KR20200105661A - 유방암 검출방법 - Google Patents

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더글라스 더블유. 마호니
트레이시 씨. 얩
존 비. 키셀
하팀 티. 알라위
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마이클 더블유. 카이저
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Abstract

유방암 스크리닝의 기술 및 특히, 비독점적으로, 유방암의 존재를 탐지하기 위한 방법, 조성물, 및 관련 용도가 본 명세서에 제공된다.

Description

유방암 검출방법
관련 출원에 대한 상호 참조
본원은 2017년 11월 30일에 출원된 미국 가출원 번호 62/592,828에 대한 우선권 및 그것의 이점을 주장하며, 상기의 내용은 전체적으로 본 명세서에 참고로 통합된다.
발명의 분야
유방암 스크리닝의 기술 및 특히, 비독점적으로, 유방암의 존재를 탐지하기 위한 방법, 조성물, 및 관련 용도가 본 명세서에 제공된다.
유방암은 연간 대략 230,000명의 미국 여성들에게 영향을 주고 매년 약 40,000명의 생명을 빼앗아간다. BRCA1 및 BRCA2 유전자에서 생식계열 돌연변이의 운반체는 유방암 위험이 높은 것으로 알려져 있지만, 유방암에 걸린 대부분의 여성들은 이들 유전자들 중 하나에서 돌연변이를 가지고 있지 않으며 유방암의 증가된 위험에 처한 여성을 정확하게 확인하는 능력은 제한적이다. 효과적인 예방 요법은 있지만, 현행 위험 예측 모델은 유방암의 증가된 위험에 처한 다수의 여성을 정확하게 확인하지 못한다 (참고, 예를 들어, Pankratz VS, 등, J Clin Oncol 2008 Nov 20; 26(33):5374-9).
유방암을 탐지하기 위한 개선된 방법이 필요하다.
본 발명은 이들 필요성을 다룬다.
요약
메틸화된 DNA는 대부분의 종양 유형의 조직에서 바이오마커의 잠재적 부류로서 연구되어 왔다. 많은 경우에서, DNA 메틸전달효소는 유전자 발현의 후성유전적 대조군으로서 시토신-포스페이트-구아닌 (CpG) 해도형 부위에서 메틸기를 DNA에 부가한다. 생물학적으로 매력적인 기전에서, 종양 억제인자 유전자의 프로모터 영역내 획득된 메틸화 사건은 침묵 발현으로 생각되고, 따라서 종양형성에 기여한다. DNA 메틸화는 RNA 또는 단백질 발현보다 화학적으로 및 생물학적으로 더욱 안정한 진단 도구일 수 있다 (Laird (2010) Nat Rev Genet 11: 191-203). 게다가, 산발성 결장암 같은 다른 암에서, 메틸화 마커는 탁월한 특이성을 제공하고 개별 DNA 돌연변이보다 더욱 광범위하게 정보를 제공하고 민감하다 (Zou 등 (2007) Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 16: 2686-96).
CpG 해도형의 분석은 동물 모델 및 인간 세포주에 적용된 경우 중요한 발견을 가져왔다. 예를 들어, Zhang과 동료들은 동일한 CpG 해도형의 상이한 일부로부터의 앰플리콘이 메틸화의 상이한 수준을 가질 수 있다는 것을 알아내었다 (Zhang 등 (2009) PLoS Genet 5: e1000438). 또한, 메틸화 수준은 고도로 메틸화된 그리고 메틸화되지 않은 서열간의 양봉형으로 분포되어, DNA 메틸전달효소 활성의 2원 스위치-유사 패턴을 추가로 지원하였다 (Zhang 등 (2009) PLoS Genet 5: e1000438). 생체내 쥣과 조직 및 시험관내 세포주의 분석은 고 CpG 밀도 프로모터 (300 염기쌍 영역 내에서 >7% CpG 서열을 가지고 있는 것으로서 정의된, HCP)의 약 0.3%만이 메틸화되었고, 반면에 저 CpG 밀도 (300 염기쌍 영역 내에서 <5% CpG 서열을 가지고 있는 것으로서 정의된, LCP)의 구역이 동적 조직-특이적 패턴으로 빈번하게 메틸화되는 경향이 있음을 실증하였다 (Meissner 등 (2008) Nature 454: 766-70). HCP는 아주 흔한 하우스키핑 유전자 및 고도로 조절된 발달 유전자에 대한 프로모터를 포함한다. >50%에서 메틸화된 HCP 부위 중에는 몇 개의 확립된 마커 예컨대 Wnt 2, NDRG2, SFRP2, 및 BMP3이 있었다 (Meissner 등 (2008) Nature 454: 766-70).
시토신-포스페이트-구아닌 (CpG) 해도형 부위에서 DNA 메틸전달효소에 의한 DNA의 후성유전적 메틸화는 대부분의 종양 유형의 조직에서 바이오마커의 잠재적 부류로서 연구되어 왔다. 생물학적으로 매력적인 기전에서, 종양 억제인자 유전자의 프로모터 영역내 획득된 메틸화 사건은 침묵 발현으로 생각되어, 종양형성에 기여한다. DNA 메틸화는 RNA 또는 단백질 발현보다 화학적으로 및 생물학적으로 더욱 안정한 진단 도구일 수 있다. 게다가, 산발성 결장암 같은 다른 암에서, 비정상적인 메틸화 마커는 개별 DNA 돌연변이보다 더욱 광범위하게 정보을 제공하고 더욱 민감성이며 탁월한 특이도를 제공한다.
몇몇 방법은 신규한 메틸화 마커를 찾는데 이용가능하다. CpG 메틸화의 마이크로-어레이 기반 질문이 합리적, 고-처리량 접근법인 반면, 상기 전략은 알려진 관심 영역, 주로 확립된 종양 억제인자 프로모터 쪽으로 편향된다. DNA 메틸화의 대안적인 게놈-전체 분석 방법은 지난 10년간 개발되어 왔다. 3가지 기본적 접근법이 있다. 제1은 특이적 메틸화된 부위를 인식하는 제한 효소에 의한 DNA의 소화, 이어서 정량화 단계들 (예컨대 메틸화-특이적 PCR; MSP)에서 DNA를 증폭시키는데 사용된 프라이머 또는 효소 인식 부위에 제한된 메틸화 데이터를 제공하는 몇몇 가능한 분석 기술을 이용한다. 제2 접근법은 메틸-시토신 또는 다른 메틸화-특이적 결합 도메인에 지향된 항-바디를 사용하여 게놈 DNA의 메틸화된 분획을 농축시키고 이어서 마이크로어레이 분석 또는 서열분석하여 단편을 참조 게놈에 맵핑한다. 이러한 접근법은 단편 내에서 모든 메틸화된 부위의 단일 뉴클레오타이드 해상도를 제공하지 않는다. 제3 접근법은 모든 메틸화되지 않은 시토신을 우라실로 전환하기 위해 DNA의 바이설파이트 처리로 시작하고, 이어서 어댑터 리간드에 커플링 후 모든 단편의 제한 효소 소화 및 완전한 서열분석 처리된다. 제한 효소의 선택은 CpG 조밀 영역에 대하여 단편을 농축시킬 수 있어, 분석 동안 다중 유전자 위치에 맵핑할 수 있는 다수의 중복적인 서열을 감소시킬 수 있다.
RRBS는 중간 내지 높은 판독 적용범위에서 대다수의 종양 억제인자 프로모터 및 모든 CpG 해도형의 80-90%의 단일 뉴클레오타이드 해상도에서 CpG 메틸화 상황 데이터를 산출한다. 암 사례 - 대조군 연구에서, 이들 판독의 분석은 차별적 메틸화 영역 (DMR)의 확인을 초래한다. 췌장암 시료의 이전의 RRBS 분석에서, 수백 DMR은 밝혀졌고, 이들 중 다수는 발암과 결코 연관되지 않았으며 이들 중 다수는 비교할 수 없었다. 독립적인 조직 샘플 세트에 관한 추가 검증 연구는 성능의 관점에서 100% 민감성이었고 특이성이었던 마커 CpG를 확인하였다.
유방암 스크리닝을 위한 기술 및 특히, 비독점적으로, 유방암의 존재를 탐지하기 위한 방법, 조성물, 및 관련된 용도는 본 명세서에서 제공된다.
사실상, 실시예 I, II 및 III에서 기재된 바와 같이, 본 발명의 구현예의 확인 과정 동안 수행된 실험은 비-신생물성 대조군 DNA로부터 유방암 유래된 DNA를 구별하기 위한 차별적 메틸화 영역 (DMR)의 신규한 세트를 확인하였다.
그와 같은 실험은 양성 유방 조직으로부터 유방암 조직을 구별하는 375개의 신규한 DNA 메틸화 마커를 열거하고 기재한다 (참고, 표 2 및 18, 실시예 I, II 및 III).
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 양성 유방 조직으로부터 유방암 조직을 구별할 수 있는 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1 (참고, 표 16E, 실시예 II); 및
● ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B (참고, 표 22, 실시예 III).
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 혈액 샘플 (예를 들어, 혈장 샘플, 전혈 샘플, 혈청 샘플)에서 유방암을 탐지하기 위한 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B (참고, 표 27, 실시예 III).
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 양성 유방 조직으로부터 삼중 음성 유방암 조직을 구별할 수 있는 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● ABLIM1, AJAP1_B, ASCL2, ATP6V1B1, BANK1, CALN1_A, CALN1_B, CLIC6, DSCR6, FOXP4, GAD2, GCGR, GP5, GRASP, HBM, HNF1B_B, KLF16, MAGI2, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8859253-8859329, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr6.157557371-157557657, MPZ, NKX2-6, PDX1, PLXNC1_A, PPARG, PRKCB, PTPRN2, RBFOX_A, SCRT2_A, SLC7A4, STAC2_B, STX16_A, STX16_B, TBX1, TRH_A, VSTM2B_A, ZBTB16, ZNF132, 및 ZSCAN23 (참고, 표 3, 실시예 I);
● CALN1_A, LOC100132891, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, DLX4, GP5, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, KCNK9, SCRT2_B, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I);
● ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4 (참고, 표 16A, 실시예 II).
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 양성 유방 조직으로부터 HER2+ 유방암 조직을 구별할 수 있는 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● ABLIM1, AFAP1L1, AKR1B1, ALOX5, AMN, ARL5C, BANK1, BCAT1, BEGAIN, BEST4, BHLHE23_B, BHLHE23_C, C17orf64, C1QL2, C7orf52, CALN1_B, CAV2, CD8A, CDH4_A, CDH4_B, CDH4_C, CDH4_D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_B, CLIP4, CR1, DLK1, DNAJC6, DNM3_A, EMX1_A, ESPN, FABP5, FAM150A, FLJ42875, GLP1R, GNG4, GYPC_A, HAND2, HES5, HNF1B_A, HNF1B_B, HOXA1_A, HOXA1_B, HOXA7_A, HOXA7_B, HOXA7_C, HOXD9, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, IGSF9B_A, IL15RA, INSM1, ITPKA_B, ITPRIPL1, KCNE3, KCNK17_B, LIME1, LOC100132891, LOC283999, LY6H, MAST1, MAX.chr1.158083198-158083476, MAX.chr1.228074764-228074977, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr10.130085265-130085312, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr14.101176106-101176260, MAX.chr15.96889069-96889128, MAX.chr17.8230197-8230314, MAX.chr19.46379903-46380197, MAX.chr2.97193163-97193287, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr21.44782441-44782498, MAX.chr22.23908718-23908782, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.180101084-180101094, MAX.chr5.42952185-42952280, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr6.27064703-27064783, MAX.chr7.152622607-152622638, MAX.chr8.145104132-145104218, MAX.chr9.136474504-136474527, MCF2L2, MSX2P1, NACAD, NID2_B, NID2_C, ODC1, OSR2_B, PAQR6, PCDH8, PIF1, PPARA, PPP2R5C, PRDM13_A, PRHOXNB, PRKCB, RBFOX3_A, RBFOX3_B, RFX8, SNCA, STAC2_A, STAC2_B, STX16_B SYT5, TIMP2, TMEFF2, TNFRSF10D, TRH_B, TRIM67, TRIM71_C, USP44_A, USP44_B, UTF1, UTS2R, VSTM2B_A, VSTM2B_B, ZFP64, 및 ZNF132 (참고, 표 4, 실시예 I);
● BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, CHST2_A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, C17orf64, CHST2_B, DLX4, DNM3_A, EMX1_A, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, LAYN, PLXNC1_A, RIC3, SCRT2_B, ALOX5, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, AJAP1_B, DSCR6, 및 MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I);
● ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, C10orf125 (참고, 표 16B, 실시예 II).
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 양성 유방 조직으로부터 내강 A 유방암 조직을 구별할 수 있는 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● ARL5C, BHLHE23_C, BMP6, C10orf125, C17orf64, C19orf66, CAMKV, CD1D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_A, CRHBP, DLX6, DNM3_A, DNM3_B, DNM3_C, ESYT3, ETS1_A, ETS1_B, FAM126A, FAM189A1, FAM20A, FAM59B, FBN1, FLRT2, FMN2, FOXP4, GAS7, GYPC_A, GYPC_B, HAND2, HES5, HMGA2, HNF1B_B, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, KCNH8, KCNK17_A, KCNQ2, KLHDC7B, LOC100132891, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990591-59990895, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr20.1783841-1784054, MAX.chr21.47063802-47063851, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.172234248-172234494, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr6.130686865-130686985, MAX.chr8.687688-687736, MAX.chr8.688863-688924, MAX.chr9.114010-114207, MPZ, NID2_A, NKX2-6, ODC1, OSR2_A, POU4F1, PRDM13_B, PRKCB, RASGRF2, RIPPLY2, SLC30A10, ST8SIA4, SYN2, TRIM71_A, TRIM71_B, TRIM71_C, UBTF, ULBP1, USP44_B, 및 VSTM2B_A (참고, 표 5, 실시예 I);
● BHLHE23_C, CD1D, CHST2_A, FAM126A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, SLC30A10, TRIM67, ATP6V1B1, BANK1, C10orf125, C17orf64, CHST2_B, DNM3_A, EMX1_A, GP5, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990671-59990859, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, OTX1, PLXNC1_A, HNF1B_B, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, DSCR6, MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I);
● ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125 (참고, 표 16C, 실시예 II).
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 양성 유방 조직으로부터 내강 B 유방암 조직을 구별할 수 있는 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● ACCN1, AJAP1_A, AJAP1_B, BEST4, CALN1_B, CBLN1_B, CDH4_E, DLX4, FOXP4, IGSF9B_B, ITPRIPL1, KCNA1, KLF16, LMX1B_A, MAST1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr8.124173128-124173268, MPZ, PPARA, PRMT1, RBFOX3_B, RYR2_A, SALL3, SCRT2_A, SPHK2, STX16_B SYNJ2, TMEM176A, TSHZ3, 및 VIPR2 (참고, 표 6, 실시예 I);
● CALN1_A, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, DLX4, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, BHLHE23_D, HNF1B_B, TRH_A, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, AJAP1_B, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I);
● ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D (참고, 표 16D, 실시예 II).
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 양성 유방 조직으로부터 BRCA1 유방암 조직을 구별할 수 있는 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● C10orf93, C20orf195_A, C20orf195_B, CALN1_B, CBLN1_A, CBLN1_B, CCDC61, CCND2_A, CCND2_B, CCND2_C, EMX1_B, FAM150B, GRASP, HBM, ITPRIPL1, KCNK17_A, KIAA1949, LOC100131176, MAST1, MAX.chr1.8277285-8277316, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr18.5629721-5629791, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679767-42679917, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr6.157556793-157556856, MAX.chr8.124173030-124173395, MN1, MPZ, NR2F6, PDXK_A, PDXK_B, PTPRM, RYR2_B, SERPINB9_A, SERPINB9_B, SLC8A3, STX16_B TEPP, TOX, VIPR2, VSTM2B_A, ZNF486, ZNF626, 및 ZNF671 (참고, 표 7, 실시예 I);
● BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I);
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 양성 유방 조직으로부터 BRCA2 유방암 조직을 구별할 수 있는 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● ANTXR2, B3GNT5, BHLHE23_C, BMP4, CHRNA7, EPHA4, FAM171A1, FAM20A, FMNL2, FSCN1, GSTP1, HBM, IGFBP5, IL17REL, ITGA9, ITPRIPL1, KIRREL2, LRRC34, MAX.chr1.239549742-239549886, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr2.238864674-238864735, MAX.chr5.81148300-81148332, MAX.chr7.151145632-151145743, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr8.143533298-143533558, MERTK, MPZ, NID2_C, NTRK3, OLIG3_A, OLIG3_B, OSR2_C, PROM1, RGS17, SBNO2, STX16_B TBKBP1, TLX1NB, VIPR2, VN1R2, VSNL1, 및 ZFP64 (참고, 표 8, 실시예 I);
● MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I).
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 양성 유방 조직으로부터 침습성 유방암 조직을 구별할 수 있는 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● CDH4_E, FLJ42875, GAD2, GRASP, ITPRIPL1, KCNA1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MPZ, NKX2-6, PRKCB, RBFOX3_B, SALL3, 및 VSTM2B_A (참고, 표 2, 실시예 I).
이들 375 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직으로부터 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직을 구별할 수 있는 하기 마커 및/또는 마커의 패널을 확인했다:
● SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, ITPRIPL1, ITPRIPL1, DLX4, CALN1_A, 및 IGF2BP3_B (참고, 표 15, 실시예 I);
● SCRT2_B, ITPRIPL1, 및 MAX.chr8.124173030-12417339 (91% 특이도에서 100% 민감도) (참고, 표 15, 실시예 I),
● DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, 및 ITPRIPL1 (참고, 표 17, 실시예 II).
본 명세서에서 기재된 바와 같이, 본 기술은 전체적인 유방암 및 다양한 유형의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)에 대하여 높은 구별력을 가진 수많은 메틸화된 DNA 마커 및 이의 서브셋 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8개 마커의 세트)를 제공한다. 실험은 높은 신호 대 잡음 비를 제공하는 마커를 확인하기 위해 후보 마커에 선택 필터 그리고 유방암 스크리닝 또는 진단의 목적으로 고 특이도를 제공하기 위해 낮은 배경 수준을 적용하였다.
일부 구현예에서, 본 기술은 생물학적 샘플 (예를 들어, 유방 조직, 혈장 샘플)에서 본 명세서에 확인된 마커들 중 하나 이상의 존재 및 메틸화 상태 평가에 관련된다. 이들 마커는 본 명세서에서 논의된 바와 같이, 예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같이, 하나 이상의 차별적 메틸화 영역 (DMR)을 포함한다. 메틸화 상태는 본 기술의 구현예에서 평가된다. 그것으로서, 본 명세서에서 제공된 기술은 유전자의 메틸화 상태가 측정되는 방법에서 제한되지 않는다. 예를 들어, 일부 구현예에서 메틸화 상태는 게놈 스캐닝 방법에 의해 측정된다. 예를 들어, 하나의 방법은 제한 랜드마크 게놈 스캐닝 (Kawai 등 (1994) Mol . Cell. Biol . 14: 7421-7427)을 포함하고 또 다른 예는 메틸화-민감성 임의로 프라이밍된 PCR (Gonzalgo 등 (1997) Cancer Res. 57: 594-599)를 포함한다. 일부 구현예에서, 특이적 CpG 부위에서 메틸화 패턴의 변화는 메틸화-민감성 제한 효소에 의한 게놈 DNA의 소화 이어서 관심 영역의 서던 분석으로 모니터링된다 (소화-서던 방법). 일부 구현예에서, 메틸화 패턴의 분석 변화는 PCR 증폭에 앞서 메틸화-민감성 제한 효소 또는 메틸화-의존적 제한 효소에 의한 게놈 DNA의 소화를 포함하는 PCR-기반 공정을 포함한다 (Singer-Sam 등 (1990) Nucl . Acids Res. 18: 687). 또한, 메틸화 분석용 개시점으로서 DNA의 바이설파이트 처리를 이용하는 다른 기술은 보고되어 왔다. 이들은 메틸화-특이적 PCR (MSP) (Herman 등 (1992) Proc . Natl . Acad . Sci . USA 93: 9821-9826) 그리고 바이설파이트-전환된 DNA로부터 증폭된 PCR 생성물의 제한 효소 소화 (Sadri and Hornsby (1996) Nucl . Acids Res. 24: 5058-5059; 및 Xiong과 Laird (1997) Nucl . Acids Res. 25: 2532-2534)를 포함한다. PCR 기술은 유전자 돌연변이의 탐지 (Kuppuswamy 등 (1991) Proc . Natl . Acad . Sci . USA 88: 1143-1147) 그리고 대립유전자-특이적 발현의 정량화 (Szabo and Mann (1995) Genes Dev . 9: 3097-3108; 및 Singer-Sam 등 (1992) PCR Methods Appl . 1: 160-163)를 위하여 개발되어 왔다. 그와 같은 기술은 내부 프라이머를 사용하고, 이는 PCR-생성된 템플레이트에 어닐링되고 분석될 단일 뉴클레오타이드의 5'를 즉시 종결시킨다. 미국 특허 번호 7,037,650에서 기재된 바와 같은 "정량적 Ms-SNuPE 검정"을 사용하는 방법은 일부 구현예에서 사용된다.
메틸화 상태 평가시, 메틸화 상태는 그 특정 부위를 포함하는 샘플에서 DNA의 총 모집단에 비해 특정 부위에서 (예를 들어, 단일 뉴클레오타이드에서, 특정 영역 또는 유전자좌에서, 더 긴 관심 서열에서, 예를 들어, 최대 ~100-bp, 200-bp, 500-bp, 1000-bp 하위서열의 DNA 또는 더 긴 서열에서) 메틸화되는 DNA의 개별 가닥의 분획 또는 백분율로서 종종 표현된다. 종래에, 메틸화되지 않은 핵산의 양은 캘리브레이터를 사용하는 PCR에 의해 결정된다. 그 다음, DNA의 알려진 양은 바이설파이트 처리되고 수득된 메틸화-특이적 서열은 실시간 PCR 또는 다른 지수 증폭, 예를 들어, (예를 들어, 본 명세서에서 참고로 편입된, 미국 특허 번호 8,361,720; 및 미국 특허 출원 공개 번호 2012/0122088 및 2012/0122106에 의해 제공된 바와 같은) QuARTS 검정 어느 한쪽을 사용하여 결정된다.
예를 들어, 일부 구현예에서 본 방법은 외부 표준을 사용함으로써 메틸화되지 않은 표적에 대하여 표준 곡선을 생성하는 단계를 포함한다. 표준 곡선은 적어도 2개의 지점으로부터 작제되고 메틸화되지 않은 DNA 대 알려진 정량적 표준에 대한 실시간 Ct 값에 관련한다. 그 다음, 메틸화된 표적에 대한 제2 표준 곡선은 적어도 2개의 지점 및 외부 표준으로부터 작제된다. 이러한 제2 표준 곡선은 메틸화된 DNA 대 알려진 정량적 표준에 대한 Ct에 관련한다. 다음으로, 시험 샘플 Ct 값은 메틸화된 및 메틸화되지 않은 모집단에 대하여 결정되고 DNA의 게놈 동등량은 첫 2개 단계들에 의해 생산된 표준 곡선으로부터 계산된다. 관심 부위에서 메틸화의 백분율은 모집단에서 DNA의 총량에 비해 메틸화된 DNA의 양, 예를 들어, (메틸화된 DNA의 수) / (메틸화된 DNA의 수 + 메틸화되지 않은 DNA의 수) × 100으로부터 계산된다.
본 방법을 실시하기 위한 조성물 및 키트는 본 명세서에서 또한 제공된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 하나 이상의 마커에 특이적인 시약(예를 들어, 프라이머, 프로브)는 단독으로 또는 세트 (예를 들어, 복수의 마커 증폭용 프라이머 쌍의 세트)로 제공된다. 검출 검정 수행용 추가의 시약(예를 들어, QuARTS, PCR, 서열분석, 바이설파이트, 또는 다른 검정 수행용 효소, 완충액, 양성 및 음성 대조군)이 또한 제공될 수 있다. 일부 구현예에서, 키트는 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킬 수 있는 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약)을 함유한다. 일부 구현예에서, 방법 수행에 필요한, 충분한, 또는 유용한 하나 이상의 시약을 함유하는 키트는 제공된다. 시약을 함유하는 반응 혼합물은 또한 제공된다. 반응 혼합물을 완료하기 위해 서로에 및/또는 시험 샘플에 첨가될 수 있는 복수의 시약을 함유하는 마스터 믹스 시약 세트는 추가로 제공된다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 기재된 기술은 본 명세서에서 기재된 방법에 의해 제공된 바와 같이 산술적 또는 논리적 연산의 순서를 수행하도록 설계된 프로그래밍가능한 기계와 연관된다. 예를 들어, 본 기술의 일부 구현예는 컴퓨터 소프트웨어 및/또는 컴퓨터 하드웨어와 연관된다 (예를 들어, 상기에서 시행된다). 일 양태에서, 본 기술은 한 형태의 메모리, 산술적 및 논리적 연산 수행용 소자, 및 데이터를 판독, 조작, 및 저장하기 위해 일련의 명령어 (예를 들어, 본 명세서에서 제공된 바와 같은 방법) 실행용 소자 (예를 들어, 마이크로프로세서)를 포함하는 컴퓨터에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 마이크로프로세서는 (예를 들어, 하나 이상의 DMR, 예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같은 DMR 1-375의) 메틸화 상태 결정용; (예를 들어, 하나 이상의 DMR, 예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같은 DMR 1-375의) 메틸화 상태 비교용; 표준 곡선 생성용; Ct 값 결정용; (예를 들어, 하나 이상의 DMR, 예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같은 DMR 1-375의) 메틸화의 분획, 빈도, 또는 백분율 계산용; CpG 해도형 확인용; 검정 또는 마커의 특이도 및/또는 민감도 결정용; ROC 곡선 및 연관된 AUC 계산용; 서열 분석용 시스템의 일부이고; 모두 본 명세서에서 기재된 바와 같거나 당해 기술에 공지되어 있다.
일부 구현예에서, 마이크로프로세서 또는 컴퓨터는 암의 부위를 예상하기 위한 알고리즘에서 메틸화 상태 데이터를 사용한다.
일부 구현예에서, 소프트웨어 또는 하드웨어 구성요소는 다중 검정의 결과를 수령하고 (예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같이, 예를 들어, 다중 DMR의 메틸화 상태를 결정하는) 다중 검정의 결과에 기초한 암 위험을 나타내는 사용자에게 보고하기 위해 단일 값 결과를 결정한다. 관련된 구현예는, 예를 들어, 다중 마커 (예컨대, 예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같은, 다중 DMR)의 메틸화 상태를 결정하는 다중 검정으로부터 결과의 수학적 조합 (예를 들어, 가중된 조합, 선형 조합)에 기초한 위험 인자를 계산한다. 일부 구현예에서, DMR의 메틸화 상태는 차원을 정의하고 다차원 공간에서 값을 가질 수 있으며 다중 DMR의 메틸화 상태에 의해 정의된 좌표는, 예를 들어, 사용자, 예를 들어, 암 위험에 관련된 사용자에게 보고하기 위한 결과이다.
일부 구현예는 저장 매체 및 메모리 구성요소를 포함한다. 메모리 구성요소 (예를 들어, 휘발성 및/또는 비휘발성 메모리)는 저장 명령어 (예를 들어, 본 명세서에서 제공된 바와 같은 프로세스의 구현예) 및/또는 데이터 (예를 들어, 공작물 예컨대 메틸화 측정, 순서, 및 이와 연관된 통계적 설명)에서 사용된다. 일부 구현예는 하나 이상의 CPU, 그래픽 카드, 및 (예를 들어, 출력 디바이스 예컨대 디스플레이 및 입력 디바이스 예컨대 키보드를 포함하는) 사용자 인터페이스를 또한 포함하는 시스템에 관련한다.
본 기술과 연관된 프로그래밍가능한 기계는 종래의 현존 기술 그리고 개발 중인 또는 아직 개발되지 않은 기술 (예를 들어, 양자 컴퓨터, 화학 컴퓨터, DNA 컴퓨터, 광학 컴퓨터, 스핀트로닉스 기초 컴퓨터, 등)을 포함한다.
일부 구현예에서, 본 기술은 데이터 전송용 유선 (예를 들어, 금속 케이블, 광섬유) 또는 무선 전송 매체를 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예는 네트워크 (예를 들어, 근거리 통신망 (LAN), 광역 네트워크 (WAN), 애드혹 네트워크, 인터넷, 등)을 통한 데이터 전송에 관련한다. 일부 구현예에서, 프로그래밍가능한 기계는 그와 같은 네트워크 상에서 동료로서 존재하고 일부 구현예에서 프로그래밍가능한 기계는 클라이언트/서버 관계를 가지고 있다.
일부 구현예에서, 데이터는 컴퓨터-판독가능한 저장 매체 예컨대 하드 디스크, 플래시 메모리, 광학 매체, 플로피 디스크, 등에서 저장된다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공된 기술은 본 명세서에서 기재된 바와 같은 방법을 수행하기 위한 개념으로 작동하는 복수의 프로그래밍가능한 디바이스와 연관된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, (예를 들어, 네트워크에 의해 연결된) 복수의 컴퓨터는, 예를 들어, 종래의 네트워크 인터페이스, 예컨대 이더넷, 광섬유에 의해, 또는 무선 네트워크 기술에 의해 (사설, 공공, 또는 인터넷) 네트워크에 연결된 (온보드 CPU, 스토리지, 전원 공급장치, 네트워크 인터페이스, 등이 있는) 완전한 컴퓨터에 의존하는 클러스터 컴퓨팅 또는 그리드 컴퓨팅 또는 일부 다른 분산 컴퓨터 아키텍처의 실행에서 데이터를 수집 및 프로세싱하기 위해 병렬적으로 작업할 수 있다.
예를 들어, 일부 구현예는 컴퓨터-판독가능 매체를 포함하는 컴퓨터를 제공한다. 구현예는 프로세서에 커플링된 랜덤 액세스 메모리 (RAM)을 포함한다. 프로세서는 메모리에서 저장된 컴퓨터-실행가능 프로그램 명령어를 실행한다. 그와 같은 프로세서는 마이크로프로세서, ASIC, 상태 기계, 또는 다른 프로세서를 포함할 수 있고, 임의의 수의 컴퓨터 프로세서, 예컨대 캘리포니아주, 산타클라라의 인텔사 그리고 일리노이주, 샴버그의 모토롤라사로부터의 프로세서일 수 있다. 그와 같은 프로세서는, 프로세서에 의해 실행된 경우, 프로세서를 본 명세서에서 기재된 단계들을 수행시키는 명령어를 저장하는 매체, 예를 들어 컴퓨터-판독가능한 매체를 포함하거나, 이와 통신할 수 있다.
컴퓨터-판독가능한 매체의 구현예는, 비제한적으로, 컴퓨터-판독가능한 명령어를 가진 프로세서를 제공할 수 있는 전자, 광학, 자기, 또는 다른 저장 또는 전송 장치를 포함한다. 적합한 매체의 다른 예는, 비제한적으로, 플로피 디스크, CD-ROM, DVD, 자기 디스크, 메모리 칩, ROM, RAM, ASIC, 구성된 프로세서, 모든 광학 매체, 모든 자기 테이프 또는 다른 자기 매체, 또는 컴퓨터 프로세서가 명령어를 판독할 수 있는 임의의 다른 매체를 포함한다. 또한, 컴퓨터-판독가능한 매체의 다양한 다른 형태는, 라우터, 사설 또는 공공 네트워크, 또는, 유선 및 무선 양쪽의, 다른 전송 장치 또는 채널을 포함하여, 컴퓨터에 명령어를 전송 또는 전달할 수 있다. 명령어는, 예를 들어, C, C++, C#, Visual Basic, Java, Python, Perl, 및 JavaScript를 포함하는, 임의의 적합한 컴퓨터-프로그래밍 언어로부터 코드를 포함할 수 있다.
컴퓨터는 일부 구현예에서 네트워크에 연결된다. 컴퓨터는 또한 수많은 외부 또는 내부 디바이스 예컨대 마우스, CD-ROM, DVD, 키보드, 디스플레이, 또는 다른 입력 또는 출력 디바이스를 포함할 수 있다. 컴퓨터의 예는 개인용 컴퓨터, 디지털 보조제, 개인 정보 단말기, 셀룰러폰, 휴대폰, 스마트폰, 페이저, 디지털 태블릿, 랩톱 컴퓨터, 인터넷 가전, 및 다른 프로세서-기반 디바이스이다. 일반적으로, 본 명세서에서 제공된 기술의 양태에 관련된 컴퓨터는 본 명세서에서 제공된 기술을 포함하는 하나 이상의 프로그램을 지원할 수 있는, 임의의 운영 체제, 예컨대 Microsoft Windows, Linux, UNIX, Mac OS X, 등에서 작동하는 임의의 유형의 프로세서-기반 플랫폼일 수 있다. 일부 구현예는 기타 응용 프로그램 (예를 들어, 애플리케이션)을 실행하는 개인용 컴퓨터를 포함한다. 애플리케이션은 메모리에서 포함될 수 있고, 예를 들어, 워드 프로세싱 애플리케이션, 스프레드시트 애플리케이션, 이메일 애플리케이션, 인스턴트 메신저 애플리케이션, 프리젠테이션 애플리케이션, 인터넷 브라우저 애플리케이션, 캘린더/관리자 애플리케이션, 및 클라이언트 디바이스에 의해 실행될 수 있는 임의의 기타 애플리케이션을 포함할 수 있다.
본 기술과 연관된 경우 본 명세서에서 기재된 모든 그와 같은 구성요소, 컴퓨터, 및 시스템은 논리적 또는 가상적일 수 있다.
따라서, 대상체로부터 수득된 샘플에서 유방암 및/또는 다양한 형태의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)을 스크리닝하는 방법과 관련된 기술이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 대상체로부터 수득된 샘플 (예를 들어, 유방 조직) (예를 들어, 혈장 샘플)에서 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계 및 상기 마커의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 마커의 메틸화 상태와 상이할 때 유방암 및/또는 특정 형태의 유방암이 있는 것으로 상기 대상체를 확인하는 단계를 포함하되, 상기 마커는 표 2 및 18에서 제공된 DMR 1-375로 구성된 군으로부터 선택된 차별적 메틸화 영역 (DMR)에서 염기를 포함한다.
