 page 2055およびBergstrom (2009) Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl. 37 1.4.1.に記載されている。
核酸塩基なる用語は、核酸ハイブリダイゼーションにおいて水素結合を形成する、ヌクレオシドおよびヌクレオチドに存在するプリン（例えば、アデニンおよびグアニン）およびピリミジン（例えば、ウラシル、チミン、およびシトシン）部分を含む。本発明の文脈において、核酸塩基なる用語は、天然の核酸塩基とは異なり得るが、核酸ハイブリダイゼーション中に機能する、修飾核酸塩基も含む。この文脈において、「核酸塩基」は、アデニン、グアニン、シトシン、チミジン、ウラシル、キサンチン、およびヒポキサンチンなどの天然核酸塩基、ならびに非天然変種の両方を指す。そのような変種は、例えば、Hirao et al (2012) Accounts of Chemical Research vol 45 page 2055およびBergstrom (2009) Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl. 37 1.4.1.に記載されている。
いくつかの態様において、核酸塩基部分を、プリンまたはピリミジンを修飾プリンまたはピリミジン、例えば置換プリンまたは置換ピリミジン、例えばイソシトシン、プソイドイソシトシン、5-メチルシトシン、5-チオゾロ-シトシン、5-プロピニル-シトシン、5-プロピニル-ウラシル、5-ブロモウラシル 5-チアゾロ-ウラシル、2-チオ-ウラシル、2'チオ-チミン、イノシン、ジアミノプリン、6-アミノプリン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリン、および2-クロロ-6-アミノプリンより選択される核酸塩基に変えることによって修飾する。
核酸塩基部分は、それぞれ対応する核酸塩基の文字コード、例えばA、T、G、C、またはUによって示してもよく、ここで各文字は等価の機能の修飾核酸塩基を任意に含み得る。例えば、例示するオリゴヌクレオチドにおいて、核酸塩基部分はA、T、G、C、および5-メチルシトシンより選択される。任意に、LNAギャップマーに対して、5-メチルシトシンLNAヌクレオシドを用いてもよい。
5'-ヒドロキシル保護ヌクレオシド
ヌクレオシドの通常の化学命名法は、以下に示すとおりである。「5'-ヒドロキシル保護ヌクレオシド」なる表現において、言及する5'位は以下に示すとおりであり、ここでPGOはヒドロキシル保護基であり、かつBは核酸塩基である。
ヌクレオシドの通常の化学命名法は、以下に示すとおりである。「5'-ヒドロキシル保護ヌクレオシド」なる表現において、言及する5'位は以下に示すとおりであり、ここでPGOはヒドロキシル保護基であり、かつBは核酸塩基である。
前述の表現は5'位の例示のために提供するにすぎないことが理解されるべきである。多くの異なるヌクレオシドは、本明細書に記載の糖修飾ヌクレオシドなどの修飾ヌクレオシドを含む「5'-ヒドロキシル保護ヌクレオシド」なる表現の範囲内である。
修飾オリゴヌクレオチド
修飾オリゴヌクレオチドなる用語は、1つまたは複数の糖修飾ヌクレオシドおよび/または修飾ヌクレオシド間連結を含むオリゴヌクレオチドを記載する。「キメラ」オリゴヌクレオチドなる用語は、修飾ヌクレオシドを有するオリゴヌクレオチドを記載するために文献で使用されている用語である。
修飾オリゴヌクレオチドなる用語は、1つまたは複数の糖修飾ヌクレオシドおよび/または修飾ヌクレオシド間連結を含むオリゴヌクレオチドを記載する。「キメラ」オリゴヌクレオチドなる用語は、修飾ヌクレオシドを有するオリゴヌクレオチドを記載するために文献で使用されている用語である。
立体的に規定されたオリゴヌクレオチド
立体的に規定されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのヌクレオシド間連結が立体的に規定されたヌクレオシド間連結であるオリゴヌクレオチドである。
立体的に規定されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのヌクレオシド間連結が立体的に規定されたヌクレオシド間連結であるオリゴヌクレオチドである。
立体的に規定されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのヌクレオシド間連結が立体的に規定されたホスホロチオエートヌクレオシド間連結であるオリゴヌクレオチドである。
相補性
「相補性」なる用語は、ヌクレオシド/ヌクレオチドのワトソン-クリック塩基対形成の能力を記載する。ワトソン-クリック塩基対はグアニン（G）-シトシン（C）およびアデニン（A）-チミン（T）/ウラシル（U）である。オリゴヌクレオチドは修飾された核酸塩基を有するヌクレオシドを含み得ることが理解され、例えば5-メチルシトシンはシトシンの代わりによく使用され、したがって相補性なる用語は非修飾核酸塩基と修飾核酸塩基との間のワトソン-クリック塩基対形成を包含する（例えば、Hirao et al (2012) Accounts of Chemical Research vol. 45 page 2055およびBergstrom (2009) Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl. 37 1.4.1参照）。
「相補性」なる用語は、ヌクレオシド/ヌクレオチドのワトソン-クリック塩基対形成の能力を記載する。ワトソン-クリック塩基対はグアニン（G）-シトシン（C）およびアデニン（A）-チミン（T）/ウラシル（U）である。オリゴヌクレオチドは修飾された核酸塩基を有するヌクレオシドを含み得ることが理解され、例えば5-メチルシトシンはシトシンの代わりによく使用され、したがって相補性なる用語は非修飾核酸塩基と修飾核酸塩基との間のワトソン-クリック塩基対形成を包含する（例えば、Hirao et al (2012) Accounts of Chemical Research vol. 45 page 2055およびBergstrom (2009) Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl. 37 1.4.1参照）。
本明細書において用いられる「相補性％」なる用語は、核酸分子（例えばオリゴヌクレオチド）中の連続ヌクレオチド配列における、所与の位置で、別の核酸分子（例えば標的核酸）の所与の位置の連続ヌクレオチド配列に相補的である（すなわち、ワトソン-クリック塩基対を形成する）ヌクレオチドの割合を指す。パーセンテージは、2つの配列の間で対を形成する整列化させた塩基の数を計数し（標的配列5'-3'およびオリゴヌクレオチド配列3'-5'で整列化させた場合）、オリゴヌクレオチド中のヌクレオチドの総数で割り、100を掛けて算出する。このような比較において、整列化（塩基対を形成）しない核酸塩基/ヌクレオチドはミスマッチと呼ぶ。好ましくは、連続ヌクレオチド配列の相補性のパーセンテージの計算において、挿入および欠失は許容されない。
「完全に相補的」なる用語は、100％の相補性を指す。
同一性
本明細書において用いられる「同一性」なる用語は、核酸分子（例えばオリゴヌクレオチド）中の連続ヌクレオチド配列のパーセントにおける、所与の位置で、別の核酸分子（例えば標的核酸）の所与の位置の連続ヌクレオチド配列と同一である（すなわち、相補的ヌクレオシドとワトソン-クリック塩基対を形成する能力において）ヌクレオチドの数を指す。パーセンテージは、2つの配列の間で同一である整列化させた塩基の数を計数し、オリゴヌクレオチド中のヌクレオチドの総数で割り、100を掛けて算出する。同一性パーセント = (マッチ数×100)/整列化させた領域の長さ。好ましくは、連続ヌクレオチド配列の相補性％の計算において、挿入および欠失は許容されない。
本明細書において用いられる「同一性」なる用語は、核酸分子（例えばオリゴヌクレオチド）中の連続ヌクレオチド配列のパーセントにおける、所与の位置で、別の核酸分子（例えば標的核酸）の所与の位置の連続ヌクレオチド配列と同一である（すなわち、相補的ヌクレオシドとワトソン-クリック塩基対を形成する能力において）ヌクレオチドの数を指す。パーセンテージは、2つの配列の間で同一である整列化させた塩基の数を計数し、オリゴヌクレオチド中のヌクレオチドの総数で割り、100を掛けて算出する。同一性パーセント = (マッチ数×100)/整列化させた領域の長さ。好ましくは、連続ヌクレオチド配列の相補性％の計算において、挿入および欠失は許容されない。
ハイブリダイゼーション
本明細書において用いられる「ハイブリダイズすること」または「ハイブリダイズする」なる用語は、2つの核酸鎖（例えば、オリゴヌクレオチドと標的核酸）が反対の鎖上の塩基対間で水素結合を形成し、それにより二本鎖を形成すると理解されるべきである。2つの核酸鎖間の結合の親和性は、ハイブリダイゼーションの強さである。オリゴヌクレオチドの半分が標的核酸と二本鎖形成する温度として定義される融解温度（Tm）によって記載されることが多い。生理的条件で、Tmは親和性に厳密には比例しない（Mergny and Lacroix, 2003,Oligonucleotides 13:515-537）。標準状態ギブス自由エネルギーΔG°は、結合親和性のより正確な表現であり、かつ、Rがガス定数でありかつTが絶対温度であるΔG° = -RTln(Kd)による反応の解離定数（Kd）に関連している。したがって、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の反応の非常に低いΔG°は、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の強いハイブリダイゼーションを反映している。ΔG°は、水性濃度が1M、pHが7、かつ温度が37℃である反応に関連するエネルギーである。標的核酸に対するオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションは自発反応であり、自発反応の場合ΔG°はゼロ未満である。ΔG°は、例えば、Hansen et al., 1965, Chem. Comm. 36-38およびHoldgate et al., 2005, Drug Discov Todayに記載の等温滴定熱量測定（ITC）法を用いて、実験的に測定することができる。当業者には、ΔG°測定のために市販の機器が利用可能であることが公知である。ΔG°は、Sugimoto et al., 1995, Biochemistry 34:11211-11216およびMcTigue et al., 2004, Biochemistry 43:5388-5405によって記載された適切に誘導された熱力学的パラメータを用い、SantaLucia, 1998, Proc Natl Acad Sci USA. 95: 1460-1465によって記載された最近接モデルを用いて、数値的に推定することもできる。ハイブリダイゼーションによってその所期の核酸標的を調節する可能性を有するために、本発明のオリゴヌクレオチドは標的核酸に、長さ10～30ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドの場合、-10kcal未満の推定ΔG°値でハイブリダイズする。いくつかの態様において、ハイブリダイゼーションの程度または強度は、標準状態ギブス自由エネルギーΔG°によって測定する。オリゴヌクレオチドは標的核酸に、長さ8～30ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドの場合、-10kcal未満の範囲、例えば-15kcal未満、例えば-20kcal未満および例えば-25kcal未満の推定ΔG°値でハイブリダイズしてもよい。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは標的核酸に、-10～-60kcal、例えば-12～-40、例えば-15～-30kcalまたは-16～-27kcal、例えば-18～-25kcalの推定ΔG°値でハイブリダイズする。
本明細書において用いられる「ハイブリダイズすること」または「ハイブリダイズする」なる用語は、2つの核酸鎖（例えば、オリゴヌクレオチドと標的核酸）が反対の鎖上の塩基対間で水素結合を形成し、それにより二本鎖を形成すると理解されるべきである。2つの核酸鎖間の結合の親和性は、ハイブリダイゼーションの強さである。オリゴヌクレオチドの半分が標的核酸と二本鎖形成する温度として定義される融解温度（Tm）によって記載されることが多い。生理的条件で、Tmは親和性に厳密には比例しない（Mergny and Lacroix, 2003,Oligonucleotides 13:515-537）。標準状態ギブス自由エネルギーΔG°は、結合親和性のより正確な表現であり、かつ、Rがガス定数でありかつTが絶対温度であるΔG° = -RTln(Kd)による反応の解離定数（Kd）に関連している。したがって、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の反応の非常に低いΔG°は、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の強いハイブリダイゼーションを反映している。ΔG°は、水性濃度が1M、pHが7、かつ温度が37℃である反応に関連するエネルギーである。標的核酸に対するオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションは自発反応であり、自発反応の場合ΔG°はゼロ未満である。ΔG°は、例えば、Hansen et al., 1965, Chem. Comm. 36-38およびHoldgate et al., 2005, Drug Discov Todayに記載の等温滴定熱量測定（ITC）法を用いて、実験的に測定することができる。当業者には、ΔG°測定のために市販の機器が利用可能であることが公知である。ΔG°は、Sugimoto et al., 1995, Biochemistry 34:11211-11216およびMcTigue et al., 2004, Biochemistry 43:5388-5405によって記載された適切に誘導された熱力学的パラメータを用い、SantaLucia, 1998, Proc Natl Acad Sci USA. 95: 1460-1465によって記載された最近接モデルを用いて、数値的に推定することもできる。ハイブリダイゼーションによってその所期の核酸標的を調節する可能性を有するために、本発明のオリゴヌクレオチドは標的核酸に、長さ10～30ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドの場合、-10kcal未満の推定ΔG°値でハイブリダイズする。いくつかの態様において、ハイブリダイゼーションの程度または強度は、標準状態ギブス自由エネルギーΔG°によって測定する。オリゴヌクレオチドは標的核酸に、長さ8～30ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドの場合、-10kcal未満の範囲、例えば-15kcal未満、例えば-20kcal未満および例えば-25kcal未満の推定ΔG°値でハイブリダイズしてもよい。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは標的核酸に、-10～-60kcal、例えば-12～-40、例えば-15～-30kcalまたは-16～-27kcal、例えば-18～-25kcalの推定ΔG°値でハイブリダイズする。
糖修飾
本発明のオリゴマーは、1つまたは複数のヌクレオシドを含んでもよく、これは修飾された糖部分、すなわちDNAおよびRNAに見出されるリボース糖部分と比べた場合の糖部分の修飾を有する。
本発明のオリゴマーは、1つまたは複数のヌクレオシドを含んでもよく、これは修飾された糖部分、すなわちDNAおよびRNAに見出されるリボース糖部分と比べた場合の糖部分の修飾を有する。
リボース糖部分の修飾を有する多くのヌクレオシドは、主に親和性および/またはヌクレアーゼ耐性などのオリゴヌクレオチドのある特定の特性を改善することを目的として作製された。このようなオリゴヌクレオチドは糖修飾ヌクレオチドと呼ぶ。
このような修飾には、リボース環構造が、例えばヘキソース環（HNA）、または典型的にリボース環上のC2とC4炭素との間のビラジカル架橋を有する二環式環（LNA）、または典型的にC2とC3炭素との間の結合を欠く非連結リボース環（例えばUNA）での置き換えによって修飾されているものが含まれる。他の糖修飾ヌクレオシドには、例えば、ビシクロヘキソース核酸（WO 2011/017521）または三環式核酸（WO 2013/154798）が含まれる。修飾ヌクレオシドには、例えばペプチド核酸（PNA）またはモルホリノ核酸の場合、糖部分が非糖部分で置き換えられているヌクレオシドも含まれる。
糖修飾には、リボース環上の置換基を水素以外の基、またはDNAおよびRNAヌクレオシドに天然に見出される2'-OH基に変えて行われた修飾も含まれる。置換基は、例えば2'、3'、4'、または5'位で導入してもよい。
2'糖修飾ヌクレオシド
2'糖修飾ヌクレオシドは、2'位にHまたは-OH以外の置換基を有するヌクレオシド（2'置換ヌクレオシド）、またはLNA（2'-4'ビラジカル架橋）ヌクレオシドなどの、リボース環内の2'炭素と第2の炭素との間に架橋を形成することができる2'連結ビラジカルを含むヌクレオシドである。
2'糖修飾ヌクレオシドは、2'位にHまたは-OH以外の置換基を有するヌクレオシド（2'置換ヌクレオシド）、またはLNA（2'-4'ビラジカル架橋）ヌクレオシドなどの、リボース環内の2'炭素と第2の炭素との間に架橋を形成することができる2'連結ビラジカルを含むヌクレオシドである。
事実、2'修飾ヌクレオシドの開発に多くの焦点が費やされており、多くの2'修飾ヌクレオシドがオリゴヌクレオチドに組み込まれると有益な特性を有することが判明している。例えば、2'修飾糖は、オリゴヌクレオチドに対する結合親和性の増強および/またはヌクレアーゼ耐性の増大を提供し得る。2'置換修飾ヌクレオシドの例は、2'-O-アルキル-RNA、2'-O-メチル-RNA、2'-アルコキシ-RNA、2'-O-メトキシエチル-RNA（MOE）、2'-アミノ-DNA、2'-フルオロ-RNA、および2'-F-ANAヌクレオシドである。さらなる例は、例えば、Freier & Altmann; Nucl. Acid Res., 1997, 25, 4429-4443およびUhlmann; Curr. Opinion in Drug Development, 2000, 3(2), 293-213およびDeleavey and Damha, Chemistry and Biology 2012, 19, 937に見出すことができる。下記はいくつかの2'置換修飾ヌクレオシドの例示である。
本発明に関連して、2'修飾はLNAのような2'架橋分子を含まない。
ロックド核酸ヌクレオシド（LNAヌクレオシド）
「LNAヌクレオシド」は、ヌクレオシドのリボース糖環のC2'とC4'とを連結するビラジカル（「2'-4'架橋」とも呼ぶ）を含みリボース環の立体構造を制限またはロックする、2'修飾ヌクレオシドである。これらのヌクレオシドは、文献中では架橋核酸または二環式核酸（BNA）とも呼ばれる。リボースの立体構造のロックは、LNAが相補的なRNAまたはDNA分子のオリゴヌクレオチドに組み込まれると、ハイブリダイゼーションの親和性増強（二本鎖の安定化）に関連する。これは、オリゴヌクレオチド/相補的二本鎖の融解温度を測定することによって、日常的に判定することができる。
「LNAヌクレオシド」は、ヌクレオシドのリボース糖環のC2'とC4'とを連結するビラジカル（「2'-4'架橋」とも呼ぶ）を含みリボース環の立体構造を制限またはロックする、2'修飾ヌクレオシドである。これらのヌクレオシドは、文献中では架橋核酸または二環式核酸（BNA）とも呼ばれる。リボースの立体構造のロックは、LNAが相補的なRNAまたはDNA分子のオリゴヌクレオチドに組み込まれると、ハイブリダイゼーションの親和性増強（二本鎖の安定化）に関連する。これは、オリゴヌクレオチド/相補的二本鎖の融解温度を測定することによって、日常的に判定することができる。
非限定的で例示的なLNAヌクレオシドは、WO 99/014226、WO 00/66604、WO 98/039352、WO 2004/046160、WO 00/047599、WO 2007/134181、WO 2010/077578、WO 2010/036698、WO 2007/090071、WO 2009/006478、WO 2011/156202、WO 2008/154401、WO 2009/067647、WO 2008/150729、Morita et al., Bioorganic & Med.Chem. Lett. 12, 73-76、Seth et al. J. Org. Chem. 2010, Vol 75(5) pp. 1569-81、およびMitsuoka et al., Nucleic Acids Research 2009, 37(4), 1225-1238に開示されている。
2'-4'架橋は、2～4つの架橋原子を含み、かつ特に式-X-Y-のものであり、YはC4'に連結され、かつXはC2'に連結されており、
式中、
Xは、酸素、硫黄、-CRaRb-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(=CRaRb)-、-C(Ra)=N-、-Si(Ra)2-、-SO2-、-NRa-；-O-NRa-、-NRa-O-、-C(=J)-、Se、-O-NRa-、-NRa-CRaRb-、-N(Ra)-O-または-O-CRaRb-であり；
Yは、酸素、硫黄、-(CRaRb)n-、-CRaRb-O-CRaRb-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-Si(Ra)2-、-SO2-、-NRa-、-C(=J)-、Se、-O-NRa-、-NRa-CRaRb-、-N(Ra)-O-、または-O-CRaRb-であり；
ただし-X-Y-は-O-O-、Si(Ra)2-Si(Ra)2-、-SO2-SO2-、-C(Ra)=C(Rb)-C(Ra)=C(Rb)、-C(Ra)=N-C(Ra)=N-、-C(Ra)=N-C(Ra)=C(Rb)、-C(Ra)=C(Rb)-C(Ra)=N-、および-Se-Se-ではなく；
Jは酸素、硫黄、=CH2、または=N(Ra)であり；
RaおよびRbは独立して、水素、ハロゲン、ヒドロキシル、シアノ、チオヒドロキシル、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルコキシアルキル、アルケニルオキシ、カルボキシル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、ヘテロシクリル、アミノ、アルキルアミノ、カルバモイル、アルキルアミノカルボニル、アミノアルキルアミノカルボニル、アルキルアミノアルキルアミノカルボニル、アルキルカルボニルアミノ、カルバミド、アルカノイルオキシ、スルホニル、アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、チオヒドロキシルスルフィドアルキルスルファニル、アリールオキシカルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、-OC(=Xa)Rc、-OC(=Xa)NRcRd、および-NReC(=Xa)NRcRdより選択されるか；
または、2つのジェミナルなRaおよびRbは一緒になって、置換されていてもよいメチレンを形成するか；
または、2つのジェミナルなRaおよびRbは、-X-Y-の炭素原子1つだけで、それらが結合している炭素原子と一緒になって、シクロアルキルもしくはハロシクロアルキルを形成し；
ここで、置換アルキル、置換アルケニル、置換アルキニル、置換アルコキシ、および置換メチレンは、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルコキシアルキル、アルケニルオキシ、カルボキシル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、ホルミル、ヘテロシリル（heterocylyl）、アリール、およびヘテロアリールより独立して選択された1～3つの置換基で置換されたアルキル、アルケニル、アルキニ、ルおよびメチレンであり；
Xaは酸素、硫黄、または-NRcであり；
Rc、Rd、およびReは独立して水素およびアルキルより選択され；かつ
nは1、2、または3である。
式中、
Xは、酸素、硫黄、-CRaRb-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(=CRaRb)-、-C(Ra)=N-、-Si(Ra)2-、-SO2-、-NRa-；-O-NRa-、-NRa-O-、-C(=J)-、Se、-O-NRa-、-NRa-CRaRb-、-N(Ra)-O-または-O-CRaRb-であり；
Yは、酸素、硫黄、-(CRaRb)n-、-CRaRb-O-CRaRb-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-Si(Ra)2-、-SO2-、-NRa-、-C(=J)-、Se、-O-NRa-、-NRa-CRaRb-、-N(Ra)-O-、または-O-CRaRb-であり；
ただし-X-Y-は-O-O-、Si(Ra)2-Si(Ra)2-、-SO2-SO2-、-C(Ra)=C(Rb)-C(Ra)=C(Rb)、-C(Ra)=N-C(Ra)=N-、-C(Ra)=N-C(Ra)=C(Rb)、-C(Ra)=C(Rb)-C(Ra)=N-、および-Se-Se-ではなく；
Jは酸素、硫黄、=CH2、または=N(Ra)であり；
RaおよびRbは独立して、水素、ハロゲン、ヒドロキシル、シアノ、チオヒドロキシル、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルコキシアルキル、アルケニルオキシ、カルボキシル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、ヘテロシクリル、アミノ、アルキルアミノ、カルバモイル、アルキルアミノカルボニル、アミノアルキルアミノカルボニル、アルキルアミノアルキルアミノカルボニル、アルキルカルボニルアミノ、カルバミド、アルカノイルオキシ、スルホニル、アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、チオヒドロキシルスルフィドアルキルスルファニル、アリールオキシカルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、-OC(=Xa)Rc、-OC(=Xa)NRcRd、および-NReC(=Xa)NRcRdより選択されるか；
または、2つのジェミナルなRaおよびRbは一緒になって、置換されていてもよいメチレンを形成するか；
または、2つのジェミナルなRaおよびRbは、-X-Y-の炭素原子1つだけで、それらが結合している炭素原子と一緒になって、シクロアルキルもしくはハロシクロアルキルを形成し；
ここで、置換アルキル、置換アルケニル、置換アルキニル、置換アルコキシ、および置換メチレンは、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルコキシアルキル、アルケニルオキシ、カルボキシル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、ホルミル、ヘテロシリル（heterocylyl）、アリール、およびヘテロアリールより独立して選択された1～3つの置換基で置換されたアルキル、アルケニル、アルキニ、ルおよびメチレンであり；
Xaは酸素、硫黄、または-NRcであり；
Rc、Rd、およびReは独立して水素およびアルキルより選択され；かつ
nは1、2、または3である。
本発明のさらなる特定の態様において、Xは酸素、硫黄、-NRa-、-CRaRb-、または-C(=CRaRb)-、特に酸素、硫黄、-NH-、-CH2-、または-C(=CH2)-、特に酸素である。
本発明の別の特定の態様において、Yは-CRaRb-、-CRaRb-CRaRb-、または-CRaRb-CRaRb-CRaRb-、特に-CH2-CHCH3-、-CHCH3-CH2-、-CH2-CH2-、または-CH2-CH2-CH2-である。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-O-(CRaRb)n-、-S-CRaRb-、-N(Ra)CRaRb-、-CRaRb-CRaRb-、-O-CRaRb-O-CRaRb-、-CRaRb-O-CRaRb-、-C(=CRaRb)-CRaRb-、-N(Ra)CRaRb-、-O-N(Ra)-CRaRb-、または-N(Ra)-O-CRaRb-である。
本発明の特定の態様において、RaおよびRbは独立して、水素、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、およびアルコキシアルキル、特に水素、ハロゲン、アルキル、およびアルコキシアルキルからなる群より選択される。
本発明の別の態様において、RaおよびRbは独立して、水素、フルオロ、ヒドロキシル、メチル、および-CH2-O-CH3、特に水素、フルオロ、メチル、および-CH2-O-CH3からなる群より選択される。
有利には、-X-Y-のRaおよびRbのうちの一方は前述で定義されたとおりであり、同時に他のものはすべて水素である。
本発明のさらなる特定の態様において、Raは水素またはアルキル、特に水素またはメチルである。
本発明の別の特定の態様において、Rbは水素またはまたはアルキル、特に水素またはメチルである。
本発明の特定の態様において、RaおよびRbのうちの一方または両方は水素である。
本発明の特定の態様において、RaおよびRbのうちの一方だけは水素である。
本発明の1つの特定の態様において、RaおよびRbのうちの一方はメチルであり、他方のものは水素である。
本発明の特定の態様において、RaおよびRbは同時に両方ともメチルである。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH2-、-S-CH2-、-S-CH(CH3)-、-NH-CH2-、-O-CH2CH2-、-O-CH(CH2-O-CH3)-、-O-CH(CH2CH3)-、-O-CH(CH3)-、-O-CH2-O-CH2-、-O-CH2-O-CH2-、-CH2-O-CH2-、-C(=CH2)CH2-、-C(=CH2)CH(CH3)-、-N(OCH3)CH2-、または-N(CH3)CH2-である。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-O-CRaRb-であり、ここでRaおよびRbは独立して、水素、アルキル、およびアルコキシアルキル、特に水素、メチル、および-CH2-O-CH3からなる群より選択される。
特定の態様において、-X-Y-は-O-CH2-または-O-CH(CH3)-、特に-O-CH2-である。
2'-4'架橋は、それぞれ式（A）および式（B）に例示するとおり、リボース環の平面の下（β-D-配置）または環の平面の上（α-L-配置）のいずれかに位置してもよい。
本発明によるＬＮＡヌクレオシドは、特に式（B1）または（B2）：
のものであり；
式中、
Wは酸素、硫黄、-N(Ra)-、または-CRaRb-、特に酸素であり；
Bは核酸塩基または修飾核酸塩基であり；
Zは、隣接するヌクレオシドまたは5'-末端基へのヌクレオシド間連結であり；
Z*は、隣接するヌクレオシドまたは3'-末端基へのヌクレオシド間連結であり；
R1、R2、R3、R5、およびR5*は独立して、水素、ハロゲン、アルキル、ハロアルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルコキシアルキル、アジド、アルケニルオキシ、カルボキシル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、ホルミル、およびアリールより選択され；かつ
X、Y、Ra、およびRbは前述で定義されたとおりである。
式中、
Wは酸素、硫黄、-N(Ra)-、または-CRaRb-、特に酸素であり；
Bは核酸塩基または修飾核酸塩基であり；
Zは、隣接するヌクレオシドまたは5'-末端基へのヌクレオシド間連結であり；
Z*は、隣接するヌクレオシドまたは3'-末端基へのヌクレオシド間連結であり；
R1、R2、R3、R5、およびR5*は独立して、水素、ハロゲン、アルキル、ハロアルキル、アルケニル、アルキニル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルコキシアルキル、アジド、アルケニルオキシ、カルボキシル、アルコキシカルボニル、アルキルカルボニル、ホルミル、およびアリールより選択され；かつ
X、Y、Ra、およびRbは前述で定義されたとおりである。
特定の態様において、-X-Y-の定義では、Raは水素またはアルキル、特に水素またはメチルである。別の特定の態様において、-X-Y-の定義では、Rbは水素またはアルキル、特に水素またはメチルである。さらなる特定の態様において、-X-Y-の定義では、RaおよびRbの一方または両方は水素である。特定の態様において、-X-Y-の定義では、RaおよびRbのうちの一方だけは水素である。1つの特定の態様において、-X-Y-の定義では、RaおよびRbのうちの一方はメチルであり、かつ他方のものは水素である。特定の態様において、-X-Y-の定義では、RaおよびRbは同時に両方ともメチルである。
さらなる特定の態様において、Xの定義では、Raは水素またはアルキル、特に水素またはメチルである。別の特定の態様において、Xの定義では、Rbは水素またはアルキル、特に水素またはメチルである。特定の態様において、Xの定義では、RaおよびRbの一方または両方は水素である。特定の態様において、Xの定義では、RaおよびRbの一方だけは水素である。1つの特定の態様において、Xの定義では、RaおよびRbのうちの一方はメチルであり、かつ他方のものは水素である。特定の態様において、Xの定義では、RaおよびRbは同時に両方ともメチルである。
さらなる特定の態様において、Yの定義では、Raは水素またはアルキル、特に水素またはメチルである。別の特定の態様において、Yの定義では、Rbは水素またはアルキル、特に水素またはメチルである。特定の態様において、Yの定義では、RaおよびRbの一方または両方は水素である。特定の態様において、Yの定義では、RaおよびRbの一方だけは水素である。1つの特定の態様において、Yの定義では、RaおよびRbのうちの一方はメチルであり、かつ他方のものは水素である。特定の態様において、Yの定義では、RaおよびRbは同時に両方ともメチルである。
本発明の特定の態様において、R1、R2、R3、R5、およびR5*は独立して水素およびアルキル、特に水素およびメチルより選択される。
本発明のさらなる特定の有利な態様において、R1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素である。
本発明の別の特定の態様において、R1、R2、R3は同時にすべて水素であり、R5およびR5*のうちの一方は水素であり、かつ他方のものは前述で定義されたとおり、特にアルキル、特にメチルである。
本発明の特定の態様において、R5およびR5*は独立して、水素、ハロゲン、アルキル、アルコキシアルキル、およびアジドより、特に水素、フルオロ、メチル、メトキシエチル、およびアジドより選択される。本発明の特に有利な態様において、R5およびR5*のうちの一方は水素であり、かつ他方のものはアルキル、特にメチル、ハロゲン、特にフルオロ、アルコキシアルキル、特にメトキシエチルまたはアジドであるか；またはR5およびR5*は同時に両方とも水素またはハロゲン、特に同時に両方ともフルオロの水素である。そのような特定の態様において、Wは有利には酸素であり得、かつ-X-Y-は有利には-O-CH2-であり得る。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH2-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素である。そのようなLNAヌクレオシドは、WO 99/014226、WO 00/66604、WO 98/039352、およびWO 2004/046160に開示されており、これらはすべて参照により本明細書に組み入れられ、かつ当技術分野においてβ-D-オキシLNAおよびα-L-オキシLNAヌクレオシドとして一般に公知のものが含まれる。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-S-CH2-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素である。そのようなチオLNAヌクレオシドは、WO 99/014226およびWO 2004/046160に開示されており、これらは参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-NH-CH2-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素である。そのようなアミノLNAヌクレオシドは、WO 99/014226およびWO 2004/046160に開示されており、これらは参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH2CH2-または-OCH2CH2CH2-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5およびR5*は同時にすべて水素である。そのようなLNAヌクレオシドは、WO 00/047599およびMorita et al., Bioorganic & Med.Chem. Lett. 12, 73-76に開示されており、これらは参照により本明細書に組み入れられ、かつ当技術分野において2'-O-4'C-エチレン架橋核酸（ENA）として一般に公知のものが含まれる。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH2-であり、Wは酸素であり、R1、R2、R3は同時にすべて水素であり、R5およびR5*のうちの一方は水素であり、かつ他方のものはアルキルなどの水素以外、例えばメチルである。そのような5'置換LNAヌクレオシドは、WO 2007/134181に開示されており、これは参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CRaRb-であり、ここでRaおよびRbの一方または両方は水素以外、特にメチルなどのアルキルであり、Wは酸素であり、R1、R2、R3は同時にすべて水素であり、R5およびR5*のうちの一方は水素であり、他方のものは水素以外、特にアルキル、例えばメチルである。そのような2修飾LNAヌクレオシドは、WO 2010/077578に開示されており、これは参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CHRa-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素できる。そのような6'-置換LNAヌクレオシドは、WO 2010/036698およびWO 2007/090071に開示されており、これらはいずれも参照により本明細書に組み入れられる。そのような6'-置換LNAヌクレオシドにおいて、Raは特にメチルなどのC1～C6アルキルである。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH(CH2-O-CH3)-である（''2'O-methoxyethyl bicyclic nucleic acid'', Seth et al. J. Org. Chem. 2010, Vol 75(5) pp. 1569-81）。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH(CH2CH3)-である。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH(CH2-O-CH3)-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5およびR5*は同時にすべて水素である。そのようなLNAヌクレオシドは、当技術分野において環式MOE（cMOE）としても公知で、WO 2007/090071に開示されている。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH(CH3)-である（''2'O-ethyl bicyclic nucleic acid'', Seth at al., J. Org. Chem. 2010, Vol 75(5) pp. 1569-81）。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH2-O-CH2-である（Seth et al., J. Org. Chem 2010 前掲書）。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH(CH3)-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素である。そのような6'-メチルLNAヌクレオシドは、当技術分野においてcETヌクレオシドとしても公知で、いずれも参照により本明細書に組み入れられるWO 2007/090071（β-D）およびWO 2010/036698（α-L）に開示されているとおり、(S)-cETまたは(R)-cETジアステレオ異性体のいずれであってもよい。