JP2019516679A - 生物活性剤に関する方法および組成物 - Google Patents

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Abstract

一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤の送達に関する組成物および方法に関連し、組成物は生物活性剤と脂質を含む。様々な実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される。一部の実施形態では、組成物および方法は、特定の細胞または組織、たとえば筋細胞または筋組織への生物活性剤の送達に有用である。【選択図】図1

Description

関連出願の相互参照
本出願は2016年5月4日に出願された米国仮特許出願第62/331,961号、および2016年10月7日に出願された米国仮特許出願第62/405,810号の優先権を主張し、それら各出願の全体は参照により本明細書に組み込まれる。
多くの生物活性剤が、たとえば細胞、組織、臓器などのその標的位置に効果的に送達されることができず、それゆえに治療法としての用途が限定されている。当分野において、かかる標的位置に生物活性剤を効率的および/または有効的に送達することが長年にわたり求められている。当分野において、特に細胞内(すなわち細胞内の部位)に生物活性剤を効率的および/または有効的に送達することが特に長年にわたり求められている。
特に本開示は、驚くべきことに脂質が生物活性剤をその標的位置(たとえば細胞、組織、臓器など)への送達を行うことができる、および/または送達を促進することができるという認識を包含する。一部の実施形態では、脂質は、たとえば哺乳類対象またはヒト対象などの対象中のその標的位置への生物活性剤の送達を効率的に改善するために使用され得る。本開示は特に、細胞内(すなわち細胞内の位置)への生物活性剤の効率的および/または有効的な送達に関する驚くべき成果を記載する。一部の実施形態では、本開示は、脂質が生物活性剤の多くの特性、たとえば薬物動態(たとえば半減期)、活性、免疫原性などを改善することができるという驚くべき成果も記載する。たとえば一部の実施形態では、本開示は、脂質を利用して、たとえばTLR9により介在される免疫反応を調節することにより、生物活性剤の免疫特性が効率的に改善され得ることを記載する。
本明細書に提示される研究成果を踏まえれば、当分野の当業者は、脂質の使用は、特に細胞内の位置への生物活性剤の送達を可能にする、または促進し得ることを認識するであろう。さらに本明細書に提示される研究成果を踏まえれば、当分野の当業者は、本明細書に記載される脂質の使用は、その標的位置への生物活性剤の有効量および/または望ましい量の送達を可能にし、または促進し、それによってたとえば生物活性剤が脂質無しで投与された場合に観察される量と同レベルの生物活性剤またはそれよりも高レベルの生物活性剤が標的位置に到達し得ること、一部の実施形態では、たとえ脂質無しの場合よりも少量の生物活性剤が脂質とともに投与された場合でさえ、同レベルの生物活性剤またはそれよりも高レベルの生物活性剤が標的位置に到達し得ることを認識するであろう。あるいは、またはさらに、本明細書に提示される研究成果を踏まえれば、当分野の当業者は、本明細書に記載される脂質の使用は、適切な対照(たとえばオリゴヌクレオチドなどの生物活性剤が脂質無しで同等投与された場合に観察されるレベル)と比較し、分布の改善(すなわち、非標的位置と比較して、標的位置での生物活性剤の相対レベルが上昇する)を可能にする、または促進し得ることを認識するであろう。さらに本明細書に提示される研究成果を踏まえれば、当分野の当業者は、本明細書に記載される脂質の使用は、相対的対照(たとえば脂質無し)と比較して有効性の改善および/または毒性の低下を可能とする、または促進し得ることを認識するであろう。たとえば一部の実施形態では、特性(たとえば活性、薬物動態など)を改善することで、単位投与量を減少させ得る、および/または投与頻度を減少させ得る。一部の実施形態では、特性の改善および/または毒性の低下(たとえば薬物動態の改善、TLR9により介在される望ましくない免疫反応の改善)により、所望される場合には、単位用量の増加および/または投与頻度の増加が可能となり得る。さらに本明細書に提示される研究成果を踏まえれば、当分野の当業者は、本明細書に記載される脂質の使用は、別の場合では治療用途には不適切とみなされている生物活性剤を、様々な疾患、障害および/または状態の治療に対して有効に使用されるようにすることができることを認識するであろう。
一部の実施形態では、本開示は、ある脂質が、特定のタイプの細胞および組織への生物活性剤の送達に特に有効であるということを含む、ある驚くべき研究成果を包含するものであり、特定のタイプの細胞および組織としては、限定されないが、筋細胞および筋組織を含む、肝臓の外側(たとえば肝臓外)の細胞および組織が挙げられる。一部の実施形態では、本開示は、たとえば心臓、横隔膜の筋細胞および筋組織、骨格筋の細胞および組織、腓腹筋、大腿四頭筋、三頭筋、ならびに/または平滑筋の細胞および組織などへの生物活性剤の送達に驚くほどに有効である技術(化合物、組成物、方法など)を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する。本開示に従い提示される技術において、多くの脂質が利用され得る。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において各変数は独立して、本明細書に規定され、および記載されるとおりである。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する。本開示に従い提示される技術において、多くの脂質が利用され得る。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において各変数は独立して、本明細書に規定され、および記載されるとおりである。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する。本開示に従い提示される技術において、多くの脂質が利用され得る。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において各変数は独立して、本明細書に規定され、および記載されるとおりである。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物に関する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)およびジリノレイル(dilinoleyl)からなる群から選択される脂質を含有する組成物に関する。一部の実施形態では、脂質は、以下のいずれかの構造を有する:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、脂質は、生物活性剤と複合体化される。当分野の通常の技能を有する当業者であれば、本開示に従い生物活性剤に脂質を複合体化させるために様々な技術が利用され得ることを認識する。一部の実施形態では、脂質は、生物活性剤と複合体化されない。
様々な生物活性剤が、本開示に従い、その標的に効率的に送達され得る。一部の実施形態では、生物活性剤は、低分子、ペプチド、タンパク質、CRISPR−Cas系の構成要素、炭水化物、治療剤、化学療法剤、ワクチン、核酸、および脂質からなる群から選択される。一部の実施形態では、核酸は、1つ以上のヌクレオチド(たとえば天然型ヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログなど)を含有する。一部の実施形態では、核酸は、オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、免疫調節性核酸、アプタマー、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、リボザイム、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドと脂質を含有する組成物を提供する。とくにかかる組成物は、その標的位置へのオリゴヌクレオチドの送達に驚くほど効果的であり、一部の実施形態では、標的位置の細胞内にオリゴヌクレオチドを送達する。一部の実施形態では、提供される技術は、筋肉の細胞、組織などへのオリゴヌクレオチドの送達に驚くほど効果的である。一部の実施形態では、提供される化合物、たとえば脂質と複合体化されたオリゴヌクレオチドは、予想外の特性の改善、たとえば活性の改善、薬物動態の改善、毒性の減少(たとえば望ましくない免疫反応の減少)、標的(たとえば細胞、組織、臓器、生物体など)への送達の改善などを有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、特許出願公開US20120316224、US20140194610、US20150211006、およびWO2015107425、ならびに米国特許第9,243,245号、第9,249,416号、第9,175,286号、第9,234,198号、第8,895,309号、第8,741,863号、第8,097,596号、第5,854,223号、第5,756,476号、および第8,871,918号に記載されるオリゴヌクレオチドであり、それら各々のオリゴヌクレオチド組成物は、参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドに関し、提供される組成物は、当該キラルヌクレオチド間結合の各々の立体化学が制御されていないという点で、かかるオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物である。一部の実施形態では、立体不規則的な組成物は、たとえば各キラルヌクレオチド間結合の立体化学を制御するためのキラル補助基などを介して、格別の試みを伴わずに、オリゴヌクレオチド合成により調製される。一部の実施形態では、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドに関し、提供される組成物は、当該キラルヌクレオチド間結合の少なくとも1つの立体化学が制御されているという点で、かかるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合の各々の立体化学は独立して制御され、提供される組成物は完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合の立体化学が制御され(キラル制御されたヌクレオチド間結合)、一方で1つ以上のキラルヌクレオチド間結合の立体化学が制御されず(立体不規則的/キラル制御されていないヌクレオチド間結合)、および提供される組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、たとえば特許出願公開US20120316224、US20140194610、US20150211006、およびWO2015107425に記載される技術などを使用した、1つ以上、またはすべてのキラルヌクレオチド間結合の立体選択的形成を含むオリゴヌクレオチド合成により調製されることができ、それら各技術は参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、提供される組成物は、特許出願公開US20120316224、US20140194610、US20150211006、およびWO2015107425に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、脂質を含有し、それら各々のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、脂質は、立体化学的に制御されたヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドに複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、以下を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含有する:
1)共通塩基配列;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格リン修飾の共通パターン;
この場合において、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有しているという点でキラル制御されており、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、前もって規定されており;
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドは、独立して脂質に複合体化されており;および
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドは任意に、および独立して標的構成要素に複合体化されている。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、以下を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含有する:
1)共通塩基配列;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格リン修飾の共通パターン;
式中:
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有し、ならびに共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、および骨格リン修飾の共通パターンを共有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%が、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有しているという点で、キラル制御されており;
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドは、独立して脂質に複合体化されており;および
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドは任意に、および独立して標的構成要素に複合体化されている。
一部の実施形態では、本開示は、以下の構造を有する複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する:
−[−LLD−(RLD、または[(A−LLD−RLD
式中、
は、生物活性剤であり;
aは、1〜1000であり;
bは、1〜1000であり;
各LLDは、独立してリンカー部分または共有結合であり;および
各RLDは、独立して脂質部分または標的化構成要素である。
一部の実施形態では、本開示は、以下の構造を有する複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する:
−[−LLD−(RLD、または[(A−LLD−RLD
式中:
は、生物活性剤であり;
aは、1〜1000であり;
bは、1〜1000であり;
各LLDは、独立してリンカー部分であり;および
各RLDは、独立して脂質部分または標的化構成要素であり、この場合において少なくとも1つのRLDは脂質部分である。
一部の実施形態では、本開示は、以下の構造を有する複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する:
−[−LLD−(RLD、または[(A−LLD−RLD
式中:
は、生物活性剤であり;
aは、1〜1000であり;
bは、1〜1000であり;
各LLDは、独立して共有結合であるか、または任意で置換されるC−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、TLD、またはC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ;
各RLDは、独立して、任意で置換されるC−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ;
LDは以下の構造を有し:
Figure 2019516679
Wは、O、SまたはSeであり;
X、YおよびZの各々は、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり;
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、この場合においてLの1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ;
は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり;および
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Aは、オリゴヌクレオチド鎖である([H]−Aは、オリゴヌクレオチドである)。一部の実施形態では、[H]−Aは、表のいずれかのオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、H−Aは、低分子である。一部の実施形態では、H−Aは、ペプチドである。一部の実施形態では、H−Aは、タンパク質である。
一部の実施形態では、TLD中のPは、Pである。一部の実施形態では、複合体は、[(A−LLD−RLDの構造を有する。一部の実施形態では、複合体は、(A−LLD−RLDの構造を有する。一部の実施形態では、aは、1〜100である。一部の実施形態では、aは、1〜50である。一部の実施形態では、aは、1〜40である。一部の実施形態では、aは、1〜30である。一部の実施形態では、aは、1〜20である。一部の実施形態では、aは、1〜15である。一部の実施形態では、aは、1〜10である。一部の実施形態では、aは、1〜9である。一部の実施形態では、aは、1〜8である。一部の実施形態では、aは、1〜7である。一部の実施形態では、aは、1〜6である。一部の実施形態では、aは、1〜5である。一部の実施形態では、aは、1〜4である。一部の実施形態では、aは、1〜3である。一部の実施形態では、aは、1〜2である。一部の実施形態では、aは、1である。一部の実施形態では、aは、2である。一部の実施形態では、aは、3である。一部の実施形態では、aは、4である。一部の実施形態では、aは、5である。一部の実施形態では、aは、6である。一部の実施形態では、aは、7である。一部の実施形態では、aは、8である。一部の実施形態では、aは、9である。一部の実施形態では、aは、10である。一部の実施形態では、aは、10より大きい。一部の実施形態では、bは、1〜100である。一部の実施形態では、bは、1〜50である。一部の実施形態では、bは、1〜40である。一部の実施形態では、bは、1〜30である。一部の実施形態では、bは、1〜20である。一部の実施形態では、bは、1〜15である。一部の実施形態では、bは、1〜10である。一部の実施形態では、bは、1〜9である。一部の実施形態では、bは、1〜8である。一部の実施形態では、bは、1〜7である。一部の実施形態では、bは、1〜6である。一部の実施形態では、bは、1〜5である。一部の実施形態では、bは、1〜4である。一部の実施形態では、bは、1〜3である。一部の実施形態では、bは、1〜2である。一部の実施形態では、bは、1である。一部の実施形態では、bは、2である。一部の実施形態では、bは、3である。一部の実施形態では、bは、4である。一部の実施形態では、bは、5である。一部の実施形態では、bは、6である。一部の実施形態では、bは、7である。一部の実施形態では、bは、8である。一部の実施形態では、bは、9である。一部の実施形態では、bは、10である。一部の実施形態では、bは、10より大きい。一部の実施形態では、複合体は、A−LLD−RLDの構造を有する。一部の実施形態では、Aは、自身の糖、塩基、および/またはヌクレオチド間結合部分の内の1つ以上を介して複合体化される。一部の実施形態では、Aは、自身の5’−OH(5’−O−)を介して複合体化される。一部の実施形態では、Aは、自身の3’−OH(3’−O−)を介して複合体化される。一部の実施形態では、複合体化の前、A−(H)(bはAの価数に依存して1〜1000の整数である)は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド、例えば表のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドのうちの1つである。一部の実施形態では、LLDは、−L−である。一部の実施形態では、LLDは、ホスホロチオエート基を含有する。一部の実施形態では、LLDは、−C(O)NH−(CH−OP(=O)(S)−O−である。一部の実施形態では、−C(O)NH末端はRLDに連結され、−O−末端はオリゴヌクレオチドに、たとえば5’−末端または3’−末端を介して連結される。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、またはC25〜C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70、またはC80の脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−80脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−80脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−70脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−70脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−60脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−60脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−50脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−50脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−40脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−40脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−30脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC20−30脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、またはC25〜C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70、またはC80の脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−80脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−80脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−70脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−70脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−60脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−60脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−50脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−50脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−40脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−40脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−30脂肪族である。一部の実施形態では、RLDは、非置換のC20−30脂肪族である。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する(キラル制御されたヌクレオチド間結合)。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、2つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、3つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、4つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、5つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、6つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、7つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、8つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、9つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、10個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、11個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、12個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、13個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、14個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、15個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の10%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の20%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の30%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の40%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の50%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の60%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の70%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の80%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の90%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の95%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の96%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の97%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、キラルヌクレオチド間結合の98%以上で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、各キラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。当分野の通常の技能を有する当業者には容易に認識され、および実施例に解説されるように、複数のオリゴヌクレオチドが同一の立体化学を共有するキラルヌクレオチド間結合は、独立して、RpまたはSpのいずれかであってもよく、たとえば第一のキラルヌクレオチド間結合で、複数のオリゴヌクレオチドがすべてRpであり、一方で第二の位置では複数のオリゴヌクレオチドがすべてSpである(RpSp;望ましい場合にはRpRp、SpSp、もしくはSpRpであってもよい)。
一部の実施形態では、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、および骨格リン修飾の共通パターンを共有する提供される組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%が、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有している。一部の実施形態では、この割合は少なくとも0.5%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも1%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも2%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも3%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも4%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも5%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも6%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも7%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも8%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも9%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも10%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも20%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも30%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも40%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも50%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも60%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも70%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも75%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも80%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも81%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも82%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも83%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも84%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも85%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも86%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも87%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも88%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも89%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも90%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも91%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも92%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも93%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも94%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも95%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも96%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも97%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも98%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも99%である。
一部の実施形態では、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、骨格リン修飾の共通パターン、および1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有するオリゴヌクレオチドは、たとえば共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、骨格リン修飾の共通パターンは共有するが1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学は共有しないオリゴヌクレオチドと比較して、富化される。一部の実施形態では、当分野の通常の技能を有する当業者により理解されるように、富化は、各ヌクレオチド間結合が立体選択的に(キラル制御されて)形成され、オリゴヌクレオチドが同一の立体化学を共有することを可能とする提供される技術の1つ以上の使用に由来する。
一部の実施形態では、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、骨格リン修飾の共通パターン、および1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有するオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの立体不規則的調製物と比較して、少なくとも5倍に富化される(かかるオリゴヌクレオチドは、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、および骨格リン修飾の共通パターンを共有するオリゴヌクレオチドの5*(1/2の割合を有する。この場合においてnは、かかるオリゴヌクレオチドが同一の立体化学を共有するヌクレオチド間結合の数である;または共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、骨格リン修飾の共通パターンは共有するが1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有しないオリゴヌクレオチドは、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、および骨格リン修飾の共通パターンを共有するオリゴヌクレオチドの[1−(1/2)]/5以下である)。この場合においてヌクレオチド間結合は、キラル制御されていない(共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、骨格リン修飾の共通パターン、および1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有するヌクレオチドは多くの場合、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、および骨格リン修飾の共通パターンを共有するオリゴヌクレオチドの1/2の割合を有するとみなされ、この場合においてnは、オリゴヌクレオチドが同一の立体化学を共有するキラルヌクレオチド間結合の数である。そして共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、骨格リン修飾の共通パターンは共有するが、特定のオリゴヌクレオチド型のものではないオリゴヌクレオチドは多くの場合、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、および骨格リン修飾の共通パターンを共有するオリゴヌクレオチドの[1−(1/2)]の割合を有するとみなされる)。一部の実施形態では、この富化は少なくとも20倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも30倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも40倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも50倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも60倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも70倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも80倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも90倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも100倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも200倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも300倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも400倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも500倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも600倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも700倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも800倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも900倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも1,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも2,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも4,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも8,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも10,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも20,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.5)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.6)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.7)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.1)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.8)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.9)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも2である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも3である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも4である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも5である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも6である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも7である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも8である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも9である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも10である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも15である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも20である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも25である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも30である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも40である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも50である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも100である。一部の実施形態では、富化は、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、骨格リン修飾の共通パターン、および1つ以上のキラルヌクレオチド間結合での同一の立体化学を共有するオリゴヌクレオチドの割合の増加により測定される。一部の実施形態では、富化は、共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、骨格リン修飾の共通パターンを共有するが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有しないオリゴヌクレオチドの割合の低下により測定される。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の特定の型のオリゴヌクレオチドは、構造的に同一(立体化学的に同一を含む)であり、オリゴヌクレオチドの立体不規則的調製物と比較して少なくとも5倍に富化されている(特定の型のオリゴヌクレオチドは、当該特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合パターン、および骨格リン修飾パターンを有するオリゴヌクレオチド5*(1/2)の割合を有し、この場合においてnはキラルヌクレオチド間結合の数である。または当該特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合のパターン、および骨格リン修飾のパターンを有するが、特定のオリゴヌクレオチド型ではないオリゴヌクレオチドは、当該特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合パターン、および骨格リン修飾パターンを有するオリゴヌクレオチドの[1−(1/2)]/5以下である)(特定の型のオリゴヌクレオチドは、多くの場合、当該特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合パターン、および骨格リン修飾パターンを有するオリゴヌクレオチドの1/2の割合を有するとみなされ、この場合においてnはキラルヌクレオチド間結合の数である。そして当該特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合のパターン、および骨格リン修飾のパターンを有するが、特定のオリゴヌクレオチド型ではないオリゴヌクレオチドは、多くの場合、当該特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合のパターン、骨格リン修飾パターンを有するオリゴヌクレオチドの[1−(1/2)]の割合を有するとみなされる)。一部の実施形態では、この富化は少なくとも20倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも30倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも40倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも50倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも60倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも70倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも80倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも90倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも100倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも200倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも300倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも400倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも500倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも600倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも700倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも800倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも900倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも1,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも2,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも4,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも8,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも10,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも20,000倍である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.5)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.6)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.7)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.1)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.8)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも(1.9)である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも2である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも3である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも4である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも5である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも6である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも7である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも8である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも9である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも10である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも15である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも20である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも25である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも30である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも40である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも50である。一部の実施形態では、この富化は少なくとも100である。一部の実施形態では、富化は、特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合パターン、および骨格リン修飾パターンを有するオリゴヌクレオチド中の特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドの割合の増加により測定される。一部の実施形態では、富化は、特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合パターン、および骨格リン修飾パターンを有するが、特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合パターン、および骨格リン修飾パターンを有するオリゴヌクレオチド中の特定のオリゴヌクレオチド型のものではないオリゴヌクレオチドの割合の低下により測定される。
一部の実施形態では、組成物は、標的化構成要素をさらに含有する。標的化構成要素は、脂質または生物活性剤に複合体化されてもよく、または複合体化されなくてもよい。一部の実施形態では、標的化構成要素は、生物活性剤に複合体化される。一部の実施形態では、生物活性剤は、脂質と標的化構成要素の両方に複合体化される。たとえば脂質、抗体、ペプチド、炭水化物などの様々な標的化構成要素が本開示に従い使用されることができる。
一部の実施形態では、本開示は、脂質と生物活性剤を含有する組成物の使用を包含する。一部の実施形態では、本開示は、提供される組成物を投与することを含む、標的位置に生物活性剤を送達するための方法を提供する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を筋細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を組織内の細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を臓器内の細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、対象内の細胞中に生物活性剤を送達し、当該対象に提供される組成物を投与することを含む。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を細胞質内に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を核内に送達する。
一部の実施形態は、本開示は、筋肉の細胞もしくは組織、または哺乳類(たとえばヒト対象)中の筋肉の細胞もしくは組織への生物活性剤の送達に関する方法に関する。当該方法は、生物活性剤および脂質および以下から選択される任意の1種以上の追加の構成要素を含有する組成物の使用に関する:ポリヌクレオチド、染料、挿入剤(たとえばアクリジン)、炭酸脱水酵素阻害剤、架橋剤(たとえばソラレンまたはマイトマイシンC)、ポルフィリン(たとえばTPPC4、テキサフィリン、またはサフィリン)、多環芳香族炭化水素(たとえばフェナジン、またはジヒドロフェナジン)、人工エンドヌクレアーゼ、キレート剤、EDTA、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、PEG(たとえばPEG−40K)、MPEG、[MPEG]、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射性標識マーカー、酵素、ハプテン(たとえばビオチン)、輸送/吸収促進剤(たとえばアスピリン、ビタミンE、または葉酸)、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、たとえば糖タンパク質、もしくはペプチド、たとえば共リガンドに対する特異的アフィニティを有する分子、もしくは抗体、たとえば抗体、ホルモン、ホルモン受容体、非ペプチド種、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補因子、または薬剤。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、または組成物に関連する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、または組成物に関する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、または組成物に関連する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、または組成物に関する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、または組成物に関連する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、または組成物に関する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)およびジリノレイル(dilinoleyl)からなる群から選択される脂質を提供するものであり、この場合において当該組成物は、筋肉の細胞もしくは組織、または哺乳類(たとえばヒト対象)中の筋肉の細胞もしくは組織へのオリゴヌクレオチドの送達に適している。一部の実施形態では、生物活性剤は、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドであり、提供される組成物は、当該オリゴヌクレオチドのキラル制御オリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、生物活性剤は、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドであり、提供される組成物は、当該オリゴヌクレオチドの非キラル制御オリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態では、本開示は、細胞または組織へ生物活性剤を送達する方法に関するものであり、当該方法は、以下の工程を含む:生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程;および当該組成物と、細胞または組織を接触させる工程。一部の実施形態では、本開示は、対象に生物活性剤を投与する方法に関するものであり、当該方法は、以下の工程を含む:生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程;および対象に当該組成物を投与する工程。一部の実施形態では、脂質は、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。様々な実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)およびジリノレイル(dilinoleyl)からなる群から選択される。一部の実施形態では、生物活性剤は、低分子、ペプチド、タンパク質、CRISPR−Cas系の構成要素、炭水化物、治療剤、化学療法剤、ワクチン、核酸、および脂質からなる群から選択される。一部の実施形態では、核酸は、オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、免疫調節性核酸、アプタマー、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、リボザイム、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、提供される組成物は、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する核酸のキラル制御オリゴヌクレオチド組成物である。様々な実施形態では、肝臓外細胞または組織は、筋細胞または筋組織である。様々な実施形態では、筋細胞または筋組織は、対象中にある。様々な実施形態では、筋細胞または筋組織は、筋関連疾患または障害に罹患する対象中にある。様々な実施形態では、筋関連障害は、筋肉減弱症、筋肉運動障害、筋萎縮関連障害、筋肉変性、筋力低下、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、心不全、呼吸障害、栄養失調および疾患によって引き起こされる骨格筋変性、インスリン依存性シグナル伝達障害に関連する筋肉関連疾患、筋萎縮性側索硬化症、脊髄筋萎縮および脊髄損傷、虚血性筋疾患である。一部の実施形態では、本開示は、対象中の筋細胞または筋組織に核酸(非限定的な例として、オリゴヌクレオチドまたは立体規定的(stereodefined)オリゴヌクレオチド)を投与する方法に関するものであり、当該対象は、筋関連疾患または障害を患い、当該方法は、以下の工程を含む:脂質および核酸を含有する組成物を提供する工程、ならびに対象に当該組成物の治療有効量を投与する工程。
一部の実施形態では、生物活性剤はオリゴヌクレオチドであり、その配列は、細胞核酸中の標的要素に対し実質的に相補的である要素であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、標的要素は、筋肉の疾患、障害、または状態に関連する配列要素であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、筋肉の疾患、障害、または状態はDMDである。一部の実施形態では、細胞核酸は、転写産物であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、細胞核酸は、一次転写産物であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、細胞核酸は、ゲノム核酸であるか、またはそれを含有する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供するものであり、当該組成物は細胞内に生物活性剤を送達するという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、組成物は、細胞の細胞質内に生物活性剤を送達する。
一部の実施形態では、組成物は、細胞の核内に生物活性剤を送達する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供するものであり、当該組成物は、脂質が無い場合の生物活性剤に対し観察されるレベルと比較し、高いレベルで細胞内に生物活性剤を送達する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供するものであり、当該組成物は、筋細胞内に生物活性剤を送達するという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、組成物は、筋細胞の細胞質内に生物活性剤を送達する。
一部の実施形態では、組成物は、筋細胞の核内に生物活性剤を送達する。
一部の実施形態では、組成物は、対象に投与されたときに、当該組成物は生物活性剤を当該対象の筋細胞に送達する点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、組成物は、筋細胞の細胞質内に生物活性剤を送達する。
一部の実施形態では、組成物は、筋細胞の核内に生物活性剤を送達する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤を筋細胞または筋組織に送達するための、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)およびジリノレイル(dilinoleyl)の一覧から選択される脂質を含有する組成物を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、以下から選択される脂質を含有する組成物を提供する:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供するものであり、
この場合において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有し、
この場合において、生物活性剤は、低分子、ペプチド、タンパク質、CRISPR−Cas系の構成要素、炭水化物、治療剤、化学療法剤、ワクチン、核酸、および脂質からなる群から選択される。
一部の実施形態では、本開示は、脂質を筋細胞または筋組織に送達するための、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、以下を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含有する:
1)共通塩基配列;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格リン修飾の共通パターン;
この場合において、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、個々に脂質に複合体化されている。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、以下を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含有する:
1)共通塩基配列;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格リン修飾の共通パターン;
この場合において、
当該組成物は、当該複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有するという点でキラル制御されており;
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、個々に脂質に複合体化されており;および
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが任意に、および個々に標的化化合物または部分に複合体化されている。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、対象中の細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該核酸はゲノム核酸である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、対象中の細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該核酸はゲノム核酸である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、mRNAまたはその一部である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、対象中の細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、mRNAまたはその一部である。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、疾患または障害と関連している。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、対象中の細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、疾患または障害と関連している。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、筋細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、筋関連の疾患または障害と関連している。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、対象中の筋細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、筋関連の疾患または障害と関連している。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、5個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、10個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、各々のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有し、それにより、複数のオリゴヌクレオチドは、骨格キラル中心の共通パターンを共有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、独立して、当該オリゴヌクレオチド上の5’−OHを介して脂質に複合体化されている。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、独立して、当該オリゴヌクレオチド上の3’−OHを介して脂質に複合体化されている。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの各オリゴヌクレオチドが個々に脂質に複合体化されている。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの各オリゴヌクレオチドが個々に同一の脂質に複合体化されている。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供するものであり、当該剤は、本明細書に開示される任意の剤であり、当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト対象中の筋細胞または筋組織にオリゴヌクレオチドを送達する方法を提供するものであり、当該方法は、以下を含む:
(a)いずれか1つの実施形態の組成物または方法を提供すること;および
(b)当該ヒト対象に組成物を投与し、それにより当該オリゴヌクレオチドが当該対象中の筋細胞または筋組織に送達されること。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤を筋細胞または筋組織に送達するための方法を提供するものであり、当該方法は、実施形態のいずれか1つに従う組成物を調製すること、および当該組成物を用いて当該細胞または組織を治療すること[接触させること]を含む。
一部の実施形態では、本開示は、細胞中の遺伝子の転写産物または遺伝子産物のレベルを調節する方法を提供するものであり、当該方法は、実施形態のいずれか1つに従う組成物と、当該細胞を接触させる工程を含み、この場合において当該生物活性剤が、当該転写産物または遺伝子産物のレベルを調節することができる。
一部の実施形態では、本開示は、筋細胞または筋組織中の遺伝子の発現を阻害するための方法を提供するものであり、当該方法は、実施形態のいずれか1つに従う組成物を調製すること、および当該組成物を用いて当該筋細胞または筋組織を治療することを含む。
一部の実施形態では、本開示は、哺乳類中の筋細胞または筋組織中の遺伝子の発現を阻害するための方法を提供するものであり、当該方法は、実施形態のいずれか1つに従う組成物を調製すること、および当該組成物を当該哺乳類に投与することを含む。
一部の実施形態では、本開示は、対象中の筋細胞または筋組織中の1種または数種のタンパク質の過剰発現により引き起こされる疾患を治療する方法を提供するものであり、当該方法は、当該対象に、実施形態のいずれか1つに従う組成物を投与することを含む。
一部の実施形態では、本開示は、対象中の1種または数種のタンパク質の発現の低下、抑制、または喪失により引き起こされる疾患を治療する方法を提供するものであり、当該方法は、当該対象に、実施形態のいずれか1つに従う組成物を投与することを含む。
一部の実施形態では、本開示は、対象中の免疫反応を惹起させるための方法を提供するものであり、当該方法は、当該対象に、実施形態のいずれか1つに従う組成物を投与することを含み、この場合において生物活性化合物は、免疫調節性核酸である。
一部の実施形態では、本開示は、実施形態のいずれか1つに記載の組成物または方法を提供すること、および当該組成物を対象に投与することにより、癌、増殖性の疾患、障害、または状態、代謝性の疾患、障害、または状態、炎症性の疾患、障害、または状態、およびウイルス感染から選択される、対象中の疾患、障害、または状態の兆候および/または症状を治療するための方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、細胞中のエクソンスキップの量を調節する方法を提供するものであり、当該方法は、実施形態のいずれか1つに従う組成物と、当該細胞を接触させる工程を含み、この場合において当該生物活性剤が、エクソンスキップの量を調節することができる。
一部の実施形態では、本開示は、その必要のある対象に生物活性剤を投与する方法を提供するものであり、当該方法は、剤および脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該組成物を当該対象に投与する工程を含み、当該剤は、本明細書に開示される任意の剤であり、当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。
一部の実施形態では、本開示は、対象の疾患を治療する方法を提供するものであり、当該方法は、剤および脂質を含有する組成物を提供する工程、当該対象に当該組成物の治療有効量を投与する工程を含み、当該剤は、本明細書に開示される任意の剤であり、当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、当該疾患は、本明細書に開示される任意の疾患である。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、三環式または多環式の部分を含まない。
一部の実施形態では、脂質は、R−COOHの構造を有し、式中、Rは、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。
一部の実施形態では、脂質は、そのカルボキシル基を介して複合体化される。
一部の実施形態では、脂質は、以下から選択される:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、脂質は、生物活性剤と複合体化される。
一部の実施形態では、脂質は、生物活性剤と直接的に複合体化される。
一部の実施形態では、脂質は、リンカーを介して生物活性剤と複合体化される。
一部の実施形態では、リンカーは、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸塩を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのレドックス切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸塩系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、および少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーから選択される。
一部の実施形態では、核酸は、オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、スプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO:splice switching oligonucleotide)、免疫調節性核酸、アプタマー、リボザイム、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部である。
一部の実施形態では、RNAi剤は、siRNA、shRNA、miRNA、sisiRNA、メロデュプレックスRNA(mdRNA:meroduplex RNA)、DNA−RNAキメラ、2つのミスマッチ(またはそれ以上のミスマッチ)を含有するsiRNA、中性siRNA、aiRNA、または末端スペーサーもしくは内部スペーサーを含有するsiRNAである。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの各オリゴヌクレオチドが個々に同一の位置で同一の脂質に複合体化されている。
一部の実施形態では、脂質は、リンカーを介してオリゴヌクレオチドと複合体化されている。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、標的化化合物または標的化部分と複合体化されている。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、脂質、および標的化化合物または標的化部分と複合体化されている。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、一端では脂質と、および他方の端では標的化化合物または標的化部分と複合体化されている。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、同一の化学修飾パターンを共有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上の塩基修飾を含有する同一の化学修飾パターンを共有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上の糖修飾を含有する同一の化学修飾パターンを共有する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、筋細胞中の転写産物とハイブリダイズすることができ、その転写産物は、筋疾患に関連付けられる変異、またはそのレベル、活性、および/もしくは分布が、筋疾患に関連づけられる変異を含有する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、筋細胞中の転写産物とハイブリダイズすることができ、組成物は、転写スプライシング系において転写産物と接触したときに、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のスプライシングを変化させる点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK:dystrophia myotonica protein kinase)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)の転写産物とハイブリダイズする。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィンの転写産物とハイブリダイズする。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィンの転写産物とハイブリダイズし、組成物は、ジストロフィンにコードされる1つ以上の機能性タンパク質、または部分機能性タンパク質の産生を増加させる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の連続的な2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の連続的な2’−Fを5’末端の10ヌクレオチド以内に含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の2’−Fを5’末端の10ヌクレオチド以内に含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の連続的な2’−Fを5’末端で含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5個以上の連続的な2’−Fを3’末端の最初の10ヌクレオチド以内に含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5個以上の2’−Fを3’末端の10ヌクレオチド以内に含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、7個以上の連続的な2’−Fを3’末端で含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、5’末端で3個以上の連続的な2’−F、3’末端で3個以上の連続的な2’−F、および5’末端の2’−F修飾と3’末端の2’−F修飾の間に3個以上の2’−ORを含有する、糖修飾の共通パターンを共有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、5’末端で3個以上の2’−F、3’末端で3個以上の2’−F、および5’末端の2’−F修飾と3’末端の2’−F修飾の間に3個以上の2’−ORを含有する、糖修飾の共通パターンを共有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に5個以上の2’−Fを含有する、
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の連続的な2’−Fを5’末端で含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に7個以上の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に5個以上の連続的な2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、7個以上の連続的な2’−Fを3’末端で含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、5’−ウィング−コア−ウィング−3’の構造を含有し、この場合において各ウィング領域は独立して、3〜10個のヌクレオシドを含有し、コア領域は独立して3〜10個のヌクレオシドを含有する。
一部の実施形態では、コアは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ(たとえば、SpまたはRpの配置)、およびキラルではないヌクレオチド間結合を少なくとも1つ(たとえば、ホスホジエステルまたはホスホロジチオエート)含有する。一部の実施形態では、コアは、Sp配置でキラル制御されたホスホロチオエートであるヌクレオチド間結合を少なくとも1つ、およびキラルではないヌクレオチド間結合を少なくとも1つ(たとえば、ホスホジエステルまたはホスホロジチオエート)含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は、非修飾の糖部分を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、1つ以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、コアヌクレオシド後の各ヌクレオチド間結合は、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィングは、キラル制御されたヌクレオチド間結合を少なくとも1つ(たとえば、SpまたはRpの配置のホスホロチオエート)、およびキラルではないヌクレオチド間結合を少なくとも1つ(たとえば、ホスホジエステルまたはホスホロジチオエート)含有する。一部の実施形態では、ウィングは、Sp配置でキラル制御されたホスホロチオエートであるヌクレオチド間結合を少なくとも1つ、およびキラルではないヌクレオチド間結合を少なくとも1つ(たとえば、ホスホジエステルまたはホスホロジチオエート)含有する。一部の実施形態では、ウィングは、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアヌクレオシド後の各ヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、3つ以上の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、3つ以上の連続的な2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、10%以上の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域の各糖は、2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、3つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、3つ以上の連続的ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、10%以上のヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、キラルである。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、5つ以上のRpキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、5つ以上のRp連続的ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、10%以上のRpヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、Rpである。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、3つ以上の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、5つ以上の連続的な2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、10%以上の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域の各糖は、2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、3つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、5つ以上の連続的ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、10%以上のヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、キラルである。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、3つ以上のRpキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、5つ以上のRp連続的ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、10%以上のRpヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、Rpである。
一部の実施形態では、5’−ウィングおよび3’−ウィングは、同じ長さ、化学修飾パターン、骨格ヌクレオチド間結合パターン、および骨格キラル中心パターンを有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、Rpホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、Rpホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、コア領域は、3つ以上の2’−ORを含有する。
一部の実施形態では、コア領域は、5つ以上の連続的2’−ORを含有する。
一部の実施形態では、コア領域は、10%以上の2’−ORを含有する。
一部の実施形態では、コア領域の各糖は、2’−ORを含有する。
一部の実施形態では、コア領域は、3つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、コア領域は、5つ以上の連続的ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、コア領域は、10%以上のヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、コア領域の各ヌクレオチド間結合は、キラルである。
一部の実施形態では、コア領域の各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、コア領域は、3つ以上のSpキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、コア領域は、5つ以上のSp連続的ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、コア領域は、10%以上のSpヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、コア領域の各ヌクレオチド間結合は、Spである。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、5つ以上のSpキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、5つ以上のSp連続的ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域は、10%以上のSpヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、Spである。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、3つ以上のSpキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、5つ以上のSp連続的ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域は、10%以上のSpヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、Spである。
一部の実施形態では、5’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、Spホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、3’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、Spホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、核酸は、スプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)である。
一部の実施形態では、核酸は、ジストロフィンを標的とするスプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)である。
一部の実施形態では、核酸は、ジストロフィンのエクソン51、45、53または44を標的とするスプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)である。
一部の実施形態では、核酸は、ジストロフィンのエクソン51を標的とするスプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)である。
一部の実施形態では、免疫調節性核酸は、CpGオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、免疫調節性核酸は、TLR9介在性、またはTLR9関連性の免疫反応を刺激することができるCpGオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、免疫調節性核酸は、TLR9介在性、またはTLR9関連性の免疫反応と拮抗することができるCpGオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約14個〜約49個のヌクレオチドのストランドを含有する。
当該オリゴヌクレオチドはさらに第二のストランドを含有する場合。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基、糖、またはヌクレオシド間結合に対し、少なくとも1つの修飾を含有する。
一部の実施形態では、修飾は、2’炭素での糖修飾である。
一部の実施形態では、修飾は、以下から選択される2’炭素での糖修飾である:2’−MOE、2’−OMe、および2’−F。
一部の実施形態では、生物活性剤は、核酸である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、免疫調節性核酸である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、免疫反応を刺激する、または拮抗するCpGオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、生物活性剤は、TLR9介在性またはTLR9関連性の免疫反応を刺激する、または拮抗するCpGオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、生物活性剤は低分子であり、この場合において当該低分子は疎水性である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、ステロールおよび疎水性ビタミンからなる群から選択される疎水性低分子である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、コレステロールである。
一部の実施形態では、生物活性剤は、核タンパク質、ムコタンパク質、リポタンパク質、合成ポリペプチド、タンパク質に連結された低分子、および糖たんぱく質からなる群から選択されるタンパク質である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、一本鎖もしくは部分二本鎖のオリゴマー、またはリボヌクレオチドから構成されるポリマーの形態の核酸である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、miRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、siRNA、免疫刺激性オリゴヌクレオチド、アプタマー、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、リボザイム、および特定の遺伝子またはsiRNAをコードするプラスミドからなる群から選択される核酸である。
一部の実施形態では、細胞または組織は、筋細胞または筋組織である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、核酸である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、生物活性剤は、エクソンスキップを調節するオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、生物活性剤は、エクソンスキップを調節する立体規定的オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、疾患または障害は、筋関連疾患または障害である。
一部の実施形態では、筋関連障害は、筋肉減弱症、筋肉運動障害、筋萎縮関連障害、筋肉変性、筋力低下、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、心不全、呼吸障害、栄養失調および疾患によって引き起こされる骨格筋変性、インスリン依存性シグナル伝達障害に関連する筋肉関連疾患、筋萎縮性側索硬化症、脊髄筋萎縮および脊髄損傷、虚血性筋疾患である。
一部の実施形態では、細胞または組織は、筋細胞または筋組織であり、この場合において生物活性剤は、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである立体規定的オリゴヌクレオチドであり、対象は、筋障害を患っている。
一部の実施形態では、細胞または組織は、筋細胞または筋組織であり、この場合において生物活性剤は、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである立体規定的オリゴヌクレオチドであり、対象は、筋ジストロフィーを患っている。
一部の実施形態では、細胞または組織は、筋細胞または筋組織であり、この場合において生物活性剤は、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである立体規定的オリゴヌクレオチドであり、対象は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーを患っている。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において各変数は独立して、本明細書に規定され、および記載されるとおりである。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において各変数は独立して、本明細書に規定され、および記載されるとおりである。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において各変数は独立して、本明細書に規定され、および記載されるとおりである。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態において、組成物は、以下から選択される1種以上の追加の構成要素をさらに含有する:ポリヌクレオチド、炭酸脱水酵素阻害剤、染料、挿入剤、アクリジン、架橋剤、ソラレン、マイトマイシンC、ポルフィリン、TPPC4、テキサフィリン、サフィリン、多環芳香族炭化水素フェナジン、ジヒドロフェナジン、人工エンドヌクレアーゼ、キレート剤、EDTA、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、PEG、PEG−40K、MPEG、[MPEG]、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射性標識マーカー、酵素、ハプテンビオチン、輸送/吸収促進剤、アスピリン、ビタミンE、葉酸、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、糖タンパク質、ペプチド、共リガンドに対する特異的アフィニティを有する分子、抗体、ホルモン、ホルモン受容体、非ペプチド種、脂質、レクチン、糖、ビタミン、補因子、または薬剤。
一部の実施形態では、脂質は、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と脂質を連結させるリンカーをさらに含有し、この場合において当該リンカーは、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸塩を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのレドックス切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸塩系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーから選択される。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有する。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に記載される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、表4Aに列記される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、スプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、ジストロフィン遺伝子のエクソンをスキップすることができる、またはスキップを介在することができるオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、ジストロフィン遺伝子のエクソン51をスキップすることができる、またはスキップを介在することができるオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、ジストロフィン遺伝子のエクソン51、45、53、または44をスキップすることができる、またはスキップを介在することができるオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、以下のいずれかの配列を含有するか、またはからなる:WV−887、WV−896、WV−1709、WV−1710、WV−1714、WV−2095、WV−2100、WV−2106、WV−2107、WV−2108、WV−2109、WV−2223、WV−2224、WV−2225、WV−2226、WV−2227、WV−2228、WV−2229、WV−2230、WV−2438、WV−2444、WV−2445、WV−2526、WV−2527、WV−2528、WV−2529、WV−2530、WV−2531、WV−2533、WV−2578、WV−2580、WV−2587、WV−3047、WV−3152、WV−3472、WV−3473、WV−3507、WV−3508、WV−3509、WV−3510、WV−3511、WV−3512、WV−3513、WV−3514、WV−3515、WV−3545、またはWV−3546。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUである。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUであり、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも1つのキラル制御中心を含有する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUであり、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも1つ含有する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUであり、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、少なくとも3つのキラル制御中心を含有する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUであり、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの少なくとも15個の連続塩基を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で30塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で40塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUの塩基配列から5個以下のミスマッチを有する配列を含有し、オリゴヌクレオチドは、最大で50塩基の長さを有し、骨格キラル中心の共通パターンは、各々Sp配置のホスホロチオエートであるキラル制御中心を少なくとも5つ含有する。
一部の実施形態では、骨格キラル中心の共通パターンは、以下から選択される:SSS、SSSS、SSSSS、SOS、SSOSS、SSSOSSS、SSSSOSSSS、SSSSSOSSSSS、SSSSSSOSSSSSS、SSSSSSSOSSSSSSS、SSSSSSSSOSSSSSSSS、SSSSSSSSSOSSSSSSSSS、SOSOSOSOS、SSOSOSOSOSS、SSSOSOSOSOSSS、SSSSOSOSOSOSSSS、SSSSSOSOSOSOSSSSS、SSSSSSOSOSOSOSSSSSS、SOSOSSOOS、SSOSOSSOOSS、SSSOSOSSOOSSS、SSSSOSOSSOOSSSS、SSSSSOSOSSOOSSSSS、SSSSSSOSOSSOOSSSSSS、SOSOOSOOS、SSOSOOSOOSS、SSSOSOOSOOSSS、SSSSOSOOSOOSSSS、SSSSSOSOOSOOSSSSS、SSSSSSOSOOSOOSSSSSS、SOSOSSOOS、SSOSOSSOOSO、SSSOSOSSOOSOS、SSSSOSOSSOOSOSS、SSSSSOSOSSOOSOSSS、SSSSSSOSOSSOOSOSSSS、SOSOOSOOSO、SSOSOOSOOSOS、SSSOSOOSOOSOS、SSSSOSOOSOOSOSS、SSSSSOSOOSOOSOSSS、SSSSSSOSOOSOOSOSSSS、SSOSOSSOO、SSSOSOSSOOS、SSSSOSOSSOOS、SSSSSOSOSSOOSS、SSSSSSOSOSSOOSSS、OSSSSSSOSOSSOOSSS、OOSSSSSSOSOSSOOS、OOSSSSSSOSOSSOOSS、OOSSSSSSOSOSSOOSSS、OOSSSSSSOSOSSOOSSSS、OOSSSSSSOSOSSOOSSSSS、およびOOSSSSSSOSOSSOOSSSSSSであり、この場合においてOは非キラル中心であり、SがSp配置のキラル中心である。一部の実施形態では、非キラル中心は、ホスホジエステルである。一部の実施形態では、Sp配置のキラル中心は、ホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、以下のいずれか1つ以上を含む:塩基配列(長さを含む);糖および塩基部分への化学修飾のパターン;骨格結合のパターン;天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、およびそれらの組み合わせのパターン;骨格キラル中心のパターン;キラルヌクレオチド間結合の立体化学(Rp/Sp)のパターン;骨格リン修飾のパターン;ヌクレオチド間のリン原子上の修飾パターン、例えば、式Iの−S、および−L−R
一部の実施形態では、筋細胞または筋組織は、以下から選択される:骨格筋、平滑筋、心筋、横隔膜、腓腹筋、大腿四頭筋、三頭筋、および/または心臓。
一部の実施形態では、方法は、細胞の細胞質内に生物活性剤を送達する。
一部の実施形態では、方法は、細胞の核内に生物活性剤を送達する。
一部の実施形態では、キラルヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK:dystrophia myotonica protein kinase)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)の転写産物とハイブリダイズする。
ジムノティック(gymnotic)送達(脂質と複合体化されていない)を介して送達される、または脂質と複合体化されて送達される、生物活性剤のオリゴヌクレオチドWV−942により調節されるエクソンスキップ(表1に列記)。
脂質複合体の例
腓腹筋、心臓および大腿四頭筋の筋組織へのジムノティック送達(脂質に複合体化されていない)を介して送達されるか、または脂質と複合体化されて送達されるオリゴヌクレオチドWV−942の送達に関するin vivo薬物動態(PK)データ。被験物質は表1に列記される。
腓腹筋、心臓および大腿四頭筋ならびに横隔膜の筋組織に、ジムノティック送達(脂質と複合体化されていない)を介して送達された、または脂質に複合体化されて送達されたWV−942の送達に関するin vivo薬物動態(PK)データ。
異なる組織(大腿四頭筋および横隔膜)における脂質複合体の標準曲線。
異なる組織(心臓および腓腹筋)における脂質複合体の標準曲線。
生物活性剤と複合体化のための、脂質およびリンカーの構造例 略語:オリゴ:オリゴヌクレオチドの例
ASOを検出するためのハイブリダイゼーションアッセイ:サンドイッチ。略語:B:ビオチン;SA:ストレプトアビジン;AP:アルカリホスファターゼ;ASO:アンチセンスオリゴヌクレオチド。
図9A〜図9E 様々なオリゴヌクレオチドの脂質複合体のLC−MSおよびデコンボリューション化(deconvoluted)質量 同上。 同上。 同上。 同上。
図10Aおよび図10B 様々なオリゴヌクレオチドの配列および化学:WV395およびWV884〜WV897 suffices.01および.02は、バッチ番号を示す。これらは、2’−OMe修飾を含む立体的に純粋な(キラル的に純粋な)オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物を含む。 同上。
図11Aおよび図11B ヒトジストロフィンのエクソン51のスキップを誘導する様々なオリゴヌクレオチドの能力。図11Bは編集データであり、3つ以上の反復実験を含む。対照:WV−942、WV−1714および未処置;濃度:10uM;期間:分化培地中で4日;処置はジムノティック(トランスフェクション試薬を伴わない)であった;細胞:Del 48−50[(ジストロフィン欠失エクソン48〜50)、DL 589.2(ジストロフィン欠失エクソン51〜55)を有する患者由来の初代ヒト筋芽細胞]。 同上。
図12Aおよび図12B。WV−2095〜WV−2109を含む、様々なオリゴヌクレオチドのウィング上のPS(ホスホロチオエート)および2’−Fの組成。WV−2106〜WV−2109は、ヘミマー(hemimer)である。 同上。
図13Aおよび図13B。ジストロフィンのエクソン51のスキップを誘導する様々なオリゴヌクレオチドの能力。図13Bは、WV−1714の追加データを示す。この実験の陰性対照であるWV−1683は、マウスエクソン23を標的とする。 同上。
図14Aおよび図14B。様々なオリゴヌクレオチド、WV−1108およびWV−2381〜WV−2395の配列および化学。これらは、ウィング中にPS(ホスホロチオエート)を有し、コア中にPO(ホスホロジエステル)を有する。 同上。
ジストロフィンのエクソン51のスキップを誘導する様々なオリゴヌクレオチドの能力。対照:WV−942(ドリサペルセン(Drisapersen)、立体不規則的)および未処置;濃度:10uM;期間:分化培地中で4日;細胞:Del 48−50;処置は、ジムノティック(トランスフェクション試薬を用いない)であった。
図16Aおよび図16B。様々なオリゴヌクレオチド、 WV−2366〜WV−2370の配列および化学。これらは、ウィング中にSp配置のホスホロチオエートを有し、コア中にPO(ホスホロジエステル)を有する。 同上。
ジストロフィンのエクソン51のスキップを誘導する様々なオリゴヌクレオチドの能力。対照:WV−942および未処置;濃度 10uM;期間:分化培地中で4日;細胞:Del 48−50;処置は、ジムノティック(トランスフェクション試薬を用いない)であった。
WV−2313〜WV−2320、およびWV−2223〜WV−2230を含む、20merまたは25merの様々なオリゴヌクレオチドの配列および化学。
ヒト(H)ジストロフィン配列とマウス(M)ジストロフィン配列に対する、WV−2313〜WV−2320、およびWV−2223〜WV−2230を含む、20merまたは25merの様々なオリゴヌクレオチドの配列の位置。
ジストロフィンのエクソン51のスキップを誘導する様々なオリゴヌクレオチドの能力。対照:WV−942および未処置;濃度 10uM;期間:分化培地中で4日;細胞:Del 48−50;処置は、ジムノティック(トランスフェクション試薬を用いない)であった。
図21は、WV−942(ドリサペルセン)と比較した、ヒトジストロフィンのエクソン51のスキップにおける2’−Fウィング、およびPOコアまたはRpコアのいずれかを有する立体的に純粋なオリゴヌクレオチドの有効性を示す。処置は10μM、ジムノティック処置であった。
図22は、WV−942と比較した、ヒトジストロフィンのエクソン51のスキップにおける立体的に純粋なオリゴヌクレオチドの有効性を示す。2つの異なる投与量(3μMおよび10μM)のデータが提示される。左下は、2’−F修飾および2’−OMe修飾の異なるパターンを有する立体不規則的物質である。右下は、立体的に純粋なオリゴヌクレオチドである。
図23は、様々なオリゴヌクレオチドの有効性を示す;WV−942と比較した倍数変化が示されている。2つの異なる投与量(3μMおよび10μM)のデータが提示される。
図24は、生物活性剤(非限定的な例として、オリゴヌクレオチド)への付加のためのCA(炭酸脱水酵素)阻害剤の例、およびリンカーの例を示す。
図25は、ヒトジストロフィンのエクソン51のスキップにおける、脂質部分を含有するオリゴヌクレオチドのスキップ効率の例を示す。0.3μM〜30μMの異なる投与量のデータが提示される。概して濃度の上昇に伴い、スキップ効率が向上する。WV−3545(POおよびC6アミノリンカーによってステアリン酸と複合体化されたWV−3473)およびWV−3546(POおよびC6アミノリンカーによってツルビナル酸と複合体化されたWV−3473)は、両方とも脂質部分を含有し、高い効率を示した。処置は、ジムノティック(トランスフェクション試薬を用いない)であった。実験を3回繰り返し、平均データを示した。
図26は、いくつかの実施例で提供されるオリゴヌクレオチドが、試験された条件下ではhTLR9アゴニスト活性を有さないことを示す。実験を3回繰り返し、平均データを示した。
図27は、脂質部分を含有する、実施例で提供されるオリゴヌクレオチドが、hTLR9活性を効率的に減弱させ得る(そしてhTLR9に拮抗する)ことを示す。示されるように、脂質(たとえばステアリン酸(WV−3545)またはツルビナル酸(WV−3546))とオリゴヌクレオチドの複合体(たとえばWV−3473(WV−3545およびWV−3546))は、hTLR9アンタゴニスト活性を有意に増加させた。アゴニスト性オリゴヌクレオチドODN2006の濃度は、0.3μMで一定に保たれた。各オリゴヌクレオチドは、以下の低減濃度で検証された:5、2.5、1.25、0.6、0.3、0.15および0.075μM(左から右)。処置は、ジムノティック(トランスフェクション試薬を用いない)であった。実験を3回繰り返し、平均データを示した。
図28は、脂質部分を含有する、実施例で提供されるオリゴヌクレオチドが、hTLR9活性を効率的に減弱させ得る(そしてhTLR9に拮抗する)ことを示す。示されるように、脂質(たとえばステアリン酸(WV−3545)またはツルビナル酸(WV−3546))とオリゴヌクレオチドの複合体(たとえばWV−3473(WV−3545およびWV−3546))は、hTLR9アンタゴニスト活性を有意に増加させた。neg:陰性対照(緩衝液のみ)。ODN2006c:CpG配列をGpCに置き換えたアゴニスト対照。PMO:エテプリルセン(Eteplirsen)。アゴニスト性オリゴヌクレオチドODN2006の濃度は、0.3μMで一定に保たれた。各オリゴヌクレオチドは、以下の低減濃度で検証された:5、2.5、1.25、0.6、0.3、0.15および0.075μM(左から右)。処置は、ジムノティック(トランスフェクション試薬を用いない)であった。実験を3回繰り返し、平均データを示した。
図29は、様々な脂質を含有する実施例で提供されるオリゴヌクレオチドが、WV−942と比較し、スキップ効率を有意に改善できることを示す。3μM(右側のカラム)および10μM(左側のカラム)の2つの投与量のデータを示す。処置は、ジムノティック(トランスフェクション試薬を用いない)であった。ND:未測定。
図30は、ヒトジストロフィンのエクソン51のスキップにおける、実施例で提供されるオリゴヌクレオチドののスキップ効率の例を示す。脂質複合体(WV−3534、WV−3553、WV−3546、およびWV−4106)は、有意に効率を改善した。概して濃度の上昇に伴い、スキップ効率が向上する。1μM、3μM、10μMおよび10μMの4つの異なる投与量のデータを提示する。DMD del48−50細胞を使用した。処置は、ジムノティック(トランスフェクション試薬を用いない)であった。
同上。図31A〜図31D。図31A〜図31Dは、様々な筋肉:腓腹筋(図31A)、三頭筋(図31B)、心臓(図31C)、および横隔膜(図31D)におけるオリゴヌクレオチドの分布を示す。以下のオリゴヌクレオチドが検証された:WV−3473、WV−3545、およびWV−3546。対照としてWV−942。脂質部分を含有する実施例のオリゴヌクレオチドは1種以上の筋組織への分布が改善され、および/または対照と比較し、一定期間後にただちに除去され得た。 同上。 同上。 同上。
1. 定義
本明細書中で使用される場合、他に示されない限り、以下の定義が適用される。本開示の目的に対し、化学元素は、元素の周期律表、CASバージョン、Handbook of Chemistry and Physics、第75版に従って同定される。更に、有機化学の一般原則は、“Organic Chemistry”,Thomas Sorrell,University Science Books,Sausalito:1999、及び“March’s Advanced Organic Chemistry”,5th Ed.,Ed.:Smith,M.B及びMarch,J.,John Wiley&Sons,New York:2001に記載されており、その全内容は参照により本明細書に組み込まれる。
脂肪族:本明細書で使用される場合には、「脂肪族」は、完全に飽和した、もしくは1つ以上の不飽和単位を含む、直鎖状の(即ち、非分枝状の)または分枝状の、置換または非置換の炭化水素鎖、または完全に飽和した、もしくは1つ以上の不飽和単位(芳香族ではない)を含む、置換または非置換の単環式、二環式または多環式の炭化水素環、またはそれらの組み合わせを意味する。特に明記しない限り、脂肪族基は1〜100個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、脂肪族基は1〜20個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜10個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜9個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜8個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜7個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施形態では、脂肪族基は1〜6個の脂肪族炭素原子を含む。更に別の実施形態では、脂肪族基は1〜5個の脂肪族炭素原子を含み、更に他の実施形態では、脂肪族基は1、2、3又は4個の脂肪族炭素原子を含む。好適な脂肪族基には、直鎖状の又は分枝状の、置換又は非置換のアルキル、アルケニル、アルキニル基及びそれらのハイブリッドが含まれるが、これらに限定されない。
アルケニル:本明細書で使用される用語「アルケニル」は、本明細書で定義されるように1つ又は複数の二重結合を有するアルキル基を指す。
アルキル:本明細書で使用される用語「アルキル」は、当該技術分野で通常の意味を有し、直鎖アルキル基、分枝鎖アルキル基、シクロアルキル(脂環式)基、アルキル置換シクロアルキル基、及びシクロアルキル置換アルキル基を含む飽和脂肪族基を含み得る。いくつかの実施形態では、アルキルは1〜100個の炭素原子を有する。ある実施形態では、直鎖アルキルまたは分枝鎖アルキルはその主鎖中に約1〜20個(例えば、直鎖の場合はC−C20、分枝鎖の場合はC−C20)、あるいは約1〜10個の炭素原子を有する。いくつかの実施形態では、シクロアルキル環は、環が単環式、二環式又は多環式であるその環構造中に約3〜10個の炭素原子、あるいは環構造中に約5、6又は7個の炭素を有する。一部の実施形態では、アルキル基は低級アルキル基であってもよく、低級アルキル基は1〜4個の炭素原子(例えば、直鎖低級アルキルの場合はC−C)を含む。
アルキニル:本明細書で使用される用語「アルキニル」は、本明細書で定義されるように1つ又は複数の三重結合を有するアルキル基を指す。
動物:本明細書において使用される場合、「動物」という用語は、動物界の任意のものを指す。一部の実施形態では、「動物」とは、任意の発達段階にあるヒトを指す。一部の実施形態では、「動物」とは、任意の発達段階にある非ヒト動物を指す。ある実施形態では、非ヒト動物は、哺乳類(例えば、げっ歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、および/またはブタ)である。一部の実施形態では、動物としては、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、および/または蠕虫類を挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子組み換え動物、および/またはクローンであってもよい。
抗体:「抗体」、「イムノグロブリン」という用語、およびその関連用語は、本明細書において使用される場合、主にプラズマ細胞により産生されるタンパク質(またはその断片、またはその生物活性断片)を指し、プラズマ細胞は、免疫系に使用され、特定の抗原、エピトープ、構造、病原体、核酸、およびその他の分子を認識、特定、ならびに/または中和する。一部の実施形態では、抗体は、有害な主体、いわゆる抗原の固有分子を、可変領域を介して認識する。一部の実施形態では、抗体としては、限定されないが、モノクローナル抗体(イムノグロブリンFc領域を有する全長抗体を含む)、多エピトープ的特異性を有する抗体組成物、多特異性抗体(たとえば二特異性抗体、ダイアボディ、および一本鎖分子)、ならびに抗体断片が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、抗体は、たとえば実質的に均一な抗体群から取得される抗体などのモノクローナル抗体である。一部の実施形態では、抗体はキメラ抗体であり、キメラ抗体は、重鎖および/または軽鎖の一部が、特定種に由来する抗体中、または特定の抗体のクラスもしくはサブクラスに属する抗体中の対応配列と同一、または相同であり、一方で、当該鎖の残りの部分は、別種に由来する抗体中、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体中、ならびにかかる抗体断片が望ましい生物活性を示す限りにおいてはかかる抗体断片中の対応配列と同一、または相同である。本明細書における対象のキメラ抗体としては、限定されないが、非ヒト霊長類(たとえば、旧世界ザルの類人猿など)に由来する可変ドメイン抗原結合配列とヒト定常領域配列を含有する「霊長類化」された抗体が挙げられるが、これに限定されない。一部の実施形態では、抗体断片は、そのままの抗体の一部、好ましくはそのままの抗体の抗原結合領域および/または可変領域を含有する。抗体断片の非限定的な例としては、Fab、Fab’、F(ab’)2、およびFc断片;ダイアボディ;直線状抗体;ナノボディ;抗体断片から形成された一本鎖抗体分子および多特異性抗体が挙げられる。一部の実施形態では、抗体は、5つのクラス、IgA、IgD、IgE、IgG、およびIgMのうちのいずれかであってもよく、それらは各々、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ、およびミューと指定される重鎖を含むmRNAによりコードされ得る。一部の実施形態では、任意の抗体サブクラスが、全体または一部でコードされてもよく、および以下のサブクラスを含んでもよい:IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1およびIgA2。様々な実施形態では、抗体を利用して、多くの治療領域の状態または疾患を治療することができ、当該治療領域としては、限定されないがたとえば血液、心血管、CNS、中毒(抗毒素を含む)、皮膚、内分泌、消化管、医学画像、骨格筋、癌、免疫、呼吸器、感覚器、および抗感染の分野が挙げられる。一部の実施形態では、抗体は、抗体バリアントのいずれかであり、抗体バリアントとしては限定されないが、置換型バリアント、保存的アミノ酸置換、挿入バリアント、欠失バリアント、および/または共有結合性バリアントが挙げられる。1つの実施形態では、本明細書に開示される主要構築物および/またはmmRNAは、イムノグロブリンFc領域をコードしてもよい。別の実施形態では、主要構築物および/またはmmRNAは、バリアントイムノグロブリンFc領域をコードしてもよい。一部の実施形態では、主要構築物および/またはmmRNAは、米国特許第8,217,147号に記載されるバリアントイムノグロブリンFc領域を有する抗体をコードしてもよい。
アンチセンスオリゴヌクレオチド:「アンチセンスオリゴヌクレオチド」または「ASO」という用語は、本明細書において使用される場合、たとえばワトソンクリック塩基対形成または非ワトソンクリック塩基対形成により、オリゴヌクレオチドまたは同種のものが、たとえば別の核酸、修飾核酸または核酸アナログなどの標的分子にハイブリダイズすることを可能とさせる塩基配列もしくは同種のものを有する、含有する、またはからなるオリゴヌクレオチドまたは同種のものを指す。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的分子に対し完全に相補的、またはほぼ完全に相補的である。一部の実施形態では、本明細書に記載される、または当分野に公知のいずれかの型の任意のオリゴヌクレオチドをアンチセンスオリゴヌクレオチドとして使用することができる。様々な実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、様々な任意の生物機能において実施、または参与することができ、当該生物機能としては、RNA干渉、RNaseH介在性切断、エクソンスキップ、エクソンスキップの阻害、主体(たとえばタンパク質、RNA、タンパク質‐RNA複合体、または任意のその他の分子)が別の核酸に結合することを増強もしくは阻害、またはアンチセンスオリゴヌクレオチドにより実行される本明細書に記載される、もしくは当分野に公知の任意の他の生物機能が挙げられる。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、RNaseH介在性切断に参与するオリゴヌクレオチドである。たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは配列特異的な様式で標的mRNAの一部にハイブリダイズし、それにより当該mRNAは、自身のRNaseH切断の標的とされる。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的の野生型と変異アレルを識別することができる。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、変異アレルのRNaseH介在性切断に特異的に参与するが、野生型アレルのRNaseH介在性切断にはほとんど参与しない(たとえば、標的の野生型アレルのRNaseH介在性切断には特異的に参与しない)。
およそ:本明細書中で使用される場合、数に関連した場合の「およそ」または「約」という用語は、概して、特に明記もしくは特に文脈から明白でない限り、(かかる数が、0%より小さいまたは100%を越える可能性がある値である場合を除き)当該数のいずれの方向(より大きいまたはより小さい)における、5%、10%、15%、または20%の範囲内の数を含むととらえられる。一部の実施形態では、投与量に関連した場合の「約」という用語の使用は、±5/mg/kg/日を意味する。
アプタマー:本明細書において使用される場合、「アプタマー」という用語は、核酸分子、たとえば高いアフィニティおよび特異性で特定の分子に結合することができるRNA、DNAまたはヌクレオチドアナログを含有する分子を指す(Ellington et al.,Nature 346,818−22(1990);およびTuerk et al.,Science 249,505−10(1990))。様々な実施形態では、アプタマーに結合するリガンドとしては、限定されないが、たとえば薬剤などの低分子、代謝物、中間体、補因子、遷移状態アナログ、イオン類、金属類、核酸、および毒素が挙げられる。一部の実施形態では、アプタマーは、タンパク質、ペプチド、核酸、多糖類、糖たんぱく質、ホルモン、受容体、ならびにたとえば細胞壁および細胞膜などの細胞表面物質をはじめとする天然および合成のポリマーに結合してもよい。一部の実施形態では、アプタマーは、約10〜約300ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、アプタマーは、約30〜約100ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、広範な種々の分子に結合するアプタマーが作製される。これら各分子は、遺伝子発現の調節因子として使用することができる。一部の実施形態では、有機分子、ヌクレオチド、アミノ酸、ポリペプチド、細胞表面上の標的機能、イオン類、金属類、塩類、サッカリド類はすべて、各リガンドに特異的に結合し得るアプタマーの単離に適していることが示されている。たとえば、ヘキスト33258などの有機染料は、in vitroのアプタマー選択における標的リガンドとして使用されたことが報告されている(Werstuck and Green,Science 282:296−298(1998))。ドーパミン、テオフィリン、スルホローダミンB、およびセロビオース等のその他の有機低分子もまた、アプタマー単離におけるリガンドとして報告されている。一部の実施形態では、たとえばカナマイシンA、リビドマイシン(lividomycin)、トブラマイシン、ネオマイシンB、バイオマイシン、クロラムフェニコールおよびストレプトマイシンなどの抗生物質に対するアプタマーが単離される。低分子を認識するアプタマーの概要に関しては、Famulok,Science 9:324−9(1999)を参照のこと。一部の実施形態では、本発明のアプタマーに制御される核酸のアプタマーのリガンドは、細胞透過性の有機低分子である。翻訳に対し、汎阻害効果を有さない有機低分子をリガンドとして使用してもよい。低分子は、望ましいレベルの翻訳阻害を達成するために充分なin vivo持続性を示すこともできる。当該分子をスクリーニングして、たとえば経口投与後に生体利用が可能なものを特定することもできる。一部の実施形態では、リガンドは非毒性である。リガンドは任意で、たとえばステロイドをはじめとする薬剤であってもよい。一部の実施形態では、遺伝子発現の制御法の一部において、リガンドは薬理学的に不活性であってもよい。一部の実施形態では、リガンドは、細胞中のその存在が疾患または病的状態の指標であるポリペプチドである。他の実施形態では、アプタマーに対するリガンドは、たとえばクロラムフェニコールなどの抗生物質である。別の実施形態では、アプタマーのリガンドは、たとえばヘキスト33258染料などの有機染料である。さらに別の実施形態では、リガンドは金属イオンであってもよい。特定の実施形態では、アプタマーに制御される核酸のアプタマードメインは、カフェインへの結合に反応する。一部の実施形態では、SELEXとして知られている、公知のin vivoまたはin vitro(最も典型的にはin vitro)の選択技術を用いることにより、特定のリガンドに結合するようアプタマーが開発される(Ellington et al.,Nature 346,818−22(1990);およびTuerk et al.,Science 249,505−10(1990))。アプタマーの作製方法は、たとえば米国特許第5,582,981号、PCR国際特許出願公開WO00/20040、米国特許第5,270,163号、Lorsch and Szostak,Biochemistry,33:973(1994)、Mannironi et al.,Biochemistry 36:9726(1997)、Blind,Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA 96:3606−3610(1999)、Huizenga and Szostak,Biochemistry,34:656−665(1995)、PCR国際特許出願公開WO99/54506、WO99/27133、WO97/42317、および米国特許第5,756,291号にも記載されている。一部の実施形態では、アプタマーとして、以下のいずれかを標的とするものも挙げられる:VEGF、組織因子経路インヒビター(TFPI)、第IXa因子、補体成分5(C5)、HIV Tatタンパク質、およびHIV Revタンパク質。
アリール:本明細書において使用される場合、単独で、又は「アラルキル」、「アラルコキシ」若しくは「アリールオキシアルキル」内のより大きな部分の一部として使用される用語「アリール」は、総計5〜30個の環員を有する単環式、二環式、又は多環式環系を指し、系内の少なくとも1個の環は芳香族である。いくつかの実施形態では、アリール基は、総計5〜14個の環員を有する単環式、二環式、又は多環式環系であり、系内の少なくとも1個の環は芳香族であり、系中の各環は3〜7個の環員を含む。いくつかの実施形態では、アリール基はビアリール基である。用語「アリール」は、用語「アリール環」と互換的に使用され得る。本開示のいくつかの実施形態では、「アリール」は、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシル等を含み、1つ又は複数の置換基を有し得る芳香環系を指すが、これらに限定されない。また、本明細書で使用される用語「アリール」の範囲内に含まれるのは、芳香環が1個又は複数の非芳香環に縮合している基、例えばインダニル、フタルイミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロナフチル等である。いくつかの実施形態では、アリール基は、芳香環上にラジカル又は結合点を有する。
生物活性剤:本明細書において使用される場合、「生物活性剤」という用語は、生物活性を有する、介在する、または参与する任意の主体(限定されないが、活性成分を含む)を指す。様々な実施形態では、生物活性剤は、有機または無機であってもよい。生物活性剤の非限定的な例としては、低分子、ペプチド、タンパク質、CRISPR−Cas系の構成要素、炭水化物、治療剤、化学療法剤、ワクチン、核酸、および脂質が挙げられる。一部の実施形態では、生物活性剤としては、低分子、ペプチド(たとえば細胞浸透性ペプチド)、炭水化物(単糖、オリゴ糖、および多糖を含む)、タンパク質(核タンパク質、ムコタンパク質、リポタンパク質、合成ポリペプチド、またはタンパク質に連結された低分子、糖たんぱく質を含む)、ステロイド、核酸、脂質、ホルモン、もしくはそれらの組み合わせを含む無機分子または有機分子が挙げられ、それらはin vivoで動物、限定されないが鳥類およびヒトを含む哺乳類に投与されたときに、生物学的効果を発揮する。一部の実施形態では、生物活性剤は、電荷を帯びている。一部の実施形態では、生物活性剤は、正の電荷を帯びている。一部の実施形態では、生物活性剤は、負の電荷を帯びている。一部の実施形態では、生物活性剤は、以下から選択される:16−アルファフルオロエステラジオール、16−アルファギトキシン、16−エピエストリオール、17−アルファジヒドロエキレニン、17−アルファエストラジオール、17−ベータエストラジオール、17−ヒドロキシプロゲステロン、1−アルファ−ヒドロキシビタミンD2、1−ドデクピロリジノン(1−dodecpyrrolidinone)、20−epi−1,25ジヒドロキシビタミンD3、22−オキサカルシトリオール、2CW、2’−nor−cGMP、3−イソブチルGABA、5−エチニルウラシル、6−FUDCA、7−メトキシタクリン、アバメクチン、アバノキル、アベカーニル、アビラテロン、アブルカスト、アブルカストナトリウム、アカデシン、アカンプロセート、アカルボース、アセブトロール、アセサミド塩酸塩(Acecamide Hydrochloride)、アセクリジン、アセクロフェナエ、アセダプソン、アセグルタミドアルミニウム、アセマンナン、アセトアミノフェン、アセタゾラミド、アセトヘキサミド、アセトヒドロキサム酸、アセトメプレゲノール、マレイン酸アセトフェナジン、アセトスルホンナトリウム、塩化アセチルコリン、アセチルシステイン、アセチル−L−カルニチン、アセチルメタドール、アシフラン、アシピモックス、アシテマート、アシトレチン、アシビシン、アクラルビシン、アクラトニウム、塩酸アコダゾール(acodazole hydrochloride)、アコニアジド、アクリゾルシン、アクリバスチン、アクロニン、アクチソミド、アクトジギン、アシクロビル、アシルフルベン、アダフェノキサート、アダパレン、アダパレン、アダタンセリン、塩酸アダタンセリン、アデシペノール、アデシペノール、アデホビル、アデルミドロール、アデメチオニン、アデノシン、アジナゾラム、塩酸アジフェイニン(adipheinine hydrochloride)、アジポシン、アドゼレシン、アドラフィニル、アドレナロン、アイルブタミン(airbutamine)、アラセプリル、アラメシン(alamecin)、アラニン、アラプロクラート、アラプチド、アルベンダゾール、アルボラブリン(albolabrin)、アルブテロール、アルブトイン、アルクロフェナク(alclofenae)、ジプロピオン酸アルクロメタゾン、アルクロキサ、アルデカルマイシン、アルデスロイキン、アルジオキサ、アレンドロン酸ナトリウム、アレンドロン酸、アレンテモール、臭化水素酸アレンテモール、塩酸アレタミン(aletamine hydrochloride)、塩化アレウロニウム(aleuronium chloride)、アレキシジン、アルファカルシドール、塩酸アルフェンタニル、アルフゾシン、アルゲストンアセトニド、アルグルセラーゼ、アリフルラン、アリナスチン、アリパミド、アラントイン、アロバルビタール、アロプリノール、ALL−TKアンタゴニスト、アロニミド、アロセトロン、塩酸アロセトロン、アロブジン、アルペルチン、アルファアミラーゼ、アルファイドソン(alpha idosone)、アルピデム、アルプラゾラム、塩酸アルプレノロール、塩酸アルプレノキシム、アルプロスタジル、アルレスタチンナトリウム、酒石酸アルタンセリン、アルテプラーゼ、アルチアジド、アルトレタミン、アルトロマイシンB、クエン酸アルベリンク(alverinc citrate)、アルビルセプトスドトクス(alvircept sudotox)、酢酸アマジノン、塩酸アマンタジン、アンバムスチン、アンボマイシン(ambomycin)、アンブルチシン、アンブフィリン、アンブシド、アムシナファル、アムシノニド、アムジノシリン、アムジノシリンピボキシル、塩酸アメダリン、アメロメタゾン、アメルトリド、アメセルギド、酢酸アメタントロン、メチル硫酸アメジニウム、アンフェブタモン、アンフェナクナトリウム、アムフルチゾール、アミシクリン、メシル酸アミデフリン、アミドックス、アミフロキサシン、アミホスチン、アミカシン、塩酸アミロライド、塩酸アミナクリン、アミノ安息香酸カリウム、アミノ安息香酸ナトリウム、アミノカプロン酸、アミノグルテチミド、アミノ馬尿酸ナトリウム、アミノレブリン酸、アミノフィリン、アミノレックス、アミノサリチル酸ナトリウム、アミノサリチル酸、アミオダロン、塩酸アミプリロース、塩酸アミキンシン、アミスルプリド、アミトラズ、塩酸アミトリプチリン、アンレキサノクス、アムロジピン、アモバルビタールナトリウム、アモジアキン、塩酸アモジアキン、アモロルフィン、アモキサピン、アモキシシリン、アンフェクロラール、硫酸アンフェタミン、アンホマイシン、アムホテリシンB、アンピシリン、アンピロキシカム、硫酸アンピジン、アムキナート、アムリノン、アミノン(aminone)、アムルビシン、アムサクリン、アミリン、アミチアミシン、酢酸アナゲストン、アナグレリド、アナキンラ、アナナイン、アナリチド、酢酸アナリチド、アナストロゾール、アナゾレンナトリウム、アンクロッド、アンドログラホリド、アンドロステンジオン、血管新生阻害剤、アンジオテンシンアミド、アニドキシム、アニレリジン、塩酸アニロパム、アニラセタム、アニロラク、臭化メチルアニソトロピン、アニストレプラーゼ、アニトラザフェン、アノルドリン、アンタゴニストD、アンタゴニストG、アンタレリックス、リン酸アンタゾリン、アンテルマイシン、アントラリン、アントラマイシン、抗アンドロゲン剤、アセダプソン、フェルバメート、抗エストロゲン剤、アンチネオプラストン、アンチピリン、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アパドリン、アパファント、アパルシリンナトリウム、アパキシフィリン、アパゾン、アフィジコリングリシネート、アピキシフィリン(apixifylline)、塩酸アポモルフィン、アプラクロニジン、塩酸アプラクロニジン、アプラマイシン、アプリンジン、塩酸アプリンジン、アプロスラートナトリウム、アプロチニン、マレイン酸アプタザピン、アプチガネル、アプリン酸、アプリン酸、アラニジピン、アラノチン、アルバノプロスチル、アルベキシン(arbekicin)、アルビドール、塩酸アルブタミン、アルクロフェニン、アルデパリンナトリウム、アルガトロバン、アルギニン、タンニン酸アルギプレシン、アリルドン、アリピプラゾール、アロチノロール、アルピノシド(arpinocid)、アルテフレン、フマル酸アルチリド、アシマドリン、アスパラトン、アスパラギナーゼ、アスパラギン酸、アスパルトシン(aspartocin)、アスペルフラン(asperfuran)、アスピリン、アスポキシリン、アスプレリン(asprelin)、アステミゾール、硫酸アストロマイシン、アスラクリン、アタメスタン、アテノロール、アテビルジン、アチパメゾール、マレイン酸アチプロシン(atiprosin maleate)、アトリド、アトルバスタチンカルシウム、アトシバン、アトバコン、アトペニンB、ベシル酸アトラクリウム、アトリムスチン、アトリノシトール、アトロピン、オーラノフィン、オーレオバシジンA、オーロチオグルコース、アビラマイシン、アボパルシン、アブリジン、アキシド(Axid)、アキシナスタチン1、アキシナスタチン2、アキシナスタチン3、アザボン、アザシチジン(azacitidinie)、塩酸アザクロルジン、アザコナゾール、アザジラクチン(azadirachtine)、二塩酸アザランスタット、フマル酸アザロキサン、マレイン酸アザナトル、アザニダゾール、アザペロン、アザリビン、アザセリン、アザセトロン、マレイン酸アザタジン、アザチオプリン、アザチオプリンナトリウム、アザトキシン、アザチロシン、アゼライン酸、アゼラスチン、アゼルニジピン、アゼピンドール、アゼテパ、アジミリド、アジスロマイシン、アズロシリン、アゾリミン、アゾセミド、アゾトマイシン、アズトレオナム、アズモレンナトリウム、塩酸バカンピシリン、バッカチンIII、バシトラシン、バクロフェン、バコシドA、バコシドB、バクトボラミン、バラノール、バラジポン、バルヒマイシン、バロフロキサシン、バルサラジド、バンベルマイシン、バンブテロール、硫酸バメタン、塩酸バミフィリン、バミダゾール(bamidazole)、バオフオシド1、バルマスチン(barmastine)、バルニジピン、バシファンギン(basifungin)、塩酸バタノプリド、バテブラスト、マレイン酸バテラピン、バチマスタット、ボーベリシン、塩酸ベカントン、ベカプレルミン、ベクリコナゾール、ジプロピオン酸ベクロメタゾン、ベフロキサトン、ベインセラジド(beinserazide)、ベルホスジル、ベラドンナ、ベロキサミド、ベメセトロン、ベミトラジン、ベモラダン、塩酸ベナプリジン(benapryzine hydrochloride)、塩酸ベナゼプリル、ベナゼプリラート、メシル酸ベンダカロール(bendacalol mesylate)、ベンダザック、ベンドロフルメチアジド、ベンフルメトール、ベニジピン、ベノルテロン、ベノキサプロフェン、ベノキサプロフェン、塩酸ベノキシネート、ベンペリドール、ベンタゼパム、ベンチロミド、ベヌレスタット、ベンズブロマロン、塩化ベンゼトニウム、塩酸ベンゼチミド、臭化ベンジロニウム、塩酸ベンズインドピリン、ベンゾイソオキサゾール、ベンゾカイン、ベンゾクロリン、塩酸ベンズオクタミン、ベンゾデパ、ベンゾイダゾキサン(benzoidazoxan)、ベンゾナテート、過酸化ベンゾイル、ベンゾイルパスカルシウム、ベンゾイルスタウロスポリン、ベンズキナミド、ベンズチアジド、ベンズトロピン、メシル酸ベンズトロピン、塩酸ベンジダミン、ベンジルペニシロイルポリリジン、ベプリジル、塩酸ベプリジル、ベラクタント、ベラプロスト、ベレフリン、ベルラフェノン、ベルトサミル、ベリスロマイシン、ベシピルジン、ベータ−アレチン、ベタクラマイシンB、ベタメタゾン、ベタミプロン、ベタキソロール、塩酸ベタキソロール、塩化ベタネコール、硫酸ベタニジン、ベツリン酸、ベバントロール、塩酸ベバントロール、ベザフィブラート、bFGF阻害剤、塩酸ビアラミコール、ビアペネム、ビカルタミド、塩酸ビシファジン、塩酸ビクロジル(biclodil hydrochloride)、ビジソミド、ビフェメラン、ビホナゾール、ビマカリム、ビミチル(bimithil)、ビンダリット、ビニラマイシン(biniramycin)、ビノスピロン、ビオキサロマイシンアルファ2、塩酸ビペナモール、ビペリデン、塩酸ビフェナミン、ビリペロン、ビサントレン、ビサラミル、ビスアジリジニルスペルミン、ビス−ベンゾイミダゾールA、ビス−ベンゾイミダゾールB、ビスナフィド、乳酸ビソブリン、ビソプロロール、ビスピリチオンマグスルフェクス(bispyrithione magsulfex
)、ビストラミドD、ビストラミドK、ビストラテンA、ビチオノラートナトリウム、メシル酸ビトルテロール、ビバリルジン、ビゼレシン、硫酸ブレオマイシン、ジプロピオン酸ボランジオール、ボラステロン、ウンデシレン酸ボルデノン、ボルジン、ボレノール、ボルマンタラート、ボピンドロール、ボセンタン、ボキシジン、ブレフェルジン、ブレフラート、ブレキナルナトリウム、ブレタゼニル、トシル酸ブレチリウム(bretylium bosylate)、塩酸ブリフェンタニル、ブリモニジン、ブリノラーゼ、ブロクレシン、ブロクリナト(brocrinat)、ブロホキシン、マレイン酸ブロマドリン(bromadoline maleate)、ブロマゼパム、ブロムクロレノン、ブロメライン、ブロムフェナク、ブロミニジオン(brominidione)、ブロモクリプチン、塩酸ブロモジフェンヒドラミン、ブロモキサミド、ブロムペリドール、デカン酸ブロムペリドール、マレイン酸ブロムフェニルアミン(brompheniramine baleate)、ブロペラモール、ブロピリミン、ブロチゾラム、マレイン酸ブカミド(bucamide maleate)、ブシンドロール、塩酸ブクリジン、ブクロマロン、ブデソニド、ブジピン、ブドチタン(budotitane)、ブホルミン、ブメタミド(bumetamide)、ブナプロラスト、ブナゾシン、塩酸ブノロール、ブピコミド、塩酸ブピバカイン、塩酸ブプレノルフィン、塩酸ブプロピオン、ブラマート、酢酸ブセレリン、塩酸ブスピロン、ブスルファン、ブタバルビタール、ブタセチン、塩酸ブタクラモール、ブタルビタール、ブタンベン、クエン酸ブタミラート、ブタペラジン、ブタプロスト、ブテドロナート四ナトリウム(butedronate tetrasodium)、ブテナフィン、ブテリジン、ブチオニンスルホキシイミン、ブチカシン、ブチルフェニン、硫酸ブチロシン、ブチキシラート(butixirate)、プロピオン酸ブチキソコルト、硝酸ブトコナゾール、ブトナート、ブトパミン、塩酸ブトプロジン、ブトルファノール、塩酸ブトキサミン、塩酸ブトリプチリン、カクチノマイシン、カデキソマーヨウ素、カフェイン、カラノリドA、カルシフェジオール、カルシポトリエン、カルシポトリオール、カルシトニン、カルシトリオール、ウンデシレン酸カルシウム、カルホスチンC、カルステロン、カンベンダゾール、カモナグレル、カンプトテシン誘導体、カナリアポックスIL−2、カンデサルタン、カンジシジン、カンドキサトリル、カンドキサトリラト、カニグリボース(caniglibose)、カンレノ酸カリウム、カンレノン、カペシタビン、カポベン酸ナトリウム、カポベン酸、硫酸カプレオマイシン、カプロマブ、カプサイシン、カプトプリル、カプリド、カラセミド、カルバコール、カルバドクス、カルバマゼピン、過酸化カルバミド、ラウリル硫酸カルバンテル、カルバスピリンカルシウム(carbaspirin calcium)、カルバゼラン、カルバゾマイシン C、カルベニシリンカリウム、カルベノキソロンナトリウム、カルベチマー(carbetimer)、カルベトシン、カルビドパ、カルビドパ−レボドパ、マレイン酸カルビノキサミン、塩酸カルビフェン、カルボクロラール、カルボシステイン、カルボール−フクシン、カルボプラチン、カルボプロスト、カルボビル、カルボキサミド−アミノ−トリアゾール、カルボキシアミドトリアゾール、カルボキシメチル化ベータ−1,3−グルカン、塩酸カルブテロール、CaRest M3、クエン酸カルフェンタニル、カリソプロドール、カルマンタジン、カルムスチン、CARN 700、カミダゾール(camidazole)、カロキサゾン、カルペリチド、マレイン酸カルフェナジン、カプロフェン、コハク酸カルサトリン、カルタゾラート、カルテオロール、塩酸カルテオロール、軟骨由来阻害剤、塩酸カルビシン、カルモナムナトリウム、カルベジロール、カルボトロリン、塩酸カルボトロリン、カルゼレシン、カゼインキナーゼ阻害剤(ICOS)、カスタノスペルミン、カウルモナム(caurumonam)、セバラセタム、セクロピンB、セデフィンゴール、セファクロル、セファドロキシル、セファマンドール、セファパロール、セファトリジン、セファザフルールナトリウム、セファゾリン、セフブペラゾン、セフカペンピボキシル、セフダロキシムペンテキシルトシレート(cefdaloxime pentexil tosilate)、セフジニル、セフジトレンピボキシル、セフェピム、セフェタメト、セフェテコール、セフィキシム、セフルプレナム、塩酸セフィメノキシム(cefinenoxime hydrochloride)、セフィネタゾール(cefinetazole)、セフミンロクス(cefminlox)、セフォジジム、セフォニシドナトリウム、セフォペラゾンナトリウム、セフォラニド(ceforamide)、セフォセリス、セフォタキシムナトリウム、セフォテタン、セフォチアム、セフォキシチン、セフォゾプラン、セフピミゾール、セフピラミド、セフピロム、セフポドキシムプロキセチル、セフプロジル、セフロキサジン、セフスロジン、セフタジジム、セフテラム、セフチブテン、セフチゾキシムナトリウム、セフトリアキソン、セフロキシム、セラストロール、セリカリム、セリプロロール、セパシジインA(cepacidiine A)、セファセトリルナトリウム、セファレキシン、セファログリシン、セファロリジン、セファロチンナトリウム、セファピリンナトリウム、セフラジン、セリクラミン、セリバスタチン、セロナプリル、セルトパリンナトリウム、セルレチド、セタベンナトリウム、塩化セタルコニウム、塩酸セタモロール(cetamolol hydrochloride)、セチエジル、セチリジン、セトフェニコール、塩酸セトラキサート、セトロレリクス、塩化セチルピリジニウム、ケノジオール、塩酸クロフェジアノール、クロラールベタイン、クロラムブシル、クロラムフェニコール、クロルダントイン、クロルジアゼポキシド、グルコン酸クロルヘキシジン、クロリン、酢酸クロルマジノン、クロロオリエンチシンA、塩酸クロロプロカイン、クロロプロパミド(chloropropamide)、クロロキン、クロロキノキサリンスルホンアミド、クロロチアジド、クロロトリアニセン、クロロキシン、クロロキシレノール、カルバミン酸クロルフェネシン、マレイン酸クロルフェニラミン、クロルプロマジン、クロルプロパミド、クロルプロチキセン、重硫酸クロルテトラサイクリン、クロルタリドン、クロルゾキサゾン、コレスチラミン樹脂、塩酸クロモナール、シベンゾリン、シカプロスト、塩酸シクラフリン、シクラジンドール、シクレソニド、シクレタニン、シクロピロクス、シクロプロフェン、シクロプロロール、シドホビル、塩酸シドキセピン(cidoxepin hydrochloride)、シフェンリン、シグリタゾン、塩酸シラドパ、シランセトロン、シラスタチンナトリウム、シラザプリル、シルニジピン、メシル酸シロバミン(cilobamine 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Sodium)、硫酸コリスチン、コリスマイシンA、コリスマイシンB、メシル酸コルテロール、コンブレタスタチンA4、コンブレタスタチン類似体、コンプレスタチン、コナゲニン、塩酸コノルホン(conorphone hydrochloride)、コンチグナステロール、コントルトロスタチン(contortrostatin)、酢酸コルメタソン、コルチコレリンオーバイントリフルテート、コルチコトロピン、酢酸コルチゾン、コルチバゾール、コルトドキソン、コサラン、コスタトリド、コシントロピン、コチニン、クマジン(Coumadin)、クーママイシン(Coumermycin)、クランベシジン816、クリルバスタチン、クリスナトール、クロミトリルナトリウム(cromitrile sodium)、クロモリンナトリウム、クロタミトン、クリプトフィシン8、ククマリオシド(cucumariosid)、クプリミキシン(cuprimyxin)、クラシンA、硫酸カードラン、キュリオシン(curiosin)、シクラシリン、シクラゾシン、シクラゾシン、環状HPMPC、シクリンドール、マレイン酸シクリラミン、シクリジン、シクロベンダゾール、シクロベンザプリン、シクロブトA、シクロブトG、シクロカプロン(cyclocapron)、パモ酸シクログアニル、シクロヘキシミド、シクロペンタアントラキノン、シクロペンチアジド、塩酸シクロペントラート、塩酸シクロフェナジン、シクロホスファミド、シクロプラタム(cycloplatam)、シクロプロパン、シクロセリン、シクロシン、シクロスポリン、シクロチアリジン、シクロチアジド、シクロチアゾマイシン、シヘプタミド、シペマイシン、塩酸シペナミン、シプラゼパム、塩酸シプロヘプタジン、塩酸シプロリドール、シプロテロン、シプロキシミド、システアミン、塩酸システイン、シスチン、シタラビン、塩酸シタラビン、シタラビンオクホスファート、サイトカラシンB、細胞溶解因子、シトスタチン、ダカルバジン、ダクリキシマブ(dacliximab)、ダクチミシン、ダクチノマイシン、ダイゼイン、トシル酸ダレダリン、ダルホプリスチン、ダルテパリンナトリウム、ダルトロバン、ダルバスタチン、ダナパロイド、ダナゾール、ダントロレン、ダフノドリンA(daphlnodorin A)、ダピプラゾール、ダピタント(dapitant)、塩酸ダポキセチン、ダプソン、ダプトマイシン、ダルグリタゾンナトリ
ウム、ダリフェナシン、ダルルシンA、ダロジピン、ダルシドミン(darsidomine)、塩酸ダウノルビシン、マレイン酸ダザドロール、塩酸ダゼピニル、ダズメグレル、フマル酸ダゾプリド、塩酸ダゾキシベン、硫酸デブリソキン、デシタビン、デフェリプロン、デフラザコート、デヒドロコール酸、デヒドロジデムニンB、デヒドロエピアンドロステロン、デラプリル、塩酸デラプリル、メシル酸デラビルジン、デレクアミン、デルファプラジン(delfaprazine)、酢酸デルマジノン、デルモピノール、デルフィニジン、臭化デメカリウム、デメクロサイクリン、デメサイクリン、デモキセパム、デノフンギン(denofungin)、デオキシピリジノリン、デパコテ(Depakote)、デプロドン、デプロスチル、デプシドマイシン(depsidomycin)、デラムシクラン、硫酸デルマタン、デスシクロビル、デシノロンアセトニド、デスフルラン、塩酸デシプラミン、デシルジン、デスラノシド、デスロレリン、デスモプレシン、デソゲストレル、デソニド、デスオキシメタゾン、デスオキソアミオダロン、酢酸デスオキシコルチコステロン、重酒石酸デタジミウム、塩酸デテレノール、酢酸デチレリックス、デバゼピド、デキサメタゾン、デキサミソール、マレイン酸デクスブロムフェニラミン、マレイン酸デクスクロルフェニラミン、塩酸デクスクラモール、デキセチミド、塩酸デクスフェンフルラミン、デキシホスファミド(dexifosfamide)、デキシマフェン(deximafen)、デキシバカイン、デクスケトプロフェン、デクスロキシグルミド、デクスメデトミジン、デキソルマプラチン(dexormaplatin)、塩酸デキソキサドロール、デクスパンテノール、デクスペメドラク、塩酸デクスプロプラノロール、デクスラゾキサン、デキスソタロール(dexsotalol)、2−硫酸デキストリン、デキストロアンフェタミン、デキストロメトルファン、塩酸デキストロルファン、デキストロチロキシンナトリウム、デクスベラパミル、デザグアニン、デジナミド、デゾシン、塩酸ジアセトロール(diacetolol 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125、フィルグラスチム、フィリピン、フィナステリド、マレイン酸フラボジロール、フラボピリドール、塩酸フラボキサート、フラザロン、フレカイニド(flecamide)、フレロブテロール、フレロキサシン、フレシノキサン、硫酸フレストロール、フレタゼパム、フレゼラスチン、フロブフェン、フロクタフェニン、フロモキセフ、フロルジピン、フロルフェニコール、フロリフェニン、フロサチジル、フロセキナン、フロキサシリン、フロクスウリジン、フルアステロン、
フルアザコート、塩酸フルバニラート、フルベンダゾール、フルシンドール、フルクロロニド、フルコナゾール、フルシトシン、フルダラニン、リン酸フルダラビン、塩化フルダゾニウム、フルデオキシグルコースF 18、フルドレックス、酢酸フルドロコルチゾン、フルフェナム酸、フルフェニサール、フルマゼニル、フルメシノール、フルメキン、フルメリドン(flumeridone)、フルメタゾン、フルメトラミド、フルメザピン、フルミノレックス、フルミゾール、フルモキソニド、フルナリジン、フルニダゾール、フルニソリド、フルニトラゼパム、フルニキシン、フルオカルシトリオール(fluocalcitriol)、フルオシノロンアセトニド、フルオシノニド、フルオコルチンブチル、フルオコルトロン、フルオレセイン、塩酸フルオロダウノルビシン、フルオロドーパF18、フルオロメトロン、フルオロウラシル、塩酸フルオトラセン、フルオキセチン、フルオキシメステロン、フルパロキサン、フルペラミド、酢酸フルペロロン、デカン酸フルフェナジン、フルピルチン、フルプレドニソロン、フルプロクアゾン、フルプロステノールナトリウム、フルクアゾン、塩酸フルラドリン、フルランドレノリド、塩酸フルラゼパム、フルルビプロフェン、フルレトフェン、フルリスロマイシン、フルオロシタビン(fluorocitabine)、フルオロファミド(fluorofamide)、酢酸フルオロゲストン、フルロチル、フルオロキセン、フルスピペロン、フルスピリレン、プロピオン酸フルチカゾン、フルトリマゾール、フルトロリン、フルバスタチン、フルバスタチンナトリウム、フルボキサミン、フルジナミド、葉酸、濾胞調節タンパク質、フォリクロスタチン(folliculostatin)、フォメピゾール、メシル酸ホナジン、フォラサルタン、ホルフェニメクス(forfenimex)、ホルフェニルメクス(forfenirmex)、ホルメスタン、ホルモコータル、ホルモテロール、ホサリラート、ホサゼパム、ホスカルネットナトリウム、ホスホマイシン、ホスホネットナトリウム、ホシノプリル、ホシノプリラト、ホスフェニトイン(fosphenyloin)、ホスキドン、ホステジル、ホストリエシン、ホテムスチン、塩基性フクシン、フモキシシリン、フンギマイシン(fungimycin)、フラプロフェン、フラゾリドン、塩化フラゾリウム、フレグレラートナトリウム、フロブフェン、フロダゾール、フロセミド、フシジン酸ナトリウム、フシジン酸、ガバペンチン、ガドベン酸ジメグルミン、ガドベン酸、ガドブトロール、ガドジアミド、ガドリニウムテキサフィリン、ガドペンテト酸ジメグルミン(gadopentetate dimegiumine)、ガドテル酸、ガドテリドール、ガドベルセタミド、ガランタミン、ガルダンセトロン(galdansetron)、塩酸ガルダンセトロン、ガラミントリエチオジド、硝酸ガリウム、ガロパミル、ガロシタビン、ガンフェキシン(gamfexine)、ガモレン酸、ガンシクロビル、ガニレリクス、ゼラチナーゼ阻害剤、ゲムカジオール、ゲムシタビン、ゲメプロスト、ゲムフィブロジル、硫酸ゲンタマイシン、ゲンチアナバイオレット、ゲピロン、ゲスタクロン、ゲストデン、カプロン酸ゲストノロン、ゲストリノン、塩酸ゲボトロリン、ギリソパム、グラスピモド(glaspimod)、グラウコカリキシンA(glaucocalyxin A)、グレマンセリン、グリアミリド、グリボルヌリド、グリセタニルナトリウム、グリフルミド、グリメピリド、グリピジド、グロキシモナム(gloximonam)、グルカゴン、 グルタピロン、グルタチオン阻害剤、グルテチミド、グリブリド、グリコピン(glycopine)、グリコプリル(glycopril)、グリコピロレート、グリヘキサミド、グリミジンナトリウム、グリオクタミド、グリパラミド、コロイド金Au 198、ゴナドクトリニン(gonadoctrinins)、ゴナドレリン、ゴナドトロピン、ゴセレリン、グラミシジン、グラニセトロン、グレパフロキサシン、グリセオフルビン、グアイアパート、グアイシリン、グアナベンズ、酢酸グアナベンズ、硫酸グアナドレル、グアンシジン、一硫酸グアネチジン、塩酸グアンファシン、硫酸グアニソキン、硫酸グアノクロル、塩酸グアノクチン、グアノキサベンズ、硫酸グアノキサン、硫酸グアノキシフェン(guanoxyfen sulfate)、三塩酸グスペリムス、ハラゼパム、ハルシノニド、ハリコンドリンB、プロピオン酸ハロベタゾール、ハロファントリン、塩酸ハロファントリン、ハロフェナート、臭化水素酸ハロフジノン、ハロモン、ハロペミド(galopemide)、ハロペリドール(galoperidol)、ハロプレドン、ハロプロゲステロン、ハロプロジン、ハロタン、ハルキノール、ハマイシン、ヒト閉経期ゴナドトロピン(han menopausal gonadotropins)、ハトマミシン、ハトマルビギンA、ハトマルビギンB、ハトマルビギンC、ハトマルビギンD、ヘパリンナトリウム、ヘプスルファム、ヘレグリン、ヘタシリン、臭化ヘテロニウム(heteronium bromide)、ヘキサクロロフェン:過酸化水素、臭化ヘキサフルオレニウム、ヘキサメチレンビスアセトアミド、ヘキセジン、ヘキソベンジン、硫酸ヘキソプレナリン、ヘキシルレゾルシノール、リン酸ヒスタミン、ヒスチジン、ヒストプラスミン、ヒストレリン、臭化水素酸ホマトロピン、塩酸ホキジル、ヒト絨毛性ゴナドトロピン、ヒカントン、塩酸ヒドララジン、ヒドララジンポリスチレックス(hydralazine polistirex)、ヒドロクロロチアジド、重酒石酸ヒドロコドン、ヒドロコルチゾン、ヒドロフルメチアジド、塩酸ヒドロモルホン、臭化水素酸ヒドロキシアンフェタミン、硫酸ヒドロキシクロロキン、ヒドロキシフェナメート、カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、ヒドロキシ尿素、塩酸ヒドロキシジン、ヒメクロモン、ヒオスシアミン、ヒペリシン、イバフロキサシン、イバンドロン酸、イボガイン、イボパミン、イブジラスト、イブフェナク、イブプロフェン、フマル酸イブチリド、酢酸イカチバント、イクタモール、イコチジン、イダルビシン、イドキシフェン、イドクスウリジン、イドラマントン、レメフロキサシン(iemefloxacin)、レソピトロン(iesopitron)、イフェトロバン、イホスファミド、イレペイミド(ilepeimide)、イリマキノン、イルモホシン、イロマスタット、イロニダップ、イロペリドン、イロプロスト、塩酸イマフェン、塩酸イマゾダン、イミダプリル、イミダゼニル、イミダゾアクリドン、イミデシルヨウ素、塩酸イミドカルブ、塩酸イミドリン、イミド尿素、塩酸イミロキサン、イミペネム、塩酸イミプラミン、イミキモド、免疫賦活ペプチド、塩酸インプロミジン、インダクリノン、インダパミド、塩酸インデカミド(indecamide hydrochloride)、塩酸インデロキサジン、インジゴチン二硫酸ナトリウム、インジナビル、インドシアニングリーン、塩酸インドラプリル、インドリダン、インドメタシン、インドメタシンナトリウム、インドプロフェン、インドラミン、塩酸インドレナート、インドキソール、塩酸インドリリン、イノコテロン(inocoterone)、イノガトラン、イノリモマブ、ニコチン酸イノシトール、インスリン、インターフェロン、インターロイキン、イントラゾール、塩酸イントリプチリン、イオベングアン、イオベンザム酸、イオビトリドール、イオカルム酸メグルミン、イオカルム酸、イオセタム酸、ヨーダミド、ヨウ素、ヨージパミドメグルミン、イオジキサノール、ヨードアミロリド、ヨードアンチピリンI 131、ヨードコレステロールI 131、ヨードドキソルビシン、ヨード馬尿酸ナトリウムI 131、ヨードピラセトI 125、ヨードキノール、ヨードキサム酸メグルミン、ヨードキサム酸(iodoxamie acid)、イオグリシン酸、塩酸イオフェタミンI 123、イオフラトール、イオグルコール、イオグルコミド、イオグリカム酸、イオグラミド(iogulamide)、イオヘキシル(iohexyl)、イオメプロール、イオメチン(iomethin)I 125、イオパミドール、イオパノ酸、イオペントール、イオフェンジラート、イオプロセム酸、イオプロミド、イオプロン酸、イオピドール、イオピドン、イオピロール(iopyrol)、イオセファム酸、イオセル酸、イオスラミドメグルミン、イオスメト酸、イオタスル、イオテトル酸、イオタラム酸ナトリウム、イオタラム酸、イオトリシド(iotriside)、イオトロラン、イオトロクス酸、イオチロシンI 131、イオベルソール、イオキサグル酸ナトリウム、イオキサグル酸メグルミン、イオキサグル酸、イオキシラン、イオキソトリゾ酸、イパジリド、イペノキサゾン、イピダクリン、イポド酸カルシウム、イポメアノール、4−、臭化イプラトロピウム、イプリフラボン、イプリンドール、イプロフェニン、イプロニダゾール、イプロプラチン(iproplatin)、塩酸イプロキサミン、イプサピロン、イルベサルタン、イリノテカン、イルロキサシン、イロプラクト(iroplact)、イルソグラジン、イルテマゾール(irtemazole)、イサルステイン、イサモキソール、イスボグレル、イセパマイシン、イソベンガゾール、イソブタンベン、イソカルボキサジド、イソコナゾール、イソエタリン、イソフロキシテピン、酢酸イソフルプレドン、イソフルラン、イソフルロフェート(isofluorophate)、イソホモハリコンドリン(isohomohalicondrin)B、イソロイシン、塩酸イソマゾール、塩酸イソミラミン、イソニアジド、ヨウ化イソプロパミド、イソプロピルアルコール、イソプロピルウノプロストン、塩酸イソプロテレノール、イソソルビド、一硝酸イソソルビド、イソチキミド(isotiquimide)、イソトレチノイン、イソキセパク、イソキシカム、塩酸イソクスプリン、イスラジピン、イタメリン、イタセトロン、イタジグレル、イトプリド、イトラコナゾール、イベルメクチン、ジャスプラキノリド、ジョサマイシン、カハラリドF、カラフンギン、硫酸カナマイシン、塩酸ケタミン、ケタンセリン、ケタゾシン、ケタゾラム、ケトキサール、フマル酸ケチプラミン、ケトコナゾール、ケトプロフェン、ケトルファノール(ketorfanol)、ケトロラク、フマル酸ケトチフェン、キタサマイシン、塩酸ラベタロール、ラシジピン、ラシジピン、ラクチトール、ラクチビシン、ラエンネック、ラフチジン、ラメラリン−nトリアセテート、ラミフィバン、ラミブジン、ラモトリギン、ラノコナゾール、ラノキシン、ランペリゾン、ランレオチド、ランソプラゾール、ラタノプロスト、ラテリチン、ラウロカプラム、ラウリル臭化イソキノリン、コハク酸ラボルチジン、ラザベミド、レシミビド、レイナマイシン、レミルジピン、レミノプラゾール、レネルセプト、レニキンシン、レノグラスチム、レンペロン、硫酸レンチナン、レプチン、レプトルスタチン、レルカニジピン、レルゴトリル、レリセトロン、塩酸レチミド、レトラズリル、レトロゾール、ロイシン、ロイコマイシン(leucomyzin)、酢酸ロイプロリド、ロイプロリド+エストロゲン+プロゲステロン−、リュープロレリン、コハク酸レバムフェタミン、レバミソール、ラクトビオン酸レブドブタミン、レブクロマカリム、レベチラセタム、レベイクロセリン(leveycloserine)、レボベタキソロール、レボブノロール、レボブピバカイン、レボカバスチン、レボカルニチン、レボドパ、レボドロプロピジン(Ievodropropizine)、レボフロキサシン、レボフラルタドン、レボロイコボリンカルシウム、酢酸レボメタジル、酢酸レボメタジル塩酸塩、レボモプロロール、塩酸レボナントラドール、レボノルデフリン、レボノルゲストレル、ナプシル酸レボプロポキシフェン、レボプロピルシリンカリウム、レボルメロキシフェン、酒石酸レボルファノール、レボシメンダン、レボスルピリド、レボ
チロキシンナトリウム、塩酸レボキサドロール、レキシパファント、レキシスロマイシン、リアロゾール、リベンザプリル、塩酸リダミジン、リドカイン、リドフェニン、リドフラジン、リファリジン、リフィブラート、リフィブロール、リナロテン、リンコマイシン、直鎖状ポリアミンアナログ、リノグリリド、リノピルジン、リノトロバン、リンシドミン、リンチトリプト(lintitript)、リントプリド、リオチロニンI 125、リオチロニンナトリウム、リオトリックス、リレキサプリド(lirexapride)、リシノプリル、リッソクリナミド7、硫酸リキサジノン、ロバプラチン、ロベンザリットナトリウム、ロブカビル、ロデラベン(lodelaben)、ロドキサミド、塩酸ロフェミゾール、シュウ酸ロフェンタニル、塩酸ロフェプラミン、塩酸ロフェキシジン、ロンブリシン、ロメフロキサシン、ロメリジン、塩酸ロメトラリン、ロメトレキソール、ロモフンギン、ロルノキシカム(lomoxicam)、ロムスチン、ロナパレン、ロナゾラク、ロニダミン、塩酸ロペラミド、ロラカルベフ、塩酸ロラジュミン、ロラタジン、ロラゼパム、ロルバマート、塩酸ロルカイニド(lorcamide hydrochloride)、ロレクレゾール、ロレイナドール(Loreinadol)、ロルグルミド、ロルメタゼパム、ロルノキシカム、ロルノキシカム、ロルタラミン、ロルザホン(lorzafone)、ロサルタン、ロシガモン、ロソキサントロン、塩酸ロスラジン、ロテプレドノール、ロバスタチン、ロビリド、ロキサピン、ロキソリビン、ルベルゾール、塩酸ルカントン、ルフィロニル、メシル酸ルロセトロン、ルルトテカン、黄体形成ホルモン、ルテチウム、酢酸ルトレリン、ルジンドール、リアポラートナトリウム、リセタミン、リジカマイシン、リジマイシン(lydimycin)、リネストレノール、リプレシン、リジン、リソフィリン、リゾスタフィン、溶解性ペプチド、マヅラミシン、マフェニド、マガイニン2アミド、サリチル酸マグネシウム、硫酸マグネシウム、マグノロール、マイタンシン、マレタマー(malethamer)、マロトクロメン、マロトジャポニン、マロチラート、マロチラート、マンガホジピール、マニジピン、マニワマイシンA(maniwamycin A)、マンニトール、マンノスタチンA、マニュマイシンE、マニュマイシンF、マピナスチン、マプロチリン、マリマスタット、マーテック(Martek)158708、マーテック92211、マソプロコール、マスピン、マッセトリド、マトリライシン阻害剤、メイタンシン、コハク酸マザペルチン、マジンドール、メベンダゾール、塩酸メベベリン、メブロフェニン、メブタメート、塩酸メカミラミン、塩酸メクロレタミン、メクロサイクリン、メクロフェナム酸ナトリウム、メクロカロン、メクロリソンジブチラート、塩酸メダゼパム、メドリノン、メドロゲストン、メドロキサロール、メドロキシプロゲステロン、メドリゾン、塩酸メクリジン(meelizine hydrochloride)、メフェナム酸、メフェニジル、塩酸メフェノレックス、メフェキサミド、塩酸メフロキン、メフルシド、メガロマイシンリン酸カリウム、酢酸メゲストロール、メグルミン、メグルトール、酢酸メレンゲストロール、塩酸メリトラセン、メルファラン、塩酸メモチン、塩酸メナビタン、メノクトン、メノガリル、メノトロピン、硫酸メオベンチン、メパルトリシン、臭化メペンゾラート、塩酸メペリジン、硫酸メフェンテルミン、メフェニトイン(mephenyloin)、メフォバルビタール、塩酸メピバカイン、メプロバメート、塩酸メプタジノール、メキドクス、メラレインナトリウム、メルバロン、メルカプトプリン、塩化メルクフェノール、水銀、アンモニア化物、メリソプロールHg197、メロペネム、メサラミン、メセクラゾン、メソリダジン、メステロロン、メストラノール、塩酸メスプリン、塩酸メタロール、メタプロテレノールポリスチレックス、重酒石酸メタラミノール、メタキサロン、メテネプロスト、メテレリン、メトホルミン、塩化メタコリン、メタサイクリン、塩酸メタドン、酢酸メタジル、メタルチアジド、塩酸メタンフェタミン、メタカロン、メタゾラミド、メトジラジン、メテナミン、酢酸メテノロン、メテトイン、メチシリンナトリウム、メチマゾール、メチオニナーゼ、メチオニン、メチサゾン、塩酸メチキセン、メトカルバモール、メトヘキシタールナトリウム、メトフォリン、メトトレキサート、メトトリメプラジン、メトキサトン(methoxatone)、メトキシフルラン、メトスクシミド、メチクロチアジド、パルモキシル酸メチル10、硝酸メチルアトロピン、塩化メチルベンゼトニウム、メチルドパ、塩酸メチルドパ、メチレンブルー、マレイン酸メチルエルゴノビン、R−αメチルヒスタミン、メチルイノシンモノホスフェート、塩酸メチルフェニデート、メチルプレドニソロン、メチルテストステロン、二酢酸メチノジオール(methynodiol diacelate)、メチセルジド、マレイン酸メチセルジド、メチアミド、メチアピン、メチオプリム、メチパミド(metipamide)、メチプラノロール、塩酸メチゾリン、酢酸メトケファミド、メトクロプラミド、ヨウ化メトクリン、メトゲスト、メトラゾン、メトピマジン、メトプリン、メトプロロール、メトキジン、メトリホナート、メトリザミド、メトリゾ酸ナトリウム、メトロニダゾール、メツレデパ、メチラポン、メチロシン、塩酸メキシレチン、メキスレノ酸カリウム、メズロシリン、アンホネリン酸(mfonelic acid)、塩酸ミアンセリン、ミベフラジル、二塩酸ミベフラジル、ミボレロン、ミケラミンB、ミコナゾール、ミクロコリンA、ミダフルル、塩酸ミダゾラム、ミドドリン、ミフェプリストン、ミホバート、ミグリトール、ミラセミド、ミラメリン、ミルドロナート、ミレンペロン、ミリペルチン、ミルナシプラン、ミルリノン、ミルテホシン、塩酸ミンバン、ミナプリン、ミナキソロン、ミノクロミル、ミノサイクリン、ミノキシジル、塩酸ミオフラジン、ミオカマイシン、ミプラゴシド(mipragoside)、ミルフェンタニル、ミリモスチム、塩酸ミリンカマイシン、マレイン酸ミリセトロン(mirisetron maleate)、ミルタザピン、ミスマッチ二本鎖RNA、ミソニダゾール、ミソプロストール、ミチンドミド、ミトカルシン(mitocarcin)、ミトクロミン(mitocromin)、ミトギリン、ミトグアゾン、ミトラクトール、ミトマルシン(mitomalcin)、マイトマイシン、ミトナフィド、ミトスペル(mitosper)、ミトタン、ミトキサントロン、塩化ミバクリウム、ミバゼロール、ミキサンプリル、ミキシジン、ミゾラスチン、ミゾリビン、モクロベミド、モダフィニル、硫酸モダリン、モデカイニド(modecamide)、モエキシプリル、モファロテン、塩酸モフェギリン、モフェゾラク、モルグラモスチム、モリナゾン、塩酸モリンドン、モルシドミン、モメタゾン、マレイン酸モナテピル、モネンシン、モノクタノイン(monoctanoin)、モンテルカストナトリウム、モンチレリン、モピダモール、モラシジン、酒石酸モランテル、モリシジン、モルニフルメート、硫酸モルヒネ、モルイン酸ナトリウム、モサプラミン、モサプリド、モチリド、モトレチニド、モキサラクタム二ナトリウム、モキサゾシン、モキシラプリン(moxiraprine)、モクスニダゾール、モクソニジン、流行性耳下腺炎皮膚試験抗原、マスタード抗がん剤、ムゾリミン、ミカペルオキシドB、ミコフェノール酸、ミリアポロン、ナバゼニル、ナビロン、塩酸ナビタン、塩酸ナボクタート(naboctate hydrochloride)、ナブメトン、N−アセチルジナリン、ナダイド、ナジフロキサシン、ナドロール、ナドロパリンカルシウム、ナファドトリド、ナファモスタット、ナファレリン、ナフシリンナトリウム、ナフェノピン、塩酸ナフィミドン、ナフロコルト、リンゴ酸ナホミン、塩酸ナフォキシジン、シュウ酸ナフロニル、塩酸ナフチフィン、ナフトピジル、ナグリバン(naglivan)、ナグレスチプ(nagrestip)、塩酸ナルブフィン、ナリジクス酸ナトリウム、ナリジクス酸、ナルメフェン、塩酸ナルメキソン、ナロキソン+ペンタゾシン、ナルトレキソン、ナモキシラート(namoxyrate)、フェンプロピオン酸ナンドロロン、塩酸ナントラドール、塩酸ナパクタジン、ナパジシル酸、塩酸ナパメゾール、ナパビイン(napaviin)、塩酸ナファゾリン、ナフテルピン、ナプロキセン、ナプロキソール、ナプサガトラン、塩酸ナラノール、ナラシン、ナラトリプタン、ナルトグラスチム、ナサルプラーゼ、ナタマイシン、ナテプラーゼ(nateplase)、塩酸ナキサゴリド、ネビボロール、ネブラマイシン、ネダプラチン、ネドクロミル、塩酸ネファゾドン、塩酸ネフルモジド(neflumozide hydrochloride)、塩酸ネホパム、マレイン酸ネレザプリン(nelezaprine maleate)、塩酸ネマゾリン、ネモルビシン、パルミチン酸ネオマイシン、臭化ネオスチグミン、ネリドロン酸、硫酸ネチルマイシン、中性エンドペプチダーゼ、ノイトラマイシン、ネビラピン、塩酸ネキセリジン、ナイアシン、ニブロキサン、塩酸ニカルジピン、ニセルゴリン、ニクロサミド、ニコランジル、ニコチニルアルコール、ニコチン、ニフェジピン、ニフィルメロン(nifirmerone)、ニフルリジド、ニフラデン、ニフラルデゾン、ニフラテル、ニフラトロン、ニフルダジル、ニフリミド(nifurimide)、ニフルピリノール、ニフルキナゾール(nifurquinazol)、ニフルチアゾール、ニルタミド、ニルバジピン、ニマゾン、ニモジピン、ニペロチジン、ニラボリン、ニリダゾール、ニサマイシン、メシル酸ニスブテロール、ナイシン、ニソバマート、ニソルジピン、ニソキセチン、酢酸ニステリム、ニタルソン、ニタゾキサニド(nitazoxamide)、ニテカポン、塩酸ニトラフダム、塩酸ニトララミン、塩酸ニトラミソール、ニトラゼパム、ニトレンジピン、ニトロサイクリン、ニトロダン、ニトロフラントイン、ニトロフラゾン、ニトログリセリン、ニトロメルソール、ニトロミド、クエン酸ニトロミフェン、亜酸化窒素、窒素酸化物抗酸化剤、ニトルリン(nitrullyn)、ニバゾール、ニビメドンナトリウム、ニザチジン、ノベラスチン、ノコダゾール、ノガラマイシン、臭化ノリニウム(nolinium bromide)、マレイン酸ノミフェンシン、塩酸ノルアシメタドール、ノルボレトン、重酒石酸ノルエピネフリン、ノルエチンドロン、ノルエチノドレル、ノルフロキサシン、ノルフルラン、ノルゲスチメート、ノルゲストメト、ノルゲストレル、塩酸ノルトリプチリン、ノスカピン、ノボビオシンナトリウム、N−置換ベンズアミド(benzaimides)、ヌフェノキソール、ニレストリオール、ニスタチン、O6−ベンジルグアニン、塩化オビドキシム、オカペリドン、塩酸オクフェンタニル、オシナプロン、オクタン酸、オクタザミド、塩酸オクテニジン、オクトドリン、オクトレオチド、リン酸オクトリプチリン、オフロキサシン、オフォルミン(oformine)、オキセノン、オランザピン、オリゴヌクレオチド、オロパタジン、オルプリノン、オルサラジン、オルサラジンナトリウム、オルバニル、オメプラゾール、オナプリストン、オンダンセトロン、オンタゾラスト、卵成熟抑制因子、塩酸オピプラモール、オラシン(oracin)、硝酸オルコナゾール(orconazole nitrate)、オルゴテイン、オルリスタット(orlislat)、オルマプラチン、オルメトプリム、オルニダゾール、オルパノキシン、クエン酸オルフェナドリン、オサテロン、オテンゼパド、オキサシリンナトリウム、オキサグレラート、オキサリプラチン、塩酸オキサマリン、オキサミソール(oxamisole)、オキサムニキン、オキサンドロロン、パモ酸オキサンテル、塩酸オキサプロチリン、オキサプロジン、オキサルバゾール、
オキサトミド、オキサウノマイシン、オキサゼパム、オクスカルバゼピン、オキセンドロン、オキセサゼイン、フマル酸オキセトロン、オクスフェンダゾール、オクスフェニシン、オキシベンダゾール、オキシコナゾール、オキシドパミン、オキシドロン酸、塩酸オキシフンギン、オキシロルファン、オキシモナム、オキシモナムナトリウム、オキシペロミド、オキシラセタム、オキシラミド、オキシスラン、塩酸オクスメチジン、オキソジピン、フェンプロピオン酸オキソゲストン、オキソリニン酸、塩酸オクスプレノロール、オクストリフィリン、塩化オキシブチニン、オキシクロロセン、オキシコドン、塩酸オキシメタゾリン、オキシメトロン、塩酸オキシモルホン、オキシペルチン、オキシフェンブタゾン、オキシプリノール、オキシテトラサイクリン、オキシトシン、オザグレル、オゾリノン、パクリタキセル、パラウアミン、パルジマイシン、パリナビル、パルミトイルリゾキシン、パルモキシル酸ナトリウム、パマクエシド、硫酸パマトロール、パミコグレル、パミドロン酸二ナトリウム、パミドロン酸、パナジプロン、パナメシン、パナキシトリオール、パンコプリド、臭化パンクロニウム、パニペネム、パンノリン、パノミフェン、パンテチン、パントプラゾール、塩酸パパベリン、パラバクチン、パラクロロフェノール、パラアルデヒド、酢酸パラメタゾン、塩酸パラニリン、臭化パラペンゾラート、パモ酸パラロサニリン、パルベンダゾール、塩酸パルコナゾール、パレゴリック、硫酸パレプチド、塩酸パルギリン、パルナパリンナトリウム、硫酸パラモマイシン、パロキセチン、パルテノリド、パルトリシン、パウロマイシン、パゼリプチン、パジナクロン、パゾキシド、パズフロキサシン、ペフロキサシン、ペグアスパルガーゼ、ペゴルゴテイン(pegorgotein)、塩酸ペランセリン、ペルデシン、ペリオマイシン(peliomycin)、ペルレチン(pelretin)、塩酸ペルリノン、ペメドラク(pemedolac)、硝酸ペメリド、ペミロラスト、ペモリン、ペナメシリン、硫酸ペンブトロール、ペンシクロビル、ペンフルリドール、ペニシリンGベンザチン、ペニシリンGカリウム、ペニシリンGプロカイン、ペニシリンGナトリウム、ペニシリンV、ペニシリンVベンザチン、ペニシリンVヒドラバミン、ペニシリンVカリウム、ペンタバマート、四硝酸ペンタエリスリトール、ペンタフシド(pentafuside)、ペンタミジン、ペンタモルホン、ペンタムスチン(bentamustine)、メチル硫酸ペンタピペリウム、ペンタゾシン、ペンテト酸、マレイン酸ペンチアピン、ペンチゲチド、ペンチソミシン、ペンチジドンナトリウム、ペントバルビタール、ペントモン(pentomone)、ペントプリル、ペントサン、ペントスタチン、ペントキシフィリン、ペントリニトロール、ペントロゾール(pentrozole)、硫酸ペプロマイシン、ペプスタチン、ペルフルブロン、ペルホファミド(perfofamide)、ペルホスファミド、ペルゴリド、マレイン酸ペルヘキシリン(perhexyline maleate)、ペリリルアルコール、ペリンドプリル、ペリンドプリラト、ペルラピン、ペルメトリン、ペロスピロン、ペルフェナジン、フェナセミド、フェナリジン、フェナジノマイシン、塩酸フェナゾピリジン、フェンブタゾンナトリウムグリセラート、フェンカルバミド、塩酸フェンシクリジン、酒石酸フェンジメトラジン、硫酸フェネルジン、塩酸フェンメトラジン、フェノバルビタール、塩酸フェノキシベンザミン、フェンプロクモン、フェンセリン、フェンスクシナール(phensuccinal)、フェンスクシミド、フェンテルミン、塩酸フェンテルミン、メシル酸フェントラミン、ペントキシフィリン(phentoxifylline)、アミノサリチル酸フェニル、酢酸フェニル、フェニルアラニン、フェニルアラニルケトコナゾール、フェニルブタゾン、塩酸フェニレフリン、塩酸フェニルプロパノールアミン、フェニルプロパノールアミンポリスチレックス、塩酸フェニラミドール、フェニトイン(phenyloin)、ホスファターゼ阻害剤、フィゾスチグミン、ピセナドール、ピシバニール、ピコトリンジオラミン、ピクロリブ(picroliv)、ピクメテロール、ピドチモド、ピファミン(pifamine)、ピロカルピン、ピルシカイニド(pilsicamide)、ピマゲジン、塩酸ピメチン、ピミルプロスト、ピモベンダン、ピモジド、ピナシジル、ピナドリン、ピンドロール、ピネノール(pinnenol)、ピノセンブリン(pinocebrin)、塩酸ピノキセピン、ピオグリタゾン、ピパンペロン、ピパゼタート、臭化ピペクロニウム、ピペラセタジン、ピペラシリンナトリウム、マレイン酸ピペラミド、ピペラジン、ピポブロマン、ピポスルファン、パルミチン酸ピポチアジン、塩酸ピポキソラン、ピプロゾリン、塩酸ピキンドン、塩酸ピキジル、ピラセタム、塩酸ピランダミン、ピラルビシン、ピラズモナムナトリウム、ピラゾラク、ピルベニシリンナトリウム、酢酸ピルブテロール、ピレンペロン、塩酸ピレンゼピン、ピレタニド、ピルフェニドン、ピリジシリンナトリウム、ピリドロナートナトリウム(piridronate sodium)、ピリプロスト、ピリトレキシム、塩酸ピルリマイシン、ピルリンドール、ピルマグレル、塩酸ピルメノール、ピルナビン、ピロクトン、ピロダビル、ピロドマスト、酒石酸ピログリリド、ピロラート、ピロラザミド、塩酸ピロキサントロン(piroxantrone hydrochloride)、ピロキシカム、ピロキシモン、ピルプロフェン、ピルキノゾール、ピルシドミン、プレニラミン、ピタバスタチン、脳下垂体後葉、塩酸ピバンピシリン、ピボプリル、ピゾチリン、プラセチン(placetin)A、白金化合物、白金−トリアミン錯体、プリカマイシン、プロメスタン、ポビルカストエダミン、ポドフィロックス、ウルシエキス、メチル硫酸ポルジン、ポリグルサム(poliglusam)、ポリグナートナトリウム(polignate sodium)、硫酸ポリミキシンB、ポリチアジド、ポナルレスタット、ポルフィマーナトリウム、ポルフィロマイシン、塩化カリウム、ヨウ化カリウム、過マンガン酸カリウム、ポビドンヨード、プラクトロール、塩化プラリドキシム、塩酸プラミラセタム、塩酸プラモキシン、塩化プラノリウム、マレイン酸プラバドリン、プラバスタチン(プラバコール(pravachol))、プラゼパム、プラゾシン、塩酸プラゾシン、プレドナザート(prednazate)、プレドニカルベート、プレドニムスチン、プレドニゾロン、プレドニゾン、プレドニバール、コハク酸プレグネノロン、塩酸プレナルテロール、塩酸プリデフィン、プリフェロン(prifelone)、塩酸プリロカイン、プリロセック(prilosec)、リン酸プリマキン、プリミドロール、プリミドン、プリニビル(prinivil)、プリノミドトロメタミン、プリノキソダン、塩酸プリジジロール、塩酸プロアジフェン、プロベネシド、プロビクロミルカルシウム、プロブコール、塩酸プロカインアミド、塩酸プロカイン、塩酸プロカルバジン、塩酸プロカテロール、プロクロルペラジン、プロシノニド、プロクロノール、塩酸プロシクリジン、塩酸プロジリジン、プロドール酸、塩酸プロファドール、プロガビド、プロゲステロン、プログルミド、ヒトプロインスリン、プロリン、塩酸プロリンタン、塩酸プロマジン、塩酸プロメタジン、塩酸プロパフェノン、プロパゲルマニウム、プロパニジド、臭化プロパンテリン、塩酸プロパラカイン、硝酸プロパチル、プロペントフィリン、塩酸プロペンゾラート、プロピカシン、プロピオマジン、プロピオン酸、プロピオニルカルニチン、L−、プロピラム、プロピラム+パラセタモール、プロピベリン、プロポフォール、塩酸プロポキシカイン、塩酸プロポキシフェン、塩酸プロプラノロール、プロパルシド(propulsid)、プロピルビス−アクリドン、プロピルヘキセドリン、プロピリオドン、プロピルチオウラシル、プロカゾン、プロレノアートカリウム、塩酸プロロキサン、プロスシラリジン、プロスタレン(prostalene)、プロストラチン、硫酸プロタミン、プロテグリン、プロチレリン、プロトスフロキサシン(protosufloxacin)、塩酸プロトリプチリン、プロキサゾール、クエン酸プロキサゾール、プロキシクロミル、酒石酸プロキソルファン、プルリフロキサシン、塩酸プソイドエフェドリン、ピューロマイシン、プルプリン、ピラブロム(pyrabrom)、ピランテル、パモ酸塩、ピラジナミド、ピラゾフリン、ピラゾロアクリジン、臭化ピリドスチグミン、マレイン酸ピリラミン、ピリメタミン、ピリノリン、ピリチオンナトリウム、ピリチオン亜鉛、塩酸ピロバレロン、マレイン酸ピロキサミン、ピロカイン、塩酸ピロリフェン、ピロールニトリン(pyrroinitrin)、パモ酸ピルビニウム、メシル酸クアダゾシン、クアゼパム、クアジノン、クアゾジン、クアゾラスト、クエチアピン、キフラポン、キナゴリド、キナルジンブルー、キナプリル、キナプリラト、塩酸キナゾシン、キンボロン、キンクトラート(quinctolate)、酢酸キンデカミン、臭化キンドニウム、塩酸キネロラン、キネストロール、キンファミド、酢酸キンゲスタノール、キンゲストロン、グルコン酸キニジン、塩酸キニエロラン(quinielorane hydrochloride)、硫酸キニーネ、塩酸キンピロール、硫酸キンテレノール、臭化キヌクリウム、キヌプリスチン、マレイン酸キパジン、ラベプラゾールナトリウム、ラセフェニコール、ラセピネフリン、rafアンタゴニスト、ラフォキサニド(rafoxamide)、ラリトリン、ラロキシフェン、ラルチトレキセド、ラマトロバン、ラミプリル、ラモプラニン、ラモセトロン、ラネル酸、ラニマイシン(ranimycin)、ラニチジン、ラノラジン、インド蛇木(rauwolfia serpentina)、レカイナム、塩酸レカイナム、レクラゼパム、レガビルマブ、レグラモスチム(regramostim)、リラキシン、レロマイシン、塩酸レマセミド、塩酸レミフェンタニル、レミプロストール、レモキシプリド、レピリナスト、レプロマイシン、塩酸レプロテロール、レセルピン、レシニフェラトキシン(resinferatoxin)、レゾルシノール、脱メチル化レテリプチン、レチクロン(reticulon)、レビパリンナトリウム、レビジノン、レニウムre 186エチドロネート、リゾキシン、リバミノール(ribaminol)、リバビリン、リボプリン、リボザイム、リカセトロン、リドグレル、リファブチン、リファメタン、リファメキシル、リファミド、リファンピン、リファペンチン、リファキシミン、レチンアミド、リロピロックス、リルゾール、リマンタジン、塩酸リムカゾール、リメキソロン、臭化水素酸リミテロール、リモプロギン、リオジピン、リオプロスチル、リパゼパム、リピサルタン(ripisartan)、リセドロン酸ナトリウム、リセドロン酸、リソカイン、塩酸リソチリド、リスペンゼピン、リスパダール、リスペリドン、リタンセリン、リチペネム、リトドリン、リトルカスト、リトナビル、安息香酸リザトリプタン、塩酸ロカスチン、臭化ロクロニウム、ロドカイン、ロフルラン、ログレチミド、ロヒツキン(rohitukine)、ロキタマイシン、ロレタミシド(roletamicide)、ロルガミジン、ロリシプリン、ロリプラム、ロリテトラサイクリン、ロロジン、ロマザリット、ロムルチド、ロニダゾール、ロピニロール、塩酸ロピトイン、ロピバカイン、ロピジン、ロキニメクス、ロサミシン、ロソクサシン、ロトキサミン、ロキサチジン(roxaitidine)、ロキサルソン、ロキシンドール、ロキシスロマイシン、ルビギノンB1、ルボキシル、ルフロキサシン、ルパタジン(rupatidine)、ルタマイシン、ルザドラン、サベルゾール、サフィンゴール、サフィロニル、サイントピン、サルブタモール、R−−、サルコレクス(salcolex)、マレイン酸サレタミ
ド、サリチルアルコール、サリチルアミド、サリチル酸メグルミン、サリチル酸、サルメテロール、サルナセジイン(salnacediin)、サルサラート、サメリジン、サンパトリラト、サンサイクリン、サンフェトリネム、塩化サンギナリウム、サペルコナゾール、サプリサルタン、サプロプテリン、サキナビル、塩酸サラフロキサシン、酢酸サララシン、SarCNU、サルコフィトールA、サルグラモスチム、サルモキシシリン、サルピシリン、サルポグレラート、サルプラーゼ、サテリノン、サチグレル、サツモマブペンテチド(satumomab pendetide)、Schick試験対照、スコパフンギン、臭化水素酸スコポラミン、塩酸スクラザイピン(scrazaipine hydrochloride)、sdi 1模倣体、セカルシフェロール、セコバルビタール、シールゾーン(seelzone)、酢酸セグリチド、セレギリン、塩酸セレギリン、硫化セレン、セレノメチオニンse 75、セルホテル、セマチリド、センデュラマイシン、セモチアジル、セムスチン、センスオリゴヌクレオチド、塩化セパゾニウム、塩酸セペリドール、セプリロース(seprilose)、塩酸セプロキセチン、酢酸セラクチド(seractide acetate)、マレイン酸セルゴレキソール、セリン、セルメタシン、酢酸セルモレリン、セルタコナゾール、セルチンドール、セルトラリン、セチプチリン、セトペロン、セビルマブ(sevirumab)、セボフルラン、セゾラミド、シボピルジン、塩酸シブトラミン、シグナル伝達阻害剤、シランドロン、シリピド(silipide)、シルテプラーゼ、硝酸銀、シメンダン、シムトラゼン、シンバスタチン、シンカリド、シネフンギン、シニトロジル、シンナビドール(sinnabidol)、シパトリギン、シロリムス、シソマイシン、シトグルシド、シゾフィラン(sizofuran)、ソブゾキサン、アミロ硫酸ナトリウム、ヨウ化ナトリウムI123、ニトロプルシドナトリウム、ナトリウムオキシベート、フェニル酢酸ナトリウム、サリチル酸ナトリウム、ソルベロール(solverol)、酒石酸ソリペルチン、ソマラポール(somalapor)、塩酸ソマンタジン、ソマトメジンB、ソマトメジンC、ソマトレム、ソマトロピン、ソメノポル(somenopor)、ソミドボブ(somidobove)、ソネルミン(sonermin)、ソルビニル、ソリブジン、ソタロール、塩酸ソテレノール、スパルフロキサシン、スパルホス酸ナトリウム(sparfosate sodium)、スパルホス酸(sparfosic acid)、スパルソマイシン、硫酸スパルテイン、塩酸スペクチノマイシン、スピカマイシンD、スピペロン、メシル酸スピラドリン、スピラマイシン、塩酸スピラプリル、スピラプリラト、塩酸スピロゲルマニウム、スピロムスチン、スピロノラクトン、スピロプラチン(spiroplatin)、スピロキサソン、スプレノペンチン、スポンギスタチン1、スプロジアミド(sprodiamide)、スクアラミン、塩酸スタリマイシン、ピロリン酸第一スズ、第一スズ硫黄コロイド、スタノゾロール、スタトロン、スタウロスポリン、スタブジン、ステフィマイシン、酢酸ステンボロン、ステプロニン、ヨウ化スチルバジウム、ヨウ化スチロニウム(stilonium iodide)、スチピアミド、スチリペントール、ストバジン、硫酸ストレプトマイシン、ストレプトニコジド(streptonicozid)、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ストロメライシン阻害剤、塩化ストロンチウムSr 89、サクシブン(succibun)、サクシマー、塩化スクシニルコリン、スクラルファート、スクロソファートカリウム、スドキシカム、スフェンタニル、スホチジン(sufotidine)、スラゼパム、スルバクタムピボキシル、硝酸スルコナゾール、スルファベンズ、スルファベンズアミド、スルファセタミド、スルファシチン、スルファジアジン、スルファドキシン、スルファレン、スルファメラジン、スルファメータ、スルファメタジン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファモノメトキシン、スルファモキソール、スルファニル酸亜鉛、スルファニトラン、スルファサラジン、スルファソミゾール、スルファザメト、塩酸スルフィナロール、スルフィノシン、スルフィンピラゾン、スルフィソキサゾール、スルホミキシン、塩酸スルホンテロール、スルホキサミン、スリンダク(sulinldac)、スルマリン、スルニダゾール、スロクチジル、スロフェヌル、スロペネム、シュウ酸スロキシフェン、スルピリド、スルプロストン、スルタミシリン、スルチアム、スルトプリド、スルカスト、スマロテン、スマトリプタン、サンシリンナトリウム(suncillin sodium)、スプロクロン(suproclone)、スプロフェン、スラジスタ(suradista)、スラミン、スルホマー(surfomer)、マレイン酸スリカミド(suricamide maleate)、スリトゾール、マレイン酸スロナクリン、硫酸スキセメリド、スワインソニン、シマカリム(symakalim)、シムクロセン、塩酸シメチン、合成グリコサミノグリカン、塩酸タシアミン(taciamine hydrochloride)、塩酸タクリン、タクロリムス、塩酸タランピシリン、タレラノール、タリソマイシン、タリムスチン、タルメタシン、タルニフルマート、塩酸タロプラム、タロサラート、塩酸タメトラリン、タモキシフェン、フマル酸タンプラミン、塩酸タムスロシン、塩酸タンダミン、タンドスピロン、タプゲン(tapgen)、タプロステン、タソサルタン、タウロムスチン、タキサン、タキソイド、コハク酸タザドレン、タザノラスト、タザロテン、塩酸タジフィリン、タゾバクタム、タゾフェロン、塩酸タゾロール、テブフェロン、テブキン、ビシサートテクネチウムTc 99 m(technetium Tc 99 m bicisate)、テクロザン、テコガランナトリウム(tecogalan sodium)、テセロイキン(teecleukin)、テフルラン、テガフール、テグレトール、テイコプラニン、テレンゼピン、テルラピリリウム(tellurapyrylium)、テルメステイン、テルミサルタン、テロメラーゼ阻害剤、塩酸テロキサントロン、塩酸テルジピン、塩酸テマフロキサシン、メチル硫酸テマトロピウム、テマゼパム、テメラスチン、テモカプリル、テモシリン、テモポルフィン、テモゾロミド、テニダップ、テニポシド、テノサール、テノキシカム、テピリンドール、テポキサリン、テプロチド、テラゾシン、テルビナフィン、硫酸テルブタリン、テルコナゾール、テルフェナジン、テルフラボキサート、テルグリド、酢酸テリパラチド、テルラキレン、テルリプレシン、テロジリン、塩酸テロキサレン、テロキシロン(teroxirone)、テルタトロール、テシカム、テシミド、テストラクトン、テストステロン、テトラカイン、テトラクロロデカオキシド、テトラサイクリン、塩酸テトラヒドロゾリン、塩酸テトラミゾール、テトラゾラストメグルミン、テトラゾミン、テトロホスミン、テトロキノン、テトロキソプリム、テトリダミン、タリブラスチン、サリドマイド、テオフィブラート、テオフィリン、チアベンダゾール、チアミプリン、チアンフェニコール、チアミラール、塩酸チアゼシム、塩化チアジナミウム、チエチルペラジン、チメルホナートナトリウム、チメロサール、チオコラリン、チオフェドリン(thiofedrine)、チオグアニン、チオマリノール、チオペンタールナトリウム、チオペラミド、チオリダジン、チオテパ、チオチキセン、塩酸チフェナミル、チフェンシリンカリウム、チラム、トザリノン、スレオニン、トロンビン、トロンボポエチン、トロンボポエチン模倣体、チマルファシン(thymalfasin)、チモポエチン受容体アゴニスト、チモトリナン、塩酸チロメダン、チロキシンI 125、チロキシンI 131、チアクリラスト、チアクリラストナトリウム、チアガビン、チアメニジン、チアネプチン、チアパファント(tiapafant)、塩酸チアパミル、塩酸チアラミド、チアゾフリン、チベネラストナトリウム、チボロン、チブル酸、プロピオン酸チカベソン、チカルボジン、チカルシリンクレシルナトリウム、チクラトン、チクロピジン、チクリナフェン、チエノキソロール、チフラクナトリウム(tifurac sodium)、チゲモナムジコリン、チゲストール、塩酸チレタミン、塩酸チリジン、チリソロール、チルノプロフェンアルバメル(tilnoprofen arbamel)、塩酸チロロン、チルドロン酸二ナトリウム、チルドロン酸、チメフロン、酢酸チモベソン、チモロール、エチルエチオプルプリンスズ、チナビノール(tinabinol)、チミダゾール(timidazole)、チンザパリンナトリウム、チオコナゾール、チオダゾシン、塩化チオドニウム、塩酸チオペリドン、チオピナク、塩酸チアスピロン、チオチジン、臭化チオトロピウム、チオキシダゾール、塩酸チペントシン(tipentosin hydrochloride)、チプレダン、塩酸チプレノロール、チプリナストメグルミン、塩酸チプロピジル、チクエシド、塩酸チキナミド、チランダリジギン、チラパザミン、チリラザド、チロフィバン、チロプラミド、二塩化チタノセン、チキサノクス、ピバル酸チキソコルトール、塩酸チザニジン、トブラマイシン、トカミド(tocamide)、トカンフィル、塩酸トフェナシン、トラモロール、トラザミド、塩酸トラゾリン、トルブタミド、トルカポン、トルシクラート、トルファミド、トルガビド、ラモトリギン、トルイミドン、トリンダート、トルメチン、トルナフタート、トルポビドン(tolpovidone)I 131、トルピラミド、トルレスタット、トメルカスト、塩酸トモキセチン、メシル酸トナゾシン、トピラマート、トポテカン、塩酸トポテカン、トプセンチン、トプテロン、トキジン、トラセミド、トレミフェン、トルセミド、トシフェン、トスフロキサシン、全能性幹細胞因子、トラカゾラート、トラフェルミン、トラロニド、塩酸トラマドール、塩酸トラマゾリン、トランドラプリル、トラネキサム酸、トラニラスト、トランスカイニド(transcamide)、翻訳阻害剤、トラザノックス、塩酸トラゾドン、トラゾドン−HCL、塩酸トレベンゾミン(trebenzomine hydrochloride)、塩酸トレフェンタニル、トレロキシナート、マレイン酸トレピパム、酢酸トレストロン、トレチノイン、トリアセチン、トリアセチルウリジン、トリアフンギン、トリアムシノロン、硫酸トリアンピジン、トリアムテレン、トリアゾラム、トリベノシド、トリカプリリン(tricaprilin)、トリセタミド、トリクロルメチアジド、トリコヒアリン、トリシリビン、三クエン酸塩、トリクロフェノールピペラジン、トリクロホスナトリウム、トリクロニド、トリエンチン、トリフェナグレル、トリフラビン(triflavin)、トリフロシン、トリフルバザム、トリフルミダート、塩酸トリフロペラジン、トリフルペリドール、トリフルプロマジン、塩酸トリフルプロマジン、トリフルリジン、塩酸トリヘキシフェニジル、トリロスタン、塩酸トリマゾシン、トリメゲストン、酒石酸トリメプラジン、トリメタジオン、カンシル酸トリメタファン、塩酸トリメトベンズアミド、トリメトプリム、トリメトジン、トリメトレキサート、トリミプラミン、トリモプロスチル、塩酸トリモキサミン、トリオレインI 125、トリオレインI 131、メシル酸トリオキシフェン(trioxifene mesylate)、トリパミド、塩酸トリペレナミン、塩酸トリプロリジン、トリプトレリン、トリスルファピリミジン(trisulfapyrimidines)、トロクロセンカリウム、トログリタゾン、トロラミン、トロレアンドマイシン、トロンボジピン(trombodipine)、トロメタモール、塩酸トロパンセリン、トロピカミド、トロピンエステル、トロピセトロン、トロスペクトマイシン、トロバフロ