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태는 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 유방암이 있음을 나타낸다: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1 (참고, 표 16E, 실시예 II).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태는 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 유방암이 있음을 나타낸다: ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B (참고, 표 22, 실시예 III).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 혈액 샘플 (예를 들어, 혈장, 혈청, 전혈) 및 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 유방암이 있음을 나타낸다: CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B (참고, 표 27, 실시예 III).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 삼중 음성 유방암이 있음을 나타낸다: ABLIM1, AJAP1_B, ASCL2, ATP6V1B1, BANK1, CALN1_A, CALN1_B, CLIC6, DSCR6, FOXP4, GAD2, GCGR, GP5, GRASP, HBM, HNF1B_B, KLF16, MAGI2, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8859253-8859329, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr6.157557371-157557657, MPZ, NKX2-6, PDX1, PLXNC1_A, PPARG, PRKCB, PTPRN2, RBFOX_A, SCRT2_A, SLC7A4, STAC2_B, STX16_A, STX16_B, TBX1, TRH_A, VSTM2B_A, ZBTB16, ZNF132, 및 ZSCAN23 (참고, 표 3, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 삼중 음성 유방암이 있음을 나타낸다: CALN1_A, LOC100132891, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, DLX4, GP5, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, KCNK9, SCRT2_B, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 삼중 음성 유방암이 있음을 나타낸다: ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4 (참고, 표 16A, 실시예 II).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 HER2+ 유방암이 있음을 나타낸다: ABLIM1, AFAP1L1, AKR1B1, ALOX5, AMN, ARL5C, BANK1, BCAT1, BEGAIN, BEST4, BHLHE23_B, BHLHE23_C, C17orf64, C1QL2, C7orf52, CALN1_B, CAV2, CD8A, CDH4_A, CDH4_B, CDH4_C, CDH4_D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_B, CLIP4, CR1, DLK1, DNAJC6, DNM3_A, EMX1_A, ESPN, FABP5, FAM150A, FLJ42875, GLP1R, GNG4, GYPC_A, HAND2, HES5, HNF1B_A, HNF1B_B, HOXA1_A, HOXA1_B, HOXA7_A, HOXA7_B, HOXA7_C, HOXD9, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, IGSF9B_A, IL15RA, INSM1, ITPKA_B, ITPRIPL1, KCNE3, KCNK17_B, LIME1, LOC100132891, LOC283999, LY6H, MAST1, MAX.chr1.158083198-158083476, MAX.chr1.228074764-228074977, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr10.130085265-130085312, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr14.101176106-101176260, MAX.chr15.96889069-96889128, MAX.chr17.8230197-8230314, MAX.chr19.46379903-46380197, MAX.chr2.97193163-97193287, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr21.44782441-44782498, MAX.chr22.23908718-23908782, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.180101084-180101094, MAX.chr5.42952185-42952280, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr6.27064703-27064783, MAX.chr7.152622607-152622638, MAX.chr8.145104132-145104218, MAX.chr9.136474504-136474527, MCF2L2, MSX2P1, NACAD, NID2_B, NID2_C, ODC1, OSR2_B, PAQR6, PCDH8, PIF1, PPARA, PPP2R5C, PRDM13_A, PRHOXNB, PRKCB, RBFOX3_A, RBFOX3_B, RFX8, SNCA, STAC2_A, STAC2_B, STX16_B SYT5, TIMP2, TMEFF2, TNFRSF10D, TRH_B, TRIM67, TRIM71_C, USP44_A, USP44_B, UTF1, UTS2R, VSTM2B_A, VSTM2B_B, ZFP64, 및 ZNF132 (참고, 표 4, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 HER2+ 유방암이 있음을 나타낸다: BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, CHST2_A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, C17orf64, CHST2_B, DLX4, DNM3_A, EMX1_A, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, LAYN, PLXNC1_A, RIC3, SCRT2_B, ALOX5, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, AJAP1_B, DSCR6, 및 MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 HER2+ 유방암이 있음을 나타낸다: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, C10orf125 (참고, 표 16B, 실시예 II).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 내강 A 유방암이 있음을 나타낸다: ARL5C, BHLHE23_C, BMP6, C10orf125, C17orf64, C19orf66, CAMKV, CD1D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_A, CRHBP, DLX6, DNM3_A, DNM3_B, DNM3_C, ESYT3, ETS1_A, ETS1_B, FAM126A, FAM189A1, FAM20A, FAM59B, FBN1, FLRT2, FMN2, FOXP4, GAS7, GYPC_A, GYPC_B, HAND2, HES5, HMGA2, HNF1B_B, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, KCNH8, KCNK17_A, KCNQ2, KLHDC7B, LOC100132891, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990591-59990895, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr20.1783841-1784054, MAX.chr21.47063802-47063851, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.172234248-172234494, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr6.130686865-130686985, MAX.chr8.687688-687736, MAX.chr8.688863-688924, MAX.chr9.114010-114207, MPZ, NID2_A, NKX2-6, ODC1, OSR2_A, POU4F1, PRDM13_B, PRKCB, RASGRF2, RIPPLY2, SLC30A10, ST8SIA4, SYN2, TRIM71_A, TRIM71_B, TRIM71_C, UBTF, ULBP1, USP44_B, 및 VSTM2B_A (참고, 표 5, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 내강 A 유방암이 있음을 나타낸다: BHLHE23_C, CD1D, CHST2_A, FAM126A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, SLC30A10, TRIM67, ATP6V1B1, BANK1, C10orf125, C17orf64, CHST2_B, DNM3_A, EMX1_A, GP5, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990671-59990859, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, OTX1, PLXNC1_A, HNF1B_B, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, DSCR6, MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 내강 A 유방암이 있음을 나타낸다: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125 (참고, 표 16C, 실시예 II).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 내강 B 유방암이 있음을 나타낸다: ACCN1, AJAP1_A, AJAP1_B, BEST4, CALN1_B, CBLN1_B, CDH4_E, DLX4, FOXP4, IGSF9B_B, ITPRIPL1, KCNA1, KLF16, LMX1B_A, MAST1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr8.124173128-124173268, MPZ, PPARA, PRMT1, RBFOX3_B, RYR2_A, SALL3, SCRT2_A, SPHK2, STX16_B SYNJ2, TMEM176A, TSHZ3, 및 VIPR2 (참고, 표 6, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 내강 B 유방암이 있음을 나타낸다: CALN1_A, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, DLX4, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, BHLHE23_D, HNF1B_B, TRH_A, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, AJAP1_B, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 내강 B 유방암이 있음을 나타낸다: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D (참고, 표 16D, 실시예 II).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 BRCA1 유방암이 있음을 나타낸다: C10orf93, C20orf195_A, C20orf195_B, CALN1_B, CBLN1_A, CBLN1_B, CCDC61, CCND2_A, CCND2_B, CCND2_C, EMX1_B, FAM150B, GRASP, HBM, ITPRIPL1, KCNK17_A, KIAA1949, LOC100131176, MAST1, MAX.chr1.8277285-8277316, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr18.5629721-5629791, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679767-42679917, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr6.157556793-157556856, MAX.chr8.124173030-124173395, MN1, MPZ, NR2F6, PDXK_A, PDXK_B, PTPRM, RYR2_B, SERPINB9_A, SERPINB9_B, SLC8A3, STX16_B TEPP, TOX, VIPR2, VSTM2B_A, ZNF486, ZNF626, 및 ZNF671 (참고, 표 7, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 BRCA1 유방암이 있음을 나타낸다: BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 BRCA2 유방암이 있음을 나타낸다: ANTXR2, B3GNT5, BHLHE23_C, BMP4, CHRNA7, EPHA4, FAM171A1, FAM20A, FMNL2, FSCN1, GSTP1, HBM, IGFBP5, IL17REL, ITGA9, ITPRIPL1, KIRREL2, LRRC34, MAX.chr1.239549742-239549886, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr2.238864674-238864735, MAX.chr5.81148300-81148332, MAX.chr7.151145632-151145743, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr8.143533298-143533558, MERTK, MPZ, NID2_C, NTRK3, OLIG3_A, OLIG3_B, OSR2_C, PROM1, RGS17, SBNO2, STX16_B TBKBP1, TLX1NB, VIPR2, VN1R2, VSNL1, 및 ZFP64 (참고, 표 8, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 BRCA2 유방암이 있음을 나타낸다: MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는, 상기 대상체가 침습성 유방암이 있음을 나타낸다: CDH4_E, FLJ42875, GAD2, GRASP, ITPRIPL1, KCNA1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MPZ, NKX2-6, PRKCB, RBFOX3_B, SALL3, 및 VSTM2B_A (참고, 표 9, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태는 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직과 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직을 구별한다: SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, ITPRIPL1, ITPRIPL1, DLX4, CALN1_A, 및 IGF2BP3_B (참고, 표 15, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태는 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직과 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직을 구별한다: SCRT2_B, ITPRIPL1, 및 MAX.chr8.124173030-12417339 (91% 특이도에서 100% 민감도) (참고, 표 15, 실시예 I).
일부 구현예에서 상기 대상체로부터 수득된 샘플은 유방 조직이고, 그리고 하기 마커 중 하나 이상의 메틸화 상태는 유방암이 없는 대상체에서 분석된 하나 이상의 마커의 메틸화 상태와 상이한 경우는 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직과 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직을 구별한다: DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, 및 ITPRIPL1 (참고, 표 17, 실시예 II).
본 기술은 유방암 및/또는 다양한 형태의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)을 확인하고 식별하는 것과 관련된다. 일부 구현예는 복수의 마커를 검정하는 것을 포함하는, 예를 들어, 2 내지 11 내지 100 또는 120 또는 375 마커를 검정하는 것을 포함하는 방법을 제공한다.
본 기술은 평가된 메틸화 상태에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서 샘플에서 마커의 메틸화 상태를 검정하는 것은 하나의 염기의 메틸화 상태를 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플에서 메틸화 상태를 검정하는 것은 복수의 염기에서 메틸화의 정도를 결정하는 것을 포함한다. 또한, 일부 구현예에서 마커의 메틸화 상태는 마커의 정상 메틸화 상태에 대한 마커의 증가된 메틸화를 포함한다. 일부 구현예에서, 마커의 메틸화 상태는 마커의 정상 메틸화 상태에 대한 마커의 줄어든 메틸화를 포함한다. 일부 구현예에서 마커의 메틸화 상태는 마커의 정상 메틸화 상태에 대한 마커의 상이한 패턴의 메틸화를 포함한다.
게다가, 일부 구현예에서 마커는 100개 이하의 염기의 영역이고, 마커는 500개 이하의 염기의 영역이고, 마커는 1000개 이하의 염기의 영역이고, 마커는 5000개 이하의 염기의 영역이거나, 또는, 일부 구현예에서, 마커는 하나의 염기이다. 일부 구현예에서 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있다.
본 기술은 샘플 유형에 의해 제한되지 않는다. 예를 들어, 일부 구현예에서 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플), 혈액 샘플 (예를 들어, 혈장, 혈청, 전혈), 배출, 또는 소변 샘플이다.
게다가, 기술은 메틸화 상태를 결정하기 위해 사용된 방법에서 제한되지 않는다. 일부 구현예에서 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함한다. 일부 구현예에서, 기술은 메틸화 상태를 결정하기 위한 대규모 병렬 서열분석 (예를 들어, 차세대 서열분석), 예를 들어, 합성에 의한 서열분석, 실시간 (예를 들어, 단일-분자) 서열분석, 비드 에멀션 서열분석, 나노포어 서열분석, 등을 사용한다.
본 기술은 DMR을 검출하기 위한 시약을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 서열번호: 1-422 에 의해 제공된 서열을 포함하는 올리고뉴클레오타이드의 세트가 제공된다(참고, 표 10, 19 및 20). 일부 구현예에서 DMR에서 염기를 갖는 염색체 영역에 대해 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오타이드, 예를 들어, DMR의 메틸화 상태에 민감한 올리고뉴클레오타이드가 제공된다.
본 기술은 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1 (참고, 표 16E, 실시예 II).
본 기술은 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B (참고, 표 22, 실시예 III).
본 기술은 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B (참고, 표 27, 실시예 III).
본 기술은 삼중 음성 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ABLIM1, AJAP1_B, ASCL2, ATP6V1B1, BANK1, CALN1_A, CALN1_B, CLIC6, DSCR6, FOXP4, GAD2, GCGR, GP5, GRASP, HBM, HNF1B_B, KLF16, MAGI2, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8859253-8859329, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr6.157557371-157557657, MPZ, NKX2-6, PDX1, PLXNC1_A, PPARG, PRKCB, PTPRN2, RBFOX_A, SCRT2_A, SLC7A4, STAC2_B, STX16_A, STX16_B, TBX1, TRH_A, VSTM2B_A, ZBTB16, ZNF132, 및 ZSCAN23 (참고, 표 3, 실시예 I).
본 기술은 삼중 음성 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: CALN1_A, LOC100132891, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, DLX4, GP5, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, KCNK9, SCRT2_B, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I).
본 기술은 삼중 음성 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4 (참고, 표 16A, 실시예 II).
본 기술은 HER2+ 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ABLIM1, AFAP1L1, AKR1B1, ALOX5, AMN, ARL5C, BANK1, BCAT1, BEGAIN, BEST4, BHLHE23_B, BHLHE23_C, C17orf64, C1QL2, C7orf52, CALN1_B, CAV2, CD8A, CDH4_A, CDH4_B, CDH4_C, CDH4_D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_B, CLIP4, CR1, DLK1, DNAJC6, DNM3_A, EMX1_A, ESPN, FABP5, FAM150A, FLJ42875, GLP1R, GNG4, GYPC_A, HAND2, HES5, HNF1B_A, HNF1B_B, HOXA1_A, HOXA1_B, HOXA7_A, HOXA7_B, HOXA7_C, HOXD9, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, IGSF9B_A, IL15RA, INSM1, ITPKA_B, ITPRIPL1, KCNE3, KCNK17_B, LIME1, LOC100132891, LOC283999, LY6H, MAST1, MAX.chr1.158083198-158083476, MAX.chr1.228074764-228074977, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr10.130085265-130085312, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr14.101176106-101176260, MAX.chr15.96889069-96889128, MAX.chr17.8230197-8230314, MAX.chr19.46379903-46380197, MAX.chr2.97193163-97193287, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr21.44782441-44782498, MAX.chr22.23908718-23908782, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.180101084-180101094, MAX.chr5.42952185-42952280, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr6.27064703-27064783, MAX.chr7.152622607-152622638, MAX.chr8.145104132-145104218, MAX.chr9.136474504-136474527, MCF2L2, MSX2P1, NACAD, NID2_B, NID2_C, ODC1, OSR2_B, PAQR6, PCDH8, PIF1, PPARA, PPP2R5C, PRDM13_A, PRHOXNB, PRKCB, RBFOX3_A, RBFOX3_B, RFX8, SNCA, STAC2_A, STAC2_B, STX16_B SYT5, TIMP2, TMEFF2, TNFRSF10D, TRH_B, TRIM67, TRIM71_C, USP44_A, USP44_B, UTF1, UTS2R, VSTM2B_A, VSTM2B_B, ZFP64, 및 ZNF132 (참고, 표 4, 실시예 I).
본 기술은 HER2+ 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, CHST2_A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, C17orf64, CHST2_B, DLX4, DNM3_A, EMX1_A, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, LAYN, PLXNC1_A, RIC3, SCRT2_B, ALOX5, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, AJAP1_B, DSCR6, 및 MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I).
본 기술은 HER2+ 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, C10orf125 (참고, 표 16B, 실시예 II).
본 기술은 내강 A 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ARL5C, BHLHE23_C, BMP6, C10orf125, C17orf64, C19orf66, CAMKV, CD1D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_A, CRHBP, DLX6, DNM3_A, DNM3_B, DNM3_C, ESYT3, ETS1_A, ETS1_B, FAM126A, FAM189A1, FAM20A, FAM59B, FBN1, FLRT2, FMN2, FOXP4, GAS7, GYPC_A, GYPC_B, HAND2, HES5, HMGA2, HNF1B_B, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, KCNH8, KCNK17_A, KCNQ2, KLHDC7B, LOC100132891, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990591-59990895, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr20.1783841-1784054, MAX.chr21.47063802-47063851, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.172234248-172234494, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr6.130686865-130686985, MAX.chr8.687688-687736, MAX.chr8.688863-688924, MAX.chr9.114010-114207, MPZ, NID2_A, NKX2-6, ODC1, OSR2_A, POU4F1, PRDM13_B, PRKCB, RASGRF2, RIPPLY2, SLC30A10, ST8SIA4, SYN2, TRIM71_A, TRIM71_B, TRIM71_C, UBTF, ULBP1, USP44_B, 및 VSTM2B_A (참고, 표 5, 실시예 I).
본 기술은 내강 A 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: BHLHE23_C, CD1D, CHST2_A, FAM126A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, SLC30A10, TRIM67, ATP6V1B1, BANK1, C10orf125, C17orf64, CHST2_B, DNM3_A, EMX1_A, GP5, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990671-59990859, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, OTX1, PLXNC1_A, HNF1B_B, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, DSCR6, MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I).
본 기술은 내강 A 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125 (참고, 표 16C, 실시예 II).
본 기술은 내강 B 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ACCN1, AJAP1_A, AJAP1_B, BEST4, CALN1_B, CBLN1_B, CDH4_E, DLX4, FOXP4, IGSF9B_B, ITPRIPL1, KCNA1, KLF16, LMX1B_A, MAST1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr8.124173128-124173268, MPZ, PPARA, PRMT1, RBFOX3_B, RYR2_A, SALL3, SCRT2_A, SPHK2, STX16_B SYNJ2, TMEM176A, TSHZ3, 및 VIPR2 (참고, 표 6, 실시예 I).
본 기술은 내강 B 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: CALN1_A, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, DLX4, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, BHLHE23_D, HNF1B_B, TRH_A, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, AJAP1_B, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I).
본 기술은 내강 B 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D (참고, 표 16D, 실시예 II).
본 기술은 BRCA1 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: C10orf93, C20orf195_A, C20orf195_B, CALN1_B, CBLN1_A, CBLN1_B, CCDC61, CCND2_A, CCND2_B, CCND2_C, EMX1_B, FAM150B, GRASP, HBM, ITPRIPL1, KCNK17_A, KIAA1949, LOC100131176, MAST1, MAX.chr1.8277285-8277316, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr18.5629721-5629791, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679767-42679917, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr6.157556793-157556856, MAX.chr8.124173030-124173395, MN1, MPZ, NR2F6, PDXK_A, PDXK_B, PTPRM, RYR2_B, SERPINB9_A, SERPINB9_B, SLC8A3, STX16_B TEPP, TOX, VIPR2, VSTM2B_A, ZNF486, ZNF626, 및 ZNF671 (참고, 표 7, 실시예 I).
본 기술은 BRCA1 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I).
본 기술은 BRCA2 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: ANTXR2, B3GNT5, BHLHE23_C, BMP4, CHRNA7, EPHA4, FAM171A1, FAM20A, FMNL2, FSCN1, GSTP1, HBM, IGFBP5, IL17REL, ITGA9, ITPRIPL1, KIRREL2, LRRC34, MAX.chr1.239549742-239549886, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr2.238864674-238864735, MAX.chr5.81148300-81148332, MAX.chr7.151145632-151145743, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr8.143533298-143533558, MERTK, MPZ, NID2_C, NTRK3, OLIG3_A, OLIG3_B, OSR2_C, PROM1, RGS17, SBNO2, STX16_B TBKBP1, TLX1NB, VIPR2, VN1R2, VSNL1, 및 ZFP64 (참고, 표 8, 실시예 I).
본 기술은 BRCA2 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I).
본 기술은 침습성 유방암을 확인하기 위해 마커 사용의 다양한 패널을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: CDH4_E, FLJ42875, GAD2, GRASP, ITPRIPL1, KCNA1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MPZ, NKX2-6, PRKCB, RBFOX3_B, SALL3, 및 VSTM2B_A (참고, 표 9, 실시예 I).
본 기술은 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직을 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직과 구별하기 위해 다양한 마커 패널의 사용을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, ITPRIPL1, ITPRIPL1, DLX4, CALN1_A, 및 IGF2BP3_B (참고, 표 15, 실시예 I).
본 기술은 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직을 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직과 구별하기 위해 다양한 마커 패널의 사용을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: SCRT2_B, ITPRIPL1, 및 MAX.chr8.124173030-12417339 (91% 특이도에서 100% 민감도) (참고, 표 15, 실시예 I).
본 기술은 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직을 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직과 구별하기 위해 다양한 마커 패널의 사용을 제공하고, 예를 들어, 일부 구현예에서 상기 마커는 하기인 주석을 갖는 염색체 영역을 포함한다: DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, 및 ITPRIPL1 (참고, 표 17, 실시예 II).
키트 구현예는 제공되고, 예를 들어, 상기 키트는 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킬 수 있는 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약); 및 (표 2 및 18로부터의) DMR 1-375로 구성되고 유방암이 없는 대상체와 연관된 메틸화 상태를 갖는 군으로부터 선택된 DMR로부터의 서열을 포함하는 대조군 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 본 명세서에서 기재된 바와 같은 바이설파이트 시약 및 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킬 수 있는 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약); 및 (표 2 및 18로부터의) DMR 1-375로 구성되고 유방암이 있는 대상체와 연관된 메틸화 상태를 갖는 군으로부터 선택된 DMR로부터의 서열을 포함하는 대조군 핵산을 포함한다. 일부 키트 구현예는 대상체로부터 샘플을 얻기 위한 샘플 콜렉터 (예를 들어, 대변 샘플; 유방 조직 샘플; 혈장 샘플, 혈청 샘플, 전혈 샘플); 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킬 수 있는 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약); 및 본 명세서에서 기재된 바와 같은 올리고뉴클레오타이드를 포함한다.
본 기술은 조성물 (예를 들어, 반응 혼합물)의 구현예와 관련된다. 일부 구현예에서 DMR을 포함하는 핵산 및 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킬 수 있는 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약)을 포함하는 조성물이 제공된다. 일부 구현예는 DMR을 포함하는 핵산 및 본 명세서에서 기재된 바와 같은 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 구현예는 DMR을 포함하는 핵산 및 메틸화-민감성 제한 효소를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 구현예는 DMR을 포함하는 핵산 및 중합효소를 포함하는 조성물을 제공한다.
추가의 관련된 방법 구현예는 대상체로부터 수득된 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플; 혈장 샘플; 대변 샘플)에서 유방암 및/또는 다양한 형태의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)을 스크리닝하기위해 제공되고, 예를 들어, 상기 방법은 (표 2 및 18로부터의) DMR 1-375 중 하나 이상인 DMR에서 염기를 포함하는 샘플에서 마커의 메틸화 상태를 결정하는 단계; 상기 대상체 샘플로부터의 마커의 메틸화 상태를, 유방암 (예를 들어, 유방암 및/또는 유방암의 형태: 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)을 가지고 있지 않은 대상체로부터의 정상 대조군 샘플로부터의 마커의 메틸화 상태와 비교하는 단계; 및 상기 대상체 샘플 및 정상 대조군 샘플의 메틸화 상태에서의 차이의 신뢰 구간 및/또는 p 값을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 신뢰 구간은 90%, 95%, 97.5%, 98%, 99%, 99.5%, 99.9% 또는 99.99%이고 p 값은 0.1, 0.05, 0.025, 0.02, 0.01, 0.005, 0.001, 또는 0.0001이다. 방법의 일부 구현예는 DMR을 포함하는 핵산을, 메틸화-특이적 방식에서 핵산을 변형시킬 수 있는 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약)과 반응시켜서, 예를 들어, 메틸화-특이적 방식으로 변형된 핵산을 생성하는 단계; 메틸화-특이적 방식으로 변형된 핵산을 서열분석하여 메틸화-특이적 방식으로 변형된 핵산의 뉴클레오타이드 서열을 제공하는 단계; 메틸화-특이적 방식으로 변형된 핵산의 뉴클레오타이드 서열을, 유방암 및/또는 유방암의 형태를 가지고 있지 않은 대상체로부터의 DMR을 포함하는 핵산의 뉴클레오타이드 서열과 비교하여 2개의 서열에서의 차이를 확인하는 단계; 및 차이가 존재할 때 유방암 (예를 들어, 유방암 및/또는 유방암의 형태: 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)를 갖는 것으로서 상기 대상체를 확인하는 단계를 포함한다.
대상체로부터 수득된 샘플에서 유방암을 스크리닝하기 위한 시스템은 본 기술에 의해 제공된다. 시스템의 예시적인 구현예는, 예를 들어, 대상체로부터 수득된 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플; 혈장 샘플; 대변 샘플)에서 유방암 및/또는 유방암의 유형들 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)을 스크리닝하기 위한 시스템, 샘플의 메틸화 상태를 결정하기 위해 구성된 분석 구성요소, 상기 샘플의 메틸화를 데이터베이스에 기록된 대조군 샘플 또는 참조 샘플 메틸화 상태와 비교하기 위해 구성된 소프트웨어 구성요소, 및 유방-암-연관된 메틸화 상태의 사용자에 경보하기 위해 구성된 경보 구성요소를 포함하는 시스템을 포함한다. 경보는 (예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같이, 예를 들어, 다중 마커, 예를 들어, DMR의 메틸화 상태를 결정하는) 다중 검정으로부터 결과를 수령하고 그 다중 결과에 기초하여 보고하기 위해 값 또는 결과를 계산하는 소프트웨어 구성요소에 의해 일부 구현예에서 결정된다. 일부 구현예는 사용자 (예를 들어, 예컨대 의사, 간호사, 임상의, 등)에 보고하기 위해 경보 및/또는 값 또는 결과의 계산에서 사용하기 위한 본 명세서에서 제공된 각각의 DMR과 연관된 가중된 파라미터의 데이터베이스를 제공한다. 일부 구현예에서 다중 검정으로부터의 모든 결과는 보고되고 일부 구현예에서 하나 이상의 결과는 대상체에서 암 위험을 나타내는 다중 검정으로부터의 하나 이상의 결과의 복합양식에 기초한 점수, 값, 또는 결과를 제공하는데 사용된다.
시스템의 일부 구현예에서, 샘플은 DMR을 포함하는 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서 시스템은 핵산을 단리하기 위한 구성요소, 샘플을 수집하기 위한 구성요소 예컨대 대변 샘플을 수집하기 위한 구성요소를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 시스템은 DMR을 포함하는 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서 데이터베이스는 유방암 및/또는 특정 유형의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)을 가지고 있지 않은 대상체로부터 핵산 서열을 포함한다. 각각의 핵산이 DMR을 포함하는 서열을 가지고 있는, 핵산, 예를 들어, 핵산의 세트는 또한 제공된다. 일부 구현예에서 각각의 핵산이 유방암 및/또는 특정 유형의 유방암이 없는 대상체로부터 서열을 가지고 있는 핵산의 세트. 관련된 시스템 구현예는 기재된 바와 같이 핵산의 세트 그리고 핵산의 세트와 연관된 핵산 서열의 데이터베이스를 포함한다. 일부 구현예는 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킬 수 있는 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약)을 추가로 포함한다. 그리고, 일부 구현예는 핵산 시퀀서를 추가로 포함한다.
특정 구현예에서, 인간 환자로부터 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플; 혈장 샘플; 전혈 샘플; 혈청 샘플; 대변 샘플)을 특성화하는 방법이 제공된다. 예를 들어, 일부 구현예에서 그와 같은 구현예는 인간 환자의 샘플로부터 DNA를 얻는 단계; 표 2 및 18의 DMR 1-375로 구성된 군으로부터 선택된 차별적 메틸화 영역 (DMR)에서 염기를 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계; 및 상기 하나 이상의 DNA 메틸화 마커의 분석된 메틸화 상태를 유방암 및/또는 특정 유형의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)을 가지고 있지 않은 인간 환자에 대한 하나 이상의 DNA 메틸화 마커에 대한 메틸화 수준 참조와 비교하는 단계를 포함한다.
그와 같은 방법은 인간 환자로부터의 특정 유형의 샘플로 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, 샘플은 유방 조직 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈장 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈액 샘플 (예를 들어, 혈장 샘플, 전혈 샘플, 혈청 샘플), 또는 소변 샘플이다.
일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 복수의 DNA 메틸화 마커를 검정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 2 내지 11개의 DNA 메틸화 마커를 검정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 12 내지 120개의 DNA 메틸화 마커를 검정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 2 내지 375개의 DNA 메틸화 마커를 검정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 샘플에서 하나 이상의 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 것을 포함하고 하나의 염기의 메틸화 상태를 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 샘플에서 하나 이상의 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 것을 포함하고 복수의 염기에서 메틸화의 정도를 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 순방향 가닥의 메틸화 상태를 검정하거나 역방향 가닥의 메틸화 상태를 검정하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, DNA 메틸화 마커는 100개 이하의 염기의 영역이다. 일부 구현예에서, DNA 메틸화 마커는 500개 이하의 염기의 영역이다. 일부 구현예에서, DNA 메틸화 마커는 1000개 이하의 염기의 영역이다. 일부 구현예에서, DNA 메틸화 마커는 5000개 이하의 염기의 영역이다. 일부 구현예에서, DNA 메틸화 마커는 하나의 염기이다. 일부 구현예에서, DNA 메틸화 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있다.
일부 구현예에서, 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함한다. 일부 구현예에서, 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드는 서열번호: 1-422 (표 10, 19 및 20)로 구성된 군으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1 (참고, 표 16E, 실시예 II)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B (참고, 표 22, 실시예 III)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B (참고, 표 27, 실시예 III)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ABLIM1, AJAP1_B, ASCL2, ATP6V1B1, BANK1, CALN1_A, CALN1_B, CLIC6, DSCR6, FOXP4, GAD2, GCGR, GP5, GRASP, HBM, HNF1B_B, KLF16, MAGI2, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8859253-8859329, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr6.157557371-157557657, MPZ, NKX2-6, PDX1, PLXNC1_A, PPARG, PRKCB, PTPRN2, RBFOX_A, SCRT2_A, SLC7A4, STAC2_B, STX16_A, STX16_B, TBX1, TRH_A, VSTM2B_A, ZBTB16, ZNF132, 및 ZSCAN23 (참고, 표 3, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, CALN1_A, LOC100132891, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, DLX4, GP5, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, KCNK9, SCRT2_B, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4 (참고, 표 16A, 실시예 II)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ABLIM1, AFAP1L1, AKR1B1, ALOX5, AMN, ARL5C, BANK1, BCAT1, BEGAIN, BEST4, BHLHE23_B, BHLHE23_C, C17orf64, C1QL2, C7orf52, CALN1_B, CAV2, CD8A, CDH4_A, CDH4_B, CDH4_C, CDH4_D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_B, CLIP4, CR1, DLK1, DNAJC6, DNM3_A, EMX1_A, ESPN, FABP5, FAM150A, FLJ42875, GLP1R, GNG4, GYPC_A, HAND2, HES5, HNF1B_A, HNF1B_B, HOXA1_A, HOXA1_B, HOXA7_A, HOXA7_B, HOXA7_C, HOXD9, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, IGSF9B_A, IL15RA, INSM1, ITPKA_B, ITPRIPL1, KCNE3, KCNK17_B, LIME1, LOC100132891, LOC283999, LY6H, MAST1, MAX.chr1.158083198-158083476, MAX.chr1.228074764-228074977, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr10.130085265-130085312, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr14.101176106-101176260, MAX.chr15.96889069-96889128, MAX.chr17.8230197-8230314, MAX.chr19.46379903-46380197, MAX.chr2.97193163-97193287, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr21.44782441-44782498, MAX.chr22.23908718-23908782, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.180101084-180101094, MAX.chr5.42952185-42952280, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr6.27064703-27064783, MAX.chr7.152622607-152622638, MAX.chr8.145104132-145104218, MAX.chr9.136474504-136474527, MCF2L2, MSX2P1, NACAD, NID2_B, NID2_C, ODC1, OSR2_B, PAQR6, PCDH8, PIF1, PPARA, PPP2R5C, PRDM13_A, PRHOXNB, PRKCB, RBFOX3_A, RBFOX3_B, RFX8, SNCA, STAC2_A, STAC2_B, STX16_B SYT5, TIMP2, TMEFF2, TNFRSF10D, TRH_B, TRIM67, TRIM71_C, USP44_A, USP44_B, UTF1, UTS2R, VSTM2B_A, VSTM2B_B, ZFP64, 및 ZNF132 (참고, 표 4, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, CHST2_A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, C17orf64, CHST2_B, DLX4, DNM3_A, EMX1_A, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, LAYN, PLXNC1_A, RIC3, SCRT2_B, ALOX5, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, AJAP1_B, DSCR6, 및 MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, C10orf125 (참고, 표 16B, 실시예 II)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ARL5C, BHLHE23_C, BMP6, C10orf125, C17orf64, C19orf66, CAMKV, CD1D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_A, CRHBP, DLX6, DNM3_A, DNM3_B, DNM3_C, ESYT3, ETS1_A, ETS1_B, FAM126A, FAM189A1, FAM20A, FAM59B, FBN1, FLRT2, FMN2, FOXP4, GAS7, GYPC_A, GYPC_B, HAND2, HES5, HMGA2, HNF1B_B, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, KCNH8, KCNK17_A, KCNQ2, KLHDC7B, LOC100132891, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990591-59990895, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr20.1783841-1784054, MAX.chr21.47063802-47063851, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.172234248-172234494, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr6.130686865-130686985, MAX.chr8.687688-687736, MAX.chr8.688863-688924, MAX.chr9.114010-114207, MPZ, NID2_A, NKX2-6, ODC1, OSR2_A, POU4F1, PRDM13_B, PRKCB, RASGRF2, RIPPLY2, SLC30A10, ST8SIA4, SYN2, TRIM71_A, TRIM71_B, TRIM71_C, UBTF, ULBP1, USP44_B, 및 VSTM2B_A (참고, 표 5, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, BHLHE23_C, CD1D, CHST2_A, FAM126A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, SLC30A10, TRIM67, ATP6V1B1, BANK1, C10orf125, C17orf64, CHST2_B, DNM3_A, EMX1_A, GP5, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990671-59990859, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, OTX1, PLXNC1_A, HNF1B_B, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, DSCR6, MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125 (참고, 표 16C, 실시예 II)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ACCN1, AJAP1_A, AJAP1_B, BEST4, CALN1_B, CBLN1_B, CDH4_E, DLX4, FOXP4, IGSF9B_B, ITPRIPL1, KCNA1, KLF16, LMX1B_A, MAST1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr8.124173128-124173268, MPZ, PPARA, PRMT1, RBFOX3_B, RYR2_A, SALL3, SCRT2_A, SPHK2, STX16_B SYNJ2, TMEM176A, TSHZ3, 및 VIPR2 (참고, 표 6, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, CALN1_A, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, DLX4, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, BHLHE23_D, HNF1B_B, TRH_A, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, AJAP1_B, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D (참고, 표 16D, 실시예 II)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, C10orf93, C20orf195_A, C20orf195_B, CALN1_B, CBLN1_A, CBLN1_B, CCDC61, CCND2_A, CCND2_B, CCND2_C, EMX1_B, FAM150B, GRASP, HBM, ITPRIPL1, KCNK17_A, KIAA1949, LOC100131176, MAST1, MAX.chr1.8277285-8277316, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr18.5629721-5629791, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679767-42679917, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr6.157556793-157556856, MAX.chr8.124173030-124173395, MN1, MPZ, NR2F6, PDXK_A, PDXK_B, PTPRM, RYR2_B, SERPINB9_A, SERPINB9_B, SLC8A3, STX16_B TEPP, TOX, VIPR2, VSTM2B_A, ZNF486, ZNF626, 및 ZNF671 (참고, 표 7, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6 (참고, 표 11, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, ANTXR2, B3GNT5, BHLHE23_C, BMP4, CHRNA7, EPHA4, FAM171A1, FAM20A, FMNL2, FSCN1, GSTP1, HBM, IGFBP5, IL17REL, ITGA9, ITPRIPL1, KIRREL2, LRRC34, MAX.chr1.239549742-239549886, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr2.238864674-238864735, MAX.chr5.81148300-81148332, MAX.chr7.151145632-151145743, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr8.143533298-143533558, MERTK, MPZ, NID2_C, NTRK3, OLIG3_A, OLIG3_B, OSR2_C, PROM1, RGS17, SBNO2, STX16_B TBKBP1, TLX1NB, VIPR2, VN1R2, VSNL1, 및 ZFP64 (참고, 표 8, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968 (참고, 표 11, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, CDH4_E, FLJ42875, GAD2, GRASP, ITPRIPL1, KCNA1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MPZ, NKX2-6, PRKCB, RBFOX3_B, SALL3, 및 VSTM2B_A (참고, 표 9, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, ITPRIPL1, ITPRIPL1, DLX4, CALN1_A, 및 IGF2BP3_B (참고, 표 15, 실시예 I)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, 및 ITPRIPL1 (참고, 표 17, 실시예 II)로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역은 DNA 메틸화 마커를 포함한다.
일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 2개의 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 표 2 및/또는 18의 행에서 제공된 한 쌍의 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 결정하는 것을 포함한다.
특정 구현예에서, 본 기술은 인간 환자로부터 수득된 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플; 혈장 샘플; 전혈 샘플; 혈청 샘플; 대변 샘플)을 특성화하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 방법은 표 2 및 18의 DMR 1-375로 구성된 군으로부터 선택된 DMR에서 염기를 포함하는 샘플에서 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 결정하는 단계; 환자 샘플로부터의 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 유방암 및/또는 특정 형태의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)을 가지고 있는 않은 인간 대상체로부터의 정상 대조군 샘플로부터의 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태와 비교하는 단계; 및 인간 환자 및 정상 대조군 샘플의 메틸화 상태의 차이의 신뢰 구간 및/또는 p 값을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 신뢰 구간은 90%, 95%, 97.5%, 98%, 99%, 99.5%, 99.9% 또는 99.99%이고 p 값은 0.1, 0.05, 0.025, 0.02, 0.01, 0.005, 0.001, 또는 0.0001이다.
특정 구현예에서, 본 기술은 인간 대상체로부터 수득된 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플; 혈장 샘플; 전혈 샘플; 혈청 샘플; 대변 샘플)을 특성화하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 DMR을 포함하는 핵산을 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킬 수 있는 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약)과 반응시켜 메틸화-특이적 방식으로 변형된 핵산을 생성하는 단계; 메틸화-특이적 방식으로 변형된 핵산을 서열분석하여 메틸화-특이적 방식으로 변형된 핵산의 뉴클레오타이드 서열을 제공하는 단계; 메틸화-특이적 방식으로 변형된 핵산의 뉴클레오타이드 서열을 상기 2개의 서열의 차이를 확인하기 위해 유방암이 없는 대상체로부터의 DMR을 포함하는 핵산의 뉴클레오타이드 서열을 비교하는 단계를 포함한다.
특정 구현예에서, 본 기술은 인간 대상체로부터의 수득된 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플; 혈장 샘플; 대변 샘플)을 특성화하기 위한 시스템, 샘플의 메틸화 상태를 결정하기 위해 구성된 분석 구성요소, 상기 샘플의 메틸화를 데이터베이스에 기록된 대조군 샘플 또는 참조 샘플 메틸화 상태와 비교하기 위해 구성된 소프트웨어 구성요소, 및 메틸화 상태의 조합에 기초하여 단일 값을 결정하고 사용자에게 유방암-연관된 메틸화 상태를 경고하도록 구성된 경보 구성요소를 포함하는 시스템을 제공한다. 일부 구현예에서, 샘플은 DMR을 포함하는 핵산을 포함한다.
일부 구현예에서, 그와 같은 시스템은 추가로 핵산을 단리하기 위한 구성요소를 포함한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 시스템은 추가로 샘플을 수집하기 위한 구성요소를 포함한다.
일부 구현예에서, 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈액 샘플 (예를 들어, 혈장 샘플, 전혈 샘플, 혈청 샘플), 또는 소변 샘플이다.
일부 구현예에서, 데이터베이스는 DMR을 포함하는 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 데이터베이스는 유방암이 없는 대상체로부터의 핵산 서열을 포함한다.
추가의 구현예는 본 명세서에 포함된 교시를 기초로 관련 기술의 숙련가에게 명백할 것이다.
정의
본 기술의 이해를 용이하게 하기 위해, 수많은 용어들 및 어구들은 아래 정의된다. 추가의 정의들은 상세한 설명 전반에 걸쳐 제시된다.
명세서 및 청구항들 전반에 걸쳐, 하기 용어들은, 문맥에서 달리 명확히 명시되지 않는 한, 본 명세서에서 명백하게 연관된 의미를 갖는다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이 어구 "일 구현예에서"는, 지칭할 수 있어도, 동일한 구현예를 반드시 지칭하지 않는다. 게다가, 본 명세서에서 사용된 바와 같이 어구 "또 다른 구현예에서"는, 지칭할 수 있어도, 상이한 구현예를 반드시 지칭하지 않는다. 따라서, 아래 기재된 바와 같이, 다양한 본 발명의 구현예들은, 본 발명의 범위 또는 사상으로부터 이탈 없이, 쉽게 조합될 수 있다.
또한, 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "또는"은 포괄적인 "또는" 연산자이고 문맥에서 달리 명확히 명시되지 않는 한 용어 "및/또는"과 등가물이다. 용어 "에 기초한"은 배타적이지 않고, 문맥에서 달리 명확히 명시되지 않는 한, 기재되지 않은 추가의 인자에 기초함을 허용한다. 또한, 명세서 전반에 걸쳐, "한", "하나", 및 "상기"의 의미는 복수의 참조를 포함한다. "에서"의 의미는 "에서" 및 "상에서"를 포함한다.