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-O-CRaRb-であり、ここでRaまたはRbのいずれも水素以外であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5およびR5*は同時にすべて水素である。特定の態様において、RaおよびRbは同時に両方ともアルキル、特に同時に両方ともメチルである。そのような6'-ジ-置換LNAヌクレオシドはWO 2009/006478に開示されており、これは参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の別の特定の態様において、-X-Y-は-S-CHRa-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5およびR5*は同時にすべて水素である。そのような6'-置換チオLNAヌクレオシドは、WO 2011/156202に開示されており、これは参照により本明細書に組み入れられる。そのような6'-置換チオLNAの特定の態様において、Raはアルキル、特にメチルである。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-C(=CH2)C(RaRb)-、-C(=CHF)C(RaRb)-、または-C(=CF2)C(RaRb)-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5およびR5*は同時にすべて水素である。RaおよびRbは有利には独立して、水素、ハロゲン、アルキル、およびアルコキシアルキル、特に水素、メチル、フルオロ、およびメトキシメチルより選択される。RaおよびRbは特に同時に両方とも水素もしくはメチルであるか、またはRaおよびRbのうちの一方は水素であり、かつ他方のものはメチルである。そのようなビニルカルボLNAヌクレオシドは、WO 2008/154401およびWO 2009/067647に開示されており、これらはいずれも参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-N(ORa)-CH2-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素である。特定の態様において、Raはメチルなどのアルキルである。そのようなLNAヌクレオシドはN置換LNAとしても公知で、WO 2008/150729に開示されており、これは参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-O-N(Ra)-、-N(Ra)-O-、-NRa-CRaRb-CRaRb-、または-NRa-CRaRb-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素である。RaおよびRbは有利には独立して、水素、ハロゲン、アルキルおよびアルコキシアルキル、特に水素、メチル、フルオロ、およびメトキシメチルより選択される。特定の態様において、Raはメチルなどのアルキルであり、Rbは水素またはメチル、特に水素である。（Seth et al., J. Org. Chem 2010 前掲書）。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-O-N(CH3)-である（Seth et al., J. Org. Chem 2010 前掲書）。
本発明の特定の態様において、R5およびR5*は同時に両方とも水素である。本発明の別の特定の態様において、R5およびR5*のうちの一方は水素であり、他方のものはメチルなどのアルキルである。そのような態様において、R1、R2およびR3は特に水素であり得、かつ-X-Y-は特に-O-CH(CH3)-などの-O-CH2-または-O-CHC(Ra)3-であり得る。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-CH2-O-CH2-などの-CRaRb-O-CRaRb-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素である。そのような特定の態様において、Raは特にメチルなどのアルキルであり得、Rbは水素またはメチル、特に水素であり得る。そのようなLNAヌクレオシドは立体配座が制限されたヌクレオチド（CRN）としても公知で、WO 2013/036868に開示されており、これは参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の特定の態様において、-X-Y-は-O-CH2-O-CH2-などの-O-CRaRb-O-CRaRb-であり、Wは酸素であり、かつR1、R2、R3、R5、およびR5*は同時にすべて水素である。RaおよびRbは有利には独立して水素、ハロゲン、アルキル、およびアルコキシアルキル、特に水素、メチル、フルオロ、およびメトキシメチルより選択される。そのような特定の態様において、Raは特にメチルなどのアルキルであり得、Rbは水素またはメチル、特に水素であり得る。そのようなLNAヌクレオシドはCOCヌクレオチドとしても公知で、Mitsuoka et al., Nucleic Acids Research 2009, 37(4), 1225-1238に開示されており、これは参照により本明細書に組み入れられる。
特に記載がないかぎり、LNAヌクレオシドはβ-Dまたはα-L立体異性体であってもよいことが理解されよう。
本発明のLNAヌクレオシドの特定の例をスキーム1に提示する（ここでBは前述で定義されたとおりである）。
特定のLNAヌクレオシドは、β-D-オキシ-LNA、(S)-6'-メチル-β-D-オキシ-LNA（(S)-cET）などの6'-メチル-β-D-オキシLNA、およびENAである。
RNase H活性および動員
アンチセンスオリゴヌクレオチドのRNase H活性とは、相補的RNA分子との二本鎖である場合、RNase Hを動員する能力を指す。WO01/23613は、RNaseH活性を判定するためのインビトロ法を提供し、これはRNaseHを動員する能力を判定するために用いてもよい。典型的には、オリゴヌクレオチドは、相補的な標的核酸配列と共に提供された場合に、試験中の修飾オリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するが、オリゴヌクレオチド中のすべてのモノマーの間にホスホロチオエート連結を有するDNAモノマーだけを含むオリゴヌクレオチドを用い、かつWO01/23613（参照により本明細書に組み入れられる）の実施例91～95によって提供される方法を用いて判定した初期速度の少なくとも5％、例えば少なくとも10％、または20％を超える、pmol/l/分で評価しての初期速度を有するならば、RNase Hを動員することができるとみなされる。RNase H活性を判定する際に用いるために、組換えヒトRNase H1がLubio Science GmbH, Lucerne, Switzerlandから入手可能である。
アンチセンスオリゴヌクレオチドのRNase H活性とは、相補的RNA分子との二本鎖である場合、RNase Hを動員する能力を指す。WO01/23613は、RNaseH活性を判定するためのインビトロ法を提供し、これはRNaseHを動員する能力を判定するために用いてもよい。典型的には、オリゴヌクレオチドは、相補的な標的核酸配列と共に提供された場合に、試験中の修飾オリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するが、オリゴヌクレオチド中のすべてのモノマーの間にホスホロチオエート連結を有するDNAモノマーだけを含むオリゴヌクレオチドを用い、かつWO01/23613（参照により本明細書に組み入れられる）の実施例91～95によって提供される方法を用いて判定した初期速度の少なくとも5％、例えば少なくとも10％、または20％を超える、pmol/l/分で評価しての初期速度を有するならば、RNase Hを動員することができるとみなされる。RNase H活性を判定する際に用いるために、組換えヒトRNase H1がLubio Science GmbH, Lucerne, Switzerlandから入手可能である。
固体支持体上に固定されたヌクレオシド
ヌクレオシドの通常の化学命名法は以下に示すとおりである。「固体支持体上に固定されたヌクレオシド」なる表現において、ヌクレオシドは一般には固体支持体にその3'位を介して連結されている。
ヌクレオシドの通常の化学命名法は以下に示すとおりである。「固体支持体上に固定されたヌクレオシド」なる表現において、ヌクレオシドは一般には固体支持体にその3'位を介して連結されている。
前述の表現は、どの位置でヌクレオシドが固体支持体に結合し得るかを例示するのに役立つにすぎないことが理解されるべきである。本明細書に記載の糖修飾ヌクレオシドなどの修飾ヌクレオシドおよびヒドロキシル補語部分を有するヌクレオシドを含む、多くの異なるヌクレオシドがこの表現の範囲内である。
オリゴヌクレオチド合成に適した固体支持体は当技術分野において公知である。そのような固体支持体の例は、Solid-Phase Supports for Oligonucleotide Synthesis Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry (2000) 3.1.1-3.1.28などの多くの論文中で見出される。
式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合している
ヌクレオシドの通常の化学命名法は以下に示すとおりである。「式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合している」なる表現において、言及される3'位を以下に示す。
ヌクレオシドの通常の化学命名法は以下に示すとおりである。「式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合している」なる表現において、言及される3'位を以下に示す。
式1aまたは1bへの結合がどのようになされるかの非限定例を、例えば式4a、4b、5a、5b、6a、6b、7a、7b、8a、8b、8c、8d、9a、9b、9c、9dなどにより、本明細書に示す。
前述の表現は、どの位置でヌクレオシドが式1aまたは1bのモノマーに結合し得るかを例示するのに役立つにすぎないことが理解されるべきである。本明細書に記載の糖修飾ヌクレオシドなどの修飾ヌクレオシドおよびヒドロキシル補語部分を有するヌクレオシドを含む、多くの異なるヌクレオシドがこの表現の範囲内である。
オキサザホスホリジン
本発明の方法は、オキサザホスホリジンをヌクレオシドまたはヌクレオチドにカップリングする段階を含む。立体中心は、式1aに例示するとおり、L配置である。いくつかの態様において、立体中心は、式1bに例示するとおり、D配置である。
本発明の方法は、オキサザホスホリジンをヌクレオシドまたはヌクレオチドにカップリングする段階を含む。立体中心は、式1aに例示するとおり、L配置である。いくつかの態様において、立体中心は、式1bに例示するとおり、D配置である。
式1aに示すRおよびR1基によって作られる立体中心を含むモノマーは、本明細書においてLモノマーと呼び、これはSp立体中心を形成することになる。式1bに示すRおよびR1基によって作られる立体中心を含むモノマーは、本明細書においてDモノマーと呼び、これはRp立体中心を形成することになる。
置換される場合、RはC1～4アルキル、C6～14アリール基、C1～4アルコキシ、C6～14アリール基、またはC6～14アリールC1～4アルキル基からなる群より選択される基で置換されていてもよい。複数の置換は依存的または独立して、C1～4アルキル基、C6～14アリール基 C1～4、アルコキシ基、C7～14アラルキル基、C1～4アルキル、C6～14アリール基、C1～4アルコキシ、C6～14アリール基、またはC6～14アリールC1～4アルキル基からなる群より選択されてもよい。
置換される場合、Rは、1つまたは複数のC1～4-アルキルおよび/またはC6～14アリールによって置換されたシリル、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4、アルコキシからなる群より選択される基で置換されていてもよい。
いくつかの態様において、Rは、アリール、ヘテロアリール、置換アリール、置換ヘテロアリール、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、置換シリル、スルホン、置換スルホン（アリール置換スルホン）、フルオレン、および置換フルオレンからなる群より選択される。
いくつかの態様において、Rは、1つまたは複数のC1～4-アルキルおよび/またはC6～14アリールによって置換されたシリル、特に-Si(Ph)2Meである。
いくつかの態様において、Rは、アリール、ヘテロアリール、置換アリール、および置換ヘテロアリールからなる群より選択される。
いくつかの態様において、Rはフェニルなどのアリールである。
いくつかの態様において、Rが置換アリールである場合、Rは、ヨウ化物、フッ化物、臭化物または塩化物などのハロゲン化物で置換されていてもよく、例えばヨウ化物、フッ化物、臭化物または塩化物などのハロゲン化物で置換されたフェニルであってもよい。
いくつかの態様において、R1は水素である。いくつかの態様において、R1は、メチル、エチル、またはプロピルなどのC1～3アルキルである。いくつかの態様において、R1はメチルである。
いくつかの態様において、Rはフェニルなどのアリールであり、かつR1は水素である。
いくつかの態様において、Rは、-Si(Ph)2Meなどの、1つまたは複数のC1～4-アルキルおよび/またはC6～14アリールによって置換されたシリルであり、かつR1は水素である。
いくつかの態様において、Rはフェニルなどのアリールであり、かつR1は、メチル、エチル、またはプロピルなどのC1～3アルキルである。
いくつかの態様において、Rは
であり、ここで、G31、G32、およびG33は独立して、C1～4アルキル、C6～14アリールC1～4アルコキシ、C7～14アラルキル、C1～4アルキルC6～14アリール、C1～4アルコキシC6～14アリール、およびC6～14アリールC1～4アルキルからなる群より選択される。
いくつかの態様において、Rは
であり、ここで、G21、G22、およびG23は独立して水素、ニトロ、ハロゲン、シアノ、またはC1～3アルキルである。
いくつかの態様において、Rは
であり、ここで、G51、G52、およびG53は独立して水素、ニトロ、ハロゲン、シアノ、またはC1～3アルキルもしくはC1～3アルキルオキシ基である。
いくつかの態様において、R5およびR6は一緒になって、複素環（式1に示す環式窒素と共に）－二環式オキサザホスホリジンと呼ばれるヌクレオシドモノマーを形成する。複素環は、例えば、3～16個の炭素原子、例えば4個の炭素原子を含んでもよい。
直交保護されたオキサザホスホリジンモノマー
参照により本明細書に組み入れられるEP17163506.3は、オキサザホスホリジンキラル補助剤上に直交保護されたアミン基を含むオキサザホスホリジンモノマーを提供する。いくつかの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは直交保護されたオキサザホスホリジンモノマーである。
参照により本明細書に組み入れられるEP17163506.3は、オキサザホスホリジンキラル補助剤上に直交保護されたアミン基を含むオキサザホスホリジンモノマーを提供する。いくつかの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは直交保護されたオキサザホスホリジンモノマーである。
二環式オキサザホスホリジンモノマー
いくつかの態様において、モノマーは二環式オキサザホスホリジンモノマーであり、例えば、いくつかの態様において、R5およびR6は一緒になって複素環を形成する。いくつかの態様において、R5およびR6は一緒になって複素環（式1に示す環式窒素と共に）を形成し、これは4つの炭素原子を含んで、複素環中の原子の合計を5つとする（式1に示す4つの炭素および窒素）。例えば、本発明によって用いられるオキサザホスホリジンは式2aまたは2b：
のものであってもよく、式中、R、R1、R9、およびZは式1のとおりである。
いくつかの態様において、モノマーは二環式オキサザホスホリジンモノマーであり、例えば、いくつかの態様において、R5およびR6は一緒になって複素環を形成する。いくつかの態様において、R5およびR6は一緒になって複素環（式1に示す環式窒素と共に）を形成し、これは4つの炭素原子を含んで、複素環中の原子の合計を5つとする（式1に示す4つの炭素および窒素）。例えば、本発明によって用いられるオキサザホスホリジンは式2aまたは2b：
いくつかの態様において、R5およびR6はなって、複素環（式Iに示す環式窒素と共に）を形成し、これは4つの炭素原子を含んで、複素環中の原子の合計を5つとし（式1に示す4つの炭素および窒素）、かつRはフェニルなどのアリールであり、R1は水素またはメチルである。R9は水素である。
前記Z基はヌクレオシドであり、ここでヌクレオシドの3'酸素は式1、1a、1b、2a、または2bに示す環外酸素である。いくつかの態様において、Z基はLNAヌクレオシド部分である。いくつかの態様において、Z基はDNAヌクレオシド部分である。いくつかの態様において、本発明によって用いられるオキサザホスホリジンモノマーは、したがって、式3aまたは3b：
の化合物として表されてもよく、式中、R、R1、R5、R6、およびR9は本明細書に記載のとおりであり、かつBは核酸塩基である。
[本発明1001]
式（1a）または（1b）：
のオキサザホスホリジンモノマーを、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとカップリングさせる段階であって、
式中、Nucは、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rは、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C 1～4 アルキル、C 1～4 アルキルスルホン、C 6～14 アリールスルホン、C 6～14 アリール、C 5～14 ヘテロアリールからなる群より選択され、該C 5～14 ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、あるいは、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシ、または、C 1～4 アルキルおよびC 6～14 アリールより選択される1つもしくは複数の置換基によって置換されたシリルからなる群より選択される1つまたは複数の基によって置換され得；
R 1 は水素またはC 1～4 アルキルより選択され；かつ
R 5 、R 6 、およびR 9 は独立して、水素、C 1～4 アルキル、C 5～6 シクロアルキル、C 6～14 アリール、C 5～14 ヘテロアリールからなる群より選択され、該C 5～14 ヘテロアリールが、O、N、もしくはSより独立して選択される1、2、もしくは3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールのそれぞれは、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得るか；
または、R 5 、R 6 、もしくはR 9 のうちの2つは一緒になって、R 5 が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得、
該カップリングがピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質の存在下で実施される、
該段階
を含む、立体的に規定された（stereodefined）糖修飾オリゴヌクレオチドの合成のための方法。
[本発明1002]
Nucが、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rが、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C 1～4 アルキル、C 1～4 アルキルスルホン、C 6～14 アリールスルホン、C 6～14 アリール、C 5～14 ヘテロアリールからなる群より選択され、該C 5～14 ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、または、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1つもしくは複数の基によって置換され得；
R 1 が水素またはC 1～4 アルキルより選択され；かつ
