JP2019528704A5

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Publication number: JP2019528704A5
Application number: JP2019512308A
Authority: JP
Filing date: 2017-09-01
Publication date: 2020-03-05
Anticipated expiration: 2037-09-01

Claims

生体試料を特徴づける方法であって、
ヒト個体の生体試料において、ＥＭＸ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＴＳＰＹＬ５、及びＨＯＸＡ１のいずれかから選択される２つ以上の遺伝子に関してＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む前記方法であり、
前記メチル化レベルの測定が、
前記生体試料中のゲノムＤＮＡをバイサルファイトで処理し、
前記バイサルファイトで処理されたゲノムＤＮＡを、前記選択される１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを用いて増幅し、
前記ＣｐＧ部位の前記メチル化レベルを、メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトピロシーケンシング、またはバイサルファイトゲノム配列決定ＰＣＲによって測定することを介する、前記方法。
さらに、前記メチル化レベルを、ＨＣＣを伴わない対照試料における対応する遺伝子のセットのメチル化レベルと比較すること、及び
前記１つ以上の遺伝子において測定された前記メチル化レベルが、それぞれの対照試料において測定された前記メチル化レベルと異なる（例えば、より高い）場合に、前記個体がＨＣＣを有すると判断することを含む、請求項１に記載の方法。
前記生体試料が組織試料である場合に、前記選択される１つ以上の遺伝子に対して以下のプライマーのセット、すなわち、
ＤＡＢ２ＩＰに対しては、配列番号４及び５または配列番号４６及び４７からなるプライマーのセット、
ＥＭＸ１に対しては、配列番号１６及び１７または配列番号９１及び９２からなるプライマーのセット、
ＨＯＸＡ１に対しては、配列番号２８及び２９または配列番号８８及び８９からなるプライマーのセット、ならびに
ＴＳＰＹＬ５に対しては、配列番号１及び２または配列番号４３及び４４からなるプライマーのセット、
を使用する、請求項１に記載の方法。
前記生体試料が、血漿試料または組織試料である、請求項１に記載の方法。
前記ＣｐＧ部位が、コード領域または調節領域に存在する、請求項１に記載の方法。
１つ以上の遺伝子に関してＣｐＧ部位のメチル化レベルを前記測定することが、前記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを測定すること及び前記ＣｐＧ部位のメチル化の頻度を測定することからなる群から選択される測定を含む、請求項１に記載の方法。
血漿試料を特徴づける方法であって、
（ａ）ヒト個体の血漿試料において、ＥＭＸ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＴＳＰＹＬ５、及びＨＯＸＡ１から選択される２つ以上の遺伝子に関してＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することであって、
前記メチル化レベルの測定が、
前記生体試料中のゲノムＤＮＡをバイサルファイトで処理し、
前記バイサルファイトで処理されたゲノムＤＮＡを、前記選択される２つ以上の遺伝子に対して以下のプライマーのセット、すなわち、
ＤＡＢ２ＩＰに対しては、配列番号４及び５または配列番号４６及び４７からなるプライマーのセット、
ＥＭＸ１に対しては、配列番号１６及び１７または配列番号９１及び９２からなるプライマーのセット、
ＨＯＸＡ１に対しては、配列番号２８及び２９または配列番号８８及び８９からなるプライマーのセット、ならびに
ＴＳＰＹＬ５に対しては、配列番号１及び２または配列番号４３及び４４からなるプライマーのセット、
を使用して増幅し、
前記ＣｐＧ部位の前記メチル化レベルを、メチル化特異的ＰＣＲ、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的バイサルファイトピロシーケンシング、またはバイサルファイトゲノム配列決定ＰＣＲによって測定することを介する、前記測定すること、
（ｂ）前記メチル化レベルを、胃癌を伴わない対照試料における対応する遺伝子のセットのメチル化レベルと比較すること、ならびに
（ｃ）前記２つ以上の遺伝子において測定された前記メチル化レベルが、それぞれの対照試料において測定された前記メチル化レベルと異なる（例えば、より高い）場合に、前記個体がＨＣＣを有すると判断することを含む、前記方法。
前記ＣｐＧ部位が、コード領域または調節領域に存在する、請求項７に記載の方法。
２つ以上の遺伝子に関してＣｐＧ部位のメチル化レベルを前記測定することが、前記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを測定すること及び前記ＣｐＧ部位のメチル化の頻度を測定することからなる群から選択される測定を含む、請求項７に記載の方法。
１）バイサルファイト試薬、
２）ＥＭＸ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＴＳＰＹＬ５、及びＨＯＸＡ１から選択されるＤＭＲ由来の配列を含み、がんを有さない対象と関連するメチル化状態を有する対照核酸、
３）ＥＭＸ１、ＤＡＢ２ＩＰ、ＴＳＰＹＬ５、及びＨＯＸＡ１に対する
以下のプライマーのセット、すなわち、
ＤＡＢ２ＩＰに対しては、配列番号４及び５または配列番号４６及び４７からなるプライマーのセット、
ＥＭＸ１に対しては、配列番号１６及び１７または配列番号９１及び９２からなるプライマーのセット、
ＨＯＸＡ１に対しては、配列番号２８及び２９または配列番号８８及び８９からなるプライマーのセット、ならびに
ＴＳＰＹＬ５に対しては、配列番号１及び２または配列番号４３及び４４からなるプライマーのセット、のうちの１つ以上
のうちの２つ以上を含むキット。