본원의 청구항들에서 사용된 바와 같이 접속구 "으로 본질적으로 구성되는"은, In re Herz , 537 F .2d 549, 551-52, 190 USPQ 461, 463 ( CCPA 1976)에서 논의된 바와 같이, 청구항의 범위를 청구된 발명의 명시된 물질 또는 단계들 "그리고 기본적 및 신규한 특징(들)에 실질적으로 영향을 주지 않는 것들"을 제한한다. 예를 들어, 인용된 요소 "로 본질적으로 구성되는" 조성물은, 존재하여도, 오염물질이 순수한 조성물, 즉, 인용된 구성요소"로 이루어지는" 조성물과 비교하여 인용된 조성물의 기능을 변경시키지 않는 그와 같은 수준에서 미인용된 오염물질을 함유할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "핵산" 또는 "핵산 분자"는, 비변형된 또는 변형된 DNA 또는 RNA일 수 있는, 임의의 리보핵산 또는 데옥시리보핵산을 일반적으로 지칭한다. "핵산"은, 비제한적으로, 단일- 및 이중-가닥 핵산을 포함한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "핵산"은 하나 이상의 변형된 염기를 함유하는 상기 기재된 바와 같은 DNA를 또한 포함한다. 따라서, 안정성으로 또는 다른 이유로 변형된 골격을 가진 DNA는 "핵산"이다. 용어 "핵산"은 본 명세서에서 사용되는 경우 그와 같은 화학적으로, 효소적으로, 또는 대사성으로 변형된 형태의 핵산, 뿐만 아니라 예를 들어, 단순 및 복합 세포를 포함하는, 세포 및 바이러스의 DNA 특징의 화학적 형태를 포용한다.
용어들 "올리고뉴클레오타이드" 또는 "폴리뉴클레오타이드" 또는 "뉴클레오타이드" 또는 "핵산"은 2개 이상, 바람직하게는 3개 초과, 및 일반적으로 10개 초과의 데옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드를 가지고 있는 분자를 지칭한다. 정확한 크기는 많은 인자에 좌우될 것이고, 이는 올리고뉴클레오타이드의 궁극적인 기능 또는 용도에 차례로 좌우된다. 올리고뉴클레오타이드는, 화학 합성, DNA 복제, 역전사, 또는 이들의 조합을 포함하는, 임의의 방식으로 생성될 수 있다. DNA에 대한 전형적인 데옥시리보뉴클레오타이드는 티민, 아데닌, 시토신, 및 구아닌이다. RNA에 대한 전형적인 리보뉴클레오타이드는 우라실, 아데닌, 시토신, 및 구아닌이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어들 핵산의 "유전자좌" 또는 "영역"은 핵산의 하위영역, 예를 들어, 염색체 상에서 유전자, 단일 뉴클레오타이드, CpG 해도형, 등을 지칭한다.
용어들 "상보적" 및 "상보성"은 염기 짝짓기 규칙에 의해 관련된 뉴클레오타이드 (예를 들어, 1개 뉴클레오타이드) 또는 폴리뉴클레오타이드 (예를 들어, 뉴클레오타이드의 서열)을 지칭한다. 예를 들어, 서열 5'-A-G-T-3'는 서열 3'-T-C-A-5'에 상보적이다. 상보성은, 핵산 염기의 일부만이 염기 짝짓기 규칙에 따라 매칭되는, "부분적"일 수 있다. 또는, 핵산 사이 "완전한" 또는 "총" 상보성이 있을 수 있다. 핵산 가닥 사이 상보성의 정도는 핵산 가닥 사이 하이브리드화의 효율 및 강도를 유효화시킨다. 이것은 핵산 사이 결합에 좌우되는 검출 방법에서 그리고 증폭 반응에서 특히 중요하다.
용어 "유전자"는 RNA, 또는 폴리펩타이드 또는 그것의 전구체의 생산에 필요한 코딩 서열을 포함하는 핵산 (예를 들어, DNA 또는 RNA) 서열을 지칭한다. 기능적 폴리펩타이드는 폴리펩타이드의 원하는 활성 또는 기능적 특성 (예를 들어, 효소적 활성, 리간드 결합, 신호 형질도입, 등)이 유지되는 한 코딩 서열의 임의의 부분에 의해 또는 전장 코딩 서열에 의해 인코딩될 수 있다. 유전자와 관련하여 사용될 때 용어 "부분"은 그 유전자의 단편을 지칭한다. 단편은 몇 개의 뉴클레오타이드부터 전체 유전자 서열 빼기 1개 뉴클레오타이드까지 크기의 범위일 수 있다. 따라서, "유전자의 적어도 일부분을 포함하는 뉴클레오타이드"는 유전자의 단편 또는 전체 유전자를 포함할 수 있다.
용어 "유전자"는 구조 유전자의 코딩 영역을 또한 포괄하고, 유전자가 (예를 들어, 코딩, 조절, 구조 및 다른 서열을 포함하는) 전장 mRNA의 길이에 상응하도록, 양쪽 5' 및 3' 단부에서 코딩 영역에 인접한, 예를 들어, 어느 한쪽 단부에서 약 1 kb의 거리로 위치한 서열을 포함한다. 코딩 영역의 5' 위치하는 그리고 mRNA상에서 존재하는 서열은 5' 비-번역된 또는 미번역된 서열로서 지칭된다. 코딩 영역의 3' 또는 다운스트림 위치하는 그리고 mRNA상에서 존재하는 서열은 3' 비-번역된 또는 3' 미번역된 서열로서 지칭된다. 용어 "유전자"는 유전자의 cDNA 및 게놈 형태 둘 모두를 포괄한다. 일부 유기체 (예를 들어, 진핵생물)에서, 유전자의 게놈 형태 또는 클론은 비-코딩 서열 일명 "인트론" 또는 "개재 영역" 또는 "개재 서열"로 차단된 코딩 영역을 함유한다. 인트론은 핵 RNA (hnRNA)에 전사되는 유전자의 분절이고; 인트론은 조절 인자 예컨대 향상제를 함유할 수 있다. 인트론은 핵 또는 일차 전사체로부터 제거되거나 "스플라이싱 제거"되고; 인트론은 따라서 메신저 RNA (mRNA) 전사체에서 부재이다. mRNA는 번역 동안 기능하여 발생기 폴리펩타이드에서 아미노산의 순서 또는 차례를 특정한다.
인트론 함유 이외에, 유전자의 게놈 형태는 RNA 전사체 상에서 존재하는 서열의 양쪽 5' 및 3' 단부에서 위치한 서열을 또한 포함할 수 있다. 이들 서열은 "측접" 서열 또는 영역으로서 지칭된다 (이들 측접 서열은 mRNA 전사체 상에서 존재하는 비-번역된 서열에 대해 5' 또는 3' 위치한다). 5' 측접 영역은 유전자의 전사를 제어하거나 이에 영향을 주는 조절 서열 예컨대 프로모터 및 향상제를 함유할 수 있다. 3' 측접 영역은 전사, 후전사 절단, 및 폴리아데닐화의 종결을 유도하는 서열을 함유할 수 있다.
유전자와 관련하여 제조된 때 용어 "야생형"은 자연 발생 공급원으로부터 단리된 유전자의 특성을 가지고 있는 유전자를 지칭한다. 유전자 산물과 관련하여 제조된 때 용어 "야생형"은 자연 발생 공급원으로부터 단리된 유전자 산물의 특성을 가지고 있는 유전자 산물을 지칭한다. 물체에 적용된 경우 용어 "자연 발생"은 물체가 자연에서 발견될 수 있다는 사실을 지칭한다. 예를 들어, 자연에서 공급원으로부터 단리될 수 있는 그리고 실험실에서 사람의 손에 의해 의도적으로 변형되지 않는 (바이러스를 포함하는) 유기체에서 존재하는 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드 서열은 자연 발생이다. 야생형 유전자는 모집단에서 가장 빈번하게 관측되고 따라서 유전자의 "정상" 또는 "야생형" 형태로 임의로 지정되는 종종 그 유전자 또는 대립유전자이다. 그에 반해서, 유전자 또는 유전자 산물과 관련하여 제조된 때 용어 "변형된" 또는 "돌연변이체"는, 각각, 야생형 유전자 또는 유전자 산물과 비교된 경우 서열의 변형 및/또는 기능적 특성 (예를 들어, 변경된 특성)을 표시하는 유전자 또는 유전자 산물을 지칭한다. 자연 발생 돌연변이체가 단리될 수 있음이 주목되고; 이들이 야생형 유전자 또는 유전자 산물과 비교된 경우 변경된 특성을 가지고 있다는 사실에 의해 이들은 확인된다.
용어 "대립유전자"는 유전자의 변이를 지칭하고; 변이는 비제한적으로 변이체 및 돌연변이체, 다형성 유전자좌, 및 단일 뉴클레오타이드 다형성 유전자좌, 프레임시프트, 및 스플라이스 돌연변이를 포함한다. 대립유전자는 모집단에서 자연적으로 발생할 수 있거나 모집단의 임의의 특정 개체의 수명 동안 일어날 수 있다.
따라서, 뉴클레오타이드 서열과 관련하여 사용될 때 용어들 "변이체" 및 "돌연변이체"는 하나 이상의 뉴클레오타이드만큼 또 다른, 일반적으로 관련된, 뉴클레오타이드 산 서열과 상이한 핵산 서열을 지칭한다. "변이"는 2개의 상이한 뉴클레오타이드 서열 사이 차이이고; 전형적으로, 하나의 서열은 참조 서열이다.
"증폭"은 템플레이트 특이성을 포함하는 핵산 복제의 특별한 사례이다. 비-특이적 템플레이트 복제 (예를 들어, 템플레이트-의존적이지만 특이적 템플레이트 상에서 의존적이지 않은 복제)와 대조된다. 템플레이트 특이성은 여기에서 복제 (예를 들어, 적절한 폴리뉴클레오타이드 서열의 합성) 및 뉴클레오타이드 (리보- 또는 데옥시리보-) 특이성의 충실도와 구별된다. 템플레이트 특이성은 "표적" 특이성의 관점에서 빈번하게 기재된다. 표적 서열은 이들이 다른 핵산으로부터 분류되도록 애쓴다는 의미에서 "표적"이다. 증폭 기술은 주로 상기 분류를 위하여 설계되었다.
핵산의 맥락에서 용어 "증폭하는" 또는 "증폭"은, 소량의 폴리뉴클레오타이드 (예를 들어, 단일 폴리뉴클레오타이드 분자)로부터 전형적으로 출발하는, 폴리뉴클레오타이드의 다중 카피, 또는 폴리뉴클레오타이드의 부분의 생산을 지칭하고, 여기에서 증폭 산물 또는 앰플리콘은 일반적으로 검출가능하다. 폴리뉴클레오타이드의 증폭은 다양한 화학 및 효소 과정을 포괄한다. 중합효소 연쇄 반응 (PCR) 또는 리가제 연쇄 반응 (LCR; 참고, 예를 들어, 미국 특허 번호 5,494,810; 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음) 동안 표적 또는 템플레이트 DNA 분자의 1개 또는 몇개 카피로부터 다중 DNA 카피의 생성은 증폭의 형태이다. 추가의 증폭 유형은, 비제한적으로, 대립유전자-특이적 PCR (참고, 예를 들어, 미국 특허 번호 5,639,611; 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 어셈블리 PCR (참고, 예를 들어, 미국 특허 번호 5,965,408; 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 헬리카제-의존적 증폭 (참고, 예를 들어, 미국 특허 번호 7,662,594; 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 핫-스타트 PCR (참고, 예를 들어, 미국 특허 번호 5,773,258 및 5,338,671; 각각 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 서열간-특이적 PCR, 역 PCR (참고, 예를 들어, Triglia, 등(1988) Nucleic Acids Res., 16:8186; 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 결찰-매개된 PCR (참고, 예를 들어, Guilfoyle, R. 등, Nucleic Acids Research, 25:1854-1858 (1997); 미국 특허 번호 5,508,169; 이들 각각은 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 메틸화-특이적 PCR (참고, 예를 들어, Herman, 등, (1996) PNAS 93(13) 9821-9826; 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 미니프라이머 PCR, 다중 결찰-의존적 프로브 증폭 (참고, 예를 들어, Schouten, 등, (2002) Nucleic Acids Research 30(12): e57; 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 다중 PCR (참고, 예를 들어, Chamberlain, 등, (1988) Nucleic Acids Research 16(23) 11141-11156; Ballabio, 등, (1990) Human Genetics 84(6) 571-573; Hayden, 등, (2008) BMC Genetics 9:80; 이들 각각은 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 내재된 PCR, 중첩-연장 PCR (참고, 예를 들어, Higuchi, 등, (1988) Nucleic Acids Research 16(15) 7351-7367; 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 실시간 PCR (참고, 예를 들어, Higuchi, 등, (1992) Biotechnology 10:413-417; Higuchi, 등, (1993) Biotechnology 11:1026-1030; 이들 각각은 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 역전사 PCR (참고, 예를 들어, Bustin, S.A. (2000) J. Molecular Endocrinology 25:169-193; 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음), 고상 PCR, 열 비대칭 격행 PCR, 및 터치다운 PCR (참고, 예를 들어, Don, 등, Nucleic Acids Research (1991) 19(14) 4008; Roux, K. (1994) Biotechniques 16(5) 812-814; Hecker, 등, (1996) Biotechniques 20(3) 478-485; 이들 각각은 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음)을 포함한다. 폴리뉴클레오타이드 증폭은 또한 디지털 PCR (참고, 예를 들어, Kalinina, 등, Nucleic Acids Research. 25; 1999-2004, (1997); Vogelstein and Kinzler, Proc Natl Acad Sci USA. 96; 9236-41, (1999); 국제 특허 공개 번호 WO05023091A2; 미국 특허 출원 공개 번호 20070202525; 이들 각각은 본 명세서에 참고로 전체적으로 편입되어 있음)을 사용하여 달성될 수 있다.
용어 "중합효소 연쇄 반응" ("PCR")은, 클로닝 또는 정제 없이, 게놈 또는 다른 DNA 또는 RNA의 혼합물에서 표적 서열의 분절의 농도를 증가시키는 방법을 기재하는, K.B. Mullis의 방법 미국 특허 번호 4,683,195, 4,683,202, 및 4,965,188을 지칭한다. 표적 서열의 상기 증폭 공정은 큰 과잉의 2개의 올리고뉴클레오타이드 프라이머를 원하는 표적 서열을 함유하는 DNA 혼합물에 도입하고, 이어서 DNA 중합효소의 존재 하에서 열 사이클링의 정확한 차례로 이루어진다. 2개의 프라이머는 이중가닥 표적 서열의 그것의 각각의 가닥에 상보적이다. 증폭을 유효화하기 위해, 혼합물은 변성되고 프라이머는 그 다음 표적 분자 내에서 그것의 상보성 서열에 어닐링된다. 어닐링 이후, 프라이머는 상보성 가닥의 신규한 쌍을 형성하기 위해 중합효소로 연장된다. 변성, 프라이머 어닐링, 및 중합효소 연장의 단계들은 원하는 표적 서열의 증폭된 분절의 고농도를 수득하기 위해 다수 회 반복될 수 있다 (즉, 변성, 어닐링 및 연장은 하나의 "사이클"을 구성하고; 수많은 "사이클"이 있을 수 있다). 원하는 표적 서열의 증폭된 분절의 길이는 서로에 대해서 프라이머의 상대 위치에 의해 결정되고, 따라서, 이 길이는 통제가능한 파라미터이다. 공정의 반복 양태의 덕분에, 본 방법은 "중합효소 연쇄 반응" ("PCR")로서 지칭된다. 표적 서열의 원하는 증폭된 분절이 혼합물에서 (농도의 관점에서) 우세한 서열이 되기 때문에, 이들은 "PCR 증폭된"다고 하고 "PCR 생성물" 또는 "앰플리콘"이다. 당해 분야의 숙련가는 용어 "PCR"이, 예를 들어, 실시간 PCR, 내재된 PCR, 역전사 PCR (RT-PCR), 단일 프라이머 및 임의로 프라이밍된 PCR, 등을 사용하여 본래 기재된 방법의 많은 변이체를 포괄한다는 것을 이해할 것이다.
템플레이트 특이성은 효소의 선택에 의해 대부분의 증폭 기술에서 달성된다. 증폭 효소는, 이들이 사용되는 조건 하에서, 핵산의 이종 혼합물에서 핵산의 특이적 서열만을 가공할 효소이다. 예를 들어, Q-베타 레플리카제의 경우에서, MDV-1 RNA는 레플리카제용 특이적 템플레이트이다 (Kacian 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 69:3038 [1972]). 다른 핵산은 상기 증폭 효소에 의해 복제되지 않을 것이다. 유사하게, T7 RNA 중합효소의 경우에서, 상기 증폭 효소는 그것의 자체 프로모터에 대하여 엄격한 특이성을 가지고 있다 (Chamberlin 등, Nature, 228:227 [1970]). T4 DNA 리가제의 경우에서, 효소는 2개의 올리고뉴클레오타이드 또는 폴리뉴클레오타이드를 결찰하지 않을 것이고, 여기서 결찰 접합에서 템플레이트 그리고 올리고뉴클레오타이드 또는 폴리뉴클레오타이드 기질 사이 미스매치가 있다 (Wu and Wallace (1989) Genomics 4:560). 마지막으로, 열안정성 템플레이트-의존적 DNA 중합효소 (예를 들어, Taq 및 Pfu DNA 중합효소)는, 고온에서 기능하는 그것의 능력 덕분에, 한정된 서열에 대하여 고 특이성을 표시하는 것으로 밝혀지고 따라서 프라이머에 의해 정의되고; 고온은 비-표적 서열과의 하이브리드화가 아닌 표적 서열과의 프라이머 하이브리드화를 선호하는 열역학적 조건을 초래한다 (H. A. Erlich (ed.), PCR Technology, Stockton Press [1989]).
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "핵산 검출 검정"은 관심 핵산의 뉴클레오타이드 조성물을 결정하는 임의의 방법을 지칭한다. 핵산 검출 검정은, 비제한적으로, DNA 서열분석 방법, 프로브 하이브리드화 방법, 구조 특이적 절단 검정 (예를 들어, INVADER 검정, (Hologic, Inc.)를 포함하고, 예를 들어, 미국 특허 번호 5,846,717, 5,985,557, 5,994,069, 6,001,567, 6,090,543, 및 6,872,816; Lyamichev 등, Nat. Biotech., 17:292 (1999), Hall 등, PNAS, USA, 97:8272 (2000), 및 미국 특허 번호 9,096,893, 이들 각각은 모든 목적을 위해 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음); 효소 미스매치 절단 방법 (예를 들어, Variagenics, 미국 특허 번호 6,110,684, 5,958,692, 5,851,770, 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음); 상기 기재된, 중합효소 연쇄 반응 (PCR); 분지형 하이브리드화 방법 (예를 들어, Chiron, 미국 특허 번호 5,849,481, 5,710,264, 5,124,246, 및 5,624,802, 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음); 회전환 복제 (예를 들어, 미국 특허 번호 6,210,884, 6,183,960 및 6,235,502, 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음); NASBA (예를 들어, 미국 특허 번호 5,409,818, 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음); 분자 항로표지 기술 (예를 들어, 미국 특허 번호 6,150,097, 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음); E-센서 기술 (모토로라, 미국 특허 번호 6,248,229, 6,221,583, 6,013,170, 및 6,063,573, 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음); 사이클링 프로브 기술 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,403,711, 5,011,769, 및 5,660,988, 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음); 데이드 베링 (Dade Behring) 신호 증폭 방법 (예를 들어, 미국 특허 번호 6,121,001, 6,110,677, 5,914,230, 5,882,867, 및 5,792,614, 본 명세서에서 참고로 전체적으로 편입되어 있음); 리가제 연쇄 반응 (예를 들어, Baranay Proc. Natl. Acad. Sci USA 88, 189-93 (1991)); 및 샌드위치 하이브리드화 방법 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,288,609, 참고로 전체적으로 편입되어 있음)에 기재되어 있다.
용어 "증폭가능한 핵산"은 임의의 증폭 방법에 의해 증폭될 수 있는 핵산을 지칭한다. "증폭가능한 핵산"이 "샘플 템플레이트"를 일반적으로 포함할 것이 고려된다.
용어 "샘플 템플레이트"는 (하기 정의된) "표적"의 존재에 대하여 분석되는 샘플로부터 기원하는 핵산을 지칭한다. 그에 반해서, "배경 템플레이트"는 샘플에서 존재할 수 있거나 아닐 수 있는 샘플 템플레이트 이외의 핵산과 관련하여 사용된다. 배경 템플레이트는 가장 흔하게 잘못된다. 이월의 결과일 수 있거나 샘플로부터 정제하려는 핵산 오염물질이 존재하기 때문일 수 있다. 예를 들어, 검출된 것들 이외 유기체로부터 핵산은 시험 샘플에서 배경으로서 존재할 수 있다.
용어 "프라이머"는, 예를 들어, 제한 소화로부터 핵산 단편으로서 자연적으로 발생하든, 또는 합성으로 생산되든, (예를 들어, 뉴클레오타이드 및 유도제 예컨대 DNA 중합효소의 존재 하에서, 그리고 적합한 온도 및 pH에서), 핵산 템플레이트 가닥에 상보적인 프라이머 연장 생성물의 합성이 유도되는 조건 하에서 배치된 때 합성의 개시점으로서 작용할 수 있는 올리고뉴클레오타이드를 지칭한다. 프라이머는 바람직하게는 증폭의 최대 효율로 단일 가닥이지만, 대안적으로 이중 가닥일 수 있다. 이중 가닥이면, 프라이머는 먼저 처리되어 그것의 가닥을 분리시킨 다음 연장 산물을 제조하는데 사용된다. 바람직하게는, 프라이머는 올리고데옥시리보뉴클레오타이드이다. 프라이머는 유도제의 존재 하에서 연장 산물의 합성을 프라이밍하기 위해 충분히 길어야 한다. 프라이머의 정확한 길이는, 온도, 프라이머의 공급원, 및 방법의 사용을 포함하는, 많은 인자에 좌우될 것이다.
용어 "프로브"는, 정제된 제한 소화에서처럼 자연적으로 발생하든 또는 합성으로, 재조합으로, 또는 PCR 증폭으로 생산되든, 또 다른 관심 올리고뉴클레오타이드로 하이브리드화할 수 있는 올리고뉴클레오타이드 (예를 들어, 뉴클레오타이드의 서열)을 지칭한다. 프로브는 단일-가닥 또는 이중-가닥일 수 있다. 프로브는 특정 유전자 서열의 검출, 확인, 및 단리에서 유용하다 (예를 들어, "포획 프로브"). 본 발명에서 사용된 임의의 프로브가, 일부 구현예에서, 비제한적으로 효소 (예를 들어, ELISA, 뿐만 아니라 효소-기반 조직화학 검정), 형광, 방사성, 및 발광성 시스템을 포함하는 임의의 검출 시스템에서 검출가능하도록, 임의의 "리포터 분자"로 표지될 수 있음이 고려된다. 본 발명이 임의의 특정 검출 시스템 또는 표지로 제한되기 위한 것은 아니다.
용어 "표적"은, 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 예를 들어, 프로브 결합, 증폭, 단리, 포획, 등에 의해, 다른 핵산으로부터 분류되도록 애쓰는 핵산을 지칭한다. 예를 들어, 중합효소 연쇄 반응과 관련하여 사용될 때, "표적"은 중합효소 연쇄 반응에 사용된 프라이머에 의해 한정된 핵산의 영역을 지칭하고, 반면 표적 DNA가, 예를 들어, 침습성 절단 검정의 일부 구현예에서 증폭되지 않는 검정에서 사용될 때, 표적은 프로브 및 침습성 올리고뉴클레오타이드 (예를 들어, INVADER 올리고뉴클레오타이드)가, 상기 표적 핵산의 존재가 검출될 수 있도록, 침습성 절단 구조를 형성하기 위해 결합하는 부위를 포함한다. "분절"은 표적 서열 내에서 핵산의 영역으로서 정의된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "메틸화"는 시토신의 C5 또는 N4 위치, 아데닌의 N6 위치에서 시토신 메틸화, 또는 다른 유형의 핵산 메틸화를 지칭한다. 전형적인 시험관내 DNA 증폭 방법이 증폭 템플레이트의 메틸화 패턴을 보유하지 않기 때문에 시험관내 증폭된 DNA는 일반적으로 메틸화되지 않는다. 그러나, "메틸화되지 않은 DNA" 또는 "메틸화된 DNA"는 또한 최초 템플레이트가, 각각, 메틸화되지 않거나 메틸화된 증폭된 DNA를 지칭할 수 있다.
따라서, 본 명세서에서 사용된 바와 같이 "메틸화된 뉴클레오타이드" 또는 "메틸화된 뉴클레오타이드 염기"는 뉴클레오타이드 염기 상에서 메틸 모이어티의 존재를 지칭하고, 여기에서 메틸 모이어티는 인식된 전형적인 뉴클레오타이드 염기에서 존재하지 않는다. 예를 들어, 시토신은 그것의 피리미딘 고리 상에서 메틸 모이어티를 함유하지 않지만, 5-메틸시토신은 그것의 피리미딘 고리의 5 위치에서 메틸 모이어티를 함유한다. 따라서, 시토신은 메틸화된 뉴클레오타이드가 아니고 5-메틸시토신은 메틸화된 뉴클레오타이드이다. 또 다른 예에서, 티민은 그것의 피리미딘 고리의 5 위치에서 메틸 모이어티를 함유하지만; 본 명세서의 목적을 위해, 티민이 DNA의 전형적인 뉴클레오타이드 염기이기 때문에 DNA에서 존재하는 경우 티민은 메틸화된 뉴클레오타이드로 간주되지 않는다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "메틸화된 핵산 분자"는 하나 이상의 메틸화된 뉴클레오타이드를 함유하는 핵산 분자를 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 핵산 분자의 "메틸화 상태", "메틸화 프로파일", 및 "메틸화 상황"은 핵산 분자에서 하나 이상의 메틸화된 뉴클레오타이드 염기의 부재의 존재를 지칭한다. 예를 들어, 메틸화된 시토신을 함유하는 핵산 분자는 메틸화된 것으로 간주된다 (예를 들어, 핵산 분자의 메틸화 상태는 메틸화된다). 임의의 메틸화된 뉴클레오타이드를 함유하지 않는 핵산 분자는 메틸화되지 않은 것으로 간주된다.
특정 핵산 서열 (예를 들어, 본 명세서에서 기재된 바와 같이 유전자 마커 또는 DNA 영역)의 메틸화 상태는 서열에서 모든 염기의 메틸화 상태를 나타낼 수 있거나 서열 내에서 염기의 서브셋의 (예를 들어, 하나 이상의 시토신의) 메틸화 상태를 나타낼 수 있거나, 메틸화가 발생하는 서열 내에서 위치의 정확한 정보 제공과 무관하게 서열 내에서 영역 메틸화 밀도에 관한 정보를 나타낼 수 있다.
핵산 분자에서 뉴클레오타이드 유전자좌의 메틸화 상태는 핵산 분자내 특정 유전자좌에서 메틸화된 뉴클레오타이드의 존재 또는 부재를 지칭한다. 예를 들어, 핵산 분자내 제7 뉴클레오타이드에서 시토신의 메틸화 상태는 핵산 분자내 제7 뉴클레오타이드에서 존재하는 뉴클레오타이드가 5-메틸시토신인 경우 메틸화된다. 유사하게, 핵산 분자내 제7 뉴클레오타이드에서 시토신의 메틸화 상태는 핵산 분자내 제7 뉴클레오타이드에서 존재하는 뉴클레오타이드가 시토신인 (그리고 5-메틸시토신이 아닌) 경우 메틸화되지 않는다.
메틸화 상황은 (예를 들어, 메틸화 빈도, 분획, 비, 퍼센트, 등을 나타내는) "메틸화 값"에 의해 선택적으로 제시될 수 있거나 표시될 수 있다. 메틸화 값은, 예를 들어, 메틸화 의존적 제한 효소를 이용한 제한 소화 이후 존재하는 온전한 핵산의 양을 정량화함으로써 또는 바이설파이트 반응 후 증폭 프로파일을 비교함으로써 또는 바이설파이트-처리된 및 처리되지 않은 핵산의 서열을 비교함으로써 생성될 수 있다. 따라서, 값, 예를 들어, 메틸화 값은 메틸화 상황을 나타내고 따라서 유전자좌의 다중 카피를 통해 메틸화 상황의 정량적 인디케이터로서 사용될 수 있다. 이것은 샘플내 서열의 메틸화 상황을 역치 또는 기준값과 비교하는 것이 바람직한 경우 특히 유용하다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "메틸화 빈도" 또는 "메틸화 퍼센트 (%)"는 분자 또는 유전자좌가 메틸화되지 않은 경우의 수에 비해 분자 또는 유전자좌가 메틸화되는 경우의 수를 지칭한다.
이와 같이, 메틸화 상태는 핵산 (예를 들어, 유전자 서열)의 메틸화의 상태를 기재한다. 또한, 메틸화 상태는 메틸화에 관련된 특정 유전자 좌위에서 핵산 분절의 특성을 지칭한다. 그와 같은 특징은, 비제한적으로, 이러한 DNA 서열 내에서 임의의 시토신 (C) 잔기가 메틸화되는지 여부, 메틸화된 C 잔기(들)의 위치, 핵산의 임의의 특정 영역 전반에 걸쳐 메틸화된 C의 빈도 또는 백분율, 및, 예를 들어, 대립유전자의 기원에서의 차이로 인한 메틸화에서의 대립유전자 차이를 포함한다. 용어들 "메틸화 상태", "메틸화 프로파일", 및 "메틸화 상황"은 생물학적 샘플에서 핵산의 임의의 특정 영역 전반에 걸쳐 메틸화된 C 또는 메틸화되지 않은 C의 상대 농도, 절대 농도, 또는 패턴을 또한 지칭한다. 예를 들어, 핵산 서열 내에서 시토신 (C) 잔기(들)이 메틸화되면 "과메틸화된" 또는 "증가된 메틸화"를 갖는 것으로서 지칭될 수 있고, 반면에DNA 서열 내에서 시토신 (C) 잔기(들)이 메틸화되지 않으면 "저메틸화된" 또는 "감소된 메틸화"를 갖는 것으로서 지칭될 수 있다. 마찬가지로, 핵산 서열 내에서 시토신 (C) 잔기(들)이 (예를 들어, 상이한 영역으로부터 또는 상이한 개체로부터, 등) 또 다른 핵산 서열에 비교된 경우 메틸화되면 그 서열은 다른 핵산 서열에 비교하여 과메틸화된 또는 증가된 메틸화를 갖는 것으로 간주된다. 대안적으로, DNA 서열 내에서 시토신 (C) 잔기(들)이 (예를 들어, 상이한 영역으로부터 또는 상이한 개체로부터, 등) 또 다른 핵산 서열에 비교된 경우 메틸화되지 않으면 그 서열은 다른 핵산 서열에 비교하여 저메틸화된 또는 감소된 메틸화를 갖는 것으로 간주된다. 추가적으로, 본 명세서에서 사용된 바와 같이 용어 "메틸화 패턴"은 핵산의 영역을 통한 메틸화된 및 메틸화되지 않은 뉴클레오타이드의 집단적 부위를 지칭한다. 메틸화된 및 메틸화되지 않은 뉴클레오타이드의 수가 영역 전반에 걸쳐 동일하거나 유사하지만 메틸화된 및 메틸화되지 않은 뉴클레오타이드의 위치가 상이한 경우 2개의 핵산은 동일한 또는 유사한 메틸화 빈도 또는 메틸화 퍼센트를 가질 수 있지만 상이한 메틸화 패턴을 갖는다. 이들이 메틸화의 정도 (예를 들어, 하나가 다른 것보다 증가된 또는 감소된 메틸화를 가짐), 빈도, 또는 패턴에서 상이한 경우 서열은 "차별적 메틸화된" 것으로 언급되거나 "메틸화에서 차이"를 갖는 또는 "상이한 메틸화 상태"를 갖는 것으로서 언급된다. 용어 "차별적 메틸화"는 암 음성 샘플에서 핵산 메틸화의 수준 또는 패턴과 비교된 경우 암 양성 샘플에서 핵산 메틸화의 수준 또는 패턴에서의 차이를 지칭한다. 수술 후 암이 재발한 환자 대 재발하지 않은 환자 사이 수준 또는 패턴에서의 차이를 또한 지칭할 수 있다. 예를 들어, 올바른 컷-오프 또는 예측의 특성이 정의되면, 차별적 메틸화 그리고 DNA 메틸화의 특이적 수준 또는 패턴은 예후 및 예측의 바이오마커이다.
메틸화 상태 빈도는 개체의 모집단 또는 단일 개체로부터의 샘플을 기재하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 50%의 메틸화 상태 빈도를 가지고 있는 뉴클레오타이드 유전자좌는 사례의 50%에서 메틸화되고 사례의 50%에서 메틸화되지 않는다. 그와 같은 빈도는, 예를 들어, 뉴클레오타이드 유전자좌 또는 핵산 영역이 개체의 모집단 또는 핵산의 집합에서 메틸화되는 정도를 기재하는데 사용될 수 있다. 따라서, 핵산 분자의 제1 모집단 또는 풀에서 메틸화가 핵산 분자의 제2 모집단 또는 풀에서 메틸화와 상이한 경우, 제1 모집단 또는 풀의 메틸화 상태 빈도는 제2 모집단 또는 풀의 메틸화 상태 빈도와 상이할 것이다. 그와 같은 빈도는 또한, 예를 들어, 뉴클레오타이드 유전자좌 또는 핵산 영역이 단일 개체에서 메틸화되는 정도를 기재하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 그와 같은 빈도는 조직 샘플로부터 세포의 그룹이 뉴클레오타이드 유전자좌 또는 핵산 영역에서 메틸화되거나 메틸화되지 않는 정도를 기재하는데 사용될 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 "뉴클레오타이드 유전자좌"는 핵산 분자에서 뉴클레오타이드의 위치를 지칭한다. 메틸화된 뉴클레오타이드의 뉴클레오타이드 유전자좌는 핵산 분자에서 메틸화된 뉴클레오타이드의 위치를 지칭한다.
전형적으로, 인간 DNA의 메틸화는 시토신이 구아닌의 5' 위치하는 인접한 구아닌 및 시토신을 포함하는 디뉴클레오타이드 서열 (또한 일명 CpG 디뉴클레오타이드 서열) 상에서 발생한다. CpG 디뉴클레오타이드 내에서 대부분의 시토신은 인간 게놈에서 메틸화되지만, 일부는, CpG 해도형으로서 알려진, 특이적 CpG 디뉴클레오타이드 풍부 게놈 영역에서 메틸화되지 않은 채 남아 있다 (참고, 예를 들어, Antequera 등 (1990) Cell 62: 503-514).
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "CpG 해도형"은 총 게놈 DNA에 비하여 CpG 디뉴클레오타이드의 증가된 수를 함유하는 게놈 DNA의 G:C-풍부 영역을 지칭한다. CpG 해도형은 길이가 적어도 100, 200, 또는 그 초과 염기쌍일 수 있고, 여기에서 영역의 G:C 함량은 적어도 50%이고 기대된 빈도에 대한 관측된 CpG 빈도의 비는 0.6이고; 일부 사례에서, CpG 해도형은 길이가 적어도 500 염기쌍일 수 있고, 여기에서 영역의 G:C 함량은 적어도 55%이고) 기대된 빈도에 대한 관측된 CpG 빈도의 비는 0.65이다. 기대된 빈도에 대한 관측된 CpG 빈도는 Gardiner-Garden 등 (1987) J. Mol . Biol . 196: 261-281에서 제공된 방법에 따라 계산될 수 있다. 예를 들어, 기대된 빈도에 대한 관측된 CpG 빈도는, R이 기대된 빈도에 대한 관측된 CpG 빈도의 비이고, A가 분석된 서열에서 CpG 디뉴클레오타이드의 수이고, B가 분석된 서열에서 뉴클레오타이드의 총수이고, C가 분석된 서열에서 C 뉴클레오타이드의 총수이고, D가 분석된 서열에서 G 뉴클레오타이드의 총수인, 식 R = (A × B) / (C × D)에 따라 계산될 수 있다. 메틸화 상태는 CpG 해도형, 예를 들어, 프로모터 영역에서 전형적으로 결정된다. 인간 게놈에서 다른 서열이 DNA 메틸화 예컨대 CpA 및 CpT가 되기 쉽다는 것은 인정될 것이다 (참고 Ramsahoye (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97: 5237-5242; Salmon and Kaye (1970) Biochim. Biophys. Acta. 204: 340-351; Grafstrom (1985) Nucleic Acids Res. 13: 2827-2842; Nyce (1986) Nucleic Acids Res. 14: 4353-4367; Woodcock (1987) Biochem. Biophys. Res. Commun. 145: 888-894).
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "메틸화-특이적 시약"은 핵산 분자의 메틸화 상태의 기능으로서 핵산 분자의 뉴클레오타이드를 변형시키는 시약을 지칭하거나, 메틸화-특이적 시약은 핵산 분자의 메틸화 상태를 반영하는 방식으로 핵산 분자의 뉴클레오타이드 서열을 변화시킬 수 있는 화합물 또는 조성물 또는 다른 제제를 지칭한다. 그와 같은 시약으로 핵산 분자를 처리하는 방법은, 원한다면, 뉴클레오타이드 서열의 원하는 변화를 달성하기 위해, 추가의 단계들과 커플링된, 시약과 핵산 분자를 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 그와 같은 방법은 메틸화되지 않은 뉴클레오타이드 (예를 들어, 각각의 메틸화되지 않은 시토신)이 상이한 뉴클레오타이드로 변형되는 방식으로 적용될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 그와 같은 시약은 메틸화되지 않은 시토신 뉴클레오타이드를 탈아미노화시켜 데옥시 우라실 잔기를 생산할 수 있다. 그와 같은 시약의 예는, 비제한적으로, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약을 포함한다.
메틸화 -특이적 시약에 의한 핵산 뉴클레오타이드 서열의 변화는 또한 각각의 메틸화된 뉴클레오타이드가 상이한 뉴클레오타이드로 변형되는 핵산 분자를 초래할 수 있다.
용어 "메틸화 검정"은 핵산의 서열 내에서 하나 이상의 CpG 디뉴클레오타이드 서열의 메틸화 상태를 결정하기 위한 임의의 검정을 지칭한다.
용어 "MS AP-PCR" (메틸화-민감성 임의로-프라이밍된 중합효소 연쇄 반응)은 Gonzalgo 등 (1997) Cancer Research 57: 594-599에 의해 기재된 그리고, CpG 디뉴클레오타이드를 함유할 가능성이 가장 큰 영역에 집중하기 위해 CG-풍부 프라이머를 사용하는 게놈의 전반적 스캔을 허용하는 기술적으로 인식된 기술을 지칭한다.
용어 "MethyLightTM"은 Eads 등 (1999) Cancer Res. 59: 2302-2306에 의해 기재된 기술적으로 인식된 형광-기반 실시간 PCR 기술을 지칭한다.
용어 "HeavyMethylTM"은 증폭 프라이머 사이 CpG 위치를 포함하는, 또는 상기에 의해 포함된 메틸화 특이적 차단 프로브 (또한 본 명세서에서 일명 차단제)가 핵산 샘플의 메틸화-특이적 선택적 증폭을 할 수 있는 검정을 지칭한다.
용어 "HeavyMethylTM MethyLightTM" 검정은, MethyLightTM 검정의 변형인, HeavyMethylTM MethyLightTM 검정을 지칭하고, 여기서 MethyLightTM 검정은 증폭 프라이머 사이 CpG 위치를 포함하는 메틸화 특이적 차단 프로브와 조합된다.
용어 "Ms-SNuPE" (메틸화-민감성 단일 뉴클레오타이드 프라이머 연장)은 Gonzalgo & Jones (1997) Nucleic Acids Res. 25: 2529-2531에 의해 기재된 기술적으로 인식된 검정을 지칭한다.
용어 "MSP" (메틸화-특이적 PCR)은 Herman 등 (1996) Proc . Natl . Acad . Sci. USA 93: 9821-9826에 의해, 그리고 미국 특허 번호 5,786,146에 의해 기재된 기술적으로 인식된 메틸화 검정을 지칭한다.
용어 "COBRA" (조합된 바이설파이트 제한 분석)은 Xiong & Laird (1997) Nucleic Acids Res. 25: 2532-2534에 의해 기재된 기술적으로 인식된 메틸화 검정을 지칭한다.
용어 "MCA" (메틸화된 CpG 해도형 증폭)은 Toyota 등 (1999) Cancer Res. 59: 2307-12에 의해, 그리고 WO 00/26401A1에서 기재된 메틸화 검정을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "선택된 뉴클레오타이드"는 핵산 분자에서 4개의 전형적으로 발생하는 뉴클레오타이드 (DNA에 대하여 C, G, T, 및 A 그리고 RNA에 대하여 C, G, U, 및 A) 중 하나의 뉴클레오타이드를 지칭하고, 전형적으로 발생하는 뉴클레오타이드의 메틸화된 유도체를 포함할 수 있고 (예를 들어, C가 선택된 뉴클레오타이드인 경우, 양쪽 메틸화된 및 메틸화되지 않은 C는 선택된 뉴클레오타이드의 의미 내에서 포함된다), 반면에 메틸화된 선택된 뉴클레오타이드는 메틸화된 전형적으로 발생하는 뉴클레오타이드를 구체적으로 지칭하고 메틸화되지 않은 선택된 뉴클레오타이드는 메틸화되지 않은 전형적으로 발생하는 뉴클레오타이드를 구체적으로 지칭한다.
용어 "메틸화-특이적 제한 효소"는 그것의 인식 부위의 메틸화 상태에 의존적인 핵산을 선택적으로 소화하는 제한 효소를 지칭한다. 인식 부위가 메틸화되지 않거나 절반-메틸화되는 경우에 구체적으로 컷팅하는 제한 효소 (메틸화-민감성 효소)의 경우에서, 인식 부위가 한쪽 또는 양쪽 가닥에서 메틸화되는 경우 컷트는 발생하지 않을 것이다 (또는 상당히 감소된 효율로 발생할 것이다). 인식 부위가 메틸화되는 경우에만 구체적으로 컷팅하는 제한 효소 (메틸화-의존적 효소)의 경우에서, 인식 부위가 메틸화되지 않은 경우 컷트는 발생하지 않을 것이다 (또는 상당히 감소된 효율로 발생할 것이다). 바람직한 것은 메틸화-특이적 제한 효소이고, 이의 인식 서열은 CG 디뉴클레오타이드 (예를 들어 인식 서열 예컨대 CGCG 또는 CCCGGG)를 함유한다. 일부 구현예로 추가 바람직한 것은 상기 디뉴클레오타이드에서 시토신이 탄소 원자 C5에서 메틸화되는 경우 컷팅하지 않는 제한 효소이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "상이한 뉴클레오타이드"는 선택된 뉴클레오타이드와 화학적으로 상이한 뉴클레오타이드를 지칭하여, 전형적으로 이로써 상이한 뉴클레오타이드는 선택된 뉴클레오타이드와 상이한 왓슨-크릭 염기 짝짓기 특성을 갖고, 그것에 의하여 선택된 뉴클레오타이드에 상보적인 전형적으로 발생하는 뉴클레오타이드는 상이한 뉴클레오타이드에 상보적인 전형적으로 발생하는 뉴클레오타이드와 동일하지 않다. 예를 들어, C가 선택된 뉴클레오타이드인 경우, U 또는 T는, G에 대한 C의 상보성 그리고 A에 대한 U 또는 T의 상보성에 의해 예시되는, 상이한 뉴클레오타이드일 수 있다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 선택된 뉴클레오타이드에 상보적인 또는 상이한 뉴클레오타이드에 상보적인 뉴클레오타이드는, 고 엄격성 조건 하에서, 4개의 전형적으로 발생하는 뉴클레오타이드 중 3개와 상보성 뉴클레오타이드 염기 짝짓기보다 더 높은 친화도로 선택된 뉴클레오타이드 또는 상이한 뉴클레오타이드와 염기 짝짓기하는 뉴클레오타이드를 지칭한다. 상보성의 예는 DNA (예를 들어, A-T 및 C-G) 및 RNA (예를 들어, A-U 및 C-G)에서 왓슨-크릭 염기 짝짓기이다. 따라서, 예를 들어, G는, 고 엄격성 조건 하에서, G가 G, A, 또는 T에 염기 짝짓기하는 것보다 C에 더 높은 친화도로 염기 짝짓기하고, 따라서, C가 선택된 뉴클레오타이드인 경우, G는 선택된 뉴클레오타이드에 상보적인 뉴클레오타이드이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 주어진 마커 (또는 함께 사용된 마커의 세트)의 "민감도"는 신생물성 및 비-신생물성 샘플 사이를 구별하는 역치 값 위의 DNA 메틸화 값을 보고하는 샘플의 백분율을 지칭한다. 일부 구현예에서, 양성은 역치 값 (예를 들어, 질환과 연관된 범위) 위의 DNA 메틸화 값을 보고하는 조직학-확인된 신조직형성으로서 정의되고, 위음성은 역치 값 (예를 들어, 질환 없음과 연관된 범위) 아래의 DNA 메틸화 값을 보고하는 조직학-확인된 신조직형성으로서 정의된다. 민감도의 값은, 따라서, 알려진 이환 샘플로부터 수득된 주어진 마커에 대한 DNA 메틸화 측정이 질환-연관된 측정의 범위일 것이라는 개연성을 반영한다. 여기에서 정의된 바와 같이, 계산된 민감도 값의 임상 관련성은 주어진 마커가 그 조건으로 대상체에 적용된 경우 임상 상태의 존재를 탐지할 개연성의 추정을 나타낸다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 주어진 마커 (또는 함께 사용된 마커의 세트)의 "특이도"는 신생물성 및 비-신생물성 샘플을 구별하는 역치 값 아래의 DNA 메틸화 값을 보고하는 비-신생물성 샘플의 백분율을 지칭한다. 일부 구현예에서, 음성은 역치 값 (예를 들어, 질환 없음과 연관된 범위) 아래의 DNA 메틸화 값을 보고하는 조직학-확인된 비-신생물성 샘플로서 정의되고 위양성은 역치 값 (예를 들어, 질환과 연관된 범위) 위의 DNA 메틸화 값을 보고하는 조직학-확인된 비-신생물성 샘플로서 정의된다. 특이도의 값은, 따라서, 알려진 비-신생물성 샘플로부터 수득된 주어진 마커에 대한 DNA 메틸화 측정이 비-질환 연관된 측정의 범위일 것이라는 개연성을 반영한다. 여기에서 정의된 바와 같이, 계산된 특이도 값의 임상 관련성은 주어진 마커가 그 조건으로 환자에 적용된 경우 임상 상태의 부재를 검출할 개연성의 추정을 나타낸다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 용어 "AUC"는 "곡선하 면적"에 대한 약어이다. 특히 수신자 조작 특성 (ROC) 곡선하 면적을 지칭한다. ROC 곡선은 진단 시험의 상이한 가능한 컷 포인트에 대하여 위양성율에 대한 진양성율의 플롯이다. 선택된 컷 포인트에 의존하는 민감도와 특이도 사이 상충관계를 나타낸다 (민감도에서 임의의 증가는 특이도에서 감소에 의해 동반될 것이다). ROC 곡선하 면적 (AUC)는 진단 시험의 정확도에 대한 측정치이다 (면적이 더 클수록 더 양호하고; 최적은 1이고; 랜덤 시험은 0.5의 면적을 가진 사선으로 기우는 ROC 곡선을 가질 것이다; 참고: J. P. Egan. (1975) Signal Detection Theory and ROC Analysis, Academic Press, New York).
본 명세서에서 사용된 바와 같이 용어 "신생물"은 조직의 임의의 신규한 및 비정상 성장을 지칭한다. 따라서, 신생물은 전암성 신생물 또는 악성 신생물일 수 있다.　
본 명세서에서 사용된 바와 같이 용어 "신생물-특이적 마커"는 신생물의 존재를 나타내는데 사용될 수 있는 임의의 생물학적 물질 또는 요소를 지칭한다. 생물학적 물질의 예는, 비제한적으로, 핵산, 폴리펩타이드, 탄수화물, 지방산, 세포 구성요소 (예를 들어, 세포막 및 미토콘드리아), 및 전체의 세포를 포함한다. 일부 사례에서, 마커는 특정 핵산 영역 (예를 들어, 유전자, 유전자내 영역, 특이적 유전자좌, 등)이다. 마커인 핵산의 영역은, 예를 들어, "마커 유전자", "마커 영역", "마커 서열", "마커 유전자좌", 등으로서 지칭될 수 있다.　
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "샘종"은 선상 기원의 양성 종양을 지칭한다. 이들 성장이 양성이어도, 경시적으로 이들은 악성이 되도록 진행할 수 있다.
용어 "전-암성" 또는 "전-신생물성" 및 이의 등가물은 악성 형질전환을 경험하고 있는 임의의 세포 증식성 장애를 지칭한다.
신생물, 샘종, 암, 등의 "부위"는 신생물, 샘종, 암, 등이 위치하는 대상체의 바디에서 조직, 장기, 세포 유형, 해부상의 구역, 신체부, 등이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "진단" 시험 응용은 대상체의 질환 상태 또는 병태의 탐지 또는 확인, 대상체가 주어진 질환 또는 병태에 걸릴 가능성의 결정, 질환 또는 병태를 가진 대상체가 요법에 반응할 가능성의 결정, 질환 또는 병태 (또는 그것의 유사한 진행 또는 퇴행)을 가진 대상체의 예후의 결정, 그리고 질환 또는 병태를 가진 대상체에서 치료 효과의 결정을 포함한다. 예를 들어, 진단은 신생물에 걸릴 대상체의 존재 또는 가능성이나 그와 같은 대상체가 화합물 (예를 들어, 약제, 예를 들어, 약물) 또는 다른 치료에 유리하게 반응할 가능성을 검출하는데 사용될 수 있다.
"단리된 올리고뉴클레오타이드"에서와 같이, 핵산에 관하여 사용될 때 용어 "단리된"은 그것의 천연 공급원에서 통상적으로 연관되는 적어도 하나의 오염물질 핵산으로부터 확인되고 분리되는 핵산 서열을 지칭한다. 단리된 핵산은 자연에서 발견되는 것과 상이한 형태 또는 설정으로 존재한다. 그에 반해서, 비-단리된 핵산, 예컨대 DNA 및 RNA는 이들이 자연에서 실재하는 상태로 발견된다. 비-단리된 핵산의 예는 하기를 포함한다: 인접하는 유전자에 근접하여 숙주세포 염색체에서 발견된 주어진 DNA 서열 (예를 들어, 유전자); RNA 서열, 예컨대 다수의 단백질을 인코딩하는 수많은 다른 mRNAs와 혼합물로서 세포에서 발견된, 특이 단백질을 인코딩하는 특이적 mRNA 서열. 그러나, 특정 단백질을 인코딩하는 단리된 핵산은, 예로써, 단백질을 통상적으로 발현시키는 세포에서 그와 같은 핵산을 포함하고, 여기에서 핵산은 천연 세포의 것과 상이한 염색체 위치이거나, 자연에서 발견된 것보다 상이한 핵산 서열에 의해 달리 측접된다. 단리된 핵산 또는 올리고뉴클레오타이드는 단일-가닥 또는 이중-가닥 형태로 존재할 수 있다. 단리된 핵산 또는 올리고뉴클레오타이드가 단백질을 발현시키는데 이용되어야 하는 경우, 올리고뉴클레오타이드는 센스 또는 코딩 가닥을 최소로 함유할 것이지만 (즉, 올리고뉴클레오타이드가 단일-가닥일 수 있지만), 센스 및 항-센스 가닥 둘 모두를 함유할 수 있다 (즉, 올리고뉴클레오타이드는 이중-가닥일 수 있다). 단리된 핵산은, 그것의 천연 또는 전형적인 환경으로부터 단리 후, 다른 핵산 또는 분자와 조합될 수 있다. 예를 들어, 단리된 핵산은, 예를 들어, 이종성 발현을 위하여 배치된 것의 숙주세포에서 존재할 수 있다.
용어 "정제된"은 분자, 그것의 천연 환경으로부터 제거되거나, 단리되거나, 분리되는 핵산 또는 아미노산 서열 어느 한쪽을 지칭한다. "단리된 핵산 서열"은 따라서 정제된 핵산 서열일 수 있다. "실질적으로 정제된" 분자는 이들이 자연적으로 연관되는 다른 구성요소로부터 적어도 60% 자유, 바람직하게는 적어도 75% 자유, 및 더 바람직하게는 적어도 90% 자유이다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어들 "정제된" 또는 "정제하기 위한"은 샘플로부터 오염물질의 제거를 또한 지칭한다. 오염 단백질의 제거는 샘플에서 관심 핵산 또는 폴리펩타이드의 퍼센트에서의 증가를 초래한다. 또 다른 예에서, 재조합 폴리펩타이드는 식물, 박테리아, 효모, 또는 포유동물 숙주세포에서 발현되고 폴리펩타이드는 숙주세포 단백질의 제거에 의해 정제되고; 재조합 폴리펩타이드의 퍼센트는 샘플에서 그것에 의해 증가된다.
주어진 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 폴리펩타이드를 "포함하는 조성물" 용어는 주어진 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 폴리펩타이드를 함유하는 임의의 조성물을 광범위하게 지칭한다. 본 조성물은 염 (예를 들어, NaCl), 세제 (예를 들어, SDS), 및 다른 구성요소 (예를 들어, 덴하르트 용액, 건조 밀크, 연어 정자 DNA, 등)을 함유하는 수용액을 포함할 수 있다.
용어 "샘플"은 그것의 가장 넓은 의미에서 사용된다. 하나의 의미에서 동물 세포 또는 조직을 지칭할 수 있다. 또 다른 의미에서, 임의의 공급원으로부터 수득된 시료 또는 배양물, 뿐만 아니라 생물학적 및 환경 샘플을 지칭한다. 생물학적 샘플은 식물 또는 (인간을 포함하는) 동물로부터 수득될 수 있고 유체, 고체, 조직, 및 기체를 포괄할 수 있다. 환경 샘플은 환경 물질 예컨대 표면 이물질, 토양, 물, 및 산업 샘플을 포함한다. 이들 예는 본 발명에 적용가능한 샘플 유형을 제한하는 것으로서 해석되지 않아야 한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 일부 맥락에서 사용된 바와 같이 "원격 샘플"은 샘플의 세포, 조직, 또는 장기 근원이 아닌 부위로부터 간접적으로 수집된 샘플에 관련한다. 예를 들어, 췌장에서 기원하는 샘플 물질이 (예를 들어, 유방으로부터 직접적으로 취득된 샘플이 아닌) 대변 샘플에서 평가되는 경우, 샘플은 원격 샘플이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어들 "환자" 또는 "대상체"는 본 기술에 의해 제공된 다양한 시험을 거치게 되는 유기체를 지칭한다. 용어 "대상체"는, 인간을 포함하는, 동물, 바람직하게는 포유동물을 포함한다. 바람직한 구현예에서, 대상체는 영장류이다. 또 더욱 더 바람직한 구현예에서, 대상체는 인간이다. 추가로 진단 방법에 관하여, 바람직한 대상체는 척추동물 대상체이다. 바람직한 척추동물은 온혈성이고; 바람직한 온혈 척추동물은 포유동물이다. 바람직한 포유동물은 가장 바람직하게는 인간이다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "대상체'는 인간 및 동물 대상체 둘 모두를 포함한다. 따라서, 수의과 치료 용도는 본 명세서에서 제공된다. 이와 같이, 본 기술은 포유동물 예컨대 인간, 뿐만 아니라 멸종 위기에 처한 중요한 포유동물, 예컨대 시베리아 호랑이; 경제적으로 중요한 동물, 예컨대 인간에 의한 소비를 위하여 농장에서 사육된 동물; 및/또는 인간에게 사회적으로 중요한 동물, 예컨대 애완용으로서 또는 동물원에서 길러진 동물의 진단을 제공한다. 그와 같은 동물의 예는 비제한적으로 하기를 포함한다: 육식동물 예컨대 고양이 및 개; 어린돼지, 수퇘지, 및 멧돼지를 포함하는, 돼지; 반추동물 및/또는 유제동물 예컨대 소, 황소, 양, 기린, 사슴, 염소, 들소, 및 낙타; 기각류; 및 말. 따라서, 비제한적으로, 사육된 돼지, 반추동물, 유제동물, (경주말을 포함하는) 말, 및 기타 동종의 것을 포함하는, 가축의 진단 및 치료는 또한 제공된다. 현재-개시된 요지는 대상체에서 폐암 진단용 시스템을 추가로 포함한다. 시스템은, 예를 들어, 생물학적 샘플이 수집된 대상체에서 폐암을 진단하는데 또는 폐암의 위험을 스크리닝하는데 사용될 수 있는 상업적 키트로서 제공될 수 있다. 본 기술에 따라 제공된 예시적 시스템은 본 명세서에 기재된 마커의 메틸화 상태의 평가를 포함한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "키트"는 물질 전달을 위한 임의의 전달 시스템을 지칭한다. 반응 검정의 맥락에서, 그와 같은 전달 시스템은 하나의 위치에서 또 다른 위치로 반응 시약(예를 들어, 적절한 용기에서 올리고뉴클레오타이드, 효소, 등) 및/또는 지지재 (예를 들어, 완충액, 검정 수행용 서면 지침 등)의 보관, 수송, 또는 전달을 허용하는 시스템을 포함한다. 예를 들어, 키트는 관련된 반응 시약 및/또는 지지재를 함유하는 하나 이상의 동봉물 (예를 들어, 박스)를 포함한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "단편화된 키트"는 총 키트 구성요소의 하위부분을 각각 함유하는 2개 이상 별개의 용기를 포함하는 전달 시스템을 지칭한다. 용기는 함께 또는 별도로 의도된 수령체에 전달될 수 있다. 예를 들어, 제1 용기는 검정에서 사용하기 위한 효소를 함유할 수 있고, 반면 제2 용기는 올리고뉴클레오타이드를 함유한다. 용어 "단편화된 키트"는 연방 식품, 의약품, 및 화장품법의 섹션 520(e) 하에서 규제된 피분석물 특이적 시약(ASR's)을 함유하는 키트를 포괄하기 위한 것이고, 거기에 제한되지 않는다. 사실상, 총 키트 구성요소의 하위부분을 각각 함유하는 2개 이상 별개의 용기를 포함하는 임의의 전달 시스템은 용어 "단편화된 키트"에서 포함된다. 그에 반해서, "조합된 키트"는 단일 용기에서 (예를 들어, 각각의 원하는 구성요소를 제공하는 단일 박스에서) 반응 검정의 모든 구성요소를 함유하는 전달 시스템을 지칭한다. 용어 "키트"는 단편화된 및 조합된 키트 둘 모두를 포함한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "유방암"은 일반적으로 유방 조직의 조절되지 않는 성장 및, 더 구체적으로, 대상체의 한쪽 또는 양쪽 유방에서 비정상 세포의 변칙적인 신속한 증식을 특징으로 하는 병태를 지칭한다. 비정상 세포는 종종, 고형 종양을 형성할 수 있는 형질전환된 세포인, 악성 또는 "신생물성 세포"로서 지칭된다. 용어 "종양"은, 악성 또는 양성이든, 과도한 또는 비정상 세포 분할에서 비롯하는 세포의 비정상적 덩어리 또는 모집단 (즉, 2개 이상의 세포), 그리고 전-암성 및 암성 세포를 지칭한다. 악성 종양은, 조절되지 않는 세포 증식 이외, 이들이 주위 조직을 침범할 수 있고 전이할 수 있다는 점에서 양성 성장 또는 종양과 구별된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "HER2+ 유방암"은 암 세포의 적어도 일부분이 세포의 신속한 성장을 촉진시키는 HER2 단백질 ((인간 표피 성장 인자 수용체 2로부터) HER2 또는 HER2/neu)의 상승된 수준을 발현시키는 유방암을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "내강 A 유방암"은 암 세포의 적어도 일부분이 에스트로겐 수용체 (ER) 양성이고 프로게스테론 수용체 (PR) 양성이지만, HER2에 대하여 음성인 유방암을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "내강 B 유방암"은 암 세포의 적어도 일부분이 ER 양성이고, HER2 양성이고, PR에 대하여 음성인 유방암을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "삼중 음성 유방암"은 암 세포의 적어도 일부분이 ER, HER2, 및 PR에 대하여 음성인 유방암을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "HER2+ 유방암"은 암 세포의 적어도 일부분이 ER 및 PR에 대하여 음성이지만, HER2에 대하여 양성인 유방암을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "BRCA1 유방암"은 암 세포의 적어도 일부분이 BRCA1 유전자에서의 돌연변이 및/또는 감소된 야생형 BRCA1 발현으로 특성규명되는 유방암을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "BRCA2 유방암"은 암 세포의 적어도 일부분이 BRCA2 유전자에서의 돌연변이 및/또는 감소된 야생형 BRCA2 발현으로 특성규명되는 유방암을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 용어 "유관 상피내암종" (DCIS)은 비정상 세포가 모유관의 안쪽에서 발견되는 비-침습성 암을 지칭한다. "저등급" DCIS는 핵 등급 1이거나 낮은 유사분열률을 가지고 있는 DCIS를 지칭한다. "고등급" DCIS는 핵 등급 3이거나 높은 유사분열률을 가지고 있는 DCIS를 지칭한다. "침습성" DCIS는 비-관상 조직까지 확대한 관상 암종을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "정보"는 사실 또는 데이터의 임의의 집합을 지칭한다. 비제한적으로 인터넷을 포함하는, 컴퓨터 시스템(들)을 사용하여 저장된 또는 가공된 정보와 관련하여, 상기 용어는 임의의 형식 (예를 들어, 아날로그, 디지털, 광학, 등)으로 저장된 임의의 데이터를 지칭한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "대상체와 관련된 정보"는 대상체 (예를 들어, 인간, 식물, 또는 동물)에 속하는 사실 또는 데이터를 지칭한다. 용어 "게놈 정보"는, 비제한적으로, 핵산 서열, 유전자, 백분율 메틸화, 대립유전자 빈도, RNA 발현 수준, 단백질 발현, 유전자형에 상관관계가 있는 표현형, 등을 포함하는 게놈에 속하는 정보를 지칭한다. "대립유전자 빈도 정보"는, 비제한적으로, 대립유전자 동일성, 대립유전자의 존재와 대상체 (예를 들어, 인간 대상체)의 특징 사이 통계적 상관관계, 개체 또는 모집단에서 대립유전자의 존재 또는 부재, 하나 이상의 특정 특징을 가지고 있는 개체에서 존재하는 대립유전자의 백분율 가능성, 등을 포함하는, 대립유전자 빈도에 속하는 사실 또는 데이터를 지칭한다.
다양한 구현예의 이러한 상세한 설명에서, 설명의 목적으로, 수많은 특이적 세부사항은 개시된 구현예의 철저한 이해를 제공하기 위해 제시된다. 당해 분야의 숙련가는, 그러나, 이들 다양한 구현예가 이들 특이적 세부사항과 무관하게 실시될 수 있음을 인정할 것이다. 다른 사례에서, 구조 및 디바이스는 블록 선도 형태로 나타난다. 게다가, 당해 분야의 숙련가는 방법이 제시되고 수행되는 구체적 순서가 설명적이라는 것을 쉽게 인정할 수 있고 순서는 다양해질 수 있고 본 명세서에서 개시된 다양한 구현예의 사상 및 범위 내에서 여전히 남아있다는 것은 고려된다.
유방암을 스크리닝하는 기술 그리고 특히, 비독점적으로, 유방암 및/또는 특이적 형태의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)의 존재를 탐지하는 방법, 조성물, 및 관련된 용도에 대한 기술은 본 명세서에서 제공된다. 본 기술이 본 명세서에서 기재됨에 따라, 사용된 섹션 제목은 조직상의 목적만을 위한 것이고 어떤 식으로든 요지 제한으로서 해석되지 않아야 한다.
사실상, 실시예 I, II 및 III에서 기재된 바와 같이, 본 발명의 구현예를 확인하기 위한 과정 동안 수행된 실험은 비-신생물성 대조군 DNA로부터 유방암 유래된 DNA를 구별하기 위한 375개의 차별적 메틸화 영역 (DMR)의 신규한 세트를 확인하였다. 이들 375개의 신규한 DNA 메틸화 마커로부터, 추가 실험은 정상 유방 조직으로부터 상이한 유형의 유방암을 구별할 수 있는 마커를 확인하였다. 예를 들어, 1) 정상 유방 조직으로부터 삼중 음성 유방암 조직, 2) 정상 유방 조직으로부터 HER2+ 유방암 조직, 3) 정상 유방 조직으로부터 내강 A 유방암 조직, 4) 정상 유방 조직으로부터 내강 B 유방암 조직, 5) 정상 유방 조직으로부터 BRCA1 유방암 조직, 6) 정상 유방 조직으로부터 BRCA2 유방암 조직, 및 7) 정상 유방 조직으로부터 침습성 유방암 조직을 구별할 수 있는 DMR의 별개 세트는 확인되었다. 또한, 유관 상피내암종 고등급 (DCIS-HG) 유방암 조직을 유관 상피내암종 저등급 (DCIS-LG) 유방 조직과 구별할 수 있는 DMR은 확인되었다. 또한, 유방암이 있는 대상체로부터의 혈장을 유방암이 없는 대상체로부터의 혈장과 할 수 있는 DMR은 확인되었다.
본 명세서에서 본 개시내용이 특정 설명된 구현예를 지칭하여도, 이들 구현예가 제한으로써가 아닌 예로써 제시되는 것이 이해되어야 한다.
특정 양태에서, 본 기술은 암 예컨대 유방암을 확인, 결정, 및/또는 분류하기 위한 조성물 및 방법을 제공한다. 본 방법은 대상체로부터 단리된 생물학적 샘플 (예를 들어, 대변 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플)에서 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상황을 결정하는 단계를 포함하고, 여기서 마커의 메틸화 상태에서의 변화는 유방암의 존재, 부류, 또는 부위를 나타낸다. 특정 구현예는 유방암 및 다양한 유형의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)의 진단 (예를 들어, 스크리닝)에 사용되는 차별적 메틸화 영역 (DMR, 예를 들어, DMR 1-375, 참고 표 2 및 18)을 포함하는 마커에 관련한다.
본 명세서에서 제공되고 표 2 및 18에서 열거된 적어도 하나의 마커, 마커의 영역, 또는 DMR을 포함하는 마커 (예를 들어, DMR, 예를 들어, DMR 1-375)의 염기의 메틸화 분석이 분석되는 구현예 이외에, 본 기술은 암, 특히 유방암의 탐지를 위한 유용성으로 적어도 하나의 마커, 마커의 영역, 또는 DMR을 포함하는 마커의 염기를 포함하는 마커들의 패널을 또한 제공한다.
본 기술의 일부 구현예는 적어도 하나의 마커, 마커의 영역, 또는 DMR을 포함하는 마커의 염기의 CpG 메틸화 상황의 분석에 기초한다.
일부 구현예에서, 본 기술은 DMR(예를 들어, DMR 1-375, 참고 표 2 및 18)을 포함하는 적어도 하나의 마커 내에서 CpG 디뉴클레오타이드 서열의 메틸화 상황을 결정하기 위해 하나 이상의 메틸화 검정과 조합으로 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시키는 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약)의 용도를 제공한다. 게놈 CpG 디뉴클레오타이드는 메틸화될 수 있거나 메틸화되지 않을 수 있다 (대안적으로 각각 상향- 및 하향-메틸화된 것으로 알려질 수 있다). 그러나 본 발명의 방법은, 원격 샘플 (예를 들어, 혈액, 장기 유출물, 또는 대변)의 배경 내에서, 이종성, 예를 들어, 종양 세포의 저농도의 생물학적 샘플, 또는 그로부터 생물학적 물질의 분석에 적합하다. 따라서, 그와 같은 샘플 내에서 CpG 위치의 메틸화 상황을 분석하는 경우, 특정 CpG 위치에서 메틸화의 수준 (예를 들어, 퍼센트, 분획, 비, 분율, 또는 정도)를 결정하기 위하여 정량적 검정을 사용할 수 있다.
본 기술에 따르면, DMR을 포함하는 마커에서 CpG 디뉴클레오타이드 서열의 메틸화 상황의 결정은 암 예컨대 유방암의 진단 및 특성규명 둘 모두에서 유용성을 가지고 있다.
마커의 조합
일부 구현예에서, 본 기술은 표 2 및 18로부터 DMR을 포함하는 마커 (예를 들어, DMR 번호 1-375)의 조합의 메틸화 상태 평가에 관련한다. 일부 구현예에서, 1개 초과 마커의 메틸화 상태 평가는 대상체에서의 신생물 (예를 들어, 유방암)을 확인하기 위한 스크린 또는 진단의 특이도 및/또는 민감도를 증가시킨다.
다양한 암은, 예를 들어, 예측의 특이도 및 민감도에 관련된 통계적 기술에 의해 확인된 바와 같이, 마커의 다양한 조합에 의해 예상된다. 본 기술은 일부 암에 대하여 예측의 조합 및 입증된 예측의 조합을 확인하는 방법을 제공한다.
메틸화 상태를 검정하는 방법
특정 구현예에서, 5-메틸시토신의 존재에 대하여 핵산을 분석하는 방법은 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시키는 시약으로 DNA의 처리를 포함한다. 그와 같은 시약의 예는, 비제한적으로, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약을 포함한다.
5-메틸시토신의 존재에 대하여 핵산을 분석하는 빈번하게 사용된 방법은 DNA에서 5-메틸시토신 (Frommer 등 (1992) Proc . Natl . Acad . Sci . USA 89: 1827-31 본 명세서에 참고로 전체적으로 모든 목적을 위해 명백하게 편입되어 있음) 또는 이의 변이의 탐지를 위하여 Frommer, 등에 의해 기재된 바이설파이트 방법에 기초한다. 5-메틸시토신 맵핑의 바이설파이트 방법은, 5-메틸시토신이 아닌, 시토신이 (바이설파이트로도 알려진) 수소 설파이트 이온과 반응하는 관찰에 기초한다. 상기 반응은 하기 단계들에 따라 일반적으로 수행된다: 먼저, 시토신은 수소 설파이트와 반응하여 설폰화된 시토신을 형성한다. 다음으로, 설폰화된 반응 중간물의 자발적인 탈아미노화는 설폰화된 우라실을 초래한다. 마지막으로, 설폰화된 우라실은 알칼리성 조건 하에서 탈설폰화되어 우라실을 형성한다. 우라실이 아데닌과 염기 짝짓기 (따라서 티민처럼 행동) 하고, 반면에 5-메틸시토신이 구아닌과 염기 짝짓기 (따라서 시토신처럼 행동)하기 때문에 검출은 가능하다. 이것은, 예를 들어, 바이설파이트 게놈 서열분석 (Grigg G, & Clark S, Bioessays (1994) 16: 431-36; Grigg G, DNA Seq. (1996) 6: 189-98), 예를 들어, 미국 특허 번호 5,786,146에서, 개시된 것처럼 메틸화-특이적 PCR (MSP), 또는 서열-특이적 프로브 절단을 포함하는 검정, 예를 들어, QuARTS 플랩 엔도뉴클레아제 검정 (참고, 예를 들어, Zou 등 (2010) "Sensitive quantification of methylated markers with a novel methylation specific technology" Clin Chem 56: A199 사용에 의해; 그리고 미국 특허 번호 8,361,720; 8,715,937; 8,916,344; 및 9,212,392에서 가능한 비-메틸화된 시토신으로부터 메틸화된 시토신을 구별한다.
일부 종래의 기술은 아가로스 매트릭스에서 분석될 DNA를 동봉하는 단계, 그것에 의해 DNA의 확산 및 복원을 예방하는 단계 (바이설파이트는 단일-가닥 DNA와 단지 반응한다), 그리고 침전 및 정제 단계들을 빠른 투석으로 대체하는 단계를 포함하는 방법에 관련된다 (Olek A, 등 (1996) "A modified and improved method for bisulfite based cytosine methylation analysis" Nucleic Acids Res. 24: 5064-6). 따라서 본 방법의 유용성 및 민감도를 설명하는, 메틸화 상황에 대하여 개별 세포를 분석하는 것은 가능하다. 5-메틸시토신의 종래의 검출 방법의 개요는 Rein, T., 등 (1998) Nucleic Acids Res. 26: 2255에 의해 제공된다.
바이설파이트 기술은 전형적으로 바이설파이트 처리에 이어서 알려진 핵산의 짧은, 특이적 단편을 증폭시키는 단계, 그 다음 어느 한쪽 서열분석 (Olek & Walter (1997) Nat. Genet. 17: 275-6) 또는 프라이머 연장 반응 (Gonzalgo & Jones (1997) Nucleic Acids Res. 25: 2529-31; WO 95/00669; 미국 특허 번호 6,251,594)에 의해 생성물을 검정하여 개별 시토신 위치를 분석하는 단계를 포함한다. 일부 방법은 효소 소화 (Xiong & Laird (1997) Nucleic Acids Res. 25: 2532-4)를 사용한다. 하이브리드화에 의한 검출은 또한 당업계에서 기재되어 왔다 (Olek 등, WO 99/28498). 추가로, 개별 유전자에 관하여 메틸화 검출을 위한 바이설파이트 기술의 사용은 기재되어 왔다 (Grigg & Clark (1994) Bioessays 16: 431-6,; Zeschnigk 등 (1997) Hum Mol Genet. 6: 387-95; Feil 등 (1994) Nucleic Acids Res. 22: 695; Martin 등 (1995) Gene 157: 261-4; WO 9746705; WO 9515373).
다양한 메틸화 검정 절차는 본 기술에 따른 바이설파이트 처리와 공조하여 사용될 수 있다. 이들 검정은 핵산 서열 내에서 하나의 또는 복수의 CpG 디뉴클레오타이드 (예를 들어, CpG 해도형)의 메틸화 상태를 결정한다. 그와 같은 검정은, 다른 기술 중에서, 바이설파이트-처리된 핵산의 서열분석, (서열-특이적 증폭용) PCR, 서던 블랏 분석, 및 메틸화-특이적 제한 효소, 예를 들어, 메틸화-민감성 또는 메틸화-의존적 효소의 사용을 포함한다.
예를 들어, 게놈 서열분석은 바이설파이트 처리 (Frommer 등 (1992) Proc . Natl. Acad . Sci . USA 89: 1827-1831)를 사용함으로써 메틸화 패턴 및 5-메틸시토신 분포의 분석에 대하여 간소화되어 왔다. 추가적으로, 바이설파이트-전환된 DNA로부터 증폭된 PCR 생성물의 제한 효소 소화는, 예를 들어, Sadri & Hornsby (1997) Nucl . Acids Res. 24: 5058-5059에 의해 기재된 바와 같이 또는 COBRA (조합된 바이설파이트 제한 분석) (Xiong & Laird (1997) Nucleic Acids Res. 25: 2532-2534)로서 알려진 방법에서 구현된 바와 같이 메틸화 상태를 평가하는데 사용된다.
COBRATM 분석은 소량의 게놈 DNA내 특이적 유전자좌에서 DNA 메틸화 수준을 결정하는데 유용한 정량적 메틸화 검정이다 (Xiong & Laird, Nucleic Acids Res. 25:2532-2534, 1997). 간단히, 제한 효소 소화는 나트륨 바이설파이트-처리된 DNA의 PCR 생성물에서 메틸화-의존적 서열 차이를 밝히는데 사용된다. 메틸화-의존적 서열 차이는 Frommer 등 (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:1827-1831, 1992)에 의해 기재된 절차에 따라 표준 바이설파이트 처리에 의해 게놈 DNA속에 먼저 도입된다. 바이설파이트 전환된 DNA의 PCR 증폭은 그 다음 관심 CpG 해도형에 특이적인 프라이머, 이어서 제한 엔도뉴클레아제 소화, 겔 전기영동, 및 특이적, 표지된 하이브리드화 프로브를 이용하는 검출을 사용하여 수행된다. 최초 DNA 샘플에서 메틸화 수준은 광범위의 DNA 메틸화 수준을 통해 선형으로 정량적 방식으로 소화된 및 소화되지 않은 PCR 생성물의 상대량에 의해 제시된다. 또한, 본 기술은 미세해부된 파라핀-포매된 조직 샘플로부터 수득된 DNA에 확실하게 적용될 수 있다.
COBRATM 분석을 위한 (예를 들어, 전형적인 COBRATM 기반 키트에서 발견될 수 있는 바와 같은) 전형적인 시약은, 비제한적으로, 하기를 포함할 수 있다: 특이적 유전자좌 (예를 들어, 특이적 유전자, 마커, DMR, 유전자의 영역, 마커의 영역, 바이설파이트 처리된 DNA 서열, CpG 해도형, 등)용 PCR 프라이머; 제한 효소 및 적절한 완충액; 유전자-하이브리드화 올리고뉴클레오타이드; 대조군 하이브리드화 올리고뉴클레오타이드; 올리고뉴클레오타이드 프로브용 키나제 표지화 키트; 및 표지된 뉴클레오타이드. 추가로, 바이설파이트 전환 시약은 하기를 포함할 수 있다: DNA 변성 완충액; 설폰화 완충액; DNA 회수 시약 또는 키트 (예를 들어, 침전, 한외여과, 친화도 칼럼); 탈설폰화 완충액; 및 DNA 회수 구성요소.
검정 예컨대 "MethyLightTM" (형광-기반 실시간 PCR 기술) (Eads 등, Cancer Res. 59:2302-2306, 1999), Ms-SNuPETM (메틸화-민감성 단일 뉴클레오타이드 프라이머 연장) 반응 (Gonzalgo & Jones, Nucleic Acids Res. 25:2529-2531, 1997), 메틸화-특이적 PCR ("MSP"; Herman 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:9821-9826, 1996; 미국 특허 번호 5,786,146), 및 메틸화된 CpG 해도형 증폭 ("MCA"; Toyota 등, Cancer Res. 59:2307-12, 1999)는 단독으로 또는 이들 방법 중 하나 이상과 조합으로 사용된다.
"HeavyMethylTM" 검정, 기술은 바이설파이트-처리된 DNA의 메틸화-특이적 증폭에 기초한 메틸화 차이를 평가하기 위한 정량적 방법이다. 증폭 프라이머 사이 CpG 위치를 포함하는, 또는 상기에 의해 포함된 메틸화-특이적 차단 프로브 ("차단제")는 핵산 샘플의 메틸화-특이적 선택적 증폭을 가능하게 한다.
용어 "HeavyMethylTM", MethyLightTM" 검정은, MethyLightTM 검정의 변이형인, HeavyMethylTM, MethyLightTM 검정을 지칭하고, 여기서 MethyLightTM 검정은 증폭 프라이머 사이 CpG 위치를 포함하는 메틸화 특이적 차단 프로브와 조합된다. HeavyMethylTM 검정은 또한 메틸화 특이적 증폭 프라이머와 조합으로 사용될 수 있다.
HeavyMethylTM 분석을 위한 (예를 들어, 전형적인 MethyLightTM 기반 키트에서 발견될 수 있는 바와 같은) 전형적인 시약은, 비제한적으로 하기를 포함할 수 있다: 특이적 유전자좌 (예를 들어, 특이적 유전자, 마커, 유전자의 영역, 마커의 영역, 바이설파이트 처리된 DNA 서열, CpG 해도형, 또는 바이설파이트 처리된 DNA 서열 또는 CpG 해도형, 등)용 PCR 프라이머; 차단 올리고뉴클레오타이드; 최적화된 PCR 완충액 및 데옥시뉴클레오타이드; 및 Taq 중합효소.
MSP (메틸화-특이적 PCR)은, 메틸화-민감성 제한 효소의 사용과 독립적인, CpG 해도형 내에서 CpG 부위의 사실상 임의의 그룹의 메틸화 상황을 평가한다 (Herman 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:9821-9826, 1996; 미국 특허 번호 5,786,146). 간단히, DNA는, 메틸화된 시토신을 제외한, 메틸화되지 않은 시토신을 우라실로 전환하는, 나트륨 바이설파이트에 의해 변형되고, 생성물은 메틸화된 대 메틸화되지 않은 DNA에 특이적인 프라이머로 후속으로 증폭된다. MSP는 겨우 소량의 DNA를 필요로 하고, 주어진 CpG 해도형 유전자좌의 0.1% 메틸화된 대립유전자에 민감성이고, 파라핀-포매된 샘플로부터 추출된 DNA에서 수행될 수 있다. MSP 분석을 위한 (예를 들어, 전형적인 MSP-기반 기트에서 발견될 수 있는 바와 같은) 전형적인 시약은, 비제한적으로 하기를 포함할 수 있다: 특이적 유전자좌 (예를 들어, 특이적 유전자, 마커, 유전자의 영역, 마커의 영역, 바이설파이트 처리된 DNA 서열, CpG 해도형, 등)용 메틸화된 및 메틸화되지 않은 PCR 프라이머; 최적화된 PCR 완충액 및 데옥시뉴클레오타이드, 및 특이적 프로브.
MethyLightTM 검정은 PCR 단계 후 추가 조작을 필요로 하지 않는 형광-기반 실시간 PCR (예를 들어, TaqMan®)을 이용하는 고-처리량 정량적 메틸화 검정이다 (Eads 등, Cancer Res. 59:2302-2306, 1999). 간단히, MethyLightTM 공정은, 나트륨 바이설파이트 반응에서, 표준 절차에 따른 메틸화-의존적 서열 차이의 혼합된 풀로 전환되는 게놈 DNA의 혼합된 샘플을 사용하여 시작한다 (상기 바이설파이트 공정은 메틸화되지 않은 시토신 잔기를 우라실로 전환시킨다). 형광-기반 PCR은 그 다음, 예를 들어, 알려진 CpG 디뉴클레오타이드를 중첩시키는 PCR 프라이머와의 "편향된" 반응에서 수행된다. 서열 식별은 증폭 공정의 수준에서 그리고 형광 검출 공정의 수준에서 둘 모두 발생한다.
MethyLightTM 검정은 핵산, 예를 들어, 게놈 DNA 샘플에서 메틸화 패턴에 대한 정량적 시험으로서 사용되고, 여기서 서열 식별은 프로브 하이브리드화의 수준에서 발생한다. 정량적 버전에서, PCR 반응은 특정 추정 메틸화 부위를 중첩시키는 형광 프로브의 존재 하에서 메틸화 특이적 증폭을 제공한다. 유입 DNA의 양에 대한 비편향된 제어는 프라이머도, 프로브도 임의의 CpG 디뉴클레오타이드 위에 놓지 않는 반응에 의해 제공된다. 대안적으로, 게놈 메틸화용 정성적 시험은 알려진 메틸화 부위 (예를 들어, HeavyMethylTM 및 MSP 기술의 형광-기반 버전)을 포함하지 않는 대조군 올리고뉴클레오타이드 또는 잠재적인 메틸화 부위를 포함하는 올리고뉴클레오타이드 어느 한쪽을 가진 편향된 PCR 풀을 탐침검사함으로써 달성된다.
MethyLightTM 공정은 임의의 적합한 프로브 (예를 들어 "TaqMan®" 프로브, LightCycler® 프로브, 등)로 사용된다 예를 들어, 일부 적용에서 이중-가닥 게놈 DNA는 나트륨 바이설파이트로 처리되고, 예를 들어, MSP 프라이머 및/또는 HeavyMethyl 차단제 올리고뉴클레오타이드를 가진 TaqMan® 프로브 및 TaqMan® 프로브를 사용하는 PCR 반응의 2개의 세트 중 하나를 거친다. TaqMan® 프로브는 형광 "리포터" 및 "켄처" 분자로 이중-표지되고 정방향 또는 역방향 프라이머보다 PCR 사이클에서 약 10℃ 더 높은 온도에 용융하기 위해 상대적으로 높은 GC 함량 영역에 특이적이도록 설계된다. 이것은 TaqMan® 프로브를 PCR 어닐링/연장 단계 동안 완전하게 하이브리드화된 채로 남아있게 한다. Taq 중합효소가 PCR 동안 신규한 가닥을 효소적으로 합성함에 따라, 결국 어닐링된 TaqMan® 프로브에 도달할 것이다. Taq 중합효소 5' 내지 3' 엔도뉴클레아제 활성은 그 다음 그것을 소화함으로써 TaqMan® 프로브를 대체하여 실시간 형광 검출 시스템을 사용하는 그것의 현재 미켄칭된 신호의 정량적 검출용 형광 리포터 분자를 방출할 것이다.
MethyLightTM 분석을 위한 (예를 들어, 전형적인 MethyLightTM 기반 키트에서 발견될 수 있는 바와 같은) 전형적인 시약은, 비제한적으로 하기를 포함할 수 있다: 특이적 유전자좌 (예를 들어, 특이적 유전자, 마커, 유전자의 영역, 마커의 영역, 바이설파이트 처리된 DNA 서열, CpG 해도형, 등)용 PCR 프라이머; TaqMan® 또는 LightCycler® 프로브; 최적화된 PCR 완충액 및 데옥시뉴클레오타이드; 및 Taq 중합효소.
QMTM (정량적 메틸화) 검정은 게놈 DNA 샘플에서 메틸화 패턴용 대안적 정량적 시험이고, 여기서 서열 식별은 프로브 하이브리드화의 수준에서 발생한다. 이러한 정량적 버전에서, PCR 반응은 특정 추정 메틸화 부위를 중첩시키는 형광 프로브의 존재 하에서 비편향된 증폭을 제공한다. 유입 DNA의 양에 대한 비편향된 제어는 프라이머도, 프로브도 임의의 CpG 디뉴클레오타이드 위에 놓지 않는 반응에 의해 제공된다. 대안적으로, 게놈 메틸화용 정성적 시험은 알려진 메틸화 부위 (예를 들어, HeavyMethylTM 및 MSP 기술의 형광-기반 버전)을 포함하지 않는 대조군 올리고뉴클레오타이드 또는 잠재적인 메틸화 부위를 포함하는 올리고뉴클레오타이드 어느 한쪽을 가진 편향된 PCR 풀을 탐침검사함으로써 달성된다.
QMTM 공정은 증폭 공정에서 임의의 적합한 프로브, 예를 들어, "TaqMan®" 프로브, LightCycler® 프로브로 사용될 수 있다. 예를 들어, 이중-가닥 게놈 DNA는 나트륨 바이설파이트로 처리되고 비편향된 프라이머 및 TaqMan® 프로브를 거친다. TaqMan® 프로브는 형광 "리포터" 및 "켄처" 분자로 이중-표지되고, 정방향 또는 역방향 프라이머보다 PCR 사이클에서 약 10℃ 더 높은 온도에 용융하기 위해 상대적으로 높은 GC 함량 영역에 특이적이도록 설계된다. 이것은 TaqMan® 프로브를 PCR 어닐링/연장 단계 동안 완전하게 하이브리드화된 채 남아있게 한다. Taq 중합효소가 PCR 동안 신규한 가닥을 효소적으로 합성함에 따라, 결국 어닐링된 TaqMan® 프로브에 도달할 것이다. Taq 중합효소 5' 내지 3' 엔도뉴클레아제 활성은 그 다음 그것을 소화함으로써 TaqMan® 프로브를 대체하여 실시간 형광 검출 시스템을 이용하는 그것의 현재 미켄칭된 신호의 정량적 검출용 형광 리포터 분자를 방출할 것이다. QMTM 분석을 위한 (예를 들어, 전형적인 QMTM 기반 키트에서 발견될 수 있는 바와 같은) 전형적인 시약은, 비제한적으로 하기를 포함할 수 있다: 특이적 유전자좌 (예를 들어, 특이적 유전자, 마커, 유전자의 영역, 마커의 영역, 바이설파이트 처리된 DNA 서열, CpG 해도형, 등)용 PCR 프라이머; TaqMan® 또는 LightCycler® 프로브; 최적화된 PCR 완충액 및 데옥시뉴클레오타이드; 및 Taq 중합효소.
Ms-SNuPETM 기술은 DNA의 바이설파이트 처리, 이어서 단일-뉴클레오타이드 프라이머 연장에 기초한 특이적 CpG 부위에서 메틸화 차이의 정량적 평가 방법이다 (Gonzalgo & Jones, Nucleic Acids Res. 25:2529-2531, 1997). 간단히, 게놈 DNA는 나트륨 바이설파이트와 반응되어 메틸화되지 않은 시토신을 우라실로 전환하면서 5-메틸시토신을 변함없게 한다. 원하는 표적 서열의 증폭은 그 다음 바이설파이트-전환된 DNA에 특이적인 PCR 프라이머를 사용하여 수행되고, 수득한 생성물은 단리되고 관심 CpG 부위에서 메틸화 분석용 템플레이트로서 사용된다. 소량의 DNA는 분석될 수 있고 (예를 들어, 병리학 섹션으로 미세해부될 수 있고) CpG 부위에서 메틸화 상황 결정용 제한 효소의 이용을 피한다.
Ms-SNuPETM 분석을 위한 (예를 들어, 전형적인 Ms-SNuPETM 기반 키트에서 발견될 수 있는 바와 같은) 전형적인 시약은, 비제한적으로 하기를 포함할 수 있다: 특이적 유전자좌 (예를 들어, 특이적 유전자, 마커, 유전자의 영역, 마커의 영역, 바이설파이트 처리된 DNA 서열, CpG 해도형, 등)용 PCR 프라이머; 최적화된 PCR 완충액 및 데옥시뉴클레오타이드; 겔 추출 키트; 양성 대조군 프라이머; 특이적 유전자좌용 Ms-SNuPETM 프라이머; (Ms-SNuPE 반응용) 반응 완충제; 및 표지된 뉴클레오타이드. 추가적으로, 바이설파이트 전환 시약은 하기를 포함할 수 있다: DNA 변성 완충액; 설폰화 완충액; DNA 회수 시약 또는 키트 (예를 들어, 침전, 한외여과, 친화도 칼럼); 탈설폰화 완충액; 및 DNA 회수 구성요소.
감소된 표현 바이설파이트 서열분석 (RRBS)는 핵산의 바이설파이트 처리로 시작하여 모든 메틸화되지 않은 시토신을 우라실로 전환시키고, 이어서 (예를 들어, CG 서열을 포함하는 부위 예컨대 MspI을 인식하는 효소에 의한) 제한 효소 소화되고 어댑터 리간드에 커플링 후 단편의 완전한 서열분석된다. 제한 효소의 선택은, 분석 동안 다중 유전자 위치에 맵핑할 수 있는 중복적인 서열의 수를 감소시키는, CpG 조밀한 영역을 위한 단편을 풍부하게 한다. 이와 같이, RRBS는 서열분석용 제한 단편의 (예를 들어, 분취형 겔 전기영동을 사용하는 크기 선택에 의해) 서브셋을 선택함으로써 핵산 샘플의 복잡성을 감소시킨다. 전체의-게놈 바이설파이트 서열분석과는 대조적으로, 제한 효소 소화에 의해 생산된 모든 단편은 적어도 하나의 CpG 디뉴클레오타이드용 DNA 메틸화 정보를 함유한다. 이와 같이, RRBS는 이들 영역에서 제한 효소 절단 부위의 높은 빈도로 프로모터, CpG 해도형, 및 다른 게놈 특징에 대한 샘플을 풍부하게 하고 따라서 하나 이상의 유전자 좌위의 메틸화 상태를 평가하기 위한 검정을 제공한다.
RRBS용 전형적 프로토콜은 제한 효소를 가진 핵산 샘플 예컨대 MspI 소화, 돌출부 충진 및 A-테일링, 어댑터 결찰, 바이설파이트 전환, 및 PCR의 단계들을 포함한다. 참고, 예를 들어, 등 (2005) "Genome-scale DNA methylation mapping of clinical samples at single-nucleotide resolution" Nat Methods 7: 133-6; Meissner 등 (2005) "Reduced representation bisulfite sequencing for comparative high-resolution DNA methylation analysis" Nucleic Acids Res. 33: 5868-77.
일부 구현예에서, 정량적 대립유전자-특이적 실시간 표적 및 신호 증폭 (QuARTS) 검정은 메틸화 상태를 평가하는데 사용된다. 증폭 (반응 1) 및 일차 반응에서 표적 프로브 절단 (반응 2); 및 이차 반응에서 FRET 절단 및 형광 신호 생성 (반응 3)을 포함하는 3개의 반응은 각각의 QuARTS 검정에서 순차적으로 발생한다. 표적 핵산이 특이적 프라이머로 증폭되는 경우, 플랩 서열을 가진 특이적 검출 프로브는 앰플리콘에 느슨하게 결합한다. 표적 결합 부위에서 특이적 침습성 올리고뉴클레오타이드의 존재는 5' 뉴클레아제, 예를 들어, FEN-1 엔도뉴클레아제가 검출 프로브와 플랩 서열 사이 컷팅에 의해 플랩 서열을 방출시키게 한다. 플랩 서열은 상응하는 FRET 카셋트의 비-헤어핀 부분에 상보적이다. 따라서, 플랩 서열은 FRET 카셋트 상에서 침습성 올리고뉴클레오타이드로서 기능하고 FRET 카셋트 형광단과 켄처 사이 절단을 유효화시키고, 이는 형광 신호를 생산한다. 절단 반응은 표적당 다중 프로브를 컷팅할 수 있고 따라서, 지수 신호 증폭을 제공하는, 플랩당 다중 형광단을 방출할 수 있다. QuARTS는 상이한 염료를 가진 FRET 카셋트를 사용함으로써 단일 반응에서 양호하게 다중 표적을 검출할 수 있다. 참고, 예를 들어, Zou 등 (2010) "Sensitive quantification of methylated markers with a novel methylation specific technology" Clin Chem 56: A199), 및 미국 특허 번호 8,361,720; 8,715,937; 8,916,344; 및 9,212,392, 이들 각각은 본 명세서에 참고로 모든 목적을 위해 편입되어 있음.
용어 "바이설파이트 시약"은 메틸화된 및 메틸화되지 않은 CpG 디뉴클레오타이드 서열 사이 구별하기 위해 본 명세서에서 개시된 바와 같이 유용한, 바이설파이트, 디설파이트, 수소 설파이트, 또는 이들의 조합을 포함하는 시약을 지칭한다. 상기 처리 방법은 당해 기술에 공지되어 있다 (예를 들어, PCT/EP2004/011715 및 WO 2013/116375, 이들 각각은 참고로 전체적으로 편입되어 있음). 일부 구현예에서, 바이설파이트 처리는 변성 용매 예컨대 비제한적으로 n-알킬렌글리콜 또는 디에틸렌 글리콜 디메틸 에테르 (DME)의 존재 하에서, 또는 디옥산 또는 디옥산 유도체의 존재 하에서 수행된다. 일부 구현예에서 변성 용매는 1% 내지 35% (v/v) 농도에서 사용된다. 일부 구현예에서, 바이설파이트 반응은 포획제 예컨대 비제한적으로 크로만 유도체, 예를 들어, 6-하이드록시-2,5,7,8,-테트라메틸크로만 2-카복실산 또는 트리하이드록시벤존 산 및 이의 유도체, 예를 들어, 갈산의 존재 하에서 수행된다 (참고: PCT/EP2004/011715, 참고로 전체적으로 편입되어 있음). 특정 바람직한 구현예에서, 바이설파이트 반응은, 예를 들어, WO 2013/116375에서 기재된 바와 같이 암모늄 수소 설파이트에 의한 처리를 포함한다.
일부 구현예에서, 처리된 DNA의 단편은 본 발명에 따른 프라이머 올리고뉴클레오타이드 (예를 들어, 참고 표 10, 19 및 20) 및 증폭 효소의 세트를 사용하여 증폭된다. 몇몇 DNA 분절의 증폭은 하나의 및 동일한 반응 용기에서 동시에 수행될 수 있다. 전형적으로, 증폭은 중합효소 연쇄 반응 (PCR)을 사용하여 수행된다. 앰플리콘은 길이가 전형적으로 100 내지 2000 염기쌍이다.
본 방법의 또 다른 구현예에서, DMR을 포함하는 마커 (예를 들어, DMR 1-375, 표 2 및 18) 내에서 또는 근처에서 CpG 위치의 메틸화 상황은 메틸화-특이적 프라이머 올리고뉴클레오타이드의 사용에 의해 검출될 수 있다. 상기 기술 (MSP)는 Herman에 의해 미국 특허 번호 6,265,171에서 기재되어 있다. 바이설파이트 처리된 DNA의 증폭을 위한 메틸화 상황 특이적 프라이머의 사용은 메틸화된 핵산과 메틸화되지 않은 핵산 사이 분화를 허용한다. MSP 프라이머 쌍은 바이설파이트 처리된 CpG 디뉴클레오타이드에 하이브리드화하는 적어도 하나의 프라이머를 함유한다. 따라서, 상기 프라이머의 서열은 적어도 하나의 CpG 디뉴클레오타이드를 포함한다. 비-메틸화된 DNA에 특이적인 MSP 프라이머는 CpG에서 C 위치의 위치에 "T"를 함유한다.
증폭으로 수득된 단편은 직접적으로 또는 간접적으로 검출가능한 표지를 가질 수 있다. 일부 구현예에서, 표지는 형광 표지, 방사선핵종, 또는 질량 분광분석기에서 검출될 수 있는 전형적인 질량을 가지고 있는 탈착가능 분자 단편이다. 상기 표지가 질량 표지인 경우, 일부 구현예는 표지된 앰플리콘이, 질량 분광분석기에서 더 양호한 검출가능성을 허용하는, 단일 양성 또는 음성 순전하를 가지고 있음을 제공한다. 검출은, 예를 들어, 매트릭스 보조된 레이저 탈착/이온화 질량 분광분석법 (MALDI)로 또는 전자 문무 질량 분광분석법 (ESI)를 사용하여 수행될 수 있고 시각화될 수 있다.
이들 검정 기술에 적합한 DNA를 단리시키는 방법은 당해 기술에 공지되어 있다. 특히, 일부 구현예는, 전체적으로 본 명세서에 참고로 편입된, 미국 특허 출원 시리즈 번호 13/470,251 ("Isolation of Nucleic Acids")에서 기재된 바와 같이 핵산의 단리를 포함한다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 기재된 마커는 대변 샘플에서 수행된 QUARTS 검정에서 사용된다. 일부 구현예에서, DNA 샘플의 생산 방법 및, 특히, 작은 부피 (예를 들어, 100 미만, 60 미만 마이크로리터)에서 고순도, 저-풍부성 핵산을 포함하는 그리고 DNA 샘플을 시험하는데 사용된 검정 (예를 들어, PCR, INVADER, QuARTS 검정, 등)을 억제하는 서브스턴스가 실질적으로 및/또는 효과적으로 없는 DNA 샘플의 생산 방법은 제공된다. 그와 같은 DNA 샘플은 환자로부터 취득된 샘플에서 존재하는 유전자, 유전자 변이체 (예를 들어, 대립유전자), 또는 유전자 변형 (예를 들어, 메틸화)의 존재를 정성적으로 검출하거나, 이들의 활성, 발현, 또는 양을 정량적으로 측정하는 진단 검정에서 사용된다. 예를 들어, 일부 암은 특정 변이 대립유전자 또는 특정 메틸화 상태의 존재와 상관되고, 따라서 그와 같은 변이 대립유전자 또는 메틸화 상태의 검출 및/또는 정량화는 암의 진단 및 치료에서 예측의 값을 갖는다.
많은 귀중한 유전자 마커는 샘플에서 극소량으로 존재하고 그와 같은 마커를 생산하는 사건은 드물다. 결과적으로, 훨씬 민감한 검출 방법 예컨대 PCR은 검정의 검출 역치를 충족시키거나 대체하기 위해 충분한 저-풍부성 표적을 제공하도록 다량의 DNA를 필요로 한다. 또한, 억제성 서브스턴스의 훨씬 소량의 존재는 그와 같은 소량의 표적 검출에 지향된 이들 검정의 정확도 및 정확성을 절충시킨다. 따라서, 그와 같은 DNA 샘플을 생산하기 위해 부피 및 농도의 필수 관리를 제공하는 방법은 본 명세서에서 제공된다.
일부 구현예에서, 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 또는 타액을 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 인간이다. 그와 같은 샘플은 당업계에서 알려진 꽤 많은 수의 수단으로 수득될 수 있고, 예컨대 숙련가에 명백할 것이다. 무세포 또는 실질적으로 무세포 샘플은, 비제한적으로, 원심분리 및 여과를 포함하는 당해 분야의 숙련가에 알려진 다양한 기술에 샘플을 거침으로써 수득될 수 있다. 침습성 기술이 샘플을 수득하는데 사용되지 않는 것이 일반적으로 바람직하여도, 샘플 예컨대 조직 균질물, 조직 절편, 및 생검 시료를 수득하는 것은 여전히 바람직할 수 있다. 본 기술은 시험용 핵산을 제공하는데 그리고 샘플을 제조하는데 사용된 방법에 제한되지 않는다. 예를 들어, 일부 구현예에서, DNA는, 예를 들어, 미국 특허 번호 8,808,990 및 9,169,511, 그리고 WO 2012/155072에서 상술된 바와 같이 직접적인 유전자 포획을 사용하여, 또는 관련된 방법에 의해 대변 샘플로부터 또는 혈액으로부터 또는 혈장 샘플로부터 단리된다.
마커의 분석은 하나의 시험 샘플 내에서 추가의 마커와 별도로 또는 동시에 수행될 수 있다. 예를 들어, 몇 개의 마커는 다중 샘플의 효율적으로 처리하기 위해 그리고 더 큰 진단 및/또는 예후 정확도를 잠재적으로 제공하기 위해 하나의 시험으로 조합될 수 있다. 또한, 당해 분야의 숙련가는 동일한 대상체로부터 (예를 들어, 연속적인 시점에서) 시험 다중 샘플의 값을 인식할 것이다. 연속 샘플의 그와 같은 시험은 경시적으로 마커 메틸화 상태에서 변화의 확인을 허용할 수 있다. 메틸화 상태에서의 변화, 뿐만 아니라 메틸화 상태에서 변화의 부재는, 비제한적으로, 사건의 개시부터 근사 시간의 확인, 구제가능한 조직의 존재 및 양, 약물 요법의 적절성, 다양한 요법의 유효성, 및 미래 사건의 위험을 포함하는, 대상체의 결과의 확인을 포함하는 질환 상태에 대하여 유용한 정보를 제공할 수 있다. 바이오마커의 분석은 다양한 물리적 포맷으로 수행될 수 있다. 예를 들어, 미세적정 플레이트의 사용 또는 자동화는 다수의 시험 샘플의 가공을 용이하게 하기 위해 사용될 수 있다. 대안적으로, 단일 샘플 포맷은 시기적절한 방식으로, 예를 들어, 외래 수송 또는 응급실 환경에서 즉각적인 치료 및 진단을 용이하게 하기 위해 개발될 수 있다.
본 기술의 구현예가 키트의 형태로 제공되는 것은 고려된다. 키트는 본 명세서에서 기재된 조성물, 디바이스, 장치, 등, 및 키트의 사용 지침의 구현예를 포함한다. 그와 같은 지침은 샘플로부터 피분석물을 제조하기 위한, 예를 들어, 샘플을 수집하기 위한 그리고 샘플로부터 핵산을 제조하기 위한 적절한 방법을 기재한다. 키트의 개별 구성요소는 적절한 용기 및 패키징 (예를 들어, 바이알, 박스, 블리스터 팩, 앰풀, 단지, 병, 튜브, 및 기타 동종의 것)에서 포장되고 구성요소는 키트의 사용자에 의한 편리한 보관, 선적, 및/또는 사용을 위하여 적절한 용기 (예를 들어, 박스 또는 박스들)에서 함께 포장된다. 액체 구성요소 (예를 들어, 완충액)이 사용자에 의해 재구성되도록 동결건조된 형태로 제공될 수 있음은 이해된다. 키트는 키트의 성능을 평가, 검증, 및/또는 보장하기 위하여 대조군 또는 참조를 포함할 수 있다. 예를 들어, 샘플에 존재하는 핵산의 양을 검정하기 위한 키트는 비교를 위한 동종 또는 또 다른 핵산의 알려진 농도를 포함하는 대조군, 그리고 일부 구현예에서, 대조군 핵산에 특이적인 검출 시약(예를 들어, 프라이머)를 포함할 수 있다. 키트는 임상 환경에서 사용에 적절하고, 일부 구현예에서, 사용자의 집에서 사용에 적절하다. 키트의 구성요소는, 일부 구현예에서, 샘플로부터 핵산 용액을 제조하기 위한 시스템의 기능성을 제공한다. 일부 구현예에서, 시스템의 특정 구성요소는 사용자에 의해 제공된다.
방법
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) DMR (예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 DMR 1-375)을 포함하는 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, KLHDC7B_B, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TBX1_B, TRH_A, 및 TRIM67_B, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ABLIM1, AJAP1_B, ASCL2, ATP6V1B1, BANK1, CALN1_A, CALN1_B, CLIC6, DSCR6, FOXP4, GAD2, GCGR, GP5, GRASP, HBM, HNF1B_B, KLF16, MAGI2, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8859253-8859329, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr6.157557371-157557657, MPZ, NKX2-6, PDX1, PLXNC1_A, PPARG, PRKCB, PTPRN2, RBFOX_A, SCRT2_A, SLC7A4, STAC2_B, STX16_A, STX16_B, TBX1, TRH_A, VSTM2B_A, ZBTB16, ZNF132, 및 ZSCAN23, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 삼중 음성 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: CALN1_A, LOC100132891, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, DLX4, GP5, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, KCNK9, SCRT2_B, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, 및 DSCR6, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 삼중 음성 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 삼중 음성 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ABLIM1, AFAP1L1, AKR1B1, ALOX5, AMN, ARL5C, BANK1, BCAT1, BEGAIN, BEST4, BHLHE23_B, BHLHE23_C, C17orf64, C1QL2, C7orf52, CALN1_B, CAV2, CD8A, CDH4_A, CDH4_B, CDH4_C, CDH4_D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_B, CLIP4, CR1, DLK1, DNAJC6, DNM3_A, EMX1_A, ESPN, FABP5, FAM150A, FLJ42875, GLP1R, GNG4, GYPC_A, HAND2, HES5, HNF1B_A, HNF1B_B, HOXA1_A, HOXA1_B, HOXA7_A, HOXA7_B, HOXA7_C, HOXD9, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, IGSF9B_A, IL15RA, INSM1, ITPKA_B, ITPRIPL1, KCNE3, KCNK17_B, LIME1, LOC100132891, LOC283999, LY6H, MAST1, MAX.chr1.158083198-158083476, MAX.chr1.228074764-228074977, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr10.130085265-130085312, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr14.101176106-101176260, MAX.chr15.96889069-96889128, MAX.chr17.8230197-8230314, MAX.chr19.46379903-46380197, MAX.chr2.97193163-97193287, MAX.chr2.97193478-97193562, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr21.44782441-44782498, MAX.chr22.23908718-23908782, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.180101084-180101094, MAX.chr5.42952185-42952280, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr6.27064703-27064783, MAX.chr7.152622607-152622638, MAX.chr8.145104132-145104218, MAX.chr9.136474504-136474527, MCF2L2, MSX2P1, NACAD, NID2_B, NID2_C, ODC1, OSR2_B, PAQR6, PCDH8, PIF1, PPARA, PPP2R5C, PRDM13_A, PRHOXNB, PRKCB, RBFOX3_A, RBFOX3_B, RFX8, SNCA, STAC2_A, STAC2_B, STX16_B SYT5, TIMP2, TMEFF2, TNFRSF10D, TRH_B, TRIM67, TRIM71_C, USP44_A, USP44_B, UTF1, UTS2R, VSTM2B_A, VSTM2B_B, ZFP64, 및 ZNF132, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) HER2+ 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, CHST2_A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, TRIM67, ATP6V1B1, C17orf64, CHST2_B, DLX4, DNM3_A, EMX1_A, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, LAYN, PLXNC1_A, RIC3, SCRT2_B, ALOX5, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, AJAP1_B, DSCR6, 및 MAX.chr11.68622869-68622968, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) HER2+ 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, C10orf125, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) HER2+ 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ARL5C, BHLHE23_C, BMP6, C10orf125, C17orf64, C19orf66, CAMKV, CD1D, CDH4_E, CDH4_F, CHST2_A, CRHBP, DLX6, DNM3_A, DNM3_B, DNM3_C, ESYT3, ETS1_A, ETS1_B, FAM126A, FAM189A1, FAM20A, FAM59B, FBN1, FLRT2, FMN2, FOXP4, GAS7, GYPC_A, GYPC_B, HAND2, HES5, HMGA2, HNF1B_B, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, KCNH8, KCNK17_A, KCNQ2, KLHDC7B, LOC100132891, MAX.chr1.46913931-46913950, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990591-59990895, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr20.1783841-1784054, MAX.chr21.47063802-47063851, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.172234248-172234494, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr6.130686865-130686985, MAX.chr8.687688-687736, MAX.chr8.688863-688924, MAX.chr9.114010-114207, MPZ, NID2_A, NKX2-6, ODC1, OSR2_A, POU4F1, PRDM13_B, PRKCB, RASGRF2, RIPPLY2, SLC30A10, ST8SIA4, SYN2, TRIM71_A, TRIM71_B, TRIM71_C, UBTF, ULBP1, USP44_B, 및 VSTM2B_A, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 내강 A 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: BHLHE23_C, CD1D, CHST2_A, FAM126A, FMN2, HOXA1_A, HOXA7_A, KCNH8, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, SLC30A10, TRIM67, ATP6V1B1, BANK1, C10orf125, C17orf64, CHST2_B, DNM3_A, EMX1_A, GP5, IGF2BP3_A, IGF2BP3_B, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, ODC1, PLXNC1_A, PRKCB, ST8SIA4, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr12.59990671-59990859, BHLHE23_D, COL23A1, KCNK9, OTX1, PLXNC1_A, HNF1B_B, MAST1, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, RBFOX_A, MAX.chr12.4273906-4274012, GAS7, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, GYPC_B, DLX6, FBN1, OSR2_A, BEST4, DSCR6, MAX.chr11.68622869-68622968, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 내강 A 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 내강 A 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ACCN1, AJAP1_A, AJAP1_B, BEST4, CALN1_B, CBLN1_B, CDH4_E, DLX4, FOXP4, IGSF9B_B, ITPRIPL1, KCNA1, KLF16, LMX1B_A, MAST1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr17.73073682-73073814, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679578-42679917, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr8.124173128-124173268, MPZ, PPARA, PRMT1, RBFOX3_B, RYR2_A, SALL3, SCRT2_A, SPHK2, STX16_B SYNJ2, TMEM176A, TSHZ3, 및 VIPR2, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 내강 B 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: CALN1_A, LOC100132891, MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, DLX4, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, ITPRIPL1, KLF16, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr19.46379903-46380197, BHLHE23_D, HNF1B_B, TRH_A, ASCL2, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, AJAP1_B, 및 DSCR6, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 내강 B 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 내강 B 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: C10orf93, C20orf195_A, C20orf195_B, CALN1_B, CBLN1_A, CBLN1_B, CCDC61, CCND2_A, CCND2_B, CCND2_C, EMX1_B, FAM150B, GRASP, HBM, ITPRIPL1, KCNK17_A, KIAA1949, LOC100131176, MAST1, MAX.chr1.8277285-8277316, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr18.5629721-5629791, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr22.42679767-42679917, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MAX.chr6.157556793-157556856, MAX.chr8.124173030-124173395, MN1, MPZ, NR2F6, PDXK_A, PDXK_B, PTPRM, RYR2_B, SERPINB9_A, SERPINB9_B, SLC8A3, STX16_B TEPP, TOX, VIPR2, VSTM2B_A, ZNF486, ZNF626, 및 ZNF671, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) BRCA1 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) BRCA1 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: ANTXR2, B3GNT5, BHLHE23_C, BMP4, CHRNA7, EPHA4, FAM171A1, FAM20A, FMNL2, FSCN1, GSTP1, HBM, IGFBP5, IL17REL, ITGA9, ITPRIPL1, KIRREL2, LRRC34, MAX.chr1.239549742-239549886, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr11.14926602-14926729, MAX.chr11.14926860-14927148, MAX.chr15.96889013-96889128, MAX.chr2.238864674-238864735, MAX.chr5.81148300-81148332, MAX.chr7.151145632-151145743, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr8.143533298-143533558, MERTK, MPZ, NID2_C, NTRK3, OLIG3_A, OLIG3_B, OSR2_C, PROM1, RGS17, SBNO2, STX16_B TBKBP1, TLX1NB, VIPR2, VN1R2, VSNL1, 및 ZFP64, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) BRCA2 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) BRCA2 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: CDH4_E, FLJ42875, GAD2, GRASP, ITPRIPL1, KCNA1, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr18.76734362-76734370, MAX.chr18.76734423-76734476, MAX.chr19.30719261-30719354, MAX.chr4.8859602-8859669, MAX.chr4.8860002-8860038, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.178957564-178957598, MAX.chr5.77268672-77268725, MPZ, NKX2-6, PRKCB, RBFOX3_B, SALL3, 및 VSTM2B_A, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 침습성 유방암을 탐지하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, ITPRIPL1, ITPRIPL1, DLX4, CALN1_A, 및 IGF2BP3_B, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직을 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직과 구별하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: SCRT2_B, ITPRIPL1, 및 MAX.chr8.124173030-12417339, 및
2) (예를 들어, 100% 이상의 민감도 및 91% 이상의 특이도를 제공하는) 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직을 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직과 구별하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 하기로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 가지고 있는 염색체 영역으로부터 선택된 적어도 하나의 마커 내에서 상기 대상체로부터 수득된 핵산 (예를 들어, 체액 예컨대 혈액 또는 혈장 또는 유방 조직로부터 단리된 게놈 DNA)을 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드를 구별하는 적어도 하나의 시약 또는 일련의 시약과 접촉시키는 단계: DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, 및 ITPRIPL1, 및
2) (예를 들어, 80% 이상의 민감도 및 80% 이상의 특이도를 제공하는) 고등급 관상피내 암종 (DCIS-HG) 유방암 조직을 저등급 관상피내 암종 (DCIS-LG) 유방 조직과 구별하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킨 시약으로 상기 생물학적 샘플에서의 게놈 DNA를 처리하는 것을 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자에 대한 메틸화 수준을 측정하는 단계(예를 들어, 상기 시약은 바이설파이트 시약, 메틸화-민감성 제한 효소, 또는 메틸화-의존적 제한 효소임)로서, 상기 하나 이상의 유전자는 하기 군 중 하나로부터 선택되는 단계:
(i) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1;
(ii) ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B; 및
(iii) CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B;
2) 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 처리된 게놈 DNA을 증폭시키는 단계; 및
3) 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화-특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 및 표적 포착으로 상기 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 상기 샘플로부터의 DNA에서 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양을 측정하는 단계로서, 상기 하나 이상의 유전자는 하기 군 중 하나로부터 선택되는 단계:
(i) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1;
(ii) ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B; 및
(iii) CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B;
2) 상기 DNA에서 적어도 하나의 참조 마커의 양을 측정하는 단계; 및
3) 상기 DNA에서 측정된 참조 마커 유전자의 양의 백분율로서 상기 DNA에서 측정된 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양에 대한 값을 계산하는 단계로서, 상기 값이 상기 샘플에서 측정된 적어도 하나의 메틸화 마커 DNA의 양을 나타내는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킬 수 있는 바이설파이트 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약)으로 처리하는 것을 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계;
2) 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 변형된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
3) 메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
상기 하나 이상의 유전자는 하기 군 중 하나로부터 선택된다:
(i) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1;
(ii) ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B; 및
(iii) CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킨 시약으로 상기 생물학적 샘플에서의 게놈 DNA를 처리하는 것을 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자에 대한 메틸화 수준을 측정하는 단계(예를 들어, 상기 시약은 바이설파이트 시약, 메틸화-민감성 제한 효소, 또는 메틸화-의존적 제한 효소임)로서, 상기 하나 이상의 유전자는 하기 군 중 하나로부터 선택되는 단계:
(i) BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6;
(ii) MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, 및 MAX.chr11.68622869-68622968;
(iii) ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4;
(iv) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, 및 C10orf125;
(v) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125;
(vi) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D; 및
(vii) DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, ITPRIPL1;
2) 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 처리된 게놈 DNA을 증폭시키는 단계; 및
3) 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화-특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 및 표적 포착으로 상기 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 상기 샘플로부터의 DNA에서 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양을 측정하는 단계로서, 상기 하나 이상의 유전자는 하기 군 중 하나로부터 선택되는 단계:
(i) BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6;
(ii) MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, 및 MAX.chr11.68622869-68622968;
(iii) ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4;
(iv) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, 및 C10orf125;
(v) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125;
(vi) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D; 및
(vii) DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, ITPRIPL1;
2) 상기 DNA에서 적어도 하나의 참조 마커의 양을 측정하는 단계; 및
3) 상기 DNA에서 측정된 참조 마커 유전자의 양의 백분율로서 상기 DNA에서 측정된 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양에 대한 값을 계산하는 단계로서, 상기 값이 상기 샘플에서 측정된 적어도 하나의 메틸화 마커 DNA의 양을 나타내는 단계.