R 5 、R 6 、およびR 9 が独立して、水素、C 1～4 アルキル、C 5～6 シクロアルキル、C 6～14 アリール、C 5～14 ヘテロアリールからなる群より選択され、該C 5～14 ヘテロアリールが、O、N、もしくはSより独立して選択される1、2、もしくは3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールのそれぞれは、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得るか；
または、R 5 、R 6 、もしくはR 9 のうちの2つは一緒になって、R 5 が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得、
固体支持体上に固定されたヌクレオシドとの前記カップリングがピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質の存在下で実施される、
本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が、ピリジニウムヨウ化水素酸塩、ピリジニウムカンファースルホン酸、ピリジニウム塩酸塩、ピリジニウム臭化水素酸塩、ピリジニウムトリフルオロ酢酸塩、ピリジニウムトリフレート、およびピリジニウムメシレートからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.05～約0.50Mの範囲内のピリジニウム臭化水素酸塩である、本発明1003の方法。
[本発明1005]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩である、本発明1004の方法。
[本発明1006]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.3Mのピリジニウムトリフレートである、本発明1004の方法。
[本発明1007]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約1Mのピリジニウムトリフレートである、本発明1004の方法。
[本発明1008]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.25～約1Mの範囲内のピリジニウム塩酸塩である、本発明1004の方法。
[本発明1009]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.50Mのピリジニウム塩酸塩である、本発明1008の方法。
[本発明1010]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が、アセトニトリル、アセトニトリル中のピリジン、メチルイミダゾール、ならびにそれらの混合物より選択される溶媒中に存在する、本発明1001～1009のいずれかの方法。
[本発明1011]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質がアセトニトリル中に存在する、本発明1010の方法。
[本発明1012]
式（1a）および（1b）の立体的に規定されたモノマーが式（2a）または（2b）：
のオキサザホスホリジンであり、式中、R、R
1
、R
9
、およびNucは式（1a）または（1b）のとおりである、本発明1001～1011のいずれかの方法。
[本発明1013]
前記糖修飾が、以下のLNA糖修飾：
からなる群より選択され、ここで、Bが核酸塩基であり、かつZおよびZ*が独立してヌクレオチドである、本発明1001～1012のいずれかの方法。
[本発明1014]
前記糖修飾が、β-D-オキシ-LNA、(R)-6'-メチル-β-D-オキシLNA、(S)-6'-メチル-β-D-オキシ-LNA（(S)-cET）、およびENAからなる群より選択される、本発明1013の方法。
[本発明1015]
前記糖修飾がMOE：
であり、ここで、Bが核酸塩基であり、かつZおよびZ*が独立してヌクレオチドである、本発明1001～1012のいずれかの方法。
[本発明1016]
前記オキサザホスホリジンモノマーが式（3a）または（3b）：
のものであり、式中、Nucは本明細書において定義されたとおりであり、R
1
はHまたはメチルである、本発明1001～1015のいずれかの方法。
[本発明1017]
前記オキサザホスホリジンモノマーが式（3a）または（3b）：
のものであり、式中、Nucは本明細書において定義されたとおりであり、R
1
はHまたはメチルである、本発明1001～1012のいずれかの方法。
[本発明1018]
前記オキサザホスホリジンモノマーが式（10a）または（10b）：
のものであり、式中、Nucは本明細書において定義されたとおりであり、R
1
はHまたはメチルである、本発明1001～1012のいずれかの方法。
[本発明1019]
ピリジニウム酸性塩活性化物質、溶媒、および本発明1001～1018のいずれかにおいて定義されたとおりの式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンモノマーを含む、組成物。
[本発明1020]
本発明1001～1018のいずれかにおいて定義されたとおりの式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンモノマーと、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとのカップリングのための、ピリジニウム酸性塩活性化物質の使用。
[本発明1021]
本発明1001～1018のいずれかの方法に従って製造されたオリゴヌクレオチド。
[本発明1022]
本明細書に記載された発明。
[本発明1001]
式（1a）または（1b）：
式中、Nucは、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rは、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C 1～4 アルキル、C 1～4 アルキルスルホン、C 6～14 アリールスルホン、C 6～14 アリール、C 5～14 ヘテロアリールからなる群より選択され、該C 5～14 ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、あるいは、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシ、または、C 1～4 アルキルおよびC 6～14 アリールより選択される1つもしくは複数の置換基によって置換されたシリルからなる群より選択される1つまたは複数の基によって置換され得；
R 1 は水素またはC 1～4 アルキルより選択され；かつ
R 5 、R 6 、およびR 9 は独立して、水素、C 1～4 アルキル、C 5～6 シクロアルキル、C 6～14 アリール、C 5～14 ヘテロアリールからなる群より選択され、該C 5～14 ヘテロアリールが、O、N、もしくはSより独立して選択される1、2、もしくは3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールのそれぞれは、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得るか；
または、R 5 、R 6 、もしくはR 9 のうちの2つは一緒になって、R 5 が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得、
該カップリングがピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質の存在下で実施される、
該段階
を含む、立体的に規定された（stereodefined）糖修飾オリゴヌクレオチドの合成のための方法。
[本発明1002]
Nucが、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rが、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C 1～4 アルキル、C 1～4 アルキルスルホン、C 6～14 アリールスルホン、C 6～14 アリール、C 5～14 ヘテロアリールからなる群より選択され、該C 5～14 ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、または、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1つもしくは複数の基によって置換され得；
R 1 が水素またはC 1～4 アルキルより選択され；かつ
R 5 、R 6 、およびR 9 が独立して、水素、C 1～4 アルキル、C 5～6 シクロアルキル、C 6～14 アリール、C 5～14 ヘテロアリールからなる群より選択され、該C 5～14 ヘテロアリールが、O、N、もしくはSより独立して選択される1、2、もしくは3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールのそれぞれは、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得るか；
または、R 5 、R 6 、もしくはR 9 のうちの2つは一緒になって、R 5 が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C 1～4 アルキル、C 6～14 アリール、およびC 1～4 、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得、
固体支持体上に固定されたヌクレオシドとの前記カップリングがピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質の存在下で実施される、
本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が、ピリジニウムヨウ化水素酸塩、ピリジニウムカンファースルホン酸、ピリジニウム塩酸塩、ピリジニウム臭化水素酸塩、ピリジニウムトリフルオロ酢酸塩、ピリジニウムトリフレート、およびピリジニウムメシレートからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.05～約0.50Mの範囲内のピリジニウム臭化水素酸塩である、本発明1003の方法。
[本発明1005]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩である、本発明1004の方法。
[本発明1006]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.3Mのピリジニウムトリフレートである、本発明1004の方法。
[本発明1007]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約1Mのピリジニウムトリフレートである、本発明1004の方法。
[本発明1008]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.25～約1Mの範囲内のピリジニウム塩酸塩である、本発明1004の方法。
[本発明1009]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.50Mのピリジニウム塩酸塩である、本発明1008の方法。
[本発明1010]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が、アセトニトリル、アセトニトリル中のピリジン、メチルイミダゾール、ならびにそれらの混合物より選択される溶媒中に存在する、本発明1001～1009のいずれかの方法。
[本発明1011]
前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質がアセトニトリル中に存在する、本発明1010の方法。
[本発明1012]
式（1a）および（1b）の立体的に規定されたモノマーが式（2a）または（2b）：
[本発明1013]
前記糖修飾が、以下のLNA糖修飾：
[本発明1014]
前記糖修飾が、β-D-オキシ-LNA、(R)-6'-メチル-β-D-オキシLNA、(S)-6'-メチル-β-D-オキシ-LNA（(S)-cET）、およびENAからなる群より選択される、本発明1013の方法。
[本発明1015]
前記糖修飾がMOE：
[本発明1016]
前記オキサザホスホリジンモノマーが式（3a）または（3b）：
[本発明1017]
前記オキサザホスホリジンモノマーが式（3a）または（3b）：
[本発明1018]
前記オキサザホスホリジンモノマーが式（10a）または（10b）：
[本発明1019]
ピリジニウム酸性塩活性化物質、溶媒、および本発明1001～1018のいずれかにおいて定義されたとおりの式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンモノマーを含む、組成物。
[本発明1020]
本発明1001～1018のいずれかにおいて定義されたとおりの式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンモノマーと、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとのカップリングのための、ピリジニウム酸性塩活性化物質の使用。
[本発明1021]
本発明1001～1018のいずれかの方法に従って製造されたオリゴヌクレオチド。
[本発明1022]
本明細書に記載された発明。
発明の詳細な説明
第1の局面において、本発明は、立体的に規定された糖修飾オリゴヌクレオチドの合成のための方法に関し、該方法は、式（1a）または（1b）：
のオキサザホスホリジンモノマーを、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとカップリングさせる段階であって、
式中、Nucは、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rは、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C1～4アルキル、C1～4アルキルスルホン、C6～14アリールスルホン、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、C5～14ヘテロアリールが、C6～14アリール、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、または、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4、アルコキシからなる群より選択される1つもしくは複数の基によって置換され得；
R1は水素およびC1～4アルキルからなる群より選択され；かつ
R5、R6、およびR9は独立して、水素、C1～4アルキル、C5～6シクロアルキル、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、C5～14ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、またはヘテロアリールのそれぞれは、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4、アルコキシからなる群より選択される1、2、または3つの置換基によって置換され得；
代替的に、R5、R6、もしくはR9のうちの2つは一緒になって、R5が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4アルコキシからなる群より選択される1、2、または3つの置換基によって置換され得、
カップリングがピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質の存在下で実施される、
段階を含む。
第1の局面において、本発明は、立体的に規定された糖修飾オリゴヌクレオチドの合成のための方法に関し、該方法は、式（1a）または（1b）：
式中、Nucは、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rは、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C1～4アルキル、C1～4アルキルスルホン、C6～14アリールスルホン、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、C5～14ヘテロアリールが、C6～14アリール、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、または、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4、アルコキシからなる群より選択される1つもしくは複数の基によって置換され得；
R1は水素およびC1～4アルキルからなる群より選択され；かつ
R5、R6、およびR9は独立して、水素、C1～4アルキル、C5～6シクロアルキル、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、C5～14ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、またはヘテロアリールのそれぞれは、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4、アルコキシからなる群より選択される1、2、または3つの置換基によって置換され得；
代替的に、R5、R6、もしくはR9のうちの2つは一緒になって、R5が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4アルコキシからなる群より選択される1、2、または3つの置換基によって置換され得、
カップリングがピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質の存在下で実施される、
段階を含む。
別の局面において、本発明は、立体的に規定された糖修飾オリゴヌクレオチドの合成のための方法に関し、該方法は、式（1a）または（1b）：
のオキサザホスホリジンモノマーを、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとカップリングさせる段階であって、
式中、Nucは、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rは、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C1～4アルキル、C1～4アルキルスルホン、C6～14アリールスルホン、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、C5～14ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、または、1つもしくは複数のC1～4-アルキルおよび/もしくはC6～14アリールによって置換されたシリル、C1～4アルキル、C6～14アリール、ならびに、C1～4アルコキシからなる群より選択される1つもしくは複数の基によって置換され得；
R1は水素およびC1～4アルキルからなる群より選択され；かつ
R5、R6、およびR9は独立して、水素、C1～4アルキル、C5～6シクロアルキル、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、C5～14ヘテロアリールが、O、N、もしくはSより独立して選択される1、2、もしくは3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールのそれぞれは、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得るか；
または、R5、R6、もしくはR9のうちの2つは一緒になって、R5が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得、
カップリングがピリジニウム酸性塩カップリング活性化剤の存在下で実施される、
段階を含む。
式中、Nucは、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rは、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C1～4アルキル、C1～4アルキルスルホン、C6～14アリールスルホン、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、C5～14ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、または、1つもしくは複数のC1～4-アルキルおよび/もしくはC6～14アリールによって置換されたシリル、C1～4アルキル、C6～14アリール、ならびに、C1～4アルコキシからなる群より選択される1つもしくは複数の基によって置換され得；