キサシン、トロビルジン、トリプトファン、ツベルクリン、塩化ツボクラリン、塩酸ツブロゾール、ツカルクソール(tucarcsol)、ツロブテロール、ツロステリド、チバマート、チロゲニン、チロパノ酸ナトリウム、チロシン、チロスリシン、チルホスチン、ウベニメクス、ウルダゼパム、ウンデシレン酸、ウラシルマスタード、ウラピジル、尿素、ウレデパ、ウリジン三リン酸、ウロフォリトロピン、ウロキナーゼ、ウルソジオール、バラシクロビル、バリン、バルノクタミド、バルプロ酸ナトリウム、バルプロ酸、バルサルタン、バミカミド、バナデイン(vanadeine)、バンコマイシン、バミノロール(vaminolol)、塩酸バピプロスト、バプレオチド、バリオリンB、バソプレシン、臭化ベクロニウム、ベラレソール、マレイン酸ベルナクリン、ベンラファキシン、塩酸ベラドリン(veradoline hydrochloride)、ベラミン(veramine)、塩酸ベラパミル、ベルジン、塩酸ベリロパム、ベルルカスト、ベロフィリン、ベロキサン(veroxan)、ベルテポルフィン、ベスナリノン、ベキシビノール、ビダラビン、ビガバトリン、塩酸ビロキサジン、硫酸ビンブラスチン、クエン酸ビンブルニン、ビンコホス、ビンコナート、硫酸ビンクリスチン、ビンデシン、硫酸ビンデシン、硫酸ビネピジン、硫酸ビングリシナート、硫酸ビンロイロシン、ビノレルビン、ビンポセチン、ビントペロール、ビンキサルチン(vinxaltine)、硫酸ビンゾリジン(vinzolidine sulfate)、ビプロストール、バージニアマイシン、 ビリドフルビン(viridofulvin)、ビロキシム(viroxime)、ビタキシン(vitaxin)、ボラゾシン、ボリコナゾール、ボロゾール、ボキセルゴリド、ワルファリンナトリウム、キサモテロール、キサノメリン、キサノキサートナトリウム、ニコチン酸キサンチノール、ゼミロフィバン、キセナリピン、キセンブシン、キシロバム、キシモプロフェン、キシパミド、メシル酸キソルファノール、トシル酸キシラミジン、塩酸キシラジン、塩酸キシロメタゾリン、 キシロース、ヤンガンビン、ザビシプリル、ザコプリド、ザフィルルカスト、ザルシタビン、ザレプロン、ザロスピロン、塩酸ザルチジン、ザルトプロフェン、ザナミビル、ザンキレン、ザノテロン、ザンタック、ザフィルルカスト(zarirlukast)、ザテブラジン、ザトセトロン、マレイン酸ザトセトロン、ゼナレスタット、メシル酸ゼナゾシン(zenazocine mesylate)、ゼニプラチン(zeniplatin)、ゼラノール、ジドメタシン、ジドブジン、ジフロシロン、ジランテル、ジラスコルブ、ジロートン、塩酸ジメルジン、ウンデシレン酸亜鉛、ジンドトリン、塩酸ジノコナゾール、ジノスタチン、塩酸ジンテロール、ジンビロキシム、ジプラシドン、ゾボルト(zobolt)、ゾフェノプリルカルシウム、ゾフェノプリラト、塩酸ゾラミン、塩酸ゾラゼパム、ゾレドロン酸(zoledronie acid)、塩酸ゾレルチン、ゾルミトリプタン、ゾルピデム、ゾメピラックナトリウム、ゾメタピン、塩酸ゾニクレゾール、ゾニサミド、ゾピクロン、ゾポルレスタット、ゾルバマイシン(zorbamyciin)、塩酸ゾルビシン、ゾテピン、ズカプサイシン、JTT−501(PNU−182716)(レグリタザル(reglitazar))、AR−H039122、MCC−555(ネトグリタゾン)、AR−H049020(テサグリタザル)、CS−011(CI−1037)、GW−409544X、KRP−297、RG−12525、BM−15.2054、CLX−0940、CLX−0921、DRF−2189、GW−1929、GW−9820、LR−90、LY−510929、NIP−221、NIP−223、JTP−20993、LY 29311 Na、FK 614、BMS 298585、R 483、TAK 559、DRF 2725(ラガグリタザル)、L−686398、L−168049、L−805645、L−054852、(デメチルアステリキノン(demethyl asteriquinone)B1(L−783281)、L−363586、KRP−297、P32/98、CRE−16336、EML−1625、それらの薬学的に許容可能な塩、またはそれらの生物学的に活性な断片、バリアントもしくは誘導体、またはそれらの組み合わせ。一部の実施形態では、生物活性剤は、ロイプロリド、オクトレオチド、ブリモニジン、ラタノプロスト、ラタノプロスト酸、トラボプロスト、トラボプロスト酸、ブリンゾラミド、ドルゾラミド、ベタキソロール、テルビナフィン、リスペリドン、および/もしくはラパマイシン、またはそれらの組み合わせから選択される。
炭水化物:本明細書において使用される場合、「炭水化物」という用語は、炭素、酸素、および水素を含有する生物分子を指す。一部の実施形態では、炭水化物は、サッカリド、糖、デンプン、またはセルロースを含む。一部の実施形態では、サッカリドは、単糖類、二糖類、オリゴ糖類、および多糖類を含む。一部の実施形態では、多糖類は、構造的構成要素として作用し、またはエネルギー貯蔵を代行する。一部の実施形態では、炭水化物は、免疫系、受精、発症阻害、血液凝固、および/または発生に関与する。一部の実施形態では、生物活性剤は、炭水化物を含有する。
細胞浸透性ペプチド:本明細書において使用される場合、「細胞浸透性ペプチド」、「細胞浸透性タンパク質」、「CPP」等という用語は、細胞膜を通過する能力を有するペプチドまたはタンパク質を指す。様々な実施形態では、CPPは、生物活性剤と複合体化され、膜を越えた剤の輸送を促進する。一部の実施形態では、CPPは、細胞膜、たとえば哺乳類細胞の原形質膜、および/または哺乳類細胞の核膜を越えて当該剤が取り込まれることを促進するのに役立つ。一部の実施形態では、CPPは、細胞内に内在化され、細胞膜(とくに外「境界」細胞膜(普遍的に、「原形質膜(plasma membrane)」とも呼称される)、エンドソーム膜、および小胞体の膜を含む)を通過することができ、および/または所与の剤もしくは積荷のこれら細胞膜の通過を指示することができる。一部の実施形態では、任意の可能性のある内在化機序は、エネルギー依存性(すなわち能動)輸送機序(たとえばエンドサイトーシス)と、エネルギー非依存性(すなわち受動)輸送機序(たとえば、拡散)の両方を含むと予測されている。様々な実施形態では、内在化は、原形質細胞膜を通り、細胞質へと通過するペプチドの少なくとも一部の局在化を含む(たとえば小胞、エンドソーム、または核内などの異なる細胞コンパートメントにおける局在化とは対照的である)。CPPの非限定的な例は、GRKKRRQRRRPPQのアミノ酸配列を有するペプチドである(Vives;E.et al.(1997)、上記)。CPPの非限定的な例としては、HIV−1 TAT転座ドメイン(Green;M.and Loewenstein,P.M.(1988)Cell 55,1179−1188)、およびショウジョウバエ由来のアンテナペディアタンパク質のホメオドメイン(Joliot;A.et al.(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88,1864−1868);アンテナペディアタンパク質のいわゆるペネトラチン(penetratin)またはpAntpの16アミノ酸の配列(Derossi,D.et al.(1994)J.Biol.Chem.269,10444−10450);HIV−1 TATタンパク質の塩基性配列(Vives,E.et al.(1997)J.Biol.Chem.272,16010−16017)が挙げられる。および開発された合成ペプチドは、両親媒性モデルペプチドMAPである(Oehlke,J.et al.(1998)Biochim.Biophys.Acta 1414,127−139)。CPPの非限定的な追加例は、米国特許第9,303,076号および第9,302,014号に記載されている。
特徴的な部分:本明細書において使用される場合、タンパク質またはポリペプチドの「特徴的な部分」という文言は、連続的アミノ酸、または連続的アミノ酸の集まりを含有する部分であり、それら両方ともがタンパク質またはポリペプチドの特徴である。かかる各連続鎖は、概して、少なくとも2つのアミノ酸を含むであろう。さらに当分野の当業者は、多くの場合、少なくとも5、10、15、20またはそれ以上のアミノ酸が、タンパク質の特徴であるために必要であると認識するであろう。概して、特徴的部分は、上記で特定される配列同一性に加えて、関連無傷タンパク質と少なくとも1つの機能的特徴を共有する部分である。
特徴的な配列:本明細書において使用される場合、「特徴的配列」は、ポリペプチドまたは核酸のファミリーのすべての構成メンバーに存在し、ゆえに当該ファミリーのメンバーを定義するために当分野の当業者により使用され得る配列である。
特徴的な構造的要素:本明細書において使用される場合、「特徴的構造要素」という用語は、ポリペプチド、低分子、または核酸のファミリーの全メンバーに存在する、明確に異なる構造的要素(例えば、コア骨格、懸垂部分の集合、配列要素など)を指し、ゆえに当該ファミリーのメンバーを定義するために当分野の当業者により使用され得る。
化学療法剤:本明細書において使用される場合、「化学療法剤」という用語は、癌細胞をはじめとする増殖細胞を殺傷することができる薬または剤を指す。化学療法剤は、様々な形態の癌を治療するために頻繁に使用される。一部の実施形態では、化学療法剤の非限定的な例として、アドリアマイシン、パクリタキセル(タキソール)、ドセタキセル(タキソテレ)、アクチノマイシンD、ドキソルビシン、ダウノルビシン、バルルビシン、イダルビシン、エピルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン、カンプトテシンおよびその誘導体、ブレオマイシン、エトポシド、テニポシド、マイトマイシン、ビンカアルカロイドのたとえばビンブラスチンおよびビンクリスチン、ならびにプラチナ系化合物のたとえばシスプラチン、ゲムシタビンが挙げられる。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、化学療法剤の少なくとも1つの機能を介在することができる化学療法剤の一部を含有する。
同等(Comparable):本明細書において使用される場合、「同等(Comparable)」という語は、得られた結果または観察された現象の比較が可能な、互いに充分に類似した状態または環境の2つ(またはそれ以上)の設定を記載するために、本明細書で使用される。一部の実施形態では、状態または環境の同等な設定は、複数の実質的に同一の特徴、および1つまたは少数の変更された特徴により特徴付けられる。当分野の当業者は、条件の設定は、充分な数と実質的に同一な特性の型により特徴づけられ、当該異なる条件設定または環境設定下で得られた結果と観察された現象における差異が、変更されたそれら特性における変化により引き起こされた、または変化の指標であると合理的に結論づけることが正当化されたときに互いに同等であると認識するであろう。
複合体:本明細書において使用される場合、「複合体」という用語は、(非限定的な例として、2つの隣接する構成要素、部分、または分子の間に入れられた1つ以上のリンカーを用いて)直接的または間接的のいずれかでたとえば共有結合など物理的に互いに連結された2つ以上の構成要素、部分、または分子を含有する組成物を指す。本明細書において使用される場合、2つ以上の構成要素、部分、または分子を含有する組成物に関連した「複合体化された」という用語は、当該2つ以上の構成要素、部分、または分子が物理的に互いに連結されている状態を言及している。一部の実施形態では、組成物は、脂質と生物活性剤を含有し、この場合において当該脂質と当該生物活性剤は、複合体化されている。
CRISPRおよび関連用語:本明細書において使用される場合、「CRISPR」、「CRISPR/Cas系」という用語は、クラスター化規則的配置短回文配列リピート(CRISPR:clustered regularly−interspaced short palindromic repeats)を含む生物活性系を指し、塩基配列の短い反復を含有する原核細胞DNAのセグメントであり、または天然原核細胞系から誘導されたもしくは着想された様々な人工システムである。一部の実施形態では、生物活性剤は、CRISPR/Cas系の構成要素を含有する。一部の実施形態では、CRISPR/Casの構成要素としては、限定されないが、Casタンパク質をコードする遺伝子(非限定的な例として、Cas9、dCas9、およびそれらの変異体、天然および人工の変異体の両方を含む)またはタンパク質自体;ガイドRNA;CAS crRNA複合体の任意の構成要素;cas(CRISPR関連)遺伝子または遺伝子産物;および天然または人工のCRISPR/Cas系に関与する任意の他の生物活性分子が挙げられる。たとえば、Jinek et al.2012 Science 337:816−821;Cong et al.2013 Science 339:819−823;米国特許出願20140234972;DiCarlo 2013 Nucl.Acids Res.41:4336−43;Hwang et al.2013 Nat.Biotech.31:227−9;およびFlowers et al.2014 Development 141:2165−71を参照のこと。
脂環式:本明細書で使用される用語「脂環式」は、例えば3〜30個の環員を有する飽和若しくは部分不飽和脂肪族単環式、二環式、又は多環式環系を指し、脂肪族環系は置換されていてもよい。脂環式基は、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル、及びシクロオクタジエニルを含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、シクロアルキルは3〜6個の炭素を有する。用語「脂環式」はまた、1つ若しくは複数の芳香又は非芳香環、例えばデカヒドロナフチル又はテトラヒドロナフチルに縮合している脂肪族環を含むことができ、ここでラジカル又は結合点は脂肪族環上にある。いくつかの実施形態では、炭素環式基は二環式である。いくつかの実施形態では、炭素環式基は三環式である。いくつかの実施形態では、炭素環式基は多環式である。いくつかの実施形態では、「脂環式」(又は「炭素環式」又は「シクロアルキル」)は、完全に飽和している若しくは1つ若しくは複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではなく、分子の残りの部分へ単一の結合点を有する単環式C−C炭化水素若しくはC−C10二環式炭化水素、又は、完全に飽和している若しくは1つ若しくは複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではなく、分子の残りの部分へ単一の結合点を有するC−C16三環式炭化水素を指す。
投与計画:本明細書において使用される場合、「投与計画」または「治療レジメン」は多くの場合、ある期間により分けられる、対象に個別に投与される1組の単位用量(多くの場合、2つ以上)を指す。一部の実施形態では、所与の治療剤は、推奨される投与計画を有しており、それらは1つ以上の投与量を含む場合がある。一部の実施形態では、投与計画は複数の投与を含み、その各々が、同じ長さの期間により互いに分離される。一部の実施形態では、投与計画は、複数の投与と、個々の投与を分ける少なくとも2つの異なる期間を含む。一部の実施形態では、投与計画内のすべての投与量は、同じ単位用量である。一部の実施形態では、投与計画内の異なる投与量は、異なる量である。一部の実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1回目の投与、その後に1番目の投与量とは異なる2番目の投与量で、1回以上の追加の投与が行われる。一部の実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1回目の投与、その後に1番目の投与量と同じ2番目の投与量で、1回以上の追加の投与が行われる。
均等な剤:本開示を読むことで、当分野の当業者は、本発明の文脈中の有用な剤の範囲が、本明細書で具体的に言及または例示されたものに限定されないことを認識するだろう。具体的には、当分野の当業者は、活性剤は多くの場合、コアと付加された懸垂部分から成る構造を有することを認識しており、従ってかかるコアおよび/または懸垂部分のシンプルな変更が、当該剤の活性を大きく変化させ得ないことを理解するだろう。例えば、一部の実施形態では、同等の3次元構造および/または化学反応特性の基を有する1つ以上の懸垂部分の置換は、元の基準化合物または部分と同等の置換化合物または部分を生成する場合がある。一部の実施形態では、1つ以上の懸垂部分の付加または除去は、元の基準化合物に対して均等な置換化合物を生成する場合がある。一部の実施形態では、例えば少数の結合(多くの場合、5、4、3、2以下、または1つの結合、およびしばしば一重結合のみ)の付加または除去によるコア構造の変更は、元の基準化合物に対し均等な置換化合物を生成する場合がある。多くの実施形態では、均等な化合物は、例えば、容易に入手可能な開始物質、試薬、および従来的な、または提供される合成手順を使用し、下記の一般的反応スキームで示された方法、またはその変法により、合成され得る。これらの反応において、それ自体では公知であるが、本明細書において言及されていないバリアントの使用も可能である。
均等な投与量:本明細書において使用される場合、「均等な投与量」という語は、同じ生物学的結果をもたらす、薬剤的に異なる活性剤の投与量を比較するために、本明細書で使用される。2つの異なる薬剤の投与量は、それらが同等のレベルまたは同程度の生物学的結果を達成するならば、本発明に従い互いに「均等」であると見なされる。一部の実施形態では、本発明に従う用途に対する異なる薬品の均等な投与量は、本明細書に記載されるin vitroおよび/またはin vivoのアッセイを使用して決定される。一部の実施形態では、本発明に従う用途に対する1種以上のリソソーム活性化剤は、基準リソソーム活性化剤の投与量に対し均等な投与量で利用される。一部の実施形態では、かかる目的に対する基準リソソーム活性化剤は、低分子アロステリック活性化剤(たとえばピラゾールピリミジン)、イミノ糖(たとえばイソファゴミン)、抗酸化剤(たとえばn−アセチル−システイン)、および細胞輸送制御剤(たとえばRab1aポリペプチド)からなる群から選択される。
ハロゲン:「ハロゲン」という用語は、本明細書において使用される場合、F、Cl、Br、またはIを意味する。
ヘテロ脂肪族:「ヘテロ脂肪族」という用語は、当技術分野で通常の意味が与えられ、1個以上の炭素原子が独立して1個以上のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リン等)で置換された、本明細書に記載の脂肪族基を指す。一部の実施形態では、C、CH、CH、またはCHから選択される1個以上の単位は、独立して1個以上のヘテロ原子(その酸化型および/または置換型を含む)により置換される。一部の実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルキルである。一部の実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルケニルである。
ヘテロアルキル:本明細書において使用される場合、「ヘテロアルキル」という用語は、当技術分野で通常の意味が与えられ、1個以上の炭素原子が独立して1個以上のヘテロ原子(例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リン等)で置換された、本明細書に記載の脂肪族基を指す。ヘテロアルキル基の例としては、アルコキシ、ポリ(エチレングリコール)−、アルキル置換アミノ、テトラヒドロフラニル、ピペリジニル、モルホリニル等が挙げられるが、これらに限定されない。
ヘテロアリール:本明細書において使用される場合、単独で使用される、またはより大きい部分、例えば「ヘテロアラルキル」又は「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される「ヘテロアリール」および「ヘテロar−」という用語は、総計5〜30個の環員を有する単環式、二環式又は多環式環系を指し、系内の少なくとも1個の環は芳香族であり、少なくとも1個の芳香環原子はヘテロ原子である。ヘテロアリール基は、いくつかの実施形態では5〜10個の環原子(即ち、単環式、二環式又は多環式)、いくつかの実施形態では5、6、9、又は10個の環原子を有する基である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、環状配列中で共有され、及び炭素原子に加えて1〜5個のヘテロ原子を有する、6、10、又は14個のπ電子を有する。ヘテロアリール基には、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル及びプテリジニルが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールはヘテロビアリール基、例えばビピリジル等である。本明細書で使用される用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロアラルキル」はまた、ヘテロ芳香環が1個若しくは複数のアリール、脂環式又はヘテロシクリル環に縮合している基を含み、ここでラジカル又は結合点はヘテロ芳香環上にある。非限定的な例としては、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、4H−キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、及びピリド[2,3−b]−1,4−オキサジン−3(4H)−オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式、二環式又は多環式であってもよい。用語「ヘテロアリール」は、用語「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」又は「ヘテロ芳香族」と互換的に使用されることができ、これらの用語のいずれかは、置換されていてもよい環を含む。用語「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリール基で置換されたアルキル基を指し、アルキル部分及びヘテロアリール部分は、独立して置換されていてもよい。
ヘテロ原子:本明細書において使用される場合、「ヘテロ原子」という用語は、炭素でも水素でもない原子を意味する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、(窒素、硫黄、リン、又はケイ素の任意の酸化形態、任意の塩基性窒素又は複素環式環の置換可能な窒素の四級化形態(例えば、3,4−ジヒドロ−2H−ピロリル中のN)、(ピロリジニル中の)NH、又は(N−置換ピロリジニル中の)NR等を含む)酸素、硫黄、窒素、リン、又はケイ素である。
ヘテロシクリル:本明細書において使用される場合、「複素環」、「ヘテロシクリル」、「複素環式ラジカル」、及び「複素環式環」という用語は、相互交換可能に使用され、飽和または部分不飽和であり、1個以上のヘテロ原子環原子を有する単環式、二環式、又は多環式環部分(例えば3〜30員)を指す。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、炭素原子に加えて1個又は複数の、好ましくは上で定義した1〜4個のヘテロ原子を有する飽和又は部分不飽和のいずれかの、安定な5員〜7員単環式又は7員〜10員二環式複素環式部分である。複素環の環原子に関して使用される場合、用語「窒素」は置換された窒素を含む。例として、酸素、硫黄又は窒素から選択される0〜3個のヘテロ原子を有する飽和又は部分不飽和の環において、窒素は(3,4−ジヒドロ−2H−ピロリル中の)N、(ピロリジニルの中の)NH、又は(N−置換ピロリジニル中の)NRであることができる。複素環式環は、安定な構造をもたらす任意のヘテロ原子又は炭素原子でそのペンダント基に結合することができ、任意の環原子は置換されていてもよい。このような飽和又は部分不飽和複素環式ラジカルの例としては、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、及びキヌクリジニルが挙げられるが、これらに限定されない。用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式基」、「複素環式部分」、及び「複素環式ラジカル」は、本明細書では互換的に使用され、また、ヘテロシクリル環が1つ若しくは複数のアリール、ヘテロアリール、又は脂環式環、例えばインドリニル、3H−インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、若しくはテトラヒドロキノリニル、に縮合した基を含む。ヘテロシクリル基は、単環式、二環式、又は多環式であってもよい。用語「ヘテロシクリルアルキル」は、ヘテロシクリルで置換されたアルキル基を指し、アルキル部分及びヘテロシクリル部分は、独立して置換されていてもよい。
免疫調節性核酸およびCpGオリゴヌクレオチドおよび関連用語:本明細書において使用される場合、「免疫調節性核酸」という用語は、たとえば哺乳類、たとえばヒト対象において免疫反応を調節することができる核酸を指す。様々な実施形態では、免疫調節性核酸は、免疫反応を刺激(アゴナイズ)することができる。他の実施形態では、異なる免疫調節性核酸は、免疫反応を低下(アンタゴナイズ(拮抗))させることができる。非限定的な例において、免疫調節性核酸としては、CpGオリゴヌクレオチドが挙げられる。本明細書において使用される場合、「CpGオリゴヌクレオチド」という用語は、非メチル化CpGモチーフを含有するオリゴヌクレオチドを指し、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、および/またはヌクレオチドアナログを含有することができる。一部の実施形態では、CpGオリゴヌクレオチドは、TLR9介在性および/またはTLR9関連性免疫反応を少なくとも1種のアッセイにおいて刺激することができる。一部の実施形態では、CpGオリゴヌクレオチドは、免疫反応を少なくとも1種のアッセイにおいて拮抗することができる。その他は、どちらも行わない。一部の実施形態では、CpGオリゴヌクレオチドは任意で、糖、塩基、またはリン酸(ホスホジエステル)の修飾、ならびに二次構造および三次構造を含有することができる。たとえば、Vollmer et al.2009 Adv.Drug.Del.Rev.61:195−204を参照のこと。一部の実施形態では、修飾ホスホジエステルの例は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、1つ以上のホスホロチオエート(PS)がCpGオリゴヌクレオチドの骨格内に(ホスホジエステルまたはPOの代わりに)組み込まれる。PSは、ヌクレアーゼ分解を低下させ、少なくともいくつかの例では、CpGオリゴヌクレオチドの免疫原性活性を10〜100倍に強化することができると報告されている。Vollmer et al.2009 Adv.Drug Del.Rev.61:195−204を参照のこと。一部の実施形態では、CpGオリゴヌクレオチドは骨格中にすべてのホスホジエステルを含有することができる。または骨格中にホスホジエステルとヌクレオシド間リンカーの混合物を含有することができる。または骨格中にすべてのヌクレオシド間リンカーを含有することができる。たとえば、WO2015/108047は、ホスホジエステルとヌクレオシド間(たとえばホスホロチオエート)結合の混合物を伴うCpGオリゴヌクレオチドを報告している。この例では、CpG領域モチーフは、CpG領域モチーフに隣接するホスホロチオエートとともにホスホジエステルを含有する。様々な実施形態では、CpGオリゴヌクレオチドは、Rp配置またはSp配置にあるホスホロチオエートを含有してもよい。文献において使用されるように、および本明細書において使用されるように、「CpG ODN」または「CpGオリゴデオキシヌクレオチド」という用語は、厳密にオリゴヌクレオチドに限定されるわけではなく、この場合において「p」はリン酸塩である。これらの用語は文献において従前に使用されており、および本明細書において、ホスホジエステルの代わりに1つ以上のホスホロチオエートを含有する、もしくはさらにはその骨格中にすべてホスホロチオエートを含有し、および/または他の修飾を含有するオリゴヌクレオチドを包含するように使用される。一部の実施形態では、「免疫調節性」CpGは、免疫反応を刺激することができる。一部の実施形態では、CpGオリゴヌクレオチドは、1つのストランドを含有してもよく、または任意で、第二もしくは他の追加のストランドをさらに含有してもよい。一部の実施形態では、CpGオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチドではない他の構成要素をさらに含有してもよく、またはこれに複合体化されてもよい。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、免疫調節性核酸の少なくとも1つの機能を調節することができる免疫調節性核酸の一部を含有する。
腹腔内:本明細書において使用される場合、「腹腔内投与」および「腹腔内に投与された」という文言は、対象の腹膜中への化合物または組成物の投与を表す、当該技術分野で理解される意味を有する。
In vitro:本明細書において使用される場合、「in vitro」という用語は、生物体(たとえば、動物、植物、および/または微生物)内でなく、人工的環境、たとえば、試験管または反応器中、細胞培養液中、などで発生する事象を指す。
In vivo:本明細書において使用される場合、「in vivo」という用語は、生物体(たとえば、動物、植物、および/または微生物)内で起こる事象を指す。
リンカー:本明細書において使用される場合、「リンカー」という用語は、組成物の2つの部分を繋げる部分を指す。非限定的な例として、リンカーは、生物活性剤を脂質に物理的に繋げる。適切なリンカーの非限定的な例としては、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸塩を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのレドックス切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸塩系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーが挙げられる。リンカーのその他の非限定的な例は、本明細書に記載されるか、または図7に詳細がある。
低級アルキル:本明細書において使用される場合、「低級アルキル」という用語は、C1−4の直線状または分枝状のアルキル基を指す。低級アルキル基の例は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、およびtert−ブチルである。
脂質:本明細書において使用される場合、「脂質」という用語は、分子の大きな群の任意のメンバーを指し、それらは概して、少なくとも部分的に疎水性または両親媒性であり、とくにリン脂質、トリグリセリド、ジグリセリド、モノグリセリド、脂溶性ビタミン、ステロール、脂肪およびワックスが挙げられる。一部の実施形態では、脂質としては、脂肪酸、グリセロ脂質、グリセロホスホ脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質、ポリケチド、およびその他の分子が挙げられる。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物に関する。一部の実施形態では、脂質としては限定されないが、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)およびジリノレイル(dilinoleyl)が挙げられる。一部の実施形態において、脂質としては、限定されないが、アミノ脂質;両親媒性脂質;アニオン性脂質;アポリポタンパク質;カチオン性脂質;低分子量カチオン性脂質;カチオン性脂質、例えば、CLinDMAおよびDLinDMA;イオン化可能なカチオン性脂質;クローキング成分;ヘルパー脂質;リポペプチド;中性脂質;中性の双性イオン性脂質;疎水性低分子;疎水性ビタミン;PEG−脂質;1つ以上の親水性ポリマーで修飾された帯電していない脂質;リン脂質;1,2−ジオレオイル−sn−グリセロ−3−ホスホエタノールアミンなどのリン脂質;ステルス脂質;ステロール;コレステロール;および標的化脂質;および本明細書中に記載されるか、または当該技術分野で報告される任意の他の脂質が挙げられる。一部の実施形態において、組成物は、脂質と、別の脂質の少なくとも1つの機能を介在することができる別の脂質の一部を含む。様々な実施形態において、本開示の組成物は、本明細書に記載されるか、または当該技術分野で公知の任意の脂質のいずれか1種以上を含有する。
lncRNA:本明細書において使用される場合、「長鎖非コードRNA」および「lncRNA」という用語は、約200ヌクレオチドよりも長い、非タンパク質コードRNA転写産物を指す。この数字上の限定は、長鎖ncRNAと、たとえばマイクロRNA(miRNA)、短鎖干渉RNA(siRNA)、Piwi−相互作用RNA(piRNA)、核小体低分子RNA(snoRNA)、およびその他の短鎖RNAなどの低分子制御性RNAを区別する。一部の実施形態では、lncRNAは、5’キャッピング、スプライシング、およびポリアデニル化をはじめとするmRNAの特徴を1つ以上有しているが、オープンリーディングフレーム(ORF)はほとんど無いか、有していない。一部の実施形態では、lncRNAは、AirまたはXistである。一部の実施形態では、lncRNAは、別の遺伝子の発現制御において機能する。一部の実施形態では、lncRNAは、限定されないが、以下を含む任意のlncRNAデータベース中に列記されるlncRNAである:ChIPBase、C−It−Loci、LNCipedia、lncRNABase、lncRNAdb、lncRNome、MONOCLdb、NONCODE、およびNRED。一部の実施形態において、組成物は、脂質と、lncRNAの少なくとも1つの機能を介在することができるlncRNAの一部を含む。
mRNA:本明細書において使用される場合、「メッセンジャーRNA」、「mRNA」などの用語は、DNAからリボソームへ遺伝情報を伝達するRNA分子の任意の大きなファミリーを指し、リボソームで、mRNAは遺伝子発現のタンパク質産物のアミノ酸配列を指定する。様々な実施形態では、RNAポリメラーゼによる一次転写産物のmRNA(mRNA前駆体(pre−mRNA)として知られる)の転写後、分子生物学のセントラルドグマにおいて集約されるように、プロセッシングされた成熟mRNAがアミノ酸ポリマー:タンパク質へと翻訳される。一部の実施形態では、mRNAは、修飾されたmRNAまたはmmRNAを含む。米国特許第9,220,792号。一部の実施形態では、mRNAは以下のいずれかをコードする:アレルゲン、血液成分、遺伝子療法製品、移殖で使用されるヒト組織または細胞製品、ワクチン、抗体、サイトカイン、増殖因子、酵素、血栓溶解剤、または免疫調節性物質。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、mRNAの少なくとも1つの機能を介在することができるmRNAの一部を含む。
筋肉:本明細書において使用される場合、「筋肉」という用語は、動物(限定されないが、ヒトを含む哺乳類を含む)に存在する組織の一種を指す。筋組織は、身体部分の位置を収縮、移動を行う、または維持する能力を有する線維組織の一種である。筋細胞または筋組織は、任意の骨格筋細胞もしくは骨格筋組織、心筋細胞もしくは心筋組織、平滑筋細胞もしくは平滑筋組織、および/または筋上皮細胞もしくは筋上皮組織を含む。一部の実施形態では、筋細胞または筋組織は、心筋細胞または心筋組織を含む。一部の実施形態では、筋細胞または筋組織は、横隔膜筋細胞または横隔膜筋組織を含む。一部の実施形態では、筋細胞または筋組織は、骨格筋細胞または骨格筋組織を含む。様々な実施形態では、筋細胞または筋組織は、以下から選択される:小指外転筋(足)、小指外転筋(手)、母指外転筋、短母指外転筋、長母指外転筋、短内転筋、母趾内転筋、長内転筋、大内転筋、母指内転筋、肘筋、肘関節筋、披裂喉頭蓋筋、アリヨルダニクス(aryjordanicus)、耳介筋、上腕二頭筋、大腿二頭筋、上腕筋、腕橈骨筋、頬筋、球海綿体筋、下咽頭の収縮筋、中咽頭の収縮筋、上咽頭の収縮筋、烏口腕筋、皺眉筋、精巣挙筋、輪状甲状筋、肉様膜、深会陰横筋(deep transverse perinei)、三角筋、口角下制筋、下唇下制筋、横隔膜、二腹筋、二腹筋(前面像)、脊柱起立筋−棘筋、脊柱起立筋−腸肋筋、脊柱起立筋−最長筋、短橈側手根伸筋、長橈側手根伸筋、尺側手根伸筋、小指伸筋(手)、指伸筋(手)、短指伸筋(足)、長指伸筋(足)、長母趾伸筋、示指伸筋、短母指伸筋、長母指伸筋、外腹斜筋(external oblique abdominis)、橈側手根屈筋、尺側手根屈筋、短小指屈筋(足)、短小指屈筋(手)、短指屈筋、長指屈筋(足)、深指屈筋、浅指屈筋、短母趾屈筋、長母趾屈筋、短母指屈筋、長母指屈筋、前頭筋、腓腹筋、下双子筋、上双子筋、オトガイ舌筋、オトガイ舌骨筋、大殿筋、中殿筋、小殿筋、薄筋、舌骨舌筋、腸骨筋、下斜筋、下直筋、棘下筋、外肋間筋、最内肋間筋、内肋間筋、内腹斜筋(internal oblique abdominis)、手の背側骨間筋、足の背側骨間筋、手の掌側骨間筋、足の底側骨間筋、棘間筋、横突間筋、舌の内在筋、坐骨海綿体筋、外側輪状披裂筋、外側翼突筋、外側直筋、広背節、口角挙筋、肛門挙筋−尾骨、肛門挙筋−腸骨尾骨筋、肛門挙筋−恥骨尾骨筋、肛門挙筋−恥骨直腸筋、肛門挙筋−恥骨膣筋、上唇挙筋、上唇挙筋、上唇鼻翼挙筋、上眼瞼挙筋、肩甲挙筋、口蓋帆挙筋、肋骨挙筋、頭長筋、頚長筋、足の中様筋(4)、手の中様筋、咬筋、内側翼突筋、内直筋、オトガイ筋、口蓋垂筋、顎舌骨筋、鼻筋、斜披裂筋、下頭斜筋、上頭斜筋、外閉鎖筋、内閉鎖筋(A)、内閉鎖筋(B)、肩甲舌骨筋、小指対立筋(手)、母指対立筋、眼輪筋、口輪筋、舌口蓋筋、口蓋咽頭筋、短掌筋、長掌筋、恥骨筋、大胸筋、小胸筋、短腓骨筋、長腓骨筋、第三腓骨筋、梨状筋(A)、梨状筋(B)、足底筋、広頚筋、膝窩筋、後輪状披裂筋、鼻根筋、方形回内筋、円回内筋、大腰筋、小腰筋、錐体筋、大腿方形筋、腰方形筋、足底方形筋、腹直筋、前側頭直筋、外側頭直筋、大後頭直筋、小後頭直筋、大腿直筋、大菱形筋、小菱形筋、笑筋、耳管咽頭筋、縫工筋、前斜角筋、中斜角筋、最小斜角筋、後斜角筋、半膜様筋、半腱様筋、前鋸筋、下後鋸筋、上後鋸筋、ヒラメ筋、肛門括約筋、尿道括約筋、頭板状筋、頚板状筋、アブミ骨筋、胸鎖乳突筋、胸骨舌骨筋、胸骨甲状筋、茎突舌筋、茎突舌骨筋、茎突舌骨筋(前面像)、茎突咽頭筋、鎖骨下筋、肋下筋、肩甲下筋、浅会陰横筋、上斜筋、上直筋、回外筋、棘上筋、側頭筋、側頭頭頂筋、大腿筋膜張筋、鼓膜張筋、口蓋帆張筋、大円筋、小円筋、甲状披裂筋および声帯筋、甲状喉頭蓋筋、甲状舌骨筋、前脛骨筋、後脛骨筋、横披裂筋、横突棘筋−多裂筋、横突棘筋−回旋筋、横突棘筋−半棘筋、腹横筋、胸横筋、僧帽筋、三頭筋、中間広筋、外側広筋、内側広筋、大頬骨筋および小頬骨筋。一部の実施形態では、筋細胞または筋組織は、平滑筋細胞または平滑筋組織である。様々な実施形態では、筋細胞または筋組織は、以下のいずれかに存在する筋細胞または筋組織から選択される:食道、胃、腸、気管支、子宮、尿道、膀胱、血管、および皮膚の立毛筋。様々な実施形態では、筋細胞または筋組織は、限定されないが以下を含む筋肉の一部である任意の構造または副構造を含む:筋外膜、筋細胞、筋節、腱、束、筋線維、筋周膜、コラーゲン、コラーゲン線維、筋紡錘、筋繊維鞘、筋小胞体、細フィラメント、太いフィラメント、Z板、H帯、I帯、A帯、またはM線。一部の実施形態では、筋細胞または筋組織は、健常である。一部の実施形態では、筋細胞または筋組織は、疾患または障害を患っている。
筋肉関連障害など:本明細書において使用される場合、「筋肉関連障害」、「筋肉関連疾患」などの用語は、骨格筋の細胞もしくは組織、心筋の細胞もしくは組織、平滑筋の細胞もしくは組織、または筋上皮の細胞もしくは組織、またはその他の筋肉の細胞もしくは組織を含む、筋細胞もしくは筋組織または筋神経系に関連した疾患または障害を指す。様々な実施形態では、本開示は、脂質と生物活性剤を含有する組成物に関連する方法に関し、この場合において当該組成物は筋関連障害に罹患した対象に投与される。様々な実施形態では、筋関連障害は、筋肉減弱症、筋肉運動障害、筋萎縮関連障害、筋肉変性、筋力低下、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、心不全、呼吸障害、栄養失調および疾患によって引き起こされる骨格筋変性、インスリン依存性シグナル伝達障害に関連する筋肉関連疾患、筋萎縮性側索硬化症、脊髄筋萎縮および脊髄損傷、虚血性筋疾患である。一部の実施形態では、筋関連障害としては、たとえば、肩凝り、四十肩(加齢による肩凝り)、リウマチ性関節炎、筋膜炎、頸筋の硬直、肩‐腕‐手症候群、頸椎捻挫症候群、捻挫、腱鞘炎、腰痛症候群、骨格筋萎縮などが挙げられる。一部の実施形態では、筋運動障害としては、歯ぎしり、周期性四肢運動障害、むずむず脚症候群、筋ジストロフィー、筋炎、圧迫神経(pinched nerve)、末梢神経損傷、筋萎縮性側索硬化症、重症筋無力症、および椎間板ヘルニア、睡眠関連不随意筋運動障害(sleep−related involuntary muscle movement disorder)の内の1つ以上に関連した状態を含む。一部の実施形態では、筋肉消耗関連障害は、たとえば筋肉量が徐々に失われるなどの症状を含む疾患または状態である。一部の実施形態では、筋肉消耗は、遺伝性素因;加齢関連疾患、たとえば高血圧、糖耐性異常、糖尿病、肥満、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、および心血管系疾患;慢性疾患、たとえば癌、自己免疫性疾患、感染性疾患、AIDS、慢性炎症性疾患、関節炎、栄養不良、腎疾患、慢性閉塞性肺疾患、肺気腫、くる病、慢性下部脊椎疼痛、末梢神経損傷、中枢神経損傷、および化学損傷;長期間の固定、たとえば骨折または外傷などの無奏功様状態、および外科手術後床上安静;ならびに老化により発生する骨格筋肉の量および強度の進行性の減少を含む様々な原因のいずれかに起因する。筋肉消耗関連疾患は、身体状態の弱体化をもたらし、これにより健康状態の悪化がもたらされ、肉体活動の不能がもたらされ得る。一部の実施形態では、筋肉減少症は、加齢による骨格筋肉量の漸減であり、筋肉の強度の低下の直接的な原因となり得、様々な身体機能の低下および機能障害をもたらす。一部の実施形態では、筋ジストロフィーは、強度と筋肉量が徐々に低下する障害である。筋ジストロフィー疾患の非限定的な例としては、ベッカー型筋ジストロフィー、脛骨筋ジストロフィー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、エメリ‐ドレヒュス型筋ジストロフィー、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー、サルコグリカノパチー、先天性筋ジストロフィー、たとえば部分的LAMA2欠損による先天性筋ジストロフィー、メロシン欠損型先天性筋ジストロフィー、1D型先天性筋ジストロフィー、福山型先天性筋ジストロフィー、肢帯1A型筋ジストロフィー、肢帯2A型筋ジストロフィー、肢帯2B型筋ジストロフィー、肢帯2C型筋ジストロフィー、肢帯2D型筋ジストロフィー、肢帯2E型筋ジストロフィー、肢帯2F型筋ジストロフィー、肢帯2G型筋ジストロフィー、肢帯2H型筋ジストロフィー、肢帯21型筋ジストロフィー、肢帯21型筋ジストロフィー、肢帯2J型筋ジストロフィー、肢帯2K型筋ジストロフィー、肢帯IC型筋ジストロフィー、単純型表皮水疱症を伴う強直性脊椎型筋ジストロフィー、眼咽頭型筋ジストロフィー、ウールリッヒ型先天性筋ジストロフィー(Ullrich congenital muscular dystrophy)、およびウールリッヒ型先天性筋ジストロフィー(Ullrich scleroatonic muscular dystrophy)が挙げられる。一部の実施形態では、対象は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーを有する。一部の実施形態では、筋変性は、損傷により、変性性筋疾患または障害により、または筋肉の除神経をもたらす神経系への疾患、障害もしくは損傷により引き起こされる。かかる疾患または障害としては、限定されないが、たとえば筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、顔面肩甲上腕型ジストロフィー、肢帯型ジストロフィー、遠位型筋ジストロフィー、または筋炎、または糖尿病性神経障害、急性一過性神経伝導障害、神経断裂、もしくは軸索断裂に関連した末梢神経障害などの変性性または炎症性の筋疾患が挙げられる。さらに、本明細書に記載される方法を使用して、神経変性性疾患、特に運動神経の変性に関連した疾患、たとえば筋萎縮性側索硬化症、脊髄性筋萎縮症、ポリオ後症候群、小児筋委縮症、ポリオウイルス感染症、またはシャーロットマリートゥース症、または炎症性もしくは脱髄性の神経疾患または障害、たとえばギランバレー症候群または慢性炎症性脱髄性多発性神経障害の診断または監視を行うことができる。本発明方法を使用して、神経損傷、たとえば手根管症候群、圧迫、神経の機械的切断、または腫瘍に関連した神経損傷により引き起こされた変性を診断または監視してもよい。さらに本明細書に開示される方法を利用して、神経系腫瘍または非神経系腫瘍を診断してもよい。
ncRNA:本明細書において使用される場合、「ncRNA」という用語は非コードRNAを指し、いくつかのタイプがあり、限定されないが、lncRNA(長鎖非コードRNA)が挙げられる。一部の実施形態では、ncRNAは、遺伝子またはタンパク質または遺伝子産物の発現の制御に参与する。Wahlestedt 2013 Nat.Rev.Drug Disc.12:433−446。ncRNAに対するアンタゴニストが報告されている。Meng et al.2015 Nature 518:409−412;およびLing et al.2013 Nature Rev.Drug Discov.12:847−865。一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と脂質を含有し、この場合において生物活性剤は、核酸であるか、またはncRNAに対する他のアンタゴニストである。一部の実施形態において、組成物は、脂質と、lncRNAの少なくとも1つの機能を介在することができるlncRNAの一部を含む。
任意で置換される:本明細書において記載される場合、たとえば本開示のオリゴヌクレオチドは、任意で置換されたおよび/または置換された部分を含有してもよい。一般に、用語「置換された」は、用語「任意に」が前にあるか否かにかかわらず、指定された部分の1つ又は複数の水素が好適な置換基で置換されていることを意味する。特に指示しない限り、「置換されていてもよい」基は、基の各置換可能な位置に好適な置換基を有していてもよく、任意の所定の構造中の2つ以上の位置が特定の基から選択される2つ以上の置換基で置換され得る場合、その置換基はあらゆる位置で同じであっても又は異なっていてもよい。一部の実施形態では、任意で置換される基は、置換されない。本開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらす置換基である。本明細書で使用される用語「安定な」は、化合物の産生、検出、並びに、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される1つ又は複数の目的のためのそれらの回収、精製、及び使用を可能にする条件にさらされた場合に、実質的に改変されない化合物を指す。
好適な一価置換基は、ハロゲン;−(CH0−4;−(CH0−4OR;−O(CH0−4,−O−(CH0−4C(O)OR°;−(CH0−4CH(OR;R°で置換されていてもよい−(CH0−4Ph;R°で置換されていてもよい−(CH0−4O(CH0−1Ph;R°で置換されていてもよい−CH=CHPh;R°で置換されていてもよい−(CH0−4O(CH0−1−ピリジル;−NO;−CN;−N;−(CH0−4N(R;−(CH0−4N(R)C(O)R;−N(R)C(S)R;−(CH0−4N(R)C(O)NR ;−N(R)C(S)NR ;−(CH0−4N(R)C(O)OR;−N(R)N(R)C(O)R;−N(R)N(R)C(O)NR ;−N(R)N(R)C(O)OR;−(CH0−4C(O)R;−C(S)R;−(CH)&0−4C(O)OR;−(CH0−4C(O)SR;−(CH0−4C(O)OSiR ;−(CH0−4OC(O)R;−OC(O)(CH0−4SR,−SC(S)SR°;−(CH0−4SC(O)R;−(CH0−4C(O)NR ;−C(S)NR ;−C(S)SR°;−SC(S)SR°,−(CH0−4OC(O)NR ;−C(O)N(OR)R;−C(O)C(O)R;−C(O)CHC(O)R;−C(NOR)R;−(CH0−4SSR;−(CH0−4S(O);−(CH0−4S(O)OR;−(CH0−4OS(O);−S(O)NR ;−(CH0−4S(O)R;−N(R)S(O)NR ;−N(R)S(O);−N(OR)R;−C(NH)NR ;−P(O);−P(O)R ;−OP(O)R ;−OP(O)(OR;−SiR ;−OSiR ;−(C1−4直鎖若しくは分枝鎖のアルキレン)O−N(R;又は、−(C1−4直鎖若しくは分枝鎖のアルキレン)C(O)O−N(R、(式中、各Rは、以下に定義されるように置換されていてもよく、独立して、水素、C1−20脂肪族、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される1〜5個のヘテロ原子を有するC1−20、ヘテロ脂肪族、−CH−(C6−14アリール)、−O(CH0−1(アリール)、(C6−14アリール)、−CH−(5〜14員ヘテロアリール環)、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される0〜5個のヘテロ原子を有する5〜20員の、単環式、二環式、若しくは多環式の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環であり、又は、上記定義にかかわらず、独立して出現する2つのは、それらの介在する原子と一緒になって、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される0〜5個のヘテロ原子を有する5〜20員の、単環式、二環式、若しくは多環式の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環を形成し、これらは以下に定義されるように置換されていてもよい)を含む。
好適なR上の一価置換基(又は独立して出現する2つのR°がその介在する原子と一緒になって形成する環)は、独立して、ハロゲン、−(CH0−2R●、−(ハロR●)、−(CH0−2OH、−(CH0−2OR●、−(CH0−2CH(OR●);−O(ハロR●)、−CN、−N、−(CH0−2C(O)R●、−(CH0−2C(O)OH、−(CH0−2C(O)OR●、−(CH0−2SR●、−(CH0−2SH、−(CH0−2NH、−(CH0−2NHR●、−(CH0−2NR●、−NO、−SiR●、−OSiR●、−C(O)SR●−(C1−4直鎖若しくは分枝鎖のアルキレン)C(O)OR●、又は−SSR●、(式中、各R●は、非置換の、若しくは「ハロ」が前に付く場合には1つ若しくは複数のハロゲンでのみ置換され、及び、独立して、C1−4脂肪族、−CHPh、−O(CH0−1Ph、又は窒素、酸素及び硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環から選択される)である。R°の飽和炭素原子上の好適な二価置換基は、=O及び=Sを含む。
好適な二価置換基は、=O、=S、=NNR 、=NNHC(O)R、=NNHC(O)OR、=NNHS(O)、=NR、=NOR、−O(C(R ))2−3O−、又は−S(C(R ))2−3S−、(式中、独立して出現する各Rは、水素、以下に定義されるように置換されていてもよいC1−6脂肪族、又は、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環から選択される)を含む。「置換されていてもよい」基の隣接の置換可能な炭素に結合している好適な二価置換基は、−O(CR 2−3O−、(式中、独立して出現する各Rは、水素、以下に定義されるように置換されていてもよいC1−6脂肪族、又は、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員の、飽和、部分不飽和、若しくはアリール環から選択される)を含む。
の脂肪族基上の好適な置換基としては、ハロゲン、−R●、−(ハロR●)、−OH、−OR●、−O(ハロR●)、−CN、−C(O)OH、−C(O)OR●、−NH、−NHR●、−NR●、または−NOが挙げられ、式中、各R●は、非置換であるか、又は「ハロ」が前に付く場合には1つ以上のハロゲンでのみ置換され、および独立して、C1−4脂肪族、−CHPh、−O(CH0−1Ph、または窒素、酸素および硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の、飽和、部分不飽和もしくはアリールの環である。
一部の実施形態では、置換可能な窒素上の好適な置換基としては、−R、−NR 、−C(O)R、−C(O)OR、−C(O)C(O)R、−C(O)CHC(O)R、−S(O)、−S(O)NR 、−C(S)NR 、−C(NH)NR 、または−N(R)S(O)が挙げられ、式中、各Rは、独立して、水素、下記に定義されるように置換されていてもよいC1−6脂肪族、非置換−OPh、または窒素、酸素および硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員の、飽和、部分不飽和、もしくはアリールの環であり、または、上記の定義にかかわらず、独立して出現する2つのRは、それらの介在する原子と一緒になって、窒素、酸素および硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換の3〜12員の、飽和、部分不飽和、若しくはアリールの単環式または二環式の環を形成する。
の脂肪族基上の好適な置換基は、独立してハロゲン、−R●、−(ハロR●)、−OH、−OR●、−O(ハロR●)、−CN、−C(O)OH、−C(O)OR●、−NH、−NHR●、−NR●、または−NOであり、式中、各R●は、非置換であるか、または「ハロ」が前に付く場合には1個以上のハロゲンでのみ置換され、および独立して、C1−4脂肪族、−CHPh、−O(CH0−1Ph、または窒素、酸素および硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の、飽和、部分不飽和もしくはアリールの環である。
経口:本明細書において使用される場合、「経口投与」および「経口的に投与される」という文言は、化合物または組成物の口による投与を指す、当該技術分野で理解される意味を有する。
非経口:本明細書において使用される場合、「非経口投与」および「非経口的に投与される」という文言は、腸内および局所的投与以外の通常は注射による投与様式を指す、当該技術分野で理解される意味を有し、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管内、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内、および胸骨内の注射および点滴が挙げられるが、これに限定されない。
部分不飽和:本明細書で使用される用語「部分不飽和」は、少なくとも1つの二重又は三重結合を含む部分を指す。用語「部分不飽和」は、不飽和の複数の部位を有する基を含むことが意図されるが、アリール部分及びヘテロアリール部分のいずれも含むことを意図するものではない。
ペプチド:本明細書において使用される場合、「ペプチド」という用語は、ペプチド結合を介して互いに結合された複数のアミノ酸を含有する分子を指す。一部の実施形態では、ペプチドは、ジペプチド、トリペプチド、オリゴペプチドおよびポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ジペプチドは2個のアミノ酸を含有する。トリペプチドは3個のアミノ酸を含有する。そしてオリゴペプチドは約2〜約50個、またはそれ以上のアミノ酸を含有する。一部の実施形態では、ペプチドは、約50個を超えるアミノ酸を含有する。一部の実施形態では、ポリペプチドおよびタンパク質は、ペプチド結合を介して互いに結合した複数のアミノ酸を含有する分子でもある。一部の実施形態では、ペプチドは、治療用ペプチドのSATPdbデータベース中に列記される任意の治療用ペプチドを含む。Singh et al.2015 Nucl.Acids Res.doi:10.1093/nar/gkv1114。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、ペプチドの少なくとも1つの機能を介在することができるペプチドの一部を含む。
医薬組成物:本明細書において使用される場合、「医薬組成物」という用語は、1種以上の薬学的に許容可能な担体とともに製剤化された活性剤を指す。一部の実施形態では、活性剤は、関連集団に投与したときに、所定の治療効果を達成する統計的有意な確率を示す治療レジメンにおける投与に適した単位投与量中に存在する。一部の実施形態では、医薬組成物は、以下に対し適合したものを含む、固体または液体の形態での投与用に特に製剤化されてもよい:経口投与、たとえば飲薬(drenches)(水溶液もしくは非水溶液または懸濁液)、錠剤、たとえば口腔、舌下および全身吸収を標的とした錠剤、ボーラス投与、粉末、顆粒、舌への適用のためのペースト;非経口投与、たとえば滅菌溶液もしくは懸濁液または徐放製剤として、皮下注射、筋肉内注射、静脈内注射または硬膜外注射;局所投与、たとえばクリーム、軟膏もしくは放出制御パッチまたは皮膚、肺もしくは口腔内に塗布されるスプレー;膣内投与または直腸内投与、たとえばペッサリー、クリームまたは泡状物質;舌下投与;眼内投与;経皮投与;または鼻内、肺内、およびその他の粘膜表面への投与。
薬学的に許容可能:薬学的に許容可能:本明細書中で使用されるとき、「薬学的に許容可能」という文言は、正当な医学的判断の範囲内で、合理的な利益/リスク比に見合っており、過剰な有害性、刺激、アレルギー応答、または他の問題もしくは合併症を伴わずに、ヒトおよび動物の組織と接触して使用するのに適切な化合物、物質、組成物、および/または剤形を指す。
薬学的に許容可能な担体:本明細書において使用される場合、「薬学的に許容可能な担体」という用語は、1つの臓器、または身体の部分から、別の臓器、または身体の部分への対象化合物の運搬または輸送に関与する液体もしくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、または溶媒封入材料などの薬学的に許容可能な材料、組成物または媒体を意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性があり、対象に有害でないという意味で、「許容可能」でなければならない。薬学的に許容可能な担体として使用することができる材料のいくつかの例としては以下が挙げられる:ラクトース、グルコースおよびスクロースなどの糖類;コーンスターチおよびジャガイモデンプンなどのデンプン類;カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロースおよび酢酸セルロースなどのセルロースおよびその誘導体;粉末化トラガカント;麦芽;ゼラチン;タルク;カカオバターおよび坐薬蝋などの賦形剤;ピーナッツ油、綿実油、紅花油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油などの油類;プロピレングリコールなどのグルコール類;グリセリン、ソルビトール、マンニトールおよびポリエチレングリコールなどのポリオール類;オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなどのエステル類;アガー;水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなどの緩衝剤;アルギン酸;発熱物質フリー水;等張食塩水;リンゲル液;エチルアルコール;pH緩衝溶液;ポリエステル類、ポリカーボネート類および/またはポリ無水物;および医薬製剤で使用される他の無毒性の適合物質。
薬学的に許容可能な塩:本明細書において使用される場合、「薬学的に許容可能な塩」という用語は、薬学的な文脈中での使用に適切なかかる化合物の塩、すなわち、正当な医学的判断の範囲内で、合理的な利益/リスク比に見合っており、過度の有害性、刺激、アレルギー応答などを伴わずにヒトおよび下等動物の組織と接触した使用に適切な塩を指す。薬学的に許容可能な塩は、当技術分野で公知である。例えば、S.M.Bergeらは、J.Pharmaceutical Sciences,66:1−19(1977)で、薬学的に許容可能な塩を詳細に記載している。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩としては、限定されないが、たとえば塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸と形成された、またはたとえば酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、またはマロン酸などの有機酸と形成された、またはイオン交換など糖分で使用される他の方法を使用することで形成されたアミノ基の塩である非毒性の酸付加塩が挙げられる。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩(camphorate)、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリル酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸、メタンスルホン酸塩、2−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、p−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられるが、これに限定されない。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属の塩類としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩としては、適切な場合には、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、1〜6個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩およびアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して生成された非毒性のアンモニウム、第四級アンモニウム、およびアミンカチオンが挙げられる。
プラスミド:本明細書において使用される場合、「プラスミド」という用語は、染色体外(染色体から離れている)のDNA長を指す。プラスミドは概して環状であり、および概して独立して複製することができるが、たとえば直線状プラスミド、および独立複製が不可能なプラスミド(限定されないが、自殺ベクターが挙げられる)はその限りではない。一部の実施形態では、プラスミドは、一部の条件下(たとえば実験室中)では染色体外であるが、染色体内に統合されることもできる(たとえば、細胞または対象中の染色体内に統合されることもできる自殺ベクターとして作用する)。プラスミドは自然界において細菌および一部の真核生物体を含む多くの生物体中に存在し、生物体内に遺伝子を運搬するよう普遍的に操作され、人工的に製造されている。プラスミドは概して二本鎖であり、あるいは一本鎖、または部分的に一本鎖および二本鎖であってもよく、または他の鎖形成性を有してもよい。遺伝子操作において人工プラスミドは普遍的に使用されている。プラスミドとしては、限定されないが、mRNA、RNAi剤もしくはその前駆体、別の核酸に対するアンタゴニスト(限定されないが、miRNA、RNAi剤、mRNAなどに対するアンタゴニストが挙げられる)もしくはその前駆体、または治療利益のある他の核酸をはじめとする核酸をコードする、または発現することができるプラスミドが挙げられる。プラスミドの追加部分は任意で、以下から選択されるいずれか1種以上の構成要素のコピーを1つ以上含んでもよい:複製に関連するタンパク質をコードする遺伝子、複製起源、複製開始タンパク質をコードする遺伝子、複製起源エンハンサー、治療利益のある核酸(またはその前駆体)をコードする遺伝子、1つまたは複数のプロモーター、1つまたは複数の転写エンハンサー、1つまたは複数の転写終結物質、1つ以上のマーカー遺伝子(たとえば、抗生物質に対する抵抗性をコードする遺伝子、またはある実験条件下での生存および/もしくは増殖に必要とされる酵素をコードする遺伝子)。一部の実施形態では、プラスミドは自殺ベクターである。自殺ベクターは以下のいずれかを欠いてもよい:複製起源、DNA複製開始タンパク質をコードする遺伝子、または独立複製に必要とされる任意の他の構成要素。一部の実施形態では、2つのプラスミドは物理的に離れていてもよいが、それらは強調して作用する産物を生産する。たとえば1つのプラスミドは他方のプラスミド上にコードされる遺伝子の転写を増強する転写エンハンサーの遺伝子をコードしてもよい。別の例では、1つのプラスミドは、他方のプラスミド上のDNA複製起源で複製を開始させるDNA複製開始タンパク質をコードする遺伝子を備えてもよい。様々なプラスミドが当分野に公知である。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、プラスミドの少なくとも1つの機能を介在することができるプラスミドの一部を含む。
保護基:本明細書において使用される場合、「保護基」という用語は当分野において公知であり、Protecting Groups in Organic Synthesis,T.W.Greene and P.G.M.Wuts,3rd edition,John Wiley&Sons,1999に詳述される保護基を含む。当該文献は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry,edited by Serge L.Beaucage et al.06/2012に記載されるヌクレオシドおよびヌクレオチド化学に特に適合される保護基もまた含まれる。当該文献のチャプター2の全体が、参照により本明細書に組み込まれる。適切なアミノ保護基としては、カルバミン酸メチル、カルバミン酸エチル、カルバミン酸9−フルオレニルメチル(Fmoc)、カルバミン酸9−(2−スルホ)フルオレニルメチル、カルバミン酸9−(2,7−ジブロモ)フルオレニルメチル、カルバミン酸2,7−ジ−t−ブチル−[9−(10,10−ジオキソ−10,10,10,10−テトラヒドロチオキサンチル)]メチル(DBD−Tmoc)、カルバミン酸4−メトキシフェナシル(Phenoc)、カルバミン酸2,2,2−トリクロロエチル(Troc)、カルバミン酸2−トリメチルシリルエチル(Teoc)、カルバミン酸2−フェニルエチル(hZ)、カルバミン酸1−(1−アダマンチル)−1−メチルエチル(Adpoc)、カルバミン酸1,1−ジメチル−2−ハロエチル、カルバミン酸1,1−ジメチル−2,2−ジブロモエチル(DB−t−BOC)、カルバミン酸1,1−ジメチル−2,2,2−トリクロロエチル(TCBOC)、カルバミン酸1−メチル−1−(4−ビフェニルイル)エチル(Bpoc)、カルバミン酸1−(3,5−ジ−t−ブチルフェニル)−1−メチルエチル(t−Bumeoc)、カルバミン酸2−(2’−および4’−ピリジル)エチル(Pyoc)、カルバミン酸2−(N,N−ジシクロヘキシルカルボキサミド)エチル、カルバミン酸t−ブチル(BOC)、カルバミン酸1−アダマンチル(Adoc)、カルバミン酸ビニル(Voc)、カルバミン酸アリル(Alloc)、カルバミン酸1−イソプロピルアリル(Ipaoc)、カルバミン酸シンナミル(Coc)、カルバミン酸4−ニトロシンナミル(Noc)、カルバミン酸8−キノリル、カルバミン酸N−ヒドロキシピペリジニル、カルバミン酸アルキルジチオ、カルバミン酸ベンジル(Cbz)、カルバミン酸p−メトキシベンジル(Moz)、カルバミン酸p−ニトベンジル、カルバミン酸p−ブロモベンジル、カルバミン酸p−クロロベンジル、カルバミン酸2,4−ジクロロベンジル、カルバミン酸4−メチルスルフィニルベンジル(Msz)、カルバミン酸9−アントリルメチル、カルバミン酸ジフェニルメチル、カルバミン酸2−メチルチオエチル、カルバミン酸2−メチルスルホニルエチル、カルバミン酸2−(p−トルエンスルホニル)エチル、カルバミン酸[2−(1,3−ジチアニル)]メチル(Dmoc)、カルバミン酸4−メチルチオフェニル(Mtpc)、カルバミン酸2,4−ジメチルチオフェニル(Bmpc)、カルバミン酸2−ホスホニオエチル(Peoc)、カルバミン酸2−トリフェニルホスホニオイソプロピル(Ppoc)、カルバミン酸1,1−ジメチル−2−シアノエチル、カルバミン酸m−クロロ−p−アシルオキシベンジル、カルバミン酸p−(ジヒドロキシボリル)ベンジル、カルバミン酸5−ベンズイソキサゾルイルメチル、カルバミン酸2−(トリフルオロメチル)−6−クロモニルメチル(Tcroc)、カルバミン酸m−ニトロフェニル、カルバミン酸3,5−ジメトキシベンジル、カルバミン酸o−ニトロベンジル、カルバミン酸3,4−ジメトキシ−6−ニトロベンジル、カルバミン酸フェニル(o−ニトロフェニル)メチル、フェノチアジニル−(10)−カルボニル誘導体、N’−p−トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、N’−フェニルアミノチオカルボニル誘導体、カルバミン酸t−アミル、チオカルバミン酸S−ベンジル、カルバミン酸p−シアノベンジル、カルバミン酸シクロブチル、カルバミン酸シクロヘキシル、カルバミン酸シクロペンチル、カルバミン酸シクロプロピルメチル、カルバミン酸p−デシルオキシベンジル、カルバミン酸2,2−ジメトキシカルボニルビニル、カルバミン酸o−(N,N−ジメチルカルボキサミド)ベンジル、カルバミン酸1,1−ジメチル−3−(N,N−ジメチルカルボキサミド)プロピル、カルバミン酸1,1−ジメチルプロピニル、カルバミン酸ジ(2−ピリジル)メチル、カルバミン酸2−フラニルメチル、カルバミン酸2−ヨードエチル、カルバミン酸イソボリニル、カルバミン酸イソブチル、カルバミン酸イソニコチニル、カルバミン酸p−(p’−メトキシフェニルアゾ)ベンジル、カルバミン酸1−メチルシクロブチル、カルバミン酸1−メチルシクロヘキシル、カルバミン酸1−メチル−1−シクロプロピルメチル、カルバミン酸1−メチル−1−(3,5−ジメトキシフェニル)エチル、カルバミン酸1−メチル−1−(p−フェニルアゾフェニル)エチル、カルバミン酸1−メチル−1−フェニルエチル、カルバミン酸1−メチル−1−(4−ピリジル)エチル、カルバミン酸フェニル、カルバミン酸p−(フェニルアゾ)ベンジル、カルバミン酸2,4,6−トリ−t−ブチルフェニル、カルバミン酸4−(トリメチルアンモニウム)ベンジル、カルバミン酸2,4,6−トリメチルベンジル、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、トリクロロアセトアミドトリフルオロアセトアミド、フェニルアセトアミド、3−フェニルプロパンアミド、ピコリンアミド、3−ピリジルカルボキサミド、N−ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、p−フェニルベンズアミド、o−ニトフェニルアセトアミド、o−ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド、(N’−ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ)アセトアミド、3−(p−ヒドロキシフェニル)プロパンアミド、3−(o−ニトロフェニル)プロパンアミド、2−メチル−2−(o−ニトロフェノキシ)プロパンアミド、2−メチル−2−(o−フェニルアゾフェノキシ)プロパンアミド、4−クロロブタンアミド、3−メチル−3−ニトロブタンアミド、o−ニトロシンナミド、N−アセチルメチオニン誘導体、o−ニトロベンズアミド、o−(ベンゾイルオキシメチル)ベンズアミド、4,5−ジフェニル−3−オキサゾリン−2−オン、N−フタルイミド、N−ジチアスクシンイミド(Dts)、N−2,3−ジフェニルマレイミド、N−2,5−ジメチルピロール、N−1,1,4,4−テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加物(STABASE)、5−置換1,3−ジメチル−1,3,5−トリアザシクロヘキサン−2−オン、5−置換1,3−ジベンジル−1,3,5−トリアザシクロヘキサン−2−オン、1−置換3,5−ジニトロ−4−ピリドン、N−メチルアミン、N−アリルアミン、N−[2−(トリメチルシリル)エトキシ]メチルアミン(SEM)、N−3−アセトキシプロピルアミン、N−(1−イソプロピル−4−ニトロ−2−オキソ−3−ピロオリン−3−イル)アミン、四級アンモニウム塩、N−ベンジルアミン、N−ジ(4−メトキシフェニル)メチルアミン、N−5−ジベンゾスベリルアミン、N−トリフェニルメチルアミン(Tr)、N−[(4−メトキシフェニル)ジフェニルメチル]アミン(MMTr)、N−9−フェニルフルオレニルアミン(PhF)、N−2,7−ジクロロ−9−フルオレニルメチレンアミン、N−フェロセニルメチルアミノ(Fcm)、N−2−ピコリルアミノN’−オキシド、N−1,1−ジメチルチオメチレンアミン、N−ベンジリデンアミン、N−p−メトキシベンジリデンアミン、N−ジフェニルメチレンアミン、N−[(2−ピリジル)メシチル]メチレンアミン、N−(N’,N’−ジメチルアミノメチレン)アミン、N,N’−イソプロピリデンジアミン、N−p−ニトロベンジリデンアミン、N−サリチリデンアミン、N−5−クロロサリチリデンアミン、N−(5−クロロ−2−ヒドロキシフェニル)フェニルメチレンアミン、N−シクロヘキシリデンアミン、N−(5,5−ジメチル−3−オキソ−1−シクロヘキセニル)アミン、N−ボラン誘導体、N−ジフェニルボロン酸誘導体、N−[フェニル(ペンタカルボニルクロミウム−またはタングステン)カルボニル]アミン、N−銅キレート、N−亜鉛キレート、N−ニトロアミン、N−ニトロソアミン、アミンN−オキシド、ジフェニルホスフィンアミド(Dpp)、ジメチルチオホスフィンアミド(Mpt)、ジフェニルチオホスフィンアミド(Ppt)、ジアルキルホスホラミダート、ジベンジルホスホラミダート、ジフェニルホスホラミダート、ベンゼンスルフェンアミド、o−ニトロベンゼンスルフェンアミド(Nps)、2,4−ジニトロベンゼンスルフェンアミド、ペンタクロロベンゼンスルフェンアミド、2−ニトロ−4−メトキシベンゼンスルフェンアミド、トリフェニルメチルスルフェンアミド、3−ニトロピリジンスルフェンアミド(Npys)、p−トルエンスルホンアミド(Ts)、ベンゼンスルホンアミド、2,3,6,−トリメチル−4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Mtr)、2,4,6−トリメトキシベンゼンスルホンアミド(Mtb)、2,6−ジメチル−4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Pme)、2,3,5,6−テトラメチル−4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Mte)、4−メトキシベンゼンスルホンアミド(Mbs)、2,4,6−トリメチルベンゼンスルホンアミド(Mts)、2,6−ジメトキシ−4−メチルベンゼンスルホンアミド(iMds)、2,2,5,7,8−ペンタメチルクロマン−6−スルホンアミド(Pmc)、メタンスルホンアミド(Ms)、β−トリメチルシリルエタンスルホンアミド(SES)、9−アントラセンスルホンアミド、4−(4’,8’−ジメトキシナフチルメチル)ベンゼンスルホンアミド(DNMBS)、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド,およびフェナシルスルホンアミドが挙げられる。
適切に保護されたカルボン酸としては、シリル−、アルキル−、アルケニル−、アリール−、およびアリールアルキル−保護されたカルボン酸が挙げられるが、これらに限定されない。適切なシリル基の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルなどが挙げられる。適切なアルキル基の例としてはメチル、ベンジル、p−メトキシベンジル、3,4−ジメトキシベンジル、トリチル、t−ブチル、テトラヒドロピラン−2−イルが挙げられる。適切なアルケニル基の例としては、アリルが挙げられる。適切なアリール基の例としては、任意で置換されるフェニル、ビフェニル、またはナフチルが挙げられる。適切なアリールアルキル基の例としては、任意で置換されるベンジル(例えば、p−メトキシベンジル(MPM)、3,4−ジメトキシベンジル、O−ニトロベンジル、p−ニトロベンジル、p−ハロベンジル、2,6−ジクロロベンジル、p−シアノベンジル)、ならびに2−および4−ピコリルが挙げられる。
適切なヒドロキシル保護基としては、メチル、メトキシルメチル(MOM)、メチルチオメチル(MTM)、t−ブチルチオメチル、(フェニルジメチルシリル)メトキシメチル(SMOM)、ベンジルオキシメチル(BOM)、p−メトキシベンジルオキシメチル(PMBM)、(4−メトキシフェノキシ)メチル(p−AOM)、グアヤコールメチル(GUM)、t−ブトキシメチル、4−ペンテニルオキシメチル(POM)、シロキシメチル、2−メトキシエトキシメチル(MEM)、2,2,2−トリクロロエトキシメチル、ビス(2−クロロエトキシ)メチル、2−(トリメチルシリル)エトキシメチル(SEMOR)、テトラヒドロピラニル(THP)、3−ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、1−メトキシシクロヘキシル、4−メトキシテトラヒドロピラニル(MTHP)、4−メトキシテトラヒドロチオピラニル、4−メトキシテトラヒドロチオピラニルS,S−ジオキド、1−[(2−クロロ−4−メチル)フェニル]−4−メトキシピぺリジン−4−イル(CTMP)、1,4−ジオキサン−2−イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、2,3,3a,4,5,6,7,7a−オクタヒドロ−7,8,8−トリメチル−4,7−メタノベンゾフラン−2−イル、1−エトキシメチル、1−(2−クロロエトキシ)メチル、1−メチル−1−メトキシメチル、1−メチル−1−ベンジルオキシメチル、1−メチル−1−ベンジルオキシ−2−フルオロメチル、2,2,2−トリクロロメチル、2−トリメチルシリルメチル、2−(フェニルセレニル)メチル、t−ブチル、アリル、p−クロロフェニル、p−メトキシフェニル、2,4−ジニトロフェニル、ベンジル、p−メトキシベンジル、3,4−ジメトキシベンジル、o−ニトロベンジル、p−ニトロベンジル、p−ハロベンジル、2,6−ジクロロベンジル、p−シアノベンジル、p−フェニルベンジル、2−ピコリル、4−ピコリル、3−メチル−2−ピコリルN−オキシド、ジフェニルメチル、p,p’−ジニトロベンズヒドリル、5−ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α−ナフチルジフェニルメチル、p−メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ(p−メトキシフェニル)フェニルメチル、トリ(p−メトキシフェニル)メチル、4−(4’−ブロモフェナシルオキシフェニル)ジフェニルメチル、4,4’,4’’−トリス(4,5−ジクロロフタルイミドフェニル)メチル、4,4’,4’’−トリス(レブリノイルオキシフェニル)メチル、4,4’,4’’−トリス(ベンゾイルオキシフェニル)メチル、3−(イミダゾール−1−イル)ビス(4’,4’’−ジメトキシフェニル)メチル、1,1−ビス(4−メトキシフェニル)−1’−ピレニルメチル、9−アントリル、9−(9−フェニル)キサンテニル、9−(9−フェニル−10−オキソ)アントリル、1,3−ベンゾジチオラン−2−イル、ベンズイソチアゾリルS,S−ジオキシド、トリメチルシリル(TMS)、トリメチルシリル(TES)、トリイソプロピルシリル(TIPS)、ジメチルイソプロピルシリル(IPDMS)、ジメチルイソプロピルシリル(DEIPS)、ジメチルテキシルシリル、t−ブチルジメチルシリル(TBDMS)、t−ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリベンジルシリル、トリ−p−キシルイルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル(DPMS)、t−ブチルメトキシフェニルシリル(TBMPS)、ギ酸塩、ギ酸ベンゾイル、酢酸塩、クロロアセテート、ジクロロアセテート、トリクロロアセテート、トリフルオロアセテート、メトキシアセテート、トリフェニルメトキシアセテート、フェノキシアセテート、p−クロロフェノキシアセテート、プロピオン酸3−フェニル、4−オキソ吉草酸塩(レブリン酸塩)、4,4−(メチレンジチオ)吉草酸(レブリノイルジチオアセタール)、ピバルサン塩(pivaloate)、アダマントエート(adamantoate)、クロトン酸塩、4−メトキシクロトン酸塩、安息香酸塩、安息香酸p−フェニル、安息香酸2,4,6−トリメチル(メシトエート)、炭酸アルキルメチル、炭酸9−フルオレニルメチル(Fmoc)、炭酸アルキルメチル、2,2,2−トリクロロメチル炭酸アルキル(Troc)、炭酸2−(トリメチルシリル)メチル(TMSEC)、炭酸2−(フェニルスルホニル)メチル(Psec)、炭酸2−(トリフェニルホスホニオ)メチル(Peoc)、炭酸アルキルイソブチル、炭酸アルキルビニル、炭酸アルキルアリル、炭酸アルキルp−ニトロフェニル、炭酸アルキルベンジル、炭酸アルキルp−メトキシベンジル、炭酸アルキル3,4−ジメトキシベンジル、炭酸アルキルo−ニトロベンジル、炭酸アルキルp−ニトロベンジル、チオ炭酸アルキルS−ベンジル、炭酸4−エトキシ−1−ナフチル、ジチオ炭酸メチル、2−ヨード安息香酸、4−アジド酪酸塩、吉草酸4−ニトロ−4−メチル、o−(ジブロモメチル)安息香酸塩、2−ホルミルベンゼンスルホン酸塩、2−(メチルチオメトキシ)メチル、4−(メチルチオメトキシ)酪酸塩、2−(メチルチオメトキシメチル)安息香酸塩、2,6−ジクロロ−4−メチルフェノキシアセテート、2,6−ジクロロ−4−(1,1,3,3−テトラメチルブチル)フェノキシアセテート、2,4−ビス(1,1−ジメチルプロピル)フェノキシアセテート、クロロジフェニルアセテート、イソ酪酸塩、モノスクシノエート、(E)−2−メチル−2−ブタノエート、o−(メトキシカルボニル)安息香酸塩、α−ナフトエ酸、硝酸塩、アルキルN,N,N’,N’−テトラメチルホスホロジアミダート、アルキルN−フェニルカルバミン酸塩、ホウ酸塩、ジメチルホスフィノチオイル、アルキル2,4−ジニトロフェニルスルフェナート、硫酸塩、メタンスルホン酸塩(メシラート)、スルホン酸ベンジル、およびトシラート(Ts)が挙げられる。1,2−または1,3−ジオール類の保護に関し、保護基としては、メチレンアセタール、エチリデンアセタール、1−t−ブチルエチリデンケタール、1−フェニルエチリデンケタール、(4−メトキシフェニル)エチリデンアセタール、2,2,2−トリクロロエチリデンアセタール、アセトニド、シクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、p−メトキシベンジリデンアセタール、2,4−ジメトキシベンジリデンケタール、3,4−ジメトキシベンジリデンアセタール、2−ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、1−メトキシエチリデンオルトエステル、1−エトキシエチリジンオルトエステル、1,2−ジメトキシエチリデンオルトエステル、α−メトキシベンジリデンオルトエステル、1−(N,N−ジメチルアミノ)エチリデン誘導体、α−(N,N’−ジメチルアミノ)ベンジリデン誘導体、2−オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ−t−ブチルシリレン基(DTBS)、1,3−(1,1,3,3−テトライソプロピルジシロキサニリデン)誘導体(TIPDS)、テトラ−t−ブトキシジシロキサン−1,3−ジイリデン誘導体(TBDS)、環状炭酸エステル類、環状ボロン酸エステル類、ボロン酸エチル、およびボロン酸フェニルが挙げられる。
一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、t−ブチル、t−ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、1−エトキシエチル、1−(2−クロロエトキシ)エチル、2−トリメチルシリルエチル、p−クロロフェニル、2,4−ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、p−フェニルベンゾイル、2,6−ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、p−ニトロベンジル、トリフェニルメチル(トリチル)、4,4’−ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ベンゾイルギ酸エステル、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、炭酸9−フルオレニルメチル、メシレート、トシレート、トリフレート、トリチル、モノメトキシトリチル(MMTr)、4,4’−ジメトキシトリチル、(DMTr)および4,4’,4’’−トリメトキシトリチル(TMTr)、2−シアノエチル(CEまたはCne)、2−(トリメチルシリル)エチル(TSE)、2−(2−ニトロフェニル)エチル、2−(4−シアノフェニル)エチル2−(4−ニトロフェニル)エチル(NPE)、2−(4−ニトロフェニルスルホニル)エチル、3,5−ジクロロフェニル、2,4−ジメチルフェニル、2−ニトロフェニル、4−ニトロフェニル、2,4,6−トリメチルフェニル、2−(2−ニトロフェニル)エチル、ブチルチオカルボニル、4,4’,4’’−トリス(ベンゾイルオキシ)トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、2−(ジブロモメチル)ベンゾイル(Dbmb)、2−(イソプロピルチオメトキシメチル)ベンゾイル(Ptmt)、9−フェニルキサンテン−9−イル(pixyl)または9−(p−メトキシフェニル)キサンチン−9−イル(MOX)である。一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は、独立して、アセチル、ベンジル、t−ブチルジメチルシリル、t−ブチルジフェニルシリルおよび4,4’−ジメトキシトリチルから選択される。一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、トリチル、モノメトキシトリチルおよび4,4’−ジメトキシトリチル基からなる群から選択される。
一部の実施形態では、亜リン酸保護基は、オリゴヌクレオチド合成全体を通して、ヌクレオチド間亜リン酸結合に付加される基である。一部の実施形態では、当該亜リン酸保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の硫黄原子に付加される。一部の実施形態では、当該亜リン酸保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の酸素原子に付加される。一部の実施形態では、当該亜リン酸保護基は、ヌクレオチド間リン酸結合の酸素原子に付加される。一部の実施形態では、当該亜リン酸保護基は、2−シアノエチル(CEまたはCne)、2−トリメチルシリルエチル、2−ニトロエチル、2−スルホニルエチル、メチル、ベンジル、o−ニトロベンジル、2−(p−ニトロフェニル)エチル(NPEまたはNpe)、2−フェニルエチル、3−(N−tert−ブチルカルボキサミド)−1−プロピル、4−オキソペンチル、4−メチルチオ−l−ブチル、2−シアノ−1,1−ジメチルエチル、4−N−メチルアミノブチル、3−(2−ピリジル)−1−プロピル、2−[N−メチル−N−(2−ピリジル)]アミノエチル、2−(N−ホルミル,N−メチル)アミノエチル、4−[N−メチル−N−(2,2,2−トリフルオロアセチル)アミノ]ブチルである。
タンパク質:本明細書において使用される場合、「タンパク質」という用語は、ポリペプチド(すなわち、ペプチド結合により互いに連結された少なくとも2つのアミノ酸の鎖)を指す。一部の実施形態では、タンパク質は、天然に存在するアミノ酸のみを含む。一部の実施形態では、タンパク質は、1つ以上の天然に存在しないアミノ酸(例えば、隣接アミノ酸と1つ以上のペプチド結合を形成する部分)を含む。一部の実施形態では、タンパク質鎖中の1つ以上の残基は、非アミノ酸部分(例えば、グリカン、他)を含む。一部の実施形態では、タンパク質は、例えば、1つ以上のジスルフィド結合により連結された、または他手段により会合した2つ以上のポリペプチド鎖を含む。一部の実施形態では、タンパク質は、l−アミノ酸、d−アミノ酸、またはその両方を含む。一部の実施形態では、タンパク質は、当分野で公知の1つ以上のアミノ酸修飾またはアナログを含む。有用な修飾としては、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化、他が挙げられる。「ペプチド」という用語は概して、約100個未満のアミノ酸、約50個未満のアミノ酸、約20個未満のアミノ酸、または約10個未満のアミノ酸の長さを有するポリペプチドを指すために使用される。一部の実施形態では、タンパク質は、抗体、抗体断片、その生物学的活性部分、および/またはその特徴的部分である。
リボザイム:本明細書において使用される場合、「リボザイム」という用語は、酵素として機能するが、触媒反応にタンパク質を必要としない触媒的RNAを指す。一部の実施形態では、リボザイムは、RNA切断とライゲーション反応を触媒する自己プロセッシングRNAである。一部の実施形態では、リボザイムの基質認識ドメインは、シス(同じ核酸鎖)またはトランス(非共有結合核酸)での部位特異的切断を刺激するよう人工的に操作される。Scherer et al.2003 Nat Biotechnol.21:1457−1465。一部の実施形態では、リボザイムにin vitro選択が行われ、治療用試薬および診断用試薬としての特性の改善ならびに新たな機能が生じる進化を遂げるよう方向づけられる。一部の実施形態では、リボザイムは、エフェクター分子によりアロステリックに活性化されるよう操作され、それにより、バイオセンサーおよび合成生物ツールとしての人工「リボスイッチ」の開発がもたらされる。Wieland et al.2010 Chem Biol.17:236−242;Liang et al.2011 Mol Cell.43:915−926。一部の実施形態では、リボザイムは、「ハンマーヘッド型」または「ヘアピン/ペーパークリップ型」のモチーフから誘導される。一部の実施形態では、リボザイムは、RNAの形態で標的細胞に送達され、または治療遺伝子から転写されてもよい。一部の実施形態では、リボザイムは、以下の修飾のうちのいずれか1つ以上を用いて化学的に修飾される:5’−PS骨格結合、2’−O−Me、2’−デオキシ−2’−C−アリルウリジン、および末端逆位3’−3’デオキシ脱塩基ヌクレオチド(terminal inverted deoxyabasic nucleotides)。リボザイムの非限定的な例は、アンギオザイム(Angiozyme)(RPI.4610)であり、これは血管内皮増殖因子受容体−1(VEGFR−1)のmRNAを標的とし、血管新生と腫瘍増殖を阻害する。Kobayashi et al.2005 Cancer Chemother Pharmacol.56:329−336;Weng et al.2005 Mol Cancer Ther.4:948−955。リボザイムのその他の非限定的な例は、ヘプタザイム(Heptazyme)であり、これはC型肝炎ウイルス(HCV)に対する合成リボザイムである。Sandberg et al.2001 Hepatology 34:333a−333a;Tong et al.2002 Hepatology 36:360a−360a;Berk 2006 Hepatology 43:S13−S30。一部の実施形態では、リボザイムとして、以下のいずれかを標的とするものも挙げられる:VEGFR−1、HCV IRES、HIV U5およびpol、HIV TatおよびVpr、CCR5、HIV TatおよびRev。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、リボザイムの少なくとも1つの機能を介在することができるリボザイムの一部を含む。
RNAi剤:本明細書において使用される場合、「RNAi剤」という用語は、RNA干渉を介在することができる分子を指す。この用語は、RNA干渉を介在することができる様々な天然構造および人工構造に加えて、siRNA(限定されないが、「正統な」構造のものを含む)をはじめとする様々な構造及び形式を包含する。本明細書において使用される場合、「RNA干渉」または「RNAi」という用語は、転写後の標的遺伝子サイレンシング技術を指し、これはRNAi剤を使用して、RNAi標的と同一または非常に類似した配列を含有するメッセンジャーRNA(mRNA)を分解する技術である。以下を参照のこと:Zamore and Haley,2005,Science,309,1519−1524;Zamore et al.,2000,Cell,101,25−33;Elbashir et al.,2001,Nature,41 1,494−498;ならびにKreutzer et al.、PCT国際特許出願公開WO 00/44895;Fire、PCR国際特許出願公開WO99/32619;MelloおよびFire、PCT国際特許出願公開WO01/29058、など。RNAiのプロセスは、長いdsRNAが細胞内に導入され、リボヌクレアーゼIII(Dicer)によりsiRNAと呼ばれる短い断片へと切断されたときに自然発生する。自然に産生されるsiRNAは多くの場合約21ヌクレオチドの長さであり、2つの2−ntオーバーハングを有する約19塩基対の二重鎖(「正統な」構造)を含有する。siRNAの1つの鎖は、RNA誘導型サイレンシング複合体(RISC)へと組み込まれることが報告されている。この鎖(アンチセンス鎖またはガイド鎖として知られている)はRISCを相補的mRNAへと誘導する。その後、RISC中の1つ以上のヌクレアーゼが標的mRNAの切断を介在し、サイレンシングを発生させる。標的RNAの切断は、アンチセンス鎖に相補的な領域の中間で発生することが報告されている。以下を参照のこと:Nykanen,et al.2001 Cell 107:309;Sharp et al.2001 Genes Dev.15:485;Bernstein,et al.2001 Nature 409:363;Elbashir,et al.2001 Genes Dev.15:188。様々な非限定的な例として、RNAi剤としては、以下が挙げられる:siRNA(限定されないが、正統な構造のものを含む)、shRNA、miRNA、sisiRNA、メロデュプレックスRNA(mdRNA)、DNA−RNAキメラ、2つのミスマッチ(またはそれ以上のミスマッチ)を含有するsiRNA、中性siRNA、aiRNA、または末端スペーサーもしくは内部スペーサーを含有するsiRNA(たとえば18mer形式のsiRNA)。様々な非限定的な例において、RNAi剤は、shRNA(低分子ヘアピンRNAまたは短ヘアピンRNA)であり、それらは締ったヘアピンターンを形成し、siRNAのようにRISCを介して標的をサイレンシングするRNA配列を含有することが報告されている。ゆえにヘアピンにより繋げられたアンチセンス鎖およびセンス鎖が報告されている。shRNAは、たとえばプラスミド送達を介して、またはウイルスベクターもしくは細菌ベクターを介して発現され得ることが報告されている。様々な種類のshRNAが当分野で報告されている。例えば以下を参照のこと:Xiang et al.2006.Nature Biotech.24:697−702;Macrae et al.2006 Science 31 1:195−8.Lombardo et al.2007.Nature Biotech.25:1298−1306;Wang et al.2011.Pharm.Res.28:2983−2995;Senzer et al.2011 Mol.Ther.20:679−686。様々な非限定的な例において、RNAi剤は、miRNA(マイクロRNA)であり、これもまたsiRNAのようにRISCを介して標的をサイレンシングする小さなRNA分子(およそ22nt)であることが報告されている。天然型miRNAは真核細胞の核DNAによりコードされる。miRNAは転写後RNAプロセッシングにより精製され、mRNA分子内の相補的配列との塩基対形成を介して機能し、通常、翻訳抑制または標的分解または遺伝子サイレンシングをもたらす。ヒトゲノムは1000個を超えるmiRNAをコードし得ると報告されており、これは哺乳類の遺伝子の約60%を標的とすることができ、多くのヒト細胞型に豊富に存在する。様々な種類の天然型miRNA、およびmiRNAの人工誘導体が当分野において報告されている。例えば以下を参照のこと:Lewis et al.2003.Cell 1 15:787−798;Lim et al.2003.Genes Dev.17:991−1008;He et al.2004.Nat.Rev.Genet.5:522−31;Bentwich et al.2005.Nat.Genet.37:766−70;Lewis et al.2005.Cell 120:15−20;Kusenda et al.2006.Biomed Pap Med Fac Univ Palacky Olomouc Czech Repub 150:205−15;Zhang et al.2006.J.Gen.Gen.36:1−6;Brodersen et al.2008.Science 320:1 185−90;Friedman et al.2009.Genome Res.19(1):92−105;Bartel 2009.Cell 136(2):215−33。様々な非限定的な例において、RNAi剤は、sisiRNA(低分子内部セグメント化干渉RNA:small internally segmented interfering RNA)であり、この場合においてセンス鎖は少なくとも1つの一本鎖化の切れ目(ニック)を含有する。この切れ目はRISC複合体への当該センス鎖の取り込みを低下させ、それによりオフターゲット効果を減少させる。以下を参照のこと:WO2007/107162。様々な非限定的な例において、DNA−RNAキメラであり、この場合において各鎖の種(シード)部分はDNAであり、一方で各鎖の残りの部分はRNAである。以下を参照のこと:Yamato et al.2011 Cancer Gene Ther.18:587−597。様々な非限定的な例において、RNAi剤は、2つのミスマッチを含有するsiRNAであり、この場合において当該分子は、3つの短い二本鎖領域を含有すると報告されている。このRNAi剤の1つの実施形態において、ガイド(アンチセンス)鎖は22merであり、一方でセンス鎖は20merである(アンチセンス鎖の3’末端上に1つの2ntのオーバーハングのみ生成される)。2つのミスマッチは6、8、および4bpの二本鎖領域を生成することが報告されている。以下を参照のこと:米国特許出願2009/0209626。様々な実施形態において、RNAi剤は中性siRNAであり、そのリン酸骨格の負の電荷は可逆的に隠されている。Meade et al.2014 Nat.Biotech.32:1256−1261。様々な非限定的な例において、RNAi剤は、19ntの長さよりも短いセンス鎖を含有するaiRNA(非対称干渉RNA:assymetrical interfering RNA)であり、それによりアンチセンス鎖はRISC内に優先的に組み込まれ、オフターゲット効果が低下すると報告されている。このRNAi剤の様々な実施形態において、アンチセンス鎖は21ntの長さであるが、センス鎖はたった15または16ntの長さである。以下を参照のこと:Sun et al.2008 Nature Biotech.26:1379−1382;およびChu and Rana.2008 RNA 14:1714−1719。様々な非限定的な例において、RNAi剤は、末端スペーサーまたは内部スペーサーを含有するsiRNA(たとえば18mer形式のsiRNA)であり、正統なsiRNAよりも短い鎖を含有すると報告され、この場合において当該鎖は、たとえばリビトールもしくは他のタイプの非ヌクレオチドスペーサーなどの内部スペーサーまたは末端スペーサーを含有する。以下を参照のこと:WO2015/051366。一部の実施形態では、RNAi剤は、以下のいずれかを標的とするものを含む:miR−122、VEGF、VEGF−R1、RTP801、カスパーゼ2、KRT6A(N171K)、ADRB2、TRPV1、Sykキナーゼ、RSVヌクレオカプシド、ベータカテニン、KRASG12D、Apo B、PLK1、KSPおよびVEGF、TTR、Bcr−Abl、PKN3、P53、RRM2、FurinおよびGM−CSF、LMP2、LMP7、MECL1、HIV TatおよびRev。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、RNAi剤の少なくとも1つの機能を介在することができるRNAi剤の一部を含有する。
試料:本明細書において使用される場合、「試料」は、特定の生物体、またはそれから取得される物質である。一部の実施形態において、試料は、本明細書に記載される、対象となる源から取得される、または由来する生物試料である。一部の実施形態では、対象となる源は、たとえば動物またはヒトなどの生物体を含有する。一部の実施形態では、生物試料は、生物組織または体液を含有する。一部の実施形態では、生物試料は、骨髄;血液;血液細胞;腹水;組織または細針生検試料;細胞含有体液;浮遊核酸;痰;唾液:尿;脳脊髄液、腹水;胸水;糞便:リンパ液;婦人科液;皮膚スワブ;膣スワブ;口腔スワブ;鼻スワブ;導管洗浄液または気管支肺胞洗浄液などの洗液または洗浄液;吸引液;擦過;骨髄検体;組織生検検体;外科検体;糞便、他の体液、分泌液、および/もしくは排出液;ならびに/またはそれら由来の細胞などであるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、生物試料は、個体から得られる細胞であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、試料は、いずれかの適切な手段により、対象となる源から直接取得される「一次試料」である。例えば、一部の実施形態では、一次生物試料は、生検(例えば、細針吸引または組織生検)、手術、体液(例えば、血液、リンパ液、糞便など)の収集などから成る群から選択される方法により取得される。一部の実施形態では、文脈から明白であるように、「試料」という語は、一次試料を処理することにより(例えば、その1つ以上の成分を除去することにより、および/またはそれに1つ以上の剤を添加することにより)得られる調製物を表す。例えば、半透膜を用いた濾過。かかる「処理試料」は、例えば、試料から抽出される核酸もしくはタンパク質、またはたとえばmRNAの増幅もしくは逆転写、ある成分の単離および/または精製などの技術を一次試料に行うことにより取得される核酸もしくはタンパク質を含有してもよい。一部の実施形態において、試料は生物体である。一部の実施形態において、試料は植物である。一部の実施形態において、試料は動物である。一部の実施形態において、試料はヒトである。一部の実施形態において、試料は、ヒト以外の生物体である。
低分子:本明細書において使用される場合、「低分子」、または「低分子量の分子」、または「LMW分子」などの用語は、比較的低い分子量を有する分子を指す。非限定的な例として、低分子は、約7500、7000、6000、5000、4000、3000、2500、2000、1500、1000、900、800、700、600、500、400、300、200、または100の分子量未満の分子を含む。一部の実施形態では、低分子は生物活性剤であり、標的遺伝子または標的遺伝子の産物レベル、産物および/もしくは活性を阻害または低下させる。低分子の例としては、限定されないが、有機低分子(たとえば、Cane et al.1998.Science 282:63)および天然産物抽出物ライブラリーが挙げられる。別の実施形態では、低分子は、小さな有機非ペプチド化合物である。一部の実施形態では、低分子阻害物質は、標的遺伝子または標的遺伝子の産物レベル、産物および/もしくは活性を直接的、または間接的に阻害または低下させる。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、低分子の少なくとも1つの機能を介在することができる低分子の一部を含む。
核小体低分子RNA(snoRNA):本明細書において使用される場合、「核小体低分子RNA」、「snoRNA」などの用語は、たとえば他のRNAの化学修飾を誘導するあるクラスのRNA低分子のいずれかを指す。一部の実施形態では、snoRNAは、リボソームRNA、トランスファーRNA、および核内低分子RNAをはじめとする他のRNAの化学修飾を誘導することができる。一部の実施形態では、snoRNAには2つの主要なクラスがあると報告されており、C/DボックスsnoRNAは、メチル化に関与しており、H/ACAボックスsnoRNAは、偽ウリジル化に関与している。
スプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO:Splice switching oligonucleotide):本明細書において使用される場合、「スプライススイッチオリゴヌクレオチド」または「SSO」という用語は、mRNA前駆体(pre−mRNA)のスプライシングを変えることができるオリゴヌクレオチドを指す。非限定的な例において、SSOは5’または3’のスプライシングジャンクションに結合することができ、またはスプライシングエンハンサーもしくはサイレンシング部位に結合することができる。そうすることで、SSOは様々な方法、たとえばエクソンの代替的使用、エクソン排除(exclusion)、またはエクソン取込(inclusion)などの方法でスプライシングを改変することができる。様々な実施形態において、SSOはエクソンをスキップさせることができ、他の例では、エクソンのスキップを阻害することができる。Crooke 2004 Curr.Mol.Med.4:465−487;Bennett et al.2010 Ann.Rev.Pharmacol.Toxicol.50:259−293;およびKole et al.2012 Nat.Rev.Drug Discov.11:125−140。SSOの非限定的な例は、ジストロフィンのmRNA前駆体(pre−mRNA)のエクソンのスキップを介在することができると報告されているオリゴヌクレオチドである。SSOの非限定的な例は、WV−942である。SSOの非限定的な例は、SMN2のmRNA前駆体のエクソンのスキップを阻害することができるオリゴヌクレオチドである。Rigo et al.2012 J.Cell Biol.199:21−25;およびKaczmarek et al.2015 Exp.Opin.Exp.Drugs 24:867−881を参照のこと。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、snoRNAの少なくとも1つの機能を介在することができるsnoRNAの一部を含む。一部の実施形態では、SSOは、筋肉関連障害に関連した遺伝子においてスプライシングをスイッチする。一部の実施形態では、SSOは、エクソンをスキップすることができ、またはエクソンのスキップを介在することができ、この場合において当該エクソン中の変異は、筋肉関連障害に関連している。一部の実施形態では、SSOは、エクソンをスキップを阻害することができ、またはエクソンのスキップの阻害を介在することができ、この場合において当該エクソン中の変異は、筋肉関連障害に関連している。一部の実施形態では、SSOは、ジストロフィン遺伝子中のエクソンのスキップを行うことができる、または介在することができる。一部の実施形態では、SSOは、ジストロフィン遺伝子中のエクソン51、45、53、または44のスキップを行うことができる、または介在することができる。一部の実施形態では、SSOは、SMAに関連した遺伝子中のエクソンのスキップを阻害することができ、またはエクソンのスキップの阻害を介在することができる。一部の実施形態では、SSOは、SMN2遺伝子中のエクソンのスキップを阻害することができ、またはエクソンのスキップの阻害を介在することができる。一部の実施形態では、SSOは、SMN2遺伝子中のエクソン7のスキップを阻害することができ、またはエクソン7のスキップの阻害を介在することができる。
立体化学異性体:本明細書において使用される場合、「立体化学異性体」、「立体異性体」という文言は、同一配列の結合により結合された同一原子で構成されているが、置き換え可能ではない異なる三次元構造を有する異なる化合物を指す。本発明の一部の実施形態では、提供される化学組成物は、化合物の個々の立体化学異性体の純粋な調製物であってもよく、または含んでもよい。一部の実施形態では、提供される化学組成物は、当該化合物の2種以上の立体化学異性体の混合物であってもよく、または含んでもよい。ある実施形態では、かかる混合物は、等量の異なる立体化学異性体を含有する。ある実施形態では、かかる混合物は、異なる量の少なくとも2種の異なる立体化学異性体を含有する。一部の実施形態では、化学組成物は、当該化合物の全てのジアステレオマーおよび/または鏡像異性体を含有してもよい。一部の実施形態では、化学組成物は、当該化合物の全てではないジアステレオマーおよび/または鏡像異性体を含有してもよい。一部の実施形態では、本発明化合物の特定の鏡像異性体が望ましい場合、得られたジアステレオマー混合物を分離させ、当該補助基を切断して純水の所望の鏡像異性体が得られる、たとえば不斉合成により、またはキラル補助基を用いた誘導により調製可能である。あるいは、当該分子がたとえばアミノなどの塩基性官能基を含有する場合、ジアステレオマー塩を、適切な光学活性酸を用いて形成させ、たとえば分別再結晶により分割させる。一部の実施形態では、立体不規則的な組成物は、2種以上の立体異性体を含有する。
対象および関連用語:本明細書において使用される場合、「対象」、「ヒト対象」、「被験対象」という用語、および関連用語は、たとえば実験目的、診断目的、予防目的、および/または治療目的に対して、提供される化合物または組成物が本発明に従い投与される任意の生物体を指す。典型的な対象としては、動物(たとえば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、およびヒトなどの哺乳類;昆虫;蠕虫;他など)および植物が挙げられる。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害、および/または状態に罹患、および/または感受性があってもよい。一部の実施形態では、対象は、ヒト、または他の哺乳類である。一部の実施形態では、対象は、男性または女性であってもよい。非限定的な例において、動物は、たとえば霊長類、齧歯類、家畜、または狩猟動物などの脊椎動物である。非限定的な例において、霊長類としては、チンパンジー、カニクイザル、クモザル、およびマカクザル、たとえばアカゲザルが挙げられる。齧歯類としては、マウス、ラット、ウッドチャック、フェレット、ウサギおよびハムスターが挙げられる。非限定的な例において、家畜および狩猟動物としては、ウシ、ウマ、ブタ、シカ、バイソン、バッファロー、ネコ科の動物、たとえば飼い猫、イヌ科の動物、たとえばイヌ、キツネ、オオカミ、鳥類、たとえばニワトリ、エミュー、ダチョウ、および魚類、たとえばトラウト、ナマズおよびサーモンが挙げられる。本明細書に記載される態様のある実施形態では、対象は、哺乳類であり、たとえば霊長類、たとえばヒトである。非限定的な例において、哺乳類は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ、またはウシであってもよいが、これらの例に限定されない。一部の実施形態では、ヒト以外の哺乳類が、自己免疫疾患または炎症に関連した障害の動物モデルを表す対象として、有益に使用され得る。一部の実施形態では、本明細書に記載される方法および組成物を使用して、家畜および/またはペットを治療してもよい。
実質的:本明細書において使用される場合、「実質的」という用語は、対象の特徴または特性の全て、もしくはほとんど全ての範囲または程度を示す定性的状態を指す。当生物学分野の当業者であれば、生物学的現象および化学的現象が、めったに完結まで行かないこと、および/または完了まで進行しないこと、または絶対的帰結を達成もしくは回避しないことを理解するであろう。従って、「実質的」という用語は、多くの生物学的減少および/または化学的現象に本来備わる完全性の潜在的欠如を取り込むために、本明細書で使用される。
罹患している:疾患、障害、および/または状態を「罹患している」個体は、疾患、障害、および/または状態の1種以上の症状を有すると診断された、および/または示している。
感受性がある:疾患、障害、および/または状態に対し「感受性がある」個体は、一般社会の個体よりも、当該疾患、障害、および/または状態を発生させるリスクが高い個体である。一部の実施形態では、疾患、障害、および/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、および/または状態を有すると診断されていなくてもよい。一部の実施形態では、疾患、障害、および/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、および/または状態の症状を示してもよい。一部の実施形態では、疾患、障害、および/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、および/または状態の症状を示さなくてもよい。一部の実施形態では、疾患、障害、および/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、および/または状態を発生させるであろう。一部の実施形態では、疾患、障害、および/または状態に対し感受性がある個体は、当該疾患、障害、および/または状態を発生させないであろう。
全身的:本明細書において使用される場合、「全身的投与」、「全身的に投与された」、「末梢的投与」、および「末梢的に投与された」という文言は、レシピエントの全身に入るように化合物または組成物を投与することを指す、当該技術分野で理解される意味を有する。
標的化化合物または部分または構成要素:本明細書において使用される場合、「標的化部分」、「標的化化合物または部分」、「標的化化合物」、「標的構成要素」などの用語は、特定の細胞もしくは組織、または細胞もしくは組織のサブセットへと、化合物または組成物を標的化させることができる構造である。一部の実施形態において、標的化部分は、特定の標的、受容体、タンパク質、またはその他の細胞内構成要素の、細胞または組織に特異的な発現を利用するように設計されている。一部の実施形態において、標的化部分は、化合物または組成物を、細胞または組織へと標的化し、および/または標的、受容体、タンパク質もしくは他の細胞内構成要素に結合させるリガンド(たとえば、低分子、抗体、ペプチド、タンパク質、炭水化物、アプタマーなど)である。一部の実施形態では、標的化部分は、脂質と生物活性剤を含有する組成物を、筋細胞または筋組織へと標的化させる。一部の実施形態では、標的化部分は、筋細胞または筋組織を標的とする化合物を含有する。一部の実施形態では、標的化部分は、フェチュイン(fetuin)、上皮増殖因子、線維芽細胞増殖因子、インシュリン、および/もしくはデキサメタゾン、またはそれらの構成要素もしくは断片もしくは組み合わせを含有する。一部の実施形態では、標的化部分は、脂質と生物活性剤を含有する組成物を、神経筋系中の神経または他の細胞もしくは組織へと標的化させる。一部の実施形態では、標的化部分は、狂犬病ウイルスを含有する(Kumar et al.2007 Nature 448:39−43;およびHwang do et al.2011 Biomaterials 32:4968−4975を参照のこと)。一部の実施形態では、標的化部分は、神経伝達物質輸送体、ドーパミン輸送体、セロトニン輸送体、またはノルエピネフリン輸送体、またはアルファ‐シヌクレイン、またはこれらの構成要素のいずれかをコードするmRNAに結合することができる部分である(米国特許第9,084,825号を参照のこと)。一部の実施形態では、標的化部分は、トランスフェリン受容体リガンドまたはアルファ‐トランスフェリン抗体であり、血管内皮細胞全体にわたるトランスフェリン受容体介在経路を利用することが報告されている。Clark et al.2015 Proc.Natl.Acad.Sci.USA 112:12486−12491;Bien−Ly et al.2014 J.Exp.Med.211:233−244;およびYoun et al.2014 Mol.Pharm.11:486−495。一部の実施形態では、標的化部分は、インテグリンに結合する。一部の実施形態では、標的化部分は、たとえば血小板上のアルファIIベータ3に結合する。一部の実施形態では、標的化部分は、たとえば白血球上のベータ2インテグリンに結合する。一部の実施形態では、標的化部分は、たとえば腫瘍細胞上のアルファvベータ3に結合する。一部の実施形態では、標的化部分はGPCR(Gタンパク質共役受容体)に結合する(Hanyaloglu et al.2008 Ann.Rev.Pharm.Tox.48:537−568を参照のこと)。一部の実施形態では、標的化部分は、たとえば癌細胞上のガストリン放出ペプチド受容体に結合する(Cornelio et al.2007 Ann.Oncol.18:1457−1466を参照のこと)。一部の実施形態では、標的化部分は、炭酸脱水素酵素阻害剤を含有する。
互変異性体:本明細書において使用される場合、「互変異性体」という文言は、容易に相互変換可能な異なる異性体の有機化合物を記載するために使用される。互変異性体は、一重結合および隣接する二重結合の転換に付随する、水素原子またはプロトンのホルマール移動により特徴付けられ得る。一部の実施形態では、互変異性体は、プロトトロピー互変異性(prototropic tautomerism)(すなわち、プロトンの再配置)から生じてもよい。一部の実施形態では、互変異性体は、原子価互変異性(すなわち、結合電子の急速な再構築)から生じてもよい。かかる互変異性体はすべて、本発明の範囲内に含まれることが意図される。一部の実施形態では、化合物の互変異性体は互いに可動平衡状態で存在するため、別個の物質を調製しようとすると、混合物の形成が生じる。一部の実施形態では、化合物の互変異性体は、分離可能および単離可能な化合物である。本発明の一部の実施形態では、、化合物の単一の互変異性体の純粋な調製物である、またはそれを含む化学組成物が提供されてもよい。本発明の一部の実施形態では、化学組成物は、化合物の2種以上の互変異性体の混合物として提供され得れてもよい。ある実施形態では、かかる混合物は、等量の異なる互変異性体を含有する。ある実施形態では、かかる混合物は、化合物の、異なる量の少なくとも2種の互変異性体を含有する。本発明の一部の実施形態では、化学組成物は、化合物の互変異性体のすべてを含有してもよい。本発明の一部の実施形態では、化学組成物は、化合物の互変異性体のすべては含有しなくてもよい。本発明の一部の実施形態では、化学組成物は、相互変換の結果として経時的に変化する量で、化合物の1種以上の互変異性体を含有してもよい。本発明の一部の実施形態では、互変異性は、ケトエノール互変異性である。化学技術分野の当業者は、ケトエノール互変異性体は、化学技術分野で公知の任意の適切な試薬を使用して「捕捉」(すなわち、「エノール」体を保持するように化学的に修飾)され、エノール誘導体を生成し、その後にこれを当技術分野で公知の1つ以上の適切な技術を使用して単離することができることを認識している。別段の示唆が無い限り、本発明は、純粋な形態または互いの混合物のいずれであっても、関連する化合物の互変異性体のすべてをを包含する。
治療剤:本明細書において使用される場合、「治療剤」という文言は、対象に投与されたとき、治療効果を有する、ならびに/または所望の生物学的作用および/もしくは薬理学的作用を惹起する任意の剤を指す。一部の実施形態では、治療剤を使用して、疾患、障害、および/または状態の1つ以上の症状もしくは特徴を、緩和、改善、軽減、阻害、予防、発生遅延、重篤度を低下、および/または発生率を低下させることができる任意の物質である。
治療有効量:本明細書において使用される場合、「治療有効量」という語は、治療レジメンの一部として投与されるとき、所望の生物学的応答を惹起する物質(たとえば、治療剤、組成物、および/または製剤)の量を意味する。一部の実施形態では、物質の治療有効量は、疾患、障害、および/または状態に罹患する、または感受性のある対象に投与するとき、当該疾患、障害、および/または状態を治療、診断、予防、および/または発生を遅延するために十分な量である。当分野の当業者により認識されるように、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達される物質、標的の細胞または組織などの要因に依存して変化し得る。例えば、疾患、障害、および/または状態を治療するための製剤中の化合物の有効量は、当該疾患、障害、および/または状態の1つ以上の症状または特徴を、緩和、改善、軽減、阻害、予防、発生遅延、重篤度を低下、および/または発生率を低下させる量である。一部の実施形態では、治療有効量は、単回投与で投与される。一部の実施形態では、複数の単位用量が、治療有効量を送達するために必要である。
治療する:本明細書において使用される場合、「治療する」、「治療」または「治療すること」という用語は、疾患、障害、および/または状態の1つ以上の症状または特徴を、部分的にもしくは完全に、緩和、改善、軽減、阻害、予防、発生遅延、重篤度を低下、および/または発生率を低下させるために使用される任意の方法を指す。治療は、疾患、障害、および/または状態の兆候を示さない対象に対して行われる場合がある。一部の実施形態では、たとえば疾患、障害、および/または状態に関連した病態を発生させるリスクを低下させる目的で、当該疾患、障害、および/または状態の初期兆候のみを示す対象に投与される場合もある。
不飽和:本明細書で使用される用語「不飽和」は、部分が1つ又は複数の不飽和単位を有することを意味する。
単位用量:本明細書において使用される場合、「単位用量」という表現は、医薬組成物の単回投与として投与される、および/または物理的に別個の単位で投与される量を指す。多くの実施形態では、単位用量は、所定量の活性剤を含む。一部の実施形態では、単位用量は、剤の単回投与全体を含む。一部の実施形態では、2以上の単位用量が、全ての単回投与を達成するために投与される。一部の実施形態では、意図された効果を達成するために、複数の単位用量の投与が必要とされる、または必要であると予測される。単位用量は、たとえば所定量の1種以上の治療剤、所定量の固形の1種以上の治療剤を含有する液体(たとえば許容可能な担体)体積であってもよく、所定量の1種以上の治療剤を含有する徐放製剤または薬剤送達デバイスであってもよい。単位用量は、治療剤に加えて任意の様々な成分を含む製剤中に存在し得ることが認識されるであろう。例えば、許容可能な担体(たとえば薬学的に許容可能な担体)、希釈剤、安定剤、緩衝剤、保存剤などが下記のように含有されてもよい。多くの実施形態では、特定治療剤の1日の適切な全投与量が、単位容量の一部、または複数部分を含み得ること、例えば正当な医学的判断の範囲内で主治医により決定され得ることが、当分野の当業者により理解されるだろう。一部の実施形態では、任意の特定の対象または生物体に対する個別の有効用量レベルは、治療される障害および当該障害の重篤度、利用される個別の活性化合物の活性、利用される個別の組成物、対象の年齢、体重、一般健康状態、性別および食事、投与時間、および利用される個別の活性化物の排出速度、治療期間、利用される個別の化合物と組み合わせて、もしくは同時に使用される薬剤および/または療法を含む様々な因子、ならびに医学分野で公知の同様の因子に依存し得る。
ワクチン:本明細書において使用される場合、「ワクチン」という用語は、特定の疾患または感染性主体に対する免疫を改善する分子を指す。本発明のポリヌクレオチド、一次構築物またはmmRNA中にコードされるワクチンを利用して、たとえば限定されないが、心血管系、CNS、皮膚科学、内分泌学、腫瘍学、免疫学、呼吸器系、および抗感染などの多くの治療領域の状態または疾患を治療することができる。一部の実施形態では、ワクチンは、疾患原因の微生物体またはその断片と類似する。一部の実施形態では、ワクチンは、弱毒化された、もしくは死滅させたウイルス、微生物、寄生虫、または他の病原体、またはその断片から作製される。一部の実施形態では、ワクチンは身体の免疫系を刺激し、脅威として主体を認識し、それを破壊し、そしてそれを記憶し続け、それにより当該免疫系は後に出会うこれら微生物体のすべてをより容易にに認識し、破壊することができる。一部の実施形態では、ワクチンは予防用または治療用である。様々な実施形態では、ワクチンは、ウイルス、細菌、寄生虫、または別の病原体に対するものであってもよい。一部の実施形態では、ワクチンは、以下から選択されるウイルスに対するものである:かぜウイルス、A型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、E型肝炎ウイルス、ヒトパピローマウイルス、インフルエンザウイルス、日本脳炎ウイルス、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、ライノウイルス、ロタウイルス、風疹ウイルス、水痘帯状ヘルペスウイルス、天然痘ウイルス、および黄熱ウイルス。様々な実施形態では、ワクチンは、以下から選択されるワクチンである:ウイルスワクチン、アデノウイルスワクチン、コクサッキーウイルスB群ワクチン、サイトメガロウイルスワクチン、ヒトに対するデング熱ワクチン、ヒトに対する頭部ウマ脳炎ウイルスワクチン、エボラワクチン、エンテロウイルス71ワクチン、エプスタインバールワクチン、C型肝炎ワクチン、HIVワクチン、ヒトに対するHTLV−1Tリンパ球性白血病ワクチン、マールブルグウイルス病ワクチン、ノロウイルスワクチン、ヒトに対する呼吸器合胞体ウイルスワクチン、重症急性呼吸器症候群(SARS)ワクチン、ヒトに対するウェストナイルウイルスワクチン、およびジカ熱ウイルスワクチン。一部の実施形態では、ワクチンは、以下から選択される細菌に対するものである:炭疽菌、コレラ菌、百日咳菌、破傷風菌、ジフテリア菌、ヘモフィルス・インフルエンザB型菌(Hib)、髄膜炎菌、肺炎連鎖球菌、コクシエラ・バーネッティイ(Coxiella burnetii)、結核菌、およびチフス菌。様々な実施形態では、ワクチンは以下から選択されるワクチンである:細菌性疾患ワクチン、齲蝕ワクチン、エーリキア症ワクチン、ハンセン病ワクチン、ライム病ワクチン、黄色ブドウ球菌ワクチン、化膿レンサ球菌ワクチン、梅毒ワクチン、野兎病ワクチン、およびペスト菌ワクチン。様々な実施形態では、ワクチンは、以下から選択されるワクチンである:寄生虫性疾患ワクチン、マラリアワクチン、住血吸虫症ワクチン、シャーガス病ワクチン、鉤虫ワクチン、ヒトに対するオンコセルカ河川盲目症ワクチン、トリパノソーマ病ワクチン、および内臓リーシュマニア病ワクチン。様々な実施形態では、ワクチンは、以下から選択されるワクチンである:非感染性疾患ワクチン、アルツハイマー病アミロイドタンパク質ワクチン、乳癌ワクチン、卵巣癌ワクチン、前立腺癌ワクチン、および腫瘍溶解性免疫療法薬(T−VEC:Talimogene laherparepvec)。一部の実施形態では、組成物は、脂質と、ワクチンの少なくとも1つの機能を介在することができるワクチンの一部を含む。
野生型:本明細書において使用される場合、「野生型」という用語は、(突然変異の、疾患性の、改変された等とは対照的に)「正常な」状態または状況において、自然界に存在する構造および/または活性を有する実体を表す、当該技術分野で理解される意味を有する。当分野の当業者であれ、野生型の遺伝子およびポリペプチドが、しばしば、複数の異なる形態(例えば、アレル)で存在することを認識するだろう。
核酸:本明細書において使用される場合、「核酸」という用語は、任意のヌクレオチド、アナログ、およびそれらのポリマーを含む。本明細書において使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、リボヌクレオチド(RNA)またはデオキシリボヌクレオチド(DNA)のいずれかの任意の長さのヌクレオチドの多量体型を指す。これらの用語は、当該分子の一次構造を指しており、従って、二本鎖および一本鎖のDNA、および二本鎖および一本鎖のRNAを含む。これらの用語は、均等物として、限定されないが、メチル化、保護化および/もしくはキャップ化されたヌクレオチドまたはポリヌクレオチドなどのヌクレオチドアナログおよび修飾ポリヌクレオチドから作製されたRNAあるいはDNAいずれかのアナログを含む。当該用語は、ポリリボヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオチド(RNA)、およびポリデオキシリボヌクレオチドまたはオリゴデオキシリボヌクレオチド(DNA);核酸塩基および/もしくは修飾核酸塩基のNグリコシドまたはCグリコシドから誘導されたRNAまたはDNA;糖類および/または修飾糖類から誘導された核酸;ならびにリン酸架橋および/もしくは修飾リン原子架橋またはヌクレオチド間結合から誘導された核酸、を包含する。当該用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖類、修飾糖類、リン酸架橋または修飾リン原子架橋のいずれかの組み合わせを含む核酸を包含する。例としては、限定されないが、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボース部分とデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボース部分と修飾リボース部分を含む核酸が挙げられる。接頭語のポリ‐は、2〜約10,000個のヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を指し、接頭語のオリゴ‐は、2〜約200個のヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を指す。一部の実施形態では、核酸としては、限定されないが、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド、およびそれらのポリマーが挙げられ、たとえば少なくとも部分的に一本鎖型または二本鎖型である。一部の実施形態では、核酸は、任意のヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、および/またはヌクレオチドアナログ、ならびにそれらのポリマーを含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、リボヌクレオチド(RNA)またはデオキシリボヌクレオチド(DNA)のいずれかの任意の長さのヌクレオチドの多量体型を含む。これらの用語は、当該分子の一次構造を指しており、従って、二本鎖および一本鎖のDNA、および二本鎖および一本鎖のRNAを含む。これらの用語は、均等物として、限定されないが、メチル化、保護化および/もしくはキャップ化されたヌクレオチドまたはポリヌクレオチドなどのヌクレオチドアナログおよび修飾ポリヌクレオチドから作製されたRNAあるいはDNAいずれかのアナログを含む。RNAおよびDNAのアナログ(たとえばヌクレオチドアナログ)としては、限定されないが、以下が挙げられる:モルホリノ、PNA、LNA、BNA、TNA、GNA、ANA、FANA、CeNa、HNAおよびUNA。修飾ヌクレオチドとしては、リン酸、糖、および/または塩基において修飾されたものが挙げられる。かかる修飾としては、2’炭素の糖修飾、たとえば2’−MOE、2’−OMe、および2’−Fが挙げられる。一部の実施形態では、核酸は、ポリリボヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオチド(RNA)、およびポリデオキシリボヌクレオチドまたはオリゴデオキシリボヌクレオチド(DNA);核酸塩基および/もしくは修飾核酸塩基のNグリコシドまたはCグリコシドから誘導されたRNAまたはDNA;糖類および/または修飾糖類から誘導された核酸;ならびにリン酸架橋および/もしくは修飾リン原子架橋またはヌクレオチド間結合から誘導された核酸、を含む。当該用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖類、修飾糖類、リン酸架橋または修飾リン原子架橋のいずれかの組み合わせを含む核酸を包含する。例としては、限定されないが、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボース部分とデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボース部分と修飾リボース部分を含む核酸が挙げられる。一部の実施形態では、核酸は、オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、スプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)、免疫調節性核酸、アプタマー、リボザイム、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、核酸は、キラル制御された核酸組成物である。一部の実施形態では、生物活性剤は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物またはキラル制御された核酸組成物である。一部の実施形態では、塩基、核酸塩基、窒素含有塩基、複素環塩基などは、配列特異的な様式で1つの核酸鎖を別の相補的な鎖に結合する水素結合に関与する核酸の一部(またはその修飾バリアント)を含む。天然塩基(グアニン(G)、アデニン(A)、シトシン(C)、チミン(T)、およびウラシル(U))は、プリン(Pu)またはピリミジン(Py)の誘導体であるが、天然および非天然の塩基アナログも含まれると理解すべきである。一部の実施形態では、核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。一部の実施形態では、修飾核酸塩基模倣体は、空間配置、電子状態、または核酸塩基の他のなんらかの物理化学的特性を模倣し、配列特異的な様式で、1つの核酸鎖を別の核酸鎖に結合する水素結合の特性を保持する。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、融解挙動、細胞内酵素による認識、またはオリゴヌクレオチド二重鎖の活性に実質的に影響を及ぼすことなく、5種のすべての天然塩基(ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、またはグアニン)と対形成することができる。塩基の様々な追加的修飾が当分野に公知である。一部の例では、核酸配列は、塩基の配列として定義され、概して、5’〜3’の方向で表され得る。核酸を背景とすると、塩基は通常、ヌクレオチド間結合(たとえばリン酸塩またはホスホロチオエート)とともに骨格を形成する糖と複合体化されるが、本明細書において使用される場合、「塩基」という用語は、糖またはヌクレオチド間結合を含まない。一部の実施形態では、ヌクレオシドは、以下からなる単位を含む:(b)糖に共有結合された(a)塩基。塩基および/または糖は、修飾されても、または修飾されなくてもよい。一部の実施形態では、核酸に言及する文脈において、本明細書に言及されるように、糖は閉状態および/または開状態の単糖を含む。天然糖は、ペントース(五炭糖)のデオキシリボース(DNAを形成する)またはリボース(RNAを形成する)であるが、天然および非天然の糖アナログも含まれると理解すべきである。糖類としては、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース、およびヘキソピラノース部分を挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において使用される場合、当該用語は、たとえばグリコールなど、従来的な糖分子に代わり使用される構造アナログも包含し、そのポリマーは、核酸アナログのグリコール核酸(GNA)の骨格を形成する。デオキシヌクレオシドは、デオキシリボースを含有する。一部の例では、核酸配列は、塩基と糖修飾の配列として定義されてもよい。一部の実施形態では、糖は、修飾糖または非修飾糖を含む。一部の実施形態では、修飾糖は、核酸に関する文脈において言及されるように、修飾された糖、または核酸もしくは修飾核酸において機能的に糖に置き換わることができる部分を含む。修飾糖は、空間配置、電子状態、または糖の他のなんらかの物理化学的特性を模倣する。非限定的な例として、修飾糖は、2’炭素に修飾を有してもよい。様々な修飾としては、2’−MOE、2’−OMe、および2’−Fが挙げられる。様々な追加の糖修飾が当分野に公知である。一部の実施形態では、ヌクレオチドは、以下からなるポリヌクレオチドのモノマー単位を含む:(a)複素環式の塩基、糖、および1つ以上のリン酸基またはリン含有ヌクレオチド間結合。ヌクレオチドはポリヌクレオチド、核酸、またはオリゴヌクレオチドのサブ単位である。各塩基、糖、およびリン酸またはヌクレオシド間結合は、独立して修飾されてもよく、または修飾されなくてもよい。多くのヌクレオチド間結合が当分野に公知である(限定されないが、たとえばリン酸塩、ホスホロチオエート、ボラノリン酸塩など)。人工核酸としては、PNA(ペプチド核酸)、ホスホトリエステル、ホスホロチオナート、H−ホスホン酸塩、アミド亜リン酸塩、ボラノリン酸塩、メチルホスホン酸塩、ホスホノ酢酸塩、チオホスホノ酢酸塩、および本明細書に記載されるものなど、天然核酸のリン酸骨格の他のバリアントが挙げられる。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド単位の間の結合を含む。多くの例において、当該結合は、リンまたは結合リンを含む。一部の実施形態では、結合は、「p」と言及される。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、天然DNA分子および天然RNA分子中に見られるホスホジエステル結合である。一部の実施形態では、結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは核酸の骨格は、交互に並ぶ糖とヌクレオチド間結合(たとえばホスホジエステルまたはホスホロチオエート)を含む。特有の限定が無い限り、当該用語は、基準核酸と類似した結合特性を有し、天然ヌクレオチドと類似した様式で代謝される公知の天然ヌクレオチドアナログを含有する核酸を包含する。別段の示唆が無い限り、特定の核酸配列は、保存的に修飾されたそれらのバリアント(たとえば縮重コドン置換)および相補配列ならびに明示的に示唆された配列も黙示的に包含される。具体的には、縮重コドン置換は、1つ以上の選択(またはすべての)コドンの三番目の位置が、混合塩基および/またはデオキシイノシン残基で置換された配列を作製することにより行うことができる(Batzer et al.,Nucleic Acid Res.19:5081(1991);Ohtsuka et al.,J.Biol.Chem.260:2605−2608(1985);およびRossolini et al.,Mol.Cell.Probes 8:91−98(1994))。たとえば安定化の目的に対し、天然のホスホジエステル結合を有する分子ならびに非天然結合を有する分子もまた含まれる。核酸の任意の物理的形状、たとえば直線状、環状、またはスーパーコイル状であってもよい。核酸という用語は、オリゴヌクレオチド、遺伝子、cDNA、および遺伝子によりコードされるmRNAと相互交換可能に使用される。様々な実施形態において、1つ以上のヌクレオチドが修飾され、または1つ以上のDNA、ペプチド核酸(PNA:peptide nucleic acid)、ロックド核酸(LNA:locked nucleic acid)、モルホリノヌクレオチド、トレオース核酸(TNA:threose nucleic acid)、グリコール核酸(GNA:glycol nucleic acid)、アラビノース核酸(ANA:arabinose nucleic acid)、2’−フルオロアラビノース核酸(FANA:2’−fluoroarabinose nucleic acid)、シクロヘキセン核酸(CeNA:cyclohexene nucleic acid)、アンヒドロヘキシトール核酸(HNA:anhydrohexitol nucleic acid)、拘束エチル(cEt:constrained ethyl)、トリシクロ−DNA(tc−DNA:tricyclo−DNA)、ゼノ核酸(XNA:xeno nucleic acid)、および/またはアンロックド核酸(UNA:unlocked nucleic acid)で置換
される。様々な実施形態において、核酸は修飾ヌクレオシド間リンカーを含有する。
ヌクレオチド:本明細書において使用される場合、「ヌクレオチド」という用語は、複素環式塩基、糖、および1つ以上のリン酸基またはリン含有ヌクレオチド間結合からなるポリヌクレオチドのモノマー単位を指す。天然塩基(グアニン(G)、アデニン(A)、シトシン(C)、チミン(T)、およびウラシル(U))は、プリンまたはピリミジンの誘導体であるが、天然および非天然の塩基アナログも含まれると理解すべきである。天然糖は、ペントース(五炭糖)のデオキシリボース(DNAを形成する)またはリボース(RNAを形成する)であるが、天然および非天然の糖アナログも含まれると理解すべきである。ヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を介して結合して、核酸、またはポリヌクレオチドを形成する。多くのヌクレオチド間結合が当分野に公知である(限定されないが、たとえばリン酸塩、ホスホロチオエート、ボラノリン酸塩など)。人工核酸としては、PNA(ペプチド核酸)、ホスホトリエステル、ホスホロチオナート、H−ホスホン酸塩、アミド亜リン酸塩、ボラノリン酸塩、メチルホスホン酸塩、ホスホノ酢酸塩、チオホスホノ酢酸塩、および本明細書に記載されるものなど、天然核酸のリン酸骨格の他のバリアントが挙げられる。本明細書に記載されるように、一部の実施形態では、ヌクレオチドは天然ヌクレオチドである。一部の実施形態では、ヌクレオチドは修飾されている。
ヌクレオシド:本明細書において使用される場合、「ヌクレオシド」という用語は、核酸塩基または修飾核酸塩基が、糖または修飾糖に共有結合される部分を指す。
糖:本明細書において使用される場合、「糖」という用語は、サッカリドを指し、一部の実施形態では、閉状態および/または開状態の単糖類を指す。糖類としては、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース、およびヘキソピラノース部分を挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において使用される場合、当該用語は、たとえばグリコールなど、従来的な糖分子に代わり使用される構造アナログも包含し、そのポリマーは、核酸アナログのグリコール核酸(GNA)の骨格を形成する。
修飾糖:本明細書において使用される場合、「修飾糖」という用語は、一部の実施形態ではオリゴヌクレオチド中の糖を置換することができる部分を指す。修飾糖は、空間配置、電子状態、または糖の他のなんらかの物理化学的特性を模倣する。
核酸塩基:本明細書において使用される場合、「核酸塩基」という用語は、配列特異的な様式で1つの核酸鎖を別の相補的な鎖に結合する水素結合に関与する核酸の部分を指す。もっとも一般的な天然核酸塩基は、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、およびチミン(T)である。一部の実施形態では、天然核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。一部の実施形態では、天然核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。一部の実施形態では、核酸塩基は、たとえばアデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、およびチミン(T)以外の核酸塩基などの「修飾核酸塩基」である。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。一部の実施形態では、修飾核酸塩基模倣体は、空間配置、電子状態、または核酸塩基の他のなんらかの物理化学的特性を模倣し、配列特異的な様式で、1つの核酸鎖を別の核酸鎖に結合する水素結合の特性を保持する。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、融解挙動、細胞内酵素による認識、またはオリゴヌクレオチド二重鎖の活性に実質的に影響を及ぼすことなく、5種のすべての天然塩基(ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、またはグアニン)と対形成することができる。
キラルリガンド:本明細書において使用される場合、「キラルリガンド」または「キラル補助基」という用語は、キラルであり、反応に組み込まれることができる部分を指し、当該反応は、ある立体選択性を有して実行され得る。
縮合試薬:本明細書において使用される場合、縮合反応における「縮合試薬」という用語は、反応性の低い部位を活性化し、別の試薬との作用感受性をより高くする試薬を表す。一部の実施形態では、かかる別の試薬は、求核試薬である。
ブロッキング基:本明細書において使用される場合、「ブロッキング基」という用語は、官能基の反応性を覆い隠す基を指す。その後、官能基はブロッキング基の除去により覆いを取り払われてもよい。一部の実施形態では、ブロッキング基は、保護基である。
部分:本明細書において使用される場合、「部分」という用語は、分子の官能基の特定のセグメントを指す。化学的部分は、分子中に組み込まれた、または分子に付加された、広く認識されている化学的実体である。
固形支持体:本明細書において使用される場合、「固形支持体」という用語は、核酸合成を可能とする任意の支持体を指す。一部の実施形態では、当該用語は、ガラスまたはポリマーを指し、それらは核酸を合成するために実施される反応工程において利用される培地中で不溶性であり、そして誘導体化されて反応基を含有する。一部の実施形態では、固形支持体は、高度架橋ポリスチレン(HCP:Highly Cross−linked Polystyrene)または制御ポアガラス(CPG:Controlled Pore Glass)である。一部の実施形態では、固形支持体は、制御ポアガラス(CPG)である。一部の実施形態では、固形支持体は、制御ポアガラス(CPG)と高度架橋ポリスチレン(HCP)のハイブリッド支持体である。
コード配列:DNAの「コード配列」または「コード領域」は、適切な発現制御配列の制御下に置かれたとき、in vivoで転写され、およびポリペプチドに翻訳される二本鎖DNAである。コード配列の境界(「オープンリーディングフレーム」または「ORF」)は、5’(アミノ)末端の開始コドン、および3’(カルボキシル)末端の翻訳終止コドンにより決定される。コード配列としては、限定されないが、原核生物配列、真核生物のmRNAからのcDNA、真核生物(たとえば哺乳類)のDNAからのゲノムDNA配列、および合成DNA配列が挙げられる。ポリアデニル化シグナルと転写終結配列は通常、コード配列に対して3’に位置付けられる。「非コード配列」または「非コード領域」という用語は、アミノ酸に翻訳されないポリヌクレオチド配列の領域を指す(たとえば5’および3’の非翻訳領域)。
リーディングフレーム:本明細書において使用される場合、「リーディングフレーム」という用語は、二本鎖DNA分子の各方向に3つ、計6つの可能性のあるリーディングフレームの内の1つを表す。使用されるリーディングフレームは、どのコドンが、DNA分子のコード配列内のアミノ酸をコードするために使用されるかを決定する。
相同性:本明細書において使用される場合、「相同性」または「同一性」または「類似性」という用語は、2つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性および同一性は各々、比較目的で配置し得る各配列中の位置の比較により決定され得る。比較される配列の同等の位置が、同じ塩基により占有されるとき、当該分子はその位置で同一である。同等の部位が、同一または類似(例えば、立体的および/または電子的な性質において類似)の核酸残基により占有されるとき、当該分子はその位置で相同(類似)と呼称され得る。相同性/類似性または同一性の百分率としての表現は、比較される配列により共有される位置での、同一または類似の核酸の数の関数を指す。「無関係」または「非相同」な配列は、本明細書に記載される配列と、40%未満の同一性、35%未満の同一性、30%未満の同一性、または25%未満の同一性を共有する。2つの配列の比較において、残基(アミノ酸または核酸)の欠如または余剰な残基の存在も、同一性および相同性/類似性を低下させる。一部の実施形態では、「相同性」という用語は、数学に基づいた配列類似性の比較を解説するものであり、類似の機能またはモチーフを有する遺伝子を特定するために使用される。本明細書に記載される核酸配列を「クエリ配列」として使用し、公開データベースに対する検索を実行することで、たとえば他のファミリーのメンバー、関連配列、またはホモログを特定することができる。一部の実施形態では、かかる検索は、Altschul,et al.(1990)J.Mol.Biol.215:403−10のNBLASTおよびXBLASTプログラム(バージョン2.0を使用して実施することができる。一部の実施形態では、BLASTヌクレオチド検索を、NBLASTプログラム、スコア=100、ワード長=12で実行して、本発明の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を取得することができる。一部の実施形態では、比較目的でギャップ化アライメントを得るため、Altschul et al.,(1997)Nucleic Acids Res.25(17):3389−3402に記載されるように、ギャップ化BLASTを利用してもよい。BLASTおよびギャップ化BLASTプログラムを利用する際、それぞれのプログラム(例えば、XBLASTおよびBLAST)のデフォルトパラメータを使用してもよい(www.ncbi.nlm.nih.govを参照のこと)。
同一性:本明細書において使用される場合、「同一性」は、2つ以上の配列中の対応する位置での同一なヌクレオチド残基の割合を意味する。その際、当該配列は配列マッチングが最大化されるように、すなわち、ギャップと挿入が考慮されてアライメントされる。同一性は公知の方法により容易に算出することができる。当該方法としては限定されないが、Computational Molecular Biology,Lesk,A.M.,ed.,Oxford University Press,New York,1988;Biocomputing:Informatics and Genome Projects,Smith,D.W.,ed.,Academic Press,New York,1993;Computer Analysis of Sequence Data,Part I,Griffin,A.M.,and Griffin,H.G.,eds.,Humana Press,New Jersey,1994;Sequence Analysis in Molecular Biology,von Heinje,G.,Academic Press,1987;and Sequence Analysis Primer,Gribskov,M.and Devereux,J.,eds.,M Stockton Press,New York,1991;およびCarillo,H.,and Lipman,D.,SIAM J.Applied Math.,48:1073(1988)に記載される方法が挙げられる。同一性を決定する方法は、検証される配列の間の合致が最大となるよう設計される。さらに、同一性を決定する方法は、公的に入手可能なコンピュータープログラムにおいて体系化されている。2つの配列間の同一性を決定するためのコンピュータープログラム方法としては、GCGプログラムパッケージ(Devereux,J.,et al.,Nucleic Acids Research 12(1):387(1984))、BLASTP、BLASTN、およびFASTA(Altschul,S.F.et al.,J.Molec.Biol.215:403−410(1990)およびAltschul et al.Nuc.AcidsRes.25:3389−3402(1997))が挙げられるが、これらに限定されない。BLAST Xプログラムは、NCBIおよび他のソースから公的に入手可能である(BLAST Manual,Altschul,S.,et al.,NCBI NLM NIH Bethesda,Md.20894;Altschul,S.,et al.,J.Mol.Biol.215:403−410(1990)。公知のスミスウォーターマンアルゴリズム(Smith Waterman algorithm)も、同一性決定に使用することができる。
異種:DNA配列の「異種」領域は、より大きなDNA配列内の識別可能なDNAセグメントであり、自然界において当該大きな配列と関連して発見されていない。従って、異種領域が哺乳類遺伝子をコードする場合、当該遺伝子は通常、供給源生物体のゲノム中の当該哺乳類ゲノムDNAに隣接しないDNAに隣接されることができる。異種コード配列の他の例は、コード配列自体が自然界において発見されない配列である(たとえば、ゲノムコード配列が、非修飾遺伝子と異なるコドンまたはモチーフを有するイントロンまたは合成配列を含むゲノムコード配列)。アレルの変化、または天然の突然変異事象は、本明細書に規定されるDNAの異種領域を生じさせない。
オリゴヌクレオチド:本明細書において使用される場合、「オリゴヌクレオチド」という用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、リン酸架橋、または修飾リン原子架橋(本明細書において、本明細書にさらに定義される「ヌクレオチド間結合」とも呼称される)の任意の組み合わせを含む、ヌクレオチドモノマーのポリマーまたはオリゴマーを指す。
オリゴヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖であってもよい。本明細書において使用される場合、「オリゴヌクレオチド鎖」という用語は、一本鎖オリゴヌクレオチドを包含する。一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域を有してもよく、二本鎖オリゴヌクレオチドは、一本鎖領域を有してもよい。オリゴヌクレオチドの例としては、構造遺伝子、制御領域および終結領域を含む遺伝子、たとえばウィルスDNAまたはプラスミドDNAなどの自己複製系、一本鎖siRNAおよび二本鎖siRNAならびに他のRNA干渉試薬(RNAi剤またはiRNA剤)、shRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、マイクロRNA、マイクロRNA模倣体、スーパーマイクロRNA(supermirs)、アプタマー、抗マイクロRNA(antimirs)、アンタゴマイクロRNA(antagomir)、Ulアダプター、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、グアニン四重鎖オリゴヌクレオチド、RNAアクチベーター、免疫賦活性オリゴヌクレオチド、およびデコイオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
RNA干渉の誘導に有効である二本鎖および一本鎖のオリゴヌクレオチドは、本明細書中、siRNA、RNAi剤、またはiRNA剤とも呼称される 一部の実施形態では、これらのRNA干渉誘導オリゴヌクレオチドは、RNAi誘導型サイレンシング複合体(RISC)として知られる細胞質マルチタンパク質複合体と関連する。多くの実施形態では、一本鎖および二本鎖のRNAi剤は充分に長く、それにより内因性分子、たとえばDicerにより切断されて、より小さなオリゴヌクレオチドが生成され、それらがRISC機構へと入り、標的配列、たとえば、標的mRNAのRISC介在性切断に関与することができる。
本発明のオリゴヌクレオチドは、様々な長さのものであってもよい。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約2〜約200ヌクレオチドの長さの範囲であってもよい。様々な関連実施形態では、一本鎖、二本鎖、および三本鎖のオリゴヌクレオチドは、約4〜約10ヌクレオチド、約10〜約50ヌクレオチド、約20〜約50ヌクレオチド、約15〜約30ヌクレオチド、約20〜約30ヌクレオチドの長さの範囲であってもよい。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約9〜約39ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも4ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも5ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも6ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも7ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも8ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも9ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも11ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも12ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも15ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも20ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも25ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも30ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオチドの長さの相補二重鎖である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも21ヌクレオチドの長さの相補二重鎖である。一部の実施形態では、核酸またはオリゴヌクレオチドの配列は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)の転写産物とハイブリダイズする共通塩基配列を含有するか、またはそれらからなる。一部の実施形態では、核酸またはオリゴヌクレオチドの配列は、ハンチントン病、脊髄性筋萎縮症、1型脊髄性筋萎縮症、筋委縮性側索硬化症、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、1型筋強直性ジストロフィー、肝臓の遺伝性疾患、肝臓の代謝性疾患、単純型表皮水疱症、皮膚の遺伝性疾患、皮膚の遺伝性疾患、または過敏性腸症候群、または遺伝性疾患、または代謝性疾患に関連する遺伝子の転写産物とハイブリダイズする共通塩基配列を含有するか、またはそれらからなる。
ヌクレオチド間結合:本明細書において使用される場合、「ヌクレオチド間結合」という文言は概して、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間のリン含有結合を指し、上記および本明細書において使用されるように、「糖間結合」および「リン原子架橋」と相互交換可能である。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、天然DNA分子および天然RNA分子中に見られるホスホジエステル結合である。一部の実施形態において、ヌクレオチド間結合は、修飾ホスホジエステル結合である。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、「修飾ヌクレオチド間結合」であり、この場合においてホスホジエステル結合の各酸素原子は任意で、および独立して有機部分または無機部分により置き換えられる。一部の実施形態では、かかる有機部分または無機部分は、限定されないが、=S、=Se、=NR’、−SR’、−SeR’、−N(R’)、B(R’)3、−S−、−Se−、および−N(R’)−から選択され、式中、各R’は、以下に規定され、記載されるとおりである。一部の実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホトリエステル結合、ホスホロチオエートジエステル結合
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または修飾ホスホロチオエートトリエステル結合である。当分野の当業者であれば、当該ヌクレオチド間結合は、当該結合中の酸性部分または塩基性部分の存在によって、所与のpHでアニオンまたはカチオンとして存在し得ることを理解する。
別段の示唆が無い限り、オリゴヌクレオチド配列とともに使用される場合、s、s1、s2、s3、s4、s5、s6およびs7の各々は独立して、以下の表2に図示される以下の修飾ヌクレオチド間結合を表す。
表2。修飾ヌクレオチド間結合の例
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たとえば、(Rp、Sp)−ATsCs1GAは、1)TとCの間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合
Figure 2019516679
および2)CとGの間の
Figure 2019516679
の構造を有するホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合、を有する。別段の示唆が無い限り、オリゴヌクレオチド配列の前のRp/Spという記号表示は、当該オリゴヌクレオチド配列のヌクレオチド間結合中のキラル結合リン原子の立体配置を5’から3’の方向に順々に記載するものである。たとえば(Rp、Sp)−ATsCs1GAにおいて、TとCの間の「s」結合のリンは、Rpの立体配置を有し、CとGの間の「s1」結合は、Spの立体配置を有する。一部の実施形態では、「全(All)‐(Rp)」または「全−(Sp」は、オリゴヌクレオチドのすべてのキラル結合リン原子が、それぞれ、同じRpまたはSpの立体配置を有することを示すために使用される。例えば、全(Rp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsCは、当該オリゴヌクレオチドの全てのキラル結合リン原子が、Rpの立体配置を有することを示す。全(Sp)(Sp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsCは、当該オリゴヌクレオチドの全てのキラル結合リン原子が、Spの立体配置を有することを示す。
オリゴヌクレオチド型:本明細書において使用される場合、「オリゴヌクレオチド型」という文言は、特定の塩基配列、骨格結合パターン(すなわち、ヌクレオチド間結合型のパターン、例えば、リン酸、ホスホロチオエートなど)、骨格キラル中心パターン(すなわち、結合リン立体化学のパターン(Rp/Sp))、および骨格リン修飾のパターン(たとえば、式Iの「−XLR」基のパターン)を有するオリゴヌクレオチドを定義するために使用される。一部の実施形態では、共通に指定される「型」のオリゴヌクレオチドは、互いに構造的に同一である。
当分野の当業者であれば、本発明の合成方法が、オリゴヌクレオチド鎖合成を行う間にある程度の制御をもたらし、それにより当該オリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、結合リンで特定の立体化学および/もしくは結合リンで特定の修飾、ならびに/または特定の塩基、ならびに/または特定の糖を有するようにあらかじめ設計可能および/または選択可能であることを認識するであろう。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの立体中心を有するように前もって設計および/または選択される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの修飾を有するように、設計されおよび/または決定される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの塩基を有するように、設計されおよび/または選択される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、上述の構造特性のうちの1つ以上の特定の組み合わせを有するように、設計および/または選択される。本発明は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含有する、またはからなる組成物を提供する(たとえばキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)。一部の実施形態では、かかる分子のすべてが同じ型の分子である。一部の実施形態では、提供される組成物は異なる型の複数のオリゴヌクレオチドを、典型的には所定の相対量で含有する。
キラル制御:本明細書において使用される場合、「キラル制御」とは、オリゴヌクレオチド内のキラルヌクレオチド間結合中のキラル結合リンの立体化学指定を制御する能力を指す。一部の実施形態では、制御は、オリゴヌクレオチドの糖部分と塩基部分に無いキラル要素を介して達成される。たとえば一部の実施形態では、制御は、本開示において例示されるように、オリゴヌクレオチド調製の間の1つ以上のキラル補助基を介して達成される。キラル制御とは対照的に、当分野の当業者であれば、キラル補助基を使用しない従来的なオリゴヌクレオチド合成では、当該従来的なオリゴヌクレオチド合成を使用してキラルヌクレオチド間結合を形成させた場合に、キラルヌクレオチド間結合で立体化学を制御することができないことを認識する。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物:本明細書において使用される場合、「キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物」、「キラル制御された核酸組成物」などの用語は、1)共通塩基配列、2)骨格結合の共通パターン、および3)骨格リン修飾の共通パターンを共有する複数のオリゴヌクレオチド(または核酸)を含有する組成物を指し、この場合において当該複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合(キラル制御されたヌクレオチド間結合)で同じ立体化学を共有し、および当該組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、前もって決定されている。一部の実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されたヌクレオチド間結合であり、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、全てではないキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されたヌクレオチド間結合であり、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、所定レベルの個々のオリゴヌクレオチド型または核酸型を含有する。たとえば一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つのオリゴヌクレオチド型を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2種以上のオリゴヌクレオチド型を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数種のオリゴヌクレオチド型を含有する。
キラル的に純粋:本明細書において使用される場合、「キラル的に純粋」という文言は、その中のすべてのオリゴヌクレオチドが、結合リンに関して単一のジアステレオマー型で存在するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物または複数のオリゴヌクレオチドを記載するために使用される。
キラル的に均一:本明細書において使用される場合、「キラル的に均一」という文言は、その中のすべてのヌクレオチド単位が、結合リンで同じ立体化学を有するオリゴヌクレオチド分子または型を記載するために使用される。たとえば、そのヌクレオチド単位がすべて結合リンでRpの立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル的に均一である。同様に、そのヌクレオチド単位がすべて結合リンでSpの立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル的に均一である。
所定の:所定の(または前もって決定された)とは、たとえば制御されることなく無作為に発生する、または実現される事とは対照的に、意図的に選択されたことが意味される。当分野の当業者であれば、本明細書を読むことで、本開示が、オリゴヌクレオチド組成物に組み込まれる特定の化学および/または立体化学の選択が可能となる技術を提供し、さらにかかる化学および/または立体化学の特性を有するオリゴヌクレオチド組成物の調製制御を可能とする技術を提供することを理解するであろう。かかる提供される組成物は、本明細書に記載される場合、「所定」である。あるオリゴヌクレオチドを含有し得る組成物は、特定の化学および/または立体化学を意図して生成するための制御ができないプロセスを介してたまたま生成された組成物であり、これは「所定の」組成物ではない。一部の実施形態では、所定の組成物は、(たとえば制御されたプロセスの反復を介して)意図して再生産されることができる組成物である。一部の実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの所定レベルとは、当該組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの絶対量および/または相対量(比率、割合など)が制御されていることを意味する。
結合リン:本明細書において定義されるように、「結合リン」という文言は、言及される特定のリン原子が、ヌクレオチド間結合中に存在するリン原子であり、そのリン原子は、天然のDNAおよびRNA中に存在するヌクレオチド間結合のホスホジエステルリン酸原子に相当することを示すために使用される。一部の実施形態では、結合リン原子は、修飾ヌクレオチド間結合中にあり、この場合においてホスホジエステル結合の各酸素原子は任意で、および独立して有機部分または無機部分により置き換えられる。一部の実施形態では、結合リン原子は、式IのP*である。一部の実施形態では、結合リン原子は、キラルである。一部の実施形態では、キラル結合リン原子は、式IのP*である。
P−修飾:本明細書において使用される場合、「P−修飾」という用語は、立体化学的修飾以外の結合リンでの任意の修飾を指す。一部の実施形態では、P−修飾は、結合リンに共有結合した懸垂部分の付加、置換、または除去を含む。一部の実施形態では、「P−修飾」は、−X−L−Rであり、式中、X、LおよびRの各々は独立して本明細書および以下に定義され、記載されるとおりである。
ブロックマー(Blockmer):本明細書において使用される場合、「ブロックマー」という用語は、その各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンが、当該ヌクレオチド間リン結合で共通の構造的特徴を共有する少なくとも2つの連続したヌクレオチド単位の存在により特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を表す。共通の構造的特徴とは、結合リンでの共通立体化学、または結合リンでの共通修飾を意味する。一部の実施形態では、ヌクレオチド間リン結合で共通構造的特徴を共有する少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「ブロック」と呼称される。
一部の実施形態では、ブロックマーは、「ステレオブロックマー(stereoblockmer)」であり、たとえば少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンで同じ立体化学を有する。かかる少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「ステレオブロック(stereoblock)」を形成する。たとえば(Sp、Sp)−ATsCs1GAは、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位のTsとCs1が、結合リンで同じ立体化学を有している(両方ともSp)ことから、ステレオブロックマーである。同じオリゴヌクレオチドの(Sp、Sp)−ATsCs1GAにおいて、TsCs1はブロックを形成し、これはステレオブロックである。
一部の実施形態では、ブロックマーは、「P−修飾ブロックマー」であり、たとえば少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンで同じ修飾を有する。かかる少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「P−修飾ブロック」を形成する。たとえば、(Rp、Sp)−ATsCsGAは、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位であるTsとCsが、同じP−修飾を有していることから(すなわち、両方ともホスホロチオエートジエステルである)、P−修飾ブロックマーである。同じオリゴヌクレオチドの(Rp、Sp)−ATsCsGAにおいて、TsCsはブロックを形成し、これはP−修飾ブロックである。
一部の実施形態では、ブロックマーは、「結合ブロックマー」であり、たとえば少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンで同一の立体化学と同一の修飾を有する。少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位は、「結合ブロック」を形成する。たとえば、(Rp、Rp)−ATsCsGAは、少なくとも2つの連続ヌクレオチド単位であるTsとCsが、同じ立体化学(両方ともRp)とP−修飾(両方ともホスホロチオエート)を有していることから、結合ブロックマーである。同じオリゴヌクレオチドの (Rp、Rp)−ATsCsGAにおいて、TsCsはブロックを形成し、これは結合ブロックである。
一部の実施形態では、ブロックマーは、ステレオブロック、P−修飾ブロック、および結合ブロックから独立して選択される1つ以上のブロックを含有する。一部の実施形態では、ブロックマーは、1つのブロックに関してはステレオブロックマーであり、および/または別のブロックに関してはP−修飾ブロックマーであり、および/またはさらに別のブロックに関しては結合ブロックマーである。たとえば、(Rp、Rp、Rp、Rp、Rp、Sp、Sp、Sp)−AAsTsCsGsAs1Ts1Cs1Gs1ATCGは、ステレオブロックのAsTsCsGsAs1(結合リンですべてRpである)、またはTs1Cs1Gs1(結合リンですべてSpである)に関してはステレオブロックマーであり、P−修飾ブロックのAsTsCsGs(すべてs結合)もしくはAs1Ts1Cs1Gs1(すべてs1結合)に関してはP−修飾ブロックマーであり、または結合ブロックのAsTsCsGs(結合リンですべてRpであり、およびすべてs結合)またはTs1Cs1Gs1(結合リンですべてSpであり、およびすべてs1結合)に関しては結合ブロックマーである。
アルトマー(Altmer):本明細書において使用される場合、「アルトマー」という用語は、その各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンが、オリゴヌクレオチド鎖の2つの連続ヌクレオチド単位が、ヌクレオチド間リン結合で特定の構造的特徴を共有しないという点で特徴付けられるオリゴヌクレオチドを指す。一部の実施形態では、アルトマーは、繰り返しパターンを含むように設計される。一部の実施形態では、アルトマーは、繰り返しパターンを含まないように設計される。
一部の実施形態では、アルトマーは、「ステレオアルトマー(stereoaltmer)」であり、たとえば2つの連続ヌクレオチド単位は、結合リンで同じ立体化学を有しない。たとえば、(Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsC。
一部の実施形態では、アルトマーは、「P−修飾アルトマー」であり、たとえば、結合リンで、同じ修飾を有する2つの連続ヌクレオチド単位はない。たとえば、全−(Sp)−CAs1GsTは、その中の各結合リンが、他とは異なるP−修飾を有している。
一部の実施形態では、アルトマーは、「結合アルトマー」であり、たとえば、2つの連続するヌクレオチド単位は、結合リンで同一の立体化学または同一の修飾を有しない。たとえば、(Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp)−GsCs1CsTs1CsAs1GsTs1CsTs1GsCs1TsTs2CsGs3CsAs4CsC。
配列:本明細書において使用される場合、「配列」という用語は、分子の任意の配置、または特定の分子の特徴である原子の任意の配置を指す。一部の実施形態では、核酸に関連して、「配列」とは以下のいずれかを指す:塩基配列(長さを含む)、糖および塩基部分への化学修飾のパターン、骨格結合のパターン(たとえば、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、およびそれらの組み合わせのパターン)、骨格キラル中心のパターン(たとえば、キラルヌクレオチド間結合の立体化学(Rp/Sp)のパターン)、および骨格リン修飾のパターン(たとえば、ヌクレオチド間リン原子上の修飾パターン、たとえば式Iの−S、および−L−R)。一部の実施形態では、核酸またはオリゴヌクレオチドに関して、「配列」とは、塩基の配列または塩基配列を指す。一部の実施形態では、ペプチドまたはタンパク質に関して、配列とは、アミノ酸の配列を指す。
ユニマー(Unimer):本明細書において使用される場合、「ユニマー」という用語は、その各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンは、当該鎖内のすべてのヌクレオチド単位が、ヌクレオチド間リン結合で少なくとも1つの共通の構造的特徴を共有することであるオリゴヌクレオチドを指す。共通の構造的特徴とは、結合リンでの共通立体化学、または結合リンでの共通修飾を意味する。
一部の実施形態では、ユニマーは、「ステレオユニマー」であり、たとえば、すべてのヌクレオチド単位が、結合リンで、同じ立体化学を有する。たとえば、すべての全−(Sp)−CsAs1GsTは、その中ですべての結合が、Spリンを有している。
一部の実施形態では、ユニマーは、「P−修飾ユニマー」であり、たとえばすべてのヌクレオチド単位が、結合リンで同じ修飾を有している。たとえば、(Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp、Sp、Rp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsCであり、この中ですべてのヌクレオチド間結合がホスホロチオエートジエステルである。
一部の実施形態では、ユニマーは、「結合ユニマー」であり、たとえばすべてのヌクレオチド単位が、結合リンで同じ立体化学と同じ修飾を有している。たとえば、全−(Sp)−GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsCは、この中ですべてのヌクレオチド間結合が、Sp結合リンを有するホスホロチオエートジエステルである。
ギャップマー(Gapmer):本明細書において使用される場合、「ギャップマー」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖の少なくとも1つのヌクレオチド間リン結合が、リン酸ジエステル結合、たとえば天然のDNAまたはRNAで存在するものなどであることで特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を指す。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の2つ以上のヌクレオチド間リン結合は、天然のDNAまたはRNAに存在しているものなどのリン酸ジエステル結合である。たとえば、全−(Sp)−CAs1GsTは、CとAの間のヌクレオチド間結合がリン酸ジエステル結合である。
スキップマー:本明細書において使用される場合、「スキップマー」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖の1つおきのヌクレオチド間リン結合が、リン酸ジエステル結合、たとえば天然のDNAまたはRNA中に存在しているものなどであり、当該オリゴヌクレオチド鎖のその他のヌクレオチド間リン結合は、修飾ヌクレオチド間結合であるギャップマー型を指す。たとえば、全−(Sp)−AsTCs1GAs2TCs3G。
別段の示唆が無い限り、化合物および組成物に関し本明細書に記載される方法および構造は、薬学的に許容可能な酸付加塩または塩基付加塩、ならびにこれら化合物および組成物の立体異性体にも適用される。
2. 発明を実施するためのいくつかの形態
生物活性剤を送達するための多くの技術には、望ましい細胞または組織に標的化することができないという難点があり得る。たとえば肝臓外の組織に生物活性剤を送達することは、未だ特に困難である。Julianoは、臨床レベルでの進化にもかかわらず、in vivoで、特に肝臓部位外でオリゴヌクレオチドを効率的に送達するのは未だ大きな課題であると報告している。Juliano 2016 Nucl.Acids Res.Doi:10.1093/nar/gkw236。Louも、肝臓外の臓器にsiRNAを送達することは、疾患宿主に対する技術を使用することの未だ最も大きなハードルであると報告している。Lou 2014 SciBX 7(48);doi:10.1038/scibx.2014.1394。一部の実施形態では、本開示は、非限定的な例で筋細胞および筋組織を含む、肝臓外の細胞および組織を含む、特定の細胞および組織への生物活性剤の送達に、脂質は特に有効であり得るという驚くべき発見を包含するものである。
特に本開示は、驚くべきことに脂質が生物活性剤をその標的位置(たとえば細胞、組織、臓器など)への送達を行うことができる、および/または送達を促進することができるという認識を包含する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する。一部の実施形態では、提供される組成物および方法は、その中の生物活性剤の標的位置への送達に特に有効である。一部の実施形態では、標的位置は、細胞である。一部の実施形態では、標的位置は、組織中のあるタイプの細胞である。一部の実施形態では、標的位置は、組織である。一部の実施形態では、標的位置は、臓器である。一部の実施形態では、標的位置で、提供される組成物の生物活性剤は、細胞内、たとえば細胞質、核などに送達される。
一部の実施形態では、提供される技術を利用して、対象中、たとえば哺乳類対象またはヒト対象中のその標的位置への生物活性剤の送達を効果的に改善することができる。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の細胞内(すなわち、たとえば細胞質、核などの細胞内の位置)への生物活性剤の効率的および/または効果的な送達の予想外の達成を提供する。
一部の実施形態では、提供される技術は、その標的位置への生物活性剤の有効量および/または望ましい量の送達を可能にし、または促進し、それによってたとえば生物活性剤が脂質無しで投与された場合に観察される量と同レベルの生物活性剤または高レベルの生物活性剤が標的位置に到達し得ること、一部の実施形態では、たとえ脂質無しの場合よりも少量の生物活性剤が脂質とともに投与された場合でさえ、同レベルの生物活性剤または高レベルの生物活性剤が標的位置に到達し得ることを認識するであろう。一部の実施形態では、提供される技術は、適切な対照(たとえばオリゴヌクレオチドが脂質無しで同等投与された場合に観察されるレベル)と比較し、分布の改善(すなわち、非標的位置と比較して、標的位置での生物活性剤の相対レベルが上昇する)を可能にする、または促進する。一部の実施形態では、提供される技術は、別の状況では治療用途には不適切であるとみなされる生物活性剤を、様々な疾患、障害、および/または状態の治療に対し成功裏に使用されるようにする。
一部の実施形態では、提供される技術は、特定のタイプの細胞および組織への生物活性剤の送達に特に有効であり、特定のタイプの細胞および組織としては、限定されないが、筋細胞および筋組織を含む、肝臓の外側(たとえば肝臓外)の細胞および組織が挙げられる。一部の実施形態では、本開示は、筋細胞および筋組織、たとえば骨格筋、腓腹筋、心臓、大腿四頭筋、三頭筋、および/または横隔膜の筋細胞ならびに筋組織などへの生物活性剤の送達に予想外に有効である技術を提供する。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の腓腹筋の細胞内に生物活性剤を効率的に送達する。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の心筋の細胞内に生物活性剤を効率的に送達する。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の大腿四頭筋の細胞内に生物活性剤を効率的に送達する。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の三頭筋の細胞内に生物活性剤を効率的に送達する。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の横隔膜の細胞内に生物活性剤を効率的に送達する。
一部の実施形態では、提供される脂質部分含有オリゴヌクレオチドは、たとえば脂質部分を有さない参照オリゴヌクレオチドと比較して、脂質部分を有さず、そして立体化学が異なる(たとえばキラル制御されたものと、立体不規則的なもの。骨格キラル中心の1つのパターンと別のパターン、など)参照オリゴと比較して、筋肉、たとえば腓腹筋、三頭筋、心臓、横隔膜などの筋肉への送達改善を提供する。一部の実施形態では、提供される脂質部分含有オリゴヌクレオチドは、参照オリゴヌクレオチドと比較して、薬物動態の改善を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、参照オリゴヌクレオチドよりも全身からのクリアランスが早い。これは当分野の当業者に認識されるように、参照オリゴヌクレオチドと比較して毒性が低い場合がある。データ例を図31A〜31Dに示す。
一部の実施形態では、提供される技術は、生物活性剤の免疫原性性の改善に特に有効である。一部の実施形態では、脂質と生物活性剤の複合体は、当該生物活性剤の免疫原性を低下させ得る。一部の実施形態では、脂質と生物活性剤の複合体は、免疫反応に拮抗する当該生物活性剤の能力を強化させ得る。一部の実施形態では、脂質と生物活性剤の複合体は、免疫反応に拮抗する当該生物活性剤の能力を強化させることができ、この場合において当該免疫反応は、少なくとも部分的にTLR9により介在されている。一部の実施形態では、脂質をオリゴヌクレオチドに複合体化することにより、当該オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性が改善される。一部の実施形態において、改善される特性としては、活性の増加(たとえば、有害なエクソンの望ましいスキップを誘導する能力の増加)、毒性の減少、および/または組織分布の改善が挙げられる。一部の実施形態では、組織は、筋組織である。一部の実施形態では、組織は骨格筋、腓腹筋、三頭筋、心臓または横隔膜である。一部の実施形態では、改善される特性としては、hTLR9アゴニスト活性の低下が挙げられる。一部の実施形態では、改善される特性としては、hTLR9アンタゴニスト活性が挙げられる。一部の実施形態では、改善される特性としては、hTLR9アンタゴニスト活性の上昇が挙げられる。一部の実施形態では、脂質とオリゴヌクレオチドの複合体化は、hTLR9アンタゴニスト活性を提供することができ、たとえばこれは図27および28に示される。
脂質
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する。本開示に従い提示される技術において、多くの脂質が利用され得る。
一部の実施形態では、脂質は、RLD基を含み、式中、RLDは、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレンおよびヘテロシクリレンから選択される任意で置換される二価の環であり;および
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールまたはヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、脂質は、RLD基を含み、式中、RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレンおよびヘテロシクリレンから選択される任意で置換される二価の環であり;および
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールまたはヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、脂質は、RLD基を含み、式中、RLDは、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレンおよびヘテロシクリレンから選択される任意で置換される二価の環であり;および
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールまたはヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、および−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、および−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、炭素原子と水素原子からなる炭化水素基である。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、および−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、および−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、炭素原子と水素原子からなる炭化水素基である。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、および−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、式中、1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、および−Cy−から選択される任意で置換される基により置き換えられる。一部の実施形態では、RLDは、炭素原子と水素原子からなる炭化水素基である。
LDの脂肪族基は、様々な適切な長さであってもよい。一部の実施形態では、それはC10−C80である。一部の実施形態では、それはC10−C75である。一部の実施形態では、それはC10−C70である。一部の実施形態では、それはC10−C65である。一部の実施形態では、それはC10−C60である。一部の実施形態では、それはC10−C50である。一部の実施形態では、それはC10−C40である。一部の実施形態では、それはC10−C35である。一部の実施形態では、それはC10−C30である。一部の実施形態では、それはC10−C25である。一部の実施形態では、それはC10−C24である。一部の実施形態では、それはC10−C23である。一部の実施形態では、それはC10−C22である。一部の実施形態では、それはC10−C21である。一部の実施形態では、それはC12−C22である。一部の実施形態では、それはC13−C22である。一部の実施形態では、それはC14−C22である。一部の実施形態では、それはC15−C22である。一部の実施形態では、それはC16−C22である。一部の実施形態では、それはC17−C22である。一部の実施形態では、それはC18−C22である。一部の実施形態では、それはC10−C20である。一部の実施形態では、当該範囲の下限は、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、またはC18である。一部の実施形態では、当該範囲の上限は、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C55、またはC60である。一部の実施形態では、それはC10である。一部の実施形態では、それはC11である。一部の実施形態では、それはC12である。一部の実施形態では、それはC13である。一部の実施形態では、それはC14である。一部の実施形態では、それはC15である。一部の実施形態では、それはC16である。一部の実施形態では、それはC17である。一部の実施形態では、それはC18である。一部の実施形態では、それはC19である。一部の実施形態では、それはC20である。一部の実施形態では、それはC21である。一部の実施形態では、それはC22である。一部の実施形態では、それはC23である。一部の実施形態では、それはC24である。一部の実施形態では、それはC25である。一部の実施形態では、それはC30である。一部の実施形態では、それはC35である。一部の実施形態では、それはC40である。一部の実施形態では、それはC45である。一部の実施形態では、それはC50である。一部の実施形態では、それはC55である。一部の実施形態では、それはC60である。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下のRLD基を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上のRLD基を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、RLD基を含有する部分として、任意でリンカーを介して生物活性剤に複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以下のRLD基を含有する部分として、任意でリンカーを介して生物活性剤に複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、RLDとして、任意でリンカーを介して生物活性剤に複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上のRLD基を含有する部分として、任意でリンカーを介して生物活性剤に複合体化される。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C40の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のメチル基で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のメチル基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−C40の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C60の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のメチル基で置換される、C10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のメチル基で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−C60の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で置換される、C10−C80の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換される、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換される、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のC1−2脂肪族基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、RLDは、任意で1つ以上のメチル基で置換される、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態において、脂質は、任意で1つ以上のメチル基で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、非置換のC10−C80の直鎖状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である。一部の実施形態では、脂質は、置換されないC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、1つ以下の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、脂質は、2つ以上の任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する。
一部の実施形態では、RLDは、C10の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C10の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C11の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C11の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C12の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C12の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C13の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C13の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C14の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C14の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C15の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C15の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C16の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C16の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C17の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C17の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C18の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C18の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C19の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C19の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C20の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C20の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C21の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C21の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C22の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C22の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C23の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C23の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C24の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C24の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C25の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C25の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C26の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C26の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C27の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C27の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C28の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C28の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C29の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C29の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C30の飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、C30の部分不飽和直線状脂肪族鎖であるか、またはこれを含有する。
一部の実施形態では、脂質は、RLD−OHの構造を有する。一部の実施形態では、脂質は、RLD−C(O)OHの構造を有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
である。
かかるR基を含有するオリゴヌクレオチド例は、たとえば表4Aに図示される。一部の実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(DHAまたはシス‐DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)、アラキドン酸、およびジリノレイル(dilinoleyl)である。一部の実施形態では、脂質は、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
これらの脂質との複合体化を含むオリゴヌクレオチド例は、たとえば表4に図示される。
一部の実施形態では、脂質は、以下のいずれかであるか、いずれかを含有するか、またはいずれかからなる:少なくとも部分的に疎水性または両親媒性の分子、リン脂質、トリグリセリド、ジグリセリド、モノグリセリド、脂溶性ビタミン、ステロール、脂肪およびワックス。一部の実施形態では、脂質は、以下のいずれかである:脂肪酸、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質(saccharolipid)、ポリケチド、およびその他の分子。
一部の実施形態では、脂質は、任意でリンカー部分を介して生物活性剤に複合体化される。当分野の通常の技能を有する当業者であれば、本開示に従い生物活性剤に脂質を複合体化させるために様々な技術が利用され得ることを認識する。たとえばカルボキシル基を含有する脂質に関し、かかる脂質は、カルボキシル基を介して複合体化されることができる。
脂質は、任意でリンカーを介してオリゴヌクレオチドに複合体されることができる。当分野の様々なタイプのリンカーが、本開示に従い利用されることができる。一部の実施形態では、リンカーはリン酸基を含有し、それをたとえば、オリゴヌクレオチド合成で使用される化学と類似した化学方法を介した脂質の複合体化に使用することができる。一部の実施形態では、リンカーは、アミド基、エステル基、またはエーテル基を含有する。
一部の実施形態では、リンカーは、−LLD−の構造を有する。一部の実施形態において、LLDは、
Figure 2019516679
の構造を有するTLDであり、式中、各変数は独立して定義され、記載されるとおりである。一部の実施形態において、TLDは、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−とともに、TLDは、ホスホロチオエート結合(−OP(O)(S)O−)を形成する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−とともに、TLDは、Spホスホロチオエート結合を形成する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−とともに、TLDは、Rpホスホロチオエート結合を形成する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−とともに、TLDは、リン酸結合(−OP(O)(O)O−)を形成する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−とともに、TLDは、ホスホロジチオエート結合を形成する。一部の実施形態では、LLDは、−L−TLD−である。一部の実施形態では、Yは、−L−に結合し、−Z −は共有結合であるため、Pは、オリゴヌクレオチド鎖のヒドロキシル基に直接結合する。一部の実施形態では、Pは5’末端ヒドロキシル(5’−O−)に結合し、リン酸基(天然のリン酸結合)またはホスホロチオエート基(ホスホロチオエート結合)を形成する。一部の実施形態では、ホスホロチオエート結合はキラル制御され、RpまたはSpのいずれかであってもよい。別段の特定が無い限り、リンカーのキラル中心(たとえばTLD中のP)は、立体不規則的であっても、キラル制御されてもよく、およびそれらは、組成物がキラル制御されてるか否かの決定に対し、骨格キラル中心の一部とはみなされない。一部の実施形態では、LLDは、−NH−(CH−TLD−である。一部の実施形態では、LLDは、−C(O)−NH−(CH−TLD−である。
一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドへの複合体化後、脂質は、−L−RLDの構造を有する部分を形成し、式中、LおよびRLDの各々は独立して本明細書に定義され、記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−は、二価の脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、−L−は、リン酸基を含有する。一部の実施形態では、−L−は、ホスホロチオエート基を含有する。一部の実施形態では、−L−は、−C(O)NH−(CH−OP(=O)(S)−の構造を有する。一部の実施形態では、−L−は、−C(O)NH−(CH−OP(=O)(O)−の構造を有する。
脂質は、任意でリンカーを介して、様々な適切な位置でオリゴヌクレオチドに複合体化されてもよい。一部の実施形態では、脂質は、5’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、3’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上の糖部分を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上の塩基を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のヌクレオチド間結合を介して組み込まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、複数の複合体化脂質を含有してもよく、当該複数の複合体化脂質は、独立して、その5’−OH、3’−OH、糖部分、塩基部分、および/またはヌクレオチド間結合を介して複合体化される。
一部の実施形態では、リンカーは、組成物の2つの部分を結合させる部分である。非限定的な例として、リンカーは、活性化合物を脂質に物理的に結合させる。適切なリンカーの非限定的な例としては、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸塩を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのレドックス切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸塩系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーが挙げられる。
一部の実施形態では、脂質は、任意でリンカー部分を介して活性化合物に複合体化される。当分野の通常の技能を有する当業者であれば、本開示に従い活性化合物に脂質を複合体化させるために様々な技術が利用され得ることを認識する。たとえばカルボキシル基を含有する脂質に関し、かかる脂質は、カルボキシル基を介して複合体化されることができる。一部の実施形態では、脂質は、−L−の構造を有するリンカーを介して複合体化され、式中、Lは、式Iにおいて定義され、記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、リン酸ジエステル部分または修飾リン酸ジエステル部分を含有する。一部の実施形態では、脂質複合体化により形成される化合物は、(RLD−L−)−(活性化合物)の構造を有し、式中、xは1または1よりも大きい整数であり、各RLDおよびLは、独立して本明細書に定義され、記載されるとおりである。一部の実施形態では、xは、1である。一部の実施形態では、xは、1よりも大きい。一部の実施形態では、xは、1〜50である。一部の実施形態では、活性化合物は、オリゴヌクレオチドである。たとえば、一部の実施形態では、複合体は、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、リンカーは、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸塩を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのレドックス切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸塩系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、および少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーから選択される。リンカーのその他の非限定的な例は、本明細書に記載されるか、または図7に詳細がある。一部の実施形態では、リンカーは、−LLD−の構造を有する。一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。一部の実施形態では、リンカーは、式Iの結合を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−L−であり、式中、Lは、本明細書に記載される式Iの構造を有する。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=O)(SR)−O−である。一部の実施形態では、Rは、−Hであり、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=O)(SH)−O−であり、一部の実施形態では、たとえばあるpHでは、−C(O)NH−(CH−O−P(=O)(S)−O−である。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(SR)−O−である。一部の実施形態では、Rは、−Hであり、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(SH)−O−であり、一部の実施形態では、たとえばあるpHでは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(S)−O−である。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(OR)−O−であり、式中、Rは、−CHCHCNである。一部の実施形態では、リンカーは、−C(O)NH−(CH−O−P(=S)(SR)−O−であり、式中、Rは、−CHCHCNである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、リンカーと連結され、H−リンカー−オリゴヌクレオチドの構造を形成する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、脂質と複合体化され、脂質−リンカー−オリゴヌクレオチドの構造、たとえばRLD−LLD−オリゴヌクレオチドを形成する。一部の実施形態では、リンカーの−O−末端は、オリゴヌクレオチドに繋がれる。一部の実施形態では、リンカーの−O−末端は、5’末端オリゴヌクレオチドに繋がれる(−O−は、5’−OH中の酸素である)。
一部の実施形態では、リンカーは、PO(ホスホジエステル結合)、PS(ホスホロチオエート結合)、またはPS2(ホスホロジチオエート結合)を含有する。PSリンカーを含む非限定的な例を以下に示す。一部の実施形態では、リンカーは、−O−P(O)(OH)−O−[ホスホジエステル]、−O−P(O)(SH)−O−[ホスホロチオエート]、または−O−P(S)(SH)−O−[ホスホロジチオエート]である。一部の実施形態では、リンカーは、以下に図示される、C6アミノ部分(−NH−(CH−)を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、PO、PS、またはPS2に結合されたC6アミノを含有する。一部の実施形態では、リンカーは、PO、PS、またはPS2に結合されたC6アミノである。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(OH)−である。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(OH)−であり、式中、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(OH)−はオリゴヌクレオチド鎖に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(OH)−であり、式中、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(OH)−はオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(OH)−であり、式中、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(OH)−はオリゴヌクレオチド鎖の3’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(SH)−である。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(SH)−であり、式中、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(SH)−であり、式中、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(O)(SH)−であり、式中、−C(O)−は、脂質部分に繋がれ、−P(O)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖の3’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(S)(SH)−である。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(S)(SH)−であり、式中、−C(O)−は、脂質部分に接続され、−P(S)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(S)(SH)−であり、式中、−C(O)−は、脂質部分に接続され、−P(S)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がれる。一部の実施形態では、リンカー、たとえばLLDまたはLは、−C(O)−NH−−(CH−P(S)(SH)−であり、式中、−C(O)−は、脂質部分に接続され、−P(S)(SH)−はオリゴヌクレオチド鎖の3’−O−に繋がれる。当分野の通常の技能を有する当業者に認識されるように、あるpHでは、−P(O)(OH)−、−P(O)(SH)−、−P(S)(SH)−はそれぞれ、−P(O)(O)−、−P(O)(S)−、−P(S)(S)−として存在し得る。一部の実施形態では、脂質部分は、RLDである。
Figure 2019516679
様々な化学およびリンカーを、本開示に従う複合体化に使用することができる。たとえば、脂質、標的化構成要素などは、固相上で、または溶液相中のいずれかで、以下に記載される化学を使用して、リンカーを介してオリゴヌクレオチドに複合体化され、たとえば表4に記載されるもの(WV−2538、WV−2733、WV−2734、WV−2578〜WV−2588、WV−2807、WV−2808、WV−3022〜WV−3027、WV−3029〜WV−3038、WV−3084〜WV−3089、WV−3357〜WV−3366、WV−3517、WV−3520、WV−3543〜WV−3560、WV−3753、WV−3754、WV−3820、WV−3821、WV−3855、WV−3856、WV−3976、WV−3977、WV−3979、WV−3980、WV−4106、WV−4107)など、ある提供されるオリゴヌクレオチドを調製することができる。
Figure 2019516679
脂質と生物活性剤(たとえばオリゴヌクレオチド)のリンカーを使用した複合体化のためのプロトコールの非限定的な例を、たとえば実施例に記載する。
一部の実施形態では、脂質は、生物活性剤と複合体化されない。
生物活性剤
様々な生物活性剤が、本開示に従い、その標的に効率的に送達され得る。一部の実施形態では、生物活性剤は、低分子、ペプチド、タンパク質、CRISPR−Cas系の構成要素、炭水化物、治療剤、化学療法剤、ワクチン、核酸、および脂質からなる群から選択される。一部の実施形態では、核酸は、オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、免疫調節性核酸、アプタマー、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、リボザイム、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、低分子である。一部の実施形態では、生物活性剤は、生物製剤から選択される。一部の実施形態では、生物活性剤は、タンパク質である。一部の実施形態では、生物活性剤は、抗体である。一部の実施形態では、生物活性剤は、ペプチドである。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドと脂質を含有する組成物を提供する。とくにかかる組成物は、その標的位置へのオリゴヌクレオチドの送達に驚くほど効果的であり、一部の実施形態では、標的位置の細胞内にオリゴヌクレオチドを送達する。一部の実施形態では、提供される技術は、筋肉の細胞、組織などへのオリゴヌクレオチドの送達に驚くほど効果的である。当分野の通常の技能を有する当業者に認識されるように、様々な配列、機能などのオリゴヌクレオチドが提供される技術に含まれ、本開示に従い、細胞内を含む標的位置に効果的に、および効率的に送達され得る。
一部の実施形態では、提供される技術を利用して、対象中、たとえば哺乳類対象またはヒト対象中のその標的位置へのオリゴヌクレオチドの送達を効果的に改善することができる。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の細胞内(すなわち、たとえば細胞質、核などの細胞内の位置)へのオリゴヌクレオチドの効率的および/または効果的な送達の予想外の達成を提供する。
一部の実施形態では、提供される技術は、有効量および/または望ましい量のオリゴヌクレオチドがその標的位置への送達されることを可能にし、または促進して、それによりたとえば脂質無しでオリゴヌクレオチドが投与された場合に観察されるレベルと比較して、同等または高いレベルのオリゴヌクレオチドが標的位置に到達する。一部の実施形態では、脂質無しの場合よりも少ない量のオリゴヌクレオチドが脂質とともに投与された場合でさえ、同等または高いレベルのオリゴヌクレオチドが標的位置に到達する。一部の実施形態では、提供される技術は、適切な対照(たとえばオリゴヌクレオチドが脂質無しで同等投与された場合に観察されるレベル)と比較し、分布の改善(すなわち、非標的位置と比較して、標的位置でのオリゴヌクレオチドの相対レベルが上昇する)を可能にする、または促進する。一部の実施形態では、提供される技術は、別の状況では治療用途には不適切であるとみなされるオリゴヌクレオチドを、様々な疾患、障害、および/または状態の治療に対し成功裏に使用されるようにする。
一部の実施形態では、提供される技術は、特定のタイプの細胞および組織へのオリゴヌクレオチドの送達に特に有効であり、特定のタイプの細胞および組織としては、限定されないが、筋細胞および筋組織を含む、肝臓の外側(たとえば肝臓外)の細胞および組織が挙げられる。一部の実施形態では、本開示は、筋細胞および筋組織、たとえば腓腹筋、心臓、大腿四頭筋、三頭筋、および/または横隔膜の筋細胞ならびに筋組織などへのオリゴヌクレオチドの送達に予想外に有効である技術を提供する。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の腓腹筋の細胞内にオリゴヌクレオチドを効率的に送達する。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の心筋の細胞内にオリゴヌクレオチドを効率的に送達する。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の大腿四頭筋の細胞内にオリゴヌクレオチドを効率的に送達する。一部の実施形態では、提供される技術は、対象の横隔膜の細胞内にオリゴヌクレオチドを効率的に送達する。
一部の実施形態では、提供される組成物は、1つ以上の脂質と複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物であり、それは以下を共有する:
1)共通塩基配列;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格リン修飾の共通パターン;
この場合において、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、独立して、および任意で脂質に複合体化される。
一部の実施形態では、提供される組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物であり、それは以下を共有する:
1)共通塩基配列;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格リン修飾の共通パターン;
この場合において、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、独立して、1つ以上の脂質に複合体化される。
一部の実施形態では、提供される組成物は、1つ以上の脂質と複数のオリゴヌクレオチドを含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、それは以下を共有する:
1)共通塩基配列;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格リン修飾の共通パターン;
式中:
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有しているという点でキラル制御されており、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、前もって規定されており;
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが任意で、および独立して1つ以上の脂質に複合体化される。
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドは任意に、および独立して標的構成要素に複合体化されている。
一部の実施形態では、提供される組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、それは以下を共有する:
1)共通塩基配列;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格リン修飾の共通パターン;
式中:
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有しているという点でキラル制御されており、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、前もって規定されており;
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、独立して、1つ以上の脂質に複合体化され;および
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドは任意に、および独立して標的構成要素に複合体化されている。
一部の実施形態では、提供される組成物は、1つ以上の脂質と複数のオリゴヌクレオチドを含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、それは以下を共有する:
1)共通塩基配列;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格リン修飾の共通パターン;
式中:
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有しているという点でキラル制御されており、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、前もって規定されており;
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが任意で、および独立して1つ以上の脂質に複合体化される。
当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドは任意に、および独立して標的構成要素に複合体化されている。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)の転写産物とハイブリダイズする。一部の実施形態では、核酸またはオリゴヌクレオチドまたはその他の生物活性剤は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)のいずれかの変異型のレベルおよび/または活性を低下させることができる。一部の実施形態では、核酸またはオリゴヌクレオチドまたはその他の生物活性剤は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)のいずれかの野生型および/もしくは機能型のレベルならびに/または活性を上昇させることができる。
一部の実施形態では、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合の立体化学が、同一である(キラル制御されている)。一部の実施形態では、2つ以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、3つ以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、4つ以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、5つ以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、6つ以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、7つ以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、8つ以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、9つ以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、10個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、11個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、12個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、13個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、14個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、15個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、16個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、17個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、18個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、19個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、20個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、21個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、22個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、23個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、24個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、25個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、26個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、27個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、28個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、29個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、30個以上のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御されている。一部の実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合がキラル制御され、オリゴヌクレオチドは骨格キラル中心の共通パターンを共有する。
一部の実施形態では、全てではないキラルヌクレオチド間結合がキラル制御され、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合がキラル制御され、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態では、キラルヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、ホスホロチオエートは、RpまたはSpの立体配置で存在してもよい。様々なその他のヌクレオチド間結合がキラルであってもよく、本明細書に記載される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、特許出願公開US20120316224、US20140194610、US20150211006、およびWO2015107425に記載されるオリゴヌクレオチドであり、それら各々のオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物は、参照により本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に記載される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、表4Aに列記される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子中のエクソンのスキップを行うことができる、または介在することができる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子中のエクソン51のスキップを行うことができる、または介在することができる。一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、ジストロフィン遺伝子のエクソン51、45、53、または44をスキップすることができる、またはスキップを介在することができるオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの配列は、WV−887、WV−896、WV−1709、WV−1710、WV−1714、WV−2095、WV−2100、WV−2106、WV−2107、WV−2108、WV−2109、WV−2223、WV−2224、WV−2225、WV−2226、WV−2227、WV−2228、WV−2229、WV−2230、WV−2438、WV−2444、WV−2445、WV−2526、WV−2527、WV−2528、WV−2529、WV−2530、WV−2531、WV−2533、WV−2578、WV−2580、WV−2587、WV−3047、WV−3152、WV−3472、WV−3473、WV−3507、WV−3508、WV−3509、WV−3510、WV−3511、WV−3512、WV−3513、WV−3514、WV−3515、WV−3545、またはWV−3546の配列を含有するか、またはからなる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの構造的要素としては、以下のいずれか1つ以上が挙げられる:塩基配列(長さを含む)、糖および塩基部分への化学修飾のパターン、骨格結合のパターン(たとえば、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、およびそれらの組み合わせのパターン)、骨格キラル中心のパターン(たとえば、キラルヌクレオチド間結合の立体化学(Rp/Sp)のパターン)、および骨格リン修飾のパターン(たとえば、ヌクレオチド間リン原子上の修飾パターン、たとえば式Iの−S、および−L−R)。一部の実施形態では、構造的要素としては、たとえば糖、塩基、および/またはヌクレオチド間結合に繋がれる部分などのような、脂質部分および/または標的化構成要素が挙げられる。一部の実施形態では、構造的要素は、塩基配列である。一部の実施形態では、構造的要素は、化学修飾パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、糖修飾パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、核酸塩基修飾である。一部の実施形態では、構造的要素は、脂質部分パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、標的化構成要素パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、生物活性剤、たとえば提供されるオリゴヌクレオチドと、脂質部分および/または標的化構成要素を繋げるリンカーである。一部の実施形態では、構造的要素は、骨格結合パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、骨格キラル中心パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、骨格リン修飾パターンである。一部の実施形態では、本明細書に列記される任意のオリゴヌクレオチドの任意の構造的要素のオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に記載される任意の組成物および/または方法と組み合わせて使用することができ、限定されないが、本明細書に記載される任意の脂質、本明細書に記載される任意の追加的構成要素、または本明細書に記載される任意のその他の組成物(またはその構成要素)もしくは方法との任意の組み合わせが挙げられる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの構造的要素は、本明細書に記載される任意のオリゴヌクレオチドの1つ以上の構造的要素を含有し、またはからなる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの構造的要素は、表4Aに列記される任意のオリゴヌクレオチドの1つ以上の構造的要素を含有し、またはからなる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子中のエクソンのスキップを行うことができる、または介在することができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子中のエクソン51のスキップを行うことができる、または介在することができる。一部の実施形態では、生物活性剤は、提供されるオリゴヌクレオチドであるか、または含有し、またはからなり、この場合において当該オリゴヌクレオチドの構造的要素は、ジストロフィン遺伝子のエクソン51、45、53、または44のスキップを行うことができる、またはスキップを介在するオリゴヌクレオチドの1つ以上の構造的要素を含有し、またはからなる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの1つ以上の構造的要素は、WV−887、WV−896、WV−1709、WV−1710、WV−1714、WV−2095、WV−2100、WV−2106、WV−2107、WV−2108、WV−2109、WV−2223、WV−2224、WV−2225、WV−2226、WV−2227、WV−2228、WV−2229、WV−2230、WV−2438、WV−2444、WV−2445、WV−2526、WV−2527、WV−2528、WV−2529、WV−2530、WV−2531、WV−2533、WV−2578、WV−2580、WV−2587、WV−3047、WV−3152、WV−3472、WV−3473、WV−3507、WV−3508、WV−3509、WV−3510、WV−3511、WV−3512、WV−3513、WV−3514、WV−3515、WV−3545、またはWV−3546のうちの1つ以上の構造的要素を含有し、またはからなる たとえば一部の実施形態では、構造的要素は、WV−887の塩基配列を含有する、またはからなる塩基配列である。一部の実施形態では、構造的要素は、WV−887の化学修飾パターンを含有する、またはからなる化学修飾パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、WV−887の糖修飾パターンを含有する、またはからなる糖修飾パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、WV−887の核酸塩基修飾を含有する、またはからなる核酸塩基修飾である。一部の実施形態では、構造的要素は、WV−3546の脂質部分パターンを含有する、またはからなる脂質部分パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、WV−3548の標的化構成要素パターンを含有する、またはからなる標的化構成要素パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、WV−3548のリンカーを含有する、またはからなるリンカーである。一部の実施形態では、構造的要素は、WV−887の骨格結合パターンを含有する、またはからなる骨格結合パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、WV−887の骨格キラル中心パターンを含有する、またはからなる骨格キラル中心パターンである。一部の実施形態では、構造的要素は、WV−887の骨格リン修飾パターンを含有する、またはからなる骨格リン修飾パターンである。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2444の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2445の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2526の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2527の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2528の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2530の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2531の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2578の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2580の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2587の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3047の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3152の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3472の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3473の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3507の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3508の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3509の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3510の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3511の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3512の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3513の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3514の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3515の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3545の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3546の1つ以上の構造的要素を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2444の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2445の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2526の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2527の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2528の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2530の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2531の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2578の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2580の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2587の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3047の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3152の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3472の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3473の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3507の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3508の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3509の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3510の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3511の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3512の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3513の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3514の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3515の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3545の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3546の1つ以上の構造的要素からなる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2444の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2445の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2526の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2527の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2528の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2530の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2531の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2578の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2580の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−2587の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3047の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3152の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3472の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3473の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3507の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3508の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3509の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3510の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3511の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3512の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3513の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3514の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチドの構造的要素のうちの1つ以上は、WV−3515の1つ以上の構造的要素を含有するか、またはからなり、当該組成物は脂質をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示は、WV−887、WV−892、WV−896、WV−1714、WV−2444、WV−2445、WV−2526、WV−2527、WV−2528、WV−2530、WV−2531、WV−2578、WV−2580、WV−2587、WV−3047、WV−3152、WV−3472、WV−3473、WV−3507、WV−3508、WV−3509、WV−3510、WV−3511、WV−3512、WV−3513、WV−3514、WV−3515、WV−3545、またはWV−3546のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−887のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−892のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−896のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−1714のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2444のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2445のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2526のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2527のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2528のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2530のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2531のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2578のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2580のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−2587のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3047のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3152のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3472のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3473のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3507のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3508のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3509のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3510のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3511のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3512のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3513のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3514のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3515のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3545のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、WV−3546のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。当分野の当業者には容易に認識されるように、かかるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、所定レベルのWV−887、WV−892、WV−896、WV−1714、WV−2444、WV−2445、WV−2526、WV−2527、WV−2528、WV−2530、WV−2531、WV−2578、WV−2580、WV−2587、WV−3047、WV−3152、WV−3472、WV−3473、WV−3507、WV−3508、WV−3509、WV−3510、WV−3511、WV−3512、WV−3513、WV−3514、WV−3515、WV−3545、またはWV−3546を含有する。
一部の実施形態では、脂質は脂肪酸である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、脂肪酸と複合体化される。一部の実施形態では、脂肪酸は、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個またはそれ以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、10個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、11個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、12個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、13個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、14個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、15個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、16個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、17個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、18個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、19個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、20個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、21個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、22個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、23個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、24個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、25個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、26個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、27個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、28個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、29個以上の炭素原子を含有する。一部の実施形態では、脂肪酸は、30個以上の炭素原子を含有する。
一部の実施形態では、脂質は、ステアリン酸またはツルビナル酸である。一部の実施形態では、脂質は、ステアリン酸である。一部の実施形態では、脂質は、ツルビナル酸である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、35塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、40塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、45塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、50塩基以下の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、55塩基以下の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、60塩基以下の長さである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドに関し、提供される組成物は、当該キラルヌクレオチド間結合の各々の立体化学が制御されていないという点で、かかるオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物である。一部の実施形態では、立体不規則的な組成物は、たとえば各キラルヌクレオチド間結合の立体化学を制御するためのキラル補助基などを介して、格別の試みを伴わずに、オリゴヌクレオチド合成により調製される。一部の実施形態では、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドに関し、提供される組成物は、当該キラルヌクレオチド間結合の少なくとも1つの立体化学が制御されているという点で、かかるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合の各々の立体化学は独立して制御され、提供される組成物は完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合の立体化学が制御され(キラル制御されたヌクレオチド間結合)、一方で1つ以上のキラルヌクレオチド間結合の立体化学が制御されず(立体不規則的/キラル制御されていないヌクレオチド間結合)、および提供される組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、たとえば特許出願公開US20120316224、US20140194610、US20150211006、およびWO2015107425に記載される技術などを使用した、1つ以上、またはすべてのキラルヌクレオチド間結合の立体選択的形成を含むオリゴヌクレオチド合成により調製されることができ、それら各技術は参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、提供される組成物は、特許出願公開US20120316224、US20140194610、US20150211006、およびWO2015107425に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、脂質を含有し、それら各々のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、脂質は、立体化学的に制御されたヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドに複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、共通塩基配列を有し、および1つ以上の修飾糖部分、1つ以上の天然リン酸結合、またはそれらの組み合わせを含有する第一の複数のオリゴヌクレオチドと、脂質を含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、脂質、およびオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド組成物は、共通塩基配列を有し、1つ以上の就職ヌクレオチド間結合を含有し、および1つ以上の修飾糖部分、1つ以上の天然リン酸結合、またはそれらの組み合わせを含有する第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、第一の複数のオリゴヌクレオチドは、ウィング‐コア‐ウィング構造を有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1つ以上の天然リン酸結合と、任意で1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有し、コアは、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、任意で1つ以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1つ以上の天然リン酸結合と、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有し、コアは、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有するが、天然リン酸結合は含有しない。一部の実施形態では、ウィングは、修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエートである。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、本開示に記載される式Iの構造を有する。一部の実施形態では、修飾糖部分は、2’−修飾される。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−Rである。
一部の実施形態では、ウィングは、少なくとも3個の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、少なくとも4個の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、少なくとも5個の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、少なくとも6個の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、2’−F修飾、2’−OMe修飾、または2’−OHのうちのいずれか2つ以上を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも1個の2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個の2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも3個の2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個の2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも4個の2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも1個の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも3個の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも4個の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも1個の2’−F修飾と、少なくとも1個の2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも1個の2’−F修飾と、少なくとも2個の2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個の2’−F修飾と、少なくとも1個の2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個の2’−F修飾と、少なくとも2個の2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、コアおよび/またはウィングの2’−F修飾は、連続している、または非連続である。一部の実施形態では、コアおよび/またはウィングの2’−OMe修飾は、連続している、または非連続である。一部の実施形態では、コアおよび/またはウィングの2’−OHは、連続している、または非連続である。
一部の実施形態では、各ウィングは、少なくとも1個のキラルヌクレオチド間結合と、少なくとも1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィングは、少なくとも1個の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、各ウィングの糖部分は修飾される。一部の実施形態では、ウィングの糖部分は、コア領域には無い修飾により修飾される。一部の実施形態では、ウィング領域のみが、その末端の一方または両方で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィング領域のみが、その5’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィング領域のみが、その3’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィング領域のみが、その5’−末端と3’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの5’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その5’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの5’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その3’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの5’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その5’−末端と3’−末端の両方で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの3’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その5’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの3’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その3’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの3’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その5’−末端と3’−末端の両方で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。
一部の実施形態では、ウィングは、少なくとも4個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、少なくとも5個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、少なくとも6個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも3個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも4個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも5個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも6個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個のホスホジエステルを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも3個のホスホジエステルを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも4個のホスホジエステルを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも5個のホスホジエステルを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも6個のホスホジエステルを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも1個のホスホジエステルと、少なくとも1個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも1個のホスホジエステルと、少なくとも2個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個のホスホジエステルと、少なくとも1個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個のホスホジエステルと、少なくとも2個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個のホスホジエステルと、少なくとも3個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも3個のホスホジエステルと、少なくとも2個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも3個のホスホジエステルと、少なくとも3個のホスホロチオエートを含有する。一部の実施形態では、コア、および/または1つもしくは両方のウィングのホスホジエステルは、任意で連続的、または非連続的である。一部の実施形態では、かかる提供される組成物は、毒性が低い。一部の実施形態では、提供される組成物は、補体活性化が低い。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)の転写産物とハイブリダイズする。一部の実施形態では、核酸またはオリゴヌクレオチドまたはその他の生物活性剤は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)のいずれかの変異型のレベルおよび/または活性を低下させることができる。一部の実施形態では、核酸またはオリゴヌクレオチドまたはその他の生物活性剤は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)のいずれかの野生型および/もしくは機能型のレベルならびに/または活性を上昇させることができる。
一部の実施形態では、提供される組成物は、オリゴヌクレオチドと任意で複合体化される脂質を含有するキラル制御オリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されており、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の糖部分の2’−修飾、1つ以上の天然リン酸結合、および1つ以上のキラルヌクレオチド間結合の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されており、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の糖部分の2’−修飾、1つ以上の天然リン酸結合、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合の組み合わせを含有し、この場合において5’−末端および/または3’−末端のヌクレオチド間結合はキラルである。一部の実施形態では、5’−末端および3’−末端の両方のヌクレオチド間結合は、キラルである。一部の実施形態では、5’−末端および3’−末端の両方のヌクレオチド間結合は、キラルであり、Spである。一部の実施形態では、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されており、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の糖部分の2’−修飾、1つ以上の天然リン酸結合、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合、および(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mの立体化学パターンの組み合わせを含有し、式中、m>2である。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、キラルヌクレオシド間結合は、置換ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、第一の複数のオリゴヌクレオチドは任意で、および独立して脂質と複合体化される。
一部の実施形態では、提供される技術中の提供されるオリゴヌクレオチドは、ウィング領域とコア領域を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィングの構造を有し、当該コア領域は、当該ウィング領域中にはない1つ以上の糖部分および/またはヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィングの構造を有し、当該コア領域は、当該ウィング領域中にはない1つ以上の糖部分およびヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィングの構造を有し、当該コア領域は、当該ウィング領域中にはない1つ以上の糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィングの構造を有し、当該コア領域は、当該ウィング領域中にはない1つ以上のヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コア領域中の各糖部分は、修飾される。糖修飾の例は当分野に広く公知であり、本開示に記載される修飾が挙げられるが、これに限定されない。一部の実施形態では、各ウィング領域は、非修飾の糖部分を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、1つ以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、コアヌクレオシド後の各ヌクレオチド間結合は、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィングは、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアヌクレオシド後の各ヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含有するアルトマーである。一部の実施形態では、ブロックマーまたはアルトマーは、たとえば塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、立体化学などの化学修飾(存在または非存在を含む)により定義づけられる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、異なるヌクレオチド間結合を含有するブロックを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオチド間結合と天然リン酸結合を含有するブロックを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、異なる修飾ヌクレオチド間結合を含有するブロックを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、異なるヌクレオチド間結合を含有する、交互に並ぶブロックを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオチド間結合と天然リン酸結合を含有する、交互に並ぶブロックを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、異なる修飾ヌクレオチド間結合を含有する、交互に並ぶブロックを含有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含有するブロックは、本明細書に記載される骨格キラル中心のパターンを有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含有する各ブロックは、骨格キラル中心の同じパターンを有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含有するブロックは、骨格キラル中心の異なるパターンを有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含有するブロックは、異なる長さおよび/または修飾を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含有するブロックは、同じ長さおよび/または修飾を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含有するブロックは、同じ長さを有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合を含有するブロックは、同じヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−末端(5’−ブロック)で第一のブロック、および3’−末端(3’−ブロック)で第二のブロックを含有し、それら各々は独立して、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックおよび3’−ブロックの各々は独立して、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個またはそれ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、4個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、5個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、6個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、7個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、4個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、5個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、6個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、7個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックおよび3’−ブロックの各々は独立して、少なくとも4個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックおよび3’−ブロックの各々は独立して、少なくとも5個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックおよび3’−ブロックの各々は独立して、少なくとも6個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックおよび3’−ブロックの各々は独立して、少なくとも7個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ブロック内の修飾ヌクレオチド間結合は、連続している。一部の実施形態では、5’−ブロックの各結合は独立して、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、5’−ブロックの各結合は独立して、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、5’−ブロックの各結合は独立して、キラル制御される。一部の実施形態では、5’−ブロックの各結合は、Spである。一部の実施形態では、3’−ブロックの各結合は独立して、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、3’−ブロックの各結合は独立して、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、3’−ブロックの各結合は独立して、キラル制御される。一部の実施形態では、3’−ブロックの各結合は、Spである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖修飾を含有するブロックを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の2’−F修飾を含有するブロック(2’−Fブロック)を1つ以上含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、連続する2’−F修飾を含有するブロックを含有する。一部の実施形態では、ブロックは、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個またはそれ以上の連続する2’−F修飾を含有する 一部の実施形態では、ブロックは、4個以上の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、ブロックは、5個以上の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、ブロックは、6個以上の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、ブロックは、7個以上の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の2’−OR修飾を含有するブロック(2’−ORブロック)を1つ以上含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−Fブロックおよび2’−ORブロックの両方を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶ2’−Fブロックと2’−ORブロックを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−末端で第一の2’−Fブロック、3’−末端で第二の2’−Fブロックを含有し、それら各々は独立して、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個またはそれ以上の連続する2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、それら各々は独立して、4個以上の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、それら各々は独立して、5個以上の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、それら各々は独立して、6個以上の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、それら各々は独立して、7個以上の2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−ブロックを含有し、当該5’−ブロックの各糖部分は、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3’−ブロックを含有し、当該3’−ブロックの各糖部分は、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、かかる提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−の2’−Fブロックと3’−の2’−Fブロックの間に、1個以上の2’‐ORブロック、および任意で1個以上の2’−Fブロックを含有する。一部の実施形態では、かかる提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−の2’−Fブロックと3’−の2’−Fブロックの間に、1個以上の2’‐ORブロック、および1個以上の2’−Fブロックを含有する(たとえば、WV−3407、WV−3408など)。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の2’−F修飾糖部分を含有し、その糖部分の3’ヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラル制御され、およびRpである。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラル制御され、およびSpである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の2’−OR修飾糖部分を含有し、その糖部分の3’ヌクレオチド間結合は、天然リン酸結合である。
一部の実施形態では、ブロックは、立体化学ブロックである。一部の実施形態では、ブロックは、当該ブロックの各ヌクレオチド間結合が、Rpであるという点で、Rpブロックである。一部の実施形態では、5’−ブロックは、Rpブロックである。一部の実施形態では、3’−ブロックは、Rpブロックである。一部の実施形態では、ブロックは、当該ブロックの各ヌクレオチド間結合が、Spであるという点で、Spブロックである。一部の実施形態では、5’−ブロックは、Spブロックである。一部の実施形態では、3’−ブロックは、Spブロックである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RpブロックおよびSpブロックの両方を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のRpブロックを含有するが、Spブロックは含有しない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のSpブロックを含有するが、Rpブロックは含有しない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のPOブロックを含有し、この場合において各ヌクレオチド間結合は、天然リン酸結合である。
一部の実施形態では、5’−ブロックは、Spブロックであり、この場合において各糖部分は、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、Spブロックであり、この場合においてヌクレオチド間結合の各々は、修飾ヌクレオチド間結合であり、各糖部分は、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、Spブロックであり、この場合においてヌクレオチド間結合の各々は、ホスホロチオエート結合であり、各糖部分は、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、4個以上のヌクレオシド単位を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、5個以上のヌクレオシド単位を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、6個以上のヌクレオシド単位を含有する。一部の実施形態では、5’−ブロックは、7個以上のヌクレオシド単位を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、Spブロックであり、この場合において各糖部分は、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、Spブロックであり、この場合においてヌクレオチド間結合の各々は、修飾ヌクレオチド間結合であり、各糖部分は、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、Spブロックであり、この場合においてヌクレオチド間結合の各々は、ホスホロチオエート結合であり、各糖部分は、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、4個以上のヌクレオシド単位を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、5個以上のヌクレオシド単位を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、6個以上のヌクレオシド単位を含有する。一部の実施形態では、3’−ブロックは、7個以上のヌクレオシド単位を含有する。
一部の実施形態では、領域またはオリゴヌクレオチドにおいて、あるタイプのヌクレオシドの後に、特定のタイプのヌクレオチド間結合、たとえば、天然リン酸結合、修飾ヌクレオチド間結合、Rpキラルヌクレオチド間結合、Spキラルヌクレオチド間結合などが続く。一部の実施形態では、Aの後に、Spが続く。一部の実施形態では、Aの後に、Rpが続く。一部の実施形態では、Aの後に、天然リン酸結合(PO)が続く。一部の実施形態では、Uの後に、Spが続く。一部の実施形態では、Uの後に、Rpが続く。一部の実施形態では、Uの後に、天然リン酸結合(PO)が続く。一部の実施形態では、Cの後に、Spが続く。一部の実施形態では、Cの後に、Rpが続く。一部の実施形態では、Cの後に、天然リン酸結合(PO)が続く。一部の実施形態では、Gの後に、Spが続く。一部の実施形態では、Gの後に、Rpが続く。一部の実施形態では、Gの後に、天然リン酸結合(PO)が続く。一部の実施形態では、CおよびUの後に、Spが続く。一部の実施形態では、CおよびUの後に、Rpが続く。一部の実施形態では、CおよびUの後に、天然リン酸結合(PO)が続く。一部の実施形態では、AおよびGの後に、Spが続く。一部の実施形態では、AおよびGの後に、Rpが続く。一部の実施形態では、AおよびGの後に、天然リン酸結合(PO)が続く。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含有し、当該ブロックは、修飾糖部分と非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、修飾糖部分は、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶ2’−OMeの修飾糖部分と非修飾糖部分を含有する。たとえば、WV−1112、WV−1113などを参照のこと。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含有し、当該ブロックは、異なる修飾糖部分および/または非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含有し、当該ブロックは、異なる修飾糖部分および非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含有し、当該ブロックは、異なる修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含有し、当該ブロックは、異なる修飾糖部分を含有し、この場合において当該修飾糖部分は、異なる2’−F修飾を含有する。たとえば一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含有し、当該ブロックはそれぞれ2’−OMeと2’−Fを含有する。たとえば、WV−1712、WV1713、WV−1714などを参照のこと。
一部の実施形態では、領域またはオリゴヌクレオチドにおいて、あるタイプのヌクレオシドは修飾され、任意で、別のタイプのヌクレオシドと比べ異なる修飾で修飾される。一部の実施形態では、領域またはオリゴヌクレオチドにおいて、あるタイプのヌクレオシドは、別のタイプのヌクレオシドと比べ異なる修飾で修飾される。たとえば一部の実施形態では、ピリミジンヌクレオシドは、2’−F修飾を含有し、プリンヌクレオシドは、2’−OMe修飾を含有する。一部の実施形態では、ピリミジンヌクレオシドは、2’−OMe修飾を含有し、プリンヌクレオシドは、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、GとCは、1つのタイプの糖修飾を有し、AとUは、別のタイプの糖修飾を有する。一部の実施形態では、GとCは、2’−OMe修飾を含有し、AとUは、2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、GとCは、2’−F修飾を含有し、AとUは、2’−OMe修飾を含有する。
一部の実施形態では、非修飾糖部分の後のヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、非修飾糖部分の後のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、非修飾糖部分の後の各ヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、非修飾糖部分の後の各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、修飾糖部分の後のヌクレオチド間結合は、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、修飾糖部分の後の各ヌクレオチド間結合は、天然リン酸結合である。
一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m単位、(Np)t(Rp)n(Sp)m単位、または(Sp)t(Rp)n(Sp)m単位の繰り返しを含有する。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Sp)m(Rp)nである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、SpRpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、SpSpRpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、SpRpRpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、RpRpSpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Np)t(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Sp)t(Rp)n(Sp)mである。
一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m単位、(Np)t(Rp)n(Sp)m単位、または(Sp)t(Rp)n(Sp)m単位を含有する。一部の実施形態では、単位は、(Sp)m(Rp)nである。一部の実施形態では、単位は、SpRpである。一部の実施形態では、単位は、SpSpRpである。一部の実施形態では、単位は、SpRpRpである。一部の実施形態では、単位は、RpRpSpである。一部の実施形態では、単位は、(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、単位は、(Sp)m(Rp)nである。一部の実施形態では、単位は、(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、単位は、(Np)t(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、単位は、(Sp)t(Rp)n(Sp)mである。
一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(全てRpまたは全てSp)−(Rp/Sp)を含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)−(全てSp)−(Rp)を含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てRp)−(Sp)を含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)を含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し SpSpRp)−(Rp/Sp)を含有する。
一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(全てRpまたは全てSp)−(Rp/Sp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てSp)−(Sp)である。一部の実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)−(全てSp)−(Rp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てRp)−(Sp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し SpSpRp)−(Rp/Sp)である。
一部の実施形態では、本開示は、低毒性のオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、タンパク質結合プロファイルが改善されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、アルブミンへの結合が改善されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、提供される組成物は、低毒性であり、ある所望されるタンパク質への結合が改善されている。一部の実施形態では、提供される組成物は、低毒性であり、ある所望されるタンパク質への結合が改善されている。一部の実施形態では、同時に提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、同レベルの、もしくはより強化された安定性および/または活性、たとえばより良い標的‐切断パターン、より高い標的‐切断効率、より高い標的特異性などを提供する。
一部の実施形態では、本開示は、脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)転写産物中の標的配列に対し相補的な共通塩基配列を有し、および
2)1個以上の修飾糖部分および修飾ヌクレオチド間結合を含有し、
この場合において、当該脂質は任意で、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、転写スプライシング系において転写産物と接触したときに、組成物の脂質の非存在、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のスプライシングを変化させる点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、参照条件は、組成物中の脂質の非存在である。一部の実施形態では、参照条件は、組成物の非存在である。一部の実施形態では、参照条件は、参照組成物の存在である。参照用の複数のオリゴヌクレオチドを含有する参照組成物の例は、本開示に詳細に記載される。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第一の複数のオリゴヌクレオチドと比べ、異なる構造的要素(化学修飾、立体化学など)を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの立体不規則的調製物である。一部の実施形態では、参照組成物は、立体異性体の混合物であり、一方で提供される組成物は、1つの立体異性体のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第一の複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第一の複数のオリゴヌクレオチドと同じ化学修飾を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第一の複数のオリゴヌクレオチドと同じ糖修飾を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第一の複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基修飾を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第一の複数のオリゴヌクレオチドと同じヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物中の第一の複数のオリゴヌクレオチドと同じ立体化学を有するが、異なる化学修飾、たとえば、塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾などを有する。。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、脂質に複合体化されないという点でのみ異なる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、低毒性である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、安全性プロファイルが改善されている。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、より良いタンパク質結合特性を提供した。
スプライシング系の例は、当分野に広く公知である。一部の実施形態では、スプライシング系は、関連標的転写産物のスプライシングを実施するのに充分な構成要素を含むin vivoまたはin vitroの系である。一部の実施形態では、スプライシング系は、スプライソソーム(たとえば、タンパク質および/またはそのRNA構成要素)であるか、スプライソソームを含有する。一部の実施形態では、スプライシング系は、オルガネラ膜(たとえば、核膜)および/またはオルガネラ(たとえば、核)であるか、またはこれらを含有する。一部の実施形態では、スプライシング系は、細胞またはその集団であるか、またはこれらを含有する。一部の実施形態では、スプライシング系は、組織であるか、または組織を含有する。一部の実施形態では、スプライシング系は、たとえば、マウス、ラット、サル、ヒトなどの哺乳類といった動物などの生物体であるか、または生物体を含有する。
一部の実施形態では、脂質とオリゴヌクレオチドの複合体化は、オリゴヌクレオチドの特性、たとえば活性、毒性などを改善し得る。一部の実施形態では、本開示に示されるように、複合体化は、オリゴヌクレオチドの活性を改善し得る。一部の実施形態では、本開示に示されるように、複合体化は、オリゴヌクレオチドの安定性を改善し得る。一部の実施形態では、本開示に示されるように、複合体化は、標的位置へのオリゴヌクレオチドの送達を改善し得る。一部の実施形態では、本開示に示されるように、複合体化は、細胞内へのオリゴヌクレオチドの送達を改善し得る。一部の実施形態では、本開示に示されるように、複合体化は、対象の細胞内へのオリゴヌクレオチドの送達を改善し得る。一部の実施形態では、本開示に示されるように、複合体化は、オリゴヌクレオチドの活性、安全性、安定性、および/または送達を改善し得る。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)転写産物中の標的配列に対し相補的な共通塩基配列を有し、および
2)1個以上の修飾糖部分および修飾ヌクレオチド間結合を含有し、
当該オリゴヌクレオチド組成物は、転写スプライシング系において転写産物と接触したときに、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のスプライシングを変化させる点で特徴付けられ、
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、特定のオリゴヌクレオチド型の第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該特定のオリゴヌクレオチド型は以下により規定される:
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;および
4)骨格リン修飾のパターン;
この場合において当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化され、当該複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、前もって決定される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、特定のオリゴヌクレオチド型の第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該特定のオリゴヌクレオチド型は以下により規定される:
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;および
4)骨格リン修飾のパターン、
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して富化されているという点でキラル制御されており、
当該オリゴヌクレオチド組成物は、転写スプライシング系において転写産物と接触したときに、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のスプライシングを変化させる点で特徴付けられ;および
この場合において当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化され、当該複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、前もって決定される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上のウィング領域とコア領域を含有し、この場合において:
第一の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を有し;および
各ウィング領域は独立して、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、任意で1つ以上の天然リン酸結合を含有し、コア領域は独立して、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有し;または
各ウィング領域は独立して1つ以上の修飾糖部分を含有し、コア領域は1つ以上の非修飾糖部分を含有し;および
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上のウィング領域とコア領域を含有し、この場合において:
第一の複数のオリゴヌクレオチドは同じ塩基配列を有し;
各ウィング領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、任意で1つ以上の天然リン酸結合を含有し;および
コア領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合含有し;
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上のウィング領域とコア領域を含有し、この場合において:
第一の複数のオリゴヌクレオチドは同じ塩基配列を有し;
各ウィング領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1つ以上の天然リン酸結合を含有し;および
コア領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合含有し;
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、2つのウィング領域とコア領域を含有し、この場合において:
第一の複数のオリゴヌクレオチドは同じ塩基配列を有し;
各ウィング領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1つ以上の天然リン酸結合を含有し;および
コア領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合含有し;
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、2つのウィング領域とコア領域を含有し、この場合において:
第一の複数のオリゴヌクレオチドは同じ塩基配列を有し;
各ウィング領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1つ以上の天然リン酸結合を含有し;
コア領域の5’−末端の方向のウィング領域は、当該ウィング中に少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間結合と、その後に続く天然リン酸結合を含有し;
コア領域の3’−末端の方向のウィング領域は、当該ウィング中に少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間結合と、その前に続く天然リン酸結合を含有し;
コア領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合含有し;
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、ウィング領域とコア領域を含有し、この場合において:
第一の複数のオリゴヌクレオチドは同じ塩基配列を有し;
ウィング領域は、2塩基以上の長さを有し、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1つ以上の天然リン酸結合を含有し;
ウィング領域は、コア領域の5’−末端の方向にあり、その3’−末端で2個のヌクレオシドの間に天然リン酸結合を含み、またはウィング領域は、コア領域の3’−末端の方向にあり、その5’−末端で2個のヌクレオシドの間に天然リン酸結合を含有し;および
コア領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合含有し;
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、2つのウィング領域とコア領域を含有し、この場合において:
第一の複数のオリゴヌクレオチドは同じ塩基配列を有し;
各ウィング領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1つ以上の天然リン酸結合を含有し;
コア領域の5’−末端の方向のウィング領域は、その3’−末端で2個のヌクレオシドの間に天然リン酸結合を含有し;
コア領域の3’−末端の方向のウィング領域は、その5’−末端で2個のヌクレオシドの間に天然リン酸結合を含有し;および
コア領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、独立して1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合含有し;
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上のウィング領域とコア領域を含有し、この場合において:
第一の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を有し;および
各ウィング領域は独立して、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、任意で1つ以上の天然リン酸結合を含有し、コア領域は独立して、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有し;および
各ウィング領域は独立して1つ以上の修飾糖部分を含有し、コア領域は1つ以上の非修飾糖部分を含有し;および
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上のウィング領域とコア領域を含有し、この場合において:
第一の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を有し;および
各ウィング領域は独立して、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1つ以上の天然リン酸結合を含有し、コア領域は独立して、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有し;および
各ウィング領域は独立して1つ以上の修飾糖部分を含有し、コア領域は1つ以上の非修飾糖部分を含有し;および
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドは、
1)共通塩基配列を有し;および
2)1つ以上のウィング領域とコア領域を含有し;
式中:
各ウィング領域は、少なくとも1つの修飾糖部分を含有し;および
各コア領域は、少なくとも1つの非修飾糖部分を含有し;および
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、1つ以上の脂質と、以下を有することにより規定されるオリゴヌクレオチドを含有する:
1)共通の塩基配列および長さ;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格キラル中心の共通パターンであって、当該組成物は、組成物中の所定レベルのオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり;および
この場合において、当該脂質は任意で、規定のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上と複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、1つ以上の脂質と、以下により特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含有する:
1)共通の塩基配列および長さ;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格キラル中心の共通パターン;
当該組成物は、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列と長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して、富化されているという点でキラル制御されており;および
この場合において、当該脂質は任意で、オリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、1つ以上の脂質と、以下により特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含有する:
1)共通の塩基配列および長さ;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格キラル中心の共通パターンであって、当該組成物は、組成物中の少なくとも約10%のオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり;および
この場合において当該脂質は任意で、および独立して、当該オリゴヌクレオチ型の1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と、所定レベルのオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供するものであり、当該オリゴヌクレオチドは、1つ以上のウィング領域と共通コア領域を含有し、この場合において:
各ウィング領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、ならびに独立して、および任意で1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有し;
コア領域は独立して、2塩基以上の長さを有し、および独立して1つ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有し、および共通コア領域は、以下を有する:
1)共通の塩基配列および長さ;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格キラル中心の共通パターン;ならびに
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該オリゴヌクレオチドのうちの1つ以上と複合体化される。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK:dystrophia myotonica protein kinase)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)の転写産物とハイブリダイズする。
一部の実施形態では、提供される組成物中の所定のオリゴヌクレオチド(たとえば、複数のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチド、配列、骨格結合および/または骨格キラル中心により規定されるオリゴヌクレオチド)のレベルは、前もって決定される。一部の実施形態では、所定のオリゴヌクレオチドのレベルは、組成物内のそれらの絶対量または相対量(たとえば比率、割合など)が制御されるという点で、前もって決定される。
ウィングとコアは、任意の構造的要素により規定されてもよい。一部の実施形態では、ウィングとコアは、ヌクレオシド修飾により規定され、この場合においてウィングは、コア領域が有さないヌクレオシド修飾を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア構造のヌクレオシド修飾を有する。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、コア−ウィング構造のヌクレオシド修飾を有する。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィング構造のヌクレオシド修飾を有する。一部の実施形態では、ウィングおよびコアは、糖部分の修飾により規定される。一部の実施形態では、ウィングおよびコアは、塩基部分の修飾により規定される。一部の実施形態では、ウィング領域中の各糖部分は、コア領域中には存在しない、同じ2’−修飾を有する。一部の実施形態では、ウィング領域中の各糖部分は、コア領域中のいずれの糖修飾とも異なる、同じ2’−修飾を有する。一部の実施形態では、ウィング領域中の各糖部分は、同じ2’−修飾を有し、コア領域は、2’−修飾を有さない。一部の実施形態では、2つ以上のウィングが存在する場合、ウィング領域中の各糖部分は、同じ2’−修飾を有するが、第一のウィング領域中の共通2’−修飾は、第二のウィング領域中の共通2’−修飾と同じであっても、異なっていてもいずれでもよい。一部の実施形態では、ウィングとコアは、骨格ヌクレオチド間結合により規定される。一部の実施形態では、ウィングは、コアには存在しない、ある型のヌクレオチド間結合、および/またはヌクレオチド間結合のパターンを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、修飾ヌクレオチド間結合と、天然リン酸結合の両方を含有する。一部の実施形態では、コア領域の5’−末端の方向のウィングの5’−末端のヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域の3’−末端の方向のウィングの3’−末端のヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、各ウィングは、少なくとも1個のキラルヌクレオチド間結合と、少なくとも1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィングは、少なくとも1個の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、各ウィングの糖部分は修飾される。一部の実施形態では、ウィングの糖部分は、コア領域には無い修飾により修飾される。一部の実施形態では、ウィング領域のみが、その末端の一方または両方で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィング領域のみが、その5’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィング領域のみが、その3’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィング領域のみが、その5’−末端と3’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの5’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その5’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの5’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その3’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの5’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その5’−末端と3’−末端の両方で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの3’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その5’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの3’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その3’−末端で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。一部の実施形態では、ウィングは、コアの3’−末端の方向にあり、当該ウィングのみが、その5’−末端と3’−末端の両方で、修飾ヌクレオチド間結合を有する。
一部の実施形態では、コア領域内の各ヌクレオチド間結合は、修飾される。一部の実施形態では、コア領域内の各ヌクレオチド間結合は、キラルである。一部の実施形態では、コア領域は、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mの骨格キラル中心のパターンを含有する。一部の実施形態では、コア領域の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、コア領域は、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mの骨格キラル中心のパターンを含有し、式中、m>2である。一部の実施形態では、コア領域の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mであり、式中、m>2である。特に一部の実施形態では、かかるパターンは、標的配列、たとえばRNA配列の制御切断を提供または強化することができる。
一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、提供される組成物は、当該組成物が、所定レベルの個々のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含有するという点でキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、この場合においてオリゴヌクレオチド型は以下により定義される:
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;および
4)骨格リン修飾のパターン。
上述され、当分野に置いて理解されるように、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、当該オリゴヌクレオチド中のヌクレオシド残基の同一性および/または修飾の状態(たとえば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、およびウラシルなどの標準的な天然ヌクレオチドと比較した、糖および/または塩基の構成要素の状態)を指すことができ、および/またはかかる残基のハイブリダイゼーション特性(すなわち、特定の相補的残基とハイブリダイズする能力)を指すことができる。
一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、以下により定義され得る:
1A) 塩基同一性;
1B) 塩基修飾のパターン;
1C) 糖修飾のパターン;
2) 骨格結合のパターン;
3) 骨格キラル中心のパターン;および
4) 骨格リン修飾のパターン。
従って一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同一の塩基を共有し得るが、塩基修飾および/または糖修飾のそれらのパターンにおいて異なっている。一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同一の塩基および塩基修飾のパターン(たとえば塩基修飾の不在を含む)を共有し得るが、糖修飾のパターンにおいて異なっていてもよい。一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同じ塩基配列(長さを含む)、糖および塩基部分への同じ化学修飾パターン、同じ骨格結合パターン(たとえば、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、およびそれらの組み合わせのパターン)、同じ骨格キラル中心パターン(たとえば、キラルヌクレオチド間結合の立体化学(Rp/Sp)パターン)、および同じ骨格リン修飾パターン(たとえば、ヌクレオチド間リン原子上の修飾パターン、たとえば式Iの−S、および−L−R)を有するという点で化学的に同一である。
一部の実施形態では、本開示は、複数の(たとえば、5個、6個、7個、8個、9個または10個超)のヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチド、特に複数の(たとえば、5個、6個、7個、8個、9個または10個超)のキラルヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチドのキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を提供するものである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体不規則的調製物またはラセミ調製物において、少なくとも1つのキラルヌクレオチド間結合は、90:10、95:5、96:4、97:3、または98:2未満のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、90:10、95:5、96:4、97:3、または98:2超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、95:5超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、96:4超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、97:3超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、98:2超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの立体選択的調製物またはキラル制御調製物に関し、各キラルヌクレオチド間結合は、99:1超のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド中のキラルヌクレオチド間結合のジアステレオ選択性は、たとえば、本質的に同じ、または同等の条件下での二量体形成などのモデル反応を介して測定することができ、この場合において当該二量体は、キラルヌクレオチド間結合と同じヌクレオチド間結合を有し、当該二量体の5’−ヌクレオシドは、キラルヌクレオチド間結合の5’−末端の方向のヌクレオシドと同じであり、および当該二量体の3’−ヌクレオシドは、キラルヌクレオチド間結合の3’−末端の方向のヌクレオシドと同じである。
本明細書に記載される場合、提供される組成物および方法は、転写産物のスプライシングを変えることができる。一部の実施形態では、提供される組成物および方法は、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件と比較し、転写産物のスプライシングパターンを改善する。改善は、任意の所望される生物学的機能の改善であってもよい。一部の実施形態では、たとえばDNDにおいて、改善は、mRNAの生成であり、そのmRNAから生物学的活性が改善されたジストロフィンが生成される。一部のその他の実施形態では、たとえば、改善は、STAT3、HNRNPH1および/またはKDRを下方制御し、強制スプライシング誘導型ナンセンス変異依存分解機構(DSD−NMD:forced splicing−induced nonsense−mediated decay)を介して腫瘍の進行、悪性度、および血管新生を軽減する。
一部の実施形態では、本開示は、提供される組成物を投与することを含む、系中の標的核酸のレベルを調節する方法を提供する。一部の実施形態では、系は、in vitro系である。一部の実施形態では、系は、細胞である。一部の実施形態では、系は、組織である。一部の実施形態では、系は、臓器である。一部の実施形態では、系は、対象である。一部の実施形態では、標的核酸は、ゲノムDNAである。一部の実施形態では、標的核酸は、転写産物である。一部の実施形態では、標的核酸は、一次転写産物である。一部の実施形態では、標的核酸は、プロセッシング済みの転写産物である。一部の実施形態では、標的核酸は、スプライシング済みの転写産物である。一部の実施形態では、標的核酸は、RNAである。一部の実施形態では、標的核酸は、mRNAである。一部の実施形態では、標的核酸は、mRNA前駆体(pre−mRNA)である。一部の実施形態では、1つ以上の脂質を含有する本開示技術は、たとえば脂質無しの場合などと比較し、標的位置へのより優れた送達、より優れた安全性、より優れた活性、より優れた安定性、および/またはより優れた全体的効果を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、標的転写産物のスプライシングを変える方法を提供し、当該方法は、1つ以上の脂質を含有する提供される組成物を投与することを含み、この場合において標的転写産物のスプライシングは、脂質の非存在、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件と比較し、変化する。
一部の実施形態では、本開示は、標的転写産物からスプライシング産物のセットを生成する方法を提供するものであり、当該方法は、以下の工程を含む:
脂質の非存在、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で生成されたセットとは異なるスプライシング産物のセットが生成されるために充分な条件下で、1個以上の脂質と第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する提供されるオリゴヌクレオチド組成物と、標的転写産物を含有するスプライシング系を、ある期間、ある量で接触させる工程。
当分野で広く知られるように、多くの疾患および/または状態が、転写産物のスプライシングと関連している。たとえば、Garcia−Blanco,et al.,Alternative splicing in disease and therapy,Nat.Biotechnol.2004 May;22(5):535−46;Wang,et al.,Splicing in disease:disruption of the splicing code and the decoding machinery,Nat.Rev.Genet.2007 Oct;8(10):749−61;Havens,et al.,Targeting RNA splicing for disease therapy,Wiley Interdiscip.Rev.RNA.2013 May−Jun;4(3):247−66を参照のこと。一部の実施形態では、本開示は、疾患を治療および予防するための組成物ならびに方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、疾患を治療または予防するための方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、疾患を治療または予防するための方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む、疾患を治療または予防するための方法を提供するものであり、
当該オリゴヌクレオチド組成物は、転写スプライシング系において転写産物と接触したときに、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のスプライシングを変化させる点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、疾患は、提供される組成物が投与された後、1つ以上のスプライシング転写産物が修復、回復、または新たな有益な機能を導入する疾患である。たとえばDMDにおいて、1つ以上のエクソンのスキップ後、短縮されるが、(部分的には)活性型になることで、ジストロフィンの機能は回復し、または部分的に回復し得る。一部の実施形態では、疾患は、提供される組成物が投与された後、1つ以上のスプライシング転写産物が修復され、遺伝子転写産物のスプライシングの変化により当該遺伝子が効果的にノックダウンされる疾患である。
一部の実施形態では、疾患は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーである。一部の実施形態では、疾患は、脊髄性筋萎縮症(SMA:spinal muscular atrophy)である。一部の実施形態では、疾患は、癌である。
概して、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド組成物の特性は、任意の適切なアッセイを使用して評価されることができる。異なる組成物に対する(たとえば、立体制御組成物と非立体制御組成物および/または異なる立体制御組成物など)、相対毒性および/またはタンパク質結合特性および/または活性および/または送達は、典型的には同じアッセイで決定されることが望ましい。一部の実施形態では、実質的に同時に、および一部の実施形態では、ヒストリカルな結果と関連付けることが望ましい。
当分野の当業者であれば、特定のオリゴヌクレオチド組成物に対して適切なアッセイを認識し、および/または開発することは容易に可能であろう。本開示は、たとえばオリゴヌクレオチド組成物の振る舞い、たとえば補体活性化、注入部位の炎症、タンパク質結合などのうちの1つ以上の特性の評価に有用であり得るある特定のアッセイに関する解説を提供する。
たとえば、オリゴヌクレオチド組成物の毒性および/またはタンパク質結合特性および/または活性および/または送達の評価に有用であり得るあるアッセイとしては、本明細書に記載され、および/または例示される任意のアッセイが挙げられる。
一部の実施形態では、本開示は、1つ以上の脂質と複合体化されたオリゴヌクレオチドと、たとえば制御された化学修飾および/または制御された骨格立体化学パターンなどの制御された構造的要素を含有するオリゴヌクレオチドが、限定されないが、本明細書に記載される特性を含む、予想外の特性を提供することを示す。一部の実施形態では、提供される組成物は、たとえばスプライシング変化機能の改善、毒性低下、もしくはタンパク質結合プロファイルの改善および/または送達の改善など、改善された特性を有する。特に一部の実施形態では、本開示は、標的位置への送達の改善のための組成物および方法を提供する。さらに一部の実施形態では、本開示は、転写産物のスプライシングを変化させるための組成物および方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、転写産物のスプライシングを改善させるための組成物および方法を提供する。一部の実施形態では、提供される組成物及び方法により変化した転写産物のスプライシングは、望ましいおよび/もしくは改善された生物学的機能を有する産物の精製、ならびに/またはたとえば、望ましくない生物学的機能が抑制または除去されるようなスプライシング産物の改変による望ましくない産物のノックダウンを含む。
一部の実施形態では、転写産物は、mRNA前駆体である。一部の実施形態では、スプライシング産物は、成熟RNAである。一部の実施形態では、スプライシング産物は、mRNAである。一部の実施形態では、変化は、1つ以上のエクソンのスキップを含有する。一部の実施形態では、転写産物のスプライシングは、エクソンスキップが無い場合と比較して、改善された有益活性を有するmRNAおよびタンパク質のレベルをエクソンスキップが上昇させるという点で改善される。一部の実施形態では、フレームシフトの原因となるエクソンがスキップされる。一部の実施形態では、望ましくない変異を含有するエクソンがスキップされる。一部の実施形態では、未成熟な終結コドンを含有するエクソンがスキップされる。望ましくない変異は、タンパク質配列に変化をもたらす変異であってもよい。望ましくない変異は、サイレントな変異であってもよい。一部の実施形態では、望ましくないSNPを含有するエクソンがスキップされる。
一部の実施形態では、転写産物のスプライシングは、エクソンスキップが無い場合と比較して、望ましくない活性を有するmRNAおよびタンパク質のレベルをエクソンスキップが低下させるという点で改善される。一部の実施形態では、標的は、エクソンスキップを介してノックダウンされ、1つ以上のエクソンをスキップすることによって未成熟な終結コドンおよび/またはフレームシフト変異がもたらされる。
リーディングフレームの修正は、欠失に隣接する1つまたは2つのエクソンをスキップすることにより、ナンセンス変異を含有するフレーム内エクソンをスキップすることにより、または重複エクソンをスキップすることにより、実施される。
一部の実施形態では、本開示は、たとえばエクソンスキップなどによりスプライシングを変化させることにより、たとえばCAGリピート(たとえば、Evers,et al.,Targeting several CAG expansion diseases by a single antisense oligonucleotide,PLoS One.2011;6(9):e24308.doi:10.1371/journal.pone.0024308;Mulders,et al.,Triplet−repeat oligonucleotide−mediated reversal of RNA toxicity in myotonic dystrophy,Proc Natl Acad Sci U S A.2009 Aug 18;106(33):13915−20、などを参照のこと)などのある望ましくないリピートを減少させる組成物および方法を提供する。一部の実施形態では、標的例としては、限定されないが、以下が挙げられる。HTT (Huntingtin:ハンチンチン)、ATXN3(Ataxin3:アタキシン3)、DMPK(dystrophia myotonica protein kinase:ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ)、CNBP(Cellular Nucleic Acid Binding Protein:細胞性核酸結合タンパク質)、AR(Androgen Receptor:アンドロゲン受容体)、FOX01(forkhead box protein 01:フォークヘッドボックスタンパク質01)、PCSK9(proprotein convertase subtilisin/kexin type 9:前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型)、TTR(transthyretin:トランスサイレチン)、AAT(alpha−1 antitrypsin:アルファ‐1型抗トリプシン)、TMPRSS6(transmembrane protease、serine 6:膜貫通型プロテアーゼ、セリン6)、ALAS1(aminolevulinate synthase 1:アミノレブリン酸シンターゼ1)、ATIII (antithrombin 3:抗トロンビン3)、FVII(factor VII:第VII因子)、HAMP(hepcidin antimicrobial peptide:ヘプシジン抗菌ペプチド)、FXI(factor XI:第XI因子)、FXII(factor XII:第XII因子)、およびPD−L1(programmed death−ligand 1:プログラム化死‐リガンド1)、APOC3(Apolipoprotein C−III:アポリポプロテインC−III)、PNPLA3(patatin like phospholipase domain containing 3:パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有3)、およびC9orf72。一部の実施形態では、標的としては、HTT、ATXN3、DMPK、CNBP、AR、C9ORF72(家族性前頭側頭型認知症および筋萎縮性側索硬化症の標的)および以下に列挙するものが挙げられるが、これらに限定されない:
Figure 2019516679
Figure 2019516679
一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチド、たとえば第一の複数のオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、および/またはヌクレオチド間結合修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾と糖修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾とヌクレオチド間結合修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖修飾とヌクレオチド間結合修飾を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物は、塩基修飾、糖修飾、およびヌクレオチド間結合修飾を含有する。たとえば塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾などの化学修飾の例は、当分野に広く公知であり、本開示に記載される修飾が挙げられるが、これに限定されない。一部の実施形態では、修飾塩基は、置換されたA、T、C、GまたはUである。一部の実施形態では、糖修飾は、2’−修飾である。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−Rである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−F修飾である。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−ORである。一部の実施形態において、2’−修飾は、2’−ORであり、式中、Rは任意で置換アルキルである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−OMeである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−MOEである。一部の実施形態では、修飾糖部分は、架橋された二環または多環の環である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、5〜20個の環原子を有する架橋された二環または多環の環であり、式中、1個以上の還原子が任意で、および独立してヘテロ原子である。環構造の例は当分野に広く公知であり、たとえばBNA、LNAなどに見出されるものがある。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の糖修飾型を含有してもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−F修飾と2’−OR修飾の両方を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−F修飾と2’−OMe修飾の両方を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−F修飾と2’−OMe修飾の両方、ならびにホスホロチオエート結合と天然リン酸結合の両方を含有する。一部の実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合、たとえば、ホスホロチオエート結合はキラル制御される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合と1つ以上の天然リン酸結合の両方を含有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合と天然リン酸結合の両方を含有するオリゴヌクレオチドと、その組成物は、たとえば活性および毒性などの改善された特性を提供する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、置換ホスホロチオエート結合である。
特に本開示は、立体不規則的オリゴヌクレオチド調製物が、たとえばオリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造において、互いに異なる複数の別個の化学的実体を含有するという認識を包含する。骨格キラル中心の立体化学の制御が伴わない場合、立体不規則的なオリゴヌクレオチド調製物は、未確定レベルのオリゴヌクレオチド立体異性体を含有する、非制御の組成物を提供する。これらの立体異性体は同じ塩基配列を有し得るが、これらの立体異性体は、少なくともそれらの異なる骨格立体化学に起因する異なる化学実体であり、本明細書に示されるように、異なる特性、例えば、活性、毒性などを有し得る。特に本開示は、対象のオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体であるか、またはそれを含む、新たな組成物を提供する。一部の実施形態では、特定の立体異性体は、たとえばその塩基配列、長さ、骨格結合パターン、および骨格キラル中心パターンにより規定されてもよい。当分野に置いて理解されるように、一部の実施形態では、塩基配列は、オリゴヌクレオチド中のヌクレオシド残基の同一性および/または修飾の状態(たとえば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、およびウラシルなどの標準的な天然ヌクレオチドと比較した、糖および/または塩基の構成要素の状態)を指すことができ、および/またはかかる残基のハイブリダイゼーション特性(すなわち、特定の相補的残基とハイブリダイズする能力)を指すことができる。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、糖修飾、たとえばウィング領域で2’−修飾を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、糖修飾を持たない中間の領域、たとえばコア領域を含有する。一部の実施形態では、本開示は、化学的に同一である個々のオリゴヌクレオチド型の所定レベルのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供するものであり、たとえばそれらは、同じ塩基配列、同じパターンのヌクレオシド修飾(存在する場合、糖部分および塩基部分への修飾)、同じパターンの骨格キラル中心、および同じパターンの骨格リン修飾を有する。本開示は特に、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体が、互いに異なる安定性および/または活性(たとえば、機能特性および/または毒性)を示し得ることを示す。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド内に特定のキラル構造を含めることおよび/または配置することによって達成される適切な改良は、特定の骨格結合、残基修飾などを使用することによって (たとえば、あるタイプの修飾リン酸塩[たとえば、ホスホロチオエート、置換ホスホロチオエートなど]、糖修飾[たとえば、2’−修飾など]、および/または塩基修飾[たとえば、メチル化など]の使用することによって)、達成されるものと同等か、またはより優れている場合がある。特に、本開示は、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの1個以上のその他の特性(たとえば結合パターン、ヌクレオシド修飾パターンなど)の調節/最適化と任意で組み合わせて、骨格キラル中心のパターンを最適化することによって、オリゴヌクレオチドの特性(たとえば活性、毒性など)を調節することができることを認識している。本開示のさまざまな例によって例示されるように、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、たとえば毒性の低下、タンパク質結合プロファイルの改善、送達の改善などの改善された特性を示し得る。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの特性は、立体化学(骨格キラル中心のパターン)および化学修飾(塩基、糖および/またはヌクレオチド間結合の修飾)を最適化することによって調節することができる。特に本開示は、立体化学が、化学修飾を含むオリゴヌクレオチドの特性をさらに改良することができることを示す。一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物を提供するものであり、この場合においてオリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド修飾、キラルヌクレオチド間結合および天然リン酸結合を含有する。たとえば、WV−1092(mG*SmGmCmAmC*SA*SA*SG*SG*SG*SC*SA*SC*RA*SG*SmAmCmUmU*SmC)は、その5’−ウィング領域および3’−ウィング領域に、2’−OMe修飾、リン酸結合およびホスホロチオエート結合を含有し、そのコア領域にホスホロチオエート結合を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、予想外にオリゴヌクレオチドの特性を大きく改善したオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、驚くべき低毒性を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、タンパク質結合プロファイルの驚くべき改善を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、送達の驚くべき強化を提供する。一部の実施形態では、ある特性の改善、たとえば毒性の低下、タンパク質結合プロファイルの改善、および/または送達の強化などは、たとえば活性、特異性などの他の特性を犠牲にすることなく達成される。一部の実施形態では、提供される組成物は、毒性の低下、タンパク質結合プロファイルの改善、および/または送達の強化、なrばいに活性、安定性、および/または特異性の改善(たとえば標的特異性、切断部位特異性など)を提供する。改善された活性の例(たとえば、切断速度の強化、標的特異性、切断部位特異性の増加など)としては、限定されないが、WO/2014/012081およびWO/2015/107425に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、安定性の上昇を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、活性の驚くべき上昇を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、安定性および活性の上昇を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、驚くほど低い毒性を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、驚くほど低い免疫反応を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、驚くほど低い補体活性化を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、代替経路を介した、驚くほど低い補体活性化を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、タンパク質結合プロファイルの驚くべき改善を提供する。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、あるタンパク質への結合を驚くほど増加させる。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、驚くほど強化された送達を提供する。
一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有するか、またはこれらである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有し、またはこれらであり、式中、m>2である。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、もしくは(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有し、またはこれらであり、式中、nは1であり、t>1であり、およびm>2である。一部の実施形態では、m>3である。一部の実施形態では、m>4である。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、1つ以上のアキラルな天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、たとえばヌクレオシドおよびヌクレオチド間結合の修飾などの化学修飾は、特性の強化をもたらし得ると認識する。一部の実施形態では、本開示は、化学修飾および立体化学の組み合わせが、予想外の大幅に改善された特性(たとえば生物活性、選択性など)をもたらし得ることを示す。一部の実施形態では、糖、塩基、および/またはヌクレオチド間結合の修飾などの化学修飾は、立体化学パターン、たとえば(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mと組み合わされて、特性が驚くほど強化されたオリゴヌクレオチドおよびその組成物を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されており、ならびに1つ以上の糖部分の2’−修飾、1つ以上の天然リン酸結合、1つ以上のホスホロチオエート結合、および(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mの立体化学パターンの組み合わせを含有し、式中、m>2である。一部の実施形態では、nは1であり、t>1、およびm>2である。一部の実施形態では、m>3である。一部の実施形態では、m>4である。
一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)m、(Sp)t(Rp)n、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有するか、またはこれらである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)mを含有するか、またはこれである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t(Rp)nを含有するか、またはこれである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Np)t(Rp)n(Sp)mを含有するか、またはこれである。一部の実施形態では、骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有するか、またはこれである。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、1よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、2よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、2よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、3よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、4よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、5よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、6よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、7よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、8よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、9よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、10よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、11よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、12よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、13よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、14よりも大きい。一部の実施形態では、tおよびmの各々は、独立して、15よりも大きい。一部の実施形態では、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20よりも大きい。一部の実施形態では、tは、1よりも大きい。一部の実施形態では、tは、2よりも大きい。一部の実施形態では、tは、2よりも大きい。一部の実施形態では、tは、3よりも大きい。一部の実施形態では、tは、4よりも大きい。一部の実施形態では、tは、5よりも大きい。一部の実施形態では、tは、6よりも大きい。一部の実施形態では、tは、7よりも大きい。一部の実施形態では、tは、8よりも大きい。一部の実施形態では、tは、9よりも大きい。一部の実施形態では、tは、10よりも大きい。一部の実施形態では、tは、11よりも大きい。一部の実施形態では、tは、12よりも大きい。一部の実施形態では、tは、13よりも大きい。一部の実施形態では、tは、14よりも大きい。一部の実施形態では、tは、15よりも大きい。一部の実施形態では、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20である。一部の実施形態では、tは、1である。一部の実施形態では、tは、2である。一部の実施形態では、tは、2である。一部の実施形態では、tは、3である。一部の実施形態では、tは、4である。一部の実施形態では、tは、5である。一部の実施形態では、tは、6である。一部の実施形態では、tは、7である。一部の実施形態では、tは、8である。一部の実施形態では、tは、9である。一部の実施形態では、tは、10である。一部の実施形態では、tは、11である。一部の実施形態では、tは、12である。一部の実施形態では、tは、13である。一部の実施形態では、tは、14である。一部の実施形態では、tは、15である。一部の実施形態では、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20よりも大きい。一部の実施形態では、mは、1よりも大きい。一部の実施形態では、mは、2よりも大きい。一部の実施形態では、mは、2よりも大きい。一部の実施形態では、mは、3よりも大きい。一部の実施形態では、mは、4よりも大きい。一部の実施形態では、mは、5よりも大きい。一部の実施形態では、mは、6よりも大きい。一部の実施形態では、mは、7よりも大きい。一部の実施形態では、mは、8よりも大きい。一部の実施形態では、mは、9よりも大きい。一部の実施形態では、mは、10よりも大きい。一部の実施形態では、mは、11よりも大きい。一部の実施形態では、mは、12よりも大きい。一部の実施形態では、mは、13よりも大きい。一部の実施形態では、mは、14よりも大きい。一部の実施形態では、mは、15よりも大きい。一部の実施形態では、mは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20である。一部の実施形態では、mは、1である。一部の実施形態では、mは、2である。一部の実施形態では、mは、2である。一部の実施形態では、mは、3である。一部の実施形態では、mは、4である。一部の実施形態では、mは、5である。一部の実施形態では、mは、6である。一部の実施形態では、mは、7である。一部の実施形態では、mは、8である。一部の実施形態では、mは、9である。一部の実施形態では、mは、10である。一部の実施形態では、mは、11である。一部の実施形態では、mは、12である。一部の実施形態では、mは、13である。一部の実施形態では、mは、14である。一部の実施形態では、mは、15である。一部の実施形態では、t=mである。一部の実施形態では、nは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20よりも大きい。一部の実施形態では、nは、1よりも大きい。一部の実施形態では、nは、2よりも大きい。一部の実施形態では、nは、2よりも大きい。一部の実施形態では、nは、3よりも大きい。一部の実施形態では、nは、4よりも大きい。一部の実施形態では、nは、5よりも大きい。一部の実施形態では、nは、6よりも大きい。一部の実施形態では、nは、7よりも大きい。一部の実施形態では、nは、8よりも大きい。一部の実施形態では、nは、9よりも大きい。一部の実施形態では、nは、10よりも大きい。一部の実施形態では、nは、11よりも大きい。一部の実施形態では、nは、12よりも大きい。一部の実施形態では、nは、13よりも大きい。一部の実施形態では、nは、14よりも大きい。一部の実施形態では、nは、15よりも大きい。一部の実施形態では、nは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20である。一部の実施形態では、nは、1である。一部の実施形態では、nは、2である。一部の実施形態では、nは、2である。一部の実施形態では、nは、3である。一部の実施形態では、nは、4である。一部の実施形態では、nは、5である。一部の実施形態では、nは、6である。一部の実施形態では、nは、7である。一部の実施形態では、nは、8である。一部の実施形態では、nは、9である。一部の実施形態では、nは、10である。一部の実施形態では、nは、11である。一部の実施形態では、nは、12である。一部の実施形態では、nは、13である。一部の実施形態では、nは、14である。一部の実施形態では、nは、15である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の修飾糖部分を含有する。
提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な数のキラルヌクレオチド間結合を含有してもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラルヌクレオチド間結合を含有しない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な数のアキラルなヌクレオチド間結合を含有してもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アキラルなヌクレオチド間結合を含有しない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上のアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の5%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の10%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の15%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の20%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の25%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の30%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の35%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の40%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の45%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の50%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の55%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の60%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の65%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の70%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の75%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の80%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の85%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の90%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の95%以上が、修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの各糖部分が、修飾される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、11個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、12個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、13個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、14個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、16個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、17個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、18個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、19個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、21個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、22個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、23個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、24個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、35個以上の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、11個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、12個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、13個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、14個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、16個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、17個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、18個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、19個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、21個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、22個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、23個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、24個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、35個の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、11個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、12個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、13個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、14個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、16個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、17個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、18個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、19個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、21個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、22個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、23個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、24個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、35個以上の連続的な2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、11個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、12個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、13個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、14個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、16個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、17個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、18個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、19個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、21個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、22個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、23個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、24個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、35個の連続的な2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、2’−修飾を含有するヌクレオシドの後に、修飾ヌクレオチド間結合が続く。一部の実施形態では、2’−修飾を含有するヌクレオシドの前に、修飾ヌクレオチド間結合がある。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、2’−修飾を含有するヌクレオシドの後に、Spキラルヌクレオチド間結合が続く。一部の実施形態では、2’−Fを含有するヌクレオシドの後に、Spキラルヌクレオチド間結合が続く。一部の実施形態では、2’−修飾を含有するヌクレオシドの前に、Spキラルヌクレオチド間結合がある。一部の実施形態では、2’−Fを含有するヌクレオシドの前に、Spキラルヌクレオチド間結合がある。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、2’−修飾を含有するヌクレオシドの後に、Rpキラルヌクレオチド間結合が続く。一部の実施形態では、2’−Fを含有するヌクレオシドの後に、Rpキラルヌクレオチド間結合が続く。一部の実施形態では、2’−修飾を含有するヌクレオシドの前に、Rpキラルヌクレオチド間結合がある。一部の実施形態では、2’−Fを含有するヌクレオシドの前に、Rpキラルヌクレオチド間結合がある。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の天然リン酸結合と、1つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。
提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な数の天然リン酸結合を含有してもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然リン酸結合を含有しない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の天然リン酸結合を含有する。
提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な数の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有してもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有しない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。
提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な数の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有してもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有しない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の連続的なアキラルなヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の5%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の10%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の15%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の20%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の25%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の30%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の35%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の40%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の45%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の50%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の55%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の60%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の65%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の70%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の75%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の80%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の85%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の90%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の95%以上が、天然リン酸結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約25個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約20個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約9個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約8個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約7個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約6個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約3個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約25個以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約20個以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15個以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10個以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5個以下の非修飾糖部分を含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約95%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約90%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約85%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約80%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約70%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約60%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約50%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約40%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約30%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約20%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約9個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約8個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約7個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約6個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約3個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2個以下の連続的な非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約25個以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約20個以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15個以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10個以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5個以下の非修飾糖部分を含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約95%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約90%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約85%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約80%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約70%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約60%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約50%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約40%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約30%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約20%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5%以下の非修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、第一の複数のオリゴヌクレオチドの各糖部分は、独立して修飾される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約20個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約25個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約5%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約10%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約20%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約30%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約40%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約50%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約60%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約70%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約80%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約85%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約90%が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のヌクレオチド間結合の約95%が、修飾ヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約25個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約20個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約9個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約8個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約7個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約6個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約3個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2個以下の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約25個以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約20個以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15個以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10個以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5個以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約95%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約90%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約85%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約80%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約70%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約60%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約50%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約40%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約30%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約20%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10%以下の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5%以下の天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、DNAヌクレオチドを含有しない。DNAヌクレオチドは、糖部分が非修飾DNA糖部分であり、ヌクレオチド間結合が天然リン酸結合であるヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、2個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、3個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、4個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、5個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、6個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、7個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、8個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、9個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、10個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、11個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、12個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、13個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、14個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、15個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、20個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、25個以下のDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、30個以下のDNAヌクレオチドを含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、2個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、3個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、4個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、5個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、6個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、7個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、8個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、9個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、10個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、11個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、12個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、13個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、14個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、15個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、20個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、25個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、30個以下の連続的なDNAヌクレオチドを含有する。
一部の実施形態では、参照条件と比較して、提供されるオリゴヌクレオチドは、驚くほど有効である。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果(たとえば、望ましいmRNA、タンパク質などのレベルの上昇、望ましくないmRNA、タンパク質のレベルの低下、標的位置への送達などにより測定される)は、5倍超、10倍超、15倍超、20倍超、25倍超、30倍超、40倍超、50倍超、または100倍超まで強化され得る。一部の実施形態では、変化は、参照条件と比較した、望ましいmRNAレベルの上昇により測定される。一部の実施形態では、変化は、参照条件と比較した、望ましくないmRNAレベルの低下により測定される。一部の実施形態では、変化は、参照条件と比較した、標的位置への送達の増加により測定される。一部の実施形態では、参照条件は、オリゴヌクレオチド処置が無い。一部の実施形態では、参照条件は、同じ塩基配列と化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物である。
一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、2倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、3倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、4倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、5倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、6倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、7倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、8倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、9倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、10倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、11倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、12倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、13倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、14倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、15倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、20倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、25倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、30倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、35倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、40倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、45倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、50倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、60倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、70倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、80倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、90倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、100倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、200倍超まで強化される。一部の実施形態では、望ましい生物学的効果は、500倍超まで強化される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個のウィング領域と、1個のコア領域を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−ウィング−コア−ウィング−3’の構造を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−ウィング−コア−ウィング−3’のギャップマー構造を含有する。一部の実施形態では、当該2個のウィング領域は同一である。一部の実施形態では、当該2個のウィング領域は異なっている。一部の実施形態では、当該2個のウィング領域は、化学修飾において同一である。一部の実施形態では、当該2個のウィング領域は、2’−修飾において同一である。一部の実施形態では、当該2個のウィング領域は、ヌクレオチド間結合修飾において同一である。一部の実施形態では、当該2個のウィング領域は、骨格キラル中心パターンにおいて同一である。一部の実施形態では、当該2個のウィング領域は、骨格結合パターンにおいて同一である。一部の実施形態では、当該2個のウィング領域は、骨格結合型のパターンにおいて同一である。一部の実施形態において、当該2個のウィング領域は、骨格リン修飾のパターンにおいて同一である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個のウィング領域と、1個のコア領域を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−ウィング−コア−3’のヘミマー構造を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−ウィング−コア−3’のヘミマー構造のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−コア−ウィング−3’のヘミマー構造を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’−コア−ウィング−3’のヘミマー構造のオリゴヌクレオチドである。
ウィング領域は、当該ウィング領域がコア領域とは異なる構造的特性を含有するという点で、コア領域から識別され得る。たとえば一部の実施形態では、ウィング領域は、異なる糖修飾、塩基修飾、ヌクレオチド間結合、ヌクレオチド間結合の立体化学などを有するという点で、コア領域と異なる。一部の実施形態では、ウィング領域は、異なる糖の2’−修飾を有するという点でコア領域と異なる。
一部の実施形態では、ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、ウィング領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、5’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、ウィング領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、3’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、ウィング領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、コア領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、5’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、コア領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、3’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、コア領域の一部とみなされる。
一部の実施形態では、ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、ウィング領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、5’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、ウィング領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、3’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、ウィング領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、コア領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、5’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、コア領域の一部とみなされる。一部の実施形態では、3’−ウィング領域とコア領域の間のヌクレオチド間結合は、コア領域の一部とみなされる。
一部の実施形態では、ウィング領域は、2個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、3個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、4個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、5個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、6個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、7個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、8個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、9個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、10個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、11個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、12個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、13個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、14個以上のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、15個以上のヌクレオシドを含有する。
一部の実施形態では、ウィング領域は、2個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、3個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、4個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、5個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、6個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、7個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、8個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、9個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、10個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、11個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、12個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、13個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、14個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、15個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合または修飾ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合または修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合または修飾ヌクレオチド間結合は独立して、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合または修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、ウィング領域は、2個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、3個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、4個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、5個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、6個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、7個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、8個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、9個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、10個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、11個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、12個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、13個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、14個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、15個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域中の各ヌクレオチド間結合は独立して、修飾ヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の5%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の10%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の15%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の20%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の25%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の30%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の35%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の40%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の45%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の50%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の55%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の60%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の65%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の70%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の75%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の80%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の85%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の90%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の95%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、ウィング領域は、2個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、3個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、4個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、5個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、6個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、7個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、8個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、9個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、10個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、11個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、12個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、13個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、14個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、15個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、2個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、3個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、4個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、5個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、6個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、7個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、8個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、9個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、10個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、11個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、12個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、13個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、14個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、15個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域中の各ヌクレオチド間結合は独立して、天然リン酸結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の5%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の10%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の15%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の20%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の25%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の30%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の35%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の40%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の45%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の50%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の55%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の60%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の65%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の70%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の75%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の80%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の85%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の90%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域のヌクレオチド間結合の95%以上が、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィング領域の各ヌクレオチド間結合は、天然リン酸結合である。
一部の実施形態では、コア領域は、2個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、3個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、4個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、5個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、6個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、7個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、8個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、9個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、10個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、11個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、12個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、13個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、14個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、15個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、2個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、3個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、4個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、5個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、6個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、7個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、8個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、9個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、10個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、11個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、12個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、13個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、14個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、15個以上の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域中の各ヌクレオチド間結合は独立して、修飾ヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の5%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の10%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の15%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の20%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の25%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の30%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の35%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の40%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の45%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の50%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の55%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の60%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の65%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の70%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の75%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の80%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の85%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の90%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域のヌクレオチド間結合の95%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域の各ヌクレオチド間結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。
提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な数の修飾ヌクレオチド間結合を含有してもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、6個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、7個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、8個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、9個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の5%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の10%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の15%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の20%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の25%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の30%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の35%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の40%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の45%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の50%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の55%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の60%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の65%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の70%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の75%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の80%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の85%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の90%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の95%以上が、修飾ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオチド間架橋は、修飾されたヌクレオチド間架橋である。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該組成物は、1つ以上の脂質と、以下を有することにより規定される第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する:
1)共通の塩基配列および長さ;
2)骨格結合の共通パターン;および
3)骨格キラル中心の共通パターンであって、当該組成物は、当該組成物中の所定レベルのオリゴヌクレオチドが、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するという点で、単一オリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり;
この場合において、当該脂質は任意で、および独立して、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される。
一部の実施形態では、共通の塩基配列および長さは、共有塩基配列と呼称される場合がある。一部の実施形態では、共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、同じパターンのたとえば糖修飾、塩基修飾などのヌクレオシド修飾を有してもよい。一部の実施形態では、ヌクレオシド修飾のパターンは、位置と修飾の組み合わせにより表される場合がある。
当分野の通常の技能を有する当業者に理解されるように、オリゴヌクレオチドの立体不規則的調製物またはラセミ調製物は、多くの場合、いずれのキラル補助基、キラル修飾試薬および/またはキラル触媒も使用しない、非立体選択的および/または低立体選択的なヌクレオチドモノマーのカップリングにより調製される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミな(またはキラル的に非制御な)調製物において、全てまたは大部分のカップリング工程が、当該カップリング工程は立体選択性の強化をもたらすように特異的に実施されていないという点で、キラル的に制御されていない。オリゴヌクレオチドの実質的にラセミな調製物の例は、当分野に公知のプロセスである、テトラエチルチウラムジスルフィド(tteraethylthiuram disulfide)または(TETD)または3H−1,2−ベンゾジチオール(bensodithiol)−3−オン 1,1−ジオキシド(BDTD)のいずれかを用いた、一般的に使用されるホスホロアミダイトオリゴヌクレオチド合成から、亜リン酸トリエステルを硫化することによる、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミな調製物は、実質的にラセミなオリゴヌクレオチド組成物(またはキラル非制御なオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも1個のカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも2個のカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも3個のカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも4個のカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの少なくとも5個のカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ヌクレオチドモノマーの各カップリングは独立して、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、立体不規則的調製物またはラセミ調製物において、少なくとも1個のヌクレオチド間結合が、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも2個のヌクレオチド間結合が、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも3個のヌクレオチド間結合が、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも4個のヌクレオチド間結合が、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも5個のヌクレオチド間結合が、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、各ヌクレオチド間結合は独立して、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2、または99:1よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約60:40よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約70:30よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約80:20よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約90:10よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約91:9よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約92:8よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約93:7よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約94:6よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約95:5よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約96:4よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約97:3よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約98:2よりも低い。一部の実施形態では、ジアステレオ選択性は、約99:1よりも低い。一部の実施形態では、少なくとも1個のカップリングが、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも2個のカップリングが、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも3個のカップリングが、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも4個のカップリングが、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも5個のカップリングが、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリングが独立して、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも1個のヌクレオチド間結合が、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも2個のヌクレオチド間結合が、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも3個のヌクレオチド間結合が、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも4個のヌクレオチド間結合が、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、少なくとも5個のヌクレオチド間結合が、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態では、各ヌクレオチド間結合が独立して、約90:10よりも低いジアステレオ選択性を有する。
当分野の通常の技能を有する当業者に理解されるように、一部の実施形態では、カップリングまたは結合のジアステレオ選択性は、同一または同等の条件下での二量体生成のジアステレオ選択性を介して評価することができ、この場合において当該二量体は、同じ5’−ヌクレオシドおよび3’−ヌクレオシドならびにヌクレオチド間結合を有する。たとえばNNNNNNNG*SGNNNNNNNにおいて、下線が引かれたカップリングまたは結合のジアステレオ選択性は、たとえばモノマー、キラル、補助基、溶媒、活性化剤、温度などの同一または同等の条件下での2個のG部分のカップリングから評価することができる。
一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンおよび塩基修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンおよびヌクレオシド修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、同一の構造を有する。
一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンおよび糖修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンおよび塩基修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンおよびヌクレオシド修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、同一である。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチド型ではない組成物中のオリゴヌクレオチドが、当該オリゴヌクレオチド型の調製プロセスからの不純物、一部の例では、ある精製手順後の不純物であるという点で、実質的に純粋な当該ヌクレオチド型の調製物である。
一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約20%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約25%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約30%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約35%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約40%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約45%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約55%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約60%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約65%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約70%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約75%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約80%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約85%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約90%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約92%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約94%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約95%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約99%超が、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドの純度は、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する組成物中のオリゴヌクレオチドの割合として表され得る。
一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンおよびヌクレオシド修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンおよび糖修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンおよび塩基修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンおよびヌクレオシド修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通の塩基配列と長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドは、同一である。
一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、骨格リン修飾の共通パターンを有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、あるオリゴヌクレオチド型の塩基配列である。
上述され、当分野に置いて理解されるように、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、当該オリゴヌクレオチド中のヌクレオシド残基の同一性および/または修飾の状態(たとえば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン、およびウラシルなどの標準的な天然ヌクレオチドと比較した、糖および/または塩基の構成要素の状態)を指すことができ、および/またはかかる残基のハイブリダイゼーション特性(すなわち、特定の相補的残基とハイブリダイズする能力)を指すことができる。
一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、以下により定義され得る:
1A) 塩基同一性;
1B) 塩基修飾のパターン;
1C) 糖修飾のパターン;
2) 骨格結合のパターン;
3) 骨格キラル中心のパターン;および
4) 骨格リン修飾のパターン。
従って一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同一の塩基を共有し得るが、塩基修飾および/または糖修飾のそれらのパターンにおいて異なっている。一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同一の塩基および塩基修飾のパターン(たとえば塩基修飾の不在を含む)を共有し得るが、糖修飾のパターンにおいて異なっていてもよい。
一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、同じ塩基配列(長さを含む)、糖および塩基部分への同じ化学修飾パターン、同じ骨格結合パターン(たとえば、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、およびそれらの組み合わせのパターン)、同じ骨格キラル中心パターン(たとえば、キラルヌクレオチド間結合の立体化学(Rp/Sp)パターン)、および同じ骨格リン修飾パターン(たとえば、ヌクレオチド間リン原子上の修飾パターン、たとえば式Iの−S、および−L−R)を有するという点で化学的に同一である。
一部の実施形態では、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、当該組成物中の当該オリゴヌクレオチド型であるオリゴヌクレオチドの割合として表される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約20%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約30%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約40%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約60%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約70%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約80%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約90%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約92%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約94%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約95%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約96%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約97%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約98%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約99%が、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、その調製プロセスにおける各カップリング工程の立体選択性により制御され得る。一部の実施形態では、カップリング工程は、60%の立体選択性(たとえば、ジアステレオ選択性)を有する(当該カップリング工程から形成された新たなヌクレオチド間結合の60%が、意図された立体化学を有している)。かかるカップリング工程の後、形成された新たなヌクレオチド間結合は、60%の純度を有すると呼称され得る。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも60%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも70%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも80%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも85%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも90%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも91%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも92%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも93%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも94%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも95%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも96%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも97%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも98%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも99%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、少なくとも99.5%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、各カップリング工程は、実質的に100%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、カップリング工程は、分析的方法(たとえば、NMR、HPLCなど)により検出可能な当該カップリング工程由来のすべての産物が、意図された立体選択性を有するという点で、実質的に100%の立体選択性を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド中のキラルヌクレオチド間結合の立体選択性は、たとえば、本質的に同じ、または同等の条件下での二量体形成などのモデル反応を介して測定することができ、この場合において当該二量体は、キラルヌクレオチド間結合と同じヌクレオチド間結合を有し、当該二量体の5’−ヌクレオシドは、キラルヌクレオチド間結合の5’−末端の方向のヌクレオシドと同じであり、および当該二量体の3’−ヌクレオシドは、キラルヌクレオチド間結合の3’−末端の方向のヌクレオシドと同じである(たとえば、fU*SfU*SfC*SfUに対して、fU*SfCの二量体を介して)。当分野の通常の技能を有する当業者に認識されるように、n個のヌクレオチド間結合を有する特定の型のオリゴヌクレオチドの調製物中の割合は、SE*SE*SE*…SEとして算出されることができ、この場合において、SE、SE、SE、…、SEは独立して、1番目、2番目、3番目、…、およびn番目のキラルヌクレオチド間結合の立体選択性である。
一部の実施形態では、提供される組成物において、特定のオリゴヌクレオチド型(1)塩基配列、2)骨格結合のパターン、3)骨格キラル中心のパターン、および4)骨格リン修飾のパターンにより規定される)の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの少なくとも0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、97%、または99%が、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合のパターン、および骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの少なくとも0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、97%、または99%が、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、この割合は少なくとも0.5%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも1%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも2%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも3%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも4%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも5%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも6%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも7%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも8%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも9%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも10%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも20%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも30%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも40%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも50%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも60%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも70%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも75%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも80%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも81%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも82%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも83%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも84%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも85%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも86%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも87%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも88%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも89%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも90%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも91%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも92%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも93%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも94%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも95%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも96%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも97%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも98%である。一部の実施形態では、この割合は少なくとも99%である。
本明細書に記載されるように、一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上のウィング領域と、1個のコア領域を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、コア領域にはない構造的特性を含有する。一部の実施形態では、ウィングとコアは、任意の構造的要素、たとえば塩基修飾(たとえば、メチル化/非メチル化、1位/2位でのメチル化など)、糖修飾(たとえば、修飾/非修飾、2’−修飾/別の型の修飾、2’−修飾のうちの1つの型/別の型の2’−修飾など)、骨格結合の型(たとえば、リン酸/ホスホロチオエート、ホスホロチオエート/置換ホスホロチオエートなど)、骨格キラル中心の立体化学(たとえば、すべてSp/すべてRp、(SpRp)リピート/すべてRpなど)、骨格リン修飾の型(たとえば、s1/s2、s1/s3など)などにより規定されることができる。
一部の実施形態では、ウィングとコアは、ヌクレオシド修飾により規定され、この場合においてウィングは、コア領域が有さないヌクレオシド修飾を含有する。一部の実施形態では、ウィングとコアは、糖修飾により規定され、この場合においてウィングは、コア領域が有さない糖修飾を含有する。一部の実施形態では、糖修飾は、2’−修飾である。一部の実施形態では、糖修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、糖修飾は、2’−MOEである。一部の実施形態では、糖修飾は、2’−OMeである。追加的な糖修飾の例が、本開示に記載される。一部の実施形態では、ウィングとコアは、ヌクレオチド間結合により規定され、この場合においてウィングは、コア領域が有さないヌクレオチド間結合型(たとえば、天然リン酸結合、ある型の修飾ヌクレオチド間結合など)を含有する。一部の実施形態では、ウィングとコアは、ヌクレオチド間結合により規定され、この場合においてウィングは、コアとは異なる骨格結合パターンを有する。
一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ウィング−コアまたはコア−ウィングの構造(ヘミマー)を有する。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア構造のヌクレオシド修飾を有する。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、コア−ウィングの構造(別の型のヘミマー)を有する。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、コア−ウィング構造のヌクレオシド修飾を有する。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィングの構造(ギャップマー)を有する。一部の実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィング構造のヌクレオシド修飾を有する。一部の実施形態では、ウィングおよびコアは、糖部分の修飾により規定される。一部の実施形態では、ウィングおよびコアは、塩基部分の修飾により規定される。一部の実施形態では、ウィング領域中の各糖部分は、コア領域中には存在しない、同じ2’−修飾を有する。一部の実施形態では、ウィング領域中の各糖部分は、コア領域中のいずれの糖修飾とも異なる、同じ2’−修飾を有する。一部の実施形態では、コア領域は、糖修飾を有さない。一部の実施形態では、ウィング領域中の各糖部分は、同じ2’−修飾を有し、コア領域は、2’−修飾を有さない。一部の実施形態では、2個以上のウィンが存在するとき、各ウィングは、それ固有の修飾により規定される。一部の実施形態では、各ウィングは、それ独自の糖修飾を有する。一部の実施形態では、各ウィングは、各ウィングとコアを識別する、同じ特徴的な糖修飾を有する。一部の実施形態では、各ウィングの糖部分は、同じ修飾を有する。一部の実施形態では、各ウィングの糖部分は、同じ2’−修飾を有する。一部の実施形態では、ウィング領域中の各糖部分は、同じ2’−修飾を有するが、第一のウィング領域中の共通2’−修飾は、第二のウィング領域中の共通2’−修飾と同じであっても、異なっていてもいずれでもよい。一部の実施形態では、ウィング領域中の各糖部分は、同じ2’−修飾を有し、および第一のウィング領域中の共通2’−修飾は、第二のウィング領域中の共通2’−修飾と同じである。一部の実施形態では、ウィング領域中の各糖部分は、同じ2’−修飾を有し、および第一のウィング領域中の共通2’−修飾は、第二のウィング領域中の共通2’−修飾と異なる。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド(たとえば、キロメルセン(chiromersen))である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、siRNAオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴマイクロRNA(antagomir)、マイクロRNA、マイクロRN前駆体、抗マイクロRNA(antimir)、スーパーマイクロRNA(supermirs)、リボザイム、UIアダプター、RNAアクチベーター、RNAi剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、アプタマーまたはアジュバントであり得るオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンタゴマイクロRNAオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、マイクロRNAオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、マイクロRNA前駆体オリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、抗マイクロRNAオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、スーパーマイクロRNAオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、リボザイムオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、UIアダプターオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、RNAアクチベーターオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、RNAi剤オリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、デコイオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、三重鎖形成性オリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アプタマーオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アジュバントオリゴヌクレオチドの組成物である。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、1個以上の修飾された骨格結合、塩基、および/または糖を含むオリゴヌクレオチドの調製物である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、3個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、4個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8,9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、または25個のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、5個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、6個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、7個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、8個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、9個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、10個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、11個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、12個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、13個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、14個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、15個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、16個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、17個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、18個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、19個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、20個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、21個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、22個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、23個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、24個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド型は、25個以上のキラルな修飾リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%のキラルな修飾リン酸結合を含有する。かかるキラルな修飾リン酸結合の例は、上記および本明細書に記載される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%のSp立体配置のキラルな修飾リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約80%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約85%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約90%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約91%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約92%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約93%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約94%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約95%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約96%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約97%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約98%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、立体化学的に約99%超の純度の調製物である。一部の実施形態では、かかる提供される純度は、部分的にキラル制御された組成物中の1つ以上のキラルヌクレオチド間結合の純度である。
一部の実施形態では、キラルな修飾リン酸結合は、キラルなホスホロチオエート結合、すなわちホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、すべてのキラルな修飾リン酸結合は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80、または90%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約20%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約30%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約40%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約60%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約70%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約80%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約90%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約95%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80、または90%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約20%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約30%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約40%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約60%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約70%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約80%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約90%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約95%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約10、20、30、40、50、60、70、80、または90%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約10%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約20%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約30%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約40%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約50%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約60%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約70%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約80%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約90%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの約95%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Rpのキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合をただ1つ有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Rpのキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合をただ1つ有し、この場合においてすべてのヌクレオチド間結合が、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラルなホスホロチオエートジエステル間結合である。一部の実施形態では、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合の各々は独立して、キラルなホスホロチオエートジエステル間結合である。一部の実施形態では、各ヌクレオチド間結合は独立して、キラルなホスホロチオエートジエステル間結合である。一部の実施形態では、各ヌクレオチド間結合は独立して、キラルなホスホロチオエートジエステル間結合であり、ただ1個のみがRpである。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、1個以上の修飾塩基を含むオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、修飾塩基を含まないオリゴヌクレオチドの調製物である。かかる修飾塩基の例は、上記および本明細書に記載される。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合(たとえば、SpまたはRpの立体配置のホスホロチオエート)を少なくとも1つ、およびキラルではないヌクレオチド間結合(たとえば、ホスホジエステルまたはホスホロジチオエート)を少なくとも1つ、含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Sp立体配置でキラル制御されたホスホロチオエートであるヌクレオチド間結合を少なくとも1つ、およびキラルではないヌクレオチド間結合(たとえば、ホスホジエステルまたはホスホロジチオエート)を少なくとも1つ、含有する。
一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9または10個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも2個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも3個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも4個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも5個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも6個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも7個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも8個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも9個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも10個の天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、2、3、4、5、6、7、8、9または10個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、2個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、3個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、4個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、5個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、6個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、7個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、8個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、9個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、10個の天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9または10個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも2個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも3個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも4個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも5個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも6個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも7個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも8個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも9個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも10個の連続的な天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、2、3、4、5、6、7、8、9または10個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、2個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、3個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、4個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、5個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、6個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、7個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、8個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、9個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、10個の連続的な天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも8塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも9塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも10塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも11塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも12塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも13塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも14塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも15塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも16塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも17塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも18塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも19塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも20塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも21塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも22塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも23塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも24塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも25塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。一部の実施形態では、提供されるキラル制御された(および/または立体化学的に純粋な)調製物は、少なくとも30、35、40、45、50、55、60、65、70、または75塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの調製物である。
一部の実施形態では、提供される組成物は、糖部分で修飾される1つ以上の残基を含有するオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供される組成物は、糖部分の2’位で修飾される(本明細書において、「2’−修飾」と呼称される)残基を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを含有する。そのような修飾の例は、上述および本明細書に記載され、2’−OMe、2’−MOE、2’−LNA、2’−F、FRNA、FANA、S−cEtなどが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、提供される組成物は、2’−修飾される残基を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを含有する。たとえば、一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’−O−メトキシエチル(2’−MOE)修飾される残基を1個以上含有する。一部の実施形態では、提供される組成物は、任意の2’−修飾を含まないオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供される組成物は、任意の2’−MOE残基を含まないオリゴヌクレオチドである。すなわち一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、MOE修飾されない。糖修飾の追加例は、本開示に記載される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ウィング−コアまたはコア−ウィング(ヘミマー、本明細書において概してそれぞれX−YまたはY−Xとも表される)の全体的モチーフのオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィング(ギャップマー、本明細書において概してそれぞれX−Y−Xとも表される)の全体的モチーフのオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、特定の修飾を有する残基を1個以上含有し、当該修飾は、コア「Y」部分には無い。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、特定のヌクレオシド修飾を有する残基を1個以上含有し、当該修飾は、コア「Y」部分には無い。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、特定の塩基修飾を有する残基を1個以上含有し、当該修飾は、コア「Y」部分には無い。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、特定の糖修飾を有する残基を1個以上含有し、当該修飾は、コア「Y」部分には無い。糖修飾の例は、当分野に広く公知である。一部の実施形態では、糖修飾は、US9006198に記載される修飾から選択される修飾であり、それら糖修飾は参照により本明細書に組み込まれる。糖修飾の追加例は、本開示に記載される。一部の実施形態では、各ウィングは、コア部分には存在しない2’修飾を有する残基を1個以上含有する。一部の実施形態では、2’修飾は、2’−ORであり、式中、Rは本開示に規定され、記載されるとおりである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Yとして表されるウィング−コアモチーフ、またはY−Xとして表されるコア−ウィングモチーフを有し、この場合において「X」部分の残基は、特定の型の糖修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、同じ特定型の糖修飾残基ではない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Y−Xとして表されるウィング−コア−ウィングモチーフを有し、この場合において各「X」部分の残基は、特定の型の糖修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、同じ特定型の糖修飾残基ではない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Yとして表されるウィング−コアモチーフ、またはY−Xとして表されるコア−ウィングモチーフを有し、この場合において「X」部分の残基は、特定の型の2’−修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、同じ特定型の2’−修飾残基ではない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Yとして表されるウィング−コアモチーフを有し、この場合において「X」部分の残基は、特定の型の2’−修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、同じ特定型の2’−修飾残基ではない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Y−Xとして表されるコア−ウィングモチーフを有し、この場合において「X」部分の残基は、特定の型の2’−修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、同じ特定型の2’−修飾残基ではない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Y−Xとして表されるウィング−コア−ウィングモチーフを有し、この場合において各「X」部分の残基は、特定の型の2’−修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、同じ特定型の2’−修飾残基ではない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Yとして表されるウィング−コアモチーフを有し、この場合において「X」部分の残基は、特定の型の2’−修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Y−Xとして表されるコア−ウィングモチーフを有し、この場合において「X」部分の残基は、特定の型の2’−修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Y−Xとして表されるウィング−コア−ウィングモチーフを有し、この場合において各「X」部分の残基は、特定の型の2’−修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Y−Xとして表されるウィング−コア−ウィングモチーフを有し、この場合において各「X」部分の残基は、特定の型の2’−修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシドである。たとえば一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Y−Xとして表されるウィング−コア−ウィングモチーフを有し、この場合において各「X」部分の残基は、2’−MOE修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、2’−MOE修飾残基ではない。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、X−Y−Xとして表されるウィング−コア−ウィングモチーフを有し、この場合において各「X」部分の残基は、2’−MOE修飾残基であり、コア「Y」部分の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシドである。関連分野の当業者であれば、このようなX−Y、Y−X、および/またはX−Y−Xのモチーフの文脈において、上記および本明細書に記載されるかかるすべての2’−修飾が予期されることを認識するであろう。
一部の実施形態では、ウィングは、1塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、2塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、3塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、4塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、5塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、6塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、7塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、8塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、9塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、10塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、11塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、12塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、13塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、14塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、15塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、16塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、17塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、18塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、19塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、10塩基以上の長さを有する。
一部の実施形態では、ウィングは、1塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、2塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、3塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、4塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、5塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、6塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、7塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、8塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、9塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、10塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、11塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、12塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、13塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、14塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、15塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、16塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、17塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、18塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、19塩基の長さを有する。一部の実施形態では、ウィングは、10塩基の長さを有する。
一部の実施形態では、ウィングは、1個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、1個以上のキラルヌクレオチド間結合と、1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、1個以上のキラルヌクレオチド間結合と、2個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、1個以上のキラルヌクレオチド間結合と、2個以上の天然リン酸結合を含有し、この場合において2個以上の天然リン酸結合は連続的である。一部の実施形態では、ウィングは、キラルヌクレオチド間結合を含有しない。一部の実施形態では、各ウィングの結合は、天然リン酸結合である。一部の実施形態では、ウィングは、リン酸結合を含有しない。一部の実施形態では、各ウィングは独立して、キラルヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1個以上のキラルヌクレオチド間結合と、1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1個以上のキラルヌクレオチド間結合と、2個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1個以上のキラルヌクレオチド間結合と、2個以上の天然リン酸結合を含有し、この場合において2個以上の天然リン酸結合は連続的である。
一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも2個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも3個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも4個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも5個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも6個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも7個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも8個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも9個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも10個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも11個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも12個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも13個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも14個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも15個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも16個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも17個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも18個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも19個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも20個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、2個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、3個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、4個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、5個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、6個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、7個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、8個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、9個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、10個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、11個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、12個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、13個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、14個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、15個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、16個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、17個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、18個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、19個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、20個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも1個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも2個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも3個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも4個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも5個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも6個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも7個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも8個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも9個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも10個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも11個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも12個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも13個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも14個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも15個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも16個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも17個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも18個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも19個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも20個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、2個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、3個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、4個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、5個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、6個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、7個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、8個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、9個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、10個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、11個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、12個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、13個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、14個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、15個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、16個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、17個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、18個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、19個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、20個の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも2個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも3個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも4個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも5個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも6個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも7個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも8個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも9個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも10個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも11個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも12個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも13個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも14個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも15個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも16個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも17個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも18個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも19個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも20個の天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、2個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、3個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、4個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、5個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、6個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、7個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、8個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、9個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、10個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、11個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、12個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、13個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、14個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、15個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、16個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、17個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、18個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、19個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、20個の天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも1個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも2個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも3個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも4個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも5個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも6個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも7個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも8個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも9個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも10個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも11個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも12個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも13個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも14個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも15個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも16個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも17個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも18個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも19個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、少なくとも20個の連続的な天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、1個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、2個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、3個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、4個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、5個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、6個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、7個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、8個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、9個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、10個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、11個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、12個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、13個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、14個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、15個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、16個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、17個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、18個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、19個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は独立して、20個の連続的な天然リン酸結合を含有する。
一部の実施形態では、ウィングは、コアの5’−末端の方向にある(5’−末端ウィング)。一部の実施形態では、ウィングは、コアの3’−末端の方向にある(3’−末端ウィング)。
一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、1個以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1個以上の天然リン酸ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、3’−末端ウィングは、1個以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1個以上の天然リン酸ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各ウィングは独立して、1個以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1個以上の天然リン酸ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、5’−末端ウィング中の修飾ヌクレオチド間結合の後ろで(3’−末端方向に)、2個以上のヌクレオシドを繋ぐ天然リン酸結合を1個以上を有する修飾ヌクレオチド間結合を含有する。たとえば5’−末端ウィングのmG*SmGmCmAmCは、修飾ヌクレオチド間結合(mG*SmG)を含有し、当該修飾ヌクレオチド間結合は、5’−末端ウィング中の修飾ヌクレオチド間結合の後ろで、4個のヌクレオシドを繋ぐ3個の天然リン酸結合(mGmCmAmC)を有する。一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、修飾ヌクレオチド間結合を含有し、その後ろに、1個以上の天然リン酸結合および/または1個以上の修飾ヌクレオチド間結合が続き、それらの後に、5’−末端ウィングにおいて1個以上の天然リン酸結合が続く(たとえば、mG*SmG*SmCmAmCにおいて、mG*SmGおよびmG*SmC)。一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、修飾ヌクレオチド間結合を含有し、その後に、5’−末端ウィングにおいて1個以上の天然リン酸結合が続く。一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、修飾ヌクレオチド間結合を含有し、その後に、5’−末端ウィングにおいて1個以上の連続的な天然リン酸結合が続く。一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、その3’−末端で2個のヌクレオシドの間に天然リン酸結合を含有する。たとえば5’−末端ウィングのmG*SmGmCmAmCは、その3’−末端で2個のヌクレオシドの間に天然リン酸結合を有する(mG*SmGmCmAmC)。
一部の実施形態では、3’−末端ウィングは、3’−末端ウィング中の修飾ヌクレオチド間結合の前で(5’−末端方向に)、2個以上のヌクレオシドを繋ぐ天然リン酸結合を1個以上を有する修飾ヌクレオチド間結合を含有する。たとえば3’−末端ウィングのmAmCmUmU*SmCは、修飾ヌクレオチド間結合(mU*SmC)を含有し、当該修飾ヌクレオチド間結合は、3’−末端ウィング中の修飾ヌクレオチド間結合の前で、4個のヌクレオシドを繋ぐ3個の天然リン酸結合(mAmCmUmU)を有する。一部の実施形態では、3’−末端ウィングは、修飾ヌクレオチド間結合を含有し、その前に、1個以上の天然リン酸結合および/または1個以上の修飾ヌクレオチド間結合があり、それらの前に、3’−末端ウィングにおいて1個以上の天然リン酸結合がある(たとえば、mAmCmU*SmU*SmCにおいて、mU*SmUおよびmU*SmC)。一部の実施形態では、3’−末端ウィングは、修飾ヌクレオチド間結合を含有し、その前に、3’−末端ウィングにおいて1個以上の天然リン酸結合がある。一部の実施形態では、3’−末端ウィングは、修飾ヌクレオチド間結合を含有し、その前に、3’−末端ウィングにおいて1個以上の連続的な天然リン酸結合がある。一部の実施形態では、3’−末端ウィングは、その5’−末端で2個のヌクレオシドの間に天然リン酸結合を含有する。たとえばmAmCmUmU*SmCの構造を有する3’−末端ウィングは、その5’−末端で2個のヌクレオシドの間に天然リン酸結合を有する(mAmCmUmU*SmC)。
一部の実施形態では、1個以上は、1個である。一部の実施形態では、1個以上は、2個である。一部の実施形態では、1個以上は、3個である。一部の実施形態では、1個以上は、4個である。一部の実施形態では、1個以上は、5個である。一部の実施形態では、1個以上は、6個である。一部の実施形態では、1個以上は、7個である。一部の実施形態では、1個以上は、8個である。一部の実施形態では、1個以上は、9個である。一部の実施形態では、1個以上は、10個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも1個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも2個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも3個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも4個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも5個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも6個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも7個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも8個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも9個である。一部の実施形態では、1個以上は、少なくとも10個である。
一部の実施形態では、ウィングは、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、当該ウィングの5’末端で、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、当該ウィングの5’末端で、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、当該キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、5’−末端ウィングは、当該ウィングの5’末端で、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、当該キラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、3’−末端ウィングは、当該ウィングの3’末端で、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、3’−末端ウィングは、当該ウィングの3’末端で、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、当該キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、3’−末端ウィングは、当該ウィングの3’末端で、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、当該キラルヌクレオチド間結合は、Spである。
一部の実施形態では、ウィングは、2個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング内のすべてのリン酸結合は連続的であり、ウィング内の任意の2個のリン酸結合の間に、非リン酸結合は存在しない。
一部の実施形態では、ウィングとコアを繋ぐ結合は、たとえば結合化学、結合立体化学などの結合を解説する場合にはコアの一部とみなされる。
一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた5’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各5’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。
一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた3’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各3’−ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。
一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた両方のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、修飾結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、置換されたホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、2’−修飾が無い糖部分に繋がれた各ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートトリエステル結合である。
一部の実施形態では、2’−修飾のない糖部分は、天然DNAヌクレオシド中に存在する糖部分である。
一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィング構造に対し、5’−末端ウィングは、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィング構造に対し、5’−末端ウィングは、当該ウィングの5’末端で、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィング構造に対し、3’−末端ウィングは、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィング構造に対し、3’−末端ウィングは、当該ウィングの3’末端で、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィング構造に対し、各ウィングは、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィング構造に対し、各ウィングは、ただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、この場合において5’−末端ウィングはその5’−末端でただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、3’−末端ウィングは、その3’−末端でただ1個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、5’−ウィング中の唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、5’−ウィング中の唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、3’−ウィング中の唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、3’−ウィング中の唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、5’−ウィングおよび3’−ウィングの両方における唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、5’−ウィングおよび3’−ウィングの両方における唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、5’−ウィング中の唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Spであり、3’−ウィング中の唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、5’−ウィング中の唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Rpであり、3’−ウィング中の唯一のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。
一部の実施形態では、ウィングは、2個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合と、1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合と、2個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合と、2個以上の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合と、2個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合と、3個の連続的な天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、(コアの方向に向かって)5’−ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、1個はその5’−末端に、もう1個はその3’−末端にあり、その間に1個以上の天然リン酸結合がある。一部の実施形態では、(コアの方向に向かって)5’−ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、1個はその5’−末端に、もう1個はその3’−末端にあり、その間に2個以上の天然リン酸結合がある。一部の実施形態では、(コアの方向に向かって)3’−ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、1個はその3’−末端に、もう1個はその3’−末端にあり、その間に1個以上の天然リン酸結合がある。一部の実施形態では、(コアの方向に向かって)3’−ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、1個はその3’−末端に、もう1個はその3’−末端にあり、その間に2個以上の天然リン酸結合がある。
一部の実施形態では、5’−ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、1個はその5’−末端に、もう1個はその3’−末端にあり、その間に1個以上の天然リン酸結合があり、および3’−ウィングは、その3’−末端にただ1個のヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、(コアの方向に向かって)5’−ウィングは、ただ2個のキラルヌクレオチド間結合を含有し、1個はその5’−末端に、もう1個はその3’−末端にあり、その間に2個以上の天然リン酸結合があり、および3’−ウィングは、その3’−末端にただ1個のヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は独立して、それ固有の立体化学を有する。一部の実施形態では、5’−ウィング中の両キラルヌクレオチド間結合は、同じ立体化学を有する。一部の実施形態では、5’−ウィング中の両キラルヌクレオチド間結合は、異なる立体化学を有する。一部の実施形態では、5’−ウィング中の両キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、5’−ウィング中の両キラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、5’−ウィングおよび3’−ウィング中のキラルヌクレオチド間結合は、同じ立体化学を有する。一部の実施形態では、5’−ウィングおよび3’−ウィング中のキラルヌクレオチド間結合は、Rpである。一部の実施形態では、5’−ウィングおよび3’−ウィング中のキラルヌクレオチド間結合は、Spである。一部の実施形態では、5’−ウィングおよび3’−ウィング中のキラルヌクレオチド間結合は、異なる立体化学を有する。
一部の実施形態では、キラルな修飾リン酸結合は、キラルなホスホロチオエート結合、すなわちホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域は、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、すべてのキラルな修飾リン酸結合は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約10%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約20%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約30%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約40%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約50%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約60%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約70%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約80%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約90%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約95%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。
一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約1個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約2個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約3個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約4個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約5個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約6個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約7個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約8個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約9個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。
一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約2個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約3個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約4個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約5個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約6個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約7個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約8個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約9個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。
一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約10%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約20%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約30%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約40%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約50%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約60%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約70%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約80%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約90%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約95%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。
一部の実施形態では、ウィング領域の約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約10%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約20%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約30%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約40%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約50%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約60%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約70%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約80%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約90%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の約95%未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域は、Rpのキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合をただ1つ有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、Rpのキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合をただ1つ有し、この場合においてすべてのヌクレオチド間結合が、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約1個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約2個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約3個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約4個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約5個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約6個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約7個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約8個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約9個のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。
一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約2個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約3個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約4個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約5個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約6個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約7個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約8個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、ウィング領域の少なくとも約9個の連続的なキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。
一部の実施形態では、ウィングは、1個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、2個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、3個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、4個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、5個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、6個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、7個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、8個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、9個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、10個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、11個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、12個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、13個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、14個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、15個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、16個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、17個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、18個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、19個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、20個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、21個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、22個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、23個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、24個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、25個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、30個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、35個以上の修飾糖部分を含有する。
一部の実施形態では、ウィングは、1個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、2個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、3個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、4個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、5個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、6個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、7個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、8個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、9個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、10個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、11個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、12個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、13個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、14個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、15個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、16個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、17個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、18個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、19個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、20個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、21個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、22個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、23個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、24個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、25個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、30個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、ウィングは、35個以上の2’−修飾糖部分を含有する。
一部の実施形態では、ウィングは、1個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、2個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、3個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、4個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、5個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、6個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、7個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、8個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、9個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、10個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、11個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、12個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、13個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、14個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、15個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、16個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、17個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、18個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、19個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、20個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、21個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、22個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、23個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、24個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、25個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、30個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、35個以上の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、ウィングは、1個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、2個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、3個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、4個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、5個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、6個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、7個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、8個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、9個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、10個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、11個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、12個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、13個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、14個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、15個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、16個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、17個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、18個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、19個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、20個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、21個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、22個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、23個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、24個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、25個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、30個の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、35個の2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、ウィングは、1個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、2個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、3個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、4個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、5個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、6個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、7個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、8個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、9個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、10個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、11個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、12個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、13個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、14個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、15個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、16個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、17個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、18個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、19個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、20個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、21個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、22個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、23個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、24個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、25個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、30個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、35個以上の連続的な2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、ウィングは、1個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、2個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、3個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、4個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、5個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、6個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、7個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、8個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、9個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、10個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、11個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、12個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、13個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、14個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、15個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、16個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、17個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、18個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、19個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、20個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、21個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、22個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、23個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、24個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、25個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、30個の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィングは、35個の連続的な2’−Fを含有する。
一部の実施形態では、コア領域は、1塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、2塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、3塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、4塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、5塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、6塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、7塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、8塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、9塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、10塩基以上の長さを有する。一部の実施形態では、コア領域は、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25塩基またはそれ以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、11塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、12塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、13塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、14塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、15塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、16塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、17塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、18塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、19塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、20塩基以上の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、20塩基超の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、2塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、3塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、4塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、5塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、6塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、7塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、8塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、9塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、10塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、11塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、12塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、13塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、14塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、15塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、16塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、17塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、18塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、19塩基の長さを有する。ある実施形態では、コア領域が、20塩基の長さを有する。
一部の実施形態では、コアは、1個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、コアは独立して、1個以上の修飾ヌクレオチド間結合と、1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、天然リン酸結合を含有しない。一部の実施形態では、各コアの結合は、修飾ヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、コアは、少なくとも1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも3個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも4個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも5個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも6個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも7個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも8個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも9個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも10個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも11個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも12個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも13個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも14個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも15個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも16個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも17個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも18個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも19個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも20個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、コアは、1個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、コアは独立して、1個以上のキラルヌクレオチド間結合と、1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、天然リン酸結合を含有しない。一部の実施形態では、各コアの結合は、キラルヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、コアは、少なくとも1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも2個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも3個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも4個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも5個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも6個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも7個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも8個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも9個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも10個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも11個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも12個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも13個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも14個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも15個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも16個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも17個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも18個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも19個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、少なくとも20個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、コアは、1個の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、2個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、3個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、4個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、5個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、6個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、7個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、8個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、9個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、10個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、11個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、12個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、13個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、14個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、15個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、16個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、17個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、18個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、19個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コアは、20個のキラルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、コア領域は、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有し、式中、m、n、tおよびNpの各々は独立して、本開示に定義され、記載されるとおりである。一部の実施形態では、コア領域は、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)t(Rp)n(Sp)m、または(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有する。一部の実施形態では、コア領域は、(Sp)m(Rp)nを含有する骨格キラル中心のパターンを有する。一部の実施形態では、コア領域は、(Sp)m(Rp)nを含有する骨格キラル中心のパターンを有し、式中、m>2およびnは1である。一部の実施形態では、コア領域は、(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有する。一部の実施形態では、コア領域は、(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有し、式中、m>2およびnは1である。一部の実施形態では、コア領域は、(Np)t(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有する。一部の実施形態では、コア領域は、(Np)t(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有し、式中、m>2およびnは1である。一部の実施形態では、コア領域は、(Np)t(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有し、式中、t>2、m>2およびnは1である。一部の実施形態では、コア領域は、(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有する。一部の実施形態では、コア領域は、(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有し、式中、m>2およびnは1である。一部の実施形態では、コア領域は、(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有する骨格キラル中心のパターンを有し、式中、t>2、m>2およびnは1である。特に本開示は、一部の実施形態では、かかるパターンは、たとえばRNA配列などの標的配列の制御された切断、切断速度の改善、選択性等を提供し、および/または強化し得ることを示す。骨格キラル中心のパターン例が、本開示に記載される。
一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも60%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも65%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも66%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも67%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも70%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも75%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも80%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも85%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも90%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも95%が、Spである。一部の実施形態では、コア領域中の各キラルヌクレオチド間結合は、Spである。
一部の実施形態では、少なくとも1個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも2個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも3個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも4個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも5個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも6個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも7個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも8個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも9個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも10個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも11個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも12個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも13個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも14個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも15個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも16個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも17個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも18個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも19個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも20個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも21個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、少なくとも2個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Spである。一部の実施形態では、Spヌクレオチド間結合は、連続的である。
一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも60%が、Rpである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも65%が、Rpである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも66%が、Rpである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも67%が、Rpである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも70%が、Rpである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも75%が、Rpである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも80%が、Rpである。一部の実施形態では、コア領域中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも85%が、Rpである。一部の実施形態では、コア領域中の各キラルヌクレオチド間結合は、Rpである。
一部の実施形態では、少なくとも1個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも2個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも3個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも4個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも5個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも6個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも7個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも8個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも9個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも10個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも11個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも12個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも13個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも14個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも15個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも16個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも17個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも18個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも19個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも20個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも21個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、少なくとも2個のコア領域ヌクレオチド間結合が、Rpである。一部の実施形態では、Rpヌクレオチド間結合は、連続的である。
一部の実施形態では、コアは、1個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、2個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、3個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、4個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、5個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、6個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、7個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、8個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、9個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、10個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、11個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、12個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、13個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、14個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、15個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、16個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、17個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、18個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、19個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、20個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、21個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、22個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、23個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、24個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、25個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、30個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、35個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−OMeである。
一部の実施形態では、コアは、1個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、2個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、3個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、4個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、5個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、6個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、7個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、8個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、9個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、10個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、11個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、12個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、13個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、14個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、15個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、16個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、17個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、18個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、19個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、20個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、21個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、22個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、23個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、24個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、25個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、30個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、コアは、35個以上の2’−修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−OMeである。
一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィング(すなわちX−Y−X)のモチーフは、たおえば5−10−4などの数字として表される。これは、コアの5’−末端の方向のウィングが5塩基の長さであり、コア領域が10塩基の長さであり、そしてコア領域の3’−末端の方向のウィング領域が4塩基の長さであることを意味する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、たとえば2−16−2、3−14−3、4−12−4、5−10−5、2−9−6、3−9−3、3−9−4、3−9−5、4−7−4、4−9−3、4−9−4、4−9−5、4−10−5、4−11−4、4−11−5、5−7−5、5−8−6、8−7−5、7−7−6、5−9−3、5−9−5、5−10−4、5−10−5、6−7−6、6−8−5、および6−9−2などのいずれかである。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、7−7−6である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、8−7−5である。
一部の実施形態では、ウィング−コアのモチーフは、5−15、6−14、7−13、8−12、9−12などである。一部の実施形態では、コア−ウィングのモチーフは、5−15、6−14、7−13、8−12、9−12などである。
一部の実施形態では、かかるウィング−コア−ウィング(すなわち、X−Y−X)のモチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合は、すべてキラルな修飾リン酸結合である。一部の実施形態では、かかるウィング−コア−ウィング(すなわち、X−Y−X)のモチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合は、すべてキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、かかるウィング−コア−ウィングのモチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのキラルヌクレオチド間結合は、少なくとも約10、20、30、40、50、50、70、80、または90%のキラルな修飾リン酸ヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、かかるウィング−コア−ウィングのモチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのキラルヌクレオチド間結合は、少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80、または90%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、かかるウィング−コア−ウィングのモチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのキラルヌクレオチド間結合は、少なくとも約10、20、30、40、50、50、70、80、または90%のSp立体配置のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフの各ウィング領域は任意で、キラルな修飾リン酸ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフの各ウィング領域は任意で、キラルな修飾ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフの各ウィング領域は、キラルな修飾ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフの2個のウィング領域は、同じヌクレオチド間結合の立体化学を有する。一部の実施形態では、当該2個のウィング領域は、異なるヌクレオチド間結合の立体化学を有する。一部の実施形態では、ウィング中の各ヌクレオチド間結合は独立して、キラルヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は任意で、キラルな修飾リン酸ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は任意で、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを含有し、この場合において当該繰り返しパターンは、(Sp)mRpまたはRp(Sp)mであり、式中、mは1〜50である。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを含有し、この場合において当該繰り返しパターンは、(Sp)mRpまたはRp(Sp)mであり、式中、mは1〜50である。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを含有し、この場合において当該繰り返しパターンは、(Sp)mRpであり、式中、mは1〜50である。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを含有し、この場合において当該繰り返しパターンは、Rp(Sp)mであり、式中、mは1〜50である。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有し、この場合において当該繰り返しパターンは、(Sp)mRpまたはRp(Sp)mであり、式中、mは1〜50である。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有し、この場合において当該繰り返しパターンは、(Sp)mRpであり、式中、mは1〜50である。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有し、この場合において当該繰り返しパターンは、Rp(Sp)mであり、式中、mは1〜50である。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有し、この場合において当該繰り返しパターンは、少なくとも33%のS立体配置のヌクレオチド間結合を含有するモチーフである。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有し、この場合において当該繰り返しパターンは、少なくとも50%のS立体配置のヌクレオチド間結合を含有するモチーフである。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有し、この場合において当該繰り返しパターンは、少なくとも66%のS立体配置のヌクレオチド間結合を含有するモチーフである。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有し、この場合において当該繰り返しパターンは、RpRpSpおよびSpSpRpから選択される繰り返し三重モチーフである。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有し、この場合において当該繰り返しパターンは、RpRpSpの繰り返しである。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合の立体化学の繰り返しパターンを有し、この場合において当該繰り返しパターンは、SpSpRpの繰り返しである。
一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)mRpまたはRp(Sp)mを含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、Rp(Sp)mを含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)mRpを含有する。一部の実施形態では、mは、2である。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、Rp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)Rp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Rp)Rp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、RpSpRp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、SpRpRp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)Rpを含有する。
一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)mRpまたはRp(Sp)mを含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、Rp(Sp)mを含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)mRpを含有する。一部の実施形態では、mは、2である。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、Rp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)Rp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Rp)Rp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、RpSpRp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、SpRpRp(Sp)を含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)Rpを含有する。
本明細書において定義されるように、mは、1〜50である。一部の実施形態では、mは、1である。一部の実施形態では、mは、2−50である。一部の実施形態において、mは、2、3、4、5、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、3、4、5、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、4、5、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、5、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、6、7または8である。一部の実施形態において、mは、7または8である。一部の実施形態では、mは、2である。一部の実施形態では、mは、3である。一部の実施形態では、mは、4である。一部の実施形態では、mは、5である。一部の実施形態では、mは、6である。一部の実施形態では、mは、7である。一部の実施形態では、mは、8である。一部の実施形態では、mは、9である。一部の実施形態では、mは、10である。一部の実施形態では、mは、11である。一部の実施形態では、mは、12である。一部の実施形態では、mは、13である。一部の実施形態では、mは、14である。一部の実施形態では、mは、15である。一部の実施形態では、mは、16である。一部の実施形態では、mは、17である。一部の実施形態では、mは、18である。一部の実施形態では、mは、19である。一部の実施形態では、mは、20である。一部の実施形態では、mは、21である。一部の実施形態では、mは、22である。一部の実施形態では、mは、23である。一部の実施形態では、mは、24である。一部の実施形態では、mは、25である。一部の実施形態では、mは、25よりも大きい。
一部の実施形態では、繰り返しパターンは、(Sp)m(Rp)nであり、式中、nは1〜10であり、およびmは独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)nを含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)nを含有する。一部の実施形態では、繰り返しパターンは、(Rp)n(Sp)mであり、式中、nは1〜10であり、およびmは独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)mを含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Rp)n(Sp)mを含有する。一部の実施形態では、(Rp)n(Sp)mは、(Rp)(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)n(Rp)mは、(Sp)(Rp)である。
一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n(Sp)tを含有する。一部の実施形態では、繰り返しパターンは、(Sp)m(Rp)n(Sp)tであり、式中、nは1〜10であり、tは1〜50であり、およびmは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n(Sp)tを含有する。一部の実施形態では、繰り返しパターンは、(Sp)t(Rp)n(Sp)mであり、式中、nは1〜10であり、tは1〜50であり、およびmは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Sp)t(Rp)n(Sp)mを含有する。
一部の実施形態では、繰り返しパターンは、(Np)t(Rp)n(Sp)mであり、式中、nは1〜10であり、tは1〜50であり、Npは独立してRpまたはSpであり、およびmは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Np)t(Rp)n(Sp)mを含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Np)t(Rp)n(Sp)mを含有する。一部の実施形態では、繰り返しパターンは、(Np)m(Rp)n(Sp)tであり、式中、nは1〜10であり、tは1〜50であり、Npは独立してRpまたはSpであり、およびmは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型の骨格キラル中心のパターンは、(Np)m(Rp)n(Sp)tを含有する。一部の実施形態では、本開示は、あるオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、当該オリゴヌクレオチド型のコア領域中の骨格キラル中心のパターンは、(Np)m(Rp)n(Sp)tを含有する。一部の実施形態では、Npは、Rpである。一部の実施形態では、Npは、Spである。一部の実施形態では、すべてのNpは、同じである。一部の実施形態では、すべてのNpは、Spである。一部の実施形態では、少なくとも1個のNpは、その他のNpと異なる。一部の実施形態では、tは、2である。
本明細書に定義されるように、nは、1〜10である。一部の実施形態では、nは、1、2、3、4、5、6、7または8である。一部の実施形態では、nは、1である。一部の実施形態では、nは、2、3、4、5、6、7または8である。一部の実施形態では、nは、3、4、5、6、7または8である。一部の実施形態では、nは、4、5、6、7または8である。一部の実施形態では、nは、5、6、7または8である。一部の実施形態では、nは、6、7または8である。一部の実施形態では、nは、7または8である。一部の実施形態では、nは、1である。一部の実施形態では、nは、2である。一部の実施形態では、nは、3である。一部の実施形態では、nは、4である。一部の実施形態では、nは、5である。一部の実施形態では、nは、6である。一部の実施形態では、nは、7である。一部の実施形態では、nは、8である。一部の実施形態では、nは、9である。一部の実施形態では、nは、10である。
本明細書に定義されるように、tは、1〜50である。一部の実施形態では、tは、1である。一部の実施形態では、tは、2〜50である。一部の実施形態では、tは、2、3、4、5、6、7または8である。一部の実施形態では、tは、3、4、5、6、7または8である。一部の実施形態では、tは、4、5、6、7または8である。一部の実施形態では、tは、5、6、7または8である。一部の実施形態では、tは、6、7または8である。一部の実施形態では、tは、7または8である。一部の実施形態では、tは、2である。一部の実施形態では、tは、3である。一部の実施形態では、tは、4である。一部の実施形態では、tは、5である。一部の実施形態では、tは、6である。一部の実施形態では、tは、7である。一部の実施形態では、tは、8である。一部の実施形態では、tは、9である。一部の実施形態では、tは、10である。一部の実施形態では、tは、11である。一部の実施形態では、tは、12である。一部の実施形態では、tは、13である。一部の実施形態では、tは、14である。一部の実施形態では、tは、15である。一部の実施形態では、tは、16である。一部の実施形態では、tは、17である。一部の実施形態では、tは、18である。一部の実施形態では、tは、19である。一部の実施形態では、tは、20である。一部の実施形態では、tは、21である。一部の実施形態では、tは、22である。一部の実施形態では、tは、23である。一部の実施形態では、tは、24である。一部の実施形態では、tは、25である。一部の実施形態では、tは、25よりも大きい。
一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、2よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、3よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、4よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、5よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、6よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、7よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、8よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、9よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、10よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、11よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、12よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、13よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、14よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、15よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、16よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、17よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、18よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、19よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、20よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、21よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、22よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、23よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、24よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの内の少なくとも1個は、25よりも大きい。
一部の実施形態では、mおよびtのうちの1つひとつが、2よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、3よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、4よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、5よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、6よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、7よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、8よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、9よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、10よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、11よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、12よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、13よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、14よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、15よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、16よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、17よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、18よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、19よりも大きい。一部の実施形態では、mおよびtの1つひとつが、20よりも大きい。
一部の実施形態では、mとtの合計は、3よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、4よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、5よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、6よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、7よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、8よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、9よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、10よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、11よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、12よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、13よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、14よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、15よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、16よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、17よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、18よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、19よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、20よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、21よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、22よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、23よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、24よりも大きい。一部の実施形態では、mとtの合計は、25よりも大きい。
一部の実施形態では、nは1であり、mおよびtのうちの少なくとも1個は1よりも大きい。一部の実施形態では、nは1であり、mおよびtの各々は独立して、1よりも大きい。一部の実施形態では、m>nおよびt>nである。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n(Sp)tは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、SpRp(Sp)である。一部の実施形態では、(Np)t(Rp)n(Sp)mは、(Np)tRp(Sp)mである。一部の実施形態では、(Np)t(Rp)n(Sp)mは、(Np)Rp(Sp)mである。一部の実施形態では、(Np)t(Rp)n(Sp)mは、(Rp)Rp(Sp)mである。一部の実施形態では、(Np)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)Rp(Sp)mである。一部の実施形態では、(Np)t(Rp)n(Sp)mは、RpSpRp(Sp)mである。一部の実施形態では、(Np)t(Rp)n(Sp)mは、SpRpRp(Sp)mである。
一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、SpRpSpSpである。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)tRp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、SpRp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)t(Rp)n(Sp)mは、(Sp)Rp(Sp)である。
一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n(Sp)tは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n(Sp)tは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n(Sp)tは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n(Sp)tは、(Sp)mRp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n(Sp)tは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n(Sp)tは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n(Sp)tは、(Sp)Rp(Sp)である。一部の実施形態では、(Sp)m(Rp)n(Sp)tは、(Sp)Rp(Sp)である。
一部の実施形態では、コア領域は、少なくとも1個のRpヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、少なくとも1個のRpヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、少なくとも1個のRpホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、少なくとも1個のRpホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、ただ1個のRpホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域のモチーフは、少なくとも2個のRpヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、少なくとも2個のRpヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、少なくとも2個のRpホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、少なくとも3個のRpヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、少なくとも3個のRpヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、少なくとも3個のRpホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、少なくとも3個のRpホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、少なくとも4、5、6、7、8、9、または10個のRpヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、少なくとも4、5、6、7、8、9、または10個のRpヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、コア領域は、少なくとも4、5、6、7、8、9、または10個のRpホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフのコア領域は、少なくとも4、5、6、7、8、9、または10個のRpホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、ウィング領域は、コア領域とは異なる糖部分の2’−修飾を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、コア領域とは異なる同型の2’−修飾を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、コア領域には無い2’−Fを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、コア領域には無い2’−Fのパターンを含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、コア領域とは異なる量の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、量は、2’−F修飾の数により測定される絶対値である。一部の実施形態では、量は、2’−F修飾の割合により測定される相対値である。一部の実施形態では、ウィング領域は、かかる2’−修飾の数および/または割合で測定される場合、コア領域に存在する2’−修飾よりも少ない量を含有するという点で、コア領域とは異なる。一部の実施形態では、ウィング領域は、コア領域中の2’−OR修飾よりも少ない量を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、コア領域中の2’−OMe修飾よりも少ない量を含有する。一部の実施形態では、ウィング領域は、かかる2’−修飾の数および/または割合で測定される場合、コア領域に存在する非修飾糖部分よりも少ない量を含有するという点で、コア領域とは異なる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上のウィング領域、およびコア領域を含有し、たとえば提供されるオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィングの構造を含有してもよい。一部の実施形態では、各ウィング領域は、コア領域とは異なる糖部分の2’−修飾を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は、コア領域とは異なる同型の2’−修飾を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は、コア領域には無い2’−Fを含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は、コア領域には無い2’−Fのパターンを含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は、コア領域とは異なる量の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、量は、2’−F修飾の数により測定される絶対値である。一部の実施形態では、量は、2’−F修飾の割合により測定される相対値である。一部の実施形態では、各ウィング領域は、かかる2’−修飾の数および/または割合で測定される場合、コア領域に存在する2’−修飾よりも少ない量を含有するという点で、コア領域とは異なる。一部の実施形態では、各ウィング領域は、コア領域中の2’−OR修飾よりも少ない量を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は、コア領域中の2’−OMe修飾よりも少ない量を含有する。一部の実施形態では、各ウィング領域は、かかる2’−修飾の数および/または割合で測定される場合、コア領域に存在する非修飾糖部分よりも少ない量を含有するという点で、コア領域とは異なる。
ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合において各ウィング領域の残基は、2’−修飾された残基である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合において各ウィング領域の残基は、2’−OR修飾された残基である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合において各ウィング領域の残基は、2’−MOE修飾された残基である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合において各ウィング領域の残基は、2’−OMe修飾された残基である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合において各ウィング領域の残基は、2’−F修飾された残基である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合においてコア領域の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシド残基である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合においてすべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合においてすべてのヌクレオチド間結合は、キラルホスホロチオエート結合である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合において各ウィング領域の残基は、2’−修飾された残基であり、コア領域中の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシド残基であり、およびコア領域中のすべてのヌクレオチド間結合は、キラルホスホロチオエート結合である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合において各ウィング領域の残基は、2’−OR修飾された残基であり、コア領域中の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシド残基であり、およびコア領域中のすべてのヌクレオチド間結合は、キラルホスホロチオエート結合である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合において各ウィング領域の残基は、2’−MOE修飾された残基であり、コア領域中の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシド残基であり、およびコア領域中のすべてのヌクレオチド間結合は、キラルホスホロチオエート結合である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合において各ウィング領域の残基は、2’−OMe修飾された残基であり、コア領域中の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシド残基であり、およびコア領域中のすべてのヌクレオチド間結合は、キラルホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、「X」ウィング領域の残基は、2’−MOE修飾された残基ではない。ある実施形態では、ウィング−コアのモチーフは、「X」ウィング領域の残基が2’−MOE修飾された残基ではないモチーフである。ある実施形態では、コア−ウィングのモチーフは、「X」ウィング領域の残基が2’−MOE修飾された残基ではないモチーフである。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、各「X」ウィング領域の残基が2’−MOE修飾された残基ではないモチーフである。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、各「X」ウィング領域の残基が2’−MOE修飾された残基ではない5−10−5モチーフである。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合においてコア「Y」領域の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシド残基である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合においてすべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、5−10−5のモチーフであり、この場合においてすべてのヌクレオチド間結合は、キラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。ある実施形態では、ウィング−コア−ウィングのモチーフは、各「X」ウィング領域の残基は、2’−MOE修飾された残基ではなく、コア「Y」領域中の残基は、2’−デオキシリボヌクレオシドであり、およびすべてのヌクレオチド間結合は、キラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、5−10−5モチーフである。
一部の実施形態では、キラルな修飾リン酸結合は、キラルなホスホロチオエート結合、すなわちホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域は、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、すべてのキラルな修飾リン酸結合は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約10%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約20%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約30%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約40%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約50%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約60%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約70%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約80%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約90%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約95%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Sp立体配置のものである。
一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約10%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約20%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約30%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約40%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約50%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約60%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約70%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約80%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約90%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の少なくとも約95%のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。
一部の実施形態では、コア領域の約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約10%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約20%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約30%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約40%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約50%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約60%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約70%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約80%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約90%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域の約95%未満のキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、Rp立体配置のものである。一部の実施形態では、コア領域は、Rpのキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合をただ1つ有する。一部の実施形態では、コア領域は、Rpのキラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合をただ1つ有し、この場合においてすべてのヌクレオチド間結合が、キラルホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並ぶブロックを含有するアルトマーである。一部の実施形態では、ブロックマーまたはアルトマーは、たとえば塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、立体化学などの化学修飾(存在または非存在を含む)により定義づけられる。ブロック単位および/または交互に並ぶ単位に対する、化学修飾、立体化学、およびそれらのパターンの例としては、たとえばウィング、コア、オリゴヌクレオチドなどに関し記載されるものなど、本開示において記載されるものが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ブロックマーは、..SS..RR..SS..RR..のパターンを含有する。一部の実施形態では、アルトマーは、SRSRSRSRのパターンを含有する。
一部の実施形態では、たとえばウィング、コア、ブロックなどの骨格キラル中心のパターンは、1個以上の(Rp)p(Sp)x(Rp)q(Sp)yを含有し、式中、p、x、q、yの各々は独立して0〜50であり、p+q>0、およびx+y>0である。
一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m単位、(Np)t(Rp)n(Sp)m単位、または(Sp)t(Rp)n(Sp)m単位の繰り返しを含有する。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Sp)m(Rp)nである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、SpRpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、SpSpRpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、SpRpRpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、RpRpSpである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Np)t(Rp)n(Sp)mである。一部の実施形態では、繰り返し単位は、(Sp)t(Rp)n(Sp)mである。
一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)x−(全てRpまたは全てSp)−(Rp/Sp)yを含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(全てRpまたは全てSp)−(Rp/Sp)を含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)x−(全てSp)−(Rp)yを含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)−(全てSp)−(Rp)を含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)x−(全てRp)−(Sp)yを含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てRp)−(Sp)を含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)x−(繰り返し(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)yを含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)を含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)x−(繰り返し SpSpRp)−(Rp/Sp)yを含有する。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し SpSpRp)−(Rp/Sp)を含有する。
一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)x−(全てRpまたは全てSp)−(Rp/Sp)yである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(全てRpまたは全てSp)−(Rp/Sp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)x−(全てSp)−(Rp)yである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)−(全てSp)−(Rp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)x−(全てRp)−(Sp)yである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)−(全てRp)−(Sp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)x−(繰り返し(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)yである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し(Sp)m(Rp)n)−(Rp/Sp)である。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)x−(繰り返し SpSpRp)−(Rp/Sp)yである。一部の実施形態では、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)−(繰り返し SpSpRp)−(Rp/Sp)である。
当分野の当業者であれば、標的転写産物の様々な領域が、提供される組成物および方法により標的化され得ることを理解する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、イントロン配列を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、エクソン配列を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、イントロン配列とエクソン配列を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、スプライシング部位にまでわたる配列を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、5’スプライシング部位、分岐点配列(BPS:branch point sequence)、ポリピリミジン領域(py tact)、3’スプライシング部位、イントロンスプライシングサイレンサー(ISS)、エクソンスプライシングサイレンサー(ESS)、イントロンスプライシングエンハンサー(ISE)、および/またはエクソンスプライシングエンハンサーの中に存在する配列、またはこれらを含有する配列を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、イントロン配列である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、エクソン配列である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、スプライシング部位にまでわたる配列である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、5’スプライシング部位、分岐点配列(BPS:branch point sequence)、ポリピリミジン領域(py tact)、3’スプライシング部位、イントロンスプライシングサイレンサー(ISS)、エクソンスプライシングサイレンサー(ESS)、イントロンスプライシングエンハンサー(ISE)、および/またはエクソンスプライシングエンハンサーの中に存在する配列、またはこれらを含有する配列である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、分岐点配列(BPS:branch point sequence)、ポリピリミジン領域(py tact)、イントロンスプライシングサイレンサー(ISS)、エクソンスプライシングサイレンサー(ESS)、イントロンスプライシングエンハンサー(ISE)、および/またはエクソンスプライシングエンハンサーの中に存在する配列である。
当分野の通常の技能を有する当業者に理解されるように、提供されるオリゴヌクレオチドおよび組成物は特に、非常に多くの核酸ポリマーを標的とすることができる。たとえば一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドおよび組成物は、核酸配列の転写産物を標的とすることができ、この場合においてオリゴヌクレオチドの共通塩基配列(たとえば、あるオリゴヌクレオチド型の塩基配列)は、その転写産物の配列に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し相補的な配列を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し相補的な配列である。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し100%相補的な配列を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、標的の配列に対し100%相補的な配列である。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、標的の配列に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、標的の配列に対し相補的な配列を含有する。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、標的の配列に対し%相補的な配列である。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、標的の配列に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、標的の配列に対し100%相補的な配列を含有する。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、標的の配列に対し100%相補的な配列である。
一部の実施形態では、本開示に記載されるように、提供されるオリゴヌクレオチドおよび組成物は、新たな切断パターン、速い切断速度、高い切断度、高い切断選択性などを提供し得る。一部の実施形態では、提供される組成物は、対象内または集団内に存在する1個以上の類似配列を有する標的核酸配列からの転写産物を選択的に抑制する(例えば、切断する)ことができ、標的配列およびその類似配列の各々は、類似配列と比較して標的配列を定義する固有のヌクレオチドの特徴的な配列要素を含む。一部の実施形態では、たとえば標的配列は、野生型アレルまたは遺伝子のコピーであり、類似配列は、非常に類似した塩基配列を有する配列であり、たとえばSNP、突然変異などを有する配列である。
一部の実施形態では、類似配列は、標的配列と60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%を越える配列相同性を有する。一部の実施形態において、標的配列は、1個以上の突然変異および/またはSNPを含む核酸配列の疾患原因となるコピーであり、類似配列は、疾患原因とならないコピー(野生型)である。一部の実施形態において、標的配列は突然変異を含み、この場合において類似配列は、対応する野生型配列である。一部の実施形態において、標的配列は変異アレルであり、一方で類似配列は野生型アレルである。一部の実施形態において、標的配列は、疾患原因となるアレルに関連するSNPを含み、一方で類似配列は、疾患原因となるアレルに関連しない同じSNPを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%を越える配列相同性を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、5塩基対未満、4塩基対未満、3塩基対未満、2塩基対未満、またはたった1塩基対で異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、1つの突然変異部位またはSNP部位のみで異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、1つの突然変異部位のみで異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対し相補的な標的配列の領域は、類似配列の対応する領域と、SNP部位のみで異なる。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し相補的な配列を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し相補的な配列である。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列である。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し相補的な配列を含有する。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し相補的な配列である。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列を含有する。一部の実施形態では、コア中の共通塩基配列は、特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列である。
特に本開示は、塩基配列は、オリゴヌクレオチドの特性に影響を与え得ると認識している。一部の実施形態では、ある塩基配列を有するオリゴヌクレオチドが、たとえばRNaseHを含む経路を介した標的の抑制に利用されるとき、当該塩基配列は標的の切断パターンに影響を与え得る。たとえば図33において、異なる配列を有する構造的には類似な(すべてのホスホロチオエート結合、すべての立体化学)オリゴヌクレオチドが、異なる切断パターンを有し得ることを示している。一部の実施形態において、立体不規則的ではないオリゴヌクレオチド組成物(例えば、本開示において提供される特定のオリゴヌクレオチド組成物)の共通塩基配列とは、DNAオリゴヌクレオチド組成物または立体不規則的な全ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド組成物に適用されるとき、DNA組成物の切断パターン(DNA切断パターン)および/または立体不規則的な全ホスホロチオエート組成物の切断パターン(立体不規則な切断パターン)は、特徴的な配列要素内またはその近傍の切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、内部または近傍の切断部位は、共通配列のコア領域に対して相補的な配列内にある。一部の実施形態において、内部または近傍の切断部位は、共通配列のコア領域に対して100%相補的な配列内にある。
一部の実施形態において、共通塩基配列は、そのDNA切断パターン中の特徴的な配列要素の内、または近傍に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、そのDNA切断パターン中の特徴的な配列要素の内に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、そのDNA切断パターン中の特徴的な配列要素の近傍に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、そのDNA切断パターン中の特徴的な配列要素の突然変異またはSNPの近傍に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、そのDNA切断パターン中の突然変異の近傍に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、そのDNA切断パターン中のSNPの近傍に切断部位を有する塩基配列である。
一部の実施形態において、共通塩基配列は、その立体不規則的な切断パターン中の特徴的な配列要素の内、または近傍に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、その立体不規則的な切断パターン中の特徴的な配列要素の内に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、その立体不規則的な切断パターン中の特徴的な配列要素の近傍に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、その立体不規則的な切断パターン中の特徴的な配列要素の突然変異またはSNPの近傍に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、その立体不規則的な切断パターン中の突然変異の近傍に切断部位を有する塩基配列である。一部の実施形態において、共通塩基配列は、その立体不規則的な切断パターン中のSNPの近傍に切断部位を有する塩基配列である。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、核酸配列に対して相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、核酸配列に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患原因となる核酸配列に対して相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患原因となる核酸配列に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患原因となる核酸配列の特徴的な配列要素に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有し、その特徴的な配列は、疾患原因とならない核酸配列と、疾患原因となる核酸配列を識別する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患原因となる核酸配列の特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有し、その特徴的な配列は、疾患原因とならない核酸配列と、疾患原因となる核酸配列を識別する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患に関連した核酸配列に対して相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患に関連した核酸配列に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患に関連した核酸配列の特徴的な配列要素に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有し、その特徴的な配列は、疾患に関連しない核酸配列と、疾患に関連した核酸配列を識別する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、疾患に関連した核酸配列の特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有し、その特徴的な配列は、疾患に関連しない核酸配列と、疾患に関連した核酸配列を識別する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、遺伝子に対して相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、遺伝子に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、遺伝子の特徴的な配列要素に対し相補的な配列であるか、またはそれを含有し、当該特徴的な配列は、当該遺伝子と、当該遺伝子と相同性を共有する類似の配列を識別する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、遺伝子の特徴的な配列要素に対し100%相補的な配列であるか、またはそれを含有し、当該特徴的な配列は、当該遺伝子と、当該遺伝子と相同性を共有する類似の配列を識別する。一部の実施形態において、共通塩基配列は、標的遺伝子の特徴的な配列要素に対して相補的な配列であるか、またはそれを含有し、当該特徴的な配列は、当該遺伝子のその他のコピー、たとえば当該遺伝子の野生型のコピーや、当該遺伝子の別の変異型コピー中には存在しない突然変異を含有する。一部の実施形態において、共通塩基配列は、標的遺伝子の特徴的な配列要素に対して100%相補的な配列であるか、またはそれを含有し、当該特徴的な配列は、当該遺伝子のその他のコピー、たとえば当該遺伝子の野生型のコピーや、当該遺伝子の別の変異型コピー中には存在しない突然変異を含有する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、SNPを含有する配列に対して相補的な配列であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、SNPを含有する配列に対して相補的な配列であるか、またはそれを含有し、および当該共通塩基配列は、疾患に関連したSNPに対し100%相補的である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中のキラルヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。一部の実施形態では、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチド中の各キラルヌクレオチド間結合は、式Iの構造を有する。一部の実施形態では、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチド中の各キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。
一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾塩基部分を含有する。当分野の通常の技能を有する当業者には公知であり、および本開示に記載されるように、様々な修飾を当および/または部分に導入することができる。たとえば一部の実施形態では、修飾は、US9006198、WO2014/012081、およびWO/2015/107425に記載される修飾であり、それら各々の糖修飾および塩基修飾は、参照により本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、糖修飾は、2’−修飾である。普遍的に使用される2’−修飾としては限定されないが、2’−ORが挙げられ、式中、Rは水素ではない。一部の実施形態では、修飾は2’−ORであり、式中、Rは任意で置換される脂肪族である。一部の実施形態では、修飾は、2’−OMeである。一部の実施形態では、修飾は、2’−O−MOEである。一部の実施形態では、本開示は、特定のキラル的に純粋なヌクレオチド間結合の含有および/または配置は、修飾された骨格結合、塩基、および/または糖の使用を介して達成されるものと同等、またはより優れた安定性の改善をもたらし得ることを示す。一部の実施形態では、提供される組成物の提供される単一オリゴヌクレオチドは、糖上に修飾を有さない。一部の実施形態では、提供される組成物の提供される単一オリゴヌクレオチドは、糖の2’−位置上に修飾を有さない(すなわち、2’−位置の2個の基は、−H/−Hまたは−H/−OHのいずれかである)。一部の実施形態では、提供される組成物の提供される単一オリゴヌクレオチドは、2’−MOE修飾を1個も有さない。
一部の実施形態では、2’−修飾は、−O−L−または−L−であり、それらは糖部分の2’−炭素を、糖部分の別の炭素に繋げる。一部の実施形態では、2’−修飾は、−O−L−または−L−であり、それらは糖部分の2’−炭素を、糖部分の4’−炭素に繋げる。一部の実施形態では、2’−修飾は、S−cEtである。一部の実施形態では、修飾糖部分は、LNA部分である。。
一部の実施形態では、2’−修飾は、−Fである。一部の実施形態では、2’−修飾は、FANAである。一部の実施形態では、2’−修飾は、FRNAである。
一部の実施形態では、糖修飾は、5’−修飾であり、たとえばR−5’−Me、S−5’−Meなどである。
一部の実施形態では、糖修飾は、糖の環のサイズを変化させる。一部の実施形態では、糖修飾は、FHNA中の糖部分である。
一部の実施形態では、糖修飾は、糖部分を、別の環式部分または非環式部分と置き換える。このような部分の例は当分野に広く公知であり、限定されないが、モルホリオで(任意でそのホスホロジアミデート結合とともに)使用されるもの、グリコール核酸などが挙げられる。
一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約25%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約30%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約35%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約40%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約45%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約50%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約55%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約60%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約65%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約70%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約75%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約80%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約85%がSp立体配置である。一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドは、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約90%がSp立体配置である。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、それらは高い粗純度と高いジアステレオマー純度の組成物である。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、それらは高い粗純度の組成物である。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、それらは高いジアステレオマー純度の組成物である。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチド型ではない組成物中のオリゴヌクレオチドが、当該オリゴヌクレオチド型の調製プロセスからの不純物、一部の例では、ある精製手順後の不純物であるという点で、実質的に純粋な当該ヌクレオチド型の調製物である。
一部の実施形態では、本開示は、当該組成物内のキラル結合リンに関し、1個以上のジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの構造を有するジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、キラル結合リンに関し、ジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を1個以上含有し、および1個以上のリン酸ジエステル結合を含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では本開示は、式Iの構造を有するジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を1個以上、およびリン酸ジエステル結合を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では本開示は、式I−cの構造を有するジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を1個以上、およびリン酸ジエステル結合を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態ではかかるオリゴヌクレオチドは、本出願に記載される、立体選択的オリゴヌクレオチド合成を使用することにより調製され、キラル結合リンに関して予め設計されたジアステレオマー的に純粋なヌクレオチド間結合を形成する。
ある実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、以下の式Iの構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は、以下に定義され、および記載されるとおりである。一部の実施形態では、式Iの結合は、キラルである。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを提供し、およびこの場合において当該オリゴヌクレオチド内の式Iの個々のヌクレオチド間結合は、互いに異なるP−修飾を有する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを提供し、およびこの場合において、当該オリゴヌクレオチド内の式Iの個々のヌクレオチド間結合は、互いに異なる−X−L−Rを有する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを提供し、およびこの場合において、当該オリゴヌクレオチド内の式Iの個々のヌクレオチド間結合は、互いに異なるXを有する。一部の実施形態では、本開示は、式Iの修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを提供し、およびこの場合において、当該オリゴヌクレオチド内の式Iの個々のヌクレオチド間結合は、互いに異なる−L−Rを有する。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチド型の組成物であるキラル制御された組成物中のオリゴヌクレオチドであり、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、当該型のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、所定レベルの複数のオリゴヌクレオチドを含有する提供される組成物中のオリゴヌクレオチドであり、当該複数のオリゴヌクレオチドは、共通塩基配列、共通パターンの骨格結合、および共通パターンの骨格キラル中心を共有し、およびキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、共通塩基配列、共通パターンの骨格結合、および共通パターンの骨格キラル中心を共有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、この場合において当該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも2個は、互いに異なる立体化学、および/または互いに異なるP−修飾を有する。一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、この場合において当該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも2個は、互いに異なる立体化学を有し、およびこの場合において、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドの構造の少なくとも一部は、交互に並ぶ立体化学の繰り返しパターンにより特徴付けられる。
一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供するものであり、この場合において当該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも2個は、それらが自身の−XLR部分に異なるX原子を有する点、および/またはそれらが自身の−XLR部分に異なるL基を有する点、および/またはそれらが自身の−XLR部分に異なるR原子を有する点で、互いに異なるP−修飾を有する。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、この場合において当該オリゴヌクレオチド内の個々のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも2個は、互いに異なる立体化学、および/または互いに異なるP−修飾を有し、当該オリゴヌクレオチドは、以下の式により表される構造を有する:
[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]
式中:
各Rは独立して、結合リンでR立体配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し;
各Sは独立して、結合リンでS立体配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し;
n1〜nyの各々は、ゼロまたは整数であり、少なくとも1個の奇数nと、少なくとも1個の偶数nが、ゼロではなく、それにより当該オリゴヌクレオチドは、互いに異なる立体化学を有する個々のヌクレオチド間結合を少なくとも2個含み:および
この場合においてn1〜nyの合計は、2〜200の間であり、一部の実施形態では、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25またはそれ以上からなる群から選択される下限と、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、および200からなる群から選択される上限の間であり、当該上限は、当該下限よりも大きい。
一部のかかる実施形態では、各nは、同じ値を有する。一部の実施形態では、各偶数nは、互いの偶数nと同じ値を有する。一部の実施形態では、各奇数nは、互いの奇数nと同じ値を有する。一部の実施形態では、少なくとも2個の偶数nは、互いに異なる値を有する。一部の実施形態では、少なくとも2個の奇数nは、互いに異なる値を有する。
一部の実施形態では、少なくとも2個の隣接するnは、互いに等しい。それにより提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さのS立体化学結合と、R立体化学結合の隣接するブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さのSおよびRの立体化学結合の繰り返しブロックを含む。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、SおよびRの立体化学結合の繰り返しブロックを含み、そこで少なくとも2個のそのようなブロックは、互いに異なる長さのブロックである。一部のかかる実施形態では、各S立体化学ブロックは、同じ長さのブロックであり、各R立体化学ブロックの長さとは異なる長さのブロックであり、各R立体化学ブロックは互いに任意で同じ長さのブロックであっても良い。
一部の実施形態では、少なくとも2個のスキップして隣接するnは、互いに等しく、それにより、提供されるオリゴヌクレオチドは、第一の立体化学の結合のブロックを少なくとも2個含み、当該第一の立体化学の結合のブロックは、互いに長さが等しく、およびその他の立体化学の結合のブロックにより分離される。それら分離ブロックは、第一の立体化学のブロックと同じ長さまたは異なる長さのブロックであってもよい。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの末端で結合ブロックと関連したnは、同じ長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、同じ結合立体化学の末端ブロックを有する。一部のかかる実施形態では、末端ブロックは、その他の結合立体化学の中間ブロックにより互いに分離される。
一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオスキップマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、上述のパターンのいずれかのオリゴヌクレオチドであり、およびP−修飾のパターンをさらに含有する。たとえば一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオスキップマーであり、およびP−修飾スキップマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーであり、およびP−修飾アルトマーである。一部の実施形態では、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーであり、およびP−修飾ブロックマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、たとえば式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]のオリゴヌクレオチドであり、独立して以下の式Iの構造を有する修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドである:
Figure 2019516679
式中:
P*は、不斉リン原子であり、RpまたはSpのいずれかであり;
Wは、O、SまたはSeであり;
X、YおよびZの各々は、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり;
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、この場合においてLの1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ;
は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり;
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であり;および

Figure 2019516679
は、独立してヌクレオシドとの結合を表す。
一部の実施形態では、キラル制御さrたオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾ヌクレオチド間リン結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、たとえばホスホロチオエート結合またはホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも2個のホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも3個のホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも4個のホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも5個のホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。そのような修飾ヌクレオチド間リン結合の例を本明細書にさらに記載する。
一部の実施形態では、キラル制御さrたオリゴヌクレオチドは、異なるヌクレオチド間リン結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも1個の修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも1個のホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも2個のホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも3個のホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも4個のホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも5個のホスホロチオエートトリエステル結合を含有する。そのような修飾ヌクレオチド間リン結合の例を本明細書にさらに記載する。
一部の実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、キラル補助基を含有し、たとえばそれを使用して、反応の立体選択性を制御する。一部の実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、キラル補助基を含有しない。一部の実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、対象への投与まで、および/または対象への投与の間、意図的に維持される。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、固形支持体に結合される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、固形支持体から切り離される。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも2個の連続的な修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個のリン酸ジエステルヌクレオチド間結合と、少なくとも2個の連続的なホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含有する。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、P−修飾ブロックマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、結合ブロックマーである。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、P−修飾アルトマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、結合アルトマーである。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ユニマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオユニマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、P−修飾ユニマーである。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、結合ユニマーである。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
一部の実施形態では、本開示は、独立して式Iの構造を有する修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含有するオリゴヌクレオチドを提供する。
Figure 2019516679
式中:
P*は、不斉リン原子であり、RpまたはSpのいずれかであり;
Wは、O、SまたはSeであり;
X、YおよびZの各々は、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり;
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、この場合においてLの1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ;
は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり;
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であり;および

Figure 2019516679
は、独立してヌクレオシドとの結合を表す。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。式(I)の構造を有するヌクレオチド間結合の例は当分野において広く公知であり、限定されないが、US20110294124、US20120316224、US20140194610、US20150211006、US20150197540、WO2015107425、PCT/US2016/043542、およびPCT/US2016/043598に記載されるものなどが挙げられる。これら各々は参照により本明細書に組み込まれる。
ヌクレオチド間結合の非限定的な例としては、当分野に報告されるものなどが挙げられ、限定されないが、以下のいずれかに記載されるものが挙げられる:Gryaznov,S.;Chen,J.−K.J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143,Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983,Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607−3630,Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530−531,Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253−256,Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226,Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74−81,Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966,Ts’o et al.1988 Ann.N.Y.Acad.Sci.507:220,およびVasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006;ならびに、Carbohydrate Modifications in Antisense Research;Sanghvi and Cook,eds.,ACS Symposium Series 580:Chapters 3 and 4,40−65)に記載されるもの。
一部の実施形態では、P*は、不斉リン原子であり、RpまたはSpのいずれかである。一部の実施形態では、P*は、Rpである。他の実施形態では、P*は、Spである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を1個以上含有し、式中、各P*は独立して、RpまたはSpである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を1個以上含有し、式中、各P*は、Rpである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を1個以上含有し、式中、各P*は、Spである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、P*は、Rpである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、P*は、Spである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、P*は、Rpであり、および式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、P*は、Spである。
一部の実施形態では、Wは、O、S、またはSeである。一部の実施形態では、WはOである。一部の実施形態では、WはSである。一部の実施形態では、WはSeである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、WはOである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、WはSである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、WはSeである。
一部の実施形態では、各Rは独立して水素であるか、またはC−C脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
いくつかの実施形態では、Rは水素である。一部の実施形態では、Rは、C−Cの脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールまたはヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−Cアルキルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される、直線状または分枝状のヘキシルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される、直線状または分枝状のペンチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される、直線状または分枝状のブチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される、直線状または分枝状のプロピルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるエチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるメチルである。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Rは置換フェニルである。一部の実施形態では、Rはフェニルである。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるカルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるC−C10カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される単環式カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロヘプチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロヘキシルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロブチルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換されるシクロプロピルである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される二環式カルボシクリルである。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるアリールである。一部の実施形態では、Rは任意で置換される二環式アリール環である。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるヘテロアリールである。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、または酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、または酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、非置換の5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、ピロリル、フラニル、またはチエニルから選択される。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。ある実施形態では、Rは、1個の窒素原子、および硫黄または酸素から選択される追加のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル、又はイソキサゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、1〜3個の窒素原子を有する6員のヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、1〜2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。ある実施形態では、Rは、1個の窒素を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルが挙げられる。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインダゾリルである。ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソキノリニルである。1つの態様によると、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、キナゾリンまたはキノキサリンである。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、非置換の3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
一部の実施形態では、Rは任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、2個の酸素原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。ある実施形態では、Rは、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、またはテトラヒドロチオピラニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の部分不飽和の単環式環である。ある実施形態では、Rは、任意で置換されるテトラヒドロピリジニル基、ジヒドロチアゾリル基、ジヒドロオキサゾリル基、またはオキサゾリニル基である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロキノリンである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリンである。
一部の実施形態では、各R’は独立して、−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または
同じ窒素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換される複素環またはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリールの環を形成する。
一部の実施形態では、R’は、−R、−C(O)R、−COR、または−SORであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、R’は、−Rであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、水素である。
一部の実施形態では、R’は、−C(O)Rであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、−CORであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、−SORであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、同じ窒素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換される複素環またはヘテロアリール環を形成する。一部の実施形態では、同じ炭素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリールの環を形成する。
一部の実施形態では、−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される任意で置換される二価の環である。
一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるフェニレンである。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるカルボシクリレンである。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるアリーレンである。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるヘテロアリーレンである。一部の実施形態では、−Cy−は、任意で置換されるヘテロシクリレンである。
一部の実施形態では、X、YおよびXの各々は独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、式中、LおよびRの各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Xは、−O−である。一部の実施形態では、Xは、−S−である。一部の実施形態では、Xは、−O−または−S−である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Xは、−O−である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Xは、−S−である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式中、Xは、−O−である式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個、および式中、Xは、−S−である式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個、含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、式中、Xは、−O−である式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個、および式中、Xは、−S−である式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個、および、式中、Lは任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンである式Iのヌクレオチド間結合を少なくとも1個含有し、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−により置き換えられる。
一部の実施形態では、Xは、−N(−L−R)−である。一部の実施形態では、Xは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Xは、−N(R’)−である。一部の実施形態では、Xは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Xは、−NH−である。
一部の実施形態では、Xは、Lである。一部の実施形態では、Xは、共有結合である。一部の実施形態では、Xは、任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。一部の実施形態では、Xは任意で置換されるC−C10アルキレン、またはC−C10アルケニレンである。一部の実施形態では、Xは、メチレンである。
一部の実施形態では、Yは、−O−である。一部の実施形態では、Yは、−S−である。
一部の実施形態では、Yは、−N(−L−R)−である。一部の実施形態では、Yは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Yは、−N(R’)−である。一部の実施形態では、Yは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Yは、−NH−である。
一部の実施形態では、Yは、Lである。一部の実施形態では、Yは、共有結合である。一部の実施形態では、Yは、任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。一部の実施形態では、Yは任意で置換されるC−C10アルキレン、またはC−C10アルケニレンである。一部の実施形態では、Yは、メチレンである。
一部の実施形態では、Zは、−O−である。一部の実施形態では、Zは、−S−である。
一部の実施形態では、Zは、−N(−L−R)−である。一部の実施形態では、Zは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Zは、−N(R’)−である。一部の実施形態では、Zは、−N(R)−である。一部の実施形態では、Zは、−NH−である。
一部の実施形態では、Zは、Lである。一部の実施形態では、Zは、共有結合である。一部の実施形態では、Zは、任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。一部の実施形態では、Zは任意で置換されるC−C10アルキレン、またはC−C10アルケニレンである。一部の実施形態では、Zは、メチレンである。
一部の実施形態では、Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。
一部の実施形態では、Lは、共有結合である。一部の実施形態では、Lは、任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられる。
一部の実施形態では、Lは、−L−V−の構造を有し、式中:
は、
Figure 2019516679
−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、カルボシクリレン、アリーレン、C−Cヘテロアルキレン、ヘテロシクリレン、およびヘテロアリーレンから選択される任意の置換基であり;
Vは、−O−、−S−、−NR’−、C(R’)、−S−S−、−B−S−S−C−、
Figure 2019516679
またはC−Cアルキレン、アリーレン、C−Cヘテロアルキレン、ヘテロシクリレン、およびヘテロアリーレンから選択される任意の置換基から選択され;
Aは、=O、=S、=NR’、または=C(R’)であり;
BおよびCの各々は独立して、−O−、−S−、−NR’−、−C(R’)−、またはC−Cアルキレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロシクリレン、もしくはヘテロアリーレンから選択される任意で置換される基であり;および
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
であり、式中、環Cy’は、任意で置換されるアリーレン、カルボシクリレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンである。一部の実施形態では、Lは任意で置換される
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、L
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Lは、Zに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
から選択される任意で置換される基であり、硫黄原子は、Vに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
から選択される任意で置換される基であり、炭素原子は、Xに繋がれている。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり;
Figure 2019516679
は、一重結合または二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成し;各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Figure 2019516679
は、一重結合または二重結合であり;および
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成する。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−である。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−である。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり;
Figure 2019516679
は、一重結合または二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成し;
および各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Figure 2019516679
は、一重結合または二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成し;
および各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり;
Figure 2019516679
は、一重結合または二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成し;および各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Figure 2019516679
は、一重結合または二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成し;および各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
R’は、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Dは、=N−、=C(F)−、=C(Cl)−、=C(Br)−、=C(I)−、=C(CN)−、=C(NO)−、=C(CO−(C−C脂肪族))−、または=C(CF)−であり;および
R’は、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、フェニル環は任意で置換される。一部の実施形態では、フェニル環は置換されない。一部の実施形態では、フェニル環は置換される。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、フェニル環は任意で置換される。一部の実施形態では、フェニル環は置換されない。一部の実施形態では、フェニル環は置換される。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Figure 2019516679
は、一重結合または二重結合であり;および
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成する。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
Gは、−O−、−S−、または−NR’であり;
Figure 2019516679
は、一重結合または二重結合であり;および
2つのRL1は、それらが結合される2個の炭素原子とともに、任意で置換されるアリール、C−C10炭素環式、ヘテロアリールまたは複素環式の環を形成する。
一部の実施形態では、Eは、−O−、−S−、−NR’−、または−C(R’)−であり、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Eは、−O−、−S−、または−NR’−である。一部の実施形態では、Eは、−O−、−S−、または−NH−である。一部の実施形態では、Eは、−O−である。一部の実施形態では、Eは、−S−である。一部の実施形態では、Eは、−NH−である。
一部の実施形態では、Gは、−O−、−S−、または−NR’−であり、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Gは、−O−、−S−、または−NH−である。一部の実施形態では、Gは、−O−である。一部の実施形態では、Gは、−S−である。一部の実施形態では、Gは、−NH−である。
一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中:
は、任意で置換されるC−Cのアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、−O−、−S−,−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2019516679
により置き換えられ;および
式中、G、R’および環Cy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、−L−S−であり、式中、Lは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−L−O−であり、式中、Lは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−L−N(R’)−であり、式中、LおよびR’の各々は、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−L−NH−であり、式中、LおよびR’の各々は、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCのアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2019516679
により置き換えられ、ならびにR’および環Cy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCアルキレンである。一部の実施形態では、−L−G−は、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCのアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2019516679
により置き換えられ、ならびにR’および環Cy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−G−は、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCのアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2019516679
により置き換えられ、ならびにR’および環Cy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−G−は、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるCのアルキレンまたはアルケニレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−S(O)−、−S(O)−、または
Figure 2019516679
により置き換えられ、ならびにR’および環Cy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−G−は、
Figure 2019516679
であり、式中、GおよびCy’の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは任意で置換されるC−Cアルキレンであり;およびGは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは任意で置換されるC−Cアルキレンであり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;およびGは、Rに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは任意で置換されるメチレンであり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;およびGは、Rに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lはメチレンであり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;およびGは、Rに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは任意で置換される−(CH−であり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;およびGは、Rに繋がれている。一部の実施形態では、Lは、−L−G−であり、式中、Lは−(CH−であり;Gは、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり;およびGは、Rに繋がれている。
一部の実施形態では、Lは
Figure 2019516679
であり、式中、Gは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり、およびGはRに繋がれている。一部の実施形態では、Lは
Figure 2019516679
であり、式中、Gは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり、およびGはRに繋がれている。一部の実施形態では、Lは
Figure 2019516679
であり、式中、Gは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりであり、およびGはRに繋がれている。一部の実施形態では、Lは
Figure 2019516679
であり、式中、硫黄原子はR1に繋がれている。一部の実施形態では、Lは
Figure 2019516679
であり、式中、酸素原子はRに繋がれている。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
であり、式中、Gは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換される、直線状または分枝状のC−Cアルキレンであり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、R’および‐Cy‐の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換されるC−Cアルキレンである。一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換されるC−Cアルケニレンである。一部の実施形態では、Lは、−S−RL3−または−S−C(O)−RL3−であり、式中、RL3は任意で置換されるC−Cアルキレンであり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルケニレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、一部の実施形態では、RL3は任意で置換される−S−(C−Cアルケニレン)−、−S−(C−Cアルキレン)−、−S−(C−Cアルキレン)−アリーレン−(C−Cアルキレン)−、−S−CO−アリーレン−(C−Cアルキレン)−、または−S−CO−(C−Cアルキレン)−アリーレン−(C−Cアルキレン)−である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、
Figure 2019516679
一部の実施形態では、上記および本明細書に記載されるLの実施形態における硫黄原子は、Xに繋がれる。一部の実施形態では、上記および本明細書に記載されるLの実施形態における硫黄原子は、Rに繋がれる。
一部の実施形態では、Rは、ハロゲン、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、ハロゲン、Rまたは任意で置換されるC−C10脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Rは、ハロゲンである。一部の実施形態では、Rは、−Fである。一部の実施形態では、Rは、−Clである。一部の実施形態では、Rは、−Brである。一部の実施形態では、Rは、−Iである。
一部の実施形態では、Rは、Rであり、式中、Rは上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Rは、C−C50の脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールまたはヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C50脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−Cアルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される、直線状または分枝状のプロピルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるエチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるメチルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるフェニルである。一部の実施形態では、Rは、置換フェニルである。一部の実施形態では、Rは、フェニルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるカルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される単環式カルボシクリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロヘプチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるシクロプロピルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される二環式カルボシクリルである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C50多環式炭化水素である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C50の多環式炭化水素であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Rは、1個以上の任意で置換される多環式炭化水素部分を含有する、任意で置換されるC−C50脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、1個以上の任意で置換される多環式炭化水素部分を含有する、任意で置換されるC−C50の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、1個以上の任意で置換される
Figure 2019516679
を含有する、任意で置換されるC−C50の脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアリールである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される二環式アリール環である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘテロアリールである。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、または酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、置換される5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄、または酸素から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、非置換の5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、ピロリル、フラニル、またはチエニルから選択される。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。ある実施形態では、Rは、1個の窒素原子、および硫黄または酸素から選択される追加のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル、またはイソキサゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、1〜3個の窒素原子を有する6員のヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、1〜2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。ある実施形態では、Rは、1個の窒素を有する、任意で置換される6員のヘテロアリール環である。R基の例としては、任意で置換されるピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルが挙げられる。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるベンゾキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインダゾリルである。ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される3個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5,6−縮合ヘテロアリール環である。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソキノリニルである。1つの態様によると、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6,6−縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、キナゾリンまたはキノキサリンである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、置換される3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、非置換の3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるヘテロシクリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、2個の酸素原子を有する、任意で置換される6員の部分不飽和の複素環式環である。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、3〜7員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。ある実施形態では、Rは、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、またはテトラヒドロチオピラニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5員の飽和または部分不飽和の複素環式環である。
ある実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜2個のヘテロ原子を有する、任意で置換される5〜6員の部分不飽和の単環式環である。ある実施形態では、Rは、任意で置換されるテトラヒドロピリジニル基、ジヒドロチアゾリル基、ジヒドロオキサゾリル基、またはオキサゾリニル基である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、任意で置換される8〜10員の二環式の飽和または部分不飽和の複素環式環である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるイソインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロキノリンである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換される1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリンである。
一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意の−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC−C10の脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意の−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Rは、CH−、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Rは、Lに繋がれている、末端の任意で置換される−(CH−部分を含有する。かかるR基の例を以下に図示する:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、Rは、Lに繋がれている、末端の任意で置換される−(CH)−部分を含有する。かかるR基の例を以下に図示する:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、Rは、−S−RL2であり、式中、RL2は任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、R’および−Cy−の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−S−RL2であり、式中、硫黄原子は、L基中の硫黄原子と結合される。
一部の実施形態では、Rは、−C(O)−RL2であり、式中、RL2は任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、R’および−Cy−の各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、−C(O)−RL2であり、式中、カルボニル基は、L基中のGと結合される。一部の実施形態では、Rは、−C(O)−RL2であり、式中、カルボニル基は、L基中の硫黄原子と結合される。
一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族である。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−Cアルキルである。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−Cアルケニルである。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−Cアルキニルである。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、−Cy−または−C(O)−により置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、−Cy−により置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるヘテロシクリレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるアリーレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるヘテロアリーレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、任意で置換されるC−C10カルボシクリレンにより置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、2個のメチレン単位が任意で、および独立して、−Cy−または−C(O)−により置き換えられる。一部の実施形態では、RL2は、任意で置換されるC−C脂肪族であり、式中、2個のメチレン単位が任意で、および独立して、−Cy−または−C(O)−により置き換えられる。RL2基の例を以下に図示する:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、Rは、水素であるか、または
Figure 2019516679
Figure 2019516679
−S−(C−C10脂肪族)、C−C10脂肪族、アリール、C−Cヘテロアルキル、ヘテロアリール、およびヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
Figure 2019516679
または−S−(C−C10脂肪族)である。一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Rは、−S−(C−C脂肪族)、C−C10脂肪族、C−Cヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、およびヘテロアリールから選択される、任意で置換される基である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、上記および本明細書に記載されるRの実施形態における硫黄原子は、上記および本明細書に記載されるLの実施形態における、硫黄原子、G、E、または−C(O)−部分と結合される。一部の実施形態では、上記および本明細書に記載されるRの実施形態における−C(O)−部分は、上記および本明細書に記載されるLの実施形態における、硫黄原子、G、E、または−C(O)−部分と結合される。
一部の実施形態では、−L−Rは、上記および本明細書に記載されるLの実施形態ならびにRの実施形態の任意の組み合わせである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−Rであり、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−Rであり、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−S−RL2であり、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−L−G−C(O)−RL2であり、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2019516679
Figure 2019516679
であり、式中、RL2は、任意で置換されるC−Cの脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ、および各Gは、独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、−RL3−S−S−RL2であり、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、−L−Rは、−RL3−C(O)−S−S−RL2であり、式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、Lは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、以下の構造を有する:
Figure 2019516679
式中:
フェニル環は任意で置換され、および
各RおよびXは独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2019516679
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、−L−Rは、以下である:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の任意で置換される−(CH−部分を含有する。一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の−(CH−部分を含有する。かかる−L−R部分の例を、以下に図示する:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の任意で置換される−(CH)−部分を含有する。一部の実施形態では、−L−Rは、Xに繋がれる、末端の−(CH)− 部分を含有する。かかる−L−R部分の例を、以下に図示する:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、−L−Rは、
Figure 2019516679
であり;およびXは、−S−である。
一部の実施形態では、−L−Rは、CH−、
Figure 2019516679
であり、Xは、−S−であり、Wは、Oであり、Yは、−O−であり、およびZは、−O−である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
または−S−(C−C10脂肪族)である。
一部の実施形態では、Rは、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、Xは、−O−または−S−であり、およびRは、
Figure 2019516679
または−S−(C−C10脂肪族)である。
一部の実施形態では、Xは、−O−または−S−であり、Rは、
Figure 2019516679
−S−(C−C10脂肪族)または−S−(C−C50脂肪族)である。
一部の実施形態では、Lは、共有結合であり、−L−Rは、Rである。
一部の実施形態では、−L−Rは、水素ではない。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、Rは、
Figure 2019516679
Figure 2019516679
−S−(C−C10脂肪族)または−S−(C−C50脂肪族)である。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
の構造を有し、式中、
Figure 2019516679
部分は任意で置換される。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
の構造を有し、式中、X’は、OまたはSであり、Y’は、−O−、−S−、または−NR’−であり、および
Figure 2019516679
部分は任意で置換される。一部の実施形態では、Y’は、−O−、−S−、または−NH−である。一部の実施形態では、
Figure 2019516679
は、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、
Figure 2019516679
は、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、
Figure 2019516679
は、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
の構造を有し、式中、X’は、OまたはSであり、および
Figure 2019516679
部分は任意で置換される。一部の実施形態では、
Figure 2019516679
は、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
であり、式中、
Figure 2019516679
は、任意で置換される。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
であり、式中、
Figure 2019516679
は、置換される。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
であり、式中、
Figure 2019516679
は、置換されない。
一部の実施形態では、−X−L−Rは、R−C(O)−S−L−S−であり、式中、Lは、
Figure 2019516679
から選択される、任意で置換される基である。一部の実施形態では、Lは、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、(CHC−S−S−L−S−である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、R−C(=X’)−Y’−C(R)−S−L−S−である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、R−C(=X’)−Y’−CH−S−L−S−である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、
Figure 2019516679
である。
当分野の当業者に認識されるように、本明細書に記載される−X−L−R基の多くが切断可能であり、対象に投与された後、−Xへと転換され得る。一部の実施形態では、−X−L−Rは、切断可能である。一部の実施形態では、−X−L−Rは、−S−L−Rであり、対象に投与された後、−Sへと転換される。一部の実施形態では、転換は、対象の酵素により促進される。当分野の当業者により認識されるように、−S−L−R基が、投与後に−Sへと転換されるか否かを決定する方法は当分野に広く公知であり、および実施されており、薬物代謝および薬物動態の研究に使用される方法が挙げられる。
一部の実施形態では、式Iの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、式Iのヌクレオチド間結合は、以下の式I−aの構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、式Iのヌクレオチド間結合は、以下の式I−bの構造を有する:
Figure 2019516679
式中、各変数は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、式Iのヌクレオチド間結合は、以下の式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合である:
Figure 2019516679
式中:
P*は、不斉リン原子であり、RpまたはSpのいずれかであり;
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状もしくは分枝状のC−C10アルキレンであり、式中、Lの1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ;
は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、式中、1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、任意で置換されるC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、または−C(O)O−により置き換えられ;
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
同じ窒素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換される複素環またはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の2つのR’は、それらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリールの環を形成し;
−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり;
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールまたはヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基であり;

Figure 2019516679
は、独立してヌクレオシドとの結合を表し;
は、Lが共有結合の場合、−Hではない。
一部の実施形態では、式Iの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、式I−cの構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2019516679
である。
一部の実施形態では、本開示は、リン酸ジエステル結合を1個以上、および式I−a、I−b、またはI−cを有する修飾ヌクレオチド間結合を1個以上含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、Iの構造を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、I−aの構造を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、I−bの構造を有する。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、I−cの構造を有する。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートである。式Iの構造を有するヌクレオチド間結合の例は当分野において広く公知であり、限定されないが、US20110294124、US20120316224、US20140194610、US20150211006、US20150197540、WO2015107425、PCT/US2016/043542、およびPCT/US2016/043598に記載されるものなどが挙げられる。これら各々は参照により本明細書に組み込まれる。
ヌクレオチド間結合の非限定的な例としては、当分野に報告されるものなどが挙げられ、限定されないが、以下のいずれかに記載されるものが挙げられる:Gryaznov,S.;Chen,J.−K.J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143,Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983,Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607−3630,Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530−531,Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253−256,Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226,Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74−81,Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966,Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220,およびVasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006。
一部の実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチド、たとえば第一の複数のオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、および/またはヌクレオチド間結合修飾を含有し、この場合において1個以上の修飾は、重水素の富化である。一部の実施形態では、たとえばオリゴヌクレオチドは、その糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、脂質部分、リンカー部分、標的化構成要素などのうちの1個以上で重水素化される。かかるオリゴヌクレオチドを、本明細書に記載される任意の組成物または方法に使用することができる。
提供される技術のオリゴヌクレオチドは、様々な長さのものであってもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50個またはそれ以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50個またはそれ以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50個またはそれ以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、16個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、17個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、18個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、19個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、21個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、22個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、23個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、24個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、26個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、27個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、28個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、29個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、40個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、50個以上の塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、15merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、16merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、17merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、18merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、19merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、20merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、21merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、22merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、23merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、24merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、25merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、26merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、27merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、28merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、29merである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、30merである。
一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、および式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも1個含有する。一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、および式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも2個含有する。一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、および式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも3個含有する。一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、および式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも4個含有する。一部の実施形態では、本開示はキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、当該キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステルヌクレオチド間結合を少なくとも1個、および式I−cの構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合を少なくとも5個含有する。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、1個以上のヌクレオチドが、ある条件下で「自己放出」する傾向があるリン修飾を含有するよう設計される。すなわちある条件下で、特定のリン修飾は、オリゴヌクレオチドから自己開裂し、たとえば天然型のDNAおよびRNAに存在するものなどのリン酸ジエステルを生成するように設計される。一部の実施形態では、かかるリン修飾は、−O−L−Rの構造を有し、式中、LおよびRの各々は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、自己放出基は、モルホリノ基を含有する。一部の実施形態では、自己放出基は、剤をヌクレオチド間結合に送達する能力により特徴付けられる。当該剤は、たとえば脱硫など、リン原子のさらなる修飾を促進する。一部の実施形態では、当該剤は水であり、当該さらなる修飾は、天然型のDNAおよびRNAに存在するものなどのリン酸ジエステルを形成する加水分解である。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、得られた薬剤学的性質が、リンでの1個以上の特定の修飾を介して改善されるよう設計される。当分野において、あるオリゴヌクレオチドはヌクレアーゼにより急速に分解され、細胞質膜を介した細胞取り込みが少ないことが多く報告されている(Poijarvi−Virta et al.,Curr.Med.Chem.(2006),13(28);3441−65;Wagner et al.,Med.Res.Rev.(2000),20(6):417−51;Peyrottes et al.,Mini Rev.Med.Chem.(2004),4(4):395−408;Gosselin et al.,(1996),43(1):196−208;Bologna et al.,(2002),Antisense&Nucleic Acid Drug Development 12:33−41)。たとえばVivesら(Nucleic Acids Research(1999),27(20):4071−76)は、親オリゴヌクレオチドと比較し、SATEtert−ブチル プロ−オリゴヌクレオチドは細胞透過性の著しい上昇を示すことを発見した。
一部の実施形態では、結合リンでの修飾は、たとえば天然型のDNAおよびRNAに存在するものなどのようなリン酸ジエステルに、1個以上のエステラーゼ、ヌクレアーゼ、および/または、限定されないが以下に列記されるものなどのチトクロームP450の酵素により変換される能力により特徴付けられる:
Figure 2019516679
一部の実施形態では、リンでの修飾は、P−修飾部分を生じさせ、当該P−修飾部分は、プロドラッグとして作用するという点で特徴付けられる。たとえばP−修飾部分は、所望される位置へのオリゴヌクレオチドの送達を促進した後、除去される。たとえば一部の実施形態では、P−修飾部分は、結合リンでのPEG化から生じる。関連分野の当業者であれば、様々なPEG鎖長が有用であること、および鎖長の選択は、PEG化により達成されようとする結果により部分的に決定されることを認識するであろう。たとえば一部の実施形態では、PEG化は、RES取り込みの低下、およびオリゴヌクレオチドのin vivo循環存続期間の延長に効果的である。
一部の実施形態では、本開示に従う用途に対するPEG化試薬は、約300g/モル〜約100,000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約300g/モル〜約10,000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約300g/モル〜約5,000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約500g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約1000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約3000g/モルの分子量のものである。一部の実施形態では、PEG化試薬は、約5000g/モルの分子量のものである。
ある実施形態では、PEG化試薬は、PEG500である。ある実施形態では、PEG化試薬は、PEG1000である。ある実施形態では、PEG化試薬は、PEG3000である。ある実施形態では、PEG化試薬は、PEG5000である。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、たとえば脂質、PEG化脂質など、PKエンハンサーとして作用するという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、たとえば膜−破壊性の脂質またはペプチドなど、細胞への侵入および/またはエンドソーム回避を促進する剤として作用するという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、標的化剤として作用するという点で特徴付けられる。一部の実施形態では、P−修飾部分は、標的化剤である、またはそれを含有する。本明細書において使用される場合、「標的化剤」という文言は、対象のペイロードと(例えば、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と)関連する実体であり、および対象の標的部位と相互作用し、対象のペイロードが当該標的化剤と関連していない場合の別段の同等条件下で観察される場合よりも大幅に、当該標的化剤と関連した場合には、対象の標的部位に、対象のペイロードを標的化させる実体である。標的化剤は、例えば、低分子部分、核酸、ポリペプチド、炭水化物をはじめとする様々な任意の化学的部分であってもよい、またはこれらを含んでもよい。標的化剤はさらに、et al.,“Organelle Specific Targeted Drug Delivery − A Review,”International Journal of Research in Pharmaceutical and Biomedical Sciences,2011,p.895に解説される。
かかる標的化剤の例としては、限定されないが、タンパク質(例えば、トランスフェリン)、オリゴペプチド(例えば、環式および非環式のRGD含有オリゴペプチド)、抗体(モノクローナル抗体およびポリクローナる抗体、例えば、IgG、IgA、IgM、IgD、IgEの抗体)、糖/炭水化物(例えば、単糖および/またはオリゴ糖(マンノース、マンノース−6−リン酸、ガラクトースなど))、ビタミン(例えば、葉酸)、またはその他の生体低分子が挙げられる。一部の実施形態では、標的化部分は、ステロイド分子である(例えば、コール酸、デオキシコール酸、デヒドロコール酸を含む胆汁酸;コルチゾン;ジゴキシゲニン;テストステロン;コレステロール;コルチゾン環の3位での二重結合を通じて結合されるトリメチルアミノメチルヒドラジド基を有するコルチゾンなどのカチオン性ステロイドなど)。一部の実施形態では、標的化部分は、脂溶性分子(例えば、脂環式炭化水素、飽和および不飽和の脂肪酸、ワックス、テルペン、ならびにたとえばアダマンティン(adamantine)およびバックミンスターフラーレンなどの多脂環式炭化水素)である。一部の実施形態では、脂溶性分子は、たとえばビタミンA、レチノイン酸、レチナール、またはデヒドロレチナールなどのテルペノイドである。一部の実施形態では、標的化部分は、ペプチドである。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、式−−X−L−Rの標的化剤であり、式中、X、LおよびRの各々は、上記の式Iにおいて定義されるとおりである。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、細胞特異的送達を促進するという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、P−修飾部分は、上記のカテゴリーの内の1個以上に含まれるという点で特徴付けられる。たとえば一部の実施形態では、P−修飾部分は、PKエンハンサーおよび標的化リガンドとして作用する。一部の実施形態では、P−修飾部分は、プロドラッグおよびエンドソーム回避剤として作用する。関連技術の当業者であれば、本開示により、そのような組み合わせが他にも数多く可能であり、予期されることを理解するであろう。
一部の実施形態では、カルボシクリル基、アリール基、ヘテロアリール基、もしくはヘテロシクリル基、またはそれらの二価もしくは多価の基は、C−C30のカルボシクリル基、アリール基、ヘテロアリール基、もしくはヘテロシクリル基、またはそれらの二価もしくは多価の基である。
核酸塩基
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド中に存在する核酸塩基は、天然の核酸塩基、または天然核酸塩基から誘導された修飾核酸塩基である。例としては、限定されないが、それぞれのアミノ基がアシル保護基により保護されているウラシル、チミン、アデニン、シトシン、およびグアニンと、フルオロウラシル、2−フルオロシトシン、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、2,6−ジアミノプリン、アザシトシン、疑似イソシトシンや疑似ウラシルなどのピリミジンアナログ、8−置換のプリン、キサンチン、またはヒポキサンチンなどのその他の修飾核酸塩基が挙げられる(最後の2つは、自然分解生成物である)。修飾核酸塩基の例は、Chiu and Rana,RNA,2003,9,1034−1048,Limbach et al.Nucleic Acids Research,1994,22,2183−2196およびRevankar and Rao,Comprehensive Natural Products Chemistry,vol.7,313に記載されている。いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシンまたはグアニンである。いくつかの実施形態において、修飾核酸塩基は、例えば、ウラシル、チミン、アデニン、シトシンまたはグアニンの水素結合および/または塩基対形成に関する、機能的な置き換えである。いくつかの実施形態において、核酸塩基は任意で、置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5−メチルシトシンまたはグアニンである。いくつかの実施形態において、核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5−メチルシトシンまたはグアニンである。
一部の実施形態では、修飾塩基は任意で、置換されたアデニン、シトシン、グアニン、チミンまたはウラシルである。いくつかの実施形態において、修飾核酸塩基は独立して、1つ以上の修飾によって修飾されたアデニン、シトシン、グアニン、チミンまたはウラシルであり、当該修飾により:
(1)核酸塩基は、アシル、ハロゲン、アミノ、アジド、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルキニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、カルボキシル、ヒドロキシル、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、置換シリル、およびこれらの組み合わせから独立して選択される、1個以上の任意で置換される基によって修飾され;
(2)核酸塩基の1個以上の原子が独立して、炭素、窒素または硫黄から選択される異なる原子で置き換えられ;
(3)核酸塩基中の1つ以上の二重結合が、独立して水素化されているか;または
(4)1個以上のアリール環またはヘテロアリール環は独立して核酸塩基に挿入される。
以下の一般式で表される構造も、修飾核酸塩基として予期される:
Figure 2019516679
式中、Rは、1〜15個の炭素原子を有する、脂肪族、アリール基、アラルキル基、アリールオキシルアルキル基、カルボシクリル基、ヘテロシクリル基またはヘテロアリール基から選択される、任意で置換される直線状または分枝状の基であり、例にすぎないが、メチル、イソプロピル、フェニル、ベンジル、またはフェノキシメチル基が挙げられる。RおよびR10のそれぞれは独立して、直線状または分枝状の脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロシクリルおよびヘテロアリールから選択される任意で置換される基である。
修飾された核酸塩基としては、例えばフェニル環などの1個以上のアリール環が付加された、大きさが拡大された核酸塩基が挙げられる。Glen Research catalog(www.glenresearch.com);Krueger AT et al,Acc.Chem.Res.,2007,40,141−150;Kool,ET,Acc.Chem.Res.,2002,35,936−943;Benner S.A.,et al.,Nat.Rev.Genet.,2005,6,553−543;Romesberg,F.E.,et al.,Curr.Opin.Chem.Biol.,2003,7,723−733;Hirao,I.,Curr.Opin.Chem.Biol.,2006,10,622−627に記載される核酸塩基置換も、,本明細書に記載される核酸合成に有用であると予期される。大きさが拡大された核酸塩基のいくつかの例を、以下に示す:
Figure 2019516679
本明細書において、修飾核酸塩基には、核酸塩基とは見做されず、その他の部分である構造も包含され、たとえば限定されないが、コリンまたはポルフィリンから誘導される環が挙げられる。ポルフィリン誘導塩基置換は、Morales−Rojas,H and Kool,ET,Org.Lett.,2002,4,4377−4380に記載される。塩基置換として使用され得るポルフィリン誘導環の一例を以下に示す:
Figure 2019516679
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、任意で置換される、以下の構造のいずれかのものである:
Figure 2019516679
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、蛍光性である。そのような蛍光性の修飾塩基例としては、以下に示すフェナントレン、ピレン、スチルベン、イソキサンチン、イソザントプテリン(isozanthopterin)、テルフェニル、テルチオフェン、ベンゾテルチオフェン、クマリン、ルマジン、テザースチルベン、ベンゾ−ウラシル、およびナフト−ウラシルが挙げられる:
Figure 2019516679
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、非置換である。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、置換される。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、例えば、蛍光性部分、ビオチンもしくはアビジン部分、またはその他のタンパク質もしくはペプチドに結合されたヘテロ原子、アルキル基、または結合部分を含有するように置換される。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、最も古典的な意味では核酸塩基ではないが、核酸塩基と同様に機能する「ユニバーサル塩基」である。そのようなユニバーサル塩基の代表的な例の1つは、3−ニトロピロールである。
一部の実施形態において、別のヌクレオシドもまた本明細書中に開示されるプロセスにおいて使用することができ、修飾核酸塩基、または修飾糖と共有結合する核酸塩基を組み込んだヌクレオシドを含む。修飾核酸塩基を組み込んだヌクレオシドまたはヌクレオチドのいくつかの例としては、4−アセチルシチジン;5−(カルボキシヒドロキシルメチル)ウリジン;2′−O−メチルシチジン;5−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン;5−カルボキシメチルアミノメチルウリジン;ジヒドロウリジン;2′−O−メチルシュードウリジン;ベータ,D−ガラクトシルキューオシン(beta,D−galactosylqueosine);2′−O−メチルグアノシン;N−イソペンテニルアデノシン;1−メチルアデノシン;1−メチルシュードウリジン;1−メチルグアノシン;l−メチルイノシン;2,2−ジメチルグアノシン;2−メチルアデノシン;2−メチルグアノシン;N−メチルグアノシン;3−メチル−シチジン;5−メチルシチジン;5−ヒドロキシメチルシチジン;5−ホルミルシトシン;5−カルボキシルシトシン;N−メチルアデノシン;7−メチルグアノシン;5−メチルアミノエチルウリジン;5−メトキシアミノメチル−2−チオウリジン;ベータ,D−マンノシルキューオシン(beta,D−mannosylqueosine);5−メトキシカルボニルメチルウリジン;5−メトキシウリジン;2−メチルチオ−N−イソペンテニルアデノシン;N−((9−ベータ,D−リボフラノシル−2−メチルチオプリン−6−イル)カルバモイル)トレオニン;N−((9−ベータ,D−リボフラノシルプリン−6−イル)−N−メチルカルバモイル)トレオニン;ウリジン−5−オキシ酢酸メチルエステル;ウリジン−5−オキシ酢酸(v);シュードウリジン;キューオシン(queosine);2−チオシチジン;5−メチル−2−チオウリジン;2−チオウリジン;4−チオウリジン;5−メチルウリジン;2′−O−メチル−5−メチルウリジン;および2′−O−メチルウリジンが挙げられる。
一部の実施形態において、ヌクレオシドは、6′位に(R)または(S)のいずれかのキラリティーを有する6′−修飾二環式ヌクレオシドアナログを含み、および米国特許第7,399,845号に記載されるアナログを含む。他の実施形態において、ヌクレオシドは、5′位に(R)または(S)のいずれかのキラリティーを有する5′−修飾二環式ヌクレオシドアナログを含み、および米国特許出願20070287831に記載されるアナログを含む。
一部の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基は、例えば、抗体、抗体断片、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、受容体リガンド、またはキレート部分などの1個以上の生体分子結合部分を含む。別の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基は、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、または2,6−ジアミノプリンである。一部の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基は、蛍光性部分または生体分子結合部分との置換により修飾される。一部の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基上の置換基は、蛍光性部分である。一部の実施形態において、核酸塩基または修飾核酸塩基上の置換基は、ビオチンまたはアビジンである。
上述の特定の修飾核酸塩基ならびに他の修飾核酸塩基の調製を教示する代表的な米国特許としては、限定されないが、上述の米国特許第 3,687,808号ならびに米国特許第 4,845,205号;第5,130,30号;第5,134,066号;第5,175,273号;第5,367,066号;第5,432,272号;第5,457,187号;第5,457,191号;第5,459,255号;第5,484,908号;第5,502,177号;第5,525,711号;第5,552,540号;第5,587,469号;第5,594,121号、第5,596,091号;第5,614,617号;第5,681,941号;第5,750,692号;第6,015,886号;第6,147,200号;第6,166,197号;第6,222,025号;第6,235,887号;第6,380,368号;第6,528,640号;第6,639,062号;第6,617,438号;第7,045,610号;第7,427,672号;および第7,495,088号が挙げられ、それら各々の修飾核酸塩基、修飾糖、および修飾ヌクレオチド間結合は参照により組み込まれる。
一部の実施形態では、塩基は、任意で置換されるA、T、C、GまたはUであり、この場合において1個以上の−NHが独立して、および任意で、−C(−L−Rと置き換えられ、1個以上の−NH−が独立して、および任意で、−C(−L−R−と置き換えられ、1個以上=NH−が独立して、および任意で、−C(−L−R)−と置き換えられ、1個以上の=CH−が独立して、および任意で、=N−と置き換えられ、ならびに1個以上の=Oが独立して、および任意で、=S、=N(−L−R)、または=C(−L−Rと置き換えられ、この場合において2個以上の−L−Rが任意で、それらの間に挟まれる原子とともに、0〜10個のヘテロ原子環原子を有する3〜30員の二環式または多環式の環を形成する。一部の実施形態では、修飾塩基は、任意で置換されるA、T、C、GまたはUであり、この場合において1個以上の−NHが独立して、および任意で、−C(−L−Rと置き換えられ、1個以上の−NH−が独立して、および任意で、−C(−L−R−と置き換えられ、1個以上=NH−が独立して、および任意で、−C(−L−R)−と置き換えられ、1個以上の=CH−が独立して、および任意で、=N−と置き換えられ、ならびに1個以上の=Oが独立して、および任意で、=S、=N(−L−R)、または=C(−L−Rと置き換えられ、この場合において2個以上の−L−Rが任意で、それらの間に挟まれる原子とともに、0〜10個のヘテロ原子環原子を有する3〜30員の二環式または多環式の環を形成し、この場合において当該修飾塩基は、天然型のA、T、C、GおよびUとは異なる。一部の実施形態では、塩基は任意で置換されるA、T、C、GまたはUである。一部の実施形態では、修飾塩基は、置換されたA、T、C、GまたはUであり、この場合において当該修飾塩基は、天然型のA、T、C、GおよびUとは異なる。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログは、以下のいずれかに記載される任意の修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログである:Albaek et al.2006 J.Org.Chem.71:7731−7740;Braasch et al.,Chem.Biol.,2001,8,1−7;Chattopadhyaya et al.2009 J.Org.Chem.74:18−134;Elayadi et al,Curr.Opinion Invens.Drugs,2001,2,5561;Frieden et al.2003 Nucl.Acids Res.21:6365−6372;Freier et al.1997 Nucl.Acids Res.25:4429−4443;Gryaznov et al.Am.Chem.Soc.1994,116,3143;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J.3:110;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130−146;Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983;Koizumi et al.2003 Nuc.Acids Res.12:3267−3273;Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607−3630;Kumar et al.1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219−2222;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530−531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253−256;Leumann et al.2002 Bioorg.Med.Chem.10:841−854;Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241−242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73−76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211−2226;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev.73;Nielsen et al.1997 J.Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423−3433;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38(50):8735−8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401−5404;Oram et al,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,239−243;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195−8197;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74−81;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395−1396;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Seth et al.2009 J.Med.Chem.52:10−13;Seth et al.2010 J.Med.Chem.53:8309−8318;Seth et al.2010 J.Org.Chem.75:1569−1581;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296−299;Seth et al.2012 Mol.Ther−Nuc.Acids.1,e47;Seth et al.From Nucleic Acids Symposium Series(2008),52(1),553−554;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247−1248;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:10035−39;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:6078−6079;Singh et al.1998 Chem.Commun.4:455−456;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130−2131;Srivastava et al.2007 J.Am.Chem.Soc,129:8362−8379;Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int.Ed.Engl.34:1338;Vasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006;Wahlestedt et al.2000 Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.97:5633−5638;米国特許第3,687,808号;第4,845,205号;第5,130,302号;第5,134,066号;第5,175,273号;第5,367,066号;第5,432,272号;第5,457,187号;第5,459,255号;第5,484,908号;第5,502,177号;第5,525,711号;第5,552,540号;第5,587,469号;第5,594,121号;第5,596,091号;第5,614,617号;第5,645,985号;第5,681,941号;第5,750,692号;第6,268,490号;第6,525,191号;第6,670,461号;第6,770,748号;第6,794,499号;第7,034,133号;第7,053,207号;第7,399,845号;および第7,427,672号;米国特許出願公開US2004/0171570;US2005/0130923;US2007/0287831;およびUS2008/0039618;米国特許出願12/129,154;60/989,574;61/026,995;61/026,998;61/056,564;61/086,231;61/097,787;および61/099,844;PCT国際特許出願PCT/US2008/064591;PCT/US2008/066154;およびPCT/US2008/068922。WO2004/106356;WO1994/14226;WO2005/021570;WO2007/134181;WO2007/0900071;WO2008/154401;WO2008/101157;WO2008/150729;WO2009/006478;またはWO2016/079181。核酸塩基の例は、S20110294124、US20120316224、US20140194610、US20150211006、US20150197540、WO2015107425、PCT/US2016/043542、およびPCT/US2016/043598にも記載されており、それら各々は参照により本明細書に組み込まれる。
糖類
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾糖部分を含有する。
最も普遍的な天然ヌクレオチドは、核酸塩基のアデノシン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、およびチミン(T)またはウラシル(U)に結合したリボース糖から構成される。また、ヌクレオチド内のリン酸基または結合したリン酸が、糖または修飾された糖のさまざまな位置に結合可能である修飾されたヌクレオチドが企図される。非限定的な例としては、リン酸基または結合リンは、糖または修飾糖の2’、3’、4’または5’のヒドロキシル部分に結合可能である。本明細書中で記載される修飾核酸塩基を組み込むヌクレオチドもまたこの文脈において予期される。一部の実施形態において、保護されていない−OH部分を含むヌクレオチドまたは修飾ヌクレオチドが、本開示方法に従い使用される。
その他の修飾糖も、提供されるオリゴヌクレオチド内に組み込まれ得る。一部の実施形態では、修飾糖は、以下のうちの1個を含む2’位で1個以上の置換基を含有する:−F;−CF、−CN、−N、−NO、−NO、−OR’、−SR’、もしくは−N(R’)であって、式中、各R’は独立して上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである;−O−(C−C10アルキル)、−S−(C−C10アルキル)、−NH−(C−C10アルキル)、もしくは−N(C−C10アルキル);−O−(C−C10アルケニル)、−S−(C−C10アルケニル)、−NH−(C−C10アルケニル)、もしくは−N(C−C10アルケニル);−O−(C−C10アルキニル)、−S−(C−C10アルキニル)、−NH−(C−C10アルキニル)、もしくは−N(C−C10アルキニル);または−O−−(C−C10アルキレン)−O−−(C−C10アルキル)、−O−(C−C10アルキレン)−NH−(C−C10アルキル)もしくは−O−(C−C10アルキレン)−NH(C−C10アルキル)、−NH−(C−C10アルキレン)−O−(C−C10アルキル)、もしくは−N(C−C10アルキル)−(C−C10アルキレン)−O−(C−C10アルキル)であって、式中、アルキル、アルキレン、アルケニルおよびアルキニルは置換されても、非置換であってもよい。置換基の例としては、−O(CHOCH、および−O(CHNHであって、式中、nは1〜約10であるもの、他にMOE、DMAOE、DMAEOEが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書ではまた、WO2001/088198、およびMartin et al.,Helv.Chim.Acta,1995,78,486−504に記載される修飾糖が予期される。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、置換シリル基、RNA切断基、レポーター基、蛍光標識、インターカレーター、核酸の薬物動態特性を改善するための基、核酸の薬力学的特性を改善するための基、又は同様の特性を有する他の置換基から選択される1つ又は複数の基を含む。いくつかの実施形態では、修飾は、3’−末端ヌクレオチドの糖の3’位又は5’−末端ヌクレオチド5’位を含む、糖又は修飾された糖の2’、3’、4’、5’、又は6’位の1つ又は複数において修飾が行われる。
一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−Fである。
一部の実施形態では、リボースの2’−OHは、以下のうちの1つを含む置換基で置き換えられる:−H、−F;−CF、−CN、−N、−NO、−NO、−OR’、−SR’、もしくは−N(R’)であって、式中、各R’は独立して上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである;−O−(C−C10アルキル)、−S−(C−C10アルキル)、−NH−(C−C10アルキル)、もしくは−N(C−C10アルキル);−O−(C−C10アルケニル)、−S−(C−C10アルケニル)、−NH−(C−C10アルケニル)、もしくは−N(C−C10アルケニル);−O−(C−C10アルキニル)、−S−(C−C10アルキニル)、−NH−(C−C10アルキニル)、もしくは−N(C−C10アルキニル);または−O−−(C−C10アルキレン)−O−−(C−C10アルキル)、−O−(C−C10アルキレン)−NH−(C−C10アルキル)もしくは−O−(C−C10アルキレン)−NH(C−C10アルキル)、−NH−(C−C10アルキレン)−O−(C−C10アルキル)、もしくは−N(C−C10アルキル)−(C−C10アルキレン)−O−(C−C10アルキル)であって、式中、アルキル、アルキレン、アルケニルおよびアルキニルは置換されても、非置換であってもよい。一部の実施形態では、2’−OHは、−H(デオキシリボース)と置き換えられる。一部の実施形態では、2’−OHは、−Fと置き換えられる。一部の実施形態では、2’−OHは、−OR’と置き換えられる。一部の実施形態では、2’−OHは、−OMeと置き換えられる。一部の実施形態では、2’−OHは、−OCHCHOMeと置き換えられる。
修飾された糖は、ロックド核酸(LNA)を含む。いくつかの実施形態では、糖炭素原子上の2つの置換基が一緒になって二価部分を形成する。いくつかの実施形態では、2つの置換基は、2個の異なる糖炭素原子上にある。いくつかの実施形態では、形成された二価部分は、本明細書で定義される−L−の構造を有する。いくつかの実施形態では、−L−は−O−CH−であり、−CH−は置換されていてもよい。いくつかの実施形態では、−L−は−O−CH−である。いくつかの実施形態では、−L−は−O−CH(Et)−である。いくつかの実施形態では、−L−は糖部分のC2とC4との間にある。いくつかの実施形態では、ロックド核酸は、以下に示す構造を有する。ロックド核酸の構造を以下に示す。Baは本明細書に記載の核酸塩基又は修飾された核酸塩基を表し、R2sは−OCHC4’−である。
Figure 2019516679
いくつかの実施形態では、修飾糖は、例えば、Seth et al.,J Am Chem Soc.2010 October 27;132(42):14942−14950に記載されるものなどのENAである。一部の実施形態では、修飾された糖は、XNA(ゼノ核酸)、例えば、アラビノース、アンヒドロヘキシトール、トレオース、2’−フルオロアラビノース、又はシクロヘキセンに見られる糖のいずれかである。
修飾された糖は、ペントフラノシル糖の代わりに糖模倣物、例えばシクロブチル又はシクロペンチル部分等を含む。このような修飾された糖の構造の調製を教示する代表的な米国特許は、米国特許第4,981,957号、5,118,800号、5,319,080号、及び5,359,044号であるが、これらに限定されない。考慮されるいくつかの修飾された糖は、リボース環内の酸素原子が窒素、硫黄、セレン、又は炭素で置換される糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾糖は、リボース環内の酸素原子が窒素と置換される修飾リボースであり、当該窒素はアルキル基(例えば、メチル、エチル、イソプロピル等)と任意で置換される。
修飾糖の非限定的な例としては、グリセロールが挙げられ、これはグリセロール核酸(GNA)アナログを形成する。GNAアナログの1つの例は以下に示され、またZhang,R et al.,J.Am.Chem.Soc.,2008,130,5846−5847;Zhang L,et al.,J.Am.Chem.Soc.,2005,127,4174−4175、およびTsai CH et al.,PNAS,2007,14598−14603(X=O)に記載される:
Figure 2019516679
GNA誘導型アナログのもう1つの例は、ホルミルグリセロールの混合アセタールアミナールに基づく柔軟性核酸(FNA)は、Joyce GF et al.,PNAS,1987,84,4398−4402、およびHeuberger BD and Switzer C,J.Am.Chem.Soc.,2008,130,412−413に記載されう、および以下に示される:
Figure 2019516679
修飾糖のさらなる非限定的な例は、ヘキソピラノシル(6’〜4’)、ペントピラノシル(4’〜2’)、ペントピラノシル(4’〜3’)、またはテトロフラノシル(3’〜2’)の糖が挙げられる。一部の実施形態では、ヘキソピラノシル(6’〜4’)の糖は、以下の式中のいずれか1つのものである:
Figure 2019516679
式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、Baは、本明細書に定義されるとおりである。
一部の実施形態では、ペントピラノシル(4’〜2’)の糖は、以下の式中のいずれか1つのものである:
Figure 2019516679
式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、Baは、本明細書に定義されるとおりである。
一部の実施形態では、ペントピラノシル(4’〜3’)の糖は、以下の式中のいずれか1つのものである:
Figure 2019516679
式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、Baは、本明細書に定義されるとおりである。
一部の実施形態では、テトロフラノシル(3’〜2’)の糖は、以下の式中のいずれかのものである:
Figure 2019516679
式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、Baは、本明細書に定義されるとおりである。
一部の実施形態では、修飾糖は、以下の式中のいずれか1つのものである:
Figure 2019516679
式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、Baは、本明細書に定義されるとおりである。
一部の実施形態では、糖部分中の1個以上のヒドロキシル基は任意で、および独立して、水素、−N(R’)、−OR’または−SR’と置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、糖の模倣物は以下に図解され、式中、Xは、本明細書に記載されるP−修飾基「−XLR」に相当し、Baは本明細書に定義されるとおりであり、およびXは、−S−、−Se−、−CH2−、−NMe−、−NEt−、または−NiPr−から選択される。
Figure 2019516679
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の糖の少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、またはそれ以上(たとえば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%またはそれ以上)(それらを含む)が就職される。一部の実施形態では、プリン残基のみが修飾される(たとえば、プリン残基の約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、またはそれ以上[たとえば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%またはそれ以上]が修飾される)。一部の実施形態では、ピリミジン残基のみが修飾される(たとえば、ピリミジン残基の約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、またはそれ以上[たとえば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%またはそれ以上]が修飾される)。一部の実施形態では、プリン残基とピリミジン残基の両方が修飾される。
修飾糖と、糖模倣物は、限定されないが、以下をはじめとする当分野に公知の方法により調製することができる:A.Eschenmoser,Science(1999),284:2118;M.Bohringer et al,Helv.Chim.Acta (1992),75:1416−1477;M.Egli et al,J.Am.Chem.Soc.(2006),128(33):10847−56;A.Eschenmoser in Chemical Synthesis:Gnosis to Prognosis,C.Chatgilialoglu and V.Sniekus,Ed.,(Kluwer Academic,Netherlands,1996),p.293;K.−U.Schoning et al,Science(2000),290:1347−1351;A.Eschenmoser et al,Helv.Chim.Acta(1992),75:218;J.Hunziker et al,Helv.Chim.Acta(1993),76:259;G.Otting et al,Helv.Chim.Acta(1993),76:2701;K.Groebke et al,Helv.Chim.Acta(1998),81:375;およびA.Eschenmoser,Science(1999),284:2118。2’修飾への修飾は、Verma,S.et al.Annu.Rev.Biochem.1998,67,99−134、ならびに当該文献中のすべての参照文献中に見出すことができる。リボースへの特定の修飾は、以下の参照文献中に見出すことができる:2’−フルオロ(Kawasaki et.al.,J.Med.Chem.,1993,36,831−841)、2’−MOE(Martin,P.Helv.Chim.Acta 1996,79,1930−1938)、「LNA」(Wengel,J.Acc.Chem.Res.1999,32,301−310)。一部の実施形態では、修飾糖は、PCT国際特許出願公開WO2012/030683に記載されるもののいずれかであり、当該文献は参照により本明細書に組み込まれ、および/または本明細書に図示される。一部の実施形態では、修飾糖は、以下のいずれかにおいて記載される任意の修飾糖である:Gryaznov,S;Chen,J.−K.J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J.3:110;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130−146;Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983;Koizumi et al.2003 Nuc.Acids Res.12:3267−3273;Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607−3630;Kumar et al.1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219−2222;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530−531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253−256;Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241−242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73−76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211−2226;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev.73;Nielsen et al.1997 J.Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423−3433;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38(50):8735−8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401−5404;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195−8197;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74−81;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395−1396;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Seth et al.2009 J.Med.Chem.52:10−13;Seth et al.2010 J.Med.Chem.53:8309−8318;Seth et al.2010 J.Org.Chem.75:1569−1581;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296−299;Seth et al.2012 Mol.Ther−Nuc.Acids.1,e47;Seth,Punit P;Siwkowski,Andrew;Allerson,Charles R;Vasquez,Guillermo;Lee,Sam;Prakash,Thazha P;Kinberger,Garth;Migawa,Michael T;Gaus,Hans;Bhat,Balkrishen;et al.From Nucleic Acids Symposium Series(2008),52(1),553−554;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247−1248;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:10035−39;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:6078−6079;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130−2131;Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int.Ed.Engl.34:1338;Vasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006;WO20070900071;WO20070900071;またはWO 2016/079181。
一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるペントース部分またはヘキソース部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるペントース部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるヘキソース部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるリボース部分またはヘキシトール部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるリボース部分である。一部の実施形態では、修飾糖部分は、任意で置換されるヘキシトール部分である。
一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合および/または糖の例は、以下のものから選択される:
Figure 2019516679
Figure 2019516679
Figure 2019516679
Figure 2019516679
一部の実施形態では、Rは、本明細書に定義され、記載されるRである。一部の実施形態では、RはRである。一部の実施形態では、RはRである。一部の実施形態では、RはH、CH、Bn、COCF、ベンゾイル、ベンジル、ピレン−1−イルカルボニル、ピレン−1−イルメチル、2−アミノエチルである。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチド間結合および/または糖の例は、以下に記載されるものから選択される:Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220;Gryaznov,S.;Chen,J.−K.J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143;Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226;Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983;Vasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int.Ed.Engl.34:1338;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J.3:110;Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607−3630;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev.73;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38(50):8735−8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401−5404;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247−1248;Kumar et al.1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219−2222;Nielsen et al.1997 J.Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423−3433;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:6078−6079;Seth et al.2010 J.Org.Chem.75:1569−1581;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:10035−39;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130−2131;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74−81;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395−1396;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130−146;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241−242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73−76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211−2226;Koizumi et al.2003 Nuc.Acids Res.12:3267−3273;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530−531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253−256;WO 20070900071;Seth et al.,Nucleic Acids Symposium Series(2008),52(1),553−554;Seth et al.2009 J.Med.Chem.52:10−13;Seth et al.2012 Mol.Ther−Nuc.Acids.1,e47;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195−8197;Seth et al.2010 J.Med.Chem.53:8309−8318;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296−299;WO2016/079181;US6,326,199;US6,066,500;およびUS6,440,739。それら各々の塩基修飾および糖修飾は、参照により本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物を提供する。たとえば一部の実施形態では、提供される組成物は、所定レベルの1個以上の個々のオリゴヌクレオチド型を含有し、この場合において、オリゴヌクレオチド型は以下により定義される:1)塩基配列;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;および4)骨格P−修飾のパターン。一部の実施形態では、特定のオリゴヌクレオチド型は、1A)塩基同一性;1B)塩基修飾のパターン;1C)糖修飾のパターン;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;および4)骨格P−修飾のパターン、により定義されてもよい。一部の実施形態では、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、同一である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、P−修飾ユニマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオユニマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Rp立体配置のステレオユニマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Sp立体配置のステレオユニマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、P−修飾アルトマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、P−修飾ブロックマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ヘミマーである。一部の実施形態では、ヘミマーは、当該オリゴヌクレオチドの残りの部分が有さない構造的特性を保有する配列を5’末端または3’末端が有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、5’末端または3’末端は、2〜20ヌクレオチドを有するか、または含有する。一部の実施形態では、構造的特性は、塩基修飾である。一部の実施形態では、構造的特性は、糖修飾である。一部の実施形態では、構造的特性は、P−修飾である。一部の実施形態では、構造的特性は、キラルヌクレオチド間結合の立体化学である。一部の実施形態では、構造的特性は、塩基修飾、糖修飾、P−修飾、もしくはキラルヌクレオチド間結合の立体化学、またはそれらの組み合わせであるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、ヘミマーは、その5’末端配列の各糖部分が、共通修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、ヘミマーは、その3’末端配列の各糖部分が、共通修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、5’末端または3’末端の共通糖修飾は、当該オリゴヌクレオチド中の任意の他の糖部分には共有されない。一部の実施形態では、ヘミマーの例は、一方の末端に、置換または非置換の2’−O−アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシド、β−D−リボヌクレオシドまたはβ−D−デオキシリボヌクレオシド(例えば、2’−MOE修飾ヌクレオシド、およびLNA(商標)またはENA(商標)二環式糖(syugar)修飾ヌクレオシド)の配列、もう一方の末端に、異なる糖部分を有するヌクレオシド(たとえば置換または非置換の2’−O−アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシドまたは天然型ヌクレオシドなど)の配列を含むオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、ヘミマーおよびスキップマーのうちの1個以上の組み合わせである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、およびスキップマーのうちの1個以上の組み合わせである。たとえば一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーとギャップマーの両方である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーとスキップマーの両方である。数多くの別のパターンの組み合わせが利用可能であり、それらは、本発明による方法に基づき提供されるオリゴヌクレオチドを合成するために必要とされる構成要素が市販および/または合成での入手可能性によってのみ限定されることが、化学および合成分野の当業者により認識されるであろう。一部の実施形態では、ヘミマーの構造は、図29により例示されるように、有益な利益をもたらす。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’末端配列に修飾糖部分を含有する5’−ヘミマーである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’末端配列に修飾2’−糖部分を含有する5’−ヘミマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾ヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾ヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるLNAを含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換される核酸塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換される天然型核酸塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換される修飾核酸塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の5−メチルシチジン;5−ヒドロキシメチルシチジン、5−ホルミルシトシン、または5−カルボキシルシトシンを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の5−メチルシチジンを含有する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換される糖を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然型のDNAおよびRNA中に存在する1個以上の任意で置換される糖を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるリボースまたはデオキシリボースを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるリボースまたはデオキシリボースを含有し、この場合において当該リボース部分またはデオキシリボース部分のヒドロキシル基の1個以上は任意で、および独立して、ハロゲン、−N(R’)、−OR’または−SR’と置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、この場合において当該デオキシリボースの2’位は任意で、および独立して、ハロゲン、−N(R’)、−OR’または−SR’と置き換えられ、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、この場合において当該デオキシリボースの2’位は任意で、および独立して、ハロゲンで置換される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、この場合において当該デオキシリボースの2’位は任意で、および独立して、1個以上の−F.ハロゲンで置換される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、この場合において当該デオキシリボースの2’位は任意で、および独立して、−OR’と置換され、式中、各R’は独立して、上記に定義され、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、この場合において当該デオキシリボースの2’位は任意で、および独立して、−OR’と置換され、式中、各R’は独立して、任意で置換されるC−Cの脂肪族である。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、この場合において当該デオキシリボースの2’位は任意で、および独立して、−OR’と置換され、式中、各R’は独立して、任意で置換されるC−Cのアルキルである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、この場合において当該デオキシリボースの2’位は任意で、および独立して、−OMeで置換される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の任意で置換されるデオキシリボースを含有し、この場合において当該デオキシリボースの2’位は任意で、および独立して、−O−メトキシエチルで置換される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチド鎖である。ある実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、部分的にハイブリダイズされたオリゴヌクレオチド鎖である。ある実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、完全にハイブリダイズされたオリゴヌクレオチド鎖である。ある実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、二本鎖オリゴヌクレオチドである。ある実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、三本鎖オリゴヌクレオチド(例えば、三重鎖)である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キメラ性である。たとえば一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、DNA−RNAのキメラ、DNA−LNAのキメラなどである。
一部の実施形態では、WO2012/030683に記載されるオリゴヌクレオチドを含有する構造のいずれか1個が本開示方法に従い修飾され、そのキラル制御されたバリアントが生成され得る。たとえば一部の実施形態では、キラル制御されたバリアントは、結合リンのうちの任意の1個以上で立体化学修飾を含有し、および/または結合リンの任意の1個以上でP−修飾を含有する。たとえば一部の実施形態では、WO2012/030683のオリゴヌクレオチドのうちの特定のヌクレオチド単位が前もって選択され、当該ヌクレオチド単位の結合リンで立体化学修飾され、および/または当該ヌクレオチド単位の結合リンでP−修飾される。たとえば、WO2012/030683の関連出願は、参照によりその全体で本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、治療剤である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アンチジーン(antigene)オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、デコイオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、DNAワクチンの一部である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、免疫調節性オリゴヌクレオチド、たとえば、免疫刺激性オリゴヌクレオチドおよび免疫抑制性オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アジュバントである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、アプタマーである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、リボザイムである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、デオキシリボザイム(DNAザイムまたはDNA酵素)である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、siRNAである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、マイクロRNA、またはmiRNAである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、長鎖非コードRNA(lncRNA)およびたとえばpiwi相互作用RNA(piRNA)などの低分子非コードRNAである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、構造RNA、たとえばtRNAに対し相補的である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸アナログ、たとえば、GNA、LNA、PNA、TNAおよびモルホリノである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、P−修飾プロドラッグである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、プライマーである。一部の実施形態では、プライマーは、核酸を増幅させるためのポリメラーゼ鎖反応(すなわちPCR)において使用される。一部の実施形態では、プライマーは、たとえば逆転写PCR(RT−PCR)およびリアルタイムPCRなど、任意の公知のPCRバリエーションにおいて使用される。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、RNaseH活性化を調節する能力を有するとして特徴付けられる。たとえば一部の実施形態では、RNaseH活性化は、立体制御されたホスホロチオエート核酸アナログの存在により調節され、天然型DNA/RNAは、Rp立体異性体と比べて同等または高い感受性があり、同様に、対応するSp立体異性体よりも感受性が高い。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、タンパク質の活性、またはタンパク質発現の阻害もしくは促進を直接または間接的に増加させ、または減少させる能力を有するとして特徴付けられる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、細胞増殖、ウイルス複製、および/または任意のその他の細胞シグナル伝達家庭の制御に有用であるという点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約200ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約180ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約160ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約140ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約120ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約100ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約90ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約80ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約70ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約60ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約50ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約40ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約30ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約29ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約28ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約27ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約26ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約25ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約24ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約23ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約22ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約21ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約2〜約20ヌクレオチド単位の長さである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約200ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約180ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約160ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約140ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約120ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約100ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約90ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約80ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約70ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約60ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約50ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約40ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約30ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約29ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約28ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約27ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約26ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約25ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約24ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約23ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約22ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約21ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約4〜約20ヌクレオチド単位の長さである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5〜約10ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約10〜約30ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約15〜約25ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25ヌクレオチド単位の長さである。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも2ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも3ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも4ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも5ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも6ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも7ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも8ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも9ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも11ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも12ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも13ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも14ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも15ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも16ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも17ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも19ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも20ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも21ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも22ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも23ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも24ヌクレオチド単位の長さである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも25ヌクレオチド単位の長さである。一部のその他の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも30ヌクレオチド単位の長さである。一部のその他の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも18ヌクレオチド単位の長さの相補的二重鎖である。一部のその他の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも21ヌクレオチド単位の長さの相補的二重鎖である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの5’末端および/または3’末端が修飾される。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの5’末端および/または3’末端は、末端キャップ部分を用いて修飾される。末端キャップ部分を含むかかる修飾例は、本明細書、およびたとえば米国特許出願公開US 2009/0023675A1に記載されるものなど、当分野において詳述される。
一部の実施形態では、1)共通の塩基配列と長さ、2)骨格結合の共通パターン、および3)骨格キラル中心の共通パターンにより特徴付けられるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、同じ化学構造を有する。たとえばそれらは同じ塩基配列、同じヌクレオチド修飾パターン、同じ骨格結合パターン(すなわち、たとえばリン酸、ホスホロチオエートなどのヌクレオチド間結合型のパターン)、同じ骨格キラル中心のパターン(すなわち、結合リン立体化学のパターン(Rp/Sp))、および同じ骨格リン修飾のパターン(たとえば、式Iの「−XLR」基のパターン)を有する。
本開示は、提供される複数のオリゴヌクレオチドからなる、またはこれを含有する組成物を提供する(たとえばキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)。一部の実施形態では、そのような提供されるオリゴヌクレオチドはすべて同じ型のものである。すなわち、すべてが、同じ塩基配列、骨格結合パターン(すなわち、ヌクレオチド間結合型のパターン、例えば、リン酸、ホスホロチオエートなど)、骨格キラル中心パターン(すなわち、結合リン立体化学のパターン(Rp/Sp))、および骨格リン修飾のパターン(たとえば、式Iの「−XLR」基のパターン)を有する。一部の実施形態では、同じオリゴヌクレオチド型のすべてが、同一である。しかしながら多くの実施形態において、提供される組成物は複数のオリゴヌクレオチド型を、典型的には所定の相対量で含有する。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドの1個以上の型の各々の選択および量は、当該組成物の使用目的に依存することが、化学および医薬分野の当業者により、認識されるであろう。すなわち関連技術分野の当業者は、組成物中に含有される提供されるオリゴヌクレオチドの量および型によって、組成物が全体としてある望ましい特性(例えば、生物学的に好ましい特性、治療上好ましい特性等)を有するように、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を設計するであろう。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、3個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、4個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、5個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、6個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、7個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、8個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、9個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、10個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、15個以上の提供されるオリゴヌクレオチド型の組み合わせを含有する。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、一定量のRp立体配置のキラル的に均一なミポメルセン(mipomersen)と、一定量のSp立体配置のキラル的に均一なミポメルセンの組み合わせである。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、一定量のRp立体配置のキラル的に均一なミポメルセン(mipomersen)、一定量のSp立体配置のキラル的に均一なミポメルセン、および一定量の望ましいジアステレオマー形態の1つ以上のキラル的に純粋なミポメルセンの組み合わせである。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、WO/2014/012081およびWO/2015/107425に記載されるものから選択され、それら出願公開の各々のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド型、オリゴヌクレオチド組成物、および方法は、参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、WO/2014/012081およびWO/2015/107425に記載されるものから選択されるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含有する。
脂質の組み込み
脂質は、本開示従う多くの形式の方法によって、提供される技術に取り込まれることができる。一部の実施形態では、脂質は、提供されるオリゴヌクレオチドと物理的に混合され、提供される組成物を生成する。一部の実施形態では、脂質は、オリゴヌクレオチドと化学的に複合体化される。
一部の実施形態では、提供される組成物は、2種以上の脂質を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2種以上の複合体化脂質を含有する。一部の実施形態では、2種以上の複合体化脂質は、同一である。一部の実施形態では、2種以上の複合体化脂質は、異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1種を越えない脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる型の複合体化脂質を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じ型の複合体化脂質を含有する。
脂質は、任意でリンカーを介して、生物活性剤、たとえばオリゴヌクレオチドに複合体されることができる。当分野の様々なタイプのリンカーが、本開示に従い利用されることができる。一部の実施形態では、リンカーはリン酸基を含有し、それをたとえば、オリゴヌクレオチド合成で使用される化学と類似した化学方法を介した脂質の複合体化に使用することができる。一部の実施形態では、リンカーは、アミド基、エステル基、またはエーテル基を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、−LLD−の構造を有する。一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドとの複合体化後、脂質は、−LLD−RLDの構造を有する部分を形成し、式中、LLDおよびRLDの各々は独立して、本明細書に定義され、記載されるとおりである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドとの複合体化後、脂質は、−L−RLDの構造を有する部分を形成し、LおよびRLDの各々は独立して、本明細書に定義され、記載されるとおりである。
一部の実施形態では、−L−は、二価の脂肪族鎖を含有する。一部の実施形態では、−L−は、リン酸基を含有する。一部の実施形態では、−L−は、ホスホロチオエート基を含有する。一部の実施形態では、−L−は、−C(O)NH−(CH−OP(=O)(S)−の構造を有する。
脂質は、任意でリンカーを介して、様々な適切な位置でオリゴヌクレオチドに複合体化されてもよい。一部の実施形態では、脂質は、5’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、3’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上の糖部分を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上の塩基を介して複合体化される。一部の実施形態では、脂質は、1つ以上のヌクレオチド間結合を介して組み込まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、複数の複合体化脂質を含有してもよく、当該複数の複合体化脂質は、独立して、その5’−OH、3’−OH、糖部分、塩基部分、および/またはヌクレオチド間結合を介して複合体化される。
本開示に記載されるように、脂質とオリゴヌクレオチドの複合体化は、たとえば安全性、活性、送達などのオリゴヌクレオチドの特性を著しく改善し得る。
ある生物学的応用および使用
本明細書に記載される場合、提供される組成物および方法は、転写産物のスプライシングを変えることができる。一部の実施形態では、提供される組成物および方法は、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件からのパターンである参照パターンと比較し、転写産物のスプライシングパターンを改善する。改善は、任意の所望される生物学的機能の改善であってもよい。一部の実施形態では、たとえばDNDにおいて、改善は、mRNAの生成であり、そのmRNAから生物学的活性が改善されたジストロフィンが生成される。一部のその他の実施形態では、たとえば、改善は、STAT3、HNRNPH1および/またはKDRを下方制御し、強制スプライシング誘導型ナンセンス変異依存分解機構(DSD−NMD:forced splicing−induced nonsense−mediated decay)を介して腫瘍の進行、悪性度、および血管新生を軽減する。
一部の実施形態では、本開示は、標的転写産物のスプライシングを変える方法を提供し、当該方法は、第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する組成物を投与することを含み、この場合において標的転写産物のスプライシングは、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件と比較し、変化する。
一部の実施形態では、本開示は、標的転写産物からスプライシング産物のセットを生成する方法を提供するものであり、当該方法は、以下の工程を含む:
提供される組成物中の脂質の非存在、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で生成されたセットとは異なるスプライシング産物のセットが生成されるために充分な条件下で、標的転写産物を含有するスプライシング系と、提供されるオリゴヌクレオチド組成物を、ある期間、ある量で接触させること。
当分野で広く知られるように、多くの疾患および/または状態が、転写産物のスプライシングと関連している。たとえば、Garcia−Blanco,et al.,Alternative splicing in disease and therapy,Nat Biotechnol.2004 May;22(5):535−46;Wang,et al.,Splicing in disease:disruption of the splicing code and the decoding machinery,Nat Rev Genet.2007 Oct;8(10):749−61;Havens,et al.,Targeting RNA splicing for disease therapy,Wiley Interdiscip Rev RNA.2013 May−Jun;4(3):247−66;Perez,et al.,Antisense mediated splicing modulation for inherited metabolic diseases:challenges for delivery,Nucleic Acid Ther.2014 Feb;24(1):48−56などを参照のこと。追加の標的および/または疾患の例は、Xiong,et al.,The human splicing code reveals new insights into the genetic determinants of disease,Science.2015 Jan 9;347(6218):1254806.doi:10.1126/science.1254806に記載される。一部の実施形態では、本開示は、限定されないが、本開示に引用される参照文献中に記載される疾患を含む、疾患を治療または予防するための組成物および方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、疾患を治療または予防するための方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、脂質と、当該脂質が複合体化される第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する提供されるオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、疾患を治療または予防するための方法を提供するものであり、当該オリゴヌクレオチドは:
1)転写産物中の標的配列に対し相補的な共通塩基配列を有し、および
2)1個以上の修飾糖部分および修飾ヌクレオチド間結合を含有し、
当該オリゴヌクレオチド組成物は、転写スプライシング系において転写産物と接触したときに、脂質の非存在、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のスプライシングを変化させる点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、本開示は、脂質と、特定のオリゴヌクレオチド型の第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する提供されるオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む、疾患を治療または予防するための方法を提供するものであり、当該オリゴヌクレオチド型は以下により定義される:
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;および
4)骨格リン修飾のパターン、
その組成物は、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的なラセミ調製物と比較して富化されているという点でキラル制御されており、この場合において:
当該脂質は任意で、当該第一の複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化され;および
当該オリゴヌクレオチド組成物は、転写スプライシング系において転写産物と接触したときに、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のスプライシングを変化させる点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、疾患は、提供される組成物が投与された後、1つ以上のスプライシング転写産物が修復、回復、または新たな有益な機能を導入する疾患である。たとえばDMDにおいて、1つ以上のエクソンのスキップ後、短縮されるが、(部分的には)活性型になることで、ジストロフィンの機能は回復し、または部分的に回復し得る。その他の例としては、限定されないが、表ES1、ES2、またはES3に列記されるものが挙げられる。一部の実施形態では、標的は、「異常スプライシングの修正」と表ES3に列記されるものである。
一部の実施形態では、疾患は、提供される組成物が投与された後、1つ以上のスプライシング転写産物が修復され、遺伝子転写産物のスプライシングの変化により当該遺伝子が効果的にノックダウンされる疾患である。例としては、限定されないが、表ES1、ES2、またはES3に列記されるものが挙げられる。一部の実施形態では、標的は、「有害遺伝子発現のノックダウン」と表ES3に列記されるものである。
一部の実施形態では、疾患は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーである。一部の実施形態では、疾患は、脊髄性筋萎縮症である。一部の実施形態では、疾患は、癌である。
一部の実施形態では、本開示は、共通塩基配列を含有する共通塩基配列を共有する第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する組成物を投与することによる、疾患の治療方法を提供するものであり、そのヌクレオチド配列は、標的転写産物中の標的配列に対し相補的であり、
立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含む改善を提供するものであり、当該立体制御オリゴヌクレオチド組成物は、1)脂質は、当該立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物のうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される;および2)転写スプライシング系において転写産物と接触されたとき、当該転写産物のスプライシングを、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、変化させる、という点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、本開示は、共通塩基配列を含有する共通塩基配列を共有する第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有する組成物を投与することによる、疾患の治療方法を提供するものであり、そのヌクレオチド配列は、標的転写産物中の標的配列に対し相補的であり、
立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物をオリゴヌクレオチド組成物として使用することを含む改善を提供するものであり、当該立体制御オリゴヌクレオチド組成物は、1)脂質は、当該立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物のうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドと複合体化される;および2)転写スプライシング系において転写産物と接触されたとき、当該転写産物のスプライシングを、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、変化させる、という点で特徴付けられる。
一部の実施形態では、提供オリゴヌクレオチドの配列は、細胞核酸中の標的要素に対し実質的に相補的な要素であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、標的要素は、筋肉の疾患、障害、または状態に関連する配列要素であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、細胞核酸は、転写産物であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、細胞核酸は、一次転写産物であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、細胞核酸は、RNAである。一部の実施形態では、細胞核酸は、mRNA前駆体である。一部の実施形態では、細胞核酸は、mRNAである。一部の実施形態では、細胞核酸は、ゲノム核酸であるか、またはそれを含有する。一部の実施形態では、配列は、標的RNAに対し実質的に相補的な要素であるか、またはそれを含有し、および提供されるオリゴヌクレオチド配列はエクソンスキップを生じさせ、それにより、当該提供されるオリゴヌクレオチド無しで形成されたタンパク質よりも機能が改善されたタンパク質へと翻訳されるmRNAが形成される。一部の実施形態では、活性が改善された当該タンパク質は、1つ以上の筋肉の機能を回復させ、または部分的に回復させることができ、ならびに筋肉の疾患、障害および/または状態の治療に使用され得る。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドの共通配列は、表から選択される配列を含有する。一部の実施形態では、共通配列は、表ES1から選択される配列である。一部の実施形態では、共通配列は、表ES1、ES2、およびES3から選択される遺伝子のいずれかの転写産物中に存在する配列である。
治療され得る疾患例は、限定されないが、表ES2およびES3に記載されるものが挙げられる。一部の実施形態では、疾患は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーである。一部の実施形態では、疾患は、脊髄性筋萎縮症である。一部の実施形態では、疾患は、癌である。
デュシェンヌ型筋ジストロフィーに関し、スキップに適した突然変異および/または適切なDMDエクソンの例は当分野に広く公知であり、限定されないが、米国特許第8,759,507号、第8,486,907号、およびその中に引用される参照文献に記載されるものが挙げられる。一部の実施形態では、1つ以上のスキップされるエクソンは、エクソン2、29、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51および53から選択される。一部の実施形態では、DMDのエクソン2がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン29がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン40がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン41がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン42がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン43がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン44がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン45がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン46がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン47がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン48がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン49がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン50がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン51がスキップされる。一部の実施形態では、DMDのエクソン53がスキップされる。一部の実施形態では、スキップされるエクソンは、取り込まれることでDMDの望ましい機能が低下する任意のエクソンである。一部の実施形態では、スキップされるエクソンは、スキップされることでDMDの望まれる機能が上昇する任意のエクソンである。
一部の実施形態では、DMD転写産物のエクソンスキップに対し、またはDMDの治療に対し、提供される複数のオリゴヌクレオチドは、表ES1から選択されるDMD配列を含有する。一部の実施形態では、配列は、米国特許第8,759,507号の配列番号1〜30のうちの1つを含有する。一部の実施形態では、配列は、米国特許第8,486,907号の配列番号1〜211のうちの1つを含有する。一部の実施形態では、DMD転写産物のエクソンスキップに対し、またはDMDの治療に対し、提供される複数のオリゴヌクレオチドは、表ES1から選択されるDMD配列である。一部の実施形態では、配列は、米国特許第8,759,507号の配列番号1〜30のうちの1つである。一部の実施形態では、配列は、米国特許第8,486,907号の配列番号1〜211のうちの1つである。一部の実施形態では、配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有する。一部の実施形態では、配列は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUである。一部の実施形態では、配列は、CTCCAACATCAAGGAAGATGGCATTTCTAGを含有する。一部の実施形態では、配列は、CTCCAACATCAAGGAAGATGGCATTTCTAGである。一部の実施形態では、配列は、表4Aから選択される。一部の実施形態では、配列は、Kemaladewi,et al.,Dual exon skipping in myostatin and dystrophin for Duchenne muscular dystrophy,BMC Med Genomics.2011 Apr 20;4:36.doi:10.1186/1755−8794−4−36;またはMalerba et al.,Dual Myostatin and Dystrophin Exon Skipping by Morpholino Nucleic Acid Oligomers Conjugated to a Cell−penetrating Peptide Is a Promising Therapeutic Strategy for the Treatment of Duchenne Muscular Dystrophy,Mol Ther Nucleic Acids.2012 Dec 18;1:e62.doi:10.1038/mtna.2012.54に記載される配列である。
一部の実施形態では、疾患治療は、その転写産物のスプライシングを変えることにより遺伝子の機能をノックダウンすることを含む。疾患および標的遺伝子の例としては、限定されないが、表ES3に列記されるもの、特に「有害遺伝子発現のノックダウン」と分類されているものが挙げられる。
表ES1。配列例
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米国特許第8,759,507号の配列番号1〜30;
米国特許第8,486,907号の配列番号1〜211;
表ES2。
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表ES3。
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一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、標的転写産物のスプライシングの変化において同等に有効な別手段による同等参照オリゴヌクレオチド組成物よりも低い投与量および/または頻度で投与される。一部の実施形態では、立体制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的転写産物のスプライシングの変化において同等に有効な別手段による立体不規則的同等参照オリゴヌクレオチド組成物よりも低い投与量および/または頻度で投与される。もし望ましい場合には、提供される組成物は、毒性の低さに起因して、高い投与量/頻度で投与されてもよい。
いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドおよびその組成物の特性、例えば、活性、毒性などが、化学修飾および/または立体化学によって最適化され得ることを認識する。いくつかの実施形態において、本開示は、化学修飾および立体化学によってオリゴヌクレオチドの特性を最適化するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、毒性の低いオリゴヌクレオチドおよびその組成物およびその方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、毒性が低く、活性(例えば、標的阻害効率、特異性、切断速度、切断パターンなど)が強化されたオリゴヌクレオチドおよびその組成物およびその方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、タンパク質結合プロファイルが改善されたオリゴヌクレオチドおよびその組成物およびその方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、タンパク質結合プロファイルが改善され、および活性が強化されたオリゴヌクレオチドおよびその組成物およびその方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、送達が改善され、および活性が強化されたオリゴヌクレオチドおよびその組成物およびその方法を提供する。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、組成物および方法は、たとえば参照組成物と比較した場合に毒性が低い。当分野で広く知られているように、オリゴヌクレオチドは、例えば、細胞、組織、生物体などに投与したとき、毒性を誘発することがある。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、望ましくない免疫応答を誘発することがある。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、補体活性化を誘発することがある。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、補体の第二経路の活性化を誘発することがある。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、炎症を誘発することがある。特に補体系は、細胞を損傷し得る強い細胞溶解活性を有し、それゆえに潜在的な損傷を減らすように調整されなければならない。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドによって誘発される血管損傷は、例えば、医薬用途のためのオリゴヌクレオチドの開発において何度も発生する課題である。いくつかの実施形態において、高用量のオリゴヌクレオチドを投与したときの主な炎症発生源は、第二補体カスケードの活性化を含んでいる。いくつかの実施形態において、補体活性化は、ホスホロチオエートを含有するオリゴヌクレオチドに関連する共通の課題であり、ホスホロチオエートの一部の配列が、自然免疫細胞の活性化を誘導する可能性も存在する。いくつかの実施形態において、サイトカインの放出は、オリゴヌクレオチドの投与と関係がある。例えば、いくつかの実施形態において、インターロイキン−6(IL−6)単球走化性タンパク質(MCP−1)および/またはインターロイキン−12(IL−12)の増加が観察される。たとえば、 Frazier,Antisense Oligonucleotide Therapies:The Promise and the Challenges from a Toxicologic Pathologist’s Perspective.Toxicol Pathol.,43:78−89,2015;およびEngelhardt,et al.,Scientific and Regulatory Policy Committee Points−to−consider Paper:Drug−induced Vascular Injury Associated with Nonsmall Molecule Therapeutics in Preclinical Development:Part 2.Antisense Oligonucleotides.Toxicol Pathol.43:935−944,2015を参照のこと。
化学修飾および/または立体化学を制御することによって、本開示は、改良されたオリゴヌクレオチド組成物および方法を提供する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、化学修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、またはそれらの任意の組み合わせを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖修飾を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖部分上に2’−修飾を含む。一部の実施形態では、本開示は、2’−修飾が毒性を低下させ得ることを示す。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の修飾ヌクレオチド間結合と1個以上の天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、本開示は、1個以上の修飾ヌクレオチド間結合を含有するオリゴヌクレオチド内に、1個以上の天然リン酸結合を組み込むことで、毒性を低下させ得ることを示す。天然リン酸結合を、オリゴヌクレオチドのさまざまな位置に組み込むことができる。一部の実施形態では、天然リン酸結合は、ウィング領域、または5’−末端または3’−末端に近い領域内に組み込まれる。一部の実施形態では、天然リン酸結合は、オリゴヌクレオチドの中間に組み込まれる。一部の実施形態では、天然リン酸結合は、コア領域内に組み込まれる。一部の実施形態では、本開示は、立体化学単独、または立体化学と化学修飾の組み合わせのいずれかが毒性を調節し得ることを示す。一部の実施形態では、本開示は、立体化学単独、または立体化学と化学修飾の組み合わせのいずれかが免疫反応を調節し得ることを示す。一部の実施形態では、本開示は、立体化学単独、または立体化学と化学修飾の組み合わせのいずれかが補体活性化を調節し得ることを示す。驚くべきことに、個々の立体異性体のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、対応する立体不規則的組成物および/または別の個々の立体異性体のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と比較して、顕著に異なる毒性プロフィール、例えば、補体活性化を有し得ることが見いだされた。一部の実施形態では、本開示は、立体化学単独、または立体化学と化学修飾の組み合わせのいずれかが第二経路を介した補体活性化を調節し得ることを示す。化学修飾、立体化学およびそれらのパターンの例は、本開示に詳述され、およびこれらを組み合わせて使用することができる。組成物およびその方法の例も、本開示に詳述される。当分野の通常の技能を有する当業者であれば、本明細書に記載される方法および組成物を使用して、参照組成物と比較し、補体活性化を含む免疫反応を増大または低下させ得えることを理解するだろう。
標的位置へのオリゴヌクレオチドの送達は、脂質との複合体化で利益を得ることができる。一部の実施形態では、本開示は、提供される組成物を投与することを含む方法を提供するものであり、当該組成物は、提供される組成物中に脂質を含有しない参照組成物と比較し、送達の改善を示す。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド、組成物、および方法は、細胞質送達の改善を提供する。一部の実施形態では、送達の改善は、細胞集合への送達である。一部の実施形態では、送達の改善は、組織への送達である。一部の実施形態では、送達の改善は、臓器への送達である。一部の実施形態では、送達の改善は、生物体への送達である。一部の実施形態では、送達の改善は、筋肉への送達である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物の参照オリゴヌクレオチド組成物は、提供される組成物中に脂質が存在しない同等の組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、立体不規則的なオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、すべてのヌクレオチド間結合がホスホロチオエートであるオリゴヌクレオチドの立体不規則的な組成物である。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、すべてリン酸結合のDNAオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と同じ化学修飾を有するオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と同じ化学修飾パターンを有するオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列と化学修飾を有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されていない(または立体不規則的な)組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列を有するが、化学修飾は異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列、塩基修飾、ヌクレオチド間結合修飾を有するが、糖修飾は異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、より少ない2’−修飾された糖修飾を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ塩基配列、塩基修飾、糖修飾を有するが、ヌクレオチド間結合修飾は異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、より多くのヌクレオチド間結合修飾を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、より少ない天然リン酸結合を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、天然リン酸結合を有さないオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、参照組成物は、参照の複数のオリゴヌクレオチドを含有する組成物であり、当該参照の複数のオリゴヌクレオチド内の個々のオリゴヌクレオチドは、立体化学構造において互いに異なっている。一部の実施形態では、参照組成物は、参照の複数のオリゴヌクレオチドを含有する組成物であり、当該参照の複数のオリゴヌクレオチド内の少なくとも一部のオリゴヌクレオチドは、参照組成物と比較して、組成物の複数のオリゴヌクレオチドにより表される構造とは異なる構造を有する。一部の実施形態では、参照組成物は、参照の複数のオリゴヌクレオチドを含有する組成物であり、当該参照の複数のオリゴヌクレオチド内の少なくとも一部のオリゴヌクレオチドは、ウィング領域およびコア領域を含有しない。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、同じ共通ヌクレオチド配列を有するが、参照組成物と比較してオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドにおいて1個以上の修飾糖部分のうちの少なくとも1個の糖修飾部分を欠く参照の複数のオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、同じ共通ヌクレオチド配列を有するが、修飾糖部分は有さない参照の複数のオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、同じ共通ヌクレオチド配列を有するが、天然リン酸結合は含有しない参照の複数のオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、参照組成物は、同じ化学修飾パターンを有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照組成物は、別の立体異性体のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以上の構造的要素(たとえば修飾、立体化学、パターンなど)を含有し、参照の複数のオリゴヌクレオチドはすべて、当該構造的要素を有さない。このような構造的要素は、本開示に記載される任意のものであってもよい。
一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、3’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドの対応する領域よりも多くのホスホロチオエート結合をウィング領域に含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチド中の対応する領域よりも多くのホスホロチオエート結合を各ウィング領域に含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpキラルヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、3’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpホスホロチオエート結合をウィング領域に含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのSpホスホロチオエート結合を各ウィング領域に含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くの修飾塩基を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのメチル化塩基を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのメチル化塩基を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、3’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのメチル化塩基を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのメチル化塩基をウィング領域に含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くのメチル化塩基を各ウィング領域に含有する。
一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、3’末端で、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾をウィング領域中に含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも少ない2’−MOE修飾を各ウィング領域中に含有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチド内の個々のオリゴヌクレオチドは、立体化学構造において互いに異なっている。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチド内の少なくとも一部のオリゴヌクレオチドは、組成物の複数のオリゴヌクレオチドにより表される構造とは異なる構造を有する。一部の実施形態では、参照の複数のオリゴヌクレオチド内の少なくとも一部のオリゴヌクレオチドは、ウィング領域とコア領域を含有しない。一部の実施形態では、参照組成物は実質的に、塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドのラセミ調製物である。一部の実施形態では、参照組成物は、別のオリゴヌクレオチド型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くのホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合のみを含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ない修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ない修飾糖部分を含有し、この場合において当該修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くの修飾糖部分を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くの修飾糖部分を含有し、当該修飾は、2’−ORである。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ないホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィングを有し、および当該ウィングでより少ないホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ないSpホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィングを有し、および当該ウィングでより少ないSpホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くのRpホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィングを有し、および当該ウィングでより多くのRpホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ないメチル化塩基を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より多くの2’−MOE修飾を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、より少ない天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、5’末端および/または3’末端で、より少ない天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、第一の複数のオリゴヌクレオチドのウィングに相当する領域において、より少ない天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィング中に天然リン酸結合を含有し、および参照組成物のオリゴヌクレオチドは、対応するウィング領域で、より少ない天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィング中に天然リン酸結合を含有し、および参照組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィング中の1個以上の当該天然リン酸結合の位置で、修飾ヌクレオチド間結合を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィング中に天然リン酸結合を含有し、および参照組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィング中の1個以上の当該天然リン酸結合の位置で、ホスホロチオエート結合を含有する。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、天然リン酸結合を含有しない。一部の実施形態では、参照組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィング−コア−ウィング構造を含有しない。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、5’末端ウィング領域を含有し、当該ウィング領域は、その3’末端で2つのヌクレオシドの間に天然リン酸結合を含有し、および参照の複数のオリゴヌクレオチドは、その同じ位置で天然リン酸結合を有さない。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、3’末端ウィング領域を含有し、当該ウィング領域は、その5’末端で2つのヌクレオシドの間に天然リン酸結合を含有し、および参照の複数のオリゴヌクレオチドは、その同じ位置で天然リン酸結合を有さない。
一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、参照組成物のオリゴヌクレオチドよりも多くの2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、ウィング領域中により多くの2’−F修飾を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、各ウィング領域中により多くの2’−F修飾を含有する。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2個以上のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、かかる組成物を使用して、提供される方法は、2個以上の標的を標的化することができる。一部の実施形態では、2個以上のオリゴヌクレオチド型を含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2個以上の標的を標的化する。一部の実施形態では、2個以上のオリゴヌクレオチド型を含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2個以上のミスマッチを標的化する。一部の実施形態では、単一のオリゴヌクレオチド型が2個以上の標的、たとえば突然変異などを標的化する。一部の実施形態では、1つのオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドの標的領域は、たとえば突然変異またはSNPなど、2個以上の「標的部位」を含有する。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、任意で修飾糖または修飾塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、いずれの修飾塩基も修飾糖も有さない。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、いずれの修飾塩基も有さない。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、修飾糖と修飾塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、修飾塩基を含有する。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドは、修飾糖を含有する。オリゴヌクレオチドに対する、修飾塩基および修飾糖は当分野に広く公知であり、限定されないが、本開示に記載されるものが挙げられる。一部の実施形態では、修飾塩基は、5−mCである。一部の実施形態では、修飾糖は、2’−修飾糖である。オリゴヌクレオチド糖の適した2’−修飾は、当分野の通常の技能を有する当業者に広く知られている。一部の実施形態では、2’−修飾としては、限定されないが、2’−ORが挙げられ、式中、Rは水素ではない。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−ORであり、式中、Rは任意で置換されるC1−6の脂肪族である。一部の実施形態では、2’−修飾は、2’−MOEである。一部の実施形態では、修飾は、2’−ハロゲンである。一部の実施形態では、修飾は、2’−Fである。一部の実施形態では、修飾塩基または修飾糖は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の活性、安定性、および/または選択性をさらに強化することができ、その骨格キラル中心の共通パターンは、予想外の活性、安定性、および/または選択性を提供する。
一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、いずれの修飾糖も有さない。一部の実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、いずれの2’−修飾糖も有さない。一部の実施形態では、本開示は驚くべきことに、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を使用することにより、安定性、活性、および/または切断パターンの制御に修飾糖は必須ではないことを明らかとした。さらに一部の実施形態では、本開示は驚くべきことに、修飾糖を有さないオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、安定性、活性、ターンオーバー、および/または切断パターンの制御という観点で、より優れた特性をもたらすことを明らかとした。たとえば一部の実施形態では驚くべきことに、修飾糖を有さないオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、修飾糖を有するオリゴヌクレオチドの組成物よりも、より迅速に切断産物から解離し、大幅に高いターンオーバーをもたらすことが明らかとなった。
本明細書に詳細に検討されるように、本開示はとくに、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、つまり少なくとも1つの型のオリゴヌクレオチドを複数含有する組成物を提供する。特定の「型」の各オリゴヌクレオチド分子は、以下の点に関し、前もって選択された(たとえば所定の)構造要素から構成される:1)塩基配列;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;および4)骨格P−修飾のパターン。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、単一の合成プロセスで調製されるオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供される組成物は、単一のオリゴヌクレオチド分子内に2個以上のキラル立体配置を有するオリゴヌクレオチドを含有する(たとえば、オリゴヌクレオチドに沿って異なる残基が異なる立体化学を有する)。一部のかかる実施形態では、かかるオリゴヌクレオチドは、単一の合成プロセスで取得することができ、2個以上のキラル立体配置を有する個々のオリゴヌクレオチド分子を生成するための第二の複合体化工程は必要ない。
本明細書に提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、転写、翻訳、免疫反応、エピジェネティクスなどをはじめとする多くの細胞プロセスおよび機構を調節するための剤として使用することができる。さらに本明細書に提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、研究目的および/または診断目的の試薬として使用することができる。当分野の通常の技能を有する当業者であれば、本明細書の本開示が、特定の用途に限定されず、合成オリゴヌクレオチドの使用が望ましい任意の状況に応用可能であることを容易に認識するであろう。とくに提供される組成物は、様々な治療応用、診断応用、農学的応用、および/または研究応用に有用である。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に詳述される1個以上の構造的修飾を含むオリゴヌクレオチドおよび/またはその残基を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、1個以上の核酸アナログを含有するオリゴヌクレオチドを含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、1個以上の人工の核酸または残基を含有するオリゴヌクレオチドを含有し、人工の核酸または残基としては、限定されないが、ペプチド核酸(PNA)、モルホリノおよびロックド核酸(LNA)、グリコン核酸(GNA)、トレオース核酸(TNA)、ゼノ核酸(ZNA)、およびそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
いずれの実施形態においても、本開示は、遺伝子発現、免疫反応等のオリゴヌクレオチドに基づく調節に有用である。したがって、本開示の立体的に規定されるオリゴヌクレオチド組成物は、所定の型の(即ち、キラル制御されており、任意でキラル的に純粋である)オリゴヌクレオチドを含有するものであり、従来の立体不規則的またはキラル的に不純な相当物の代わりに使用され得る。一部の実施形態では、提供される組成物は、目的の効果の強化および/または望ましくない副作用の低減を示す。本開示の生物学的用途および臨床的/治療的な応用のある実施形態を、以下に明示的に検討する。
様々な投与計画を利用して、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を投与してもよい。一部の実施形態では、複数単位用量が、時間の間隔をあけて投与される。一部の実施形態では、所与の組成物は推奨される投与計画を有しており、当該計画には1回以上の投与が含まれ得る。一部の実施形態では、投与計画は複数の投与を含み、その各々が、同じ長さの期間により互いに分離される。一部の実施形態では、投与計画は、複数の投与と、個々の投与を分ける少なくとも2つの異なる期間を含む。一部の実施形態では、投与計画内のすべての投与量は、同じ単位用量である。一部の実施形態では、投与計画内の異なる投与量は、異なる量である。一部の実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1回目の投与、その後に1番目の投与量とは異なる2番目の投与量で、1回以上の追加の投与が行われる。一部の実施形態では、投与計画は、1番目の投与量で1回目の投与、その後に1番目の投与量(または別の前投与量)と同じ、または異なる2番目の投与量(または継続投与量)で、1回以上の追加の投与が行われる。一部の実施形態では、投与計画は、少なくとも1日間、少なくとも1つの単位用量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、少なくとも1日、場合により2日以上の期間にわたり、2以上の投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、少なくとも週の期間にわたり、複数用量を投与することを含む。一部の実施形態では、期間は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23 24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40以上(たとえば、約45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100以上)週である。一部の実施形態では、投与計画は、1週を越える期間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23 24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40以上(たとえば、約45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100以上)週の間、1週当たり、1つの投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、2週間を越える間、2週ごとに1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23 24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40以上(たとえば、約45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100以上)週の期間にわたり、2週ごとに1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、1カ月間、1月当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、1カ月を越える間、1月当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12カ月以上の間、1月当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約10週間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約20週間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約30週間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、投与計画は、約26週間、1週当たり1投与量を投与することを含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が投与計画に従い投与され、当該投与計画は、同じ塩基配列のキラル制御されていない(たとえば、立体不規則的な)オリゴヌクレオチド組成物、および/または同じ配列の異なるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に対し利用されるものとは異なる。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、投与計画に従い投与され、当該投与計画は、所与の単位時間にわたる総暴露レベルの低下を達成させた点、1つ以上のより少ない単位用量を含む点、および/または所与の期間にわたる投与回数がより少ないという点で、同じ配列のキラル制御されていない(たとえば、立体不規則的な)オリゴヌクレオチド組成物と比較して減少している。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、投与計画に従い投与され、当該投与計画は、同じ配列のキラル制御されていない(たとえば、立体不規則的な)オリゴヌクレオチド組成物よりも長い期間に延長されている。学説に拘束されることは望まないが、出願人は、一部の実施形態において、短い投与計画、および/または投与間隔がより長期間であることは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安定性、生体利用効率、および/または有効性の改善に起因し得ると指摘する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物と比較し、長い投与計画を有する。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、対応するキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物と比較して、少なくとも2回の投与の間隔が短い。学説により限定されることは望まないが、一部の実施形態では、長い投与計画、および/または投与間隔が短期間であることは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安全性の改善に起因し得ると出願人は指摘する。
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドおよび組成物は、高い用量で、および/または高い頻度で、投与されてもよい。一部の実施形態では、送達(およびその他の特性)の改善に伴い、提供される組成物は、たとえば臨床効果などの生物学的効果を達成するために低い用量で、および/または低い頻度で投与され得る。
単回投与は、様々な量のオリゴヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、単回投与は、ある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を、用途に適し、望ましい場合には、様々な量で含み得る。一部の実施形態では、単回投与は、約1、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300以上(たとえば、約350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000以上)mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約1mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約5mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約10mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約15mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約20mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約50mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約100mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約150mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約200mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約250mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単回投与は、約300mgのある型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも少量の単回投与で、および/または少量の総投与で、投与される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも有効性が改善されたことによって少量の単回投与で、および/または少量の総投与で、投与される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも多い量の単回投与で、および/または多い量の総投与で、投与される。一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも安全性が改善されたことによって多い量の単回投与で、および/または多い量の総投与で、投与される。
本明細書において使用される場合、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖および/または複数鎖のオリゴヌクレオチドを含有してもよい。一部の実施形態では、一本鎖のオリゴヌクレオチドは、関連条件下でハイブリダイズし得る自己相補的部分を含有しているため、使用される場合、一本鎖オリゴヌクレオチドであっても、少なくとも部分的には二本鎖の特徴を有し得る。一部の実施形態では、提供される組成物中に含まれるオリゴヌクレオチドは、一本鎖、二本鎖、または三本鎖である。一部の実施形態では、提供される組成物中に含まれるオリゴヌクレオチドは、そのオリゴヌクレオチド内に一本鎖部分と複数鎖部分を含有する。一部の実施形態では、上述のように、個々の一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域と一本鎖領域を有し得る。
一部の実施形態では、提供される組成物は、構造遺伝子、遺伝子制御領域および/もしくは遺伝子末端領域、ならびに/またはたとえばウイルスもしくはプラスミドDNAなどの自己複製系の鎖に対して、完全または部分的に相補的なオリゴヌクレオチドを1個以上含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、siRNA又は他のRNA干渉試薬(RNAi剤又はiRNA剤)、shRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、自己開裂RNA、リボザイム、その断片及び/又はそのバリアント(例えば、ペプチジルトランスフェラーゼ23S rRNA、RNase P、グループI及びグループIIイントロン、GIR1分岐リボザイム、レッドザイム、ヘアピンリボザイム、ハンマーヘッド型リボザイム、HDVリボザイム、哺乳動物CPEB3リボザイム、VSリボザイム、glmSリボザイム、CoTCリボザイム等)、マイクロRNA、マイクロRNA模倣物、スーパーマイクロRNA、アプタマー、抗マイクロRNA、アンタゴマイクロRNA、Ulアダプター、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、RNAアクチベーター、長鎖非コーディングRNA、短鎖非コーディング(例えば、piRNAs)、免疫調節性オリゴヌクレオチド(たとえば免疫刺激性オリゴヌクレオチド、免疫阻害性オリゴヌクレオチド)、GNA、LNA、ENA、PNA、TNA、モルホルノ、G−四重鎖(RNA及びDNA)、抗ウイルスオリゴヌクレオチド、ならびにデコイオリゴヌクレオチドである、又はそのようなものとして作用する、1個以上のオリゴヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、提供される組成物は、1個以上のハイブリッド(たとえばキメラ)オリゴヌクレオチドを含む。本開示の文脈において、「ハイブリッド」という用語は広く、オリゴヌクレオチドの混合された構造構成要素を指す。ハイブリッドオリゴヌクレオチドとは、たとえば(1)ヌクレオチドの混合クラスを有するオリゴヌクレオチド分子、たとえば単一分子内の部分DNAおよび部分RNA(たとえばDNA−RNA)、(2)異なるクラスの核酸の相補的ペアであり、それによりたとえば分子内または分子間またはその両方でDNA:RNA塩基対形成が発生する、(3)2種以上の骨格結合またはヌクレオチド間結合を伴うオリゴヌクレオチドを指す場合がある。
一部の実施形態では、提供される組成物は、単一分子内に2以上のクラスの核酸を含有するオリゴヌクレオチドを1個以上含む。たとえば本明細書に記載される実施形態のいずれかにおいて、オリゴヌクレオチドは、DNA部分とRNA部分を含有してもよい。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、非修飾部分と修飾部分を含有してもよい。
提供される組成物は、たとえば本明細書に記載されるものなどの様々な修飾のうちのいずれかを含有するオリゴヌクレオチドを含んでもよい。一部の実施形態では、たとえば意図される用途の点から、特定の修飾が選択される。一部の実施形態では、二本鎖オリゴヌクレオチド(または一本鎖オリゴヌクレオチドの二本鎖部分)の1つの鎖または両方の鎖が修飾されることが望ましい。一部の実施形態では、当該2つの鎖(または部分)は、異なる修飾を含む。一部の実施形態では、当該2つの鎖は、同じ修飾を含む。当分野の当業者は、本発明の方法によって可能となる修飾の程度及び種類により、修飾の多数の再配置が実行可能であることを認識するであろう。かかる修飾の例を本明細書に記載するが、限定を意味しない。
本明細書において使用される場合、「アンチセンス鎖」という文言は、対象の標的配列に対し実質的に、または100%相補的なオリゴヌクレオチドを指す。「アンチセンス鎖」という文言は、2つの別々の鎖から形成されるオリゴヌクレオチドの両方のアンチセンス領域、及びヘアピン又はダンベル型構造を形成することができる単分子オリゴヌクレオチドを含む。「アンチセンス」及び「ガイド鎖」という用語は本明細書において相互交換可能に使用される。
「センス鎖」という用語は、たとえばメッセンジャーRNAまたはDNA配列などの標的配列と、全体的または部分的に同じヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドを指す。「センス鎖」および「パッセンジャー鎖」という用語は本明細書において相互交換可能に使用される。
「標的配列」とは、その発現または活性が調節される任意の核酸配列を意味する。標的核酸は、DNAまたはRNA、例えば、内因性DNAもしくはRNA、ウイルスDNAもしくはウイルスRNA、又は遺伝子、ウイルス、細菌、真菌、哺乳動物、もしくは植物によってコードされる他のRNAであり得る。一部の実施形態では、標的配列は、疾患または障害と関連する。
「特異的にバイブリダイズすることができる」および「相補的」とは、核酸が、古典的なワトソンクリックまたは他の非古典的な型のいずれかによって、別の核酸と水素結合を形成することができることを意味する。本発明の核酸分子と関連して、核酸分子とその相補性配列の結合自由エネルギーは、核酸の関連機能、例えばRNAi活性などを進行させるために充分である。核酸分子の結合自由エネルギーの決定は当分野において公知である(たとえば、Turner et al,1987,CSH Symp.Quant.Biol.LIT pp.123−133;Freier et al.,1986,Proc.Nat.Acad.Sci.USA 83:9373−9377;Turner et al.,1987,J.Am.Chem.Soc.109:3783−3785を参照のこと)。
相補性のパーセントは、第二の核酸配列との水素結合(例えば、ワトソンクリック塩基対)を形成することができる核酸分子中の連続的な残基のパーセンテージを示す(例えば、10個のうち5、6、7、8、9、10個であれば、50%、60%、70%、80%、90%、及び100%相補性である)。「完全に相補的」または100%相補的とは、核酸配列のすべての連続残基が、第二の核酸配列中の同数の連続残基と水素結合を形成するであろうことを意味する。完全相補的未満とは、2つの鎖のヌクレオシド単位の一部、但しすべてではない、が互いに水素結合を形成できる状態を意味する。「実質的に相補的」とは、非相補的であるように選択される、たとえばオーバーハングのようなポリヌクレオチド鎖の領域を除いて、90%以上の相補性を示すポリヌクレオチド鎖を指す。特異的結合は、特異的結合が望ましい条件下、例えばin vivoアッセイ又は治療的処置の場合、又はin vitroアッセイの場合などの生理学的条件下、アッセイが行われる条件下で、オリゴマー化合物の非標的配列への非特異的結合を避けるために十分な程度の相補性を必要とする。いくつかの実施形態では、非標的配列は、対応する標的配列と少なくとも5個のヌクレオチドが異なる。
治療として使用されるとき、提供されるオリゴヌクレオチドは、医薬組成物として投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、提供されるオリゴヌクレオチドまたはその薬学的許容可能な塩の治療有効量と、薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤、および薬学的に許容可能な担体から選択される薬学的に許容可能な不活性成分を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、提供される組成物において、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩として、好ましくな薬学的に許容可能な塩、たとえばナトリウム塩、アンモニウム塩などとして存在してもよい。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩は、2種以上のカチオンを含有する。たとえば一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド中の負に荷電した酸性基(たとえば、リン酸塩、ホスホロチオエートなど)の数までのカチオンを含有する。別の実施形態では、医薬組成物は、静脈注射、経口投与、口腔投与、吸入、鼻腔内投与、局所投与、眼投与または耳投与に対し、製剤化される。さらなる実施形態では、医薬組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、吸入剤、点鼻液剤、坐剤、懸濁剤、ゲル剤、コロイド剤、分散剤、懸濁剤、溶液、乳剤、軟膏、ローション、点眼剤または点耳剤である。
医薬組成物
治療として使用されるとき、本明細書に記載の提供されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、医薬組成物として投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、提供されるオリゴヌクレオチドまたはその薬学的許容可能な塩の治療有効量と、薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤、および薬学的に許容可能な担体から選択される薬学的に許容可能な不活性成分を少なくとも1つ含有する。一部の実施形態では、医薬組成物は、静脈注射、経口投与、口腔投与、吸入、鼻腔内投与、局所投与、眼投与または耳投与に対し、製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、吸入剤、点鼻液剤、坐剤、懸濁剤、ゲル剤、コロイド剤、分散剤、懸濁剤、溶液、乳剤、軟膏、ローション、点眼剤または点耳剤である。
一部の実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容可能な賦形剤と混合したその組成物を含む医薬組成物を提供する。当業者であれば、医薬組成物は、上記の該キラル制御されたオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩、またはその組成物を含むことを認識するだろう。
様々な超分子ナノ担体を使用して、核酸を送達することができる。ナノ担体の例としては、リポソーム、カチオン性ポリマー複合体および様々な高分子が挙げられるが、これらに限定されない。様々なポリカチオンと核酸の複合体形成は、細胞内送達のための別のアプローチ法である。これには、PEG化ポリカチオン、ポリエチレンアミン(PEI)複合体、カチオン性ブロックコポリマー、およびデンドリマーの使用が挙げられる。PEIおよびポリアミドアミンデンドリマーを含むいくつかのカチオン性ナノ担体は、エンドソームからの内容物の放出を助ける。他のアプローチ法としては、ポリマーナノ粒子、ポリマーミセル、量子ドットおよびリポプレックスの使用が挙げられる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、別の分子と複合体化される。
本明細書に記載の例示的送達戦略に加え、さらなる核酸送達戦略が公知である。
治療および/または診断応用において、本開示化合物は、全身投与および局所投与または局在的投与を含む様々な投与方法用途で製剤化され得る。技術および製剤は概して、Remington,The Science and Practice of Pharmacy,(20th ed.2000)に見出すことができる。
提供されるオリゴヌクレオチド、およびその組成物は、広い用量範囲に渡って有効である。たとえば成人の治療においては、1日当たり約0.01〜約1000mg、約0.5〜約100mg、約1〜約50mg、および1日当たり約5〜約100mgの用量が、使用され得る用量例である。正確な用量は、投与経路、化合物が投与される形態、被治療対象、被治療対象の体重、ならびに主治医の選好および経験に依存するだろう。
薬学的に許容可能な塩は概して当分野の当業者に公知であり、例えば、酢酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ベシル酸塩、安息香酸塩、重炭酸塩、重酒石酸塩、臭化物、エデト酸カルシウム、カルンシレート(carnsylate)、炭酸塩、クエン酸塩、エデト酸塩、エジシル酸塩、エストレート、エシレート、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコリルアルサニレート、ヘキシルレゾルシン酸塩、ヒドラバミン、臭化水素酸塩、塩化水素酸塩、ヒドロキシナフトエ酸塩、ヨウ化物、イセチオン酸塩、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、粘液酸塩、ナプシル酸塩、硝酸塩、パモ酸塩(エンボン酸塩)、パントテン酸塩、リン酸塩/二リン酸塩、ポリガラクツロ酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、タンニン酸塩、酒石酸塩、またはテオクル酸塩が挙げられるが、これに限定されない。他の薬学的に許容可能な塩は、例えば、Remington,The Science and Practice of Pharmacy (20th ed.2000)に見出され得る。好ましい薬学的に許容可能な塩としては、例えば、酢酸塩、安息香酸塩、臭化物、炭酸塩、クエン酸塩、グルコン酸塩、臭化水素酸塩、塩化水素酸塩、マレイン酸塩、メシル酸塩、ナプシル酸塩、パモ酸塩(エンボン酸塩)、リン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、または酒石酸塩が挙げられる。
治療される特定の状態に依存して、かかる剤は、液または固形の剤形で製剤化され、全身的にまたは局所的に投与され得る。剤は、例えば、当分野の当業者に公知の時限的または持続的な低放出形態で送達され得る。製剤および投与の技術は、Remington,The Science and Practice of Pharmacy(20th ed.2000)に見出される。適切な経路としては、経口、口腔、吸入スプレー、舌下、直腸内、経皮、経膣、経粘膜、経鼻または経腸投与が挙げられ、筋肉内、皮下、髄内注射、ならびにくも膜下腔内、直接的脳(心)室内、静脈内、関節内、胸骨内、髄液包内、肝内、病巣内、頭蓋内、腹腔内、鼻腔内、もしくは眼内注射を含む非経口送達、または他の送達方法が挙げられ得る。
注射用では、本発明の剤は、たとえばハンクス液、リンゲル溶液、または生理食塩水などの生理的に適合した緩衝液中などの水溶液中に製剤化および希釈され得る。かかる経粘膜投与用では、浸透される関門に適切な浸透剤が、製剤に使用される。かかる浸透剤は概して、当分野で公知である。
全身投与に適切な剤型内に、本発明の実施のために本明細書に開示された化合物を製剤化するための薬学的に許容可能な不活性担体の使用は、本発明の範囲内である。担体の適切な選択および適切な製造を実施することで、本発明の組成物、特に溶液として製剤化された組成物は、たとえば静脈内注射などの非経口投与が可能となる。
化合物は、当分野の当業者に公知の薬学的に許容可能な担体を使用して、経口投与用途に適した剤型内に容易に製剤化されることができる。かかる担体は、本開示化合物を、被治療対象(例えば、患者)の経口摂取用途の錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁剤などとしての処方を可能にする。
経鼻または吸入送達用途では、本開示の剤は、当分野の当業者に公知の方法により製剤化することもでき、例えば、生理食塩水などの可溶化、希釈、または分散物質、ベンジルアルコールなどの保存剤、吸収促進剤、およびフッ化炭素の例が挙げられるが、これらに限定されない。
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドおよび組成物は、CNSに送達される。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドおよび組成物は、脳脊髄液に送達される。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドおよび組成物は、脳実質に投与される。ある実施形態では、オリゴヌクレオチドおよび組成物は、髄腔内投与または脳室内投与によって動物/対象に送達される。中枢神経系内における、本明細書に記述されるオリゴヌクレオチドおよび組成物の広汎な分布は、実質内投与、髄腔内投与または脳室内投与により実現されてもよい。
ある実施形態では、非経口投与は、例えば、シリンジ、ポンプなどによる注入による。ある実施形態では、注入はボーラス注入である。ある実施形態では、注入剤は、たとえば線条体、尾状核、皮質、海馬および小脳などの組織に直接投与される。
ある実施形態では、ボーラス注入によるなど、医薬品を特異的に局在させる方法は、半数効果濃度(EC50)を20分の1、25分の1、30分の1、35分の1、40分の1、45分の1または50分の1にまで低下させる。ある実施形態では、本明細書にさらに記述されるアンチセンス化合物中の医薬品。ある実施形態において、標的組織は脳組織である。ある実施形態において、標的組織は線条体組織である。ある実施形態では、EC50を低下させることが望ましいが、その理由は、それを必要とする患者において薬理学的な結果を得るのに必要な投与量を減少させるからである。
ある実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、1カ月毎、2カ月毎、90日毎、3カ月毎、6カ月毎に1回、1年に2回または1年に1回注入または点滴することにより送達される。
本発明の使用に適切な医薬組成物としては、活性成分がその意図される目的を達成するために有効な量で含有される組成物が挙げられる。有効な量の決定は、特に、本明細書で提供される詳細な開示に照らすことで、当分野の当業者の能力の範囲内にある。
活性成分に加えて、これらの医薬組成物は、薬学的に使用され得る調製物中に、活性化合物のプロセッシングを促進する賦形剤および助剤を含む適切な薬学的に許容可能な担体を含み得る。経口投与用途に製剤化された調製物は、錠剤、糖衣剤、カプセル剤、または溶液の形態であってもよい。
経口使用のための医薬調製物は、活性剤と固形賦形剤を混合し、任意で得られた混合物を粉砕し、および当該顆粒混合物を処理して、適切な助剤を添加後、望ましい場合には、錠剤または糖衣剤コアを得ることで取得可能である。適切な賦形剤は、特に、ラクトース、ショ糖、マンニトール、またはソルビトールを含む糖類;セルロース調製物、例えば、トウモロコシデンブン、小麦デンプン、米デンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロース(CMC)ナトリウム、および/またはポリビニルピロリドン(PVP:ポビドン)などの充填剤である。望ましい場合には、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、またはアルギン酸もしくはたとえばアルギン酸ナトリウムなどのその塩など、崩壊剤が添加され得る。
糖衣剤コアは、適切なコーティングと一緒に提供される。この目的に対し、高濃度糖溶液が使用され得、これは、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カーボポールゲル、ポリエチレングリコール(PEG)、および/または二酸化チタン、ラッカー液、ならびに適切な有機溶媒または溶媒混合物を任意で含有してもよい。色素または顔料が、異なる組み合わせの活性化合物投与を識別または特徴付けするために、錠剤または糖衣剤コーティングに添加され得る。
経口的に使用され得る医薬調製物としては、ゼラチン、およびたとえばグリセロールまたはソルビトールなどの可塑剤で製造される密封軟カプセル剤、ならびにゼラチンで製造されたプッシュフィットカプセル剤が挙げられる。プッシュフィットカプセル剤は、たとえばラクトースなどの充填剤、たとえばデンプンなどの結合剤、および/またはたとえばタルクもしくはステアリン酸マグネシウムなどの潤滑剤、および任意で安定剤との混合物中で、活性成分を含み得る。軟カプセル剤中、活性化合物は、たとえば脂肪油、流動パラフィンまたは液体ポリエチレングリコール(PEG)などの適切な液体中に溶解または懸濁され得る。加えて、安定剤が添加され得る。
治療または予防される特定の状態または疾患状態に依存して、当該状態を治療または予防するために通常に投与される追加の治療剤を、本開示のオリゴヌクレオチドと一緒に投与してもよい。例えば、化学療法剤または他の抗増殖剤を本開示のオリゴヌクレオチドと組み合わせて、増殖性疾患および癌を治療してもよい。公知の化学療法剤の例としては、アドリアマイシン、デキサメタゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、フルオロウラシル、トポテカン、タキソール、インターフェロン類、および白金誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。
本開示のこれらおよび他の実施形態の機能および利点は、以下に記載される実施例からより完全に理解されるだろう。以下の実施例は、本開示の利益を解説することを意図しているが、本開示の完全な範囲を例示するものではない。
標的化構成要素
一部の実施形態では、提供される組成物は、標的化構成要素をさらに含有する。標的化構成要素は、脂質または生物活性剤に複合体化されてもよく、または複合体化されなくてもよい。一部の実施形態では、標的化構成要素は、生物活性剤に複合体化される。一部の実施形態では、生物活性剤は、脂質と標的化構成要素の両方に複合体化される。本明細書に記載される場合、一部の実施形態では、生物活性剤は、提供されるオリゴヌクレオチドである。ゆえに一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、脂質とオリゴヌクレオチドに加えて、標的要素をさらに含有する。たとえば脂質、抗体、ペプチド、炭水化物などの様々な標的化構成要素が本開示に従い使用されることができる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、A−[−LLD−(RLDの構造を有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、[(A−LLD−RLDの構造を有する。一部の実施形態では、LLD、RLD、LLDとRLDの組み合わせ、または−[−LLD−(RLDは、1個以上の標的化構成要素を含有する。
一部の実施形態では、標的化構成要素は、標的細胞の表面上のタンパク質と相互作用する。一部の実施形態では、かかる相互作用により、標的細胞内への内在化が促進される。一部の実施形態では、標的化構成要素は、糖部分を含有する。一部の実施形態では、標的化構成要素は、ポリペプチド部分を含有する。一部の実施形態では、標的化構成要素は、抗体を含有する。一部の実施形態では、標的化構成要素は、抗体である。一部の実施形態では、標的化構成要素は、阻害剤を含有する。一部の実施形態では、標的化構成要素は、低分子阻害剤由来の部分である。一部の実施形態では、阻害剤は、標的細胞の表面上のタンパク質の阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水素酵素阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、標的細胞の表面上に発現される炭酸脱水素酵素阻害剤である。一部の実施形態では、炭酸脱水素酵素は、I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII、IX、X、XI、XII、XIII、XIV、XVまたはXVIである。一部の実施形態では、炭酸脱水素酵素は、膜結合型である。一部の実施形態では、炭酸脱水素酵素は、IV、IX、XIIまたはXIVである。一部の実施形態では、阻害剤は、IV、IX、XIIおよび/またはXIVに対する阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水素酵素III阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水素酵素IV阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水素酵素IX阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水素酵素XII阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、炭酸脱水素酵素XIV阻害剤である。一部の実施形態では、阻害剤は、スルホンアミド(たとえば、Supuran,CT.Nature Rev Drug Discover 2008,7,168−181に記載されるものであり、そのスルホンアミドは本明細書に組み込まれる)であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、阻害剤は、スルホンアミドである。一部の実施形態では、標的細胞は、筋肉細胞である。
一部の実施形態では、標的化構成要素は、本開示に規定され、及び記載されるRLDである。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有するオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有するオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有する第一の複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、本開示は、RLDを含有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、
Figure 2019516679
であるか、またはこれを含有する。一部の実施形態では、RLDは、であるか、またはこれを含有する。
Figure 2019516679
。一部の実施形態では、RLDは、であるか、またはこれを含有する。
Figure 2019516679
。一部の実施形態では、RLDは、であるか、またはこれを含有する。
Figure 2019516679
。一部の実施形態では、RLDは、であるか、またはこれを含有する。は、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、Xは、Oである。一部の実施形態では、Xは、Sである。
一部の実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド鎖の様々な部分を複合体化するための技術(たとえば、試薬、方法など)を提供する。一部の実施形態では、本開示は、標的化構成要素を、オリゴヌクレオチド鎖に複合体化するための技術を提供する。一部の実施形態では、本開示は、たとえば、RLD−COOHなど、複合体化のための標的化構成要素を含有する酸類を提供する。一部の実施形態では、本開示は、たとえば、LLDなど、複合体化のためのリンカーを提供する。当分野の通常の技能を有する当業者であれば、多くの公知で広く実施されている技術を、本開示に従いオリゴヌクレオチド鎖との複合体化に利用可能であることを理解するであろう。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、提供される酸は、
Figure 2019516679
である。一部の実施形態では、本開示は、かかる酸を調製するための方法および試薬を提供する。
一部の実施形態では、たとえば、試薬、産物(たとえば、オリゴヌクレオチド、アミダイトなど)の提供される化合物などは、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、97%または99%の純度である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも50%である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも75%である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも80%である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも85%である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも90%である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも95%である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも96%である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも97%である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも98%である。一部の実施形態では、この純度は、少なくとも99%である。
標的構成要素は、本開示従う多くの形式の方法によって、提供される技術に取り込まれることができる。一部の実施形態では、標的構成要素は、提供されるオリゴヌクレオチドと物理的に混合され、提供される組成物を形成する。一部の実施形態では、標的構成要素は、オリゴヌクレオチドと化学的に複合体化される。一部の実施形態では、標的構成要素は、たとえばLLDなどのリンカーを介してオリゴヌクレオチドと化学的に複合体化される。
一部の実施形態では、提供される組成物は、2個以上の標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、2個以上の複合体化標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、2個以上の複合体化標的構成要素が、同じである。一部の実施形態では、2個以上の複合体化標的構成要素が、異なる。一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、1個以下の標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる型の複合体化標的構成要素を含有する。一部の実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じ型の標的構成要素を含有する。
標的構成要素は、任意でリンカーを介してオリゴヌクレオチドに複合体されることができる。当分野の様々なタイプのリンカーが、本開示に従い利用されることができる。一部の実施形態では、リンカーはリン酸基を含有し、それをたとえば、オリゴヌクレオチド合成で使用される化学と類似した化学方法を介した標的構成要素の複合体化に使用することができる。一部の実施形態では、リンカーは、アミド基、エステル基、またはエーテル基を含有する。一部の実施形態では、リンカーは、−L−の構造を有する。標的構成要素は、脂質と比較し、同じまたは異なるリンカーのいずれかを介して複合体化されることができる。
標的構成要素は、任意でリンカーを介して、様々な適切な位置でオリゴヌクレオチドと複合体化されることができる。一部の実施形態では、標的構成要素は、5’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的構成要素は、3’−OH基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的構成要素は、1個以上の糖部分を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的構成要素は、1個以上の塩基を介して複合体化される。一部の実施形態では、標的構成要素は、1個以上のヌクレオチド間結合を介して組み込まれる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、複数の複合体化標的構成要素を含有してもよく、当該複数の複合体化脂質は、独立して、その5’−OH、3’−OH、糖部分、塩基部分、および/またはヌクレオチド間結合を介して複合体化される。標的構成要素と脂質は、同じ位置、近傍の位置、および/または離れた位置のいずれかで複合体化されることができる。一部の実施形態では、標的構成要素は、オリゴヌクレオチドの一端で複合体化され、脂質は、他方の端で複合体化される。
使用例
一部の実施形態では、本開示は、脂質と生物活性剤を含有する組成物の使用を包含する。一部の実施形態では、本開示は、提供される組成物を投与することを含む、標的位置に生物活性剤を送達するための方法を提供する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を筋細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を組織内の細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を臓器内の細胞に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、対象内の細胞中に生物活性剤を送達し、当該対象に提供される組成物を投与することを含む。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を細胞質内に送達する。一部の実施形態では、提供される方法は、生物活性剤を核内に送達する。
一部の実施形態では、本開示は、筋細胞もしくは筋組織、または哺乳類(たとえばヒト対象)中の筋細胞もしくは筋組織への生物活性剤の送達に関する方法に関連するものであり、当該方法は、生物学的剤と脂質を含有する組成物の使用に関連する。
生物活性剤:核酸
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関連する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤の送達に関する組成物および方法に関連し、当該組成物は生物活性剤と脂質を含有する。様々な実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(DHAまたはシス‐DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)およびジリノレイル(dilinoleyl)から選択される。
一部の実施形態では、生物活性剤は、核酸である。
一部の実施形態では、核酸は、オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、スプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)、免疫調節性核酸、アプタマー、リボザイム、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部である。
一部の実施形態では、核酸は、オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、本開示は、以下を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物に関連する:1)共通塩基配列、2)骨格結合の共通パターン、および3)骨格リン修飾の共通パターン。この場合において当該複数のオリゴヌクレオチドの1個以上のオリゴヌクレオチドは個々に脂質と複合体化される。一部の実施形態では、本開示は、以下を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関連する:1)共通塩基配列、2)骨格結合の共通パターン、および3)骨格リン修飾の共通パターン。この場合において当該組成物は、当該複数のオリゴヌクレオチドが、1個以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ化学を共有している点、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1個以上のオリゴヌクレオチドが、個々に脂質と複合体化される点、および当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1個以上のオリゴヌクレオチドが、任意で、および個々に標的化化合物または部分と複合体化される点で、キラル制御される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、生物活性剤は、筋肉関連の疾患または障害に関連した遺伝子のエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができるオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、生物活性剤は、ジストロフィン遺伝子のエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができるオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK:dystrophia myotonica protein kinase)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)の転写産物とハイブリダイズする。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のスプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、5個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、10個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、各々のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有し、それにより、複数のオリゴヌクレオチドは、骨格キラル中心の共通パターンを共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、独立して、当該オリゴヌクレオチド上の5’−OHを介して脂質に複合体化されている。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、独立して、当該オリゴヌクレオチド上の3’−OHを介して脂質に複合体化されている。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの各オリゴヌクレオチドが個々に脂質に複合体化されている。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの各オリゴヌクレオチドが個々に同一の脂質に複合体化されている。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と脂質を含有する組成物に関連するものであり、当該剤は、本明細書に開示される任意の剤であり、当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの各オリゴヌクレオチドが個々に同一の位置で同一の脂質に複合体化されている。一部の実施形態では、脂質は、リンカーを介してオリゴヌクレオチドと複合体化されている。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、標的化化合物または標的化部分と複合体化されている。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、脂質、および標的化化合物または標的化部分と複合体化されている。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、一端では脂質と、および他方の端では標的化化合物または標的化部分と複合体化されている。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、同一の化学修飾パターンを共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上の塩基修飾を含有する同一の化学修飾パターンを共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上の糖修飾を含有する同一の化学修飾パターンを共有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のスプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の連続的な2’−Fを含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の連続的な2’−Fを5’末端の10ヌクレオチド以内に含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に3個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の連続的な2’−Fを5’末端で含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5個以上の連続的な2’−Fを3’末端の最初の10ヌクレオチド以内に含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に5個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、7個以上の連続的な2’−Fを3’末端で含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、5’末端で3個以上の連続的な2’−F、3’末端で3個以上の連続的な2’−F、および5’末端の2’−F修飾と3’末端の2’−F修飾の間に3個以上の2’−ORを含有する、糖修飾の共通パターンを共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、5’末端で3個以上の2’−F、3’末端で3個以上の2’−F、および5’末端の2’−F修飾と3’末端の2’−F修飾の間に3個以上の2’−ORを含有する、糖修飾の共通パターンを共有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に5個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の連続的な2’−Fを5’末端で含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に7個以上の2’−Fを含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5個以上の連続的な2’−Fを3’末端の10ヌクレオチド以内に含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、7個以上の連続的な2’−Fを3’末端で含有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、5’−ウィング−コア−ウィング−3’の構造を含有し、この場合において各ウィング領域は独立して、3〜10個のヌクレオシドを含有し、コア領域は独立して3〜10個のヌクレオシドを含有する。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
一部の実施形態では、本開示は、ヒト対象中の筋細胞または筋組織にオリゴヌクレオチドを送達する方法に関連するものであり、当該方法は、以下を含む:(a)前述の請求項のいずれか1つに記載の組成物を提供すること、および(b)当該ヒト対象に組成物を投与し、それにより当該オリゴヌクレオチドが当該対象中の筋細胞または筋組織に送達されること。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、筋細胞中の転写産物とハイブリダイズすることができ、その転写産物は、筋疾患に関連付けられる変異、またはそのレベル、活性、および/もしくは分布が、筋疾患に関連づけられる変異を含有する。一部の実施形態では、共通塩基配列は、筋細胞中の転写産物とハイブリダイズすることができ、組成物は、転写スプライシング系において転写産物と接触したときに、組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、転写産物のスプライシングを変化させる点で特徴付けられる。一部の実施形態では、共通塩基配列は、細胞中の転写産物とハイブリダイズすることができる。一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィーミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK:dystrophia myotonica protein kinase)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)の転写産物とハイブリダイズする。一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィンの転写産物とハイブリダイズする。一部の実施形態では、共通塩基配列は、ジストロフィンの転写産物とハイブリダイズし、組成物は、ジストロフィンにコードされる1つ以上の機能性タンパク質、または部分機能性タンパク質の産生を増加させる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
いくつかの実施形態において、本開示は以下に関する:
哺乳類の筋細胞または筋組織の遺伝子の発現を阻害する方法であって、当該方法は、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を調製すること、および当該組成物を、当該哺乳類に投与することを含む。
対象の筋細胞または筋組織の1個または複数個のタンパク質の過剰発現が原因である疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を投与することを含む。
対象の1個または複数個のタンパク質の発現の低下、抑制または喪失が原因である疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を投与することを含む。
対象の筋関連の障害または疾患に関連した疾患、障害、または状態の兆候および/または症状を、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を提供すること、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与することにより治療する方法。
その必要のある対象に生物活性剤を投与する方法であって、当該方法は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物を投与する工程を含み、この場合において当該生物活性化合物は、オリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)であり、およびこの場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。
対象の疾患を治療する方法であって、当該方法は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与する工程を含み、この場合において当該生物活性化合物は、オリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)であり、およびこの場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、およびこの場合において当該疾患は、本明細書に開示される任意の疾患である。
哺乳類の筋細胞または筋組織の遺伝子の発現を阻害する方法であって、この場合において当該遺伝子は、筋関連の疾患または障害に関連づけられており、当該方法は、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を調製する工程、および当該組成物を、当該哺乳類に投与する工程を含む。
対象の筋細胞または筋組織の1個または複数個のタンパク質の過剰発現が原因である疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を投与することを含む。
対象の筋肉中の1個または複数個のタンパク質の発現の低下、抑制または喪失が原因である疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を投与することを含む。
対象の筋関連の障害または疾患に関連した疾患、障害、または状態の兆候および/または症状を、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を提供すること、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与することにより治療する方法。
その必要のある対象に生物活性剤を投与する方法であって、当該方法は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物を投与する工程を含み、この場合において当該生物活性化合物は、オリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)であり、およびこの場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。
対象の筋関連の疾患または障害を治療する方法であって、当該方法は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与する工程を含み、この場合において当該生物活性化合物は、オリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)であり、およびこの場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。
哺乳類の筋細胞または筋組織の遺伝子のエクソンをスキップする方法であって、当該方法は、脂質とスプライススイッチオリゴヌクレオチドを含有する組成物を調製する工程、および当該哺乳類に当該組成物を投与する工程を含む。
遺伝子中に変異を含有するエクソンに関連する疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とスプライススイッチオリゴヌクレオチドを含有する組成物を投与することを含み、この場合において当該スプライススイッチオリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができる。一部の実施形態では、疾患は、筋関連疾患である。
遺伝子のエクソンの変異により引き起こされる疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とオリゴヌクレオチドを含有する組成物を投与することを含み、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができる。一部の実施形態では、疾患は、筋関連疾患である。
対象の筋関連の障害または疾患に関連した疾患、障害、または状態の兆候および/または症状を、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を提供すること、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与することにより治療する方法。
その必要のある対象に生物活性剤を投与する方法であって、当該方法は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物を投与する工程を含み、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができ、およびこの場合において、当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。
対象の筋関連疾患または障害を治療する方法であって、当該疾患または障害は遺伝子中に変異を含有するエクソンに関連づけられており、当該方法は、オリゴヌクレオチドと脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与する工程を含み、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができ、およびこの場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。
哺乳類の筋細胞または筋組織のジストロフィン遺伝子のエクソンをスキップする方法であって、当該方法は、脂質とスプライススイッチオリゴヌクレオチドを含有する組成物を調製する工程、および当該哺乳類に当該組成物を投与する工程を含む。
ジストロフィン遺伝子中に変異を含有するエクソンに関連する疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とスプライススイッチオリゴヌクレオチドを含有する組成物を投与することを含み、この場合において当該スプライススイッチオリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができる。
ジストロフィン遺伝子のエクソンの変異により引き起こされる疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とオリゴヌクレオチドを含有する組成物を投与することを含み、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができる。
対象の筋関連の障害または疾患に関連した疾患、障害、または状態の兆候および/または症状を、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を提供すること、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与することにより治療する方法。
その必要のある対象に生物活性剤を投与する方法であって、当該方法は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物を投与する工程を含み、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができ、およびこの場合において、当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。
対象のデュシェンヌ型筋ジストロフィーを治療する方法であって、当該デュシェンヌ型筋ジストロフィーはジストロフィン遺伝子のエクソン中の変異に関連づけられており、当該方法は、オリゴヌクレオチドと脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与する工程を含み、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができ、およびこの場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である。
哺乳類の筋細胞または筋組織のジストロフィン遺伝子のエクソンをスキップする方法であって、当該方法は、脂質とスプライススイッチオリゴヌクレオチドを含有する組成物を調製する工程、および当該哺乳類に当該組成物を投与する工程を含み、この場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、およびこの場合において、当該スプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のスプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
ジストロフィン遺伝子において変異を含有するエクソンに関連した疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とスプライススイッチオリゴヌクレオチドを含有する組成物を投与する工程を含み、この場合において当該スプライススイッチオリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができ、この場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、およびこの場合において当該スプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のスプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
ジストロフィン遺伝子のエクソン中の変異により引き起こされる疾患を治療する方法であって、当該方法は、脂質とオリゴヌクレオチドを含有する組成物を投与することを含み、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができ、この場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、およびこの場合において当該オリゴヌクレオチドは、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のスプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
対象の筋関連の障害または疾患に関連した疾患、障害、または状態の兆候および/または症状を、脂質とオリゴヌクレオチド(非限定的な例として、SSO)を含有する組成物を提供すること、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与することにより治療する方法であって、この場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、およびこの場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のスプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
その必要のある対象に生物活性剤を投与する方法であって、当該方法は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物を投与する工程を含み、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができ、およびこの場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、この場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、およびこの場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のスプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
対象のデュシェンヌ型筋ジストロフィーを治療する方法であって、当該デュシェンヌ型筋ジストロフィーはジストロフィン遺伝子のエクソン中の変異に関連づけられており、当該方法は、オリゴヌクレオチドと脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該対象に当該組成物の治療有効量を投与する工程を含み、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、当該変異を含有するエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを介在することができ、およびこの場合において当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、およびこの場合において当該オリゴヌクレオチドは、本明細書(たとえば、表4A)に開示される任意のスプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列からなるか、またはこれを含有する。
筋ジストロフィーを伴う一部の個体において、ジストロフィン遺伝子中のエクソンは、変異を含有する。多くの症例において、この変異はフレームシフトを引き起こし、それにより未成熟な終止コドンがもたらされ得る。この未成熟に終止したじすとふぉは全長ではなく、ゆえにこのたんぱく質の必須機能のすべてを果たすことができなくなる。筋ジストロフィーの治療法の一部に関し、オリゴヌクレオチド(たとえば、スプライススイッチオリゴヌクレオチド)は、変異を含有する1個以上のエクソンのスキップを行うことができる、またはスキップを生じさせることができる。これにより、短縮されたジストロフィン遺伝子産物の発現が可能となり、この産物はスキップされたエクソンに相当する部分は欠いているが、その他は機能している。筋ジストロフィーの非限定的な例は、デュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMD)である。フレームシフト変異を生じさせ、未成熟な終止を生じさせる変異を含有するエクソンの非限定的な例は、ジストロフィン遺伝子のエクソン51である。
一部の実施形態では、生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、ジストロフィン遺伝子のエクソン51、45、53、または44をスキップすることができる、またはスキップを介在することができるオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる。
様々なオリゴヌクレオチドが表4Aに列記される。これらの多くは、2015年10月9日に出願された米国特許出願62/239,839に提示されるデータにおいて示されるように、および本明細書に示されるデータで示されるように、ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン51のスキップを行うことができ、またはスキップを介在することができる。当該出願はその全体で参照により組み込まれる。
特にヒトジストロフィンのエクソン51のスキップを介在することができる様々なオリゴヌクレオチドとしては、以下が挙げられる:特に、WV−887、WV−896、WV−1709、WV−1710、WV−1714、WV−2095、WV−2100、WV−2106、WV−2107、WV−2108、WV−2109、WV−2223、WV−2224、WV−2225、WV−2226、WV−2227、WV−2228、WV−2229、WV−2230、WV−2438、WV−2444、WV−2445、WV−2526、WV−2527、WV−2528、WV−2529、WV−2530、WV−2533。ゆえに本明細書に記載される任意の組成物または方法は、生物活性剤を含有することができ、この場合において当該生物活性剤は、以下から選択される:WV−887、WV−896、WV−1709、WV−1710、WV−1714、WV−2095、WV−2100、WV−2106、WV−2107、WV−2108、WV−2109、WV−2223、WV−2224、WV−2225、WV−2226、WV−2227、WV−2228、WV−2229、WV−2230、WV−2438、WV−2444、WV−2445、WV−2526、WV−2527、WV−2528、WV−2529、WV−2530、WV−2533、または本明細書に開示される任意のその他の核酸(限定されないが、表4Aに列記されるものなどが挙げられる)。
表4A。オリゴヌクレオチド例。
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1 MODとC6アミノリンカーのアミノ基を繋ぐ-C(O)-(Oと記載される)、およびC6アミノリンカーとオリゴヌクレオチド鎖(X(立体不規則的)、S (Sp)またはR (Sp)と記載される)を繋ぐリン酸結合またはホスホロチオエート結合を含む。
略語:
2\': 2'
5Ceo: 5-メチル 2’-メトキシエチル C
C6:C6アミノリンカー(L001、-NH-(CH2)6- は、式中、-NH-は、Mod (-C(O)-を介して)または-Hに繋がれ、および-(CH2)6-は、たとえばホスホジエステル(表においてOまたはPSと示されている)、ホスホロチオエート(表において、当該ホスホロチオエートがキラル制御されていない場合には*と、キラル制御されSpの立体配置を有する場合には*S、S、またはSpと、およびキラル制御されRp の立体配置を有する場合には*R、R、またはRpと示される)またはホスホロジチオエート(表においてPS2または:と示される)を介して、オリゴヌクレオチド鎖の5’末端に繋がれており、C6リンカーまたはC6アミンリンカーとも呼称され得る)
eo: 2’-MOE
エクソン:ジストロフィンのエクソン
F、f:2’-F
ラウリン酸(Mod013において)、ミリスチン酸(Mod014において)、パルミチン酸(Mod005において)、ステアリン酸(Mod015において)、オレイン酸(Mod016において)、リノール酸(Mod017において)、アルファ−リノレン酸(Mod018において)、ガンマ-リノレン酸(Mod019において)、DHA(Mod006において)、ツルビナル酸(Mod020において)、ジリノール酸(Mod021において)、TriGlcNAc(Mod024において)、トリアルファマンノース(Mod026において)、モノスルホンアミド(Mod 027において)、トリスルホンアミド(Mod029において)、ラウリン酸(Mod030において)、ミリスチン酸(Mod031において)、パルミチン酸(Mod032において)、およびステアリン酸(Mod033において):それぞれ、ラウリン酸(Mod013に対して)、ミリスチン酸(Mod014に対して)、パルミチン酸(Mod005に対して)、ステアリン酸(Mod015に対して)、オレイン酸(Mod016に対して)、リノール酸(Mod017に対して)、アルファ−リノレン酸(Mod018に対して)、ガンマ-リノレン酸(Mod019に対して)、ドコサヘキサエン酸 (Mod006に対して)、ツルビナル酸(Mod020に対して)、ジリノレイルに対するアルコール(Mod021に対して)、TriGlcNAcに対する酸(Mod024に対して)、トリアルファマンノースに対する酸(Mod026に対して)、モノスルホンアミドに対する酸(Mod 027に対して)、トリスルホンアミドに対する酸(Mod029に対して)、ラウリルアルコール (Mod030に対して)、ミリスチルアルコール(Mod031に対して)、パルミチルアルコール(Mod032に対して)、およびステアリルアルコール(Mod033に対して)が、アミド基、C6アミノリンカー、ホスホロジエステル結合(PO)、および/またはホスホロチオエート結合(PS)を介してオリゴヌクレオチド鎖に複合体化された。Mod013 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うラウリン酸)、Mod014 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うミリスチン酸)、Mod005 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うパルミチン酸)、Mod015 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うステアリン酸)、Mod016 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うオレイン酸)、Mod017 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うリノール酸)、Mod018 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うアルファ-リノレン酸)、Mod019 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うガンマ-リノレン酸)、Mod006 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うDHA)、Mod020 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴うツルビナル酸)、Mod021 (POまたはPSを伴うアルコール(以下を参照))、Mod024 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴う酸(以下を参照))、Mod026 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴う酸(以下を参照))、Mod027 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴う酸(以下を参照))、Mod029 (C6アミノリンカーおよびPOまたはPSを伴う酸(以下を参照))、Mod030 (POまたはPSを伴うラウリルアルコール)、Mod031 (POまたはPSを伴うミリスチルアルコール)、Mod032 (POまたはPSを伴うパルミチルアルコール)、およびMod033 (POまたはPSを伴うステアリルアルコール)、各オリゴヌクレオチドに対するPOまたはPSは、表中に示されている(たとえば、アミド基、C6、およびPOを介してWV-3473のオリゴヌクレオチド鎖と複合体化されるWV-3473ラウリン酸:Mod013L001fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU (摘要)、OOSSSSSSOSOSSOOSSSSSS (立体化学)、および/またはWV-3473、ラウリン酸、C6 POリンカー(注記);
PSを介してWV-3473のオリゴヌクレオチド鎖と複合体化されたWV-3557ステアリルアルコール:Mod033*fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU (摘要)、XSSSSSSOSOSSOOSSSSSS (立体化学)および/またはWV-3473、ステアリン酸PS(注記);および
アミド基、C6およびPSを介してWV-3473のオリゴヌクレオチド鎖と複合体化されたWV-4106ステアリン酸:Mod015L001*fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU (摘要)、OXSSSSSSOSOSSOOSSSSSS (立体化学)、および/またはWV-3473、C6 PSリンカー、ステアリン酸(注記))
複合体化のための部分、および試薬の例(その多くは、すでに知られているものであり、市販されているか、または本開示にしたがって公知の技術を使用して容易に調製することができる。 例えば、ラウリン酸(Mod013に対して)、ミリスチン酸(Mod014に対して)、パルミチン酸(Mod005に対して)、ステアリン酸(Mod015に対して)、オレイン酸(Mod016に対して)、リノール酸(Mod017に対して)、アルファ−リノレン酸(Mod018に対して)、ガンマ−リノレン酸(Mod019に対して)、ドコサヘキサエン酸(Mod006に対して)、ツルビナル酸(Mod020に対して)、ジリノレイルに対するアルコール(Mod021に対して)、ラウリルアルコール(Mod030に対して)、ミリスチルアルコール(Mod031に対して)、パルミチルアルコール(Mod032に対して)、ステアリルアルコール(Mod033に対して)など)が、以下に列挙される。
m: 2’-OMe.
NA: 適用せず;この用語は一般的に陰性対照に対して使用される
OMe: 2’-OMe
O、PO:ホスホジエステル(リン酸塩)、またはModおよびL001と共に使用される場合、−C(O)−(ModおよびL001を繋げる、例えば、Mod013L001fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU (摘要)、OOSSSSSSOSOSSOOSSSSSS (立体化学)および/またはWV-3473、ラウリン酸、C6 POリンカー(注記)。2番目のO OOSSSSSSOSOSSOOSSSSSS (立体化学)は、L001と、オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-を繋ぐホスホジエステル結合を表すことに注意されたい:Mod013L001fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU)
*、PS:: ホスホロチオエート
PS2、::ホスホロジチオエート(たとえば、 WV-3078であり、式中、コロン(:)は、ホスホロジチオエートを示す)
*R、R、Rp:Rp立体配置におけるホスホロチオエート
*S、S、Sp:Sp立体配置におけるホスホロチオエート
WV、W V-:WV-
X:ホスホロチオエート立体不規則的
例えば、本開示に従いかかる部分を含有する表1〜4のオリゴヌクレオチドの例などの提供されるオリゴヌクレオチドを調製する複合体化のための部分の例(例えば、脂質部分、標的化構成要素など)および調製試薬の例(例えば、酸、アルコールなど)としては以下が挙げられる:
一部の実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本開示中の表に提示されるものから選択され、この場合において当該オリゴヌクレオチドは、脂質、および任意で標的構成要素に複合体化される。
Mod005(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)およびパルミチン酸
Figure 2019516679
Mod005L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod006(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)およびDHA
Figure 2019516679
Mod006L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679

Mod013(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)およびラウリン酸
Figure 2019516679
Mod013L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod014(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)およびミリスチン酸
Figure 2019516679

Mod014L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod015(L001の−NH−に繋がる −C(O)−を伴う)およびステアリン酸
Figure 2019516679
Mod015L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod016(L001の−NH−に繋がる −C(O)−を伴う)およびオレイン酸
Figure 2019516679
Mod016L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod017(L001の−NH−に繋がる −C(O)−を伴う)およびリノール酸
Figure 2019516679
Mod017L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod018(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)およびアルファ−リノレン酸
Figure 2019516679
Mod018L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod019(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)およびガンマ−リノレン酸
Figure 2019516679
Mod019L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod020(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)およびツルビナル酸
Figure 2019516679
Mod020L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod021(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)およびアルコール
Figure 2019516679

Mod024(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)および酸
Figure 2019516679
Mod024L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod026(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)および酸
Figure 2019516679
Mod026L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod027(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)および酸
Figure 2019516679
Mod027L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod029(L001の−NH−に繋がる−C(O)−を伴う)および酸
Figure 2019516679
Mod029L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)
Figure 2019516679
Mod030(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)およびラウリルアルコール
Figure 2019516679
Mod031(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)およびミリスチルアルコール
Figure 2019516679
Mod032(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)およびパルミチルアルコール
Figure 2019516679
Mod033(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−に繋がるPOまたはPSを伴う)およびステアリルアルコール
Figure 2019516679
.
上記において表中に提示される出願人の注記は、提供されるオリゴヌクレオチドの構造を示す例示であり、たとえばWV−3546(Mod020L001fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU)は、−C(O)−(OSSSSSSOSOSSOOSSSSSS)を介して−NH−(CH−の−NH−に繋がれる脂質部分(Mod020、
Figure 2019516679
)として表されることができ、式中、−(CH−は、ホスホジエステル結合を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に繋がれる(OOSSSSSSOSOSSOOSSSSSS)。当分野の当業者は、提供されるオリゴヌクレオチドが、脂質、リンカーおよびオリゴヌクレオチド鎖単位の組み合わせとして多くの異なる様式で提示され得、それぞれの様式において、単位の組み合わせによって同じオリゴヌクレオチドが提供されることを理解している。たとえば、WV−3546は、A−[−LLD−(RLD、式中、aは1であり、bは1である構造を有し、そして−C(O)−NH−(CH−OP(=O)(OH)−O−のリンカーLLDを介して、そのオリゴヌクレオチド鎖(A)部分に繋がれる脂質部分
Figure 2019516679
のRLDを有するとみなされ得る。式中、−C(O)−はRLDに繋がれ、および−O−はAに(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−として)繋がれる。多くの代替様式の1つは、RLD
Figure 2019516679
であり、およびLLDは−NH−(CH−OP(=O)(OH)−O−であり、式中、−NH−は、RLDに繋がれ、および−O−は、Aに(オリゴヌクレオチド鎖の5’−O−として)繋がれる。
オリゴヌクレオチドは、本開示に従う様々な方法を使用して調製され、特徴解析された。MSデータの例を以下に提示する:
Figure 2019516679
*WV−2531およびWV−3152の質量の計算値および実測値のデータは、ナトリウム付加物のものである。
様々な実施形態では、組成物は、脂質、および本明細書に列記される任意の遺伝子を標的とする核酸[非限定的な例として:オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、免疫調節性核酸、アプタマー、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、リボザイム、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部]を含有する。
一部の実施形態では、組成物は、脂質と、以下のいずれかを標的とする核酸を含有する:AFF2、APOB、APOC3、AR、ATM、ATN1、ATXN1、ATXN10、ATXN2、ATXN3、ATXN7、ATXN8OS、BACE1、BBS1、BCL2L1、BRCA1、BRCA2、C9orf72、CACNA1A、CD40、CD40、CDKN1A、CFTR、CLC1、CNBP、COL7A1、CYP11A、DMD、DMPK、DYSF、ジストロフィン、ERBB2、F7、F9、FANCC、FGB、FGFR1、FKTN、FLT1、FMR1、FXN、GHR、GRP143、HBB、HNRNPH1、HTT (ハンチンチン)、IKBKAP、IL5RA、ISCU、JPH3、KDR、LMNA、MAPT、MCL1、MDM2、MLC1、MST1R、MSTN、MUT、MYC、NF1、NPC1、PCCA、PCCB、PHB、PKM、PMM2、PPP2R2B、PTCH1、PTS、PTS、RHO、RHO、RPGR、RPGR、SMN2、SRA1、STAT3、TBP、TERT、TMPRSS2、TNFRSF1B、USH1C、USP5、およびWT1。
一部の実施形態では、共通塩基配列は、細胞中の転写産物とハイブリダイズすることができる。一部の実施形態では、共通塩基配列は、本明細書に記載される任意の遺伝子、または当分野に公知の任意の遺伝子の転写産物とハイブリダイズする。
一部の実施形態では、組成物は、脂質と、以下のいずれかの治療に適した生物活性剤を含有する:無フィブリノーゲン症、アルツハイマー病、アルツハイマー病/FTDP−17タウオパシ−、毛細血管拡張性運動失調症、バルデー・ビードル症候群、ベータ−サラセミア、癌、CDG1A、先天性副腎機能不全、嚢胞性線維症、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ジストロフィー型表皮水疱症、第VII因子欠乏症、家族性自律神経失調症、ファンコニ貧血、FHBL/アテローム性動脈硬化症、脆弱性X精神遅滞、脆弱性X症候群、フリードライヒ運動失調症、前頭側頭型認知症、福山型先天性筋ジストロフィー(FCMD)、成長ホルモン不応症、血友病A、HPABH4A、ハンチントン病、ハンチントン病様2、ハッチンソン・ギルフォード・プロジェリア症候群(HGPS)、免疫反応、炎症性疾患、インフルエンザウイルス、マチャド−ジョセフ病、精神遅滞、精神遅滞、X連鎖性、FRAXE関連、メチルマロン酸血症、三好型ミオパチー、MLC1、筋消耗性疾患、乳酸性アシドーシスを伴うミオパチー、筋強直性ジストロフィー、神経線維腫症、ニーマンピック病C型、眼白皮病1型、眼咽頭型筋ジストロフィー、プロピオン酸血症、網膜色素変性症、脊椎性筋萎縮症、脊髄小脳変性症、脊髄小脳変性症1型、球脊髄性筋萎縮症、またはアッシャー症候群。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、RNaseH介在性切断に参与するオリゴヌクレオチドである。たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは配列特異的な様式で標的mRNAの一部にハイブリダイズし、それにより当該mRNAは、自身のRNaseH切断の標的とされる。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的の野生型と変異アレルを識別することができる。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、変異アレルのRNaseH介在性切断に特異的に参与するが、野生型アレルのRNaseH介在性切断にはほとんど参与しない(たとえば、標的の野生型アレルのRNaseH介在性切断には特異的に参与しない)。
様々な実施形態では、組成物は、脂質、およびハンチンチン遺伝子を標的とする核酸[非限定的な例として:オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、免疫調節性核酸、アプタマー、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、リボザイム、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部]を含有する。
様々な実施形態では、組成物は、脂質、およびハンチンチン遺伝子の変異体型アレルを標的とする核酸[非限定的な例として:オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、免疫調節性核酸、アプタマー、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、リボザイム、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部]を含有する。
様々な実施形態では、組成物は、脂質、およびハンチンチン遺伝子の野生型アレルと変異体型アレルを識別することができる核酸[非限定的な例として:オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、免疫調節性核酸、アプタマー、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、リボザイム、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部]を含有する。
HTT(ハンチンチン遺伝子)に対する様々なオリゴヌクレオチドを以下の表8において列記する。
表8 HTTオリゴヌクレオチドの例。
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略語:
2\': 2'
3\': 3'
5\': 5'
307: SNP rs362307
C6:C6アミノリンカー
F、f:2’-F
Htt、HTT: ハンチンチン遺伝子またはハンチントン病
ラウリル酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ-リノレン酸、ガンマ-リノレン酸、DHA、ツルビナル酸、ジリノール酸:それぞれ、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸、ツルビナル酸およびジリノレイルメタノール。
muHttまたはmuHTT:変異体ハンチンチン遺伝子または遺伝子産物
OMe: 2’-OMe
O、PO:ホスホジエステル(リン酸塩)
*、PS:: ホスホロチオエート
R、Rp:Rp立体配置のホスホロチオエート
S、Sp:Sp立体配置のホスホロチオエート
X:ホスホロチオエート、立体不規則的
一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物または方法は、本明細書に記載される任意の生物活性剤、および本明細書に記載される任意の脂質に関するものであってもよく、当該生物活性剤は、本明細書に記載される任意の遺伝子を標的としてもよい。
一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物または方法は、本明細書に記載される任意の疾患の治療のための、本明細書に記載される任意の生物活性剤、および本明細書に記載される任意の脂質に関するものであってもよい。
一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物または方法は、本明細書に記載される任意の生物活性剤、および本明細書に記載される任意の脂質に関するものであってもよい。
生物活性剤送達に対する組成物の有効性
一部の実施形態では、生物活性剤送達のための組成物は、以下の2つの異なる機能を実行することができる:(a)生物活性剤を(たとえば、特定の標的細胞または組織に)送達すること;および(b)生物活性剤の機能を可能とすること(たとえば、当該機能を阻害しないこと、または当該機能に干渉しないこと)。一部の実施形態では、脂質は、生物活性剤の有効性、活性、安定性、生体利用効率、組織標的化、および/または生物学的半減期を増加させる。
図1に示されるように、生物活性剤送達のための組成物の調製における使用のためのある脂質例は、当該生物活性剤の機能を可能とする(たとえば、当該機能を阻害しない、または当該機能に干渉しない)。脂質の非限定的な例としては、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(DHAまたはシス‐DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)およびジリノレイル(dilinoleyl)が挙げられる。
生物活性剤であるオリゴヌクレオチドWV−942を、ヒトDMD(デュシェンヌ型筋ジストロフィー)の筋芽細胞におけるその生物学的活性に関して検証した。エクソン51スキップが無い場合、タンパク質は、フレームシフト変異のために大きく短縮化され、未成熟終止コドンが生じる。オリゴヌクレオチドWV−942は、キンドリサ(Kyndrisa)、PRO051およびGSK2402968としても知られているドリサペルセンと同一の配列および化学性を有し、エキソン51のスキップを可能とすることを目的としており、これにより、エクソン51を欠いた、フレーム修正されたジストロフィン転写産物の産生が可能となる。実験の詳細は、実施例2に提示される。
本実験では、筋芽細胞を、裸のWV−942(いずれの脂質とも複合体化されていない)、または以下の数種の脂質のうちのいずれか1種と複合体化されたWV−942を用いて処理した:ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイル。
表1。生物活性剤のオリゴヌクレオチドWV−942と複合体化された脂質。
Figure 2019516679
これらの結果は、生物活性剤のWV−942と、数種の脂質(ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ−リノレン酸、ガンマ−リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス−DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイル)のうちのいずれかを含有する組成物の調製は、当該剤の生物活性を阻害しなかったことを示す。事実、いくつかの例において、脂質の添加において、生物活性は数倍増加した。
特に本開示は、驚くべきことに脂質が生物活性剤をその標的位置(たとえば細胞、組織、臓器など)への送達を行うことができる、および/または送達を促進することができるという認識を包含する。一部の実施形態では、脂質は、たとえば哺乳類対象またはヒト対象などの対象中のその標的位置への生物活性剤の送達を効率的に改善するために使用され得る。本開示は特に、細胞内(すなわち細胞内の位置)への生物活性剤の効率的および/または有効的な送達に関する驚くべき成果を記載する。本開示はまた、脂質は、投与された生物活性剤の薬物動態(たとえば、半減期の最適化)を改善し得るというさらなる驚くべき発見を示す。本開示はまた、脂質を利用して、送達された生物活性剤の免疫特性を、たとえばTLR9により介在される免疫反応に拮抗することにより、改善し得るというさらなる驚くべき発見を記載する。
特定の細胞または組織の標的化
一部の実施形態では、生物活性剤送達のための組成物は、望ましい場合には当該生物活性剤を特定の細胞または組織に標的化することができる。
一部の実施形態では、生物活性剤送達のための組成物は、当該生物活性剤を筋細胞または筋組織に標的化することができる。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤の送達に関する組成物および方法に関連し、当該組成物は生物活性剤と脂質を含有する。筋細胞または筋組織に関する様々な実施形態では、脂質は、以下から選択される:ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸(turbinaric acid)およびジリノレイル(dilinoleyl)。
図2〜6に示されるように、組成物例は、生物活性剤(WV−942)と脂質を含有して調製され、およびこれらの組成物は、当該生物活性剤を、標的細胞および組織、たとえば、筋細胞および筋組織に送達することができた。使用される脂質の例としては、ステアリン酸、オレイン酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、シス‐DHA、ツルビナル酸およびジリノレイル酸が挙げられる。これらの図において、「TBD」は、特定の組成物が送達に有効であったが、数値結果は標準範囲外であったため、最終結果はいまだ決定されていないことを示す。しかしながら、図において「TBD」と示された組成物は、生物活性剤の送達に有効であった。
図3に示される:生物活性剤と、以下のいずれかを含有する組成物:ステアリン酸、オレイン酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、シス‐DHA、またはツルビナル酸は、生物活性剤を、腓腹筋組織に送達することができた。
生物活性剤と、以下のいずれかを含有する組成物:ステアリン酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、シス‐DHA、またはツルビナル酸は、生物活性剤を、心筋組織に送達することができた。
生物活性剤と、以下のいずれかを含有する組成物:ステアリン酸、オレイン酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、シス‐DHA、またはツルビナル酸は、生物活性剤を、大腿四頭筋組織に送達することができた。
図4に示される:生物活性剤と、以下のいずれかを含有する組成物:ステアリン酸、オレイン酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、シス‐DHA、またはツルビナル酸は、生物活性剤を、腓腹筋組織に送達することができた。
生物活性剤と、以下のいずれかを含有する組成物:ステアリン酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、シス‐DHA、またはツルビナル酸は、生物活性剤を、心筋組織に送達することができた。
生物活性剤と、以下のいずれかを含有する組成物:ジリノレイル、ステアリン酸、オレイン酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、シス‐DHA、またはツルビナル酸は、生物活性剤を、横隔膜の筋組織に送達することができた。
一部の実施形態では、脂質をオリゴヌクレオチドに複合体化することにより、当該オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特徴が改善される。一部の実施形態では、当該特徴は、活性の増加(たとえば、有害なエクソンの望ましいスキップを誘導する能力の増加)、毒性の減少、または組織分布の改善である。一部の実施形態では、組織は、筋組織である。一部の実施形態では、組織は骨格筋、腓腹筋、三頭筋、心臓または横隔膜である。
脂質の複合体化のオリゴヌクレオチドの分布を改善する能力は、図31A〜31Dに示される。
検証されたオリゴヌクレオチド(WV−3473、WV−3545、WV−3546、およびWV−942)は、オスの10mg/kgまたは30mg/kgのC57BL/10ScSndmdmdxマウス(4〜5週齢)に尾静脈を経て静脈内注射された。組織は注射後2日目、7日目、および14日目に回収され、液体窒素中で新鮮凍結され、解析を行うまで−80℃で保存された。
ハイブリッド−ELISAを使用して、標準曲線として被験物質の連続希釈を使用し、組織中のASOレベルを定量する。無水マレイン酸活性化96ウェルプレート(Pierce社 15110)を、2.5%NaHCO3中、500nMの捕捉プローブ(Gibco社 25080−094)50μLで2時間、37℃でカバーした。このプレートを次いでPBST(PBS+0.1%Tween−20)で3回洗浄し、5%無脂肪乳−PBSTで1時間、37℃でブロックした。被験物質ASOもマトリクス内に連続希釈した。全てのサンプル中のASO量が100ng/ml未満となるように、元のサンプルと共にこの標準物質を溶解バッファー(4Mグアニジン;0.33%N−ラウリルサルコシン;25mMクエン酸ナトリウム;10mM DTT)で希釈した。20μlの希釈サンプルを、PBSTで希釈した333nMの検出プローブ180μlと混合し、次いでPCR装置(65℃、10分、95℃、15分、4℃で継続)で変性させた。50μlの変性サンプルを、ブロッキングしたELISAプレートに3個ずつ分配し、4℃で一晩インキュベートした。 PBSTで3回洗浄した後、PBST中の1:2000のストレプトアビジン−APをウェルあたり50μl加え、室温で1時間インキュベートした。PBSTで十分に洗浄した後、100μlのAttoPhos(Promega社、S1000)を添加し、暗所で10分間室温でインキュベートし、プレートリーダー(Molecular Device社、M5)蛍光チャネル:Ex435nm、Em555nmで読み取った。 サンプル中のASOを、4パラメータ回帰分析によって、標準曲線に従い計算した。
一部の実施形態では、たとえば特定の図において示されるように、WV−942とは対照的に、WV−3473は腓腹筋、三頭筋、心臓または横隔膜において検出不可能なレベルであった。WV−3473の安定性は、血漿および組織ホモジネートの両方において良好である。一部の実施形態では、たとえば特定の図において示されるように、WV−3473の脂質複合体化により、WV−3473の筋肉分布が改善され、多くの場合、全身からのオリゴヌクレオチドの排泄に影響を与えなかった。
したがって:ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質、および生物活性剤を含有する組成物は、肝細胞外および組織、たとえば筋細胞および筋組織に生物活性剤を送達することが可能である。
薬物動態
一部の実施形態では、薬剤(たとえば、限定されないが、オリゴヌクレオチドをはじめとする生物活性剤を含有する薬剤)の薬物動態の特徴の1個以上は、脂質と複合体化することにより最適化され得る。
一部の実施形態では、薬物動態は、投与の瞬間から、身体から排除される時間までの薬剤の運命の解析をはじめとする、薬物代謝の解析に関連する。薬物動態は、非限定的な例として、特定の組織(たとえば血液または筋肉)における経時的な薬剤またはその代謝物の定量を包含し得る。
様々な薬物動態特性として、限定されないが、以下が挙げられる:Cmax、投与後の薬剤のピーク血漿濃度;tmax、Cmaxに到達するまでの時間;Cmin、次の投薬が行われる前に薬剤が到達する最低(トラフ)濃度;排出半減期、薬剤濃度が、その元の値の半分に到達するために必要とされる時間;消失速度定数、薬剤が身体から除去される速度;曲線下面積、(単回投与後または定常状態での)濃度−時間曲線の積分;およびクリアランス、薬剤が血漿から除去される単位時間当たりの量。
特定の薬剤の様々な薬物動態特性が、以下のいずれか1個以上に影響を受け得る:総投与量、投与回数、投与速度、投与方法、投与ビヒクル、投与される身体の部位など。薬物動態の様々な特性、およびそれらへの様々な影響が当分野に公知である。
本開示は特に、生物活性剤(たとえばオリゴヌクレオチド)を含有する薬物の薬物動態の1個以上の特性が、脂質と当該剤の複合体化により影響を受け、改善され、および/または最適化され得ることを示す。
概して、たとえば半減期などの薬物動態特性の最適化は、最大化とは識別され得ることを注記する。一部の実施形態では概して、特定の薬物は、その所望の機能の実行を可能にするのに十分な半減期を有するが、一方でオフターゲット効果および他の毒性を最小化するためには充分に短いことが望ましいだろう。ゆえに一部の実施形態では、最適化された半減期は、毒性を最小にしながら、活性を可能にするために充分に長い。 長期化された半減期または最大限の半減期は、望ましくない場合がある。
本開示は、脂質との複合体化が、生物活性剤の半減期を改善し得ることを示す。図31A〜31Dは、種々の筋肉組織におけるオリゴヌクレオチド(一部は脂質と複合体化したものを含む)の分布を示す。検証された筋肉には、腓腹筋(図31A);三頭筋(図31B);心臓(図31C);横隔膜(図31D)が含まれる。対照オリゴヌクレオチドであるWV−942は、ドリサペルセンに対する同等物である。ドリセルペンは望ましくない長期の半減期を有し、これが毒性に寄与する可能性がある。試験オリゴヌクレオチドWV−3473を、裸の状態で、または脂質(ステアリン酸、WV−3545、またはツルビナル酸、WV−3546)と複合体化して動物に投与した。アッセイの一部において、脂質との複合体化によりオリゴヌクレオチドの半減期が改善され、望ましくないほど長期にまで延長されなかった。たとえば図30Cを参照すると、ステアリン酸またはツルビナル酸のいずれかとオリゴヌクレオチドの複合体が、30mg/kgで投与され、これらは心組織への分布を、特に3日目と8日目に増大させ、一方で、望ましくない長期の半減期を有することが知られているWV−942のレベルにまでは増大させなかった。
脂質、免疫刺激、およびTLR9
一部の実施形態では、本開示は、脂質複合体がたとえばTLR9により介在される免疫反応などの免疫反応に効果的に拮抗し得るという驚くべき発見を包含する。
一部の実施形態では、実施例データにおいて、提供されるオリゴヌクレオチドの多くが、hTLR9のアゴニズムの欠落により測定されるように、免疫反応を調節しないことが示された。図26を参照のこと。特に本開示は驚くべきことに脂質と複合体化されたオリゴヌクレオチドが、たとえば対照オリゴヌクレオチドのODN2006により介在されたhTLR9のアゴニズムに対抗したこと(たとえば、脂質とオリゴヌクレオチドの複合体化は、ODN2006により介在されるhTLR9活性に拮抗する)を示す。たとえば、図27および28のWV−3545およびWV3546を参照のこと(それらは標的ジストロフィンに対するオリゴヌクレオチドである)。脂質部分を含有するその他のオリゴヌクレオチドもまた検証され、hTLR9活性に拮抗する能力が大きく強化されたことが示された。たとえばWV−2824とWV−2830はそれぞれMalat1を標的とするWV−2735とステアリン酸の複合体(WV−2824)、およびツルビナル酸との複合体(WV−2830)であり、これらもODN2006により介在されるhTLR9活性に拮抗する能力が大きく強化されたことが示された。とくにこれらの実験は、たとえばステアリン酸、ツルビナル酸などの脂質とオリゴヌクレオチドの複合体化が、hTLR9アンタゴニスト活性を大きく強化し得ることを示す。
TLR9は、Toll−Like受容体9であり、CD289;RefSeq(mRNA)NM_017442;RefSeq(タンパク質)NP_059138としても知られている。hTLR9は、ヒトのTLR9である。
マイクロアレイ
一部の実施形態では、本開示は、1個以上のキラル制御されたオリゴヌクレオチドのコレクションを含有するマイクロアレイに関連する。一部の実施形態では、マイクロアレイは、複数の空間的に規定された領域を含有しており、各領域がキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含有する。一部の実施形態では、マイクロアレイは、表面(たとえば平面)を有する固相支持体を含有し、表面に、種々の型のキラル制御されたオリゴヌクレオチドのコレクションが担持され、この場合において各型は、空間的に規定された領域に、または表面上の部位に固定され、この場合において1つの型の領域または部位は、任意の他の領域または部位と重複しない。一部の実施形態では、異なる型のオリゴヌクレオチドは、塩基配列(たとえば重複配列または並べられた配列を含有する)、骨格修飾パターン、立体化学パターン、および/または様々な脂質もしくは部分のうちのいずれかとの複合体化において異なっていてもよい。
一部の実施形態では、マイクロアレイは、様々な目的に対して使用され得る。一部の実施形態では、マイクロアレイを使用して、異なる型のオリゴヌクレオチドの様々な態様(たとえば塩基配列、骨格修飾パターン、立体化学パターン、および/または脂質もしくは他の部分との複合体化)の相対的な質を検証することができる。一部の実施形態では、異なる型のオリゴヌクレオチドを、特定の標的タンパク質または核酸に対する結合能力、RNA干渉を介在する能力、エクソンスキップを変える能力(たとえば望ましいスキップを増加させる、または望ましくないスキップを減少させる)、RNAseH機序を介したノックダウンを介在する能力、ヌクレアーゼ抵抗性、免疫原性、TLR9アゴニズムおよび/またはアンタゴニズムなどに関して検証することができる。一部の実施形態では、マイクロアレイを使用して、複数のオリゴヌクレオチド型が、同一の実験液および試験条件に暴露されることができ、ゆえに、複数のオリゴヌクレオチド型を同時に検証することができる。非限定的な例として、複数のオリゴヌクレオチド型のヌクレアーゼに対する抵抗性を検証するために、様々なオリゴヌクレオチド型がマイクロアレイ上の異なる領域で固定化されてもよく、次いで、ヌクレアーゼを含有する液体に供される。様々なオリゴヌクレオチド型のヌクレアーゼ分解に対する相対的な抵抗性は容易に決定することができる。別の非限定的な例として、RNA干渉を介在する異なるオリゴヌクレオチド型の相対的能力を検証するために、異なる型をマイクロアレイの異なる領域に固定してもよく、次いでそれらをRNA干渉の検証に必要とされる様々な構成要素(mRNA標的、RNA干渉複合体、緩衝液、検出部分など)を含有する液体で処置する。従って、RNA干渉を介在する異なるオリゴヌクレオチド型の相対的能力は、容易に決定することができる。当分野で公知の任意の方法を使用して、各オリゴヌクレオチド型の対象の相対的活性することができる。たとえば限定されないが、蛍光、化学発光、化学的マーカーもしくは放射性マーカー、ラベルまたは染料の検出または使用が挙げられる。
遺伝子チップ、遺伝子アレイ、もしくは核酸チップまたはその他の用語により呼称され得るマイクロアレイの作製方法は当分野に公知であり、本開示に従い使用することができる。一部の実施形態では、マイクロアレイはロボットにより作製される。一部の実施形態では、マイクロアレイの作製方法は、様々なオリゴヌクレオチド型を別個に生成する工程、次いで様々なオリゴヌクレオチド型を、マイクロアレイの指定領域に置く工程を含む。一部の実施形態では、各オリゴヌクレオチド型に対し、細い針またはピンが、当該型を含有するウェルに浸され、そしてその針またはピンを使用して各型がマイクロアレイ上に置かれる。一部の実施形態では、マイクロアレイの作製方法は、様々なオリゴヌクレオチド型を、マイクロアレイの指定領域上で重合する工程を含む。様々なマイクロアレイの作製方法が当分野に公知である。またマイクロアレイが構築され得る様々な材料も当分野に公知である(ガラス、プラスチック、ポリスチレンなど)。
一部の実施形態では、マイクロアレイはビーズのコレクションを含有する。各ビーズは物理的に互いに別個であるが、この場合において様々なビーズが、単一のサンプル中で混合され、または組み合わされる。各ビーズまたはビーズ型(たとえば、あるオリゴヌクレオチド型が固定された特定のビーズ型)は、たとえば特定の比率の2種以上の定量剤(たとえば染料)を含有してもよく、それにより、当該ビーズを識別することができ、各オリゴヌクレオチド型の相対的活性を決定することができる。
一部の実施形態では、本開示は、種々のオリゴヌクレオチド型のコレクションに関するものであり、この場合において各型は、以下のうちのいずれか1個以上により規定される:塩基配列、骨格修飾パターン、立体化学パターン、および/または脂質もしくは他の部分との複合体化。そのコレクション(たとえばマイクロアレイ)を使用して、様々なオリゴヌクレオチド型の相対的な質または能力を検証することができる。
組成物の追加的な任意の構成要素
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤の送達に関する組成物および方法に関連するものであり、当該組成物は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤の送達に関する組成物および方法に関連するものであり、当該組成物は、生物活性剤と、1個以上のC1−4脂肪族基で任意で置換される、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤の送達に関する組成物および方法に関連し、当該組成物は生物活性剤と脂質を含有する。様々な実施形態では、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される。
様々な実施形態では、生物活性剤送達のための組成物は、追加的な任意の構成要素をさらに含有する。様々な実施形態では、その追加的な任意の構成要素は、1個以上の追加の脂質、標的化化合物または部分、3’末端キャップ(核酸の実施例において)、および炭酸脱水素酵素阻害剤から選択される。
一部の実施形態において、組成物は、脂質、生物活性剤、および以下から選択されるいずれか1種以上の追加の構成要素を含有する:ポリヌクレオチド、染料、挿入剤(たとえばアクリジン)、架橋剤(たとえばソラレンまたはマイトマイシンC)、ポルフィリン(たとえばTPPC4、テキサフィリンまたはサフィリン)、多環芳香族炭化水素(たとえばフェナジンまたはジヒドロフェナジン)、人工エンドヌクレアーゼ、キレート剤、EDTA、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、PEG(たとえばPEG−40K)、MPEG、[MPEG]、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射性標識マーカー、酵素、ハプテン(たとえばビオチン)、輸送/吸収促進剤(たとえばアスピリン、ビタミンE、または葉酸)、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、たとえば糖タンパク質、もしくはペプチド、たとえば共リガンドに対する特異的アフィニティを有する分子、もしくは抗体、たとえば抗体、ホルモン、ホルモン受容体、非ペプチド種、脂質、レクチン、糖、ビタミン、補因子、炭酸脱水素酵素阻害剤、または薬剤。
一部の実施形態では、組成物は、脂質、生物活性剤、および任意の1個以上の追加の構成要素を含有し、当該1個以上の追加の構成要素は、炭酸脱水素酵素阻害剤からなるか、またはこれを含有する。炭酸脱水素酵素は、細胞内および細胞外のpHを制御する16種のファミリーである。一部の実施形態では、CA3遺伝子の発現は厳密に組織特異的であり、骨格筋で高レベルで存在し、心筋および平滑筋では非常に低レベルで存在する。一部の実施形態では、CA3は、重症筋無力症患者の筋肉において不十分である。一部の実施形態では、ある割合のデュシェンヌ型筋ジストロフィーの保因者は、正常よりも高いレベルのCA3を有する。一部の実施形態では、CA IVは、研究されている第一の膜関連型アイソフォームであり、腎臓、心臓、肺、胆のう、遠位小腸、大腸および骨格筋を含む広範な組織で発現されている。一部の実施形態では、ヒト組織において、CA XIVは心臓で発現され、次いで脳、骨格筋および肝臓で発現されている。肺または腎臓ではシグナルは検出されなかった。一部の実施形態では、炭酸脱水素酵素阻害剤は、CA3、CA IV、CA XIV、ならびに/またはいずれか1種以上のCA遺伝子、および/もしくは遺伝子産物を阻害する。CA阻害剤の非限定的な例を、CA阻害剤と生物活性剤を連結するためのリンカーとともに図30に示す。
追加の脂質
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関連する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関する。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質、および追加の脂質を含有する組成物、および組成物に関連する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質、および追加の脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関する。
様々な実施形態では、生物活性剤の送達のための組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質、ならびに追加の脂質を含有する。
一部の実施形態では、追加の脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される。非限定的な例として:様々な実施形態では、生物活性剤の送達のための組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される2種以上の脂質を含有する。
様々な実施形態では、追加の脂質は、以下から選択されてもよい:アミノ脂質;両親媒性脂質;アニオン性脂質;アポリポタンパク質;カチオン性脂質;低分子量カチオン性脂質;カチオン性脂質、例えば、CLinDMAおよびDLinDMA;イオン化可能なカチオン性脂質;クローキング成分;ヘルパー脂質;リポペプチド;中性脂質;中性の双性イオン性脂質;疎水性低分子;疎水性ビタミン;PEG−脂質;1つ以上の親水性ポリマーで修飾された帯電していない脂質;リン脂質;1,2−ジオレオイル−sn−グリセロ−3−ホスホエタノールアミンなどのリン脂質;ステルス脂質;ステロール;コレステロール;および標的化脂質または他の標的化構成要素;ならびに本明細書中に記載されるか、または当該技術分野で報告される任意の他の脂質。様々な実施形態では追加の脂質は、非限定的な例として、アミノ−脂質、カチオン性脂質、ヘルパー脂質、および/またはPEG−脂質、および/または疎水性低分子などの脂質の組み合わせを含有してもよい。脂質粒子中に存在し得る追加の構成要素としては、たとえばポリアミンオリゴマー(米国特許第6,320,017号を参照)などの二重層安定化構成要素、ペプチド、タンパク質、洗剤、脂質誘導体、たとえばホスファチジルエタノールアミンとカップリングされたPEGおよびセラミド類と複合体化されたPEG(米国特許第5,885,613号を参照)が挙げられる。
組成物中の様々な脂質の型および比率(たとえば、脂質と、追加の任意の脂質)を調節して、以下のいずれか1個以上を実施することができる:細胞標的化または組織標的化の改善、細胞取り込みの改善、エンドソーム脱出の改善、肝毒性の減少、送達効率の上昇、忍容性の上昇、脂質ナノ粒子のサイズにおける一貫性の改善、脂質ナノ粒子の凝集の減少、脂質ナノ粒子の荷電誘導型凝集の阻害、化学的安定性の改善、循環中の半減期の改善、および/または生物活性剤の分解の減少(たとえば、核酸の場合にはヌクレアーゼによる分解、またはタンパク質の場合にはプロテアーゼによる分解)。
本開示の送達用組成物は、脂質ナノ粒子(LNP:lipid nanoparticle)の形態であってもよい。本明細書において使用される場合、「脂質ナノ粒子」という用語は、その層状性、形状、または構造にかかわらず、リポソームを含み、および細胞内へのpDNAの導入に関し記載されるリポプレックス(PNAS,1987,84,7413)を含む。これらの脂質ナノ粒子は、生物活性剤と複合体化することができ、in vivo送達ビヒクルとして有用である。
様々な脂質が以下に記載され、および/または当分野に報告されている。非限定的な例として以下が挙げられる:米国特許出願第9,315,437号、第9,278,130号、第9,254,327号、第9,242,001号、および第9,220,785号;米国特許出願US2009/0263407、US2009/0285881、US2010/0055168、US2010/0055169、US2010/0063135、US2010/0076055、US2010/0099738、およびUS2010/0104629;Semple S.C.et al.,Rational design of cationic lipids for siRNA delivery,Nature Biotechnology,published online 17 Jan.2010;doi:10.1038/nbt.1602;およびその中に引用される文献。
一部の実施形態では、追加の脂質は、アミノ脂質を含有する。非限定的な例として、アミノ脂質としては、少なくとも1個の脂肪酸鎖に組み込まれた窒素原子を少なくとも1個有する脂質が挙げられる。この脂肪酸鎖は、アルキル、アルケニル、またはアルキニルの炭素鎖であってもよい。非限定的な例として、脂質は、C10〜C20の範囲の長さの炭素鎖を含有する。アミノ−脂質の脂肪酸部分は、たとえばアルデヒド類(R−−CHO)およびケトン類(R−−CO−−R)などの適切なカルボニル化合物の使用を介して組み込まれることができる。非対称性ケトン類(R−−CO−−R’)の使用を介して、対応する非対称性置換脂質が調製され得る。同様に、カルボニルエーテル、エステル、カルバミン酸、およびアミド、ならびに適切な還元剤の使用を介して、対応するアミノ−脂質が入手可能である。
一部の実施形態では、追加の脂質は、両親媒性脂質を含有する。非限定的な例として、両親媒性脂質としては、任意の適切なマテリアルが挙げられ、この場合において当該脂質マテリアルの疎水性部分は、疎水相の方を向き、一方で、親水性部分は、水相の方を向く。かかる化合物としては、限定されないが、リン脂質、アミノ脂質、およびスフィンゴ脂質が挙げられる。さらにかかる両親媒性脂質は、たとえばトリグリセリドおよびステロールなどの他の脂質と容易に混合することができる。
一部の実施形態では、追加の脂質は、アニオン性脂質を含有する。非限定的な例として、アニオン性脂質としては、ホスファチジルグリセロール、カルジオリピン、ジアシルホスファチジルセリン、ジアシルホスファチジン酸、N−ドデカノイルホスファチジルエタノールアミン、N−スクシニルホスファチジルエタノールアミン、N−グルタリルホスファチジルエタノールアミン、リシルホスファチジルグリセロール、および他の中性脂質に結合されたアニオン性修飾基から選択される化合物が挙げられる。
一部の実施形態では、追加の脂質は、リポタンパク質としても公知のアポリポタンパク質、またはその断片を含有する。非限定的な例として、アポリポタンパク質としては、ApoA−I、ApaA−II、ApoA−IV、ApaA−V、およびApoE、ならびにそれらの活性多形型、アイソフォーム、バリアントおよび突然変異体、ならびにそれらの断片または短縮型が挙げられる。ある実施形態では、アポリポタンパク質は、チオール含有アポリポタンパク質であり、それらは少なくとも1個のシステイン残基を含有する。最も普遍的なチオール含有アポリポタンパク質は、ApoA−I ミラノ(ApoA−I)およびApoA−I パリ(ApoA−I)である。それらは1個のシステイン残基を含有する(Jia et al.,2002,Biochem.Biophys.Res.Comm.297:206−13;Bielicki and Oda,2002,Biochemistry 41:2089−96)。ApoA−II、ApoE2、およびApoE3もまたチオール含有アポリポタンパク質である。単離されたApoEならびに/またはその断片およびその組み換え型を含むポリペプチドアナログは、米国特許第5,672,685号、第5,525,472号、第5,473,039号、第5,182,364号、第5,177,189号、第5,168,045号、および第5,116,739号に記載される。ApoE3は、Weisgraber,et al.,”Human E apoprotein heterogeneity:cysteine−arginine interchanges in the amino acid sequence of the apo−E isoforms,”J.Biol.Chem.(1981)256:9077−9083、およびRall,et al.,”Structural basis for receptor binding heterogeneity of apolipoprotein E from type III hyperlipoproteinemic subjects,”Proc.Nat.Acad.Sci.(1982)79:4696−4700に記載される。また、GenBankアクセッション番号K00396を参照のこと。ある実施形態では、アポリポタンパク質は、その成熟型であってもよく、プロApoA−Iおよび成熟ApoA−I(Duverger et al.,1996,Arterioscler.Thromb.Vase.Biol.16(12):1424−29)のそのプレプロアポリポタンパク質型、またはそのプロアポリポタンパク質型、ホモ二量体およびヘテロ二量体(実現可能であれば)であってもよく、ApoA−Iミラノ(Klon et al.,2000,Biophys.J.79:(3)1679−87;Franceschini et al.,1985,J.Biol.Chem.260:1632−35)、ApoA−Iパリ(Daum et al.,1999,J.Mol.Med.77:614−22)、ApoA−II(Shelness et al.,1985,J.Biol.Chem.260(14):8637−46;Shelness et al.,1984,J.Biol.Chem.259(15):9929−35)、ApoA−IV(Duverger et al.,1991,Euro.J.Biochem.201(2):373−83)、およびApoE(McLean et al.,1983,J.Biol.Chem.258(14):8993−9000)も利用することができる。
一部の実施形態では、追加の脂質は、カチオン性脂質を含有する。非限定的な例において、カチオン性脂質は、アミノ脂質である。非限定的な例として、カチオン性脂質として、4個の有機置換基を有する窒素原子を伴う四級アミンを含有する脂質が挙げられる。四級アミンを含有するカチオン性脂質の非限定的な例としては、N−(2,3−ジオレイルオキシ)プロピル)−N,N,N−トリメチル塩化アンモニウム(”DOTAP”)、N,N,−ジステアリル−N,N−ジメチル臭化アンモニウム(”DDBA”)、1−メチル−4−(シス−9−ジオレイル)−メチルピリジニウムークロリド(”SAINT−固体”)N−(2,3−ジオレイルオキシ)プロピル)−N,N,N−トリエチル塩化アンモニウム(”DOTMA”)、N,N−ジオレイル−N,N−ジメチル塩化アンモニウム(”DODAC”)、(1,2−ジミリスチルオキシプロパ−3−イル)−N,N−ジメチル−N−ヒドロキシエチル臭化アンモニウム(”DIMRIE”)、N,N−ジオレイル−N,N−ジメチル塩化アンモニウム(”DODAC”);N−(2,3−ジオレイルオキシ)プロピル−N,N−−N−トリエチル塩化アンモニウム(”DOTMA”);N,N−ジステアリル−N,N−ジメチル臭化アンモニウム(”DDAB”);N−(2,3−ジオレオイルオキシ)プロピル)−N,N,N−トリメチル塩化アンモニウム(”DOTAP”);1,2−ジオレイルオキシ−3−トリメチル塩化アミノプロパン塩(”DOTAP.Cl”);3ベータ−(N−−(N’,N’−ジメチルアミノエタン)−カルバモイル)コレステロール(”DC−Chol”)、N−(1−(2,3−ジオレイルオキシ)プロピル)−N−2−(スペルミンカルボキサミド)エチル)−N,N−ジメチル−トリフルオロ酢酸アンモニウム(”DOSPA”)、ジオエタデシルアミドグリシルカルボキシスペルミン(”DOGS”)、1,2−ジレオイル−sn−3−ホスホエタノールアミン(”DOPE”)、1,2−ジオレオイル−3−ジメチルアンモニウムプロパン(”DODAP”)、N,N−ジメチル−2,3−ジオレイルオキシ)プロピルアミン(”DODMA”)、およびN−(1,2−ジミリスチルオキシプロパ−3−イル)−N,N−ジメチル−N−ヒドロキシエチル臭化アンモニウム(”DMRIE”)が挙げられる。さらに、多くの市販のカチオン性脂質を使用することができ、たとえばリポフェクチン(LIPOFECTIN)(DOTMAとDOPEを含有する。GIBCO/BRL社から販売)、およびリポフェクトアミン(LIPOFECTAMINE)(DOSPAとDOPEを含有する。GIBCO/BRL社から販売)が挙げられる。非限定的な例として、カチオン性脂質は、ヘッドグループ(head group)、1個以上の疎水性尾部、および当該ヘッドグループと当該1個以上の尾部の間のリンカーを含む、ある設計上の特性を有してもよい。ヘッドグループは、たとえば所望されるpKを有するアミンなどのアミンを含んでもよい。pKは、脂質の構造、特にヘッドグループの性質により影響を受け得る。たとえば、アニオン性官能基、水素結合ドナー官能基、水素結合アクセプター基、疎水性基(たとえば脂肪族基)、親水性基(たとえば、ヒドロキシルまたはメトキシ)、またはアリール基などの官能基の存在、非存在、および位置などにより影響を受け得る。ヘッドグループのアミンは、カチオン性アミン;一級アミン、二級アミン、または三級アミンであってもよい。ヘッドグループは、1個のアミン基(モノアミン)、2個のアミン基(ジアミン)、3個のアミン基(トリアミン)、またはより多くのアミン基を、オリゴアミンまたはポリアミンとして含んでもよい。ヘッドグループは、たとえばイミダゾール、ピリジン、またはグアニジニウム基など、アミンよりもあまり塩基性が強くない官能基を含んでもよい。ヘッドグループは、双性イオン性であってもよい。他のヘッドグループも同様に適している。1個以上の疎水性尾部が、2個の疎水性鎖を含むことができ、それらは同じまたは異なってもよい。当該尾部は脂肪族であってもよい。たとえばそれらは炭素と水素から構成されてもよく、飽和または不飽和のいずれかであるが、芳香族環は伴わない、当該尾部は、脂肪酸尾部であってもよい。いくつかのかかる基としては、オクタニル、ノナニル、デシル、ラウリル、ミリスチル、パルミチル、ステアリル、アルファ−リノレイル、ステアリドニル、リノレイル、ガンマ−リノレイル、アラチャドニル(arachadonyl)、オレイル、およびその他が挙げられる。その他の疎水性尾部も同様に適している。リンカーとしては、たとえばグリセリドリンカー、非環式グリセリドアナログリンカー、または環式リンカー(スピロリンカー、二環式リンカー、および多環式リンカーを含む)が挙げられる。リンカーは、たとえばエーテル、エステル、リン酸塩、ホスホン酸塩、ホスホロチオエート、スルホン酸塩、ジスルフィド、アセタール、ケタール、イミン、ヒドラゾン、またはオキシムなどの官能基を含んでもよい。その他のリンカーおよび官能基も同様に適している。
一部の実施形態では、追加の脂質は、クローキング構成要素を含有する。非限定的な例として、クローキング構成要素としては、融合遅延構成要素が挙げられる。非限定的な例として、クローキング構成要素は、ATTA−脂質複合体またはPEG−脂質複合体が挙げられ、経時的に脂質粒子膜から単純に交換され得る。脂質粒子が適切に身体内に分布するときまでに、クローキング構成要素は必要なクローキング手段を失い、融合性となる。
一部の実施形態では、追加の脂質は、ヘルパー脂質を含有する。ヘルパー脂質の非限定的な例としては、1,2−ジステアロイル−sa−グリセロ−3−ホスホコリン(”DSPC”)、1,2−ジパルミトイル−sn−グリセロ−3−ホスホコリン(”DPPC”)、またはたとえば天然型スフィンゴミエリン(”SM”)およびその合成誘導体、たとえば1−オレオイル−2−コレステリル−ヘミスクシノイル−sn−グリセロ−3−ホスホコリン(”OChemsPC”)などの任意の関連ホスファチジルコリンが挙げられる。その他のヘルパー脂質としては、1,2−ジレオイル−sn−3−ホスホエタノールアミン(”DOPE”)、1,2−ジフィタノイル−sn−グリセロ−3−ホスホエタノール−アミン(”ME 16:0 PE”)が挙げられる。
一部の実施形態では、追加の脂質は、リポペプチド化合物を含有する。非限定的な例としては、リポペプチド化合物は、中心ペプチドを含み、各末端に付加された親油性基、ならびにその塩および使用を有する。親油性基は、天然型脂質から誘導されたものであってもよく、またはC(1−22)アルキル、C(6−12)シクロアルキル、C(6−12)シクロアルキル−アルキル、C(3−18)アルケニル、C(3−18)アルキニル、C(1−5)アルコキシ−C(1−5)アルキル、またはスフィンガニン(sphinganine)、または(2R,3R)−2−アミノ−1,3−オクタデカンジオール、イコサスフィンガニン、スフィンゴシン、フィトスフィンゴシン、およびシス−4−スフィンゲニンであってもよい。
一部の実施形態では、追加の脂質は、PEG−脂質を含有する。非限定的な例としては、PEG−脂質は、1個以上の親水性ポリマー、たとえばポリエチレングリコール(本明細書において「PEG−脂質」とも呼称される)で修飾された非荷電脂質を含み、それにより脂質ナノ粒子を安定化させ、凝集を回避する。ポリエチレングリコール(PEG)のサイズは、およそ1〜およそ5kDaに変化し得る。製剤中のこれら分子の相対量と、炭水化物鎖の長さに応じて、PEG−脂質は、製剤の薬物動態特性、生体分布、および有効性に影響を与えうる。約14個の炭素の比較的短い脂質炭水化物鎖を有するPEG脂質は、1時間よりも短い血漿半減期でin vivoでLNPから解離する。対照的に、約18個の炭素の比較的長い脂質炭水化物鎖を有するPEG脂質は、数日間、完全に製剤と結合したまま循環する。ゆえに1つの実施形態では、PEG脂質は、12〜20個の炭素原子、14〜18個の炭素原子、または14個の炭素原子の脂質炭水化物鎖を含有する。適切なPEG修飾脂質の非限定的な例としては、PEG化セレミド複合体、PEG化ジステアロイルホスファチジル−エタノールアミン(PEG−DSPE)が挙げられる。脂質ナノ粒子の安定化に使用され得るその他の化合物としては、ガングリオシド(GMt、GM3など)が挙げられる。非限定的な例として、PEG脂質は、約1〜約2kDaのサイズ範囲のPEGを有する。具体的な例は、メトキシ−ポリエチレングリコール−カルバモイル−ジミリスチルオキシ−プロピルアミン(PEG2000−c−DMA)、および(アルファ−(3’−(1,2−ジミリストリル−3−プロパンオキシ)カルボキサミド−プロピル]−.オメガ.−メタ−ホキシ−ポリオキシエチレン(PEG2000−c−DOMG)である。一部の実施形態では、PEG−脂質は、ポリエチレングリコール−ジミリストイル−ホスファチジルエタノールアミンである。
一部の実施形態では、追加の脂質は、疎水性低分子を含有する。非限定的な例において、疎水性低分子としては、硬いコア構造をもたらす2個以上の炭素または複素環を含有する約300〜約700Daの分子量を有する化合物が挙げられる。非限定的な例として、疎水性低分子は、たとえばコレステロール、スティグマステロールまたはたとえばトコフェノールなどの疎水性ビタミンなどのステロール群から選択される。非限定的な例において、疎水性低分子はコレステロールである。
一部の実施形態では、追加の脂質は、中性脂質を含有する。非限定的な例として、中性脂質としては、生理学的pHで、非荷電または中性双性イオン性の形態のいずれかで存在する多くの種類の脂質のいずれかが挙げられる。かかる脂質としては、たとえば、ジアシルホスファチジルコリン、ジアシルホスファチジルエタノタミン、セラミド、スフィンゴミエリン、ジヒドロスフィンゴミエリン、セファリン、およびセレブロシドが挙げられる。本明細書に記載される粒子における使用のための中性脂質の選択は概して、たとえばリポソームのサイズ、および血流中でのリポソームの安定性などの検討事項から導かれる。非限定的な例として、中性脂質構成要素は、2個のアシル基を有する脂質(すなわちジアシルホスファチジルコリンおよびジアシルホスファチジルエタノールアミン)である。多様な鎖長と飽和度の様々なアシル鎖基を有する脂質が入手可能であり、または公知の技術により単離もしくは合成され得る。実施形態の1つの群において、脂質は、C10〜C20の範囲の炭素鎖長の飽和脂肪酸を含有する。実施形態の別の群において、C10〜C20の範囲の炭素鎖長の単不飽和脂肪酸または二不飽和脂肪酸(diunsaturated fatty acids)を有する脂質が使用される。さらに飽和脂肪酸鎖と不飽和脂肪酸鎖の混合物を有する脂質が使用されてもよい。非限定的な例として、中性脂質は、DOPE、DSPC、POPC、DPPCまたは任意の関連ホスファチジルコリンである。中性脂質は、スフィンゴミエリン、ジヒドロスフィンゴミエリン、またはたとえばセリンおよびイノシトールなどの他のヘッドグループを有するリン脂質から構成されてもよい。
一部の実施形態では、追加の脂質は、リン脂質を含有する。非限定的な例として、リン脂質は、1,2−ジオレオイル−sn−グリセロ−3−ホスホエタノールアミンを含む。リン脂質の追加的な非限定的な例として、スフィンゴミエリン、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジン酸、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン、リソホスファチジルコリン、リソホスファチジルエタノールアミン、ジパルミトイルホスファチジルコリン、ジオレオイルホスファチジルコリン、ジステアロイルホスファチジルコリン、またはジリノレオイルホスファチジルコリンが挙げられる。他のリン欠失化合物、たとえばスフィンゴ脂質、グリコスフィンゴ脂質のファミリー、ジアシルグリセロールおよびベータ−アシルオキシ酸。
一部の実施形態では、追加の脂質は、ステルス脂質を含有する。非限定的な例において、ステルス脂質は、疎水性のヘッド部分と脂質部分を含有する。様々な実施形態では、ステルス脂質は、in vivoでの作用を改善し、効能を上昇させ、および/または毒性を減少させることができる。ステルス脂質の非限定定な例は、たとえばWO 2011/076807に提供される。
一部の実施形態では、追加の脂質は、ステロールを含有する。非限定的な例において、ステロールは、ステロイドアルコール、またはステロイドの亜群のメンバーである。非限定的な例において、ステロールは、リポソーム、脂質小胞、または脂質粒子調製の分野において従来から使用されるステロール類のいずれかであってもよい。非限定的な例において、ステロールはコレステロールである。非限定的な例において、ステロールは、コレステロール、エルゴステロール、ホパノイド、フィトステロール、またはステロイドである。
一部の実施形態では、追加の脂質は、標的化脂質またはその他の標的化構成要素を含有する。非限定的な例において、標的化脂質またはその他の標的化構成要素は、ある細胞型または組織に特異的な標的化部分を使用する脂質粒子を標的とする。たとえばリガンド、細胞表面受容体、糖タンパク質、たとえばリボフラビンなどのビタミン類、およびモノクローナル抗体などの様々な標的化部分を使用する脂質粒子の標的化は、従前に報告されている(たとえば、米国特許第4,957,773号および第4,603,044号を参照のこと)。標的化部分は、タンパク質全体またはその断片を含有してもよい。標的化のメカニズムは概して、標的部分、たとえば細胞表面受容体などが、標的との相互作用に利用可能であるような様式で、標的化の主体が脂質粒子の表面上に配置されることを必要とする。様々な異なる標的化の主体および方法が当分野において公知および利用可能であり、たとえば、Sapra,P.and Allen,T M,Prog.Lipid Res.42(5):439−62(2003);and Abra,R M et al.,J.Liposome Res.12:1−3,(2002)に記載されるものが挙げられる。標的化のために、脂質粒子、すなわちリポソームを、たとえばポリエチレングリコール(PEG)鎖などの親水性ポリマー鎖の表面コーティングとともに使用することが提言されている(Allen,et al.,Biochimica et Biophysica Acta 1237:99−108(1995);DeFrees,et al.,Journal of the American Chemistry Society 118:6101−6104 (1996);Blume,et al.,Biochimica et Biophysica Acta 1149:180−184(1993);Klibanov,et al.,Journal of Liposome Research 2:321−334(1992);米国特許第 5,013,556号;Zalipsky,Bioconjugate Chemistry 4:296−299(1993);Zalipsky,FEBS Letters 353:71−74(1994);Zalipsky,in Stealth Liposomes Chapter 9(Lasic and Martin,Eds)CRC Press,Boca Raton Fla.(1995))。1つの方法では、脂質粒子の標的化のために、たとえば抗体などのリガンドを、脂質粒子を形成する脂質の極性ヘッド基に連結させる。別の方法では、標的化リガンドを、親水性ポリマーコーティングを形成するPEG鎖の遠位末端に付加させる(Klibanov,et al.,Journal of Liposome Research 2:321−334 (1992);Kirpotin et al.,FEBS Letters 388:115−118 (1996))。標的主体をカップリングさせるための標準的な方法を使用することができる。たとえば標的主体の付加のために活性化され得るホスファチジルエタノールアミン、またはたとえば脂質誘導体化ブレオマイシンなどの誘導体化親水性化合物を使用することができる。
様々な実施形態では、追加の脂質は、本明細書に記載される、または当分野に報告される任意の脂質を含有する。一部の実施形態では、追加の脂質は、以下を含有する:5−ヘプタデシルベンゼン−1,3−ジオール(レソルシノール)、コレステロールヘミスクシナート(CHEMS)、ジパルミトイルホスファチジルコリン(DPPC)、ジステアロイルホスファチジルコリン(DSPC)、ホスホコリン(DOPC)、ジミリストイルホスファチジルコリン(DMPC)、ホスファチジルコリン(PLPC)、ホスファチジルエタノールアミン(PE)、卵ホスファチジルコリン(EPC)、ジラウリルオイルホスファチジルコリン(DLPC)、ジミリストイルホスファチジルコリン(DMPC)、l−ミリストイル−2−パルミトイル ホスファチジルコリン(MPPC)、l−パルミトイル−2−ミリストイル ホスファチジルコリン(PMPC)、I,2−ジアラキドイル−sn−グリセロ−3− ホスホコリン(DBPC)、l−パルミトイル−2−ステアロイルホスファチジルコリン(PSPC)、I−ステアロイル−2− パルミトイル ホスファチジルコリン(SPPC)、l,2−ジステアロイル−sn−グリセロ−3−ホスホコリン(DAPC)、l,2−ジエイコセノイル−sn−グリセロ −3−ホスホコリン(DEPC)、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン(POPC)、リソホスファチジルコリン、ジリノレオイルホスファチジルコリンジステアロイルホスファチジルエタノールアミン(DSPE)、ジミリストイルホスファチジルエタノールアミン(DMPE)、ジパルミトイル ホスファチジルエタノールアミン(DPPE)、パルミトイルオレオイルホスファチジルエタノールアミン(POPE)、リソホスファチジルエタノールアミン、またはそれらの組み合わせ。1つの実施形態では、中性リン脂質は、ジステアロイルホスファチジルコリン(DSPC)および/またはジミリストイルホスファチジルエタノールアミン(DMPE)からなる群から選択される。
本開示に、本明細書に記載される任意の脂質の遊離型も含まれ、ならびにそれらの薬学的に許容可能な塩および立体異性体も含まれる。本明細書に例示される単離された特定のカチオン性脂質の一部は、アミンカチオン性脂質のプロトン化塩である。包含される薬学的に許容可能な塩には、本明細書に記載される特定の脂質に対し例示された単離された塩だけでなく、本明細書に記載される任意の脂質の遊離型の典型的なすべての薬学的に許容可能な塩も含まれる。
本脂質の薬学的に許容可能な塩は、従来的な化学的方法により塩基性部分または酸性部分を含有する、本発明の脂質から合成することができる。概して、塩基性カチオン性脂質の塩は、イオン交換クロマトグラフィーにより、または所望される塩形成性の無機酸もしくは有機酸の化学量論量または過剰量と、遊離塩基を、適切な溶媒または様々な溶媒の組み合わせにおいて反応させることにより、調製される。同様に、酸性化合物の塩は、適切な無機塩基または有機塩基と反応させることにより形成される。
ゆえに本開示の脂質の薬学的に許容可能な塩は、無機酸または有機酸と、塩基性の本発明脂質を反応させることにより形成される、本発明の脂質の従来的な非毒性の塩を含む。たとえば、従来的な非毒性の塩としては、たとえば塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、硝酸などの無機酸から誘導される塩、ならびにたとえば酢酸、プロピオン酸、コハク酸、グリコール酸、ステアリン酸、乳酸、リンゴ酸、酒石酸、クエン酸、アスコルビン酸、パモ酸、マレイン酸、ヒドロキシマレイン酸、フェニル酢酸、グルタミン酸、安息香酸、サリチル酸、スルファニル酸、2−アセトキシ−安息香酸、フマル酸、トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸、エタンジスルホン酸、シュウ酸、イセチオン酸、トリフルオロ酢酸(TFA)などの有機酸から調製される塩が挙げられる。
本開示の脂質が、酸性である場合、適切な「薬学的に許容可能な塩」とは、無機塩基および有機塩基を含む薬学的に許容可能な非毒性の塩基から調製される塩を指す。無機塩基から誘導される塩としては、アルミニウム、アンモニウム、カルシウム、銅、第二鉄、第一鉄、リチウム、マグネシウム、マンガンの塩、亜マンガン、カリウム、ナトリウム、亜鉛の塩などが挙げられる。非限定的な例としては、アンモニウム塩、カルシウム塩、マグネシウム塩、カリウム塩、およびナトリウム塩が挙げられる。薬学的に許容可能な有機の非毒性塩基から誘導される塩としては、一級アミン、二級アミン、および三級アミンの塩、天然型置換アミンを含む置換アミン、環状アミン、ならびに塩基性イオン交換樹脂、たとえばアルギニン、ベタイン カフェイン、コリン、N,N−ジベンジルエチレンジアミン、ジエチルアミン、2−ジエチルアミノエタノール、2−ジメチルアミノエタノール、エタノールアミン、エチレンジアミン、N−エチルモルホリン、N−エチルピぺリジン、グルカミン、グルコサミン、ヒスチジン、ヒドラバミン、イソプロピルアミン、リシン、メチルグルカミン、モルホリン、ピペラジン、ピペリジン、ポリアミン樹脂、プロカイン、プリン類、テオブロミン、トリエチルアミン、トリメチルアミン トリプロピルアミン、トロメタミンなどが挙げられる。
標的化化合物または部分
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質、および標的化化合物または部分(標的化構成要素)を含有する組成物、および組成物に関連する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質、および標的化化合物または部分を含有する組成物、および組成物に関する方法に関する。
様々な実施形態では、生物活性剤の送達のための組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質、および標的化化合物または部分を含有する。
様々な実施形態では、標的化化合物または部分は、抗体、糖、抗原、低分子、ペプチド、および細胞透過性ペプチド(CPP:cell penetrating peptide)から選択される。
一部の実施形態では、標的化化合物または部分は、特定の細胞または組織または細胞サブセットまたは組織サブセットに対し、化合物または組成物を標的化することができる構造である。一部の実施形態において、標的化部分は、特定の標的、受容体、タンパク質、またはその他の細胞内構成要素の、細胞または組織に特異的な発現を利用するように設計されている。一部の実施形態において、標的化部分は、化合物または組成物を、細胞または組織へと標的化し、および/または標的、受容体、タンパク質もしくは他の細胞内構成要素に結合させるリガンド(たとえば、低分子、抗体、ペプチド、タンパク質、炭水化物、アプタマーなど)である。一部の実施形態では、標的化部分は、脂質と生物活性剤を含有する組成物を、筋細胞または筋組織へと標的化させる。一部の実施形態では、標的化部分は、筋細胞または筋組織を標的とする化合物を含有する。一部の実施形態では、標的化部分は、フェチュイン(fetuin)、上皮増殖因子、線維芽細胞増殖因子、インシュリン、および/もしくはデキサメタゾン、またはそれらの構成要素もしくは断片もしくは組み合わせを含有する。一部の実施形態では、標的化部分は、脂質と生物活性剤を含有する組成物を、神経筋系中の神経または他の細胞もしくは組織へと標的化させる。一部の実施形態では、標的化部分は、狂犬病ウイルスを含有する(Kumar et al.2007 Nature 448:39−43;およびHwang do et al.2011 Biomaterials 32:4968−4975を参照のこと)。一部の実施形態では、標的化部分は、神経伝達物質輸送体、ドーパミン輸送体、セロトニン輸送体、またはノルエピネフリン輸送体、またはアルファ‐シヌクレイン、またはこれらの構成要素のいずれかをコードするmRNAに結合することができる部分である(米国特許第9,084,825号を参照のこと)。一部の実施形態では、標的化部分は、トランスフェリン受容体リガンドまたはアルファ‐トランスフェリン抗体であり、血管内皮細胞全体にわたるトランスフェリン受容体介在経路を利用することが報告されている。Clark et al.2015 Proc.Natl.Acad.Sci.USA 112:12486−12491;Bien−Ly et al.2014 J.Exp.Med.211:233−244;およびYoun et al.2014 Mol.Pharm.11:486−495。一部の実施形態では、標的化部分は、インテグリンに結合する。一部の実施形態では、標的化部分は、たとえば血小板上のアルファIIベータ3に結合する。一部の実施形態では、標的化部分は、たとえば白血球上のベータ2インテグリンに結合する。一部の実施形態では、標的化部分は、たとえば腫瘍細胞上のアルファvベータ3に結合する。一部の実施形態では、標的化部分はGPCR(Gタンパク質共役受容体)に結合する(Hanyaloglu et al.2008 Ann.Rev.Pharm.Tox.48:537−568を参照のこと)。一部の実施形態では、標的化部分は、たとえば癌細胞上のガストリン放出ペプチド受容体に結合する(Cornelio et al.2007 Ann.Oncol.18:1457−1466を参照のこと)。一部の実施形態では、標的化部分は、炭酸脱水素酵素阻害剤を含有する。
抗体を標的とするリポソームは、たとえば、プロテインAを組み込んだリポソームを使用して構築することができる(Renneisen,et al.,J.Bio.Chem.,265:16337−16342(1990)and Leonetti,et.al.,Proc.Natl.Acad.Sci.(USA),87:2448−2451(1990)を参照のこと)。抗体複合体のその他の例は、米国特許第6,027,726号に開示される。 標的化部分の例としては、新生物または腫瘍に関連した抗原を含む、細胞構成要素に特異的なその他のタンパク質も挙げられる。標的化部分として使用されるタンパク質は、共有結合を介してリポソームに付加されることができる(Heath,Covalent Attachment of Proteins to Liposomes,149 Methods in Enzymology 111−119(Academic Press,Inc.1987)を参照のこと)。その他の標的化方法としては、ビオチン−アビジン系が挙げられる。
様々な実施形態では、標的化化合物または部分は、生物活性剤を含有する組成物の、特定の細胞または組織への標的化を増加させる。たとえば、身体の特定の細胞または組織は、特定の受容体またはその他の構造を備えており、それらにより、特定の化合物の選択的取込が可能となることが報告されている。たとえば筋細胞は、糖を取り込みやすいことが報告されている。ゆえに非限定的な例として、筋細胞または筋組織への送達の場合には、生物活性剤の送達のための組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質、および標的化化合物または部分を含有し、この場合において標的化化合物または部分は、筋細胞または筋組織を標的とする。かかる標的化化合物または部分は、非限定的な例として、糖、たとえばグルコサミン(たとえば、三重グルコサミンまたは一グルコサミン)またはマンノース(たとえば、一マンノース)を含有してもよい。組成物の様々な実施形態では、脂質および/または標的化化合物もしくは部分は、生物活性剤と複合体化される。非限定的な例として、生物活性剤が核酸の場合、当該核酸は、脂質と標的化化合物または部分、たとえば糖を含有してもよい。非限定的な例として、生物活性剤が核酸の場合、当該核酸は、脂質および/または標的化化合物もしくは部分、たとえば糖と複合体化されてもよい。非限定的な例として、生物活性剤が核酸の場合、当該核酸は、脂質と一方の末端上(たとえば5’または3’末端上)で複合体化され、および標的化化合物または部分、たとえば糖、たとえばグルコサミン(たとえば三重または一グルコサミン)またはマンノース(たとえば一マンノース)と他方の末端(たとえば他方の5’または3’末端)で複合体化されてもよい。一部の実施形態では、標的化化合物または部分は、炭酸脱水素酵素阻害剤を含有する。
核酸である生物活性剤に対する、任意の5’末端および3’末端の修飾
一部の実施形態では、本開示は、脂質と生物活性剤を含有する組成物に関するものであり、この場合において当該生物活性剤は、核酸(たとえばオリゴヌクレオチド)からなるか、または核酸を含有する。一部の実施形態では、核酸は、非ヌクレオチド性の5’末端キャップおよび3’末端キャップ(「修飾」とも呼称される)をさらに含有してもよい。「非ヌクレオチド性」として5’末端キャップおよび3’末端キャップを記載するとは、ヌクレオチドが3つの構成要素:リン酸、ペントース(たとえばリボースまたはデオキシリボース)と核酸塩基を含有し、3’末端キャップは、当該構成要素の3つすべてを含有しないことを意味する。
5’末端キャップは、非限定的な例として、以下のいずれかから選択され得る:GalNAcを含有する組成物;5’リン酸塩または5’−OHを欠くヌクレオチド;5’リン酸塩または5’−OHを欠き、2−OMeまたは2’−MOEの修飾も含有するヌクレオチド;5’−デオキシ−2’−O−メチル修飾;5’−OME−dT;ddT;および5’−OTr−dT。当分野に公知の任意の5’末端キャップを、CpGオリゴヌクレオチド上で使用することができる。
3’末端キャップは、非限定的な例として、以下のいずれかから選択され得る:C3、C6、C8、C10、C12、リトコール酸、ビフェニル、トリエチレングリコール、シクロヘキシル、フェニル、アダマンタン、C3アミノ、C7アミノ、X027、X038、X050〜52、X058〜69、X097〜98、X109〜113、X1009〜1028、およびX1047〜1049。たとえば、米国特許第第8,084,600号、第8,404,832号、第8,404,831号、第8,957,041号、およびWO2015051366を参照のこと。
当分野に公知の任意の3’末端キャップを、CpGオリゴヌクレオチド上で使用することができる。
任意の5’末端キャップを、任意の3’末端キャップと組み合わせて使用することができる。
様々な実施形態では、本開示は、脂質と生物活性剤を含有する組成物に関するものであり、この場合において当該生物活性剤は、核酸であり、当該核酸は、5’末端キャップ、3’末端キャップ、または5’末端キャップと3’末端キャップを含有し、または5’末端キャップと3’末端キャップのいずれも含有しない。
脂質と生物活性剤を含有する組成物の作製方法
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関連するものであり、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化される。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関連するものであり、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関連するものであり、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化されない。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関連するものであり、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化されない。
一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質を含有し、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化されない。
一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質を含有し、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化される。
一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質を含有し、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と直接複合体化される(当該脂質と当該生物活性剤の間に入るリンカーは無い)。
一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質を含有し、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と間接的に複合体化される(当該脂質と当該生物活性剤の間に入るリンカーを伴う)。
脂質を含有する組成物の様々な作製方法が当分野に公知である。
脂質と様々な分子を複合体化する様々な方法が当分野に公知である。
脂質とオリゴヌクレオチドを複合体化するための方法の非限定的な例を実施例2に提供する。類似の方法を使用して、様々な脂質と、立体不規則的なオリゴヌクレオチドおよび立体的に純粋なオリゴヌクレオチドを複合体化することができる。
当分野に公知の任意の適切な方法を使用して、本明細書に記載される脂質と生物活性剤を含有する組成物を作製することができる。
リンカー
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関連するものであり、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化される。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関連するものであり、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化される。
一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、C10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関連するものであり、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化されない。一部の実施形態では、本開示は、生物活性剤と、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する脂質を含有する組成物、および組成物に関する方法に関連するものであり、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化されない。
一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質を含有し、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化されない。
一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質を含有し、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と複合体化される。
一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質を含有し、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と直接複合体化される(当該脂質と当該生物活性剤の間に入るリンカーは無い)。
一部の実施形態では、組成物は、生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルから選択される脂質を含有し、この場合において当該脂質は、当該生物活性剤と間接的に複合体化される(当該脂質と当該生物活性剤の間に入るリンカーを伴う)。
リンカーは、組成物の2つの部分を繋げる部分を指す。非限定的な例として、リンカーは、生物活性剤を脂質に物理的に繋げる。一部の実施形態では、リンカーは、−LLD−である。
適切なリンカーの非限定的な例としては、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸塩を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのレドックス切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸塩系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーが挙げられる。
いくつかの実施形態において、リンカーは、電荷を帯びていないリンカー、または電荷を帯びたリンカーを含む。
いくつかの実施形態において、リンカーはアルキルを含む。
いくつかの実施形態において、リンカーはリン酸塩を含む。様々な実施形態において、リン酸塩は、架橋する酸素(すなわち、リン酸塩とヌクレオシドに連結する酸素)を、窒素(架橋したホスホロアミダート)、硫黄(架橋したホスホロチオエート)および炭素(架橋したメチレンホスホン酸塩)で置き換えることによって修飾することもできる。置換は、いずれかの結合酸素または両方の結合酸素で起こり得る。いくつかの実施形態において、架橋酸素は、ヌクレオシドの3’−酸素であり、炭素との置き換えが行われている。いくつかの実施形態において、架橋酸素は、ヌクレオシドの5’−酸素であり、炭素との置き換えが行われている。様々な実施形態において、リン酸塩を含むリンカーは、ホスホロジチオエート、アミド亜リン酸塩、ボラノホスホノエート、または以下の式(I)の化合物のうちのいずれか1個以上を含有する:
Figure 2019516679
(I)式中、Rは、OH、SH、NH、BH、CH、C1−6アルキル、C6−10アリール、C1−6アルコキシおよびC6−10アリール−オキシから選択され、式中、C1−6アルキルおよびC6−10アリールは、非置換であるか、または任意で独立して、ハロ、ヒドロキシル、およびNHから独立して選択される1〜3個の基で置換され、およびRは、O、S、NH、またはCHから選択される。
一部の実施形態では、リンカーは、直接結合、または酸素もしくは硫黄などの原子、たとえばNR、C(O)、C(O)NH、SO、SO、SONHなどのユニット、または置換もしくは非置換のアルキル、置換もしくは非置換のアルケニル、置換もしくは非置換のアルキニル、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアリールアルケニル、ヘテロアリールアルキニル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルケニル、ヘテロシクリルアルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アルキルアリールアルキル、アルキルアリールアルケニル、アルキルアリールアルキニル、アルケニルアリールアルキル、アルケニルアリールアルケニル、アルケニルアリールアルキニル、アルキニルアリールアルキル、アルキニルアリールアルケニル、アルキニルアリールアルキニル、アルキルヘテロアリールアルキル、アルキルヘテロアリールアルケニル、アルキルヘテロアリールアルキニル、アルケニルヘテロアリールアルキル、アルケニルヘテロアリールアルケニル、アルケニルヘテロアリールアルキニル、アルキニルヘテロアリールアルキル、アルキニルヘテロアリールアルケニル、アルキニルヘテロアリールアルキニル、アルキルヘテロシクリルアルキル、アルキルヘテロシクリルアルケニル、アルキルヘテロシクリルアルキニル、アルケニルヘテロシクリルアルキル、アルケニルヘテロシクリルアルケニル、アルケニルヘテロシクリルアルキニル、アルキニルヘテロシクリルアルキル、アルキニルヘテロシクリルアルケニル、アルキニルヘテロシクリルアルキニル、アルキルアリール、アルケニルアリール、アルキニルアリール、アルキルヘテロアリール、アルケニルヘテロアリール、アルキニルヘテロアリールなどの原子鎖を含み、ここで、1個以上のメチレンは、O、S、S(O)、SO、N(R、C(O)、切断可能な結合基、置換もしくは非置換のアリール、置換もしくは非置換のヘテロアリール、置換もしくは非置換の複素環で中断または終了されてもよく、ここで、Rは、水素、アシル、脂肪族または置換脂肪族である。
いくつかの実施形態において、リンカーは分枝鎖リンカーである。いくつかの実施形態において、分枝鎖リンカーの分枝点は、少なくとも三価でもよいが、四価、五価もしくは六価の原子、またはこのような複数の原子価を示す基でもよい。一部の実施形態では、分枝点は、−N(Q)−C、−O−C、−S−C、−SS−C、−C(O)N(Q)−C、−OC(O)N(Q)−C、−N(Q)C(O)−C、または−N(Q)C(O)O−Cであり、式中、Qは独立して、各々に存在するHであるか、または任意で置換されるアルキルである。他の実施形態において、分枝点は、グリセロールまたはグリセロール誘導体である。
1つの実施形態では、リンカーは、少なくとも1つの切断可能な結合基を含む。
非限定的な例として、切断可能な結合基は、細胞外で十分安定であり得るが、標的細胞に入ると切断されて、リンカーがともに保持している2つの部分を放出する。非限定的な例として、切断可能な結合基は、標的細胞内または第1の参照条件下(これは、例えば、細胞内条件を模倣するか、または細胞内条件を表すように選択され得る)で、対象の血液中よりも、または第2の参照条件下(これは、例えば、血液または血清に見られる条件を模倣するか、その条件を表すように選択され得る)よりも、少なくとも10倍以上、少なくとも100倍速く切断される。切断可能な結合基は、切断剤、例えば、pH、酸化還元電位または分解分子の存在に影響されやすい。概して、切断剤は、血清中または血液中よりも細胞内でより普遍的にあるか、またはより高レベルもしくは高活性で存在する。このような分解剤の例としては、以下が挙げられる:酸化還元切断が可能な結合基を還元によって分解することができて、細胞内に存在する、例えば酸化酵素もしくは還元酵素、またはメルカプタンなどの還元剤を含む、特定の基質に対し選択されるか、または基質特異性を持たない酸化還元剤;エステラーゼ;エンドソーム、または酸性環境を作り出すことができる剤、例えば、5以下のpHを生じさせる剤;一般的な酸として作用することによって酸切断可能な結合基を加水分解または分解することができる酵素、ペプチダーゼ(基質特異性であり得る。)およびホスファターゼ。
非限定的な例として、ジスルフィド結合などの切断可能な結合基はpHに影響されやすい。ヒト血清のpHは7.4であるが、細胞内の平均pHはわずかに低く、約7.1〜7.3の範囲である。エンドソームはさらに酸性のpHを有し、5.5〜6.0の範囲であり、リソソームはさらにより酸性のpHで約5.0である。一部のリンカーは、所望のpHで切断され、それによってリガンドからカチオン性脂質を細胞内または細胞の所望の区画内に放出する切断可能な結合基を有することになるであろう。
非限定的な例として、リンカーは、特定の酵素によって切断可能である切断可能な結合基を含むことができる。リンカーに組み込まれる切断可能な結合基の型は、標的にされる細胞に依存し得る。例えば、肝臓標的化リガンドは、エステル基を含むリンカーにより、カチオン性脂質に結合することができる。肝細胞はエステラーゼが豊富であり、従って、リンカーは、エステラーゼが豊富でない細胞型よりも肝細胞において、より効率的に切断されることになるであろう。エステラーゼが豊富な他の細胞型としては、肺、腎皮質および精巣の細胞が含まれる。
非限定的な例として、リンカーは、ペプチド結合を含んでもよく、これは、たとえば肝細胞および滑膜細胞など、ペプチダーゼが豊富な細胞型を標的にするときに利用することができる。
非限定的な例として、切断可能な候補結合基の適合性は、候補結合基を切断する分解剤(または条件)の能力を試験することによって評価することができる。血液中の切断、または他の非標的組織と接触したときの切断に耐える能力について、切断可能な候補結合基を試験することも同様に望ましいであろう。従って、第1の条件と第2の条件の間の切断に対する相対的感受性を決定することができて、ここで、第1の条件は、標的細胞内の切断の指標となるよう選択され、第2の条件は、他の組織または生体液、例えば、血液または血清における切断の指標となるよう選択される。評価は、無細胞系、細胞中、細胞培養中、臓器または組織培養中、あるいは動物全体で実施することができる。無細胞条件または培養条件で初期評価を行い、動物全体でさらに評価することによって確認することが有用であり得る。非限定的な例として、有用な候補化合物は、血液もしくは血清(または細胞外条件を模倣するよう選択されたin vitro条件下)と比べて、細胞内(または細胞内条件を模倣するよう選択されたin vitro条件下)で、少なくとも2倍、4倍、10倍または100倍速く切断される。
いくつかの実施形態において、リンカーは、酸化還元切断可能な結合基を含む。非限定的な例として、切断可能な結合基の1つの種類は、還元時または酸化時に切断される、酸化還元切断が可能な結合基である。還元的に切断が可能な結合基の非限定的な例は、ジスルフィド結合基(−S−S−)である。切断可能な結合基の候補物質が適切な「還元的に切断可能な結合基」であるかどうかを決定するために、または例えば特定のオリゴヌクレオチド部分および特定の標的化剤との使用に適切であるかどうかを決定するために、本明細書に記載の方法を調べることができる。非限定的な例として、候補物質は、細胞、例えば標的細胞において観察されるであろう切断速度を模倣する、ジチオスレイトール(DTT)、または当分野で公知の試薬を使用する他の還元剤とのインキュベーションによって評価することができる。候補物質は、血液条件または血清条件を模倣するよう選択された条件下で評価することもできる。非限定的な例として、候補化合物は、血液中で最大で10%まで切断される。非限定的な例として、有用な候補化合物は、血液(または細胞外条件を模倣するよう選択されたin vitro条件下)と比べて、細胞内(または細胞内条件を模倣するよう選択されたin vitro条件下)で、少なくとも2倍、4倍、10倍または100倍速く分解される。候補の化合物の切断速度は、細胞内媒体を模倣するよう選ばれた条件下で標準的な酵素反応速度論アッセイを使用して決定することができ、細胞外媒体を模倣するよう選ばれた条件と比べることができる。
いくつかの実施形態において、リン酸塩系の切断可能な結合基を含むリンカーは、リン酸塩基を分解または加水分解する剤によって切断される。細胞内のリン酸塩基を切断する薬剤の一例は、細胞内のホスファターゼなどの酵素である。リン酸塩系の結合基の例は、−O−P(O)(ORk)−O−、−O−P(S)(ORk)−O−、−O−P(S)(SRk)−O−、−S−P(O)(ORk)−O−、−O−P(O)(ORk)−S−、−S−P(O)(ORk)−S−、−O−P(S)(ORk)−S−、−S−P(S)(ORk)−O−、−O−P(O)(Rk)−O−、−O−P(S)(Rk)−O−、−S−P(O)(Rk)−O−、−S−P(S)(Rk)−O−、−S−P(O)(Rk)−S−、−O−P(S)(Rk)−S−である。さらなる非限定的な例は、−O−P(O)(OH)−O−、−O−P(S)(OH)−O−、−O−P(S)(SH)−O−、−S−P(O)(OH)−O−、−O−P(O)(OH)−S−、−S−P(O)(OH)−S−、−O−P(S)(OH)−S−、−S−P(S)(OH)−O−、−O−P(O)(H)−O−、−O−P(S)(H)−O−、−S−P(O)(H)−O−、−S−P(S)(H)−O−、−S−P(O)(H)−S−、−O−P(S)(H)−S−である。さらなる非限定的な例は、−O−P(O)(OH)−O−である。様々な実施形態では、Rkは、以下のいずれかである:NH、BH、CH、C1−6アルキル、C6−10アリール、C1−6アルコキシおよびC6−10アリール−オキシであって、式中、C1−6アルキルおよびC6−10アリールは非置換であるか、または任意で独立して、ハロ、ヒドロキシル、およびNHから独立して選択される1〜3個の基で置換され、およびRは、O、S、NH、またはCHから選択される。
一部の実施形態では、リンカーは、酸性条件下で切断される結合基である酸切断可能な結合基を含有する。非限定的な例として、酸切断可能な結合基は、約6.5以下のpHを有する酸性環境下(たとえば約6.0、5.5、5.0以下)で切断されるか、または一般的な酸として作用し得る酵素などの剤により切断される。細胞内において、たとえばエンドソームおよびリソソームなどの特定の低pHオルガネラは、酸切断可能な結合基に切断環境を提供することができる。酸切断可能な結合基の例には、ヒドラゾン、エステル、およびアミノ酸のエステルが含まれるが、これらに限定されない。酸切断可能な基は、一般式の−C=NN−、C(O)O、または−OC(O)を有してもよい。別の非限定的な例において、エステルの酸素(アルコキシ基)に結合している炭素がアリール基、置換アルキル基、またはたとえばジメチルペンチルまたはt−ブチルなどの三級アルキル基に結合しているとき。
いくつかの実施形態において、リンカーは、エステル系の結合基を含む。非限定的な例として、エステル系の切断可能な結合基は、細胞内のエステラーゼおよびアミダーゼなどの酵素によって切断される。エステル系の切断可能な結合基の例には、アルキレン基、アルケニレン基およびアルキニレン基のエステルが含まれるが、これらに限定されない。エステル切断可能な結合基は、一般式の−C(O)O−または−OC(O)−を有する。これらの候補物質は、上述の方法と類似の方法を用いて評価することができる。
いくつかの実施形態において、リンカーは、ペプチド系の切断基を含む。ペプチド系の切断可能な結合基は、細胞内のペプチダーゼおよびプロテアーゼなどの酵素によって切断される。ペプチド系の切断可能な結合基は、アミノ酸の間で形成されて、オリゴペプチド(例えば、ジペプチド、トリペプチドなど)およびポリペプチドを与えるペプチド結合である。非限定的な例として、ペプチド系の切断可能な基は、アミド基(−−C(O)NH−−)を含まない。アミド基は、任意のアルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンの間で形成され得る。ペプチド結合は、アミノ酸の間で形成されて、ペプチドおよびタンパク質を与える特別なタイプのアミド結合である。非限定的な例として、ペプチド系の切断可能な基は、アミノ酸の間で形成されて、ペプチドおよびタンパク質を与えるペプチド結合(すなわち、アミド結合)に限定することができて、およびアミド官能基全体を含まない。非限定的な例として、ペプチド系の切断可能な結合基は、一般式の−NHCHRC(O)NHCHRC(O)−を有してもよく、式中、RおよびRは、2個の隣接するアミノ酸のR基である。これらの候補物質は、上述の方法と類似の方法を用いて評価することができる。
非限定的な例として、米国特許出願第20150265708号明細書に記載のリンカーををはじめとする、当分野において報告された任意のリンカーを使用することができる。
一部の実施形態では、脂質は、本開示に従い、当分野に公知の任意の方法を使用して生物活性剤と複合体化される。
脂質と生物活性剤を複合体化するのための手順の非限定的な例を、実施例に提供する。たとえば脂質(たとえばステアリン酸またはツルビナル酸)は、C6 POリンカーを使用してオリゴヌクレオチド(たとえばWV−3473)と複合体化され、WV−3545、5’− Mod015L001fU*fC*fA*fA*fG*fG*mAfA*mGmA*fU*mGmGfC*fA*fU*fU*fU*fC*fU −3’を生成させることができ、式中、Mod015L001は、ステアリン酸とC6 POリンカーに基づいている。およびWV−3546、5’− Mod020L001fU*fC*fA*fA*fG*fG*mAfA*mGmA*fU*mGmGfC*fA*fU*fU*fU*fC*fU −3’を生成させることができ、式中、Mod020L001は、ツルビナル酸とC6 POリンカーに基づいている。およびWV−3856、5’− Mod015L001fU*fC*fA*fA*fG*fG*mAfA*mGfA*mUfG*mGfC*fA*fU*fU*fU*fC*fU −3’を生成させることができ、式中、Mod015L001は、ステアリン酸とC6 POリンカーに基づいている。およびWV−3559、5’− Mod020L001fU*fC*fA*fA*fG*fG*mAfA*mGfA*mUfG*mGfC*fA*fU*fU*fU*fC*fU −3’を生成させることができ、式中、Mod020L001はツルビナル酸とC6 POリンカーに基づいている。これらのオリゴヌクレオチドは、様々なin vitroアッセイにおいて有効であった。
医薬製剤
医薬組成物は、脂質と生物活性剤を含有してもよい。
様々な実施形態では、本開示は、脂質および生物活性剤および薬学的に許容可能な担体を含有する組成物または医薬組成物に関連する。
一部の実施形態では、医薬組成物は、以下に対し適合したものを含む、固体または液体の形態での投与用に特に製剤化されてもよい:経口投与、たとえば飲薬(drenches)(水溶液もしくは非水溶液または懸濁液)、錠剤、たとえば口腔、舌下および全身吸収を標的とした錠剤、ボーラス投与、粉末、顆粒、舌への適用のためのペースト;非経口投与、たとえば滅菌溶液もしくは懸濁液または徐放製剤として、皮下注射、筋肉内注射、静脈内注射または硬膜外注射;局所投与、たとえばクリーム、軟膏もしくは放出制御パッチまたは皮膚、肺もしくは口腔内に塗布されるスプレー;膣内投与または直腸内投与、たとえばペッサリー、クリームまたは泡状物質;舌下投与;眼内投与;経皮投与;または鼻内、肺内、およびその他の粘膜表面への投与。脂質と生物活性剤含有する医薬組成物は、静脈内点滴、皮下注射、筋肉内注射、鼻内送達、髄腔内送達、局所送達、粘膜送達、膣送達、経口送達、直腸内送達、結膜送達、眼内送達、経皮送達、または当分野に公知の任意のその他のモダリティにより送達されてもよい。
本医薬組成物は、脂質と生物活性剤を含有する組成物の送達に適した任意の構成要素をさらに含有してもよい。かかる構成要素としては、非限定的な例として、薬学的に許容可能な塩、薬学的に許容可能な担体が挙げられる。
薬学的に許容可能な塩は、当分野に公知である。例えば、S.M.Bergeらは、J.Pharmaceutical Sciences,66:1−19 (1977)で、薬学的に許容可能な塩を詳細に記載している。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩としては、限定されないが、たとえば塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸と形成された、またはたとえば酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、またはマロン酸などの有機酸と形成された、またはイオン交換など糖分で使用される他の方法を使用することで形成されたアミノ基の塩である非毒性の酸付加塩が挙げられる。一部の実施形態では、薬剤的に許容可能な塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩(camphorate)、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリル酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸、メタンスルホン酸塩、2−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、p−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられるが、これに限定されない。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属の塩類としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。一部の実施形態では、薬学的に許容可能な塩としては、適切な場合には、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、1〜6個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩およびアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して生成された非毒性のアンモニウム、第四級アンモニウム、およびアミンカチオンが挙げられる。
薬学的に許容可能な担体は、当分野に公知である。例えば、許容可能な担体(たとえば薬学的に許容可能な担体)、希釈剤、安定剤、緩衝剤、保存剤などが下記のように含有されてもよい。
本明細書において使用される場合、「薬学的に許容可能な担体」という用語は、1つの臓器、または身体の部分から、別の臓器、または身体の部分への対象化合物の運搬または輸送に関与する液体もしくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、または溶媒封入材料などの薬学的に許容可能な材料、組成物または媒体を意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性があり、対象に有害でないという意味で、「許容可能」でなければならない。薬学的に許容可能な担体として使用することができる材料のいくつかの例としては以下が挙げられる:ラクトース、グルコースおよびスクロースなどの糖類;コーンスターチおよびジャガイモデンプンなどのデンプン類;カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロースおよび酢酸セルロースなどのセルロースおよびその誘導体;粉末化トラガカント;麦芽;ゼラチン;タルク;カカオバターおよび坐薬蝋などの賦形剤;ピーナッツ油、綿実油、紅花油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油などの油類;プロピレングリコールなどのグルコール類;グリセリン、ソルビトール、マンニトールおよびポリエチレングリコールなどのポリオール類;オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなどのエステル類;アガー;水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなどの緩衝剤;アルギン酸;発熱物質フリー水;等張食塩水;リンゲル液;エチルアルコール;pH緩衝溶液;ポリエステル類、ポリカーボネート類および/またはポリ無水物;および医薬製剤で使用される他の無毒性の適合物質。
医薬組成物の製造に使用することができる薬学的に許容可能な担体または賦形剤としては、限定されないが、結合剤、緩衝剤、崩壊剤、分散剤および/または造粒剤、不活性希釈剤、平滑剤、油類、保存剤、表面活性剤、および/または乳化剤が挙げられる。かかる賦形剤を任意で医薬組成物中に含めてもよい。
非限定的な希釈剤の例としては、限定されないが、炭酸カルシウム、リン酸水素カルシウム、リン酸カルシウム、硫酸カルシウム、セルロース、コーンスターチ、リン酸二カルシウム、乾燥デンプン、イノシトール、カオリン、マンニトール、微結晶性セルロース、粉糖、炭酸ナトリウム、塩化ナトリウム、リン酸ナトリウムラクトース、ソルビトール、スクロール、および/またはそれらの組み合わせが挙げられる。
造粒剤および/または分散剤の非限定的な例としては、限定されないが、アガー、アルギン酸、ベントナイト、炭酸カルシウム、カルボキシメチルセルロースカルシウム、カルボキシメチルセルロース、カチオン交換樹脂、セルロースおよび木製品、柑橘類パルプ、粘土、コーンスターチ、架橋ポリ(ビニルピロリドン)(クロスポビドン)、架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム(たとえばクロスカルメロース)、グアーガム、ケイ酸アルミニウムマグネシウム(たとえばVEEGUM(登録商標))、メチルセルロース、微結晶性デンプン、天然スポンジ、ジャガイモデンプン、アルファデンプン(たとえばスターチ1500)、四級アンモニウム化合物、ケイ酸塩、炭酸ナトリウム、カルボキシメチルデンプンナトリウム(デンプングリコール酸ナトリウム)、ラウリル硫酸ナトリウム、デンプングリコール酸ナトリウム、タピオカデンプン、水不溶性デンプン、および/またはそれらの組み合わせが挙げられる。
表面活性剤および/または乳化剤の非限定的な例としては、限定されないが、ポリオキシエチレンラウリルエーテル[BRIJ(登録商標)30]、アカシア、アクリル酸ポリマー、アガー、アルギン酸、およびカルボキシビニルポリマー、およびモノステアリン酸プロピレングリコール、およびSOLUTOL(登録商標))、塩化ベンザルコニウム、カルボマー、カルボキシポリメチレン、カルボキシメチルセルロースナトリウム、カラギーナン、カゼイン、セルロース誘導体、臭化セトリモニウム、セチルアルコール、塩化セチルピリジニウム、コレステロール、コレステロール、コンドラクス(chondrux)、コロイド状粘土(たとえばベントナイト[ケイ酸アルミニウム]およびVEEGUM(登録商標)[ケイ酸アルミニウムマグネシウム])、モノラウリン酸ジエチレングリコール、ドキュセートナトリウム、卵黄、ラウリン酸エチル、オレイン酸エチル、ジステアリン酸エチレングリコール、ゼラチン、モノオレイン酸グリセリル、モノステアリン酸グリセリル、高分子量アルコール、ステアリルアルコール、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、レシチン、長鎖アミノ酸誘導体、メチルセルロース、天然乳化剤、オレイン酸、オレイルアルコール、ペクチン、PLUORINC(登録商標)F 68、POLOXAMER(登録商標)188、ポリ(ビニル−ピロリドン)、ポリアクリル酸、ポリエトキシ化キャスター油、ポリエチレングリコール脂肪酸エステル(たとえばCREMOPHOR(登録商標))、ポリオキシエチレンエステル、(たとえば、モノステアリン酸ポリオキシエチレン[MYRJ(登録商標)45]、ポリオキシエチレンエーテル、ポリオキシエチレン水素化キャスター油、ポリオキシエチレンソルビタン[TWEENn(登録商標)60]、モノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビタン[TWEEN(登録商標)80]、ステアリン酸ポリオキシメチレン、ポリビニルアルコール)、オレイン酸カリウム、粉末化セルロース、アルギン酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、オレイン酸ナトリウム、ソルビタン脂肪酸エステル(たとえばモノラウリン酸ポリオキシエチレンソルビタン[TWEEN(登録商標)20)]、モノオレイン酸ソルビタン[SPAN(登録商標)80]、モノパルミチン酸ソルビタン[SPAN(登録商標)40]、モノステアリン酸ソルビタン[SPAN(登録商標)60]、トリステアリン酸ソルビタン[SPAN(登録商標)65]、スクロース脂肪酸エステル、トラガカント、モノステアリン酸トリアセチン、オレイン酸トリエタノールアミン、ワックス、羊毛脂、キサンタン、および/またはそれらの組み合わせが挙げられる。
結合剤の非限定的な例としては、限定されないが、デンプン(たとえば、コーンスターチ、およびデンプンペースト)、ゼラチン、糖類(たとえばスクロース、グルコース、デキストロース、デキストリン、糖蜜、ラクトース、ラクチトール、マンニトール)、天然ゴムおよび合成ゴム(たとえば、アカシア、アルギン酸ナトリウム、アイルランドコケ抽出物、パンワールゴム(panwar gum)、ガッチゴム(ghatti gum)、イサポール(isapol)ハスクの粘液、カルボキシメチルセルロース、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、微結晶性セルロース、酢酸セルロース、ポリ(ビニル−ピロリドン)、ケイ酸アルミニウムマグネシウム(Veegum(登録商標))、およびラーチアラボガラクタン(larch arabogalactan)、アルギン酸塩、ポリエチレンオキシド、ポリエチレングリコール、無機カルシウム塩、ケイ酸、ポリメタクリル酸塩、ワックス、水、アルコール、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
保存剤の非限定的な例としては、限定されないが、酸性保存剤、アルコール保存剤、抗真菌保存剤、抗菌保存剤、抗酸化剤、キレート剤、および/または他の保存剤が挙げられる。
抗酸化剤の非限定的な例としては、限定されないが、アルファトコフェロール、アスコルビン酸、パルミチン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール、ブチル化ヒドロキシトルエン、モノチオグリセロール、メタ重亜硫酸カリウム、プロピオン酸、没食子酸プロピル、アスコルビン酸ナトリウム、重亜硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、および亜硫酸ナトリウムが挙げられる。
キレート剤の非限定的な例としては、クエン酸一水和物、エデト酸二カリウム、エデト酸二ナトリウム、エデト酸、エチレンジアミン四酢酸(EDTA)、フマル酸、リンゴ酸、リン酸、エデト酸ナトリウム、酒石酸、およびエデト酸三ナトリウムが挙げられる。
抗菌保存剤の非限定的な例としては、限定されないが、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、ベンジルアルコール、ブロノポール、セトリミド、塩化セチルピリジニウム、クロルヘキシジン、クロロブタノール、クロロクレゾール、クロロキシレノール、クレゾール、エチルアルコール、グリセリン、ヘキセチジン、イミド尿素、フェノール、フェノキシエタノール、フェニルエチルアルコール、硝酸フェニル水銀、プロピレングリコール、およびチメロサールが挙げられる。
抗真菌保存剤の非限定的な例としては、限定されないが、安息香酸、ブチルパラベン、エチルパラベン、ヒドロキシ安息香酸、メチルパラベン、安息香酸カリウム、ソルビン酸カリウム、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウム、およびソルビン酸が挙げられる。
アルコール保存剤の非限定的な例としては、限定されないが、ビスフェノール、クロロブタノール、エタノール、ヒドロキシ安息香酸塩、フェノール、フェノール化合物、フェニルエチルアルコール、およびポリエチレングリコールが挙げられる。
酸性保存剤の非限定的な例としては、限定されないが、酢酸、アスコルビン酸、ベータ−カロテン、クエン酸、デヒドロ酢酸、フィチン酸、ソルビン酸、ビタミンA、ビタミンC、ビタミンEが挙げられる。他の保存剤としては、限定されないが、ブチル化ヒドロキシアニソール(BHA)、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)、セトリミド、デテロキシムメシラート(deteroxime mesylate)、エチレンジアミン、EUXYL(登録商標)、GERMABEN(登録商標)II、GERMALL(登録商標)115、GLYDANT PLUS(登録商標)、KATHON(商標)、メチルパラベン、NEOLONE(商標)、PHENONIP(登録商標)、メタ重亜硫酸カリウム、亜硫酸カリウム、亜硫酸ナトリウム、ラウリルエーテル硫酸ナトリウム(SLES)、ラウリル硫酸ナトリウム(SLS)、メタ重亜硫酸ナトリウム、トコフェロール酢酸、およびトコフェロールが挙げられる。
緩衝剤の非限定的な例としては、限定されないが、酢酸緩衝溶液、アルギン酸、水酸化アルミニウム、塩化アンモニウム、炭酸カルシウム、塩化カルシウム、クエン酸カルシウム、グルビオン酸カルシウム、グルセプト酸カルシウム、グルコン酸カルシウム、グリセロリン酸カルシウム、水酸化リン酸カルシウム、乳酸カルシウム、レブリン酸カルシウム、クエン酸緩衝溶液、D−グルコン酸、第二リン酸カルシウム、リン酸二カリウム、リン酸水素ナトリウム、エチルアルコール、等張生理食塩水、水酸化マグネシウム、リン酸二水素カリウム、リン酸二水素ナトリウム、ペンタン酸、リン酸緩衝溶液、リン酸、酢酸カリウム、塩化カリウム、グルコン酸カリウム、カリウム混合物、リン酸カリウム混合物、プロパン酸、パイロジェンフリー水、リンゲル溶液、酢酸ナトリウム、重炭酸ナトリウム、塩化ナトリウム、クエン酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、リン酸ナトリウム混合物、第三リン酸カルシウム、トロメタミン、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
平滑剤の非限定的な例としては、限定されないが、ステアリン酸カルシウム、ベヘン酸グリセリル、水素化植物油、ロイシン、ラウリル硫酸マグネシウム、ステアリン酸マグネシウム、モルト、ポリエチレングリコール、シリカ、酢酸ナトリウム、安息香酸ナトリウム、塩化ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ステアリン酸、滑石、および/またはそれらの組み合わせが挙げられる。
非限定的な油の例としては、限定されないが、アーモンド油、杏仁油(apricot kernel oil)、アボカド油、ババス油、ベルガモット油、クロフサスグリ油、ルリヂサ油、杜松油、カモミール油、キャノーラ油、キャラウェイ油、カルナバ油、ヒマシ油、シナモン油、ココアバター、ココナッツ油、タラ肝油、コーヒー油、トウモロコシ油、綿実油、エミュー油、ユーカリ油、月見草油、魚油、亜麻仁油、ゲラニオール油、ウリ油、ブドウ種子油、ヘーゼルナッツ油、ヒソップ油、ミリスチン酸イソプロピル、ホホバ油、ククイ実油、ラバンジン油、ラベンダー油、レモン油、アオモジ油、マカダミアナッツ油、ゼニアオイ油、マンゴー種子油、メドウフォーム種子油、ミンク油、ナツメグ油、オリーブ油、オレンジ油、オレンジラッフィー油、パーム油、パーム核油、杏仁油(peach kernel oil)、ピーナッツ油、ケシ油、カボチャ種子油、菜種油、ぬか油、ローズマリー油、サフラワー油、サンダルウッド油、サザンカ油、セイボリー油、シーバックソーン油、ごま油、シアバター、シリコン、大豆油、ヒマワリ油、ティーツリー油、アザミ油、椿油、ベチバル油、クルミ油、および小麦胚種油が挙げられる。
油の非限定的な例としては、限定されないが、ステアリン酸ブチル、カプリル酸トリグリセリド、カプリン酸トリグリセリド、シクロメチコン、セバシン酸ジエチル、ジメチコン360、ミリスチン酸イソプロピル、鉱物油、オクチルドデカノール、オレイルアルコール、シリコン油、および/またはそれらの組み合わせが挙げられる。賦形剤の非限定的な例としては、限定されないが、ココアバターおよび座薬ワックス、着色剤、コーティング剤、甘味料、香味料および/または芳香剤が挙げられる。
非限定的な例として、in vitro実験において、その結果は図1に示されるが、生物活性剤と脂質を含有する組成物は、筋細胞増殖培地中の細胞に送達された。非限定的な例として、in vivo実験において、その結果は図2〜6に示されるが、生物活性剤と脂質を含有する組成物は、PBS中、皮下でマウスに送達された。
本明細書に開示される脂質と生物活性剤を含有する任意の組成物は、本明細書に記載される、または当分野において別段により公知の任意の医薬組成物中で使用されてもよい。
脂質と生物活性剤を含有する医薬組成物の送達方法
脂質と生物活性剤を含有する医薬組成物は、限定されないが、本明細書に記載される投与方法のいずれかをはじめとする、当分野に公知の任意の方法またはデバイスまたはその他のモダリティを使用して送達されることができる。
非限定的な例として:脂質と生物活性剤を含有する医薬組成物は、従来的な非毒性の薬学的に許容可能な担体、アジュバント、および/またはビヒクルを含有する用量単位製剤で、経口投与、局所投与、非経口投与、吸入もしくはスプレーによる投与、または直腸投与されてもよい。本明細書に記載される場合、非経口という用語は、経皮、皮下、血管内(すなわち静脈内)、筋肉内、腹腔内、もしくは髄腔内、または点滴技術などを含む。別の非限定的な例として:脂質と生物活性剤含有する医薬組成物は、静脈内点滴、皮下注射、筋肉内注射、鼻内送達、髄腔内送達、局所送達、粘膜送達、膣送達、経口送達、直腸内送達、結膜送達、眼内送達、経皮送達、または当分野に公知の任意のその他のモダリティにより送達されてもよい。
医薬組成物は、脂質と生物活性剤の治療有効量または用量を含有してもよい。
1日当たり、体重1キログラム当たり、約0.1mg〜約140mgの位数の用量レベルが、様々な状態の治療において有用である(1日当たり、対象当たり、約0.5mg〜約7g)。単回剤型を生成するための担体材料と組み合わせることができる活性成分の量は、治療されるホストおよび特定の投与様式に応じて変化する。概して単位剤型は、約1mg〜約500mgの活性成分を含有する。任意の特定の対象に対する具体的な投薬レベルは、使用される具体的な化合物の活性、年齢、体重、一般健康状態、性別、食事、投与時間、投与経路および排泄経路、薬剤の組み合わせ、ならびに治療を受ける特定の疾患の重篤度をはじめとする様々な因子に依存することを理解されたい。
脂質と生物活性剤を含有する任意の組成物は、本明細書に記載される、または当分野で別段により公知の任意の医薬組成物中で使用することができ、および本明細書に記載される、または当分野で別段により公知の任意の送達方法とともに使用することができる。
治療方法
本明細書に記載される場合、脂質と生物活性剤を含有する組成物は、その必要のある対象を治療するために使用されることができる。
様々な実施形態では、生物活性剤は、特定の標的遺伝子または遺伝子産物(たとえばRNA、タンパク質、またはその他の遺伝子産物)に対して活性である。様々な実施形態では、生物活性剤は、特定の標的遺伝子または遺伝子産物(たとえばRNA、タンパク質、またはその他の遺伝子産物)に対して活性であり、この場合において当該遺伝子または遺伝子産物は、少なくとも部分的に、特定の疾患または障害(たとえば、標的遺伝子が関連する、または標的遺伝子もしくは遺伝子産物が関連する障害または疾患)に介在する、および/または関連する。非限定的な例として、生物活性剤が抗体である場合、当該抗体は、特定の標的遺伝子産物に結合することができ、当該標的遺伝子産物は、少なくとも部分的に、当該標的遺伝子または遺伝子産物と関連する障害または疾患に介在するか、または関連する。
脂質と生物活性剤を含有する組成物の文脈において本明細書において使用される場合、「治療する」、「治療」などの用語は、病的過程からの解放、または軽減を指す。本開示の文脈において、本明細書において以下に列挙されるその他の状態(標的遺伝子またはたとえばタンパク質などの遺伝子産物の発現により介在される病的過程以外)のいずれかに関連する限りにおいて、「治療する」、「治療」などの用語は、かかる状態と関連した少なくとも1つの症状の緩和または軽減を意味し、またはかかる状態の進行もしくは予測される進行の遅延または逆行、たとえばアテローム性動脈硬化症などの脂質障害の進行の遅延などを意味する。
疾患マーカーまたは症状の文脈において「下がる」とは、かかるレベルにおける統計的に有意な減少を意味する。減少は、たとえば、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%またはそれ以上であってもよい。もし特定の疾患に対し、または特定の疾患に罹患する個体に対し、標的遺伝子または遺伝子産物の発現レベルが上昇する場合、本開示の脂質と生物活性剤を含有する組成物を用いた治療は、好ましくは、かかる障害を有していない個体に対する正常範囲内と文献においてみなされるレベルにまで、標的遺伝子のレベルまたは発現を低下させてもよい。
標的遺伝子のレベルまたは発現は、mRNA(たとえばノーザンブロットまたはPCR)またはタンパク質(たとえばウェスタンブロット)の評価により測定することができる。脂質と生物活性剤を含有する組成物の標的遺伝子発現に対する効果は、標的遺伝子の転写速度により決定することができる(たとえば、ノーザンブロット、または逆転写ポリメラーゼ鎖反応またはリアルタイムポリメラーゼ鎖反応を介して)。たとえば標的遺伝子が発現される組織のウェスタンブロットなどによって、標的遺伝子産物レベルの直接的な測定を行うことができる。
別の実施形態では、脂質と生物活性剤を含有する組成物は、非ヒト動物に投与されてもよい。たとえば、組成物は、ニワトリ、七面鳥、家畜動物(たとえばヒツジ、ブタ、ウマ、ウシなど)、コンパニオン動物(たとえばネコおよびイヌ)に与えられてもよく、ならびに癌およびウイルス性の疾患の治療に有効であり得る。そのような場合には、生物活性剤は、当該動物のゲノムの標的遺伝子または遺伝子産物の特性(たとえば構造、配列など)に合致するよう選択される。
「治療」とは、予防、療法、治癒、または物理的状態の悪化の改善または不存在を示す、患者の状態における任意のその他の変化を意味する。「治療」とは、標的遺伝子が関連した疾患(たとえば癌またはウイルス性疾患)の治療、患者が有する任意のその他の病気の任意の適切な治療を意味する。本明細書において使用される場合、「治療」および「治療する」という用語は、疾患にかかるリスクのある患者、または疾患を有する疑いのある患者、ならびにすでに病気の患者または状態に苦しんでいると診断された患者の治療を含む、予防的または防止的治療、および治癒的治療または疾患改善的治療のすべてを指す。「治療」および「治療する」という用語は、疾患に罹患していないが、たとえば窒素平衡失調または筋力低下などの不健康な状態を発現させやすい可能性がある個体における健康状態の維持および/または促進も指す。1つの実施形態では、「治療」は、疾患状態の防止を包含しない。ゆえに本開示は、標的遺伝子が関連する疾患に苦しむ個体、または標的遺伝子が関連する疾患にかかりやすい個体における、標的遺伝子もしくは遺伝子産物の発現抑制、および/または標的遺伝が関連する疾患の治療に対し有用である。標的遺伝子が関連する疾患に「苦しむ」個体は、当該疾患に特徴的な症状が検出可能であることが示され、または標的遺伝子が関連する疾患の病原体もしくはマーカーに暴露され、またはそれを担持することが別手段で臨床的に示されている。非限定的な例として、標的遺伝子が関連する疾患に苦しむ個体は、外見上の症状を示す場合があり、または外見上の症状は示さないが、臨床検査で、標的遺伝子関連疾患と関連するタンパク質マーカーを担持すること、または血中で病原体に関連したタンパク質もしくは遺伝物質を担持することが示される場合がある。
「有効量」または「治療有効量」は、個体の疾患状態または医学的状態を治療する量であり、またはより一般的には、個体に、栄養的利益、生理的利益、または医学的利益をもたらす量である。本明細書において使用される場合、「治療有効量」および「予防有効量」という文言は、標的遺伝子発現により介在される病的過程の治療、防止、または管理に治療的利益をもたらす量、または標的遺伝子発現により介在される病的過程の明白な症状の治療、防止、または管理に治療的利益をもたらす量を指す。治療的に有効な具体的な量は、通常の医師により容易に決定することができ、および当分野に公知の因子、たとえば標的遺伝子発現により介在される病的過程の型、患者の病歴および年齢、標的遺伝子発現により介在される病的過程の段階、ならびに標的遺伝子により介在される病的過程を阻害する他の剤の投与などの因子に依存し変化し得る。
本開示の様々な実施形態では、患者は、少なくとも約1、5、10、20、30、40、50、55、60、65、70、または75歳である。様々な実施形態では、患者は、約1、5、10、20、30、40、50、55、60、65、70、75、80、90、または100歳を越えない。様々な実施形態では、患者は、少なくとも約20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、または400lbs(ポンド)の体重を有する。様々な実施形態では、患者は、約20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、または400lbs(ポンド)を越えない体重を有する。
本開示の様々な実施形態では、用量[活性成分のみを測定]は、少なくとも約1、5、10、25、50、100、200、250、300、250、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950または1000ng、1、5、10、25、50、100、200、250、300、250、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950または1000マイクログラム、1、5、10、25、50、100、200、250、300、250、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950または1000mgであってもよい。様々な実施形態では、用量は、約10、25、50、100、200、250、300、250、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950または1000mgを越えなくてもよい。様々な実施形態では、用量は、少なくとも1日に1回超、1週に1回超、週、二週、月、および/または2、3、4、5、6、7、8、9、10、11もしくは12カ月に1回超、またはそれらの組み合わせで投与されてもよい。
様々な実施形態では、用量は、個体の体重または体の表面積に相関する。実際の用量レベルは、特定の患者、組成物および投与様式に有効であり、当該患者に対する毒性を伴わない量の活性剤を得るために変化してもよい。選択された投与量は、使用される特定の生物活性剤の活性、投与経路、生物活性剤の排泄速度、治療期間、生物活性剤と併用して使用されるその他の薬剤、化合物、および/またはマテリアル、患者の年齢、性別、体重、状態、一般健康状態、および医学的既往歴、ならびに医学分野に公知の同様の因子をはじめとする様々な薬物動態的因子に依存するであろう。当分野の通常の技能を有する医師または獣医師であれば、必要とされる生物活性剤の有効量を容易に決定することができる。適切な投与量は、治療効果を発揮するのに有効な最も少ない投与量であるか、または副作用を生じさせることなく治療効果を発揮するのために充分に低い投与量の量であろう。
筋関連疾患および障害の治療における使用。
様々な実施形態では、脂質と生物活性剤を含有する組成物は、筋関連障害を有する対象の治療に使用され得る。
様々な実施形態では、筋関連障害は、筋肉減弱症、筋肉運動障害、筋萎縮関連障害、筋肉変性、筋力低下、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、心不全、呼吸障害、栄養失調および疾患によって引き起こされる骨格筋変性、インスリン依存性シグナル伝達障害に関連する筋肉関連疾患、筋ジストロフィー、筋萎縮性側索硬化症、脊髄筋萎縮および脊髄損傷、虚血性筋疾患である。一部の実施形態では、筋関連障害としては、たとえば、肩凝り、四十肩(加齢による肩凝り)、リウマチ性関節炎、筋膜炎、頸筋の硬直、肩‐腕‐手症候群、頸椎捻挫症候群、捻挫、腱鞘炎、腰痛症候群、骨格筋萎縮などが挙げられる。
いくつかの実施形態では、本開示は、以下の実施形態を提供する。
1. 脂質と生物活性剤を含有する組成物。
2. 脂質と生物活性剤を含有する組成物であって、当該組成物は細胞内に生物活性剤を送達するという点で特徴付けられる、当該組成物。
3. 当該組成物が、細胞の細胞質内に当該生物活性剤を送達する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
4. 当該組成物が、細胞の核内に当該生物活性剤を送達する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
5. 脂質と生物活性剤を含有する組成物であって、当該組成物は、当該脂質が無い場合の当該生物活性剤に対し観察されるレベルと比較し、高いレベルで細胞内に当該生物活性剤を送達する、当該組成物。
6. 脂質と生物活性剤を含有する組成物であって、当該組成物は筋細胞内に生物活性剤を送達するという点で特徴付けられる、当該組成物。
7. 当該組成物が、細胞の筋細胞の細胞質内に当該生物活性剤を送達する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
8. 当該組成物が、筋細胞の核内に当該生物活性剤を送達する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
9. 当該組成物は、対象に投与されたときに、当該生物活性剤を当該対象の筋細胞に当該組成物が送達する点で特徴付けられる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
10. 当該組成物が、細胞の筋細胞の細胞質内に当該生物活性剤を送達する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
11. 当該組成物が、筋細胞の核内に当該生物活性剤を送達する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
12. 生物活性剤を筋細胞または筋組織に送達するための組成物であって、当該生物活性剤と脂質を含有する当該組成物。
13. 生物活性剤と、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、アルファ‐リノレン酸、ガンマ‐リノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス‐DHA)、ツルビナル酸およびジリノレイルの一覧から選択される脂質を含有する組成物。
14. 生物活性剤と、以下から選択される脂質を含有する組成物:
Figure 2019516679
15. 生物活性剤と、脂質を含有する組成物であって、
この場合において、当該脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有し、
この場合において、生物活性剤は、低分子、ペプチド、タンパク質、CRISPR−Cas系の構成要素、炭水化物、治療剤、化学療法剤、ワクチン、核酸、および脂質からなる群から選択される、当該組成物。
16. 脂質を筋細胞または筋組織に送達するための、核酸と当該脂質を含有する組成物。
17. 複数のオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド組成物であって:
1) 共通塩基配列;
2) 骨格結合の共通パターン;および
3) 骨格リン修飾の共通パターンを共有し、
この場合において、当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、個々に脂質に複合体化されている、当該組成物。
18. 脂質と複数のオリゴヌクレオチドを含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、当該オリゴヌクレオチドは:
1) 共通塩基配列;
2) 骨格結合の共通パターン;および
3) 骨格リン修飾の共通パターンを共有し、
式中:
b. 当該組成物は、当該複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有するという点でキラル制御されており;
c. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、個々に脂質に複合体化されており;および
d. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが任意に、および個々に標的化化合物または部分に複合体化されている、当該組成物。
19. 当該オリゴヌクレオチドが、細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
20. 当該オリゴヌクレオチドが、対象の細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
21. 当該オリゴヌクレオチドが、細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該核酸はゲノム核酸である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
22. 当該オリゴヌクレオチドが、対象の細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該核酸はゲノム核酸である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
23. 当該オリゴヌクレオチドが、細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、mRNAまたはその一部である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
24. 当該オリゴヌクレオチドが、対象の細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、mRNAまたはその一部である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
25. 当該オリゴヌクレオチドが、細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、疾患、障害または状態と関連する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
26. 当該オリゴヌクレオチドが、対象の細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、疾患、障害または状態と関連する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
27. 当該オリゴヌクレオチドが、筋細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、筋疾患、筋障害または筋肉の状態と関連する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
28. 当該オリゴヌクレオチドが、対象の筋細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含有し、この場合において当該標的要素は、筋疾患、筋障害または筋肉の状態と関連する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
29. 筋疾患、筋障害、または筋肉の状態が、DMDである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
30. 筋細胞中の標的要素は、ジストロフィンの転写産物中の標的要素である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
31. 当該組成物中の当該オリゴヌクレオチドは、ジストロフィンのエクソン51のエクソンスキップをもたらす、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
32. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、5個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する、実施形態17〜31のいずれか1個に記載の組成物。
33. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、10個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する、実施形態17〜31のいずれか1個に記載の組成物。
34. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、各々のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有し、それにより、当該複数のオリゴヌクレオチドが、骨格キラル中心の共通パターンを共有する、実施形態17〜31のいずれか1個に記載の組成物。
35. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、糖部分を介して脂質と複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
36. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、当該オリゴヌクレオチド上の5’−OHを介して脂質と複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
37. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、当該オリゴヌクレオチド上の3’−OHを介して脂質と複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
38. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、核酸塩基部分を介して脂質と複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
39. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、ヌクレオチド間結合を介して脂質と複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
40. 当該複数のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドが個々に、脂質と複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
41. 当該複数のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドが個々に、同じ脂質と複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
42. 1個以上のオリゴヌクレオチドが、2個以上の複合体化脂質を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
43. 1個以上のオリゴヌクレオチドが、2個以上の複合体化脂質を含有し、この場合において当該脂質は同じである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
44. 1個以上のオリゴヌクレオチドが、2個以上の複合体化脂質を含有し、この場合において当該脂質は異なる、実施形態1〜43のいずれか1個に記載の組成物。
45. 生物活性剤と脂質を含有する組成物であって、当該剤は、本明細書に開示される任意の剤であり、当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である、当該組成物。
46. ヒト対象中の筋細胞または筋組織にオリゴヌクレオチドを送達する方法であって:
(a) 前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物を提供すること;および
(b) 当該ヒト対象に当該組成物を投与し、それにより当該オリゴヌクレオチドが当該対象中の筋細胞または筋組織に送達されること、を含む方法。
47. 生物活性剤を筋細胞または筋組織に送達するための方法であって、前述の実施形態のいずれか一つに従う組成物を調製すること、および当該組成物と、当該細胞または組織を接触させることを含む、当該方法。
48. 細胞中の遺伝子の転写産物または遺伝子産物のレベルを調節する方法であって、当該方法は、前述の実施形態のいずれか一つに従う組成物と、当該細胞を接触させる工程を含み、この場合において当該生物活性剤が、当該転写産物または遺伝子産物のレベルを調節することができる、当該方法。
49. 筋細胞または筋組織中の遺伝子の発現を阻害する方法であって、当該方法は、前述の実施形態のいずれか一つに従う組成物を調製すること、および当該組成物を用いて当該筋細胞または筋組織を治療することを含む、当該方法。
50. 哺乳類中の筋細胞または筋組織中の遺伝子の発現を阻害する方法であって、当該方法は、前述の実施形態のいずれか一つに従う組成物を調製すること、および当該組成物を当該哺乳類に投与することを含む、当該方法。
51. 対象中の筋細胞または筋組織中の1種または数種のタンパク質の過剰発現により引き起こされる疾患を治療する方法であって、当該方法は、当該対象に、前述実施形態のいずれか一つに従う組成物を投与することを含む、当該方法。
52. 対象中の1種または数種のタンパク質の発現の低下、抑制、または喪失により引き起こされる疾患を治療する方法であって、当該方法は、当該対象に、前述の実施形態のいずれか一つに従う組成物を投与することを含む、当該方法。
53. 対象中の免疫反応を惹起させるための方法であって、当該方法は、当該対象に、前述の実施形態のいずれか一つに従う組成物を投与することを含み、この場合において当該生物活性化合物は、免疫調節性核酸である、当該方法。
54. 前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物を提供すること、および当該組成物を対象に投与することにより、癌、増殖性の疾患、障害、または状態、代謝性の疾患、障害、または状態、炎症性の疾患、障害、または状態、およびウイルス感染から選択される、対象中の疾患、障害、または状態の兆候および/または症状を治療する方法。
55. 細胞中のエクソンスキップの量を調節する方法であって、当該方法は、前述の実施形態のいずれか一つに従う組成物と、当該細胞を接触させることを含み、この場合において当該生物活性剤が、エクソンスキップの量を調節することができる、当該方法。
56. その必要のある対象に生物活性剤を投与する方法であって、当該方法は、剤と脂質を含有する組成物を提供する工程、および当該組成物を当該対象に投与する工程を含み、当該剤は、本明細書に開示される任意の剤であり、当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質である、当該方法。
57. 対象の疾患を治療する方法であって、当該方法は、生物活性剤と脂質を含有する組成物を提供する工程、当該対象に当該組成物の治療有効量を投与する工程を含み、この場合において当該剤は、本明細書に開示される任意の剤であり、当該脂質は、本明細書に開示される任意の脂質であり、当該疾患は、本明細書に開示される任意の疾患である、当該方法。
58. 脂質が、RLD基を含み、式中、RLDは、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ:式中、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレンおよびヘテロシクリレンから選択される任意で置換される二価の環であり;および
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールまたはヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
59. 脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
60. 脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
61. 脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
62. 脂質は、非置換のC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
63. 脂質は、1個以下の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
64. 脂質は、2個以上の任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
65. 脂質が、三環式または多環式の部分を含有しない、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
66. 脂質は、R−COOHの構造を有し、式中、Rは、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
67. 当該脂質が、そのカルボキシル基を介して複合体化される、実施形態16のいずれか1個に記載の組成物または方法。
68. 当該脂質が、以下から選択される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法:
Figure 2019516679
69. 当該脂質が、生物活性剤と複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
70. 当該脂質が、生物活性剤と直接複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
71. 当該脂質が、生物活性剤とリンカーを介して複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
72. 当該リンカーが、−L−であり、この場合においてLは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、この場合においてLの1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ;
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレンおよびヘテロシクリレンから選択される任意で置換される二価の環であり;および
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールまたはヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
73. 当該リンカーが、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸塩を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのレドックス切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸塩系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、および少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーから選択される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
74. 当該核酸は、オリゴヌクレオチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、RNAi剤、miRNA、スプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)、免疫調節性核酸、アプタマー、リボザイム、mRNA、IncRNA、ncRNA、アンチゴミール(例えば、miRNA、IncRNA、ncRNAまたは他の核酸に対するアンタゴニスト)、プラスミド、ベクター、またはそれらの一部である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
75. 当該RNAi剤は、siRNA、shRNA、miRNA、sisiRNA、メロデュプレックスRNA (mdRNA)、DNA−RNAキメラ、2つのミスマッチ(またはそれ以上のミスマッチ)を含有するsiRNA、中性siRNA、aiRNA、または末端スペーサーもしくは内部スペーサーを含有するsiRNAである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
76. 当該複数のオリゴヌクレオチドの各オリゴヌクレオチドが個々に、同じ位置で同じ脂質に複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
77. 脂質が、リンカーを介してオリゴヌクレオチドに複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
78. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、標的化化合物または部分に複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
79. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、脂質と、標的化化合物または部分に複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
80. 当該複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが独立して、一端で脂質と、他方の端で標的化化合物または部分に複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
81. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、同一の化学修飾パターンを共有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
82. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、1個以上の塩基修飾を含有する同一の化学修飾パターンを共有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
83. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、1個以上の糖修飾を含有する同一の化学修飾パターンを共有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
84. 当該共通塩基配列は、筋細胞中の転写産物とハイブリダイズすることができ、当該転写産物は、筋疾患に関連付けられる変異、またはそのレベル、活性、および/もしくは分布が、筋疾患に関連づけられる変異を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
85. 当該共通塩基配列は、筋細胞中の転写産物とハイブリダイズすることができ、および当該組成物は、転写スプライシング系において転写産物と接触したときに、当該組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較し、当該転写産物のスプライシングを変化させる点で特徴付けられる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
86. 当該共通塩基配列は、ジストロフィンの転写産物とハイブリダイズする、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
87. 当該共通塩基配列は、ジストロフィンの転写産物とハイブリダイズし、および当該組成物は、ジストロフィンにコードされる1つ以上の機能性タンパク質、または部分機能性タンパク質の産生を増加させる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
88. 当該オリゴヌクレオチドは、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
89. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
90. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
91. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
92. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
93. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
94. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に、3個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
95. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端で3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
96. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端で3個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
97. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
98. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に、3個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
99. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
100. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に、3個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
101. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端で3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
102. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端で3個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
103. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
104. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に、3個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
105. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に、5個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
106. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に、5個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
107. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に、5個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
108. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端の10ヌクレオチド以内に、6個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
109. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に、6個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
110. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、5’末端で7個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
111. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端で7個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
112. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、5’末端で3個以上の連続的な2’−F、3’末端で3個以上の連続的な2’−F、および5’末端の2’−F修飾と3’末端の2’−F修飾の間に3個以上の2’−ORを含有する、糖修飾の共通パターンを共有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
113. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、5’末端で3個以上の2’−F、3’末端で3個以上の2’−F、および5’末端の2’−F修飾と3’末端の2’−F修飾の間に3個以上の2’−ORを含有する、糖修飾の共通パターンを共有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
114. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に、7個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
115. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端の10ヌクレオチド以内に、5個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
116. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、当該パターンは、3’末端で7個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
117. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、5’−ウィング−コア−ウィング−3’の構造を含有し、この場合において各ウィング領域は独立して、3〜10個のヌクレオシドを含有し、コア領域は独立して3〜10個のヌクレオシドを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
118. 当該複数のオリゴヌクレオチドが、5’−ウィング−コア−3’、または5’−コア−ウィング−3’の構造を含有し、この場合において各ウィング領域は独立して、3〜10個のヌクレオシドを含有し、コア領域は独立して3〜10個のヌクレオシドを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
119. 5’−ウィング領域が、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
120. 5’−ウィング領域が、3個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
121. 5’−ウィング領域が、5個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
122. 5’−ウィング領域が、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
123. 5’−ウィング領域が、3個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
124. 5’−ウィング領域が、5個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
125. 5’−ウィング領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
126. 5’−ウィング領域の各糖が、2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
127. 5’−ウィング領域が、3個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
128. 5’−ウィング領域が、3個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
129. 5’−ウィング領域が、10%以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
130. 5’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合が、キラルである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
131. 5’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
132. 5’−ウィング領域が、5個以上のRpキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
133. 5’−ウィング領域が、5個以上のRpの連続的なヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
134. 5’−ウィング領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上のRpヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
135. 5’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合が、Rpである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
136. 5’−ウィング領域が、5個以上のSpキラルヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜134のいずれか1個に記載の組成物または方法。
137. 5’−ウィング領域が、5個以上のSp連続的ヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜134のいずれか1個に記載の組成物または方法。
138. 5’−ウィング領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上のSpヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜134のいずれか1個に記載の組成物または方法。
139. 5’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合が、Spである、実施形態1〜134のいずれか1個に記載の組成物または方法。
140. 3’−ウィング領域が、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
141. 3’−ウィング領域が、3個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
142. 3’−ウィング領域が、5個以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
143. 3’−ウィング領域が、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
144. 3’−ウィング領域が、3個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
145. 3’−ウィング領域が、5個以上の連続的な2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
146. 3’−ウィング領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上の2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
147. 3’−ウィング領域の各糖が、2’−Fを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
148. 3’−ウィング領域が、3個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
149. 3’−ウィング領域が、5個以上の連続的なヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
150. 3’−ウィング領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
151. 3’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合が、キラルである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
152. 3’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
153. 3’−ウィング領域が、3個以上のRpキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
154. 3’−ウィング領域が、5個以上のRpの連続的なヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
155. 3’−ウィング領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上のRpヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
156. 3’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合が、Rpである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
157. 3’−ウィング領域が、3個以上のSpキラルヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜155のいずれか1個に記載の組成物または方法。
158. 3’−ウィング領域が、5個以上のSp連続的ヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜155のいずれか1個に記載の組成物または方法。
159. 3’−ウィング領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上のSpヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜155のいずれか1個に記載の組成物または方法。
160. 3’−ウィング領域の各ヌクレオチド間結合が、Spである、実施形態1〜155のいずれか1個に記載の組成物または方法。
161. 当該5’−ウィングおよび当該3’−ウィングは、同じ長さ、化学修飾パターン、骨格ヌクレオチド間結合パターン、および骨格キラル中心パターンを有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
162. 当該5’−ウィング領域と当該コア領域の間のヌクレオチド間結合が、キラルヌクレオチド間結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
163. 当該5’−ウィング領域と当該コア領域の間のヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
164. 当該5’−ウィング領域と当該コア領域の間のヌクレオチド間結合が、Rpホスホロチオエート結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
165. 当該3’−ウィング領域と当該コア領域の間のヌクレオチド間結合が、キラルヌクレオチド間結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
166. 当該3’−ウィング領域と当該コア領域の間のヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
167. 当該3’−ウィング領域と当該コア領域の間のヌクレオチド間結合が、Rpホスホロチオエート結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
168. コア領域が、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の2’−ORを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
169. コア領域が、3個以上の2’−ORを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
170. コア領域が、5個以上の連続的な2’−ORを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
171. コア領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上の2’−ORを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
172. コア領域の各糖が、2’−ORを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
173. 2’−OR修飾が、2’−OMe修飾である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
174. コア領域が、3個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
175. コア領域が、5個以上の連続的なキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
176. コア領域が、10%以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
177. コア領域の各ヌクレオチド間結合が、キラルである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
178. コア領域の各ヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
179. コア領域が、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上のSpキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
180. コア領域が、3個以上のSpキラルヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
181. コア領域が、5個以上のSpの連続的なヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
182. コア領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上のSpヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
183. コア領域の各ヌクレオチド間結合が、Spである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
184. コア領域が、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上のRpキラルヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜182のいずれか1個に記載の組成物または方法。
185. コア領域が、3個以上のRpキラルヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜182のいずれか1個に記載の組成物または方法。
186. コア領域が、5個以上のRpの連続的なヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜182のいずれか1個に記載の組成物または方法。
187. コア領域が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%またはそれ以上のRpヌクレオチド間結合を含有する、実施形態1〜182のいずれか1個に記載の組成物または方法。
188. コア領域の各ヌクレオチド間結合が、Rpである、実施形態1〜178のいずれか1個に記載の組成物または方法。
189. 5’−ウィング領域が、10%以上のSpヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
190. 3’−ウィング領域が、10%以上のSpヌクレオチド間結合を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
191. 当該5’−ウィング領域と当該コア領域の間のヌクレオチド間結合が、Spホスホロチオエート結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
192. 当該3’−ウィング領域と当該コア領域の間のヌクレオチド間結合が、Spホスホロチオエート結合である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
193. 当該核酸が、スプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
194. 当該核酸が、ジストロフィンを標的とするスプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
195. 当該核酸が、ジストロフィンのエクソン51、45、53または44を標的とするスプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
196. 当該核酸が、ジストロフィンのエクソン51を標的とするスプライススイッチオリゴヌクレオチド(SSO)である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
197. 当該免疫調節性核酸が、CpGオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
198. 当該免疫調節性核酸が、TLR9介在性、またはTLR9関連性の免疫反応を刺激することができるCpGオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
199. 当該免疫調節性核酸が、TLR9介在性、またはTLR9関連性の免疫反応と拮抗することができるCpGオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
200. 当該オリゴヌクレオチドが、約14個〜約49個のヌクレオチドのストランドを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
201. 当該オリゴヌクレオチドが、第二のストランドをさらに含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
202. 当該オリゴヌクレオチドが、塩基、糖、またはヌクレオシド間結合に対し、少なくとも1つの修飾を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
203. 当該修飾が、2’炭素での糖修飾である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
204. 当該修飾が、以下から選択される2’炭素での糖修飾である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。2’−MOE、2’−OMe、および2’−F。
205. 当該生物活性剤が、核酸である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
206. 当該生物活性剤が、免疫調節性核酸である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
207. 当該生物活性剤が、免疫反応を刺激する、または拮抗するCpGオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
208. 当該生物活性剤が、TLR9介在性、またはTLR9関連性の免疫反応を刺激する、または拮抗するCpGオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
209. 当該生物活性剤が低分子であり、この場合において当該低分子が疎水性である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
210. 当該生物活性剤が、ステロールおよび疎水性ビタミンからなる群から選択される疎水性低分子である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
211. 当該生物活性剤が、コレステロールである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
212. 当該生物活性剤が、核タンパク質、ムコタンパク質、リポタンパク質、合成ポリペプチド、タンパク質に連結された低分子、および糖タンパク質からなる群から選択されるタンパク質である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
213. 当該生物活性剤が、一本鎖もしくは部分二本鎖のオリゴマー、またはリボヌクレオチドから構成されるポリマーの形態の核酸である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
214. 当該生物活性剤は、miRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、siRNA、免疫刺激性オリゴヌクレオチド、アプタマー、Piwi相互作用RNA(piRNA)、低分子核小体RNA(snoRNA)、リボザイム、および特定の遺伝子またはsiRNAをコードするプラスミドからなる群から選択される核酸である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
215. 当該細胞または組織が、筋細胞または筋組織である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
216. 当該生物活性剤が、オリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
217. 当該生物活性剤が、エクソンスキップを介在するオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
218. 当該生物活性剤が、エクソンスキップを介在する立体規定的オリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
219. 当該疾患または障害が、筋肉に関連する疾患または障害である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
220. 当該筋肉に関連した障害は、筋肉減弱症、筋肉運動障害、筋萎縮関連障害、筋肉変性、筋力低下、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、心不全、呼吸障害、栄養失調および疾患によって引き起こされる骨格筋変性、インスリン依存性シグナル伝達障害に関連する筋肉関連疾患、筋萎縮性側索硬化症、脊髄筋萎縮および脊髄損傷、虚血性筋疾患である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
221. 当該細胞または組織は、筋細胞または筋組織であり、この場合において当該生物活性剤は、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである立体規定的オリゴヌクレオチドであり、および当該対象は、筋障害を患っている、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
222. 当該細胞または組織は、筋細胞または筋組織であり、この場合において当該生物活性剤は、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである立体規定的オリゴヌクレオチドであり、および当該対象は、筋ジストロフィーを患っている、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
223. 当該細胞または組織は、筋細胞または筋組織であり、この場合において当該生物活性剤は、スプライススイッチオリゴヌクレオチドである立体規定的オリゴヌクレオチドであり、および当該対象は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーを患っている、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
224. 当該オリゴヌクレオチドの配列が、明細書中の表に列記される配列を含有するか、またはそれからなる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
225. 当該オリゴヌクレオチドの配列が、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCUを含有するか、またはUCAAGGAAGAUGGCAUUUCUからなる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
226. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において各変数は独立して、本明細書に規定され、および記載されるとおりである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
227. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
228. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
229. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
230. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
231. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
232. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
233. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において各変数は独立して、本明細書に規定され、および記載されるとおりである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
234. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
235. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C60の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
236. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
237. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基を含有し、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、この場合において各変数は独立して、本明細書に規定され、および記載されるとおりである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
238. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
239. 当該脂質は、任意で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
240. 当該組成物は、以下から選択される1種以上の追加の構成要素をさらに含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法:ポリヌクレオチド、炭酸脱水酵素阻害剤、染料、挿入剤、アクリジン、架橋剤、ソラレン、マイトマイシンC、ポルフィリン、TPPC4、テキサフィリン、サフィリン、多環芳香族炭化水素フェナジン、ジヒドロフェナジン、人工エンドヌクレアーゼ、キレート剤、EDTA、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、PEG、PEG−40K、MPEG、[MPEG]、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射性標識マーカー、酵素、ハプテンビオチン、輸送/吸収促進剤、アスピリン、ビタミンE、葉酸、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、糖タンパク質、ペプチド、共リガンドに対する特異的アフィニティを有する分子、抗体、ホルモン、ホルモン受容体、非ペプチド種、脂質、レクチン、糖、ビタミン、補因子、または薬剤。
241. 当該脂質が、C10−C80の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
242. 当該組成物が、生物活性剤と脂質を連結させるリンカーをさらに含有し、この場合において当該リンカーは、非荷電リンカー、荷電リンカー、アルキルを含有するリンカー、リン酸塩を含有するリンカー、分枝状リンカー、非分枝状リンカー、少なくとも1つの切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのレドックス切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのリン酸塩系の切断基を含有するリンカー、少なくとも1つの酸切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのエステル系切断基を含有するリンカー、少なくとも1つのペプチド系切断基を含有するリンカーから選択される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
243. 当該生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
244. 当該生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に記載される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
245. 当該生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、表4Aに列記される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
246. 当該生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、スプライススイッチオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
247. 当該生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、ジストロフィン遺伝子のエクソンをスキップすることができる、またはスキップを介在することができるオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
248. 当該生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、ジストロフィン遺伝子のエクソン51をスキップすることができる、またはスキップを介在することができるオリゴヌクレオチドの配列を含有するか、またはからなる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
249. 当該生物活性剤は、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物、またはキラル制御オリゴヌクレオチド組成物からなるか、またはこれであるか、またはこれを含有し、この場合において当該オリゴヌクレオチドの配列は、以下のいずれかの配列からなるか、またはこれを含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法:WV−887、WV−896、WV−1709、WV−1710、WV−1714、WV−2095、WV−2100、WV−2106、WV−2107、WV−2108、WV−2109、WV−2223、WV−2224、WV−2225、WV−2226、WV−2227、WV−2228、WV−2229、WV−2230、WV−2438、WV−2444、WV−2445、WV−2526、WV−2527、WV−2528、WV−2529、WV−2530、WV−2531、WV−2533、WV−2578、WV−2580、WV−2587、WV−3047、WV−3152、WV−3472、WV−3473、WV−3507、WV−3508、WV−3509、WV−3510、WV−3511、WV−3512、WV−3513、WV−3514、WV−3515、WV−3545、またはWV−3546。
250. オリゴヌクレオチドの配列は、以下のいずれか1つ以上を含む、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法:塩基配列(長さを含む);糖および塩基部分への化学修飾のパターン;骨格結合のパターン;天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、およびそれらの組み合わせのパターン;骨格キラル中心のパターン;キラルヌクレオチド間結合の立体化学(Rp/Sp)のパターン;骨格リン修飾のパターン;ヌクレオチド間のリン原子上の修飾パターン、例えば、式Iの−S、および−L−R
251. 当該筋細胞または筋組織は、以下から選択される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法:骨格筋、平滑筋、心筋、横隔膜、腓腹筋、大腿四頭筋、三頭筋、および/または心臓。
252. 当該方法が、細胞の細胞質内に当該生物活性剤を送達する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の方法。
253. 当該方法が、細胞の核内に当該生物活性剤を送達する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の方法。
254. 当該キラルヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
255. 共通塩基配列が、ジストロフィン、ミオスタチン、ハンチンチン、ミオスタチン受容体、ActRIIB、ActRIIA、DMPK、Malat1、SMN2、ジストロフィンミオトニンタンパク質キナーゼ(DMPK)、前駆タンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン9型(PCSK9:Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9)、SMAD7またはKRT14(ケラチン14)の転写産物とハイブリダイズする、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
256. 当該組成物が、脂質が無い場合の生物活性剤に対し観察されるレベルと比較し、高いレベルで細胞内に生物活性剤を送達する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
257. 当該組成物が、脂質が無い場合の組成物に対して観察される活性よりも高いhTLR9アンタゴニスト活性を有する点で特徴付けられる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
258. 生物活性剤を、1個以上の脂質に複合体化することを含む、hTLR9アゴニスト活性を低下させる方法。
259. 生物活性剤を、1個以上の脂質に複合体化することを含む、hTLR9アンタゴニスト活性を上昇させる方法。
260. 脂質が無い場合の生物活性剤と比較し、当該アゴニスト活性が低下される、または当該アンタゴニスト活性が上昇される、実施形態258〜259のいずれか1個に記載の方法。
261. 当該生物活性剤が、オリゴヌクレオチドである、実施形態258〜260のいずれか1個に記載の方法。
262. 当該生物活性剤が、前述の実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドである、実施形態258〜261のいずれか1個に記載の方法。
263. 当該脂質が、前述の実施形態のいずれか一つに記載の脂質である、実施形態258〜262のいずれか1個に記載の方法。
264. 脂質が、生物活性剤とリンカーを介して複合体化される、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
265. 当該リンカーが、−LLD−である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
266. 当該リンカーが、−L−である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
267. 当該リンカーが、−NH−(CH2)6−である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
268. 当該リンカーが、−C(O)−NH−(CH2)6−P(O)(O−)−である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
269. 当該リンカーが、−C(O)−NH−(CH2)6−P(O)(S−)−である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
270. 当該脂質が、アミド基−C(O)−NH−の形成を介して当該リンカーに結合され、当該オリゴヌクレオチドが、その5’−OHまたは3’−OHと、リンカーの−P(O)(O−)−または−P(O)(S−)−の間のリン酸結合またはホスホロチオエート結合の形成を介して当該リンカーに結合される、実施形態268または269に記載の組成物。
271. 当該脂質が、アミド基−C(O)−NH−の形成を介して当該リンカーに結合され、当該オリゴヌクレオチドが、その5’−OHと、リンカーの−P(O)(O−)−または−P(O)(S−)−の間のリン酸結合またはホスホロチオエート結合の形成を介して当該リンカーに結合される、実施形態268または269に記載の組成物。
272. 当該脂質が、アミド基−C(O)−NH−の形成を介して当該リンカーに結合され、当該オリゴヌクレオチドが、その3’−OHと、リンカーの−P(O)(O−)−または−P(O)(S−)−の間のリン酸結合またはホスホロチオエート結合の形成を介して当該リンカーに結合される、実施形態268または269に記載の組成物。
273. 1個以上の標的化構成要素をさらに含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物。
274. 以下の構造を有する複数の化合物を含有する組成物:
−[−LLD−(RLD、または[(A−LLD−RLD、またはその塩、
式中:
は、生物活性剤であり;
aは、1〜1000であり;
bは、1〜1000であり;
各LLDは、独立してリンカー部分であり;および
各RLDは、独立して脂質部分または標的化構成要素であり、この場合において少なくとも1つのRLDは脂質部分である。
275. 以下の構造を有する複数の化合物を含有する組成物:
−[−LLD−(RLD、または[(A−LLD−RLD、またはその塩、
式中:
は、生物活性剤であり;
aは、1〜1000であり;
bは、1〜1000であり;
各LLDは、独立して共有結合であるか、または任意で置換されるC−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、TLD、またはC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ;
各RLDは、独立して、任意で置換されるC−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ;
LDは以下の構造を有し:
Figure 2019516679
Wは、O、SまたはSeであり;
X、YおよびZの各々は、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり;
Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、この場合においてLの1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ;
は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−C アルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または;
2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し;
−Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり;および
各Rは、独立して、水素であるか、またはC−C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である。
276. Aが、オリゴヌクレオチド鎖([H]−Acはオリゴヌクレオチドである)である、実施形態274〜275のいずれか1個に記載の組成物。
277. 当該組成物が、実施形態274〜276のいずれか1個に記載の組成物である、実施形態1〜273のいずれか1個に記載の組成物。
278. 当該オリゴヌクレオチドが、A−[−LLD−(RLDの構造を有する、実施形態274〜277のいずれか1個に記載の組成物または方法。
279. 当該オリゴヌクレオチドが、[(A−LLD−RLDの構造を有する、実施形態274〜277のいずれか1個に記載の組成物または方法。
280. LLD、RLD、LLDとRLDの組み合わせ、または−[−LLD−(RLDは、1個以上の脂質部分を含有する、実施形態274〜279のいずれか1個に記載の組成物または方法。
281. −[−LLD−(RLDが、1個以上の脂質部分を含有する、実施形態274〜279のいずれか1個に記載の組成物または方法。
282. RLDが、1個以上の脂質部分を含有する、実施形態274〜280のいずれか1個に記載の組成物または方法。
283. LLD、RLD、LLDとRLDの組み合わせ、または−[−LLD−(RLDは、1個以上の標的化構成要素を含有する、実施形態274〜279のいずれか1個に記載の組成物または方法。
284. −[−LLD−(RLDが、1個以上の標的化構成要素を含有する、実施形態274〜279のいずれか1個に記載の組成物または方法。
285. RLDが、1個以上の標的化構成要素を含有する、実施形態274〜280のいずれか1個に記載の組成物または方法。
286. bは1である、実施形態274〜285のいずれか1個に記載の組成物または方法。
287. aは1である、実施形態274〜286のいずれか1個に記載の組成物または方法。
288. Aが、1個以上の修飾塩基、糖、またはヌクレオチド間結合部分を含有する、実施形態274〜287のいずれか1個に記載の組成物または方法。
289. Aが、1個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有する、実施形態274〜288のいずれか1個に記載の組成物または方法。
290. Aが、1個以上のキラルヌクレオチド間結合を含有し、Aの各キラルヌクレオチド間結合がキラル制御される、実施形態274〜289のいずれか1個に記載の組成物または方法。
291. A−[−LLD−(RLDまたは[(A−LLD−RLDの構造を有するオリゴヌクレオチドが、Aの1)塩基配列、2)骨格結合のパターン、3)骨格キラル中心のパターン、および4)骨格リン修飾のパターンにより規定される特定のオリゴヌクレオチド型である、実施形態274〜290のいずれか1個に記載の組成物または方法。
292. Aが、前述の実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド鎖である、実施形態274〜287のいずれか1個に記載の組成物または方法。
293. Aが、糖部分のヒドロキシル基(−O−)を介してLLDと結合する、前述の実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドである、実施形態274〜292のいずれか1個に記載の組成物または方法。
294. Aが、その5’−O−を介してLLDと結合する、前述の実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドである、実施形態274〜293のいずれか1個に記載の組成物または方法。
295. Aが、核酸塩基を介してLLDと結合する、前述の実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドである、実施形態274〜292のいずれか1個に記載の組成物または方法。
296. Aが、ヌクレオチド間結合を介してLLDと結合する、前述の実施形態のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチドである、実施形態274〜292のいずれか1個に記載の組成物または方法。
297. Aが、表のいずれかから選択されるオリゴヌクレオチドであり、LLDおよびRLDと結合される([H]−Acは、表のいずれかから選択されるオリゴヌクレオチドである)、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
298. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−887である([H]−Acは、WV−887である)、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
299. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−892である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
300. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−896である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
301. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−1714である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
302. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2444である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
303. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2445である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
304. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2526である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
305. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2527である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
306. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2528である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
307. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2530である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
308. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2531である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
309. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2578である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
310. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2580である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
311. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−2587である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
312. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3047である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
313. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3152である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
314. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3472である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
315. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3473である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
316. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3507である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
317. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3508である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
318. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3509である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
319. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3510である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
320. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3511である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
321. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3512である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
322. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3513である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
323. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3514である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
324. Aは、LLDおよびRLDと結合されるWV−3515である、実施形態274〜294のいずれか1個に記載の組成物または方法。
325. LLDは、独立して共有結合であるか、または任意で置換されるC−C10の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、TLD、またはC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられる、実施形態274〜324のいずれか1個に記載の組成物または方法。
326. LLDは、任意で置換されるC−C10の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−Cy−、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基、またはTLDにより置き換えられ、この場合においてWは、OまたはSであり、YおよびZの各々は独立して、−O−、−S−、または−L−である、実施形態274〜324のいずれか1個に記載の組成物または方法。
327. LLDは、任意で置換されるC−C10の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、−Cy−、−O−、−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基、またはTLDにより置き換えられ、この場合においてWは、OまたはSであり、YおよびYの各々は独立して、−O−、−S−、または−L−であり、Zは共通結合である、実施形態274〜324のいずれか1個に記載の組成物または方法。
328. LLDは、Aのヒドロキシル基と結合する、実施形態274〜326のいずれか1個に記載の組成物または方法。
329. LLDは、Aの5’−OHと結合する、実施形態274〜326のいずれか1個に記載の組成物または方法。
330. LLDは、Aの3’−OHと結合する、実施形態274〜326のいずれか1個に記載の組成物または方法。
331. 各R’が独立して、−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または
2つのR’が、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、0〜10個のヘテロ原子を有する、任意で置換されるC−C14の単環式、二環式もしくは多環式のアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリールの環を形成する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
332. −Cy−が、0〜10個のヘテロ原子を有する、C−C14の単環式、二環式または多環式のカルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
333. 各Rは独立して、水素であるか、またはC−Cの脂肪族、および0〜10個のヘテロ原子を有するC−C14の単環式、二環式、もしくは多環式のアリール、炭素環、複素環、またはヘテロアリールの環から選択される任意で置換される基である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
334. LLDは、TLDである、実施形態274〜326のいずれか1個に記載の組成物または方法。
335. LLDは、−NH−(CH−TLD−である、実施形態274〜326のいずれか1個に記載の組成物または方法。
336. LLDは、−C(O)−NH−(CH−TLD−である、実施形態274〜326のいずれか1個に記載の組成物または方法。
337. −C(O)−は、−RLDに結合される、実施形態336に記載の組成物または方法。
338. TLDは、Aの5’−O−または3’−O−と結合される、実施形態274〜337のいずれか1個に記載の組成物または方法。
339. TLDは、Aの5’−O−と結合される、実施形態274〜338のいずれか1個に記載の組成物または方法。
340. TLDは、Aの3’−O−と結合される、実施形態274〜338のいずれか1個に記載の組成物または方法。
341. 式中、TLDは、Aの5’−O−または3’−O−とホスホロチオエート結合を形成する、実施形態274〜340のいずれか1個に記載の組成物または方法。
342. ホスホロチオエート結合が、キラル制御され、およびSpである、実施形態341に記載の組成物または方法。
343. ホスホロチオエート結合が、キラル制御され、およびRpである、実施形態341に記載の組成物または方法。
344. TLDは、Aの5’−O−または3’−O−とリン酸結合を形成する、実施形態274〜340のいずれか1個に記載の組成物または方法。
345. LLDは、共有結合である、実施形態274〜324のいずれか1個に記載の組成物または方法。
346. RLDは、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1個以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、a C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
347. RLDは、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、−C(O)−により置き換えられる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
348. RLDは、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、−C(O)−により置き換えられる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
349. RLDは、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1個以上のメチレン単位は任意で、および独立して、−C(O)−により置き換えられる、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
350. RLDは、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個またはそれ以上の炭素原子を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
351. 少なくとも1個のRLDが、標的化構成要素であるか、または標的化構成要素を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
352. 少なくとも1個のRLDが、標的化構成要素である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
353. 少なくとも1個のRLDが、脂質部分を含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
354. 少なくとも1個のRLDが、脂質部分である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
355. RLDが、任意で置換されるC10−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
356. RLDが、任意で置換されるC10−C60の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
357. RLDが、任意で置換されるC10−C40の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
358. RLDが、非置換の直線状または分枝状のC10−C80の脂肪族基である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
359. RLDが、非置換の直線状または分枝状のC10−C60の脂肪族基である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
360. RLDが、非置換の直線状または分枝状のC10−C40の脂肪族基である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
361. RLDは、パルミチルである、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
362. RLDは、である、前述の実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
Figure 2019516679
363. RLDは、ラウリルである、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
364. RLDは、ミリスチルである、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
365. RLDは、ステアリルである、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
366. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
367. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
368. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
369. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
370. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
371. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜360のいずれか1個に記載の組成物または方法。
372. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
373. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
374. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
375. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
376. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
377. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
378. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
379. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
380. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
381. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
382. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
383. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
384. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
385. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
386. RLDは、
Figure 2019516679

である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
387. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
388. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
389. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
390. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
391. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
392. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
393. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
394. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
395. RLDは、v
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
396. RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
397. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
398. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
399. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
400. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
401. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
402. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
403. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
404. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
405. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
406. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
407. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
408. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
409. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
410. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
411. −[−LLD−(RLDは、
Figure 2019516679
である、実施形態274〜354のいずれか1個に記載の組成物または方法。
412. Xは、Oである、実施形態382〜411のいずれか1個に記載の組成物または方法。
413. Xは、Sである、実施形態382〜411のいずれか1個に記載の組成物または方法。
414. −O−P(O)(X)−が、Aの5’−O−に結合し、リン酸結合を形成する、実施形態412に記載の組成物または方法。
415. −O−P(O)(X)−が、Aの3’−O−に結合し、リン酸結合を形成する、実施形態412に記載の組成物または方法。
416. −O−P(O)(X)−が、Aの5’−O−に結合し、ホスホロチオエート結合を形成する、実施形態413に記載の組成物または方法。
417. −O−P(O)(X)−が、Aの3’−O−に結合し、ホスホロチオエート結合を形成する、実施形態413に記載の組成物または方法。
418. 当該ホスホロチオエート結合が、キラル制御される、実施形態416または417に記載の組成物または方法。
419. 当該ホスホロチオエート結合が、キラル制御され、およびSpである、実施形態416または417に記載の組成物または方法。
420. 当該ホスホロチオエート結合が、キラル制御され、およびRpである、実施形態416または417に記載の組成物または方法。
421. 1)塩基配列、2)骨格結合のパターン、3)骨格キラル中心のパターン、および4)骨格リン修飾のパターンにより規定される特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの少なくとも0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、97%、または99%が、当該特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
422. 1)塩基配列、2)骨格結合のパターン、3)骨格キラル中心のパターン、および4)骨格リン修飾のパターンにより規定される特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの少なくとも10%が、当該特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
423. 1)塩基配列、2)骨格結合のパターン、3)骨格キラル中心のパターン、および4)骨格リン修飾のパターンにより規定される特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合のパターン、および骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの少なくとも0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、97%、または99%が、当該特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
424. 1)塩基配列、2)骨格結合のパターン、3)骨格キラル中心のパターン、および4)骨格リン修飾のパターンにより規定される特定のオリゴヌクレオチド型の塩基配列、骨格結合のパターン、および骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの少なくとも10%が、当該特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
425. 当該組成物が、1個以上の薬学的に許容可能な当該オリゴヌクレオチドの塩を含有する医薬組成物である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
426. 当該組成物が、1個以上の当該オリゴヌクレオチドのナトリウム塩を含有する医薬組成物である、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
427. 当該組成物が、1個以上の他の治療剤をさらに含有する、前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物または方法。
428. 標的転写産物からスプライシング産物のセットを生成する方法であって、
標的転写産物を含有するスプライシング系と、前述の実施形態のうちの1個に記載のオリゴヌクレオチド組成物を、当該組成物の非存在、参照組成物の存在、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で生成されたセットとは異なるスプライシング産物のセットが生成されるために充分な条件下で、ある期間、ある量で接触させる工程を含有する、当該方法。
429. 前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物を対象に投与することを含む疾患を治療する方法。
430. 当該疾患が、デュシェンヌ型筋ジストロフィーである、前述の実施形態のいずれか一つに記載の方法。
431. オリゴヌクレオチド組成物の特定する、および/または特徴解析を行う方法であって、
前述の実施形態のいずれか一つに記載の組成物を少なくとも1個提供する工程;
参照組成物と比較して、転写産物のスプライスパターンを評価する工程を含む、当該方法。
432. 前述の実施形態のいずれか一つに記載されるオリゴヌクレオチド、またはそれらの塩。
非限定的な例を以下に提供する。当分野の当業者であれば、その他の組成物および方法も同様に、本開示に従い調製され、および実施され得ることを認識する。
実施例1。ツルビナル酸、および2−シアノエチル((6Z,9Z,28Z,31Z)−ヘプタトリアコンタ−6,9,28,31−テトラエン−19−イル)ジイソプロピルホスホラミダイトの合成
Figure 2019516679
ツルビナル酸の合成:(4E,8E,12E,16E)−4,8,13,17,21−ペンタメチルドコサ−4,8,12,16,20−ペンタエン酸。第一の工程、2−ヒドロキシ−3−ブロモスクアレンの合成。スクアレン(30.03g、73.1mmol)のTHF(210mL)溶液に、水(35mL)を添加し、次いで、少量のTHFを滴下し、アルゴン下で透明な溶液を得た。N−ブロモスクシンイミド(15.62g、88mmol)を、0℃で少しずつ添加し、反応混合物を0℃で30分間、および室温で3時間撹拌した。溶媒を減圧下で除去し、ブライン(500mL)を加え、EtOA(100mL×5)で抽出した。有機層を無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これをヘキサン〜50% EtOAcヘキサン溶液を用いて溶出させるISCO(220gの金シリカゲルカートリッジ)によって精製し(生成物は、10〜20%のEtOAcヘキサン溶液から得た)、2−ヒドロキシ−3−ブロモスクアレン(9.92g、19.54mmol、収率26.7 %)を淡黄色がかった油状物として得た。1H NMR (400 MHz、クロロホルム-d) δ 5.24 - 5.05 (m, 5H), 3.98 (dd, J = 11.3, 1.9 Hz, 1H), 2.35-2.32 (m, 1H), 2.16 - 1.90 (m, 18H), 1.85-1.70 (m, 1H), 1.67 (d, J = 1.4 Hz, 3H), 1.60 (bs, 15H), 1.34 (s, 3H), 1.32 (s, 3H)。MS (ESI), 551.1および553.3 (M+ HCOO)-
第二の工程、2,2−ジメチル−3−((3E,7E,11E,15E)−3,7,12,16,20−ペンタメチルヘニコサ−3,7,11,15,19−ペンタエン−1−イル)オキシランの合成。2−ヒドロキシ−3−ブロモスクアレン(9.72g、19.15mmol)のMeOH(360mL)溶液に、KCO(5.29g、38.3mmol)を加え、反応混合物を2時間室温で攪拌し、ろ過し、その後減圧下で濃縮した。その後、300mLのEtOAcを加え、ろ過し、濃縮して、無色油状物の2,3−オキシドスクアレン(8.38g、19.64mmol、収率100%)を得た。1H NMR (400 MHz、クロロホルム-d) δ 5.20 - 5.04 (m, 5H), 2.70 (t, J = 7.0 Hz, 1 H), 2.20 - 1.95 (m, 20H), 1.67 (s, 3H), 1.61 (s, 3 H), 1.59 (bs, 15H), 1.29 (s, 3H), 1.25 (s, 3H)。
第三の工程、(4E,8E,12E,16E)−4,8,13,17,21−ペンタメチルドコサ−4,8,12,16,20−ペンタエナール(pentaenal)の合成。0℃の過ヨウ素酸(7.79g、34.2mmol)の水溶液(28mL)に、2,3−オキシドスクアレン(8.10g、18.98mmol)のジオキサン(65mL)溶液を加えた。反応混合物を室温で2時間攪拌した。水(150mL)を加え、EtOAc(3×100mL)で抽出した。有機層を無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮して残渣を得て、これをヘキサン〜10% EtOAcのヘキサン溶液を用いて溶出させるISCO(120gの金シリカゲルカートリッジ)によって精製し(生成物は、5〜7%のEtOAcヘキサン溶液から得る)、(4E,8E,12E,16E)−4,8,13,17,21−ペンタメチルドコサ−4,8,12,16,20−ペンタエナール(5.80g、15.08mmol、収率79%)を無色油状物として得る。1H NMR (400 MHz、クロロホルム-d) δ 9.74 (t, J = 2.0 Hz, 1 H), 5.18 - 5.04 (m, 5H), 2.50 (td, J = 7.5, 2.0 Hz, 2H), 2.31 (t, J = 7.5 Hz, 2H), 2.13 - 1.92 (m, 16H), 1.67 (s, 3H), 1.61 (s, 3H), 1.59 (bs, 12H)。
第四の工程、ツルビナル酸の合成 硫酸(8.2mL)の後に、重クロム酸ナトリウム二水和物(4.42g、14.82mmol)をHPLC水(80mL)に0℃で加えた。上記のクロム酸溶液を、(4Z,8Z,12E,16E)−4,8,13,17,21−ペンタメチルドコサ−4,8,12,16,20−ペンタエナール(5.70g、14.82mmol)のエチルエーテル(115mL)溶液に0℃で滴下して加えた。反応混合物を2時間、0℃で攪拌した。2時間後、TLCは、反応が完了したことを示した(3:1ヘキサン/EtOAc)。反応混合物をEtOAc(300mL)で希釈し、ブライン(100mL×4)で洗浄し、無水物上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これをDCMから5%MeOH DCM溶液までを用いて溶出させるISCO(80gのシリカゲルカートリッジ)によって精製し、無色油状物としてツルビナル酸(5.00g、収率84%)を得た。1H NMR (400 MHz、クロロホルム-d) δ 5.18-5.07 (m, 5H), 2.44 (t, J = 6.5 Hz, 2H), 2.30 (t, J = 7.7 Hz, 2H), 2.13 - 1.93 (m, 16H), 1.67 (s, 3 H), 1.59 (bs, 15H); MS (ESI), 399.3 (M-H)-
実施例2。2−シアノエチル((6Z,9Z,28Z,31Z)−ヘプタトリアコンタ−6,9,28,31−テトラエン−19−イル)ジイソプロピルホスホラミダイトの合成
Figure 2019516679
2−シアノエチル((6Z,9Z,28Z,31Z)−ヘプタトリアコンタ−6,9,28,31−テトラエン−19−イル)ジイソプロピルホスホラミダイトの合成。第一の工程、(9Z,12Z)−オクタデカ−9,12−ジエン−1−イル メタンスルホン酸塩(またはリノレイルメタンスルホン酸塩)の合成。0℃のリノレイルアルコール(23.31ml,75mmol)とトリエチルアミン(13.60ml,98mmol)のDCM(150mL)溶液に、塩化メタンスルホニル(6.39ml,83mmol)を滴下して加えた。反応混合物を0℃で30分間、および室温で3時間攪拌した。反応混合物をDCM(200mL)で希釈し、水、飽和炭酸水素ナトリウムおよびブラインで洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させた。溶媒を濃縮し、黄色がかった油状物としてリノレイルメタンスルホン酸塩(26.17g、収率100%)を得た。さらに精製を行うことなく、次の工程に直接使用する。1H NMR (500 MHz、クロロホルム-d) δ 5.30-5.41 (m, 4H), 4.22 (t, J = 6.6 Hz, 2H), 2.99 (s, 3H), 2.77 (t, J = 6.7 Hz, 2H), 2.05 (q, J = 6.9 Hz, 4H), 1.74 (p, J = 6.7 Hz, 2H), 1.43 - 1.25 (m, 16H), 0.89 (t, J = 6.7 Hz, 3H)。
第二の工程、臭化リノレイルの合成。リノレイルメタンスルホン酸塩(26g、75mmol)のエーテル(800mL)溶液に、臭化マグネシウムエチルエーテラート(58.5g、226mmol)をアルゴン下で加えた。反応混合物を室温で2時間攪拌した。TLCは、反応が完了しなかったことを示した。追加の臭化マグネシウムエチルエーテラート(14.5g)を反応混合物に加え、その反応混合物を室温で22時間撹拌した。TLCは、反応が完了したことを示した(9/1ヘキサン/EtOAc)。反応混合物を濾過し、エーテル(200mL)、ヘキサン(100mL)で洗浄し、減圧下で濃縮して残渣を得て、これをヘキサン〜10%EtOAcヘキサン溶液で溶出するISCO(200g金シリカゲルカートリッジ)によって精製し、無色油状物として臭化リノレイル(22.8g、69.2mmol、収率92%)を得た。1H NMR (500 MHz、クロロホルム-d) δ 5.42 - 5.31 (m, 4H), 3.41 (t, J = 6.9 Hz, 2H), 2.77 (t, J = 6.6 Hz, 2H), 2.05 (q, J = 6.9 Hz, 4H), 1.85 (p, J = 6.9 Hz, 2H), 1.43 - 1.25 (m, 16H), 0.89 (t, J = 6.8 Hz, 3H)。
第三の工程、ジリノレイルメタノールの合成。RBフラスコ中、Mg(0.897g、36.9mmol)とエーテル(20mL)の懸濁液に、臭化リノレイル(10.0g、30.4mmol)のエーテル(25mL)溶液を滴下して加えながら、水中でRBフラスコを冷却することにより反応物を穏やかに還流させ続けた。反応混合物を35℃で1時間攪拌した。0℃の上述の反応混合物に、ギ酸エチル(1.013g、13.68mmol)のエーテル(30mL)溶液を滴下して10分間添加し、反応混合物を室温で1.5時間攪拌した。反応混合物を氷浴で冷却し、水(30mL)でクエンチし、溶液が均質になるまで10%HSO(150mL)で処理し、層を分離させた。水層をエーテル(200mL×2)で抽出した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをTHF(50mL)および1N NaOH(30mL)に再び溶解させた。反応混合物を40℃で5時間攪拌した。TLCは、反応が完了しなかったことを示した。1.5gのNaOHを反応混合物に加え、反応混合物を40℃で一晩、絶え間なく撹拌した。反応混合物をエーテルで抽出し(2x)、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これをヘキサン〜10%EtOAcヘキサン溶液で溶出するISCO(120g金シリカゲルカートリッジ)によって精製し、無色油状物としてジリノレイルメタノール(5.16g、9.76mmol、収率71.3%)を得た。1H NMR (500 MHz、クロロホルム-d) δ 5.41-5.30 (m, 8H), 3.58 (s, 1H), 2.77 (t, J = 6.7 Hz, 4H), 2.05 (q, J = 6.9 Hz, 8H), 1.49 - 1.25 (m, 40H), 0.89 (t, J = 6.8 Hz, 6H)。
第四の工程、2−シアノエチル ((6Z,9Z,28Z,31Z)−ヘプタトリアコンタ−6,9,28,31−テトラエン−19−イル)ジイソプロピルホスホラミダイト室温で、ジリノレイルメタノール(2.5g、4.73mmol)の無水ジクロロメタン(30mL)溶液に、DIPEA(4.12ml,23.63mmol)と3−(クロロ(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ)プロパンニトリル(1.180ml,5.67mmol)を加えた。反応混合物を室温で2時間攪拌した。反応混合物にEtOAc(300mL)を加え、飽和炭酸水素ナトリウムで洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮して残渣を得て、これをヘキサン〜5%TEAを含有する5%EtOAcヘキサン溶液で溶出するISCO(40g金シリカゲルカートリッジ)によって精製し、2−シアノエチル((6Z,9Z,28Z,31Z)−ヘプタトリアコンタ−6,9,28,31−テトラエン−19−イル)ジイソプロピルホスホラミダイト(2.97g、4.07mmol、収率86%)を無色油状物として得た。1H NMR (500 MHz、クロロホルム-d) δ 5.30-5.41 (m, 8H), 3.85-3.72 (m, 3H), 3.59 (dp, J = 10.2, 6.8 Hz, 2H), 2.77 (t, J = 6.8 Hz, 4H), 2.61 (t, J = 6.6 Hz, 2H), 2.05 (q, J = 7.1 Hz, 8H), 1.60 - 1.46 (m, 4H), 1.42 - 1.27 (m, 36H), 1.18 (dd, J = 6.8, 3.0 Hz, 12H), 0.89 (t, J = 6.8 Hz, 6H)。31P NMR (202 MHz、クロロホルム-d) δ 147.68。
実施例3。WV−942アミノリンカーの脂質複合体化
C6−アミノ結合したWV−942と脂質の複合体化に対する一般的経路を、以下のスキーム(スキーム1)に例示する。
Figure 2019516679
スキーム1
複合体化に使用される様々な脂質カルボン酸とアルコールの構造を以下に示す:
Figure 2019516679
C6−アミノ結合したWV−942と脂質の複合体化に対する一般的手順。脂質酸(lipid acid)(55μmol)、HATU(50μmol)、ジイソプロピルエチルアミン(100μmol)、およびNMP(500μl)の混合物を、3mlのプラスチックバイアル中で10分間、室温で良く振とうさせた。この活性化酸を、CPG(5μmol、CPGはアミノ結合オリゴに結合される)を含有するプラスチックバイアルにピペッティングで入れた。バイアルの内容物を十分に混合し、12時間よく振とうした。この後、上清のNMPを慎重に除去した。CPGをアセトニトリル(1mlx3)で洗浄し、スピードバキューム中で乾燥させた。水酸化アンモニウムとメチルアミン(AMA)の1:1混合物(1mL)を加え、間欠的に振とうしながら35℃で1時間加熱した。1時間後、CPGを小型濾過カートリッジに移し、濾過し、DMSO(500μl×2)で洗浄し、水(1mL×3)で洗浄した。濾液および洗浄液を合わせ、水を使用して10mLに希釈した。この溶液を0℃に冷却し、氷酢酸を用いて溶液のpHが7.5に到達するまで中和した。粗生成物をUV分光計、逆相HPLCおよびLC−MSで分析した。粗生成物の精製は、RP−HPLCによって行った。
表5(カップリング反応に使用したCPG、脂質酸、HATU、DIPEA、およびNMPの量)。
Figure 2019516679
HPLC精製後、各画分をRP−HPLCおよびLC−MSによって分析した。純粋な画分を合わせ、溶媒を真空下で除去した(スピードバキューム)。残渣を水に溶解し、C−18カートリッジ上で脱塩した(トリエチルアンモニウムイオンをナトリウムイオンで置換した)。溶媒をスピードバキューム上で除去し、残渣を遠心フィルター(Millipore社のAmicon Ultra−15)で濾過し、凍結乾燥させ、分析した。
Figure 2019516679
*固形支持体上で合成された。
実施例4。脂質と複合体化されたオリゴヌクレオチドのin vitroの有効性
細胞処置およびRNA抽出
(欠失エクソン48〜50)、DL 589.2(エクソン51〜55の欠失)を有する患者由来の初代ヒト筋芽細胞を、マトリゲル(BD Biosciences社)で前もってコーティングされた12ウェルプレート内に、筋細胞増殖培地(PromoCell GmbH社、ハイデルベルグ、ドイツ)中、1ウェル当たり60x10細胞の密度、37℃、5%COで播種した。翌日、増殖培地を、図1および表1に示される、10μMオリゴを含有する、5%ウマ血清を補充した筋分化培地と置き換えた。
ドリサペルセンと同一のオリゴヌクレオチドは、以下の配列を有する:5’− mU*mC*mA*mA*mG*mG*mA*mA*mG*mA*mU*mG*mG*mC*mA*mU*mU *mU*mC*mU −3’、式中、*は、立体不規則的ホスホロチオエートを示し、mは、2’−OMeを示す。WV−942は、表1に示されるように、オリゴヌクレオチドの5’末端上で脂質と複合体化された。
表5。生物活性剤のオリゴヌクレオチドWV−942と複合体化された脂質。
Figure 2019516679
細胞を4日間、分化させた。次いで、分化培地を各ウェルから取り出し、500μlのTrizolと置き換えた。総RNAを、300μlのフェノール/クロロホルムで抽出し、250ulのイソプロパノールで沈殿させ、800μlの75%エタノールで洗浄し、最後に50μlのRNaseを含まない水に溶解させた。
DMDスキップのためのネスティドPCR(nested PCR)とタックマン(Taqman)アッセイの手順
総細胞RNAは最初に、ThermoFisher Scientific社のHigh−Capacity RNA−to−cDNA(商標)キットをベンダーにより提供されたプロトコールに従い使用して、cDNAへと逆転写した。
ネスティドPCRのために、得られたcDNAは、ネスティドPCR用の2セットのプライマーを使用して順次増幅させた。PCR産物を検証し、アガロースゲル上で可視化した。
タックマンアッセイのために、ThermoFisher Scientific社のTaqMan(登録商標)PreAmp Master Mixを提供されたプロトコールに従い使用して、cDNA中のスキップされた転写産物とスキップされなかった転写産物を14サイクルで前増幅させた。増幅で順は、95℃で10分間、その後、95℃を15秒と60℃を4分で14サイクルである。前増幅されたcDNAをその後、LightCyclerシステム上で40サイクルで分析した(95℃で10分間、その後、95℃を15秒と60℃を1分で40サイクル)。反応物は、5μlの前増幅させたcDNA、0.5μlのスキップされた、またはスキップされなかったタックマンアッセイ、および0.5μlの内因性対照用のタックマンアッセイ、4μlの水、および10μlのタックマンユニバーサルPCRマスターミックスを総量20μlで含有した。LightCyclerプログラムを使用してデータを解析し、Ct値を算出した。内在性対照には、GAPDH、ならびにたとえばMyoD、デスミン、ミオゲニン、ユートロフィン、ミオシン重鎖およびDMD自体などの筋分化マーカーを含む。
カスタムのタックマンMGBプローブとプライマーは、以下の配列を使用してLife Technologies社により合成された:
スキップされていない(エクソン51)
フォワード:GTGATGGTGGGTGACCTTGAG
リバース:TTTGGGCAGCGGTAATGAG
プローブ:CAAGCAGAAGGCAACAA
スキップされた(エクソン51)
フォワード:TGAAAATAAGCTCAAGCAGACAAATC
リバース:GACGCCTCTGTTCCAAATCC
プローブ:CAGTGGATAAAGGCAACA
結果を図1に示す。
実施例5。生物活性剤と、脂質を含有する組成物のin vivo送達
in vivoオリゴ処置
5週齢のmdxマウスに、1日目、10mg/mlの濃度、5mg/kgで皮下投与した。4日目、全ての動物に、最終血液採取および組織採取の両方を行った。血漿をポリプロピレンチューブに分注し、−70℃で保存した。組織採取に関しては、全ての動物をCO窒息により安楽死させ、PBSを使用してかん流した。以下の組織も採取した:肝臓、腎臓、脾臓、心臓、横隔膜、腓腹筋、大腿四頭筋および三頭筋。組織を(液体窒素中で)急速冷凍し、−70℃で保存した。
手順:
対照の非複合体化ASO WV−942、または7種の異なる脂質と複合体化されたWV−942(WV−2588、−2581、−2582、−2584、−2585、−2586、−2587)のin vivo生体分布は、5週齢のC57BL/10ScSn−Dmdmdx/Jのオスマウス(Jackson Laboratory社、ストック番号001801)に単回皮下投与した後に検証した。試験デザインを表1に記載する。
馴化期間中と研究期間中、動物は、ポリカーボネートケージにおいて1ケージ当たり2匹で、18℃〜26℃、30%〜70%の湿度で飼育した。飼育ケージには、Beta Chip(登録商標)とEnviro−Driの接触寝具を備えた。標準食と水を自由に与えた。
本試験は、Final Rules of the Animal Welfare Act regulations (Code of Federal Regulations,Title 9)、the Public Health Service Policy on Humane Care and Use of Laboratory Animals from the Office of Laboratory Animal Welfare、およびthe Guide for the Care and Use of Laboratory Animals from the National Research Councilのすべての適用項に適合した。本試験での動物の世話または使用を含むプロトコールおよび任意の改正または手順は、当該て順の開始前に、Testing Facility Institutional Animal Care and Use Committeeによるレビューと承認を得た。
表6。試験デザイン。
Figure 2019516679
動物は、1日目の皮下注射後48時間(1時間)で、CO窒息により安楽死させた。PBSを使用して全ての動物をかん流した。以下の採取された組織(肝臓、腎臓2個、脾臓、心臓、横隔膜、腓腹筋、大腿四頭筋および三頭筋)をPBSで簡単にリンスし、穏やかに拭き取って乾燥させ、ポリプロピレンチューブ中で急速凍結(液体窒素)し、さらなる分析のために処理するまでは−70℃で保存した。
オリゴの定量
簡潔に述べると、各マウス組織の重量を計測し、組織溶解緩衝液中で溶解させた。
ASO検出のためのハイブリダイゼーションアッセイ:サンドイッチ
方法:
プローブ:
捕捉プローブ:/5AmMC12/A+GA+AA+TG+CC+A
検出プローブ:T+CT+TC+CT+TG+A/3Bio/
プレート:
Pierce(登録商標)アミン結合、無水マレイン酸96ウェルプレートを、2.5% NaHCO3中で希釈した捕捉プローブ500nMを用いて、37℃で少なくとも1時間(または4℃一晩)、コーティングする。PBST(1xPBS+0.1%TWeen−20)で洗浄した後、5%無脂肪乳/PBST中、37℃で1時間超、ブロッキングする。
組織サンプル調製
組織片を重量計測し、4体積の溶解緩衝液を組織に加え、組織溶解緩衝液(IGEPAL 0.5%、100mM NaCl、5mM EDTA、10mM Tris pH8、プロテアーゼK 300ug/ml)中、0.2g組織/mlとした。ホモジネートはBullet Blender(NextAdvance社)によって作成された。
標準曲線
10〜50ug/mlで、未処置ブランク組織ホモジネート(マトリクス)へ被験物質を希釈する(50〜250ug/g組織)。8点のマトリックスを用いて標準物質を1:1にさらに連続希釈して一連の標準曲線を形成した。
ハイブリッドELISA
標準曲線サンプル、処置した組織ホモジネートを、ハイブリダイゼーション緩衝液(4Mグアニジン、0.33% N−ラウリルサルコシン、25mM クエン酸ナトリウム、10mM DTT)を用いて100〜500倍希釈する。20μLの希釈組織サンプルを、PBSTで333nMに希釈した検出プローブ180μLと混合した。サンプルを以下の条件で変性させた:65℃、10分;95℃、15分;4℃で持続 変性サンプルを、コーティングした96ウェルに50ul/ウェルで加える。4℃で一晩インキュベートする。プレートをPBSTで3回洗浄する。PBSTで1:2000に希釈したストレプトアビジン−APを加える。室温で1時間インキュベートする。プレートを、分子デバイスプレート洗浄機上で、PBSTを用いて5回×2サイクル洗浄する。100ul/ウェルでAttoPhos基質を添加する。10分間インキュベートし、蛍光チャネル:Ex435nm、Em555nmにて、Molecular Device M5でプレートを読み取る。20分でもう1度読み取る。ASO濃度は、線形曲線フィッティングまたは4パラメータ曲線フィッティングのいずれかを使用して、標準曲線に対して算出される。
プロトコール例を図8に示す。
実施例6。TLR9アゴニストおよびアンタゴニスト活性を測定するためのアッセイ例。
様々なアッセイを利用して、本開示によって提供される組成物のTLR9活性を評価することができる。ヒトTLR9レポートアッセイの一例では、ヒトTLR9遺伝子およびNF−kB誘導性分泌胚性アルカリホスファターゼ(SEAP)を安定に過剰発現するHEK−Blue(商標)TLR9細胞を、Invivogen社(サンディエゴ、CA、USA)から入手した。示される濃度のオリゴヌクレオチドを、水溶液中、最終体積20mLで、96ウェルプレートへと播種した。4x10 HEK−Blue TLR9細胞を、SEAP検出培地中、180mLの体積で各ウェルに添加した。ある実験では、種々の濃度のTLR9アゴニスト(例えば、オリゴヌクレオチドODN2006)の存在下または非存在下でオリゴヌクレオチドを添加し、培養を16時間続けた。処理の終了時に、ODを655nMで測定した。結果は、リン酸緩衝化生理食塩水(PBS)で処理された細胞に対する、NF−κB活性化の倍数変化として表される。
実施例7。提供される化合物および組成物のin vivo送達の例
in vivoオリゴヌクレオチド処置の例:5週齢のmdxマウスに、1日目、10mg/mlの濃度、5mg/kgで静脈内投与または皮下投与した。4日目(または所望の他の日)に、全ての動物に最終血液最終と組織採取の両方を行った。血漿をポリプロピレンチューブに分注し、−70℃で保存した。組織採取に関しては、全ての動物をCO窒息により安楽死させ、PBSを使用してかん流した。以下の組織も採取した:肝臓、腎臓、脾臓、心臓、横隔膜、腓腹筋、大腿四頭筋および三頭筋。組織を(液体窒素中で)急速冷凍し、−70℃で保存した。
手順例:対照のオリゴヌクレオチドWV−942、および検証されるオリゴヌクレオチド(たとえば、WV−2588、WV−2581、WV−2582、WV−2584、WV−2585、WV−2586、WV−2587)のin vivo生体分布は、5週齢のC57BL/10ScSn−Dmdmdx/Jのオスマウス(Jackson Laboratory社、ストック番号001801)に単回皮下投与した後に検証した。馴化期間中と研究期間中、動物は、ポリカーボネートケージにおいて1ケージ当たり2匹で、18℃〜26℃、30%〜70%の湿度で飼育した。飼育ケージには、Beta Chip(登録商標)とEnviro−Driの接触寝具を備えた。標準食と水を自由に与えた。本試験は、Final Rules of the Animal Welfare Act regulations (Code of Federal Regulations,Title 9)、the Public Health Service Policy on Humane Care and Use of Laboratory Animals from the Office of Laboratory Animal Welfare、およびthe Guide for the Care and Use of Laboratory Animals from the National Research Councilのすべての適用項に適合した。本試験での動物の世話または使用を含むプロトコールおよび任意の改正または手順は、当該て順の開始前に、Testing Facility Institutional Animal Care and Use Committeeによるレビューと承認を得た。
動物は、1日目の皮下注射後48時間(+1時間)で、CO窒息により安楽死させた。PBSを使用して全ての動物をかん流した。以下の採取された組織(肝臓、腎臓2個、脾臓、心臓、横隔膜、腓腹筋、大腿四頭筋および三頭筋)をPBSで簡単にリンスし、穏やかに拭き取って乾燥させ、ポリプロピレンチューブ中で急速凍結(液体N)し、さらなる分析のために処理するまでは−70℃で保存した。
オリゴヌクレオチド定量:簡潔に述べると、各マウス組織の重量を計測し、組織溶解緩衝液中で溶解させた。
ASO検出のためのハイブリダイゼーションアッセイ:サンドイッチ
方法:
プローブ:捕捉プローブ:/5AmMC12/A+GA+AA+TG+CC+A;検出プローブ:T+CT+TC+CT+TG+A/3Bio/
プレート:Pierce(登録商標)アミン結合、無水マレイン酸96ウェルプレートを、2.5% NaHCO中で希釈した捕捉プローブ500nMを用いて、37℃で少なくとも1時間(または4℃一晩)、コーティングする。PBST(1xPBS+0.1%TWeen−20)で洗浄した後、5%無脂肪乳/PBST中、37℃で1時間超、ブロッキングする。
組織サンプル調製:組織片を重量計測し、4体積の溶解緩衝液を組織に加え、組織溶解緩衝液(IGEPAL 0.5%、100mM NaCl、5mM EDTA、10mM Tris pH8、プロテアーゼK 300μg/mL)中、0.2g組織/mLとした。ホモジネートはBullet Blender(NextAdvance社)によって作成された。
標準曲線:10〜50μg/mLで、未処置ブランク組織ホモジネート(マトリクス)へ被験物質を希釈する(50〜250μg/g組織)。8点のマトリックスを用いて標準物質を1:1にさらに連続希釈して一連の標準曲線を形成した。
ハイブリッドELISA:標準曲線サンプル、処置した組織ホモジネートを、ハイブリダイゼーション緩衝液(4Mグアニジン、0.33% N−ラウリルサルコシン、25mM クエン酸ナトリウム、10mM DTT)を用いて100〜500倍希釈する。20μLの希釈組織サンプルを、PBSTで333nMに希釈した検出プローブ180μLと混合した。サンプルを以下の条件で変性させた:65℃、10分;95℃、15分;4℃で持続。変性サンプルを、コーティングした96ウェルに50μL/ウェルで加える。4℃で一晩インキュベートする。プレートをPBSTで3回洗浄する。PBSTで1:2000に希釈したストレプトアビジン−APを加える。室温で1時間インキュベートする。プレートを、分子デバイスプレート洗浄機上で、PBSTを用いて5回×2サイクル洗浄する。100ul/ウェルでAttoPhos基質を添加する。10分間インキュベートし、蛍光チャネル:Ex435nm、Em555nmにて、Molecular Device M5でプレートを読み取る。 20分でもう1度読み取る。オリゴヌクレオチド濃度は、線形曲線フィッティングまたは4パラメータ曲線フィッティングのいずれかを使用して、標準曲線に対して算出される。
実施例の試験結果は、たとえば図31A〜31Dに示され、脂質部分を含有する提供されるオリゴヌクレオチドは、特性(たとえば分布、代謝など)が改善されたことを示す。
実施例8。1,7,14−トリオキソ−12,12−ビス((3−オキソ−3−((3−(4−スルファモイルベンズアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)−1−(4−スルファモイルフェニル)−10−オキサ−2,6,13−トリアザオクタデカン−18−酸の合成例。
Figure 2019516679
工程1:3,3’−((2−アミノ−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(4.0g、7.91mmol)と、ジヒドロ−2H−ピラン−2,6(3H)−ジオン(0.903g、7.91mmol)のTHF(40mL)溶液を、3時間、50℃で攪拌し、室温で3時間攪拌した。LC−MSは、所望される産物を示した。溶媒を蒸発させ、5−((9−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2,2,16,16−テトラメチル−4,14−ジオキソ−3,7,11,15−テトラオキサヘプタデカン−9−イル)アミノ)−5−オキソペンタン酸を得て、それを精製することなく次の工程に直接使用した。
工程2:5−((9−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−2,2,16,16−テトラメチル−4,14−ジオキソ−3,7,11,15−テトラオキサヘプタデカン−9−イル)アミノ)−5−オキソペンタン酸(4.90g、7.91mmol)と(ブロモメチル)ベンゼン(1.623g、9.49mmol)のDMF溶液に、無水KCO(3.27g、23.73mmol)を加えた。混合物を40℃で4時間、室温で一晩撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させた。反応混合物をEtOAcで希釈し、水で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮して残渣を得て、これを10%EtOAcヘキサン溶液〜50%EtOAcヘキサン溶液で溶出させるISCOによって精製し、3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.43g、7.65mmol、収率97%)を無色油状物として得た。1H NMR (400 MHz、クロロホルム-d) δ 7.41 - 7.28 (m, 5H), 6.10 (s, 1H), 5.12 (s, 2H), 3.72 - 3.60 (m, 12H), 2.50 - 2.38 (m, 8H), 2.22 (t, J = 7.3 Hz, 2H), 1.95 (p, J = 7.4 Hz, 2H), 1.45 (s, 27H); MS (ESI), 710.5 (M+H)+。
工程3:3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((3−(tert−ブトキシ)−3−オキソプロポキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸ジ−tert−ブチル(5.43g、7.65mmol)のギ酸(50mL)溶液を、室温で48時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了しなかったことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させた。粗生成物をギ酸(50mL)に再溶解させ、室温で6時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させ、減圧下でトルエン(3X)と共に蒸発させ、真空で乾燥させ、3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(4.22g、7.79mmol、収率100%)を白色固形物として得た。1H NMR (500 MHz, DMSO-d6) δ 12.11 (s, 3H), 7.41 - 7.27 (m, 5H), 6.97 (s, 1H), 5.07 (s, 2H), 3.55 (d, J = 6.4 Hz, 6H), 2.40 (t, J = 6.3 Hz, 6H), 2.37 - 2.26 (m, 2H), 2.08 (t, J = 7.3 Hz, 2H), 1.70 (p, J = 7.4 Hz, 2H); MS (ESI), 542.3 (M+H)+
工程4:0℃の3,3’−((2−(5−(ベンジルオキシ)−5−オキソペンタンアミド)−2−((2−カルボキシエトキシ)メチル)プロパン−1,3−ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(4.10g、7.57mmol)とHOBt(4.60g、34.1mmol)のDCM(60mL)とDMF(15mL)の溶液に、(3−アミノプロピル)カルバミン酸tert−ブチル(5.94g、34.1mmol)、EDAC HCl塩(6.53g、34.1mmol)およびDIPEA(10.55mL、60.6mmol)を加えた。反応混合物を0℃で15分間、および室温で20時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了しなかったことを示した。EDAC HCl塩(2.0g)と(3−アミノプロピル)カルバミン酸tert−ブチル(1.0g)を反応混合物に加えた。反応混合物を室温で4時間攪拌した。溶媒を蒸発させて残渣を得て、これをEtOAc (300 mL)に溶解し、水(1x)、飽和炭酸水素ナトリウム(2x)、10%クエン酸(2x)および水で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して残渣を得て、これを、DCM〜30%MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(80g金カートリッジ)によって精製し、15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−酸ベンジル5(6.99g、6.92mmol、収率91%)を白色固形物として得た。1H NMR (500 MHz、クロロホルム-d) δ 7.35 (t, J = 4.7 Hz, 5H), 6.89 (s, 3H), 6.44 (s, 1H), 5.22 (d, J = 6.6 Hz, 3H), 5.12 (s, 2H), 3.71 - 3.62 (m, 12H), 3.29 (q, J = 6.2 Hz, 6H), 3.14 (q, J = 6.5 Hz, 6H), 2.43 (dt, J = 27.0, 6.7 Hz, 8H), 2.24 (t, J = 7.2 Hz, 2H), 1.96 (p, J = 7.5 Hz, 2H), 1.69 - 1.59 (m, 6H), 1.43 (d, J = 5.8 Hz, 27H); MS (ESI): 1011.5 (M+H)+。
工程5:15,15−ビス(13,13−ジメチル−5,11−ジオキソ−2,12−ジオキサ−6,10−ジアザテトラデシル)−2,2−ジメチル−4,10,17−トリオキソ−3,13−ジオキサ−5,9,16−トリアザヘニコサン−21−酸ベンジル(1.84g、1.821mmol)のDCM溶液(40mL)に、2,2,2−トリフルオロ酢酸(7.02mL,91mmol)を加えた。反応混合物を室温で一晩攪拌した。溶媒を蒸発させ、5−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−5−オキソ吉草酸ベンジルを無色油状物として得た。MS (ESI), 710.6 (M+H)+
工程6:4−スルファモイル安息香酸(1.466g、7.28mmol)のDCM溶液(40mL)に、HATU(2.77g、7.28mmol)を加え、次いで5−((1,19−ジアミノ−10−((3−((3−アミノプロピル)アミノ)−3−オキソプロポキシ)メチル)−5,15−ジオキソ−8,12−ジオキサ−4,16−ジアザノナデカン−10−イル)アミノ)−5−オキソ吉草酸ベンジル(1.293g、1.821mmol)のDMF(4.0mL)溶液を加えた。混合物を室温で5時間攪拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を得て、これをDCM〜50% MeOHのDCM溶液で溶出するISCO(40g、金カラム)で精製し、1,7,14−トリオキソ−12,12−ビス((3−オキソ−3−((3−(4−スルファモイルベンズアミド)プロピル)アミノ)−プロポキシ)メチル)−1−(4−スルファモイルフェニル)−10−オキサ−2,6,13−トリアザオクタデカン−18−酸ベンジル(0.36g、0.286mmol、収率16%)を得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.60 (t, J = 5.6 Hz, 3H), 7.96 - 7.81 (m, 15H), 7.44 (s, 6H), 7.35 - 7.23 (m, 5H), 7.04 (s, 1H), 5.02 (s, 2H), 3.50 (t, J = 6.9 Hz, 6H), 3.48 (s, 6 H), 3.23 (q, J = 6.6 Hz, 6H), 3.06 (q, J = 6.6 Hz, 6H),, 2.29 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 2.24 (t, J = 6.5 Hz, 6H), 2.06 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 1.69-1.57 (m, 8H)。
工程7:Arでフラッシュした丸底フラスコに、10%Pd/C(80mg、0.286mmol)とEtOAc(15mL)を加えた。1,7,14−トリオキソ−12,12−ビス((3−オキソ−3−((3−(4−スルファモイルベンズアミド)プロピル)アミノ)−プロポキシ)メチル)−1−(4−スルファモイルフェニル)−10−オキサ−2,6,13−トリアザオクタデカン−18−酸ベンジル(360mg)のメタノール(15mL)溶液を加え、次いでジエチル(メチル)シラン(0.585g、5.72mmol)を滴下して加えた。混合物を室温で3時間攪拌した。LC−MSは、反応が完了したことを示した。反応物をEtOAcで希釈し、セライトで濾過し、20%MeOHのEtOAc溶液で洗浄し、減圧下で濃縮して、1,7,14−トリオキソ−12,12−ビス((3−オキソ−3−((3−(4−スルファモイルベンズアミド)プロピル)−アミノ)プロポキシ)メチル)−1−(4−スルファモイルフェニル)−10−オキサ−2,6,13−トリアザオクタデカン−18−酸(360mg、収率100%)を白色固形物として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 8.60 (t, J = 5.6 Hz, 3H), 7.94 - 7.81 (m, 15H), 7.44 (s, 6H), 7.04 (s, 1H), 3.50 (t, J = 6.9 Hz, 6H), 3.48 (s, 6 H), 3.23 (q, J = 6.6 Hz, 6H), 3.06 (q, J = 6.6 Hz, 6H),, 2.24 (t, J = 6.4 Hz, 6H), 2.14 (t, J = 7.5 Hz, 2H), 2.05 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 1.66-1.57 (m, 8H); MS (ESI), 1170.4 (M+H)+
実施例9。Mod030−Mod033に対するアミダイトの合成例。
ラウリルアルコール(5.2g、28mmol)のドライDCM 60mLの溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で、DIPEA(18g、140mmol)を加え、5分間攪拌した。この溶液に、2−シアノエチル N,N−ジイソプロピルクロロホスホラミダイト(7.9g、33.5mmol)を滴下して加え、4時間攪拌した。反応混合物から溶媒を減圧下で蒸発させ、300mLの酢酸エチルで希釈し、飽和NaHCOで洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させた。溶媒を除去し、ISCOを使用したシリカゲル上のカラムクロマトグラフィー(80gの正規のシリカ、5%トリエチルアミンを含有するヘキサン中、0〜30%酢酸エチル)により、生成物を得た。得られた生成物の重量:3.8g(35%)。1H NMR (500 MHz; CDCl3): δ 3.88-3.76 (m, 2H), 3.68-3.55 (m, 4H), 2.62 (t, 2H), 1.62-1.35 (m, 2H), 1.32-1.28 (m, 18H), 1.19-1.17 (m, 12H), 0.87 (t, 3H)。31P NMR (202.4 MHz; CDCl3): δ 147.2 (s)。Mod031、Mod032およびMod033に対するアミダイトも、同じ手順を使用して調製した。これらのアミダイドを、合成サイクルにおいて最後のアミダイトとして使用して、Mod030〜Mod033を含むオリゴヌクレオチドを調製した。
実施例10。Mod024に対する酸の調製例。
Figure 2019516679
GlucNAc酸1(WO2014/025805A1)(1.88g、4.2mmol)とHOBT(0.73g、5.4mmol)を、窒素雰囲気下、室温で10分間、無水DMF−DCM混合物(11+15mL)中で攪拌した。10℃でHBTU(2.05g、5.4mmol)を加え、次いでDIPEA(2.17g、16.8mmol)を加えた。この溶液にトリアミン塩2(WO2014/025805A1)(1.38g、1.2mmol)を加え、一晩攪拌した。溶媒を真空下で除去し、残渣を酢酸エチル(200mL)に溶解させた。この溶液に飽和塩化アンモニウム、飽和塩化ナトリウム、飽和炭酸水素ナトリウムおよび水(1:1:1:1)の混合物100mlを加えた。酢酸エチル層は当初、濁っていた。十分に振とうした後、層が分離した。水層を、酢酸エチルで抽出した(x2)。有機画分を1つにまとめ、ブラインで洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させた。減圧下で溶媒を除去し、490mgの粗生成物を得た。この生成物をISCO装置上でCCにより精製した。溶出液は、DCM−メタノール(0〜20%メタノールのDCM溶液)であった。得られた生成物の量は、1.26g(50%)であった。LC-MS (+モード):1768 (M- 1GlucNAc)、1438 (M-2 GlucNAc)、1108 (M-3 GlucNAc)、1049 (M/2 +1)。
Figure 2019516679
ベンジルエステル4(0.25g、0.119mmol)のドライメタノール7mL溶液に、アルゴン雰囲気下、10%Pd/C(50mg)を加え、次いで1.5mL(9.4mmol)のトリエチルシラン(TES)を滴下して加えた。激しい反応が起こり、RMを3時間撹拌した。生成物のLC−MS分析は、反応の終了を示している。RMをセライトで濾過し、溶媒を減圧下で除去した。粗生成物をエーテル−メタノール(3:1)混合物で粉砕し(X3)、減圧下で乾燥させた。この生成物5をさらに精製することなくオリゴヌクレオチド鎖との複合体化に使用した。複合体化後、例えばMod024を組み込むためのオリゴヌクレオチドの切断および/または脱保護の間などで、ヒドロキシル基を脱保護した。望ましい場合、多くのプロトコルを利用して、5のヒドロキシル基を脱保護し、脱保護したヒドロキシル基を有する酸を得ることができる。1H NMR (500 MHz, DMSO-D6): δ 7.90 (3H, d, J=10 Hz), 7.80 (t, 3H), 7.70 (t, 3H), 5.03 (t, 3H), 4.77 (t, 3H), 4.54 (3H, d, J=10 Hz), 4.14 (3H, dd, J1=9 Hz, J2=5Hz), 3.97-3.93 (m, 3H), 3.79-3.74 (m, 3H), 3.69-3.61 (m, 6H), 3.51-3.47 (m, 3H), 3.40-3.35 (m, 3H), 3.31(d, 3H, J=9Hz), 2.98 (m, 12H), 2.23 (t, 3H), 2.13 (t, 3H), 2.01-1.99 (m, 3H), 1.97(s, 9H), 1.92(s, 9H), 1.86(s, 9H), 1.71(s, 9H), 1.49-1.32 (m, 22H), 1.18 (br s, 12H)。Mod026も、同様の戦略を使用して組み込んだ。
実施例11。複合体化のための手順例−アミノ基を有するオリゴヌクレオチドの調製
当分野の通常の技能を有する当業者には理解されるように、たとえばリンカー、方法、官能基などの様々な技術を利用して、脂質部分および/または標的化構成要素を含有するオリゴヌクレオチドをはじめとする、本開示によって提供されるオリゴヌクレオチドを調製することができる。以下は、種々な部分、例えば、脂質部分、標的化構成要素などを組み込むためのアミノ基を有するオリゴヌクレオチドの調製の手順例である。当分野の当業者であれば、本開示に従う、当分野において広く公知であり使用される方法および試薬などをはじめとする様々な技術を使用して、その他の型の生物活性剤、たとえば低分子、ペプチド、タンパク質などと脂質を複合体化することができることを理解する。
「支持体上」での複合体化戦略
「支持体上」の複合体化のための5’−アミノ修飾されたオリゴヌクレオチドの調製は、MMT−アミノ C6 CEホスホラミダイト(ChemGenes Corporation、カタログ番号CLP−1563またはGlen Research社、カタログ番号10−1906)を使用して実施され、これを最後のホスホラミダイトとして加え、オリゴヌクレオチド合成化学を使用して固形支持体上でオリゴヌクレオチド鎖の5’−OHにカップリングさせた。カップリング後、望ましい場合には、オリゴヌクレオチド合成化学に応じて例えば、tert−ブチルヒドロペルオキシド(例えば、20:80のデカン/ジクロロメタン中、1.1M)、I(例えば、ピリジン/水中、THF/ピリジン/水中など)などを使用して、新たに生成された結合を任意で参加させ、ホスホジエステル結合を生じさせた。ホスホロチオエート結合が望ましい場合、硫化のためにPolyOrg Sulfa(例えばアセトニトリル中、0.1M)またはDDTT(たとえば、ピリジン中、0.1M)を使用した。次いで、黄色がもはや観察されなくなるまで、オリゴヌクレオチドを脱保護試薬(たとえばジクロロメタン中、3%トリクロロ酢酸、トルエン中、3%ジクロロ酢酸など)とともに支持体上に置きながら、MMT保護基を除去した。次いで様々な化合物、たとえば脂肪酸、糖 酸などをカップリングさせ、任意でその後、支持体からの切断、脱保護、および/または精製を行った。
「溶液中」での複合体化戦略
「溶液中」での複合体化戦略のための5’−アミノ修飾されたオリゴヌクレオチドの調製は、TFA−アミノ C6 CEDホスホラミダイト(ChemGenes Corporation、カタログ番号CLP−1553またはGlen Research社、カタログ番号10−1916)を使用して実施され、これを最後のホスホラミダイトとして加え、オリゴヌクレオチド合成化学を使用して固形支持体上でオリゴヌクレオチド鎖の5’−OHにカップリングさせた。カップリング後、望ましい場合には、オリゴヌクレオチド合成化学に応じて例えば、tert−ブチルヒドロペルオキシド(例えば、20:80のデカン/ジクロロメタン中、1.1M)、I(例えば、ピリジン/水中、THF/ピリジン/水中など)などを使用して、新たに生成された結合を任意で参加させ、ホスホジエステル結合を生じさせた。ホスホロチオエート結合が望ましい場合、硫化のためにPolyOrg Sulfa(例えばアセトニトリル中、0.1M)またはDDTT(たとえば、ピリジン中、0.1M)を使用した。次いでアミノ修飾されたオリゴヌクレオチドを支持体から切り離し、脱保護し、および精製して、複合体化のための遊離アミノ基を有する生成物を得た。多くの場合、TFA基は、オリゴヌクレオチドの切断と脱保護の間に除去された。その後、当該オリゴヌクレオチドを複合体化に利用した
実施例12。固形支持体上での複合体化のための手順の例。
一部の実施形態では、生物活性剤への脂質複合体化は、固形支持体を使用して実施され得る。当分野の通常の技能を有する当業者に理解されるように、多くの広く公知であり実施される技術、たとえば試薬、方法などを利用して、本開示に従う脂質部分を含有する組成物を含む提供されるオリゴヌクレオチド組成物が調製され得る。脂質、標的化構成要素などのオリゴヌクレオチドへの複合体化を解説するために、本実施例および以下の実施例において2つのスキーム例を提供する。一部の実施形態では、RLD−COOHは、本明細書に記載される脂肪酸であり(調製され、および/または市販されている)、たとえば表4の特定のオリゴヌクレオチド例などの提供されるオリゴヌクレオチドにおいて解説されるRLDをもたらす。一部の実施形態では、RLD−COOHは、本明細書に記載される標的化構成要素を含有する酸であり(調製され、および/または市販されている)、たとえば表4の特定のオリゴヌクレオチド例などの提供されるオリゴヌクレオチドにおいて解説されるRLDをもたらす。
固形支持体上での複合体化のための手順の例。
Figure 2019516679
手順例において、脂質(1μmol、1当量)、HATU(0.9当量)、ジイソプロピルエチルアミン(10当量)およびNMP(500μl)の混合物を3mLのプラスチックバイアル中、室温で10分間よく振とうした。この活性化酸を、固形支持体上でオリゴヌクレオチド(たとえば上記の実施例を参照)を含有するプラスチックバイアルへとピペッティングで移した(0.09μmol、0.9当量)。バイアルの内容物を十分に混合し、12時間よく振とうした。この後、上清のNMPを慎重に除去した。固形支持体をアセトニトリル(1mLx3)で洗浄し、スピードバキューム中で乾燥させた。水酸化アンモニウムとメチルアミン(AMA)の1:1混合物(1mL)を加え、間欠的に振とうしながら35℃で1時間加熱した。1時間後、CPGを小型濾過カートリッジに移し、濾過し、DMSO(500μl×2)で洗浄し、水(1mL×3)で洗浄した。濾液および洗浄液を合わせ、水を使用して10mLに希釈した。この溶液を0℃に冷却し、氷酢酸を用いて溶液のpHが7.5に到達するまで中和した。(あるいは乾燥した固形支持体を、35%のNHOHを用いて12時間、60℃で処置し、冷却してろ過し、氷酢酸で中和してもよい。フルオロ基を2’位に含有するオリゴに対しては、35%水酸化アンモニウムとエタノールの混合物(3:1)を、40℃を越えない温度で使用した)。粗生成物をUV分光計、逆相HPLCおよびLC−MSで分析した。 粗生成物の精製は、RP−HPLCによって行った。HPLC精製後、各画分をRP−HPLCおよびLC−MSによって分析した。純粋な画分を合わせ、溶媒を真空下で除去した(スピードバキューム)。残渣を水に溶解し、C−18カートリッジ上で脱塩した(トリエチルアンモニウムイオンをナトリウムイオンで置換した)。溶媒をスピードバキューム上で除去し、残渣を遠心フィルター(Millipore社のAmicon Ultra−15)で濾過し、凍結乾燥させ、分析した。
たとえばWV−2578の合成に対しては、ラウリル酸(11.01mg、0.0549mmol)、HATU (19mg、0.050mmol)およびジイソプロピルエチルアミン(18 μL,0.1mmol)の混合物を、500μLのドライNMP中に溶解させ、5分間充分に振とうさせた。この活性化酸を、固形支持体上でオリゴヌクレオチドを含有するプラスチックバイアルへとピペッティングで移した(70.5mg、0.005mmol)。バイアルの内容物を十分に混合し、12時間よく振とうした。この後、上清のNMPを慎重に除去した。固形支持体をアセトニトリル(1mLx3)で洗浄し、スピードバキューム中で乾燥させた。水酸化アンモニウムとメチルアミン(AMA)の1:1混合物(1mL)を加え、間欠的に振とうしながら35℃で1時間加熱した。1時間後、CPGを小型濾過カートリッジに移し、濾過し、DMSO(500μL×2)で洗浄し、水(1mL×3)で洗浄した。濾液および洗浄液を合わせ、水を使用して10mLに希釈した。この溶液を0℃に冷却し、氷酢酸を用いて溶液のpHが7.5に到達するまで中和した。粗生成物の精製は、RP−HPLCにより行った。HPLC精製後、各画分をRP−HPLCおよびLC−MSによって分析した。純粋な画分を合わせ、溶媒を真空下で除去した(スピードバキューム)。残渣を水に溶解し、C−18カートリッジ上で脱塩した(トリエチルアンモニウムイオンをナトリウムイオンで置換した)。溶媒をスピードバキューム上で除去し、残渣を遠心フィルター(Millipore社のAmicon Ultra−15)で濾過し、凍結乾燥させ、分析した。WV2578の平均質量の計算値:7355、実測値(デコンボリューションされた質量):7358。追加例は、以下を含む:
Figure 2019516679
* HATU (50μmol、MW=379.24、19mg)、DIPEA (MW=129、d=0.726、100μmol、18μL)、NMP (500μL)。生成物の例には、以下を含む(精製後の脂質複合体の総ODおよび量;一部は、上述の実施例に記載されている場合がある):
Figure 2019516679
*固形支持体上で合成された;2-シアノエチル ((6Z,9Z,28Z,31Z)-ヘプタトリアコンタ-6,9,28,31-テトラエン-19-イル)ジイソプロピルホスホラミダイトを使用した最終サイクル。
実施例13。溶液中での複合体化の手順例。
一部の実施形態では、生物活性剤との脂質複合体化は、溶液中で実施され得る。一部の実施形態では、脂質部分を含有する提供されるオリゴヌクレオチドは、溶液相で調製された。
液相での複合体化の手順例:
Figure 2019516679
手順例では、脂質酸(1当量)、HATU(1当量)、およびDIPEA(10当量)の混合物をドライAcCN(10mL)中で良く混合させ、10分間維持させた。この活性化した酸をオリゴヌクレオチド(5μmol)水溶液(5mL)に添加し、ボルテックスで良く混合させた。この反応物を1時間振とうした。1時間後、反応の終了をLC−MSにより確認した(通常、反応は1時間で終了する。終了していなければ、さらに多くの酸−HATU複合体を加え、反応を終了させることができる)。アセトニトリルと水を、スピードバキューム上、真空下で除去した。得られた固体を35%水酸化アンモニウム(15mL)で処理し、60℃で12時間振とうした。2’フルロ(fluro)オリゴヌクレオチドに対しては、35%水酸化アンモニウムとエタノールの3:1混合物を脱保護に使用した。12時間後、溶媒を減圧下で除去し、水(15mL)で希釈し、LC−MSおよびRP−HPLCによって分析した。次いで、粗生成物をRP−HPLCによって精製し、脱塩した。
たとえばWV−3546の合成に関しては、ツルビナル酸(7mg、0.0174mmol)、HATU(6.27mg、0.0165mmol)、およびDIPEA(22.2mg、0.172mmol)をドライAcCN(10mL)中で良く混合し、40mLプラスチックバイアル中で5分間維持した。この活性化した酸を、3.77mLのオリゴヌクレオチド水溶液(80mg、0.0117mmol)に添加し、ボルテックス上で良く混合した。この反応物を2時間振とうした。2時間後、反応の完了をLC−MSによって確認した(反応は完了した)。アセトニトリルと水を、スピードバキューム上、真空下で除去した。得られた固形物を、アンモニア:エタノールの混合物(3:1、15mL)で処理し、40℃で12時間振とうした。12時間後、溶媒を減圧下で除去し、水(約15mL)で希釈し、LC−MSによって分析した。粗生成物をRP−HPLC(水−アセトニトリル系において、50mMの酢酸アンモニウムトリエチル(45分で0〜70%アセトニトリル)、X Bridge 前調製済C8(19×250mmカラム))によって精製した。WV3546の平均質量の計算値:7295。実測値(デコンボリューションされた質量):7295。
実施例14。MMT−C6−アミノ DPSE−Lアミダイトの合成例。
Figure 2019516679
クロロオキサザホスホリジンの調製:L−DPSE(37.1g、119mmol)を無水トルエン(150mL)とともに回転エバポレーター中、35℃で共沸蒸発させることにより乾燥させ、一晩高真空下に置いた。次いでこの乾燥したL−DPSE(37.1g)と4−メチルモルホリン(26.4mL,24.31g、240mmol)を無水トルエン(150mL)に溶解させた溶液を、カニューレを介して三つ首丸底フラスコに置かれたトリクロロホスフィン(16.51g、10.49mL,120mmol)の無水トルエン溶液(110mL)の氷冷溶液にアルゴン下で加え(開始温度:0.6℃、最大温度:14℃、25分添加)、反応混合物を40分間、0℃で攪拌した。その後、沈殿した白色固形物をアルゴン下、空間フィルター管を使用してバキュームによりろ過した(Chemglass社:フィルター管、24/40内部ジョイント、80mm OD 中間フリット(Medium Frit)、Airfree、Schlenk)。アルゴン下、低温(25℃)で、回転エバポレーターにより溶媒を除去し、その後、真空下で一晩(約15時間)乾燥させ、得られた油状のクロロオキサザホスホリジンを次の工程に使用した。
MMT−C6−アミノ DPSE−Lアミダイト:6−(モノメトキシトリチルアミノ)ヘキサン−1−オール(7.0g、17.97mmol)を最初に、無水トルエン(50ml)による共沸蒸発により乾燥させ、一晩真空下で乾燥させた。その後、乾燥した6−(モノメトキシトリチルアミノ)ヘキサン−1−オールを無水THF(80mL)に溶解させ、トリエチルアミン(9.0g、90mmol)を加え、その後、反応溶液を−70℃に冷却した。この冷却溶液に、無水THF(50mL)に溶解させたクロロオキサザホスホリジン(6.76g、17.97mmol)を10分かけて加えた。反応混合物をゆっくりと室温まで加温させた後(約1時間)、TLCは開始物質の完全な転換を示した。次いで、反応混合物を、ぴったりと適合したろ過管を使用して、真空/アルゴン下で注意深くろ過し、沈殿した固形物を取り出して、THF(80mL)で洗浄した。溶液を25℃で蒸発させ、得られた油状残渣を、5%TEAとヘキサン−CHClの混合物に溶解させ、ISCO Combi−Flashシステム220gシリカカラム(3CV MeOHであらかじめ脱活性化し、次いで酢酸エチル(5%TEA)3 CVで平衡化した)を使用して、ヘキサン−EtOAc混合物(5%TEA)を用いて精製した。純粋な画分を集め、濃縮し、一晩乾燥させ、無色油状液体としてMMT−C6−アミノ DPSE−Lアミダイトを得た。収量:8.0g (62%)。MS:計算値:728.38;+Ve イオンモード m/zでのLCMS解析による実測値:729.54 (M+ イオン)、747.50 (M++18、H2O)。1H-NMR (500 MHz, CDCl3): δ 7.58 - 7.43 (m, 8H), 7.41 - 7.31 (m, 6H), 7.31 - 7.23 (m, 6H), 7.17 (t, J = 7.2 Hz, 2H), 6.81 (d, J = 8.7 Hz, 2H), 4.82 (dt, J = 8.7, 5.7 Hz, 1H), 3.78 (s, 3H), 3.77 - 3.73 (m, 1H), 3.54 (qt, J = 11.0, 5.2 Hz, 2H), 2.54 (q, J = 7.2 Hz, 3H), 2.11 (t, J = 7.0 Hz, 2H), 1.64 - 1.57 (m, 4H), 1.51 - 1.35 (m, 6H), 1.26 (q, J = 9.9, 8.0 Hz, 2H), 1.04 (t, J = 7.1 Hz, 2H), 0.67 (s, 3H)。13C NMR (500MHz, CDCl3) δ 157.87, 146.73, 146.67, 138.63, 136.89, 136.43, 134.71, 134.57, 134.48, 129.88, 129.46, 129.42, 128.66, 128.05, 127.96, 127.87, 127.81, 126.17, 113.13, 78.14, 78.07, 77.48, 77.43, 77.22, 76.97, 70.45, 68.03, 68.01, 63.50, 63.40, 55.22, 47.46, 47.17, 46.40, 43.69, 34.79, 31.34, 31.07, 27.19, 27.09, 26.04, 25.98,17.60, 11.78, -3.17。31P-NMR (500 MHz, CDCl3): δ 154.27 (92.18%), 157.68(3.56%), 146.35(4.26%)。
実施例15。WV−4107の調製例。
オリゴヌクレオチドは、提供されるオリゴヌクレオチド技術を使用して固形支持体上にあり、および維持される、全ての保護基および補助基とともにWV−3473に対する条件を使用して調製された(もし切り離され、および脱保護される場合、WV−3473を生じさせる)。手順例において、DPSE化学およびGEプライマーサポート5G(2.1g)、および以下のサイクルを使用した:
Figure 2019516679
最後のサイクルの後、オリゴヌクレオチドの一部をQCまたは他の目的のために切り離し、および脱保護することができる。手順例において、支持体上のオリゴヌクレオチドを、6カラム体積の20%ジエチルアミンのアセトニトリル溶液を用いて15分間洗浄し、その後アセトニトリルで洗浄した。支持体を乾燥させ、次いで3:1のジメチルホルムアミド/水中の1Mトリエチルアミンフッ化水素中で1〜1.5時間、50℃でインキュベートさせた。サンプルをろ過し、アセトニトリルで洗浄し、乾燥させた。次いで、支持体を3:1の水酸化アンモニウム/エタノール中、40℃で一晩インキュベートした。
WV−4107の調製に関しては、最終サイクルの後、DMT保護基を、3%ジクロロ酢酸のトルエン溶液を使用して除去した。カップリング工程の間に、MMT−C6−アミノ DPSE−Lアミダイト(イソブチロニトリル中、0.175M)とCMIMTアクチベーター(アセトニトリル中、0.6M)を、8分の接触時間で加えた。アクチベーターの体積割合は55%であった。キャッピングは、20%の1−メチルイミダゾールのアセトニトリル溶液と、20/30/50の無水酢酸/2,6−ルチジン/アセトニトリルを用いて行われた。0.1MのPOlyOrg Sulfaを使用して流加が行われた。
次いで、黄色がもはや観察されなくなるまで、オリゴヌクレオチドを脱保護試薬(3%ジクロロ酢酸のトルエン溶液)とともに支持体上に置きながら、MMT保護基を除去し、WV−4191を得た。次いで、上記の手順を使用してステアリン酸をアミンにカップリングさせた。支持体上のオリゴヌクレオチドを、20%ジエチルアミンのアセトニトリル溶液で30分間、室温で洗浄し、その後、アセトニトリルで洗浄した。支持体を乾燥させ、次いで3:1のジメチルホルムアミド/水中の1Mトリエチルアミンフッ化水素中で1〜1.5時間、50℃でインキュベートさせた。サンプルをろ過し、アセトニトリルで洗浄し、乾燥させた。次いで、支持体を3:1の水酸化アンモニウム/エタノール中、40℃で一晩インキュベートした。粗生成物をRP−HPLCを使用してさらに精製し、WV−4107を得た。
実施例16。Mod021を用いたオリゴヌクレオチドの調製例。
オリゴヌクレオチドは、標準的なシアノエチルホスホラミダイト化学を使用して、10μmolの規模で合成され、WV−942に対するサイクル条件を使用して、保護基を有する状態で支持体上に残された(もし切り離され、脱保護された場合には、WV−942を生じさせる)。DMT保護基は、3%トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液を使用して除去した。次いで、合成装置上で脂質アミダイトをオリゴヌクレオチドの5’末端に付加させた。カップリング工程の間に、等量の脂質アミダイト(たとえば、イソブチロニトリル中、0.1M)と5−エチルチオテトラゾール(たとえば、アセトニトリル中、0.5M)を、たとえば5分の接触時間で添加した。カップリング工程は任意で2回繰り返された。ピリジン中、0.1MのDDTTを使用して硫化が行われた。オリゴヌクレオチドを切り離し、AMA条件(水酸化アンモニウム/40%水性メチルアミン 1:1v/v)を使用して脱保護し、WV−2588を得た。
実施例17。Mod030、Mod031、Mod032、およびMod033を用いたオリゴヌクレオチドの調製例。
オリゴヌクレオチドを、WV−2735に対するようなシアノエチルホスホラミダイト化学を使用して合成し、保護基を有する状態で支持体上に残した(もし切り離され、脱保護した場合には、WV−2735が生じる)。5’−DMT保護基は、3%トリクロロ酢酸のジクロロメタン溶液を使用して除去した。次いで、合成装置上で脂質アミダイトをオリゴヌクレオチドの5’末端に付加させた。カップリング工程の間に、等量の脂質アミダイト(イソブチロニトリル中、またはジクロロメタン中、0.1M)と5−エチルチオテトラゾール(アセトニトリル中、0.5M)を、10分の接触時間で添加した。カップリング工程は再度反復された。THF/ピリジン/水中、0.02MのIを使用して酸化が行われた。オリゴヌクレオチドを、20%ジエチルアミンのアセトニトリル溶液で脱保護し、続いてアセトニトリルで洗浄した。オリゴヌクレオチドを支持体から切り離し、さらに50℃で一晩、水酸化アンモニウム中で脱保護した。
生成物であるオリゴヌクレオチドは、種々の化学的分析、例えばUV、HPLC−MS(例えば、MSデータは表6を参照)、および生物学的アッセイ、例えば本明細書に記載のアッセイにおいて、特徴解析された。類似の手順に従って、および/または当分野で広く公知であり、実施される技術を使用して、提供されるオリゴヌクレオチドのその他の例を、本開示に従って容易に調製し、特徴解析を行った、または調製し、特徴解析を行うことができる。
均等論
本開示のいくつかの例示的実施形態が記載されているが、上述は、単なる例示であって限定ではなく、例としてのみ提示されたものであることは、当分野の当業者には明白のはずである。多くの修正および他の例示的実施形態は、当分野の通常の技能のうちの1つの範囲内であり、本開示の範囲内であることが予期される。特に、本明細書中に提示される実施例の多くは、方法行為またはシステム要素の特定の組み合わせを含むが、これらの行為およびこれらの要素が、同じ目的を達成するための他の方法において、併用され得ることを理解すべきである。1つの実施形態に関してのみ検討される行為、要素、および特徴は、他の実施形態における類似の役割から除外されることを意図されない。さらに、以下の請求の範囲中に列挙される1つ以上のミーンズプラスファンクションの限定(means−plus−function limitations)に関し、当該手段は、列挙される機能を実施するために、本明細書に開示される手段を限定することを意図せず、当該列挙機能の実施のための現在公知または将来的に開発されるいずれの手段も範囲に含むことが意図される。
本請求範囲の要素を修正するために、本請求の範囲中のたとえば「第一」、「第二」、「第三」などの通常の語の使用は、それ自体が、1つの請求の範囲の要素の任意の優先度、先行、または順序が、別の請求の範囲の要素を越えることを暗示するものではなく、または方法のその行為が行われる時間的順序を暗示するものでもないが、特定の名称を有する1つの請求の範囲の要素を、同じ名称を有する(しかし順序の用語の使用に関し)別の請求の範囲の要素と識別し、当該請求の範囲の要素を識別するための単なる標識として使用される。同様に、a)、b)など、またはi)、ii)などの使用は、それ自体は、当該請求の範囲内の任意の工程の優先度、先行、または順序を暗示するものではない。同様に、本明細書におけるこれらの用語の使用は、それ自体は、任意の必要とされる優先度、先行、または順序も暗示するものではない。
上記明細書は、当分野の当業者が、本発明の実施を可能にするのに十分であるとみなされる。本開示は、提供される実施例によって範囲が限定されるものではなく、実施例は本発明の一態様の一つの解説と意図されるものであり、他の機能的均等な実施形態も、本発明の範囲内にある。本明細書中で示され、記載されたものに加えて、本発明の様々な修正は、先の明細書から当分野の当業者に明白となり、添付の請求の範囲の範囲内であろう。本発明の利益および目的は、本発明の各実施形態に必ずしも包含されない。

Claims (21)

  1. 脂質と生物活性剤を含む組成物。
  2. 前記組成物が、前記生物活性剤を細胞内に送達することを特徴とする、請求項1に記載の組成物。
  3. 前記組成物が、生物活性剤と、以下の
    Figure 2019516679
    から選択される脂質を含む、請求項1に記載の組成物。
  4. 前記組成物が、生物活性剤と脂質を含み、
    この場合において、前記脂質は、任意で1つ以上のC1−4脂肪族基で置換されるC10−C40の直線状の飽和脂肪族鎖または部分不飽和脂肪族鎖を含み、
    この場合において、前記生物活性剤は、低分子、ペプチド、タンパク質、CRISPR−Cas系の構成要素、炭水化物、治療剤、化学療法剤、ワクチン、核酸、および脂質からなる群から選択される、請求項1に記載の組成物。
  5. 前記組成物が、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
    1) 共通塩基配列、
    2) 骨格結合の共通パターン、および
    3) 骨格リン修飾の共通パターンを共有し、
    この場合において、前記複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、個々に脂質に複合体化されている、請求項1に記載の組成物。
  6. 前記組成物が、脂質と複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、前記オリゴヌクレオチドは、
    1) 共通塩基配列、
    2) 骨格結合の共通パターン、および
    3) 骨格リン修飾の共通パターンを共有し、
    式中:
    b. 前記組成物は、前記複数のオリゴヌクレオチドが、1つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有するという点でキラル制御されており、
    c. 前記複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが、個々に脂質に複合体化されており、
    d. 前記複数のオリゴヌクレオチドのうちの1つ以上のオリゴヌクレオチドが任意に、および個々に標的化化合物または部分に複合体化されている、請求項1に記載の組成物。
  7. 前記オリゴヌクレオチドが、対象の筋細胞の核酸中の標的要素の配列に対し実質的に相補的である配列を含み、この場合において前記標的要素は、筋疾患、筋障害または筋肉の状態と関連する、請求項6に記載の組成物。
  8. 筋疾患、筋障害、または筋肉の状態が、DMDである、請求項7に記載の組成物。
  9. 前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドは、ジストロフィンのエクソン51のエクソンスキップをもたらす、請求項8に記載の組成物。
  10. 前記複数のオリゴヌクレオチドが、5個以上のキラルヌクレオチド間結合で同一の立体化学を共有する、請求項6に記載の組成物。
  11. 前記複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、前記パターンは、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の2’−Fを含む、請求項10に記載の組成物。
  12. 前記複数のオリゴヌクレオチドが、糖修飾の共通パターンを共有し、前記パターンは、3、4、5、6、7、8、9個またはそれ以上の連続的な2’−Fを含む、請求項10に記載の組成物。
  13. 前記複数のオリゴヌクレオチドの前記配列が、WV−887、WV−896、WV−1709、WV−1710、WV−1714、WV−2095、WV−2100、WV−2106、WV−2107、WV−2108、WV−2109、WV−2223、WV−2224、WV−2225、WV−2226、WV−2227、WV−2228、WV−2229、WV−2230、WV−2438、WV−2444、WV−2445、WV−2526、WV−2527、WV−2528、WV−2529、WV−2530、WV−2531、WV−2533、WV−2578、WV−2580、WV−2587、WV−3047、WV−3152、WV−3472、WV−3473、WV−3507、WV−3508、WV−3509、WV−3510、WV−3511、WV−3512、WV−3513、WV−3514、WV−3515、WV−3545、またはWV−3546のいずれかの配列を含む、またはいずれかの配列からなる、請求項12に記載の組成物。
  14. 前記複数のオリゴヌクレオチドが、
    −[−LLD−(RLD、または[(A−LLD−RLD、またはその塩、の構造を有し、
    式中:
    は、オリゴヌクレオチド鎖であり([H]−Acは、オリゴヌクレオチドである)、
    aは、1〜1000であり、
    bは、1〜1000であり、
    各LLDは、独立して共有結合であるか、または任意で置換されるC−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、TLD、またはC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
    各RLDは、独立して、任意で置換されるC−C80の飽和脂肪族基または部分不飽和脂肪族基であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立して、C−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)−、−SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
    LDは、以下の構造を有し、
    Figure 2019516679
    Wは、O、SまたはSeであり、
    X、YおよびZの各々は、独立して、−O−、−S−、−N(−L−R)−、またはLであり、
    Lは、共有結合であるか、または任意で置換される直線状または分枝状のC−C10アルキレンであり、この場合においてLの1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
    は、水素、R、または任意で置換されるC−C50脂肪族であり、この場合において1つ以上のメチレン単位が任意で、および独立してC−Cアルキレン、C−Cアルケニレン、−C≡C−、C−Cヘテロ脂肪族部分、−C(R’)−、−Cy−、−O−、−S−、−S−S−、−N(R’)−、−C(O)−、−C(S)−、−C(NR’)−、−C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)N(R’)−、−N(R’)C(O)−、−N(R’)C(O)O−、−OC(O)N(R’)−、−S(O)−、−S(O)−、−S(O)N(R’)−、−N(R’)S(O)− −SC(O)−、−C(O)S−、−OC(O)−、および−C(O)O−から選択される任意で置換される基により置き換えられ、
    各R’は、独立して−R、−C(O)R、−COR、または−SORであるか、または、
    2つのR’は、これらの間に挟まれた原子と一緒になって、任意で置換されるアリール、炭素環、複素環またはヘテロアリール環を形成し、
    −Cy−は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、およびヘテロシクリレンから選択される、任意で置換される二価の環であり、
    各Rは、独立して、水素であるか、またはC−C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびヘテロシクリルから選択される、任意で置換される基である、請求項12に記載の組成物。
  15. 前記オリゴヌクレオチドが、少なくとも1個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する、請求項14に記載の組成物。
  16. ヒト対象中の筋細胞または筋組織にオリゴヌクレオチドを送達する方法であって、
    (a) 請求項1〜15のいずれか1項に記載の組成物を提供すること、および
    (b) 前記オリゴヌクレオチドが前記対象中の筋細胞または筋組織に送達されるように前記ヒト対象に前記組成物を投与すること、を含む、方法。
  17. 細胞中の遺伝子の転写産物または遺伝子産物のレベルを調節する方法であって、前記方法は、請求項1〜16のいずれか1項に記載の組成物と、前記細胞を接触させる工程を含み、この場合において前記生物活性剤が、前記転写産物または遺伝子産物のレベルを調節することができる、方法。
  18. 請求項1〜17のいずれか1項に記載の組成物を提供すること、および前記組成物を対象に投与することにより、癌、増殖性の疾患、障害、または状態、代謝性の疾患、障害、または状態、炎症性の疾患、障害、または状態、およびウイルス感染から選択される、対象中の疾患、障害、または状態の兆候および/または症状を治療する方法。
  19. 細胞中のエクソンスキップの量を調節する方法であって、前記方法は、請求項1〜18のいずれか1項に記載の組成物と、前記細胞を接触させることを含み、この場合において前記生物活性剤が、エクソンスキップの前記量を調節することができる、方法。
  20. 細胞中のエクソンスキップの量を調節する方法であって、前記方法は、請求項1〜19のいずれか1項に記載の組成物と、前記細胞を接触させることを含み、この場合において前記生物活性剤が、DMDのエクソン51のエクソンスキップの前記量を調節することができる、方法。
  21. 本開示の化合物、組成物、もしくは方法、またはそれらの任意の組み合わせ、または実施形態1〜432のいずれか1つに記載の化合物、組成物、もしくは方法。
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