본 기술의 일부 구현예에서, 하기의 단계들을 포함하는 방법이 제공된다:
1) 상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킬 수 있는 바이설파이트 시약(예를 들어, 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약)으로 처리하는 것을 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계;
2) 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 변형된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
3) 메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
상기 하나 이상의 유전자는 하기 군 중 하나로부터 선택된다:
(i) BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6;
(ii) MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, 및 MAX.chr11.68622869-68622968;
(iii) ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4;
(iv) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, 및 C10orf125;
(v) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125;
(vi) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D; 및
(vii) DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, ITPRIPL1.
바람직하게는, 그와 같은 방법에 대한 민감도는 약 70% 내지 약 100%, 또는 약 80% 내지 약 90%, 또는 약 80% 내지 약 85%이다. 바람직하게는, 민감도는 약 70% 내지 약 100%, 또는 약 80% 내지 약 90%, 또는 약 80% 내지 약 85%이다.
게놈 DNA는, 상업적으로 이용가능한 키트의 사용을 포함하는, 임의의 수단으로 단리될 수 있다. 간단히, 관심 DNA가 세포 막에 의해 캡슐화되는 경우 생물학적 샘플은 효소적, 화학적 또는 기계적 수단으로 파괴되고 용해되어야 한다. DNA 용액은 그 다음, 예를 들어, 프로테이나제 K에 의한 소화로 단백질 및 다른 오염물질로부터 제거될 수 있다. 게놈 DNA는 그 다음 용액으로부터 회수된다. 이것은 염석, 유기 추출, 또는 DNA의 고상 지지체로의 결합을 포함하는 다양한 방법으로 수행될 수 있다. 방법의 선택은 시간, 비용, 및 DNA의 필요한 양을 포함하는 몇 개의 인자에 의해 영향받을 것이다. 신생물성 물질 또는 전-신생물성 물질을 포함하는 모든 임상 샘플 유형, 예를 들어, 세포주, 조직학적 슬라이드, 생검, 파라핀-포매된 조직, 체액, 대변, 유방 조직, 결장 유출물, 소변, 혈장, 혈청, 전혈, 단리된 혈구, 혈액으로부터 단리된 세포, 및 이들의 조합은 본 방법에서 사용에 적합하다.
본 기술은 시험용 핵산을 제공하는데 그리고 샘플을 제조하는데 사용된 방법에서 제한되지 않는다. 예를 들어, 일부 구현예에서, DNA는, 예를 들어, 미국 특허 출원 시리즈 번호 61/485386에서 상술된 바와 같이 직접적인 유전자 포획을 사용하여 또는 관련된 방법에 의해 대변 샘플로부터 또는 혈액으로부터 또는 혈장 샘플로부터 단리된다.
게놈 DNA 샘플은 그 다음 적어도 하나의 DMR을 포함하는 마커 (예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같이, 예를 들어, DMR 1-375) 내에서 메틸화 및 비-메틸화 CpG 디뉴클레오타이드 사이 구별하는 적어도 하나의 시약, 또는 일련의 시약으로 처리된다.
일부 구현예에서, 시약은 5'-위치에서 메틸화되지 않는 시토신 염기를 우라실, 티민, 또는 하이브리드화 행동의 관점에서 시토신과 상이한 또 다른 염기로 전환시킨다. 하지만 일부 구현예에서, 시약은 메틸화 민감성 제한 효소일 수 있다.
일부 구현예에서, 게놈 DNA 샘플은 5'-위치에서 메틸화되지 않는 시토신 염기가 우라실, 티민, 또는 하이브리드화 행동의 관점에서 시토신과 상이한 또 다른 염기로 전환되는 그와 같은 방식으로 처리된다. 일부 구현예에서, 상기 처리는 바이설파이트 (수소 설파이트, 디설파이트)로 수행된 다음 알칼리성 가수분해된다.
처리된 핵산은 그 다음 분석되어 표적 유전자 서열 (DMR을 포함하는 마커, 예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같이 DMR 1-375로부터 선택된 적어도 하나의 DMR로부터 적어도 하나의 유전자, 유전자 서열, 또는 뉴클레오타이드)의 메틸화 상태를 결정한다. 분석 방법은, 본 명세서에 열거된 것들, 예를 들어, 본 명세서에서 기재된 바와 같은 QuARTS 및 MSP를 포함하는, 당해 분야에서 알려진 것들로부터 선택될 수 있다.
DMR을 포함하는 마커 (예를 들어, 표 2 및 18에서 제공된 바와 같이, 예를 들어, DMR 1-375)의 비정상적인 메틸화, 더 구체적으로 과메틸화는 유방암과 연관된다.
본 기술은 유방암과 연관된 임의의 샘플의 분석에 관련한다. 예를 들어, 일부 구현예에서 샘플은 환자로부터 수득된 조직 및/또는 생체액을 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 분비물을 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 위 분비물, 췌액, 위장 생검 샘플, 유방 생검으로부터의 미세해부된 세포, 및/또는 대변으로부터 회수된 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 유방 조직을 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 인간이다. 샘플은 유방, 간, 담관, 췌장, 위, 결장, 직장, 식도, 소장, 맹장, 십이지장, 용종, 담낭, 항문, 및/또는 복막으로부터 세포, 분비물, 또는 조직을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 샘플은 세포액, 복수, 소변, 배설물, 췌장 유체, 내시경술 동안 수득된 유체, 혈액, 점액, 또는 타액을 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 대변 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 유방 조직 샘플이다.
그와 같은 샘플은 당업계에서 알려진 꽤 많은 수단으로 수득될 수 있고, 예컨대 숙련가에 명백할 것이다. 예를 들어, 소변 및 배설물 샘플은 쉽게 획득가능하고, 반면 혈액, 복수, 혈청, 또는 췌장 유체 샘플은, 예를 들어, 바늘 및 주사기를 사용함으로써 비경구로 수득될 수 있다. 무세포 또는 실질적으로 무세포 샘플은, 비제한적으로, 원심분리 및 여과를 포함하는 당해 분야의 숙련가에 알려진 다양한 기술에 샘플을 거침으로써 수득될 수 있다. 침습성 기술이 샘플을 수득하는데 사용되지 않는 것이 일반적으로 바람직하여도, 샘플 예컨대 조직 균질물, 조직 절편, 및 생검 시료를 수득하는 것이 여전히 바람직할 수 있다
일부 구현예에서, 본 기술은 환자 (예를 들어, 유방암이 있는, 초기 단계 유방암이 있는, 또는 유방암을 발생할 수 있는 환자) (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암 중 하나 이상을 가진 환자)의 치료 방법에 관한 것으로, 상기 방법은 본 명세서에서 제공된 바와 같은 하나 이상의 DMR의 메틸화 상태를 결정하는 단계 그리고 메틸화 상태 결정의 결과에 기초하여 환자에게 치료를 투여하는 단계를 포함한다. 치료는 약제학적 화합물, 백신의 투여, 수술 실행, 환자 이미지형성, 또 다른 시험 수행일 수 있다. 바람직하게는, 상기 용도는 임상 스크리닝의 방법, 예후 평가의 방법, 요법의 결과 모니터링의 방법, 특정 치료적 처치에 반응하기 위한 가장 공산이 큰 환자를 확인하는 방법, 환자 또는 대상체 이미지형성의 방법, 및 약물 스크리닝 및 발달의 방법에 있다.
본 기술의 일부 구현예에서, 대상체에서 유방암의 진단 방법은 제공된다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이 용어들 "진단하는" 및 "진단"은 대상체가 주어진 질환 또는 병태를 앓고 있거나 미래에서 주어진 질환 또는 병태를 발생시킬 수 있는지 여부를 당업자가 전망 및 심지어 결정할 수 있는 방법을 지칭한다. 당업자는 하나 이상의 진단 인디케이터, 예컨대 예를 들어 바이오마커 (예를 들어, 본 명세서에서 개시된 바와 같이 DMR)에 기초하여 종종 진단하고, 이의 메틸화 상태는 병태의 존재, 중증도, 또는 부재를 나타낸다.
진단과 함께, 임상 암 예후는 가장 효과적인 요법을 계획하기 위해 암의 공격성 그리고 종양 재발의 가능성 결정에 관련한다. 더욱 정확한 예후가 될 수 있거나 심지어 암 발생의 잠재적인 위험이 평가될 수 있다면, 환자에 대하여 적절한 요법, 및 일부 사례에서 덜 심각한 요법은 선택될 수 있다. 암 바이오마커의 평가 (예를 들어, 메틸화 상태 결정)은 더욱 집중적인 치료로부터 유익할 수 있는 암의 재발을 앓거나 암 발생할 공산이 더욱 큰 이들로부터 제한된 요법 또는 요법이 필요 없을 암 발생의 낮은 위험 및/또는 양호한 예후를 가진 개별 대상체에 유용하다.
이와 같이, "진단을 하는" 또는 "진단하는"은, 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 본 명세서에서 개시된 진단 바이오마커 (예를 들어, DMR)의 측정에 기초하여, (의료 치료와 무관하게) 임상 결과 예측을 제공할 수 있는, 예후의 결정 또는 암 발생의 위험의 결정, 적절한 치료 (또는 치료가 효과적일지 여부)의 선택, 또는 현행 치료의 모니터링 및 잠재적으로 치료의 변경을 추가로 포함한다. 또한, 현재 개시된 요지의 일부 구현예에서, 경시적으로 바이오마커의 다중 결정은 진단 및/또는 예후를 용이하게 하기 위해 실시될 수 있다. 바이오마커에서의 일시적 변화는 임상 결과를 예측하는데, 유방암의 진행을 모니터링하는데, 및/또는 암에 대한 적절한 요법의 효능을 모니터링하는데 사용될 수 있다. 그와 같은 구현예에서 예를 들어, 효과적인 요법의 과정 동안 경시적으로 생물학적 샘플에서 본 명세서에 개시된 하나 이상의 바이오마커 (예를 들어, DMR) (및, 모니터링된다면, 잠재적으로 하나 이상의 추가의 바이오마커(들))의 메틸화 상태에서의 변화를 볼것으로 예상할 수 있다.
현재 개시된 요지는 대상체에서 암의 예방 또는 치료를 개시 또는 계속할지 여부를 결정하는 방법을 일부 구현예에서 추가로 제공한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 대상체로부터 일정 기간 동안 일련의 생물학적 샘플을 제공하는 단계; 일련의 생물학적 샘플을 분석하여 각각의 생물학적 샘플에서 본 명세서에 개시된 적어도 하나의 바이오마커의 메틸화 상태를 결정하는 단계; 및 각각의 생물학적 샘플에서 바이오마커들 중 하나 이상의 메틸화 상태에서 임의의 측정가능한 변화를 비교하는 단계를 포함한다. 해당 기간 동안 바이오마커의 메틸화 상태에서 임의의 변화는 암 발생의 위험을 예측하는데, 임상 결과를 예측하는데, 암의 예방 또는 치료를 개시 또는 계속할지 여부, 그리고 현행 요법이 암을 효과적으로 치료하는지 여부를 결정하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 제1 시점은 치료의 개시에 앞서 선택될 수 있고 제2 시점은 치료의 개시 후 어느 시점에서 선택될 수 있다. 메틸화 상태는 상이한 시점에서 취득된 각각의 샘플에서 측정될 수 있고 정성적 및/또는 정량적 차이는 주목되었다. 상이한 샘플로부터 바이오마커 수준의 메틸화 상태에서의 변화는 대상체에서 유방암 위험, 예후, 치료 효능 결정, 및/또는 암의 진행과 상관될 수 있다.
바람직한 구현예에서, 본 발명의 방법 및 조성물은 초기 단계에, 예를 들어, 질환의 증상이 나타나기 전에 질환의 치료 또는 진단을 위한 것이다. 일부 구현예에서, 본 발명의 방법 및 조성물은 임상 단계에 질환의 치료 또는 진단을 위한 것이다.
지적된 바와 같이, 일부 구현예에서, 하나 이상의 진단 또는 예후 바이오마커의 다중 결정은 실시될 수 있고, 마커에서 일시적 변화는 진단 또는 예후를 결정하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 진단 마커는 초기 시간에, 그리고 재차 두 번째 시간에 결정될 수 있다. 그와 같은 구현예에서, 초기 시간부터 두 번째 시간까지 마커에서의 증가는 암의 특정 유형 또는 중증도, 또는 주어진 예후의 진단일 수 있다. 마찬가지로, 초기 시간부터 두 번째 시간까지 마커에서의 감소는 암의 특정 유형 또는 중증도, 또는 주어진 예후를 나타낼 수 있다. 게다가, 하나 이상의 마커의 변화의 정도는 암의 중증도 및 미래 유해 사례와 관련될 수 있다. 당업자는, 특정 구현예에서 비교 측정이 다중 시점에 동일한 바이오마커로 실시될 수 있는 반면, 하나의 시점에 주어진 바이오마커, 그리고 두 번째 시점에 제2 바이오마커를 또한 측정할 수 있고, 이들 마커의 비교가 진단 정보를 제공할 수 있다는 것을 이해할 것이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 어구 "예후를 결정하는"은 당업자가 대상체에서 병태의 과정 또는 결과를 예측할 수 있는 방법을 지칭한다. 용어 "예후"는 100% 정확도로 병태의 과정 또는 결과를 예측하는 능력, 또는 심지어 주어진 과정 또는 결과가 바이오마커 (예를 들어, DMR)의 메틸화 상태에 기초하여 예측가능하게 다소 발생할 것임을 지칭하지 않는다. 대신에, 당업자는 특정 과정 또는 결과가 일어날 증가된 개연성; 즉, 병태를 나타내지 않는 그들 개체와 비교된 경우, 과정 또는 결과가 주어진 병태를 나타내는 대상체에서 더 많이 일어날 것 같음을 용어 "예후"가 지칭한다고 이해할 것이다. 예를 들어, 병태를 나타내지 않는 (예를 들어, 하나 이상의 DMR의 정상 메틸화 상태를 가지고 있는) 개체에서, (예를 들어, 유방암을 앓고 있는) 주어진 결과의 변화는 매우 낮을 수 있다.
일부 구현예에서, 통계적 분석은 부정적인 결과의 소인과 예후 인디케이터를 연관시킨다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 암을 가지고 있지 않은 환자로부터 수득된 정상 대조군 샘플에서의 것과 상이한 메틸화 상태는, 통계적 유의도의 수준에 의해 결정된 바와 같이, 대상체가 대조군 샘플에서 메틸화 상태와 더욱 유사한 수준을 가진 대상체보다 암을 더 많이 앓을 것 같음을 신호할 수 있다. 추가적으로, 기준선 (예를 들어, "정상") 수준으로부터 메틸화 상태에서 변화는 대상체 예후를 반영할 수 있고, 메틸화 상태에서 변화의 정도는 유해 사례의 중증도에 관련될 수 있다. 통계적 유의도는 2개 이상의 모집단을 비교하고 신뢰 구간 및/또는 p 값을 결정함으로써 종종 결정된다. 참고, 예를 들어, Dowdy and Wearden, Statistics for Research, John Wiley & Sons, New York, 1983 (전체적으로 본 명세서에 참고로 편입되어 있음). 본 요지의 예시적인 신뢰 구간은 90%, 95%, 97.5%, 98%, 99%, 99.5%, 99.9% 및 99.99%이고, 반면 예시적인 p 값은 0.1, 0.05, 0.025, 0.02, 0.01, 0.005, 0.001, 및 0.0001이다.
다른 구현예에서, 본 명세서에서 개시된 예후 또는 진단 바이오마커 (예를 들어, DMR)의 메틸화 상태에서 변화의 역치 정도는 확립될 수 있고, 생물학적 샘플에서 비아마커의 메틸화 상태에서 변화의 정도는 메틸화 상태에서 변화의 역치 정도와 단순히 비교된다. 본 명세서에서 제공된 바이오마커에 대하여 메틸화 상태에서 바람직한 역치 변화는 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 50%, 약 75%, 약 100%, 및 약 150%이다. 또 다른 구현예에서, "노모그램"은, 예후 또는 진단 인디케이터 (바이오마커 또는 바이오마커들의 조합)의 메틸화 상태가 주어진 결과 쪽으로 연관된 성향과 직접적으로 관련되는 것에 의해, 확립될 수 있다. 당업자는 모집단 평균이 아닌, 개별 샘플 측정이 언급되기 때문에 상기 측정에서 불확실성이 마커 농도에서 불확실성과 동일하다는 이해로 2개의 수치를 관련시키는 그와 같은 노모그램의 용도를 알게 된다.
일부 구현예에서, 대조군 샘플은 생물학적 샘플과 동반하여 분석되고, 이로써 생물학적 샘플로부터 수득된 결과는 대조군 샘플로부터 수득된 결과와 비교될 수 있다. 추가적으로, 표준 곡선이 제공될 수 있음은 고려되고, 이와 함께 생물학적 샘플에 대한 검정 결과는 비교될 수 있다. 형광 표지가 사용되면, 그와 같은 표준 곡선은 바이오마커의 메틸화 상태를 검정 단위의 함수, 예를 들어, 형광 신호 강도로서 나타낸다. 다중 공여체로부터 취득된 샘플을 사용하여, 표준 곡선은 정상 조직에서 하나 이상의 바이오마커의 대조군 메틸화 상태에 대하여, 뿐만 아니라 화생을 가진 공여체로부터 또는 유방암이 있는 공여체로부터 취득된 조직에서 하나 이상의 바이오마커의 "위험 상태" 수준에 대하여 제공될 수 있다. 본 방법의 특정 구현예에서, 대상체는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 본 명세서에 제공된 하나 이상의 DMR의 비정상적인 메틸화 상태 확인시 화생을 가지고 있는 것으로서 확인된다. 본 방법의 다른 구현예에서, 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 그와 같은 바이오마커들 중 하나 이상의 비정상적인 메틸화 상태의 검출은 암을 가진 것으로 확인되고 있는 대상체를 초래한다.
마커의 분석은 하나의 시험 샘플 내에서 추가의 마커와 별도로 또는 동시에 수행될 수 있다. 예를 들어, 몇몇 마커는 샘플의 배수의 효율적인 가공을 위하여 그리고 더욱 대단한 진단 및/또는 예후 정확도를 잠재적으로 제공하기 위하여 하나의 시험으로 조합될 수 있다. 또한, 당해 분야의 숙련가는 동일한 대상체로부터 (예를 들어, 연속 시점에서) 시험 다중 샘플의 값을 인식할 것이다. 연속 샘플의 그와 같은 시험은 경시적으로 마커 메틸화 상태에서 변화를 확인할 수 있다. 메틸화 상태에서 변화, 뿐만 아니라 메틸화 상태에서 변화의 부재는, 비제한적으로, 사건의 개시부터 근사 시간의 확인, 구제가능한 조직의 존재 및 양, 약물 요법의 적절성, 다양한 요법의 유효성, 및 미래 사건의 위험을 포함하는, 대상체의 결과의 확인을 포함하는 질환 상태에 대하여 유용한 정보를 제공할 수 있다.
바이오마커의 분석은 다양한 물리적 포맷으로 수행될 수 있다. 예를 들어, 미세적정 플레이트의 사용 또는 자동화는 다수의 시험 샘플의 가공을 용이하게 하기 위해 사용될 수 있다. 대안적으로, 단일 샘플 포맷은 시기적절한 방식으로, 예를 들어, 외래 수송 또는 응급실 환경에서 즉각적인 치료 및 진단을 용이하게 하기 위해 개발될 수 있다.
일부 구현예에서, 대상체는, 대조군 메틸화 상태와 비교된 경우, 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 메틸화 상태에서 측정가능한 차이가 있다면, 유방암이 있는 것으로 진단된다. 반대로, 메틸화 상태에서 변화 없음이 생물학적 샘플에서 확인되는 경우, 대상체는 유방암이 없는, 암에 대한 위험에 처하지 않은, 또는 암의 낮은 위험을 가진 것으로서 확인될 수 있다. 이와 관련하여, 암 또는 이의 위험을 가지고 있는 대상체는 낮은 내지 실질적으로 없는 암 또는 이의 위험을 가지고 있는 대상체로부터 분화될 수 있다. 유방암 발생의 위험을 가지고 있는 대상체들은, 내시경 감시를 포함하는, 더욱 집중적 및/또는 규칙적 스크리닝 스케줄에 놓일 수 있다. 다른 한편으로, 낮은 내지 실질적으로 없는 위험을 가지고 있는 대상체들은, 미래 스크리닝, 예를 들어, 본 기술에 따라 수행된 스크리닝처럼 그와 같은 시간이 유방암의 위험이 대상체들에서 나타났다는 것을 보여주는 때까지, 유방암 (예를 들어, 침입 과정)에 대하여 추가의 시험 적용을 피할 수 있다.
상기 언급된 바와 같이, 본 기술의 방법의 구현예에 따라, 하나 이상의 바이오마커의 메틸화 상태에서 변화의 검출은 정성적 결정일 수 있거나 정량적 결정일 수 있다. 이와 같이, 유방암이 있는 것, 또는 유방암 발생의 위험에 처한 것으로서 대상체 진단의 단계는 특정 역치 측정이 실시되는 것, 예를 들어, 생물학적 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 메틸화 상태가 사전결정된 대조군 메틸화 상태로부터 다양하다는 것을 나타낸다. 본 방법의 일부 구현예에서, 대조군 메틸화 상태는 바이오마커의 임의의 검출가능한 메틸화 상태이다. 대조군 샘플이 생물학적 샘플과 동반하여 시험되는 본 방법의 다른 구현예에서, 사전결정된 메틸화 상태는 대조군 샘플에서 메틸화 상태이다. 본 방법의 다른 구현예에서, 사전결정된 메틸화 상태는 표준 곡선에 기초하고/거나 이에 의해 확인된다. 본 방법의 다른 구현예에서, 사전결정된 메틸화 상태는 구체적으로 상태 또는 상태의 범위이다. 이와 같이, 사전결정된 메틸화 상태는, 당해 분야의 숙련가에 명백할 허용가능한 범위 내에서, 실시될 방법 및 원하는 특이도, 등의 구현예에 부분적으로 기초하여 선택될 수 있다.
추가로 진단 방법에 관하여, 바람직한 대상체는 척추동물 대상체이다. 바람직한 척추동물은 온혈성이고; 바람직한 온혈 척추동물은 포유동물이다. 바람직한 포유동물은 가장 바람직하게는 인간이다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "대상체'는 인간 및 동물 대상체 둘 모두를 포함한다. 따라서, 수의과 치료 용도는 본 명세서에서 제공된다. 이와 같이, 본 기술은 포유동물 예컨대 인간, 뿐만 아니라 멸종 위기에 처한 중요한 포유동물, 예컨대 시베리아 호랑이; 경제적으로 중요한 동물, 예컨대 인간에 의한 소비를 위하여 농장에서 사육된 동물; 및/또는 인간에게 사회적으로 중요한 동물, 예컨대 애완용으로서 또는 동물원에서 길러진 동물의 진단을 제공한다. 그와 같은 동물의 예는 하기를 비제한적으로 포함한다: 육식동물 예컨대 고양이 및 개; 어린돼지, 수퇘지, 및 멧돼지를 포함하는, 돼지; 반추동물 및/또는 유제동물 예컨대 소, 황소, 양, 기린, 사슴, 염소, 들소, 및 낙타; 기각류; 및 말. 따라서, 비제한적으로, 사육된 돼지, 반추동물, 유제동물, (경주말을 포함하는) 말, 및 기타 동종의 것을 포함하는, 가축의 진단 및 치료는 또한 제공된다.
현재-개시된 요지는 대상체에서 유방암 및/또는 특정 형태의 유방암 (예를 들어, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, BRCA2 유방암)을 진단하기 위한 시스템을 추가로 포함한다. 시스템은, 예를 들어, 생물학적 샘플이 수집된 대상체에서 유방암을 진단하는데 또는 유방암의 위험을 스크리닝하는데 사용될 수 있는 상업적 키트로서 제공될 수 있다. 본 기술에 따라 제공된 예시적 시스템은 표 2 및 18에서 제공된 바와 같이 DMR의 메틸화 상태 평가를 포함한다.
실시예
실시예 I.
본 실시예는 유방-암 특이적 마커의 발견 및 조직 검증을 기재한다.
표 1은 유방암 특이적 마커의 발견에서 사용된 유방암의 각각의 아형에 대한 조직 샘플의 수를 보여준다.
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RRBS에 의한 메틸화 마커의 발견을 위하여, 냉동된 조직 샘플은 72개 침습성 유방암 사례 (18개 내강 A, 18개 내강 B, 18개 기저-유사/삼중 음성, 및 18개 HER2+), BRCA 생식계열 돌연변이 환자로부터 15개 침습성 유방암 (6개 BRCA1, 9개 BRCA2), 및 45개 대조군 (18개 정상 유방 (유방 성형술 또는 예방적 유방절제, 생식계열 BRCA 캐리어에서 9개 조직학적으로 정상 유방 (예방적 유방절제), 및 18개 정상 버피 코트))로부터 수득되었다. 종양 및 유방 조직 절편은 비정상 세포충실성을 진단 및 추정하기 위해 숙련된 GI 병리학자에 의해 검토되었다. 절편은 그 다음 매크로-해부되었다. 게놈 DNA는 QiaAmp 미니 키트 (Qiagen, Valencia CA)를 사용하여 정제되었다. DNA (300 ng)은 10 유닛의 MspI에 의한 소화로 단편화되었다. 소화된 단편은 단부-보수되었고 5 유닛의 클레나우 단편 (3'-5' 엑소-)로 A-테일링되었고, (그것의 샘플 ID에 각각의 단편을 연결하기 위해) 바코드 서열을 함유하는 메틸화된 TruSeq 어댑터 (Illumina, San Diego CA)에 밤새 결찰되었다 반응은 AMPure XP SPRI 비드/완충액 (Beckman Coulter, Brea CA)를 사용하여 정제되었다.
조직 샘플은 그 다음 변형된 EpiTect 프로토콜 (Qiagen)을 사용하여 바이설파이트 전환을 (2회) 경험하였다. qPCR (LightCycler 480 - Roche, Mannheim Germany)는 최적의 농축물 Ct를 결정하는데 사용되었다. 하기 조건은 최종 농축물 PCR에 사용되었다: 각 50uL 반응은 5uL의 10X 완충액, 1.25uL의 10 mM 각각의 데옥시리보뉴클레오타이드 삼인산 (dNTP), 5uL 프라이머 칵테일 (~5uM), 15uL 템플레이트 (샘플), 1uL PfuTurbo Cx 핫스타트 (Agilent, Santa Clara CA) 및 22.75 물을 함유하였고; 온도 및 시간은 95C-5분; 98C-30초이었고; 각각 98C-10초, 65C-30초, 72C-30초, 72C-5분 및 4C 유지의 16 사이클. 샘플은 SPRI 비드 정제되었고 그 다음 Bioanalyzer 2100 (Agilent)에서 시험되어 농축물의 DNA 크기 분포를 평가하였다. 160-520bp 단편 (40-400 bp 삽입물)의 크기 선택은 AMPure XP SPRI 비드/완충액 (Beckman Coulter, Brea CA)를 사용하여 수행되었다. 완충액 컷오프는 0.7X - 1.1X 샘플 부피이었다. 샘플은 랜덤화 반응식에 기초한 4-등분 라이브러리로 (등몰) 조합되었고 최종 크기 및 농도 입증을 위하여 바이오분석기(Bioanalyzer)로, 그리고 qPCR (KAPA Library Quantification Kit - KAPA Biosystems, Cape Town South Africa)로 시험되었다.
조직 샘플은 랜덤화된 레인 배정에 따라 단일 판독 유동 셀에 장입되었고 서열분석은 Illumina HiSeq 2000 플랫폼 상의 Mayo Clinic Medical Genome Facility에서 차세대 서열분석 코어에 의해 수행되었다. 판독은 101개 사이클에 대하여 단방향이었다. 표준 일루미나(Illumina) 파이프라인은 주분석 동안 운영되었다. SAAP-RRBS (감소된 표현 바이설파이트 서열분석용 유선형 분석 및 주석 파이프라인)은 품질 평점, 서열 정렬, 주석, 및 메틸화 추출에 사용되었다.
유방암 조직은 다수의 차별적 DMR을 산출하였고, 이들 다수는 이전에 확인되지 않았다. 정상 유방 조직과 유방암 조직 샘플의 메틸화를 비교하여, 정상 유방 조직으로부터 유방암 조직을 구별하는 327개의 메틸화 영역은 확인되었다 (참고, 표 2) (표 2에서 도시된 영역용 게놈 좌표는 인간 Feb. 2009 (GRCh37/hg19) Assembly에 기초한다). 표 3은 정상 유방 조직으로부터 삼중 음성 유방암 조직을 구별하는 48개 메틸화 영역을 도시한다. 표 4는 정상 유방 조직으로부터 HER2+ 유방암 조직을 구별하는 122개 메틸화 영역을 도시한다. 표 5는 정상 유방 조직으로부터 내강 A 유방암 조직을 구별하는 75개 메틸화 영역을 도시한다. 표 6은 정상 유방 조직으로부터 내강 B 유방암 조직을 구별하는 39개 메틸화 영역을 도시한다. 표 7은 정상 유방 조직으로부터 BRCA1 유방암 조직을 구별하는 49개 메틸화 영역을 도시한다. 표 8은 정상 유방 조직으로부터 BRCA2 유방암 조직을 구별하는 45개 메틸화 영역을 도시한다. 표 9는 정상 유방 조직으로부터 침습성 유방암 조직을 구별하는 21개 메틸화 영역을 도시한다.
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다음으로, SYBR Green 메틸화-특이적 PCR (qMSP)는 표 2에서 도시된 후보 DMR의 정확도 및 재현성을 확인하기 위해 발견 샘플에서 수행되었다. 또한, 16개 마커 서브셋은 냉동된 저등급 및 고등급 DCIS 샘플에서 운용되어 적용가능성 (22개 고등급/시스/P3 DCIS (유관 상피내암종); 11개 저등급/P1 DCIS)를 시험하였다.
qMSP 프라이머는 Methprimer 소프트웨어 (Li LC 및 Dahiya R. Bioinformatics. 2002 Nov;18(11):1427-31)을 사용하여 각각의 마커 영역에 대하여 설계되었다 이들은 IDT (Integrated DNA Technologies)에 의해 합성되었다. 검정은, 전환된 메틸화되지 않은 DNA 그리고 전환된 및 미전환된 백혈구 DNA 음성 대조군 (10ng/ea)와 함께, 바이설파이트 전환된 보편적으로 메틸화된 DNA의 희석액에서 (Roche LightCycler 480을 사용하여) 최적화되었고 시험되었다. 앞으로 실시된 검정은 최저 표준 (1.6 게놈 복제물) 아래 5-배 미만의 음성 대조군 값 및 선형 회귀 곡선을 입증하는데 필요하였다. 검정 또는 대조 실패를 가졌던 더욱 유망한 DMR의 일부는 재-설계되었다. 127개 총 설계 중에서 (표 10은 127개 총 설계에 대하여 정방향 및 역방향 프라이머 서열 정보를 도시한다), 80개 고성능 MSP 검정은 QC 기준을 충족시켰고 샘플에 적용되었다. 2-8개 CpG를 각각 포함하는, MSP 프라이머 서열은 샘플에서 메틸화 평가의 빠른 수단을 제공하도록 설계되었고, 그것으로서, 너무 긴 최적화 기간을 필요로 할 - 가장 차별적인 CpG를 표적화하기 위한 시도를 통해 증폭 효율에 대하여 편향되었다.
DNA는 발견 RRBS 섹션에서 기재된 바와 같이 정제되었고 피코그린 흡광도 (Tecan/Invitrogen)을 사용하여 정량화되었다. 2ug의 샘플 DNA는 그 다음 나트륨 바이설파이트로 처리되었고 Zymo EZ-96 메틸화 키트 (Zymo Research)를 사용하여 정제되었다. 용출된 물질은 384-웰 블록을 사용하여 Roche 480 LightCyclers에서 증폭되었다. 각각의 플레이트는 총 40개 플레이트에 대하여 2개 마커 (그리고 표준 및 대조군)을 수용할 수 있었다. 80개 MSP 검정은 상이한 최적의 증폭 프로파일 (Tm = 60, 65, 또는 70℃)를 가졌고 따라서 그룹화되었다. 20uL 반응은 50개 사이클에 대하여 LightCycler 480 SYBR I 마스터 믹스 (Roche) 및 0.5u몰의 프라이머를 사용하여 운용되었고, 일반적으로, Fit Point 18% 절대 정량화 방법에 의해 분석되었다. 모든 파라미터 (노이즈 밴드, 역치, 등)은 자동화 매크로에서 사전-명시되어 사용자 주관을 회피하였다. 게놈 복제수로 표현된, 미가공 데이터는 유입 DNA (β-액틴)의 양으로 정규화되었다. 결과는 JMP를 사용하여 논리적으로 분석되었고 AUC 값으로서 표시되었다. 12개의 비교는 운용되었다: 각각의 유방암 아형 대 정상 유방, 및 각각의 아형 대 버피 코트. 또한, 메틸화 배수 변화 비 (mFCR)은 평균 및 중앙 단편적 메틸화 (FCR = 암(메틸화된 복제물/β-액틴 복제물)/정상(메틸화된 복제물/β-액틴 복제물)) 둘 모두를 사용하여 각각의 비교에 대하여 계산되었다. 이들 성능 메트릭스의 둘 모두는 임상 혈액-기반 시험에서 마커의 잠재력 평가에 중요하였다.
시험된 마커의 >90%는, 0.90의 과량으로 수많은 AUC, 암 대 정상 조직 FCRs >10, 및 암 대 버피 코트 FCR >50과 함께, AUC 및 FCR 카테고리 둘 모두에서 우월한 성능을 산출하였다.
표 11은 정상 유방 조직과 비교하여 기저 / 삼중 음성 유방 조직, HER2+ 유방 조직, 내강 A 유방 조직, 내강 B 유방 조직, BRCA1 유방 조직, 및 BRCA2 유방 조직을 구별하는 확인된 80개 메틸화 영역에 대한 곡선하 면적을 도시한다.
표 12는 정상 버피 코트와 비교하여 기저 / 삼중 음성 유방 조직, HER2+ 유방 조직, 내강 A 유방 조직, 내강 B 유방 조직, BRCA1 유방 조직, 및 BRCA2 유방 조직을 구별하는 확인된 80개 메틸화 영역에 대한 곡선하 면적을 도시한다.
표 13은 정상 유방 조직과 비교하여 기저 / 삼중 음성 유방 조직, HER2+ 유방 조직, 내강 A 유방 조직, 내강 B 유방 조직, BRCA1 유방 조직, 및 BRCA2 유방 조직을 구별하는 확인된 80개 메틸화 영역에 대한 메틸화 배수 변화를 도시한다.
표 14는 정상 버피 코트와 비교하여 기저 / 삼중 음성 유방 조직, HER2+ 유방 조직, 내강 A 유방 조직, 내강 B 유방 조직, BRCA1 유방 조직, 및 BRCA2 유방 조직을 구별하는 확인된 80개 메틸화 영역에 대한 메틸화 배수 변화를 도시한다.
DCIS 고등급 대 저등급 비교에서, 시험된 16개 마커의 AUC는 0.57 내지 0.92 범위이었다. 2개 마커의 몇몇 조합은 91% 특이도에서 95% 민감도를 달성하였다 (단지 1개 거짓 양성) (표 15). 3개 마커 조합 (SCRT2_B, ITPRIPL1, MAX.chr8.124173030-124173395)는 91% 특이도에서 100% 민감도이었다.
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실시예 II.
본 실시예는 유방-암 특이적 마커의 조직 검증을 기재한다.
(신선 냉동된) 독립적 조직 샘플은 Mayo Clinic Rochester에 있는 기관 암 등록부로부터 선택되었고 숙련된 병리학자에 의해 검토되어 올바른 분류를 확인하였고 매크로-절개를 안내하였다. 사례는 29개 삼중 음성/기저-유사, 34개 HER2 유형, 36개 내강 A, 및 25개 내강 B 침습성 유방암을 포함하였다. 5개 BRCA1 및 6개 BRCA2 암, 21개 DCIS w/HGD 및 12개 DCIS w/LGD가 또한 포함되었다. 대조군은 정상 여성들로부터 27개 연령 매칭된 정상 유방 조직 및 18개 버피 코트 샘플을 포함하였다.
55개 메틸화된 DNA 마커 (MDM)은 발견 샘플에서 시험된 80개 MDM (참고, 실시예 I 및 표 11-15)의 목록으로부터 선택되었다.
게놈 DNA는 EZ-96 DNA 메틸화 키트 (Zymo Research, Irvine CA)를 사용하는 전환된 바이설파이트 및 QIAamp DNA 미니 키트 (Qiagen, Valencia CA)를 사용하여 제조되었다. 증폭 프라이머는 Methprimer 소프트웨어 (University of California, San Francisco CA)를 사용하여 마커 서열로부터 설계되었고 상업적으로 합성되었다 (IDT, Coralville IA). 검정은 엄격하게 시험되었고 전환된 바이설파이트 (메틸화된 및 메틸화되지 않은 게놈 DNA) 상에서 SYBR Green qPCR (Roche) 및 미전환된 대조군에 의해 최적화되었다. 음성 대조군과 교차 반응한 검정은 어느 한쪽으로 재설계되었거나 폐기되었다. 용융 곡선 분석은 특이적 증폭이 발생하는지를 확보하는데 이용되었다.
qMSP는 25uL의 총 반응 부피내 2uL의 전환된 DNA상에서 LightCycler 480 기기를 사용하여 수행되었다. 표준은 연속으로 희석된 보편적 메틸화된 DNA (Zymo Research)로부터 유래되었다. 미가공 마커 복제물은, 총 게놈 DNA용 마커인, CpG-작용성 β-액틴에 대해 표준화되었다.
결과는 JMP10 (SAS, Cary NC)를 사용하여 논리적으로 분석되었다. 사례는 정상 유방 대조군 및 정상 버피 코트 샘플에 대해 별도로 비교되었다. 메틸화 비 및 절대적 차이는 각각의 MDM에 대하여 계산되었다.
독립적 샘플에서 MDM 성능은, 각각, 50 및 0.90 초과의 많은 메틸화 배수 변화 비 (FCs) 및 AUC로 탁월하였다. 결과는 표 16A (삼중 음성), 16B (HER2+), 16C (내강 A), 16D (내강 D), 및 16E (전체)에서 제공된다. 여기서, MDM은 (전체적인 사례를 버피 코트 샘플과 비교하는) AUC에 의해 등급화된다. 이것은 다수의 무세포 DNA (cfDNA)가 백혈구와 함께 기원함에 따라 혈장에서 잠재적 응용을 위한 중요한 지표이다. 백혈구 DNA로부터 상피-유래된 암을 고도로 구별하지 않는 임의의 MDM은, 조직에서 그것의 성능에 상관없이, 혈액 검사 포맷에서 실패할 것이다. 55개 MDM 중 41개는 0.9의 과량으로 암 대 버피 코트 AUC를 가졌고, 3개는 완벽한 구별 (AUC=1)을 달성하였다. 표 16A, 16B, 16C, 16D, 및 16E는 이들 MDM의 탁월함 평가 및 실증에서 다른 중요한 지표로서 AUC, FCs, p-값, 및 % 암 메틸화를 또한 열거한다.
표 17은 DCIS LGD로부터 DCIS HGD를 구별하기 위한 최상부 10 MDM을 강조한다.
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실시예 III.
본 실시예는 유방암 탐지를 위한 유방 조직 마커 및 혈장 마커의 확인을 기재한다.
유방암의 탐지를 위한 후보 메틸화 마커는 유방암 및 정상 유방 조직 샘플의 RRBS에 의해 확인되었다. 본래 58개 마커는 확인되었고 표적 강화 긴-프로브 정량적 증폭된 신호 검정은 설계되었고 정렬되었다 (참고, 예를 들어, 일반 기술에 대하여 WO2017/075061 및 미국 특허 출원 일련 번호 15,841,006) (표 18은 정상 유방 조직으로부터 유방암 조직을 구별하는 메틸화 영역을 도시한다) (표 19 및 20은 표 18에서 도시된 마커에 대하여 프라이머 및 프로브 서열을 도시한다). 설계 스크리닝 및 재설계 후, 56개 마커 (참고, 표 21)은 선택되었고 검정 실시되었고, 삼중화되었고 조직에서 시험되었다. 검정은 FAM과 HEX 보고 사이 동등하게 분할되었고, Quasar670으로 보고하는 참조 검정, B3GALT6으로 삼중화되었다.
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6개 BRCA 캐리어를 포함하는 38개 정상 유방암 샘플 그리고 내강 A & B, HER2+, BRCA1+, BRCA2+, 삼중 음성 및 DCIS 여러 종류를 포함하는 113개 유방암 조직 샘플의 집합은 56개 메틸화 마커의 존재에 대하여 시험되었다. 56개 마커는 95% 특이도에서 ~15% 내지 92% 범위의 민감도를 표시하였다. 표 22는 95% 특이도에서 25%에서 또는 그 초과에서 민감도를 입증하는 마커를 도시한다. 5개 마커 패널 (SPHK2, c17orf64_B, DLX4_B, MPZ_5742, ITPRIPL1_1138)은 100% 특이도에서 96% 민감도를 도시하였다. 수득된 ROC 곡선은 0.995의 AUC를 가졌다.
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조직 시험의 결과에 기초하여, 28개 마커의 세트는 유방암 환자 및 정상 대조군으로부터 수집된 혈장 샘플의 세트에서 시험하기 위해 선택되었다. 28개 마커는 시험될 마커의 다수로 인해 14개의 2개 풀로 분할되었다. 2개 풀에서 마커는 아래 표 23 및 24에서 도시된다.
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풀 7 마커들의 시험은 85개 유방암 샘플 (33개 단계 I, 33개 단계 II, 18개 단계 III, 및 1개 단계 IV) 및 100개 건강한 정상 대조군으로 구성된 EDTA 혈장 샘플의 집합에서 실시되었다. 풀 8 마커들의 시험은 85개 유방암 샘플 (34개 단계 I, 32개 단계 II, 18개 단계 III 및 1개 단계 IV) 및 100개 건강한 정상 대조군으로 구성된 EDTA 혈장 샘플의 유사한 집합에서 실시되었다. 풀 7 및 풀 8 시험의 결과에 기초하여, 14개 검정의 집합은 (표 25에서 도시된) 추가 시험을 위하여 선택되었다.
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풀 9 마커들의 시험은 42개 유방암 샘플 (1개 단계 I, 16개 단계 II, 14개 단계 III, 및 11개 단계 IV) 및 84개 건강한 정상 대조군으로 구성된 LBgard (Biomatrica, San Diego, CA) 혈장 샘플의 집합에서 실시되었다. 표 26은 풀 9 마커들에 대하여 확인된 메틸화 영역을 도시한다. 표 27은 풀 9 마커들에 대하여 나타낸 민감도 및 90% 특이도를 도시한다. 표 28 및 29는 풀 9 마커들에 대하여 프라이머 정보, 및 프로브 정보를 도시한다. 4개 마커 (FAM59B, ITPRIPL1, TRH_A, 및 C17orf64_B)의 집합은 90% 특이도에서 74%의 민감도를 나타내었다. 수득된 ROC 곡선은 0.884의 AUC를 나타내었다.
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Figure pct00087
상기 명세서에서 언급된 모든 공보 및 특허는 모든 목적을 위해 참고로 전체적으로 본 명세서에서 편입된다. 본 기술의 기재된 조성물, 방법, 및 용도의 다양한 변형 및 변이는 기재된 바와 같이 본 기술의 범위 및 사상으로부터 이탈 없이 당해 분야의 숙련가에 명백할 것이다. 본 기술이 특이적 예시 구현예에 관하여 기재되었어도, 청구된 바와 같이 본 발명이 그와 같은 특정 구현예에 지나치게 제한되지 않아야 한다는 것은 이해되어야 한다. 사실상, 약리학, 생화학, 의학, 또는 관련된 분야에서 숙련된 이들에게 명백한 본 발명을 수행하기 위한 기재된 방식의 다양한 변형은 하기 청구항들의 범위 내이기 위한 것이다.
SEQUENCE LISTING <110> MAYO FOUNDATION FOR MEDICAL EDUCATION AND RESEARCH EXACT SCIENCES DEVELOPMENT COMPANY, LLC <120> DETECTING BREAST CANCER <130> EXCTM-35440/WO-1/ORD <140> PCT/US2018/062809 <141> 2018-11-28 <150> US 62/592,828 <151> 2017-11-30 <160> 464 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1 gagtttcggc ggcgtttttc g 21 <210> 2 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2 cgctacgtct aacttcccgc gc 22 <210> 3 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 3 ttttcgacga gtaggattga agaaggaac 29 <210> 4 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 4 gcgaatctat ctaccgaaac gcgct 25 <210> 5 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 5 ttttgatttg taatatagag gaaagcgtcg t 31 <210> 6 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 6 gtataaacgc gtaaatacca aactaaacga a 31 <210> 7 <211> 25 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Sequence <220> <223> Synthetic <400> 424 cccgaaacca aaaaacaacg a 21 <210> 425 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 425 gagtagggtt attttcgcgg g 21 <210> 426 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 426 ctactttttt cccgacaaaa taaaaacgt 29 <210> 427 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 427 cgcgatagcg ttttttattg tcgcg 25 <210> 428 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 428 cgcacgaccg taaaatactc g 21 <210> 429 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 429 cggttcgttg cgtttatcga 20 <210> 430 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 430 cccccgaact actctacgcg 20 <210> 431 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 431 gattaaatag tcggggtcgc g 21 <210> 432 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 432 attctccaac gccaaccac 19 <210> 433 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 433 gtacggttat tggttgagcg g 21 <210> 434 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 434 ccgaatcctc ctccaaacg 19 <210> 435 <400> 435 000 <210> 436 <400> 436 000 <210> 437 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 437 gggattttta gcggaagcga 20 <210> 438 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 438 cgacgaacta tccgactatc act 23 <210> 439 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 439 ggttaggggt ggagttcgtt a 21 <210> 440 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 440 actccgaact ctactcatcc tttc 24 <210> 441 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 441 tcggcggttt ttagtaaaag cg 22 <210> 442 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 442 aaatctcccg tcccactcc 19 <210> 443 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 443 ggttggtagt cgtttttacg ttttc 25 <210> 444 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 444 caaaacccat ctaattacaa aatacctcga 30 <210> 445 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 445 tggagttatc ggaaggcga 19 <210> 446 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 446 cgaactcccg aaacgacg 18 <210> 447 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 447 ttttcgttga ttttattcga gtcgtc 26 <210> 448 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 448 gaaccctctt caaataaacc gc 22 <210> 449 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 449 gattatattc ggattttgtt tatcgcgt 28 <210> 450 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 450 gactcttcct acccgcga 18 <210> 451 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 451 aggccacgga cgcgtattgg cgcgatttag 30 <210> 452 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 452 cgcgccgagg gcggttttag cgatgaatc 29 <210> 453 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 453 aggccacgga cggtcgaaat cgaaacgctc 30 <210> 454 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 454 cgcgccgagg gctaacgcga ataaaacacg 30 <210> 455 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 455 aggccacgga cgcgaactac gaaaacaacc tc 32 <210> 456 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 456 aggccacgga cggatcccgc aaatcaacac 30 <210> 457 <400> 457 000 <210> 458 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 458 cgcgccgagg tcgttcctcg atttcgc 27 <210> 459 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 459 cgcgccgagg cgtaactcca tctcgataac c 31 <210> 460 <211> 36 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 460 cgcgccgagg cgcgaaataa acctataatt 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Claims (215)

  1. 생물학적 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6으로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
    (b) 상기 메틸화 수준을, 유방암 없는 대조군 샘플에서의 유전자의 상응하는 세트의 메틸화 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 하나 이상의 유전자에서 측정된 메틸화 수준이 상기 각각의 대조군 샘플에서 측정된 메틸화 수준보다 더 높을 때, 상기 개체가 BRCA1 암을 가지고 있는 지를 결정하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  2. 청구항 1에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D에 대해, 서열번호: 33 및 34로 구성된 프라이머의 세트,
    HOXA7_A에 대해, 서열번호: 89 및 90으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    MAX.chr1.8277479-8277527에 대해, 서열번호: 127 및 128로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr15.96889013-96889128에 대해, 서열번호: 139 및 140으로 구성된 프라이머의 세트,
    NACAD에 대해, 서열번호: 179 및 180으로 구성된 프라이머의 세트,
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    FOXP4에 대해, 서열번호: 73 및 74로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    STX16_B에 대해, 서열번호: 233 및 234 또는 서열번호: 235 및 236으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ZSCAN12에 대해, 서열번호: 251 및 252로 구성된 프라이머의 세트,
    CXCL12에 대해, 서열번호: 47 및 48로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK9에 대해, 서열번호: 105 및 106으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    RIC3에 대해, 서열번호: 209 및 210으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr17.73073682-73073814에 대해, 서열번호: 141 및 142로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    HNF1B_B에 대해, 서열번호: 85 및 86으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    BEST4에 대해, 서열번호: 17 및 18로 구성된 프라이머의 세트, 및
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트.
  3. 청구항 1에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  4. 청구항 1에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  5. 청구항 1에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  6. 청구항 1에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  7. 생물학적 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, 및 MAX.chr11.68622869-68622968로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
    (b) 상기 메틸화 수준을, 유방암 없는 대조군 샘플에서의 유전자의 상응하는 세트의 메틸화 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 하나 이상의 유전자에서 측정된 메틸화 수준이 상기 각각의 대조군 샘플에서 측정된 메틸화 수준보다 더 높을 때, 상기 개체가 BRCA2 암을 가지고 있는 지를 결정하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  8. 청구항 7에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    MAX.chr15.96889013-96889128에 대해, 서열번호: 139 및 140으로 구성된 프라이머의 세트,
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    COL23A1에 대해, 서열번호: 45 및 46으로 구성된 프라이머의 세트,
    LAYN에 대해, 서열번호: 111 및 112로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트, 및
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트.
  9. 청구항 7에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  10. 청구항 7에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  11. 청구항 7에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  12. 청구항 7에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  13. 생물학적 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
    (b) 상기 메틸화 수준을, 유방암 없는 대조군 샘플에서의 유전자의 상응하는 세트의 메틸화 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 하나 이상의 유전자에서 측정된 메틸화 수준이 상기 각각의 대조군 샘플에서 측정된 메틸화 수준보다 더 높을 때, 상기 개체가 삼중 음성 암을 가지고 있는 지를 결정하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  14. 청구항 13에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트, 및
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트.
  15. 청구항 13에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  16. 청구항 13에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  17. 청구항 13에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  18. 청구항 13에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  19. 생물학적 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, 및 C10orf125로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
    (b) 상기 메틸화 수준을, 유방암 없는 대조군 샘플에서의 유전자의 상응하는 세트의 메틸화 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 하나 이상의 유전자에서 측정된 메틸화 수준이 상기 각각의 대조군 샘플에서 측정된 메틸화 수준보다 더 높을 때, 상기 개체가 HER2+ 암을 가지고 있는 지를 결정하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  20. 청구항 19에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ODC1에 대해, 서열번호: 181 및 182, 서열번호: 183 및 184, 및 서열번호: 185 및 186으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_A에 대해, 서열번호: 37 및 38로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ZSCAN12에 대해, 서열번호: 251 및 252로 구성된 프라이머의 세트,
    GRASP에 대해, 서열번호: 253 및 254로 구성된 프라이머의 세트, 및
    C10orf125에 대해, 서열번호: 23 및 24로 구성된 프라이머의 세트.
  21. 청구항 19에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  22. 청구항 19에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  23. 청구항 19에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  24. 청구항 19에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  25. 생물학적 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
    (b) 상기 메틸화 수준을, 유방암 없는 대조군 샘플에서의 유전자의 상응하는 세트의 메틸화 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 하나 이상의 유전자에서 측정된 메틸화 수준이 상기 각각의 대조군 샘플에서 측정된 메틸화 수준보다 더 높을 때, 상기 개체가 내강 A 암을 가지고 있는 지를 결정하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  26. 청구항 25에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    ST8SIA4에 대해, 서열번호: 227 및 228로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ODC1에 대해, 서열번호: 181 및 182, 서열번호: 183 및 184, 및 서열번호: 185 및 186으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_A에 대해, 서열번호: 37 및 38로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    SLC30A10에 대해, 서열번호: 219 및 220으로 구성된 프라이머의 세트, 및
    C10orf125에 대해, 서열번호: 23 및 24로 구성된 프라이머의 세트.
  27. 청구항 25에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  28. 청구항 25에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  29. 청구항 25에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  30. 청구항 25에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  31. 생물학적 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
    (b) 상기 메틸화 수준을, 유방암 없는 대조군 샘플에서의 유전자의 상응하는 세트의 메틸화 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 하나 이상의 유전자에서 측정된 메틸화 수준이 상기 각각의 대조군 샘플에서 측정된 메틸화 수준보다 더 높을 때, 상기 개체가 내강 B 암을 가지고 있는 지를 결정하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  32. 청구항 31에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트, 및
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트.
  33. 청구항 31에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  34. 청구항 31에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  35. 청구항 31에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  36. 청구항 31에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  37. 생물학적 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    (a) 하기 군:
    i) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1;
    ii) ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B; 및
    iii) CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B
    중 하나로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을, 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 측정하는 단계:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
    (b) 상기 메틸화 수준을, 유방암 없는 대조군 샘플에서의 유전자의 상응하는 세트의 메틸화 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 하나 이상의 유전자에서 측정된 메틸화 수준이 상기 각각의 대조군 샘플에서 측정된 메틸화 수준보다 더 높을 때, 상기 개체가 유방암이 있는 지를 결정하는 단계
    를 포함하는, 방법
  38. 청구항 37에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176 및 서열번호: 439 및 440으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98, 서열번호: 99 및 100 및 서열번호: 425 및 426으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1_B에 대해, 서열번호: 255 및 256으로 구성된 프라이머의 세트,
    AJAP1_C에 대해, 서열번호: 257 및 258로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5_B에 대해, 서열번호: 259 및 260으로 구성된 프라이머의 세트,
    ASCL2_B에 대해, 서열번호: 261 및 262로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1_B에 대해, 서열번호: 263 및 264로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_E에 대해, 서열번호: 265 및 266으로 구성된 프라이머의 세트,
    C10orf125_B에 대해, 서열번호: 267 및 268로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64_B에 대해, 서열번호: 269 및 270 및 서열번호: 449 및 450으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_1520에 대해, 서열번호: 271 및 272로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN_1B에 대해, 서열번호: 273 및 274로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D_1058에 대해, 서열번호: 275 및 276으로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_7890에 대해, 서열번호: 277 및 278로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_8128에 대해, 서열번호: 279 및 280으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_8384에 대해, 서열번호: 281 및 282로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_9316에 대해, 서열번호: 283 및 284로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_9470에 대해, 서열번호: 285 및 286으로 구성된 프라이머의 세트,
    CLIC6_B에 대해, 서열번호: 287 및 288로 구성된 프라이머의 세트,
    CXCL12_B에 대해, 서열번호: 289 및 290 및 서열번호: 441 및 442로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DLX4_B에 대해, 서열번호: 291 및 292로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_D에 대해, 서열번호: 293 및 294로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 295 및 296으로 구성된 프라이머의 세트,
    ESPN_B에 대해, 서열번호: 277 및 298로 구성된 프라이머의 세트,
    FAM59B_7764에 대해, 서열번호: 299 및 300으로 구성된 프라이머의 세트,
    FOXP4_B에 대해, 서열번호: 301 및 302로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 303 및 304로 구성된 프라이머의 세트,
    HOXA1_C에 대해, 서열번호: 305 및 306으로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_C에 대해, 서열번호: 307 및 308로 구성된 프라이머의 세트,
    IPTRIPL1_1138에 대해, 서열번호: 309 및 310으로 구성된 프라이머의 세트,
    IPTRIPL1_1200에 대해, 서열번호: 311 및 312로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK9_B에 대해, 서열번호: 313 및 314로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK17_C에 대해, 서열번호: 315 및 316으로 구성된 프라이머의 세트,
    LAYN_B에 대해, 서열번호: 319 및 320으로 구성된 프라이머의 세트,
    LIME1_B에 대해, 서열번호: 321 및 322로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_D에 대해, 서열번호: 323 및 324로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891_B에 대해, 서열번호: 325 및 326으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAST1_B에 대해, 서열번호: 327 및 328로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.427.br에 대해, 서열번호: 329 및 330으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.4422에 대해, 서열번호: 333 및 334로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ_5742에 대해, 서열번호: 335 및 336으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ_5554에 대해, 서열번호: 337 및 338로 구성된 프라이머의 세트,
    MSX2P1_B에 대해, 서열번호: 339 및 340으로 구성된 프라이머의 세트,
    ODC1_B에 대해, 서열번호: 341 및 342 및 서열번호: 443 및 444로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 343 및 344 및 서열번호: 445 및 446으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    OTX1_B에 대해, 서열번호: 345 및 346으로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_B에 대해, 서열번호: 347 및 348로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB_7570에 대해, 서열번호: 349 및 350으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_C에 대해, 서열번호: 351 및 352로 구성된 프라이머의 세트,
    SLC30A10에 대해, 서열번호: 353 및 354로 구성된 프라이머의 세트,
    SPHK2_B에 대해, 서열번호: 355 및 356으로 구성된 프라이머의 세트,
    ST8SIA4_B에 대해, 서열번호: 357 및 358로 구성된 프라이머의 세트,
    STX16_C에 대해, 서열번호: 359 및 360으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 363 및 364 및 서열번호: 47 및 448로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    TRIM67_B에 대해, 서열번호: 365 및 366으로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D에 대해, 서열번호: 423 및 424로 구성된 프라이머의 세트,
    FAM59B에 대해, 서열번호: 427 및 428로 구성된 프라이머의 세트,
    C10orf125에 대해, 서열번호: 429 및 430으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 431 및 432로 구성된 프라이머의 세트,
    SPHK2에 대해, 서열번호: 433 및 434로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN1_B에 대해, 서열번호: 273 및 274로 구성된 프라이머의 세트, 및
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 437 및 438로 구성된 프라이머의 세트.
  39. 청구항 37에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  40. 청구항 37에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 18에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  41. 청구항 37에 있어서,
    상기 생물학적 샘플이 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플)이면, 상기 하나 이상의 유전자는 SPHK2, c17orf64_B, DLX4_B, MPZ_5742, ITPRIPL1_1138을 포함하거나, 또는
    상기 생물학적 샘플이 혈장 샘플이면, 상기 하나 이상의 유전자는 FAM59B, ITPRIPL1, TRH_A, 및 C17orf64_B를 포함하는, 방법.
  42. 청구항 37에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  43. 생물학적 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, ITPRIPL1로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계;
    (b) 상기 메틸화 수준을, 유방암 없는 대조군 샘플에서의 유전자의 상응하는 세트의 메틸화 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 하나 이상의 유전자에서 측정된 메틸화 수준이 각각의 DCIS LGD 샘플에서 측정된 메틸화 수준보다 더 높을 때, 상기 개체가 DCIS HGD 유방암이 있는 지를 결정하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  44. 청구항 43에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트, 및
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트.
  45. 청구항 43에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  46. 청구항 43에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  47. 청구항 43에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  48. 청구항 43에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  49. 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6으로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 방법:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
  50. 청구항 49에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D에 대해, 서열번호: 33 및 34로 구성된 프라이머의 세트,
    HOXA7_A에 대해, 서열번호: 89 및 90으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    MAX.chr1.8277479-8277527에 대해, 서열번호: 127 및 128로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr15.96889013-96889128에 대해, 서열번호: 139 및 140으로 구성된 프라이머의 세트,
    NACAD에 대해, 서열번호: 179 및 180으로 구성된 프라이머의 세트,
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    FOXP4에 대해, 서열번호: 73 및 74로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    STX16_B에 대해, 서열번호: 233 및 234 또는 서열번호: 235 및 236으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ZSCAN12에 대해, 서열번호: 251 및 252로 구성된 프라이머의 세트,
    CXCL12에 대해, 서열번호: 47 및 48로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK9에 대해, 서열번호: 105 및 106으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    RIC3에 대해, 서열번호: 209 및 210으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr17.73073682-73073814에 대해, 서열번호: 141 및 142로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    HNF1B_B에 대해, 서열번호: 85 및 86으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    BEST4에 대해, 서열번호: 17 및 18로 구성된 프라이머의 세트, 및
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트.
  51. 청구항 49에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  52. 청구항 49에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  53. 청구항 49에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  54. 청구항 49에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  55. 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, 및 MAX.chr11.68622869-68622968로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 방법:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
  56. 청구항 55에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    MAX.chr15.96889013-96889128에 대해, 서열번호: 139 및 140으로 구성된 프라이머의 세트,
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    COL23A1에 대해, 서열번호: 45 및 46으로 구성된 프라이머의 세트,
    LAYN에 대해, 서열번호: 111 및 112로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트, 및
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트.
  57. 청구항 55에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  58. 청구항 55에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  59. 청구항 55에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  60. 청구항 55에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  61. 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 방법:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
  62. 청구항 61에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트, 및
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트.
  63. 청구항 61에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  64. 청구항 61에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  65. 청구항 61에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  66. 청구항 61에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  67. 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, 및 C10orf125로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 방법:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
  68. 청구항 67에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ODC1에 대해, 서열번호: 181 및 182, 서열번호: 183 및 184, 및 서열번호: 185 및 186으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_A에 대해, 서열번호: 37 및 38로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    ZSCAN12에 대해, 서열번호: 251 및 252로 구성된 프라이머의 세트,
    GRASP에 대해, 서열번호: 253 및 254로 구성된 프라이머의 세트, 및
    C10orf125에 대해, 서열번호: 23 및 24로 구성된 프라이머의 세트.
  69. 청구항 67에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  70. 청구항 67에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  71. 청구항 67에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  72. 청구항 67에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  73. 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 방법:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
  74. 청구항 73에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    ST8SIA4에 대해, 서열번호: 227 및 228로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ODC1에 대해, 서열번호: 181 및 182, 서열번호: 183 및 184, 및 서열번호: 185 및 186으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_A에 대해, 서열번호: 37 및 38로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    SLC30A10에 대해, 서열번호: 219 및 220으로 구성된 프라이머의 세트, 및
    C10orf125에 대해, 서열번호: 23 및 24로 구성된 프라이머의 세트.
    [청구항 74]
    청구항 73에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  75. 청구항 73에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  76. 청구항 73에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  77. 청구항 73에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  78. 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 방법:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
  79. 청구항 78에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트, 및
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트.
  80. 청구항 78에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  81. 청구항 78에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  82. 청구항 78에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  83. 청구항 78에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  84. 방법으로서,
    (a) 하기 군:
    i) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1;
    ii) ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B; 및
    iii) CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B
    중 하나로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을, 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 측정하는 단계를 포함하는, 방법:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
  85. 청구항 84에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176 및 서열번호: 439 및 440으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98, 서열번호: 99 및 100 및 서열번호: 425 및 426으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1_B에 대해, 서열번호: 255 및 256으로 구성된 프라이머의 세트,
    AJAP1_C에 대해, 서열번호: 257 및 258로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5_B에 대해, 서열번호: 259 및 260으로 구성된 프라이머의 세트,
    ASCL2_B에 대해, 서열번호: 261 및 262로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1_B에 대해, 서열번호: 263 및 264로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_E에 대해, 서열번호: 265 및 266으로 구성된 프라이머의 세트,
    C10orf125_B에 대해, 서열번호: 267 및 268로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64_B에 대해, 서열번호: 269 및 270 및 서열번호: 449 및 450으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_1520에 대해, 서열번호: 271 및 272로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN_1B에 대해, 서열번호: 273 및 274로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D_1058에 대해, 서열번호: 275 및 276으로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_7890에 대해, 서열번호: 277 및 278로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_8128에 대해, 서열번호: 279 및 280으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_8384에 대해, 서열번호: 281 및 282로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_9316에 대해, 서열번호: 283 및 284로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_9470에 대해, 서열번호: 285 및 286으로 구성된 프라이머의 세트,
    CLIC6_B에 대해, 서열번호: 287 및 288로 구성된 프라이머의 세트,
    CXCL12_B에 대해, 서열번호: 289 및 290 및 서열번호: 441 및 442로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DLX4_B에 대해, 서열번호: 291 및 292로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_D에 대해, 서열번호: 293 및 294로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 295 및 296으로 구성된 프라이머의 세트,
    ESPN_B에 대해, 서열번호: 277 및 298로 구성된 프라이머의 세트,
    FAM59B_7764에 대해, 서열번호: 299 및 300으로 구성된 프라이머의 세트,
    FOXP4_B에 대해, 서열번호: 301 및 302로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 303 및 304로 구성된 프라이머의 세트,
    HOXA1_C에 대해, 서열번호: 305 및 306으로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_C에 대해, 서열번호: 307 및 308로 구성된 프라이머의 세트,
    IPTRIPL1_1138에 대해, 서열번호: 309 및 310으로 구성된 프라이머의 세트,
    IPTRIPL1_1200에 대해, 서열번호: 311 및 312로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK9_B에 대해, 서열번호: 313 및 314로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK17_C에 대해, 서열번호: 315 및 316으로 구성된 프라이머의 세트,
    LAYN_B에 대해, 서열번호: 319 및 320으로 구성된 프라이머의 세트,
    LIME1_B에 대해, 서열번호: 321 및 322로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_D에 대해, 서열번호: 323 및 324로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891_B에 대해, 서열번호: 325 및 326으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAST1_B에 대해, 서열번호: 327 및 328로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.427.br에 대해, 서열번호: 329 및 330으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.4422에 대해, 서열번호: 333 및 334로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ_5742에 대해, 서열번호: 335 및 336으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ_5554에 대해, 서열번호: 337 및 338로 구성된 프라이머의 세트,
    MSX2P1_B에 대해, 서열번호: 339 및 340으로 구성된 프라이머의 세트,
    ODC1_B에 대해, 서열번호: 341 및 342 및 서열번호: 443 및 444로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 343 및 344 및 서열번호: 445 및 446으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    OTX1_B에 대해, 서열번호: 345 및 346으로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_B에 대해, 서열번호: 347 및 348로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB_7570에 대해, 서열번호: 349 및 350으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_C에 대해, 서열번호: 351 및 352로 구성된 프라이머의 세트,
    SLC30A10에 대해, 서열번호: 353 및 354로 구성된 프라이머의 세트,
    SPHK2_B에 대해, 서열번호: 355 및 356으로 구성된 프라이머의 세트,
    ST8SIA4_B에 대해, 서열번호: 357 및 358로 구성된 프라이머의 세트,
    STX16_C에 대해, 서열번호: 359 및 360으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 363 및 364 및 서열번호: 47 및 448로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    TRIM67_B에 대해, 서열번호: 365 및 366으로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D에 대해, 서열번호: 423 및 424로 구성된 프라이머의 세트,
    FAM59B에 대해, 서열번호: 427 및 428로 구성된 프라이머의 세트,
    C10orf125에 대해, 서열번호: 429 및 430으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 431 및 432로 구성된 프라이머의 세트,
    SPHK2에 대해, 서열번호: 433 및 434로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN1_B에 대해, 서열번호: 273 및 274로 구성된 프라이머의 세트, 및
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 437 및 438로 구성된 프라이머의 세트.
  86. 청구항 84에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  87. 청구항 84에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2 또는 18에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  88. 청구항 84에 있어서,
    상기 생물학적 샘플이 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플)이면, 상기 하나 이상의 유전자는 SPHK2, c17orf64_B, DLX4_B, MPZ_5742, ITPRIPL1_1138을 포함하거나, 또는
    상기 생물학적 샘플이 혈장 샘플이면, 상기 하나 이상의 유전자는 FAM59B, ITPRIPL1, TRH_A, 및 C17orf64_B를 포함하는, 방법.
  89. 청구항 84에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  90. 방법으로서,
    (a) 하기를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, ITPRIPL1로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 방법:
    상기 생물학적 샘플 중 게놈 DNA를 바이설파이트로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 바이설파이트-처리된 게놈 DNA를 증폭시키는 단계; 및
    메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-민감성 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 또는 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 상기 CpG 부위의 메틸화 수준을 결정하는 단계.
  91. 청구항 90에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트, 및
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트.
  92. 청구항 90에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직)인, 방법.
  93. 청구항 90에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2에서 나타낸 게놈 좌표에 의해 기재되는, 방법.
  94. 청구항 90에 있어서, 상기 CpG 부위는 코딩 영역 또는 조절 영역에 존재하는, 방법.
  95. 청구항 90에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자에 대한 CpG 부위의 메틸화 수준의 측정은 상기 CpG 부위의 메틸화 점수를 결정하는 것 그리고 상기 CpG 부위의 메틸화 빈도를 결정하는 것으로 구성된 군으로부터 선택된 결정을 포함하는, 방법.
  96. 대상체로부터 수득된 샘플에서 유방암을 스크리닝하는 방법으로서,
    1) 하기 군:
    i) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1;
    ii) ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B; 및
    iii) CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B,
    중 하나로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계, 및
    2) 상기 마커의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 마커의 메틸화 상태와 상이할 때, 유방암이 있는 것으로 상기 대상체를 확인하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  97. 청구항 96에 있어서, 복수의 마커를 검정하는 것을 포함하는, 방법.
  98. 청구항 96에 있어서, 상기 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있는, 방법.
  99. 청구항 96에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 방법.
  100. 청구항 96에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  101. 청구항 96에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함하는, 방법.
  102. 대상체로부터 수득된 샘플에서 BRCA1 유방암을 스크리닝하는 방법으로서,
    1) BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계, 및
    2) 상기 마커의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 마커의 메틸화 상태와 상이할 때, BRCA1 유방암이 있는 것으로 상기 대상체를 확인하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  103. 청구항 102에 있어서, 복수의 마커를 검정하는 것을 포함하는, 방법.
  104. 청구항 102에 있어서, 상기 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있는, 방법.
  105. 청구항 102에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 방법.
  106. 청구항 102에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  107. 청구항 102에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함하는, 방법.
  108. 대상체로부터 수득된 샘플에서 BRCA2 유방암을 스크리닝하는 방법으로서,
    1) MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, 및 MAX.chr11.68622869-68622968로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계, 및
    2) 상기 마커의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 마커의 메틸화 상태와 상이할 때, BRCA2 유방암이 있는 것으로 상기 대상체를 확인하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  109. 청구항 108에 있어서, 복수의 마커를 검정하는 것을 포함하는, 방법.
  110. 청구항 108에 있어서, 상기 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있는, 방법.
  111. 청구항 108에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 방법.
  112. 청구항 108에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  113. 청구항 108에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함하는, 방법.
  114. 대상체로부터 수득된 샘플에서 삼중 음성 유방암을 스크리닝하는 방법으로서,
    1) ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계, 및
    2) 상기 마커의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 마커의 메틸화 상태와 상이할 때, 삼중 음성 유방암이 있는 것으로 상기 대상체를 확인하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  115. 청구항 114에 있어서, 복수의 마커를 검정하는 것을 포함하는, 방법.
  116. 청구항 114에 있어서, 상기 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있는, 방법.
  117. 청구항 114에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 방법.
  118. 청구항 114에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  119. 청구항 114에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함하는, 방법.
  120. 대상체로부터 수득된 샘플에서 HER2+ 유방암을 스크리닝하는 방법으로서,
    1) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, 및 C10orf125로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계, 및
    2) 상기 마커의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 마커의 메틸화 상태와 상이할 때, HER2+ 유방암이 있는 것으로 상기 대상체를 확인하는 단계
    를 포함하는, 방법
  121. 청구항 120에 있어서, 복수의 마커를 검정하는 것을 포함하는, 방법.
  122. 청구항 120에 있어서, 상기 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있는, 방법.
  123. 청구항 120에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 방법.
  124. 청구항 120에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  125. 청구항 120에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함하는, 방법.
  126. 대상체로부터 수득된 샘플에서 내강 A 유방암을 스크리닝하는 방법으로서,
    1) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계, 및
    2) 상기 마커의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 마커의 메틸화 상태와 상이할 때, 내강 A 유방암이 있는 것으로 상기 대상체를 확인하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  127. 청구항 126에 있어서, 복수의 마커를 검정하는 것을 포함하는, 방법.
  128. 청구항 126에 있어서, 상기 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있는, 방법.
  129. 청구항 126에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 방법.
  130. 청구항 126에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  131. 청구항 126에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함하는, 방법.
  132. 대상체로부터 수득된 샘플에서 내강 B 유방암을 스크리닝하는 방법으로서,
    1) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, 및 BHLHE23_D로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계, 및
    2) 상기 마커의 메틸화 상태가 유방암이 없는 대상체에서 분석된 마커의 메틸화 상태와 상이할 때, 내강 B 유방암이 있는 것으로 상기 대상체를 확인하는 단계
    를 포함하는, 방법
  133. 청구항 132에 있어서, 복수의 마커를 검정하는 것을 포함하는, 방법.
  134. 청구항 132에 있어서, 상기 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있는, 방법.
  135. 청구항 132에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 방법.
  136. 청구항 132에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  137. 청구항 132에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함하는, 방법.
  138. 인간 환자로부터의 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    a) 인간 환자의 샘플로부터 DNA를 얻는 단계;
    b) 하기 군:
    i) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1;
    ii) ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B; 및
    iii) CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B;
    중 하나로 구성된 군으로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계;
    c) 상기 하나 이상의 DNA 메틸화 마커의 분석된 메틸화 상태를 유방암을, 가지고 있지 않은 인간 환자에 대한 하나 이상의 DNA 메틸화 마커에 대한 메틸화 수준 참조와 비교하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  139. 청구항 138에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 방법.
  140. 청구항 138에 있어서, 복수의 DNA 메틸화 마커를 검정하는 것을 포함하는, 방법.
  141. 청구항 138에 있어서,
    상기 샘플이 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직 샘플)이면, 상기 하나 이상의 유전자는 SPHK2, c17orf64_B, DLX4_B, MPZ_5742, ITPRIPL1_1138을 포함하거나, 또는
    상기 샘플이 혈장 샘플이면, 상기 하나 이상의 유전자는 FAM59B, ITPRIPL1, TRH_A, 및 C17orf64_B를 포함하는, 방법.
  142. 청구항 138에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  143. 청구항 138에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함하는, 방법.
  144. 청구항 138에 있어서, 상기 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드는 서열번호 1-422로부터 선택되는, 방법.
  145. 인간 환자로부터의 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    a) 인간 환자의 샘플로부터 DNA를 얻는 단계;
    b) 표 2 및 18의 DMR 1-375로 구성된 군으로부터 선택된 차별적 메틸화 영역 (DMR)에서 염기를 포함하는 DNA 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검정하는 단계;
    c) 상기 하나 이상의 DNA 메틸화 마커의 분석된 메틸화 상태를 유방암을, 가지고 있지 않은 인간 환자에 대한 하나 이상의 DNA 메틸화 마커에 대한 메틸화 수준 참조와 비교하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  146. 청구항 145에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 방법.
  147. 청구항 145에 있어서, 복수의 DNA 메틸화 마커를 검정하는 것을 포함하는, 방법.
  148. 청구항 145에 있어서, 상기 DNA 메틸화 마커는 높은 CpG 밀도 프로모터에 있는, 방법.
  149. 청구항 145에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화 특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 또는 표적 포착을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  150. 청구항 145에 있어서, 상기 검정은 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드의 사용을 포함하는, 방법.
  151. 청구항 145에 있어서, 상기 메틸화 특이적 올리고뉴클레오타이드는 서열번호 1-422로부터 선택되는, 방법.
  152. 인간 대상체로부터 수득된 샘플을 특성화하는 방법으로서, DMR을 포함하는 핵산을 바이설파이트 시약과 반응시켜 바이설파이트-반응된 핵산을 생산하는 단계; 상기 바이설파이트-반응된 핵산을 서열분석하여 상기 바이설파이트-반응된 핵산의 뉴클레오타이드 서열을 제공하는 단계; 상기 바이설파이트-반응된 핵산의 뉴클레오타이드 서열을, 상기 2개의 서열의 차이를 확인하기 위해 유방암이 없는 대상체로부터의 상기 DMR을 포함하는 핵산의 뉴클레오타이드 서열과 비교하는 단계를 포함하는, 방법.
  153. 인간 대상체로부터의 수득된 샘플을 특성화하기 위한 시스템으로서, 샘플의 메틸화 상태를 결정하기 위해 구성된 분석 구성요소, 상기 샘플의 메틸화를 데이터베이스에 기록된 대조군 샘플 또는 참조 샘플 메틸화 상태와 비교하기 위해 구성된 소프트웨어 구성요소, 및 메틸화 상태의 조합에 기초하여 단일 값을 결정하고 사용자에게 유방암-연관된 메틸화 상태를 경고하도록 구성된 경보 구성요소를 포함하는, 시스템.
  154. 청구항 153에 있어서, 상기 유방암-연관된 메틸화 상태는 유방암, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, 및 BRCA2 유방암 중 하나 이상에 대한 것인, 시스템.
  155. 청구항 153에 있어서, 상기 샘플은 DMR을 포함하는 핵산을 포함하는, 시스템.
  156. 청구항 153 에 있어서, 핵산을 단리하기 위한 구성요소를 추가로 포함하는, 시스템.
  157. 청구항 153 에 있어서, 샘플을 수집하기 위한 구성요소를 추가로 포함하는, 시스템.
  158. 청구항 153에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 시스템.
  159. 청구항 153에 있어서, 상기 데이터베이스는 DMR을 포함하는 핵산 서열을 포함하는, 시스템.
  160. 청구항 153에 있어서, 상기 데이터베이스는 유방암, 삼중 음성 유방암, HER2+ 유방암, 내강 A 유방암, 내강 B 유방암, BRCA1 유방암, 및/또는 BRCA2 유방암 중 하나 이상을 갖지 않는 대상체로부터의 핵산 서열을 포함하는, 시스템.
  161. 키트로서,
    1) 바이설파이트 시약; 및
    2) 표 2, 18 및 27로부터의 DMR 1-375로 구성된 군으로부터 선택된 DMR로부터 서열을 포함하고, 유방암이 없는 대상체와 연관된 메틸화 상태를 가지고 있는 대조군 핵산.
    을 포함하는 키트.
  162. 바이설파이트 시약 및 서열번호 1-422에 따른 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 키트.
  163. 대상체로부터 샘플을 얻기 위한 샘플 콜렉터; 상기 샘플로부터 핵산을 단리하기 위한 시약; 바이설파이트 시약; 및 서열번호 1-422에 따른 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 키트.
  164. 청구항 163에 있어서, 상기 샘플은 대변 샘플, 조직 샘플, 유방 조직 샘플, 혈장 샘플, 또는 소변 샘플인, 키트.
  165. DMR을 포함하는 핵산 및 바이설파이트 시약을 포함하는 조성물.
  166. DMR을 포함하는 핵산 및 서열번호 1-422에 따른 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 조성물.
  167. DMR을 포함하는 핵산 및 메틸화-민감성 제한 효소를 포함하는 조성물.
  168. DMR을 포함하는 핵산 및 중합효소를 포함하는 조성물.
  169. 대상체로부터 수득된 샘플에서 유방암을 스크리닝하는 방법으로서, DMR을 포함하는 핵산을 바이설파이트 시약과 반응시켜 바이설파이트-반응된 핵산을 생산하는 단계; 상기 바이설파이트-반응된 핵산을 서열분석하여 상기 바이설파이트-반응된 핵산의 뉴클레오타이드 서열을 제공하는 단계; 상기 바이설파이트-반응된 핵산의 뉴클레오타이드 서열을, 상기 2개의 서열의 차이를 확인하기 위해 유방암이 없는 대상체로부터의 상기 DMR을 포함하는 핵산의 뉴클레오타이드 서열과 비교하는 단계; 및 차이가 존재할 때 유방암이 있는 것으로 상기 대상체를 확인하는 단계를 포함하는, 방법.
  170. 대상체로부터 수득된 샘플에서 유방암을 스크리닝하기 위한 시스템으로서, 샘플의 메틸화 상태를 결정하기 위해 구성된 분석 구성요소, 상기 샘플의 메틸화를 데이터베이스에 기록된 대조군 샘플 또는 참조 샘플 메틸화 상태와 비교하기 위해 구성된 소프트웨어 구성요소, 및 메틸화 상태의 조합에 기초하여 단일 값을 결정하고 사용자에게 유방암-연관된 메틸화 상태를 경고하도록 구성된 경보 구성요소를 포함하는, 시스템.
  171. 청구항 170에 있어서, 상기 샘플은 표 2 및 18의 DMR 1-375로 구성된 군으로부터 선택된 차별적 메틸화 영역 (DMR)에서 염기를 포함하는 DNA 메틸화 마커를 포함하는 핵산을 포함하는, 시스템.
  172. 청구항 170에 있어서, 핵산을 단리하기 위한 구성요소를 추가로 포함하는, 시스템.
  173. 청구항 170 에 있어서, 샘플을 수집하기 위한 구성요소를 추가로 포함하는, 시스템.
  174. 청구항 170 에 있어서, 대변 샘플, 유방 조직 샘플, 및/또는 혈장 샘플을 수집하기 위한 구성요소를 추가로 포함하는, 시스템.
  175. 청구항 170에 있어서, 상기 데이터베이스는 유방암이 없는 대상체로부터 핵산 서열을 포함하는, 시스템.
  176. 방법으로서,
    상기 생물학적 샘플에서의 게놈 DNA를, 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킨 시약으로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 처리된 게놈 DNA을 증폭시키는 단계; 및
    중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화-특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 및 표적 포착으로 상기 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 결정하는 단계
    를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자에 대한 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하되;
    상기 하나 이상의 유전자는 하기 군:
    (i) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1;
    (ii) ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B; 및
    (iii) CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B
    중 하나로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 방법.
  177. 청구항 176에 있어서, 상기 DNA는 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킨 시약으로 처리되는, 방법.
  178. 청구항 177에 있어서, 상기 시약은 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  179. 청구항 178에 있어서, 상기 DNA는 바이설파이트 시약으로 처리되어 바이설파이트-처리된 DNA를 생성하는, 방법.
  180. 청구항 176에 있어서, 상기 측정은 다중 증폭을 포함하는, 방법.
  181. 청구항 176에 있어서, 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양의 측정은 메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-특이적 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 플랩 엔도뉴클레아제 검정, PCR-플랩 검정, 및 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  182. 청구항 176에 있어서, 상기 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직) 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  183. 청구항 176에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176 및 서열번호: 439 및 440으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98, 서열번호: 99 및 100 및 서열번호: 425 및 426으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1_B에 대해, 서열번호: 255 및 256으로 구성된 프라이머의 세트,
    AJAP1_C에 대해, 서열번호: 257 및 258로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5_B에 대해, 서열번호: 259 및 260으로 구성된 프라이머의 세트,
    ASCL2_B에 대해, 서열번호: 261 및 262로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1_B에 대해, 서열번호: 263 및 264로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_E에 대해, 서열번호: 265 및 266으로 구성된 프라이머의 세트,
    C10orf125_B에 대해, 서열번호: 267 및 268로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64_B에 대해, 서열번호: 269 및 270 및 서열번호: 449 및 450으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_1520에 대해, 서열번호: 271 및 272로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN_1B에 대해, 서열번호: 273 및 274로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D_1058에 대해, 서열번호: 275 및 276으로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_7890에 대해, 서열번호: 277 및 278로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_8128에 대해, 서열번호: 279 및 280으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_8384에 대해, 서열번호: 281 및 282로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_9316에 대해, 서열번호: 283 및 284로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_9470에 대해, 서열번호: 285 및 286으로 구성된 프라이머의 세트,
    CLIC6_B에 대해, 서열번호: 287 및 288로 구성된 프라이머의 세트,
    CXCL12_B에 대해, 서열번호: 289 및 290 및 서열번호: 441 및 442로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DLX4_B에 대해, 서열번호: 291 및 292로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_D에 대해, 서열번호: 293 및 294로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 295 및 296으로 구성된 프라이머의 세트,
    ESPN_B에 대해, 서열번호: 277 및 298로 구성된 프라이머의 세트,
    FAM59B_7764에 대해, 서열번호: 299 및 300으로 구성된 프라이머의 세트,
    FOXP4_B에 대해, 서열번호: 301 및 302로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 303 및 304로 구성된 프라이머의 세트,
    HOXA1_C에 대해, 서열번호: 305 및 306으로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_C에 대해, 서열번호: 307 및 308로 구성된 프라이머의 세트,
    IPTRIPL1_1138에 대해, 서열번호: 309 및 310으로 구성된 프라이머의 세트,
    IPTRIPL1_1200에 대해, 서열번호: 311 및 312로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK9_B에 대해, 서열번호: 313 및 314로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK17_C에 대해, 서열번호: 315 및 316으로 구성된 프라이머의 세트,
    LAYN_B에 대해, 서열번호: 319 및 320으로 구성된 프라이머의 세트,
    LIME1_B에 대해, 서열번호: 321 및 322로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_D에 대해, 서열번호: 323 및 324로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891_B에 대해, 서열번호: 325 및 326으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAST1_B에 대해, 서열번호: 327 및 328로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.427.br에 대해, 서열번호: 329 및 330으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.4422에 대해, 서열번호: 333 및 334로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ_5742에 대해, 서열번호: 335 및 336으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ_5554에 대해, 서열번호: 337 및 338로 구성된 프라이머의 세트,
    MSX2P1_B에 대해, 서열번호: 339 및 340으로 구성된 프라이머의 세트,
    ODC1_B에 대해, 서열번호: 341 및 342 및 서열번호: 443 및 444로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 343 및 344 및 서열번호: 445 및 446으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    OTX1_B에 대해, 서열번호: 345 및 346으로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_B에 대해, 서열번호: 347 및 348로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB_7570에 대해, 서열번호: 349 및 350으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_C에 대해, 서열번호: 351 및 352로 구성된 프라이머의 세트,
    SLC30A10에 대해, 서열번호: 353 및 354로 구성된 프라이머의 세트,
    SPHK2_B에 대해, 서열번호: 355 및 356으로 구성된 프라이머의 세트,
    ST8SIA4_B에 대해, 서열번호: 357 및 358로 구성된 프라이머의 세트,
    STX16_C에 대해, 서열번호: 359 및 360으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 363 및 364 및 서열번호: 47 및 448로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    TRIM67_B에 대해, 서열번호: 365 및 366으로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D에 대해, 서열번호: 423 및 424로 구성된 프라이머의 세트,
    FAM59B에 대해, 서열번호: 427 및 428로 구성된 프라이머의 세트,
    C10orf125에 대해, 서열번호: 429 및 430으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 431 및 432로 구성된 프라이머의 세트,
    SPHK2에 대해, 서열번호: 433 및 434로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN1_B에 대해, 서열번호: 273 및 274로 구성된 프라이머의 세트, 및
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 437 및 438로 구성된 프라이머의 세트.
  184. 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    a) 상기 샘플로부터 추출된 DNA에서 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양을 측정하는 단계로서, 상기 하나 이상의 유전자는 하기 군:
    (i) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, 및 ABLIM1;
    (ii) ABLIM1_B, AJAP1_C, ALOX5_B, ASCL2_B, BANK1_B, BHLHE23_E, C10orf125_B, C17orf64_B, CALN1_1520, CALN_1B, CD1D_1058, CDH4_7890, CHST2_8128, CHST2_8384, CHST2_9316, CHST2_9470, CLIC6_B, CXCL12_B, DLX4_B, DNM3_D, EMX1_A, ESPN_B, FAM59B_7764, FOXP4_B, GP5, HOXA1_C, IGF2BP3_C, IPTRIPL1_1138, IPTRIPL1_1200, KCNK9_B, KCNK17_C, LAYN_B, LIME1_B, LMX1B_D, LOC100132891_B, MAST1_B, MAX.chr12.427.br, MAX.chr20.4422, MPZ_5742, MPZ_5554, MSX2P1_B, ODC1_B, OSR2_A, OTX1_B, PLXNC1_B, PRKCB_7570, SCRT2_C, SLC30A10, SPHK2_B, ST8SIA4_B, STX16_C, TRH_A, 및 TRIM67_B; 및
    (iii) CD1D, ITPRIPL1, FAM59B, C10orf125, TRIM67, SPHK2, CALN1_B, CHST2_B, MPZ, CXCL12_B, ODC1_B, OSR2_A, TRH_A, 및 C17orf64_B;
    중 하나로부터 선택되는 단계;
    b) 상기 DNA에서 적어도 하나의 참조 마커의 양을 측정하는 단계; 및
    c) 상기 DNA에서 측정된 참조 마커 유전자의 양의 백분율로서 상기 DNA에서 측정된 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양에 대한 값을 계산하는 단계로서, 상기 값이 상기 샘플에서 측정된 적어도 하나의 메틸화된 마커 DNA의 양을 나타내는 단계
    를 포함하는, 방법.
  185. 청구항 184에 있어서, 상기 적어도 하나의 참조 마커는 B3GALT6 DNA 및 β-액틴 DNA로부터 선택된 하나 이상의 참조 마커를 포함하는, 방법.
  186. 청구항 184에 있어서, 상기 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직) 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  187. 청구항 184에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2 및 18의 DMR 1-375로 구성된 군으로부터 선택된 차별적 메틸화 영역 (DMR)에서 염기를 포함하는, 방법.
  188. 청구항 184에 있어서, 상기 DNA는 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킨 시약으로 처리되는, 방법.
  189. 청구항 188에 있어서, 상기 시약은 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  190. 청구항 189에 있어서, 상기 DNA는 바이설파이트 시약으로 처리되어 바이설파이트-처리된 DNA를 생성하는, 방법.
  191. 청구항 188에 있어서, 상기 변형된 DNA는 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 증폭되는, 방법.
  192. 청구항 191에 있어서, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176 및 서열번호: 439 및 440으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98, 서열번호: 99 및 100 및 서열번호: 425 및 426으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1_B에 대해, 서열번호: 255 및 256으로 구성된 프라이머의 세트,
    AJAP1_C에 대해, 서열번호: 257 및 258로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5_B에 대해, 서열번호: 259 및 260으로 구성된 프라이머의 세트,
    ASCL2_B에 대해, 서열번호: 261 및 262로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1_B에 대해, 서열번호: 263 및 264로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_E에 대해, 서열번호: 265 및 266으로 구성된 프라이머의 세트,
    C10orf125_B에 대해, 서열번호: 267 및 268로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64_B에 대해, 서열번호: 269 및 270 및 서열번호: 449 및 450으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_1520에 대해, 서열번호: 271 및 272로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN_1B에 대해, 서열번호: 273 및 274로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D_1058에 대해, 서열번호: 275 및 276으로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_7890에 대해, 서열번호: 277 및 278로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_8128에 대해, 서열번호: 279 및 280으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_8384에 대해, 서열번호: 281 및 282로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_9316에 대해, 서열번호: 283 및 284로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_9470에 대해, 서열번호: 285 및 286으로 구성된 프라이머의 세트,
    CLIC6_B에 대해, 서열번호: 287 및 288로 구성된 프라이머의 세트,
    CXCL12_B에 대해, 서열번호: 289 및 290 및 서열번호: 441 및 442로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DLX4_B에 대해, 서열번호: 291 및 292로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_D에 대해, 서열번호: 293 및 294로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 295 및 296으로 구성된 프라이머의 세트,
    ESPN_B에 대해, 서열번호: 277 및 298로 구성된 프라이머의 세트,
    FAM59B_7764에 대해, 서열번호: 299 및 300으로 구성된 프라이머의 세트,
    FOXP4_B에 대해, 서열번호: 301 및 302로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 303 및 304로 구성된 프라이머의 세트,
    HOXA1_C에 대해, 서열번호: 305 및 306으로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_C에 대해, 서열번호: 307 및 308로 구성된 프라이머의 세트,
    IPTRIPL1_1138에 대해, 서열번호: 309 및 310으로 구성된 프라이머의 세트,
    IPTRIPL1_1200에 대해, 서열번호: 311 및 312로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK9_B에 대해, 서열번호: 313 및 314로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK17_C에 대해, 서열번호: 315 및 316으로 구성된 프라이머의 세트,
    LAYN_B에 대해, 서열번호: 319 및 320으로 구성된 프라이머의 세트,
    LIME1_B에 대해, 서열번호: 321 및 322로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_D에 대해, 서열번호: 323 및 324로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891_B에 대해, 서열번호: 325 및 326으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAST1_B에 대해, 서열번호: 327 및 328로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.427.br에 대해, 서열번호: 329 및 330으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.4422에 대해, 서열번호: 333 및 334로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ_5742에 대해, 서열번호: 335 및 336으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ_5554에 대해, 서열번호: 337 및 338로 구성된 프라이머의 세트,
    MSX2P1_B에 대해, 서열번호: 339 및 340으로 구성된 프라이머의 세트,
    ODC1_B에 대해, 서열번호: 341 및 342 및 서열번호: 443 및 444로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 343 및 344 및 서열번호: 445 및 446으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    OTX1_B에 대해, 서열번호: 345 및 346으로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_B에 대해, 서열번호: 347 및 348로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB_7570에 대해, 서열번호: 349 및 350으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_C에 대해, 서열번호: 351 및 352로 구성된 프라이머의 세트,
    SLC30A10에 대해, 서열번호: 353 및 354로 구성된 프라이머의 세트,
    SPHK2_B에 대해, 서열번호: 355 및 356으로 구성된 프라이머의 세트,
    ST8SIA4_B에 대해, 서열번호: 357 및 358로 구성된 프라이머의 세트,
    STX16_C에 대해, 서열번호: 359 및 360으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 363 및 364 및 서열번호: 47 및 448로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    TRIM67_B에 대해, 서열번호: 365 및 366으로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D에 대해, 서열번호: 423 및 424로 구성된 프라이머의 세트,
    FAM59B에 대해, 서열번호: 427 및 428로 구성된 프라이머의 세트,
    C10orf125에 대해, 서열번호: 429 및 430으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 431 및 432로 구성된 프라이머의 세트,
    SPHK2에 대해, 서열번호: 433 및 434로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN1_B에 대해, 서열번호: 273 및 274로 구성된 프라이머의 세트, 및
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 437 및 438로 구성된 프라이머의 세트.
  193. 청구항 184에 있어서, 메틸화 마커 유전자의 양의 측정은 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화-특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 및 표적 포착 중 하나 이상을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  194. 청구항 193에 있어서, 상기 측정은 다중 증폭을 포함하는, 방법.
  195. 청구항 193에 있어서, 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양의 측정은 메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-특이적 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 플랩 엔도뉴클레아제 검정, PCR-플랩 검정, 및 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  196. 방법으로서,
    상기 생물학적 샘플에서의 게놈 DNA를, 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킨 시약으로 처리하는 단계;
    상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 상기 처리된 게놈 DNA을 증폭시키는 단계; 및
    중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화-특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 및 표적 포착으로 상기 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 결정하는 단계
    를 통해 인간 개체의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자에 대한 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하되;
    상기 하나 이상의 유전자는 하기 군:
    (i) BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6;
    (ii) MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, 및 MAX.chr11.68622869-68622968;
    (iii) ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4;
    (iv) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, 및 C10orf125;
    (v) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125;
    (vi) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D; 및
    (vii) DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, ITPRIPL1
    중 하나로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는, 방법.
  197. 청구항 196에 있어서, 상기 DNA는 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킨 시약으로 처리되는, 방법.
  198. 청구항 197에 있어서, 상기 시약은 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  199. 청구항 198에 있어서, 상기 DNA는 바이설파이트 시약으로 처리되어 바이설파이트-처리된 DNA를 생성하는, 방법.
  200. 청구항 196에 있어서, 상기 측정은 다중 증폭을 포함하는, 방법.
  201. 청구항 196에 있어서, 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양의 측정은 메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-특이적 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 플랩 엔도뉴클레아제 검정, PCR-플랩 검정, 및 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  202. 청구항 196에 있어서, 상기 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직) 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  203. 청구항 196에 있어서,
    하나 이상의 유전자의 군이 (i)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D에 대해, 서열번호: 33 및 34로 구성된 프라이머의 세트,
    HOXA7_A에 대해, 서열번호: 89 및 90으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    MAX.chr1.8277479-8277527에 대해, 서열번호: 127 및 128로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr15.96889013-96889128에 대해, 서열번호: 139 및 140으로 구성된 프라이머의 세트,
    NACAD에 대해, 서열번호: 179 및 180으로 구성된 프라이머의 세트,
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    FOXP4에 대해, 서열번호: 73 및 74로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    STX16_B에 대해, 서열번호: 233 및 234 또는 서열번호: 235 및 236으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ZSCAN12에 대해, 서열번호: 251 및 252로 구성된 프라이머의 세트,
    CXCL12에 대해, 서열번호: 47 및 48로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK9에 대해, 서열번호: 105 및 106으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    RIC3에 대해, 서열번호: 209 및 210으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr17.73073682-73073814에 대해, 서열번호: 141 및 142로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    HNF1B_B에 대해, 서열번호: 85 및 86으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    BEST4에 대해, 서열번호: 17 및 18로 구성된 프라이머의 세트, 및
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (ii)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    MAX.chr15.96889013-96889128에 대해, 서열번호: 139 및 140으로 구성된 프라이머의 세트,
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    COL23A1에 대해, 서열번호: 45 및 46으로 구성된 프라이머의 세트,
    LAYN에 대해, 서열번호: 111 및 112로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트, 및
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (iii)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트, 및
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (iv)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ODC1에 대해, 서열번호: 181 및 182, 서열번호: 183 및 184, 및 서열번호: 185 및 186으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_A에 대해, 서열번호: 37 및 38로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    ZSCAN12에 대해, 서열번호: 251 및 252로 구성된 프라이머의 세트,
    GRASP에 대해, 서열번호: 253 및 254로 구성된 프라이머의 세트, 및
    C10orf125에 대해, 서열번호: 23 및 24로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (v)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    ST8SIA4에 대해, 서열번호: 227 및 228로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ODC1에 대해, 서열번호: 181 및 182, 서열번호: 183 및 184, 및 서열번호: 185 및 186으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_A에 대해, 서열번호: 37 및 38로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    SLC30A10에 대해, 서열번호: 219 및 220으로 구성된 프라이머의 세트, 및
    C10orf125에 대해, 서열번호: 23 및 24로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (vi)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트, 및
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (vii)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트, 및
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트.
  204. 샘플을 특성화하는 방법으로서,
    a) 상기 샘플로부터 추출된 DNA에서 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양을 측정하는 단계로서, 상기 하나 이상의 유전자는 하기 군:
    (i) BHLHE23_C, CALN1_A, CD1D, HOXA7_A, LOC100132891, MAX.chr1.8277479-8277527, MAX.chr15.96889013-96889128, NACAD, ATP6V1B1, BANK1, C17orf64, DLX4, EMX1_A, FOXP4, GP5, ITPRIPL1, LMX1B_A, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, MAX.chr8.124173030-124173395, MPZ, PRKCB, STX16_B UBTF, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, ZSCAN12, BHLHE23_D, CXCL12, KCNK9, OTX1, RIC3, SCRT2_B, MAX.chr17.73073682-73073814, CDH4_E, HNF1B_B, TRH_A, MAX.chr20.1784209-1784461, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr5.77268672-77268725, BEST4, 및 DSCR6;
    (ii) MAX.chr15.96889013-96889128, ATP6V1B1, C17orf64, ITPRIPL1, MAX.chr11.14926602-14927148, MAX.chr5.42994866-42994936, LOC100132891, ITPRIPL1, ABLIM1, MAX.chr19.46379903-46380197, COL23A1, LAYN, OTX1, TRH_A, MAX.chr5.145725410-145725459, 및 MAX.chr11.68622869-68622968;
    (iii) ATP6V1B1, MAX.chr11.14926602-14927148, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, TRIM67, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, MAX.chr5.42994866-42994936, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_D, MAX.chr5.77268672-77268725, EMX1_A, DSCR6, 및 DLX4;
    (iv) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, GP5, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D, ZSCAN12, GRASP, 및 C10orf125;
    (v) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, ST8SIA4, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_D, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, ODC1, CHST2_A, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, CHST2_B, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, ABLIM1, SLC30A10, C10orf125;
    (vi) ATP6V1B1, LMX1B_A, BANK1, OTX1, MAX.chr11.14926602-14927148, UBTF, PRKCB, TRH_A, MPZ, DNM3_A, TRIM67, PLXNC1_A, MAX.chr12.4273906-4274012, CALN1_A, ITPRIPL1, MAX.chr12.4273906-4274012, GYPC_B, MAX.chr5.42994866-42994936, OSR2_A, SCRT2_B, MAX.chr5.145725410-145725459, MAX.chr11.68622869-68622968, MAX.chr8.124173030-124173395, MAX.chr20.1784209-1784461, LOC100132891, BHLHE23_C, ALOX5, MAX.chr19.46379903-46380197, CHST2_B, MAX.chr5.77268672-77268725, C17orf64, EMX1_A, DSCR6, ITPRIPL1, IGF2BP3_B, CDH4_E, DLX4, ABLIM1, BHLHE23_D; 및
    (vii) DSCR6, SCRT2_B, MPZ, MAX.chr8.124173030-124173395, OSR2_A, MAX.chr11.68622869-68622968, ITPRIPL1, MAX.chr5.145725410-145725459, BHLHE23_C, ITPRIPL1;
    중 하나로부터 선택된 주석을 갖는 염색체 영역을 포함하는 단계;
    b) 상기 DNA에서 적어도 하나의 참조 마커의 양을 측정하는 단계; 및
    c) 상기 DNA에서 측정된 참조 마커 유전자의 양의 백분율로서 상기 DNA에서 측정된 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양에 대한 값을 계산하는 단계로서, 상기 값이 상기 샘플에서 측정된 적어도 하나의 메틸화된 마커 DNA의 양을 나타내는 단계
    를 포함하는, 방법.
  205. 청구항 204에 있어서, 상기 적어도 하나의 참조 마커는 B3GALT6 DNA 및 β-액틴 DNA로부터 선택된 하나 이상의 참조 마커를 포함하는, 방법.
  206. 청구항 204에 있어서, 상기 샘플은 혈장 샘플, 혈액 샘플, 또는 조직 샘플 (예를 들어, 유방 조직) 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  207. 청구항 204에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자는 표 2로부터의 DMR 1-327로 구성된 군으로부터 선택되는 차별적 메틸화 영역 (DMR)에서 염기를 포함하는, 방법.
  208. 청구항 204에 있어서, 상기 DNA는 메틸화-특이적 방식으로 DNA를 변형시킨 시약으로 처리되는, 방법.
  209. 청구항 208에 있어서, 상기 시약은 메틸화-민감성 제한 효소, 메틸화-의존적 제한 효소, 및 바이설파이트 시약 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  210. 청구항 209에 있어서, 상기 DNA는 바이설파이트 시약으로 처리되어 바이설파이트-처리된 DNA를 생성하는, 방법.
  211. 청구항 208에 있어서, 상기 변형된 DNA는 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트를 사용하여 증폭되는, 방법.
  212. 청구항 211에 있어서,
    하나 이상의 유전자의 군이 (i)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    CD1D에 대해, 서열번호: 33 및 34로 구성된 프라이머의 세트,
    HOXA7_A에 대해, 서열번호: 89 및 90으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    MAX.chr1.8277479-8277527에 대해, 서열번호: 127 및 128로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr15.96889013-96889128에 대해, 서열번호: 139 및 140으로 구성된 프라이머의 세트,
    NACAD에 대해, 서열번호: 179 및 180으로 구성된 프라이머의 세트,
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    FOXP4에 대해, 서열번호: 73 및 74로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    STX16_B에 대해, 서열번호: 233 및 234 또는 서열번호: 235 및 236으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ZSCAN12에 대해, 서열번호: 251 및 252로 구성된 프라이머의 세트,
    CXCL12에 대해, 서열번호: 47 및 48로 구성된 프라이머의 세트,
    KCNK9에 대해, 서열번호: 105 및 106으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    RIC3에 대해, 서열번호: 209 및 210으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr17.73073682-73073814에 대해, 서열번호: 141 및 142로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    HNF1B_B에 대해, 서열번호: 85 및 86으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    BEST4에 대해, 서열번호: 17 및 18로 구성된 프라이머의 세트, 및
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (ii)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    MAX.chr15.96889013-96889128에 대해, 서열번호: 139 및 140으로 구성된 프라이머의 세트,
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    COL23A1에 대해, 서열번호: 45 및 46으로 구성된 프라이머의 세트,
    LAYN에 대해, 서열번호: 111 및 112로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트, 및
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (iii)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트, 및
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (iv)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    GP5에 대해, 서열번호: 77 및 78로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ODC1에 대해, 서열번호: 181 및 182, 서열번호: 183 및 184, 및 서열번호: 185 및 186으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_A에 대해, 서열번호: 37 및 38로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    ZSCAN12에 대해, 서열번호: 251 및 252로 구성된 프라이머의 세트,
    GRASP에 대해, 서열번호: 253 및 254로 구성된 프라이머의 세트, 및
    C10orf125에 대해, 서열번호: 23 및 24로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (v)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    ST8SIA4에 대해, 서열번호: 227 및 228로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ODC1에 대해, 서열번호: 181 및 182, 서열번호: 183 및 184, 및 서열번호: 185 및 186으로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_A에 대해, 서열번호: 37 및 38로 구성된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40으로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트,
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트,
    SLC30A10에 대해, 서열번호: 219 및 220으로 구성된 프라이머의 세트, 및
    C10orf125에 대해, 서열번호: 23 및 24로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (vi)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되고:
    ATP6V1B1에 대해, 서열번호: 13 및 14로 구성된 프라이머의 세트,
    LMX1B_A에 대해, 서열번호: 115 및 116으로 구성된 프라이머의 세트,
    BANK1에 대해, 서열번호: 15 및 16으로 구성된 프라이머의 세트,
    OTX1에 대해, 서열번호: 189 및 190으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.14926602-14927148에 대해, 서열번호: 129 및 130으로 구성된 프라이머의 세트,
    UBTF에 대해, 서열번호: 249 및 250으로 구성된 프라이머의 세트,
    PRKCB에 대해, 서열번호: 201 및 202로 구성된 프라이머의 세트,
    TRH_A에 대해, 서열번호: 245 및 246으로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    DNM3_A에 대해, 서열번호: 55 및 56으로 구성된 프라이머의 세트,
    TRIM67에 대해, 서열번호: 247 및 248로 구성된 프라이머의 세트,
    PLXNC1_A에 대해, 서열번호: 193 및 194로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr12.4273906-4274012에 대해, 서열번호: 133 및 134 및 서열번호: 135 및 136으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CALN1_A에 대해, 서열번호: 29 및 30으로 구성된 프라이머의 세트,
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    GYPC_B에 대해, 서열번호: 81 및 82로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.42994866-42994936에 대해, 서열번호: 159 및 160으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트
    MAX.chr20.1784209-1784461에 대해, 서열번호: 151 및 152 및 서열번호: 153 및 154로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    LOC100132891에 대해, 서열번호: 117 및 118 또는 서열번호: 119 및 120으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_D에 대해, 서열번호: 21 및 22로 구성된 프라이머의 세트,
    ALOX5에 대해, 서열번호: 9 및 10으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr19.46379903-46380197에 대해, 서열번호: 145 및 146 및 서열번호: 147 및 148로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    CHST2_B에 대해, 서열번호: 39 및 40로 구성된 프라이머의 세트, MAX.chr5.77268672-77268725에 대해, 서열번호: 161 및 162로 구성된 프라이머의 세트
    C17orf64에 대해, 서열번호: 25 및 26으로 구성된 프라이머의 세트,
    EMX1_A에 대해, 서열번호: 61 및 62로 구성된 프라이머의 세트,
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    IGF2BP3_B에 대해, 서열번호: 93 및 94로 구성된 프라이머의 세트,
    CDH4_E에 대해, 서열번호: 35 및 36으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트,
    DLX4에 대해, 서열번호: 51 및 52로 구성된 프라이머의 세트, 및
    ABLIM1에 대해, 서열번호: 3 및 4로 구성된 프라이머의 세트;
    여기서, 하나 이상의 유전자의 군이 (vii)으로부터 선택되면, 상기 선택된 하나 이상의 유전자에 대한 프라이머의 세트는 하기로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법:
    DSCR6에 대해, 서열번호: 57 및 58로 구성된 프라이머의 세트,
    SCRT2_B에 대해, 서열번호: 211 및 212로 구성된 프라이머의 세트,
    MPZ에 대해, 서열번호: 175 및 176으로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr8.124173030-124173395에 대해, 서열번호: 165 및 166으로 구성된 프라이머의 세트,
    OSR2_A에 대해, 서열번호: 187 및 188로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr11.68622869-68622968에 대해, 서열번호: 131 및 132로 구성된 프라이머의 세트,
    MAX.chr5.145725410-145725459에 대해, 서열번호: 157 및 158로 구성된 프라이머의 세트,
    BHLHE23_C에 대해, 서열번호: 19 및 20으로 구성된 프라이머의 세트, 및
    ITPRIPL1에 대해, 서열번호: 97 및 98 및 서열번호: 99 및 100으로 구성된 군으로부터 선택된 프라이머의 세트.
  213. 청구항 204에 있어서, 메틸화 마커 유전자의 양의 측정은 중합효소 연쇄 반응, 핵산 서열분석, 질량 분광분석법, 메틸화-특이적 뉴클레아제, 질량-기반 분리, 및 표적 포착 중 하나 이상을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
  214. 청구항 213에 있어서, 상기 측정은 다중 증폭을 포함하는, 방법.
  215. 청구항 213에 있어서, 적어도 하나의 메틸화 마커 유전자의 양의 측정은 메틸화-특이적 PCR, 정량적 메틸화-특이적 PCR, 메틸화-특이적 DNA 제한 효소 분석, 정량적 바이설파이트 파이로서열분석, 플랩 엔도뉴클레아제 검정, PCR-플랩 검정, 및 바이설파이트 게놈 서열분석 PCR로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법을 사용하는 것을 포함하는, 방법.
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