R1は水素およびC1～4アルキルからなる群より選択され；かつ
R5、R6、およびR9は独立して、水素、C1～4アルキル、C5～6シクロアルキル、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、C5～14ヘテロアリールが、O、N、もしくはSより独立して選択される1、2、もしくは3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールのそれぞれは、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得るか；
または、R5、R6、もしくはR9のうちの2つは一緒になって、R5が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4、アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得、
カップリングがピリジニウム酸性塩カップリング活性化剤の存在下で実施される、
段階を含む。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、ピリジニウム塩酸塩、ピリジニウム臭化水素酸塩、ピリジニウムトリフルオロ酢酸塩、ピリジニウムトリフレート、およびピリジニウムメシレートからなる群より選択される。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、約0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、または1Mのピリジニウムトリフレートである。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、約0.3Mのピリジニウムトリフレートである。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、約1Mのピリジニウムトリフレートである。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、約0.05～約0.50Mの範囲内、例えば約0.05、0.10、0.15、0.20、0.25、0.30、0.35、0.40、045、または0.50Mのピリジニウム臭化水素酸塩である。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、約0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩である。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、約0.25～約1Mの範囲内、例えば、0.25、0.30、0.35、0.40、045、0.50、0.55、0.60、0.65、0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95、または1Mのピリジニウム塩酸塩である。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、約0.50Mのピリジニウム塩酸塩である。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、アセトニトリル、アセトニトリル中のピリジニウム、メチルイミダゾール、ならびにそれらの混合物より選択される溶媒中に存在する。
本発明による方法の1つの態様において、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質は、アセトニトリル中に存在する。
本発明による方法による方法の1つの態様において、式（1a）および（1b）のオキサザホスホリジンモノマーは
であり、式中、R、R1、R9、およびNucは、式（1a）または（1b）について本明細書において定義されている。
本発明による方法の1つの態様において、糖修飾は、以下のLNA糖修飾：
からなる群より選択され、ここで、Bは核酸塩基であり、かつZおよびZ*は独立してヌクレオチドである。
本発明による方法の1つの態様において、糖修飾はβ-D-オキシ-LNA、6'-メチル-β-D-オキシLNA、(S)-6'-メチル-β-D-オキシ-LNA（(S)-cET）、およびENAからなる群より選択される。
本発明による方法の1つの態様において、糖修飾はMOE：
であり、ここで、Bは核酸塩基であり、かつZおよびZ*は独立してヌクレオチドである。
本明細書に記載の本発明による方法のそれぞれの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは式（3a）または（3b）：
のものであり得、式中、Nucは本明細書において定義されたとおりであり、R1はHまたはメチルである。
1つの態様において、本発明は、β-D-オキシ-LNA、6'-メチル-β-D-オキシLNA、(S)-6'-メチル-β-D-オキシ-LNA（(S)-cET）、およびMOEからなる群より選択されるリボース修飾を含む立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成のための方法であり、該方法は、式（3a）または（3b）：
のオキサザホスホリジンモノマーを、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとカップリングさせる段階であって、式中、Nucは、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており、かつR1は水素およびC1～4アルキルからなる群より選択され、カップリングが、アセトニトリル中、活性化物質としての0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩または0.50Mのピリジニウム塩酸塩の存在下で実施される、段階を含む。
1つの態様において、本発明は、β-D-オキシ-LNA、(S)-6'-メチル-β-D-オキシ-LNA（(S)-cET）、およびMOEからなる群より選択されるリボース修飾を含む立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成ための方法であり、式（3a）または（3b）：
のオキサザホスホリジンモノマーを、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとカップリングさせる段階であって、式中、Nucは、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており、かつR1は水素およびC1～4アルキルからなる群より選択され、カップリングがアセトニトリル中、活性化物質としての0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩または0.50Mのピリジニウム塩酸塩の存在下で実施される、段階を含む。
1つの態様において、本発明は、β-D-オキシ-LNA、(S)-6'-メチル-β-D-オキシ-LNA（(S)-cET）、およびMOEからなる群より選択されるリボース修飾を含む立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成のための方法であり、該方法は、式（3a）または（3b）：
のオキサザホスホリジンモノマーを、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとカップリングさせる段階であって、式中、Nucは、保護5'-ヒロイル（hyroyl）を含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており、かつR1は水素およびC1～4アルキルからなる群より選択され、カップリングがアセトニトリル中、活性化物質としての0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩の存在下で実施される、段階を含む。
本明細書に記載のそれぞれの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは式（4a）または（4b）：
のものであり得、式中、Bは核酸塩基であり、PGはヒドロキシル保護基であり、かつR1は水素およびC1～4アルキルからなる群より選択される。
いくつかまたはすべての態様において、固体支持体上に固定されたヌクレオシドは式（5）：
のものであり得、式中、B'は核酸塩基である。
1つの態様において、本発明は、立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成のための方法であり、該方法は、R1が水素およびC1～4アルキルからなる群より選択されかつBが核酸塩基である式（4a）または（4b）：
のオキサザホスホリジンモノマーを、式：
の固体支持体上に固定されたヌクレオシドとカップリングさせる段階であって、式（5）中B'が核酸塩基であり、かつカップリングがアセトニトリル中、活性化物質としての0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩の存在下で実施される、段階を含む。
本発明の別の局面は、ピリジニウム酸性塩活性化物質、溶媒、および式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンを含む組成物であり、ここで、ピリジニウム酸性塩活性化物質、溶媒、および式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンは、本明細書に記載のとおりである。
1つの態様において、本発明の組成物はアセトニトリル中0.50Mのピリジニウム塩酸塩活性化物質および式（3a）または（3b）：
のオキサザホスホリジンを含み、式中、R1は水素またはC1～4アルキルより選択される。
1つの態様において、本発明の組成物はアセトニトリル中約0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩活性化物質および式（3a）または（3b）：
の化合物を含み、式中、R1は水素またはC1～4アルキルより選択される。
本発明の別の局面は、本明細書において定義されたとおりの式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンモノマーと固体支持体上に固定されたヌクレオシドとのカップリングのための、ピリジニウム酸性塩活性化物質の使用である。
1つの態様において、固体支持体上に固定されたヌクレオシドと、式（3a）または（3b）：
のオキサザホスホリジンモノマーとのカップリングのために、ピリジニウム塩酸塩活性化物質をアセトニトリル中0.50Mで用い、式中、R1は水素またはC1～4アルキルより選択される。
1つの態様において、固体支持体上に固定されたヌクレオシドと、式（3a）または（3b）：
のオキサザホスホリジンモノマーとのカップリングのために、ピリジニウム臭化水素酸塩活性化物質をアセトニトリル中約0.25Mで用い、式中、R1は水素またはC1～4アルキルより選択される。
本発明の別の局面は、本発明の方法に従って製造されたオリゴヌクレオチドである。
いくつかの態様において、BまたはB'は、アデニン、グアニン、シトシン、チミジン、ウラシル、キサンチン、ヒポキサンチン、5-メチルシトシン、イソシトシン、プソイドイソシトシン、5-ブロモウラシル、5-プロピニルウラシル、6-アミノプリン、2-アミノプリン、イノシン、ジアミノプリン、および2-クロロ-6-アミノプリンからなる群より選択される核酸塩基である。
いくつかの態様において、BまたはB'はプリン核酸塩基である。いくつかの態様において、BまたはB'はピリミジン核酸塩基である。いくつかの態様において、BまたはB'はアデニンである。いくつかの態様において、BまたはB'はチミジンである。いくつかの態様において、BまたはB'はグアニンである。いくつかの態様において、BまたはB'はシトシンである。いくつかの態様において、BまたはB'がシトシンである場合、Bは5-メチル-シトシンである。
いくつかの態様において、例えば、モノマーが、例えば式20または22のD-DNAモノマーである場合、BまたはB'はシトシン以外である。いくつかの態様において、例えばモノマーがD-DNA-Cである場合、Bはアセチル（Ac）保護シトシン以外である。
オリゴヌクレオチド合成において用いるために、アミダイトモノマーにおいて、核酸塩基基BまたはB'を保護してもよい（チミジンは保護基なしで用いることが多い）ことが理解されるべきである。適切な保護基には、ジメチルホルムアミド（DMF）、ジメトキシトリチル（DMT）またはイソブチリル（iBu）、もしくはアセチル保護基（Ac）もしくはベンゾイル保護基（Bz）などのアシル保護基が含まれる。
いくつかの態様において、例えばモノマーがL-LNA-Gである場合、BはDMF保護グアニン（G）以外である。R3はCH2ODMTr、CH2-アルキル-O-DMTr、CH-Me-O-DMTr、CH2OMMTr、CH2-アルキル-O-MMTr、CH(Me)-O-MMTr、CH-Ra-O-DMTrRb、およびCH-Ra-O-MMTrR bからなる群より選択され；
R2はハロ、例えば-F、アミノ、アジド、-SH、-CN、-OCN、-CF3、-OCF3、-O(Rm)-アルキル、-S(Rm)-アルキル、-N(Rm)-アルキル、-O(Rm)-アルケニル、-S(Rm)-アルケニル、-N(Rm)-アルケニル；-O(Rm)-アルキニル、-S(Rm)-アルキニルまたは-N(Rm)-アルキニル；O-アルキレニル-O-アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、O-アルカリール、O-アラルキル、O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)またはO-CH2C(=O)-N(Rm)(Rn)、-O-(CH2)2OCH3、および-O-CH3からなる群より選択され、ここで各RmおよびRnは独立してH、アミノ保護基または置換もしくは無置換C1～10アルキルであり；
R4はアルキル、シクロアルキル、シクロヘテロアルキル、O-アルキル、S-アルキル、NH-アルキル、および水素からなる群より選択され；いくつかの態様において、R4は水素である。いくつかの態様において、R4は水素であり、かつR2は-O-CH3、および-O-(CH3)2OCH3からなる群より選択される。
R2はハロ、例えば-F、アミノ、アジド、-SH、-CN、-OCN、-CF3、-OCF3、-O(Rm)-アルキル、-S(Rm)-アルキル、-N(Rm)-アルキル、-O(Rm)-アルケニル、-S(Rm)-アルケニル、-N(Rm)-アルケニル；-O(Rm)-アルキニル、-S(Rm)-アルキニルまたは-N(Rm)-アルキニル；O-アルキレニル-O-アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、O-アルカリール、O-アラルキル、O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)またはO-CH2C(=O)-N(Rm)(Rn)、-O-(CH2)2OCH3、および-O-CH3からなる群より選択され、ここで各RmおよびRnは独立してH、アミノ保護基または置換もしくは無置換C1～10アルキルであり；
R4はアルキル、シクロアルキル、シクロヘテロアルキル、O-アルキル、S-アルキル、NH-アルキル、および水素からなる群より選択され；いくつかの態様において、R4は水素である。いくつかの態様において、R4は水素であり、かつR2は-O-CH3、および-O-(CH3)2OCH3からなる群より選択される。
または、いくつかの態様において、R2およびR4は一緒になって、-C(RaRb)-、-C(Ra)=C(Rb)、-C(Ra)=N、O、-Si(Ra)2-、S-、-SO2-、-N(Ra)-、および>C=Zからなる群より選択される、1、2、3つの基/原子からなるなどの、二価の架橋を示し；
ここで、Raおよび存在する場合Rbはそれぞれ独立して、水素、置換されていてもよいC1～6-アルキル、置換されていてもよいC2～6-アルケニル、置換されていてもよいC2～6-アルキニル、ヒドロキシ、置換されていてもよいC1～6-アルコキシ、C2～6-アルコキシアルキル、C2～6-アルケニルオキシ、カルボキシ、C1～6-アルコキシカルボニル、C1～6-アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ-カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ-カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ-およびジ(C1～6-アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ-およびジ(C1～6-アルキル)-アミノ-カルボニル、アミノ-C1～6-アルキル-アミノカルボニル、モノ-およびジ(C1～6-アルキル)アミノ-C1～6-アルキル-アミノカルボニル、C1～6-アルキル-カルボニルアミノ、カルバミド、C1～6-アルカノイルオキシ、スルホノ、C1～6-アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1～6-アルキルチオ、ハロゲンより選択され、ここでアリールおよびヘテロアリールは置換されていてもよく、かつここで2つのジェミナルの置換基RaおよびRbは一緒になって、置換されていてもよいメチレン（=CH2）を示してもよく、ここですべてのキラル中心について、不斉基はRまたはS配向のいずれかで見い出されてもよい。
ここで、Raおよび存在する場合Rbはそれぞれ独立して、水素、置換されていてもよいC1～6-アルキル、置換されていてもよいC2～6-アルケニル、置換されていてもよいC2～6-アルキニル、ヒドロキシ、置換されていてもよいC1～6-アルコキシ、C2～6-アルコキシアルキル、C2～6-アルケニルオキシ、カルボキシ、C1～6-アルコキシカルボニル、C1～6-アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ-カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ-カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ-およびジ(C1～6-アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ-およびジ(C1～6-アルキル)-アミノ-カルボニル、アミノ-C1～6-アルキル-アミノカルボニル、モノ-およびジ(C1～6-アルキル)アミノ-C1～6-アルキル-アミノカルボニル、C1～6-アルキル-カルボニルアミノ、カルバミド、C1～6-アルカノイルオキシ、スルホノ、C1～6-アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1～6-アルキルチオ、ハロゲンより選択され、ここでアリールおよびヘテロアリールは置換されていてもよく、かつここで2つのジェミナルの置換基RaおよびRbは一緒になって、置換されていてもよいメチレン（=CH2）を示してもよく、ここですべてのキラル中心について、不斉基はRまたはS配向のいずれかで見い出されてもよい。
いくつかの態様において、オリゴヌクレオチド中に組み込まれている場合、ヌクレオシド（Z）は、等価のDNAヌクレオシドよりも、相補的RNA標的に対する高い結合親和性を付与する。そのようなヌクレオシドは高親和性ヌクレオシドと呼ばれる。高親和性ヌクレオシドの例には、2'-O-MOE、2'-フルオロ、2'-O-メチル、およびLNAヌクレオシドが含まれる。ヌクレオシドが高親和性ヌクレオシドである態様において、R3は、例えば、CH2-O-DMTrまたはCH2-O-MMTrであってもよい。
いくつかの態様において、R2はフルオロ（-F）、-O-(CH2)2OCH3、および-O-CH3などの-O-C1～3アルキルからなる群より選択される。そのような態様において、任意にR4は水素である。
いくつかの態様において、ヌクレオシドは2'-4'架橋（ビラジカル）を含むLNAヌクレオシド（二環式ヌクレオシドとしても公知）である。
いくつかの態様において、R2およびR4は一緒になって、架橋-C(RaRb)-O-、-C(RaRb)C(RaRb)-O-、-CH2-O-、-CH2CH2-O-、-CH(CH3)-O-からなる群より選択される二価の架橋を示す。いくつかの態様において、R2およびR4は二価の架橋-CH2-O-（メチレン-オキシ、オキシ-LNAとしても公知）または-CH(CH3)-O-（メチル-メチレン-オキシ）を示す。-CH(CH3)-O-架橋は架橋内の炭素原子でキラル中心を導入し、いくつかの態様において、これはS位である（例えば、当技術分野において(S)cETとして公知のヌクレオシド－EP1984381参照））。いくつかの態様において、R2およびR4は二価の架橋-CH2-O-を示し、ここで架橋はβ-D位（β-D-オキシLNA）である。いくつかの態様において、R2およびR4は二価の架橋-CH2-O-を示し、ここで架橋はα-L位（α-L-D-オキシLNA）である。いくつかの態様において、R2およびR4は二価の架橋-CH2-S-（チオLNA）、または-CH2-NH2-（アミノLNA）を示す。R2およびR4が一緒になって二価の架橋を示す態様において、R3は、例えば、CH2-O-DMTrまたはCH2-O-MMTrであってもよい。
