JPWO2019108626A5 - - Google Patents
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Claims (14)
- 対象から得られた試料中における乳癌のスクリーニング方法であって、
1)メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬を用いて、ヒト個体の生体試料中のゲノムDNAを処理し;
1つ以上の染色体領域それぞれに対する特異的なプライマーのセットを使用して、処理されたゲノムDNAを増幅し;
ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、又は標的捕捉からなる群から選択される技術によって、1つ以上の染色体領域のメチル化レベルを決定する;
ことにより、ヒト個体の生体試料中における前記1つ以上の染色体領域のメチル化レベルをアッセイすること:
ここで、前記1つ以上の染色体領域は、CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_Bから選択される;
ならびに、
2)前記1つ以上の染色体領域の前記メチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた1つ以上の染色体領域のメチル化状態とは異なる場合に、前記対象を、乳癌を有すると同定すること、
を含む、前記方法。 - 前記DNAが、メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬で処理され、前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、亜硫酸水素塩、のうち1つ以上を含む、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも1つのメチル化染色体領域量を測定することが、多重増幅、メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化特異的DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、PCRフラップアッセイ、及び亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRからなる群から選択される1つ以上の方法を使用することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記1つ以上の染色体領域それぞれに対する特異的なプライマーの前記セットが、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176ならびに配列番号:439及び440からなる群から選択されるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98、配列番号:99及び100ならびに配列番号:425及び426からなる群から選択されるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、
C17orf64_Bについては、配列番号:269及び270ならびに配列番号:449及び450からなる群から選択されるプライマーのセット、
CXCL12_Bについては、配列番号:289及び290ならびに配列番号:441及び442からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1_Bについては、配列番号:341及び342ならびに配列番号:443及び444からなる群から選択されるプライマーのセット、
CD1Dについては、配列番号:423及び424からなるプライマーのセット、
FAM59Bについては、配列番号:427及び428からなるプライマーのセット、
C10orf125については、配列番号:429及び430からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:431及び432からなるプライマーのセット、
SPHK2については、配列番号:433及び434からなるプライマーのセット、ならびに
CALN1_Bについては、配列番号:273及び274からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。 - 前記試料が、組織を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記組織が、乳房組織である、請求項5に記載の方法。
- 前記試料が、血液、血清、または血漿である、請求項1に記載の方法。
- 対象から得られた試料中におけるトリプルネガティブ乳癌のスクリーニング方法であって、
1)メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬を用いて、ヒト個体の生体試料中のゲノムDNAを処理し;
1つ以上の染色体領域それぞれに対する特異的なプライマーのセットを使用して、処理されたゲノムDNAを増幅し;
ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、又は標的捕捉によって、1つ以上の染色体領域のメチル化レベルを決定する;
ことにより、ヒト個体の生体試料中における前記1つ以上の染色体領域のメチル化レベルをアッセイすること:
ここで、前記1つ以上の染色体領域は、BHLHE23_C、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、DLX4、FOXP4、GP5、LMX1B_A、STX16_B、ABLIM1、ZSCAN12、CXCL12、OTX1、MAX.chr17.73073682-73073814、MAX.chr20.1784209-1784461、LOC100132891、PRKCB、TRIM67、BHLHE23_D、TRH_A、DNM3_A、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906-4274012、CALN1_A、ALOX5、MAX.chr19.46379903-46380197、ODC1、CHST2_A、CHST2_B、MAX.chr5.77268672-77268725、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、GRASP、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602-14927148、UBTF、MPZ、C17orf64、EMX1_A、CDH4_E、SLC30A10、C10orf125、GYPC_B、MAX.chr5.42994866-42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410-145725459、MAX.chr11.68622869-68622968、MAX.chr8.124173030-124173395、KLHDC7B、TBX1、及びMAST1から選択される;
ならびに、
2)前記1つ以上の染色体領域の前記メチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた1つ以上の染色体領域のメチル化状態とは異なる場合に、前記対象を、トリプルネガティブ乳癌を有すると同定すること、
を含む、前記方法。 - 前記DNAが、メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬で処理され、前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、亜硫酸水素塩、のうち1つ以上を含む、請求項8に記載の方法。
- 少なくとも1つのメチル化染色体領域量を測定することが、多重増幅、メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化特異的DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、PCRフラップアッセイ、及び亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRからなる群から選択される1つ以上の方法を使用することを含む、請求項8に記載の方法。
- 前記1つ以上の染色体領域それぞれに対する特異的なプライマーの前記セットが、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
NACADについては、配列番号:179及び180からなるプライマーのセット、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
FOXP4については、配列番号:73及び74からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
STX16_Bについては、配列番号:233及び234または配列番号:235及び236からなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
ZSCAN12については、配列番号:251及び252からなるプライマーのセット、
CXCL12については、配列番号:47及び48からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr17.73073682-73073814については、配列番号:141及び142からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209-1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906-4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903-46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1については、配列番号:181及び182、配列番号:183及び184、ならびに配列番号:185及び186からなるプライマーのセット、
CHST2_Aについては、配列番号:37及び38からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672-77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98、ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
GRASPについては、配列番号:253及び254からなるプライマーのセット、
ST8SIA4については、配列番号:227及び228からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602-14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
SLC30A10については、配列番号:219及び220からなるプライマーのセット、
C10orf125については、配列番号:23及び24からなるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866-42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410-145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869-68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030-124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
KLHDC7Bについては、配列番号:109及び110からなるプライマーのセット、
TBX1については、配列番号:239及び240からなるプライマーのセット、ならびに
MAST1については、配列番号:125及び126からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項8に記載の方法。 - 前記試料が、組織を含む、請求項8に記載の方法。
- 前記組織が、乳房組織である、請求項12に記載の方法。
- 前記試料が、血液、血清、または血漿である、請求項8に記載の方法。
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