JP7277460B2 - 乳癌の検出 - Google Patents

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Description

関連出願に対する相互参照
本出願は、２０１７年１１月３０日出願の米国仮特許出願第６２／５９２，８２８号に対する優先権及びその利益を主張し、その内容全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
本明細書で提供されるのは、乳癌スクリーニングに関する技術であり、特に、乳癌の存在を検出するための方法、組成物、及び関連用途であるが、これらに限らない。
乳癌は、年間およそ２３０，０００人の米国女性に影響を及ぼし、毎年約４０，０００人の命を奪う。ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２遺伝子の生殖細胞系列変異の保因者は乳癌のリスクが高いことが知られているが、乳癌に罹患する大半の女性は、これらの遺伝子のうち１つに変異を有しておらず、乳癌のリスクが高い女性を正確に同定する能力には限界がある。効果的な予防療法が存在するが、現在のリスク予測モデルは、乳癌のリスクが高い女性の大多数を正確に同定しない（例えば、Ｐａｎｋｒａｔｚ ＶＳ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２００８ Ｎｏｖ ２０；２６（３３）：５３７４－９を参照のこと）。
乳癌を検出するための改良された方法が必要である。
本発明は、これらの必要性に対処する。
メチル化ＤＮＡは、ほとんどの腫瘍型の組織中におけるバイオマーカーの有力なクラスとして研究されている。多くの例において、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼは、遺伝子発現のエピジェネティック制御として、シトシン－リン酸－グアニン（ＣｐＧ）アイランド部位でＤＮＡにメチル基を付加する。生物学的に興味深い機序では、腫瘍抑制遺伝子のプロモーター領域における後天的メチル化事象は、発現をサイレンシングし、それゆえ発がんに寄与すると考えられている。ＤＮＡメチル化は、ＲＮＡまたはタンパク質発現よりも、より化学的かつ生物学的に安定した診断ツールである可能性がある（Ｌａｉｒｄ（２０１０）Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ １１：１９１－２０３）。さらに、散発性結腸癌のような他のがんでは、メチル化マーカーは、優れた特異性を提供し、個別のＤＮＡ変異であるものよりも、より広範な情報を有し、かつ感度が高い（Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ Ｐｒｅｖ １６：２６８６－９６）。
ＣｐＧアイランドの分析は、動物モデル及びヒト細胞株に使用される場合、重要な知見をもたらしている。例えば、Ｚｈａｎｇ及び同僚らは、同じＣｐＧアイランドの異なる部分からのアンプリコンが、異なるレベルのメチル化を有する可能性があることを見出した（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００９）ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔ ５：ｅ１０００４３８）。さらに、メチル化レベルは、高度なメチル化配列と非メチル化配列との間で二峰性に分布し、さらにＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性のバイナリースイッチ様パターンを支持していた（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００９）ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔ ５：ｅ１０００４３８）。インビボのマウス組織及びインビトロの細胞株の分析は、高ＣｐＧ密度のプロモーター（ＨＣＰ、３００塩基対領域内で＞７％のＣｐＧ配列を有すると定義される）の約０．３％のみがメチル化されたのに対して、低ＣｐＧ密度の領域（ＬＣＰ、３００塩基対領域内で＜５％のＣｐＧ配列を有すると定義される）は、動的組織特異的パターンにおいて高い頻度でメチル化される傾向があったことを実証した（Ｍｅｉｓｓｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｎａｔｕｒｅ ４５４：７６６－７０）。ＨＣＰは、遍在性ハウスキーピング遺伝子及び高度に制御された発生遺伝子のためのプロモーターを含む。＞５０％においてメチル化されたＨＣＰ部位の中でも、いくつかの確立されたマーカー、例えば、Ｗｎｔ２、ＮＤＲＧ２、ＳＦＲＰ２、及びＢＭＰ３などがあった（Ｍｅｉｓｓｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｎａｔｕｒｅ ４５４：７６６－７０）。
ＤＮＡメチルトランスフェラーゼによるシトシン－リン酸－グアニン（ＣｐＧ）アイランド部位におけるＤＮＡのエピジェネティックメチル化は、ほとんどの腫瘍型の組織中におけるバイオマーカーの有力なクラスとして研究されている。生物学的に興味深い機序では、腫瘍抑制遺伝子のプロモーター領域における後天的メチル化事象は、発現をサイレンシングし、発がんに寄与すると考えられている。ＤＮＡメチル化は、ＲＮＡまたはタンパク質発現よりも、より化学的かつ生物学的に安定した診断ツールである可能性がある。さらに、散発性結腸癌のような他のがんでは、異常なメチル化マーカーは、個別のＤＮＡ変異であるものよりも、より広範な情報を有し、かつ感度が高く、優れた特異性を提供する。
いくつかの方法が、新規メチル化マーカーを探索するのに利用可能である。ＣｐＧメチル化のマイクロアレイに基づく照合は、合理的で高スループットなアプローチであるが、この方針は、既知の目的の領域、主に確立された腫瘍抑制プロモーターに偏っている。ＤＮＡメチル化のゲノムワイド解析の代替方法は、この１０年間で開発されている。３つの基本的なアプローチが存在する。第１には、特定のメチル化部位を認識する制限酵素によってＤＮＡの消化を用い、続いていくつかの可能な分析技術を用いて、酵素認識部位またはプライマーに限定されたメチル化データを提供し、これらを使用して定量化ステップにおいてＤＮＡを増幅する（メチル化特異的ＰＣＲ、ＭＳＰなど）。第２アプローチは、メチル－シトシンまたは他のメチル化特異的結合ドメインを対象とする抗体を使用してゲノムＤＮＡのメチル化画分を濃縮し、続いてマイクロアレイ分析またはシーケンシングを行って、断片を基準ゲノムにマッピングする。このアプローチは、断片内における全てのメチル化部位の単一ヌクレオチド分解能を提供しない。第３アプローチは、ＤＮＡの亜硫酸水素塩処理に始まって全ての非メチル化チロシンをウラシルに変換し、続いて制限酵素消化を行い、アダプターリガンドへの結合後に全ての断片の完全シーケンシングを行う。制限酵素の選択によって、ＣｐＧ高密度領域の断片が濃縮され、分析中に複数の遺伝子位置にマッピングされる可能性のある冗長配列数が減少し得る。
ＲＲＢＳは、中程度～高いリードカバレッジで全てのＣｐＧアイランド及び大部分の腫瘍抑制プロモーターの８０～９０％に関する、単一ヌクレオチド分解能でのＣｐＧメチル化状態データをもたらす。がん症例－対照研究では、これらのリードの分析は、可変メチル化領域（ＤＭＲ）の同定をもたらす。膵臓癌検体に関するこれまでのＲＲＢＳ分析では、何百ものＤＭＲが発見され、その多くは発がんとは決して関連せず、その多くはアノテーションされなかった。独立した組織試料セットに対するさらなる検証試験は、性能の点で１００％の感度及び特異性であったマーカーＣｐＧを確認した。
本明細書で提供されるのは、乳癌スクリーニングに関する技術であり、特に、乳癌の存在を検出するための方法、組成物、及び関連用途であるが、これらに限らない。
事実、実施例Ｉ、ＩＩ及びＩＩＩに記載されるように、本発明についての実施形態を同定する過程中に実施された実験は、非腫瘍性対照ＤＮＡと乳房由来のＤＮＡのがんを区別するために可変メチル化領域（ＤＭＲ）の新規セットを同定した。
そのような実験によって、乳癌組織と良性の乳房組織とを区別する３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーが列挙かつ記載されている（表２及び表１８、実施例Ｉ、ＩＩ及びＩＩＩを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、乳癌組織と良性の乳房組織とを区別できる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、及びＡＢＬＩＭ１（表１６Ｅ、実施例ＩＩを参照のこと）、ならびに
・ＡＢＬＩＭ１＿Ｂ、ＡＪＡＰ１＿Ｃ、ＡＬＯＸ５＿Ｂ、ＡＳＣＬ２＿Ｂ、ＢＡＮＫ１＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｅ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿１５２０、ＣＡＬＮ＿１Ｂ、ＣＤ１Ｄ＿１０５８、ＣＤＨ４＿７８９０、ＣＨＳＴ２＿８１２８、ＣＨＳＴ２＿８３８４、ＣＨＳＴ２＿９３１６、ＣＨＳＴ２＿９４７０、ＣＬＩＣ６＿Ｂ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＤＬＸ４＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｄ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ＿Ｂ、ＦＡＭ５９Ｂ＿７７６４、ＦＯＸＰ４＿Ｂ、ＧＰ５、ＨＯＸＡ１＿Ｃ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｃ、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１１３８、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１２００、ＫＣＮＫ９＿Ｂ、ＫＣＮＫ１７＿Ｃ、ＬＡＹＮ＿Ｂ、ＬＩＭＥ１＿Ｂ、ＬＭＸ１Ｂ＿Ｄ、ＬＯＣ１００１３２８９１＿Ｂ、ＭＡＳＴ１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７．ｂｒ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．４４２２、ＭＰＺ＿５７４２、ＭＰＺ＿５５５４、ＭＳＸ２Ｐ１＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＯＴＸ１＿Ｂ、ＰＬＸＮＣ１＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ＿７５７０、ＳＣＲＴ２＿Ｃ、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＰＨＫ２＿Ｂ、ＳＴ８ＳＩＡ４＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｃ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＴＲＩＭ６７＿Ｂ（表２２、実施例ＩＩＩを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、血清試料）中の乳癌を検出するための以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＣＤ１Ｄ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＦＡＭ５９Ｂ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、ＴＲＩＭ６７、ＳＰＨＫ２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ（表２７、実施例ＩＩＩを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、トリプルネガティブ乳癌組織と良性の乳房組織とを区別できる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＡＢＬＩＭ１、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＡＳＣＬ２、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＬＩＣ６、ＤＳＣＲ６、ＦＯＸＰ４、ＧＡＤ２、ＧＣＧＲ、ＧＰ５、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＫＬＦ１６、ＭＡＧＩ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９２５３－８８５９３２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５７３７１－１５７５５７６５７、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＤＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＫＣＢ、ＰＴＰＲＮ２、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＬＣ７Ａ４、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ｂ、ＴＢＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＢＴＢ１６、ＺＮＦ１３２、及びＺＳＣＡＮ２３（表３、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＤＬＸ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＫＣＮＫ９、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、及びＤＬＸ４（表１６Ａ、実施例ＩＩを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、ＨＥＲ２＋乳癌組織と良性の乳房組織とを区別できる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＡＢＬＩＭ１、ＡＦＡＰ１Ｌ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＡＬＯＸ５、ＡＭＮ、ＡＲＬ５Ｃ、ＢＡＮＫ１、ＢＣＡＴ１、ＢＥＧＡＩＮ、ＢＥＳＴ４、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１ＱＬ２、Ｃ７ｏｒｆ５２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＡＶ２、ＣＤ８Ａ、ＣＤＨ４＿Ａ、ＣＤＨ４＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｃ、ＣＤＨ４＿Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＣＬＩＰ４、ＣＲ１、ＤＬＫ１、ＤＮＡＪＣ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ１５０Ａ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＮＧ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＮＦ１Ｂ＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ１＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ｃ、ＨＯＸＤ９、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＮＳＭ１、ＩＴＰＫＡ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＥ３、ＫＣＮＫ１７＿Ｂ、ＬＩＭＥ１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＬＯＣ２８３９９９、ＬＹ６Ｈ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．１５８０８３１９８－１５８０８３４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２２８０７４７６４－２２８０７４９７７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３００８５２６５－１３００８５３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０１１７６１０６－１０１１７６２６０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０６９－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．８２３０１９７－８２３０３１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３１６３－９７１９３２８７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４４７８２４４１－４４７８２４９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．２３９０８７１８－２３９０８７８２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１８０１０１０８４－１８０１０１０９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９５２１８５－４２９５２２８０、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．２７０６４７０３－２７０６４７８３、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５２６２２６０７－１５２６２２６３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４１３２－１４５１０４２１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１３６４７４５０４－１３６４７４５２７、ＭＣＦ２Ｌ２、ＭＳＸ２Ｐ１、ＮＡＣＡＤ、ＮＩＤ２＿Ｂ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ｂ、ＰＡＱＲ６、ＰＣＤＨ８、ＰＩＦ１、ＰＰＡＲＡ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ、ＰＲＤＭ１３＿Ａ、ＰＲＨＯＸＮＢ、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ａ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＦＸ８、ＳＮＣＡ、ＳＴＡＣ２＿Ａ、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＴ５、ＴＩＭＰ２、ＴＭＥＦＦ２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｄ、ＴＲＨ＿Ｂ、ＴＲＩＭ６７、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＳＰ４４＿Ａ、ＵＳＰ４４＿Ｂ、ＵＴＦ１、ＵＴＳ２Ｒ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ｂ、ＺＦＰ６４、及びＺＮＦ１３２（表４、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＬＡＹＮ、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＡＬＯＸ５、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、及びＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＺＳＣＡＮ１２、ＧＲＡＳＰ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５（表１６Ｂ、実施例ＩＩを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、ルミナルＡ乳癌組織と良性の乳房組織とを区別できる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＡＲＬ５Ｃ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ６、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡＭＫＶ、ＣＤ１Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＣＲＨＢＰ、ＤＬＸ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＤＮＭ３＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｃ、ＥＳＹＴ３、ＥＴＳ１＿Ａ、ＥＴＳ１＿Ｂ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＡＭ１８９Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＡＭ５９Ｂ、ＦＢＮ１、ＦＬＲＴ２、ＦＭＮ２、ＦＯＸＰ４、ＧＡＳ７、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＭＧＡ２、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＫＣＮＨ８、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＣＮＱ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０５９１－５９９９０８９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８３８４１－１７８４０５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４７０６３８０２－４７０６３８５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７２２３４２４８－１７２２３４４９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１３０６８６８６５－１３０６８６９８５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８７６８８－６８７７３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８８８６３－６８８９２４、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１１４０１０－１１４２０７、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ａ、ＮＫＸ２－６、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＰＯＵ４Ｆ１、ＰＲＤＭ１３＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ、ＲＡＳＧＲＦ２、ＲＩＰＰＬＹ２、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＹＮ２、ＴＲＩＭ７１＿Ａ、ＴＲＩＭ７１＿Ｂ、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＢＴＦ、ＵＬＢＰ１、ＵＳＰ４４＿Ｂ、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ（表５、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＧＰ５、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０６７１－５９９９０８５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＤＳＣＲ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＡＢＬＩＭ１、ＳＬＣ３０Ａ１０、Ｃ１０ｏｒｆ１２５（表１６Ｃ、実施例ＩＩを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、ルミナルＢ乳癌組織と良性の乳房組織とを区別できる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＡＣＣＮ１、ＡＪＡＰ１＿Ａ、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＢＥＳＴ４、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＦＯＸＰ４、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＫＬＦ１６、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３１２８－１２４１７３２６８、ＭＰＺ、ＰＰＡＲＡ、ＰＲＭＴ１、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＹＲ２＿Ａ、ＳＡＬＬ３、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＰＨＫ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＮＪ２、ＴＭＥＭ１７６Ａ、ＴＳＨＺ３、及びＶＩＰＲ２（表６、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ（表１６Ｄ、実施例ＩＩを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、ＢＲＣＡ１乳癌組織と良性の乳房組織とを区別できる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・Ｃ１０ｏｒｆ９３、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ａ、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ａ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＣＤＣ６１、ＣＣＮＤ２＿Ａ、ＣＣＮＤ２＿Ｂ、ＣＣＮＤ２＿Ｃ、ＥＭＸ１＿Ｂ、ＦＡＭ１５０Ｂ、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＩＡＡ１９４９、ＬＯＣ１００１３１１７６、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７２８５－８２７７３１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．５６２９７２１－５６２９７９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９７６７－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５６７９３－１５７５５６８５６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＮ１、ＭＰＺ、ＮＲ２Ｆ６、ＰＤＸＫ＿Ａ、ＰＤＸＫ＿Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＲＹＲ２＿Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ａ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ｂ、ＳＬＣ８Ａ３、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＥＰＰ、ＴＯＸ、ＶＩＰＲ２、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＮＦ４８６、ＺＮＦ６２６、及びＺＮＦ６７１（表７、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＸＣＬ１２、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、ＢＲＣＡ２乳癌組織と良性の乳房組織とを区別できる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＡＮＴＸＲ２、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ４、ＣＨＲＮＡ７、ＥＰＨＡ４、ＦＡＭ１７１Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＭＮＬ２、ＦＳＣＮ１、ＧＳＴＰ１、ＨＢＭ、ＩＧＦＢＰ５、ＩＬ１７ＲＥＬ、ＩＴＧＡ９、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＩＲＲＥＬ２、ＬＲＲＣ３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２３９５４９７４２－２３９５４９８８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．２３８８６４６７４－２３８８６４７３５、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．８１１４８３００－８１１４８３３２、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５１１４５６３２－１５１１４５７４３、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４３５３３２９８－１４３５３３５５８、ＭＥＲＴＫ、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＮＴＲＫ３、ＯＬＩＧ３＿Ａ、ＯＬＩＧ３＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ｃ、ＰＲＯＭ１、ＲＧＳ１７、ＳＢＮＯ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＢＫＢＰ１、ＴＬＸ１ＮＢ、ＶＩＰＲ２、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＮＬ１、及びＺＦＰ６４（表８、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＯＬ２３Ａ１、ＬＡＹＮ、ＯＴＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、浸潤性乳癌組織と良性の乳房組織とを区別できる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＣＤＨ４＿Ｅ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＡＤ２、ＧＲＡＳＰ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＳＡＬＬ３、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ（表２、実施例Ｉを参照のこと）。
これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別できる以下のマーカー及び／またはマーカーのパネルが同定された：
・ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＤＬＸ４、ＣＡＬＮ１＿Ａ、及びＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ（表１５、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９（９１％の特異性で１００％の感度）（表１５、実施例Ｉを参照のこと）、
・ＤＳＣＲ６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＯＳＲ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、及びＩＴＰＲＩＰＬ１（表１７、実施例ＩＩを参照のこと）。
本明細書に記載されるように、技術は、多数のメチル化ＤＮＡマーカー及びそのサブセット（例えば、２個、３個、４個、５個、６個、７個、または８個のマーカーセット）を提供し、乳癌全体及び様々な乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）を高度に区別する。実験は、選択フィルターを候補マーカーに適用し、高いシグナル対ノイズ比及び低いバックグラウンドレベルを提供するマーカーを同定し、乳癌スクリーニングまたは診断のために高い特異性を提供した。
いくつかの実施形態では、技術は、生体試料（例えば、乳房組織、血漿試料）中における本明細書で同定されるマーカーのうち１個以上の存在及びメチル化状態を評価することに関する。これらのマーカーは、本明細書に記載されるような、例えば、表２及び表１８に提供されるような１箇所以上の可変メチル化領域（ＤＭＲ）を含む。メチル化状態は、技術の実施形態で評価される。そのようなものとして、本明細書で提供される技術は、遺伝子のメチル化状態が測定される方法に限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、メチル化状態は、ゲノムスキャニング法によって測定される。例えば、１つの方法は、制限ランドマークゲノムスキャニング（Ｋａｗａｉ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１４：７４２１－７４２７）を含み、別の例は、メチル化感受性任意プライムＰＣＲ（Ｇｏｎｚａｌｇｏ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：５９４－５９９）を含む。いくつかの実施形態では、特定のＣｐＧ部位におけるメチル化パターンの変化は、メチル化感受性制限酵素によるゲノムＤＮＡの消化に続いて目的領域のサザン分析（消化－サザン法）によってモニターされる。いくつかの実施形態では、メチル化パターンの変化を分析することは、ＰＣＲ増幅前にメチル化感受性制限酵素またはメチル化依存性制限酵素によるゲノムＤＮＡの消化を含むＰＣＲに基づくプロセスを含む（Ｓｉｎｇｅｒ－Ｓａｍ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１８：６８７）。加えて、メチル化分析の出発点としてＤＮＡの亜硫酸水素塩処理を利用する他の技術が報告されている。これらとしては、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）（Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：９８２１－９８２６）ならびに亜硫酸水素塩変換ＤＮＡから増幅されたＰＣＲ産物の制限酵素消化（Ｓａｄｒｉ ａｎｄ Ｈｏｒｎｓｂｙ（１９９６）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：５０５８－５０５９、及びＸｉｏｎｇ ａｎｄ Ｌａｉｒｄ（１９９７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－２５３４）が挙げられる。ＰＣＲ技術は、遺伝子変異の検出（Ｋｕｐｐｕｓｗａｍｙ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：１１４３－１１４７）ならびにアレル特異的発現の定量化（Ｓｚａｂｏ ａｎｄ Ｍａｎｎ（１９９５）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．９：３０９７－３１０８、及びＳｉｎｇｅｒ－Ｓａｍ ｅｔ ａｌ．（１９９２）ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌ．１：１６０－１６３）について開発されている。そのような技術は内部プライマーを使用し、ＰＣＲ生成鋳型にアニーリングして、アッセイされる単一ヌクレオチドの５’で直ちに終結する。米国特許第７，０３７，６５０号に記載されるような「定量的Ｍｓ－ＳＮｕＰＥアッセイ」を使用する方法が、いくつかの実施形態で使用される。
メチル化状態を評価する場合、メチル化状態は、特定の部位を含む試料中のＤＮＡ母集団と比較して、その特定の部位において（例えば、単一ヌクレオチドにおいて、特定の領域または遺伝子座において、目的のより長い配列において、例えば、ＤＮＡの最大約１００ｂｐ、２００ｂｐ、５００ｂｐ、１０００ｂｐ配列またはそれらを超えて）メチル化される個々のＤＮＡ鎖の割合またはパーセンテージとして多くの場合に表される。従来より、非メチル化核酸の量は、較正物質を使用するＰＣＲによって決定される。次いで、既知のＤＮＡ量が亜硫酸水素塩処理され、得られたメチル化特異的配列は、リアルタイムＰＣＲまたは他の指数関数的増幅、例えば、ＱｕＡＲＴＳアッセイ（例えば、参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第８，３６１，７２０号、ならびに米国特許出願公開第２０１２／０１２２０８８号及び同第２０１２／０１２２１０６号によって提供されるような）のいずれかを使用して決定される。
例えば、いくつかの実施形態では、方法は、外部標準物質を使用することによって非メチル化標的の検量線を生成することを含む。検量線は、少なくとも２点から構成され、既知の定量的標準物質に対する非メチル化ＤＮＡについてのリアルタイムＣｔ値に関する。次いで、メチル化標的についての第２検量線は、少なくとも２点及び外部標準物質から構成される。この第２検量線は、既知の定量的標準物質に対するメチル化ＤＮＡについてのＣｔ値に関する。次に、試験試料Ｃｔ値が、メチル化集団及び非メチル化集団について決定され、ＤＮＡのゲノム当量が、最初の２ステップによって生成された検量線から算出される。目的部位におけるメチル化のパーセンテージは、集団中におけるＤＮＡの総量と比較したメチル化ＤＮＡ量、例えば、（メチル化ＤＮＡ数）／（メチル化ＤＮＡ数＋非メチル化ＤＮＡ数）×１００から算出される。
また本明細書で提供されるのは、方法を実施するための組成物及びキットである。例えば、いくつかの実施形態では、１個以上のマーカーに特異的な試薬（例えば、プライマー、プローブ）は、単独で、またはセット（例えば、複数のマーカーを増幅するためのプライマー対のセット）で提供される。検出アッセイを実施するための追加の試薬（例えば、ＱｕＡＲＴＳ、ＰＣＲ、シーケンシング、亜硫酸水素塩、または他のアッセイを実施するための酵素、緩衝液、陽性及び陰性対照）もまた提供されてよい。いくつかの実施形態では、キットは、メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾できる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）を含有する。いくつかの実施形態では、方法を実施するのに必要な、十分な、または有用な１つ以上の試薬を含有するキットが提供される。さらに提供されるのは、試薬を含有する反応混合物である。さらに提供されるのは、互いに、及び／または試験試料に添加され、反応混合物を完成させる場合がある複数の試薬を含有するマスターミックス試薬セットである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される技術は、本明細書に記載される方法によって提供されるような一連の算術演算または論理演算を実施するように設計されたプログラム可能な機械と関連する。例えば、技術のいくつかの実施形態は、コンピュータソフトウェア及び／またはコンピュータハードウェアと関連する（例えば、これらで実行される）。一態様では、技術は、メモリの形態、算術演算及び論理演算を実施するための要素、ならびにデータを読み取り、操作し、保存するための一連の指示（例えば、本明細書で提供されるような方法）を実行するための処理要素（例えば、マイクロプロセッサ）を含むコンピュータに関する。いくつかの実施形態では、マイクロプロセッサは、メチル化状態（例えば、１箇所以上のＤＭＲ、例えば、表２及び表１８に提供されるようなＤＭＲ１～３７５の）を決定する、メチル化状態（例えば、１箇所以上のＤＭＲ、例えば、表２及び表１８に提供されるようなＤＭＲ１～３７５の）を比較する、検量線を生成する、Ｃｔ値を決定する、メチル化の（例えば、１箇所以上のＤＭＲ、例えば、表２及び表１８に提供されるようなＤＭＲ１～３７５の）割合、頻度、またはパーセンテージを算出する、ＣｐＧアイランドを同定する、アッセイまたはマーカーの特異性及び／または感度を決定する、ＲＯＣ曲線及び関連ＡＵＣを算出する、配列分析、本明細書に記載されるような、または当該技術分野において既知の全てを目的としたシステムの部分である。
いくつかの実施形態では、マイクロプロセッサまたはコンピュータは、がんの部位を予測するためのアルゴリズムにおいてメチル化状態データを使用する。
いくつかの実施形態では、ソフトウェアまたはハードウェアコンポーネントは、複数のアッセイ結果を受けて、単一値の結果を決定し、複数のアッセイ（例えば、表２及び表１８に提供されるような、例えば、複数のＤＭＲのメチル化状態を決定する）の結果に基づいてがんリスクを示すユーザに報告する。関連実施形態は、例えば、複数のマーカー（例えば、表２及び表１８に提供されるような、複数のＤＭＲなど）のメチル化状態を決定する、複数のアッセイ結果の数学的組合せ（例えば、重み付け組合せ、線形組合せ）に基づいてリスク因子を算出する。いくつかの実施形態では、ＤＭＲのメチル化状態は次元を規定し、多次元空間における値を有する可能性があり、複数のＤＭＲのメチル化状態によって規定される座標は、例えば、ユーザに報告するための、例えば、がんリスクに関連する結果である。
いくつかの実施形態は、記憶媒体及びメモリコンポーネントを含む。メモリコンポーネント（例えば、揮発性及び／または不揮発性メモリ）は、指示（例えば、本明細書で提供されるようなプロセスの実施形態）及び／またはデータ（例えば、メチル化測定値、配列、及びそれらと関連する統計的記述などのワークピース）の保存に用途を見出す。いくつかの実施形態はまた、ＣＰＵ、グラフィックスカード、及びユーザインターフェース（例えば、ディスプレイなどの出力デバイス及びキーボードなどの入力デバイスを含む）のうち１つ以上を含むシステムにも関する。
技術と関連するプログラム可能な機械は、従来の現存する技術及び開発中またはまだ開発されていない技術（例えば、量子コンピュータ、化学コンピュータ、ＤＮＡコンピュータ、光コンピュータ、スピントロニクスに基づくコンピュータなど）を含む。
いくつかの実施形態では、技術は、データを送信するための有線（例えば、金属ケーブル、光ファイバー）または無線伝送媒体を含む。例えば、いくつかの実施形態は、ネットワーク（例えば、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、ワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）、アドホックネットワーク、インターネットなど）経由のデータ伝送に関する。いくつかの実施形態では、プログラム可能な機械はピアのようなネットワーク上に存在し、いくつかの実施形態では、プログラム可能な機械はクライアント／サーバ関係を有する。
いくつかの実施形態では、データは、コンピュータ可読記憶媒体、例えば、ハードディスク、フラッシュメモリ、光媒体、フロッピーディスクなどに保存される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される技術は、協働して動作し、本明細書に記載されるような方法を実施する複数のプログラム可能なデバイスと関連する。例えば、いくつかの実施形態では、複数のコンピュータ（例えば、ネットワークによって接続される）が、例えば、イーサネット、光ファイバーなどの従来のネットワークインターフェースによって、または無線ネットワーク技術によってネットワーク（プライベート、パブリック、またはインターネット）に接続される完全コンピュータ（オンボードＣＰＵ、記憶装置、電源、ネットワークインターフェースなどを備える）に依存するクラスタコンピューティングまたはグリッドコンピューティングまたはある他の分散コンピュータアーキテクチャの実装において、並行で動作し、データを収集して処理する場合がある。
例えば、いくつかの実施形態は、コンピュータ可読媒体を含むコンピュータを提供する。実施形態は、プロセッサに連結されるランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）を含む。プロセッサは、メモリに保存されているコンピュータ実行可能プログラム指示を実行する。そのようなプロセッサは、マイクロプロセッサ、ＡＳＩＣ、状態機械、または他のプロセッサを含む場合があり、多数のコンピュータプロセッサ、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣａｌｉｆｏｒｎｉａのＩｎｔｅｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ及びＳｃｈａｕｍｂｕｒｇ，ＩｌｌｉｎｏｉｓのＭｏｔｏｒｏｌａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ製のプロセッサなどのいずれかであり得る。そのようなプロセッサは、媒体、例えば、コンピュータ可読媒体を含むか、または媒体と連通する場合があり、この媒体は、プロセッサによって実行される場合、プロセッサに本明細書に記載されるステップを実行させる指示を保存する。
コンピュータ可読媒体の実施形態としては、コンピュータ可読指示を含むプロセッサを提供できる電子、光、磁気、または他の記憶デバイスまたは伝送デバイスが挙げられるが、これらに限定されない。好適な媒体の他の例としては、コンピュータプロセッサが指示を読み取ることができるフロッピーディスク、ＣＤ－ＲＯＭ、ＤＶＤ、磁気ディスク、メモリチップ、ＲＯＭ、ＲＡＭ、ＡＳＩＣ、設定プロセッサ、全ての光媒体、全ての磁気テープもしくは他の磁気媒体、またはいずれかの他の媒体を含むが、これらに限定されない。また、コンピュータ可読媒体の様々な他の形態は、コンピュータに指示を伝送する、または運ぶ場合があり、有線及び無線の両方のルーター、プライベートもしくはパブリックネットワーク、または他の伝送デバイスもしくはチャネルを含む。指示は、例えば、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、Ｖｉｓｕａｌ Ｂａｓｉｃ、Ｊａｖａ、Ｐｙｔｈｏｎ、Ｐｅｒｌ、及びＪａｖａＳｃｒｉｐｔを含む、任意の好適なコンピュータプログラミング言語からのコードを含む場合がある。
コンピュータは、いくつかの実施形態ではネットワークに接続されている。コンピュータはまた、多数の外部または内部デバイス、例えば、マウス、ＣＤ－ＲＯＭ、ＤＶＤ、キーボード、ディスプレイ、または他の入力もしくは出力デバイスなども含む場合がある。コンピュータの例は、パーソナルコンピュータ、デジタルアシスタント、パーソナルデジタルアシスタント、携帯電話（ｃｅｌｌｕｌａｒ ｐｈｏｎｅ）、携帯電話（ｍｏｂｉｌｅ ｐｈｏｎｅ）、スマートフォン、ポケットベル、デジタルタブレット、ラップトップコンピュータ、インターネットアプライアンス、及び他のプロセッサに基づくデバイスである。概して、本明細書で提供される技術の態様に関連するコンピュータは、本明細書で提供される技術を含む１つ以上のプログラムをサポートできる任意のオペレーティングシステム、例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｗｉｎｄｏｗｓ、Ｌｉｎｕｘ、ＵＮＩＸ、Ｍａｃ ＯＳ Ｘなどで動作する、いずれかの種類のプロセッサに基づくプラットフォームであってよい。いくつかの実施形態は、他のアプリケーションプログラム（例えば、アプリケーション）を実行するパーソナルコンピュータを含む。アプリケーションはメモリに格納され得、これらとしては、例えば、ワードプロセッシングアプリケーション、表計算アプリケーション、電子メールアプリケーション、インスタントメッセンジャーアプリケーション、プレゼンテーションアプリケーション、インターネットブラウザアプリケーション、カレンダー／オーガナイザーアプリケーション、及びクライアントデバイスによって実行可能な任意の他のアプリケーションが挙げられ得る。
技術と関連するような本明細書に記載されるそのようなコンポーネント、コンピュータ、及びシステムの全ては、論理的または仮想であってよい。
したがって、本明細書で提供されるのは、対象から得られた試料中における乳癌及び／または様々な乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）についてスクリーニングする方法に関する技術であり、本方法は、対象から得られた試料（例えば、乳房組織）（例えば、血漿試料）中におけるマーカーのメチル化状態をアッセイし、マーカーのメチル化状態が乳癌を有しない対象でアッセイされたマーカーのメチル化状態と異なる場合に乳癌及び／または特定の乳癌型を有すると対象を同定し、マーカーは、表２及び表１８に提供されるような可変メチル化領域（ＤＭＲ）１～３７５からなる群から選択されるＤＭＲ中に塩基を含むことを含む。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象が乳癌を有することを示す：ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、及びＡＢＬＩＭ１（表１６Ｅ、実施例ＩＩを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象が乳癌を有することを示す：ＡＢＬＩＭ１＿Ｂ、ＡＪＡＰ１＿Ｃ、ＡＬＯＸ５＿Ｂ、ＡＳＣＬ２＿Ｂ、ＢＡＮＫ１＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｅ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿１５２０、ＣＡＬＮ＿１Ｂ、ＣＤ１Ｄ＿１０５８、ＣＤＨ４＿７８９０、ＣＨＳＴ２＿８１２８、ＣＨＳＴ２＿８３８４、ＣＨＳＴ２＿９３１６、ＣＨＳＴ２＿９４７０、ＣＬＩＣ６＿Ｂ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＤＬＸ４＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｄ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ＿Ｂ、ＦＡＭ５９Ｂ＿７７６４、ＦＯＸＰ４＿Ｂ、ＧＰ５、ＨＯＸＡ１＿Ｃ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｃ、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１１３８、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１２００、ＫＣＮＫ９＿Ｂ、ＫＣＮＫ１７＿Ｃ、ＬＡＹＮ＿Ｂ、ＬＩＭＥ１＿Ｂ、ＬＭＸ１Ｂ＿Ｄ、ＬＯＣ１００１３２８９１＿Ｂ、ＭＡＳＴ１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７．ｂｒ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．４４２２、ＭＰＺ＿５７４２、ＭＰＺ＿５５５４、ＭＳＸ２Ｐ１＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＯＴＸ１＿Ｂ、ＰＬＸＮＣ１＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ＿７５７０、ＳＣＲＴ２＿Ｃ、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＰＨＫ２＿Ｂ、ＳＴ８ＳＩＡ４＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｃ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＴＲＩＭ６７＿Ｂ（表２２、実施例ＩＩＩを参照のこと）。
対象から得られた試料が血液試料（例えば、血漿、血清、全血）であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象が乳癌を有することを示す：ＣＤ１Ｄ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＦＡＭ５９Ｂ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、ＴＲＩＭ６７、ＳＰＨＫ２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ（表２７、実施例ＩＩＩを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がトリプルネガティブ乳癌を有することを示す：ＡＢＬＩＭ１、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＡＳＣＬ２、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＬＩＣ６、ＤＳＣＲ６、ＦＯＸＰ４、ＧＡＤ２、ＧＣＧＲ、ＧＰ５、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＫＬＦ１６、ＭＡＧＩ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９２５３－８８５９３２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５７３７１－１５７５５７６５７、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＤＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＫＣＢ、ＰＴＰＲＮ２、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＬＣ７Ａ４、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ｂ、ＴＢＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＢＴＢ１６、ＺＮＦ１３２、及びＺＳＣＡＮ２３（表３、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がトリプルネガティブ乳癌を有することを示す：ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＤＬＸ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＫＣＮＫ９、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がトリプルネガティブ乳癌を有することを示す：ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、及びＤＬＸ４（表１６Ａ、実施例ＩＩを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がＨＥＲ２＋乳癌を有することを示す：ＡＢＬＩＭ１、ＡＦＡＰ１Ｌ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＡＬＯＸ５、ＡＭＮ、ＡＲＬ５Ｃ、ＢＡＮＫ１、ＢＣＡＴ１、ＢＥＧＡＩＮ、ＢＥＳＴ４、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１ＱＬ２、Ｃ７ｏｒｆ５２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＡＶ２、ＣＤ８Ａ、ＣＤＨ４＿Ａ、ＣＤＨ４＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｃ、ＣＤＨ４＿Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＣＬＩＰ４、ＣＲ１、ＤＬＫ１、ＤＮＡＪＣ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ１５０Ａ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＮＧ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＮＦ１Ｂ＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ１＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ｃ、ＨＯＸＤ９、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＮＳＭ１、ＩＴＰＫＡ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＥ３、ＫＣＮＫ１７＿Ｂ、ＬＩＭＥ１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＬＯＣ２８３９９９、ＬＹ６Ｈ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．１５８０８３１９８－１５８０８３４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２２８０７４７６４－２２８０７４９７７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３００８５２６５－１３００８５３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０１１７６１０６－１０１１７６２６０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０６９－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．８２３０１９７－８２３０３１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３１６３－９７１９３２８７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４４７８２４４１－４４７８２４９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．２３９０８７１８－２３９０８７８２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１８０１０１０８４－１８０１０１０９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９５２１８５－４２９５２２８０、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．２７０６４７０３－２７０６４７８３、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５２６２２６０７－１５２６２２６３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４１３２－１４５１０４２１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１３６４７４５０４－１３６４７４５２７、ＭＣＦ２Ｌ２、ＭＳＸ２Ｐ１、ＮＡＣＡＤ、ＮＩＤ２＿Ｂ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ｂ、ＰＡＱＲ６、ＰＣＤＨ８、ＰＩＦ１、ＰＰＡＲＡ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ、ＰＲＤＭ１３＿Ａ、ＰＲＨＯＸＮＢ、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ａ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＦＸ８、ＳＮＣＡ、ＳＴＡＣ２＿Ａ、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＴ５、ＴＩＭＰ２、ＴＭＥＦＦ２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｄ、ＴＲＨ＿Ｂ、ＴＲＩＭ６７、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＳＰ４４＿Ａ、ＵＳＰ４４＿Ｂ、ＵＴＦ１、ＵＴＳ２Ｒ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ｂ、ＺＦＰ６４、及びＺＮＦ１３２（表４、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がＨＥＲ２＋乳癌を有することを示す：ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＬＡＹＮ、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＡＬＯＸ５、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、及びＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がＨＥＲ２＋乳癌を有することを示す：ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＺＳＣＡＮ１２、ＧＲＡＳＰ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５（表１６Ｂ、実施例ＩＩを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がルミナルＡ乳癌を有することを示す：ＡＲＬ５Ｃ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ６、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡＭＫＶ、ＣＤ１Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＣＲＨＢＰ、ＤＬＸ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＤＮＭ３＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｃ、ＥＳＹＴ３、ＥＴＳ１＿Ａ、ＥＴＳ１＿Ｂ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＡＭ１８９Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＡＭ５９Ｂ、ＦＢＮ１、ＦＬＲＴ２、ＦＭＮ２、ＦＯＸＰ４、ＧＡＳ７、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＭＧＡ２、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＫＣＮＨ８、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＣＮＱ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０５９１－５９９９０８９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８３８４１－１７８４０５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４７０６３８０２－４７０６３８５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７２２３４２４８－１７２２３４４９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１３０６８６８６５－１３０６８６９８５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８７６８８－６８７７３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８８８６３－６８８９２４、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１１４０１０－１１４２０７、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ａ、ＮＫＸ２－６、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＰＯＵ４Ｆ１、ＰＲＤＭ１３＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ、ＲＡＳＧＲＦ２、ＲＩＰＰＬＹ２、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＹＮ２、ＴＲＩＭ７１＿Ａ、ＴＲＩＭ７１＿Ｂ、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＢＴＦ、ＵＬＢＰ１、ＵＳＰ４４＿Ｂ、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ（表５、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がルミナルＡ乳癌を有することを示す：ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＧＰ５、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０６７１－５９９９０８５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＤＳＣＲ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がルミナルＡ乳癌を有することを示す：ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＡＢＬＩＭ１、ＳＬＣ３０Ａ１０、Ｃ１０ｏｒｆ１２５（表１６Ｃ、実施例ＩＩを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がルミナルＢ乳癌を有することを示す：ＡＣＣＮ１、ＡＪＡＰ１＿Ａ、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＢＥＳＴ４、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＦＯＸＰ４、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＫＬＦ１６、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３１２８－１２４１７３２６８、ＭＰＺ、ＰＰＡＲＡ、ＰＲＭＴ１、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＹＲ２＿Ａ、ＳＡＬＬ３、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＰＨＫ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＮＪ２、ＴＭＥＭ１７６Ａ、ＴＳＨＺ３、及びＶＩＰＲ２（表６、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がルミナルＢ乳癌を有することを示す：ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がルミナルＢ乳癌を有することを示す：ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ（表１６Ｄ、実施例ＩＩを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がＢＲＣＡ１乳癌を有することを示す：Ｃ１０ｏｒｆ９３、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ａ、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ａ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＣＤＣ６１、ＣＣＮＤ２＿Ａ、ＣＣＮＤ２＿Ｂ、ＣＣＮＤ２＿Ｃ、ＥＭＸ１＿Ｂ、ＦＡＭ１５０Ｂ、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＩＡＡ１９４９、ＬＯＣ１００１３１１７６、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７２８５－８２７７３１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．５６２９７２１－５６２９７９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９７６７－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５６７９３－１５７５５６８５６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＮ１、ＭＰＺ、ＮＲ２Ｆ６、ＰＤＸＫ＿Ａ、ＰＤＸＫ＿Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＲＹＲ２＿Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ａ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ｂ、ＳＬＣ８Ａ３、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＥＰＰ、ＴＯＸ、ＶＩＰＲ２、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＮＦ４８６、ＺＮＦ６２６、及びＺＮＦ６７１（表７、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がＢＲＣＡ１乳癌を有することを示す：ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＸＣＬ１２、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がＢＲＣＡ２乳癌を有することを示す：ＡＮＴＸＲ２、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ４、ＣＨＲＮＡ７、ＥＰＨＡ４、ＦＡＭ１７１Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＭＮＬ２、ＦＳＣＮ１、ＧＳＴＰ１、ＨＢＭ、ＩＧＦＢＰ５、ＩＬ１７ＲＥＬ、ＩＴＧＡ９、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＩＲＲＥＬ２、ＬＲＲＣ３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２３９５４９７４２－２３９５４９８８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．２３８８６４６７４－２３８８６４７３５、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．８１１４８３００－８１１４８３３２、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５１１４５６３２－１５１１４５７４３、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４３５３３２９８－１４３５３３５５８、ＭＥＲＴＫ、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＮＴＲＫ３、ＯＬＩＧ３＿Ａ、ＯＬＩＧ３＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ｃ、ＰＲＯＭ１、ＲＧＳ１７、ＳＢＮＯ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＢＫＢＰ１、ＴＬＸ１ＮＢ、ＶＩＰＲ２、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＮＬ１、及びＺＦＰ６４（表８、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象がＢＲＣＡ２乳癌を有することを示す：ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＯＬ２３Ａ１、ＬＡＹＮ、ＯＴＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、対象が浸潤性乳癌を有することを示す：ＣＤＨ４＿Ｅ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＡＤ２、ＧＲＡＳＰ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＳＡＬＬ３、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ（表９、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別する：ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＤＬＸ４、ＣＡＬＮ１＿Ａ、及びＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ（表１５、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別する：ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９（９１％の特異性で１００％の感度）（表１５、実施例Ｉを参照のこと）。
対象から得られた試料が乳房組織であり、以下のマーカーのうち１個以上のメチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされた１個以上のマーカーのメチル化状態と異なる場合のいくつかの実施形態では、非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別する：ＤＳＣＲ６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＯＳＲ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、及びＩＴＰＲＩＰＬ１（表１７、実施例ＩＩを参照のこと）。
技術は、乳癌及び／または様々な乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）を同定し、区別することに関する。いくつかの実施形態は、複数のマーカーをアッセイすることを含む方法、例えば、２個～１１個～１００個または１２０個または３７５個のマーカーをアッセイすることを含む方法を提供する。
技術は、評価されるメチル化状態に限定されない。いくつかの実施形態では、試料中におけるマーカーのメチル化状態を評価することは、１塩基のメチル化状態を決定することを含む。いくつかの実施形態では、試料中におけるマーカーのメチル化状態をアッセイすることは、複数の塩基でメチル化の程度を決定することを含む。さらに、いくつかの実施形態では、マーカーのメチル化状態は、マーカーの正常なメチル化状態と比較してマーカーのメチル化増加を含む。いくつかの実施形態では、マーカーのメチル化状態は、マーカーの正常なメチル化状態と比較してマーカーのメチル化低下を含む。いくつかの実施形態では、マーカーのメチル化状態は、マーカーの正常なメチル化状態と比較してマーカーのメチル化の異なるパターンを含む。
さらに、いくつかの実施形態では、マーカーは、１００以下の塩基の領域である、マーカーは、５００以下の塩基の領域である、マーカーは、１０００以下の塩基の領域である、マーカーは、５０００以下の塩基の領域である、またはいくつかの実施形態では、マーカーは１塩基である。いくつかの実施形態では、マーカーは、高ＣｐＧ密度プロモーター中に存在する。
技術は、試料の種類によって限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、試料は、糞便試料、組織試料（例えば、乳房組織試料）、血液試料（例えば、血漿、血清、全血）、排泄物、または尿試料である。
さらに、技術は、メチル化状態を決定するために使用される方法に限定されない。いくつかの実施形態では、アッセイすることは、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む。いくつかの実施形態では、アッセイすることは、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む。いくつかの実施形態では、技術は、超並列シーケンシング（例えば、次世代シーケンシング）、例えば、合成によるシーケンシング（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ－ｂｙ－ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、リアルタイム（例えば、単一分子）シーケンシング、ビーズエマルジョンシーケンシング、ナノポアシーケンシングなどを使用して、メチル化状態を決定する。
技術は、ＤＭＲを検出するための試薬を提供し、例えば、いくつかの実施形態では、配列番号：１～４２２によって提供される配列（表１０、表１９及び表２０を参照のこと）を含むオリゴヌクレオチドのセットが提供される。いくつかの実施形態では、ＤＭＲ中に塩基を有する染色体領域に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、例えば、ＤＭＲのメチル化状態に対する感度が高いオリゴヌクレオチドが提供される。
技術は、乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、及びＡＢＬＩＭ１（表１６Ｅ、実施例ＩＩを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＢＬＩＭ１＿Ｂ、ＡＪＡＰ１＿Ｃ、ＡＬＯＸ５＿Ｂ、ＡＳＣＬ２＿Ｂ、ＢＡＮＫ１＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｅ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿１５２０、ＣＡＬＮ＿１Ｂ、ＣＤ１Ｄ＿１０５８、ＣＤＨ４＿７８９０、ＣＨＳＴ２＿８１２８、ＣＨＳＴ２＿８３８４、ＣＨＳＴ２＿９３１６、ＣＨＳＴ２＿９４７０、ＣＬＩＣ６＿Ｂ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＤＬＸ４＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｄ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ＿Ｂ、ＦＡＭ５９Ｂ＿７７６４、ＦＯＸＰ４＿Ｂ、ＧＰ５、ＨＯＸＡ１＿Ｃ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｃ、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１１３８、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１２００、ＫＣＮＫ９＿Ｂ、ＫＣＮＫ１７＿Ｃ、ＬＡＹＮ＿Ｂ、ＬＩＭＥ１＿Ｂ、ＬＭＸ１Ｂ＿Ｄ、ＬＯＣ１００１３２８９１＿Ｂ、ＭＡＳＴ１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７．ｂｒ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．４４２２、ＭＰＺ＿５７４２、ＭＰＺ＿５５５４、ＭＳＸ２Ｐ１＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＯＴＸ１＿Ｂ、ＰＬＸＮＣ１＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ＿７５７０、ＳＣＲＴ２＿Ｃ、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＰＨＫ２＿Ｂ、ＳＴ８ＳＩＡ４＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｃ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＴＲＩＭ６７＿Ｂ（表２２、実施例ＩＩＩを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＣＤ１Ｄ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＦＡＭ５９Ｂ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、ＴＲＩＭ６７、ＳＰＨＫ２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ（表２７、実施例ＩＩＩを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、トリプルネガティブ乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＢＬＩＭ１、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＡＳＣＬ２、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＬＩＣ６、ＤＳＣＲ６、ＦＯＸＰ４、ＧＡＤ２、ＧＣＧＲ、ＧＰ５、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＫＬＦ１６、ＭＡＧＩ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９２５３－８８５９３２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５７３７１－１５７５５７６５７、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＤＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＫＣＢ、ＰＴＰＲＮ２、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＬＣ７Ａ４、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ｂ、ＴＢＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＢＴＢ１６、ＺＮＦ１３２、及びＺＳＣＡＮ２３（表３、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、トリプルネガティブ乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＤＬＸ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＫＣＮＫ９、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、トリプルネガティブ乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、及びＤＬＸ４（表１６Ａ、実施例ＩＩを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ＨＥＲ２＋乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＢＬＩＭ１、ＡＦＡＰ１Ｌ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＡＬＯＸ５、ＡＭＮ、ＡＲＬ５Ｃ、ＢＡＮＫ１、ＢＣＡＴ１、ＢＥＧＡＩＮ、ＢＥＳＴ４、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１ＱＬ２、Ｃ７ｏｒｆ５２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＡＶ２、ＣＤ８Ａ、ＣＤＨ４＿Ａ、ＣＤＨ４＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｃ、ＣＤＨ４＿Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＣＬＩＰ４、ＣＲ１、ＤＬＫ１、ＤＮＡＪＣ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ１５０Ａ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＮＧ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＮＦ１Ｂ＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ１＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ｃ、ＨＯＸＤ９、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＮＳＭ１、ＩＴＰＫＡ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＥ３、ＫＣＮＫ１７＿Ｂ、ＬＩＭＥ１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＬＯＣ２８３９９９、ＬＹ６Ｈ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．１５８０８３１９８－１５８０８３４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２２８０７４７６４－２２８０７４９７７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３００８５２６５－１３００８５３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０１１７６１０６－１０１１７６２６０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０６９－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．８２３０１９７－８２３０３１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３１６３－９７１９３２８７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４４７８２４４１－４４７８２４９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．２３９０８７１８－２３９０８７８２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１８０１０１０８４－１８０１０１０９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９５２１８５－４２９５２２８０、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．２７０６４７０３－２７０６４７８３、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５２６２２６０７－１５２６２２６３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４１３２－１４５１０４２１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１３６４７４５０４－１３６４７４５２７、ＭＣＦ２Ｌ２、ＭＳＸ２Ｐ１、ＮＡＣＡＤ、ＮＩＤ２＿Ｂ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ｂ、ＰＡＱＲ６、ＰＣＤＨ８、ＰＩＦ１、ＰＰＡＲＡ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ、ＰＲＤＭ１３＿Ａ、ＰＲＨＯＸＮＢ、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ａ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＦＸ８、ＳＮＣＡ、ＳＴＡＣ２＿Ａ、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＴ５、ＴＩＭＰ２、ＴＭＥＦＦ２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｄ、ＴＲＨ＿Ｂ、ＴＲＩＭ６７、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＳＰ４４＿Ａ、ＵＳＰ４４＿Ｂ、ＵＴＦ１、ＵＴＳ２Ｒ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ｂ、ＺＦＰ６４、及びＺＮＦ１３２（表４、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ＨＥＲ２＋乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＬＡＹＮ、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＡＬＯＸ５、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、及びＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ＨＥＲ２＋乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＺＳＣＡＮ１２、ＧＲＡＳＰ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５（表１６Ｂ、実施例ＩＩを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ルミナルＡ乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＲＬ５Ｃ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ６、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡＭＫＶ、ＣＤ１Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＣＲＨＢＰ、ＤＬＸ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＤＮＭ３＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｃ、ＥＳＹＴ３、ＥＴＳ１＿Ａ、ＥＴＳ１＿Ｂ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＡＭ１８９Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＡＭ５９Ｂ、ＦＢＮ１、ＦＬＲＴ２、ＦＭＮ２、ＦＯＸＰ４、ＧＡＳ７、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＭＧＡ２、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＫＣＮＨ８、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＣＮＱ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０５９１－５９９９０８９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８３８４１－１７８４０５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４７０６３８０２－４７０６３８５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７２２３４２４８－１７２２３４４９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１３０６８６８６５－１３０６８６９８５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８７６８８－６８７７３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８８８６３－６８８９２４、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１１４０１０－１１４２０７、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ａ、ＮＫＸ２－６、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＰＯＵ４Ｆ１、ＰＲＤＭ１３＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ、ＲＡＳＧＲＦ２、ＲＩＰＰＬＹ２、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＹＮ２、ＴＲＩＭ７１＿Ａ、ＴＲＩＭ７１＿Ｂ、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＢＴＦ、ＵＬＢＰ１、ＵＳＰ４４＿Ｂ、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ（表５、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ルミナルＡ乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＧＰ５、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０６７１－５９９９０８５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＤＳＣＲ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ルミナルＡ乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＡＢＬＩＭ１、ＳＬＣ３０Ａ１０、Ｃ１０ｏｒｆ１２５（表１６Ｃ、実施例ＩＩを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ルミナルＢ乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＣＣＮ１、ＡＪＡＰ１＿Ａ、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＢＥＳＴ４、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＦＯＸＰ４、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＫＬＦ１６、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３１２８－１２４１７３２６８、ＭＰＺ、ＰＰＡＲＡ、ＰＲＭＴ１、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＹＲ２＿Ａ、ＳＡＬＬ３、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＰＨＫ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＮＪ２、ＴＭＥＭ１７６Ａ、ＴＳＨＺ３、及びＶＩＰＲ２（表６、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ルミナルＢ乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ルミナルＢ乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ（表１６Ｄ、実施例ＩＩを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ＢＲＣＡ１乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、Ｃ１０ｏｒｆ９３、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ａ、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ａ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＣＤＣ６１、ＣＣＮＤ２＿Ａ、ＣＣＮＤ２＿Ｂ、ＣＣＮＤ２＿Ｃ、ＥＭＸ１＿Ｂ、ＦＡＭ１５０Ｂ、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＩＡＡ１９４９、ＬＯＣ１００１３１１７６、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７２８５－８２７７３１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．５６２９７２１－５６２９７９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９７６７－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５６７９３－１５７５５６８５６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＮ１、ＭＰＺ、ＮＲ２Ｆ６、ＰＤＸＫ＿Ａ、ＰＤＸＫ＿Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＲＹＲ２＿Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ａ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ｂ、ＳＬＣ８Ａ３、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＥＰＰ、ＴＯＸ、ＶＩＰＲ２、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＮＦ４８６、ＺＮＦ６２６、及びＺＮＦ６７１（表７、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ＢＲＣＡ１乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＸＣＬ１２、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ＢＲＣＡ２乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＡＮＴＸＲ２、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ４、ＣＨＲＮＡ７、ＥＰＨＡ４、ＦＡＭ１７１Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＭＮＬ２、ＦＳＣＮ１、ＧＳＴＰ１、ＨＢＭ、ＩＧＦＢＰ５、ＩＬ１７ＲＥＬ、ＩＴＧＡ９、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＩＲＲＥＬ２、ＬＲＲＣ３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２３９５４９７４２－２３９５４９８８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．２３８８６４６７４－２３８８６４７３５、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．８１１４８３００－８１１４８３３２、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５１１４５６３２－１５１１４５７４３、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４３５３３２９８－１４３５３３５５８、ＭＥＲＴＫ、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＮＴＲＫ３、ＯＬＩＧ３＿Ａ、ＯＬＩＧ３＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ｃ、ＰＲＯＭ１、ＲＧＳ１７、ＳＢＮＯ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＢＫＢＰ１、ＴＬＸ１ＮＢ、ＶＩＰＲ２、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＮＬ１、及びＺＦＰ６４（表８、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、ＢＲＣＡ２乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＯＬ２３Ａ１、ＬＡＹＮ、ＯＴＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、浸潤性乳癌を同定するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＡＤ２、ＧＲＡＳＰ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＳＡＬＬ３、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ（表９、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＤＬＸ４、ＣＡＬＮ１＿Ａ、及びＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ（表１５、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９（９１％の特異性で１００％の感度）（表１５、実施例Ｉを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
技術は、非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別するために使用される様々なマーカーのパネルを提供し、例えば、いくつかの実施形態では、マーカーは、ＤＳＣＲ６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＯＳＲ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、及びＩＴＰＲＩＰＬ１（表１７、実施例ＩＩを参照のこと）であるアノテーションを有する染色体領域を含む。
キットの実施形態が提供され、例えば、キットは、メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾できる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）、ならびにＤＭＲ１～３７５（表２及び表１８からの）からなる群から選択されるＤＭＲの配列を含み、かつ乳癌を有しない対象と関連するメチル化状態を有する対照核酸を含む。いくつかの実施形態では、キットは、亜硫酸水素塩試薬及び本明細書に記載されるようなオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、キットは、メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾できる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）、ならびにＤＭＲ１～３７５（表２及び表１８からの）からなる群から選択されるＤＭＲの配列を含み、かつ乳癌を有する対象と関連するメチル化状態を有する対照核酸を含む。いくつかのキットの実施形態は、対象から試料（例えば、糞便試料、乳房組織試料、血漿試料、血清試料、全血試料）を得るための試料コレクター、メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾できる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）、ならびに本明細書に記載されるようなオリゴヌクレオチドを含む。
技術は、組成物（例えば、反応混合物）の実施形態に関する。いくつかの実施形態では、ＤＭＲを含む核酸ならびにメチル化特異的手法でＤＮＡを修飾できる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む核酸及び本明細書に記載されるようなオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む核酸及びメチル化感受性制限酵素を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む核酸及びポリメラーゼを含む組成物を提供する。
追加の関連方法の実施形態は、対象から得られた試料（例えば、乳房組織試料、血漿試料、糞便試料）中における乳癌及び／または様々な乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）についてスクリーニングするために提供され、例えば、本方法は、ＤＭＲ１～３７５（表２及び表１８からの）のうち１箇所以上であるＤＭＲ中に塩基を含む試料中においてマーカーのメチル化状態を決定すること、対象試料のマーカーのメチル化状態を、乳癌（例えば、乳癌及び／または乳癌型：トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）を有しない対象からの、正常対照試料のマーカーのメチル化状態と比較すること、ならびに対象試料及び正常対照試料のメチル化状態における差の信頼区間及び／またはｐ値を決定することを含む。いくつかの実施形態では、信頼区間は、９０％、９５％、９７．５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％または９９．９９％であり、ｐ値は、０．１、０．０５、０．０２５、０．０２、０．０１、０．００５、０．００１、または０．０００１である。方法のいくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む核酸を、メチル化特異的手法で核酸を修飾できる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）と反応させて、例えば、メチル化特異的手法で修飾された核酸を生成するステップ、メチル化特異的手法で修飾された核酸をシーケンシングし、メチル化特異的手法で修飾された核酸のヌクレオチド配列を提供するステップ、メチル化特異的手法で修飾された核酸のヌクレオチド配列を、乳癌及び／または乳癌型を有しない対象からのＤＭＲを含む核酸のヌクレオチド配列と比較して、２つの配列間の差を同定するステップ、ならびに差が存在する場合、対象が乳癌（例えば、乳癌及び／または乳癌型：トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）を有すると同定するステップを提供する。
対象から得られた試料中の乳癌についてスクリーニングするためのシステムが、技術によって提供される。システムの例示的な実施形態は、例えば、対象から得られた試料（例えば、乳房組織試料、血漿試料、糞便試料）中における乳癌及び／または乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）についてスクリーニングするためのシステムを含み、本システムは、試料のメチル化状態を決定するように構成されている分析コンポーネント、試料のメチル化状態を、データベースに記録されている対照試料または参照試料のメチル化状態と比較するように構成されているソフトウェアコンポーネント、及び乳癌関連メチル化状態をユーザに警告するように構成されている警告コンポーネントを含む。警告は、いくつかの実施形態では、複数のアッセイ（例えば、複数のマーカー、例えば、表２及び表１８に提供されるような、例えば、ＤＭＲのメチル化状態を決定する）からの結果を受けて、値または結果を算出し、複数の結果に基づいて報告するソフトウェアコンポーネントによって決定される。いくつかの実施形態は、値もしくは結果の算出及び／またはユーザ（例えば、医師、看護師、臨床医など）に報告する警告に使用するための、本明細書で提供される各ＤＭＲと関連する重み付けパラメータのデータベースを提供する。いくつかの実施形態では、複数のアッセイからの結果全てが報告され、いくつかの実施形態では、１つ以上の結果が、対象中のがんリスクを示す複数のアッセイに由来する１つ以上の結果を複合したものに基づいてスコア、値、または結果を提供するために使用される。
システムのいくつかの実施形態では、試料は、ＤＭＲを含む核酸を含む。いくつかの実施形態では、システムは、核酸を単離するためのコンポーネント、試料を収集するためのコンポーネント、例えば、糞便試料を収集するためのコンポーネントなどをさらに含む。いくつかの実施形態では、システムは、ＤＭＲを含む核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、データベースは、乳癌及び／または特定の乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）を有しない対象からの核酸配列を含む。さらに提供されるのは、核酸、例えば、核酸のセットであり、各核酸がＤＭＲを含む配列を有する。いくつかの実施形態では、核酸のセットは、各核酸が乳癌及び／または特定の乳癌型を有しない対象からの配列を有する。関連システムの実施形態は、記載されるような核酸のセット及び核酸のセットと関連する核酸配列のデータベースを含む。いくつかの実施形態は、メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾できる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）をさらに含む。また、いくつかの実施形態は、核酸シーケンサーをさらに含む。
ある特定の実施形態では、ヒト患者からの試料（例えば、乳房組織試料、血漿試料、全血試料、血清試料、糞便試料）を特徴付ける方法が、提供される。例えば、いくつかの実施形態では、そのような実施形態は、ＤＮＡをヒト患者の試料から得ること、表２及び表１８からの可変メチル化領域（ＤＭＲ）１～３７５からなる群から選択されるＤＭＲ中に塩基を含むＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、ならびに１個以上のＤＮＡメチル化マーカーのアッセイされたメチル化状態を、乳癌及び／または特定の乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）を有しないヒト患者に関する１個以上のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化レベル基準と比較することを含む。
そのような方法は、ヒト患者に由来する特定の種類の試料に限定されない。いくつかの実施形態では、試料は、乳房組織試料である。いくつかの実施形態では、試料は、血漿試料である。いくつかの実施形態では、試料は、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、血清試料）、または尿試料である。
いくつかの実施形態では、そのような方法は、複数のＤＮＡメチル化マーカーをアッセイすることを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、２～１１個のＤＮＡメチル化マーカーをアッセイすることを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、１２～１２０個のＤＮＡメチル化マーカーをアッセイすることを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、２～３７５個のＤＮＡメチル化マーカーをアッセイすることを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、試料中における１個以上のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすることを含み、１塩基のメチル化状態を決定することを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、試料中における１個以上のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすることを含み、複数の塩基でメチル化の程度を決定することを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、フォワード鎖のメチル化状態をアッセイすること、またはリバース鎖のメチル化状態をアッセイすることを含む。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、１００以下の塩基の領域である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、５００以下の塩基の領域である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、１０００以下の塩基の領域である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、５０００以下の塩基の領域である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、１塩基である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化マーカーは、高ＣｐＧ密度プロモーター中に存在する。
いくつかの実施形態では、アッセイすることは、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む。
いくつかの実施形態では、アッセイすることは、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む。いくつかの実施形態では、メチル化特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号：１～４２２（表１０、表１９及び表２０）からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、及びＡＢＬＩＭ１（表１６Ｅ、実施例ＩＩを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＢＬＩＭ１＿Ｂ、ＡＪＡＰ１＿Ｃ、ＡＬＯＸ５＿Ｂ、ＡＳＣＬ２＿Ｂ、ＢＡＮＫ１＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｅ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿１５２０、ＣＡＬＮ＿１Ｂ、ＣＤ１Ｄ＿１０５８、ＣＤＨ４＿７８９０、ＣＨＳＴ２＿８１２８、ＣＨＳＴ２＿８３８４、ＣＨＳＴ２＿９３１６、ＣＨＳＴ２＿９４７０、ＣＬＩＣ６＿Ｂ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＤＬＸ４＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｄ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ＿Ｂ、ＦＡＭ５９Ｂ＿７７６４、ＦＯＸＰ４＿Ｂ、ＧＰ５、ＨＯＸＡ１＿Ｃ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｃ、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１１３８、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１２００、ＫＣＮＫ９＿Ｂ、ＫＣＮＫ１７＿Ｃ、ＬＡＹＮ＿Ｂ、ＬＩＭＥ１＿Ｂ、ＬＭＸ１Ｂ＿Ｄ、ＬＯＣ１００１３２８９１＿Ｂ、ＭＡＳＴ１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７．ｂｒ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．４４２２、ＭＰＺ＿５７４２、ＭＰＺ＿５５５４、ＭＳＸ２Ｐ１＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＯＴＸ１＿Ｂ、ＰＬＸＮＣ１＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ＿７５７０、ＳＣＲＴ２＿Ｃ、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＰＨＫ２＿Ｂ、ＳＴ８ＳＩＡ４＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｃ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＴＲＩＭ６７＿Ｂ（表２２、実施例ＩＩＩを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１Ｄ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＦＡＭ５９Ｂ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、ＴＲＩＭ６７、ＳＰＨＫ２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ（表２７、実施例ＩＩＩを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＢＬＩＭ１、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＡＳＣＬ２、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＬＩＣ６、ＤＳＣＲ６、ＦＯＸＰ４、ＧＡＤ２、ＧＣＧＲ、ＧＰ５、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＫＬＦ１６、ＭＡＧＩ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９２５３－８８５９３２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５７３７１－１５７５５７６５７、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＤＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＫＣＢ、ＰＴＰＲＮ２、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＬＣ７Ａ４、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ｂ、ＴＢＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＢＴＢ１６、ＺＮＦ１３２、及びＺＳＣＡＮ２３（表３、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＤＬＸ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＫＣＮＫ９、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、及びＤＬＸ４（表１６Ａ、実施例ＩＩを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＢＬＩＭ１、ＡＦＡＰ１Ｌ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＡＬＯＸ５、ＡＭＮ、ＡＲＬ５Ｃ、ＢＡＮＫ１、ＢＣＡＴ１、ＢＥＧＡＩＮ、ＢＥＳＴ４、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１ＱＬ２、Ｃ７ｏｒｆ５２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＡＶ２、ＣＤ８Ａ、ＣＤＨ４＿Ａ、ＣＤＨ４＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｃ、ＣＤＨ４＿Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＣＬＩＰ４、ＣＲ１、ＤＬＫ１、ＤＮＡＪＣ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ１５０Ａ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＮＧ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＮＦ１Ｂ＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ１＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ｃ、ＨＯＸＤ９、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＮＳＭ１、ＩＴＰＫＡ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＥ３、ＫＣＮＫ１７＿Ｂ、ＬＩＭＥ１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＬＯＣ２８３９９９、ＬＹ６Ｈ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．１５８０８３１９８－１５８０８３４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２２８０７４７６４－２２８０７４９７７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３００８５２６５－１３００８５３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０１１７６１０６－１０１１７６２６０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０６９－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．８２３０１９７－８２３０３１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３１６３－９７１９３２８７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４４７８２４４１－４４７８２４９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．２３９０８７１８－２３９０８７８２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１８０１０１０８４－１８０１０１０９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９５２１８５－４２９５２２８０、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．２７０６４７０３－２７０６４７８３、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５２６２２６０７－１５２６２２６３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４１３２－１４５１０４２１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１３６４７４５０４－１３６４７４５２７、ＭＣＦ２Ｌ２、ＭＳＸ２Ｐ１、ＮＡＣＡＤ、ＮＩＤ２＿Ｂ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ｂ、ＰＡＱＲ６、ＰＣＤＨ８、ＰＩＦ１、ＰＰＡＲＡ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ、ＰＲＤＭ１３＿Ａ、ＰＲＨＯＸＮＢ、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ａ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＦＸ８、ＳＮＣＡ、ＳＴＡＣ２＿Ａ、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＴ５、ＴＩＭＰ２、ＴＭＥＦＦ２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｄ、ＴＲＨ＿Ｂ、ＴＲＩＭ６７、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＳＰ４４＿Ａ、ＵＳＰ４４＿Ｂ、ＵＴＦ１、ＵＴＳ２Ｒ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ｂ、ＺＦＰ６４、及びＺＮＦ１３２（表４、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＬＡＹＮ、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＡＬＯＸ５、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、及びＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＺＳＣＡＮ１２、ＧＲＡＳＰ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５（表１６Ｂ、実施例ＩＩを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＲＬ５Ｃ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ６、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡＭＫＶ、ＣＤ１Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＣＲＨＢＰ、ＤＬＸ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＤＮＭ３＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｃ、ＥＳＹＴ３、ＥＴＳ１＿Ａ、ＥＴＳ１＿Ｂ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＡＭ１８９Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＡＭ５９Ｂ、ＦＢＮ１、ＦＬＲＴ２、ＦＭＮ２、ＦＯＸＰ４、ＧＡＳ７、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＭＧＡ２、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＫＣＮＨ８、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＣＮＱ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０５９１－５９９９０８９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８３８４１－１７８４０５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４７０６３８０２－４７０６３８５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７２２３４２４８－１７２２３４４９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１３０６８６８６５－１３０６８６９８５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８７６８８－６８７７３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８８８６３－６８８９２４、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１１４０１０－１１４２０７、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ａ、ＮＫＸ２－６、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＰＯＵ４Ｆ１、ＰＲＤＭ１３＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ、ＲＡＳＧＲＦ２、ＲＩＰＰＬＹ２、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＹＮ２、ＴＲＩＭ７１＿Ａ、ＴＲＩＭ７１＿Ｂ、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＢＴＦ、ＵＬＢＰ１、ＵＳＰ４４＿Ｂ、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ（表５、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＧＰ５、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０６７１－５９９９０８５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＤＳＣＲ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＡＢＬＩＭ１、ＳＬＣ３０Ａ１０、Ｃ１０ｏｒｆ１２５（表１６Ｃ、実施例ＩＩを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＣＣＮ１、ＡＪＡＰ１＿Ａ、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＢＥＳＴ４、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＦＯＸＰ４、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＫＬＦ１６、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３１２８－１２４１７３２６８、ＭＰＺ、ＰＰＡＲＡ、ＰＲＭＴ１、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＹＲ２＿Ａ、ＳＡＬＬ３、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＰＨＫ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＮＪ２、ＴＭＥＭ１７６Ａ、ＴＳＨＺ３、及びＶＩＰＲ２（表６、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ（表１６Ｄ、実施例ＩＩを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、Ｃ１０ｏｒｆ９３、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ａ、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ａ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＣＤＣ６１、ＣＣＮＤ２＿Ａ、ＣＣＮＤ２＿Ｂ、ＣＣＮＤ２＿Ｃ、ＥＭＸ１＿Ｂ、ＦＡＭ１５０Ｂ、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＩＡＡ１９４９、ＬＯＣ１００１３１１７６、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７２８５－８２７７３１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．５６２９７２１－５６２９７９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９７６７－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５６７９３－１５７５５６８５６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＮ１、ＭＰＺ、ＮＲ２Ｆ６、ＰＤＸＫ＿Ａ、ＰＤＸＫ＿Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＲＹＲ２＿Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ａ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ｂ、ＳＬＣ８Ａ３、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＥＰＰ、ＴＯＸ、ＶＩＰＲ２、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＮＦ４８６、ＺＮＦ６２６、及びＺＮＦ６７１（表７、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＸＣＬ１２、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、及びＤＳＣＲ６（表１１、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＮＴＸＲ２、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ４、ＣＨＲＮＡ７、ＥＰＨＡ４、ＦＡＭ１７１Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＭＮＬ２、ＦＳＣＮ１、ＧＳＴＰ１、ＨＢＭ、ＩＧＦＢＰ５、ＩＬ１７ＲＥＬ、ＩＴＧＡ９、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＩＲＲＥＬ２、ＬＲＲＣ３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２３９５４９７４２－２３９５４９８８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．２３８８６４６７４－２３８８６４７３５、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．８１１４８３００－８１１４８３３２、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５１１４５６３２－１５１１４５７４３、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４３５３３２９８－１４３５３３５５８、ＭＥＲＴＫ、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＮＴＲＫ３、ＯＬＩＧ３＿Ａ、ＯＬＩＧ３＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ｃ、ＰＲＯＭ１、ＲＧＳ１７、ＳＢＮＯ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＢＫＢＰ１、ＴＬＸ１ＮＢ、ＶＩＰＲ２、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＮＬ１、及びＺＦＰ６４（表８、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＯＬ２３Ａ１、ＬＡＹＮ、ＯＴＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８（表１１、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＡＤ２、ＧＲＡＳＰ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＳＡＬＬ３、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ（表９、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＤＬＸ４、ＣＡＬＮ１＿Ａ、及びＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ（表１５、実施例Ｉを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、ＤＳＣＲ６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＯＳＲ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、及びＩＴＰＲＩＰＬ１（表１７、実施例ＩＩを参照のこと）からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域は、ＤＮＡメチル化マーカーを含む。
いくつかの実施形態では、そのような方法は、２個のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態を決定することを含む。いくつかの実施形態では、そのような方法は、表２及び／または表１８の行に提供されるＤＮＡメチル化マーカー対のメチル化状態を決定することを含む。
ある特定の実施形態では、技術は、ヒト患者から得られた試料（例えば、乳房組織試料、血漿試料、全血試料、血清試料、糞便試料）を特徴付ける方法を提供する。いくつかの実施形態では、そのような方法は、表２及び表１８からのＤＭＲ１～３７５からなる群から選択されるＤＭＲ中に塩基を含む試料中においてＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態を決定すること、患者試料のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態を、乳癌及び／または特定の乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）を有しないヒト対象からの、正常対照試料のＤＮＡメチル化マーカーのメチル化状態と比較すること、ならびにヒト患者及び正常対照試料のメチル化状態における差の信頼区間及び／またはｐ値を決定することを含む。いくつかの実施形態では、信頼区間は、９０％、９５％、９７．５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％または９９．９９％であり、ｐ値は、０．１、０．０５、０．０２５、０．０２、０．０１、０．００５、０．００１、または０．０００１である。
ある特定の実施形態では、技術は、ヒト対象から得られた試料（例えば、乳房組織試料、血漿試料、全血試料、血清試料、糞便試料）を特徴付ける方法を提供し、本方法は、ＤＭＲを含む核酸を、メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾できる試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）と反応させて、メチル化特異的手法で修飾された核酸を生成すること、メチル化特異的手法で修飾された核酸をシーケンシングし、メチル化特異的手法で修飾された核酸のヌクレオチド配列を提供すること、メチル化特異的手法で修飾された核酸のヌクレオチド配列を、乳癌を有しない対象からのＤＭＲを含む核酸のヌクレオチド配列と比較して、２つの配列間の差を同定することを含む。
ある特定の実施形態では、技術は、ヒト対象から得られた試料（例えば、乳房組織試料、血漿試料、糞便試料）を特徴付けるためのシステムを提供し、本システムは、試料のメチル化状態を決定するように構成されている分析コンポーネント、試料のメチル化状態を、データベースに記録されている対照試料または参照試料のメチル化状態と比較するように構成されているソフトウェアコンポーネント、及びメチル化状態の組合せに基づいて単一値を決定し、乳癌関連メチル化状態をユーザに警告するように構成されている警告コンポーネントを含む。いくつかの実施形態では、試料は、ＤＭＲを含む核酸を含む。
いくつかの実施形態では、そのようなシステムは、核酸を単離するためのコンポーネントをさらに含む。いくつかの実施形態では、そのようなシステムは、試料を収集するためのコンポーネントをさらに含む。
いくつかの実施形態では、試料は、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血液試料（例えば、血漿試料、全血試料、血清試料）、または尿試料である。
いくつかの実施形態では、データベースは、ＤＭＲを含む核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、データベースは、乳癌を有しない対象からの核酸配列を含む。
さらなる実施形態は、本明細書に含有される教示に基づいて、関連分野の当業者には明らかとなる。
定義
本技術の理解を促進するために、多数の用語及び語句が以下に定義される。追加の定義は、詳細な説明全体を通して記載される。
本明細書及び特許請求の範囲全体にわたって、以下の用語は、その文脈に別段の明確な指示がない限り、本明細書に明示的に関連する意味を持つ。「一実施形態では」という語句は、本明細書で使用される場合、必ずしも同じ実施形態を指すとは限らないが、そうである場合もある。さらに、「別の実施形態では」という語句は、本明細書で使用される場合、必ずしも異なる実施形態を指すとは限らないが、そうである場合もある。したがって、以下に記載されるように、本発明の様々な実施形態は、本発明の範囲または趣旨から逸脱することなく、容易に組み合わせられてよい。
加えて、本明細書で使用される場合、「または」という用語は、その文脈に別段の明確な指示がない限り、包括的な「または」の操作詞であり、「及び／または」という用語と同義である。「に基づく」という用語は、その文脈に別段の明確な指示がない限り、排他的なものではなく、記載されていない追加の因子に基づくことを可能にする。加えて、本明細書全体を通して、「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」の意味は、複数の指示対象を含む。「中に」の意味は、「中に」及び「上に」を含む。
「から本質的になる」という移行句は、本出願の特許請求の範囲に使用される場合、Ｉｎ ｒｅ Ｈｅｒｚ，５３７ Ｆ．２ｄ ５４９，５５１－５２，１９０ ＵＳＰＱ ４６１，４６３（ＣＣＰＡ １９７６）で述べられているように、特許請求の範囲を、特定の物質またはステップ及び特許請求された発明の「基本的かつ新規の特徴（複数可）に実質的に影響を及ぼすことのないそれら」に限定する。例えば、列挙された要素「から本質的になる」組成物は、混入物が存在するが、純粋な組成物、すなわち、列挙された成分「からなる」組成物と比較した場合に列挙された組成物の機能を変化させないようなレベルで、列挙されていない混入物を含有する場合がある。
本明細書で使用される場合、「核酸」または「核酸分子」は、一般にいずれかのリボ核酸またはデオキシリボ核酸を指し、これは非修飾または修飾ＤＮＡまたはＲＮＡであってよい。「核酸」としては、一本鎖及び二本鎖核酸が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で使用される場合、「核酸」という用語は、１つ以上の修飾塩基を含有する、上に記載されるようなＤＮＡも含む。したがって、安定性または他の理由のために修飾された骨格を有するＤＮＡは、「核酸」である。「核酸」という用語は、それが本明細書で使用される場合、核酸のそのような化学的、酵素的、または代謝的修飾形態に加えて、ウイルス及び細胞、例えば、単純型及び複合型細胞を含むものに特徴的なＤＮＡの化学的形態を包含する。
「オリゴヌクレオチド」または「ポリヌクレオチド」または「ヌクレオチド」または「核酸」という用語は、２つ以上、好ましくは３つを超える、及び通常１０を超えるデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドを有する分子を指す。正確なサイズは、多くの因子に依存することになり、それによりオリゴヌクレオチドの最終的な機能または使用に依存する。オリゴヌクレオチドは、化学合成、ＤＮＡ複製、逆転写、またはそれらの組合せを含む任意の手法で生成されてよい。ＤＮＡの典型的なデオキシリボヌクレオチドは、チミン、アデニン、シトシン、及びグアニンである。ＲＮＡの典型的なリボヌクレオチドは、ウラシル、アデニン、シトシン、及びグアニンである。
本明細書で使用される場合、核酸の「遺伝子座」または「領域」という用語は、核酸の小領域、例えば、染色体上の遺伝子、単一ヌクレオチド、ＣｐＧアイランドなどを指す。
「相補的な」及び「相補性」という用語は、塩基対合規則によって関連付けられるヌクレオチド（例えば、１つのヌクレオチド）またはポリヌクレオチド（例えば、ヌクレオチドの配列）を指す。例えば、配列５’－Ａ－Ｇ－Ｔ－３’は、配列３’－Ｔ－Ｃ－Ａ－５’に相補的である。相補性は「部分的」である可能性があり、その場合、核酸塩基のいくつかのみが塩基対合規則に従って一致する。あるいは、核酸間で「完全な」または「全体的な」相補性が存在してよい。核酸鎖間の相補性の程度は、核酸鎖間のハイブリダイゼーションの効率及び強度をもたらす。これは、増幅反応において、及び核酸間の結合に依存する検出方法において特に重要である。
「遺伝子」という用語は、ＲＮＡの、またはポリペプチドもしくはその前駆体の産生に必要なコード配列を含む核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）配列を指す。機能的ポリペプチドは、ポリペプチドの所望の活性または機能特性（例えば、酵素活性、リガンド結合、シグナル伝達など）が保持される限り、全長コード配列によって、またはコード配列の任意の部分によってコードされ得る。「部分」という用語は、遺伝子に関して使用される場合、その遺伝子の断片を指す。断片は、いくつかのヌクレオチドから、遺伝子全体の配列から１つのヌクレオチドを除いたサイズの範囲であってよい。したがって、「遺伝子の少なくとも一部分を含むヌクレオチド」は、遺伝子の断片または遺伝子全体を含んでよい。
「遺伝子」という用語はまた、構造遺伝子のコード領域を包含し、５’末端及び３’末端の両方でコード領域に隣接して、例えば、いずれかの末端上で約１ｋｂの距離に位置する配列（例えば、コード配列、制御配列、構造配列及び他の配列を含む）を含み、それゆえ遺伝子が全長ｍＲＮＡの長さに対応する。コード領域の５’側に位置し、かつｍＲＮＡ上に存在する配列は、５’非翻訳（ｎｏｎ－ｔｒａｎｓｌａｔｅｄ）または非翻訳（ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ）配列と称される。コード領域の３’側または下流に位置し、かつｍＲＮＡ上に存在する配列は、３’非翻訳（ｎｏｎ－ｔｒａｎｓｌａｔｅｄ）または３’非翻訳（ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ）配列と称される。「遺伝子」という用語は、ｃＤＮＡ及び遺伝子のゲノム形態の両方を包含する。いくつかの生物（例えば、真核生物）では、遺伝子のゲノム形態またはクローンは、「イントロン」または「介在領域」または「介在配列」と称される、非コード配列によって分断されるコード領域を含有する。イントロンは、核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）に転写される遺伝子のセグメントであり、イントロンは、エンハンサーなどの調節エレメントを含有してよい。イントロンは、核または一次転写物から除去または「スプライシング除去」され、それゆえ、イントロンはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）転写物中には存在しない。ｍＲＮＡは、新生ポリペプチド中でアミノ酸の配列または順序を指定するように翻訳中に機能する。
イントロンの含有に加えて、遺伝子のゲノム形態はまた、ＲＮＡ転写物上に存在する配列の５’末端及び３’末端の両方に位置する配列を含んでよい。これらの配列は、「フランキング」配列または領域と称される（これらのフランキング配列は、ｍＲＮＡ転写物上に存在する非翻訳配列の５’側または３’側に位置する）。５’フランキング領域は、遺伝子の転写を制御するか、またはそれに影響を与える、プロモーター及びエンハンサーなどの調節配列を含有してよい。３’フランキング領域は、転写終結、転写後切断、及びポリアデニル化を指示する配列を含有してよい。
「野生型」という用語は、遺伝子を参照する場合、天然に存在する供給源から単離された遺伝子の特徴を有する遺伝子を指す。「野生型」という用語は、遺伝子産物を参照する場合、天然に存在する供給源から単離された遺伝子産物の特徴を有する遺伝子産物を指す。「天然に存在する」という用語は、物体に使用される場合、物体が天然に見られ得るという事実を指す。例えば、天然の供給源から単離され得、かつ実験室で人の手によって意図的に修飾されていない生物（ウイルスを含む）中に存在するポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列が、天然に存在する。野生型遺伝子は、多くの場合に集団中において最も高い頻度で観察されるその遺伝子またはアレルであり、それゆえ、遺伝子の「正常」または「野生型」形態を任意に指定される。対照的に、「修飾された」または「変異体」という用語は、遺伝子または遺伝子産物を参照する場合、野生型遺伝子または遺伝子産物と比較した場合に、配列及び／または機能特性に修飾（例えば、変化した特徴）を示す遺伝子または遺伝子産物をそれぞれ指す。天然に存在する変異体が単離可能であり、これらは、それらが野生型遺伝子または遺伝子産物と比較した場合に変化した特徴を有するという事実によって同定されることに留意する。
「アレル」という用語は、遺伝子の多様性を指し、多様性としては、バリアント及び変異体、多型遺伝子座、ならびに一塩基多型遺伝子座、フレームシフト、ならびにスプライス変異が挙げられるが、これらに限定されない。アレルは、集団中に天然に存在する場合があるか、または集団における任意の特定の個体に関する寿命の間に生じる場合がある。
したがって、「バリアント」及び「変異体」という用語は、ヌクレオチド配列に関して使用される場合、別の、通常関連するヌクレオチド酸配列とは１つ以上のヌクレオチドで異なる核酸配列を指す。「多様性」は、２つの異なるヌクレオチド配列間の差であり、通常は１つの配列が参照配列である。
「増幅」は、鋳型特異性に関与する核酸複製の特殊な事例である。それは、非特異的鋳型複製（例えば、鋳型依存的であるが、特定の鋳型には依存しない複製）とは対照的である。鋳型特異性は、本明細書では、複製の忠実度（例えば、適切なポリヌクレオチド配列の合成）及びヌクレオチド（リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチド）特異性とは区別される。鋳型特異性は、「標的」特異性に関して頻繁に記載される。標的配列は、それらが他の核酸から選別されることが求められるという意味での「標的」である。増幅技術は、主にこの選別のために設計されている。
核酸との関連における「増幅すること」または「増幅」という用語は、通常は少量のポリヌクレオチド（例えば、単一ポリヌクレオチド分子）から開始するポリヌクレオチド、またはポリヌクレオチドの一部分に関する複数コピーの生成を指し、増幅産物またはアンプリコンは、一般に検出可能である。ポリヌクレオチドの増幅は、様々な化学プロセス及び酵素プロセスを包含する。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）またはリガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ、例えば、米国特許第５，４９４，８１０号を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）中における、標的または鋳型ＤＮＡ分子の１つまたは少数コピーからの複数のＤＮＡコピーの生成が、増幅の形態である。増幅の追加の種類としては、アレル特異的ＰＣＲ（例えば、米国特許第５，６３９，６１１号を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、アセンブリＰＣＲ（例えば、米国特許第５，９６５，４０８号を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、ヘリカーゼ依存性増幅（例えば、米国特許第７，６６２，５９４号を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、ホットスタートＰＣＲ（例えば、米国特許第５，７７３，２５８号及び同第５，３３８，６７１号を参照し、各々全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、配列間特異的ＰＣＲ、逆ＰＣＲ（例えば、Ｔｒｉｇｌｉａ， ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１６：８１８６を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、ライゲーション媒介ＰＣＲ（例えば、Ｇｕｉｌｆｏｙｌｅ，Ｒ．ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２５：１８５４－１８５８（１９９７）、米国特許第５，５０８，１６９号を参照し、その各々全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、メチル化特異的ＰＣＲ（例えば、Ｈｅｒｍａｎ，ｅｔ ａｌ．，（１９９６）ＰＮＡＳ ９３（１３）９８２１－９８２６を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、ミニプライマーＰＣＲ、マルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（例えば、Ｓｃｈｏｕｔｅｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００２）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ３０（１２）：ｅ５７を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、マルチプレックスＰＣＲ（例えば、Ｃｈａｍｂｅｒｌａｉｎ，ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １６（２３）１１１４１－１１１５６、Ｂａｌｌａｂｉｏ，ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ８４（６）５７１－５７３、Ｈａｙｄｅｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００８）ＢＭＣ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ９：８０を参照し、その各々全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、ネストＰＣＲ、オーバーラップエクステンションＰＣＲ（例えば、Ｈｉｇｕｃｈｉ，ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １６（１５）７３５１－７３６７を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、リアルタイムＰＣＲ（例えば、Ｈｉｇｕｃｈｉ，ｅｔ ａｌ．，（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：４１３－４１７、Ｈｉｇｕｃｈｉ，ｅｔ ａｌ．，（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １１：１０２６－１０３０を参照し、その各々全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、逆転写ＰＣＲ（例えば、Ｂｕｓｔｉｎ，Ｓ．Ａ．（２０００）Ｊ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ ２５：１６９－１９３を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、固相ＰＣＲ、熱非対称インターレースＰＣＲ、ならびにタッチダウンＰＣＲ（例えば、Ｄｏｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９１）１９（１４）４００８、Ｒｏｕｘ，Ｋ．（１９９４）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １６（５）８１２－８１４、Ｈｅｃｋｅｒ，ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２０（３）４７８－４８５を参照し、その各々全体が参照によって本明細書に組み込まれる）が挙げられるが、これらに限定されない。ポリヌクレオチド増幅はまた、デジタルＰＣＲを使用して達成され得る（例えば、Ｋａｌｉｎｉｎａ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．２５；１９９９－２００４，（１９９７）、Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｋｉｎｚｌｅｒ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．９６；９２３６－４１，（１９９９）、国際特許公開第ＷＯ０５０２３０９１Ａ２号、米国特許出願公開第２００７０２０２５２５号を参照し、その各々全体が参照によって本明細書に組み込まれる）。
「ポリメラーゼ連鎖反応」（「ＰＣＲ」）という用語は、クローニングまたは精製することなく、ゲノムまたは他のＤＮＡまたはＲＮＡの混合物中における標的配列のセグメント濃度を増加させる方法を記載しているＫ．Ｂ．Ｍｕｌｌｉｓの米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号、及び同第４，９６５，１８８号の方法を指す。標的配列を増幅させるためのこのプロセスは、大過剰の２つのオリゴヌクレオチドプライマーを、所望の標的配列を含有するＤＮＡ混合物に導入し、続いてＤＮＡポリメラーゼの存在下で正確な順序の熱サイクルを行うことからなる。２つのプライマーは、二本鎖標的配列のそれらの個々の鎖に相補的である。増幅をもたらすために、混合物を変性させ、次いでプライマーを標的分子内のそれらの相補的配列にアニーリングする。アニーリング後、プライマーを、新しい相補鎖の対を形成するようにポリメラーゼで伸長させる。変性、プライマーアニーリング、及びポリメラーゼ伸長のステップが何回も反復され（すなわち、変性、アニーリング及び伸長が１回の「サイクル」を構成し、多数の「サイクル」が存在し得る）、高濃度の、所望の標的配列の増幅セグメントを得ることができる。所望の標的配列に関する増幅セグメントの長さは、互いのプライマーに対する相対位置によって決定され、それゆえ、この長さは制御可能なパラメータである。プロセスの反復態様のため、本方法は、「ポリメラーゼ連鎖反応」（「ＰＣＲ」）と称される。標的配列の所望の増幅セグメントが、混合物中で優勢配列（濃度に関して）となるため、それらは「ＰＣＲで増幅された」と言われ、それらは「ＰＣＲ産物」または「アンプリコン」である。当業者は、「ＰＣＲ」という用語が、例えば、リアルタイムＰＣＲ、ネストＰＣＲ、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）、単一プライマー及び任意プライムＰＣＲなどを使用する、元より記載されている方法の多くの別形態を包含すると理解することになる。
鋳型特異性は、大半の増幅技術において酵素の選択によって達成される。増幅酵素は、それらが使用される条件下で、核酸の不均一混合物中において核酸の特異的配列のみを処理することになる酵素である。例えば、Ｑ－ベータレプリカーゼの場合、ＭＤＶ－１ ＲＮＡは、レプリカーゼの特異的鋳型である（Ｋａｃｉａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，６９：３０３８［１９７２］）。他の核酸は、この増幅酵素によって複製されないことになる。同様に、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼの場合、この増幅酵素は、それ自体のプロモーターに対してストリンジェントな特異性を有する（Ｃｈａｍｂｅｒｌｉｎ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ，２２８：２２７ ［１９７０］）。Ｔ４ ＤＮＡリガーゼの場合、酵素は、ライゲーション結合においてオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの基質と鋳型との間にミスマッチがある場合、２つのオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを結合させることはない（Ｗｕ ａｎｄ Ｗａｌｌａｃｅ（１９８９）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０）。最後に、耐熱性鋳型依存性ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、Ｔａｑ及びＰｆｕ ＤＮＡポリメラーゼ）は、高温で機能するそれらの能力によって、プライマーが結合することにより定義される配列に高い特異性を示すことが見出され、それゆえ高温によって、標的配列とのプライマーハイブリダイゼーションには有利であるが、非標的配列とはハイブリダイズしない熱力学的条件がもたらされる（Ｈ．Ａ．Ｅｒｌｉｃｈ（ｅｄ．），ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ［１９８９］）。
本明細書で使用される場合、「核酸検出アッセイ」という用語は、目的の核酸のヌクレオチド組成を決定する任意の方法を指す。核酸検出アッセイとしては、ＤＮＡシーケンシング法、プローブハイブリダイゼーション法、構造特異的切断アッセイ（例えば、ＩＮＶＡＤＥＲアッセイ（Ｈｏｌｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．）、例えば、米国特許第５，８４６，７１７号、同第５，９８５，５５７号、同第５，９９４，０６９号、同第６，００１，５６７号、同第６，０９０，５４３号、及び同第６，８７２，８１６号、Ｌｙａｍｉｃｈｅｖ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１７：２９２（１９９９）、Ｈａｌｌ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，ＵＳＡ，９７：８２７２（２０００）、ならびに米国特許第９，０９６，８９３号に記載され、その各々の全体が、あらゆる目的のために参照によって本明細書に組み込まれる）、酵素ミスマッチ切断法（例えば、Ｖａｒｉａｇｅｎｉｃｓ、米国特許第６，１１０，６８４号、同第５，９５８，６９２号、同第５，８５１，７７０号、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、上に記載されるポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、分枝ハイブリダイゼーション法（例えば、Ｃｈｉｒｏｎ、米国特許第５，８４９，４８１号、同第５，７１０，２６４号、同第５，１２４，２４６号、及び同第５，６２４，８０２号、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、ローリングサークル複製（例えば、米国特許第６，２１０，８８４号、同第６，１８３，９６０号及び同第６，２３５，５０２号、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、ＮＡＳＢＡ（例えば、米国特許第５，４０９，８１８号、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、分子ビーコン技術（例えば、米国特許第６，１５０，０９７号、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、Ｅセンサー技術（Ｍｏｔｏｒｏｌａ、米国特許第６，２４８，２２９号、同第６，２２１，５８３号、同第６，０１３，１７０号、及び同第６，０６３，５７３号、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、サイクリングプローブ技術（例えば、米国特許第５，４０３，７１１号、同第５，０１１，７６９号、及び同第５，６６０，９８８号、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、Ｄａｄｅ Ｂｅｈｒｉｎｇシグナル増幅法（例えば、米国特許第６，１２１，００１号、同第６，１１０，６７７号、同第５，９１４，２３０号、同第５，８８２，８６７号、及び同第５，７９２，６１４号、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）、リガーゼ連鎖反応（例えば、Ｂａｒａｎａｙ Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ８８，１８９－９３（１９９１））、ならびにサンドイッチハイブリダイゼーション法（例えば、米国特許第５，２８８，６０９号、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる）が挙げられるが、これらに限定されない。
「増幅可能な核酸」という用語は、任意の増幅方法によって増幅される可能性がある核酸を指す。「増幅可能な核酸」が、通常「試料鋳型」を含むことになると考慮される。
「試料鋳型」という用語は、「標的」（以下に定義される）の存在について分析される試料に由来する核酸を指す。対照的に、「バックグラウンド鋳型」は、試料中に存在してよい、またはしなくともよい試料鋳型以外の核酸に関して使用される。バックグラウンド鋳型は、ほとんどの場合に偶発的である。それはキャリーオーバーの結果である可能性があるか、またはそれは、試料から離れて精製されることが求められる核酸混入物の存在による可能性がある。例えば、検出されるもの以外の生物からの核酸が、試験試料中のバックグラウンドとして存在する可能性がある。
「プライマー」という用語は、制限消化物からの、例えば、核酸断片として自然に生じるか、または合成して生成されるかのいずれのオリゴヌクレオチドも指し、これは核酸鋳型鎖に相補的なプライマー伸長産物の合成が誘導される条件下（例えば、ヌクレオチド及び誘発剤、例えば、ＤＮＡポリメラーゼなどの存在下において、かつ好適な温度及びｐＨで）に置かれる場合、合成の開始点として機能できる。プライマーは、最大の増幅効率のために好ましくは一本鎖であるが、代わりに二本鎖であってもよい。二本鎖の場合、プライマーは、最初にその鎖を分離するために処理されてから、伸長産物の調製に使用される。好ましくは、プライマーは、オリゴデオキシリボヌクレオチドである。プライマーは、誘導剤の存在下で伸長産物の合成を開始するのに十分な長さでなければならない。プライマーの厳密な長さは、温度、プライマー供給源、及び方法の使用を含む、多くの因子に依存することになる。
「プローブ」という用語は、精製した制限消化物と同様に自然に生じるか、または合成して、組換えて、もしくはＰＣＲ増幅によって生成されるかのいずれのオリゴヌクレオチド（例えば、ヌクレオチドの配列）も指し、これは目的の別のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる。プローブは、一本鎖または二本鎖であってよい。プローブは、特定の遺伝子配列の検出、同定、及び単離に有用である（例えば、「捕捉プローブ」）。本発明で使用されるいずれのプローブも、いくつかの実施形態では、任意の「レポーター分子」で標識されてよく、その結果、任意の検出システム、例えば、酵素（例えば、ＥＬＩＳＡに加えて、酵素に基づく組織化学アッセイ）、蛍光、放射、及び発光システムを含むが、これらに限定されないシステムで検出可能であると考慮される。本発明が、いずれかの特定の検出システムまたは標識に限定されることを意図しない。
「標的」という用語は、本明細書で使用される場合、他の核酸から、例えば、プローブ結合、増幅、単離、捕捉などによって選別されることが求められる核酸を指す。例えば、ポリメラーゼ連鎖反応に関して使用される場合、「標的」は、ポリメラーゼ連鎖反応に使用されるプライマーによって結合された核酸の領域を指す一方で、標的ＤＮＡが増幅されないアッセイに使用される場合、例えば、侵入切断アッセイのいくつかの実施形態では、標的は、プローブ及び侵入オリゴヌクレオチド（例えば、ＩＮＶＡＤＥＲオリゴヌクレオチド）が結合して侵入切断構造を形成する部位を含み、それゆえ標的核酸の存在が検出され得る。「セグメント」は、標的配列内の核酸の領域として定義される。
本明細書で使用される場合、「メチル化」は、シトシンのＣ５位もしくはＮ４位のシトシンメチル化、アデニンのＮ６位、または他の種類の核酸メチル化を指す。インビトロ増幅ＤＮＡは、典型的なインビトロＤＮＡ増幅方法が増幅鋳型のメチル化パターンを保持しないため、通常メチル化されない。しかしながら、「非メチル化ＤＮＡ」または「メチル化ＤＮＡ」はまた、それぞれ元の鋳型がメチル化されていなかった、またはメチル化されていた増幅ＤＮＡも指し得る。
したがって、本明細書で使用される場合、「メチル化ヌクレオチド」または「メチル化ヌクレオチド塩基」は、ヌクレオチド塩基上のメチル部分の存在を指し、メチル部分は、認識される典型的なヌクレオチド塩基中には存在しない。例えば、シトシンは、そのピリミジン環上にメチル部分を含有しないが、５－メチルシトシンは、そのピリミジン環の５位にメチル部分を含有する。したがって、シトシンはメチル化ヌクレオチドではなく、５－メチルシトシンは、メチル化ヌクレオチドである。別の例では、チミンは、そのピリミジン環の５位にメチル部分を含有するが、本明細書での目的のためには、チミンはＤＮＡの典型的なヌクレオチド塩基であるため、ＤＮＡ中に存在する場合にチミンはメチル化ヌクレオチドであるとは見なされない。
本明細書で使用される場合、「メチル化核酸分子」は、１つ以上のメチル化ヌクレオチドを含有する核酸分子を指す。
本明細書で使用される場合、核酸分子の「メチル化状態（ｓｔａｔｅ）」、「メチル化プロファイル」、及び「メチル化状態（ｓｔａｔｕｓ）」は、核酸分子中における１つ以上のメチル化ヌクレオチド塩基の存在または欠如を指す。例えば、メチル化シトシンを含有する核酸分子は、メチル化されていると見なされる（例えば、核酸分子のメチル化状態は、メチル化されている）。メチル化ヌクレオチドを一切含有しない核酸分子は、メチル化されていないと見なされる。
特定の核酸配列（例えば、本明細書に記載されるような遺伝子マーカーまたはＤＮＡ領域）のメチル化状態は、配列中の全塩基のメチル化状態を示し得る、もしくは配列内における塩基のサブセットの（例えば、１つ以上のシトシンの）メチル化状態を示し得る、またはメチル化が生じる配列内の正確な位置情報を提供しながら、もしくは提供せずに、配列内の局所的メチル化密度に関する情報を示し得る。
核酸分子中におけるヌクレオチド遺伝子座のメチル化状態は、核酸分子中における特定の遺伝子座のメチル化ヌクレオチドの存在または欠如を指す。例えば、核酸分子中の７番目のヌクレオチドにおけるシトシンのメチル化状態は、核酸分子中の７番目のヌクレオチドに存在するヌクレオチドが、５－メチルシトシンである場合にメチル化されている。同様に、核酸分子中の７番目のヌクレオチドにおけるシトシンのメチル化状態は、核酸分子中の７番目のヌクレオチドに存在するヌクレオチドが、シトシンである（かつ５－メチルシトシンではない）場合にはメチル化されていない。
メチル化状態は、場合により「メチル化値」（例えば、メチル化頻度、割合、比、パーセントなどを表す）によって表され得る、または示され得る。メチル化値は、例えば、メチル化依存性制限酵素を用いた制限消化後に存在する無傷の核酸量を定量することによって、または亜硫酸水素塩反応後の増幅プロファイルを比較することによって、または亜硫酸水素塩処理及び未処理核酸の配列を比較することによって生成され得る。したがって、値、例えば、メチル化値はメチル化状態を表し、したがって、遺伝子座の複数のコピーにわたってメチル化状態の定量的指標として使用され得る。これは、試料中の配列のメチル化状態を閾値または参照値と比較することが望ましい場合の、特定の用途のものである。
本明細書で使用される場合、「メチル化頻度」または「メチル化パーセント（％）」は、分子または遺伝子座がメチル化されていない事例の数と比較して、分子または遺伝子座がメチル化されている事例の数を指す。
そのようなものとして、メチル化状態は、核酸（例えば、ゲノム配列）のメチル化状態について記載する。さらに、メチル化状態は、メチル化に関連する特定のゲノム遺伝子座における核酸セグメントの特徴を指す。そのような特徴としては、このＤＮＡ配列内のシトシン（Ｃ）残基のいずれかがメチル化されるかどうか、メチル化Ｃ残基（複数可）の位置、核酸のいずれかの特定領域全体にわたるメチル化Ｃの頻度またはパーセンテージ、及び例えば、アレル起源の差に起因するメチル化のアレル差が挙げられるが、これらに限定されない。「メチル化状態（ｓｔａｔｅ）」、「メチル化プロファイル」、及び「メチル化状態（ｓｔａｔｕｓ）」という用語はまた、生体試料中における核酸のいずれかの特定領域全体にわたるメチル化Ｃまたは非メチル化Ｃの相対濃度、絶対濃度、またはパターンを指す。例えば、核酸配列内のシトシン（Ｃ）残基（複数可）がメチル化されている場合、それは「高メチル化」または「メチル化の増加」を有すると称される場合があるのに対して、ＤＮＡ配列内のシトシン（Ｃ）残基（複数可）がメチル化されていない場合、それは「低メチル化」または「メチル化の低下」を有すると称される場合がある。同様に、核酸配列内のシトシン（Ｃ）残基（複数可）が、別の核酸配列（例えば、異なる領域の、または異なる個体などの）と比較した場合にメチル化されている場合、その配列は、他方の核酸配列と比較して高メチル化またはメチル化の増加を有すると見なされる。あるいは、ＤＮＡ配列内のシトシン（Ｃ）残基（複数可）が、別の核酸配列（例えば、異なる領域の、または異なる個体などの）と比較した場合にメチル化されていない場合、その配列は、他方の核酸配列と比較して低メチル化またはメチル化の低下を有すると見なされる。さらに、「メチル化パターン」という用語は、本明細書で使用される場合、核酸の領域にわたるメチル化及び非メチル化ヌクレオチドの集合部位を指す。２つの核酸は、同じまたは類似したメチル化頻度またはメチル化パーセントを有する場合があるが、メチル化及び非メチル化ヌクレオチドの数が、領域全体にわたって同じまたは類似しているが、メチル化及び非メチル化ヌクレオチドの位置が異なる場合、異なるメチル化パターンを有する場合がある。配列は、それらがメチル化の程度（例えば、一方が他方と比較してメチル化の増加または低下を有する）、頻度、またはパターンが異なる場合、「可変メチル化」と、または「メチル化の差」を有すると、または「異なるメチル化状態」を有すると言われる。「可変メチル化」という用語は、がん陰性試料中における核酸メチル化のレベルまたはパターンと比較した場合、がん陽性試料中における核酸メチル化のレベルまたはパターンの差を指す。それはまた、手術後にがんが再発した患者と再発していない患者との間のレベルまたはパターンの差を指す場合もある。可変メチル化及びＤＮＡメチル化の特定レベルまたはパターンは、例えば、正確なカットオフまたは予測特性が定義されると、予後及び予測バイオマーカーとなる。
メチル化状態頻度は、個体集団または単一の個体に由来する試料について記載するために使用され得る。例えば、５０％のメチル化状態頻度を有するヌクレオチド遺伝子座は、５０％の事例においてメチル化されていて、５０％の事例においてメチル化されていない。そのような頻度は、例えば、ヌクレオチド遺伝子座または核酸領域が、個体集団または核酸集合体中でメチル化される程度について記載するために使用され得る。したがって、核酸分子の第１集団またはプール中のメチル化が、核酸分子の第２集団またはプール中のメチル化とは異なる場合、第１集団またはプールのメチル化状態頻度は、第２集団またはプールのメチル化状態頻度とは異なることになる。そのような頻度はまた、例えば、ヌクレオチド遺伝子座または核酸領域が、単一個体中でメチル化される程度について記載するために使用され得る。例えば、そのような頻度は、組織試料からの細胞群が、ヌクレオチド遺伝子座または核酸領域でメチル化されている、またはメチル化されていない程度について記載するために使用され得る。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオチド遺伝子座」は、核酸分子中のヌクレオチドの位置を指す。メチル化ヌクレオチドのヌクレオチド遺伝子座は、核酸分子中のメチル化ヌクレオチドの位置を指す。
典型的に、ヒトＤＮＡのメチル化は、シトシンがグアニンの５’側に位置している、隣接するグアニン及びシトシンを含むジヌクレオチド配列（ＣｐＧジヌクレオチド配列とも称される）上で生じる。ＣｐＧジヌクレオチド内のシトシンの多くは、ヒトゲノム中でメチル化されるが、いくつかは、ＣｐＧアイランドとして知られている、特定のＣｐＧジヌクレオチドリッチゲノム領域中でメチル化されないままである（例えば、Ａｎｔｅｑｕｅｒａ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｃｅｌｌ ６２：５０３－５１４を参照のこと）。
本明細書で使用される場合、「ＣｐＧアイランド」は、全ゲノムＤＮＡと比較してＣｐＧジヌクレオチドの増加した数を含有するゲノムＤＮＡのＧ：Ｃリッチ領域を指す。ＣｐＧアイランドは、少なくとも１００、２００、またはそれを超える塩基対長であり得、その場合に領域のＧ：Ｃ含量は少なくとも５０％であり、予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度の比は０．６であり、いくつかの場合では、ＣｐＧアイランドは、少なくとも５００塩基対長であり得、その場合に領域のＧ：Ｃ含量は少なくとも５５％であり、予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度の比は０．６５である。予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度は、Ｇａｒｄｉｎｅｒ－Ｇａｒｄｅｎ ｅｔ ａｌ（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：２６１－２８１で提供される方法によって算出され得る。例えば、予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度は、式Ｒ＝（Ａ×Ｂ）／（Ｃ×Ｄ）によって算出され得、式中、Ｒは、予測頻度に対する観測ＣｐＧ頻度の比であり、Ａは、分析された配列中のＣｐＧジヌクレオチド数であり、Ｂは、分析された配列中のヌクレオチドの総数であり、Ｃは、分析された配列中のＣヌクレオチドの総数であり、Ｄは、分析された配列中のＧヌクレオチドの総数である。メチル化状態は通常、ＣｐＧアイランド中で、例えば、プロモーター領域で決定される。しかし、ヒトゲノム中の他の配列が、ＣｐＡ及びＣｐＴなどのＤＮＡメチル化の傾向があると理解されることになる（Ｒａｍｓａｈｏｙｅ（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９７：５２３７－５２４２、Ｓａｌｍｏｎ ａｎｄ Ｋａｙｅ（１９７０）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．２０４：３４０－３５１、Ｇｒａｆｓｔｒｏｍ（１９８５）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１３：２８２７－２８４２、Ｎｙｃｅ（１９８６）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１４：４３５３－４３６７、Ｗｏｏｄｃｏｃｋ（１９８７）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１４５：８８８－８９４を参照のこと）。
本明細書で使用される場合、「メチル化特異的試薬」は、核酸分子のメチル化状態に応じて核酸分子のヌクレオチドを修飾する試薬を指す、またはメチル化特異的試薬は、核酸分子のメチル化状態を反映する手法で核酸分子のヌクレオチド配列を変化させ得る化合物もしくは組成物もしくは他の薬剤を指す。核酸分子をそのような試薬で処理する方法は、核酸分子を試薬と接触させ、所望であれば、追加ステップと組み合わせて、ヌクレオチド配列の所望の変化を達成することを含み得る。そのような方法は、非メチル化ヌクレオチド（例えば、各非メチル化シトシン）が、異なるヌクレオチドに修飾される手法で適用され得る。例えば、いくつかの実施形態では、そのような試薬は、デオキシウラシル残基を生成するために非メチル化シトシンヌクレオチドを脱アミノ化し得る。そのような試薬の例としては、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬が挙げられるが、これらに限定されない。
メチル化特異的試薬による核酸ヌクレオチド配列の変化はまた、各メチル化ヌクレオチドが異なるヌクレオチドに修飾される核酸分子をもたらし得る。
「メチル化アッセイ」という用語は、核酸の配列内における１つ以上のＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状態を決定するための任意のアッセイを指す。
「ＭＳ ＡＰ－ＰＣＲ」（メチル化感受性任意プライムポリメラーゼ連鎖反応）という用語は、ＣＧリッチプライマーを使用してゲノムの全体走査を可能にし、ＣｐＧジヌクレオチドを含有する可能性が最も高い領域に集中する、当該技術分野において認識されている技術を指し、Ｇｏｎｚａｌｇｏ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５７：５９４－５９９に記載されている。
「ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）」という用語は、Ｅａｄｓ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０２－２３０６によって記載されている、当該技術分野において認識されている蛍光に基づくリアルタイムＰＣＲ技術を指す。
「ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）」という用語はアッセイを指し、増幅プライマー間のＣｐＧ位置を網羅する、または増幅プライマーによって網羅されるメチル化特異的ブロッキングプローブ（本明細書ではブロッカーとも称される）が、核酸試料のメチル化特異的選択的増幅を可能にする。
「ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）」アッセイという用語は、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイを指し、これはＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイの多様性であり、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイが、増幅プライマー間のＣｐＧ位置を網羅するメチル化特異的ブロッキングプローブと組み合わされる。
「Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ」（メチル化感受性単一ヌクレオチドプライマー伸長）という用語は、Ｇｏｎｚａｌｇｏ＆Ｊｏｎｅｓ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５２９－２５３１によって記載されている当該技術分野において認識されているアッセイを指す。
「ＭＳＰ」（メチル化特異的ＰＣＲ）という用語は、Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：９８２１－９８２６によって、及び米国特許第５，７８６，１４６号によって記載されている当該技術分野において認識されているメチル化アッセイを指す。
「ＣＯＢＲＡ」（複合亜硫酸水素塩制限分析）という用語は、Ｘｉｏｎｇ＆Ｌａｉｒｄ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－２５３４によって記載されている当該技術分野において認識されているメチル化アッセイを指す。
「ＭＣＡ」（メチル化ＣｐＧアイランド増幅）という用語は、Ｔｏｙｏｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０７－１２によって、及びＷＯ００／２６４０１Ａ１に記載されているメチル化アッセイを指す。
本明細書で使用される場合、「選択されたヌクレオチド」は、核酸分子中に通常存在する４つのヌクレオチド（ＤＮＡではＣ、Ｇ、Ｔ、及びＡならびにＲＮＡではＣ、Ｇ、Ｕ、及びＡ）のうち１つのヌクレオチドを指し、通常存在するヌクレオチドのメチル化誘導体を含み得る（例えば、Ｃが選択されたヌクレオチドである場合、メチル化Ｃ及び非メチル化Ｃの両方が選択されたヌクレオチドの意味に含まれる）のに対して、選択されたメチル化ヌクレオチドは、具体的には通常存在するメチル化ヌクレオチドを指し、選択された非メチル化ヌクレオチドは、具体的には通常存在する非メチル化ヌクレオチドを指す。
「メチル化特異的制限酵素」という用語は、その認識部位のメチル化状態に依存する核酸を選択的に消化する制限酵素を指す。認識部位がメチル化されていない、またはヘミメチル化されている場合に特異的に切断する制限酵素（メチル化感受性酵素）の場合、認識部位が、一方または両方の鎖上でメチル化される場合に切断は行われないことになる（または著しく低下した効率で行われることになる）。認識部位がメチル化されている場合に限り、特異的に切断する制限酵素（メチル化依存性酵素）の場合、認識部位がメチル化されない場合に切断は行われないことになる（または著しく低下した効率で行われることになる）。メチル化特異的制限酵素が好ましく、その認識配列は、ＣＧジヌクレオチドを含有する（例えば、ＣＧＣＧまたはＣＣＣＧＧＧなどの認識配列）。いくつかの実施形態にさらに好ましいのは、このジヌクレオチド中のシトシンが炭素原子Ｃ５でメチル化される場合には切断しない制限酵素である。
本明細書で使用される場合、「異なるヌクレオチド」は、選択されたヌクレオチドとは化学的に異なるヌクレオチドを指し、結果として通常は、異なるヌクレオチドが、選択されたヌクレオチドとは異なるワトソン・クリック塩基対合特性を有し、それによって、選択されたヌクレオチドに相補的な通常存在するヌクレオチドは、異なるヌクレオチドに相補的な通常存在するヌクレオチドと同じではない。例えば、Ｃが選択されたヌクレオチドである場合、ＵまたはＴは異なるヌクレオチドであり得、これはＣのＧに対する相補性及びＵまたはＴのＡに対する相補性によって例示される。本明細書で使用される場合、選択されたヌクレオチドに相補的な、または異なるヌクレオチドに相補的なヌクレオチドは、高ストリンジェンシー条件下で、４つの通常存在するヌクレオチドのうち３つとの相補的ヌクレオチドの塩基対合よりも、高い親和性で選択されたヌクレオチドまたは異なるヌクレオチドと塩基対合するヌクレオチドを指す。相補性の一例は、ＤＮＡ（例えば、Ａ－Ｔ及びＣ－Ｇ）ならびにＲＮＡ（例えば、Ａ－Ｕ及びＣ－Ｇ）のワトソン・クリック塩基対合である。したがって、例えば、Ｇは、高ストリンジェンシー条件下で、ＧがＧ、Ａ、またはＴと塩基対合するよりも、より高い親和性でＣと塩基対合するため、Ｃが選択されたヌクレオチドである場合、Ｇは、選択されたヌクレオチドに相補的なヌクレオチドである。
本明細書で使用される場合、所与のマーカー（または共に使用されるマーカーのセット）の「感度」は、腫瘍性試料と非腫瘍性試料とを区別する閾値を超えるＤＮＡメチル化値を報告する試料のパーセンテージを指す。いくつかの実施形態では、陽性は、閾値（例えば、疾患と関連する範囲）を超えるＤＮＡメチル化値を報告する組織学的に確認された新生物として定義され、偽陰性は、閾値（例えば、疾患と関連しない範囲）未満のＤＮＡメチル化値を報告する組織学的に確認された新生物として定義される。したがって、感度の値は、既知の患部試料から得られた所与のマーカーのＤＮＡメチル化測定値が、疾患関連測定値の範囲内にあることになる確率を反映する。本明細書で定義されるように、算出された感度値の臨床的関連性は、所与のマーカーが臨床状態を有する対象に適用される場合、その臨床状態の存在を検出することになる確率の推定を表す。
本明細書で使用される場合、所与のマーカー（または共に使用されるマーカーのセット）の「特異性」は、腫瘍性試料と非腫瘍性試料とを区別する閾値未満のＤＮＡメチル化値を報告する非腫瘍性試料のパーセンテージを指す。いくつかの実施形態では、陰性は、閾値（例えば、疾患と関連しない範囲）未満のＤＮＡメチル化値を報告する組織学的に確認された非腫瘍性試料として定義され、偽陽性は、閾値（例えば、疾患と関連する範囲）を超えるＤＮＡメチル化値を報告する組織学的に確認された非腫瘍性試料として定義される。したがって、特異性の値は、既知の非腫瘍性試料から得られた所与のマーカーのＤＮＡメチル化測定値が、非疾患関連測定値の範囲内にあることになる確率を反映する。本明細書で定義されるように、算出された特異性値の臨床的関連性は、所与のマーカーが臨床状態を有しない患者に適用される場合、その臨床状態の欠如を検出することになる確率の推定を表す。
「ＡＵＣ」という用語は、本明細書で使用される場合、「曲線下面積」の略語である。特に、ＡＵＣは、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線下面積を指す。ＲＯＣ曲線は、診断試験の異なる可能なカットポイントの、偽陽性率に対する真陽性率のプロットである。ＲＯＣ曲線は、選択されたカットポイントに依存する感度と特異性との間のトレードオフを示す（いずれの感度の上昇も、特異性の低下を伴うことになる）。ＲＯＣ曲線下面積（ＡＵＣ）は、診断試験の精度の指標である（より大きい領域であるほどより良好であり、最高は１、ランダム試験は０．５の面積を有する対角線上に位置するＲＯＣ曲線を有することになる、参照：Ｊ．Ｐ．Ｅｇａｎ．（１９７５）Ｓｉｇｎａｌ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄ ＲＯＣ Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）。
「新生物」という用語は、本明細書で使用される場合、組織のあらゆる新規の異常成長を指す。したがって、新生物は、前悪性新生物または悪性新生物であり得る。
「新生物特異的マーカー」という用語は、本明細書で使用される場合、新生物の存在を示すために使用され得る任意の生体材料または要素を指す。生体材料の例としては、核酸、ポリペプチド、炭水化物、脂肪酸、細胞成分（例えば、細胞膜及びミトコンドリア）、ならびに全細胞が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの場合では、マーカーは、特定の核酸領域（例えば、遺伝子、遺伝子内領域、特定の遺伝子座など）である。マーカーである核酸の領域は、例えば、「マーカー遺伝子」、「マーカー領域」、「マーカー配列」、「マーカー遺伝子座」などと称されてよい。
本明細書で使用される場合、「腺腫」という用語は、腺起源の良性腫瘍を指す。これらの増殖は良性であるが、経時的にそれらは進行して悪性となる可能性がある。
「前がん性」または「前腫瘍性」という用語及びそれらの同義語は、悪性形質転換を受けているいずれかの細胞増殖性障害を指す。
新生物、腺腫、がんなどの「部位」は、新生物、腺腫、がんなどが位置している対象の身体中における組織、器官、細胞型、解剖学的領域、身体部位などである。
本明細書で使用される場合、「診断」試験の適用は、対象の疾患状態（ｓｔａｔｅ）または状態（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）の検出または同定を含み、対象が所与の疾患または状態に罹患することになる可能性を決定すること、疾患または状態を有する対象が療法に応答することになる可能性を決定すること、疾患または状態を有する対象の予後（またはその進行もしくは退行の可能性）を決定すること、及び疾患または状態を有する対象に対する処置の効果を決定することを含む。例えば、診断は、新生物に罹患する対象の存在もしくは可能性またはそのような対象が化合物（例えば、医薬、例えば、薬物）もしくは他の処置に有利に応答することになる可能性を検出するために使用され得る。
「単離された」という用語は、「単離されたオリゴヌクレオチド」と同様に、核酸に関して使用される場合、その天然源中において通常関連する少なくとも１つの混入核酸から同定かつ分離される核酸配列を指す。単離された核酸は、それが天然に見られるものとは異なる形態または状況で存在する。対照的に、ＤＮＡ及びＲＮＡなどの単離されていない核酸は、それらが天然に存在する状態で見られる。単離されていない核酸の例としては、隣接する遺伝子に近接している宿主細胞染色体上で見られる所与のＤＮＡ配列（例えば、遺伝子）、ＲＮＡ配列、例えば、複数のタンパク質をコードする多数の他のｍＲＮＡを含む混合物として細胞中に見られる、特定のタンパク質をコードする特定のｍＲＮＡ配列などが挙げられる。しかしながら、特定のタンパク質をコードする単離された核酸としては、例として、タンパク質を通常発現する細胞中のそのような核酸が挙げられ、核酸は、天然細胞のそれとは異なる染色体位置に存在するか、またはさもなければ、天然に見られるものとは異なる核酸配列に隣接している。単離された核酸またはオリゴヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖形態で存在してよい。単離された核酸またはオリゴヌクレオチドが、タンパク質を発現するために利用される場合、オリゴヌクレオチドは、最低でもセンス鎖またはコード鎖を含有する（すなわち、オリゴヌクレオチドは一本鎖であってよい）ことになるが、センス鎖及びアンチセンス鎖の両方を含有してもよい（すなわち、オリゴヌクレオチドは二本鎖であってよい）。単離された核酸は、その天然の、または典型的な環境からの単離後、他の核酸または分子と組み合わされてよい。例えば、単離された核酸は、例えば、異種発現のためにそれが置かれている宿主細胞中に存在する場合がある。
「精製された」という用語は、分子などの天然環境から除去された、単離された、または分離された分子、すなわち、核酸またはアミノ酸配列のいずれかを指す。したがって、「単離された核酸配列」は、精製された核酸配列であってよい。「実質的に精製された」分子は、それらが天然に関連している他の成分を少なくとも６０％含まない、好ましくは少なくとも７５％含まない、より好ましくは少なくとも９０％含まない。本明細書で使用される場合、「精製された」または「精製する」という用語はまた、試料からの混入物の除去も指す。混入しているタンパク質の除去によって、試料中における目的のポリペプチドまたは核酸のパーセントが高くなる。別の例では、組換えポリペプチドが植物、細菌、酵母、または哺乳動物宿主細胞中で発現され、ポリペプチドが、宿主細胞タンパク質の除去によって精製され、それによって組換えポリペプチドのパーセントが試料中で上昇する。
所与のポリヌクレオチド配列またはポリペプチド「を含む組成物」という用語は、所与のポリヌクレオチド配列またはポリペプチドを含有するいずれかの組成物を広く指す。組成物は、塩（例えば、ＮａＣｌ）、界面活性剤（例えば、ＳＤＳ）、及び他の成分（例えば、デンハルト液、粉乳、サケ精子ＤＮＡなど）を含有する水溶液を含んでよい。
「試料」という用語は、その最も広義に使用される。ある意味では、それは動物細胞または組織を指し得る。別の意味では、それは、いずれかの供給源から得られた検体または培養物に加えて、生体試料及び環境試料を指す。生体試料は、植物または動物（ヒトを含む）から得られてよく、流体、固体、組織、及び気体を包含する。環境試料は、環境物質、例えば、表面物質、土壌、水、及び工業用試料などを含む。これらの例は、本発明に適用可能な試料の種類を限定すると解釈されるべきではない。
本明細書で使用される場合、「遠隔試料」は、いくつかの文脈で使用される場合、細胞、組織、または器官の試料供給源ではない部位から間接的に収集される試料を指す。例えば、膵臓に由来する試料物質が、糞便試料（例えば、乳房から直接採取された試料に由来しない）中で評価される場合、試料は遠隔試料である。
本明細書で使用される場合、「患者」または「対象」という用語は、技術によって提供される様々な試験を受ける生物を指す。「対象」という用語は、動物、好ましくはヒトを含む哺乳動物を含む。好ましい実施形態では、対象は霊長類である。より一層好ましい実施形態では、対象はヒトである。さらに診断方法に関して、好ましい対象は、脊椎動物対象である。好ましい脊椎動物は温血動物であり、好ましい温血脊椎動物は、哺乳動物である。好ましい哺乳動物は、最も好ましくはヒトである。本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、ヒト及び動物対象の両方を含む。したがって、獣医学的な治療的使用が本明細書で提供される。そのようなものとして、本技術によって、哺乳動物、例えば、ヒトに加えてアムールトラなどの絶滅の危機に瀕しているために重要なそれらの哺乳動物、ヒトによる消費のために農場で飼育されている動物などの経済的に重要なそれらの哺乳動物、及び／またはペットとして、もしくは動物園で飼育されている動物などのヒトにとって社会的に重要な動物などの診断が可能になる。そのような動物の例としては、ネコ及びイヌなどの肉食動物、ブタ（ｐｉｇ）、雄ブタ、及びイノシシを含むブタ（ｓｗｉｎｅ）、反芻動物及び／または有蹄動物、例えば、ウシ、雄ウシ、ヒツジ、キリン、シカ、ヤギ、バイソン、及びラクダなど、鰭脚類、ならびにウマが挙げられるが、これらに限定されない。したがって、さらに提供されるのは、家畜化されたブタ、反芻動物、有蹄動物、ウマ（競走馬を含む）などを含むが、これらに限定されない家畜の診断及び処置である。本明細書で開示される主題は、対象の肺癌を診断するためのシステムをさらに含む。システムは、例えば、生体試料が収集されている対象中の肺癌リスクについてスクリーニングする、または肺癌を診断するために使用され得る市販のキットとして提供され得る。本技術に従って提供される例示的なシステムは、本明細書に記載されるマーカーのメチル化状態を評価することを含む。
本明細書で使用される場合、「キット」という用語は、材料を送達するための任意の送達システムを指す。反応アッセイとの関連において、そのような送達システムは、ある位置から別の位置への反応試薬（例えば、適切な容器中のオリゴヌクレオチド、酵素など）及び／または支持材料（例えば、緩衝液、アッセイを実施するための書面による説明書など）の保管、輸送、または送達を可能にするシステムを含む。例えば、キットは、関連する反応試薬及び／または支持材料を含有する１つ以上の封入容器（例えば、箱）を含む。本明細書で使用される場合、「細分化キット」という用語は、２つ以上の別個の容器に各々がキットの全構成要素の一部を含有する、その容器を含む送達システムを指す。容器は、一緒にまたは別々に目的のレシピエントに送達されてよい。例えば、第１容器は、アッセイで使用するための酵素を含有してよく、一方で第２容器は、オリゴヌクレオチドを含有する。「細分化キット」という用語は、連邦食品医薬品化粧品法の第５２０条（ｅ）項の下で規制される分析物特異的試薬（ＡＳＲ）を含有するキットを包含することを意図するが、それらに限定されない。事実、２つ以上の別個の容器に各々がキットの全構成要素の一部を含有する、その容器を含む任意の送達システムが、「細分化キット」という用語に含まれる。対照的に、「複合キット」は、反応アッセイの全ての構成要素を単一容器中に（例えば、所望の構成要素の各々を収容する単一の箱中に）含有する送達システムを指す。「キット」という用語は、細分化及び複合キットの両方を含む。
本明細書で使用される場合、「乳癌」という用語は、一般に乳房組織の制御不能な増殖を指し、より具体的には、対象の一方または両方の乳房における異常細胞の異常に速い増殖を特徴とする状態を指す。異常細胞は、多くの場合に悪性または「腫瘍性細胞」と称され、これらは固形腫瘍を形成し得る形質転換細胞である。「腫瘍」という用語は、悪性または良性のいずれであっても、過度または異常な細胞分裂に起因する細胞の異常な塊または集団（すなわち、２個以上の細胞）、ならびに前がん性及びがん性細胞を指す。悪性腫瘍は、制御不能な細胞増殖に加えて、腫瘍が周囲組織に浸潤し得る、かつ転移し得る点で良性の増殖または腫瘍とは区別される。
本明細書で使用される場合、「ＨＥＲ２＋乳癌」という用語は乳癌を指し、がん細胞の少なくとも一部分が、急速な細胞増殖を促進するＨＥＲ２タンパク質（ＨＥＲ２（ヒト上皮成長因子受容体２に由来）またはＨＥＲ２／ｎｅｕ）のレベル上昇を発現する。
本明細書で使用される場合、「ルミナルＡ乳癌」という用語は乳癌を指し、がん細胞の少なくとも一部分が、エストロゲン受容体（ＥＲ）陽性及びプロゲステロン受容体（ＰＲ）陽性であるが、ＨＥＲ２に対しては陰性である。
本明細書で使用される場合、「ルミナルＢ乳癌」という用語は乳癌を指し、がん細胞の少なくとも一部分が、ＥＲ陽性、ＨＥＲ２陽性で、ＰＲに対しては陰性である。
本明細書で使用される場合、「トリプルネガティブ乳癌」という用語は乳癌を指し、がん細胞の少なくとも一部分が、ＥＲ、ＨＥＲ２、及びＰＲに対して陰性である。
本明細書で使用される場合、「ＨＥＲ２＋乳癌」という用語は乳癌を指し、がん細胞の少なくとも一部分が、ＥＲ及びＰＲに対して陰性であるが、ＨＥＲ２に対しては陽性である。
本明細書で使用される場合、「ＢＲＣＡ１乳癌」という用語は乳癌を指し、がん細胞の少なくとも一部分が、ＢＲＣＡ１遺伝子の変異で特徴付けられる、及び／または野生型ＢＲＣＡ１の発現を減少させる。
本明細書で使用される場合、「ＢＲＣＡ２乳癌」という用語は乳癌を指し、がん細胞の少なくとも一部分が、ＢＲＣＡ２遺伝子の変異で特徴付けられる、及び／または野生型ＢＲＣＡ２の発現を減少させる。
本明細書で使用される場合、「非浸潤性乳管癌」（ＤＣＩＳ）という用語は、異常細胞が乳房の乳管内側に見られる非浸潤性がんを指す。「低悪性度」ＤＣＩＳは、核異型度１であるか、または低い分裂速度を有するＤＣＩＳを指す。「高悪性度」ＤＣＩＳは、核異型度３であるか、または高い分裂速度を有するＤＣＩＳを指す。「浸潤性」ＤＣＩＳは、非乳管組織まで転移している乳管癌を指す。
本明細書で使用される場合、「情報」という用語は、事実またはデータの任意の集合を指す。インターネットを含むが、これに限定されないコンピュータシステム（複数可）を使用して保存または処理される情報に関して、用語は、任意の形式（例えば、アナログ、デジタル、光など）で保存される任意のデータを指す。本明細書で使用される場合、「対象に関連する情報」という用語は、対象（例えば、ヒト、植物、または動物）に関する事実またはデータを指す。「ゲノム情報」という用語は、核酸配列、遺伝子、パーセンテージメチル化、アレル頻度、ＲＮＡ発現レベル、タンパク質発現、遺伝型に関連する表現型などを含むが、これらに限定されない、ゲノムに関する情報を指す。「アレル頻度情報」は、アレル識別情報、対象（例えば、ヒト対象）のアレルと特徴の存在間における統計的相関、個体または集団中におけるアレルの存在または欠如、１つ以上の特定の特徴を有する個体中に存在しているアレルのパーセンテージ尤度などを含むが、これらに限定されない、アレル頻度に関する事実またはデータを指す。
様々な実施形態に関するこの詳細説明では、説明のために、多数の特定の詳細が、開示される実施形態の完全な理解を提供するために記載される。しかしながら、当業者は、これらの様々な実施形態が、これらの具体的な詳細の有無にかかわらず実施されてよいと理解することになる。他の場合では、構造及びデバイスは、ブロック図形式で示される。さらに、当業者は、方法が提示かつ実施される特定の順序は例示的なものであると容易に理解することができ、順序は変更され得るが、依然として本明細書に開示される様々な実施形態の趣旨及び範囲内のままであることが考慮される。
本明細書で提供されるのは、乳癌スクリーニングに関する技術であり、特に、乳癌及び／または特定の乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）の存在を検出するための方法、組成物、及び関連用途であるが、これらに限らない。本技術が本明細書に記載されるように、使用される節の見出しは、系統立てる目的のためだけのものであり、いかなる方法でも主題を限定すると解釈されるべきではない。
事実、実施例Ｉ、ＩＩ及びＩＩＩに記載されるように、本発明についての実施形態を同定する過程中に実施された実験は、非腫瘍性対照ＤＮＡと乳房由来のＤＮＡのがんを区別するために３７５個の可変メチル化領域（ＤＭＲ）の新規セットを同定した。これらの３７５個の新規ＤＮＡメチル化マーカーから、さらなる実験によって、異なる乳癌型と正常な乳房組織とを区別できるマーカーが同定された。例えば、ＤＭＲの別個のセットが同定され、これらは、１）トリプルネガティブ乳癌組織と正常な乳房組織とを、２）ＨＥＲ２＋乳癌組織と正常な乳房組織とを、３）ルミナルＡ乳癌組織と正常な乳房組織とを、４）ルミナルＢ乳癌組織と正常な乳房組織とを、５）ＢＲＣＡ１乳癌組織と正常な乳房組織とを、６）ＢＲＣＡ２乳癌組織と正常な乳房組織とを、及び７）浸潤性乳癌組織と正常な乳房組織とを区別できる。加えて、ＤＭＲが同定され、これらは、非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別できる。加えて、ＤＭＲが同定され、これらは、乳癌を有する対象の血漿と乳癌を有しない対象の血漿とを区別できる。
本明細書における開示は、ある特定の例示された実施形態を指すが、これらの実施形態は例として提示されていて、限定のためではないと理解されるべきである。
特定の態様では、本技術は、乳癌などのがんを同定する、決定する、及び／または分類するための組成物及び方法を提供する。方法は、対象から単離された生体試料（例えば、糞便試料、乳房組織試料、血漿試料）中における少なくとも１個のメチル化マーカーのメチル化状態を決定することを含み、マーカーのメチル化状態の変化は、乳癌の存在、分類、または部位を示している。特定の実施形態は、乳癌及び様々な乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）の診断（例えば、スクリーニング）に使用される可変メチル化領域（ＤＭＲ、例えば、ＤＭＲ１～３７５、表２及び表１８を参照のこと）を含むマーカーに関する。
本明細書で提供され、かつ表２及び表１８に列挙されるＤＭＲ（例えば、ＤＭＲ、例えば、ＤＭＲ１～３７５）を含む少なくとも１個のマーカー、マーカーの領域、またはマーカーの塩基のメチル化分析が分析される実施形態に加えて、技術は、がん、特に乳癌の検出に有用なＤＭＲを含む少なくとも１個のマーカー、マーカーの領域、またはマーカーの塩基を含むマーカーのパネルも提供する。
技術のいくつかの実施形態は、ＤＭＲを含む少なくとも１個のマーカー、マーカーの領域、またはマーカーの塩基のＣｐＧメチル化状態に関する分析に基づいている。
いくつかの実施形態では、本技術は、１つ以上のメチル化アッセイと組み合わせたメチル化特異的手法でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）の使用を可能にし、ＤＭＲ（例えば、ＤＭＲ１～３７５、表２及び表１８を参照のこと）を含む少なくとも１個のマーカー内におけるＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状態を決定する。ゲノムＣｐＧジヌクレオチドはメチル化され得る、またはメチル化され得ない（あるいは、それぞれ上下メチル化として知られている）。しかしながら、本発明の方法は、遠隔試料（例えば、血液、器官排出液、または糞便）のバックグラウンド内における、不均一な性質、例えば、低濃度の腫瘍細胞の生体試料、またはそれらからの生体物質に関する分析に好適である。したがって、そのような試料内におけるＣｐＧ位置のメチル化状態を分析する場合、特定のＣｐＧ位置におけるメチル化のレベル（例えば、パーセント、割合、比、比率、または程度）を決定するための定量アッセイを使用してよい。
本技術によれば、ＤＭＲを含むマーカー中におけるＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状態の決定は、乳癌などのがんの診断及び特徴付けの両方に有用である。
マーカーの組合せ
いくつかの実施形態では、技術は、表２及び表１８からのＤＭＲ（例えば、ＤＭＲ番号１～３７５）を含むマーカーの組合せのメチル化状態を評価することに関する。いくつかの実施形態では、２個以上のマーカーのメチル化状態を評価することによって、対象の新生物（例えば、乳癌）を同定するためのスクリーニングまたは診断の特異性及び／または感度が向上する。
様々ながんは、例えば、予測の特異性及び感度に関連する統計的技法によって同定されるように、マーカーの様々な組合せによって予測される。本技術は、いくつかのがんに関する予測組合せ及び検証された予測組合せを同定する方法を提供する。
メチル化状態をアッセイする方法
ある特定の実施形態では、５－メチルシトシンの存在について核酸を分析する方法は、メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾する試薬を用いたＤＮＡの処理を含む。そのような試薬の例としては、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬が挙げられるが、これらに限定されない。
５－メチルシトシンの存在について核酸を分析する、頻繁に使用される方法は、ＤＮＡ中の５ーメチルシトシン（Ｆｒｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１８２７－３１、その全体があらゆる目的のために参照によって本明細書に明示的に組み込まれる）またはそれらの多様性の検出について、Ｆｒｏｍｍｅｒ，ｅｔ ａｌ．によって記載されている亜硫酸水素塩法に基づいている。５－メチルシトシンをマッピングする亜硫酸水素塩法は、シトシンが、５－メチルシトシンではなく、亜硫酸水素塩（ｈｙｄｒｏｇｅｎ ｓｕｌｆｉｔｅ）イオン（亜硫酸水素塩（ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ）としても知られる）と反応する観測に基づいている。反応は通常、以下のステップにより実施される：最初に、シトシンが亜硫酸水素塩と反応し、スルホン化シトシンを形成する。次に、スルホン化反応中間体の自発的脱アミノ化が、スルホン化ウラシルをもたらす。最後に、スルホン化ウラシルは、アルカリ条件下で脱スルホン化され、ウラシルを形成する。ウラシルがアデニンと塩基対合する（したがって、チミンのように挙動する）のに対して、５－メチルシトシンはグアニンと塩基対合する（したがって、シトシンのように挙動する）ため、検出が可能である。これにより、例えば、可能な亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシング（Ｇｒｉｇｇ Ｇ，＆Ｃｌａｒｋ Ｓ，Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ（１９９４）１６：４３１－３６、Ｇｒｉｇｇ Ｇ，ＤＮＡ Ｓｅｑ．（１９９６）６：１８９－９８）、例えば、米国特許第５，７８６，１４６号に開示されるようなメチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、または配列特異的プローブ切断を含むアッセイ、例えば、ＱｕＡＲＴＳフラップエンドヌクレアーゼアッセイ（例えば、Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ．（２０１０）“Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ ｍａｒｋｅｒｓ ｗｉｔｈ ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ”Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ ５６：Ａ１９９、ならびに米国特許第８，３６１，７２０号、同第８，７１５，９３７号、同第８，９１６，３４４号、及び同第９，２１２，３９２号を参照のこと）を使用することによって、メチル化シトシンと非メチル化シトシンとの区別を行う。
いくつかの従来の技術は、分析されるＤＮＡをアガロースマトリックス中に入れ、それによってＤＮＡの拡散及び復元を防止し（亜硫酸水素塩は、一本鎖ＤＮＡのみと反応する）、迅速な透析で沈殿及び精製ステップに取って代わることを含む方法に関する（Ｏｌｅｋ Ａ，ｅｔ ａｌ．（１９９６）“Ａ ｍｏｄｉｆｉｅｄ ａｎｄ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ ｂａｓｅｄ ｃｙｔｏｓｉｎｅ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：５０６４－６）。したがって、メチル化状態の個々の細胞を分析し、方法の有用性及び感度を示すことが可能である。５－メチルシトシンを検出する従来の方法の概要は、Ｒｅｉｎ，Ｔ．，ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２６：２２５５によって提供される。
亜硫酸水素塩技術は通常、亜硫酸水素塩処理後に既知核酸の短い特定の断片を増幅し、次いでシーケンシング（Ｏｌｅｋ＆Ｗａｌｔｅｒ（１９９７）Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．１７：２７５－６）またはプライマー伸長反応（Ｇｏｎｚａｌｇｏ＆Ｊｏｎｅｓ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５２９－３１、ＷＯ９５／００６６９、米国特許第６，２５１，５９４号）のいずれかによって産物をアッセイし、個々のシトシン位置を分析することを含む。いくつかの方法は、酵素消化を使用する（Ｘｉｏｎｇ＆Ｌａｉｒｄ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－４）。ハイブリダイゼーションによる検出はまた、当該技術分野において記載されている（Ｏｌｅｋ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ９９／２８４９８）。さらに、個々の遺伝子に関してメチル化検出のための亜硫酸水素塩技術の使用が記載されている（Ｇｒｉｇｇ＆Ｃｌａｒｋ（１９９４）Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ １６：４３１－６，、Ｚｅｓｃｈｎｉｇｋ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．６：３８７－９５、Ｆｅｉｌ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２２：６９５、Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｇｅｎｅ １５７：２６１－４、ＷＯ９７４６７０５、ＷＯ９５１５３７３）。
様々なメチル化アッセイ手順が、本技術による亜硫酸水素塩処理と併用して使用され得る。これらのアッセイは、核酸配列内における１つまたは複数のＣｐＧジヌクレオチド（例えば、ＣｐＧアイランド）のメチル化状態の決定を可能にする。そのようなアッセイは、他の技術の中でも、亜硫酸水素塩処理核酸のシーケンシング、ＰＣＲ（配列特異的増幅について）、サザンブロット分析、及びメチル化特異的制限酵素、例えば、メチル化感受性またはメチル化依存性酵素の使用を含む。
例えば、ゲノムシーケンシングは、亜硫酸水素塩処理を使用することによって、メチル化パターン及び５－メチルシトシン分布の分析のために簡略化されている（Ｆｒｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１８２７－１８３１）。さらに、亜硫酸水素塩変換ＤＮＡから増幅されたＰＣＲ産物の制限酵素消化は、例えば、Ｓａｄｒｉ＆Ｈｏｒｎｓｂｙ（１９９７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：５０５８－５０５９によって記載されるような、またはＣＯＢＲＡ（複合亜硫酸水素塩制限分析）（Ｘｉｏｎｇ＆Ｌａｉｒｄ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－２５３４）として知られる方法で具現化されるような、メチル化状態の評価に用途を見出す。
ＣＯＢＲＡ（商標）分析は、少量のゲノムＤＮＡ中における特定の遺伝子座でのＤＮＡメチル化レベルを決定するのに有用な定量メチル化アッセイである（Ｘｉｏｎｇ＆Ｌａｉｒｄ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－２５３４，１９９７）。簡潔に述べると、制限酵素消化は、亜硫酸水素ナトリウム処理ＤＮＡのＰＣＲ産物中におけるメチル化依存性配列差を明らかにするために使用される。メチル化依存性配列差は、Ｆｒｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１８２７－１８３１，１９９２）によって記載される手順に従って、標準的な亜硫酸水素塩処理により最初にゲノムＤＮＡ中に導入される。次いで、亜硫酸水素塩変換ＤＮＡのＰＣＲ増幅は、目的のＣｐＧアイランドに特異的なプライマーを使用して実施され、続いて制限エンドヌクレアーゼ消化、ゲル電気泳動、及び特異的標識ハイブリダイゼーションプローブを使用した検出を行う。元のＤＮＡ試料中におけるメチル化レベルは、ＤＮＡメチル化レベルの広範囲にわたる直線的な定量手法で、消化された及び消化されていないＰＣＲ産物の相対量によって表される。加えて、この技術は、顕微解剖パラフィン包埋組織試料から得られたＤＮＡに確実に適用され得る。
ＣＯＢＲＡ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＣＯＢＲＡ（商標）に基づくキットで見られる場合があるような）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、ＤＭＲ、遺伝子の領域、マーカーの領域、亜硫酸水素塩処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー、制限酵素及び適切な緩衝液、遺伝子ハイブリダイゼーションオリゴヌクレオチド、対照ハイブリダイゼーションオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドプローブのためのキナーゼ標識キット、及び標識ヌクレオチドを挙げてよいが、これらに限定されない。さらに、亜硫酸水素塩変換試薬としては、ＤＮＡ変性緩衝液、スルホン化緩衝液、ＤＮＡ回収試薬またはキット（例えば、沈殿、限外濾過、アフィニティーカラム）、脱スルホン化緩衝液、及びＤＮＡ回収成分を挙げてもよい。
アッセイ、例えば、「ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）」（蛍光に基づくリアルタイムＰＣＲ技術）（Ｅａｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０２－２３０６，１９９９）、Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）（メチル化感受性単一ヌクレオチドプライマー伸長）反応（Ｇｏｎｚａｌｇｏ＆Ｊｏｎｅｓ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５２９－２５３１，１９９７）、メチル化特異的ＰＣＲ（「ＭＳＰ」、Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：９８２１－９８２６，１９９６、米国特許第５，７８６，１４６号）、及びメチル化ＣｐＧアイランド増幅（「ＭＣＡ」、Ｔｏｙｏｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０７－１２，１９９９）などが、単独でまたはこれらの方法のうち１つ以上と組み合わせて使用される。
「ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）」アッセイ技術は、亜硫酸水素塩処理ＤＮＡのメチル化特異的増幅に基づいてメチル化の差を評価する定量法である。増幅プライマー間のＣｐＧ位置を網羅する、または増幅プライマーによって網羅されるメチル化特異的ブロッキングプローブ（「ブロッカー」）は、核酸試料のメチル化特異的選択的増幅を可能にする。
「ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）」アッセイという用語は、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイを指し、これはＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイの多様性であり、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイが、増幅プライマー間のＣｐＧ位置を網羅するメチル化特異的ブロッキングプローブと組み合わされる。ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）アッセイはまた、メチル化特異的増幅プライマーと組み合わせて使用されてもよい。
ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）に基づくキットで見られる場合があるような）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、亜硫酸水素塩処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランド、または亜硫酸水素塩処理ＤＮＡ配列もしくはＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー、ブロッキングオリゴヌクレオチド、最適化ＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド、ならびにＴａｑポリメラーゼを挙げてよいが、これらに限定されない。
ＭＳＰ（メチル化特異的ＰＣＲ）は、メチル化感受性制限酵素の使用とは無関係に、ＣｐＧアイランド内におけるＣｐＧ部位の実質的にいずれかの基のメチル化状態を評価することを可能にする（Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：９８２１－９８２６，１９９６、米国特許第５，７８６，１４６号）。簡潔に述べると、ＤＮＡは亜硫酸水素ナトリウムによって修飾され、これはメチル化シトシンではなく、非メチル化シトシンをウラシルに変換し、続いて産物が、非メチル化ＤＮＡと対比してメチル化ＤＮＡに特異的なプライマーで増幅される。ＭＳＰで必要となるのは少量のＤＮＡのみであり、所与のＣｐＧアイランド遺伝子座の０．１％のメチル化アレルに対する感度が高く、パラフィン包埋試料から抽出されたＤＮＡ上で実施され得る。ＭＳＰ分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＭＳＰに基づくキットで見られる場合があるような）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、亜硫酸水素塩処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するメチル化及び非メチル化ＰＣＲプライマー、最適化ＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド、ならびに特異的プローブを挙げてよいが、これらに限定されない。
ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイは、ＰＣＲステップ後にさらに操作する必要のない、蛍光に基づくリアルタイムＰＣＲ（例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標））を利用する高スループット定量メチル化アッセイである（Ｅａｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５９：２３０２－２３０６，１９９９）。簡潔に述べると、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）プロセスは、標準的な手順によって亜硫酸水素ナトリウム反応で、メチル化依存性配列差を持つ混合プールに変換されるゲノムＤＮＡの混合試料から始める（亜硫酸水素塩プロセスは、非メチル化シトシン残基をウラシルに変換する）。次いで、蛍光に基づくＰＣＲは、例えば、既知のＣｐＧジヌクレオチドに重なるＰＣＲプライマーを用いて「偏った」反応で実施される。配列の区別は、増幅プロセスのレベル及び蛍光検出プロセスのレベルの両方で行われる。
ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイは、核酸、例えば、ゲノムＤＮＡ試料中におけるメチル化パターンの定量試験として使用され、配列の区別は、プローブハイブリダイゼーションのレベルで行われる。定量版では、ＰＣＲ反応によって、特定の推定メチル化部位に重なる蛍光プローブの存在下でメチル化特異的増幅が可能になる。ＤＮＡ投入量について偏りのない対照は、プライマーもプローブも任意のＣｐＧジヌクレオチドに重なることのない反応によってもたらされる。あるいは、ゲノムメチル化の定性試験は、既知のメチル化部位を網羅しない対照オリゴヌクレオチド（例えば、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）及びＭＳＰ技術の蛍光に基づくバージョン）または有力なメチル化部位を網羅するオリゴヌクレオチドのいずれかを用いて、偏ったＰＣＲプールをプロービングすることによって達成される。
ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）プロセスは、任意の好適なプローブ（例えば「ＴａｑＭａｎ（登録商標）」プローブ、Ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（登録商標）プローブなど）と共に使用される。例えば、いくつかの用途では、二本鎖ゲノムＤＮＡは亜硫酸水素ナトリウムで処理され、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを使用した、例えば、ＭＳＰプライマー及び／またはＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌブロッカーオリゴヌクレオチドならびにＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを用いたＰＣＲ反応の２セットのうち１つに供される。ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブは、蛍光「レポーター」及び「クエンチャー」分子で二重標識され、プローブがフォワードまたはリバースプライマーよりも約１０℃高い温度でＰＣＲサイクル中に融解するように、相対的に高いＧＣ含有領域に特異的となるように設計されている。このことは、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブがＰＣＲアニーリング／伸長ステップ中、十分にハイブリダイズし続けることを可能にする。Ｔａｑポリメラーゼが、ＰＣＲ中に新規鎖を酵素的に合成する場合、最終的にアニーリングしたＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブに達することになる。次いで、Ｔａｑポリメラーゼ５’から３’のエンドヌクレアーゼ活性が、リアルタイム蛍光検出システムを使用して検出時にクエンチされていないシグナルを定量的に検出するために、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを消化して蛍光レポーター分子を放出することによってプローブを置換することになる。
ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）に基づくキットで見られる場合があるような）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、亜硫酸水素塩処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー、ＴａｑＭａｎ（登録商標）またはＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（登録商標）プローブ、最適化ＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド、ならびにＴａｑポリメラーゼを挙げてよいが、これらに限定されない。
ＱＭ（商標）（定量メチル化）アッセイは、ゲノムＤＮＡ試料中におけるメチル化パターンの代替定量試験であり、配列の区別は、プローブハイブリダイゼーションのレベルで行われる。定量版では、ＰＣＲ反応によって、特定の推定メチル化部位に重なる蛍光プローブの存在下で偏りのない増幅が可能になる。ＤＮＡ投入量について偏りのない対照は、プライマーもプローブも任意のＣｐＧジヌクレオチドに重なることのない反応によってもたらされる。あるいは、ゲノムメチル化の定性試験は、既知のメチル化部位を網羅しない対照オリゴヌクレオチド（ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）及びＭＳＰ技術の蛍光に基づくバージョン）または有力なメチル化部位を網羅するオリゴヌクレオチドのいずれかを用いて、偏ったＰＣＲプールをプロービングすることによって達成される。
ＱＭ（商標）プロセスは、増幅プロセス中において任意の好適なプローブ、例えば、「ＴａｑＭａｎ（登録商標）」プローブ、Ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（登録商標）プローブと共に使用され得る。例えば、二本鎖ゲノムＤＮＡは亜硫酸水素ナトリウムで処理され、偏りのないプライマー及びＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブに供される。ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブは、蛍光「レポーター」及び「クエンチャー」分子で二重標識され、プローブがフォワードまたはリバースプライマーよりも約１０℃高い温度でＰＣＲサイクル中に融解するように、相対的に高いＧＣ含有領域に特異的となるように設計されている。このことは、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブがＰＣＲアニーリング／伸長ステップ中、十分にハイブリダイズし続けることを可能にする。Ｔａｑポリメラーゼが、ＰＣＲ中に新規鎖を酵素的に合成する場合、最終的にアニーリングしたＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブに達することになる。次いで、Ｔａｑポリメラーゼ５’から３’のエンドヌクレアーゼ活性が、リアルタイム蛍光検出システムを使用して検出時にクエンチされていないシグナルを定量的に検出するために、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを消化して蛍光レポーター分子を放出することによってプローブを置換することになる。ＱＭ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＱＭ（商標）に基づくキットで見られる場合があるような）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、亜硫酸水素塩処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー、ＴａｑＭａｎ（登録商標）またはＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（登録商標）プローブ、最適化ＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド、ならびにＴａｑポリメラーゼを挙げてよいが、これらに限定されない。
Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）技術は、ＤＮＡの亜硫酸水素塩処理、続く単一ヌクレオチドプライマー伸長に基づき、特定のＣｐＧ部位においてメチル化の差を評価する定量法である（Ｇｏｎｚａｌｇｏ＆Ｊｏｎｅｓ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５２９－２５３１，１９９７）。簡潔に述べると、５－メチルシトシンを変化させないまま、ゲノムＤＮＡを亜硫酸水素ナトリウムと反応させて非メチル化シトシンをウラシルに変換する。次いで、所望の標的配列の増幅は、亜硫酸水素塩変換ＤＮＡに特異的なＰＣＲプライマーを使用して実施され、得られた産物は単離されて、目的のＣｐＧ部位におけるメチル化分析用の鋳型として使用される。少量のＤＮＡが分析され得（例えば、顕微解剖病理切片）、それによってＣｐＧ部位においてメチル化状態を決定するための制限酵素の利用が回避される。
Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）分析のための典型的な試薬（例えば、典型的なＭｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）に基づくキットで見られる場合があるような）としては、特定の遺伝子座（例えば、特定の遺伝子、マーカー、遺伝子の領域、マーカーの領域、亜硫酸水素塩処理ＤＮＡ配列、ＣｐＧアイランドなど）に対するＰＣＲプライマー、最適化ＰＣＲ緩衝液及びデオキシヌクレオチド、ゲル抽出キット、陽性対照プライマー、特定の遺伝子座に対するＭｓ－ＳＮｕＰＥ（商標）プライマー、反応緩衝液（Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ反応に対する）、ならびに標識ヌクレオチドを挙げてよいが、これらに限定されない。さらに、亜硫酸水素塩変換試薬としては、ＤＮＡ変性緩衝液、スルホン化緩衝液、ＤＮＡ回収試薬またはキット（例えば、沈殿、限外濾過、アフィニティーカラム）、脱スルホン化緩衝液、及びＤＮＡ回収成分を挙げてもよい。
減少表現亜硫酸水素塩シーケンシング（ＲＲＢＳ）は、核酸の亜硫酸水素塩処理から始めて、全ての非メチル化シトシンをウラシルに変換し、続いて制限酵素消化（例えば、ＭｓｐｌなどのＣＧ配列を含む部位を認識する酵素による）及びアダプターリガンドへの結合後に断片の完全シーケンシングを行う。制限酵素の選択によって、ＣｐＧ高密度領域の断片が濃縮され、分析中に複数の遺伝子位置にマッピングされる可能性のある冗長配列数が減少する。そのようなものとして、ＲＲＢＳは、シーケンシングのための制限断片サブセットを選択することによって（例えば、調製用ゲル電気泳動を使用したサイズ選択によって）、核酸試料の複雑性を減少させる。全ゲノム亜硫酸水素塩シーケンシングとは対照的に、制限酵素消化によって生成される全ての断片は、少なくとも１つのＣｐＧジヌクレオチドのＤＮＡメチル化情報を含有する。そのようなものとして、ＲＲＢＳは、プロモーター、ＣｐＧアイランド、及びこれらの領域中において頻度の高い制限酵素切断部位を有する他のゲノム形状の試料を濃縮し、それゆえ１つ以上のゲノム遺伝子座のメチル化状態を評価するためのアッセイを提供する。
ＲＲＢＳの典型的なプロトコールは、ＭｓｐＩなどの制限酵素を用いて核酸試料を消化するステップ、オーバーハング及びＡテーリングを挿入するステップ、アダプターを結合させるステップ、亜硫酸水素塩変換ステップ、ならびにＰＣＲステップを含む。例えば、ｅｔ ａｌ．（２００５）“Ｇｅｎｏｍｅ－ｓｃａｌｅ ＤＮＡ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓａｍｐｌｅｓ ａｔ ｓｉｎｇｌｅ－ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ”Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ７：１３３－６、Ｍｅｉｓｓｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００５）“Ｒｅｄｕｃｅｄ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｈｉｇｈ－ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ ＤＮＡ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３３：５８６８－７７を参照のこと。
いくつかの実施形態では、定量アレル特異的リアルタイム標的及びシグナル増幅（ＱｕＡＲＴＳ）アッセイは、メチル化状態を評価するために使用される。各ＱｕＡＲＴＳアッセイ中では３つの反応が連続して生じ、一次反応には増幅（反応１）及び標的プローブ切断（反応２）、ならびに二次反応にはＦＲＥＴ切断及び蛍光シグナル生成（反応３）を含む。標的核酸が特定のプライマーで増幅される場合、フラップ配列を有する特定の検出プローブが、アンプリコンに緩く結合する。標的結合部位における特定の侵入オリゴヌクレオチドの存在は、５’ヌクレアーゼ、例えば、ＦＥＮ－１エンドヌクレアーゼにより、検出プローブとフラップ配列との間を切断することによってフラップ配列を放出させる。フラップ配列は、対応するＦＲＥＴカセットの非ヘアピン部分に相補的である。したがって、フラップ配列は、ＦＲＥＴカセット上で侵入オリゴヌクレオチドとして機能し、ＦＲＥＴカセットフルオロフォアとクエンチャーとの間に切断をもたらし、蛍光シグナルを生成する。切断反応は、標的ごとに複数のプローブを切断し得、それゆえフラップごとに複数のフルオロフォアを放出し、指数関数的シグナル増幅を提供する。ＱｕＡＲＴＳは、異なる色素を有するＦＲＥＴカセットを使用することによって、単一反応ウェル中で複数の標的を検出し得る。例えば、Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ．（２０１０）“Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ ｍａｒｋｅｒｓ ｗｉｔｈ ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ”Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ ５６：Ａ１９９）、ならびに米国特許第８，３６１，７２０号、同第８，７１５，９３７号、同第８，９１６，３４４号、及び同第９，２１２，３９２号中を参照し、その各々があらゆる目的のために参照によって本明細書に組み込まれる。
「亜硫酸水素塩試薬」という用語は、亜硫酸水素塩（ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ）、二亜硫酸塩、亜硫酸水素塩（ｈｙｄｒｏｇｅｎ ｓｕｌｆｉｔｅ）、またはそれらの組合せを含む試薬を指し、本明細書で開示されるように、メチル化ＣｐＧジヌクレオチド配列と非メチル化ＣｐＧジヌクレオチド配列とを区別するのに有用である。処理の方法は、当該技術分野において既知である（例えば、ＰＣＴ／ＥＰ２００４／０１１７１５及びＷＯ２０１３／１１６３７５、その各々全体が参照によって組み込まれる）。いくつかの実施形態では、亜硫酸水素塩処理は、変性溶媒、例えばこれらに限定されないが、ｎ－アルキレングリコールもしくはジエチレングリコールジメチルエーテル（ＤＭＥ）などの存在下で、またはジオキサンもしくはジオキサン誘導体の存在下で実施される。いくつかの実施形態では、変性溶媒は、１％～３５％（ｖ／ｖ）の濃度で使用される。いくつかの実施形態では、亜硫酸水素塩反応は、スカベンジャー、例えばこれらに限定されないが、クロマン誘導体、例えば、６－ヒドロキシ－２，５，７，８，－テトラメチルクロマン２－カルボン酸またはトリヒドロキシ安息香酸及びそれらの誘導体、例えば、没食子酸などの存在下で実施される（ＰＣＴ／ＥＰ２００４／０１１７１５を参照し、その全体が参照によって組み込まれる）。ある特定の好ましい実施形態では、亜硫酸水素塩反応は、例えば、ＷＯ２０１３／１１６３７５に記載されるような、亜硫酸水素アンモニウムでの処理を含む。
いくつかの実施形態では、処理されたＤＮＡの断片は、本発明によるプライマーオリゴヌクレオチドのセット（例えば、表１０、表１９及び表２０を参照のこと）ならびに増幅酵素を使用して増幅される。いくつかのＤＮＡセグメントの増幅は、１つの同じ反応容器中で同時に実施され得る。典型的には、増幅は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して実施される。アンプリコンは、典型的には１００～２０００塩基対長である。
方法の別の実施形態では、ＤＭＲ（例えば、ＤＭＲ１～３７５、表２及び表１８）を含むマーカー内の、または近傍のＣｐＧ位置のメチル化状態は、メチル化特異的プライマーオリゴヌクレオチドの使用によって検出されてよい。この技術（ＭＳＰ）は、Ｈｅｒｍａｎの米国特許第６，２６５，１７１号に記載されている。亜硫酸水素塩処理ＤＮＡの増幅を目的としたメチル化状態特異的プライマーの使用は、メチル化核酸と非メチル化核酸との間の区別を可能にする。ＭＳＰプライマー対は、亜硫酸水素塩処理ＣｐＧジヌクレオチドにハイブリダイズする少なくとも１つのプライマーを含有する。したがって、プライマーの配列は、少なくとも１つのＣｐＧジヌクレオチドを含む。非メチル化ＤＮＡに特異的なＭＳＰプライマーは、ＣｐＧ中においてＣ位の位置に「Ｔ」を含有する。
増幅によって得られた断片は、直接的にまたは間接的に検出可能な標識を保持し得る。いくつかの実施形態では、標識は、質量分析計で検出され得る典型的な質量を有する蛍光標識、放射性核種、または着脱可能な分子断片である。標識が質量標識である場合、いくつかの実施形態は、標識アンプリコンが単一の正または負の正味電荷を有し、質量分析計中で良好な検出能を可能にすることをもたらす。検出は、例えば、マトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析（ＭＡＬＤＩ）によって、または電子スプレー質量分析（ＥＳＩ）を使用して実施かつ可視化されてよい。
これらのアッセイ技術に好適なＤＮＡを単離する方法は、当該技術分野において既知である。特に、いくつかの実施形態は、米国特許出願第１３／４７０，２５１号（“Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ”）に記載されるような核酸の単離を含み、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるマーカーは、糞便試料上で実施されるＱＵＡＲＴＳアッセイに用途を見出す。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ試料を生成する方法ならびに、特に、高度に精製された低含量核酸を少量（例えば、１００マイクロリットル未満、６０マイクロリットル未満）含み、ＤＮＡ試料を試験するために使用されるアッセイ（例えば、ＰＣＲ、ＩＮＶＡＤＥＲ、ＱｕＡＲＴＳアッセイなど）を阻害する物質を実質的に及び／または効果的に含まないＤＮＡ試料を生成する方法が、提供される。そのようなＤＮＡ試料は、患者から採取した試料中に存在する遺伝子、遺伝子バリアント（例えば、アレル）、または遺伝子修飾（例えば、メチル化）の存在を定性的に検出するか、またはその活性、発現、もしくは量を定量的に測定する診断アッセイに用途を見出す。例えば、一部のがんは、特定の変異体アレルまたは特定のメチル化状態の存在と相関し、それゆえ、そのような変異体アレルまたはメチル化状態を検出及び／または定量化することは、がんの診断及び処置において予測値を有する。
多くの有益な遺伝子マーカーは、試料中に極めて少量で存在し、そのようなマーカーを生成する事象の多くは稀なものである。結果として、ＰＣＲなどの感度の高い検出方法であっても、アッセイの検出閾値を満たす、またはそれに取って代わるように低含量の標的を十分に提供するには、多量のＤＮＡを必要とする。さらに、少量であっても阻害物質の存在は、そのような少量の標的を検出することを目的とするこれらのアッセイの正確さ及び精度を損なう。したがって、本明細書で提供されるのは、そのようなＤＮＡ試料を生成するための、体積及び濃度の必要な管理を提供する方法である。
いくつかの実施形態では、試料は、血液、血清、血漿、または唾液を含む。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。そのような試料は、当該技術分野において既知の、例えば、当業者には明らかとなるような多数の手段によって得られ得る。無細胞または実質的に無細胞の試料は、当業者に既知の様々な技術、例えば、これらに限定されないが遠心分離及び濾過を含む技術に試料を供することによって得られ得る。非侵襲的技術が試料を得るために使用されることが一般には好ましいが、試料、例えば、組織ホモジネート、組織切片、及び生検材料などを得ることが依然として好ましい場合もある。技術は、試料を調製するために、かつ試験用の核酸を提供するために使用される方法に限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、ＤＮＡは、直接的遺伝子捕捉、例えば、米国特許第８，８０８，９９０号及び同第９，１６９，５１１号に、ならびにＷＯ２０１２／１５５０７２に詳述されるようなものを使用して、または関連方法によって糞便試料から、または血液から、または血漿試料から単離される。
マーカーの分析は、１つの試験試料内で追加マーカーとは別個にまたは同時に実施され得る。例えば、いくつかのマーカーは、複数の試料を効率的に処理するために、かつ診断及び／または予後のより高い精度を提供するという可能性のために１つの試験で組み合わされ得る。加えて、当業者は、同じ対象からの複数の試料を（例えば、連続した時点で）試験する価値を認識することになる。一連の試料に関するそのような試験は、マーカーのメチル化状態における経時的な変化の同定を可能にし得る。メチル化状態の変化に加えて、メチル化状態の変化の欠如は、疾患状態、例えば、事象開始からのおよその時間を同定すること、回復可能な組織の存在及び量、薬物療法の妥当性、様々な療法の有効性、ならびに未来事象のリスクを含む、対象の転帰の同定が挙げられるが、これらに限定されない状態についての有用な情報を提供し得る。
バイオマーカーの分析は、様々な物理的形式で実施され得る。例えば、マイクロタイタープレートまたは自動化の使用は、多数の試験試料の処理を容易にするために使用され得る。あるいは、単一の試料形式は、時宜を得た手法で、例えば、外来輸送または緊急救命室の状況で即時の処置及び診断を容易にするために開発され得た。
技術の実施形態は、キットの形態で提供されることが考慮される。キットは、本明細書に記載される組成物、デバイス、装置など、及びキットの使用に関する説明書の実施形態を含む。そのような説明書は、試料から分析物を調製する適切な方法、例えば、試料を収集し、試料から核酸を調製する方法について記載する。キットの個々の構成要素は、適切な容器及びパッケージング（例えば、バイアル、箱、ブリスターパック、アンプル、瓶、ボトル、チューブなど）にパッケージングされ、構成要素は、簡便な保存、輸送、及び／またはキットのユーザによる使用のために適切な容器（例えば、箱（複数可））中に一緒にパッケージングされる。液体構成要素（例えば、緩衝液）は、ユーザによって再構成される凍結乾燥形態で提供される場合があると理解される。キットは、キットの性能を評価する、検証する、及び／または保証するために対照または参照を含んでよい。例えば、試料中に存在する核酸の量をアッセイするためのキットは、既知濃度の同じまたは別の核酸を比較のために含む対照及び、いくつかの実施形態では、対照核酸に特異的な検出試薬（例えば、プライマー）を含んでよい。キットは、臨床設定での使用に、及びいくつかの実施形態では、ユーザの自宅での使用に適している。キットの構成要素は、いくつかの実施形態では、試料から核酸溶液を調製するためのシステムの機能を提供する。いくつかの実施形態では、システムのある特定の構成要素は、ユーザによって提供される。
方法
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＤＭＲ（例えば、表２及び表１８に提供されるような、例えば、ＤＭＲ１～３７５）を含む少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、及びＡＢＬＩＭ１からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＢＬＩＭ１＿Ｂ、ＡＪＡＰ１＿Ｃ、ＡＬＯＸ５＿Ｂ、ＡＳＣＬ２＿Ｂ、ＢＡＮＫ１＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｅ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿１５２０、ＣＡＬＮ＿１Ｂ、ＣＤ１Ｄ＿１０５８、ＣＤＨ４＿７８９０、ＣＨＳＴ２＿８１２８、ＣＨＳＴ２＿８３８４、ＣＨＳＴ２＿９３１６、ＣＨＳＴ２＿９４７０、ＣＬＩＣ６＿Ｂ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＤＬＸ４＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｄ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ＿Ｂ、ＦＡＭ５９Ｂ＿７７６４、ＦＯＸＰ４＿Ｂ、ＧＰ５、ＨＯＸＡ１＿Ｃ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｃ、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１１３８、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１２００、ＫＣＮＫ９＿Ｂ、ＫＣＮＫ１７＿Ｃ、ＫＬＨＤＣ７Ｂ＿Ｂ、ＬＡＹＮ＿Ｂ、ＬＩＭＥ１＿Ｂ、ＬＭＸ１Ｂ＿Ｄ、ＬＯＣ１００１３２８９１＿Ｂ、ＭＡＳＴ１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７．ｂｒ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．４４２２、ＭＰＺ＿５７４２、ＭＰＺ＿５５５４、ＭＳＸ２Ｐ１＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＯＴＸ１＿Ｂ、ＰＬＸＮＣ１＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ＿７５７０、ＳＣＲＴ２＿Ｃ、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＰＨＫ２＿Ｂ、ＳＴ８ＳＩＡ４＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｃ、ＴＢＸ１＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＴＲＩＭ６７＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＣＤ１Ｄ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＦＡＭ５９Ｂ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、ＴＲＩＭ６７、ＳＰＨＫ２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＢＬＩＭ１、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＡＳＣＬ２、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＬＩＣ６、ＤＳＣＲ６、ＦＯＸＰ４、ＧＡＤ２、ＧＣＧＲ、ＧＰ５、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＫＬＦ１６、ＭＡＧＩ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９２５３－８８５９３２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５７３７１－１５７５５７６５７、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＤＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＰＡＲＧ、ＰＲＫＣＢ、ＰＴＰＲＮ２、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＬＣ７Ａ４、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ａ、ＳＴＸ１６＿Ｂ、ＴＢＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＢＴＢ１６、ＺＮＦ１３２、及びＺＳＣＡＮ２３からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）トリプルネガティブ乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＤＬＸ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＫＣＮＫ９、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、及びＤＳＣＲ６からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）トリプルネガティブ乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、及びＤＬＸ４からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）トリプルネガティブ乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＢＬＩＭ１、ＡＦＡＰ１Ｌ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＡＬＯＸ５、ＡＭＮ、ＡＲＬ５Ｃ、ＢＡＮＫ１、ＢＣＡＴ１、ＢＥＧＡＩＮ、ＢＥＳＴ４、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１ＱＬ２、Ｃ７ｏｒｆ５２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＡＶ２、ＣＤ８Ａ、ＣＤＨ４＿Ａ、ＣＤＨ４＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｃ、ＣＤＨ４＿Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＣＬＩＰ４、ＣＲ１、ＤＬＫ１、ＤＮＡＪＣ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ１５０Ａ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＮＧ４、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＮＦ１Ｂ＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ１＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ｂ、ＨＯＸＡ７＿Ｃ、ＨＯＸＤ９、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＮＳＭ１、ＩＴＰＫＡ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＥ３、ＫＣＮＫ１７＿Ｂ、ＬＩＭＥ１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＬＯＣ２８３９９９、ＬＹ６Ｈ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．１５８０８３１９８－１５８０８３４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２２８０７４７６４－２２８０７４９７７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１０．１３００８５２６５－１３００８５３１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１４．１０１１７６１０６－１０１１７６２６０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０６９－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．８２３０１９７－８２３０３１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３１６３－９７１９３２８７、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．９７１９３４７８－９７１９３５６２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４４７８２４４１－４４７８２４９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．２３９０８７１８－２３９０８７８２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１８０１０１０８４－１８０１０１０９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９５２１８５－４２９５２２８０、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．２７０６４７０３－２７０６４７８３、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５２６２２６０７－１５２６２２６３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４５１０４１３２－１４５１０４２１８、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１３６４７４５０４－１３６４７４５２７、ＭＣＦ２Ｌ２、ＭＳＸ２Ｐ１、ＮＡＣＡＤ、ＮＩＤ２＿Ｂ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ｂ、ＰＡＱＲ６、ＰＣＤＨ８、ＰＩＦ１、ＰＰＡＲＡ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ、ＰＲＤＭ１３＿Ａ、ＰＲＨＯＸＮＢ、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ａ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＦＸ８、ＳＮＣＡ、ＳＴＡＣ２＿Ａ、ＳＴＡＣ２＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＴ５、ＴＩＭＰ２、ＴＭＥＦＦ２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｄ、ＴＲＨ＿Ｂ、ＴＲＩＭ６７、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＳＰ４４＿Ａ、ＵＳＰ４４＿Ｂ、ＵＴＦ１、ＵＴＳ２Ｒ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ｂ、ＺＦＰ６４、及びＺＮＦ１３２からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＨＥＲ２＋乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＬＡＹＮ、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＡＬＯＸ５、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、及びＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＨＥＲ２＋乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＺＳＣＡＮ１２、ＧＲＡＳＰ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＨＥＲ２＋乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＲＬ５Ｃ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ６、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、Ｃ１９ｏｒｆ６６、ＣＡＭＫＶ、ＣＤ１Ｄ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＣＤＨ４＿Ｆ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＣＲＨＢＰ、ＤＬＸ６、ＤＮＭ３＿Ａ、ＤＮＭ３＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｃ、ＥＳＹＴ３、ＥＴＳ１＿Ａ、ＥＴＳ１＿Ｂ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＡＭ１８９Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＡＭ５９Ｂ、ＦＢＮ１、ＦＬＲＴ２、ＦＭＮ２、ＦＯＸＰ４、ＧＡＳ７、ＧＹＰＣ＿Ａ、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＨＡＮＤ２、ＨＥＳ５、ＨＭＧＡ２、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＫＣＮＨ８、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＣＮＱ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．４６９１３９３１－４６９１３９５０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０５９１－５９９９０８９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８３８４１－１７８４０５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２１．４７０６３８０２－４７０６３８５１、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７２２３４２４８－１７２２３４４９４、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１３０６８６８６５－１３０６８６９８５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８７６８８－６８７７３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．６８８８６３－６８８９２４、ＭＡＸ．ｃｈｒ９．１１４０１０－１１４２０７、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ａ、ＮＫＸ２－６、ＯＤＣ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＰＯＵ４Ｆ１、ＰＲＤＭ１３＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ、ＲＡＳＧＲＦ２、ＲＩＰＰＬＹ２、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＹＮ２、ＴＲＩＭ７１＿Ａ、ＴＲＩＭ７１＿Ｂ、ＴＲＩＭ７１＿Ｃ、ＵＢＴＦ、ＵＬＢＰ１、ＵＳＰ４４＿Ｂ、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ルミナルＡ乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＤ１Ｄ、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＦＡＭ１２６Ａ、ＦＭＮ２、ＨＯＸＡ１＿Ａ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＫＣＮＨ８、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＴＲＩＭ６７、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＧＰ５、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ａ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＯＤＣ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．５９９９０６７１－５９９９０８５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＯＬ２３Ａ１、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＭＡＳＴ１、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＲＢＦＯＸ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＡＳ７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＤＬＸ６、ＦＢＮ１、ＯＳＲ２＿Ａ、ＢＥＳＴ４、ＤＳＣＲ６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ルミナルＡ乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＡＢＬＩＭ１、ＳＬＣ３０Ａ１０、Ｃ１０ｏｒｆ１２５からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ルミナルＡ乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＣＣＮ１、ＡＪＡＰ１＿Ａ、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、ＢＥＳＴ４、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＦＯＸＰ４、ＩＧＳＦ９Ｂ＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＫＬＦ１６、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９５７８－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３１２８－１２４１７３２６８、ＭＰＺ、ＰＰＡＲＡ、ＰＲＭＴ１、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＲＹＲ２＿Ａ、ＳＡＬＬ３、ＳＣＲＴ２＿Ａ、ＳＰＨＫ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＳＹＮＪ２、ＴＭＥＭ１７６Ａ、ＴＳＨＺ３、及びＶＩＰＲ２からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ルミナルＢ乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＬＦ１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＡＳＣＬ２、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、ＡＪＡＰ１＿Ｂ、及びＤＳＣＲ６からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ルミナルＢ乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ルミナルＢ乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、Ｃ１０ｏｒｆ９３、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ａ、Ｃ２０ｏｒｆ１９５＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＢＬＮ１＿Ａ、ＣＢＬＮ１＿Ｂ、ＣＣＤＣ６１、ＣＣＮＤ２＿Ａ、ＣＣＮＤ２＿Ｂ、ＣＣＮＤ２＿Ｃ、ＥＭＸ１＿Ｂ、ＦＡＭ１５０Ｂ、ＧＲＡＳＰ、ＨＢＭ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＫ１７＿Ａ、ＫＩＡＡ１９４９、ＬＯＣ１００１３１１７６、ＭＡＳＴ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７２８５－８２７７３１６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．５６２９７２１－５６２９７９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ２２．４２６７９７６７－４２６７９９１７、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＡＸ．ｃｈｒ６．１５７５５６７９３－１５７５５６８５６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＮ１、ＭＰＺ、ＮＲ２Ｆ６、ＰＤＸＫ＿Ａ、ＰＤＸＫ＿Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＲＹＲ２＿Ｂ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ａ、ＳＥＲＰＩＮＢ９＿Ｂ、ＳＬＣ８Ａ３、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＥＰＰ、ＴＯＸ、ＶＩＰＲ２、ＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａ、ＺＮＦ４８６、ＺＮＦ６２６、及びＺＮＦ６７１からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＢＲＣＡ１乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＸＣＬ１２、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、及びＤＳＣＲ６からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＢＲＣＡ１乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＡＮＴＸＲ２、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＢＭＰ４、ＣＨＲＮＡ７、ＥＰＨＡ４、ＦＡＭ１７１Ａ１、ＦＡＭ２０Ａ、ＦＭＮＬ２、ＦＳＣＮ１、ＧＳＴＰ１、ＨＢＭ、ＩＧＦＢＰ５、ＩＬ１７ＲＥＬ、ＩＴＧＡ９、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＩＲＲＥＬ２、ＬＲＲＣ３４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．２３９５４９７４２－２３９５４９８８６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２６７２９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６８６０－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＭＡＸ．ｃｈｒ２．２３８８６４６７４－２３８８６４７３５、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．８１１４８３００－８１１４８３３２、ＭＡＸ．ｃｈｒ７．１５１１４５６３２－１５１１４５７４３、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１４３５３３２９８－１４３５３３５５８、ＭＥＲＴＫ、ＭＰＺ、ＮＩＤ２＿Ｃ、ＮＴＲＫ３、ＯＬＩＧ３＿Ａ、ＯＬＩＧ３＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ｃ、ＰＲＯＭ１、ＲＧＳ１７、ＳＢＮＯ２、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＴＢＫＢＰ１、ＴＬＸ１ＮＢ、ＶＩＰＲ２、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＮＬ１、及びＺＦＰ６４からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＢＲＣＡ２乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。 本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＯＬ２３Ａ１、ＬＡＹＮ、ＯＴＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）ＢＲＣＡ２乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＦＬＪ４２８７５、ＧＡＤ２、ＧＲＡＳＰ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＫＣＮＡ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４３６２－７６７３４３７０、ＭＡＸ．ｃｈｒ１８．７６７３４４２３－７６７３４４７６、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．３０７１９２６１－３０７１９３５４、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８５９６０２－８８５９６６９、ＭＡＸ．ｃｈｒ４．８８６０００２－８８６００３８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１７８９５７５６４－１７８９５７５９８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＭＰＺ、ＮＫＸ２－６、ＰＲＫＣＢ、ＲＢＦＯＸ３＿Ｂ、ＳＡＬＬ３、及びＶＳＴＭ２Ｂ＿Ａからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）浸潤性乳癌を検出する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＤＬＸ４、ＣＡＬＮ１＿Ａ、及びＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、及びＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別する（例えば、１００％以上の感度及び９１％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）対象から得られた核酸（例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムＤＮＡ）を、ＤＳＣＲ６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＯＳＲ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、及びＩＴＰＲＩＰＬ１からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも１個のマーカー内で、メチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する少なくとも１つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
２）非浸潤性乳管癌高悪性度（ＤＣＩＳ－ＨＧ）乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度（ＤＣＩＳ－ＬＧ）乳房組織とを区別する（例えば、８０％以上の感度及び８０％以上の特異性で得られた）ステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、亜硫酸水素塩試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）を用いて生体試料中のゲノムＤＮＡを処理することによって、ヒト個体の生体試料中における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が、以下の群のうち１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、及びＡＢＬＩＭ１、
（ｉｉ）ＡＢＬＩＭ１＿Ｂ、ＡＪＡＰ１＿Ｃ、ＡＬＯＸ５＿Ｂ、ＡＳＣＬ２＿Ｂ、ＢＡＮＫ１＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｅ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿１５２０、ＣＡＬＮ＿１Ｂ、ＣＤ１Ｄ＿１０５８、ＣＤＨ４＿７８９０、ＣＨＳＴ２＿８１２８、ＣＨＳＴ２＿８３８４、ＣＨＳＴ２＿９３１６、ＣＨＳＴ２＿９４７０、ＣＬＩＣ６＿Ｂ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＤＬＸ４＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｄ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ＿Ｂ、ＦＡＭ５９Ｂ＿７７６４、ＦＯＸＰ４＿Ｂ、ＧＰ５、ＨＯＸＡ１＿Ｃ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｃ、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１１３８、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１２００、ＫＣＮＫ９＿Ｂ、ＫＣＮＫ１７＿Ｃ、ＬＡＹＮ＿Ｂ、ＬＩＭＥ１＿Ｂ、ＬＭＸ１Ｂ＿Ｄ、ＬＯＣ１００１３２８９１＿Ｂ、ＭＡＳＴ１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７．ｂｒ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．４４２２、ＭＰＺ＿５７４２、ＭＰＺ＿５５５４、ＭＳＸ２Ｐ１＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＯＴＸ１＿Ｂ、ＰＬＸＮＣ１＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ＿７５７０、ＳＣＲＴ２＿Ｃ、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＰＨＫ２＿Ｂ、ＳＴ８ＳＩＡ４＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｃ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＴＲＩＭ６７＿Ｂ、ならびに
（ｉｉｉ）ＣＤ１Ｄ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＦＡＭ５９Ｂ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、ＴＲＩＭ６７、ＳＰＨＫ２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理されたゲノムＤＮＡを増幅するステップ、ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを決定するステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）試料からのＤＮＡ中における少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が、以下の群のうち１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、及びＡＢＬＩＭ１、
（ｉｉ）ＡＢＬＩＭ１＿Ｂ、ＡＪＡＰ１＿Ｃ、ＡＬＯＸ５＿Ｂ、ＡＳＣＬ２＿Ｂ、ＢＡＮＫ１＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｅ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿１５２０、ＣＡＬＮ＿１Ｂ、ＣＤ１Ｄ＿１０５８、ＣＤＨ４＿７８９０、ＣＨＳＴ２＿８１２８、ＣＨＳＴ２＿８３８４、ＣＨＳＴ２＿９３１６、ＣＨＳＴ２＿９４７０、ＣＬＩＣ６＿Ｂ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＤＬＸ４＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｄ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ＿Ｂ、ＦＡＭ５９Ｂ＿７７６４、ＦＯＸＰ４＿Ｂ、ＧＰ５、ＨＯＸＡ１＿Ｃ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｃ、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１１３８、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１２００、ＫＣＮＫ９＿Ｂ、ＫＣＮＫ１７＿Ｃ、ＬＡＹＮ＿Ｂ、ＬＩＭＥ１＿Ｂ、ＬＭＸ１Ｂ＿Ｄ、ＬＯＣ１００１３２８９１＿Ｂ、ＭＡＳＴ１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７．ｂｒ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．４４２２、ＭＰＺ＿５７４２、ＭＰＺ＿５５５４、ＭＳＸ２Ｐ１＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＯＴＸ１＿Ｂ、ＰＬＸＮＣ１＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ＿７５７０、ＳＣＲＴ２＿Ｃ、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＰＨＫ２＿Ｂ、ＳＴ８ＳＩＡ４＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｃ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＴＲＩＭ６７＿Ｂ、ならびに
（ｉｉｉ）ＣＤ１Ｄ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＦＡＭ５９Ｂ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、ＴＲＩＭ６７、ＳＰＨＫ２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、
２）ＤＮＡ中における少なくとも１個の参照マーカー量を測定するステップ、ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子量のパーセンテージとして算出するステップであって、値が試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡ量を示すステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾できる亜硫酸水素塩試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）を用いて生体試料中のゲノムＤＮＡを処理することによって、ヒト個体の生体試料中における１つ以上の遺伝子に関するＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ、
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾されたゲノムＤＮＡを増幅するステップ、ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを決定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が、以下の群のうち１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、及びＡＢＬＩＭ１、
（ｉｉ）ＡＢＬＩＭ１＿Ｂ、ＡＪＡＰ１＿Ｃ、ＡＬＯＸ５＿Ｂ、ＡＳＣＬ２＿Ｂ、ＢＡＮＫ１＿Ｂ、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｅ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５＿Ｂ、Ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、ＣＡＬＮ１＿１５２０、ＣＡＬＮ＿１Ｂ、ＣＤ１Ｄ＿１０５８、ＣＤＨ４＿７８９０、ＣＨＳＴ２＿８１２８、ＣＨＳＴ２＿８３８４、ＣＨＳＴ２＿９３１６、ＣＨＳＴ２＿９４７０、ＣＬＩＣ６＿Ｂ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＤＬＸ４＿Ｂ、ＤＮＭ３＿Ｄ、ＥＭＸ１＿Ａ、ＥＳＰＮ＿Ｂ、ＦＡＭ５９Ｂ＿７７６４、ＦＯＸＰ４＿Ｂ、ＧＰ５、ＨＯＸＡ１＿Ｃ、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｃ、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１１３８、ＩＰＴＲＩＰＬ１＿１２００、ＫＣＮＫ９＿Ｂ、ＫＣＮＫ１７＿Ｃ、ＬＡＹＮ＿Ｂ、ＬＩＭＥ１＿Ｂ、ＬＭＸ１Ｂ＿Ｄ、ＬＯＣ１００１３２８９１＿Ｂ、ＭＡＳＴ１＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７．ｂｒ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．４４２２、ＭＰＺ＿５７４２、ＭＰＺ＿５５５４、ＭＳＸ２Ｐ１＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＯＴＸ１＿Ｂ、ＰＬＸＮＣ１＿Ｂ、ＰＲＫＣＢ＿７５７０、ＳＣＲＴ２＿Ｃ、ＳＬＣ３０Ａ１０、ＳＰＨＫ２＿Ｂ、ＳＴ８ＳＩＡ４＿Ｂ、ＳＴＸ１６＿Ｃ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＴＲＩＭ６７＿Ｂ、ならびに
（ｉｉｉ）ＣＤ１Ｄ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＦＡＭ５９Ｂ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、ＴＲＩＭ６７、ＳＰＨＫ２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＣＸＣＬ１２＿Ｂ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾する試薬（例えば、ここで試薬は、亜硫酸水素塩試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である）を用いて生体試料中のゲノムＤＮＡを処理することによって、ヒト個体の生体試料中における１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が、以下の群のうち１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＸＣＬ１２、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、及びＤＳＣＲ６、
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＯＬ２３Ａ１、ＬＡＹＮ、ＯＴＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、及びＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、
（ｉｉｉ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、及びＤＬＸ４、
（ｉｖ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＺＳＣＡＮ１２、ＧＲＡＳＰ、及びＣ１０ｏｒｆ１２５、
（ｖ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＡＢＬＩＭ１、ＳＬＣ３０Ａ１０、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、
（ｖｉ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ならびに
（ｖｉｉ）ＤＳＣＲ６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＯＳＲ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理されたゲノムＤＮＡを増幅するステップ、ならびに
３）ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、及び標的捕捉によって、１つ以上の遺伝子のメチル化レベルを決定するステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）試料からのＤＮＡ中における少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子量を測定するステップであって、１つ以上の遺伝子が、以下の群のうち１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＸＣＬ１２、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、及びＤＳＣＲ６、
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＯＬ２３Ａ１、ＬＡＹＮ、ＯＴＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、及びＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、
（ｉｉｉ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、及びＤＬＸ４、
（ｉｖ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＺＳＣＡＮ１２、ＧＲＡＳＰ、及びＣ１０ｏｒｆ１２５、
（ｖ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＡＢＬＩＭ１、ＳＬＣ３０Ａ１０、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、
（ｖｉ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ならびに
（ｖｉｉ）ＤＳＣＲ６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＯＳＲ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、
２）ＤＮＡ中における少なくとも１個の参照マーカー量を測定するステップ、ならびに
３）ＤＮＡ中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカー遺伝子量の値を、ＤＮＡ中で測定された参照マーカー遺伝子量のパーセンテージとして算出するステップであって、値が試料中で測定された少なくとも１つのメチル化マーカーＤＮＡ量を示すステップ。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される：
１）メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾できる亜硫酸水素塩試薬（例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬）を用いて生体試料中のゲノムＤＮＡを処理することによって、ヒト個体の生体試料中における１つ以上の遺伝子に関するＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定するステップ、
２）選択された１つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾されたゲノムＤＮＡを増幅するステップ、ならびに
３）メチル化特異的ＰＣＲ、定量メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングＰＣＲによって、ＣｐＧ部位のメチル化レベルを決定するステップであって、
１つ以上の遺伝子が、以下の群のうち１つから選択されるステップ：
（ｉ）ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＣＤ１Ｄ、ＨＯＸＡ７＿Ａ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１．８２７７４７９－８２７７５２７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＮＡＣＡＤ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＢＡＮＫ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＤＬＸ４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＦＯＸＰ４、ＧＰ５、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＰＺ、ＰＲＫＣＢ、ＳＴＸ１６＿Ｂ ＵＢＴＦ、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＺＳＣＡＮ１２、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＣＸＣＬ１２、ＫＣＮＫ９、ＯＴＸ１、ＲＩＣ３、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１７．７３０７３６８２－７３０７３８１４、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＨＮＦ１Ｂ＿Ｂ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＢＥＳＴ４、及びＤＳＣＲ６、
（ｉｉ）ＭＡＸ．ｃｈｒ１５．９６８８９０１３－９６８８９１２８、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＡＢＬＩＭ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＯＬ２３Ａ１、ＬＡＹＮ、ＯＴＸ１、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、及びＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、
（ｉｉｉ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＴＲＩＭ６７、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、及びＤＬＸ４、
（ｉｖ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＧＰ５、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、Ｃ１７ｏｒｆ６４、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＺＳＣＡＮ１２、ＧＲＡＳＰ、及びＣ１０ｏｒｆ１２５、
（ｖ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＳＴ８ＳＩＡ４、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＯＤＣ１、ＣＨＳＴ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＡＢＬＩＭ１、ＳＬＣ３０Ａ１０、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、
（ｖｉ）ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＬＭＸ１Ｂ＿Ａ、ＢＡＮＫ１、ＯＴＸ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．１４９２６６０２－１４９２７１４８、ＵＢＴＦ、ＰＲＫＣＢ、ＴＲＨ＿Ａ、ＭＰＺ、ＤＮＭ３＿Ａ、ＴＲＩＭ６７、ＰＬＸＮＣ１＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＣＡＬＮ１＿Ａ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ１２．４２７３９０６－４２７４０１２、ＧＹＰＣ＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．４２９９４８６６－４２９９４９３６、ＯＳＲ２＿Ａ、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＭＡＸ．ｃｈｒ２０．１７８４２０９－１７８４４６１、ＬＯＣ１００１３２８９１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＡＬＯＸ５、ＭＡＸ．ｃｈｒ１９．４６３７９９０３－４６３８０１９７、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．７７２６８６７２－７７２６８７２５、ＥＭＸ１＿Ａ、ＤＳＣＲ６、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＩＧＦ２ＢＰ３＿Ｂ、ＣＤＨ４＿Ｅ、ＤＬＸ４、ＡＢＬＩＭ１、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｄ、ならびに
（ｖｉｉ）ＤＳＣＲ６、ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５、ＯＳＲ２＿Ａ、ＭＡＸ．ｃｈｒ１１．６８６２２８６９－６８６２２９６８、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ５．１４５７２５４１０－１４５７２５４５９、ＢＨＬＨＥ２３＿Ｃ、ＩＴＰＲＩＰＬ１。
好ましくは、そのような方法の感度は、約７０％～約１００％、または約８０％～約９０％、または約８０％～約８５％である。好ましくは、特異性は、約７０％～約１００％、または約８０％～約９０％、または約８０％～約８５％である。
ゲノムＤＮＡは、市販キットの使用を含む、いずれかの手段によって単離されてよい。簡潔に述べると、目的のＤＮＡが細胞膜によって被包されている場合、生体試料は酵素的、化学的または機械的手段によって破壊かつ溶解されなければならない。次いで、ＤＮＡ溶液から、例えば、プロテイナーゼＫを用いた消化によって、タンパク質及び他の混入物が除去されてよい。次いで、ゲノムＤＮＡが溶液から回収される。これは、塩析、有機抽出、または固相支持体へのＤＮＡの結合を含む、様々な方法によって実施されてよい。方法の選択は、時間、費用、及び所要のＤＮＡ量を含む、いくつかの要因に影響されることになる。腫瘍性物質または前腫瘍性物質を含む全ての臨床試料タイプが本方法での使用に好適であり、例えば、細胞株、組織学的スライド、生検、パラフィン包埋組織、体液、糞便、乳房組織、結腸排出物、尿、血漿、血清、全血、単離された血液細胞、血液から単離された細胞、及びそれらの組合せである。
技術は、試料を調製するために、かつ試験用の核酸を提供するために使用される方法に限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、ＤＮＡは、直接的遺伝子捕捉、例えば、米国特許出願第６１／４８５３８６号に詳述されるようなものを使用して、または関連方法によって糞便試料から、または血液から、または血漿試料から単離される。
次いで、ゲノムＤＮＡ試料は、ＤＭＲ（例えば、表２及び表１８に提供されるような、例えば、ＤＭＲ１～３７５）を含む少なくとも１個のマーカー内でメチル化ＣｐＧジヌクレオチドと非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドとを区別する、少なくとも１つの試薬、または一連の試薬で処理される。
いくつかの実施形態では、試薬は、５’位でメチル化されていないシトシン塩基を、ウラシル、チミン、またはハイブリダイゼーション挙動に関してシトシンとは異なる別の塩基に変換する。しかしながら、いくつかの実施形態では、試薬は、メチル化感受性制限酵素であってよい。
いくつかの実施形態では、ゲノムＤＮＡ試料は、５’位でメチル化されていないシトシン塩基が、ウラシル、チミン、またはハイブリダイゼーション挙動に関してシトシンとは異なる別の塩基に変換されるような手法で処理される。いくつかの実施形態では、この処理は、亜硫酸水素塩（ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ）（亜硫酸水素塩（ｈｙｄｒｏｇｅｎ ｓｕｌｆｉｔｅ）、二亜硫酸塩）、続いてアルカリ加水分解で実施される。
次いで、処理された核酸が分析されて、標的遺伝子配列（ＤＭＲ、例えば、表２及び表１８に提供されるような、例えば、ＤＭＲ１～３７５から選択される少なくとも１箇所のＤＭＲを含むマーカーからの少なくとも１つの遺伝子、ゲノム配列、またはヌクレオチド）のメチル化状態を決定する。分析の方法は、本明細書に列挙されるもの、例えば、本明細書に記載されるようなＱｕＡＲＴＳ及びＭＳＰを含む、当該技術分野において既知のものから選択されてよい。
異常なメチル化、より具体的には、ＤＭＲ（例えば、表２及び表１８に提供されるような、例えば、ＤＭＲ１～３７５）を含むマーカーの高メチル化は、乳癌と関連する。
技術は、乳癌と関連するいずれかの試料の分析に関する。例えば、いくつかの実施形態では、試料は、患者から得られた組織及び／または生体液を含む。いくつかの実施形態では、試料は分泌物を含む。いくつかの実施形態では、試料は、血液、血清、血漿、胃分泌物、膵液、胃腸生検試料、乳房生検からの顕微解剖細胞、及び／または糞便から回収した細胞を含む。いくつかの実施形態では、試料は乳房組織を含む。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。試料としては、乳房、肝臓、胆管、膵臓、胃、結腸、直腸、食道、小腸、虫垂、十二指腸、ポリープ、胆嚢、肛門、及び／または腹膜からの細胞、分泌物、または組織を挙げてよい。いくつかの実施形態では、試料は、細胞液、腹水、尿、糞便、膵液、内視鏡検査中に得られた液体、血液、粘液、または唾液を含む。いくつかの実施形態では、試料は糞便試料である。いくつかの実施形態では、試料は、乳房組織試料である。
そのような試料は、当該技術分野において既知の、例えば、当業者には明らかとなるような多数の手段によって得られ得る。例えば、尿及び糞便試料は、容易に達成可能であるが、血液、腹水、血清、または膵液試料は、例えば、ニードル及びシリンジを使用することによって非経口的に得られ得る。無細胞または実質的に無細胞の試料は、当業者に既知の様々な技術、例えば、これらに限定されないが遠心分離及び濾過を含む技術に試料を供することによって得られ得る。非侵襲的技術が試料を得るために使用されることが一般には好ましいが、試料、例えば、組織ホモジネート、組織切片、及び生検材料などを得ることが依然として好ましい場合もある。
いくつかの実施形態では、技術は、患者（例えば、乳癌を有する、早期乳癌を有する、または乳癌を発症する可能性がある患者）（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌のうち１つ以上を有する患者）を処置する方法に関し、本方法は、本明細書で提供されるような１箇所以上のＤＭＲのメチル化状態を決定すること、及びメチル化状態を決定する結果に基づいて患者に処置を投与することを含む。処置は、医薬化合物の投与、ワクチンの投与、外科手術の実施、患者の撮像、別の試験の実施であってよい。好ましくは、用途は、臨床スクリーニングの方法、予後評価の方法、療法の結果をモニターする方法、特定の治療的処置に応答する可能性が最も高い患者を同定する方法、患者または対象を撮像する方法、ならびに薬物のスクリーニング及び開発方法にある。
本技術のいくつかの実施形態では、対象中の乳癌を診断する方法が提供される。「診断すること」及び「診断」という用語は、本明細書で使用される場合、対象が所与の疾患もしくは状態に罹患しているか否か、または将来的に所与の疾患もしくは状態を発症する可能性があるか否かを、当業者が推定し、さらに決定し得る方法を指す。当業者は、多くの場合に１つ以上の診断指標、例えば、バイオマーカー（例えば、本明細書で開示されるようなＤＭＲ）などに基づいて診断を行い、そのメチル化状態は、状態の存在、重症度、または欠如を示している。
診断と共に、臨床的ながん予後は、がんの攻撃性及び腫瘍再発の可能性を決定し、最も効果的な療法を計画することに関する。より正確な予後予測が行われ得るか、あるいはがんを発症する潜在的リスクが評価され得る場合、適切な療法、及びいくつかの場合では、患者にとってそれほど過酷ではない療法が選択され得る。がんバイオマーカーの評価（例えば、メチル化状態を決定すること）は、良好な予後を有し、及び／またはがんを発症するリスクが低く、療法を全く必要としないか、または限定的な療法を必要とすることになる対象と、がんを発症する、またはがんを再発する可能性が高く、より集中的な処置から恩恵を受ける可能性がある対象とを分けるのに有用である。
そのようなものとして、「診断を行うこと」または「診断すること」は、本明細書で使用される場合、がんを発症するリスクを決定すること、または予後を決定することをさらに含み、それは、本明細書に開示される診断バイオマーカー（例えば、ＤＭＲ）の指標に基づいて、臨床転帰（医学的処置の有無にかかわらず）を予測すること、適切な処置（もしくは処置が効果的であるかどうか）を選択すること、または現在の処置をモニターし、場合により処置を変更することを可能にし得る。さらに、本明細書で開示される主題のいくつかの実施形態では、経時的なバイオマーカーの複数の決定は、診断及び／または予後予測を容易にするために行われ得る。バイオマーカーの時間変化は、臨床転帰を予測するため、乳癌の進行をモニターするため、及び／またはがんを対象とする適切な療法の有効性をモニターするために使用され得る。そのような実施形態では、例えば、効果的な療法の過程において経時的に、生体試料中における本明細書に開示される１個以上のバイオマーカー（例えば、ＤＭＲ）（及びモニターされる場合、場合により１個以上の追加のバイオマーカー（複数可））のメチル化状態の変化が確認されることを期待する場合がある。
本明細書で開示される主題は、いくつかの実施形態では、対象中のがんの予防または処置を開始または継続するかどうかを決定する方法をさらに提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、ある期間にわたって対象から一連の生体試料を提供すること、一連の生体試料を分析し、生体試料の各々において本明細書で開示される少なくとも１個のバイオマーカーのメチル化状態を決定すること、及び生体試料の各々においてバイオマーカーのうち１個以上のメチル化状態におけるいずれかの測定可能な変化を比較することを含む。ある期間にわたるバイオマーカーにおけるメチル化状態のいずれの変化も、がんを発症するリスクを予測するため、臨床転帰を予測するため、がんの予防または療法を開始または継続するかどうか、及び現在の療法ががんを効果的に処置しているかどうかを決定するために使用され得る。例えば、第１時点は、処置の開始前に選択され得、第２時点は、処置開始後のある時点で選択され得る。メチル化状態は、異なる時点で採取された試料の各々で測定され得、定性的及び／または定量的な差に留意する。異なる試料からのバイオマーカーレベルのメチル化状態における変化は、対象における乳癌リスク、予後、処置の有効性の決定、及び／またはがんの進行と相関し得る。
好ましい実施形態では、本発明の方法及び組成物は、初期段階で、例えば、疾患の症状が現れる前の疾患の処置または診断のためのものである。いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物は、臨床病期における疾患の処置または診断のためのものである。
既に述べたように、いくつかの実施形態では、１個以上の診断または予後バイオマーカーの複数の決定が行われ得、マーカーの時間変化は、診断または予後を決定するために使用され得る。例えば、診断マーカーは、初回に、及び２回目に再度決定され得る。そのような実施形態では、初回から２回目でのマーカーの増加は、特定のがん型もしくは重症度、または所与の予後を診断し得る。同様に、初回から２回目でのマーカーの減少は、特定のがん型もしくは重症度、または所与の予後を示し得る。さらに、１個以上のマーカーに関する変化の程度は、がんの重症度及び将来の有害事象に関連し得る。当業者は、ある特定の実施形態では、同じバイオマーカーの比較測定が複数の時点で行われ得るが、また所与のバイオマーカーをある時点で、及び第２バイオマーカーを第２時点で測定することもでき、これらのマーカーの比較によって診断情報が提供され得ると理解することになる。
本明細書で使用される場合、「予後を決定すること」という語句は、当業者が対象における状態の経過または転帰を予測し得る方法を指す。「予後」という用語は、１００％の精度で状態の経過または転帰を予測する能力、あるいは所与の経過または転帰が、バイオマーカー（例えば、ＤＭＲ）のメチル化状態に基づいて生じる可能性が予想通りに高い、または低いことを予測する能力を指すわけではない。その代わりに、当業者は、「予後」という用語が、ある特定の経過または転帰が生じることになる確率、すなわち、経過または転帰が、状態を示さないそれらの個体と比較した場合に所与の状態を示す対象で生じる可能性が高いという確率の上昇を指すと理解することになる。例えば、状態を示さない（例えば、１箇所以上のＤＭＲの正常なメチル化状態を有する）個体では、所与の結果（例えば、乳癌に罹患すること）の可能性が非常に低い場合がある。
いくつかの実施形態では、統計分析は、予後指標を有害転帰に対する素因と関連付ける。例えば、いくつかの実施形態では、がんを有しない患者から得られた正常対照試料中のものとは異なるメチル化状態は、統計的有意性のレベルによって決定されるように、対象が、対照試料中のメチル化状態により類似したレベルを有する対象よりも、がんに罹患する可能性が高いことを示し得る。加えて、ベースライン（例えば、「正常な」）レベルからのメチル化状態の変化は、対象の予後を反映し得、メチル化状態における変化の程度は、有害事象の重症度に関連し得る。統計的有意性は、多くの場合に２つ以上の集団を比較して、信頼区間及び／またはｐ値を決定することによって決定される。例えば、Ｄｏｗｄｙ ａｎｄ Ｗｅａｒｄｅｎ，Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８３を参照し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。本主題の例示的な信頼区間は、９０％、９５％、９７．５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％及び９９．９９％である一方で、例示的なｐ値は、０．１、０．０５、０．０２５、０．０２、０．０１、０．００５、０．００１、及び０．０００１である。
他の実施形態では、本明細書で開示される予後または診断バイオマーカー（例えば、ＤＭＲ）のメチル化状態における変化の閾値程度が確立され得、生体試料中におけるバイオマーカーのメチル化状態の変化程度は、メチル化状態における変化の閾値程度と単純に比較される。本明細書で提供されるバイオマーカーのメチル化状態において好ましい閾値の変化は、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約５０％、約７５％、約１００％、及び約１５０％である。さらに他の実施形態では、「ノモグラム」が確立され得、それによって予後または診断指標（バイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せ）のメチル化状態が、所与の転帰に対して関連する性質に直接関連する。当業者は、そのようなノモグラムの使用に精通し、集団平均ではなく個々の試料測定値が参照されるため、この測定値の不確実性がマーカー濃度の不確実性と同じであることを理解した上で、２つの数値を関連付ける。
いくつかの実施形態では、対照試料は生体試料と同時に分析され、その結果、生体試料から得られた結果は対照試料から得られた結果と比較され得る。さらに、検量線が提供され得、これと生体試料のアッセイ結果が比較されてよいことが考慮される。そのような検量線は、アッセイ単位に応じたバイオマーカーのメチル化状態、例えば、蛍光標識が使用される場合、蛍光シグナル強度を提示する。複数のドナーから採取した試料を使用すると、検量線は、正常組織中における１個以上のバイオマーカーの対照メチル化状態に加えて、化生を有するドナーから、または乳癌を有するドナーから採取した組織中における１個以上のバイオマーカーの「リスクがある」レベルを規定し得る。本方法のある特定の実施形態では、対象は、対象から得られた生体試料中に、本明細書で提供される１箇所以上のＤＭＲの異常なメチル化状態を同定する時に化生を有すると同定される。本方法の他の実施形態では、対象から得られた生体試料中におけるそのようなバイオマーカーのうち１個以上の異常なメチル化状態を検出することは、対象ががんを有すると同定されることをもたらす。
マーカーの分析は、１つの試験試料内で追加マーカーとは別個にまたは同時に実施され得る。例えば、いくつかのマーカーは、複数の試料を効率的に処理するために、かつ診断及び／または予後のより高い精度を提供するという可能性のために１つの試験で組み合わされ得る。加えて、当業者は、同じ対象からの複数の試料を（例えば、連続した時点で）試験する価値を認識することになる。一連の試料に関するそのような試験は、マーカーのメチル化状態における経時的な変化の同定を可能にし得る。メチル化状態の変化に加えて、メチル化状態の変化の欠如は、疾患状態、例えば、事象開始からのおよその時間を同定すること、回復可能な組織の存在及び量、薬物療法の妥当性、様々な療法の有効性、ならびに未来事象のリスクを含む、対象の転帰の同定が挙げられるが、これらに限定されない状態についての有用な情報を提供し得る。
バイオマーカーの分析は、様々な物理的形式で実施され得る。例えば、マイクロタイタープレートまたは自動化の使用は、多数の試験試料の処理を容易にするために使用され得る。あるいは、単一の試料形式は、時宜を得た手法で、例えば、外来輸送または緊急救命室の状況で即時の処置及び診断を容易にするために開発され得た。
いくつかの実施形態では、対象は、対照メチル化状態と比較した場合、試料中における少なくとも１個のバイオマーカーのメチル化状態に測定可能な差が存在する場合に乳癌を有すると診断される。逆に、メチル化状態に全く変化がないと生体試料中で同定される場合、対象は、乳癌を有していない、がんのリスクがない、またはがんのリスクが低いと同定され得る。これに関して、がんまたはそのリスクを有する対象は、わずかか、実質的に全くがんまたはそのリスクを有しない対象と区別され得る。乳癌を発症するリスクを有するそれらの対象は、内視鏡サーベイランスを含む、より集中的及び／または定期的なスクリーニングスケジュールに置かれ得る。他方では、リスクが低いか、実質的にリスクを全く有しないそれらの対象は、将来のスクリーニング、例えば、本技術に従って実施されるスクリーニングのような時に、乳癌のリスクがそれらの対象で現れたことが示されるまで、乳癌の追加試験（例えば、侵襲的手順）に供されるのを回避する場合がある。
上述される通り、本技術の方法の実施形態に応じて、１個以上のバイオマーカーのメチル化状態における変化を検出することは、定性的決定であり得るか、またはそれは定量的決定であり得る。そのようなものとして、乳癌を有するような、または乳癌を発症するリスクがある対象を診断するステップは、ある特定の閾値測定が行われること、例えば、生体試料中における１個以上のバイオマーカーのメチル化状態が、所定の対照メチル化状態とは異なることを示す。本方法のいくつかの実施形態では、対照メチル化状態は、バイオマーカーに関するいずれかの検出可能なメチル化状態である。対照試料が生体試料と同時に試験される方法の他の実施形態では、所定のメチル化状態は、対照試料中におけるメチル化状態である。本方法の他の実施形態では、所定のメチル化状態は、検量線に基づく、及び／または検量線によって同定される。本方法の他の実施形態では、所定のメチル化状態は、特異的状態または状態の範囲である。そのようなものとして、所定のメチル化状態は、当業者には明らかとなる許容される限度内で、実施される方法の実施形態及び所望の特異性などに一部基づいて選択され得る。
さらに診断方法に関して、好ましい対象は、脊椎動物対象である。好ましい脊椎動物は温血動物であり、好ましい温血脊椎動物は、哺乳動物である。好ましい哺乳動物は、最も好ましくはヒトである。本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、ヒト及び動物対象の両方を含む。したがって、獣医学的な治療的使用が本明細書で提供される。そのようなものとして、本技術によって、哺乳動物、例えば、ヒトに加えてアムールトラなどの絶滅の危機に瀕しているために重要なそれらの哺乳動物、ヒトによる消費のために農場で飼育されている動物などの経済的に重要なそれらの哺乳動物、及び／またはペットとして、もしくは動物園で飼育されている動物などのヒトにとって社会的に重要な動物などの診断が可能になる。そのような動物の例としては、ネコ及びイヌなどの肉食動物、ブタ（ｐｉｇ）、雄ブタ、及びイノシシを含むブタ（ｓｗｉｎｅ）、反芻動物及び／または有蹄動物、例えば、ウシ、雄ウシ、ヒツジ、キリン、シカ、ヤギ、バイソン、及びラクダなど、ならびにウマが挙げられるが、これらに限定されない。したがって、さらに提供されるのは、家畜化されたブタ、反芻動物、有蹄動物、ウマ（競走馬を含む）などを含むが、これらに限定されない家畜の診断及び処置である。
本明細書で開示される主題は、対象中の乳癌及び／または特定の乳癌型（例えば、トリプルネガティブ乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌、ルミナルＡ乳癌、ルミナルＢ乳癌、ＢＲＣＡ１乳癌、ＢＲＣＡ２乳癌）を診断するためのシステムをさらに含む。システムは、例えば、生体試料が収集されている対象中の乳癌リスクについてスクリーニングする、または乳癌を診断するために使用され得る市販のキットとして提供され得る。本技術に従って提供される例示的なシステムは、表２及び表１８に提供されるようなＤＭＲのメチル化状態を評価することを含む。
実施例Ｉ．
本実施例は、乳癌特異的マーカーの発見及び組織の検証について記載する。
表１は、乳癌特異的マーカーの発見に使用した乳癌の各サブタイプに関する組織試料の数を示す。
Figure 0007277460000001
ＲＲＢＳによるメチル化マーカーの発見のために、凍結組織試料を、７２件の浸潤性乳癌症例（１８件のルミナルＡ、１８件のルミナルＢ、１８件の基底細胞様／トリプルネガティブ、及び１８件のＨＥＲ２＋）、１５件のＢＲＣＡ生殖細胞系列変異患者の浸潤性乳癌（６件のＢＲＣＡ１、９件のＢＲＣＡ２）、ならびに４５件の対照物（１８件の正常な乳房（乳房縮小術または予防的乳房切除、９件の生殖細胞系ＢＲＣＡ保因者の組織学的に正常な乳房（予防的乳房切除）、及び１８件の正常なバフィーコート））から得た。腫瘍及び乳房組織切片を専門のＧＩ病理学者によって再調査し、診断を確認して異常な細胞充実性を推定した。次いで、切片を顕微解剖した。ゲノムＤＮＡを、ＱｉａＡｍｐ Ｍｉｎｉ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ ＣＡ）を使用して精製した。ＤＮＡ（３００ｎｇ）を、１０単位のＭｓｐＩを用いた消化によって断片化した。消化した断片を５単位のクレノウ断片（３’－５’エキソ－）で末端修復かつＡテーリングし、バーコード配列を含有する（各断片を、その試料ＩＤと関連付けるために）メチル化ＴｒｕＳｅｑアダプター（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ ＣＡ）に一晩ライゲートさせた。反応物を、ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ ＳＰＲＩビーズ／緩衝液（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ，Ｂｒｅａ ＣＡ）を使用して精製した。
次いで、改良したＥｐｉＴｅｃｔプロトコール（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、組織試料に亜硫酸水素塩変換を施した（２回）。ｑＰＣＲ（ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０－Ｒｏｃｈｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、最適な濃縮Ｃｔを決定した。以下の条件を、最終濃縮ＰＣＲに使用した：各５０μＬの反応物は、５ｕＬの１０×緩衝液、１．２５ｕＬの各１０ｍＭのデオキシリボヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）、５ｕＬのプライマーカクテル（約５ｕＭ）、１５ｕＬの鋳型（試料）、１ｕＬのＰｆｕＴｕｒｂｏ Ｃｘホットスタート（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ ＣＡ）及び２２．７５の水を含有し、温度及び時間は、それぞれ９５℃－５分、９８℃－３０秒、１６サイクルの９８℃－１０秒、６５℃－３０秒、７２℃－３０秒、７２℃－５分及び４℃保持であった。試料をＳＰＲＩビーズで精製し、次いでバイオアナライザ２１００（Ａｇｉｌｅｎｔ）上で試験して、濃縮のＤＮＡサイズ分布を評価した。１６０～５２０ｂｐ断片（４０～４００ｂｐのインサート）のサイズ選択を、ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ ＳＰＲＩビーズ／緩衝液（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ，Ｂｒｅａ ＣＡ）を使用して実施した。緩衝液カットオフは、０．７×～１．１×試料体積であった。試料をランダム化スキームに基づいて４プレックスライブラリーに組み合わせ（等モル）、最終的なサイズ及び濃度の検証についてバイオアナライザを用いて、ならびにｑＰＣＲ（ＫＡＰＡ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ－ＫＡＰＡ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｐｅ Ｔｏｗｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ）を用いて試験した。
組織試料を、ランダム化したレーンの割り当てによってシングルリードフローセル上に載せ、シーケンシングを、Ｍａｙｏ Ｃｌｉｎｉｃ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｇｅｎｏｍｅ ＦａｃｉｌｉｔｙでＮｅｘｔ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｃｏｒｅによって、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２０００プラットフォーム上で実施した。リードは、１０１サイクルについて一方向であった。標準的なＩｌｌｕｍｉｎａパイプラインを、一次解析のために実行した。ＳＡＡＰ－ＲＲＢＳ（減少表現亜硫酸水素塩シーケンシングのための流線解析及びアノテーションパイプライン）を、品質スコアリング、配列アラインメント、アノテーション、及びメチル化抽出に使用した。
乳癌組織は多数の区別ＤＭＲをもたらし、その多くは、以前には同定されていなかった。乳癌組織試料のメチル化を正常な乳房組織と比較すると、３２７箇所のメチル化領域で、乳癌組織を正常な乳房組織と区別したと同定した（表２を参照のこと）（表２に示した領域のゲノム座標は、Ｈｕｍａｎ Ｆｅｂ．２００９（ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９）Ａｓｓｅｍｂｌｙに基づく）。表３は、トリプルネガティブ乳癌組織を正常な乳房組織と区別した４８箇所のメチル化領域を示す。表４は、ＨＥＲ２＋乳癌組織を正常な乳房組織と区別した１２２箇所のメチル化領域を示す。表５は、ルミナルＡ乳癌組織を正常な乳房組織と区別した７５箇所のメチル化領域を示す。表６は、ルミナルＢ乳癌組織を正常な乳房組織と区別した３９箇所のメチル化領域を示す。表７は、ＢＲＣＡ１乳癌組織を正常な乳房組織と区別した４９箇所のメチル化領域を示す。表８は、ＢＲＣＡ２乳癌組織を正常な乳房組織と区別した４５箇所のメチル化領域を示す。表９は、浸潤性乳癌組織を正常な乳房組織と区別した２１箇所のメチル化領域を示す。
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次に、ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎメチル化特異的ＰＣＲ（ｑＭＳＰ）を発見試料上で実施し、表２に示した候補ＤＭＲの精度及び再現性を確認した。加えて、１６個のマーカーサブセットを、凍結した低悪性度及び高悪性度ＤＣＩＳ試料上で実行し、適用性を試験した（２２件の高悪性度／ＣＩＳ／Ｐ３ ＤＣＩＳ（非浸潤性乳管癌）、１１件の低悪性度／Ｐ１ ＤＣＩＳ）。
ｑＭＳＰプライマーを、Ｍｅｔｈｐｒｉｍｅｒソフトウェア（Ｌｉ ＬＣ ａｎｄ Ｄａｈｉｙａ Ｒ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２００２ Ｎｏｖ；１８（１１）：１４２７－３１）を使用してマーカー領域の各々のために設計した。それらをＩＤＴ（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によって合成した。アッセイを、亜硫酸水素塩変換した広くメチル化されているＤＮＡの希釈物で、変換した非メチル化ＤＮＡならびに変換及び未変換白血球ＤＮＡ陰性対照（１０ｎｇ／ｅａ）と共に試験し、最適化した（Ｒｏｃｈｅ ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０を使用する）。進めていたアッセイは、線形回帰曲線及び最低基準（１．６ゲノムコピー）を下回る５倍未満の陰性対照値を実証する必要があった。アッセイまたは制御に失敗したより有望なＤＭＲのいくつかを再設計した。１２７の全設計（表１０は、１２７の全設計についてフォワード及びリバースプライマー配列情報を示す）のうち、８０の高性能ＭＳＰアッセイがＱＣ基準を満たしたため、試料に適用した。ＭＳＰプライマー配列は、その各々が２～８のＣｐＧを含み、これらを、試料中のメチル化を評価する簡単な手段を提供するように設計し、そのようなものとして、最も区別されたＣｐＧを標的とするような増幅効率に偏重し、これは長い最適化時間を必要とすることになった。
ＤＮＡを発見ＲＲＢＳ節に記載した通りに精製し、ｐｉｃｏｇｒｅｅｎ吸光度（Ｔｅｃａｎ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して定量化した。次いで、２ｕｇの試料ＤＮＡを亜硫酸水素ナトリウムで処理し、Ｚｙｍｏ ＥＺ－９６ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｋｉｔ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用して精製した。溶出した物質を、３８４ウェルブロックを使用してＲｏｃｈｅ ４８０ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒｓ上で増幅させた。各プレートは、２個のマーカー（ならびに標準物質及び対照物）を収容することができ、プレートは合計で４０であった。８０のＭＳＰアッセイが、異なる最適な増幅プロファイル（Ｔｍ＝６０℃、６５℃、または７０℃）を有し、それに応じてグループ分けした。２０μＬの反応物を、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０ ＳＹＢＲ Ｉマスターミックス（Ｒｏｃｈｅ）及び０．５ｕモルのプライマーを使用して５０サイクルで実行し、一般にＦｉｔ Ｐｏｉｎｔ１８％の絶対定量法によって分析した。全てのパラメータ（ノイズ帯域、閾値など）を自動マクロで事前に指定し、ユーザの主観性を回避した。ゲノムコピー数で表した生データを、ＤＮＡ（β－アクチン）投入量を基準として正規化した。結果を、ＪＭＰを使用してロジスティックに分析し、ＡＵＣ値として示した。１２の比較を実行した：各乳癌サブタイプ対正常な乳房、及び各サブタイプ対バフィーコート。加えて、メチル化倍率変化率（ｍＦＣＲ）を、各比較について平均値及び中央値のメチル化率の両方を使用して算出した（ＦＣＲ＝がん（メチル化コピー／β－アクチンコピー）／正常（メチル化コピー／β－アクチンコピー））。これらの性能測定基準の両方とも、臨床的な血液に基づく試験においてマーカーの可能性を評価するために重要である。
試験した＞９０％のマーカーが、ＡＵＣ及びＦＣＲカテゴリーの両方で優れた性能をもたらし、多数のＡＵＣが０．９０を超え、がん対正常組織ＦＣＲは＞１０、及びがん対バフィーコートＦＣＲは＞５０であった。
表１１は、正常な乳房組織と比較して、基底細胞／トリプルネガティブ乳房組織、ＨＥＲ２＋乳房組織、ルミナルＡ乳房組織、ルミナルＢ乳房組織、ＢＲＣＡ１乳房組織、及びＢＲＣＡ２乳房組織を区別する、同定した８０箇所のメチル化領域に関する曲線下面積を示す。
表１２は、正常なバフィーコートと比較して、基底細胞／トリプルネガティブ乳房組織、ＨＥＲ２＋乳房組織、ルミナルＡ乳房組織、ルミナルＢ乳房組織、ＢＲＣＡ１乳房組織、及びＢＲＣＡ２乳房組織を区別する、同定した８０箇所のメチル化領域に関する曲線下面積を示す。
表１３は、正常な乳房組織と比較して、基底細胞／トリプルネガティブ乳房組織、ＨＥＲ２＋乳房組織、ルミナルＡ乳房組織、ルミナルＢ乳房組織、ＢＲＣＡ１乳房組織、及びＢＲＣＡ２乳房組織を区別する、同定した８０箇所のメチル化領域に関するメチル化倍率変化を示す。
表１４は、正常なバフィーコートと比較して、基底細胞／トリプルネガティブ乳房組織、ＨＥＲ２＋乳房組織、ルミナルＡ乳房組織、ルミナルＢ乳房組織、ＢＲＣＡ１乳房組織、及びＢＲＣＡ２乳房組織を区別する、同定した８０箇所のメチル化領域に関するメチル化倍率変化を示す。
ＤＣＩＳ高悪性度対低悪性度の比較では、試験した１６個のマーカーのＡＵＣは、０．５７～０．９２の範囲であった。２個のマーカーのいくつかの組合せは、９１％の特異性で９５％の感度を達成した（１つのみ偽陽性）（表１５）。３個のマーカーの組合せ（ＳＣＲＴ２＿Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＭＡＸ．ｃｈｒ８．１２４１７３０３０－１２４１７３３９５）は、９１％の特異性で１００％の感度であった。
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実施例ＩＩ．
本実施例は、乳癌特異的マーカーの組織の検証について記載する。
独立した組織試料（新鮮凍結）を、Ｍａｙｏ Ｃｌｉｎｉｃ Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒのがん登録制度から選択し、専門の病理学者によって再調査して正確な分類を確認し、顕微解剖を指導した。症例は、２９件のトリプルネガティブ／基底細胞様、３４件のＨＥＲ２型、３６件のルミナルＡ、及び２５件のルミナルＢ浸潤性乳癌を含んだ。５件のＢＲＣＡ１及び６件のＢＲＣＡ２癌、２１件のＤＣＩＳ ｗ／ＨＧＤ及び１２件のＤＣＩＳ ｗ／ＬＧＤも含んだ。対照物は、２７件の年齢適合正常乳房組織及び健康な女性に由来する１８件のバフィーコート試料を含んだ。
５５個のメチル化ＤＮＡマーカー（ＭＤＭ）を、発見試料で試験した８０個のＭＤＭの一覧（実施例Ｉ及び表１１～１５を参照のこと）から選択した。
ゲノムＤＮＡを、ＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ ＣＡ）を使用して調製し、ＥＺ－９６ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｋｉｔ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｉｒｖｉｎｅ ＣＡ）を使用して亜硫酸水素塩変換した。増幅プライマーを、Ｍｅｔｈｐｒｉｍｅｒソフトウェア（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ ＣＡ）を使用してマーカー配列から設計し、商業的に合成した（ＩＤＴ，Ｃｏｒａｌｖｉｌｌｅ ＩＡ）。アッセイを、ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ ｑＰＣＲ（Ｒｏｃｈｅ）によって、亜硫酸水素塩変換（メチル化及び非メチル化ゲノムＤＮＡ）ならびに未変換対照物で厳密に試験して最適化した。陰性対照物と交差反応したアッセイは、再設計または廃棄のいずれかを行った。融解曲線分析を利用して、特異的増幅が行われていたことを保証した。
ｑＭＳＰを、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０機器を使用し、２５μＬの総反応体積中、２μＬの変換ＤＮＡで実施した。標準物質を、段階希釈し広くメチル化したＤＮＡ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）から得た。生マーカーコピーを、ＣｐＧ横断的β－アクチン、すなわち、全ゲノムＤＮＡのマーカーに対して標準化した。
結果を、ＪＭＰ１０（ＳＡＳ，Ｃａｒｙ ＮＣ）を使用してロジスティックに分析した。症例を、正常な乳房対照及び正常なバフィーコート試料と別個に比較した。メチル化率及び絶対差を、ＭＤＭの各々について算出した。
独立した試料におけるＭＤＭ性能は優れていて、多くのＡＵＣ及びメチル化倍率変化率（ＦＣ）は、それぞれ０．９０超及び５０超であった。結果を、表１６Ａ（トリプルネガティブ）、表１６Ｂ（ＨＥＲ２＋）、表１６Ｃ（ルミナルＡ）、表１６Ｄ（ルミナルＤ）、及び表１６Ｅ（全体）に提供する。本明細書では、ＭＤＭをＡＵＣ（症例全体とバフィーコート試料とを比較する）によって順位付けした。これは、大多数の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）が白血球に由来するため、血漿中での可能な用途のために重要な測定基準である。白血球ＤＮＡからの上皮由来がんを高度に区別しないいずれのＭＤＭも、組織中でのその性能にかかわらず、血液検査形式で失敗することになる。５５個のＭＤＭのうち４１個は、０．９を超えるがん対バフィーコートＡＵＣを有し、３個は完全な区別を達成した（ＡＵＣ＝１）。表１６Ａ、表１６Ｂ、表１６Ｃ、表１６Ｄ、及び表１６Ｅはまた、ＡＵＣ、ＦＣ、ｐ値、及びこれらのＭＤＭの優秀さを評価かつ実証する時の他の重要な測定基準として％がんメチル化も列挙する。
表１７は、ＤＣＩＳ ＨＧＤをＤＣＩＳ ＬＧＤと区別するための上位１０個のＭＤＭを強調する。
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実施例ＩＩＩ．
本実施例は、乳癌を検出するための乳房組織マーカー及び血漿マーカーの同定について記載する。
乳癌を検出するための候補メチル化マーカーを、乳癌及び正常な乳房組織試料のＲＲＢＳによって同定した。最初に５８個のマーカーを同定し、標的濃縮ロングプローブ定量的増幅シグナルアッセイを設計して整理した（例えば、一般技術に関してＷＯ２０１７／０７５０６１及び米国特許出願第１５，８４１，００６号を参照のこと）（表１８は、乳癌組織を正常な乳房組織と区別するメチル化領域を示す）（表１９及び表２０は、表１８に示したマーカーのプライマー及びプローブ配列を示す）。設計スクリーニング及び再設計後、５６個のマーカー（表２１を参照のこと）を選択し、アッセイを行って３回反復して、組織上で試験した。アッセイを、ＦＡＭとＨＥＸレポート間で等しく分割し、Ｑｕａｓａｒ６７０を報告する参照アッセイのＢ３ＧＡＬＴ６と共に３回反復した。
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６人のＢＲＣＡ保因者を含む３８の標準的な乳癌試料ならびにルミナルＡ及びＢ、ＨＥＲ２＋、ＢＲＣＡ１＋、ＢＲＣＡ２＋、トリプルネガティブならびにＤＣＩＳ多様性を含む１１３の乳癌組織試料の収集物を、５６個のメチル化マーカーの存在について試験した。５６個のマーカーは、９５％の特異性で約１５％～９２％の感度範囲を示した。表２２は、９５％の特異性で２５％以上の感度を実証するマーカーを示す。５個のマーカーパネル（ＳＰＨＫ２、ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ、ＤＬＸ４＿Ｂ、ＭＰＺ＿５７４２、ＩＴＰＲＩＰＬ１＿１１３８）は、１００％の特異性で９６％の感度を示した。得られたＲＯＣ曲線は、０．９９５のＡＵＣを有した。
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組織試験の結果に基づいて、２８個のマーカーセットを選択し、乳癌患者及び正常対照から収集した血漿試料のセットで試験した。２８個のマーカーを、試験した多数のマーカーによって１４個の２つのプールに分割した。２つのプールにおけるマーカーを、以下の表２３及び表２４に示す。
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Figure 0007277460000148
プール７マーカーの試験を、８５の乳癌試料（３３のステージＩ、３３のステージＩＩ、１８のステージＩＩＩ、及び１のステージＩＶ）ならびに１００の健康な正常対照で構成されるＥＤＴＡ血漿試料の収集物で行った。プール８マーカーの試験を、８５の乳癌試料（３４のステージＩ、３２のステージＩＩ、１８のステージＩＩＩ及び１のステージＩＶ）ならびに１００の健康な正常対照で構成されるＥＤＴＡ血漿試料の類似した収集物で行った。プール７及びプール８試験の結果に基づいて、１４のアッセイの収集物をさらなる試験のために選択した（表２５に示した）。
Figure 0007277460000149
プール９マーカーの試験を、４２の乳癌試料（１のステージＩ、１６のステージＩＩ、１４のステージＩＩＩ、及び１１のステージＩＶ）ならびに８４の健康な正常対照で構成されるＬＢｇａｒｄ（Ｂｉｏｍａｔｒｉｃａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）血漿試料の収集物で行った。表２６は、プール９マーカーの同定したメチル化領域を示す。表２７は、プール９マーカーの示した感度及び９０％の特異性を示す。表２８及び表２９は、プール９マーカーのプライマー情報、及びプローブ情報を示す。４個のマーカー（ＦＡＭ５９Ｂ、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂ）の収集物は、９０％の特異性で７４％の感度を示した。得られたＲＯＣ曲線は、０．８８４のＡＵＣを示した。
Figure 0007277460000150
Figure 0007277460000151
Figure 0007277460000152
Figure 0007277460000153
Figure 0007277460000154
上記明細書で言及される全ての刊行物及び特許は、あらゆる目的のためにそれら全体が参照によって本明細書に組み込まれる。記載される本技術の組成物、方法、及び用途の様々な修正及び変化形態は、記載されるような本技術の範囲及び趣旨から逸脱することなく、当業者には明らかとなる。本技術は、特定の例示的実施形態に関連して記載されてきたが、請求されるような本発明が、そのような特定の実施形態に過度に限定されるべきではないことが理解されるべきである。事実、薬理学、生化学、医科学、または関連分野における当業者には明らかである、本発明を実施するための記載された方法に関する様々な修正が、以下の特許請求の範囲内であることを意図する。

Claims (10)

  1. 対象から得られた試料中における乳癌のスクリーニング方法であって、
    １）メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾する試薬を用いて、ヒト個体の試料中のゲノムＤＮＡを処理し、ここで前記試料は乳房組織試料又は血液試料であり；
    １つ以上の染色体領域それぞれに対する特異的なプライマーのセットを使用して、処理されたゲノムＤＮＡを増幅し；
    ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、又は標的捕捉からなる群から選択される技術によって、１つ以上の染色体領域のメチル化レベルを決定する；
    ことにより、ヒト個体の試料中における前記１つ以上の染色体領域のメチル化レベルをアッセイすること：
    ここで、前記１つ以上の染色体領域は、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＦＡＭ５９Ｂ、Ｃ１０ｏｒｆ１２５、ＴＲＩＭ６７、ＳＰＨＫ２、ＣＡＬＮ１＿Ｂ、ＣＨＳＴ２＿Ｂ、ＭＰＺ、ＯＤＣ１＿Ｂ、ＯＳＲ２＿Ａ、ＴＲＨ＿Ａ、及びＣ１７ｏｒｆ６４＿Ｂから選択される；
    ならびに、
    ２）前記１つ以上の染色体領域の前記メチル化レベルが、乳癌を有しない対象でアッセイされた１つ以上の染色体領域のメチル化レベルと比較して高い場合に、前記対象を、乳癌を有すると同定すること、
    を含む、前記方法。
  2. 前記ＤＮＡが、メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾する試薬で処理され、前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、亜硫酸水素塩、のうち１つ以上を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 少なくとも１つのメチル化染色体領域量を測定することが、多重増幅、メチル化特異的ＰＣＲ、定量メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化特異的ＤＮＡ制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、ＰＣＲフラップアッセイ、及び亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングＰＣＲからなる群から選択される１つ以上の方法を使用することを含む、請求項１に記載の方法。
  4. 前記１つ以上の染色体領域それぞれに対する特異的なプライマーの前記セットが、
    ＴＲＨ＿Ａについては、配列番号：２４５及び２４６からなるプライマーのセット、
    ＭＰＺについては、配列番号：１７５及び１７６ならびに配列番号：４３９及び４４０からなる群から選択されるプライマーのセット、
    ＩＴＰＲＩＰＬ１については、配列番号：９７及び９８、配列番号：９９及び１００ならびに配列番号：４２５及び４２６からなる群から選択されるプライマーのセット、
    ＯＳＲ２＿Ａについては、配列番号：１８７及び１８８からなるプライマーのセット、
    ＣＨＳＴ２＿Ｂについては、配列番号：３９及び４０からなるプライマーのセット、
    Ｃ１７ｏｒｆ６４＿Ｂについては、配列番号：２６９及び２７０ならびに配列番号：４４９及び４５０からなる群から選択されるプライマーのセット、
    ＯＤＣ１＿Ｂについては、配列番号：３４１及び３４２ならびに配列番号：４４３及び４４４からなる群から選択されるプライマーのセット、
    ＦＡＭ５９Ｂについては、配列番号：４２７及び４２８からなるプライマーのセット、
    Ｃ１０ｏｒｆ１２５については、配列番号：４２９及び４３０からなるプライマーのセット、
    ＴＲＩＭ６７については、配列番号：４３１及び４３２からなるプライマーのセット、
    ＳＰＨＫ２については、配列番号：４３３及び４３４からなるプライマーのセット、ならびに
    ＣＡＬＮ１＿Ｂについては、配列番号：２７３及び２７４からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  5. 前記血液試料が、全血、血清、または血漿である、請求項１に記載の方法。
  6. 対象から得られた試料中におけるトリプルネガティブ乳癌のスクリーニング方法であって、
    １）メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾する試薬を用いて、ヒト個体の試料中のゲノムＤＮＡを処理し、ここで前記試料は乳房組織試料又は血液試料であり；
    １つ以上の染色体領域それぞれに対する特異的なプライマーのセットを使用して、処理されたゲノムＤＮＡを増幅し；
    ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、又は標的捕捉によって、１つ以上の染色体領域のメチル化レベルを決定する；
    ことにより、ヒト個体の試料中における前記１つ以上の染色体領域のメチル化レベルをアッセイすること：
    ここで、前記１つ以上の染色体領域は、ＮＡＣＡＤ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１、ＤＬＸ４、ＤＳＣＲ６、ＳＴ８ＳＩＡ４、及びＫＬＦ１６から選択される；
    ならびに、
    ２）前記１つ以上の染色体領域の前記メチル化レベルが、乳癌を有しない対象でアッセイされた１つ以上の染色体領域のメチル化レベルと比較して高い場合に、前記対象を、トリプルネガティブ乳癌を有すると同定すること、
    を含む、前記方法。
  7. 前記ＤＮＡが、メチル化特異的手法でＤＮＡを修飾する試薬で処理され、前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、亜硫酸水素塩、のうち１つ以上を含む、請求項６に記載の方法。
  8. 少なくとも１つのメチル化染色体領域量を測定することが、多重増幅、メチル化特異的ＰＣＲ、定量メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化特異的ＤＮＡ制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、ＰＣＲフラップアッセイ、及び亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングＰＣＲからなる群から選択される１つ以上の方法を使用することを含む、請求項６に記載の方法。
  9. 前記１つ以上の染色体領域それぞれに対する特異的なプライマーの前記セットが、
    ＮＡＣＡＤについては、配列番号：１７９及び１８０からなるプライマーのセット、
    ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ１については、配列番号：１３及び１４からなるプライマーのセット、
    ＤＬＸ４については、配列番号：５１及び５２からなるプライマーのセット、
    ＤＳＣＲ６については、配列番号：５７及び５８からなるプライマーのセット、
    ＳＴ８ＳＩＡ４については、配列番号：２２７及び２２８からなるプライマーのセット、ならびに
    ＫＬＦ１６については、配列番号：１０７及び１０８からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項６に記載の方法。
  10. 前記血液試料が、全血、血清、または血漿である、請求項６に記載の方法。
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