ヌクレオシド（Nuc）が二環式ヌクレオチド（LNA）、例えばβ-D-オキシLNAであるいくつかの態様において、Rはフェニルなどのアリールであり、かつR1は水素またはC1～3アルキルである。そのような態様において、R5およびR6は一緒になって、本明細書に記載の5員複素環などの、複素環を形成してもよい（例えば、式2aおよび2b参照）。
いくつかの態様において、式（1a）または（1b）の化合物は、式4a、4b、5a、5b、6a、6b、7a、および7b：
からなる群より選択される。
いくつかの態様において、式（1a）または（1b）の化合物は、式8a、8b、8c、もしくは8d；または9a、9b、9c、もしくは9d：
からなる群より選択される。
いくつかの態様において、式（1a）または（1b）の化合物は、式（10a）または（10b）：
の式からなる群より選択される。
いくつかの態様において、核酸塩基Bは、Bz保護アデニンなどのアデニンである。いくつかの態様において、核酸塩基Bはチミンである。いくつかの態様において、モノマーはD-DNA-Aモノマーである（例えば、モノマーは式9cのものであり、核酸塩基Bは、Bz保護アデニンなどのアデニンである）。実施例は、D-DNA-Aモノマー（例えば、式9cのもの）、L-LNA-AモノマーおよびL-LNA-Tモノマー（例えば、式8aまたは8bのもの）を、本発明によって、アセトニトリル/芳香族複素環式溶媒中で用いると、カップリングの改善を示すことを例示する。
DMF保護L-LNA-G
PCT/EP2017/060985に示すとおり、DMF保護L-LNA-Gモノマーはアセトニトリル溶媒に難溶性である。L-LNAモノマーは、モノマーのキラル補助基の立体化学、またはモノマーがオリゴヌクレオチド中に組み込まれるときに形成するヌクレオシド間連結の立体化学のいずれかによって定義することができる（2つの特徴は構造的に関連し、LモノマーはSpホスホロチオエート連結を作成することになる）。L-LNAモノマーは式3aで表され、ここでR4およびR2の形態において、R2およびR4は一緒になって二価の架橋を示す。例えば、式4a、5a、8a、および8bのモノマー参照。
PCT/EP2017/060985に示すとおり、DMF保護L-LNA-Gモノマーはアセトニトリル溶媒に難溶性である。L-LNAモノマーは、モノマーのキラル補助基の立体化学、またはモノマーがオリゴヌクレオチド中に組み込まれるときに形成するヌクレオシド間連結の立体化学のいずれかによって定義することができる（2つの特徴は構造的に関連し、LモノマーはSpホスホロチオエート連結を作成することになる）。L-LNAモノマーは式3aで表され、ここでR4およびR2の形態において、R2およびR4は一緒になって二価の架橋を示す。例えば、式4a、5a、8a、および8bのモノマー参照。
いくつかの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは、DMF保護グアニン核酸塩基を含むL-LNAモノマーではない。
いくつかの態様において、DMF保護グアニン基（B）は、以下の構造：
を有する。
いくつかの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは、式11および12：
のモノマーではなく、式中、R、R1、R3、R5、R6、およびR9は式1のモノマーのとおりであり、かつ式11のモノマーについて、XおよびYは一緒になって、二価の架橋（例えば、本明細書のR2およびR4のとおり、例えば架橋-C(RaRb)-O-、-C(RaRb)C(RaRb)-O-、-CH2-O-、-CH2CH2-O-、-CH(CH3)-O-からなる群より選択される架橋を示す。いくつかの態様において、XおよびYは二価の架橋-CH2-O-（メチレン-オキシ、オキシ-LNAとしても公知）または-CH(CH3)-O-（メチル-メチレン-オキシ）を示す。-CH(CH3)-O-架橋は架橋内の炭素原子でキラル中心を導入し、いくつかの態様において、これはS位である（例えば、当技術分野において(S)cETとして公知のヌクレオシド－EP1984381参照））。いくつかの態様において、XおよびYは二価の架橋-CH2-O-を示し、ここで架橋はβ-D位（β-D-オキシLNA）である。いくつかの態様において、XおよびYは二価の架橋-CH2-O-を示し、ここで架橋はα-L位（α-L-D-オキシLNA）である。いくつかの態様において、XおよびYは二価の架橋-CH2-S-（チオLNA）、または-CH2-NH2-（アミノLNA）を示す。XおよびYが一緒になって二価の架橋を示す態様において、R3は、例えば、CH2-O-DMTrまたはCH2-O-MMTrであってもよい。
いくつかの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは、式13または14：
のモノマーであり、式中、X、Y、R、R1、R9、およびR3は式11および12のとおりである。グアニン塩基の環外酸素は、例えば、シアノ基で任意に保護してもよい。
いくつかの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは、式15または16：
のモノマーであり、式中、X、Y、R1、およびR3は式11および12のとおりである。グアニン塩基の環外酸素は、例えば、シアノ基で任意に保護してもよい。式15または16のいくつかの態様において、R1は水素である。式15または16のいくつかの態様において、R3はCH2-O-DMTrまたはCH2-O-MMTrである。いくつかの態様において、本発明のオキサザホスホリジンモノマーはアシル保護ヌクレシド（Z）を含む。
アシル保護L-LNA-G
実施例に示すとおり、DMF保護L-LNA-Gモノマーはアセトニトリル溶媒に難溶性である。しかし、本発明者らは、L-LNA-Gモノマーのグアニンヌクレオシド上のアシル保護基の使用は、溶解性の問題を克服することを確認した。
実施例に示すとおり、DMF保護L-LNA-Gモノマーはアセトニトリル溶媒に難溶性である。しかし、本発明者らは、L-LNA-Gモノマーのグアニンヌクレオシド上のアシル保護基の使用は、溶解性の問題を克服することを確認した。
いくつかの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは、イソブチリル保護グアニンなどの、アシル保護グアニン核酸塩基を含むL-LNAモノマーである。
いくつかの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは、式23、24、25、26、27、28、29、または30：
のL-LNA-Gモノマーであり、式中、R、R1、R2、R3、R4、R5、R9、およびR6は本発明の化合物のとおりであり、かつ-C(=O)-R7はグアニン塩基の環外窒素上のアシル保護基であり、かつR8は、存在する場合、グアニン環外酸素上の保護基である。いくつかの態様において、R8はシアノエチルである。いくつかの態様において、Rはフェニルであり、R1は水素またはメチルであり、かつR3は任意にCH2-O-DMTrまたはCH2-O-MMTrである。いくつかの態様において、R7はイソブチリルである。式31および32において、YおよびXは式11のとおりである。
いくつかの態様において、オキサザホスホリジンモノマーは、L-LNA-T、D-DNA-A、D-DNA-C、L-LNA-C、およびL-LNA-G（DMF保護L-LNA-G以外）またはL-DNA-CおよびL-DNA-Tオキサザホスホリジンモノマーからなる群より選択される。実施例に示すとおり、これらのモノマーは、本発明のカップリング溶媒組成物中で用いると、一般にオキサザホスホリジンモノマーで見られる溶解性および安定性の利点に加えて、カップリングの有効性の改善を示す。
溶媒組成物（溶液）
いくつかの態様において、本発明の方法のカップリング段階（b）は、オキサザホスホリジンモノマー、アセトニトリルおよび芳香族複素環式溶媒を含むアセトニトリル溶液を使用する。
いくつかの態様において、本発明の方法のカップリング段階（b）は、オキサザホスホリジンモノマー、アセトニトリルおよび芳香族複素環式溶媒を含むアセトニトリル溶液を使用する。
いくつかの態様において、アセトニトリル溶液は、活性化物質をさらに含む。ホスホラミダイトオリゴヌクレオチド合成において使用するために多くの活性化物質が公知である－それらは典型的には1H-テトラゾール、5-エチルチオ-1H-テトラゾール、2-ベンジルチオテトラゾール、および4,5-ジシアノイミダゾールなどの酸性アゾール触媒を含む。これらの活性化物質はオキサザホスホリジン合成において必ずしも有用ではない。
いくつかの態様において、芳香族複素環式溶媒は、約4～約7のpKaを有する。いくつかの態様において、芳香族複素環式溶媒は、20℃の水中で約7～約17のpKaを有する。
いくつかの態様において、芳香族複素環式溶媒は芳香族複素環式塩基である。
いくつかの態様において、芳香族複素環式溶媒は芳香族複素環式酸である。
いくつかの態様において、芳香族複素環式溶媒は、ピリジン、2-ピコリン、4-ピコリン、3-ピコリン、ルチジン、およびピロールからなる群より選択される。
いくつかの態様において、芳香族複素環式溶媒はピリジンである。
いくつかの態様において、芳香族複素環式溶媒はピロールである。
いくつかの態様において、芳香族複素環式溶媒は3-ピコリンである。
いくつかの態様において、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.1％(v/v)～約50％(v/v)の間である。いくつかの態様において、芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.5％(v/v)～約40％(v/v)の間である。いくつかの態様において、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.5％(v/v)～約30％(v/v)の間である。いくつかの態様において、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.5％(v/v)～約25％(v/v)の間である。いくつかの態様において、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.5％(v/v)～約10％(v/v)の間である。いくつかの態様において、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.5％(v/v)～約5％(v/v)の間である。いくつかの態様において、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約1％(v/v)～約5％(v/v)の間である。いくつかの態様において、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約1％(v/v)～約4％(v/v)の間である。いくつかの態様において、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.5％(v/v)～約10％(v/v)の間、例えば約1％(v/v)～約5％(v/v)の間、例えば約2～3％(v/v)の間、例えば約2.5％(v/v)である。これらの態様において、任意に芳香族複素環式塩基溶媒はピリジンである。
いくつかの態様において、ここで芳香族複素環式溶媒はピリジンであり、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.5％～約10％の間、例えば約1％～約5％の間、例えば約2～3％の間、例えば約2.5％もしくは約3.5％、または約2～4％の間である。
いくつかの態様において、ここで芳香族複素環式溶媒はピロールであり、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.5％～約10％の間、例えば約1％～約5％の間、例えば2～4％、または約2～3％の間、例えば約2.5％である。
いくつかの態様において、ここで芳香族複素環式溶媒は3-ピコリンであり、アセトニトリル中の芳香族複素環式溶媒の濃度(v/v)は約0.5％～約10％の間、例えば約1％～約5％の間、例えば2～4％、または約2～3％の間、例えば約2.5％である。
ピリジニウム酸性塩活性化物質
活性化物質は、オリゴヌクレオチド合成のカップリング段階の前、またはその間に用いる試薬で、オキサザホスホリジンモノマーを活性化して、固体支持体またはオリゴヌクレオチド鎖に連結した5'末端基へのモノマーのカップリングを可能にする。
活性化物質は、オリゴヌクレオチド合成のカップリング段階の前、またはその間に用いる試薬で、オキサザホスホリジンモノマーを活性化して、固体支持体またはオリゴヌクレオチド鎖に連結した5'末端基へのモノマーのカップリングを可能にする。
本発明の方法において、活性化物質はピリジニウム酸性塩である。ピリジニウム酸性塩は、ピリジニウムヨウ化水素酸塩、ピリジニウムカンファースルホン酸、ピリジニウム塩酸塩、ピリジニウム臭化水素酸塩、ピリジニウムトリフルオロ酢酸塩、ピリジニウムトリフレート、およびピリジニウムメシレートからなる群より選択され得る。他のピリジニウム酸性塩を用いることもできる。
追加の活性化物質
他の活性化物質を追加で加えることができ、例えば、いくつかの態様において、追加の活性化物質はCMPT（N-(シアノメチル)ピロリジニウムトリフレート（CMPT）、N-(フェニル)イミダゾリウムトリフレート（PhIMT）、ベンズイミダゾリウムトリフレート（BIT）、4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）、テトラゾール、および5-(ベンジルチオ)-1H-テトラゾールからなる群より選択される。
他の活性化物質を追加で加えることができ、例えば、いくつかの態様において、追加の活性化物質はCMPT（N-(シアノメチル)ピロリジニウムトリフレート（CMPT）、N-(フェニル)イミダゾリウムトリフレート（PhIMT）、ベンズイミダゾリウムトリフレート（BIT）、4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）、テトラゾール、および5-(ベンジルチオ)-1H-テトラゾールからなる群より選択される。
いくつかの態様において、追加の活性化物質は4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）である。
いくつかの態様において、溶媒組成物は約0.5～約2M DCI（または請求項13に記載の他の活性化物質）、例えば約1M DCI（または請求項13に記載の他の活性化物質）を含む。
いくつかの態様において、溶媒組成物はN-メチルイミダゾール、例えば0.01～約1M N-メチルイミダゾール、例えば約0.1M N-メチルイミダゾールの濃度のN-メチルイミダゾールをさらに含む。
いくつかの態様において、活性化物質はN-メチルイミダゾールを含む。いくつかの態様において、活性化物質は4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）、テトラゾール、または5-(ベンジルチオ)-1H-テトラゾールを含む。いくつかの態様において、活性化物質は4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）、テトラゾール、または5-(ベンジルチオ)-1H-テトラゾールおよびN-メチルイミダゾールを含む。
いくつかの態様において、用いるN-メチルイミダゾールの濃度は0.01M～約1M N-メチルイミダゾール、例えば約0.1M N-メチルイミダゾールである。いくつかの態様において、アセトニトリル溶液はN-メチルイミダゾールを0.01M～約1M N-メチルイミダゾール、例えば約0.1M N-メチルイミダゾールの濃度で含む。
いくつかの態様において、活性化物質はDCIもしくはテトラゾール、または5-(ベンジルチオ)-1H-テトラゾールであり、これらは約0.5～約2M、例えば約1Mの濃度（例えば、本発明のアセトニトリル溶液中）で用いてもよい。
本発明によって合成した、立体的に規定された糖修飾オリゴヌクレオチドは、2'-糖修飾オリゴヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドであり得る。すなわち、それらは2'-糖修飾オリゴヌクレオチドであり得る。
本発明によって合成した、立体的に規定された糖修飾オリゴヌクレオチドは、ロックド核酸ヌクレオシド（LNAヌクレオシド）を含むオリゴヌクレオチドであり得る。すなわち、それらはロックド核酸ヌクレオチド（LNAヌクレオチド）であり得る。
いくつかの態様において、活性化物質は4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）である。いくつかの態様において、溶媒組成物は約0.5～約2M DCI、例えば約1M DCIを含む。カップリングの有効性を最適化するために、実施例に示すとおり、用いる活性化物質の量を最適化する必要があり得ることが理解されよう。いくつかの態様において、用いるDCI活性化物質の濃度は0.5M～1M DCIの間である。いくつかの態様において、活性化物質がDCIである場合、溶媒組成物はN-メチルイミダゾール（NMI）、例えば0.01～約1M N-メチルイミダゾール、例えば約0.1M N-メチルイミダゾールの濃度のN-メチルイミダゾールをさらに含む。NMIは、DCIなどの他の活性化物質の溶解性を増強し得る作用物質である。
本発明の方法は、本発明者らが行った実験により証明された、先行技術よりも高いカップリング効率を有する、立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成への経路を提供する。立体的に規定されたオリゴヌクレオチドを調製するための一般的プロセスの非限定例を図8に示す。本発明者らが行った実験を概説する実施例1および図1を参照して、10量体を得るための9量体のモノマーとのカップリングは、DCI＋NMI、フェニルイミダゾリウムトリフレート、ベンズイミダゾリウムトリフレート＋NMIまたはベンズイミダゾリウムトリフレートなどの他の非ピリジニウム酸性塩活性化物質よりも、ピリジニウム塩酸塩（94,7％）で良好な収率を示すことが明らかである。図1Bを参照して、得られた10量体および残りの9量体ならびに副生成物であるダイマー（18量体）のピークは、他のカップリング活性化物質を用いる場合よりも好ましい。
同じことが実施例2および図2、特に図1Bで示れる。
実施例3、4および図3、4も、様々な濃度でピリジニウム酸性塩活性化物質がDCI＋NMIよりもすぐれていることを証明している。
実施例5、6および図5、6は、ピリジニウム臭化水素酸塩が他のピリジニウム酸性塩活性化物質の中でも特に効率的であることを示す。
図7は、図6による異なる活性化物質およびオリゴヌクレオチドの長さの関数としての、オリゴマーの理論全反応収率を示す。この図は、カップリング収率の小さい変化が全オリゴマー収率に対して劇的な効果を有することを示す。
以下の非限定例は本発明をさらに例示する。
実施例1
カップリング効率および全カップリング純度に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に9量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則（stereorandom）2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-DNA Tの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（10分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
カップリング効率および全カップリング純度に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に9量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則（stereorandom）2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-DNA Tの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（10分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
活性化物質は、図に示すとおり、下記のうちの1つから選択した。
（A）1Mの4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）＋0.1 N-メチルイミダゾール（NMI）
（B）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（C）MeCN中0.2MのN-フェニルイミダゾリウムトリフレート
（D）MeCN中0.2Mのベンズイミダゾリウムトリフレート＋0.1M NMI
（E）MeCN中0.2Mのベンズイミダゾリウムトリフレート
（A）1Mの4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）＋0.1 N-メチルイミダゾール（NMI）
（B）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（C）MeCN中0.2MのN-フェニルイミダゾリウムトリフレート
（D）MeCN中0.2Mのベンズイミダゾリウムトリフレート＋0.1M NMI
（E）MeCN中0.2Mのベンズイミダゾリウムトリフレート
L-DNA TをMeCN中3.5％ピリジンの溶液に0.15M濃度で溶解した。硫化をピリジン：MeCN（1：1）中0.1Mキサンタンヒドリドを用いて実施し、キャッピングをキャップAではMeCN中20％NMIと、キャップBとしてピリジン/Ac2O/MeCN（3：5：2）を用いて実施した。脱トリチルをジクロロメタン中3％v/vジクロロ酢酸を用いて実施した。
オリゴヌクレオチドを、濃水酸化アンモニウム水溶液を用い、55℃で24時間包括的に脱保護した。粗製材料をUPLC-MS分析により分析した。260nmでのUV吸光度により検出したクロマトグラムは主に3つのピーク、すなわち全長T10オリゴマー、カップリング反応の失敗により生じたT9オリゴマー、およびカップリング反応から不純物として生じたT18オリゴマーからなっていた。これらの3つのピークを、260nmのピークの吸光度を積分することにより定量し、カップリング反応のために用いた活性化物質の関数として以下に示す。
活性化物質B（MeCN中0.5Mピリジニウム塩酸塩）の場合に、所望のT10オリゴマーの最も高い％UVが得られ、T9カップリング失敗種およびT18不純物が最低レベルであることがわかる。
実施例2
カップリング効率および全カップリング純度に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-DNA Tの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（10分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
カップリング効率および全カップリング純度に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-DNA Tの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（10分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
活性化物質は、図に示すとおり、下記のうちの1つから選択した。
（A）1Mの4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）＋0.1 N-メチルイミダゾール（NMI）
（B）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（C）MeCN中0.2MのN-フェニルイミダゾリウムトリフレート
（D）MeCN中0.2Mのベンズイミダゾリウムトリフレート＋0.1M NMI
（E）MeCN中0.2Mのベンズイミダゾリウムトリフレート
（A）1Mの4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）＋0.1 N-メチルイミダゾール（NMI）
（B）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（C）MeCN中0.2MのN-フェニルイミダゾリウムトリフレート
（D）MeCN中0.2Mのベンズイミダゾリウムトリフレート＋0.1M NMI
（E）MeCN中0.2Mのベンズイミダゾリウムトリフレート
L-DNA TをMeCN中3.5％ピリジンの溶液に0.15M濃度で溶解した。硫化をピリジン：MeCN（1：1）中0.1Mキサンタンヒドリドを用いて実施し、キャッピングをキャップAではMeCN中20％NMIと、キャップBとしてピリジン/Ac2O/MeCN（3：5：2）を用いて実施した。脱トリチルをジクロロメタン中3％v/vジクロロ酢酸を用いて実施した。
オリゴヌクレオチドを、濃水酸化アンモニウム水溶液を用い、55℃で24時間包括的に脱保護した。粗製材料をUPLC-MS分析により分析した。260nmでのUV吸光度により検出したクロマトグラムは主に3つのピーク、すなわち全長T16オリゴマー、カップリング反応の失敗により生じたT15オリゴマー、およびカップリング反応から不純物として生じたT30オリゴマーからなっていた。これらの3つのピークを、260nmのピークの吸光度を積分することにより定量し、カップリング反応のために用いた活性化物質の関数として以下に示す。
活性化物質B（MeCN中0.5Mピリジニウム塩酸塩）の場合に、所望のT16オリゴマーの最も高い％UVが得られ、T15カップリング失敗種およびT30不純物が最低レベルであることがわかる。
実施例3
カップリング効率に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-LNA Tの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（10分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
カップリング効率に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-LNA Tの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（10分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
活性化物質は、図に示すとおり、下記のうちの1つから選択した。
（A）1Mの4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）＋0.1 N-メチルイミダゾール（NMI）
（B）MeCN中の0.5Mピリジニウム塩酸塩
（C）MeCN中0.25Mのピリジニウム塩酸塩
（D）MeCN中0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩
（A）1Mの4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）＋0.1 N-メチルイミダゾール（NMI）
（B）MeCN中の0.5Mピリジニウム塩酸塩
（C）MeCN中0.25Mのピリジニウム塩酸塩
（D）MeCN中0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩
L-LNA TをMeCN中3.5％ピリジンの溶液に0.15M濃度で溶解した。硫化をピリジン：MeCN（1：1）中0.1Mキサンタンヒドリドを用いて実施し、キャッピングをキャップAではMeCN中20％NMIと、キャップBとしてピリジン/Ac2O/MeCN（3：5：2）を用いて実施した。脱トリチルをジクロロメタン中3％v/vジクロロ酢酸を用いて実施した。
オリゴヌクレオチドを、濃水酸化アンモニウム水溶液を用い、55℃で24時間包括的に脱保護した。粗製材料をUPLC-MS分析により分析した。全長生成物ピークのUV吸光度をT15ピークのUV吸光度と比較して、カップリング効率の相対尺度を得た。
最も高いカップリング効率は活性化物質D（MeCN中0.25Mピリジニウム臭化水素酸塩）により達成されるが、活性化物質の濃度はピリジニウム塩酸塩に比べて0.25Mまで低下したことがわかる。
実施例4
カップリング効率に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-LNA mCの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（10分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
カップリング効率に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-LNA mCの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（10分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
活性化物質は、図に示すとおり、下記のうちの1つから選択した。
（A）1Mの4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）＋0.1 N-メチルイミダゾール（NMI）
（B）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（C）MeCN中0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩
（A）1Mの4,5-ジシアノイミダゾール（DCI）＋0.1 N-メチルイミダゾール（NMI）
（B）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（C）MeCN中0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩
L-LNA mCをMeCN中3.5％ピリジンの溶液に0.15M濃度で溶解した。硫化をピリジン：MeCN（1：1）中0.1Mキサンタンヒドリドを用いて実施し、キャッピングをキャップAではMeCN中20％NMIと、キャップBとしてピリジン/Ac2O/MeCN（3：5：2）を用いて実施した。脱トリチルをジクロロメタン中3％v/vジクロロ酢酸を用いて実施した。
オリゴヌクレオチドを、濃水酸化アンモニウム水溶液を用い、55℃で24時間包括的に脱保護した。粗製材料をUPLC-MS分析により分析した。全長生成物ピークのUV吸光度をT15ピークのUV吸光度と比較して、カップリング効率の相対尺度を得た。
最も高いカップリング効率は活性化物質C（MeCN中0.25Mピリジニウム臭化水素酸塩）により達成されることがわかる。
実施例5
カップリング効率に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-LNA mCの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（20分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
カップリング効率に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-LNA mCの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（20分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
活性化物質は、図に示すとおり、下記のうちの1つから選択した。
（A）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（B）MeCN中0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩
（A）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（B）MeCN中0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩
L-LNA mCをMeCN中3.5％ピリジンの溶液に0.15M濃度で溶解した。硫化をピリジン：MeCN（1：1）中0.1Mキサンタンヒドリドを用いて実施し、キャッピングをキャップAではMeCN中20％NMIと、キャップBとしてピリジン/Ac2O/MeCN（3：5：2）を用いて実施した。脱トリチルをジクロロメタン中3％v/vジクロロ酢酸を用いて実施した。
オリゴヌクレオチドを、濃水酸化アンモニウム水溶液を用い、55℃で24時間包括的に脱保護した。粗製材料をUPLC-MS分析により分析した。全長生成物ピークのUV吸光度をT15ピークのUV吸光度と比較して、カップリング効率の相対尺度を得た。
最も高いカップリング効率は活性化物質B（MeCN中0.25Mピリジニウム臭化水素酸塩）により達成されることがわかり、同様に実施例4に比べてカップリング時間を長くするとカップリング効率の上昇をもたらすこともわかる。
実施例6
カップリング効率に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-LNA mCの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（20分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
カップリング効率に対する活性化物質の効果を調べるために、その上に15量体全ホスホロチオエートDNA Tを立体不規則2-シアノエチルホスホラミダイトを用いて前もって合成した固体支持体上で、L-LNA mCの1回のカップリング反応を実施した。合成はAKTA OligoPilot 100上、0.2μmolスケールで行った。2回のカップリング反応（20分のカップリング時間）を、2回のカップリング反応の間にチオール化および洗浄段階を行って実施し、続いてチオール化、キャッピングおよび脱トリチルを行った。その後、固体支持体をアセトニトリル中20％ジエチルアミンで処理した。
活性化物質は、図に示すとおり、下記のうちの1つから選択した。
（A）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（B）MeCN中0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩
（C）0.25Mのピリジニウムトリフルオロ酢酸塩
（D）0.25Mのピリジニウムパラトルエンスルホナート
（E）0.25Mのピリジニウムトリフレート
（A）MeCN中0.5Mのピリジニウム塩酸塩
（B）MeCN中0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩
（C）0.25Mのピリジニウムトリフルオロ酢酸塩
（D）0.25Mのピリジニウムパラトルエンスルホナート
（E）0.25Mのピリジニウムトリフレート
L-LNA mCをMeCN中3.5％ピリジンの溶液に0.15M濃度で溶解した。硫化をピリジン：MeCN（1：1）中0.1Mキサンタンヒドリドを用いて実施し、キャッピングをキャップAではMeCN中20％NMIと、キャップBとしてピリジン/Ac2O/MeCN（3：5：2）を用いて実施した。脱トリチルをジクロロメタン中3％v/vジクロロ酢酸を用いて実施した。
オリゴヌクレオチドを、濃水酸化アンモニウム水溶液を用い、55℃で24時間包括的に脱保護した。粗製材料をUPLC-MS分析により分析した。全長生成物ピークのUV吸光度をT15ピークのUV吸光度と比較して、カップリング効率の相対尺度を得た。
実施例7
50μmolスケールの合成を、Akta OligoPilot 10上、393μmol/g Kinnovate樹脂を用いて実施した。以下に示す、通常の5'-ジメトキシトリチル-3'-β-シアノエチルホスホラミダイトを用い、12回の立体不規則カップリング5'-CGATCGATCGAT-3'と、続いて4回の立体不規則カップリング（C*A*G*T*）を実施した。すべての立体的に規定されたモノマーをアセトニトリル中3.5％ピリジンに溶解した。
50μmolスケールの合成を、Akta OligoPilot 10上、393μmol/g Kinnovate樹脂を用いて実施した。以下に示す、通常の5'-ジメトキシトリチル-3'-β-シアノエチルホスホラミダイトを用い、12回の立体不規則カップリング5'-CGATCGATCGAT-3'と、続いて4回の立体不規則カップリング（C*A*G*T*）を実施した。すべての立体的に規定されたモノマーをアセトニトリル中3.5％ピリジンに溶解した。
全ての合成段階を、標準のオリゴヌクレオチド合成に従って実施した。
－ 脱トリチル
－ カップリング
－ 酸化/硫化
－ キャッピング
－ 脱トリチル
－ カップリング
－ 酸化/硫化
－ キャッピング
合成サイクルにおいて用いた試薬：
－ 脱ブロック： トルエン中3％ジクロロ酢酸（v/v）
－ 活性化物質： 以下の表参照
－ 立体不規則ホスホラミダイト： アセトニトリル中0.2M溶液
－ 立体的に規定されたホスホラミダイト： 以下の表参照
－ キャップA： N-メチルイミダゾール/アセトニトリル2/8（v/v）
－ キャップB1： 無水酢酸/アセトニトリル4/6（v/v）
－ キャップB2： ピリジン/アセトニトリル6/4（v/v）
－ 硫化試薬： アセトニトリル/ピリジン1/1（v/v）中0.1Mキサンタンヒドリド
－ 酸化剤： ヨウ素/水/ピリジン12.7/1/9（w/v/v）
－ 脱ブロック： トルエン中3％ジクロロ酢酸（v/v）
－ 活性化物質： 以下の表参照
－ 立体不規則ホスホラミダイト： アセトニトリル中0.2M溶液
－ 立体的に規定されたホスホラミダイト： 以下の表参照
－ キャップA： N-メチルイミダゾール/アセトニトリル2/8（v/v）
－ キャップB1： 無水酢酸/アセトニトリル4/6（v/v）
－ キャップB2： ピリジン/アセトニトリル6/4（v/v）
－ 硫化試薬： アセトニトリル/ピリジン1/1（v/v）中0.1Mキサンタンヒドリド
－ 酸化剤： ヨウ素/水/ピリジン12.7/1/9（w/v/v）
オリゴヌクレオチド合成の完了後、脱保護/切断段階を32％アンモニア水溶液中、65℃で6時間実施する。最適化の結果を以下の表に示す。
以下の表において、複数回のカップリングを行う場合は、カップリング、酸化、洗浄（COW）の順序を用いた。
CMPT： N-(シアノメチル)-ピロリジニウムトリフレート
Pyr： ピリジニウム
OTf： トリフルオロメタンスルホナート
Pyr： ピリジニウム
OTf： トリフルオロメタンスルホナート
Claims (15)
- 式（1a）または（1b）：
のオキサザホスホリジンモノマーを、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとカップリングさせる段階であって、
式中、Nucは、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rは、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C1～4アルキル、C1～4アルキルスルホン、C6～14アリールスルホン、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、該C5～14ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、あるいは、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4アルコキシ、または、C1～4アルキルおよびC6～14アリールより選択される1つもしくは複数の置換基によって置換されたシリルからなる群より選択される1つまたは複数の基によって置換され得；
R1は水素またはC1～4アルキルより選択され；かつ
R5、R6、およびR9は独立して、水素、C1～4アルキル、C5～6シクロアルキル、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、該C5～14ヘテロアリールが、O、N、もしくはSより独立して選択される1、2、もしくは3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールのそれぞれは、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得るか；
または、R5、R6、もしくはR9のうちの2つは一緒になって、R5が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得、
該カップリングがピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質の存在下で実施される、
該段階
を含み、
該ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.05～約0.50Mの範囲内のピリジニウム臭化水素酸塩であるか、または該ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.25～約1Mの範囲内のピリジニウム塩酸塩である、
立体的に規定された（stereodefined）糖修飾オリゴヌクレオチドの合成のための方法。 - Nucが、保護5'-ヒドロキシルを含むヌクレオシドであり、かつ式1aまたは1bの酸素原子にその3'位を介して結合しており；
Rが、ニトロ、ハロゲン、シアノ、シリル、スルホン、C1～4アルキル、C1～4アルキルスルホン、C6～14アリールスルホン、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、該C5～14ヘテロアリールが、O、N、またはSより独立して選択される1、2、または3つのヘテロ原子を含み、シリル、アルキル、アリール、ヘテロアリール部分のそれぞれは、無置換であり得るか、または、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4アルコキシからなる群より選択される1つもしくは複数の基によって置換され得；
R1が水素またはC1～4アルキルより選択され；かつ
R5、R6、およびR9が独立して、水素、C1～4アルキル、C5～6シクロアルキル、C6～14アリール、C5～14ヘテロアリールからなる群より選択され、該C5～14ヘテロアリールが、O、N、もしくはSより独立して選択される1、2、もしくは3つのヘテロ原子を含み、これらのアルキル、シクロアルキル、アリール、もしくはヘテロアリールのそれぞれは、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得るか；
または、R5、R6、もしくはR9のうちの2つは一緒になって、R5が結合しているN原子と共に、3～7つの炭素原子を含む複素環を形成し、ここで該複素環は、C1～4アルキル、C6～14アリール、およびC1～4アルコキシからなる群より選択される1、2、もしくは3つの置換基によって置換され得、
固体支持体上に固定されたヌクレオシドとの前記カップリングが前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質の存在下で実施される、
請求項1記載の方法。 - 前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.25Mのピリジニウム臭化水素酸塩である、請求項1記載の方法。
- 前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.50Mのピリジニウム塩酸塩である、請求項1記載の方法。
- 前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が、アセトニトリル、アセトニトリル中のピリジン、メチルイミダゾール、ならびにそれらの混合物より選択される溶媒中に存在する、請求項1～4のいずれか一項記載の方法。
- 前記ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質がアセトニトリル中に存在する、請求項5記載の方法。
- 式（1a）および（1b）の立体的に規定されたモノマーが式（2a）または（2b）：
のオキサザホスホリジンであり、式中、R、R1、R9、およびNucは式（1a）または（1b）のとおりである、請求項1～6のいずれか一項記載の方法。
- 前記糖修飾が、以下のLNA糖修飾：
からなる群より選択され、ここで、Bが核酸塩基であり、かつZおよびZ*が独立してヌクレオチドである、請求項1～7のいずれか一項記載の方法。
- 前記糖修飾が、β-D-オキシ-LNA、(R)-6'-メチル-β-D-オキシLNA、(S)-6'-メチル-β-D-オキシ-LNA（(S)-cET）、およびENAからなる群より選択される、請求項8記載の方法。
- 前記糖修飾がMOE：
であり、ここで、Bが核酸塩基であり、かつZおよびZ*が独立してヌクレオチドである、請求項1～7のいずれか一項記載の方法。
- 前記オキサザホスホリジンモノマーが式（3a）または（3b）：
のものであり、式中、Nucは式（1a）または（1b）のとおりであり、R1はHまたはメチルである、請求項1～10のいずれか一項記載の方法。
- 前記オキサザホスホリジンモノマーが式（3a）または（3b）：
のものであり、式中、Nucは式（1a）または（1b）のとおりであり、R1はHまたはメチルである、請求項1～7のいずれか一項記載の方法。
- 前記オキサザホスホリジンモノマーが式（10a）または（10b）：
のものであり、式中、Nucは式（1a）または（1b）のとおりであり、R1はHまたはメチルである、請求項1～7のいずれか一項記載の方法。
- ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質、溶媒、および請求項1～13のいずれか一項において定義されたとおりの式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンモノマーを含む、組成物であって、
該ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.05～約0.50Mの範囲内のピリジニウム臭化水素酸塩であるか、または該ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.25～約1Mの範囲内のピリジニウム塩酸塩であり、
該式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンモノマーと、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとのカップリングに用いるためのものである、組成物。 - 請求項1～13のいずれか一項において定義されたとおりの式（1a）または（1b）のオキサザホスホリジンモノマーと、固体支持体上に固定されたヌクレオシドとのカップリングのための、ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質の使用であって、
該ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.05～約0.50Mの範囲内のピリジニウム臭化水素酸塩であるか、または該ピリジニウム酸性塩カップリング活性化物質が約0.25～約1Mの範囲内のピリジニウム塩酸塩である、使用。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP18207887.3 | 2018-11-22 | ||
| EP18207887 | 2018-11-22 | ||
| PCT/EP2019/081864 WO2020104492A1 (en) | 2018-11-22 | 2019-11-20 | Pyridinium salts as activators in the synthesis of stereodefined oligonucleotides |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2022513110A JP2022513110A (ja) | 2022-02-07 |
| JP7467457B2 true JP7467457B2 (ja) | 2024-04-15 |
Family
ID=64453418
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2021528931A Active JP7467457B2 (ja) | 2018-11-22 | 2019-11-20 | 立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成における活性化物質としてのピリジニウム塩 |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US11667660B2 (ja) |
| EP (1) | EP3883941A1 (ja) |
| JP (1) | JP7467457B2 (ja) |
| CN (1) | CN113166185A (ja) |
| WO (1) | WO2020104492A1 (ja) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US11814407B2 (en) * | 2017-06-28 | 2023-11-14 | Roche Innovation Center Copenhagen A/S | Multiple coupling and oxidation method |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1999062922A1 (en) | 1998-06-02 | 1999-12-09 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Activators for oligonucleotide synthesis |
| WO2017194498A1 (en) | 2016-05-12 | 2017-11-16 | Roche Innovation Center Copenhagen A/S | Enhanced coupling of stereodefined oxazaphospholidine phosphoramidite monomers to nucleoside or oligonucleotide |
| WO2018019799A2 (en) | 2016-07-27 | 2018-02-01 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Oligonucleotide synthesis |
| WO2018177825A1 (en) | 2017-03-29 | 2018-10-04 | Roche Innovation Center Copenhagen A/S | Orthogonal protecting groups for the preparation of stereodefined phosphorothioate oligonucleotides |
Family Cites Families (18)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP3756313B2 (ja) | 1997-03-07 | 2006-03-15 | 武 今西 | 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体 |
| CN1273476C (zh) | 1997-09-12 | 2006-09-06 | 埃克西康有限公司 | 寡核苷酸类似物 |
| ES2234563T5 (es) | 1999-02-12 | 2018-01-17 | Daiichi Sankyo Company, Limited | Nuevos análogos de nucleósidos y oligonucleótidos |
| ATE356824T1 (de) | 1999-05-04 | 2007-04-15 | Santaris Pharma As | L-ribo-lna analoge |
| US6617442B1 (en) | 1999-09-30 | 2003-09-09 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Human Rnase H1 and oligonucleotide compositions thereof |
| DK3222722T3 (da) | 2002-11-18 | 2019-06-17 | Roche Innovation Ct Copenhagen As | Antisense-design |
| CN102908630B (zh) | 2006-01-27 | 2014-11-19 | Isis制药公司 | 6-修饰的双环核酸类似物 |
| US7666854B2 (en) | 2006-05-11 | 2010-02-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs |
| EP2066684B1 (en) | 2006-05-11 | 2012-07-18 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | 5'-modified bicyclic nucleic acid analogs |
| US8278425B2 (en) | 2007-05-30 | 2012-10-02 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs |
| WO2008154401A2 (en) | 2007-06-08 | 2008-12-18 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs |
| DK2176280T4 (en) | 2007-07-05 | 2015-07-20 | Isis Pharmaceuticals Inc | 6-Disubstituerede bicykliske nukleinsyreanaloge |
| WO2009067647A1 (en) | 2007-11-21 | 2009-05-28 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs |
| WO2010036698A1 (en) | 2008-09-24 | 2010-04-01 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Substituted alpha-l-bicyclic nucleosides |
| EP2462153B1 (en) | 2009-08-06 | 2015-07-29 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs |
| US8846637B2 (en) | 2010-06-08 | 2014-09-30 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Substituted 2′-amino and 2′-thio-bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom |
| CN104136451A (zh) | 2011-09-07 | 2014-11-05 | 玛瑞纳生物技术有限公司 | 具有构象限制的单体的核酸化合物的合成和用途 |
| WO2013154798A1 (en) | 2012-04-09 | 2013-10-17 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Tricyclic nucleic acid analogs |
-
2019
- 2019-11-20 CN CN201980077252.5A patent/CN113166185A/zh active Pending
- 2019-11-20 JP JP2021528931A patent/JP7467457B2/ja active Active
- 2019-11-20 EP EP19808742.1A patent/EP3883941A1/en active Pending
- 2019-11-20 WO PCT/EP2019/081864 patent/WO2020104492A1/en unknown
-
2021
- 2021-04-27 US US17/241,535 patent/US11667660B2/en active Active
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1999062922A1 (en) | 1998-06-02 | 1999-12-09 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Activators for oligonucleotide synthesis |
| WO2017194498A1 (en) | 2016-05-12 | 2017-11-16 | Roche Innovation Center Copenhagen A/S | Enhanced coupling of stereodefined oxazaphospholidine phosphoramidite monomers to nucleoside or oligonucleotide |
| WO2018019799A2 (en) | 2016-07-27 | 2018-02-01 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Oligonucleotide synthesis |
| WO2018177825A1 (en) | 2017-03-29 | 2018-10-04 | Roche Innovation Center Copenhagen A/S | Orthogonal protecting groups for the preparation of stereodefined phosphorothioate oligonucleotides |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN113166185A (zh) | 2021-07-23 |
| US20210355150A1 (en) | 2021-11-18 |
| US11667660B2 (en) | 2023-06-06 |
| WO2020104492A1 (en) | 2020-05-28 |
| EP3883941A1 (en) | 2021-09-29 |
| JP2022513110A (ja) | 2022-02-07 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP7476101B2 (ja) | ホスホロジチオアートヌクレオシド間結合を含むギャップマーオリゴヌクレオチド | |
| EP3728590A1 (en) | Novel thiophosphoramidites | |
| JP7467457B2 (ja) | 立体的に規定されたオリゴヌクレオチドの合成における活性化物質としてのピリジニウム塩 | |
| JP7470097B2 (ja) | ホスホロトリチオアートヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチド | |
| JP7476102B2 (ja) | ホスホロジチオアートヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチド | |
| CN113661168A (zh) | 用于制备核苷酸p(v)单体的新方法 | |
| JP2022521510A (ja) | ホスホノアセテートギャップマー型オリゴヌクレオチド | |
| JP2022521512A (ja) | 新規ホスホルアミダイト | |
| KR20210041537A (ko) | 포스포로트리티오에이트 뉴클레오사이드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오타이드 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210804 |
|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20221110 |
|
| RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20230714 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230821 |
|
| A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20231016 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240130 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20240319 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20240403 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7467457 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |