JP2021503943A - 乳癌の検出 - Google Patents
乳癌の検出 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2021503943A JP2021503943A JP2020529764A JP2020529764A JP2021503943A JP 2021503943 A JP2021503943 A JP 2021503943A JP 2020529764 A JP2020529764 A JP 2020529764A JP 2020529764 A JP2020529764 A JP 2020529764A JP 2021503943 A JP2021503943 A JP 2021503943A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- nos
- max
- primers consisting
- primers
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6811—Selection methods for production or design of target specific oligonucleotides or binding molecules
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/682—Signal amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
- C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
- G16H50/20—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for computer-aided diagnosis, e.g. based on medical expert systems
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
- G16H50/30—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for calculating health indices; for individual health risk assessment
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Public Health (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Primary Health Care (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
Abstract
Description
本出願は、2017年11月30日出願の米国仮特許出願第62/592,828号に対する優先権及びその利益を主張し、その内容全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
・ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1(表16E、実施例IIを参照のこと)、ならびに
・ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B(表22、実施例IIIを参照のこと)。
・CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_B(表27、実施例IIIを参照のこと)。
・ABLIM1、AJAP1_B、ASCL2、ATP6V1B1、BANK1、CALN1_A、CALN1_B、CLIC6、DSCR6、FOXP4、GAD2、GCGR、GP5、GRASP、HBM、HNF1B_B、KLF16、MAGI2、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr17.73073682−73073814、MAX.chr18.76734362−76734370、MAX.chr2.97193478−97193562、MAX.chr22.42679578−42679917、MAX.chr4.8859253−8859329、MAX.chr4.8859602−8859669、MAX.chr4.8860002−8860038、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr6.157557371−157557657、MPZ、NKX2−6、PDX1、PLXNC1_A、PPARG、PRKCB、PTPRN2、RBFOX_A、SCRT2_A、SLC7A4、STAC2_B、STX16_A、STX16_B、TBX1、TRH_A、VSTM2B_A、ZBTB16、ZNF132、及びZSCAN23(表3、実施例Iを参照のこと)、
・CALN1_A、LOC100132891、NACAD、TRIM67、ATP6V1B1、DLX4、GP5、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、ST8SIA4、STX16_B ITPRIPL1、KLF16、MAX.chr12.4273906−4274012、KCNK9、SCRT2_B、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、及びDSCR6(表11、実施例Iを参照のこと)、
・ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4(表16A、実施例IIを参照のこと)。
・ABLIM1、AFAP1L1、AKR1B1、ALOX5、AMN、ARL5C、BANK1、BCAT1、BEGAIN、BEST4、BHLHE23_B、BHLHE23_C、C17orf64、C1QL2、C7orf52、CALN1_B、CAV2、CD8A、CDH4_A、CDH4_B、CDH4_C、CDH4_D、CDH4_E、CDH4_F、CHST2_B、CLIP4、CR1、DLK1、DNAJC6、DNM3_A、EMX1_A、ESPN、FABP5、FAM150A、FLJ42875、GLP1R、GNG4、GYPC_A、HAND2、HES5、HNF1B_A、HNF1B_B、HOXA1_A、HOXA1_B、HOXA7_A、HOXA7_B、HOXA7_C、HOXD9、IGF2BP3_A、IGF2BP3_B、IGSF9B_A、IL15RA、INSM1、ITPKA_B、ITPRIPL1、KCNE3、KCNK17_B、LIME1、LOC100132891、LOC283999、LY6H、MAST1、MAX.chr1.158083198−158083476、MAX.chr1.228074764−228074977、MAX.chr1.46913931−46913950、MAX.chr10.130085265−130085312、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr14.101176106−101176260、MAX.chr15.96889069−96889128、MAX.chr17.8230197−8230314、MAX.chr19.46379903−46380197、MAX.chr2.97193163−97193287、MAX.chr2.97193478−97193562、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr21.44782441−44782498、MAX.chr22.23908718−23908782、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr5.180101084−180101094、MAX.chr5.42952185−42952280、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr6.27064703−27064783、MAX.chr7.152622607−152622638、MAX.chr8.145104132−145104218、MAX.chr9.136474504−136474527、MCF2L2、MSX2P1、NACAD、NID2_B、NID2_C、ODC1、OSR2_B、PAQR6、PCDH8、PIF1、PPARA、PPP2R5C、PRDM13_A、PRHOXNB、PRKCB、RBFOX3_A、RBFOX3_B、RFX8、SNCA、STAC2_A、STAC2_B、STX16_B SYT5、TIMP2、TMEFF2、TNFRSF10D、TRH_B、TRIM67、TRIM71_C、USP44_A、USP44_B、UTF1、UTS2R、VSTM2B_A、VSTM2B_B、ZFP64、及びZNF132(表4、実施例Iを参照のこと)、
・BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、CHST2_A、FMN2、HOXA1_A、HOXA7_A、KCNH8、LOC100132891、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、TRIM67、ATP6V1B1、C17orf64、CHST2_B、DLX4、DNM3_A、EMX1_A、IGF2BP3_A、IGF2BP3_B、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、ODC1、PLXNC1_A、PRKCB、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、COL23A1、KCNK9、LAYN、PLXNC1_A、RIC3、SCRT2_B、ALOX5、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAST1、ASCL2、MAX.chr20.1784209−1784461、RBFOX_A、MAX.chr12.4273906−4274012、GAS7、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、GYPC_B、DLX6、FBN1、OSR2_A、BEST4、AJAP1_B、DSCR6、及びMAX.chr11.68622869−68622968(表11、実施例Iを参照のこと)、
・ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、C10orf125(表16B、実施例IIを参照のこと)。
・ARL5C、BHLHE23_C、BMP6、C10orf125、C17orf64、C19orf66、CAMKV、CD1D、CDH4_E、CDH4_F、CHST2_A、CRHBP、DLX6、DNM3_A、DNM3_B、DNM3_C、ESYT3、ETS1_A、ETS1_B、FAM126A、FAM189A1、FAM20A、FAM59B、FBN1、FLRT2、FMN2、FOXP4、GAS7、GYPC_A、GYPC_B、HAND2、HES5、HMGA2、HNF1B_B、IGF2BP3_A、IGF2BP3_B、KCNH8、KCNK17_A、KCNQ2、KLHDC7B、LOC100132891、MAX.chr1.46913931−46913950、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr12.59990591−59990895、MAX.chr17.73073682−73073814、MAX.chr20.1783841−1784054、MAX.chr21.47063802−47063851、MAX.chr4.8860002−8860038、MAX.chr5.172234248−172234494、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr6.130686865−130686985、MAX.chr8.687688−687736、MAX.chr8.688863−688924、MAX.chr9.114010−114207、MPZ、NID2_A、NKX2−6、ODC1、OSR2_A、POU4F1、PRDM13_B、PRKCB、RASGRF2、RIPPLY2、SLC30A10、ST8SIA4、SYN2、TRIM71_A、TRIM71_B、TRIM71_C、UBTF、ULBP1、USP44_B、及びVSTM2B_A(表5、実施例Iを参照のこと)、
・BHLHE23_C、CD1D、CHST2_A、FAM126A、FMN2、HOXA1_A、HOXA7_A、KCNH8、LOC100132891、MAX.chr15.96889013−96889128、SLC30A10、TRIM67、ATP6V1B1、BANK1、C10orf125、C17orf64、CHST2_B、DNM3_A、EMX1_A、GP5、IGF2BP3_A、IGF2BP3_B、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、ODC1、PLXNC1_A、PRKCB、ST8SIA4、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr12.59990671−59990859、BHLHE23_D、COL23A1、KCNK9、OTX1、PLXNC1_A、HNF1B_B、MAST1、ASCL2、MAX.chr20.1784209−1784461、RBFOX_A、MAX.chr12.4273906−4274012、GAS7、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、GYPC_B、DLX6、FBN1、OSR2_A、BEST4、DSCR6、MAX.chr11.68622869−68622968(表11、実施例Iを参照のこと)、
・ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125(表16C、実施例IIを参照のこと)。
・ACCN1、AJAP1_A、AJAP1_B、BEST4、CALN1_B、CBLN1_B、CDH4_E、DLX4、FOXP4、IGSF9B_B、ITPRIPL1、KCNA1、KLF16、LMX1B_A、MAST1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr17.73073682−73073814、MAX.chr18.76734362−76734370、MAX.chr18.76734423−76734476、MAX.chr19.30719261−30719354、MAX.chr22.42679578−42679917、MAX.chr4.8860002−8860038、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr5.77268672−77268725、MAX.chr8.124173128−124173268、MPZ、PPARA、PRMT1、RBFOX3_B、RYR2_A、SALL3、SCRT2_A、SPHK2、STX16_B SYNJ2、TMEM176A、TSHZ3、及びVIPR2(表6、実施例Iを参照のこと)、
・CALN1_A、LOC100132891、MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、DLX4、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、ITPRIPL1、KLF16、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr19.46379903−46380197、BHLHE23_D、HNF1B_B、TRH_A、ASCL2、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、AJAP1_B、及びDSCR6(表11、実施例Iを参照のこと)、
・ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D(表16D、実施例IIを参照のこと)。
・C10orf93、C20orf195_A、C20orf195_B、CALN1_B、CBLN1_A、CBLN1_B、CCDC61、CCND2_A、CCND2_B、CCND2_C、EMX1_B、FAM150B、GRASP、HBM、ITPRIPL1、KCNK17_A、KIAA1949、LOC100131176、MAST1、MAX.chr1.8277285−8277316、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr11.14926602−14926729、MAX.chr11.14926860−14927148、MAX.chr15.96889013−96889128、MAX.chr18.5629721−5629791、MAX.chr19.30719261−30719354、MAX.chr22.42679767−42679917、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr5.77268672−77268725、MAX.chr6.157556793−157556856、MAX.chr8.124173030−124173395、MN1、MPZ、NR2F6、PDXK_A、PDXK_B、PTPRM、RYR2_B、SERPINB9_A、SERPINB9_B、SLC8A3、STX16_B TEPP、TOX、VIPR2、VSTM2B_A、ZNF486、ZNF626、及びZNF671(表7、実施例Iを参照のこと)、
・BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6(表11、実施例Iを参照のこと)。
・ANTXR2、B3GNT5、BHLHE23_C、BMP4、CHRNA7、EPHA4、FAM171A1、FAM20A、FMNL2、FSCN1、GSTP1、HBM、IGFBP5、IL17REL、ITGA9、ITPRIPL1、KIRREL2、LRRC34、MAX.chr1.239549742−239549886、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr11.14926602−14926729、MAX.chr11.14926860−14927148、MAX.chr15.96889013−96889128、MAX.chr2.238864674−238864735、MAX.chr5.81148300−81148332、MAX.chr7.151145632−151145743、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr8.143533298−143533558、MERTK、MPZ、NID2_C、NTRK3、OLIG3_A、OLIG3_B、OSR2_C、PROM1、RGS17、SBNO2、STX16_B TBKBP1、TLX1NB、VIPR2、VN1R2、VSNL1、及びZFP64(表8、実施例Iを参照のこと)、
・MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968(表11、実施例Iを参照のこと)。
・CDH4_E、FLJ42875、GAD2、GRASP、ITPRIPL1、KCNA1、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr18.76734362−76734370、MAX.chr18.76734423−76734476、MAX.chr19.30719261−30719354、MAX.chr4.8859602−8859669、MAX.chr4.8860002−8860038、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr5.77268672−77268725、MPZ、NKX2−6、PRKCB、RBFOX3_B、SALL3、及びVSTM2B_A(表2、実施例Iを参照のこと)。
・SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、ITPRIPL1、ITPRIPL1、DLX4、CALN1_A、及びIGF2BP3_B(表15、実施例Iを参照のこと)、
・SCRT2_B、ITPRIPL1、及びMAX.chr8.124173030−12417339(91%の特異性で100%の感度)(表15、実施例Iを参照のこと)、
・DSCR6、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、OSR2_A、MAX.chr11.68622869−68622968、ITPRIPL1、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_C、及びITPRIPL1(表17、実施例IIを参照のこと)。
本技術の理解を促進するために、多数の用語及び語句が以下に定義される。追加の定義は、詳細な説明全体を通して記載される。
いくつかの実施形態では、技術は、表2及び表18からのDMR(例えば、DMR番号1〜375)を含むマーカーの組合せのメチル化状態を評価することに関する。いくつかの実施形態では、2個以上のマーカーのメチル化状態を評価することによって、対象の新生物(例えば、乳癌)を同定するためのスクリーニングまたは診断の特異性及び/または感度が向上する。
ある特定の実施形態では、5−メチルシトシンの存在について核酸を分析する方法は、メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬を用いたDNAの処理を含む。そのような試薬の例としては、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬が挙げられるが、これらに限定されない。
本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される:
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、DMR(例えば、表2及び表18に提供されるような、例えば、DMR1〜375)を含む少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、KLHDC7B_B、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr17.73073682−73073814、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TBX1_B、TRH_A、及びTRIM67_Bからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_Bからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ABLIM1、AJAP1_B、ASCL2、ATP6V1B1、BANK1、CALN1_A、CALN1_B、CLIC6、DSCR6、FOXP4、GAD2、GCGR、GP5、GRASP、HBM、HNF1B_B、KLF16、MAGI2、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr17.73073682−73073814、MAX.chr18.76734362−76734370、MAX.chr2.97193478−97193562、MAX.chr22.42679578−42679917、MAX.chr4.8859253−8859329、MAX.chr4.8859602−8859669、MAX.chr4.8860002−8860038、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr6.157557371−157557657、MPZ、NKX2−6、PDX1、PLXNC1_A、PPARG、PRKCB、PTPRN2、RBFOX_A、SCRT2_A、SLC7A4、STAC2_B、STX16_A、STX16_B、TBX1、TRH_A、VSTM2B_A、ZBTB16、ZNF132、及びZSCAN23からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)トリプルネガティブ乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、CALN1_A、LOC100132891、NACAD、TRIM67、ATP6V1B1、DLX4、GP5、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、ST8SIA4、STX16_B ITPRIPL1、KLF16、MAX.chr12.4273906−4274012、KCNK9、SCRT2_B、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、及びDSCR6からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)トリプルネガティブ乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)トリプルネガティブ乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ABLIM1、AFAP1L1、AKR1B1、ALOX5、AMN、ARL5C、BANK1、BCAT1、BEGAIN、BEST4、BHLHE23_B、BHLHE23_C、C17orf64、C1QL2、C7orf52、CALN1_B、CAV2、CD8A、CDH4_A、CDH4_B、CDH4_C、CDH4_D、CDH4_E、CDH4_F、CHST2_B、CLIP4、CR1、DLK1、DNAJC6、DNM3_A、EMX1_A、ESPN、FABP5、FAM150A、FLJ42875、GLP1R、GNG4、GYPC_A、HAND2、HES5、HNF1B_A、HNF1B_B、HOXA1_A、HOXA1_B、HOXA7_A、HOXA7_B、HOXA7_C、HOXD9、IGF2BP3_A、IGF2BP3_B、IGSF9B_A、IL15RA、INSM1、ITPKA_B、ITPRIPL1、KCNE3、KCNK17_B、LIME1、LOC100132891、LOC283999、LY6H、MAST1、MAX.chr1.158083198−158083476、MAX.chr1.228074764−228074977、MAX.chr1.46913931−46913950、MAX.chr10.130085265−130085312、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr14.101176106−101176260、MAX.chr15.96889069−96889128、MAX.chr17.8230197−8230314、MAX.chr19.46379903−46380197、MAX.chr2.97193163−97193287、MAX.chr2.97193478−97193562、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr21.44782441−44782498、MAX.chr22.23908718−23908782、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr5.180101084−180101094、MAX.chr5.42952185−42952280、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr6.27064703−27064783、MAX.chr7.152622607−152622638、MAX.chr8.145104132−145104218、MAX.chr9.136474504−136474527、MCF2L2、MSX2P1、NACAD、NID2_B、NID2_C、ODC1、OSR2_B、PAQR6、PCDH8、PIF1、PPARA、PPP2R5C、PRDM13_A、PRHOXNB、PRKCB、RBFOX3_A、RBFOX3_B、RFX8、SNCA、STAC2_A、STAC2_B、STX16_B SYT5、TIMP2、TMEFF2、TNFRSF10D、TRH_B、TRIM67、TRIM71_C、USP44_A、USP44_B、UTF1、UTS2R、VSTM2B_A、VSTM2B_B、ZFP64、及びZNF132からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)HER2+乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、CHST2_A、FMN2、HOXA1_A、HOXA7_A、KCNH8、LOC100132891、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、TRIM67、ATP6V1B1、C17orf64、CHST2_B、DLX4、DNM3_A、EMX1_A、IGF2BP3_A、IGF2BP3_B、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、ODC1、PLXNC1_A、PRKCB、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、COL23A1、KCNK9、LAYN、PLXNC1_A、RIC3、SCRT2_B、ALOX5、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAST1、ASCL2、MAX.chr20.1784209−1784461、RBFOX_A、MAX.chr12.4273906−4274012、GAS7、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、GYPC_B、DLX6、FBN1、OSR2_A、BEST4、AJAP1_B、DSCR6、及びMAX.chr11.68622869−68622968からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)HER2+乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、C10orf125からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)HER2+乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ARL5C、BHLHE23_C、BMP6、C10orf125、C17orf64、C19orf66、CAMKV、CD1D、CDH4_E、CDH4_F、CHST2_A、CRHBP、DLX6、DNM3_A、DNM3_B、DNM3_C、ESYT3、ETS1_A、ETS1_B、FAM126A、FAM189A1、FAM20A、FAM59B、FBN1、FLRT2、FMN2、FOXP4、GAS7、GYPC_A、GYPC_B、HAND2、HES5、HMGA2、HNF1B_B、IGF2BP3_A、IGF2BP3_B、KCNH8、KCNK17_A、KCNQ2、KLHDC7B、LOC100132891、MAX.chr1.46913931−46913950、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr12.59990591−59990895、MAX.chr17.73073682−73073814、MAX.chr20.1783841−1784054、MAX.chr21.47063802−47063851、MAX.chr4.8860002−8860038、MAX.chr5.172234248−172234494、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr6.130686865−130686985、MAX.chr8.687688−687736、MAX.chr8.688863−688924、MAX.chr9.114010−114207、MPZ、NID2_A、NKX2−6、ODC1、OSR2_A、POU4F1、PRDM13_B、PRKCB、RASGRF2、RIPPLY2、SLC30A10、ST8SIA4、SYN2、TRIM71_A、TRIM71_B、TRIM71_C、UBTF、ULBP1、USP44_B、及びVSTM2B_Aからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)ルミナルA乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、BHLHE23_C、CD1D、CHST2_A、FAM126A、FMN2、HOXA1_A、HOXA7_A、KCNH8、LOC100132891、MAX.chr15.96889013−96889128、SLC30A10、TRIM67、ATP6V1B1、BANK1、C10orf125、C17orf64、CHST2_B、DNM3_A、EMX1_A、GP5、IGF2BP3_A、IGF2BP3_B、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、ODC1、PLXNC1_A、PRKCB、ST8SIA4、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr12.59990671−59990859、BHLHE23_D、COL23A1、KCNK9、OTX1、PLXNC1_A、HNF1B_B、MAST1、ASCL2、MAX.chr20.1784209−1784461、RBFOX_A、MAX.chr12.4273906−4274012、GAS7、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、GYPC_B、DLX6、FBN1、OSR2_A、BEST4、DSCR6、MAX.chr11.68622869−68622968からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)ルミナルA乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)ルミナルA乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ACCN1、AJAP1_A、AJAP1_B、BEST4、CALN1_B、CBLN1_B、CDH4_E、DLX4、FOXP4、IGSF9B_B、ITPRIPL1、KCNA1、KLF16、LMX1B_A、MAST1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr17.73073682−73073814、MAX.chr18.76734362−76734370、MAX.chr18.76734423−76734476、MAX.chr19.30719261−30719354、MAX.chr22.42679578−42679917、MAX.chr4.8860002−8860038、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr5.77268672−77268725、MAX.chr8.124173128−124173268、MPZ、PPARA、PRMT1、RBFOX3_B、RYR2_A、SALL3、SCRT2_A、SPHK2、STX16_B SYNJ2、TMEM176A、TSHZ3、及びVIPR2からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)ルミナルB乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、CALN1_A、LOC100132891、MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、DLX4、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、ITPRIPL1、KLF16、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr19.46379903−46380197、BHLHE23_D、HNF1B_B、TRH_A、ASCL2、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、AJAP1_B、及びDSCR6からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)ルミナルB乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_Dからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)ルミナルB乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、C10orf93、C20orf195_A、C20orf195_B、CALN1_B、CBLN1_A、CBLN1_B、CCDC61、CCND2_A、CCND2_B、CCND2_C、EMX1_B、FAM150B、GRASP、HBM、ITPRIPL1、KCNK17_A、KIAA1949、LOC100131176、MAST1、MAX.chr1.8277285−8277316、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr11.14926602−14926729、MAX.chr11.14926860−14927148、MAX.chr15.96889013−96889128、MAX.chr18.5629721−5629791、MAX.chr19.30719261−30719354、MAX.chr22.42679767−42679917、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr5.77268672−77268725、MAX.chr6.157556793−157556856、MAX.chr8.124173030−124173395、MN1、MPZ、NR2F6、PDXK_A、PDXK_B、PTPRM、RYR2_B、SERPINB9_A、SERPINB9_B、SLC8A3、STX16_B TEPP、TOX、VIPR2、VSTM2B_A、ZNF486、ZNF626、及びZNF671からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)BRCA1乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)BRCA1乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、ANTXR2、B3GNT5、BHLHE23_C、BMP4、CHRNA7、EPHA4、FAM171A1、FAM20A、FMNL2、FSCN1、GSTP1、HBM、IGFBP5、IL17REL、ITGA9、ITPRIPL1、KIRREL2、LRRC34、MAX.chr1.239549742−239549886、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr11.14926602−14926729、MAX.chr11.14926860−14927148、MAX.chr15.96889013−96889128、MAX.chr2.238864674−238864735、MAX.chr5.81148300−81148332、MAX.chr7.151145632−151145743、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr8.143533298−143533558、MERTK、MPZ、NID2_C、NTRK3、OLIG3_A、OLIG3_B、OSR2_C、PROM1、RGS17、SBNO2、STX16_B TBKBP1、TLX1NB、VIPR2、VN1R2、VSNL1、及びZFP64からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)BRCA2乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。 本技術のいくつかの実施形態では、以下のステップを含む方法が提供される:
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)BRCA2乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、CDH4_E、FLJ42875、GAD2、GRASP、ITPRIPL1、KCNA1、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr18.76734362−76734370、MAX.chr18.76734423−76734476、MAX.chr19.30719261−30719354、MAX.chr4.8859602−8859669、MAX.chr4.8860002−8860038、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.178957564−178957598、MAX.chr5.77268672−77268725、MPZ、NKX2−6、PRKCB、RBFOX3_B、SALL3、及びVSTM2B_Aからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)浸潤性乳癌を検出する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、ITPRIPL1、ITPRIPL1、DLX4、CALN1_A、及びIGF2BP3_Bからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)非浸潤性乳管癌高悪性度(DCIS−HG)乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度(DCIS−LG)乳房組織とを区別する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、SCRT2_B、ITPRIPL1、及びMAX.chr8.124173030−12417339からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)非浸潤性乳管癌高悪性度(DCIS−HG)乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度(DCIS−LG)乳房組織とを区別する(例えば、100%以上の感度及び91%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)対象から得られた核酸(例えば、血液もしくは血漿などの体液または乳房組織から単離される、例えば、ゲノムDNA)を、DSCR6、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、OSR2_A、MAX.chr11.68622869−68622968、ITPRIPL1、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_C、及びITPRIPL1からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域から選択される少なくとも1個のマーカー内で、メチル化CpGジヌクレオチドと非メチル化CpGジヌクレオチドとを区別する少なくとも1つの試薬または一連の試薬と接触させるステップ、ならびに
2)非浸潤性乳管癌高悪性度(DCIS−HG)乳癌組織と非浸潤性乳管癌低悪性度(DCIS−LG)乳房組織とを区別する(例えば、80%以上の感度及び80%以上の特異性で得られた)ステップ。
1)メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬(例えば、ここで試薬は、亜硫酸水素塩試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である)を用いて生体試料中のゲノムDNAを処理することによって、ヒト個体の生体試料中における1つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、1つ以上の遺伝子が、以下の群のうち1つから選択されるステップ:
(i)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1、
(ii)ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B、ならびに
(iii)CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_B、
2)選択された1つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理されたゲノムDNAを増幅するステップ、ならびに
3)ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、及び標的捕捉によって、1つ以上の遺伝子のメチル化レベルを決定するステップ。
1)試料からのDNA中における少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量を測定するステップであって、1つ以上の遺伝子が、以下の群のうち1つから選択されるステップ:
(i)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1、
(ii)ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B、ならびに
(iii)CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_B、
2)DNA中における少なくとも1個の参照マーカー量を測定するステップ、ならびに
3)DNA中で測定された少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量の値を、DNA中で測定された参照マーカー遺伝子量のパーセンテージとして算出するステップであって、値が試料中で測定された少なくとも1つのメチル化マーカーDNA量を示すステップ。
1)メチル化特異的手法でDNAを修飾できる亜硫酸水素塩試薬(例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬)を用いて生体試料中のゲノムDNAを処理することによって、ヒト個体の生体試料中における1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定するステップ、
2)選択された1つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾されたゲノムDNAを増幅するステップ、ならびに
3)メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、CpG部位のメチル化レベルを決定するステップであって、
1つ以上の遺伝子が、以下の群のうち1つから選択されるステップ:
(i)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1、
(ii)ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B、ならびに
(iii)CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_B。
1)メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬(例えば、ここで試薬は、亜硫酸水素塩試薬、メチル化感受性制限酵素、またはメチル化依存性制限酵素である)を用いて生体試料中のゲノムDNAを処理することによって、ヒト個体の生体試料中における1つ以上の遺伝子のメチル化レベルを測定するステップであって、1つ以上の遺伝子が、以下の群のうち1つから選択されるステップ:
(i)BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6、
(ii)MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、及びMAX.chr11.68622869−68622968、
(iii)ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4、
(iv)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、及びC10orf125、
(v)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125、
(vi)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ならびに
(vii)DSCR6、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、OSR2_A、MAX.chr11.68622869−68622968、ITPRIPL1、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_C、ITPRIPL1、
2)選択された1つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、処理されたゲノムDNAを増幅するステップ、ならびに
3)ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、及び標的捕捉によって、1つ以上の遺伝子のメチル化レベルを決定するステップ。
1)試料からのDNA中における少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量を測定するステップであって、1つ以上の遺伝子が、以下の群のうち1つから選択されるステップ:
(i)BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6、
(ii)MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、及びMAX.chr11.68622869−68622968、
(iii)ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4、
(iv)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、及びC10orf125、
(v)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125、
(vi)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ならびに
(vii)DSCR6、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、OSR2_A、MAX.chr11.68622869−68622968、ITPRIPL1、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_C、ITPRIPL1、
2)DNA中における少なくとも1個の参照マーカー量を測定するステップ、ならびに
3)DNA中で測定された少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量の値を、DNA中で測定された参照マーカー遺伝子量のパーセンテージとして算出するステップであって、値が試料中で測定された少なくとも1つのメチル化マーカーDNA量を示すステップ。
1)メチル化特異的手法でDNAを修飾できる亜硫酸水素塩試薬(例えば、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬)を用いて生体試料中のゲノムDNAを処理することによって、ヒト個体の生体試料中における1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定するステップ、
2)選択された1つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、修飾されたゲノムDNAを増幅するステップ、ならびに
3)メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、CpG部位のメチル化レベルを決定するステップであって、
1つ以上の遺伝子が、以下の群のうち1つから選択されるステップ:
(i)BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6、
(ii)MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、及びMAX.chr11.68622869−68622968、
(iii)ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4、
(iv)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、及びC10orf125、
(v)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125、
(vi)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ならびに
(vii)DSCR6、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、OSR2_A、MAX.chr11.68622869−68622968、ITPRIPL1、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_C、ITPRIPL1。
いくつかの実施形態では、試薬は、5’位でメチル化されていないシトシン塩基を、ウラシル、チミン、またはハイブリダイゼーション挙動に関してシトシンとは異なる別の塩基に変換する。しかしながら、いくつかの実施形態では、試薬は、メチル化感受性制限酵素であってよい。
本明細書で使用される場合、「予後を決定すること」という語句は、当業者が対象における状態の経過または転帰を予測し得る方法を指す。「予後」という用語は、100%の精度で状態の経過または転帰を予測する能力、あるいは所与の経過または転帰が、バイオマーカー(例えば、DMR)のメチル化状態に基づいて生じる可能性が予想通りに高い、または低いことを予測する能力を指すわけではない。その代わりに、当業者は、「予後」という用語が、ある特定の経過または転帰が生じることになる確率、すなわち、経過または転帰が、状態を示さないそれらの個体と比較した場合に所与の状態を示す対象で生じる可能性が高いという確率の上昇を指すと理解することになる。例えば、状態を示さない(例えば、1箇所以上のDMRの正常なメチル化状態を有する)個体では、所与の結果(例えば、乳癌に罹患すること)の可能性が非常に低い場合がある。
本実施例は、乳癌特異的マーカーの発見及び組織の検証について記載する。
本実施例は、乳癌特異的マーカーの組織の検証について記載する。
本実施例は、乳癌を検出するための乳房組織マーカー及び血漿マーカーの同定について記載する。
Claims (216)
- 生体試料を特徴付ける方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定し、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定すること、
(b)前記メチル化レベルを、乳癌を有しない対照試料中の対応する遺伝子セットのメチル化レベルと比較すること、ならびに
(c)前記1つ以上の遺伝子中で測定される前記メチル化レベルが、各々の前記対照試料中で測定される前記メチル化レベルよりも高い場合に、前記個体がBRCA1癌を有すると決定することを含む、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関する前記プライマーのセットが、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
CD1Dについては、配列番号:33及び34からなるプライマーのセット、
HOXA7_Aについては、配列番号:89及び90からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
MAX.chr1.8277479−8277527については、配列番号:127及び128からなるプライマーのセット、
MAX.chr15.96889013−96889128については、配列番号:139及び140からなるプライマーのセット、
NACADについては、配列番号:179及び180からなるプライマーのセット、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
FOXP4については、配列番号:73及び74からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
STX16_Bについては、配列番号:233及び234または配列番号:235及び236からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ZSCAN12については、配列番号:251及び252からなるプライマーのセット、
CXCL12については、配列番号:47及び48からなるプライマーのセット、
KCNK9については、配列番号:105及び106からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
RIC3については、配列番号:209及び210からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr17.73073682−73073814については、配列番号:141及び142からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
HNF1B_Bについては、配列番号:85及び86からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
BEST4については、配列番号:17及び18からなるプライマーのセット、ならびに
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項1に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項1に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項1に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位のメチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位のメチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項1に記載の方法。
- 生体試料を特徴付ける方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、及びMAX.chr11.68622869−68622968から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定し、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定すること、
(b)前記メチル化レベルを、乳癌を有しない対照試料中の対応する遺伝子セットのメチル化レベルと比較すること、ならびに
(c)前記1つ以上の遺伝子中で測定される前記メチル化レベルが、各々の前記対照試料中で測定される前記メチル化レベルよりも高い場合に、前記個体がBRCA2癌を有すると決定することを含む、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関する前記プライマーのセットが、
MAX.chr15.96889013−96889128については、配列番号:139及び140からなるプライマーのセット、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
COL23A1については、配列番号:45及び46からなるプライマーのセット、
LAYNについては、配列番号:111及び112からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、ならびに
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項7に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項7に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項7に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項7に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項7に記載の方法。
- 生体試料を特徴付ける方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定し、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定すること、
(b)前記メチル化レベルを、乳癌を有しない対照試料中の対応する遺伝子セットのメチル化レベルと比較すること、ならびに
(c)前記1つ以上の遺伝子中で測定される前記メチル化レベルが、各々の前記対照試料中で測定される前記メチル化レベルよりも高い場合に、前記個体がトリプルネガティブ癌を有すると決定することを含む、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、ならびに
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項13に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項13に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項13に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項13に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項13に記載の方法。
- 生体試料を特徴付ける方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、及びC10orf125から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定し、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定すること、
(b)前記メチル化レベルを、乳癌を有しない対照試料中の対応する遺伝子セットのメチル化レベルと比較すること、ならびに
(c)前記1つ以上の遺伝子中で測定される前記メチル化レベルが、各々の前記対照試料中で測定される前記メチル化レベルよりも高い場合に、前記個体がHER2+癌を有すると決定することを含む、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1については、配列番号:181及び182、配列番号:183及び184、ならびに配列番号:185及び186からなるプライマーのセット、
CHST2_Aについては、配列番号:37及び38からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、 EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ZSCAN12については、配列番号:251及び252からなるプライマーのセット、
GRASPについては、配列番号:253及び254からなるプライマーのセット、ならびに
C10orf125については、配列番号:23及び24からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項19に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項19に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項19に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項19に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項19に記載の方法。
- 生体試料を特徴付ける方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定し、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定すること、
(b)前記メチル化レベルを、乳癌を有しない対照試料中の対応する遺伝子セットのメチル化レベルと比較すること、ならびに
(c)前記1つ以上の遺伝子中で測定される前記メチル化レベルが、各々の前記対照試料中で測定される前記メチル化レベルよりも高い場合に、前記個体がルミナルA癌を有すると決定することを含む、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
ST8SIA4については、配列番号:227及び228からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1については、配列番号:181及び182、配列番号:183及び184、ならびに配列番号:185及び186からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
CHST2_Aについては、配列番号:37及び38からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
SLC30A10については、配列番号:219及び220からなるプライマーのセット、ならびに
C10orf125については、配列番号:23及び24からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項25に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項25に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示される前記ゲノム座標によって記載される、請求項25に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項25に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項25に記載の方法。
- 生体試料を特徴付ける方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_Dから選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定し、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定すること、
(b)前記メチル化レベルを、乳癌を有しない対照試料中の対応する遺伝子セットのメチル化レベルと比較すること、ならびに
(c)前記1つ以上の遺伝子中で測定される前記メチル化レベルが、各々の前記対照試料中で測定される前記メチル化レベルよりも高い場合に、前記個体がルミナルB癌を有すると決定することを含む、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、ならびに
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項31に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項31に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項31に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項31に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項31に記載の方法。
- 生体試料を特徴付ける方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、以下の群:
i)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1、
ii)ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B、ならびに
iii)CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_B
のうち1つから選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定し、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定すること、
(b)前記メチル化レベルを、乳癌を有しない対照試料中の対応する遺伝子セットのメチル化レベルと比較すること、ならびに
(c)前記1つ以上の遺伝子中で測定される前記メチル化レベルが、各々の前記対照試料中で測定される前記メチル化レベルよりも高い場合に、前記個体が乳癌を有すると決定することを含む、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176ならびに配列番号:439及び440からなる群から選択されるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98、配列番号:99及び100ならびに配列番号:425及び426からなる群から選択されるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
ABLIM1_Bは、配列番号:255及び256からなるプライマーのセット、
AJAP1_Cは、配列番号:257及び258からなるプライマーのセット、
ALOX5_Bは、配列番号:259及び260からなるプライマーのセット、
ASCL2_Bは、配列番号:261及び262からなるプライマーのセット、
BANK1_Bは、配列番号:263及び264からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Eは、配列番号:265及び266からなるプライマーのセット、
C10orf125_Bは、配列番号:267及び268からなるプライマーのセット、
C17orf64_Bは、配列番号:269及び270ならびに配列番号:449及び450からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_1520は、配列番号:271及び272からなるプライマーのセット、
CALN_1Bは、配列番号:273及び274からなるプライマーのセット、
CD1D_1058は、配列番号:275及び276からなるプライマーのセット、
CDH4_7890は、配列番号:277及び278からなるプライマーのセット、
CHST2_8128は、配列番号:279及び280からなるプライマーのセット、
CHST2_8384は、配列番号:281及び282からなるプライマーのセット、
CHST2_9316は、配列番号:283及び284からなるプライマーのセット、
CHST2_9470は、配列番号:285及び286からなるプライマーのセット、
CLIC6_Bは、配列番号:287及び288からなるプライマーのセット、
CXCL12_Bは、配列番号:289及び290ならびに配列番号:441及び442からなる群から選択されるプライマーのセット、
DLX4_Bについては、配列番号:291及び292からなるプライマーのセット、
DNM3_Dについては、配列番号:293及び294からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:295及び296からなるプライマーのセット、
ESPN_Bについては、配列番号:277及び298からなるプライマーのセット、
FAM59B_7764については、配列番号:299及び300からなるプライマーのセット、
FOXP4_Bについては、配列番号:301及び302からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:303及び304からなるプライマーのセット、
HOXA1_Cについては、配列番号:305及び306からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Cについては、配列番号:307及び308からなるプライマーのセット、
IPTRIPL1_1138については、配列番号:309及び310からなるプライマーのセット、
IPTRIPL1_1200については、配列番号:311及び312からなるプライマーのセット、
KCNK9_Bについては、配列番号:313及び314からなるプライマーのセット、
KCNK17_Cについては、配列番号:315及び316からなるプライマーのセット、
LAYN_Bについては、配列番号:319及び320からなるプライマーのセット、
LIME1_Bについては、配列番号:321及び322からなるプライマーのセット、
LMX1B_Dについては、配列番号:323及び324からなるプライマーのセット、
LOC100132891_Bについては、配列番号:325及び326からなるプライマーのセット、
MAST1_Bについては、配列番号:327及び328からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.427.brについては、配列番号:329及び330からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.4422については、配列番号:333及び334からなるプライマーのセット、
MPZ_5742については、配列番号:335及び336からなるプライマーのセット、
MPZ_5554については、配列番号:337及び338からなるプライマーのセット、
MSX2P1_Bについては、配列番号:339及び340からなるプライマーのセット、
ODC1_Bについては、配列番号:341及び342ならびに配列番号:443及び444からなる群から選択されるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:343及び344ならびに配列番号:445及び446からなる群から選択されるプライマーのセット、
OTX1_Bについては、配列番号:345及び346からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Bについては、配列番号:347及び348からなるプライマーのセット、
PRKCB_7570については、配列番号:349及び350からなるプライマーのセット、
SCRT2_Cについては、配列番号:351及び352からなるプライマーのセット、
SLC30A10については、配列番号:353及び354からなるプライマーのセット、
SPHK2_Bについては、配列番号:355及び356からなるプライマーのセット、
ST8SIA4_Bについては、配列番号:357及び358からなるプライマーのセット、
STX16_Cについては、配列番号:359及び360からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:363及び364ならびに配列番号:47及び448からなる群から選択されるプライマーのセット、
TRIM67_Bについては、配列番号:365及び366からなるプライマーのセット、
CD1Dについては、配列番号:423及び424からなるプライマーのセット、
FAM59Bについては、配列番号:427及び428からなるプライマーのセット、
C10orf125については、配列番号:429及び430からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:431及び432からなるプライマーのセット、
SPHK2については、配列番号:433及び434からなるプライマーのセット、
CALN1_Bについては、配列番号:273及び274からなるプライマーのセット、ならびに
CHST2_Bについては、配列番号:437及び438からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項37に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項37に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2または表18に示されるゲノム座標によって記載される、請求項37に記載の方法。
- 前記生体試料が組織試料(例えば、乳房組織試料)である場合には、前記1つ以上の遺伝子が、SPHK2、c17orf64_B、DLX4_B、MPZ_5742、ITPRIPL1_1138を含む、または
前記生体試料が血漿試料である場合には、前記1つ以上の遺伝子が、FAM59B、ITPRIPL1、TRH_A、及びC17orf64_Bを含む、請求項37に記載の方法。 - 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項37に記載の方法。
- 生体試料を特徴付ける方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、DSCR6、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、OSR2_A、MAX.chr11.68622869−68622968、ITPRIPL1、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_C、ITPRIPL1から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定し、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定すること、
(b)前記メチル化レベルを、乳癌を有しない対照試料中の対応する遺伝子セットのメチル化レベルと比較すること、ならびに
(c)前記1つ以上の遺伝子中で測定される前記メチル化レベルが、各々のDCIS LGD試料中で測定される前記メチル化レベルよりも高い場合に、前記個体がDCIS HGD乳癌を有すると決定することを含む、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、ならびに
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項43に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項43に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項43に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項43に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項43に記載の方法。
- 方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定することである、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
CD1Dについては、配列番号:33及び34からなるプライマーのセット、
HOXA7_Aについては、配列番号:89及び90からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
MAX.chr1.8277479−8277527については、配列番号:127及び128からなるプライマーのセット、
MAX.chr15.96889013−96889128については、配列番号:139及び140からなるプライマーのセット、
NACADについては、配列番号:179及び180からなるプライマーのセット、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
FOXP4については、配列番号:73及び74からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
STX16_Bについては、配列番号:233及び234または配列番号:235及び236からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ZSCAN12については、配列番号:251及び252からなるプライマーのセット、
CXCL12については、配列番号:47及び48からなるプライマーのセット、
KCNK9については、配列番号:105及び106からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
RIC3については、配列番号:209及び210からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr17.73073682−73073814については、配列番号:141及び142からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
HNF1B_Bについては、配列番号:85及び86からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
BEST4については、配列番号:17及び18からなるプライマーのセット、ならびに
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項49に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項49に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項49に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項49に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項49に記載の方法。
- 方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、及びMAX.chr11.68622869−68622968から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定することである、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
MAX.chr15.96889013−96889128については、配列番号:139及び140からなるプライマーのセット、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
COL23A1については、配列番号:45及び46からなるプライマーのセット、
LAYNについては、配列番号:111及び112からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、ならびに
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項55に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項55に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項55に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項55に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項55に記載の方法。
- 方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定することである、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、ならびに
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項61に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項61に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示される前記ゲノム座標によって記載される、請求項61に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項61に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項61に記載の方法。
- 方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、及びC10orf125から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定することである、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1については、配列番号:181及び182、配列番号:183及び184、ならびに配列番号:185及び186からなるプライマーのセット、
CHST2_Aについては、配列番号:37及び38からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
ZSCAN12については、配列番号:251及び252からなるプライマーのセット、
GRASPについては、配列番号:253及び254からなるプライマーのセット、ならびに
C10orf125については、配列番号:23及び24からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項67に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項67に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項67に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項67に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項67に記載の方法。
- 方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定することである、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
ST8SIA4については、配列番号:227及び228からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1については、配列番号:181及び182、配列番号:183及び184、ならびに配列番号:185及び186からなるプライマーのセット、
CHST2_Aについては、配列番号:37及び38からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
SLC30A10については、配列番号:219及び220からなるプライマーのセット、ならびに
C10orf125については、配列番号:23及び24からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項73に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項73に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項73に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項73に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項73に記載の方法。
- 方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_Dから選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定することである、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、ならびに
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項78に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項78に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項78に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項78に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項78に記載の方法。
- 方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、以下の群:
i)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1、
ii)ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B、ならびに
iii)CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_B
のうち1つから選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定することである、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176ならびに配列番号:439及び440からなる群から選択されるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98、配列番号:99及び100ならびに配列番号:425及び426からなる群から選択されるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
ABLIM1_Bは、配列番号:255及び256からなるプライマーのセット、
AJAP1_Cは、配列番号:257及び258からなるプライマーのセット、
ALOX5_Bは、配列番号:259及び260からなるプライマーのセット、
ASCL2_Bは、配列番号:261及び262からなるプライマーのセット、
BANK1_Bは、配列番号:263及び264からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Eは、配列番号:265及び266からなるプライマーのセット、
C10orf125_Bは、配列番号:267及び268からなるプライマーのセット、
C17orf64_Bは、配列番号:269及び270ならびに配列番号:449及び450からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_1520は、配列番号:271及び272からなるプライマーのセット、
CALN_1Bは、配列番号:273及び274からなるプライマーのセット、
CD1D_1058は、配列番号:275及び276からなるプライマーのセット、
CDH4_7890は、配列番号:277及び278からなるプライマーのセット、
CHST2_8128は、配列番号:279及び280からなるプライマーのセット、
CHST2_8384は、配列番号:281及び282からなるプライマーのセット、
CHST2_9316は、配列番号:283及び284からなるプライマーのセット、
CHST2_9470は、配列番号:285及び286からなるプライマーのセット、
CLIC6_Bは、配列番号:287及び288からなるプライマーのセット、
CXCL12_Bは、配列番号:289及び290ならびに配列番号:441及び442からなる群から選択されるプライマーのセット、
DLX4_Bについては、配列番号:291及び292からなるプライマーのセット、
DNM3_Dについては、配列番号:293及び294からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:295及び296からなるプライマーのセット、
ESPN_Bについては、配列番号:277及び298からなるプライマーのセット、
FAM59B_7764については、配列番号:299及び300からなるプライマーのセット、
FOXP4_Bについては、配列番号:301及び302からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:303及び304からなるプライマーのセット、
HOXA1_Cについては、配列番号:305及び306からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Cについては、配列番号:307及び308からなるプライマーのセット、
IPTRIPL1_1138については、配列番号:309及び310からなるプライマーのセット、
IPTRIPL1_1200については、配列番号:311及び312からなるプライマーのセット、
KCNK9_Bについては、配列番号:313及び314からなるプライマーのセット、
KCNK17_Cについては、配列番号:315及び316からなるプライマーのセット、
LAYN_Bについては、配列番号:319及び320からなるプライマーのセット、
LIME1_Bについては、配列番号:321及び322からなるプライマーのセット、
LMX1B_Dについては、配列番号:323及び324からなるプライマーのセット、
LOC100132891_Bについては、配列番号:325及び326からなるプライマーのセット、
MAST1_Bについては、配列番号:327及び328からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.427.brについては、配列番号:329及び330からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.4422については、配列番号:333及び334からなるプライマーのセット、
MPZ_5742については、配列番号:335及び336からなるプライマーのセット、
MPZ_5554については、配列番号:337及び338からなるプライマーのセット、
MSX2P1_Bについては、配列番号:339及び340からなるプライマーのセット、
ODC1_Bについては、配列番号:341及び342ならびに配列番号:443及び444からなる群から選択されるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:343及び344ならびに配列番号:445及び446からなる群から選択されるプライマーのセット、
OTX1_Bについては、配列番号:345及び346からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Bについては、配列番号:347及び348からなるプライマーのセット、
PRKCB_7570については、配列番号:349及び350からなるプライマーのセット、
SCRT2_Cについては、配列番号:351及び352からなるプライマーのセット、
SLC30A10については、配列番号:353及び354からなるプライマーのセット、
SPHK2_Bについては、配列番号:355及び356からなるプライマーのセット、
ST8SIA4_Bについては、配列番号:357及び358からなるプライマーのセット、
STX16_Cについては、配列番号:359及び360からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:363及び364ならびに配列番号:47及び448からなる群から選択されるプライマーのセット、
TRIM67_Bについては、配列番号:365及び366からなるプライマーのセット、
CD1Dについては、配列番号:423及び424からなるプライマーのセット、
FAM59Bについては、配列番号:427及び428からなるプライマーのセット、
C10orf125については、配列番号:429及び430からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:431及び432からなるプライマーのセット、
SPHK2については、配列番号:433及び434からなるプライマーのセット、
CALN1_Bについては、配列番号:273及び274からなるプライマーのセット、ならびに
CHST2_Bについては、配列番号:437及び438からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項84に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項84に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2または表18に示されるゲノム座標によって記載される、請求項84に記載の方法。
- 前記生体試料が組織試料(例えば、乳房組織試料)である場合には、前記1つ以上の遺伝子が、SPHK2、c17orf64_B、DLX4_B、MPZ_5742、ITPRIPL1_1138を含む、または
前記生体試料が血漿試料である場合には、前記1つ以上の遺伝子が、FAM59B、ITPRIPL1、TRH_A、及びC17orf64_Bを含む、請求項84に記載の方法。 - 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項84に記載の方法。
- 方法であって、
(a)ヒト個体の生体試料中において、DSCR6、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、OSR2_A、MAX.chr11.68622869−68622968、ITPRIPL1、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_C、ITPRIPL1から選択される1つ以上の遺伝子に関するCpG部位のメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
前記生体試料中のゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して、前記亜硫酸水素塩処理ゲノムDNAを増幅すること、及び
メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化感受性DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、または亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRによって、前記CpG部位の前記メチル化レベルを決定することである、前記方法。 - 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、ならびに
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項90に記載の方法。 - 前記生体試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)である、請求項90に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2に示されるゲノム座標によって記載される、請求項90に記載の方法。
- 前記CpG部位が、コード領域または調節領域中に存在する、請求項90に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子に関するCpG部位の前記メチル化レベルを前記測定することが、前記CpG部位の前記メチル化スコアを決定すること及び前記CpG部位の前記メチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含む、請求項90に記載の方法。
- 対象から得られた試料中における乳癌のスクリーニング方法であって、
1)以下の群:
i)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1、
ii)ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B、ならびに
iii)CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_Bのうち1つからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むDNAメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、ならびに
2)前記マーカーの前記メチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされたマーカーのメチル化状態とは異なる場合に、前記対象を、乳癌を有すると同定することを含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項96に記載の方法。
- 前記マーカーが、高CpG密度プロモーター中に存在する、請求項96に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項96に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項96に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項96に記載の方法。
- 対象から得られた試料中におけるBRCA1乳癌のスクリーニング方法であって、
1)BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むDNAメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、ならびに
2)前記マーカーの前記メチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされたマーカーのメチル化状態とは異なる場合に、前記対象を、BRCA1乳癌を有すると同定することを含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項102に記載の方法。
- 前記マーカーが、高CpG密度プロモーター中に存在する、請求項102に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項102に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項102に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項102に記載の方法。
- 対象から得られた試料中におけるBRCA2乳癌のスクリーニング方法であって、
1)MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、及びMAX.chr11.68622869−68622968からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むDNAメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、ならびに
2)前記マーカーの前記メチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされたマーカーのメチル化状態とは異なる場合に、前記対象を、BRCA2乳癌を有すると同定することを含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項108に記載の方法。
- 前記マーカーが、高CpG密度プロモーター中に存在する、請求項108に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項108に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項108に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項108に記載の方法。
- 対象から得られた試料中におけるトリプルネガティブ乳癌のスクリーニング方法であって、
1)ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むDNAメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、ならびに
2)前記マーカーの前記メチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされたマーカーのメチル化状態とは異なる場合に、前記対象を、トリプルネガティブ乳癌を有すると同定することを含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項114に記載の方法。
- 前記マーカーが、高CpG密度プロモーター中に存在する、請求項114に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項114に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項114に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項114に記載の方法。
- 対象から得られた試料中におけるHER2+乳癌のスクリーニング方法であって、
1)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、及びC10orf125からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むDNAメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、ならびに
2)前記マーカーの前記メチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされたマーカーのメチル化状態とは異なる場合に、前記対象を、HER2+乳癌を有すると同定することを含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項120に記載の方法。
- 前記マーカーが、高CpG密度プロモーター中に存在する、請求項120に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項120に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項120に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項120に記載の方法。
- 対象から得られた試料中におけるルミナルA乳癌のスクリーニング方法であって、
1)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125からなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むDNAメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、及び
2)前記マーカーの前記メチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされたマーカーのメチル化状態とは異なる場合に、前記対象を、ルミナルA乳癌を有すると同定することを含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項126に記載の方法。
- 前記マーカーが、高CpG密度プロモーター中に存在する、請求項126に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項126に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項126に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項126に記載の方法。
- 対象から得られた試料中におけるルミナルB乳癌のスクリーニング方法であって、
1)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、及びBHLHE23_Dからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むDNAメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、ならびに
2)前記マーカーの前記メチル化状態が、乳癌を有しない対象でアッセイされたマーカーのメチル化状態とは異なる場合に、前記対象を、ルミナルB乳癌を有すると同定することを含む、前記方法。 - 複数のマーカーをアッセイすることを含む、請求項132に記載の方法。
- 前記マーカーが、高CpG密度プロモーター中に存在する、請求項132に記載の方法。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項132に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項132に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項132に記載の方法。
- ヒト患者からの試料を特徴付ける方法であって、
a)DNAをヒト患者の試料から得ること、
b)以下の群:
i)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1、
ii)ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B、ならびに
iii)CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_Bのうち1つからなる群から選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むDNAメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、
c)前記1個以上のDNAメチル化マーカーの前記アッセイされたメチル化状態を、乳癌を有しないヒト患者に関する1個以上のDNAメチル化マーカーのメチル化レベル基準と比較することを含む、前記方法。 - 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項138に記載の方法。
- 複数のDNAメチル化マーカーをアッセイすることを含む、請求項138に記載の方法。
- 前記試料が組織試料(例えば、乳房組織試料)である場合には、前記1つ以上の遺伝子が、SPHK2、c17orf64_B、DLX4_B、MPZ_5742、ITPRIPL1_1138を含む、または
前記試料が血漿試料である場合には、前記1つ以上の遺伝子が、FAM59B、ITPRIPL1、TRH_A、及びC17orf64_Bを含む、請求項138に記載の方法。 - 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項138に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項138に記載の方法。
- 前記メチル化特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号.1〜422から選択される、請求項138に記載の方法。
- ヒト患者からの試料を特徴付ける方法であって、
a)DNAをヒト患者の試料から得ること、
b)表2及び表18からの可変メチル化領域(DMR)1〜375からなる群から選択されるDMR中に塩基を含むDNAメチル化マーカーのメチル化状態をアッセイすること、
c)前記1個以上のDNAメチル化マーカーの前記アッセイされたメチル化状態を、乳癌を有しないヒト患者に関する前記1個以上のDNAメチル化マーカーのメチル化レベル基準と比較することを含む、前記方法。 - 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項145に記載の方法。
- 複数のDNAメチル化マーカーをアッセイすることを含む、請求項145に記載の方法。
- 前記DNAメチル化マーカーが、高CpG密度プロモーター中に存在する、請求項145に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、または標的捕捉を使用することを含む、請求項145に記載の方法。
- 前記アッセイすることが、メチル化特異的オリゴヌクレオチドの使用を含む、請求項145に記載の方法。
- 前記メチル化特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号.1〜422から選択される、請求項145に記載の方法。
- ヒト対象から得られた試料を特徴付ける方法であって、DMRを含む核酸を、亜硫酸水素塩試薬と反応させて亜硫酸水素塩反応核酸を生成すること、前記亜硫酸水素塩反応核酸をシーケンシングして、前記亜硫酸水素塩反応核酸のヌクレオチド配列を提供すること、前記亜硫酸水素塩反応核酸の前記ヌクレオチド配列を、乳癌を有しない対象からの前記DMRを含む核酸のヌクレオチド配列と比較して、前記2つの配列間の差を同定することを含む、前記方法。
- ヒト対象から得られた試料を特徴付けるためのシステムであって、試料のメチル化状態を決定するように構成されている分析コンポーネント、前記試料の前記メチル化状態を、データベースに記録されている対照試料または参照試料のメチル化状態と比較するように構成されているソフトウェアコンポーネント、及びメチル化状態の組合せに基づいて単一値を決定し、乳癌関連メチル化状態をユーザに警告するように構成されている警告コンポーネントを含む、前記システム。
- 前記乳癌関連メチル化状態が、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、HER2+乳癌、ルミナルA乳癌、ルミナルB乳癌、BRCA1乳癌、及びBRCA2乳癌のうち1つ以上に関するものである、請求項153に記載のシステム。
- 前記試料が、DMRを含む核酸を含む、請求項153に記載のシステム。
- 核酸を単離するためのコンポーネントをさらに含む、請求項153に記載のシステム。
- 試料を収集するためのコンポーネントをさらに含む、請求項153に記載のシステム。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項153に記載のシステム。
- 前記データベースが、DMRを含む核酸配列を含む、請求項153に記載のシステム。
- 前データベースが、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、HER2+乳癌、ルミナルA乳癌、ルミナルB乳癌、BRCA1乳癌、及び/またはBRCA2乳癌のうち少なくとも1つも有しない対象からの核酸配列を含む、請求項153に記載のシステム。
- キットであって、
1)亜硫酸水素塩試薬と、
2)表2、表18及び表27からのDMR1〜375からなる群から選択されるDMRの配列を含み、かつ乳癌を有しない対象と関連するメチル化状態を有する対照核酸とを含む、前記キット。 - 亜硫酸水素塩試薬と、配列番号1〜422によるオリゴヌクレオチドとを含む、キット。
- 対象から試料を得るための試料コレクターと、前記試料から核酸を単離するための試薬と、亜硫酸水素塩試薬と、配列番号1〜422によるオリゴヌクレオチドとを含む、キット。
- 前記試料が、糞便試料、組織試料、乳房組織試料、血漿試料、または尿試料である、請求項163に記載のキット。
- DMR及び亜硫酸水素塩試薬を含む核酸を含む、組成物。
- DMR及び配列番号1〜422によるオリゴヌクレオチドを含む核酸を含む、組成物。
- DMR及びメチル化感受性制限酵素を含む核酸を含む、組成物。
- DMR及びポリメラーゼを含む核酸を含む、組成物。
- 対象から得られた試料中における乳癌のスクリーニング方法であって、DMRを含む核酸を、亜硫酸水素塩試薬と反応させて亜硫酸水素塩反応核酸を生成すること、前記亜硫酸水素塩反応核酸をシーケンシングして、前記亜硫酸水素塩反応核酸のヌクレオチド配列を提供すること、前記亜硫酸水素塩反応核酸の前記ヌクレオチド配列を、乳癌を有しない対象からの前記DMRを含む核酸のヌクレオチド配列と比較して、前記2つの配列間の差を同定すること、及び差が存在する場合、前記対象が乳癌を有すると同定することを含む、前記方法。
- 対象から得られた試料中における乳癌のスクリーニングのためのシステムであって、試料のメチル化状態を決定するように構成されている分析コンポーネント、前記試料の前記メチル化状態を、データベースに記録されている対照試料または参照試料のメチル化状態と比較するように構成されているソフトウェアコンポーネント、及びメチル化状態の組合せに基づいて単一値を決定し、乳癌関連メチル化状態をユーザに警告するように構成されている警告コンポーネントを含む、前記システム。
- 前記試料が、表2及び表18からの可変メチル化領域(DMR)1〜375からなる群から選択されるDMR中に塩基を含むDNAメチル化マーカーを含む核酸を含む、請求項170に記載のシステム。
- 核酸を単離するためのコンポーネントをさらに含む、請求項170に記載のシステム。
- 試料を収集するためのコンポーネントをさらに含む、請求項170に記載のシステム。
- 糞便試料、乳房組織試料、及び/または血漿試料を収集するためのコンポーネントをさらに含む、請求項170に記載のシステム。
- 前記データベースが、乳癌を有しない対象からの核酸配列を含む、請求項170に記載のシステム。
- 方法であって、
ヒト個体の生体試料中において1つ以上の遺伝子に関するメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬を用いて前記生体試料中のゲノムDNAを処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記処理されたゲノムDNAを増幅すること、ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、及び標的捕捉によって、前記1つ以上の遺伝子の前記メチル化レベルを決定することであり、
前記1つ以上の遺伝子が、以下の群:
(i)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1、
(ii)ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B、ならびに
(iii)CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_Bのうち1つから選択されるアノテーションを有する染色体領域を含む、前記方法。 - 前記DNAが、メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬を用いて処理される、請求項176に記載の方法。
- 前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬のうち1つ以上を含む、請求項177に記載の方法。
- 前記DNAが、亜硫酸水素塩処理DNAを生成するために亜硫酸水素塩試薬を用いて処理される、請求項178に記載の方法。
- 前記測定することが多重増幅を含む、請求項176に記載の方法。
- 少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量を測定することが、メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化特異的DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、PCRフラップアッセイ、及び亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRからなる群から選択される1つ以上の方法を使用することを含む、請求項176に記載の方法。
- 前記試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)のうち1つ以上を含む、請求項176に記載の方法。
- 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176ならびに配列番号:439及び440からなる群から選択されるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98、配列番号:99及び100ならびに配列番号:425及び426からなる群から選択されるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
ABLIM1_Bは、配列番号:255及び256からなるプライマーのセット、
AJAP1_Cは、配列番号:257及び258からなるプライマーのセット、
ALOX5_Bは、配列番号:259及び260からなるプライマーのセット、
ASCL2_Bは、配列番号:261及び262からなるプライマーのセット、
BANK1_Bは、配列番号:263及び264からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Eは、配列番号:265及び266からなるプライマーのセット、
C10orf125_Bは、配列番号:267及び268からなるプライマーのセット、
C17orf64_Bは、配列番号:269及び270ならびに配列番号:449及び450からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_1520は、配列番号:271及び272からなるプライマーのセット、
CALN_1Bは、配列番号:273及び274からなるプライマーのセット、
CD1D_1058は、配列番号:275及び276からなるプライマーのセット、
CDH4_7890は、配列番号:277及び278からなるプライマーのセット、
CHST2_8128は、配列番号:279及び280からなるプライマーのセット、
CHST2_8384は、配列番号:281及び282からなるプライマーのセット、
CHST2_9316は、配列番号:283及び284からなるプライマーのセット、
CHST2_9470は、配列番号:285及び286からなるプライマーのセット、
CLIC6_Bは、配列番号:287及び288からなるプライマーのセット、
CXCL12_Bは、配列番号:289及び290ならびに配列番号:441及び442からなる群から選択されるプライマーのセット、
DLX4_Bについては、配列番号:291及び292からなるプライマーのセット、
DNM3_Dについては、配列番号:293及び294からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:295及び296からなるプライマーのセット、
ESPN_Bについては、配列番号:277及び298からなるプライマーのセット、
FAM59B_7764については、配列番号:299及び300からなるプライマーのセット、
FOXP4_Bについては、配列番号:301及び302からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:303及び304からなるプライマーのセット、
HOXA1_Cについては、配列番号:305及び306からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Cについては、配列番号:307及び308からなるプライマーのセット、
IPTRIPL1_1138については、配列番号:309及び310からなるプライマーのセット、
IPTRIPL1_1200については、配列番号:311及び312からなるプライマーのセット、
KCNK9_Bについては、配列番号:313及び314からなるプライマーのセット、
KCNK17_Cについては、配列番号:315及び316からなるプライマーのセット、
LAYN_Bについては、配列番号:319及び320からなるプライマーのセット、
LIME1_Bについては、配列番号:321及び322からなるプライマーのセット、
LMX1B_Dについては、配列番号:323及び324からなるプライマーのセット、
LOC100132891_Bについては、配列番号:325及び326からなるプライマーのセット、
MAST1_Bについては、配列番号:327及び328からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.427.brについては、配列番号:329及び330からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.4422については、配列番号:333及び334からなるプライマーのセット、
MPZ_5742については、配列番号:335及び336からなるプライマーのセット、
MPZ_5554については、配列番号:337及び338からなるプライマーのセット、
MSX2P1_Bについては、配列番号:339及び340からなるプライマーのセット、
ODC1_Bについては、配列番号:341及び342ならびに配列番号:443及び444からなる群から選択されるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:343及び344ならびに配列番号:445及び446からなる群から選択されるプライマーのセット、
OTX1_Bについては、配列番号:345及び346からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Bについては、配列番号:347及び348からなるプライマーのセット、
PRKCB_7570については、配列番号:349及び350からなるプライマーのセット、
SCRT2_Cについては、配列番号:351及び352からなるプライマーのセット、
SLC30A10については、配列番号:353及び354からなるプライマーのセット、
SPHK2_Bについては、配列番号:355及び356からなるプライマーのセット、
ST8SIA4_Bについては、配列番号:357及び358からなるプライマーのセット、
STX16_Cについては、配列番号:359及び360からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:363及び364ならびに配列番号:47及び448からなる群から選択されるプライマーのセット、
TRIM67_Bについては、配列番号:365及び366からなるプライマーのセット、
CD1Dについては、配列番号:423及び424からなるプライマーのセット、
FAM59Bについては、配列番号:427及び428からなるプライマーのセット、
C10orf125については、配列番号:429及び430からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:431及び432からなるプライマーのセット、
SPHK2については、配列番号:433及び434からなるプライマーのセット、
CALN1_Bについては、配列番号:273及び274からなるプライマーのセット、ならびに
CHST2_Bについては、配列番号:437及び438からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項176に記載の方法。 - 試料を特徴付ける方法であって、
a)前記試料から抽出されたDNA中における少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量を測定し、前記1つ以上の遺伝子が、以下の群:
(i)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、及びABLIM1、
(ii)ABLIM1_B、AJAP1_C、ALOX5_B、ASCL2_B、BANK1_B、BHLHE23_E、C10orf125_B、C17orf64_B、CALN1_1520、CALN_1B、CD1D_1058、CDH4_7890、CHST2_8128、CHST2_8384、CHST2_9316、CHST2_9470、CLIC6_B、CXCL12_B、DLX4_B、DNM3_D、EMX1_A、ESPN_B、FAM59B_7764、FOXP4_B、GP5、HOXA1_C、IGF2BP3_C、IPTRIPL1_1138、IPTRIPL1_1200、KCNK9_B、KCNK17_C、LAYN_B、LIME1_B、LMX1B_D、LOC100132891_B、MAST1_B、MAX.chr12.427.br、MAX.chr20.4422、MPZ_5742、MPZ_5554、MSX2P1_B、ODC1_B、OSR2_A、OTX1_B、PLXNC1_B、PRKCB_7570、SCRT2_C、SLC30A10、SPHK2_B、ST8SIA4_B、STX16_C、TRH_A、及びTRIM67_B、ならびに
(iii)CD1D、ITPRIPL1、FAM59B、C10orf125、TRIM67、SPHK2、CALN1_B、CHST2_B、MPZ、CXCL12_B、ODC1_B、OSR2_A、TRH_A、及びC17orf64_Bのうち1つから選択されること、
b)前記DNA中における少なくとも1個の参照マーカー量を測定すること、ならびに
c)前記DNA中で測定された前記少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、前記DNA中で測定された前記参照マーカー遺伝子の前記量のパーセンテージとして算出し、前記値が前記試料中で測定された前記少なくとも1つのメチル化マーカーDNAの前記量を示すことを含む、前記方法。 - 前記少なくとも1個の参照マーカーが、B3GALT6 DNA及びβ−アクチンDNAから選択される1個以上の参照マーカーを含む、請求項184に記載の方法。
- 前記試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)のうち1つ以上を含む、請求項184に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2及び表18からの可変メチル化領域(DMR)1〜375からなる群から選択されるDMR中に塩基を含む、請求項184に記載の方法。
- 前記DNAが、メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬を用いて処理される、請求項184に記載の方法。
- 前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬のうち1つ以上を含む、請求項188に記載の方法。
- 前記DNAが、亜硫酸水素塩処理DNAを生成するために亜硫酸水素塩試薬を用いて処理される、請求項189に記載の方法。
- 前記修飾されたDNAが、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して増幅される、請求項188に記載の方法。
- 前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176ならびに配列番号:439及び440からなる群から選択されるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98、配列番号:99及び100ならびに配列番号:425及び426からなる群から選択されるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
ABLIM1_Bは、配列番号:255及び256からなるプライマーのセット、
AJAP1_Cは、配列番号:257及び258からなるプライマーのセット、
ALOX5_Bは、配列番号:259及び260からなるプライマーのセット、
ASCL2_Bは、配列番号:261及び262からなるプライマーのセット、
BANK1_Bは、配列番号:263及び264からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Eは、配列番号:265及び266からなるプライマーのセット、
C10orf125_Bは、配列番号:267及び268からなるプライマーのセット、
C17orf64_Bは、配列番号:269及び270ならびに配列番号:449及び450からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_1520は、配列番号:271及び272からなるプライマーのセット、
CALN_1Bは、配列番号:273及び274からなるプライマーのセット、
CD1D_1058は、配列番号:275及び276からなるプライマーのセット、
CDH4_7890は、配列番号:277及び278からなるプライマーのセット、
CHST2_8128は、配列番号:279及び280からなるプライマーのセット、
CHST2_8384は、配列番号:281及び282からなるプライマーのセット、
CHST2_9316は、配列番号:283及び284からなるプライマーのセット、
CHST2_9470は、配列番号:285及び286からなるプライマーのセット、
CLIC6_Bは、配列番号:287及び288からなるプライマーのセット、
CXCL12_Bは、配列番号:289及び290ならびに配列番号:441及び442からなる群から選択されるプライマーのセット、
DLX4_Bについては、配列番号:291及び292からなるプライマーのセット、
DNM3_Dについては、配列番号:293及び294からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:295及び296からなるプライマーのセット、
ESPN_Bについては、配列番号:277及び298からなるプライマーのセット、
FAM59B_7764については、配列番号:299及び300からなるプライマーのセット、
FOXP4_Bについては、配列番号:301及び302からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:303及び304からなるプライマーのセット、
HOXA1_Cについては、配列番号:305及び306からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Cについては、配列番号:307及び308からなるプライマーのセット、
IPTRIPL1_1138については、配列番号:309及び310からなるプライマーのセット、
IPTRIPL1_1200については、配列番号:311及び312からなるプライマーのセット、
KCNK9_Bについては、配列番号:313及び314からなるプライマーのセット、
KCNK17_Cについては、配列番号:315及び316からなるプライマーのセット、
LAYN_Bについては、配列番号:319及び320からなるプライマーのセット、
LIME1_Bについては、配列番号:321及び322からなるプライマーのセット、
LMX1B_Dについては、配列番号:323及び324からなるプライマーのセット、
LOC100132891_Bについては、配列番号:325及び326からなるプライマーのセット、
MAST1_Bについては、配列番号:327及び328からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.427.brについては、配列番号:329及び330からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.4422については、配列番号:333及び334からなるプライマーのセット、
MPZ_5742については、配列番号:335及び336からなるプライマーのセット、
MPZ_5554については、配列番号:337及び338からなるプライマーのセット、
MSX2P1_Bについては、配列番号:339及び340からなるプライマーのセット、
ODC1_Bについては、配列番号:341及び342ならびに配列番号:443及び444からなる群から選択されるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:343及び344ならびに配列番号:445及び446からなる群から選択されるプライマーのセット、
OTX1_Bについては、配列番号:345及び346からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Bについては、配列番号:347及び348からなるプライマーのセット、
PRKCB_7570については、配列番号:349及び350からなるプライマーのセット、
SCRT2_Cについては、配列番号:351及び352からなるプライマーのセット、
SLC30A10については、配列番号:353及び354からなるプライマーのセット、
SPHK2_Bについては、配列番号:355及び356からなるプライマーのセット、
ST8SIA4_Bについては、配列番号:357及び358からなるプライマーのセット、
STX16_Cについては、配列番号:359及び360からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:363及び364ならびに配列番号:47及び448からなる群から選択されるプライマーのセット、
TRIM67_Bについては、配列番号:365及び366からなるプライマーのセット、
CD1Dについては、配列番号:423及び424からなるプライマーのセット、
FAM59Bについては、配列番号:427及び428からなるプライマーのセット、
C10orf125については、配列番号:429及び430からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:431及び432からなるプライマーのセット、
SPHK2については、配列番号:433及び434からなるプライマーのセット、
CALN1_Bについては、配列番号:273及び274からなるプライマーのセット、ならびに
CHST2_Bについては、配列番号:437及び438からなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項191に記載の方法。 - メチル化マーカー遺伝子量を測定することが、ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、及び標的捕捉のうち1つ以上を使用することを含む、請求項184に記載の方法。
- 前記測定することが多重増幅を含む、請求項193に記載の方法。
- 少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量を測定することが、メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化特異的DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、PCRフラップアッセイ、及び亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRからなる群から選択される1つ以上の方法を使用することを含む、請求項193に記載の方法。
- 方法であって、
ヒト個体の生体試料中において1つ以上の遺伝子に関するメチル化レベルを測定することを含み、その手段とは、
メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬を用いて前記生体試料中のゲノムDNAを処理すること、
前記選択された1つ以上の遺伝子に対するプライマーのセットを使用して、前記処理されたゲノムDNAを増幅すること、ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、及び標的捕捉によって、前記1つ以上の遺伝子の前記メチル化レベルを決定することであり、
前記1つ以上の遺伝子が、以下の群:
(i)BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6、
(ii)MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、及びMAX.chr11.68622869−68622968、
(iii)ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4、
(iv)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、及びC10orf125、
(v)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125、
(vi)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ならびに
(vii)DSCR6、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、OSR2_A、MAX.chr11.68622869−68622968、ITPRIPL1、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_C、ITPRIPL1のうち1つから選択されるアノテーションを有する染色体領域を含む、前記方法。 - 前記DNAが、メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬を用いて処理される、請求項196に記載の方法。
- 前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬のうち1つ以上を含む、請求項197に記載の方法。
- 前記DNAが、亜硫酸水素塩処理DNAを生成するために亜硫酸水素塩試薬を用いて処理される、請求項198に記載の方法。
- 前記測定することが多重増幅を含む、請求項196に記載の方法。
- 少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量を測定することが、メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化特異的DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、PCRフラップアッセイ、及び亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRからなる群から選択される1つ以上の方法を使用することを含む、請求項196に記載の方法。
- 前記試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)のうち1つ以上を含む、請求項196に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子の前記群が(i)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
CD1Dについては、配列番号:33及び34からなるプライマーのセット、
HOXA7_Aについては、配列番号:89及び90からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
MAX.chr1.8277479−8277527については、配列番号:127及び128からなるプライマーのセット、
MAX.chr15.96889013−96889128については、配列番号:139及び140からなるプライマーのセット、
NACADについては、配列番号:179及び180からなるプライマーのセット、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
FOXP4については、配列番号:73及び74からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
STX16_Bについては、配列番号:233及び234または配列番号:235及び236からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ZSCAN12については、配列番号:251及び252からなるプライマーのセット、
CXCL12については、配列番号:47及び48からなるプライマーのセット、
KCNK9については、配列番号:105及び106からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
RIC3については、配列番号:209及び210からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr17.73073682−73073814については、配列番号:141及び142からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
HNF1B_Bについては、配列番号:85及び86からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
BEST4については、配列番号:17及び18からなるプライマーのセット、ならびに
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(ii)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
MAX.chr15.96889013−96889128については、配列番号:139及び140からなるプライマーのセット、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
COL23A1については、配列番号:45及び46からなるプライマーのセット、
LAYNについては、配列番号:111及び112からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、ならびに
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(iii)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、ならびに
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(iv)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1については、配列番号:181及び182、配列番号:183及び184、ならびに配列番号:185及び186からなるプライマーのセット、
CHST2_Aについては、配列番号:37及び38からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
ZSCAN12については、配列番号:251及び252からなるプライマーのセット、
GRASPについては、配列番号:253及び254からなるプライマーのセット、ならびに
C10orf125については、配列番号:23及び24からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(v)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
ST8SIA4については、配列番号:227及び228からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1については、配列番号:181及び182、配列番号:183及び184、ならびに配列番号:185及び186からなるプライマーのセット、
CHST2_Aについては、配列番号:37及び38からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
SLC30A10については、配列番号:219及び220からなるプライマーのセット、ならびに
C10orf125については、配列番号:23及び24からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(vi)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、ならびに
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(vii)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、ならびに
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項196に記載の方法。 - 試料を特徴付ける方法であって、
a)前記試料から抽出されたDNA中における少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量を測定し、前記1つ以上の遺伝子が、以下の群:
(i)BHLHE23_C、CALN1_A、CD1D、HOXA7_A、LOC100132891、MAX.chr1.8277479−8277527、MAX.chr15.96889013−96889128、NACAD、ATP6V1B1、BANK1、C17orf64、DLX4、EMX1_A、FOXP4、GP5、ITPRIPL1、LMX1B_A、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、MAX.chr8.124173030−124173395、MPZ、PRKCB、STX16_B UBTF、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、ZSCAN12、BHLHE23_D、CXCL12、KCNK9、OTX1、RIC3、SCRT2_B、MAX.chr17.73073682−73073814、CDH4_E、HNF1B_B、TRH_A、MAX.chr20.1784209−1784461、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr5.77268672−77268725、BEST4、及びDSCR6、
(ii)MAX.chr15.96889013−96889128、ATP6V1B1、C17orf64、ITPRIPL1、MAX.chr11.14926602−14927148、MAX.chr5.42994866−42994936、LOC100132891、ITPRIPL1、ABLIM1、MAX.chr19.46379903−46380197、COL23A1、LAYN、OTX1、TRH_A、MAX.chr5.145725410−145725459、及びMAX.chr11.68622869−68622968、
(iii)ATP6V1B1、MAX.chr11.14926602−14927148、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、TRIM67、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、MAX.chr5.42994866−42994936、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_D、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、及びDLX4、
(iv)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、GP5、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、C17orf64、EMX1_A、CHST2_B、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ZSCAN12、GRASP、及びC10orf125、
(v)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、ST8SIA4、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_D、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、ODC1、CHST2_A、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、CHST2_B、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、ABLIM1、SLC30A10、C10orf125、
(vi)ATP6V1B1、LMX1B_A、BANK1、OTX1、MAX.chr11.14926602−14927148、UBTF、PRKCB、TRH_A、MPZ、DNM3_A、TRIM67、PLXNC1_A、MAX.chr12.4273906−4274012、CALN1_A、ITPRIPL1、MAX.chr12.4273906−4274012、GYPC_B、MAX.chr5.42994866−42994936、OSR2_A、SCRT2_B、MAX.chr5.145725410−145725459、MAX.chr11.68622869−68622968、MAX.chr8.124173030−124173395、MAX.chr20.1784209−1784461、LOC100132891、BHLHE23_C、ALOX5、MAX.chr19.46379903−46380197、CHST2_B、MAX.chr5.77268672−77268725、EMX1_A、DSCR6、ITPRIPL1、IGF2BP3_B、CDH4_E、DLX4、ABLIM1、BHLHE23_D、ならびに
(vii)DSCR6、SCRT2_B、MPZ、MAX.chr8.124173030−124173395、OSR2_A、MAX.chr11.68622869−68622968、ITPRIPL1、MAX.chr5.145725410−145725459、BHLHE23_C、ITPRIPL1のうち1つから選択されるアノテーションを有する染色体領域を含むこと、
b)前記DNA中における少なくとも1個の参照マーカーの量を測定すること、ならびに
c)前記DNA中で測定された前記少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子の量の値を、前記DNA中で測定された前記参照マーカー遺伝子の前記量のパーセンテージとして算出し、前記値が前記試料中で測定された前記少なくとも1つのメチル化マーカーDNAの前記量を示すことを含む、前記方法。 - 前記少なくとも1個の参照マーカーが、B3GALT6 DNA及びβ−アクチンDNAから選択される1個以上の参照マーカーを含む、請求項204に記載の方法。
- 前記試料が、血漿試料、血液試料、または組織試料(例えば、乳房組織)のうち1つ以上を含む、請求項204に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子が、表2からの可変メチル化領域(DMR)1〜327からなる群から選択されるDMR中に塩基を含む、請求項204に記載の方法。
- 前記DNAが、メチル化特異的手法でDNAを修飾する試薬を用いて処理される、請求項204に記載の方法。
- 前記試薬が、メチル化感受性制限酵素、メチル化依存性制限酵素、及び亜硫酸水素塩試薬のうち1つ以上を含む、請求項208に記載の方法。
- 前記DNAが、亜硫酸水素塩処理DNAを生成するために亜硫酸水素塩試薬を用いて処理される、請求項209に記載の方法。
- 前記修飾されたDNAが、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーのセットを使用して増幅される、請求項208に記載の方法。
- 1つ以上の遺伝子の前記群が(i)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
CD1Dについては、配列番号:33及び34からなるプライマーのセット、
HOXA7_Aについては、配列番号:89及び90からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
MAX.chr1.8277479−8277527については、配列番号:127及び128からなるプライマーのセット、
MAX.chr15.96889013−96889128については、配列番号:139及び140からなるプライマーのセット、
NACADについては、配列番号:179及び180からなるプライマーのセット、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
FOXP4については、配列番号:73及び74からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
STX16_Bについては、配列番号:233及び234または配列番号:235及び236からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ZSCAN12については、配列番号:251及び252からなるプライマーのセット、
CXCL12については、配列番号:47及び48からなるプライマーのセット、
KCNK9については、配列番号:105及び106からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
RIC3については、配列番号:209及び210からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr17.73073682−73073814については、配列番号:141及び142からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
HNF1B_Bについては、配列番号:85及び86からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
BEST4については、配列番号:17及び18からなるプライマーのセット、ならびに
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(ii)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
MAX.chr15.96889013−96889128については、配列番号:139及び140からなるプライマーのセット、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
COL23A1については、配列番号:45及び46からなるプライマーのセット、
LAYNについては、配列番号:111及び112からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、ならびに
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(iii)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、ならびに
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(iv)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
GP5については、配列番号:77及び78からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1については、配列番号:181及び182、配列番号:183及び184、ならびに配列番号:185及び186からなるプライマーのセット、
CHST2_Aについては、配列番号:37及び38からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
ZSCAN12については、配列番号:251及び252からなるプライマーのセット、
GRASPについては、配列番号:253及び254からなるプライマーのセット、ならびに
C10orf125については、配列番号:23及び24からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(v)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
ST8SIA4については、配列番号:227及び228からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
ODC1については、配列番号:181及び182、配列番号:183及び184、ならびに配列番号:185及び186からなるプライマーのセット、
CHST2_Aについては、配列番号:37及び38からなるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセット、
SLC30A10については、配列番号:219及び220からなるプライマーのセット、ならびに
C10orf125については、配列番号:23及び24からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(vi)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
ATP6V1B1については、配列番号:13及び14からなるプライマーのセット、
LMX1B_Aについては、配列番号:115及び116からなるプライマーのセット、
BANK1については、配列番号:15及び16からなるプライマーのセット、
OTX1については、配列番号:189及び190からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.14926602−14927148については、配列番号:129及び130からなるプライマーのセット、
UBTFについては、配列番号:249及び250からなるプライマーのセット、
PRKCBについては、配列番号:201及び202からなるプライマーのセット、
TRH_Aについては、配列番号:245及び246からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
DNM3_Aについては、配列番号:55及び56からなるプライマーのセット、
TRIM67については、配列番号:247及び248からなるプライマーのセット、
PLXNC1_Aについては、配列番号:193及び194からなるプライマーのセット、
MAX.chr12.4273906−4274012については、配列番号:133及び134ならびに配列番号:135及び136からなる群から選択されるプライマーのセット、
CALN1_Aについては、配列番号:29及び30からなるプライマーのセット、
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるプライマーのセット、
GYPC_Bについては、配列番号:81及び82からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.42994866−42994936については、配列番号:159及び160からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
MAX.chr20.1784209−1784461については、配列番号:151及び152ならびに配列番号:153及び154からなる群から選択されるプライマーのセット、
LOC100132891については、配列番号:117及び118または配列番号:119及び120からなる群から選択されるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Dについては、配列番号:配列番号:21及び22からなるプライマーのセット、
ALOX5については、配列番号:9及び10からなるプライマーのセット、
MAX.chr19.46379903−46380197については、配列番号:145及び146ならびに配列番号:147及び148からなる群から選択されるプライマーのセット、
CHST2_Bについては、配列番号:39及び40からなるプライマーのセット、MAX.chr5.77268672−77268725については、配列番号:161及び162からなるプライマーのセット、
C17orf64については、配列番号:25及び26からなるプライマーのセット、
EMX1_Aについては、配列番号:61及び62からなるプライマーのセット、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
IGF2BP3_Bについては、配列番号:93及び94からなるプライマーのセット、
CDH4_Eについては、配列番号:35及び36からなる群から選択されるプライマーのセット、
DLX4については、配列番号:51及び52からなるプライマーのセット、ならびに
ABLIM1については、配列番号:3及び4からなるプライマーのセットからなる群から選択され、
1つ以上の遺伝子の前記群が(vii)から選択される場合には、前記選択された1つ以上の遺伝子に関するプライマーの前記セットが、
DSCR6については、配列番号:57及び58からなるプライマーのセット、
SCRT2_Bについては、配列番号:211及び212からなるプライマーのセット、
MPZについては、配列番号:175及び176からなるプライマーのセット、
MAX.chr8.124173030−124173395については、配列番号:165及び166からなるプライマーのセット、
OSR2_Aについては、配列番号:187及び188からなるプライマーのセット、
MAX.chr11.68622869−68622968については、配列番号:131及び132からなるプライマーのセット、
MAX.chr5.145725410−145725459については、配列番号:157及び158からなるプライマーのセット、
BHLHE23_Cについては、配列番号:19及び20からなるプライマーのセット、ならびに
ITPRIPL1については、配列番号:97及び98ならびに配列番号:99及び100からなる群から選択されるからなるプライマーのセットからなる群から選択される、請求項211に記載の方法。 - メチル化マーカー遺伝子量を測定することが、ポリメラーゼ連鎖反応、核酸シーケンシング、質量分析、メチル化特異的ヌクレアーゼ、質量に基づく分離、及び標的捕捉のうち1つ以上を使用することを含む、請求項204に記載の方法。
- 前記測定することが多重増幅を含む、請求項213に記載の方法。
- 少なくとも1つのメチル化マーカー遺伝子量を測定することが、メチル化特異的PCR、定量メチル化特異的PCR、メチル化特異的DNA制限酵素分析、定量亜硫酸水素塩パイロシーケンシング、フラップエンドヌクレアーゼアッセイ、PCRフラップアッセイ、及び亜硫酸水素塩ゲノムシーケンシングPCRからなる群から選択される1つ以上の方法を使用することを含む、請求項213に記載の方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2023076625A JP2023100848A (ja) | 2017-11-30 | 2023-05-08 | 乳癌の検出 |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201762592828P | 2017-11-30 | 2017-11-30 | |
US62/592,828 | 2017-11-30 | ||
PCT/US2018/062809 WO2019108626A1 (en) | 2017-11-30 | 2018-11-28 | Detecting breast cancer |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023076625A Division JP2023100848A (ja) | 2017-11-30 | 2023-05-08 | 乳癌の検出 |
Publications (4)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2021503943A true JP2021503943A (ja) | 2021-02-15 |
JP2021503943A5 JP2021503943A5 (ja) | 2022-01-06 |
JPWO2019108626A5 JPWO2019108626A5 (ja) | 2022-08-03 |
JP7277460B2 JP7277460B2 (ja) | 2023-05-19 |
Family
ID=66634445
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020529764A Active JP7277460B2 (ja) | 2017-11-30 | 2018-11-28 | 乳癌の検出 |
JP2023076625A Pending JP2023100848A (ja) | 2017-11-30 | 2023-05-08 | 乳癌の検出 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023076625A Pending JP2023100848A (ja) | 2017-11-30 | 2023-05-08 | 乳癌の検出 |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (4) | US10975443B2 (ja) |
EP (1) | EP3717644A4 (ja) |
JP (2) | JP7277460B2 (ja) |
KR (1) | KR20200105661A (ja) |
CN (1) | CN111655869A (ja) |
AU (1) | AU2018374176A1 (ja) |
CA (1) | CA3084584A1 (ja) |
WO (1) | WO2019108626A1 (ja) |
Families Citing this family (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP4234722A3 (en) | 2014-03-31 | 2023-09-20 | Mayo Foundation for Medical Education and Research | Detecting colorectal neoplasm |
EP3344784A4 (en) | 2015-08-31 | 2019-07-10 | Mayo Foundation for Medical Education and Research | PROOF OF GASTRIC NEOPLASMS |
KR20200105661A (ko) | 2017-11-30 | 2020-09-08 | 메이오 파운데이션 포 메디칼 에쥬케이션 앤드 리써치 | 유방암 검출방법 |
AU2019265619A1 (en) * | 2018-05-08 | 2020-12-03 | EG BioMed Co., Ltd. | Methods for early prediction, treatment response, recurrence and prognosis monitoring of breast cancer |
US11396679B2 (en) | 2019-05-31 | 2022-07-26 | Universal Diagnostics, S.L. | Detection of colorectal cancer |
US11702704B2 (en) | 2019-10-31 | 2023-07-18 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Detecting ovarian cancer |
US11898199B2 (en) * | 2019-11-11 | 2024-02-13 | Universal Diagnostics, S.A. | Detection of colorectal cancer and/or advanced adenomas |
KR102139313B1 (ko) * | 2020-02-27 | 2020-07-29 | 이화여자대학교 산학협력단 | 알츠하이머병 치매 조기 진단을 위한 후성 유전학적 진단 키트 개발 |
WO2022002424A1 (en) * | 2020-06-30 | 2022-01-06 | Universal Diagnostics, S.L. | Systems and methods for detection of multiple cancer types |
EP3945135A1 (en) * | 2020-07-27 | 2022-02-02 | Les Laboratoires Servier | Biomarkers for diagnosing and monitoring lung cancer |
JP2023550697A (ja) * | 2020-10-30 | 2023-12-05 | ▲復▼旦大学 | 免疫応答調節または抗腫瘍のための薬剤の調製におけるitpripl1のモジュレーターとしての使用 |
CN114432445A (zh) * | 2020-10-30 | 2022-05-06 | 复旦大学 | Itpripl1的调节剂在制备调节免疫反应或抗肿瘤的药物中的用途 |
CN114908159A (zh) * | 2021-02-09 | 2022-08-16 | 复旦大学附属中山医院 | 结直肠进展期腺瘤的筛查、风险评估及预后方法和试剂盒 |
CN113493863B (zh) * | 2021-06-23 | 2022-06-10 | 华中科技大学同济医学院附属同济医院 | 用于检测covid-19易感性的分子标记、试剂盒及应用 |
CN114369661A (zh) * | 2022-01-13 | 2022-04-19 | 博尔诚(北京)科技有限公司 | 用于乳腺癌筛查的标志物、探针组合物及其应用 |
CN115851959B (zh) * | 2022-12-30 | 2024-04-12 | 武汉艾米森生命科技有限公司 | 一种用于食管鳞状细胞癌及癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂及检测试剂盒 |
CN116148482A (zh) * | 2023-04-20 | 2023-05-23 | 天津云检医学检验所有限公司 | 用于乳腺癌患者鉴定的设备及其制备用途 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2017119510A1 (ja) * | 2016-01-08 | 2017-07-13 | 国立大学法人京都大学 | 乳がんの診断のための検査方法、遺伝子マーカー、および検査薬 |
Family Cites Families (82)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5541308A (en) | 1986-11-24 | 1996-07-30 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms |
US5527676A (en) | 1989-03-29 | 1996-06-18 | The Johns Hopkins University | Detection of loss of the wild-type P53 gene and kits therefor |
US6800617B1 (en) | 1989-03-29 | 2004-10-05 | The Johns Hopkins University | Methods for restoring wild-type p53 gene function |
US5362623A (en) | 1991-06-14 | 1994-11-08 | The John Hopkins University | Sequence specific DNA binding by p53 |
US6677312B1 (en) | 1989-03-29 | 2004-01-13 | The Johns Hopkins University | Methods for restoring wild-type p53 gene function |
US5352775A (en) | 1991-01-16 | 1994-10-04 | The Johns Hopkins Univ. | APC gene and nucleic acid probes derived therefrom |
US6235470B1 (en) | 1993-11-12 | 2001-05-22 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Detection of neoplasia by analysis of saliva |
US5670325A (en) | 1996-08-14 | 1997-09-23 | Exact Laboratories, Inc. | Method for the detection of clonal populations of transformed cells in a genomically heterogeneous cellular sample |
US5741650A (en) | 1996-01-30 | 1998-04-21 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for detecting colon cancer from stool samples |
US5891651A (en) | 1996-03-29 | 1999-04-06 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Methods of recovering colorectal epithelial cells or fragments thereof from stool |
US5786146A (en) | 1996-06-03 | 1998-07-28 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids |
US5928870A (en) | 1997-06-16 | 1999-07-27 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of loss of heterozygosity |
US5952178A (en) | 1996-08-14 | 1999-09-14 | Exact Laboratories | Methods for disease diagnosis from stool samples |
US6020137A (en) | 1996-08-14 | 2000-02-01 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of loss of heterozygosity |
AU7829398A (en) | 1997-06-09 | 1998-12-30 | University Of Southern California | A cancer diagnostic method based upon dna methylation differences |
US7700324B1 (en) | 1998-11-03 | 2010-04-20 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Methylated CpG island amplification (MCA) |
US6335193B1 (en) | 1999-04-15 | 2002-01-01 | Padmanabhan P Nair | Isolated colonocytes |
US7368233B2 (en) | 1999-12-07 | 2008-05-06 | Exact Sciences Corporation | Methods of screening for lung neoplasm based on stool samples containing a nucleic acid marker indicative of a neoplasm |
JP2004501666A (ja) | 2000-06-30 | 2004-01-22 | エピゲノミクス アーゲー | 薬理ゲノミクスのメチル化状態分析のための方法及び核酸 |
US20040234960A1 (en) | 2000-09-01 | 2004-11-25 | Alexander Olek | Method for determining the degree of methylation of defined cytosines in genomic dna in the sequence context 5'-cpg-3' |
AU2002342004A1 (en) | 2001-10-05 | 2003-04-22 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting colon cancers |
CA2478592A1 (en) | 2002-03-07 | 2003-09-18 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Genomic screen for epigenetically silenced genes associated with cancer |
US20030186248A1 (en) * | 2002-03-29 | 2003-10-02 | Erlander Mark G. | Interpreting cytological specimens via molecular histological signatures |
EP1604013A4 (en) | 2003-03-17 | 2009-02-11 | Univ Johns Hopkins | METHYL GENES ABERRANTY IN PANCREATIC CANCER |
CA2531451A1 (en) | 2003-06-23 | 2005-01-06 | Epigenomics Ag | Methods and nucleic acids for analyses of colorectal cell proliferative disorders |
WO2005017207A2 (en) | 2003-08-14 | 2005-02-24 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting colon cancers |
US8346482B2 (en) | 2003-08-22 | 2013-01-01 | Fernandez Dennis S | Integrated biosensor and simulation system for diagnosis and therapy |
US20080039413A1 (en) | 2003-10-21 | 2008-02-14 | Morris David W | Novel compositions and methods in cancer |
PT3556866T (pt) | 2004-03-02 | 2021-04-30 | Univ Johns Hopkins | Mutações do gene de pik3ca em cancros humanos |
US8114587B2 (en) | 2005-06-23 | 2012-02-14 | Ambergen, Inc. | Methods for the detection of colorectal cancer |
US7851154B2 (en) | 2005-07-22 | 2010-12-14 | Simon Daniel Spivack | GC tag-modified bisulfite genomic DNA sequencing for continuous methylation spectra |
US7598052B2 (en) * | 2005-10-11 | 2009-10-06 | The Regents Of The University Of Michigan | Expression profile of thyroid cancer |
JP4490382B2 (ja) | 2006-02-28 | 2010-06-23 | 富士フイルム株式会社 | 感熱転写受像シートおよびその製造方法 |
WO2007116417A1 (en) | 2006-04-07 | 2007-10-18 | Silvia Sabbioni | Novel dna methylation markers useful for the diagnosis of neoplastic diseases |
WO2007140319A1 (en) | 2006-05-26 | 2007-12-06 | Meltzer Stephen J | Methylated promoters as biomarkers of colon cancer |
WO2008073915A2 (en) * | 2006-12-08 | 2008-06-19 | Asuragen, Inc. | Micrornas differentially expressed in leukemia and uses thereof |
WO2008079269A2 (en) * | 2006-12-19 | 2008-07-03 | Genego, Inc. | Novel methods for functional analysis of high-throughput experimental data and gene groups identified therfrom |
GB0700374D0 (en) | 2007-01-09 | 2007-02-14 | Oncomethylome Sciences S A | NDRG family methylation markers |
US20080213870A1 (en) | 2007-03-01 | 2008-09-04 | Sean Wuxiong Cao | Methods for obtaining modified DNA from a biological specimen |
CN101353695B (zh) | 2007-07-23 | 2013-05-01 | 上海市肿瘤研究所 | 尿沉淀dna甲基化谱式分析诊断膀胱癌的方法和试剂盒 |
US8673555B2 (en) | 2008-02-15 | 2014-03-18 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Detecting neoplasm |
US10927415B2 (en) | 2008-11-26 | 2021-02-23 | The Johns Hopkins University | Methods for identifying cancer risk |
US20110318738A1 (en) | 2008-12-23 | 2011-12-29 | University Of Utah Research Foundation | Identification and regulation of a novel dna demethylase system |
EP2233590A1 (en) | 2009-01-28 | 2010-09-29 | AIT Austrian Institute of Technology GmbH | Methylation assay |
US20120164238A1 (en) | 2009-02-03 | 2012-06-28 | Mdxhealth Sa | Methods of detecting colorectal cancer |
EP2428584A4 (en) | 2009-04-03 | 2012-10-10 | A & T Corp | COLORECTAL TUMOR DETECTION METHOD |
US20120172238A1 (en) * | 2009-09-22 | 2012-07-05 | Cold Spring Harbor Laboratories | Method and compositions for assisting in diagnosing and/or monitoring breast cancer progression |
US20120164110A1 (en) | 2009-10-14 | 2012-06-28 | Feinberg Andrew P | Differentially methylated regions of reprogrammed induced pluripotent stem cells, method and compositions thereof |
US8709736B2 (en) | 2010-07-09 | 2014-04-29 | Medical Research Council | Biomarker for Barrett's Oesophagus |
ES2633111T3 (es) | 2010-03-26 | 2017-09-19 | Hongzhi Zou | Métodos y materiales para detectar neoplasia colorrectal |
WO2011126768A2 (en) | 2010-03-29 | 2011-10-13 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Methods and materials for detecting colorectal cancer and adenoma |
WO2012047899A2 (en) | 2010-10-04 | 2012-04-12 | The Johns Hopkins University | Novel dna hypermethylation diagnostic biomarkers for colorectal cancer |
US8715937B2 (en) | 2010-11-15 | 2014-05-06 | Exact Sciences Corporation | Mutation detection assay |
US8361720B2 (en) | 2010-11-15 | 2013-01-29 | Exact Sciences Corporation | Real time cleavage assay |
US8916344B2 (en) | 2010-11-15 | 2014-12-23 | Exact Sciences Corporation | Methylation assay |
US20140113286A1 (en) | 2010-12-21 | 2014-04-24 | Sloan-Kettering Institute For Cancer Research | Epigenomic Markers of Cancer Metastasis |
WO2012125721A2 (en) | 2011-03-14 | 2012-09-20 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Methods and materials for using the contents of phagocytes to detect neoplasms |
US8993341B2 (en) | 2011-05-12 | 2015-03-31 | Exact Sciences Corporation | Removal of PCR inhibitors |
US8808990B2 (en) | 2011-05-12 | 2014-08-19 | Exact Sciences Corporation | Serial isolation of multiple DNA targets from stool |
CA2835345C (en) | 2011-05-12 | 2021-03-09 | Exact Sciences Corporation | Isolation of nucleic acids |
US8980107B2 (en) | 2011-05-12 | 2015-03-17 | Exact Sciences Corporation | Spin filter |
US20130065228A1 (en) | 2011-06-01 | 2013-03-14 | University Of Southern California | Genome-scale analysis of aberrant dna methylation in colorectal cancer |
WO2012174256A2 (en) | 2011-06-17 | 2012-12-20 | The Regents Of The University Of Michigan | Dna methylation profiles in cancer |
WO2012175562A2 (en) | 2011-06-21 | 2012-12-27 | University Of Tartu | Methylation and microrna markers of early-stage non-small cell lung cancer |
WO2013026104A1 (en) * | 2011-08-25 | 2013-02-28 | Clinical Genomics Pty. Ltd. | Dna methylation in colorectal and breast cancer diagnostic methods |
US20140137274A1 (en) | 2011-11-30 | 2014-05-15 | Lsip, Llc | Induced malignant stem cells |
US20150126374A1 (en) | 2012-02-28 | 2015-05-07 | The Johns Hopkins University | Hypermethylated gene markers for head and neck cancer |
AU2013232545A1 (en) | 2012-03-15 | 2014-09-18 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Methods and materials for noninvasive detection of colorectal neoplasia associated with inflammatory bowel disease |
WO2014052855A1 (en) | 2012-09-27 | 2014-04-03 | Population Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for screening and treating developmental disorders |
US9506116B2 (en) * | 2013-03-14 | 2016-11-29 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Detecting neoplasm |
US20140322243A1 (en) | 2013-04-26 | 2014-10-30 | The Translational Genomics Research Institute | Methods of detecting breast cancer brain metastasis with genomic and epigenomic biomarkers |
JP6369857B2 (ja) | 2013-05-29 | 2018-08-08 | シスメックス株式会社 | 肝細胞癌に関する情報の取得方法、ならびに肝細胞癌に関する情報を取得するためのマーカーおよびキット |
EP4234722A3 (en) | 2014-03-31 | 2023-09-20 | Mayo Foundation for Medical Education and Research | Detecting colorectal neoplasm |
EP3194624B1 (en) * | 2014-09-15 | 2022-02-16 | Garvan Institute of Medical Research | Methods for diagnosis, prognosis and monitoring of breast cancer and reagents therefor |
EP3034624A1 (en) | 2014-12-18 | 2016-06-22 | Hospital Clínic de Barcelona | Method for the prognosis of hepatocellular carcinoma |
CA2972782A1 (en) * | 2014-12-31 | 2016-07-07 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting esophageal neoplasias and/or metaplasias in the esophagus |
JP2018512876A (ja) * | 2015-04-22 | 2018-05-24 | ミナ セラピューティクス リミテッド | saRNA組成物および使用方法 |
CN116024334A (zh) * | 2016-04-14 | 2023-04-28 | 梅约医学教育与研究基金会 | 检测DMR试剂筛选IPMN-HGD、PanIN-3或PDAC的用途及试剂盒 |
CN107326065B (zh) * | 2016-04-29 | 2022-07-29 | 博尔诚(北京)科技有限公司 | 一种基因标识物的筛选方法及其应用 |
WO2017201606A1 (en) * | 2016-05-04 | 2017-11-30 | Queen's University At Kingston | Cell-free detection of methylated tumour dna |
AU2017260630B2 (en) * | 2016-05-05 | 2023-07-13 | Exact Sciences Corporation | Detection of lung neoplasia by analysis of methylated DNA |
KR20200105661A (ko) | 2017-11-30 | 2020-09-08 | 메이오 파운데이션 포 메디칼 에쥬케이션 앤드 리써치 | 유방암 검출방법 |
-
2018
- 2018-11-28 KR KR1020207018721A patent/KR20200105661A/ko unknown
- 2018-11-28 CN CN201880086996.9A patent/CN111655869A/zh active Pending
- 2018-11-28 WO PCT/US2018/062809 patent/WO2019108626A1/en unknown
- 2018-11-28 JP JP2020529764A patent/JP7277460B2/ja active Active
- 2018-11-28 US US16/202,935 patent/US10975443B2/en active Active
- 2018-11-28 CA CA3084584A patent/CA3084584A1/en active Pending
- 2018-11-28 AU AU2018374176A patent/AU2018374176A1/en active Pending
- 2018-11-28 EP EP18882634.1A patent/EP3717644A4/en active Pending
- 2018-11-28 US US16/202,944 patent/US10934594B2/en active Active
-
2021
- 2021-02-17 US US17/178,110 patent/US20210172027A1/en active Pending
- 2021-03-18 US US17/205,796 patent/US20210207224A1/en active Pending
-
2023
- 2023-05-08 JP JP2023076625A patent/JP2023100848A/ja active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2017119510A1 (ja) * | 2016-01-08 | 2017-07-13 | 国立大学法人京都大学 | 乳がんの診断のための検査方法、遺伝子マーカー、および検査薬 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
INT J CLIN EXP PATHOL, 2016, VOL.9, NO.8, P.8190-8198, JPN6022045886, ISSN: 0004910333 * |
PLOS ONE, 2010, VOL.5, ISSUE 9, E12616, P.1-10, JPN6022045888, ISSN: 0004910334 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP3717644A1 (en) | 2020-10-07 |
JP7277460B2 (ja) | 2023-05-19 |
US20210207224A1 (en) | 2021-07-08 |
CN111655869A (zh) | 2020-09-11 |
US10975443B2 (en) | 2021-04-13 |
US20210172027A1 (en) | 2021-06-10 |
US20190161806A1 (en) | 2019-05-30 |
US10934594B2 (en) | 2021-03-02 |
WO2019108626A1 (en) | 2019-06-06 |
JP2023100848A (ja) | 2023-07-19 |
EP3717644A4 (en) | 2021-12-29 |
AU2018374176A1 (en) | 2020-06-11 |
US20190161805A1 (en) | 2019-05-30 |
CA3084584A1 (en) | 2019-06-06 |
KR20200105661A (ko) | 2020-09-08 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7277460B2 (ja) | 乳癌の検出 | |
KR102648965B1 (ko) | 간세포 암종 검출 | |
JP6871926B2 (ja) | 胃の新生物を検出すること | |
US11697853B2 (en) | Detecting prostate cancer | |
US20230028856A1 (en) | Detecting gastrointestinal neoplasms | |
US20220106644A1 (en) | Detecting endometrial cancer | |
JP2022553575A (ja) | 卵巣癌の検出 | |
US20220162709A1 (en) | Detecting pancreatic ductal adenocarcinoma in plasma | |
US20230357852A1 (en) | Detecting non-hodgkin lymphoma | |
JP2023524750A (ja) | メラノーマの検出 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20211129 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20211129 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220726 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20221026 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20221101 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230201 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20230404 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20230508 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7277460 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |